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T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0881592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5887;QD=49.5928;RBI=0.131027;REFB=0;REVB=-0.0969329;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00602864;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr1 900972 . T G 1543.08 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0351477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2813;QD=57.685;RBI=0.0945821;REFB=-0.0835477;REVB=-0.0878089;RO=2;SAF=57;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017368;STB=0.500807;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000679967;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:2:2:104:105:0.981308:47:57:1:1:48:57:1:1 chr1 901023 . T C 1500.66 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130179;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7707;QD=57.1679;RBI=0.139672;REFB=0;REVB=0.0506117;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109781;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:105:0:0:96:105:1:47:49:0:0:51:54:0:0 chr1 901024 . G C 39.09 PASS AF=0.0943396;AO=9;DP=105;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0167129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8261;QD=1.47518;RBI=0.0238663;REFB=-0.012938;REVB=-0.0170375;RO=96;SAF=5;SAR=4;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510484;STB=0.509415;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0202494;OID=.;OPOS=901024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:105:106:96:96:9:10:0.0943396:4:5:49:47:5:5:49:47 chr1 902128 . C T 217.56 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0242797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4712;QD=22.9014;RBI=0.063034;REFB=-0.0515247;REVB=0.0581702;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636072;STB=0.535679;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0494214;OID=.;OPOS=902128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:15:6:6:11:15:6:6:11 chr1 906272 . A C 190.29 PASS AF=0.403509;AO=18;DP=60;FAO=23;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000224697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.468;QD=13.3538;RBI=0.00367121;REFB=-0.0241446;REVB=0.00366432;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125056;STB=0.521586;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0333507;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:36:34:18:23:0.403509:8:10:16:20:13:10:16:18 chr1 909238 . G C 1153.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.264;QD=60.707;RBI=0.0299981;REFB=0;REVB=0.020494;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74994e-05;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:42:34:0:0:42:34:0:0 chr1 909768 . A G 3915.29 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.258;QD=63.923;RBI=0.0147014;REFB=0;REVB=-0.0097149;RO=0;SAF=113;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74559e-07;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:243:245:0:0:243:245:1:130:113:0:0:132:113:0:0 chr1 911595 . A G 3800.67 PASS AF=1;AO=195;DP=255;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726622;FXX=0.0234366;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.709;QD=60.8107;RBI=0.0740287;REFB=0;REVB=-0.0141578;RO=0;SAF=92;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961219;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:255:250:0:0:195:250:1:103:92:0:0:136:114:0:0 chr1 914333 . C G 1241.51 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.751;QD=61.309;RBI=0.0332283;REFB=0;REVB=0.01744;RO=0;SAF=17;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92254e-05;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:63:17:0:0:64:17:0:0 chr1 914852 . G C 1139.22 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185352;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2627;QD=57.6821;RBI=0.0542116;REFB=-0.0756265;REVB=-0.0509445;RO=1;SAF=67;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701213;STB=0.522669;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00154354;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:79:1:2:76:77:0.974684:9:67:1:0:9:68:1:1 chr1 914876 . T C 1675.28 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851856;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.216;QD=59.8313;RBI=0.0146203;REFB=0;REVB=0.0118822;RO=0;SAF=83;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85825e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53595e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:109:112:1:26:83:0:0:27:85:0:0 chr1 914940 . T C 1380.77 PASS AF=1;AO=78;DP=111;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102848;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6033;QD=52.1044;RBI=0.109764;REFB=0;REVB=0.0383464;RO=0;SAF=14;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00471839;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:106:0:0:78:106:1:64:14:0:0:65:41:0:0 chr1 915227 . A G 469.67 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017987;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.7;QD=58.7093;RBI=0.00391938;REFB=0;REVB=0.00348227;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017278;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr1 916549 . A G 1625.72 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2458;QD=59.1171;RBI=0.0339572;REFB=-0.0748955;REVB=-0.0162085;RO=1;SAF=41;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114365;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000723054;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:68:41:1:0:68:41:1:0 chr1 935222 . C A 162.38 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.687;QD=38.2077;RBI=0.00493809;REFB=-0.0247295;REVB=0.00493809;RO=2;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577356;OID=.;OPOS=935222;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:15:0:0:2:15:0:0:2 chr1 948921 . T C 570.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7808;QD=60.0737;RBI=0.0503104;REFB=0;REVB=0.04568;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351926;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr1 949654 . A G 1491.6 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6562;QD=63.4725;RBI=0.0377123;REFB=0;REVB=0.0176299;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28651e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr1 981931 . A G 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6704;QD=62.348;RBI=0.0380379;REFB=0;REVB=-0.00183769;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415044;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr1 982994 . T C 851.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7628;QD=57.6962;RBI=0.0971122;REFB=0;REVB=-0.0932074;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117427;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr1 984302 . T C 2750.47 PASS AF=0.994382;AO=176;DP=176;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.085546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.157;QD=61.8084;RBI=0.0878875;REFB=-0.085256;REVB=0.0201519;RO=0;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000367932;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:178:0:1:176:177:0.994382:84:92:0:0:84:93:1:0 chr1 986443 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1135;QD=51.915;RBI=0.0794979;REFB=0;REVB=0.0238996;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136706;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 987200 . C T 2084.08 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.493;QD=62.6792;RBI=0.0223632;REFB=0;REVB=0.00527646;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98954e-05;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:56:76:0:0:57:76:0:0 chr1 990280 . C T 2996.19 PASS AF=0.99;AO=188;DP=199;FAO=198;FDP=200;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635194;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4702;QD=59.9238;RBI=0.0746999;REFB=-0.0184853;REVB=0.0393112;RO=0;SAF=91;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115893;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:199:200:0:0:188:198:0.99:97:91:0:0:105:93:0:0 chr1 990806 . G A 726.72 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378724;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.29;QD=56.9979;RBI=0.0681844;REFB=0;REVB=0.0566991;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86637e-05;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr1 1007203 . A G 98.06 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1878;QD=39.2246;RBI=0.119081;REFB=0;REVB=-0.0111852;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315215;OID=.;OPOS=1007203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr1 1026707 . C A 1573.78 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.581;QD=58.833;RBI=0.0289146;REFB=-0.134521;REVB=0.0207265;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=1.61484e-06;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:54:52:0:0:54:52:0:1 chr1 1147422 . CT TG,TT 160.65 PASS AF=0,0.418605;AO=6,12;DP=43;FAO=0,18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-8.84549e-05,0.00687179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.389,229.11;QD=14.9444;RBI=0.00556852,0.00993626;REFB=-0.035376,-0.023342;REVB=-0.00556782,-0.00717689;RO=21;SAF=0,12;SAR=6,0;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.801849,0.749378;STB=0.5,0.56357;STBP=1,0.525;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0311752;OID=.,.;OPOS=1147422,1147422;OREF=CT,C;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:43:21:25:6,12:0,18:0,0.418605:6,0:0,12:17:4:0,6:0,12:19:6 chr1 1153113 . G A 630.85 PASS AF=0.52;AO=59;DP=121;FAO=65;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0652858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.982;QD=20.1872;RBI=0.0657851;REFB=-0.0396618;REVB=-0.00808924;RO=58;SAF=28;SAR=31;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102061;STB=0.566785;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0514666;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:58:60:59:65:0.52:31:28:21:37:31:34:23:37 chr1 1156131 . T A,C 560.03 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,33;DP=37;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,11;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184966,-0.00508109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.64,100.19;QD=58.95;RBI=0.00930559,0.0316572;REFB=0,0;REVB=0.00911991,0.0312468;RO=0;SAF=3,11;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0588626,-0.0132601;OID=.,.;OPOS=1156131,1156131;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:37:38:0:0:4,33:4,34:0.105263,0.894737:1,22:3,11:0:0:1,23:3,11:0:0 chr1 1158562 . AAC A 155.51 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0225519;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.519;QD=12.9589;RBI=0.0509362;REFB=-0.0726734;REVB=-0.0456717;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228237;STB=0.529386;STBP=0.706;TYPE=del;VARB=0.0862112;OID=.;OPOS=1158563;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:22:46:23:48:25:15:8:15:10:99:19:15:7:13:6 chr1 1158631 . A G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.305;QD=60.3748;RBI=0.0439571;REFB=0;REVB=0.0268774;RO=0;SAF=53;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29477e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:21:53:0:0:21:53:0:0 chr1 1178245 . C T 908.78 PASS AF=0.475;AO=95;DP=201;FAO=95;FDP=200;FR=.;FRO=105;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=71;FSRR=34;FWDB=0.0141408;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6257;QD=18.1757;RBI=0.0145706;REFB=-0.0190091;REVB=-0.00351263;RO=104;SAF=61;SAR=34;SRF=70;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032261;STB=0.519681;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0292836;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:104:105:95:95:0.475:34:61:70:34:34:61:71:34 chr1 1178482 . A G 964.26 PASS AF=0.494792;AO=95;DP=193;FAO=95;FDP=192;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=30;FSRR=67;FWDB=-0.00655097;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.221;QD=20.0888;RBI=0.030881;REFB=-0.0240908;REVB=-0.0301782;RO=96;SAF=38;SAR=57;SRF=30;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850559;STB=0.548663;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0255133;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:96:97:95:95:0.494792:57:38:30:66:57:38:30:67 chr1 1178925 . G A 706.15 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.036572;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3064;QD=21.2376;RBI=0.0416595;REFB=-0.0198521;REVB=0.01995;RO=64;SAF=20;SAR=49;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026101;STB=0.514328;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0237388;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:64:64:69:69:0.518797:49:20:17:47:49:20:17:47 chr1 1196863 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.215;QD=42.1825;RBI=0.032835;REFB=0;REVB=-0.0263683;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51824e-05;OID=.;OPOS=1196863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 1226348 . C G 214.78 PASS AF=0.47619;AO=15;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0217301;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.327;QD=20.4554;RBI=0.102071;REFB=-0.0392728;REVB=-0.0997307;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110026;STB=0.51784;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0375493;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:13:18:15:20:0.47619:2:13:12:1:5:15:14:4 chr1 1226757 . G A 284.52 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.014871;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.463;QD=29.1812;RBI=0.0236287;REFB=-0.0237653;REVB=0.0183622;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158898;STB=0.587558;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0190844;OID=.;OPOS=1226757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:5:9:10:15:5:9 chr1 1226889 . G A 428.51 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.00717733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.7969;QD=22.2604;RBI=0.00980435;REFB=-0.00517625;REVB=-0.00667916;RO=35;SAF=35;SAR=7;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070275;STB=0.503874;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00260924;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:7:35:29:6:7:35:29:6 chr1 1231656 . G A 149.33 PASS AF=0.5;AO=17;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0703943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2895;QD=18.6663;RBI=0.111504;REFB=-0.0322113;REVB=-0.0864737;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064699;STB=0.568876;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0226025;OID=.;OPOS=1231656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:16:17:16:0.5:11:6:6:8:11:5:7:9 chr1 1234762 . AG A 181.07 PASS AF=0.560606;AO=32;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0598878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2136;QD=10.974;RBI=0.144828;REFB=0.022378;REVB=0.131866;RO=28;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115952;STB=0.582337;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.0282986;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560606:32:66:37:66:29:21:16:11:18:99:28:17:15:11:17 chr1 1242707 . A G 213.87 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0353686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4808;QD=22.5121;RBI=0.0504847;REFB=-0.0237378;REVB=0.0360246;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136077;STB=0.575989;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0225039;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:11:6:11:10:11:6 chr1 1246004 . A G 369.01 PASS AF=0.43299;AO=36;DP=92;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0257107;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.193;QD=15.2167;RBI=0.0259937;REFB=-0.00386401;REVB=0.0038248;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322392;STB=0.568284;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00392877;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:46:55:36:42:0.43299:13:23:28:18:13:29:32:23 chr1 1254436 . A G 704.96 PASS AF=0.514925;AO=68;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0228917;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.392;QD=21.0437;RBI=0.0228946;REFB=-0.0119213;REVB=-0.00036558;RO=60;SAF=41;SAR=27;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262179;STB=0.504417;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0135951;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:60:65:68:69:0.514925:27:41:36:24:27:42:39:26 chr1 1254443 . G A 648.56 PASS AF=0.492424;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00773937;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.885;QD=19.6534;RBI=0.00859195;REFB=-0.0188385;REVB=0.00373145;RO=64;SAF=41;SAR=24;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020531;STB=0.51821;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0229741;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:64:67:65:65:0.492424:24:41:39:25:24:41:40:27 chr1 1254841 . C G 139.5 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0604596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2176;QD=20.6667;RBI=0.091532;REFB=-0.0272087;REVB=0.0687223;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.58812;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.020891;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:27:11:12:13:15:0.555556:5:8:4:7:7:8:4:8 chr1 1258629 . G C 45.86 PASS AF=0.085;AO=16;DP=200;FAO=17;FDP=200;FR=.;FRO=183;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=107;FWDB=-0.0575287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.503;QD=0.917273;RBI=0.0583079;REFB=-0.00269842;REVB=0.00950022;RO=174;SAF=16;SAR=0;SRF=73;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64366;STB=0.948961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.11751;OID=.;OPOS=1258629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:200:200:174:183:16:17:0.085:0:16:73:101:1:16:76:107 chr1 1262966 . C T 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.151281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7462;QD=18.3403;RBI=0.151305;REFB=-0.0244443;REVB=0.00269248;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08752;STB=0.54994;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0215544;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:8:10:11:6:8:10 chr1 1263144 . G A 327.94 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.014335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.973;QD=20.4959;RBI=0.0144933;REFB=-0.0353398;REVB=-0.00213624;RO=29;SAF=7;SAR=27;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438687;STB=0.504235;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0364199;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:27:7:5:24:27:7:6:24 chr1 1269554 . T C 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.348;QD=60.5464;RBI=0.029375;REFB=0;REVB=0.019355;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65099e-05;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr1 1273116 . A G 3855.6 PASS AF=0.992157;AO=251;DP=256;FAO=253;FDP=255;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=137;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0439249;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7415;QD=60.48;RBI=0.0460136;REFB=0.00246817;REVB=-0.0137058;RO=2;SAF=114;SAR=137;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828849;STB=0.504273;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-4.97487e-05;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:256:255:2:2:251:253:0.992157:137:114:2:0:137:116:2:0 chr1 1277533 . T C 1738.66 PASS AF=0.959677;AO=102;DP=126;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0229649;FXX=0.0158718;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8287;QD=56.0858;RBI=0.0293072;REFB=-0.0212651;REVB=0.0182078;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505232;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000128132;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:126:124:0:5:102:119:0.959677:56:46:0:0:56:63:2:3 chr1 1310074 . C G 955.11 PASS AF=1;AO=49;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.331;QD=58.7759;RBI=0.0783279;REFB=0;REVB=0.0442886;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022477;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:49:65:1:10:39:0:0:21:44:0:0 chr1 1361633 . G A 287.88 PASS AF=0.96;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.38;QD=46.0611;RBI=0.0627696;REFB=-0.0195592;REVB=0.0365379;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0039925;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:25:1:1:21:24:0.96:17:4:0:1:20:4:0:1 chr1 1361641 . C T 300.6 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256668;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.509;QD=52.278;RBI=0.0321923;REFB=0;REVB=0.019431;RO=1;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55973e-06;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:17:5:0:1:18:5:0:0 chr1 1375810 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.654;QD=35.5759;RBI=0.0203325;REFB=0;REVB=0.0203325;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226841;OID=.;OPOS=1375810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr1 1376214 . C G 767.92 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.078;QD=56.8828;RBI=0.0960343;REFB=0;REVB=0.0940826;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155176;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:14:31:0:0:22:32:0:0 chr1 1376567 . A G 1339.38 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.062;QD=62.2966;RBI=0.0490841;REFB=0;REVB=0.0331511;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00212e-05;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:32:52:0:0:33:53:0:0 chr1 1378173 . G A 533.77 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189056;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.252;QD=59.3074;RBI=0.189344;REFB=0;REVB=0.01043;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115544;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:26:10:0:0 chr1 1387764 . G A 2686.25 PASS AF=0.956989;AO=178;DP=186;FAO=178;FDP=186;FR=.;FRO=8;FSAF=105;FSAR=73;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0133004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.499;QD=57.7688;RBI=0.0133184;REFB=-0.0477609;REVB=0.000691699;RO=8;SAF=105;SAR=73;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758344;STB=0.503989;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000173059;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:186:186:8:8:178:178:0.956989:73:105:4:4:73:105:4:4 chr1 1390875 . C T 1219.96 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.471;QD=58.7933;RBI=0.0683674;REFB=-0.15887;REVB=0.00878974;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000864558;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:81:81:0.975904:37:44:0:0:37:44:2:0 chr1 1403814 . C T 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00266062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.048;QD=21.8143;RBI=0.00850986;REFB=-0.0237701;REVB=-0.00808324;RO=35;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254496;STB=0.639632;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0183219;OID=.;OPOS=1403814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:35:41:41:0.539474:22:19:27:8:22:19:27:8 chr1 1418004 . T C 274.73 PASS AF=0.275362;AO=38;DP=130;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=-0.0210834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0565;QD=7.96308;RBI=0.0537664;REFB=-0.00299313;REVB=-0.0494603;RO=92;SAF=24;SAR=14;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429591;STB=0.508968;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00958391;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:138:92:100:38:38:0.275362:14:24:55:37:14:24:62:38 chr1 1421531 . C A 395.46 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0166176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.87;QD=17.7736;RBI=0.0340809;REFB=-0.00718459;REVB=-0.0297551;RO=48;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880387;STB=0.549271;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0082891;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:16:25:25:23:16:25:25:23 chr1 1421991 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00538591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.298;QD=29.0498;RBI=0.0159456;REFB=-0.0502507;REVB=0.0150085;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083154;STB=0.546155;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0128301;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:5:9:4:1:5:9:4:1 chr1 1423267 . A G 286.46 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.000489255;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.617;QD=18.4811;RBI=0.0121939;REFB=-0.0353608;REVB=-0.012184;RO=30;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995963;STB=0.570093;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0316998;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:30:31:0.5:11:19:22:8:12:19:23:8 chr1 1425700 . T C 437.97 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0326592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6305;QD=21.6282;RBI=0.0327304;REFB=0.00240698;REVB=0.00215698;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697674;STB=0.531631;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00341484;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:38:43:43:0.530864:21:22:22:15:21:22:22:16 chr1 1430985 . C T 223.4 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0612606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.552;QD=17.8717;RBI=0.0650549;REFB=-0.00377907;REVB=-0.0218924;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.529504;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0386466;OID=.;OPOS=1430985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:26:21:21:0.42:11:10:12:12:11:10:11:15 chr1 1451380 . T C 206.89 PASS AF=0.45098;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0223131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8571;QD=16.2265;RBI=0.0868386;REFB=-0.0275318;REVB=-0.0839229;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.541264;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0329145;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:27:28:21:23:0.45098:9:12:14:13:9:14:15:13 chr1 1479333 . A G 279.12 PASS AF=0.54902;AO=21;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0447052;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6152;QD=21.8914;RBI=0.0463566;REFB=-0.0308978;REVB=0.0122631;RO=21;SAF=18;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397841;STB=0.584553;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0389683;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:22:21:28:0.54902:3:18:11:10:9:19:11:11 chr1 1510724 . C T 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00222527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.955;QD=27.5323;RBI=0.0163272;REFB=-0.0255722;REVB=0.0161749;RO=21;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169442;STB=0.59796;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0212456;OID=.;OPOS=1510724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:18:22:17:4:18:22:18:4 chr1 1510801 . C T 225.46 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00875214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7956;QD=21.4722;RBI=0.0131751;REFB=-0.00463343;REVB=0.00984801;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106018;STB=0.544012;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00218516;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:21:22:0.52381:8:13:10:10:9:13:10:10 chr1 1511104 . G C 268.56 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0187344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4206;QD=22.3799;RBI=0.0527367;REFB=0.0271062;REVB=0.0492969;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147024;STB=0.582025;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.0237789;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:8:15:12:13:8:15 chr1 1551927 . T C 501.93 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00774196;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.836;QD=19.6836;RBI=0.00776734;REFB=-0.0110778;REVB=0.000627445;RO=49;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793961;STB=0.542238;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0104673;OID=.;OPOS=1551927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:49:50:51:52:0.509804:21:30:33:16:22:30:33:17 chr1 1558792 . T C 223.04 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=75;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00288226;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.958;QD=11.5863;RBI=0.0120382;REFB=-0.015611;REVB=-0.0116881;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155344;STB=0.509797;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0218754;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:48:49:27:28:0.363636:12:15:26:22:13:15:27:22 chr1 1562437 . C G 614.09 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0125461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9623;QD=21.7378;RBI=0.0136741;REFB=-0.0308508;REVB=0.00543854;RO=50;SAF=28;SAR=33;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147949;STB=0.580256;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0246139;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:50:52:61:61:0.539823:33:28:32:18:33:28:33:19 chr1 1563759 . G T 205.23 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0447978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3983;QD=16.4184;RBI=0.0448897;REFB=-0.0319656;REVB=-0.00287;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324837;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0407605;OID=.;OPOS=1563759;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:29:21:21:0.42:9:12:14:12:9:12:15:14 chr1 1581508 . T C 128.43 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0210279;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.179;QD=11.675;RBI=0.0210949;REFB=-0.00715385;REVB=0.00167973;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333863;STB=0.514267;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.019887;OID=.;OPOS=1581508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:29:14:15:0.340909:8:6:12:18:9:6:11:18 chr1 1588670 . G A 281.25 PASS AF=0.229947;AO=43;DP=189;FAO=43;FDP=187;FR=.;FRO=144;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=91;FSRR=53;FWDB=-0.0317498;FXX=0.0260403;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.338;QD=6.01609;RBI=0.0464362;REFB=-0.0130665;REVB=-0.0338861;RO=127;SAF=22;SAR=21;SRF=79;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138953;STB=0.59306;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0487161;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:187:127:144:43:43:0.229947:21:22:79:48:21:22:91:53 chr1 1588717 . G A 203.97 PASS AF=0.173333;AO=39;DP=225;FAO=39;FDP=225;FR=.;FRO=186;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=122;FSRR=64;FWDB=-0.0148354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.393;QD=3.62605;RBI=0.0156885;REFB=-0.000400156;REVB=0.0051028;RO=186;SAF=19;SAR=20;SRF=122;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219393;STB=0.638521;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00194234;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:186:186:39:39:0.173333:20:19:122:64:20:19:122:64 chr1 1588737 . C T 194.86 PASS AF=0.174528;AO=37;DP=211;FAO=37;FDP=212;FR=.;FRO=175;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=112;FSRR=63;FWDB=0.00497947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.294;QD=3.67667;RBI=0.00820266;REFB=-0.00264776;REVB=-0.00651832;RO=174;SAF=23;SAR=14;SRF=112;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305349;STB=0.516244;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0048492;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:174:175:37:37:0.174528:14:23:112:62:14:23:112:63 chr1 1588743 . A T 169.22 PASS AF=0.161765;AO=33;DP=203;FAO=33;FDP=204;FR=.;FRO=171;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=107;FSRR=64;FWDB=-0.0015124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.9;QD=3.31801;RBI=0.00327351;REFB=-0.00712523;REVB=-0.00290319;RO=170;SAF=20;SAR=13;SRF=107;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317471;STB=0.517382;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.035715;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:170:171:33:33:0.161765:13:20:107:63:13:20:107:64 chr1 1588744 . AGCG A 164.92 PASS AF=0.161616;AO=32;DP=200;FAO=32;FDP=198;FR=.;FRO=166;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=104;FSRR=62;FWDB=-0.00531903;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=314.592;QD=3.33174;RBI=0.00539468;REFB=-0.00104997;REVB=0.000900245;RO=164;SAF=20;SAR=12;SRF=100;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020697;STB=0.501347;STBP=0.996;TYPE=del;VARB=0.00894653;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.161616:32:200:32:198:166:20:12:104:62:99:164:20:12:100:64 chr1 1599888 . A G 383.12 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0220603;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2582;QD=25.1228;RBI=0.0367405;REFB=0.0266046;REVB=0.0293804;RO=23;SAF=17;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793027;STB=0.533614;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0131981;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:23:24:37:37:0.606557:20:17:8:15:20:17:9:15 chr1 1604499 . G A 151.42 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0260264;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.707;QD=11.4279;RBI=0.0261408;REFB=-0.00281566;REVB=-0.00244254;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147759;STB=0.586465;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00165681;OID=.;OPOS=1604499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:17:17:7:12:17:17 chr1 1635004 . T C 1482.97 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00842366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.84;QD=55.4383;RBI=0.0151672;REFB=-0.00255086;REVB=0.0126129;RO=1;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903785;STB=0.509165;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-3.1009e-05;OID=.;OPOS=1635004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:1:4:103:103:0.962617:52:51:0:1:52:51:1:3 chr1 1635011 . A G 96.02 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=109;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0320142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6369;QD=3.52359;RBI=0.104837;REFB=-0.000786632;REVB=-0.0998295;RO=90;SAF=8;SAR=10;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564017;STB=0.53275;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00127331;OID=.;OPOS=1635011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:109:109:90:91:18:18:0.165138:10:8:44:46:10:8:44:47 chr1 1635749 . C A 840.7 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405942;FXX=0.0163908;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.161;QD=56.0464;RBI=0.0653255;REFB=-0.136982;REVB=0.0511813;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000297259;OID=.;OPOS=1635749;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:26:33:0:1:26:33:0:1 chr1 1636044 . G A 264.31 PASS AF=0.3;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00861901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.167;QD=8.81026;RBI=0.00941772;REFB=-0.00653684;REVB=-0.00379554;RO=84;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103837;STB=0.560852;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0144451;OID=.;OPOS=1636044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:84:84:36:36:0.3:17:19:37:47:17:19:37:47 chr1 1636274 . C T 570.03 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0176342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.161;QD=22.801;RBI=0.0243503;REFB=-0.0141566;REVB=0.016792;RO=47;SAF=26;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921596;STB=0.550662;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.010237;OID=.;OPOS=1636274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:27:26:18:29:27:26:18:29 chr1 1647814 . T C 1054.62 PASS AF=0.396721;AO=121;DP=305;FAO=121;FDP=305;FR=.;FRO=184;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=126;FSRR=58;FWDB=0.0179105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.614;QD=13.8311;RBI=0.0220381;REFB=-0.0139875;REVB=0.0128411;RO=182;SAF=72;SAR=49;SRF=124;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983016;STB=0.557385;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0242253;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:182:184:121:121:0.396721:49:72:124:58:49:72:126:58 chr1 1647871 . T C 1137.54 PASS AF=0.417763;AO=126;DP=303;FAO=127;FDP=304;FR=.;FRO=177;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=115;FSRR=62;FWDB=0.0261885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3761;QD=14.9676;RBI=0.0367888;REFB=-0.0252661;REVB=0.0258375;RO=175;SAF=70;SAR=56;SRF=115;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109013;STB=0.554211;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0329239;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:175:177:126:127:0.417763:56:70:115:60:56:71:115:62 chr1 1647893 . C CTTTCTT 579.93 PASS AF=0.314741;AO=54;DP=265;FAO=79;FDP=251;FR=.;FRO=172;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=117;FSRR=55;FWDB=-0.000914613;FXX=0.0118106;HRUN=3;LEN=6;MLLD=164.234;QD=9.24195;RBI=0.0441232;REFB=-0.0203858;REVB=-0.0441138;RO=164;SAF=19;SAR=35;SRF=110;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384948;STB=0.635277;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0391734;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314741:54:265:79:251:172:38:41:117:55:99:164:19:35:110:54 chr1 1650787 . T C 521.45 PASS AF=0.652778;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0243464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.449;QD=28.9692;RBI=0.0245161;REFB=-0.0446452;REVB=-0.00287944;RO=25;SAF=30;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532535;STB=0.528955;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0252653;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:25:47:47:0.652778:17:30:14:11:17:30:14:11 chr1 1650797 . A G 512.2 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0169114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.27;QD=26.9576;RBI=0.0201436;REFB=-0.0191734;REVB=0.0109439;RO=24;SAF=30;SAR=17;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893965;STB=0.521261;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0056989;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:24:29:47:47:0.618421:17:30:15:9:17:30:17:12 chr1 1650801 . T C 388.18 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00764937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.306;QD=18.4848;RBI=0.00858322;REFB=-0.0229034;REVB=0.00389343;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203979;STB=0.608966;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0162897;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:13:27:20:23:13:27:21:23 chr1 1650807 . T C 210.32 PASS AF=0.317647;AO=25;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0230541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4115;QD=9.89729;RBI=0.025453;REFB=-0.0102;REVB=-0.0107872;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406233;STB=0.555312;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.025194;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:58:25:27:0.317647:9:16:23:11:10:17:32:26 chr1 1650832 . A G 601.78 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=110;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00664014;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.612;QD=22.2883;RBI=0.015278;REFB=-0.00733072;REVB=0.0137596;RO=44;SAF=38;SAR=21;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11801;STB=0.570948;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00553513;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:44:48:59:60:0.555556:21:38:22:22:22:38:23:25 chr1 1650845 . G A 486.13 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0232343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.787;QD=16.6199;RBI=0.0233468;REFB=-0.01023;REVB=-0.00228958;RO=63;SAF=28;SAR=24;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096231;STB=0.553366;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00601874;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:63:64:52:53:0.452991:24:28:40:23:25:28:40:24 chr1 1654038 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0106833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.364;QD=19.1339;RBI=0.0188103;REFB=-0.00311903;REVB=0.0154821;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413629;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00678978;OID=.;OPOS=1654038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:2:0:4:1:2:0 chr1 1654058 . C T 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00670919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.291;QD=40.5912;RBI=0.0226507;REFB=0.071587;REVB=0.0216343;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00128148;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:2:0:7:10:2:0 chr1 1654064 . A T 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0197792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.258;QD=36.4508;RBI=0.0410353;REFB=-0.105758;REVB=0.0359538;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130187;STB=0.571342;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00918679;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:7:9:3:0:7:9:3:0 chr1 1654065 . AGCG A 181.09 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00221411;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.382;QD=40.2413;RBI=0.020192;REFB=0.00999686;REVB=0.0200702;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912511;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=del;VARB=-0.000874753;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:16:19:16:18:2:9:7:2:0:10:2:9:7:2:0 chr1 1666175 . C T 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0323387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.44;QD=22.674;RBI=0.0327159;REFB=-0.0106572;REVB=0.00495333;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235067;STB=0.631356;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0117169;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:5:0:3:7:5:0 chr1 1683565 . G A 321.04 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0451514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=16.2553;RBI=0.0610455;REFB=-0.0137775;REVB=-0.0410841;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07974;STB=0.544986;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0201401;OID=.;OPOS=1683565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:11:24:27:17:11:24:27:17 chr1 1684472 . C T 92.28 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0220497;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2769;QD=8.5838;RBI=0.0367798;REFB=-0.0288407;REVB=0.0294374;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107932;STB=0.566552;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0730761;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:31:31:12:12:0.27907:8:4:13:18:8:4:13:18 chr1 1686040 . G T 352.02 PASS AF=0.486842;AO=34;DP=74;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00613564;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.407;QD=18.5272;RBI=0.0281112;REFB=-0.0366134;REVB=-0.0274334;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343795;STB=0.515143;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0242264;OID=.;OPOS=1686040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:39:34:37:0.486842:14:20:21:17:16:21:21:18 chr1 1721958 . A G 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=-0.0191801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1853;QD=1.05052;RBI=0.0504981;REFB=-0.00179771;REVB=-0.0467138;RO=106;SAF=1;SAR=8;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.543236;STB=0.922297;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0258554;OID=.;OPOS=1721958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:106:106:9:9:0.0782609:8:1:68:38:8:1:68:38 chr1 1823922 . A G 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9844;QD=61.3276;RBI=0.0532209;REFB=0;REVB=0.024434;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519856;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr1 1854934 . AT A 169.82 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00464335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3289;QD=11.136;RBI=0.0634688;REFB=-0.031982;REVB=-0.0632988;RO=31;SAF=25;SAR=3;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.429712;SSSB=0.384343;STB=0.889016;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0322632;OID=.;OPOS=1854935;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016:28:61:28:61:33:27:1:20:13:99:31:25:3:20:11 chr1 1886802 . GCCCCCCG GCCCCCGC 38.59 PASS AF=0.0888889;AO=4;DP=49;FAO=4;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0349051;FXX=0.0425441;HRUN=6;LEN=2;MLLD=27.5859;QD=3.43008;RBI=0.0713986;REFB=-0.0212727;REVB=-0.0622848;RO=26;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512134;STBP=0.893;TYPE=mnp;VARB=0.0161602;OID=.;OPOS=1886808;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GCCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0888889:4:49:4:45:37:2:2:18:19:18:26:2:2:13:13 chr1 1886826 . G C 37.71 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0688315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.501;QD=4.86589;RBI=0.069013;REFB=-0.0145803;REVB=-0.00500188;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222219;STB=0.635901;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.146643;OID=.;OPOS=1886826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:30:31:15:24:5:6:0.193548:2:3:6:9:2:4:12:12 chr1 1886859 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0559816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.314;QD=15.5697;RBI=0.060207;REFB=-0.0341852;REVB=0.0221573;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0346519;OID=.;OPOS=1886859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:7:5:5:6:7:5 chr1 1887019 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0166853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.499;QD=12.7822;RBI=0.0198061;REFB=-0.00881107;REVB=0.0106717;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00819787;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:6:8:6:4:6:8 chr1 1887245 . G A 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0063841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3405;QD=13.7577;RBI=0.0239593;REFB=-0.0090491;REVB=0.0230931;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661047;STB=0.544472;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0134157;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:52:53:34:34:0.390805:13:21:29:23:13:21:29:24 chr1 1888193 . C A 584.84 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.021684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.233;QD=17.8576;RBI=0.0237076;REFB=-0.00989836;REVB=0.00958424;RO=70;SAF=37;SAR=24;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631664;STB=0.535112;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0132993;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:24:37:38:32:24:37:38:32 chr1 1900186 . T C 901.12 PASS AF=0.54321;AO=88;DP=163;FAO=88;FDP=162;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=53;FSRR=21;FWDB=-0.0179972;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.015;QD=22.2499;RBI=0.0234972;REFB=-0.0192956;REVB=0.0151069;RO=74;SAF=32;SAR=56;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291184;STB=0.658879;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0150701;OID=.;OPOS=1900186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:74:74:88:88:0.54321:56:32:53:21:56:32:53:21 chr1 1900232 . T C 705.5 PASS AF=0.631068;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00360779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.437;QD=27.398;RBI=0.0211695;REFB=-0.035743;REVB=0.0208598;RO=37;SAF=20;SAR=45;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187565;STB=0.607683;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0191243;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:37:38:65:65:0.631068:45:20:21:16:45:20:22:16 chr1 1919593 . G A 134.95 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0357138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.84;QD=16.8681;RBI=0.0357986;REFB=-0.0285676;REVB=-0.00246353;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483787;STB=0.778835;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0222036;OID=.;OPOS=1919593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:12:5:12:3:12:5 chr1 1957037 . T C 157.1 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0456077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.818;QD=9.66782;RBI=0.046855;REFB=-0.0149922;REVB=-0.0107394;RO=43;SAF=10;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225975;STB=0.637558;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0182283;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:11:10:29:14:11:10:30:14 chr1 1987993 . T C 489.02 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139327;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=59.2745;RBI=0.016939;REFB=0;REVB=0.0096338;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286365;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr1 2005740 . T C 523.73 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503942;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0445;QD=59.8546;RBI=0.0637737;REFB=0;REVB=0.0390833;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841104;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 2144788 . A G 309.92 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00606377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.312;QD=18.7832;RBI=0.0359259;REFB=0.0022516;REVB=0.0354105;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306687;STB=0.533313;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00186647;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:32:33:0.5:11:21:20:12:11:22:20:13 chr1 2144982 . G T 1525.26 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.732;QD=59.8141;RBI=0.106468;REFB=0;REVB=0.0615713;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331262;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:46:54:0:0:46:56:0:0 chr1 2145281 . A G 45.07 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0136215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.098;QD=8.58397;RBI=0.0526799;REFB=-0.0253527;REVB=0.0508883;RO=14;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216284;OID=.;OPOS=2145281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:21:14:14:4:7:0.333333:0:4:10:4:2:5:10:4 chr1 2340200 . T C 1030.01 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186717;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4061;QD=59.7105;RBI=0.0351223;REFB=0;REVB=-0.029748;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585761;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr1 2399119 . A G 736.35 PASS AF=0.441341;AO=79;DP=177;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=76;FSRR=24;FWDB=-0.0119752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.151;QD=16.4547;RBI=0.0171887;REFB=-0.00470316;REVB=-0.0123307;RO=88;SAF=50;SAR=29;SRF=67;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137764;STB=0.579613;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00657835;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:88:100:79:79:0.441341:29:50:67:21:29:50:76:24 chr1 2418625 . C T 341.75 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0283251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0592;QD=18.4727;RBI=0.0284103;REFB=-0.028745;REVB=0.00219923;RO=38;SAF=27;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769594;STB=0.543079;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0238904;OID=.;OPOS=2418625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:9:27:26:12:9:27:26:12 chr1 2430617 . C T 606.35 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00679704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.449;QD=20.9086;RBI=0.0221995;REFB=-0.00891826;REVB=-0.0211333;RO=53;SAF=38;SAR=23;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171938;STB=0.511513;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0054892;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:55:61:61:0.525862:23:38:32:21:23:38:33:22 chr1 2433900 . C T 194.7 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00771743;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.666;QD=17.3069;RBI=0.0113946;REFB=-0.0112899;REVB=0.00838317;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129032;STB=0.599893;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0164409;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:25:18:20:0.444444:4:14:12:6:5:15:15:10 chr1 2441358 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0115576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.697;QD=14.4116;RBI=0.019719;REFB=-0.00483644;REVB=-0.0159769;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331736;STB=0.6905;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00848394;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:8:20:7:11:8:20 chr1 2452569 . T C 2303.28 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9232;QD=59.4395;RBI=0.0263736;REFB=-0.0286059;REVB=-0.0199871;RO=2;SAF=81;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115996;STB=0.50303;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000182562;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:155:155:2:1:153:154:0.993548:72:81:2:0:72:82:1:0 chr1 2488153 . A G 4919.11 PASS AF=0.877805;AO=351;DP=401;FAO=352;FDP=401;FR=.;FRO=49;FSAF=176;FSAR=176;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0103523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.468;QD=49.0685;RBI=0.0118379;REFB=-0.0178081;REVB=0.00574169;RO=46;SAF=176;SAR=175;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509404;STB=0.506234;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000322699;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:401:46:49:351:352:0.877805:175:176:22:24:176:176:22:27 chr1 2488155 . A C 143.0 PASS AF=0.109181;AO=45;DP=404;FAO=44;FDP=403;FR=.;FRO=359;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=176;FSRR=183;FWDB=-0.141681;FXX=0.00247519;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0588;QD=1.41938;RBI=0.147261;REFB=-0.0226746;REVB=-0.0401513;RO=359;SAF=23;SAR=22;SRF=175;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294568;STB=0.508681;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.216402;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:403:359:359:45:44:0.109181:22:23:175:184:22:22:176:183 chr1 2490898 . C A 432.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307115;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.599;QD=57.7132;RBI=0.0326226;REFB=0;REVB=-0.0110015;RO=0;SAF=29;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68368e-05;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:1:29:0:0:1:29:0:0 chr1 2490942 . C A 707.32 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.145727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9941;QD=58.9436;RBI=0.167421;REFB=-0.178374;REVB=0.0824219;RO=2;SAF=35;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275987;STB=0.52173;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0111588;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:2:1:46:47:0.979167:11:35:1:1:11:36:0:1 chr1 2491205 . C T 2682.39 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.752;QD=61.6642;RBI=0.0122383;REFB=-0.00772058;REVB=0.00947839;RO=0;SAF=107;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11026e-05;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:174:174:0:0:173:174:1:66:107:0:0:67:107:0:0 chr1 2526746 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.704;QD=54.5176;RBI=0.0247553;REFB=0;REVB=-0.0167555;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000457152;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr1 2535613 . C A 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.991;QD=63.7511;RBI=0.104557;REFB=0;REVB=0.0934665;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023295;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:37:59:0:0:37:59:0:0 chr1 2541269 . A G 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8375;QD=60.5457;RBI=0.0234682;REFB=0;REVB=-0.0206992;RO=0;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39187e-05;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:55:20:0:0:55:20:0:0 chr1 2573199 . A G 2294.53 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845558;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.647;QD=63.2974;RBI=0.019694;REFB=0;REVB=0.0177864;RO=0;SAF=54;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.38408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67172e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:143:145:1:89:54:0:0:91:54:0:0 chr1 2938265 . C T 124.26 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00987041;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.132;QD=24.8527;RBI=0.0130922;REFB=0.0102564;REVB=-0.00860118;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333331;STB=0.689341;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0060499;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:3:10:2:5:3:10:2:5 chr1 2938407 . CAGA C 393.96 PASS AF=0.549296;AO=37;DP=76;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0153802;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.751;QD=22.1948;RBI=0.0249294;REFB=-0.00591765;REVB=0.0196195;RO=34;SAF=29;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29175;STB=0.664192;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.00660686;OID=.;OPOS=2938408;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.549296:37:76:39:71:32:31:8:16:16:99:34:29:8:17:17 chr1 2938697 . T G 300.92 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0169799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.245;QD=13.0835;RBI=0.019568;REFB=-0.0278834;REVB=0.00972558;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028624;STB=0.511592;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0388167;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:57:34:35:0.380435:15:19:32:25:16:19:32:25 chr1 2938989 . G A 1964.69 PASS AF=0.463303;AO=202;DP=399;FAO=202;FDP=436;FR=.;FRO=234;FSAF=109;FSAR=93;FSRF=115;FSRR=119;FWDB=0.00118635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.291;QD=18.0247;RBI=0.0337261;REFB=-0.0285749;REVB=-0.0337052;RO=196;SAF=109;SAR=93;SRF=115;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428942;STB=0.525896;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0428928;OID=.;OPOS=2938989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:436:196:234:202:202:0.463303:93:109:115:81:93:109:115:119 chr1 2983963 . G A 875.24 PASS AF=0.380074;AO=103;DP=271;FAO=103;FDP=271;FR=.;FRO=168;FSAF=86;FSAR=17;FSRF=97;FSRR=71;FWDB=0.013789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4344;QD=12.9187;RBI=0.013994;REFB=-0.0317119;REVB=0.00238626;RO=168;SAF=86;SAR=17;SRF=97;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364117;STB=0.708634;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.074704;OID=.;OPOS=2983963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:271:168:168:103:103:0.380074:17:86:97:71:17:86:97:71 chr1 3301721 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00425677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.625;QD=16.504;RBI=0.00916601;REFB=-0.00851499;REVB=-0.00811761;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340763;STB=0.69216;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0151173;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:18:8:20:10:18:8:20:10 chr1 3301765 . C T 266.04 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00301924;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6542;QD=16.3717;RBI=0.0399516;REFB=-0.00691805;REVB=-0.0398373;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396863;STB=0.712736;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00375472;OID=.;OPOS=3301765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:35:29:30:0.461538:9:20:9:25:10:20:9:26 chr1 3312914 . T G 188.43 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0157019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.045;QD=16.0363;RBI=0.0162828;REFB=-0.00558218;REVB=0.00431031;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420839;STB=0.535433;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00671552;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:7:12:16:11:7:13:16:11 chr1 3328358 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.65;QD=53.2769;RBI=0.00576359;REFB=0;REVB=0.00177293;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69268e-05;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 3350875 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTA 31.81 PASS AF=0,0,0.115789;AO=13,11,13;DP=97;FAO=0,0,11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,3;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0918372,-0.259239,-0.175952;FXX=0.0206164;HRUN=6,5,6;LEN=1,1,2;MLLD=12.1363,10.2195,20.4635;QD=1.3395;RBI=0.26621,0.267404,0.194541;REFB=-0.000342191,-0.0430473,-0.0276927;REVB=-0.249867,-0.0655779,0.0829888;RO=46;SAF=7,9,11;SAR=6,2,2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.033242,0.355912,0.407645;STB=0.5,0.5,0.608487;STBP=1,1,0.483;TYPE=del,ins,ins;VARB=0.00871727,0,0.0957906;OID=.,.,.;OPOS=3350876,3350882,3350882;OREF=T,-,-;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.115789:13,11,13:97:0,0,11:95:84:0,0,8:0,0,3:52:32:31:46:7,9,11:6,2,2:26:20 chr1 3352009 . G A 1470.48 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244259;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.2;QD=63.2463;RBI=0.0271714;REFB=0;REVB=0.0119021;RO=0;SAF=19;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157717;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:91:93:1:72:19:0:0:74:19:0:0 chr1 3353890 . A G 514.5 PASS AF=0.509434;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0113757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2666;QD=19.4151;RBI=0.0114548;REFB=-0.0144786;REVB=-0.001344;RO=52;SAF=33;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113167;STB=0.565822;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00823214;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:52:52:53:54:0.509434:20:33:26:26:20:34:26:26 chr1 3353934 . T G 449.28 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00884287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.621;QD=15.9038;RBI=0.00893931;REFB=0.00558051;REVB=-0.00130959;RO=61;SAF=27;SAR=23;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132843;STB=0.571864;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00440638;OID=.;OPOS=3353934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:63:50:50:0.442478:23:27:41:20:23:27:42:21 chr1 3353949 . A G 541.77 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0150004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.111;QD=19.7007;RBI=0.0193411;REFB=-0.0356873;REVB=-0.0122093;RO=53;SAF=38;SAR=18;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142842;STB=0.584584;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0320614;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:54:56:56:0.509091:18:38:28:25:18:38:28:26 chr1 3354595 . T C 539.14 PASS AF=0.421429;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0293089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.507;QD=15.4041;RBI=0.0293104;REFB=-0.0123641;REVB=0.000294547;RO=68;SAF=32;SAR=27;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881867;STB=0.506697;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0199077;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:68:81:59:59:0.421429:27:32:43:25:27:32:43:38 chr1 3354615 . T C 759.79 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=139;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0115043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.541;QD=21.8645;RBI=0.0116046;REFB=-0.011346;REVB=0.00152269;RO=66;SAF=33;SAR=40;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171287;STB=0.593841;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00745665;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:66:66:73:73:0.52518:40:33:43:23:40:33:43:23 chr1 3383898 . A G 664.52 PASS AF=0.515625;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0472261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.326;QD=20.7662;RBI=0.047912;REFB=-0.0133937;REVB=-0.00807838;RO=62;SAF=20;SAR=45;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183776;STB=0.603673;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00924038;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:62:62:65:66:0.515625:45:20:31:31:46:20:31:31 chr1 3389727 . C T 1192.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.012;QD=61.1771;RBI=0.0375757;REFB=0;REVB=0.0315559;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04489e-05;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr1 3394456 . T C 1512.88 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.161;QD=59.9161;RBI=0.014314;REFB=0;REVB=0.0132104;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81093e-06;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:40:60:0:0:40:61:0:0 chr1 3395039 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.226;QD=61.2132;RBI=0.054655;REFB=0;REVB=0.0521846;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49323e-05;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:26:53:0:0:26:53:0:0 chr1 3413921 . G A 150.96 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0192896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8383;QD=11.1824;RBI=0.0262566;REFB=-0.0276258;REVB=-0.0178135;RO=35;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189134;STB=0.612116;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.035702;OID=.;OPOS=3413921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:4:15:23:12:4:15:23:12 chr1 3416449 . C A 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0410802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.299;QD=13.7714;RBI=0.0434178;REFB=-0.0216724;REVB=0.0140544;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141903;STB=0.508189;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0249515;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:19:12:8:12:19:12 chr1 3418391 . C T 1054.96 PASS AF=0.410526;AO=116;DP=287;FAO=117;FDP=285;FR=.;FRO=168;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=112;FSRR=56;FWDB=0.070168;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9927;QD=14.8064;RBI=0.107456;REFB=-0.0301266;REVB=0.0813836;RO=166;SAF=75;SAR=41;SRF=111;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257352;STB=0.511139;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0548814;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:285:166:168:116:117:0.410526:41:75:111:55:41:76:112:56 chr1 3428160 . T G 593.36 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0357146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.154;QD=20.6384;RBI=0.0456838;REFB=-0.00808987;REVB=-0.0284865;RO=55;SAF=43;SAR=17;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199871;STB=0.610481;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0108947;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:17:43:28:27:17:43:28:27 chr1 3428608 . G A 626.75 PASS AF=0.428571;AO=38;DP=169;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=-0.0447536;FXX=0.0473345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.706;QD=15.5714;RBI=0.082518;REFB=-0.0485279;REVB=0.0693277;RO=63;SAF=35;SAR=3;SRF=49;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343077;STB=0.534786;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0635427;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:161:63:92:38:69:0.428571:3:35:49:14:28:41:60:32 chr1 3431226 . C T 330.75 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=-0.0515512;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9662;QD=11.6051;RBI=0.0582769;REFB=-0.0315113;REVB=-0.0271784;RO=68;SAF=29;SAR=12;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189328;STB=0.503886;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0408554;OID=.;OPOS=3431226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:68:73:41:41:0.359649:12:29:48:20:12:29:52:21 chr1 3496479 . T C 758.83 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.034;QD=56.2097;RBI=0.0379663;REFB=0;REVB=0.00949572;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186435;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:49:54:1:28:21:0:0:28:26:0:0 chr1 3548136 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=68;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.368;QD=62.3143;RBI=0.0545097;REFB=0;REVB=0.00129709;RO=0;SAF=52;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105558;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:68:86:1:16:52:0:0:25:61:0:0 chr1 3551792 . G A 736.54 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0667237;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.615;QD=55.5879;RBI=0.0669825;REFB=0;REVB=-0.00588299;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046725;OID=.;OPOS=3551792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:51:53:1:24:27:1:0:25:28:0:0 chr1 3607520 . G A 1007.5 PASS AF=0.387755;AO=114;DP=294;FAO=114;FDP=294;FR=.;FRO=180;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=102;FSRR=78;FWDB=-0.00796777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.736;QD=13.7075;RBI=0.0082877;REFB=-0.0163445;REVB=0.00228052;RO=179;SAF=60;SAR=54;SRF=101;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414677;STB=0.524834;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0198021;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:179:180:114:114:0.387755:54:60:101:78:54:60:102:78 chr1 3607522 . G A 972.04 PASS AF=0.384083;AO=111;DP=290;FAO=111;FDP=289;FR=.;FRO=178;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=100;FSRR=78;FWDB=0.0269528;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=13.4539;RBI=0.0331469;REFB=-0.0258411;REVB=-0.0192941;RO=175;SAF=59;SAR=52;SRF=99;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374661;STB=0.518757;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.01039;OID=.;OPOS=3607522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:289:175:178:111:111:0.384083:52:59:99:76:52:59:100:78 chr1 3638674 . C T 489.21 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.030606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.244;QD=21.9869;RBI=0.0351642;REFB=-0.0405793;REVB=0.0173146;RO=42;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233917;STB=0.512902;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0351635;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:20:27:23:19:20:27:23:19 chr1 3669172 . C T 427.33 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.002423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.454;QD=15.5393;RBI=0.0164134;REFB=-0.0098438;REVB=0.0162335;RO=62;SAF=29;SAR=19;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904724;STB=0.550754;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0104799;OID=.;OPOS=3669172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:19:29:32:30:19:29:32:30 chr1 3669201 . A G 505.41 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0252727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.402;QD=20.2163;RBI=0.0268502;REFB=-0.0282782;REVB=-0.00906781;RO=50;SAF=34;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153518;STB=0.591661;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0408686;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:51:49:49:0.49:15:34:27:23:15:34:27:24 chr1 3669205 . C G 496.37 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00457443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6395;QD=20.8996;RBI=0.00623814;REFB=-0.0289034;REVB=0.00424134;RO=46;SAF=33;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119292;STB=0.573051;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.038124;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:15:33:26:20:15:33:26:21 chr1 3677933 . T C 486.02 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0151791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.834;QD=24.0009;RBI=0.0189261;REFB=-0.0394593;REVB=0.0113046;RO=35;SAF=32;SAR=14;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044814;STB=0.524537;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0293741;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:14:32:26:9:14:32:26:9 chr1 3703710 . G A 448.28 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=116;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.034997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1288;QD=15.0684;RBI=0.0676816;REFB=-0.0392961;REVB=0.057931;RO=68;SAF=30;SAR=18;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402968;STB=0.536003;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0428517;OID=.;OPOS=3703710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:68:68:48:51:0.428571:18:30:40:28:18:33:40:28 chr1 3743319 . G A 429.05 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0121788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.262;QD=24.5173;RBI=0.0202414;REFB=-0.0385984;REVB=0.0161676;RO=26;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115616;STB=0.505034;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0262233;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:26:28:40:42:0.6:16:24:16:10:16:26:17:11 chr1 3745924 . G A 467.41 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.013529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8255;QD=16.8436;RBI=0.0539329;REFB=-0.0054816;REVB=-0.0522084;RO=60;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125039;STB=0.569593;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00750096;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:24:27:24:36:24:27:24:36 chr1 3753136 . A T 404.12 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.00282933;FXX=0.0267833;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.532;QD=14.8302;RBI=0.0104327;REFB=-0.0230626;REVB=-0.0100417;RO=63;SAF=22;SAR=24;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127955;STB=0.571852;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0335049;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:63:63:46:46:0.422018:24:22:38:25:24:22:38:25 chr1 3755675 . T C 278.82 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.10706;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.98;QD=13.769;RBI=0.109065;REFB=-0.0142346;REVB=-0.0208145;RO=49;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20898;STB=0.61912;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0296636;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:12:20:21:28:12:20:21:28 chr1 3759784 . A G 301.11 PASS AF=0.4;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0316816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.593;QD=14.1699;RBI=0.0319504;REFB=-0.0125649;REVB=0.00413577;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102682;STB=0.576427;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0216349;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:51:33:34:0.4:16:17:30:19:17:17:32:19 chr1 3761479 . C T 318.87 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0370599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.52;QD=18.221;RBI=0.0538479;REFB=-0.0245048;REVB=-0.0390661;RO=32;SAF=11;SAR=23;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180158;STB=0.59851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0197568;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:32:36:34:34:0.485714:23:11:5:27:23:11:6:30 chr1 3786245 . G A 770.31 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.033134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2154;QD=18.6743;RBI=0.0381276;REFB=-0.000402205;REVB=0.0188639;RO=85;SAF=32;SAR=48;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18645;STB=0.60288;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000762754;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:80:80:0.484848:48:32:51:34:48:32:51:34 chr1 3800242 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0345897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.67;QD=22.1884;RBI=0.0359928;REFB=-0.0116977;REVB=0.00995131;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0130752;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:12:9:7:10:12:9:8:10 chr1 3807258 . G C 848.99 PASS AF=0.577778;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0206075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4325;QD=25.1553;RBI=0.0459282;REFB=0.0108105;REVB=-0.0410455;RO=57;SAF=52;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743182;STB=0.54053;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00863548;OID=.;OPOS=3807258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:57:57:78:78:0.577778:26:52:33:24:26:52:33:24 chr1 3807450 . C A 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00688109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.121;QD=35.1475;RBI=0.0125028;REFB=-0.0563523;REVB=0.0104389;RO=4;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117968;STB=0.564895;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0114208;OID=.;OPOS=3807450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:10:7:3:1:10:7:3:1 chr1 4772053 . T C 415.2 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.134437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1881;QD=15.2367;RBI=0.135063;REFB=-0.0395444;REVB=-0.0129936;RO=60;SAF=19;SAR=28;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930954;STB=0.539268;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0463294;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:62:47:47:0.431193:28:19:19:41:28:19:21:41 chr1 4772716 . C T 417.43 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.000223189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.404;QD=17.0378;RBI=0.00493556;REFB=0.00101411;REVB=0.00493051;RO=52;SAF=29;SAR=13;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198987;STB=0.504482;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00124659;OID=.;OPOS=4772716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:55:42:43:0.438776:13:29:35:17:13:30:38:17 chr1 5935162 . A T 227.2 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00156725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.609;QD=28.4;RBI=0.0445726;REFB=-0.0391626;REVB=0.0445451;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129107;STB=0.57136;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0432088;OID=.;OPOS=5935162;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:4:7:9:12:4:7 chr1 5937168 . G A 3630.61 PASS AF=0.991453;AO=231;DP=236;FAO=232;FDP=234;FR=.;FRO=2;FSAF=157;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286898;FXX=0.00847422;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7193;QD=62.0616;RBI=0.0902754;REFB=-0.03972;REVB=0.0855953;RO=2;SAF=157;SAR=74;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033702;STB=0.501724;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00096195;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:236:234:2:2:231:232:0.991453:74:157:1:1:75:157:1:1 chr1 5948677 . G A 827.1 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0313285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.878;QD=54.236;RBI=0.0332187;REFB=-0.235274;REVB=-0.0110456;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500835;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00126428;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:0:2:59:59:0.967213:31:28:0:0:31:28:1:1 chr1 6157434 . C T 895.33 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0333445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6857;QD=19.6776;RBI=0.0336241;REFB=9.10547e-05;REVB=0.00432747;RO=90;SAF=52;SAR=38;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101667;STB=0.556171;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-2.17151e-05;OID=.;OPOS=6157434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:92:90:90:0.494505:38:52:42:48:38:52:43:49 chr1 6158562 . A G 860.31 PASS AF=0.536913;AO=79;DP=148;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.00837577;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5844;QD=23.0956;RBI=0.00897498;REFB=-0.00639056;REVB=-0.00322441;RO=68;SAF=37;SAR=42;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481947;STB=0.519711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00722681;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:68:69:79:80:0.536913:42:37:28:40:43:37:29:40 chr1 6162054 . T C 634.3 PASS AF=0.925926;AO=45;DP=51;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00366988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2268;QD=46.9849;RBI=0.0205414;REFB=0.00211409;REVB=-0.0202109;RO=4;SAF=17;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595771;STB=0.52316;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000425397;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:54:4:4:45:50:0.925926:28:17:3:1:28:22:3:1 chr1 6162115 . GC G,GG 43.19 PASS AF=0.170732,0.0731707;AO=10,5;DP=42;FAO=7,3;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2,0;FSAR=5,3;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0738089,-0.0812679;FXX=0.0238039;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=15.0008,27.4512;QD=4.2134;RBI=0.199876,0.113153;REFB=-0.0394395,-0.0206518;REVB=-0.185749,-0.0787349;RO=26;SAF=4,2;SAR=6,3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.414179,0;SSSB=-0.246612,-0.247658;STB=0.773932,0.997265;STBP=0.146,0.013;TYPE=del,snp;VARB=0.0172578,0.0512317;OID=.,.;OPOS=6162116,6162116;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732,0.0731707:10,5:42:7,3:41:31:2,0:5,3:20:11:27:26:4,2:6,3:16:10 chr1 6162355 . A T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0102443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.158;QD=13.3417;RBI=0.0103584;REFB=0.00410413;REVB=-0.00153334;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171895;STB=0.598837;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00594895;OID=.;OPOS=6162355;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:12:9:19:13:12:9:19:13 chr1 6162407 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.065;QD=60.9752;RBI=0.0384506;REFB=0;REVB=0.0194617;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60003e-05;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 6163065 . G A 393.93 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.058468;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.043;QD=19.216;RBI=0.0586707;REFB=-0.00734824;REVB=0.00487257;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872935;STB=0.548502;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0073406;OID=.;OPOS=6163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:16:26:21:19:16:26 chr1 6165419 . C T 352.8 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0197605;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.609;QD=20.7532;RBI=0.020278;REFB=-0.0273587;REVB=-0.00455187;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1926;STB=0.60608;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.014215;OID=.;OPOS=6165419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:24:8:17:19:24:8 chr1 6184092 . A G 848.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00070665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5495;QD=57.5418;RBI=0.0207022;REFB=0;REVB=-0.0206901;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50251e-05;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:13:45:0:0:14:45:0:0 chr1 6190315 . C T 393.95 PASS AF=0.4;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00105856;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.629;QD=13.7025;RBI=0.00482257;REFB=-0.0278221;REVB=-0.00470496;RO=68;SAF=33;SAR=13;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261602;STB=0.645148;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.040432;OID=.;OPOS=6190315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:68:69:46:46:0.4:13:33:33:35:13:33:34:35 chr1 6196869 . A G 944.32 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00732972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.929;QD=56.3775;RBI=0.0105484;REFB=-0.0604084;REVB=-0.00758582;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00467582;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:64:66:0.985075:39:25:0:1:39:27:0:1 chr1 6202245 . G A 710.81 PASS AF=0.417112;AO=77;DP=186;FAO=78;FDP=187;FR=.;FRO=109;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.00367292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.539;QD=15.2044;RBI=0.00525508;REFB=-0.00383644;REVB=-0.00375838;RO=107;SAF=46;SAR=31;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589576;STB=0.542119;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00563294;OID=.;OPOS=6202245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:107:109:77:78:0.417112:31:46:58:49:31:47:58:51 chr1 6209363 . T C 117.75 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0829716;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0975;QD=11.7745;RBI=0.0853799;REFB=-0.034422;REVB=-0.0201359;RO=25;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235896;STB=0.666389;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0582477;OID=.;OPOS=6209363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:26:14:14:0.35:2:12:18:7:2:12:18:8 chr1 6211183 . G A 355.83 PASS AF=0.396226;AO=43;DP=107;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0392621;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7389;QD=13.4275;RBI=0.0580846;REFB=0.0011127;REVB=0.0428055;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107395;STB=0.519413;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=4.95506e-05;OID=.;OPOS=6211183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:61:64:43:42:0.396226:23:20:29:32:23:19:31:33 chr1 6308923 . TCCCCCC TCCCCCA,TCCCCCCC,TCCCCC 239.35 PASS AF=0.487805,0,0.512195;AO=13,5,5;DP=41;FAO=20,0,21;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,13;FSAR=4,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237127,-0.333882,0.327626;FXX=0;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,1;MLLD=241.438,3.02715,3.28997;QD=23.3512;RBI=0.0386807,0.373998,0.365125;REFB=0.00561934,-0.0738591,0.0745651;REVB=-0.0386079,0.168516,-0.161175;RO=6;SAF=9,5,4;SAR=4,0,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.119706,0.739739,0.308675;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.00161068,0.0608086,0.137648;OID=.,.,.;OPOS=6308929,6308924,6308924;OREF=C,-,C;OALT=A,C,-;OMAPALT=TCCCCCA,TCCCCCCC,TCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.487805,0,0.512195:13,5,5:41:20,0,21:41:0:16,0,13:4,0,8:0:0:84:6:9,5,4:4,0,1:3:3 chr1 6313938 . C T 609.63 PASS AF=0.54955;AO=60;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0255695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.877;QD=21.9687;RBI=0.0257226;REFB=-0.0312697;REVB=-0.00280236;RO=50;SAF=38;SAR=22;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422046;STB=0.527716;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0242652;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:60:61:0.54955:22:38:34:16:23:38:34:16 chr1 6314822 . T C 519.82 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.014956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3174;QD=16.7684;RBI=0.0155672;REFB=-0.0305717;REVB=0.0043194;RO=68;SAF=32;SAR=24;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467964;STB=0.526057;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0252529;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:24:32:42:26:24:32:42:26 chr1 6557009 . A C 1524.04 PASS AF=0.419355;AO=169;DP=404;FAO=169;FDP=403;FR=.;FRO=234;FSAF=115;FSAR=54;FSRF=134;FSRR=100;FWDB=0.00793611;FXX=0.00247519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.749;QD=15.1269;RBI=0.080282;REFB=-0.0136576;REVB=-0.0798888;RO=233;SAF=115;SAR=54;SRF=134;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119705;STB=0.568421;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.017218;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:403:233:234:169:169:0.419355:54:115:134:99:54:115:134:100 chr1 6614230 . G A 652.7 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=52;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0540479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9215;QD=23.9524;RBI=0.0673767;REFB=-0.0243414;REVB=0.0402298;RO=46;SAF=52;SAR=11;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176067;STB=0.596876;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0243471;OID=.;OPOS=6614230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:63:63:0.577982:11:52:31:15:11:52:31:15 chr1 6631157 . T C 200.93 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.10426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3189;QD=15.1643;RBI=0.104608;REFB=-0.0179886;REVB=0.0085297;RO=30;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220843;STB=0.625932;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0252753;OID=.;OPOS=6631157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:15:8:17:13:15:8:17:13 chr1 6634693 . T C 321.18 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00997385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.945;QD=21.4121;RBI=0.0333385;REFB=-0.0141474;REVB=-0.0318116;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171223;STB=0.594538;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00759725;OID=.;OPOS=6634693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:18:9:18:15:18:9 chr1 6634764 . A G 833.97 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0357839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.766;QD=24.8947;RBI=0.0365985;REFB=-0.0154214;REVB=0.007679;RO=56;SAF=38;SAR=39;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740256;STB=0.536307;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0110276;OID=.;OPOS=6634764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:57:77:77:0.574627:39:38:33:23:39:38:33:24 chr1 6634901 . A C 587.97 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0182029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.251;QD=22.6143;RBI=0.018812;REFB=-0.00325553;REVB=0.00474838;RO=46;SAF=30;SAR=28;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056511;STB=0.530928;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00220498;OID=.;OPOS=6634901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:28:30:27:19:28:30:27:19 chr1 6635231 . A G 340.89 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00500021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0417;QD=54.5419;RBI=0.0470084;REFB=0;REVB=-0.0467418;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011954;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:14:10:1:0:14:11:0:0 chr1 6636662 . T C 157.05 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0100243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.97;QD=16.1076;RBI=0.0103203;REFB=0.000242514;REVB=0.00245397;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129296;STB=0.555492;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.000139048;OID=.;OPOS=6636662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:7:10:15:6:7:10:15:7 chr1 7870048 . T C 1175.59 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459417;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6729;QD=61.0694;RBI=0.0529513;REFB=0;REVB=0.0263288;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468325;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr1 7887248 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.075;QD=59.6789;RBI=0.0472072;REFB=0;REVB=0.022875;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56892e-05;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:22:48:0:0:22:48:0:0 chr1 7887493 . T C 829.76 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.758;QD=57.2245;RBI=0.0931948;REFB=0;REVB=0.08944;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495833;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:37:19:0:0:39:19:0:0 chr1 7887769 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00275555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4126;QD=15.1657;RBI=0.022577;REFB=-0.00838482;REVB=-0.0224082;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297472;STB=0.673227;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.010916;OID=.;OPOS=7887769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:9:11:4:11:9:11 chr1 7889941 . C T 1525.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.569;QD=59.8276;RBI=0.0826991;REFB=0;REVB=0.0817759;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142301;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:38:64:0:0:38:64:0:0 chr1 7890053 . G A 112.18 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0258986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.692;QD=8.46663;RBI=0.0486152;REFB=-0.0142733;REVB=0.0411424;RO=38;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542577;STB=0.846173;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0457271;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:14:1:14:24:14:1:14:24 chr1 7890055 . T A 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0405119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.28;QD=8.46415;RBI=0.0415208;REFB=0.0042566;REVB=-0.0090972;RO=38;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542577;STB=0.846173;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0275437;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:14:1:14:24:14:1:14:24 chr1 7890063 . CA TG 78.66 PASS AF=0.222222;AO=11;DP=55;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0120875;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.493;QD=5.82642;RBI=0.0304076;REFB=-0.0078354;REVB=-0.0279019;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483114;STB=0.845444;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.0280921;OID=.;OPOS=7890063;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:55:54:39:42:11:12:0.222222:10:1:15:24:11:1:17:25 chr1 7890069 . C T 61.43 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0144121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.15;QD=4.38751;RBI=0.0145795;REFB=-0.00335084;REVB=0.00220243;RO=43;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501875;STB=0.832541;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00889402;OID=.;OPOS=7890069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:43:46:10:10:0.178571:9:1:19:24:9:1:19:27 chr1 7906476 . G T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0335021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0007;QD=44.0929;RBI=0.0335637;REFB=-0.032467;REVB=-0.00203344;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.001122;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:5:12:0:0:5:12:1:0 chr1 7913430 . G A 268.32 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0198551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4691;QD=14.5036;RBI=0.0735481;REFB=0.00181034;REVB=-0.0708173;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198285;STB=0.632603;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00136926;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:43:31:31:0.418919:11:20:18:22:11:20:18:25 chr1 7990367 . G A 196.86 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000891761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.579;QD=18.3124;RBI=0.00108053;REFB=-0.0166232;REVB=0.000610169;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.534849;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0272133;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:23:20:20:0.465116:10:10:12:10:10:10:13:10 chr1 8031054 . G A 1441.11 PASS AF=0.95283;AO=101;DP=106;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0277641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.651;QD=54.3817;RBI=0.0962908;REFB=-0.187165;REVB=0.0922012;RO=2;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197576;STB=0.525248;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00261038;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:106:106:2:5:101:101:0.95283:47:54:0:2:47:54:0:5 chr1 8042970 . G T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.643;QD=57.1992;RBI=0.0741694;REFB=0;REVB=0.0643958;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490872;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 8390495 . A G 66.27 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657075;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.014;QD=37.8662;RBI=0.0657291;REFB=0;REVB=0.00168698;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408892;OID=.;OPOS=8390495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 8412935 . C T 2342.63 PASS AF=1;AO=124;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.979;QD=63.7451;RBI=0.0366299;REFB=0;REVB=0.022086;RO=0;SAF=59;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173348;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:124:147:1:65:59:0:0:77:70:0:0 chr1 8412989 . A G 1549.1 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.102;QD=63.8805;RBI=0.018202;REFB=0;REVB=0.0154362;RO=0;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31858e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:45:52:0:0:45:52:0:0 chr1 8418644 . C A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00773696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.105;QD=19.467;RBI=0.0234487;REFB=-0.0441461;REVB=0.0221355;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304579;STB=0.662501;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0346198;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:15:7:15:8:15:7:15:9 chr1 8418650 . T C 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0214221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.062;QD=18.6421;RBI=0.0283455;REFB=-0.0135834;REVB=-0.0185622;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378252;STB=0.704931;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0292166;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:15:6:16:7:15:6:16:8 chr1 8440942 . C T 161.25 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0104416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.882;QD=7.0881;RBI=0.0282181;REFB=-0.00461975;REVB=-0.0262152;RO=67;SAF=16;SAR=7;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222941;STB=0.63146;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.018092;OID=.;OPOS=8440942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:67:68:23:23:0.252747:7:16:35:32:7:16:36:32 chr1 8928125 . G T 715.62 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0391622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.364;QD=57.2496;RBI=0.0447873;REFB=-0.122146;REVB=0.0217307;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348091;STB=0.527261;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000827122;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:47:47:0.94:21:26:2:0:21:26:3:0 chr1 9009444 . A C 154.61 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0782916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.094;QD=14.725;RBI=0.0789387;REFB=0.00359073;REVB=0.0100869;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031474;STB=0.518251;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00792002;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:12:5:8:17:12:5:8:17 chr1 9009451 . G C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00887658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0066;QD=15.6502;RBI=0.042719;REFB=0.0226832;REVB=0.0417866;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154904;STB=0.590044;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0283085;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:8:13:12:4:8:13 chr1 9009470 . G C 110.6 PASS AF=0.393939;AO=14;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0139306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.459;QD=13.4056;RBI=0.015702;REFB=-0.00274238;REVB=-0.00724514;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249445;STB=0.624792;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00344772;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:14:13:0.393939:11:3:8:11:10:3:8:12 chr1 9011586 . T G 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.729;QD=60.028;RBI=0.0360653;REFB=0;REVB=0.0283158;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45327e-05;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr1 9011627 . G A 270.22 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0405124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0981;QD=15.2239;RBI=0.0440083;REFB=-0.0251643;REVB=-0.0171894;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040992;STB=0.523146;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0561193;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:15:16:19:21:15:16:19:21 chr1 9011722 . G T 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.009;QD=54.5099;RBI=0.0577843;REFB=0;REVB=-0.00433009;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172971;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 9017204 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0119453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.106;QD=19.3862;RBI=0.048675;REFB=-0.0126423;REVB=-0.0471865;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113503;STB=0.564291;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0134765;OID=.;OPOS=9017204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:10:11:8:12:10:11 chr1 9030964 . C T 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00294908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.884;QD=12.2755;RBI=0.00369367;REFB=-0.00604368;REVB=0.00222399;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241078;STB=0.642682;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.011817;OID=.;OPOS=9030964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:5:12:16:16:5:12:16:16 chr1 9034421 . G A 724.18 PASS AF=1;AO=44;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549089;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.956;QD=56.7982;RBI=0.0560352;REFB=0;REVB=-0.0111784;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636559;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:44:51:1:22:22:0:0:23:28:0:0 chr1 9039704 . G A 98.39 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.365;QD=39.3565;RBI=0.0433143;REFB=0;REVB=-0.0213588;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134573;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:3:7:0:0 chr1 9078399 . C CG 44.71 PASS AF=0.196078;AO=9;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.074499;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.0824;QD=3.50696;RBI=0.0871997;REFB=-0.00492181;REVB=-0.0453176;RO=41;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367364;STB=0.656819;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.124122;OID=.;OPOS=9078400;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078:9:51:10:51:41:7:3:21:20:44:41:7:2:20:21 chr1 9079301 . C T 312.41 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00648941;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4743;QD=22.7209;RBI=0.0187364;REFB=-0.0172629;REVB=0.0175767;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16135;STB=0.582734;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00930002;OID=.;OPOS=9079301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:31:32:0.581818:20:11:4:19:21:11:4:19 chr1 9307033 . G A 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00525781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2875;QD=11.5767;RBI=0.00834293;REFB=-0.0241248;REVB=0.00647764;RO=40;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45718;STB=0.76572;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.03987;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:5:18:15:25:5:18:15:25 chr1 9307138 . T C 263.7 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0616313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.594;QD=26.3695;RBI=0.0636255;REFB=0.0198309;REVB=0.0158048;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311231;STB=0.517227;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00740033;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:10:14:10:6:10:14:10:6 chr1 9323910 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.29;QD=57.3833;RBI=0.0585936;REFB=0;REVB=0.0205625;RO=0;SAF=9;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016324;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:48:9:0:0:48:9:0:0 chr1 9324571 . T C 377.96 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00794336;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.141;QD=15.9143;RBI=0.0138045;REFB=-0.0161419;REVB=0.0112902;RO=55;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134698;STB=0.575879;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0149692;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:55:55:40:40:0.421053:18:22:23:32:18:22:23:32 chr1 9324670 . A G 370.57 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=49;FWDB=0.0150454;FXX=0.045041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.454;QD=13.9839;RBI=0.0177982;REFB=-0.00736199;REVB=0.00950861;RO=63;SAF=13;SAR=30;SRF=14;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105156;STB=0.559038;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.020804;OID=.;OPOS=9324670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:63:63:43:43:0.40566:30:13:14:49:30:13:14:49 chr1 9416127 . C T 292.71 PASS AF=0.470588;AO=31;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000347588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.691;QD=17.2185;RBI=0.0266004;REFB=-0.0125602;REVB=0.0265981;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19576;STB=0.596954;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0098355;OID=.;OPOS=9416127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:36:31:32:0.470588:11:20:16:20:12:20:16:20 chr1 9416151 . G A 381.05 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0595199;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.788;QD=22.0897;RBI=0.0595236;REFB=0.0208121;REVB=0.000664815;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991106;STB=0.562277;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0123078;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:31:38:38:0.550725:20:18:19:13:20:18:19:12 chr1 9427842 . A G 791.02 PASS AF=0.631579;AO=72;DP=114;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0400536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.663;QD=27.755;RBI=0.0408577;REFB=-0.00958876;REVB=0.00806611;RO=42;SAF=32;SAR=40;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546208;STB=0.502958;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00600665;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:42:42:72:72:0.631579:40:32:19:23:40:32:19:23 chr1 9427869 . G A 1286.03 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616122;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.056;QD=61.9773;RBI=0.0648481;REFB=0;REVB=0.020229;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11609e-05;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr1 9780045 . C T 489.78 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=0.0175566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.256;QD=19.5913;RBI=0.017668;REFB=-0.00598882;REVB=0.00198081;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159582;STB=0.611068;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00534559;OID=.;OPOS=9780045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:52:48:48:0.48:22:26:33:13:22:26:39:13 chr1 9888202 . C T 926.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.763;QD=57.9021;RBI=0.0159917;REFB=0;REVB=0.0156607;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45788e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:60:64:1:28:32:0:0:30:34:0:0 chr1 10386367 . C T 264.75 PASS AF=0.477612;AO=28;DP=63;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0501314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.662;QD=15.8057;RBI=0.0517823;REFB=-0.0319043;REVB=-0.0129714;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107235;STB=0.515855;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0429667;OID=.;OPOS=10386367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:34:35:28:32:0.477612:11:17:21:13:11:21:22:13 chr1 10511544 . C T 1090.37 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0291447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.168;QD=57.3881;RBI=0.0428272;REFB=-0.0663703;REVB=0.0313808;RO=2;SAF=39;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236412;STB=0.512497;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00141649;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:35:39:2:0:35:39:2:0 chr1 10511589 . T C 941.0 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.738;QD=57.03;RBI=0.0344402;REFB=-0.0660054;REVB=0.0155441;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000498823;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:65:65:0.984848:28:37:0:0:28:37:1:0 chr1 10555372 . G A 444.67 PASS AF=0.551282;AO=44;DP=79;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00800369;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.492;QD=22.8034;RBI=0.0219327;REFB=-0.0244246;REVB=-0.0204202;RO=35;SAF=21;SAR=23;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162639;STB=0.503595;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0220875;OID=.;OPOS=10555372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:35:44:43:0.551282:23:21:16:19:23:20:16:19 chr1 10713765 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0192649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9455;QD=18.8207;RBI=0.0192692;REFB=0.0106479;REVB=-0.000409993;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456919;STB=0.52627;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00987607;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:8:2:2:10:8:2 chr1 11087524 . G A 894.94 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.518;QD=57.7381;RBI=0.110601;REFB=0;REVB=0.0214911;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125714;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:36:26:0:0 chr1 11090897 . A G 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00652259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8606;QD=12.8688;RBI=0.0134793;REFB=0.00218219;REVB=-0.0117961;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279167;STB=0.516114;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00275385;OID=.;OPOS=11090897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:15:18:12:9:15:18 chr1 11090916 . C A 345.85 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00784681;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.537;QD=26.6038;RBI=0.0689928;REFB=-0.0521105;REVB=-0.0685452;RO=19;SAF=15;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128516;STB=0.507038;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0288205;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:18:15:9:10:18:15:9:10 chr1 11097867 . C T 864.47 PASS AF=0.551724;AO=80;DP=147;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.0357341;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1757;QD=23.8474;RBI=0.0390648;REFB=-0.0529868;REVB=-0.015784;RO=65;SAF=47;SAR=33;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154158;STB=0.508421;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0412939;OID=.;OPOS=11097867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:65:65:80:80:0.551724:33:47:37:28:33:47:37:28 chr1 11132217 . G A 356.74 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=55;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0267301;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.814;QD=26.4248;RBI=0.0275677;REFB=0.00184956;REVB=0.00674387;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107921;STB=0.56384;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.000991428;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:21:20:33:34:0.62963:17:16:7:14:18:16:6:14 chr1 11137661 . A G 261.01 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00410283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.328;QD=24.8576;RBI=0.00595215;REFB=-0.0374834;REVB=0.00431218;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995669;STB=0.531224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0283149;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:23:24:0.571429:15:8:8:9:15:9:8:10 chr1 11141187 . C G 435.72 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0905188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7887;QD=54.4647;RBI=0.128175;REFB=-0.00136327;REVB=0.090748;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00359746;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr1 11150682 . C T 256.07 PASS AF=0.5;AO=25;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0462045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0354;QD=18.2907;RBI=0.102085;REFB=-0.0472792;REVB=-0.0910302;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314538;STB=0.623341;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0489375;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:28:25:28:0.5:14:11:20:5:15:13:20:8 chr1 11159823 . T C 687.69 PASS AF=0.459627;AO=72;DP=159;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=0.00219649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.243;QD=17.0854;RBI=0.00256702;REFB=-0.0262224;REVB=0.00132854;RO=85;SAF=44;SAR=28;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620626;STB=0.526195;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0275663;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:85:87:72:74:0.459627:28:44:57:28:28:46:58:29 chr1 11166713 . T C 617.22 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00691735;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1739;QD=26.547;RBI=0.0443381;REFB=0.00817666;REVB=-0.0437951;RO=38;SAF=26;SAR=29;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118532;STB=0.575236;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00609079;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:38:38:55:55:0.591398:29:26:24:14:29:26:25:13 chr1 11167146 . G A 482.57 PASS AF=0.438017;AO=52;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00510731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.67;QD=15.9527;RBI=0.00886975;REFB=-0.0162771;REVB=0.00725175;RO=66;SAF=33;SAR=19;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932357;STB=0.549091;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.022398;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:68:52:53:0.438017:19:33:36:30:19:34:38:30 chr1 11171226 . C T 151.0 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0301965;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.618;QD=19.4839;RBI=0.0439713;REFB=-0.0677712;REVB=0.0319632;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314716;STB=0.654339;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0473535;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:13:15:16:16:0.516129:4:12:5:8:4:12:7:8 chr1 11205058 . C T 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00216184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7508;QD=18.6429;RBI=0.0670607;REFB=-0.0458955;REVB=-0.0670259;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926398;STB=0.552995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.039657;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:7:6:5:9:7:6 chr1 11255008 . T C 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00733698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8737;QD=14.6162;RBI=0.0503895;REFB=-0.00159782;REVB=0.0498525;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067496;STB=0.538433;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00202756;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:8:20:25:13:8:20:25:13 chr1 11288758 . G A 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.441;QD=60.5976;RBI=0.0150154;REFB=0;REVB=0.014872;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4281e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr1 11301714 . A G 1046.64 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00676192;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.018;QD=58.1466;RBI=0.00780162;REFB=-0.068794;REVB=0.00389122;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995636;STB=0.505262;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=1.18167e-05;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:24:47:1:0:24:47:1:0 chr1 11561797 . C T 277.87 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0121455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.619;QD=13.7218;RBI=0.0520136;REFB=-0.0263753;REVB=0.0505758;RO=49;SAF=22;SAR=10;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178053;STB=0.601924;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0380119;OID=.;OPOS=11561797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:10:22:26:23:10:22:26:23 chr1 11579504 . G C 357.05 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.00392736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2864;QD=13.6017;RBI=0.00807799;REFB=-0.023546;REVB=-0.00705903;RO=62;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101708;STB=0.553225;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0165133;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:63:42:42:0.4:17:25:31:31:17:25:32:31 chr1 11589911 . G A 380.13 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00834562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.635;QD=14.9069;RBI=0.0180726;REFB=-0.0164955;REVB=0.0160303;RO=59;SAF=15;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117687;STB=0.566442;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0169468;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:28:15:27:32:28:15:27:32 chr1 11714368 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.641;QD=33.4285;RBI=0.0349019;REFB=0;REVB=-0.00290155;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100548;OID=.;OPOS=11714368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 11728894 . G A 1513.33 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.664;QD=59.9339;RBI=0.029217;REFB=0;REVB=0.0105042;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67193e-05;OID=.;OPOS=11728894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr1 11779748 . G C 375.56 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00572635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.676;QD=18.546;RBI=0.00603876;REFB=-0.012994;REVB=-0.00191717;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119429;STB=0.53647;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0351656;OID=.;OPOS=11779748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:42:39:39:0.481481:24:15:13:22:24:15:19:23 chr1 11810674 . G A 989.01 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000480872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.926;QD=54.945;RBI=0.0587176;REFB=-0.0691704;REVB=0.0587157;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52307;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00127186;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:0:3:69:69:0.958333:31:38:0:0:31:38:0:3 chr1 11810691 . C T 1126.85 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0045865;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.5429;QD=58.5376;RBI=0.0090227;REFB=-0.0142869;REVB=-0.00777001;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000227394;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:75:76:0.987013:38:37:0:0:39:37:1:0 chr1 11810765 . T A 1800.09 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042871;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.568;QD=61.0201;RBI=0.0431082;REFB=0;REVB=0.00451577;RO=0;SAF=55;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305347;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:115:118:1:60:55:0:0:61:57:0:0 chr1 11810844 . A G 1460.94 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118944;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.257;QD=62.1679;RBI=0.0186009;REFB=-0.0184112;REVB=0.0143009;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106533;STB=0.505617;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000464253;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:44:49:0:1:44:49:0:1 chr1 11826630 . C T 193.01 PASS AF=0.894737;AO=14;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.040767;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.262;QD=40.6327;RBI=0.0412168;REFB=-0.0987375;REVB=0.00607297;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509543;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000557918;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:0:2:14:17:0.894737:9:5:0:0:10:7:1:1 chr1 11828238 . G A 406.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.831;QD=56.0838;RBI=0.0409796;REFB=0;REVB=0.013185;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165047;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:16:13:0:0 chr1 11828319 . G A 715.29 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0356837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.416;QD=57.2231;RBI=0.0426133;REFB=-0.18411;REVB=0.0232929;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.506894;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00169955;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:1:3:47:47:0.94:26:21:1:0:26:21:1:2 chr1 11831615 . C T 906.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948692;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.282;QD=58.4842;RBI=0.0211114;REFB=0;REVB=0.0188597;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468661;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr1 11832311 . G C 887.83 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00692977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.006;QD=53.8078;RBI=0.12325;REFB=-0.145193;REVB=0.123055;RO=3;SAF=37;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367596;STB=0.512816;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00411806;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:3:2:63:64:0.969697:26:37:3:0:26:38:2:0 chr1 11836628 . T C 1231.07 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266761;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.313;QD=61.5534;RBI=0.0291085;REFB=0;REVB=0.0116487;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112414;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr1 11836682 . C T 996.78 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121;QD=58.6342;RBI=0.0852356;REFB=0;REVB=-0.00288205;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351483;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:27:41:0:0 chr1 11838848 . G T 2052.44 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145354;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.932;QD=62.67;RBI=0.0429409;REFB=0;REVB=0.040406;RO=0;SAF=86;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104449;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:0:0:131:131:1:45:86:0:0:45:86:0:0 chr1 11839966 . G A 1285.32 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0795455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.757;QD=59.7822;RBI=0.0892386;REFB=-0.104895;REVB=0.0404481;RO=3;SAF=53;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216795;STB=0.507935;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00124063;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:3:1:83:85:0.988372:30:53:1:2:31:54:0:1 chr1 11839998 . T C 1189.17 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.581;QD=60.9832;RBI=0.0187296;REFB=0;REVB=0.0152802;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79322e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:26:51:0:0:26:52:0:0 chr1 11844330 . C T 2463.76 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=164;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00871162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.345;QD=60.0918;RBI=0.0115664;REFB=-0.20287;REVB=0.00760849;RO=2;SAF=91;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00145431;STB=0.502732;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000102184;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:164:2:1:162:163:0.993902:71:91:1:1:72:91:1:0 chr1 11849447 . A G 613.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00843794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.302;QD=61.3647;RBI=0.0320497;REFB=0;REVB=0.030919;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72991e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr1 11854457 . G A 937.47 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.544;QD=58.5921;RBI=0.0457576;REFB=0;REVB=-0.044835;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.71248e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr1 11856378 . G A 421.75 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.000634273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.121;QD=18.1396;RBI=0.0606053;REFB=0.00893932;REVB=-0.0606019;RO=50;SAF=26;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467619;STB=0.502611;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00851945;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:17:26:30:20:17:26:30:20 chr1 11884555 . A G 627.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.932;QD=59.7835;RBI=0.0261558;REFB=0;REVB=0.0253903;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83159e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:16:22:0:0:18:24:0:0 chr1 11968273 . A G 468.49 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0261548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7355;QD=18.0187;RBI=0.0291595;REFB=-0.0114017;REVB=0.0128919;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284483;STB=0.511201;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0127724;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:54:50:50:0.480769:27:23:26:27:27:23:26:28 chr1 11982580 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0105494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2886;QD=22.9575;RBI=0.0561221;REFB=0.00808607;REVB=0.0551217;RO=11;SAF=15;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382859;STB=0.722524;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00318841;OID=.;OPOS=11982580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:1:15:8:3:1:15:8:3 chr1 11983206 . A G 146.72 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=57;FAO=18;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0362287;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.707;QD=10.8683;RBI=0.0369934;REFB=-0.0363432;REVB=0.00748305;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367774;STB=0.523051;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0250178;OID=.;OPOS=11983206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:18:30:12:18:0.333333:9:3:5:13:12:6:11:19 chr1 12004663 . G A 571.44 PASS AF=0.975;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198083;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.568;QD=57.1437;RBI=0.0221364;REFB=-0.1036;REVB=0.00988189;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176755;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00037562;OID=.;OPOS=12004663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:1:1:37:39:0.975:26:11:0:1:26:13:0:1 chr1 12009956 . G A 1076.93 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.692;QD=57.4365;RBI=0.0815686;REFB=-0.0515135;REVB=0.0769591;RO=1;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129584;STB=0.506848;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00184634;OID=.;OPOS=12009956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:37:36:1:0:38:36:1:0 chr1 12026355 . A C 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0519068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.974;QD=15.7903;RBI=0.0524716;REFB=0.0109036;REVB=0.00767846;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120801;STB=0.506816;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00939219;OID=.;OPOS=12026355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:26:13:10:21:26:13 chr1 12065841 . C T 428.5 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.0111256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.101;QD=14.4034;RBI=0.0111309;REFB=-0.0266119;REVB=-0.000344516;RO=69;SAF=22;SAR=27;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906165;STB=0.555152;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0373021;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:70:49:49:0.411765:27:22:37:32:27:22:38:32 chr1 12082334 . A T 267.45 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0720614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3906;QD=18.4448;RBI=0.0785537;REFB=0.00636212;REVB=0.0312704;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197132;STB=0.615915;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00472431;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:28:29:0.5:8:20:15:14:8:21:15:14 chr1 12082461 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00143881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.167;QD=10.1573;RBI=0.00949752;REFB=-0.0152737;REVB=-0.0093879;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206102;STB=0.624812;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0351027;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:4:10:17:14:4:10:17:14 chr1 12082926 . A G 133.77 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0170802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.924;QD=7.98653;RBI=0.0599845;REFB=-0.0102678;REVB=-0.0575014;RO=47;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24563;STB=0.636511;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0325907;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:47:48:19:19:0.283582:10:9:32:15:10:9:32:16 chr1 12175729 . C T 710.48 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0326614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.827;QD=47.3653;RBI=0.0337094;REFB=-0.166318;REVB=0.00834006;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.535129;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00216291;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:60:60:1:6:54:54:0.9:28:26:1:0:28:26:5:1 chr1 12198297 . T C 1229.41 PASS AF=0.423197;AO=135;DP=322;FAO=135;FDP=319;FR=.;FRO=184;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=-0.0222491;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.508;QD=15.4159;RBI=0.04865;REFB=-0.0504132;REVB=-0.0432643;RO=180;SAF=53;SAR=82;SRF=90;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112469;STB=0.560063;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0653744;OID=.;OPOS=12198297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:319:180:184:135:135:0.423197:82:53:90:90:82:53:91:93 chr1 12269242 . C T 408.2 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0173951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5377;QD=20.4098;RBI=0.0214506;REFB=-0.0174644;REVB=-0.0125514;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133094;STB=0.573645;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00970139;OID=.;OPOS=12269242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:19:22:15:24:19:22:15:24 chr1 12401868 . A C 777.7 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.814;QD=54.5751;RBI=0.0596045;REFB=-0.0398673;REVB=0.0232086;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000137432;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:1:1:54:56:0.982456:22:32:1:0:22:34:1:0 chr1 12433898 . C T 270.54 PASS AF=0.187739;AO=49;DP=262;FAO=49;FDP=261;FR=.;FRO=212;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=109;FSRR=103;FWDB=-0.00254266;FXX=0.0150938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=4.14627;RBI=0.0103757;REFB=-0.00364013;REVB=-0.0100593;RO=206;SAF=24;SAR=25;SRF=107;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381753;STB=0.519767;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0164419;OID=.;OPOS=12433898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:206:212:49:49:0.187739:25:24:107:99:25:24:109:103 chr1 12628188 . T C 1405.39 PASS AF=1;AO=86;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.925;QD=62.4619;RBI=0.132842;REFB=0;REVB=0.131135;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248495;OID=.;OPOS=12628188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:86:90:1:31:55:0:0:35:55:0:0 chr1 12628459 . G A 763.51 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4027;QD=63.6259;RBI=0.0910275;REFB=0;REVB=0.0481095;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113054;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 12638964 . TG CG,GC,GG 715.12 PASS AF=0.934783,0,0.0652174;AO=43,2,3;DP=49;FAO=43,0,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,0;FSAR=18,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610741,-0.105858,-0.0792937;FXX=0.061212;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=73.5023,48.0546,122.66;QD=62.1844;RBI=0.0653089,0.106022,0.0931871;REFB=0,0,0;REVB=0.0231345,0.00588483,-0.0489525;RO=0;SAF=25,2,0;SAR=18,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.65211e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.000905025,0,0.12915;OID=.,.,.;OPOS=12638964,12638964,12638964;OREF=T,TG,T;OALT=C,GC,G;OMAPALT=CG,GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:49:46:0:0:43,2,3:43,0,3:0.934783,0,0.0652174:18,0,3:25,2,0:0:0:18,0,3:25,0,0:0:0 chr1 12639168 . A G 501.42 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.849;QD=58.9904;RBI=0.0106044;REFB=0;REVB=0.00559988;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08381e-05;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:13:21:0:0 chr1 12639309 . G C 1505.59 PASS AF=0.954545;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=110;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0317598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.629;QD=54.7486;RBI=0.0318786;REFB=-0.102;REVB=-0.00274931;RO=5;SAF=63;SAR=42;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361829;STB=0.51908;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000433001;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:110:5:5:105:105:0.954545:42:63:5:0:42:63:5:0 chr1 12776344 . A T 317.34 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0027798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.402;QD=13.086;RBI=0.0363727;REFB=-0.00791077;REVB=-0.0362663;RO=59;SAF=29;SAR=7;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270259;STB=0.660444;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00851877;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:61:36:36:0.371134:7:29:36:23:7:29:37:24 chr1 12779560 . T C 339.74 PASS AF=0.433735;AO=37;DP=88;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0038201;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.463;QD=16.3731;RBI=0.0229693;REFB=-0.00697573;REVB=0.0226494;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416191;STB=0.517444;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00776788;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:46:47:37:36:0.433735:21:16:18:28:21:15:21:26 chr1 12779618 . T C 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00520579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.221;QD=14.8053;RBI=0.00520881;REFB=-0.00921945;REVB=0.000177429;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111674;STB=0.506326;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.011572;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:22:16:23:33:22:16:23:33 chr1 12785494 . G T 206.24 PASS AF=0.326087;AO=12;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000957894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.413;QD=17.9338;RBI=0.0172045;REFB=-0.0168238;REVB=-0.0171778;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285023;STB=0.622468;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00866826;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:45:46:13:17:12:15:0.326087:3:9:6:7:4:11:9:8 chr1 12799736 . C T 463.44 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00527745;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.105;QD=19.1111;RBI=0.0370426;REFB=-0.0308957;REVB=-0.0366648;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310179;STB=0.528078;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0355411;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:51:46:46:0.474227:25:21:24:25:25:21:26:25 chr1 12855835 . C G 451.04 PASS AF=0.942857;AO=30;DP=31;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.134482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6076;QD=51.5474;RBI=0.135398;REFB=-0.103054;REVB=0.0157219;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0116811;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:35:1:2:30:33:0.942857:19:11:1:0:21:12:1:1 chr1 12855845 . G C 556.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6797;QD=60.1775;RBI=0.0247017;REFB=0;REVB=-0.0192156;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250139;OID=.;OPOS=12855845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr1 12856111 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.051377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.428;QD=10.9413;RBI=0.0529577;REFB=-0.00318887;REVB=-0.0128421;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36558;STB=0.739243;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00559415;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:9:2:9:10:9:2:10:10 chr1 12887549 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9676;QD=58.2375;RBI=0.0333474;REFB=0;REVB=-0.015707;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419836;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr1 12888601 . G GC 208.36 PASS AF=1;AO=14;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.294913;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1911;QD=36.237;RBI=0.298252;REFB=0;REVB=-0.0444984;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0168091;OID=.;OPOS=12888602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:26:23:23:0:12:11:0:0:4:10:5:9:8:2 chr1 12907777 . T C 49.85 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=0.0117326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7088;QD=1.32942;RBI=0.0389111;REFB=0.00325231;REVB=0.0371002;RO=135;SAF=5;SAR=9;SRF=78;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25504;STB=0.690128;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0290266;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:150:150:135:136:14:14:0.0933333:9:5:78:57:9:5:78:58 chr1 12907781 . T C 89.99 PASS AF=0.129032;AO=20;DP=155;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=58;FWDB=0.00698962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.529;QD=2.32238;RBI=0.0258015;REFB=-0.00140697;REVB=-0.0248367;RO=135;SAF=10;SAR=10;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883649;STB=0.56123;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00601514;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:155:155:135:135:20:20:0.129032:10:10:77:58:10:10:77:58 chr1 12907798 . A C 120.67 PASS AF=0.153846;AO=24;DP=154;FAO=24;FDP=156;FR=.;FRO=132;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.0446047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.13;QD=3.0941;RBI=0.0456638;REFB=-0.00857055;REVB=-0.0097776;RO=130;SAF=13;SAR=11;SRF=78;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757703;STB=0.548767;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0502239;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:130:132:24:24:0.153846:11:13:78:52:11:13:79:53 chr1 12907802 . CC TT 143.53 PASS AF=0.170886;AO=27;DP=157;FAO=27;FDP=158;FR=.;FRO=131;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=53;FWDB=-0.0407185;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.414;QD=3.63376;RBI=0.040825;REFB=-0.00417041;REVB=0.00294685;RO=130;SAF=16;SAR=11;SRF=77;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000377354;STB=0.502428;STBP=0.994;TYPE=mnp;VARB=0.0183962;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:130:131:27:27:0.170886:11:16:77:53:11:16:78:53 chr1 12907837 . C T 328.81 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=148;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=63;FSRR=41;FWDB=-0.0119007;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.6;QD=8.94714;RBI=0.0410563;REFB=-0.00444609;REVB=-0.0392937;RO=104;SAF=21;SAR=22;SRF=63;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141476;STB=0.582744;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0172283;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:104:104:43:43:0.292517:22:21:63:41:22:21:63:41 chr1 12907885 . T C 641.56 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=0.0139525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.148;QD=17.6981;RBI=0.0140544;REFB=-0.00166877;REVB=0.00168984;RO=78;SAF=46;SAR=20;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27674;STB=0.657663;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00141414;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:79:66:66:0.455172:20:46:33:45:20:46:33:46 chr1 12942119 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0052546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.655;QD=17.4276;RBI=0.036428;REFB=-0.0192083;REVB=0.0360471;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230401;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0162993;OID=.;OPOS=12942119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:9:14:7:12:9:14 chr1 13001312 . C G 669.87 PASS AF=0.763889;AO=55;DP=72;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.026916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.506;QD=37.2152;RBI=0.0272465;REFB=-0.012511;REVB=0.0042308;RO=17;SAF=27;SAR=28;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944186;STB=0.550663;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00394397;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:17:17:55:55:0.763889:28:27:12:5:28:27:12:5 chr1 13052789 . G A 412.76 PASS AF=0.298913;AO=54;DP=183;FAO=55;FDP=184;FR=.;FRO=129;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=66;FWDB=-0.0334331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2148;QD=8.973;RBI=0.0415411;REFB=0.00799789;REVB=0.0246555;RO=123;SAF=37;SAR=17;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225181;STB=0.633202;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.022257;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:123:129:54:55:0.298913:17:37:62:61:18:37:63:66 chr1 13052871 . C T 655.2 PASS AF=0.292208;AO=90;DP=308;FAO=90;FDP=308;FR=.;FRO=218;FSAF=59;FSAR=31;FSRF=110;FSRR=108;FWDB=0.00553162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.442;QD=8.50906;RBI=0.0203932;REFB=-0.0132615;REVB=-0.0196286;RO=218;SAF=59;SAR=31;SRF=110;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188652;STB=0.610168;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0300137;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:218:218:90:90:0.292208:31:59:110:108:31:59:110:108 chr1 13052907 . T C 2216.99 PASS AF=0.636364;AO=191;DP=305;FAO=196;FDP=308;FR=.;FRO=112;FSAF=112;FSAR=84;FSRF=54;FSRR=58;FWDB=0.0208411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.663;QD=28.7921;RBI=0.0210035;REFB=-0.0178659;REVB=-0.00260685;RO=111;SAF=109;SAR=82;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643037;STB=0.53283;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0115022;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:308:111:112:191:196:0.636364:82:109:53:58:84:112:54:58 chr1 13183237 . CT TC 80.62 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0557438;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=51.2787;QD=7.49997;RBI=0.0804776;REFB=-0.0048025;REVB=-0.0580455;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282511;STB=0.726722;STBP=0.24;TYPE=mnp;VARB=0.0364554;OID=.;OPOS=13183237;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:46:43:30:29:7:7:0.162791:3:4:10:20:3:4:8:21 chr1 13183243 . T C 50.05 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0257543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.855;QD=4.65603;RBI=0.0257565;REFB=-0.00964996;REVB=-0.000338212;RO=33;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205118;STB=0.604401;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0386397;OID=.;OPOS=13183243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:43:33:35:8:8:0.186047:4:4:11:22:4:4:13:22 chr1 13183248 . TC AA 50.49 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.016649;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.963;QD=4.92597;RBI=0.0168451;REFB=-0.0181963;REVB=0.00256311;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137015;STB=0.585159;STBP=0.69;TYPE=mnp;VARB=0.06582;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:31:33:8:8:0.195122:4:4:12:19:4:4:13:20 chr1 13183439 . T C 2362.85 PASS AF=0.838863;AO=177;DP=211;FAO=177;FDP=211;FR=.;FRO=34;FSAF=68;FSAR=109;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0197343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.568;QD=44.7934;RBI=0.0259497;REFB=-0.00786262;REVB=0.0168507;RO=33;SAF=68;SAR=109;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957549;STB=0.553416;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00103462;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:33:34:177:177:0.838863:109:68:23:10:109:68:24:10 chr1 13183511 . T C 469.22 PASS AF=0.306931;AO=61;DP=201;FAO=62;FDP=202;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.00922205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.05;QD=9.29149;RBI=0.0204276;REFB=-0.00915223;REVB=-0.0182275;RO=140;SAF=22;SAR=39;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137041;STB=0.571805;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.017346;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:140:140:61:62:0.306931:39:22:66:74:39:23:66:74 chr1 13183528 . A C 335.63 PASS AF=0.268156;AO=47;DP=178;FAO=48;FDP=179;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0326276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.498;QD=7.5002;RBI=0.0400906;REFB=-0.00807654;REVB=-0.0232959;RO=130;SAF=14;SAR=33;SRF=63;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242139;STB=0.646995;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0262248;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:130:131:47:48:0.268156:33:14:63:67:34:14:63:68 chr1 13183532 . CC TT 323.52 PASS AF=0.261111;AO=47;DP=179;FAO=47;FDP=180;FR=.;FRO=133;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=68;FSRR=65;FWDB=-0.0303455;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.209;QD=7.18929;RBI=0.0305059;REFB=-0.00530278;REVB=-0.00312401;RO=130;SAF=14;SAR=33;SRF=65;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25976;STB=0.663489;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=0.0153487;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:130:133:47:47:0.261111:33:14:65:65:33:14:68:65 chr1 13183567 . C T 100.7 PASS AF=0.136646;AO=22;DP=161;FAO=22;FDP=161;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=82;FSRR=57;FWDB=-0.041491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.575;QD=2.50181;RBI=0.0428839;REFB=-0.010014;REVB=-0.0108409;RO=139;SAF=6;SAR=16;SRF=82;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388744;STB=0.762503;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0457156;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:139:139:22:22:0.136646:16:6:82:57:16:6:82:57 chr1 13183573 . G T 45.98 PASS AF=0.0921986;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=141;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=83;FSRR=45;FWDB=-0.00838126;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.981;QD=1.30426;RBI=0.0140874;REFB=-0.00223906;REVB=-0.0113229;RO=128;SAF=5;SAR=8;SRF=83;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303391;STB=0.726213;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0180921;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:141:128:128:13:13:0.0921986:8:5:83:45:8:5:83:45 chr1 13219094 . G T 103.71 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.115526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5674;QD=10.1183;RBI=0.115592;REFB=-0.00427131;REVB=-0.00389535;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388791;STB=0.721415;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0144881;OID=.;OPOS=13219094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:2:26:9:4:2:26 chr1 13448283 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.292;QD=37.4884;RBI=0.0245252;REFB=0;REVB=0.0233455;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361307;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 13448351 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.87;QD=35.5738;RBI=0.0630093;REFB=0;REVB=-0.0214058;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220157;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 13695787 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.467;QD=55.0985;RBI=0.0252916;REFB=0;REVB=-0.0208882;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99092e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr1 13695816 . G A 591.62 PASS AF=1;AO=28;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.697;QD=60.679;RBI=0.0661157;REFB=0;REVB=0.0612662;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265534;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:28:39:1:8:20:0:0:15:24:0:0 chr1 13802325 . T C 576.45 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0586568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.272;QD=24.0189;RBI=0.0601175;REFB=-0.0295552;REVB=-0.0131716;RO=43;SAF=28;SAR=25;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108198;STB=0.55932;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0204826;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:25:28:17:26:25:28:17:26 chr1 13910417 . C T 1182.47 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0369383;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=193.803;QD=58.3933;RBI=0.0369631;REFB=-0.105741;REVB=-0.00135383;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519226;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000147115;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:0:2:79:79:0.975309:54:25:0:0:54:25:2:0 chr1 13910681 . G C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0602411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0379;QD=5.95807;RBI=0.0771965;REFB=0.0289796;REVB=0.0482733;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311994;STB=0.70205;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0668462;OID=.;OPOS=13910681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:11:7:4:2:11:7 chr1 13940864 . C G 1695.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.109;QD=60.5446;RBI=0.0148528;REFB=0;REVB=0.0134256;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93392e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr1 13944235 . AC ACTT,TT 636.26 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=35,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393449,-0.0320691;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=43.0274,177.236;QD=60.5964;RBI=0.0837265,0.0320691;REFB=0,0;REVB=0.073906,1.954e-05;RO=0;SAF=16,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00488106,0.0241397;OID=.,.;OPOS=13944237,13944235;OREF=-,AC;OALT=TT,TT;OMAPALT=ACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:35,2:40,2:0.952381,0.047619:19,0:16,2:0:0:22,0:18,2:0:0 chr1 13944293 . CCTTTCTTC CCTTC,CCTTTCTT 345.13 PASS AF=0.446809,0.553191;AO=12,17;DP=47;FAO=21,26;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10,11;FSAR=11,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013513,0.144565;FXX=0.020829;HRUN=3,6;LEN=4,1;MLLD=246.926,9.73811;QD=29.3725;RBI=0.0189623,0.406514;REFB=-0.00629013,-0.0415385;REVB=-0.0133029,0.37994;RO=5;SAF=6,5;SAR=6,12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0.56;SSEP=0.299213,0.8125;SSSB=-0.157187,-0.224243;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0128646,0.0138729;OID=.,.;OPOS=13944294,13944301;OREF=CTTT,C;OALT=-,-;OMAPALT=CCTTC,CCTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.446809,0.553191:12,17:47:21,26:47:0:10,11:11,15:0:0:99:5:6,5:6,12:4:1 chr1 14105139 . T A 241.95 PASS AF=0.547619;AO=20;DP=39;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0250865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.835;QD=23.0427;RBI=0.0353796;REFB=-0.0857299;REVB=0.0249476;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139667;STB=0.55212;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0578643;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:19:20:23:0.547619:13:7:4:15:16:7:4:15 chr1 14105298 . G A 291.19 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.142116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9907;QD=33.2793;RBI=0.153619;REFB=-0.0390953;REVB=-0.0583247;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934901;STB=0.550981;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0111761;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:16:9:2:8:16:9:2:8 chr1 14106394 . A ACTC 185.01 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0275141;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.095;QD=11.9358;RBI=0.0352279;REFB=-0.0205571;REVB=-0.0219995;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124259;STB=0.565862;STBP=0.483;TYPE=ins;VARB=0.0289147;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.370968:23:64:23:62:39:15:8:29:10:99:40:15:8:30:10 chr1 14109114 . A G 927.05 PASS AF=0.566879;AO=89;DP=157;FAO=89;FDP=157;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.0166748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2654;QD=23.6191;RBI=0.0174245;REFB=-0.0147244;REVB=-0.00505613;RO=68;SAF=35;SAR=54;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167797;STB=0.591419;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0102243;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:68:68:89:89:0.566879:54:35:41:27:54:35:41:27 chr1 14150709 . C T 2476.12 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.77;QD=60.7638;RBI=0.0350458;REFB=0.0799204;REVB=0.0329189;RO=1;SAF=96;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493123;STB=0.50259;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000201533;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:163:1:1:162:162:0.993865:66:96:1:0:66:96:1:0 chr1 14150714 . G A 2220.52 PASS AF=0.980263;AO=149;DP=154;FAO=149;FDP=152;FR=.;FRO=3;FSAF=90;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0754349;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6666;QD=58.4347;RBI=0.137919;REFB=-0.183368;REVB=0.115461;RO=0;SAF=90;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512395;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00159235;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:154:152:0:3:149:149:0.980263:59:90:0:0:59:90:0:3 chr1 14150740 . G T 2235.96 PASS AF=1;AO=143;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119452;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.352;QD=61.2592;RBI=0.0342033;REFB=-0.0597395;REVB=0.0320496;RO=0;SAF=84;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390061;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:146:0:0:143:146:1:59:84:0:0:63:83:0:0 chr1 14150992 . T C 1598.66 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215558;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.74;QD=59.7629;RBI=0.0360965;REFB=0;REVB=0.0360321;RO=0;SAF=71;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152089;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:35:71:0:0:36:71:0:0 chr1 14450771 . G A 526.73 PASS AF=0.95122;AO=33;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242623;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.744;QD=51.3882;RBI=0.0248286;REFB=-0.0697398;REVB=0.00527226;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00527266;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:0:2:33:39:0.95122:21:12:0:0:26:13:1:1 chr1 14507057 . A G 126.15 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00959823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.618;QD=10.9694;RBI=0.0101218;REFB=-0.00768311;REVB=0.00321327;RO=31;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177104;STB=0.605915;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0151325;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:5:10:16:15:5:10:16:15 chr1 15382640 . C T 766.09 PASS AF=0.43617;AO=78;DP=187;FAO=82;FDP=188;FR=.;FRO=106;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=41;FWDB=0.0427697;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.004;QD=16.2999;RBI=0.042786;REFB=-0.0134564;REVB=-0.00118204;RO=107;SAF=35;SAR=43;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172585;STB=0.58385;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0114658;OID=.;OPOS=15382640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:107:106:78:82:0.43617:43:35:66:41:44:38:65:41 chr1 15428270 . G A 266.82 PASS AF=0.392405;AO=29;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00585593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0356;QD=13.5098;RBI=0.0401426;REFB=-0.00394186;REVB=0.0397132;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084062;STB=0.569954;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00766551;OID=.;OPOS=15428270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:48:29:31:0.392405:17:12:24:25:19:12:24:24 chr1 15438990 . G A 965.01 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00868297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.5318;QD=53.6114;RBI=0.0658484;REFB=-0.245376;REVB=0.0652734;RO=4;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232394;STB=0.512312;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00691135;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:72:72:4:4:68:68:0.944444:36:32:1:3:36:32:1:3 chr1 15490865 . T A 1697.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034385;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.346;QD=60.6195;RBI=0.0505833;REFB=0;REVB=0.0370991;RO=0;SAF=64;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92444e-05;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:47:64:0:0:48:64:0:0 chr1 15497727 . T C 829.13 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.364;QD=55.2755;RBI=0.0597612;REFB=-0.158874;REVB=0.0456955;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0012234;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:0:1:56:59:0.983333:26:30:0:0:28:31:1:0 chr1 15541607 . T C 391.71 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0268415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.788;QD=24.8703;RBI=0.0320373;REFB=-0.0266735;REVB=-0.0174906;RO=25;SAF=26;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159462;STB=0.587656;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0258614;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:12:26:12:13:12:26:12:13 chr1 15599021 . C T 83.46 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00709348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.446;QD=9.81893;RBI=0.00994177;REFB=-0.00812105;REVB=-0.00696573;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531452;STB=0.519963;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0165401;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:9:13:7:4:9:14 chr1 15708540 . A G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0163446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.123;QD=30.1265;RBI=0.0259932;REFB=-0.000270602;REVB=0.0202115;RO=11;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181512;STB=0.58816;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00013211;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:11:12:24:24:0.666667:16:8:7:4:16:8:7:5 chr1 15710411 . G C 132.59 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0468131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3174;QD=15.1537;RBI=0.0483709;REFB=-0.00761018;REVB=-0.0121768;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372459;STB=0.673227;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0152628;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:14:15:0.428571:11:3:11:9:11:4:11:9 chr1 15714831 . C T 43.7 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0502377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1292;QD=21.8518;RBI=0.0507518;REFB=0.0350087;REVB=-0.00720557;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0219579;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:2:4:0:1:2:4:0:2 chr1 15714842 . G C 67.9 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0508803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8834;QD=14.294;RBI=0.0545653;REFB=-0.0130248;REVB=-0.0197122;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0110707;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr1 15723843 . G A 386.93 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00910292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.164;QD=15.3241;RBI=0.0416528;REFB=-0.016277;REVB=-0.0406459;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105664;STB=0.559403;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0266438;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:20:23:25:33:20:23:25:33 chr1 15754484 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.12;QD=61.5363;RBI=0.0419425;REFB=0;REVB=0.0270769;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61909e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:57:24:0:0:57:24:0:0 chr1 15788269 . A C 1394.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3973;QD=62.6605;RBI=0.0304341;REFB=0;REVB=0.0258019;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33499e-05;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:39:49:0:0:40:49:0:0 chr1 15808198 . C T 725.54 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0297706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1533;QD=22.3242;RBI=0.0613687;REFB=-0.0390609;REVB=-0.0536641;RO=60;SAF=38;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344656;STB=0.518875;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0280578;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:60:70:70:0.538462:32:38:35:25:32:38:35:25 chr1 15808767 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0133743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.173;QD=12.5667;RBI=0.0134122;REFB=-0.00682988;REVB=0.00100727;RO=39;SAF=19;SAR=6;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587643;STB=0.548037;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.010077;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:40:25:25:0.384615:6:19:28:11:6:19:28:12 chr1 15808872 . G A 458.5 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=17;FWDB=0.0275855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.154;QD=15.6752;RBI=0.0278306;REFB=-0.00322721;REVB=0.00368589;RO=65;SAF=33;SAR=18;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104106;STB=0.560981;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00322285;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:51:51:0.435897:18:33:48:17:18:33:49:17 chr1 15809876 . G A 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.057432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.632;QD=14.6473;RBI=0.0576914;REFB=-0.0117875;REVB=-0.00546531;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0160555;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:7:12:10:4:7:12 chr1 15812400 . C T 153.38 PASS AF=0.305556;AO=19;DP=69;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00711283;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.489;QD=8.5211;RBI=0.0196551;REFB=-0.0056006;REVB=-0.018323;RO=48;SAF=10;SAR=9;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223627;STB=0.595772;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0205577;OID=.;OPOS=15812400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:48:50:19:22:0.305556:9:10:34:14:10:12:34:16 chr1 15812432 . A G 1548.67 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.808;QD=63.8628;RBI=0.0129052;REFB=0;REVB=-0.00367196;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43105e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:36:61:0:0:36:61:0:0 chr1 15832543 . T C 230.13 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0446998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2187;QD=12.2736;RBI=0.0480052;REFB=-0.00879502;REVB=-0.017505;RO=47;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267439;STB=0.660753;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0145389;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:47:27:28:0.373333:9:18:20:27:9:19:20:27 chr1 15844615 . A G 363.77 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00678202;FXX=0.029997;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.158;QD=15.0009;RBI=0.0349258;REFB=-0.0142092;REVB=0.034261;RO=57;SAF=14;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187844;STB=0.616892;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0240026;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:57:58:38:39:0.402062:24:14:31:26:25:14:32:26 chr1 15850613 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0124823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.745;QD=15.1661;RBI=0.0177419;REFB=-0.0174861;REVB=0.0126082;RO=30;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883909;STB=0.550561;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0239212;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:6:17:20:10:6:17:20:10 chr1 15909850 . C G 374.88 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00471189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.6568;QD=19.9936;RBI=0.00533028;REFB=-0.0163067;REVB=-0.00249199;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130334;STB=0.544307;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0105334;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:38:39:0.52:16:22:15:20:17:22:17:19 chr1 16069071 . C T 1168.95 PASS AF=0.478261;AO=121;DP=252;FAO=121;FDP=253;FR=.;FRO=132;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.0248312;FXX=0.00393685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1355;QD=18.4814;RBI=0.031391;REFB=-0.0398449;REVB=-0.0192043;RO=130;SAF=74;SAR=47;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100194;STB=0.551064;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0416776;OID=.;OPOS=16069071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:253:130:132:121:121:0.478261:47:74:66:64:48:73:67:65 chr1 16096934 . C T 397.73 PASS AF=0.820513;AO=26;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.120906;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.3568;QD=40.7927;RBI=0.22511;REFB=-0.171307;REVB=0.189885;RO=7;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222286;STB=0.612832;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0360521;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:39:39:7:7:26:32:0.820513:15:11:7:0:20:12:7:0 chr1 16256007 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00763413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.69;QD=19.3688;RBI=0.00766872;REFB=-0.0374452;REVB=0.000727594;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0131294;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr1 16259813 . A G 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0115354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5585;QD=16.4781;RBI=0.0459467;REFB=0.0309418;REVB=0.044475;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458849;STB=0.526288;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0187451;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:12:13:9:10:12:13 chr1 16272250 . A G 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00757638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2383;QD=11.7411;RBI=0.0333328;REFB=-0.0186181;REVB=-0.0324603;RO=36;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276348;STB=0.661216;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0165015;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:6:15:17:19:6:15:17:19 chr1 16330816 . C T 452.0 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0107223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.104;QD=18.4488;RBI=0.0107462;REFB=-0.0147683;REVB=0.000717236;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161591;STB=0.592553;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.014257;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:50:52:45:46:0.469388:22:23:17:33:22:24:18:34 chr1 16332571 . C T 203.23 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0497019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0432;QD=14.262;RBI=0.0504607;REFB=-0.00680378;REVB=-0.00871779;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209588;STB=0.618952;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00791994;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:22:11:13:11:22:11 chr1 16341649 . C T 1377.73 PASS AF=0.948454;AO=91;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0347384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.736;QD=56.8136;RBI=0.0788274;REFB=-0.20693;REVB=0.0707602;RO=6;SAF=49;SAR=42;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436002;STB=0.517176;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000789048;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:6:5:91:92:0.948454:42:49:1:5:43:49:1:4 chr1 16341733 . T C 1540.58 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.387;QD=59.8282;RBI=0.0490109;REFB=0;REVB=0.00817256;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21068e-05;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr1 16342237 . A G 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.444;QD=59.1717;RBI=0.0365469;REFB=0.0130887;REVB=0.0350566;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-3.56625e-05;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:1:0:41:35:1:0 chr1 16344360 . A G 4892.56 PASS AF=1;AO=301;DP=301;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.481;QD=62.7251;RBI=0.0484391;REFB=0;REVB=0.0441738;RO=0;SAF=160;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10718e-05;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:301:312:0:0:301:312:1:141:160:0:0:144:168:0:0 chr1 16344402 . G A 4648.91 PASS AF=0.993421;AO=300;DP=303;FAO=302;FDP=304;FR=.;FRO=2;FSAF=155;FSAR=147;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.111002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.252;QD=61.1699;RBI=0.118116;REFB=-0.140737;REVB=0.0403709;RO=3;SAF=153;SAR=147;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925843;STB=0.503205;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00082317;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:303:304:3:2:300:302:0.993421:147:153:3:0:147:155:2:0 chr1 16344494 . G A 1507.1 PASS AF=0.980952;AO=98;DP=101;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6483;QD=57.4134;RBI=0.148828;REFB=-0.0535722;REVB=0.146723;RO=3;SAF=58;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150165;STB=0.501221;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00647703;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:105:3:2:98:103:0.980952:40:58:1:2:45:58:1:1 chr1 16344625 . C G 1898.44 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603614;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0152;QD=61.738;RBI=0.0232428;REFB=0;REVB=0.0224454;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64211e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:62:61:0:0:62:61:0:0 chr1 16344664 . G A 312.37 PASS AF=0.30597;AO=41;DP=134;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.012332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.174;QD=9.32442;RBI=0.0159654;REFB=-0.0300643;REVB=0.0101399;RO=92;SAF=16;SAR=25;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144445;STB=0.588192;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0664432;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:92:93:41:41:0.30597:25:16:47:45:25:16:48:45 chr1 16344683 . C T 871.34 PASS AF=0.629032;AO=78;DP=124;FAO=78;FDP=124;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0022684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.311;QD=28.1076;RBI=0.0115484;REFB=-0.0422485;REVB=0.0113235;RO=45;SAF=40;SAR=38;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762029;STB=0.536959;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0264788;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:45:46:78:78:0.629032:38:40:18:27:38:40:19:27 chr1 16345735 . C T 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000430938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.404;QD=16.2653;RBI=0.0118512;REFB=-0.0315901;REVB=-0.0118434;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926179;STB=0.517381;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0274201;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:44:35:35:0.443038:17:18:22:20:17:18:24:20 chr1 16351275 . A G 1356.35 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.405;QD=62.3611;RBI=0.0165065;REFB=0;REVB=-0.00241301;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93006e-05;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:32:55:0:0:32:55:0:0 chr1 16354394 . C T 476.52 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=5;FWDB=-0.0255844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.147;QD=18.6871;RBI=0.0372989;REFB=-0.0202677;REVB=-0.0271413;RO=52;SAF=36;SAR=14;SRF=47;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237283;STB=0.629426;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00869458;OID=.;OPOS=16354394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:14:36:47:5:14:36:47:5 chr1 16356501 . G A 839.42 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127792;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7017;QD=55.9616;RBI=0.130127;REFB=-0.0489725;REVB=0.0245401;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00425422;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:0:1:59:59:0.983333:25:34:0:0:25:34:1:0 chr1 16358932 . T C 425.67 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.986;QD=56.7558;RBI=0.0255108;REFB=0;REVB=0.0248445;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84894e-05;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr1 16371067 . G T 503.18 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0540098;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.479;QD=19.7326;RBI=0.0565243;REFB=-0.025204;REVB=0.0166715;RO=46;SAF=27;SAR=25;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182583;STB=0.577673;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0161867;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:46:50:52:52:0.509804:25:27:14:32:25:27:18:32 chr1 16373123 . CA C,CG 1024.03 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=17,51;DP=68;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=1,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101455,0.0973772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.466,179.039;QD=59.364;RBI=0.103767,0.100821;REFB=0,0;REVB=0.0217841,0.0261256;RO=0;SAF=13,19;SAR=4,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.2152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0221911,0.000538003;OID=.,.;OPOS=16373124,16373124;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0144928,0.985507:17,51:68:1,68:69:0:0,33:1,35:0:0:3:0:13,19:4,32:0:0 chr1 16374533 . G C 899.3 PASS AF=0.793103;AO=63;DP=81;FAO=69;FDP=87;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00955127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.208;QD=41.3472;RBI=0.0105424;REFB=-0.022432;REVB=0.00446275;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.617328;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000686627;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:0:18:63:69:0.793103:42:21:0:0:48:21:15:3 chr1 16374994 . C T 410.13 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0161706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.698;QD=51.2657;RBI=0.0344506;REFB=0.00473523;REVB=-0.0304197;RO=2;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13229;STB=0.571377;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00029007;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:6:24:0:2:6:24:0:2 chr1 16375063 . CA GC 394.96 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.165648;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.638;QD=46.4664;RBI=0.207673;REFB=-0.179525;REVB=0.125256;RO=2;SAF=13;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788608;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=mnp;VARB=0.0154533;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:30:32:0.941176:17:13:1:1:18:14:1:1 chr1 16376191 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000555426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7845;QD=63.2856;RBI=0.126008;REFB=0;REVB=0.126007;RO=0;SAF=45;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157792;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:1:45:0:0:1:45:0:0 chr1 16376319 . T C 1500.46 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114032;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8315;QD=61.2434;RBI=0.0190288;REFB=-0.0370296;REVB=0.0152336;RO=2;SAF=53;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229306;STB=0.501074;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000793013;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:95:96:0.979592:42:53:1:1:43:53:1:1 chr1 16380196 . T C 342.67 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0234738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.866;QD=12.0234;RBI=0.0290782;REFB=-0.00493761;REVB=-0.0171616;RO=71;SAF=26;SAR=16;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063732;STB=0.532678;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00794912;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:71:72:42:42:0.368421:16:26:40:31:16:26:41:31 chr1 16380243 . A G 287.78 PASS AF=0.33945;AO=36;DP=108;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.00880997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.44;QD=10.5605;RBI=0.0650152;REFB=-0.00714789;REVB=-0.0644156;RO=71;SAF=21;SAR=15;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947946;STB=0.558204;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0162055;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:71:72:36:37:0.33945:15:21:47:24:16:21:47:25 chr1 16380252 . C T 279.12 PASS AF=0.356436;AO=32;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.123313;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.5604;QD=11.0544;RBI=0.137511;REFB=-0.0302669;REVB=-0.0608528;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236425;STB=0.521356;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0445719;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:31:65:32:36:0.356436:13:19:10:21:15:21:40:25 chr1 16383682 . G C 207.97 PASS AF=0.240602;AO=32;DP=133;FAO=32;FDP=133;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0298636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.365;QD=6.25463;RBI=0.033843;REFB=-0.01615;REVB=0.0159221;RO=99;SAF=18;SAR=14;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171208;STB=0.595468;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0563085;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:99:101:32:32:0.240602:14:18:42:57:14:18:44:57 chr1 16383742 . C G 165.41 PASS AF=0.164103;AO=32;DP=189;FAO=32;FDP=195;FR=.;FRO=163;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=82;FWDB=0.00356496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5209;QD=3.39308;RBI=0.0942324;REFB=-0.0124383;REVB=-0.0941649;RO=156;SAF=19;SAR=13;SRF=80;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104779;STB=0.58127;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0633269;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:195:156:163:32:32:0.164103:13:19:80:76:13:19:81:82 chr1 16384986 . G T 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.446;QD=38.204;RBI=0.0704255;REFB=-0.0302036;REVB=0.0677251;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714946;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0046808;OID=.;OPOS=16384986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:1:1:7:8:1:1 chr1 16384998 . GG CA 152.0 PASS AF=0.875;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156088;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=2;MLLD=319.792;QD=38.0002;RBI=0.0182859;REFB=-0.0235864;REVB=0.00952585;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.509078;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=0.00309523;OID=.;OPOS=16384998;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:2:2:14:14:0.875:6:8:1:1:6:8:1:1 chr1 16385042 . G A 134.64 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0665102;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.98;QD=33.6601;RBI=0.0756381;REFB=-0.0256026;REVB=0.036021;RO=3;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118166;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00667647;OID=.;OPOS=16385042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:16:16:3:3:13:13:0.8125:3:10:3:0:3:10:3:0 chr1 16385175 . G A 157.15 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0150905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.307;QD=9.67097;RBI=0.0506569;REFB=-0.00474722;REVB=0.048357;RO=44;SAF=15;SAR=6;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184768;STB=0.609646;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00878867;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:6:15:25:19:6:15:25:19 chr1 16385184 . G A 52.23 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00581166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.943;QD=3.07221;RBI=0.0073598;REFB=-0.00113816;REVB=0.00451568;RO=56;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361451;STB=0.527218;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00893175;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:56:58:10:10:0.147059:4:6:32:24:4:6:33:25 chr1 16386008 . T C 186.14 PASS AF=0.309524;AO=6;DP=46;FAO=13;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.02966;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8455;QD=17.7274;RBI=0.147762;REFB=-0.00869311;REVB=0.144754;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247213;STB=0.691964;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0517588;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:42:17:18:6:13:0.309524:4:2:6:11:11:2:7:11 chr1 16386416 . G A 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0162484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.745;QD=24.7051;RBI=0.0164378;REFB=-0.0112796;REVB=-0.00248768;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179283;STB=0.509969;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00615083;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:10:7:10:13:10:7 chr1 16386447 . G C 156.82 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0163379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4;QD=16.5071;RBI=0.0717621;REFB=-0.0443593;REVB=0.0698776;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.544501;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0571281;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:21:14:17:0.447368:5:9:12:9:6:11:12:9 chr1 16386495 . C T 95.55 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00656871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.794;QD=11.5814;RBI=0.0196334;REFB=-0.0273414;REVB=0.018502;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102486;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0539815;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:33:20:21:11:12:0.363636:6:5:11:9:6:6:12:9 chr1 16388646 . T C 480.33 PASS AF=0.369128;AO=55;DP=149;FAO=55;FDP=149;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=-0.0211455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.706;QD=12.8947;RBI=0.0216275;REFB=-0.00711053;REVB=0.00454067;RO=94;SAF=23;SAR=32;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217931;STB=0.623633;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0144981;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:94:94:55:55:0.369128:32:23:58:36:32:23:58:36 chr1 16533022 . C T 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0219273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3567;QD=21.943;RBI=0.0839928;REFB=-0.018333;REVB=0.0810801;RO=12;SAF=1;SAR=15;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628826;STB=0.535666;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0171824;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:15:1:1:11:15:1:1:11 chr1 16577908 . G C 585.56 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0244019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2301;QD=16.3793;RBI=0.0316788;REFB=0.000441784;REVB=-0.0202013;RO=81;SAF=37;SAR=25;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808585;STB=0.545231;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000892748;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:81:81:62:62:0.433566:25:37:42:39:25:37:42:39 chr1 16632406 . G A 282.99 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0218041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.163;QD=14.8943;RBI=0.0401561;REFB=-0.0179465;REVB=-0.0337208;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16807;STB=0.59205;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0190554;OID=.;OPOS=16632406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:44:32:32:0.421053:16:16:14:28:16:16:15:29 chr1 16641899 . C T 300.59 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0121428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.197;QD=21.4707;RBI=0.0128952;REFB=-0.0180364;REVB=-0.00434038;RO=25;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021978;STB=0.505235;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0117309;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:30:31:0.553571:14:16:14:11:14:17:14:11 chr1 16723084 . G A 307.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00222244;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.484;QD=18.1135;RBI=0.0183758;REFB=-0.0313259;REVB=0.0182409;RO=35;SAF=10;SAR=23;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118959;STB=0.566;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0209689;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:35:35:33:33:0.485294:23:10:7:28:23:10:7:28 chr1 16725330 . G A 387.18 PASS AF=0.40708;AO=43;DP=110;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00164195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.527;QD=13.7056;RBI=0.0224804;REFB=-0.0394488;REVB=0.0224204;RO=66;SAF=26;SAR=17;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129522;STB=0.552101;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0542707;OID=.;OPOS=16725330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:66:67:43:46:0.40708:17:26:32:34:20:26:32:35 chr1 16736132 . T C 108.29 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00918899;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.267;QD=14.4382;RBI=0.0115618;REFB=-0.0138721;REVB=-0.0070169;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144712;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0212086;OID=.;OPOS=16736132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:12:13:0.433333:8:4:8:9:9:4:8:9 chr1 16840663 . T C 90.15 PASS AF=0.141791;AO=19;DP=133;FAO=19;FDP=134;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.0229906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3373;QD=2.69097;RBI=0.0306149;REFB=0.00463097;REVB=-0.0202165;RO=113;SAF=5;SAR=14;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32043;STB=0.718866;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0381074;OID=.;OPOS=16840663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:133:134:113:115:19:19:0.141791:14:5:58:55:14:5:59:56 chr1 16840730 . C T 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00046813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.709;QD=6.88084;RBI=0.0120365;REFB=-0.0058139;REVB=-0.0120274;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863448;STB=0.554364;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0122679;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:20:19:5:7:20:19 chr1 16840734 . G A 69.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0178232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.817;QD=6.47944;RBI=0.0193553;REFB=-0.00615411;REVB=-0.00754731;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483686;STB=0.806734;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0211545;OID=.;OPOS=16840734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:20:13:8:2:20:13 chr1 16858909 . G C 1785.82 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.905;QD=61.0536;RBI=0.0146405;REFB=0;REVB=-0.0135323;RO=0;SAF=82;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76076e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:35:82:0:0:35:82:0:0 chr1 16860587 . C A 526.95 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00479251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2657;QD=20.2671;RBI=0.0132973;REFB=-0.0141827;REVB=0.0124036;RO=49;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012156;STB=0.501432;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00826068;OID=.;OPOS=16860587;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:29:25:22:27:29:25:23:27 chr1 16860633 . G A 49.82 PASS AF=0.0945946;AO=14;DP=148;FAO=14;FDP=148;FR=.;FRO=134;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=0.00138485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6098;QD=1.34647;RBI=0.0820968;REFB=-0.00992878;REVB=-0.0820851;RO=134;SAF=9;SAR=5;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160626;STB=0.623845;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0890929;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:148:148:134:134:14:14:0.0945946:5:9:68:66:5:9:68:66 chr1 16860652 . A C 286.63 PASS AF=0.252941;AO=43;DP=170;FAO=43;FDP=170;FR=.;FRO=127;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.00915322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2286;QD=6.74412;RBI=0.0210025;REFB=-2.8587e-05;REVB=0.018903;RO=127;SAF=33;SAR=10;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351761;STB=0.712828;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000300291;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:127:127:43:43:0.252941:10:33:64:63:10:33:64:63 chr1 16861772 . A G 538.15 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=147;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=31;FWDB=-0.00452335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.434;QD=14.6435;RBI=0.0248863;REFB=0.00526154;REVB=-0.0244718;RO=87;SAF=35;SAR=24;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690525;STB=0.534225;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00796101;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:87:88:59:59:0.401361:24:35:57:30:24:35:57:31 chr1 16861804 . G A 410.64 PASS AF=0.357664;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=137;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0390385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.781;QD=11.9895;RBI=0.0474283;REFB=-0.0201977;REVB=0.0269339;RO=87;SAF=24;SAR=25;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056432;STB=0.5357;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0357907;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:87:88:49:49:0.357664:25:24:47:40:25:24:48:40 chr1 16861847 . A T 59.96 PASS AF=0.0977011;AO=17;DP=174;FAO=17;FDP=174;FR=.;FRO=157;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=-0.0051541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.197;QD=1.37841;RBI=0.0317321;REFB=-0.00362202;REVB=-0.0313108;RO=156;SAF=10;SAR=7;SRF=67;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187872;STB=0.637293;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0303054;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:174:174:156:157:17:17:0.0977011:7:10:67:89:7:10:68:89 chr1 16861849 . A G 54.13 PASS AF=0.0924855;AO=17;DP=174;FAO=16;FDP=173;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=0.000129549;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.798;QD=1.25147;RBI=0.0438837;REFB=-0.00300155;REVB=-0.0438835;RO=157;SAF=10;SAR=7;SRF=68;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183419;STB=0.615682;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.062775;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:174:173:157:157:17:16:0.0924855:7:10:68:89:7:9:68:89 chr1 16862282 . G A 199.92 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0116724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.34;QD=16.3199;RBI=0.0403775;REFB=-0.0201388;REVB=-0.0386535;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687895;STB=0.561345;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0290983;OID=.;OPOS=16862282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:20:21:0.428571:11:9:14:13:12:9:15:13 chr1 16862454 . T G 1279.38 PASS AF=0.446309;AO=133;DP=299;FAO=133;FDP=298;FR=.;FRO=165;FSAF=79;FSAR=54;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=0.00291741;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.343;QD=17.1729;RBI=0.0336668;REFB=-0.00984848;REVB=0.0335402;RO=154;SAF=79;SAR=54;SRF=77;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927811;STB=0.551193;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0272452;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:298:154:165:133:133:0.446309:54:79:77:77:54:79:83:82 chr1 16862461 . T A 1466.51 PASS AF=0.512456;AO=142;DP=303;FAO=144;FDP=281;FR=.;FRO=137;FSAF=92;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=-0.00209029;FXX=0.0786859;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.68;QD=20.8757;RBI=0.00444193;REFB=-0.0255768;REVB=-0.00391936;RO=87;SAF=92;SAR=50;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17052;STB=0.579346;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00861895;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:281:87:137:142:144:0.512456:50:92:36:51:52:92:66:71 chr1 16862472 . G C 163.96 PASS AF=0.115486;AO=44;DP=381;FAO=44;FDP=381;FR=.;FRO=337;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=172;FSRR=165;FWDB=-0.0167058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.549;QD=1.72134;RBI=0.0172321;REFB=-0.000744365;REVB=-0.00422651;RO=337;SAF=25;SAR=19;SRF=172;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726592;STB=0.551337;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00771993;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:337:337:44:44:0.115486:19:25:172:165:19:25:172:165 chr1 16862502 . A G 3704.05 PASS AF=0.652174;AO=314;DP=481;FAO=315;FDP=483;FR=.;FRO=168;FSAF=178;FSAR=137;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=0.00978657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0709;QD=30.6753;RBI=0.0201756;REFB=0.0014146;REVB=-0.017643;RO=167;SAF=178;SAR=136;SRF=83;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457585;STB=0.524967;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000618257;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:481:483:167:168:314:315:0.652174:136:178:83:84:137:178:83:85 chr1 16862566 . G A 368.32 PASS AF=0.146691;AO=81;DP=555;FAO=82;FDP=559;FR=.;FRO=477;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=262;FSRR=215;FWDB=-0.020203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.055;QD=2.63553;RBI=0.0478949;REFB=-0.00834997;REVB=-0.0434253;RO=474;SAF=36;SAR=45;SRF=259;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13122;STB=0.593295;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0466396;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:555:559:474:477:81:82:0.146691:45:36:259:215:46:36:262:215 chr1 16863304 . T C 72.59 PASS AF=0.108571;AO=18;DP=175;FAO=19;FDP=175;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=101;FWDB=0.00228264;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.051;QD=1.6593;RBI=0.0105146;REFB=-0.00256769;REVB=-0.0102639;RO=157;SAF=11;SAR=7;SRF=56;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301789;STB=0.694083;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0149631;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:175:175:157:156:18:19:0.108571:7:11:56:101:8:11:55:101 chr1 16863308 . G T 73.1 PASS AF=0.109827;AO=19;DP=173;FAO=19;FDP=173;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=99;FWDB=0.00298279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.126;QD=1.69014;RBI=0.00725117;REFB=-0.00671695;REVB=-0.00660927;RO=153;SAF=11;SAR=8;SRF=55;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266219;STB=0.690141;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0248697;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:173:173:153:154:19:19:0.109827:8:11:55:98:8:11:55:99 chr1 16863314 . A G 112.47 PASS AF=0.136612;AO=22;DP=180;FAO=25;FDP=183;FR=.;FRO=158;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=103;FWDB=0.005831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.816;QD=2.45831;RBI=0.00583523;REFB=-0.00158367;REVB=0.000222027;RO=158;SAF=12;SAR=10;SRF=55;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246488;STB=0.677577;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0130734;OID=.;OPOS=16863314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:158:158:22:25:0.136612:10:12:55:103:11:14:55:103 chr1 16863328 . T G 146.59 PASS AF=0.162011;AO=29;DP=176;FAO=29;FDP=179;FR=.;FRO=150;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=96;FWDB=-0.0484052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.242;QD=3.27571;RBI=0.0505263;REFB=-0.0039861;REVB=-0.0144859;RO=147;SAF=15;SAR=14;SRF=51;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219901;STB=0.630649;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.034941;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:179:147:150:29:29:0.162011:14:15:51:96:14:15:54:96 chr1 16863352 . C T 209.77 PASS AF=0.213415;AO=35;DP=165;FAO=35;FDP=164;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=80;FWDB=-0.024168;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6698;QD=5.11644;RBI=0.0408148;REFB=-0.012043;REVB=-0.0328901;RO=128;SAF=20;SAR=15;SRF=49;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236716;STB=0.647279;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0528047;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:128:129:35:35:0.213415:15:20:49:79:15:20:49:80 chr1 16872420 . G GA 74.13 PASS AF=0.276923;AO=38;DP=130;FAO=36;FDP=130;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0681745;FXX=0.0225547;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2682;QD=2.28095;RBI=0.0926219;REFB=-0.0371677;REVB=0.0626981;RO=79;SAF=31;SAR=7;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398013;STB=0.659388;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=-0.0316773;OID=.;OPOS=16872421;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276923:38:130:36:130:94:27:9:52:42:74:79:31:7:41:38 chr1 16872439 . T C 384.93 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0133069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.156;QD=11.2388;RBI=0.0162751;REFB=-0.00390593;REVB=-0.00937043;RO=90;SAF=38;SAR=9;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431019;STB=0.750404;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0129911;OID=.;OPOS=16872439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:90:90:47:47:0.343066:9:38:42:48:9:38:42:48 chr1 16872517 . A C 473.58 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.0215067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.485;QD=14.916;RBI=0.0645777;REFB=-0.014114;REVB=0.0608912;RO=73;SAF=15;SAR=38;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563814;STB=0.528897;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0192681;OID=.;OPOS=16872517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:74:53:53:0.417323:38:15:24:49:38:15:24:50 chr1 16874206 . A C 57.48 PASS AF=0.097561;AO=16;DP=164;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.0309762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8775;QD=1.40185;RBI=0.0376986;REFB=-0.00170707;REVB=0.0214863;RO=146;SAF=10;SAR=6;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141848;STB=0.607557;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0190411;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:164:146:148:16:16:0.097561:6:10:74:72:6:10:75:73 chr1 16890441 . C T 159.82 PASS AF=0.128378;AO=38;DP=297;FAO=38;FDP=296;FR=.;FRO=258;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=114;FSRR=144;FWDB=-0.00720194;FXX=0.00671118;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9488;QD=2.15973;RBI=0.037204;REFB=-0.00207812;REVB=-0.0365003;RO=258;SAF=15;SAR=23;SRF=114;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611919;STB=0.542192;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0200821;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:258:258:38:38:0.128378:23:15:114:144:23:15:114:144 chr1 16890484 . G C 137.32 PASS AF=0.10199;AO=41;DP=402;FAO=41;FDP=402;FR=.;FRO=361;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=163;FSRR=198;FWDB=-0.0431861;FXX=0.00248133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.59;QD=1.36631;RBI=0.0445718;REFB=-0.00153741;REVB=-0.0110273;RO=358;SAF=19;SAR=22;SRF=162;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013475;STB=0.510747;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0125096;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:402:358:361:41:41:0.10199:22:19:162:196:22:19:163:198 chr1 16890598 . T A 1138.89 PASS AF=0.414716;AO=124;DP=299;FAO=124;FDP=299;FR=.;FRO=175;FSAF=50;FSAR=74;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=0.0123938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.028;QD=15.236;RBI=0.0123995;REFB=-0.00234396;REVB=0.000374096;RO=173;SAF=50;SAR=74;SRF=80;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632984;STB=0.532369;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00460902;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:173:175:124:124:0.414716:74:50:80:93:74:50:80:95 chr1 16890602 . T G 78.4 PASS AF=0.0887372;AO=24;DP=295;FAO=26;FDP=293;FR=.;FRO=267;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=155;FWDB=-0.00290692;FXX=0.00677943;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.947;QD=1.07029;RBI=0.0133261;REFB=-0.00479012;REVB=-0.0130052;RO=267;SAF=11;SAR=13;SRF=112;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457536;STB=0.503362;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0362986;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:295:293:267:267:24:26:0.0887372:13:11:112:155:15:11:112:155 chr1 16890607 . G A 80.63 PASS AF=0.0915493;AO=26;DP=283;FAO=26;FDP=284;FR=.;FRO=258;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=112;FSRR=146;FWDB=0.00787492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.509;QD=1.13558;RBI=0.0193458;REFB=-0.00216075;REVB=-0.0176705;RO=256;SAF=11;SAR=15;SRF=112;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174998;STB=0.510224;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0324383;OID=.;OPOS=16890607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:283:284:256:258:26:26:0.0915493:15:11:112:144:15:11:112:146 chr1 16890639 . C T 205.6 PASS AF=0.204678;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=171;FR=.;FRO=136;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=78;FWDB=-0.0173727;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.988;QD=4.80948;RBI=0.0303385;REFB=-0.00622387;REVB=-0.024872;RO=133;SAF=18;SAR=17;SRF=58;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996798;STB=0.569581;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0198015;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:133:136:35:35:0.204678:17:18:58:75:17:18:58:78 chr1 16890644 . C T 299.72 PASS AF=0.273333;AO=40;DP=149;FAO=41;FDP=150;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.020791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.72;QD=7.99259;RBI=0.0209525;REFB=-0.00920833;REVB=-0.00259641;RO=106;SAF=12;SAR=28;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265309;STB=0.667034;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0397076;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:106:109:40:41:0.273333:28:12:54:52:29:12:56:53 chr1 16890671 . TG CA 396.44 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0116355;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.655;QD=15.3958;RBI=0.0120818;REFB=-0.0206817;REVB=0.00325373;RO=57;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473605;STB=0.524944;STBP=0.651;TYPE=mnp;VARB=0.0261591;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:58:44:45:0.436893:25:19:22:35:26:19:22:36 chr1 16901668 . T C 78.36 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0402291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0611;QD=5.59726;RBI=0.0414634;REFB=0.010607;REVB=0.0100419;RO=44;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683209;STB=0.543407;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0377267;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:44:44:12:12:0.214286:5:7:28:16:5:7:28:16 chr1 16903882 . T C 107.21 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0250064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5982;QD=12.6128;RBI=0.0251406;REFB=-0.00536732;REVB=0.0025935;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274105;STB=0.516105;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0253609;OID=.;OPOS=16903882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:6:15:9:4:6:15 chr1 16907303 . C T 259.14 PASS AF=0.0888067;AO=96;DP=1082;FAO=96;FDP=1081;FR=.;FRO=985;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=517;FSRR=468;FWDB=-0.0243856;FXX=0.0027675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.621;QD=0.958894;RBI=0.0424448;REFB=-0.000266683;REVB=-0.0347405;RO=986;SAF=48;SAR=48;SRF=517;SRR=469;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029188;STB=0.522659;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00241067;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1082:1081:986:985:96:96:0.0888067:48:48:517:469:48:48:517:468 chr1 16907328 . G T 4963.14 PASS AF=0.553957;AO=462;DP=830;FAO=462;FDP=834;FR=.;FRO=372;FSAF=217;FSAR=245;FSRF=206;FSRR=166;FWDB=-0.00121344;FXX=0.00239232;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.719;QD=23.804;RBI=0.0094249;REFB=-0.0135671;REVB=-0.00934646;RO=368;SAF=217;SAR=245;SRF=203;SRR=165;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670141;STB=0.537463;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0103365;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:830:834:368:372:462:462:0.553957:245:217:203:165:245:217:206:166 chr1 16909052 . C T 2838.59 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.69;QD=62.7314;RBI=0.0319892;REFB=0;REVB=0.0141618;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93547e-06;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:165:181:0:0:165:181:1:89:76:0:0:89:92:0:0 chr1 16909100 . G C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00548594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.075;QD=14.262;RBI=0.010832;REFB=-0.0137891;REVB=0.00934005;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322429;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0324759;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:15:9:11:5:15:9 chr1 16913612 . G A 143.32 PASS AF=0.130952;AO=33;DP=252;FAO=33;FDP=252;FR=.;FRO=219;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=101;FSRR=118;FWDB=0.0205243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2857;QD=2.27496;RBI=0.0282039;REFB=-0.0030872;REVB=0.0193445;RO=215;SAF=19;SAR=14;SRF=100;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139826;STB=0.598795;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0217895;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:215:219:33:33:0.130952:14:19:100:115:14:19:101:118 chr1 16913633 . G T 69.76 PASS AF=0.0909091;AO=22;DP=238;FAO=22;FDP=242;FR=.;FRO=220;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=107;FSRR=113;FWDB=-0.0175871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.787;QD=1.15303;RBI=0.0278598;REFB=-0.00296371;REVB=-0.021607;RO=216;SAF=8;SAR=14;SRF=104;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141551;STB=0.612996;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0243171;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:238:242:216:220:22:22:0.0909091:14:8:104:112:14:8:107:113 chr1 16914252 . C T 93.78 PASS AF=0.0909091;AO=31;DP=342;FAO=31;FDP=341;FR=.;FRO=310;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=175;FSRR=135;FWDB=-0.0434776;FXX=0.00292389;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6867;QD=1.10005;RBI=0.0461119;REFB=-0.00117876;REVB=0.0153625;RO=311;SAF=16;SAR=15;SRF=175;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558349;STB=0.544131;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0119338;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:342:341:311:310:31:31:0.0909091:15:16:175:136:15:16:175:135 chr1 16915357 . C T 136.41 PASS AF=0.326923;AO=15;DP=50;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00563788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.517;QD=10.4929;RBI=0.0121078;REFB=-0.0109428;REVB=0.0107151;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53394;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0204967;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:35:35:15:17:0.326923:6:9:21:14:6:11:21:14 chr1 16918498 . G A 157.46 PASS AF=0.116809;AO=40;DP=351;FAO=41;FDP=351;FR=.;FRO=310;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=142;FSRR=168;FWDB=-0.0348751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.47;QD=1.79437;RBI=0.0349259;REFB=-0.00351412;REVB=-0.00188337;RO=310;SAF=21;SAR=19;SRF=142;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083516;STB=0.547702;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0247674;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:310:310:40:41:0.116809:19:21:142:168:20:21:142:168 chr1 16918502 . A G 1213.58 PASS AF=0.435897;AO=128;DP=305;FAO=136;FDP=312;FR=.;FRO=176;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=79;FSRR=97;FWDB=0.0248901;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.683;QD=15.5587;RBI=0.042558;REFB=-0.00704373;REVB=0.0345206;RO=176;SAF=61;SAR=67;SRF=79;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288951;STB=0.50816;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0126985;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:312:176:176:128:136:0.435897:67:61:79:97:73:63:79:97 chr1 17004785 . A C 800.88 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1241;QD=57.2057;RBI=0.0695487;REFB=0;REVB=-0.0440226;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653403;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr1 17017717 . C T 213.65 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=131;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.00213339;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.073;QD=6.57376;RBI=0.0171835;REFB=-0.0122811;REVB=-0.0170505;RO=97;SAF=10;SAR=22;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246533;STB=0.64632;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0347622;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:97:98:32:32:0.246154:22:10:49:48:22:10:49:49 chr1 17017734 . C T 192.12 PASS AF=0.252174;AO=29;DP=115;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00126879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.222;QD=6.68246;RBI=0.00236481;REFB=-0.00978324;REVB=0.00199562;RO=86;SAF=10;SAR=19;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154524;STB=0.593684;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0305733;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:86:86:29:29:0.252174:19:10:40:46:19:10:40:46 chr1 17022952 . C A 1391.35 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0499136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.047;QD=55.1029;RBI=0.0792677;REFB=-0.139577;REVB=0.0615792;RO=4;SAF=59;SAR=38;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850368;STB=0.504488;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00731381;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:101:101:4:4:97:97:0.960396:38:59:2:2:38:59:2:2 chr1 17023110 . G A 287.94 PASS AF=0.195402;AO=51;DP=260;FAO=51;FDP=261;FR=.;FRO=210;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=102;FSRR=108;FWDB=-0.0435357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4716;QD=4.41286;RBI=0.0462262;REFB=-0.00783148;REVB=0.0155404;RO=209;SAF=28;SAR=23;SRF=101;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846827;STB=0.550896;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0377697;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:209:210:51:51:0.195402:23:28:101:108:23:28:102:108 chr1 17023143 . C T 407.84 PASS AF=0.277512;AO=58;DP=209;FAO=58;FDP=209;FR=.;FRO=151;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.00654885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.363;QD=7.80562;RBI=0.0143298;REFB=-0.0156564;REVB=-0.0127458;RO=149;SAF=25;SAR=33;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561743;STB=0.53818;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0362676;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:149:151:58:58:0.277512:33:25:71:78:33:25:73:78 chr1 17023182 . C G 241.21 PASS AF=0.253623;AO=35;DP=138;FAO=35;FDP=138;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0251356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.033;QD=6.99166;RBI=0.087314;REFB=-0.00271718;REVB=-0.0836178;RO=99;SAF=15;SAR=20;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180203;STB=0.59254;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00504092;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:99:103:35:35:0.253623:20:15:57:42:20:15:57:46 chr1 17023376 . C T 600.48 PASS AF=0.345622;AO=75;DP=217;FAO=75;FDP=217;FR=.;FRO=142;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=57;FSRR=85;FWDB=-0.038403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.028;QD=11.0687;RBI=0.055909;REFB=-0.0202877;REVB=0.0406329;RO=140;SAF=33;SAR=42;SRF=57;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038276;STB=0.525774;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0371523;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:140:142:75:75:0.345622:42:33:57:83:42:33:57:85 chr1 17023403 . G A 174.13 PASS AF=0.183908;AO=30;DP=176;FAO=32;FDP=174;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=88;FWDB=-0.0268208;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0234;QD=4.00301;RBI=0.0271196;REFB=-0.00673157;REVB=-0.00401453;RO=139;SAF=8;SAR=22;SRF=53;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166628;STB=0.624078;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0328729;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:174:139:142:30:32:0.183908:22:8:53:86:24:8:54:88 chr1 17026043 . G A 49.87 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0184468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.374;QD=5.69934;RBI=0.0773875;REFB=-0.0111948;REVB=0.0751567;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125971;STB=0.599771;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0424347;OID=.;OPOS=17026043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:35:35:25:27:8:8:0.228571:3:5:18:7:3:5:20:7 chr1 17026087 . G A 227.83 PASS AF=0.298969;AO=26;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=0.00419714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.231;QD=9.39498;RBI=0.107246;REFB=-0.0134982;REVB=0.107164;RO=57;SAF=18;SAR=8;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630765;STB=0.502261;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0269262;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:68:26:29:0.298969:8:18:42:15:11:18:42:26 chr1 17030504 . T A 1761.61 PASS AF=0.37613;AO=207;DP=559;FAO=208;FDP=553;FR=.;FRO=345;FSAF=119;FSAR=89;FSRF=168;FSRR=177;FWDB=0.0035567;FXX=0.0107333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1057;QD=12.7422;RBI=0.0146809;REFB=-0.0358516;REVB=0.0142435;RO=341;SAF=119;SAR=88;SRF=168;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916024;STB=0.553416;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0247533;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:553:341:345:207:208:0.37613:88:119:168:173:89:119:168:177 chr1 17030515 . G A 1534.78 PASS AF=0.348457;AO=190;DP=550;FAO=192;FDP=551;FR=.;FRO=359;FSAF=105;FSAR=87;FSRF=170;FSRR=189;FWDB=0.00513432;FXX=0.00181156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7477;QD=11.1418;RBI=0.0128682;REFB=-0.0153961;REVB=-0.0117995;RO=353;SAF=105;SAR=85;SRF=170;SRR=183;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815386;STB=0.547769;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0502024;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:551:353:359:190:192:0.348457:85:105:170:183:87:105:170:189 chr1 17030518 . CT TG 1565.11 PASS AF=0.351103;AO=190;DP=553;FAO=191;FDP=544;FR=.;FRO=353;FSAF=102;FSAR=89;FSRF=173;FSRR=180;FWDB=-0.0418495;FXX=0.0198195;HRUN=1;LEN=2;MLLD=87.3692;QD=11.5082;RBI=0.0656431;REFB=-0.0203832;REVB=-0.050573;RO=341;SAF=102;SAR=88;SRF=169;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468838;STB=0.528535;STBP=0.332;TYPE=mnp;VARB=0.0320442;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:553:544:341:353:190:191:0.351103:88:102:169:172:89:102:173:180 chr1 17030590 . G A 1604.34 PASS AF=0.435;AO=174;DP=402;FAO=174;FDP=400;FR=.;FRO=226;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=112;FSRR=114;FWDB=0.0117898;FXX=0.00744398;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6124;QD=16.0434;RBI=0.0273487;REFB=-0.0125236;REVB=0.024677;RO=221;SAF=77;SAR=97;SRF=112;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652037;STB=0.530158;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0180394;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:402:400:221:226:174:174:0.435:97:77:112:109:97:77:112:114 chr1 17033805 . C T 361.48 PASS AF=0.180628;AO=68;DP=382;FAO=69;FDP=382;FR=.;FRO=313;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=154;FSRR=159;FWDB=-0.011404;FXX=0.0052082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.483;QD=3.78515;RBI=0.0223116;REFB=-0.00917432;REVB=-0.019177;RO=309;SAF=34;SAR=34;SRF=151;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146895;STB=0.500607;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0444192;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:309:313:68:69:0.180628:34:34:151:158:35:34:154:159 chr1 17033854 . C T 2133.04 PASS AF=0.621359;AO=190;DP=310;FAO=192;FDP=309;FR=.;FRO=117;FSAF=86;FSAR=106;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.0415251;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.183;QD=27.6121;RBI=0.043446;REFB=-0.0426803;REVB=0.0127758;RO=117;SAF=86;SAR=104;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119576;STB=0.504605;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0179137;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:309:117:117:190:192:0.621359:104:86:51:66:106:86:51:66 chr1 17034041 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0390832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.055;QD=22.9154;RBI=0.0393934;REFB=-0.0201566;REVB=0.00493405;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00504393;OID=.;OPOS=17034041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:4:0:5:4:4:0 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 92.76 PASS AF=0.12963;AO=21;DP=166;FAO=21;FDP=162;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=63;FWDB=-0.013467;FXX=0.0357122;HRUN=1;LEN=8;MLLD=311.232;QD=2.29034;RBI=0.0138205;REFB=-0.00423214;REVB=-0.00310574;RO=140;SAF=9;SAR=12;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151345;STB=0.607229;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0329707;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963:21:166:21:162:141:9:12:78:63:92:140:9:12:77:63 chr1 17046456 . T C 979.65 PASS AF=0.459821;AO=102;DP=223;FAO=103;FDP=224;FR=.;FRO=121;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.00840242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.618;QD=17.4937;RBI=0.0340235;REFB=-0.0100798;REVB=-0.0329697;RO=119;SAF=41;SAR=61;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929738;STB=0.552827;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.01226;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:119:121:102:103:0.459821:61:41:59:60:61:42:61:60 chr1 17052116 . CG GC 52.96 PASS AF=0.0522959;AO=41;DP=781;FAO=41;FDP=784;FR=.;FRO=743;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=434;FSRR=309;FWDB=-0.00158448;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.102;QD=0.270222;RBI=0.0396869;REFB=-0.00194841;REVB=-0.0396552;RO=731;SAF=27;SAR=14;SRF=427;SRR=304;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785899;STB=0.574658;STBP=0.318;TYPE=mnp;VARB=0.0374343;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:781:784:731:743:41:41:0.0522959:14:27:427:304:14:27:434:309 chr1 17053766 . G A 2551.28 PASS AF=0.818966;AO=189;DP=231;FAO=190;FDP=232;FR=.;FRO=42;FSAF=93;FSAR=97;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0044935;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.611;QD=43.9876;RBI=0.0378101;REFB=-0.0404148;REVB=0.0375422;RO=40;SAF=93;SAR=96;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052054;STB=0.523442;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00728841;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:40:42:189:190:0.818966:96:93:26:14:97:93:26:16 chr1 17053782 . C G 1808.45 PASS AF=0.704225;AO=149;DP=256;FAO=150;FDP=213;FR=.;FRO=63;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.031163;FXX=0.167962;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8371;QD=33.9614;RBI=0.0645141;REFB=-0.0136149;REVB=-0.0564883;RO=62;SAF=70;SAR=79;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278652;STB=0.516066;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00589897;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:213:62:63:149:150:0.704225:79:70:26:36:80:70:26:37 chr1 17053809 . C T 192.84 PASS AF=0.153846;AO=39;DP=259;FAO=40;FDP=260;FR=.;FRO=220;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=97;FSRR=123;FWDB=-0.0249405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.147;QD=2.96679;RBI=0.0471669;REFB=-0.0141897;REVB=-0.0400336;RO=219;SAF=24;SAR=15;SRF=96;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224906;STB=0.632712;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0588466;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:219:220:39:40:0.153846:15:24:96:123:16:24:97:123 chr1 17053812 . C T 405.32 PASS AF=0.255144;AO=60;DP=243;FAO=62;FDP=243;FR=.,HEALED;FRO=181;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=74;FSRR=107;FWDB=-0.0861937;FXX=0.00409819;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2717;QD=6.672;RBI=0.0869994;REFB=-0.0249596;REVB=0.0118129;RO=151;SAF=26;SAR=34;SRF=47;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156567;STB=0.532352;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0440437;OID=.;OPOS=17053812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:151:181:60:62:0.255144:34:26:47:104:34:28:74:107 chr1 17053826 . C T 411.71 PASS AF=0.257511;AO=60;DP=234;FAO=60;FDP=233;FR=.;FRO=173;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=108;FWDB=-0.0103929;FXX=0.00427332;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.058;QD=7.06803;RBI=0.0441088;REFB=-0.0107983;REVB=-0.042867;RO=170;SAF=26;SAR=34;SRF=62;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885056;STB=0.544047;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0257389;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:170:173:60:60:0.257511:34:26:62:108:34:26:65:108 chr1 17053834 . A AC 862.0 PASS AF=0.539171;AO=117;DP=223;FAO=117;FDP=217;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=84;FSRF=50;FSRR=50;FWDB=-0.000326432;FXX=0.0180987;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.764;QD=15.8893;RBI=0.000552741;REFB=-0.0170874;REVB=0.000446055;RO=104;SAF=33;SAR=84;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199472;STB=0.611881;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00884008;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539171:117:223:117:217:100:33:84:50:50:99:104:33:84:51:53 chr1 17053861 . C T 1300.16 PASS AF=0.59596;AO=98;DP=178;FAO=118;FDP=198;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=84;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0126178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.973;QD=26.2659;RBI=0.0228281;REFB=-0.0191367;REVB=0.019024;RO=78;SAF=28;SAR=70;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161262;STB=0.580029;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0167867;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:198:78:80:98:118:0.59596:70:28:36:42:84:34:37:43 chr1 17083776 . C A 87.47 PASS AF=0.16;AO=16;DP=104;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=20;FWDB=-0.0531228;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.44;QD=3.49892;RBI=0.0531452;REFB=-0.0172619;REVB=-0.00154539;RO=85;SAF=7;SAR=9;SRF=65;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41419;STB=0.758654;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.052733;OID=.;OPOS=17083776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:104:100:85:84:16:16:0.16:9:7:65:20:9:7:64:20 chr1 17084510 . G A 909.13 PASS AF=0.426724;AO=98;DP=230;FAO=99;FDP=232;FR=.;FRO=133;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=64;FSRR=69;FWDB=0.0421992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0217;QD=15.6747;RBI=0.0591563;REFB=0.00802819;REVB=0.0414571;RO=132;SAF=50;SAR=48;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338897;STB=0.513666;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00941384;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:132:133:98:99:0.426724:48:50:63:69:49:50:64:69 chr1 17084536 . TGGAACA T 349.5 PASS AF=0.394904;AO=58;DP=159;FAO=62;FDP=157;FR=.;FRO=95;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0136654;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=6;MLLD=331.308;QD=8.90444;RBI=0.0139261;REFB=-0.00667285;REVB=0.00268192;RO=95;SAF=23;SAR=35;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.10931;STB=0.536109;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.0109359;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394904:58:159:62:157:95:27:35:47:48:99:95:23:35:47:48 chr1 17084581 . T C 31.99 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.03186;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.694;QD=1.39106;RBI=0.0319308;REFB=-0.00664757;REVB=0.00212522;RO=83;SAF=4;SAR=4;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00679071;STB=0.510843;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0333913;OID=.;OPOS=17084581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:93:92:83:84:8:8:0.0869565:4:4:42:41:4:4:43:41 chr1 17084755 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.405;QD=39.2066;RBI=0.0634405;REFB=0;REVB=0.0200897;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000557538;OID=.;OPOS=17084755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 17084968 . G C 276.75 PASS AF=0.347368;AO=30;DP=93;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0137844;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.662;QD=11.6527;RBI=0.0138111;REFB=-0.0194231;REVB=-0.000858439;RO=61;SAF=18;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787785;STB=0.506325;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0380985;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:61:62:30:33:0.347368:12:18:37:24:13:20:37:25 chr1 17085006 . C T 119.06 PASS AF=0.165468;AO=21;DP=137;FAO=23;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=116;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=47;FWDB=-0.019767;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.116;QD=3.42613;RBI=0.0219126;REFB=-0.00714145;REVB=-0.00945667;RO=95;SAF=14;SAR=7;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771114;STB=0.592103;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0447033;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:95:116:21:23:0.165468:7:14:58:37:7:16:69:47 chr1 17085412 . C T 149.78 PASS AF=0.132576;AO=35;DP=264;FAO=35;FDP=264;FR=.;FRO=229;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=87;FSRR=142;FWDB=0.0468045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.814;QD=2.26938;RBI=0.0469225;REFB=-0.0104141;REVB=-0.00332615;RO=226;SAF=16;SAR=19;SRF=84;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111904;STB=0.568239;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0641659;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:226:229:35:35:0.132576:19:16:84:142:19:16:87:142 chr1 17085427 . T C 155.7 PASS AF=0.134831;AO=36;DP=266;FAO=36;FDP=267;FR=.;FRO=231;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=88;FSRR=143;FWDB=-0.0138613;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.118;QD=2.33261;RBI=0.013862;REFB=-0.00142114;REVB=-0.000134388;RO=229;SAF=15;SAR=21;SRF=87;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488595;STB=0.532104;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0164605;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:229:231:36:36:0.134831:21:15:87:142:21:15:88:143 chr1 17085502 . T C 1494.32 PASS AF=0.867188;AO=107;DP=123;FAO=111;FDP=128;FR=.;FRO=17;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0334225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.216;QD=46.6976;RBI=0.033583;REFB=-0.0209155;REVB=0.00327935;RO=16;SAF=50;SAR=57;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227903;STB=0.508751;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00365124;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:123:128:16:17:107:111:0.867188:57:50:6:10:58:53:7:10 chr1 17085834 . G T 755.43 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412202;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.924;QD=57.0135;RBI=0.0581866;REFB=0;REVB=0.0410679;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020914;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr1 17086052 . T C 74.16 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.4476;QD=37.0777;RBI=0.158525;REFB=0;REVB=0.156794;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113249;OID=.;OPOS=17086052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 17086941 . C T 202.52 PASS AF=0.26087;AO=30;DP=115;FAO=30;FDP=115;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0114459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.694;QD=7.04425;RBI=0.0389573;REFB=-0.00702557;REVB=-0.0372379;RO=85;SAF=12;SAR=18;SRF=33;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151444;STB=0.509085;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0185192;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:85:85:30:30:0.26087:18:12:33:52:18:12:33:52 chr1 17087244 . AC A 206.08 PASS AF=0.495238;AO=46;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=-0.0227586;FXX=0.00943307;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.9826;QD=7.85083;RBI=0.183694;REFB=0.0240312;REVB=0.182279;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=10;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.0882373;STB=0.541048;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.0347401;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495238:46:105:52:105:53:14:38:11:42:99:48:13:33:10:38 chr1 17087262 . C T 273.92 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=72;FWDB=0.0554737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1144;QD=7.9976;RBI=0.0739964;REFB=0.0015689;REVB=0.0489709;RO=99;SAF=10;SAR=28;SRF=27;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014898;STB=0.508836;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00218837;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:99:99:38:38:0.277372:28:10:27:72:28:10:27:72 chr1 17087305 . G C 34.92 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=106;FWDB=-0.0417554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.068;QD=0.862231;RBI=0.0643239;REFB=-0.00326892;REVB=-0.0489291;RO=150;SAF=7;SAR=5;SRF=44;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325486;STB=0.752565;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0476958;OID=.;OPOS=17087305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:162:162:150:150:12:12:0.0740741:5:7:44:106:5:7:44:106 chr1 17087365 . C G 1004.13 PASS AF=0.503597;AO=67;DP=132;FAO=70;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00738587;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.392;QD=28.8957;RBI=0.0205375;REFB=-0.0507308;REVB=0.0191634;RO=49;SAF=39;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150507;STB=0.577443;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0161676;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:139:49:48:67:70:0.503597:28:39:19:30:29:41:19:29 chr1 17087367 . C G 115.2 PASS AF=0.180556;AO=25;DP=138;FAO=26;FDP=144;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.0041658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1367;QD=3.20009;RBI=0.0233795;REFB=-0.0550079;REVB=0.0230053;RO=112;SAF=5;SAR=20;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430516;STB=0.784928;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.258647;OID=.;OPOS=17087367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:112:118:25:26:0.180556:20:5:59:53:21:5:62:56 chr1 17087465 . G A 396.7 PASS AF=0.272727;AO=56;DP=209;FAO=57;FDP=209;FR=.;FRO=152;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=98;FSRR=54;FWDB=-0.0294058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.541;QD=7.59225;RBI=0.0294349;REFB=-0.0165011;REVB=-0.00130695;RO=151;SAF=23;SAR=33;SRF=98;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287883;STB=0.658436;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0480309;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:151:152:56:57:0.272727:33:23:98:53:33:24:98:54 chr1 17087521 . G A 239.26 PASS AF=0.197183;AO=42;DP=212;FAO=42;FDP=213;FR=.;FRO=171;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=79;FWDB=-0.0374033;FXX=0.00930189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.746;QD=4.49318;RBI=0.049887;REFB=-0.00872693;REVB=-0.0330107;RO=169;SAF=32;SAR=10;SRF=91;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310125;STB=0.696574;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0376034;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:169:171:42:42:0.197183:10:32:91:78:10:32:92:79 chr1 17087541 . GGTGCT G 95.45 PASS AF=0.177665;AO=33;DP=202;FAO=35;FDP=197;FR=.;FRO=162;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=96;FSRR=66;FWDB=0.00619334;FXX=0.0149993;HRUN=2;LEN=5;MLLD=273.912;QD=1.93808;RBI=0.0266059;REFB=-0.00253599;REVB=-0.025875;RO=161;SAF=11;SAR=22;SRF=94;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315595;STB=0.676921;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0137114;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177665:33:202:35:197:162:13:22:96:66:95:161:11:22:94:67 chr1 17087582 . G A 396.99 PASS AF=0.322981;AO=52;DP=160;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00249224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.797;QD=9.86307;RBI=0.0125932;REFB=-0.00539256;REVB=0.0123441;RO=107;SAF=28;SAR=24;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042165;STB=0.501922;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0118591;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:107:109:52:52:0.322981:24:28:58:49:24:28:59:50 chr1 17185437 . C T 78.11 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0222969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.178;QD=3.06305;RBI=0.0575946;REFB=-0.00375323;REVB=-0.0531035;RO=86;SAF=12;SAR=3;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321413;STB=0.728557;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0337887;OID=.;OPOS=17185437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:86:87:15:15:0.147059:3:12:49:37:3:12:49:38 chr1 17185500 . C T 166.84 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=-0.0166867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.698;QD=5.47026;RBI=0.0168356;REFB=-0.0051221;REVB=0.00223383;RO=95;SAF=16;SAR=11;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714574;STB=0.544185;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.016671;OID=.;OPOS=17185500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:95:95:27:27:0.221311:11:16:51:44:11:16:51:44 chr1 17186685 . T C 67.41 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.0552416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7575;QD=1.99743;RBI=0.0664934;REFB=-0.00311308;REVB=0.03701;RO=119;SAF=8;SAR=8;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13045;STB=0.592481;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0215182;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:119:119:16:16:0.118519:8:8:72:47:8:8:72:47 chr1 17186719 . T G 168.08 PASS AF=0.181287;AO=31;DP=170;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=0.00320427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4285;QD=3.93177;RBI=0.0739067;REFB=0.000595521;REVB=0.0738372;RO=139;SAF=14;SAR=17;SRF=78;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139753;STB=0.585713;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00122766;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:139:140:31:31:0.181287:17:14:78:61:17:14:78:62 chr1 17197563 . G T 351.58 PASS AF=0.284884;AO=49;DP=172;FAO=49;FDP=172;FR=.;FRO=123;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=-0.0305344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.955;QD=8.17632;RBI=0.0556015;REFB=-0.0151528;REVB=-0.0464669;RO=120;SAF=37;SAR=12;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247736;STB=0.651872;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0372915;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:120:123:49:49:0.284884:12:37:69:51:12:37:70:53 chr1 17197571 . G A 143.19 PASS AF=0.15508;AO=29;DP=187;FAO=29;FDP=187;FR=.;FRO=158;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=93;FSRR=65;FWDB=-0.0223832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.678;QD=3.06282;RBI=0.0248278;REFB=-0.00481132;REVB=-0.0107429;RO=157;SAF=22;SAR=7;SRF=93;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237966;STB=0.662918;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0497635;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:157:158:29:29:0.15508:7:22:93:64:7:22:93:65 chr1 17197595 . A C 172.74 PASS AF=0.164251;AO=34;DP=210;FAO=34;FDP=207;FR=.;FRO=173;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=97;FSRR=76;FWDB=-0.0136462;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.502;QD=3.338;RBI=0.0619414;REFB=-0.00598913;REVB=-0.0604195;RO=175;SAF=26;SAR=8;SRF=97;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293582;STB=0.689275;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0314489;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:207:175:173:34:34:0.164251:8:26:97:78:8:26:97:76 chr1 17197609 . T C 173.44 PASS AF=0.158371;AO=35;DP=223;FAO=35;FDP=221;FR=.;FRO=186;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=0.00445468;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.065;QD=3.13922;RBI=0.0163726;REFB=-0.00211095;REVB=0.0157549;RO=184;SAF=27;SAR=8;SRF=95;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345212;STB=0.728788;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0105992;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:184:186:35:35:0.158371:8:27:95:89:8:27:96:90 chr1 17197615 . C A 196.62 PASS AF=0.173516;AO=37;DP=218;FAO=38;FDP=219;FR=.;FRO=181;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=90;FSRR=91;FWDB=0.0211105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.152;QD=3.59121;RBI=0.0232101;REFB=-0.00918106;REVB=0.0096465;RO=175;SAF=27;SAR=10;SRF=89;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29523;STB=0.681417;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0317602;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:175:181:37:38:0.173516:10:27:89:86:11:27:90:91 chr1 17197619 . A G 205.02 PASS AF=0.179724;AO=37;DP=217;FAO=39;FDP=217;FR=.;FRO=178;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=88;FSRR=90;FWDB=0.000846449;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.842;QD=3.77922;RBI=0.0064643;REFB=-0.00976329;REVB=-0.00640865;RO=177;SAF=26;SAR=11;SRF=87;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276935;STB=0.666096;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0317728;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:177:178:37:39:0.179724:11:26:87:90:12:27:88:90 chr1 17199074 . T C 249.49 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0406774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.501;QD=18.4804;RBI=0.0407487;REFB=-0.011098;REVB=0.00240924;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254169;STB=0.630978;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.055553;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:13:13:21:6:13:14:21:6 chr1 17199076 . T A 255.15 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.020943;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.309;QD=19.2562;RBI=0.0234063;REFB=-0.0317994;REVB=0.0104521;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123356;STB=0.619913;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0607759;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:18:24:26:26:0.490566:13:13:12:6:13:13:18:6 chr1 17200217 . G A 31.08 PASS AF=0.0521092;AO=21;DP=392;FAO=21;FDP=403;FR=.;FRO=382;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=190;FSRR=192;FWDB=0.00410677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2729;QD=0.308519;RBI=0.0550206;REFB=-0.00400202;REVB=0.0548671;RO=371;SAF=8;SAR=13;SRF=182;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11039;STB=0.610715;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0411799;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:392:403:371:382:21:21:0.0521092:13:8:182:189:13:8:190:192 chr1 17200227 . C A 41.5 PASS AF=0.0555556;AO=26;DP=468;FAO=26;FDP=468;FR=.;FRO=442;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=209;FSRR=233;FWDB=-0.00969085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8259;QD=0.354728;RBI=0.0267676;REFB=0.0015856;REVB=-0.0249518;RO=438;SAF=18;SAR=8;SRF=207;SRR=231;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223763;STB=0.704752;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0205243;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:468:468:438:442:26:26:0.0555556:8:18:207:231:8:18:209:233 chr1 17200270 . T G 3457.39 PASS AF=0.51926;AO=333;DP=648;FAO=337;FDP=649;FR=.;FRO=312;FSAF=166;FSAR=171;FSRF=151;FSRR=161;FWDB=0.0389622;FXX=0.00612548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9332;QD=21.309;RBI=0.0560252;REFB=-0.036595;REVB=0.0402589;RO=312;SAF=165;SAR=168;SRF=151;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102229;STB=0.504139;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0325307;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:648:649:312:312:333:337:0.51926:168:165:151:161:171:166:151:161 chr1 17200289 . C T 3831.21 PASS AF=0.530435;AO=341;DP=663;FAO=366;FDP=690;FR=.;FRO=324;FSAF=190;FSAR=176;FSRF=163;FSRR=161;FWDB=-0.0389862;FXX=0.00289013;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.768;QD=22.2099;RBI=0.108308;REFB=-0.0636745;REVB=0.101048;RO=322;SAF=189;SAR=152;SRF=161;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485935;STB=0.507538;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0556144;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:663:690:322:324:341:366:0.530435:152:189:161:161:176:190:163:161 chr1 17250836 . A G 82.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0284121;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.348;QD=8.22786;RBI=0.0569506;REFB=-0.0151668;REVB=-0.0493571;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858716;STB=0.538391;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0501585;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:40:30:29:11:11:0.275:4:7:17:13:4:7:17:12 chr1 17264920 . C T 160.21 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0685806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7624;QD=6.81761;RBI=0.0691944;REFB=-0.0124169;REVB=0.00919603;RO=71;SAF=13;SAR=10;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879233;STB=0.55339;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0139085;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:10:13:45:26:10:13:45:26 chr1 17264939 . T C 183.68 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0249617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.532;QD=8.07372;RBI=0.0385094;REFB=-0.0154511;REVB=-0.0293239;RO=63;SAF=15;SAR=10;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647308;STB=0.551362;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0381059;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:63:66:25:25:0.274725:10:15:41:22:10:15:44:22 chr1 17267302 . A G 63.69 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0132287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.58;QD=10.1911;RBI=0.0133765;REFB=-0.00994908;REVB=0.00198246;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198652;STB=0.621926;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0343971;OID=.;OPOS=17267302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:10:6:2:7:10:6 chr1 17270751 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0645734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4651;QD=7.83712;RBI=0.0948863;REFB=0.00632196;REVB=0.0695247;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00400161;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:6:10:2:5:6:10 chr1 17273396 . A G 57.48 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0849026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.535;QD=4.50809;RBI=0.0861957;REFB=-0.00299492;REVB=-0.0148746;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275742;STB=0.69189;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0133633;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:41:42:9:9:0.176471:3:6:18:23:3:6:18:24 chr1 17273397 . C T 121.02 PASS AF=0.3;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0112315;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.098;QD=9.68119;RBI=0.0128797;REFB=-0.0172385;REVB=0.00630407;RO=35;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13374;STB=0.580537;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0283323;OID=.;OPOS=17273397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:35:15:15:0.3:9:6:18:17:9:6:18:17 chr1 17273401 . T C 130.76 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0986719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1885;QD=10.256;RBI=0.100551;REFB=-0.0344731;REVB=-0.0193493;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162099;STB=0.596892;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0566764;OID=.;OPOS=17273401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:10:6:18:17:10:6:18:17 chr1 17273444 . G A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0520756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.44;QD=6.31115;RBI=0.0563282;REFB=0.00140024;REVB=0.0214707;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249127;STB=0.660047;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00763876;OID=.;OPOS=17273444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:7:3:17:17:7:3:17:17 chr1 17292566 . A AG 78.68 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=81;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0144972;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.3186;QD=4.08723;RBI=0.0314704;REFB=-0.0211068;REVB=-0.0279324;RO=56;SAF=23;SAR=1;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.754591;STB=0.853592;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.229011;OID=.;OPOS=17292567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:24:81:21:77:56:18:3:21:35:78:56:23:1:20:36 chr1 17295679 . T C 822.12 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000501378;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.613;QD=57.6923;RBI=0.0399919;REFB=0;REVB=0.0399887;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218248;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr1 17301780 . A G 301.66 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00859192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.798;QD=21.5473;RBI=0.0662865;REFB=-0.0277689;REVB=-0.0657273;RO=24;SAF=23;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250987;STB=0.650282;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0128349;OID=.;OPOS=17301780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:8:23:11:13:8:23:11:14 chr1 17312743 . C T 64.93 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0897899;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.781;QD=9.27545;RBI=0.091802;REFB=-0.0157573;REVB=-0.0191154;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256909;STB=0.659988;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0196619;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:8:11:7:2:8:11 chr1 17313343 . G A 282.25 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0625905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2232;QD=22.5803;RBI=0.0740846;REFB=-0.0028986;REVB=0.0396353;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715993;STB=0.539969;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00233179;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:10:14:13:13:10:14 chr1 17313454 . G A 86.36 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0124084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.449;QD=12.3375;RBI=0.0124195;REFB=-0.00573179;REVB=0.000524804;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201167;STB=0.60246;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00534901;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:9:7:7:4:9:8 chr1 17313567 . GC G 30.26 PASS AF=0.36;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00248337;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.75452;QD=4.84234;RBI=0.0814151;REFB=-0.0989484;REVB=0.0813773;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0.452381;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.651856;STBP=0.298;TYPE=del;VARB=0.178792;OID=.;OPOS=17313568;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:8:26:9:25:16:4:5:11:5:30:13:4:4:7:6 chr1 17313654 . C T 194.27 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0206577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.955;QD=24.2842;RBI=0.0273424;REFB=-0.033844;REVB=-0.0179127;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302134;STB=0.667566;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0152327;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:2:11:8:11:2:11 chr1 17314702 . C T 449.25 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00343492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.847;QD=17.2788;RBI=0.0250214;REFB=-0.000604478;REVB=0.0247845;RO=54;SAF=37;SAR=11;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207804;STB=0.62652;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000658259;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:48:49:0.471154:11:37:32:22:11:38:32:23 chr1 17314942 . G A 327.05 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00901355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0828;QD=17.6785;RBI=0.0393556;REFB=-0.0188143;REVB=0.0383095;RO=39;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429207;STB=0.524037;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0219824;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:23:12:15:24:23:12:15:24 chr1 17319011 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.000686688;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.031;QD=8.23034;RBI=0.0125616;REFB=-0.00522895;REVB=0.0125428;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128725;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:15:10:4:6:15:10 chr1 17380497 . G C,T 2394.05 PASS AF=0.0297619,0.940476;AO=6,157;DP=168;FAO=5,158;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=2,91;FSAR=3,67;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0625671,0.0768024;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=141.192,196.721;QD=57.0013;RBI=0.063902,0.0779877;REFB=-0.00675838,-0.0547814;REVB=-0.0129935,0.0135453;RO=5;SAF=3,90;SAR=3,67;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.391876,0.0341829;STB=0.726606,0.517983;STBP=0.354,0.013;TYPE=snp,snp;VARB=0.150189,0.000994727;OID=.,.;OPOS=17380497,17380497;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:168:168:5:5:6,157:5,158:0.0297619,0.940476:3,67:3,90:0:5:3,67:2,91:0:5 chr1 17394613 . T C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.003;QD=60.7141;RBI=0.0721348;REFB=0;REVB=0.0714836;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194811;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr1 17394623 . C T 1227.27 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.292;QD=61.3633;RBI=0.0402436;REFB=0;REVB=-0.0110537;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05256e-05;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr1 17395480 . G A 837.37 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0220915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.06;QD=52.3358;RBI=0.0764149;REFB=-0.219974;REVB=0.0731519;RO=1;SAF=47;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349148;STB=0.54837;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00280083;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:1:3:60:61:0.953125:13:47:0:1:14:47:0:3 chr1 17395521 . G A 1354.44 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.778;QD=60.1974;RBI=0.110339;REFB=-0.15656;REVB=0.108229;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.50877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000799058;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:90:0:1:88:89:0.988889:27:61:0:0:28:61:0:1 chr1 17396703 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.51;QD=62.9792;RBI=0.0130023;REFB=0;REVB=0.000146448;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14939e-05;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr1 17402255 . C T 605.74 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.438;QD=60.5743;RBI=0.122934;REFB=0;REVB=0.0243319;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347107;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:23:17:0:0 chr1 17405809 . G A 875.53 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176145;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.102;QD=56.4858;RBI=0.0382879;REFB=-0.125105;REVB=0.0339955;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111083;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000496536;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:42:19:0:1:42:19:0:1 chr1 17609448 . G T 358.69 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0254896;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3759;QD=16.6835;RBI=0.0299988;REFB=-0.0118819;REVB=0.015818;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108583;STB=0.560944;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0166879;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:48:38:38:0.44186:20:18:28:20:20:18:28:20 chr1 17657607 . C G 295.74 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0354966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4989;QD=17.9234;RBI=0.0385626;REFB=-0.0272759;REVB=-0.0150685;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127505;STB=0.578998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0159405;OID=.;OPOS=17657607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:19:13:18:15:19:13:19:15 chr1 17661128 . A C 143.55 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0171928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.039;QD=15.1106;RBI=0.0315005;REFB=-0.0187726;REVB=0.0263948;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442902;STB=0.758774;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0148993;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:9:13:3:13:9:13 chr1 17662662 . T C 230.66 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.043051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6836;QD=14.4161;RBI=0.0652144;REFB=0.00139751;REVB=-0.048985;RO=37;SAF=9;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.561751;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00436619;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:18:9:16:21:18:9:16:21 chr1 17666263 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00507615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7998;QD=15.7725;RBI=0.0160275;REFB=-0.0196032;REVB=0.0152024;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135051;STB=0.576341;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0120741;OID=.;OPOS=17666263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:11:16:15:18:11:16:15:18 chr1 17707601 . T C 685.46 PASS AF=0.589286;AO=64;DP=110;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.022897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.345;QD=24.4808;RBI=0.0275097;REFB=-0.0198646;REVB=0.0152482;RO=46;SAF=41;SAR=23;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112833;STB=0.558556;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0195577;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:46:46:64:66:0.589286:23:41:23:23:24:42:23:23 chr1 17718671 . AG A 933.33 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.79;QD=46.6667;RBI=0.175552;REFB=0;REVB=0.0758871;RO=3;SAF=41;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=-0.0333705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00351992;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:80:80:80:0:44:36:0:0:16:3:41:35:3:0 chr1 17733267 . ATGT A 438.76 PASS AF=0.37415;AO=48;DP=152;FAO=55;FDP=147;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.00129292;FXX=0.0328926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.541;QD=11.9391;RBI=0.00168478;REFB=-0.00569744;REVB=0.0010802;RO=87;SAF=20;SAR=28;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101087;STB=0.546815;STBP=0.413;TYPE=del;VARB=0.00934943;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37415:48:152:55:147:92:24:31:47:45:99:87:20:28:44:43 chr1 17733996 . G A 133.42 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0203719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0282;QD=15.6962;RBI=0.0259481;REFB=-0.0145852;REVB=0.0160714;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171517;STB=0.624816;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0294604;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:12:3:6:12:12:3:7:12 chr1 17991052 . T C 414.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.887;QD=55.2434;RBI=0.0425331;REFB=0;REVB=0.0403758;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.58111e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:17:13:0:0 chr1 18023365 . C T 733.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472286;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.027;QD=55.3447;RBI=0.0580923;REFB=0;REVB=0.0338256;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128111;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:20:30:0:0:23:30:0:0 chr1 18023509 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.228;QD=60.2043;RBI=0.0458543;REFB=0;REVB=-0.0453851;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138363;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr1 18023690 . A G 1016.32 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.954;QD=58.0753;RBI=0.0442538;REFB=0;REVB=0.00292706;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078714;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:35:31:0:0:35:35:0:0 chr1 18807897 . C G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.029054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.627;QD=11.9197;RBI=0.0308912;REFB=-0.0126809;REVB=0.0104944;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599178;STB=0.84542;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0157388;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:9:0:5:2:9:0 chr1 18807953 . C A 57.64 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0103176;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.213;QD=15.3698;RBI=0.03692;REFB=-0.0667674;REVB=0.035449;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0589579;OID=.;OPOS=18807953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:15:7:7:6:6:0.4:1:5:4:3:1:5:4:3 chr1 18808292 . C A 166.31 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0456932;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=19.5656;RBI=0.0456956;REFB=-0.0228781;REVB=0.000473891;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265524;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:6:10:11:6:6:11:11:6 chr1 18808465 . T A 381.25 PASS AF=0.394737;AO=45;DP=114;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0299877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.017;QD=13.3773;RBI=0.0306859;REFB=-0.0122439;REVB=0.00650878;RO=67;SAF=23;SAR=22;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0038603;STB=0.506435;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0136913;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:69:45:45:0.394737:22:23:34:33:22:23:36:33 chr1 18808526 . A C 451.15 PASS AF=0.414634;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0238364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.216;QD=14.6715;RBI=0.0477524;REFB=-0.0289843;REVB=-0.0413777;RO=72;SAF=24;SAR=27;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306323;STB=0.517235;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0411419;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:72:51:51:0.414634:27:24:36:36:27:24:36:36 chr1 18809896 . A T 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00509544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.016;QD=14.8332;RBI=0.00875178;REFB=-0.0124386;REVB=-0.00711548;RO=30;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311506;STB=0.679823;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0207561;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:17:5:15:15:17:5:15:15 chr1 18810344 . G T 216.83 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0341323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0659;QD=17.006;RBI=0.0389179;REFB=-0.0222591;REVB=-0.0186973;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463463;STB=0.502616;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0289673;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:17:10:9:15:17:10 chr1 18810486 . A C 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00315308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.677;QD=16.7551;RBI=0.00329701;REFB=-0.0257356;REVB=-0.000963511;RO=28;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180224;STB=0.510196;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.027952;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:15:9:11:17:15:9:11:17 chr1 18812176 . G A 527.81 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.000807617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.875;QD=21.9921;RBI=0.0072787;REFB=-0.0151443;REVB=0.00723375;RO=46;SAF=25;SAR=25;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113443;STB=0.562475;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0152505;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:25:25:29:17:25:25:29:17 chr1 18812316 . C T 662.2 PASS AF=0.507692;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=130;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00190398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.453;QD=20.3755;RBI=0.0139052;REFB=0.0108885;REVB=-0.0137742;RO=64;SAF=32;SAR=34;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553835;STB=0.530499;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0079442;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:64:66:66:0.507692:34:32:35:29:34:32:35:29 chr1 19018405 . G A 497.82 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0117712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7451;QD=18.1026;RBI=0.060079;REFB=-0.00927834;REVB=0.0589145;RO=57;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440179;STB=0.502441;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0121827;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:57:57:53:53:0.481818:30:23:25:32:30:23:25:32 chr1 19018432 . A C 442.02 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0105541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.165;QD=19.866;RBI=0.0110923;REFB=-0.0321572;REVB=0.00341341;RO=43;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511108;STB=0.541084;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0234531;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:45:44:44:0.494382:26:18:20:23:26:18:22:23 chr1 19027239 . A G 830.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.187679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0665;QD=57.269;RBI=0.187953;REFB=0;REVB=-0.010143;RO=0;SAF=4;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168658;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:53:4:0:0:53:5:0:0 chr1 19166294 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.010714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.91;QD=16.1192;RBI=0.0113459;REFB=-0.0125075;REVB=0.00373353;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0212973;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:8:5:7:5:8:5 chr1 19186129 . G C 1423.07 PASS AF=0.949495;AO=93;DP=100;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.052084;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.38;QD=57.498;RBI=0.0542061;REFB=-0.13896;REVB=0.0150185;RO=1;SAF=33;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141488;STB=0.534239;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00285982;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:99:1:5:93:94:0.949495:60:33:1:0:60:34:5:0 chr1 19201956 . A G 429.23 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0375624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8087;QD=25.2489;RBI=0.0497858;REFB=-0.0385047;REVB=-0.0326756;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668213;STB=0.536568;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0284987;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:22:19:15:12:22:19:15:12 chr1 19202896 . G A 644.96 PASS AF=0.52459;AO=48;DP=123;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.024239;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.868;QD=21.1463;RBI=0.0250212;REFB=-0.00480742;REVB=-0.00620721;RO=48;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949586;STB=0.538132;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0029692;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:48:58:48:64:0.52459:20:28:23:25:28:36:28:30 chr1 19202917 . T C 464.77 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0819639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.533;QD=19.5691;RBI=0.0831746;REFB=-0.0115951;REVB=-0.0141397;RO=48;SAF=27;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.571529;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0196443;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:49:46:46:0.484211:19:27:21:27:19:27:22:27 chr1 19202926 . T C 367.82 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0146236;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.731;QD=18.6238;RBI=0.0179932;REFB=-0.0310929;REVB=0.0104836;RO=41;SAF=24;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223225;STB=0.613668;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0313041;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:41:37:38:0.481013:13:24:17:24:14:24:17:24 chr1 19203997 . C G 793.56 PASS AF=0.41784;AO=88;DP=212;FAO=89;FDP=213;FR=.;FRO=124;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=81;FSRR=43;FWDB=0.00760015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.908;QD=14.9025;RBI=0.00785107;REFB=-0.0242808;REVB=0.00196901;RO=123;SAF=47;SAR=41;SRF=81;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132093;STB=0.567414;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0352741;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:123:124:88:89:0.41784:41:47:81:42:41:48:81:43 chr1 19401405 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00522074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.522;QD=55.0447;RBI=0.0322384;REFB=-0.0527925;REVB=0.0318129;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000191777;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr1 19411129 . A G 1048.46 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032238;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2382;QD=59.9117;RBI=0.0220183;REFB=0;REVB=-0.021781;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517839;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr1 19413261 . T A 1597.94 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228;QD=63.9178;RBI=0.0405524;REFB=0;REVB=0.0306485;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21035e-05;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:41:58:0:0:41:59:0:0 chr1 19415304 . C T 1242.89 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.063;QD=61.3774;RBI=0.0991736;REFB=0;REVB=0.0399212;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319374;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:46:31:0:0:46:35:0:0 chr1 19433449 . A G 937.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4124;QD=58.5879;RBI=0.0194823;REFB=0;REVB=-0.00783563;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143689;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr1 19447843 . C G 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4249;QD=63.2743;RBI=0.0642489;REFB=0;REVB=-0.0494555;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102527;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr1 19510394 . A G 1013.31 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.938;QD=57.9037;RBI=0.0158329;REFB=-0.161306;REVB=0.00836676;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000177148;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:1:0:30:39:1:0 chr1 19565344 . C G 695.13 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107961;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7933;QD=54.5197;RBI=0.124328;REFB=0;REVB=0.0616584;RO=1;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108483;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:1:0:46:51:1:15:31:1:0:17:34:0:0 chr1 19595137 . C T 1324.24 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285599;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.35;QD=62.3172;RBI=0.0360529;REFB=0;REVB=0.0220032;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144844;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr1 19596124 . C T 1571.82 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8458;QD=59.8787;RBI=0.0165497;REFB=0;REVB=-0.00160443;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10999e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:46:59:0:0:46:59:0:0 chr1 19596156 . G T 1494.81 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0884853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9868;QD=62.2836;RBI=0.1267;REFB=-0.0783584;REVB=0.0906817;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00216726;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:1:0:48:47:1:0 chr1 19609254 . T C 1396.33 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.294;QD=62.7565;RBI=0.108212;REFB=0;REVB=0.107458;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36408e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 19611241 . T C 1029.91 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6563;QD=58.0231;RBI=0.0622525;REFB=0.00208088;REVB=-0.0517338;RO=1;SAF=24;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01929;STB=0.510201;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.000149718;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:46:24:1:0:46:24:1:0 chr1 19612477 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.938;QD=56.9376;RBI=0.0641668;REFB=0;REVB=0.0282778;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482944;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 19726907 . A T 697.37 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.097;QD=61.9888;RBI=0.0211749;REFB=0;REVB=0.0200491;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40603e-05;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr1 19750909 . G T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.637;QD=57.1061;RBI=0.0339439;REFB=0;REVB=0.0291077;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79325e-05;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 19810810 . G GC 66.39 PASS AF=0.463768;AO=23;DP=80;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0370237;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.92505;QD=3.84875;RBI=0.073617;REFB=-0.0999039;REVB=0.0636295;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256529;STB=0.569577;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0838586;OID=.;OPOS=19810811;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463768:23:80:32:69:37:18:14:16:21:66:46:16:7:22:24 chr1 19858684 . A G 169.61 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00916239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.906;QD=16.5471;RBI=0.0593292;REFB=-0.00201763;REVB=-0.0586175;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418738;STB=0.751123;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000887804;OID=.;OPOS=19858684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:4:14:8:14:4:14:8:15 chr1 19953118 . G T 1302.05 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1714;QD=62.0024;RBI=0.0258398;REFB=0;REVB=0.0091154;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163505;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:71:84:1:26:45:0:0:31:53:0:0 chr1 20020993 . AC GT 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.000774458;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.338;QD=20.1555;RBI=0.0133097;REFB=-0.0249149;REVB=-0.0132872;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220102;STB=0.621781;STBP=0.047;TYPE=mnp;VARB=0.0263417;OID=.;OPOS=20020993;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:22:10:20:15:22:10 chr1 20097941 . G T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00935578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.474;QD=21.5108;RBI=0.0113701;REFB=-0.0523841;REVB=0.00646127;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920302;STB=0.551668;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0371435;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:10:5:8:10:10:5 chr1 20246876 . C T 476.57 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0108452;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.027;QD=17.8158;RBI=0.0114314;REFB=-0.0276273;REVB=-0.00361364;RO=56;SAF=28;SAR=23;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142937;STB=0.579076;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0330894;OID=.;OPOS=20246876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:23:28:39:17:23:28:39:17 chr1 20297475 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00486637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177;QD=18.8206;RBI=0.0203651;REFB=-0.0269981;REVB=-0.0197752;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262637;STB=0.523768;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0255628;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:1:11:9:0:1:11:9:1 chr1 20297566 . G A 432.05 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00858749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.669;QD=20.3317;RBI=0.0103036;REFB=-0.00142938;REVB=0.0056938;RO=42;SAF=26;SAR=17;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307312;STB=0.517037;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00137761;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:17:26:24:18:17:26:24:18 chr1 20297723 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0187241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.311;QD=10.4289;RBI=0.026051;REFB=-0.0146414;REVB=-0.0181124;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138489;STB=0.593416;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0395352;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:6:8:13:16:6:8:13:17 chr1 20304962 . C G 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0202901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.439;QD=14.9188;RBI=0.0217238;REFB=-0.0238572;REVB=-0.00776108;RO=37;SAF=25;SAR=3;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423596;STB=0.746706;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0304276;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:3:25:23:14:3:25:23:14 chr1 20442054 . T C 1047.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390058;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.971;QD=59.8698;RBI=0.0570743;REFB=0;REVB=0.0569408;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50487e-05;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 20466003 . G A 642.01 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0066228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.132;QD=17.7107;RBI=0.0650493;REFB=-0.0102351;REVB=0.0647113;RO=77;SAF=42;SAR=24;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269621;STB=0.524057;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0137179;OID=.;OPOS=20466003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:79:66:66:0.455172:24:42:47:30:24:42:47:32 chr1 20490518 . T C 820.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246741;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.357;QD=57.5699;RBI=0.0246858;REFB=0;REVB=-0.000758823;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60288e-05;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 20501582 . G A 438.31 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00487707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5963;QD=27.3946;RBI=0.0177207;REFB=0.00436996;REVB=-0.0170364;RO=21;SAF=34;SAR=7;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313831;STB=0.502012;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0041701;OID=.;OPOS=20501582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:23:41:41:0.640625:7:34:18:3:7:34:19:4 chr1 20517156 . G GCACATGATAAGGCCCAAGTCC 240.74 PASS AF=0.216667;AO=36;DP=188;FAO=39;FDP=180;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=84;FSRR=57;FWDB=0.00568014;FXX=0.0217379;HRUN=1;LEN=21;MLLD=455.118;QD=5.34978;RBI=0.00678602;REFB=-0.00606996;REVB=0.00371296;RO=148;SAF=15;SAR=21;SRF=87;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216794;STB=0.642387;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.0179182;OID=.;OPOS=20517157;OREF=-;OALT=CACATGATAAGGCCCAAGTCC;OMAPALT=GCACATGATAAGGCCCAAGTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667:36:188:39:180:141:16:23:84:57:99:148:15:21:87:61 chr1 20518226 . G A 414.97 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.000387916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9616;QD=16.7664;RBI=0.00830735;REFB=-0.0013581;REVB=-0.00829828;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08891;STB=0.549906;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00226387;OID=.;OPOS=20518226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:20:23:25:31:20:23:25:31 chr1 20519808 . G A 243.41 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0504141;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9253;QD=12.6449;RBI=0.0521052;REFB=0.00288365;REVB=0.0131669;RO=47;SAF=20;SAR=9;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718024;STB=0.545424;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00450337;OID=.;OPOS=20519808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:48:29:29:0.376623:9:20:35:12:9:20:36:12 chr1 20520732 . T C 235.34 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0365676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.844;QD=14.7088;RBI=0.0434237;REFB=-0.0208363;REVB=-0.0234185;RO=36;SAF=8;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874801;STB=0.549701;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0325162;OID=.;OPOS=20520732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:20:8:13:23:20:8:13:23 chr1 20656824 . A G 2389.93 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.478;QD=64.1592;RBI=0.0692425;REFB=0;REVB=0.0534807;RO=0;SAF=85;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61675e-05;OID=.;OPOS=20656824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:63:85:0:0:64:85:0:0 chr1 20662938 . A G 642.36 PASS AF=0.976744;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153841;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.917;QD=59.7547;RBI=0.0163384;REFB=-0.0593223;REVB=-0.00550205;RO=1;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144528;STB=0.507689;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00150109;OID=.;OPOS=20662938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:43:42:0.976744:32:11:0:1:32:10:0:1 chr1 20671961 . G A 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00105966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.965;QD=61.8141;RBI=0.0365789;REFB=-0.00716098;REVB=0.0365635;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000328891;OID=.;OPOS=20671961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chr1 20680718 . G A 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7462;QD=52.6041;RBI=0.060166;REFB=0;REVB=-0.0507463;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506587;OID=.;OPOS=20680718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr1 20972048 . G A 806.34 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224319;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3461;QD=55.6098;RBI=0.0228582;REFB=-0.0101515;REVB=0.00439448;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132859;STB=0.50704;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=4.06296e-05;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:1:0:22:35:1:0 chr1 20972111 . G A 472.39 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0174244;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.523;QD=15.6161;RBI=0.0213772;REFB=-0.0114604;REVB=-0.0123845;RO=66;SAF=30;SAR=22;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457639;STB=0.535865;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0113017;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:66:69:52:52:0.429752:22:30:41:25:22:30:44:25 chr1 20977000 . A C 210.75 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0227347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.711;QD=19.1587;RBI=0.04772;REFB=-0.0252294;REVB=0.0419563;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121916;STB=0.568901;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0347964;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:14:9:11:10:14:9 chr1 20987873 . G C 1385.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.744;QD=62.2642;RBI=0.0396949;REFB=0;REVB=0.0284466;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579641;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:33:55:0:0:33:56:0:0 chr1 20992819 . G C 326.02 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0138954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5358;QD=17.388;RBI=0.0539731;REFB=-0.00917601;REVB=0.0521538;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136048;STB=0.507618;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0115211;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:20:20:18:17:20:20 chr1 20998445 . GT GG,G,TG 962.04 PASS AF=0,0.930769,0.0692308;AO=22,16,7;DP=133;FAO=0,121,9;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=0,78,0;FSAR=0,43,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.517562,1.03646,0.122291;FXX=0.0225547;HRUN=5,5,2;LEN=1,1,2;MLLD=12.5681,9.56846,195.967;QD=29.6013;RBI=0.53036,1.04591,0.12332;REFB=0.0631608,0.0491641,0.0476914;REVB=-0.11581,0.140234,-0.0159013;RO=79;SAF=0,4,0;SAR=22,12,7;SRF=72;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.876404,-0.730817,-0.820033;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0395474,0.0791612;OID=.,.,.;OPOS=20998446,20998446,20998445;OREF=T,T,GT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GG,G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:25:133:130:79:0:22,16,7:0,121,9:0,0.930769,0.0692308:22,12,7:0,4,0:72:7:0,43,9:0,78,0:0:0 chr1 21011346 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.763;QD=58.6009;RBI=0.0572254;REFB=0;REVB=0.0519003;RO=0;SAF=52;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241152;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:11:52:0:0:11:53:0:0 chr1 21011622 . C CGACA,CGACCA 354.6 PASS AF=0.666667,0.266667;AO=21,6;DP=30;FAO=20,8;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13,7;FSAR=7,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0509046,0.0538683;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=232.362,223.9;QD=47.2798;RBI=0.0509914,0.0540086;REFB=-0.11983,-0.105224;REVB=-0.00297452,-0.0038903;RO=2;SAF=14,6;SAR=7,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0615001,0;STB=0.535679,0.562356;STBP=0.41,0.67;TYPE=ins,ins;VARB=0.00786771,0.0161417;OID=.,.;OPOS=21011623,21011623;OREF=-,-;OALT=GACA,GACCA;OMAPALT=CGACA,CGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.266667:21,6:30:20,8:30:2:13,7:7,1:2:0:33:2:14,6:7,0:2:0 chr1 21024901 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.404;QD=57.7123;RBI=0.00861241;REFB=0;REVB=0.00811239;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18298e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr1 21031046 . C T 2315.28 PASS AF=1;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263449;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6975;QD=63.4324;RBI=0.00770323;REFB=0;REVB=-0.00723873;RO=1;SAF=86;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18238e-05;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:1:0:145:146:1:59:86:1:0:59:87:0:0 chr1 21042094 . G A 877.49 PASS AF=0.51462;AO=88;DP=165;FAO=88;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0230564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.697;QD=20.526;RBI=0.0247995;REFB=-0.0252579;REVB=-0.00913355;RO=76;SAF=42;SAR=46;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812038;STB=0.519804;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0234194;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:171:76:83:88:88:0.51462:46:42:37:39:46:42:43:40 chr1 21044161 . A G 210.53 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0977275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9606;QD=19.5842;RBI=0.0984171;REFB=-0.0100885;REVB=0.0116306;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271175;STB=0.654572;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00469843;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:11:11:16:5:11:11 chr1 21050958 . C T 1641.52 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.773;QD=60.2392;RBI=0.0639632;REFB=0;REVB=0.0630557;RO=0;SAF=72;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32229e-05;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:36:72:0:0:37:72:0:0 chr1 21133550 . A G 393.36 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0181057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.259;QD=22.4775;RBI=0.0184776;REFB=-0.0217854;REVB=-0.00368863;RO=31;SAF=7;SAR=32;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17;STB=0.594482;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.013401;OID=.;OPOS=21133550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:32:7:10:21:32:7:10:21 chr1 21167404 . A G 858.63 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180161;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.193;QD=58.2122;RBI=0.0182739;REFB=0;REVB=-0.00305912;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82451e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 21307703 . T C 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0144062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.46;QD=12.3074;RBI=0.0204872;REFB=-0.0106535;REVB=-0.0145667;RO=41;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107897;STB=0.562448;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0161497;OID=.;OPOS=21307703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:7:18:26:15:7:18:26:15 chr1 21573722 . G A 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0248925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4236;QD=16.0922;RBI=0.0278139;REFB=-0.00700426;REVB=-0.0124087;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256525;STB=0.644818;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00431265;OID=.;OPOS=21573722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:10:21:16:22:10:21:16:22 chr1 21795388 . A G 775.36 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0131889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.967;QD=53.473;RBI=0.0175116;REFB=-0.110772;REVB=0.0115199;RO=2;SAF=21;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428023;STB=0.522719;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000552929;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:35:21:2:0:35:21:2:0 chr1 21809750 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0686468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8201;QD=39.2068;RBI=0.0738072;REFB=0;REVB=0.0271132;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187151;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 21889635 . T C 1175.29 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324526;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4492;QD=61.054;RBI=0.0336238;REFB=0;REVB=0.00879705;RO=0;SAF=58;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14685e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:19:58:0:0:19:58:0:0 chr1 21904267 . A G 454.83 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=132;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.000870913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.366;QD=13.7827;RBI=0.00598257;REFB=-0.00853242;REVB=0.00591884;RO=77;SAF=25;SAR=26;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127917;STB=0.545437;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00899539;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:80:51:52:0.393939:26:25:47:30:26:26:46:34 chr1 21935433 . G T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00866454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.96;QD=15.3048;RBI=0.0110223;REFB=-0.0188423;REVB=0.00681304;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147569;STB=0.598948;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0262045;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:11:19:18:19:11:19:18:21 chr1 21940555 . C T 156.88 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.02318;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.826;QD=14.2616;RBI=0.0401458;REFB=0.000481959;REVB=-0.0327777;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.520524;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000558217;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:17:17:0.386364:7:10:15:11:7:10:15:12 chr1 21943820 . G A 394.75 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0177966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.609;QD=14.2253;RBI=0.0178392;REFB=-0.0114213;REVB=0.00123194;RO=64;SAF=32;SAR=14;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23046;STB=0.635175;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0144333;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:14:32:31:33:14:32:31:34 chr1 22050649 . C A 410.96 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.865;QD=56.6846;RBI=0.0283346;REFB=0;REVB=0.00739379;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7772e-05;OID=.;OPOS=22050649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr1 22109370 . G A 763.39 PASS AF=0.566929;AO=72;DP=127;FAO=72;FDP=127;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00292551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.326;QD=24.0437;RBI=0.012713;REFB=-0.00490375;REVB=0.0123718;RO=55;SAF=27;SAR=45;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138634;STB=0.575736;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00290872;OID=.;OPOS=22109370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:55:55:72:72:0.566929:45:27:30:25:45:27:30:25 chr1 22141030 . C T 273.67 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0673913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3421;QD=17.6564;RBI=0.0674199;REFB=-0.0240341;REVB=-0.00196138;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284588;STB=0.652071;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.036043;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:10:20:11:20:10:20:12:20 chr1 22149935 . T C 1679.33 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00705902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.877;QD=59.4453;RBI=0.00795475;REFB=0.0943705;REVB=-0.00366719;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008116;STB=0.504273;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=2.46755e-06;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:58:54:0:1:58:54:0:1 chr1 22150120 . C T 173.44 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00715268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.587;QD=19.2714;RBI=0.0362827;REFB=-0.0168743;REVB=0.0355707;RO=18;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482716;STB=0.736565;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0354791;OID=.;OPOS=22150120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:17:18:0.5:14:3:12:6:14:4:12:6 chr1 22150160 . G T 183.91 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0193631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.68;QD=17.9428;RBI=0.0193643;REFB=-0.0194941;REVB=-0.000216857;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405916;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0212004;OID=.;OPOS=22150160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:9:13:12:7:9:13 chr1 22154845 . A G 270.55 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0139038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.903;QD=14.4293;RBI=0.0429661;REFB=0.0049888;REVB=-0.0406543;RO=43;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130047;STB=0.567618;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00904996;OID=.;OPOS=22154845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:44:30:31:0.413333:11:19:22:21:12:19:22:22 chr1 22159008 . C A 677.27 PASS AF=0.477612;AO=49;DP=139;FAO=64;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=0.0951936;FXX=0.0563341;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.0146;QD=20.2169;RBI=0.0968043;REFB=-0.0383157;REVB=-0.0175854;RO=38;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197221;STB=0.636021;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000511607;OID=.;OPOS=22159008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:134:38:59:49:64:0.477612:22:27:30:8:31:33:47:12 chr1 22161275 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0112256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.497;QD=16.1722;RBI=0.0113827;REFB=-0.00743123;REVB=0.00188484;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072727;STB=0.541616;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00831883;OID=.;OPOS=22161275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:15:5:5:11:15:5 chr1 22161376 . C T 209.59 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0390202;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.021;QD=17.8373;RBI=0.0447858;REFB=-0.023526;REVB=-0.0219816;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362158;STB=0.520588;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0377381;OID=.;OPOS=22161376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:8:13:17:9:8:13:17:9 chr1 22165901 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00369214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.293;QD=21.5105;RBI=0.0201403;REFB=-0.0301341;REVB=-0.019799;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059041;STB=0.533296;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0162106;OID=.;OPOS=22165901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:9:6:6:12:9:6 chr1 22165987 . G A 359.47 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.109245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1231;QD=19.9707;RBI=0.113609;REFB=-0.0177408;REVB=0.0311845;RO=34;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113108;STB=0.568826;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0192677;OID=.;OPOS=22165987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:19:18:21:13:19:18:22:13 chr1 22174426 . T G 257.3 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00549553;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.354;QD=15.361;RBI=0.0247738;REFB=-0.00315846;REVB=-0.0241566;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787096;STB=0.570173;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00397765;OID=.;OPOS=22174426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:67:42:38:29:29:0.432836:11:18:23:19:11:18:19:19 chr1 22175463 . C CG 30.34 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.043586;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.1794;QD=3.1935;RBI=0.0819923;REFB=-0.00375401;REVB=-0.0694479;RO=33;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765337;STB=0.919364;STBP=0.07;TYPE=ins;VARB=-0.0762959;OID=.;OPOS=22175464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:6:41:7:38:31:6:1:7:24:30:33:6:0:8:25 chr1 22191454 . G A 746.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2841;QD=63.57;RBI=0.143537;REFB=0;REVB=0.131145;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106112;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 22199245 . C T 199.58 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00199853;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.475;QD=19.4711;RBI=0.0191016;REFB=-0.0236594;REVB=-0.0189968;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938773;STB=0.568054;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0412445;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:21:20:20:0.487805:7:13:11:9:7:13:11:10 chr1 22202227 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.013897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4054;QD=12.4824;RBI=0.0562708;REFB=-0.00797073;REVB=-0.0545277;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205175;STB=0.622422;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00972203;OID=.;OPOS=22202227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:8:11:9:3:8:11 chr1 22206649 . T C 776.89 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.361;QD=56.501;RBI=0.0422293;REFB=0;REVB=0.034778;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307404;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr1 22206942 . G A 1578.03 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183746;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.331;QD=58.992;RBI=0.0347948;REFB=-0.0623448;REVB=0.0295475;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000696994;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:1:1:106:106:0.990654:57:49:1:0:57:49:1:0 chr1 22207235 . T C 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.436;QD=61.3714;RBI=0.038185;REFB=0;REVB=0.0158969;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70502e-05;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr1 22214127 . A G 679.94 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.00540589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.751;QD=16.4835;RBI=0.0722033;REFB=-0.0338315;REVB=-0.0720007;RO=91;SAF=38;SAR=36;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101557;STB=0.556381;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0434274;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:91:74:74:0.448485:36:38:56:35:36:38:56:35 chr1 22216574 . C A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0166567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.789;QD=20.2097;RBI=0.0260588;REFB=0.0166442;REVB=0.0200403;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156004;STB=0.587509;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00760409;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:10:3:1:9:10:3:1:9 chr1 22216604 . C G 47.22 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0499032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7897;QD=11.1107;RBI=0.0562871;REFB=-0.0255581;REVB=-0.0260367;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391009;STB=0.749554;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0390802;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:8:10:7:7:0.411765:5:2:0:8:5:2:0:10 chr1 22217108 . G A 1133.95 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9059;QD=60.4774;RBI=0.0394977;REFB=0;REVB=-0.0209676;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400591;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr1 22307340 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4432;QD=48.7372;RBI=0.0758914;REFB=0;REVB=0.0533343;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354753;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 22307358 . C G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5651;QD=50.411;RBI=0.0673048;REFB=0;REVB=-0.0614499;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000821496;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 22307538 . C T 1492.33 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=110;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0194486;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.067;QD=54.7644;RBI=0.022474;REFB=-0.17996;REVB=-0.0112621;RO=4;SAF=61;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301006;STB=0.510128;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000963522;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:109:4:5:104:104:0.954128:43:61:4:0:43:61:4:1 chr1 22310262 . G C 1668.36 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=113;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0644802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3125;QD=58.0298;RBI=0.0645431;REFB=0.0435378;REVB=0.00285068;RO=2;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210872;STB=0.511109;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.018085;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:115:2:2:111:113:0.982609:44:67:0:2:44:69:0:2 chr1 22310725 . G C 1501.45 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0223549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2802;QD=61.2838;RBI=0.134181;REFB=-0.0228706;REVB=0.132306;RO=1;SAF=61;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770977;STB=0.504064;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00236337;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:98:1:1:93:97:0.989796:32:61:1:0:36:61:1:0 chr1 22310824 . T C 1515.24 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388297;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.017;QD=63.7995;RBI=0.0138612;REFB=0;REVB=0.0133062;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24961e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr1 22313161 . T C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.149;QD=62.3421;RBI=0.0503576;REFB=0;REVB=0.0383776;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489583;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr1 22314015 . GA G,GG 889.81 PASS AF=0.969231,0;AO=49,11;DP=62;FAO=63,0;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30,0;FSAR=33,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.042808,-0.0523339;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.27,240.666;QD=54.7578;RBI=0.0528502,0.0578459;REFB=-0.00283851,0.0137447;REVB=0.0309939,0.0246436;RO=1;SAF=21,9;SAR=28,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.021881,-0.0473806;STB=0.516124,0.5;STBP=0.168,1;TYPE=del,snp;VARB=2.15861e-05,0;OID=.,.;OPOS=22314016,22314016;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.969231,0:49,11:62:63,0:65:2:30,0:33,0:2:0:6:1:21,9:28,2:1:0 chr1 22314240 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.963;QD=42.1826;RBI=0.0625701;REFB=0;REVB=0.027981;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000915958;OID=.;OPOS=22314240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 22315738 . C T 238.9 PASS AF=0.724138;AO=22;DP=30;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0180977;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=1;MLLD=203.104;QD=32.9511;RBI=0.0189256;REFB=-0.0455158;REVB=0.00553659;RO=8;SAF=17;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168421;STB=0.590072;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.003504;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:30:29:8:8:22:21:0.724138:5:17:4:4:5:16:4:4 chr1 22324705 . T C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.685;QD=58.2332;RBI=0.0389358;REFB=0;REVB=0.003427;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117037;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr1 22329062 . CC GT 131.46 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0187057;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=2;MLLD=188.261;QD=13.4832;RBI=0.0187095;REFB=-0.0117062;REVB=0.000376863;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189194;STB=0.609619;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=0.0186589;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:7:17:8:7:7:17 chr1 22332008 . T C 39.61 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0158388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.202;QD=1.95612;RBI=0.022851;REFB=0.00136041;REVB=0.0164713;RO=72;SAF=7;SAR=2;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23934;STB=0.684098;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00927702;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:2:7:43:29:2:7:43:29 chr1 22336277 . C G 785.18 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9716;QD=57.1043;RBI=0.0563426;REFB=0;REVB=0.00125631;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061298;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:26:28:0:1:27:28:0:0 chr1 22336305 . C T 735.56 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00340852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.473;QD=61.2965;RBI=0.00492867;REFB=-0.114175;REVB=0.00356003;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000907484;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:1:0:24:23:1:0 chr1 22336308 . G A 731.36 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719854;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.288;QD=63.5962;RBI=0.0295391;REFB=0;REVB=0.0286486;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32041e-05;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr1 22445209 . C T 196.01 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00795369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.089;QD=12.6456;RBI=0.012298;REFB=-0.0166324;REVB=-0.00937977;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135103;STB=0.571803;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0311215;OID=.;OPOS=22445209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:17:7:15:22:17:7:15:23 chr1 22835677 . A G 1957.41 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331718;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.023;QD=62.1401;RBI=0.0456641;REFB=0;REVB=0.0313822;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08683e-05;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:126:126:1:62:64:0:0:62:64:0:0 chr1 22846709 . G A 538.04 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.508;QD=59.7827;RBI=0.0632518;REFB=0;REVB=0.0282151;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336864;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 22850893 . G T 224.38 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0182298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5023;QD=17.5984;RBI=0.0366369;REFB=0.00837696;REVB=0.0317795;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704917;STB=0.521109;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00750643;OID=.;OPOS=22850893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:17:7:6:20:17:7:7:20 chr1 22852715 . G C 178.76 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000793482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6659;QD=15.2139;RBI=0.0491718;REFB=-0.00195071;REVB=0.0491654;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012562;STB=0.507239;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0044646;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:18:10:7:12:18:10 chr1 22853141 . G A 142.3 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0354354;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3837;QD=21.0821;RBI=0.0440924;REFB=-0.0116418;REVB=-0.0262387;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912176;STB=0.514832;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0236153;OID=.;OPOS=22853141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:8:7:5:6:8:7:6:6 chr1 22965438 . A G 2587.16 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.316;QD=61.5991;RBI=0.0301905;REFB=0;REVB=0.00280242;RO=0;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48296e-06;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:168:0:0:159:168:1:92:67:0:0:95:73:0:0 chr1 22970642 . C T 1109.0 PASS AF=0.470833;AO=113;DP=241;FAO=113;FDP=240;FR=.;FRO=127;FSAF=84;FSAR=29;FSRF=85;FSRR=42;FWDB=0.00264677;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.6258;QD=18.4834;RBI=0.00463819;REFB=-0.0175412;REVB=-0.00380886;RO=119;SAF=84;SAR=29;SRF=80;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826943;STB=0.54891;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0199869;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:119:127:113:113:0.470833:29:84:80:39:29:84:85:42 chr1 23101688 . T G 523.38 PASS AF=0.486957;AO=43;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.029589;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3631;QD=18.2045;RBI=0.0447124;REFB=-0.0191754;REVB=0.0335215;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200157;STB=0.599842;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0178202;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:41:59:43:56:0.486957:23:20:10:31:27:29:19:40 chr1 23219493 . T C 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0768749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.419;QD=57.8333;RBI=0.103545;REFB=-0.167087;REVB=0.0693677;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.506022;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00203559;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:41:28:0:1:41:28:0:1 chr1 23241193 . C T 263.47 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00947116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.934;QD=19.516;RBI=0.010146;REFB=-0.00596844;REVB=-0.00363852;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114493;STB=0.554051;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00752983;OID=.;OPOS=23241193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:13:15:10:15:13:15:11:15 chr1 23280424 . G T 406.83 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.00527298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.179;QD=15.954;RBI=0.00574775;REFB=-0.0172171;REVB=0.00228742;RO=56;SAF=25;SAR=20;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163242;STB=0.584234;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0223772;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:57:45:45:0.441176:20:25:40:16:20:25:40:17 chr1 23385826 . CTT C 258.04 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0124197;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.295;QD=13.4047;RBI=0.0124961;REFB=-0.0222164;REVB=-0.00137962;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541705;STB=0.530175;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0224329;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480519:37:78:37:77:40:22:15:26:14:99:40:22:15:26:14 chr1 23413027 . T C 978.23 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220256;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.475;QD=59.2866;RBI=0.0220841;REFB=0;REVB=-0.00160549;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53627e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 23418153 . C T 1395.95 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.523;QD=62.7391;RBI=0.0331784;REFB=0;REVB=-0.0281835;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304092;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 23419261 . G A 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0245098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4159;QD=50.6207;RBI=0.0259715;REFB=-0.139249;REVB=-0.00858994;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520819;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0113941;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:23:6:0:0:23:6:0:2 chr1 23419374 . G T 1065.96 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0696521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4154;QD=58.4089;RBI=0.0764982;REFB=-0.00391778;REVB=-0.0316315;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000788833;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:1:0:31:41:1:0 chr1 23419383 . C T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4807;QD=61.0488;RBI=0.0749274;REFB=0;REVB=-0.0748508;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165546;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr1 23419855 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8517;QD=56.7047;RBI=0.115642;REFB=0;REVB=0.0318614;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152318;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr1 23521095 . A G 507.09 PASS AF=0.618421;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00297254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5936;QD=26.689;RBI=0.104848;REFB=-0.00540522;REVB=-0.104806;RO=27;SAF=20;SAR=26;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447985;STB=0.512771;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00844245;OID=.;OPOS=23521095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:27:29:46:47:0.618421:26:20:10:17:26:21:12:17 chr1 23687827 . T C 218.8 PASS AF=0.373333;AO=26;DP=73;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.000296788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.822;QD=11.6694;RBI=0.0195389;REFB=-0.0185287;REVB=-0.0195366;RO=47;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709299;STB=0.52063;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0314267;OID=.;OPOS=23687827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:47:47:26:28:0.373333:11:15:30:17:11:17:30:17 chr1 23688933 . A G 167.3 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00276537;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.021;QD=9.98825;RBI=0.00905737;REFB=-0.00231722;REVB=-0.00862488;RO=44;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025839;STB=0.522368;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00364991;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:45:22:22:0.328358:11:11:21:23:11:11:21:24 chr1 23689083 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00540074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6773;QD=19.9926;RBI=0.00885889;REFB=-0.00737256;REVB=0.00702224;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141866;STB=0.580049;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0107492;OID=.;OPOS=23689083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:13:10:13:9:13:10 chr1 23689283 . C T 164.28 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0227778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.814;QD=13.6903;RBI=0.0229137;REFB=-0.00677585;REVB=0.00249163;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179866;STB=0.604056;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0107046;OID=.;OPOS=23689283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:20:10:9:9:20:10 chr1 23696152 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000436976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.855;QD=50.4135;RBI=0.0128511;REFB=0;REVB=0.0128437;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01566e-05;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 23697617 . T C 250.96 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00135027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1677;QD=20.4866;RBI=0.0305017;REFB=0.0165289;REVB=-0.0304718;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931919;STB=0.569559;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0178864;OID=.;OPOS=23697617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:6:18:16:8:6:18:16:9 chr1 23698120 . C G 153.63 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.000145261;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.152;QD=8.77867;RBI=0.0043879;REFB=-0.0029564;REVB=-0.0043855;RO=49;SAF=7;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323161;STB=0.69141;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00875001;OID=.;OPOS=23698120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:14:7:30:19:14:7:30:19 chr1 23710805 . A G 771.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0628145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7802;QD=61.7309;RBI=0.0636247;REFB=-0.061813;REVB=-0.0101214;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00684524;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr1 23751140 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.864;QD=40.7629;RBI=0.0302032;REFB=0;REVB=0.0302032;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156047;OID=.;OPOS=23751140;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr1 23833611 . G T 1347.28 PASS AF=0.92381;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0111192;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=193.408;QD=51.3248;RBI=0.0112475;REFB=-0.215883;REVB=0.00169436;RO=6;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709327;STB=0.54877;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000670639;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:105:105:6:8:97:97:0.92381:37:60:0:6:37:60:0:8 chr1 23835794 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.615;QD=57.1024;RBI=0.0207026;REFB=0;REVB=0.00261774;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43277e-05;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 23836364 . A G 144.92 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4721;QD=44.5896;RBI=0.015038;REFB=0;REVB=0.00436388;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190313;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr1 23847464 . C A 988.98 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.636;QD=59.0434;RBI=0.0262022;REFB=0;REVB=-0.023706;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97831e-05;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr1 23885498 . T C 2049.53 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000930148;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.128;QD=62.5812;RBI=0.00610888;REFB=0;REVB=0.00603766;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13542e-07;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:62:69:0:0:62:69:0:0 chr1 23965704 . A C 552.28 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00301364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2052;QD=18.1074;RBI=0.0122673;REFB=-0.00306489;REVB=-0.0118913;RO=63;SAF=40;SAR=18;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106869;STB=0.564949;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00451908;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:63:64:58:58:0.47541:18:40:37:26:18:40:37:27 chr1 23966894 . T TAAG 192.76 PASS AF=0.558824;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0103087;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=3;MLLD=194.027;QD=22.678;RBI=0.0110376;REFB=-0.021692;REVB=0.00394439;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938807;STB=0.57241;STBP=0.395;TYPE=ins;VARB=0.0158912;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:16:37:19:34:15:14:5:9:6:99:20:11:5:12:8 chr1 24018277 . C G 2047.82 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00797691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9667;QD=61.5885;RBI=0.035864;REFB=-0.0915788;REVB=0.0349657;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.504132;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000451004;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:60:72:0:0:60:72:0:1 chr1 24121600 . C CT 288.94 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0305822;FXX=0.0222173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.604;QD=26.2672;RBI=0.0563796;REFB=-0.095489;REVB=-0.0473644;RO=39;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542314;STB=0.531013;STBP=0.626;TYPE=ins;VARB=0.0231308;OID=.;OPOS=24121601;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:5:44:28:44:16:11:17:5:11:99:39:4:1:11:28 chr1 24121601 . C T 259.29 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00287648;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=159.549;QD=23.0483;RBI=0.00623061;REFB=-0.0196829;REVB=0.00552687;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710107;STB=0.572568;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00717859;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:21:24:24:0.533333:17:7:7:12:17:7:9:12 chr1 24134721 . T C 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0037221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9193;QD=14.8162;RBI=0.0432296;REFB=0.00721037;REVB=-0.043069;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126316;STB=0.571381;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.01259;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:14:15:25:14:14:15:25:14 chr1 24201094 . G C 166.2 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0743511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1267;QD=9.49683;RBI=0.0743519;REFB=-0.00645512;REVB=-0.000342405;RO=47;SAF=14;SAR=9;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062276;STB=0.536393;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0142754;OID=.;OPOS=24201094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:9:14:31:16:9:14:31:16 chr1 24201109 . C T 158.56 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.017573;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0034;QD=9.60985;RBI=0.0417219;REFB=-0.00526258;REVB=-0.0378406;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183209;STB=0.598451;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00831282;OID=.;OPOS=24201109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:45:21:21:0.318182:10:11:28:13:10:11:30:15 chr1 24201162 . G A 321.42 PASS AF=0.595745;AO=25;DP=44;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0171949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7425;QD=27.3549;RBI=0.0215164;REFB=-0.0680968;REVB=-0.0129341;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868166;STB=0.511877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0487955;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:19:19:25:28:0.595745:17:8:8:11:17:11:8:11 chr1 24201262 . A G 136.28 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0626387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3115;QD=18.1702;RBI=0.0736839;REFB=-0.00147455;REVB=-0.0388035;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926745;STB=0.540927;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00266967;OID=.;OPOS=24201262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:4:11:9:5:4:11:10:5 chr1 24201357 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0149086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.928;QD=17.8399;RBI=0.017407;REFB=-0.0194174;REVB=-0.00898538;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130632;STB=0.574366;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0152055;OID=.;OPOS=24201357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:10:4:6:8:10:4 chr1 24201448 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0767868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.695;QD=13.2049;RBI=0.107272;REFB=-0.00763941;REVB=-0.0749077;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45721;STB=0.780223;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00428193;OID=.;OPOS=24201448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:4:2:5:1:4:2 chr1 24201643 . G A 346.21 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00963507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.913;QD=26.6318;RBI=0.0175488;REFB=-0.024522;REVB=0.0146671;RO=19;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480207;STB=0.5263;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0144665;OID=.;OPOS=24201643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:18:15:10:9:18:15:10:9 chr1 24201919 . TT CC 199.0 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0095536;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.6978;QD=16.2448;RBI=0.0220008;REFB=-0.0276508;REVB=0.0198183;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23209;STB=0.513606;STBP=0.843;TYPE=mnp;VARB=0.0428621;OID=.;OPOS=24201919;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:14:21:0.428571:4:10:14:13:11:10:14:14 chr1 24288404 . A G 349.94 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0119334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3928;QD=13.5901;RBI=0.0685568;REFB=0.00304236;REVB=0.0675102;RO=62;SAF=20;SAR=21;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132697;STB=0.575035;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0053748;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:21:20:38:24:21:20:38:24 chr1 24288432 . C T 364.04 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0315453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3833;QD=13.4828;RBI=0.0320927;REFB=-0.0017574;REVB=-0.00590239;RO=65;SAF=18;SAR=25;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191247;STB=0.608145;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0020007;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:25:18:39:26:25:18:39:26 chr1 24288476 . T C 428.45 PASS AF=0.488889;AO=27;DP=93;FAO=44;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0282247;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.938;QD=19.0422;RBI=0.0397953;REFB=-0.0383072;REVB=0.0280541;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149268;STB=0.625959;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0436781;OID=.;OPOS=24288476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:28:46:27:44:0.488889:11:16:12:16:16:28:18:28 chr1 24288529 . TAAAC T 212.82 PASS AF=0.5;AO=27;DP=59;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00114436;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=4;MLLD=243.892;QD=13.7302;RBI=0.00206548;REFB=-0.0189669;REVB=0.00171949;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152448;STB=0.595816;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0197502;OID=.;OPOS=24288530;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:59:31:62:31:17:14:11:20:99:31:13:14:10:21 chr1 24289057 . G C 64.81 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.117057;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0773;QD=9.60182;RBI=0.1189;REFB=0.00230228;REVB=-0.0208519;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562164;STB=0.835167;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0176575;OID=.;OPOS=24289057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:4:14:2:7:4:14 chr1 24289891 . ATGAATG A,ATGAAGC 57.69 PASS AF=0.333333,0;AO=8,2;DP=27;FAO=8,0;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0284394,-0.0311599;FXX=0.11107;HRUN=1,1;LEN=6,2;MLLD=185.901,126.474;QD=9.61556;RBI=0.0343957,0.0330006;REFB=-0.0146714,-0.00504381;REVB=-0.019346,-0.0108673;RO=15;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.129171,-0.462547;STB=0.592808,0.5;STBP=0.547,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0154492,0;OID=.,.;OPOS=24289892,24289896;OREF=TGAATG,TG;OALT=-,GC;OMAPALT=A,ATGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:8,2:27:8,0:24:16:3,0:5,0:4:12:57:15:3,0:5,2:4:11 chr1 24406647 . G A 367.3 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0219146;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.377;QD=13.6037;RBI=0.0230098;REFB=-0.00897233;REVB=0.00701434;RO=63;SAF=15;SAR=28;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139867;STB=0.589827;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0104514;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:63:65:43:43:0.398148:28:15:30:33:28:15:32:33 chr1 24409191 . C T 730.6 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.030449;FXX=0.0142847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.75;QD=21.1768;RBI=0.0316814;REFB=0.00785698;REVB=-0.0087506;RO=66;SAF=34;SAR=37;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614933;STB=0.537015;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00548671;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:66:67:71:71:0.514493:37:34:27:39:37:34:27:40 chr1 24413158 . G GC 191.26 PASS AF=0.657895;AO=4;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0237286;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.68;QD=20.133;RBI=0.0530194;REFB=-0.0784759;REVB=0.0474132;RO=34;SAF=0;SAR=4;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715682;STB=0.542678;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=0.0484042;OID=.;OPOS=24413159;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.657895:4:38:25:38:13:18:7:8:5:99:34:0:4:26:8 chr1 24413159 . T C 232.92 PASS AF=0.657895;AO=21;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0082989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.916;QD=24.5174;RBI=0.017749;REFB=-0.0564246;REVB=0.0156893;RO=13;SAF=18;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263464;STB=0.542678;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0363113;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:21:25:0.657895:3:18:8:5:7:18:8:5 chr1 24416059 . T C 1618.78 PASS AF=1;AO=80;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.033;QD=58.8646;RBI=0.133296;REFB=0;REVB=0.0354493;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414845;OID=.;OPOS=24416059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:80:110:1:38:42:0:0:47:63:0:0 chr1 24416070 . G C 1426.11 PASS AF=0.888889;AO=103;DP=116;FAO=104;FDP=117;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0510398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.345;QD=48.756;RBI=0.0568119;REFB=-0.173342;REVB=0.0249506;RO=2;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185991;STB=0.536474;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00140313;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:116:117:2:13:103:104:0.888889:50:53:0:2:50:54:11:2 chr1 24418768 . T C 592.26 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9818;QD=60.7451;RBI=0.0723044;REFB=0;REVB=0.0350603;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426433;OID=.;OPOS=24418768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:9:26:0:0:12:27:0:0 chr1 24419496 . A G 1358.17 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.678;QD=62.4446;RBI=0.0148024;REFB=0;REVB=0.00518545;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0596e-05;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:43:44:0:0 chr1 24421474 . G A 1396.67 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.011691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.58;QD=60.0716;RBI=0.0119094;REFB=-0.13544;REVB=-0.00227052;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509613;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000380756;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:0:2:89:91:0.978495:49:40:0:0:51:40:0:2 chr1 24421950 . C G 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7349;QD=63.2686;RBI=0.0675709;REFB=0;REVB=0.0334543;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989074;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr1 24447468 . G C 434.42 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0436929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.7628;QD=17.0359;RBI=0.101642;REFB=0.000994852;REVB=0.0917714;RO=55;SAF=33;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130238;STB=0.572938;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.000313771;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:14:33:32:23:14:33:32:23 chr1 24448084 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00700103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.676;QD=14.6859;RBI=0.00874016;REFB=-0.0140729;REVB=0.00523221;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342817;STB=0.519422;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0224963;OID=.;OPOS=24448084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:17:14:18:25:17:14:18:25 chr1 24460797 . T G 329.5 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00711131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1625;QD=12.4338;RBI=0.0354074;REFB=-0.000872745;REVB=-0.0346859;RO=65;SAF=23;SAR=17;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279375;STB=0.519893;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000626619;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:66:40:40:0.377358:17:23:39:26:17:23:40:26 chr1 24465113 . C T 427.52 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0274656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.012;QD=19.4326;RBI=0.0333956;REFB=-0.0283793;REVB=0.0189976;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643433;STB=0.545188;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0319153;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:45:43:43:0.488636:19:24:27:16:19:24:29:16 chr1 24480905 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00836625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.856;QD=13.9116;RBI=0.0144786;REFB=-0.00358552;REVB=-0.0118168;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15687;STB=0.590079;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00422036;OID=.;OPOS=24480905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:13:18:9:12:13:18 chr1 24680915 . C T 1059.74 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5765;QD=57.2833;RBI=0.0879412;REFB=0;REVB=0.0842982;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00692273;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:74:2:0:68:74:1:29:39:1:1:30:44:0:0 chr1 24706113 . G A 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3689;QD=60.6445;RBI=0.0141354;REFB=0;REVB=-0.00606026;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88822e-05;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:53:60:0:0:53:60:0:0 chr1 24706269 . A G 1505.08 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.74;QD=58.4497;RBI=0.0449136;REFB=-0.141707;REVB=0.0374405;RO=1;SAF=52;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903581;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000563833;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:1:1:100:102:0.990291:48:52:1:0:49:53:1:0 chr1 24706292 . T C 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.129;QD=60.2038;RBI=0.0425335;REFB=0;REVB=0.0200047;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95155e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr1 24718075 . T C 885.21 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000777888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8879;QD=58.0466;RBI=0.0690697;REFB=0;REVB=0.0690653;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072285;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr1 24785393 . C T 519.88 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0164997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1315;QD=20.3876;RBI=0.0218029;REFB=-0.0375953;REVB=0.0142522;RO=49;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100423;STB=0.55056;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0353391;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:49:49:52:53:0.519608:25:27:31:18:25:28:31:18 chr1 24859617 . G A,C 737.43 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,3;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431616,-0.00405725;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.048,131.37;QD=62.7598;RBI=0.0662114,0.0298992;REFB=0,0;REVB=0.0660706,-0.0296227;RO=0;SAF=28,2;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.22191e-05,0.0527959;OID=.,.;OPOS=24859617,24859617;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:44,3:45,2:0.957447,0.0425532:16,1:28,2:0:0:17,0:28,2:0:0 chr1 24859665 . G A 1025.59 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0216537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.694;QD=55.4373;RBI=0.0216649;REFB=-0.0222959;REVB=0.000695537;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510786;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000453966;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:0:3:71:71:0.959459:29:42:0:0:29:42:1:2 chr1 24861704 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.918;QD=57.6776;RBI=0.030122;REFB=0;REVB=-0.0141049;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80041e-05;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr1 25255850 . C G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0215946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0409;QD=10.6684;RBI=0.0917611;REFB=-0.0238883;REVB=-0.0891839;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334551;STB=0.698267;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0524123;OID=.;OPOS=25255850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:5:13:4:6:5:13 chr1 25291010 . A T 1510.45 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1067;QD=63.5977;RBI=0.0213789;REFB=0;REVB=0.0199504;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76361e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr1 25634143 . T C 104.63 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0148258;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.56;QD=9.96495;RBI=0.0348033;REFB=-0.00594235;REVB=0.0314875;RO=30;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572372;STB=0.526276;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0131701;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:30:29:13:13:0.309524:9:4:8:22:9:4:8:21 chr1 26131654 . G A 1659.5 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.055;QD=60.3455;RBI=0.0659559;REFB=0;REVB=0.0656633;RO=0;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21177e-05;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:53:57:0:0:53:57:0:0 chr1 26138262 . T C 776.18 PASS AF=1;AO=40;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.309;QD=56.4496;RBI=0.213037;REFB=0;REVB=-0.0355969;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206692;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:40:55:1:33:7:0:0:33:22:0:0 chr1 26140573 . C A 1431.43 PASS AF=0.978947;AO=90;DP=92;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0389492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1976;QD=60.2708;RBI=0.0399388;REFB=-0.17865;REVB=0.0088354;RO=2;SAF=53;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175486;STB=0.508927;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0044779;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:95:2:2:90:93:0.978947:37:53:2:0:38:55:2:0 chr1 26142947 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0141316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.118;QD=21.6131;RBI=0.016443;REFB=-0.0207662;REVB=-0.0084066;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210303;STB=0.622244;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0260767;OID=.;OPOS=26142947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:17:7:11:10:17:7:12:11 chr1 26144674 . G A 254.53 PASS AF=0.379747;AO=28;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.000983107;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.09;QD=12.8877;RBI=0.0249055;REFB=-0.0214267;REVB=-0.0248861;RO=49;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176094;STB=0.515951;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0319055;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:49:28:30:0.379747:17:11:20:29:17:13:20:29 chr1 26146884 . C G 69.35 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.899;QD=30.8208;RBI=0.0495631;REFB=-0.179353;REVB=0.0255623;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0106504;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr1 26158962 . A G 483.22 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.525;QD=58.5723;RBI=0.0633945;REFB=0;REVB=0.0539313;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046498;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 26290745 . G C 465.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.277;QD=58.1876;RBI=0.0444997;REFB=0;REVB=0.0410386;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23104e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr1 26357656 . C A 959.59 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.764;QD=57.289;RBI=0.0684897;REFB=0;REVB=0.068368;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954339;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:26:36:0:0:29:38:0:0 chr1 26378002 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.824;QD=53.2771;RBI=0.0226555;REFB=0;REVB=-0.00890141;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67276e-05;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr1 26385003 . T C 453.57 PASS AF=0.471154;AO=39;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0184889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.533;QD=17.445;RBI=0.128489;REFB=-0.00305846;REVB=-0.127152;RO=42;SAF=29;SAR=10;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226371;STB=0.5238;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00101001;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:55:39:49:0.471154:10:29:32:10:19:30:36:19 chr1 26393974 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.020812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.269;QD=19.4401;RBI=0.021633;REFB=-0.0263;REVB=0.00590336;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290379;STB=0.532739;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0211946;OID=.;OPOS=26393974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:29:31:31:0.516667:15:16:13:14:15:16:13:16 chr1 26450714 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0489102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.787;QD=19.0577;RBI=0.0585183;REFB=-0.0235708;REVB=0.0321276;RO=20;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115002;STB=0.564906;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.029256;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:11:8:6:14:11:8:6:14 chr1 26488019 . G A 593.75 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.533;QD=60.8971;RBI=0.127283;REFB=0;REVB=0.124257;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360262;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:18:21:0:0 chr1 26496651 . T C 577.18 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1903;QD=59.1974;RBI=0.0552634;REFB=0;REVB=-0.0258243;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00795584;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:24:11:0:0:24:15:0:0 chr1 26529009 . TA T 34.57 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0701844;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.2477;QD=8.64273;RBI=0.0973821;REFB=-0.0525507;REVB=-0.0675086;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0.428571;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.068911;OID=.;OPOS=26529010;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:16:8:16:8:2:6:4:4:34:8:2:5:4:4 chr1 26694245 . T C 976.62 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105574;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.49;QD=59.1888;RBI=0.022566;REFB=0;REVB=0.0199441;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31199e-05;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:43:21:0:0:44:22:0:0 chr1 26694260 . T C 770.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.6;QD=55.0035;RBI=0.0430359;REFB=-0.134827;REVB=0.0348831;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00125981;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr1 26700795 . T C 814.18 PASS AF=1;AO=39;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.128;QD=57.1351;RBI=0.096758;REFB=0;REVB=0.0409213;RO=0;SAF=5;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337011;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:39:57:1:34:5:0:0:40:17:0:0 chr1 26755919 . A G 605.45 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00732377;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=341.799;QD=59.0678;RBI=0.0263701;REFB=-0.0127872;REVB=0.0253327;RO=1;SAF=35;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132221;STB=0.507243;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=4.32928e-05;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:41:1:1:41:40:0.97561:6:35:1:0:6:34:1:0 chr1 26786627 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.613;QD=59.8391;RBI=0.0543228;REFB=0;REVB=0.0370858;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01745e-05;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 26879920 . T C 487.45 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221276;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.753;QD=59.0844;RBI=0.0297727;REFB=0;REVB=0.0199194;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95587e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 26887592 . T C 375.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.793;QD=55.576;RBI=0.0349612;REFB=0;REVB=0.0203652;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192612;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr1 26900620 . C G 370.64 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0346617;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.989;QD=19.7674;RBI=0.0348929;REFB=-0.0211128;REVB=0.00401032;RO=36;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463962;STB=0.532752;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0175231;OID=.;OPOS=26900620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:21:17:18:18:21:17:19:18 chr1 26900735 . C G 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00274829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.308;QD=62.1619;RBI=0.0203336;REFB=0;REVB=0.020147;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79297e-05;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr1 26901319 . G A,C 932.14 PASS AF=0.925373,0.0746269;AO=56,4;DP=61;FAO=62,5;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37,5;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723884,0.0523743;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.1826,42.641;QD=55.6503;RBI=0.0942325,0.0633642;REFB=0,0;REVB=0.0603298,0.0356646;RO=0;SAF=36,4;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.57266e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.94451e-05,0.0270243;OID=.,.;OPOS=26901319,26901319;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:61:67:0:0:56,4:62,5:0.925373,0.0746269:20,0:36,4:0:0:25,0:37,5:0:0 chr1 27108282 . TAAAAA TAAAA,TAAAGT 31.22 PASS AF=0.129032,0.0967742;AO=8,2;DP=33;FAO=4,3;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1,0;FSAR=3,3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.102726,-0.0391255;FXX=0.0605877;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.0238,186.034;QD=4.02844;RBI=0.127416,0.040546;REFB=-0.0233133,-0.00168489;REVB=-0.0753802,-0.0106381;RO=18;SAF=3,0;SAR=5,2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0163863,-0.479986;STB=0.691296,0.996071;STBP=0.509,0.071;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0656185,0.19104;OID=.,.;OPOS=27108283,27108286;OREF=A,AA;OALT=-,GT;OMAPALT=TAAAA,TAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032,0.0967742:8,2:33:4,3:31:24:1,0:3,3:11:13:16:18:3,0:5,2:7:11 chr1 27210721 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.227;QD=62.6708;RBI=0.0393471;REFB=0;REVB=0.0215629;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01585e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 27339103 . G T 88.34 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4601;QD=39.2603;RBI=0.169311;REFB=0;REVB=0.0476897;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674398;OID=.;OPOS=27339103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr1 27426796 . T C 1282.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4554;QD=61.7925;RBI=0.0542075;REFB=0;REVB=-0.0446758;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000419352;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr1 27427041 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000416648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5646;QD=60.9773;RBI=0.0137974;REFB=0;REVB=-0.0137912;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162561;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr1 27687466 . G T 260.14 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0475155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2968;QD=18.9189;RBI=0.067891;REFB=-0.0238889;REVB=0.0484919;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180183;STB=0.597869;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0257394;OID=.;OPOS=27687466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:27:28:28:0.509091:12:16:8:15:12:16:10:17 chr1 27697345 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0359758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8797;QD=13.8478;RBI=0.0518932;REFB=-0.0524957;REVB=-0.0373984;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708753;STB=0.541349;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0606766;OID=.;OPOS=27697345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:14:11:6:10:14:11 chr1 27697359 . C G 281.92 PASS AF=0.641026;AO=23;DP=37;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00296088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.593;QD=28.9146;RBI=0.0205701;REFB=-0.010017;REVB=-0.0203559;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833594;STB=0.530374;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00470648;OID=.;OPOS=27697359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:14:14:23:25:0.641026:11:12:9:5:11:14:9:5 chr1 27875824 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2752;QD=42.1818;RBI=0.0659142;REFB=0;REVB=0.048034;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014489;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 27876482 . C A 1594.17 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=115;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0524496;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.826;QD=56.9347;RBI=0.0524577;REFB=-0.0494292;REVB=0.000926873;RO=2;SAF=17;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219128;STB=0.50891;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000187674;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:112:2:3:108:109:0.973214:91:17:1:1:92:17:1:2 chr1 28020307 . G C 484.79 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.518;QD=57.0337;RBI=0.0150395;REFB=0;REVB=-0.00112583;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225374;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr1 28209305 . A G 236.64 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0147106;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.062;QD=15.5172;RBI=0.0307675;REFB=-0.0268072;REVB=-0.0270228;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159683;STB=0.590503;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0338408;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:16:18:10:17:16:18 chr1 28209362 . T C 132.8 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0177591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5889;QD=12.6472;RBI=0.0325494;REFB=-0.0162653;REVB=-0.0272778;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605125;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0238318;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:15:16:0.380952:10:5:10:16:10:6:10:16 chr1 28209366 . A G 129.87 PASS AF=0.375;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0586052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4643;QD=12.9874;RBI=0.184434;REFB=-0.0207124;REVB=-0.174875;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0323907;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:23:25:14:15:0.375:9:5:10:13:9:6:10:15 chr1 28268835 . A C 267.14 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0259966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.226;QD=16.1903;RBI=0.0274538;REFB=0.0107937;REVB=0.00882543;RO=36;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167381;STB=0.509428;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0145588;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:12:18:21:15:12:18:21:15 chr1 28282292 . T C 380.44 PASS AF=0.386555;AO=45;DP=118;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00304937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.455;QD=12.7878;RBI=0.00866113;REFB=-0.00400208;REVB=-0.00810657;RO=72;SAF=28;SAR=17;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597033;STB=0.529888;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00654604;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:72:73:45:46:0.386555:17:28:41:31:18:28:41:32 chr1 28586397 . G A 414.8 PASS AF=0.588235;AO=34;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.036084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.595;QD=24.4001;RBI=0.0573135;REFB=-0.0597185;REVB=0.0445285;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638774;STB=0.563767;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0399165;OID=.;OPOS=28586397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:28:34:40:0.588235:15:19:16:9:19:21:19:9 chr1 28638859 . A T 1589.94 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.426;QD=57.816;RBI=0.039174;REFB=-0.147145;REVB=0.0298895;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.508473;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00035943;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:58:50:0:1:58:50:0:2 chr1 29138975 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.959;QD=40.7629;RBI=0.0541392;REFB=0;REVB=0.0481667;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277597;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 29189597 . C T 1858.65 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.245;QD=60.444;RBI=0.0211434;REFB=-0.0468498;REVB=0.0159545;RO=0;SAF=77;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=8.79994e-05;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:123:0:1:120:122:0.99187:43:77:0:0:44:78:1:0 chr1 29446809 . GAA GA,GAG 749.93 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=6,47;DP=54;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020435,0.0996506;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.0443,43.6964;QD=56.5982;RBI=0.0269966,0.113063;REFB=0,0;REVB=0.0176416,0.0534132;RO=0;SAF=3,25;SAR=3,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0469327,0.00120155;OID=.,.;OPOS=29446810,29446811;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:6,47:54:1,52:53:0:0,28:1,24:0:0:3:0:3,25:3,22:0:0 chr1 29475648 . T G 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0290875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.596;QD=55.0099;RBI=0.04263;REFB=0.0391228;REVB=0.0311646;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-8.90744e-05;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:1:0:12:20:1:0 chr1 29529699 . T C 994.33 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.463;QD=57.6422;RBI=0.0653808;REFB=-0.140366;REVB=0.0622271;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209893;STB=0.510635;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000811701;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:22:44:0:1:23:45:0:1 chr1 29542637 . A G 1157.32 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00120698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0846;QD=59.35;RBI=0.0271442;REFB=-0.0596605;REVB=-0.0271174;RO=1;SAF=31;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150195;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00331011;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:45:31:1:0:45:32:1:0 chr1 29630455 . C T 1471.46 PASS AF=0.9375;AO=104;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0305627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.743;QD=52.5522;RBI=0.0468862;REFB=-0.0846638;REVB=0.0355562;RO=7;SAF=54;SAR=50;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278911;STB=0.514891;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00486026;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:112:112:7:7:104:105:0.9375:50:54:2:5:50:55:2:5 chr1 29631909 . A G 1472.37 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.794;QD=63.3276;RBI=0.0577187;REFB=0;REVB=0.00326331;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013512;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:39:53:0:0:39:54:0:0 chr1 31188089 . C T 503.84 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0181136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.685;QD=22.3931;RBI=0.0266294;REFB=-0.0392681;REVB=-0.0195199;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131624;STB=0.576006;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0146563;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:42:48:48:0.533333:23:25:14:25:23:25:15:27 chr1 31188901 . A G 1877.6 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.955;QD=61.5606;RBI=0.00295579;REFB=0;REVB=0.00090621;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44542e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:45:75:0:0:47:75:0:0 chr1 31215364 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.536;QD=55.0987;RBI=0.00899532;REFB=0;REVB=0.00861439;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26467e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 31346057 . A G 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0271302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3821;QD=19.9906;RBI=0.0574575;REFB=0.00428663;REVB=-0.0506489;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103146;STB=0.558229;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00849235;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:11:12:9:13:11:12 chr1 31347320 . G A 380.39 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.000447038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.403;QD=16.9062;RBI=0.0542617;REFB=-0.0178684;REVB=0.0542599;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207291;STB=0.511622;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0208125;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:24:16:19:31:24:16:19:31 chr1 31349751 . TCCCC TCCCG,TCCC 72.93 PASS AF=0,0.436364;AO=4,18;DP=55;FAO=0,24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=0,3;FSAR=0,21;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0894998,0.0570364;FXX=0.017854;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=74.5429,10.8903;QD=5.304;RBI=0.148276,0.244117;REFB=-0.0117065,-0.0882958;REVB=-0.118218,-0.23736;RO=23;SAF=0,2;SAR=4,16;SRF=18;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.534653;SSSB=-0.749845,-0.667634;STB=0.5,0.823225;STBP=1,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0094745;OID=.,.;OPOS=31349755,31349752;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=TCCCG,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.436364:4,18:55:0,24:55:31:0,3:0,21:19:12:73:23:0,2:4,16:18:5 chr1 31426815 . A G 902.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.364;QD=58.2449;RBI=0.0230393;REFB=0;REVB=0.00693927;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96055e-05;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr1 31438914 . C T 313.63 PASS AF=0.376147;AO=33;DP=105;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=0.00759139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8068;QD=11.5092;RBI=0.109888;REFB=-0.0114732;REVB=0.109626;RO=68;SAF=22;SAR=11;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012835;STB=0.588837;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0334034;OID=.;OPOS=31438914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:68:68:33:41:0.376147:11:22:46:22:19:22:46:22 chr1 31445932 . C G 1520.87 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216097;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4807;QD=64.0366;RBI=0.0494794;REFB=0;REVB=0.0445111;RO=0;SAF=64;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286549;OID=.;OPOS=31445932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:31:64:0:0:31:64:0:0 chr1 31653733 . T C 853.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412115;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.361;QD=57.8433;RBI=0.0795949;REFB=0;REVB=0.0680952;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147956;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr1 31732788 . C T 536.49 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0070687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9759;QD=18.9908;RBI=0.0101202;REFB=-0.017289;REVB=-0.00724233;RO=57;SAF=42;SAR=14;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150595;STB=0.583752;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0151624;OID=.;OPOS=31732788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:57:56:56:0.495575:14:42:35:22:14:42:35:22 chr1 31733830 . T C 291.38 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0413268;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.705;QD=16.6504;RBI=0.0458891;REFB=-0.0285275;REVB=0.0199476;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136063;STB=0.565175;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0339955;OID=.;OPOS=31733830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:38:32:32:0.457143:10:22:20:16:10:22:22:16 chr1 31733926 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.374;QD=57.0004;RBI=0.0616249;REFB=0;REVB=0.0525304;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157761;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:16:38:0:0:16:38:0:0 chr1 31837196 . G T 628.57 PASS AF=0.429448;AO=70;DP=163;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00995621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.784;QD=15.425;RBI=0.0110484;REFB=-0.0149199;REVB=-0.00478974;RO=91;SAF=33;SAR=37;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122716;STB=0.507114;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0177084;OID=.;OPOS=31837196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:91:93:70:70:0.429448:37:33:44:47:37:33:45:48 chr1 31837320 . T C 593.82 PASS AF=0.5;AO=59;DP=122;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.013804;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9782;QD=19.1555;RBI=0.0200084;REFB=-0.022428;REVB=0.014484;RO=59;SAF=29;SAR=30;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220435;OID=.;OPOS=31837320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:59:62:59:62:0.5:30:29:31:28:29:33:33:29 chr1 31882730 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0190552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.673;QD=27.3142;RBI=0.0215655;REFB=-0.0426308;REVB=0.0100981;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122325;STB=0.567506;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0279471;OID=.;OPOS=31882730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:9:3:9:12:9:3 chr1 31883295 . T C 551.52 PASS AF=0.472;AO=58;DP=123;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0067829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5127;QD=17.6487;RBI=0.00728652;REFB=-0.0368621;REVB=0.0026619;RO=64;SAF=28;SAR=30;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132687;STB=0.510612;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0401605;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:64:66:58:59:0.472:30:28:30:34:31:28:30:36 chr1 31898234 . T C 725.5 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.567;QD=53.7411;RBI=0.0472711;REFB=-0.0174768;REVB=-0.0265128;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018468;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00266399;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:1:0:27:26:1:0 chr1 31905889 . A ACAG 1136.55 PASS AF=0.754098;AO=92;DP=130;FAO=92;FDP=122;FR=.;FRO=30;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0171095;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.253;QD=37.264;RBI=0.0557356;REFB=-0.143056;REVB=0.0530445;RO=33;SAF=46;SAR=46;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112192;STB=0.55175;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0297486;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.754098:92:130:92:122:30:45:47:21:9:99:33:46:46:24:9 chr1 31907457 . A C 237.3 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=64;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00734018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.28;QD=14.3815;RBI=0.00976053;REFB=-0.000839919;REVB=0.00643348;RO=37;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223186;STB=0.608615;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00119445;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:38:26:28:0.424242:8:18:18:19:9:19:19:19 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 609.83 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161592;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=11;MLLD=368.822;QD=60.983;RBI=0.0163624;REFB=0;REVB=-0.00257036;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000767006;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:39:40:40:0:19:21:0:0:4:0:17:21:0:0 chr1 31973138 . T C 706.98 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.155;QD=62.8424;RBI=0.0365925;REFB=0;REVB=0.032947;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30639e-05;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr1 31973348 . A C 972.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.608;QD=58.9601;RBI=0.0834323;REFB=0;REVB=0.0763848;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216162;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr1 31973409 . G A 940.98 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0574149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.225;QD=57.0288;RBI=0.0657483;REFB=-0.118455;REVB=0.0320369;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000880236;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:31:33:0:1:31:34:0:1 chr1 31973440 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.183;QD=57.0005;RBI=0.0138583;REFB=0;REVB=0.0010129;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02609e-05;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 32084904 . C T 1084.24 PASS AF=0.488889;AO=110;DP=225;FAO=110;FDP=225;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0215139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1656;QD=19.2754;RBI=0.0215456;REFB=-0.0153758;REVB=0.00116906;RO=114;SAF=54;SAR=56;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024642;STB=0.515751;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0216146;OID=.;OPOS=32084904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:115:110:110:0.488889:56:54:59:55:56:54:60:55 chr1 32092525 . A G 360.53 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00940298;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.882;QD=12.0178;RBI=0.0115981;REFB=-0.00867801;REVB=-0.00678971;RO=73;SAF=15;SAR=29;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272414;STB=0.651492;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0231527;OID=.;OPOS=32092525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:73:76:44:44:0.366667:29:15:43:30:29:15:44:32 chr1 32092918 . T TTCC 397.5 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00511047;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=3;MLLD=309.491;QD=20.3847;RBI=0.0107799;REFB=-0.0220427;REVB=-0.00949149;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134723;STB=0.58744;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.0217383;OID=.;OPOS=32092919;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=TTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:40:82:40:78:38:23:17:15:23:99:42:23:17:18:24 chr1 32096265 . A G 298.68 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00605292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8886;QD=16.3662;RBI=0.0610769;REFB=0.00389759;REVB=-0.0607762;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164026;STB=0.517677;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00603385;OID=.;OPOS=32096265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:33:33:0.452055:13:20:23:16:13:20:23:17 chr1 32118159 . ACA AAA,AA,AC,CAA 151.18 PASS AF=0,0.461538,0,0;AO=2,8,6,2;DP=48;FAO=0,18,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=0,10,0,0;FSAR=0,8,0,0;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0309686,0.0302191,-0.193894,-0.210454;FXX=0.0714116;HRUN=1,1,8,2;LEN=1,1,1,2;MLLD=162.601,163.649,8.49826,14.5858;QD=15.5056;RBI=0.0315819,0.0314299,0.196973,0.21188;REFB=-0.0501759,-0.0520323,0.0273857,0.106858;REVB=0.00619401,0.00863962,0.0346926,-0.024541;RO=21;SAF=0,2,5,2;SAR=2,6,1,0;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.475599,-0.229673,0.4812,0.535809;STB=0.5,0.568106,0.5,0.5;STBP=1,0.456,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0654287,0.0650057,-0.0225852,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32118160,32118160,32118161,32118159;OREF=C,C,A,AC;OALT=A,-,-,CA;OMAPALT=AAA,AA,AC,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:39:21:21:2,8,6,2:0,18,0,0:0,0.461538,0,0:2,6,1,0:0,2,5,2:9:12:0,8,0,0:0,10,0,0:9:12 chr1 32127953 . G A 167.08 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00950255;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.534;QD=21.5588;RBI=0.0147044;REFB=-0.0210388;REVB=-0.0112215;RO=14;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602254;STB=0.533859;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0206735;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:14:17:17:0.548387:11:6:4:10:11:6:4:10 chr1 32131163 . C G 442.7 PASS AF=0.45;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00532768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.355;QD=17.7078;RBI=0.0145187;REFB=-0.0130974;REVB=0.0135059;RO=54;SAF=28;SAR=16;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648188;STB=0.536766;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0139327;OID=.;OPOS=32131163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:44:45:0.45:16:28:31:23:16:29:32:23 chr1 32148571 . A G 1042.23 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.217;QD=59.5558;RBI=0.039374;REFB=0;REVB=0.0242951;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05049e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:32:38:0:0 chr1 32150144 . CGGGG CGGG,CGGGC 126.08 PASS AF=0.465517,0.0172414;AO=25,6;DP=57;FAO=27,1;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0;FSAR=21,1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.024476,-0.16554;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.6537,15.1091;QD=8.69548;RBI=0.167116,0.165543;REFB=-0.136725,-0.0524672;REVB=-0.165314,0.000834687;RO=22;SAF=1,5;SAR=24,1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.652531,0.460671;STB=0.597912,0.987394;STBP=0.191,0.476;TYPE=del,snp;VARB=0.121062,-0.050638;OID=.,.;OPOS=32150145,32150148;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.465517,0.0172414:25,6:57:27,1:58:30:6,0:21,1:11:19:99:22:1,5:24,1:10:12 chr1 32158374 . T C 250.69 PASS AF=0.48;AO=20;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00621621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.475;QD=20.055;RBI=0.00801224;REFB=-0.0126601;REVB=-0.00505517;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14673;STB=0.591471;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0137924;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:20:26:20:24:0.48:6:14:11:9:8:16:13:13 chr1 32163574 . CGG C,CG 1367.17 PASS AF=0.937824,0.0621762;AO=90,41;DP=195;FAO=181,12;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=76,10;FSAR=105,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213118,0.0431194;FXX=0.0301492;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=12.0805,7.40548;QD=28.3352;RBI=0.0451059,0.0845579;REFB=0.0781526,0.0771379;REVB=0.0397536,0.0727376;RO=6;SAF=30,16;SAR=60,25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.555556,0.555556;SSEP=0,0;SSSB=-0.0858602,-0.147258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.025484,0.0698063;OID=.,.;OPOS=32163575,32163575;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.937824,0.0621762:90,41:195:181,12:193:0:76,10:105,2:0:0:10:6:30,16:60,25:6:0 chr1 32164206 . T G 243.43 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0527624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3285;QD=15.2144;RBI=0.147296;REFB=0.019381;REVB=-0.137522;RO=35;SAF=20;SAR=8;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978253;STB=0.56696;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.030323;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:28:28:0.4375:8:20:22:13:8:20:22:14 chr1 32165495 . G T 540.06 PASS AF=0.456693;AO=55;DP=124;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0777639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4353;QD=17.0097;RBI=0.0856663;REFB=-0.0303852;REVB=0.0359372;RO=67;SAF=19;SAR=36;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611923;STB=0.544111;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0273745;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:67:69:55:58:0.456693:36:19:27:40:38:20:29:40 chr1 32193647 . T C 202.63 PASS AF=0.325;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0206815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.277;QD=10.1313;RBI=0.046061;REFB=-0.0237386;REVB=-0.041157;RO=49;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344265;STB=0.51249;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.031861;OID=.;OPOS=32193647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:54:26:26:0.325:13:13:23:26:13:13:26:28 chr1 32208507 . TG T 47.46 PASS AF=0.404255;AO=21;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0774015;FXX=0.020829;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.6067;QD=4.03917;RBI=0.146133;REFB=-0.123929;REVB=-0.123951;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148804;STB=0.615987;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.115733;OID=.;OPOS=32208508;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:21:48:19:47:28:6:13:14:14:47:20:8:13:11:9 chr1 32256313 . C T 71.71 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0159124;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.95;QD=3.77435;RBI=0.0159213;REFB=-0.00634546;REVB=-0.00053279;RO=60;SAF=9;SAR=4;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130366;STB=0.539109;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0257877;OID=.;OPOS=32256313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:76:60:63:13:13:0.171053:4:9:41:19:4:9:41:22 chr1 32280610 . T C 2778.14 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197686;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.747;QD=62.7828;RBI=0.0294433;REFB=0;REVB=-0.0293769;RO=0;SAF=98;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101097;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:177:177:1:79:98:0:0:79:98:0:0 chr1 32373837 . GTTTTTT GTTTTTG,GTTTT 152.08 PASS AF=0.37037,0.592593;AO=3,4;DP=32;FAO=10,16;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=9,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0523104,-0.356817;FXX=0.34138;HRUN=16,16;LEN=1,2;MLLD=196.33,6.43202;QD=22.5305;RBI=0.0643694,0.374427;REFB=-0.0176485,-0.227239;REVB=-0.0375105,-0.113479;RO=1;SAF=0,4;SAR=3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,0;STB=0.666259,0.5;STBP=0.073,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0019365,0.110663;OID=.,.;OPOS=32373843,32373838;OREF=T,TT;OALT=G,-;OMAPALT=GTTTTTG,GTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.37037,0.592593:3,4:32:10,16:27:1:1,16:9,0:1:0:71:1:0,4:3,0:1:0 chr1 32374004 . TC AT,T 45.36 PASS AF=0.025,0.275;AO=2,15;DP=43;FAO=1,11;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1,6;FSAR=0,5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0361196,-0.203401;FXX=0.0908884;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=120.393,9.87823;QD=4.53553;RBI=0.042879,0.204439;REFB=-0.00564716,-0.139796;REVB=-0.023108,0.0205783;RO=18;SAF=2,10;SAR=0,5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.402062;SSSB=0.631566,0.359142;STB=0.991841,0.608104;STBP=0.268,0.379;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0265776,0.117741;OID=.,.;OPOS=32374004,32374005;OREF=TC,C;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:43:40:18:28:2,15:1,11:0.025,0.275:0,5:2,10:5:13:0,5:1,6:11:17 chr1 32544768 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.172;QD=47.8146;RBI=0.0155787;REFB=-0.0982941;REVB=0.00911391;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00529893;OID=.;OPOS=32544768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:11:9:1:0:11:10:1:0 chr1 32557486 . A G 1011.12 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170544;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9388;QD=58.6158;RBI=0.017093;REFB=0;REVB=0.00114825;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200037;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:26:41:0:0:27:42:0:0 chr1 32672908 . T G 241.35 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00511335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.938;QD=16.937;RBI=0.0365899;REFB=-0.00938411;REVB=-0.0362308;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637113;STB=0.519466;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0105535;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:26:27:0.473684:8:18:19:11:9:18:19:11 chr1 32672932 . G A 305.35 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0320636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2045;QD=17.7016;RBI=0.0526168;REFB=-0.0154672;REVB=0.0417187;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524755;STB=0.529394;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0352538;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:12:21:21:15:12:21:21:15 chr1 32694819 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0479429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1973;QD=19.3432;RBI=0.0493926;REFB=-0.00116091;REVB=-0.0118788;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247082;STB=0.638746;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000748958;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:4:14:9:9:4:14 chr1 32706791 . G T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00946084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.881;QD=15.8995;RBI=0.00946096;REFB=-0.0194563;REVB=-4.88427e-05;RO=48;SAF=21;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376286;STB=0.514131;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0246224;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:16:21:29:19:16:21:29:20 chr1 32713199 . A G 191.76 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00427196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5716;QD=11.8006;RBI=0.0135275;REFB=0.00431404;REVB=0.0128352;RO=41;SAF=20;SAR=4;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266321;STB=0.656785;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.01121;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:4:20:27:14:4:20:27:14 chr1 32829281 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00548373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.045;QD=15.256;RBI=0.0171753;REFB=-0.0286279;REVB=-0.0162763;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239618;STB=0.637661;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0287488;OID=.;OPOS=32829281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:11:19:8:12:11:19 chr1 33065947 . G C 582.52 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.807;QD=58.2523;RBI=0.0370566;REFB=-0.184393;REVB=0.0152643;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.515144;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00225721;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:16:23:0:0:16:23:0:1 chr1 33133968 . T C 743.19 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00871084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.997;QD=59.4549;RBI=0.0155394;REFB=-0.147764;REVB=0.0128683;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506349;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000770127;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:31:17:0:0:31:17:1:1 chr1 33145386 . C CT 61.1 PASS AF=0.458333;AO=12;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0137395;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.3856;QD=10.1835;RBI=0.149356;REFB=-0.0137124;REVB=0.148723;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523768;STBP=0.859;TYPE=ins;VARB=0.0930713;OID=.;OPOS=33145387;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:12:24:11:24:13:10:1:12:1:61:12:11:1:11:1 chr1 33160878 . C T 614.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.457;QD=59.9989;RBI=0.0695049;REFB=0;REVB=0.0685595;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112768;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:10:30:0:0:11:30:0:0 chr1 33161212 . T C 696.66 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198918;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.404;QD=54.6401;RBI=0.0599601;REFB=-0.0493258;REVB=0.0565644;RO=1;SAF=35;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132627;STB=0.507039;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000951451;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:15:35:1:0:15:35:1:0 chr1 33231380 . T G 116.07 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0562861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4251;QD=10.5515;RBI=0.0571682;REFB=-0.00891249;REVB=-0.010004;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642032;STB=0.558206;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0331954;OID=.;OPOS=33231380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:29:29:13:15:0.340909:5:8:18:11:7:8:18:11 chr1 33231403 . G T 63.31 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0187699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.705;QD=8.733;RBI=0.0564837;REFB=-0.0198972;REVB=0.0532738;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189901;STB=0.522678;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0364631;OID=.;OPOS=33231403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:2:7:15:4:2:7:16:4 chr1 33235626 . G A 515.65 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00129987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.606;QD=24.8506;RBI=0.0298648;REFB=-0.0381097;REVB=0.0298365;RO=30;SAF=34;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215632;STB=0.539349;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0279273;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:30:35:48:48:0.578313:14:34:22:8:14:34:22:13 chr1 33324088 . C G 250.75 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00396382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.263;QD=20.0598;RBI=0.0441769;REFB=-0.0161132;REVB=-0.0439987;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.518503;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0190928;OID=.;OPOS=33324088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:15:11:11:13:15:11 chr1 33328165 . G A 668.28 PASS AF=0.422857;AO=73;DP=174;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0130828;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.554;QD=15.275;RBI=0.0221759;REFB=-0.00683431;REVB=0.0179056;RO=100;SAF=31;SAR=42;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.616786;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00925703;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:100:101:73:74:0.422857:42:31:63:37:43:31:63:38 chr1 33409693 . G A 191.65 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0105682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1329;QD=15.6452;RBI=0.0511849;REFB=-0.0323487;REVB=-0.050082;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887593;STB=0.55097;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0411217;OID=.;OPOS=33409693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:17:12:10:10:17:12 chr1 33475721 . G A,C 87.49 PASS AF=0.101266,0.101266;AO=8,8;DP=80;FAO=8,8;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=5,3;FSAR=3,5;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0618872,-0.0833738;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.013,47.5359;QD=4.42972;RBI=0.0890208,0.0879191;REFB=-0.00594931,-0.0223457;REVB=-0.0639896,-0.0279031;RO=62;SAF=5,3;SAR=3,5;SRF=35;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0737627,-0.22142;STB=0.549325,0.669693;STBP=0.808,0.348;TYPE=snp,snp;VARB=0.0742602,0.0781132;OID=.,.;OPOS=33475721,33475721;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:80:79:62:63:8,8:8,8:0.101266,0.101266:3,5:5,3:35:27:3,5:5,3:36:27 chr1 33475750 . A G 73.0 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=93;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.00373579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.592;QD=3.13998;RBI=0.021837;REFB=-0.0186506;REVB=-0.0215151;RO=78;SAF=7;SAR=7;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803738;STB=0.559057;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0479218;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:93:93:78:79:14:14:0.150538:7:7:44:34:7:7:45:34 chr1 33475767 . G A 85.77 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00866569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.055;QD=3.33071;RBI=0.00888788;REFB=-0.0121834;REVB=-0.00197491;RO=87;SAF=7;SAR=9;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128681;STB=0.586142;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0415739;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:103:103:87:87:16:16:0.15534:9:7:47:40:9:7:47:40 chr1 33476475 . T A 105.5 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0329429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.5508;QD=24.8242;RBI=0.0446517;REFB=-0.0362463;REVB=-0.030142;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779585;STB=0.608433;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0802161;OID=.;OPOS=33476475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:17:4:4:7:9:0.529412:0:7:2:2:2:7:2:2 chr1 33502343 . C G 46.09 PASS AF=0.0828729;AO=15;DP=183;FAO=15;FDP=181;FR=.;FRO=166;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=103;FWDB=-0.0230911;FXX=0.0109284;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.231;QD=1.01848;RBI=0.0328177;REFB=-0.0071669;REVB=0.0233195;RO=166;SAF=1;SAR=14;SRF=63;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442255;STB=0.883875;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0593355;OID=.;OPOS=33502343;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:183:181:166:166:15:15:0.0828729:14:1:63:103:14:1:63:103 chr1 33502357 . C T 49.17 PASS AF=0.0837696;AO=16;DP=191;FAO=16;FDP=191;FR=.;FRO=175;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=110;FWDB=-0.0198112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.214;QD=1.02977;RBI=0.0211544;REFB=-0.0014523;REVB=0.00741789;RO=173;SAF=3;SAR=13;SRF=64;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246234;STB=0.70522;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0133529;OID=.;OPOS=33502357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:191:191:173:175:16:16:0.0837696:13:3:64:109:13:3:65:110 chr1 33502376 . G A 56.86 PASS AF=0.0869565;AO=18;DP=206;FAO=18;FDP=207;FR=.;FRO=189;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=113;FWDB=-0.0198923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.59;QD=1.09869;RBI=0.022379;REFB=-0.00446727;REVB=-0.0102526;RO=188;SAF=4;SAR=14;SRF=75;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22948;STB=0.687734;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0301986;OID=.;OPOS=33502376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:206:207:188:189:18:18:0.0869565:14:4:75:113:14:4:76:113 chr1 33562416 . G T 248.24 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0238858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3063;QD=16.2783;RBI=0.0388573;REFB=-0.00489392;REVB=-0.030649;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291428;STB=0.664902;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00757794;OID=.;OPOS=33562416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:8:20:14:19:8:20:14:19 chr1 33646950 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1055;QD=55.6525;RBI=0.0927702;REFB=0;REVB=-0.0897246;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000822457;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 33765272 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2124;QD=46.8476;RBI=0.0400126;REFB=0;REVB=0.0310425;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110348;OID=.;OPOS=33765272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 33789588 . T C 552.93 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=48;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0207439;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.508;QD=45.1369;RBI=0.0611525;REFB=-0.0479393;REVB=0.0575267;RO=5;SAF=35;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447389;STB=0.503104;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00323008;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:49:5:5:43:44:0.897959:8:35:4:1:8:36:4:1 chr1 33802351 . C T 209.23 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0283607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7791;QD=13.7203;RBI=0.0352267;REFB=-0.0308097;REVB=0.0208947;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176957;STB=0.60126;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0236771;OID=.;OPOS=33802351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:16:9:19:17:16:9:19:17 chr1 33820033 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.018311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.271;QD=16.5358;RBI=0.0319756;REFB=-0.056703;REVB=-0.0262136;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324503;STB=0.645175;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0350623;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:23:18:18:0.439024:11:7:15:5:11:7:15:8 chr1 33832864 . CA C,CG 1409.36 PASS AF=0.0326087,0.967391;AO=30,63;DP=93;FAO=3,89;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=2,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263882,0.0260142;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.527,184.764;QD=61.2764;RBI=0.0424128,0.056754;REFB=0,0;REVB=0.0332041,0.0504408;RO=0;SAF=10,29;SAR=20,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0267466,0.00785795;OID=.,.;OPOS=33832865,33832865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0326087,0.967391:30,63:93:3,89:92:0:1,38:2,51:0:0:5:0:10,29:20,34:0:0 chr1 33834143 . G A 362.69 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=0.0108954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.456;QD=20.7249;RBI=0.0956448;REFB=-0.00723586;REVB=0.0950222;RO=30;SAF=33;SAR=4;SRF=30;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290583;STB=0.666603;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00463465;OID=.;OPOS=33834143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:33:37:37:0.528571:4:33:30:0:4:33:33:0 chr1 33957152 . T G 798.67 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00343194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.36;QD=57.048;RBI=0.0549336;REFB=0;REVB=0.0548263;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112937;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:50:56:1:11:39:0:0:17:39:0:0 chr1 34038214 . T C 739.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4637;QD=56.9014;RBI=0.0517397;REFB=0;REVB=0.00972621;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660693;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 34071524 . TC T,TT 559.75 PASS AF=1,0;AO=14,23;DP=37;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545239,-0.0667401;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.167,275.683;QD=60.5138;RBI=0.0570624,0.0752313;REFB=0,0;REVB=-0.0168306,-0.0347203;RO=0;SAF=5,14;SAR=9,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000627114,0.0218012;OID=.,.;OPOS=34071525,34071525;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,23:37:37,0:37:0:19,0:18,0:0:0:4:0:5,14:9,9:0:0 chr1 34238283 . T C 179.04 PASS AF=0.3;AO=23;DP=81;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0180952;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5897;QD=8.95222;RBI=0.03014;REFB=-0.0223468;REVB=-0.0241036;RO=53;SAF=5;SAR=18;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252375;STB=0.659236;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0554701;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:56:23:24:0.3:18:5:21:32:19:5:22:34 chr1 34270498 . G A 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.606;QD=57.1023;RBI=0.00864174;REFB=0;REVB=0.00383391;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26737e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr1 34285342 . G A 404.82 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0511619;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9979;QD=15.8751;RBI=0.060656;REFB=0.00124007;REVB=-0.0325823;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00615695;STB=0.501307;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00117927;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:58:57:45:45:0.441176:22:23:30:28:22:23:29:28 chr1 34285381 . C T 382.46 PASS AF=0.427184;AO=42;DP=100;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0107461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.429;QD=14.8528;RBI=0.0218609;REFB=-0.0219634;REVB=0.0190374;RO=57;SAF=24;SAR=18;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466977;STB=0.538236;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0201455;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:57:59:42:44:0.427184:18:24:30:27:18:26:31:28 chr1 34329897 . T C 1183.83 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099454;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.578;QD=60.7093;RBI=0.0197775;REFB=0;REVB=0.0170949;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88256e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:38:40:0:0 chr1 34330067 . A C 667.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.528;QD=58;RBI=0.0611802;REFB=-0.0445979;REVB=0.0331053;RO=2;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975376;STB=0.505195;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00248534;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:17:27:1:1:17:27:1:1 chr1 34578613 . A G 91.12 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00279034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.805;QD=8.4761;RBI=0.0122535;REFB=-0.0178618;REVB=-0.0119315;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236377;STB=0.655988;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0886783;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:8:4:16:14:8:4:17:14 chr1 34663180 . G A 248.04 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0249777;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.678;QD=16.2652;RBI=0.0271233;REFB=-0.0460087;REVB=-0.0105731;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119248;STB=0.551689;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0373545;OID=.;OPOS=34663180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:25:33:27:28:0.459016:7:20:21:4:7:21:27:6 chr1 34663208 . C G 211.1 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0178315;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.289;QD=14.8142;RBI=0.0216882;REFB=-0.0247575;REVB=-0.0123458;RO=32;SAF=17;SAR=7;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929823;STB=0.54427;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0379019;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:7:17:25:7:7:18:25:7 chr1 34663411 . C G 320.75 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.012119;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.325;QD=18.0702;RBI=0.0342901;REFB=-0.0142733;REVB=0.0320771;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128247;STB=0.562778;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.017367;OID=.;OPOS=34663411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:16:18:24:12:16:18:24:13 chr1 34667863 . C A 122.43 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0259811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.258;QD=15.7977;RBI=0.0305035;REFB=-0.0214007;REVB=-0.0159827;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142857;STB=0.555476;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0193792;OID=.;OPOS=34667863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:5:8:8:9:6:8:8:9 chr1 35184033 . C T 539.02 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.351;QD=59.8912;RBI=0.0167619;REFB=0;REVB=0.0146482;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42781e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr1 35223881 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0014653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.182;QD=23.5283;RBI=0.00483814;REFB=-0.0440194;REVB=0.00461091;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.521718;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0310949;OID=.;OPOS=35223881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:9:6:9:11:9:6 chr1 35227466 . A C 224.4 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0173587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9525;QD=17.5996;RBI=0.0222821;REFB=-0.0403381;REVB=-0.0139703;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.547225;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0395739;OID=.;OPOS=35227466;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:17:10:11:13:17:10 chr1 35251545 . G C 167.0 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00152537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0683;QD=15.1822;RBI=0.0742682;REFB=-0.0180536;REVB=0.0742525;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.018542;OID=.;OPOS=35251545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:8:10:11:13:8:10:12:14 chr1 35251735 . G C 385.18 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00234924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.945;QD=20.5431;RBI=0.0142785;REFB=-0.0116419;REVB=0.0140839;RO=35;SAF=26;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081272;STB=0.529396;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0091608;OID=.;OPOS=35251735;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:36:38:39:0.52:12:26:21:14:13:26:22:14 chr1 35259961 . A G 661.26 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00208846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.84;QD=17.5169;RBI=0.0224624;REFB=-0.0162598;REVB=-0.0223651;RO=80;SAF=40;SAR=30;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00875285;STB=0.508668;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0253504;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:81:70:70:0.463576:30:40:45:35:30:40:45:36 chr1 35260929 . G A 461.37 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0106518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.127;QD=18.8312;RBI=0.0115517;REFB=-0.0130459;REVB=-0.00446997;RO=51;SAF=27;SAR=19;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397769;STB=0.526304;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0124403;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:19:27:32:19:19:27:33:19 chr1 35261044 . CAG C 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00801432;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=243.144;QD=23.1635;RBI=0.0264458;REFB=-0.0265283;REVB=0.0252022;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506998;STB=0.52828;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.0209111;OID=.;OPOS=35261045;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530612:26:49:26:49:23:12:14:12:11:99:23:12:14:12:11 chr1 35261232 . C G 376.69 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00356469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9892;QD=21.2221;RBI=0.0611829;REFB=-0.0436876;REVB=0.061079;RO=33;SAF=26;SAR=11;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125039;STB=0.57605;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0284576;OID=.;OPOS=35261232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:11:26:27:6:12:26:27:6 chr1 35442313 . T A 494.23 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.00661089;FXX=0.0256388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.999;QD=17.3415;RBI=0.0106962;REFB=-0.0344712;REVB=-0.00840865;RO=56;SAF=15;SAR=37;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170431;STB=0.504332;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0255296;OID=.;OPOS=35442313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:56:61:52:53:0.464912:37:15:17:39:37:16:18:43 chr1 35562965 . G A 346.79 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193367;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.649;QD=55.4871;RBI=0.019767;REFB=0;REVB=-0.00410206;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209538;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 35563206 . C G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0380347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.295;QD=12.8688;RBI=0.0430434;REFB=-0.0250735;REVB=0.0201518;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0339124;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:6:10:9:2:6:10 chr1 35757843 . A T 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.027681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0533;QD=22.3962;RBI=0.0370299;REFB=-0.0131452;REVB=0.0245963;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.555006;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0117095;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:9:13:9:9:9:13:9:10 chr1 35900615 . A G 531.81 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0184991;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.864;QD=21.9304;RBI=0.0204673;REFB=-0.0198875;REVB=0.00875748;RO=47;SAF=14;SAR=36;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849473;STB=0.547039;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0190956;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:47:47:50:50:0.515464:36:14:17:30:36:14:17:30 chr1 35921764 . G C 776.45 PASS AF=0.590164;AO=74;DP=124;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.00563619;FXX=0.0161277;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.887;QD=25.4574;RBI=0.0125221;REFB=-0.0201218;REVB=-0.011182;RO=50;SAF=40;SAR=34;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10401;STB=0.552211;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0116217;OID=.;OPOS=35921764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:50:50:74:72:0.590164:34:40:20:30:34:38:20:30 chr1 36031342 . T A 108.44 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0621741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.519;QD=15.4917;RBI=0.0624163;REFB=-0.001137;REVB=-0.00549277;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241471;STB=0.579721;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00181245;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:12:13:0.464286:9:3:1:12:10:3:2:13 chr1 36225948 . T C 1697.22 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104;QD=59.5517;RBI=0.0340861;REFB=0.0330909;REVB=0.0268362;RO=1;SAF=73;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117216;STB=0.506172;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000174835;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:40:73:0:1:40:73:0:1 chr1 36359669 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.953;QD=62.6711;RBI=0.00500399;REFB=0;REVB=-0.00440499;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09148e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr1 36553673 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.635;QD=58.0597;RBI=0.0579969;REFB=0;REVB=0.0059855;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301363;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr1 36557619 . G A 787.22 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00548127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0824;QD=20.7164;RBI=0.0131624;REFB=0.00201659;REVB=-0.0119668;RO=73;SAF=34;SAR=45;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555087;STB=0.530474;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00143217;OID=.;OPOS=36557619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:73:73:79:79:0.519737:45:34:36:37:45:34:36:37 chr1 36559558 . C T 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0123094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4056;QD=18.895;RBI=0.0141512;REFB=0.00258297;REVB=-0.00698107;RO=44;SAF=27;SAR=14;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455811;STB=0.525411;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00243626;OID=.;OPOS=36559558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:14:27:27:17:14:27:27:17 chr1 36563797 . C T 78.41 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0777787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.241;QD=10.8149;RBI=0.10401;REFB=-0.0467191;REVB=0.0690548;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377809;STB=0.658011;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0635948;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:29:13:18:11:11:0.37931:2:9:13:0:2:9:17:1 chr1 36565739 . C T 472.53 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00371662;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.335;QD=22.5013;RBI=0.010939;REFB=-0.0355629;REVB=0.0102883;RO=35;SAF=16;SAR=30;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137495;STB=0.59609;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0241523;OID=.;OPOS=36565739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:35:38:46:46:0.547619:30:16:18:17:30:16:21:17 chr1 36565799 . T TAGC 126.93 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00959319;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.14;QD=18.8042;RBI=0.0471273;REFB=-0.0673859;REVB=0.0461406;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243042;STB=0.682943;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.0394582;OID=.;OPOS=36565800;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:13:34:14:27:13:3:11:7:6:99:21:3:10:9:12 chr1 36642420 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.014;QD=58.7817;RBI=0.0552312;REFB=0;REVB=0.00199578;RO=0;SAF=11;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35335e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08762e-05;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:54:11:0:0:54:11:0:0 chr1 36643700 . GAGA G,GAGG 164.41 PASS AF=0.447368,0.0263158;AO=14,4;DP=42;FAO=17,1;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8,1;FSAR=9,0;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0440645,-0.125345;FXX=0.0731529;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=209.471,35.1574;QD=17.3067;RBI=0.0442555,0.13095;REFB=-0.0330236,-0.00655158;REVB=0.00410741,-0.0378998;RO=20;SAF=8,1;SAR=6,3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191809,-0.527483;STB=0.64874,0.985146;STBP=0.113,0.49;TYPE=del,snp;VARB=0.0395143,0.0504285;OID=.,.;OPOS=36643701,36643703;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368,0.0263158:14,4:42:17,1:38:20:8,1:9,0:15:5:99:20:8,1:6,3:15:5 chr1 36752432 . G GT 184.5 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944445;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=193.785;QD=30.7503;RBI=0.10903;REFB=0;REVB=0.0544767;RO=23;SAF=0;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0127009;OID=.;OPOS=36752433;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:24:24:0:14:10:0:0:3:23:0:3:15:8 chr1 36752433 . C G,T 330.47 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380112,0.00638683;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.674,262.302;QD=52.8759;RBI=0.0499742,0.053222;REFB=0,0;REVB=-0.0324433,0.0528374;RO=0;SAF=0,14;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.119649,0.000110055;OID=.,.;OPOS=36752433,36752433;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:25:25:0:0:3,22:3,22:0.12,0.88:3,8:0,14:0:0:3,8:0,14:0:0 chr1 36772287 . GC G 33.6 PASS AF=0.388889;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.123407;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.5612;QD=7.46565;RBI=0.130176;REFB=-0.104827;REVB=-0.0414323;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.627031;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0989274;OID=.;OPOS=36772288;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:8:19:7:18:11:6:1:3:8:33:10:7:1:2:8 chr1 36773405 . T G 1945.37 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.724;QD=61.7578;RBI=0.0561106;REFB=0;REVB=0.0494122;RO=0;SAF=92;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40391e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:126:0:0:123:126:1:31:92:0:0:33:93:0:0 chr1 36794192 . C T 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7397;QD=40.7372;RBI=0.0599047;REFB=0;REVB=-0.0247065;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761637;OID=.;OPOS=36794192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 36794471 . G GC 78.28 PASS AF=0.566667;AO=6;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0839337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.6788;QD=10.4374;RBI=0.195561;REFB=-0.00142154;REVB=-0.176633;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422343;STB=0.571347;STBP=0.386;TYPE=ins;VARB=-0.016548;OID=.;OPOS=36794472;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:6:31:17:30:13:9:8:9:4:62:24:2:4:17:7 chr1 36794475 . T C 121.37 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.065202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0555;QD=15.1713;RBI=0.0690921;REFB=-0.00313348;REVB=-0.0228564;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.59985;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0240036;OID=.;OPOS=36794475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:10:8:4:10:10:8 chr1 36794484 . C A 207.33 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00120382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.649;QD=24.3921;RBI=0.033525;REFB=-0.0285473;REVB=0.0335034;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10307;STB=0.56921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0322434;OID=.;OPOS=36794484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:9:11:9:4:9:11:10:4 chr1 36807481 . C T 553.99 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0497479;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6198;QD=21.9403;RBI=0.0498047;REFB=-0.0230358;REVB=0.00237787;RO=46;SAF=19;SAR=36;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982502;STB=0.554039;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0217645;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:46:46:55:55:0.544554:36:19:21:25:36:19:21:25 chr1 36888462 . A G 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2546;QD=58.7707;RBI=0.047325;REFB=0;REVB=0.0468116;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443514;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr1 36889005 . G A 1400.46 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.593;QD=61.5586;RBI=0.00851271;REFB=-0.072294;REVB=0.0079636;RO=1;SAF=48;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977254;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000119597;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:42:48:1:0:42:48:1:0 chr1 36893968 . A G 738.98 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.629;QD=54.7391;RBI=0.0235758;REFB=-0.059523;REVB=0.0182751;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00323315;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:20:33:0:0:20:33:0:1 chr1 36926853 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.258;QD=46.848;RBI=0.0901327;REFB=0;REVB=0.0855952;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583101;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 36927733 . G A 966.2 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00384134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1315;QD=55.2112;RBI=0.120543;REFB=0.00493732;REVB=0.120482;RO=2;SAF=48;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192841;STB=0.510201;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00128965;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:19:48:2:0:20:48:2:0 chr1 37307457 . T C 385.25 PASS AF=0.377049;AO=46;DP=122;FAO=46;FDP=122;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0302307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.467;QD=12.6311;RBI=0.0329473;REFB=-0.0155841;REVB=-0.0131008;RO=75;SAF=30;SAR=16;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121071;STB=0.565582;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0349075;OID=.;OPOS=37307457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:75:76:46:46:0.377049:16:30:41:34:16:30:42:34 chr1 37325477 . A C 992.53 PASS AF=0.590604;AO=84;DP=145;FAO=88;FDP=149;FR=.;FRO=61;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0329135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.919;QD=26.6451;RBI=0.0394868;REFB=-0.031242;REVB=0.0218154;RO=61;SAF=44;SAR=40;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133193;STB=0.501845;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0234435;OID=.;OPOS=37325477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:61:61:84:88:0.590604:40:44:33:28:40:48:33:28 chr1 38006359 . A G 538.32 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.8385;QD=59.813;RBI=0.0195761;REFB=0;REVB=-0.00673703;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54141e-05;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 38019747 . C T 200.29 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.000767563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.668;QD=20.5429;RBI=0.0723001;REFB=-0.0460852;REVB=0.072296;RO=17;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308363;STB=0.66296;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0338385;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:18:2:5:12:18:2:5:14 chr1 38023316 . C T 156.55 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0122394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.046;QD=12.0419;RBI=0.0156757;REFB=-0.018836;REVB=-0.00979401;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585061;STB=0.517727;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0201826;OID=.;OPOS=38023316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:11:7:13:20:11:8:13:20 chr1 38077410 . CCG AAG,CTT 90.99 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,7;DP=10;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050768,0.0201147;FXX=0.0999001;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=146.911,117.597;QD=40.4402;RBI=0.0050768,0.0201147;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.011071,0.0140147;OID=.,.;OPOS=38077410,38077411;OREF=CC,CG;OALT=AA,TT;OMAPALT=AAG,CTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:10:9:0:0:2,7:2,7:0.222222,0.777778:0,0:2,7:0:0:0,0:2,7:0:0 chr1 38077414 . A C 73.87 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0233932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.751;QD=13.431;RBI=0.0233932;REFB=-0.0614857;REVB=0;RO=10;SAF=10;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0541154;OID=.;OPOS=38077414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:22:22:10:12:10:10:0.454545:0:10:10:0:0:10:12:0 chr1 38077415 . CGC CTC,TAG 293.39 PASS AF=0.565217,0.434783;AO=13,10;DP=23;FAO=13,10;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,10;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112853,0.0166032;FXX=0.079968;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=131.839,145.751;QD=51.0239;RBI=0.00112853,0.0166032;REFB=-0.0508332,-0.120932;REVB=0,0;RO=0;SAF=13,10;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00809729,0.00488468;OID=.,.;OPOS=38077416,38077415;OREF=G,CGC;OALT=T,TAG;OMAPALT=CTC,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:23:23:0:0:13,10:13,10:0.565217,0.434783:0,0:13,10:0:0:0,0:13,10:0:0 chr1 38077420 . A ACC,C 366.42 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,24;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,24;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128537,-0.0314644;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=273.173,73.0001;QD=54.2843;RBI=0.0128537,0.0314644;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=3,24;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.020109,-0.0269955;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:27:0:0:3,24:3,24:0.111111,0.888889:0,0:3,24:0:0:0,0:3,24:0:0 chr1 38148765 . A G 2541.61 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368633;FXX=0.0238081;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6443;QD=61.9905;RBI=0.0469893;REFB=0;REVB=0.0291393;RO=0;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76293e-05;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:164:0:0:164:164:1:73:91:0:0:73:91:0:0 chr1 38173983 . TTTC TTTCT,T 142.37 PASS AF=0.037037,0.407407;AO=6,18;DP=52;FAO=2,22;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=2,14;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0616329,0.0156891;FXX=0;HRUN=5,4;LEN=1,3;MLLD=10.2746,230.444;QD=10.5456;RBI=0.239376,0.0190848;REFB=-0.0757162,-0.00454904;REVB=-0.231306,-0.0108666;RO=25;SAF=3,11;SAR=3,7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0236394,0.134157;STB=0.99504,0.599908;STBP=0.166,0.242;TYPE=ins,del;VARB=-0.0797383,0.00855032;OID=.,.;OPOS=38173987,38173984;OREF=-,TTC;OALT=T,-;OMAPALT=TTTCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.407407:6,18:52:2,22:54:30:2,14:0,8:14:16:99:25:3,11:3,7:12:13 chr1 38203661 . T TG 220.59 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8358;QD=46.44;RBI=0.0208863;REFB=0;REVB=-0.0170246;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.66607e-05;OID=.;OPOS=38203662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:7:12:0:0:4:1:7:11:0:1 chr1 38227086 . A T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0646792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1956;QD=21.2675;RBI=0.0656652;REFB=-0.0112064;REVB=0.0113366;RO=14;SAF=2;SAR=15;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464186;STB=0.526284;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00576652;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:15:2:2:12:15:2:2:12 chr1 38266725 . AACTG A 410.56 PASS AF=0.488;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00686274;FXX=0.0310053;HRUN=2;LEN=4;MLLD=307.488;QD=13.1378;RBI=0.00960517;REFB=-0.0216632;REVB=0.00672028;RO=57;SAF=28;SAR=33;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104957;STB=0.560764;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0224494;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488:61:124:61:125:64:28:33:37:27:99:57:28:33:33:24 chr1 38327935 . CAG C 595.48 PASS AF=0.491935;AO=60;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.00216098;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.06;QD=19.209;RBI=0.0169278;REFB=-0.000339529;REVB=0.0167893;RO=63;SAF=42;SAR=18;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355117;STB=0.698098;STBP=0;TYPE=del;VARB=1.13507e-05;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491935:60:124:61:124:63:43:18:20:43:99:63:42:18:20:43 chr1 38327982 . G T 318.7 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0740103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4813;QD=11.382;RBI=0.0857597;REFB=-0.0397953;REVB=0.0433267;RO=67;SAF=25;SAR=15;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317467;STB=0.657818;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0828037;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:72:40:40:0.357143:15:25:22:45:15:25:27:45 chr1 38338795 . A G 204.48 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00744016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.495;QD=15.1469;RBI=0.0152893;REFB=-0.004378;REVB=0.0133569;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163745;STB=0.592518;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0112263;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:10:20:12:12:10:20 chr1 38423853 . G C 1524.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043445;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.946;QD=59.7939;RBI=0.0434477;REFB=0;REVB=0.000486385;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83369e-05;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr1 38442547 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.251;QD=51.1837;RBI=0.0367135;REFB=0;REVB=-0.0314924;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214499;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 38449910 . T C 302.13 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00629468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2139;QD=19.4919;RBI=0.0424803;REFB=-0.0142822;REVB=-0.0420114;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242688;STB=0.513505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0125942;OID=.;OPOS=38449910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:19:13:13:17:19:13:13:17 chr1 38450367 . A G 574.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698764;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8059;QD=58.9234;RBI=0.0980106;REFB=0;REVB=0.0687268;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466495;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:12:24:0:0:12:27:0:0 chr1 38462905 . C G 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2929;QD=40.7358;RBI=0.0633706;REFB=0;REVB=0.0633703;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372296;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 38463504 . C T 1217.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112744;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.128;QD=61.6626;RBI=0.028744;REFB=0;REVB=0.0264406;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611499;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr1 38862336 . T A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8167;QD=56.1892;RBI=0.116551;REFB=0;REVB=-0.116445;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175108;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 39330399 . G A 82.96 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00396681;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.095;QD=7.21363;RBI=0.0109251;REFB=-0.00517527;REVB=-0.0101795;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416429;STB=0.709289;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0213303;OID=.;OPOS=39330399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:46:46:34:35:10:11:0.23913:2:8:16:18:3:8:16:19 chr1 39340862 . A G 260.48 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0792907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4355;QD=18.9441;RBI=0.0814542;REFB=-0.0219694;REVB=0.0186487;RO=27;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165988;STB=0.593336;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0318592;OID=.;OPOS=39340862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:7:21:16:11:7:21:16:11 chr1 39748921 . G A 1231.61 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7834;QD=60.0784;RBI=0.0386172;REFB=-0.160756;REVB=-0.0134633;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00210708;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:1:0:43:38:1:0 chr1 39806610 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.464;QD=61.6814;RBI=0.025175;REFB=0;REVB=0.0227686;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64959e-05;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr1 39812822 . C A 702.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9282;QD=62.4201;RBI=0.00220668;REFB=0;REVB=-0.00166576;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66834e-05;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:20:24:0:1:21:24:0:0 chr1 39880681 . G A 751.15 PASS AF=0.537313;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=134;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0284694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.943;QD=22.4224;RBI=0.0285853;REFB=-0.0355002;REVB=-0.00257149;RO=62;SAF=38;SAR=34;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371028;STB=0.520326;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0334947;OID=.;OPOS=39880681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:62:62:72:72:0.537313:34:38:30:32:34:38:30:32 chr1 40098328 . T C 400.2 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00761886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.27;QD=53.3598;RBI=0.00785;REFB=-0.0595281;REVB=0.00189088;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00286428;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:28:29:0.966667:20:8:0:0:20:9:0:1 chr1 40145297 . C T 481.78 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000623304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3947;QD=28.7632;RBI=0.0273324;REFB=-0.0195948;REVB=-0.0273253;RO=23;SAF=24;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699585;STB=0.538026;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0122664;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:20:24:10:13:20:24:10:13 chr1 40149642 . G T 3375.33 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240165;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.484;QD=62.5061;RBI=0.0553334;REFB=0;REVB=0.0498497;RO=0;SAF=107;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.873e-05;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:215:216:1:108:107:0:0:109:107:0:0 chr1 40150156 . G A 411.58 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.012828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9164;QD=17.7023;RBI=0.104868;REFB=-0.020948;REVB=0.10408;RO=48;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624871;STB=0.540211;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0430162;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:50:42:43:0.462366:22:20:26:22:23:20:27:23 chr1 40230336 . C G 52.7 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.000549241;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.753;QD=5.14179;RBI=0.00712606;REFB=-0.00491177;REVB=-0.00710487;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055012;STB=0.536335;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0189959;OID=.;OPOS=40230336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:42:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:22:11:3:5:22:11 chr1 40230531 . C T 60.51 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0247335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.228;QD=2.91629;RBI=0.0339398;REFB=-0.00730725;REVB=-0.0232414;RO=71;SAF=9;SAR=3;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265335;STB=0.685946;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0424315;OID=.;OPOS=40230531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:71:71:12:12:0.144578:3:9:39:32:3:9:39:32 chr1 40315888 . A T 204.61 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0101339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.081;QD=12.5915;RBI=0.0396056;REFB=-0.00966974;REVB=-0.0382872;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108481;STB=0.573471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.022485;OID=.;OPOS=40315888;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:12:12:16:24:12:13:16:24 chr1 40349131 . G A 245.63 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00943665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.612;QD=16.9399;RBI=0.0214809;REFB=-0.0193146;REVB=0.0192971;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214724;STB=0.611329;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0158177;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:26:26:0.448276:15:11:19:10:15:11:19:11 chr1 40363054 . G C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0457;QD=56.9541;RBI=0.091356;REFB=0;REVB=0.0158828;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978679;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr1 40533266 . T G 410.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.828;QD=56.6449;RBI=0.0492138;REFB=0;REVB=0.0421145;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285919;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr1 40533287 . T G 293.12 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062223;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7163;QD=53.2952;RBI=0.0653397;REFB=0;REVB=0.0199394;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372344;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:19:22:1:19:0:0:0:20:2:0:0 chr1 40533315 . T G 289.57 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.235977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.991;QD=52.6483;RBI=0.236012;REFB=0;REVB=-0.00407662;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208548;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:21:0:0:0:21:1:0:0 chr1 40533326 . T G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0828;QD=49.5969;RBI=0.0243915;REFB=0;REVB=-0.0218132;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104062;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr1 40533347 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.659;QD=47.822;RBI=0.0572027;REFB=0;REVB=0.0413399;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728827;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr1 40555274 . C G 195.01 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0104281;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9516;QD=23.6379;RBI=0.0692781;REFB=0.00253596;REVB=-0.0684888;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144517;STB=0.580563;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00247649;OID=.;OPOS=40555274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:4:10:10:9:4:10 chr1 40737589 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6502;QD=58.7804;RBI=0.120354;REFB=0;REVB=0.118267;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504878;OID=.;OPOS=40737589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:19:46:0:0:19:46:0:0 chr1 40737662 . G A 318.0 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=73;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00573792;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9882;QD=17.6666;RBI=0.0297981;REFB=-0.0334507;REVB=-0.0292405;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071295;STB=0.545427;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0238581;OID=.;OPOS=40737662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:38:33:34:0.472222:10:23:24:14:10:24:24:14 chr1 40773149 . T C 458.95 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0056145;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.226;QD=18.5434;RBI=0.00570297;REFB=-0.0236825;REVB=0.00100064;RO=53;SAF=30;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540235;STB=0.530491;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0293388;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:51:47:48:0.484848:17:30:31:22:18:30:29:22 chr1 40776752 . C A 150.98 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.020183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.43;QD=12.5816;RBI=0.0315463;REFB=-0.0237294;REVB=0.0242449;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500139;STB=0.545399;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0564646;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:31:17:17:0.354167:12:5:10:20:12:5:11:20 chr1 40777800 . T G 192.38 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0154626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9945;QD=16.0317;RBI=0.0200098;REFB=0.0156958;REVB=-0.0127004;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0219946;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:15:13:10:10:15:13 chr1 40840353 . A G 604.83 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0148027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5606;QD=51.4746;RBI=0.0226579;REFB=0.0261192;REVB=0.0171539;RO=5;SAF=27;SAR=15;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793744;STB=0.542353;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0176974;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:5:5:42:42:0.893617:15:27:5:0:15:27:5:0 chr1 40881041 . C G 1336.03 PASS AF=0.92;AO=91;DP=100;FAO=92;FDP=100;FR=.;FRO=8;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0570028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5589;QD=53.4413;RBI=0.0853039;REFB=-0.106656;REVB=0.063462;RO=9;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107508;STB=0.549989;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0395917;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:100:100:9:8:91:92:0.92:35:56:0:9:36:56:0:8 chr1 40923019 . G A 919.7 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.994;QD=58.3936;RBI=0.0262618;REFB=0;REVB=-0.0113427;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105861;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr1 40980731 . G T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00348866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.267;QD=14.3343;RBI=0.00707598;REFB=-0.0156332;REVB=-0.0061562;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225517;STB=0.631902;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0129616;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:7:3:5:4:7:3 chr1 41013015 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0238532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.831;QD=14.0966;RBI=0.0238929;REFB=-0.00554434;REVB=0.00137628;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00675033;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:9:5:5:6:9:5 chr1 41292377 . G A 405.87 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.000205721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5526;QD=16.0739;RBI=0.00520629;REFB=-0.0199497;REVB=0.00520223;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100362;STB=0.508925;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0388148;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:56:44:45:0.445545:20:24:30:24:20:25:32:24 chr1 41482976 . A G 255.65 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=107;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.0208625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3035;QD=9.5571;RBI=0.0235381;REFB=-0.00922658;REVB=-0.0108996;RO=73;SAF=19;SAR=15;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128726;STB=0.507508;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0234553;OID=.;OPOS=41482976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:73:73:34:34:0.317757:15:19:40:33:15:19:40:33 chr1 41976017 . C T 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.908;QD=63.5771;RBI=0.0359205;REFB=0;REVB=0.0338501;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156636;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 41978566 . T G 2456.58 PASS AF=1;AO=145;DP=148;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9725;QD=60.6564;RBI=0.117083;REFB=0;REVB=0.0536645;RO=0;SAF=63;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148637;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:148:162:0:0:145:162:1:82:63:0:0:87:75:0:0 chr1 41978825 . C G 1273.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.76;QD=61.3494;RBI=0.0530768;REFB=0;REVB=0.0364358;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38069e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:40:41:0:0:40:43:0:0 chr1 41979156 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.508;QD=35.5759;RBI=0.0731443;REFB=0;REVB=-0.0184973;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101079;OID=.;OPOS=41979156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 42046613 . G T 46.23 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00399975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.068;QD=9.73326;RBI=0.00832216;REFB=-0.0109904;REVB=-0.00729797;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182856;STB=0.61501;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0365822;OID=.;OPOS=42046613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:9:3:1:6:9:3 chr1 42048745 . T C 638.89 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0225645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6761;QD=59.4317;RBI=0.0263964;REFB=-0.00959214;REVB=0.0136971;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00044075;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:26:16:0:0:26:16:0:1 chr1 42049032 . G A 3367.92 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305006;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8492;QD=62.0814;RBI=0.0484229;REFB=-0.102547;REVB=0.0376098;RO=0;SAF=143;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378258;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:217:0:0:217:217:1:74:143:0:0:74:143:0:0 chr1 42049139 . A AG 646.08 PASS AF=0.976744;AO=16;DP=125;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0760195;FXX=0.225205;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.806;QD=30.0501;RBI=0.266977;REFB=-0.163401;REVB=-0.255925;RO=108;SAF=15;SAR=1;SRF=71;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485932;STB=0.507041;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.00552316;OID=.;OPOS=42049140;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.976744:16:125:84:86:2:70:14:2:0:6:108:15:1:71:37 chr1 42049140 . C G 1597.64 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0750456;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.582;QD=58.0959;RBI=0.077718;REFB=-0.0399877;REVB=0.020205;RO=1;SAF=69;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682978;STB=0.503545;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000276766;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:1:1:107:109:0.990909:38:69:1:0:39:70:1:0 chr1 42050366 . C T 261.33 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000502693;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.23;QD=16.5923;RBI=0.0259419;REFB=-0.0400586;REVB=-0.025937;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968546;STB=0.554418;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0375246;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:15:14:13:21:15:14:13:21 chr1 42630364 . G A 824.96 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0297611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2409;QD=22.1466;RBI=0.0370322;REFB=-0.0357643;REVB=0.0220377;RO=71;SAF=30;SAR=48;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470986;STB=0.525855;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0335327;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:78:78:0.52349:48:30:31:40:48:30:31:40 chr1 42693597 . A G 1952.26 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.458;QD=61.9766;RBI=0.0196536;REFB=0;REVB=-0.0192741;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.93178e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:49:77:0:0:49:77:0:0 chr1 42880516 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0700158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1002;QD=15.1595;RBI=0.0801315;REFB=0.0187192;REVB=0.0389723;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629161;STB=0.536378;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0271643;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:11:11:9:7:11:11 chr1 42898843 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.0231964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.662;QD=17.0892;RBI=0.0569473;REFB=4.19127e-05;REVB=0.0520088;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19257;STB=0.606823;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000295465;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:6:19:25:3:6:19:25:3 chr1 42925688 . T G 496.25 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0321872;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6189;QD=17.7233;RBI=0.0345165;REFB=-0.0209765;REVB=-0.0124651;RO=55;SAF=27;SAR=26;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150684;STB=0.562855;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0228835;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:55:59:53:53:0.473214:26:27:19:36:26:27:23:36 chr1 43034740 . T C 76.66 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0417983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8299;QD=12.7763;RBI=0.0610258;REFB=-0.0258022;REVB=0.0444641;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.04608;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr1 43201534 . G A 635.77 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.676;QD=57.7971;RBI=0.0547426;REFB=-0.215699;REVB=0.0247238;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493344;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0020274;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:2:1:42:43:0.977273:24:18:2:0:24:19:1:0 chr1 43212111 . C T 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=59.8327;RBI=0.0239226;REFB=0;REVB=0.0194056;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270121;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr1 43212430 . GA G,GC,GG 2777.23 PASS AF=0.0193237,0,0.980676;AO=57,12,136;DP=205;FAO=4,0,203;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,145;FSAR=3,0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152018,0.0469352,0.0332078;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=31.2861,21.9887,37.2338;QD=53.6663;RBI=0.0301722,0.0587653,0.0495715;REFB=0,0,0;REVB=0.0301339,0.0353617,0.0368046;RO=0;SAF=41,5,98;SAR=16,7,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.92381e-08,0,5.65333e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.139558,0,0.00693666;OID=.,.,.;OPOS=43212431,43212431,43212431;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0193237,0,0.980676:57,12,136:205:4,0,203:207:0:1,0,145:3,0,58:0:0:5:0:41,5,98:16,7,38:0:0 chr1 43212869 . A T 857.6 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569518;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.207;QD=58.1421;RBI=0.0625654;REFB=0;REVB=0.0259023;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17451e-05;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:57:59:1:37:20:0:0:38:21:0:0 chr1 43213436 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0670938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.343;QD=18.9416;RBI=0.0690217;REFB=-0.00658249;REVB=-0.0161992;RO=38;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184091;STB=0.602564;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00379859;OID=.;OPOS=43213436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:23:14:22:16:23:14:22:16 chr1 43215571 . A G 1555.89 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167054;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.132;QD=59.2719;RBI=0.0769362;REFB=0;REVB=0.0751006;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549107;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:102:105:1:57:45:0:0:60:45:0:0 chr1 43309842 . G C 959.66 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852037;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.77;QD=59.0561;RBI=0.018609;REFB=0;REVB=0.0165438;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244457;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:33:30:0:0:33:32:0:0 chr1 43408966 . G A 521.31 PASS AF=0.482456;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00360056;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.558;QD=18.2914;RBI=0.0105463;REFB=-0.0308267;REVB=-0.00991267;RO=59;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819735;STB=0.545438;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0321375;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:59:59:55:55:0.482456:25:30:27:32:25:30:27:32 chr1 43457145 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.193;QD=57.2023;RBI=0.051584;REFB=0;REVB=-0.0515684;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047894;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr1 43457170 . T C 538.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.811;QD=59.8761;RBI=0.0229845;REFB=0;REVB=-0.00380999;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56126e-05;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:12:21:0:0:12:24:0:0 chr1 43675467 . G A 854.0 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025016;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0097;QD=57.8982;RBI=0.0619029;REFB=0;REVB=0.056623;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223323;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 43719778 . G A 338.01 PASS AF=0.45;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0255667;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3941;QD=16.9006;RBI=0.0272376;REFB=-0.0473915;REVB=-0.00939329;RO=44;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988516;STB=0.556738;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0481741;OID=.;OPOS=43719778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:44:34:36:0.45:14:20:30:14:15:21:30:14 chr1 43771016 . TA T 486.16 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.9686;QD=46.3013;RBI=0.0279359;REFB=0;REVB=-0.00953354;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000949636;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:42:42:0:22:20:0:0:9:0:22:19:0:0 chr1 43779477 . G C 793.66 PASS AF=0.573643;AO=73;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.014791;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2746;QD=24.6095;RBI=0.0501032;REFB=-0.0391491;REVB=-0.0478702;RO=53;SAF=33;SAR=40;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590386;STB=0.536678;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.027259;OID=.;OPOS=43779477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:53:55:73:74:0.573643:40:33:28:25:40:34:30:25 chr1 43779564 . T C 2087.82 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135949;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.444;QD=62.7915;RBI=0.0422234;REFB=0;REVB=0.0399749;RO=0;SAF=74;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0361e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:58:74:0:0:59:74:0:0 chr1 43828736 . G A 357.26 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0488933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.474;QD=14.582;RBI=0.0504227;REFB=-0.0263241;REVB=0.0123247;RO=58;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1225;STB=0.563642;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0399545;OID=.;OPOS=43828736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:59:39:39:0.397959:20:19:35:23:20:19:35:24 chr1 43897409 . A AG,G 37.19 PASS AF=0.175,0;AO=9,4;DP=80;FAO=14,0;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=2,0;FSAR=12,0;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.105577,-0.0116329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.4048,283.624;QD=1.85926;RBI=0.109301,0.0434283;REFB=-0.0407737,-0.00227743;REVB=0.0282884,-0.0418413;RO=66;SAF=1,1;SAR=8,3;SRF=44;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.609108,-0.381725;STB=0.88983,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.184962,0;OID=.,.;OPOS=43897410,43897409;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:80:80:66:66:9,4:14,0:0.175,0:8,3:1,1:44:22:12,0:2,0:44:22 chr1 44035352 . C T 195.73 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.016254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.79;QD=10.5798;RBI=0.0234428;REFB=-0.0177501;REVB=-0.0168929;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324755;STB=0.524357;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0367008;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:49:25:25:0.337838:9:16:30:15:9:16:33:16 chr1 44058265 . C A 919.27 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00622766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.969;QD=51.79;RBI=0.050983;REFB=-0.0665855;REVB=0.0506013;RO=3;SAF=46;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293952;STB=0.50803;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00206354;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:3:5:66:66:0.929577:20:46:2:1:20:46:3:2 chr1 44071221 . G A 947.4 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221535;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.615;QD=57.418;RBI=0.0360523;REFB=-0.128053;REVB=0.0284428;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000889329;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:0:1:65:65:0.984848:20:45:0:0:20:45:1:0 chr1 44072018 . C T 2188.23 PASS AF=0.973684;AO=147;DP=152;FAO=148;FDP=152;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00741202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1548;QD=57.5851;RBI=0.0237765;REFB=-0.124062;REVB=-0.0225916;RO=5;SAF=81;SAR=66;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157542;STB=0.512047;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00341458;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:152:152:5:4:147:148:0.973684:66:81:4:1:67:81:4:0 chr1 44072066 . C T 1872.08 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=127;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0174334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.11;QD=58.9631;RBI=0.0190334;REFB=-0.0099568;REVB=0.00763849;RO=2;SAF=61;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000243285;STB=0.503747;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=2.23677e-05;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:127:2:3:124:124:0.976378:63:61:1:1:63:61:1:2 chr1 44083507 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.055;QD=58.5995;RBI=0.0552965;REFB=0;REVB=0.0541181;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18786e-05;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr1 44083519 . G A 993.99 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.049;QD=57.6226;RBI=0.0537206;REFB=-0.0258324;REVB=0.0404956;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00455371;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:0:1:32:36:0:1 chr1 44084739 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.586;QD=56.7062;RBI=0.055934;REFB=0;REVB=0.0507812;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970635;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr1 44086831 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.638;QD=57.8845;RBI=0.0534686;REFB=0;REVB=-0.0410529;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23106e-06;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr1 44137257 . C A 1120.64 PASS AF=0.986842;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0306191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.683;QD=58.9811;RBI=0.0574533;REFB=-0.0821584;REVB=0.0486144;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.506022;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00312537;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:76:75:0.986842:34:42:0:0:34:41:1:0 chr1 44290530 . A G 377.62 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0566209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6568;QD=12.9102;RBI=0.0678843;REFB=-0.0118441;REVB=-0.0374479;RO=72;SAF=14;SAR=31;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777722;STB=0.544305;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0206758;OID=.;OPOS=44290530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:31:14:27:45:31:14:27:45 chr1 44395786 . C T 353.7 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0158881;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.204;QD=16.0774;RBI=0.0159448;REFB=-0.025563;REVB=-0.00134284;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158637;STB=0.588333;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0308013;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:50:37:38:0.431818:18:19:34:17:18:20:34:16 chr1 44396196 . A G 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.052861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7955;QD=18.6453;RBI=0.052881;REFB=-0.0345357;REVB=0.00145391;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0202631;OID=.;OPOS=44396196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:7:6:6:8:7:6 chr1 44401384 . A G 885.56 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.343;QD=58.0693;RBI=0.0639154;REFB=0;REVB=0.0416788;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292497;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:31:28:0:0:33:28:0:0 chr1 44415415 . C T 431.58 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00764508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.338;QD=24.3142;RBI=0.0111901;REFB=-0.0155427;REVB=-0.0081713;RO=28;SAF=18;SAR=23;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173692;STB=0.588398;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.017956;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:29:41:42:0.591549:23:18:6:22:23:19:7:22 chr1 44415424 . A G 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0415924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.265;QD=13.3345;RBI=0.0505951;REFB=-0.0413347;REVB=-0.0288086;RO=39;SAF=5;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386607;STB=0.723948;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0271959;OID=.;OPOS=44415424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:21:5:20:19:21:5:20:19 chr1 44440769 . G C 340.86 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0121452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.555;QD=20.9763;RBI=0.0176372;REFB=-0.0382318;REVB=0.0127893;RO=30;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995253;STB=0.544027;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0325668;OID=.;OPOS=44440769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:33:35:0.538462:8:25:20:10:9:26:20:10 chr1 44441533 . A G 356.12 PASS AF=0.464286;AO=34;DP=79;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0182107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.592;QD=16.9583;RBI=0.0316564;REFB=-0.0331671;REVB=0.0258939;RO=40;SAF=28;SAR=6;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144519;STB=0.518893;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0144689;OID=.;OPOS=44441533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:40:45:34:39:0.464286:6:28:29:11:11:28:31:14 chr1 44445667 . T C 536.23 PASS AF=0.403974;AO=58;DP=149;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0629229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7659;QD=14.2047;RBI=0.0646691;REFB=-0.0418185;REVB=0.0149266;RO=90;SAF=28;SAR=30;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901664;STB=0.563899;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.05981;OID=.;OPOS=44445667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:90:90:58:61:0.403974:30:28:51:39:33:28:51:39 chr1 44447413 . G C 245.97 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0248532;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.386;QD=10.9319;RBI=0.0248737;REFB=-0.0229426;REVB=-0.00101139;RO=59;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668665;STB=0.544679;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0286866;OID=.;OPOS=44447413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:60:30:30:0.333333:17:13:29:30:17:13:30:30 chr1 44451234 . C T 256.41 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0676187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1218;QD=22.7924;RBI=0.0711713;REFB=0.00981472;REVB=0.0222053;RO=20;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226513;STB=0.639482;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.006585;OID=.;OPOS=44451234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:17:7:11:9:17:7:12:9 chr1 44457305 . G A 489.7 PASS AF=0.456897;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.0329382;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.43;QD=16.8863;RBI=0.0335566;REFB=-0.00342478;REVB=-0.00641261;RO=63;SAF=38;SAR=15;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220283;STB=0.512287;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00424972;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:63:63:53:53:0.456897:15:38:44:19:15:38:44:19 chr1 44595113 . G C 385.92 PASS AF=0.534247;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0863325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2431;QD=21.1465;RBI=0.0863598;REFB=-0.0490731;REVB=-0.0021728;RO=27;SAF=15;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885884;STB=0.527458;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0448266;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:34:37:39:0.534247:22:15:8:19:24:15:15:19 chr1 44595410 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0596315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.551;QD=10.8844;RBI=0.0611236;REFB=-0.00286535;REVB=-0.0134233;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558375;STB=0.829854;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00952049;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:3:12:2:7:3:12 chr1 44595426 . G A 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0136897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.135;QD=28.4026;RBI=0.0756663;REFB=-0.0516394;REVB=-0.0744176;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430662;STB=0.511617;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0349311;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:10:11:21:21:0.65625:14:7:4:6:14:7:4:7 chr1 44596379 . CCAACAACAACA CCAACAACAAC,CCAACAACA 137.47 PASS AF=0,0.396552;AO=8,15;DP=60;FAO=0,23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=0,15;FSAR=0,8;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.307588,-0.0142893;FXX=0.0333278;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=19.4354,219.854;QD=9.48096;RBI=0.307993,0.0150838;REFB=-0.0682295,-0.0203356;REVB=0.0157994,-0.00483081;RO=23;SAF=8,9;SAR=0,6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.738991,0.0827523;STB=0.5,0.515535;STBP=1,0.867;TYPE=del,del;VARB=0,0.0332008;OID=.,.;OPOS=44596390,44596380;OREF=A,CAA;OALT=-,-;OMAPALT=CCAACAACAAC,CCAACAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.396552:8,15:60:0,23:58:35:0,15:0,8:22:13:99:23:8,9:0,6:12:11 chr1 44680719 . G C 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0408135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.837;QD=17.4214;RBI=0.0411231;REFB=0.00255414;REVB=0.00503706;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26478;STB=0.649004;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00656514;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:22:9:19:15:22:9:19:15 chr1 44788397 . CA C,CT 414.85 PASS AF=0.266667,0.733333;AO=8,22;DP=30;FAO=8,22;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,18;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297259,0.022666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.834,212.488;QD=55.313;RBI=0.0333604,0.0335615;REFB=0,0;REVB=0.0151423,-0.0247512;RO=0;SAF=8,18;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0401006,0.0129373;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.733333:8,22:30:8,22:30:0:8,18:0,4:0:0:38:0:8,18:0,4:0:0 chr1 45120696 . C T 259.91 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0418107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.166;QD=24.1778;RBI=0.0418213;REFB=-0.0123499;REVB=0.00094032;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.506817;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.013175;OID=.;OPOS=45120696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:23:24:0.55814:13:10:9:10:13:11:9:10 chr1 45187511 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.219;QD=58.9623;RBI=0.0235766;REFB=0;REVB=0.0188618;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58186e-05;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr1 45196743 . G A 63.04 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000671104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.489;QD=8.40535;RBI=0.0214772;REFB=-0.00816257;REVB=-0.0214667;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142856;STB=0.588042;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0154161;OID=.;OPOS=45196743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:9:12:4:5:9:12 chr1 45196754 . A G 53.04 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0161994;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.498;QD=7.07236;RBI=0.0231204;REFB=-0.00420946;REVB=0.0164964;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187422;STB=0.566503;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.025492;OID=.;OPOS=45196754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:30:30:18:22:8:8:0.266667:4:4:6:12:4:4:9:13 chr1 45196770 . A G 349.04 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256711;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.69;QD=49.8634;RBI=0.0460755;REFB=-0.194629;REVB=0.0382615;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010414;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0019199;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:2:1:26:27:0.964286:15:11:1:1:16:11:1:0 chr1 45218895 . A T 630.97 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0160135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3894;QD=26.8497;RBI=0.0250338;REFB=-0.00501596;REVB=-0.0192421;RO=37;SAF=31;SAR=25;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708778;STB=0.532109;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00274258;OID=.;OPOS=45218895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:38:56:56:0.595745:25:31:24:13:25:31:24:14 chr1 45224998 . A C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00010686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.428;QD=17.9915;RBI=0.0133896;REFB=-0.00365269;REVB=0.0133892;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201103;STB=0.612598;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00616217;OID=.;OPOS=45224998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:18:12:18:11:18:12 chr1 45226084 . G A 556.6 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0258952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.908;QD=25.2998;RBI=0.0270207;REFB=-0.0198185;REVB=-0.00771751;RO=36;SAF=18;SAR=33;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158979;STB=0.593324;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0152032;OID=.;OPOS=45226084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:36:37:51:51:0.579545:33:18:20:16:33:18:21:16 chr1 45244051 . T TG 129.0 PASS AF=0.431373;AO=17;DP=54;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0936594;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.4228;QD=10.1175;RBI=0.0944776;REFB=-0.0253568;REVB=0.012407;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331683;STB=0.568566;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.0317442;OID=.;OPOS=45244052;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:17:54:22:51:29:11:11:11:18:99:37:11:6:13:24 chr1 45270024 . G C 499.19 PASS AF=0.387097;AO=61;DP=154;FAO=60;FDP=155;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=-0.00994647;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6513;QD=12.8824;RBI=0.0147934;REFB=0.00126233;REVB=-0.0109504;RO=90;SAF=38;SAR=23;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761016;STB=0.502415;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00610875;OID=.;OPOS=45270024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:90:95:61:60:0.387097:23:38:62:28:20:40:63:32 chr1 45270025 . G C 34.73 PASS AF=0.0754717;AO=14;DP=156;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=99;FSRR=48;FWDB=-0.00128906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.684;QD=0.873718;RBI=0.00169773;REFB=-0.000387643;REVB=-0.00110481;RO=121;SAF=12;SAR=2;SRF=80;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299793;STB=0.696005;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0738701;OID=.;OPOS=45270025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:156:159:121:147:14:12:0.0754717:2:12:80:41:2:10:99:48 chr1 45285648 . C T 244.69 PASS AF=0.430769;AO=20;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0414195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.431;QD=15.058;RBI=0.0440788;REFB=-0.00875073;REVB=-0.0150787;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372874;STB=0.657791;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00917306;OID=.;OPOS=45285648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:20:28:0.430769:8:12:9:27:13:15:9:27 chr1 45292866 . G A 601.27 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00499634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2234;QD=28.9766;RBI=0.0227581;REFB=-0.0212717;REVB=0.0222029;RO=30;SAF=34;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143676;STB=0.578147;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0126594;OID=.;OPOS=45292866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:19:34:13:17:19:34:13:17 chr1 45293752 . T C 214.4 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0335398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0616;QD=15.0453;RBI=0.0476427;REFB=-0.0294568;REVB=-0.0338364;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588256;STB=0.533307;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0374669;OID=.;OPOS=45293752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:10:15:21:11:10:15:21:11 chr1 45444038 . G A 259.25 PASS AF=0.32381;AO=33;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0639351;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.488;QD=9.87601;RBI=0.0643819;REFB=-0.00557809;REVB=-0.00757181;RO=70;SAF=24;SAR=9;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970974;STB=0.53471;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0124907;OID=.;OPOS=45444038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:71:33:34:0.32381:9:24:46:24:10:24:47:24 chr1 45469586 . G A 44.15 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0103975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.005;QD=6.08932;RBI=0.097616;REFB=-0.00364942;REVB=0.0970606;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323888;STB=0.694995;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0345539;OID=.;OPOS=45469586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:29:20:22:7:7:0.241379:1:6:13:7:1:6:15:7 chr1 45474008 . T C 639.13 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00125523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.768;QD=17.2739;RBI=0.0165969;REFB=-0.0105291;REVB=0.0165494;RO=81;SAF=48;SAR=18;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252342;STB=0.645115;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00981709;OID=.;OPOS=45474008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:82:66:66:0.445946:18:48:40:41:18:48:40:42 chr1 45476663 . G A 58.57 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.224892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2018;QD=18.0214;RBI=0.258951;REFB=0.00306888;REVB=0.128373;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.009017;OID=.;OPOS=45476663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:13:5:5:6:6:0.461538:3:3:4:1:3:3:4:1 chr1 45479709 . A G 403.42 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00873851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.109;QD=16.6358;RBI=0.0199537;REFB=-0.00792828;REVB=-0.0179384;RO=54;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308257;STB=0.504502;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0103927;OID=.;OPOS=45479709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:55:41:42:0.43299:17:24:30:24:18:24:31:24 chr1 45479772 . G T 377.06 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0281642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.351;QD=16.394;RBI=0.067957;REFB=-0.0158331;REVB=0.0618461;RO=51;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489143;STB=0.532592;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0226371;OID=.;OPOS=45479772;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:52:40:40:0.434783:20:20:23:28:20:20:23:29 chr1 45671966 . A G 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0561708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.487;QD=20.1594;RBI=0.0562668;REFB=-0.0373277;REVB=-0.00328679;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.504232;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0362694;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:8:6:7:9:8:6 chr1 45797505 . C G 327.73 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0534534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.078;QD=15.2435;RBI=0.0690893;REFB=-0.0338121;REVB=-0.0437728;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14437;STB=0.581351;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0341644;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:18:18:32:18:18:18:32:18 chr1 45803629 . GA G 44.91 PASS AF=0.404255;AO=12;DP=44;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.166401;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.48726;QD=3.82205;RBI=0.178229;REFB=-0.0440315;REVB=0.063845;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526168;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.0264684;OID=.;OPOS=45803630;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:12:44:19:47:28:8:11:13:15:44:28:6:6:14:14 chr1 45805565 . CGCT CCCT,CCT,CCTC 812.67 PASS AF=0.982456,0.0175439,0;AO=40,11,3;DP=60;FAO=56,1,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0,0;FSAR=47,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298028,0.0309881,0.00071678;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=248.657,239.08,140.388;QD=57.0295;RBI=0.0371923,0.0401382,0.00534927;REFB=0,0,0;REVB=0.0222499,0.0255111,0.00530103;RO=0;SAF=6,3,0;SAR=34,8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-6.21163e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00596605,0.0084175,0;OID=.,.,.;OPOS=45805566,45805566,45805566;OREF=G,G,GCT;OALT=C,-,CTC;OMAPALT=CCCT,CCT,CCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.982456,0.0175439,0:40,11,3:60:56,1,0:57:0:9,0,0:47,1,0:0:0:5:0:6,3,0:34,8,3:0:0 chr1 45805624 . G A 342.19 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0180754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.396;QD=18.7501;RBI=0.0183884;REFB=-0.022814;REVB=-0.00337823;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517703;STB=0.522967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0279896;OID=.;OPOS=45805624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:22:14:16:20:22:14:16:21 chr1 45810091 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0337671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.838;QD=16.0342;RBI=0.0339345;REFB=-0.0146019;REVB=0.0033659;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376663;STB=0.717166;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0139643;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:15:5:17:11:15:5:17:11 chr1 45962137 . T C 164.23 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0267179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.501;QD=11.1343;RBI=0.0268907;REFB=-0.0223612;REVB=0.00304423;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319876;STB=0.518621;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0403006;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:11:10:17:21:11:10:17:21 chr1 45973928 . G A 180.83 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00964426;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.66;QD=22.6035;RBI=0.0219654;REFB=-0.0143535;REVB=0.0197349;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292544;STB=0.671371;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0176362;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:14:18:18:0.5625:10:8:1:12:10:8:1:13 chr1 46073489 . G A 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0266811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5721;QD=15.2631;RBI=0.0286698;REFB=0.00202627;REVB=0.0104916;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00144839;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:7:9:7:6:7:9 chr1 46078884 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.033696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.142;QD=5.68928;RBI=0.0357122;REFB=-0.00197274;REVB=0.0118297;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.736808;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00732869;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:5:1:8:10:5:1:8:11 chr1 46086077 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00414211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.339;QD=22.7196;RBI=0.0175866;REFB=-0.0213213;REVB=0.0170918;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643851;STB=0.536371;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0176277;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:4:5:9:5:4:5 chr1 46087577 . G A 373.41 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00107762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.381;QD=15.3982;RBI=0.0438966;REFB=-0.0213092;REVB=0.0438834;RO=56;SAF=21;SAR=19;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104405;STB=0.552701;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0292685;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:40:40:0.412371:19:21:35:21:19:21:35:22 chr1 46094027 . A G 254.99 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.054981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6678;QD=15.6915;RBI=0.0550958;REFB=0.021824;REVB=-0.00355567;RO=36;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211248;STB=0.619481;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0477756;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:10:19:16:20:10:19:16:20 chr1 46095272 . T C 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0123727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9577;QD=16.1137;RBI=0.0194684;REFB=0.00502284;REVB=0.0150311;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108154;STB=0.561007;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00580509;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:20:9:10:14:20:9 chr1 46195375 . T C 559.75 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0141523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.202;QD=23.3227;RBI=0.0148471;REFB=-0.0139563;REVB=0.00448888;RO=43;SAF=29;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591374;STB=0.536841;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00975646;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:44:52:52:0.541667:23:29:27:16:23:29:28:16 chr1 46379518 . A G 1463.04 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0439424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.455;QD=57.3743;RBI=0.0445986;REFB=-0.0263781;REVB=0.00762269;RO=2;SAF=53;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111965;STB=0.50059;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00102429;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:47:53:1:1:47:53:1:1 chr1 46476587 . T G 950.49 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631534;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.939;QD=58.4918;RBI=0.0655417;REFB=0;REVB=0.0175316;RO=0;SAF=5;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039092;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:59:5:0:0:60:5:0:0 chr1 46493460 . T G 557.97 PASS AF=0.460938;AO=60;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0477516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2893;QD=17.4365;RBI=0.0584277;REFB=0.0348722;REVB=0.0336687;RO=68;SAF=39;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926987;STB=0.545132;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0417065;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:69:60:59:0.460938:21:39:38:30:21:38:39:30 chr1 46496709 . A G 596.87 PASS AF=0.616279;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0592465;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3856;QD=27.7611;RBI=0.0658879;REFB=-0.0204124;REVB=0.0288281;RO=33;SAF=29;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10777;STB=0.558647;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0115166;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:33:33:53:53:0.616279:24:29:13:20:24:29:13:20 chr1 46498375 . A G 283.65 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0117173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8094;QD=19.9055;RBI=0.0289863;REFB=-0.0494306;REVB=-0.0265125;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945711;STB=0.539542;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0347874;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:26:27:28:30:0.526316:11:17:13:13:12:18:14:13 chr1 46506146 . T C 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00438761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.032;QD=20.4403;RBI=0.004513;REFB=0.00227517;REVB=0.00105642;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176347;STB=0.500978;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00205539;OID=.;OPOS=46506146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:15:14:16:17:15:14 chr1 46521517 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0307277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.125;QD=27.2772;RBI=0.0427693;REFB=-0.0185331;REVB=-0.0297493;RO=18;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659433;STB=0.527667;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0173507;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:10:18:10:8:10:18:11:8 chr1 46521559 . A T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00543018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.755;QD=21.9709;RBI=0.00987698;REFB=-0.0152378;REVB=0.00825032;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00799136;STB=0.505612;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0153304;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:8:11:10:7:8:12:10:7 chr1 46655158 . T C 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.974;QD=60.3743;RBI=0.0155453;REFB=0;REVB=0.0148761;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9569e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr1 46660295 . T C 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.03633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9323;QD=18.3435;RBI=0.0365483;REFB=0.00351829;REVB=-0.00398874;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041688;STB=0.523781;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0106075;OID=.;OPOS=46660295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:6:12:12:5:6:12 chr1 46807597 . G A 277.02 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.000790903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.219;QD=13.5132;RBI=0.00400483;REFB=-0.0112892;REVB=0.00392596;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153413;STB=0.586974;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0111952;OID=.;OPOS=46807597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:14:18:35:15:14:18:35:15 chr1 46810530 . A G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0578233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.284;QD=15.1652;RBI=0.0593405;REFB=-0.0466609;REVB=-0.0133324;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329428;STB=0.519058;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0560197;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:10:10:7:8:10:10 chr1 46870761 . C A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0265068;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.06;QD=21.7452;RBI=0.0326156;REFB=-0.014615;REVB=0.0190044;RO=16;SAF=2;SAR=17;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101532;STB=0.556467;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0121201;OID=.;OPOS=46870761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:17:2:1:15:17:2:1:15 chr1 46871986 . T C 1251.45 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309864;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8782;QD=61.8;RBI=0.0387423;REFB=0;REVB=0.0232552;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250646;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:28:52:0:0:29:52:0:0 chr1 46972694 . C T 1399.86 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968093;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.145;QD=62.915;RBI=0.0184808;REFB=0;REVB=0.0157422;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72049e-06;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr1 47013359 . C CG 53.25 PASS AF=0.191489;AO=10;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0361862;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.2942;QD=4.53194;RBI=0.0419197;REFB=-0.00197972;REVB=-0.0211618;RO=38;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64836;STB=0.907469;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0753624;OID=.;OPOS=47013360;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489:10:48:9:47:38:8:1:13:25:53:38:9:1:13:25 chr1 47059934 . T C 1387.47 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0197841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.539;QD=60.3248;RBI=0.0338327;REFB=-0.0185603;REVB=0.0274453;RO=2;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236827;STB=0.512497;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000811441;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:39:51:0:2:39:51:0:2 chr1 47078637 . T C 2219.92 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.099;QD=62.533;RBI=0.0305202;REFB=-0.1485;REVB=0.0174473;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000396979;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:0:1:141:141:0.992958:57:84:0:0:57:84:0:1 chr1 47080679 . G A 613.42 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9591;QD=61.342;RBI=0.0237305;REFB=0;REVB=-0.010109;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96722e-05;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr1 47131319 . A T 1301.92 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.36;QD=61.9963;RBI=0.0265115;REFB=0;REVB=-0.00924502;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13081e-05;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr1 47138819 . T G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.582;QD=54.5143;RBI=0.0332731;REFB=0;REVB=0.00865121;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424696;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 47280746 . GAT G 201.48 PASS AF=0.367647;AO=23;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00148486;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.205;QD=11.8519;RBI=0.0158421;REFB=-0.00939976;REVB=0.0157724;RO=44;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255028;STB=0.598231;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.0188534;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367647:23:67:25:68:43:16:9:21:22:99:44:16:7:21:23 chr1 47280859 . G A 597.47 PASS AF=0.426752;AO=65;DP=158;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.00976837;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.382;QD=15.2221;RBI=0.0293003;REFB=-0.0106889;REVB=-0.027624;RO=89;SAF=47;SAR=18;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187113;STB=0.608065;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0116359;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:89:90:65:67:0.426752:18:47:50:39:18:49:51:39 chr1 47280884 . C T 671.99 PASS AF=0.450617;AO=71;DP=160;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0041672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.628;QD=16.5923;RBI=0.0197539;REFB=-0.00123627;REVB=0.0193093;RO=89;SAF=51;SAR=20;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187056;STB=0.599254;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00380719;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:89:89:71:73:0.450617:20:51:49:40:21:52:49:40 chr1 47282772 . C T 195.37 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00727056;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.378;QD=14.2088;RBI=0.0130352;REFB=-0.016212;REVB=-0.0108192;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968991;STB=0.555506;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0252679;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:18:14:8:15:18:14 chr1 47395973 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0109;QD=63.5827;RBI=0.0148254;REFB=0;REVB=-0.0118516;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143581;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr1 47571902 . C T 429.14 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.247;QD=57.2182;RBI=0.0339009;REFB=0;REVB=0.0222607;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39327e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr1 47571905 . C T 423.11 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7011;QD=56.4141;RBI=0.173745;REFB=0;REVB=0.161062;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00577688;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:9:17:0:0:11:19:0:0 chr1 47607281 . C T 1513.27 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184636;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.003;QD=61.1424;RBI=0.0215678;REFB=-0.131702;REVB=-0.0111476;RO=2;SAF=44;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210652;STB=0.510867;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00228033;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:99:2:2:96:97:0.979798:52:44:2:0:52:45:2:0 chr1 47607785 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.047;QD=57.6804;RBI=0.0596967;REFB=0;REVB=0.0579434;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158764;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr1 47607851 . A T 490.05 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.651;QD=56.0056;RBI=0.0425622;REFB=-0.0372328;REVB=0.0192727;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00185645;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr1 47608983 . G T 687.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1969;QD=62.542;RBI=0.0517661;REFB=0;REVB=-0.0509573;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583773;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr1 47609489 . T C 1116.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.661;QD=60.3629;RBI=0.0528539;REFB=0;REVB=-0.0492309;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88616e-05;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr1 47610065 . A C 297.68 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0106742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5469;QD=13.5308;RBI=0.0108291;REFB=-0.0275646;REVB=0.00182508;RO=54;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11974;STB=0.568142;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0317427;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:17:17:21:33:17:17:21:33 chr1 47610590 . A C 296.18 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0184462;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.03;QD=11.3917;RBI=0.0227194;REFB=-0.0211431;REVB=-0.0132631;RO=67;SAF=11;SAR=25;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156486;STB=0.596276;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0334358;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:36:37:0.355769:25:11:29:38:26:11:29:38 chr1 47611598 . T C 2217.3 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255792;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6788;QD=63.3513;RBI=0.025824;REFB=0;REVB=-0.00354756;RO=0;SAF=66;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57749e-05;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:135:140:1:69:66:0:0:69:71:0:0 chr1 47685455 . T C 701.24 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217302;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.137;QD=51.9434;RBI=0.0270789;REFB=0.0493046;REVB=-0.0161576;RO=2;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000696368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278439;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:51:52:0.962963:26:25:1:1:26:26:1:1 chr1 47717189 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.399;QD=59.0187;RBI=0.009294;REFB=0;REVB=-0.00243148;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66234e-06;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 47842431 . G A 989.38 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3472;QD=59.0677;RBI=0.0127352;REFB=0;REVB=0.0105722;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85369e-05;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 744.84 PASS AF=1,0,0;AO=13,17,35;DP=68;FAO=69,0,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0,0;FSAR=33,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0817424,-0.274203,-0.168599;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=14.2231,6.70079,10.2002;QD=43.1789;RBI=0.0980316,0.279472,0.434853;REFB=-0.0155544,-0.0423442,-0.0155544;REVB=-0.0541144,-0.054012,-0.400839;RO=2;SAF=8,16,10;SAR=5,1,25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.029065,0.273766,-0.0261699;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00489959,0,0.0517788;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:13,17,35:68:69,0,0:69:0:36,0,0:33,0,0:0:0:4:2:8,16,10:5,1,25:1:1 chr1 47883019 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.092;QD=49.5992;RBI=0.0234789;REFB=0;REVB=0.0234789;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2109e-05;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr1 47883024 . A G 264.36 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7833;QD=50.3544;RBI=0.0732018;REFB=0;REVB=0.0699373;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107633;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:19:1:0:0:20:1:0:0 chr1 47906338 . G A 3347.4 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.305;QD=62.2772;RBI=0.0190539;REFB=0;REVB=0.0183804;RO=0;SAF=108;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04412e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:215:0:0:213:215:1:105:108:0:0:107:108:0:0 chr1 48459907 . C T 435.17 PASS AF=0.630769;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0452953;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.358;QD=26.78;RBI=0.0487147;REFB=-0.0454334;REVB=0.0179291;RO=24;SAF=16;SAR=24;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26446;STB=0.645687;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0270153;OID=.;OPOS=48459907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:24:24:40:41:0.630769:24:16:19:5:25:16:19:5 chr1 48697733 . T G 1830.77 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00270281;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.663;QD=59.5371;RBI=0.0199124;REFB=-0.104195;REVB=0.0197281;RO=2;SAF=76;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422923;STB=0.502226;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000132825;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:123:2:2:121:121:0.98374:45:76:1:1:45:76:1:1 chr1 48713394 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.71;QD=64.1539;RBI=0.0682482;REFB=0;REVB=0.0676559;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231093;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 48764419 . C T 482.57 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=35;FWDB=0.00802543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.568;QD=23.2564;RBI=0.00844129;REFB=-0.0185689;REVB=0.00261683;RO=36;SAF=12;SAR=34;SRF=2;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243323;STB=0.634921;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0160145;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:37:46:46:0.554217:34:12:2:34:34:12:2:35 chr1 49100210 . G T 612.49 PASS AF=0.508197;AO=60;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0171951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.455;QD=20.0817;RBI=0.0409811;REFB=-0.0340741;REVB=-0.0371991;RO=60;SAF=29;SAR=31;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301802;STB=0.508194;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0368145;OID=.;OPOS=49100210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:60:62:0.508197:31:29:31:29:31:31:31:29 chr1 49224584 . G T 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00214116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.822;QD=29.965;RBI=0.0164701;REFB=-0.0339592;REVB=-0.0163304;RO=13;SAF=17;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239949;STB=0.632276;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0201291;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:8:17:4:9:8:17:4:9 chr1 50661411 . C T 533.38 PASS AF=0.843137;AO=42;DP=50;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0705001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=58.33;QD=41.8333;RBI=0.0709128;REFB=0.0164798;REVB=0.00763956;RO=5;SAF=14;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14136;STB=0.546319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000758124;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:50:51:5:8:42:43:0.843137:28:14:5:0:28:15:5:3 chr1 50666515 . C T 1349.43 PASS AF=0.958333;AO=87;DP=91;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.038683;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=53.5226;QD=56.2264;RBI=0.0792704;REFB=-0.0727331;REVB=0.0691912;RO=4;SAF=43;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000478141;STB=0.500453;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00475645;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:96:4:4:87:92:0.958333:44:43:2:2:45:47:2:2 chr1 51873951 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.526;QD=59.6786;RBI=0.0227151;REFB=0;REVB=0.00777948;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72176e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr1 52264064 . A G 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.04078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5904;QD=21.3764;RBI=0.0519111;REFB=0.00542781;REVB=0.0321209;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135537;STB=0.576042;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00648315;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:9:13:10:13:9:13 chr1 52266242 . G A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0114418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.681;QD=17.7535;RBI=0.0333624;REFB=-0.0210775;REVB=-0.031339;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102274;STB=0.557333;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0185888;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:8:19:15:10:8:19 chr1 52266350 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0177935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.791;QD=24.0303;RBI=0.0188823;REFB=-0.0180271;REVB=-0.00631932;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550669;STB=0.530992;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00765766;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:3:6:11:4:3:6 chr1 52290984 . T G 578.72 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=95;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0772906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.654;QD=23.6213;RBI=0.0879437;REFB=-0.0364766;REVB=0.0419555;RO=41;SAF=24;SAR=28;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057978;STB=0.540802;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.044589;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:41:42:52:56:0.571429:28:24:16:25:28:28:17:25 chr1 52439128 . G GT 908.59 PASS AF=0.653226;AO=72;DP=122;FAO=81;FDP=124;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0173881;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.066;QD=29.3092;RBI=0.0223335;REFB=-0.0298469;REVB=0.0140158;RO=49;SAF=45;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119422;STB=0.549651;STBP=0.167;TYPE=ins;VARB=0.014737;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653226:72:122:81:124:43:49:32:20:23:99:49:45:27:23:26 chr1 52498136 . CT CTG,TG 254.92 PASS AF=0.371795,0.0384615;AO=26,3;DP=79;FAO=29,3;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=21,3;FSAR=8,0;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.020022,-0.0202459;FXX=0.0126566;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=26.6145,275.088;QD=13.0728;RBI=0.0202732,0.0420082;REFB=-0.00609112,-0.00250208;REVB=0.00318156,-0.0368076;RO=44;SAF=18,3;SAR=8,0;SRF=24;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172489,0.471049;STB=0.609878,0.99608;STBP=0.16,0.084;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0219452,0.0476619;OID=.,.;OPOS=52498138,52498136;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:46:26,3:29,3:0.371795,0.0384615:8,0:18,3:24:20:8,0:21,3:26:20 chr1 52498370 . C T 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0440204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2226;QD=11.1305;RBI=0.0580254;REFB=-0.00950752;REVB=-0.0378041;RO=38;SAF=4;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501068;STB=0.793046;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0199584;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:17:4:24:14:17:4:24:14 chr1 52498861 . A T 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0292678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3463;QD=13.5795;RBI=0.033585;REFB=-0.0179099;REVB=0.0164727;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12645;STB=0.573054;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0142865;OID=.;OPOS=52498861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:21:7:6:11:21:7 chr1 52518164 . A G 240.59 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0395291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9707;QD=12.1817;RBI=0.0416833;REFB=-0.00283733;REVB=0.0132268;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235787;STB=0.640317;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00537089;OID=.;OPOS=52518164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:50:29:29:0.367089:17:12:31:18:17:12:32:18 chr1 52851608 . G A 314.42 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0275918;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3918;QD=16.7689;RBI=0.0306919;REFB=0.0094123;REVB=-0.013442;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730374;STB=0.528829;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.0135794;OID=.;OPOS=52851608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:39:41:34:34:0.453333:14:20:20:19:14:20:22:19 chr1 52882406 . A G 482.9 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.041784;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.988;QD=18.5729;RBI=0.0449153;REFB=-0.0134919;REVB=0.0164768;RO=52;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135209;STB=0.579961;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0230594;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:31:20:28:24:31:20:29:24 chr1 52882970 . A G 161.95 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00152585;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.223;QD=12.2228;RBI=0.0235973;REFB=-0.0110863;REVB=0.0235479;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498489;STB=0.598837;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0185883;OID=.;OPOS=52882970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:32:17:21:0.396226:8:9:15:11:12:9:19:13 chr1 52903928 . ATTTTT ATTTT,ATTTTC,CATTTT 46.81 PASS AF=0.163265,0.0816327,0;AO=17,4,2;DP=49;FAO=8,4,0;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6,3,0;FSAR=2,1,0;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.0282004,0.0284434,-0.0200476;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.87251,25.2474,133.157;QD=3.82099;RBI=0.180919,0.0745425,0.0391058;REFB=-0.181915,-0.0996083,-0.00917845;REVB=-0.178708,-0.0689025,-0.0335762;RO=25;SAF=6,3,0;SAR=11,1,2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0.354839,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00791353,0.421678,-0.428369;STB=0.856463,0.877491,0.5;STBP=0.058,0.312,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.151322,0.239729,0;OID=.,.,.;OPOS=52903929,52903933,52903928;OREF=T,T,AT;OALT=-,C,CA;OMAPALT=ATTTT,ATTTTC,CATTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:25:37:17,4,2:8,4,0:0.163265,0.0816327,0:11,1,2:6,3,0:9:16:2,1,0:6,3,0:9:28 chr1 52991638 . C T 312.94 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.110118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5505;QD=25.0348;RBI=0.111848;REFB=-0.0123608;REVB=-0.0195956;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310374;STB=0.684962;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00461497;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:22:28:28:0.56:16:12:17:3:16:12:19:3 chr1 53072454 . T C 417.15 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0474539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.103;QD=18.3363;RBI=0.0474741;REFB=-0.00497521;REVB=0.00138532;RO=48;SAF=27;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648971;STB=0.536215;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00520927;OID=.;OPOS=53072454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:16:27:27:21:16:27:27:21 chr1 53250650 . G A 1094.11 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2322;QD=57.5848;RBI=0.124156;REFB=-0.17167;REVB=0.119984;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.505493;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00611438;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:29:45:0:1:30:45:1:0 chr1 53519270 . C T 476.33 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0264963;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2616;QD=21.6512;RBI=0.0556502;REFB=-0.0218005;REVB=-0.0489376;RO=42;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105243;STB=0.505811;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0147469;OID=.;OPOS=53519270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:42:42:46:46:0.522727:29:17:16:26:29:17:16:26 chr1 53532535 . G C 300.85 PASS AF=0.351852;AO=37;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00571541;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.244;QD=11.1425;RBI=0.0391608;REFB=0.0111435;REVB=0.0387415;RO=69;SAF=23;SAR=14;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663649;STB=0.532176;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.018168;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:70:37:38:0.351852:14:23:39:30:15:23:39:31 chr1 53535478 . G A 164.65 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0481696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.172;QD=11.1623;RBI=0.0510214;REFB=-0.00470426;REVB=0.0168188;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084005;STB=0.561402;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00595067;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:38:38:20:21:0.355932:8:12:20:18:8:13:20:18 chr1 53537266 . G A 1512.9 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0712;QD=59.9169;RBI=0.0606181;REFB=0;REVB=0.0463555;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240733;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:45:56:0:0 chr1 53544289 . C T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00431344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.71;QD=18.2512;RBI=0.0291;REFB=-0.00740311;REVB=0.0287785;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638684;STB=0.536536;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00692358;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:9:6:5:10:9:6 chr1 53544439 . G A 499.58 PASS AF=0.510638;AO=33;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0218781;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.658;QD=21.2587;RBI=0.0219028;REFB=-0.0499093;REVB=-0.00104018;RO=42;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092336;STB=0.530713;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0558102;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:42:46:33:48:0.510638:18:15:23:19:18:30:26:20 chr1 53544513 . C T 486.09 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0455388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4557;QD=21.3666;RBI=0.0497608;REFB=-0.0478837;REVB=0.0200588;RO=42;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214868;STB=0.524989;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0394019;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:44:47:47:0.516484:19:28:24:18:19:28:24:20 chr1 53544597 . T C 498.99 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.042801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.022;QD=22.9421;RBI=0.0445242;REFB=-0.0337539;REVB=-0.0122669;RO=38;SAF=32;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091639;STB=0.549093;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0387556;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:39:47:48:0.551724:15:32:22:16:15:33:23:16 chr1 53553702 . A G 1380.64 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151597;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.869;QD=62.7565;RBI=0.0162705;REFB=0;REVB=0.00590879;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0887e-05;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr1 53553754 . T C 388.28 PASS AF=0.427184;AO=42;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0231431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.956;QD=15.0788;RBI=0.035014;REFB=-0.0222678;REVB=0.026275;RO=59;SAF=26;SAR=16;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281066;STB=0.512257;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0224004;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:42:44:0.427184:16:26:35:24:17:27:35:24 chr1 53558270 . A G 1006.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5656;QD=59.2002;RBI=0.0760011;REFB=0;REVB=0.0749839;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574589;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr1 53558366 . T C 340.68 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00967134;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.494;QD=20.6471;RBI=0.0119619;REFB=-0.0209954;REVB=-0.00703928;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630844;STB=0.526301;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0166859;OID=.;OPOS=53558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:34:35:0.530303:20:14:15:16:20:15:15:16 chr1 53600078 . A G 259.29 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00049487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.324;QD=16.7284;RBI=0.0209399;REFB=0.0067079;REVB=-0.0209341;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257677;STB=0.646547;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0106808;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:33:28:29:0.467742:20:8:16:13:20:9:19:14 chr1 53676448 . G A 164.57 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0244119;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.882;QD=11.1573;RBI=0.0328664;REFB=-0.00941485;REVB=-0.0220058;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553452;STB=0.532227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0286371;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:10:11:18:20:10:11:18:20 chr1 53679878 . T C 119.49 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0435371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8222;QD=13.6556;RBI=0.0578542;REFB=0.00839764;REVB=0.0381002;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024428;STB=0.514265;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00874163;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:11:10:7:7:11:10 chr1 53684524 . GC G,GG 472.5 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=14,17;DP=31;FAO=11,22;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,8;FSAR=6,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415359,0.0382854;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.89,230.687;QD=57.2724;RBI=0.0546538,0.0499769;REFB=0,0;REVB=0.0355219,0.0321236;RO=0;SAF=8,5;SAR=6,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00857908,0.0135629;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.666667:14,17:31:11,22:33:0:5,8:6,14:0:0:26:0:8,5:6,12:0:0 chr1 53712727 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0176072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.92;QD=14.0439;RBI=0.0297147;REFB=-0.0242687;REVB=-0.0239363;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919695;STB=0.558782;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0291311;OID=.;OPOS=53712727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:14:14:23:16:14:14:24:16 chr1 53716416 . G A 572.2 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0263163;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.095;QD=18.4579;RBI=0.03538;REFB=-0.042142;REVB=0.0236474;RO=65;SAF=37;SAR=22;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423886;STB=0.523526;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0434793;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:124:65:65:59:59:0.475806:22:37:38:27:22:37:38:27 chr1 53732315 . G T 485.31 PASS AF=0.449153;AO=53;DP=118;FAO=53;FDP=118;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0145859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.932;QD=16.4511;RBI=0.0234667;REFB=-0.0174769;REVB=0.018383;RO=65;SAF=25;SAR=28;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100638;STB=0.505616;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0198752;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:65:65:53:53:0.449153:28:25:30:35:28:25:30:35 chr1 53995515 . G A 810.57 PASS AF=0.625;AO=49;DP=98;FAO=60;FDP=96;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=25;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0868906;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3992;QD=33.7739;RBI=0.192651;REFB=0.0489199;REVB=0.171943;RO=7;SAF=23;SAR=26;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905645;STB=0.542729;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0110527;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:7:25:49:60:0.625:26:23:6:1:35:25:14:11 chr1 54060016 . G C 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.00301705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.411;QD=27.2222;RBI=0.0117254;REFB=-0.025782;REVB=-0.0113306;RO=15;SAF=23;SAR=1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227293;STB=0.62287;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.011127;OID=.;OPOS=54060016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:1:23:15:0:1:23:15:0 chr1 54060248 . T C 345.11 PASS AF=0.375;AO=40;DP=110;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.00568919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.566;QD=12.3253;RBI=0.0586245;REFB=-0.00429593;REVB=-0.0583478;RO=70;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011927;STB=0.508924;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00572681;OID=.;OPOS=54060248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:70:70:40:42:0.375:21:19:34:36:21:21:34:36 chr1 54387367 . C T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0102284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.607;QD=20.3419;RBI=0.0158232;REFB=-0.0137322;REVB=-0.0120729;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948651;STB=0.560152;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0122976;OID=.;OPOS=54387367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:34:37:37:0.521127:15:22:16:17:15:22:16:18 chr1 54606804 . C T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.767;QD=64.4141;RBI=0.0362323;REFB=0;REVB=0.0320965;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69375e-05;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 54607051 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.147;QD=58.1364;RBI=0.039345;REFB=0;REVB=0.00828566;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52383e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 54637167 . T C 186.73 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0304739;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2132;QD=19.6559;RBI=0.0306457;REFB=0.0224743;REVB=0.00323998;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123902;STB=0.583007;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0182602;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:18:19:0.5:7:11:14:5:8:11:14:5 chr1 54637202 . C T 244.29 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0260286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4;QD=17.449;RBI=0.0495378;REFB=-0.0259528;REVB=-0.0421486;RO=29;SAF=21;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251061;STB=0.642397;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0249288;OID=.;OPOS=54637202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:6:21:16:13:6:21:16:13 chr1 54637417 . G A 476.27 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0523399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.7457;QD=19.4397;RBI=0.0526278;REFB=-0.0286843;REVB=-0.00549729;RO=50;SAF=34;SAR=13;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132947;STB=0.57038;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0377252;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:13:34:30:20:13:34:31:20 chr1 54637697 . A G 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0120537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.905;QD=21.0638;RBI=0.0160753;REFB=-0.0226991;REVB=0.0106359;RO=41;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352377;STB=0.519472;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0150712;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:20:24:24:17:20:24:24:17 chr1 54661150 . C T 99.62 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0639527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6061;QD=15.3256;RBI=0.0643225;REFB=-0.0627678;REVB=-0.00688716;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316258;STB=0.653614;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0820289;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:11:2:6:6:11:3 chr1 54683856 . C G 1984.91 PASS AF=0.992424;AO=122;DP=126;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0563335;FXX=0.00751823;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3834;QD=60.1489;RBI=0.110535;REFB=-0.0884804;REVB=0.0951026;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703814;STB=0.503649;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00105644;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:132:1:1:122:131:0.992424:55:67:1:0:63:68:1:0 chr1 54683925 . G A 700.38 PASS AF=0.57265;AO=67;DP=117;FAO=67;FDP=117;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0179983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.554;QD=23.9447;RBI=0.0256965;REFB=-0.0508278;REVB=0.0183405;RO=50;SAF=27;SAR=40;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459118;STB=0.525065;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.032941;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:50:67:67:0.57265:40:27:23:27:40:27:23:27 chr1 54686374 . T C 1175.34 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224633;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7051;QD=61.0564;RBI=0.0713048;REFB=0;REVB=-0.067674;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000705919;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr1 54686464 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.568;QD=62.3143;RBI=0.0649615;REFB=0;REVB=-0.00443731;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283784;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr1 54704629 . C T 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0124337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.236;QD=13.3337;RBI=0.0290843;REFB=0.00139593;REVB=-0.0262926;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122867;STB=0.571338;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00285091;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:7:17:9:6:7:17 chr1 55076113 . G A 484.08 PASS AF=0.376623;AO=58;DP=154;FAO=58;FDP=154;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.00946623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1754;QD=12.5736;RBI=0.0256821;REFB=1.54998e-05;REVB=0.0238739;RO=95;SAF=25;SAR=33;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702921;STB=0.536815;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000144644;OID=.;OPOS=55076113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:95:96:58:58:0.376623:33:25:47:48:33:25:47:49 chr1 55080524 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0412135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5072;QD=17.5007;RBI=0.0450791;REFB=-0.000624693;REVB=0.018264;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355447;STB=0.519985;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.000658486;OID=.;OPOS=55080524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:14:14:12:14:14:14 chr1 55118566 . C G 955.3 PASS AF=1;AO=50;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.507;QD=58.7874;RBI=0.0719245;REFB=0;REVB=0.0397513;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304517;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:50:65:1:29:21:0:0:31:34:0:0 chr1 55119144 . A G 784.96 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.235;QD=57.0877;RBI=0.0196161;REFB=0;REVB=0.00548161;RO=0;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66579e-05;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:13:42:0:0:13:42:0:0 chr1 55119289 . G A,C 289.77 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=1,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249938,-0.0197662;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6431,92.3501;QD=52.6857;RBI=0.0276403,0.0371617;REFB=0,0;REVB=-0.0118022,0.0314688;RO=0;SAF=1,11;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.03739,-0.010339;OID=.,.;OPOS=55119289,55119289;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:1,9:1,11:0:0:1,9:1,11:0:0 chr1 55119546 . A G 977.03 PASS AF=0.970588;AO=48;DP=65;FAO=66;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117755;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.312;QD=57.4724;RBI=0.117844;REFB=-0.0619706;REVB=0.00456689;RO=1;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012892;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00887034;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:68:1:1:48:66:0.970588:36:12:0:1:38:28:0:1 chr1 55139741 . A G 2197.52 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.302;QD=63.238;RBI=0.0261098;REFB=0;REVB=0.0256069;RO=0;SAF=82;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55948e-05;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:56:82:0:0:56:83:0:0 chr1 55158208 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0817522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.839;QD=16.417;RBI=0.0824109;REFB=-0.00183722;REVB=-0.0103994;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457514;STB=0.526279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00266644;OID=.;OPOS=55158208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:11:5:5:9:11:5 chr1 55158224 . T C 67.58 PASS AF=0.45;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0766459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3424;QD=13.5162;RBI=0.0881345;REFB=-0.0190206;REVB=-0.0435096;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124428;STB=0.538373;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0529831;OID=.;OPOS=55158224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:20:9:11:9:9:0.45:2:7:6:3:2:7:8:3 chr1 55167773 . T A 3014.72 PASS AF=1;AO=191;DP=196;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727952;FXX=0.0149246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.538;QD=60.9034;RBI=0.0848135;REFB=0;REVB=0.0845006;RO=1;SAF=106;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142966;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:196:198:1:0:191:198:1:85:106:0:1:89:109:0:0 chr1 55168298 . G A 489.18 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0063738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.774;QD=21.9856;RBI=0.00689079;REFB=-0.0177891;REVB=0.00261873;RO=42;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049809;STB=0.527461;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0183748;OID=.;OPOS=55168298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:24:23:23:19:24:23:23:19 chr1 55168394 . A G 540.33 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00655566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.302;QD=22.0542;RBI=0.0165994;REFB=-0.00923939;REVB=-0.01525;RO=45;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702268;STB=0.549;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0116672;OID=.;OPOS=55168394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:47:51:51:0.520408:23:28:21:24:23:28:21:26 chr1 55182300 . T A 1491.69 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7799;QD=63.4763;RBI=0.0185959;REFB=0;REVB=0.00966581;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124631;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:57:37:0:0 chr1 55188382 . C T 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00172364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.087;QD=18.5921;RBI=0.0608823;REFB=-0.00626791;REVB=-0.0608579;RO=53;SAF=26;SAR=20;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378853;STB=0.521105;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00743189;OID=.;OPOS=55188382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:20:26:32:21:20:26:32:21 chr1 55251689 . T C 1313.78 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00073124;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.21;QD=61.8247;RBI=0.0434224;REFB=0;REVB=0.0434162;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56035e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:45:40:0:0 chr1 55266797 . G C 554.16 PASS AF=0.495146;AO=50;DP=104;FAO=51;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0280606;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.5981;QD=21.5207;RBI=0.0981872;REFB=-0.0696811;REVB=0.0940922;RO=25;SAF=16;SAR=34;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279246;STB=0.5714;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0305586;OID=.;OPOS=55266797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:25:39:50:51:0.495146:34:16:9:16:34:17:19:20 chr1 55273580 . G T 227.02 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00618178;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.789;QD=13.3539;RBI=0.0233083;REFB=-0.0108091;REVB=-0.0224736;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458566;STB=0.526177;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0167325;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:11:16:26:15:11:16:26:15 chr1 55277599 . T C 727.66 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1166;QD=63.2744;RBI=0.0980582;REFB=0;REVB=-0.0878876;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117158;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 55307501 . A G 661.83 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5362;QD=60.1662;RBI=0.0981637;REFB=-0.0519209;REVB=-0.0882132;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497363;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:12:31:1:0:12:32:0:0 chr1 55446697 . G A 372.44 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=73;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00599616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5599;QD=19.3473;RBI=0.009998;REFB=-0.0310084;REVB=0.00800038;RO=35;SAF=29;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174024;STB=0.586687;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0373744;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:35:38:38:39:0.506494:9:29:21:14:9:30:24:14 chr1 55457710 . G A 469.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.000203726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.181;QD=20.3944;RBI=0.0100638;REFB=-0.0143483;REVB=-0.0100618;RO=46;SAF=13;SAR=33;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289863;STB=0.66125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0135364;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:33:13:27:19:33:13:27:19 chr1 55523033 . A G 2102.48 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8323;QD=62.7606;RBI=0.0361221;REFB=0;REVB=-0.0338676;RO=0;SAF=74;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.17425e-05;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:59:74:0:0:59:75:0:0 chr1 55524197 . A G 1540.57 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.69;QD=59.828;RBI=0.0142726;REFB=0;REVB=-0.0131141;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11411e-05;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:52:51:0:0:52:51:0:0 chr1 55524237 . G A 2087.09 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020407;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.906;QD=62.7695;RBI=0.0589935;REFB=0;REVB=0.0553515;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8749e-05;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:69:64:0:0:69:64:0:0 chr1 55529187 . G A 2077.1 PASS AF=0.951389;AO=136;DP=144;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0576901;FXX=0.00689608;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.068;QD=57.6972;RBI=0.0591311;REFB=-0.0870809;REVB=0.0129748;RO=5;SAF=74;SAR=62;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379431;STB=0.508196;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0012519;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:144:144:5:7:136:137:0.951389:62:74:3:2:62:75:5:2 chr1 55539557 . A G 311.53 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.042401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.054;QD=19.1709;RBI=0.0523717;REFB=-0.0262914;REVB=-0.0307401;RO=32;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203652;STB=0.613314;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0197326;OID=.;OPOS=55539557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:20:13:20:12:20:13:20:12 chr1 55541174 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.689;QD=57.2025;RBI=0.0331551;REFB=0;REVB=0.0157849;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261613;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr1 55638075 . G A 1153.42 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.429;QD=60.7064;RBI=0.0114649;REFB=0;REVB=0.00675831;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38217e-05;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:31:43:0:0:31:45:0:0 chr1 55842312 . G C 934.6 PASS AF=0.92;AO=67;DP=73;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00534005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.219;QD=49.8454;RBI=0.0173933;REFB=-0.170756;REVB=0.0165533;RO=6;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550526;STB=0.527223;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00180434;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:73:75:6:6:67:69:0.92:32:35:1:5:34:35:1:5 chr1 55864258 . C T 835.37 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421826;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2306;QD=57.612;RBI=0.0492696;REFB=0;REVB=-0.0254583;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662363;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:30:28:0:0 chr1 56961955 . T C 269.28 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0175629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.564;QD=16.5712;RBI=0.0198691;REFB=-0.00621491;REVB=-0.00929104;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1478;STB=0.582658;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00629353;OID=.;OPOS=56961955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:25:10:13:17:25:10 chr1 57179958 . C T 98.99 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00207302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.785;QD=4.21246;RBI=0.00324834;REFB=-0.00244613;REVB=-0.00250085;RO=75;SAF=11;SAR=6;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114277;STB=0.586372;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0219604;OID=.;OPOS=57179958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:94:94:75:77:17:17:0.180851:6:11:42:33:6:11:42:35 chr1 57180867 . A G 147.07 PASS AF=0.339286;AO=17;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00892908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.775;QD=10.5047;RBI=0.00991692;REFB=-0.0170301;REVB=-0.00431471;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493727;STB=0.508466;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0269578;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:37:37:17:19:0.339286:9:8:19:18:9:10:19:18 chr1 57209695 . T C 302.75 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0246613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8929;QD=17.0566;RBI=0.0544866;REFB=0.00519603;REVB=-0.0485861;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199075;STB=0.511175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00654954;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:9:24:27:11:9:24:27:11 chr1 57257817 . T C 2084.3 PASS AF=0.971631;AO=137;DP=143;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00528425;FXX=0.013985;HRUN=5;LEN=1;MLLD=317.091;QD=59.1291;RBI=0.0167914;REFB=-0.0367327;REVB=0.0159383;RO=5;SAF=58;SAR=79;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120723;STB=0.509715;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000285762;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:143:141:5:4:137:137:0.971631:79:58:3:2:80:57:3:1 chr1 57340727 . C A 645.1 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0255491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.674;QD=21.3255;RBI=0.0269222;REFB=-0.0115826;REVB=-0.00848826;RO=57;SAF=39;SAR=25;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885802;STB=0.548697;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00908882;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:25:39:29:28:25:39:29:28 chr1 57406565 . C G 812.87 PASS AF=0.47191;AO=84;DP=179;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.0293153;FXX=0.00558628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.53;QD=18.2667;RBI=0.0336243;REFB=0.0102117;REVB=0.0164683;RO=93;SAF=35;SAR=49;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125752;STB=0.566839;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00859655;OID=.;OPOS=57406565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:93:94:84:84:0.47191:49:35:51:42:49:35:51:43 chr1 57422484 . C T 1521.39 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104473;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.25;QD=62.7379;RBI=0.0259141;REFB=-0.101053;REVB=0.0237148;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939059;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000249109;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:97:1:1:96:96:0.989691:46:50:1:0:46:50:1:0 chr1 58971831 . G A 266.3 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00340046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.482;QD=11.2125;RBI=0.00937564;REFB=-0.00206888;REVB=-0.00873725;RO=62;SAF=25;SAR=7;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485391;STB=0.777456;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00283447;OID=.;OPOS=58971831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:63:32:32:0.336842:7:25:22:40:7:25:23:40 chr1 59031326 . T A 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.024207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.67;QD=18.0729;RBI=0.0250309;REFB=-0.0186884;REVB=-0.00636915;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044965;STB=0.525147;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0202476;OID=.;OPOS=59031326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:14:16:15:16:14:16:15:16 chr1 59031475 . T A 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0470222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.502;QD=22.4368;RBI=0.0480275;REFB=0.013224;REVB=0.00977509;RO=25;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18596;STB=0.601927;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0134094;OID=.;OPOS=59031475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:19:14:5:20:19:14:5:20 chr1 59127086 . G A 226.69 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00531038;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.345;QD=20.15;RBI=0.0134741;REFB=-0.0131155;REVB=0.0123835;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115442;STB=0.541722;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0131611;OID=.;OPOS=59127086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:13:10:7:15:14:9 chr1 59160885 . A G 776.58 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.044839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.59;QD=53.5574;RBI=0.0976039;REFB=-0.107181;REVB=0.0866948;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348923;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0108219;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:56:56:0.965517:30:26:2:0:30:26:2:0 chr1 59213743 . G A 80.49 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00399119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.917;QD=8.94319;RBI=0.0127746;REFB=-0.0133198;REVB=-0.0121352;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155754;STB=0.624792;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0697947;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:36:22:25:11:11:0.305556:5:6:15:7:5:6:18:7 chr1 59248813 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.274;QD=56.7059;RBI=0.113894;REFB=0;REVB=0.11367;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516833;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr1 59249031 . T G 5389.45 PASS AF=1;AO=330;DP=330;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.251;QD=63.5923;RBI=0.0611143;REFB=0;REVB=0.0364553;RO=0;SAF=168;SAR=162;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96388e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:330:339:0:0:330:339:1:162:168:0:0:167:172:0:0 chr1 59249347 . G C 4844.04 PASS AF=0.987382;AO=312;DP=316;FAO=313;FDP=317;FR=.;FRO=4;FSAF=191;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0185872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.939;QD=61.1235;RBI=0.0186483;REFB=-0.15899;REVB=0.00150849;RO=4;SAF=191;SAR=121;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284972;STB=0.501461;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.000200449;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:316:317:4:4:312:313:0.987382:121:191:2:2:122:191:2:2 chr1 59364918 . G A 598.88 PASS AF=0.827586;AO=48;DP=60;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00878922;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3234;QD=41.3019;RBI=0.0492123;REFB=-0.146102;REVB=0.0484211;RO=6;SAF=24;SAR=24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162912;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:58:6:10:48:48:0.827586:24:24:5:1:24:24:5:5 chr1 59844471 . G A 439.66 PASS AF=0.409836;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-6.52666e-05;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.391;QD=14.4152;RBI=0.000513993;REFB=0.00367469;REVB=-0.000509832;RO=72;SAF=30;SAR=20;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106341;STB=0.559976;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00585609;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:72:72:50:50:0.409836:20:30:36:36:20:30:36:36 chr1 60330883 . C G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0399217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.053;QD=11.086;RBI=0.0423831;REFB=-0.0226279;REVB=-0.0142333;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200996;STB=0.620497;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0391116;OID=.;OPOS=60330883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:13:12:4:9:13:12 chr1 60373500 . G T 344.01 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0130623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.304;QD=16.3813;RBI=0.0146108;REFB=-0.0132419;REVB=-0.00654599;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662895;STB=0.537255;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0124051;OID=.;OPOS=60373500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:26:21:19:18:26:21 chr1 60466814 . T C 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0304746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3118;QD=22.3993;RBI=0.0375149;REFB=0.0222485;REVB=-0.0218785;RO=19;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244101;STB=0.637933;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00960259;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:17:5:9:10:17:5:9:10 chr1 60506762 . G A 162.08 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00544573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.956;QD=10.6279;RBI=0.0140801;REFB=-0.0152037;REVB=-0.0129843;RO=38;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908614;STB=0.53372;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0247298;OID=.;OPOS=60506762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:38:40:21:21:0.344262:10:11:23:15:10:11:23:17 chr1 61869783 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8334;QD=57.1041;RBI=0.0464705;REFB=0;REVB=-0.0131959;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00060117;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr1 62232031 . C T 2544.5 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.701;QD=60.9461;RBI=0.0429444;REFB=0;REVB=0.0237541;RO=0;SAF=103;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66756e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:167:0:0:163:167:1:60:103:0:0:61:106:0:0 chr1 62232130 . T C 1840.79 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3295;QD=61.3597;RBI=0.0203162;REFB=0;REVB=0.0112684;RO=0;SAF=73;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72685e-05;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:47:73:0:0:47:73:0:0 chr1 62261168 . A G 533.16 PASS AF=0.5;AO=55;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0936134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8169;QD=19.0414;RBI=0.0966346;REFB=-0.0177642;REVB=0.0239747;RO=56;SAF=28;SAR=27;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276572;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:55:56:0.5:27:28:28:28:28:28:28:28 chr1 62318192 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.792;QD=53.9075;RBI=0.0161794;REFB=0;REVB=0.0139558;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178981;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr1 62330080 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.056;QD=60.6102;RBI=0.0614927;REFB=0;REVB=0.0424521;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186663;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr1 62380270 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.154;QD=47.8221;RBI=0.0573383;REFB=0;REVB=-0.0573383;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199164;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 62380298 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.982;QD=47.8224;RBI=0.00610789;REFB=0;REVB=0.00610789;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54968e-05;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr1 62456014 . G A 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.655;QD=60.5939;RBI=0.0317571;REFB=0;REVB=0.0312571;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162602;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 62516683 . G C 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0104088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.729;QD=18.2081;RBI=0.0209263;REFB=-0.0109607;REVB=0.018154;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533103;STB=0.529746;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0148891;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:22:23:30:23:22:23:30:23 chr1 62538372 . A G 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00680109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.673;QD=13.5039;RBI=0.013383;REFB=-0.0415651;REVB=0.011526;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147429;STB=0.586067;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.033323;OID=.;OPOS=62538372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:11:6:6:6:11:6 chr1 62579823 . G A 1578.12 PASS AF=0.990741;AO=97;DP=98;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8452;QD=58.449;RBI=0.0837071;REFB=-0.0834514;REVB=0.0735191;RO=1;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133567;STB=0.505494;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00520063;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:108:1:1:97:107:0.990741:35:62:0:1:45:62:0:1 chr1 62579907 . C T 1309.15 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147162;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.61;QD=62.3407;RBI=0.0168879;REFB=0;REVB=0.00828467;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.71636e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr1 62603421 . C T 2790.06 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.401;QD=62.6981;RBI=0.0285228;REFB=0;REVB=-0.0120652;RO=0;SAF=103;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52264e-06;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:75:103:0:0:75:103:0:0 chr1 62603544 . C T 1472.5 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9165;QD=63.3332;RBI=0.0806541;REFB=0;REVB=-0.0167331;RO=0;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195342;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:30:63:0:0:30:63:0:0 chr1 62644118 . A G 933.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.748;QD=58.3173;RBI=0.0352516;REFB=0;REVB=0.0347233;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116741;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:38:23:0:0:40:24:0:0 chr1 62672546 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=316.077;QD=47.8224;RBI=0.020495;REFB=0;REVB=0.0130024;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35021e-05;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr1 62713224 . C G 2623.82 PASS AF=0.982955;AO=172;DP=176;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00988528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.378;QD=59.6322;RBI=0.0177637;REFB=-0.0306016;REVB=0.0147591;RO=4;SAF=107;SAR=65;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170305;STB=0.505137;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000367598;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:176:176:4:3:172:173:0.982955:65:107:1:3:66:107:1:2 chr1 62713246 . G A 829.25 PASS AF=0.485714;AO=85;DP=175;FAO=85;FDP=175;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.00161794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7665;QD=18.9543;RBI=0.0019887;REFB=-0.0296684;REVB=0.00115637;RO=89;SAF=50;SAR=35;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379426;STB=0.500347;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0343497;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:89:90:85:85:0.485714:35:50:52:37:35:50:53:37 chr1 62728784 . A G 1453.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000681768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8901;QD=63.1872;RBI=0.042034;REFB=0;REVB=-0.0420285;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264779;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr1 62728838 . T C 2015.54 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024876;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.179;QD=61.5433;RBI=0.0551598;REFB=-0.123493;REVB=0.049232;RO=1;SAF=56;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646609;STB=0.503401;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00071886;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:129:130:0.992366:73:56:0:1:73:57:0:1 chr1 62728861 . T C 2145.78 PASS AF=0.986486;AO=134;DP=139;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.295;QD=57.994;RBI=0.0209362;REFB=-0.0691106;REVB=0.0173924;RO=2;SAF=67;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500093;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00162868;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:148:2:2:134:146:0.986486:67:67:1:1:74:72:1:1 chr1 62728918 . G A 2125.18 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154286;FXX=0.0141834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.735;QD=61.1563;RBI=0.0393739;REFB=-0.0648669;REVB=0.0362251;RO=1;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748617;STB=0.503816;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000777543;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:139:1:1:136:138:0.992806:63:73:0:1:65:73:0:1 chr1 62738904 . T C 2086.47 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00975271;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.978;QD=62.7509;RBI=0.0599184;REFB=0;REVB=0.0591194;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56584e-05;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:62:71:0:0:62:71:0:0 chr1 62739198 . G A 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6848;QD=63.2805;RBI=0.0757433;REFB=0;REVB=0.0726397;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893097;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 62740065 . A G 727.83 PASS AF=1;AO=34;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000984985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.15;QD=61.9428;RBI=0.0267687;REFB=0;REVB=0.0267506;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91306e-05;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:34:47:1:8:26:0:0:18:29:0:0 chr1 62740446 . T C 729.83 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104866;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.507;QD=60.8195;RBI=0.0202164;REFB=-0.084364;REVB=0.0172839;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00170989;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:45:47:0.979167:27:18:0:1:27:20:0:1 chr1 62740449 . TGACT CGACT,CGCTG,GCGCT 718.32 PASS AF=0.956522,0,0.0434783;AO=37,2,2;DP=46;FAO=44,0,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,2;FSAR=25,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347474,-0.0905151,-0.0680119;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,5,3;MLLD=110.968,75.3431,76.0335;QD=62.4627;RBI=0.0408992,0.0952288,0.074414;REFB=0,0,0;REVB=-0.0215722,-0.0295896,-0.0301963;RO=0;SAF=12,2,2;SAR=25,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=-0.000217363,0,0.114079;OID=.,.,.;OPOS=62740449,62740449,62740449;OREF=T,TGACT,TGA;OALT=C,CGCTG,GCG;OMAPALT=CGACT,CGCTG,GCGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:46:46:0:0:37,2,2:44,0,2:0.956522,0,0.0434783:25,0,0:12,2,2:0:0:25,0,0:19,0,2:0:0 chr1 63881552 . C T 429.25 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.557;QD=57.2327;RBI=0.012713;REFB=0;REVB=-0.00674074;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95733e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:6:23:0:0:6:24:0:0 chr1 63885026 . CCT C,CCC 82.97 PASS AF=0.230769,0;AO=22,4;DP=104;FAO=24,0;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=20,0;FSAR=4,0;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.100434,-0.0121074;FXX=0.0188661;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=16.2746,11.2534;QD=3.19105;RBI=0.116405,0.14971;REFB=-0.0391342,-0.0225504;REVB=-0.058849,0.149219;RO=62;SAF=19,1;SAR=3,3;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.554829,-0.188016;STB=0.804526,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0491412,0;OID=.,.;OPOS=63885027,63885028;OREF=CT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0:22,4:104:24,0:104:80:20,0:4,0:37:43:83:62:19,1:3,3:27:35 chr1 63991267 . T C 1549.24 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.655;QD=63.8863;RBI=0.0179252;REFB=0;REVB=0.0165118;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10936e-05;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr1 64015217 . G A 310.36 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330066;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.365;QD=53.9751;RBI=0.0416269;REFB=0;REVB=-0.0253647;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253656;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 64114301 . T C 166.24 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0355537;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5852;QD=11.465;RBI=0.0361841;REFB=-0.00215376;REVB=-0.00672493;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219312;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00104943;OID=.;OPOS=64114301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:21:15:13:8:21:16 chr1 64121441 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000805896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.55;QD=23.0939;RBI=0.0158609;REFB=0.00333237;REVB=0.0158405;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.580552;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00267842;OID=.;OPOS=64121441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:4:8:8:9:4:8 chr1 64121569 . A C 289.64 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0121825;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.432;QD=22.7167;RBI=0.0123168;REFB=-0.038146;REVB=-0.00181386;RO=22;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513435;STB=0.528365;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0177975;OID=.;OPOS=64121569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:18:11:7:15:18:11:7:15 chr1 64121684 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0861372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.562;QD=14.6528;RBI=0.0984106;REFB=-0.0548806;REVB=0.0475922;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194344;STB=0.617308;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0624616;OID=.;OPOS=64121684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:2:6:7:1:2:6 chr1 64125793 . G A 856.44 PASS AF=0.545455;AO=84;DP=154;FAO=84;FDP=154;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0393354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.538;QD=22.2452;RBI=0.0407548;REFB=-0.0208627;REVB=0.0106619;RO=66;SAF=31;SAR=53;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724255;STB=0.542035;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0175007;OID=.;OPOS=64125793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:66:70:84:84:0.545455:53:31:30:36:53:31:32:38 chr1 64515379 . C T 692.53 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.293;QD=54.3158;RBI=0.2625;REFB=0;REVB=0.260968;RO=3;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147103;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:3:0:48:51:1:13:35:0:3:16:35:0:0 chr1 64608329 . G T 437.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.87;QD=56.4754;RBI=0.0694552;REFB=0;REVB=0.014977;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736041;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr1 64643277 . C T 310.11 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00155345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.189;QD=13.7826;RBI=0.0263806;REFB=-0.000325937;REVB=-0.0263348;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851487;STB=0.504852;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.000506932;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:15:20:31:24:15:20:31:24 chr1 65016349 . A T 463.11 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0486024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4278;QD=52.9269;RBI=0.0745437;REFB=-0.0867127;REVB=0.0565205;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466723;STB=0.524985;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0177985;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:14:19:2:0:14:19:2:0 chr1 65113568 . T C 2430.76 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149765;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2824;QD=61.5383;RBI=0.0404828;REFB=0;REVB=0.0376107;RO=0;SAF=78;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155461;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:158:0:0:155:158:1:77:78:0:0:79:79:0:0 chr1 65158724 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.995;QD=57.1061;RBI=0.0292358;REFB=0;REVB=0.0125098;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.97371e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr1 65591719 . GC G 86.35 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0214631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.9242;QD=13.2851;RBI=0.186128;REFB=0.0100917;REVB=-0.184886;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.374101;SSSB=0.0297828;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=del;VARB=-0.0270154;OID=.;OPOS=65591720;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:26:13:26:13:6:7:5:8:83:13:5:7:5:8 chr1 65690461 . G A 1197.29 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.242;QD=60.6221;RBI=0.0160931;REFB=0;REVB=0.007927;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035972;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:39:40:0:0 chr1 65858151 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00771646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.302;QD=15.2186;RBI=0.0242594;REFB=-0.0148202;REVB=-0.0229995;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125132;STB=0.578846;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0192128;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:11:20:21:19:11:20:21:20 chr1 65860660 . T C 439.64 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0129473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.13;QD=14.5334;RBI=0.0134356;REFB=-0.000525169;REVB=0.00358916;RO=71;SAF=26;SAR=24;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750116;STB=0.542176;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.000528866;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:71:50:50:0.413223:24:26:42:29:24:26:42:29 chr1 65860687 . A C 345.35 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0145573;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.282;QD=13.2826;RBI=0.0261678;REFB=-0.00875469;REVB=0.0217448;RO=64;SAF=18;SAR=23;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164912;STB=0.589151;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0160419;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:63:41:41:0.394231:23:18:38:26:23:18:37:26 chr1 65867519 . G A 413.49 PASS AF=0.4375;AO=40;DP=104;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00140125;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.445;QD=14.7676;RBI=0.00994659;REFB=-0.0223301;REVB=-0.0098474;RO=60;SAF=13;SAR=27;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682641;STB=0.525304;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0255523;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:112:60:63:40:49:0.4375:27:13:23:37:29:20:23:40 chr1 65879252 . A G 195.11 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0814251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.186;QD=14.1897;RBI=0.0986614;REFB=0.00573731;REVB=0.0557139;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.599913;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00437149;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:18:14:14:9:18:14 chr1 65886398 . T C 402.36 PASS AF=0.387097;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0344608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.404;QD=12.9792;RBI=0.0357669;REFB=-0.0240343;REVB=-0.00957731;RO=72;SAF=31;SAR=17;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408952;STB=0.517055;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0339659;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:124:72:76:48:48:0.387097:17:31:49:23:17:31:51:25 chr1 65886448 . T C 665.56 PASS AF=0.384615;AO=75;DP=196;FAO=75;FDP=195;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=66;FSRR=54;FWDB=-0.0162066;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.603;QD=13.6526;RBI=0.0613263;REFB=-0.0120473;REVB=-0.0591461;RO=120;SAF=36;SAR=39;SRF=66;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761971;STB=0.542986;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0234048;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:195:120:120:75:75:0.384615:39:36:66:54:39:36:66:54 chr1 66036441 . A G 167.53 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7148;QD=41.8827;RBI=0.0435771;REFB=-0.159802;REVB=0.0139518;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0123201;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr1 66058513 . A G 286.42 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00207379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.141;QD=15.6942;RBI=0.00636047;REFB=-0.00877863;REVB=-0.0060129;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185621;STB=0.599934;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00907018;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:23:9:18:22:23:9:18:23 chr1 66075952 . G C 197.49 PASS AF=0.352113;AO=14;DP=75;FAO=25;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.010446;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4106;QD=11.1262;RBI=0.0114727;REFB=-0.0140675;REVB=0.0047438;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136891;STB=0.635403;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0211146;OID=.;OPOS=66075952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:71:31:46:14:25:0.352113:6:8:14:17:8:17:22:24 chr1 66102257 . G A 121.64 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0299826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.848;QD=15.2045;RBI=0.031385;REFB=-0.0294027;REVB=0.00927698;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231906;STB=0.624804;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0285533;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:7:10:11:3:7:11 chr1 66102455 . CA AC,C 36.16 PASS AF=0,0.366667;AO=2,11;DP=30;FAO=0,11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00285344,0.0760477;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=150.756,8.29076;QD=4.82074;RBI=0.104548,0.108782;REFB=-0.0116093,-0.137008;REVB=-0.104509,-0.0777838;RO=15;SAF=0,2;SAR=2,9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.61514,-0.496106;STB=0.5,0.896675;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.196005;OID=.,.;OPOS=66102455,66102456;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:30:30:15:19:2,11:0,11:0,0.366667:2,9:0,2:10:5:0,10:0,1:13:6 chr1 66226961 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00314337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.63;QD=13.5766;RBI=0.00326179;REFB=-0.00321508;REVB=-0.000870941;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178261;STB=0.606116;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00584301;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:2:11:14:5:2:11:14:5 chr1 67132582 . C T 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0166234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.473;QD=15.4096;RBI=0.0202193;REFB=-0.0051942;REVB=-0.01151;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837794;STB=0.54741;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0106259;OID=.;OPOS=67132582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:16:18:12:15:16:18 chr1 67243024 . C A 657.47 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00843666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.701;QD=21.3812;RBI=0.0193114;REFB=-0.00835994;REVB=-0.017371;RO=57;SAF=36;SAR=29;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684564;STB=0.533658;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00536564;OID=.;OPOS=67243024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:57:58:65:65:0.528455:29:36:27:30:29:36:28:30 chr1 67244243 . A T 774.39 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=140;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0137554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.714;QD=22.1253;RBI=0.0200662;REFB=-0.0121051;REVB=0.0146097;RO=66;SAF=33;SAR=41;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570209;STB=0.503127;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0112781;OID=.;OPOS=67244243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:66:66:74:74:0.528571:41:33:29:37:41:33:29:37 chr1 67266756 . T A 737.15 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.004;QD=56.7035;RBI=0.0113042;REFB=0;REVB=-0.00879991;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58519e-06;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:21:29:0:0:22:30:0:0 chr1 67288045 . C T 585.4 PASS AF=0.816667;AO=45;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0220699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.025;QD=39.0264;RBI=0.022904;REFB=-0.027996;REVB=0.0061247;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.57022;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00118784;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:60:60:1:11:45:49:0.816667:21:24:0:1:23:26:10:1 chr1 67313249 . G A 299.01 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00738392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.038;QD=16.1625;RBI=0.0132016;REFB=-0.023295;REVB=-0.0109434;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780546;STB=0.544014;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0362359;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:21:12:18:23:21:12:18:23 chr1 67390416 . G C 1569.52 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.516;QD=59.7914;RBI=0.0348637;REFB=0;REVB=0.0324634;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03081e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr1 67390468 . C G 1376.39 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0212623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.232;QD=59.1997;RBI=0.0217009;REFB=-0.0904017;REVB=0.00434123;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853976;STB=0.509861;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000250333;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:93:1:3:89:90:0.967742:55:34:0:1:56:34:2:1 chr1 67558739 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1458;QD=54.5165;RBI=0.00761666;REFB=0;REVB=0.00243613;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01275e-05;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 67560956 . C T 1803.96 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.74;QD=61.1512;RBI=0.0901921;REFB=0;REVB=-0.0184779;RO=0;SAF=58;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104294;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:60:58:0:0:60:58:0:0 chr1 67568351 . C T 404.85 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00452538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.241;QD=32.388;RBI=0.00608693;REFB=0.000366731;REVB=0.00407082;RO=17;SAF=16;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119448;STB=0.565126;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00020147;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:17:16:5:12:17:16:5:12 chr1 67579386 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3353;QD=57.2014;RBI=0.0601949;REFB=0;REVB=0.0591977;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760927;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 67633812 . G T 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0368771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.353;QD=16.8249;RBI=0.0371278;REFB=-0.0114051;REVB=0.00430782;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102497;STB=0.558766;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0150559;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:12:16:14:7:12:16 chr1 67685387 . T C 106.3 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.025869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.599;QD=11.811;RBI=0.030343;REFB=0.00121441;REVB=0.0158585;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239631;STB=0.64263;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00737899;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:11:12:4:9:11:12 chr1 67733346 . G A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00520746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.183;QD=17.1001;RBI=0.0101045;REFB=0.00472421;REVB=-0.00865931;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220165;STB=0.624838;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00598731;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:3:12:8:6:3:12 chr1 67795319 . T C 659.28 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.015599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.074;QD=21.6158;RBI=0.0161624;REFB=-0.0247822;REVB=0.00423018;RO=56;SAF=34;SAR=31;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10195;STB=0.559321;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0134806;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:57:65:65:0.532787:31:34:36:20:31:34:37:20 chr1 67852335 . G A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0146671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.528;QD=14.3339;RBI=0.0440167;REFB=-0.0200156;REVB=-0.0415012;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107046;STB=0.562424;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0265107;OID=.;OPOS=67852335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:5:12:16:10:5:12:16:10 chr1 67861520 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0681795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.836;QD=22.917;RBI=0.0711258;REFB=0.0246714;REVB=0.0202592;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350345;STB=0.699568;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0014851;OID=.;OPOS=67861520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:4:0:6:3:4:0 chr1 68006815 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.916;QD=52.6132;RBI=0.0420179;REFB=0;REVB=0.0380708;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164873;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 68462247 . A G 637.71 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121578;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.102;QD=62.216;RBI=0.0273543;REFB=0;REVB=0.024504;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225489;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr1 68591253 . C T 478.8 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00709941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.762;QD=25.2;RBI=0.0117448;REFB=-0.0225408;REVB=0.00935624;RO=31;SAF=27;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182698;STB=0.599956;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00599827;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:18:27:11:20:18:27:11:20 chr1 68624878 . C T 531.27 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0327318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3505;QD=19.6767;RBI=0.0371534;REFB=-0.0138452;REVB=0.0175786;RO=53;SAF=27;SAR=28;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167409;STB=0.592113;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0180938;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:28:27:36:17:28:27:36:17 chr1 68903942 . C T 1472.01 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3637;QD=63.3124;RBI=0.0582218;REFB=0;REVB=-0.0268616;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214323;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:56:37:0:0:56:37:0:0 chr1 70034372 . G A 614.06 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=73;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=20;FWDB=0.0733724;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.341;QD=34.1146;RBI=0.0745548;REFB=-0.0065662;REVB=0.0132252;RO=19;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249631;STB=0.63884;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000501744;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:19:20:52:52:0.722222:26:26:0:19:26:26:0:20 chr1 70611346 . CA C,CG 643.84 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=5,36;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926816,-0.0138238;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.897,243.686;QD=61.3177;RBI=0.0211499,0.0566743;REFB=0,0;REVB=0.019011,0.0549625;RO=0;SAF=1,24;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0444871,0.00137281;OID=.,.;OPOS=70611347,70611347;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:5,36:42:1,41:42:0:1,25:0,16:0:0:3:0:1,24:4,12:0:0 chr1 70831841 . C T 214.95 PASS AF=0.458333;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0255974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.02;QD=17.9126;RBI=0.0272169;REFB=-0.00989643;REVB=-0.00924843;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335463;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0204353;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:25:26:19:22:0.458333:10:9:11:14:10:12:12:14 chr1 71331498 . A G 426.57 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.104;QD=56.8762;RBI=0.0919774;REFB=0;REVB=0.064097;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438028;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:25:30:1:7:18:0:0:10:20:0:0 chr1 71419499 . C T 832.25 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.454;QD=57.3964;RBI=0.0328572;REFB=0;REVB=0.0229902;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538843;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:27:27:0:0:28:30:0:0 chr1 72058552 . G A 1549.59 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7858;QD=63.9006;RBI=0.0963226;REFB=0;REVB=-0.092884;RO=0;SAF=67;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337476;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:29:67:0:0:29:68:0:0 chr1 74575182 . C T 1026.71 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.316;QD=59.5196;RBI=0.0331415;REFB=0;REVB=-0.00353584;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19746e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr1 74665493 . G A 1172.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.514;QD=60.9148;RBI=0.0342843;REFB=0;REVB=0.0136279;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44377e-05;OID=.;OPOS=74665493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:44:32:0:0:45:32:0:0 chr1 74671519 . A G 715.42 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153265;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.053;QD=57.2339;RBI=0.0492429;REFB=0;REVB=0.0467971;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63472e-05;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr1 74941210 . C T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0346859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.383;QD=18.9128;RBI=0.0395888;REFB=-0.0213201;REVB=-0.0190831;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795025;STB=0.54432;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0149332;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:11:17:15:14:11:17 chr1 74941293 . G A 108.49 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0373232;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.104;QD=12.0545;RBI=0.0378398;REFB=-0.00358702;REVB=-0.00623107;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792193;STB=0.573803;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0127601;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:12:13:0.361111:7:5:8:15:7:6:8:15 chr1 75035240 . C T 196.81 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0103612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.763;QD=15.1395;RBI=0.0442203;REFB=-0.00961406;REVB=-0.0429893;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424031;STB=0.729683;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.025224;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:22:23:0.442308:13:9:24:4:14:9:24:5 chr1 75036812 . C T 1181.01 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00150051;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.777;QD=59.7977;RBI=0.0649249;REFB=-0.128032;REVB=0.0649076;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000420523;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:79:0:1:78:78:0.987342:27:51:0:0:27:51:0:1 chr1 75037845 . A G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0278191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6462;QD=9.91613;RBI=0.0280231;REFB=-0.0101031;REVB=-0.00337474;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340276;STB=0.702085;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0211071;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:4:13:4:5:4:13 chr1 75038228 . A C 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0183495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.729;QD=19.9056;RBI=0.0401205;REFB=-0.0223792;REVB=-0.0356784;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224769;STB=0.625063;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.013429;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:17:10:19:11:17:10 chr1 75042641 . G A 49.07 PASS AF=0.6;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0766423;FXX=0.28551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.491;QD=19.6264;RBI=0.077623;REFB=-0.00750784;REVB=-0.0122996;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271446;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0139792;OID=.;OPOS=75042641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:14:10:8:4:6:6:0.6:2:4:3:5:2:4:1:3 chr1 75097426 . G C 295.68 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.011298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.459;QD=12.9971;RBI=0.0117829;REFB=-0.017435;REVB=-0.00334534;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933914;STB=0.505344;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0248019;OID=.;OPOS=75097426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:14:20:34:23:14:20:34:23 chr1 75172001 . T A 450.61 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0102712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.826;QD=21.7161;RBI=0.0478547;REFB=-0.0119902;REVB=-0.0467395;RO=39;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764352;STB=0.54215;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0119259;OID=.;OPOS=75172001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:22:22:23:16:22:22:23:16 chr1 75175886 . T C 776.32 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.468;QD=62.1056;RBI=0.0220095;REFB=0;REVB=-0.00162664;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101141;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:45:50:1:22:23:0:0:23:27:0:0 chr1 75190452 . C T 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00710197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.147;QD=61.5102;RBI=0.0713967;REFB=-0.00408823;REVB=-0.0710426;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.85202e-05;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:1:0:21:27:1:0 chr1 75214441 . A G 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0103126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.141;QD=26.3989;RBI=0.0199057;REFB=0.00117479;REVB=0.017026;RO=10;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471805;STB=0.526286;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000319784;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:6:12:6:4:6:12:6:4 chr1 75672376 . A G 2740.45 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.986;QD=62.283;RBI=0.0603274;REFB=0;REVB=-0.00669325;RO=0;SAF=95;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29662e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:176:0:0:174:176:1:79:95:0:0:81:95:0:0 chr1 75681511 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.637;QD=58.9594;RBI=0.0539464;REFB=0;REVB=0.0225555;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216511;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr1 75716925 . C T 1578.79 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5284;QD=58.4735;RBI=0.120726;REFB=0;REVB=0.0161448;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356853;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr1 76257892 . A T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00415509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.497;QD=19.2761;RBI=0.102728;REFB=0.00541459;REVB=-0.102643;RO=33;SAF=30;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459805;STB=0.761235;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00435202;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:4:30:17:16:4:30:17:16 chr1 76344705 . T C 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0234038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.33;QD=13.752;RBI=0.0279287;REFB=-0.00853029;REVB=0.0152406;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106439;STB=0.561719;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0101136;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:16:7:6:9:16:7 chr1 76344711 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.19;QD=60.978;RBI=0.0316416;REFB=0;REVB=-0.00962636;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67927e-05;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr1 76397972 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0396338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.892;QD=16.199;RBI=0.0424742;REFB=-0.0243743;REVB=-0.0152716;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00187758;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr1 77093180 . C A 363.38 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458189;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.872;QD=55.9047;RBI=0.0159096;REFB=0;REVB=-0.0152355;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106544;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 77555481 . C T 260.88 PASS AF=0.5;AO=23;DP=57;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00322184;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5957;QD=18.6342;RBI=0.022732;REFB=-0.0129422;REVB=-0.0225025;RO=27;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969451;STB=0.518506;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.010837;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:27:27:23:28:0.5:7:16:21:6:7:21:21:6 chr1 77558057 . G C 114.69 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0176568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1732;QD=10.4262;RBI=0.0250857;REFB=-0.022561;REVB=0.0178194;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519801;STB=0.531205;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0230439;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:18:12:5:9:18:12 chr1 77634948 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.791;QD=57.5448;RBI=0.0198881;REFB=0;REVB=-0.0191967;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51779e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr1 77685042 . T C 895.47 PASS AF=0.442922;AO=97;DP=215;FAO=97;FDP=219;FR=.;FRO=122;FSAF=71;FSAR=26;FSRF=75;FSRR=47;FWDB=-0.00997106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.219;QD=16.3555;RBI=0.0424612;REFB=-0.0307507;REVB=-0.0412739;RO=118;SAF=71;SAR=26;SRF=75;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113857;STB=0.577219;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0335194;OID=.;OPOS=77685042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:118:122:97:97:0.442922:26:71:75:43:26:71:75:47 chr1 77763542 . G A 1449.22 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.192;QD=63.0094;RBI=0.0110765;REFB=0;REVB=0.0108203;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8341e-06;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:45:44:0:0:46:46:0:0 chr1 78024284 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.666;QD=57.6803;RBI=0.0418287;REFB=0;REVB=0.0193479;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112826;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 556.1 PASS AF=0.886364;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000550204;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=3;MLLD=262.083;QD=50.5542;RBI=0.0175262;REFB=-0.021251;REVB=0.0175176;RO=6;SAF=25;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247758;STB=0.517233;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.00377813;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.886364:38:46:39:44:5:26:13:4:1:25:6:25:13:4:2 chr1 78162073 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.867;QD=61.6759;RBI=0.123473;REFB=0;REVB=0.121639;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558468;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 78195557 . C T 238.8 PASS AF=0.547619;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.00895075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.257;QD=22.7425;RBI=0.0868744;REFB=-0.00678495;REVB=-0.086412;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198661;STB=0.685573;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0232699;OID=.;OPOS=78195557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:12:19:20:23:0.547619:9:11:10:2:12:11:17:2 chr1 78309083 . C T 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.029105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.656;QD=6.45643;RBI=0.0381011;REFB=-0.00300196;REVB=0.0245884;RO=42;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469043;STB=0.529366;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0113364;OID=.;OPOS=78309083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:6:7:21:21:6:7:21:21 chr1 78392446 . G A 471.89 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00916397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.69;QD=55.5169;RBI=0.0232319;REFB=0.00818054;REVB=0.0213482;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-1.75718e-05;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:18:14:1:0:18:15:1:0 chr1 78560583 . G A 407.55 PASS AF=0.438776;AO=41;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0401824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.194;QD=16.6345;RBI=0.0435943;REFB=-0.0256055;REVB=0.0169066;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286688;STB=0.532005;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0324547;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:41:43:0.438776:16:25:35:20:18:25:35:20 chr1 78585086 . T C 243.52 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000658105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.77;QD=18.7324;RBI=0.0395364;REFB=-0.00342562;REVB=0.039531;RO=24;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281729;STB=0.651033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00275344;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:26:25:26:0.5:5:20:13:11:5:21:15:11 chr1 79093818 . A G 567.4 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107261;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.253;QD=58.1945;RBI=0.0110244;REFB=0.0021323;REVB=-0.00254717;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000112755;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:0:1:13:25:0:1 chr1 79094081 . T A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.592;QD=62.3458;RBI=0.026601;REFB=0;REVB=0.0088677;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09155e-05;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 79095526 . G A 494.0 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=96;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0141173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.584;QD=20.371;RBI=0.0145685;REFB=-0.0335433;REVB=0.00359776;RO=49;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151286;STB=0.587672;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0257196;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:49:49:47:48:0.494845:21:26:19:30:21:27:19:30 chr1 79095581 . T C 384.14 PASS AF=0.45977;AO=41;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00294557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8411;QD=17.6614;RBI=0.0149037;REFB=-0.0257577;REVB=0.0146097;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680149;STB=0.532856;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0297131;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:47:41:40:0.45977:18:23:22:23:18:22:23:24 chr1 79102726 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0202376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.196;QD=16.8984;RBI=0.0202396;REFB=-0.0107984;REVB=0.000287539;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.631334;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00738503;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:5:5:6:2:5:5:7:2 chr1 79128570 . G GT 399.92 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=-0.0160202;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.178;QD=14.1564;RBI=0.0177679;REFB=-0.032863;REVB=-0.00768444;RO=64;SAF=36;SAR=21;SRF=50;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161531;STB=0.565196;STBP=0.212;TYPE=ins;VARB=0.0360871;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504425:57:121:57:113:56:36:21:42:14:99:64:36:21:50:14 chr1 79392756 . C A 804.53 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.644;QD=64.3625;RBI=0.058551;REFB=0;REVB=0.0539637;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978594;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:42:50:1:14:28:0:0:18:32:0:0 chr1 82421596 . C T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.208;QD=56.9478;RBI=0.0320986;REFB=-0.130855;REVB=0.00603312;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00429769;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:32:36:0.972973:8:24:0:0:12:24:1:0 chr1 82452681 . A G 206.11 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.035377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7455;QD=13.0863;RBI=0.0357829;REFB=-0.0226219;REVB=0.00537425;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1183;STB=0.567753;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0270181;OID=.;OPOS=82452681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:17:21:11:14:17:21 chr1 82457662 . G A 1349.75 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0326582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.29;QD=59.9887;RBI=0.0469249;REFB=0.0201728;REVB=-0.0336955;RO=2;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00192915;STB=0.501018;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00101982;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:2:2:88:88:0.977778:40:48:1:1:40:48:1:1 chr1 84335412 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.995;QD=58.061;RBI=0.00965784;REFB=0;REVB=-0.00286367;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32419e-06;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:20:41:0:0:20:41:0:0 chr1 84640691 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.982;QD=43.4862;RBI=0.048185;REFB=0;REVB=0.0481363;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214003;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 84810815 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.759;QD=58.5872;RBI=0.0338809;REFB=0;REVB=0.0108833;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149154;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr1 84853957 . A T 1306.15 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6439;QD=60.7511;RBI=0.120381;REFB=-0.0529633;REVB=0.119413;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.507935;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00144311;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:31:54:0:0:31:54:0:1 chr1 84864256 . G A,C 752.86 PASS AF=0.102041,0.897959;AO=4,44;DP=48;FAO=5,44;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892168,-0.00525103;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.159,79.1319;QD=61.4578;RBI=0.0436899,0.0214484;REFB=0,0;REVB=-0.0427693,0.0207957;RO=0;SAF=2,20;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0740898,-0.00247162;OID=.,.;OPOS=84864256,84864256;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:48:49:0:0:4,44:5,44:0.102041,0.897959:2,24:2,20:0:0:2,24:3,20:0:0 chr1 84867610 . G A 261.89 PASS AF=0.518519;AO=23;DP=51;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00529849;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.364;QD=19.3996;RBI=0.0172893;REFB=-0.0231226;REVB=0.0164573;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880988;STB=0.501329;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019082;OID=.;OPOS=84867610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:27:26:23:28:0.518519:9:14:14:13:13:15:14:12 chr1 84880380 . T C 578.11 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0503039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8827;QD=56.401;RBI=0.0585261;REFB=-0.103394;REVB=0.0299135;RO=2;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845566;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00633063;OID=.;OPOS=84880380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:41:2:1:39:40:0.97561:23:16:1:1:23:17:0:1 chr1 85009894 . A G 246.01 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00675417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.87;QD=11.1824;RBI=0.00843033;REFB=-0.000762905;REVB=-0.00504496;RO=57;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141737;STB=0.501542;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00150268;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:13:17:33:24:13:17:33:25 chr1 85016177 . A G 1587.56 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.223;QD=64.144;RBI=0.0385448;REFB=0;REVB=0.0129087;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89263e-05;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr1 85031630 . G A 4114.73 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026047;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.922;QD=62.1091;RBI=0.0345962;REFB=0;REVB=0.0227695;RO=0;SAF=141;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14941e-05;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:261:265:0:0:261:265:1:120:141:0:0:122:143:0:0 chr1 85039893 . G A 393.26 PASS AF=0.331081;AO=39;DP=138;FAO=49;FDP=148;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.00901195;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.751;QD=10.6285;RBI=0.0126439;REFB=-0.0205964;REVB=-0.0088686;RO=99;SAF=25;SAR=14;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834508;STB=0.586703;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0467203;OID=.;OPOS=85039893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:148:99:99:39:49:0.331081:14:25:57:42:15:34:57:42 chr1 85039954 . AG A,AA 727.81 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=8,44;DP=52;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=4,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724889,0.0776875;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.002,229.849;QD=55.9853;RBI=0.0799912,0.0843452;REFB=0,0;REVB=0.0338225,0.0328446;RO=0;SAF=3,23;SAR=5,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0115518,0.000713483;OID=.,.;OPOS=85039955,85039955;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:8,44:52:4,48:52:0:0,26:4,22:0:0:10:0:3,23:5,21:0:0 chr1 85039998 . CGCAGCGCCA C 40.16 PASS AF=0.3;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0265635;FXX=0.130378;HRUN=1;LEN=9;MLLD=274.656;QD=8.0315;RBI=0.0270851;REFB=-0.0194971;REVB=-0.00528999;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.53115;STBP=0.918;TYPE=del;VARB=0.0522026;OID=.;OPOS=85039999;OREF=GCAGCGCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:15:6:20:14:1:5:2:12:40:7:1:5:2:5 chr1 85113203 . T C 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00470866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.399;QD=15.9464;RBI=0.0061143;REFB=-0.00349516;REVB=0.0039004;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602163;STB=0.533961;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00433822;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:14:22:26:21:14:22:26:21 chr1 85113229 . A G 274.21 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00294014;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.243;QD=15.0254;RBI=0.0111863;REFB=0.0141535;REVB=-0.010793;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152511;STB=0.586561;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0133515;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:11:20:21:21:11:20:21:21 chr1 85121255 . A G 477.01 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0493438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.232;QD=16.8854;RBI=0.0494111;REFB=-0.00670542;REVB=-0.00257684;RO=61;SAF=25;SAR=27;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085146;STB=0.547365;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00817418;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:27:25:24:37:27:25:24:37 chr1 85488030 . G A 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1987;QD=61.3314;RBI=0.0621351;REFB=0;REVB=-0.0427201;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42074e-05;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 85559452 . A G 476.27 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0258765;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5788;QD=16.5658;RBI=0.0265613;REFB=-0.0333457;REVB=-0.00599262;RO=63;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265287;STB=0.514791;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0424258;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:63:63:52:52:0.452174:22:30:38:25:22:30:38:25 chr1 85594466 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00429472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.062;QD=12.3291;RBI=0.00434644;REFB=-0.0087061;REVB=0.000668561;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.558029;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.018375;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:3:8:10:6:3:8:11:6 chr1 85599563 . A C 231.93 PASS AF=0.55;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.127727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1334;QD=23.1933;RBI=0.129802;REFB=0.00110447;REVB=-0.023118;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593334;STB=0.514838;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000562702;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:18:20:22:0.55:8:12:12:6:8:14:12:6 chr1 85624549 . C T 1106.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.809;QD=59.8232;RBI=0.00752425;REFB=0;REVB=0.00696515;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77137e-06;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr1 85624864 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.858;QD=58.9627;RBI=0.013661;REFB=0;REVB=0.00764263;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28604e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr1 85648620 . C T 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.95;QD=56.9476;RBI=0.0377261;REFB=0;REVB=0.0247093;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08191e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr1 85666156 . T G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.651;QD=61.0484;RBI=0.0245902;REFB=0;REVB=-0.0122096;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03427e-05;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr1 85729987 . A G 784.71 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.209;QD=57.0697;RBI=0.0200765;REFB=0;REVB=0.00271392;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48852e-05;OID=.;OPOS=85729987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr1 85733374 . C T 765.01 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4284;QD=51.8654;RBI=0.0222021;REFB=0.0183808;REVB=0.0183437;RO=3;SAF=16;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437413;STB=0.523247;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.0108084;OID=.;OPOS=85733374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:40:16:2:1:40:16:2:1 chr1 85785751 . T C 466.02 PASS AF=0.368421;AO=56;DP=152;FAO=56;FDP=152;FR=.;FRO=96;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=0.00839288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.447;QD=12.2638;RBI=0.0101266;REFB=-0.0173564;REVB=0.00566637;RO=96;SAF=20;SAR=36;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214166;STB=0.512191;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0238494;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:96:96:56:56:0.368421:36:20:36:60:36:20:36:60 chr1 85824449 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00162912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.216;QD=15.839;RBI=0.0531809;REFB=-0.02899;REVB=-0.0531559;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.655356;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.041134;OID=.;OPOS=85824449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:5:2:5:3:5:2 chr1 86202016 . C T 1441.48 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102229;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.317;QD=58.2418;RBI=0.0186667;REFB=-0.0968236;REVB=-0.0156186;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000117576;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:0:1:97:98:0.989899:41:56:0:0:41:57:1:0 chr1 86202102 . C A 442.82 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0239257;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.907;QD=22.4214;RBI=0.0247915;REFB=-0.0210314;REVB=-0.00649455;RO=35;SAF=29;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316769;STB=0.668756;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0242986;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:14:29:10:25:14:29:11:25 chr1 86249206 . T C 238.54 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0344092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.273;QD=16.4509;RBI=0.0350351;REFB=-0.00913486;REVB=-0.0065929;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240421;STB=0.506591;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0128406;OID=.;OPOS=86249206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:31:26:27:0.465517:11:15:16:13:11:16:18:13 chr1 86375654 . C G 1008.13 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.657;QD=59.3015;RBI=0.031766;REFB=0;REVB=0.0063269;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09252e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr1 86487981 . G A 1069.35 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267968;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.846;QD=60.245;RBI=0.0328259;REFB=0;REVB=0.0189597;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44884e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:34:35:0:0:36:35:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 484.12 PASS AF=0.709677;AO=41;DP=64;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0019637;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.004;QD=31.2332;RBI=0.0185046;REFB=-0.0681214;REVB=0.0184001;RO=19;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303519;STB=0.651095;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0182594;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.709677:41:64:44:62:18:16:28:16:2:99:19:15:26:17:2 chr1 86557967 . G A 289.76 PASS AF=0.54;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0177438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.92;QD=23.181;RBI=0.0438819;REFB=-0.0151526;REVB=-0.0401345;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394213;STB=0.51514;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0084912;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:26:27:0.54:9:17:16:7:9:18:16:7 chr1 86590915 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.186;QD=57.0007;RBI=0.0226789;REFB=0;REVB=0.0222169;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5022e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:19:35:0:0 chr1 86591563 . T C 371.64 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0118501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.624;QD=17.4889;RBI=0.0493544;REFB=-0.0100531;REVB=0.0479107;RO=45;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335876;STB=0.513641;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.013706;OID=.;OPOS=86591563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:46:39:39:0.458824:16:23:25:20:16:23:26:20 chr1 86622060 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00418169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.999;QD=14.2309;RBI=0.0109182;REFB=-0.0218522;REVB=-0.0100856;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256517;STB=0.647019;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0301181;OID=.;OPOS=86622060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:7:19:18:18:7:19:18:18 chr1 86818572 . T C 788.87 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493092;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.899;QD=64.3975;RBI=0.0690945;REFB=0;REVB=0.048401;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189212;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr1 86820267 . C T 1438.36 PASS AF=0.989247;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.432;QD=61.8648;RBI=0.0427317;REFB=-0.051136;REVB=-0.0390364;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00203675;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:93:92:0.989247:43:50:0:0:43:49:1:0 chr1 86822204 . C T 288.39 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0608787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6136;QD=16.4791;RBI=0.0782369;REFB=-0.0329717;REVB=0.0491406;RO=37;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349143;STB=0.526063;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0350136;OID=.;OPOS=86822204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:15:17:21:16:15:17:22:16 chr1 86838158 . C T 4437.69 PASS AF=1;AO=277;DP=280;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785557;FXX=0.0105259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.616;QD=62.946;RBI=0.0143898;REFB=-0.0391372;REVB=-0.0120564;RO=0;SAF=182;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93666e-05;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:280:282:0:0:277:282:1:95:182:0:0:96:186:0:0 chr1 86847955 . G A 310.96 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=108;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0112353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.635;QD=11.3077;RBI=0.0385817;REFB=-0.012175;REVB=-0.0369096;RO=69;SAF=25;SAR=13;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206531;STB=0.633471;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0290602;OID=.;OPOS=86847955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:69:71:38:39:0.354545:13:25:33:36:13:26:33:38 chr1 86852621 . A G 679.45 PASS AF=0.485714;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00225974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.905;QD=19.4129;RBI=0.0148195;REFB=-0.0361452;REVB=-0.0146462;RO=72;SAF=42;SAR=26;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642529;STB=0.503551;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0287214;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:72:72:68:68:0.485714:26:42:44:28:26:42:44:28 chr1 86913265 . C T 332.58 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0675719;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9606;QD=15.837;RBI=0.0679794;REFB=-0.0144596;REVB=0.00743163;RO=47;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748761;STB=0.535695;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.018764;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:18:18:27:20:18:18:27:21 chr1 86920904 . A G 586.23 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.00781859;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.191;QD=16.284;RBI=0.00806743;REFB=-0.0167356;REVB=0.00198824;RO=82;SAF=38;SAR=24;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973236;STB=0.505441;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0241246;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:82:82:62:62:0.430556:24:38:51:31:24:38:51:31 chr1 86939130 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.818;QD=61.6839;RBI=0.0523112;REFB=0;REVB=0.0516715;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001211;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 86947975 . A T 688.61 PASS AF=0.621359;AO=62;DP=102;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0578566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2333;QD=26.742;RBI=0.0792601;REFB=0.0225558;REVB=0.0541736;RO=40;SAF=36;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590459;STB=0.525139;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0131165;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:40:39:62:64:0.621359:26:36:20:20:27:37:20:19 chr1 86952324 . A G 1388.04 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0256224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8049;QD=54.9719;RBI=0.0454135;REFB=-0.159352;REVB=0.037495;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500613;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00429301;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:0:4:97:97:0.960396:50:47:0:0:50:47:2:2 chr1 86959173 . T C 2645.68 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501975;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.158;QD=61.8872;RBI=0.0156447;REFB=-0.0983247;REVB=-0.0148175;RO=0;SAF=103;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51508e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:171:0:0:171:171:1:68:103:0:0:68:103:0:0 chr1 86965419 . T C 380.43 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00407217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.677;QD=19.5094;RBI=0.0434152;REFB=-0.0193413;REVB=-0.0432238;RO=39;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106082;STB=0.551155;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0197597;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:39:39:38:39:0.5:21:17:22:17:21:18:22:17 chr1 86965595 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00883838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.37;QD=18.6358;RBI=0.0192091;REFB=-0.00791527;REVB=-0.017055;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00382184;OID=.;OPOS=86965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:7:9:7:9:7:9 chr1 87031656 . A C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.026871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.873;QD=13.4412;RBI=0.0343026;REFB=-0.0144791;REVB=0.0213218;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370123;STB=0.717521;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0166785;OID=.;OPOS=87031656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:4:9:3:7:4:9 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 174.25 PASS AF=0.461538,0;AO=15,2;DP=41;FAO=18,0;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0237861,-0.0197435;FXX=0.0487686;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=260.979,159.487;QD=17.8715;RBI=0.0246106,0.0305886;REFB=-0.0189766,-0.0134818;REVB=0.0063168,-0.0233635;RO=21;SAF=8,2;SAR=7,0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00960055,0.494107;STB=0.517222,0.5;STBP=0.841,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0215894,0;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538,0:15,2:41:18,0:39:21:10,0:8,0:11:10:99:21:8,2:7,0:11:10 chr1 87101375 . C G 97.46 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0170411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.381;QD=16.2429;RBI=0.0405587;REFB=-0.0186873;REVB=-0.036805;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336685;STB=0.661906;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00795874;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:23:24:12:12:11:12:0.5:4:7:3:9:5:7:3:9 chr1 87101649 . T C 447.9 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00409321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.882;QD=23.8878;RBI=0.0333615;REFB=-0.0102069;REVB=0.0331094;RO=32;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697735;STB=0.5383;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0128214;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:19:24:15:17:19:24:15:17 chr1 87599697 . G A 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000594319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=15.9135;RBI=0.00419226;REFB=-0.0166949;REVB=0.00414992;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118328;STB=0.559282;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0207722;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:20:16:17:13:20:17 chr1 89225976 . T C 247.24 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0352987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8843;QD=13.7355;RBI=0.0822053;REFB=-0.000514125;REVB=0.0742409;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985579;STB=0.505614;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00291326;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:30:13:9:20:30:13 chr1 89271574 . T C 287.2 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0277582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.894;QD=24.9742;RBI=0.0574305;REFB=-0.0211134;REVB=0.0502767;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214971;STB=0.511936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0130127;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:11:9:11:15:11:9 chr1 89301123 . C T 338.47 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0307355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9581;QD=13.2732;RBI=0.0388715;REFB=0.00625705;REVB=-0.0237975;RO=62;SAF=23;SAR=17;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463855;STB=0.526355;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0102446;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:17:23:33:29:17:23:33:29 chr1 89322982 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.78;QD=59.0186;RBI=0.0645971;REFB=0;REVB=0.0147625;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175744;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 89426902 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.772;QD=58.4188;RBI=0.00885679;REFB=0;REVB=-0.00870831;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26582e-05;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 89478868 . G A 664.76 PASS AF=0.482014;AO=66;DP=138;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0105691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.988;QD=19.1298;RBI=0.017241;REFB=-0.00973594;REVB=0.0136216;RO=71;SAF=37;SAR=29;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768645;STB=0.541529;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00821912;OID=.;OPOS=89478868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:71:72:66:67:0.482014:29:37:34:37:30:37:34:38 chr1 89479063 . G A 556.38 PASS AF=0.417219;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=151;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0229822;FXX=0.013071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.268;QD=14.7384;RBI=0.0247524;REFB=-0.00889149;REVB=0.00919221;RO=88;SAF=26;SAR=37;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917922;STB=0.551517;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.011169;OID=.;OPOS=89479063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:88:88:63:63:0.417219:37:26:44:44:37:26:44:44 chr1 89479074 . C T 406.83 PASS AF=0.385827;AO=46;DP=125;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.000349691;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.353;QD=12.8136;RBI=0.00924196;REFB=-0.00962355;REVB=-0.00923534;RO=70;SAF=19;SAR=27;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138736;STB=0.541418;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0276973;OID=.;OPOS=89479074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:70:78:46:49:0.385827:27:19:38:32:29:20:37:41 chr1 89479758 . T C 409.14 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00498161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.649;QD=17.9839;RBI=0.014548;REFB=-0.0256564;REVB=0.0136685;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210894;STB=0.617396;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0310353;OID=.;OPOS=89479758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:23:19:33:16:23:19:33:16 chr1 89486037 . C T 230.55 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0625053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1562;QD=23.0552;RBI=0.0629379;REFB=-0.0343158;REVB=0.00736657;RO=18;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686566;STB=0.538426;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0290593;OID=.;OPOS=89486037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:8:14:10:8:8:14:10:8 chr1 89518623 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.326;QD=58.7815;RBI=0.00818917;REFB=0;REVB=-0.00174862;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75065e-06;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr1 89522646 . G C 285.95 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=122;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=21;FWDB=-0.0121348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.386;QD=9.37546;RBI=0.0138353;REFB=-0.0128286;REVB=-0.00664551;RO=80;SAF=22;SAR=16;SRF=59;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198861;STB=0.625515;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0274512;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:84:38:38:0.311475:16:22:59:21:16:22:63:21 chr1 89579941 . T C 1055.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.505;QD=59.4464;RBI=0.0367752;REFB=0;REVB=-0.0323075;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67381e-05;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:24:46:0:0:24:47:0:0 chr1 89582690 . G C 1828.32 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139997;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.273;QD=60.4405;RBI=0.0148151;REFB=-0.129911;REVB=-0.0048474;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075998;STB=0.503936;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000271776;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:119:120:0.991736:57:62:1:0:57:63:1:0 chr1 89637487 . C G 808.51 PASS AF=0.440415;AO=84;DP=192;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=-0.0224154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3907;QD=16.7567;RBI=0.0226353;REFB=-0.0159885;REVB=0.00314803;RO=108;SAF=44;SAR=40;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699701;STB=0.535618;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0160383;OID=.;OPOS=89637487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:108:108:84:85:0.440415:40:44:64:44:40:45:64:44 chr1 89637578 . G A 1568.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.48;QD=64.0179;RBI=0.0422543;REFB=0;REVB=0.0422096;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70302e-05;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr1 89652071 . TC CT 47.08 PASS AF=0.123288;AO=26;DP=89;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0398488;FXX=0.179755;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.0767;QD=2.57949;RBI=0.0471324;REFB=-0.0357992;REVB=0.0251701;RO=61;SAF=5;SAR=21;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526664;STB=0.833142;STBP=0.045;TYPE=mnp;VARB=0.0266163;OID=.;OPOS=89652071;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:89:73:61:64:26:9:0.123288:21:5:39:22:7:2:41:23 chr1 89652078 . A T 227.3 PASS AF=0.298969;AO=29;DP=97;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.03263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.876;QD=9.37337;RBI=0.0331428;REFB=-0.00801335;REVB=0.00580804;RO=65;SAF=8;SAR=21;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39633;STB=0.744103;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0210652;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:68:29:29:0.298969:21:8:40:25:21:8:43:25 chr1 89652087 . CC TG 215.93 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=94;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0142169;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=121.695;QD=8.99696;RBI=0.0413398;REFB=-0.00644682;REVB=-0.0388183;RO=66;SAF=7;SAR=21;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4785;STB=0.772539;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0142212;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:66:68:28:28:0.291667:21:7:44:22:21:7:44:24 chr1 89652090 . T G 203.37 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=96;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00593378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3775;QD=8.38625;RBI=0.012306;REFB=-0.00506175;REVB=0.0107809;RO=69;SAF=7;SAR=20;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431859;STB=0.759872;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00933661;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:69:70:27:27:0.278351:20:7:43:26:20:7:44:26 chr1 89652094 . G A 226.14 PASS AF=0.292929;AO=29;DP=99;FAO=29;FDP=99;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0242884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.108;QD=9.13705;RBI=0.0246957;REFB=-0.00510663;REVB=0.00446633;RO=70;SAF=9;SAR=20;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372204;STB=0.718985;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0140028;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:70:29:29:0.292929:20:9:44:26:20:9:44:26 chr1 89652097 . C T 228.0 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0192447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.568;QD=9.50013;RBI=0.0193271;REFB=-0.00612928;REVB=0.00178255;RO=65;SAF=9;SAR=20;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400188;STB=0.732397;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0186169;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:67:29:29:0.302083:20:9:43:22:20:9:44:23 chr1 89652102 . A T 238.27 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=98;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0108005;FXX=0.049995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.197;QD=10.0322;RBI=0.011438;REFB=-0.00383587;REVB=0.00376526;RO=67;SAF=8;SAR=20;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413799;STB=0.729913;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0123049;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:67:65:28:30:0.315789:20:8:43:24:21:9:42:23 chr1 89732237 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0219574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.303;QD=18.4948;RBI=0.025327;REFB=-0.0134961;REVB=-0.0126227;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289079;STB=0.659107;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0148563;OID=.;OPOS=89732237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:13:17:26:4:13:17:26:4 chr1 90171835 . C T 728.7 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9755;QD=57.1532;RBI=0.0799184;REFB=0;REVB=-0.0790753;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736677;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr1 90178743 . A G 305.6 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7878;QD=53.1479;RBI=0.169662;REFB=0;REVB=-0.153344;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197539;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 90179704 . A G 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00506839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.359;QD=20.095;RBI=0.00858183;REFB=-0.0204946;REVB=0.00692526;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684327;STB=0.543457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0179011;OID=.;OPOS=90179704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:41:41:0.506173:20:21:23:16:20:21:24:16 chr1 90486412 . T G 2249.29 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0293097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.737;QD=61.2053;RBI=0.0309838;REFB=-0.0433555;REVB=0.0100467;RO=2;SAF=89;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105658;STB=0.508286;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.000215415;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:2:3:144:144:0.979592:55:89:2:0:55:89:3:0 chr1 90493026 . G A 238.51 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3307;QD=50.2132;RBI=0.0898015;REFB=0;REVB=-0.000137705;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273314;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:15:4:0:0 chr1 91381679 . G A 52.28 PASS AF=0.242424;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0180302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.601;QD=6.33722;RBI=0.0425577;REFB=0.0020952;REVB=-0.0385495;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571423;STB=0.565864;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00729338;OID=.;OPOS=91381679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:33:24:25:6:8:0.242424:2:4:17:7:2:6:17:8 chr1 91728053 . G A 754.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.24;QD=56.92;RBI=0.01388;REFB=0;REVB=0.0128189;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26679e-05;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr1 91781413 . T G 1728.4 PASS AF=0.991525;AO=114;DP=117;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.100394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.177;QD=58.5897;RBI=0.108411;REFB=-0.133367;REVB=0.0409134;RO=2;SAF=63;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148345;STB=0.504854;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0015879;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:118:2:1:114:117:0.991525:51:63:2:0:51:66:0:1 chr1 91851253 . T C 564.31 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336737;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.457;QD=57.8777;RBI=0.0387966;REFB=-0.0591233;REVB=0.0192681;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=6.65768e-05;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:0:1:38:38:0.974359:22:16:0:0:22:16:0:1 chr1 91853111 . A C 6021.22 PASS AF=0.987245;AO=374;DP=390;FAO=387;FDP=392;FR=.;FRO=5;FSAF=242;FSAR=145;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0222786;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5815;QD=61.4411;RBI=0.0323085;REFB=0.0607314;REVB=0.0233989;RO=2;SAF=233;SAR=141;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00132859;STB=0.50238;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00282484;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:390:392:2:5:374:387:0.987245:141:233:1:1:145:242:4:1 chr1 91859795 . T C 1314.13 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7878;QD=61.1225;RBI=0.0759665;REFB=0;REVB=0.0525193;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192334;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:84:86:1:47:37:0:1:49:37:0:0 chr1 91870410 . G C 538.3 PASS AF=0.353261;AO=65;DP=184;FAO=65;FDP=184;FR=.;FRO=119;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=-0.0822011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.581;QD=11.7023;RBI=0.0822501;REFB=-0.019282;REVB=0.00283711;RO=119;SAF=36;SAR=29;SRF=77;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108687;STB=0.561785;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0298233;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:119:119:65:65:0.353261:29:36:77:42:29:36:77:42 chr1 91980447 . A G 464.42 PASS AF=0.5625;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00148888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.074;QD=23.221;RBI=0.0111732;REFB=0.00809966;REVB=-0.0110736;RO=35;SAF=33;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941759;STB=0.540965;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00611769;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:35:44:45:0.5625:11:33:23:12:12:33:23:12 chr1 92107937 . C T 1094.52 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3632;QD=58.3744;RBI=0.0468177;REFB=0;REVB=0.0434162;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646422;OID=.;OPOS=92107937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:75:0:0:66:75:1:26:40:0:0:30:45:0:0 chr1 92108119 . A G 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0595668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8106;QD=52.7647;RBI=0.0966853;REFB=-0.086165;REVB=0.0761567;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00449532;OID=.;OPOS=92108119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:1:0:18:10:1:0 chr1 92108899 . C T 712.96 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799716;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.63;QD=63.3739;RBI=0.00895505;REFB=0;REVB=0.00402967;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191628;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr1 92174260 . A G 442.77 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0372613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.961;QD=22.7064;RBI=0.039055;REFB=-0.00310863;REVB=-0.0116999;RO=32;SAF=11;SAR=32;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113694;STB=0.563845;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00217224;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:35:43:43:0.551282:32:11:12:20:32:11:13:22 chr1 92185657 . C T 1036.78 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.292;QD=56.81;RBI=0.0268948;REFB=-0.139026;REVB=-0.0230224;RO=2;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410732;STB=0.502172;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000258483;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:30:41:1:1:30:41:1:1 chr1 92262874 . T C 606.65 PASS AF=0.561224;AO=53;DP=96;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0220107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.764;QD=24.7611;RBI=0.023195;REFB=-0.0119598;REVB=-0.00731673;RO=43;SAF=30;SAR=23;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157522;STB=0.591683;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.011753;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:43:43:53:55:0.561224:23:30:16:27:23:32:16:27 chr1 92295565 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.782;QD=39.2067;RBI=0.024562;REFB=0;REVB=0.00691933;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275478;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 92327045 . G A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0135357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9776;QD=23.1629;RBI=0.0141166;REFB=0.00788051;REVB=0.00400767;RO=23;SAF=21;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264621;STB=0.649356;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00665577;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:5:21:13:10:5:21:13:10 chr1 92428495 . C A 1649.55 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.498;QD=59.9835;RBI=0.0232017;REFB=0;REVB=0.0208493;RO=0;SAF=70;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97471e-05;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:38:70:0:0:40:70:0:0 chr1 92457843 . C T 1612.59 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249384;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.968;QD=60.2836;RBI=0.0278951;REFB=0;REVB=0.0124985;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4095e-05;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr1 92646021 . G A 254.04 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.059;QD=50.808;RBI=0.0551233;REFB=0;REVB=0.0205842;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298617;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:14:20:1:5:9:0:0:5:15:0:0 chr1 92647223 . A G 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.471;QD=45.7993;RBI=0.0349965;REFB=0;REVB=0.0346074;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390815;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 92647532 . C A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9044;QD=56.9348;RBI=0.0499709;REFB=0;REVB=-0.0486881;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136601;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 92889408 . C T 666.53 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0250595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6959;QD=57.9588;RBI=0.045622;REFB=-0.0437283;REVB=-0.0381233;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000976745;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:24:20:1:0:24:20:2:0 chr1 92946479 . G A 296.37 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.083951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7921;QD=49.3957;RBI=0.0852837;REFB=-0.159528;REVB=-0.0150183;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00795912;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:1:0:7:16:1:0 chr1 92974595 . G A 1476.83 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.815;QD=62.1822;RBI=0.0213945;REFB=-0.122574;REVB=-9.22627e-05;RO=1;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886206;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00018688;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:53:40:0:1:54:40:0:1 chr1 92977989 . T A 110.87 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0162726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.719;QD=11.0865;RBI=0.0170215;REFB=-0.0242831;REVB=-0.00499338;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577501;STB=0.549925;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0592289;OID=.;OPOS=92977989;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:26:13:14:0.35:3:10:19:7:3:11:19:7 chr1 92979124 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0727;QD=40.7628;RBI=0.10226;REFB=0;REVB=0.0651032;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000730999;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 92979354 . A G 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.699;QD=60.5956;RBI=0.00714752;REFB=0;REVB=0.00359992;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21955e-05;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr1 93089823 . T C 906.0 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1343;QD=56.625;RBI=0.0495458;REFB=-0.131557;REVB=0.0387552;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00327527;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:0:1:27:36:0:1 chr1 93160892 . C T 33.83 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00420475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0453;QD=7.12131;RBI=0.0417598;REFB=-0.00450883;REVB=-0.0415476;RO=11;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247279;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0240875;OID=.;OPOS=93160892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:19:11:13:5:6:0.315789:3:2:7:4:3:3:9:4 chr1 93160902 . T C 171.98 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529669;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3066;QD=42.9949;RBI=0.0804462;REFB=0.102871;REVB=0.0605483;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00229954;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:0:1:15:15:0.9375:6:9:0:0:6:9:1:0 chr1 93306317 . G A 1219.15 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00930865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5855;QD=58.7543;RBI=0.0616414;REFB=-0.097012;REVB=0.0609345;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126256;STB=0.501049;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00220888;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:37:44:0:1:37:44:1:1 chr1 93307908 . T A 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.329;QD=56.9362;RBI=0.0195174;REFB=0;REVB=0.0193021;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32156e-05;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 93580581 . G C 1197.97 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.818;QD=60.6567;RBI=0.0713144;REFB=0;REVB=0.0713007;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133315;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:26:50:0:0:28:51:0:0 chr1 93581024 . T C 200.16 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0336918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.42;QD=20.0161;RBI=0.0338711;REFB=-0.0401192;REVB=0.00348102;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160749;STB=0.52904;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0394074;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:20:19:20:0.5:5:14:13:5:6:14:13:7 chr1 93603183 . C CAT,T 131.7 PASS AF=0.27451,0.0588235;AO=14,4;DP=51;FAO=14,3;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9,1;FSAR=5,2;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0267823,-0.0480111;FXX=0.0192271;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=124.821,48.8169;QD=10.3291;RBI=0.0948802,0.208834;REFB=-0.0270355,-0.0110356;REVB=-0.0910218,-0.20324;RO=33;SAF=9,1;SAR=5,3;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.045683,-0.379481;STB=0.562409,0.70046;STBP=0.585,0.555;TYPE=ins,snp;VARB=0.0730397,0.0694938;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:14,4:14,3:0.27451,0.0588235:5,3:9,1:20:13:5,2:9,1:19:15 chr1 93617546 . T C 932.92 PASS AF=0.970149;AO=66;DP=68;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0664454;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9526;QD=55.6966;RBI=0.0832425;REFB=-0.0929836;REVB=0.0501429;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.501154;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00377001;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:67:1:2:66:65:0.970149:36:30:0:1:35:30:1:1 chr1 93620393 . G A 50.76 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00719497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.617;QD=9.22829;RBI=0.0191909;REFB=-0.00188697;REVB=-0.0177911;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00572783;OID=.;OPOS=93620393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:22:22:12:14:7:8:0.363636:4:3:8:4:4:4:10:4 chr1 93646207 . T C 110.65 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0246421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1388;QD=26.0362;RBI=0.048684;REFB=-0.0356809;REVB=-0.041987;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.521702;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0151123;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:2:3:8:4:2:3 chr1 93646433 . T C 144.08 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000297305;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.289;QD=14.4084;RBI=0.00665298;REFB=-0.0164905;REVB=-0.00664633;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978192;STB=0.574908;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0211127;OID=.;OPOS=93646433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:15:16:0.4:8:7:9:15:8:8:9:15 chr1 93672688 . C T 141.4 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00953532;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.955;QD=12.8548;RBI=0.0241607;REFB=-0.0101226;REVB=-0.0221995;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378726;STB=0.714007;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0145236;OID=.;OPOS=93672688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:28:16:16:0.363636:4:12:11:16:4:12:12:16 chr1 93672723 . A C 743.35 PASS AF=0.964286;AO=49;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0281381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.839;QD=53.0967;RBI=0.0404954;REFB=-0.160293;REVB=0.0291226;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501329;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000832331;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:0:2:49:54:0.964286:25:24:0:0:25:29:1:1 chr1 93720070 . C G 413.15 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0047363;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.015;QD=20.9188;RBI=0.00748466;REFB=-0.0139378;REVB=-0.00579548;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169534;STB=0.53824;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0112863;OID=.;OPOS=93720070;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:31:38:41:41:0.518987:16:25:25:6:16:25:26:12 chr1 93851295 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.438;QD=63.5784;RBI=0.0367012;REFB=0;REVB=0.0334432;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024511;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr1 94341267 . A G 238.76 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.012015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.713;QD=14.2545;RBI=0.0169774;REFB=-0.0199344;REVB=-0.0119946;RO=37;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227689;STB=0.642083;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0205782;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:28:28:0.41791:11:17:14:23:11:17:14:25 chr1 94343233 . T C 1641.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.212;QD=60.2541;RBI=0.0207109;REFB=0;REVB=0.0200824;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94892e-05;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:49:60:0:0:49:60:0:0 chr1 94354192 . TA T 30.27 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.146519;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.32216;QD=3.27201;RBI=0.184401;REFB=-0.0793419;REVB=0.111963;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322769;STB=0.647241;STBP=0.426;TYPE=del;VARB=0.116999;OID=.;OPOS=94354193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:9:36:10:37:27:3:7:4:23:30:24:3:6:3:21 chr1 94387597 . C T 591.19 PASS AF=0.469231;AO=54;DP=126;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00617508;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.099;QD=18.1903;RBI=0.00699167;REFB=-0.0149907;REVB=0.00327901;RO=65;SAF=22;SAR=32;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158737;STB=0.549756;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.013258;OID=.;OPOS=94387597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:65:69:54:61:0.469231:32:22:37:28:34:27:37:32 chr1 94471075 . A G 1116.62 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4421;QD=60.358;RBI=0.029121;REFB=0;REVB=0.0287961;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251875;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr1 94544233 . G A 255.64 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00937561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.778;QD=17.9397;RBI=0.0393932;REFB=-0.00348127;REVB=0.0382613;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103193;STB=0.564059;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00464317;OID=.;OPOS=94544233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:11:17:20:8:11:17:21:8 chr1 94544234 . T C 242.25 PASS AF=0.473684;AO=28;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00463736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.765;QD=17.0002;RBI=0.0053232;REFB=0.000949682;REVB=-0.00261368;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987107;STB=0.542824;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0013583;OID=.;OPOS=94544234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:28:27:0.473684:8:20:18:11:8:19:19:11 chr1 94578548 . T C 641.32 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.127;QD=50.2992;RBI=0.219566;REFB=0;REVB=0.048114;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093847;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:51:1:0:43:51:1:28:15:1:0:32:19:0:0 chr1 94578549 . G C 31.27 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.015984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4598;QD=2.40556;RBI=0.0194229;REFB=-0.0476834;REVB=-0.0110346;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458174;STB=0.535092;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0724843;OID=.;OPOS=94578549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:4:2:17:29:4:2:17:29 chr1 94639337 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=391.633;QD=45.8068;RBI=0.0286629;REFB=0;REVB=0.0262447;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43775e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 94639447 . C T 306.06 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.929;QD=53.2272;RBI=0.0219408;REFB=0;REVB=0.00608726;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181418;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr1 94998750 . G A 627.37 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=157;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.0499308;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5064;QD=16.0864;RBI=0.0698125;REFB=0.00426375;REVB=-0.0487924;RO=87;SAF=45;SAR=24;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933691;STB=0.505204;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00461034;OID=.;OPOS=94998750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:87:69:69:0.442308:24:45:56:31:24:45:56:31 chr1 95001600 . A C 1014.48 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.103;QD=58.8104;RBI=0.033085;REFB=0;REVB=0.0127527;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55082e-05;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:69:0:0:64:69:1:30:34:0:0:30:39:0:0 chr1 95330372 . G A 1160.77 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.298;QD=59.5265;RBI=0.0126437;REFB=0;REVB=0.00420231;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390755;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:34:41:0:0:36:42:0:0 chr1 95709821 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6491;QD=59.4335;RBI=0.0839823;REFB=0;REVB=0.0664529;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018323;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr1 95709939 . T G 1190.28 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.274;QD=61.0402;RBI=0.0280218;REFB=0;REVB=0.0216558;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7668e-06;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr1 97189091 . G A 747.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6627;QD=63.6272;RBI=0.0316746;REFB=0;REVB=-0.00826411;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506803;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:26:21:0:0 chr1 98348885 . G A 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.856;QD=64.285;RBI=0.0303859;REFB=0;REVB=0.0303508;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71941e-05;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:48:52:0:0:48:52:0:0 chr1 99127392 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3398;QD=60.2276;RBI=0.0528518;REFB=0;REVB=-0.023446;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00099044;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr1 99225627 . G A 1561.53 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.2;QD=63.7357;RBI=0.0582923;REFB=0;REVB=-0.0177246;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04705e-05;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:93:98:1:45:48:0:0:48:50:0:0 chr1 100203648 . C T 372.87 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0040962;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7134;QD=18.6437;RBI=0.00575655;REFB=-0.0197493;REVB=0.00404462;RO=40;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242474;STB=0.512814;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0220614;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:41:38:39:0.4875:20:18:20:20:20:19:21:20 chr1 100203693 . G A 475.37 PASS AF=0.476636;AO=52;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00508566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3609;QD=17.7709;RBI=0.0126675;REFB=-0.0251716;REVB=0.0116018;RO=55;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421391;STB=0.533125;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0274454;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:52:51:0.476636:26:26:30:25:26:25:31:25 chr1 100327026 . C T 373.02 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0125758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.978;QD=17.7628;RBI=0.0137654;REFB=-0.0112131;REVB=-0.0055977;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781709;STB=0.545431;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.013307;OID=.;OPOS=100327026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:45:39:39:0.464286:24:15:20:23:24:15:21:24 chr1 100336361 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.628;QD=60.5473;RBI=0.00598978;REFB=0;REVB=0.00327819;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06116e-06;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr1 100340787 . G A 174.52 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0523844;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2886;QD=17.8995;RBI=0.0705328;REFB=-0.0185248;REVB=-0.0472308;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970462;STB=0.593118;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0185045;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:21:18:18:0.461538:10:8:12:10:10:8:13:8 chr1 100598866 . GC AT 1034.13 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281803;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.035;QD=59.0933;RBI=0.0337745;REFB=0;REVB=0.0186168;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000141508;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:68:70:1:47:21:0:0:48:22:0:0 chr1 100672060 . T C 2312.04 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285;QD=63.7803;RBI=0.0373499;REFB=0;REVB=0.0352629;RO=0;SAF=72;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00795e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:72:72:0:0:72:73:0:0 chr1 101005855 . T C 238.06 PASS AF=0.353659;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0226163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.261;QD=11.6126;RBI=0.0227297;REFB=-0.0114734;REVB=-0.00226723;RO=53;SAF=18;SAR=10;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245977;STB=0.50134;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0219092;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:28:29:0.353659:10:18:33:20:11:18:33:20 chr1 101006577 . A G 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00288239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.26;QD=11.6207;RBI=0.0186935;REFB=-0.0142609;REVB=0.0184699;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910414;STB=0.553137;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0215242;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:20:15:7:13:20:15 chr1 101007055 . C T 369.65 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0169284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.667;QD=22.4031;RBI=0.0175844;REFB=-0.0115364;REVB=-0.0047583;RO=29;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535501;STB=0.529551;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0113667;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:24:13:12:17:24:13:12:17 chr1 101203827 . G A 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027939;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.169;QD=58.9783;RBI=0.0284854;REFB=0;REVB=0.00555286;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35583e-05;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr1 101440879 . TAAAAAAAG AAAAAAGTA,AAATAAAAG,TAAAAAAG,TTAAAAAAG 53.77 PASS AF=0.0363636,0,0.363636,0;AO=2,2,8,6;DP=57;FAO=2,0,20,0;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=2,0,6,0;FSAR=0,0,14,0;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0156403,-0.0138152,0.152672,0.115096;FXX=0.0677851;HRUN=8,8,7,7;LEN=9,4,1,1;MLLD=52.0414,190.215,6.74611,8.91199;QD=3.91028;RBI=0.0182138,0.0138681,0.182644,0.145856;REFB=-0.0259767,-0.000222655,-0.131282,-0.0677509;REVB=-0.00933402,-0.00121014,-0.10025,-0.0895926;RO=27;SAF=2,2,0,0;SAR=0,0,8,6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.479823,0.479823,-0.728085,-0.684331;STB=0.995462,0.5,0.585685,0.5;STBP=0.102,1,0.367,1;TYPE=mnp,mnp,del,snp;VARB=0.157003,0,0.122547,0.00800532;OID=.,.,.,.;OPOS=101440879,101440879,101440880,101440880;OREF=TAAAAAAAG,TAAA,A,A;OALT=AAAAAAGTA,AAAT,-,T;OMAPALT=AAAAAAGTA,AAATAAAAG,TAAAAAAG,TTAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:46:57:55:27:33:2,2,8,6:2,0,20,0:0.0363636,0,0.363636,0:0,0,8,6:2,2,0,0:13:14:0,0,14,0:2,0,6,0:14:19 chr1 103354115 . T C 362.54 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0799679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0216;QD=12.1862;RBI=0.0802603;REFB=0.0106398;REVB=0.00684466;RO=75;SAF=20;SAR=24;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116092;STB=0.56618;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.016791;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:75:75:44:44:0.369748:24:20:42:33:24:20:42:33 chr1 103405892 . G A 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00496042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4611;QD=14.7343;RBI=0.0220325;REFB=-0.0131251;REVB=-0.0214668;RO=36;SAF=6;SAR=21;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478884;STB=0.772039;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00812212;OID=.;OPOS=103405892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:21:6:25:11:21:6:25:11 chr1 103444679 . T G 842.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.639;QD=54.3556;RBI=0.0301316;REFB=0.0987947;REVB=0.0190374;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101517;STB=0.500538;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000779174;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:29:31:1:1:29:31:1:1 chr1 107600869 . G A 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00640262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.3;QD=17.5365;RBI=0.0105856;REFB=-0.0156418;REVB=-0.00842982;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248044;STB=0.513881;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0147486;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:20:18:17:17:20:18 chr1 107979396 . A C 2313.9 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=156;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000545349;FXX=0.0251557;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.27;QD=59.7136;RBI=0.0376248;REFB=-0.0517482;REVB=0.0376209;RO=2;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144095;STB=0.507575;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000170463;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:156:155:2:2:153:153:0.987097:65:88:0:2:65:88:0:2 chr1 108023589 . A C 84.65 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0172876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.72;QD=10.9231;RBI=0.0246516;REFB=-0.0396244;REVB=0.0175738;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358412;STB=0.657925;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0763622;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:16:20:11:11:0.354839:3:8:6:10:3:8:10:10 chr1 108113526 . C G 134.57 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778663;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7752;QD=44.8569;RBI=0.096871;REFB=0;REVB=0.0576267;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0065578;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 108113856 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.594;QD=57.7118;RBI=0.0106694;REFB=0;REVB=0.0105747;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33818e-05;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr1 108113865 . G A 880.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.063;QD=56.8121;RBI=0.0291271;REFB=0;REVB=-0.0281904;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184907;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:25:34:0:0:25:37:0:0 chr1 108115145 . T C 1372.44 PASS AF=0.988889;AO=80;DP=81;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4076;QD=60.9975;RBI=0.0794646;REFB=-0.0906709;REVB=0.0775441;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126242;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0017101;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:90:1:1:80:89:0.988889:43:37:1:0:51:38:1:0 chr1 108185301 . C G 367.27 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0208076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.298;QD=16.5065;RBI=0.0236885;REFB=-0.00408229;REVB=-0.0113221;RO=50;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104154;STB=0.558539;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0168131;OID=.;OPOS=108185301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:22:17:27:23:22:17:27:23 chr1 108185309 . G A 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0102157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.031;QD=17.7372;RBI=0.0174333;REFB=-0.00282205;REVB=-0.0141265;RO=50;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108558;STB=0.560719;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0028421;OID=.;OPOS=108185309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:24:18:27:23:24:18:27:23 chr1 108313258 . C T 179.94 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00705288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6908;QD=11.0729;RBI=0.0217905;REFB=-0.0117364;REVB=0.0206176;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952072;STB=0.555506;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0123515;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:8:15:24:18:8:15:24:18 chr1 108771721 . T C 189.33 PASS AF=0.218978;AO=29;DP=137;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.0562562;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=5.5279;RBI=0.0570967;REFB=-0.0055658;REVB=-0.0097608;RO=108;SAF=17;SAR=12;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223941;STB=0.626534;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0252697;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:108:107:29:30:0.218978:12:17:44:64:13:17:43:64 chr1 109010230 . G A 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00777716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.359;QD=11.0819;RBI=0.00818786;REFB=-0.0109721;REVB=0.00256066;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463687;STB=0.527002;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0252231;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:9:13:22:18:9:13:22:18 chr1 109013193 . ATTTTTTTTCT ATTTTTTTCT,ATTTTTTTCTC,ATTTTTTTCTT 33.7 PASS AF=0.275862,0,0.0689655;AO=7,2,2;DP=30;FAO=8,0,2;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4,0,2;FSAR=4,0,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.125028,0.0618289,0.0457148;FXX=0.0333222;HRUN=8,8,8;LEN=1,3,2;MLLD=6.71109,18.8601,19.431;QD=4.64869;RBI=0.154232,0.16953,0.167827;REFB=-0.085521,-0.0470187,-0.0467426;REVB=-0.0903074,-0.157853,-0.161481;RO=12;SAF=2,0,2;SAR=5,2,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.311223,-0.593836,0.532086;STB=0.555418,0.5,0.99527;STBP=0.726,1,0.108;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0604849,0,0.103847;OID=.,.,.;OPOS=109013194,109013201,109013201;OREF=T,TCT,TC;OALT=-,CTC,CT;OMAPALT=ATTTTTTTCT,ATTTTTTTCTC,ATTTTTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0,0.0689655:7,2,2:30:8,0,2:29:19:4,0,2:4,0,0:8:11:23:12:2,0,2:5,2,0:7:5 chr1 109172200 . T C 398.71 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00133068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.985;QD=14.368;RBI=0.0591753;REFB=-0.0028418;REVB=0.0591604;RO=64;SAF=21;SAR=25;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156954;STB=0.583395;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00573048;OID=.;OPOS=109172200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:64:65:46:46:0.414414:25:21:39:25:25:21:39:26 chr1 109173710 . G A 282.95 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0287659;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2359;QD=19.5138;RBI=0.0382291;REFB=-0.0510604;REVB=-0.0251791;RO=28;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894969;STB=0.531624;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0246031;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:10:20:16:12:10:20:17:11 chr1 109265029 . G T 1806.06 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105039;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6669;QD=61.2224;RBI=0.0109836;REFB=0;REVB=0.00321032;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369468;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:54:64:0:0:54:64:0:0 chr1 109268441 . G A 1607.58 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2409;QD=64.3033;RBI=0.0520157;REFB=0;REVB=0.0248788;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342274;OID=.;OPOS=109268441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr1 109268573 . T C 1260.49 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.759;QD=60.7463;RBI=0.107549;REFB=0;REVB=0.0390021;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765291;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:1:0:81:83:1:40:41:1:0:40:43:0:0 chr1 109273456 . A G 466.35 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.05;QD=58.2939;RBI=0.163199;REFB=0;REVB=0.0567949;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787611;OID=.;OPOS=109273456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:30:32:1:24:6:0:0:23:9:0:0 chr1 109289353 . C G 160.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0973;QD=45.7739;RBI=0.0910919;REFB=0;REVB=0.0907371;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324533;OID=.;OPOS=109289353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:1:12:0:0:1:13:0:0 chr1 109338861 . G C 833.6 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.507;QD=57.4897;RBI=0.0389072;REFB=0;REVB=0.0380793;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10562e-05;OID=.;OPOS=109338861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr1 109366286 . C T 317.84 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0804593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6776;QD=17.6576;RBI=0.0868586;REFB=0.00457643;REVB=-0.032722;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105163;STB=0.557274;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00476051;OID=.;OPOS=109366286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:34:35:0.486111:21:13:10:26:22:13:10:27 chr1 109369915 . G T 199.27 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.010327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.706;QD=11.5517;RBI=0.0107729;REFB=-0.00404667;REVB=0.00306719;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137904;STB=0.541633;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00722449;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:44:24:25:0.362319:11:13:17:24:12:13:20:24 chr1 109395105 . C T 675.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567522;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.239;QD=62.8029;RBI=0.0589975;REFB=0;REVB=0.0161213;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354358;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 109477470 . G A 760.06 PASS AF=0.503401;AO=73;DP=146;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0474206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.722;QD=20.6819;RBI=0.0702305;REFB=-0.0175093;REVB=0.0518035;RO=70;SAF=34;SAR=39;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333372;STB=0.524334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0158932;OID=.;OPOS=109477470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:70:73:73:74:0.503401:39:34:30:40:40:34:30:43 chr1 109486196 . A G 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0131896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.007;QD=34.9989;RBI=0.0289111;REFB=-0.00653891;REVB=0.0257271;RO=10;SAF=17;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015656;STB=0.508541;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00216724;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:10:17:6:4:10:17:6:4 chr1 109656946 . T C 1697.98 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589446;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.024;QD=60.6421;RBI=0.0405367;REFB=0;REVB=0.0401059;RO=0;SAF=56;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37154e-05;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:56:56:0:0:56:56:0:0 chr1 109704618 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.341;QD=46.8479;RBI=0.106057;REFB=0;REVB=0.0230861;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114749;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr1 109735298 . T C 720.56 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148905;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.763;QD=56.5144;RBI=0.0150918;REFB=0;REVB=-0.0024568;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73871e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:22:29:0:0 chr1 109735416 . A C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.406;QD=56.1915;RBI=0.0441139;REFB=0;REVB=0.0279428;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93795e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 109737063 . C T 620.11 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00868269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.281;QD=59.0581;RBI=0.0774708;REFB=-0.131741;REVB=0.0769827;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0010037;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:39:41:0.97619:14:25:0:0:14:27:0:1 chr1 109737090 . G A 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6795;QD=63.2761;RBI=0.0317143;REFB=0;REVB=-0.0084832;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311247;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr1 109737132 . T C 764.18 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0269992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.781;QD=54.5846;RBI=0.0501832;REFB=-0.106863;REVB=0.0423013;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0052968;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:53:55:0.982143:27:26:0:0:27:28:1:0 chr1 109737172 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.105;QD=57.1762;RBI=0.0118482;REFB=0;REVB=0.0115855;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0608e-05;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 109742485 . G A 1029.74 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.133;QD=58.0135;RBI=0.0547234;REFB=0.134034;REVB=0.0447962;RO=1;SAF=51;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091821;STB=0.504853;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000264235;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:19:51:1:0:19:51:1:0 chr1 109745618 . T C 1464.26 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4229;QD=62.979;RBI=0.0379544;REFB=0;REVB=-0.0084943;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91955e-05;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:47:45:0:0:47:46:0:0 chr1 109771063 . T C 1105.58 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0140086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.193;QD=55.9789;RBI=0.0934825;REFB=-0.115954;REVB=0.0924269;RO=3;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388393;STB=0.519995;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000913857;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:79:3:3:75:76:0.962025:35:40:0:3:36:40:0:3 chr1 109794252 . T C 1370.02 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144439;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.772;QD=62.2738;RBI=0.0292023;REFB=0;REVB=0.0253801;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94689e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr1 109795608 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9634;QD=52.6087;RBI=0.093326;REFB=0;REVB=-0.0298335;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00304124;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 109806834 . C T 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0484616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.574;QD=30.1499;RBI=0.0484636;REFB=-0.00580183;REVB=-0.000430031;RO=8;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108862;STB=0.560279;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00166272;OID=.;OPOS=109806834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:13:6:4:4:13:6:4:4 chr1 109807099 . G A 605.69 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=138;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00515765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.262;QD=17.5563;RBI=0.0340789;REFB=-0.00545097;REVB=-0.0336863;RO=75;SAF=48;SAR=15;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29637;STB=0.666086;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105519;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:75:63:63:0.456522:15:48:37:38:15:48:37:38 chr1 109810544 . C A 1419.77 PASS AF=0.496528;AO=131;DP=276;FAO=143;FDP=288;FR=.;FRO=145;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=86;FSRR=59;FWDB=0.0584348;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.92;QD=19.7191;RBI=0.0593735;REFB=-0.0400482;REVB=0.0105158;RO=135;SAF=71;SAR=60;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026486;STB=0.534748;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0307543;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:288:135:145:131:143:0.496528:60:71:77:58:68:75:86:59 chr1 109816176 . A C 335.2 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179822;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.299;QD=53.6322;RBI=0.0179938;REFB=0;REVB=0.000646491;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317126;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:15:7:0:0:18:7:0:0 chr1 109818263 . G A 1829.41 PASS AF=0.98374;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.544;QD=59.4932;RBI=0.0259018;REFB=-0.123557;REVB=0.00579269;RO=1;SAF=57;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826123;STB=0.500472;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000308759;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:123:1:2:121:121:0.98374:64:57:1:0:64:57:1:1 chr1 109825360 . C T 676.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.325;QD=60.1599;RBI=0.0278716;REFB=-0.0851315;REVB=0.024204;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000691813;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:29:15:0:0:29:15:1:0 chr1 109836835 . A G 199.34 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00666332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.166;QD=27.4957;RBI=0.00792856;REFB=-0.0203364;REVB=0.00429677;RO=10;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114061;STB=0.506323;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0113994;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:6:13:7:3:6:13:7:3 chr1 109836842 . C G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0126987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.892;QD=7.95466;RBI=0.0963862;REFB=0.0273695;REVB=-0.0955461;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731589;STB=0.545344;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0153211;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:13:6:3:5:13:6 chr1 109838918 . C T 1343.99 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201801;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2115;QD=62.5111;RBI=0.0558022;REFB=0;REVB=0.0520255;RO=0;SAF=60;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546721;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:26:60:0:0:26:60:0:0 chr1 109839433 . A G 1953.88 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.27;QD=61.0586;RBI=0.00541315;REFB=-0.029857;REVB=0.00525138;RO=0;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29882e-08;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=7.90441e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:128:0:1:126:127:0.992188:62:64:0:0:63:64:0:1 chr1 109856306 . G A 563.83 PASS AF=0.385965;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0227401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6457;QD=13.189;RBI=0.0232448;REFB=-0.0219814;REVB=-0.00481736;RO=100;SAF=37;SAR=29;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651623;STB=0.546136;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0361275;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:100:105:66:66:0.385965:29:37:50:50:29:37:51:54 chr1 109856384 . CAA C 1057.77 PASS AF=1;AO=67;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119152;FXX=0.0315756;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.2874;QD=45.9899;RBI=0.12309;REFB=0;REVB=-0.0308848;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000207524;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:90:92:92:0:29:63:0:0:20:0:17:50:0:0 chr1 109884775 . T G 1760.9 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0394905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5447;QD=58.2114;RBI=0.0539399;REFB=-0.0564648;REVB=0.0367426;RO=3;SAF=57;SAR=61;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070569;STB=0.503717;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00537115;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:61:57:1:2:61:57:1:2 chr1 109897103 . A G 1047.58 PASS AF=0.960526;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0131518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5218;QD=55.1358;RBI=0.0727033;REFB=-0.112365;REVB=0.0715038;RO=3;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555031;STB=0.526309;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00297749;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:74:76:3:3:70:73:0.960526:24:46:0:3:27:46:0:3 chr1 110136458 . A G 1121.98 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.339;QD=59.0517;RBI=0.0345345;REFB=-0.180438;REVB=0.0270447;RO=1;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155095;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000372317;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:30:45:0:1:30:45:0:1 chr1 110148974 . C T 1593.97 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00112837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.91;QD=57.9626;RBI=0.043185;REFB=-0.0119803;REVB=-0.0431703;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.509089;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000198207;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:54:54:1:0:54:54:2:0 chr1 110170896 . T C 1571.8 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414364;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.662;QD=64.1551;RBI=0.0214727;REFB=0;REVB=0.0210691;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80055e-05;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr1 110201699 . T C 1482.26 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0275795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8176;QD=55.4115;RBI=0.0734336;REFB=-0.113417;REVB=-0.0680577;RO=3;SAF=51;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920549;STB=0.509525;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00208752;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:3:4:103:103:0.962617:52:51:2:1:52:51:3:1 chr1 110201809 . G T 1404.26 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.372;QD=62.4115;RBI=0.0417616;REFB=0;REVB=-0.0391356;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00132e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:54:35:0:0:54:36:0:0 chr1 110201812 . A G 1365.88 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360644;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.698;QD=61.3877;RBI=0.0617805;REFB=0.0142435;REVB=0.0501617;RO=1;SAF=35;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133461;STB=0.507041;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000110194;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:88:88:0.988764:53:35:1:0:53:35:1:0 chr1 110210780 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.16;QD=49.5992;RBI=0.0285781;REFB=0;REVB=-0.00966864;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56705e-05;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 110279701 . C T 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.226;QD=61.328;RBI=0.0546668;REFB=0;REVB=-0.0163805;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144917;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 110282972 . G T 1111.34 PASS AF=0.986486;AO=65;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.402;QD=60.0722;RBI=0.113688;REFB=0;REVB=0.00303858;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420378;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:0:0:65:73:0.986486:31:34:0:0:31:42:0:0 chr1 110295772 . T C 694.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691205;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.815;QD=63.1645;RBI=0.0885595;REFB=0;REVB=0.0882893;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194496;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:21:23:0:0 chr1 110300441 . G A 1156.94 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00321638;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.411;QD=60.8917;RBI=0.0151083;REFB=0;REVB=-0.0147619;RO=0;SAF=59;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71642e-05;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:17:59:0:0:17:59:0:0 chr1 110300504 . A G 1305.52 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0431962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6895;QD=60.7217;RBI=0.0543171;REFB=0.00598972;REVB=-0.0329307;RO=1;SAF=70;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067208;STB=0.503545;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.000400307;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:15:70:1:0:15:70:1:0 chr1 110466338 . C A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0257405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.536;QD=26.6377;RBI=0.0257955;REFB=0.00868457;REVB=-0.00168353;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223974;STB=0.624844;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00375088;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:6:2:10:6:6:2 chr1 110466466 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00812701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.755;QD=7.32832;RBI=0.0945361;REFB=0.0102464;REVB=-0.0941861;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114488;STB=0.57126;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0212654;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:15:6:3:5:15:6 chr1 110466555 . G A 566.64 PASS AF=0.5;AO=57;DP=118;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0086354;FXX=0.025208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.269;QD=19.5394;RBI=0.00893204;REFB=-0.012875;REVB=-0.00228281;RO=58;SAF=38;SAR=19;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791583;STB=0.549136;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0145344;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:58:58:57:58:0.5:19:38:43:15:20:38:43:15 chr1 110466709 . T C 3938.69 PASS AF=0.980989;AO=257;DP=262;FAO=258;FDP=263;FR=.;FRO=5;FSAF=137;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0570304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5612;QD=59.904;RBI=0.0638367;REFB=0.0175779;REVB=-0.028682;RO=5;SAF=137;SAR=120;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121554;STB=0.506312;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00294104;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:262:263:5:5:257:258:0.980989:120:137:1:4:121:137:1:4 chr1 110466810 . C A 671.15 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=149;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=-0.0334356;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.894;QD=18.1393;RBI=0.0334358;REFB=-0.0157361;REVB=-0.000123977;RO=77;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361815;STB=0.523926;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0235337;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:77:80:68:68:0.459459:37:31:38:39:37:31:40:40 chr1 110467745 . A G 1511.95 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181846;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.61;QD=62.9979;RBI=0.0421065;REFB=0;REVB=-0.0379773;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525024;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:94:96:1:31:63:0:0:31:65:0:0 chr1 110882444 . A G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00626155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0539;QD=11.4388;RBI=0.0380483;REFB=-0.0127879;REVB=-0.0375296;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248624;STB=0.646176;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0378582;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:11:3:4:5:11:3 chr1 110884840 . AG A 561.8 PASS AF=0.983051;AO=50;DP=54;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.255536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8818;QD=38.088;RBI=0.257574;REFB=0.0160067;REVB=0.0323338;RO=3;SAF=21;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=-0.0626232;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=del;VARB=0.00693576;OID=.;OPOS=110884841;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983051:50:54:58:59:1:23:35:1:0:7:3:21:29:3:0 chr1 110921715 . T G 519.71 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.119609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3917;QD=15.1741;RBI=0.132004;REFB=0.00281896;REVB=0.0558464;RO=80;SAF=28;SAR=29;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870293;STB=0.548832;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00325647;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:80:80:57:57:0.416058:29:28:46:34:29:28:46:34 chr1 110949720 . C T 241.24 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0218157;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.424;QD=11.913;RBI=0.0231304;REFB=-0.0113915;REVB=0.00768681;RO=52;SAF=15;SAR=14;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883119;STB=0.550864;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.020621;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:52:52:29:29:0.358025:14:15:31:21:14:15:31:21 chr1 110950439 . C T 535.11 PASS AF=0.464567;AO=49;DP=120;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.060995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0801;QD=16.8539;RBI=0.061482;REFB=-0.0371871;REVB=0.0077231;RO=65;SAF=32;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153923;STB=0.552462;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0329541;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:127:65:68:49:59:0.464567:17:32:33:32:23:36:35:33 chr1 110998854 . G A 334.3 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00215658;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.565;QD=19.103;RBI=0.00753651;REFB=-0.022812;REVB=-0.00722137;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103191;STB=0.557345;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0311038;OID=.;OPOS=110998854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:22:13:17:18:22:13 chr1 111060669 . T C 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0490726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.689;QD=20.9022;RBI=0.0557198;REFB=0.00240884;REVB=0.0263927;RO=28;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210748;STB=0.617374;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00166446;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:24:9:14:14:24:9:14:14 chr1 111061011 . C A 346.13 PASS AF=0.398058;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00392633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.479;QD=13.4417;RBI=0.00632143;REFB=-0.0218265;REVB=0.00495423;RO=62;SAF=20;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507339;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0122538;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:40:41:0.398058:20:20:31:31:20:21:31:31 chr1 111061062 . T C 463.19 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=118;FAO=51;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00386251;FXX=0.0169477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=350.275;QD=15.9721;RBI=0.0233427;REFB=-0.00640254;REVB=-0.0230209;RO=46;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109942;STB=0.520804;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00527874;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:46:65:50:51:0.439655:27:23:27:19:27:24:33:32 chr1 111441829 . C T 436.37 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0974842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7706;QD=21.2862;RBI=0.162192;REFB=0.0207502;REVB=-0.129627;RO=39;SAF=16;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124788;STB=0.569054;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0228263;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:27:16:20:19:27:16:20:19 chr1 111584463 . G GT 182.86 PASS AF=0.322581;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=124;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0160141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.9107;QD=5.89878;RBI=0.0817972;REFB=-0.00222462;REVB=0.0802143;RO=82;SAF=29;SAR=11;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196489;STB=0.608519;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00861711;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:40:123:40:124:84:29:11:49:35:99:82:29:11:47:35 chr1 111584509 . G A 291.25 PASS AF=0.30303;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=132;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00467879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6059;QD=8.82582;RBI=0.0402776;REFB=-0.00788905;REVB=0.040005;RO=89;SAF=26;SAR=14;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18833;STB=0.600105;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0148483;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:89:92:40:40:0.30303:14:26:44:45:14:26:47:45 chr1 111726869 . G A 315.91 PASS AF=0.372549;AO=36;DP=99;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00687716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4756;QD=12.3887;RBI=0.0375735;REFB=-0.0145325;REVB=-0.0369387;RO=62;SAF=25;SAR=11;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100833;STB=0.543455;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0424974;OID=.;OPOS=111726869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:62:64:36:38:0.372549:11:25:38:24:13:25:38:26 chr1 111773568 . G C 340.19 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00352492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6826;QD=21.2616;RBI=0.0132587;REFB=-0.0233125;REVB=0.0127816;RO=28;SAF=9;SAR=25;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575378;STB=0.531896;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0197667;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:34:35:0.546875:25:9:9:19:25:10:10:19 chr1 111783982 . C T 408.66 PASS AF=0.455357;AO=32;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0585475;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.292;QD=14.5949;RBI=0.0790173;REFB=-0.0287464;REVB=-0.0530653;RO=61;SAF=24;SAR=8;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315756;STB=0.500875;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0409699;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:32:51:0.455357:8:24:30:31:26:25:30:31 chr1 111783983 . G T 98.87 PASS AF=0.163793;AO=18;DP=114;FAO=19;FDP=116;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=-0.0042078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3258;QD=3.40937;RBI=0.00725945;REFB=-0.0153394;REVB=-0.00591558;RO=96;SAF=1;SAR=17;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.661425;STB=0.943339;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0294287;OID=.;OPOS=111783983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:114:116:96:97:18:19:0.163793:17:1:55:41:18:1:55:42 chr1 111783996 . A G 1771.72 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494216;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.047;QD=61.0938;RBI=0.0235388;REFB=0;REVB=0.0230141;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91579e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:62:54:0:0:62:54:0:0 chr1 111833488 . C CCT 1144.19 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=83;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00632432;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=2;MLLD=286.085;QD=59.4383;RBI=0.0135191;REFB=-0.100402;REVB=0.0119486;RO=5;SAF=36;SAR=39;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945968;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.000457038;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987013:75:83:76:77:1:37:39:1:0:3:5:36:39:2:3 chr1 111833517 . G A 1222.73 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4689;QD=61.1367;RBI=0.0564275;REFB=0;REVB=0.0544712;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016532;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:45:33:0:0:47:33:0:0 chr1 111857154 . T C 500.73 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.016114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.234;QD=21.7708;RBI=0.022082;REFB=-0.00649955;REVB=0.0150982;RO=44;SAF=22;SAR=26;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431582;STB=0.5238;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00546269;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:26:22:18:26:26:22:18:26 chr1 111858444 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.137;QD=56.9381;RBI=0.0630658;REFB=0;REVB=-0.0571394;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32848e-05;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr1 111861841 . A G 265.69 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0397533;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.458;QD=13.1207;RBI=0.0439292;REFB=-0.0184361;REVB=-0.0186937;RO=48;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071865;STB=0.539543;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0241818;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:50:31:31:0.382716:16:15:20:28:16:15:21:29 chr1 111861974 . T C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00890182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.384;QD=14.6506;RBI=0.0136835;REFB=0.000471588;REVB=0.0103922;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240635;STB=0.636537;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000592429;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:21:10:13:10:21:10 chr1 111862952 . T G 380.69 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0550483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1762;QD=16.9193;RBI=0.0574479;REFB=-0.0092554;REVB=-0.0164298;RO=50;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322431;STB=0.518107;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0122414;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:14:26:31:19:14:26:31:19 chr1 111893958 . A G 171.2 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0158633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.58;QD=12.4506;RBI=0.0191844;REFB=0.00156059;REVB=0.0107887;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095728;STB=0.540032;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00178665;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:10:10:20:14:10:11:20:14 chr1 111957097 . C G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.341;QD=60.2045;RBI=0.0398444;REFB=0;REVB=0.0380539;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250657;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:18:55:0:0:18:55:0:0 chr1 111957311 . G C 131.93 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0110698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.0108;QD=14.6593;RBI=0.0125971;REFB=0.00248479;REVB=-0.00601223;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340276;STB=0.530571;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00321492;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:21:9:15:0.416667:4:5:4:13:10:5:8:13 chr1 111957688 . T C 325.86 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00729196;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.631;QD=17.1503;RBI=0.0276757;REFB=-0.0518099;REVB=0.0266977;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131759;STB=0.57374;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0435069;OID=.;OPOS=111957688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:39:41:33:35:0.460526:22:11:18:21:24:11:18:23 chr1 111957693 . A G 1152.42 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2977;QD=59.0982;RBI=0.0238864;REFB=-0.0753226;REVB=-0.007188;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171998;STB=0.508472;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000640698;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:75:77:0.987179:48:27:1:0:48:29:1:0 chr1 111962256 . G T 345.73 PASS AF=0.431818;AO=36;DP=86;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00665187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.192;QD=15.7151;RBI=0.00728096;REFB=-0.0198121;REVB=0.00296057;RO=50;SAF=28;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224372;STB=0.636285;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0333999;OID=.;OPOS=111962256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:50:50:36:38:0.431818:8:28:30:20:8:30:30:20 chr1 111964262 . G A 198.95 PASS AF=0.367647;AO=22;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0113942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9126;QD=11.7031;RBI=0.0123408;REFB=-0.0127415;REVB=0.00473984;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102855;STB=0.508253;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0222191;OID=.;OPOS=111964262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:43:43:22:25:0.367647:8:14:27:16:9:16:27:16 chr1 111968121 . C T 282.22 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00563148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.402;QD=22.5776;RBI=0.074371;REFB=-0.0224509;REVB=-0.0741575;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915079;STB=0.539969;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0272971;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:13:13:14:9:13:13:14:10 chr1 111969294 . A G 1067.49 PASS AF=0.914634;AO=77;DP=84;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0328598;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.312;QD=52.0727;RBI=0.0349241;REFB=-0.00942964;REVB=-0.0118289;RO=7;SAF=42;SAR=35;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410088;STB=0.521167;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000550695;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:84:82:7:7:77:75:0.914634:35:42:2:5:35:40:2:5 chr1 111969307 . G C 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00117547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.31;QD=17.0589;RBI=0.002287;REFB=-0.0346366;REVB=-0.0019618;RO=38;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183702;STB=0.510303;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0413379;OID=.;OPOS=111969307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:18:15:18:20:18:15:18:20 chr1 111969719 . A G 527.08 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.061;QD=58.5649;RBI=0.0745307;REFB=0;REVB=0.0475203;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165589;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:17:16:0:0:18:18:0:0 chr1 111991768 . G A 211.3 PASS AF=0.403226;AO=16;DP=53;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0137228;FXX=0.0158705;HRUN=7;LEN=1;MLLD=189.448;QD=13.6324;RBI=0.0230027;REFB=-0.0101673;REVB=0.018461;RO=6;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161262;STB=0.645456;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00710486;OID=.;OPOS=111991768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:62:6:37:16:25:0.403226:14:2:0:6:15:10:24:13 chr1 111991845 . C A 2515.4 PASS AF=1;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014024;FXX=0.0180712;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.595;QD=61.7276;RBI=0.0380058;REFB=0;REVB=0.0353238;RO=0;SAF=95;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.346e-05;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:163:0:0:163:163:1:68:95:0:0:68:95:0:0 chr1 111992019 . T A 201.3 PASS AF=0.305556;AO=31;DP=149;FAO=44;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0200651;FXX=0.0335548;HRUN=8;LEN=1;MLLD=11.8421;QD=5.59162;RBI=0.022652;REFB=-0.0172539;REVB=-0.0105121;RO=49;SAF=14;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410959;STB=0.533819;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0103776;OID=.;OPOS=111992019;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:144:49:89:31:44:0.305556:17:14:24:25:22:22:40:49 chr1 111992095 . C T 3239.33 PASS AF=0.981567;AO=213;DP=217;FAO=213;FDP=217;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=129;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0126189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7058;QD=59.7112;RBI=0.0152297;REFB=0.0018646;REVB=-0.00852688;RO=3;SAF=85;SAR=128;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736863;STB=0.506841;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000160685;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:217:217:3:4:213:213:0.981567:128:85:2:1:129:84:3:1 chr1 112029193 . A G 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.032;QD=61.5113;RBI=0.0234981;REFB=-0.0281073;REVB=0.0183628;RO=1;SAF=13;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348091;STB=0.518511;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000546456;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:35:13:1:0:35:13:1:0 chr1 112042632 . A G 970.92 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0488686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5603;QD=54.6996;RBI=0.082562;REFB=-0.0831587;REVB=0.0665459;RO=3;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986274;STB=0.505222;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0282305;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:37:31:1:2:37:31:1:2 chr1 112251902 . C T 324.64 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0194748;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.835;QD=25.9714;RBI=0.0194782;REFB=-0.0100722;REVB=-0.000362354;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705355;STB=0.503873;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00561889;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:10:9:15:16:10:9 chr1 112269872 . G A 286.99 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00391728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.293;QD=24.4249;RBI=0.00430648;REFB=-0.0250404;REVB=0.00178905;RO=20;SAF=18;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272874;STB=0.667703;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00921767;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:25:26:0.553191:7:18:8:12:7:19:8:13 chr1 112308953 . T C 191.89 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0433588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0394;QD=22.5757;RBI=0.0436079;REFB=-0.0263045;REVB=0.00465412;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244069;STB=0.622522;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0155477;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:9:9:12:3:9:10:12:3 chr1 112308972 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0162867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6601;QD=19.5231;RBI=0.016795;REFB=-0.00829377;REVB=-0.00410083;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108256;STB=0.560896;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00790133;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:11:1:2:12:11:1 chr1 112539061 . A G 868.73 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.187;QD=57.9153;RBI=0.103595;REFB=0;REVB=0.103541;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521607;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:25:35:0:0 chr1 112738164 . TC CT,TCT 41.82 PASS AF=0,0.2;AO=3,12;DP=51;FAO=0,10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0189713,-0.0176984;FXX=0.019604;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=99.2613,94.5159;QD=3.34579;RBI=0.0436469,0.0367985;REFB=-0.00277015,-0.00371644;REVB=-0.0393083,-0.032263;RO=35;SAF=3,6;SAR=0,6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54387,0.0513372;STB=0.5,0.7994;STBP=1,0.053;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00871927,0.119599;OID=.,.;OPOS=112738164,112738166;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:51:50:35:40:3,12:0,10:0,0.2:0,6:3,6:16:19:0,2:0,8:17:23 chr1 112991698 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.936;QD=53.9095;RBI=0.0676013;REFB=0;REVB=0.0143414;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341787;OID=.;OPOS=112991698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 112999227 . G A 1130.08 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00912888;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2577;QD=57.953;RBI=0.0921236;REFB=-0.0209215;REVB=-0.0916702;RO=2;SAF=56;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158762;STB=0.508472;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=9.46328e-05;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:75:76:0.974359:19:56:1:1:19:57:1:1 chr1 113000946 . GGTCA G 455.03 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393617;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=4;MLLD=324.775;QD=44.3929;RBI=0.0417636;REFB=-0.111866;REVB=0.0139591;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.00230511;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97561:38:39:40:41:1:26:14:1:0:4:0:25:13:0:0 chr1 113063125 . A G 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0233161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.256;QD=17.7107;RBI=0.0483393;REFB=-0.0333432;REVB=-0.0423444;RO=36;SAF=22;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569125;STB=0.531895;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0420745;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:11:22:22:14:11:22:22:14 chr1 113083439 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00327328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.181;QD=13.4856;RBI=0.0931404;REFB=-0.0183641;REVB=-0.0930829;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0240579;OID=.;OPOS=113083439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:7:4:2:7:7:4 chr1 113098523 . C T 622.58 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.013442;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.886;QD=27.3663;RBI=0.0215584;REFB=0.00179561;REVB=-0.0168546;RO=36;SAF=34;SAR=21;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12899;STB=0.57035;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000867136;OID=.;OPOS=113098523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:21:34:16:20:21:34:16:20 chr1 113197203 . A G 273.6 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0121055;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6282;QD=12.5795;RBI=0.0537065;REFB=-0.0153219;REVB=0.0523244;RO=56;SAF=21;SAR=11;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178697;STB=0.596797;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0279191;OID=.;OPOS=113197203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:56:55:32:32:0.367816:11:21:28:28:11:21:28:27 chr1 113236681 . C T 492.47 PASS AF=0.469027;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00646302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.777;QD=17.4326;RBI=0.0216415;REFB=-0.0094053;REVB=-0.0206539;RO=59;SAF=31;SAR=21;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690711;STB=0.536828;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0178218;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:52:53:0.469027:21:31:31:28:22:31:31:29 chr1 113237171 . A G 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0156744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.568;QD=20.5435;RBI=0.0255581;REFB=-0.0154021;REVB=-0.0201874;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174248;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010994;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:13:9:9:12:13:9:9:13 chr1 113241052 . T C 319.58 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00899482;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.089;QD=12.6565;RBI=0.0112153;REFB=-0.0121984;REVB=-0.00669895;RO=63;SAF=25;SAR=13;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153162;STB=0.587705;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0271431;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:13:25:33:30:13:25:33:30 chr1 113243048 . C T 500.42 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0409667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.819;QD=17.5587;RBI=0.0410046;REFB=-0.0283046;REVB=-0.00176316;RO=59;SAF=26;SAR=28;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572284;STB=0.527263;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0330712;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:60:54:54:0.473684:28:26:32:27:28:26:32:28 chr1 113255389 . C T 921.24 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00992697;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.814;QD=55.8328;RBI=0.0207947;REFB=0.0227682;REVB=0.0182723;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-2.74895e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:66:0:1:64:65:0.984848:27:37:0:0:28:37:0:1 chr1 113456546 . A T 543.99 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0139249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.662;QD=18.5979;RBI=0.0206741;REFB=-0.0242325;REVB=-0.0152812;RO=56;SAF=32;SAR=25;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159707;STB=0.573441;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0248409;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:56:60:57:57:0.487179:25:32:41:15:25:32:42:18 chr1 113456734 . C T 222.49 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0149025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.566;QD=14.5893;RBI=0.0734261;REFB=-0.0214062;REVB=-0.0718978;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719728;STB=0.530616;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0293766;OID=.;OPOS=113456734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:25:26:0.42623:11:14:22:13:11:15:22:13 chr1 113657092 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.236;QD=49.5992;RBI=0.0055945;REFB=0;REVB=-0.000386402;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25471e-05;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr1 114240319 . T TA 184.62 PASS AF=0.402439;AO=28;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0430758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1536;QD=9.00576;RBI=0.0772121;REFB=-0.0110196;REVB=-0.0640795;RO=51;SAF=10;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873515;STB=0.521459;STBP=0.772;TYPE=ins;VARB=0.0153628;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402439:28:82:33:82:49:13:20:21:28:99:51:10:18:22:29 chr1 114301256 . TAA TA,T 325.31 PASS AF=0.419355,0.330645;AO=36,31;DP=124;FAO=52,41;FDP=124;FR=.;FRO=31;FSAF=41,17;FSAR=11,24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0211145,-0.0077656;FXX=0.0387567;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.39164,11.4685;QD=10.494;RBI=0.226418,0.114217;REFB=0.0505523,0.0209273;REVB=-0.225431,-0.113952;RO=29;SAF=30,16;SAR=6,15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.248776,-0.091262;STB=0.602529,0.571782;STBP=0.026,0.173;TYPE=del,del;VARB=-0.0359275,0.0124376;OID=.,.;OPOS=114301257,114301257;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.419355,0.330645:36,31:124:52,41:124:31:41,17:11,24:18:13:58:29:30,16:6,15:18:11 chr1 114301335 . C T 1063.7 PASS AF=0.466102;AO=109;DP=236;FAO=110;FDP=236;FR=.;FRO=126;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=80;FSRR=46;FWDB=0.00361147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.023;QD=18.0288;RBI=0.00366941;REFB=-0.0255002;REVB=0.000649479;RO=125;SAF=60;SAR=49;SRF=79;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804839;STB=0.543837;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0302228;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:125:126:109:110:0.466102:49:60:79:46:49:61:80:46 chr1 114377568 . A G 393.86 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.152;QD=56.266;RBI=0.0419985;REFB=0;REVB=0.0112657;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130422;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr1 114424601 . C T 561.26 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1211;QD=57.5647;RBI=0.0487641;REFB=-0.128728;REVB=0.0345676;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00364127;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:0:1:13:25:0:1 chr1 114443899 . G A 429.54 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0466558;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.964;QD=19.5246;RBI=0.0740605;REFB=-0.0255122;REVB=-0.0575169;RO=45;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603155;STB=0.533464;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0315511;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:18:25:29:16:18:25:29:16 chr1 114448389 . C T 920.59 PASS AF=0.52;AO=90;DP=174;FAO=91;FDP=175;FR=.;FRO=84;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=0.00496051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.554;QD=21.042;RBI=0.00496475;REFB=0.00318453;REVB=0.000205017;RO=84;SAF=58;SAR=32;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214995;STB=0.515339;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00286024;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:84:84:90:91:0.52:32:58:56:28:33:58:56:28 chr1 114449662 . T C 590.55 PASS AF=0.428571;AO=66;DP=154;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00551447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.066;QD=15.3389;RBI=0.00895145;REFB=-0.00429011;REVB=0.00705118;RO=88;SAF=32;SAR=34;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386929;STB=0.52163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00541542;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:88:88:66:66:0.428571:34:32:46:42:34:32:46:42 chr1 114505000 . G A 483.43 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0127177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8758;QD=20.7927;RBI=0.0522728;REFB=-0.000461677;REVB=-0.0507022;RO=46;SAF=24;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992545;STB=0.505492;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.000198491;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:23:24:24:22:23:24:24:22 chr1 114515717 . G A 40.92 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0330603;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6864;QD=10.2309;RBI=0.0380812;REFB=-0.0136616;REVB=-0.0188997;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318047;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0161227;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:3:6:2:4:4:6 chr1 114523958 . TC T 34.74 PASS AF=0.3125;AO=13;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0683012;FXX=0.020404;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.86539;QD=2.8954;RBI=0.151658;REFB=-0.0949337;REVB=0.135408;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0945252;OID=.;OPOS=114523959;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:13:49:15:48:33:10:5:22:11:34:27:9:4:16:11 chr1 114948281 . A G 367.7 PASS AF=0.552239;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0198168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.315;QD=21.9523;RBI=0.0198207;REFB=-0.0114073;REVB=0.000391009;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158052;STB=0.601715;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00856114;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:27:30:35:37:0.552239:15:20:10:17:15:22:11:19 chr1 115119392 . T C 111.59 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00381621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.872;QD=12.399;RBI=0.0103588;REFB=-0.0123063;REVB=0.00963027;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272525;STB=0.613864;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0142741;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:3:10:12:10:4:10:12:10 chr1 115537933 . A G 81.62 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0474242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2999;QD=9.06887;RBI=0.0872235;REFB=-0.00794623;REVB=0.0732044;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223495;STB=0.636116;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0254888;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:11:14:4:7:11:14 chr1 115576023 . A G 1021.69 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1503;QD=58.3822;RBI=0.0515064;REFB=0;REVB=0.0502815;RO=1;SAF=44;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463431;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:1:0:69:70:1:25:44:1:0:25:45:0:0 chr1 115590976 . CCACACACAC CCACACAC,CCACACACAT 468.28 PASS AF=0.310811,0.101351;AO=29,14;DP=135;FAO=46,15;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=37,4;FSAR=9,11;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.00913008,-0.0067157;FXX=0.0573212;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=134.734,105.939;QD=12.6563;RBI=0.0235218,0.0765204;REFB=-0.0280825,0.00260165;REVB=-0.0216776,-0.0762251;RO=66;SAF=25,3;SAR=4,11;SRF=29;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.546595,-0.312;STB=0.705623,0.733022;STBP=0.001,0.064;TYPE=del,snp;VARB=0.0469946,0.0204401;OID=.,.;OPOS=115590977,115590985;OREF=CA,C;OALT=-,T;OMAPALT=CCACACAC,CCACACACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310811,0.101351:29,14:135:46,15:148:87:37,4:9,11:47:40:99:66:25,3:4,11:29:37 chr1 115590998 . T C 796.08 PASS AF=0.421801;AO=87;DP=209;FAO=89;FDP=211;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=71;FSRR=51;FWDB=0.048123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2915;QD=15.0916;RBI=0.0563955;REFB=-0.0192294;REVB=0.0294047;RO=122;SAF=50;SAR=37;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775545;STB=0.511875;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0223916;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:122:122:87:89:0.421801:37:50:71:51:39:50:71:51 chr1 115591058 . T C 1282.97 PASS AF=0.507692;AO=126;DP=253;FAO=132;FDP=260;FR=.;FRO=128;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.00592705;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.939;QD=19.738;RBI=0.0208503;REFB=-0.00762303;REVB=0.0199901;RO=126;SAF=70;SAR=56;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509241;STB=0.522469;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00726229;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:260:126:128:126:132:0.507692:56:70:63:63:60:72:64:64 chr1 115604798 . C T 243.97 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0041455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.513;QD=17.4261;RBI=0.0183216;REFB=-0.0138818;REVB=0.0178465;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948121;STB=0.553153;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00828465;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:18:11:13:14:18:11 chr1 116149152 . G A 1664.5 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00610207;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.447;QD=59.4465;RBI=0.0412247;REFB=-0.124375;REVB=0.0407706;RO=1;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094005;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00029129;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:50:61:0:1:50:61:0:1 chr1 116164595 . G A 557.69 PASS AF=0.544554;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00638917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.716;QD=22.0869;RBI=0.0117928;REFB=-0.0155214;REVB=0.00991208;RO=45;SAF=28;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165743;STB=0.50414;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0119382;OID=.;OPOS=116164595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:46:55:55:0.544554:27:28:23:22:27:28:23:23 chr1 116234313 . A G 199.8 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0070503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.282;QD=13.5454;RBI=0.0096654;REFB=-0.0123044;REVB=-0.0066116;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752563;STB=0.543173;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0186316;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:8:16:21:14:8:16:21:14 chr1 116234501 . CTTCA CTCTG,CTTCG 285.62 PASS AF=0,0.417722;AO=3,7;DP=80;FAO=0,33;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=0,23;FSAR=0,10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.123184,0.00868538;FXX=0.0124984;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=142.31,100.657;QD=14.4617;RBI=0.124316,0.0259704;REFB=-0.0210869,-0.0461168;REVB=-0.0167364,-0.024475;RO=19;SAF=3,0;SAR=0,7;SRF=1;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.823889,-0.650616;STB=0.5,0.558023;STBP=1,0.431;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0883709;OID=.,.;OPOS=116234503,116234505;OREF=TCA,A;OALT=CTG,G;OMAPALT=CTCTG,CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.417722:3,7:80:0,33:79:46:0,23:0,10:28:18:99:19:3,0:0,7:1:18 chr1 116236351 . T G 218.94 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0125459;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.369;QD=11.677;RBI=0.0171577;REFB=-0.0188619;REVB=-0.0117041;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450832;STB=0.518059;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0317908;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:15:12:19:28:15:12:20:28 chr1 116239751 . A G 738.72 PASS AF=0.550388;AO=70;DP=129;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00167474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.683;QD=22.9061;RBI=0.00737344;REFB=-0.0239537;REVB=0.00718073;RO=57;SAF=40;SAR=30;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520273;STB=0.527499;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0187315;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:58:70:71:0.550388:30:40:29:28:30:41:30:28 chr1 116243877 . G A 100.27 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0503491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8193;QD=8.02188;RBI=0.0538512;REFB=-0.0132206;REVB=-0.0191029;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38801;STB=0.731053;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0312451;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:8:29:6:7:8:29 chr1 116260532 . A T 443.4 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00722592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.471;QD=20.1546;RBI=0.00886221;REFB=-0.0128308;REVB=-0.00513077;RO=44;SAF=16;SAR=28;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147729;STB=0.582052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0140522;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:28:16:23:21:28:16:23:21 chr1 116310967 . T C 541.8 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0111407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.156;QD=22.3421;RBI=0.0181748;REFB=-0.00181299;REVB=0.01436;RO=45;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335017;STB=0.506697;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00159177;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:46:51:51:0.525773:24:27:24:21:24:27:25:21 chr1 116382158 . GAG GA,GG,GGG 200.68 PASS AF=0.0169492,0.40678,0;AO=8,12,10;DP=58;FAO=1,24,0;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=1,11,0;FSAR=0,13,0;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.027588,-0.0144464,-0.0136796;FXX=0.0166639;HRUN=5,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.5579,162.31,162.085;QD=13.6051;RBI=0.0279003,0.0232104,0.0206882;REFB=-0.167253,-0.0254003,-0.0199619;REVB=-0.00416314,0.0181665,0.0155199;RO=24;SAF=7,5,5;SAR=1,7,5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0.414179,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.558212,0,0.0956655;STB=0.989356,0.541632,0.5;STBP=0.457,0.619,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.102313,0.0267431,0.0475143;OID=.,.,.;OPOS=116382160,116382159,116382159;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0169492,0.40678,0:8,12,10:58:1,24,0:59:34:1,11,0:0,13,0:18:16:99:24:7,5,5:1,7,5:10:14 chr1 116382231 . GC G,GG 511.84 PASS AF=0.885246,0.114754;AO=26,9;DP=63;FAO=54,7;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=24,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.40734,0.232217;FXX=0.031741;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.93,10.0414;QD=33.5634;RBI=0.595278,0.274984;REFB=0,0;REVB=0.434085,0.14728;RO=25;SAF=18,1;SAR=8,8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232306,-0.479947;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0557385,-0.13719;OID=.,.;OPOS=116382232,116382232;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885246,0.114754:26,9:63:54,7:61:0:30,1:24,6:0:0:23:25:18,1:8,8:11:14 chr1 116382318 . A G 470.34 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0398067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3955;QD=14.3615;RBI=0.0870113;REFB=-0.0131554;REVB=-0.0773717;RO=76;SAF=27;SAR=26;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314735;STB=0.509653;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.01758;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:76:78:53:53:0.40458:26:27:41:35:26:27:41:37 chr1 116382511 . A T 1011.64 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6184;QD=57.8081;RBI=0.0381899;REFB=-0.0463903;REVB=0.00545807;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000795756;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:68:69:0.985714:45:23:0:0:45:24:0:1 chr1 116382778 . T C 1283.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9975;QD=61.8519;RBI=0.0744978;REFB=0;REVB=0.0378467;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574258;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr1 116383300 . T C 158.05 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0254108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.9318;QD=35.1219;RBI=0.0255146;REFB=0.0436313;REVB=-0.00229989;RO=2;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180627;STB=0.578836;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0154412;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:2:3:15:15:0.833333:4:11:0:2:4:11:1:2 chr1 116383333 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00301877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.389;QD=22.9156;RBI=0.00468168;REFB=-0.0221051;REVB=0.00357843;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162954;STB=0.593016;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0104004;OID=.;OPOS=116383333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:3:1:5:4:3:1 chr1 116384090 . G A 473.72 PASS AF=0.5;AO=38;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0205668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.265;QD=21.054;RBI=0.0211698;REFB=-0.00632094;REVB=-0.00501695;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150658;STB=0.533319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0107926;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:43:38:45:0.5:21:17:19:22:21:24:20:23 chr1 116384580 . C T 469.08 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00248235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8778;QD=18.0416;RBI=0.00917438;REFB=-0.01251;REVB=0.00883217;RO=53;SAF=17;SAR=33;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111643;STB=0.568005;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0120567;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:54:50:50:0.480769:33:17:24:29:33:17:25:29 chr1 116385122 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0171877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.136;QD=11.1978;RBI=0.0172115;REFB=-0.0102698;REVB=-0.000905157;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109101;STB=0.553101;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00746795;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:8:4:9:12:8:4:9:13 chr1 116385288 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0396847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.602;QD=19.8483;RBI=0.0398776;REFB=-0.0567211;REVB=0.00391696;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385042;STB=0.720988;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.015517;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:5:8:3:12:5:8 chr1 116385467 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0073037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.146;QD=18.1174;RBI=0.040404;REFB=-0.0120712;REVB=-0.0397384;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301802;STB=0.653908;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00801184;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:17:18:0.473684:4:13:9:10:5:13:9:11 chr1 116386011 . G A 427.14 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0209126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.883;QD=24.7618;RBI=0.0733;REFB=-0.00940419;REVB=-0.0702535;RO=28;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259256;STB=0.514193;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0058683;OID=.;OPOS=116386011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:16:25:18:10:16:25:18:10 chr1 116386105 . G A 549.44 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0271348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9932;QD=17.7239;RBI=0.0486403;REFB=-0.0199077;REVB=-0.040368;RO=66;SAF=33;SAR=24;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163315;STB=0.593978;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.021706;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:66:66:57:58:0.467742:24:33:27:39:24:34:27:39 chr1 116386139 . G A 2221.57 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8973;QD=62.5795;RBI=0.0336494;REFB=0;REVB=0.023724;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1661e-05;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:142:0:0:132:142:1:64:68:0:0:73:69:0:0 chr1 116386243 . C T 1054.92 PASS AF=0.482143;AO=108;DP=224;FAO=108;FDP=224;FR=.;FRO=116;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.062512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7232;QD=18.8378;RBI=0.0679545;REFB=0.00818788;REVB=-0.026647;RO=115;SAF=48;SAR=60;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400969;STB=0.529367;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0102473;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:115:116:108:108:0.482143:60:48:56:59:61:47:57:59 chr1 116534852 . C T 747.92 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.000589604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.765;QD=17.598;RBI=0.02414;REFB=-0.0376901;REVB=0.0241328;RO=91;SAF=29;SAR=50;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169013;STB=0.593764;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0380169;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:91:91:79:79:0.464706:50:29:49:42:50:29:49:42 chr1 116569530 . G C 1925.25 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153523;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7758;QD=62.1049;RBI=0.0299414;REFB=0;REVB=0.0257059;RO=0;SAF=81;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627298;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:123:124:1:42:81:0:0:43:81:0:0 chr1 116609185 . G A 557.83 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.000690807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.999;QD=17.297;RBI=0.0175676;REFB=0.00198723;REVB=0.017554;RO=69;SAF=35;SAR=24;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279401;STB=0.520123;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00239042;OID=.;OPOS=116609185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:59:59:0.457364:24:35:39:30:24:35:39:31 chr1 116610388 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8333;QD=57.3856;RBI=0.0178887;REFB=0;REVB=-0.0148612;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79166e-05;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr1 116670774 . A G 111.61 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0205879;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.54;QD=13.5285;RBI=0.0212192;REFB=-0.0124491;REVB=0.00513743;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016668;STB=0.509789;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.029405;OID=.;OPOS=116670774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:12:8:5:8:12:8 chr1 116769830 . A C 155.6 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0236527;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5954;QD=21.4619;RBI=0.0507982;REFB=0.00708613;REVB=0.0449556;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132778;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00609121;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:6:10:6:7:6:10:6:7 chr1 117102649 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.993;QD=52.6129;RBI=0.0612588;REFB=0;REVB=0.0349275;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389895;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr1 117122130 . T C 947.21 PASS AF=0.873418;AO=67;DP=81;FAO=69;FDP=79;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00554151;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.921;QD=47.9601;RBI=0.0194686;REFB=0.00865806;REVB=0.0186633;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502756;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.000923099;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:81:79:0:10:67:69:0.873418:31:36:0:0:33:36:5:5 chr1 117142613 . C T 65.36 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0217694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1977;QD=3.63133;RBI=0.0638247;REFB=0.000322971;REVB=0.0599973;RO=60;SAF=8;SAR=4;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151078;STB=0.601767;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00164518;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:60:60:12:12:0.166667:4:8:33:27:4:8:33:27 chr1 117142641 . G A 395.48 PASS AF=0.370079;AO=47;DP=129;FAO=47;FDP=127;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00836759;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.228;QD=12.4561;RBI=0.0317577;REFB=-0.0206968;REVB=-0.0306355;RO=79;SAF=32;SAR=15;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241476;STB=0.634597;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0276105;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:79:80:47:47:0.370079:15:32:37:42:15:32:38:42 chr1 117142700 . C A 758.56 PASS AF=0.411483;AO=86;DP=209;FAO=86;FDP=209;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.00738411;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.931;QD=14.5178;RBI=0.0251168;REFB=-0.0132761;REVB=0.0240068;RO=123;SAF=51;SAR=35;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103322;STB=0.557898;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0170402;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:123:123:86:86:0.411483:35:51:61:62:35:51:61:62 chr1 117142736 . A G 795.45 PASS AF=0.405405;AO=90;DP=222;FAO=90;FDP=222;FR=.;FRO=132;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=71;FSRR=61;FWDB=0.00125161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.729;QD=14.3325;RBI=0.0165106;REFB=-0.00271782;REVB=-0.0164631;RO=131;SAF=57;SAR=33;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100697;STB=0.55916;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00367395;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:131:132:90:90:0.405405:33:57:71:60:33:57:71:61 chr1 117142855 . C T 489.51 PASS AF=0.428571;AO=46;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0574848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1176;QD=17.4825;RBI=0.0584657;REFB=-0.0636048;REVB=-0.0106648;RO=38;SAF=31;SAR=15;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354048;STB=0.638239;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0150395;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:38:48:46:48:0.428571:15:31:9:29:16:32:19:29 chr1 117142868 . CA TG 352.62 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00998018;FXX=0.0303;HRUN=3;LEN=2;MLLD=142.741;QD=14.6925;RBI=0.0145595;REFB=-0.00992993;REVB=0.0106007;RO=55;SAF=26;SAR=12;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972734;STB=0.565182;STBP=0.35;TYPE=mnp;VARB=0.0142399;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:55:58:38:38:0.395833:12:26:33:22:12:26:34:24 chr1 117146504 . G A 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00699355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.147;QD=1.61382;RBI=0.0105838;REFB=-0.00230572;REVB=0.00794396;RO=74;SAF=2;SAR=6;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358114;STB=0.775808;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0210708;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:6:2:42:32:6:2:42:32 chr1 117150928 . C T 414.63 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0479319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.745;QD=19.0632;RBI=0.0511257;REFB=-0.0284443;REVB=-0.017787;RO=45;SAF=29;SAR=12;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430945;STB=0.502007;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0261087;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:45:41:42:0.482759:12:29:32:13:12:30:32:13 chr1 117150933 . G A 365.63 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.019707;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.235;QD=18.0556;RBI=0.0261544;REFB=-0.0228563;REVB=-0.0171955;RO=43;SAF=28;SAR=10;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192606;STB=0.510774;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00966396;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:43:43:38:38:0.469136:10:28:31:12:10:28:31:12 chr1 117156418 . G A 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000571603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.769;QD=13.5807;RBI=0.0044242;REFB=-0.0281328;REVB=0.00438712;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234306;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0294661;OID=.;OPOS=117156418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:16:12:11:6:16:12 chr1 117156459 . C T 127.68 PASS AF=0.210526;AO=19;DP=93;FAO=20;FDP=95;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=0.0571973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2078;QD=5.37599;RBI=0.0621501;REFB=0.00198094;REVB=-0.0243125;RO=74;SAF=8;SAR=11;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36452;STB=0.706243;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00620896;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:74:75:19:20:0.210526:11:8:53:21:11:9:54:21 chr1 117156490 . T C 132.82 PASS AF=0.205607;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=107;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=22;FWDB=-0.0211076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3097;QD=4.96538;RBI=0.0510785;REFB=-0.00481546;REVB=-0.0465132;RO=78;SAF=11;SAR=11;SRF=58;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31448;STB=0.69144;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0228507;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:107:78:85:22:22:0.205607:11:11:58:20:11:11:63:22 chr1 117156584 . TG CA 47.95 PASS AF=0.107843;AO=10;DP=103;FAO=11;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=29;FWDB=-0.0383259;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.181;QD=1.88054;RBI=0.0912988;REFB=-0.0162063;REVB=-0.0828649;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=44;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475353;STB=0.544301;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.0782814;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:103:102:49:91:10:11:0.107843:4:6:44:5:4:7:62:29 chr1 117487710 . AT GA 362.04 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299263;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=2;MLLD=217.973;QD=55.6979;RBI=0.0331472;REFB=0;REVB=-0.0142532;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.94386e-05;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 117503940 . G A 472.96 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.000366517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.789;QD=21.2565;RBI=0.0077909;REFB=-0.00305256;REVB=-0.00778227;RO=43;SAF=32;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31033;STB=0.674423;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00253367;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:43:45:46:0.516854:13:32:16:27:13:33:16:27 chr1 117529458 . G A 603.86 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0168032;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.251;QD=17.1308;RBI=0.0216098;REFB=-0.0068878;REVB=0.013588;RO=77;SAF=45;SAR=18;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223282;STB=0.629096;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00880723;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:78:63:63:0.446809:18:45:39:38:18:45:39:39 chr1 117530273 . A G 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0324634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1468;QD=16.5251;RBI=0.0436237;REFB=0.000154981;REVB=0.0291403;RO=29;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325251;STB=0.685087;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000892068;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:6:19:13:16:6:19:13:16 chr1 117559726 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.685;QD=64.4151;RBI=0.0105214;REFB=0;REVB=-0.00934794;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77262e-05;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 117560818 . A G 119.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0245968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8536;QD=13.6576;RBI=0.0404846;REFB=0.0128011;REVB=0.0321559;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146058;STB=0.585244;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0187708;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:9:12:6:8:9:12 chr1 117560929 . C A 446.35 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00703012;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.73;QD=17.5041;RBI=0.00721573;REFB=-0.0102915;REVB=0.00162607;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167248;STB=0.505031;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0105343;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:53:54:48:48:0.470588:20:28:30:23:20:28:31:23 chr1 117568200 . G A 498.66 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=45;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=0.0141662;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.211;QD=23.4663;RBI=0.0141764;REFB=-0.0053912;REVB=0.000536543;RO=37;SAF=45;SAR=2;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35925;STB=0.700276;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00469894;OID=.;OPOS=117568200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:38:47:47:0.552941:2:45:31:6:2:45:32:6 chr1 117602960 . C A 399.45 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0127148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5629;QD=18.579;RBI=0.0271485;REFB=-0.0199772;REVB=0.023987;RO=45;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797663;STB=0.544329;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0223898;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:25:16:14:31:25:16:14:31 chr1 117603156 . G T 549.06 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0532969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.535;QD=26.4609;RBI=0.0541307;REFB=-0.0210465;REVB=0.00946418;RO=32;SAF=15;SAR=35;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180752;STB=0.594125;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0132789;OID=.;OPOS=117603156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:33:50:50:0.60241:35:15:17:15:35:15:17:16 chr1 117617705 . A G 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000820967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7051;QD=25.366;RBI=0.0484836;REFB=-0.024452;REVB=0.0484766;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746985;STB=0.541626;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0181251;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:6:8:14:7:6:8 chr1 117618067 . C T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00415047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.377;QD=5.78796;RBI=0.00998586;REFB=-0.0259597;REVB=-0.00908246;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413825;STB=0.765061;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.028916;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:2:5:8:15:2:5:8:15 chr1 117656088 . A G 177.19 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00312736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.231;QD=12.2199;RBI=0.00372687;REFB=-0.0310667;REVB=0.0020271;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633627;STB=0.548735;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0422165;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:7:15:22:13:7:15:22:14 chr1 117659292 . C T 375.38 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00746457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9806;QD=18.3112;RBI=0.0460854;REFB=-0.0515884;REVB=-0.0454769;RO=40;SAF=19;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567455;STB=0.511578;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0344427;OID=.;OPOS=117659292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:40:43:39:39:0.47561:20:19:17:23:20:19:20:23 chr1 117712792 . T C 244.79 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00314429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.001;QD=17.4846;RBI=0.0113324;REFB=-0.021554;REVB=0.0108875;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126582;STB=0.557598;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0223912;OID=.;OPOS=117712792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:10:16:14:15:11:16:14:15 chr1 117715026 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.126;QD=58.5878;RBI=0.0125467;REFB=0;REVB=-0.00365649;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72902e-05;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 117785931 . G A 713.95 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360969;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5054;QD=59.4959;RBI=0.0169186;REFB=-0.0595999;REVB=-0.0165291;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635037;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:48:0:0:44:48:1:18:26:0:0:18:30:0:0 chr1 117785979 . T C 582.24 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0067175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1224;QD=58.2242;RBI=0.0542354;REFB=-0.019808;REVB=-0.0538178;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00313693;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chr1 118065841 . A G 669.63 PASS AF=0.459459;AO=68;DP=148;FAO=68;FDP=148;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00395771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.813;QD=18.0981;RBI=0.0134076;REFB=-0.0208605;REVB=-0.0128101;RO=78;SAF=41;SAR=27;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137604;STB=0.576746;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0219676;OID=.;OPOS=118065841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:78:80:68:68:0.459459:27:41:36:42:27:41:37:43 chr1 118165577 . C G 648.77 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0149356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3368;QD=18.5362;RBI=0.0178989;REFB=0.00177316;REVB=-0.00986406;RO=74;SAF=22;SAR=44;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154424;STB=0.585832;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00182956;OID=.;OPOS=118165577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:44:22:36:38:44:22:36:38 chr1 118165691 . C G 400.12 PASS AF=0.477273;AO=40;DP=86;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0128084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.616;QD=18.1872;RBI=0.0238948;REFB=-0.0243535;REVB=0.0201719;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312755;STB=0.511358;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.024286;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:46:46:40:42:0.477273:19:21:24:22:21:21:24:22 chr1 118165973 . C T 1423.7 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447947;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.934;QD=61.9002;RBI=0.00694781;REFB=-0.106714;REVB=0.00531098;RO=1;SAF=61;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770835;STB=0.504064;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000406194;OID=.;OPOS=118165973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:30:61:1:0:30:61:1:0 chr1 118166096 . C T 316.57 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=0.00953825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.348;QD=12.4144;RBI=0.0147141;REFB=-0.0321982;REVB=0.0112039;RO=63;SAF=25;SAR=13;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501753;STB=0.532147;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0517233;OID=.;OPOS=118166096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:63:64:38:38:0.372549:13:25:44:19:13:25:45:19 chr1 118166750 . A G,T 372.46 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=22,5;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152565,-0.0356125;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.244,141.336;QD=55.1796;RBI=0.0299541,0.049228;REFB=0,0;REVB=-0.0257776,-0.0339875;RO=0;SAF=15,4;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.79751e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000380658,0.0930594;OID=.,.;OPOS=118166750,118166750;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:27:27:0:0:22,5:26,1:0.962963,0.037037:7,1:15,4:0:0:7,1:19,0:0:0 chr1 118166904 . CCT C 125.24 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0333528;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.902;QD=9.27737;RBI=0.0335366;REFB=-0.0236898;REVB=0.00350549;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236457;STB=0.636235;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.0308431;OID=.;OPOS=118166905;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:21:55:21:54:33:8:13:20:13:99:33:8:13:20:13 chr1 118167653 . C T 284.88 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0240462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.711;QD=20.7185;RBI=0.0240473;REFB=-0.013181;REVB=0.0002333;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151686;STB=0.563595;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00577303;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:23:25:28:30:0.545455:15:13:15:8:15:15:16:9 chr1 118168611 . GC AA,GCAAA 362.76 PASS AF=0.184615,0.4;AO=12,20;DP=66;FAO=12,26;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=2,15;FSAR=10,11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0122581,0.0333399;FXX=0.0151492;HRUN=4,2;LEN=2,3;MLLD=197.424,43.9317;QD=22.3237;RBI=0.0123736,0.0413734;REFB=-0.00728099,-0.00436321;REVB=-0.00168672,-0.0244992;RO=25;SAF=2,11;SAR=10,9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.333258,0.145177;STB=0.736395,0.567633;STBP=0.07,0.368;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00733366,0.00637961;OID=.,.;OPOS=118168611,118168613;OREF=GC,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=AA,GCAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:65:25:27:12,20:12,26:0.184615,0.4:10,9:2,11:10:15:10,11:2,15:12:15 chr1 118168826 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0189313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.65;QD=12.8732;RBI=0.0189314;REFB=-0.0140078;REVB=6.80736e-05;RO=32;SAF=14;SAR=5;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642563;STB=0.537152;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0170745;OID=.;OPOS=118168826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:5:14:25:7:5:14:25:7 chr1 118494625 . C T 862.18 PASS AF=0.576642;AO=79;DP=137;FAO=79;FDP=137;FR=.;FRO=58;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0292231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0143;QD=25.1731;RBI=0.0656487;REFB=0.00374112;REVB=-0.0587857;RO=57;SAF=47;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127366;STB=0.511354;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00412003;OID=.;OPOS=118494625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:57:58:79:79:0.576642:32:47:33:24:32:47:33:25 chr1 118530796 . C T 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0122109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.084;QD=15.2682;RBI=0.0128065;REFB=-0.00381922;REVB=-0.00386019;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109997;STB=0.549259;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00385152;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:10:16:23:9:10:16:23:10 chr1 118537074 . A G 2001.09 PASS AF=1;AO=112;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.646;QD=61.5719;RBI=0.0322709;REFB=0;REVB=0.0247715;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769805;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:112:130:1:45:67:0:0:49:81:0:0 chr1 118624123 . C T 1011.73 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206574;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.47;QD=59.5133;RBI=0.0254982;REFB=0;REVB=0.0149475;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55162e-06;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr1 118629599 . G A 1415.6 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00309332;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.384;QD=60.8859;RBI=0.0469598;REFB=-0.156895;REVB=0.0468578;RO=2;SAF=57;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549325;STB=0.504347;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00072885;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:2:1:91:92:0.989247:34:57:1:1:35:57:1:0 chr1 118644430 . A G 840.09 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000434017;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5193;QD=57.9369;RBI=0.0181895;REFB=0;REVB=-0.0181844;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237462;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr1 118657952 . C T 1511.88 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.571;QD=58.1493;RBI=0.0317782;REFB=0;REVB=-0.00369356;RO=1;SAF=50;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136474;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:1:0:102:104:1:52:50:1:0:52:52:0:0 chr1 118807059 . T C 1211.64 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000813278;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.007;QD=61.3487;RBI=0.0158407;REFB=0;REVB=0.0158198;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38087e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr1 119427454 . G A 305.14 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0035754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.426;QD=15.6484;RBI=0.00882494;REFB=-0.0167351;REVB=-0.00806821;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576609;STB=0.525626;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0178615;OID=.;OPOS=119427454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:17:17:19:24:17:17:20:24 chr1 119923724 . T C 425.11 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.00832169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.224;QD=13.8248;RBI=0.0144854;REFB=-0.011857;REVB=0.0118565;RO=73;SAF=37;SAR=12;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160995;STB=0.588701;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0214951;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:74:49:49:0.398374:12:37:46:27:12:37:47:27 chr1 120057158 . C T 323.06 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000300741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.948;QD=16.7822;RBI=0.00729768;REFB=-0.00730631;REVB=-0.00729148;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323183;STB=0.533709;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00826605;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:42:42:33:35:0.454545:17:16:19:23:17:18:19:23 chr1 120057246 . C A 573.02 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00359654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3646;QD=55.9045;RBI=0.0983803;REFB=0.04491;REVB=-0.0983146;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594803;STB=0.503175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0043011;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:1:1:17:22:1:1 chr1 120164738 . C T 1674.07 PASS AF=0.991525;AO=112;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.6112;QD=56.7482;RBI=0.144629;REFB=-0.141181;REVB=0.140859;RO=4;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306006;STB=0.503936;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00412426;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:118:4:1:112:117:0.991525:60:52:0:4:63:54:0:1 chr1 120165826 . C T 96.21 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.184666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.289;QD=34.985;RBI=0.187732;REFB=-0.146509;REVB=0.0337868;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0140292;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr1 120166681 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.629;QD=56.1916;RBI=0.0256675;REFB=0;REVB=-0.00513242;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98075e-05;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 120267544 . C T 255.16 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0148785;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7431;QD=13.255;RBI=0.0444705;REFB=-0.0165729;REVB=-0.0419077;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157186;STB=0.590001;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0332645;OID=.;OPOS=120267544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:19:11:24:23:19:11:24:23 chr1 120267597 . GC G 59.38 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.255867;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.8648;QD=5.93815;RBI=0.291691;REFB=-0.00683869;REVB=-0.140055;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0.298411;SSEP=0;SSSB=-0.0634537;STB=0.549917;STBP=0.723;TYPE=del;VARB=-0.0352141;OID=.;OPOS=120267598;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:12:41:12:40:28:6:6:16:12:59:27:6:6:15:12 chr1 120285546 . G A 2739.13 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=178;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0023419;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.392;QD=61.9013;RBI=0.0117248;REFB=-0.0452613;REVB=0.0114885;RO=1;SAF=77;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006142;STB=0.503225;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000115392;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:177:1:1:176:176:0.99435:99:77:1:0:99:77:1:0 chr1 120291724 . G A 685.19 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0468924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.088;QD=58.314;RBI=0.0723031;REFB=-0.130609;REVB=0.0550349;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.524989;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0024108;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:0:2:45:45:0.957447:19:26:0:0:19:26:0:2 chr1 120341202 . A G 50.57 PASS AF=0.123596;AO=10;DP=88;FAO=11;FDP=89;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.0337976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.895;QD=2.27289;RBI=0.0354751;REFB=-0.000911713;REVB=0.0107798;RO=78;SAF=1;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468455;STB=0.8709;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.065494;OID=.;OPOS=120341202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:88:89:78:78:10:11:0.123596:9:1:35:43:10:1:35:43 chr1 120378678 . C T 603.37 PASS AF=0.45;AO=63;DP=140;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0099404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8178;QD=17.239;RBI=0.00998497;REFB=-0.00432169;REVB=-0.000942374;RO=76;SAF=32;SAR=31;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180655;STB=0.513497;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00564925;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:77:63:63:0.45:31:32:40:36:31:32:41:36 chr1 120384205 . A G 397.29 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0195799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2366;QD=18.0585;RBI=0.0314404;REFB=-0.025431;REVB=0.0245993;RO=47;SAF=29;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204448;STB=0.61472;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0294018;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:12:29:24:23:12:29:24:23 chr1 120387120 . G A 601.09 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0792515;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.573;QD=18.354;RBI=0.0923492;REFB=0.0118553;REVB=0.0474085;RO=69;SAF=19;SAR=43;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758381;STB=0.542155;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.0118017;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:69:69:62:62:0.473282:43:19:26:43:43:19:26:43 chr1 120458220 . AG A 35.65 PASS AF=0.32;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0527134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0403;QD=5.70321;RBI=0.104539;REFB=-0.0274373;REVB=0.0902762;RO=15;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.769222;STB=0.764058;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0772156;OID=.;OPOS=120458221;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:5:25:8:25:17:2:6:11:6:35:15:0:5:11:4 chr1 120539331 . C T 308.96 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0155614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.482;QD=10.0474;RBI=0.0223418;REFB=-0.0102339;REVB=0.0160313;RO=81;SAF=29;SAR=11;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309259;STB=0.673458;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0177971;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:81:83:40:40:0.325203:11:29:38:43:11:29:40:43 chr1 120611554 . TT CG 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00232828;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=280.723;QD=4.30363;RBI=0.00537273;REFB=-0.0038578;REVB=0.00484204;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112425;STB=0.577511;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.0172978;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:11:15:4:2:11:15 chr1 120611876 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0154628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.641;QD=11.0896;RBI=0.0154628;REFB=-0.0380021;REVB=0;RO=6;SAF=5;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168484;OID=.;OPOS=120611876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:0:5:6:0:0:5:6:0 chr1 120611964 . G C 40.33 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0391146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.228;QD=14.6639;RBI=0.0466095;REFB=-0.0170957;REVB=-0.0253474;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.022613;OID=.;OPOS=120611964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:4:5:6:6:0.545455:1:5:3:1:1:5:3:2 chr1 120927147 . C G 32.41 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0278992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.645;QD=16.2068;RBI=0.0311966;REFB=0.0240787;REVB=0.0139592;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00298186;OID=.;OPOS=120927147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:2:3:5:5:0.625:1:4:1:1:1:4:2:1 chr1 121116688 . A G 261.03 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0160803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1948;QD=14.7057;RBI=0.0251955;REFB=-0.0178422;REVB=0.0193969;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681445;STB=0.526864;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.032009;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:10:20:29:11:10:20:29:12 chr1 142667306 . C T 170.16 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.05659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.376;QD=26.1778;RBI=0.0581401;REFB=-0.0181253;REVB=-0.0133357;RO=8;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249318;STB=0.590794;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00678769;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:8:9:16:17:0.653846:13:3:4:4:13:4:4:5 chr1 144014051 . G A 295.52 PASS AF=0.228856;AO=46;DP=202;FAO=46;FDP=201;FR=.;FRO=155;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=0.0118369;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5228;QD=5.881;RBI=0.0120951;REFB=-0.00692726;REVB=-0.00248587;RO=155;SAF=25;SAR=21;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197048;STB=0.501198;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0160176;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:155:155:46:46:0.228856:21:25:84:71:21:25:84:71 chr1 144014068 . T C 719.36 PASS AF=0.490066;AO=74;DP=151;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0204749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.345;QD=19.056;RBI=0.0257536;REFB=-0.0236668;REVB=0.0156213;RO=77;SAF=42;SAR=32;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569672;STB=0.531445;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0287487;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:77:74:74:0.490066:32:42:39:38:32:42:39:38 chr1 144534038 . A G 298.23 PASS AF=0.204918;AO=50;DP=244;FAO=50;FDP=244;FR=.;FRO=194;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=120;FSRR=74;FWDB=-0.0193876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.189;QD=4.88904;RBI=0.0289906;REFB=-0.0147409;REVB=-0.0215541;RO=190;SAF=28;SAR=22;SRF=118;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807188;STB=0.547761;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0585647;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:190:194:50:50:0.204918:22:28:118:72:22:28:120:74 chr1 144534045 . T C 2353.61 PASS AF=0.689046;AO=192;DP=283;FAO=195;FDP=283;FR=.;FRO=88;FSAF=125;FSAR=70;FSRF=59;FSRR=29;FWDB=0.0109251;FXX=0.0070173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.603;QD=33.2666;RBI=0.0252186;REFB=-0.0297463;REVB=0.0227292;RO=88;SAF=123;SAR=69;SRF=59;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191358;STB=0.509997;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0146444;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:88:88:192:195:0.689046:69:123:59:29:70:125:59:29 chr1 144534053 . G A 169.72 PASS AF=0.130435;AO=42;DP=324;FAO=42;FDP=322;FR=.;FRO=280;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=179;FSRR=101;FWDB=-0.0349519;FXX=0.00617265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2493;QD=2.10827;RBI=0.0461861;REFB=-0.00380936;REVB=0.0301915;RO=277;SAF=35;SAR=7;SRF=176;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309292;STB=0.716063;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0190989;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:322:277:280:42:42:0.130435:7:35:176:101:7:35:179:101 chr1 144534076 . G A 634.15 PASS AF=0.241463;AO=98;DP=417;FAO=99;FDP=410;FR=.;FRO=311;FSAF=66;FSAR=33;FSRF=198;FSRR=113;FWDB=0.00141499;FXX=0.0167862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.513;QD=6.1868;RBI=0.0107642;REFB=-0.00242223;REVB=-0.0106708;RO=289;SAF=66;SAR=32;SRF=197;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117747;STB=0.525175;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00492656;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:410:289:311:98:99:0.241463:32:66:197:92:33:66:198:113 chr1 144534082 . TC CT,TT 4933.97 PASS AF=0.183771,0.701671;AO=77,276;DP=435;FAO=77,294;FDP=419;FR=.;FRO=48;FSAF=51,191;FSAR=26,103;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00225531,-0.0320046;FXX=0.0367808;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=226.132,52.936;QD=47.1024;RBI=0.0247136,0.0324079;REFB=-0.00134919,0.0144988;REVB=-0.0246105,-0.00509658;RO=50;SAF=51,182;SAR=26,94;SRF=22;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169138,0.0691829;STB=0.582835,0.528982;STBP=0.026,0.007;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0134128,-0.0242797;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:435:419:50:48:77,276:77,294:0.183771,0.701671:26,94:51,182:22:28:26,103:51,191:22:26 chr1 144534084 . C G 69.67 PASS AF=0.0818182;AO=24;DP=441;FAO=36;FDP=440;FR=.;FRO=404;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=249;FSRR=155;FWDB=-0.00686034;FXX=0.0200441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.656;QD=0.633364;RBI=0.0371199;REFB=-0.000689907;REVB=-0.0364805;RO=387;SAF=12;SAR=12;SRF=241;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130643;STB=0.582267;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.134334;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:441:440:387:404:24:36:0.0818182:12:12:241:146:17:19:249:155 chr1 144534092 . G A 4223.64 PASS AF=0.693548;AO=343;DP=497;FAO=344;FDP=496;FR=.;FRO=152;FSAF=195;FSAR=149;FSRF=98;FSRR=54;FWDB=0.0115826;FXX=0.00201203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.309;QD=34.0616;RBI=0.013556;REFB=-0.019235;REVB=-0.00704343;RO=117;SAF=195;SAR=148;SRF=80;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566914;STB=0.524457;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0190938;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:496:117:152:343:344:0.693548:148:195:80:37:149:195:98:54 chr1 144534096 . T C 4610.21 PASS AF=0.711832;AO=374;DP=528;FAO=373;FDP=524;FR=.;FRO=151;FSAF=218;FSAR=155;FSRF=87;FSRR=64;FWDB=-0.000285399;FXX=0.00945162;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.492;QD=35.1924;RBI=0.000873308;REFB=-0.012381;REVB=-0.000825358;RO=138;SAF=218;SAR=156;SRF=84;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134734;STB=0.502457;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00468572;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:528:524:138:151:374:373:0.711832:156:218:84:54:155:218:87:64 chr1 144534186 . TCG T 921.29 PASS AF=0.22093;AO=142;DP=697;FAO=152;FDP=688;FR=.;FRO=536;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=259;FSRR=277;FWDB=-0.0214933;FXX=0.0143264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.367;QD=5.35633;RBI=0.0362527;REFB=-0.0109639;REVB=-0.0291942;RO=511;SAF=65;SAR=77;SRF=254;SRR=257;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507399;STB=0.507434;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.0360954;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22093:142:697:152:688:536:72:80:259:277:99:511:65:77:254:257 chr1 144615283 . C T 1463.55 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0511017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.637;QD=60.9811;RBI=0.0511175;REFB=0.0637042;REVB=0.00126807;RO=2;SAF=36;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256071;STB=0.513511;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00182843;OID=.;OPOS=144615283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:96:2:2:93:94:0.979167:57:36:2:0:58:36:2:0 chr1 144617251 . A G 215.22 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0257392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0871;QD=15.1034;RBI=0.0559139;REFB=-0.0185659;REVB=-0.0496373;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175007;STB=0.599916;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0448818;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:14:18:18:7:14:18 chr1 144618144 . A G 1476.26 PASS AF=0.962963;AO=101;DP=106;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0149345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.719;QD=54.6762;RBI=0.0253769;REFB=-0.0612703;REVB=0.020517;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.516126;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0016203;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:108:0:4:101:104:0.962963:57:44:0:0:60:44:0:4 chr1 144619346 . G A 522.65 PASS AF=0.463918;AO=37;DP=96;FAO=45;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00121216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.693;QD=21.5527;RBI=0.0317415;REFB=-0.0259592;REVB=0.0317183;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106912;STB=0.538636;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0261906;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:46:37:45:0.463918:19:18:17:28:25:20:17:29 chr1 144619354 . C T 597.76 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0065816;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.829;QD=22.346;RBI=0.0100987;REFB=-0.0589952;REVB=-0.00765943;RO=45;SAF=24;SAR=35;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126215;STB=0.505095;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0229451;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:45:48:59:59:0.551402:35:24:19:26:35:24:19:29 chr1 144621555 . A G 30.42 PASS AF=0.0670732;AO=11;DP=166;FAO=11;FDP=164;FR=.,HEALED;FRO=153;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=83;FSRR=70;FWDB=0.00407735;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.367;QD=0.741967;RBI=0.0710514;REFB=-0.00162244;REVB=-0.0709343;RO=130;SAF=4;SAR=7;SRF=72;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20951;STB=0.66383;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0214926;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:166:164:130:153:11:11:0.0670732:7:4:72:58:7:4:83:70 chr1 144811836 . G A 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00957572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.603;QD=59.4248;RBI=0.0382067;REFB=-0.0210073;REVB=0.0369873;RO=1;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375076;STB=0.51999;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000702512;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:12:30:0:1:12:30:0:1 chr1 144811924 . T G 2938.81 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2327;QD=62.5279;RBI=0.0451115;REFB=0;REVB=0.0262627;RO=1;SAF=106;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250939;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:186:188:1:0:184:188:1:78:106:0:1:80:108:0:0 chr1 144852390 . C T 105.49 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00893512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.618;QD=4.17798;RBI=0.0224422;REFB=-0.00509925;REVB=-0.0205868;RO=83;SAF=10;SAR=8;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627864;STB=0.540793;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0210405;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:83:83:18:18:0.178218:8:10:42:41:8:10:42:41 chr1 144852450 . G A 67.77 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=131;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.00429713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.522;QD=2.02306;RBI=0.0740685;REFB=0.00196945;REVB=0.0739438;RO=115;SAF=5;SAR=11;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258669;STB=0.693637;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0116409;OID=.;OPOS=144852450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:131:134:115:118:16:16:0.119403:11:5:60:55:11:5:63:55 chr1 144852476 . TG CA,CG 403.5 PASS AF=0.137931,0.284483;AO=16,32;DP=116;FAO=16,33;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=5,15;FSAR=11,18;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00110955,-0.0277985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=150.413,122.695;QD=13.9139;RBI=0.0315319,0.0296864;REFB=-0.00803858,-0.0171227;REVB=-0.0315124,-0.0104175;RO=67;SAF=5,15;SAR=11,17;SRF=42;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.381311,-0.182662;STB=0.741468,0.613937;STBP=0.04,0.1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0134732,0.023693;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:116:116:67:67:16,32:16,33:0.137931,0.284483:11,17:5,15:42:25:11,18:5,15:42:25 chr1 144852522 . C T 93.95 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.000261645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.318;QD=4.47391;RBI=0.0156721;REFB=-0.00246219;REVB=0.0156699;RO=68;SAF=5;SAR=11;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290879;STB=0.687266;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0180023;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:11:5:37:31:11:5:37:31 chr1 144854180 . T C 551.59 PASS AF=0.221675;AO=89;DP=406;FAO=90;FDP=406;FR=.;FRO=316;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=173;FSRR=143;FWDB=-0.0196285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.815;QD=5.43439;RBI=0.0213533;REFB=-0.00829959;REVB=0.00840748;RO=311;SAF=49;SAR=40;SRF=169;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924882;STB=0.502373;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0317485;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:406:311:316:89:90:0.221675:40:49:169:142:41:49:173:143 chr1 144854528 . A G 453.51 PASS AF=0.361842;AO=55;DP=152;FAO=55;FDP=152;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=61;FWDB=0.00237063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.99;QD=11.9345;RBI=0.0248495;REFB=-0.00863762;REVB=0.0247362;RO=97;SAF=18;SAR=37;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544192;STB=0.531089;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0174766;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:97:97:55:55:0.361842:37:18:36:61:37:18:36:61 chr1 144854537 . T C 593.12 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=64;FWDB=0.00113411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.881;QD=14.0383;RBI=0.02241;REFB=-0.0147343;REVB=-0.0223813;RO=101;SAF=20;SAR=48;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882855;STB=0.549824;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0259307;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:101:68:68:0.402367:48:20:37:64:48:20:37:64 chr1 144854581 . T C 337.15 PASS AF=0.21374;AO=56;DP=260;FAO=56;FDP=262;FR=.;FRO=206;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=85;FSRR=121;FWDB=0.0436837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8218;QD=5.14727;RBI=0.0448263;REFB=-0.00707983;REVB=-0.0100564;RO=204;SAF=20;SAR=36;SRF=84;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073922;STB=0.546226;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0273904;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:262:204:206:56:56:0.21374:36:20:84:120:36:20:85:121 chr1 144854594 . G T 296.78 PASS AF=0.192029;AO=53;DP=276;FAO=53;FDP=276;FR=.;FRO=223;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=91;FSRR=132;FWDB=-0.0250474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.524;QD=4.30111;RBI=0.025379;REFB=-0.00886392;REVB=-0.00408953;RO=222;SAF=19;SAR=34;SRF=90;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640895;STB=0.542484;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0322673;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:222:223:53:53:0.192029:34:19:90:132:34:19:91:132 chr1 144854597 . T C 1801.07 PASS AF=0.726277;AO=97;DP=275;FAO=199;FDP=274;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=75;FSAR=124;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0417397;FXX=0.014388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2298;QD=26.2929;RBI=0.0454294;REFB=-0.0818088;REVB=0.0179341;RO=70;SAF=33;SAR=64;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119574;STB=0.534912;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0516614;OID=.;OPOS=144854597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:274:70:74:97:199:0.726277:64:33:34:36:124:75:37:37 chr1 144855782 . C T 142.56 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0548881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.313;QD=8.26441;RBI=0.058946;REFB=-0.0237031;REVB=-0.0214925;RO=48;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581145;STB=0.528922;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0491771;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:7:13:29:19:7:13:30:19 chr1 144855812 . T C 263.32 PASS AF=0.518519;AO=26;DP=52;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0241147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.342;QD=19.5055;RBI=0.0388138;REFB=-0.0158305;REVB=0.0304136;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308275;STB=0.519986;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00884209;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:24:26:26:28:0.518519:11:15:13:11:13:15:15:11 chr1 144865850 . G T 969.68 PASS AF=0.382759;AO=111;DP=290;FAO=111;FDP=290;FR=.;FRO=179;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=106;FSRR=73;FWDB=-0.023204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.619;QD=13.3749;RBI=0.0232373;REFB=-0.00432059;REVB=-0.0012436;RO=179;SAF=64;SAR=47;SRF=106;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175736;STB=0.50989;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00777362;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:179:179:111:111:0.382759:47:64:106:73:47:64:106:73 chr1 144866643 . G A 644.14 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=162;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=33;FWDB=-0.00432146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.015;QD=15.9048;RBI=0.00562242;REFB=-0.0215863;REVB=-0.00359674;RO=90;SAF=43;SAR=28;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293072;STB=0.518799;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0275027;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:90:91:71:71:0.438272:28:43:57:33:28:43:58:33 chr1 144866662 . T C 1155.14 PASS AF=0.676056;AO=95;DP=140;FAO=96;FDP=142;FR=.;FRO=46;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.018429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0965;QD=32.5393;RBI=0.0185077;REFB=-0.024255;REVB=-0.00170533;RO=44;SAF=57;SAR=38;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795362;STB=0.546582;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0154811;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:44:46:95:96:0.676056:38:57:32:12:38:58:34:12 chr1 144868170 . C T 437.75 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00721471;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.463;QD=18.8279;RBI=0.00961575;REFB=-0.0135174;REVB=0.00635694;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147983;STB=0.582651;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0186979;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:49:44:44:0.473118:29:15:24:25:29:15:24:25 chr1 144871738 . C A 186.86 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.00642297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.181;QD=6.12653;RBI=0.0100517;REFB=-0.0165958;REVB=-0.00773187;RO=92;SAF=19;SAR=10;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336804;STB=0.517315;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0719749;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:92:93:29:29:0.237705:10:19:58:34:10:19:59:34 chr1 144871755 . A T 79.63 PASS AF=0.153061;AO=15;DP=98;FAO=15;FDP=98;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.00364937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.579;QD=3.2502;RBI=0.0203412;REFB=-0.00628357;REVB=-0.0200112;RO=80;SAF=4;SAR=11;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431263;STB=0.785365;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0502181;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:98:80:83:15:15:0.153061:11:4:50:30:11:4:52:31 chr1 144871782 . A G 111.48 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.034699;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.711;QD=5.06742;RBI=0.0431989;REFB=-0.015174;REVB=-0.0257318;RO=66;SAF=4;SAR=14;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441947;STB=0.792787;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0554074;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:66:70:18:18:0.204545:14:4:38:28:14:4:42:28 chr1 144873887 . C T 1042.36 PASS AF=0.421245;AO=115;DP=273;FAO=115;FDP=273;FR=.;FRO=158;FSAF=79;FSAR=36;FSRF=140;FSRR=18;FWDB=-0.00636198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7017;QD=15.2727;RBI=0.00639882;REFB=-0.0126032;REVB=-0.000685716;RO=157;SAF=79;SAR=36;SRF=139;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270233;STB=0.648868;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161824;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:157:158:115:115:0.421245:36:79:139:18:36:79:140:18 chr1 144874760 . T C 608.69 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00545707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.912;QD=16.3407;RBI=0.0105904;REFB=-0.0194943;REVB=-0.00907618;RO=84;SAF=37;SAR=27;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315629;STB=0.521454;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0281362;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:84:85:64:64:0.42953:27:37:46:38:27:37:46:39 chr1 144874815 . T C 147.06 PASS AF=0.17931;AO=26;DP=147;FAO=26;FDP=145;FR=.;FRO=119;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.0147507;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.908;QD=4.05695;RBI=0.0290794;REFB=-0.0091635;REVB=-0.0250605;RO=116;SAF=17;SAR=9;SRF=63;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146368;STB=0.598712;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0379122;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:116:119:26:26:0.17931:9:17:63:53:9:17:64:55 chr1 144874835 . G A 357.43 PASS AF=0.309211;AO=47;DP=152;FAO=47;FDP=152;FR=.;FRO=105;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.0036579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.493;QD=9.40606;RBI=0.0295795;REFB=-0.0193552;REVB=-0.0293524;RO=104;SAF=28;SAR=19;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148008;STB=0.589353;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0392479;OID=.;OPOS=144874835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:104:105:47:47:0.309211:19:28:49:55:19:28:49:56 chr1 144875979 . G C 211.05 PASS AF=0.219355;AO=33;DP=154;FAO=34;FDP=155;FR=.;FRO=121;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=9.24055e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.85;QD=5.44648;RBI=0.0254603;REFB=-0.00717966;REVB=-0.0254601;RO=121;SAF=17;SAR=16;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703849;STB=0.532091;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0187029;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:121:121:33:34:0.219355:16:17:69:52:16:18:69:52 chr1 144877176 . C T 484.92 PASS AF=0.27686;AO=67;DP=242;FAO=67;FDP=242;FR=.;FRO=175;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=88;FSRR=87;FWDB=-0.00381047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.241;QD=8.01512;RBI=0.043916;REFB=-0.00078837;REVB=-0.0437503;RO=171;SAF=28;SAR=39;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118832;STB=0.561829;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00211617;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:171:175:67:67:0.27686:39:28:88:83:39:28:88:87 chr1 144879264 . A G 1616.7 PASS AF=0.715789;AO=123;DP=184;FAO=136;FDP=190;FR=.;FRO=54;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0110791;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.707;QD=34.0358;RBI=0.0417098;REFB=-0.0426762;REVB=0.0402114;RO=53;SAF=69;SAR=54;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244994;STB=0.515988;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0141368;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:190:53:54:123:136:0.715789:54:69:32:21:63:73:32:22 chr1 144879375 . T C 483.75 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0730079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6965;QD=12.0937;RBI=0.0748359;REFB=-0.00407121;REVB=0.0164393;RO=101;SAF=24;SAR=35;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663498;STB=0.537749;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0054774;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:101:101:59:59:0.36875:35:24:47:54:35:24:47:54 chr1 144880864 . T A 156.62 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0142475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.628;QD=7.83099;RBI=0.0271034;REFB=-0.00879366;REVB=-0.0230565;RO=56;SAF=7;SAR=15;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142166;STB=0.588152;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.017729;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:58:22:22:0.275:15:7:24:32:15:7:25:33 chr1 144882581 . A G 833.97 PASS AF=0.427907;AO=92;DP=216;FAO=92;FDP=215;FR=.;FRO=123;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.0139809;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1184;QD=15.5158;RBI=0.0253937;REFB=-0.0183322;REVB=-0.0211984;RO=123;SAF=48;SAR=44;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152748;STB=0.508514;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0313921;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:123:123:92:92:0.427907:44:48:66:57:44:48:66:57 chr1 144882823 . C T 415.71 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=105;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0165996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.108;QD=15.5405;RBI=0.0167826;REFB=-0.0192357;REVB=0.00247162;RO=59;SAF=9;SAR=37;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110348;STB=0.555284;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0195538;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:59:60:46:47:0.439252:37:9:16:43:37:10:17:43 chr1 144886197 . A T 547.54 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0153171;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.154;QD=15.7566;RBI=0.0155191;REFB=-0.0166024;REVB=-0.00249568;RO=80;SAF=30;SAR=29;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343659;STB=0.519252;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0222151;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:80:80:59:59:0.42446:29:30:38:42:29:30:38:42 chr1 144892089 . G T 286.17 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0380393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4603;QD=18.1697;RBI=0.0791547;REFB=0.00418105;REVB=-0.0694152;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195478;STB=0.611576;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00729269;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:31:31:0.492063:10:21:14:16:10:21:15:17 chr1 144892149 . G A 296.35 PASS AF=0.434211;AO=31;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0311762;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.025;QD=15.5974;RBI=0.0313046;REFB=-0.0338118;REVB=0.00283182;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163868;STB=0.501994;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0514535;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:43:31:33:0.434211:15:16:21:21:16:17:22:21 chr1 144909956 . G A 107.94 PASS AF=0.236111;AO=16;DP=71;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0645819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.249;QD=5.99678;RBI=0.0662358;REFB=-0.0177032;REVB=-0.0147092;RO=54;SAF=3;SAR=13;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362587;STB=0.736531;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0541872;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:54:55:16:17:0.236111:13:3:24:30:14:3:24:31 chr1 144912153 . A G 3113.97 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.069;QD=63.8763;RBI=0.0379288;REFB=0;REVB=0.0374386;RO=0;SAF=105;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79598e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56367e-05;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:195:0:0:189:195:1:84:105:0:0:88:107:0:0 chr1 144912233 . C T 630.06 PASS AF=0.432099;AO=69;DP=161;FAO=70;FDP=162;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.0192234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.802;QD=15.5569;RBI=0.0193233;REFB=-0.00482099;REVB=-0.00196268;RO=91;SAF=25;SAR=44;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116801;STB=0.556639;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00547969;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:91:92:69:70:0.432099:44:25:43:48:44:26:43:49 chr1 144915561 . G A 1182.06 PASS AF=0.461255;AO=124;DP=270;FAO=125;FDP=271;FR=.;FRO=146;FSAF=78;FSAR=47;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=-0.0114805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.863;QD=17.4474;RBI=0.013836;REFB=-0.0189541;REVB=0.00772234;RO=145;SAF=78;SAR=46;SRF=81;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719697;STB=0.535165;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0200297;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:271:145:146:124:125:0.461255:46:78:81:64:47:78:82:64 chr1 144915623 . AG A,AA 768.4 PASS AF=0.282486,0.20904;AO=50,37;DP=178;FAO=50,37;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=35,18;FSAR=15,19;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0220114,0.0142196;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.115,126.42;QD=17.365;RBI=0.0231255,0.0145558;REFB=-0.0151986,-0.0124168;REVB=-0.0070914,-0.0031105;RO=88;SAF=35,18;SAR=15,19;SRF=52;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135371,-0.124992;STB=0.579585,0.572299;STBP=0.191,0.301;TYPE=del,snp;VARB=0.0226936,0.00805439;OID=.,.;OPOS=144915624,144915624;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282486,0.20904:50,37:178:50,37:177:90:35,18:15,19:53:37:99:88:35,18:15,19:52:36 chr1 144916748 . C G 365.7 PASS AF=0.401869;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0113047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2311;QD=13.671;RBI=0.0113103;REFB=-0.028415;REVB=0.000357089;RO=64;SAF=20;SAR=22;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917188;STB=0.54425;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0328076;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:64:64:42:43:0.401869:22:20:36:28:22:21:36:28 chr1 144917546 . A G 554.72 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0107717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2301;QD=15.5167;RBI=0.0220844;REFB=-0.0130317;REVB=-0.0192792;RO=79;SAF=39;SAR=21;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126203;STB=0.573083;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0193116;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:79:83:60:60:0.41958:21:39:42:37:21:39:44:39 chr1 144917841 . T C 797.24 PASS AF=0.539007;AO=76;DP=141;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.0303254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.659;QD=22.6168;RBI=0.0353935;REFB=-0.037532;REVB=0.0182501;RO=65;SAF=36;SAR=40;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195938;STB=0.606931;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0206417;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:65:76:76:0.539007:40:36:46:19:40:36:46:19 chr1 144918957 . T A 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0113365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.425;QD=10.4707;RBI=0.0118404;REFB=-0.0086635;REVB=0.00341762;RO=51;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322713;STB=0.513447;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0118737;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:52:26:26:0.333333:16:10:21:30:16:10:21:31 chr1 144921924 . G A 315.05 PASS AF=0.198556;AO=55;DP=278;FAO=55;FDP=277;FR=.;FRO=222;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=129;FSRR=93;FWDB=-0.0385448;FXX=0.00359699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4451;QD=4.54944;RBI=0.0385607;REFB=-0.00102588;REVB=0.00110469;RO=221;SAF=40;SAR=15;SRF=129;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203701;STB=0.630147;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00474201;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:277:221:222:55:55:0.198556:15:40:129:92:15:40:129:93 chr1 144922583 . G A 502.3 PASS AF=0.4;AO=55;DP=139;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0173909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1205;QD=14.3514;RBI=0.0259548;REFB=-0.0292724;REVB=-0.0192668;RO=84;SAF=28;SAR=27;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351886;STB=0.524978;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0397174;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:84:84:55:56:0.4:27:28:40:44:27:29:40:44 chr1 144923728 . GT G 137.1 PASS AF=0.189369;AO=56;DP=307;FAO=57;FDP=301;FR=.;FRO=244;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=127;FSRR=117;FWDB=0.0763205;FXX=0.0195433;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8775;QD=1.82189;RBI=0.0790625;REFB=0.00343333;REVB=-0.0206411;RO=233;SAF=29;SAR=27;SRF=118;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147477;STB=0.523701;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=-0.00834243;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189369:56:307:57:301:244:28:29:127:117:99:233:29:27:118:115 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 1593.4 PASS AF=1;AO=100;DP=188;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195631;FXX=0.262755;HRUN=1;LEN=14;MLLD=339.675;QD=63.1048;RBI=0.0210026;REFB=0;REVB=0.0076416;RO=67;SAF=40;SAR=60;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.38841e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:188:101:101:0:40:61:0:0:8:67:40:60:50:17 chr1 144930596 . C A 492.76 PASS AF=0.372671;AO=57;DP=161;FAO=60;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=101;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.0129543;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.595;QD=12.2425;RBI=0.0161992;REFB=-0.0173092;REVB=-0.0097263;RO=70;SAF=35;SAR=22;SRF=58;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240178;STB=0.505843;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0282314;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:70:101:57:60:0.372671:22:35:58:12:25:35:58:43 chr1 144930940 . T C 470.27 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0138005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2346;QD=20.6711;RBI=0.0337467;REFB=0.0103206;REVB=0.0307959;RO=45;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701924;STB=0.538908;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00965752;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:17:29:25:20:17:29:25:20 chr1 144931330 . C T 259.41 PASS AF=0.309735;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=113;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0084805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.073;QD=9.18262;RBI=0.022141;REFB=-0.0106461;REVB=0.0204525;RO=78;SAF=17;SAR=18;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12264;STB=0.571532;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0273195;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:78:35:35:0.309735:18:17:46:32:18:17:46:32 chr1 144931392 . G A 386.42 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0190795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6916;QD=11.4495;RBI=0.0196433;REFB=-0.00225052;REVB=0.00467269;RO=88;SAF=22;SAR=25;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151703;STB=0.586818;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00333271;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:25:22:53:35:25:22:53:35 chr1 144952207 . C T 55.79 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=24;FWDB=-0.00967637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.097;QD=1.99257;RBI=0.0534022;REFB=-0.00568588;REVB=-0.0525182;RO=98;SAF=8;SAR=5;SRF=74;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199323;STB=0.641234;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0417301;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:112:112:98:99:13:13:0.116071:5:8:74:24:5:8:75:24 chr1 144952220 . C T 110.39 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=21;FWDB=-0.0156164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.171;QD=4.24579;RBI=0.0415736;REFB=-0.0059711;REVB=-0.0385291;RO=85;SAF=13;SAR=6;SRF=64;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107301;STB=0.568199;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0406469;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:85:85:19:19:0.182692:6:13:64:21:6:13:64:21 chr1 144994658 . C A 740.05 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=167;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=0.0329984;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.471;QD=17.8325;RBI=0.0366151;REFB=-0.020165;REVB=0.0158672;RO=87;SAF=61;SAR=17;SRF=60;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118801;STB=0.571617;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.027848;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:87:88:78:78:0.46988:17:61:60:27:17:61:60:28 chr1 145014103 . G C 188.77 PASS AF=0.301205;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0158292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.729;QD=9.09752;RBI=0.0317333;REFB=-0.0155553;REVB=0.0275035;RO=56;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350377;STB=0.53101;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0390547;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:56:58:25:25:0.301205:11:14:33:23:11:14:35:23 chr1 145014193 . A G 80.45 PASS AF=0.154639;AO=16;DP=98;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0149137;FXX=0.010203;HRUN=12;LEN=1;MLLD=222.395;QD=3.31749;RBI=0.0218937;REFB=-0.00869448;REVB=-0.0160285;RO=79;SAF=12;SAR=4;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319023;STB=0.712386;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0289166;OID=.;OPOS=145014193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:98:97:79:82:16:15:0.154639:4:12:40:39:4:11:40:42 chr1 145014210 . G A 36.59 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=85;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0418636;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.2812;QD=1.72174;RBI=0.0847093;REFB=-0.0102464;REVB=-0.0736418;RO=52;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268292;STB=0.7752;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0708479;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:88:85:52:76:8:8:0.0941176:2:6:28:24:2:6:33:43 chr1 145014218 . G A 40.64 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.000657211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.214;QD=1.60951;RBI=0.00322227;REFB=-0.00163101;REVB=-0.00315453;RO=89;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149866;STB=0.604534;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0129202;OID=.;OPOS=145014218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:89:91:10:10:0.0990099:4:6:42:47:4:6:44:47 chr1 145014263 . C T 268.57 PASS AF=0.310345;AO=32;DP=115;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.012028;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5601;QD=9.26118;RBI=0.019181;REFB=-0.0223952;REVB=0.0149412;RO=81;SAF=19;SAR=13;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136305;STB=0.555525;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0696525;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:81:80:32:36:0.310345:13:19:39:42:16:20:38:42 chr1 145015877 . G T 60.64 PASS AF=0.080292;AO=22;DP=274;FAO=22;FDP=274;FR=.;FRO=252;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=162;FSRR=90;FWDB=-0.0531754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3902;QD=0.885243;RBI=0.058557;REFB=-0.000345495;REVB=-0.0245214;RO=251;SAF=14;SAR=8;SRF=162;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113105;STB=0.506469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00239427;OID=.;OPOS=145015877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:274:274:251:252:22:22:0.080292:8:14:162:89:8:14:162:90 chr1 145018023 . G T 243.78 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0049998;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8109;QD=13.3576;RBI=0.0252939;REFB=-0.027985;REVB=0.0247949;RO=45;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301108;STB=0.659441;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0645082;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:44:28:29:0.39726:8:20:20:25:9:20:19:25 chr1 145038952 . C T 348.98 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=135;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00306956;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.598;QD=10.1154;RBI=0.00382765;REFB=-0.0112299;REVB=-0.00228664;RO=93;SAF=17;SAR=24;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318636;STB=0.507354;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0226506;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:93:92:41:46:0.333333:24:17:41:52:26:20:41:51 chr1 145039562 . C T 308.6 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0326611;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.782;QD=13.8696;RBI=0.0382947;REFB=-0.0357986;REVB=-0.0199934;RO=54;SAF=20;SAR=15;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640945;STB=0.536403;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0437167;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:54:54:35:35:0.393258:15:20:34:20:15:20:34:20 chr1 145039633 . C T 46.87 PASS AF=0.125;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0149678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.432;QD=2.3433;RBI=0.0336478;REFB=-0.01016;REVB=-0.0301354;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151595;STB=0.612287;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0557992;OID=.;OPOS=145039633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:80:69:70:10:10:0.125:5:5:26:43:5:5:26:44 chr1 145075683 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0131016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.884;QD=14.4906;RBI=0.0270801;REFB=-0.0326484;REVB=-0.0236998;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303999;STB=0.677223;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0556451;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:5:14:14:16:5:14:14:16 chr1 145075854 . G C 168.96 PASS AF=0.45;AO=16;DP=38;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0197936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.031;QD=16.8962;RBI=0.0198145;REFB=0.00164993;REVB=0.00090932;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395726;STB=0.666481;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00187975;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:22:22:16:18:0.45:4:12:8:14:6:12:8:14 chr1 145103928 . G A 260.81 PASS AF=0.231638;AO=41;DP=175;FAO=41;FDP=177;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=67;FSRR=69;FWDB=-0.0474236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.204;QD=5.89405;RBI=0.0554095;REFB=-0.00699814;REVB=-0.0286568;RO=134;SAF=22;SAR=19;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046203;STB=0.533758;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0327145;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:134:136:41:41:0.231638:19:22:67:67:19:22:67:69 chr1 145103947 . T C 255.48 PASS AF=0.232558;AO=40;DP=177;FAO=40;FDP=172;FR=.;FRO=132;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.00855129;FXX=0.028247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.112;QD=5.94137;RBI=0.00956216;REFB=-0.00635738;REVB=0.00427906;RO=128;SAF=22;SAR=18;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102017;STB=0.57288;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0148877;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:172:128:132:40:40:0.232558:18:22:60:68:18:22:60:72 chr1 145109549 . G T 335.37 PASS AF=0.146484;AO=73;DP=512;FAO=75;FDP=512;FR=.;FRO=437;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=249;FSRR=188;FWDB=-0.0242626;FXX=0.00389097;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.022;QD=2.62006;RBI=0.0244328;REFB=5.46975e-05;REVB=0.00287936;RO=435;SAF=44;SAR=29;SRF=248;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433286;STB=0.514767;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.000287373;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:512:435:437:73:75:0.146484:29:44:248:187:31:44:249:188 chr1 145109583 . C A 1700.41 PASS AF=0.378072;AO=197;DP=527;FAO=200;FDP=529;FR=.;FRO=329;FSAF=99;FSAR=101;FSRF=190;FSRR=139;FWDB=-0.00492407;FXX=0.00563899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0158;QD=12.8575;RBI=0.0465545;REFB=-0.00173684;REVB=0.0462933;RO=320;SAF=99;SAR=98;SRF=190;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100711;STB=0.551261;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00318597;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:529:320:329:197:200:0.378072:98:99:190:130:101:99:190:139 chr1 145109661 . G A 519.96 PASS AF=0.216837;AO=84;DP=393;FAO=85;FDP=392;FR=.;FRO=307;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=136;FSRR=171;FWDB=-0.0149419;FXX=0.00507601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.013;QD=5.3057;RBI=0.0174737;REFB=-0.00326064;REVB=0.00905918;RO=306;SAF=32;SAR=52;SRF=136;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841763;STB=0.553994;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0152356;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:392:306:307:84:85:0.216837:52:32:136:170:53:32:136:171 chr1 145112414 . T C 115.1 PASS AF=0.164179;AO=22;DP=134;FAO=22;FDP=134;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=55;FWDB=0.0630167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.951;QD=3.4357;RBI=0.0641947;REFB=-0.010383;REVB=0.0122416;RO=111;SAF=7;SAR=15;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240744;STB=0.66192;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0340939;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:111:112:22:22:0.164179:15:7:56:55:15:7:57:55 chr1 145112420 . C T 212.87 PASS AF=0.244275;AO=32;DP=132;FAO=32;FDP=131;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=0.0133821;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6719;QD=6.49984;RBI=0.0298087;REFB=-0.014921;REVB=-0.026636;RO=99;SAF=20;SAR=12;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22421;STB=0.635589;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0700339;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:99:99:32:32:0.244275:12:20:44:55:12:20:44:55 chr1 145112428 . C T 105.15 PASS AF=0.153285;AO=21;DP=137;FAO=21;FDP=137;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.035743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5313;QD=3.07015;RBI=0.0389855;REFB=0.00395505;REVB=-0.0155664;RO=116;SAF=7;SAR=14;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224407;STB=0.650102;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0249086;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:116:116:21:21:0.153285:14:7:59:57:14:7:59:57 chr1 145112485 . C T 38.25 PASS AF=0.0873016;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=126;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.0202458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.92;QD=1.21437;RBI=0.0204316;REFB=0.00124137;REVB=-0.0027492;RO=115;SAF=5;SAR=6;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570061;STB=0.545372;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0198065;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:126:115:115:11:11:0.0873016:6:5:58:57:6:5:58:57 chr1 145112501 . C T 74.72 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.00771161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5501;QD=2.81954;RBI=0.0325367;REFB=-0.00112591;REVB=-0.0316096;RO=84;SAF=9;SAR=6;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183749;STB=0.617822;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0161554;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:105:106:84:91:15:15:0.141509:6:9:38:46:6:9:42:49 chr1 145115810 . A G 1223.81 PASS AF=0.383784;AO=142;DP=370;FAO=142;FDP=370;FR=.;FRO=228;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=121;FSRR=107;FWDB=0.00672074;FXX=0.00269535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.304;QD=13.2303;RBI=0.00766833;REFB=-0.00907553;REVB=-0.00369255;RO=228;SAF=81;SAR=61;SRF=121;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440925;STB=0.524794;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0111519;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:228:228:142:142:0.383784:61:81:121:107:61:81:121:107 chr1 145115820 . T C 416.03 PASS AF=0.2;AO=73;DP=365;FAO=73;FDP=365;FR=.;FRO=292;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=152;FSRR=140;FWDB=-0.0150277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.974;QD=4.55926;RBI=0.0261528;REFB=0.000327008;REVB=0.0214041;RO=291;SAF=41;SAR=32;SRF=151;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055544;STB=0.533102;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00443544;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:365:291:292:73:73:0.2:32:41:151:140:32:41:152:140 chr1 145116147 . T TA 150.89 PASS AF=0.217391;AO=43;DP=233;FAO=50;FDP=230;FR=.;FRO=180;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=106;FSRR=74;FWDB=0.101156;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7439;QD=2.62414;RBI=0.115993;REFB=0.0128612;REVB=-0.0567616;RO=183;SAF=23;SAR=20;SRF=108;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721793;STB=0.569538;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=-0.0484377;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:43:233:50:230:180:25:25:106:74:99:183:23:20:108:75 chr1 145116192 . TG T 36.06 PASS AF=0.133929;AO=40;DP=225;FAO=30;FDP=224;FR=.;FRO=194;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=103;FSRR=91;FWDB=0.0533263;FXX=0.00444425;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3422;QD=0.643928;RBI=0.062182;REFB=0.00306375;REVB=-0.0319828;RO=173;SAF=23;SAR=17;SRF=92;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562002;STB=0.560758;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=-0.109795;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133929:40:225:30:224:194:18:12:103:91:36:173:23:17:92:81 chr1 145116311 . G T 153.83 PASS AF=0.358491;AO=10;DP=47;FAO=19;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.0168459;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.393;QD=11.6097;RBI=0.0170977;REFB=-0.0196282;REVB=0.00292323;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182535;STB=0.543435;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.047743;OID=.;OPOS=145116311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:53:27:33:10:19:0.358491:4:6:20:7:5:14:26:7 chr1 145116319 . G T 73.32 PASS AF=0.234043;AO=4;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0121208;FXX=0.175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.783;QD=6.23963;RBI=0.0129263;REFB=-0.015248;REVB=-0.00449148;RO=42;SAF=4;SAR=0;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506984;STB=0.65593;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0517787;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:47:47:42:36:4:11:0.234043:0:4:27:15:2:9:24:12 chr1 145116327 . G T 220.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=36;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0496745;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3577;QD=22.0557;RBI=0.107708;REFB=-0.000213556;REVB=-0.0955696;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.643095;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0661738;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:40:4:19:12:20:0.5:6:6:2:2:6:14:8:11 chr1 145273431 . A G 65.78 PASS AF=0.0974359;AO=19;DP=195;FAO=19;FDP=195;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=139;FWDB=-0.053537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4433;QD=1.3493;RBI=0.0739288;REFB=-0.00244502;REVB=-0.0509829;RO=176;SAF=9;SAR=10;SRF=37;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355005;STB=0.744396;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0206232;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:195:195:176:176:19:19:0.0974359:10:9:37:139:10:9:37:139 chr1 145277376 . A G 62.06 PASS AF=0.0957447;AO=18;DP=186;FAO=18;FDP=188;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=-0.00657175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.041;QD=1.32033;RBI=0.00660435;REFB=-0.00136404;REVB=0.000655401;RO=167;SAF=13;SAR=5;SRF=77;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309308;STB=0.738719;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0138964;OID=.;OPOS=145277376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:186:188:167:170:18:18:0.0957447:5:13:77:90:5:13:77:93 chr1 145277384 . T C 68.18 PASS AF=0.101064;AO=19;DP=188;FAO=19;FDP=188;FR=.;FRO=169;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=97;FWDB=-0.00814702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.2;QD=1.45053;RBI=0.00819148;REFB=-8.9789e-05;REVB=0.000852314;RO=169;SAF=14;SAR=5;SRF=72;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365321;STB=0.768299;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00152988;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:188:188:169:169:19:19:0.101064:5:14:72:97:5:14:72:97 chr1 145277398 . A G 74.88 PASS AF=0.112426;AO=19;DP=169;FAO=19;FDP=169;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=-0.000819084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.678;QD=1.77227;RBI=0.000819104;REFB=-0.00171033;REVB=5.71043e-06;RO=149;SAF=14;SAR=5;SRF=68;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341692;STB=0.7479;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00988924;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:169:169:149:150:19:19:0.112426:5:14:68:81:5:14:68:82 chr1 145277402 . A G 82.6 PASS AF=0.11976;AO=20;DP=161;FAO=20;FDP=167;FR=.;FRO=147;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0252272;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.278;QD=1.97855;RBI=0.0325101;REFB=-0.0066723;REVB=-0.020506;RO=139;SAF=14;SAR=6;SRF=59;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33637;STB=0.712216;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0373978;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:161:167:139:147:20:20:0.11976:6:14:59:80:6:14:67:80 chr1 145277411 . G A 112.13 PASS AF=0.143713;AO=24;DP=167;FAO=24;FDP=167;FR=.;FRO=143;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=-0.00143139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.315;QD=2.68568;RBI=0.00791447;REFB=-0.000805341;REVB=-0.00778396;RO=141;SAF=18;SAR=6;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360277;STB=0.742998;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00777048;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:141:143:24:24:0.143713:6:18:66:75:6:18:67:76 chr1 145277430 . T C 162.97 PASS AF=0.185897;AO=29;DP=156;FAO=29;FDP=156;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=-0.0240415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.189;QD=4.17878;RBI=0.0406969;REFB=-0.00351605;REVB=0.0328365;RO=125;SAF=23;SAR=6;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439098;STB=0.784361;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0361591;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:125:127:29:29:0.185897:6:23:57:68:6:23:57:70 chr1 145277457 . A G 166.54 PASS AF=0.188312;AO=29;DP=149;FAO=29;FDP=154;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=-0.012775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.034;QD=4.32559;RBI=0.0984819;REFB=-0.001888;REVB=-0.0976498;RO=120;SAF=23;SAR=6;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452935;STB=0.792902;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00926378;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:154:120:125:29:29:0.188312:6:23:53:67:6:23:54:71 chr1 145277468 . CGGGA CAGGA,CGGAT 161.57 PASS AF=0.184713,0;AO=28,6;DP=158;FAO=29,0;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=23,0;FSAR=6,0;FSRF=53;FSRR=75;FWDB=-0.0561565,-0.19719;FXX=0.00632871;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=182.947,32.3853;QD=4.1163;RBI=0.0723385,0.197286;REFB=-0.0200596,-0.0454307;REVB=-0.0455995,0.00615631;RO=84;SAF=22,5;SAR=6,1;SRF=17;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.641072,0.605793;STB=0.803158,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0717543,0;OID=.,.;OPOS=145277469,145277471;OREF=G,GA;OALT=A,AT;OMAPALT=CAGGA,CGGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184713,0:28,6:158:29,0:157:128:23,0:6,0:53:75:99:84:22,5:6,1:17:67 chr1 145277481 . A G 143.45 PASS AF=0.170886;AO=27;DP=158;FAO=27;FDP=158;FR=.;FRO=131;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.0066895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.789;QD=3.63164;RBI=0.0539826;REFB=-0.00171053;REVB=-0.0535665;RO=131;SAF=22;SAR=5;SRF=54;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505861;STB=0.825772;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182036;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:131:131:27:27:0.170886:5:22:54:77:5:22:54:77 chr1 145281408 . C T 51.67 PASS AF=0.0772358;AO=19;DP=246;FAO=19;FDP=246;FR=.;FRO=227;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=118;FSRR=109;FWDB=-0.0421775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.822;QD=0.84018;RBI=0.0421781;REFB=-0.00463422;REVB=-0.000222888;RO=226;SAF=10;SAR=9;SRF=117;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097736;STB=0.505997;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0517963;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:246:246:226:227:19:19:0.0772358:9:10:117:109:9:10:118:109 chr1 145281543 . C T 324.09 PASS AF=0.241206;AO=48;DP=199;FAO=48;FDP=199;FR=.;FRO=151;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.0234941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.224;QD=6.51431;RBI=0.0395112;REFB=-0.0129119;REVB=-0.0317674;RO=151;SAF=19;SAR=29;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070322;STB=0.542446;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0466095;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:151:151:48:48:0.241206:29:19:68:83:29:19:68:83 chr1 145281613 . C A 52.47 PASS AF=0.0931677;AO=15;DP=161;FAO=15;FDP=161;FR=.;FRO=146;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=74;FWDB=0.00755589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8218;QD=1.3037;RBI=0.0177263;REFB=0.000230588;REVB=-0.0160352;RO=146;SAF=4;SAR=11;SRF=72;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271208;STB=0.710597;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00243414;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:161:161:146:146:15:15:0.0931677:11:4:72:74:11:4:72:74 chr1 145281633 . C A 53.25 PASS AF=0.0943396;AO=15;DP=159;FAO=15;FDP=159;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=-0.0590246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.735;QD=1.33967;RBI=0.0616275;REFB=-0.00485741;REVB=-0.0177213;RO=144;SAF=4;SAR=11;SRF=76;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307273;STB=0.735473;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0362116;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:159:159:144:144:15:15:0.0943396:11:4:76:68:11:4:76:68 chr1 145290409 . G A 193.79 PASS AF=0.174312;AO=37;DP=218;FAO=38;FDP=218;FR=.;FRO=180;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=106;FWDB=-0.00497037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.949;QD=3.55575;RBI=0.00524767;REFB=0.000281143;REVB=-0.00168328;RO=175;SAF=23;SAR=14;SRF=70;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279692;STB=0.677238;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0012401;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:175:180:37:38:0.174312:14:23:70:105:14:24:74:106 chr1 145290498 . T G 123.42 PASS AF=0.156863;AO=24;DP=154;FAO=24;FDP=153;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=76;FWDB=0.036858;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.176;QD=3.22665;RBI=0.0410333;REFB=-0.00696993;REVB=0.0180339;RO=128;SAF=13;SAR=11;SRF=52;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17184;STB=0.608959;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0319201;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:128:129:24:24:0.156863:11:13:52:76:11:13:53:76 chr1 145293425 . C A 42.04 PASS AF=0.0702479;AO=17;DP=243;FAO=17;FDP=242;FR=.;FRO=225;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=119;FSRR=106;FWDB=-0.00225817;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.522;QD=0.694862;RBI=0.0110827;REFB=-0.00169446;REVB=0.0108502;RO=225;SAF=13;SAR=4;SRF=119;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267146;STB=0.730055;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0352647;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:243:242:225:225:17:17:0.0702479:4:13:119:106:4:13:119:106 chr1 145293469 . G C 73.91 PASS AF=0.0684932;AO=35;DP=510;FAO=35;FDP=511;FR=.;FRO=476;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=216;FSRR=260;FWDB=-0.00672546;FXX=0.00195309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.159;QD=0.578569;RBI=0.0235951;REFB=-0.00113728;REVB=-0.0226163;RO=472;SAF=24;SAR=11;SRF=213;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256284;STB=0.711168;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0153889;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:510:511:472:476:35:35:0.0684932:11:24:213:259:11:24:216:260 chr1 145293490 . G C 56.01 PASS AF=0.059754;AO=35;DP=569;FAO=34;FDP=569;FR=.;FRO=535;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=264;FSRR=271;FWDB=-0.0410031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5112;QD=0.393768;RBI=0.046123;REFB=-0.00166314;REVB=-0.0211205;RO=527;SAF=25;SAR=10;SRF=259;SRR=268;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238969;STB=0.70063;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.034442;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:569:569:527:535:35:34:0.059754:10:25:259:268:10:24:264:271 chr1 145293498 . G C 51.01 PASS AF=0.057041;AO=32;DP=564;FAO=32;FDP=561;FR=.;FRO=529;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=262;FSRR=267;FWDB=-0.0127535;FXX=0.00707952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.518;QD=0.363708;RBI=0.0217921;REFB=-0.00310427;REVB=0.0176705;RO=505;SAF=22;SAR=10;SRF=249;SRR=256;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204872;STB=0.681999;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0458505;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:564:561:505:529:32:32:0.057041:10:22:249:256:10:22:262:267 chr1 145293510 . C G 62.07 PASS AF=0.0628366;AO=35;DP=556;FAO=35;FDP=557;FR=.;FRO=522;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=261;FSRR=261;FWDB=-0.0299511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5724;QD=0.445721;RBI=0.0305596;REFB=-0.00454579;REVB=-0.00606795;RO=518;SAF=24;SAR=11;SRF=259;SRR=259;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200811;STB=0.675466;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0602791;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:556:557:518:522:35:35:0.0628366:11:24:259:259:11:24:261:261 chr1 145293515 . A G 340.48 PASS AF=0.142857;AO=77;DP=539;FAO=77;FDP=539;FR=.;FRO=462;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=235;FSRR=227;FWDB=-0.00651606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.792;QD=2.52671;RBI=0.019524;REFB=-0.00815005;REVB=-0.0184045;RO=452;SAF=42;SAR=35;SRF=230;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473842;STB=0.531612;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0439847;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:539:452:462:77:77:0.142857:35:42:230:222:35:42:235:227 chr1 145293566 . G A 939.38 PASS AF=0.305623;AO=125;DP=410;FAO=125;FDP=409;FR=.;FRO=284;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=168;FSRR=116;FWDB=-0.00763359;FXX=0.00243896;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.144;QD=9.18711;RBI=0.00921992;REFB=-0.00500376;REVB=0.00517062;RO=283;SAF=61;SAR=64;SRF=168;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126821;STB=0.571685;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.013084;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:409:283:284:125:125:0.305623:64:61:168:115:64:61:168:116 chr1 145296372 . A G 467.84 PASS AF=0.472222;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0693304;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.497;QD=17.3274;RBI=0.0709611;REFB=-0.0121776;REVB=-0.0151251;RO=57;SAF=20;SAR=29;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400414;STB=0.534167;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0150895;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:49:51:0.472222:29:20:21:36:29:22:21:36 chr1 145296478 . G T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0790304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.264;QD=7.32295;RBI=0.0794831;REFB=-0.000936329;REVB=-0.00847132;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413788;STB=0.749374;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00343053;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:2:12:3:3:2:12 chr1 145311083 . A C 2345.23 PASS AF=0.606414;AO=192;DP=327;FAO=208;FDP=343;FR=.;FRO=135;FSAF=150;FSAR=58;FSRF=96;FSRR=39;FWDB=0.00981725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.486;QD=27.3496;RBI=0.0307906;REFB=-0.0229798;REVB=0.0291837;RO=131;SAF=148;SAR=44;SRF=95;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470526;STB=0.504892;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0135792;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:343:131:135:192:208:0.606414:44:148:95:36:58:150:96:39 chr1 145311110 . G C 496.43 PASS AF=0.229412;AO=78;DP=340;FAO=78;FDP=340;FR=.;FRO=262;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=194;FSRR=68;FWDB=0.0075996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.503;QD=5.84032;RBI=0.0253073;REFB=-0.00896994;REVB=-0.0241393;RO=260;SAF=49;SAR=29;SRF=192;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159933;STB=0.597181;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0268077;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:260:262:78:78:0.229412:29:49:192:68:29:49:194:68 chr1 145311828 . C G 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022487;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.109;QD=51.2602;RBI=0.0058752;REFB=0;REVB=0.00542783;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31321e-05;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 145365372 . C G 59.36 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.039293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1926;QD=15.8302;RBI=0.0453241;REFB=0.0537756;REVB=-0.0225904;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60655;STB=0.858706;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0520102;OID=.;OPOS=145365372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:6:1:7:1:6:1 chr1 145368461 . A C 209.45 PASS AF=0.18408;AO=37;DP=200;FAO=37;FDP=201;FR=.;FRO=164;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=82;FWDB=-0.0115426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.978;QD=4.16813;RBI=0.0285722;REFB=-0.00642837;REVB=-0.0261369;RO=161;SAF=26;SAR=11;SRF=81;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263711;STB=0.670455;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0234382;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:161:164:37:37:0.18408:11:26:81:80:11:26:82:82 chr1 145368518 . C T 48.37 PASS AF=0.0686275;AO=21;DP=306;FAO=21;FDP=306;FR=.;FRO=285;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=150;FSRR=135;FWDB=-0.0403241;FXX=0.00325722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9007;QD=0.632281;RBI=0.067906;REFB=-0.000689639;REVB=-0.0546369;RO=280;SAF=10;SAR=11;SRF=148;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576203;STB=0.54654;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0139971;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:306:306:280:285:21:21:0.0686275:11:10:148:132:11:10:150:135 chr1 145379324 . C A 105.55 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0778653;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.817;QD=10.5549;RBI=0.0779229;REFB=-0.00595064;REVB=0.00299592;RO=27;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285572;STB=0.675664;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0205675;OID=.;OPOS=145379324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:27:27:13:13:0.325:2:11:18:9:2:11:18:9 chr1 145397942 . A T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00200527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.598;QD=17.9407;RBI=0.0250903;REFB=-0.0228482;REVB=-0.0250101;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216575;STB=0.621249;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0284655;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:3:19:13:6:3:19 chr1 145397947 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0325747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8439;QD=17.4271;RBI=0.0331162;REFB=-0.00115291;REVB=-0.00596433;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229329;STB=0.628456;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00216155;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:3:20:13:6:3:20 chr1 145399229 . C T 285.05 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0067019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.745;QD=15.4078;RBI=0.112508;REFB=-0.0142471;REVB=-0.112308;RO=41;SAF=24;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414126;STB=0.72902;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156623;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:8:24:14:27:8:24:15:27 chr1 145442254 . G C 687.62 PASS AF=1;AO=45;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.4018;QD=51.8955;RBI=0.1013;REFB=0;REVB=0.0281111;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251766;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:45:53:1:18:27:0:0:19:34:0:0 chr1 145532549 . T C 1293.58 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0117851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.535;QD=59.4751;RBI=0.0150129;REFB=0.0671381;REVB=0.00930053;RO=2;SAF=49;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018942;STB=0.509998;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000254026;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:85:85:0.977011:36:49:2:0:36:49:2:0 chr1 145533175 . T C 365.88 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0132137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.277;QD=18.7631;RBI=0.0345313;REFB=-0.0156099;REVB=0.0319031;RO=40;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119101;STB=0.566361;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00773762;OID=.;OPOS=145533175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:16:22:18:22:16:22:18:22 chr1 145534121 . A AC 36.42 PASS AF=0.253012;AO=24;DP=86;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.133585;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.58825;QD=1.75542;RBI=0.187634;REFB=-0.0851245;REVB=-0.131764;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252389;STB=0.517779;STBP=0.866;TYPE=ins;VARB=0.0944977;OID=.;OPOS=145534122;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253012:24:86:21:83:62:11:10:31:31:36:54:9:15:32:22 chr1 145561594 . C T 79.91 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0140738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.397;QD=18.8021;RBI=0.0166447;REFB=-0.0256921;REVB=0.0088867;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.581939;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0444334;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:3:6:6:1:3:7:6:1 chr1 145562293 . G C 114.58 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0168145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.994;QD=10.4164;RBI=0.0737736;REFB=-0.000143996;REVB=-0.0718319;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22876;STB=0.630942;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0034986;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:3:11:18:11:3:11:19:11 chr1 145562881 . T C 608.43 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0300484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5735;QD=16.3336;RBI=0.0319362;REFB=0.00696778;REVB=0.0108174;RO=84;SAF=37;SAR=27;SRF=32;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198439;STB=0.60728;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0100563;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:84:85:64:64:0.42953:27:37:32:52:27:37:33:52 chr1 145586309 . C T 3166.49 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116023;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.303;QD=61.4853;RBI=0.0486176;REFB=-0.0819797;REVB=0.0472129;RO=0;SAF=130;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131653;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:207:206:0:0:206:206:1:76:130:0:0:76:130:0:0 chr1 145586403 . G T 3435.33 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253322;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.486;QD=62.4605;RBI=0.0129326;REFB=0;REVB=0.012682;RO=0;SAF=133;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25296e-06;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:220:0:0:217:220:1:84:133:0:0:85:135:0:0 chr1 146055349 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0122017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.441;QD=16.199;RBI=0.0128365;REFB=-0.0393862;REVB=0.00398682;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.021776;OID=.;OPOS=146055349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr1 146215232 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.657;QD=33.4285;RBI=0.00724928;REFB=0;REVB=-0.000609294;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46207e-05;OID=.;OPOS=146215232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 146215276 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.366;QD=33.4284;RBI=0.0575254;REFB=0;REVB=-0.0541534;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105324;OID=.;OPOS=146215276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 146246193 . G A 102.66 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0517699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.049;QD=9.33309;RBI=0.0521615;REFB=-0.00478313;REVB=-0.006379;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120665;STB=0.560882;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.015741;OID=.;OPOS=146246193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:13:17:6:7:14:17 chr1 146395447 . A G 413.95 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=-0.00868228;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.207;QD=12.1751;RBI=0.00900853;REFB=-0.0163185;REVB=0.00240245;RO=85;SAF=34;SAR=15;SRF=63;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638998;STB=0.523184;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0279031;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:85:87:49:49:0.360294:15:34:63:22:15:34:63:24 chr1 146494510 . T C 423.8 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00813702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.585;QD=21.1903;RBI=0.0429878;REFB=-0.0460185;REVB=0.0422107;RO=38;SAF=18;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151315;STB=0.58359;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0257959;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:24:18:23:15:24:18:23:15 chr1 146672906 . C T 2090.29 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168676;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.579;QD=61.9344;RBI=0.0169066;REFB=-0.0836971;REVB=-0.00114736;RO=1;SAF=72;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655653;STB=0.503448;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.21817e-06;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:1:1:134:134:0.992593:62:72:1:0:62:72:1:0 chr1 146728162 . T TA 736.13 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0794394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0565;QD=44.6138;RBI=0.122016;REFB=0;REVB=-0.0926132;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00280821;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:66:66:66:0:35:31:0:0:14:0:34:31:0:0 chr1 146751782 . A C 2137.24 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.725;QD=62.4012;RBI=0.0617846;REFB=0;REVB=0.0617762;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50021e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:0:0:136:137:1:70:66:0:0:71:66:0:0 chr1 146767149 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.032;QD=59.5014;RBI=0.0298699;REFB=0;REVB=-0.0204841;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96843e-06;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr1 147090677 . CAG AGC 42.88 PASS AF=0.121951;AO=16;DP=123;FAO=15;FDP=123;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0323065;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=33.5546;QD=1.39455;RBI=0.0469848;REFB=-0.0190456;REVB=0.0341154;RO=96;SAF=15;SAR=1;SRF=40;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644887;STB=0.925289;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.169809;OID=.;OPOS=147090677;OREF=CAG;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:123:123:96:108:16:15:0.121951:1:15:40:56:1:14:51:57 chr1 147091972 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.752;QD=58.4188;RBI=0.0200882;REFB=0;REVB=0.0198572;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57974e-05;OID=.;OPOS=147091972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr1 147091996 . C T 72.6 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.0271936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4775;QD=3.08949;RBI=0.0381469;REFB=0.00902201;REVB=0.0267524;RO=79;SAF=10;SAR=4;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34905;STB=0.739313;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0121885;OID=.;OPOS=147091996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:94:94:79:80:14:14:0.148936:4:10:34:45:4:10:34:46 chr1 147119273 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.018;QD=57.5452;RBI=0.0163799;REFB=0;REVB=0.0107676;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59468e-05;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:16:42:0:0:16:42:0:0 chr1 147121977 . C T 2434.97 PASS AF=0.99375;AO=159;DP=163;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00590281;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4249;QD=60.8744;RBI=0.037296;REFB=-0.108749;REVB=0.0368259;RO=0;SAF=83;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34543e-08;STB=0.503268;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000613729;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:160:0:1:159:159:0.99375:76:83:0:0:76:83:0:1 chr1 147124310 . T G 2350.3 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.14;QD=63.9539;RBI=0.0347686;REFB=0;REVB=0.0236217;RO=0;SAF=79;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04189e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114344;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:145:147:1:66:79:0:0:66:81:0:0 chr1 147229299 . G A 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0293185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7233;QD=21.8427;RBI=0.0875568;REFB=-0.0435876;REVB=-0.0825023;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00742377;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr1 147735828 . C T 428.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0571;QD=57.1438;RBI=0.0721219;REFB=0;REVB=-0.0208887;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017029;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr1 147781062 . A G 1366.25 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.65;QD=62.1023;RBI=0.00789054;REFB=0;REVB=0.00466087;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67758e-05;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:42:46:0:0 chr1 147806874 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.808;QD=58.7817;RBI=0.0225804;REFB=0;REVB=0.00014221;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77388e-05;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr1 147806880 . T C 879.59 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.904;QD=57.678;RBI=0.0451934;REFB=0;REVB=0.0448351;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239606;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr1 147825732 . C G 219.65 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.019496;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.095;QD=12.3746;RBI=0.0200757;REFB=-0.0151961;REVB=0.00478957;RO=44;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991927;STB=0.539948;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.02507;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:26:27:0.380282:17:9:19:25:17:10:19:25 chr1 147825763 . G A 187.7 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0294561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.105;QD=12.7251;RBI=0.0297668;REFB=-0.0196389;REVB=0.00428914;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287839;STB=0.675515;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0139317;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:17:6:18:17:17:6:19:17 chr1 147825765 . G A 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0178705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.046;QD=13.8994;RBI=0.0187562;REFB=-0.0060894;REVB=-0.00569562;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228885;STB=0.631464;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0306752;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:17:7:17:17:17:7:17:17 chr1 147825769 . G A 318.23 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0254802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.118;QD=23.144;RBI=0.0308842;REFB=-0.0163741;REVB=0.0174527;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126553;STB=0.569578;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00548998;OID=.;OPOS=147825769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:7:16:17:15:7:16 chr1 148252111 . C T 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.00781593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.581;QD=2.15521;RBI=0.0244528;REFB=-0.00104888;REVB=-0.0231701;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877474;STB=0.565856;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0096001;OID=.;OPOS=148252111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:4:3:20:36:4:3:20:36 chr1 148342488 . T C 33.97 PASS AF=0.0698925;AO=13;DP=187;FAO=13;FDP=186;FR=.;FRO=173;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=92;FSRR=81;FWDB=0.0155153;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.647;QD=0.730602;RBI=0.01627;REFB=-2.09084e-05;REVB=-0.00489788;RO=174;SAF=7;SAR=6;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433501;STB=0.506225;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00118879;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:187:186:174:173:13:13:0.0698925:6:7:93:81:6:7:92:81 chr1 149155848 . C T 851.63 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7946;QD=57.7376;RBI=0.043582;REFB=0;REVB=-0.0430915;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254236;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:15:43:0:0:16:43:0:0 chr1 149211947 . C G 81.98 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0409105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5148;QD=4.5547;RBI=0.0409111;REFB=0.00136433;REVB=0.000231352;RO=57;SAF=5;SAR=9;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411725;STB=0.760711;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0044922;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:71:72:57:58:14:14:0.194444:9:5:40:17:9:5:41:17 chr1 149211962 . T C 183.65 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0265027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.855;QD=8.07256;RBI=0.0267953;REFB=-0.0119797;REVB=-0.00394919;RO=66;SAF=13;SAR=12;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200287;STB=0.618578;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0263642;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:12:13:45:21:12:13:45:21 chr1 149211967 . G A 277.26 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0106771;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.978;QD=11.2023;RBI=0.0128686;REFB=-0.00605545;REVB=-0.00718336;RO=65;SAF=19;SAR=14;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140778;STB=0.573948;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.010935;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:65:66:33:33:0.333333:14:19:45:20:14:19:45:21 chr1 149211975 . C A 310.48 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=109;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=0.00644068;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0022;QD=11.4994;RBI=0.0473315;REFB=-0.00352461;REVB=-0.0468912;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732106;STB=0.545292;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00707249;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:68:69:39:39:0.361111:15:24:46:22:15:24:47:22 chr1 149211992 . G A 490.23 PASS AF=0.413534;AO=53;DP=131;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0168717;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.917;QD=14.7438;RBI=0.017157;REFB=-0.0124963;REVB=-0.00311589;RO=72;SAF=34;SAR=19;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126268;STB=0.505153;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0171069;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:72:78:53:55:0.413534:19:34:47:25:20:35:49:29 chr1 149211998 . T G 534.15 PASS AF=0.423358;AO=58;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0394393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.057;QD=15.5957;RBI=0.0453439;REFB=-0.0158051;REVB=-0.0223744;RO=78;SAF=35;SAR=23;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266573;STB=0.517875;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0342919;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:58:58:0.423358:23:35:49:29:23:35:50:29 chr1 149215180 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.083;QD=57.6805;RBI=0.0416223;REFB=0;REVB=0.030397;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246317;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr1 149224130 . G A 53.59 PASS AF=0.0871795;AO=17;DP=195;FAO=17;FDP=195;FR=.;FRO=178;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=100;FSRR=78;FWDB=-0.0037608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5287;QD=1.09937;RBI=0.0802514;REFB=-0.00352614;REVB=0.0801632;RO=172;SAF=8;SAR=9;SRF=96;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102555;STB=0.582638;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0570493;OID=.;OPOS=149224130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:195:195:172:178:17:17:0.0871795:9:8:96:76:9:8:100:78 chr1 149224185 . C A 699.05 PASS AF=0.351724;AO=49;DP=163;FAO=51;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=47;FWDB=-0.0198069;FXX=0.110423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.879;QD=19.2841;RBI=0.0198212;REFB=-0.00752164;REVB=-0.000753946;RO=53;SAF=25;SAR=24;SRF=8;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338012;STB=0.660936;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00121977;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:145:53:58:49:51:0.351724:24:25:8:45:26:25:11:47 chr1 149286406 . T C 65.04 PASS AF=0.121212;AO=14;DP=130;FAO=16;FDP=132;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=70;FWDB=-0.101487;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5807;QD=1.97094;RBI=0.10463;REFB=-0.00807399;REVB=0.0254518;RO=116;SAF=6;SAR=8;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398899;STB=0.580641;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.066354;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:130:132:116:116:14:16:0.121212:8:6:46:70:11:5:46:70 chr1 149286469 . C G 267.38 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0244566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.369;QD=18.4402;RBI=0.02723;REFB=-0.0104096;REVB=0.0119727;RO=29;SAF=2;SAR=27;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511416;STB=0.795647;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00883192;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:27:2:11:18:27:2:11:18 chr1 149287392 . T G 1190.78 PASS AF=0.652174;AO=104;DP=162;FAO=105;FDP=161;FR=.;FRO=56;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0150281;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.148;QD=29.5845;RBI=0.0163462;REFB=-0.00819968;REVB=-0.00643068;RO=56;SAF=46;SAR=58;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494123;STB=0.52457;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00421272;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:56:56:104:105:0.652174:58:46:29:27:58:47:29:27 chr1 149294658 . G A 1467.68 PASS AF=1;AO=74;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.846;QD=63.126;RBI=0.0689332;REFB=0;REVB=-0.00346897;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884638;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:74:93:1:42:32:0:0:45:48:0:0 chr1 149294693 . G C 1532.66 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.938;QD=62.5574;RBI=0.0331868;REFB=0;REVB=0.00327835;RO=1;SAF=46;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101972;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36425e-05;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:98:1:0:95:98:1:49:46:1:0:51:47:0:0 chr1 149294742 . C T 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0117901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.879;QD=10.1486;RBI=0.0150602;REFB=-0.0131372;REVB=0.0093704;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27859;STB=0.662058;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0251248;OID=.;OPOS=149294742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:9:13:15:29:9:13:15:29 chr1 149294744 . C T 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0308548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.719;QD=10.3665;RBI=0.0341901;REFB=-0.00859192;REVB=0.014729;RO=43;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293343;STB=0.670139;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0115636;OID=.;OPOS=149294744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:9:13:14:29:9:13:14:29 chr1 149298554 . C A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0395799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.722;QD=25.2868;RBI=0.0441961;REFB=0.0564325;REVB=0.0196653;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469743;STB=0.526282;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0296365;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:4:5:10:6:4:5 chr1 149298562 . GC AT 86.33 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0270011;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.178;QD=12.3325;RBI=0.0272877;REFB=-0.0180685;REVB=0.00394515;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.0305156;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:7:4:6:9:7:4:8:9 chr1 149298603 . G A 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0156142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.877;QD=17.5586;RBI=0.0225109;REFB=-0.0239834;REVB=-0.0162153;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845838;STB=0.548333;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.022765;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:10:11:11:7:10:11 chr1 149334339 . G C 1507.02 PASS AF=0.565737;AO=116;DP=250;FAO=142;FDP=251;FR=.;FRO=109;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0013766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.722;QD=24.0163;RBI=0.0129061;REFB=-0.00760734;REVB=0.0128325;RO=100;SAF=42;SAR=74;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121769;STB=0.514641;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0053459;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:100:109:116:142:0.565737:74:42:50:50:79:63:52:57 chr1 149664423 . A G 1254.08 PASS AF=0.793651;AO=96;DP=122;FAO=100;FDP=126;FR=.;FRO=26;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0444561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.054;QD=39.8119;RBI=0.0445522;REFB=-0.00133325;REVB=-0.00292448;RO=26;SAF=44;SAR=52;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167464;STB=0.506207;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.000591539;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:26:26:96:100:0.793651:52:44:13:13:53:47:13:13 chr1 149676401 . A G 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0192813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.18;QD=11.9168;RBI=0.0195017;REFB=-0.0113904;REVB=-0.00292407;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053617;STB=0.503103;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0174836;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:12:10:17:20:12:10:17:20 chr1 149680227 . A G 745.6 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.010732;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.06;QD=52.3227;RBI=0.0112057;REFB=0.107175;REVB=0.00322347;RO=3;SAF=34;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00393707;STB=0.505153;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000833185;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:3:2:54:55:0.964912:20:34:2:1:20:35:1:1 chr1 149680262 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0107505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.768;QD=20.5626;RBI=0.0253085;REFB=0.00900685;REVB=-0.0229117;RO=25;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023074;STB=0.512812;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0088969;OID=.;OPOS=149680262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:10:19:17:8:10:19:17:8 chr1 149684085 . T C 45.8 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.016682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9988;QD=9.15997;RBI=0.0278952;REFB=-0.00646026;REVB=-0.0223574;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0330456;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:4:9:5:2:4:9 chr1 149684119 . TA T 753.47 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.043;QD=62.7887;RBI=0.0145945;REFB=0;REVB=-0.0133759;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.86868e-05;OID=.;OPOS=149684120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:48:48:0:21:27:0:0:4:0:20:26:0:0 chr1 149684166 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0240564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5023;QD=16.7549;RBI=0.055252;REFB=0.000435207;REVB=-0.0497401;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10733;STB=0.560652;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00219491;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:12:16:11:13:12:16 chr1 149684169 . G A 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0388045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.852;QD=16.7557;RBI=0.0393937;REFB=-0.0156714;REVB=-0.00678755;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909835;STB=0.560652;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0263786;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:11:13:12:15:11:13:12:16 chr1 149684171 . A T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0300153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.146;QD=17.617;RBI=0.0300209;REFB=-0.0336714;REVB=-0.000580913;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909835;STB=0.551344;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0288729;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:12:15:11:13:12:15 chr1 149711815 . G A 44.47 PASS AF=0.0838323;AO=14;DP=167;FAO=14;FDP=167;FR=.;FRO=153;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=82;FWDB=-0.00540174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.632;QD=1.06524;RBI=0.00648743;REFB=-0.00276074;REVB=0.00359276;RO=147;SAF=5;SAR=9;SRF=70;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139455;STB=0.600381;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0314866;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:167:167:147:153:14:14:0.0838323:9:5:70:77:9:5:71:82 chr1 149906413 . T C 1528.48 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306857;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.905;QD=59.3584;RBI=0.0522932;REFB=0;REVB=0.0423435;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019617;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:0:0:102:103:1:59:43:0:0:59:44:0:0 chr1 149914680 . AGGG AAGG,AGG,AGGA 191.04 PASS AF=0.0588235,0,0.941176;AO=2,3,9;DP=17;FAO=1,0,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9;FSAR=1,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102886,-0.052814,0.0589622;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=6.60791,22.0683,25.9311;QD=44.9513;RBI=0.134961,0.0899113,0.0604978;REFB=0,0,0;REVB=-0.0873441,-0.0727649,-0.0135442;RO=0;SAF=1,1,5;SAR=1,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.460204,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0789683,-0.0360698,0.0283982;OID=.,.,.;OPOS=149914681,149914681,149914683;OREF=G,G,G;OALT=A,-,A;OMAPALT=AAGG,AGG,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0588235,0,0.941176:2,3,9:17:1,0,16:17:0:0,0,9:1,0,7:0:0:4:0:1,1,5:1,2,4:0:0 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 811.49 PASS AF=0.0508475,0.423729,0.525424;AO=4,23,30;DP=59;FAO=3,25,31;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,29;FSAR=3,12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0833395,0.0760361,0.0696957;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=4,6,1;MLLD=145.56,79.2089,53.1991;QD=55.016;RBI=0.0947088,0.0809834,0.0855403;REFB=0,0,0;REVB=0.044992,0.0278715,-0.0495947;RO=0;SAF=0,13,28;SAR=4,10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,5.56306e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0074419,0.0294105,0.001981;OID=.,.,.;OPOS=150199042,150199040,150199051;OREF=CTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0508475,0.423729,0.525424:4,23,30:59:3,25,31:59:0:0,13,29:3,12,2:0:0:99:0:0,13,28:4,10,2:0:0 chr1 150199057 . C T 197.79 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0242719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7807;QD=14.128;RBI=0.0366006;REFB=-0.0846041;REVB=-0.0273948;RO=31;SAF=22;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585539;STB=0.838632;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.149496;OID=.;OPOS=150199057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:32:24:24:0.428571:2:22:15:16:2:22:16:16 chr1 150199123 . G T 145.0 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5182;QD=44.6154;RBI=0.0814071;REFB=0;REVB=0.0508391;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485578;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:5:6:0:0:5:8:0:0 chr1 150278741 . G GTC 347.29 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=35;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0122844;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.414;QD=40.8579;RBI=0.0124606;REFB=-0.0199449;REVB=-0.00208821;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154218;STB=0.578894;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.002046;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:27:35:28:34:6:16:12:6:0:35:6:15:12:6:0 chr1 150526044 . G C 204.88 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0167488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3629;QD=10.6429;RBI=0.0255442;REFB=-0.000103889;REVB=-0.0192869;RO=51;SAF=16;SAR=10;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552039;STB=0.5322;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.000566179;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:10:16:29:22:10:16:29:22 chr1 150531008 . T C 1081.08 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.988;QD=60.0603;RBI=0.0433543;REFB=0;REVB=0.0432046;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104498;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr1 150531044 . CCCCCCG CCCCCAC,CCCCCCA,GCCCCCA 1072.81 PASS AF=0,0.972603,0.0273973;AO=5,36,3;DP=72;FAO=0,71,2;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38,0;FSAR=0,33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187941,0.0192192,0.00288881;FXX=0;HRUN=6,1,6;LEN=2,1,7;MLLD=53.6271,78.8763,63.5712;QD=58.7843;RBI=0.115715,0.114351,0.00920019;REFB=0,0,0;REVB=-0.114178,0.112724,-0.00873488;RO=0;SAF=1,24,0;SAR=4,12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0830425,-8.70331e-05,0.122909;OID=.,.,.;OPOS=150531049,150531050,150531044;OREF=CG,G,CCCCCCG;OALT=AC,A,GCCCCCA;OMAPALT=CCCCCAC,CCCCCCA,GCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:72:73:0:0:5,36,3:0,71,2:0,0.972603,0.0273973:4,12,3:1,24,0:0:0:0,33,2:0,38,0:0:0 chr1 150531170 . C T 732.05 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0468663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.975;QD=51.3719;RBI=0.0527073;REFB=-0.1078;REVB=0.0241165;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.504988;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00145098;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:31:23:1:0:31:23:1:2 chr1 150548887 . C CCTAT,T 173.25 PASS AF=0.882353,0.0588235;AO=13,2;DP=17;FAO=15,1;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9,1;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00654645,-0.0118794;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=314.467,123.022;QD=40.7648;RBI=0.00840527,0.0146637;REFB=-0.0622312,-0.0275479;REVB=-0.00527186,-0.00859664;RO=1;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0695995,0.697199;STB=0.53841,0.989913;STBP=0.332,0.496;TYPE=ins,snp;VARB=0.00429403,0.0112805;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:17:17:1:1:13,2:15,1:0.882353,0.0588235:6,0:7,2:0:1:6,0:9,1:0:1 chr1 150580148 . TCTTTTTTTTTTTTTTTG AATTTCTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTTGT 194.37 PASS AF=0.0487805,0.0731707,0.219512,0.268293,0.0487805,0.341463;AO=2,5,6,6,4,2;DP=39;FAO=2,3,9,11,2,14;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,5,11,2,9;FSAR=1,3,4,0,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011974,-0.0733396,-0.112857,-0.168233,-0.325538,-0.0767637;FXX=0.108672;HRUN=2,15,15,15,15,15;LEN=6,4,3,2,1,2;MLLD=159.286,8.77629,6.86144,4.6701,2.47471,43.7016;QD=18.9633;RBI=0.113195,0.159468,0.279095,0.413918,0.780481,0.0841135;REFB=0.00608942,-0.0161534,-0.0248732,-0.0288528,-0.0259466,0.00529882;REVB=-0.112559,-0.141603,-0.255259,-0.378188,-0.709348,-0.0343863;RO=3;SAF=0,0,2,6,3,2;SAR=2,5,4,0,1,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.666583,-0.762666,-0.194334,0.754681,0.0725463,0.599865;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,del,mnp;VARB=0.0436131,0.160271,0.0556051,-0.03905,-0.0740339,-0.419182;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=150580148,150580150,150580150,150580150,150580150,150580164;OREF=TCTTTT,TTTT,TTT,TT,T,TG;OALT=AATTTC,-,-,-,-,GT;OMAPALT=AATTTCTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTTG,TCTTTTTTTTTTTTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/6:26:39:41:3:0:2,5,6,6,4,2:2,3,9,11,2,14:0.0487805,0.0731707,0.219512,0.268293,0.0487805,0.341463:2,5,4,0,1,0:0,0,2,6,3,2:2:1:1,3,4,0,0,5:1,0,5,11,2,9:0:0 chr1 150596095 . G A 154.18 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00211825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.024;QD=22.8414;RBI=0.0189297;REFB=-0.0284443;REVB=-0.0188108;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437595;STB=0.748351;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.046871;OID=.;OPOS=150596095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:3:8:3:13:3:8 chr1 150679033 . G A 417.79 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0341863;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9566;QD=22.2819;RBI=0.0364038;REFB=-0.0022233;REVB=-0.0125115;RO=34;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674345;STB=0.537129;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00115062;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:34:41:41:0.546667:19:22:21:13:19:22:21:13 chr1 150727539 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0496154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9281;QD=18.3006;RBI=0.087109;REFB=0.0242098;REVB=-0.0715981;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226708;STB=0.627787;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.03094;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:17:6:10:10:17:6 chr1 150771703 . T C 1116.03 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.887;QD=60.3259;RBI=0.0139825;REFB=0;REVB=-0.00645497;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84675e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr1 150779755 . C T 2386.09 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2277;QD=60.4074;RBI=0.0262283;REFB=-0.0447301;REVB=-0.0241758;RO=1;SAF=85;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556455;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000209058;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:158:158:1:1:157:157:0.993671:72:85:1:0:72:85:1:0 chr1 150808889 . C G 391.72 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00228721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.634;QD=19.3441;RBI=0.0359452;REFB=-0.00175951;REVB=0.0358723;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17464;STB=0.596446;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0021753;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:17:23:31:10:17:23:31:10 chr1 150937766 . ATTTTT AATTTT,ATTTT,ATTTTA 2778.11 PASS AF=0,1,0;AO=8,56,107;DP=218;FAO=0,217,0;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=0,135,0;FSAR=0,82,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436601,0.0502157,-0.326922;FXX=0.00458695;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=6.29988,18.4047,15.682;QD=51.2094;RBI=0.0524149,0.0587136,0.340601;REFB=0.0026556,-0.00649111,0.0511093;REVB=-0.029002,0.0304248,-0.0955571;RO=0;SAF=4,21,80;SAR=4,35,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,0.00788668,0;OID=.,.,.;OPOS=150937767,150937767,150937771;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATTTT,ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,56,107:218:0,217,0:217:0:0,135,0:0,82,0:0:0:13:0:4,21,80:4,35,27:0:0 chr1 150940357 . GC TT 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.000362119;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.063;QD=9.47556;RBI=0.0119705;REFB=-0.00344141;REVB=0.011965;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.966;TYPE=mnp;VARB=0.00664285;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:6:15:7:3:6:15 chr1 150960350 . A C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.832;QD=59.5018;RBI=0.0349032;REFB=0;REVB=0.030271;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04453e-05;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr1 150969567 . A G 1115.63 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.148;QD=60.3044;RBI=0.0237762;REFB=0;REVB=0.00730763;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00088e-05;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr1 150969992 . T C 463.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.239;QD=57.9626;RBI=0.0698234;REFB=0;REVB=0.0654785;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018914;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:11:18:0:0:14:18:0:0 chr1 150970577 . G T 771.84 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2605;QD=63.0074;RBI=0.0849907;REFB=0;REVB=0.0463358;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135977;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:43:49:1:17:26:0:0:19:30:0:0 chr1 150975108 . T C 329.99 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.028286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0354;QD=18.3327;RBI=0.033123;REFB=-0.014443;REVB=0.0172349;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151022;STB=0.583896;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00608702;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:16:19:26:11:16:19:26:11 chr1 151006539 . C A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0146552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0041;QD=6.317;RBI=0.0150155;REFB=0.00418946;REVB=0.00326989;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101576;STB=0.565864;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0155381;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:17:8:2:6:17:8 chr1 151019180 . A G 393.27 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00049161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4348;QD=17.8758;RBI=0.0544329;REFB=-0.0340453;REVB=0.0544307;RO=43;SAF=25;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288521;STB=0.509799;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0314387;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:43:47:40:41:0.465909:15:25:27:16:15:26:29:18 chr1 151028132 . A AG,G 41.26 PASS AF=0.166667,0;AO=5,2;DP=49;FAO=8,0;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00885518,-0.0230027;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=67.2541,206.773;QD=3.43818;RBI=0.0175851,0.0249946;REFB=-0.00246969,-0.00436583;REVB=-0.0151928,0.00977786;RO=39;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686271,0.355468;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.113846,0;OID=.,.;OPOS=151028133,151028132;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:49:48:39:40:5,2:8,0:0.166667,0:5,0:0,2:26:13:3,0:5,0:25:15 chr1 151040435 . G A 1226.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.062;QD=61.3232;RBI=0.0196066;REFB=0;REVB=-0.00740065;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33847e-05;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:40:37:0:0:40:40:0:0 chr1 151104950 . G A 602.35 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00381335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.387;QD=54.7586;RBI=0.0701267;REFB=0.00306209;REVB=0.070023;RO=3;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801866;STB=0.542836;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=4.84339e-05;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:16:25:0:3:16:25:0:3 chr1 151105824 . C G 87.82 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.4382;QD=39.0323;RBI=0.147999;REFB=0;REVB=-0.0847959;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0142514;OID=.;OPOS=151105824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:5:9:1:2:3:0:0:2:7:0:0 chr1 151108137 . T G 812.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7458;QD=56.989;RBI=0.0400107;REFB=0;REVB=-0.0180148;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561599;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:28:26:0:0:30:27:0:0 chr1 151209063 . C T 358.29 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0132421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.344;QD=17.0612;RBI=0.144275;REFB=-0.0157858;REVB=-0.143666;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284288;STB=0.521399;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0279232;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:18:20:25:20:18:20:26:20 chr1 151239051 . T C 325.81 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0219482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.03;QD=24.5897;RBI=0.0381839;REFB=-0.0378335;REVB=0.0312456;RO=21;SAF=16;SAR=16;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189379;STB=0.603711;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0228369;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:16:16:16:5:16:16:16:5 chr1 151254041 . T C 427.09 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0262021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.512;QD=16.9145;RBI=0.0296902;REFB=-0.0101198;REVB=0.0139626;RO=54;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258805;STB=0.638725;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0162729;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:19:27:17:37:19:27:18:37 chr1 151288391 . A G 1115.58 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.566;QD=60.3018;RBI=0.0532443;REFB=0;REVB=0.0419288;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210328;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:27:47:0:0:27:47:0:0 chr1 151316161 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.374;QD=53.2771;RBI=0.0216673;REFB=0;REVB=0.00128902;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30166e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr1 151374025 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.036;QD=59.5016;RBI=0.0342403;REFB=0;REVB=0.0302089;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93299e-05;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr1 151510524 . G GC 36.99 PASS AF=0.25;AO=6;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0806219;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.109;QD=3.69906;RBI=0.211263;REFB=-0.0187719;REVB=0.195274;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309522;STB=0.814923;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.102527;OID=.;OPOS=151510525;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:41:10:40:30:8:2:11:19:36:30:4:2:12:18 chr1 151675414 . A G 329.94 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0039239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4549;QD=50.7595;RBI=0.0916598;REFB=-0.133216;REVB=-0.0915758;RO=1;SAF=23;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183452;STB=0.599907;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00533724;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:2:23:0:1:2:23:0:1 chr1 151686983 . T A 566.9 PASS AF=0.588889;AO=48;DP=86;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0408045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4042;QD=25.1956;RBI=0.0592932;REFB=-0.0282786;REVB=-0.0430195;RO=38;SAF=25;SAR=23;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132806;STB=0.546419;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0350954;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:38:37:48:53:0.588889:23:25:26:12:23:30:25:12 chr1 151733335 . T G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00579403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1283;QD=8.69778;RBI=0.0281272;REFB=-0.0384349;REVB=0.027524;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0655904;OID=.;OPOS=151733335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr1 151735545 . A G 178.03 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0214106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.926;QD=10.6288;RBI=0.0405482;REFB=-0.00772485;REVB=-0.0344346;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230443;STB=0.515611;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0119805;OID=.;OPOS=151735545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:44:23:23:0.343284:11:12:22:20:11:12:24:20 chr1 151740666 . T C 1150.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2614;QD=60.5387;RBI=0.11313;REFB=0;REVB=0.00995449;RO=1;SAF=46;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101746;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973697;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:1:0:74:76:1:28:46:1:0:28:48:0:0 chr1 151747970 . A G 509.27 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0387681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5492;QD=21.001;RBI=0.0568656;REFB=-0.0238519;REVB=-0.041602;RO=48;SAF=32;SAR=17;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474155;STB=0.526257;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.021255;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:17:32:29:19:17:32:29:19 chr1 151772813 . G A 581.81 PASS AF=0.425806;AO=64;DP=154;FAO=66;FDP=155;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=0.00468066;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.625;QD=15.0144;RBI=0.0174659;REFB=-0.0215164;REVB=-0.016827;RO=90;SAF=43;SAR=21;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253629;STB=0.63432;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0342709;OID=.;OPOS=151772813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:90:89:64:66:0.425806:21:43:39:51:22:44:39:50 chr1 151773851 . T A 309.16 PASS AF=0.586957;AO=23;DP=48;FAO=27;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00198489;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5485;QD=26.8838;RBI=0.0323688;REFB=-0.0146086;REVB=-0.0323079;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251149;STB=0.604578;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00335714;OID=.;OPOS=151773851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:19:18:23:27:0.586957:11:12:4:15:14:13:4:14 chr1 151773852 . G A 33.18 PASS AF=0.12766;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0451747;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.2449;QD=2.8234;RBI=0.0456979;REFB=-0.0194333;REVB=-0.00689486;RO=37;SAF=1;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264788;STB=0.73823;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0174215;OID=.;OPOS=151773852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:47:37:41:5:6:0.12766:4:1:15:22:5:1:16:25 chr1 151814234 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5428;QD=63.582;RBI=0.0635843;REFB=0;REVB=0.026905;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199528;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 151820298 . G C 1114.34 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5067;QD=60.2345;RBI=0.0207764;REFB=0;REVB=0.0207387;RO=0;SAF=50;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209233;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:23:50:0:0:24:50:0:0 chr1 151820324 . T C 951.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6405;QD=58.5341;RBI=0.0754931;REFB=0;REVB=0.0664272;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708506;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:60:65:1:22:38:0:0:24:41:0:0 chr1 151825991 . G T 980.01 PASS AF=0.876543;AO=71;DP=83;FAO=71;FDP=81;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00212153;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.256;QD=48.3958;RBI=0.0370782;REFB=-0.0243946;REVB=0.0370174;RO=3;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388183;STB=0.523836;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00046321;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:83:81:3:10:71:71:0.876543:35:36:0:3:35:36:7:3 chr1 151845569 . A G 1293.33 PASS AF=0.977011;AO=72;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.443;QD=59.4635;RBI=0.0191649;REFB=-0.0486668;REVB=0.000184881;RO=0;SAF=72;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535705;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00209676;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:0:2:72:85:0.977011:0:72:0:0:13:72:0:2 chr1 151845650 . G C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8204;QD=56.1837;RBI=0.00809654;REFB=0;REVB=0.00743452;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170401;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr1 151862661 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.388;QD=45.8068;RBI=0.0231872;REFB=0;REVB=0.021169;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706297;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr1 151867560 . G A 1571.18 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082711;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=64.1299;RBI=0.0136643;REFB=0;REVB=0.0108766;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09219e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr1 152058192 . G A 1357.45 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.053365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8795;QD=59.0196;RBI=0.0550267;REFB=-0.0843685;REVB=0.0134207;RO=3;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411483;STB=0.521734;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00114708;OID=.;OPOS=152058192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:33:56:0:3:33:56:0:3 chr1 152079989 . T G 1307.98 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.227;QD=60.8361;RBI=0.0249672;REFB=-0.160163;REVB=0.0136223;RO=0;SAF=63;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76073e-08;STB=0.503936;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000258328;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:0:1:85:85:0.988372:22:63:0:0:22:63:1:0 chr1 152081921 . G C 1568.85 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1953;QD=64.0348;RBI=0.0195758;REFB=0;REVB=0.00519032;RO=0;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33914e-05;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:37:60:0:0:37:61:0:0 chr1 152085505 . A C 1514.21 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.051;QD=62.4415;RBI=0.114116;REFB=-0.133192;REVB=0.104734;RO=1;SAF=70;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185863;STB=0.509802;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00249716;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:97:1:1:95:96:0.989691:25:70:0:1:25:71:0:1 chr1 152129087 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0638439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.377;QD=54.481;RBI=0.0786183;REFB=-0.02366;REVB=0.045878;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00095471;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:30:31:0.96875:19:11:0:1:20:11:0:1 chr1 152129094 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.647;QD=58.1356;RBI=0.0553824;REFB=0;REVB=0.0278349;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393726;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 152129100 . CA TG 89.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00252604;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.638;QD=12.7542;RBI=0.0822867;REFB=-0.045697;REVB=-0.082248;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387176;STB=0.729684;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.0423309;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:29:28:14:17:11:11:0.392857:4:7:3:11:4:7:4:13 chr1 152129115 . T C 63.29 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0613134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8106;QD=4.68826;RBI=0.0626141;REFB=-0.0189524;REVB=0.0126962;RO=44;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392629;STB=0.775176;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0262698;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:9:1:14:30:9:1:14:30 chr1 152185750 . G A 1685.47 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3658;QD=60.1952;RBI=0.0766208;REFB=0;REVB=0.0298455;RO=0;SAF=74;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394565;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:36:74:0:0:36:76:0:0 chr1 152188413 . C T 111.02 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000116238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.986;QD=7.52683;RBI=0.0462151;REFB=-0.00477192;REVB=-0.046215;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747897;STB=0.554072;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00970368;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:42:43:16:16:0.271186:7:9:21:21:7:9:21:22 chr1 152190834 . GG GA,TA 746.67 PASS AF=0.9,0.08;AO=44,4;DP=49;FAO=45,4;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28,4;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00497992,-0.0189158;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=90.5204,82.5185;QD=59.7333;RBI=0.0168738,0.0206564;REFB=0.0668511,-0.00743569;REVB=0.0161222,0.00829939;RO=1;SAF=28,4;SAR=16,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.028453,0.749895;STB=0.514279,0.995941;STBP=0.289,0.099;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00488709,0.0598504;OID=.,.;OPOS=152190835,152190834;OREF=G,GG;OALT=A,TA;OMAPALT=GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:49:50:1:1:44,4:45,4:0.9,0.08:16,0:28,4:0:1:17,0:28,4:0:1 chr1 152190945 . C T 2301.87 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.406;QD=60.9766;RBI=0.0362756;REFB=0;REVB=0.0301868;RO=0;SAF=88;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108323;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:151:0:0:148:151:1:60:88:0:0:62:89:0:0 chr1 152192555 . T C 918.36 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.703;QD=58.3082;RBI=0.0209789;REFB=0;REVB=0.0180949;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25023e-05;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr1 152192687 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00149563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.67;QD=59.1432;RBI=0.0568417;REFB=0;REVB=0.056822;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101936;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr1 152192978 . T C 1802.23 PASS AF=0.968;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0166275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.589;QD=57.6714;RBI=0.0341088;REFB=-0.132591;REVB=-0.0297815;RO=4;SAF=58;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164556;STB=0.508668;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000743812;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:4:4:121:121:0.968:63:58:3:1:63:58:3:1 chr1 152193052 . A G 1826.79 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721791;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.311;QD=61.4046;RBI=0.00737073;REFB=0;REVB=0.00149316;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381339;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:57:61:0:0:57:62:0:0 chr1 152193547 . G A 1485.48 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0274876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.994;QD=55.5321;RBI=0.036562;REFB=-0.0652278;REVB=0.0241083;RO=3;SAF=45;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305812;STB=0.521272;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000321309;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:107:107:3:4:103:103:0.962617:58:45:3:0:58:45:4:0 chr1 152275453 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0087909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0458;QD=21.1692;RBI=0.0202406;REFB=0.00693163;REVB=-0.0182319;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00195566;OID=.;OPOS=152275453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr1 152276149 . C T 2704.03 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208996;FXX=0.0167588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.926;QD=61.4553;RBI=0.0743509;REFB=0;REVB=0.0713531;RO=0;SAF=114;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251615;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:176:0:0:170:176:1:56:114:0:0:62:114:0:0 chr1 152276659 . TG CC 353.82 PASS AF=0.666667;AO=31;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0113249;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.185;QD=31.4508;RBI=0.0155631;REFB=0.0174935;REVB=0.0106751;RO=14;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538829;STB=0.511339;STBP=0.826;TYPE=mnp;VARB=-0.00606733;OID=.;OPOS=152276659;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:31:30:0.666667:13:18:8:6:13:17:9:6 chr1 152276671 . C T 729.33 PASS AF=0.805556;AO=58;DP=72;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000691297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.602;QD=40.5182;RBI=0.0496244;REFB=-0.011279;REVB=-0.0496195;RO=14;SAF=37;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259409;STB=0.513884;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00414269;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:14:14:58:58:0.805556:21:37:8:6:21:37:8:6 chr1 152276699 . A G 36.41 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=-0.0239478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6085;QD=1.10322;RBI=0.056967;REFB=-0.00336235;REVB=-0.051689;RO=121;SAF=5;SAR=6;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130819;STB=0.604719;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0549005;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:6:5:69:52:6:5:69:52 chr1 152276772 . C A 3167.72 PASS AF=0.990431;AO=203;DP=206;FAO=207;FDP=209;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0347432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.64;QD=60.6263;RBI=0.0754693;REFB=-0.0827319;REVB=0.0669965;RO=2;SAF=115;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012579;STB=0.500635;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=9.37944e-05;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:206:209:2:2:203:207:0.990431:88:115:1:1:90:117:1:1 chr1 152276871 . A G 2492.46 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.367;QD=61.5423;RBI=0.0490527;REFB=0;REVB=0.00309712;RO=0;SAF=95;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31634e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43047e-05;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:67:95:0:0:67:95:0:0 chr1 152276889 . A G,T 2190.38 PASS AF=0.964539,0.035461;AO=129,10;DP=140;FAO=136,5;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=90,3;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017479,-0.0193886;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.663,96.3677;QD=62.1386;RBI=0.00226623,0.0211865;REFB=0,0;REVB=0.00144244,-0.008541;RO=0;SAF=85,6;SAR=44,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.62415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000189076,0.0574704;OID=.,.;OPOS=152276889,152276889;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:140:141:0:0:129,10:136,5:0.964539,0.035461:44,4:85,6:0:0:46,2:90,3:0:0 chr1 152277055 . C G 1289.54 PASS AF=0.966292;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0207648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.145;QD=57.9568;RBI=0.0273948;REFB=-0.0699468;REVB=0.017869;RO=3;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149448;STB=0.507237;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00226293;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:89:3:3:84:86:0.966292:37:47:1:2:39:47:1:2 chr1 152277168 . A G 3184.32 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.737;QD=61.8315;RBI=0.0582079;REFB=0;REVB=0.0553043;RO=0;SAF=108;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51547e-05;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:204:206:0:0:204:206:1:96:108:0:0:97:109:0:0 chr1 152277345 . C T 1928.02 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.051237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4164;QD=59.3236;RBI=0.0660708;REFB=-0.0738553;REVB=0.0417147;RO=2;SAF=65;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014395;STB=0.511276;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00856015;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:2:3:127:127:0.976923:62:65:2:0:62:65:3:0 chr1 152277396 . T C 1466.56 PASS AF=0.979167;AO=95;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00862104;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5498;QD=61.1068;RBI=0.0244053;REFB=-0.0665638;REVB=0.0228319;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903231;STB=0.509613;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0141456;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:1:2:95:94:0.979167:43:52:1:0:43:51:2:0 chr1 152277717 . C A 1048.33 PASS AF=1;AO=53;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062133;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.362;QD=59.9047;RBI=0.0738312;REFB=0;REVB=0.0398816;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344398;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:53:70:1:23:30:0:0:23:47:0:0 chr1 152278555 . T C 251.15 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.036374;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.293;QD=14.3515;RBI=0.0364367;REFB=-0.0394907;REVB=-0.00213674;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015727;STB=0.50894;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.065249;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:13:16:22:19:13:16:22:19 chr1 152278689 . C A 4391.65 PASS AF=1;AO=245;DP=285;FAO=278;FDP=278;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=159;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534889;FXX=0.0106758;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.36;QD=63.1892;RBI=0.0813504;REFB=0;REVB=0.0612929;RO=0;SAF=130;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202326;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:285:278:0:0:245:278:1:115:130:0:0:119:159:0:0 chr1 152278762 . A C 115.08 PASS AF=0.10241;AO=34;DP=332;FAO=34;FDP=332;FR=.;FRO=298;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=136;FSRR=162;FWDB=-0.00847155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.041;QD=1.38648;RBI=0.0253709;REFB=-0.00224211;REVB=-0.0239148;RO=293;SAF=11;SAR=23;SRF=133;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165412;STB=0.624186;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0258177;OID=.;OPOS=152278762;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:293:298:34:34:0.10241:23:11:133:160:23:11:136:162 chr1 152278775 . T A 103.09 PASS AF=0.0972644;AO=32;DP=330;FAO=32;FDP=329;FR=.;FRO=297;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=140;FSRR=157;FWDB=-0.0380377;FXX=0.00903587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.812;QD=1.25335;RBI=0.0530579;REFB=-0.000682158;REVB=0.0369901;RO=289;SAF=11;SAR=21;SRF=138;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165329;STB=0.618174;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0207305;OID=.;OPOS=152278775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:329:289:297:32:32:0.0972644:21:11:138:151:21:11:140:157 chr1 152278788 . G A 109.79 PASS AF=0.0968661;AO=34;DP=351;FAO=34;FDP=351;FR=.;FRO=317;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=155;FSRR=162;FWDB=0.0242576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.151;QD=1.25117;RBI=0.0284109;REFB=-0.0050177;REVB=-0.0147902;RO=315;SAF=11;SAR=23;SRF=154;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203049;STB=0.652224;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0347768;OID=.;OPOS=152278788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:351:351:315:317:34:34:0.0968661:23:11:154:161:23:11:155:162 chr1 152278809 . G A 79.39 PASS AF=0.0851064;AO=28;DP=328;FAO=28;FDP=329;FR=.;FRO=301;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=158;FSRR=143;FWDB=-0.0236769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.153;QD=0.965237;RBI=0.0244211;REFB=-0.00358892;REVB=-0.00598272;RO=300;SAF=9;SAR=19;SRF=157;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235834;STB=0.685034;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0336616;OID=.;OPOS=152278809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:328:329:300:301:28:28:0.0851064:19:9:157:143:19:9:158:143 chr1 152278814 . C T 240.73 PASS AF=0.157233;AO=50;DP=318;FAO=50;FDP=318;FR=.;FRO=268;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=150;FSRR=118;FWDB=-0.0510845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.841;QD=3.02802;RBI=0.0518425;REFB=-0.00927319;REVB=-0.00883315;RO=265;SAF=18;SAR=32;SRF=148;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.665611;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0352632;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:265:268:50:50:0.157233:32:18:148:117:32:18:150:118 chr1 152278856 . T G 504.88 PASS AF=0.324742;AO=63;DP=193;FAO=63;FDP=194;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.00396634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.964;QD=10.4099;RBI=0.00732078;REFB=-0.0228606;REVB=-0.00615321;RO=130;SAF=40;SAR=23;SRF=70;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116908;STB=0.565278;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.043362;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:130:131:63:63:0.324742:23:40:70:60:23:40:71:60 chr1 152279019 . G A 348.46 PASS AF=0.278409;AO=48;DP=169;FAO=49;FDP=176;FR=.;FRO=127;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=68;FSRR=59;FWDB=-0.00156747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.186;QD=7.91949;RBI=0.00808536;REFB=-0.00375435;REVB=-0.00793197;RO=120;SAF=21;SAR=27;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962831;STB=0.562214;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0116041;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:176:120:127:48:49:0.278409:27:21:62:58:27:22:68:59 chr1 152279729 . C T 4015.27 PASS AF=0.970588;AO=264;DP=272;FAO=264;FDP=272;FR=.;FRO=8;FSAF=138;FSAR=126;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0415253;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.751;QD=59.0482;RBI=0.0427175;REFB=-0.181243;REVB=-0.0100218;RO=5;SAF=138;SAR=126;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169565;STB=0.514083;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00275908;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:272:272:5:8:264:264:0.970588:126:138:5:0:126:138:8:0 chr1 152279841 . G C 2145.67 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169998;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.935;QD=63.108;RBI=0.0805142;REFB=0;REVB=0.078699;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148113;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:135:136:1:58:77:0:0:59:77:0:0 chr1 152279920 . A G 2043.79 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.091;QD=62.4057;RBI=0.0440974;REFB=0;REVB=-0.0206651;RO=0;SAF=46;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85871e-05;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:84:46:0:0:84:47:0:0 chr1 152280032 . T C 2785.79 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645199;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.355;QD=62.6021;RBI=0.0702772;REFB=0;REVB=0.0699804;RO=0;SAF=101;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681464;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:176:178:1:75:101:0:0:76:102:0:0 chr1 152280113 . G A 1125.96 PASS AF=0.699248;AO=93;DP=133;FAO=93;FDP=133;FR=.;FRO=40;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.018126;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.036;QD=33.8634;RBI=0.0183473;REFB=-0.0474637;REVB=-0.00284093;RO=40;SAF=53;SAR=40;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172497;STB=0.509257;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0167273;OID=.;OPOS=152280113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:40:40:93:93:0.699248:40:53:24:16:40:53:24:16 chr1 152280126 . C T 158.17 PASS AF=0.229358;AO=25;DP=109;FAO=25;FDP=109;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.00753321;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.885;QD=5.80427;RBI=0.00980138;REFB=-0.00932223;REVB=-0.00627038;RO=84;SAF=15;SAR=10;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820108;STB=0.550521;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0312466;OID=.;OPOS=152280126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:84:84:25:25:0.229358:10:15:45:39:10:15:45:39 chr1 152280133 . C T 117.05 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=98;FAO=19;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0339408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.941;QD=4.8269;RBI=0.0359307;REFB=-0.0140583;REVB=-0.0117915;RO=55;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637328;STB=0.522628;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0543665;OID=.;OPOS=152280133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:55:78:19:19:0.195876:8:11:29:26:8:11:43:35 chr1 152280142 . C G 30.29 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0177879;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.507;QD=1.40882;RBI=0.0531081;REFB=-0.0129682;REVB=-0.0500406;RO=75;SAF=4;SAR=4;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383552;STB=0.546397;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0675971;OID=.;OPOS=152280142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:87:86:75:78:8:8:0.0930233:4:4:40:35:4:4:43:35 chr1 152280170 . C G 795.12 PASS AF=0.951613;AO=57;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0619262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4755;QD=51.2978;RBI=0.0657541;REFB=-0.191533;REVB=-0.0221076;RO=4;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553863;STB=0.521732;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0144945;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:4:3:57:59:0.951613:25:32:4:0:26:33:3:0 chr1 152280471 . C G 131.41 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.017823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7488;QD=6.04179;RBI=0.0496889;REFB=-0.00704606;REVB=-0.0463824;RO=67;SAF=15;SAR=5;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118991;STB=0.574389;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0209028;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:67:20:20:0.229885:5:15:45:22:5:15:45:22 chr1 152280685 . C A 47.98 PASS AF=0.0736434;AO=19;DP=253;FAO=19;FDP=258;FR=.;FRO=239;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=145;FSRR=94;FWDB=0.0108079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8606;QD=0.743933;RBI=0.0368937;REFB=0.000341884;REVB=-0.0352751;RO=234;SAF=3;SAR=16;SRF=144;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485717;STB=0.877334;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00308197;OID=.;OPOS=152280685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:253:258:234:239:19:19:0.0736434:16:3:144:90:16:3:145:94 chr1 152280687 . CA TG 59.56 PASS AF=0.0810811;AO=21;DP=259;FAO=21;FDP=259;FR=.;FRO=238;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=144;FSRR=94;FWDB=-0.017597;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.234;QD=0.919852;RBI=0.0311732;REFB=-0.000375102;REVB=-0.0257315;RO=236;SAF=6;SAR=15;SRF=143;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356735;STB=0.774554;STBP=0.011;TYPE=mnp;VARB=0.00895491;OID=.;OPOS=152280687;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:259:259:236:238:21:21:0.0810811:15:6:143:93:15:6:144:94 chr1 152280691 . A T 65.2 PASS AF=0.0849421;AO=22;DP=260;FAO=22;FDP=259;FR=.;FRO=237;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=143;FSRR=94;FWDB=-0.0703273;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.084;QD=1.00696;RBI=0.0737621;REFB=-0.000269149;REVB=-0.0222468;RO=236;SAF=7;SAR=15;SRF=142;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321554;STB=0.746557;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00204839;OID=.;OPOS=152280691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:260:259:236:237:22:22:0.0849421:15:7:142:94:15:7:143:94 chr1 152280736 . T C 253.75 PASS AF=0.190678;AO=45;DP=236;FAO=45;FDP=236;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=117;FSRR=74;FWDB=-0.00221311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.127;QD=4.30083;RBI=0.0121611;REFB=-0.00430352;REVB=-0.011958;RO=190;SAF=19;SAR=26;SRF=116;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239174;STB=0.650415;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0217948;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:190:191:45:45:0.190678:26:19:116:74:26:19:117:74 chr1 152280759 . A G 429.03 PASS AF=0.285714;AO=60;DP=210;FAO=60;FDP=210;FR=.;FRO=150;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=92;FSRR=58;FWDB=-0.0156838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.334;QD=8.17206;RBI=0.0180363;REFB=-0.0112094;REVB=-0.00890654;RO=149;SAF=31;SAR=29;SRF=91;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115472;STB=0.569422;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0252457;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:149:150:60:60:0.285714:29:31:91:58:29:31:92:58 chr1 152280782 . A G 2599.52 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0281119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1791;QD=60.4539;RBI=0.0318266;REFB=-0.136796;REVB=-0.0149216;RO=2;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135931;STB=0.507041;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00111538;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:172:172:2:2:169:170:0.988372:69:100:0:2:70:100:0:2 chr1 152280788 . T G 609.98 PASS AF=0.439189;AO=60;DP=151;FAO=65;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0461857;FXX=0.0198662;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.649;QD=16.486;RBI=0.0463038;REFB=-0.0339218;REVB=0.00330414;RO=52;SAF=36;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11865;STB=0.509197;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0364112;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:52:82:60:65:0.439189:24:36:24:28:28:37:48:34 chr1 152280864 . A G 1320.09 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00974528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.653;QD=60.6938;RBI=0.0115825;REFB=-0.0384222;REVB=0.00625962;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000187381;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:86:86:0.988506:51:35:0:0:52:34:1:0 chr1 152280900 . T G 723.14 PASS AF=0.565574;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.0210354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9583;QD=23.7095;RBI=0.033816;REFB=-0.0260552;REVB=-0.0264771;RO=53;SAF=35;SAR=34;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163384;STB=0.588977;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0136239;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:53:69:69:0.565574:34:35:16:37:34:35:16:37 chr1 152281007 . AA GG 2108.74 PASS AF=0.613333;AO=181;DP=294;FAO=184;FDP=300;FR=.;FRO=116;FSAF=99;FSAR=85;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.00127106;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=97.1796;QD=28.1165;RBI=0.0123253;REFB=-0.012738;REVB=-0.0122596;RO=113;SAF=99;SAR=82;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431245;STB=0.521429;STBP=0.341;TYPE=mnp;VARB=0.00961322;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:300:113:116:181:184:0.613333:82:99:55:58:85:99:56:60 chr1 152281039 . G A 2327.96 PASS AF=0.591429;AO=206;DP=349;FAO=207;FDP=350;FR=.;FRO=143;FSAF=112;FSAR=95;FSRF=67;FSRR=76;FWDB=0.00871417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.858;QD=26.6053;RBI=0.0630096;REFB=-0.0199154;REVB=0.0624041;RO=143;SAF=111;SAR=95;SRF=67;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533743;STB=0.529687;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0141774;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:350:143:143:206:207:0.591429:95:111:67:76:95:112:67:76 chr1 152281228 . C G 791.13 PASS AF=0.382353;AO=91;DP=238;FAO=91;FDP=238;FR=.;FRO=147;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=96;FSRR=51;FWDB=0.0706655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2356;QD=13.2963;RBI=0.0734208;REFB=-0.0348209;REVB=-0.0199248;RO=141;SAF=54;SAR=37;SRF=90;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508763;STB=0.538722;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0595284;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:141:147:91:91:0.382353:37:54:90:51:37:54:96:51 chr1 152281290 . A G 436.7 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.00106724;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.448;QD=13.9745;RBI=0.00524588;REFB=-0.0184494;REVB=0.00513617;RO=74;SAF=30;SAR=20;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543262;STB=0.533771;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0267329;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:74:75:50:50:0.4:20:30:48:26:20:30:49:26 chr1 152281304 . A C 429.0 PASS AF=0.422414;AO=48;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0300979;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.424;QD=14.7931;RBI=0.0309994;REFB=-0.0254107;REVB=-0.00742152;RO=66;SAF=27;SAR=21;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620206;STB=0.532982;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0324476;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:48:49:0.422414:21:27:41:25:21:28:42:25 chr1 152281479 . G T 4360.3 PASS AF=0.989362;AO=280;DP=282;FAO=279;FDP=282;FR=.;FRO=3;FSAF=176;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0208998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6262;QD=61.8482;RBI=0.045588;REFB=0.0120705;REVB=0.040515;RO=0;SAF=177;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65855e-08;STB=0.503391;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-4.66649e-05;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:282:282:0:3:280:279:0.989362:103:177:0:0:103:176:1:2 chr1 152281523 . A C 815.6 PASS AF=0.315789;AO=103;DP=332;FAO=108;FDP=342;FR=.;FRO=234;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=139;FSRR=95;FWDB=-0.0311147;FXX=0.00291537;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0029;QD=9.53921;RBI=0.0423729;REFB=-0.0101668;REVB=-0.0287636;RO=229;SAF=69;SAR=34;SRF=140;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764788;STB=0.568607;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0208682;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:342:229:234:103:108:0.315789:34:69:140:89:34:74:139:95 chr1 152281534 . A T 745.68 PASS AF=0.295858;AO=99;DP=340;FAO=100;FDP=338;FR=.;FRO=238;FSAF=69;FSAR=31;FSRF=143;FSRR=95;FWDB=0.00465536;FXX=0.00588218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.805;QD=8.82462;RBI=0.0171345;REFB=0.00300742;REVB=-0.0164899;RO=234;SAF=69;SAR=30;SRF=142;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121288;STB=0.569486;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0157559;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:338:234:238:99:100:0.295858:30:69:142:92:31:69:143:95 chr1 152281690 . C T 3856.75 PASS AF=0.984496;AO=253;DP=260;FAO=254;FDP=258;FR=.;FRO=4;FSAF=127;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0264702;FXX=0.00769201;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.997;QD=59.7945;RBI=0.0266421;REFB=-0.0126201;REVB=0.00302109;RO=5;SAF=126;SAR=127;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110063;STB=0.507751;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000123067;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:260:258:5:4:253:254:0.984496:127:126:1:4:127:127:0:4 chr1 152281948 . G A 2357.58 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00687504;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.038;QD=63.2906;RBI=0.0383502;REFB=-0.0833565;REVB=0.0377289;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638408;STB=0.503355;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=5.97894e-05;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:148:148:0.993289:74:74:0:1:74:74:0:1 chr1 152282267 . G A 1340.07 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.046;QD=61.6124;RBI=0.0397092;REFB=0;REVB=0.0247283;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126042;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:38:47:0:0:38:49:0:0 chr1 152282311 . C T 1020.12 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1398;QD=58.2925;RBI=0.043487;REFB=0;REVB=-0.0412743;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00970841;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:40:27:0:0:40:30:0:0 chr1 152282917 . G T 1880.84 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00680051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.081;QD=60.6723;RBI=0.00821827;REFB=-0.139785;REVB=0.00461443;RO=1;SAF=55;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085597;STB=0.504504;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000184936;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:68:55:1:0:68:55:1:0 chr1 152283236 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.971;QD=60.8523;RBI=0.0729013;REFB=-0.231129;REVB=0.050088;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0033852;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:1:0 chr1 152283283 . C G,T 719.18 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132688,0.0146342;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.618,111.001;QD=62.5374;RBI=0.013867,0.023928;REFB=0,0;REVB=-0.00402889,0.0189311;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0695184,-0.00514653;OID=.,.;OPOS=152283283,152283283;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:1,19:1,25:0:0:1,19:1,25:0:0 chr1 152283862 . G C 1581.63 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=110;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0256145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.895;QD=56.9956;RBI=0.0516573;REFB=-0.0678711;REVB=0.0448595;RO=3;SAF=46;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535081;STB=0.502801;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00180629;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:111:3:3:106:108:0.972973:60:46:1:2:61:47:1:2 chr1 152283975 . A G 1863.32 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331373;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.346;QD=61.5974;RBI=0.0619133;REFB=0;REVB=0.0522989;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14096e-05;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:63:57:0:0:63:58:0:0 chr1 152284854 . A G 3672.56 PASS AF=1;AO=229;DP=231;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796825;FXX=0.0127113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.247;QD=63.0483;RBI=0.0223686;REFB=-0.00935989;REVB=0.0209012;RO=1;SAF=121;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104372;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:233:1:0:229:233:1:108:121:1:0:108:125:0:0 chr1 152285098 . TC T,TT 1092.17 PASS AF=0.0136986,0.986301;AO=8,64;DP=72;FAO=1,72;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250514,0.0275019;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=275.164,292.56;QD=59.8447;RBI=0.0384637,0.0365737;REFB=0,0;REVB=0.0291871,0.0241098;RO=0;SAF=7,26;SAR=1,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0427941,0.000110251;OID=.,.;OPOS=152285099,152285099;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0136986,0.986301:8,64:72:1,72:73:0:1,33:0,39:0:0:3:0:7,26:1,38:0:0 chr1 152285930 . G A 2556.02 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=170;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00158923;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.139;QD=60.4976;RBI=0.0138876;REFB=-0.0160699;REVB=-0.0137964;RO=2;SAF=117;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806551;STB=0.504237;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=2.17984e-05;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:169:2:2:167:167:0.988166:50:117:2:0:50:117:2:0 chr1 152286002 . T C 1623.51 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7255;QD=60.1299;RBI=0.084823;REFB=0;REVB=0.0569774;RO=0;SAF=80;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557842;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:28:80:0:0:28:80:0:0 chr1 152286032 . C T 1624.29 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.003;QD=60.1588;RBI=0.0364736;REFB=0;REVB=-0.0239688;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1919e-06;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:44:64:0:0:44:64:0:0 chr1 152286367 . C A 2273.97 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.917;QD=63.6076;RBI=0.0426231;REFB=0;REVB=-0.000690597;RO=0;SAF=86;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07864e-05;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:0:0:142:143:1:56:86:0:0:57:86:0:0 chr1 152323132 . G T 1684.72 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.044;QD=60.1687;RBI=0.00802055;REFB=0;REVB=0.0064234;RO=0;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.36285e-06;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:110:112:1:42:68:0:0:44:68:0:0 chr1 152325732 . G A 2277.26 PASS AF=1;AO=139;DP=142;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229138;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.311;QD=63.2572;RBI=0.023937;REFB=0;REVB=0.00692366;RO=0;SAF=79;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54061e-05;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:144:0:0:139:144:1:60:79:0:0:64:80:0:0 chr1 152326843 . C T 352.87 PASS AF=0.364407;AO=42;DP=116;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0201591;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.698;QD=11.9617;RBI=0.043955;REFB=-0.0103833;REVB=-0.0390596;RO=74;SAF=27;SAR=15;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884917;STB=0.545096;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0182236;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:74:75:42:43:0.364407:15:27:42:32:16:27:42:33 chr1 152327469 . C T 801.15 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.989;QD=57.2252;RBI=0.0367233;REFB=0;REVB=0.0106244;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013895;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr1 152327502 . A G 602.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.289;QD=60.2364;RBI=0.0790705;REFB=0;REVB=0.0733824;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733786;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:14:24:0:0:16:24:0:0 chr1 152327526 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.908;QD=51.9167;RBI=0.0637808;REFB=0;REVB=0.0593947;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314987;OID=.;OPOS=152327526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 152327535 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.0551;QD=46.8473;RBI=0.0213128;REFB=0;REVB=0.00905093;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231955;OID=.;OPOS=152327535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 152327542 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00228343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.406;QD=33.4285;RBI=0.096204;REFB=0;REVB=-0.0961769;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00482151;OID=.;OPOS=152327542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 152327652 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.959;QD=42.1826;RBI=0.0171835;REFB=0;REVB=-0.0158613;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50088e-05;OID=.;OPOS=152327652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 152327656 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.482;QD=42.1826;RBI=0.0127824;REFB=0;REVB=0.00298855;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89577e-05;OID=.;OPOS=152327656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 152327658 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.395;QD=42.1816;RBI=0.0173213;REFB=0;REVB=-0.0166367;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143719;OID=.;OPOS=152327658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr1 152327667 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.694;QD=51.9132;RBI=0.0114932;REFB=0;REVB=-0.0114406;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04288e-05;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr1 152328411 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.102;QD=59.4356;RBI=0.0548126;REFB=0;REVB=0.0251998;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225696;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr1 152329435 . C T 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.763;QD=62.9729;RBI=0.0294044;REFB=0;REVB=-0.0207821;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81722e-08;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr1 152331240 . G A 1206.98 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.619;QD=61.113;RBI=0.0374481;REFB=0;REVB=0.0249338;RO=0;SAF=57;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105228;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:19:57:0:0:20:59:0:0 chr1 152382120 . C T 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1277;QD=60.2196;RBI=0.0635637;REFB=0;REVB=0.0303465;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117966;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 152488146 . G A 377.82 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0299335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.267;QD=24.3758;RBI=0.0454983;REFB=-0.0243812;REVB=0.0342649;RO=25;SAF=26;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536977;STB=0.529515;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0189778;OID=.;OPOS=152488146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:11:26:16:9:11:26:16:9 chr1 152552285 . C A 132.47 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0137798;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.4494;QD=11.5191;RBI=0.0991985;REFB=-0.0207055;REVB=0.0982368;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324758;STB=0.51722;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.009862;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:28:30:15:16:0.347826:6:9:16:12:6:10:18:12 chr1 152659471 . T G 110.15 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=36;FWDB=-0.0248109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.157;QD=7.72948;RBI=0.0248757;REFB=-0.0136259;REVB=-0.00179396;RO=41;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834534;STB=0.505044;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0455434;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:14:2:5:36:14:2:5:36 chr1 152681689 . G C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00643499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.645;QD=5.37246;RBI=0.0297468;REFB=-0.0123396;REVB=-0.0290424;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195377;STB=0.599748;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.04271;OID=.;OPOS=152681689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:24:30:8:8:0.210526:3:5:11:13:3:5:15:15 chr1 152681835 . G T 549.87 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0162444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4144;QD=21.5633;RBI=0.0425917;REFB=-0.0326444;REVB=0.0393723;RO=47;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382868;STB=0.516123;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0118377;OID=.;OPOS=152681835;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:54:55:0.539216:24:30:24:23:25:30:24:23 chr1 152692074 . G C 292.83 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00725382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.926;QD=22.9671;RBI=0.015166;REFB=-0.00977007;REVB=0.0133188;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18829;STB=0.611115;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00560328;OID=.;OPOS=152692074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:14:15:16:5:14:15:17:5 chr1 152692472 . A C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00454221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.118;QD=11.8143;RBI=0.0311032;REFB=-0.00109032;REVB=-0.0307697;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34437;STB=0.699733;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00160724;OID=.;OPOS=152692472;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:18:5:7:6:18:5 chr1 152692588 . A G 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0242327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3791;QD=17.2875;RBI=0.0531404;REFB=-0.01847;REVB=-0.0472935;RO=33;SAF=22;SAR=8;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108583;STB=0.561182;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0269166;OID=.;OPOS=152692588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:8:22:21:12:8:22:21:12 chr1 152692781 . G T 257.77 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00730368;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.643;QD=22.4146;RBI=0.0155313;REFB=-0.0186359;REVB=0.0137069;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.519983;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.016336;OID=.;OPOS=152692781;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:46:19:22:23:24:0.521739:10:13:8:11:11:13:11:11 chr1 152692862 . G C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0488156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.056;QD=20.8375;RBI=0.0516447;REFB=-0.0188181;REVB=0.0168585;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0097119;OID=.;OPOS=152692862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr1 152732436 . G C 416.23 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0156394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.442;QD=25.2258;RBI=0.0206575;REFB=-0.0122257;REVB=0.013496;RO=26;SAF=31;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142236;STB=0.563603;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00745208;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:26:39:40:0.606061:8:31:17:9:9:31:17:9 chr1 152733301 . T A 203.49 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0102948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.707;QD=30.1472;RBI=0.0457954;REFB=-0.0156562;REVB=0.0446233;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213963;STB=0.617642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0124871;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:10:9:7:1:10:9:7:1 chr1 152734187 . G A 161.16 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.00816039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.087;QD=10.926;RBI=0.0164536;REFB=-0.0130229;REVB=0.0142873;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21919;STB=0.612146;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0294082;OID=.;OPOS=152734187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:20:21:0.355932:11:9:10:28:12:9:10:28 chr1 152759950 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0648935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.335;QD=17.3782;RBI=0.0649226;REFB=-0.0169229;REVB=-0.00194477;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430006;STB=0.75698;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00858755;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:10:1:4:6:10:1:4:6 chr1 152760352 . T A 379.99 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0395743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.183;QD=13.2169;RBI=0.0491268;REFB=-0.0295262;REVB=0.0291087;RO=66;SAF=21;SAR=24;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130204;STB=0.563482;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0434773;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:70:45:45:0.391304:24:21:39:27:24:21:40:30 chr1 152760628 . T C 93.45 PASS AF=0.220588;AO=14;DP=67;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.0111535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.809;QD=5.49704;RBI=0.030034;REFB=-0.00755208;REVB=-0.0278862;RO=53;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301713;STB=0.661783;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0263017;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:67:68:53:53:14:15:0.220588:7:7:39:14:7:8:39:14 chr1 152760642 . C T 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=0.00294011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.901;QD=5.37836;RBI=0.0116164;REFB=-0.00835061;REVB=-0.0112382;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318522;STB=0.695425;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0219499;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:8:7:39:15:8:7:39:15 chr1 152760644 . C T 92.78 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00144545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.824;QD=5.37844;RBI=0.0210538;REFB=-0.018281;REVB=-0.0210041;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342521;STB=0.709197;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0328554;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:69:54:54:15:15:0.217391:8:7:40:14:8:7:40:14 chr1 152760647 . C A 93.44 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=0.0186092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0702;QD=5.49669;RBI=0.0189801;REFB=0.00574018;REVB=0.00373349;RO=53;SAF=7;SAR=8;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335445;STB=0.704747;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00297476;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:8:7:39:14:8:7:39:14 chr1 152760651 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=-0.0162411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4441;QD=6.21756;RBI=0.0230246;REFB=-0.0096676;REVB=0.0163205;RO=54;SAF=9;SAR=8;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272292;STB=0.664238;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0109764;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:8:9:40:14:8:9:40:14 chr1 152770589 . A G 47.2 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0305625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.068;QD=3.5626;RBI=0.0319869;REFB=-0.00349027;REVB=-0.009439;RO=45;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065973;STB=0.585978;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0186297;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:53:45:45:7:8:0.150943:2:5:30:15:2:6:30:15 chr1 152770613 . T G 209.65 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00622733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.125;QD=16.4428;RBI=0.00640376;REFB=-0.0220458;REVB=0.00149282;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024717;STB=0.538429;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0367393;OID=.;OPOS=152770613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:22:23:0.45098:7:15:19:8:8:15:20:8 chr1 152770828 . A G 182.39 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0277917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.367;QD=11.7673;RBI=0.0390603;REFB=-0.0125432;REVB=-0.0274468;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433197;STB=0.525092;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0258498;OID=.;OPOS=152770828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:8:15:24:15:8:15:24:15 chr1 152785005 . G GC 39.18 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00158522;FXX=0.0249938;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.5525;QD=4.01828;RBI=0.0133268;REFB=-0.00256995;REVB=0.0132322;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289116;STB=0.705986;STBP=0.211;TYPE=ins;VARB=0.0720131;OID=.;OPOS=152785006;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:11:40:12:39:27:1:11:6:21:39:28:1:10:6:22 chr1 152882610 . A G 170.87 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0202095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.93;QD=25.3145;RBI=0.0209963;REFB=-0.0481379;REVB=0.00569366;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151346;STB=0.584318;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0266211;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:10:10:17:17:0.62963:9:8:7:3:9:8:7:3 chr1 152883163 . A T 142.23 PASS AF=0.777778;AO=11;DP=21;FAO=14;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0233059;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.709;QD=31.6061;RBI=0.0835568;REFB=-0.0988915;REVB=0.0802407;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497773;STB=0.618844;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0275655;OID=.;OPOS=152883163;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:21:18:7:4:11:14:0.777778:10:1:4:3:13:1:1:3 chr1 152883262 . AGGGGC AGGGCA 31.49 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=9;FAO=3;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=0;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=31.2878;QD=13.9969;RBI=0.120123;REFB=-0.0728299;REVB=0.120123;RO=4;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0781097;OID=.;OPOS=152883266;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=AGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:3:9:3:9:3:0:3:0:3:18:4:0:3:0:4 chr1 152883608 . G A 87.8 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0263797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.765;QD=14.0482;RBI=0.0378171;REFB=-0.036083;REVB=0.0270969;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471785;STB=0.778985;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0579104;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:5:9:2:9:5:9 chr1 152883680 . A G 55.86 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0228385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.413;QD=10.6406;RBI=0.0259625;REFB=-0.034265;REVB=-0.0123472;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.571254;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0521817;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:7:5:4:4:8:5 chr1 152884111 . G A 304.94 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0565971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5542;QD=14.3499;RBI=0.0731508;REFB=-0.0385766;REVB=-0.0463444;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179235;STB=0.501692;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.058132;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:34:35:0.411765:19:15:22:26:19:16:23:27 chr1 152884246 . GA TG 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0256777;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.963;QD=20.8719;RBI=0.0281944;REFB=0.00527437;REVB=0.011644;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.516114;STBP=0.862;TYPE=mnp;VARB=-0.00353485;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:8:13:13:6:8:13:13:7 chr1 152944594 . C T 1099.81 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517284;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1214;QD=61.1008;RBI=0.0812409;REFB=0;REVB=0.0626439;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268978;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr1 152957832 . C A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0860895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8291;QD=24.8024;RBI=0.102773;REFB=0.0837883;REVB=0.0561331;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329371;STB=0.689234;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0277775;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:3:1:8:2:3:1 chr1 152957887 . G A 336.72 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=32;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0287843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.386;QD=40.8147;RBI=0.0289871;REFB=-0.0431009;REVB=0.00342289;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.55752;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.011378;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:1:6:26:27:0.818182:13:13:0:1:14:13:1:5 chr1 152958238 . A G 1461.26 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.029688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0352;QD=57.3043;RBI=0.0297323;REFB=0.0211527;REVB=0.00162076;RO=2;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193533;STB=0.510202;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00267329;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:48:52:0:2:48:52:0:2 chr1 152958267 . T C 1030.02 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0401632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.348;QD=58.0295;RBI=0.0865148;REFB=0.0148768;REVB=-0.0766273;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00163492;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr1 152975495 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5107;QD=57.2021;RBI=0.035322;REFB=0;REVB=0.00477993;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543239;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 152975715 . C T 127.87 PASS AF=0.866667;AO=11;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1511;QD=34.0988;RBI=0.0542762;REFB=-0.0688797;REVB=0.03236;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149061;STB=0.562406;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0662892;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:11:13:0.866667:6:5:2:0:6:7:2:0 chr1 152975829 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1314;QD=42.1825;RBI=0.129633;REFB=0;REVB=-0.0819856;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670624;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 152975936 . C G 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00749188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.674;QD=21.1301;RBI=0.0379343;REFB=0.0039425;REVB=0.0371872;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597035;STB=0.533601;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00230881;OID=.;OPOS=152975936;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:12:9:8:14:12:9 chr1 152975941 . C G 748.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.749;QD=63.6802;RBI=0.0308333;REFB=0;REVB=0.0273507;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015678;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:17:30:0:0 chr1 152976108 . C T 786.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857581;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.084;QD=57.1776;RBI=0.0101952;REFB=0;REVB=0.00551345;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29977e-05;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr1 152976114 . G C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.2;QD=57.5448;RBI=0.0276859;REFB=0;REVB=-0.0236582;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00404e-05;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr1 152976306 . T G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.216;QD=58.6005;RBI=0.066233;REFB=0;REVB=0.0116964;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135933;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr1 153004848 . T C 240.57 PASS AF=1;AO=8;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902098;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.9022;QD=50.647;RBI=0.09957;REFB=0;REVB=-0.042147;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226413;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:8:19:1:1:7:0:0:2:17:0:0 chr1 153004853 . C T 173.7 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0573701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.716;QD=36.5676;RBI=0.0612733;REFB=-0.160666;REVB=0.0215194;RO=3;SAF=13;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945622;STB=0.551664;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00305703;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:19:19:3:3:16:16:0.842105:3:13:3:0:3:13:3:0 chr1 153004983 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.213;QD=43.0168;RBI=0.0435278;REFB=-0.0304337;REVB=-0.0123755;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599858;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00039294;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:2:14:0:0:2:14:0:1 chr1 153005156 . C T 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5722;QD=57.669;RBI=0.0838568;REFB=0;REVB=-0.0204557;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861832;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 153029137 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0143521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2432;QD=18.7441;RBI=0.0143521;REFB=-0.00563656;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310335;OID=.;OPOS=153029137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:0:7:4:0:0:7:4:0 chr1 153066072 . T C 262.62 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0179096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.265;QD=15.0067;RBI=0.0180525;REFB=-0.000557189;REVB=0.002267;RO=40;SAF=29;SAR=1;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549772;STB=0.828249;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00121263;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:1:29:31:9:1:29:31:9 chr1 153085029 . G T 801.5 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00561108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.336;QD=18.3201;RBI=0.0295526;REFB=-0.0245779;REVB=-0.029015;RO=92;SAF=46;SAR=37;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316378;STB=0.517478;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0269291;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:92:83:83:0.474286:37:46:54:38:37:46:54:38 chr1 153113139 . G A 94.64 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0360404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5919;QD=10.8159;RBI=0.0712186;REFB=-0.0218985;REVB=0.0614262;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753952;STB=0.545376;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.060958;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:7:16:9:3:7:16 chr1 153191019 . C T 194.82 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0152788;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.178;QD=20.5071;RBI=0.0192973;REFB=-0.01924;REVB=-0.0117875;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012103;STB=0.526283;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0096052;OID=.;OPOS=153191019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:18:14:16:0.421053:5:9:12:7:7:9:11:7 chr1 153276449 . T C 166.62 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0143709;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.078;QD=12.8167;RBI=0.0146228;REFB=-0.028124;REVB=-0.00270223;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304806;STB=0.531218;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.045437;OID=.;OPOS=153276449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:33:32:14:20:0.384615:9:5:11:22:14:6:11:21 chr1 153279598 . C T 723.65 PASS AF=0.496503;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0324438;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.689;QD=20.2418;RBI=0.0327311;REFB=-0.00922164;REVB=-0.00432679;RO=72;SAF=37;SAR=34;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315412;STB=0.517386;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0064928;OID=.;OPOS=153279598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:72:72:71:71:0.496503:34:37:40:32:34:37:40:32 chr1 153304140 . AG A 248.13 PASS AF=0.491228;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00259877;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.995;QD=17.4123;RBI=0.00538525;REFB=-0.0140997;REVB=0.0047167;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158789;STB=0.578892;STBP=0.25;TYPE=del;VARB=0.0156921;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:26:58:28:57:29:14:14:19:10:99:30:13:13:20:10 chr1 153314153 . C A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000961221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.965;QD=64.1529;RBI=0.011991;REFB=0;REVB=0.0119524;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62578e-06;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr1 153315579 . A G 1806.2 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.079;QD=60.7126;RBI=0.0281007;REFB=0;REVB=0.0261055;RO=0;SAF=74;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120673;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:43:74:0:0:45:74:0:0 chr1 153320334 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.968;QD=59.8394;RBI=0.0215882;REFB=0;REVB=0.019538;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19417e-05;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:14:22:0:0 chr1 153320343 . A G 164.4 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0119038;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.569;QD=18.7888;RBI=0.0120361;REFB=0.00643472;REVB=0.00177981;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074462;STB=0.542324;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00574102;OID=.;OPOS=153320343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:11:7:8:9:11:7 chr1 153320372 . T G 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.035088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0703;QD=20.314;RBI=0.0438425;REFB=-0.0481032;REVB=-0.0262868;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116263;STB=0.565645;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0326778;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:8:10:8:11:8:10 chr1 153410821 . GC AG,GA 284.71 PASS AF=0,0.484375;AO=6,29;DP=65;FAO=0,31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=0,13;FSAR=0,18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0390652,-0.0382771;FXX=0.0153822;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=29.2415,262.192;QD=17.7942;RBI=0.0859255,0.0383078;REFB=0.0130027,-0.0106294;REVB=-0.0765317,-0.00153334;RO=28;SAF=6,11;SAR=0,18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.732338,0.020834;STB=0.5,0.518507;STBP=1,0.803;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0111649;OID=.,.;OPOS=153410821,153410822;OREF=GC,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:64:28:33:6,29:0,31:0,0.484375:0,18:6,11:10:18:0,18:0,13:15:18 chr1 153412392 . T G 133.45 PASS AF=0.375;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0281057;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.517;QD=13.3449;RBI=0.0322455;REFB=-0.00365628;REVB=-0.0158063;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718389;STB=0.542032;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0145159;OID=.;OPOS=153412392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:25:15:15:0.375:7:8:15:10:7:8:15:10 chr1 153431406 . C G 1790.13 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663266;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8681;QD=61.2011;RBI=0.0912922;REFB=0;REVB=-0.06273;RO=0;SAF=47;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119624;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:70:47:0:0:70:47:0:0 chr1 153509890 . T C 169.93 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0214873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.953;QD=10.7895;RBI=0.0221263;REFB=-0.0192891;REVB=-0.00527915;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17391;STB=0.588161;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0458416;OID=.;OPOS=153509890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:8:13:31:10:8:14:31:10 chr1 153580070 . G A 612.22 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00440719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.264;QD=18.4127;RBI=0.0256558;REFB=-0.00759866;REVB=-0.0252744;RO=69;SAF=45;SAR=18;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144176;STB=0.57737;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00816956;OID=.;OPOS=153580070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:63:63:0.473684:18:45:40:29:18:45:41:29 chr1 153588279 . G A 545.48 PASS AF=0.460317;AO=49;DP=116;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00126315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.937;QD=17.3167;RBI=0.0566961;REFB=-0.0185833;REVB=0.056682;RO=65;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856603;STB=0.539669;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0150941;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:126:65:68:49:58:0.460317:23:26:29:36:29:29:29:39 chr1 153588340 . C T 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0146683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.375;QD=16.2358;RBI=0.0149582;REFB=-0.0210204;REVB=0.00293059;RO=63;SAF=25;SAR=26;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610903;STB=0.534101;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0276811;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:26:25:27:36:26:25:27:36 chr1 153604029 . C T 108.29 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0246266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3588;QD=7.73486;RBI=0.0808834;REFB=0.000605156;REVB=0.0770433;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288668;STB=0.697418;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00979272;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:38:41:15:15:0.267857:10:5:22:16:10:5:25:16 chr1 153643803 . GT G,GTT 107.43 PASS AF=0,0.376471;AO=10,29;DP=84;FAO=0,32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=0,22;FSAR=0,10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.021553,-0.0245067;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.70355,10.6727;QD=5.05572;RBI=0.198978,0.205245;REFB=0.0121196,-0.0191236;REVB=-0.197807,0.203777;RO=40;SAF=2,23;SAR=8,6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0.33042,0;SSEP=0.348485,0;SSSB=-0.459059,0.273255;STB=0.5,0.628974;STBP=1,0.078;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0469714;OID=.,.;OPOS=153643804,153643804;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.376471:10,29:84:0,32:85:53:0,22:0,10:26:27:99:40:2,23:8,6:23:17 chr1 153676713 . C A 469.75 PASS AF=0.385714;AO=53;DP=140;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.00788007;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.19;QD=13.4214;RBI=0.0118138;REFB=-0.00905528;REVB=0.00880171;RO=86;SAF=29;SAR=24;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899074;STB=0.545438;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0128097;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:86:86:53:54:0.385714:24:29:54:32:24:30:54:32 chr1 153730101 . G A 556.26 PASS AF=0.407643;AO=64;DP=157;FAO=64;FDP=157;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.000916534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5523;QD=14.1722;RBI=0.00305644;REFB=-0.00426282;REVB=-0.00291578;RO=93;SAF=39;SAR=25;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100507;STB=0.556557;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00474076;OID=.;OPOS=153730101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:93:93:64:64:0.407643:25:39:48:45:25:39:48:45 chr1 153743234 . T C 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0309229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.653;QD=16.064;RBI=0.0325907;REFB=-0.0255873;REVB=0.0102919;RO=31;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668104;STB=0.537786;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0222618;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:16:10:14:17:16:10:14:17 chr1 153751311 . C G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00160796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.594;QD=17.2298;RBI=0.0367964;REFB=-0.0197173;REVB=-0.0367612;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032898;STB=0.519183;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.015247;OID=.;OPOS=153751311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:4:2:3:5:4:2 chr1 153907278 . CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC 144.15 PASS AF=0.25,0.136364;AO=8,6;DP=46;FAO=11,6;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3,5;FSAR=8,1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0683614,-0.069182;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=216.604,206.101;QD=13.1047;RBI=0.0683632,0.0982144;REFB=-0.045173,-0.0540626;REVB=0.000503555,-0.0697131;RO=22;SAF=3,5;SAR=5,1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0414198,0.496966;STB=0.683071,0.785481;STBP=0.175,0.163;TYPE=del,mnp;VARB=0.0636935,0.170809;OID=.,.;OPOS=153907279,153907297;OREF=CTGCTGCTG,CTGCTGCTGT;OALT=-,TTGCTGCTGC;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCTGCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.136364:8,6:46:11,6:44:27:3,5:8,1:14:13:87:22:3,5:5,1:9:13 chr1 153909069 . G C 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0400166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7349;QD=12.5476;RBI=0.0403479;REFB=-0.00738894;REVB=-0.00515982;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640446;STB=0.536714;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0194041;OID=.;OPOS=153909069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:27:17:12:15:27:17 chr1 153913699 . T G 336.92 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0103646;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.881;QD=17.0594;RBI=0.0115332;REFB=-0.0189073;REVB=0.00505866;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885892;STB=0.542145;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0146638;OID=.;OPOS=153913699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:43:36:36:0.455696:17:19:26:16:17:19:26:17 chr1 153913770 . A G 1341.19 PASS AF=0.977778;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2021;QD=59.6083;RBI=0.0492462;REFB=-0.0504362;REVB=0.0336291;RO=1;SAF=57;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823966;STB=0.508195;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00463983;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:90:1:2:85:88:0.977778:28:57:1:0:28:60:2:0 chr1 153926078 . T C 145.46 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0127698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9869;QD=16.1625;RBI=0.0137836;REFB=-0.000593022;REVB=-0.00518857;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155931;STB=0.589544;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00102209;OID=.;OPOS=153926078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:12:8:9:7:12:8 chr1 153932212 . G C 272.33 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0125017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.394;QD=14.9222;RBI=0.0148384;REFB=-0.0248715;REVB=0.00799286;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895933;STB=0.559141;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0494282;OID=.;OPOS=153932212;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:42:31:31:0.424658:20:11:18:23:20:11:19:23 chr1 153941514 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0102589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.804;QD=18.3009;RBI=0.048721;REFB=-0.0282376;REVB=0.0476287;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228511;STB=0.629167;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0353359;OID=.;OPOS=153941514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:16:7:11:9:16:7 chr1 153994647 . C T 604.22 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0159879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.66;QD=23.9293;RBI=0.0298267;REFB=-0.0124104;REVB=-0.0251798;RO=42;SAF=36;SAR=22;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397727;STB=0.527887;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0080923;OID=.;OPOS=153994647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:22:36:24:18:22:36:24:19 chr1 154034068 . G T 54.43 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0217185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3936;QD=9.89577;RBI=0.0993639;REFB=-0.00836976;REVB=0.0969613;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.760675;STB=0.936753;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0335125;OID=.;OPOS=154034068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:14:0:7:1:14:0 chr1 154089438 . T C 1649.47 PASS AF=0.99115;AO=109;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4805;QD=58.3882;RBI=0.0304461;REFB=-0.101112;REVB=0.0126883;RO=1;SAF=64;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735994;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00133748;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:109:112:0.99115:45:64:1:0:45:67:1:0 chr1 154108387 . G A,T 1275.66 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=80,4;DP=84;FAO=80,4;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294622,-0.0513574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.897,32.0287;QD=60.7459;RBI=0.0305598,0.0514781;REFB=0,0;REVB=-0.00811663,-0.00352343;RO=0;SAF=32,2;SAR=48,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000803668,0.113235;OID=.,.;OPOS=154108387,154108387;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:84:84:0:0:80,4:80,4:0.952381,0.047619:48,2:32,2:0:0:48,2:32,2:0:0 chr1 154310048 . C G 2181.58 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.619;QD=62.331;RBI=0.0336443;REFB=0.0211356;REVB=-0.00355695;RO=1;SAF=71;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664964;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-7.84783e-06;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:68:71:1:0:68:71:1:0 chr1 154317153 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.048;QD=59.6794;RBI=0.0695036;REFB=0;REVB=0.0369882;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192934;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr1 154426970 . A C 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0144875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.424;QD=24.516;RBI=0.0238858;REFB=-0.0157659;REVB=-0.0189907;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182955;STB=0.609532;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0165301;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:27:27:0.55102:14:13:15:6:14:13:16:6 chr1 154437896 . T A,C 1262.17 PASS AF=0.0581395,0.94186;AO=4,77;DP=81;FAO=5,81;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=5,41;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129064,-0.000960804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.933,262.801;QD=58.7054;RBI=0.030665,0.0137799;REFB=0,0;REVB=0.0278167,0.0137464;RO=0;SAF=4,40;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00317776,0.000245314;OID=.,.;OPOS=154437896,154437896;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:81:86:0:0:4,77:5,81:0.0581395,0.94186:0,37:4,40:0:0:0,40:5,41:0:0 chr1 154438880 . T C 1189.16 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4474;QD=60.9825;RBI=0.0854948;REFB=0;REVB=0.0828049;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452294;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr1 154474131 . C G 631.36 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.384;QD=61.5959;RBI=0.047675;REFB=0;REVB=-0.0324194;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28233e-06;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 154516571 . T C 725.61 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.558;QD=63.0961;RBI=0.0199598;REFB=0;REVB=0.00527558;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38402e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:29:14:0:0:32:14:0:0 chr1 154561925 . C T 265.94 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00256615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.867;QD=21.2755;RBI=0.0339787;REFB=0.0158482;REVB=-0.0338816;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108497;STB=0.560926;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.015314;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:15:10:13:12:15:10:13:12 chr1 154574820 . T C 1511.18 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.087;QD=59.8487;RBI=0.0228441;REFB=0;REVB=0.0146815;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66927e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:42:58:0:0:42:59:0:0 chr1 154575040 . C T 809.15 PASS AF=0.828947;AO=62;DP=75;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0683635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.345;QD=42.5869;RBI=0.0686966;REFB=-0.158916;REVB=0.00675763;RO=7;SAF=23;SAR=39;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966325;STB=0.597493;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.012811;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:75:76:7:13:62:63:0.828947:39:23:6:1:40:23:12:1 chr1 154600372 . A G 316.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.734;QD=52.7157;RBI=0.131082;REFB=0;REVB=0.00401641;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856627;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr1 154744807 . C G 436.33 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0290716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.702;QD=21.2843;RBI=0.0546501;REFB=-0.0271494;REVB=-0.0462761;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111579;STB=0.572365;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0253604;OID=.;OPOS=154744807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:39:43:43:0.52439:21:22:14:23:21:22:14:25 chr1 154744852 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.093;QD=62.6668;RBI=0.00987208;REFB=0;REVB=-0.00316859;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12658e-05;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 154917314 . G A 1515.89 PASS AF=0.981481;AO=103;DP=109;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236322;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.405;QD=56.144;RBI=0.0249755;REFB=-0.0892707;REVB=0.00808076;RO=2;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000175443;STB=0.50035;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00385843;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:108:2:2:103:106:0.981481:52:51:1:1:55:51:1:1 chr1 154919080 . C T 1198.34 PASS AF=0.931818;AO=81;DP=88;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=6.37375e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.5963;QD=54.47;RBI=0.0383713;REFB=-0.0592293;REVB=0.0383712;RO=5;SAF=41;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103126;STB=0.500832;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00047389;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:88:88:5:6:81:82:0.931818:40:41:3:2:40:42:3:3 chr1 154987526 . C T 600.76 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2868;QD=58.6111;RBI=0.071956;REFB=0.0960648;REVB=0.0716178;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183934;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00230832;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:1:0:15:25:1:0 chr1 154988957 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.106;QD=57.2024;RBI=0.07153;REFB=0;REVB=0.0148666;RO=0;SAF=3;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131576;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:27:3:0:0:27:3:0:0 chr1 155006091 . A G 1189.43 PASS AF=0.952381;AO=78;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00294956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.341;QD=56.6395;RBI=0.0178495;REFB=-0.141785;REVB=-0.0176041;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.511813;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000733195;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:0:3:78:80:0.952381:29:49:0:0:29:51:1:2 chr1 155006999 . C T 922.34 PASS AF=1;AO=58;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600111;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5482;QD=56.7591;RBI=0.0901589;REFB=-0.0724068;REVB=0.0672852;RO=4;SAF=35;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00631866;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:65:4:0:58:65:1:23:35:2:2:26:39:0:0 chr1 155019710 . A C 1769.72 PASS AF=1;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038537;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.104;QD=61.0249;RBI=0.0421794;REFB=0;REVB=-0.0171465;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98094e-05;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:114:116:1:65:49:0:0:65:51:0:0 chr1 155026942 . A C 972.87 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.296;QD=58.9616;RBI=0.0205064;REFB=0;REVB=0.00345614;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43632e-05;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:31:35:0:0 chr1 155033317 . T C,G 718.3 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=47,2;DP=50;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836604,0.00399747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.139,138.517;QD=56.3371;RBI=0.0303905,0.0226992;REFB=0,0;REVB=-0.0292163,-0.0223444;RO=0;SAF=24,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00254093,0.0889491;OID=.,.;OPOS=155033317,155033317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:51:0:0:47,2:49,2:0.960784,0.0392157:23,0:24,2:0:0:24,0:25,2:0:0 chr1 155059851 . A G 997.29 PASS AF=0.959459;AO=68;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0394968;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.115;QD=53.9073;RBI=0.0681909;REFB=-0.123277;REVB=0.0555878;RO=4;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819126;STB=0.530603;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00155774;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:74:4:3:68:71:0.959459:21:47:0:4:23:48:0:3 chr1 155106697 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.097;QD=57.2362;RBI=0.00409397;REFB=0;REVB=0.00174293;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04074e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr1 155149718 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.041;QD=57.0007;RBI=0.0268089;REFB=0;REVB=0.0145715;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08504e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr1 155162067 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.682;QD=53.9105;RBI=0.0507824;REFB=0;REVB=-0.0482661;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134185;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 155178752 . CG C,GC 43.04 PASS AF=0.221311,0;AO=39,11;DP=112;FAO=27,0;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=3,0;FSAR=24,0;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.145973,-0.0673157;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=11.7549,53.9989;QD=1.41111;RBI=0.232114,0.119158;REFB=-0.206689,-0.0487531;REVB=-0.180469,-0.0983225;RO=61;SAF=9,1;SAR=30,10;SRF=48;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560686,-0.728901;STB=0.878497,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.190437,-0.0433808;OID=.,.;OPOS=155178753,155178752;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:112:122:61:95:39,11:27,0:0.221311,0:30,10:9,1:48:13:24,0:3,0:55:40 chr1 155178782 . A T 1529.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.115;QD=63.7479;RBI=0.0684386;REFB=0;REVB=0.042944;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368464;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr1 155186729 . T C 2757.85 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0389491;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5713;QD=61.6279;RBI=0.0415442;REFB=-0.0805113;REVB=0.014453;RO=1;SAF=100;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473682;STB=0.502463;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000498117;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:1:1:177:178:0.994413:77:100:1:0:77:101:1:0 chr1 155186742 . G A 2682.97 PASS AF=1;AO=171;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.029e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.819;QD=61.6774;RBI=0.0948824;REFB=-0.0589151;REVB=0.0948823;RO=1;SAF=99;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240671;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:172:174:1:0:171:174:1:72:99:0:1:75:99:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT,GTT 488.17 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=30,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215132,0.0015999;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=166.052,97.0743;QD=57.432;RBI=0.0793943,0.123503;REFB=0,0;REVB=0.0764241,0.123492;RO=0;SAF=15,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00815435,-0.0661134;OID=.,.;OPOS=155217436,155217437;OREF=GGA,GA;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ATT,GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:34:34:0:0:30,3:31,3:0.911765,0.0882353:15,3:15,0:0:0:15,3:16,0:0:0 chr1 155230131 . C T 676.89 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157121;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=293.225;QD=60.1682;RBI=0.0366183;REFB=-0.0852863;REVB=0.0330761;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000232578;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:19:25:0:0:19:25:1:0 chr1 155238134 . G T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.135746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.61;QD=16.5038;RBI=0.135787;REFB=-0.0036179;REVB=0.00331865;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163721;STB=0.59274;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00230936;OID=.;OPOS=155238134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:18:8:14:16:18:8:14:16 chr1 155257609 . G A 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0119205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.759;QD=16.7506;RBI=0.0125472;REFB=-0.0203301;REVB=0.00391581;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089219;STB=0.549926;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0247315;OID=.;OPOS=155257609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:13:20:27:12:13:20:27:12 chr1 155258752 . G A 1141.52 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.843;QD=60.0799;RBI=0.0307418;REFB=0;REVB=0.014126;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533346;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:27:47:0:0:29:47:0:0 chr1 155258756 . C T 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.844;QD=60.2014;RBI=0.0428172;REFB=0;REVB=0.041998;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112263;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr1 155260383 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.375;QD=56.1914;RBI=0.0566651;REFB=0;REVB=0.0247189;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213286;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 155294274 . A G 504.93 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414992;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.595;QD=59.4033;RBI=0.0443524;REFB=0;REVB=0.0156509;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48287e-05;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr1 155296882 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGGC 333.08 PASS AF=0,0.571429,0.428571;AO=7,8,12;DP=35;FAO=0,20,15;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,3;FSAR=0,11,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.264483,-0.158422,-0.283974;FXX=0.0277701;HRUN=5,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=14.2973,17.1178,14.0749;QD=38.0665;RBI=0.26809,0.162281,0.292498;REFB=0,0,0;REVB=-0.0438302,-0.0351815,-0.0700992;RO=0;SAF=5,3,1;SAR=2,5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.375,0.375,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=3.27427e-08,-4.46938e-08,-3.23983e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0068575,-0.0859729;OID=.,.,.;OPOS=155296886,155296883,155296883;OREF=GGC,GG,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.571429,0.428571:7,8,12:35:0,20,15:35:0:0,9,3:0,11,12:0:0:47:0:5,3,1:2,5,11:0:0 chr1 155306151 . T C,TACAC 44.07 PASS AF=0.0555556,0.333333;AO=3,3;DP=23;FAO=1,6;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1,5;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.162676,-0.05973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=42.075,89.7403;QD=9.79442;RBI=0.199226,0.125092;REFB=-0.0550133,-0.0707483;REVB=-0.11501,-0.10991;RO=13;SAF=2,3;SAR=1,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0321514,0.576447;STB=0.985328,0.605667;STBP=0.563,0.665;TYPE=snp,ins;VARB=0.184401,0.0972483;OID=.,.;OPOS=155306151,155306152;OREF=T,-;OALT=C,ACAC;OMAPALT=C,TACAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:23:18:13:11:3,3:1,6:0.0555556,0.333333:1,0:2,3:9:4:0,1:1,5:8:3 chr1 155408635 . T C 1408.1 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7758;QD=62.5822;RBI=0.117853;REFB=0;REVB=0.10903;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103317;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:40:49:0:0:40:50:0:0 chr1 155532316 . T C 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8481;QD=39.188;RBI=0.0331818;REFB=0;REVB=-0.0183306;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059152;OID=.;OPOS=155532316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 155532323 . CTT CT,CTC 74.1 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,6;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.167274,-0.128936;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.0064,50.8245;QD=37.0524;RBI=0.1688,0.175186;REFB=0,0;REVB=-0.022647,0.118598;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00628539,-0.00167136;OID=.,.;OPOS=155532324,155532325;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:2,6:8:1,7:8:0:1,3:0,4:0:0:6:0:1,3:1,3:0:0 chr1 155532332 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.609;QD=37.4867;RBI=0.0311098;REFB=0;REVB=-0.0151339;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000716788;OID=.;OPOS=155532332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 155581311 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.577;QD=53.2772;RBI=0.0282964;REFB=0;REVB=0.0277614;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30153e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr1 155658085 . T C 1098.8 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00878861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.698;QD=56.3485;RBI=0.0215644;REFB=-0.0426333;REVB=0.0196922;RO=2;SAF=48;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193037;STB=0.514848;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00245022;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:2:3:74:75:0.961538:26:48:2:0:26:49:3:0 chr1 155735012 . T C 958.38 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0093431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.018;QD=57.2168;RBI=0.0355845;REFB=-0.0303795;REVB=0.034336;RO=1;SAF=46;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101625;STB=0.505375;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000348837;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:20:46:1:0:20:46:1:0 chr1 155755097 . G A 885.1 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.53;QD=58.0391;RBI=0.0123222;REFB=0;REVB=0.0080112;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36198e-05;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:19:41:0:0:20:41:0:0 chr1 155837865 . G C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3647;QD=59.8542;RBI=0.0304765;REFB=0;REVB=-0.00224515;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141326;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr1 155838267 . T C 874.97 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107656;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.039;QD=57.375;RBI=0.0334196;REFB=0;REVB=0.0316381;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196907;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:57:61:1:28:29:0:0:30:31:0:0 chr1 155869050 . A G 88.76 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00250938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1436;QD=14.793;RBI=0.0446611;REFB=0.0234409;REVB=0.0445905;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0284494;OID=.;OPOS=155869050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr1 155880573 . C G 727.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.631;QD=57.0676;RBI=0.0602287;REFB=0;REVB=0.0592373;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46512e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:21:30:0:0 chr1 155904177 . T C 2474.68 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.666;QD=61.4827;RBI=0.0335973;REFB=0;REVB=-0.0151642;RO=0;SAF=101;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96118e-05;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:161:161:1:60:101:0:0:60:101:0:0 chr1 155912486 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00460972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9747;QD=56.4856;RBI=0.0107951;REFB=0.0696359;REVB=0.00976136;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00208545;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:1:0:16:19:1:0 chr1 155920077 . G A 452.01 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0023238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8552;QD=19.4412;RBI=0.0225588;REFB=-0.0190477;REVB=0.0224388;RO=48;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653314;STB=0.50363;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0233293;OID=.;OPOS=155920077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:20:25:27:21:20:25:27:21 chr1 156107534 . C T 273.91 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0458251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.622;QD=15.217;RBI=0.0462789;REFB=-0.00647389;REVB=-0.00646487;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488298;STB=0.502761;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00913928;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:24:17:13:18:24:17 chr1 156252464 . T G,TG 41.31 PASS AF=0,0.142857;AO=5,10;DP=91;FAO=0,13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=0,4;FSAR=0,9;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.14056,-0.0723218;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.7924,16.6484;QD=1.81565;RBI=0.157711,0.133621;REFB=-0.0247268,-0.0403041;REVB=0.071524,0.112357;RO=73;SAF=4,2;SAR=1,8;SRF=33;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.342943,-0.327713;STB=0.5,0.627703;STBP=1,0.354;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.154889;OID=.,.;OPOS=156252464,156252465;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:91:91:73:78:5,10:0,13:0,0.142857:1,8:4,2:33:40:0,9:0,4:35:43 chr1 156351699 . G A 3315.91 PASS AF=0.986301;AO=214;DP=218;FAO=216;FDP=219;FR=.;FRO=3;FSAF=114;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.041572;FXX=0.00904936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.029;QD=60.5646;RBI=0.0731762;REFB=-0.0890217;REVB=0.0602207;RO=1;SAF=113;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469375;STB=0.501909;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000154314;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:218:219:1:3:214:216:0.986301:101:113:0:1:102:114:2:1 chr1 156354293 . A C,G 2528.85 PASS AF=0.0529412,0.941176;AO=9,159;DP=169;FAO=9,160;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=3,82;FSAR=6,78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206445,0.0204098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.5149,94.8973;QD=59.5024;RBI=0.0500653,0.0339681;REFB=0.0157847,0.0287881;REVB=-0.0456108,0.0271527;RO=1;SAF=3,82;SAR=6,77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126211,-0.00576724;STB=0.571265,0.50303;STBP=0.286,0.51;TYPE=snp,snp;VARB=0.163616,0.000704022;OID=.,.;OPOS=156354293,156354293;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:169:170:1:1:9,159:9,160:0.0529412,0.941176:6,77:3,82:1:0:6,78:3,82:1:0 chr1 156354347 . TCC T,TC 495.05 PASS AF=0,0.990826;AO=15,69;DP=109;FAO=0,108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=0,40;FSAR=0,68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.109168,-0.215648;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.41101,7.40334;QD=18.1671;RBI=0.109274,0.215716;REFB=0.112387,0.172246;REVB=-0.00480593,-0.00542092;RO=13;SAF=7,23;SAR=8,46;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.197984,0.0347816;STB=0.5,0.503649;STBP=1,0.517;TYPE=del,del;VARB=0,0.00962179;OID=.,.;OPOS=156354348,156354348;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,0.990826:15,69:109:0,108:109:1:0,40:0,68:0:1:4:13:7,23:8,46:3:10 chr1 156354367 . A G 1525.42 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9253;QD=59.8206;RBI=0.0547749;REFB=0;REVB=0.0212734;RO=0;SAF=42;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366303;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:60:42:0:0:60:42:0:0 chr1 156446903 . T C 621.86 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0878;QD=60.6693;RBI=0.0731234;REFB=0;REVB=0.0375733;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131643;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:15:26:0:0 chr1 156450740 . G A,C 662.92 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=41,2;DP=43;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416949,0.00194474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.71,24.5905;QD=60.2653;RBI=0.0501934,0.0719798;REFB=0,0;REVB=0.0279448,-0.0719535;RO=0;SAF=28,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000467954,0.177364;OID=.,.;OPOS=156450740,156450740;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:43:44:0:0:41,2:43,1:0.977273,0.0227273:13,0:28,2:0:0:13,0:30,1:0:0 chr1 156499969 . T C 420.58 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0694901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0583;QD=13.3516;RBI=0.0701448;REFB=-0.0128556;REVB=-0.0095613;RO=77;SAF=37;SAR=12;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284135;STB=0.662333;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0360905;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:77:49:49:0.388889:12:37:40:37:12:37:40:37 chr1 156518379 . G A 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0122274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.715;QD=15.017;RBI=0.0122284;REFB=-0.0206354;REVB=0.000154059;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424978;STB=0.524069;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.026623;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:21:19:13:17:21:19 chr1 156526387 . C G 905.79 PASS AF=0.58156;AO=82;DP=141;FAO=82;FDP=141;FR=.;FRO=59;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0217148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3798;QD=25.6963;RBI=0.116664;REFB=-0.0176945;REVB=-0.114626;RO=59;SAF=54;SAR=28;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822839;STB=0.544832;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0116351;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:59:59:82:82:0.58156:28:54:33:26:28:54:33:26 chr1 156526444 . T C 1791.66 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.752;QD=60.7342;RBI=0.0236193;REFB=0;REVB=0.0189204;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43699e-05;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:51:61:0:0:53:65:0:0 chr1 156532977 . T C 696.78 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025059;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1887;QD=54.6494;RBI=0.0251924;REFB=-0.0684123;REVB=0.00258911;RO=1;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03761;STB=0.519992;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00167658;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:12:38:0:1:12:38:0:1 chr1 156536221 . G C 1662.44 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0035617;FXX=0.0260847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.532;QD=59.373;RBI=0.00731383;REFB=-0.0793953;REVB=-0.00638798;RO=1;SAF=67;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703302;STB=0.503649;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00066314;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:109:111:0.991071:42:67:1:0:43:68:1:0 chr1 156536251 . T C 1750.09 PASS AF=1;AO=113;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703736;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.208;QD=60.8725;RBI=0.0165102;REFB=0;REVB=0.0149352;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0577e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:113:115:1:48:65:0:0:49:66:0:0 chr1 156556321 . G A 725.6 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0109571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9146;QD=60.4667;RBI=0.0132724;REFB=-0.0239971;REVB=0.00748992;RO=1;SAF=32;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144632;STB=0.50746;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000239487;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:45:47:0.979167:13:32:1:0:14:33:1:0 chr1 156561651 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.046;QD=51.1836;RBI=0.13031;REFB=0;REVB=0.125517;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636763;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 156563375 . G A 1040.81 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.679;QD=59.475;RBI=0.0586527;REFB=0;REVB=0.0531366;RO=0;SAF=57;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13024e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32924e-05;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:11:57:0:0:12:58:0:0 chr1 156563726 . A C 3100.54 PASS AF=0.994898;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=196;FR=.;FRO=1;FSAF=119;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0495319;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0038;QD=63.2763;RBI=0.0652355;REFB=-0.025455;REVB=-0.0424531;RO=1;SAF=119;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398541;STB=0.502092;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000170341;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:196:196:1:1:195:195:0.994898:76:119:1:0:76:119:1:0 chr1 156563813 . G A 1681.32 PASS AF=1;AO=96;DP=115;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.256;QD=60.5882;RBI=0.0816874;REFB=0;REVB=0.0324347;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210597;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:111:0:0:96:111:1:58:38:0:0:56:55:0:0 chr1 156563852 . C T 1228.19 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7073;QD=59.9115;RBI=0.021125;REFB=-0.0504806;REVB=0.0128382;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.507245;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000300837;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:47:34:1:0:47:34:1:0 chr1 156564922 . C T 112.78 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0487982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.393;QD=16.1113;RBI=0.0489287;REFB=-0.0317516;REVB=-0.00357115;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0251911;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:15:12:13:0.464286:9:3:6:6:9:4:7:8 chr1 156565049 . A AAC,AC 330.22 PASS AF=1,0;AO=16,5;DP=25;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070932,-0.00431246;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=281.203,264.571;QD=52.8354;RBI=0.0383552,0.0374063;REFB=0,0;REVB=0.0376936,0.0371569;RO=2;SAF=13,3;SAR=3,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0963741,0.0491618;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00023827,0;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,5:25:25,0:25:0:18,0:7,0:0:0:4:2:13,3:3,2:1:1 chr1 156565503 . CTTTTTTTTG CTTTTTTT,CTTTTTTTG 65.38 PASS AF=0.483871,0.0322581;AO=9,6;DP=31;FAO=15,1;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11,1;FSAR=4,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0534881,-0.146743;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=14.3889,7.6065;QD=8.43548;RBI=0.146425,0.267246;REFB=-0.0625385,-0.0774004;REVB=-0.136305,-0.223354;RO=12;SAF=8,4;SAR=1,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347481,0;STB=0.540927,0.986556;STBP=0.637,0.495;TYPE=del,del;VARB=0.0835651,0.0547136;OID=.,.;OPOS=156565511,156565504;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTTT,CTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871,0.0322581:9,6:31:15,1:31:15:11,1:4,0:10:5:53:12:8,4:1,2:8:4 chr1 156595447 . G A 1456.59 PASS AF=0.920354;AO=105;DP=114;FAO=104;FDP=113;FR=.;FRO=9;FSAF=96;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00463513;FXX=0.00877116;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.076;QD=51.5608;RBI=0.0250449;REFB=-0.0280338;REVB=0.0246122;RO=8;SAF=97;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767425;STB=0.538109;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000106501;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:114:113:8:9:105:104:0.920354:8:97:6:2:8:96:7:2 chr1 156628493 . GCC GC,GCT 87.31 PASS AF=0.403846,0.0576923;AO=20,3;DP=46;FAO=21,3;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8,3;FSAR=13,0;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.145075,-0.0262809;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.67018,166.697;QD=6.71624;RBI=0.239159,0.0780898;REFB=-0.145964,-0.0171111;REVB=-0.190133,-0.0735346;RO=19;SAF=9,3;SAR=11,0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0.846154,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0660691,0.590079;STB=0.60927,0.995939;STBP=0.2,0.144;TYPE=del,snp;VARB=0.078864,0.0360444;OID=.,.;OPOS=156628494,156628495;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846,0.0576923:20,3:46:21,3:52:28:8,3:13,0:16:12:70:19:9,3:11,0:10:9 chr1 156639753 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=351.379;QD=55.6561;RBI=0.00694894;REFB=0;REVB=-0.000865621;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02348e-05;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr1 156640156 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000537537;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.164;QD=36.3484;RBI=0.0144314;REFB=0.0523682;REVB=0.0144214;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000730663;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr1 156640385 . C G 205.8 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0211126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.151;QD=13.9523;RBI=0.0211825;REFB=-0.0142212;REVB=0.00171986;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171468;STB=0.588413;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0263034;OID=.;OPOS=156640385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:31:33:24:26:0.440678:13:11:9:22:15:11:9:24 chr1 156640678 . G A 763.68 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103668;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.279;QD=53.5914;RBI=0.023606;REFB=0.172905;REVB=0.0212078;RO=2;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219106;STB=0.511107;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00126165;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:53:55:0.964912:42:11:0:2:44:11:0:2 chr1 156705593 . G C 1877.97 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.765;QD=61.5727;RBI=0.0980853;REFB=0;REVB=0.0259043;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81209e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:56:63:0:0:56:66:0:0 chr1 156713512 . C T 586.14 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0691582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3334;QD=54.5248;RBI=0.0777199;REFB=-0.0870677;REVB=0.0354615;RO=2;SAF=30;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302498;STB=0.515617;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0326795;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:43:43:2:2:40:41:0.953488:10:30:2:0:10:31:2:0 chr1 156713558 . G A 533.51 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00984716;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.78;QD=26.0249;RBI=0.0361304;REFB=-0.0215821;REVB=0.0347626;RO=33;SAF=37;SAR=12;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246733;STB=0.501347;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0129206;OID=.;OPOS=156713558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:33:49:49:0.597561:12:37:25:8:12:37:25:8 chr1 156752048 . C G 157.01 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0857485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0284;QD=16.1036;RBI=0.101928;REFB=0.0123556;REVB=0.055104;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733111;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0117551;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:12:10:9:8:12:10 chr1 156760887 . C A 664.51 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.010659;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.478;QD=22.1503;RBI=0.0117471;REFB=-0.0208567;REVB=-0.00493748;RO=55;SAF=36;SAR=29;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224136;STB=0.512286;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.014787;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:55:55:65:65:0.541667:29:36:29:26:29:36:29:26 chr1 156784982 . T C 144.45 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0208628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.598;QD=8.13819;RBI=0.0219351;REFB=-0.0135453;REVB=-0.00677437;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371299;STB=0.645836;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0438961;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:46:51:20:20:0.28169:12:8:6:40:12:8:11:40 chr1 156785617 . G A 354.23 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=10;FWDB=0.0350837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.929;QD=13.8912;RBI=0.0351859;REFB=-0.0115156;REVB=0.00267992;RO=61;SAF=27;SAR=14;SRF=51;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228868;STB=0.627532;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0157058;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:14:27:51:10:14:27:51:10 chr1 156846233 . G A 2078.36 PASS AF=0.964789;AO=136;DP=140;FAO=137;FDP=142;FR=.;FRO=5;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0152351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.181;QD=58.5454;RBI=0.0270759;REFB=-0.088294;REVB=0.0223829;RO=3;SAF=87;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161084;STB=0.50133;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00211933;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:140:142:3:5:136:137:0.964789:49:87:3:0:50:87:3:2 chr1 156873727 . G A 2344.21 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328263;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.617;QD=61.2866;RBI=0.0853621;REFB=0;REVB=0.078798;RO=0;SAF=92;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174352;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:153:153:1:61:92:0:0:61:92:0:0 chr1 156877457 . T C 1061.7 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3257;QD=59.8142;RBI=0.0159405;REFB=0;REVB=0.00388417;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74868e-05;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 156877797 . C A 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000720154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.657;QD=60.5404;RBI=0.0224473;REFB=0;REVB=0.0224358;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54782e-05;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr1 156878531 . T C 1480.25 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317558;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6748;QD=59.8082;RBI=0.05902;REFB=0;REVB=-0.0497487;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227947;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:48:50:0:0:49:50:0:0 chr1 156878737 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.968;QD=62.3507;RBI=0.0570229;REFB=0;REVB=0.00283717;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120147;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 156879580 . C T 868.53 PASS AF=0.857143;AO=65;DP=77;FAO=66;FDP=77;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0205542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.674;QD=45.1185;RBI=0.0210814;REFB=-0.0657579;REVB=0.00468493;RO=6;SAF=10;SAR=55;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179002;STB=0.636896;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00281179;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:77:77:6:11:65:66:0.857143:55:10:5:1:55:11:9:2 chr1 156882996 . G C 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.547;QD=57.3722;RBI=0.0500938;REFB=0;REVB=-0.0469336;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159063;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr1 156883215 . C A 1986.5 PASS AF=1;AO=112;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5262;QD=62.0781;RBI=0.170153;REFB=0;REVB=0.12529;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128228;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:112:128:1:45:67:0:0:51:77:0:0 chr1 156884584 . C T 734.29 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.282;QD=61.1912;RBI=0.0550313;REFB=-0.0410053;REVB=0.0266594;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000588859;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr1 156890672 . T C 4253.65 PASS AF=1;AO=268;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861235;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.149;QD=62.7845;RBI=0.0406274;REFB=0;REVB=-0.039704;RO=0;SAF=157;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75821e-06;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:271:271:0:0:268:271:1:111:157:0:0:111:160:0:0 chr1 156902222 . G A 755.79 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199345;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.229;QD=57.0405;RBI=0.0264087;REFB=0;REVB=0.0173215;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03083e-05;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 156902259 . G A 734.73 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0297068;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.003;QD=51.5602;RBI=0.0355533;REFB=-0.0922623;REVB=0.0195331;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348761;STB=0.527263;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00221055;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:57:2:3:54:54:0.947368:26:28:0:2:26:28:0:3 chr1 156902281 . T G 937.0 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.121;QD=58.5626;RBI=0.0270978;REFB=0;REVB=0.0204069;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55058e-05;OID=.;OPOS=156902281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr1 156904644 . A G 1417.59 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0363581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.771;QD=55.0521;RBI=0.0393353;REFB=-0.0726105;REVB=0.0150119;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197546;STB=0.510703;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00077909;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:103:2:4:99:99:0.961165:52:47:2:0:52:47:3:1 chr1 156904818 . G A 2220.8 PASS AF=0.979592;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00425543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7275;QD=60.43;RBI=0.06974;REFB=-0.170104;REVB=0.06961;RO=3;SAF=95;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144191;STB=0.507382;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00374725;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:3:3:143:144:0.979592:48:95:1:2:49:95:1:2 chr1 156907081 . T C 771.39 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267332;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.954;QD=57.1397;RBI=0.0585696;REFB=0;REVB=0.0521128;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01642e-05;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr1 156909695 . G A 1379.12 PASS AF=0.942308;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0083869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.329;QD=53.0432;RBI=0.00899485;REFB=0.0042302;REVB=0.00325072;RO=5;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419132;STB=0.516511;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.000290599;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:104:5:6:98:98:0.942308:54:44:0:5:54:44:1:5 chr1 156939067 . G A 1400.36 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5414;QD=61.5541;RBI=0.0234175;REFB=-0.151642;REVB=-0.0189042;RO=1;SAF=57;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824369;STB=0.504347;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00182354;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:33:57:1:0:33:57:1:0 chr1 157062696 . G T 271.73 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0325337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2225;QD=20.9023;RBI=0.0448149;REFB=0.00389807;REVB=0.0308209;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552766;STB=0.538434;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00233368;OID=.;OPOS=157062696;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:24:28:28:0.538462:14:14:12:9:14:14:14:10 chr1 157062739 . C G 218.07 PASS AF=0.446429;AO=18;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.021317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.197;QD=15.5764;RBI=0.0251737;REFB=-0.0096306;REVB=0.0133904;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.555511;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0146513;OID=.;OPOS=157062739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:31:18:25:0.446429:11:7:12:14:12:13:13:18 chr1 157508882 . C T 769.16 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3265;QD=56.9747;RBI=0.0344223;REFB=0;REVB=0.024999;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342109;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 157509025 . C T 1224.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.092;QD=60.4763;RBI=0.0192968;REFB=0;REVB=0.013775;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376001;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:35:46:0:0 chr1 157514091 . C T 288.15 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=119;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0362392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.239;QD=9.68582;RBI=0.0562278;REFB=0.00176854;REVB=-0.0429917;RO=81;SAF=26;SAR=12;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713605;STB=0.541644;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00507531;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:81:81:38:38:0.319328:12:26:51:30:12:26:51:30 chr1 157514097 . A G 1824.96 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.022;QD=60.3294;RBI=0.0388241;REFB=-0.0189937;REVB=0.00148621;RO=1;SAF=78;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111747;STB=0.505881;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000198149;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:42:78:0:1:42:78:0:1 chr1 157517127 . C T 235.11 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0050864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.182;QD=14.9277;RBI=0.0165941;REFB=-0.0191522;REVB=0.0157953;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312869;STB=0.659456;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.022693;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:34:36:26:27:0.428571:18:8:21:13:18:9:22:14 chr1 157557701 . G A 426.74 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.18;QD=56.8985;RBI=0.0185137;REFB=0;REVB=-0.013867;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111403;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr1 157567751 . A G 322.85 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.731;QD=53.8076;RBI=0.0997138;REFB=0;REVB=0.0969711;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192486;OID=.;OPOS=157567751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:4:17:0:0:7:17:0:0 chr1 157668194 . A C 233.88 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0349079;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.487;QD=12.8153;RBI=0.0367596;REFB=-0.0282061;REVB=-0.0115198;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819043;STB=0.55666;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0455325;OID=.;OPOS=157668194;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:45:26:28:0.383562:10:16:25:21:10:18:25:20 chr1 157771880 . C T 965.9 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335298;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.247;QD=59.4397;RBI=0.0426606;REFB=0;REVB=0.0263758;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273523;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:31:34:0:0 chr1 157772357 . GC CG 35.83 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0418258;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.0761;QD=2.81017;RBI=0.0477086;REFB=-0.0168068;REVB=-0.0229502;RO=41;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638031;STB=0.908217;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.200381;OID=.;OPOS=157772357;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:51:51:41:43:8:8:0.156863:1:7:12:29:1:7:14:29 chr1 157802979 . C T 1016.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.026;QD=58.0988;RBI=0.0544743;REFB=-0.0134708;REVB=0.0528962;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218953;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:26:43:0:1:27:43:0:0 chr1 158066834 . A C,G 789.74 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000714844,0.0697876;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.569,62.9386;QD=63.1793;RBI=0.0086778,0.0720783;REFB=0,0;REVB=0.00864831,0.0180271;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13583,-0.00145407;OID=.,.;OPOS=158066834,158066834;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,47:2,48:0.04,0.96:1,23:1,24:0:0:1,23:1,25:0:0 chr1 158224904 . C T 368.33 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0213621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7239;QD=16.7421;RBI=0.0239242;REFB=-0.00884796;REVB=-0.0107716;RO=49;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.556313;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0141623;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:23:16:25:24:23:16:25:24 chr1 158225019 . C G 665.89 PASS AF=0.514706;AO=64;DP=125;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.0591862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6615;QD=19.5848;RBI=0.0602008;REFB=-0.0118065;REVB=-0.0110062;RO=60;SAF=23;SAR=41;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744594;STB=0.526308;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.019058;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:136:60:66:64:70:0.514706:41:23:17:43:42:28:23:43 chr1 158324425 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.411;QD=64.4154;RBI=0.0463715;REFB=0;REVB=0.00692538;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52261e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 158368309 . T G 89.83 PASS AF=0.44;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00663537;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.962;QD=14.3722;RBI=0.00752381;REFB=0.00609565;REVB=-0.00354676;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318548;STB=0.654398;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00457381;OID=.;OPOS=158368309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:13:14:12:11:0.44:8:4:9:4:7:4:9:5 chr1 158368315 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00308731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.025;QD=16.6263;RBI=0.0327532;REFB=-0.0315522;REVB=0.0326073;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361002;STB=0.70755;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.014876;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:4:10:4:9:4:10 chr1 158368541 . A G 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.115;QD=64.4025;RBI=0.0381632;REFB=0;REVB=0.0278741;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104759;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 158368846 . T C 804.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4293;QD=64.3943;RBI=0.0273305;REFB=0;REVB=0.00115443;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155286;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 158368964 . C T 182.0 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0276081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.203;QD=16.9306;RBI=0.0276632;REFB=-0.0207091;REVB=-0.00174591;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687748;STB=0.503933;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0231076;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:15:9:7:12:15:9 chr1 158368974 . A G 238.77 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0066612;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7901;QD=19.8979;RBI=0.0153595;REFB=-0.00469135;REVB=0.0138399;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452756;STB=0.509546;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00240033;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:25:23:23:0.479167:7:16:17:9:7:16:17:8 chr1 158369064 . A G 234.88 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000810124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.562;QD=18.7905;RBI=0.0129064;REFB=-0.0350907;REVB=-0.0128809;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310157;STB=0.509083;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0564178;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:9:14:15:11:9:14:16:11 chr1 158390252 . T G 1212.79 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.579;QD=59.8907;RBI=0.0304411;REFB=-0.0821953;REVB=0.0110306;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00127634;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:55:25:0:0:55:25:0:1 chr1 158390501 . G A 330.94 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.906;QD=50.9146;RBI=0.0374547;REFB=-0.154515;REVB=0.0207604;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250902;STB=0.513503;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00074417;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:0:1:18:7:0:1 chr1 158436299 . T C 923.54 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00302164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.932;QD=56.833;RBI=0.102116;REFB=-0.138545;REVB=0.102071;RO=1;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200866;STB=0.510201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000273225;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:23:40:0:1:24:40:0:1 chr1 158450238 . G A 356.59 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0254284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.932;QD=19.8105;RBI=0.0337618;REFB=-0.0245955;REVB=0.0222092;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621969;STB=0.539856;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0184788;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:21:15:17:18:22:15:17:18 chr1 158450314 . A G 382.51 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8083;QD=52.7606;RBI=0.066052;REFB=0.100433;REVB=-0.0528329;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00527606;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr1 158450382 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.342;QD=63.872;RBI=0.0370732;REFB=0;REVB=0.0276263;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101732;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 158517142 . C T 186.95 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00670579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.375;QD=10.6829;RBI=0.034735;REFB=-0.0160037;REVB=-0.0340816;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392294;STB=0.571367;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0232963;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:41:46:24:24:0.342857:8:16:26:15:8:16:26:20 chr1 158517353 . G A 329.38 PASS AF=0.75;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0414231;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.824;QD=36.5977;RBI=0.0418696;REFB=-0.0501219;REVB=0.00609829;RO=10;SAF=5;SAR=22;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880756;STB=0.515039;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0282252;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:10:9:27:27:0.75:22:5:3:7:22:5:2:7 chr1 158533140 . A G 785.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4783;QD=64.1318;RBI=0.11209;REFB=0;REVB=-0.0991479;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178898;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 158533224 . A G 554.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.3314;QD=59.9158;RBI=0.0442452;REFB=0;REVB=0.0393754;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343645;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:13:24:0:0 chr1 158549264 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.518;QD=63.583;RBI=0.0167963;REFB=0;REVB=-0.012;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.03847e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr1 158549420 . C T 739.82 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0295722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2498;QD=50.1571;RBI=0.031988;REFB=-0.0907412;REVB=-0.0121948;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.532246;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00964117;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:0:4:55:55:0.932203:29:26:0:0:29:26:0:4 chr1 158549492 . C T 911.81 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00536699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.759;QD=55.261;RBI=0.0266211;REFB=-0.117195;REVB=0.0260745;RO=1;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106152;STB=0.511108;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000815828;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:44:20:0:1:44:20:0:2 chr1 158549511 . A G 857.93 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00485217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.03;QD=54.4719;RBI=0.0111106;REFB=-0.122686;REVB=0.00999513;RO=2;SAF=15;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588599;STB=0.531239;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000411757;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:46:15:2:0:46:15:2:0 chr1 158577109 . A C 293.9 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0266731;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0569;QD=14.6951;RBI=0.0291339;REFB=-0.0320082;REVB=-0.0117187;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014115;STB=0.508004;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0488025;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:25:22:15:18:25:22 chr1 158582646 . T C 1242.65 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305146;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.745;QD=61.3654;RBI=0.033999;REFB=0;REVB=0.0149931;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78518e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr1 158584091 . A G 461.67 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2238;QD=57.7083;RBI=0.0311815;REFB=0;REVB=-0.0137596;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259787;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:11:20:0:0:11:21:0:0 chr1 158587390 . C T 803.51 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.867;QD=55.4147;RBI=0.0228169;REFB=-0.136717;REVB=-0.0194665;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000821164;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:21:36:0:1:21:36:0:1 chr1 158587858 . G A 244.18 PASS AF=0.5;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0247631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.48;QD=18.783;RBI=0.105348;REFB=0.0101958;REVB=-0.102396;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172453;STB=0.576864;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0140963;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:26:26:26:0.5:15:11:15:9:15:11:15:11 chr1 158592935 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0125894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.622;QD=7.71672;RBI=0.0134517;REFB=-0.0034754;REVB=-0.00473871;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222806;STB=0.638028;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0077856;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:11:16:4:6:11:16 chr1 158597507 . G C 342.56 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00518327;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.119;QD=19.5748;RBI=0.0103132;REFB=-0.0032227;REVB=-0.00891603;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751096;STB=0.53388;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00379704;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:35:36:0.514286:22:13:10:24:22:14:11:23 chr1 158606449 . G T 607.73 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.00659186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.151;QD=15.8884;RBI=0.0373407;REFB=-0.0212254;REVB=-0.0367543;RO=85;SAF=38;SAR=29;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215963;STB=0.514857;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0267654;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:86:67:67:0.437908:29:38:50:35:29:38:51:35 chr1 158607935 . T G 356.1 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0947818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3816;QD=16.5628;RBI=0.0975218;REFB=0.0150741;REVB=-0.0229549;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280909;STB=0.657812;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0194143;OID=.;OPOS=158607935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:13:25:18:30:13:25:18:30 chr1 158612236 . A G 5195.19 PASS AF=0.974359;AO=341;DP=351;FAO=342;FDP=351;FR=.;FRO=9;FSAF=187;FSAR=155;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0259823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=59.2044;RBI=0.0526588;REFB=-0.212116;REVB=0.0458025;RO=7;SAF=187;SAR=154;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156764;STB=0.511245;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00131883;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:351:351:7:9:341:342:0.974359:154:187:1:6:155:187:1:8 chr1 158619728 . A C 1745.07 PASS AF=0.975;AO=77;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00321419;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.219;QD=58.1689;RBI=0.0181061;REFB=-0.00493331;REVB=0.0178186;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.511276;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00016375;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:120:0:3:77:117:0.975:31:46:0:0:65:52:0:3 chr1 158626378 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0335838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.278;QD=16.6611;RBI=0.0391376;REFB=0.0152115;REVB=-0.0200967;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132846;STB=0.574825;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0171351;OID=.;OPOS=158626378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:11:17:15:17:11:17:15:17 chr1 158631171 . A C 457.75 PASS AF=0.47619;AO=48;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0266989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.22;QD=17.4381;RBI=0.027314;REFB=-0.012021;REVB=-0.00576412;RO=55;SAF=37;SAR=11;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353439;STB=0.687052;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0195945;OID=.;OPOS=158631171;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:48:50:0.47619:11:37:24:31:12:38:24:31 chr1 158647495 . A T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.966;QD=62.0218;RBI=0.0400867;REFB=0;REVB=-0.0394468;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10055e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr1 158647522 . A G 235.44 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0010706;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7007;QD=17.4403;RBI=0.00199223;REFB=-0.023072;REVB=-0.00168012;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185884;STB=0.597415;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0247111;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:28:26:26:0.481481:10:16:23:6:10:16:22:6 chr1 158653225 . G A 586.55 PASS AF=0.469231;AO=60;DP=129;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.00172562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.31;QD=18.0476;RBI=0.00512692;REFB=0.00288115;REVB=0.00482779;RO=69;SAF=30;SAR=30;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00697551;STB=0.508194;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00328733;OID=.;OPOS=158653225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:69:60:61:0.469231:30:30:34:35:30:31:34:35 chr1 158655036 . G A 1165.14 PASS AF=0.987654;AO=68;DP=69;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0972733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.487;QD=57.5376;RBI=0.0983288;REFB=-0.262896;REVB=-0.0143687;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00468079;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:81:0:1:68:80:0.987654:40:28:0:0:41:39:1:0 chr1 158656281 . T C 1480.19 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00320546;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.43;QD=56.3883;RBI=0.00401152;REFB=-0.126135;REVB=-0.0024119;RO=0;SAF=62;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518069;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-3.10869e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:105:0:3:102:102:0.971429:40:62:0:0:40:62:0:3 chr1 158687163 . G A 340.57 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00857394;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.873;QD=17.9245;RBI=0.011719;REFB=-0.00556736;REVB=0.00798886;RO=40;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130238;STB=0.572876;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00745921;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:22:14:21:19:22:14:21:19 chr1 158687224 . G A 250.96 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0545587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4838;QD=26.4173;RBI=0.0547336;REFB=-0.03158;REVB=0.00437193;RO=14;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433932;STB=0.755721;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0162001;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:19:4:10:4:19:4:11:4 chr1 158735595 . C T 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.47;QD=63.3356;RBI=0.0356225;REFB=0;REVB=0.0335577;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69064e-05;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:38:55:0:0:38:55:0:0 chr1 158735691 . T C 1432.22 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8324;QD=62.9549;RBI=0.0363466;REFB=0;REVB=0.0213297;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40548e-05;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:35:55:0:0:36:55:0:0 chr1 158735740 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5753;QD=59.3197;RBI=0.0578811;REFB=0;REVB=-0.0382622;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711191;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr1 158735892 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7072;QD=57.2353;RBI=0.0957432;REFB=0;REVB=-0.0407682;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380947;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr1 158736215 . G A 950.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3186;QD=58.4747;RBI=0.118066;REFB=0;REVB=-0.00966683;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641397;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:59:65:1:17:42:0:0:17:48:0:0 chr1 158736445 . C T 1005.9 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.457;QD=59.1709;RBI=0.0482288;REFB=0;REVB=0.0471333;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106727;OID=.;OPOS=158736445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:21:45:0:0:22:46:0:0 chr1 158986477 . G C 124.89 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.147786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3301;QD=7.68573;RBI=0.15084;REFB=-0.00283907;REVB=-0.0301987;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519256;STB=0.547892;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0024683;OID=.;OPOS=158986477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:43:47:18:18:0.276923:10:8:21:22:10:8:24:23 chr1 158990247 . A G 215.45 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0180482;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.973;QD=12.8627;RBI=0.0209499;REFB=-0.00805199;REVB=0.0106376;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.572461;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0119997;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:41:26:26:0.38806:18:8:15:23:18:8:17:24 chr1 159002377 . C A 137.86 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0029621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2376;QD=8.89386;RBI=0.0142284;REFB=0.0180452;REVB=0.0139167;RO=43;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152121;STB=0.590126;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0433856;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:9:10:17:26:9:10:17:26 chr1 159002389 . T A 209.48 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00934894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.407;QD=11.8015;RBI=0.0141378;REFB=-0.00617582;REVB=0.0106054;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189562;STB=0.610848;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00897186;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:25:26:0.366197:11:14:17:27:11:15:18:27 chr1 159169641 . T C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.284;QD=57.8227;RBI=0.0386902;REFB=-0.00184505;REVB=-0.0160477;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000215031;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:0:1:11:27:0:1 chr1 159175428 . C T 430.15 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0183044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7824;QD=22.6396;RBI=0.0311897;REFB=-0.0250766;REVB=0.0252536;RO=34;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864646;STB=0.547596;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0140154;OID=.;OPOS=159175428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:23:19:19:15:23:19:19:15 chr1 159273892 . A G 515.56 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00150571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.181;QD=16.1112;RBI=0.00775263;REFB=-0.0188965;REVB=0.00760501;RO=72;SAF=30;SAR=26;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910937;STB=0.55083;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0252994;OID=.;OPOS=159273892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:56:56:0.4375:26:30:45:27:26:30:45:27 chr1 159283494 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6858;QD=64.411;RBI=0.0601538;REFB=0;REVB=-0.046942;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746437;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr1 159283746 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.57;QD=58.6001;RBI=0.0447702;REFB=0;REVB=0.0403558;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8255e-05;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr1 159409734 . G T 1054.41 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3224;QD=59.4033;RBI=0.0859938;REFB=0;REVB=-0.0645324;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102432;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:27:44:0:0 chr1 159558258 . A G 722.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.023;QD=55.5426;RBI=0.0297683;REFB=0;REVB=0.0283627;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617285;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:12:36:0:0:16:36:0:0 chr1 159683438 . C G 1303.24 PASS AF=0.44164;AO=140;DP=319;FAO=140;FDP=317;FR=.;FRO=177;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=84;FSRR=93;FWDB=-0.00583562;FXX=0.0062694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.04;QD=16.4447;RBI=0.00864611;REFB=-0.0219855;REVB=0.00637971;RO=175;SAF=67;SAR=73;SRF=84;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143492;STB=0.502235;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0322781;OID=.;OPOS=159683438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:317:175:177:140:140:0.44164:73:67:84:91:73:67:84:93 chr1 159824967 . G C 2067.64 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.729;QD=61.7206;RBI=0.0611176;REFB=-0.039115;REVB=0.0550362;RO=1;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798788;STB=0.504201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000252498;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:59:73:0:1:59:74:0:1 chr1 159825788 . GCCCCCAG GCCCCAG,GCCCCAGC 47.37 PASS AF=0.196262,0;AO=43,4;DP=110;FAO=21,0;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=18,0;FSAR=3,0;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.121399,-0.13047;FXX=0.0272702;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=7.92864,95.0129;QD=1.77093;RBI=0.125926,0.131775;REFB=-0.133411,-0.0083141;REVB=-0.033462,-0.018498;RO=54;SAF=26,4;SAR=17,0;SRF=24;SRR=30;SSEN=0.37037,0;SSEP=0,0;SSSB=0.160004,0.546509;STB=0.839998,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.122762,0.0167704;OID=.,.;OPOS=159825789,159825793;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=GCCCCAG,GCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196262,0:43,4:110:21,0:107:86:18,0:3,0:39:47:48:54:26,4:17,0:24:30 chr1 159898061 . T G,TG 67.07 PASS AF=0,0.232877;AO=3,14;DP=75;FAO=0,17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=0,13;FSAR=0,4;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=-0.0189062,0.0645291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=193.912,16.9146;QD=3.67485;RBI=0.0255378,0.143967;REFB=-0.00245213,-0.0650138;REVB=-0.0171679,-0.128695;RO=58;SAF=3,10;SAR=0,4;SRF=15;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.587084,0.526219;STB=0.5,0.846691;STBP=1,0.004;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.138669;OID=.,.;OPOS=159898061,159898062;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:68:75:73:58:56:3,14:0,17:0,0.232877:0,4:3,10:15:43:0,4:0,13:14:42 chr1 159898100 . A G 220.34 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0185007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3512;QD=11.9103;RBI=0.0899984;REFB=-0.0243952;REVB=-0.0880763;RO=46;SAF=8;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280068;STB=0.668609;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0350816;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:47:27:27:0.364865:19:8:25:21:19:8:26:21 chr1 159900605 . CA C,CAC 659.6 PASS AF=0.114754,0.852459;AO=7,11;DP=65;FAO=7,52;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=7,25;FSAR=0,27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0799363,-0.0115915;FXX=0.0161264;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=114.444,34.9025;QD=43.2522;RBI=0.0855555,0.890879;REFB=0.0157174,-0.152693;REVB=0.0304948,0.890803;RO=45;SAF=7,11;SAR=0,0;SRF=18;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697171,0.760433;STB=0.5,0.519223;STBP=1,0.265;TYPE=del,ins;VARB=0.245339,0.090757;OID=.,.;OPOS=159900606,159900607;OREF=A,-;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.114754,0.852459:7,11:65:7,52:61:2:7,25:0,27:2:0:35:45:7,11:0,0:18:27 chr1 159923111 . T G 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.617;QD=62.6114;RBI=0.0455937;REFB=0;REVB=0.0167348;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197493;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr1 160098543 . G A 966.91 PASS AF=0.492537;AO=99;DP=202;FAO=99;FDP=201;FR=.;FRO=102;FSAF=70;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00861546;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.156;QD=19.242;RBI=0.0237537;REFB=-0.00625953;REVB=-0.0221362;RO=101;SAF=70;SAR=29;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229031;STB=0.629305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00945504;OID=.;OPOS=160098543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:101:102:99:99:0.492537:29:70:48:53:29:70:48:54 chr1 160112138 . A G 398.48 PASS AF=0.526316;AO=38;DP=74;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.116236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0284;QD=20.9725;RBI=0.116245;REFB=-0.0348356;REVB=-0.00139186;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700713;STB=0.523798;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.04269;OID=.;OPOS=160112138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:36:36:38:40:0.526316:22:16:18:18:22:18:18:18 chr1 160124875 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.632;QD=55.6553;RBI=0.0196345;REFB=0;REVB=0.0047769;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1696e-05;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 160133955 . G A 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00570964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.604;QD=12.2279;RBI=0.00814153;REFB=0.000334837;REVB=0.00580384;RO=36;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680663;STB=0.503933;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.000609182;OID=.;OPOS=160133955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:6:16:26:10:6:16:26:10 chr1 160134205 . C T 496.45 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0202141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.909;QD=20.9033;RBI=0.0720972;REFB=-0.00125632;REVB=-0.0692055;RO=47;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281455;STB=0.515571;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000896504;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:23:25:23:24:23:25:23:24 chr1 160136350 . G A 398.92 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0216538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0645;QD=15.3431;RBI=0.0237621;REFB=-0.00765018;REVB=0.00978518;RO=57;SAF=14;SAR=31;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25833;STB=0.654859;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0121156;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:31:14:32:25:31:14:34:25 chr1 160141196 . C T 1519.12 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7733;QD=58.9948;RBI=0.0490639;REFB=0;REVB=0.00195782;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229472;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:49:50:0:0:50:53:0:0 chr1 160303416 . G A 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00767293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.54;QD=19.4206;RBI=0.00790743;REFB=-0.0119239;REVB=0.00191142;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012452;STB=0.513504;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00875088;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:29:29:0.517857:10:19:17:9:10:19:17:10 chr1 160341142 . T C 66.14 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.062385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.592;QD=17.6372;RBI=0.0624752;REFB=0.00192757;REVB=0.00335686;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.749499;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00055716;OID=.;OPOS=160341142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:3:5:0:6:3:6:0:6 chr1 160341245 . TCA T,TCT 371.08 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=35,6;DP=86;FAO=35,5;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21,3;FSAR=14,2;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00267575,-0.072034;FXX=0.0116266;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.523,117.145;QD=17.4627;RBI=0.00422107,0.0734062;REFB=-0.0311338,0.00102578;REVB=-0.00326463,0.0141274;RO=45;SAF=21,4;SAR=14,2;SRF=23;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0904392,0.183255;STB=0.550991,0.580321;STBP=0.407,0.768;TYPE=del,snp;VARB=0.0347671,0.0855916;OID=.,.;OPOS=160341246,160341247;OREF=CA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0588235:35,6:86:35,5:85:45:21,3:14,2:23:22:99:45:21,4:14,2:23:22 chr1 160342015 . T G 295.68 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0221333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.061;QD=22.3157;RBI=0.0493352;REFB=-0.0128509;REVB=-0.0440917;RO=23;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288199;STB=0.659127;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.015729;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:11:19:6:17:11:19:6:17 chr1 160456498 . T C 56.89 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00302128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.383;QD=3.73068;RBI=0.00536852;REFB=-0.000491771;REVB=-0.00443766;RO=51;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218258;STB=0.649176;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00273692;OID=.;OPOS=160456498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:3:7:27:24:3:7:27:24 chr1 160461060 . C T 330.06 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000615264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4915;QD=27.5048;RBI=0.165627;REFB=-0.00556987;REVB=-0.165626;RO=19;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210954;STB=0.616437;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0021582;OID=.;OPOS=160461060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:19:10:12:7:19:10:12:7 chr1 160585554 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.521;QD=60.9784;RBI=0.041527;REFB=0;REVB=0.0401013;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100671;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 160616703 . G T 145.17 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0560254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7341;QD=16.5906;RBI=0.059217;REFB=0.00203261;REVB=0.0191782;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190726;OID=.;OPOS=160616703;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:18:15:15:0.428571:5:10:11:1:5:10:12:6 chr1 160650913 . A G 702.38 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0295476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9048;QD=57.3375;RBI=0.0998349;REFB=-0.0465592;REVB=0.0953622;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00487724;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:49:1:1:45:48:0.979592:23:22:1:0:26:22:1:0 chr1 160793442 . A G 422.36 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0050472;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8538;QD=17.9729;RBI=0.015063;REFB=0.00450909;REVB=-0.0141923;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716324;STB=0.539982;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00543543;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:20:23:31:20:20:23:31:20 chr1 160793560 . A G 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00279642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.208;QD=13.4953;RBI=0.0118165;REFB=-0.0220678;REVB=0.0114809;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700429;STB=0.53985;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0344434;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:11:18:30:14:11:18:30:14 chr1 160793962 . G C 420.66 PASS AF=0.35461;AO=50;DP=141;FAO=50;FDP=141;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=-0.00797072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.795;QD=11.9337;RBI=0.042651;REFB=-0.00862095;REVB=0.0418996;RO=91;SAF=33;SAR=17;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273946;STB=0.656747;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0103667;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:91:91:50:50:0.35461:17:33:38:53:17:33:38:53 chr1 160851826 . A T 2071.51 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025705;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.355;QD=61.836;RBI=0.0315988;REFB=-0.0940315;REVB=-0.0183777;RO=0;SAF=75;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00949e-08;STB=0.503225;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000205702;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:131:133:0.992537:56:75:0:0:56:77:1:0 chr1 160851894 . G A 1556.44 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7876;QD=59.8632;RBI=0.0417834;REFB=0;REVB=0.016512;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019584;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:39:64:0:0:40:64:0:0 chr1 160920966 . C T 1634.4 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.739;QD=58.3714;RBI=0.0664184;REFB=-0.177741;REVB=0.0106936;RO=1;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736047;STB=0.505375;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00057739;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:112:112:1:1:110:111:0.991071:64:46:0:1:65:46:1:0 chr1 160971146 . A G 740.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152001;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.984;QD=56.9444;RBI=0.0401717;REFB=0;REVB=-0.037185;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238802;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:33:19:0:0 chr1 160990875 . TC CA 817.67 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.182;QD=57.3801;RBI=0.0566991;REFB=0;REVB=0.0538986;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00037159;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:19:36:0:0:21:36:0:0 chr1 160990878 . C T 771.27 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.974;QD=55.0908;RBI=0.0460348;REFB=-0.13607;REVB=0.0283348;RO=1;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00100211;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:19:36:0:1:19:36:0:1 chr1 161068836 . A C 376.13 PASS AF=0.408163;AO=32;DP=93;FAO=40;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00826496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.377;QD=15.352;RBI=0.0430652;REFB=-0.0296642;REVB=0.0422646;RO=50;SAF=24;SAR=8;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415934;STB=0.538442;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0417675;OID=.;OPOS=161068836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:98:50:56:32:40:0.408163:8:24:36:14:12:28:36:20 chr1 161141432 . C G 265.05 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.036914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0329;QD=19.2762;RBI=0.0372105;REFB=-0.00260331;REVB=0.00468829;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133476;STB=0.521724;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0063017;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:26:28:29:0.527273:17:11:11:16:18:11:11:15 chr1 161163021 . G A 262.42 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0105533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.682;QD=14.9954;RBI=0.0122566;REFB=-0.000895719;REVB=0.00623317;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260992;STB=0.514783;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00130375;OID=.;OPOS=161163021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:23:17:12:18:23:17 chr1 161163037 . T C 1129.23 PASS AF=1;AO=43;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.715;QD=57.9091;RBI=0.226137;REFB=0;REVB=0.223141;RO=0;SAF=42;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312643;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:43:78:1:1:42:0:0:29:49:0:0 chr1 161168004 . C T 581.04 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0168348;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.883;QD=21.926;RBI=0.0329088;REFB=-0.023102;REVB=0.0282768;RO=48;SAF=34;SAR=24;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05128;STB=0.528088;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0150455;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:48:48:58:58:0.54717:24:34:31:17:24:34:31:17 chr1 161183516 . C T 568.99 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0151521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.638;QD=15.6962;RBI=0.0160661;REFB=-0.00916356;REVB=-0.00534184;RO=84;SAF=40;SAR=21;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.587231;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.01324;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:61:61:0.42069:21:40:43:41:21:40:43:41 chr1 161200585 . C T 567.18 PASS AF=0.621951;AO=40;DP=83;FAO=51;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0934313;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.594;QD=27.6671;RBI=0.23052;REFB=-0.125953;REVB=-0.210737;RO=9;SAF=20;SAR=20;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133006;STB=0.535318;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0290059;OID=.;OPOS=161200585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:9:27:40:51:0.621951:20:20:8:1:31:20:8:19 chr1 161202605 . G A 244.11 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00323392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.999;QD=23.2487;RBI=0.0365387;REFB=-0.0101325;REVB=-0.0363953;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221132;STB=0.622542;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0125889;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:15:4:11:12:15:4 chr1 161254280 . G C 476.72 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0142498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2396;QD=16.7271;RBI=0.0249902;REFB=0.0042196;REVB=-0.0205293;RO=61;SAF=32;SAR=20;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246912;STB=0.507865;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00394629;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:62:52:52:0.45614:20:32:39:22:20:32:39:23 chr1 161390656 . G A 790.58 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0531151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2302;QD=22.588;RBI=0.0554366;REFB=-0.016706;REVB=0.0158748;RO=65;SAF=38;SAR=37;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139127;STB=0.50762;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0176808;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:65:75:75:0.535714:37:38:34:31:37:38:34:31 chr1 161391870 . G GA 66.07 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.149402;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.35091;QD=13.9086;RBI=0.275403;REFB=0.0387939;REVB=0.231357;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276935;STB=0.571299;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.0441519;OID=.;OPOS=161391871;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:10:20:12:19:7:10:2:5:2:19:9:8:2:7:2 chr1 161409996 . T C 268.68 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0290087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7646;QD=22.39;RBI=0.0458367;REFB=0.00370174;REVB=-0.0354894;RO=23;SAF=20;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363946;STB=0.705701;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0052087;OID=.;OPOS=161409996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:5:20:10:13:5:20:10:13 chr1 161410044 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.287;QD=51.9166;RBI=0.0762732;REFB=0;REVB=-0.0121105;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177487;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 161410654 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8205;QD=40.7601;RBI=0.0347794;REFB=0;REVB=-0.0226167;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68288e-05;OID=.;OPOS=161410654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr1 161479745 . A G 667.17 PASS AF=0.458599;AO=72;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=22;FWDB=0.0074194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.934;QD=16.9978;RBI=0.00918283;REFB=-0.0200545;REVB=0.00541081;RO=83;SAF=55;SAR=17;SRF=62;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222956;STB=0.516738;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0262165;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:85:72:72:0.458599:17:55:62:21:17:55:63:22 chr1 161495338 . C A 84.73 PASS AF=0.202899;AO=13;DP=68;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0206706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.645;QD=4.91185;RBI=0.119131;REFB=-0.0165172;REVB=0.117324;RO=54;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19028;STB=0.584301;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0571714;OID=.;OPOS=161495338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:69:54:55:13:14:0.202899:6:7:37:17:6:8:37:18 chr1 161495477 . A T 218.77 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0154573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.931;QD=8.66407;RBI=0.0468303;REFB=0.00496205;REVB=0.0442058;RO=71;SAF=18;SAR=11;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187637;STB=0.615936;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0157819;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:72:29:29:0.287129:11:18:33:38:11:18:33:39 chr1 161495571 . G T 71.2 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.030651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.185;QD=10.5482;RBI=0.0396219;REFB=-0.00896339;REVB=-0.0251079;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.832479;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0107949;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:13:17:9:9:0.333333:8:1:5:8:8:1:9:8 chr1 161495885 . T C 333.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7863;QD=53.3317;RBI=0.067986;REFB=0;REVB=0.0668989;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00490845;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:5:19:0:0:6:19:0:0 chr1 161496530 . C G 570.6 PASS AF=0.461538;AO=58;DP=127;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.000308491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.239;QD=17.5568;RBI=0.000605439;REFB=-0.00309824;REVB=-0.000520951;RO=67;SAF=26;SAR=32;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114362;STB=0.565162;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.003606;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:67:70:58:60:0.461538:32:26:38:29:33:27:40:30 chr1 161500130 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0503023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5849;QD=16.7544;RBI=0.0509929;REFB=-0.015039;REVB=-0.00836421;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121745;STB=0.557645;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.029194;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:10:17:12:12:11:17 chr1 161500975 . A G 121.85 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.00829297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1091;QD=9.19627;RBI=0.079832;REFB=0.00211076;REVB=-0.0794001;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544124;STB=0.532428;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.017449;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:4:12:29:8:4:12:29:8 chr1 161501904 . A T 875.18 PASS AF=0.547771;AO=85;DP=156;FAO=86;FDP=157;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.00922554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.652;QD=22.2976;RBI=0.0124282;REFB=-0.00969282;REVB=0.00832764;RO=69;SAF=46;SAR=39;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134274;STB=0.575829;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00618157;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:69:71:85:86:0.547771:39:46:26:43:40:46:26:45 chr1 161514542 . A C 308.59 PASS AF=0.292857;AO=41;DP=140;FAO=41;FDP=140;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=0.0106337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=333.24;QD=8.81682;RBI=0.0139682;REFB=0.00253147;REVB=0.00905733;RO=98;SAF=27;SAR=14;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985574;STB=0.555113;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00640713;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:98:99:41:41:0.292857:14:27:57:41:14:27:58:41 chr1 161518214 . T C 71.88 PASS AF=0.118881;AO=17;DP=143;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.0540563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3098;QD=2.01058;RBI=0.0760769;REFB=-0.00348098;REVB=0.0535314;RO=124;SAF=2;SAR=15;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485547;STB=0.851197;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0474548;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:143:143:124:126:17:17:0.118881:15:2:60:64:15:2:60:66 chr1 161518336 . C T 449.03 PASS AF=0.199488;AO=76;DP=389;FAO=78;FDP=391;FR=.;FRO=313;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=176;FSRR=137;FWDB=-0.00414664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.887;QD=4.59366;RBI=0.0295247;REFB=-0.00728409;REVB=-0.029232;RO=312;SAF=37;SAR=39;SRF=176;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999526;STB=0.570059;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0413187;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:391:312:313:76:78:0.199488:39:37:176:136:41:37:176:137 chr1 161559571 . C T 194.23 PASS AF=0.375;AO=21;DP=61;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00558781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0247;QD=12.1392;RBI=0.0425767;REFB=0.00363826;REVB=0.0422084;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166277;STB=0.537006;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00661643;OID=.;OPOS=161559571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:40:40:21:24:0.375:14:7:19:21:14:10:19:21 chr1 161565479 . G A 363.43 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0148065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.418;QD=15.6313;RBI=0.0204696;REFB=-0.0286156;REVB=-0.0141341;RO=53;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803404;STB=0.553045;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0346551;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:53:54:39:39:0.419355:27:12:20:33:27:12:21:33 chr1 161565761 . AT A,TA 175.2 PASS AF=0.826087,0;AO=16,2;DP=23;FAO=19,0;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00189487,-0.0423039;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=17.0788,10.0222;QD=30.4697;RBI=0.12218,0.0463383;REFB=-0.0475845,-0.0159428;REVB=0.122165,0.0189109;RO=4;SAF=9,1;SAR=7,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.347639,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229225,0;STB=0.514004,0.5;STBP=0.839,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0263612,0.0631384;OID=.,.;OPOS=161565762,161565761;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:23:23:4:4:16,2:19,0:0.826087,0:7,1:9,1:2:2:8,0:11,0:2:2 chr1 161574654 . G A 1323.68 PASS AF=0.596154;AO=121;DP=206;FAO=124;FDP=208;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=95;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.000417872;FXX=0.00478446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.147;QD=25.4554;RBI=0.00184378;REFB=-0.00231706;REVB=-0.0017958;RO=80;SAF=29;SAR=92;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188524;STB=0.608839;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0018255;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:208:80:84:121:124:0.596154:92:29:36:44:95:29:38:46 chr1 161582570 . GG AC 262.7 PASS AF=0.234286;AO=41;DP=175;FAO=41;FDP=175;FR=.;FRO=134;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=78;FSRR=56;FWDB=0.00104075;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=2;MLLD=290.821;QD=6.00445;RBI=0.0115145;REFB=-0.00484789;REVB=-0.0114674;RO=133;SAF=25;SAR=16;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403005;STB=0.522031;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0180345;OID=.;OPOS=161582570;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:133:134:41:41:0.234286:16:25:77:56:16:25:78:56 chr1 161591542 . G A 311.23 PASS AF=0.486111;AO=26;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00679371;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7949;QD=17.2908;RBI=0.0395006;REFB=-0.0284243;REVB=0.038912;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244776;STB=0.529021;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0454708;OID=.;OPOS=161591542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:35:37:26:35:0.486111:12:14:18:17:19:16:19:18 chr1 161591548 . C T 308.64 PASS AF=0.485714;AO=26;DP=64;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0267045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=17.6363;RBI=0.0492678;REFB=-0.0320559;REVB=0.0414028;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252954;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:34:36:26:34:0.485714:13:13:18:16:17:17:18:18 chr1 161599693 . T C 497.15 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00733442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.037;QD=43.2305;RBI=0.0570035;REFB=-0.0147621;REVB=0.0565297;RO=9;SAF=13;SAR=24;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16077;STB=0.586749;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00946882;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:24:13:7:2:24:13:7:2 chr1 161600995 . C T 587.57 PASS AF=0.521739;AO=57;DP=112;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0459346;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.242;QD=20.4371;RBI=0.0460658;REFB=-0.030083;REVB=-0.00347422;RO=53;SAF=25;SAR=32;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111442;STB=0.537647;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0216094;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:53:55:57:60:0.521739:32:25:30:23:32:28:30:25 chr1 161680258 . G A 1719.38 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756902;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.057;QD=60.8629;RBI=0.0193352;REFB=0;REVB=0.0177921;RO=0;SAF=74;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74563e-05;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:39:74:0:0:39:74:0:0 chr1 161683136 . G A 240.3 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0524033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.272;QD=10.0127;RBI=0.0543058;REFB=-0.00195637;REVB=0.0142481;RO=66;SAF=14;SAR=16;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286528;STB=0.665657;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00215157;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:16:14:47:19:16:14:47:19 chr1 161695639 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.009;QD=51.9166;RBI=0.0495186;REFB=0;REVB=0.0395175;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72487e-05;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 161696088 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.023;QD=43.4862;RBI=0.0150145;REFB=0;REVB=0.00600627;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22657e-05;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 161696782 . G C 238.87 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0382153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3046;QD=18.0279;RBI=0.0539273;REFB=0.00299635;REVB=0.0380491;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509394;STB=0.528527;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00131288;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:17:9:8:19:17:9:8:19 chr1 161697319 . G A 783.02 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=166;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0038212;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.195;QD=18.9824;RBI=0.00386717;REFB=0.000617339;REVB=0.000594541;RO=83;SAF=49;SAR=32;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325651;STB=0.513931;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.000476538;OID=.;OPOS=161697319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:83:84:81:81:0.490909:32:49:53:30:32:49:53:31 chr1 161705871 . C G 127.64 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0127138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.715;QD=13.7992;RBI=0.0593736;REFB=-0.00735631;REVB=-0.0579964;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23825;STB=0.638118;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0164306;OID=.;OPOS=161705871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:8:14:6:9:8:14 chr1 161721707 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00592061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6656;QD=15.5771;RBI=0.0369966;REFB=-0.00426587;REVB=-0.0365198;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152367;STB=0.57888;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00530687;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:16:8:14:15:16:8:14:16 chr1 161748056 . C T 131.93 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0398695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1033;QD=14.6583;RBI=0.109576;REFB=-0.0491937;REVB=-0.102065;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409917;STB=0.514;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.032256;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:4:11:14:6:4:11:15:6 chr1 161753802 . T C 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0111256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.592;QD=11.5764;RBI=0.0139521;REFB=-0.0128682;REVB=-0.00841904;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851439;STB=0.54163;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0215458;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:10:13:19:20:10:13:20:20 chr1 161753841 . G A 177.4 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0354071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.029;QD=12.2346;RBI=0.0362835;REFB=-0.0369721;REVB=0.00792686;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125988;STB=0.545413;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0592459;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:36:22:22:0.37931:10:12:14:19:10:12:17:19 chr1 161761276 . G C 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.01967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.983;QD=25.8983;RBI=0.0271415;REFB=-0.00658248;REVB=0.0187017;RO=21;SAF=23;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373696;STB=0.70945;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00382926;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:5:23:9:12:5:23:9:12 chr1 161761312 . C T 271.22 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00547178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6497;QD=19.3727;RBI=0.0184248;REFB=-0.00749032;REVB=-0.0175936;RO=27;SAF=21;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354198;STB=0.679044;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00684119;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:27:28:29:0.517857:7:21:10:17:8:21:10:17 chr1 161823011 . T A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00661359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.219;QD=14.139;RBI=0.0150071;REFB=-0.0125081;REVB=-0.0134713;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462575;STB=0.526988;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.013481;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:12:8:5:9:12:8 chr1 161928327 . A G 468.87 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00697327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.621;QD=16.1679;RBI=0.0150827;REFB=-0.0201851;REVB=-0.0133739;RO=64;SAF=28;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293533;STB=0.52208;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0246566;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:64:51:52:0.448276:23:28:37:27:24:28:37:27 chr1 161953402 . G A 776.9 PASS AF=0.536232;AO=74;DP=139;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00144954;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4283;QD=22.5189;RBI=0.0586818;REFB=-0.0454307;REVB=-0.0586639;RO=64;SAF=35;SAR=39;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229116;STB=0.512551;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0447895;OID=.;OPOS=161953402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:64:64:74:74:0.536232:39:35:32:32:39:35:32:32 chr1 161967681 . A G 405.09 PASS AF=0.427273;AO=45;DP=108;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.0144288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6679;QD=14.7304;RBI=0.0170553;REFB=-0.0221722;REVB=-0.0090935;RO=63;SAF=29;SAR=16;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119915;STB=0.581106;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0214033;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:63:63:45:47:0.427273:16:29:47:16:18:29:47:16 chr1 161976234 . A G 92.07 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00732649;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.794;QD=18.414;RBI=0.0114468;REFB=-0.00611469;REVB=0.00879503;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00543784;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:8:9:10:11:0.55:5:5:5:3:6:5:6:3 chr1 162313735 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.555;QD=57.202;RBI=0.0833561;REFB=0;REVB=0.0769187;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512127;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr1 162344102 . C T 1897.79 PASS AF=0.969231;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0244145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.936;QD=58.3934;RBI=0.0368519;REFB=-0.0474686;REVB=0.0276044;RO=4;SAF=69;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309364;STB=0.50173;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00139035;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:130:4:4:125:126:0.969231:56:69:2:2:56:70:2:2 chr1 162345091 . G A 2397.81 PASS AF=0.97561;AO=160;DP=164;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=106;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.047338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.587;QD=58.4832;RBI=0.0756237;REFB=-0.199466;REVB=0.0589751;RO=1;SAF=106;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00446802;STB=0.511166;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00223068;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:164:164:1:4:160:160:0.97561:54:106:1:0:54:106:1:3 chr1 162354803 . G C 992.73 PASS AF=0.5;AO=101;DP=202;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0100491;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.239;QD=19.6581;RBI=0.0218424;REFB=-0.0310503;REVB=-0.0193935;RO=101;SAF=53;SAR=48;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027139;STB=0.514907;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0311107;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:101:101:101:101:0.5:48:53:56:45:48:53:56:45 chr1 162737116 . C G 525.11 PASS AF=0.495495;AO=55;DP=111;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0416046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6675;QD=18.923;RBI=0.0425213;REFB=-0.0228098;REVB=-0.00878176;RO=55;SAF=27;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990236;STB=0.549555;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0206688;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:56:55:55:0.495495:28:27:21:34:28:27:22:34 chr1 162740327 . T C 1092.95 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721382;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0187;QD=56.7766;RBI=0.0933852;REFB=0;REVB=0.0931061;RO=2;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368756;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:2:0:75:77:1:28:47:0:2:30:47:0:0 chr1 162765475 . G C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4732;QD=55.6458;RBI=0.0553193;REFB=0;REVB=0.0499269;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892898;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr1 163309219 . A T 1012.28 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.471;QD=57.8444;RBI=0.0188645;REFB=-0.127828;REVB=0.00608942;RO=1;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116725;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000288162;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:29:40:1:0:29:40:1:0 chr1 163479278 . G A 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=60.7117;RBI=0.023159;REFB=0;REVB=0.0081226;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101598;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr1 164529120 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00808547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.064;QD=22.1441;RBI=0.00842531;REFB=-0.00354869;REVB=-0.00236875;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251281;STB=0.63985;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00577635;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:2:11:9:8:2:11 chr1 164608825 . G A 1507.53 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.256;QD=59.1188;RBI=0.0282014;REFB=0;REVB=0.0278262;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769048;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:98:102:1:50:48:0:0:51:51:0:0 chr1 164672441 . G A 242.84 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000565107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0645;QD=22.5899;RBI=0.0240217;REFB=0.00681499;REVB=-0.0240151;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136927;STB=0.576546;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00659913;OID=.;OPOS=164672441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:12:8:13:10:12:8 chr1 165173216 . A G 1471.68 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7651;QD=63.2982;RBI=0.0228273;REFB=0;REVB=0.021427;RO=0;SAF=76;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012852;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:16:76:0:0:16:77:0:0 chr1 165218792 . G A 929.49 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00467338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6077;QD=56.3329;RBI=0.03578;REFB=-0.0499109;REVB=0.0354735;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0033367;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:34:30:0:1:34:31:0:1 chr1 165377552 . G A 416.06 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0138148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0288;QD=16.9819;RBI=0.0313043;REFB=0.0140545;REVB=-0.0280912;RO=55;SAF=25;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913334;STB=0.55127;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0183151;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:18:25:27:28:18:25:27:28 chr1 165389129 . G A 637.12 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00143757;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.579;QD=20.0669;RBI=0.0112569;REFB=-0.00595758;REVB=-0.0111647;RO=62;SAF=38;SAR=26;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481043;STB=0.52133;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0060177;OID=.;OPOS=165389129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:63:64:64:0.503937:26:38:40:22:26:38:40:23 chr1 165601466 . G A 1245.16 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000408605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.241;QD=57.9145;RBI=0.00700524;REFB=-0.128238;REVB=-0.00699331;RO=3;SAF=29;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228582;STB=0.51208;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000350865;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:54:29:2:1:54:29:2:1 chr1 165624799 . G T 245.47 PASS AF=0.5;AO=27;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0527307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=18.8823;RBI=0.0583136;REFB=-0.00953989;REVB=-0.0248988;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982254;STB=0.538892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00476467;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:27:26:0.5:16:11:13:12:15:11:13:13 chr1 165630698 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1842;QD=56.9522;RBI=0.0516303;REFB=0;REVB=-0.0240256;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202904;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 165652273 . A G 1146.59 PASS AF=0.987013;AO=77;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252058;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4518;QD=59.5633;RBI=0.0642677;REFB=0.208033;REVB=-0.0591186;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996436;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00210074;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:77:76:0.987013:30:47:1:0:30:46:1:0 chr1 165737704 . C G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.109;QD=60.6006;RBI=0.00865529;REFB=0;REVB=0.00405196;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.38951e-06;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 165737719 . C T 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0230755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.568;QD=25.6502;RBI=0.0519032;REFB=0.0117611;REVB=0.0464915;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688945;STB=0.514913;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00697055;OID=.;OPOS=165737719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:12:13:9:8:12:13:10:8 chr1 165859549 . T G 797.84 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0291028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.449;QD=18.0304;RBI=0.0332828;REFB=-0.0111135;REVB=-0.0161485;RO=94;SAF=45;SAR=38;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624909;STB=0.534539;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0167755;OID=.;OPOS=165859549;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:94:83:83:0.468927:38:45:57:37:38:45:57:37 chr1 166039898 . C G 780.03 PASS AF=0.413146;AO=88;DP=213;FAO=88;FDP=213;FR=.;FRO=125;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=-0.021984;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.32;QD=14.6484;RBI=0.0297426;REFB=-0.0127707;REVB=-0.0200331;RO=120;SAF=64;SAR=24;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179116;STB=0.601538;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0179582;OID=.;OPOS=166039898;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:120:125:88:88:0.413146:24:64:69:51:24:64:72:53 chr1 166818566 . A G 1380.88 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00504055;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.447;QD=62.7674;RBI=0.0360017;REFB=0;REVB=0.0356471;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2799e-05;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr1 166822566 . A G 1212.21 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827602;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5327;QD=61.3776;RBI=0.0853724;REFB=0;REVB=0.0209569;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232407;OID=.;OPOS=166822566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr1 166958601 . T C 2178.61 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.209;QD=63.148;RBI=0.0299781;REFB=0;REVB=0.0199495;RO=0;SAF=82;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51124e-06;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:56:82:0:0:56:82:0:0 chr1 166958710 . T G 1862.57 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344726;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.788;QD=61.5726;RBI=0.0156217;REFB=0;REVB=0.0152366;RO=0;SAF=59;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05862e-05;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:62:59:0:0:62:59:0:0 chr1 166961944 . A AT,T 41.49 PASS AF=0.363636,0.0454545;AO=4,5;DP=23;FAO=8,1;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=3,1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.230893,0.018161;FXX=0.0434594;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=11.8795,228.493;QD=7.54322;RBI=0.230941,0.0189764;REFB=-0.0568328,0.00247708;REVB=0.00466673,-0.00550275;RO=14;SAF=1,4;SAR=3,1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.549941,0.0242606;STB=0.599771,0.994317;STBP=0.542,0.159;TYPE=ins,snp;VARB=0.0534492,0.00121682;OID=.,.;OPOS=166961945,166961944;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:14:13:4,5:8,1:0.363636,0.0454545:3,1:1,4:11:3:3,1:5,0:10:3 chr1 167095163 . G C 2861.98 PASS AF=0.994595;AO=180;DP=183;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3648;QD=61.8807;RBI=0.0376031;REFB=-0.106748;REVB=0.037108;RO=2;SAF=110;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134055;STB=0.503401;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000526531;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:185:2:1:180:184:0.994595:70:110:0:2:73:111:0:1 chr1 167095765 . G A 1802.86 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.054;QD=61.114;RBI=0.0233971;REFB=0;REVB=0.0230611;RO=0;SAF=73;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37903e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:45:73:0:0:45:73:0:0 chr1 167095877 . G A 586.28 PASS AF=0.508333;AO=58;DP=117;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0489028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1198;QD=19.5427;RBI=0.063724;REFB=-0.0362183;REVB=0.0408566;RO=57;SAF=19;SAR=39;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058067;STB=0.524247;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0440012;OID=.;OPOS=167095877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:57:59:58:61:0.508333:39:19:22:35:39:22:24:35 chr1 167095881 . G A 1787.87 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0963528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.849;QD=59.5958;RBI=0.106114;REFB=-0.096301;REVB=0.0444551;RO=2;SAF=46;SAR=72;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130097;STB=0.503401;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000562189;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:2:1:118:119:0.991667:72:46:0:2:73:46:0:1 chr1 167097739 . C A 367.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.64;QD=54.4161;RBI=0.0926293;REFB=0;REVB=0.0925993;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225841;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:10:17:0:0 chr1 167510996 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.164;QD=62.9816;RBI=0.040055;REFB=0;REVB=0.00377187;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224857;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr1 167511035 . C G 754.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4115;QD=56.9213;RBI=0.0288414;REFB=0;REVB=0.0189153;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253798;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr1 167684723 . C G 1116.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1503;QD=60.3776;RBI=0.0372874;REFB=0;REVB=-0.0239169;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95059e-05;OID=.;OPOS=167684723;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr1 167817639 . A G 1245.96 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.056;QD=61.529;RBI=0.00603457;REFB=0;REVB=-0.00440656;RO=0;SAF=48;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85951e-07;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:33:48:0:0:33:48:0:0 chr1 167825485 . T C 558.09 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0204142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.897;QD=18.9182;RBI=0.0206033;REFB=-0.0133573;REVB=0.00278511;RO=55;SAF=34;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117073;STB=0.544469;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0160778;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:60:58:58:0.491525:24:34:25:30:24:34:30:30 chr1 167849414 . A G 395.7 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0300547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.152;QD=14.7925;RBI=0.0315159;REFB=-0.0240103;REVB=0.00948526;RO=60;SAF=26;SAR=19;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00579482;STB=0.504965;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0322758;OID=.;OPOS=167849414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:61:45:46:0.429907:19:26:35:25:20:26:35:26 chr1 167865921 . G T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0233715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.032;QD=14.7019;RBI=0.0235742;REFB=-0.0173998;REVB=-0.00308452;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256705;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.009761;OID=.;OPOS=167865921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:9:6:8:4:9:6 chr1 167893759 . G A 668.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.059;QD=62.1476;RBI=0.0140973;REFB=0;REVB=0.00604275;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3181e-05;OID=.;OPOS=167893759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:26:17:0:0 chr1 167905028 . C T 295.9 PASS AF=0.492308;AO=33;DP=66;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0144206;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.834;QD=18.2094;RBI=0.020447;REFB=0.00426225;REVB=-0.0144957;RO=32;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152189;STB=0.522735;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.0104592;OID=.;OPOS=167905028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:33:33:32:0.492308:15:18:18:14:15:17:19:14 chr1 167906239 . A C 2351.5 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.71;QD=63.5541;RBI=0.0138519;REFB=0;REVB=0.0100343;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61849e-05;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:146:148:1:61:85:0:0:61:87:0:0 chr1 167967958 . A G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0227202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.071;QD=14.834;RBI=0.0270485;REFB=-0.000768552;REVB=0.014677;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179026;STB=0.601986;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00184228;OID=.;OPOS=167967958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:11:19:10:12:11:19 chr1 167973976 . C T 618.31 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.000629002;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7439;QD=20.7835;RBI=0.0209689;REFB=-0.00782169;REVB=-0.0209594;RO=56;SAF=36;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859124;STB=0.551707;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00687023;OID=.;OPOS=167973976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:56:57:62:62:0.521008:26:36:27:29:26:36:27:30 chr1 168034974 . G A 296.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0221756;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.549;QD=20.4664;RBI=0.0228589;REFB=0.0197779;REVB=-0.00554738;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117814;STB=0.565368;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00835671;OID=.;OPOS=168034974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:14:17:11:16:14:17:11:16 chr1 168059866 . A G 599.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297461;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.046;QD=61.4487;RBI=0.065166;REFB=0;REVB=-0.0579808;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341162;OID=.;OPOS=168059866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 168105581 . A AG,G 350.19 PASS AF=0.391837,0;AO=73,11;DP=267;FAO=96,0;FDP=245;FR=.;FRO=149;FSAF=60,0;FSAR=36,0;FSRF=77;FSRR=72;FWDB=0.0163482,0.00457914;FXX=0.0199992;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.55463,118.264;QD=5.71733;RBI=0.0802329,0.021837;REFB=-0.0431013,-0.00870672;REVB=0.0785496,-0.0213515;RO=169;SAF=55,1;SAR=18,10;SRF=92;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.279257,-0.461639;STB=0.567809,0.5;STBP=0.098,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0122704,0;OID=.,.;OPOS=168105582,168105581;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:245:169:149:73,11:96,0:0.391837,0:18,10:55,1:92:77:36,0:60,0:77:72 chr1 168511284 . T C 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0234139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.953;QD=6.80716;RBI=0.025585;REFB=-0.00554595;REVB=0.0103142;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348213;STB=0.713877;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0147379;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:20:7:5:4:20:7 chr1 168513129 . C T 367.86 PASS AF=0.40566;AO=43;DP=106;FAO=43;FDP=106;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.00308317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.876;QD=13.8817;RBI=0.0225847;REFB=-0.0160595;REVB=0.0223732;RO=63;SAF=23;SAR=20;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106827;STB=0.560222;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0263072;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:63:43:43:0.40566:20:23:40:23:20:23:40:23 chr1 168545949 . G A 362.89 PASS AF=0.414894;AO=37;DP=92;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0172383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.196;QD=15.4422;RBI=0.018849;REFB=-0.0115987;REVB=0.00762383;RO=55;SAF=16;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153331;STB=0.510562;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0174398;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:55:55:37:39:0.414894:21:16:23:32:22:17:23:32 chr1 169101935 . C T 283.01 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=36;FWDB=-0.00520126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6019;QD=14.8953;RBI=0.00992588;REFB=-0.0336943;REVB=0.008454;RO=40;SAF=11;SAR=21;SRF=4;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300326;STB=0.611049;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0199309;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:44:32:32:0.421053:21:11:4:36:21:11:8:36 chr1 169256524 . T C 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0308141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.646;QD=19.583;RBI=0.0329342;REFB=-0.0229086;REVB=0.0116256;RO=49;SAF=27;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533307;STB=0.529646;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0262262;OID=.;OPOS=169256524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:19:27:26:23:19:27:26:23 chr1 169272451 . A T 1607.92 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0461708;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.689;QD=57.9431;RBI=0.0506438;REFB=-0.0739105;REVB=0.0208098;RO=1;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904146;STB=0.509432;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000221257;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:52:57:0:1:52:57:0:2 chr1 169272453 . G A 1573.19 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0572454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7088;QD=58.8109;RBI=0.0787811;REFB=-0.0657017;REVB=-0.0541242;RO=1;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958731;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00040819;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:49:57:0:1:49:57:0:1 chr1 169391154 . A G 1388.27 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227497;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.58;QD=61.7008;RBI=0.0231961;REFB=-0.160622;REVB=-0.00452878;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00035849;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:0:1:89:89:0.988889:37:52:0:0:37:52:0:1 chr1 169433273 . C T 495.44 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0123461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.543;QD=26.0757;RBI=0.0498087;REFB=-0.0172128;REVB=-0.0482543;RO=30;SAF=27;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601467;STB=0.532802;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0150939;OID=.;OPOS=169433273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:19:27:20:10:19:27:20:10 chr1 169435027 . C T 1044.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1469;QD=59.6667;RBI=0.0436128;REFB=0;REVB=-0.0186054;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117473;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr1 169438025 . A G 236.46 PASS AF=0.4;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0117994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5227;QD=13.5117;RBI=0.0137163;REFB=-0.00727694;REVB=0.0069936;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293095;STB=0.507505;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0133409;OID=.;OPOS=169438025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:27:28:0.4:11:16:26:16:11:17:26:16 chr1 169498975 . T C 206.7 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0146585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5488;QD=11.0241;RBI=0.0413266;REFB=-0.00962755;REVB=0.0386395;RO=48;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220997;STB=0.634044;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0207995;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:49:26:26:0.346667:10:16:20:28:10:16:20:29 chr1 169510380 . G A 62.89 PASS AF=0.25;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.00361519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9323;QD=6.28862;RBI=0.022227;REFB=-0.0472195;REVB=0.0219311;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464925;STB=0.724641;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0781997;OID=.;OPOS=169510380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:40:25:30:10:10:0.25:5:5:3:22:5:5:6:24 chr1 169510386 . TGGGGA TGGG,TGGGA 64.32 PASS AF=0.333333,0;AO=11,4;DP=38;FAO=12,0;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0852193,0.0474514;FXX=0.0526177;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.6316,11.8068;QD=7.14659;RBI=0.0855241,0.0500666;REFB=-0.0957286,-0.0602588;REVB=0.00721333,-0.0159698;RO=18;SAF=1,0;SAR=10,4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.553037,-0.657455;STB=0.828079,0.5;STBP=0.026,1;TYPE=del,del;VARB=0.167984,0;OID=.,.;OPOS=169510390,169510387;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:11,4:38:12,0:36:24:1,0:11,0:10:14:62:18:1,0:10,4:9:9 chr1 169511555 . T C 301.12 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0151634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1604;QD=21.1315;RBI=0.018694;REFB=-0.0379484;REVB=0.0109332;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600018;STB=0.545426;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0286867;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:25:31:32:0.561404:11:20:15:11:11:21:14:11 chr1 169511734 . T C 140.67 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.045686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.425;QD=13.0854;RBI=0.0523508;REFB=-0.0134647;REVB=0.0255616;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138951;STB=0.580551;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0265194;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:10:6:7:20:10:6:7:20 chr1 169511755 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0018317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.867;QD=14.1956;RBI=0.0144147;REFB=-0.00690294;REVB=0.0142979;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155071;STB=0.589629;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00960691;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:7:15:8:7:7:15 chr1 169512027 . T C 270.68 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0577085;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.051;QD=12.0301;RBI=0.0579052;REFB=-0.0157667;REVB=0.00476853;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337661;STB=0.51326;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0343623;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:58:32:32:0.355556:17:15:25:32:17:15:26:32 chr1 169512093 . A G 220.71 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00100908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.814;QD=12.0936;RBI=0.0604613;REFB=-0.0123922;REVB=0.0604528;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601685;STB=0.548744;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0141565;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:46:27:27:0.369863:12:15:22:22:12:15:22:24 chr1 169512120 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0146384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.736;QD=14.3997;RBI=0.0326366;REFB=-0.01708;REVB=-0.0291696;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231853;STB=0.632046;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0260143;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:9:16:14:20:9:16:14:20 chr1 169519049 . T C 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.808;QD=58.5941;RBI=0.0447714;REFB=0;REVB=0.0233776;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195964;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr1 169521849 . T C 602.98 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=106;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0266094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1278;QD=22.3325;RBI=0.0395319;REFB=0.00665175;REVB=0.0292355;RO=47;SAF=32;SAR=27;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852007;STB=0.513055;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00503762;OID=.;OPOS=169521849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:47:48:59:60:0.555556:27:32:25:22:27:33:25:23 chr1 169566313 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.602;QD=63.4765;RBI=0.0277481;REFB=0;REVB=0.0115458;RO=0;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47449e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:47:47:0:0:47:47:0:0 chr1 169580885 . C T 377.41 PASS AF=0.637931;AO=34;DP=55;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00558305;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0565;QD=26.0284;RBI=0.0543654;REFB=-0.0120933;REVB=0.054078;RO=21;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448048;STB=0.50099;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00800203;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:21:21:34:37:0.637931:11:23:13:8:14:23:13:8 chr1 169762807 . T G 184.76 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0238735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.998;QD=18.4758;RBI=0.0239148;REFB=-0.034291;REVB=0.00140565;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0490607;OID=.;OPOS=169762807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:9:12:11:8:9:12 chr1 169768033 . T C 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0150883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8191;QD=7.47121;RBI=0.0849115;REFB=0.0049566;REVB=0.0835602;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211457;STB=0.635019;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00435698;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:2:9:22:10:2:9:22:10 chr1 169768080 . C A 104.25 PASS AF=0.263158;AO=14;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00641277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.475;QD=7.31589;RBI=0.00750844;REFB=-0.00644778;REVB=-0.00390551;RO=41;SAF=10;SAR=4;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026178;STB=0.540488;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0168586;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:42:14:15:0.263158:4:10:30:11:5:10:30:12 chr1 169823718 . T C 609.05 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0202739;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1576;QD=25.6442;RBI=0.0279047;REFB=0.0113124;REVB=0.0191739;RO=35;SAF=26;SAR=29;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111708;STB=0.509605;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.00401716;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:35:40:55:55:0.578947:29:26:16:19:29:26:18:22 chr1 169927228 . T C,TG 627.17 PASS AF=0,1;AO=2,39;DP=44;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742229,0.0846082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=326.742,30.3342;QD=59.7306;RBI=0.0577604,0.136675;REFB=0,0;REVB=-0.0572815,0.107338;RO=2;SAF=0,37;SAR=2,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,0.173469;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00561504;OID=.,.;OPOS=169927228,169927229;OREF=T,-;OALT=C,G;OMAPALT=C,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:44:42:2:0:2,39:0,42:0,1:2,2:0,37:1:1:0,4:0,38:0:0 chr1 169951997 . C T 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0183926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.97;QD=22.3338;RBI=0.0190555;REFB=-0.011328;REVB=-0.00498261;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155629;STB=0.578665;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00894804;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:20:23:12:23:20:23:13:23 chr1 170501385 . A C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.655;QD=56.938;RBI=0.0708536;REFB=0;REVB=0.0320863;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193027;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:29:24:0:0 chr1 170521376 . G A 1481.95 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00303438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.456;QD=61.1112;RBI=0.0281729;REFB=-0.139561;REVB=0.028009;RO=0;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502647;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00378197;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:97:0:2:93:95:0.979381:58:35:0:0:59:36:1:1 chr1 170705685 . CTATATATATATATATATATATATATATC CTAATATATATATATATATATATC,CTATATATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATATATC 304.99 PASS AF=0,0,1;AO=3,4,8;DP=20;FAO=0,0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,11;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164529,0.180312,0.174006;FXX=0.11534;HRUN=1,1,1;LEN=5,7,6;MLLD=161.147,159.127,177.33;QD=53.0417;RBI=0.177917,0.197307,0.197339;REFB=0,0,0;REVB=0.0677106,0.08011,0.0930841;RO=0;SAF=0,4,5;SAR=3,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0,0.0017992;OID=.,.,.;OPOS=170705688,170705707,170705686;OREF=TATAT,ATATATC,TATATA;OALT=-,-,-;OMAPALT=CTAATATATATATATATATATATC,CTATATATATATATATATATAT,CTATATATATATATATATATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:3,4,8:20:0,0,23:23:0:0,0,11:0,0,12:0:0:3:0:0,4,5:3,0,3:0:0 chr1 170916646 . G T 399.02 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0342572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.114;QD=18.3459;RBI=0.0369862;REFB=-0.0125679;REVB=0.0139436;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680533;STB=0.509365;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0069685;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:18:23:25:19:18:23:25:21 chr1 170928671 . T C 938.96 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0609181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3108;QD=56.9068;RBI=0.068098;REFB=-0.102248;REVB=0.0304354;RO=1;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106171;STB=0.505616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00155842;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:44:21:0:1:44:21:0:1 chr1 171076966 . G A 404.4 PASS AF=0.466667;AO=38;DP=86;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00357266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.17;QD=17.9733;RBI=0.00775144;REFB=-0.00978574;REVB=-0.00687902;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220532;STB=0.589864;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00926804;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:48:48:38:42:0.466667:22:16:31:17:22:20:31:17 chr1 171083174 . C T 468.54 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0276509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.178;QD=18.0207;RBI=0.060341;REFB=0.0152406;REVB=-0.0536326;RO=54;SAF=35;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201688;STB=0.612453;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0178941;OID=.;OPOS=171083174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:15:35:27:27:15:35:27:27 chr1 171083242 . A G 621.0 PASS AF=0.433962;AO=68;DP=158;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.00644021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.468;QD=15.6225;RBI=0.0147773;REFB=-0.0184939;REVB=-0.0133001;RO=90;SAF=35;SAR=33;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366697;STB=0.506022;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0250289;OID=.;OPOS=171083242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:90:90:68:69:0.433962:33:35:46:44:33:36:46:44 chr1 171112490 . C T 237.58 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00260135;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.111;QD=19.3945;RBI=0.00819875;REFB=0.00168366;REVB=0.00777512;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174786;STB=0.598844;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00223007;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:11:15:9:14:11:15 chr1 171115567 . G A 134.89 PASS AF=0.238095;AO=11;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0305168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.889;QD=6.42336;RBI=0.0626984;REFB=-0.0199473;REVB=0.0547705;RO=60;SAF=7;SAR=4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150343;STB=0.538148;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0681344;OID=.;OPOS=171115567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:64:11:20:0.238095:4:7:31:29:11:9:32:32 chr1 171115645 . G T 215.89 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0123271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.119;QD=8.9956;RBI=0.0123746;REFB=0.00170421;REVB=-0.00108306;RO=68;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205988;STB=0.512186;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00434161;OID=.;OPOS=171115645;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:68:68:28:28:0.291667:16:12:28:40:16:12:28:40 chr1 171118840 . G A 791.6 PASS AF=0.415888;AO=89;DP=214;FAO=89;FDP=214;FR=.;FRO=125;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=-0.0427266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.544;QD=14.7962;RBI=0.0451969;REFB=-0.00847568;REVB=0.0147375;RO=125;SAF=48;SAR=41;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556806;STB=0.531104;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.011275;OID=.;OPOS=171118840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:125:125:89:89:0.415888:41:48:74:51:41:48:74:51 chr1 171121173 . A G 366.74 PASS AF=0.351562;AO=44;DP=125;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=0.0112163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.165;QD=11.4605;RBI=0.0118829;REFB=-0.0181442;REVB=0.00392414;RO=81;SAF=28;SAR=16;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12342;STB=0.553733;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0363812;OID=.;OPOS=171121173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:81:83:44:45:0.351562:16:28:43:38:17:28:45:38 chr1 171121268 . G A 395.35 PASS AF=0.376;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=-0.0479494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9181;QD=12.6513;RBI=0.0507108;REFB=0.00125263;REVB=-0.0165058;RO=78;SAF=23;SAR=24;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166339;STB=0.594262;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0031251;OID=.;OPOS=171121268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:78:47:47:0.376:24:23:50:28:24:23:50:28 chr1 171168584 . CA TG 541.33 PASS AF=0.534653;AO=52;DP=99;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00671551;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=343.162;QD=21.4389;RBI=0.00760275;REFB=0.00242026;REVB=0.00356423;RO=47;SAF=20;SAR=32;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183064;STB=0.606201;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=-0.00186601;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:47:47:52:54:0.534653:32:20:28:19:34:20:28:19 chr1 171178152 . A G 553.89 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000526872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.345;QD=21.1004;RBI=0.0145148;REFB=-0.0142552;REVB=0.0145052;RO=49;SAF=42;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285108;STB=0.657694;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0125283;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:14:42:22:27:14:42:22:27 chr1 171303565 . C T 419.8 PASS AF=0.615385;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0174205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.318;QD=25.834;RBI=0.0245683;REFB=-0.0157012;REVB=-0.0173243;RO=24;SAF=23;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927755;STB=0.547146;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0103591;OID=.;OPOS=171303565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:39:40:0.615385:16:23:11:13:16:24:12:13 chr1 171461787 . G A 651.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1797;QD=62.0005;RBI=0.0270772;REFB=0;REVB=-0.00830572;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142683;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr1 171509327 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.007;QD=48.7358;RBI=0.0810013;REFB=0;REVB=-0.0146765;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330957;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 171511039 . C G 601.87 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0283435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9297;QD=54.7158;RBI=0.0308887;REFB=-0.117878;REVB=-0.0122784;RO=3;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167197;STB=0.508924;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00530511;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:22:19:1:2:22:19:1:2 chr1 171514731 . C G 583.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.429;QD=59.8547;RBI=0.0478871;REFB=0;REVB=0.0478572;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012505;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr1 171526570 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.884;QD=40.7629;RBI=0.0279212;REFB=0;REVB=0.0050655;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256443;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 171556165 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.937;QD=63.8719;RBI=0.0215174;REFB=0;REVB=-0.00210977;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54532e-05;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr1 171558516 . C T 583.97 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.338;QD=58.3974;RBI=0.0439413;REFB=-0.173726;REVB=0.0407106;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00086749;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr1 171607856 . G A 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0383807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.509;QD=8.92384;RBI=0.0403732;REFB=-0.00198308;REVB=-0.0125266;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054724;STB=0.532434;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00523338;OID=.;OPOS=171607856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:7:12:29:14:7:12:29:14 chr1 171751236 . T C 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0468377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0655;QD=17.6937;RBI=0.0537572;REFB=0.0144592;REVB=0.026383;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308651;STB=0.505615;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0113714;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:21:14:16:21:21:14:16:23 chr1 171753039 . A G 669.29 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0149483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.653;QD=24.561;RBI=0.0160671;REFB=-0.0376836;REVB=0.0058909;RO=45;SAF=29;SAR=35;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144164;STB=0.578488;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0221825;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:45:64:64:0.587156:35:29:29:16:35:29:29:16 chr1 171755170 . G A 309.9 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.00312012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.291;QD=18.7818;RBI=0.00491122;REFB=-0.00879558;REVB=-0.00379275;RO=33;SAF=12;SAR=21;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438568;STB=0.741473;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0154899;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:21:12:29:4:21:12:29:4 chr1 171810960 . A G 1102.46 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0693623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.319;QD=58.7976;RBI=0.0693715;REFB=-0.0523711;REVB=-0.00112454;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00121492;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:72:74:0.986667:38:34:0:1:38:36:0:1 chr1 172356437 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.589;QD=58.419;RBI=0.0233531;REFB=0;REVB=0.0055891;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59247e-05;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:18:45:0:0:18:45:0:0 chr1 172410967 . G A 921.2 PASS AF=0.917808;AO=66;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0259266;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8563;QD=50.4766;RBI=0.0652447;REFB=-0.0201283;REVB=-0.0598722;RO=7;SAF=51;SAR=15;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177278;STB=0.583307;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00745307;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:73:73:7:6:66:67:0.917808:15:51:0:7:15:52:0:6 chr1 172412995 . T C 1098.45 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2526;QD=60.1889;RBI=0.0423203;REFB=0;REVB=-0.0298135;RO=1;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351896;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:32:40:0:1:33:40:0:0 chr1 172434812 . C T 582.98 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.451;QD=58.2975;RBI=0.0232008;REFB=-0.122969;REVB=0.016298;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000278448;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr1 172437592 . G A 1564.63 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.289;QD=59.6049;RBI=0.0522948;REFB=0;REVB=-0.0346447;RO=0;SAF=58;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74114e-06;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:98:105:1:40:58:0:0:41:64:0:0 chr1 173429995 . G A 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0153845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.112;QD=18.8071;RBI=0.0182772;REFB=-0.0219158;REVB=-0.00986788;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411998;STB=0.522967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0160158;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:14:22:21:16:14:22:21:16 chr1 173457017 . C T 618.94 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00472139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.789;QD=19.342;RBI=0.0174429;REFB=-0.0124013;REVB=-0.0167918;RO=65;SAF=37;SAR=26;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120661;STB=0.506665;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0116774;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:26:37:39:26:26:37:39:26 chr1 173474429 . T C 176.15 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0759713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4741;QD=10.2114;RBI=0.0774438;REFB=0.00622477;REVB=0.0150302;RO=45;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189371;STB=0.604588;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0099437;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:46:23:23:0.333333:15:8:23:22:15:8:23:23 chr1 173516871 . G C 174.28 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00579562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.515;QD=15.8436;RBI=0.0200439;REFB=-0.0306258;REVB=0.0191877;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.533945;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0317924;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:8:10:13:12:8:11:13:12 chr1 173516903 . A G 163.37 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.054869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8906;QD=13.9041;RBI=0.0596519;REFB=-0.0218397;REVB=0.0234039;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114474;STB=0.580246;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0301318;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:7:10:14:15:7:11:14:15 chr1 173755668 . A G 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.0100847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.991;QD=20.0982;RBI=0.0147779;REFB=-0.0115982;REVB=0.0108021;RO=50;SAF=21;SAR=27;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255738;STB=0.641194;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00756593;OID=.;OPOS=173755668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:27:21:36:14:27:21:36:14 chr1 173802529 . C T 525.57 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00161545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.01;QD=21.6729;RBI=0.00937574;REFB=-0.00789286;REVB=-0.00923552;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611276;STB=0.533788;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00915021;OID=.;OPOS=173802529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:32:18:20:27:32:18:20:27 chr1 173878832 . T C 277.52 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0531304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7196;QD=16.088;RBI=0.0580016;REFB=-0.00902854;REVB=0.023267;RO=38;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221527;STB=0.624918;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0100523;OID=.;OPOS=173878832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:20:11:22:16:20:11:22:16 chr1 173878862 . T C 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.017938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.602;QD=12.7239;RBI=0.0179642;REFB=-0.0173248;REVB=0.000970053;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040102;STB=0.52308;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0380327;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:17:19:13:10:17:19 chr1 173903737 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0249047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3037;QD=14.7661;RBI=0.0962704;REFB=0.0162623;REVB=-0.0929933;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251026;STB=0.514274;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0230133;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:19:14:10:15:19:14 chr1 175046789 . A G 629.98 PASS AF=0.57;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00774799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.235;QD=25.1992;RBI=0.0117309;REFB=-0.0292156;REVB=-0.00880813;RO=36;SAF=26;SAR=31;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115146;STB=0.549398;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00626359;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:36:43:57:57:0.57:31:26:17:19:33:24:23:20 chr1 175049379 . G A 196.67 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0214049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5345;QD=12.8963;RBI=0.0512683;REFB=-0.0166996;REVB=0.0465861;RO=37;SAF=19;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256929;STB=0.649435;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0414221;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:5:19:22:15:5:19:22:15 chr1 175054548 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00821308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.144;QD=18.9487;RBI=0.0738925;REFB=0.000954979;REVB=-0.0734346;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618144;STB=0.548744;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0010262;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:8:20:17:9:8:20:17:10 chr1 175087884 . CA TG 301.32 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00718155;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.262;QD=11.16;RBI=0.00984522;REFB=-0.00462514;REVB=0.00673451;RO=69;SAF=21;SAR=17;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143092;STB=0.512345;STBP=0.849;TYPE=mnp;VARB=0.00787824;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:70:38:38:0.351852:17:21:39:30:17:21:40:30 chr1 175113578 . T C 2320.21 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.066;QD=61.0581;RBI=0.0422958;REFB=0;REVB=0.0334655;RO=0;SAF=78;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60244e-05;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:74:78:0:0:74:78:0:0 chr1 175129946 . C T 502.79 PASS AF=0.458333;AO=46;DP=112;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0143487;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.134;QD=16.7596;RBI=0.0279692;REFB=-0.0666618;REVB=0.0240082;RO=66;SAF=20;SAR=26;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162124;STB=0.568603;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0600552;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:66:65:46:55:0.458333:26:20:39:27:29:26:39:26 chr1 175129955 . G C 52.61 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0904487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9144;QD=1.96678;RBI=0.107326;REFB=-0.00786176;REVB=-0.0577746;RO=91;SAF=11;SAR=2;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411189;STB=0.805222;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.161017;OID=.;OPOS=175129955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:91:94:13:13:0.121495:2:11:49:42:2:11:50:44 chr1 175299301 . T C 152.05 PASS AF=0.369565;AO=18;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0337519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.739;QD=13.222;RBI=0.0347696;REFB=0.00273956;REVB=0.0083509;RO=28;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219194;STB=0.611144;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00949228;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:18:17:0.369565:4:14:17:11:4:13:18:11 chr1 175324651 . A G 332.29 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.000424668;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.826;QD=14.7683;RBI=0.00477308;REFB=-0.0245389;REVB=0.00475415;RO=53;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393878;STB=0.511105;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0288127;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:36:37:0.411111:13:23:32:21:14:23:32:21 chr1 175324711 . G A 465.4 PASS AF=0.455357;AO=48;DP=110;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00619236;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.318;QD=16.6213;RBI=0.0291075;REFB=-0.0250912;REVB=0.0284412;RO=62;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954764;STB=0.540146;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0297884;OID=.;OPOS=175324711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:62:61:48:51:0.455357:27:21:33:29:28:23:32:29 chr1 175348723 . C T 751.97 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=153;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0462158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0008;QD=19.6593;RBI=0.0522852;REFB=-0.00175323;REVB=-0.0244508;RO=76;SAF=43;SAR=34;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411975;STB=0.522679;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00164373;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:76:76:77:77:0.503268:34:43:39:37:34:43:39:37 chr1 175355391 . A G 513.33 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=134;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.0409812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8754;QD=15.2096;RBI=0.0801246;REFB=0.00531297;REVB=0.0688512;RO=74;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181596;STB=0.529997;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00589823;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:74:78:56:57:0.422222:29:27:37:37:30:27:41:37 chr1 175375683 . T C 384.15 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0103972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.365;QD=17.6623;RBI=0.0212231;REFB=-0.0125334;REVB=0.0185018;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839763;STB=0.552212;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0193798;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:15:24:25:22:15:25:25:22 chr1 175375802 . T C 191.94 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00373585;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.581;QD=13.4693;RBI=0.0238225;REFB=-0.0157016;REVB=0.0235278;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124333;STB=0.557554;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0271598;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:11:11:21:13:11:12:21:13 chr1 176102974 . T C 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00202841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.117;QD=11.1564;RBI=0.00673446;REFB=-0.000690623;REVB=0.00642172;RO=46;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210198;STB=0.621437;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00121821;OID=.;OPOS=176102974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:11:14:17:29:11:14:17:29 chr1 176103053 . TAC T 356.43 PASS AF=0.653846;AO=32;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000482402;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.935;QD=27.4178;RBI=0.011732;REFB=-0.0219925;REVB=-0.0117221;RO=18;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182109;STB=0.59245;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.0134121;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:32:51:34:52:18:12:22:11:7:99:18:11:21:11:7 chr1 176679116 . C G 142.57 PASS AF=0.25;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0258906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.3;QD=6.7891;RBI=0.0295396;REFB=-0.00256267;REVB=0.014222;RO=63;SAF=8;SAR=12;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247129;STB=0.662821;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0159311;OID=.;OPOS=176679116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:63:63:20:21:0.25:12:8:38:25:13:8:38:25 chr1 176852009 . A G 336.72 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00648702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.91;QD=17.2677;RBI=0.0146825;REFB=-0.00396422;REVB=-0.0131717;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125049;STB=0.574264;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00390601;OID=.;OPOS=176852009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:14:22:30:11:14:22:31:11 chr1 176863836 . G C 619.43 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00861378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7078;QD=58.9937;RBI=0.0422499;REFB=-0.0762189;REVB=-0.0413626;RO=0;SAF=35;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.538442;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0014597;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:6:35:0:0:6:35:0:1 chr1 176863867 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2104;QD=62.0206;RBI=0.0428368;REFB=0;REVB=-0.0156859;RO=0;SAF=37;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755174;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:5:37:0:0:5:37:0:0 chr1 176992553 . A G 454.87 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0181411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.666;QD=18.0147;RBI=0.0213638;REFB=-0.0227208;REVB=0.0112832;RO=53;SAF=24;SAR=24;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133788;STB=0.574227;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0108908;OID=.;OPOS=176992553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:24:24:34:19:24:24:34:19 chr1 177001896 . C G 267.51 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00166766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.865;QD=28.1588;RBI=0.024284;REFB=-0.0151777;REVB=0.0242267;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160726;STB=0.593402;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0093158;OID=.;OPOS=177001896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:12:11:10:4:13:11:10:4 chr1 177902388 . G A 402.19 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.0195617;FXX=0.0314936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.309;QD=13.0793;RBI=0.0715569;REFB=-0.00937809;REVB=-0.0688311;RO=68;SAF=37;SAR=10;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240193;STB=0.680897;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0305212;OID=.;OPOS=177902388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:123:68:76:47:47:0.382114:10:37:41:27:10:37:41:35 chr1 177908852 . C T 310.28 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00545867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.038;QD=10.1732;RBI=0.0135294;REFB=-0.00902697;REVB=0.0123793;RO=79;SAF=25;SAR=15;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139296;STB=0.577692;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0144486;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:79:82:40:40:0.327869:15:25:40:39:15:25:42:40 chr1 177915474 . A C 1303.37 PASS AF=0.966292;AO=67;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00660265;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.3452;QD=58.5786;RBI=0.0208483;REFB=-0.0490051;REVB=0.0197752;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.502573;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000167195;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:89:0:3:67:86:0.966292:25:42:0:0:35:51:2:1 chr1 177929554 . C T 329.76 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00409959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.758;QD=20.9371;RBI=0.00890612;REFB=-0.0194488;REVB=-0.00790647;RO=29;SAF=21;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190726;STB=0.609877;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00582514;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:33:34:0.539683:12:21:12:17:12:22:12:17 chr1 177929940 . G A 263.7 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00319119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.75;QD=17.2916;RBI=0.0140743;REFB=-0.0315009;REVB=0.0137078;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232776;STB=0.602079;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0249202;OID=.;OPOS=177929940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:28:30:0.491803:20:8:16:15:21:9:15:16 chr1 177929987 . T C 937.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6782;QD=58.5822;RBI=0.0413578;REFB=0;REVB=-0.0330596;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80669e-05;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr1 178062359 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0399219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.144;QD=19.2762;RBI=0.0412272;REFB=0.00102229;REVB=-0.0102921;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276523;STB=0.653756;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00132822;OID=.;OPOS=178062359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:12:22:11:22:12:22:11:22 chr1 178483231 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.673;QD=63.8711;RBI=0.0573671;REFB=0;REVB=0.0323941;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258714;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr1 178489978 . T G 1244.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.001;QD=61.4534;RBI=0.00910453;REFB=0;REVB=0.00889275;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00948e-05;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:44:37:0:0 chr1 178492447 . T A 1287.77 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.814;QD=60.6009;RBI=0.0358157;REFB=-0.0538202;REVB=0.0288612;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000364724;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:39:45:0:0:39:45:1:0 chr1 178514622 . C T 1994.06 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.081533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3096;QD=61.3557;RBI=0.105236;REFB=-0.0945096;REVB=-0.0665354;RO=1;SAF=77;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983297;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:130:130:1:0:129:130:1:52:77:0:1:53:77:0:0 chr1 178820327 . G A 1041.6 PASS AF=0.475983;AO=107;DP=229;FAO=109;FDP=229;FR=.;FRO=120;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=53;FSRR=67;FWDB=0.00352876;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.93;QD=18.1939;RBI=0.00883143;REFB=-0.00995404;REVB=-0.00809581;RO=119;SAF=50;SAR=57;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210333;STB=0.518616;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0106421;OID=.;OPOS=178820327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:119:120:107:109:0.475983:57:50:53:66:57:52:53:67 chr1 179051508 . C T 624.8 PASS AF=0.40113;AO=71;DP=176;FAO=71;FDP=177;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.000283283;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.302;QD=14.1197;RBI=0.0197927;REFB=-0.0182687;REVB=-0.0197907;RO=104;SAF=50;SAR=21;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268886;STB=0.652239;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0206947;OID=.;OPOS=179051508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:104:106:71:71:0.40113:21:50:48:56:21:50:49:57 chr1 179064321 . A C 351.12 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0391822;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.971;QD=17.5559;RBI=0.0393447;REFB=-0.008383;REVB=-0.00357242;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106072;STB=0.548361;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0110844;OID=.;OPOS=179064321;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:41:43:37:37:0.4625:14:23:21:20:14:23:23:20 chr1 179068851 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0505221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5161;QD=13.2117;RBI=0.0525177;REFB=0.0469141;REVB=-0.0143395;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274841;STB=0.516106;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0717805;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:12:10:6:8:12:10 chr1 179072728 . T C 707.91 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00380218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.382;QD=21.7818;RBI=0.00408555;REFB=-0.0168012;REVB=-0.00149504;RO=60;SAF=44;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929217;STB=0.555643;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0143739;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:60:61:69:69:0.530769:25:44:32:28:25:44:32:29 chr1 179084080 . T G 293.98 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0504982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5975;QD=20.2745;RBI=0.0580271;REFB=-0.000114888;REVB=0.0285846;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528766;STB=0.52776;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00165305;OID=.;OPOS=179084080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:27:30:31:0.534483:12:18:14:12:12:19:15:12 chr1 179310262 . C T 190.62 PASS AF=0.3125;AO=26;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0067127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.254;QD=9.53097;RBI=0.0226945;REFB=0.00278505;REVB=-0.021679;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176616;STB=0.628295;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00676075;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:26:25:0.3125:10:16:25:29:9:16:25:30 chr1 179347832 . T C 447.89 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0146582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.64;QD=14.2188;RBI=0.0146738;REFB=-0.00206598;REVB=-0.00067545;RO=75;SAF=30;SAR=21;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448329;STB=0.5253;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00284604;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:75:51:51:0.404762:21:30:41:34:21:30:41:34 chr1 179504043 . C G 116.05 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0505171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8358;QD=20.1829;RBI=0.0630139;REFB=-0.0458244;REVB=-0.0376667;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872399;STB=0.540476;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0989005;OID=.;OPOS=179504043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:10:3:2:7:10:3:3:7 chr1 179504130 . G A 372.25 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0331762;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.71;QD=30.3874;RBI=0.0331764;REFB=-0.00965512;REVB=-0.000105812;RO=18;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807248;STB=0.544208;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00650716;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:18:31:31:0.632653:17:14:6:12:17:14:6:12 chr1 179520151 . C T 1066.94 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.746;QD=58.4624;RBI=0.0200502;REFB=-0.127476;REVB=0.00838729;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-2.28433e-06;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:38:34:0:0:38:34:0:1 chr1 179520422 . T C 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0213807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5338;QD=17.9402;RBI=0.0246798;REFB=0.00316484;REVB=-0.0123271;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287215;STB=0.664621;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00529355;OID=.;OPOS=179520422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:10:12:5:14:10:12 chr1 179520506 . G A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00791336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.557;QD=18.9655;RBI=0.0158987;REFB=0.00109255;REVB=0.0137894;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.555934;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000750285;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:14:11:12:10:14:11 chr1 179533915 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00947132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.334;QD=12.0245;RBI=0.00975342;REFB=-0.0276959;REVB=-0.0023288;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158921;STB=0.593599;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0370225;OID=.;OPOS=179533915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:13:7:6:6:13:7 chr1 179562740 . G C 573.82 PASS AF=0.46875;AO=60;DP=128;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.00449049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=339.793;QD=17.932;RBI=0.00599824;REFB=-0.00887081;REVB=0.00397673;RO=68;SAF=26;SAR=34;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188753;STB=0.604605;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0110506;OID=.;OPOS=179562740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:68:60:60:0.46875:34:26:43:25:34:26:43:25 chr1 179600001 . A G 316.6 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0626747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5358;QD=15.2578;RBI=0.0663653;REFB=-0.00236703;REVB=0.0218229;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146154;STB=0.50826;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00246161;OID=.;OPOS=179600001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:17:18:24:24:17:18:24:24 chr1 179600042 . G A 276.61 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=73;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00616439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.241;QD=14.7525;RBI=0.00673392;REFB=-0.0128621;REVB=-0.00271036;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120432;STB=0.506662;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0207342;OID=.;OPOS=179600042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:43:43:30:32:0.426667:15:15:21:22:16:16:21:22 chr1 179604864 . C T 1748.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.158;QD=60.8338;RBI=0.0305419;REFB=0;REVB=0.0299869;RO=0;SAF=75;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17057e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:40:75:0:0:40:75:0:0 chr1 179609049 . T C 1080.4 PASS AF=0.480349;AO=110;DP=230;FAO=110;FDP=229;FR=.;FRO=119;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=0.0171819;FXX=0.00865763;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.802;QD=18.8716;RBI=0.0181104;REFB=-0.0218689;REVB=0.00572436;RO=115;SAF=66;SAR=44;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416581;STB=0.528772;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0246329;OID=.;OPOS=179609049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:115:119:110:110:0.480349:44:66:64:51:44:66:65:54 chr1 179621224 . G A 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00597491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.455;QD=8.11385;RBI=0.012562;REFB=-0.00681285;REVB=-0.01105;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238795;STB=0.644963;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.018744;OID=.;OPOS=179621224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:6:8:14:24:6:8:14:24 chr1 179632536 . A G 245.74 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0193144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.623;QD=11.4295;RBI=0.019917;REFB=-0.0143241;REVB=0.00486225;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773154;STB=0.515045;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0265669;OID=.;OPOS=179632536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:56:30:30:0.348837:17:13:19:33:17:13:23:33 chr1 179852074 . T C 1179.29 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.576;QD=60.4765;RBI=0.0140377;REFB=0;REVB=0.00741901;RO=0;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00090984;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:54:22:0:0:54:24:0:0 chr1 179858444 . G A 2852.44 PASS AF=1;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116227;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.078;QD=63.0373;RBI=0.0225588;REFB=0;REVB=0.0193342;RO=0;SAF=124;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62689e-05;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:181:0:0:180:181:1:56:124:0:0:56:125:0:0 chr1 179876988 . C G 1487.06 PASS AF=0.929204;AO=104;DP=115;FAO=105;FDP=113;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00942694;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.099;QD=52.6393;RBI=0.013916;REFB=0.00271088;REVB=0.0102366;RO=8;SAF=60;SAR=44;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415698;STB=0.521523;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000122537;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:115:113:8:8:104:105:0.929204:44:60:7:1:44:61:7:1 chr1 179887125 . G A 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0337504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6903;QD=56.2107;RBI=0.0340471;REFB=0.048224;REVB=-0.00448493;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000530828;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr1 179989742 . G C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.53;QD=48.7254;RBI=0.0283903;REFB=0;REVB=0.00889699;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171302;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr1 180145088 . A G 2047.01 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958434;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7453;QD=62.5042;RBI=0.0141571;REFB=0;REVB=-0.0104193;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365432;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:58:72:0:0:59:72:0:0 chr1 180243524 . A G 398.45 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00122463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.858;QD=14.3585;RBI=0.00124555;REFB=-0.0328816;REVB=-0.000227321;RO=64;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467769;STB=0.530107;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0453218;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:26:20:25:39:26:20:25:40 chr1 180727915 . G GGCCCCTGCGCA,GGCCCTGCGCA 49.79 PASS AF=0.333333,0.047619;AO=3,4;DP=22;FAO=7,1;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3,0;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.011895,0.0154641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=327.541,321.006;QD=9.48371;RBI=0.0386655,0.0448864;REFB=-0.00718088,-0.00980275;REVB=0.0367904,0.0421384;RO=14;SAF=1,2;SAR=2,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.257265,-0.0800868;STB=0.571224,0.990155;STBP=0.714,0.486;TYPE=ins,ins;VARB=0.0184523,0.0486358;OID=.,.;OPOS=180727916,180727916;OREF=-,-;OALT=GCCCCTGCGCA,GCCCTGCGCA;OMAPALT=GGCCCCTGCGCA,GGCCCTGCGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.047619:3,4:22:7,1:21:13:3,0:4,1:7:6:32:14:1,2:2,2:8:6 chr1 180854067 . A G 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000270474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.427;QD=56.9311;RBI=0.0410781;REFB=0;REVB=0.0410772;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68494e-05;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 180885427 . G GC 280.57 PASS AF=1;AO=12;DP=74;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643164;FXX=0.463701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.1703;QD=30.3314;RBI=0.0736082;REFB=0;REVB=0.035799;RO=61;SAF=3;SAR=9;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00737331;OID=.;OPOS=180885428;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:74:37:37:0:30:7:0:0:7:61:3:9:37:24 chr1 180885430 . T C 1002.28 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=58.1033;RBI=0.052518;REFB=0;REVB=0.0192045;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013669;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:64:69:1:32:32:0:0:34:35:0:0 chr1 180897569 . C T 301.52 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00565114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.921;QD=16.7508;RBI=0.0258282;REFB=-0.0124091;REVB=0.0252024;RO=39;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365568;STB=0.520535;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.01382;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:19:14:18:21:19:14:18:21 chr1 180905352 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0289091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.037;QD=12.0155;RBI=0.0825613;REFB=0.00383852;REVB=-0.0773345;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00225125;OID=.;OPOS=180905352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr1 180905448 . G T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00833373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.354;QD=16.4079;RBI=0.0085982;REFB=-0.0125034;REVB=-0.00211612;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152761;STB=0.586392;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0204097;OID=.;OPOS=180905448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:6:15:24:5:6:15:24:5 chr1 180905694 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.1063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5065;QD=15.3773;RBI=0.121966;REFB=-0.000970027;REVB=0.0597999;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00896342;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr1 180913597 . A G 912.39 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6436;QD=57.9296;RBI=0.0481368;REFB=0;REVB=-0.00298769;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352294;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:57:63:1:26:31:0:0:29:34:0:0 chr1 180944532 . T TAA 212.91 PASS AF=0.43038;AO=29;DP=81;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0330445;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=2;MLLD=33.5963;QD=10.7801;RBI=0.0426767;REFB=-0.00688256;REVB=0.0270067;RO=47;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139314;STB=0.527366;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=0.00650344;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43038:29:81:34:79:45:19:15:23:22:99:47:19:10:25:22 chr1 180953853 . A G 345.03 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0148598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.009;QD=16.6279;RBI=0.0298899;REFB=-0.00306029;REVB=0.0259344;RO=45;SAF=23;SAR=14;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120538;STB=0.571597;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00731862;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:14:23:33:12:14:23:34:12 chr1 181018236 . A G 628.93 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0113769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6002;QD=23.733;RBI=0.0151739;REFB=-0.0202033;REVB=0.0100406;RO=45;SAF=39;SAR=22;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423449;STB=0.52309;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0119221;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:22:39:31:14:22:39:31:14 chr1 181024404 . G A 1328.67 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0295888;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.237;QD=61.0881;RBI=0.0375311;REFB=-0.0674745;REVB=0.0230885;RO=0;SAF=25;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000232236;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:0:1:86:86:0.988506:61:25:0:0:61:25:0:1 chr1 181058420 . GT G 141.79 PASS AF=0.833333;AO=18;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.153587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5975;QD=18.9053;RBI=0.285058;REFB=-0.126702;REVB=0.240144;RO=9;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728138;STB=0.586135;STBP=0.047;TYPE=del;VARB=0.0880096;OID=.;OPOS=181058421;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:18:30:25:30:5:8:17:4:1:14:9:6:12:4:5 chr1 181702034 . C T 214.94 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00603766;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.964;QD=8.68431;RBI=0.00835695;REFB=-0.0112902;REVB=0.005778;RO=69;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172261;STB=0.590488;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0295273;OID=.;OPOS=181702034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:69:71:28:28:0.282828:13:15:27:42:13:15:29:42 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=73;DP=127;LEN=5;RO=54;SAF=51;SAR=33;SRF=22;SRR=21;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:127:54:73:33:51:22:21 chr1 181759657 . G A 403.62 PASS AF=0.410256;AO=46;DP=115;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.0175739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1406;QD=13.7989;RBI=0.0229473;REFB=-0.0138546;REVB=0.014756;RO=68;SAF=27;SAR=19;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996865;STB=0.56337;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0187928;OID=.;OPOS=181759657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:68:69:46:48:0.410256:19:27:46:22:21:27:46:23 chr1 181768186 . T C 283.08 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0287551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8472;QD=17.4206;RBI=0.0400753;REFB=-0.0141439;REVB=0.0279137;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246195;STB=0.637996;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0173267;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:21:13:20:11:21:13 chr1 182026813 . G C 39.99 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0301006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.871;QD=13.3299;RBI=0.0354964;REFB=-0.0600014;REVB=0.0188135;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344857;STB=0.736113;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0132177;OID=.;OPOS=182026813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:5:6:6:6:0.5:4:2:4:1:4:2:5:1 chr1 182027022 . C T 354.36 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0394177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.0114;QD=13.247;RBI=0.0485172;REFB=-0.0414889;REVB=0.0282871;RO=58;SAF=21;SAR=22;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233495;STB=0.51629;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0432132;OID=.;OPOS=182027022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:58:64:43:43:0.401869:22:21:27:31:22:21:33:31 chr1 182356399 . A G 1549.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0624;QD=63.8871;RBI=0.0777956;REFB=0;REVB=0.0369979;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280054;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr1 182369078 . G A 655.06 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0186498;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.801;QD=50.3891;RBI=0.0329346;REFB=-0.0806659;REVB=0.0271454;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313537;STB=0.52458;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0016648;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:29:20:0:2:29:20:0:3 chr1 182369233 . A G 720.22 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0299302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5635;QD=58.7931;RBI=0.0479089;REFB=-0.182848;REVB=0.0374091;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700837;STB=0.504049;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0104862;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:49:2:2:46:47:0.959184:19:27:1:1:19:28:1:1 chr1 182496829 . A G 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2177;QD=58.9584;RBI=0.060113;REFB=0;REVB=0.0492991;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718641;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr1 182551337 . A C 547.98 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00464703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.736;QD=19.0603;RBI=0.00833895;REFB=-0.0119983;REVB=0.0069241;RO=58;SAF=36;SAR=21;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106343;STB=0.50588;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0128747;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:21:36:36:22:21:36:36:22 chr1 182568204 . G C 1804.16 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.779;QD=61.158;RBI=0.0223342;REFB=0;REVB=0.00812261;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55824e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:45:72:0:0:45:73:0:0 chr1 182569626 . T C 1160.2 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7149;QD=60.27;RBI=0.0204044;REFB=0;REVB=0.0139708;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46894e-05;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:34:43:0:0 chr1 182775319 . C T 371.9 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0636368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8605;QD=25.6484;RBI=0.0640773;REFB=0.00950459;REVB=0.00750007;RO=22;SAF=23;SAR=13;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339409;STB=0.68519;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00423283;OID=.;OPOS=182775319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:13:23:3:19:13:23:3:19 chr1 182778367 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.779;QD=63.2868;RBI=0.0334894;REFB=0;REVB=0.0221804;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62062e-05;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr1 182850727 . T C 1310.52 PASS AF=0.977273;AO=83;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0559163;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3413;QD=59.5691;RBI=0.0906905;REFB=-0.0997498;REVB=0.0714012;RO=2;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020583;STB=0.510414;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0178329;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:2:2:83:86:0.977273:45:38:0:2:47:39:0:2 chr1 182993025 . C T 3313.36 PASS AF=0.945607;AO=223;DP=240;FAO=226;FDP=239;FR=.;FRO=13;FSAF=139;FSAR=87;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0287531;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7019;QD=55.4537;RBI=0.0409481;REFB=-0.0572905;REVB=0.0291548;RO=16;SAF=139;SAR=84;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250014;STB=0.504389;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0145577;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:240:239:16:13:223:226:0.945607:84:139:7:9:87:139:7:6 chr1 183072590 . T C 1398.07 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392497;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9796;QD=62.8344;RBI=0.0506806;REFB=0;REVB=0.0320622;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027076;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:46:43:0:0 chr1 183085755 . A G 1891.47 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579174;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.129;QD=61.5113;RBI=0.0597095;REFB=0;REVB=0.014519;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160993;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:71:51:0:0:71:52:0:0 chr1 183086757 . A C 1625.94 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00558644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.688;QD=59.125;RBI=0.00563847;REFB=0.104299;REVB=0.000764222;RO=1;SAF=45;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104311;STB=0.505375;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000249309;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:108:109:0.990909:63:45:1:0:63:46:1:0 chr1 183093875 . T C 1997.51 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159632;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.086;QD=61.4618;RBI=0.0307849;REFB=-0.122908;REVB=0.0263227;RO=1;SAF=50;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597814;STB=0.503144;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000228906;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:130:1:1:129:129:0.992308:79:50:0:1:79:50:0:1 chr1 183094547 . T C 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.045;QD=57.436;RBI=0.018348;REFB=0.15729;REVB=0.0096908;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.505153;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000587687;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:19:48:0:0:19:48:1:0 chr1 183105534 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.924;QD=35.5759;RBI=0.0435579;REFB=0;REVB=0.0417978;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133582;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 183105705 . G A 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.8;QD=59.496;RBI=0.043769;REFB=0;REVB=0.0369783;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017914;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:22:47:0:0:22:47:0:0 chr1 183112041 . G C 1391.58 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.531;QD=61.8479;RBI=0.0219791;REFB=0;REVB=0.011723;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216025;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:41:48:1:0:41:49:0:0 chr1 183112412 . A G 1380.37 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489045;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.043;QD=62.7441;RBI=0.0555168;REFB=0;REVB=0.0262768;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234424;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr1 183112505 . T C 1394.05 PASS AF=0.90991;AO=100;DP=110;FAO=101;FDP=111;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0312297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.439;QD=50.2361;RBI=0.0343313;REFB=-0.103498;REVB=0.0142599;RO=9;SAF=59;SAR=41;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670661;STB=0.528878;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00185005;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:110:111:9:10:100:101:0.90991:41:59:9:0:41:60:9:1 chr1 183112566 . T C 1511.67 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.774;QD=63.6495;RBI=0.0211419;REFB=0;REVB=0.0120926;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29854e-05;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:38:56:0:0:38:57:0:0 chr1 183112764 . A G 586.75 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457823;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.738;QD=57.2441;RBI=0.0477688;REFB=0.000257138;REVB=0.013632;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=9.60035e-06;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:39:40:0.97561:16:23:1:0:16:24:0:1 chr1 183114634 . G A 859.85 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00900501;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.809;QD=56.3838;RBI=0.0578773;REFB=-0.112503;REVB=-0.0571725;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000265462;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr1 183155482 . C A 260.53 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00416338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.113;QD=14.4737;RBI=0.0049562;REFB=-0.0258809;REVB=-0.00268891;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150384;STB=0.55229;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0265788;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:42:29:30:0.416667:10:19:20:19:11:19:23:19 chr1 183486859 . G A 1611.59 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684982;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.73;QD=60.2464;RBI=0.00710937;REFB=0;REVB=0.00190344;RO=0;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25841e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:43:64:0:0:43:64:0:0 chr1 183542387 . T C 223.69 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0369443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8131;QD=12.7823;RBI=0.0391614;REFB=-0.0159735;REVB=-0.0129896;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00738385;STB=0.504234;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0245122;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:14:13:21:22:14:13:21:22 chr1 183895304 . ATTTT ATTTA,ATTT 32.53 PASS AF=0,0.210526;AO=3,29;DP=79;FAO=0,16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0308717,-0.0563724;FXX=0.0379699;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=73.7085,8.95747;QD=1.71216;RBI=0.0841873,0.200249;REFB=-0.0121415,-0.160811;REVB=-0.0783227,-0.192151;RO=43;SAF=0,9;SAR=3,20;SRF=36;SRR=7;SSEN=0,0.355932;SSEP=0,0;SSSB=-0.70509,-0.513016;STB=0.5,0.771041;STBP=1,0.025;TYPE=snp,del;VARB=0,0.143048;OID=.,.;OPOS=183895308,183895305;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.210526:3,29:79:0,16:76:60:0,5:0,11:41:19:33:43:0,9:3,20:36:7 chr1 184020945 . G A 584.71 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.0124817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.639;QD=22.2745;RBI=0.11341;REFB=-0.0341697;REVB=0.112721;RO=46;SAF=44;SAR=14;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212068;STB=0.521045;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0365506;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:47:58:58:0.552381:14:44:34:12:14:44:34:13 chr1 184023529 . A C 646.36 PASS AF=0.456954;AO=69;DP=151;FAO=69;FDP=151;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.000913638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.475;QD=17.1222;RBI=0.00514384;REFB=-0.00278829;REVB=-0.00506205;RO=80;SAF=38;SAR=31;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973837;STB=0.553984;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00332695;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:82:69:69:0.456954:31:38:36:44:31:38:37:45 chr1 184322912 . C A,T 342.85 PASS AF=0.037037,0.925926;AO=2,24;DP=26;FAO=1,25;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1,5;FSAR=0,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.101359,0.154593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.2618,188.576;QD=50.793;RBI=0.101376,0.156943;REFB=-0.0528517,-0.148773;REVB=-0.00187063,0.0270599;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.83186e-08;STB=0.5,0.545416;STBP=1,0.107;TYPE=snp,snp;VARB=0.136236,0.00239066;OID=.,.;OPOS=184322912,184322912;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:26:27:0:1:2,24:1,25:0.037037,0.925926:0,20:2,4:0:0:0,20:1,5:1:0 chr1 184660205 . TT AT,CA 111.71 PASS AF=0.283019,0;AO=13,2;DP=51;FAO=15,0;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0245763,-0.0208209;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=256.922,264.972;QD=8.4309;RBI=0.0251661,0.0218124;REFB=-0.00209558,-0.0010861;REVB=0.00541659,0.00650145;RO=35;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15512,-0.440883;STB=0.658016,0.5;STBP=0.156,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00704752,0;OID=.,.;OPOS=184660205,184660205;OREF=T,TT;OALT=A,CA;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:35:38:13,2:15,0:0.283019,0:8,2:5,0:18:17:10,0:5,0:21:17 chr1 184662181 . C T 381.61 PASS AF=0.606557;AO=33;DP=57;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0110026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.729;QD=25.0235;RBI=0.0315435;REFB=-0.0134316;REVB=0.0295624;RO=24;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167469;STB=0.554426;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00805151;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:24:24:33:37:0.606557:11:22:11:13:15:22:11:13 chr1 184663537 . A C 297.99 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0493774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.763;QD=20.9118;RBI=0.0607952;REFB=-0.0191564;REVB=0.0354672;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196116;STB=0.608433;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0229458;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:14:17:8:18:14:17:8:18 chr1 184663581 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0431399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.098;QD=25.3613;RBI=0.0570639;REFB=-0.025662;REVB=0.0373528;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162296;STB=0.509079;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0167548;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:9:6:3:5:9:6:3:5 chr1 184675814 . G A 522.86 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0199749;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.157;QD=18.5084;RBI=0.0308603;REFB=-0.0118189;REVB=-0.0235236;RO=58;SAF=39;SAR=16;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112001;STB=0.562268;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0120011;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:16:39:35:23:16:39:35:23 chr1 184677464 . G A 597.92 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0179235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.65;QD=25.717;RBI=0.0197988;REFB=-0.0386673;REVB=0.00841072;RO=39;SAF=35;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156596;STB=0.508553;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0198158;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:19:35:26:13:19:35:26:13 chr1 184706212 . GT G 128.21 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0731069;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3543;QD=7.54145;RBI=0.157698;REFB=-0.00238187;REVB=-0.139728;RO=40;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15406;STB=0.572692;STBP=0.368;TYPE=del;VARB=0.000477335;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:25:69:26:68:42:10:16:21:21:99:40:9:16:20:20 chr1 184764067 . C G 267.53 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0119454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.075;QD=21.8393;RBI=0.0119882;REFB=-0.00980327;REVB=-0.00101266;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216634;STB=0.609669;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00683177;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:24:25:25:0.510204:15:10:14:7:15:10:15:9 chr1 184764681 . G A 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00314505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.239;QD=22.1898;RBI=0.0276136;REFB=0.00100839;REVB=-0.0274339;RO=20;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144033;STB=0.60597;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00150641;OID=.;OPOS=184764681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:22:24:24:0.521739:8:16:10:10:8:16:10:12 chr1 184764824 . C T 201.95 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.00693408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9706;QD=12.0568;RBI=0.0228844;REFB=-0.0100352;REVB=0.0218086;RO=42;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650965;STB=0.537705;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0172709;OID=.;OPOS=184764824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:6:19:30:12:6:19:30:12 chr1 184765072 . A G 123.37 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0233586;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.178;QD=23.4994;RBI=0.023822;REFB=0.00389065;REVB=-0.00467563;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12387;STB=0.555473;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00123216;OID=.;OPOS=184765072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:8:8:12:13:0.619048:7:5:2:6:8:5:2:6 chr1 184777177 . C A 536.79 PASS AF=0.628205;AO=42;DP=71;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0287917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.872;QD=27.5279;RBI=0.029071;REFB=-0.0694273;REVB=0.00402016;RO=29;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151291;STB=0.551856;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0417279;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:29:29:42:49:0.628205:20:22:21:8:20:29:21:8 chr1 184792365 . T C 308.1 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0103851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4186;QD=15.7999;RBI=0.0230241;REFB=-0.0307831;REVB=0.0205489;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595986;STB=0.53349;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0335741;OID=.;OPOS=184792365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:11:23:32:12:11:23:32:12 chr1 184801065 . T C 225.5 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00437768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6476;QD=15.2878;RBI=0.0731841;REFB=-0.0118003;REVB=0.073053;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00642615;STB=0.50549;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0173054;OID=.;OPOS=184801065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:25:26:0.440678:15:10:13:19:16:10:13:20 chr1 185984517 . T C 385.16 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0303919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.765;QD=20.542;RBI=0.030704;REFB=-0.015522;REVB=-0.00436619;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150272;STB=0.583233;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0147983;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:23:16:21:15:23:16:21:15 chr1 186026474 . T C 1813.57 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212124;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1857;QD=60.9603;RBI=0.065006;REFB=0;REVB=0.0614476;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343733;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:57:61:0:0:57:62:0:0 chr1 186031041 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.664;QD=56.9569;RBI=0.0731596;REFB=0;REVB=0.00743759;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242681;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr1 186050417 . A G 782.7 PASS AF=0.520833;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00573844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.264;QD=21.7415;RBI=0.00587908;REFB=0.000758023;REVB=-0.00127823;RO=69;SAF=41;SAR=33;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794571;STB=0.546253;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000619462;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:69:69:74:75:0.520833:33:41:32:37:33:42:32:37 chr1 186099099 . C T 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00909509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.429;QD=21.7379;RBI=0.0111609;REFB=-0.0303934;REVB=0.00646876;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159188;STB=0.587458;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0276447;OID=.;OPOS=186099099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:18:22:25:9:18:22:25:9 chr1 186101539 . A G 356.56 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.000964422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.162;QD=19.2735;RBI=0.0173118;REFB=-0.0128996;REVB=0.0172849;RO=36;SAF=14;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223337;STB=0.63418;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0187883;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:36:37:36:37:0.5:22:14:23:13:23:14:24:13 chr1 186326757 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAC,TAAAACA 507.85 PASS AF=0,1,0;AO=2,33,2;DP=44;FAO=0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613416,-0.00202567,-0.0561601;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=70.7025,14.6529,5.46448;QD=45.1424;RBI=0.0629628,0.0039066,0.0599953;REFB=0,0,0;REVB=-0.0141958,0.00334039,-0.0211066;RO=2;SAF=1,8,2;SAR=1,25,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.390188,-0.103316,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.00127506,0;OID=.,.,.;OPOS=186326757,186326758,186326762;OREF=TA,A,AC;OALT=AT,-,CA;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAC,TAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:44:45:2:0:2,33,2:0,45,0:0,1,0:1,25,0:1,8,2:2:0:0,28,0:0,17,0:0:0 chr1 186344126 . G A 397.16 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0151478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.491;QD=15.1297;RBI=0.0219671;REFB=-0.00695486;REVB=0.015909;RO=60;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170811;STB=0.515863;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0112925;OID=.;OPOS=186344126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:60:44:45:0.428571:22:22:31:29:23:22:31:29 chr1 186839861 . G A 328.67 PASS AF=0.348837;AO=33;DP=131;FAO=45;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=0.0192904;FXX=0.0227256;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.339;QD=10.1912;RBI=0.019473;REFB=-0.00361446;REVB=0.00266092;RO=73;SAF=8;SAR=25;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414803;STB=0.625712;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0059519;OID=.;OPOS=186839861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:73:84:33:45:0.348837:25:8:43:30:27:18:50:34 chr1 186839879 . AAG A 387.74 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=122;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00567375;FXX=0.14515;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.418;QD=14.6317;RBI=0.00666293;REFB=-0.0313398;REVB=-0.00349332;RO=33;SAF=23;SAR=31;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416994;STB=0.506505;STBP=0.922;TYPE=del;VARB=0.0282031;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518868:54:122:55:106:51:23:32:22:29:99:33:23:31:16:17 chr1 186946912 . G A 1491.09 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.718;QD=58.4742;RBI=0.0628457;REFB=0;REVB=-0.0415033;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368468;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:54:47:0:0:55:47:0:0 chr1 187610537 . AC GG 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318429;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=345.344;QD=64.154;RBI=0.0133649;REFB=0;REVB=0.01298;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.74616e-06;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:41:58:0:0:41:58:0:0 chr1 187610852 . A C 625.36 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.633;QD=61.0106;RBI=0.0529792;REFB=0;REVB=0.0177933;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08295e-05;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:26:12:0:0:28:13:0:0 chr1 190950209 . G A 398.56 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0225475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.389;QD=14.3625;RBI=0.0295055;REFB=-0.0243171;REVB=-0.0190312;RO=65;SAF=18;SAR=28;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911457;STB=0.551424;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0332402;OID=.;OPOS=190950209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:65:46:46:0.414414:28:18:31:34:28:18:31:34 chr1 192781172 . C G 1396.12 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.621;QD=62.7468;RBI=0.00812264;REFB=0;REVB=-0.00673061;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09402e-06;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr1 192844886 . G A 382.33 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.789;QD=52.7348;RBI=0.0350415;REFB=-0.0367964;REVB=0.0319636;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00476438;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:0:1:13:15:0:1 chr1 193054154 . G A 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00405457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.314;QD=14.8066;RBI=0.0466279;REFB=-0.0140876;REVB=-0.0464513;RO=52;SAF=24;SAR=12;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799805;STB=0.545429;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0149321;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:12:24:31:21:12:24:31:21 chr1 193074651 . T A 475.78 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0107825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.08;QD=13.6915;RBI=0.0134368;REFB=-0.0160253;REVB=0.00801784;RO=85;SAF=32;SAR=22;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169731;STB=0.596026;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0241223;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:85:85:54:54:0.388489:22:32:37:48:22:32:37:48 chr1 194457292 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.989;QD=59.1432;RBI=0.0390385;REFB=0;REVB=0.0296252;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37054e-05;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr1 196227526 . A G 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.04;QD=62.9081;RBI=0.00702846;REFB=0;REVB=0.00191315;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89369e-06;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr1 196642233 . G A 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0487008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6586;QD=16.7282;RBI=0.0531983;REFB=-0.0332273;REVB=-0.0214076;RO=36;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217044;STB=0.622559;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0272499;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:22:9:18:18:22:9:18:18 chr1 196646704 . T C 624.46 PASS AF=0.419162;AO=70;DP=166;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=65;FWDB=-0.00584594;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.649;QD=14.9571;RBI=0.00853288;REFB=-0.00925004;REVB=-0.00621571;RO=95;SAF=26;SAR=44;SRF=31;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505337;STB=0.526172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0196194;OID=.;OPOS=196646704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:95:97:70:70:0.419162:44:26:31:64:44:26:32:65 chr1 196654324 . A C 1556.26 PASS AF=0.95614;AO=107;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0216408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5183;QD=54.6055;RBI=0.030747;REFB=-0.194725;REVB=-0.0218416;RO=7;SAF=59;SAR=48;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360857;STB=0.51072;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00921102;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:114:114:7:5:107:109:0.95614:48:59:6:1:48:61:4:1 chr1 196659237 . C T 1280.95 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.325;QD=61.7326;RBI=0.0264746;REFB=0;REVB=0.0190189;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113962;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr1 196695742 . A G 1595.6 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362421;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.103;QD=59.0962;RBI=0.0387332;REFB=-0.0911176;REVB=0.0136664;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.505617;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000283978;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:108:0:1:107:107:0.990741:44:63:0:0:44:63:0:1 chr1 196709774 . G T 1950.64 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8107;QD=61.9252;RBI=0.0372587;REFB=0;REVB=-0.0018799;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146735;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:58:68:0:0:58:68:0:0 chr1 196757392 . C T 1197.16 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404424;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.079;QD=61.3929;RBI=0.040536;REFB=0;REVB=-0.00275206;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92642e-07;OID=.;OPOS=196757392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr1 196757874 . GC AC,CT 751.48 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=45,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226583,0.020248;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.538,67.8459;QD=62.6235;RBI=0.0581585,0.0387255;REFB=0,0;REVB=-0.0535632,0.0330104;RO=0;SAF=21,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00147168,0.0574217;OID=.,.;OPOS=196757874,196757874;OREF=G,GC;OALT=A,CT;OMAPALT=AC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:45,2:46,2:0.958333,0.0416667:24,0:21,2:0:0:24,0:22,2:0:0 chr1 196757881 . G T 786.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.85;QD=57.1811;RBI=0.0442265;REFB=0;REVB=-0.0121497;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04502e-05;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:30:22:0:0:30:25:0:0 chr1 196874356 . G T 2680.64 PASS AF=0.994253;AO=172;DP=178;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221986;FXX=0.0224706;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.643;QD=61.6238;RBI=0.0650548;REFB=0.00684131;REVB=0.0611502;RO=1;SAF=99;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647552;STB=0.503355;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=2.32563e-05;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:174:1:1:172:173:0.994253:73:99:0:1:74:99:0:1 chr1 196876458 . A G 1407.34 PASS AF=0.98913;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.558;QD=61.1888;RBI=0.0362556;REFB=-0.0210293;REVB=0.027997;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000215537;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:89:91:0.98913:47:42:0:0:47:44:0:1 chr1 196884258 . A T 183.81 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0110749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.876;QD=17.9322;RBI=0.0114857;REFB=-0.00432072;REVB=-0.00304417;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011536;STB=0.506572;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00522847;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:16:6:5:14:16:6 chr1 196920148 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.002;QD=62.3507;RBI=0.0243605;REFB=0;REVB=-0.0200768;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3538e-05;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr1 197009798 . A G 1362.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333097;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.933;QD=62.648;RBI=0.0335612;REFB=0;REVB=0.00410021;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607607;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr1 197030201 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.535;QD=58.1421;RBI=0.0192064;REFB=0;REVB=0.0187619;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04844e-05;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 197031021 . C T 1516.25 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147915;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.717;QD=63.8421;RBI=0.0203981;REFB=0;REVB=-0.0140461;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595993;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr1 197070776 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.418;QD=50.4132;RBI=0.01531;REFB=0;REVB=-0.0150268;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102876;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 197070815 . T C 275.11 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00367961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.284;QD=47.845;RBI=0.0768876;REFB=-0.0470536;REVB=0.0767995;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00048969;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:20:22:0.956522:8:12:1:0:9:13:1:0 chr1 197070901 . A G 801.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9076;QD=57.2712;RBI=0.042754;REFB=0;REVB=0.036472;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592055;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:26:30:0:0 chr1 197091537 . A T 721.76 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039007;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.714;QD=62.7618;RBI=0.0399932;REFB=0;REVB=-0.00882649;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576957;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:1:0:44:46:1:21:23:1:0:22:24:0:0 chr1 197112533 . G A 880.04 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0218458;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.527;QD=55.0025;RBI=0.0219118;REFB=-0.0082601;REVB=-0.00169912;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592119;STB=0.503137;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.000302557;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:64:2:2:62:62:0.96875:37:25:1:1:37:25:1:1 chr1 197127041 . CAA CA,C 106.87 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=19;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133651,-0.0787735;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.51526,7.0233;QD=22.4987;RBI=0.20841,0.119829;REFB=0,0;REVB=0.159914,0.0902981;RO=3;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0436406,0.599865;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0114651,-0.146319;OID=.,.;OPOS=197127042,197127042;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:13,2:19:19,0:19:0:12,0:7,0:0:0:3:3:7,2:6,0:2:1 chr1 197127491 . A C 1675.78 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.204;QD=60.3884;RBI=0.0105758;REFB=0;REVB=0.00759703;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52817e-07;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:50:60:0:0:51:60:0:0 chr1 197128726 . G A 1318.85 PASS AF=0.966667;AO=88;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0431258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3704;QD=58.6157;RBI=0.0748171;REFB=-0.101511;REVB=0.0611372;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938395;STB=0.514848;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00377674;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:1:3:88:87:0.966667:50:38:0:1:49:38:0:3 chr1 197390368 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.214;QD=61.5359;RBI=0.0348966;REFB=0;REVB=-0.0312991;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62914e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:34:47:0:0:34:47:0:0 chr1 197446702 . G T 274.26 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0154984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4881;QD=12.9063;RBI=0.0713228;REFB=-0.0034791;REVB=-0.0696185;RO=53;SAF=24;SAR=8;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165711;STB=0.595681;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00516429;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:8:24:33:20:8:24:33:20 chr1 197480927 . C T 534.89 PASS AF=0.393333;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0354063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2983;QD=14.2637;RBI=0.0455762;REFB=-0.00286397;REVB=0.0286981;RO=88;SAF=37;SAR=22;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531335;STB=0.535456;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00448822;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:91:59:59:0.393333:22:37:51:37:22:37:52:39 chr1 197742171 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.967;QD=62.0214;RBI=0.0218226;REFB=0;REVB=0.00603862;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.64026e-05;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr1 197896728 . T C 362.2 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00612843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.9;QD=23.3678;RBI=0.0618761;REFB=0.00452043;REVB=0.0615719;RO=26;SAF=25;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10066;STB=0.555524;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0024255;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:11:25:15:11:11:25:15:11 chr1 197898320 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0215285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.004;QD=28.4026;RBI=0.0216163;REFB=-0.0233342;REVB=0.00194674;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120634;STB=0.566944;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0120499;OID=.;OPOS=197898320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:15:6:5:6:15:6:5:6 chr1 198704294 . C T 784.71 PASS AF=0.382609;AO=88;DP=232;FAO=88;FDP=230;FR=.,HEALED;FRO=139;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=79;FSRR=60;FWDB=-0.0156102;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.379;QD=13.6472;RBI=0.0278525;REFB=-0.0335673;REVB=-0.0230669;RO=124;SAF=37;SAR=51;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215646;STB=0.590222;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0295277;OID=.;OPOS=198704294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:124:139:88:88:0.382609:51:37:78:46:51:37:79:60 chr1 199977636 . C A 1643.32 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.706;QD=59.2187;RBI=0.0221097;REFB=0;REVB=0.014745;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263483;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:111:0:0:104:111:1:49:55:0:0:51:60:0:0 chr1 199977724 . G T 1170.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419678;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3881;QD=59.2674;RBI=0.0589748;REFB=-0.33325;REVB=0.0414334;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370366;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:79:0:0:76:79:1:23:53:0:0:25:54:0:0 chr1 200146493 . GAAT GA,GAT,GATT 121.8 PASS AF=0.24,0.32,0;AO=5,5,6;DP=32;FAO=6,8,0;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4,3,0;FSAR=2,5,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0433731,-0.0679302,-0.139272;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=31.3155,30.0752,29.5997;QD=19.4885;RBI=0.0502795,0.0696533,0.146033;REFB=0.0178283,0.00743474,-0.0401452;REVB=0.0254324,-0.015397,-0.043918;RO=9;SAF=3,2,4;SAR=2,3,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.347138,-0.480172,-0.280298;STB=0.521666,0.648983,0.5;STBP=0.979,0.277,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0290323,0.00169698,0.071676;OID=.,.,.;OPOS=200146495,200146494,200146495;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24,0.32,0:5,5,6:32:6,8,0:25:11:4,3,0:2,5,0:7:4:30:9:3,2,4:2,3,2:8:1 chr1 200182709 . CGCCGGAGAGGAG C,CGCCGGAGAGGAC 186.96 PASS AF=0.2,0.8;AO=3,9;DP=19;FAO=3,12;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=3,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312343,0.0454702;FXX=0.210416;HRUN=1,2;LEN=12,1;MLLD=174.87,68.6518;QD=49.8547;RBI=0.0213128,0.067438;REFB=0,0;REVB=0.0210827,0.049803;RO=0;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0253253,0.00464056;OID=.,.;OPOS=200182710,200182721;OREF=GCCGGAGAGGAG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CGCCGGAGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:3,9:19:3,12:15:0:0,6:3,6:0:0:20:0:0,3:3,6:0:0 chr1 200182725 . G A 123.38 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000281148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.334;QD=16.4508;RBI=0.00928247;REFB=-0.0399373;REVB=-0.00927822;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917792;STB=0.564429;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0467306;OID=.;OPOS=200182725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:4:11:9:5:4:12 chr1 200182732 . AC GT 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0179639;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.293;QD=15.7844;RBI=0.0195883;REFB=-0.0414554;REVB=-0.00781037;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132436;STB=0.575815;STBP=0.525;TYPE=mnp;VARB=0.0547355;OID=.;OPOS=200182732;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:4:13:9:5:4:13 chr1 200182834 . A G 1822.31 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.251;QD=61.254;RBI=0.029526;REFB=0;REVB=0.00911007;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6049e-05;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr1 200183398 . C A 1529.76 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.177;QD=63.7401;RBI=0.00873225;REFB=0;REVB=0.00382608;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71059e-05;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:59:37:0:0:59:37:0:0 chr1 200311868 . C G 531.34 PASS AF=0.537634;AO=50;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00474085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2171;QD=22.8532;RBI=0.00973259;REFB=-0.0582678;REVB=-0.00849987;RO=43;SAF=35;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697183;STB=0.538446;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0482014;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:43:50:50:0.537634:15:35:27:16:15:35:27:16 chr1 200534248 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.572;QD=62.3494;RBI=0.0273366;REFB=0;REVB=-0.0111712;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38217e-05;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr1 200558363 . T C 1176.13 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.958;QD=59.5508;RBI=0.0282313;REFB=0.00231429;REVB=0.0225075;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-3.29598e-05;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:34:44:0:0:34:44:1:0 chr1 200618238 . T C 1098.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.002;QD=60.216;RBI=0.0464058;REFB=0;REVB=0.0339324;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94444e-05;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr1 200635550 . T C 773.86 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693023;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.239;QD=63.1724;RBI=0.0758793;REFB=0;REVB=0.0755621;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29125e-05;OID=.;OPOS=200635550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:20:27:0:0:22:27:0:0 chr1 200635560 . T C 765.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.842;QD=56.6676;RBI=0.0288621;REFB=0;REVB=0.00612249;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03887e-05;OID=.;OPOS=200635560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:22:28:0:0:23:31:0:0 chr1 200776641 . C T 324.27 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=107;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.026428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.005;QD=11.9;RBI=0.0391667;REFB=-0.0206897;REVB=-0.0289066;RO=67;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172698;STB=0.587114;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0461549;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:67:69:40:40:0.366972:20:20:23:44:20:20:25:44 chr1 200880702 . C T 417.7 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.000697896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.6987;QD=23.2055;RBI=0.00635827;REFB=-0.00887499;REVB=0.00631985;RO=31;SAF=7;SAR=34;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110352;STB=0.561024;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00764239;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:34:7:8:23:34:7:8:23 chr1 200880869 . A C 385.41 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=44;FWDB=-0.0797331;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.016;QD=14.8234;RBI=0.084496;REFB=-0.018085;REVB=-0.027968;RO=60;SAF=11;SAR=33;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022455;STB=0.512652;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0202451;OID=.;OPOS=200880869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:60:60:44:44:0.423077:33:11:16:44:33:11:16:44 chr1 200880978 . C T 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.171;QD=46.8405;RBI=0.144773;REFB=0;REVB=0.055859;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345618;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 200942434 . C T 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3491;QD=51.8911;RBI=0.0581235;REFB=0;REVB=0.0400308;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882184;OID=.;OPOS=200942434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 200957691 . G C 340.53 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0470602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.783;QD=48.6475;RBI=0.0710221;REFB=-0.0898828;REVB=0.0531929;RO=2;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01607;STB=0.508664;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000817437;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:10:16:1:1:10:16:1:1 chr1 201035446 . T G,TG 37.18 PASS AF=0.047619,0.285714;AO=2,11;DP=43;FAO=2,12;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2,7;FSAR=0,5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00530876,0.119736;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=245.982,7.57981;QD=3.54059;RBI=0.0437466,0.174198;REFB=0.00728662,-0.16037;REVB=-0.0434233,-0.126524;RO=28;SAF=2,6;SAR=0,5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.437493,-0.0306342;STB=0.994059,0.508533;STBP=0.176,0.959;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0110723,0.162645;OID=.,.;OPOS=201035446,201035447;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:43:42:28:28:2,11:2,12:0.047619,0.285714:0,5:2,6:16:12:0,5:2,7:16:12 chr1 201122947 . T G 970.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9563;QD=58.8171;RBI=0.0789379;REFB=0;REVB=0.0629728;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139306;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:16:50:0:0:16:50:0:0 chr1 201123019 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.073;QD=62.0215;RBI=0.0764842;REFB=0;REVB=0.0457205;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018795;OID=.;OPOS=201123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr1 201166383 . G A 500.7 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0299973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8972;QD=21.7698;RBI=0.0567909;REFB=-0.0445668;REVB=-0.0482221;RO=44;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590971;STB=0.532595;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0403628;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:24:24:25:19:24:24:25:19 chr1 201166435 . T C 368.6 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0103352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.419;QD=19.4;RBI=0.0137956;REFB=-0.00875456;REVB=-0.00913791;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048909;STB=0.527206;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00880356;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:23:15:17:21:23:15:17:21 chr1 201175227 . C A 2491.64 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6712;QD=61.5221;RBI=0.0566365;REFB=0;REVB=0.00798042;RO=0;SAF=92;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168799;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:70:92:0:0:70:92:0:0 chr1 201175274 . A G 864.53 PASS AF=0.415254;AO=79;DP=218;FAO=98;FDP=236;FR=.;FRO=138;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=80;FSRR=58;FWDB=-0.00366575;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.798;QD=14.6531;RBI=0.0177304;REFB=-0.0304832;REVB=0.0173473;RO=136;SAF=29;SAR=50;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230546;STB=0.581969;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0459571;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:236:136:138:79:98:0.415254:50:29:78:58:55:43:80:58 chr1 201175715 . G T 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.078;QD=60.1989;RBI=0.0479602;REFB=0;REVB=0.0379909;RO=0;SAF=19;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100579;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:54:19:0:0:54:19:0:0 chr1 201176018 . A G 443.77 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.046;QD=57.2609;RBI=0.084182;REFB=0;REVB=0.0840468;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121155;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:6:24:0:0:7:24:0:0 chr1 201176108 . G A 277.0 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0180273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.417;QD=19.7855;RBI=0.0283612;REFB=-0.051466;REVB=0.0218946;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771863;STB=0.533311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0372223;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:26:30:30:0.535714:16:14:13:10:16:14:14:12 chr1 201176968 . A G 281.06 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00854866;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.607;QD=23.4214;RBI=0.0112248;REFB=-0.0375494;REVB=-0.00727431;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185794;STB=0.617265;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0199536;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:22:26:26:0.541667:11:15:16:4:11:15:18:4 chr1 201177246 . T C 273.71 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00475051;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7743;QD=14.7951;RBI=0.0189455;REFB=-0.00731442;REVB=-0.0183402;RO=43;SAF=24;SAR=7;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41007;STB=0.733854;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0217091;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:43:43:31:31:0.418919:7:24:17:26:7:24:17:26 chr1 201177278 . C T 349.88 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.00816001;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.67;QD=15.0486;RBI=0.023218;REFB=-0.0107565;REVB=-0.0217368;RO=54;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281046;STB=0.661613;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0301762;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:55:38:38:0.408602:17:21:15:39:17:21:15:40 chr1 201177538 . G T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00458369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.375;QD=18.8287;RBI=0.00591123;REFB=-0.0156316;REVB=0.0037326;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939744;STB=0.553344;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0151163;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:11:11:8:12:11:11 chr1 201181217 . A G 152.33 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0101968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6311;QD=13.5404;RBI=0.0573051;REFB=-0.0382498;REVB=0.0563905;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746002;STB=0.533294;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0537763;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:7:10:14:13:7:10:15:13 chr1 201181223 . A G 660.46 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457626;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.463;QD=60.0422;RBI=0.0488886;REFB=-0.088439;REVB=0.0172012;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00243839;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:19:24:0:0:19:24:0:1 chr1 201181672 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.03856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.889;QD=16.3858;RBI=0.0398095;REFB=-0.0086089;REVB=0.00989571;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0141973;OID=.;OPOS=201181672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:6:2:3:6:6:2 chr1 201181920 . G T 96.31 PASS AF=0.2;AO=9;DP=64;FAO=12;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=6;FWDB=0.0446262;FXX=0.0624902;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.7857;QD=6.42058;RBI=0.125199;REFB=-0.0288931;REVB=0.116976;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517681;STB=0.736018;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.121329;OID=.;OPOS=201181920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:64:60:41:42:9:12:0.2:5:4:35:6:5:7:36:6 chr1 201183363 . C T 450.4 PASS AF=0.337278;AO=57;DP=170;FAO=57;FDP=169;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.00607455;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.128;QD=10.6604;RBI=0.0194617;REFB=-0.00485736;REVB=-0.0184893;RO=112;SAF=30;SAR=27;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714598;STB=0.54103;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00897918;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:112:112:57:57:0.337278:27:30:52:60:27:30:52:60 chr1 201183402 . T C 619.22 PASS AF=0.361905;AO=74;DP=212;FAO=76;FDP=210;FR=.;FRO=134;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.00604393;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.098;QD=11.7946;RBI=0.0244372;REFB=-0.00171681;REVB=-0.023678;RO=131;SAF=32;SAR=42;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806801;STB=0.53749;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0043624;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:210:131:134:74:76:0.361905:42:32:66:65:43:33:66:68 chr1 201184275 . C T 509.44 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00487452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.71;QD=21.0077;RBI=0.00837663;REFB=-0.00285335;REVB=0.00681227;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248467;STB=0.637376;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00256738;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:18:31:17:31:18:31:17:31 chr1 201187764 . T C 1395.61 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.276;QD=62.7241;RBI=0.0322672;REFB=0;REVB=0.0303674;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88104e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:34:54:0:0:35:54:0:0 chr1 201195119 . C T 2652.27 PASS AF=0.966851;AO=175;DP=182;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=101;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.047458;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.751;QD=58.6136;RBI=0.0617853;REFB=-0.0768621;REVB=0.0395621;RO=4;SAF=101;SAR=74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335788;STB=0.502617;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00221006;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:182:181:4:6:175:175:0.966851:74:101:2:2:74:101:3:3 chr1 201197471 . T C 301.93 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00746983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.796;QD=19.4796;RBI=0.00813745;REFB=-0.0299164;REVB=0.00322797;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603078;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0298707;OID=.;OPOS=201197471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:12:18:17:15:12:18 chr1 201285759 . A G 2200.69 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.965;QD=62.4308;RBI=0.0157046;REFB=-0.0845593;REVB=0.0105894;RO=1;SAF=64;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737137;STB=0.503875;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=1.27221e-05;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:76:64:1:0:76:64:1:0 chr1 201286771 . C T 657.91 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.0221693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1102;QD=16.9784;RBI=0.0225568;REFB=-0.0342038;REVB=-0.00416312;RO=84;SAF=32;SAR=39;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151775;STB=0.584167;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0339876;OID=.;OPOS=201286771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:84:71:71:0.458065:39:32:51:33:39:32:51:33 chr1 201288955 . G A 398.52 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0515907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0867;QD=15.3276;RBI=0.101104;REFB=-0.0383128;REVB=0.0869505;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372995;STB=0.520708;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0495976;OID=.;OPOS=201288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:22:23:27:30:22:23:28:31 chr1 201299263 . A G 1847.46 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.849;QD=61.073;RBI=0.0344211;REFB=0;REVB=0.00413569;RO=0;SAF=85;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00191e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:119:121:1:34:85:0:0:34:87:0:0 chr1 201355522 . T C 817.59 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.118;QD=57.3748;RBI=0.0129337;REFB=0;REVB=0.0125196;RO=0;SAF=49;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11326e-05;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:7:49:0:0:7:50:0:0 chr1 201355943 . C T 2301.67 PASS AF=0.993506;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.402;QD=59.7836;RBI=0.0160471;REFB=-0.109933;REVB=0.0107501;RO=0;SAF=99;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504587;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000149309;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:154:0:1:151:153:0.993506:52:99:0:0:54:99:0:1 chr1 201386916 . C T 283.46 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0102598;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.813;QD=27.6551;RBI=0.0317822;REFB=-0.0113315;REVB=-0.0300807;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426942;STB=0.523603;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00645334;OID=.;OPOS=201386916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:16:16:25:25:0.609756:11:14:8:8:11:14:8:8 chr1 201773605 . AT A 61.05 PASS AF=0.466667;AO=25;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0651997;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.36415;QD=5.42688;RBI=0.292608;REFB=-0.110076;REVB=0.285251;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638524;STB=0.5254;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.135536;OID=.;OPOS=201773606;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:25:45:21:45:24:14:7:17:7:59:17:18:7:11:6 chr1 201845432 . C T 388.37 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=66;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0104331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.102;QD=23.1865;RBI=0.0118604;REFB=-0.00534787;REVB=0.00564083;RO=26;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095894;STB=0.556719;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00481964;OID=.;OPOS=201845432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:26:28:38:39:0.58209:17:21:11:15:17:22:12:16 chr1 201851701 . T C 457.78 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0437431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.605;QD=17.778;RBI=0.0437971;REFB=-0.0166963;REVB=0.00217463;RO=53;SAF=18;SAR=30;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023714;STB=0.512066;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.019614;OID=.;OPOS=201851701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:48:49:0.475728:30:18:20:33:31:18:21:33 chr1 201860626 . A C,G 581.3 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,37;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346118,0.144922;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=18.9401,113.396;QD=59.6202;RBI=0.0362218,0.152239;REFB=0,0;REVB=-0.0106789,0.0466319;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138315,0.00151624;OID=.,.;OPOS=201860626,201860626;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:2,37:1,38:0.025641,0.974359:1,22:1,15:0:0:1,22:0,16:0:0 chr1 201861016 . C G 346.64 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0039695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.542;QD=22.0091;RBI=0.00626678;REFB=-0.0090062;REVB=0.0048493;RO=28;SAF=10;SAR=25;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131455;STB=0.572873;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00792914;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:25:10:12:16:25:10:12:16 chr1 201865763 . A G 808.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1827;QD=56.7034;RBI=0.079017;REFB=0;REVB=0.014019;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647079;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:15:39:0:0:18:39:0:0 chr1 201952574 . T C 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0111671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.788;QD=16.077;RBI=0.0121518;REFB=0.00215802;REVB=-0.00479186;RO=43;SAF=23;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785634;STB=0.544352;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00246664;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:11:23:26:17:11:23:26:17 chr1 201952598 . G A 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.000160429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.488;QD=17.8975;RBI=0.0173841;REFB=-0.0103484;REVB=0.0173834;RO=51;SAF=29;SAR=14;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713363;STB=0.539959;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0123978;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:51:43:43:0.457447:14:29:31:20:14:29:31:20 chr1 201970562 . T C 2230.2 PASS AF=0.967949;AO=151;DP=158;FAO=151;FDP=156;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0193674;FXX=0.0126574;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.703;QD=57.1846;RBI=0.0204294;REFB=-0.0857009;REVB=-0.00650108;RO=4;SAF=72;SAR=79;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256888;STB=0.510369;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=6.82565e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:158:156:4:5:151:151:0.967949:79:72:4:0:79:72:4:1 chr1 201973565 . G A 582.51 PASS AF=0.458647;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0125827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.764;QD=17.5192;RBI=0.0125828;REFB=-0.021148;REVB=-5.28778e-05;RO=70;SAF=36;SAR=25;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676238;STB=0.535472;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0315879;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:70:72:61:61:0.458647:25:36:46:24:25:36:47:25 chr1 201981862 . T C 829.0 PASS AF=1;AO=29;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.033;QD=55.267;RBI=0.11519;REFB=0;REVB=0.0180365;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98349e-05;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:29:60:1:17:12:0:0:32:28:0:0 chr1 202092360 . G A 436.68 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000185658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.994;QD=54.5846;RBI=0.0298172;REFB=-0.0829204;REVB=0.0298166;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00567898;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:29:31:0.96875:15:14:0:0:15:16:1:0 chr1 202092415 . A G 670.44 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.297;QD=62.3669;RBI=0.0274453;REFB=0;REVB=0.0244583;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49668e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:16:27:0:0 chr1 202092580 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.091;QD=58.6004;RBI=0.0435589;REFB=0;REVB=0.0332211;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28153e-05;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 202129826 . T C 3828.76 PASS AF=0.984436;AO=242;DP=250;FAO=253;FDP=257;FR=.;FRO=4;FSAF=170;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0474046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.459;QD=59.5916;RBI=0.0531194;REFB=-0.0890733;REVB=0.0239683;RO=4;SAF=162;SAR=80;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282342;STB=0.501379;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00113619;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:250:257:4:4:242:253:0.984436:80:162:3:1:83:170:3:1 chr1 202155543 . A C 3639.03 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.261;QD=63.0136;RBI=0.0802685;REFB=0;REVB=0.0508897;RO=0;SAF=101;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27901e-05;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:211:231:0:0:211:231:1:110:101:0:0:114:117:0:0 chr1 202156628 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.846;QD=57.1768;RBI=0.00608295;REFB=0;REVB=0.00360825;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06427e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:36:14:0:0:36:15:0:0 chr1 202163261 . G A 646.79 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0242073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2057;QD=21.5595;RBI=0.0249544;REFB=-0.0155349;REVB=0.00606076;RO=56;SAF=33;SAR=31;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124233;STB=0.568042;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0210717;OID=.;OPOS=202163261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:56:64:64:0.533333:31:33:37:19:31:33:37:19 chr1 202200799 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.002;QD=46.848;RBI=0.0181216;REFB=0;REVB=0.0020087;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29615e-05;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr1 202276494 . C T 1812.06 PASS AF=0.96063;AO=120;DP=125;FAO=122;FDP=127;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0289171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.15;QD=57.0729;RBI=0.0471594;REFB=-0.0851968;REVB=0.0372533;RO=4;SAF=57;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168636;STB=0.504585;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00034819;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:125:127:4:5:120:122:0.96063:63:57:3:1:63:59:3:2 chr1 202287206 . T C 1554.19 PASS AF=1;AO=76;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.34;QD=59.2074;RBI=0.0322119;REFB=0;REVB=0.0294475;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101383;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:76:105:1:23:53:0:0:46:59:0:0 chr1 202287537 . G A 820.56 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272177;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.452;QD=57.5835;RBI=0.0489432;REFB=0;REVB=0.0406772;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99437e-05;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr1 202287813 . T C 115.95 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.836;QD=42.1648;RBI=0.106716;REFB=0;REVB=0.0792689;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018983;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:2:6:0:0:2:9:0:0 chr1 202531741 . C T 1902.45 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114206;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.359;QD=61.8682;RBI=0.0540939;REFB=0;REVB=0.0528746;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31579e-05;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:123:0:0:116:123:1:50:66:0:0:57:66:0:0 chr1 202574784 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0066225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.465;QD=14.6686;RBI=0.0180698;REFB=-0.0159259;REVB=0.0168125;RO=32;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189582;STB=0.608017;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0183189;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:15:9:18:14:15:9:18:14 chr1 202705455 . G C 1951.6 PASS AF=0.977612;AO=129;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0654795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1357;QD=58.2566;RBI=0.0992413;REFB=-0.181329;REVB=0.074574;RO=4;SAF=64;SAR=65;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140595;STB=0.503477;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00647856;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:134:134:4:3:129:131:0.977612:65:64:1:3:67:64:1:2 chr1 202715284 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8512;QD=56.9562;RBI=0.0665958;REFB=0;REVB=-0.0576412;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053216;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr1 202718202 . G A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.25;QD=58.5992;RBI=0.0429932;REFB=0;REVB=-0.0396093;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227537;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr1 202733238 . C T 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.61;QD=64.1344;RBI=0.00584352;REFB=0;REVB=0.00534468;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09927e-05;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr1 202795782 . T C 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0318581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.426;QD=17.6865;RBI=0.0414746;REFB=-0.0119201;REVB=-0.0265557;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110682;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0169334;OID=.;OPOS=202795782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:16:10:6:15:16:10 chr1 202861342 . A G 303.03 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00662443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.251;QD=14.6037;RBI=0.0148119;REFB=-0.00720704;REVB=0.013248;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822316;STB=0.504663;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.011318;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:27:22:15:19:27:22 chr1 202884063 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0301567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.166;QD=15.1663;RBI=0.0365812;REFB=0.0201699;REVB=-0.0207064;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196363;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0254052;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:12:8:9:6:12:8 chr1 202887373 . C A 77.51 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=87;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0214536;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.963;QD=3.56367;RBI=0.0236147;REFB=-0.00423105;REVB=0.009869;RO=70;SAF=8;SAR=6;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181916;STB=0.503351;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0216933;OID=.;OPOS=202887373;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:87:87:70:73:14:14:0.16092:6:8:39:31:6:8:42:31 chr1 202888947 . T C 429.14 PASS AF=0.602941;AO=39;DP=66;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0243933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.764;QD=25.2437;RBI=0.0465013;REFB=-0.0101316;REVB=0.0395896;RO=27;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306842;STB=0.523991;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00619026;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:27:39:41:0.602941:13:26:17:10:13:28:17:10 chr1 202932154 . G A 569.37 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=19;FWDB=-0.00104757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.57;QD=15.8157;RBI=0.00419036;REFB=-0.00795823;REVB=-0.00405731;RO=83;SAF=42;SAR=19;SRF=64;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103932;STB=0.557877;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00926413;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:83:83:61:61:0.423611:19:42:64:19:19:42:64:19 chr1 202934557 . CTTCA CCTCA,CTCA,CTCAC 562.47 PASS AF=0,0.842857,0;AO=6,35,3;DP=70;FAO=0,59,0;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=0,53,0;FSAR=0,6,0;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0754819,0.2034,-0.00168158;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=10.8417,16.3932,48.0162;QD=32.1413;RBI=0.112359,0.236596,0.0179274;REFB=-0.0955362,-0.121732,-0.0208934;REVB=0.0832283,0.120856,0.0178483;RO=25;SAF=6,35,3;SAR=0,0,0;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.738992,0.871155,0.630762;STB=0.5,0.723455,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0912281,0;OID=.,.,.;OPOS=202934558,202934558,202934559;OREF=T,T,TCA;OALT=C,-,CAC;OMAPALT=CCTCA,CTCA,CTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.842857,0:6,35,3:70:0,59,0:70:11:0,53,0:0,6,0:1:10:26:25:6,35,3:0,0,0:9:16 chr1 202935911 . T C 252.61 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0719912;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.674;QD=10.4167;RBI=0.0722007;REFB=0.00497058;REVB=0.00549656;RO=65;SAF=19;SAR=12;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303702;STB=0.505969;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0132642;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:65:66:31:31:0.319588:12:19:40:25:12:19:41:25 chr1 203004367 . C T 1767.69 PASS AF=0.478723;AO=178;DP=375;FAO=180;FDP=376;FR=.;FRO=196;FSAF=88;FSAR=92;FSRF=97;FSRR=99;FWDB=0.0453639;FXX=0.013123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.108;QD=18.8052;RBI=0.0471692;REFB=-0.0275328;REVB=0.0129248;RO=187;SAF=86;SAR=92;SRF=91;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325596;STB=0.503133;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0279716;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:376:187:196:178:180:0.478723:92:86:91:96:92:88:97:99 chr1 203008173 . CG C,CC 1063.91 PASS AF=0.0694444,0.930556;AO=9,62;DP=71;FAO=5,67;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=2,36;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105503,-0.00412834;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.555,208.744;QD=59.1061;RBI=0.0247655,0.0269142;REFB=0,0;REVB=0.024743,0.0265957;RO=0;SAF=2,36;SAR=7,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51662e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00222549,0.000217007;OID=.,.;OPOS=203008174,203008174;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0694444,0.930556:9,62:71:5,67:72:0:2,36:3,31:0:0:11:0:2,36:7,26:0:0 chr1 203008286 . C G 470.46 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.100418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.961;QD=17.2646;RBI=0.10212;REFB=-0.0378503;REVB=-0.018566;RO=56;SAF=25;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596569;STB=0.532697;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0374671;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:58:51:51:0.46789:26:25:31:25:26:25:32:26 chr1 203023240 . G GGC 473.47 PASS AF=0.460177;AO=50;DP=120;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0215835;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.4931;QD=16.7601;RBI=0.0300272;REFB=-0.0313987;REVB=-0.0208755;RO=65;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110228;STB=0.585602;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0323529;OID=.;OPOS=203023241;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460177:50:120:52:113:61:32:20:28:33:99:65:30:20:32:33 chr1 203040816 . G C 642.47 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00617919;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.422;QD=20.7249;RBI=0.017012;REFB=-0.0279657;REVB=0.0158501;RO=60;SAF=36;SAR=28;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109834;STB=0.560273;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0257995;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:60:60:64:64:0.516129:28:36:41:19:28:36:41:19 chr1 203053768 . T C,G 2332.67 PASS AF=0.95302,0.0469799;AO=140,7;DP=148;FAO=142,7;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=106,0;FSAR=36,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207043,-0.0187134;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=172.191,41.1442;QD=62.622;RBI=0.0447382,0.030667;REFB=0,0;REVB=0.0396591,0.0242955;RO=0;SAF=105,0;SAR=35,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00045526,0.115989;OID=.,.;OPOS=203053768,203053768;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:148:149:0:0:140,7:142,7:0.95302,0.0469799:35,7:105,0:0:0:36,7:106,0:0:0 chr1 203098275 . T G 392.21 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0136241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.691;QD=16.8694;RBI=0.0460017;REFB=-0.0250178;REVB=0.0439379;RO=52;SAF=28;SAR=13;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108396;STB=0.50608;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0254676;OID=.;OPOS=203098275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:13:28:36:16:13:28:36:16 chr1 203135840 . CTT CT,CTG 829.23 PASS AF=0.444444,0.00888889;AO=90,9;DP=224;FAO=100,2;FDP=225;FR=.;FRO=123;FSAF=53,0;FSAR=47,2;FSRF=81;FSRR=42;FWDB=0.0282389,-0.0485709;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.0813,25.8607;QD=14.7418;RBI=0.0656632,0.0499135;REFB=-0.0222568,-0.00568201;REVB=0.0592808,-0.011499;RO=121;SAF=46,6;SAR=44,3;SRF=80;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155459,0.00656852;STB=0.571752,0.996502;STBP=0.065,0.063;TYPE=del,snp;VARB=0.0277479,-0.0356829;OID=.,.;OPOS=203135841,203135842;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0.00888889:90,9:224:100,2:225:123:53,0:47,2:81:42:99:121:46,6:44,3:80:41 chr1 203137784 . A ACT 340.29 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00725731;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=268.518;QD=12.7211;RBI=0.0215862;REFB=-0.0103926;REVB=0.0203296;RO=63;SAF=22;SAR=19;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124254;STB=0.562412;STBP=0.314;TYPE=ins;VARB=0.0151973;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383178:41:106:41:107:66:22:19:42:24:99:63:22:19:41:22 chr1 203148633 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.142;QD=59.0174;RBI=0.0207713;REFB=0;REVB=0.00436577;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199482;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 203152801 . T C 543.72 PASS AF=0.518519;AO=54;DP=106;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0137843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.163;QD=20.1378;RBI=0.013788;REFB=-0.0168441;REVB=0.00032023;RO=51;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139466;STB=0.505531;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0140757;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:51:52:54:56:0.518519:32:22:20:31:34:22:21:31 chr1 203155703 . A T 145.36 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00444703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5849;QD=12.6401;RBI=0.00714242;REFB=0.0232352;REVB=-0.00558911;RO=29;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335001;STB=0.666473;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00969253;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:5:11:11:18:6:11:11:18 chr1 203309880 . G A 410.03 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=117;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.00111712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.677;QD=13.7824;RBI=0.00149294;REFB=-0.010193;REVB=-0.000990412;RO=51;SAF=15;SAR=32;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292488;STB=0.70519;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0202035;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:51:71:47:48:0.403361:32:15:32:19:33:15:47:24 chr1 203309966 . G C 2037.45 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8544;QD=62.2122;RBI=0.0927899;REFB=0;REVB=-0.0304626;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160225;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:131:0:0:128:131:1:66:62:0:0:66:65:0:0 chr1 203317161 . AC A,AT 345.49 PASS AF=0.230769,0.769231;AO=6,20;DP=26;FAO=6,20;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,16;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167874,0.0186981;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.962,192.821;QD=53.1521;RBI=0.0514614,0.069558;REFB=0,0;REVB=0.0486463,0.0669977;RO=0;SAF=6,16;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00351206,0.000601453;OID=.,.;OPOS=203317162,203317162;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.230769,0.769231:6,20:26:6,20:26:0:6,16:0,4:0:0:33:0:6,16:0,4:0:0 chr1 203472112 . T C 227.38 PASS AF=0.394366;AO=25;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.029121;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.569;QD=12.8102;RBI=0.0302876;REFB=-0.00320695;REVB=-0.00832522;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145384;STB=0.591486;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00531102;OID=.;OPOS=203472112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:43:43:25:28:0.394366:13:12:15:28:14:14:15:28 chr1 203652352 . C A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00415223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.734;QD=21.7442;RBI=0.0548354;REFB=-0.0383252;REVB=-0.054678;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637041;STB=0.535678;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0400777;OID=.;OPOS=203652352;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:4:12:13:6:4:12 chr1 203652444 . A G 1034.03 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000654009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.791;QD=54.4225;RBI=0.020501;REFB=0.00512214;REVB=-0.0204906;RO=4;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439335;STB=0.523249;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.000677013;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:76:76:4:4:72:72:0.947368:41:31:0:4:41:31:0:4 chr1 203667409 . T C 2312.48 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.545;QD=63.7925;RBI=0.0241834;REFB=0;REVB=-0.0120219;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90637e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr1 203670013 . G T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0404093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.947;QD=12.4133;RBI=0.0416157;REFB=0.000668718;REVB=-0.00994763;RO=37;SAF=2;SAR=21;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252173;STB=0.649327;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00122754;OID=.;OPOS=203670013;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:21:2:7:30:21:2:7:30 chr1 203768328 . T C 1556.38 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2252;QD=59.8609;RBI=0.0498203;REFB=0;REVB=-0.0168188;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173513;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr1 203769532 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.124;QD=59.434;RBI=0.0276726;REFB=0;REVB=0.0276175;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191697;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr1 203787700 . T C 1080.04 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249274;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.443;QD=60.002;RBI=0.0256209;REFB=0;REVB=-0.00592057;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146679;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:71:72:1:39:32:0:0:39:33:0:0 chr1 204095920 . G T 324.24 PASS AF=0.83871;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0248123;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.437;QD=41.8377;RBI=0.0451628;REFB=0.017994;REVB=0.0377363;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.586887;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00140883;OID=.;OPOS=204095920;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:0:5:24:26:0.83871:18:6:0:0:18:8:4:1 chr1 204096757 . T G 210.56 PASS AF=0.202247;AO=36;DP=178;FAO=36;FDP=178;FR=.;FRO=142;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.00835328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.667;QD=4.73166;RBI=0.00925547;REFB=-0.00800028;REVB=-0.00398577;RO=142;SAF=16;SAR=20;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442834;STB=0.527623;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0324159;OID=.;OPOS=204096757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:142:142:36:36:0.202247:20:16:68:74:20:16:68:74 chr1 204110334 . A G 753.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.295;QD=56.9045;RBI=0.102229;REFB=0;REVB=0.0754671;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155812;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr1 204110547 . C T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0209111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.096;QD=30.4286;RBI=0.0399443;REFB=-0.0209875;REVB=0.0340333;RO=5;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149253;STB=0.582673;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00756779;OID=.;OPOS=204110547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:7:8:1:4:7:8:1:4 chr1 204159611 . CT C,CC 100.39 PASS AF=0.409091,0.136364;AO=8,4;DP=22;FAO=9,3;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7,1;FSAR=2,2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00352971,0.0012127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.336,214.002;QD=18.2524;RBI=0.0241386,0.0204687;REFB=-0.0344175,-0.031121;REVB=-0.0238791,-0.0204327;RO=10;SAF=6,2;SAR=2,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258322,0;STB=0.670818,0.630686;STBP=0.237,0.682;TYPE=del,snp;VARB=0.0264828,0.00476218;OID=.,.;OPOS=204159612,204159612;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091,0.136364:8,4:22:9,3:22:10:7,1:2,2:5:5:66:10:6,2:2,2:5:5 chr1 204188371 . A G 295.12 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.081923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.4153;QD=19.3518;RBI=0.0943088;REFB=-0.147504;REVB=0.0467202;RO=28;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165788;STB=0.590109;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.13914;OID=.;OPOS=204188371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:28:29:31:32:0.52459:16:15:19:9:16:16:20:9 chr1 204190412 . C G 177.31 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0622497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.923;QD=12.2283;RBI=0.0629102;REFB=-0.00640545;REVB=-0.0090922;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109495;STB=0.506323;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00891577;OID=.;OPOS=204190412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:16:20:12:10:16:20 chr1 204198209 . A G 268.21 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0142406;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.588;QD=18.4975;RBI=0.0360185;REFB=-0.0331385;REVB=-0.0330839;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166585;STB=0.593481;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0238711;OID=.;OPOS=204198209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:9:20:15:14:9:20:15:14 chr1 204199614 . C T 259.46 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0958564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2952;QD=14.2167;RBI=0.0979831;REFB=-0.00886582;REVB=0.0203038;RO=43;SAF=26;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38523;STB=0.72396;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0151581;OID=.;OPOS=204199614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:4:26:26:17:4:26:26:17 chr1 204230581 . G A 2603.8 PASS AF=0.966851;AO=173;DP=180;FAO=175;FDP=181;FR=.;FRO=6;FSAF=97;FSAR=78;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0268898;FXX=0.0109284;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.997;QD=57.5426;RBI=0.0334391;REFB=-0.0661169;REVB=0.0198773;RO=6;SAF=95;SAR=78;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757087;STB=0.503772;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000574502;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:180:181:6:6:173:175:0.966851:78:95:4:2:78:97:4:2 chr1 204237416 . C T 2296.0 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236685;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.846;QD=60.8211;RBI=0.0425013;REFB=0;REVB=0.035301;RO=0;SAF=83;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55923e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:148:151:1:65:83:0:0:67:84:0:0 chr1 204242838 . A C 554.64 PASS AF=0.411392;AO=50;DP=147;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=28;FWDB=-0.00316121;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.214;QD=14.0416;RBI=0.0321216;REFB=-0.0242616;REVB=0.0319657;RO=95;SAF=32;SAR=18;SRF=69;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111412;STB=0.604699;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0268094;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:158:95:93:50:65:0.411392:18:32:69:26:31:34:65:28 chr1 204379617 . T C 1824.33 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146264;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.112;QD=61.3219;RBI=0.0154077;REFB=0;REVB=0.00484429;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01644e-05;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr1 204394056 . C T 382.18 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0235447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3148;QD=19.8535;RBI=0.0236176;REFB=-0.00715523;REVB=0.00185471;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201488;STB=0.611206;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00757271;OID=.;OPOS=204394056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:28:10:19:20:28:10 chr1 204403659 . A G 402.1 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.013258;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8924;QD=21.4452;RBI=0.0456019;REFB=0.0223886;REVB=-0.0436321;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103144;STB=0.556791;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0156083;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:24:16:10:25:24:16:10:25 chr1 204425028 . G A 481.38 PASS AF=0.51087;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00209888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.484;QD=20.9296;RBI=0.0546037;REFB=-0.0163897;REVB=0.0545634;RO=37;SAF=18;SAR=28;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310583;STB=0.62719;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0195464;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:37:45:46:47:0.51087:28:18:29:8:29:18:29:16 chr1 204436066 . G A 368.62 PASS AF=0.408163;AO=38;DP=96;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.0541274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2792;QD=15.0458;RBI=0.0601516;REFB=-0.0415994;REVB=0.0262383;RO=51;SAF=17;SAR=21;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239781;STB=0.643288;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0415325;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:51:58:38:40:0.408163:21:17:35:16:23:17:39:19 chr1 204438334 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.577;QD=53.9321;RBI=0.0282216;REFB=-0.00542562;REVB=0.0224325;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000145833;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:1:0:9:21:1:0 chr1 204438643 . G T 519.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.92;QD=59.3842;RBI=0.0340977;REFB=0;REVB=0.0321929;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152788;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr1 204501383 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00853087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.717;QD=22.1441;RBI=0.00853184;REFB=-0.00775162;REVB=-0.000128477;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.562427;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00786238;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:5:8:8:9:5:8 chr1 204531567 . C T 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00594192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.312;QD=35.1214;RBI=0.0801005;REFB=-0.0333517;REVB=0.0798799;RO=8;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385332;STB=0.521035;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00405104;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:11:13:5:3:11:13:5:3 chr1 204587047 . G A 214.28 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0262065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2736;QD=12.7926;RBI=0.0418567;REFB=0.00145153;REVB=0.0326375;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508838;STB=0.529242;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00103082;OID=.;OPOS=204587047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:25:16:9:17:25:16 chr1 204587569 . G C 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00715085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.636;QD=19.6555;RBI=0.0167323;REFB=-0.0409651;REVB=-0.0151273;RO=40;SAF=28;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101925;STB=0.556789;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0376844;OID=.;OPOS=204587569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:12:28:24:16:12:28:24:16 chr1 204588140 . G A 228.2 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0191837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.476;QD=21.7336;RBI=0.0261832;REFB=-0.0501806;REVB=-0.0178198;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387148;STB=0.521719;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.036837;OID=.;OPOS=204588140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:10:10:10:12:10:10 chr1 204589101 . G A 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0239251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.366;QD=16.4421;RBI=0.0239409;REFB=-0.0313243;REVB=-0.000870765;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337905;STB=0.568896;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0436411;OID=.;OPOS=204589101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:23:27:20:20:0.425532:12:8:10:13:12:8:14:13 chr1 204589623 . G A 356.63 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00456105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.294;QD=18.526;RBI=0.0879896;REFB=-0.0018621;REVB=0.0878714;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184087;STB=0.597106;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00371202;OID=.;OPOS=204589623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:37:39:36:38:0.493506:19:17:25:12:21:17:25:14 chr1 204590044 . G A 725.3 PASS AF=0.503448;AO=66;DP=138;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00328628;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.268;QD=20.0083;RBI=0.0177696;REFB=-0.0262712;REVB=0.0174631;RO=70;SAF=33;SAR=33;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132965;STB=0.510294;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0222442;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:145:70:72:66:73:0.503448:33:33:34:36:36:37:35:37 chr1 204591237 . A G 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0081028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.583;QD=15.1035;RBI=0.021454;REFB=-0.0142291;REVB=-0.019865;RO=45;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978698;STB=0.555521;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.025383;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:11:22:26:19:11:22:26:19 chr1 204943947 . C A 286.83 PASS AF=0.545455;AO=27;DP=52;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0279946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.002;QD=20.8603;RBI=0.0334521;REFB=-0.0186289;REVB=0.0183124;RO=25;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241672;STB=0.523102;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0128698;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:25:25:27:30:0.545455:8:19:17:8:11:19:17:8 chr1 204966690 . G A 1285.65 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011817;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.786;QD=61.9589;RBI=0.054737;REFB=0;REVB=0.0534462;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192132;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:55:28:0:0:55:28:0:0 chr1 204970302 . T C 1083.38 PASS AF=0.626667;AO=83;DP=139;FAO=94;FDP=150;FR=.;FRO=56;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0301414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.354;QD=28.8901;RBI=0.0303577;REFB=-0.00803637;REVB=-0.00361724;RO=56;SAF=47;SAR=36;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07615;STB=0.545719;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00493502;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:150:56:56:83:94:0.626667:36:47:26:30:39:55:26:30 chr1 204978533 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.365;QD=58.0597;RBI=0.0218025;REFB=0;REVB=0.0199535;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87517e-05;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:45:16:0:0:45:16:0:0 chr1 205052939 . G A 572.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.312;QD=60.2357;RBI=0.0196872;REFB=0;REVB=-0.00518492;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31051e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr1 205053219 . C T 1521.89 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150049;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.052;QD=63.4122;RBI=0.0216368;REFB=0;REVB=0.0155886;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28978e-05;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:94:96:1:31:63:0:0:32:64:0:0 chr1 205056844 . T A,TA,TTA 235.75 PASS AF=0,0,0.869565;AO=2,4,16;DP=25;FAO=0,0,20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00637269,0.00464059,0.0192627;FXX=0;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,2;MLLD=248.642,267.79,284.213;QD=40.9993;RBI=0.00979946,0.00928467,0.02088;REFB=0.01666,0.0109045,0.00551942;REVB=0.00744434,0.00804177,0.00805752;RO=3;SAF=1,3,10;SAR=1,1,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.473628,0.490704,0.181457;STB=0.5,0.5,0.588145;STBP=1,1,0.068;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0,-0.000661406;OID=.,.,.;OPOS=205056844,205056845,205056845;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:14:25:23:3:3:2,4,16:0,0,20:0,0,0.869565:1,1,6:1,3,10:0:3:0,0,7:0,0,13:0:3 chr1 205068857 . T C 1712.48 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0954;QD=60.6189;RBI=0.0477835;REFB=0;REVB=0.0384971;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213422;OID=.;OPOS=205068857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr1 205130413 . A G 1539.67 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9324;QD=59.793;RBI=0.0269428;REFB=0;REVB=-0.0213444;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19882e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr1 205225457 . G A 955.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.822;QD=58.7906;RBI=0.0291588;REFB=0;REVB=0.0269343;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115479;OID=.;OPOS=205225457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:27:38:0:0 chr1 205238275 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.344;QD=56.9381;RBI=0.0542325;REFB=0;REVB=0.0445218;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013041;OID=.;OPOS=205238275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:14:39:0:0:14:39:0:0 chr1 205240251 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.504;QD=59.3227;RBI=0.0259299;REFB=0;REVB=0.00499136;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33881e-05;OID=.;OPOS=205240251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 205272918 . G A 87.79 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00823847;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8592;QD=23.4099;RBI=0.0577631;REFB=-0.000787443;REVB=0.0571726;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11821;STB=0.567431;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00213598;OID=.;OPOS=205272918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:2:3:4:6:2:3 chr1 205275421 . A G 1157.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238136;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.178;QD=60.9189;RBI=0.0308854;REFB=0;REVB=0.0196678;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02797e-05;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr1 205277781 . C T 559.5 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0549993;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7854;QD=18.65;RBI=0.0703087;REFB=-0.0147343;REVB=-0.0437995;RO=61;SAF=34;SAR=24;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103567;STB=0.561718;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0170488;OID=.;OPOS=205277781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:24:34:29:32:24:34:29:33 chr1 205492756 . A G 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0216484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.043;QD=20.9186;RBI=0.0323646;REFB=-0.00122361;REVB=-0.0240585;RO=26;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264909;STB=0.514696;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.000488639;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:11:20:16:10:11:20:16:10 chr1 205501843 . A G 1490.21 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3972;QD=63.4133;RBI=0.0482897;REFB=0;REVB=-0.016842;RO=0;SAF=29;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162044;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:65:29:0:0:65:29:0:0 chr1 205554085 . G C 504.04 PASS AF=0.421875;AO=50;DP=129;FAO=54;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.117972;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.4633;QD=15.7512;RBI=0.14745;REFB=-0.06272;REVB=0.0884543;RO=53;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459375;STB=0.577521;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0356682;OID=.;OPOS=205554085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:53:68:50:54:0.421875:27:23:27:26:29:25:41:27 chr1 205554095 . A C 500.14 PASS AF=0.426357;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=129;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.00768609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.054;QD=15.5081;RBI=0.00773928;REFB=-0.016423;REVB=-0.000905785;RO=73;SAF=25;SAR=30;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204716;STB=0.609989;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.029096;OID=.;OPOS=205554095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:74:55:55:0.426357:30:25:48:25:30:25:48:26 chr1 205570406 . T A 1523.91 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6909;QD=59.7611;RBI=0.0719539;REFB=0;REVB=-0.00606603;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240892;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:51:48:0:0:51:51:0:0 chr1 205588637 . C T 475.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.258;QD=57.6721;RBI=0.0191964;REFB=0;REVB=0.0107657;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179577;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr1 205589574 . C T 545.36 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0392477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4189;QD=57.4061;RBI=0.0424869;REFB=-0.0757878;REVB=0.0162713;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00122928;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:0:1 chr1 205626995 . C G 746.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7327;QD=63.5621;RBI=0.04018;REFB=0;REVB=0.0217255;RO=0;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146415;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:8:39:0:0:8:39:0:0 chr1 205627101 . ACC AAC,AC,A 662.8 PASS AF=0,1,0;AO=4,64,14;DP=99;FAO=0,99,0;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,74,0;FSAR=0,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203999,-0.00407374,-0.00294135;FXX=0.009999;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=11.099,8.65995,8.2316;QD=26.7798;RBI=0.0533554,0.0901507,0.0524252;REFB=0.0513175,0.0242664,0.0415035;REVB=-0.0493015,-0.0900586,-0.0523426;RO=9;SAF=1,45,11;SAR=3,19,3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.690989,-0.085631,-0.26354;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.000132276,0;OID=.,.,.;OPOS=205627102,205627102,205627102;OREF=C,C,CC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAC,AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,64,14:99:0,99,0:99:0:0,74,0:0,25,0:0:0:3:9:1,45,11:3,19,3:9:0 chr1 205738166 . T C 712.8 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398788;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.206;QD=63.3604;RBI=0.0406016;REFB=0;REVB=0.00762745;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147029;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr1 205779231 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.096;QD=61.048;RBI=0.0290094;REFB=0;REVB=0.0232773;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0267e-05;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr1 205810947 . C T 558.97 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0297248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.284;QD=19.1101;RBI=0.0422822;REFB=0.00819142;REVB=-0.0300702;RO=59;SAF=23;SAR=35;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134558;STB=0.574429;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00744466;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:35:23:32:27:35:23:32:27 chr1 205814497 . T C 320.13 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0532132;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1516;QD=15.8088;RBI=0.0532354;REFB=-0.0121099;REVB=-0.00153691;RO=45;SAF=11;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20725;STB=0.623998;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.025952;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:46:35:35:0.432099:24:11:23:22:24:11:24:22 chr1 205817018 . T C 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0109595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.799;QD=9.53525;RBI=0.0337016;REFB=-0.0140858;REVB=0.0318698;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871856;STB=0.538398;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0290358;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:6:6:11:15:6:6:12:15 chr1 205819039 . C T 247.22 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0125516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=13.7346;RBI=0.012619;REFB=-0.021199;REVB=0.00130256;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804534;STB=0.504584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0371166;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:11:18:27:16:11:18:27:16 chr1 205819104 . G A 400.46 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00300437;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.303;QD=18.4122;RBI=0.00328437;REFB=-0.00719618;REVB=-0.00132697;RO=46;SAF=27;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292635;STB=0.51634;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00929633;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:41:41:0.471264:14:27:29:17:14:27:29:17 chr1 206516261 . C T 390.49 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0106878;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0085;QD=18.8185;RBI=0.0348696;REFB=-0.0263723;REVB=0.0331913;RO=43;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650114;STB=0.536259;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0172568;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:25:15:19:24:25:15:19:24 chr1 206566195 . C T 38.76 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.0329589;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.881;QD=1.26039;RBI=0.0331584;REFB=-0.000309228;REVB=0.00363202;RO=112;SAF=1;SAR=10;SRF=47;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435509;STB=0.864096;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00918179;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:123:112:112:11:11:0.0894309:10:1:47:65:10:1:47:65 chr1 206566904 . T C 402.6 PASS AF=0.297297;AO=54;DP=183;FAO=55;FDP=185;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.027159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.02;QD=8.7048;RBI=0.0284782;REFB=-0.00945553;REVB=-0.00856712;RO=127;SAF=33;SAR=21;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10264;STB=0.555046;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0191365;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:127:130:54:55:0.297297:21:33:67:60:22:33:68:62 chr1 206603535 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.396;QD=58.2383;RBI=0.0236229;REFB=0;REVB=0.00399287;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.22487e-05;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr1 206635570 . C T 1897.57 PASS AF=0.969231;AO=126;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00284286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.575;QD=58.3868;RBI=0.0107537;REFB=-0.0586859;REVB=-0.0103711;RO=2;SAF=58;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161007;STB=0.501228;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.000505954;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:130:2:4:126:126:0.969231:68:58:2:0:68:58:2:2 chr1 206647742 . A G 1951.84 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000962439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8883;QD=61.9632;RBI=0.0790405;REFB=0;REVB=-0.0790346;RO=0;SAF=77;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372066;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:48:77:0:0:49:77:0:0 chr1 206647787 . T C 2110.09 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0135391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.814;QD=61.162;RBI=0.0424043;REFB=-0.0776854;REVB=0.0401847;RO=2;SAF=83;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113166;STB=0.505952;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000564534;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:2:2:136:136:0.985507:53:83:2:0:53:83:2:0 chr1 206651107 . G A 419.92 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=115;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.020722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.546;QD=14.6059;RBI=0.0212123;REFB=-0.0198507;REVB=-0.00453437;RO=67;SAF=31;SAR=17;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703033;STB=0.539635;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0281729;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:67:48:48:0.417391:17:31:39:28:17:31:39:28 chr1 206658354 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0104435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3816;QD=19.1726;RBI=0.019132;REFB=-0.00437021;REVB=-0.0160302;RO=32;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145216;STB=0.581343;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00366644;OID=.;OPOS=206658354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:8:25:20:12:8:25:20:12 chr1 206665896 . C G 1360.92 PASS AF=0.939394;AO=90;DP=99;FAO=93;FDP=99;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0331639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.204;QD=54.9868;RBI=0.0439498;REFB=-0.0665474;REVB=0.0288399;RO=5;SAF=43;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321037;STB=0.510423;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000456706;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:99:99:5:6:90:93:0.939394:47:43:4:1:47:46:4:2 chr1 206669465 . C T 433.93 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00732116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4114;QD=18.2706;RBI=0.0678551;REFB=-0.00867006;REVB=-0.0674589;RO=50;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221856;STB=0.628446;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00600766;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:44:44:0.463158:17:27:19:31:17:27:19:32 chr1 206757857 . C A 351.69 PASS AF=0.388889;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00227755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4584;QD=13.0257;RBI=0.00227816;REFB=-0.0062921;REVB=5.23277e-05;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.547596;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0110051;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:66:41:42:0.388889:22:19:35:28:23:19:35:31 chr1 206758077 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3073;QD=37.4884;RBI=0.0614668;REFB=0;REVB=0.0451134;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160497;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 206773659 . A G 1495.3 PASS AF=1;AO=24;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217164;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.785;QD=59.2198;RBI=0.145439;REFB=0;REVB=0.143809;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00754153;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:24:101:1:21:3:0:0:52:49:0:0 chr1 207109116 . C T 98.04 PASS AF=0.6875;AO=8;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.173965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4804;QD=24.5109;RBI=0.211247;REFB=-0.0581353;REVB=0.11984;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.547855;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0424584;OID=.;OPOS=207109116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:8:11:0.6875:6:2:2:3:8:3:2:3 chr1 207110936 . T C 311.61 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0321412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.095;QD=16.6189;RBI=0.0357146;REFB=-0.0172298;REVB=0.0155717;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355935;STB=0.519988;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0111057;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:17:17:19:22:17:17:19:22 chr1 207132345 . A G 161.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.000435451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.334;QD=18.9938;RBI=0.0822195;REFB=0.0082463;REVB=-0.0822183;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205826;STB=0.616307;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00429656;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:5:12:8:9:5:12 chr1 207140440 . C T 283.17 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00903558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.358;QD=17.4257;RBI=0.0161103;REFB=-0.0121968;REVB=-0.013338;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619083;STB=0.542686;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.013289;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:34:30:31:0.476923:17:13:16:16:18:13:17:17 chr1 207143422 . A G 278.07 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0379755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.643;QD=16.3571;RBI=0.0381505;REFB=-0.0141577;REVB=-0.00364956;RO=37;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231814;STB=0.631059;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0211162;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:9:22:18:19:9:22:18:19 chr1 207195779 . A G 688.02 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0291456;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3895;QD=59.8276;RBI=0.0407719;REFB=-0.13178;REVB=0.028511;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00458036;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:0:1:22:23:0:1 chr1 207263829 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.98;QD=60.2043;RBI=0.0233928;REFB=0;REVB=0.00191979;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67147e-05;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 207286380 . CCA C,CCC 34.87 PASS AF=0.145161,0;AO=10,6;DP=68;FAO=9,0;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0914309,-0.0144405;FXX=0.0461467;HRUN=6,5;LEN=2,1;MLLD=26.1137,20.2044;QD=2.24978;RBI=0.13738,0.0316531;REFB=-0.023243,-0.00972787;REVB=-0.102536,-0.0281672;RO=48;SAF=3,1;SAR=7,5;SRF=28;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0.672727,0;SSSB=-0.34238,-0.466239;STB=0.555432,0.5;STBP=0.773,1;TYPE=del,snp;VARB=0.153974,0;OID=.,.;OPOS=207286381,207286382;OREF=CA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145161,0:10,6:68:9,0:62:53:4,0:5,0:27:26:35:48:3,1:7,5:28:20 chr1 207297680 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.447;QD=59.8389;RBI=0.00234037;REFB=0;REVB=-0.00117252;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82686e-06;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 207653395 . C A 945.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.736;QD=58.1612;RBI=0.0064814;REFB=0;REVB=0.00603948;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311443;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr1 207679307 . A G 1126.35 PASS AF=0.475;AO=114;DP=241;FAO=114;FDP=240;FR=.;FRO=126;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=57;FWDB=0.00331629;FXX=0.00414921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.887;QD=18.7724;RBI=0.00658459;REFB=-0.0153923;REVB=0.0056885;RO=125;SAF=59;SAR=55;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251606;STB=0.515824;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0195957;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:240:125:126:114:114:0.475:55:59:68:57:55:59:69:57 chr1 207760773 . C T 351.36 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.0111149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.465;QD=13.0133;RBI=0.0238614;REFB=-0.0120672;REVB=-0.0211146;RO=65;SAF=26;SAR=16;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853538;STB=0.541449;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0218937;OID=.;OPOS=207760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:65:66:42:42:0.388889:16:26:45:20:16:26:45:21 chr1 207782916 . A T 1532.15 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7426;QD=63.1815;RBI=0.111356;REFB=0;REVB=0.110526;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951376;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:97:0:0:90:97:1:40:50:0:0:47:50:0:0 chr1 207795320 . A G 843.5 PASS AF=0.462766;AO=87;DP=188;FAO=87;FDP=188;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=-0.00228469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.071;QD=17.9468;RBI=0.0226988;REFB=-0.0208718;REVB=0.0225835;RO=101;SAF=40;SAR=47;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822804;STB=0.545489;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0256529;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:101:87:87:0.462766:47:40:38:63:47:40:38:63 chr1 207812791 . A G 352.38 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0125695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.493;QD=18.3054;RBI=0.0231891;REFB=-0.00847519;REVB=-0.019487;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107038;STB=0.56759;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00770695;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:13:24:21:18:13:24:21:19 chr1 207851611 . A G 1265.88 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.144;QD=61.7505;RBI=0.0575289;REFB=0;REVB=0.0342799;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114691;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:30:50:0:0:30:52:0:0 chr1 207857254 . A G 576.38 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.036961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9885;QD=16.7067;RBI=0.0458538;REFB=-0.0070335;REVB=0.0271377;RO=77;SAF=19;SAR=42;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155197;STB=0.586927;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0075864;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:77:61:61:0.442029:42:19:35:42:42:19:35:42 chr1 207875116 . GAGA G 131.69 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000375922;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.276;QD=21.9485;RBI=0.0299067;REFB=-0.0265003;REVB=0.0299044;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15589;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0195913;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:14:25:14:24:10:4:10:6:4:78:8:4:10:4:4 chr1 207881557 . A G 2190.95 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.124;QD=63.0491;RBI=0.0349821;REFB=0;REVB=0.0240476;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69308e-05;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:62:77:0:0:62:77:0:0 chr1 207884105 . C A,G 1649.6 PASS AF=0.955752,0.0353982;AO=108,4;DP=113;FAO=108,4;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=41,4;FSAR=67,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.107989,0.0339187;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=57.0575,5.2533;QD=58.3928;RBI=0.108312,0.0859236;REFB=-0.00344196,-0.11712;REVB=-0.00836154,-0.0789455;RO=1;SAF=41,4;SAR=67,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00703255,0.749895;STB=0.503703,0.995941;STBP=0.519,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=0.000870392,0.0859426;OID=.,.;OPOS=207884105,207884105;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:113:113:1:1:108,4:108,4:0.955752,0.0353982:67,0:41,4:0:1:67,0:41,4:0:1 chr1 207884107 . G A 1680.11 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174553;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.338;QD=60.5443;RBI=0.019226;REFB=0;REVB=0.00805919;RO=0;SAF=45;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25234e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:66:45:0:0:66:45:0:0 chr1 207885881 . C T 1766.89 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.981;QD=60.9271;RBI=0.0440259;REFB=0;REVB=-0.0439854;RO=0;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17144e-05;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:51:65:0:0:51:65:0:0 chr1 207886150 . C T 2685.54 PASS AF=0.994286;AO=173;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.787;QD=61.3839;RBI=0.0342199;REFB=-0.0544259;REVB=-0.00472397;RO=0;SAF=80;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=6.76635e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:0:1:173:174:0.994286:93:80:0:0:93:81:0:1 chr1 207888739 . G T 1798.66 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00279838;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.167;QD=59.9553;RBI=0.00449094;REFB=-0.0535728;REVB=0.00351249;RO=1;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922187;STB=0.504761;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000180814;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:118:119:0.991667:51:67:0:1:52:67:0:1 chr1 207941190 . AG A,AT 1386.42 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=34,54;DP=92;FAO=13,78;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=9,47;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023854,0.0234098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.915,146.211;QD=60.9417;RBI=0.0247778,0.0337187;REFB=0,0;REVB=-0.00670269,0.024268;RO=0;SAF=22,31;SAR=12,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75716e-08,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0159497,0.00584041;OID=.,.;OPOS=207941191,207941191;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:34,54:92:13,78:91:0:9,47:4,31:0:0:23:0:22,31:12,23:0:0 chr1 208196163 . C T 504.35 PASS AF=0.5875;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0123277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.811;QD=25.2173;RBI=0.0197473;REFB=-0.0329388;REVB=0.0154267;RO=33;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187337;STB=0.605091;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0205455;OID=.;OPOS=208196163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:33:33:46:47:0.5875:28:18:21:12:29:18:21:12 chr1 208199100 . T A 561.07 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0615517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.602;QD=17.8119;RBI=0.0621528;REFB=-0.00246696;REVB=-0.00862334;RO=67;SAF=30;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812534;STB=0.540164;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00302457;OID=.;OPOS=208199100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:67:67:58:59:0.468254:28:30:29:38:29:30:29:38 chr1 208199999 . T C 174.32 PASS AF=0.2875;AO=34;DP=83;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.00776623;FXX=0.101112;HRUN=17;LEN=1;MLLD=176.977;QD=8.71614;RBI=0.00782612;REFB=-0.00411184;REVB=-0.000966392;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273299;STB=0.836537;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0188679;OID=.;OPOS=208199999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:49:57:34:23:0.2875:18:16:36:13:18:5:42:15 chr1 208207839 . G A 1073.78 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503556;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.586;QD=58.0421;RBI=0.0857102;REFB=-0.0437337;REVB=0.0693582;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000713661;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:74:1:1:71:73:0.986486:38:33:1:0:39:34:1:0 chr1 208252777 . G C 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00473131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.738;QD=22.9244;RBI=0.0278649;REFB=-0.032014;REVB=0.0274603;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686704;STB=0.537826;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0178212;OID=.;OPOS=208252777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:11:14:16:18:11:14 chr1 208315786 . TGGGGGGGA TCGGGGGGA,TGGGGGGA,TGGGGGGAC 31.32 PASS AF=0,0.11811,0.0314961;AO=6,18,6;DP=129;FAO=0,15,4;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=0,5,4;FSAR=0,10,0;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.121465,-0.0387715,-0.0369493;FXX=0.0230751;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=26.2992,8.1714,26.4465;QD=0.986482;RBI=0.123912,0.109802,0.0559011;REFB=-0.0421465,-0.111249,-0.052669;REVB=-0.0245044,0.102729,0.0419486;RO=74;SAF=4,9,6;SAR=2,9,0;SRF=32;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.245282,0.0853137,0.586955;STB=0.5,0.662826,0.997333;STBP=1,0.206,0.03;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00906292,0.117505,0.133142;OID=.,.,.;OPOS=208315787,208315787,208315793;OREF=G,G,GA;OALT=C,-,AC;OMAPALT=TCGGGGGGA,TGGGGGGA,TGGGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.11811,0.0314961:6,18,6:129:0,15,4:127:108:0,5,4:0,10,0:56:52:24:74:4,9,6:2,9,0:32:42 chr1 208390086 . G C 463.77 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=122;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0103519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.727;QD=14.9604;RBI=0.0111007;REFB=-0.0272518;REVB=0.00400783;RO=70;SAF=22;SAR=30;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648217;STB=0.545095;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0341227;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:70:72:52:52:0.419355:30:22:34:36:30:22:36:36 chr1 208391098 . T C 423.7 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0349118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9708;QD=16.141;RBI=0.0380339;REFB=0.00653324;REVB=-0.0150912;RO=58;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294269;STB=0.516445;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00628295;OID=.;OPOS=208391098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:58:47:47:0.447619:20:27:35:23:20:27:35:23 chr1 208391254 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0176093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.532;QD=14.078;RBI=0.0606758;REFB=-0.0275136;REVB=0.0580644;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0274527;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr1 209605636 . TAGCAGCAGCAGC T 35.01 PASS AF=0.5;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00556756;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=12;MLLD=357.125;QD=14.0022;RBI=0.0334688;REFB=0.00457539;REVB=-0.0330024;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=del;VARB=-0.0045385;OID=.;OPOS=209605637;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:6:5:10:5:1:4:2:3:31:0:1:4:0:0 chr1 209782343 . A G 323.42 PASS AF=0.385321;AO=33;DP=110;FAO=42;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=-0.0202486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.285;QD=11.8687;RBI=0.0257272;REFB=-0.00846813;REVB=0.0158708;RO=50;SAF=23;SAR=10;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210272;STB=0.535195;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0343929;OID=.;OPOS=209782343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:50:67:33:42:0.385321:10:23:34:16:14:28:48:19 chr1 209788703 . T C 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000509213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.94;QD=18.1631;RBI=0.0371288;REFB=-0.0179555;REVB=-0.0371254;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083098;STB=0.552604;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.016037;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:21:17:22:19:21:17:23:19 chr1 209791929 . G T 885.91 PASS AF=0.540373;AO=87;DP=161;FAO=87;FDP=161;FR=.;FRO=74;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00775255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.684;QD=22.0101;RBI=0.0187478;REFB=-0.0149028;REVB=-0.0170698;RO=74;SAF=49;SAR=38;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782001;STB=0.504275;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0101694;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:74:74:87:87:0.540373:38:49:41:33:38:49:41:33 chr1 209797198 . A G 405.5 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.0167125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.119;QD=19.7804;RBI=0.028109;REFB=-0.0154433;REVB=-0.0226011;RO=40;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249106;STB=0.62759;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0275896;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:41:41:41:0.5:18:23:33:7:18:23:33:8 chr1 209797253 . T C 341.08 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0150346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.872;QD=20.9896;RBI=0.054081;REFB=-0.0491264;REVB=-0.0519491;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883857;STB=0.50489;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0406235;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:12:23:20:10:12:23:20:10 chr1 209799205 . A G 242.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.044594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.001;QD=22.5971;RBI=0.0612735;REFB=-0.0331304;REVB=-0.0420217;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145041;STB=0.564799;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.016772;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:10:13:14:5:10:13:14:6 chr1 209799253 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5152;QD=62.982;RBI=0.0788264;REFB=0;REVB=-0.0607038;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.62745e-05;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 209800230 . C T 646.37 PASS AF=0.375635;AO=74;DP=197;FAO=74;FDP=197;FR=.;FRO=123;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.00561121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.953;QD=13.1242;RBI=0.00903498;REFB=-0.0207491;REVB=0.00708133;RO=123;SAF=46;SAR=28;SRF=75;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138525;STB=0.507842;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0301613;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:123:123:74:74:0.375635:28:46:75:48:28:46:75:48 chr1 209807815 . T C 256.43 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0169754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.008;QD=11.2717;RBI=0.0171586;REFB=-0.0142966;REVB=-0.0025012;RO=60;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162654;STB=0.509428;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0128062;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:13:18:34:26:13:18:34:26 chr1 209807972 . G A 121.19 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0415727;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.29;QD=13.4656;RBI=0.0422379;REFB=-0.00844982;REVB=-0.00746653;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.624826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00979829;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:8:6:14:7:8:6:14:8 chr1 209823354 . G A 457.35 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00633594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0667;QD=20.555;RBI=0.0352263;REFB=-0.0128934;REVB=-0.0346518;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737946;STB=0.540798;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0124857;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:25:20:16:28:25:20:16:28 chr1 209849399 . AG A 163.92 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00860006;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.239;QD=14.9018;RBI=0.046959;REFB=-0.0386712;REVB=0.0461648;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335229;STB=0.64269;STBP=0.155;TYPE=del;VARB=0.0576938;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:17:50:18:44:26:5:13:13:13:99:31:4:13:16:15 chr1 209849406 . T G 165.27 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0101796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.814;QD=12.4731;RBI=0.0101943;REFB=-0.0351991;REVB=0.000548612;RO=32;SAF=6;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286821;STB=0.65866;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0429052;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:14:6:18:14:14:6:18:15 chr1 209907733 . GA AG 49.97 PASS AF=0.152174;AO=15;DP=93;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0225157;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=2;MLLD=34.4753;QD=2.17262;RBI=0.150968;REFB=-0.0255009;REVB=0.14928;RO=64;SAF=14;SAR=1;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640823;STB=0.892473;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.167517;OID=.;OPOS=209907733;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:92:64:78:15:14:0.152174:1:14:29:35:1:13:43:35 chr1 209933528 . G A 455.32 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0227885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6268;QD=22.7659;RBI=0.038143;REFB=-0.0201914;REVB=-0.0305872;RO=36;SAF=33;SAR=11;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297364;STB=0.516386;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0274952;OID=.;OPOS=209933528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:11:33:26:10:11:33:26:10 chr1 209933660 . G C 205.65 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0109885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.995;QD=18.695;RBI=0.0568785;REFB=-0.0355524;REVB=0.055807;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217031;STB=0.621256;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.110834;OID=.;OPOS=209933660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:19:4:8:13:19:4 chr1 209936914 . C T 163.83 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0678808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7382;QD=9.36184;RBI=0.0922519;REFB=-0.0164605;REVB=-0.062471;RO=48;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470429;STB=0.527833;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0363248;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:15:7:17:31:15:7:17:31 chr1 209948711 . A C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0211824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.656;QD=22.5856;RBI=0.0382654;REFB=0.00226987;REVB=0.0318676;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.5434;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.000985173;OID=.;OPOS=209948711;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:4:2:5:6:4:2 chr1 209950760 . C G 2798.73 PASS AF=1;AO=173;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212017;FXX=0.027471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.817;QD=63.2482;RBI=0.0499405;REFB=0;REVB=0.0452166;RO=0;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66748e-05;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:177:0:0:173:177:1:86:87:0:0:89:88:0:0 chr1 209964080 . C T 256.44 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00123819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.941;QD=11.2722;RBI=0.0115151;REFB=-0.00530638;REVB=0.0114483;RO=59;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047017;STB=0.521602;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0122381;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:60:31:31:0.340659:16:15:31:28:16:15:31:29 chr1 209968684 . C A 817.29 PASS AF=0.562963;AO=76;DP=135;FAO=76;FDP=135;FR=.;FRO=59;FSAF=60;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00086673;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.982;QD=24.2159;RBI=0.00459144;REFB=-0.0128664;REVB=0.00450889;RO=59;SAF=60;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248462;STB=0.636683;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0095475;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:59:59:76:76:0.562963:16:60:32:27:16:60:32:27 chr1 210004199 . C G 429.49 PASS AF=0.488636;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00156514;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.423;QD=19.5222;RBI=0.0298462;REFB=-0.00289573;REVB=-0.0298051;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261759;STB=0.50943;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00177346;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:42:43:0.488636:25:17:17:28:26:17:17:28 chr1 210006603 . C T 446.39 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.000735696;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.367;QD=18.0358;RBI=0.00767125;REFB=-0.0113428;REVB=0.00763589;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900878;STB=0.554681;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0111112;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:32:21:22:23:33:21 chr1 210335066 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0138776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.691;QD=13.336;RBI=0.0154023;REFB=-0.00341139;REVB=-0.00668158;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390899;STB=0.510624;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00615034;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:6:9:14:8:6:9:14:10 chr1 210337043 . A G 503.93 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.1546;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9631;QD=54.4793;RBI=0.168358;REFB=-0.155137;REVB=0.0666576;RO=2;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435799;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00539544;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:37:2:2:35:35:0.945946:19:16:1:1:19:16:1:1 chr1 210407031 . G T 1205.9 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641233;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.114;QD=61.0585;RBI=0.0997219;REFB=0;REVB=0.0763719;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280215;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr1 210547505 . C G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.105;QD=60.3744;RBI=0.028509;REFB=0;REVB=0.0272149;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57752e-05;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr1 210547517 . C T 313.43 PASS AF=0.421687;AO=33;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-9.22158e-05;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0067;QD=15.1052;RBI=0.0143124;REFB=-0.0121009;REVB=0.0143121;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101177;STB=0.577275;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0139492;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:48:33:35:0.421687:18:15:27:22:20:15:27:21 chr1 210577873 . G C 1785.75 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.583;QD=61.0512;RBI=0.012665;REFB=0;REVB=0.0126202;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02324e-05;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:64:53:0:0:64:53:0:0 chr1 210577884 . G A 607.25 PASS AF=0.530435;AO=60;DP=114;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.022583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.176;QD=21.1217;RBI=0.0244852;REFB=-0.0273151;REVB=-0.00946215;RO=54;SAF=31;SAR=29;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780507;STB=0.546215;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0210178;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:54:54:60:61:0.530435:29:31:23:31:29:32:23:31 chr1 210857457 . A G 218.51 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.346;QD=48.5572;RBI=0.0976676;REFB=0;REVB=0.0385485;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183842;OID=.;OPOS=210857457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr1 211380770 . T C 702.21 PASS AF=0.483221;AO=66;DP=144;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0270528;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.22;QD=18.8512;RBI=0.0345533;REFB=-0.0297936;REVB=0.0214961;RO=77;SAF=31;SAR=35;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608305;STB=0.538322;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0413796;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:149:77:77:66:72:0.483221:35:31:41:36:39:33:41:36 chr1 211447625 . G A 661.97 PASS AF=0.461039;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00274967;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2655;QD=17.194;RBI=0.0534154;REFB=-0.0102455;REVB=-0.0533446;RO=80;SAF=36;SAR=34;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617741;STB=0.526501;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00941366;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:80:83:70:71:0.461039:34:36:36:44:35:36:38:45 chr1 211836192 . GAAAA AAGAA,GAAA,GAAAG 145.72 PASS AF=0,0.733333,0.266667;AO=2,13,2;DP=27;FAO=0,22,8;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0;FSAR=0,1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152015,-0.0618646,-0.018031;FXX=0;HRUN=1,11,11;LEN=3,1,1;MLLD=46.6732,3.88229,198.373;QD=19.4291;RBI=0.0323022,0.295072,0.0724055;REFB=0.179038,0.184125,0.128113;REVB=0.0285017,0.288514,0.0701245;RO=3;SAF=0,13,0;SAR=2,0,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.74993,0,-0.74993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.148023,0.0484274;OID=.,.,.;OPOS=211836192,211836193,211836196;OREF=GAA,A,A;OALT=AAG,-,G;OMAPALT=AAGAA,GAAA,GAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:56:27:30:3:0:2,13,2:0,22,8:0,0.733333,0.266667:2,0,2:0,13,0:3:0:0,1,8:0,21,0:0:0 chr1 211836789 . T C 178.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00561454;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.713;QD=20.9724;RBI=0.0108567;REFB=-0.018532;REVB=-0.0092922;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226446;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0122277;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:16:18:18:0.529412:10:8:8:9:10:8:8:8 chr1 211840498 . T C 192.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0216339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.001;QD=14.8308;RBI=0.0238375;REFB=0.00107846;REVB=0.0100101;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123128;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.000886176;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:14:16:12:10:14:16 chr1 211846876 . A G 1120.23 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00499272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2755;QD=58.9596;RBI=0.0071562;REFB=0.0249217;REVB=0.00512678;RO=1;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201241;STB=0.510635;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00151047;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:23:52:0:1:23:52:0:1 chr1 211922603 . G A 1538.05 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391348;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.52;QD=59.73;RBI=0.044297;REFB=0;REVB=0.0207532;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80959e-05;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:49:52:0:0:51:52:0:0 chr1 212273639 . C T 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.988;QD=60.8813;RBI=0.0290404;REFB=0;REVB=-0.00553669;RO=0;SAF=55;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8862e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:22:55:0:0:22:55:0:0 chr1 212274413 . A C 500.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0711796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.201;QD=54.1204;RBI=0.0712452;REFB=-0.094908;REVB=0.00305728;RO=2;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931601;STB=0.54997;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00165713;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:2:2:35:35:0.945946:9:26:0:2:9:26:0:2 chr1 212515613 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0770602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.599;QD=12.5631;RBI=0.0771081;REFB=-0.00279726;REVB=-0.00271861;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240939;STB=0.513876;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00315273;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:14:8:12:23:14:8:12:23 chr1 212526288 . C T 1192.65 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410404;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.923;QD=61.1617;RBI=0.0412148;REFB=0;REVB=-0.00378799;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88595e-05;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr1 212534377 . T A 352.39 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00515807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.36;QD=28.7661;RBI=0.0163464;REFB=-0.0413849;REVB=0.0155112;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390757;STB=0.521467;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0316222;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:11:19:13:6:11:19:13:6 chr1 212534448 . T C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0765327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2909;QD=13.9112;RBI=0.0819838;REFB=-0.00712184;REVB=0.0293956;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512769;STB=0.529384;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0103301;OID=.;OPOS=212534448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:22:9:7:14:22:9 chr1 212560327 . A G 796.6 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0794;QD=56.9003;RBI=0.104374;REFB=0;REVB=-0.10218;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116926;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr1 212619339 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0294019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.613;QD=13.5805;RBI=0.0308414;REFB=-0.00479259;REVB=-0.00931252;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.512181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00831658;OID=.;OPOS=212619339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:7:10:15:11:7:10:17:11 chr1 212788567 . C T 373.41 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0141307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5846;QD=15.3982;RBI=0.0373379;REFB=0.00769174;REVB=0.0345607;RO=57;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215034;STB=0.50364;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.010462;OID=.;OPOS=212788567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:57:39:40:0.412371:17:22:31:26:18:22:31:26 chr1 212798601 . C A 105.57 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00528701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.389;QD=11.4133;RBI=0.0309342;REFB=-0.0102653;REVB=-0.0304791;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326737;STB=0.699065;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.019296;OID=.;OPOS=212798601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:2:11:15:9:2:11:15:9 chr1 212799870 . A G 1479.84 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.097;QD=58.6074;RBI=0.0468433;REFB=0.0781761;REVB=-0.0430385;RO=1;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759066;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00129815;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:62:38:0:1:62:38:0:1 chr1 212799949 . C T 383.95 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00034076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.762;QD=15.5132;RBI=0.014186;REFB=-0.0178275;REVB=-0.0141819;RO=57;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560243;STB=0.535805;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0243152;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:23:18:22:35:23:18:22:36 chr1 212870410 . G A 428.67 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0167062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.126;QD=25.2159;RBI=0.0189436;REFB=-0.0245988;REVB=0.00893091;RO=27;SAF=25;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122128;STB=0.566902;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.020097;OID=.;OPOS=212870410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:16:25:12:15:16:25:12:15 chr1 212900487 . A G 985.3 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344707;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.214;QD=56.303;RBI=0.0369824;REFB=-0.0579245;REVB=0.0133965;RO=2;SAF=43;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766503;STB=0.504057;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00138233;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:70:2:2:68:68:0.971429:25:43:1:1:25:43:1:1 chr1 212911836 . T C 496.68 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0108802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.298;QD=19.103;RBI=0.0239202;REFB=0.00124907;REVB=0.0213026;RO=52;SAF=31;SAR=21;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548513;STB=0.530292;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00112375;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:21:31:34:18:21:31:34:18 chr1 213009383 . G A 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0459243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.045;QD=17.3786;RBI=0.0484571;REFB=-0.0124714;REVB=-0.0154612;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337856;STB=0.518931;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0100011;OID=.;OPOS=213009383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:17:20:19:14:17:20 chr1 213068404 . T C 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.177;QD=53.9041;RBI=0.0654784;REFB=0;REVB=0.065457;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134531;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 214492286 . G A 654.23 PASS AF=0.626374;AO=56;DP=89;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0942853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1082;QD=28.7574;RBI=0.095643;REFB=0.00773485;REVB=-0.0160587;RO=32;SAF=33;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184596;STB=0.514531;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00601329;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:32:34:56:57:0.626374:23:33:18:14:23:34:19:15 chr1 214542819 . T C 277.31 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0429688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4431;QD=26.41;RBI=0.0469132;REFB=-0.0076077;REVB=0.0188289;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252696;STB=0.639888;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0105126;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:5:12:9:16:5:12 chr1 214564340 . T C 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0194453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.852;QD=17.3892;RBI=0.0205667;REFB=-0.0113129;REVB=0.00669863;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195628;STB=0.609636;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0136359;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:23:17:22:13:23:17 chr1 214571251 . A C 193.01 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0641982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.391;QD=18.8301;RBI=0.140286;REFB=-0.0442149;REVB=0.124735;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.517224;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0842807;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:18:20:0.487805:7:11:13:8:7:13:13:8 chr1 214778910 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.002223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.003;QD=11.131;RBI=0.0164559;REFB=-0.0076182;REVB=0.0163051;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246078;STB=0.599822;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0189638;OID=.;OPOS=214778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:3:7:14:2:3:7:14:3 chr1 214779031 . C A 334.47 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0576131;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.878;QD=20.9045;RBI=0.0752372;REFB=-0.0233959;REVB=0.0483877;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237856;STB=0.503815;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0238677;OID=.;OPOS=214779031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:29:34:35:0.546875:12:22:18:11:13:22:18:11 chr1 214782129 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00081005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.993;QD=24.1899;RBI=0.0173259;REFB=-0.0661209;REVB=0.017307;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0403373;OID=.;OPOS=214782129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr1 214787130 . G A 216.64 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-3.78945e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7714;QD=13.3318;RBI=0.0297328;REFB=0.00681789;REVB=-0.0297327;RO=37;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168866;STB=0.615098;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0111204;OID=.;OPOS=214787130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:8:18:20:17:8:18:20:19 chr1 214811244 . C G 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0208432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8326;QD=16.625;RBI=0.0791316;REFB=-0.0548456;REVB=-0.0763372;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0545135;OID=.;OPOS=214811244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:10:4:5:8:10:4 chr1 214813487 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0163998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.553;QD=9.93233;RBI=0.020756;REFB=-0.0115732;REVB=0.0127223;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217942;STB=0.629269;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0194269;OID=.;OPOS=214813487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:8:7:10:25:8:7:10:25 chr1 214813782 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0555746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7999;QD=19.8489;RBI=0.0556445;REFB=0.000558531;REVB=-0.0027887;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.571326;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00168687;OID=.;OPOS=214813782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:4:9:12:3:4:9 chr1 214813941 . C G 134.17 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00357905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.942;QD=16.2624;RBI=0.0094792;REFB=-0.0153692;REVB=0.00877756;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13619;STB=0.57821;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0169022;OID=.;OPOS=214813941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:7:11:7:8:7:11 chr1 214814125 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0218057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4272;QD=14.6492;RBI=0.0379225;REFB=-0.0228093;REVB=-0.0310262;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.019945;OID=.;OPOS=214814125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr1 214814571 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0138394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.804;QD=14.3343;RBI=0.0145642;REFB=-0.0186198;REVB=0.00453732;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0185044;OID=.;OPOS=214814571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr1 214814582 . G A 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0117512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.954;QD=13.4807;RBI=0.0142284;REFB=-0.010858;REVB=-0.00802222;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.014141;OID=.;OPOS=214814582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr1 214814733 . T G 110.92 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00618995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.548;QD=14.3121;RBI=0.0197954;REFB=-0.0276409;REVB=-0.0188028;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.041343;OID=.;OPOS=214814733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:9:8:7:6:10:8 chr1 214814778 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0255767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.868;QD=14.262;RBI=0.0341525;REFB=-0.0117173;REVB=-0.0226325;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465822;STB=0.526994;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.017877;OID=.;OPOS=214814778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:16:8:6:10:16:8 chr1 214814995 . C T 245.8 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0367112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5614;QD=17.8764;RBI=0.0855142;REFB=-0.0491577;REVB=-0.0772332;RO=27;SAF=24;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378576;STB=0.671856;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0480193;OID=.;OPOS=214814995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:27:28:0.509091:3:24:17:10:4:24:17:10 chr1 214815916 . T C 201.58 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0201057;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.178;QD=20.1584;RBI=0.0202809;REFB=-0.0051897;REVB=0.00265987;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22276;STB=0.624883;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00684871;OID=.;OPOS=214815916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:10:10:5:15:10:10:5:15 chr1 214816142 . T G 482.59 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00238837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.631;QD=23.2575;RBI=0.0250827;REFB=-0.0131456;REVB=-0.0249687;RO=37;SAF=20;SAR=26;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107819;STB=0.559261;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0104072;OID=.;OPOS=214816142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:26:20:21:16:26:20:21:16 chr1 214816224 . G A 720.85 PASS AF=0.526316;AO=69;DP=133;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00964733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.707;QD=21.6796;RBI=0.0279473;REFB=-0.0326636;REVB=-0.0262293;RO=62;SAF=33;SAR=36;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880907;STB=0.540529;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0306446;OID=.;OPOS=214816224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:63:69:70:0.526316:36:33:36:26:36:34:36:27 chr1 214816297 . A G 428.07 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00459358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.351;QD=19.4575;RBI=0.00789359;REFB=-0.0161864;REVB=-0.00641933;RO=45;SAF=15;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155315;STB=0.586508;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0157661;OID=.;OPOS=214816297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:28:15:23:22:28:15:23:22 chr1 214818215 . G A 101.24 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00786066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.607;QD=8.26455;RBI=0.012929;REFB=-0.00814113;REVB=-0.010265;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205458;STB=0.659075;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0135553;OID=.;OPOS=214818215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:36:12:13:0.265306:9:3:14:21:10:3:15:21 chr1 214818223 . T A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0204553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.676;QD=9.41476;RBI=0.0206093;REFB=-0.00491118;REVB=0.0025152;RO=34;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197664;STB=0.620734;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00854994;OID=.;OPOS=214818223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:10:4:15:19:10:4:15:19 chr1 214818846 . A G 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00912723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.284;QD=15.2285;RBI=0.0121477;REFB=0.0158787;REVB=0.00801623;RO=28;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300596;STB=0.674505;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0125442;OID=.;OPOS=214818846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:14:5:15:13:14:5:15:13 chr1 214818945 . A C 229.53 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0189318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.196;QD=14.1251;RBI=0.0253315;REFB=-0.0125293;REVB=0.0168307;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260419;STB=0.656614;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.018101;OID=.;OPOS=214818945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:27:27:0.415385:19:8:20:17:19:8:21:17 chr1 214819328 . G A 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00809058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2191;QD=4.63;RBI=0.0642071;REFB=-0.000926717;REVB=-0.0636953;RO=24;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523806;STB=0.84995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000843555;OID=.;OPOS=214819328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:1:5:9:15:1:5:9:15 chr1 214819818 . G A 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.010013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.408;QD=11.6663;RBI=0.0329119;REFB=-0.0136901;REVB=-0.0313518;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933857;STB=0.54615;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0312404;OID=.;OPOS=214819818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:10:4:9:16:10:4:9:17 chr1 214819980 . C T 151.16 PASS AF=0.533333;AO=17;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0125603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.883;QD=20.1551;RBI=0.0325159;REFB=-0.0191435;REVB=0.029992;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264293;STB=0.508917;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0161242;OID=.;OPOS=214819980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:17:16:0.533333:6:11:8:5:6:10:9:5 chr1 214820099 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0223894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.744;QD=12.1824;RBI=0.0249733;REFB=-0.0079675;REVB=0.0110625;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0128674;OID=.;OPOS=214820099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:8:7:4:6:8:7 chr1 214820299 . A G 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.110102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8121;QD=17.5399;RBI=0.119175;REFB=0.0102498;REVB=0.0456097;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373052;STB=0.716101;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00542514;OID=.;OPOS=214820299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:12:3:9:7:12:3:9:7 chr1 214820494 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0109522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.2;QD=10.379;RBI=0.0338417;REFB=-0.0205174;REVB=0.0320204;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0278008;OID=.;OPOS=214820494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:10:6:3:6:10:6 chr1 214820524 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00498176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8209;QD=10.8843;RBI=0.041609;REFB=-0.0383905;REVB=-0.0413097;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0526459;OID=.;OPOS=214820524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:10:5:4:5:10:5 chr1 214826196 . G A 110.15 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00914541;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.015;QD=13.7689;RBI=0.0330281;REFB=-0.0230574;REVB=-0.0317367;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0301578;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:20:19:13:13:0.40625:6:7:9:11:6:7:9:10 chr1 214830617 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0187982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.585;QD=11.5971;RBI=0.0313761;REFB=-0.00388902;REVB=-0.0251215;RO=21;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190262;STB=0.615169;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00687734;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:2:10:15:6:2:10:15:6 chr1 214837110 . C G 266.83 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00672142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.695;QD=23.7186;RBI=0.00684825;REFB=-0.0202509;REVB=0.00131193;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363788;STB=0.698091;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0134319;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:20:24:25:0.555556:18:6:13:6:19:6:13:7 chr1 215256779 . GAC CGA,GA 165.35 PASS AF=0,0.635294;AO=6,34;DP=87;FAO=0,54;FDP=85;FR=.;FRO=31;FSAF=0,11;FSAR=0,43;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0136794,0.171376;FXX=0.0229859;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=32.7147,7.17345;QD=7.78123;RBI=0.171311,0.286298;REFB=-0.0239082,-0.138817;REVB=-0.170764,-0.22934;RO=20;SAF=0,7;SAR=6,27;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.713834,-0.25195;STB=0.5,0.657499;STBP=1,0.002;TYPE=mnp,del;VARB=0.0611154,0.0846994;OID=.,.;OPOS=215256779,215256781;OREF=GAC,C;OALT=CGA,-;OMAPALT=CGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:87:85:20:31:6,34:0,54:0,0.635294:6,27:0,7:10:10:0,43:0,11:17:14 chr1 215741053 . T G 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0102007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.899;QD=13.2112;RBI=0.0848029;REFB=-0.0252477;REVB=-0.0841871;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0533693;OID=.;OPOS=215741053;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:5:6:6:6:0.5:3:3:4:1:3:3:4:2 chr1 215793834 . G A 188.81 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0179335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.374;QD=13.0211;RBI=0.0236544;REFB=-0.0148312;REVB=-0.0154248;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279638;STB=0.530094;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0305143;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:10:12:20:15:11:12:20:15 chr1 215822097 . G A 295.78 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0285974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7511;QD=10.5634;RBI=0.0361472;REFB=-0.000892336;REVB=-0.022109;RO=74;SAF=27;SAR=11;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254746;STB=0.647919;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00232661;OID=.;OPOS=215822097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:74:38:38:0.339286:11:27:37:37:11:27:37:37 chr1 215848062 . C T 491.21 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0346283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8333;QD=17.2356;RBI=0.0470652;REFB=-0.016169;REVB=-0.031875;RO=59;SAF=42;SAR=10;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173873;STB=0.616225;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0128692;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:59:61:52:53:0.464912:10:42:40:19:10:43:40:21 chr1 215848587 . T C 255.31 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00361434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.813;QD=13.2626;RBI=0.00388923;REFB=-0.00730705;REVB=-0.0014362;RO=47;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469766;STB=0.526845;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0104112;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:16:14:24:23:16:14:24:23 chr1 215848641 . T C 331.09 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.000530266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.218;QD=13.653;RBI=0.0163207;REFB=-0.0133009;REVB=-0.016312;RO=59;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112364;STB=0.55929;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0295567;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:15:22:29:30:15:22:30:30 chr1 216172380 . A G 237.36 PASS AF=0.45;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00390489;FXX=0.0908953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.931;QD=15.8239;RBI=0.0171927;REFB=-0.0106711;REVB=-0.0167434;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919762;STB=0.503976;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0146941;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:60:31:33:26:27:0.45:9:17:20:11:10:17:21:12 chr1 216219781 . A G 2027.15 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7921;QD=62.3737;RBI=0.0428144;REFB=0;REVB=0.0326923;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244927;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:55:75:0:0:55:75:0:0 chr1 216348764 . C T 708.91 PASS AF=0.496454;AO=70;DP=141;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0110147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4662;QD=20.1109;RBI=0.032099;REFB=0.00202316;REVB=-0.0301501;RO=71;SAF=31;SAR=39;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717219;STB=0.539561;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00167557;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:71:71:70:70:0.496454:39:31:37:34:39:31:37:34 chr1 216373416 . A C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0258098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.191;QD=12.329;RBI=0.046007;REFB=-0.00232716;REVB=0.0380854;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00260204;OID=.;OPOS=216373416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:8:9:5:6:8:9 chr1 216496947 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00815316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.566;QD=17.3292;RBI=0.0190793;REFB=-0.00758223;REVB=-0.0172495;RO=44;SAF=11;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827613;STB=0.555444;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00827388;OID=.;OPOS=216496947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:27:11:16:28:27:11:17:28 chr1 216592003 . T C 458.52 PASS AF=0.432203;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0109133;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.57;QD=15.5431;RBI=0.0140944;REFB=-0.011837;REVB=-0.00891912;RO=67;SAF=18;SAR=32;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154942;STB=0.590873;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.01988;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:67:67:50:51:0.432203:32:18:34:33:33:18:34:33 chr1 216595306 . C T 655.44 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=83;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0121467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.319;QD=31.5875;RBI=0.0505314;REFB=0.00875035;REVB=-0.0490498;RO=26;SAF=41;SAR=15;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121614;STB=0.552024;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00508127;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:26:27:56:56:0.674699:15:41:23:3:15:41:23:4 chr1 216692669 . C T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0425118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.007;QD=18.0092;RBI=0.042721;REFB=0.00110984;REVB=0.00422237;RO=38;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135178;STB=0.575791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.001319;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:24:11:17:21:24:11:17:21 chr1 217604267 . T A,TA 31.82 PASS AF=0,0.173913;AO=3,5;DP=46;FAO=0,8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=0,6;FSAR=0,2;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0349726,-0.00211361;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=39.1275,22.3624;QD=2.76732;RBI=0.0801425,0.138824;REFB=-0.0238683,-0.0356284;REVB=-0.0721092,-0.138808;RO=38;SAF=1,4;SAR=2,1;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263065,0.253068;STB=0.5,0.658113;STBP=1,0.388;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.132318;OID=.,.;OPOS=217604267,217604268;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:46:46:38:38:3,5:0,8:0,0.173913:2,1:1,4:23:15:0,2:0,6:22:16 chr1 217915324 . C T 165.52 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0111463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4081;QD=14.0871;RBI=0.101171;REFB=-0.021365;REVB=-0.100555;RO=28;SAF=16;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601698;STB=0.87768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0183488;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:17:18:0.382979:1:16:16:12:1:17:16:13 chr1 217947738 . G A 1542.85 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.918;QD=63.6228;RBI=0.0316771;REFB=0;REVB=0.0275015;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25931e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:39:55:0:0:41:56:0:0 chr1 218520046 . G A 31.01 PASS AF=0.0932203;AO=9;DP=114;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=-0.0667635;FXX=0.0406471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.444;QD=1.05117;RBI=0.0669611;REFB=-0.00630945;REVB=-0.00514127;RO=89;SAF=7;SAR=2;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308573;STB=0.748175;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0761126;OID=.;OPOS=218520046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:114:118:89:107:9:11:0.0932203:2:7:46:43:2:9:62:45 chr1 219383867 . T C 276.28 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.484;QD=46.0471;RBI=0.0592076;REFB=-0.119756;REVB=0.0540372;RO=2;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102305;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000705515;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:24:24:2:1:22:23:0.958333:8:14:0:2:9:14:0:1 chr1 219383905 . A G 386.42 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00215803;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.238;QD=53.2995;RBI=0.0123852;REFB=-0.0345272;REVB=0.0121957;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00135155;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr1 220087867 . C T 449.81 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00850429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.299;QD=24.3141;RBI=0.0420411;REFB=-0.0479785;REVB=-0.041172;RO=31;SAF=27;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141623;STB=0.507761;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0268937;OID=.;OPOS=220087867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:16:27:20:11:16:27:20:11 chr1 220136115 . A G 1500.54 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334781;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1617;QD=62.5225;RBI=0.0477174;REFB=0;REVB=0.0340024;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162422;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:96:0:0:94:96:1:50:44:0:0:52:44:0:0 chr1 220197625 . G T 1024.99 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1755;QD=59.4195;RBI=0.0211668;REFB=0;REVB=0.0207739;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224403;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:28:41:0:0 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC 212.78 PASS AF=0.176471,0.823529,0;AO=2,4,7;DP=18;FAO=3,14,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4,0;FSAR=1,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313899,0.00500114,0.00368408;FXX=0.105208;HRUN=1,1,1;LEN=5,3,2;MLLD=57.3653,127.168,118.898;QD=50.0658;RBI=0.0317851,0.163777,0.0864188;REFB=0,0,0;REVB=0.00499668,0.1637,0.0863402;RO=0;SAF=2,3,0;SAR=0,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0663068,0.0115036,0;OID=.,.,.;OPOS=220578917,220578919,220578894;OREF=CACAC,CAC,AC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529,0:2,4,7:18:3,14,0:17:0:2,4,0:1,10,0:0:0:16:0:2,3,0:0,1,7:0:0 chr1 220603310 . TGTGA T,TGAGA,TGTGT 88.77 PASS AF=0.25,0.75,0;AO=4,4,6;DP=16;FAO=2,6,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6,0;FSAR=1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790699,0.0843968,0.0531714;FXX=0.333056;HRUN=1,1,1;LEN=4,1,1;MLLD=51.8333,45.1638,43.3498;QD=44.3841;RBI=0.14667,0.154697,0.171143;REFB=0,0,0;REVB=0.123532,-0.129647,0.162674;RO=1;SAF=3,4,1;SAR=1,0,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.119989,0,-0.281147;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0980182,0.0177151,0;OID=.,.,.;OPOS=220603311,220603312,220603314;OREF=GTGA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TGAGA,TGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75,0:4,4,6:16:2,6,0:8:0:1,6,0:1,0,0:0:0:16:1:3,4,1:1,0,5:1:0 chr1 220607685 . G A 726.73 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0791;QD=55.9023;RBI=0.0473524;REFB=0;REVB=-0.0376433;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305733;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:19:27:0:0:22:30:0:0 chr1 220970028 . A G 1468.87 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313323;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0429;QD=59.3484;RBI=0.0407116;REFB=0;REVB=0.0259948;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795057;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:98:99:1:50:48:0:0:50:49:0:0 chr1 221055463 . G A 326.9 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0217732;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.243;QD=13.2081;RBI=0.0267263;REFB=-0.00454143;REVB=-0.0154992;RO=60;SAF=30;SAR=8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270034;STB=0.652086;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00956284;OID=.;OPOS=221055463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:60:61:38:38:0.383838:8:30:35:25:8:30:36:25 chr1 221057646 . C T 107.8 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00297374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.949;QD=13.0668;RBI=0.0135089;REFB=-0.0014366;REVB=-0.0131776;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296918;STB=0.657299;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0109786;OID=.;OPOS=221057646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:8:5:13:6:8:5:13:7 chr1 221057662 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00413303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.432;QD=17.5415;RBI=0.00716738;REFB=-0.0477869;REVB=-0.00585572;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.58109;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0507662;OID=.;OPOS=221057662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:10:6:8:7:10:6 chr1 221509332 . G A 1325.87 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.892;QD=61.6684;RBI=0.0277871;REFB=0;REVB=0.0247839;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48412e-05;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:31:51:0:0:32:54:0:0 chr1 221912361 . T C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00272245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.114;QD=13.2875;RBI=0.0116131;REFB=-0.0248784;REVB=0.0112895;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212009;STB=0.620456;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0315629;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:14:13:28:13:14:13:28:13 chr1 222649341 . A C 699.22 PASS AF=1;AO=31;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.179;QD=63.5654;RBI=0.271726;REFB=0;REVB=0.269092;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292671;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:31:44:1:12:19:0:0:25:19:0:0 chr1 222713503 . C G 529.4 PASS AF=0.597561;AO=47;DP=80;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00290066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.897;QD=25.8244;RBI=0.0161988;REFB=-0.0470402;REVB=0.015937;RO=33;SAF=31;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441646;STB=0.530181;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0259498;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:33:33:47:49:0.597561:16:31:20:13:16:33:20:13 chr1 222713631 . G C 395.15 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0431445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1881;QD=22.9074;RBI=0.0433317;REFB=0.0137831;REVB=0.00402336;RO=30;SAF=25;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168564;STB=0.592912;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0104094;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:14:25:13:17:14:25:13:17 chr1 222717132 . C T 349.17 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0103322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.658;QD=20.2418;RBI=0.0348816;REFB=-0.0362156;REVB=0.0333162;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131297;STB=0.572481;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0267031;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:15:21:24:9:15:21:24:9 chr1 222734803 . G C 154.69 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00227563;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.504;QD=12.3753;RBI=0.0132072;REFB=-0.00482187;REVB=-0.0130096;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394943;STB=0.737732;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00434269;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:32:18:18:0.36:13:5:20:11:13:5:21:11 chr1 222798106 . G A 1355.25 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=91;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155778;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.439;QD=60.9103;RBI=0.0188294;REFB=-0.0254301;REVB=0.0105773;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.506171;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-3.95607e-05;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:89:0:1:87:88:0.988764:48:39:0:0:48:40:1:0 chr1 222802006 . A G 1008.06 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.221;QD=59.2978;RBI=0.0726252;REFB=0;REVB=0.0431782;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196076;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr1 222802803 . T G 114.82 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0101311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.359;QD=11.7765;RBI=0.0106185;REFB=0.000826569;REVB=0.00318007;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.63291;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000931328;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:25:12:14:0.358974:7:5:14:9:8:6:16:9 chr1 222802926 . C T 61.76 PASS AF=0.242424;AO=5;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00141906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.946;QD=7.48612;RBI=0.0212362;REFB=-0.0122057;REVB=-0.0211888;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443561;STB=0.793437;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0192977;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:33:33:17:24:5:8:0.242424:4:1:10:7:6:2:16:8 chr1 222823529 . A C 378.93 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0456454;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.546;QD=18.2617;RBI=0.0576968;REFB=-0.0149663;REVB=0.0352904;RO=36;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02164;STB=0.500978;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0386658;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:36:44:39:39:0.46988:15:24:23:13:15:24:27:17 chr1 222825403 . G A 110.33 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.112127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0683;QD=15.2176;RBI=0.117199;REFB=-0.018636;REVB=-0.0341069;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835315;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.019871;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:6:10:7:6:6:10 chr1 222833601 . T C 1394.54 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9413;QD=62.6758;RBI=0.0468992;REFB=0;REVB=0.025703;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87275e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:30:58:0:0:30:59:0:0 chr1 222838216 . C T 119.97 PASS AF=0.275862;AO=10;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0012619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.535;QD=8.27357;RBI=0.0107909;REFB=-0.0150431;REVB=-0.0107168;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751279;STB=0.507033;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0358672;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:41:10:16:0.275862:5:5:18:14:6:10:26:15 chr1 222886119 . A G 1803.67 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2929;QD=61.1413;RBI=0.0770455;REFB=0;REVB=-0.0373601;RO=0;SAF=83;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432014;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:35:83:0:0:35:83:0:0 chr1 222919895 . T G 318.83 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00682916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.109;QD=26.5695;RBI=0.0189745;REFB=-0.01829;REVB=0.0177029;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223023;STB=0.623405;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00722408;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:18:10:13:7:18:10:13:7 chr1 222923351 . A G 485.32 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0438613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8819;QD=17.81;RBI=0.0440219;REFB=0.0122214;REVB=0.00375693;RO=57;SAF=18;SAR=34;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14311;STB=0.579657;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0107803;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:34:18:28:29:34:18:28:29 chr1 223178561 . A C 779.16 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.601;QD=62.333;RBI=0.0564256;REFB=0;REVB=0.0383824;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453555;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:45:50:1:15:30:0:0:16:34:0:0 chr1 223283910 . A G 803.46 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0185617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.071;QD=55.4108;RBI=0.0282883;REFB=-0.0578784;REVB=0.021347;RO=0;SAF=43;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000307129;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:14:43:0:0:14:43:1:0 chr1 223715248 . GT G 202.07 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.10617;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8363;QD=9.08165;RBI=0.107903;REFB=0.0124484;REVB=-0.0192623;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110194;STB=0.557369;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=-0.00665687;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41573:36:91:37:89:52:14:23:15:37:99:49:13:23:13:36 chr1 223717484 . G A 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.689;QD=64.4016;RBI=0.0436669;REFB=0;REVB=0.0427173;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421242;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 223718651 . G A 497.43 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00528495;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.17;QD=17.9253;RBI=0.0120233;REFB=-0.0116452;REVB=0.0107995;RO=56;SAF=21;SAR=32;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139807;STB=0.518851;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0112712;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:56:58:53:53:0.477477:32:21:23:33:32:21:25:33 chr1 223718670 . G A 470.18 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00560427;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.748;QD=21.6175;RBI=0.00867822;REFB=-0.0129689;REVB=-0.00662598;RO=40;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171732;STB=0.604592;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0119625;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:41:45:46:0.528736:30:15:21:19:31:15:22:19 chr1 223722780 . G A 307.08 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0100907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.393;QD=18.0634;RBI=0.0130249;REFB=-0.0137281;REVB=-0.00823556;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255591;STB=0.514277;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0120158;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:19:16:16:17:19:16 chr1 223813586 . G T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0191608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.003;QD=21.9717;RBI=0.0390583;REFB=-0.0101384;REVB=-0.0340355;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293833;STB=0.662526;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00580861;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:3:18:12:11:3:18 chr1 223816383 . G A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0281049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8165;QD=16.0716;RBI=0.0357927;REFB=-0.00658072;REVB=-0.0221637;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13394;STB=0.575171;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00957412;OID=.;OPOS=223816383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:24:11:13:16:24:11 chr1 223877789 . T C 1469.37 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123083;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1585;QD=59.9744;RBI=0.129102;REFB=0;REVB=0.0389616;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414582;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr1 223877829 . A T 39.87 PASS AF=0.272727;AO=3;DP=18;FAO=3;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.032116;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=271.076;QD=14.4966;RBI=0.0321163;REFB=-0.00911756;REVB=0.000141857;RO=12;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267894;STB=0.767674;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0235853;OID=.;OPOS=223877829;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:18:11:12:5:3:3:0.272727:1:2:5:7:1:2:1:4 chr1 223900408 . C G 2143.7 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213306;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.83;QD=63.0501;RBI=0.0246575;REFB=0;REVB=0.0123691;RO=0;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45007e-05;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:56:80:0:0:56:80:0:0 chr1 223905532 . G A 375.27 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2553;QD=55.5961;RBI=0.0394989;REFB=0;REVB=0.0193828;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120984;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr1 223934720 . G A 1245.31 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.529;QD=61.4969;RBI=0.0140358;REFB=0;REVB=0.0128682;RO=0;SAF=64;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11392e-05;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:17:64:0:0:17:64:0:0 chr1 223951841 . T C 1034.8 PASS AF=0.947368;AO=67;DP=75;FAO=72;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0224426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5738;QD=54.4634;RBI=0.0224439;REFB=-0.0790534;REVB=-0.00024167;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00143269;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:76:0:4:67:72:0.947368:26:41:0:0:27:45:3:1 chr1 224346959 . G A 123.8 PASS AF=0.231707;AO=15;DP=81;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=-0.0606116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.536;QD=6.03913;RBI=0.07572;REFB=-0.00509528;REVB=-0.0453845;RO=50;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324085;STB=0.610247;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.030824;OID=.;OPOS=224346959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:63:15:19:0.231707:7:8:39:11:8:11:45:18 chr1 224492746 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4084;QD=58.5867;RBI=0.0609514;REFB=0;REVB=-0.0580743;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391317;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr1 224495852 . C T 2273.89 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0583117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8672;QD=62.728;RBI=0.12894;REFB=0.0281926;REVB=-0.115002;RO=1;SAF=72;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655917;STB=0.503448;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000911239;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:144:144:0.993103:72:72:1:0:72:72:1:0 chr1 224505570 . T TAA 250.84 PASS AF=1;AO=19;DP=35;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128408;FXX=0.119952;HRUN=2;LEN=2;MLLD=34.7803;QD=45.6073;RBI=0.129913;REFB=0;REVB=0.0197133;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133485;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00146274;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:35:22:22:0:11:11:0:0:5:12:9:10:8:4 chr1 224517842 . C T 521.7 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9551;QD=57.9667;RBI=0.132699;REFB=0;REVB=0.0147741;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261575;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:1:0:32:36:1:13:19:1:0:13:23:0:0 chr1 224575373 . G A 1230.85 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257465;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.924;QD=61.5425;RBI=0.0569147;REFB=0;REVB=0.0507583;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14642e-05;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr1 225230608 . C T 785.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.937;QD=64.1312;RBI=0.0529849;REFB=0;REVB=0.0528213;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138814;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr1 225266966 . C G 1414.76 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1988;QD=62.8784;RBI=0.0664649;REFB=0;REVB=-0.0653222;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309052;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:48:42:0:0:48:42:0:0 chr1 225268343 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3743;QD=45.8043;RBI=0.0235943;REFB=0;REVB=0.0205578;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130281;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr1 225268346 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8798;QD=44.6876;RBI=0.0882033;REFB=0;REVB=0.0157716;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161134;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 225270409 . A T 382.75 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0148487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.952;QD=52.7937;RBI=0.0376367;REFB=-0.148755;REVB=0.0345837;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000960889;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr1 225273248 . G T 967.87 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.738;QD=58.6591;RBI=0.0255807;REFB=0;REVB=0.0185588;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47021e-05;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:66:0:0:59:66:1:31:28:0:0:34:32:0:0 chr1 225328430 . T G 434.86 PASS AF=0.636364;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.060146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4428;QD=26.3552;RBI=0.179734;REFB=-0.0326959;REVB=0.169372;RO=24;SAF=26;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366127;STB=0.502296;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0178127;OID=.;OPOS=225328430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:41:42:0.636364:15:26:14:10:16:26:15:9 chr1 225328432 . G T 199.96 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0166626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2715;QD=11.4261;RBI=0.0796724;REFB=-0.0503207;REVB=-0.0779105;RO=44;SAF=16;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311583;STB=0.512305;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0713876;OID=.;OPOS=225328432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:45:25:25:0.357143:9:16:27:17:9:16:28:17 chr1 225373072 . C T 318.96 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0138952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2724;QD=15.7513;RBI=0.0240314;REFB=-0.015094;REVB=-0.019607;RO=46;SAF=23;SAR=12;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761022;STB=0.543006;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0202879;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:12:23:27:19:12:23:27:19 chr1 225463772 . A G 227.82 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.023599;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9023;QD=20.7107;RBI=0.0245271;REFB=0.0163389;REVB=0.00668327;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120948;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:9:13:13:9:9:13:13:9 chr1 225528183 . C A 166.94 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=64;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0120371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.15;QD=10.1176;RBI=0.0128783;REFB=-0.00694552;REVB=-0.00457796;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496448;STB=0.547782;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0122667;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:43:44:20:22:0.333333:8:12:24:19:8:14:25:19 chr1 225533684 . A G 358.14 PASS AF=0.383929;AO=42;DP=109;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00146047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.169;QD=12.7908;RBI=0.0421424;REFB=-0.00513044;REVB=0.0421171;RO=67;SAF=19;SAR=23;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757314;STB=0.54929;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0133376;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:67:69:42:43:0.383929:23:19:35:32:24:19:36:33 chr1 225533751 . CAAAAAAAGC CAAAAAAGC,CAAAAAAGCA 64.67 PASS AF=0.25,0.0588235;AO=14,4;DP=75;FAO=17,4;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=6,4;FSAR=11,0;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.086728,-0.0703694;FXX=0.0422476;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=8.02544,179.797;QD=3.80396;RBI=0.124603,0.0711938;REFB=-0.0735975,-0.0098203;REVB=0.0894655,-0.0108032;RO=42;SAF=5,4;SAR=9,0;SRF=17;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0612176,0.602862;STB=0.540227,0.997753;STBP=0.718,0.015;TYPE=del,mnp;VARB=0.0684077,-0.0102615;OID=.,.;OPOS=225533752,225533758;OREF=A,AGC;OALT=-,GCA;OMAPALT=CAAAAAAGC,CAAAAAAGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0588235:14,4:75:17,4:68:47:6,4:11,0:19:28:48:42:5,4:9,0:17:25 chr1 225534219 . T C 652.16 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00101166;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.386;QD=25.0829;RBI=0.0646881;REFB=-0.0200184;REVB=0.0646802;RO=42;SAF=29;SAR=33;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146767;STB=0.579814;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0148065;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:42:62:62:0.596154:33:29:28:14:33:29:28:14 chr1 225534348 . G A 225.99 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00449414;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.907;QD=17.0556;RBI=0.00812857;REFB=-0.0319992;REVB=-0.00677321;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193337;STB=0.587637;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0416085;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:17:11:14:11:17:11 chr1 225565015 . T C 1256.1 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0330539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2631;QD=57.7519;RBI=0.0340743;REFB=-0.00984919;REVB=0.00827619;RO=2;SAF=52;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178672;STB=0.514015;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00518521;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:87:2:3:83:84:0.965517:31:52:2:0:32:52:3:0 chr1 225565073 . C T 949.11 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765132;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.646;QD=59.3195;RBI=0.0146688;REFB=0;REVB=0.0125152;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16462e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr1 225569241 . T A,G 1783.4 PASS AF=0.0839695,0.870229;AO=10,114;DP=131;FAO=11,114;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=0,66;FSAR=11,48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000738886,0.00605789;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=160.027,200.152;QD=54.4551;RBI=0.0137655,0.0307578;REFB=-0.126782,-0.0195147;REVB=0.0137457,0.0301553;RO=1;SAF=0,66;SAR=10,48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.819712,-0.00714086;STB=0.998254,0.520997;STBP=0.183,0.053;TYPE=snp,snp;VARB=0.105431,0.000378843;OID=.,.;OPOS=225569241,225569241;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:131:131:1:6:10,114:11,114:0.0839695,0.870229:10,48:0,66:1:0:11,48:0,66:1:5 chr1 225601647 . C T 303.94 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.335;QD=52.8591;RBI=0.0966595;REFB=0;REVB=0.0933629;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787242;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:17:23:1:6:11:0:0:11:12:0:0 chr1 225607144 . C T 868.25 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.678;QD=57.8836;RBI=0.00547228;REFB=0;REVB=0.00192325;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3735e-06;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:30:30:0:0 chr1 225609884 . A G 2197.63 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000437842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.315;QD=63.2411;RBI=0.00644359;REFB=0;REVB=0.0064287;RO=0;SAF=74;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5546e-06;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:136:139:1:62:74:0:0:63:76:0:0 chr1 225611661 . C T 1859.06 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.62;QD=61.4565;RBI=0.0449596;REFB=0;REVB=-0.00180781;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5828e-05;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:59:61:0:0:59:62:0:0 chr1 225682560 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.071;QD=51.1846;RBI=0.0103001;REFB=0;REVB=0.00948956;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127662;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 226019653 . G A 234.54 PASS AF=0.424242;AO=24;DP=62;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00904815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.475;QD=14.2144;RBI=0.00914689;REFB=-0.0243112;REVB=0.00134037;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117758;STB=0.55072;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0317243;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:38:38:24:28:0.424242:13:11:17:21:13:15:17:21 chr1 226026406 . A G 282.06 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0134114;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.86;QD=27.5179;RBI=0.0189578;REFB=-0.0294832;REVB=-0.0133991;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189048;STB=0.605305;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0163691;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:12:16:25:25:0.609756:16:9:1:11:16:9:2:14 chr1 226032229 . C T 497.51 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00842024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.015;QD=26.5339;RBI=0.0154925;REFB=-0.0120179;REVB=-0.0130045;RO=28;SAF=33;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265351;STB=0.513068;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.008788;OID=.;OPOS=226032229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:46:46:0.613333:13:33:20:8:13:33:20:9 chr1 226034909 . G A 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00711952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.284;QD=21.0642;RBI=0.0354264;REFB=-0.0316113;REVB=0.0347037;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359816;STB=0.69985;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.033325;OID=.;OPOS=226034909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:14:10:20:4:14:10:20:4 chr1 226055595 . G A 374.66 PASS AF=0.52;AO=35;DP=72;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0251873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6549;QD=19.982;RBI=0.0375732;REFB=-0.052914;REVB=0.0278809;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483151;STB=0.514844;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0321664;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:36:36:35:39:0.52:11:24:23:13:13:26:23:13 chr1 226352498 . T G 1327.56 PASS AF=0.906542;AO=75;DP=106;FAO=97;FDP=107;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0388313;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=248.805;QD=49.6283;RBI=0.040443;REFB=-0.129398;REVB=0.0113036;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508094;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000981421;OID=.;OPOS=226352498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:106:107:0:10:75:97:0.906542:26:49:0:0:37:60:7:3 chr1 226474132 . G A 1292.36 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073666;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.429;QD=61.541;RBI=0.00737791;REFB=0;REVB=-0.000408284;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19178e-05;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:44:38:0:0:44:40:0:0 chr1 226570839 . G GC 1113.61 PASS AF=1;AO=11;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712316;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.546;QD=58.611;RBI=0.0713023;REFB=0;REVB=0.00317474;RO=64;SAF=3;SAR=8;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.38073e-05;OID=.;OPOS=226570840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:78:76:76:0:36:40:0:0:6:64:3:8:33:31 chr1 226570840 . T C 845.3 PASS AF=0.853333;AO=63;DP=75;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0015984;FXX=0.0259707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.976;QD=45.0829;RBI=0.0139451;REFB=-0.131828;REVB=0.0138532;RO=12;SAF=32;SAR=31;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523427;STB=0.535569;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00285929;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:75:12:11:63:64:0.853333:31:32:4:8:31:33:3:8 chr1 226573364 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0162113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.252;QD=25.2547;RBI=0.0267021;REFB=-0.027845;REVB=0.0212178;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472407;STB=0.526287;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0140271;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:8:3:6:12:8:3 chr1 226589833 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0171656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.336;QD=14.0975;RBI=0.0215824;REFB=-0.00530684;REVB=-0.013082;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105266;STB=0.560887;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00480035;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:14:4:4:9:14:4 chr1 226613233 . T C 156.16 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00163423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.623;QD=9.46394;RBI=0.00624579;REFB=-0.00472829;REVB=-0.0060282;RO=45;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224884;STB=0.633669;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00703931;OID=.;OPOS=226613233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:6:15:24:21:6:15:24:21 chr1 226613287 . A G 643.17 PASS AF=0.977778;AO=38;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0661592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4818;QD=57.1702;RBI=0.100071;REFB=0.0130886;REVB=0.0750813;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00203678;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:38:44:0.977778:13:25:0:0:19:25:1:0 chr1 226819524 . CGGGGGGGGT CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,CGGGGGGT 72.6 PASS AF=0.313725,0.0980392,0;AO=17,5,5;DP=50;FAO=16,5,0;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7,3,0;FSAR=9,2,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.257527,-0.063923,-0.137606;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,2;MLLD=7.05886,22.9993,13.9828;QD=5.69394;RBI=0.277616,0.0639321,0.147409;REFB=-0.0969185,-0.0339615,-0.0477017;REVB=-0.103683,-0.0010749,-0.0528585;RO=20;SAF=7,3,5;SAR=10,2,0;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0610493,0.284472,0.732003;STB=0.524969,0.666033,0.5;STBP=0.837,0.5,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0177704,0.0258128,0.0424909;OID=.,.,.;OPOS=226819525,226819532,226819525;OREF=G,GT,GG;OALT=-,TC,-;OMAPALT=CGGGGGGGT,CGGGGGGGTC,CGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725,0.0980392,0:17,5,5:50:16,5,0:51:30:7,3,0:9,2,0:12:18:43:20:7,3,5:10,2,0:7:13 chr1 226923505 . G T 877.19 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0196894;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.062;QD=54.8241;RBI=0.0244041;REFB=-0.0671624;REVB=0.0144182;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.514281;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00215811;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:64:1:2:62:62:0.96875:34:28:0:1:34:28:0:2 chr1 226923938 . A C 656.72 PASS AF=0.441718;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0601785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.557;QD=16.1158;RBI=0.0612935;REFB=-0.00798507;REVB=-0.0116381;RO=88;SAF=21;SAR=50;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207393;STB=0.619273;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00767013;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:88:91:71:72:0.441718:50:21:43:45:50:22:46:45 chr1 226924642 . C T 367.83 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0554943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.325;QD=30.6523;RBI=0.0675748;REFB=-0.0461333;REVB=0.0385582;RO=17;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00133977;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333123;OID=.;OPOS=226924642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:11:20:11:6:11:20:11:6 chr1 227069677 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.419;QD=60.2307;RBI=0.0229458;REFB=0;REVB=0.0216314;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73403e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 227069737 . C T 308.69 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401572;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.099;QD=53.686;RBI=0.0406568;REFB=0;REVB=0.00635417;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241803;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 227071525 . C T 947.49 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4177;QD=57.4236;RBI=0.0472356;REFB=-0.0565027;REVB=-0.0439895;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107717;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr1 227172290 . C T 557.39 PASS AF=0.6;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=85;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0179129;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4992;QD=26.2302;RBI=0.0255499;REFB=-0.0161883;REVB=-0.0182188;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440935;STB=0.52407;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00919154;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:34:34:51:51:0.6:30:21:16:18:30:21:16:18 chr1 227174210 . T C 804.08 PASS AF=0.503067;AO=80;DP=162;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00839385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.161;QD=19.732;RBI=0.0233462;REFB=-0.0135792;REVB=0.0217851;RO=79;SAF=51;SAR=29;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767234;STB=0.534802;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00962612;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:79:81:80:82:0.503067:29:51:44:35:30:52:46:35 chr1 227177542 . G A 258.03 PASS AF=0.351064;AO=23;DP=96;FAO=33;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0516054;FXX=0.0208312;HRUN=6;LEN=1;MLLD=22.409;QD=10.9798;RBI=0.0520269;REFB=-0.0211807;REVB=-0.00660944;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589384;STB=0.573725;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0179039;OID=.;OPOS=227177542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:41:59:23:33:0.351064:10:13:21:20:12:21:31:28 chr1 227177731 . A T 435.17 PASS AF=0.395349;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00225501;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.555;QD=13.4938;RBI=0.00840613;REFB=-0.0120739;REVB=0.00809802;RO=78;SAF=27;SAR=24;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588434;STB=0.53326;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0170209;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:51:51:0.395349:24:27:37:41:24:27:37:41 chr1 227178127 . A G 228.02 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000675625;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.395;QD=23.3868;RBI=0.0455806;REFB=-0.000548565;REVB=0.0455756;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300258;STB=0.677563;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00358545;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:13:4:13:8:14:4 chr1 227178948 . G A 681.04 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.031692;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4047;QD=56.7536;RBI=0.0455506;REFB=0.00580962;REVB=-0.0327181;RO=4;SAF=31;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855552;STB=0.523067;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00467588;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:48:4:3:44:45:0.9375:13:31:3:1:14:31:3:0 chr1 227178962 . T C 273.02 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0184971;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4729;QD=24.2688;RBI=0.0212113;REFB=-0.00821222;REVB=-0.0103816;RO=20;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164842;STB=0.592512;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00379468;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:5:20:13:7:5:20:13:7 chr1 227182033 . G A 822.26 PASS AF=1;AO=45;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.946;QD=57.7023;RBI=0.0708725;REFB=0;REVB=0.0659054;RO=0;SAF=36;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331027;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:45:57:1:9:36:0:0:20:37:0:0 chr1 227182575 . A G 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.23;QD=61.3754;RBI=0.011933;REFB=0;REVB=0.00996722;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70252e-05;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr1 227216662 . T C 1119.41 PASS AF=0.908046;AO=80;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00231138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0209;QD=51.4672;RBI=0.0218055;REFB=-0.107094;REVB=0.0216826;RO=7;SAF=43;SAR=37;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518431;STB=0.504102;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00924141;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:87:87:7:8:80:79:0.908046:37:43:4:3:36:43:4:4 chr1 227216775 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.948;QD=60.2044;RBI=0.0166099;REFB=0;REVB=-0.0108364;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02332e-06;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr1 227300599 . T A 99.43 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0260476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.375;QD=14.7307;RBI=0.0305805;REFB=-0.0267208;REVB=0.0160216;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206119;STB=0.636143;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0331786;OID=.;OPOS=227300599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:5:6:5:10:5:7:5:10 chr1 227504794 . T C 546.26 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00260258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.112;QD=20.2318;RBI=0.00733761;REFB=0.00207947;REVB=-0.00686055;RO=52;SAF=24;SAR=32;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113087;STB=0.562312;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0019738;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:32:24:29:23:32:24:29:23 chr1 227681475 . T C 2968.66 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591069;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.917;QD=60.8956;RBI=0.133676;REFB=0;REVB=0.119899;RO=0;SAF=81;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393966;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:180:195:0:0:177:195:1:96:81:0:0:98:97:0:0 chr1 227681476 . G C 52.24 PASS AF=0.0841584;AO=17;DP=202;FAO=17;FDP=202;FR=.;FRO=185;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=82;FSRR=103;FWDB=-0.0313163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1504;QD=1.03451;RBI=0.0430499;REFB=-0.02372;REVB=0.0295396;RO=185;SAF=16;SAR=1;SRF=82;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565098;STB=0.943873;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0550575;OID=.;OPOS=227681476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:202:202:185:185:17:17:0.0841584:1:16:82:103:1:16:82:103 chr1 227935762 . G A 535.25 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00588104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1271;QD=20.9902;RBI=0.0264284;REFB=-0.0230503;REVB=0.0257657;RO=48;SAF=23;SAR=31;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100989;STB=0.505558;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0178317;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:31:23:21:27:31:23:21:27 chr1 227947155 . C T 272.39 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0629348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.028;QD=17.2947;RBI=0.0644936;REFB=-0.0158134;REVB=0.0140939;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507931;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0124524;OID=.;OPOS=227947155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:15:15:16:16:15:15:17:16 chr1 228033197 . A G 1397.21 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.642;QD=62.7958;RBI=0.0546399;REFB=0;REVB=0.0541363;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136395;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:40:47:0:0:42:47:0:0 chr1 228033272 . C T 586.59 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0148302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.228;QD=23.4637;RBI=0.0240344;REFB=-0.0161738;REVB=0.0189135;RO=46;SAF=31;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110459;STB=0.506068;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0111411;OID=.;OPOS=228033272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:23:31:27:19:23:31:27:19 chr1 228328049 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0103853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.38;QD=18.767;RBI=0.0127514;REFB=-0.000868549;REVB=-0.00739893;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000438144;OID=.;OPOS=228328049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr1 228347352 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.066;QD=43.4862;RBI=0.0294097;REFB=0;REVB=0.0255358;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104136;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr1 228352160 . T C 337.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.682;QD=54.0505;RBI=0.0922669;REFB=0;REVB=0.088551;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127777;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr1 228391808 . G T 542.24 PASS AF=0.411765;AO=63;DP=153;FAO=63;FDP=153;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0117851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8865;QD=14.1761;RBI=0.0143086;REFB=-0.0178407;REVB=0.00811461;RO=88;SAF=32;SAR=31;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864578;STB=0.547688;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0277224;OID=.;OPOS=228391808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:88:90:63:63:0.411765:31:32:52:36:31:32:53:37 chr1 228399482 . C G 1404.8 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00774748;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.598;QD=58.5333;RBI=0.048236;REFB=-0.102918;REVB=0.0476097;RO=2;SAF=61;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733746;STB=0.504064;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00105103;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:2:4:92:92:0.958333:31:61:1:1:31:61:3:1 chr1 228399766 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.592;QD=62.6657;RBI=0.0340064;REFB=0;REVB=0.0310995;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70063e-05;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr1 228402047 . A G 4041.05 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157863;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8839;QD=62.4101;RBI=0.0159281;REFB=0;REVB=0.00212085;RO=0;SAF=170;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.67323e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3919e-05;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:0:0:258:259:1:88:170:0:0:88:171:0:0 chr1 228402121 . A G 3112.64 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.491;QD=63.8489;RBI=0.0744362;REFB=0;REVB=0.00772582;RO=0;SAF=121;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87733e-05;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:73:121:0:0:74:121:0:0 chr1 228444565 . T A 842.35 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.519;QD=57.1081;RBI=0.0377368;REFB=0;REVB=0.0326079;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121914;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:54:59:1:28:26:0:0:33:26:0:0 chr1 228461129 . A G 407.9 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00250107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9642;QD=20.395;RBI=0.0307885;REFB=-0.0239407;REVB=-0.0306868;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177449;STB=0.501547;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0262128;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:39:41:41:0.5125:18:23:20:17:18:23:22:17 chr1 228464248 . T G 270.68 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00571612;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.358;QD=14.2465;RBI=0.00594288;REFB=-0.0272661;REVB=-0.00162598;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354967;STB=0.504285;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0363494;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:30:31:0.407895:13:17:24:21:14:17:25:20 chr1 228464276 . T C 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00721406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.995;QD=13.9501;RBI=0.0228677;REFB=-0.0317302;REVB=-0.0217;RO=46;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00519497;STB=0.502957;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0411808;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:14:17:25:21:14:17:25:21 chr1 228467711 . G A 1129.93 PASS AF=0.461538;AO=118;DP=257;FAO=120;FDP=260;FR=.;FRO=140;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=80;FSRR=60;FWDB=-0.00918955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.144;QD=17.3835;RBI=0.0255901;REFB=-0.046732;REVB=-0.0238832;RO=137;SAF=67;SAR=51;SRF=79;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877398;STB=0.507159;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.04255;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:260:137:140:118:120:0.461538:51:67:79:58:53:67:80:60 chr1 228468244 . G A 438.57 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00914143;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.223;QD=22.2059;RBI=0.012588;REFB=0.0293645;REVB=0.00865409;RO=33;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175791;STB=0.567795;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00739292;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:37:42:42:0.531646:22:20:23:10:22:20:23:14 chr1 228469821 . G A 1127.31 PASS AF=0.571429;AO=104;DP=183;FAO=104;FDP=182;FR=.;FRO=78;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00422216;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.332;QD=24.776;RBI=0.0114666;REFB=-0.000774712;REVB=0.010661;RO=77;SAF=53;SAR=51;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430875;STB=0.526077;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000544614;OID=.;OPOS=228469821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:77:78:104:104:0.571429:51:53:35:42:51:53:35:43 chr1 228469870 . C T 1070.3 PASS AF=0.593939;AO=98;DP=167;FAO=98;FDP=165;FR=.;FRO=67;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0338566;FXX=0.0350857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.407;QD=25.9466;RBI=0.039975;REFB=-0.0264413;REVB=0.0212539;RO=65;SAF=48;SAR=50;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184883;STB=0.507173;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0172425;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:65:67:98:98:0.593939:50:48:32:33:50:48:34:33 chr1 228469903 . AG TT 883.04 PASS AF=0.588235;AO=80;DP=137;FAO=80;FDP=136;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00292238;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.351;QD=25.9719;RBI=0.00347628;REFB=-0.0153706;REVB=-0.0018826;RO=56;SAF=33;SAR=47;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125231;STB=0.506809;STBP=0.855;TYPE=mnp;VARB=0.0135598;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:56:56:80:80:0.588235:47:33:24:32:47:33:24:32 chr1 228476366 . GA TT 129.45 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=40;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.032072;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.181;QD=12.3281;RBI=0.0553362;REFB=-0.0382322;REVB=0.0450942;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950042;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=mnp;VARB=0.0731178;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:26:27:12:15:0.357143:5:7:13:13:8:7:13:14 chr1 228476414 . G A 168.45 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.050654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.619;QD=10.3664;RBI=0.0509312;REFB=-0.0352709;REVB=-0.0053065;RO=43;SAF=6;SAR=15;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195258;STB=0.62488;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0618131;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:21:22:0.338462:15:6:19:24:16:6:19:24 chr1 228480282 . A G 323.58 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00137583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.877;QD=16.8094;RBI=0.0148704;REFB=-0.00141215;REVB=-0.0148067;RO=41;SAF=27;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242027;STB=0.645614;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00264828;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:8:27:23:18:8:27:23:19 chr1 228494696 . G A 605.18 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00218883;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.938;QD=18.9119;RBI=0.00977738;REFB=-0.0379983;REVB=0.00952923;RO=67;SAF=39;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117818;STB=0.560911;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0385999;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:67:66:62:62:0.484375:23:39:34:33:23:39:34:32 chr1 228503677 . A G 527.29 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0254605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=27.3916;RBI=0.0496677;REFB=-0.0492811;REVB=-0.0426455;RO=29;SAF=31;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443675;STB=0.524188;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0253118;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:17:31:17:12:17:31:17:12 chr1 228504472 . T C 370.69 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0314332;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8738;QD=14.1216;RBI=0.0320887;REFB=-0.00426668;REVB=-0.00645314;RO=61;SAF=20;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163754;STB=0.511106;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00819612;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:61:62:42:43:0.409524:22:20:30:31:23:20:30:32 chr1 228505204 . G A 366.0 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0135255;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5227;QD=13.5556;RBI=0.0876943;REFB=-0.0369899;REVB=0.0866449;RO=64;SAF=26;SAR=17;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176947;STB=0.604602;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0605422;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:64:65:43:43:0.398148:17:26:28:36:17:26:28:37 chr1 228505668 . C G 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0187409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.59;QD=16.5774;RBI=0.0318562;REFB=-0.0130847;REVB=-0.0257604;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176406;STB=0.598455;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.01905;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:28:10:14:18:28:10 chr1 228505727 . C T 335.0 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0375983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.515;QD=21.9674;RBI=0.0375989;REFB=-0.0160239;REVB=-0.00019848;RO=27;SAF=3;SAR=31;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449295;STB=0.754591;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00796025;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:31:3:11:16:31:3:11:16 chr1 228505750 . C T 450.8 PASS AF=0.597222;AO=40;DP=70;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0380698;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1781;QD=25.0443;RBI=0.0683489;REFB=-0.0502819;REVB=0.056765;RO=27;SAF=7;SAR=33;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174707;STB=0.594992;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.026936;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:27:29:40:43:0.597222:33:7:9:18:36:7:9:20 chr1 228509427 . A G 533.7 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0471603;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4489;QD=23.4593;RBI=0.0568014;REFB=-0.0228971;REVB=-0.0316591;RO=41;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164988;STB=0.505492;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0175549;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:49:50:0.549451:25:24:20:21:25:25:20:21 chr1 228509589 . G A 1507.92 PASS AF=0.616438;AO=135;DP=220;FAO=135;FDP=219;FR=.;FRO=84;FSAF=88;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00306291;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.342;QD=27.542;RBI=0.0131478;REFB=-8.97043e-05;REVB=0.012786;RO=84;SAF=88;SAR=47;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615938;STB=0.533289;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=6.23648e-05;OID=.;OPOS=228509589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:84:84:135:135:0.616438:47:88:48:36:47:88:48:36 chr1 228520973 . C G 487.6 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0598803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5092;QD=21.671;RBI=0.0627914;REFB=-0.00428726;REVB=-0.0188974;RO=42;SAF=28;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423265;STB=0.518511;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00357545;OID=.;OPOS=228520973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:19:28:23:19:19:28:24:19 chr1 228524961 . C A 1360.69 PASS AF=0.580645;AO=126;DP=220;FAO=126;FDP=217;FR=.;FRO=91;FSAF=79;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=0.0112264;FXX=0.0136357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.378;QD=25.0819;RBI=0.0135589;REFB=-0.0224901;REVB=0.00760336;RO=92;SAF=79;SAR=47;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185751;STB=0.602948;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0193784;OID=.;OPOS=228524961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:92:91:126:126:0.580645:47:79:36:56:47:79:35:56 chr1 228526665 . T C 1838.92 PASS AF=0.501362;AO=185;DP=367;FAO=184;FDP=367;FR=.;FRO=183;FSAF=102;FSAR=82;FSRF=97;FSRR=86;FWDB=0.0206635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.482;QD=20.0427;RBI=0.0323123;REFB=-0.0344573;REVB=-0.0248416;RO=178;SAF=103;SAR=82;SRF=93;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310191;STB=0.512224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.034017;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:178:183:185:184:0.501362:82:103:93:85:82:102:97:86 chr1 228528563 . C G 594.93 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0228328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.421;QD=20.8746;RBI=0.0228904;REFB=-0.0187274;REVB=-0.00162325;RO=53;SAF=32;SAR=28;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935124;STB=0.546084;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0157147;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:54:60:60:0.526316:28:32:34:19:28:32:34:20 chr1 228547901 . C T 575.9 PASS AF=0.461538;AO=59;DP=133;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0197727;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.028;QD=17.72;RBI=0.0266186;REFB=-0.0191371;REVB=0.017821;RO=68;SAF=31;SAR=28;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386715;STB=0.533322;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0179365;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:68:70:59:60:0.461538:28:31:33:35:28:32:33:37 chr1 228555660 . C T 197.4 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0932056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9171;QD=19.2584;RBI=0.0940118;REFB=-0.0284981;REVB=0.012285;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14673;STB=0.598827;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0355889;OID=.;OPOS=228555660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:14:6:9:11:14:6:10:11 chr1 228558892 . CG C 600.61 PASS AF=1;AO=64;DP=77;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.84998;QD=28.6007;RBI=0.101286;REFB=-0.013906;REVB=0.0356346;RO=7;SAF=18;SAR=46;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.384615;SSSB=-0.0644691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00359561;OID=.;OPOS=228558893;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:77:84:84:0:30:54:0:0:11:7:18:46:4:3 chr1 228559994 . C T 596.3 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0282356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.716;QD=16.4496;RBI=0.03031;REFB=-0.0138696;REVB=-0.0110203;RO=81;SAF=33;SAR=30;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550412;STB=0.52724;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0190327;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:30:33:38:43:30:33:39:43 chr1 228560139 . A G 582.42 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00702159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.868;QD=58.2424;RBI=0.0334023;REFB=-0.0123379;REVB=0.0326559;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00110664;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:14:26:0:0:13:26:0:1 chr1 228560700 . T C 1518.72 PASS AF=0.427083;AO=164;DP=382;FAO=164;FDP=384;FR=.;FRO=220;FSAF=89;FSAR=75;FSRF=103;FSRR=117;FWDB=-0.0253599;FXX=0.00259734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8238;QD=15.82;RBI=0.0832798;REFB=-0.0220301;REVB=-0.0793247;RO=214;SAF=89;SAR=75;SRF=100;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769213;STB=0.542678;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0259941;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:384:214:220:164:164:0.427083:75:89:100:114:75:89:103:117 chr1 228612838 . G T 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.933;QD=59.1408;RBI=0.00587634;REFB=0;REVB=0.00113456;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10116e-05;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr1 228681544 . CT C 92.11 PASS AF=0.609756;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.0428848;FXX=0.0888691;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.08113;QD=8.98612;RBI=0.0684262;REFB=-0.117681;REVB=-0.0533202;RO=15;SAF=22;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269788;STB=0.654388;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.154669;OID=.;OPOS=228681545;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.609756:23:44:25:41:16:24:1:14:2:61:15:22:1:13:2 chr1 228699477 . T C 293.97 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0760729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5133;QD=17.5504;RBI=0.0800457;REFB=-0.0253958;REVB=-0.0249041;RO=33;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207676;STB=0.626791;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0315905;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:16:16:24:9:16:16:26:9 chr1 228743499 . C A 2991.88 PASS AF=0.980488;AO=199;DP=205;FAO=201;FDP=205;FR=.;FRO=4;FSAF=130;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0817004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9371;QD=58.3781;RBI=0.0817259;REFB=-0.196545;REVB=-0.00203756;RO=5;SAF=129;SAR=70;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778221;STB=0.502207;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00166446;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:205:205:5:4:199:201:0.980488:70:129:4:1:71:130:3:1 chr1 228783671 . C T 435.62 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0342789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9111;QD=18.5369;RBI=0.0417084;REFB=0.0103171;REVB=-0.0237602;RO=50;SAF=26;SAR=18;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048961;STB=0.52726;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00798517;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:18:26:32:18:18:26:32:18 chr1 229546425 . C T 667.67 PASS AF=0.519685;AO=64;DP=126;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0240039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.458;QD=21.029;RBI=0.0385851;REFB=-0.0326261;REVB=-0.0302097;RO=61;SAF=42;SAR=22;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152616;STB=0.58033;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0224122;OID=.;OPOS=229546425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:61:61:64:66:0.519685:22:42:30:31:23:43:30:31 chr1 229663064 . GAGGAA G 213.38 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.028447;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=5;MLLD=240.048;QD=37.1086;RBI=0.0430591;REFB=-0.0313989;REVB=0.0323242;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558766;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.0111562;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.826087:18:19:19:23:4:4:15:0:4:21:0:4:14:0:0 chr1 229738236 . G A 378.26 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.000382962;FXX=0.013887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=146.87;QD=21.3101;RBI=0.018174;REFB=-0.010858;REVB=0.01817;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287106;STB=0.515877;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00769288;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:18:15:16:22:18:15 chr1 229750036 . C T 455.01 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00724766;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.522;QD=16.3967;RBI=0.00724865;REFB=-0.0112727;REVB=0.000120088;RO=60;SAF=32;SAR=18;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757856;STB=0.538622;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0107645;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:60:61:50:50:0.45045:18:32:34:26:18:32:35:26 chr1 230384937 . T C 210.19 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00808073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.125;QD=11.8419;RBI=0.0191667;REFB=-0.0120276;REVB=0.01738;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260775;STB=0.515039;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0168886;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:11:15:27:18:11:15:27:18 chr1 230415293 . C T 251.1 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00922252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.825;QD=19.694;RBI=0.0103927;REFB=-0.014436;REVB=0.00479089;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15811;STB=0.58817;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0115725;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:8:17:13:13:8:17 chr1 230417557 . T C 654.45 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0105417;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.678;QD=54.5371;RBI=0.0272717;REFB=-0.129018;REVB=0.0251519;RO=0;SAF=34;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74446e-08;STB=0.502687;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00496907;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:0:4:44:44:0.916667:10:34:0:0:10:34:3:1 chr1 230417560 . A G 709.33 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0293893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.328;QD=57.9043;RBI=0.0298324;REFB=-0.059234;REVB=0.00512236;RO=2;SAF=36;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935784;STB=0.549977;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000826594;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:45:45:0.918367:9:36:0:2:9:36:0:2 chr1 230810756 . T A 712.98 PASS AF=0.492958;AO=68;DP=146;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=19;FWDB=0.00997048;FXX=0.0405378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.568;QD=20.084;RBI=0.0106363;REFB=-0.00378303;REVB=0.00370418;RO=77;SAF=35;SAR=33;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155265;STB=0.606837;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00306886;OID=.;OPOS=230810756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:142:77:72:68:70:0.492958:33:35:52:25:33:37:53:19 chr1 230841687 . T C 1563.71 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.957;QD=59.0079;RBI=0.0581336;REFB=0;REVB=-0.0578536;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981442;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:103:106:1:40:63:0:0:43:63:0:0 chr1 230845794 . A G 478.05 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00251609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.482;QD=19.7133;RBI=0.00827323;REFB=-0.0099236;REVB=0.00788135;RO=49;SAF=27;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598062;STB=0.528458;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00692775;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:20:27:25:24:20:27:26:24 chr1 230895348 . CT TG 36.06 PASS AF=0.112245;AO=12;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=53;FWDB=-0.0444153;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=33.2712;QD=1.47199;RBI=0.0671655;REFB=-0.017821;REVB=-0.0503833;RO=79;SAF=11;SAR=1;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617591;STB=0.923953;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.143433;OID=.;OPOS=230895348;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:98:98:79:87:12:11:0.112245:1:11:31:48:1:10:34:53 chr1 230898494 . C T 483.92 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.048719;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7968;QD=14.6641;RBI=0.0529605;REFB=0.00179623;REVB=0.0207671;RO=77;SAF=33;SAR=21;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844755;STB=0.551884;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0016503;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:77:78:54:54:0.409091:21:33:41:36:21:33:41:37 chr1 230974609 . C T 740.4 PASS AF=0.549618;AO=68;DP=127;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0121504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.33;QD=22.6077;RBI=0.0130505;REFB=-0.0163604;REVB=-0.00476269;RO=59;SAF=47;SAR=21;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123625;STB=0.567893;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.014673;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:59:59:68:72:0.549618:21:47:33:26:22:50:33:26 chr1 231057247 . A T 1418.98 PASS AF=1;AO=75;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8379;QD=62.3729;RBI=0.059444;REFB=0;REVB=0.0316541;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501629;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:75:91:1:28:47:0:0:41:50:0:0 chr1 231298898 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.416;QD=46.848;RBI=0.064144;REFB=0;REVB=0.00903829;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128452;OID=.;OPOS=231298898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 231339713 . C T 1702.81 PASS AF=0.404661;AO=191;DP=472;FAO=191;FDP=472;FR=.;FRO=281;FSAF=105;FSAR=86;FSRF=167;FSRR=114;FWDB=0.00263756;FXX=0.00211412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.752;QD=14.4306;RBI=0.0128855;REFB=-0.0136227;REVB=-0.0126127;RO=273;SAF=105;SAR=86;SRF=159;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349959;STB=0.526939;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0186376;OID=.;OPOS=231339713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:472:273:281:191:191:0.404661:86:105:159:114:86:105:167:114 chr1 231353589 . A G 408.35 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0113801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.497;QD=20.4176;RBI=0.0132375;REFB=-0.0139995;REVB=-0.00676216;RO=39;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670575;STB=0.537132;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0116258;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:20:21:17:22:20:21:17:22 chr1 231355912 . G T 260.15 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0597824;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.6429;QD=12.0998;RBI=0.0610131;REFB=-0.0229375;REVB=-0.0121925;RO=48;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216629;STB=0.608434;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0345349;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:48:55:31:31:0.360465:15:16:15:33:15:16:19:36 chr1 231355918 . CG GT 361.11 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0158851;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=2;MLLD=305.47;QD=17.1958;RBI=0.0159211;REFB=-0.00607326;REVB=0.00106901;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128952;STB=0.571392;STBP=0.241;TYPE=mnp;VARB=0.00906466;OID=.;OPOS=231355918;OREF=CG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:45:46:37:38:0.452381:19:18:16:29:19:19:17:29 chr1 231357102 . G C 592.9 PASS AF=0.42;AO=63;DP=150;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=0.00453049;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.123;QD=15.8108;RBI=0.0125172;REFB=0.0027262;REVB=-0.0116685;RO=86;SAF=38;SAR=25;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269312;STB=0.65309;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00258264;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:87:63:63:0.42:25:38:29:57:25:38:29:58 chr1 231401902 . G A 996.77 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.051;QD=58.6338;RBI=0.0202776;REFB=0;REVB=0.0115786;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38238e-05;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr1 231408091 . A G 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00367361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.742;QD=23.3184;RBI=0.00806846;REFB=-0.00846567;REVB=-0.00718364;RO=38;SAF=28;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141348;STB=0.507769;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00874941;OID=.;OPOS=231408091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:19:28:22:16:19:28:22:16 chr1 231480426 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA 81.58 PASS AF=0.237624,0;AO=23,16;DP=106;FAO=24,0;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=8,0;FSAR=16,0;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0497315,-0.077726;FXX=0.0380916;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=18.8921,10.0943;QD=3.23095;RBI=0.0689817,0.0780391;REFB=-0.0357408,-0.0491346;REVB=-0.0478043,0.00698424;RO=49;SAF=7,13;SAR=16,3;SRF=28;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0.368071,0.368071;SSSB=-0.311683,0.34439;STB=0.688158,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=del,del;VARB=0.0849671,0;OID=.,.;OPOS=231480432,231480427;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.237624,0:23,16:106:24,0:101:77:8,0:16,0:45:32:80:49:7,13:16,3:28:21 chr1 231488524 . C T 233.38 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0587941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5611;QD=12.7878;RBI=0.0588169;REFB=0.0173528;REVB=0.00163789;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133433;STB=0.512306;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0296879;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:45:27:28:0.383562:12:15:25:21:13:15:25:20 chr1 231489054 . GA G 44.5 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.109242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6157;QD=16.1811;RBI=0.222294;REFB=-0.0250847;REVB=0.1936;RO=5;SAF=0;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.819749;STB=0.832321;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0741658;OID=.;OPOS=231489055;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:6:11:7:11:4:1:6:4:0:22:5:0:6:5:0 chr1 231903010 . C T 291.61 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0113438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.047;QD=19.4406;RBI=0.0316752;REFB=-0.0158901;REVB=-0.0295743;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213651;STB=0.61815;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.017376;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:22:7:15:16:22:7 chr1 232533832 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0141069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.501;QD=12.2162;RBI=0.019168;REFB=0.00067139;REVB=-0.0129771;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463686;STB=0.527237;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00139785;OID=.;OPOS=232533832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:19:8:5:10:19:8 chr1 232534957 . T C 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.328;QD=58.0582;RBI=0.0481171;REFB=0;REVB=0.0440325;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23301e-05;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr1 232539219 . C T 350.97 PASS AF=0.392523;AO=42;DP=107;FAO=42;FDP=107;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0101365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.618;QD=13.1204;RBI=0.0144453;REFB=-0.00813273;REVB=0.0102917;RO=63;SAF=16;SAR=26;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169865;STB=0.587661;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0145852;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:65:42:42:0.392523:26:16:34:29:26:16:34:31 chr1 232574921 . T C 309.11 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0240969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8859;QD=13.5874;RBI=0.024295;REFB=-0.00415124;REVB=-0.00309637;RO=56;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134612;STB=0.576759;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00531632;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:15:20:25:31:15:20:25:31 chr1 232650750 . A G 1436.73 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.327;QD=62.4667;RBI=0.050701;REFB=0;REVB=0.00394895;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261725;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:47:41:0:0:49:43:0:0 chr1 232650867 . C T 328.46 PASS AF=0.5;AO=30;DP=65;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00871382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.988;QD=18.7691;RBI=0.0335598;REFB=-0.0340834;REVB=-0.0324088;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113768;STB=0.528532;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0351721;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:33:35:30:35:0.5:16:14:15:18:17:18:16:19 chr1 232940863 . G A 572.27 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.0242862;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=16.0076;RBI=0.0243316;REFB=-0.0376483;REVB=0.00148448;RO=82;SAF=37;SAR=24;SRF=57;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975707;STB=0.554419;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0365814;OID=.;OPOS=232940863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:82:82:61:61:0.426573:24:37:57:25:24:37:57:25 chr1 232940953 . T C 319.06 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0271647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.617;QD=15.1932;RBI=0.0285987;REFB=-0.0282712;REVB=-0.00894226;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204765;STB=0.614894;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0494418;OID=.;OPOS=232940953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:16:19:36:13:16:19:36:13 chr1 232941677 . G T 290.24 PASS AF=0.376238;AO=33;DP=94;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=0.0210567;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.0798;QD=11.4945;RBI=0.0594809;REFB=-0.0215297;REVB=0.0556291;RO=60;SAF=25;SAR=8;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598589;STB=0.517824;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0300931;OID=.;OPOS=232941677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:101:60:63:33:38:0.376238:8:25:43:17:10:28:45:18 chr1 232942251 . A G 73.42 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0208342;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.833;QD=8.39061;RBI=0.0400933;REFB=-0.00967349;REVB=-0.034255;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563401;STB=0.841488;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0205864;OID=.;OPOS=232942251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:35:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:7:18:2:8:7:18 chr1 232942546 . A G 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0185674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.773;QD=19.9053;RBI=0.0363602;REFB=-0.010449;REVB=0.031262;RO=28;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120054;STB=0.566472;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00784264;OID=.;OPOS=232942546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:13:18:20:8:13:18:20:8 chr1 232943219 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.014426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4302;QD=17.0327;RBI=0.0373689;REFB=-0.0124652;REVB=0.0344721;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.571347;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0162095;OID=.;OPOS=232943219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:12:10:6:12:12:10 chr1 232944569 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.017538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.29;QD=22.9085;RBI=0.017667;REFB=-0.0129379;REVB=0.00213096;RO=17;SAF=17;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181773;STB=0.602729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0185243;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:4:17:11:6:4:17:11:6 chr1 232945039 . G A 139.47 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.000336645;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.924;QD=15.9394;RBI=0.0163955;REFB=-0.00676365;REVB=0.016392;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162458;STB=0.631421;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.017492;OID=.;OPOS=232945039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:14:16:0.457143:7:7:12:6:9:7:13:6 chr1 232967889 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.24;QD=58.6005;RBI=0.0401975;REFB=0;REVB=0.0306481;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1536e-06;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr1 233086456 . T C 287.43 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0167336;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.151;QD=15.9683;RBI=0.0205263;REFB=-0.0315415;REVB=-0.0118876;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589288;STB=0.541641;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0302971;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:31:32:0.444444:15:16:23:17:16:16:23:17 chr1 233120192 . G A 218.6 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0284041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.779;QD=11.5053;RBI=0.029382;REFB=-0.0101023;REVB=0.0075173;RO=46;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125854;STB=0.592524;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0135769;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:49:27:27:0.355263:16:11:24:22:16:11:27:22 chr1 233121791 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0580688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7343;QD=11.597;RBI=0.0594323;REFB=-0.0103696;REVB=-0.0126574;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.59558;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0095787;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:4:8:10:10:4:8:11:10 chr1 233122127 . C T 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0106385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.161;QD=23.3809;RBI=0.0830251;REFB=-0.00800426;REVB=-0.0823407;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229758;STB=0.630386;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00489992;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:3:16:9:5:3:16:9:5 chr1 233134086 . C T 833.44 PASS AF=0.541667;AO=78;DP=144;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0178004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.291;QD=23.1511;RBI=0.0189238;REFB=-0.0183174;REVB=0.00642296;RO=66;SAF=42;SAR=36;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315194;STB=0.517237;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0203671;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:66:66:78:78:0.541667:36:42:38:28:36:42:38:28 chr1 233515413 . G A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0062084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.132;QD=29.0929;RBI=0.00975191;REFB=-0.0222513;REVB=-0.00752035;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735613;STB=0.540507;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0110938;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:12:12:5:8:12:12:5:8 chr1 233518983 . G GT 374.73 PASS AF=0.357466;AO=71;DP=228;FAO=79;FDP=221;FR=.;FRO=142;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=85;FSRR=57;FWDB=-0.021433;FXX=0.0307004;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.908;QD=6.78242;RBI=0.0222677;REFB=-0.0184023;REVB=-0.00603976;RO=151;SAF=34;SAR=37;SRF=89;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130021;STB=0.583113;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0334532;OID=.;OPOS=233518984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357466:71:228:79:221:142:37:42:85:57:99:151:34:37:89:62 chr1 233518998 . C T 743.28 PASS AF=0.373391;AO=87;DP=229;FAO=87;FDP=233;FR=.;FRO=146;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=-0.00704986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.964;QD=12.7602;RBI=0.0904196;REFB=-0.0117167;REVB=-0.0901443;RO=141;SAF=38;SAR=49;SRF=83;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165378;STB=0.586289;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0268718;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:233:141:146:87:87:0.373391:49:38:83:58:49:38:84:62 chr1 233520845 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00147924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.342;QD=13.6996;RBI=0.074719;REFB=-0.00133799;REVB=0.0747043;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219969;STB=0.628425;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00181397;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:6:12:14:16:6:12:14:16 chr1 233759918 . T C 290.37 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.014605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.071;QD=14.1643;RBI=0.0148197;REFB=-0.0197027;REVB=-0.00251377;RO=48;SAF=23;SAR=10;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124455;STB=0.558064;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0235148;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:10:23:38:10:10:23:38:11 chr1 233785786 . A C 1717.43 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120613;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.982;QD=60.7938;RBI=0.0257483;REFB=0;REVB=0.0227486;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54459e-05;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr1 234040898 . G A 807.05 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0157559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.27;QD=23.0586;RBI=0.0183265;REFB=-0.0275887;REVB=-0.00936014;RO=63;SAF=32;SAR=44;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464622;STB=0.529404;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0186656;OID=.;OPOS=234040898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:63:64:76:76:0.542857:44:32:30:33:44:32:31:33 chr1 234041317 . C T 229.69 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0175413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.719;QD=11.9317;RBI=0.0186306;REFB=-0.0070116;REVB=0.00627728;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397543;STB=0.522902;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0139518;OID=.;OPOS=234041317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:13:15:28:21:13:15:28:21 chr1 234041422 . G C 399.66 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0354686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1004;QD=16.6526;RBI=0.0487465;REFB=-0.0233612;REVB=0.0334394;RO=53;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245191;STB=0.519628;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0297761;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:24:18:24:29:24:18:25:29 chr1 234509259 . G C 278.71 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00824824;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.38;QD=13.4319;RBI=0.00920655;REFB=-0.0370374;REVB=0.00408988;RO=51;SAF=22;SAR=9;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190833;STB=0.615823;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0434406;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:9:22:28:23:9:23:28:23 chr1 234529552 . C T 192.97 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0171246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.541;QD=10.0242;RBI=0.0352905;REFB=-0.0254386;REVB=-0.0308572;RO=52;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694208;STB=0.540677;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0461668;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:52:25:25:0.324675:11:14:26:26:11:14:26:26 chr1 234529570 . G A 136.12 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0212621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.195;QD=8.50778;RBI=0.0314066;REFB=-0.00234287;REVB=-0.0231149;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345895;STB=0.520639;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0161815;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:10:9:20:25:10:9:20:25 chr1 234546245 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0220703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1403;QD=14.1319;RBI=0.0246421;REFB=0.0137862;REVB=-0.0109605;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168027;STB=0.605321;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.0189238;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:19:11:10:9:20:11 chr1 234569192 . T C 975.89 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122893;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.981;QD=59.145;RBI=0.033356;REFB=0;REVB=0.0310096;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148454;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:23:43:0:0 chr1 234573025 . T C 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0343337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8329;QD=8.3068;RBI=0.0421423;REFB=-0.0193755;REVB=0.0244371;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316254;STB=0.693987;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0664041;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:12:6:5:3:12:6 chr1 234573080 . T C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0197087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.538;QD=8.402;RBI=0.0263359;REFB=0.00821024;REVB=0.0174684;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249999;STB=0.650867;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00695638;OID=.;OPOS=234573080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:16:5:4:5:16:5 chr1 234603322 . A T 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00221894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.331;QD=12.8682;RBI=0.00270424;REFB=-0.00129999;REVB=0.00154572;RO=51;SAF=22;SAR=9;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102421;STB=0.558944;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00210893;OID=.;OPOS=234603322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:9:22:32:19:9:22:32:19 chr1 235040004 . G A 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0188546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.649;QD=14.903;RBI=0.0204026;REFB=-0.0219773;REVB=-0.00779548;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140858;STB=0.579575;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0297345;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:23:11:12:14:23:11 chr1 235652513 . T C 885.94 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4081;QD=58.0947;RBI=0.116622;REFB=0;REVB=0.0992812;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150336;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:27:34:0:0 chr1 235705001 . G T 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3995;QD=61.533;RBI=0.0691502;REFB=0;REVB=-0.0527683;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000704839;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr1 235715523 . A G 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3435;QD=60.3697;RBI=0.0146329;REFB=0;REVB=0.00998059;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03694e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr1 236139141 . A T 48.32 PASS AF=0.32;AO=4;DP=21;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0543462;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.5445;QD=7.73113;RBI=0.0980617;REFB=-0.153562;REVB=0.0816247;RO=16;SAF=1;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230765;STB=0.627564;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0309247;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:25:16:17:4:8:0.32:3:1:7:9:6:2:7:10 chr1 236141174 . T C 349.27 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0188079;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.249;QD=13.564;RBI=0.0195296;REFB=-0.0107463;REVB=-0.00526007;RO=62;SAF=19;SAR=22;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225416;STB=0.627044;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0139657;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:62:62:41:41:0.398058:22:19:42:20:22:19:42:20 chr1 236175309 . A T 458.25 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00374348;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.049;QD=20.3669;RBI=0.00514575;REFB=-0.000183669;REVB=0.0035306;RO=42;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145659;STB=0.557401;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=2.64177e-06;OID=.;OPOS=236175309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:45:44:45:0.5:16:28:20:22:17:28:23:22 chr1 236175327 . C A 422.3 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0130299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.231;QD=20.8544;RBI=0.021099;REFB=-0.011741;REVB=0.0165949;RO=39;SAF=20;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120731;STB=0.566713;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00750486;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:22:20:24:15:22:20:24:15 chr1 236175339 . T C 388.29 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0272579;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.739;QD=20.9884;RBI=0.0301623;REFB=-0.0190315;REVB=-0.0129139;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131253;STB=0.566656;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0216204;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:35:39:39:0.527027:20:19:23:13:20:19:22:13 chr1 236208773 . C T 396.67 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00108308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.372;QD=26.0112;RBI=0.00939977;REFB=0.00803433;REVB=0.00933716;RO=23;SAF=19;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.508192;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00209272;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:19:19:12:11:19:19:12:11 chr1 236228288 . C A 335.33 PASS AF=0.557377;AO=35;DP=63;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00469346;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.843;QD=21.9888;RBI=0.0170215;REFB=-0.0245407;REVB=0.0163616;RO=27;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555664;STB=0.523206;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0179684;OID=.;OPOS=236228288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:27:27:35:34:0.557377:21:14:9:18:21:13:9:18 chr1 236381825 . G C 954.91 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9626;QD=58.7636;RBI=0.104925;REFB=0;REVB=0.102608;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682837;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr1 236415347 . T C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.451;QD=57.1962;RBI=0.017897;REFB=0;REVB=0.0106589;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46848e-05;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 236557771 . G A 1057.1 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345839;FXX=0.0266631;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.715;QD=57.9234;RBI=0.064518;REFB=0.00623778;REVB=0.0544658;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.506022;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000463784;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:30:41:1:0:31:41:1:0 chr1 236557804 . G A 1011.66 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0693043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9405;QD=57.8092;RBI=0.0703806;REFB=-0.11469;REVB=-0.0122616;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00164488;OID=.;OPOS=236557804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr1 236700792 . C CT,T 113.23 PASS AF=0.310345,0;AO=13,5;DP=59;FAO=18,0;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=3,0;FSAR=15,0;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0293408,-0.0110208;FXX=0.0169463;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.4402,255.098;QD=7.80923;RBI=0.0316215,0.0143076;REFB=-0.051094,0.00362389;REVB=0.0117914,-0.00912413;RO=40;SAF=2,1;SAR=11,4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.618019,-0.524758;STB=0.851277,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0826298,0;OID=.,.;OPOS=236700793,236700792;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:40:13,5:18,0:0.310345,0:11,4:2,1:28:12:15,0:3,0:28:12 chr1 236700807 . T A,C 959.69 PASS AF=0.902778,0.0555556;AO=64,5;DP=72;FAO=65,4;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33,0;FSAR=32,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00528111,0.0105741;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=254.218,174.067;QD=53.3159;RBI=0.0643859,0.0599417;REFB=-0.0481577,-0.103436;REVB=0.064169,0.0590017;RO=1;SAF=33,0;SAR=31,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149923,0;STB=0.522381,0.5;STBP=0.134,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000609219,0.130098;OID=.,.;OPOS=236700807,236700807;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:72:72:1:3:64,5:65,4:0.902778,0.0555556:31,5:33,0:0:1:32,4:33,0:0:3 chr1 236700823 . T C 1197.82 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.238;QD=60.6489;RBI=0.0227968;REFB=0;REVB=-0.0055798;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01163e-05;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:47:30:0:0:47:32:0:0 chr1 236700857 . C T 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.853;QD=62.4636;RBI=0.0371654;REFB=0;REVB=-0.0270592;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14258e-06;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr1 236702209 . CA TG 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000827151;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.106;QD=61.2209;RBI=0.0145072;REFB=0;REVB=0.0144836;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.48549e-05;OID=.;OPOS=236702209;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr1 236702374 . G A 746.76 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.213;QD=56.3591;RBI=0.0485124;REFB=0;REVB=0.0434957;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127646;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr1 236706780 . C T 1529.94 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.346;QD=63.7476;RBI=0.0397691;REFB=0;REVB=-0.038643;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00921e-05;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr1 236706862 . G C 1795.42 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00617146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0179;QD=60.3503;RBI=0.0185089;REFB=0;REVB=0.0174497;RO=1;SAF=66;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738987;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:119:1:0:118:119:1:52:66:1:0:52:67:0:0 chr1 236711323 . T C 1457.43 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.136;QD=62.0183;RBI=0.0622111;REFB=-0.0733458;REVB=0.033423;RO=1;SAF=66;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713032;STB=0.503759;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00201214;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:27:66:1:0:27:66:1:0 chr1 236714064 . A C 416.54 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4082;QD=53.7473;RBI=0.0824452;REFB=-0.131777;REVB=0.0810725;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00354233;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:0:1 chr1 236716959 . C T 3096.04 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113155;FXX=0.00490172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.591;QD=61.0056;RBI=0.0395642;REFB=-0.101175;REVB=0.0379115;RO=1;SAF=122;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58546e-05;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:204:203:1:0:202:203:1:80:122:1:0:80:123:0:0 chr1 236717926 . T C 1434.38 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8988;QD=63.0495;RBI=0.0508341;REFB=0;REVB=-0.032733;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68783e-05;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:54:35:0:0:54:37:0:0 chr1 236718620 . T C 1171.97 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6142;QD=60.8817;RBI=0.0342044;REFB=0;REVB=0.0332392;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314401;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr1 236719135 . T C 656.95 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0307774;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5716;QD=50.5344;RBI=0.0476659;REFB=0.0118551;REVB=-0.0363978;RO=3;SAF=43;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317142;STB=0.516847;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0150783;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:3:3:49:49:0.942308:6:43:3:0:6:43:3:0 chr1 236719192 . C CG 147.16 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146511;FXX=0.181736;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.51;QD=32.7013;RBI=0.0291624;REFB=0;REVB=0.025215;RO=20;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0024581;OID=.;OPOS=236719193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:18:18:0:0:18:0:0:3:20:0:3:3:17 chr1 236719193 . A C,G 270.8 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=2,19;DP=22;FAO=2,19;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000667009,0.105909;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.2747,162.547;QD=51.5811;RBI=0.00326758,0.107519;REFB=0,0;REVB=-0.00319878,0.0185393;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.41729e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0851242,-4.90379e-05;OID=.,.;OPOS=236719193,236719193;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:21:0:0:2,19:2,19:0.0952381,0.904762:2,17:0,2:0:0:2,17:0,2:0:0 chr1 236721610 . G A 866.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9945;QD=57.787;RBI=0.0586287;REFB=0;REVB=0.0509835;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711824;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:15:43:0:0:17:43:0:0 chr1 236721660 . T C 1216.21 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250457;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.677;QD=60.0595;RBI=0.0466792;REFB=-0.119278;REVB=0.0393911;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.504424;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000545529;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:24:56:0:0:24:56:1:0 chr1 236721731 . T C 1143.13 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0465842;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0686;QD=55.7623;RBI=0.0961108;REFB=-0.1659;REVB=0.0840666;RO=2;SAF=48;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193133;STB=0.519995;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0068704;OID=.;OPOS=236721731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:82:2:4:78:78:0.95122:30:48:2:0:30:48:4:0 chr1 236724504 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.035;QD=49.5992;RBI=0.0458867;REFB=0;REVB=0.0426576;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89003e-05;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 236744712 . C A 536.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.546;QD=59.599;RBI=0.0441278;REFB=0;REVB=0.00344833;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445006;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr1 236746443 . C T 1198.3 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181279;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.814;QD=59.915;RBI=0.0393192;REFB=0.00142462;REVB=0.034891;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000122864;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr1 236748505 . T C 823.6 PASS AF=0.84;AO=61;DP=73;FAO=63;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0291413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.669;QD=43.9252;RBI=0.0299435;REFB=-0.0531985;REVB=0.00688459;RO=0;SAF=18;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.606861;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0158851;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:73:75:0:12:61:63:0.84:43:18:0:0:44:19:11:1 chr1 236749649 . T C 747.91 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7926;QD=61.0537;RBI=0.0550461;REFB=0.0854711;REVB=-0.0526608;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000819445;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr1 236755837 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00989091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.37;QD=50.8365;RBI=0.0278779;REFB=-0.0630478;REVB=0.0260643;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00712083;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr1 236758887 . T C 871.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299204;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.576;QD=58.0852;RBI=0.0692456;REFB=0;REVB=0.0624478;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00146e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr1 236767330 . A G 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.519;QD=64.1532;RBI=0.0244648;REFB=0;REVB=-0.00906589;RO=0;SAF=70;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87405e-05;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:29:70:0:0:29:70:0:0 chr1 236882303 . T C 1251.34 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.859;QD=61.041;RBI=0.0268765;REFB=0;REVB=0.0266193;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172741;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:43:38:0:0:44:38:0:0 chr1 236883421 . C T 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.326;QD=64.2844;RBI=0.0178411;REFB=0;REVB=-0.0153769;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50378e-06;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr1 236899899 . TC T 1040.06 PASS AF=1;AO=88;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125553;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.6071;QD=43.792;RBI=0.168139;REFB=0;REVB=-0.111835;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00349621;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:95:95:95:0:46:49:0:0:20:0:43:45:0:0 chr1 236925844 . G A 1041.34 PASS AF=0.479821;AO=107;DP=222;FAO=107;FDP=223;FR=.;FRO=116;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=66;FSRR=50;FWDB=-0.00513716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.178;QD=18.6788;RBI=0.0253489;REFB=-0.0173347;REVB=-0.0248229;RO=115;SAF=47;SAR=60;SRF=65;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118312;STB=0.567351;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0215508;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:115:116:107:107:0.479821:60:47:65:50:60:47:66:50 chr1 236926445 . T C 866.92 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00922999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.543;QD=53.3492;RBI=0.0196097;REFB=-0.0435659;REVB=0.0173017;RO=3;SAF=38;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493671;STB=0.502617;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00116501;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:24:38:2:1:24:38:2:1 chr1 237054569 . A G 650.06 PASS AF=0.537815;AO=63;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0203771;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.323;QD=21.8509;RBI=0.0213113;REFB=-0.0196526;REVB=0.00624054;RO=55;SAF=36;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145219;STB=0.574846;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0114124;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:63:64:0.537815:27:36:22:33:28:36:22:33 chr1 237058744 . C A 583.12 PASS AF=0.484375;AO=59;DP=123;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00280192;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.446;QD=18.2226;RBI=0.00936276;REFB=-0.0389482;REVB=0.00893367;RO=63;SAF=38;SAR=21;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190289;STB=0.584167;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0691993;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:63:66:59:62:0.484375:21:38:28:35:23:39:31:35 chr1 237058748 . C T 605.63 PASS AF=0.488189;AO=61;DP=125;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0257124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.953;QD=19.0748;RBI=0.039049;REFB=-0.0307564;REVB=0.0293888;RO=63;SAF=26;SAR=35;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204292;STB=0.614153;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0411445;OID=.;OPOS=237058748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:63:65:61:62:0.488189:35:26:41:22:35:27:43:22 chr1 237058828 . C T 241.74 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0177033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.736;QD=21.9765;RBI=0.033842;REFB=-0.0157976;REVB=-0.0288423;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316035;STB=0.655598;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0333443;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:6:16:8:13:7:16:8:13 chr1 237058835 . A G 87.71 PASS AF=0.375;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.061582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.948;QD=10.9642;RBI=0.0650149;REFB=-0.0123369;REVB=-0.0208468;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807426;STB=0.562397;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0626241;OID=.;OPOS=237058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:32:20:20:9:12:0.375:6:3:8:12:6:6:8:12 chr1 237061056 . A C 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0230671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.482;QD=16.8701;RBI=0.0233934;REFB=-0.0116835;REVB=0.00389401;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349559;STB=0.6998;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00790695;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:6:14:9:17:6:14:9:17 chr1 237063504 . A G 197.19 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0179057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5227;QD=11.1093;RBI=0.0447691;REFB=-0.0253377;REVB=0.0410324;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148597;STB=0.593146;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0556722;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:15:10:24:21:15:10:25:21 chr1 237066853 . C T 220.67 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.00392197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.288;QD=12.6097;RBI=0.0468601;REFB=-0.0129992;REVB=-0.0466957;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160243;STB=0.590848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.019354;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:9:18:34:9:9:18:34:9 chr1 237433625 . C T 1993.0 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375085;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.827;QD=62.2812;RBI=0.0381433;REFB=0;REVB=-0.0069298;RO=0;SAF=60;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26644e-06;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:0:0:128:128:1:68:60:0:0:68:60:0:0 chr1 237532872 . A G 209.5 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0277021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0261;QD=12.3235;RBI=0.0788701;REFB=-0.00140302;REVB=-0.0738449;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140233;STB=0.547908;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00143679;OID=.;OPOS=237532872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:42:42:24:26:0.382353:15:9:21:21:15:11:21:21 chr1 237617757 . C T 1234.75 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.267;QD=60.2317;RBI=0.040103;REFB=-0.102952;REVB=0.018252;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113304;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:82:0:0:81:82:1:37:44:0:0:37:45:0:0 chr1 237711797 . A G 439.44 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0207982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1838;QD=21.972;RBI=0.0625794;REFB=-0.0345057;REVB=0.0590221;RO=36;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223225;STB=0.630799;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0213879;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:42:43:0.5375:23:19:26:10:24:19:27:10 chr1 237766440 . C A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0261158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.047;QD=14.0965;RBI=0.0284768;REFB=-0.0106848;REVB=-0.011353;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572116;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.017044;OID=.;OPOS=237766440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:4:7:9:4:4:7:9:5 chr1 237766753 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.335;QD=56.9556;RBI=0.0593031;REFB=0;REVB=-0.0451183;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57628e-05;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr1 237777828 . A G 265.34 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00177395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1948;QD=17.9892;RBI=0.0120671;REFB=0.00475427;REVB=-0.011936;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109228;STB=0.599444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00454949;OID=.;OPOS=237777828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:30:29:29:0.491525:11:18:14:14:10:19:14:16 chr1 237778084 . G A 168.95 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0108443;FXX=0.0444346;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.688;QD=15.716;RBI=0.0224771;REFB=-0.0412756;REVB=-0.0196881;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0518124;OID=.;OPOS=237778084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:15:25:17:18:0.418605:9:8:7:8:9:9:12:13 chr1 237801770 . T C 1357.93 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7203;QD=62.4335;RBI=0.0493781;REFB=0;REVB=0.0269444;RO=0;SAF=22;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190121;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:64:22:0:0:65:22:0:0 chr1 237814783 . C T 740.78 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598597;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6748;QD=56.9828;RBI=0.0598776;REFB=0;REVB=-0.00146645;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653218;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr1 237863718 . T G 957.95 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313304;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.302;QD=58.9506;RBI=0.00318528;REFB=0;REVB=-0.000574488;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31064e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 237881770 . C T 2032.13 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00977178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.449;QD=61.1167;RBI=0.0145219;REFB=-0.0985423;REVB=-0.0107424;RO=1;SAF=75;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629511;STB=0.503311;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-5.28317e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:133:1:1:130:132:0.992481:55:75:1:0:57:75:1:0 chr1 237890437 . C T 1998.74 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012894;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.189;QD=61.4998;RBI=0.013283;REFB=-0.100618;REVB=0.00319117;RO=1;SAF=74;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695438;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:130:1:0:129:130:1:55:74:1:0:55:75:0:0 chr1 237997087 . A G 316.94 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0126423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.64;QD=25.8726;RBI=0.0130601;REFB=-0.0444979;REVB=0.00327723;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120386;STB=0.577492;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0432097;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:28:28:0.571429:17:11:11:9:17:11:12:9 chr1 238107035 . C G 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00130425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.259;QD=25.8143;RBI=0.00410864;REFB=-0.00211498;REVB=-0.00389613;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249949;STB=0.639322;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0015014;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:7:20:9:11:7:20:9:11 chr1 238114860 . G A 212.89 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.03686;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.32;QD=10.1375;RBI=0.036943;REFB=-0.0092246;REVB=0.00247506;RO=57;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240408;STB=0.640563;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0156526;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:57:57:27:27:0.321429:10:17:24:33:10:17:24:33 chr1 238114934 . G A 269.56 PASS AF=0.351648;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.01206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.037;QD=11.8489;RBI=0.0145219;REFB=-0.00457788;REVB=0.0080896;RO=59;SAF=20;SAR=11;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232813;STB=0.61976;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00727093;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:59:31:32:0.351648:11:20:26:33:12:20:26:33 chr1 238114936 . A G 206.82 PASS AF=0.296703;AO=30;DP=89;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0161991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.498;QD=9.09118;RBI=0.0166576;REFB=-0.00912083;REVB=-0.00388112;RO=52;SAF=19;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231644;STB=0.587211;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0103491;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:52:64:30:27:0.296703:11:19:22:30:11:16:30:34 chr1 240074981 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0128396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9873;QD=19.9285;RBI=0.0974637;REFB=0.0295547;REVB=0.0966142;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0147284;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:6:3:5:7:6:3 chr1 240076975 . G A 176.0 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00173042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2408;QD=14.3675;RBI=0.0274102;REFB=-0.0109662;REVB=0.0273555;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132681;STB=0.507684;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0267329;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:13:17:11:8:13:17 chr1 240077023 . A G 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00705407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.123;QD=18.9641;RBI=0.013414;REFB=-0.00413636;REVB=-0.0114094;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364213;STB=0.520642;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00434796;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:10:15:14:8:10:15 chr1 240077246 . C G 418.01 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00426189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.538;QD=19.9052;RBI=0.00477098;REFB=-0.0178616;REVB=0.00214442;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643728;STB=0.535697;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0168698;OID=.;OPOS=240077246;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:21:21:24:18:21:21:24:18 chr1 240256664 . AT ACT,TC 87.85 PASS AF=0.393939,0.0909091;AO=4,3;DP=34;FAO=13,3;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=1,0;FSAR=12,3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0397068,-0.0902334;FXX=0.0294031;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=23.866,107.646;QD=10.6481;RBI=0.240225,0.0916415;REFB=-0.0682635,-0.0464979;REVB=0.23692,-0.0160029;RO=23;SAF=0,0;SAR=4,3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613441,-0.555009;STB=0.873481,0.996679;STBP=0.003,0.073;TYPE=ins,mnp;VARB=0.14423,0.0943578;OID=.,.;OPOS=240256665,240256664;OREF=-,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=ACT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:34:33:23:17:4,3:13,3:0.393939,0.0909091:4,3:0,0:10:13:12,3:1,0:10:7 chr1 240256822 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.307;QD=46.848;RBI=0.0969045;REFB=0;REVB=0.0150914;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402677;OID=.;OPOS=240256822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr1 240341268 . A G 340.99 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0105043;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3889;QD=15.4997;RBI=0.042212;REFB=0.0139854;REVB=0.0408841;RO=51;SAF=14;SAR=23;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271756;STB=0.653091;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0156065;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:23:14:33:18:23:14:33:18 chr1 240370629 . C G 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00856354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.695;QD=9.1315;RBI=0.0345262;REFB=-0.0200485;REVB=0.0334474;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309184;STB=0.6864;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0203535;OID=.;OPOS=240370629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:7:15:4:6:7:15 chr1 240497265 . A C 761.35 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0425775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.607;QD=20.4389;RBI=0.0426439;REFB=0.00372047;REVB=-0.00237946;RO=74;SAF=37;SAR=37;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245284;STB=0.510064;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00291862;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:75:74:74:0.496644:37:37:39:35:37:37:39:36 chr1 240939511 . C G 99.08 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=40;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00816159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.962;QD=9.21631;RBI=0.0474085;REFB=-0.0175221;REVB=-0.0467007;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938032;STB=0.558058;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.047564;OID=.;OPOS=240939511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:21:29:12:14:0.325581:5:7:14:7:7:7:17:12 chr1 241712134 . C T 2255.49 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.652;QD=63.535;RBI=0.0152287;REFB=0;REVB=0.00677621;RO=0;SAF=81;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25439e-05;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:60:81:0:0:60:82:0:0 chr1 241907817 . T C 333.7 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00141036;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.794;QD=18.5388;RBI=0.0091069;REFB=-0.00282843;REVB=0.00899703;RO=36;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149803;STB=0.591648;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0041655;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:37:35:35:0.486111:12:23:18:18:12:23:18:19 chr1 241933928 . C A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00808582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.955;QD=4.16606;RBI=0.0113523;REFB=-0.00718717;REVB=-0.00796835;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315258;STB=0.692868;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0328705;OID=.;OPOS=241933928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:31:33:7:7:0.175:5:2:17:14:5:2:17:16 chr1 242030151 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.702;QD=61.3327;RBI=0.0371585;REFB=0;REVB=0.0370464;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113805;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 242042301 . G A 602.57 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00929038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.528;QD=17.0941;RBI=0.0202181;REFB=-0.0101906;REVB=-0.0179571;RO=78;SAF=44;SAR=19;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160294;STB=0.589695;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0142251;OID=.;OPOS=242042301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:63:63:0.446809:19:44:43:35:19:44:43:35 chr1 242042545 . A G 238.56 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0155689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.665;QD=20.3029;RBI=0.0157734;REFB=-0.00692086;REVB=-0.00253143;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130141;STB=0.556768;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00793985;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:14:8:12:12:14:9:12:12 chr1 242045275 . C T 2616.53 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00642262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.155;QD=61.2053;RBI=0.0261502;REFB=-0.0486136;REVB=-0.0253493;RO=1;SAF=95;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100693;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:170:171:1:0:169:171:1:74:95:0:1:76:95:0:0 chr1 242053042 . A G 753.41 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.98;QD=61.5026;RBI=0.0370949;REFB=-0.158139;REVB=0.0215696;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00323029;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:0:1:27:21:0:1 chr1 242222754 . A G 696.35 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0348184;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.99;QD=23.2116;RBI=0.0354294;REFB=0.00103063;REVB=0.00655113;RO=52;SAF=44;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163041;STB=0.585722;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00117132;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:53:67:67:0.558333:23:44:24:28:23:44:25:28 chr1 242253024 . T C 257.24 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0258375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.205;QD=13.7197;RBI=0.0284093;REFB=-0.00571545;REVB=0.0118115;RO=45;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132549;STB=0.575706;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00824228;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:19:11:22:23:19:11:22:23 chr1 242612661 . C T 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0151742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2354;QD=12.7366;RBI=0.05585;REFB=-0.0296495;REVB=-0.0537491;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172923;STB=0.600474;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0425846;OID=.;OPOS=242612661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:9:7:8:20:9:7:8:20 chr1 242687390 . G A 318.35 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00466331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.209;QD=18.1914;RBI=0.0611752;REFB=-0.0172453;REVB=0.0609972;RO=36;SAF=23;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102638;STB=0.505733;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0186858;OID=.;OPOS=242687390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:11:23:24:12:11:23:24:12 chr1 243493907 . A T 833.78 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.030799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.163;QD=24.8889;RBI=0.0308029;REFB=-0.00525054;REVB=0.000490669;RO=56;SAF=30;SAR=47;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059775;STB=0.536972;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00403793;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:57:77:77:0.574627:47:30:26:30:47:30:27:30 chr1 243579112 . G A 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4847;QD=61.6669;RBI=0.0956808;REFB=0;REVB=0.0120616;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121324;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr1 244219563 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.701;QD=57.3858;RBI=0.0455561;REFB=0;REVB=0.0385034;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43248e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 244267292 . T C 210.43 PASS AF=0.645161;AO=17;DP=28;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0126787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.046;QD=27.1528;RBI=0.0864553;REFB=-0.0276641;REVB=0.0855206;RO=11;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155324;STB=0.581322;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0172706;OID=.;OPOS=244267292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:31:11:11:17:20:0.645161:4:13:10:1:5:15:10:1 chr1 244653781 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTA 83.6 PASS AF=0.37931,0.0344828;AO=17,3;DP=58;FAO=22,2;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9,2;FSAR=13,0;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0698445,-0.023319;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.32835,18.2209;QD=5.76564;RBI=0.275881,0.0862077;REFB=-0.00763541,-0.0181493;REVB=0.266893,0.0829939;RO=31;SAF=7,3;SAR=10,0;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0656443,0.609902;STB=0.535682,0.996134;STBP=0.666,0.059;TYPE=del,snp;VARB=-0.00375498,0.0211654;OID=.,.;OPOS=244653782,244653787;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0.0344828:17,3:58:22,2:58:34:9,2:13,0:12:22:70:31:7,3:10,0:11:20 chr1 244724399 . A G 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0346532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.915;QD=2.3512;RBI=0.0357101;REFB=-0.00862178;REVB=0.00862366;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371937;STB=0.792053;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0635681;OID=.;OPOS=244724399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:1:5:25:22:1:5:25:22 chr1 244773784 . T C 197.35 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0122014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.093;QD=19.7348;RBI=0.0294024;REFB=-0.040775;REVB=0.0267513;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107478;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00927026;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:20:20:20:0.5:8:12:8:9:8:12:9:11 chr1 244773803 . T C 223.88 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.017249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.599;QD=19.4681;RBI=0.0188384;REFB=-0.0300308;REVB=-0.00757332;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165294;STB=0.611664;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0308401;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:21:22:0.478261:9:12:9:14:9:13:9:15 chr1 245027349 . C T 1083.93 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.148582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2449;QD=58.5909;RBI=0.148886;REFB=-0.0371839;REVB=-0.00951529;RO=1;SAF=12;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769302;STB=0.504064;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00406311;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:61:12:0:1:61:12:0:1 chr1 245133622 . CT CC,CTCCTCC,TC 118.04 PASS AF=0.230769,0.538462,0.153846;AO=3,7,2;DP=13;FAO=3,7,2;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3,4,2;FSAR=0,3,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147109,-0.0106935,-0.0138744;FXX=0;HRUN=1,2,4;LEN=1,5,2;MLLD=150.614,177.034,57.83;QD=36.3203;RBI=0.0148012,0.0114614,0.0363897;REFB=-0.0195894,-0.0638425,-0.00329809;REVB=0.00163217,0.00412475,0.033641;RO=1;SAF=3,4,2;SAR=0,3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.727144,0.124421,0.697199;STB=0.994936,0.571224,0.993266;STBP=0.122,0.543,0.227;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.00549373,0.00499354,0.0406468;OID=.,.,.;OPOS=245133623,245133624,245133622;OREF=T,-,CT;OALT=C,CCTCC,TC;OMAPALT=CC,CTCCTCC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:13:13:1:1:3,7,2:3,7,2:0.230769,0.538462,0.153846:0,3,0:3,4,2:0:1:0,3,0:3,4,2:0:1 chr1 245133662 . G C 288.21 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8309;QD=52.4024;RBI=0.0288467;REFB=0;REVB=0.0270806;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981332;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr1 245297243 . G A 215.93 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0418063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6597;QD=15.1528;RBI=0.0781413;REFB=0.00819567;REVB=-0.0660174;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539236;STB=0.530701;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0136826;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:19:6:9:23:19:6:9:23 chr1 245703990 . G T 2250.65 PASS AF=0.993007;AO=119;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.335;QD=62.9554;RBI=0.0285192;REFB=0;REVB=0.0186296;RO=0;SAF=68;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704897;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:142:143:0:0:119:142:0.993007:51:68:0:0:57:85:0:0 chr1 245704130 . G C 789.43 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.667;QD=56.3876;RBI=0.0643055;REFB=0;REVB=0.0277245;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020502;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr1 245851304 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.432;QD=45.8068;RBI=0.0348305;REFB=0;REVB=0.0227472;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243499;OID=.;OPOS=245851304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr1 245861571 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.997;QD=61.5113;RBI=0.020407;REFB=-0.0692847;REVB=0.0174814;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000363381;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr1 246670481 . C G 6658.89 PASS AF=1;AO=420;DP=430;FAO=425;FDP=425;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=228;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820742;FXX=0.0162033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.35;QD=62.6719;RBI=0.0821672;REFB=-0.116269;REVB=0.00390786;RO=2;SAF=195;SAR=225;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666466;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:430:425:2:0:420:425:1:225:195:2:0:228:197:0:0 chr1 246714587 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0117194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.544;QD=12.8732;RBI=0.0153223;REFB=-0.00834004;REVB=-0.00987065;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10715;STB=0.562574;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0153524;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:13:19:13:6:13:19 chr1 246720798 . G A 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0188;QD=57.1714;RBI=0.0672263;REFB=0;REVB=-0.0620895;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000966122;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr1 246755124 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2167;QD=60.6053;RBI=0.145594;REFB=0;REVB=0.0155053;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133104;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr1 246829616 . T C 651.87 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0119569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.646;QD=17.3833;RBI=0.0122316;REFB=-0.0127109;REVB=-0.00257773;RO=83;SAF=34;SAR=33;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705383;STB=0.539247;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0164662;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:83:67:67:0.446667:33:34:48:35:33:34:48:35 chr1 246922390 . A G 425.42 PASS AF=0.488636;AO=39;DP=85;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00780177;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.129;QD=19.3371;RBI=0.00807432;REFB=-0.0110259;REVB=-0.00208018;RO=45;SAF=28;SAR=11;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174631;STB=0.612668;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0111174;OID=.;OPOS=246922390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:45:45:39:43:0.488636:11:28:25:20:11:32:25:20 chr1 246939856 . G A,T 1283.69 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=78,5;DP=83;FAO=80,5;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=54,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552886,-0.0313446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.3726,22.4768;QD=60.4089;RBI=0.0081711,0.0632935;REFB=0,0;REVB=0.00601652,0.0549871;RO=0;SAF=24,4;SAR=54,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.01268e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00801525,0.0614033;OID=.,.;OPOS=246939856,246939856;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:83:85:0:0:78,5:80,5:0.941176,0.0588235:54,1:24,4:0:0:54,2:26,3:0:0 chr1 246939943 . T C 486.24 PASS AF=0.425197;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0356535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6465;QD=15.3145;RBI=0.0797458;REFB=-0.0293436;REVB=-0.0713318;RO=72;SAF=20;SAR=33;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423755;STB=0.521414;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0423852;OID=.;OPOS=246939943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:72:73:53:54:0.425197:33:20:30:42:33:21:31:42 chr1 246942171 . G A 293.43 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.00443659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8613;QD=14.8571;RBI=0.0127364;REFB=0.025705;REVB=-0.0119387;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253502;STB=0.634349;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0364693;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:33:33:0.417722:17:16:33:12:17:16:33:13 chr1 247007232 . TA AT 33.07 PASS AF=0.192308;AO=2;DP=26;FAO=5;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000624932;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=122.571;QD=5.08692;RBI=0.0426183;REFB=0.0174593;REVB=-0.0426138;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0535811;OID=.;OPOS=247007232;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:8:20:2:5:0.192308:1:1:2:6:3:2:8:12 chr1 247048834 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.329;QD=62.9829;RBI=0.0257188;REFB=0;REVB=-0.0199193;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187745;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 247150740 . T C 923.56 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0663133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4041;QD=52.775;RBI=0.139263;REFB=-0.0903951;REVB=0.122462;RO=2;SAF=44;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209928;STB=0.510635;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00546842;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:68:70:2:4:66:66:0.942857:22:44:2:0:22:44:2:2 chr1 247162658 . C T 906.49 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.467;QD=57.5551;RBI=0.0740383;REFB=0;REVB=0.0314348;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205289;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:56:63:1:35:21:0:0:38:25:0:0 chr1 247241864 . C G 1212.22 PASS AF=0.489796;AO=120;DP=245;FAO=120;FDP=245;FR=.;FRO=125;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=60;FWDB=-0.00520569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.086;QD=19.7913;RBI=0.00647496;REFB=-0.0235436;REVB=0.00385045;RO=125;SAF=76;SAR=44;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1094;STB=0.560239;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0241454;OID=.;OPOS=247241864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:125:125:120:120:0.489796:44:76:65:60:44:76:65:60 chr1 247419509 . T C 554.21 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.602;QD=56.8422;RBI=0.0350302;REFB=-0.0407999;REVB=0.026489;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00137807;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:14:23:0:1:15:23:0:1 chr1 247419664 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.167;QD=48.7373;RBI=0.036117;REFB=0;REVB=0.0118401;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230492;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 247587531 . A G 632.22 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.297;QD=61.6804;RBI=0.0775609;REFB=0;REVB=0.0110252;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206893;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:12:27:0:0:13:28:0:0 chr1 247614617 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3748;QD=56.9982;RBI=0.0429737;REFB=0;REVB=-0.0019819;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463609;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr1 247614693 . C T 612.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5735;QD=61.2363;RBI=0.0519088;REFB=0;REVB=-0.0518512;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000480199;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr1 247615261 . GA G 2314.77 PASS AF=1;AO=191;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810725;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6467;QD=47.0004;RBI=0.123789;REFB=0;REVB=-0.0935468;RO=0;SAF=101;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.95121e-05;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:191:197:197:197:0:103:94:0:0:43:0:101:90:0:0 chr1 247694949 . G C 290.02 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00826594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.218;QD=11.718;RBI=0.0358138;REFB=-0.0124745;REVB=0.0348469;RO=64;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696484;STB=0.543802;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0177951;OID=.;OPOS=247694949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:65:33:34:0.343434:15:18:31:33:15:19:32:33 chr1 247694958 . G A 258.74 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0317085;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.258;QD=10.2472;RBI=0.0489786;REFB=-0.0017683;REVB=0.0373293;RO=68;SAF=18;SAR=15;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696662;STB=0.540516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0038475;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:15:18:33:35:15:18:33:35 chr1 247695612 . G A 1274.8 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00890538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.249;QD=59.2929;RBI=0.019313;REFB=0.0167327;REVB=0.0171373;RO=2;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205852;STB=0.510867;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000115668;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:45:39:0:2:45:39:0:2 chr1 247695756 . T C 630.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.05;QD=61.4707;RBI=0.0696125;REFB=0;REVB=0.0389992;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038757;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr1 247752019 . G C 397.06 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0287323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.773;QD=20.6265;RBI=0.0295974;REFB=-0.0182417;REVB=0.00710366;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102266;STB=0.548321;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0184671;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:18:22:24:12:18:22:24:13 chr1 247752161 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0132838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.846;QD=11.4394;RBI=0.0135968;REFB=-0.0209379;REVB=0.00290067;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0304192;OID=.;OPOS=247752161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:6:8:5:4:6:8 chr1 247752367 . A G 503.94 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00783032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.629;QD=17.5282;RBI=0.010989;REFB=-0.0072394;REVB=0.00771007;RO=60;SAF=26;SAR=28;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963208;STB=0.548825;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0088416;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:28:26:35:25:28:26:35:26 chr1 247769752 . A G 497.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0473646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.514;QD=21.1856;RBI=0.0566234;REFB=-0.048932;REVB=0.0310291;RO=46;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189436;STB=0.604795;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0284995;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:18:30:19:27:18:30:19:27 chr1 247835674 . G A 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0720858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4794;QD=19.7628;RBI=0.0737843;REFB=0.00975549;REVB=0.0157401;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049754;STB=0.527644;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0181872;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:20:15:16:17:20:15:16:17 chr1 247835908 . T A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000117803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.92;QD=17.4901;RBI=0.0116809;REFB=0.000239713;REVB=0.0116803;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3707;STB=0.708935;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000237988;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:7:21:11:19:7:21:11:19 chr1 247835950 . T C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00696883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8885;QD=19.4398;RBI=0.015242;REFB=0.00185817;REVB=-0.0135556;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449794;STB=0.749073;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000661767;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:22:9:24:5:22:9:24:5 chr1 247836008 . G A 352.57 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0166778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.62;QD=21.0489;RBI=0.0186851;REFB=-0.0290416;REVB=-0.0084252;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265454;STB=0.649272;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0384523;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:16:19:7:24:16:20:7:24 chr1 247836207 . T A 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0140144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.382;QD=15.2358;RBI=0.0146142;REFB=-0.0147239;REVB=-0.00414377;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166233;STB=0.593685;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0194975;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:24:12:14:14:24:12 chr1 247875415 . A G 213.97 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00491227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4125;QD=10.6985;RBI=0.0493865;REFB=-0.00441163;REVB=-0.0491416;RO=52;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644381;STB=0.543406;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00745131;OID=.;OPOS=247875415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:13:14:24:28:13:14:24:29 chr1 247875608 . C G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0152565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.507;QD=15.9154;RBI=0.0156495;REFB=-0.0358067;REVB=-0.00348486;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515259;STB=0.529049;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0383436;OID=.;OPOS=247875608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:14:20:15:13:14:20 chr1 247875689 . A G 283.89 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00692468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.459;QD=23.1748;RBI=0.0388244;REFB=-0.00864014;REVB=-0.0382018;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870711;STB=0.548552;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0157827;OID=.;OPOS=247875689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:14:12:13:10:14:12:13:10 chr1 247921100 . T G 97.25 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0118532;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2944;QD=12.5484;RBI=0.0637859;REFB=-0.0185039;REVB=-0.0626749;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449539;STB=0.782617;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0704047;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:31:18:19:12:12:0.387097:2:10:8:10:2:10:8:11 chr1 247921352 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.774;QD=57.6805;RBI=0.0832224;REFB=0;REVB=0.080298;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469045;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 247921717 . C A 798.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=368.608;QD=63.8427;RBI=0.0134867;REFB=0;REVB=0.005191;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87154e-06;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:28:20:0:0:29:21:0:0 chr1 247921789 . AGT A,AGTGT 68.19 PASS AF=0.2,0.6;AO=2,5;DP=12;FAO=2,6;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1,2;FSAR=1,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142984,0.0633714;FXX=0.166528;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=60.9034,65.3587;QD=27.2745;RBI=0.0254696,0.225803;REFB=-0.123969,-0.126444;REVB=-0.0210774,0.216728;RO=2;SAF=1,2;SAR=1,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390188,-0.281149;STB=0.748096,0.666109;STBP=0.689,0.205;TYPE=del,ins;VARB=0.133091,0.0897969;OID=.,.;OPOS=247921790,247921790;OREF=GT,-;OALT=-,GT;OMAPALT=A,AGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.6:2,5:12:2,6:10:2:1,2:1,4:2:0:13:2:1,2:1,3:2:0 chr1 247921888 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.507;QD=59.432;RBI=0.0672476;REFB=0;REVB=-0.0655099;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436831;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 247978319 . A G 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.188;QD=62.3134;RBI=0.0307133;REFB=0;REVB=0.0251154;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97799e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:44:42:0:0:44:42:0:0 chr1 247978541 . AAGG A 270.62 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103516;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=267.982;QD=45.1033;RBI=0.0104829;REFB=0;REVB=-0.00165422;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.93538e-05;OID=.;OPOS=247978542;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:11:13:0:0:5:0:11:12:0:0 chr1 248004614 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.435;QD=51.5086;RBI=0.0545983;REFB=-0.094157;REVB=-0.0530729;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00828584;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr1 248004687 . C G 270.8 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.496;QD=51.5808;RBI=0.0794902;REFB=0;REVB=0.0609377;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412459;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:10:9:0:0:12:9:0:0 chr1 248004775 . C T 310.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400843;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.578;QD=53.9922;RBI=0.0538963;REFB=0;REVB=0.0360286;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288485;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr1 248004848 . G C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6755;QD=47.8211;RBI=0.0708775;REFB=0;REVB=0.0528186;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324418;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 248004877 . C T 230.3 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.954;QD=46.06;RBI=0.0410907;REFB=-0.0302379;REVB=0.0390447;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00133188;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:0:1:5:14:0:1 chr1 248004884 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.625;QD=51.1846;RBI=0.0487015;REFB=0;REVB=0.0347704;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461045;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr1 248005213 . G A,C 475.67 PASS AF=0.0555556,0.916667;AO=2,30;DP=33;FAO=2,33;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=1,16;FSAR=1,17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00981315,0.064063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.9327,94.2693;QD=52.8526;RBI=0.0098177,0.0658221;REFB=-0.0378687,-0.129759;REVB=-0.000298907,0.0151159;RO=1;SAF=1,13;SAR=1,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0345091;STB=0.665164,0.515142;STBP=0.662,0.531;TYPE=snp,snp;VARB=0.105615,0.00237877;OID=.,.;OPOS=248005213,248005213;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:36:1:1:2,30:2,33:0.0555556,0.916667:1,17:1,13:1:0:1,17:1,16:1:0 chr1 248028219 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0170384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.401;QD=14.0965;RBI=0.0285415;REFB=-0.0175149;REVB=0.0228979;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0224959;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:9:5:5:6:9:5 chr1 248059423 . C T 480.96 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00501359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.538;QD=22.9026;RBI=0.0115309;REFB=-0.012916;REVB=0.0103839;RO=37;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019722;STB=0.516206;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00973322;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:38:46:46:0.547619:21:25:21:16:21:25:22:16 chr1 248059456 . G A 668.36 PASS AF=0.52381;AO=66;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0356857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0511;QD=21.2178;RBI=0.0476141;REFB=0.00461045;REVB=0.0315218;RO=60;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317013;STB=0.517411;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00418559;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:66:66:0.52381:31:35:34:26:31:35:34:26 chr1 248059476 . A C 778.9 PASS AF=0.528571;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0322649;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.129;QD=22.2543;RBI=0.0339358;REFB=-0.0306074;REVB=-0.0105175;RO=65;SAF=41;SAR=33;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000179418;STB=0.504097;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0232671;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:140:65:66:74:74:0.528571:33:41:36:29:33:41:36:30 chr1 248059703 . T A 178.99 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0163723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.943;QD=12.561;RBI=0.0304259;REFB=-0.0357454;REVB=0.0256454;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279638;STB=0.516114;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0468873;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:12:10:15:20:12:10:15:20 chr1 248059712 . T C 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0283412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.682;QD=8.20273;RBI=0.0337235;REFB=-0.0201739;REVB=0.0182769;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147632;STB=0.5908;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0412202;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:42:17:17:0.288136:11:6:19:21:11:6:20:22 chr1 248059804 . C T 343.77 PASS AF=0.478261;AO=29;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000968383;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.83;QD=19.9286;RBI=0.0226108;REFB=-0.0239349;REVB=0.0225901;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139251;STB=0.545427;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0247019;OID=.;OPOS=248059804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:29:33:0.478261:12:17:14:18:15:18:15:18 chr1 248059856 . T C 341.81 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0511172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.368;QD=18.4762;RBI=0.0554646;REFB=-0.00274011;REVB=-0.0215258;RO=38;SAF=22;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803612;STB=0.544866;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00166291;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:14:22:20:18:14:22:20:18 chr1 248060029 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.697;QD=61.684;RBI=0.0314671;REFB=0;REVB=0.00319725;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20294e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 248060279 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00780532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7323;QD=12.3946;RBI=0.0567523;REFB=-0.0224243;REVB=-0.056213;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201609;STB=0.619655;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0339291;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:13:11:4:10:13:11 chr1 248060380 . C G 312.93 PASS AF=0.615385;AO=30;DP=50;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00138448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9617;QD=24.0715;RBI=0.00646754;REFB=-0.0422273;REVB=-0.00631761;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110529;STB=0.569263;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0365154;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:20:20:30:32:0.615385:12:18:9:11:12:20:9:11 chr1 248084464 . T C 309.85 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00262476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.888;QD=13.7711;RBI=0.0164676;REFB=-0.0085774;REVB=-0.0162571;RO=54;SAF=22;SAR=13;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120802;STB=0.506771;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.013789;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:55:35:35:0.388889:13:22:34:20:13:22:34:21 chr1 248084511 . T C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00556916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.388;QD=58.6486;RBI=0.0182909;REFB=-0.0285446;REVB=0.0174224;RO=1;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00123734;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:12:28:1:0:12:28:1:0 chr1 248085011 . C G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.714;QD=40.7545;RBI=0.110424;REFB=0;REVB=-0.0380478;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371879;OID=.;OPOS=248085011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 248085124 . G A 1587.62 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8716;QD=64.1462;RBI=0.0516947;REFB=0;REVB=-0.0514671;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128963;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr1 248112627 . T C 675.43 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.0208816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5756;QD=18.8933;RBI=0.0227031;REFB=-0.00826819;REVB=0.00891005;RO=75;SAF=36;SAR=32;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118966;STB=0.565705;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00906143;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:32:36:49:26:32:36:49:26 chr1 248112745 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.713;QD=61.684;RBI=0.00590936;REFB=0;REVB=-0.00379336;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89254e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 248112762 . TG CA 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102095;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=267.979;QD=58.6149;RBI=0.0119756;REFB=0;REVB=-0.00625955;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.90734e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr1 248112771 . C T 514.98 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.523;QD=58.8549;RBI=0.055914;REFB=0;REVB=0.0558685;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012501;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:11:20:0:0:15:20:0:0 chr1 248112809 . A G 681.66 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0629261;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.772;QD=60.5918;RBI=0.0632272;REFB=0.0213402;REVB=0.00616351;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-8.34405e-05;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:1:0:24:20:1:0 chr1 248112836 . A G 695.49 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.007;QD=60.4776;RBI=0.052651;REFB=0.0310723;REVB=0.044547;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-2.4252e-05;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:0:1 chr1 248113026 . T A 740.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.996;QD=56.9548;RBI=0.0663596;REFB=0;REVB=0.00696972;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44994e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:36:14:0:0:38:14:0:0 chr1 248113040 . A G 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4248;QD=57.0933;RBI=0.0217065;REFB=0;REVB=0.00843775;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185108;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr1 248128929 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0150785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.765;QD=13.4417;RBI=0.0200662;REFB=-0.0293005;REVB=-0.0132397;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0378685;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:7:6:3:7:7:6 chr1 248129240 . G A 313.22 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0396485;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6495;QD=14.2372;RBI=0.0396962;REFB=-0.011197;REVB=-0.00194579;RO=53;SAF=25;SAR=10;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898782;STB=0.5513;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0150917;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:53:35:35:0.397727:10:25:34:19:10:25:34:19 chr1 248224690 . C T 307.24 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.000128111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.671;QD=22.7586;RBI=0.000505169;REFB=0.000657144;REVB=-0.000488654;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069058;STB=0.531578;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000516257;OID=.;OPOS=248224690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:30:31:0.574074:17:13:8:15:18:13:8:15 chr1 248264018 . C T 1514.44 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.234;QD=59.3898;RBI=0.0522984;REFB=0;REVB=0.0508302;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452987;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:49:53:0:0 chr1 248308979 . T A 1017.27 PASS AF=0.464912;AO=106;DP=227;FAO=106;FDP=228;FR=.;FRO=122;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=74;FSRR=48;FWDB=-0.0229482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.485;QD=17.8468;RBI=0.0274477;REFB=-0.0178299;REVB=0.0150585;RO=121;SAF=53;SAR=53;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997754;STB=0.557007;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0222835;OID=.;OPOS=248308979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:121:122:106:106:0.464912:53:53:73:48:53:53:74:48 chr1 248343543 . C T 1861.54 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9444;QD=60.5379;RBI=0.0813083;REFB=-0.167533;REVB=0.0673987;RO=1;SAF=49;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655258;STB=0.503448;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00281583;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:72:49:0:1:72:50:0:1 chr1 248343945 . C G 3081.5 PASS AF=0.984925;AO=193;DP=194;FAO=196;FDP=199;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0171818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1372;QD=61.9397;RBI=0.0443023;REFB=-0.0387715;REVB=0.0408348;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.502134;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00029794;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:199:0:3:193:196:0.984925:101:92:0:0:103:93:1:2 chr1 248343990 . T C 3121.96 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.532;QD=63.7134;RBI=0.0382527;REFB=0;REVB=0.0283478;RO=0;SAF=104;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14318e-05;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:195:196:1:91:104:0:0:91:105:0:0 chr1 248366702 . G A 2361.43 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700633;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.006;QD=61.3357;RBI=0.0762467;REFB=0;REVB=0.0300782;RO=0;SAF=87;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191588;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:154:0:0:152:154:1:65:87:0:0:66:88:0:0 chr1 248367014 . TG CA 775.72 PASS AF=0.438503;AO=82;DP=190;FAO=82;FDP=187;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.0395042;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.778;QD=16.5928;RBI=0.0474132;REFB=-0.0174391;REVB=0.0262189;RO=104;SAF=40;SAR=42;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846904;STB=0.544065;STBP=0.306;TYPE=mnp;VARB=0.0240997;OID=.;OPOS=248367014;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:187:104:105:82:82:0.438503:42:40:42:62:42:40:43:62 chr1 248402757 . AC A,AT 1110.38 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=18,55;DP=79;FAO=2,74;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311971,0.0333042;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.059,142.005;QD=58.4411;RBI=0.0659085,0.0570676;REFB=0,0;REVB=0.0580575,0.0463415;RO=0;SAF=17,21;SAR=1,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0211185,0.012866;OID=.,.;OPOS=248402758,248402758;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:18,55:79:2,74:76:0:1,38:1,36:0:0:6:0:17,21:1,34:0:0 chr1 248436611 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.392;QD=60.6099;RBI=0.0425146;REFB=0;REVB=0.0414063;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271277;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 248436616 . A G 545.16 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000419821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.01;QD=57.3848;RBI=0.0255399;REFB=0.0457512;REVB=0.0255365;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000220576;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr1 248436805 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.548;QD=43.4862;RBI=0.0426177;REFB=0;REVB=0.0422384;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251842;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 248457979 . C A 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00261077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.597;QD=58.0318;RBI=0.0473527;REFB=-0.0849322;REVB=0.0472807;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00178411;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:1:0:41:29:1:0 chr1 248458676 . T C 1105.33 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356755;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.746;QD=60.5658;RBI=0.0156325;REFB=0;REVB=0.01522;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34294e-05;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:50:23:0:0:50:23:0:0 chr1 248458689 . A G 1387.49 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0116935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.512;QD=60.3258;RBI=0.0122225;REFB=0.0137221;REVB=-0.00355712;RO=1;SAF=28;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166244;STB=0.517237;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=4.94772e-06;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:1:2:90:90:0.978261:62:28:1:0:62:28:2:0 chr1 248458717 . C G 1695.02 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3726;QD=60.5364;RBI=0.0355537;REFB=0;REVB=-0.0334042;RO=0;SAF=36;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.66798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43777e-05;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:76:36:0:0:76:36:0:0 chr1 248487100 . G T 571.18 PASS AF=0.414013;AO=64;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00322493;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.042;QD=14.5522;RBI=0.00422643;REFB=-0.0145135;REVB=0.00273176;RO=88;SAF=38;SAR=26;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109861;STB=0.569043;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0189878;OID=.;OPOS=248487100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:92:64:65:0.414013:26:38:43:45:27:38:43:49 chr1 248487300 . C T 2772.53 PASS AF=0.994413;AO=177;DP=177;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000630584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.062;QD=61.9559;RBI=0.0605537;REFB=-0.108982;REVB=0.0605505;RO=0;SAF=76;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.001314;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:179:0:1:177:178:0.994413:101:76:0:0:102:76:0:1 chr1 248487338 . C A 3238.38 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.368;QD=61.9785;RBI=0.0258111;REFB=0;REVB=0.0215902;RO=0;SAF=95;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20157e-06;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:209:0:0:208:209:1:113:95:0:0:114:95:0:0 chr1 248487638 . A G 2235.81 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.629;QD=63.4271;RBI=0.0185592;REFB=0;REVB=0.0165427;RO=0;SAF=53;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32797e-06;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:88:53:0:0:88:53:0:0 chr1 248487768 . A G 1060.77 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0482064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4638;QD=58.1242;RBI=0.0699539;REFB=0.0264861;REVB=-0.0506921;RO=1;SAF=53;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884155;STB=0.504672;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00324927;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:19:53:1:0:19:53:1:0 chr1 248512094 . C T 714.76 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=139;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00811644;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.874;QD=20.7178;RBI=0.0115559;REFB=-0.0180749;REVB=-0.00822565;RO=65;SAF=46;SAR=24;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068704;STB=0.529085;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.015615;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:65:68:70:70:0.507246:24:46:38:27:24:46:41:27 chr1 248512498 . A G 104.37 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00143097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.848;QD=10.9864;RBI=0.0272498;REFB=-0.0189833;REVB=-0.0272122;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632777;STB=0.553868;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0408854;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:2:10:20:5:2:11:20:5 chr1 248512637 . C T 396.71 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00797677;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.403;QD=17.6315;RBI=0.0327853;REFB=-0.0328549;REVB=-0.0318001;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903122;STB=0.55649;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.041668;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:49:41:41:0.455556:21:20:29:21:21:20:29:20 chr1 248512749 . G A 224.86 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00646749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.138;QD=13.0352;RBI=0.0141544;REFB=-0.0147012;REVB=0.0125904;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436739;STB=0.542638;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0260151;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:42:26:27:0.391304:15:11:19:22:16:11:20:22 chr1 248512767 . G T 201.92 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00930655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2551;QD=13.9254;RBI=0.00931041;REFB=-0.00610319;REVB=0.000267958;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024448;STB=0.527593;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.010303;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:23:24:0.413793:13:10:14:20:13:11:14:20 chr1 248525100 . G A 186.15 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.024569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6349;QD=8.76002;RBI=0.0292876;REFB=0.018014;REVB=-0.0159415;RO=59;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081371;STB=0.542499;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0429072;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:59:60:25:25:0.294118:14:11:30:29:14:11:30:30 chr1 248525135 . G A 202.64 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0351401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.373;QD=7.6468;RBI=0.0529137;REFB=-0.0141223;REVB=-0.0395605;RO=75;SAF=14;SAR=15;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334516;STB=0.501628;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0417642;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:77:29:29:0.273585:15:14:36:39:15:14:37:40 chr1 248525138 . C T 160.01 PASS AF=0.220339;AO=26;DP=118;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00542144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.444;QD=5.42397;RBI=0.0407709;REFB=-0.00480431;REVB=-0.0404088;RO=88;SAF=12;SAR=14;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625091;STB=0.546839;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0188141;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:88:92:26:26:0.220339:14:12:45:43:14:12:48:44 chr1 248525146 . C T 41.69 PASS AF=0.0983607;AO=12;DP=123;FAO=12;FDP=122;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0334787;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9628;QD=1.36685;RBI=0.0610752;REFB=0.00023203;REVB=-0.0510819;RO=110;SAF=6;SAR=6;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214376;STB=0.516366;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.00880289;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:123:122:110:110:12:12:0.0983607:6:6:57:53:6:6:57:53 chr1 248525330 . A G 139.39 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=60;FWDB=-0.0644783;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6156;QD=5.11521;RBI=0.0688866;REFB=-0.012084;REVB=-0.024247;RO=82;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337789;STB=0.699846;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.081088;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:82:86:23:23:0.211009:10:13:24:58:10:13:26:60 chr1 248525647 . C A 98.97 PASS AF=0.213333;AO=14;DP=73;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=13;FWDB=0.0123231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.536;QD=5.27852;RBI=0.0453425;REFB=-0.0215547;REVB=-0.0436359;RO=59;SAF=6;SAR=8;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435829;STB=0.719778;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0797516;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:73:75:59:59:14:16:0.213333:8:6:46:13:8:8:46:13 chr1 248525650 . C T 91.4 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=-0.0789826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.332;QD=4.74828;RBI=0.0905799;REFB=-0.0092953;REVB=-0.0443449;RO=60;SAF=8;SAR=8;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34537;STB=0.714067;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0782381;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:77:77:60:61:16:16:0.207792:8:8:46:14:8:8:47:14 chr1 248525657 . G A 90.05 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.0528592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.562;QD=4.93433;RBI=0.0594057;REFB=-0.00410472;REVB=-0.0271098;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=40;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342521;STB=0.725731;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0166223;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:69:73:54:58:15:15:0.205479:8:7:40:14:8:7:44:14 chr1 248525780 . C T 454.47 PASS AF=0.390977;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00276741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.819;QD=13.6681;RBI=0.00458011;REFB=-0.0237571;REVB=0.00364949;RO=81;SAF=27;SAR=25;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012545;STB=0.507097;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.036761;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:81:52:52:0.390977:25:27:43:38:25:27:43:38 chr1 248550970 . A G 258.35 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00578132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.86;QD=13.9649;RBI=0.0546897;REFB=-0.00331644;REVB=0.0543833;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161096;STB=0.500917;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00428561;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:13:17:25:19:13:17:25:19 chr1 248550976 . T G 348.17 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00688959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.207;QD=17.4082;RBI=0.0168474;REFB=-0.0199589;REVB=0.0153743;RO=43;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564244;STB=0.524022;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.025116;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:36:37:0.4625:18:18:24:19:18:19:24:19 chr1 248551203 . T C 160.91 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.09713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6778;QD=10.5514;RBI=0.100699;REFB=-0.0328337;REVB=-0.0265715;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304312;STB=0.686107;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0762761;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:8:12:13:27:8:13:13:27 chr1 248551560 . C T 393.1 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.024702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8713;QD=19.6552;RBI=0.0595376;REFB=0.0118193;REVB=0.0541714;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238269;STB=0.513238;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.0148604;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:15:25:24:16:15:25:24:16 chr1 248551636 . T G 494.04 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.014624;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.793;QD=18.8205;RBI=0.0146879;REFB=-0.0419894;REVB=-0.00136822;RO=52;SAF=36;SAR=16;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974481;STB=0.550393;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0407102;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:53:52:52:0.495238:16:36:31:21:16:36:32:21 chr1 248551701 . T C 500.5 PASS AF=0.521739;AO=49;DP=91;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0157136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1041;QD=21.7608;RBI=0.0415447;REFB=-0.00379596;REVB=0.0384584;RO=42;SAF=32;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311099;STB=0.504934;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00673084;OID=.;OPOS=248551701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:44:49:48:0.521739:17:32:26:16:17:31:28:16 chr1 248616401 . G A 2769.64 PASS AF=0.655647;AO=238;DP=363;FAO=238;FDP=363;FR=.;FRO=125;FSAF=109;FSAR=129;FSRF=77;FSRR=48;FWDB=0.0105363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.66;QD=30.5194;RBI=0.0130439;REFB=-0.02343;REVB=0.00768962;RO=122;SAF=109;SAR=129;SRF=74;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937976;STB=0.554296;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0109126;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:363:122:125:238:238:0.655647:129:109:74:48:129:109:77:48 chr1 248616408 . C T 2790.26 PASS AF=0.660221;AO=239;DP=362;FAO=239;FDP=362;FR=.;FRO=123;FSAF=110;FSAR=129;FSRF=76;FSRR=47;FWDB=-0.00610394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2012;QD=30.8316;RBI=0.0477169;REFB=0.00688722;REVB=-0.0473249;RO=123;SAF=110;SAR=129;SRF=76;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997016;STB=0.553439;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00436336;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:362:123:123:239:239:0.660221:129:110:76:47:129:110:76:47 chr1 248616466 . G T 559.88 PASS AF=0.328767;AO=72;DP=219;FAO=72;FDP=219;FR=.;FRO=147;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=80;FSRR=67;FWDB=-0.0275037;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.418;QD=10.2261;RBI=0.0277763;REFB=-0.00659854;REVB=-0.00388197;RO=147;SAF=41;SAR=31;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02988;STB=0.517179;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.014713;OID=.;OPOS=248616466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:147:147:72:72:0.328767:31:41:80:67:31:41:80:67 chr1 248637046 . G A 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0518014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.744;QD=36.4501;RBI=0.0518107;REFB=-0.0311504;REVB=0.000981838;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160401;STB=0.588126;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0115927;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:7:9:0:3:7:9:0:3 chr1 248637065 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.10529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1568;QD=10.0341;RBI=0.108642;REFB=0.00469732;REVB=-0.0267791;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00156459;OID=.;OPOS=248637065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr1 248637362 . C T 732.9 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203108;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.469;QD=53.3016;RBI=0.0261346;REFB=-0.1285;REVB=0.0164465;RO=1;SAF=47;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992212;STB=0.538446;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00174488;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:55:1:1:53:54:0.981818:6:47:1:0:6:48:0:1 chr1 248637416 . GC CT 415.43 PASS AF=0.444444;AO=45;DP=106;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=14;FWDB=-0.0040575;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.736;QD=15.3864;RBI=0.0370218;REFB=-0.0220536;REVB=-0.0367987;RO=60;SAF=34;SAR=11;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154419;STB=0.527016;STBP=0.687;TYPE=mnp;VARB=0.0284856;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:60:60:45:48:0.444444:11:34:46:14:13:35:46:14 chr1 248637480 . A G 201.89 PASS AF=0.17757;AO=38;DP=216;FAO=38;FDP=214;FR=.;FRO=176;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=130;FSRR=46;FWDB=-0.014433;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.763;QD=3.77365;RBI=0.0154978;REFB=-0.00044214;REVB=0.00564525;RO=172;SAF=18;SAR=20;SRF=126;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.713503;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00158039;OID=.;OPOS=248637480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:214:172:176:38:38:0.17757:20:18:126:46:20:18:130:46 chr1 248637482 . G T 212.33 PASS AF=0.183962;AO=40;DP=214;FAO=39;FDP=212;FR=.;FRO=173;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=126;FSRR=47;FWDB=-0.00101957;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3953;QD=4.0062;RBI=0.00240348;REFB=-0.00259774;REVB=0.00217651;RO=172;SAF=19;SAR=21;SRF=126;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335842;STB=0.694858;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00697513;OID=.;OPOS=248637482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:212:172:173:40:39:0.183962:21:19:126:46:20:19:126:47 chr1 248637543 . C T 1288.72 PASS AF=0.523207;AO=124;DP=238;FAO=124;FDP=237;FR=.;FRO=113;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=-0.00595282;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.286;QD=21.7506;RBI=0.0285179;REFB=-0.034395;REVB=0.0278897;RO=112;SAF=74;SAR=50;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937364;STB=0.506875;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0320533;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:112:113:124:124:0.523207:50:74:68:44:50:74:69:44 chr1 248652011 . A T 133.44 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0548027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.693;QD=25.4177;RBI=0.055922;REFB=-0.0287025;REVB=-0.0111328;RO=5;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553229;STB=0.81019;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00791981;OID=.;OPOS=248652011;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:21:5:6:12:13:0.619048:11:1:4:1:12:1:4:2 chr1 248652023 . G A 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.152892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2324;QD=22.6791;RBI=0.176345;REFB=-0.00510977;REVB=-0.0878727;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483119;STB=0.765291;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00431228;OID=.;OPOS=248652023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:9:1:3:1:9:1:3:2 chr1 248652058 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0117097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.627;QD=20.8979;RBI=0.0254224;REFB=-0.00235251;REVB=-0.0225651;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336275;STB=0.699397;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00239936;OID=.;OPOS=248652058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:2:2:7:1:2:2 chr1 248652061 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0363422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.776;QD=20.8979;RBI=0.0398332;REFB=-0.000582617;REVB=-0.0163072;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336275;STB=0.699397;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000545391;OID=.;OPOS=248652061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:2:2:7:1:2:2 chr1 248652071 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.05043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.526;QD=16.4545;RBI=0.059817;REFB=-0.0145838;REVB=-0.0321696;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.681121;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00558546;OID=.;OPOS=248652071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:5:1:1:2:5:1:2:2 chr1 248685253 . T C 1230.81 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842603;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.091;QD=61.5403;RBI=0.0529425;REFB=0;REVB=0.0522677;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13674e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr1 248722611 . C G 175.18 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.603;QD=46.7136;RBI=0.0311687;REFB=0;REVB=-0.0241018;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037029;OID=.;OPOS=248722611;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:9:6:0:0 chr1 248722621 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0125232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.237;QD=31.0675;RBI=0.0422131;REFB=-0.00992299;REVB=0.0403128;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139023;STB=0.507683;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00363919;OID=.;OPOS=248722621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:9:8:3:3:9:8:3:3 chr1 248722624 . C T 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0125905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.221;QD=32.2487;RBI=0.0147561;REFB=-0.026297;REVB=0.00769562;RO=6;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025407;STB=0.514003;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00718704;OID=.;OPOS=248722624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:10:8:3:3:10:8:3:3 chr1 248722659 . C T 310.51 PASS AF=0.627907;AO=24;DP=40;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00172326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9801;QD=28.8848;RBI=0.125326;REFB=0.0485218;REVB=0.125314;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252747;STB=0.647449;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0281081;OID=.;OPOS=248722659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:16:16:24:27:0.627907:13:11:13:3:16:11:13:3 chr1 248722671 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.225;QD=63.8713;RBI=0.00320169;REFB=0;REVB=0.00255752;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12374e-06;OID=.;OPOS=248722671;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr1 248722739 . G C 74.02 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.00241751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9745;QD=3.28958;RBI=0.0142665;REFB=-0.00960688;REVB=0.0140602;RO=75;SAF=11;SAR=3;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455508;STB=0.799892;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0532497;OID=.;OPOS=248722739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:90:75:76:14:14:0.155556:3:11:31:44:3:11:32:44 chr1 248722752 . A G 49.47 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0663737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3214;QD=2.1747;RBI=0.0667603;REFB=-0.0153039;REVB=0.00717421;RO=75;SAF=8;SAR=3;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386737;STB=0.748099;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.132421;OID=.;OPOS=248722752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:86:91:75:80:11:11:0.120879:3:8:30:45:3:8:35:45 chr1 248722756 . T A 58.2 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0210889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.687;QD=2.61574;RBI=0.0272726;REFB=-0.00423075;REVB=-0.0172932;RO=76;SAF=9;SAR=3;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396487;STB=0.777935;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0395342;OID=.;OPOS=248722756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:89:76:77:12:12:0.134831:3:9:32:44:3:9:32:45 chr1 248722767 . T C 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00837559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.312;QD=2.81252;RBI=0.0136574;REFB=-0.00103673;REVB=-0.0107877;RO=72;SAF=9;SAR=3;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416333;STB=0.787259;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00900182;OID=.;OPOS=248722767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:72:73:12:12:0.141176:3:9:29:43:3:9:29:44 chr1 248722777 . T A 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.835;QD=60.2414;RBI=0.0118686;REFB=-0.00362916;REVB=0.0054569;RO=1;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101845;STB=0.505375;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=5.46119e-05;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:46:36:0:1:46:36:0:1 chr1 248722788 . G T 61.63 PASS AF=0.15;AO=12;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0674958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4725;QD=3.0815;RBI=0.0730519;REFB=-0.0121148;REVB=0.0279447;RO=67;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418048;STB=0.785266;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.064601;OID=.;OPOS=248722788;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:67:68:12:12:0.15:3:9:27:40:3:9:27:41 chr1 248737293 . GC AG 93.21 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0741274;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.631;QD=8.28512;RBI=0.074227;REFB=-0.0499851;REVB=-0.00384259;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100129;STB=0.571347;STBP=0.474;TYPE=mnp;VARB=0.150243;OID=.;OPOS=248737293;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:45:45:26:28:16:17:0.377778:9:7:9:17:9:8:10:18 chr1 248737319 . G A 147.67 PASS AF=0.272727;AO=21;DP=77;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0215089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4354;QD=7.6714;RBI=0.0908353;REFB=-0.0109355;REVB=0.088252;RO=56;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551491;STB=0.533301;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0306667;OID=.;OPOS=248737319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:56:56:21:21:0.272727:14:7:21:35:14:7:21:35 chr1 248737329 . C T 343.98 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00681305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.231;QD=16.3799;RBI=0.0322508;REFB=-0.00438091;REVB=0.031523;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340766;STB=0.51918;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0113161;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:18:29:24:13:18:29 chr1 248737343 . C T 287.03 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0162122;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.46;QD=11.1467;RBI=0.0332718;REFB=-0.0100499;REVB=-0.0290548;RO=67;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240932;STB=0.637648;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.023586;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:67:67:36:36:0.349515:17:19:21:46:17:19:21:46 chr1 248737348 . G A 748.34 PASS AF=0.647619;AO=68;DP=105;FAO=68;FDP=105;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000205892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4331;QD=28.5083;RBI=0.018945;REFB=-0.00748369;REVB=0.0189439;RO=37;SAF=27;SAR=41;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313215;STB=0.516932;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00331933;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:37:37:68:68:0.647619:41:27:13:24:41:27:13:24 chr1 248737454 . A G 84.12 PASS AF=0.138462;AO=18;DP=131;FAO=18;FDP=130;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0201268;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.161;QD=2.58816;RBI=0.02019;REFB=-0.00421978;REVB=-0.00159511;RO=110;SAF=9;SAR=9;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571819;STB=0.538419;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0404802;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:131:130:110:112:18:18:0.138462:9:9:50:60:9:9:51:61 chr1 248737510 . GA AG,GG 128.68 PASS AF=0,0.263889;AO=3,15;DP=72;FAO=0,19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=0,10;FSAR=0,9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0339714,0.0676877;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=28.4556,30.5808;QD=7.14874;RBI=0.0537105,0.0687643;REFB=0.0511127,0.03205;REVB=0.0416024,0.0121201;RO=40;SAF=3,6;SAR=0,9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.527834,-0.0610649;STB=0.5,0.567615;STBP=1,0.533;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.027535,-0.0188855;OID=.,.;OPOS=248737510,248737511;OREF=GA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:72:72:40:53:3,15:0,19:0,0.263889:0,9:3,6:18:22:0,9:0,10:23:30 chr1 248737595 . A G 262.65 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.086404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.353;QD=47.7544;RBI=0.0868867;REFB=-0.11757;REVB=0.00914581;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.514272;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00108131;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:17:4:0:1:17:4:0:1 chr1 248789504 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.98;QD=49.3983;RBI=0.0698809;REFB=0.013616;REVB=0.0474636;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000294411;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr1 248789753 . G C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00467056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.019;QD=50.8366;RBI=0.0192121;REFB=0.00963571;REVB=0.0186358;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000427213;OID=.;OPOS=248789753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:0:1:12:13:0:1 chr1 248790075 . A G 37.36 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0255005;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.818;QD=21.3465;RBI=0.0685007;REFB=-0.0734325;REVB=0.0635773;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0400987;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:6:7:0:2:4:5:0.714286:3:1:0:0:4:1:1:1 chr1 248790167 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.961;QD=51.1822;RBI=0.0666787;REFB=0;REVB=0.06666;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008052;OID=.;OPOS=248790167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 248790199 . T C 382.62 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.957;QD=54.6595;RBI=0.0216682;REFB=0;REVB=-0.0197585;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5267e-05;OID=.;OPOS=248790199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr1 248801592 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.759;QD=48.7363;RBI=0.0629322;REFB=0;REVB=0.0381376;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945995;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 248801602 . T TCA 186.77 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039187;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=310.787;QD=46.6923;RBI=0.0612135;REFB=0;REVB=0.0470263;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.46488e-05;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:16:16:0:7:9:0:0:4:0:7:8:0:0 chr1 248801610 . GC AT 195.53 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129739;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.092;QD=48.8811;RBI=0.0963615;REFB=0;REVB=0.0954842;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000633254;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 248801633 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.687;QD=47.8224;RBI=0.0328924;REFB=0;REVB=-0.00802426;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00679e-05;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 248801897 . G A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.016161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0869;QD=24.1268;RBI=0.0185759;REFB=0.0370476;REVB=-0.00915894;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103035;STB=0.557457;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0339715;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:3:8:10:7:3:8 chr1 248801944 . TCAGCACG T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0254788;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=305.362;QD=12.0517;RBI=0.025486;REFB=-0.0202865;REVB=0.000601823;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343366;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=0.0295398;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:9:22:9:22:13:2:7:7:6:66:13:2:7:7:6 chr1 248813280 . C T 417.96 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.195;QD=53.9297;RBI=0.0181788;REFB=-0.0769583;REVB=0.00575225;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00199716;OID=.;OPOS=248813280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:16:13:1:0:17:13:1:0 chr1 248813542 . G A 222.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.009;QD=49.3817;RBI=0.108179;REFB=0;REVB=-0.0235139;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165455;OID=.;OPOS=248813542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:13:3:0:0:14:4:0:0 chr1 248814052 . T A 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0235147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.536;QD=31.7355;RBI=0.0487603;REFB=0.00126969;REVB=0.0427157;RO=5;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179477;STB=0.599866;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000272173;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:12:4:3:2:12:4:3:2 chr1 248814080 . A C 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00940012;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.982;QD=51.5087;RBI=0.010571;REFB=0.04139;REVB=0.00483565;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000467496;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:0:1:16:10:0:1 chr1 248814126 . G A 340.43 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4563;QD=54.4695;RBI=0.0888101;REFB=0;REVB=0.0287682;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798659;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 248844959 . T C 243.83 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0352895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.195;QD=18.7562;RBI=0.0372299;REFB=-0.012893;REVB=0.0118625;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068626;STB=0.538432;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0246595;OID=.;OPOS=248844959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:13:13:15:11:13:13:15:11 chr1 248845356 . G T 373.47 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0164084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.764;QD=20.4639;RBI=0.0483035;REFB=-0.00645389;REVB=-0.0454312;RO=35;SAF=31;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369264;STB=0.710297;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00363035;OID=.;OPOS=248845356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:37:38:0.520548:6:31:18:17:6:32:18:17 chr1 248845411 . G A 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00833202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.04;QD=14.8326;RBI=0.0117822;REFB=-0.0167916;REVB=-0.00833056;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000678942;STB=0.508316;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0230919;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:13:21:29:18:13:21:29:19 chr1 248845458 . C T 304.96 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0113065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6891;QD=15.0598;RBI=0.0162252;REFB=-0.0266146;REVB=0.011637;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291434;STB=0.50922;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0289966;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:15:19:27:19:15:19:27:20 chr1 248845471 . T C 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.955;QD=60.0292;RBI=0.0217775;REFB=0;REVB=0.0214708;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58492e-05;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr1 248845499 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.217;QD=64.415;RBI=0.0919583;REFB=0;REVB=0.0700554;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641201;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr1 249105163 . T C 1914.51 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6543;QD=61.7582;RBI=0.0308495;REFB=0;REVB=0.0286872;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2958e-05;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr1 249111262 . C T 239.63 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0408785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1822;QD=21.3005;RBI=0.0967769;REFB=-0.0304016;REVB=-0.0877195;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200216;STB=0.60368;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0237947;OID=.;OPOS=249111262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:23:23:0.511111:16:7:11:10:16:7:11:11 chr1 249142930 . GA G 146.97 PASS AF=0.395062;AO=37;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.214904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.0845;QD=7.25752;RBI=0.220713;REFB=0.00956465;REVB=0.0503045;RO=42;SAF=30;SAR=7;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.48263;SSSB=0.191185;STB=0.527982;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=-0.0272339;OID=.;OPOS=249142931;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395062:37:81:32:81:49:24:8:35:14:99:42:30:7:28:14 chr1 249142936 . A G 275.98 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.0123347;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3248;QD=13.1417;RBI=0.044079;REFB=-0.0174285;REVB=-0.042318;RO=53;SAF=24;SAR=8;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718388;STB=0.545425;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0174287;OID=.;OPOS=249142936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:53:52:32:32:0.380952:8:24:37:16:8:24:36:16 chr1 249143646 . G T 1843.92 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510931;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.438;QD=59.9648;RBI=0.0686495;REFB=-0.0595005;REVB=0.0684591;RO=2;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502365;OID=.;OPOS=249143646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:123:2:0:121:123:1:65:56:0:2:67:56:0:0 chr1 249168107 . G C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2353;QD=58.5988;RBI=0.0574096;REFB=0;REVB=0.0556618;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138215;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 249168433 . G A 1378.53 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.199;QD=62.6604;RBI=0.0653307;REFB=0;REVB=0.0415178;RO=0;SAF=59;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133622;OID=.;OPOS=249168433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:84:88:1:25:59:0:0:26:62:0:0 chr1 249168436 . G A 1305.52 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707917;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.161;QD=62.1678;RBI=0.0727013;REFB=0;REVB=0.0165532;RO=0;SAF=61;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018966;OID=.;OPOS=249168436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:23:61:0:0:23:61:0:0 chr1 249168516 . A G 760.23 PASS AF=0.921875;AO=54;DP=59;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0288421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2165;QD=47.5142;RBI=0.0503984;REFB=-0.111718;REVB=-0.0413295;RO=5;SAF=19;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109089;STB=0.547154;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0309958;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:59:64:5:5:54:59:0.921875:35:19:5:0:35:24:5:0 chr1 249206974 . A C 127.66 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0978924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.174;QD=12.4544;RBI=0.0979017;REFB=-0.0399355;REVB=0.0013457;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401409;STB=0.738786;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.073731;OID=.;OPOS=249206974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:3:12:12:14:3:12:12:14 chr1 249211729 . C G 294.05 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0264345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8471;QD=17.5551;RBI=0.0462646;REFB=-0.00466453;REVB=-0.0379689;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124694;STB=0.569789;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00750016;OID=.;OPOS=249211729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:15:20:14:18:15:20 chr1 249213132 . TAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAT 47.52 PASS AF=0.175676,0.0472973;AO=37,8;DP=152;FAO=26,7;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=10,5;FSAR=16,2;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.211818,-0.147123;FXX=0.0263141;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.03415,19.9923;QD=1.28431;RBI=0.227006,0.147135;REFB=-0.094248,-0.0480474;REVB=0.0816374,0.00183672;RO=76;SAF=16,5;SAR=21,3;SRF=22;SRR=54;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174926,0.380916;STB=0.501729,0.787608;STBP=0.996,0.137;TYPE=del,snp;VARB=0.101627,0.0169458;OID=.,.;OPOS=249213133,249213140;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676,0.0472973:37,8:152:26,7:148:115:10,5:16,2:44:71:33:76:16,5:21,3:22:54 chr2 242800 . T C 392.93 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.882;QD=56.1326;RBI=0.0522366;REFB=0;REVB=0.0519911;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155224;OID=.;OPOS=242800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr2 243504 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.074;QD=53.9315;RBI=0.057893;REFB=-0.111197;REVB=0.0137246;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00186129;OID=.;OPOS=243504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:1:0 chr2 269352 . G A 1327.93 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371765;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.57;QD=62.4909;RBI=0.00426023;REFB=0;REVB=-0.00208053;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118233;OID=.;OPOS=269352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr2 676177 . C G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.747;QD=61.8524;RBI=0.0675605;REFB=0;REVB=0.0110961;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126971;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:36:47:0:0:36:47:0:0 chr2 1079320 . C T 1713.25 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6175;QD=60.6458;RBI=0.0581016;REFB=0;REVB=-0.01447;RO=0;SAF=55;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185352;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:58:55:0:0:58:55:0:0 chr2 1099076 . TAT CTT,TCT,TTC,TTT 1311.2 PASS AF=0.0721649,0.71134,0.0721649,0.14433;AO=10,27,7,7;DP=88;FAO=7,69,7,14;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49,6,3;FSAR=4,20,1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267477,0.0298953,0.032735,0.0119075;FXX=0.010203;HRUN=11,1,1,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=69.4146,59.6961,75.9398,118.772;QD=54.07;RBI=0.0608202,0.0486437,0.0329539,0.0141081;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0546228,0.038373,-0.00379187,0.00756626;RO=0;SAF=6,19,1,1;SAR=4,8,6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,4.06954e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp,snp;VARB=0.0138639,-0.00111876,0.0474345,0.0651824;OID=.,.,.,.;OPOS=1099076,1099077,1099077,1099077;OREF=TA,A,AT,A;OALT=CT,C,TC,T;OMAPALT=CTT,TCT,TTC,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:66:88:97:0:0:10,27,7,7:7,69,7,14:0.0721649,0.71134,0.0721649,0.14433:4,8,6,6:6,19,1,1:0:0:4,20,1,11:3,49,6,3:0:0 chr2 1099079 . T C 48.39 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.007368;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=148.012;QD=1.97514;RBI=0.0181866;REFB=0.000680806;REVB=-0.0166272;RO=87;SAF=5;SAR=6;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228087;STB=0.663972;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00293372;OID=.;OPOS=1099079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:87:87:11:11:0.112245:6:5:56:31:6:5:56:31 chr2 1168781 . C A 425.93 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0119209;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.464;QD=27.0429;RBI=0.0120997;REFB=-0.0293379;REVB=-0.00207246;RO=23;SAF=29;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927923;STB=0.550781;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0165008;OID=.;OPOS=1168781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:23:40:40:0.634921:11:29:14:9:11:29:14:9 chr2 1204796 . C T 296.59 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0385056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1529;QD=16.0319;RBI=0.0412418;REFB=-0.00971631;REVB=0.0147719;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132463;STB=0.579854;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0197162;OID=.;OPOS=1204796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:16:17:26:14:16:17:27:14 chr2 1271230 . A G 324.61 PASS AF=0.313433;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=134;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0633407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.287;QD=9.68979;RBI=0.0640145;REFB=-0.0341643;REVB=-0.00926383;RO=87;SAF=18;SAR=24;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194975;STB=0.614683;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0580489;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:87:92:42:42:0.313433:24:18:52:35:24:18:55:37 chr2 1320143 . C T 344.29 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0544099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9992;QD=14.1977;RBI=0.0559117;REFB=-0.0191392;REVB=-0.012872;RO=59;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09986;STB=0.556672;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0372025;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:19:19:24:35:19:19:24:35 chr2 1481155 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.411;QD=37.4884;RBI=0.0369938;REFB=0;REVB=0.0369938;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046974;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 1520676 . T C 445.38 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00265411;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6001;QD=20.2445;RBI=0.0289361;REFB=-0.0472978;REVB=-0.0288141;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143958;STB=0.579839;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0289906;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:44:44:44:44:0.5:18:26:19:25:18:26:19:25 chr2 1544617 . G A 517.06 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0119116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.684;QD=25.2225;RBI=0.0240919;REFB=-0.0335176;REVB=0.0209412;RO=33;SAF=21;SAR=27;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147569;STB=0.586328;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0167407;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:34:48:48:0.585366:27:21:21:12:27:21:22:12 chr2 1546327 . C G 250.12 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00314719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5537;QD=12.0539;RBI=0.034261;REFB=-0.00367456;REVB=0.0341161;RO=52;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773154;STB=0.549264;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00521768;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:52:53:30:30:0.361446:13:17:33:19:13:17:34:19 chr2 1637648 . T C 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00330366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.486;QD=11.4903;RBI=0.0142846;REFB=-0.0101001;REVB=0.0138973;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235363;STB=0.650345;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0163241;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:11:5:16:15:11:5:17:15 chr2 1647171 . T C 923.41 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188704;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.506;QD=58.6294;RBI=0.0223049;REFB=0;REVB=0.0118918;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40395e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr2 1652660 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0503217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.489;QD=16.8229;RBI=0.0503555;REFB=8.67307e-05;REVB=-0.00184574;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477379;STB=0.777056;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000907125;OID=.;OPOS=1652660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:0:5:2:5:0:5 chr2 1652822 . T G 2444.51 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00799851;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.676;QD=60.7332;RBI=0.00878289;REFB=0.0335219;REVB=0.00362808;RO=1;SAF=101;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799595;STB=0.504201;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000395891;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:161:1:1:160:160:0.993789:59:101:0:1:59:101:0:1 chr2 1664654 . A G 601.97 PASS AF=0.455882;AO=61;DP=138;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0204062;FXX=0.0422505;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.677;QD=17.705;RBI=0.0364382;REFB=-0.0210791;REVB=0.0301883;RO=69;SAF=40;SAR=21;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202831;STB=0.613554;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0213765;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:69:74:61:62:0.455882:21:40:31:38:21:41:34:40 chr2 1842968 . T C 1562.09 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189247;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.335;QD=59.5082;RBI=0.0234268;REFB=0;REVB=0.0138084;RO=0;SAF=37;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133071;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:67:37:0:0:67:38:0:0 chr2 1896055 . C CG 40.31 PASS AF=0.0909091;AO=19;DP=181;FAO=16;FDP=176;FR=.;FRO=160;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=100;FWDB=-0.0135549;FXX=0.022221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.9221;QD=0.916177;RBI=0.0953624;REFB=-0.00935613;REVB=-0.0943941;RO=154;SAF=10;SAR=9;SRF=58;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184142;STB=0.812154;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.130193;OID=.;OPOS=1896056;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0909091:19:181:16:176:160:12:4:60:100:40:154:10:9:58:96 chr2 1926437 . G T 832.5 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.010807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.996;QD=52.8574;RBI=0.0242609;REFB=-0.109436;REVB=0.021721;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412713;STB=0.511274;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000587628;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:26:34:1:1:26:34:1:2 chr2 3212704 . C A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00188222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.565;QD=25.2554;RBI=0.0370109;REFB=-0.0333027;REVB=0.036963;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806144;STB=0.504499;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0197763;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:6:4:7:10:6:4 chr2 3392075 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.987;QD=57.1984;RBI=0.0722178;REFB=0;REVB=-0.0189624;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326688;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr2 3392295 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.729;QD=57.0007;RBI=0.045544;REFB=0;REVB=0.0445276;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45248e-05;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr2 3392513 . TT CA,TC 660.56 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168118,0.0148327;FXX=0.0227221;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=161.21,109.853;QD=61.4478;RBI=0.0171893,0.0203095;REFB=0,0;REVB=-0.00358253,0.0138732;RO=0;SAF=15,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00062861,-0.0247702;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:26,2:15,0:0:0:26,2:15,0:0:0 chr2 3425514 . G C 1813.45 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9728;QD=60.9564;RBI=0.0359897;REFB=0;REVB=-0.0116112;RO=0;SAF=69;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02452e-05;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:117:119:1:48:69:0:0:50:69:0:0 chr2 3469463 . G C 281.61 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0137594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.979;QD=12.3784;RBI=0.0137638;REFB=-0.0149566;REVB=-0.000348101;RO=54;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894046;STB=0.52904;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0293491;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:54:58:33:33:0.362637:15:18:25:29:15:18:29:29 chr2 3470115 . T C 356.28 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0404223;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.857;QD=14.1101;RBI=0.0437815;REFB=-0.0109063;REVB=-0.0168182;RO=53;SAF=17;SAR=24;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133406;STB=0.580512;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0192523;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:60:41:41:0.405941:24:17:29:24:24:17:33:27 chr2 3470124 . G A 418.26 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0568978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.9769;QD=17.4275;RBI=0.0606146;REFB=-0.0282138;REVB=-0.020899;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168749;STB=0.604602;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0254878;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:49:53:43:43:0.447917:26:17:28:21:26:17:31:22 chr2 3483205 . C T 253.61 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.76;QD=50.7213;RBI=0.0623802;REFB=0;REVB=0.0280431;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366795;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:8:10:0:0:8:12:0:0 chr2 3488502 . A G 2140.99 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.904;QD=62.9702;RBI=0.0470829;REFB=0;REVB=0.0266532;RO=0;SAF=82;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8241e-05;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:53:82:0:0:53:83:0:0 chr2 3504548 . A G 477.24 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00739901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5539;QD=18.0089;RBI=0.0486635;REFB=-0.0190824;REVB=-0.0480978;RO=53;SAF=37;SAR=14;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130645;STB=0.58626;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0200633;OID=.;OPOS=3504548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:53:55:51:51:0.481132:14:37:32:21:14:37:32:23 chr2 3504687 . A G 612.57 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00957159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.517;QD=21.6838;RBI=0.00976645;REFB=-0.0297728;REVB=0.00194119;RO=52;SAF=33;SAR=28;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046801;STB=0.525659;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.026723;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:28:33:31:21:28:33:31:21 chr2 3518643 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.612;QD=57.1766;RBI=0.0354574;REFB=0;REVB=-0.0211686;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84697e-05;OID=.;OPOS=3518643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr2 3597974 . T C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0192467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.742;QD=18.9664;RBI=0.0263909;REFB=-0.00773269;REVB=-0.0180566;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196504;STB=0.501113;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00747778;OID=.;OPOS=3597974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:17:8:7:15:17:8 chr2 3605468 . A G 1068.43 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.117783;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.768;QD=56.983;RBI=0.119329;REFB=-0.084482;REVB=0.019145;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.511361;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000624343;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:75:0:2:72:73:0.973333:29:43:0:0:30:43:2:0 chr2 3652616 . G C 2391.93 PASS AF=0.981595;AO=151;DP=155;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0335598;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.775;QD=58.6978;RBI=0.0550591;REFB=-0.111789;REVB=0.0436491;RO=2;SAF=109;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864772;STB=0.500309;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0026715;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:163:2:3:151:160:0.981595:42:109:2:0:51:109:2:1 chr2 3653844 . T C 902.81 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536496;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.397;QD=58.2458;RBI=0.0666866;REFB=0;REVB=0.0396083;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025388;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:53:62:1:44:9:0:0:43:19:0:0 chr2 3687900 . C G 800.5 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0142808;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.152;QD=18.2972;RBI=0.0193267;REFB=0.00382859;REVB=0.0130223;RO=91;SAF=44;SAR=39;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958912;STB=0.549988;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00518063;OID=.;OPOS=3687900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:91:92:83:83:0.474286:39:44:39:52:39:44:40:52 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 477.08 PASS AF=0.0461538,0.484615;AO=16,58;DP=131;FAO=6,63;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=0,38;FSAR=6,25;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0400026,-0.00317221;FXX=0.0151504;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=21.2497,223.88;QD=14.6793;RBI=0.282231,0.0289548;REFB=-0.0885911,-0.0247139;REVB=-0.279382,0.0287805;RO=50;SAF=1,38;SAR=15,20;SRF=34;SRR=16;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725317,-0.0233565;STB=0.998411,0.51501;STBP=0.005,0.75;TYPE=del,del;VARB=0.159234,0.0234502;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0461538,0.484615:16,58:131:6,63:130:61:0,38:6,25:35:26:99:50:1,38:15,20:34:16 chr2 3800383 . C T 1695.15 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000891301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.602;QD=60.5409;RBI=0.0736582;REFB=0;REVB=-0.0736528;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149836;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr2 5837271 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.017895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.378;QD=13.4417;RBI=0.0213312;REFB=0.00815248;REVB=-0.0116098;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124;STB=0.574302;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00989494;OID=.;OPOS=5837271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:1:9:11:2:1:9:11:2 chr2 5838030 . G A 398.22 PASS AF=0.619048;AO=33;DP=57;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0228652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.269;QD=25.2838;RBI=0.0230251;REFB=-0.0113619;REVB=0.00270849;RO=24;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903439;STB=0.54052;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00749108;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:24:24:33:39:0.619048:14:19:11:13:17:22:11:13 chr2 5839686 . A G 234.69 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0304997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.87;QD=15.3894;RBI=0.0340005;REFB=-0.0154512;REVB=0.0150267;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01824;STB=0.51032;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0136149;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:14:13:17:17:14:13:17:17 chr2 6990020 . C T 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0156267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.376;QD=13.9778;RBI=0.0210273;REFB=-0.0113182;REVB=-0.0140696;RO=53;SAF=26;SAR=9;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129508;STB=0.570044;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0182219;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:54:35:35:0.393258:9:26:34:19:9:26:35:19 chr2 7005369 . A G 57.01 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.71;QD=32.5794;RBI=0.088659;REFB=0;REVB=-0.0879251;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00319109;OID=.;OPOS=7005369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr2 7137067 . A G 1088.7 PASS AF=0.561111;AO=101;DP=184;FAO=101;FDP=180;FR=.;FRO=79;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.00894605;FXX=0.0270256;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.951;QD=24.1934;RBI=0.0418027;REFB=-0.0159546;REVB=0.0408342;RO=77;SAF=39;SAR=62;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139351;STB=0.576309;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0145758;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:180:77:79:101:101:0.561111:62:39:43:34:62:39:44:35 chr2 7154632 . T C 1231.36 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302888;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.771;QD=61.5678;RBI=0.0309817;REFB=0;REVB=0.00651584;RO=0;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99411e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:38:41:0:0:39:41:0:0 chr2 7208422 . T C 105.62 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0164113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.152;QD=7.54455;RBI=0.0172317;REFB=-0.0106078;REVB=0.00525338;RO=41;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128357;STB=0.577369;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0247786;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:10:5:10:31:10:5:10:31 chr2 7717019 . G A 210.96 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00285069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2251;QD=15.6269;RBI=0.00427623;REFB=-0.0207347;REVB=-0.00318743;RO=28;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116548;STB=0.587561;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0322932;OID=.;OPOS=7717019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:30:25:24:0.444444:9:16:21:7:9:15:23:7 chr2 8870862 . T C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0170367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.182;QD=16.2718;RBI=0.0212947;REFB=-0.0422467;REVB=-0.0127756;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0432481;OID=.;OPOS=8870862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:7:11:8:7:7:11 chr2 9491017 . C T 725.86 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=15;FWDB=-0.0186874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8946;QD=20.7389;RBI=0.0241584;REFB=0.0105283;REVB=0.0153104;RO=69;SAF=54;SAR=17;SRF=54;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275618;STB=0.515147;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0213872;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:69:71:71:0.507143:17:54:54:15:17:54:54:15 chr2 9528536 . G C 482.32 PASS AF=0.477064;AO=50;DP=107;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00355755;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.732;QD=17.6998;RBI=0.0117314;REFB=-0.022969;REVB=-0.0111789;RO=55;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572473;STB=0.521359;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0221306;OID=.;OPOS=9528536;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:55:57:50:52:0.477064:27:23:22:33:28:24:24:33 chr2 9629874 . A C 47.5 PASS AF=0.2;AO=12;DP=40;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0330266;FXX=0.124969;HRUN=24;LEN=1;MLLD=152.105;QD=5.42864;RBI=0.0332111;REFB=-0.00223882;REVB=-0.00349572;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13415;STB=0.612587;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00570228;OID=.;OPOS=9629874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:40:35:27:28:12:7:0.2:8:4:12:15:3:4:12:16 chr2 9880827 . A G 384.94 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0330053;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7547;QD=14.8052;RBI=0.0367467;REFB=-0.0118722;REVB=-0.0161545;RO=60;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169478;STB=0.586917;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0205158;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:43:44:0.423077:18:25:25:35:19:25:25:35 chr2 9983686 . G T 565.85 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00921424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0628;QD=27.2701;RBI=0.0167747;REFB=-0.00129238;REVB=0.0140175;RO=32;SAF=7;SAR=44;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705399;STB=0.53859;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00106305;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:44:7:6:26:44:7:6:26 chr2 9983716 . A C 827.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.016;QD=57.0577;RBI=0.0376439;REFB=0;REVB=0.0328054;RO=0;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:44:10:0:0:47:11:0:0 chr2 10045014 . C A,T 2215.78 PASS AF=0.25974,0.74026;AO=34,112;DP=148;FAO=40,114;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=24,81;FSAR=16,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256793,-0.00166239;FXX=0.0128197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.875,66.3528;QD=57.5528;RBI=0.0150427,0.00315617;REFB=0,0;REVB=0.0148219,-0.00268289;RO=0;SAF=23,80;SAR=11,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0662336,-0.00864856;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:148:154:0:0:34,112:40,114:0.25974,0.74026:11,32:23,80:0:0:16,33:24,81:0:0 chr2 10045024 . G A 2429.86 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295987;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.33;QD=61.5155;RBI=0.0302671;REFB=0;REVB=0.00632592;RO=0;SAF=107;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58858e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:158:0:0:158:158:1:51:107:0:0:51:107:0:0 chr2 10050947 . T C 932.05 PASS AF=0.567073;AO=74;DP=153;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0301281;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.069;QD=22.733;RBI=0.0301295;REFB=-0.0269235;REVB=-0.000288034;RO=65;SAF=23;SAR=51;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193636;STB=0.533644;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0193602;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:164:65:71:74:93:0.567073:51:23:34:31:53:40:36:35 chr2 10050960 . A G 924.22 PASS AF=0.542169;AO=90;DP=167;FAO=90;FDP=166;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.018593;FXX=0.00598767;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.9446;QD=22.2702;RBI=0.0195409;REFB=-0.00418698;REVB=-0.00601219;RO=65;SAF=41;SAR=49;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758545;STB=0.514398;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00336012;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:65:76:90:90:0.542169:49:41:36:29:49:41:37:39 chr2 10053412 . C T 341.42 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0416344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4091;QD=13.389;RBI=0.0621183;REFB=-0.026557;REVB=0.0461006;RO=62;SAF=27;SAR=13;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091604;STB=0.55218;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0335912;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:13:27:37:25:13:27:37:25 chr2 10059770 . G T 744.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7714;QD=63.3738;RBI=0.0458589;REFB=0;REVB=0.0421143;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255589;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr2 10094992 . A G 800.01 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.194179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2283;QD=54.2379;RBI=0.194727;REFB=-0.017137;REVB=0.0145967;RO=1;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241661;STB=0.512191;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00223727;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:19:37:0:1:20:38:0:1 chr2 10126330 . G A 265.71 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00967706;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.404;QD=13.1216;RBI=0.0113684;REFB=-0.00717791;REVB=0.00596608;RO=50;SAF=25;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373066;STB=0.722058;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0302398;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:30:31:0.382716:5:25:28:22:5:26:28:22 chr2 10188649 . A T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0036141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.099;QD=10.6295;RBI=0.0156255;REFB=-0.00813782;REVB=-0.0152018;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110927;STB=0.573705;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0145622;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:8:15:24:19:8:15:24:20 chr2 10580967 . G A 2099.83 PASS AF=0.986111;AO=133;DP=135;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4198;QD=58.3287;RBI=0.0430394;REFB=-0.0381293;REVB=0.0155412;RO=2;SAF=95;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073657;STB=0.502785;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00217533;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:135:144:2:2:133:142:0.986111:38:95:1:1:46:96:1:1 chr2 10712278 . C T 1572.85 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3135;QD=59.9179;RBI=0.0821381;REFB=0;REVB=0.0818679;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498266;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:35:69:0:0:35:70:0:0 chr2 10784491 . A G 729.16 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7548;QD=57.1887;RBI=0.103574;REFB=0;REVB=0.100919;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732919;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:19:29:0:0:22:29:0:0 chr2 10808776 . C A,CAA 2324.24 PASS AF=0.0764331,0.923567;AO=13,140;DP=159;FAO=12,145;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=6,73;FSAR=6,72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771267,0.0248076;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=40.6712,175.711;QD=59.2164;RBI=0.079719,0.0373999;REFB=0,0;REVB=-0.0201641,0.0279881;RO=2;SAF=7,71;SAR=6,69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112976,-0.0132035;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0485277,0.00215387;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:159:157:2:0:13,140:12,145:0.0764331,0.923567:6,69:7,71:2:0:6,72:6,73:0:0 chr2 10908893 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.11783e-07;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6412;QD=58.1417;RBI=0.0157712;REFB=0;REVB=0.0157712;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213859;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 10928906 . T C 267.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00585688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=21.8349;RBI=0.0177083;REFB=-0.00961836;REVB=-0.0167117;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216381;STB=0.609592;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0150276;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:11:14:7:16:11:14:8:16 chr2 10929035 . T C 115.86 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0565442;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4179;QD=10.5328;RBI=0.0676701;REFB=0.00823216;REVB=-0.0371752;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196911;STB=0.616286;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0338838;OID=.;OPOS=10929035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:22:8:6:8:22:8 chr2 10930903 . T C 523.33 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0167162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.51;QD=26.4975;RBI=0.0167173;REFB=-0.0394154;REVB=-0.000188962;RO=29;SAF=29;SAR=19;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371974;STB=0.530417;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0240131;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:29:31:48:48:0.607595:19:29:19:10:19:29:21:10 chr2 10933249 . C T 200.02 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0239852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.788;QD=22.8598;RBI=0.0792934;REFB=-0.0235808;REVB=0.0755788;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300096;STB=0.558081;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0217425;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:15:19:20:0.571429:11:8:6:7:12:8:8:7 chr2 10942687 . C T 582.41 PASS AF=0.556701;AO=52;DP=96;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0223124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2635;QD=24.0167;RBI=0.0327561;REFB=-0.00759901;REVB=-0.0239816;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140003;STB=0.566986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00592159;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:43:52:54:0.556701:27:25:28:15:27:27:28:15 chr2 11053020 . A G 1370.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.252;QD=61.6153;RBI=0.0234228;REFB=0;REVB=0.022133;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056356;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:44:42:0:0:46:43:0:0 chr2 11053740 . C T 2254.04 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8349;QD=63.05;RBI=0.0249238;REFB=0;REVB=0.0130687;RO=1;SAF=92;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334929;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:143:1:0:141:143:1:49:92:0:1:51:92:0:0 chr2 11264830 . G A 2603.15 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6356;QD=61.9797;RBI=0.0652027;REFB=0;REVB=0.0279728;RO=0;SAF=82;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.98948e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028949;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:0:0:168:168:1:86:82:0:0:86:82:0:0 chr2 11323295 . C T 780.66 PASS AF=0.560606;AO=73;DP=132;FAO=74;FDP=132;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0015263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.442;QD=23.6564;RBI=0.0158851;REFB=-0.0324344;REVB=-0.0158116;RO=58;SAF=41;SAR=32;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022278;STB=0.514745;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0234631;OID=.;OPOS=11323295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:58:58:73:74:0.560606:32:41:31:27:32:42:31:27 chr2 11702661 . A C 760.23 PASS AF=0.400922;AO=87;DP=216;FAO=87;FDP=217;FR=.;FRO=130;FSAF=63;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.00848622;FXX=0.00458695;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8201;QD=14.0135;RBI=0.0517762;REFB=-0.00285936;REVB=-0.051076;RO=122;SAF=63;SAR=24;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237461;STB=0.628269;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00302681;OID=.;OPOS=11702661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:122:130:87:87:0.400922:24:63:63:59:24:63:69:61 chr2 11706693 . T C 674.63 PASS AF=0.471338;AO=54;DP=158;FAO=74;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.02349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6063;QD=17.1881;RBI=0.0671147;REFB=-0.0129854;REVB=-0.0628697;RO=62;SAF=23;SAR=31;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707643;STB=0.538451;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0217773;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:62:82:54:74:0.471338:31:23:22:40:37:37:35:47 chr2 11738091 . T C 715.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565664;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.36;QD=57.2712;RBI=0.0730534;REFB=0;REVB=0.0462282;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130337;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr2 11752635 . T C 1865.22 PASS AF=0.984;AO=121;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0427055;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2791;QD=59.687;RBI=0.0505325;REFB=-0.0839462;REVB=0.0270144;RO=0;SAF=52;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501265;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00155424;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:0:2:121:123:0.984:69:52:0:0:71:52:1:1 chr2 11774324 . G A 642.3 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00558096;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.275;QD=23.789;RBI=0.00596226;REFB=0.0109189;REVB=-0.00209795;RO=45;SAF=39;SAR=23;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237948;STB=0.519005;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.00637803;OID=.;OPOS=11774324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:23:39:27:18:23:39:27:19 chr2 11817812 . G C 585.56 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0265157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5042;QD=16.3792;RBI=0.031367;REFB=-0.029844;REVB=-0.0167572;RO=78;SAF=37;SAR=25;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464317;STB=0.526868;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0309718;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:81:62:62:0.433566:25:37:50:28:25:37:52:29 chr2 11853913 . G A 409.7 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=86;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0151451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8937;QD=18.8369;RBI=0.0263914;REFB=-0.00995594;REVB=-0.0216133;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253315;STB=0.643615;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0207253;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:45:41:42:0.482759:21:20:10:35:21:21:10:35 chr2 12863561 . A T 38.56 PASS AF=0.088;AO=11;DP=126;FAO=11;FDP=125;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.00451987;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9386;QD=1.23395;RBI=0.0175599;REFB=0.00123406;REVB=-0.0169682;RO=114;SAF=9;SAR=2;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388809;STB=0.810358;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0148831;OID=.;OPOS=12863561;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:126:125:114:114:11:11:0.088:2:9:55:59:2:9:55:59 chr2 12864766 . C T 156.16 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0186199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.76;QD=9.46437;RBI=0.0299713;REFB=-0.027118;REVB=-0.0234856;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146802;STB=0.508662;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0541635;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:11:10:22:23:11:10:22:23 chr2 12877501 . G A,GA 712.19 PASS AF=0.0208333,0.486111;AO=9,60;DP=145;FAO=3,70;FDP=144;FR=.;FRO=71;FSAF=3,45;FSAR=0,25;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00731245,-0.000152481;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=66.2329,66.3662;QD=19.7831;RBI=0.0164431,0.016458;REFB=-0.00279129,-0.0158437;REVB=0.0147276,0.0164573;RO=71;SAF=6,40;SAR=3,20;SRF=42;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0947367,0.0796956;STB=0.996063,0.535125;STBP=0.099,0.438;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0275408,0.0154815;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:145:144:71:71:9,60:3,70:0.0208333,0.486111:3,20:6,40:42:29:0,25:3,45:41:30 chr2 12882822 . ATC A 1054.97 PASS AF=0.516908;AO=94;DP=210;FAO=107;FDP=207;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.00242168;FXX=0.0460808;HRUN=1;LEN=2;MLLD=314.588;QD=20.3858;RBI=0.00794155;REFB=-0.0136096;REVB=-0.00756331;RO=99;SAF=45;SAR=49;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414851;STB=0.527101;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.012323;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516908:94:210:107:207:100:52:55:43:57:99:99:45:49:43:56 chr2 14779829 . A G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.0202872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.571;QD=18.785;RBI=0.0326635;REFB=-0.0167403;REVB=0.0255996;RO=32;SAF=30;SAR=3;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835358;STB=0.542608;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00999333;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:33:33:0.5:3:30:28:4:3:30:29:4 chr2 14780038 . T G 423.28 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.041915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1508;QD=13.7652;RBI=0.0599077;REFB=-0.0187027;REVB=0.0428027;RO=74;SAF=19;SAR=30;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232654;STB=0.631318;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0370133;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:30:19:45:29:30:19:45:29 chr2 15735648 . T C 380.72 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00979222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.315;QD=16.9207;RBI=0.00985515;REFB=-0.0119197;REVB=-0.00111189;RO=50;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694294;STB=0.538956;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0147618;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:22:18:26:24:22:18:26:24 chr2 15743344 . T C 467.33 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0158855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4348;QD=15.4489;RBI=0.0335296;REFB=-0.0182154;REVB=0.0295278;RO=69;SAF=27;SAR=25;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106584;STB=0.559619;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0205234;OID=.;OPOS=15743344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:69:69:52:52:0.429752:25:27:43:26:25:27:43:26 chr2 15747393 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.136;QD=61.8525;RBI=0.0186739;REFB=0;REVB=0.0127666;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45025e-05;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr2 15771096 . G T 192.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0428942;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.779;QD=21.9774;RBI=0.0430455;REFB=-0.00888482;REVB=0.00360524;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215217;STB=0.632031;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00469388;OID=.;OPOS=15771096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:16:19:19:0.542857:15:4:7:10:15:4:7:9 chr2 15840623 . A G 621.92 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0136667;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.663;QD=21.2623;RBI=0.014071;REFB=-0.000244147;REVB=0.00334877;RO=54;SAF=31;SAR=31;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314036;STB=0.521361;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00020637;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:55:62:62:0.529915:31:31:25:29:31:31:25:30 chr2 16090820 . T C 110.68 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0475147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9352;QD=15.8111;RBI=0.047549;REFB=-0.0155913;REVB=0.00180594;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0413861;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:6:9:5:8:6:9 chr2 17304295 . A G 1529.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7251;QD=63.7092;RBI=0.0522793;REFB=0;REVB=0.0042018;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221737;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr2 17696573 . C T 2518.1 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.82;QD=61.0448;RBI=0.0186281;REFB=-0.0587568;REVB=-0.010086;RO=0;SAF=104;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53464e-05;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:165:165:0:0:164:165:1:60:104:0:0:60:105:0:0 chr2 17698678 . A G 2235.1 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.667;QD=63.4071;RBI=0.0204174;REFB=0;REVB=0.0116472;RO=0;SAF=68;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29614e-05;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:71:68:0:0:72:69:0:0 chr2 17699668 . C T 193.47 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.045322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.122;QD=32.2457;RBI=0.0453965;REFB=-0.0130467;REVB=-0.00259967;RO=6;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197261;STB=0.609247;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00101582;OID=.;OPOS=17699668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:13:5:4:2:13:5:4:2 chr2 17942775 . T A 785.57 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4864;QD=64.1283;RBI=0.0496272;REFB=0;REVB=0.0157957;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024232;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr2 17954027 . G A 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3654;QD=58.9592;RBI=0.0947438;REFB=0;REVB=-0.0529283;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000992278;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr2 17954421 . C G 1086.92 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408129;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5614;QD=60.3842;RBI=0.0694797;REFB=0;REVB=0.0562293;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446099;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr2 17962450 . A G 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4357;QD=58.9572;RBI=0.0203327;REFB=0;REVB=0.00854641;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05679e-05;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr2 17962518 . C T 376.54 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377179;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.688;QD=55.7844;RBI=0.0422782;REFB=0;REVB=-0.0421096;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128183;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr2 17962993 . CAAGTT C 79.48 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00828292;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=349.041;QD=12.2271;RBI=0.0145131;REFB=-0.0108586;REVB=-0.0119173;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.583194;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.0108047;OID=.;OPOS=17962994;OREF=AAGTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:12:26:12:26:14:7:5:6:8:79:14:7:5:6:8 chr2 18112473 . G A 2419.34 PASS AF=0.99375;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115824;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.441;QD=60.4834;RBI=0.124098;REFB=-0.0537169;REVB=0.123556;RO=2;SAF=89;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162925;STB=0.503597;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000748838;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:160:2:1:157:159:0.99375:68:89:1:1:69:90:0:1 chr2 18113623 . A C,G 491.25 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205184,0.00109595;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.222,86.9406;QD=57.7939;RBI=0.0458432,0.100167;REFB=0,0;REVB=-0.040995,0.100161;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00914775,0.00282334;OID=.,.;OPOS=18113623,18113623;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,22:2,10:0:0:0,22:2,10:0:0 chr2 18113789 . G A 833.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.977;QD=57.4763;RBI=0.0547976;REFB=0;REVB=0.0132806;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82263e-05;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:22:36:0:0 chr2 19553160 . C T 58.2 PASS AF=0.135593;AO=17;DP=118;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0890456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.32;QD=1.9729;RBI=0.0893425;REFB=-0.0105089;REVB=-0.00727793;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130981;STB=0.632746;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0376845;OID=.;OPOS=19553160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:118:118:95:102:17:16:0.135593:10:7:49:46:10:6:54:48 chr2 20101487 . G A 476.74 PASS AF=0.45614;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00122058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.897;QD=16.7278;RBI=0.0257;REFB=-0.0151532;REVB=0.025671;RO=61;SAF=29;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107249;STB=0.568309;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0204591;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:61:62:51:52:0.45614:22:29:28:33:22:30:28:34 chr2 20135283 . T C 366.29 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0294844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8537;QD=16.4624;RBI=0.0349093;REFB=-0.00662784;REVB=-0.0186903;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329861;STB=0.523548;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0153632;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:49:50:39:39:0.438202:18:21:28:21:18:21:29:21 chr2 20205680 . C T 421.12 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0925492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5747;QD=20.5423;RBI=0.0931093;REFB=0.0121618;REVB=0.0101977;RO=40;SAF=9;SAR=33;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320131;STB=0.678919;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0103252;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:33:9:21:19:33:9:21:19 chr2 20205848 . G A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0118878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.268;QD=20.7688;RBI=0.0125773;REFB=-0.0225374;REVB=-0.00410705;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418235;STB=0.502331;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0172944;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:15:9:10:17:15:9 chr2 20240668 . C A 415.76 PASS AF=0.452632;AO=41;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.00752411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7221;QD=17.5057;RBI=0.101568;REFB=-0.0092949;REVB=-0.101289;RO=51;SAF=31;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345842;STB=0.68826;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00950245;OID=.;OPOS=20240668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:52:41:43:0.452632:10:31:22:29:11:32:22:30 chr2 20403794 . A T 1912.11 PASS AF=0.984127;AO=82;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0272139;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3913;QD=60.7018;RBI=0.0595949;REFB=-0.0944744;REVB=0.0530184;RO=0;SAF=77;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38149e-08;STB=0.50303;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00129481;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:0:1:82:124:0.984127:5:77:0:0:42:82:1:0 chr2 20648211 . G T 138.11 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0046108;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.291;QD=21.2473;RBI=0.0398127;REFB=-0.00903348;REVB=0.0395448;RO=11;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266895;STB=0.660764;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0102178;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:26:11:11:14:15:0.576923:2:12:7:4:2:13:7:4 chr2 20680665 . C A 453.84 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00452723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.235;QD=55.0103;RBI=0.0371489;REFB=-0.135751;REVB=0.036872;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000784874;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr2 20680693 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7709;QD=58.5862;RBI=0.0428685;REFB=0;REVB=-0.00417291;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000642305;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 20818454 . T A 695.73 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.65;QD=60.4986;RBI=0.0369572;REFB=-0.0380909;REVB=0.0346801;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000265693;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:0:1:19:26:0:1 chr2 20818458 . G A 587.32 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00986476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.369;QD=45.1782;RBI=0.0686545;REFB=0.0174351;REVB=-0.067942;RO=6;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127549;STB=0.568152;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00229159;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:19:27:0:6:19:27:0:6 chr2 20823724 . T C 526.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.06;QD=58.451;RBI=0.0399829;REFB=0;REVB=0.0295992;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908894;OID=.;OPOS=20823724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:27:6:0:0:29:7:0:0 chr2 20824559 . C T 1847.85 PASS AF=1;AO=95;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889165;FXX=0.00799936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.1076;QD=59.6081;RBI=0.0910422;REFB=0;REVB=-0.0195589;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665293;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:95:124:1:48:47:0:0:49:75:0:0 chr2 20838318 . G A 2314.06 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.245;QD=60.4982;RBI=0.0424487;REFB=0;REVB=-0.00992518;RO=0;SAF=72;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71587e-05;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:153:0:0:142:153:1:70:72:0:0:72:81:0:0 chr2 21231524 . G A 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949619;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.819;QD=59.3369;RBI=0.0308882;REFB=0;REVB=0.0293922;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35617e-05;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr2 21232803 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.988;QD=57.2003;RBI=0.0549099;REFB=0;REVB=-0.00734565;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246494;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 21235202 . C T 424.45 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0379231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.847;QD=14.388;RBI=0.0385294;REFB=0.00111561;REVB=-0.00680836;RO=69;SAF=26;SAR=23;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243147;STB=0.513686;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00246218;OID=.;OPOS=21235202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:23:26:35:34:23:26:35:34 chr2 21235475 . T C 2315.14 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.633;QD=62.9969;RBI=0.0603045;REFB=-0.108379;REVB=0.0501407;RO=1;SAF=88;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537406;STB=0.502824;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000274343;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:58:88:1:0:58:88:1:0 chr2 21250914 . G A 790.01 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123885;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.336;QD=57.4551;RBI=0.0150586;REFB=0;REVB=0.00856071;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04319e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr2 21260084 . G A 781.83 PASS AF=0.397321;AO=87;DP=220;FAO=89;FDP=224;FR=.;FRO=135;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=-0.0270562;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.92;QD=13.9612;RBI=0.0295938;REFB=-0.0205388;REVB=-0.0119897;RO=133;SAF=56;SAR=31;SRF=74;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988179;STB=0.549284;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0320834;OID=.;OPOS=21260084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:224:133:135:87:89:0.397321:31:56:74:59:32:57:76:59 chr2 21360583 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.374;QD=60.9785;RBI=0.0196009;REFB=0;REVB=0.0195414;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29471e-05;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 23865260 . T C 4822.06 PASS AF=0.990415;AO=309;DP=319;FAO=310;FDP=313;FR=.;FRO=3;FSAF=184;FSAR=126;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.031037;FXX=0.0188082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.99;QD=61.6238;RBI=0.0342779;REFB=-0.050108;REVB=0.0145491;RO=1;SAF=183;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259939;STB=0.504043;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000200298;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:319:313:1:3:309:310:0.990415:126:183:1:0:126:184:3:0 chr2 23865358 . TGGGG TGGG,TGGGC 489.92 PASS AF=1,0;AO=40,7;DP=56;FAO=55,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139309,0.43466;FXX=0.0350816;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.2815,6.97258;QD=35.6304;RBI=0.141478,0.44703;REFB=-0.0064271,0.00392177;REVB=-0.0246802,-0.104431;RO=3;SAF=0,0;SAR=40,7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.611111,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00528936,0;OID=.,.;OPOS=23865359,23865362;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:40,7:56:55,0:55:0:3,0:52,0:0:0:3:3:0,0:40,7:0:3 chr2 23865908 . G C 93.3 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0471969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.361;QD=9.82131;RBI=0.0737844;REFB=-0.00373304;REVB=0.056715;RO=26;SAF=11;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501789;STB=0.816897;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00917682;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:1:11:16:10:1:11:16:10 chr2 23919375 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.671;QD=59.14;RBI=0.0140828;REFB=0;REVB=0.0136748;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19962e-05;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr2 23926659 . T C 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00454574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.636;QD=59.6764;RBI=0.0153574;REFB=0;REVB=0.0146692;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05264e-05;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr2 23973799 . T C 740.84 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272385;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6523;QD=56.9878;RBI=0.0699588;REFB=0;REVB=-0.0699057;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000860892;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 24055058 . G C 399.11 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9797;QD=55.0493;RBI=0.0241995;REFB=0;REVB=0.022226;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291207;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:9:19:0:0:10:19:0:0 chr2 24108652 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.063;QD=58.0609;RBI=0.0237501;REFB=0;REVB=0.00434615;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32949e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr2 24223572 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT 293.06 PASS AF=0.484076,0.0318471,0.00636943;AO=56,8,10;DP=160;FAO=76,5,1;FDP=157;FR=.;FRO=75;FSAF=41,5,0;FSAR=35,0,1;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.011173,0.00778551,-0.0157178;FXX=0.0248432;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.35442,19.5842,21.3516;QD=7.4664;RBI=0.0440555,0.0414403,0.102667;REFB=-0.130028,-0.0657252,-0.0402215;REVB=0.0426152,-0.0407024,-0.101456;RO=69;SAF=39,5,0;SAR=17,3,10;SRF=38;SRR=31;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.157917,0.0886352,-0.686538;STB=0.503067,0.997758,0.990693;STBP=0.958,0.018,0.279;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.121561,0.0165936,-0.0902195;OID=.,.,.;OPOS=24223573,24223579,24223572;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:157:69:75:56,8,10:76,5,1:0.484076,0.0318471,0.00636943:17,3,10:39,5,0:38:31:35,0,1:41,5,0:40:35 chr2 24268721 . C T 71.66 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00143602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3926;QD=7.96184;RBI=0.0413433;REFB=-0.0115362;REVB=0.0413183;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162846;STB=0.583171;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0410218;OID=.;OPOS=24268721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:16:9:5:5:16:10 chr2 24342505 . T C 416.99 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0207975;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.884;QD=15.3025;RBI=0.0213558;REFB=-0.011419;REVB=-0.00485125;RO=62;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547194;STB=0.530687;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0166457;OID=.;OPOS=24342505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:62:62:47:47:0.431193:24:23:27:35:24:23:27:35 chr2 24344060 . T G 573.89 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.00310818;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.095;QD=16.8791;RBI=0.015166;REFB=-0.0137633;REVB=0.014844;RO=76;SAF=31;SAR=29;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075884;STB=0.542309;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0179852;OID=.;OPOS=24344060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:29:31:45:31:29:31:45:31 chr2 24369674 . C T 770.62 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457345;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.252;QD=64.218;RBI=0.0176924;REFB=0;REVB=0.0170911;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2364e-05;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr2 24384424 . T C 627.63 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362435;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5342;QD=57.0574;RBI=0.121901;REFB=0.0141425;REVB=0.116388;RO=3;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573367;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00125401;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:44:3:1:40:43:0.977273:23:17:0:3:25:18:0:1 chr2 24387178 . G GC 407.22 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.795;QD=46.5396;RBI=0.205804;REFB=0;REVB=0.0119539;RO=4;SAF=17;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980312;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00727517;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:38:35:35:0:19:16:0:0:7:4:17:16:4:0 chr2 24390517 . G A 461.49 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.00540817;FXX=0.00704176;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.796;QD=13.0918;RBI=0.00599758;REFB=-0.00105724;REVB=0.00259281;RO=86;SAF=28;SAR=25;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11004;STB=0.56094;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00246672;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:88:53:53:0.375887:25:28:54:32:25:28:55:33 chr2 24402127 . C CAA 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978531;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=2;MLLD=217.253;QD=59.4582;RBI=0.0120756;REFB=0;REVB=0.00707586;RO=2;SAF=14;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622008;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.93287e-05;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:34:34:0:14:20:0:0:4:2:14:20:2:0 chr2 24413298 . A G 377.9 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0487911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4253;QD=21.5944;RBI=0.0652912;REFB=-0.0127592;REVB=0.0433863;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696035;STB=0.538441;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0119767;OID=.;OPOS=24413298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:15:17:17:21:15:17 chr2 24431184 . C T 750.21 PASS AF=0.484472;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.0797321;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.682;QD=18.6388;RBI=0.0854759;REFB=-0.0268373;REVB=0.0308046;RO=82;SAF=45;SAR=33;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197033;STB=0.50711;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0297998;OID=.;OPOS=24431184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:82:83:78:78:0.484472:33:45:49:33:33:45:49:34 chr2 24432839 . A G 529.86 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0557757;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1278;QD=17.8105;RBI=0.057895;REFB=-0.0215627;REVB=0.015521;RO=62;SAF=23;SAR=33;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205001;STB=0.609434;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0233362;OID=.;OPOS=24432839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:63:56:56:0.470588:33:23:39:23:33:23:39:24 chr2 24524958 . C T 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00464999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.987;QD=11.6348;RBI=0.00692408;REFB=0.00451387;REVB=-0.00513034;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00504408;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:6:4:6:9:6:4:7:9 chr2 24587571 . A G 949.64 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509248;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.904;QD=58.4396;RBI=0.0692266;REFB=0;REVB=-0.0468933;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26316e-05;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:44:20:0:0:44:21:0:0 chr2 24899185 . C G 179.39 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0516069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.323;QD=17.0852;RBI=0.051633;REFB=0.010445;REVB=-0.00164079;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149685;STB=0.595583;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0103236;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:6:12:12:11:6:13:12:11 chr2 24899204 . A G 180.95 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0135056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.8001;QD=16.4503;RBI=0.0233265;REFB=-0.0279813;REVB=-0.0190191;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166796;STB=0.622033;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0565608;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:25:19:19:0.431818:6:13:12:11:6:13:12:13 chr2 24905927 . G C 786.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.512;QD=64.1947;RBI=0.127312;REFB=0;REVB=0.0270811;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062169;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:41:7:0:0:42:7:0:0 chr2 24929851 . A T 281.15 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0073542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.616;QD=21.2187;RBI=0.0163227;REFB=-0.0220306;REVB=-0.0145721;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488713;STB=0.527068;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0200577;OID=.;OPOS=24929851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:10:19:17:7:10:19:17:7 chr2 24974945 . T G 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.404;QD=56.9266;RBI=0.050439;REFB=0;REVB=0.00736369;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199864;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr2 24991569 . C G 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0208005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1525;QD=19.1769;RBI=0.0280752;REFB=-0.00943846;REVB=-0.0188562;RO=46;SAF=24;SAR=19;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667057;STB=0.50371;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0153769;OID=.;OPOS=24991569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:19:24:26:20:19:24:26:20 chr2 25022589 . C A 237.61 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.00100026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0761;QD=18.6362;RBI=0.00412981;REFB=-0.00172868;REVB=-0.00400684;RO=26;SAF=3;SAR=22;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194493;STB=0.611009;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00489472;OID=.;OPOS=25022589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:22:3:6:20:22:3:6:20 chr2 25046090 . T C 137.51 PASS AF=0.6;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00328949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.704;QD=22.0016;RBI=0.00345981;REFB=-0.0366938;REVB=-0.0010722;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.610959;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.043692;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:25:10:10:13:15:0.6:8:5:6:4:10:5:6:4 chr2 25047408 . A G 214.39 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00987615;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.438;QD=20.418;RBI=0.00987893;REFB=-0.0171338;REVB=-0.000234412;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0192812;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:13:8:10:11:13:8:10:11 chr2 25050977 . T C 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0105684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.187;QD=26.5701;RBI=0.015687;REFB=-0.0322045;REVB=-0.0115927;RO=20;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101965;STB=0.55634;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0230018;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:15:13:12:8:15:13:12:8 chr2 25061752 . G A 430.65 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0127691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9763;QD=20.0303;RBI=0.0128389;REFB=0.0115891;REVB=0.00133674;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976264;STB=0.558877;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0158988;OID=.;OPOS=25061752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:20:23:27:15:20:23:28:15 chr2 25062834 . CAG AGC,CAGC 38.91 PASS AF=0.0169492,0.110169;AO=8,16;DP=124;FAO=2,13;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=2,3;FSAR=0,10;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.115913,-0.18946;FXX=0.0166653;HRUN=6,1;LEN=3,1;MLLD=26.8524,15.0312;QD=1.31915;RBI=0.116377,0.189543;REFB=-0.0137253,-0.0286236;REVB=0.0103831,-0.00558285;RO=94;SAF=6,5;SAR=2,11;SRF=46;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.287492,-0.226571;STB=0.994906,0.749946;STBP=0.179,0.076;TYPE=mnp,ins;VARB=0.028846,-0.0140466;OID=.,.;OPOS=25062834,25062837;OREF=CAG,-;OALT=AGC,C;OMAPALT=AGC,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:124:118:94:103:8,16:2,13:0.0169492,0.110169:2,11:6,5:46:48:0,10:2,3:52:51 chr2 25064157 . G C 443.02 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0128821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3791;QD=13.6315;RBI=0.0168073;REFB=-0.00881287;REVB=0.0107952;RO=79;SAF=24;SAR=27;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384106;STB=0.521731;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0107016;OID=.;OPOS=25064157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:79:79:51:51:0.392308:27:24:40:39:27:24:40:39 chr2 25141538 . A G 256.87 PASS AF=0.369048;AO=29;DP=82;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00960503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3148;QD=12.2321;RBI=0.0875275;REFB=-0.019835;REVB=-0.0869989;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227907;STB=0.645762;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0307012;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:53:53:29:31:0.369048:14:15:38:15:16:15:38:15 chr2 25181488 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00354535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.911;QD=22.9154;RBI=0.0493545;REFB=-0.0671404;REVB=0.049227;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0467599;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chr2 25194741 . G A 1036.01 PASS AF=0.436293;AO=112;DP=259;FAO=113;FDP=259;FR=.,HEALED;FRO=146;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=91;FSRR=55;FWDB=0.0226959;FXX=0.00384601;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.021;QD=16.0002;RBI=0.031336;REFB=-0.0361852;REVB=-0.0216064;RO=115;SAF=72;SAR=40;SRF=90;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147622;STB=0.513892;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0410398;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:115:146:112:113:0.436293:40:72:90:25:40:73:91:55 chr2 25281086 . A T 380.09 PASS AF=0.421569;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0391636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2219;QD=14.9054;RBI=0.0398176;REFB=-0.00291713;REVB=-0.00718683;RO=58;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23685;STB=0.632372;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00273617;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:59:42:43:0.421569:17:25:21:37:17:26:22:37 chr2 25314186 . T C 1368.45 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0377758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.527;QD=60.1516;RBI=0.0730972;REFB=-0.0238349;REVB=-0.0625794;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106495;STB=0.500123;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000951143;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:89:89:0.978022:44:45:0:1:44:45:1:1 chr2 25376564 . CGT C 237.14 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0178353;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.143;QD=27.1015;RBI=0.0225909;REFB=-0.0262568;REVB=-0.0138654;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142788;STB=0.570187;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.0151739;OID=.;OPOS=25376565;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.628571:21:37:22:35:13:13:9:10:3:99:13:12:9:10:3 chr2 25377176 . T C 746.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.556;QD=63.5694;RBI=0.0254796;REFB=0;REVB=0.016446;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18991e-05;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 25384169 . G A 183.67 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.012598;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.096;QD=17.0851;RBI=0.0149778;REFB=-0.0255234;REVB=0.00810081;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190258;STB=0.609256;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0310632;OID=.;OPOS=25384169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:12:12:13:6:12:12 chr2 25919967 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2517;QD=62.6668;RBI=0.0723843;REFB=0;REVB=0.0478728;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914958;OID=.;OPOS=25919967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr2 26149968 . C T 659.32 PASS AF=0.960784;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.323;QD=51.7113;RBI=0.0384167;REFB=-0.0633531;REVB=0.0361001;RO=1;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019193;STB=0.519223;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00378173;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:51:1:2:47:49:0.960784:23:24:1:0:24:25:2:0 chr2 26149985 . CTGG CTGC,GCTG 267.01 PASS AF=0.519231,0;AO=18,2;DP=52;FAO=27,0;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000928481,-0.0176488;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=180.102,103.199;QD=20.5395;RBI=0.0627903,0.225928;REFB=-0.0348663,-0.0177393;REVB=-0.0627834,-0.225237;RO=13;SAF=15,0;SAR=3,2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237214,-0.601607;STB=0.553344,0.5;STBP=0.451,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0250125,0;OID=.,.;OPOS=26149988,26149985;OREF=G,CTG;OALT=C,GCT;OMAPALT=CTGC,GCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:23:18,2:27,0:0.519231,0:3,2:15,0:8:5:11,0:16,0:11:12 chr2 26161226 . CAAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAATAAA,CAAAAAAAAAAATAAT 412.07 PASS AF=0,0,0.0185185,0.759259,0.185185,0.037037;AO=7,6,7,6,4,2;DP=55;FAO=0,0,1,41,10,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1,17,10,2;FSAR=0,0,0,24,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109798,0.0569336,0.0421919,0.027724,0.00698576,0.00643822;FXX=0.0847314;HRUN=15,15,15,15,15,15;LEN=1,2,3,4,1,4;MLLD=1.81366,3.5288,6.4715,10.1094,145.775,146.207;QD=30.5235;RBI=2.07309,1.07491,0.721773,0.491098,0.100687,0.0995337;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=2.07018,1.0734,0.720538,0.490314,0.100445,0.0993253;RO=3;SAF=0,0,6,4,4,2;SAR=7,6,1,2,0,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0.506482,0.365022,0.782218,0.74993;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del,snp,mnp;VARB=0,0,-0.0810242,0.0504329,0.0231143,0.0415303;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=26161227,26161227,26161227,26161227,26161238,26161238;OREF=A,AA,AAA,AAAA,A,AAAA;OALT=-,-,-,-,T,TAAT;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAATAAA,CAAAAAAAAAAATAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/5:0,0,0.0185185,0.759259,0.185185,0.037037:7,6,7,6,4,2:55:0,0,1,41,10,2:54:0:0,0,1,17,10,2:0,0,0,24,0,0:0:0:59:3:0,0,6,4,4,2:7,6,1,2,0,0:0:3 chr2 26321526 . T C 661.36 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159627;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.256;QD=60.1237;RBI=0.0184446;REFB=0.00677582;REVB=0.00924093;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=1.62756e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr2 26358110 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7634;QD=44.6887;RBI=0.0611274;REFB=0;REVB=-0.0253987;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131524;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 26399214 . G A 479.32 PASS AF=0.345029;AO=58;DP=178;FAO=59;FDP=171;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=72;FSRR=40;FWDB=-0.0186568;FXX=0.0393236;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.158;QD=11.2122;RBI=0.0197925;REFB=-0.0145567;REVB=0.0066081;RO=110;SAF=25;SAR=33;SRF=70;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231532;STB=0.630121;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0424786;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:171:110:112:58:59:0.345029:33:25:70:40:33:26:72:40 chr2 26455127 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0385871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1583;QD=9.19942;RBI=0.0426104;REFB=-0.0135576;REVB=0.0180742;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473679;STB=0.79904;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0180095;OID=.;OPOS=26455127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:7:6:6:1:7:6 chr2 26477125 . G GACT,T 297.74 PASS AF=0.444444,0.0138889;AO=30,3;DP=71;FAO=32,1;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19,1;FSAR=13,0;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00352943,-0.0689533;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=193.488,136.837;QD=16.541;RBI=0.0098466,0.0701331;REFB=-0.0263377,-0.00483256;REVB=0.00919232,-0.0128098;RO=38;SAF=17,3;SAR=13,0;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0141015,0.491133;STB=0.516762,0.988742;STBP=0.821,0.46;TYPE=ins,snp;VARB=0.0315734,0.133847;OID=.,.;OPOS=26477126,26477125;OREF=-,G;OALT=ACT,T;OMAPALT=GACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:30,3:32,1:0.444444,0.0138889:13,0:17,3:21:17:13,0:19,1:22:17 chr2 26502875 . T C 255.77 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0369762;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2952;QD=34.103;RBI=0.0551341;REFB=-0.0630923;REVB=-0.0408966;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.512184;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0123596;OID=.;OPOS=26502875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:30:8:8:22:22:0.733333:12:10:4:4:12:10:4:4 chr2 26505858 . A G 344.89 PASS AF=0.413462;AO=37;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0340233;FXX=0.0714222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3715;QD=13.265;RBI=0.0422794;REFB=-0.0182529;REVB=0.025099;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552016;STB=0.549977;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0279513;OID=.;OPOS=26505858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:42:61:37:43:0.413462:19:18:18:24:21:22:26:35 chr2 26512957 . G C 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0351333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8824;QD=10.9422;RBI=0.037021;REFB=0.00502959;REVB=-0.0116708;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216557;STB=0.624877;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.010758;OID=.;OPOS=26512957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:37:20:20:0.350877:12:8:21:14:12:8:22:15 chr2 26532443 . T C 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0337701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.142;QD=11.9335;RBI=0.0392699;REFB=-0.0217648;REVB=-0.0200425;RO=56;SAF=18;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709222;STB=0.54092;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0324905;OID=.;OPOS=26532443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:13:18:29:27:13:18:29:27 chr2 26534322 . G A 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0163229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.173;QD=10.4393;RBI=0.0327724;REFB=-0.0090903;REVB=0.0284182;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.59984;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0203189;OID=.;OPOS=26534322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:12:15:9:4:12:15 chr2 26534801 . G A 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.726;QD=58.2422;RBI=0.101537;REFB=-0.0598687;REVB=0.0976418;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00335024;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:20:19:0:1:20:19:0:1 chr2 26534813 . A G 248.45 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0289252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7118;QD=25.482;RBI=0.0793689;REFB=-0.0405394;REVB=-0.0739104;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217594;STB=0.620738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0285506;OID=.;OPOS=26534813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:5:11:9:14:5:11 chr2 26534872 . C T 89.49 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00251008;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.777;QD=13.7674;RBI=0.0530774;REFB=-0.0135518;REVB=0.053018;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.507029;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0280656;OID=.;OPOS=26534872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:11:15:11:11:0.423077:5:6:4:7:5:6:8:7 chr2 26536298 . CCGG C,CG,CGGG 497.83 PASS AF=0,0.628571,0.371429;AO=6,15,13;DP=35;FAO=0,22,13;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,2;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701234,-0.148504,0.276841;FXX=0.0277701;HRUN=2,2,2;LEN=3,2,1;MLLD=163.379,28.72,23.1533;QD=56.8949;RBI=0.0745707,0.156108,0.276897;REFB=0,0,0;REVB=-0.0253671,-0.0481261,0.00553859;RO=0;SAF=6,15,2;SAR=0,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0304492,0.00222436;OID=.,.,.;OPOS=26536299,26536299,26536299;OREF=CGG,CG,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.628571,0.371429:6,15,13:35:0,22,13:35:0:0,22,2:0,0,11:0:0:99:0:6,15,2:0,0,11:0:0 chr2 26536694 . C T 285.64 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0372723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.915;QD=24.3101;RBI=0.0384143;REFB=-0.0263492;REVB=-0.0092972;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909265;STB=0.506574;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0170004;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:12:14:11:9:12:14:11:10 chr2 26536727 . C T 243.04 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0377792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.944;QD=18.6954;RBI=0.068346;REFB=-0.0566731;REVB=0.0569553;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0690527;OID=.;OPOS=26536727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:12:14:14:12:12:14 chr2 26606154 . T C 350.66 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00160206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.205;QD=15.2459;RBI=0.0340493;REFB=-0.0160262;REVB=0.0340116;RO=54;SAF=22;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120718;STB=0.568276;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0269455;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:16:22:25:29:16:22:25:29 chr2 26607992 . T C 1452.29 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593675;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9839;QD=63.1429;RBI=0.0675644;REFB=0;REVB=-0.0322559;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193587;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:47:45:0:0:47:45:0:0 chr2 26612434 . A G 671.92 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.000423568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3859;QD=26.8766;RBI=0.000610235;REFB=-0.0096539;REVB=0.000439292;RO=41;SAF=33;SAR=26;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765027;STB=0.541653;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00666823;OID=.;OPOS=26612434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:26:33:27:14:26:33:27:14 chr2 26613056 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.518;QD=59.1406;RBI=0.0824616;REFB=0;REVB=-0.0786408;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386052;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr2 26614583 . T TA,TAA 506.14 PASS AF=0.987805,0.0121951;AO=56,10;DP=89;FAO=81,1;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44,0;FSAR=37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101068,-0.062037;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.1021,8.00875;QD=24.6896;RBI=0.176319,0.09785;REFB=-0.015458,-0.0148076;REVB=-0.144478,-0.0756706;RO=18;SAF=28,7;SAR=28,3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.224862;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0138715,-0.0760589;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987805,0.0121951:56,10:89:81,1:82:0:44,0:37,1:0:0:5:18:28,7:28,3:9:9 chr2 26667128 . C T 185.13 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0155021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1883;QD=10.285;RBI=0.0713529;REFB=-0.00842727;REVB=-0.0696486;RO=48;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329112;STB=0.693859;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0157869;OID=.;OPOS=26667128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:6:18:23:25:6:18:23:25 chr2 26667615 . T C 1269.91 PASS AF=0.918367;AO=86;DP=99;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0183438;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8367;QD=51.8332;RBI=0.0607781;REFB=-0.196836;REVB=0.0579438;RO=5;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531294;STB=0.500907;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0110977;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:99:98:5:8:86:90:0.918367:42:44:0:5:46:44:4:4 chr2 26667779 . C T 338.7 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0282991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.818;QD=15.2225;RBI=0.0283186;REFB=-0.0248597;REVB=0.00105167;RO=52;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168055;STB=0.594886;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0318477;OID=.;OPOS=26667779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:16:21:21:31:16:21:21:31 chr2 26676322 . A G 1488.14 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00356807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0865;QD=60.127;RBI=0.0189877;REFB=-0.0945433;REVB=-0.0186494;RO=3;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312334;STB=0.516126;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0174177;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:99:3:3:95:96:0.969697:44:51:0:3:45:51:0:3 chr2 26676395 . G T 180.78 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00419778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.034;QD=13.9062;RBI=0.00478026;REFB=-0.0173216;REVB=-0.00228681;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12648;STB=0.580981;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0283405;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:18:12:11:10:19:12 chr2 26683029 . G A 317.24 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00959249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.159;QD=25.8968;RBI=0.017356;REFB=-0.0258976;REVB=0.0144643;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378587;STB=0.520943;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0164177;OID=.;OPOS=26683029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:8:13:16:12:8:13 chr2 26693967 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0259936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.764;QD=22.3902;RBI=0.0261578;REFB=-0.0167397;REVB=-0.00292631;RO=26;SAF=28;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298245;STB=0.666555;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0152434;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:6:28:14:12:6:28:14:12 chr2 26699126 . C G 3006.15 PASS AF=0.974874;AO=193;DP=199;FAO=194;FDP=199;FR=.;FRO=5;FSAF=110;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0196119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.812;QD=60.4251;RBI=0.128324;REFB=-0.226692;REVB=0.126816;RO=2;SAF=109;SAR=84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086571;STB=0.504268;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00238376;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:199:199:2:5:193:194:0.974874:84:109:2:0:84:110:2:3 chr2 26699855 . G C 897.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.915;QD=57.9152;RBI=0.0087426;REFB=0;REVB=-0.00313702;RO=0;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53393e-05;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:16:46:0:0:16:46:0:0 chr2 26700700 . G A 2373.68 PASS AF=0.963855;AO=160;DP=166;FAO=160;FDP=166;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.000515697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.381;QD=57.1971;RBI=0.0398472;REFB=-0.0688203;REVB=0.0398438;RO=6;SAF=69;SAR=91;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303377;STB=0.515955;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00117915;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:166:166:6:6:160:160:0.963855:91:69:0:6:91:69:0:6 chr2 26739423 . T C 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00585814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.822;QD=12.0592;RBI=0.0231862;REFB=-0.022557;REVB=-0.022434;RO=40;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322085;STB=0.50239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0331856;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:42:25:25:0.373134:13:12:18:22:13:12:20:22 chr2 26750769 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0223684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2651;QD=15.6184;RBI=0.0246252;REFB=-0.0114462;REVB=0.0102984;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14173;STB=0.581307;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0166593;OID=.;OPOS=26750769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:16:9:9:9:16:9 chr2 26798893 . A T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0183072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.212;QD=11.8141;RBI=0.0189768;REFB=-0.00977743;REVB=-0.00499669;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100301;STB=0.559713;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0114797;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:14:9:4:9:14:9 chr2 26804218 . G A 2820.1 PASS AF=0.984211;AO=178;DP=183;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0492409;FXX=0.0155432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.431;QD=59.3705;RBI=0.0555931;REFB=-0.132087;REVB=0.0258055;RO=3;SAF=95;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421481;STB=0.502339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00242332;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:183:190:3:3:178:187:0.984211:83:95:2:1:90:97:2:1 chr2 26804247 . T C 2596.38 PASS AF=1;AO=167;DP=171;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128218;FXX=0.0233904;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2984;QD=62.1887;RBI=0.0130927;REFB=0;REVB=0.00264937;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114276;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:167:0:0:167:167:1:89:78:0:0:89:78:0:0 chr2 26951449 . G A 873.79 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204702;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.479;QD=58.2528;RBI=0.0627208;REFB=0;REVB=0.0592863;RO=0;SAF=57;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154829;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:3:57:0:0:3:57:0:0 chr2 27169842 . C A 1129.48 PASS AF=0.962963;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.11958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2656;QD=55.7768;RBI=0.122386;REFB=-0.206243;REVB=0.0260576;RO=2;SAF=37;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248901;STB=0.518514;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00521566;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:81:2:3:76:78:0.962963:39:37:2:0:39:39:3:0 chr2 27246285 . C T 1468.2 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413114;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.777;QD=63.1484;RBI=0.0418913;REFB=0;REVB=-0.0069458;RO=0;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53865e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:45:47:0:0:45:48:0:0 chr2 27261329 . A G 962.92 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.084;QD=58.359;RBI=0.0268439;REFB=0;REVB=0.0267951;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32953e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:66:0:0:59:66:1:21:38:0:0:22:44:0:0 chr2 27290525 . A G 1816.59 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241042;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.946;QD=61.0618;RBI=0.0264568;REFB=0;REVB=0.0109065;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130781;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:54:65:0:0:54:65:0:0 chr2 27303755 . A G 1116.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.746;QD=60.3516;RBI=0.0223267;REFB=0;REVB=0.0200463;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31262e-05;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr2 27324036 . G A 905.88 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.058;QD=56.6172;RBI=0.0370153;REFB=0.00210931;REVB=-0.0307057;RO=1;SAF=53;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495931;STB=0.526307;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-2.68046e-05;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:9:53:0:1:9:54:0:1 chr2 27324654 . G A 459.19 PASS AF=0.46;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=10;FWDB=0.040247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5823;QD=18.3676;RBI=0.082934;REFB=0.0137072;REVB=0.0725136;RO=54;SAF=20;SAR=25;SRF=44;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35428;STB=0.69791;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0119965;OID=.;OPOS=27324654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:54:45:46:0.46:25:20:44:10:26:20:44:10 chr2 27324724 . G C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.666;QD=56.9382;RBI=0.0168629;REFB=0;REVB=0.00275401;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61137e-05;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 27324751 . G T 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.719;QD=60.9685;RBI=0.0489363;REFB=0;REVB=-0.0476451;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226962;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr2 27351948 . T G 1347.2 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.587;QD=61.9401;RBI=0.0766127;REFB=0;REVB=0.0365864;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261954;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:49:38:0:0 chr2 27424636 . G A 463.16 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.117644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4818;QD=16.3952;RBI=0.132647;REFB=-0.0500382;REVB=0.0612776;RO=60;SAF=16;SAR=35;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580474;STB=0.545153;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0600905;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:62:51:51:0.451327:35:16:22:38:35:16:24:38 chr2 27428295 . A G 1420.74 PASS AF=0.98;AO=93;DP=98;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0055266;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4641;QD=56.8297;RBI=0.0218681;REFB=-0.0403161;REVB=0.0211582;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194873;STB=0.500409;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00238608;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:100:2:2:93:98:0.98:51:42:1:1:51:47:1:1 chr2 27435250 . A G 2198.35 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.364;QD=62.8099;RBI=0.132957;REFB=0;REVB=0.132951;RO=0;SAF=101;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208516;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:128:140:1:27:101:0:0:39:101:0:0 chr2 27440784 . C CT 620.84 PASS AF=0.982143;AO=14;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182814;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.979;QD=44.346;RBI=0.0224923;REFB=0.0174091;REVB=-0.0131032;RO=42;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413523;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=0.000985076;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.982143:14:56:55:56:1:35:20:0:1:4:42:5:9:30:12 chr2 27440785 . C T 446.12 PASS AF=0.714286;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0449581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.492;QD=31.8655;RBI=0.054125;REFB=-0.108795;REVB=0.0301378;RO=15;SAF=29;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239532;STB=0.642781;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122786;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:16:39:40:0.714286:10:29:5:10:10:30:5:11 chr2 27460968 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000127247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.875;QD=17.5598;RBI=0.0175483;REFB=-0.0108263;REVB=0.0175478;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186942;STB=0.60702;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0150138;OID=.;OPOS=27460968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:11:10:12:6:11:10 chr2 27462076 . C T 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.000659446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.799;QD=24.7527;RBI=0.00072499;REFB=-0.0119487;REVB=-0.000301232;RO=29;SAF=24;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167994;STB=0.591956;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00858888;OID=.;OPOS=27462076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:18:24:10:19:18:24:10:19 chr2 27466368 . C T 365.86 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00361046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.337;QD=13.677;RBI=0.00376726;REFB=-0.00952228;REVB=-0.00107558;RO=62;SAF=37;SAR=6;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470005;STB=0.772381;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0219242;OID=.;OPOS=27466368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:64:43:43:0.401869:6:37:31:31:6:37:32:32 chr2 27550967 . A G 362.0 PASS AF=0.414894;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0103814;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.838;QD=15.4044;RBI=0.0523273;REFB=-0.015267;REVB=-0.0512871;RO=51;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763128;STB=0.542613;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0259422;OID=.;OPOS=27550967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:55:38:39:0.414894:25:13:21:30:26:13:22:33 chr2 27558242 . AG A 35.11 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0133523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.458;QD=7.02109;RBI=0.0809375;REFB=-0.0428981;REVB=0.0798285;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.454545;SSEP=0;SSSB=-0.497665;STB=0.829762;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.101782;OID=.;OPOS=27558243;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:6:20:7:20:13:1:6:8:5:35:13:1:5:8:5 chr2 27558252 . A G 271.82 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.814;QD=51.775;RBI=0.0466177;REFB=0;REVB=0.0449236;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016693;OID=.;OPOS=27558252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 27599875 . T G 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00183994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.45;QD=16.6612;RBI=0.0193077;REFB=-0.0112866;REVB=-0.0192199;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912398;STB=0.531228;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.016977;OID=.;OPOS=27599875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:15:13:11:19:15:13:13:19 chr2 27603012 . C CTCCTCT,T 95.31 PASS AF=0.344828,0.0689655;AO=10,2;DP=30;FAO=10,2;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00316534,0.0300522;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=227.225,52.9314;QD=13.1461;RBI=0.0483485,0.0316352;REFB=-0.0167774,0.00645235;REVB=-0.0482448,-0.00988172;RO=18;SAF=7,2;SAR=3,0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.167346,0.499987;STB=0.615758,0.994258;STBP=0.397,0.17;TYPE=ins,snp;VARB=0.041793,0.0479037;OID=.,.;OPOS=27603013,27603012;OREF=-,C;OALT=TCCTCT,T;OMAPALT=CTCCTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:29:18:17:10,2:10,2:0.344828,0.0689655:3,0:7,2:10:8:3,0:7,2:9:8 chr2 27667297 . A G 240.83 PASS AF=0.430769;AO=25;DP=62;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0547844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8393;QD=14.8205;RBI=0.056207;REFB=-0.0437411;REVB=-0.0125659;RO=37;SAF=19;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14417;STB=0.602226;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0480033;OID=.;OPOS=27667297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:37:37:25:28:0.430769:6:19:24:13:6:22:24:13 chr2 27676287 . A T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00821476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0332;QD=19.9925;RBI=0.066296;REFB=-0.0231807;REVB=-0.0657851;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107592;STB=0.555506;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0327932;OID=.;OPOS=27676287;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:22:22:0.488889:12:10:7:14:12:10:8:15 chr2 27715016 . GGC G,GG 52.05 PASS AF=0.238806,0.0149254;AO=14,9;DP=68;FAO=16,1;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=2,0;FSAR=14,1;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0474056,-0.125226;FXX=0.0147037;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=26.0583,13.2848;QD=3.10732;RBI=0.109268,0.125249;REFB=-0.0477676,-0.0517848;REVB=-0.0984491,-0.00239814;RO=39;SAF=1,6;SAR=13,3;SRF=22;SRR=17;SSEN=0.6,0.334694;SSEP=0,0;SSSB=-0.652069,0.131632;STB=0.853188,0.99113;STBP=0.005,0.28;TYPE=del,del;VARB=0.101578,0.0992759;OID=.,.;OPOS=27715017,27715018;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238806,0.0149254:14,9:68:16,1:67:50:2,0:14,1:28:22:41:39:1,6:13,3:22:17 chr2 27715207 . T A 698.36 PASS AF=0.47619;AO=70;DP=147;FAO=70;FDP=147;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0561021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3986;QD=19.0031;RBI=0.0913529;REFB=-0.0267141;REVB=0.0720965;RO=77;SAF=35;SAR=35;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129291;STB=0.571409;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.031174;OID=.;OPOS=27715207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:77:77:70:70:0.47619:35:35:28:49:35:35:28:49 chr2 27730940 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.849;QD=59.4356;RBI=0.0267126;REFB=0;REVB=0.00772091;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69373e-05;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr2 27801403 . C G 239.01 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0120246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4803;QD=20.7836;RBI=0.0584308;REFB=-0.0433955;REVB=-0.0571802;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122044;STB=0.568801;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0278258;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:12:11:8:15:12:11 chr2 27801418 . C A 224.87 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00678536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.544;QD=19.9886;RBI=0.0108686;REFB=-0.0181992;REVB=-0.00849028;RO=23;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100971;STB=0.565349;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0188478;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:7:14:13:10:7:15:13:10 chr2 27801493 . T C 224.12 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0137371;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6237;QD=25.6134;RBI=0.0137479;REFB=-0.0177936;REVB=0.000545582;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106914;STB=0.559267;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0125443;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:14:21:21:0.6:9:12:10:4:9:12:10:4 chr2 27801759 . A G 162.04 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0108733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.585;QD=11.3713;RBI=0.0156844;REFB=-0.00963841;REVB=-0.0113037;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209966;STB=0.645036;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0251799;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:36:20:21:0.368421:11:9:9:25:11:10:9:27 chr2 27838058 . C A 302.23 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0101138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.948;QD=19.4989;RBI=0.020661;REFB=-0.0246972;REVB=-0.0180164;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955577;STB=0.563264;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0267697;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:32:32:0.516129:11:21:16:13:11:21:16:14 chr2 27873415 . G A 200.37 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.043093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2435;QD=9.65637;RBI=0.0460028;REFB=-0.0103862;REVB=-0.0161011;RO=57;SAF=17;SAR=9;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071841;STB=0.54234;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0277975;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:9:17:34:23:9:17:34:23 chr2 27887034 . C A 776.81 PASS AF=0.450549;AO=82;DP=182;FAO=82;FDP=182;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.00188018;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=279.583;QD=17.0727;RBI=0.00514078;REFB=-0.0036322;REVB=0.00478461;RO=99;SAF=47;SAR=35;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876143;STB=0.546057;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00486597;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:100:82:82:0.450549:35:47:48:51:35:47:49:51 chr2 27930837 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00920623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.943;QD=19.1341;RBI=0.0104768;REFB=-0.039889;REVB=0.00500079;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00788203;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr2 28789643 . T C 468.56 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0128843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.087;QD=14.1987;RBI=0.0137653;REFB=-0.0161253;REVB=0.00484561;RO=78;SAF=24;SAR=29;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228773;STB=0.516957;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.022534;OID=.;OPOS=28789643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:79:53:53:0.401515:29:24:37:41:29:24:38:41 chr2 28814033 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0305;QD=62.6666;RBI=0.0357081;REFB=0;REVB=0.00868971;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058192;OID=.;OPOS=28814033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr2 28814548 . A T 832.68 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.016;QD=57.4264;RBI=0.0114238;REFB=0;REVB=0.00976018;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25954e-06;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:38:18:0:0:38:20:0:0 chr2 28824793 . C G 135.81 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0141509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.549;QD=17.5242;RBI=0.0439517;REFB=0.00773722;REVB=0.0416113;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359723;STB=0.703457;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00926099;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:13:3:9:6:13:3 chr2 28854958 . C T 813.16 PASS AF=0.509202;AO=82;DP=166;FAO=83;FDP=163;FR=.;FRO=80;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.0285169;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1932;QD=19.9547;RBI=0.0486526;REFB=-0.0117485;REVB=-0.0394191;RO=79;SAF=48;SAR=34;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679678;STB=0.537083;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00933984;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:163:79:80:82:83:0.509202:34:48:52:27:34:49:53:27 chr2 28865760 . T C 759.27 PASS AF=0.521429;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=140;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.010349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.997;QD=21.6935;RBI=0.0163421;REFB=-0.0358056;REVB=0.0126476;RO=63;SAF=46;SAR=27;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05239;STB=0.524346;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0267081;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:140:63:67:73:73:0.521429:27:46:36:27:27:46:39:28 chr2 29092679 . T C 647.94 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.267;QD=57.5948;RBI=0.0257084;REFB=0.0659367;REVB=0.0145797;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034762;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00284259;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:26:17:0:2:26:17:0:2 chr2 29092850 . G T 760.97 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.419;QD=60.8777;RBI=0.0421905;REFB=0.0306463;REVB=0.0356133;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=2.10117e-05;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:48:49:0.98:27:21:0:0:27:22:0:1 chr2 29129418 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2051;QD=58.0592;RBI=0.0755592;REFB=0;REVB=0.0723704;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392219;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr2 29135468 . C G 767.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.047;QD=63.97;RBI=0.0331587;REFB=0;REVB=0.0303619;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92253e-05;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:24:21:0:0:26:22:0:0 chr2 29170623 . G T 1231.73 PASS AF=0.987805;AO=70;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.877;QD=60.0844;RBI=0.0562382;REFB=-0.0374526;REVB=0.0229666;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145457;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000661124;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:70:81:0.987805:38:32:1:0:40:41:1:0 chr2 29222070 . G A 213.08 PASS AF=0.525;AO=15;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00337089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.74;QD=21.3081;RBI=0.0759589;REFB=-0.0816234;REVB=-0.0758841;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245458;STB=0.636248;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.090477;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:19:15:21:0.525:8:7:10:3:9:12:16:3 chr2 29225502 . T G 157.72 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0217504;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.545;QD=14.3379;RBI=0.0218824;REFB=-0.0251302;REVB=0.00239959;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113106;STB=0.565277;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0332552;OID=.;OPOS=29225502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:7:20:11:6:7:20 chr2 29225504 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=21;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00684784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.011;QD=16.0341;RBI=0.0309961;REFB=-0.0117419;REVB=-0.0302302;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039283;STB=0.50999;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0169156;OID=.;OPOS=29225504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:28:21:20:0.416667:15:6:8:17:14:6:8:20 chr2 29226389 . A G 244.04 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00459745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3364;QD=10.8463;RBI=0.198759;REFB=-0.0122197;REVB=-0.198706;RO=49;SAF=21;SAR=9;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102549;STB=0.538435;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0200141;OID=.;OPOS=29226389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:60:30:30:0.333333:9:21:38:11:9:21:39:21 chr2 29226417 . C T 238.89 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0642329;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4062;QD=11.3755;RBI=0.0642332;REFB=-0.0288889;REVB=0.000195772;RO=55;SAF=17;SAR=11;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103117;STB=0.549967;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.064681;OID=.;OPOS=29226417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:28:29:0.345238:11:17:38:17:11:18:38:17 chr2 29226498 . G A 321.09 PASS AF=0.675;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00218787;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2009;QD=32.1087;RBI=0.0105883;REFB=-0.000781569;REVB=-0.0103598;RO=12;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110098;STB=0.56858;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00117447;OID=.;OPOS=29226498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:12:13:27:27:0.675:18:9:2:10:18:9:2:11 chr2 29226512 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.342;QD=60.2234;RBI=0.0440503;REFB=0;REVB=0.00196678;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57454e-05;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr2 29240060 . A G 1592.63 PASS AF=0.480597;AO=160;DP=333;FAO=161;FDP=335;FR=.;FRO=174;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=77;FSRR=97;FWDB=-0.0135213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.764;QD=19.0165;RBI=0.0312231;REFB=-0.0360603;REVB=0.0281435;RO=169;SAF=78;SAR=82;SRF=74;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465161;STB=0.521833;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0336307;OID=.;OPOS=29240060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:335:169:174:160:161:0.480597:82:78:74:95:83:78:77:97 chr2 29240673 . G A 932.48 PASS AF=0.484375;AO=92;DP=188;FAO=93;FDP=192;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=66;FSRF=24;FSRR=75;FWDB=-0.00171469;FXX=0.0103087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212;QD=19.4267;RBI=0.00425937;REFB=-0.0200572;REVB=0.00389898;RO=94;SAF=26;SAR=66;SRF=21;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694953;STB=0.530734;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0211008;OID=.;OPOS=29240673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:192:94:99:92:93:0.484375:66:26:21:73:66:27:24:75 chr2 29240686 . A C 941.87 PASS AF=0.505435;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=67;FSRF=22;FSRR=69;FWDB=0.00764707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.236;QD=20.4754;RBI=0.0144019;REFB=-0.0219072;REVB=-0.012204;RO=90;SAF=26;SAR=67;SRF=21;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528453;STB=0.523692;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0197152;OID=.;OPOS=29240686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:90:91:93:93:0.505435:67:26:21:69:67:26:22:69 chr2 29240783 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.053;QD=58.962;RBI=0.0885635;REFB=0;REVB=-0.00485805;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146672;OID=.;OPOS=29240783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chr2 29246044 . T C 359.28 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0686636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.931;QD=14.8156;RBI=0.0690382;REFB=-0.0300775;REVB=0.00718299;RO=55;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453652;STB=0.507983;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0452126;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:58:39:39:0.402062:21:18:23:32:21:18:26:32 chr2 29416025 . C CATG,CATTG 1879.39 PASS AF=0.00621118,0.857143;AO=21,115;DP=164;FAO=1,138;FDP=161;FR=.;FRO=22;FSAF=1,79;FSAR=0,59;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00655932,0.015724;FXX=0.0182916;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=235.128,253.434;QD=46.6929;RBI=0.00873645,0.0173603;REFB=-0.0187246,-0.0282535;REVB=-0.00577069,-0.00735763;RO=24;SAF=21,58;SAR=0,57;SRF=17;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.814072,-0.0663938;STB=0.986419,0.515425;STBP=0.501,0.325;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0018987,0.00467925;OID=.,.;OPOS=29416026,29416026;OREF=-,-;OALT=ATG,ATTG;OMAPALT=CATG,CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00621118,0.857143:21,115:164:1,138:161:22:1,79:0,59:15:7:99:24:21,58:0,57:17:7 chr2 29416366 . G C 1190.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.606;QD=61.0362;RBI=0.0369346;REFB=0;REVB=-0.0165966;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162749;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:27:50:0:0:27:51:0:0 chr2 29416481 . T C 1874.54 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5284;QD=61.4603;RBI=0.0828772;REFB=0;REVB=0.0603128;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595647;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:47:72:0:0:47:75:0:0 chr2 29416572 . T C 884.96 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.108;QD=58.0299;RBI=0.0535621;REFB=0;REVB=0.0520727;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144897;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:23:35:0:0:26:35:0:0 chr2 29430942 . GTC G 738.43 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313204;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.395;QD=56.8021;RBI=0.00885224;REFB=0;REVB=-0.00827964;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000368629;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:52:52:0:23:29:0:0:4:0:21:29:0:0 chr2 29444076 . G T 1183.36 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380753;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.995;QD=60.6851;RBI=0.0385926;REFB=0;REVB=0.00629749;RO=0;SAF=20;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56014e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145155;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:57:20:0:0:57:21:0:0 chr2 29444095 . C T 825.15 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0244964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.543;QD=54.1085;RBI=0.0260812;REFB=-0.0634088;REVB=0.00895294;RO=2;SAF=21;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935481;STB=0.505134;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00640232;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:2:2:58:59:0.967213:37:21:1:1:38:21:1:1 chr2 29445458 . G T 731.41 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065631;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.76;QD=63.6009;RBI=0.0835739;REFB=0;REVB=0.0517414;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002853;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr2 29543663 . T C 2318.56 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0191339;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.926;QD=63.0902;RBI=0.046264;REFB=0.00459198;REVB=-0.0421219;RO=1;SAF=95;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00923319;STB=0.504854;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000128862;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:51:95:0:1:51:95:0:1 chr2 29903931 . T A 901.55 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0520568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.01;QD=53.824;RBI=0.162563;REFB=-0.0128405;REVB=0.154003;RO=3;SAF=45;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304517;STB=0.516124;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00417031;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:19:45:3:0:19:45:3:0 chr2 29940529 . A T 728.97 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.012;QD=53.9977;RBI=0.0654731;REFB=0;REVB=0.0124473;RO=2;SAF=14;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284701;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:2:0:52:54:1:38:14:2:0:38:16:0:0 chr2 30381505 . T C 365.13 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0127787;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7781;QD=18.2566;RBI=0.064435;REFB=0.0138884;REVB=0.0631552;RO=42;SAF=23;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136073;STB=0.507593;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00818722;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:15:23:26:16:15:23:26:16 chr2 30862980 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00797082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.943;QD=16.4201;RBI=0.0298775;REFB=-9.64378e-05;REVB=-0.0287946;RO=34;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466317;STB=0.526297;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-3.23733e-05;OID=.;OPOS=30862980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:9:20:22:12:9:20:22:12 chr2 30863092 . C T 251.29 PASS AF=0.410959;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0187791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6159;QD=13.7691;RBI=0.0238145;REFB=-0.00201451;REVB=0.014645;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22491;STB=0.63415;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00814452;OID=.;OPOS=30863092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:29:30:0.410959:15:14:30:13:16:14:30:13 chr2 30863108 . A G 273.93 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00494093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9173;QD=15.2183;RBI=0.0384856;REFB=0.00121303;REVB=0.0381671;RO=41;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200113;STB=0.612575;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00130092;OID=.;OPOS=30863108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:16:15:28:13:16:15:28:13 chr2 30863708 . G A 753.05 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00866879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.529;QD=22.6481;RBI=0.0107481;REFB=-0.0139202;REVB=-0.00635398;RO=61;SAF=38;SAR=34;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139388;STB=0.576215;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00972991;OID=.;OPOS=30863708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:61:72:72:0.541353:34:38:22:39:34:38:22:39 chr2 30864789 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00972516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.419;QD=17.7299;RBI=0.0155607;REFB=-0.0237013;REVB=0.0121473;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247833;STB=0.640865;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0147398;OID=.;OPOS=30864789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:13:6:10:7:13:6 chr2 30976058 . C T 550.72 PASS AF=0.437037;AO=59;DP=135;FAO=59;FDP=135;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=0.0158867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1215;QD=16.3176;RBI=0.0280318;REFB=-0.0114341;REVB=-0.0230954;RO=76;SAF=31;SAR=28;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811064;STB=0.545255;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0152232;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:76:59:59:0.437037:28:31:46:30:28:31:46:30 chr2 30980940 . C T 205.18 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00635917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.261;QD=15.7828;RBI=0.0122911;REFB=-0.0219395;REVB=0.0105182;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719429;STB=0.540866;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0331239;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:16:13:12:11:16:13 chr2 31414807 . C G 1396.33 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.472;QD=62.7565;RBI=0.0409274;REFB=0;REVB=-0.0379134;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55451e-05;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr2 31490716 . C G 816.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0314;QD=57.3019;RBI=0.0941358;REFB=0;REVB=0.0067488;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109721;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chr2 31571786 . A G 849.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.255;QD=56.6368;RBI=0.0249032;REFB=0;REVB=0.00162587;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543935;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:22:35:0:0:22:38:0:0 chr2 31589847 . G A 344.91 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=61;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0171491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.375;QD=21.899;RBI=0.0180322;REFB=-0.0126214;REVB=-0.0055742;RO=27;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141544;STB=0.588189;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0132985;OID=.;OPOS=31589847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:27:27:34:36:0.571429:21:13:6:21:21:15:6:21 chr2 31805706 . G C 871.53 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514484;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.894;QD=58.1017;RBI=0.077008;REFB=0;REVB=0.0573;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271823;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr2 31805880 . A AG 553.49 PASS AF=1;AO=54;DP=68;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.5128;QD=34.061;RBI=0.268684;REFB=0;REVB=-0.0709691;RO=9;SAF=29;SAR=25;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00331892;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:68:65:65:0:33:32:0:0:11:9:29:25:7:2 chr2 32475109 . G A 1289.28 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0223806;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.626;QD=58.6035;RBI=0.0330314;REFB=-0.0579668;REVB=0.0242937;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0012025;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:88:0:2:85:86:0.977273:43:42:0:0:43:43:0:2 chr2 32476390 . T G 754.11 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.227;QD=54.8445;RBI=0.0313279;REFB=-0.120073;REVB=0.0171942;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.26442e-06;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:26:28:0:0:26:28:1:0 chr2 32481795 . T A 964.53 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7625;QD=55.9146;RBI=0.0260896;REFB=-0.0610103;REVB=0.0189897;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230419;STB=0.512191;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00846149;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:27:40:2:0:27:40:2:0 chr2 32667182 . G C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.529;QD=60.3754;RBI=0.072387;REFB=0;REVB=0.0262638;RO=0;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114984;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:49:25:0:0:49:25:0:0 chr2 32690189 . A G 197.12 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00262904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.447;QD=10.9509;RBI=0.00293798;REFB=-0.0124154;REVB=0.00131144;RO=47;SAF=19;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192105;STB=0.612806;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0371401;OID=.;OPOS=32690189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:6:19:29:18:6:19:29:18 chr2 32713706 . A T 445.94 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00871168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.011;QD=15.3771;RBI=0.0212118;REFB=0.00350594;REVB=0.0193402;RO=65;SAF=19;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100754;STB=0.55276;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00484836;OID=.;OPOS=32713706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:66:50:50:0.431034:31:19:31:34:31:19:31:35 chr2 32822957 . G A 671.91 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0047791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.611;QD=26.8764;RBI=0.0381365;REFB=-0.0204408;REVB=-0.0378359;RO=41;SAF=27;SAR=32;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411544;STB=0.522441;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0159967;OID=.;OPOS=32822957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:32:27:21:20:32:27:21:20 chr2 32843290 . AT TA,TT 34.62 PASS AF=0,0.175;AO=3,2;DP=38;FAO=0,7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00319912,0.00694676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=23.8089,170.51;QD=3.46243;RBI=0.00886799,0.0254279;REFB=-0.164644,0.00315139;REVB=-0.00827084,0.0244606;RO=31;SAF=1,0;SAR=2,2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0592297,-0.407658;STB=0.5,0.573551;STBP=1,0.723;TYPE=mnp,snp;VARB=0.157507,0.0530405;OID=.,.;OPOS=32843290,32843290;OREF=AT,A;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:38:40:31:33:3,2:0,7:0,0.175:2,2:1,0:12:19:0,5:0,2:12:21 chr2 32843292 . TTTA T,TATT,TTTT 304.24 PASS AF=0.5625,0,0.28125;AO=9,3,12;DP=33;FAO=18,0,9;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=9,0,3;FSAR=9,0,6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00314868,0.00343127,0.00294549;FXX=0.11108;HRUN=4,4,1;LEN=3,3,1;MLLD=134.704,15.5507,139.227;QD=38.0294;RBI=0.164576,0.268401,0.127469;REFB=-0.217359,-0.292216,-0.167095;REVB=0.164546,0.268379,0.127435;RO=3;SAF=4,1,6;SAR=5,2,6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.204298,0.352427,0.17961;STB=0.60858,0.5,0.646785;STBP=0.054,1,0.316;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00952348,0,0.0279254;OID=.,.,.;OPOS=32843293,32843293,32843295;OREF=TTA,TTA,A;OALT=-,ATT,T;OMAPALT=T,TATT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5625,0,0.28125:9,3,12:33:18,0,9:32:5:9,0,3:9,0,6:0:5:49:3:4,1,6:5,2,6:0:3 chr2 32855615 . A G 1117.11 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2779;QD=60.3845;RBI=0.0222876;REFB=0;REVB=0.0208678;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180981;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:32:42:0:0 chr2 32983526 . C T 660.01 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=112;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.00445017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3445;QD=23.3633;RBI=0.0668464;REFB=-0.00940158;REVB=-0.0666981;RO=48;SAF=17;SAR=46;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330698;STB=0.677586;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111125;OID=.;OPOS=32983526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:48:49:63:64:0.566372:46:17:32:16:46:18:33:16 chr2 33037617 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0156549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.785;QD=14.0791;RBI=0.0192593;REFB=-0.0140426;REVB=-0.011218;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.022858;OID=.;OPOS=33037617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:5:7:9:6:5:7:10:6 chr2 33484666 . C G 440.6 PASS AF=0.589041;AO=41;DP=69;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00748853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.5549;QD=24.1424;RBI=0.0191776;REFB=-0.020246;REVB=0.0176551;RO=28;SAF=31;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137221;STB=0.587335;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00976069;OID=.;OPOS=33484666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:28:30:41:43:0.589041:10:31:17:11:10:33:18:12 chr2 33505139 . C A 722.37 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.017294;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2129;QD=16.4175;RBI=0.0279218;REFB=0.0238844;REVB=-0.0219214;RO=99;SAF=47;SAR=31;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027915;STB=0.512103;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0285343;OID=.;OPOS=33505139;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:99:98:78:78:0.443182:31:47:57:42:31:47:57:41 chr2 33557974 . AA AC,GA,GG 692.49 PASS AF=0.0652174,0.891304,0.0434783;AO=3,41,2;DP=46;FAO=3,41,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33,2;FSAR=2,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296411,0.0500391,0.0160376;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=56.3131,104.321,144.275;QD=60.2167;RBI=0.0854381,0.0503472,0.0521678;REFB=0,0,0;REVB=-0.0801316,-0.00556113,-0.0496414;RO=0;SAF=1,33,2;SAR=2,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.8059e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,mnp;VARB=0.142842,0.00268022,-0.094601;OID=.,.,.;OPOS=33557975,33557974,33557974;OREF=A,A,AA;OALT=C,G,GG;OMAPALT=AC,GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:46:46:0:0:3,41,2:3,41,2:0.0652174,0.891304,0.0434783:2,8,0:1,33,2:0:0:2,8,0:1,33,2:0:0 chr2 33558041 . T C 217.9 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0190873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.622;QD=15.5644;RBI=0.0514185;REFB=-0.0103026;REVB=0.0477445;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855604;STB=0.548349;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0156123;OID=.;OPOS=33558041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:11:14:20:11:11:14:20:11 chr2 33585796 . T C 2168.79 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348989;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2557;QD=61.9653;RBI=0.0375068;REFB=-0.0511453;REVB=0.0137416;RO=1;SAF=89;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531238;STB=0.50505;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000542096;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:140:1:1:138:139:0.992857:49:89:1:0:49:90:0:1 chr2 33764286 . T C 2324.24 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516764;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5377;QD=60.7644;RBI=0.051801;REFB=0;REVB=0.0035904;RO=0;SAF=74;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147055;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:151:153:1:77:74:0:0:79:74:0:0 chr2 33952413 . T C 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.013;QD=64.14;RBI=0.0347793;REFB=0;REVB=-0.0211798;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349241;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr2 33952456 . C G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.183;QD=62.9794;RBI=0.065174;REFB=0;REVB=0.0577641;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142412;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr2 33952621 . G A 261.27 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0310831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.996;QD=14.7196;RBI=0.0391997;REFB=-0.0188612;REVB=0.0238842;RO=39;SAF=7;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289267;STB=0.681351;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0297403;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:23:7:19:20:23:7:21:20 chr2 36704144 . C T 2039.07 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0052015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.543;QD=59.9726;RBI=0.0521601;REFB=-0.169039;REVB=-0.0519001;RO=3;SAF=76;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101708;STB=0.505352;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000472168;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:3:3:133:133:0.977941:57:76:1:2:57:76:1:2 chr2 36756288 . T C 576.39 PASS AF=0.427586;AO=61;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.029639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.775;QD=15.9005;RBI=0.036665;REFB=-0.00579691;REVB=0.0215836;RO=80;SAF=26;SAR=35;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501366;STB=0.543229;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0119035;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:80:83:61:62:0.427586:35:26:38:42:36:26:41:42 chr2 36776555 . G T 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0139364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.216;QD=17.7093;RBI=0.0139523;REFB=-0.0121799;REVB=0.000666591;RO=36;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117501;STB=0.565635;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0155877;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:17:16:22:14:17:16:22:14 chr2 36781401 . T C 452.19 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0095335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0407;QD=19.449;RBI=0.0207655;REFB=-0.0183744;REVB=0.0184477;RO=48;SAF=29;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402231;STB=0.522378;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0202976;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:16:29:29:19:16:29:29:19 chr2 36782886 . G A 206.04 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00157674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.631;QD=16.82;RBI=0.0461546;REFB=-0.0061858;REVB=-0.0461276;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314148;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00605945;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:15:12:10:11:15:13 chr2 36808732 . T G 369.42 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0694643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.889;QD=28.974;RBI=0.0695506;REFB=-0.0170931;REVB=0.00346399;RO=17;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179054;STB=0.597644;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0223316;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:20:14:12:5:20:14:12:5 chr2 37028486 . T C 665.72 PASS AF=0.528;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0220496;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6816;QD=21.3029;RBI=0.0266695;REFB=-0.0465269;REVB=-0.0150025;RO=59;SAF=36;SAR=29;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248159;STB=0.509514;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0450206;OID=.;OPOS=37028486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:65:66:0.528:29:36:31:28:30:36:31:28 chr2 37035934 . A G 435.66 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.012366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6997;QD=18.5386;RBI=0.0126787;REFB=-0.0236151;REVB=-0.00279827;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171686;STB=0.595197;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0345254;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:20:24:36:14:20:24:36:14 chr2 37035945 . C A 407.77 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=13;FWDB=-0.0187281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.163;QD=14.3078;RBI=0.0187281;REFB=0.00040249;REVB=-3.22021e-05;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=54;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326547;STB=0.674879;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000410453;OID=.;OPOS=37035945;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:67:47:47:0.412281:23:24:54:12:23:24:54:13 chr2 37041439 . C T 480.59 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0103917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.05;QD=20.2355;RBI=0.0176948;REFB=0.00263799;REVB=-0.0143219;RO=48;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473433;STB=0.526234;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0021445;OID=.;OPOS=37041439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:23:24:27:21:23:24:27:21 chr2 37094945 . A G 289.4 PASS AF=0.92;AO=17;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290147;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.974;QD=46.3039;RBI=0.10073;REFB=-0.104795;REVB=0.0964611;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00720097;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:0:2:17:23:0.92:10:7:0:0:14:9:2:0 chr2 37230728 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.073;QD=60.9785;RBI=0.0504521;REFB=0;REVB=0.0427283;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305899;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 37241050 . G A 1544.51 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00668343;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.924;QD=57.7386;RBI=0.00672356;REFB=-0.0339716;REVB=0.00073343;RO=1;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855071;STB=0.508927;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000499749;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:107:1:2:105:105:0.981308:55:50:0:1:55:50:0:2 chr2 37306343 . G A 2209.29 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.331;QD=63.1227;RBI=0.0126753;REFB=0;REVB=0.0102505;RO=0;SAF=85;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40962e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:53:85:0:0:53:87:0:0 chr2 37317869 . C T 1121.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965455;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.616;QD=60.6045;RBI=0.0215536;REFB=0;REVB=-0.0192704;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54301e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr2 37365640 . G A 646.52 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9897;QD=61.5729;RBI=0.0373117;REFB=0;REVB=0.023819;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081424;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:11:29:0:0:13:29:0:0 chr2 37406644 . A G 1130.53 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.224;QD=58.7289;RBI=0.0390858;REFB=-0.0801388;REVB=0.0189476;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000468176;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:29:46:0:0:29:47:1:0 chr2 37406679 . GC GA,GG 966.79 PASS AF=0.0895522,0.910448;AO=6,48;DP=69;FAO=6,61;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,34;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176397,0.0192515;FXX=0.0289813;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.005,207.23;QD=57.7188;RBI=0.0184884,0.0207298;REFB=0,0;REVB=0.00553717,-0.00768807;RO=0;SAF=6,26;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00995729,-0.00135512;OID=.,.;OPOS=37406680,37406680;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0895522,0.910448:6,48:69:6,61:67:0:6,34:0,27:0:0:25:0:6,26:0,22:0:0 chr2 37456032 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8047;QD=48.7315;RBI=0.0661395;REFB=0;REVB=-0.00295299;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916911;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr2 37458668 . G A 1163.1 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0424804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.636;QD=58.1552;RBI=0.0429826;REFB=-0.0368171;REVB=0.00655161;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.501628;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000389727;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:0:2:78:78:0.975:34:44:0:0:34:44:1:1 chr2 37477794 . C A 322.1 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7366;QD=53.6837;RBI=0.0508169;REFB=0;REVB=-0.0403591;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181545;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr2 37505105 . T G 1822.19 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.306;QD=61.25;RBI=0.0186854;REFB=0;REVB=0.00441374;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.774e-05;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr2 37506939 . A G 1629.5 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.126;QD=59.798;RBI=0.0104456;REFB=0;REVB=-0.00411283;RO=0;SAF=71;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97464e-05;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:107:109:1:36:71:0:0:37:72:0:0 chr2 37579937 . C T 1507.23 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00939475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.181;QD=58.5332;RBI=0.00992959;REFB=-0.0569594;REVB=-0.00321487;RO=0;SAF=67;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59498e-08;STB=0.507245;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000187786;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:0:1:101:102:0.990291:34:67:0:0:34:68:0:1 chr2 37579971 . C T 1679.38 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039371;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1217;QD=60.5183;RBI=0.040729;REFB=0;REVB=-0.0104299;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16413e-05;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:41:70:0:0:41:70:0:0 chr2 37599963 . A C 211.19 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.061896;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.943;QD=17.5987;RBI=0.0618966;REFB=0.00098775;REVB=0.000285064;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231369;STB=0.502979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000790068;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:11:10:13:13:11:10:13:14 chr2 37872508 . G A 376.02 PASS AF=0.384615;AO=44;DP=116;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.319;QD=12.8552;RBI=0.0372503;REFB=0.00420482;REVB=-0.00193541;RO=72;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270967;STB=0.65765;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0113508;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:72:44:45:0.384615:17:27:26:46:17:28:26:46 chr2 38179134 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.63;QD=57.2369;RBI=0.0274988;REFB=0;REVB=-0.0106756;RO=0;SAF=44;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139912;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:12:44:0:0:12:44:0:0 chr2 38298150 . A G 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.406;QD=58.6005;RBI=0.0362241;REFB=0;REVB=0.00682106;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103304;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr2 38298203 . C G 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5369;QD=61.332;RBI=0.00787645;REFB=0;REVB=0.00493535;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130756;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 38302390 . G C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0372422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5301;QD=8.69801;RBI=0.0508934;REFB=-0.0256097;REVB=0.0346866;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448782;STB=0.785954;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0494957;OID=.;OPOS=38302390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:7:7:1:6:7:7 chr2 38536626 . T G 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0200126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.979;QD=16.8735;RBI=0.0203498;REFB=-0.00632533;REVB=-0.00368926;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.566446;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0086919;OID=.;OPOS=38536626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:13:7:12:14:13:7:12:14 chr2 38604351 . A G 347.52 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0711714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8629;QD=14.0411;RBI=0.10118;REFB=-0.0264661;REVB=-0.0719163;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149322;STB=0.584803;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0665957;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:39:39:0.393939:23:16:33:27:23:16:33:27 chr2 38916970 . A T 2002.74 PASS AF=0.977612;AO=131;DP=134;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0200864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.136;QD=59.7832;RBI=0.035982;REFB=-0.0844135;REVB=0.0298537;RO=2;SAF=78;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120298;STB=0.501656;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000160626;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:134:2:3:131:131:0.977612:53:78:2:0:53:78:2:1 chr2 39008949 . G A 185.95 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00849381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.335;QD=8.54929;RBI=0.0121848;REFB=-0.00790966;REVB=-0.00873644;RO=62;SAF=12;SAR=13;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10101;STB=0.559989;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.031415;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:13:12:35:27:13:12:35:27 chr2 39025555 . G A 1083.68 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200013;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.618;QD=60.2045;RBI=0.0211118;REFB=0;REVB=0.00675694;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18444e-05;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:43:29:0:0:43:29:0:0 chr2 39050141 . A C 652.94 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0103823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.242;QD=55.569;RBI=0.070915;REFB=-0.00896404;REVB=0.0701509;RO=2;SAF=25;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036096;STB=0.506414;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00032745;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:47:2:3:43:44:0.93617:18:25:2:0:19:25:2:1 chr2 39053069 . A G 639.3 PASS AF=0.445946;AO=66;DP=148;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00537662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.089;QD=17.2783;RBI=0.0193607;REFB=-0.0129526;REVB=-0.0185991;RO=81;SAF=34;SAR=32;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889072;STB=0.501639;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0149111;OID=.;OPOS=39053069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:82:66:66:0.445946:32:34:41:40:32:34:42:40 chr2 39082344 . T C 1529.99 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.071;QD=63.7494;RBI=0.0207166;REFB=0;REVB=0.0193046;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70609e-05;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr2 39212563 . GTTTTTTTTTTT GTTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTT 101.97 PASS AF=0.384615,0.230769,0,0;AO=6,4,2,4;DP=28;FAO=10,6,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3,2,0,0;FSAR=7,4,0,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00682467,-0.0306358,-0.0277497,0.0135112;FXX=0;HRUN=0,11,11,11;LEN=2,2,1,1;MLLD=270.17,12.0438,13.8869,6.25491;QD=15.6873;RBI=0.00979984,0.0986427,0.028839,0.0910855;REFB=-0.00837147,-0.0115473,0.0134628,-0.00748548;REVB=0.00703283,0.0937648,-0.00785126,-0.0900778;RO=4;SAF=2,2,1,1;SAR=4,2,1,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.279564,-0.201109,-0.237547,-0.397043;STB=0.655927,0.666111,0.5,0.5;STBP=0.201,0.358,1,1;TYPE=ins,del,snp,ins;VARB=0.013953,0.0805561,0,-0.00746457;OID=.,.,.,.;OPOS=39212566,39212564,39212574,39212564;OREF=-,TT,T,-;OALT=TG,-,A,T;OMAPALT=GTTTGTTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0.230769,0,0:6,4,2,4:28:10,6,0,0:26:10:3,2,0,0:7,4,0,0:6:4:75:4:2,2,1,1:4,2,1,3:3:1 chr2 39477170 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.096;QD=61.3364;RBI=0.0481641;REFB=0;REVB=0.0445237;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18178e-05;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 39507417 . T A 373.66 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.558;QD=51.5399;RBI=0.0562607;REFB=-0.109961;REVB=0.0461582;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00268941;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:27:28:0.965517:14:13:0:0:14:14:1:0 chr2 39583446 . A G 1397.12 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0825;QD=62.7917;RBI=0.0163223;REFB=0;REVB=0.0153849;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10417e-05;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:46:43:0:0 chr2 40006368 . C A 119.26 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.151917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9036;QD=21.6827;RBI=0.152726;REFB=0.00849966;REVB=-0.0156988;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214541;STB=0.512176;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0021858;OID=.;OPOS=40006368;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:3:6:9:4:3:6 chr2 40392104 . G A 421.99 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0274829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9181;QD=18.7553;RBI=0.0285423;REFB=-0.0258052;REVB=-0.007704;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427422;STB=0.523798;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0242413;OID=.;OPOS=40392104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:24:23:23:20:24:23 chr2 40403104 . A G 1344.2 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268955;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.056;QD=62.5212;RBI=0.0303946;REFB=0;REVB=0.0141585;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82264e-05;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:31:55:0:0 chr2 42165754 . C T 168.79 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0552334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2325;QD=12.9835;RBI=0.0552949;REFB=-0.00777167;REVB=-0.00260783;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898566;STB=0.543263;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0144013;OID=.;OPOS=42165754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:8:12:16:15:8:12:17:15 chr2 42281364 . G C 262.0 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0539567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5228;QD=17.1803;RBI=0.060437;REFB=0.00552308;REVB=0.0272269;RO=31;SAF=21;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187235;STB=0.605149;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00632812;OID=.;OPOS=42281364;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:32:28:29:0.47541:7:21:18:13:7:22:19:13 chr2 42510018 . A G 1529.6 PASS AF=0.972973;AO=104;DP=108;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.104502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1981;QD=55.1206;RBI=0.105389;REFB=0.0171733;REVB=0.0136421;RO=4;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394875;STB=0.514849;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.000279784;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:108:111:4:3:104:108:0.972973:46:58:0:4:49:59:0:3 chr2 42515388 . A G 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014571;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.438;QD=59.1579;RBI=0.0167888;REFB=0;REVB=0.00833974;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96098e-05;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr2 42515437 . A G 205.04 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0101685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8068;QD=15.7719;RBI=0.0776179;REFB=-0.0171716;REVB=0.076949;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482873;STB=0.536103;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0238451;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:12:11:12:16:12:11:12:17 chr2 42560975 . A G 1029.46 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4362;QD=57.1922;RBI=0.0876833;REFB=-0.170553;REVB=0.051402;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00381244;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:72:0:1:68:71:0.986111:38:30:0:0:39:32:1:0 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 337.7 PASS AF=0.777778;AO=23;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00351881;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=254.356;QD=37.5221;RBI=0.00353885;REFB=-0.0231945;REVB=0.00037611;RO=7;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126897;STB=0.599924;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.00837833;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:23:36:28:36:8:21:7:3:5:48:7:16:7:3:4 chr2 42588195 . T C 730.69 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.0746391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7412;QD=19.7485;RBI=0.138967;REFB=0.0052206;REVB=-0.117221;RO=76;SAF=41;SAR=31;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773363;STB=0.542726;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00693219;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:31:41:37:39:31:41:37:39 chr2 42990101 . G C 607.97 PASS AF=0.456522;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00702943;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.345;QD=17.6224;RBI=0.00767461;REFB=-0.0108199;REVB=0.00308005;RO=75;SAF=41;SAR=22;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808306;STB=0.545037;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0168716;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:75:75:63:63:0.456522:22:41:43:32:22:41:43:32 chr2 42990336 . T G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.699;QD=64.4152;RBI=0.0525958;REFB=0;REVB=0.0320454;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54578e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr2 42990522 . C T 495.81 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.042319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.893;QD=19.0696;RBI=0.0428172;REFB=-0.050133;REVB=-0.00651311;RO=49;SAF=30;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773646;STB=0.529268;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0569742;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:52:52:52:0.5:22:30:24:25:22:30:27:25 chr2 43015704 . T A 377.89 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00470479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.319;QD=24.3803;RBI=0.00533976;REFB=-0.0247128;REVB=0.00252547;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172324;STB=0.594543;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0162974;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:22:15:16:9:22:15:16:9 chr2 43015719 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.442;QD=57.3857;RBI=0.0224873;REFB=0;REVB=0.0218461;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2083e-05;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 43015757 . G A 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.672;QD=63.8563;RBI=0.0269026;REFB=0;REVB=-0.00188669;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57507e-05;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr2 43037672 . C T 717.47 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=135;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0326559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8129;QD=21.2583;RBI=0.0370715;REFB=0.0116306;REVB=0.0175468;RO=65;SAF=39;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705504;STB=0.538777;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0100405;OID=.;OPOS=43037672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:65:65:70:70:0.518519:31:39:31:34:31:39:31:34 chr2 43452183 . A G 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00928174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.987;QD=19.1784;RBI=0.150222;REFB=-0.0225956;REVB=-0.149935;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0113177;OID=.;OPOS=43452183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr2 43793725 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0185869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.906;QD=4.01783;RBI=0.0217924;REFB=-0.00459529;REVB=-0.0113768;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308584;STB=0.740007;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0181424;OID=.;OPOS=43793725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:25:28:6:6:0.176471:2:4:10:15:2:4:10:18 chr2 43797619 . C T 220.9 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.0159644;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.491;QD=8.1814;RBI=0.0197215;REFB=-0.0100848;REVB=-0.0115791;RO=76;SAF=24;SAR=7;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157014;STB=0.590706;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0250711;OID=.;OPOS=43797619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:77:31:31:0.287037:7:24:51:25:7:24:52:25 chr2 43801712 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0221433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3225;QD=15.6999;RBI=0.0419651;REFB=0.0191026;REVB=0.0356475;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221869;STB=0.627739;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.0232211;OID=.;OPOS=43801712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:12:7:9:6:12:7 chr2 43804229 . T C 279.68 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00491796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1379;QD=16.6971;RBI=0.15494;REFB=-0.00979473;REVB=-0.154862;RO=34;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989389;STB=0.560935;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0146057;OID=.;OPOS=43804229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:36:31:31:0.462687:9:22:21:13:9:22:22:14 chr2 43968167 . G A 225.23 PASS AF=0.29;AO=28;DP=97;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0631082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5163;QD=9.00934;RBI=0.0631462;REFB=-0.00574428;REVB=0.00219247;RO=68;SAF=15;SAR=13;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101095;STB=0.508374;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0104601;OID=.;OPOS=43968167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:68:71:28:29:0.29:13:15:37:31:13:16:40:31 chr2 43992575 . C A 252.15 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0320536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.444;QD=14.8323;RBI=0.0322453;REFB=-0.0239289;REVB=0.00351145;RO=38;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12377;STB=0.56363;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0389728;OID=.;OPOS=43992575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:11:18:19:19:11:18:20:19 chr2 43993448 . G C 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.025705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.52;QD=16.9221;RBI=0.0300709;REFB=-0.027241;REVB=-0.0156049;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256572;STB=0.644637;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0389927;OID=.;OPOS=43993448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:9:21:15:19:9:21:15:19 chr2 43995001 . C T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0134658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.297;QD=17.6942;RBI=0.0226754;REFB=0.00329203;REVB=-0.018244;RO=39;SAF=25;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183884;STB=0.603386;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00284963;OID=.;OPOS=43995001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:10:25:21:18:10:25:21:18 chr2 44004010 . T C 192.87 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0116603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.086;QD=14.8358;RBI=0.0177412;REFB=-0.00763388;REVB=0.0133711;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746387;STB=0.533898;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00907847;OID=.;OPOS=44004010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:13:9:14:15:13:9:14:16 chr2 44021826 . T A 598.45 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0135954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.613;QD=25.7397;RBI=0.013678;REFB=-0.0325459;REVB=-0.00150022;RO=38;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517272;STB=0.532542;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0181786;OID=.;OPOS=44021826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:39:54:54:0.580645:22:32:25:13:22:32:26:13 chr2 44066174 . T G 1738.49 PASS AF=1;AO=77;DP=80;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7587;QD=59.9481;RBI=0.123669;REFB=0;REVB=0.0838615;RO=0;SAF=56;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214347;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:80:116:0:0:77:116:1:21:56:0:0:35:81:0:0 chr2 44071743 . A G 979.09 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700209;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.346;QD=58.4532;RBI=0.07473;REFB=0;REVB=0.0261082;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404409;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:1:0:65:67:1:29:36:1:0:30:37:0:0 chr2 44101538 . C T 2113.33 PASS AF=1;AO=92;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915521;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.144;QD=60.381;RBI=0.191788;REFB=0;REVB=-0.168525;RO=1;SAF=52;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678953;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:142:140:1:0:92:140:1:40:52:1:0:60:80:0:0 chr2 44104925 . T C 959.56 PASS AF=0.985075;AO=59;DP=60;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0897206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.062;QD=57.2873;RBI=0.0994993;REFB=-0.019661;REVB=0.0430153;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132917;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000521705;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:67:1:1:59:66:0.985075:35:24:0:1:35:31:0:1 chr2 44201376 . T C 528.54 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00801046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.48;QD=22.2543;RBI=0.0106016;REFB=-0.00938849;REVB=-0.00694452;RO=45;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614685;STB=0.533885;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00875874;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:28:22:23:22:28:22:23:22 chr2 44209477 . C T 209.1 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0138789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9111;QD=18.5864;RBI=0.0174869;REFB=0.0116805;REVB=-0.010638;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201434;STB=0.615266;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0115531;OID=.;OPOS=44209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:10:14:16:5:10:14 chr2 45149003 . C T 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0129695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.285;QD=12.0714;RBI=0.0158831;REFB=-0.000546617;REVB=0.00916865;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306369;STB=0.681674;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00112285;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:15:9:26:13:15:9:27:13 chr2 45149143 . G A 78.9 PASS AF=0.164835;AO=10;DP=89;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0147611;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.019;QD=3.46807;RBI=0.0156099;REFB=-0.0127737;REVB=-0.00507707;RO=77;SAF=5;SAR=5;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054611;STB=0.571334;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.067515;OID=.;OPOS=45149143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:89:91:77:76:10:15:0.164835:5:5:42:35:8:7:42:34 chr2 45171842 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.927;QD=56.938;RBI=0.0556972;REFB=0;REVB=0.0554801;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121149;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:13:40:0:0:13:40:0:0 chr2 46414169 . G A 472.39 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0329371;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3775;QD=17.4958;RBI=0.0392697;REFB=-0.0207909;REVB=-0.0213836;RO=56;SAF=22;SAR=29;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131767;STB=0.576893;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0300226;OID=.;OPOS=46414169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:51:52:0.481481:29:22:32:24:30:22:32:24 chr2 46414434 . C A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00188793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.501;QD=16.5617;RBI=0.0128308;REFB=-0.0110226;REVB=0.0126912;RO=31;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104332;STB=0.558818;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0122739;OID=.;OPOS=46414434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:11:16:15:16:11:16:15:16 chr2 46609738 . G GC 31.28 PASS AF=0.157895;AO=13;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0221011;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.4058;QD=1.64611;RBI=0.0285461;REFB=-0.013882;REVB=-0.0180672;RO=62;SAF=12;SAR=1;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679827;STB=0.930798;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.208437;OID=.;OPOS=46609739;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:13:76:12:76:64:11:1:23:41:31:62:12:1:21:41 chr2 46707682 . G A 122.63 PASS AF=0.194444;AO=21;DP=108;FAO=21;FDP=108;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00747286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.559;QD=4.54186;RBI=0.0156256;REFB=-0.0131973;REVB=-0.0137228;RO=87;SAF=10;SAR=11;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374225;STB=0.523787;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0581643;OID=.;OPOS=46707682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:87:21:21:0.194444:11:10:44:43:11:10:44:43 chr2 46707851 . G A 125.9 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0386754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.288;QD=18.6523;RBI=0.0411125;REFB=-0.0742659;REVB=0.0139444;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156693;STB=0.589347;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0526641;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:8:5:8:6:8:5 chr2 46739715 . C T 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0349587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1388;QD=12.5643;RBI=0.0405672;REFB=-0.014936;REVB=-0.0205813;RO=46;SAF=21;SAR=7;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746709;STB=0.543072;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0190491;OID=.;OPOS=46739715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:7:21:32:14:7:21:32:14 chr2 46987300 . T G 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0370437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8894;QD=21.8377;RBI=0.0609117;REFB=-0.0118699;REVB=-0.0483529;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366012;STB=0.702977;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0104013;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:4:20:10:15:4:20 chr2 47045309 . C T 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.060735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5734;QD=19.3398;RBI=0.0608758;REFB=-0.0120458;REVB=-0.0041382;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0128425;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr2 47201797 . A T 583.55 PASS AF=0.45283;AO=61;DP=140;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0256769;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.6105;QD=14.6805;RBI=0.0500177;REFB=-0.0594972;REVB=0.042924;RO=78;SAF=15;SAR=46;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309671;STB=0.66894;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0284514;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:159:78:87:61:72:0.45283:46:15:41:37:54:18:46:41 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 772.95 PASS AF=0.15,0.6375;AO=18,47;DP=87;FAO=12,51;FDP=80;FR=.;FRO=17;FSAF=8,37;FSAR=4,14;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.00714818,-0.0292388;FXX=0.0243873;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=156.876,200.329;QD=38.6475;RBI=0.0185416,0.0295048;REFB=-0.0228995,-0.0309831;REVB=-0.0171084,-0.00395284;RO=21;SAF=11,36;SAR=7,11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.209806,-0.0354173;STB=0.610947,0.531634;STBP=0.436,0.481;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00450499,0.00488167;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:87:80:21:17:18,47:12,51:0.15,0.6375:7,11:11,36:17:4:4,14:8,37:14:3 chr2 47596853 . C CG 278.45 PASS AF=0.460784;AO=45;DP=109;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.028739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5263;QD=10.9195;RBI=0.0791184;REFB=0.00925891;REVB=-0.0737143;RO=61;SAF=15;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234578;STB=0.604636;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=-0.0240492;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460784:45:109:47:102:55:16:31:29:26:99:61:15:30:34:27 chr2 47601106 . T C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.769;QD=59.6781;RBI=0.0675492;REFB=0;REVB=0.00716176;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430818;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr2 47604866 . C T 754.68 PASS AF=0.446927;AO=79;DP=179;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=-0.0304926;FXX=0.0110491;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1409;QD=16.8644;RBI=0.0497084;REFB=-0.0221095;REVB=-0.0392572;RO=96;SAF=47;SAR=32;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195673;STB=0.595576;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0212299;OID=.;OPOS=47604866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:96:99:79:80:0.446927:32:47:38:58:33:47:41:58 chr2 47739551 . A G 352.65 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=95;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0160114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.314;QD=14.6938;RBI=0.0216551;REFB=-0.0260204;REVB=-0.01458;RO=51;SAF=25;SAR=13;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233961;STB=0.608638;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0305646;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:57:38:39:0.40625:13:25:22:29:13:26:28:29 chr2 47905390 . C A 724.15 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00115199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.617;QD=54.6529;RBI=0.00662019;REFB=-0.139273;REVB=0.00651919;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000668968;OID=.;OPOS=47905390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:25:27:1:0:25:27:1:0 chr2 48030647 . C T 31.13 PASS AF=0.0904255;AO=18;DP=189;FAO=17;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=171;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=87;FSRR=84;FWDB=-0.0815235;FXX=0.015706;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.8573;QD=0.66244;RBI=0.119352;REFB=-0.0175553;REVB=-0.0871706;RO=97;SAF=16;SAR=2;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585897;STB=0.929051;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.109173;OID=.;OPOS=48030647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:189:188:97:171:18:17:0.0904255:2:16:41:56:1:16:87:84 chr2 48602252 . C T 668.33 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0183072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.504;QD=28.7455;RBI=0.0200987;REFB=-0.0343643;REVB=-0.00829469;RO=35;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416065;STB=0.522602;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0214079;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:35:35:58:58:0.623656:28:30:16:19:28:30:16:19 chr2 48756682 . C G 3560.01 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104146;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8479;QD=62.4564;RBI=0.144684;REFB=-0.0822744;REVB=0.100434;RO=2;SAF=106;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000383974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831257;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:228:2:0:222:228:1:116:106:1:1:121:107:0:0 chr2 48807796 . A C 375.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9027;QD=55.6108;RBI=0.0235431;REFB=0;REVB=0.0228275;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190896;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr2 48807976 . T C 585.13 PASS AF=0.953488;AO=36;DP=38;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0755667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.0304;QD=54.4306;RBI=0.0794878;REFB=-0.124046;REVB=0.0246574;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467499;STB=0.524988;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00324126;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:43:2:2:36:41:0.953488:19:17:0:2:19:22:0:2 chr2 48808152 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.776;QD=49.599;RBI=0.0193998;REFB=0;REVB=0.0144879;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318424;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr2 48808594 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.664;QD=57.5452;RBI=0.0230717;REFB=0;REVB=-0.00979227;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9333e-06;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr2 48808882 . T A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.236;QD=58.06;RBI=0.0201938;REFB=0;REVB=0.00886603;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77566e-05;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 48808898 . C T 959.6 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654055;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.529;QD=59.052;RBI=0.0125597;REFB=0;REVB=0.0107223;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40525e-05;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr2 48809593 . G T 1157.46 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000228604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.36;QD=59.357;RBI=0.0213062;REFB=-0.09822;REVB=0.021305;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000266349;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:35:42:0:0:35:42:1:0 chr2 48898798 . T A 1677.6 PASS AF=0.966102;AO=113;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00998336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.84;QD=56.8679;RBI=0.0627877;REFB=0.0188536;REVB=-0.0619889;RO=2;SAF=64;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189829;STB=0.502112;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00146599;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:118:118:2:4:113:114:0.966102:49:64:0:2:50:64:2:2 chr2 48915871 . A G 1088.43 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421917;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0218;QD=58.0495;RBI=0.072373;REFB=-0.0354577;REVB=0.0588023;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00191805;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:73:74:0.986667:43:30:0:0:44:30:1:0 chr2 48921375 . T C 727.11 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.274;QD=52.8806;RBI=0.0597001;REFB=-0.107146;REVB=0.0296957;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.5147;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000916905;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:1:2:52:53:0.963636:20:32:1:0:20:33:2:0 chr2 48960032 . G A 88.23 PASS AF=0.44;AO=12;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.111027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.169;QD=14.117;RBI=0.111579;REFB=-0.00649032;REVB=0.0110854;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0100948;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:12:11:0.44:3:9:7:6:3:8:8:6 chr2 49189921 . C T 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00407201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.195;QD=19.2919;RBI=0.00407705;REFB=-0.0342987;REVB=-0.000202713;RO=59;SAF=37;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160154;STB=0.580853;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0330378;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:61:60:60:0.495868:23:37:26:33:23:37:28:33 chr2 49191041 . C T 274.2 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0709798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.599;QD=24.9268;RBI=0.0710608;REFB=-0.0170235;REVB=0.0033906;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117464;STB=0.565166;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0127321;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:12:7:13:12:12:7 chr2 50148972 . C T 138.87 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00755824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.158;QD=19.8379;RBI=0.0117192;REFB=-0.0224473;REVB=0.0089561;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235988;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0214611;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:9:4:9:6:9:4 chr2 50201110 . A G 374.59 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0200128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8623;QD=20.8104;RBI=0.0295068;REFB=-0.0225327;REVB=0.0216826;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0310734;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:19:19:17:17:19:19:17:17 chr2 50574015 . C T 30.52 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00405093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5845;QD=11.0977;RBI=0.0235522;REFB=-0.0722159;REVB=0.0232012;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0404178;OID=.;OPOS=50574015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr2 51125707 . C G 385.05 PASS AF=0.256637;AO=25;DP=106;FAO=29;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0619694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3856;QD=13.63;RBI=0.0669144;REFB=-0.0372892;REVB=0.0252453;RO=65;SAF=24;SAR=1;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.626139;STB=0.630932;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0444152;OID=.;OPOS=51125707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:113:65:65:25:29:0.256637:1:24:42:23:6:23:42:23 chr2 52929658 . A G 2476.94 PASS AF=0.489237;AO=249;DP=513;FAO=250;FDP=511;FR=.;FRO=261;FSAF=149;FSAR=101;FSRF=141;FSRR=120;FWDB=-0.00130324;FXX=0.00968973;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.846;QD=19.389;RBI=0.00192871;REFB=-0.00957839;REVB=0.0014218;RO=254;SAF=148;SAR=101;SRF=136;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556802;STB=0.529241;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0129323;OID=.;OPOS=52929658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:513:511:254:261:249:250:0.489237:101:148:136:118:101:149:141:120 chr2 53992593 . A T 1097.48 PASS AF=0.594118;AO=101;DP=169;FAO=101;FDP=170;FR=.;FRO=69;FSAF=72;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=-0.01862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7609;QD=25.823;RBI=0.0202646;REFB=-0.0354061;REVB=-0.00799687;RO=68;SAF=72;SAR=29;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324703;STB=0.522463;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0255695;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:68:69:101:101:0.594118:29:72:46:22:29:72:46:23 chr2 54035508 . G C 958.41 PASS AF=0.573333;AO=86;DP=150;FAO=86;FDP=150;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0189614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0245;QD=25.5576;RBI=0.0361621;REFB=-0.00470534;REVB=-0.0307923;RO=64;SAF=42;SAR=44;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911618;STB=0.504962;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00297085;OID=.;OPOS=54035508;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:64:64:86:86:0.573333:44:42:32:32:44:42:32:32 chr2 54081923 . T G 373.77 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.00771519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.119;QD=13.5915;RBI=0.045819;REFB=0.0005507;REVB=-0.0451648;RO=61;SAF=22;SAR=22;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591871;STB=0.52726;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000746493;OID=.;OPOS=54081923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:66:44:44:0.4:22:22:27:34:22:22:30:36 chr2 54115904 . A G 421.73 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00174475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.156;QD=26.3583;RBI=0.0252889;REFB=-0.0192019;REVB=-0.0252286;RO=24;SAF=31;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260451;STB=0.643318;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0115624;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:9:31:11:13:9:31:11:13 chr2 54120025 . A T 592.31 PASS AF=0.452555;AO=62;DP=137;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0136484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.692;QD=17.2938;RBI=0.02681;REFB=-0.0176976;REVB=-0.0230759;RO=75;SAF=36;SAR=26;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469008;STB=0.526076;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0207762;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:75:75:62:62:0.452555:26:36:47:28:26:36:47:28 chr2 54120820 . G A 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5166;QD=64.1438;RBI=0.0616337;REFB=0;REVB=-0.060069;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308294;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr2 54125495 . T C 76.47 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00316461;FXX=0.0377287;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.87;QD=5.99745;RBI=0.0154096;REFB=-0.000439366;REVB=0.0150811;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132619;STB=0.563524;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00264712;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:53:51:29:40:11:11:0.215686:5:6:19:10:5:6:25:15 chr2 54127041 . C T 2123.99 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=136;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0587665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1367;QD=62.0142;RBI=0.0817779;REFB=-0.027672;REVB=-0.0568694;RO=0;SAF=86;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99536e-08;STB=0.50289;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000951283;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:137:0:1:135:136:0.992701:49:86:0:0:50:86:1:0 chr2 54150237 . A G 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0022596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.667;QD=9.40169;RBI=0.00239589;REFB=-0.00677689;REVB=0.000796561;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367772;STB=0.521717;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0154482;OID=.;OPOS=54150237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:18:25:11:9:18:25 chr2 54362645 . T C 115.32 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0640655;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.7085;QD=15.3757;RBI=0.0700831;REFB=0.00787453;REVB=0.0284122;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385084;STB=0.713979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00782105;OID=.;OPOS=54362645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:9:4:11:4:10:4:11:5 chr2 54482964 . C T 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00686793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.467;QD=14.4105;RBI=0.00698928;REFB=-0.00824856;REVB=-0.00129675;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404499;STB=0.762078;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00473845;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:28:18:18:0.391304:14:4:15:10:14:4:18:10 chr2 54557360 . A G 333.05 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0856479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.627;QD=19.0315;RBI=0.0869103;REFB=-0.0276955;REVB=0.0147595;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261087;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:22:13:12:22:22:13:13:22 chr2 54587596 . C T 112.14 PASS AF=0.448276;AO=14;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0222243;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1712;QD=15.4674;RBI=0.0289918;REFB=-0.00673968;REVB=-0.0186174;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.656028;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00937498;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:14:13:0.448276:7:7:11:5:7:6:12:4 chr2 54756740 . C T 374.35 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00359836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.888;QD=31.8594;RBI=0.0148904;REFB=-0.0144396;REVB=0.0144491;RO=16;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04888;STB=0.526732;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00922733;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:16:15:9:7:16:15:9:7 chr2 55040426 . A G 259.47 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0015943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.274;QD=9.88445;RBI=0.0104034;REFB=-0.018563;REVB=0.0102805;RO=69;SAF=23;SAR=11;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10336;STB=0.572512;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0367942;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:71:34:34:0.32381:11:23:41:28:11:23:41:30 chr2 55091029 . C T 57.27 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0498001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7112;QD=12.7277;RBI=0.0760722;REFB=-0.0574885;REVB=0.057506;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0780782;OID=.;OPOS=55091029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr2 55186394 . A C 885.13 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.989;QD=58.041;RBI=0.0747424;REFB=0;REVB=0.0144848;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181445;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 55404794 . G A 303.04 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.041857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.532;QD=14.6044;RBI=0.0768112;REFB=-0.0238294;REVB=-0.0644045;RO=49;SAF=9;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257351;STB=0.646967;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0380008;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:25:9:24:25:25:9:24:25 chr2 55407754 . C T 888.87 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451912;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.047;QD=58.2862;RBI=0.047764;REFB=0;REVB=0.0154644;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135126;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr2 55449464 . T C 306.2 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0184469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.189;QD=15.31;RBI=0.0276353;REFB=-0.0329397;REVB=0.0205772;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183726;STB=0.60344;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0383246;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:30:16:18:16:30:16 chr2 55470115 . C T 205.13 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0139413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.367;QD=16.4106;RBI=0.0452135;REFB=0.0023933;REVB=-0.0430105;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180526;STB=0.60293;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00525491;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:10:19:10:11:10:19 chr2 55490819 . G T 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0139234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9738;QD=20.8116;RBI=0.0181416;REFB=-0.00712439;REVB=0.0116299;RO=23;SAF=19;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379986;STB=0.716767;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00374279;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:4:19:11:12:4:19:11:12 chr2 55516723 . C T 1098.49 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000970572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.314;QD=60.1913;RBI=0.00116264;REFB=0;REVB=0.000640088;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4989e-06;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:31:42:0:0:31:42:0:0 chr2 55522422 . A G 1898.99 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0080337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.683;QD=60.7678;RBI=0.0285044;REFB=0.0684825;REVB=0.0273489;RO=1;SAF=64;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736617;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00012151;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:60:64:1:0:60:64:1:0 chr2 55762957 . C T 1348.13 PASS AF=0.474048;AO=137;DP=289;FAO=137;FDP=289;FR=.;FRO=152;FSAF=59;FSAR=78;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.00187198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.739;QD=18.6593;RBI=0.0793211;REFB=-0.0161724;REVB=-0.079299;RO=152;SAF=59;SAR=78;SRF=84;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116596;STB=0.564236;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0208417;OID=.;OPOS=55762957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:152:152:137:137:0.474048:78:59:84:68:78:59:84:68 chr2 55771161 . A G 415.29 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0384366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5532;QD=19.3156;RBI=0.0396955;REFB=0.00194085;REVB=0.0099179;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430792;STB=0.536054;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00415001;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:44:42:42:0.488372:19:23:21:21:19:23:21:23 chr2 55805440 . T C 617.65 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048611;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5284;QD=61.7646;RBI=0.0501107;REFB=0;REVB=0.0121674;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012845;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 55883317 . G T 356.4 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0152299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.994;QD=20.3657;RBI=0.0376683;REFB=-0.0229979;REVB=0.0344521;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233556;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0181638;OID=.;OPOS=55883317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:31:33:36:37:0.528571:13:23:19:12:13:24:21:12 chr2 55912120 . T C 126.21 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0232439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.186;QD=13.2849;RBI=0.0371723;REFB=-0.0303347;REVB=0.0290087;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229769;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0519528;OID=.;OPOS=55912120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:7:7:11:12:7:8:11:12 chr2 56411817 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.437;QD=39.2068;RBI=0.0121248;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62936e-05;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr2 58316814 . A G 130.01 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.000238652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.023;QD=8.66701;RBI=0.011717;REFB=-0.00857314;REVB=0.0117146;RO=42;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201013;STB=0.620552;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0208446;OID=.;OPOS=58316814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:6:12:21:21:6:12:21:21 chr2 58388696 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0060534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.057;QD=24.0275;RBI=0.0501601;REFB=-0.0223435;REVB=0.0497935;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114501;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr2 60614572 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.399;QD=59.0158;RBI=0.0343455;REFB=0;REVB=0.0162992;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339638;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr2 60614577 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.67;QD=59.0179;RBI=0.0184635;REFB=0;REVB=-0.0176904;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101281;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr2 60685756 . T TTA 32.35 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=69;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0392407;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=2;MLLD=20.0098;QD=2.31062;RBI=0.179795;REFB=-0.0561711;REVB=-0.17546;RO=57;SAF=0;SAR=7;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.683017;STB=0.895788;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.153112;OID=.;OPOS=60685757;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:7:69:8:56:48:1:7:30:18:32:57:0:7:36:21 chr2 60687959 . A G 1361.68 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334432;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.151;QD=62.6061;RBI=0.0131212;REFB=0;REVB=0.0126879;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.136e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr2 60867976 . C T 969.11 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347623;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6762;QD=56.1801;RBI=0.0359123;REFB=-0.104371;REVB=-0.00901516;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.516124;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00358023;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:69:2:2:67:67:0.971014:37:30:2:0:37:30:2:0 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT,GTATTTG 103.78 PASS AF=0.421053,0,0;AO=28,5,3;DP=82;FAO=32,0,0;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14,0,0;FSAR=18,0,0;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.15045,-0.10881,-0.0457751;FXX=0.0379699;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=8.55796,19.8465,186.221;QD=5.46229;RBI=0.181847,0.164138,0.0716189;REFB=-0.0651241,-0.0197369,0.00998762;REVB=-0.102143,-0.122888,-0.0550809;RO=37;SAF=12,1,0;SAR=16,4,3;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0314732,-0.316687,-0.499996;STB=0.530284,0.5,0.5;STBP=0.663,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.00966921,-0.0237493,0;OID=.,.,.;OPOS=61315633,61315637,61315632;OREF=T,TG,ATT;OALT=-,GT,GTA;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT,GTATTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:76:37:44:28,5,3:32,0,0:0.421053,0,0:16,4,3:12,1,0:17:20:18,0,0:14,0,0:17:27 chr2 61415473 . G C 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00751501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.325;QD=23.4425;RBI=0.0205224;REFB=-0.021604;REVB=0.019097;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305751;STB=0.669089;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0167099;OID=.;OPOS=61415473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:9:22:7:15:9:22:7:15 chr2 61450454 . A G 1368.36 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8398;QD=60.1479;RBI=0.0293087;REFB=-0.0807401;REVB=0.00383921;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512497;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000923955;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:89:89:0.978022:50:39:0:0:50:39:2:0 chr2 61522123 . T C 1008.33 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5192;QD=59.3132;RBI=0.0814675;REFB=0;REVB=0.0695314;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978082;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr2 61575308 . A G 889.13 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332279;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.581;QD=58.3039;RBI=0.0408473;REFB=0;REVB=-0.0237574;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93131e-05;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 61577435 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.666;QD=64.1521;RBI=0.0656074;REFB=0;REVB=0.0651241;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114397;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr2 62066927 . A G 1688.71 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177134;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3778;QD=59.7772;RBI=0.0260585;REFB=-0.13262;REVB=0.0191124;RO=1;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010668;STB=0.505617;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00256674;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:113:1:1:112:112:0.99115:44:68:0:1:44:68:0:1 chr2 62069358 . T C 682.23 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0139701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.289;QD=23.1264;RBI=0.0163926;REFB=-0.0147069;REVB=0.00857642;RO=52;SAF=42;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09882;STB=0.554103;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0112476;OID=.;OPOS=62069358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:52:66:66:0.559322:24:42:27:25:24:42:27:25 chr2 62081012 . A C 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.655;QD=63.4762;RBI=0.0250354;REFB=0;REVB=0.0103259;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77368e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr2 62112222 . G A 227.53 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=46;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00751418;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=89.0146;QD=18.5741;RBI=0.0142266;REFB=-0.0722583;REVB=0.0120802;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102863;OID=.;OPOS=62112222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:17:21:23:28:0.571429:9:14:9:8:12:16:12:9 chr2 62450631 . A G 901.3 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6478;QD=56.3311;RBI=0.183445;REFB=0;REVB=0.177107;RO=2;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233864;OID=.;OPOS=62450631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:2:0:62:64:1:18:44:0:2:20:44:0:0 chr2 62450743 . T C 1977.42 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00789579;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.434;QD=61.3154;RBI=0.0537988;REFB=-0.098802;REVB=0.0532162;RO=1;SAF=68;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693714;STB=0.503597;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000201124;OID=.;OPOS=62450743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:129:1:1:127:128:0.992248:59:68:1:0:59:69:1:0 chr2 62451422 . A G 469.53 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.458;QD=55.2393;RBI=0.0483258;REFB=-0.031387;REVB=0.0449325;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00127376;OID=.;OPOS=62451422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr2 62729674 . T C 244.39 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0269666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.986;QD=10.8617;RBI=0.0645802;REFB=-0.00437112;REVB=0.0586805;RO=60;SAF=11;SAR=19;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282386;STB=0.663649;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0113193;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:19:11:37:23:19:11:37:23 chr2 62733253 . C T 1916.8 PASS AF=0.483951;AO=196;DP=405;FAO=196;FDP=405;FR=.;FRO=209;FSAF=79;FSAR=117;FSRF=89;FSRR=120;FWDB=0.0240379;FXX=0.00491388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.941;QD=18.9313;RBI=0.029026;REFB=-0.0268263;REVB=0.0162692;RO=201;SAF=79;SAR=117;SRF=88;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330996;STB=0.512154;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0281025;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:201:209:196:196:0.483951:117:79:88:113:117:79:89:120 chr2 62738931 . G C 247.54 PASS AF=0.319588;AO=29;DP=96;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.023906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5749;QD=10.208;RBI=0.048969;REFB=-0.0181195;REVB=-0.0427372;RO=61;SAF=15;SAR=14;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851134;STB=0.562294;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.041531;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:61:66:29:31:0.319588:14:15:36:25:16:15:38:28 chr2 63395979 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0373322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0977;QD=14.6492;RBI=0.0373501;REFB=-0.00393717;REVB=-0.00115787;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346333;STB=0.701463;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00461665;OID=.;OPOS=63395979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:12:7:10:4:12:7 chr2 63436117 . T C 353.5 PASS AF=0.652174;AO=27;DP=44;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0323544;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.376;QD=30.7387;RBI=0.0323742;REFB=-0.0319709;REVB=0.00113386;RO=16;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378081;STB=0.513504;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0135537;OID=.;OPOS=63436117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:16:16:27:30:0.652174:15:12:8:8:18:12:7:9 chr2 63849491 . T C 2389.68 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.185;QD=64.1524;RBI=0.030129;REFB=0;REVB=0.0279712;RO=0;SAF=88;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26622e-05;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:61:88:0:0:61:88:0:0 chr2 64069732 . G A,GA 188.02 PASS AF=0.875,0.125;AO=12,3;DP=15;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478469,-0.00786548;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=88.7075,181.886;QD=47.0038;RBI=0.0538599,0.019651;REFB=0,0;REVB=0.0247299,0.0180082;RO=0;SAF=9,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00137735,0.113985;OID=.,.;OPOS=64069732,64069733;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:15:16:0:0:12,3:14,2:0.875,0.125:3,3:9,0:0:0:5,2:9,0:0:0 chr2 64321823 . A G 166.42 PASS AF=0.367347;AO=14;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0679688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0263;QD=13.5851;RBI=0.0680806;REFB=-0.0296561;REVB=0.00389906;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220981;STB=0.608572;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0598544;OID=.;OPOS=64321823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:30:14:18:0.367347:9:5:15:12:12:6:15:15 chr2 64327544 . G T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00627728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.432;QD=19.1728;RBI=0.0259402;REFB=-0.00273892;REVB=-0.0251692;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142511;STB=0.507932;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00250663;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:15:17:17:16:15:17 chr2 64327592 . T C 447.73 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00408523;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2894;QD=20.8247;RBI=0.0630986;REFB=-0.00540161;REVB=0.0629662;RO=41;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484844;STB=0.533462;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00499893;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:41:42:44:44:0.511628:26:18:19:22:26:18:20:22 chr2 64779509 . G A 254.22 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000831782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.155;QD=21.636;RBI=0.000854756;REFB=-0.0131053;REVB=0.000196844;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135537;STB=0.552169;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0144021;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:23:24:0.510638:13:10:13:9:13:11:13:10 chr2 64796817 . A C 451.24 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00552131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1786;QD=17.1902;RBI=0.00956048;REFB=-0.00692782;REVB=-0.00780499;RO=56;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661306;STB=0.536827;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00857399;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:22:27:27:29:22:27:27:29 chr2 64860029 . CTTCAAA C 38.57 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0177897;FXX=0.239904;HRUN=2;LEN=6;MLLD=211.328;QD=8.12087;RBI=0.0198563;REFB=-0.0133126;REVB=0.00882032;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.696919;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0249442;OID=.;OPOS=64860030;OREF=TTCAAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:20:6:19:13:5:1:8:5:38:11:5:1:7:4 chr2 65044680 . C T 928.99 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.661;QD=55.4621;RBI=0.018648;REFB=-0.0646068;REVB=0.0156591;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130335;STB=0.50069;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00315338;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:34:31:1:1:34:31:1:1 chr2 65311555 . C T 543.21 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.844;QD=58.7254;RBI=0.00465707;REFB=0;REVB=-0.00422124;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629293;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:23:14:0:0 chr2 65495887 . G A 2461.41 PASS AF=0.993827;AO=161;DP=163;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0065917;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.225;QD=60.7756;RBI=0.0117345;REFB=-0.039804;REVB=0.00970817;RO=0;SAF=105;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=6.7097e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:162:0:1:161:161:0.993827:56:105:0:0:56:105:0:1 chr2 65496018 . C G 479.97 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0184507;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.845;QD=19.7926;RBI=0.0250934;REFB=-0.0148508;REVB=-0.0170074;RO=47;SAF=31;SAR=16;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215573;STB=0.52354;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0208218;OID=.;OPOS=65496018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:50:47:47:0.484536:16:31:32:15:16:31:35:15 chr2 65496144 . A G 1536.6 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149956;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0808;QD=64.0251;RBI=0.0475583;REFB=0;REVB=0.0451323;RO=0;SAF=65;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299683;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:95:96:1:30:65:0:0:31:65:0:0 chr2 65496187 . G A 308.04 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0237346;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.057;QD=14.6687;RBI=0.0249381;REFB=-0.00623399;REVB=0.00765364;RO=46;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245353;STB=0.629561;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00649336;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:49:34:35:0.416667:17:17:34:12:17:18:36:13 chr2 65497571 . C A 655.33 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0400426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.02;QD=59.5751;RBI=0.0402881;REFB=-0.151127;REVB=-0.00444083;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000630274;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:20:23:0:0:20:23:0:1 chr2 65540905 . C G 1099.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.026;QD=60.2354;RBI=0.0247503;REFB=0;REVB=-0.00323688;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4855e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:24:48:0:0:24:49:0:0 chr2 65561392 . C T 756.18 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.845;QD=56.0136;RBI=0.0626432;REFB=0;REVB=0.0450434;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175929;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:54:0:0:48:54:1:31:17:0:0:35:19:0:0 chr2 67630980 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0381212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.169;QD=8.51171;RBI=0.038134;REFB=-0.00536481;REVB=0.000985309;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0138221;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:10:14:5:5:10:14 chr2 67632125 . C T 300.14 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0763841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7341;QD=24.5011;RBI=0.0764757;REFB=0.0217971;REVB=0.00374204;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.518445;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0203811;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:9:13:17:10:9:13 chr2 68385097 . AG A,GG 492.63 PASS AF=0.446809,0.489362;AO=10,23;DP=43;FAO=21,23;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=3,9;FSAR=18,14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0890951,-5.18459e-05;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.4648,83.5065;QD=41.9263;RBI=0.170437,0.00832832;REFB=-0.0933348,0.0352673;REVB=-0.145296,-0.00832816;RO=6;SAF=0,9;SAR=10,14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.364486,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.831907,-0.168809;STB=0.612124,0.532843;STBP=0.053,0.403;TYPE=del,snp;VARB=-0.109834,-0.017163;OID=.,.;OPOS=68385098,68385097;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:47:6:3:10,23:21,23:0.446809,0.489362:10,14:0,9:5:1:18,14:3,9:2:1 chr2 68388823 . A G 529.86 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0319651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5416;QD=16.5582;RBI=0.0344515;REFB=0.000165935;REVB=0.0128506;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127725;STB=0.571286;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000500531;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:71:71:57:57:0.445312:24:33:32:39:24:33:32:39 chr2 68407926 . A G 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00754143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.53;QD=15.6179;RBI=0.00764514;REFB=-0.0152222;REVB=-0.001255;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16632;STB=0.594803;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0259126;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:7:11:19:6:7:11:19:6 chr2 68415767 . G A 393.11 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0360959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.857;QD=19.6554;RBI=0.0361057;REFB=-0.00518989;REVB=0.000841264;RO=40;SAF=19;SAR=21;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045;STB=0.524988;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00445389;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:21:19:21:19:21:19:21:19 chr2 68511584 . A G,T 333.37 PASS AF=0.92,0.08;AO=22,2;DP=24;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934242,0.0160774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.456,53.7083;QD=53.3397;RBI=0.0430487,0.0331507;REFB=0,0;REVB=0.0420227,-0.0289911;RO=0;SAF=11,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-8.62304e-05,-0.0011479;OID=.,.;OPOS=68511584,68511584;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:25:0:0:22,2:23,2:0.92,0.08:11,0:11,2:0:0:12,0:11,2:0:0 chr2 68546374 . T C 1681.57 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000508803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.64;QD=59.5245;RBI=0.0190501;REFB=-0.0945397;REVB=0.0190433;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191733;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:113:113:1:0:112:113:1:50:62:0:1:51:62:0:0 chr2 68607947 . G T 380.16 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00361847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.342;QD=20.8309;RBI=0.0113044;REFB=-0.00709688;REVB=0.0107097;RO=25;SAF=7;SAR=30;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337076;STB=0.662552;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00330666;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:33:37:37:0.506849:30:7:14:11:30:7:15:18 chr2 68613710 . G A 548.74 PASS AF=0.579545;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0162976;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5325;QD=24.9428;RBI=0.0163786;REFB=-0.0450393;REVB=-0.0016269;RO=37;SAF=27;SAR=23;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000422486;STB=0.503596;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0400029;OID=.;OPOS=68613710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:37:50:51:0.579545:23:27:20:17:23:28:20:17 chr2 68622914 . G A 594.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.689;QD=60.9968;RBI=0.068165;REFB=0;REVB=0.0349275;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184439;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:14:22:0:0:14:25:0:0 chr2 68805414 . ATTTTTTA ATTTTTAT 36.84 PASS AF=0.117647;AO=5;DP=70;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0779611;FXX=0.0285673;HRUN=6;LEN=2;MLLD=28.0512;QD=2.16732;RBI=0.139991;REFB=-0.00556505;REVB=-0.116273;RO=42;SAF=5;SAR=0;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635349;STB=0.903084;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=0.0195653;OID=.;OPOS=68805420;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647:5:70:8:68:60:7:1:22:38:35:42:5:0:18:24 chr2 68882468 . T C 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.996;QD=60.7151;RBI=0.0133525;REFB=0;REVB=0.0126526;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56919e-06;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr2 69002760 . C T 256.3 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.000546156;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.065;QD=21.3583;RBI=0.036923;REFB=-0.0151917;REVB=-0.036919;RO=24;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12254;STB=0.56813;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0154503;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:24:24:24:24:0.5:5:19:21:3:5:19:21:3 chr2 69040500 . G A 439.16 PASS AF=0.413223;AO=49;DP=120;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00167151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.755;QD=14.5178;RBI=0.0126223;REFB=-0.00629074;REVB=0.0125111;RO=71;SAF=25;SAR=24;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106679;STB=0.553698;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00835263;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:71:71:49:50:0.413223:24:25:29:42:25:25:29:42 chr2 69049939 . G T 100.2 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0335188;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.034;QD=14.3144;RBI=0.0335531;REFB=-0.0109819;REVB=0.00151636;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.606972;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0169682;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:11:4:6:6:11:5 chr2 69049941 . T C 140.74 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0065007;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.185;QD=20.1056;RBI=0.0234082;REFB=-0.00821112;REVB=0.0224875;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244954;STB=0.640013;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0154344;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:6:7:4:11:6:7 chr2 69204629 . T C 523.89 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00696841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.268;QD=21.3834;RBI=0.0291609;REFB=-0.0122186;REVB=0.028316;RO=48;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000739764;STB=0.500409;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00694251;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:24:26:25:23:24:26:25:23 chr2 69204671 . A T 1868.97 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252482;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.14;QD=61.7843;RBI=0.0310107;REFB=0;REVB=0.0180053;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687004;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:117:121:1:60:57:0:0:60:61:0:0 chr2 69240651 . G A 235.71 PASS AF=0.457627;AO=23;DP=55;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0274358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.777;QD=15.9806;RBI=0.0299192;REFB=-0.0285472;REVB=0.0119346;RO=32;SAF=17;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296431;STB=0.661942;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0286999;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:32:32:23:27:0.457627:6:17:15:17:7:20:15:17 chr2 69300243 . G A 453.46 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00603617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.916;QD=20.1538;RBI=0.0653651;REFB=-0.0084412;REVB=0.0650858;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919247;STB=0.556197;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0101557;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:45:45:44:45:0.5:20:24:29:16:21:24:29:16 chr2 69561808 . A T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0101715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.303;QD=14.4326;RBI=0.0101858;REFB=-0.0165821;REVB=-0.000538874;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735366;STB=0.541747;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0227624;OID=.;OPOS=69561808;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:14:17:21:23:14:17:21:23 chr2 69614161 . A G 55.46 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0235879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.132;QD=10.0829;RBI=0.054847;REFB=-0.022134;REVB=-0.0495157;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226511;STB=0.636048;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0505577;OID=.;OPOS=69614161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:10:4:4:4:10:4 chr2 69692740 . T A 760.12 PASS AF=0.513158;AO=76;DP=151;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0142214;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.59;QD=20.0031;RBI=0.0250457;REFB=-0.0191578;REVB=0.0206165;RO=71;SAF=37;SAR=39;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177637;STB=0.506577;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0129691;OID=.;OPOS=69692740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:71:74:76:78:0.513158:39:37:36:35:39:39:38:36 chr2 69698158 . G A,T 779.37 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=52,3;DP=55;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117494,-0.00847906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.216,63.5016;QD=55.669;RBI=0.00777843,0.0159689;REFB=0,0;REVB=0.00768918,-0.0135318;RO=0;SAF=34,1;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.19096e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00118986,0.0428002;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:55:56:0:0:52,3:55,1:0.982143,0.0178571:18,2:34,1:0:0:21,0:34,1:0:0 chr2 69702186 . C A 685.66 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000488764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=362.22;QD=25.162;RBI=0.0272179;REFB=-0.0224134;REVB=-0.0272135;RO=43;SAF=44;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130963;STB=0.577157;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0135715;OID=.;OPOS=69702186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:43:44:65:65:0.59633:21:44:22:21:21:44:22:22 chr2 69702302 . G A 1244.4 PASS AF=0.57732;AO=112;DP=194;FAO=112;FDP=194;FR=.;FRO=82;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00409817;FXX=0.0102036;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.906;QD=25.6578;RBI=0.00761563;REFB=-0.0113688;REVB=0.00641895;RO=82;SAF=67;SAR=45;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589771;STB=0.532042;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00502825;OID=.;OPOS=69702302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:82:82:112:112:0.57732:45:67:43:39:45:67:43:39 chr2 69702628 . C T 297.05 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.000749256;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.342;QD=15.2333;RBI=0.00469009;REFB=-0.00772069;REVB=-0.00462986;RO=45;SAF=12;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13201;STB=0.574833;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0107993;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:45:45:33:33:0.423077:21:12:22:23:21:12:22:23 chr2 69741609 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.015932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.761;QD=8.3076;RBI=0.0248421;REFB=-0.0248975;REVB=0.0190604;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259036;STB=0.659986;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0718793;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:11:7:5:3:11:7 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 268.2 PASS AF=0.4,0.127273;AO=21,8;DP=57;FAO=22,7;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15,6;FSAR=7,1;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00923202,0.0183543;FXX=0.0350816;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=109.912,104.294;QD=19.5053;RBI=0.0211349,0.0532474;REFB=-0.0326033,-0.0270528;REVB=-0.019012,-0.049984;RO=25;SAF=14,7;SAR=7,1;SRF=20;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153108,0.16408;STB=0.556769,0.617265;STBP=0.554,0.62;TYPE=del,snp;VARB=0.0415905,0.0437395;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.127273:21,8:57:22,7:55:26:15,6:7,1:20:6:86:25:14,7:7,1:20:5 chr2 69741801 . C T 257.32 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0176576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.138;QD=16.0827;RBI=0.0299868;REFB=-0.0120276;REVB=-0.0242367;RO=34;SAF=23;SAR=6;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116604;STB=0.560931;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0128494;OID=.;OPOS=69741801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:6:23:24:10:6:23:25:10 chr2 69741854 . T G 959.32 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.888;QD=57.2728;RBI=0.0526674;REFB=-0.0606395;REVB=0.0270216;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000401445;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:28:38:0:0:28:38:0:1 chr2 69746296 . C T 160.23 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0155202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5613;QD=18.3119;RBI=0.0408766;REFB=-0.0186662;REVB=-0.0378156;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179243;STB=0.510192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0289642;OID=.;OPOS=69746296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:13:5:5:12:13:5 chr2 70033584 . C T 735.99 PASS AF=0.564516;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0140292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.845;QD=23.7414;RBI=0.0235798;REFB=-0.0162407;REVB=-0.0189522;RO=53;SAF=41;SAR=29;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302251;STB=0.519832;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0124475;OID=.;OPOS=70033584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:54:70:70:0.564516:29:41:33:20:29:41:34:20 chr2 70037739 . C G 149.35 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0175811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5886;QD=16.1455;RBI=0.0376876;REFB=-0.0175206;REVB=-0.0333356;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108301;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0175952;OID=.;OPOS=70037739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:19:20:15:17:0.459459:8:7:11:8:10:7:11:9 chr2 70071305 . T C 1066.24 PASS AF=0.458167;AO=113;DP=250;FAO=115;FDP=251;FR=.;FRO=136;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=81;FSRR=55;FWDB=-0.00753423;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.5;QD=16.9919;RBI=0.0100544;REFB=-0.00644868;REVB=0.00665773;RO=136;SAF=68;SAR=45;SRF=81;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635125;STB=0.507429;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00678852;OID=.;OPOS=70071305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:251:136:136:113:115:0.458167:45:68:81:55:45:70:81:55 chr2 70139909 . G A 568.94 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=21;FWDB=-0.00714951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1681;QD=15.695;RBI=0.0123606;REFB=-0.0132764;REVB=-0.010083;RO=82;SAF=29;SAR=32;SRF=62;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286286;STB=0.656949;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0145207;OID=.;OPOS=70139909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:84:61:61:0.42069:32:29:62:20:32:29:63:21 chr2 70162534 . T G 293.84 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0229949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6902;QD=12.6381;RBI=0.0261754;REFB=-0.00623818;REVB=0.0125055;RO=59;SAF=19;SAR=15;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000558631;STB=0.500321;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120745;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:15:19:33:26:15:19:33:26 chr2 70168022 . G A 342.59 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00305471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.218;QD=21.0823;RBI=0.0167106;REFB=-0.00738583;REVB=0.016429;RO=28;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284475;STB=0.512094;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00777133;OID=.;OPOS=70168022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:28:30:34:35:0.538462:22:12:9:19:23:12:11:19 chr2 70182805 . T C 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0067703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.204;QD=18.1595;RBI=0.0209133;REFB=-0.0184054;REVB=-0.0197871;RO=39;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155652;STB=0.58662;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0238191;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:18:18:13:26:18:18:13:26 chr2 70188676 . T C 152.38 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.087;QD=43.5381;RBI=0.132269;REFB=0;REVB=0.128498;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273584;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:12:14:1:5:7:0:0:7:7:0:0 chr2 70191360 . C T 299.21 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0298317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.415;QD=13.7566;RBI=0.0300055;REFB=-0.0162318;REVB=-0.00322539;RO=53;SAF=20;SAR=14;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124899;STB=0.570776;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0160599;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:14:20:37:16:14:20:37:16 chr2 70524577 . G A 302.41 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0133363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.388;QD=28.1314;RBI=0.0279497;REFB=-0.00636908;REVB=-0.0245627;RO=16;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101006;STB=0.549207;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00432252;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:26:27:0.627907:10:16:12:4:10:17:12:4 chr2 70528827 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0205544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4028;QD=13.4857;RBI=0.0234874;REFB=-0.0355726;REVB=-0.0113655;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447363;STB=0.77345;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0391564;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:6:5:1:8:6:5 chr2 70674582 . A T 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00305792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.018;QD=13.8479;RBI=0.0307976;REFB=-0.0117069;REVB=0.0306454;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0129087;OID=.;OPOS=70674582;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:12:13:8:8:12:13 chr2 71004492 . T C 330.88 PASS AF=0.896552;AO=27;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0064396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9211;QD=45.6388;RBI=0.0662758;REFB=-0.0195992;REVB=-0.0659622;RO=2;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926354;STB=0.535789;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0284137;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:2:3:27:26:0.896552:9:18:0:2:9:17:1:2 chr2 71004494 . A C,T 401.29 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,27;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742285,0.00107926;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.243,242.748;QD=55.3497;RBI=0.00754292,0.00278253;REFB=0,0;REVB=-0.00134052,0.00256469;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0268081,-0.00143154;OID=.,.;OPOS=71004494,71004494;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:2,27:2,27:0.0689655,0.931034:2,9:0,18:0:0:2,9:0,18:0:0 chr2 71012604 . G A 2339.25 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0565746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6341;QD=62.3801;RBI=0.0579783;REFB=0.0882959;REVB=-0.0126806;RO=2;SAF=77;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012192;STB=0.506409;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000807664;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:2:2:148:148:0.986667:71:77:2:0:71:77:2:0 chr2 71012734 . C G 606.45 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6244;QD=60.6453;RBI=0.0232981;REFB=0;REVB=0.00643102;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402375;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr2 71036482 . T C 261.43 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0541177;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6641;QD=16.3395;RBI=0.0567013;REFB=-0.0406465;REVB=0.0169208;RO=32;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298941;STB=0.658982;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0327431;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:34:29:30:0.46875:9:20:12:20:9:21:14:20 chr2 71043461 . C T 361.87 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00452328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.387;QD=25.8477;RBI=0.0360182;REFB=-0.0374231;REVB=-0.035733;RO=21;SAF=14;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924024;STB=0.545429;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0146303;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:21:21:34:35:0.625:20:14:6:15:21:14:6:15 chr2 71044211 . C T 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0119826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3248;QD=18.9384;RBI=0.0154285;REFB=-0.0133788;REVB=0.00971885;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164511;STB=0.591775;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:12:17:12:18:12:17 chr2 71058835 . A G 513.98 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.000922488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5004;QD=17.423;RBI=0.0852879;REFB=-0.0091988;REVB=-0.0852829;RO=62;SAF=33;SAR=22;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970804;STB=0.550155;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00935283;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:22:33:31:31:22:33:32:31 chr2 71060821 . AGT A 204.99 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00362455;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=359.532;QD=22.7767;RBI=0.0447414;REFB=0.00250092;REVB=0.0445944;RO=16;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605442;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=del;VARB=-0.00204092;OID=.;OPOS=71060822;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:20:37:20:36:16:11:9:10:6:99:16:11:9:10:6 chr2 71062648 . G A 688.44 PASS AF=0.459627;AO=74;DP=161;FAO=74;FDP=161;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0083572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.241;QD=17.1041;RBI=0.0250997;REFB=-0.0300582;REVB=-0.0236676;RO=87;SAF=42;SAR=32;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071898;STB=0.539908;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0373074;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:87:87:74:74:0.459627:32:42:43:44:32:42:43:44 chr2 71062833 . G GC 558.27 PASS AF=1;AO=45;DP=61;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104926;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0462;QD=44.6618;RBI=0.160993;REFB=0;REVB=0.122103;RO=16;SAF=21;SAR=24;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00784637;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:61:50:50:0:22:28:0:0:10:16:21:24:11:5 chr2 71163086 . T C 223.03 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00990682;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4814;QD=14.3893;RBI=0.0356691;REFB=-0.0457624;REVB=-0.0342657;RO=32;SAF=22;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30684;STB=0.692136;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0507225;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:36:26:26:0.419355:4:22:20:12:4:22:22:14 chr2 71163173 . C T 570.26 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0345507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.242;QD=20.5497;RBI=0.0513328;REFB=-0.009884;REVB=0.0379646;RO=52;SAF=25;SAR=33;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125366;STB=0.573354;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00747955;OID=.;OPOS=71163173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:53:58:58:0.522523:33:25:30:22:33:25:31:22 chr2 71190384 . C T 244.9 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0708058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2695;QD=16.3267;RBI=0.088835;REFB=-0.039036;REVB=-0.0536489;RO=28;SAF=21;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294117;STB=0.652064;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0760585;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:31:27:29:0.483333:6:21:14:14:8:21:14:17 chr2 71190405 . C T 247.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00620248;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.818;QD=18.0254;RBI=0.0133556;REFB=-0.0151068;REVB=0.0118279;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210144;STB=0.617445;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0165081;OID=.;OPOS=71190405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:19:9:15:12:19:9 chr2 71273543 . C T 1122.38 PASS AF=0.476987;AO=112;DP=239;FAO=114;FDP=239;FR=.;FRO=125;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=0.00676214;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.008;QD=18.7846;RBI=0.00986072;REFB=-0.0285897;REVB=0.00717686;RO=124;SAF=67;SAR=45;SRF=73;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939684;STB=0.506767;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0300562;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:124:125:112:114:0.476987:45:67:73:51:46:68:73:52 chr2 71305456 . C T 798.86 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.804;QD=57.0617;RBI=0.0434795;REFB=0;REVB=0.0160702;RO=0;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27792e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:19:36:0:0:19:37:0:0 chr2 71337211 . CT C,CTT 30.53 PASS AF=0.284211,0;AO=28,10;DP=95;FAO=27,0;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0669308,0.0576;FXX=0.0206164;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.11828,6.85199;QD=1.2856;RBI=0.0669799,0.0590207;REFB=-0.0234637,0.0112323;REVB=0.00256535,-0.0128718;RO=45;SAF=16,5;SAR=12,5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0563286,-0.151883;STB=0.571377,0.5;STBP=0.382,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0605527,-0.0285231;OID=.,.;OPOS=71337212,71337212;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284211,0:28,10:95:27,0:95:68:14,0:13,0:42:26:34:45:16,5:12,5:28:17 chr2 71360144 . A C 1411.83 PASS AF=0.555085;AO=127;DP=231;FAO=131;FDP=236;FR=.;FRO=105;FSAF=84;FSAR=47;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0023688;FXX=0.0125518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.67;QD=23.9294;RBI=0.0123425;REFB=-0.0127841;REVB=0.0121131;RO=101;SAF=80;SAR=47;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153791;STB=0.588889;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0062231;OID=.;OPOS=71360144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:236:101:105:127:131:0.555085:47:80:45:56:47:84:47:58 chr2 71360625 . G T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0146002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.57;QD=26.0488;RBI=0.0212165;REFB=-0.0532437;REVB=-0.015394;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196058;STB=0.608539;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0377628;OID=.;OPOS=71360625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:9:3:0:5:9:3:0:5 chr2 71365676 . G A 241.9 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.02016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.771;QD=16.9754;RBI=0.0222136;REFB=0.00108955;REVB=0.00932827;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863749;STB=0.541034;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00141457;OID=.;OPOS=71365676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:30:26:27:0.473684:18:8:7:23:19:8:7:23 chr2 71365805 . A G 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0366562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.906;QD=10.0231;RBI=0.0366667;REFB=-0.00497713;REVB=-0.000876777;RO=36;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34559;STB=0.715299;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0153224;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:14:4:18:18:14:4:19:18 chr2 71366957 . C A 264.75 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0166182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.723;QD=20.7644;RBI=0.0170211;REFB=-0.0255012;REVB=-0.00368141;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264158;STB=0.648181;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0253761;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:13:11:20:7:13:11 chr2 71376999 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00754327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.461;QD=17.3212;RBI=0.0296755;REFB=0.000625749;REVB=-0.0287008;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341044;STB=0.678357;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000570404;OID=.;OPOS=71376999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:6:10:4:13:6:10:5:13 chr2 71415479 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8351;QD=55.6553;RBI=0.0849476;REFB=0;REVB=-0.0445309;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00267684;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr2 71417065 . G T 821.49 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317645;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.522;QD=57.6487;RBI=0.0341517;REFB=0;REVB=0.0125441;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59006e-05;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr2 71417134 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0062192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9642;QD=14.7009;RBI=0.0720902;REFB=0.0311564;REVB=-0.0718215;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0433052;OID=.;OPOS=71417134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:9:6:6:6:9:6 chr2 71576412 . A G 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0356808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5878;QD=11.1962;RBI=0.0441383;REFB=-0.0164962;REVB=-0.0259821;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357831;STB=0.726884;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0327738;OID=.;OPOS=71576412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:9:3:12:9:9:3:13:9 chr2 71615534 . C T 303.71 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.014601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.85;QD=22.0879;RBI=0.0187949;REFB=0.00575256;REVB=-0.0118346;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313758;STB=0.517354;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00407924;OID=.;OPOS=71615534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:11:13:18:13:11:13 chr2 71615571 . C T 918.39 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4456;QD=58.3104;RBI=0.00333477;REFB=0;REVB=-0.00311474;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28785e-05;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:39:23:0:0:39:24:0:0 chr2 71620563 . A G 237.57 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0058502;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.198;QD=11.1797;RBI=0.00831645;REFB=-0.0038799;REVB=-0.00591087;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172172;STB=0.509993;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00861748;OID=.;OPOS=71620563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:56:56:29:29:0.341176:12:17:32:24:12:17:32:24 chr2 71631109 . A G 606.98 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.015499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.568;QD=20.9302;RBI=0.0161075;REFB=-0.021978;REVB=0.00438519;RO=54;SAF=30;SAR=31;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228256;STB=0.508194;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0166528;OID=.;OPOS=71631109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:55:61:61:0.525862:31:30:28:26:31:30:28:27 chr2 71654175 . G A 2389.66 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.522;QD=64.152;RBI=0.0349012;REFB=0;REVB=0.0336376;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03966e-05;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:149:149:1:71:78:0:0:71:78:0:0 chr2 71654450 . A G 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0110266;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=289.367;QD=10.6364;RBI=0.0133862;REFB=0.00171149;REVB=0.00758977;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860199;STB=0.621869;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00292405;OID=.;OPOS=71654450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:2:10:7:1:3:10 chr2 71658541 . C T 645.99 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0625811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0495;QD=23.071;RBI=0.0674072;REFB=-0.0354147;REVB=-0.0250467;RO=49;SAF=38;SAR=25;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157089;STB=0.585923;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0277006;OID=.;OPOS=71658541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:25:38:20:29:25:38:20:29 chr2 71709086 . G A 542.01 PASS AF=0.525253;AO=49;DP=97;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00736771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.725;QD=21.8994;RBI=0.0111468;REFB=-0.014723;REVB=0.00836465;RO=42;SAF=20;SAR=29;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118039;STB=0.571569;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0238722;OID=.;OPOS=71709086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:42:47:49:52:0.525253:29:20:23:19:31:21:26:21 chr2 72356449 . G T 174.5 PASS AF=0.422222;AO=15;DP=41;FAO=19;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00420352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.966;QD=15.5112;RBI=0.0301423;REFB=-0.0174292;REVB=0.0298478;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148075;STB=0.54605;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0182847;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:18:26:15:19:0.422222:6:9:8:10:8:11:13:13 chr2 72356627 . T G 126.66 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00409608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.9849;QD=8.04158;RBI=0.00862237;REFB=-0.00513979;REVB=-0.00758732;RO=43;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214848;STB=0.630287;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0097203;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:43:45:18:18:0.285714:6:12:21:22:6:12:22:23 chr2 72356745 . T TG 156.72 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=100;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.132831;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.4085;QD=6.53002;RBI=0.145945;REFB=0.00324361;REVB=0.0604654;RO=87;SAF=2;SAR=10;SRF=55;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533546;STB=0.65258;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=-0.00119836;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:100:32:96:64:13:19:41:23:99:87:2:10:55:32 chr2 72356747 . A G 86.52 PASS AF=0.18;AO=7;DP=79;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.0404377;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=45.1379;QD=3.46076;RBI=0.0442508;REFB=-0.0398447;REVB=-0.0179702;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467118;STB=0.783239;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0161188;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:79:100:32:82:7:18:0.18:3:4:6:26:3:15:43:39 chr2 72692272 . A AAG 1072.87 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0165844;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.332;QD=58.7875;RBI=0.0674541;REFB=-0.0209507;REVB=0.0653836;RO=1;SAF=51;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091821;STB=0.504853;STBP=0.599;TYPE=ins;VARB=0.000275619;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986301:70:73:72:73:1:51:21:1:0:3:1:51:19:1:0 chr2 73137112 . G A,GA 35.04 PASS AF=0,0.275862;AO=3,4;DP=33;FAO=0,8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00148799,-0.0614267;FXX=0.147016;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=186.052,11.3262;QD=4.833;RBI=0.00819387,0.233712;REFB=0.00174401,-0.0817168;REVB=-0.00805762,-0.225495;RO=25;SAF=0,1;SAR=3,3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.546659,-0.230338;STB=0.5,0.785674;STBP=1,0.104;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.038343;OID=.,.;OPOS=73137112,73137113;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:33:29:25:21:3,4:0,8:0,0.275862:3,3:0,1:11:14:0,7:0,1:9:12 chr2 73226090 . G A 279.88 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00987564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1278;QD=14.171;RBI=0.0160278;REFB=-0.00774094;REVB=-0.0126239;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768424;STB=0.543693;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0174739;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:14:18:23:24:14:18:23:24 chr2 73316540 . A T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0239423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.118;QD=18.8866;RBI=0.0377163;REFB=-0.00887295;REVB=-0.0291424;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608654;STB=0.856199;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0137481;OID=.;OPOS=73316540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:5:0:7:1:5:0 chr2 73339708 . G A 676.52 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.0129105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2478;QD=22.3644;RBI=0.0226039;REFB=-0.000494875;REVB=0.0185542;RO=55;SAF=52;SAR=14;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715574;STB=0.53933;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.000492495;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:14:52:40:15:14:52:40:15 chr2 73478461 . A T 393.53 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0568143;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.417;QD=12.2977;RBI=0.0568694;REFB=-0.0128065;REVB=0.00250313;RO=79;SAF=20;SAR=27;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337445;STB=0.501513;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0161897;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:79:81:47:47:0.367188:27:20:36:43:26:21:36:45 chr2 73490412 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0134024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7366;QD=21.5099;RBI=0.0142757;REFB=-0.0110493;REVB=-0.00491649;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186921;STB=0.615266;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00843714;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:10:8:3:11:10:8:3:12 chr2 73492614 . A T 458.97 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00064539;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.905;QD=16.9987;RBI=0.0015077;REFB=-0.0174521;REVB=-0.00136258;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870348;STB=0.554375;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0238965;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:53:58:49:50:0.462963:23:26:33:20:24:26:36:22 chr2 73675227 . T C,TCTC 1640.56 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=6,104;DP=134;FAO=3,108;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413831,0.0275002;FXX=0.0263135;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=55.34,286.435;QD=59.1192;RBI=0.0598798,0.0533687;REFB=0,0;REVB=0.0432786,0.0457379;RO=23;SAF=5,27;SAR=1,77;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.222785,-0.175185;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0316858,0.000948414;OID=.,.;OPOS=73675227,73675228;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:134:111:23:0:6,104:3,108:0.027027,0.972973:1,77:5,27:16:7:0,78:3,30:0:0 chr2 73675669 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4808;QD=37.4879;RBI=0.0421137;REFB=0;REVB=-0.0400958;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00372615;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr2 73675844 . C T 500.95 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.261;QD=58.935;RBI=0.0104324;REFB=0;REVB=-0.00935728;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87014e-05;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr2 73828538 . G A 375.71 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3703;QD=55.6605;RBI=0.118355;REFB=0;REVB=0.042734;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310106;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:20:7:0:0 chr2 73868699 . GC G,GT 65.65 PASS AF=0.448276,0.0689655;AO=12,2;DP=29;FAO=13,2;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=1,2;FSAR=12,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0239696,-0.00770211;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.6561,194.348;QD=9.05532;RBI=0.0370088,0.0116462;REFB=-0.113287,-0.0111519;REVB=-0.0281977,-0.00873561;RO=14;SAF=1,2;SAR=11,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.327112,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.626445,0.497441;STB=0.875221,0.993186;STBP=0.002,0.303;TYPE=del,snp;VARB=0.117478,0.036923;OID=.,.;OPOS=73868700,73868700;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276,0.0689655:12,2:29:13,2:29:14:1,2:12,0:9:5:54:14:1,2:11,0:9:5 chr2 73900014 . G A 357.48 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0326105;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9546;QD=16.627;RBI=0.0359697;REFB=0.00782494;REVB=0.0151781;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197517;STB=0.605208;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0133506;OID=.;OPOS=73900014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:48:38:38:0.44186:23:15:28:19:23:15:28:20 chr2 73927931 . A G 1319.94 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.358;QD=61.3927;RBI=0.0595018;REFB=0;REVB=0.0289595;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193459;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:45:39:0:0:46:40:0:0 chr2 73928098 . C G 1157.39 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.919;QD=59.3531;RBI=0.0532342;REFB=-0.00713787;REVB=0.0494382;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=6.36944e-05;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:39:38:0:1:39:38:0:1 chr2 73928366 . G C 434.5 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3823;QD=54.3124;RBI=0.11271;REFB=-0.0461087;REVB=-0.0348126;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00327852;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:29:31:0.96875:21:8:0:1:21:10:0:1 chr2 73957124 . A G 815.43 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0406943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.1;QD=52.6083;RBI=0.0409391;REFB=0.000439071;REVB=0.00447065;RO=3;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448734;STB=0.523801;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=8.59229e-05;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:30:29:0:3:30:29:0:3 chr2 74007136 . T C 1339.65 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.732;QD=62.3094;RBI=0.0533379;REFB=0;REVB=0.00729172;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.8078e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr2 74135797 . T C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.52;QD=57.5436;RBI=0.0229025;REFB=0;REVB=-0.0220961;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94273e-05;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr2 74135898 . A G 724.13 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.962;QD=54.6514;RBI=0.0257559;REFB=-0.11407;REVB=-0.0044936;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00123076;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:1:0:23:29:1:0 chr2 74185876 . A T 774.51 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.979;QD=55.3222;RBI=0.0133314;REFB=-0.124881;REVB=0.010085;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533982;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr2 74334462 . G A 873.71 PASS AF=0.54;AO=81;DP=150;FAO=81;FDP=150;FR=.;FRO=69;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00191162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.825;QD=23.2991;RBI=0.00438587;REFB=-0.0249909;REVB=0.00394734;RO=68;SAF=48;SAR=33;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539685;STB=0.533325;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0173773;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:68:69:81:81:0.54:33:48:36:32:33:48:36:33 chr2 74362090 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.096;QD=46.848;RBI=0.0251651;REFB=0;REVB=-0.0216673;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000604267;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 403.9 PASS AF=0.861111;AO=29;DP=37;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0232753;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=299.531;QD=44.8773;RBI=0.0281639;REFB=-0.0980822;REVB=0.0158577;RO=5;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626988;STB=0.530706;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=0.0121043;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861111:29:37:31:36:5:19:12:2:3:26:5:18:11:2:3 chr2 74441799 . A G 248.74 PASS AF=0.509804;AO=24;DP=49;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00201381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.171;QD=19.5088;RBI=0.00809308;REFB=-0.0158026;REVB=-0.00783853;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037189;STB=0.528309;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0271438;OID=.;OPOS=74441799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:25:24:26:0.509804:13:11:12:12:15:11:12:13 chr2 74448655 . T C 174.15 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0248734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.107;QD=19.35;RBI=0.0322533;REFB=-0.019536;REVB=0.0205327;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194029;STB=0.609637;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00826096;OID=.;OPOS=74448655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:12:6:10:8:12:6 chr2 74451993 . CTTTTTTTC CCTTTTTTC,CTTTTTTC,CTTTTTTCT 56.13 PASS AF=0,0.323529,0;AO=6,9,3;DP=60;FAO=0,22,0;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=0,13,0;FSAR=0,9,0;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=0.0366551,-0.0974886,-0.0532723;FXX=0.0144907;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=11.7243,7.78484,20.0361;QD=3.30203;RBI=0.0783678,0.114986,0.100204;REFB=-0.0908912,-0.0779345,-0.0316798;REVB=0.069267,0.060974,-0.0848694;RO=37;SAF=3,7,0;SAR=3,2,3;SRF=29;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.362105,-0.0106853,-0.676466;STB=0.5,0.640876,0.5;STBP=1,0.185,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0507902,0;OID=.,.,.;OPOS=74451994,74451994,74452000;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=CCTTTTTTC,CTTTTTTC,CTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.323529,0:6,9,3:60:0,22,0:68:46:0,13,0:0,9,0:36:10:58:37:3,7,0:3,2,3:29:8 chr2 74466594 . G A 496.4 PASS AF=0.5875;AO=46;DP=79;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0063395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5938;QD=24.8198;RBI=0.00840975;REFB=-0.0255158;REVB=-0.00552581;RO=32;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125495;STB=0.577117;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0435992;OID=.;OPOS=74466594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:33:46:47:0.5875:22:24:22:10:23:24:23:10 chr2 74641624 . G C 1300.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0778365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5528;QD=61.9049;RBI=0.0843523;REFB=0;REVB=-0.0325082;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722728;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:37:47:0:0:37:47:0:0 chr2 74682512 . C T 834.47 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.106;QD=57.5498;RBI=0.0517445;REFB=0;REVB=-0.0139198;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34352e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr2 74687549 . CTCA CCA,CCAC,CCCA 879.1 PASS AF=1,0,0;AO=21,5,24;DP=59;FAO=61,0,0;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0,0;FSAR=31,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0977061,0.0280298,0.0793288;FXX=0.0161264;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=180.442,145.19,177.608;QD=57.646;RBI=0.0988738,0.0321477,0.0806501;REFB=0,0,0;REVB=0.0151504,0.0157419,0.0145385;RO=0;SAF=6,5,10;SAR=15,0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000643326,0,-0.0251122;OID=.,.,.;OPOS=74687550,74687550,74687550;OREF=T,TCA,T;OALT=-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:21,5,24:59:61,0,0:61:0:30,0,0:31,0,0:0:0:5:0:6,5,10:15,0,14:0:0 chr2 74690039 . G A 3838.11 PASS AF=0.88746;AO=264;DP=317;FAO=276;FDP=311;FR=.;FRO=35;FSAF=154;FSAR=122;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.038699;FXX=0.0189268;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.297;QD=49.3647;RBI=0.0387155;REFB=-0.0726959;REVB=0.00113062;RO=13;SAF=141;SAR=123;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014214;STB=0.534397;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000579136;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:311:13:35:264:276:0.88746:123:141:9:4:122:154:30:5 chr2 74690378 . C T 1395.38 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.858;QD=62.7136;RBI=0.020725;REFB=0;REVB=0.0108854;RO=0;SAF=35;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34863e-05;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:52:35:0:0:52:37:0:0 chr2 74699778 . C A 1045.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.264;QD=59.7632;RBI=0.0582482;REFB=0;REVB=0.00217371;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75901e-05;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:40:27:0:0:40:30:0:0 chr2 74710491 . C T 741.68 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.839;QD=54.9395;RBI=0.0523342;REFB=0.0236161;REVB=0.0508848;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17819e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:0:52:54:1:18:34:1:0:18:36:0:0 chr2 74725144 . T C 1454.82 PASS AF=0.979381;AO=87;DP=90;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0957;QD=59.9925;RBI=0.0958592;REFB=-0.0280413;REVB=0.0952097;RO=2;SAF=61;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152819;STB=0.507574;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00337312;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:97:2:2:87:95:0.979381:26:61:2:0:30:65:2:0 chr2 74725178 . G A 1502.94 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6182;QD=61.977;RBI=0.0647253;REFB=-0.0909026;REVB=0.0198318;RO=2;SAF=60;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167688;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:97:2:0:93:97:1:33:60:1:1:36:61:0:0 chr2 74733388 . A AG 404.97 PASS AF=0.486486;AO=66;DP=158;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.125045;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9975;QD=10.9451;RBI=0.135932;REFB=-0.0222765;REVB=-0.0533028;RO=89;SAF=30;SAR=36;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640408;STB=0.507522;STBP=0.836;TYPE=ins;VARB=0.018447;OID=.;OPOS=74733389;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486:66:158:72:148:76:34:38:37:39:99:89:30:36:46:43 chr2 74746322 . A T 740.64 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193692;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.988;QD=56.9724;RBI=0.0445017;REFB=0;REVB=-0.0400654;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124135;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr2 74756176 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.197;QD=55.6561;RBI=0.00728503;REFB=0;REVB=0.00526116;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93474e-05;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 74758666 . G A 919.61 PASS AF=0.559006;AO=89;DP=161;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0039953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8372;QD=22.8475;RBI=0.00406851;REFB=-0.0157935;REVB=-0.000768353;RO=70;SAF=59;SAR=30;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127879;STB=0.575204;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0159477;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:70:71:89:90:0.559006:30:59:36:34:30:60:36:35 chr2 74761539 . T A 440.31 PASS AF=0.441441;AO=47;DP=109;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0143118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.322;QD=15.8672;RBI=0.0599151;REFB=-0.0249628;REVB=0.0581807;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102933;STB=0.507626;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0332967;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:62:62:47:49:0.441441:20:27:35:27:22:27:35:27 chr2 74763258 . C G 534.13 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0166116;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8303;QD=21.581;RBI=0.0201191;REFB=0.00317529;REVB=-0.0113504;RO=46;SAF=30;SAR=23;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113581;STB=0.56228;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00265508;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:46:46:53:53:0.535354:23:30:32:14:23:30:32:14 chr2 75113789 . C G 301.9 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.091456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9195;QD=19.4776;RBI=0.0915852;REFB=0.0346113;REVB=0.00486345;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829145;STB=0.546189;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.034057;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:16:14:12:20:16:14 chr2 75115108 . A G 897.61 PASS AF=0.684211;AO=78;DP=114;FAO=78;FDP=114;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0163931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.408;QD=31.495;RBI=0.0165128;REFB=-0.0274516;REVB=-0.00198482;RO=36;SAF=23;SAR=55;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.591521;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0105397;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:36:36:78:78:0.684211:55:23:20:16:55:23:20:16 chr2 75118737 . C T 257.44 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.036084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4235;QD=16.3452;RBI=0.039308;REFB=-0.00191565;REVB=-0.0155904;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727981;STB=0.540955;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00294211;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:15:19:14:15:15:19 chr2 75124037 . C T 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193765;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.079;QD=62.47;RBI=0.0495322;REFB=0;REVB=-0.045585;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101794;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:30:56:0:0:30:56:0:0 chr2 75185856 . G T 437.37 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.000378851;FXX=0.029997;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.662;QD=18.0359;RBI=0.0147541;REFB=-0.0181349;REVB=-0.0147493;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682986;STB=0.50943;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0235468;OID=.;OPOS=75185856;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:52:53:44:44:0.453608:20:24:28:24:20:24:28:25 chr2 75196731 . A G 532.59 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0102651;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.529;QD=20.4842;RBI=0.0130424;REFB=-0.0246851;REVB=-0.0080457;RO=48;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534494;STB=0.529401;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.017617;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:49:54:55:0.528846:27:27:27:21:27:28:28:21 chr2 75276429 . C G 357.34 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00384524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=350.389;QD=14.438;RBI=0.0183767;REFB=-0.015168;REVB=-0.0179699;RO=58;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140685;STB=0.578174;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0250622;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:58:60:39:39:0.393939:19:20:22:36:19:20:23:37 chr2 75744918 . T C 86.88 PASS AF=0.3;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00137148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9994;QD=8.68776;RBI=0.0116782;REFB=0.0094297;REVB=-0.0115974;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732683;STB=0.555457;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00637226;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:38:40:27:28:11:12:0.3:2:9:21:6:2:10:22:6 chr2 76672457 . G T 103.45 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0218217;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.589;QD=17.2423;RBI=0.0320054;REFB=-0.0347922;REVB=0.0234127;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152196;STB=0.588084;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0242333;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:6:6:4:8:6:6 chr2 77744565 . A G 854.31 PASS AF=0.449275;AO=92;DP=207;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=68;FSRR=46;FWDB=0.0185976;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.96;QD=16.5084;RBI=0.0273265;REFB=-0.0177348;REVB=-0.0200216;RO=114;SAF=51;SAR=41;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427486;STB=0.526876;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.021218;OID=.;OPOS=77744565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:114:114:92:93:0.449275:41:51:68:46:42:51:68:46 chr2 79109771 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00618012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.278;QD=49.5943;RBI=0.0682024;REFB=0;REVB=0.0679218;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619693;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 79254261 . T C 1538.89 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9341;QD=58.6243;RBI=0.0194763;REFB=0.0204098;REVB=-0.0155799;RO=1;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998939;STB=0.505262;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-1.54537e-05;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:47:57:0:1:47:57:0:1 chr2 79255325 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.754;QD=57.6805;RBI=0.127709;REFB=0;REVB=-0.123268;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154308;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:4:27:0:0:4:27:0:0 chr2 79312414 . G A 669.68 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00883747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.015;QD=59.527;RBI=0.00975258;REFB=-0.0524136;REVB=-0.00412456;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000430377;OID=.;OPOS=79312414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:25:18:0:1:26:18:0:1 chr2 79350347 . A G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0284;QD=61.3268;RBI=0.00762968;REFB=0;REVB=0.00718216;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24009e-05;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 80529956 . T C 1036.09 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0101166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.784;QD=56.7722;RBI=0.0189109;REFB=-0.044641;REVB=0.0159774;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242365;STB=0.512817;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000528341;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:2:0:33:38:2:0 chr2 80801346 . T C 293.02 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0306745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4873;QD=17.4938;RBI=0.0645817;REFB=0.0228031;REVB=-0.056832;RO=33;SAF=20;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753597;STB=0.529393;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0170494;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:12:20:18:15:12:20:20:15 chr2 80875726 . C CT,T 63.5 PASS AF=0.340909,0;AO=10,4;DP=46;FAO=15,0;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0755395,-0.0163891;FXX=0.0638162;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.54325,180.871;QD=5.77314;RBI=0.281891,0.0209979;REFB=-0.0992188,0.000207812;REVB=-0.271581,-0.0131266;RO=27;SAF=4,0;SAR=6,4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.181305,-0.638932;STB=0.62483,0.5;STBP=0.262,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0281012,0;OID=.,.;OPOS=80875727,80875726;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:46:44:27:29:10,4:15,0:0.340909,0:6,4:4,0:15:12:10,0:5,0:15:14 chr2 82194270 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.482;QD=39.318;RBI=0.0382356;REFB=0.0327537;REVB=0.0354244;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293687;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00342637;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:11:1:1:0:11:2:1:0 chr2 83042810 . GGAAC G 159.62 PASS AF=0.402985;AO=24;DP=72;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00962752;FXX=0.0821805;HRUN=2;LEN=4;MLLD=288.062;QD=9.52938;RBI=0.0188115;REFB=-0.00100798;REVB=0.0161611;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518381;STBP=0.842;TYPE=del;VARB=0.00158351;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:24:72:27:67:40:12:15:19:21:99:36:10:14:15:21 chr2 84756049 . G A 1936.58 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277523;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.785;QD=61.9706;RBI=0.0339724;REFB=0;REVB=0.0195942;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240967;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:55:70:0:0:55:70:0:0 chr2 84771480 . G A 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.583;QD=63.4764;RBI=0.0459728;REFB=0;REVB=-0.00176738;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148685;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr2 84771567 . C T 1046.17 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679212;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.481;QD=59.7811;RBI=0.00838897;REFB=0;REVB=0.00492362;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43928e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 84800605 . C A 906.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051848;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.372;QD=58.4585;RBI=0.0594327;REFB=0;REVB=0.0290524;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17456e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr2 84897516 . T TG 444.47 PASS AF=1;AO=4;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463798;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.3711;QD=53.8753;RBI=0.139654;REFB=0;REVB=0.131727;RO=29;SAF=4;SAR=0;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00082847;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:33:33:33:0:20:13:0:0:4:29:4:0:16:13 chr2 84897517 . A G 379.87 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00355797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9425;QD=46.0443;RBI=0.0553666;REFB=-0.0581782;REVB=0.0552521;RO=4;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103179;STB=0.555518;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00232528;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:4:4:29:29:0.878788:13:16:4:0:13:16:4:0 chr2 85546615 . C T 1495.32 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.609;QD=62.9607;RBI=0.0153654;REFB=0;REVB=0.0128711;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57138e-06;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:95:0:0:89:95:1:34:55:0:0:35:60:0:0 chr2 85549527 . T C 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00188769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.776;QD=14.7405;RBI=0.0106541;REFB=-0.0108589;REVB=0.0104855;RO=40;SAF=19;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187537;STB=0.613409;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0224835;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:11:19:18:22:11:19:18:23 chr2 85549547 . C T 243.34 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0107644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.212;QD=12.8071;RBI=0.0189734;REFB=-0.0121378;REVB=-0.0156243;RO=47;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291476;STB=0.666853;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0222495;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:10:19:18:29:10:19:18:29 chr2 85553784 . C T 229.98 PASS AF=0.337209;AO=25;DP=81;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.032347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6279;QD=10.6966;RBI=0.0833947;REFB=-0.0329864;REVB=0.0768658;RO=56;SAF=16;SAR=9;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845358;STB=0.506489;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0656918;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:56:57:25:29:0.337209:9:16:32:24:13:16:32:25 chr2 85570388 . G T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0158833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.505;QD=9.99286;RBI=0.0215997;REFB=-0.0187459;REVB=-0.0146378;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968805;STB=0.557455;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0450625;OID=.;OPOS=85570388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:9:8:20:16:9:8:20:16 chr2 85570849 . C T 36.48 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00778792;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.669;QD=1.586;RBI=0.021066;REFB=-0.00680299;REVB=-0.0195736;RO=80;SAF=5;SAR=4;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504214;STB=0.523063;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0581348;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:92:80:83:9:9:0.0978261:4:5:41:39:4:5:44:39 chr2 85570857 . G A 37.44 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.00442283;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.961;QD=1.61052;RBI=0.0114278;REFB=-0.000634987;REVB=-0.0105372;RO=84;SAF=6;SAR=3;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168504;STB=0.632053;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00549043;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:94:93:84:84:9:9:0.0967742:3:6:44:40:3:6:44:40 chr2 85571433 . G A 628.96 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0102843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5109;QD=19.205;RBI=0.0619624;REFB=-3.40806e-05;REVB=0.0611029;RO=66;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015873;STB=0.505323;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.000459982;OID=.;OPOS=85571433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:67:64:64:0.48855:36:28:30:36:36:28:30:37 chr2 85573033 . G A 1514.8 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.331;QD=62.4658;RBI=0.0351415;REFB=0.0563754;REVB=0.033226;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854504;STB=0.504504;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00506167;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:55:41:0:1:55:41:0:1 chr2 85573042 . C T 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00685763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.579;QD=18.6451;RBI=0.00885506;REFB=0.00290936;REVB=-0.00560223;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10781;STB=0.559973;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00936554;OID=.;OPOS=85573042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:22:21:18:30:22:21:18:30 chr2 85573049 . G A 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00506635;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=332.445;QD=22.0764;RBI=0.00521823;REFB=-0.00467792;REVB=-0.00124982;RO=43;SAF=18;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100581;STB=0.555532;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00458671;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:30:18:21:22:30:18:21:22 chr2 85596906 . A G 340.31 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0188834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.442;QD=18.1499;RBI=0.025158;REFB=-0.0216126;REVB=-0.0166235;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998405;STB=0.505573;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0306101;OID=.;OPOS=85596906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:17:19:21:18:17:19:21:18 chr2 85622059 . T C 243.84 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00455607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.45;QD=18.7569;RBI=0.00594417;REFB=-0.0142626;REVB=0.00381777;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207759;STB=0.519802;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0152218;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:11:15:15:10:11:15:16:10 chr2 85625222 . T G 358.9 PASS AF=0.580645;AO=34;DP=59;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00306904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.581;QD=23.1549;RBI=0.0111058;REFB=-0.0216465;REVB=-0.0106733;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725624;STB=0.504494;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0136545;OID=.;OPOS=85625222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:25:26:34:36:0.580645:16:18:13:12:17:19:14:12 chr2 85625892 . T C 423.71 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0110468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0274;QD=13.7791;RBI=0.0362218;REFB=-0.032807;REVB=0.0344962;RO=70;SAF=22;SAR=27;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683335;STB=0.546975;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0515305;OID=.;OPOS=85625892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:70:74:49:49:0.398374:27:22:36:34:27:22:39:35 chr2 85628983 . C T 446.16 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0141794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.479;QD=18.2107;RBI=0.0183173;REFB=-0.0117309;REVB=-0.0115959;RO=52;SAF=27;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170289;STB=0.590124;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.021993;OID=.;OPOS=85628983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:53:45:45:0.459184:18:27:22:30:18:27:23:30 chr2 85769711 . C G 650.1 PASS AF=0.496296;AO=62;DP=133;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00911861;FXX=0.0492923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.115;QD=19.2622;RBI=0.00920149;REFB=-0.00857672;REVB=-0.00123222;RO=66;SAF=29;SAR=33;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301088;STB=0.503649;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0124969;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:66:68:62:67:0.496296:33:29:33:33:33:34:35:33 chr2 85780107 . G A 326.69 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0060714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.465;QD=15.0202;RBI=0.0440125;REFB=-0.0189013;REVB=0.0435918;RO=51;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205941;STB=0.616496;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0238432;OID=.;OPOS=85780107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:14:22:21:30:14:22:21:30 chr2 85781318 . T G 560.69 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970325;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.223;QD=60.6152;RBI=0.0295549;REFB=0;REVB=0.0279166;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21111e-05;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr2 85808737 . A G 393.07 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0460065;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3086;QD=17.09;RBI=0.0521646;REFB=0.0136112;REVB=0.0245875;RO=51;SAF=22;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844923;STB=0.547356;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0151101;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:19:22:23:28:19:22:23:28 chr2 85808982 . T C 761.29 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0547391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0732;QD=20.4372;RBI=0.054803;REFB=-0.00622061;REVB=-0.00264641;RO=73;SAF=44;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682158;STB=0.538365;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00802788;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:73:75:74:74:0.496644:30:44:38:35:30:44:39:36 chr2 85818886 . C T 456.67 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00422415;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.346;QD=20.0732;RBI=0.00431841;REFB=-0.0113984;REVB=-0.000897345;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407641;STB=0.517663;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0133834;OID=.;OPOS=85818886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:46:45:45:0.494505:19:26:24:21:19:26:25:21 chr2 85839134 . C T 91.0 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0624928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9545;QD=17.3338;RBI=0.0626139;REFB=-0.0245452;REVB=0.00389097;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.526268;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0473527;OID=.;OPOS=85839134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:4:6:6:5:4:6 chr2 85894308 . G T 480.99 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0116099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.314;QD=28.7155;RBI=0.0122036;REFB=-0.015108;REVB=-0.00376013;RO=23;SAF=27;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258334;STB=0.514033;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0171835;OID=.;OPOS=85894308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:17:27:15:8:17:27:15:8 chr2 85895338 . T G 1492.39 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.314;QD=58.525;RBI=0.0390779;REFB=-0.158949;REVB=0.0337205;RO=1;SAF=36;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012992;STB=0.506848;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000565452;OID=.;OPOS=85895338;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:102:1:1:98:101:0.990196:62:36:1:0:65:36:1:0 chr2 85924729 . C T 2777.95 PASS AF=0.989011;AO=179;DP=182;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0363272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.457;QD=61.0538;RBI=0.0415868;REFB=-0.0284265;REVB=0.0202434;RO=2;SAF=88;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000176329;STB=0.500061;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=6.22971e-05;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:182:182:2:2:179:180:0.989011:91:88:1:1:91:89:1:1 chr2 85925529 . A G 723.19 PASS AF=0.826087;AO=56;DP=68;FAO=57;FDP=69;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0859332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.479;QD=41.9242;RBI=0.0866303;REFB=-0.0254549;REVB=-0.0109677;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.590878;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00189395;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:68:69:0:12:56:57:0.826087:29:27:0:0:30:27:12:0 chr2 85925756 . C G 781.51 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0496254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0151;QD=52.1004;RBI=0.0540871;REFB=0.0690589;REVB=0.0215113;RO=3;SAF=38;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357894;STB=0.518981;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00285477;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:3:3:57:57:0.95:19:38:3:0:19:38:3:0 chr2 85925848 . C G 1304.6 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.711;QD=61.393;RBI=0.0603876;REFB=0;REVB=0.020603;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121119;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:36:47:0:0:36:49:0:0 chr2 86088311 . T C 906.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107977;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.892;QD=58.4792;RBI=0.0351702;REFB=0;REVB=0.0334717;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48034e-05;OID=.;OPOS=86088311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr2 86094686 . C T 1171.53 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5749;QD=60.8589;RBI=0.0225738;REFB=0;REVB=0.0193603;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42119e-05;OID=.;OPOS=86094686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:37:40:0:0:37:40:0:0 chr2 86315741 . C T 1478.13 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315482;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.221;QD=62.2369;RBI=0.0319648;REFB=-0.101027;REVB=-0.0051439;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00031557;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:95:0:1:92:94:0.989474:53:39:0:0:53:41:1:0 chr2 86317037 . G C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=345.793;QD=63.7519;RBI=0.0207978;REFB=0;REVB=-0.000605603;RO=0;SAF=34;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5437e-06;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:62:34:0:0:62:34:0:0 chr2 86363074 . A G 1573.0 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.275;QD=59.9238;RBI=0.059351;REFB=0;REVB=0.0137638;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148947;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr2 86385728 . C T 357.45 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00759619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.06;QD=49.3039;RBI=0.0123084;REFB=0.0653759;REVB=0.0096847;RO=2;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772824;STB=0.541636;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000537332;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:11:16:0:2:11:16:0:2 chr2 86400824 . G A 1519.65 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.558;QD=63.3185;RBI=0.0259081;REFB=0;REVB=-0.00180736;RO=0;SAF=36;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01643e-05;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:59:36:0:0:59:37:0:0 chr2 86440718 . T C 1403.81 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=95;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0639139;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.339;QD=60.3791;RBI=0.0641474;REFB=-0.145838;REVB=-0.00546821;RO=2;SAF=54;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172299;STB=0.508927;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00218277;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:93:2:2:90:91:0.978495:36:54:2:0:36:55:2:0 chr2 86441334 . C CTGTT,T 616.9 PASS AF=0.846154,0.0769231;AO=42,2;DP=50;FAO=44,4;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=21,4;FSAR=23,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.024173,0.00784987;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=221.472,63.5222;QD=47.4535;RBI=0.0293062,0.0268962;REFB=-0.0258963,-0.0954168;REVB=0.0165685,-0.0257252;RO=4;SAF=20,2;SAR=22,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0445573,0.569412;STB=0.522717,0.995562;STBP=0.336,0.254;TYPE=ins,snp;VARB=0.00257585,0.0170769;OID=.,.;OPOS=86441335,86441334;OREF=-,C;OALT=TGTT,T;OMAPALT=CTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:50:52:4:4:42,2:44,4:0.846154,0.0769231:22,0:20,2:3:1:23,0:21,4:3:1 chr2 86481835 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.885;QD=60.2046;RBI=0.0107651;REFB=0;REVB=0.0007146;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56191e-06;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr2 86683641 . TA CG,TG 367.86 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957062,0.142868;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=20.5163,73.487;QD=54.498;RBI=0.0975723,0.143172;REFB=0,0;REVB=0.0189913,-0.00933876;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0368269,0.000704119;OID=.,.;OPOS=86683641,86683642;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:2,20:0,5:0:0:2,20:0,5:0:0 chr2 86691250 . G A 2914.24 PASS AF=0.984211;AO=187;DP=190;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=109;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0228909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.737;QD=61.3523;RBI=0.0338684;REFB=-0.00744065;REVB=0.0249615;RO=3;SAF=109;SAR=78;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129228;STB=0.506787;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000231812;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:190:190:3:3:187:187:0.984211:78:109:3:0:78:109:3:0 chr2 86947802 . C A 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0219636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.39;QD=17.2391;RBI=0.0464139;REFB=-0.01712;REVB=-0.0408883;RO=47;SAF=25;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212657;STB=0.619273;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0216514;OID=.;OPOS=86947802;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:14:25:20:27:14:25:20:27 chr2 86979093 . G A 1632.0 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0346505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2267;QD=58.2859;RBI=0.0845519;REFB=-0.0961439;REVB=0.0771257;RO=2;SAF=76;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123279;STB=0.503225;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00994458;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:2:1:109:111:0.991071:33:76:2:0:34:77:1:0 chr2 87015633 . T TGA 696.25 PASS AF=0.978723;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404462;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.204;QD=59.2555;RBI=0.0585751;REFB=-0.043251;REVB=0.0423693;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040792;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=0.00146853;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978723:43:48:46:47:1:25:21:1:0:5:2:22:21:2:0 chr2 87069379 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.643;QD=50.4133;RBI=0.0344923;REFB=0;REVB=-0.0113925;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113231;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr2 87069431 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8043;QD=52.6121;RBI=0.0748844;REFB=0;REVB=0.0646198;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195443;OID=.;OPOS=87069431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr2 87276811 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0330549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.574;QD=9.56948;RBI=0.0514082;REFB=0.000142388;REVB=-0.0393723;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00230815;OID=.;OPOS=87276811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr2 87929356 . AG GA 60.07 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0622139;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=29.8512;QD=10.9226;RBI=0.189989;REFB=-0.0535366;REVB=0.179514;RO=13;SAF=0;SAR=8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.844756;STB=0.904825;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.106189;OID=.;OPOS=87929356;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:22:22:13:13:8:9:0.409091:8:0:12:1:8:1:11:2 chr2 88315954 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.063;QD=49.5992;RBI=0.028058;REFB=0;REVB=0.019682;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45616e-05;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr2 88315993 . A G 206.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9511;QD=48.5334;RBI=0.0755696;REFB=0;REVB=0.0428644;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349243;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr2 88387403 . C A 787.99 PASS AF=1;AO=40;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353857;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.924;QD=57.3087;RBI=0.0587423;REFB=0;REVB=0.0586356;RO=0;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222612;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:40:55:1:5:35:0:0:20:35:0:0 chr2 88396120 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0271825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.596;QD=10.9357;RBI=0.0310688;REFB=-0.0103271;REVB=-0.0150461;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145217;STB=0.586625;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0164542;OID=.;OPOS=88396120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:17:17:10:6:17:17 chr2 88396123 . C G 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00851353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.116;QD=10.4728;RBI=0.0178229;REFB=-0.00325445;REVB=-0.0156581;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.569394;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0080943;OID=.;OPOS=88396123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:18:17:10:7:18:17 chr2 88396174 . T C 138.71 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00984354;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2509;QD=8.9491;RBI=0.0305082;REFB=0.00322923;REVB=0.0288765;RO=42;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291208;STB=0.510193;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00752204;OID=.;OPOS=88396174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:10:9:20:22:10:9:21:22 chr2 88407959 . T C 288.46 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00690485;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2972;QD=12.6795;RBI=0.00942718;REFB=-0.0183095;REVB=0.00641832;RO=53;SAF=23;SAR=11;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.566462;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0235198;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:57:34:34:0.373626:11:23:33:20:11:23:33:24 chr2 88411605 . A T 444.63 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=-0.0231389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4341;QD=13.2725;RBI=0.0244817;REFB=0.00512755;REVB=-0.00799662;RO=80;SAF=27;SAR=25;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155469;STB=0.585906;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00898256;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:80:82:52:52:0.38806:25:27:53:27:25:27:54:28 chr2 88472791 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.361;QD=62.1623;RBI=0.0449272;REFB=0;REVB=-0.00101969;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38289e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:29:56:0:0:29:56:0:0 chr2 88874891 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.605;QD=59.8558;RBI=0.0299486;REFB=0;REVB=0.015969;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23357e-05;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr2 88879131 . T C 278.92 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000349926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.409;QD=13.9457;RBI=0.019798;REFB=-0.00136967;REVB=0.0197949;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134831;STB=0.576874;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00179677;OID=.;OPOS=88879131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:12:20:24:24:12:20:24:24 chr2 88895123 . T C 999.48 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.426;QD=56.3086;RBI=0.0158598;REFB=-0.141134;REVB=-0.00318145;RO=2;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00506509;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:33:36:0:2:33:36:0:2 chr2 88895351 . T C 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.804;QD=57.883;RBI=0.0155346;REFB=0;REVB=0.00292029;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34393e-05;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr2 89197190 . C T 1524.67 PASS AF=0.528777;AO=147;DP=279;FAO=147;FDP=278;FR=.;FRO=131;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=85;FSRR=46;FWDB=-0.00688321;FXX=0.0035841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.675;QD=21.9378;RBI=0.00690483;REFB=-0.0176097;REVB=0.000545945;RO=130;SAF=86;SAR=61;SRF=85;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617305;STB=0.531295;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0169728;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:130:131:147:147:0.528777:61:86:85:45:61:86:85:46 chr2 89246951 . C T 241.46 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0172427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4046;QD=12.3827;RBI=0.0743414;REFB=-0.0286596;REVB=-0.0723141;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201851;STB=0.516945;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0296428;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:12:17:29:19:12:17:30:19 chr2 89278489 . A C 354.17 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0201227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.09;QD=12.319;RBI=0.0362774;REFB=-0.0373791;REVB=-0.0301848;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00248395;STB=0.501416;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0551782;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:22:21:35:37:22:21:35:37 chr2 89292182 . A G 371.47 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0209115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.119;QD=20.0797;RBI=0.020921;REFB=-0.0241541;REVB=0.000631841;RO=36;SAF=10;SAR=28;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158124;STB=0.588186;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0273247;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:28:10:15:21:28:10:15:21 chr2 89292201 . C T 316.28 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00506718;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.783;QD=20.0814;RBI=0.0115022;REFB=-0.00360823;REVB=0.0103259;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163369;STB=0.585933;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00300888;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:30:32:33:0.52381:22:10:15:16:23:10:14:16 chr2 89292401 . T C 239.68 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00492338;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.624;QD=16.5295;RBI=0.00611721;REFB=-0.0237707;REVB=0.00363051;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00992697;STB=0.50953;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0294106;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:31:26:27:0.465517:10:16:20:12:10:17:19:12 chr2 89309542 . T G 280.75 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0309351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5818;QD=12.0752;RBI=0.0336996;REFB=0.0133442;REVB=-0.0133672;RO=59;SAF=17;SAR=16;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183927;STB=0.598368;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0246643;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:60:33:33:0.354839:16:17:40:19:16:17:40:20 chr2 89309554 . T A 292.17 PASS AF=0.373626;AO=29;DP=86;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=0.0799631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6029;QD=12.8424;RBI=0.102193;REFB=-0.00678925;REVB=0.0636348;RO=57;SAF=12;SAR=17;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339172;STB=0.637288;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0104396;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:57:57:29:34:0.373626:17:12:41:16:17:17:41:16 chr2 89309735 . A G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0423417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4645;QD=7.32621;RBI=0.0452716;REFB=-0.0157494;REVB=0.0160217;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137469;STB=0.585998;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0392416;OID=.;OPOS=89309735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:13:8:4:4:13:8 chr2 89309762 . T G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0107571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.537;QD=9.09975;RBI=0.0231215;REFB=-0.0149118;REVB=0.0204668;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103902;STB=0.563956;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0398213;OID=.;OPOS=89309762;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:11:8:3:6:11:8 chr2 89987024 . G A 569.88 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0347492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.372;QD=25.328;RBI=0.036975;REFB=-0.00139914;REVB=0.0126349;RO=38;SAF=23;SAR=29;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244595;STB=0.51338;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.000808663;OID=.;OPOS=89987024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:29:23:18:20:29:23:18:20 chr2 90121675 . T C 396.41 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000663507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.873;QD=52.8548;RBI=0.0244746;REFB=-0.16842;REVB=0.0244656;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00317895;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:30:1:1:26:29:0.966667:13:13:0:1:15:14:0:1 chr2 90121926 . G T 210.24 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0208123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6409;QD=11.8447;RBI=0.0521815;REFB=0.00955477;REVB=0.0478514;RO=44;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289377;STB=0.660071;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0166678;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:9:17:17:27:9:17:18:27 chr2 90121985 . A G 231.11 PASS AF=0.300971;AO=31;DP=103;FAO=31;FDP=103;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0262575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.469;QD=8.97502;RBI=0.0263961;REFB=0.00216544;REVB=0.00270192;RO=71;SAF=17;SAR=14;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115316;STB=0.562733;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00847336;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:72:31:31:0.300971:14:17:32:39:14:17:33:39 chr2 90139116 . G A 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.00395645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.832;QD=14.8053;RBI=0.0627925;REFB=-0.0181413;REVB=-0.0626677;RO=59;SAF=26;SAR=16;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281066;STB=0.515865;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0258952;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:16:26:35:24:16:26:35:24 chr2 95542363 . C G 122.88 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0301203;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.41;QD=4.86636;RBI=0.0464837;REFB=-0.00771779;REVB=-0.0354048;RO=79;SAF=6;SAR=14;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391133;STB=0.75864;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0356442;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:79:81:20:20:0.19802:14:6:49:30:14:6:52:29 chr2 95542376 . GC TT 112.87 PASS AF=0.183486;AO=21;DP=109;FAO=20;FDP=109;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.0240618;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.242;QD=4.14195;RBI=0.0269411;REFB=-0.0066467;REVB=-0.0121183;RO=86;SAF=6;SAR=15;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393031;STB=0.726077;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.0259233;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:86:89:21:20:0.183486:15:6:52:34:14:6:52:37 chr2 95542415 . CA CG,TG 103.2 PASS AF=0.0687023,0.0992366;AO=9,13;DP=131;FAO=9,13;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=3,3;FSAR=6,10;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.0251211,-0.0130768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.751,127.797;QD=3.1512;RBI=0.0315534,0.0134658;REFB=-0.00272513,-0.0027138;REVB=-0.0190931,-0.00321317;RO=108;SAF=3,3;SAR=6,10;SRF=63;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.269453,-0.41118;STB=0.723857,0.801958;STBP=0.187,0.042;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0169015,0.000638017;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:131:131:108:109:9,13:9,13:0.0687023,0.0992366:6,10:3,3:63:45:6,10:3,3:64:45 chr2 95542419 . G A 111.77 PASS AF=0.167939;AO=22;DP=131;FAO=22;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.0426988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8875;QD=3.41292;RBI=0.0464285;REFB=0.00329986;REVB=-0.0182322;RO=109;SAF=6;SAR=16;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381618;STB=0.747748;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0217458;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:109:109:22:22:0.167939:16:6:63:46:16:6:63:46 chr2 95542476 . C T 101.62 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.0346943;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.013;QD=3.62928;RBI=0.0381795;REFB=-0.0051652;REVB=-0.0159368;RO=94;SAF=5;SAR=14;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366302;STB=0.736593;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0197515;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:94:93:19:19:0.169643:14:5:52:42:14:5:51:42 chr2 95542482 . C A 43.98 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.00478466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.318;QD=1.59937;RBI=0.0251367;REFB=-0.00191164;REVB=-0.0246771;RO=99;SAF=3;SAR=8;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276716;STB=0.712213;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0118341;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:99:99:11:11:0.1:8:3:50:49:8:3:50:49 chr2 95542485 . A C 30.91 PASS AF=0.102804;AO=9;DP=106;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=46;FWDB=-0.00153187;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.642;QD=1.15551;RBI=0.00548667;REFB=-0.0110416;REVB=-0.00526849;RO=96;SAF=3;SAR=6;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21116;STB=0.723142;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.149885;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:106:107:96:96:9:11:0.102804:6:3:50:46:8:3:50:46 chr2 95713709 . CG C 89.06 PASS AF=0.409091;AO=14;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.060124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.6691;QD=5.39729;RBI=0.0627848;REFB=-0.0794131;REVB=0.0180841;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.514008;STBP=0.865;TYPE=del;VARB=0.138729;OID=.;OPOS=95713710;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:14:66:27:66:39:16:11:24:15:89:29:5:9:17:12 chr2 95847040 . TGCGGCGGCGA TGCGGCG,TGCGGCGA 311.63 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=28;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106597,0.013064;FXX=0.0357015;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=197.219,231.585;QD=46.1668;RBI=0.0407832,0.0421026;REFB=0,0;REVB=0.0393654,0.0400245;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000378072;OID=.,.;OPOS=95847047,95847041;OREF=GCGA,GCG;OALT=-,-;OMAPALT=TGCGGCG,TGCGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,22:28:0,27:27:0:0,10:0,17:0:0:6:0:1,8:2,14:0:0 chr2 95848354 . G A 638.76 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0678224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9276;QD=59.4198;RBI=0.0781269;REFB=0.00420431;REVB=-0.0387806;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00163435;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:24:18:0:0:24:18:0:1 chr2 95947085 . A G 2493.0 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.514;QD=61.5556;RBI=0.0300015;REFB=0;REVB=0.0298464;RO=0;SAF=82;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7434e-05;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:80:82:0:0:80:82:0:0 chr2 96195632 . T C 1892.09 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168881;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.502;QD=60.0665;RBI=0.0248594;REFB=-0.0956019;REVB=0.0182423;RO=1;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100011;STB=0.502037;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00240962;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:128:126:1:2:124:124:0.984127:47:77:0:1:47:77:1:1 chr2 96195730 . C T 278.13 PASS AF=0.455882;AO=32;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.158373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6366;QD=16.3608;RBI=0.164393;REFB=-0.0139847;REVB=-0.0440788;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270859;STB=0.545425;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0182567;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:37:32:31:0.455882:16:16:18:16:16:15:21:16 chr2 96196322 . A G 334.44 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0256882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.111;QD=17.8367;RBI=0.0314797;REFB=-0.00510432;REVB=-0.0181959;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414868;STB=0.503431;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00600137;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:15:21:22:16:15:21:23:16 chr2 96196551 . C T 77.04 PASS AF=0.23913;AO=10;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00357235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.345;QD=6.69914;RBI=0.00357371;REFB=-0.000192219;REVB=-9.87032e-05;RO=35;SAF=0;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.782672;STB=0.915302;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00303546;OID=.;OPOS=96196551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:45:46:35:35:10:11:0.23913:10:0:23:12:10:1:23:12 chr2 96217197 . C G 335.8 PASS AF=0.37963;AO=40;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.000138839;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.891;QD=12.4369;RBI=0.00737448;REFB=-0.0126295;REVB=-0.00737317;RO=67;SAF=26;SAR=14;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161782;STB=0.59769;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0201153;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:67:67:40:41:0.37963:14:26:34:33:14:27:34:33 chr2 96217234 . C G 304.43 PASS AF=0.33913;AO=38;DP=113;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.00211858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.793;QD=10.589;RBI=0.0410431;REFB=-0.0329949;REVB=-0.0409884;RO=75;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128786;STB=0.56854;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0472429;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:75:76:38:39:0.33913:17:21:33:42:18:21:33:43 chr2 96517452 . T C 41.52 PASS AF=0.10101;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=99;FR=.;FRO=89;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00394686;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.539;QD=1.67766;RBI=0.0100841;REFB=2.82283e-05;REVB=0.00927965;RO=88;SAF=1;SAR=9;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516269;STB=0.893603;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0101279;OID=.;OPOS=96517452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:99:88:89:10:10:0.10101:9:1:47:41:9:1:47:42 chr2 96517471 . A G 34.69 PASS AF=0.09;AO=9;DP=102;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0632929;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3902;QD=1.38754;RBI=0.0644481;REFB=0.00594209;REVB=0.0121474;RO=91;SAF=1;SAR=8;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479774;STB=0.884009;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00624293;OID=.;OPOS=96517471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:102:100:91:91:9:9:0.09:8:1:48:43:8:1:48:43 chr2 96517474 . G A 44.01 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0299809;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.677;QD=1.74301;RBI=0.0302218;REFB=-0.00164829;REVB=-0.00380864;RO=89;SAF=3;SAR=8;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305677;STB=0.72292;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0299515;OID=.;OPOS=96517474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:101:101:89:90:11:11:0.108911:8:3:47:42:8:3:47:43 chr2 96517484 . T G 46.81 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0746076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0881;QD=1.81799;RBI=0.0871953;REFB=-0.00093397;REVB=0.0451301;RO=92;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138486;STB=0.604124;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0132539;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:7:4:44:48:7:4:44:48 chr2 96517502 . A C 71.61 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0106109;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.837;QD=2.923;RBI=0.0109772;REFB=-0.000404882;REVB=0.00281202;RO=84;SAF=5;SAR=9;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165402;STB=0.614078;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0144762;OID=.;OPOS=96517502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:99:98:84:84:14:14:0.142857:9:5:41:43:9:5:41:43 chr2 96517518 . A G 136.36 PASS AF=0.216495;AO=20;DP=96;FAO=21;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0326222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.465;QD=5.62297;RBI=0.0366452;REFB=-0.0112051;REVB=0.0166932;RO=76;SAF=8;SAR=12;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126671;STB=0.556159;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0770835;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:76:76:20:21:0.216495:12:8:38:38:12:9:38:38 chr2 96517882 . G A 34.92 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=-0.0557682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.614;QD=0.862153;RBI=0.0561046;REFB=1.44662e-05;REVB=-0.0061351;RO=148;SAF=5;SAR=7;SRF=75;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995525;STB=0.583195;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.000750427;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:162:162:148:150:12:12:0.0740741:7:5:75:73:7:5:76:74 chr2 96517885 . G A 53.86 PASS AF=0.0961538;AO=15;DP=156;FAO=15;FDP=156;FR=.;FRO=141;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0247893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.513;QD=1.38103;RBI=0.0345269;REFB=-0.000258046;REVB=-0.0240333;RO=138;SAF=8;SAR=7;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567896;STB=0.533289;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00330714;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:156:156:138:141:15:15:0.0961538:7:8:67:71:7:8:70:71 chr2 96521107 . G T 294.65 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=-0.0601281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.764;QD=15.1101;RBI=0.0612232;REFB=-0.00577727;REVB=0.011528;RO=44;SAF=26;SAR=7;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852073;STB=0.551695;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00953026;OID=.;OPOS=96521107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:7:26:37:7:7:26:38:7 chr2 96521481 . C T 32.2 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0179492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.801;QD=1.51526;RBI=0.0413256;REFB=-0.0160172;REVB=-0.0372241;RO=77;SAF=6;SAR=2;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205376;STB=0.666223;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0317801;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:2:6:45:32:2:6:45:32 chr2 96521486 . G A 30.56 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=95;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00643277;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.83;QD=1.32873;RBI=0.0242299;REFB=-0.000417985;REVB=-0.0233604;RO=81;SAF=7;SAR=1;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387777;STB=0.810366;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00276079;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:95:92:81:84:8:8:0.0869565:1:7:46:35:1:7:50:34 chr2 96521512 . A C 133.26 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0511285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9814;QD=4.0381;RBI=0.0703914;REFB=0.00335998;REVB=0.0483821;RO=108;SAF=17;SAR=7;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172932;STB=0.612091;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0176576;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:108:108:24:24:0.181818:7:17:63:45:7:17:63:45 chr2 96521548 . G A 120.65 PASS AF=0.150602;AO=25;DP=166;FAO=25;FDP=166;FR=.;FRO=141;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=80;FSRR=61;FWDB=-0.0206806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.05;QD=2.90732;RBI=0.0298599;REFB=-0.00315667;REVB=-0.0215389;RO=138;SAF=18;SAR=7;SRF=77;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219987;STB=0.640719;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0325999;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:138:141:25:25:0.150602:7:18:77:61:7:18:80:61 chr2 96521556 . T C 90.84 PASS AF=0.121547;AO=22;DP=181;FAO=22;FDP=181;FR=.;FRO=159;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=84;FSRR=75;FWDB=-0.0172413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.85;QD=2.00745;RBI=0.029208;REFB=-0.00279912;REVB=-0.0235763;RO=159;SAF=17;SAR=5;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319913;STB=0.729003;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0265013;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:181:181:159:159:22:22:0.121547:5:17:84:75:5:17:84:75 chr2 96521563 . G A 86.93 PASS AF=0.113402;AO=20;DP=192;FAO=22;FDP=194;FR=.;FRO=172;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=91;FSRR=81;FWDB=0.0011138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.713;QD=1.79242;RBI=0.0146942;REFB=-0.00163856;REVB=-0.014652;RO=170;SAF=15;SAR=5;SRF=91;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272777;STB=0.684192;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0601104;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:192:194:170:172:20:22:0.113402:5:15:91:79:6:16:91:81 chr2 96521607 . GGT CAC 43.64 PASS AF=0.0723404;AO=17;DP=233;FAO=17;FDP=235;FR=.;FRO=218;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=118;FSRR=100;FWDB=-0.00876906;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.424;QD=0.742879;RBI=0.0126834;REFB=-9.19991e-05;REVB=0.00916359;RO=214;SAF=11;SAR=6;SRF=117;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114307;STB=0.60091;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=0.0113654;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:233:235:214:218:17:17:0.0723404:6:11:117:97:6:11:118:100 chr2 96523096 . T C 1264.73 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.019;QD=61.6942;RBI=0.0169645;REFB=0;REVB=0.00412838;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98859e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr2 96525640 . G T 33.99 PASS AF=0.112676;AO=7;DP=70;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0282183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.853;QD=1.91487;RBI=0.0351053;REFB=0.00120307;REVB=-0.0208832;RO=62;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.577421;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0069178;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:70:71:62:63:7:8:0.112676:4:3:28:34:5:3:29:34 chr2 96525652 . T C 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00862339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.779;QD=3.1445;RBI=0.0120846;REFB=-0.00930502;REVB=-0.0084661;RO=67;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167164;STB=0.613592;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0438894;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:5:7:30:37:5:7:30:37 chr2 96525659 . C T 39.07 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0758102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7239;QD=1.883;RBI=0.0915327;REFB=-0.00122844;REVB=-0.0512937;RO=74;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498324;STB=0.537551;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00172717;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:5:4:36:38:5:4:36:38 chr2 96541695 . C T 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0858239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.716;QD=19.5777;RBI=0.0859806;REFB=-0.0140398;REVB=-0.00518912;RO=31;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137209;STB=0.576423;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00922004;OID=.;OPOS=96541695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:12:21:15:16:12:21:15:16 chr2 96548068 . C T 460.16 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0885587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.209;QD=18.5921;RBI=0.0889932;REFB=-0.00715657;REVB=-0.00878286;RO=53;SAF=22;SAR=24;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174194;STB=0.596818;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00250821;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:53:46:46:0.464646:24:22:35:18:24:22:35:18 chr2 96563206 . A T 92.45 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-4.45814e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.743;QD=9.24498;RBI=0.0205747;REFB=-0.0159243;REVB=0.0205747;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0505741;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:14:14:6:6:14:14 chr2 96583735 . A C 112.41 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00214492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.898;QD=9.56714;RBI=0.0185864;REFB=-0.0183327;REVB=-0.0184623;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108458;STB=0.553116;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0877384;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:13:19:7:7:14:19 chr2 96587496 . C T 834.45 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.221;QD=57.5484;RBI=0.0539752;REFB=0;REVB=0.0177408;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176595;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:34:24:0:0 chr2 96593000 . A G 121.57 PASS AF=0.134328;AO=27;DP=202;FAO=27;FDP=201;FR=.;FRO=174;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=93;FSRR=81;FWDB=-0.0366229;FXX=0.00985173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.298;QD=2.41938;RBI=0.0366286;REFB=-0.00485835;REVB=0.000646403;RO=174;SAF=10;SAR=17;SRF=93;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206653;STB=0.641053;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0635085;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:174:174:27:27:0.134328:17:10:93:81:17:10:93:81 chr2 96593016 . C A 195.07 PASS AF=0.172566;AO=38;DP=226;FAO=39;FDP=226;FR=.;FRO=187;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=101;FSRR=86;FWDB=-0.0727777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1237;QD=3.45248;RBI=0.111124;REFB=-0.0237645;REVB=-0.0839761;RO=182;SAF=14;SAR=24;SRF=99;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224845;STB=0.62781;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0804989;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:182:187:38:39:0.172566:24:14:99:83:24:15:101:86 chr2 96593025 . C T 215.44 PASS AF=0.171548;AO=41;DP=239;FAO=41;FDP=239;FR=.;FRO=198;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=106;FSRR=92;FWDB=-0.0522093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.294;QD=3.60561;RBI=0.0588071;REFB=-0.00292682;REVB=-0.0270642;RO=197;SAF=15;SAR=26;SRF=105;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215144;STB=0.639883;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.035478;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:197:198:41:41:0.171548:26:15:105:92:26:15:106:92 chr2 96593100 . G A 66.55 PASS AF=0.0979381;AO=19;DP=194;FAO=19;FDP=194;FR=.;FRO=175;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=83;FWDB=-0.0250375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3126;QD=1.37221;RBI=0.0649778;REFB=-0.00671855;REVB=-0.0599603;RO=170;SAF=7;SAR=12;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179371;STB=0.640975;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0458353;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:194:194:170:175:19:19:0.0979381:12:7:88:82:12:7:92:83 chr2 96593108 . T G 119.06 PASS AF=0.142077;AO=26;DP=183;FAO=26;FDP=183;FR=.;FRO=157;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=88;FSRR=69;FWDB=0.0588554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5015;QD=2.60236;RBI=0.0698904;REFB=0.00089595;REVB=0.0376923;RO=154;SAF=9;SAR=17;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266667;STB=0.680426;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00324797;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:154:157:26:26:0.142077:17:9:86:68:17:9:88:69 chr2 96593118 . T A 106.37 PASS AF=0.134078;AO=24;DP=179;FAO=24;FDP=179;FR=.;FRO=155;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=85;FSRR=70;FWDB=-0.00608512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1855;QD=2.37689;RBI=0.0085926;REFB=0.00540622;REVB=0.00606663;RO=154;SAF=8;SAR=16;SRF=85;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273038;STB=0.683673;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0399318;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:154:155:24:24:0.134078:16:8:85:69:16:8:85:70 chr2 96594958 . G A 41.95 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0150675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4584;QD=4.41586;RBI=0.045853;REFB=-0.0126393;REVB=-0.0433067;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475702;STB=0.828264;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0414825;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:15:16:1:6:15:16 chr2 96594966 . T G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0486503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9171;QD=18.637;RBI=0.0804841;REFB=0.00465774;REVB=0.0641158;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429897;STB=0.747449;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000405951;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:6:10:3:13:6:10 chr2 96595032 . A T 252.15 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0407817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.026;QD=34.7793;RBI=0.0412816;REFB=-0.0350886;REVB=-0.00640485;RO=7;SAF=16;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827533;STB=0.545412;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0173598;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:6:16:4:3:6:16:4:3 chr2 96601240 . G A 164.72 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000638419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.917;QD=11.5592;RBI=0.0274543;REFB=-0.0248841;REVB=0.0274469;RO=35;SAF=3;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419037;STB=0.749722;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0369016;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:36:20:21:0.368421:17:3:16:19:18:3:16:20 chr2 96601345 . T C 196.27 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0130515;FXX=0.133304;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.247;QD=20.1299;RBI=0.0131306;REFB=-0.00625176;REVB=0.00143871;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325255;STB=0.700703;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0106945;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:39:19:20:19:19:0.487179:15:4:10:9:15:4:11:9 chr2 96601364 . C T 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0125381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.189;QD=21.9699;RBI=0.0126567;REFB=0.000748478;REVB=-0.00172914;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199317;STB=0.612074;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000869107;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:10:7:13:7:10:7 chr2 96604576 . C T 47.53 PASS AF=0.0719697;AO=19;DP=263;FAO=19;FDP=264;FR=.;FRO=245;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=143;FSRR=102;FWDB=-0.00878127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.795;QD=0.720157;RBI=0.0363727;REFB=-0.00152659;REVB=-0.0352967;RO=244;SAF=13;SAR=6;SRF=142;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119688;STB=0.599891;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0280547;OID=.;OPOS=96604576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:263:264:244:245:19:19:0.0719697:6:13:142:102:6:13:143:102 chr2 96604591 . A G 1835.8 PASS AF=0.629344;AO=162;DP=259;FAO=163;FDP=259;FR=.;FRO=96;FSAF=92;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.0289597;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.378;QD=28.3522;RBI=0.0325933;REFB=-0.0209125;REVB=0.0149553;RO=97;SAF=92;SAR=70;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792066;STB=0.500722;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00993608;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:97:96:162:163:0.629344:70:92:54:43:71:92:54:42 chr2 96604606 . C A 48.54 PASS AF=0.0730769;AO=19;DP=260;FAO=19;FDP=260;FR=.;FRO=241;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=139;FSRR=102;FWDB=-0.0417123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.616;QD=0.74677;RBI=0.0429188;REFB=0.00031449;REVB=-0.0101051;RO=241;SAF=8;SAR=11;SRF=139;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172391;STB=0.641269;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00373392;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:260:260:241:241:19:19:0.0730769:11:8:139:102:11:8:139:102 chr2 96604632 . A T 1303.53 PASS AF=0.516;AO=129;DP=251;FAO=129;FDP=250;FR=.;FRO=121;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=68;FSRR=53;FWDB=-0.0171406;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.377;QD=20.8565;RBI=0.0255164;REFB=-0.00406357;REVB=0.018902;RO=120;SAF=72;SAR=57;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000173097;STB=0.501886;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00691433;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:120:121:129:129:0.516:57:72:67:53:57:72:68:53 chr2 96604730 . T C 63.59 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0175498;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.114;QD=4.71026;RBI=0.0251244;REFB=-0.00491819;REVB=-0.0179789;RO=44;SAF=1;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475279;STB=0.829309;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0220834;OID=.;OPOS=96604730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:9:1:18:26:9:1:18:26 chr2 96606944 . C T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0089684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7596;QD=12.4813;RBI=0.0362692;REFB=0.0182081;REVB=-0.0351429;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0521278;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:11:8:6:6:11:8 chr2 96610399 . C A 75.81 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.0100873;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.871;QD=2.29738;RBI=0.0100881;REFB=-0.000911075;REVB=0.000125457;RO=115;SAF=13;SAR=4;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37791;STB=0.7698;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00546524;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:132:115:115:17:17:0.128788:4:13:53:62:4:13:52:63 chr2 96610410 . T A 50.05 PASS AF=0.102362;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.0071293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.074;QD=1.57649;RBI=0.013338;REFB=-0.00365354;REVB=0.0112728;RO=114;SAF=10;SAR=3;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369994;STB=0.777091;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0109592;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:127:127:114:114:13:13:0.102362:3:10:52:62:3:10:52:62 chr2 96610420 . G T 53.77 PASS AF=0.110169;AO=12;DP=117;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=0.0208887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.638;QD=1.82261;RBI=0.0219613;REFB=-0.00166765;REVB=0.00677948;RO=105;SAF=9;SAR=3;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354397;STB=0.780626;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.022872;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:118:105:105:12:13:0.110169:3:9:47:58:3:10:47:58 chr2 96610899 . T C 813.24 PASS AF=0.529412;AO=80;DP=153;FAO=81;FDP=153;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0331224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6186;QD=21.2612;RBI=0.0335858;REFB=-0.0169986;REVB=-0.00555988;RO=68;SAF=40;SAR=40;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494086;STB=0.510169;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0236012;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:68:72:80:81:0.529412:40:40:38:30:40:41:38:34 chr2 96610921 . T G 1025.93 PASS AF=0.563953;AO=97;DP=172;FAO=97;FDP=172;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0263438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.716;QD=23.8588;RBI=0.0265407;REFB=-0.0163633;REVB=0.00322633;RO=75;SAF=43;SAR=54;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617319;STB=0.533616;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0163811;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:75:75:97:97:0.563953:54:43:39:36:54:43:39:36 chr2 96610923 . C G 87.35 PASS AF=0.122093;AO=21;DP=172;FAO=21;FDP=172;FR=.;FRO=151;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=-0.0402015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.557;QD=2.03132;RBI=0.0570499;REFB=-0.00420274;REVB=-0.0404787;RO=151;SAF=9;SAR=12;SRF=73;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686367;STB=0.548449;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0224919;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:172:172:151:151:21:21:0.122093:12:9:73:78:12:9:73:78 chr2 96616485 . C G 47.32 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00550503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8587;QD=2.95736;RBI=0.0438706;REFB=0.000607365;REVB=0.0435238;RO=55;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461229;STB=0.817532;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00261729;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:64:64:55:55:9:9:0.140625:7:2:34:21:7:2:34:21 chr2 96616506 . GC CA 52.4 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.047202;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.293;QD=3.67708;RBI=0.0742919;REFB=0.0013623;REVB=-0.0573695;RO=46;SAF=2;SAR=7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457142;STB=0.816868;STBP=0.053;TYPE=mnp;VARB=-0.00948117;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:57:46:48:9:9:0.157895:7:2:28:18:7:2:30:18 chr2 96616532 . T G 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00127904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.428;QD=3.79018;RBI=0.00369005;REFB=0.000561311;REVB=-0.00346129;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384845;STB=0.770773;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00571153;OID=.;OPOS=96616532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:42:43:8:8:0.156863:6:2:24:18:6:2:25:18 chr2 96617090 . A G 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00483453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.682;QD=1.88397;RBI=0.00514639;REFB=-0.0015633;REVB=0.00176427;RO=74;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331079;STB=0.741933;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0266294;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:3:6:28:46:3:6:28:46 chr2 96617106 . A C 37.86 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.00238195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.925;QD=1.74065;RBI=0.0106625;REFB=-0.00256527;REVB=-0.010393;RO=76;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297845;STB=0.729452;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0323099;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:87:76:78:9:9:0.103448:3:6:31:45:3:6:31:47 chr2 96617111 . G A 37.56 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0458406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0815;QD=1.7074;RBI=0.0488659;REFB=-0.00205843;REVB=-0.0169267;RO=78;SAF=6;SAR=3;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308013;STB=0.72417;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0141443;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:87:88:78:79:9:9:0.102273:3:6:31:47:3:6:32:47 chr2 96617113 . G A 37.3 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.000565151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.813;QD=1.67651;RBI=0.0464113;REFB=-0.00567067;REVB=-0.0464079;RO=79;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299183;STB=0.728098;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0384426;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:89:79:80:9:9:0.101124:3:6:32:47:3:6:32:48 chr2 96617132 . T C 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=-0.0103367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.29;QD=1.52795;RBI=0.0193552;REFB=-0.00476165;REVB=-0.0163639;RO=94;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356704;STB=0.7675;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0407805;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:3:7:36:58:3:7:36:58 chr2 96617155 . A G 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=0.00166139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1137;QD=1.05055;RBI=0.0625972;REFB=-0.00240346;REVB=0.0625751;RO=106;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352101;STB=0.776073;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0541306;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:106:106:9:9:0.0782609:3:6:36:70:3:6:36:70 chr2 96619688 . T G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0132156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.798;QD=7.46499;RBI=0.0132263;REFB=-0.0109506;REVB=0.000530964;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177312;STB=0.611451;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0188481;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:10:7:4:3:10:7 chr2 96619734 . C T 116.36 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0441967;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1876;QD=14.545;RBI=0.0446627;REFB=-0.00624682;REVB=0.00643488;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201747;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0270568;OID=.;OPOS=96619734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:33:32:18:18:11:11:0.34375:7:4:10:8:7:4:10:8 chr2 96626292 . C T 242.7 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0307056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.27;QD=42.208;RBI=0.038221;REFB=-0.131745;REVB=-0.0227598;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.549952;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00345842;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:23:1:2:19:21:0.913043:9:10:0:1:9:12:0:2 chr2 96697823 . G A 54.79 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.199687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.3786;QD=9.52903;RBI=0.20967;REFB=-0.0385243;REVB=0.0639261;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517635;STB=0.739846;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0481687;OID=.;OPOS=96697823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:14:15:8:8:0.347826:5:3:0:14:5:3:1:14 chr2 96780716 . T G 140.7 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00896709;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.578;QD=12.5064;RBI=0.0992341;REFB=-0.0308695;REVB=-0.0988281;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899355;STB=0.538414;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0485601;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:9:7:10:18:9:7:11:18 chr2 96781853 . T C 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.000386673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.322;QD=13.741;RBI=0.0272303;REFB=-0.00527174;REVB=0.0272275;RO=43;SAF=9;SAR=20;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394989;STB=0.724085;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00892518;OID=.;OPOS=96781853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:20:9:30:13:20:9:30:13 chr2 96789787 . T C 567.08 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.00437627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.003;QD=18.5929;RBI=0.0227315;REFB=-0.017037;REVB=0.0223062;RO=63;SAF=37;SAR=22;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056218;STB=0.53107;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0124439;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:22:37:43:20:22:37:43:20 chr2 96795608 . T G 693.96 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0993991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5341;QD=60.3446;RBI=0.0994071;REFB=-0.137932;REVB=-0.00126607;RO=1;SAF=33;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140319;STB=0.507459;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00213094;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:12:33:1:0:12:33:1:0 chr2 96795714 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.251;QD=59.8536;RBI=0.0598751;REFB=0;REVB=0.0528303;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259293;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr2 96795857 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.562;QD=57.0365;RBI=0.0793727;REFB=0;REVB=0.0683743;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241651;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:35:19:0:0 chr2 96809331 . T C 1972.28 PASS AF=0.943262;AO=132;DP=143;FAO=133;FDP=141;FR=.;FRO=8;FSAF=103;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0370687;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.725;QD=55.9512;RBI=0.0383552;REFB=-0.0310977;REVB=0.00985061;RO=4;SAF=102;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180531;STB=0.540676;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00717433;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:143:141:4:8:132:133:0.943262:30:102:3:1:30:103:2:6 chr2 96874589 . CTT CCC 174.81 PASS AF=0.392857;AO=12;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0870406;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=43.5052;QD=12.4867;RBI=0.0944716;REFB=-0.0855498;REVB=-0.0367263;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586932;STB=0.60705;STBP=0.222;TYPE=mnp;VARB=0.115368;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:12:56:22:56:34:11:11:23:11:99:19:1:11:10:9 chr2 96917588 . T G 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.608;QD=63.4766;RBI=0.0182083;REFB=0;REVB=0.00445692;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80155e-05;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr2 96918245 . A G 199.87 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.043606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4201;QD=15.6759;RBI=0.116013;REFB=-0.0283246;REVB=-0.107506;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212294;STB=0.56358;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0213854;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:29:21:22:0.431373:11:10:9:10:12:10:10:19 chr2 96944553 . G A 142.5 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00434606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1685;QD=14.2497;RBI=0.0176607;REFB=-0.0307415;REVB=0.0171176;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648571;STB=0.537688;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0450789;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:9:7:12:12:9:7:12:12 chr2 97166204 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.236;QD=56.9378;RBI=0.0400558;REFB=0;REVB=-0.00506924;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90942e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr2 97166296 . A G 75.3 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0594348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.558;QD=11.585;RBI=0.0659236;REFB=-0.0309321;REVB=-0.0285206;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750523;STB=0.523762;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.06102;OID=.;OPOS=97166296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:15:16:9:10:0.384615:6:3:6:9:6:4:7:9 chr2 97217649 . G A 1280.4 PASS AF=0.54955;AO=120;DP=223;FAO=122;FDP=222;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=34;FSRR=66;FWDB=0.0173457;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.752;QD=23.0703;RBI=0.0215417;REFB=-0.0210778;REVB=0.0127738;RO=100;SAF=47;SAR=73;SRF=34;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457449;STB=0.525489;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0172621;OID=.;OPOS=97217649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:100:100:120:122:0.54955:73:47:34:66:74:48:34:66 chr2 97526588 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGG 123.68 PASS AF=1,0,0;AO=5,2,3;DP=17;FAO=16,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318756,0.242832,-0.238104;FXX=0.0587889;HRUN=5,5,6;LEN=2,1,1;MLLD=12.5393,7.23528,6.90427;QD=30.9187;RBI=0.157902,0.312055,0.252695;REFB=0,0,0;REVB=0.154652,0.195988,0.0846264;RO=0;SAF=2,1,0;SAR=3,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.416667,0.416667,0.611111;SSEP=0,0,0.764706;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.013958,0.0285193,0.0134791;OID=.,.,.;OPOS=97526593,97526589,97526594;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:5,2,3:17:16,0,0:16:0:8,0,0:8,0,0:0:0:3:0:2,1,0:3,1,3:0:0 chr2 97559759 . G A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9038;QD=62.9759;RBI=0.15086;REFB=0;REVB=0.148435;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189438;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr2 97613616 . T C 98.19 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0127034;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.414;QD=12.6698;RBI=0.0127165;REFB=-0.00245804;REVB=0.000577419;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655735;STB=0.54992;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00268938;OID=.;OPOS=97613616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:18:19:12:12:0.387097:4:8:13:5:4:8:14:5 chr2 97617140 . T C 79.99 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0238884;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8919;QD=6.80777;RBI=0.0742386;REFB=-0.00985559;REVB=-0.0702903;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273758;STB=0.502088;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0378552;OID=.;OPOS=97617140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:47:35:36:11:11:0.234043:4:7:23:12:4:7:23:13 chr2 97637863 . C CG,G 34.66 PASS AF=0.625,0;AO=3,2;DP=18;FAO=10,0;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.13619,-0.0176766;FXX=0.0587889;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=8.601,192.882;QD=8.66549;RBI=0.138227,0.019255;REFB=-0.109797,0.000763434;REVB=0.0236419,0.00763511;RO=12;SAF=2,2;SAR=1,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109789,0.481962;STB=0.571275,0.5;STBP=0.563,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.165064,0;OID=.,.;OPOS=97637864,97637863;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:18:16:12:6:3,2:10,0:0.625,0:1,0:2,2:9:3:2,0:8,0:4:2 chr2 97637905 . T C 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.000816609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.581;QD=9.13083;RBI=0.0184383;REFB=-0.0197072;REVB=-0.0184202;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239875;STB=0.514676;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0469877;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:7:15:7:3:7:15 chr2 97638038 . A G 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0556007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.375;QD=27.3813;RBI=0.121907;REFB=-0.0602395;REVB=-0.108489;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205201;STB=0.615165;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00695529;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:0:3:5:5:0:3 chr2 97643576 . T C 465.63 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00485348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2481;QD=17.7381;RBI=0.00668811;REFB=0.0101131;REVB=0.00460158;RO=55;SAF=33;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431706;STB=0.524019;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0123305;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:17:33:34:21:17:33:34:21 chr2 97766551 . G A 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.021208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.957;QD=22.4041;RBI=0.0329921;REFB=0.00231646;REVB=0.0252725;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100784;STB=0.555526;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00125636;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:17:12:20:17:17:12 chr2 97766574 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0252616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.656;QD=26.6163;RBI=0.0266547;REFB=-0.0149923;REVB=0.00850426;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148616;STB=0.582221;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00506316;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:18:11:12:9:18:11:12:9 chr2 97808349 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0223161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.575;QD=5.7169;RBI=0.0224628;REFB=-0.0160897;REVB=-0.00256251;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544214;STB=0.535622;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0639572;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:8:20:6:2:8:20 chr2 97808394 . C G 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.0169821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.052;QD=3.67471;RBI=0.0230851;REFB=0.00116294;REVB=0.0156374;RO=48;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110265;STB=0.577136;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00849337;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:7:2:14:34:7:2:14:34 chr2 97827839 . G A 209.14 PASS AF=0.376812;AO=23;DP=65;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00207571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7801;QD=12.124;RBI=0.0024173;REFB=-0.00360539;REVB=0.00123887;RO=42;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251249;STB=0.662701;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0112937;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:42:43:23:26:0.376812:5:18:25:17:5:21:26:17 chr2 97830053 . A G 46.72 PASS AF=0.138462;AO=8;DP=67;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0334769;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.242;QD=2.87538;RBI=0.0357979;REFB=-0.00917226;REVB=-0.0126801;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277676;STB=0.71242;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0456452;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:67:65:54:56:8:9:0.138462:5:3:33:21:6:3:33:23 chr2 97833342 . G A 91.47 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.012153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.393;QD=8.50882;RBI=0.0389258;REFB=-0.0101915;REVB=-0.03698;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041764;STB=0.525649;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0149472;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:17:14:5:7:17:14 chr2 97833361 . A G 33.51 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0223043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7909;QD=3.72354;RBI=0.0230514;REFB=-0.00451053;REVB=-0.00582097;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221173;STB=0.641031;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0127178;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:27:30:6:6:0.166667:2:4:13:14:2:4:15:15 chr2 97833466 . C T 121.08 PASS AF=0.4;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0450358;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.286;QD=13.8373;RBI=0.0536787;REFB=-0.00787359;REVB=0.0292092;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381624;STB=0.71848;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0324506;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:21:14:14:0.4:8:6:17:4:8:6:17:4 chr2 97849219 . T C 284.45 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0166304;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.351;QD=12.2342;RBI=0.0221265;REFB=-0.0066221;REVB=-0.014595;RO=58;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464195;STB=0.516911;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0121543;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:60:33:33:0.354839:14:19:31:27:14:19:33:27 chr2 97851069 . A G 267.44 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0127102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.241;QD=21.8315;RBI=0.0288964;REFB=-0.0298176;REVB=0.025951;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901406;STB=0.550448;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0263946;OID=.;OPOS=97851069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:10:14:12:13:10:14 chr2 97860487 . T C 306.82 PASS AF=0.242105;AO=46;DP=190;FAO=46;FDP=190;FR=.;FRO=144;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.0189845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.554;QD=6.45939;RBI=0.0191916;REFB=-0.00423759;REVB=0.00281176;RO=143;SAF=27;SAR=19;SRF=62;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1912;STB=0.612197;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0157326;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:143:144:46:46:0.242105:19:27:62:81:19:27:63:81 chr2 97864333 . CC AT 472.99 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00191646;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=2;MLLD=260.013;QD=17.1994;RBI=0.0359642;REFB=-0.0110978;REVB=-0.0359131;RO=58;SAF=30;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357572;STB=0.51591;STBP=0.759;TYPE=mnp;VARB=0.0121693;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:58:59:51:51:0.463636:21:30:32:26:21:30:33:26 chr2 97864374 . G T 152.17 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0078108;FXX=0.124983;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.833;QD=9.66142;RBI=0.0172474;REFB=-0.00608605;REVB=-0.0153774;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160743;STB=0.51039;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0165054;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:63:39:43:20:20:0.31746:9:11:22:17:9:11:23:20 chr2 97873515 . C T 68.53 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0340927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7562;QD=5.83248;RBI=0.183716;REFB=-0.0023538;REVB=-0.180525;RO=36;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206706;STB=0.628928;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000260941;OID=.;OPOS=97873515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:36:37:10:10:0.212766:2:8:24:12:2:8:25:12 chr2 97877292 . C A 396.99 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00472393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.837;QD=23.3521;RBI=0.0050308;REFB=-0.0193117;REVB=0.00173015;RO=29;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125248;STB=0.560944;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0129415;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:29:38:39:0.573529:23:15:16:13:23:16:16:13 chr2 97877399 . T C 1192.64 PASS AF=0.598901;AO=104;DP=177;FAO=109;FDP=182;FR=.;FRO=73;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0130951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.502;QD=26.2119;RBI=0.0236266;REFB=-0.0284977;REVB=0.0196656;RO=73;SAF=64;SAR=40;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101241;STB=0.50646;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0156522;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:182:73:73:104:109:0.598901:40:64:44:29:45:64:44:29 chr2 97877440 . T C 411.12 PASS AF=0.294118;AO=55;DP=187;FAO=55;FDP=187;FR=.;FRO=132;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=83;FSRR=49;FWDB=-0.0102868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.331;QD=8.79405;RBI=0.0176888;REFB=-0.00843913;REVB=0.0143901;RO=132;SAF=24;SAR=31;SRF=83;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229388;STB=0.633331;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0205594;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:132:132:55:55:0.294118:31:24:83:49:31:24:83:49 chr2 97877478 . G A 364.55 PASS AF=0.292398;AO=50;DP=171;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=69;FWDB=-0.0265173;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7756;QD=8.52756;RBI=0.0574296;REFB=0.00183173;REVB=-0.0509411;RO=121;SAF=35;SAR=15;SRF=53;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31963;STB=0.692502;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0053526;OID=.;OPOS=97877478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:121:121:50:50:0.292398:15:35:53:68:15:35:52:69 chr2 97883087 . A G 49.05 PASS AF=0.1;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=130;FR=.;FRO=117;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.0262497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.555;QD=1.50936;RBI=0.0309298;REFB=-0.000687357;REVB=-0.0163586;RO=115;SAF=4;SAR=9;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254672;STB=0.692012;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00645334;OID=.;OPOS=97883087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:130:115:117:13:13:0.1:9:4:60:55:9:4:61:56 chr2 97883094 . T G 60.26 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=134;FAO=15;FDP=134;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=0.0397782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9099;QD=1.79873;RBI=0.0432141;REFB=-0.00677161;REVB=-0.0168863;RO=119;SAF=4;SAR=11;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310827;STB=0.72715;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0710903;OID=.;OPOS=97883094;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:134:134:119:119:15:15:0.11194:11:4:62:57:11:4:62:57 chr2 97884763 . T C 93.5 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=13;FWDB=0.00773446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.124;QD=4.39992;RBI=0.0598823;REFB=-0.0156891;REVB=0.0593808;RO=69;SAF=7;SAR=9;SRF=56;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472871;STB=0.786149;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0507936;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:69:69:16:16:0.188235:9:7:56:13:9:7:56:13 chr2 98128172 . C A 55.46 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0173574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5631;QD=10.0843;RBI=0.109602;REFB=-0.0287542;REVB=-0.108219;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.535624;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0358797;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:3:5:8:5:3:5:8:6 chr2 98128194 . GGT CAC 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00128723;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=196.143;QD=16.7281;RBI=0.0120264;REFB=0.00176743;REVB=0.0119573;RO=18;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.578843;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=-0.00201214;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:4:12:12:6:4:12:12:7 chr2 98128256 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0288169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.236;QD=24.0303;RBI=0.0303295;REFB=-0.00885025;REVB=-0.00945884;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216767;STB=0.622468;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00358327;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:4:11:4:5:4:11:4:5 chr2 98128258 . G C 145.8 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0479782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.081;QD=25.3571;RBI=0.0503875;REFB=-0.0214413;REVB=0.0153945;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167763;STB=0.594461;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0130906;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:4:11:4:4:4:11:4:4 chr2 98164020 . CT TC 98.09 PASS AF=0.226667;AO=13;DP=73;FAO=17;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.095665;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.0622;QD=5.23133;RBI=0.108343;REFB=0.0156685;REVB=-0.0508571;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12248;STB=0.659218;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=-0.0442381;OID=.;OPOS=98164020;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:73:75:40:58:13:17:0.226667:4:9:24:16:4:13:34:24 chr2 98164084 . T A 469.95 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0135419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.962;QD=15.7965;RBI=0.0168532;REFB=-0.0144961;REVB=-0.0100324;RO=67;SAF=31;SAR=21;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120479;STB=0.56748;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0169929;OID=.;OPOS=98164084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:21:31:32:35:21:31:32:35 chr2 98164184 . C G 428.13 PASS AF=0.422414;AO=47;DP=118;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0215969;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.977;QD=14.7631;RBI=0.0225083;REFB=-0.00816413;REVB=-0.00634019;RO=67;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140372;STB=0.588199;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0108181;OID=.;OPOS=98164184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:67:67:47:49:0.422414:21:26:28:39:21:28:28:39 chr2 98177124 . T G 347.02 PASS AF=0.323529;AO=44;DP=134;FAO=44;FDP=136;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0466105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.925;QD=10.2065;RBI=0.0481382;REFB=-0.00202648;REVB=0.0120313;RO=90;SAF=27;SAR=17;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171666;STB=0.592463;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00380257;OID=.;OPOS=98177124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:90:92:44:44:0.323529:17:27:42:48:17:27:44:48 chr2 98273661 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0144672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3859;QD=15.3788;RBI=0.0640409;REFB=-0.00755321;REVB=-0.0623854;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245398;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00424618;OID=.;OPOS=98273661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:5:9:8:4:5:9 chr2 98274527 . G C 383.13 PASS AF=0.471264;AO=36;DP=82;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00969023;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9366;QD=17.6152;RBI=0.0274835;REFB=-0.0373782;REVB=-0.0257185;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943183;STB=0.576329;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0419291;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:45:46:36:41:0.471264:19:17:17:28:19:22:18:28 chr2 98844674 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6166;QD=58.7814;RBI=0.0659838;REFB=0;REVB=0.0651117;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421626;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr2 98853173 . G A 1880.42 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0513637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4917;QD=60.6587;RBI=0.0513669;REFB=-0.0520298;REVB=0.000571599;RO=0;SAF=63;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000201943;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:60:63:0:0:60:63:1:0 chr2 98928494 . G A 565.85 PASS AF=0.884615;AO=45;DP=51;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0275415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4553;QD=43.5267;RBI=0.0869439;REFB=-0.0972695;REVB=0.0824664;RO=6;SAF=33;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106254;STB=0.552142;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0159634;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:51:52:6:6:45:46:0.884615:12:33:2:4:13:33:2:4 chr2 98949886 . TAAAAAAAAAG TAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAG 893.28 PASS AF=0.837209,0.162791,0,0;AO=14,11,10,6;DP=86;FAO=72,14,0,0;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32,5,0,0;FSAR=40,9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.742794,0.158126,-0.685072,-0.381449;FXX=0;HRUN=2,9,9,9;LEN=1,2,1,1;MLLD=13.7994,11.5912,5.60533,16.3139;QD=41.5477;RBI=0.873693,0.29118,0.685111,0.382382;REFB=0,0,0,0;REVB=0.459997,0.244504,0.0073073,0.0266887;RO=19;SAF=2,3,5,5;SAR=12,8,5,1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.264859,-0.0555553,0.201589,0.564634;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,mnp,del,snp;VARB=0.0198358,0.0542792,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=98949897,98949895,98949887,98949887;OREF=-,AG,A,A;OALT=A,GA,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAGA,TAAAAAAAAG,TTAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.837209,0.162791,0,0:14,11,10,6:86:72,14,0,0:86:0:32,5,0,0:40,9,0,0:0:0:23:19:2,3,5,5:12,8,5,1:6:13 chr2 99778985 . T C 1568.35 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2249;QD=64.0142;RBI=0.0145565;REFB=0;REVB=-0.00314027;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44054e-05;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr2 99779131 . T C 1290.06 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4458;QD=60.7087;RBI=0.0441691;REFB=-0.100356;REVB=0.0431296;RO=1;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290635;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:85:1:0:84:85:1:34:50:1:0:34:51:0:0 chr2 99787009 . C T 271.06 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.016919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.286;QD=14.6518;RBI=0.0194536;REFB=0.0164969;REVB=-0.00960153;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405452;STB=0.502616;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0218568;OID=.;OPOS=99787009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:16:15:22:20:15:16:22:21 chr2 99804642 . T C 714.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.119;QD=62.107;RBI=0.0299405;REFB=0;REVB=0.0139429;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319228;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:16:28:0:0:16:30:0:0 chr2 99812070 . G A 989.8 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6152;QD=59.0927;RBI=0.0640039;REFB=0;REVB=-0.0633054;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533137;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr2 100343557 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.532;QD=57.3845;RBI=0.0109469;REFB=0;REVB=-0.00916141;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18084e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr2 100897573 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.42;QD=58.6001;RBI=0.0345201;REFB=0;REVB=0.0057033;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47954e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr2 100915772 . A G 483.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7209;QD=58.569;RBI=0.0172609;REFB=0;REVB=-0.0121416;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434845;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr2 100916306 . A G 1491.61 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.354;QD=63.4726;RBI=0.0146452;REFB=0;REVB=-0.00825307;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49232e-05;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr2 100916315 . A G 292.73 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00735472;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.138;QD=16.2625;RBI=0.0664165;REFB=-0.00743861;REVB=0.066008;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00186712;STB=0.514697;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00896958;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:38:40:30:32:0.444444:11:19:24:14:12:20:24:16 chr2 100917109 . C T 2182.4 PASS AF=0.973856;AO=148;DP=153;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0101294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.191;QD=57.0563;RBI=0.0219457;REFB=-0.240802;REVB=0.0194681;RO=2;SAF=89;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105673;STB=0.504155;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00115441;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:153:2:4:148:149:0.973856:59:89:2:0:60:89:3:1 chr2 101010082 . G C 1661.1 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00967369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.67;QD=59.325;RBI=0.010617;REFB=-0.0662617;REVB=0.00437503;RO=1;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010666;STB=0.505375;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=6.51701e-05;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:112:1:1:109:111:0.991071:44:65:0:1:46:65:0:1 chr2 101031561 . G T 1129.1 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0203832;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2572;QD=57.9024;RBI=0.028181;REFB=-0.0160311;REVB=-0.0194601;RO=2;SAF=45;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00462003;STB=0.502442;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00279116;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:31:45:1:1:31:45:1:1 chr2 101096960 . C T 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.627;QD=64.0205;RBI=0.0782153;REFB=0;REVB=0.0773893;RO=0;SAF=56;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21986e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:42:56:0:0:42:56:0:0 chr2 101186088 . C T 1558.17 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178774;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9756;QD=59.9298;RBI=0.0186758;REFB=0;REVB=0.00540223;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27363e-05;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:57:46:0:0:57:47:0:0 chr2 101437561 . G A 1486.26 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.491;QD=63.2449;RBI=0.0158213;REFB=0;REVB=0.0143836;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68139e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:51:39:0:0:53:41:0:0 chr2 101437601 . C G 1529.52 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.678;QD=63.7299;RBI=0.0330832;REFB=0;REVB=0.0329759;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2143e-05;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr2 101591304 . A G 388.67 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00312806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3639;QD=16.1946;RBI=0.0219374;REFB=-0.036594;REVB=-0.0217132;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120031;STB=0.567494;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0491924;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:22:19:32:23:22:19:32:23 chr2 101612615 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.021596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162;QD=12.3958;RBI=0.0219842;REFB=0.00562516;REVB=-0.00411282;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00311493;OID=.;OPOS=101612615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr2 101624471 . T C 137.97 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0383751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7894;QD=29.047;RBI=0.0607288;REFB=0.0788573;REVB=-0.0470674;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166281;STB=0.59308;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0285151;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:4:10:2:3:4:10:2:3 chr2 101638888 . A G 862.96 PASS AF=0.547945;AO=80;DP=146;FAO=80;FDP=146;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.0350986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.787;QD=23.6428;RBI=0.0351723;REFB=-0.0122736;REVB=-0.00227556;RO=66;SAF=40;SAR=40;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138111;STB=0.575324;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00781836;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:66:66:80:80:0.547945:40:40:44:22:40:40:44:22 chr2 101646144 . G A 466.35 PASS AF=0.389706;AO=52;DP=134;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.00490592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.332;QD=13.7163;RBI=0.0207278;REFB=-0.037775;REVB=-0.0201389;RO=82;SAF=24;SAR=28;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081;STB=0.547152;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0425463;OID=.;OPOS=101646144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:82:83:52:53:0.389706:28:24:44:38:29:24:44:39 chr2 101656726 . T C 1136.44 PASS AF=0.523148;AO=111;DP=214;FAO=113;FDP=216;FR=.;FRO=103;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=-0.0174576;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5184;QD=21.0453;RBI=0.0607471;REFB=-0.0224159;REVB=-0.0581846;RO=102;SAF=64;SAR=47;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934332;STB=0.556814;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0217257;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:102:103:111:113:0.523148:47:64:48:54:47:66:48:55 chr2 101898412 . G C 753.46 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.319;QD=61.507;RBI=0.0364419;REFB=-0.0991235;REVB=-0.0131887;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00382317;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr2 102018908 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0199441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.669;QD=13.2052;RBI=0.0545607;REFB=-0.053607;REVB=0.0507849;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0211066;OID=.;OPOS=102018908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:6:0:2:4:6:0 chr2 102038849 . T A 487.82 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0289222;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.996;QD=21.4428;RBI=0.029935;REFB=0.00640606;REVB=0.00772043;RO=44;SAF=36;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166422;STB=0.59255;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00559081;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:44:44:47:47:0.516484:11:36:27:17:11:36:27:17 chr2 102067083 . T C 689.72 PASS AF=0.479167;AO=69;DP=144;FAO=69;FDP=144;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0204912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.871;QD=19.1587;RBI=0.0205266;REFB=-0.0181032;REVB=-0.00120499;RO=75;SAF=43;SAR=26;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492367;STB=0.527265;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0172781;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:75:69:69:0.479167:26:43:43:32:26:43:43:32 chr2 102068872 . T A 500.11 PASS AF=0.559524;AO=30;DP=85;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00173846;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.054;QD=23.8148;RBI=0.0516198;REFB=-0.0397645;REVB=-0.0515905;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396924;STB=0.556256;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0253572;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:37:37:30:47:0.559524:15:15:20:17:16:31:20:17 chr2 102508274 . A G 150.18 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00991989;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.0115;QD=15.4034;RBI=0.0132966;REFB=0.00210522;REVB=-0.00885418;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197031;STB=0.624856;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000130598;OID=.;OPOS=102508274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:7:9:8:14:7:10:8:14 chr2 102781629 . G A 167.86 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0166341;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.662;QD=9.87406;RBI=0.016638;REFB=-0.0203737;REVB=0.000359521;RO=45;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107485;STB=0.543648;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0376111;OID=.;OPOS=102781629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:21:22:0.323529:16:5:14:31:16:6:15:31 chr2 102791086 . C T 286.5 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0198857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.495;QD=15.6986;RBI=0.0231678;REFB=-0.0268795;REVB=-0.0118872;RO=41;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24323;STB=0.637381;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0245647;OID=.;OPOS=102791086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:11:21:17:24:11:21:17:24 chr2 102851470 . G A 466.2 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0387443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.199;QD=22.1999;RBI=0.0648924;REFB=-0.0255396;REVB=-0.0520568;RO=38;SAF=20;SAR=25;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2609;STB=0.636306;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0165319;OID=.;OPOS=102851470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:39:45:45:0.535714:25:20:29:9:25:20:29:10 chr2 102957716 . C T 494.88 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.00167786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.721;QD=14.7726;RBI=0.0112667;REFB=-0.00674789;REVB=-0.0111411;RO=79;SAF=34;SAR=21;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934771;STB=0.552671;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0101316;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:79:55:55:0.410448:21:34:42:37:21:34:42:37 chr2 103001402 . C T 205.49 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.000478659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.687;QD=16.4389;RBI=0.0130748;REFB=-0.011909;REVB=-0.013066;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330932;STB=0.673915;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0287821;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:29:20:21:0.42:7:13:8:18:8:13:9:20 chr2 103149100 . G A 361.97 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00930597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.228;QD=17.8748;RBI=0.0113752;REFB=-0.0246558;REVB=-0.00654167;RO=43;SAF=13;SAR=25;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189234;STB=0.606003;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0257125;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:25:13:23:20:25:13:23:20 chr2 103334969 . G A 2125.12 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00562919;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6219;QD=61.1545;RBI=0.0471583;REFB=-0.142761;REVB=0.0468211;RO=0;SAF=89;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03299e-08;STB=0.510415;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00328202;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:139:0:2:136:137:0.985612:47:89:0:0:47:90:0:2 chr2 103431404 . T C 1731.24 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.743;QD=60.7452;RBI=0.0574723;REFB=0;REVB=0.0287222;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024257;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr2 104995800 . C T 565.17 PASS AF=0.508772;AO=56;DP=112;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.011956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.376;QD=19.8306;RBI=0.0160775;REFB=-0.0146881;REVB=-0.0107489;RO=56;SAF=40;SAR=16;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289057;STB=0.653227;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0285956;OID=.;OPOS=104995800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:56:56:56:58:0.508772:16:40:23:33:17:41:23:33 chr2 105149394 . C G 270.76 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0288348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.428;QD=15.9268;RBI=0.0430261;REFB=0.0144975;REVB=-0.0319343;RO=37;SAF=19;SAR=11;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749918;STB=0.534862;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0119515;OID=.;OPOS=105149394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:30:31:0.455882:11:19:26:11:11:20:26:11 chr2 105665808 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0592565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.242;QD=21.8981;RBI=0.0608207;REFB=-0.00544321;REVB=-0.0137048;RO=26;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196884;STB=0.607974;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00429856;OID=.;OPOS=105665808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:14:19:21:5:14:19:21:5 chr2 105705507 . C T 262.03 PASS AF=0.47541;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00130569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8412;QD=17.1822;RBI=0.139479;REFB=-0.0286201;REVB=0.139472;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115183;STB=0.514888;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0482337;OID=.;OPOS=105705507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:32:27:29:0.47541:16:11:13:19:18:11:13:19 chr2 105707766 . G A 399.92 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0216788;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9592;QD=15.3815;RBI=0.034379;REFB=-0.0173646;REVB=-0.0266824;RO=58;SAF=27;SAR=18;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119176;STB=0.571952;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0231397;OID=.;OPOS=105707766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:59:45:45:0.432692:18:27:28:30:18:27:28:31 chr2 105709023 . T C 771.61 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331326;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.574;QD=57.1564;RBI=0.0332427;REFB=0;REVB=0.00270326;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58771e-06;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr2 105713697 . A G 263.11 PASS AF=0.518519;AO=24;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0943996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8955;QD=19.4894;RBI=0.0963772;REFB=-0.0369975;REVB=-0.0194236;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676442;STB=0.57656;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0245045;OID=.;OPOS=105713697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:24:28:0.518519:15:9:8:18:15:13:8:18 chr2 105883492 . C G 35.47 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0308243;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.495;QD=5.91154;RBI=0.0308243;REFB=-0.00401795;REVB=0;RO=16;SAF=7;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.188915;OID=.;OPOS=105883492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:16:17:7:7:0.291667:0:7:16:0:0:7:17:0 chr2 105883624 . TTTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA T 50.0 PASS AO=41;DP=94;LEN=28;RO=53;SAF=14;SAR=31;SRF=30;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=105883625;OREF=TTCCATGTACATTCATAGAGCCTGGTCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:94:53:41:31:14:30:19 chr2 105885961 . T C 325.4 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.051024;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9061;QD=14.3031;RBI=0.0541744;REFB=-0.031799;REVB=-0.0182048;RO=55;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145399;STB=0.582373;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0374969;OID=.;OPOS=105885961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:55:55:36:36:0.395604:18:18:20:35:18:18:20:35 chr2 105915128 . G A 466.25 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00618526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0833;QD=19.8402;RBI=0.0563392;REFB=-0.016098;REVB=0.0559986;RO=47;SAF=28;SAR=18;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492979;STB=0.52007;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.022976;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:18:28:31:16:18:28:31:17 chr2 105924510 . A G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.381;QD=61.6925;RBI=0.110455;REFB=0;REVB=-0.11001;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032514;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr2 105953938 . G GC 1155.76 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=81;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011058;FXX=0.0602337;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.877;QD=59.2697;RBI=0.0311185;REFB=-0.0747678;REVB=0.0290875;RO=3;SAF=46;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409173;STB=0.505375;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.000430432;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987179:75:81:77:78:1:46:31:1:0:3:3:46:29:2:1 chr2 106510455 . G GCACA 408.84 PASS AF=0.684211;AO=35;DP=73;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0640949;FXX=0.0806322;HRUN=1;LEN=4;MLLD=128.643;QD=28.6908;RBI=0.0898732;REFB=-0.150327;REVB=0.0630003;RO=33;SAF=27;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180855;STB=0.543455;STBP=0.423;TYPE=ins;VARB=0.0592293;OID=.;OPOS=106510456;OREF=-;OALT=CACA;OMAPALT=GCACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211:35:73:39:57:18:30:9:12:6:99:33:27:8:20:13 chr2 106510500 . G T 47.16 PASS AF=0.11215;AO=11;DP=105;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00112105;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.852;QD=1.76311;RBI=0.0457256;REFB=-0.000277407;REVB=-0.0457118;RO=93;SAF=10;SAR=1;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471423;STB=0.880091;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0264717;OID=.;OPOS=106510500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:105:107:93:95:11:12:0.11215:1:10:52:41:1:11:53:42 chr2 106710045 . A C 625.56 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0058035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8849;QD=28.4346;RBI=0.0557077;REFB=-0.0150427;REVB=0.0554046;RO=33;SAF=39;SAR=16;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082669;STB=0.545043;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0101251;OID=.;OPOS=106710045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:16:39:20:13:16:39:20:13 chr2 106710108 . C T 1306.72 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.088;QD=61.4928;RBI=0.0274175;REFB=0;REVB=0.0273963;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08291e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:30:51:0:0:30:55:0:0 chr2 106742139 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438255;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=56.2292;RBI=0.0551003;REFB=0;REVB=-0.0333971;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95378e-05;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr2 107073469 . T A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8413;QD=35.5729;RBI=0.128729;REFB=0;REVB=0.126976;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00753307;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 107073501 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.174;QD=33.4285;RBI=0.11833;REFB=0;REVB=0.000189851;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245278;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 107084739 . A G 2900.91 PASS AF=0.984127;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0307682;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.742;QD=61.3949;RBI=0.0513245;REFB=-0.107013;REVB=0.0410795;RO=1;SAF=107;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598895;STB=0.509316;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.000404752;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:189:189:1:3:186:186:0.984127:79:107:0:1:79:107:0:3 chr2 107107511 . C T 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00858742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.988;QD=14.8343;RBI=0.011109;REFB=-0.00348038;REVB=-0.0070474;RO=30;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225711;STB=0.629441;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00738;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:15:7:16:14:15:7:16:14 chr2 107107567 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.772;QD=62.9794;RBI=0.0510914;REFB=0;REVB=-0.0492025;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455538;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr2 107450525 . T C 721.91 PASS AF=0.463855;AO=77;DP=166;FAO=77;FDP=166;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.00656141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.316;QD=17.3954;RBI=0.0656131;REFB=-0.00199639;REVB=0.0652842;RO=87;SAF=48;SAR=29;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259912;STB=0.515784;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00212438;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:87:89:77:77:0.463855:29:48:52:35:29:48:53:36 chr2 107450589 . C T 850.09 PASS AF=0.577778;AO=78;DP=136;FAO=78;FDP=135;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.013889;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4353;QD=25.1879;RBI=0.0147;REFB=-0.0189746;REVB=0.00481526;RO=56;SAF=40;SAR=38;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984769;STB=0.50171;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0144322;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:56:57:78:78:0.577778:38:40:28:28:38:40:29:28 chr2 108443502 . C T 1146.11 PASS AF=0.467742;AO=116;DP=248;FAO=116;FDP=248;FR=.;FRO=132;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=47;FSRR=85;FWDB=0.0345612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.139;QD=18.4856;RBI=0.0384833;REFB=-0.0121835;REVB=0.0169259;RO=132;SAF=46;SAR=70;SRF=47;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412074;STB=0.522723;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0138786;OID=.;OPOS=108443502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:132:132:116:116:0.467742:70:46:47:85:70:46:47:85 chr2 108479195 . G A 78.56 PASS AF=0.236842;AO=6;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00589738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9965;QD=8.2693;RBI=0.0172694;REFB=-0.0127803;REVB=-0.0162313;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439381;STB=0.64119;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0329014;OID=.;OPOS=108479195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:38:38:25:27:6:9:0.236842:5:1:13:12:6:3:14:13 chr2 108863767 . A C 512.3 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0429419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.322;QD=21.5704;RBI=0.0429804;REFB=-0.0132289;REVB=0.00181759;RO=46;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649147;STB=0.535838;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0130883;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:26:23:25:21:26:23:25:21 chr2 108875198 . G A 450.19 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00751107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.334;QD=14.5222;RBI=0.00927001;REFB=-0.0136571;REVB=0.00543295;RO=70;SAF=21;SAR=30;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106559;STB=0.548585;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0191274;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:70:73:51:51:0.41129:30:21:36:34:30:21:36:37 chr2 108875244 . T C 371.33 PASS AF=0.365854;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0252667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.653;QD=12.0757;RBI=0.0252841;REFB=-0.00708778;REVB=-0.00093916;RO=78;SAF=17;SAR=28;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960658;STB=0.554949;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0139;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:78:45:45:0.365854:28:17:36:42:28:17:36:42 chr2 108875471 . G T 554.63 PASS AF=0.381503;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=173;FR=.;FRO=107;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=-0.0459341;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6344;QD=12.8239;RBI=0.0506866;REFB=0.00262402;REVB=-0.0214286;RO=106;SAF=32;SAR=34;SRF=71;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201442;STB=0.604151;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00679377;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:106:107:66:66:0.381503:34:32:71:35:34:32:70:37 chr2 108877062 . T A 1593.17 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000793713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.97;QD=63.7269;RBI=0.0139867;REFB=0;REVB=0.0139641;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6174e-06;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:44:55:0:0:45:55:0:0 chr2 109099572 . C G 453.49 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.479;QD=56.6868;RBI=0.0566237;REFB=0;REVB=0.0105222;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133336;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:15:17:0:0 chr2 109106381 . A G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.684;QD=60.2416;RBI=0.0139841;REFB=-0.0798535;REVB=0.00968843;RO=1;SAF=53;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160483;STB=0.508473;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=2.91018e-05;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:29:53:0:1:29:53:0:1 chr2 109389463 . G A 915.54 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0455497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1239;QD=53.8553;RBI=0.0455724;REFB=-0.0535627;REVB=0.00143636;RO=3;SAF=28;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199599;STB=0.510576;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0134642;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:3:3:65:65:0.955882:37:28:2:1:37:28:2:1 chr2 109429146 . T A 519.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5809;QD=59.411;RBI=0.0475709;REFB=0;REVB=-0.0198497;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891722;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr2 109510937 . G A 1502.67 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0360944;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8273;QD=62.6113;RBI=0.0373848;REFB=-0.00672759;REVB=-0.00973742;RO=1;SAF=35;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133545;STB=0.507041;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000573932;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:96:1:1:95:95:0.989583:60:35:1:0:60:35:1:0 chr2 109512234 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.899;QD=53.9109;RBI=0.0473528;REFB=0;REVB=-0.0461468;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016575;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr2 109513601 . A G 1896.2 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.101;QD=61.6649;RBI=0.0241507;REFB=0;REVB=0.0229081;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35195e-05;OID=.;OPOS=109513601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr2 109513654 . G A 1828.26 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00892881;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.568;QD=60.4383;RBI=0.0127763;REFB=-0.126094;REVB=0.0091384;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000157562;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:0:1:120:120:0.991736:61:59:0:0:61:59:0:1 chr2 109526969 . G A 1588.31 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.726;QD=64.174;RBI=0.0336028;REFB=0;REVB=0.00134897;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56877e-05;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:53:45:0:0:54:45:0:0 chr2 109527373 . A G 871.17 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0192314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1188;QD=56.2045;RBI=0.0215771;REFB=-0.058844;REVB=-0.00978382;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00384897;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:1:0:34:27:1:0 chr2 109745176 . G A 1494.57 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0427583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.908;QD=60.3867;RBI=0.044141;REFB=-0.167067;REVB=0.0109614;RO=3;SAF=41;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140261;STB=0.501378;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00203014;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:3:2:96:97:0.979798:55:41:2:1:55:42:1:1 chr2 110855123 . G T 622.76 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00504133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.814;QD=57.9307;RBI=0.0979744;REFB=-0.0728599;REVB=0.0978446;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.000574769;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:43:0:1:39:42:0.976744:8:31:0:0:10:32:1:0 chr2 110922703 . C T 190.68 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00713768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.955;QD=15.2545;RBI=0.0289254;REFB=-0.0376622;REVB=-0.028031;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227817;STB=0.631446;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0438496;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:13:17:7:13:13:17 chr2 111881475 . AGGGGAC AGGGAC,AGGGACG 92.38 PASS AF=0.415385,0;AO=17,3;DP=63;FAO=27,0;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=6,0;FSAR=21,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0310588,-0.0781865;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=11.0243,49.0622;QD=5.68461;RBI=0.144617,0.0950147;REFB=-0.0385447,0.000526068;REVB=-0.141243,-0.0539876;RO=33;SAF=4,3;SAR=13,0;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210953,0.582085;STB=0.641552,0.5;STBP=0.092,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0538488,0.129911;OID=.,.;OPOS=111881476,111881479;OREF=G,GAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=AGGGAC,AGGGACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385,0:17,3:63:27,0:65:38:6,0:21,0:16:22:88:33:4,3:13,0:13:20 chr2 111907691 . T C 1496.22 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181575;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2798;QD=63.6691;RBI=0.0336475;REFB=0;REVB=0.0283277;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37584e-05;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr2 111908163 . T C 458.86 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0134983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.849;QD=18.3545;RBI=0.0136919;REFB=-0.0100747;REVB=-0.00229456;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568148;STB=0.531698;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0103981;OID=.;OPOS=111908163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:24:22:29:25:24:22:29:25 chr2 111908262 . G A 594.76 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0244122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=17.6224;RBI=0.0245314;REFB=-0.0215738;REVB=-0.0024162;RO=73;SAF=41;SAR=21;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170821;STB=0.595213;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0264176;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:21:41:36:37:21:41:36:37 chr2 111908481 . TTGTGTGTG TTGTG,TTGTGTGTT 66.08 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=3,2;DP=8;FAO=6,1;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207365,0.0274213;FXX=0.124844;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=208.596,139.473;QD=37.7581;RBI=0.0240909,0.0547975;REFB=0,0;REVB=0.0122625,-0.047443;RO=0;SAF=2,2;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00576347,0.0218731;OID=.,.;OPOS=111908482,111908489;OREF=TGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=TTGTG,TTGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:3,2:8:6,1:7:0:5,1:1,0:0:0:9:0:2,2:1,0:0:0 chr2 111924648 . G T 303.32 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0251293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.821;QD=25.8143;RBI=0.0304387;REFB=-0.0161173;REVB=-0.0171765;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211726;STB=0.617558;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.015693;OID=.;OPOS=111924648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:12:8:18:9:12:8 chr2 112526866 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.927;QD=39.2068;RBI=0.0560789;REFB=0;REVB=0.0534577;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011167;OID=.;OPOS=112526866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 112582766 . CTT ACA,C 756.6 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=3,46;DP=50;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942322,0.00921282;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=239.554,271.751;QD=55.0254;RBI=0.0107069,0.00931464;REFB=0,0;REVB=-0.00508333,0.00137351;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0223605,-0.00128369;OID=.,.;OPOS=112582766,112582767;OREF=CTT,TT;OALT=ACA,-;OMAPALT=ACA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:50:55:0:0:3,46:4,51:0.0727273,0.927273:0,20:3,26:0:0:0,24:4,27:0:0 chr2 112605302 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.319;QD=58.1421;RBI=0.0408562;REFB=0;REVB=-0.0191773;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372501;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr2 112641149 . G C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256838;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.104;QD=53.3344;RBI=0.0205923;REFB=0;REVB=-0.0204315;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03224e-05;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr2 112641256 . GA AG 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639709;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.943;QD=33.4283;RBI=0.0639709;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000997347;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr2 112641283 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1546;QD=35.5746;RBI=0.0915946;REFB=0;REVB=-0.0685629;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00741268;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr2 112732883 . G A 283.41 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0520054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6077;QD=15.1151;RBI=0.0660185;REFB=-0.013808;REVB=-0.040668;RO=42;SAF=25;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366265;STB=0.71546;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0173968;OID=.;OPOS=112732883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:7:25:19:23:7:25:19:24 chr2 112832535 . CAAT C 98.68 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00203967;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=302.809;QD=5.48217;RBI=0.0129931;REFB=-0.0089346;REVB=-0.012832;RO=51;SAF=13;SAR=8;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857137;STB=0.55125;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0258188;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:21:72:21:72:51:13:8:28:23:98:51:13:8:28:23 chr2 112939548 . T C 63.81 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0586963;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2358;QD=8.23414;RBI=0.0618867;REFB=0.00537889;REVB=0.0196142;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372134;STB=0.723719;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0222101;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:5:17:4:5:5:17 chr2 113089267 . T C 735.43 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=116;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00430966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0629;QD=25.3596;RBI=0.0151277;REFB=0.00690948;REVB=0.0145008;RO=47;SAF=40;SAR=29;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362754;STB=0.519739;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00431108;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:47:47:69:69:0.594828:29:40:25:22:29:40:25:22 chr2 113090047 . T C 393.51 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0630301;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0633;QD=18.9642;RBI=0.0630746;REFB=0.0229954;REVB=0.00236842;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822181;STB=0.541364;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0239545;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:44:43:40:40:0.481928:14:26:32:12:14:26:31:12 chr2 113091685 . T G 340.41 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0643543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9625;QD=17.916;RBI=0.0762404;REFB=-0.0170066;REVB=0.0408793;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160126;STB=0.606878;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0221161;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:40:36:36:0.473684:20:16:23:14:20:16:26:14 chr2 113300032 . C T 41.5 PASS AF=0.0932203;AO=10;DP=116;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.000822355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8771;QD=1.40687;RBI=0.0140267;REFB=-0.00440054;REVB=0.0140025;RO=105;SAF=8;SAR=2;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32725;STB=0.785283;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0267817;OID=.;OPOS=113300032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:116:118:105:107:10:11:0.0932203:2:8:55:50:2:9:56:51 chr2 113308516 . T A 315.86 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0300434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4296;QD=15.0408;RBI=0.0349851;REFB=0.00137117;REVB=0.0179263;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494572;STB=0.52146;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00117963;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:18:17:21:27:18:17:22:27 chr2 113309473 . C T 361.49 PASS AF=0.481481;AO=36;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0294362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.558;QD=17.8515;RBI=0.0344141;REFB=-0.00951778;REVB=0.0178281;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154741;STB=0.503864;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0108284;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:42:36:39:0.481481:16:20:24:18:17:22:24:18 chr2 113332421 . T C 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0028825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7151;QD=19.6906;RBI=0.0104796;REFB=0.0157275;REVB=0.0100754;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28595;STB=0.642715;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0308985;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:22:21:21:0.488372:15:6:12:8:15:6:12:10 chr2 113344047 . T C 667.7 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7616;QD=62.1119;RBI=0.0274323;REFB=0;REVB=0.000956379;RO=0;SAF=2;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129291;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:40:2:0:0:41:2:0:0 chr2 113346413 . C G 328.59 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0303837;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.097;QD=11.4292;RBI=0.0333162;REFB=-0.00129057;REVB=-0.0136673;RO=72;SAF=22;SAR=19;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525867;STB=0.528894;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00180094;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:72:74:41:41:0.356522:19:22:42:30:19:22:43:31 chr2 113482779 . A C 581.83 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.91;QD=58.183;RBI=0.0258941;REFB=-0.000689849;REVB=0.0190471;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000114563;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:0:1 chr2 113484319 . G A 686.22 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.672;QD=58.4017;RBI=0.0184283;REFB=-0.141619;REVB=0.0148945;RO=2;SAF=31;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174738;STB=0.509306;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00167891;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:14:31:1:1:14:31:1:1 chr2 113498566 . A G 1601.57 PASS AF=0.990826;AO=101;DP=103;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.136747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.25;QD=58.7731;RBI=0.140161;REFB=-0.141986;REVB=0.0307469;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120087;STB=0.505494;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00099267;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:109:1:1:101:108:0.990826:62:39:1:0:63:45:1:0 chr2 113513825 . T C 1457.01 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024356;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.762;QD=62.0006;RBI=0.0724438;REFB=-0.00730906;REVB=0.0682267;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000347198;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:91:93:0.989362:35:56:0:0:35:58:1:0 chr2 113591114 . G A 745.19 PASS AF=0.554688;AO=71;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.00209972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.546;QD=23.2873;RBI=0.0165273;REFB=-0.022962;REVB=-0.0163934;RO=56;SAF=39;SAR=32;SRF=14;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238531;STB=0.625454;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0159122;OID=.;OPOS=113591114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:56:57:71:71:0.554688:32:39:14:42:32:39:15:42 chr2 113671378 . G T 190.92 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0423841;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4371;QD=14.6863;RBI=0.0476855;REFB=0.0148225;REVB=-0.0218517;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174528;STB=0.599908;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0187541;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:16:14:14:8:16:14 chr2 113671410 . A G 194.06 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0401193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.315;QD=16.8747;RBI=0.0442645;REFB=0.010342;REVB=0.0187026;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011497;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0118761;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:12:14:11:9:12:14 chr2 113763574 . CA C,CG 1337.67 PASS AF=0.0224719,0.977528;AO=21,63;DP=90;FAO=2,87;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=2,55;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658342,0.0489101;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6068,96.0882;QD=60.12;RBI=0.081241,0.0810882;REFB=0,0;REVB=0.047602,0.0646768;RO=0;SAF=8,46;SAR=13,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.30331e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0135888,0.0114232;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0224719,0.977528:21,63:90:2,87:89:0:2,55:0,32:0:0:5:0:8,46:13,17:0:0 chr2 113789316 . C T 1434.33 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.135;QD=63.0475;RBI=0.0382519;REFB=0;REVB=-0.0249916;RO=0;SAF=33;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29718e-05;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:58:33:0:0:58:33:0:0 chr2 113831945 . T C 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.464;QD=56.1528;RBI=0.0962991;REFB=0;REVB=0.095411;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398683;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chr2 113832333 . C A 2509.12 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=122;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0367056;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8612;QD=60.8271;RBI=0.0476768;REFB=-0.107181;REVB=0.0304265;RO=0;SAF=121;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15393e-08;STB=0.505882;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000822742;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:0:1:163:164:0.993939:42:121:0:0:42:122:0:1 chr2 113870725 . T G 732.34 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0198968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9434;QD=23.249;RBI=0.0269572;REFB=-0.025226;REVB=0.0181881;RO=56;SAF=35;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233279;STB=0.515868;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0241612;OID=.;OPOS=113870725;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:69:70:0.555556:34:35:30:26:35:35:30:26 chr2 113890304 . T C 486.59 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00815878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.484;QD=15.2059;RBI=0.0407318;REFB=-0.0156244;REVB=-0.0399064;RO=73;SAF=38;SAR=16;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203032;STB=0.611313;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0157065;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:16:38:38:35:16:38:39:35 chr2 113940681 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0127599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.337;QD=24.2928;RBI=0.0451333;REFB=0.0259994;REVB=-0.043292;RO=13;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24687;STB=0.639832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.016219;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:3:16:8:5:3:16:8:5 chr2 113940839 . G C 423.18 PASS AF=0.462366;AO=44;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00999538;FXX=0.0106372;HRUN=6;LEN=1;MLLD=314.507;QD=18.2013;RBI=0.0114762;REFB=-0.00958197;REVB=0.00563876;RO=50;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333475;STB=0.511942;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00975037;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:50:50:44:43:0.462366:20:24:29:21:19:24:29:21 chr2 113943470 . A G 128.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00056144;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0083;QD=11.6547;RBI=0.0161862;REFB=-0.00391435;REVB=-0.0161764;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158739;STB=0.571339;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00212074;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:29:15:15:0.340909:10:5:6:22:10:5:7:22 chr2 113955074 . G A 1523.07 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.385;QD=58.5795;RBI=0.056474;REFB=-0.0857989;REVB=0.043082;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104275;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000738599;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:45:58:0:1:45:58:0:1 chr2 113956371 . G C 691.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.315;QD=62.8379;RBI=0.0885859;REFB=0;REVB=0.0836797;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210967;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:41:44:1:14:27:0:0:16:28:0:0 chr2 114355167 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0715221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.958;QD=11.9541;RBI=0.076533;REFB=-0.0704114;REVB=0.0272376;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221468;STB=0.631272;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0683384;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:3:8:4:4:3:8 chr2 114355200 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.015897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4522;QD=7.46499;RBI=0.0663881;REFB=-0.0147352;REVB=-0.0644567;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523944;STB=0.834432;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0311341;OID=.;OPOS=114355200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:10:7:6:1:10:7 chr2 114391721 . T C 707.1 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00551413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.59;QD=23.1835;RBI=0.00556475;REFB=-0.0105566;REVB=-0.000748866;RO=53;SAF=32;SAR=36;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754299;STB=0.536433;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00930804;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:53:54:68:68:0.557377:36:32:20:33:36:32:21:33 chr2 114392716 . C T 416.06 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00564844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.693;QD=22.1899;RBI=0.00565551;REFB=-0.00258797;REVB=0.000282655;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711361;STB=0.532148;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00222807;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:34:41:41:0.546667:21:20:19:14:21:20:19:15 chr2 114763169 . C G 528.58 PASS AF=0.470588;AO=55;DP=118;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.028497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.779;QD=17.7675;RBI=0.0359517;REFB=-0.005462;REVB=-0.021919;RO=60;SAF=26;SAR=29;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103721;STB=0.555503;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0037828;OID=.;OPOS=114763169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:60:63:55:56:0.470588:29:26:35:25:29:27:37:26 chr2 116099725 . A T 435.64 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0188847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3253;QD=54.4554;RBI=0.0248774;REFB=-0.104431;REVB=-0.0161942;RO=2;SAF=10;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216314;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00453615;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:20:10:1:1:21:10:1:0 chr2 116510817 . G C 920.56 PASS AF=0.465;AO=93;DP=200;FAO=93;FDP=200;FR=.;FRO=107;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.0184693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.248;QD=18.4113;RBI=0.0186813;REFB=-0.0204846;REVB=-0.00280594;RO=107;SAF=37;SAR=56;SRF=63;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184628;STB=0.602129;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0231753;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:107:107:93:93:0.465:56:37:63:44:56:37:63:44 chr2 116525960 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.373;QD=62.4645;RBI=0.0255962;REFB=0;REVB=0.0245143;RO=0;SAF=65;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68926e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:22:65:0:0:22:65:0:0 chr2 116600388 . A G 152.34 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0312922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.739;QD=13.8489;RBI=0.0346973;REFB=-0.0181456;REVB=-0.01499;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089381;STB=0.551939;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0491565;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:15:12:9:8:15:12 chr2 118575215 . C G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00138588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.726;QD=8.08964;RBI=0.0207167;REFB=-0.00582757;REVB=-0.0206703;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116534;STB=0.50723;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0170249;OID=.;OPOS=118575215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:10:12:5:4:10:12 chr2 118589808 . C T 109.89 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00451498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.67;QD=14.6515;RBI=0.0158833;REFB=-0.00571675;REVB=-0.0152281;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129894;STB=0.555473;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0125012;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:12:5:5:8:12:5 chr2 118731573 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.685;QD=58.6006;RBI=0.0197878;REFB=0;REVB=0.0152368;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80703e-05;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr2 118774025 . C T 433.95 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.333;QD=55.9936;RBI=0.04686;REFB=0;REVB=0.0413188;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501674;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:19:11:1:0:19:12:0:0 chr2 118774082 . T C 784.99 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.958;QD=57.0898;RBI=0.0447329;REFB=0;REVB=0.0237023;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235327;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr2 118774178 . G C 682.35 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0607894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1649;QD=52.4883;RBI=0.079422;REFB=-0.0781003;REVB=0.0511128;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586898;STB=0.531237;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00362098;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:34:15:2:0:35:15:2:0 chr2 118866000 . G C 159.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0189979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.56;QD=10.1075;RBI=0.0203674;REFB=-0.0089998;REVB=0.00734243;RO=38;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299007;STB=0.659422;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0480263;OID=.;OPOS=118866000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:42:21:21:0.333333:14:7:23:15:14:7:24:18 chr2 119739738 . C T 150.93 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0150284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2685;QD=20.124;RBI=0.034093;REFB=0.0399071;REVB=-0.0306019;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444403;STB=0.514688;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0220076;OID=.;OPOS=119739738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:5:11:9:4:5:11:10:4 chr2 119915249 . T C 418.3 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0076624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.881;QD=17.429;RBI=0.0388303;REFB=-0.0414928;REVB=-0.0380668;RO=53;SAF=30;SAR=13;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143344;STB=0.580606;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0425712;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:13:30:30:23:13:30:30:23 chr2 119927405 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0226348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.29;QD=16.1192;RBI=0.0229818;REFB=0.000327361;REVB=0.00397864;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190657;STB=0.612036;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000103341;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:9:4:2:10:9:4 chr2 119927411 . G T 109.27 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0202777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2158;QD=14.0994;RBI=0.112471;REFB=0.00759515;REVB=0.110628;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194978;STB=0.615799;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00509197;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:2:11:13:5:2:11:13:5 chr2 120021785 . T C 1568.79 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3411;QD=59.7635;RBI=0.00321632;REFB=0;REVB=-0.000408182;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08678e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr2 120060082 . T C 730.43 PASS AF=0.612613;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.069029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3257;QD=26.3219;RBI=0.0789317;REFB=-0.0081492;REVB=0.0382782;RO=43;SAF=32;SAR=36;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708799;STB=0.53845;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00764375;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:43:43:68:68:0.612613:36:32:16:27:36:32:16:27 chr2 120078778 . T C 1223.16 PASS AF=0.455516;AO=128;DP=281;FAO=128;FDP=281;FR=.;FRO=153;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=84;FSRR=69;FWDB=0.0446137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.536;QD=17.4115;RBI=0.0468494;REFB=-0.0251771;REVB=0.0142999;RO=153;SAF=68;SAR=60;SRF=84;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175854;STB=0.509723;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0259023;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:153:153:128:128:0.455516:60:68:84:69:60:68:84:69 chr2 120125029 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.145;QD=55.094;RBI=0.0318816;REFB=0;REVB=0.0306935;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69505e-05;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr2 120125053 . C G 146.08 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0353777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7555;QD=19.4766;RBI=0.0475288;REFB=-0.101431;REVB=0.0317396;RO=11;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104309;STB=0.55549;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.037738;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:11:14:14:16:0.533333:4:10:9:2:5:11:11:3 chr2 120125058 . C T 131.23 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00405277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.161;QD=14.187;RBI=0.0650652;REFB=-0.0227465;REVB=-0.0649388;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420619;STB=0.524556;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0344583;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:17:5:3:12:17:5 chr2 120194651 . A AGTGTGC 946.4 PASS AF=1;AO=59;DP=97;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148068;FXX=0.136968;HRUN=0;LEN=6;MLLD=319.061;QD=60.0887;RBI=0.0164599;REFB=0;REVB=-0.00718949;RO=26;SAF=22;SAR=37;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.84718e-05;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:97:63:63:0:24:39:0:0:5:26:22:37:22:4 chr2 120199140 . A G 620.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377095;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0011;QD=62.0276;RBI=0.0377096;REFB=0;REVB=0.000111974;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011293;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:7:32:0:0:8:32:0:0 chr2 120303820 . A T 106.0 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0435786;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.078;QD=10.6;RBI=0.0439904;REFB=-0.00651378;REVB=0.00600537;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20608;STB=0.624291;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0146928;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:13:14:9:4:13:14 chr2 120369300 . T C 853.72 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.47;QD=55.0788;RBI=0.0184658;REFB=-0.159383;REVB=0.0087203;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000562961;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:59:61:0.983871:35:24:0:0:35:26:0:1 chr2 120388412 . G A 1470.79 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4659;QD=63.2597;RBI=0.030893;REFB=0;REVB=-0.0276134;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143423;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:35:57:0:0:36:57:0:0 chr2 120438523 . A G 1792.51 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.919;QD=59.2564;RBI=0.0304632;REFB=-0.00471449;REVB=0.0265221;RO=1;SAF=62;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075998;STB=0.500348;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=7.32191e-05;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:57:62:1:0:57:62:1:1 chr2 120438696 . A G 1029.22 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619564;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3299;QD=59.6651;RBI=0.0641191;REFB=0;REVB=-0.0165125;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180756;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr2 120439230 . C G 1004.68 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0606;QD=59.099;RBI=0.0191471;REFB=0;REVB=-0.000915792;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39444e-05;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:29:39:0:0 chr2 120439459 . C A 698.99 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.168;QD=62.1325;RBI=0.0112266;REFB=0;REVB=-0.00138766;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551403;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:18:24:0:0:19:26:0:0 chr2 120704166 . G T 784.93 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.108;QD=57.0859;RBI=0.0207009;REFB=0;REVB=-0.00233902;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68685e-05;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr2 120830815 . A G 259.89 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11227;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.676;QD=51.9786;RBI=0.116316;REFB=0;REVB=0.0304128;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125097;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 120885310 . G A 925.49 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380242;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.525;QD=58.7615;RBI=0.00423288;REFB=0;REVB=-0.00185981;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77306e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:64:63:1:35:29:0:0:35:28:0:0 chr2 120980428 . G C 1469.23 PASS AF=0.945946;AO=104;DP=111;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00669479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1524;QD=52.9454;RBI=0.026162;REFB=-0.0058649;REVB=0.0252909;RO=5;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029522;STB=0.52041;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00328585;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:111:111:5:6:104:105:0.945946:48:56:1:4:48:57:1:5 chr2 121106850 . C T 851.01 PASS AF=0.483333;AO=85;DP=181;FAO=87;FDP=180;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0245643;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.044;QD=18.9113;RBI=0.0293115;REFB=-0.0100608;REVB=-0.0159925;RO=90;SAF=50;SAR=35;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937883;STB=0.547317;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00970878;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:90:93:85:87:0.483333:35:50:44:46:37:50:45:48 chr2 121726447 . G A 550.85 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0920741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.71;QD=56.497;RBI=0.0968051;REFB=-0.0670296;REVB=0.0298929;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003913;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000983102;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:2:1:37:38:0.974359:17:20:1:1:17:21:0:1 chr2 121747093 . G A 166.21 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00943003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.112;QD=14.7744;RBI=0.0123936;REFB=-0.0192553;REVB=0.00804218;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22768;STB=0.630928;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0429824;OID=.;OPOS=121747093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:18:9:10:8:18:9 chr2 121948235 . C G 69.3 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00206195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.059;QD=30.8012;RBI=0.0642265;REFB=-0.171713;REVB=0.0641934;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00512524;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr2 121948262 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0636737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.826;QD=10.3901;RBI=0.0649058;REFB=0.00223651;REVB=-0.0125864;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00338328;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:6:7:0.388889:4:2:5:6:5:2:5:6 chr2 121948307 . A G 159.73 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0276986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4923;QD=26.6214;RBI=0.056908;REFB=0.00417541;REVB=-0.0497123;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168034;STB=0.592916;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00305155;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:1:7:10:6:1:7 chr2 121980405 . TC T 473.09 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7186;QD=49.7992;RBI=0.0661349;REFB=0;REVB=-0.0451639;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00275618;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:38:38:38:0:21:17:0:0:8:0:21:17:0:0 chr2 121981950 . A G 310.43 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0148414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.755;QD=21.4088;RBI=0.0198589;REFB=-0.0083811;REVB=-0.0131951;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843528;STB=0.546562;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00758952;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:19:13:8:18:19:13:8:18 chr2 121989489 . G A 877.85 PASS AF=0.473404;AO=89;DP=189;FAO=89;FDP=188;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0386876;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8474;QD=18.6775;RBI=0.0414085;REFB=-0.0104056;REVB=0.0147626;RO=100;SAF=51;SAR=38;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801068;STB=0.536185;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0116717;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:188:100:99:89:89:0.473404:38:51:49:51:38:51:50:49 chr2 122096257 . C T 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00626451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.362;QD=23.2521;RBI=0.0181934;REFB=-0.035204;REVB=0.0170809;RO=43;SAF=36;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117636;STB=0.564881;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0293128;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:15:36:25:18:15:36:25:18 chr2 122098360 . G A 601.54 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.000573995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.995;QD=18.6525;RBI=0.010627;REFB=-0.00929454;REVB=-0.0106115;RO=67;SAF=46;SAR=16;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819751;STB=0.545553;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00724183;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:16:46:45:22:16:46:45:22 chr2 122216419 . A G 568.24 PASS AF=0.527273;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0382354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8211;QD=20.6634;RBI=0.0587109;REFB=-0.00306391;REVB=0.0445536;RO=52;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325825;STB=0.514281;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00367257;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:52:52:57:58:0.527273:24:33:32:20:24:34:32:20 chr2 122288498 . A G 860.2 PASS AF=0.54902;AO=84;DP=153;FAO=84;FDP=153;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00635101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.851;QD=22.4889;RBI=0.017126;REFB=-0.0229325;REVB=0.0159049;RO=63;SAF=30;SAR=54;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111403;STB=0.583716;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0175639;OID=.;OPOS=122288498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:63:69:84:84:0.54902:54:30:31:32:54:30:37:32 chr2 122409207 . A G 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0458042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.529;QD=56.1357;RBI=0.0472183;REFB=-0.0917518;REVB=-0.0114691;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.501703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00176003;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:68:68:0.971429:38:30:1:0:38:30:1:1 chr2 122484976 . G A 321.77 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0101513;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.313;QD=18.6535;RBI=0.0571232;REFB=-0.00099563;REVB=-0.056214;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123188;STB=0.580265;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000668255;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:35:34:34:0.492754:16:18:22:11:16:18:24:11 chr2 122523531 . G A 200.83 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0115995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.79;QD=15.1569;RBI=0.0144986;REFB=-0.0165912;REVB=-0.00869836;RO=29;SAF=5;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27092;STB=0.649156;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0235491;OID=.;OPOS=122523531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:18:5:13:16:18:5:13:17 chr2 125192068 . T C 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0157738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.824;QD=17.5674;RBI=0.0711451;REFB=-0.0128794;REVB=0.0693744;RO=31;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134707;STB=0.575704;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0169266;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:10:19:16:15:10:19:16:15 chr2 125746817 . A G 152.06 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0220069;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.958;QD=12.4132;RBI=0.0344117;REFB=-0.018637;REVB=0.026455;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143344;STB=0.583847;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0418892;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:11:21:9:8:11:21 chr2 127453664 . A C 205.73 PASS AF=0.421053;AO=13;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0490774;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4274;QD=14.437;RBI=0.0520899;REFB=-0.0410996;REVB=0.0174574;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35114;STB=0.514448;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.086802;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:31:13:24:0.421053:3:10:14:15:13:11:15:16 chr2 127816695 . C T 162.13 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0394423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7964;QD=12.0095;RBI=0.0440981;REFB=-0.0185029;REVB=-0.0197218;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714867;STB=0.541624;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0325045;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:7:13:20:14:7:13:20:14 chr2 127821207 . G A 561.31 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0109954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.633;QD=23.6341;RBI=0.0142542;REFB=-0.0157435;REVB=0.00907102;RO=42;SAF=25;SAR=27;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231693;STB=0.507097;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0137862;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:27:25:19:23:27:25:20:23 chr2 127826533 . A G 1014.21 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.991;QD=58.7945;RBI=0.0194168;REFB=0;REVB=0.0138672;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21172e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:31:38:0:0 chr2 127839434 . C T 717.27 PASS AF=0.489655;AO=68;DP=142;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00529701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.547;QD=19.7869;RBI=0.0193618;REFB=-0.0230776;REVB=0.0186232;RO=74;SAF=23;SAR=45;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041536;STB=0.514559;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0332789;OID=.;OPOS=127839434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:74:74:68:71:0.489655:45:23:28:46:46:25:28:46 chr2 127953054 . A C 255.34 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0103305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.255;QD=15.713;RBI=0.0128802;REFB=-0.011377;REVB=0.00769297;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15445;STB=0.593586;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0138051;OID=.;OPOS=127953054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:34:36:28:29:0.446154:16:12:20:14:17:12:21:15 chr2 128065066 . CTT ACT,CTC,CT,TCT 227.43 PASS AF=0,0.109375,0.640625,0.046875;AO=5,7,19,6;DP=76;FAO=0,7,41,3;FDP=64;FR=.;FRO=13;FSAF=0,6,12,0;FSAR=0,1,29,3;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0496844,-0.051404,-0.252031,-0.039349;FXX=0.189849;HRUN=1,7,7,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=97.4602,135.148,8.04029,27.4307;QD=14.2142;RBI=0.0496844,0.0516177,0.270049,0.0398898;REFB=-0.00268828,-0.00265714,-0.0329348,-0.00828537;REVB=7.1539e-05,0.0046925,0.0969904,-0.00654587;RO=17;SAF=0,6,10,0;SAR=5,1,9,6;SRF=1;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.597566,0.745464,0.391171,-0.633843;STB=0.5,0.899039,0.541741,0.994167;STBP=1,0.034,0.37,0.352;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0.0187018,0.0871511,-0.120652;OID=.,.,.,.;OPOS=128065066,128065068,128065067,128065066;OREF=CT,T,T,CT;OALT=AC,C,-,TC;OMAPALT=ACT,CTC,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:42:76:64:17:13:5,7,19,6:0,7,41,3:0,0.109375,0.640625,0.046875:5,1,9,6:0,6,10,0:1:16:0,1,29,3:0,6,12,0:2:11 chr2 128065075 . TAA ATA,TA,TAT 246.96 PASS AF=0.0126582,0.696203,0;AO=5,27,4;DP=74;FAO=1,55,0;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=0,23,0;FSAR=1,32,0;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.00841756,-0.241293,-0.0688428;FXX=0.0246883;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=12.9912,9.13561,181.422;QD=12.5043;RBI=0.0344795,0.292023,0.0689487;REFB=-0.0288037,0.0172136,0.0120705;REVB=0.0334362,0.164485,-0.00382026;RO=23;SAF=0,8,4;SAR=5,19,0;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.456311,0;SSSB=-0.577445,0.179541,0.793982;STB=0.98378,0.575821,0.5;STBP=0.518,0.052,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0254203,0.0144632,0;OID=.,.,.;OPOS=128065075,128065076,128065077;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=ATA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:78:74:79:23:23:5,27,4:1,55,0:0.0126582,0.696203,0:5,19,0:0,8,4:3:20:1,32,0:0,23,0:4:19 chr2 128180872 . G T 855.18 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178664;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.875;QD=57.9781;RBI=0.101019;REFB=0;REVB=0.0994266;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000718405;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:14:45:0:0:14:45:0:0 chr2 128238675 . CTTTTTTT CTTTTTTC,TCTTTTTT 102.4 PASS AF=0.222222,0;AO=13,3;DP=64;FAO=14,0;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0304341,-0.00972823;FXX=0.0156226;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=23.3632,72.0795;QD=6.50175;RBI=0.0396734,0.0854192;REFB=-0.0858569,-0.0137373;REVB=-0.0254508,-0.0848634;RO=33;SAF=10,1;SAR=3,2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.22564,-0.271617;STB=0.661136,0.5;STBP=0.199,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0965326,0.100994;OID=.,.;OPOS=128238682,128238675;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTTTTTTC,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:64:63:33:43:13,3:14,0:0.222222,0:3,2:10,1:20:13:4,0:10,0:22:21 chr2 128321770 . G A 1966.04 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346508;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.921;QD=61.4387;RBI=0.0401174;REFB=0;REVB=0.0202171;RO=1;SAF=52;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0659e-05;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:128:1:0:126:128:1:74:52:1:0:74:54:0:0 chr2 128381808 . C T 1022.24 PASS AF=0.348901;AO=125;DP=363;FAO=127;FDP=364;FR=.;FRO=237;FSAF=80;FSAR=47;FSRF=134;FSRR=103;FWDB=-0.00695881;FXX=0.00546433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3487;QD=11.2335;RBI=0.00696091;REFB=-0.0105469;REVB=0.000170916;RO=217;SAF=78;SAR=47;SRF=132;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186684;STB=0.544013;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0225786;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:364:217:237:125:127:0.348901:47:78:132:85:47:80:134:103 chr2 128385224 . C G 362.89 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0179939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7799;QD=13.4405;RBI=0.050373;REFB=0.00919226;REVB=-0.0470495;RO=64;SAF=33;SAR=10;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167138;STB=0.602527;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0149089;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:65:43:43:0.398148:10:33:41:23:10:33:41:24 chr2 128385244 . T C 321.6 PASS AF=0.366972;AO=39;DP=112;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.01102;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.931;QD=11.8016;RBI=0.0123954;REFB=-0.00700722;REVB=-0.00567495;RO=64;SAF=27;SAR=12;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640232;STB=0.555295;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0111576;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:64:69:39:40:0.366972:12:27:41:23:12:28:43:26 chr2 128394758 . T C 875.52 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123087;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.246;QD=58.3677;RBI=0.0352445;REFB=0;REVB=0.0330253;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34062e-05;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr2 128394877 . CG AC,TG 1167.98 PASS AF=0.0465116,0.895349;AO=4,77;DP=88;FAO=4,77;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=3,44;FSAR=1,33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.026014,0.0310009;FXX=0.0227247;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=152.187,233.612;QD=54.3245;RBI=0.0260678,0.0311807;REFB=-0.0189796,-0.102973;REVB=0.00167443,0.00334302;RO=5;SAF=3,44;SAR=1,33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.460738,0.0433702;STB=0.788117,0.522962;STBP=0.196,0.125;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0942304,0.000713242;OID=.,.;OPOS=128394877,128394877;OREF=CG,C;OALT=AC,T;OMAPALT=AC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:88:86:5:5:4,77:4,77:0.0465116,0.895349:1,33:3,44:1:4:1,33:3,44:1:4 chr2 128394955 . A G 227.33 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0337255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.758;QD=11.5101;RBI=0.0479475;REFB=-0.0239767;REVB=-0.0340815;RO=51;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351586;STB=0.704545;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0503763;OID=.;OPOS=128394955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:7:21:23:28:7:21:23:28 chr2 128396037 . C CAACA 181.7 PASS AF=0.324324;AO=21;DP=76;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0428452;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.667;QD=9.82139;RBI=0.0478232;REFB=-0.0154258;REVB=-0.0212449;RO=51;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862464;STB=0.554009;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.036781;OID=.;OPOS=128396038;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:21:76:24:74:50:12:12:21:29:99:51:11:10:23:28 chr2 128396059 . C G 511.82 PASS AF=0.666667;AO=45;DP=68;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0320016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.598;QD=29.6704;RBI=0.0406459;REFB=-0.0332463;REVB=0.0250598;RO=23;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627885;STB=0.529249;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0165815;OID=.;OPOS=128396059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:23:45:46:0.666667:26:19:12:11:26:20:12:11 chr2 128400608 . C T 482.6 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00439617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7872;QD=23.832;RBI=0.0574638;REFB=-0.0421294;REVB=-0.0572954;RO=33;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448475;STB=0.512677;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0283625;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:35:46:46:0.567901:21:25:16:17:21:25:18:17 chr2 128401091 . A G 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00174476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.891;QD=10.1319;RBI=0.00428322;REFB=-0.00299592;REVB=0.00391174;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114094;STB=0.566877;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00500469;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:10:16:28:26:10:16:28:26 chr2 128412554 . A G 181.26 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0442186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.37;QD=16.4781;RBI=0.0591549;REFB=-0.0238408;REVB=-0.039294;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986702;STB=0.556567;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0140546;OID=.;OPOS=128412554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:12:13:8:11:12:13 chr2 128460956 . G A 899.5 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.407;QD=58.0325;RBI=0.0289183;REFB=0;REVB=0.010588;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52715e-05;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:20:40:0:0:20:42:0:0 chr2 128495645 . G A 177.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0491571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.008;QD=12.2254;RBI=0.0516976;REFB=-0.00822289;REVB=-0.016007;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262877;STB=0.652915;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0116259;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:18:18:16:6:18:18 chr2 128526579 . T TTAAA 63.27 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0262521;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=4;MLLD=139.305;QD=16.8731;RBI=0.0263675;REFB=-0.105017;REVB=0.00246498;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101589;STB=0.592984;STBP=0.487;TYPE=ins;VARB=0.0780679;OID=.;OPOS=128526580;OREF=-;OALT=TAAA;OMAPALT=TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:8:69:8:15:7:3:5:4:3:48:61:3:5:28:33 chr2 128608184 . C T 117.79 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0404183;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.928;QD=11.779;RBI=0.040866;REFB=-0.0054303;REVB=-0.00603265;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169652;STB=0.599863;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00372921;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:17:9:7:7:17:9 chr2 128757995 . A C 623.69 PASS AF=0.564815;AO=60;DP=107;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0137708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.734;QD=23.0995;RBI=0.0144685;REFB=-0.0229529;REVB=0.00443878;RO=47;SAF=18;SAR=42;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184263;STB=0.593852;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0146111;OID=.;OPOS=128757995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:47:47:60:61:0.564815:42:18:24:23:42:19:24:23 chr2 128849114 . T C 423.18 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0441625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.978;QD=23.8411;RBI=0.0449676;REFB=-0.0380099;REVB=0.00847066;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273;STB=0.649125;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0174526;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:18:23:6:24:18:23:6:24 chr2 128870808 . T C 277.52 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0139137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.874;QD=20.5572;RBI=0.0170889;REFB=-0.00909175;REVB=0.0099217;RO=25;SAF=23;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00880274;STB=0.504889;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00865109;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:6:23:20:5:6:23:20:5 chr2 128878014 . G A 122.27 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000320583;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1698;QD=10.8686;RBI=0.0144214;REFB=-0.0411164;REVB=0.0144178;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758904;STB=0.522225;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0383194;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:7:7:17:13:8:7:15:15 chr2 128934400 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.804;QD=57.1053;RBI=0.0376304;REFB=0;REVB=0.0366455;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87061e-05;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr2 128939817 . G A 1672.61 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1392;QD=60.2741;RBI=0.0810786;REFB=0;REVB=0.0511071;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531212;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:57:52:0:0:57:54:0:0 chr2 129023282 . G C 274.14 PASS AF=0.340206;AO=26;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0436583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.28;QD=11.3049;RBI=0.0673051;REFB=-0.0286419;REVB=0.0512243;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449921;STB=0.625008;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0558469;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:64:26:33:0.340206:16:10:2:41:17:16:19:45 chr2 129075797 . A C 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0111358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.628;QD=6.01598;RBI=0.0118506;REFB=0.00276327;REVB=-0.00405333;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188175;STB=0.512161;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00904302;OID=.;OPOS=129075797;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:16:6:2:5:16:6 chr2 129075877 . G T 66.57 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0127339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.341;QD=3.02577;RBI=0.0147194;REFB=-0.0112098;REVB=-0.00738293;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153932;STB=0.588106;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0311241;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:73:75:13:13:0.147727:6:7:48:25:6:7:48:27 chr2 130738163 . G A 134.47 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00281487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.426;QD=16.2997;RBI=0.0204811;REFB=0.00846026;REVB=0.0202867;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0271809;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:18:18:13:15:0.454545:5:8:12:6:5:10:12:6 chr2 130738329 . C A 142.73 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0347199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0669;QD=14.2728;RBI=0.0611777;REFB=-0.0149468;REVB=0.050371;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.562422;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0343704;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:9:7:13:9:9:7:13:11 chr2 130739164 . A G 455.69 PASS AF=0.360544;AO=53;DP=147;FAO=53;FDP=147;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=0.00632334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.876;QD=12.3998;RBI=0.00710296;REFB=-0.000222326;REVB=0.00323534;RO=94;SAF=28;SAR=25;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160378;STB=0.509148;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.000350848;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:94:94:53:53:0.360544:25:28:51:43:25:28:51:43 chr2 130739444 . TGAAGACG T 115.52 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00371526;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=7;MLLD=248.703;QD=14.4405;RBI=0.0113944;REFB=-0.00794906;REVB=0.0107717;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.664765;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=0.00993553;OID=.;OPOS=130739445;OREF=GAAGACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:22:13:32:19:4:9:11:8:99:0:5:8:0:0 chr2 130739646 . TTAAC T 127.02 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00793001;FXX=0.119952;HRUN=3;LEN=4;MLLD=255.342;QD=23.0948;RBI=0.0109793;REFB=-0.0425476;REVB=0.00759347;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.612777;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.0139212;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:15:27:15:22:7:12:3:7:0:42:10:12:3:8:2 chr2 130739802 . A G 217.52 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0258437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0571;QD=22.8973;RBI=0.0280152;REFB=-0.0628922;REVB=0.0108145;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062401;STB=0.534851;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0277715;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:6:11:12:9:6:11 chr2 130739891 . T A 261.7 PASS AF=0.397436;AO=29;DP=76;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00902231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.344;QD=13.4206;RBI=0.0117244;REFB=-0.00932106;REVB=-0.00748722;RO=47;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300646;STB=0.516119;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0133476;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:47:29:31:0.397436:14:15:23:24:15:16:23:24 chr2 130740230 . C T 147.05 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0133942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.155;QD=7.5408;RBI=0.0342151;REFB=-0.00182959;REVB=-0.0314844;RO=57;SAF=17;SAR=4;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452414;STB=0.775472;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00349185;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:4:17:26:31:4:17:26:31 chr2 130832531 . A G 75.93 PASS AF=0.191176;AO=12;DP=67;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0144902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.655;QD=4.46629;RBI=0.0232646;REFB=5.32589e-05;REVB=-0.018201;RO=55;SAF=6;SAR=6;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339162;STB=0.509077;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00024377;OID=.;OPOS=130832531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:67:68:55:55:12:13:0.191176:6:6:29:26:6:7:29:26 chr2 130866805 . C G 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00695925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.85;QD=6.22517;RBI=0.0217886;REFB=0.00497461;REVB=0.0206474;RO=43;SAF=3;SAR=10;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471129;STB=0.793218;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0288152;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:10:3:27:16:10:3:27:16 chr2 130941386 . A AC 35.92 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00686346;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.214;QD=2.52035;RBI=0.0662329;REFB=-0.000974574;REVB=-0.0658764;RO=48;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35302;STB=0.745332;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=0.134134;OID=.;OPOS=130941387;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:9:57:9:57:48:7:2:24:24:35:48:7:2:24:24 chr2 130949411 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.796;QD=45.8068;RBI=0.0293065;REFB=0;REVB=0.0250176;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111256;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr2 130951548 . G A 1679.49 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0332988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.831;QD=57.9135;RBI=0.0578451;REFB=-0.0762241;REVB=0.0472995;RO=2;SAF=78;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263549;STB=0.513886;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00229653;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:113:114:0.982759:35:78:0:2:35:79:0:2 chr2 130951566 . G A 1822.44 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.414;QD=61.2586;RBI=0.0630095;REFB=0;REVB=0.0621205;RO=0;SAF=93;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196455;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:26:93:0:0:26:93:0:0 chr2 131097236 . G A 517.61 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.000460515;FXX=0.0206164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.59;QD=21.7942;RBI=0.000759735;REFB=-0.0231439;REVB=0.000604254;RO=43;SAF=31;SAR=18;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106814;STB=0.545313;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.023468;OID=.;OPOS=131097236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:43:46:49:49:0.515789:18:31:22:21:18:31:25:21 chr2 131128207 . G A 719.58 PASS AF=0.475;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=160;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0114956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9549;QD=17.9896;RBI=0.0119818;REFB=0.00329958;REVB=-0.0033789;RO=84;SAF=38;SAR=38;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338969;STB=0.518745;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00416269;OID=.;OPOS=131128207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:84:84:76:76:0.475:38:38:45:39:38:38:45:39 chr2 131266530 . C A 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.131;QD=43.4738;RBI=0.0811071;REFB=0;REVB=0.0347855;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135901;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 131369330 . C T 136.97 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0509325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.684;QD=8.69663;RBI=0.0642283;REFB=-0.00938175;REVB=-0.03913;RO=44;SAF=13;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627942;STB=0.537553;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0185924;OID=.;OPOS=131369330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:6:13:28:16:6:13:28:16 chr2 131414176 . C T 302.28 PASS AF=0.376344;AO=34;DP=92;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0570207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6881;QD=13.0015;RBI=0.119574;REFB=-0.0226244;REVB=-0.105103;RO=55;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932233;STB=0.55879;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0327041;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:58:34:35:0.376344:15:19:26:29:16:19:26:32 chr2 131487673 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.115;QD=58.6006;RBI=0.013298;REFB=0;REVB=-0.0127667;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22495e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr2 131520663 . T C 1338.04 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.355;QD=62.2346;RBI=0.0136981;REFB=0;REVB=0.0131585;RO=0;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08536e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:29:54:0:0:30:56:0:0 chr2 131672950 . A G 211.79 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0768956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.456;QD=42.358;RBI=0.0877566;REFB=-0.247954;REVB=0.0422881;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130434;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00362423;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:20:20:2:1:18:19:0.95:12:6:2:0:12:7:1:0 chr2 131673316 . C T 42.25 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0288074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.436;QD=18.7784;RBI=0.0305139;REFB=-0.0281858;REVB=-0.0100614;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0013708;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:0:3:6:6:0.666667:1:5:0:0:1:5:1:2 chr2 131674285 . A G 1108.09 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00721628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.877;QD=55.4043;RBI=0.0532936;REFB=-0.0119199;REVB=0.0528028;RO=4;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497237;STB=0.526309;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000871603;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:80:80:4:4:76:76:0.95:36:40:0:4:36:40:0:4 chr2 132137239 . C T 1507.22 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576001;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.337;QD=58.5329;RBI=0.0421198;REFB=0;REVB=0.041724;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05652e-05;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:0:0:100:103:1:52:48:0:0:54:49:0:0 chr2 132140090 . A C 2213.22 PASS AF=0.974194;AO=150;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0153135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9422;QD=57.1153;RBI=0.140753;REFB=-0.249206;REVB=0.139917;RO=4;SAF=101;SAR=49;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372507;STB=0.5121;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00806218;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:155:155:4:4:150:151:0.974194:49:101:0:4:50:101:1:3 chr2 132140200 . C A,G 2628.13 PASS AF=0.920904,0.0677966;AO=163,12;DP=177;FAO=163,12;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=76,12;FSAR=87,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000827852,-0.010595;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=216.577,131.003;QD=59.3927;RBI=0.0118423,0.0175289;REFB=-0.0264697,0.0143701;REVB=0.0118133,0.0139645;RO=2;SAF=76,12;SAR=87,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000781791,0.825249;STB=0.500411,0.99842;STBP=0.856,0.067;TYPE=snp,snp;VARB=-8.16184e-05,0.0808474;OID=.,.;OPOS=132140200,132140200;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:177:177:2:2:163,12:163,12:0.920904,0.0677966:87,0:76,12:1:1:87,0:76,12:1:1 chr2 132141767 . A G 888.53 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00151863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.111;QD=56.4146;RBI=0.0253457;REFB=-0.0666113;REVB=0.0253002;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00171961;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:0:1:28:34:0:1 chr2 132200256 . T C 69.74 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00862007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.24;QD=4.9814;RBI=0.0622937;REFB=-0.00997529;REVB=-0.0616944;RO=45;SAF=2;SAR=9;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31949;STB=0.713849;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.047055;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:9:2:18:27:9:2:18:27 chr2 132200307 . G A 109.44 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00124318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.017;QD=7.06059;RBI=0.0129395;REFB=-0.0140866;REVB=0.0128796;RO=44;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689188;STB=0.54745;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0338833;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:46:16:16:0.258065:11:5:16:28:11:5:17:29 chr2 132200345 . C T 200.35 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.017688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.454;QD=9.65557;RBI=0.030244;REFB=-0.046915;REVB=-0.0245324;RO=57;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242238;STB=0.501423;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.074754;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:57:26:26:0.313253:15:11:24:33:15:11:24:33 chr2 132200529 . A G 278.33 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0427423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4675;QD=14.6489;RBI=0.0923546;REFB=0.00230646;REVB=-0.0818686;RO=44;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015804;STB=0.521263;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00470801;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:44:31:32:0.421053:20:11:15:29:20:12:15:29 chr2 132200568 . C T 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000998173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.855;QD=18.6732;RBI=0.00862961;REFB=-0.0118703;REVB=0.00857169;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907165;STB=0.550578;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0134545;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:19:17:20:15:19:17 chr2 132201288 . A G 122.06 PASS AF=0.256757;AO=18;DP=73;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0285252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.585;QD=6.59759;RBI=0.0357671;REFB=-0.00797029;REVB=-0.0215776;RO=55;SAF=14;SAR=4;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355079;STB=0.680651;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.017554;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:55:55:18:19:0.256757:4:14:28:27:5:14:28:27 chr2 132201468 . G A 227.91 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00646702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4675;QD=8.76578;RBI=0.0211851;REFB=0.0110376;REVB=-0.0201739;RO=73;SAF=20;SAR=11;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104395;STB=0.561684;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0330003;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:73:31:31:0.298077:11:20:41:32:11:20:41:32 chr2 132201582 . A G 728.0 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0148138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4565;QD=30.0206;RBI=0.0222692;REFB=-0.013935;REVB=-0.0166273;RO=34;SAF=35;SAR=27;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355162;STB=0.51306;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00700952;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:34:35:62:62:0.639175:27:35:21:13:27:35:21:14 chr2 132201663 . T C 447.82 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00469818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.262;QD=21.8451;RBI=0.0251275;REFB=-0.0348479;REVB=-0.0246844;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478909;STB=0.532468;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0278127;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:38:38:43:44:0.536585:17:26:25:13:18:26:25:13 chr2 132201718 . T C 244.85 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0172355;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.069;QD=17.4894;RBI=0.0245571;REFB=-0.00991545;REVB=-0.0174925;RO=25;SAF=22;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167692;STB=0.570802;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00933063;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:29:27:27:0.482143:5:22:17:8:5:22:21:8 chr2 132201736 . C G 134.38 PASS AF=0.339623;AO=19;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00977866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1191;QD=10.1419;RBI=0.0240627;REFB=-0.0285219;REVB=-0.0219862;RO=33;SAF=16;SAR=3;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194395;STB=0.593944;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.14207;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:35:19:18:0.339623:3:16:24:9:3:15:26:9 chr2 132201862 . C G 436.8 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.00111961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.238;QD=14.2047;RBI=0.00524031;REFB=-0.00129504;REVB=0.00511931;RO=73;SAF=33;SAR=17;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050054;STB=0.52827;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00210061;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:73:73:50:50:0.406504:17:33:45:28:17:33:45:28 chr2 132201889 . C A 393.15 PASS AF=0.379032;AO=46;DP=124;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.0336087;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8731;QD=12.6824;RBI=0.0341496;REFB=-0.0164768;REVB=-0.00605381;RO=75;SAF=28;SAR=18;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361816;STB=0.512778;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0198824;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:75:77:46:47:0.379032:18:28:48:27:18:29:49:28 chr2 132201930 . T C 273.67 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0518491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9724;QD=10.8386;RBI=0.0525874;REFB=-0.00119071;REVB=0.00878102;RO=67;SAF=21;SAR=13;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425379;STB=0.524665;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00285614;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:67:34:34:0.336634:13:21:39:28:13:21:39:28 chr2 132229720 . T C 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0315584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.786;QD=8.52465;RBI=0.0323608;REFB=0.000208958;REVB=0.00716124;RO=38;SAF=14;SAR=2;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337707;STB=0.704728;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000405687;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:2:14:26:12:2:14:27:12 chr2 132237983 . A G 239.92 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.349;QD=50.5084;RBI=0.135527;REFB=0;REVB=0.0523759;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129937;OID=.;OPOS=132237983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:16:19:1:11:5:0:0:12:7:0:0 chr2 132248379 . T G 1713.18 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8851;QD=60.6436;RBI=0.0324712;REFB=0;REVB=-0.0264647;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98496e-05;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr2 132248584 . T C 772.89 PASS AF=1;AO=37;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437651;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7638;QD=63.0928;RBI=0.0786392;REFB=0;REVB=-0.0653356;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00355856;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:37:49:1:19:18:0:0:27:22:0:0 chr2 132266142 . G C 3094.54 PASS AF=1;AO=192;DP=198;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404507;FXX=0.0301492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.316;QD=64.1355;RBI=0.0253381;REFB=0;REVB=0.0250132;RO=0;SAF=105;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67754e-05;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:198:193:0:0:192:193:1:87:105:0:0:87:106:0:0 chr2 132274474 . G A 2836.98 PASS AF=0.98913;AO=182;DP=185;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435535;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.671;QD=61.6734;RBI=0.0578973;REFB=-0.0975046;REVB=0.0381469;RO=1;SAF=85;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556831;STB=0.505813;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000249551;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:185:184:1:2:182:182:0.98913:97:85:1:0:97:85:2:0 chr2 132275343 . G T 1683.49 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0139525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6195;QD=56.5879;RBI=0.0368918;REFB=-0.0902637;REVB=0.0341516;RO=3;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251932;STB=0.509143;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0157837;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:3:4:114:115:0.966387:55:59:0:3:55:60:1:3 chr2 132275396 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.802;QD=60.5456;RBI=0.0279026;REFB=0;REVB=0.000581746;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27581e-05;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr2 132276741 . T C 130.69 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0117104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2864;QD=13.7566;RBI=0.0710525;REFB=-0.024904;REVB=-0.0700808;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.024765;OID=.;OPOS=132276741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:9:6:13:9:9:6:13:10 chr2 132277686 . C T 764.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.518;QD=63.723;RBI=0.0196365;REFB=0;REVB=0.0129559;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347247;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr2 132277962 . T C 1080.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0796031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2178;QD=60.0145;RBI=0.0796813;REFB=0;REVB=0.00353089;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569952;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:34:37:0:0:34:38:0:0 chr2 132277984 . G A 937.67 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.147;QD=58.6044;RBI=0.115292;REFB=0;REVB=0.0210934;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107074;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:59:64:1:27:32:0:0:28:36:0:0 chr2 132286046 . A G 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614479;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.646;QD=44.8759;RBI=0.0949527;REFB=0;REVB=0.0723891;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010744;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr2 132286061 . A G 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9297;QD=46.8344;RBI=0.0099112;REFB=0;REVB=0.00371266;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220786;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr2 132287143 . A T 418.14 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0389259;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.221;QD=19.4483;RBI=0.0492086;REFB=-0.0101866;REVB=-0.0301041;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097882;STB=0.54649;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0126288;OID=.;OPOS=132287143;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:41:44:42:42:0.488372:21:21:16:25:21:21:18:26 chr2 132287824 . C T 1151.67 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.122;QD=60.6143;RBI=0.0623782;REFB=0;REVB=0.0586039;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38861e-05;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr2 132909843 . T C 632.33 PASS AF=0.448052;AO=69;DP=154;FAO=69;FDP=154;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0256538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.919;QD=16.4242;RBI=0.0263054;REFB=0.00262461;REVB=0.005819;RO=85;SAF=36;SAR=33;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054551;STB=0.530337;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00222434;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:85:85:69:69:0.448052:33:36:49:36:33:36:49:36 chr2 133010786 . C T 356.53 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0287445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6957;QD=19.2717;RBI=0.0310755;REFB=-0.00458518;REVB=-0.0118086;RO=37;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151486;STB=0.584428;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00386196;OID=.;OPOS=133010786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:13:24:18:19:13:24:18:19 chr2 133010802 . T C 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.0315657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4694;QD=1.72309;RBI=0.0446041;REFB=0.00247986;REVB=0.0315141;RO=71;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121887;STB=0.594616;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0178462;OID=.;OPOS=133010802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:3:5:37:34:3:5:37:34 chr2 133010834 . TG CA 59.29 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.0305943;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.117;QD=2.72585;RBI=0.0349201;REFB=-0.00746175;REVB=-0.0168346;RO=74;SAF=10;SAR=2;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43203;STB=0.801934;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=0.0386939;OID=.;OPOS=133010834;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:87:74:75:12:12:0.137931:2:10:37:37:2:10:38:37 chr2 133010838 . G C 59.01 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.040008;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.288;QD=2.68235;RBI=0.0420392;REFB=-0.00161347;REVB=-0.0129095;RO=74;SAF=10;SAR=2;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420025;STB=0.805913;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0343595;OID=.;OPOS=133010838;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:88:88:74:76:12:12:0.136364:2:10:38:36:2:10:38:38 chr2 133010847 . CA TG 58.63 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0266391;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.355;QD=2.63527;RBI=0.0533072;REFB=-0.00623641;REVB=-0.0461738;RO=77;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564641;STB=0.903093;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0330106;OID=.;OPOS=133010847;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:89:77:77:12:12:0.134831:1:11:37:40:1:11:37:40 chr2 133011929 . C T 67.01 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0627344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2094;QD=5.25532;RBI=0.0630964;REFB=-0.0162699;REVB=0.00674915;RO=41;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554159;STB=0.871427;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0979037;OID=.;OPOS=133011929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:1:9:20:21:1:9:20:21 chr2 133011933 . G A 105.47 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0226862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7076;QD=8.11293;RBI=0.0416058;REFB=0.000104262;REVB=-0.0348766;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916863;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00150049;OID=.;OPOS=133011933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:6:8:22:16:6:8:22:16 chr2 133011948 . G A 98.23 PASS AF=0.297872;AO=11;DP=65;FAO=14;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0339261;FXX=0.27688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.213;QD=8.36004;RBI=0.0758452;REFB=-0.022109;REVB=-0.0678344;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497214;STB=0.563286;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0911904;OID=.;OPOS=133011948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:65:47:30:33:11:14:0.297872:10:1:12:18:10:4:12:21 chr2 133011953 . T C 119.09 PASS AF=0.253521;AO=20;DP=69;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.024317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.822;QD=6.70926;RBI=0.0350592;REFB=0.00125264;REVB=-0.0252553;RO=49;SAF=17;SAR=3;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.619572;STB=0.844377;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0050932;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:49:53:20:18:0.253521:3:17:15:34:3:15:19:34 chr2 133011994 . T C 81.13 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.0044735;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.983;QD=3.56594;RBI=0.0240566;REFB=-0.00854189;REVB=-0.023637;RO=75;SAF=12;SAR=3;SRF=25;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546547;STB=0.847589;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0682874;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:91:75:76:15:15:0.164835:3:12:25:50:3:12:26:50 chr2 133012005 . C T 111.27 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0515205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.876;QD=5.05772;RBI=0.0515215;REFB=-0.00418555;REVB=-0.000316819;RO=70;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146019;STB=0.509249;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0211631;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:70:18:18:0.204545:11:7:28:42:11:7:28:42 chr2 133012006 . G A 66.57 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0200125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.032;QD=3.02582;RBI=0.0201603;REFB=-0.0197854;REVB=0.00243689;RO=74;SAF=2;SAR=11;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382789;STB=0.775456;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0273675;OID=.;OPOS=133012006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:74:75:13:13:0.147727:11:2:31:43:11:2:32:43 chr2 133012007 . T C 92.57 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.047629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.729;QD=4.25615;RBI=0.0614152;REFB=-0.011386;REVB=-0.0387726;RO=70;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459933;STB=0.782304;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0587111;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:86:87:70:71:16:16:0.183908:5:11:21:49:5:11:22:49 chr2 133012011 . G C 66.27 PASS AF=0.151163;AO=12;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00371155;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.354;QD=3.08227;RBI=0.00410389;REFB=-0.00837182;REVB=0.00175108;RO=73;SAF=2;SAR=10;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362952;STB=0.773512;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0342929;OID=.;OPOS=133012011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:86:86:73:73:12:13:0.151163:10:2:31:42:11:2:31:42 chr2 133012012 . C A 73.33 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.0255939;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.754;QD=3.37134;RBI=0.0257265;REFB=-0.00949106;REVB=0.00260872;RO=73;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136471;STB=0.592454;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0658228;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:88:87:73:73:14:14:0.16092:10:4:28:45:10:4:28:45 chr2 133012022 . G A 70.37 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0379259;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.664;QD=3.56316;RBI=0.0508263;REFB=-0.00922924;REVB=-0.033837;RO=65;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142685;STB=0.606619;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0517343;OID=.;OPOS=133012022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:78:79:65:66:13:13:0.164557:10:3:21:44:10:3:22:44 chr2 133012034 . C G 122.57 PASS AF=0.184211;AO=17;DP=80;FAO=14;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0010989;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.504;QD=6.45118;RBI=0.0246122;REFB=-0.0019839;REVB=0.0245876;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133972;STB=0.612728;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.216206;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:80:76:43:49:17:14:0.184211:12:5:17:26:11:3:16:33 chr2 133012061 . C T 39.09 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0107026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.091;QD=1.88399;RBI=0.0224817;REFB=-0.00231865;REVB=-0.0197707;RO=74;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235811;STB=0.517817;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0181273;OID=.;OPOS=133012061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:74:74:9:9:0.108434:6:3:26:48:6:3:26:48 chr2 133012078 . C T 45.83 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.025837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6646;QD=2.20844;RBI=0.0690225;REFB=-0.000853861;REVB=-0.0640044;RO=73;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344735;STB=0.502508;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0043209;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:83:73:73:10:10:0.120482:6:4:29:44:6:4:29:44 chr2 133012079 . G A 136.16 PASS AF=0.25;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=1.93814e-05;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.571;QD=6.80818;RBI=0.00578919;REFB=-0.0154959;REVB=-0.00578916;RO=60;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12676;STB=0.576849;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0415591;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:60:60:20:20:0.25:11:9:21:39:11:9:21:39 chr2 133012080 . A AC 160.37 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0350815;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.377;QD=8.33099;RBI=0.0742354;REFB=0.0355654;REVB=0.0654231;RO=51;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646357;STB=0.553809;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=-0.055102;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:28:81:28:77:49:12:16:17:32:99:51:12:16:19:32 chr2 133012099 . G A 133.52 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00830948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.737;QD=6.59367;RBI=0.0697748;REFB=-0.00780618;REVB=-0.0692783;RO=61;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920524;STB=0.556061;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0207165;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:11:9:23:38:11:9:23:38 chr2 133012111 . T C 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0271158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.47;QD=12.1356;RBI=0.0274359;REFB=-0.00288778;REVB=0.00417932;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122873;STB=0.57921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00555657;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:19:9:20:27:19:9:21:27 chr2 133012126 . A C 37.36 PASS AF=0.119403;AO=6;DP=65;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0108698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.134;QD=2.23017;RBI=0.0113914;REFB=-0.00416797;REVB=-0.00340737;RO=59;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124894;STB=0.69846;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0388808;OID=.;OPOS=133012126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:65:67:59:59:6:8:0.119403:3:3:23:36:3:5:23:36 chr2 133012130 . C T 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00115278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.79;QD=2.09334;RBI=0.0203632;REFB=-0.0103606;REVB=-0.0203305;RO=57;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235381;STB=0.674863;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0589173;OID=.;OPOS=133012130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:3:4:21:36:3:4:21:36 chr2 133012147 . A G 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.034342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.217;QD=2.28759;RBI=0.037568;REFB=-0.00576605;REVB=-0.015231;RO=51;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494188;STB=0.860093;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0200462;OID=.;OPOS=133012147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:51:54:7:7:0.114754:1:6:22:29:1:6:24:30 chr2 133012170 . CC AA 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00116744;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=176.313;QD=6.71704;RBI=0.0114172;REFB=-0.00606102;REVB=-0.0113574;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319824;STB=0.519969;STBP=0.837;TYPE=mnp;VARB=0.0197605;OID=.;OPOS=133012170;OREF=CC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:20:21:7:6:20:21 chr2 133012172 . T C 73.54 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0114882;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.735;QD=5.55017;RBI=0.0163108;REFB=-0.0138448;REVB=-0.0115785;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237272;STB=0.661873;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0414436;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:54:53:43:42:11:11:0.207547:4:7:19:24:4:7:18:24 chr2 133012182 . C T 76.48 PASS AF=0.226415;AO=8;DP=50;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0362756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.989;QD=5.77192;RBI=0.0440347;REFB=-0.0098904;REVB=-0.0249627;RO=41;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802812;STB=0.547092;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0393931;OID=.;OPOS=133012182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:50:53:41:41:8:12:0.226415:5:3:18:23:6:6:18:23 chr2 133012267 . T C 1166.88 PASS AF=0.729323;AO=88;DP=126;FAO=97;FDP=133;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=84;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0343709;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.834;QD=35.0942;RBI=0.0362086;REFB=-0.0195301;REVB=0.0113886;RO=36;SAF=9;SAR=79;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347045;STB=0.643049;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00564963;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:36:36:88:97:0.729323:79:9:16:20:84:13:16:20 chr2 133012274 . T C 1234.83 PASS AF=0.733333;AO=99;DP=135;FAO=99;FDP=135;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=86;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00195453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.812;QD=36.5876;RBI=0.008007;REFB=-0.0101959;REVB=-0.00776479;RO=35;SAF=13;SAR=86;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232124;STB=0.63382;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00648713;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:35:36:99:99:0.733333:86:13:14:21:86:13:15:21 chr2 133012309 . A G 1200.68 PASS AF=0.755906;AO=94;DP=125;FAO=96;FDP=127;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=85;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00336722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.583;QD=37.8167;RBI=0.0223615;REFB=-0.00110242;REVB=-0.0221065;RO=31;SAF=10;SAR=84;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262724;STB=0.630817;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000521711;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:31:31:94:96:0.755906:84:10:12:19:85:11:12:19 chr2 133012350 . T C 60.59 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00256524;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.878;QD=5.3862;RBI=0.00543969;REFB=0.0051427;REVB=-0.00479685;RO=35;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419793;STB=0.782453;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0237387;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:45:35:36:9:9:0.2:8:1:13:22:8:1:13:23 chr2 133012354 . G A 67.64 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00947409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=6.0126;RBI=0.013098;REFB=-0.0010093;REVB=-0.00904422;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15222;STB=0.595976;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00528165;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:45:45:35:35:10:10:0.222222:6:4:10:25:6:4:10:25 chr2 133012358 . G A 92.21 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0153888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.168;QD=8.99644;RBI=0.0212937;REFB=-0.00644753;REVB=-0.0147175;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132988;STB=0.581945;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0108476;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:9:3:10:19:9:3:10:19 chr2 133012361 . CCA CGG 109.91 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00244888;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=174.197;QD=11.5693;RBI=0.010479;REFB=-0.00694538;REVB=-0.0101888;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585383;STB=0.531863;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.0173757;OID=.;OPOS=133012362;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:10:37:12:38:24:4:8:7:17:92:23:3:7:7:16 chr2 133012369 . A G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0543898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1227;QD=11.5634;RBI=0.0642543;REFB=-0.0240693;REVB=-0.0342106;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367775;STB=0.521711;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0441921;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:7:22:11:4:7:22 chr2 133012401 . G A 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0030599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.504;QD=6.90921;RBI=0.00379842;REFB=0.000854235;REVB=-0.00225056;RO=49;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093014;STB=0.556388;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00322729;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:11:6:14:35:11:6:14:35 chr2 133012414 . G A 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0231501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.058;QD=7.8644;RBI=0.0239645;REFB=-0.00511025;REVB=-0.00619455;RO=45;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610875;STB=0.523784;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0165618;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:12:6:13:32:12:6:14:32 chr2 133012457 . C T 47.81 PASS AF=0.0633245;AO=23;DP=377;FAO=24;FDP=379;FR=.;FRO=355;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=166;FSRR=189;FWDB=0.0199076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.096;QD=0.504603;RBI=0.0303578;REFB=-0.00131942;REVB=-0.0229191;RO=353;SAF=11;SAR=12;SRF=164;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144859;STB=0.530318;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0106326;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:377:379:353:355:23:24:0.0633245:12:11:164:189:12:12:166:189 chr2 133012458 . GT AC 4035.26 PASS AF=0.792208;AO=304;DP=386;FAO=305;FDP=385;FR=.;FRO=80;FSAF=157;FSAR=148;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.00365965;FXX=0.00773176;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.2;QD=41.9248;RBI=0.0226966;REFB=-0.0328498;REVB=0.0223996;RO=79;SAF=156;SAR=148;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617208;STB=0.534193;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.00471209;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:385:79:80:304:305:0.792208:148:156:28:51:148:157:28:52 chr2 133012465 . C T 38.93 PASS AF=0.0544662;AO=25;DP=459;FAO=25;FDP=459;FR=.;FRO=434;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=216;FSRR=218;FWDB=0.0225533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.988;QD=0.339274;RBI=0.030375;REFB=-0.00102741;REVB=-0.0203467;RO=434;SAF=12;SAR=13;SRF=216;SRR=218;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179223;STB=0.516723;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0317103;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:459:459:434:434:25:25:0.0544662:13:12:216:218:13:12:216:218 chr2 133012504 . A G 5870.43 PASS AF=0.829502;AO=430;DP=520;FAO=433;FDP=522;FR=.;FRO=89;FSAF=249;FSAR=184;FSRF=29;FSRR=60;FWDB=-0.0166908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.562;QD=44.9841;RBI=0.0211308;REFB=-0.00910679;REVB=-0.0129587;RO=88;SAF=249;SAR=181;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811478;STB=0.542908;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00131947;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:522:88:89:430:433:0.829502:181:249:29:59:184:249:29:60 chr2 133012508 . T C 6253.27 PASS AF=0.867816;AO=425;DP=514;FAO=453;FDP=522;FR=.;FRO=69;FSAF=258;FSAR=195;FSRF=20;FSRR=49;FWDB=0.00542638;FXX=0.00571418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.936;QD=47.9177;RBI=0.0489672;REFB=-0.00563521;REVB=0.0486656;RO=67;SAF=250;SAR=175;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761072;STB=0.537306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000904384;OID=.;OPOS=133012508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:514:522:67:69:425:453:0.867816:175:250:20:47:195:258:20:49 chr2 133012516 . T G 5882.54 PASS AF=0.828037;AO=416;DP=501;FAO=443;FDP=535;FR=.;FRO=92;FSAF=260;FSAR=183;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=-0.048035;FXX=0.0055761;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4649;QD=43.9816;RBI=0.0523232;REFB=-0.061152;REVB=0.020745;RO=85;SAF=260;SAR=156;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831877;STB=0.539903;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0083378;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:535:85:92:416:443:0.828037:156:260:32:53:183:260:33:59 chr2 133012523 . A G 6411.14 PASS AF=0.848987;AO=460;DP=544;FAO=461;FDP=543;FR=.;FRO=82;FSAF=275;FSAR=186;FSRF=27;FSRR=55;FWDB=0.0175595;FXX=0.0018382;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.196;QD=47.2276;RBI=0.0226977;REFB=-0.0256773;REVB=0.0143824;RO=82;SAF=275;SAR=185;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787228;STB=0.541253;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00326687;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:544:543:82:82:460:461:0.848987:185:275:27:55:186:275:27:55 chr2 133012542 . T C 6671.97 PASS AF=0.87384;AO=466;DP=539;FAO=471;FDP=539;FR=.;FRO=68;FSAF=284;FSAR=187;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=0.00763188;FXX=0.00185182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.263;QD=49.5137;RBI=0.00936436;REFB=0.000680025;REVB=-0.0054264;RO=67;SAF=281;SAR=185;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673946;STB=0.536264;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000109468;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:539:539:67:68:466:471:0.87384:185:281:22:45:187:284:22:46 chr2 133012571 . T C 6923.42 PASS AF=0.894052;AO=479;DP=536;FAO=481;FDP=538;FR=.;FRO=57;FSAF=299;FSAR=182;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00909576;FXX=0.00185525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.801;QD=51.4752;RBI=0.0105725;REFB=-0.0214632;REVB=0.00538925;RO=57;SAF=298;SAR=181;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500683;STB=0.526198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0017172;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:536:538:57:57:479:481:0.894052:181:298:22:35:182:299:22:35 chr2 133012612 . T C 3344.88 PASS AF=0.857143;AO=210;DP=253;FAO=246;FDP=287;FR=.;FRO=41;FSAF=132;FSAR=114;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0459206;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.957;QD=46.6185;RBI=0.0459571;REFB=-0.0189576;REVB=-0.0018297;RO=43;SAF=103;SAR=107;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380589;STB=0.524432;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00330654;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:287:43:41:210:246:0.857143:107:103:16:27:114:132:15:26 chr2 133012633 . A G 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.155288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.504;QD=3.76512;RBI=0.1556;REFB=-0.00178946;REVB=-0.00985467;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276885;STB=0.693895;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00845814;OID=.;OPOS=133012633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:29:30:6:6:0.166667:3:3:8:21:3:3:8:22 chr2 133012634 . C CT,CTT 44.51 PASS AF=0,0.264706;AO=4,5;DP=35;FAO=0,9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0996037,0.0545041;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=22.133,38.268;QD=5.23629;RBI=0.0998326,0.0546168;REFB=-0.0144631,-0.00749945;REVB=0.00675626,0.00350677;RO=26;SAF=1,1;SAR=3,4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127271,-0.209555;STB=0.5,0.592997;STBP=1,0.562;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.029456;OID=.,.;OPOS=133012635,133012635;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.264706:4,5:35:0,9:34:25:0,2:0,7:8:17:43:26:1,1:3,4:9:17 chr2 133012642 . TT CC 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0116698;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=296.711;QD=12.5794;RBI=0.0161401;REFB=-0.0120766;REVB=0.0111497;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656443;STB=0.538417;STBP=0.747;TYPE=mnp;VARB=0.0197044;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:11:20:10:7:11:20 chr2 133012655 . A G 621.47 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00713455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.208;QD=30.3158;RBI=0.0137063;REFB=-0.0213835;REVB=0.011703;RO=28;SAF=19;SAR=35;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520435;STB=0.528227;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0038425;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:28:54:54:0.658537:35:19:12:16:35:19:12:16 chr2 133012674 . A G 1338.93 PASS AF=0.927835;AO=89;DP=96;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0216311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.385;QD=55.2138;RBI=0.0229229;REFB=-0.013502;REVB=0.0075867;RO=7;SAF=39;SAR=50;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134819;STB=0.50116;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000977514;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:96:97:7:7:89:90:0.927835:50:39:3:4:50:40:3:4 chr2 133012680 . A G 1014.36 PASS AF=0.788462;AO=82;DP=104;FAO=82;FDP=104;FR=.;FRO=22;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0149688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4973;QD=39.0137;RBI=0.0303823;REFB=-0.043628;REVB=-0.026439;RO=22;SAF=38;SAR=44;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00353483;STB=0.501886;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0154969;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:22:22:82:82:0.788462:44:38:10:12:44:38:10:12 chr2 133012688 . A G 1035.49 PASS AF=0.783019;AO=83;DP=107;FAO=83;FDP=106;FR=.;FRO=23;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000598731;FXX=0.0363603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.424;QD=39.0749;RBI=0.0323361;REFB=-0.0217261;REVB=0.0323306;RO=23;SAF=38;SAR=45;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273024;STB=0.50504;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00592817;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:23:23:83:83:0.783019:45:38:9:14:45:38:10:13 chr2 133012691 . T C 1236.27 PASS AF=0.854545;AO=93;DP=110;FAO=94;FDP=110;FR=.;FRO=16;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00876772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.785;QD=44.9553;RBI=0.0162417;REFB=-0.00336115;REVB=0.0136719;RO=14;SAF=43;SAR=50;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932735;STB=0.506227;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000441682;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:14:16:93:94:0.854545:50:43:7:7:51:43:8:8 chr2 133012712 . T C 1737.64 PASS AF=0.944444;AO=119;DP=126;FAO=119;FDP=126;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0124074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.457;QD=55.1632;RBI=0.0543077;REFB=-0.0569162;REVB=0.0528714;RO=7;SAF=57;SAR=62;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974839;STB=0.505141;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00411847;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:126:126:7:7:119:119:0.944444:62:57:4:3:62:57:4:3 chr2 133012716 . A G 1554.0 PASS AF=0.888;AO=111;DP=128;FAO=111;FDP=125;FR=.;FRO=14;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0171615;FXX=0.0310053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.134;QD=49.7279;RBI=0.0171814;REFB=-0.013252;REVB=-0.000825622;RO=14;SAF=53;SAR=58;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199024;STB=0.510532;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00143981;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:128:125:14:14:111:111:0.888:58:53:8:6:58:53:8:6 chr2 133012797 . C CCG 593.15 PASS AF=0.690141;AO=45;DP=121;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0102661;FXX=0.183887;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.2344;QD=33.4166;RBI=0.0606437;REFB=-0.0261437;REVB=0.0597684;RO=71;SAF=11;SAR=34;SRF=50;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484648;STB=0.557935;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=0.0301439;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.690141:45:121:49:71:22:11:38:8:14:99:71:11:34:50:21 chr2 133012798 . T C 38.26 PASS AF=0.104651;AO=8;DP=87;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=57;FWDB=-0.00335632;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.514;QD=1.77975;RBI=0.0121198;REFB=-0.00696578;REVB=-0.0116458;RO=69;SAF=5;SAR=3;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420541;STB=0.821385;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0205892;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:87:86:69:77:8:9:0.104651:3:5:18:51:3:6:20:57 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 596.4 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00216637;FXX=0.246883;HRUN=3;LEN=5;MLLD=233.128;QD=39.1081;RBI=0.0100413;REFB=0.00805677;REVB=-0.0098048;RO=14;SAF=11;SAR=36;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301717;STB=0.516245;STBP=0.743;TYPE=mnp;VARB=-0.002666;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:78:61:14:14:47:47:0.770492:36:11:4:10:36:11:4:10 chr2 133012807 . A G 700.1 PASS AF=0.694118;AO=58;DP=85;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0275841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.772;QD=32.9458;RBI=0.0278066;REFB=-0.030036;REVB=0.00351092;RO=26;SAF=14;SAR=44;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204683;STB=0.602987;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.011628;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:26:26:58:59:0.694118:44:14:14:12:44:15:14:12 chr2 133012832 . T C 970.73 PASS AF=0.757009;AO=79;DP=106;FAO=81;FDP=107;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00762814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8949;QD=36.2888;RBI=0.0518901;REFB=-0.00995764;REVB=-0.0513264;RO=26;SAF=24;SAR=55;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830715;STB=0.538095;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00288325;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:26:26:79:81:0.757009:55:24:12:14:55:26:12:14 chr2 133012839 . T C 1026.28 PASS AF=0.763636;AO=83;DP=109;FAO=84;FDP=110;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0146415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.491;QD=37.3192;RBI=0.0211381;REFB=-0.00919496;REVB=0.0152462;RO=26;SAF=25;SAR=58;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081837;STB=0.540716;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00513954;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:26:26:83:84:0.763636:58:25:12:14:58:26:12:14 chr2 133012901 . T C 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0331572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.268;QD=27.3089;RBI=0.0331773;REFB=-0.0116482;REVB=-0.00115462;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422446;STB=0.502331;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00671238;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:19:10:7:13:19:10:7:13 chr2 133012903 . T C 192.38 PASS AF=0.416667;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00398973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9518;QD=16.032;RBI=0.00646293;REFB=-0.0217176;REVB=-0.00508443;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173884;STB=0.504562;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0352694;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:19:20:0.416667:12:7:10:16:13:7:10:18 chr2 133012923 . A T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0087366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.404;QD=10.4289;RBI=0.00881989;REFB=-0.0183164;REVB=0.00120923;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144689;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:30:14:14:0.318182:7:7:14:15:7:7:15:15 chr2 133012930 . A G 103.18 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0231154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.112;QD=9.82668;RBI=0.0306932;REFB=-0.00484601;REVB=0.0201928;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243458;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0252675;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:15:14:6:7:15:14 chr2 133012945 . T C 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0184113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.775;QD=11.0147;RBI=0.0188971;REFB=-0.0101472;REVB=-0.00425738;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.523776;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0504261;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:15:13:7:7:15:13 chr2 133012982 . GT AC 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0409994;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.068;QD=10.6334;RBI=0.042251;REFB=0.00316547;REVB=-0.0102076;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.555414;STBP=0.784;TYPE=mnp;VARB=-0.0260283;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:8:8:0.380952:5:3:5:6:5:3:6:7 chr2 133012994 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0107557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.973;QD=8.81119;RBI=0.01804;REFB=-0.0122392;REVB=-0.0144829;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0238152;OID=.;OPOS=133012994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr2 133013103 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0800577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6282;QD=11.0915;RBI=0.0829394;REFB=0.0198712;REVB=-0.0216727;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.723349;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00363239;OID=.;OPOS=133013103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:1:5:2:3:1:5 chr2 133013144 . A G 423.13 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00423361;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0285;QD=26.4455;RBI=0.0267595;REFB=-0.0358192;REVB=-0.0264225;RO=20;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107712;STB=0.590157;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0349052;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:24:40:40:0.625:23:17:12:8:23:17:16:8 chr2 133013145 . C T 91.75 PASS AF=0.231884;AO=13;DP=66;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0200267;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.721;QD=5.3186;RBI=0.0547106;REFB=-0.0121489;REVB=-0.0509134;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262132;STB=0.693453;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0423056;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:66:69:50:53:13:16:0.231884:5:8:20:30:5:11:23:30 chr2 133013165 . G T 38.78 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0187595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.985;QD=1.84649;RBI=0.018764;REFB=-0.00410101;REVB=0.000410089;RO=68;SAF=8;SAR=1;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499863;STB=0.892649;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0273509;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:68:75:9:9:0.107143:1:8:33:35:1:8:33:42 chr2 133013175 . T G 1110.79 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0336719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0265;QD=51.6645;RBI=0.0340149;REFB=-0.0266992;REVB=-0.00481802;RO=8;SAF=35;SAR=43;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908284;STB=0.504815;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0030931;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:8:8:78:78:0.906977:43:35:4:4:43:35:4:4 chr2 133013183 . A G 543.39 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00778548;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.78;QD=24.9835;RBI=0.0147344;REFB=-0.0110676;REVB=0.0125096;RO=37;SAF=20;SAR=30;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110832;STB=0.560723;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00793892;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:37:37:50:50:0.574713:30:20:20:17:30:20:20:17 chr2 133013189 . A G 488.82 PASS AF=0.52809;AO=48;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00738623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6842;QD=21.9692;RBI=0.0597237;REFB=0.0114034;REVB=0.0592652;RO=36;SAF=22;SAR=26;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326991;STB=0.51876;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0090343;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:42:48:47:0.52809:26:22:18:18:25:22:18:24 chr2 133013201 . C G 1105.82 PASS AF=0.842105;AO=79;DP=94;FAO=80;FDP=95;FR=.;FRO=15;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0243392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.522;QD=46.5608;RBI=0.0244825;REFB=-0.0414004;REVB=0.00264501;RO=15;SAF=36;SAR=43;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574709;STB=0.531234;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.009305;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:94:95:15:15:79:80:0.842105:43:36:4:11:43:37:4:11 chr2 133013224 . A C 850.0 PASS AF=0.775281;AO=69;DP=104;FAO=69;FDP=89;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0205835;FXX=0.144217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5255;QD=38.202;RBI=0.0255295;REFB=0.015705;REVB=0.0151022;RO=19;SAF=31;SAR=38;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115269;STB=0.51121;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00333131;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:89:19:20:69:69:0.775281:38:31:8:11:38:31:8:12 chr2 133013250 . C T 73.13 PASS AF=0.132231;AO=14;DP=117;FAO=16;FDP=121;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=48;FWDB=-0.0160283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.411;QD=2.41748;RBI=0.0166452;REFB=-0.0022674;REVB=-0.0044896;RO=103;SAF=8;SAR=6;SRF=55;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462884;STB=0.590657;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0924576;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:117:121:103:105:14:16:0.132231:6:8:55:48:9:7:57:48 chr2 133013266 . T G 276.87 PASS AF=0.316239;AO=36;DP=115;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.00639662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.111;QD=9.46554;RBI=0.0164049;REFB=-0.00516473;REVB=-0.0151064;RO=79;SAF=13;SAR=23;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258623;STB=0.660162;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00372347;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:79:80:36:37:0.316239:23:13:46:33:24:13:47:33 chr2 133013270 . A G 215.01 PASS AF=0.274336;AO=31;DP=113;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.00915901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.881;QD=7.61096;RBI=0.0211328;REFB=-0.00617965;REVB=-0.0190449;RO=82;SAF=12;SAR=19;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252713;STB=0.649934;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0100954;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:82:82:31:31:0.274336:19:12:49:33:19:12:49:33 chr2 133013286 . AG CA 141.12 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=87;FAO=18;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0123195;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.453;QD=6.4884;RBI=0.0163376;REFB=-0.00808052;REVB=-0.0107307;RO=65;SAF=10;SAR=8;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117262;STB=0.572925;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.0160826;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:65:18:18:0.206897:8:10:42:23:8:10:42:23 chr2 133013318 . A G 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.0134972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.043;QD=13.9454;RBI=0.0142692;REFB=-0.00366631;REVB=-0.00462979;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309123;STB=0.665804;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00451612;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:17:15:36:11:17:15:36:12 chr2 133013324 . C A 62.96 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=0.0150617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.509;QD=3.27051;RBI=0.0153408;REFB=-0.00400358;REVB=0.00291305;RO=65;SAF=2;SAR=10;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632589;STB=0.902018;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0202135;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:10:2:48:17:10:2:48:17 chr2 133013327 . G T 55.31 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.0109195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.991;QD=2.87302;RBI=0.0217237;REFB=0.0016885;REVB=-0.0187798;RO=66;SAF=2;SAR=9;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604544;STB=0.892311;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0261454;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:9:2:48:18:9:2:48:18 chr2 133013332 . T C 88.72 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00242966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1553;QD=4.66936;RBI=0.034071;REFB=0.00768956;REVB=0.0339842;RO=61;SAF=10;SAR=5;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376861;STB=0.524239;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0298619;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:5:10:39:22:5:10:39:22 chr2 133013343 . T C 57.1 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00167698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.744;QD=3.12879;RBI=0.00737452;REFB=0.00327411;REVB=0.00718131;RO=62;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011809;STB=0.508093;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.0176319;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:62:62:11:11:0.150685:4:7:40:22:4:7:40:22 chr2 133013351 . G A 36.98 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=-0.00030734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5603;QD=2.08355;RBI=0.0179056;REFB=0.00227693;REVB=0.0179029;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428005;STB=0.78722;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00692084;OID=.;OPOS=133013351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:70:71:62:63:8:8:0.112676:5:3:46:16:5:3:46:17 chr2 133013378 . A G 115.8 PASS AF=0.267606;AO=13;DP=65;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.010119;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.751;QD=6.52403;RBI=0.0103227;REFB=-0.0285678;REVB=0.00204078;RO=51;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245011;STB=0.581315;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0693118;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:51:52:13:19:0.267606:6:7:37:14:7:12:38:14 chr2 133013388 . C T 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0250654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1641;QD=2.72367;RBI=0.0627899;REFB=0.000153081;REVB=-0.05757;RO=57;SAF=7;SAR=2;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670862;STB=0.543279;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00485866;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:57:58:9:9:0.134328:2:7:42:15:2:7:43:15 chr2 133013417 . CAT ACA,CGT 160.89 PASS AF=0,0.37037;AO=2,18;DP=55;FAO=0,20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.138665,-0.0546941;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=36.5239,168.925;QD=11.9176;RBI=0.141252,0.0636142;REFB=-0.0153414,-0.0129399;REVB=-0.0269084,-0.0324857;RO=30;SAF=2,9;SAR=0,9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.394061,-0.179866;STB=0.5,0.60105;STBP=1,0.306;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0438107;OID=.,.;OPOS=133013417,133013418;OREF=CAT,A;OALT=ACA,G;OMAPALT=ACA,CGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:54:30:34:2,18:0,20:0,0.37037:0,9:2,9:20:10:0,9:0,11:24:10 chr2 133013449 . G A 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0421387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.954;QD=6.6615;RBI=0.0421759;REFB=0.000630274;REVB=-0.00177094;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228923;STB=0.642595;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00459915;OID=.;OPOS=133013449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:22:10:5:5:22:10 chr2 133013461 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00860166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.573;QD=5.69621;RBI=0.00891958;REFB=0.00219861;REVB=-0.00236014;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180704;STB=0.615148;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0349666;OID=.;OPOS=133013461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:23:10:4:5:23:10 chr2 133013475 . A G 143.26 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0214404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6572;QD=14.6936;RBI=0.0657893;REFB=-0.0206168;REVB=0.0621976;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0352933;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:16:7:6:10:16:7 chr2 133013489 . C T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0137905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5138;QD=6.01575;RBI=0.0290078;REFB=0.00101338;REVB=-0.0255201;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.537883;STB=0.828782;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0104835;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:20:22:7:7:0.241379:1:6:8:12:1:6:10:12 chr2 133013492 . C T 43.78 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0851449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.946;QD=6.25478;RBI=0.0875757;REFB=-0.00973294;REVB=-0.02049;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518359;STB=0.837696;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0472836;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:1:6:9:12:1:6:9:12 chr2 133013590 . A C,G 380.86 PASS AF=0.25,0.75;AO=7,21;DP=28;FAO=7,21;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527424,0.0154728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.03,147.289;QD=54.4083;RBI=0.00628113,0.015719;REFB=0,0;REVB=-0.003411,-0.00277093;RO=0;SAF=4,14;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0204904,0.0028504;OID=.,.;OPOS=133013590,133013590;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:43:28:28:0:0:7,21:7,21:0.25,0.75:3,7:4,14:0:0:3,7:4,14:0:0 chr2 133013631 . G A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0220065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5071;QD=7.81273;RBI=0.0278443;REFB=0.00855794;REVB=-0.0170593;RO=40;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366568;STB=0.726942;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0268901;OID=.;OPOS=133013631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:3:12:21:19:3:12:21:19 chr2 133013644 . G A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00233535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.468;QD=7.40475;RBI=0.0510097;REFB=-0.00647291;REVB=-0.0509562;RO=46;SAF=12;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130338;STB=0.579734;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.013914;OID=.;OPOS=133013644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:5:12:28:18:5:12:28:18 chr2 133013680 . G A 474.62 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00808042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8852;QD=27.1214;RBI=0.029581;REFB=0.00159918;REVB=-0.0284559;RO=26;SAF=32;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149401;STB=0.581779;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00128827;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:12:32:14:12:12:32:14:12 chr2 133013687 . T C 148.28 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00717982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.78;QD=7.80436;RBI=0.0072285;REFB=-0.0088986;REVB=0.00083752;RO=55;SAF=13;SAR=8;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222537;STB=0.513356;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0231006;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:8:13:35:20:8:13:35:20 chr2 133013695 . CA CG,TG 426.56 PASS AF=0.315068,0.273973;AO=23,20;DP=73;FAO=23,20;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=18,12;FSAR=5,8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.010353,-0.00511;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=111.527,170.23;QD=23.3729;RBI=0.0199095,0.0421905;REFB=-0.00531454,0.00725988;REVB=-0.017006,-0.0418799;RO=29;SAF=18,12;SAR=5,8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27092,0.0510408;STB=0.667809,0.540942;STBP=0.059,0.608;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0191884,-0.0125143;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:23,20:23,20:0.315068,0.273973:5,8:18,12:16:13:5,8:18,12:16:14 chr2 133013704 . G A 171.37 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0124985;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.094;QD=9.1399;RBI=0.0318731;REFB=-0.0146132;REVB=-0.0293204;RO=49;SAF=18;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28554;STB=0.693965;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0286839;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:52:23:23:0.306667:5:18:28:21:5:18:28:24 chr2 133013756 . G A 155.22 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0143423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9112;QD=9.2671;RBI=0.0486309;REFB=0.0145807;REVB=-0.0464679;RO=45;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293521;STB=0.683357;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0370494;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:21:21:0.313433:5:16:24:21:5:16:24:22 chr2 133014602 . G C 138.93 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00683483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.717;QD=19.8477;RBI=0.0177621;REFB=-0.0202941;REVB=-0.0163944;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224043;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0105598;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:4:10:9:4:5:10:9:4 chr2 133014612 . A C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00192143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.07;QD=19.0178;RBI=0.0122027;REFB=-0.0386743;REVB=-0.0120505;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203786;STB=0.511612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0276777;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:4:11:10:4:4:11:10:4 chr2 133014651 . A AC 85.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0427013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8177;QD=10.0184;RBI=0.0427058;REFB=0.0251151;REVB=0.00061901;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.544489;STBP=0.691;TYPE=ins;VARB=-0.038783;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:14:34:14:34:20:10:4:13:7:85:20:10:4:13:7 chr2 133036257 . TG CA 30.45 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=94;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0262824;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.455;QD=1.32395;RBI=0.0348384;REFB=-0.00143047;REVB=-0.0228682;RO=84;SAF=5;SAR=3;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487212;STB=0.539672;STBP=0.82;TYPE=mnp;VARB=0.0159433;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:94:92:84:84:8:8:0.0869565:3:5:49:35:3:5:49:35 chr2 133036280 . A C 63.27 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0464587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8782;QD=2.58228;RBI=0.0577655;REFB=0.00126612;REVB=0.0343284;RO=85;SAF=9;SAR=4;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180166;STB=0.627703;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00410837;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:85:85:13:13:0.132653:4:9:47:38:4:9:47:38 chr2 133036337 . A G 47.09 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00904096;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.193;QD=3.42448;RBI=0.023564;REFB=-0.0231936;REVB=-0.0217605;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12981;STB=0.593158;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0672424;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:56:55:47:47:8:8:0.145455:2:6:31:16:2:6:31:16 chr2 133036343 . C T 48.12 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0991303;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0633;QD=3.77406;RBI=0.101787;REFB=-0.0141362;REVB=-0.0231031;RO=43;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558639;STB=0.599734;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0782732;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:7:8:0.156863:2:5:29:14:2:6:28:15 chr2 133036364 . G A 41.52 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0116999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.332;QD=4.15231;RBI=0.0265317;REFB=-0.013771;REVB=0.0238127;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805377;STB=0.546082;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.102609;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:32:33:7:7:0.175:2:5:21:11:2:5:22:11 chr2 133036394 . A G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0245731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.145;QD=5.1913;RBI=0.0371583;REFB=-0.0263028;REVB=-0.0278729;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225524;STB=0.642523;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0571415;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:2:5:22:4:2:5:22:4 chr2 133036419 . A C 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00281382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8881;QD=5.44165;RBI=0.0110076;REFB=0.000556222;REVB=0.0106419;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16538;STB=0.604968;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00102656;OID=.;OPOS=133036419;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:18:2:1:5:18:2 chr2 133036510 . C A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0351;QD=2.84375;RBI=0.0519572;REFB=0.00534648;REVB=0.0510111;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118595;STB=0.586676;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00975316;OID=.;OPOS=133036510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:3:3:16:24:3:3:16:24 chr2 133036522 . G T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0231896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2758;QD=2.64344;RBI=0.0537687;REFB=-0.00146226;REVB=-0.0485111;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160094;STB=0.591542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00681896;OID=.;OPOS=133036522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:41:43:6:6:0.122449:3:3:15:26:3:3:17:26 chr2 133036524 . C T 32.35 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0225716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9967;QD=2.64063;RBI=0.0225864;REFB=0.000349893;REVB=-0.000816349;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123517;STB=0.591542;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=4.83597e-05;OID=.;OPOS=133036524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:17:26:3:3:17:26 chr2 133036530 . A G 49.18 PASS AF=0.163265;AO=7;DP=48;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00235804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.552;QD=4.01466;RBI=0.0205935;REFB=-0.00227017;REVB=-0.0204581;RO=39;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162492;STB=0.534671;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0130479;OID=.;OPOS=133036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:49:39:41:7:8:0.163265:5:2:16:23:5:3:17:24 chr2 133036571 . C T 110.97 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00861527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.718;QD=7.15927;RBI=0.00898938;REFB=-0.012918;REVB=-0.00256633;RO=45;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291413;STB=0.680601;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.026252;OID=.;OPOS=133036571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:62:62:45:45:14:14:0.225806:5:9:18:27:5:9:18:27 chr2 133036619 . CC TG 146.86 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0230551;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.694;QD=8.7678;RBI=0.0330989;REFB=-0.00534091;REVB=0.0237486;RO=46;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208962;STB=0.625723;STBP=0.218;TYPE=mnp;VARB=0.00355893;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:18:18:0.268657:7:11:20:26:7:11:20:26 chr2 133036630 . A G 61.26 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00711671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.563;QD=3.02537;RBI=0.0194601;REFB=-0.00984661;REVB=0.0181121;RO=69;SAF=1;SAR=11;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565577;STB=0.897238;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0958908;OID=.;OPOS=133036630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:11:1:35:34:11:1:35:34 chr2 133036632 . G A 77.15 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0311944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.319;QD=3.76365;RBI=0.0312375;REFB=-0.00271762;REVB=0.00163986;RO=67;SAF=3;SAR=11;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396892;STB=0.759615;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0424721;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:82:67:68:14:14:0.170732:11:3:35:32:11:3:35:33 chr2 133036650 . T G 368.72 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00907348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4693;QD=17.15;RBI=0.0590567;REFB=-0.0107762;REVB=0.0583555;RO=47;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990363;STB=0.555527;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.027601;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:23:16:24:23:23:16:24:23 chr2 133036661 . A AT 173.92 PASS AF=0.302326;AO=28;DP=93;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0084862;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=72.8968;QD=8.08915;RBI=0.00997581;REFB=-0.00918443;REVB=-0.00524417;RO=65;SAF=9;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227659;STB=0.702243;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0248288;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302326:28:93:26:86:60:7:19:33:27:99:65:9:19:33:32 chr2 133036666 . AC A 230.39 PASS AF=0.337079;AO=29;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.000602503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5008;QD=10.3544;RBI=0.00601377;REFB=-0.00564672;REVB=0.00598352;RO=59;SAF=11;SAR=18;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188447;STB=0.617457;STBP=0.118;TYPE=del;VARB=0.00430895;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337079:29:89:30:89:59:11:19:32:27:99:59:11:18:32:27 chr2 133036669 . G T 244.3 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0100913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.817;QD=10.8578;RBI=0.0440894;REFB=-0.0125893;REVB=-0.0429191;RO=60;SAF=11;SAR=19;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211209;STB=0.622868;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0284049;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:19:11:33:27:19:11:33:27 chr2 133036693 . T G 635.81 PASS AF=0.598039;AO=60;DP=101;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0101482;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.509;QD=24.9339;RBI=0.0305934;REFB=-0.0384205;REVB=0.0288612;RO=41;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465446;STB=0.528146;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0116822;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:41:41:60:61:0.598039:27:33:20:21:27:34:20:21 chr2 133036695 . C A 130.31 PASS AF=0.203883;AO=22;DP=101;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0102819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.745;QD=5.06062;RBI=0.0383233;REFB=-0.00115074;REVB=-0.0369183;RO=79;SAF=18;SAR=4;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46107;STB=0.78736;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0138832;OID=.;OPOS=133036695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:79:82:22:21:0.203883:4:18:37:42:4:17:38:44 chr2 133036697 . A G 639.36 PASS AF=0.592233;AO=63;DP=102;FAO=61;FDP=103;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0309667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.695;QD=24.8296;RBI=0.0313269;REFB=-0.0127231;REVB=-0.00473669;RO=39;SAF=35;SAR=28;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484303;STB=0.54018;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0158297;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:39:42:63:61:0.592233:28:35:19:20:26:35:20:22 chr2 133036704 . T C 305.48 PASS AF=0.368932;AO=37;DP=102;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00795994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.847;QD=11.8633;RBI=0.0206605;REFB=-0.00566862;REVB=-0.0190656;RO=64;SAF=17;SAR=20;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164764;STB=0.595394;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0069549;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:64:65:37:38:0.368932:20:17:39:25:21:17:39:26 chr2 133036714 . A G 302.11 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0014463;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9661;QD=11.8473;RBI=0.00145071;REFB=-0.00525652;REVB=0.000113103;RO=64;SAF=16;SAR=21;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193831;STB=0.615002;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0277058;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:64:65:37:37:0.362745:21:16:39:25:21:16:40:25 chr2 133036716 . G T 299.67 PASS AF=0.362745;AO=35;DP=100;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00581698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.455;QD=11.7517;RBI=0.00993973;REFB=-0.0234372;REVB=-0.00805984;RO=62;SAF=15;SAR=20;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202942;STB=0.624348;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0253846;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:62:65:35:37:0.362745:20:15:38:24:21:16:41:24 chr2 133036720 . T C 171.2 PASS AF=0.245098;AO=24;DP=101;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0235949;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.704;QD=6.71356;RBI=0.0265125;REFB=-0.0103255;REVB=-0.012091;RO=77;SAF=18;SAR=6;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33484;STB=0.714106;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0235082;OID=.;OPOS=133036720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:77:77:24:25:0.245098:6:18:38:39:6:19:38:39 chr2 133036742 . T C 192.22 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0202323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.468;QD=9.85734;RBI=0.0202428;REFB=-0.00974893;REVB=0.000651696;RO=52;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766683;STB=0.539685;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0199996;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:9:16:30:22:9:16:31:22 chr2 133036757 . A G 118.91 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0558266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.58;QD=6.51537;RBI=0.0612692;REFB=-0.00281778;REVB=-0.0252449;RO=55;SAF=15;SAR=3;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408671;STB=0.756437;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0190154;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:3:15:30:25:3:15:30:25 chr2 133036787 . C A 129.18 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00359905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.346;QD=10.1318;RBI=0.039937;REFB=-0.00696298;REVB=-0.0397745;RO=35;SAF=15;SAR=0;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.797573;STB=0.905748;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108266;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:15:16:0.313725:0:15:16:19:1:15:16:19 chr2 133036828 . A G 50.95 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00293061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.101;QD=5.36293;RBI=0.00310088;REFB=-0.00164815;REVB=0.0010134;RO=29;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630252;STB=0.904998;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00770906;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:29:30:8:8:0.210526:1:7:9:20:1:7:9:21 chr2 133036913 . C T 188.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00784848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5784;QD=20.9931;RBI=0.0357022;REFB=-0.0248144;REVB=0.0348289;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379833;STB=0.714483;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00844259;OID=.;OPOS=133036913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:14:5:12:5:14:5:12:5 chr2 133036928 . G A 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0220672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.492;QD=3.64929;RBI=0.0893944;REFB=-0.00258714;REVB=-0.0866279;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25372;STB=0.677983;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00935396;OID=.;OPOS=133036928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:14:17:2:4:14:17 chr2 133037108 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0170404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.727;QD=13.2053;RBI=0.0186369;REFB=-0.0114925;REVB=0.00754721;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00659894;OID=.;OPOS=133037108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:2:4:2:4:2:4 chr2 133037115 . A C 39.94 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0372104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2793;QD=14.5227;RBI=0.0387944;REFB=0.00607847;REVB=-0.0109725;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000414178;OID=.;OPOS=133037115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:2:3:1:4:2:4:1:4 chr2 133037140 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0170107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.752;QD=16.387;RBI=0.041669;REFB=-0.0686784;REVB=0.0380387;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.01865;OID=.;OPOS=133037140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr2 133037153 . C T 73.27 PASS AF=0.529412;AO=6;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00420517;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7102;QD=17.2405;RBI=0.0429783;REFB=-0.00635578;REVB=0.0427721;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152983;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:17:5:7:6:9:0.529412:4:2:3:2:5:4:3:4 chr2 133037226 . T C 191.59 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00755012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.605;QD=23.2233;RBI=0.0181345;REFB=0.0146292;REVB=-0.0164881;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273118;STB=0.528024;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.013481;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:11:8:5:8:11:8:5:9 chr2 133037311 . C A 405.35 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00346525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5562;QD=25.3341;RBI=0.00356782;REFB=-0.0095975;REVB=0.000849325;RO=25;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888601;STB=0.548648;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00570677;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:17:22:11:14:17:22:11:14 chr2 133037397 . C T 360.02 PASS AF=0.580645;AO=34;DP=60;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0508035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.362;QD=23.2271;RBI=0.0516076;REFB=-0.00384753;REVB=0.00907422;RO=26;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144404;STB=0.502761;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00314207;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:26:26:34:36:0.580645:15:19:15:11:15:21:15:11 chr2 133037512 . C T 65.3 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=41;FWDB=-0.0194354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.89;QD=4.92815;RBI=0.0195629;REFB=0.00154702;REVB=-0.00222986;RO=42;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636918;STB=0.867586;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00626929;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:53:53:42:43:10:10:0.188679:5:5:2:40:5:5:2:41 chr2 133037568 . T C 819.72 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.148074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8677;QD=55.5741;RBI=0.150047;REFB=-0.138864;REVB=0.0242551;RO=1;SAF=2;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835209;STB=0.504423;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00131;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:56:2:0:1:56:2:0:1 chr2 133037592 . CTATAA CTAA,CTATAC 348.43 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=22,3;DP=26;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219096,-0.0204324;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=213.157,71.0641;QD=53.6038;RBI=0.0252996,0.0257973;REFB=0,0;REVB=0.0126507,-0.0157486;RO=0;SAF=0,1;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00228199,0.0525743;OID=.,.;OPOS=133037593,133037597;OREF=TA,A;OALT=-,C;OMAPALT=CTAA,CTATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.884615,0.115385:22,3:26:23,3:26:0:0,1:23,2:0:0:14:0:0,1:22,2:0:0 chr2 133037812 . A G 788.75 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585014;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.342;QD=57.3639;RBI=0.0654193;REFB=0;REVB=-0.0292792;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28946e-05;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:55:1:0:50:55:1:25:25:0:1:24:31:0:0 chr2 133038179 . AG CG,CT 318.41 PASS AF=0.4375,0.166667;AO=21,8;DP=49;FAO=21,8;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14,5;FSAR=7,3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00479467,-0.0129491;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.0842,139.284;QD=26.5337;RBI=0.0314903,0.0177176;REFB=-0.0108577,-0.0209855;REVB=-0.0311232,-0.0120927;RO=19;SAF=14,5;SAR=7,3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0329041,-0.00792354;STB=0.518501,0.504938;STBP=0.838,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0199428,0.0197946;OID=.,.;OPOS=133038179,133038179;OREF=A,AG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:19:21,8:21,8:0.4375,0.166667:7,3:14,5:12:7:7,3:14,5:12:7 chr2 133038188 . T C 64.64 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0158056;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4007;QD=4.87882;RBI=0.0178691;REFB=-0.00815953;REVB=-0.00833582;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129472;STB=0.584741;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0295295;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:26:17:5:5:26:17 chr2 133038228 . C T 165.54 PASS AF=0.306667;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0171554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.85;QD=8.82903;RBI=0.02019;REFB=-0.00623738;REVB=-0.0106456;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188624;STB=0.623184;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0150234;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:22:23:0.306667:12:10:32:20:13:10:32:20 chr2 133038234 . C T 170.59 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0244368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.547;QD=8.97847;RBI=0.0265753;REFB=-0.00481911;REVB=-0.0104446;RO=52;SAF=10;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187429;STB=0.616154;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.018378;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:53:23:23:0.302632:13:10:31:21:13:10:32:21 chr2 133038264 . G A 172.41 PASS AF=0.319444;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0409701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4255;QD=9.57816;RBI=0.0505628;REFB=0.00026218;REVB=0.0296319;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159177;STB=0.605644;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000517614;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:49:22:23:0.319444:12:10:29:20:13:10:29:20 chr2 133038275 . C T 146.05 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00510544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.562;QD=8.98739;RBI=0.0120559;REFB=-0.00628057;REVB=0.0109215;RO=41;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209718;STB=0.63623;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0101564;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:45:20:20:0.307692:12:8:24:17:12:8:27:18 chr2 133038280 . A C 150.99 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0327795;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8581;QD=9.90105;RBI=0.03955;REFB=-0.0443112;REVB=-0.0221292;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221932;STB=0.607736;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0165708;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:19:20:0.327869:12:7:23:18:12:8:23:18 chr2 133038365 . G T 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.010715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.0395;QD=16.1557;RBI=0.015555;REFB=0.016885;REVB=-0.0112759;RO=32;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032491;STB=0.518311;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.016163;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:11:16:20:12:11:16:20:12 chr2 133038366 . C T 50.73 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00276394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4426;QD=3.43962;RBI=0.0439735;REFB=-0.00488776;REVB=0.0438865;RO=49;SAF=4;SAR=5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229012;STB=0.64545;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.083265;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:49:50:9:9:0.152542:5:4:31:18:5:4:31:19 chr2 133038378 . A G 220.74 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0105597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.83;QD=14.4748;RBI=0.01063;REFB=-0.00912503;REVB=-0.0012208;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659006;STB=0.569179;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.021153;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:35:25:26:0.42623:11:14:20:12:12:14:23:12 chr2 133038383 . GC AT 208.06 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00577787;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.653;QD=15.1315;RBI=0.00605722;REFB=-0.0126776;REVB=0.00181828;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913055;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=mnp;VARB=0.0191883;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:30:31:24:24:0.436364:11:13:19:11:11:13:20:11 chr2 133038400 . GA G 87.37 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.136346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.8124;QD=7.28044;RBI=0.146597;REFB=0.0486653;REVB=-0.0538557;RO=25;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139619;STB=0.576842;STBP=0.394;TYPE=del;VARB=-0.0858783;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:16:48:20:48:28:15:5:18:10:87:25:12:4:16:9 chr2 133038419 . AGG AGC,CAG 230.26 PASS AF=0.372881,0;AO=21,2;DP=56;FAO=22,0;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=16,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.035541,-0.083241;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=185.259,21.0159;QD=15.6109;RBI=0.0395802,0.110759;REFB=-0.0280486,-0.0475173;REVB=-0.0174191,-0.0730655;RO=23;SAF=16,2;SAR=5,0;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.256133,0.483597;STB=0.612795,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0467612,0;OID=.,.;OPOS=133038421,133038419;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AGC,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:23:29:21,2:22,0:0.372881,0:5,0:16,2:12:11:6,0:16,0:16:13 chr2 133038438 . C T 234.27 PASS AF=0.383562;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0207884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.06;QD=12.8368;RBI=0.10904;REFB=-0.00564115;REVB=0.10704;RO=45;SAF=19;SAR=7;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564328;STB=0.518854;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0112709;OID=.;OPOS=133038438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:45:45:26:28:0.383562:7:19:31:14:8:20:31:14 chr2 133038491 . T C 239.16 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=95;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.015864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.555;QD=9.96493;RBI=0.0256693;REFB=-0.0149266;REVB=-0.0201804;RO=65;SAF=21;SAR=9;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720811;STB=0.538435;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0404857;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:66:30:30:0.3125:9:21:42:23:9:21:43:23 chr2 133038501 . G A 227.32 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=94;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0317865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.32;QD=9.37407;RBI=0.0318676;REFB=-0.00682185;REVB=0.00227105;RO=65;SAF=20;SAR=8;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113477;STB=0.545277;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0180228;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:65:68:28:29:0.298969:8:20:41:24:9:20:43:25 chr2 133038515 . A G 186.03 PASS AF=0.257426;AO=25;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.000611209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.44;QD=7.36741;RBI=0.0934342;REFB=-0.00315672;REVB=0.0934322;RO=75;SAF=16;SAR=9;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177462;STB=0.521975;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0110641;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:25:26:0.257426:9:16:47:28:9:17:47:28 chr2 133038530 . A G 159.03 PASS AF=0.235294;AO=23;DP=103;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.00558223;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.172;QD=6.23627;RBI=0.0183142;REFB=-0.00983433;REVB=0.0174427;RO=79;SAF=14;SAR=9;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144621;STB=0.535685;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0283561;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:79:78:23:24:0.235294:9:14:48:31:10:14:49:29 chr2 133038543 . A G 175.51 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=111;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0045838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.918;QD=6.32449;RBI=0.00815567;REFB=-0.0152035;REVB=0.00674564;RO=82;SAF=16;SAR=11;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221661;STB=0.511442;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0371236;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:84:27:27:0.243243:11:16:50:32:11:16:51:33 chr2 133038569 . T C 166.45 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.0168321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.538;QD=5.45727;RBI=0.0359786;REFB=-0.00979904;REVB=-0.0317985;RO=80;SAF=18;SAR=9;SRF=58;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844522;STB=0.564657;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0354689;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:80:95:27:27:0.221311:9:18:58:22:9:18:56:39 chr2 133038580 . C T 203.44 PASS AF=0.238462;AO=31;DP=131;FAO=31;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=0.0140153;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.914;QD=6.25956;RBI=0.0175142;REFB=-0.0164332;REVB=0.0105032;RO=95;SAF=17;SAR=14;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252731;STB=0.528949;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0384488;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:95:99:31:31:0.238462:14:17:54:41:14:17:58:41 chr2 133038625 . G A 240.84 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00199224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.599;QD=9.53838;RBI=0.0308772;REFB=-0.0132606;REVB=-0.0308129;RO=70;SAF=14;SAR=17;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907701;STB=0.553252;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0360787;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:70:31:31:0.306931:17:14:37:33:17:14:37:33 chr2 133038681 . T C 93.2 PASS AF=0.13125;AO=21;DP=160;FAO=21;FDP=160;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=112;FWDB=0.00240175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.779;QD=2.32998;RBI=0.00332674;REFB=-0.00349778;REVB=0.0023019;RO=139;SAF=9;SAR=12;SRF=27;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3421;STB=0.720771;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0625004;OID=.;OPOS=133038681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:160:160:139:139:21:21:0.13125:12:9:27:112:12:9:27:112 chr2 133038686 . A G 1325.17 PASS AF=0.716129;AO=111;DP=156;FAO=111;FDP=155;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=98;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0129703;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.492;QD=34.1978;RBI=0.0188705;REFB=-0.021793;REVB=0.0137064;RO=43;SAF=13;SAR=98;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33395;STB=0.679268;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00572909;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:43:44:111:111:0.716129:98:13:21:22:98:13:21:23 chr2 133038693 . A T 944.38 PASS AF=0.585526;AO=89;DP=153;FAO=89;FDP=152;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=85;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00969059;FXX=0.00653552;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.723;QD=24.852;RBI=0.0103402;REFB=0.00447445;REVB=0.00360709;RO=63;SAF=4;SAR=85;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623894;STB=0.849889;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0022055;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:63:63:89:89:0.585526:85:4:28:35:85:4:28:35 chr2 133038724 . T C 484.25 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0307658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.457;QD=23.6218;RBI=0.0308285;REFB=-0.0254722;REVB=0.00196525;RO=33;SAF=2;SAR=43;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697608;STB=0.889475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0259166;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:36:45:46:0.560976:43:2:20:13:44:2:20:16 chr2 133038728 . CTA CGA,GGA,GGC 503.33 PASS AF=0.5,0.333333,0.166667;AO=18,12,6;DP=37;FAO=18,12,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5,1;FSAR=7,7,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504704,0.0302535,0.00554272;FXX=0.0270197;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,3;MLLD=77.9558,76.6299,99.5081;QD=55.9255;RBI=0.0520381,0.0332884,0.00891342;REFB=0,0,0;REVB=0.0126767,0.0138869,0.0069805;RO=0;SAF=11,5,1;SAR=7,7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.00589807,-0.00611152,0.00202305;OID=.,.,.;OPOS=133038729,133038728,133038728;OREF=T,CT,CTA;OALT=G,GG,GGC;OMAPALT=CGA,GGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:37:36:0:0:18,12,6:18,12,6:0.5,0.333333,0.166667:7,7,5:11,5,1:0:0:7,7,5:11,5,1:0:0 chr2 133038740 . G A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0568902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1194;QD=10.9418;RBI=0.0574232;REFB=-0.0161057;REVB=-0.00780615;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596839;STB=0.53565;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0173821;OID=.;OPOS=133038740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:12:8:5:6:12:8 chr2 133038744 . ATA ACA,GCG 107.78 PASS AF=0.346154,0.153846;AO=9,4;DP=26;FAO=9,4;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5,1;FSAR=4,3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00504359,-0.0146541;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=83.5454,210.064;QD=16.5808;RBI=0.0327513,0.014713;REFB=0.00324571,0.00732212;REVB=0.0323606,0.00131506;RO=12;SAF=5,1;SAR=4,3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110103,-0.438863;STB=0.583156,0.809428;STBP=0.559,0.23;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00870764,-0.00192696;OID=.,.;OPOS=133038745,133038744;OREF=T,ATA;OALT=C,GCG;OMAPALT=ACA,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:26:26:12:13:9,4:9,4:0.346154,0.153846:4,3:5,1:8:4:4,3:5,1:9:4 chr2 133038886 . A G 200.83 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.622;QD=47.2547;RBI=0.0504037;REFB=0;REVB=0.0320543;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205744;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr2 133038904 . T G 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0858425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.697;QD=40.5904;RBI=0.0939147;REFB=0.0248131;REVB=0.0380925;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00107932;OID=.;OPOS=133038904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:1:1:8:9:1:1 chr2 133038946 . C T 45.63 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.027609;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.573;QD=6.084;RBI=0.0296366;REFB=-0.0119712;REVB=0.0107735;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177959;STB=0.6561;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0372242;OID=.;OPOS=133038946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:30:25:23:6:7:0.233333:2:4:13:12:2:5:12:11 chr2 133038963 . TG CA 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0303406;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=244.41;QD=6.10468;RBI=0.0327297;REFB=-0.0104267;REVB=0.0122754;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330551;STB=0.702593;STBP=0.213;TYPE=mnp;VARB=0.0480612;OID=.;OPOS=133038963;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:2:6:12:13:2:6:13:13 chr2 133039014 . A G 114.83 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0195634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.179;QD=10.9357;RBI=0.0228988;REFB=-0.0066479;REVB=0.0119008;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120148;STB=0.571329;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0162336;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:17:11:7:7:17:11 chr2 133039018 . T A 50.23 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00865436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3339;QD=5.0231;RBI=0.010892;REFB=-0.00321972;REVB=-0.00661347;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262664;STB=0.666223;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0102681;OID=.;OPOS=133039018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:31:32:8:8:0.2:2:6:17:14:2:6:18:14 chr2 133039048 . A G 138.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0412957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.448;QD=12.3057;RBI=0.0440315;REFB=-0.0435826;REVB=0.0152788;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1598;STB=0.59174;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0708459;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:19:8:8:10:19:8 chr2 133039050 . G A 77.55 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0308678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5973;QD=6.8935;RBI=0.0359656;REFB=-0.0169772;REVB=-0.0184581;RO=34;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330053;STB=0.712437;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0538124;OID=.;OPOS=133039050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:45:45:34:34:11:11:0.244444:2:9:20:14:2:9:20:14 chr2 133039052 . C G 80.0 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.019161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6877;QD=7.27302;RBI=0.0448117;REFB=-0.0134338;REVB=-0.0405086;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310185;STB=0.699073;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0313411;OID=.;OPOS=133039052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:2:9:20:13:2:9:20:13 chr2 133039061 . A G 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0244495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7698;QD=3.54657;RBI=0.0273731;REFB=-3.93519e-05;REVB=-0.0123088;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616129;STB=0.902277;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00089017;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:6:1:27:11:6:1:27:12 chr2 133039063 . T C 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0327625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.302;QD=3.5465;RBI=0.0344093;REFB=-0.000659082;REVB=-0.0105176;RO=38;SAF=1;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596667;STB=0.902277;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00179852;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:6:1:26:12:6:1:27:12 chr2 133039074 . AT GC 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00198187;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.333;QD=4.78733;RBI=0.00781969;REFB=-0.0121807;REVB=0.00756437;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458464;STB=0.799315;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0153797;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:22:12:6:2:22:12 chr2 133039082 . CC AT 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0163836;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=342.373;QD=6.02725;RBI=0.0163963;REFB=0.00141909;REVB=0.000646717;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126548;STB=0.596271;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=-0.00550508;OID=.;OPOS=133039082;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:3:6:17:13:3:6:17:14 chr2 133039090 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0218114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.335;QD=11.4396;RBI=0.0224655;REFB=-0.0037696;REVB=0.00538147;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602297;STB=0.535661;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00902371;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:16:8:5:8:16:8 chr2 133039101 . A G 33.14 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0282428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7183;QD=3.1565;RBI=0.0397497;REFB=0.00159467;REVB=-0.0279711;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379925;STB=0.763936;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00906439;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:24:12:4:2:24:12 chr2 133039105 . T C 41.28 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0408004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8664;QD=3.93169;RBI=0.0584343;REFB=0.00552967;REVB=0.0418318;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454733;STB=0.80173;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0219051;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:24:11:5:2:24:11 chr2 133039128 . A G 33.75 PASS AF=0.139535;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0218;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5404;QD=3.13973;RBI=0.0293817;REFB=-0.00471831;REVB=-0.0196988;RO=35;SAF=1;SAR=4;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595852;STB=0.804755;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0323849;OID=.;OPOS=133039128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:35:37:5:6:0.139535:4:1:27:8:4:2:27:10 chr2 133039132 . T C 49.04 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0199262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.631;QD=4.00337;RBI=0.0265563;REFB=-0.0109494;REVB=0.0175551;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354181;STB=0.713849;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0337032;OID=.;OPOS=133039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:4:4:31:9:4:4:31:10 chr2 133039135 . G T 57.98 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0172273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.921;QD=4.63864;RBI=0.0263488;REFB=-0.00129217;REVB=0.0199369;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296137;STB=0.672571;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00506216;OID=.;OPOS=133039135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:40:41:9:9:0.18:4:5:31:9:4:5:31:10 chr2 133039137 . A G 58.08 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0701476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2483;QD=4.64654;RBI=0.0738499;REFB=-0.00295873;REVB=-0.0230896;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190404;STB=0.650868;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.016227;OID=.;OPOS=133039137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:50:37:41:9:9:0.18:4:5:26:11:4:5:30:11 chr2 133039143 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.036567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9122;QD=8.56809;RBI=0.0392802;REFB=-0.00156382;REVB=0.0143452;RO=37;SAF=12;SAR=2;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339633;STB=0.713926;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00383147;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:2:12:24:13:2:12:24:13 chr2 133039156 . TG CA,CG 336.29 PASS AF=0.216667,0.366667;AO=13,22;DP=61;FAO=13,22;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=11,18;FSAR=2,4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0138215,-0.0176438;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=154.409,169.845;QD=22.4193;RBI=0.0485217,0.0276823;REFB=-0.0276541,-0.0177155;REVB=-0.0465116,-0.0213309;RO=25;SAF=11,18;SAR=2,4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.312603,0.230508;STB=0.691086,0.632298;STBP=0.145,0.139;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0203719,0.0103453;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:60:25:25:13,22:13,22:0.216667,0.366667:2,4:11,18:16:9:2,4:11,18:16:9 chr2 133039164 . C T 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.0123236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.821;QD=7.06649;RBI=0.0330019;REFB=-0.0152552;REVB=-0.0306146;RO=48;SAF=13;SAR=4;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103791;STB=0.506322;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0334219;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:4:13:37:11:4:13:37:11 chr2 133039166 . T C 169.52 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0363132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1898;QD=10.595;RBI=0.113303;REFB=0.00269412;REVB=-0.107327;RO=42;SAF=19;SAR=3;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233299;STB=0.639276;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0121193;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:3:19:31:11:3:19:31:11 chr2 133039171 . C G 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.000370982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.388;QD=9.62346;RBI=0.00195162;REFB=-0.0222643;REVB=-0.00191604;RO=41;SAF=18;SAR=2;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373406;STB=0.723859;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.027217;OID=.;OPOS=133039171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:2:18:29:12:2:18:30:12 chr2 133039176 . A G 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0042751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.798;QD=9.19038;RBI=0.00866238;REFB=-0.00407473;REVB=0.00753395;RO=44;SAF=19;SAR=1;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543784;STB=0.841299;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00732384;OID=.;OPOS=133039176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:1:19:31:13:1:19:31:13 chr2 133039221 . C T 158.75 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.00132932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6837;QD=11.5457;RBI=0.00592243;REFB=0.00774191;REVB=-0.00577131;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231053;STB=0.631468;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0118593;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:6:14:30:5:6:14:30:5 chr2 133174764 . C T 197.02 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0592044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0461;QD=12.9195;RBI=0.070483;REFB=0.00139306;REVB=0.0382452;RO=37;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241328;STB=0.637958;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000260719;OID=.;OPOS=133174764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:10:14:13:24:10:14:13:24 chr2 133174999 . A G 593.11 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00854835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.442;QD=24.713;RBI=0.0284935;REFB=-0.0300418;REVB=-0.027181;RO=42;SAF=26;SAR=28;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527745;STB=0.528902;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0238213;OID=.;OPOS=133174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:28:26:23:19:28:26:23:19 chr2 133281214 . A G 403.14 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.028749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.429;QD=24.8088;RBI=0.0360519;REFB=-0.0368189;REVB=0.0217541;RO=24;SAF=26;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322313;STB=0.505744;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0235357;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:26:39:39:0.6:13:26:15:9:13:26:17:9 chr2 133403017 . C T 386.18 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00893036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4006;QD=32.1813;RBI=0.0168384;REFB=-0.0678323;REVB=-0.0142752;RO=16;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950852;STB=0.551916;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0722965;OID=.;OPOS=133403017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:17:15:10:6:17:15:10:6 chr2 133489401 . A G 642.72 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=163;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.000956204;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5765;QD=15.8695;RBI=0.0711659;REFB=-0.0134154;REVB=-0.0711594;RO=91;SAF=29;SAR=42;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142628;STB=0.579541;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0149781;OID=.;OPOS=133489401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:91:91:71:71:0.438272:42:29:50:41:42:29:50:41 chr2 133489601 . A G 429.17 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00924015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8494;QD=19.7321;RBI=0.0372219;REFB=0.00492612;REVB=0.0360567;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130066;STB=0.576359;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00194461;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:19:24:30:13:19:24:31:13 chr2 133539566 . G A 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.33;QD=58.6493;RBI=0.0334405;REFB=-0.0891689;REVB=0.0216143;RO=1;SAF=53;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886897;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000362121;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:50:53:1:0:51:53:1:0 chr2 133541107 . T A 463.21 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00995788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.312;QD=17.4795;RBI=0.0104643;REFB=-0.0457563;REVB=0.0032158;RO=49;SAF=32;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460446;STB=0.538446;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0427597;OID=.;OPOS=133541107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:49:56:50:50:0.471698:18:32:29:20:18:32:32:24 chr2 133541444 . T C 2828.11 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.934;QD=62.8468;RBI=0.0161341;REFB=0;REVB=0.0149945;RO=0;SAF=106;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85707e-06;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:74:106:0:0:74:106:0:0 chr2 133541454 . A G 2494.86 PASS AF=0.97076;AO=165;DP=170;FAO=166;FDP=171;FR=.;FRO=5;FSAF=104;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0142269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.532;QD=58.3593;RBI=0.0142576;REFB=-0.026219;REVB=-0.000935047;RO=3;SAF=103;SAR=62;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224648;STB=0.50705;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000210929;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:170:171:3:5:165:166:0.97076:62:103:0:3:62:104:2:3 chr2 133541575 . C T 308.51 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0173177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.703;QD=18.1476;RBI=0.0177327;REFB=-0.0239076;REVB=-0.00381403;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121093;STB=0.559964;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0279478;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:15:18:14:20:15:18:15:20 chr2 133542014 . T C 1111.88 PASS AF=1;AO=51;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613498;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.068;QD=59.3004;RBI=0.179252;REFB=0;REVB=0.168427;RO=0;SAF=43;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72506e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168826;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:51:75:1:8:43:0:0:32:43:0:0 chr2 133542545 . G A 35.54 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0321813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.59;QD=5.46734;RBI=0.0332751;REFB=0.00251662;REVB=-0.00846123;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304021;STB=0.699354;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00638308;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:12:8:4:2:12:8 chr2 133542574 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.024641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.726;QD=21.3529;RBI=0.0246707;REFB=-0.00632211;REVB=0.00120958;RO=9;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474473;STB=0.778659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00718232;OID=.;OPOS=133542574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:1:12:5:4:1:12:5:4 chr2 133554288 . A G 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6214;QD=61.3188;RBI=0.11279;REFB=0;REVB=0.00367584;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121823;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 134884697 . G C 152.2 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0195709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7911;QD=13.2343;RBI=0.0398448;REFB=-0.0224507;REVB=0.0347071;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247887;STB=0.647491;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0445916;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:14:3:10:19:14:3:10:19 chr2 134884700 . G A 320.08 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0239312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.808;QD=27.2412;RBI=0.02401;REFB=-0.0163418;REVB=-0.00194409;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970159;STB=0.553309;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0124199;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:19:9:4:15:19:9:4:15 chr2 135185942 . C T 273.38 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0463311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6471;QD=12.0168;RBI=0.0463326;REFB=-0.00130701;REVB=0.000381751;RO=57;SAF=19;SAR=14;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638432;STB=0.541038;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00229646;OID=.;OPOS=135185942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:58:33:33:0.362637:14:19:36:21:14:19:37:21 chr2 135628585 . G A 274.64 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0157646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.769;QD=19.9738;RBI=0.0213002;REFB=-0.00976567;REVB=0.0143239;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193382;STB=0.594597;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00558429;OID=.;OPOS=135628585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:28:29:0.527273:18:10:15:11:18:11:15:11 chr2 135710322 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.857;QD=61.3342;RBI=0.0910771;REFB=0;REVB=0.0247975;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160659;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr2 135711516 . C T 92.54 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617443;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.73;QD=41.1309;RBI=0.00726268;REFB=0;REVB=0.003824;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010681;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 135711657 . G A 393.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.758;QD=56.2226;RBI=0.0430758;REFB=0;REVB=0.0284229;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106394;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr2 135740876 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0061512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.316;QD=17.9421;RBI=0.00617075;REFB=-0.0240861;REVB=0.000490729;RO=29;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107253;STB=0.560394;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.019455;OID=.;OPOS=135740876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:21:7:10:19:21:7:10:19 chr2 135745392 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0148874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.225;QD=21.6305;RBI=0.0171679;REFB=-0.0194353;REVB=-0.00855005;RO=24;SAF=25;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349952;STB=0.696571;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0158638;OID=.;OPOS=135745392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:5:25:12:12:5:25:12:12 chr2 135745545 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0331027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1828;QD=15.618;RBI=0.0487867;REFB=-0.037245;REVB=-0.0358378;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874601;STB=0.55021;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0303783;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:16:9:8:10:16:9 chr2 135745722 . A G 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00485351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.726;QD=8.62642;RBI=0.0187771;REFB=-0.00339898;REVB=-0.018139;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426234;STB=0.765433;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00369416;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:2:9:13:14:2:9:13:14 chr2 135911422 . T C 1072.06 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0436612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.6335;QD=57.1764;RBI=0.058178;REFB=-0.0764619;REVB=0.0384496;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.513154;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00168156;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:36:37:1:0:36:37:2:0 chr2 136407479 . A G 1268.42 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241855;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.032;QD=61.8741;RBI=0.0262514;REFB=0;REVB=0.0102077;RO=0;SAF=66;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74966e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:15:66:0:0:15:67:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 50.4 PASS AF=0.183099,0;AO=11,3;DP=69;FAO=13,0;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0512457,-0.0680649;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=96.3223,185.759;QD=2.83957;RBI=0.0598723,0.0695009;REFB=-0.00388731,-0.0061388;REVB=-0.0309608,-0.014055;RO=55;SAF=5,1;SAR=6,2;SRF=29;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0899011,-0.170598;STB=0.559304,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.114303,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:71:55:58:11,3:13,0:0.183099,0:6,2:5,1:29:26:7,0:6,0:31:27 chr2 136481785 . T G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0527491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2863;QD=18.795;RBI=0.0629957;REFB=-0.0133186;REVB=0.0344383;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523984;STB=0.529704;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0103018;OID=.;OPOS=136481785;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:15:12:9:14:15:12 chr2 136482180 . T C 226.96 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0128585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.816;QD=15.6521;RBI=0.0168011;REFB=-0.00367938;REVB=0.0108137;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545155;STB=0.530808;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00460533;OID=.;OPOS=136482180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:13:19:14:12:13:19 chr2 136511842 . C A 502.48 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0813378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.833;QD=24.8137;RBI=0.0814333;REFB=-0.0298279;REVB=0.00394439;RO=33;SAF=28;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320158;STB=0.522543;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0210179;OID=.;OPOS=136511842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:34:47:47:0.580247:19:28:21:12:19:28:22:12 chr2 136546110 . A G 349.22 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0485111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.77;QD=20.2444;RBI=0.0485916;REFB=-0.0108635;REVB=-0.00279644;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874217;STB=0.562464;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0117359;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:33:35:36:0.521739:12:23:18:14:12:24:18:15 chr2 136555659 . T C 332.66 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0191262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.274;QD=26.6131;RBI=0.0236622;REFB=-0.0380858;REVB=0.0139316;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499607;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0233278;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:10:11:15:14:10:11 chr2 136561557 . G A 1513.14 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.051;QD=59.9262;RBI=0.00656584;REFB=0;REVB=-0.000107799;RO=0;SAF=71;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54117e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:29:71:0:0:30:71:0:0 chr2 136567841 . G A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00943919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.843;QD=13.5148;RBI=0.00981748;REFB=-0.0177436;REVB=-0.00269899;RO=42;SAF=9;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172437;STB=0.59884;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0314914;OID=.;OPOS=136567841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:19:9:20:22:19:9:20:22 chr2 136575199 . G T 129.23 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0236622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.609;QD=21.538;RBI=0.0529093;REFB=0.0170258;REVB=0.0473232;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011206;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0105514;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:24:24:9:10:14:14:0.583333:6:8:5:4:6:8:5:5 chr2 136575534 . T C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9967;QD=35.5667;RBI=0.0681028;REFB=0;REVB=0.0434355;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376401;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 136590746 . C T 548.06 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0555314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5427;QD=19.4004;RBI=0.0560053;REFB=-0.00870117;REVB=0.00727043;RO=56;SAF=33;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556511;STB=0.530737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00725711;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:24:33:29:27:24:33:29:27 chr2 136623717 . C T 369.63 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0350021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.846;QD=22.4016;RBI=0.0502898;REFB=0.000197382;REVB=-0.0361098;RO=28;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692236;STB=0.544018;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00132748;OID=.;OPOS=136623717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:15:22:19:9:15:22:20:9 chr2 136624155 . G A 95.5 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00257428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.365;QD=7.34644;RBI=0.0138352;REFB=-0.00983323;REVB=-0.0135936;RO=37;SAF=11;SAR=2;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45238;STB=0.774172;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0449176;OID=.;OPOS=136624155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:37:39:13:13:0.25:2:11:19:18:2:11:21:18 chr2 136700927 . T C 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00540238;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.985;QD=8.88632;RBI=0.00549293;REFB=-0.011606;REVB=0.000993225;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.636186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0325978;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:9:6:22:15:9:6:22:15 chr2 136741036 . G GT,T 32.59 PASS AF=0.297297,0;AO=5,9;DP=39;FAO=11,0;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.056259,-0.0431646;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=6.82863,55.0211;QD=3.52319;RBI=0.183733,0.0480078;REFB=-0.192457,-0.02705;REVB=-0.174908,-0.0210133;RO=25;SAF=3,7;SAR=2,2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275588,0.476015;STB=0.757844,0.5;STBP=0.042,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0938863,0;OID=.,.;OPOS=136741037,136741036;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:37:25:26:5,9:11,0:0.297297,0:2,2:3,7:9:16:3,0:8,0:9:17 chr2 136743080 . G C 374.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0302772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.331;QD=17.8097;RBI=0.0351212;REFB=-0.0280786;REVB=-0.0177987;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722905;STB=0.545432;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.027629;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:39:39:0.464286:18:21:27:17:18:21:28:17 chr2 137639841 . A G 367.36 PASS AF=0.354331;AO=45;DP=127;FAO=45;FDP=127;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0190435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.023;QD=11.5704;RBI=0.0206821;REFB=-0.0106797;REVB=0.00806826;RO=82;SAF=19;SAR=26;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332559;STB=0.519065;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0227568;OID=.;OPOS=137639841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:82:82:45:45:0.354331:26:19:37:45:26:19:37:45 chr2 137988626 . C T 753.05 PASS AF=0.484663;AO=78;DP=162;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.0122043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9343;QD=18.4798;RBI=0.021606;REFB=-0.00298538;REVB=0.0178291;RO=82;SAF=39;SAR=39;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679881;STB=0.539719;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00353227;OID=.;OPOS=137988626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:82:84:78:79:0.484663:39:39:47:35:39:40:49:35 chr2 138237038 . C T 241.05 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.138077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8385;QD=21.9134;RBI=0.154737;REFB=0.0199223;REVB=-0.0698445;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688523;STB=0.538429;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0233294;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:16:5:7:16:16:5 chr2 139045852 . A G 428.48 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0105176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.719;QD=22.2588;RBI=0.0106055;REFB=-0.0327111;REVB=0.00136219;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019364;STB=0.517318;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0299184;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:35:42:42:0.545455:22:20:17:17:22:20:18:17 chr2 139045972 . T C 420.15 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.02786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3772;QD=20.7482;RBI=0.0421091;REFB=-0.00856934;REVB=0.0315753;RO=39;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164506;STB=0.59126;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00728954;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:14:28:19:20:14:28:19:20 chr2 139326879 . G C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.209;QD=56.9373;RBI=0.0247885;REFB=0;REVB=-0.0153529;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38768e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 139429068 . G A 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.19;QD=61.8483;RBI=0.0705299;REFB=0;REVB=0.0683034;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017576;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr2 139621308 . C T 493.67 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.022746;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3708;QD=17.4751;RBI=0.0348159;REFB=-0.0357586;REVB=-0.0263584;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387868;STB=0.530423;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0324826;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:60:60:53:53:0.469027:27:26:27:33:27:26:26:34 chr2 139621319 . A ATCT 260.24 PASS AF=0.336634;AO=30;DP=104;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0158902;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.398;QD=10.3064;RBI=0.0227306;REFB=-0.0254068;REVB=-0.0162536;RO=67;SAF=19;SAR=11;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202247;STB=0.563662;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=0.0364069;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336634:30:104:34:101:67:19:15:31:36:99:67:19:11:31:36 chr2 139621326 . G A 359.6 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0223574;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9173;QD=14.8287;RBI=0.0395786;REFB=-0.00965917;REVB=-0.032659;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015862;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0349963;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:56:58:39:39:0.402062:21:18:25:31:21:18:27:31 chr2 140979107 . C T 1936.42 PASS AF=0.916667;AO=132;DP=144;FAO=132;FDP=144;FR=.;FRO=12;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0180052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.677;QD=53.7895;RBI=0.0614703;REFB=-0.00673189;REVB=-0.0587742;RO=12;SAF=60;SAR=72;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468135;STB=0.524711;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000556426;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:144:12:12:132:132:0.916667:72:60:9:3:72:60:9:3 chr2 140979108 . G T 35.83 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=72;FWDB=-0.0551021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1536;QD=0.995203;RBI=0.132011;REFB=-0.0374518;REVB=-0.119961;RO=132;SAF=9;SAR=3;SRF=60;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331652;STB=0.764875;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0575321;OID=.;OPOS=140979108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:144:144:132:132:12:12:0.0833333:3:9:60:72:3:9:60:72 chr2 141274576 . T C 638.88 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476101;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.135;QD=59.4307;RBI=0.0487135;REFB=-0.14734;REVB=0.0103094;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000601202;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:1:0 chr2 141571329 . T C 1564.94 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.824;QD=63.8749;RBI=0.0270007;REFB=0;REVB=0.0219538;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74823e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:49:47:0:0:50:48:0:0 chr2 141625673 . G A 500.87 PASS AF=0.486486;AO=52;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00891994;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.974;QD=18.0494;RBI=0.0107324;REFB=-0.00958127;REVB=0.0059682;RO=55;SAF=32;SAR=20;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570595;STB=0.530387;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0095995;OID=.;OPOS=141625673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:55:57:52:54:0.486486:20:32:37:18:22:32:37:20 chr2 141707868 . G T 584.49 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.0410718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.726;QD=15.3812;RBI=0.0416925;REFB=-0.0096132;REVB=-0.00716789;RO=86;SAF=30;SAR=35;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203384;STB=0.615966;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0188108;OID=.;OPOS=141707868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:86:87:65:65:0.427632:35:30:57:29:35:30:58:29 chr2 141709419 . T G 504.92 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0476933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4842;QD=19.0536;RBI=0.0536979;REFB=-0.0263786;REVB=0.0246742;RO=52;SAF=32;SAR=21;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426958;STB=0.51955;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0257173;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:21:32:29:23:21:32:30:23 chr2 141750164 . A T 451.52 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000690423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.133;QD=24.7406;RBI=0.00232758;REFB=-0.00868838;REVB=-0.00222282;RO=30;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162952;STB=0.508924;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00721576;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:21:22:16:14:21:22:16:14 chr2 141751592 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.016733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.036;QD=20.1937;RBI=0.017703;REFB=-0.0326753;REVB=0.00577955;RO=37;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230513;STB=0.627702;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0233693;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:24:15:24:13:24:15:24:13 chr2 141816621 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.262;QD=56.9382;RBI=0.0474533;REFB=0;REVB=0.044585;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109885;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr2 143746444 . T C 315.47 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0192077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.339;QD=22.5338;RBI=0.0478513;REFB=-0.00370109;REVB=0.043827;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128109;STB=0.570876;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00221191;OID=.;OPOS=143746444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:12:12:21:11:12:12 chr2 143798189 . A G 146.98 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=0.00255197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.856;QD=7.53734;RBI=0.0123063;REFB=-0.00889308;REVB=-0.0120388;RO=57;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339486;STB=0.699717;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0197834;OID=.;OPOS=143798189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:10:11:14:43:10:11:14:43 chr2 144899559 . C A 1065.72 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0494024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0189;QD=58.3955;RBI=0.0719585;REFB=-0.0388373;REVB=-0.0523205;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000664742;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:34:38:0:0:34:38:1:0 chr2 145146079 . A C 33.92 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00639253;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=162.944;QD=3.47947;RBI=0.0413801;REFB=0.00237001;REVB=0.0408833;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593858;STB=0.89825;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.019706;OID=.;OPOS=145146079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:39:32:33:6:6:0.153846:5:1:23:9:5:1:24:9 chr2 145156879 . G A 87.32 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=110;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.00381226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.436;QD=3.17534;RBI=0.00912071;REFB=-0.00224585;REVB=0.00828577;RO=93;SAF=9;SAR=8;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121385;STB=0.580624;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0145489;OID=.;OPOS=145156879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:93:93:17:17:0.154545:8:9:58:35:8:9:58:35 chr2 145157263 . T G 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.010141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5186;QD=24.7067;RBI=0.0101911;REFB=-0.0195462;REVB=0.00100941;RO=17;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926173;STB=0.551678;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.015002;OID=.;OPOS=145157263;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:16:7:7:10:16:7:7:10 chr2 148165961 . T G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0113239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.54;QD=24.2459;RBI=0.0215629;REFB=-0.0413981;REVB=-0.0183501;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271839;STB=0.515139;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0294582;OID=.;OPOS=148165961;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:8:17:13:7:8:17:13:7 chr2 148716374 . T C 227.03 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0175271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.491;QD=15.6572;RBI=0.017747;REFB=-0.0103138;REVB=0.00278498;RO=30;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213609;STB=0.637962;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00828187;OID=.;OPOS=148716374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:32:26:26:0.448276:17:9:17:13:17:9:19:13 chr2 149803531 . C T 313.44 PASS AF=0.338983;AO=40;DP=118;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.076243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0214;QD=10.6249;RBI=0.0867413;REFB=-0.00860624;REVB=-0.0413649;RO=74;SAF=16;SAR=24;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173931;STB=0.608054;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.012381;OID=.;OPOS=149803531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:78:40:40:0.338983:24:16:41:33:24:16:44:34 chr2 149838032 . C T 714.87 PASS AF=0.450292;AO=75;DP=170;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=-0.00914884;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.632;QD=16.7221;RBI=0.012721;REFB=-0.0254227;REVB=0.00883867;RO=94;SAF=29;SAR=46;SRF=58;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228811;STB=0.631545;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0257773;OID=.;OPOS=149838032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:94:94:75:77:0.450292:46:29:58:36:48:29:58:36 chr2 150432976 . C T 354.05 PASS AF=0.625;AO=31;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00426971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.842;QD=29.5045;RBI=0.00840587;REFB=-0.00971474;REVB=0.00724073;RO=16;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483845;STB=0.504234;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00538525;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:31:30:0.625:14:17:10:6:13:17:10:8 chr2 151219274 . G A 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00523382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4553;QD=14.3987;RBI=0.0395435;REFB=-0.00283057;REVB=-0.0391956;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279102;STB=0.655035;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00313619;OID=.;OPOS=151219274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:5:20:19:14:5:20:20:14 chr2 151219315 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.448;QD=58.4193;RBI=0.0425134;REFB=0;REVB=0.0105051;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205512;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr2 152117957 . T C 455.35 PASS AF=0.4;AO=51;DP=129;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0116192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.611;QD=14.0109;RBI=0.0240986;REFB=-0.0223486;REVB=-0.0211125;RO=76;SAF=26;SAR=25;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00355667;STB=0.507689;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0315647;OID=.;OPOS=152117957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:76:78:51:52:0.4:25:26:39:37:26:26:40:38 chr2 152226570 . A G 360.9 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00170652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.383;QD=14.293;RBI=0.0921064;REFB=0.00553541;REVB=0.0920906;RO=60;SAF=29;SAR=12;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281759;STB=0.66001;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00535676;OID=.;OPOS=152226570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:41:41:0.405941:12:29:27:33:12:29:27:33 chr2 152235888 . G A 387.29 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00858934;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7019;QD=23.4723;RBI=0.0357168;REFB=-0.00724762;REVB=0.0346687;RO=28;SAF=26;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667745;STB=0.536784;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0078429;OID=.;OPOS=152235888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:12:26:17:11:12:26:17:11 chr2 152311570 . G A 159.76 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00802027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.153;QD=11.6191;RBI=0.00963934;REFB=-0.0122224;REVB=0.00534717;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109498;STB=0.563574;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.025704;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:14:21:10:10:14:21 chr2 152314385 . G A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0289298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.637;QD=13.9954;RBI=0.0289298;REFB=-0.0102057;REVB=5.47447e-05;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13054;STB=0.580217;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0162452;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:15:14:25:16:15:14:26:16 chr2 152319458 . G A 429.98 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0346461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0815;QD=22.6303;RBI=0.0561527;REFB=-0.0201397;REVB=-0.0441902;RO=33;SAF=28;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129488;STB=0.566005;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0249922;OID=.;OPOS=152319458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:14:28:17:16:14:28:18:16 chr2 152320118 . G A 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00254678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.343;QD=14.2609;RBI=0.0199258;REFB=-0.0121103;REVB=0.0197624;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.537688;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.013565;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:12:12:7:9:12:12 chr2 152331418 . C G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0135469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.917;QD=16.4435;RBI=0.0135815;REFB=0.00116972;REVB=-0.000969478;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309681;STB=0.689455;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00205593;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:5:15:12:14:5:15:12:15 chr2 152352843 . C G 776.8 PASS AF=0.425641;AO=83;DP=195;FAO=83;FDP=195;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=-0.00399943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.987;QD=15.9343;RBI=0.0450823;REFB=-0.0069827;REVB=-0.0449046;RO=112;SAF=53;SAR=30;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128848;STB=0.572072;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00917687;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:112:112:83:83:0.425641:30:53:58:54:30:53:58:54 chr2 152387553 . T C 759.08 PASS AF=0.411483;AO=86;DP=211;FAO=86;FDP=209;FR=.;FRO=123;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=0.0297198;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.838;QD=14.5278;RBI=0.0298753;REFB=-0.0103967;REVB=0.00304448;RO=121;SAF=41;SAR=45;SRF=56;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014603;STB=0.503067;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0164788;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:121:123:86:86:0.411483:45:41:56:65:45:41:58:65 chr2 152422076 . C G 328.9 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00694281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.84;QD=31.3239;RBI=0.006998;REFB=-0.0412237;REVB=0.00087715;RO=13;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108558;STB=0.547911;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0286821;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:16:12:8:5:16:12:8:6 chr2 152422087 . A G 298.34 PASS AF=0.65;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0222912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.227;QD=29.8335;RBI=0.0343421;REFB=-0.0268445;REVB=0.0261243;RO=14;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594869;STB=0.538432;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0177055;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:14:14:25:26:0.65:13:12:8:6:14:12:8:6 chr2 152423951 . C T 220.83 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00474779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3859;QD=18.0265;RBI=0.049295;REFB=-0.0107846;REVB=-0.0490658;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247523;STB=0.642711;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0134388;OID=.;OPOS=152423951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:4:18:17:10:4:18:17:10 chr2 152482153 . C T 72.4 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=91;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0302702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.406;QD=3.18257;RBI=0.0360554;REFB=-0.00807674;REVB=-0.0195885;RO=77;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113551;STB=0.576693;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0446721;OID=.;OPOS=152482153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:91:91:77:77:14:14:0.153846:6:8:37:40:6:8:37:40 chr2 152490219 . A G 1183.51 PASS AF=0.561856;AO=107;DP=192;FAO=109;FDP=194;FR=.;FRO=85;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=-0.00369793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.01;QD=24.4022;RBI=0.0122541;REFB=-0.0156395;REVB=0.0116828;RO=85;SAF=55;SAR=52;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108745;STB=0.558626;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0134832;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:85:85:107:109:0.561856:52:55:55:30:53:56:55:30 chr2 152490458 . A G 2731.36 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.235;QD=62.4311;RBI=0.0231281;REFB=0;REVB=0.0230115;RO=0;SAF=95;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76966e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:175:0:0:174:175:1:79:95:0:0:79:96:0:0 chr2 152496526 . A G 291.96 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0643241;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.471;QD=16.9252;RBI=0.0645463;REFB=-0.00904551;REVB=-0.00535191;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274364;STB=0.641692;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0158525;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:31:32:0.463768:19:12:25:12:19:13:25:12 chr2 152521096 . C T 276.22 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.075317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0129;QD=15.7841;RBI=0.0774875;REFB=-0.0119708;REVB=-0.018212;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280515;STB=0.658034;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.020999;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:20:11:25:14:20:11:25:14 chr2 152527572 . C T 661.5 PASS AF=0.471831;AO=67;DP=142;FAO=67;FDP=142;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0435778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.307;QD=18.6338;RBI=0.0437985;REFB=-0.0140713;REVB=0.00439179;RO=75;SAF=32;SAR=35;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277034;STB=0.515351;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0119484;OID=.;OPOS=152527572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:75:75:67:67:0.471831:35:32:38:37:35:32:38:37 chr2 152527608 . C T 553.54 PASS AF=0.437956;AO=59;DP=134;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0227425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.713;QD=16.1618;RBI=0.0376247;REFB=-0.0156872;REVB=-0.0299732;RO=73;SAF=26;SAR=33;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659436;STB=0.52457;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0251475;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:73:77:59:60:0.437956:33:26:37:36:33:27:38:39 chr2 152531077 . A G 558.45 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0142997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.426;QD=25.6757;RBI=0.0166289;REFB=-0.0184209;REVB=0.00848751;RO=36;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198848;STB=0.510865;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0118998;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:27:24:16:20:27:24:16:20 chr2 152534609 . G A 1123.67 PASS AF=0.469136;AO=114;DP=244;FAO=114;FDP=243;FR=.;FRO=129;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.0124758;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.303;QD=18.4967;RBI=0.0147876;REFB=-0.00918214;REVB=-0.00793906;RO=125;SAF=59;SAR=55;SRF=65;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0023335;STB=0.505097;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0115123;OID=.;OPOS=152534609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:125:129:114:114:0.469136:55:59:65:60:55:59:68:61 chr2 152536498 . T A 523.03 PASS AF=0.397436;AO=61;DP=154;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=31;FWDB=-0.0303584;FXX=0.00636902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0274;QD=13.4111;RBI=0.0442841;REFB=-0.0163658;REVB=0.0322404;RO=92;SAF=35;SAR=26;SRF=62;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111645;STB=0.556403;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0297842;OID=.;OPOS=152536498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:92:94:61:62:0.397436:26:35:62:30:26:36:63:31 chr2 152551052 . G C 211.83 PASS AF=0.216049;AO=35;DP=162;FAO=35;FDP=162;FR=.;FRO=127;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.0144896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.161;QD=5.23027;RBI=0.0363542;REFB=-0.00846662;REVB=-0.0333418;RO=126;SAF=16;SAR=19;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745565;STB=0.542833;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.033362;OID=.;OPOS=152551052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:126:127:35:35:0.216049:19:16:65:61:19:16:65:62 chr2 152573981 . A G 661.63 PASS AF=0.555556;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00518238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.276;QD=22.6199;RBI=0.00561101;REFB=-0.0192606;REVB=-0.00215088;RO=52;SAF=33;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442597;STB=0.520498;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.014886;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:52:52:64:65:0.555556:31:33:24:28:32:33:24:28 chr2 152698480 . C T 2190.13 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00900971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.612;QD=62.1314;RBI=0.0135109;REFB=-0.114931;REVB=-0.0100682;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.503184;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=7.66882e-05;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:141:0:1:137:140:0.992908:62:75:0:0:62:78:1:0 chr2 152988610 . C CT,T 694.85 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=46,4;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318706,-0.0960487;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.9671,5.80786;QD=52.4414;RBI=0.118289,0.136852;REFB=0,0;REVB=-0.113914,-0.0974836;RO=2;SAF=23,3;SAR=23,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.161039;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00432541,0.0286885;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:53:53:2:0:46,4:51,2:0.962264,0.0377358:23,1:23,3:1:1:25,0:26,2:0:0 chr2 153378459 . T C 1480.07 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0777005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.386;QD=58.6168;RBI=0.0777185;REFB=0.0479789;REVB=-0.00167033;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000144727;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:49:51:0:0:49:51:0:1 chr2 153399253 . GA AG,G,GG 1156.51 PASS AF=0.0485437,0.883495,0;AO=5,33,4;DP=98;FAO=5,91,0;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=0,47,0;FSAR=5,44,0;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0349965,0.922153,0.45826;FXX=0.00961446;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=166.118,20.0927,7.57665;QD=44.9132;RBI=0.0884378,0.923017,0.465162;REFB=0.0521324,0.00753578,-0.0335545;REVB=-0.0812187,0.0399235,0.079835;RO=55;SAF=0,1,0;SAR=5,32,4;SRF=46;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.75221,-0.833312,-0.722655;STB=0.5,0.536834,0.5;STBP=1,0.013,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.101324,0.0400301,0;OID=.,.,.;OPOS=153399253,153399254,153399254;OREF=GA,A,A;OALT=AG,-,G;OMAPALT=AG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:98:103:55:7:5,33,4:5,91,0:0.0485437,0.883495,0:5,32,4:0,1,0:46:9:5,44,0:0,47,0:0:7 chr2 153405594 . G A 1048.07 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.826;QD=58.2261;RBI=0.0162659;REFB=0.103473;REVB=-0.00801618;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000220953;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:44:27:0:0:44:27:1:0 chr2 153476066 . G GCCA 110.55 PASS AF=1;AO=5;DP=25;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=235.455;QD=40.1991;RBI=0.0557492;REFB=0;REVB=0.0557492;RO=19;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000453792;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:25:11:11:0:0:11:0:0:4:19:0:5:1:18 chr2 153511027 . T C 1378.05 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.031546;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.872;QD=59.271;RBI=0.0550786;REFB=-0.0188075;REVB=0.0451498;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106505;STB=0.50502;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00089111;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:90:90:0.967742:46:44:1:0:46:44:1:2 chr2 153577013 . G A 1044.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.109;QD=59.711;RBI=0.0248136;REFB=0;REVB=0.00820028;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77438e-05;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:29:41:0:0 chr2 155265623 . G A 206.07 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.053444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.439;QD=16.8217;RBI=0.0579632;REFB=-0.0254379;REVB=-0.0224382;RO=25;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110576;STB=0.509275;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0363907;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:28:21:21:0.428571:16:5:4:21:16:5:7:21 chr2 155307336 . G C 1722.58 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792498;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.912;QD=60.9764;RBI=0.0280682;REFB=0;REVB=0.0269262;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84172e-06;OID=.;OPOS=155307336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:47:66:0:0:47:66:0:0 chr2 156120552 . A G 1124.68 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127228;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.06;QD=60.7933;RBI=0.0248234;REFB=0;REVB=0.0213151;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82571e-05;OID=.;OPOS=156120552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr2 156168039 . T G 752.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.503;QD=56.7708;RBI=0.0606501;REFB=0;REVB=0.0179077;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195307;OID=.;OPOS=156168039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr2 157189011 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.846;QD=59.0176;RBI=0.0716185;REFB=0;REVB=-0.00709328;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431527;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr2 157257361 . G A 1659.05 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.877;QD=60.329;RBI=0.0288963;REFB=0;REVB=-0.0206817;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18374e-07;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr2 157257364 . G GT,T 130.3 PASS AF=0.385417,0;AO=24,13;DP=104;FAO=37,0;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=27,0;FSAR=10,0;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0122138,-0.0153968;FXX=0.0204061;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=9.46459,200.177;QD=5.42911;RBI=0.023083,0.0153996;REFB=-0.152828,0.00227613;REVB=0.0195869,0.00029742;RO=66;SAF=16,13;SAR=8,0;SRF=18;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.453697,0.790167;STB=0.768804,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.149705,0;OID=.,.;OPOS=157257365,157257364;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:96:66:59:24,13:37,0:0.385417,0:8,0:16,13:18:48:10,0:27,0:16:43 chr2 157406249 . G A 1054.72 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0542393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4355;QD=57.012;RBI=0.0777589;REFB=-0.0681286;REVB=0.0557184;RO=2;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596327;STB=0.503154;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00183555;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:28:44:1:1:28:44:1:1 chr2 158114824 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00398226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.873;QD=16.0653;RBI=0.010365;REFB=-0.00142588;REVB=0.00956946;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711626;STB=0.540938;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00121299;OID=.;OPOS=158114824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:13:11:7:11:13:11 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 721.81 PASS AF=0.660377,0.339623;AO=31,12;DP=54;FAO=35,18;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16,12;FSAR=19,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456932,0.0574153;FXX=0.0535619;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=203.615,262.841;QD=54.4758;RBI=0.0462754,0.0575048;REFB=0,0;REVB=0.00731746,-0.00320629;RO=0;SAF=15,7;SAR=16,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00273007,0.0208927;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.660377,0.339623:31,12:54:35,18:53:0:16,12:19,6:0:0:99:0:15,7:16,5:0:0 chr2 158155480 . A G 48.76 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=64;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0368419;FXX=0.0735186;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.725;QD=3.09565;RBI=0.0610908;REFB=-0.0151557;REVB=-0.0487315;RO=54;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134737;STB=0.594199;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0700375;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:64:63:54:54:9:9:0.142857:4:5:24:30:4:5:24:30 chr2 158155548 . G T 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000844485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.484;QD=18.0345;RBI=0.0014462;REFB=-0.0140752;REVB=0.00117403;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118527;STB=0.567505;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0182193;OID=.;OPOS=158155548;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:13:14:14:8:13:14 chr2 158155576 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00403174;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.804;QD=61.3327;RBI=0.00621243;REFB=0;REVB=0.00472645;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01213e-06;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 158157361 . C T 996.7 PASS AF=0.443038;AO=105;DP=238;FAO=105;FDP=237;FR=.;FRO=132;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=74;FSRR=58;FWDB=0.00931413;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.017;QD=16.822;RBI=0.0136161;REFB=-0.015032;REVB=-0.00993208;RO=131;SAF=42;SAR=63;SRF=74;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165424;STB=0.589813;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0193548;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:131:132:105:105:0.443038:63:42:74:57:63:42:74:58 chr2 158291188 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104193;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=358.292;QD=52.6132;RBI=0.0215593;REFB=0;REVB=0.0188744;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18369e-05;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 158386938 . C T 427.72 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0024697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.783;QD=16.6103;RBI=0.0148554;REFB=-0.00859423;REVB=-0.0146486;RO=56;SAF=23;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418731;STB=0.523366;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0116284;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:24:23:25:31:24:23:25:31 chr2 158443889 . G A 326.76 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00181419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.554;QD=19.508;RBI=0.0261618;REFB=-0.00171852;REVB=0.0260988;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132649;STB=0.578678;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00241764;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:19:15:19:13:20:15:19:13 chr2 158626980 . C T 830.18 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.398;QD=57.2535;RBI=0.0178955;REFB=0;REVB=0.0107665;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75161e-05;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:1:0:55:58:1:29:26:1:0:30:28:0:0 chr2 158636910 . G A 1933.58 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.727;QD=61.8746;RBI=0.04994;REFB=0;REVB=0.0483383;RO=0;SAF=72;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97484e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:53:72:0:0:53:72:0:0 chr2 158958551 . G GA 184.59 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00748185;FXX=0.0444346;HRUN=0;LEN=1;MLLD=260.893;QD=17.1708;RBI=0.00768929;REFB=-0.00926306;REVB=-0.00177397;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223704;STB=0.646575;STBP=0.121;TYPE=ins;VARB=0.0137345;OID=.;OPOS=158958552;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186:19:45:19:43:24:14:5:12:12:99:26:14:5:14:12 chr2 158958605 . G T 132.68 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0558486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6477;QD=15.1632;RBI=0.0592078;REFB=-0.00636557;REVB=-0.0196593;RO=20;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250154;STB=0.646841;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00567893;OID=.;OPOS=158958605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:3:12:12:8:3:12:12:8 chr2 159166069 . T C 647.91 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.138202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8095;QD=58.9012;RBI=0.148853;REFB=-0.143869;REVB=0.0552948;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00642257;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:41:43:0.977273:26:15:0:1:27:16:0:1 chr2 159537868 . A G 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00032827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.45;QD=61.6718;RBI=0.0879401;REFB=0;REVB=0.0879395;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363369;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 159663599 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.513;QD=57.8842;RBI=0.0204485;REFB=0;REVB=-0.0194918;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43828e-05;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr2 160019863 . A G 1079.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.475;QD=59.9684;RBI=0.023537;REFB=0;REVB=-0.0207069;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19019e-05;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr2 160035207 . T C 830.29 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702306;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.545;QD=57.2613;RBI=0.0703643;REFB=0;REVB=0.00433564;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118571;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:28:30:0:0 chr2 160084473 . A C 233.34 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.084774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4196;QD=12.7855;RBI=0.0937132;REFB=-0.00253412;REVB=0.039944;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943909;STB=0.553976;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00650853;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:15:13:17:28:15:13:17:28 chr2 160086653 . CA TG 692.65 PASS AF=0.468354;AO=73;DP=158;FAO=74;FDP=158;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0289479;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.872;QD=17.5353;RBI=0.0290468;REFB=-0.0243977;REVB=-0.00239589;RO=83;SAF=44;SAR=29;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831766;STB=0.544808;STBP=0.302;TYPE=mnp;VARB=0.0314754;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:84:73:74:0.468354:29:44:43:40:30:44:43:41 chr2 160086692 . A G 764.62 PASS AF=0.458101;AO=80;DP=177;FAO=82;FDP=179;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0207358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.422;QD=17.0864;RBI=0.0227281;REFB=-0.0107248;REVB=0.00930546;RO=95;SAF=47;SAR=33;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918883;STB=0.537245;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0166174;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:95:97:80:82:0.458101:33:47:47:48:35:47:49:48 chr2 160136337 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.686;QD=58.1421;RBI=0.0263141;REFB=0;REVB=0.00769598;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04327e-05;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 160182302 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0233658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.594;QD=12.619;RBI=0.0369952;REFB=-0.0201529;REVB=-0.0286825;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112361;STB=0.564463;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0277706;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:15:23:12:12:15:23 chr2 160604452 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.431;QD=60.2294;RBI=0.0318069;REFB=0;REVB=0.0309193;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117418;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr2 160605267 . CT C,CC 716.06 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=7,44;DP=52;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417689,0.0331381;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=280.883,291.801;QD=56.1618;RBI=0.0432892,0.0353308;REFB=0,0;REVB=0.0113715,0.0122528;RO=0;SAF=3,26;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0147763,0.00216251;OID=.,.;OPOS=160605268,160605268;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0392157,0.960784:7,44:52:2,49:51:0:1,28:1,21:0:0:6:0:3,26:4,18:0:0 chr2 160673526 . A G 432.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280928;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.038;QD=57.7129;RBI=0.0323586;REFB=0;REVB=0.0160583;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206257;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 160676427 . C A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.942;QD=56.9543;RBI=0.0670164;REFB=0;REVB=0.000916423;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199929;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr2 160710153 . T G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0233639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.939;QD=12.4131;RBI=0.0286332;REFB=-0.00497905;REVB=-0.0165526;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455764;STB=0.526293;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00855471;OID=.;OPOS=160710153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:9:14:21:16:9:14:21:16 chr2 160710922 . T C 2789.46 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.229;QD=62.6845;RBI=0.0436326;REFB=0;REVB=0.038496;RO=0;SAF=83;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99251e-05;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:95:83:0:0:95:83:0:0 chr2 160711045 . G C 505.5 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0195264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.194;QD=17.7366;RBI=0.0306735;REFB=-0.0207791;REVB=0.0236555;RO=60;SAF=20;SAR=34;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131122;STB=0.507284;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0228704;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:34:20:23:37:34:20:23:37 chr2 160729005 . C T 391.43 PASS AF=0.493827;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0801391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6184;QD=19.3298;RBI=0.0906872;REFB=-0.00558893;REVB=-0.0424488;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426638;STB=0.533963;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00404201;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:41:39:40:0.493827:15:24:24:18:15:25:23:18 chr2 160737663 . T A 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0055974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.674;QD=17.142;RBI=0.0115578;REFB=-0.0167598;REVB=0.010112;RO=57;SAF=20;SAR=32;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528965;STB=0.545437;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0181877;OID=.;OPOS=160737663;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:57:60:52:52:0.464286:32:20:25:32:32:20:28:32 chr2 160808075 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0053552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2834;QD=15.101;RBI=0.0311626;REFB=0.00631756;REVB=-0.030699;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993981;STB=0.556527;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00854806;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:10:14:15:16:10:14:15:16 chr2 160833188 . A G 2249.38 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357572;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.32;QD=63.8122;RBI=0.0420099;REFB=0;REVB=0.0220511;RO=0;SAF=70;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63455e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:139:141:1:69:70:0:0:69:72:0:0 chr2 160885418 . G C 257.14 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.02465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.427;QD=16.0715;RBI=0.0250083;REFB=-0.00976562;REVB=-0.00421849;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131419;STB=0.575471;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.010587;OID=.;OPOS=160885418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:35:29:29:0.453125:18:11:17:16:18:11:18:17 chr2 160885442 . T C 182.16 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0228905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0152;QD=13.0114;RBI=0.0258964;REFB=-0.01335;REVB=-0.01211;RO=33;SAF=3;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423448;STB=0.666508;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0334621;OID=.;OPOS=160885442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:21:23:0.410714:18:3:15:18:18:5:15:18 chr2 160901517 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00760116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5433;QD=16.5272;RBI=0.0305496;REFB=0.0128777;REVB=0.0295889;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205896;STB=0.511619;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00963971;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:15:10:11:18:15:10:11:18 chr2 160994348 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00723162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.592;QD=32.6186;RBI=0.0135946;REFB=-0.0404813;REVB=0.0115115;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0101053;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:7:8:2:2:7:8:2:2 chr2 161174693 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0196243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.403;QD=16.0425;RBI=0.0230096;REFB=0.00140828;REVB=-0.0120137;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218916;STB=0.624875;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00132688;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:18:8:10:9:18:8 chr2 163353469 . T C 305.07 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0175496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8585;QD=15.0652;RBI=0.0751296;REFB=-0.0144123;REVB=0.0730512;RO=47;SAF=21;SAR=13;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943631;STB=0.553161;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0229685;OID=.;OPOS=163353469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:13:21:33:14:13:21:33:14 chr2 163360980 . T C 594.07 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0178401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.505;QD=17.6021;RBI=0.022675;REFB=-0.025709;REVB=-0.0139959;RO=72;SAF=30;SAR=32;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290249;STB=0.512424;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0352698;OID=.;OPOS=163360980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:73:62:62:0.459259:32:30:37:35:32:30:37:36 chr2 163374577 . G A 646.67 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0679332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2222;QD=19.8975;RBI=0.0685961;REFB=-0.00262163;REVB=-0.00951396;RO=65;SAF=32;SAR=33;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153377;STB=0.58439;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00164922;OID=.;OPOS=163374577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:65:65:65:0.5:33:32:43:22:33:32:43:22 chr2 164145582 . C A 107.54 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0148425;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.085;QD=18.7018;RBI=0.0168016;REFB=-0.0105822;REVB=0.00787352;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246576;STB=0.619973;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0111023;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:9:2:5:7:9:2 chr2 164464285 . G GA 30.65 PASS AF=0.15;AO=11;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0287986;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.3871;QD=2.04333;RBI=0.0305431;REFB=-0.00560517;REVB=0.0101746;RO=47;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516507;STB=0.857421;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.156768;OID=.;OPOS=164464286;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15:11:60:9:60:51:7:2:15:36:30:47:8:3:13:34 chr2 165987772 . T G 371.41 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=11;FWDB=0.0217144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2678;QD=15.0063;RBI=0.0269556;REFB=-0.000342258;REVB=0.0159714;RO=59;SAF=30;SAR=10;SRF=48;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945916;STB=0.553167;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000922768;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:10:30:48:11:10:30:48:11 chr2 165996107 . T A 261.09 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0793093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.063;QD=12.1439;RBI=0.0813529;REFB=-0.00697232;REVB=0.0181198;RO=54;SAF=16;SAR=15;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105651;STB=0.553847;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0204914;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:15:16:33:21:15:16:33:22 chr2 166003479 . G A 126.88 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00243567;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0395;QD=9.95168;RBI=0.00765672;REFB=-0.0204956;REVB=-0.00725898;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103629;STB=0.529375;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.026718;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:35:15:16:0.313725:8:7:20:16:8:8:19:16 chr2 166152389 . G A 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00270526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0756;QD=55.221;RBI=0.015299;REFB=-0.112017;REVB=-0.015058;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0026761;OID=.;OPOS=166152389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr2 166170127 . T C 2283.79 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=154;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0508965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4232;QD=59.3193;RBI=0.0610762;REFB=-0.0814143;REVB=0.0337617;RO=1;SAF=72;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590919;STB=0.506172;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00110392;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:154:154:1:2:152:152:0.987013:80:72:0:1:80:72:0:2 chr2 166770120 . A G 335.64 PASS AF=0.447059;AO=35;DP=81;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0241778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0339;QD=15.7947;RBI=0.0401662;REFB=-0.0399687;REVB=0.0320743;RO=46;SAF=13;SAR=22;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154485;STB=0.549973;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0356618;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:46:47:35:38:0.447059:22:13:24:22:22:16:24:23 chr2 166773971 . G A 141.29 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0807795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.38;QD=13.456;RBI=0.0886535;REFB=-0.0118603;REVB=-0.0365255;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.666455;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0206447;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:11:15:5:11:11:15 chr2 166788336 . T C 1384.88 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00333221;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.052;QD=61.5501;RBI=0.0384637;REFB=-0.096977;REVB=0.0383191;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.507245;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000240584;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:0:1:89:89:0.988889:34:55:0:0:34:55:0:1 chr2 166797646 . C T 320.34 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0264058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.452;QD=13.6314;RBI=0.0555446;REFB=-0.00334084;REVB=-0.0488665;RO=58;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147134;STB=0.508389;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00513762;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:16:20:33:25:16:20:33:25 chr2 166892788 . C T 1208.74 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.697;QD=61.2023;RBI=0.0640543;REFB=0;REVB=-0.0115052;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122375;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr2 166897864 . A G 1415.0 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3338;QD=61.5218;RBI=0.0683703;REFB=-0.0986274;REVB=0.0585505;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000819083;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:0:1:45:46:0:1 chr2 166903445 . T C 2232.36 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350266;FXX=0.0277759;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4704;QD=63.7816;RBI=0.0350704;REFB=0;REVB=0.00175324;RO=0;SAF=75;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230081;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:140:0:0:139:140:1:64:75:0:0:65:75:0:0 chr2 167099158 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.499;QD=60.2044;RBI=0.0206485;REFB=0;REVB=0.0143165;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31209e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr2 168099738 . T C 130.07 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0168339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6921;QD=13.6912;RBI=0.0184923;REFB=-0.0229892;REVB=0.00765411;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507033;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0489134;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:12:10:7:8:12:11 chr2 168100443 . C A 76.85 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0230342;FXX=0.0644953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.19;QD=10.5993;RBI=0.0235293;REFB=-0.0083338;REVB=0.00480152;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407794;STB=0.739851;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0129283;OID=.;OPOS=168100443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:15:4:6:4:15:4 chr2 168101142 . T G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0222318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.774;QD=19.3435;RBI=0.0322427;REFB=-0.00887975;REVB=-0.0233525;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35008;STB=0.71403;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0142101;OID=.;OPOS=168101142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:4:14:7:10:4:14:7:11 chr2 168103701 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.025045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.046;QD=20.838;RBI=0.0285036;REFB=-0.036374;REVB=0.013609;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0174338;OID=.;OPOS=168103701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr2 168115325 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0101257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.218;QD=15.7385;RBI=0.0102225;REFB=-0.0230318;REVB=-0.00140359;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182259;STB=0.612164;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0297222;OID=.;OPOS=168115325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:20:9:17:18:20:9:18:18 chr2 168726659 . A C 599.64 PASS AF=0.434483;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00410575;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.526;QD=16.5417;RBI=0.00674211;REFB=-0.0114557;REVB=0.0053478;RO=82;SAF=29;SAR=33;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797948;STB=0.548926;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0157773;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:82:62:63:0.434483:33:29:32:50:33:30:32:50 chr2 169462973 . C T 511.24 PASS AF=0.509615;AO=55;DP=105;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0210963;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0991;QD=19.6632;RBI=0.037604;REFB=0.0106594;REVB=-0.031129;RO=50;SAF=33;SAR=22;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122576;STB=0.566346;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0156204;OID=.;OPOS=169462973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:50:51:55:53:0.509615:22:33:23:27:21:32:24:27 chr2 169629494 . G A 444.65 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0220112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.411;QD=15.2018;RBI=0.0242503;REFB=-0.00875935;REVB=-0.0101778;RO=67;SAF=23;SAR=27;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153261;STB=0.585597;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=169629494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:27:23:21:46:27:23:21:46 chr2 169707428 . C T 1272.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3082;QD=61.3153;RBI=0.036327;REFB=0;REVB=-0.0362825;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236551;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:37:46:0:0:37:46:0:0 chr2 169721377 . G A 937.31 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7659;QD=58.582;RBI=0.0106749;REFB=0;REVB=0.00604563;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67727e-05;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr2 169789016 . T C 334.33 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0263703;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.723;QD=19.1045;RBI=0.0264625;REFB=-0.0166403;REVB=0.00220697;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395442;STB=0.514301;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0168958;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:34:35:35:35:0.5:17:18:19:15:17:18:19:16 chr2 169826877 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0554801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6103;QD=14.3349;RBI=0.055514;REFB=-0.00436377;REVB=-0.00193943;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556242;STB=0.541499;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00283244;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:9:16:10:7:9:17 chr2 169830328 . A G 626.25 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=123;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00547252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8027;QD=20.3657;RBI=0.0181453;REFB=-0.0205803;REVB=0.0173004;RO=60;SAF=28;SAR=35;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347122;STB=0.51912;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0190154;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:60:60:63:63:0.512195:35:28:29:31:35:28:29:31 chr2 169952233 . T C 724.08 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.723;QD=54.6473;RBI=0.0224842;REFB=-0.133766;REVB=0.000437444;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000488312;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:25:27:0:0:25:27:1:0 chr2 169995790 . G A 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0108055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.558;QD=19.9736;RBI=0.0117765;REFB=-0.0070962;REVB=-0.00468262;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113437;STB=0.562887;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0072056;OID=.;OPOS=169995790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:22:25:20:29:22:25:20:29 chr2 169997051 . G A 48.52 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.102677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2072;QD=13.8629;RBI=0.103836;REFB=0.00150112;REVB=-0.0154715;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00580121;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:5:2:2:5:5:2 chr2 170003432 . T G 769.24 PASS AF=0.521127;AO=72;DP=137;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0256624;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.2368;QD=21.6686;RBI=0.0313942;REFB=-0.00988785;REVB=0.0180842;RO=65;SAF=29;SAR=43;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1318;STB=0.57404;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00614948;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:65:68:72:74:0.521127:43:29:36:29:44:30:38:30 chr2 170010985 . T C 387.33 PASS AF=0.52809;AO=15;DP=93;FAO=47;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0422951;FXX=0.0430061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.395;QD=17.408;RBI=0.0431087;REFB=-0.0554707;REVB=0.00833581;RO=39;SAF=0;SAR=15;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.838338;STB=0.542355;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0685624;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:39:42:15:47:0.52809:15:0:30:9:16:31:31:11 chr2 170032989 . C T 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0160639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.641;QD=24.7526;RBI=0.0216641;REFB=-0.0184604;REVB=0.0145356;RO=29;SAF=26;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786933;STB=0.543155;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0110479;OID=.;OPOS=170032989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:16:26:15:14:16:26:15:14 chr2 170053505 . C T 156.44 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0118688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.635;QD=24.0675;RBI=0.0136444;REFB=-0.0361057;REVB=-0.00673054;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432421;STB=0.524241;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0187428;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:5:5:9:7:5:5 chr2 170092395 . A G 511.54 PASS AF=0.514563;AO=52;DP=102;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0474511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6925;QD=19.8656;RBI=0.0814777;REFB=-0.0323397;REVB=0.0662345;RO=50;SAF=21;SAR=31;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174069;STB=0.599081;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0450193;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:50:50:52:53:0.514563:31:21:30:20:32:21:30:20 chr2 170099473 . T C 285.91 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00920943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6823;QD=20.4222;RBI=0.0264619;REFB=-0.026569;REVB=0.0248077;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599773;STB=0.533311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0233403;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:12:14:14:16:12:14 chr2 170103336 . T C 772.04 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0193159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.411;QD=20.3169;RBI=0.0197397;REFB=-0.0208694;REVB=0.00406845;RO=72;SAF=42;SAR=36;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519487;STB=0.5276;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0213146;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:74:78:78:0.513158:36:42:43:29:36:42:44:30 chr2 170103351 . G T 756.44 PASS AF=0.506579;AO=76;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0177171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4758;QD=19.9063;RBI=0.0184689;REFB=-0.0203227;REVB=0.00521588;RO=75;SAF=41;SAR=35;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675177;STB=0.540269;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.019437;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:75:76:77:0.506579:35:41:46:29:36:41:46:29 chr2 170115588 . T C 340.27 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0182714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.189;QD=18.1475;RBI=0.0223622;REFB=-0.00747052;REVB=-0.0128928;RO=39;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666342;STB=0.537225;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00921578;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:15:21:20:19:15:21:20:19 chr2 170129528 . G A 1138.89 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00582957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.266;QD=59.163;RBI=0.0182832;REFB=-0.0385266;REVB=-0.0173289;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0005607;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:27:49:1:0:27:49:1:0 chr2 170150671 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0344981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2824;QD=14.6554;RBI=0.0360245;REFB=-0.0378776;REVB=0.0103753;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.528454;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0366324;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:10:7:6:7:10:7 chr2 170175334 . T C 246.18 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0041899;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.228;QD=11.064;RBI=0.00536827;REFB=-0.010513;REVB=-0.00335604;RO=59;SAF=12;SAR=18;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673372;STB=0.539144;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0222052;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:59:59:30:30:0.337079:18:12:27:32:18:12:27:32 chr2 170218847 . CGC GCG,GGC 624.15 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=2,36;DP=41;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453208,0.0471413;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=54.3017,174.371;QD=60.8929;RBI=0.070006,0.0533431;REFB=0,0;REVB=0.053356,0.0249638;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0402638,0.00361084;OID=.,.;OPOS=170218847,170218847;OREF=CGC,C;OALT=GCG,G;OMAPALT=GCG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,36:3,38:0.0731707,0.926829:2,16:0,20:0:0:3,18:0,20:0:0 chr2 170403030 . T C 434.28 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0329677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.298;QD=13.7868;RBI=0.0341365;REFB=-0.0118563;REVB=0.0088561;RO=75;SAF=21;SAR=29;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787307;STB=0.54873;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0179853;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:75:76:50:50:0.396825:29:21:37:38:29:21:38:38 chr2 170411693 . T C 501.05 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0277396;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.308;QD=48.8828;RBI=0.0278805;REFB=0.00945693;REVB=-0.00279961;RO=5;SAF=17;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119476;STB=0.564067;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.000116656;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:41:5:5:36:36:0.878049:19:17:5:0:19:17:5:0 chr2 170463679 . A G 137.52 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0227342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.966;QD=19.645;RBI=0.0299569;REFB=-0.0345197;REVB=0.0195083;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22989;STB=0.640013;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00632932;OID=.;OPOS=170463679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:10:4:7:6:11:4:7:6 chr2 170493103 . T A 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0391308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.599;QD=9.18817;RBI=0.0391309;REFB=-0.0102672;REVB=6.53779e-05;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548521;STB=0.533274;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0190448;OID=.;OPOS=170493103;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:17:8:4:7:17:8 chr2 170504700 . A T 42.6 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00253369;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=229.157;QD=18.9311;RBI=0.0089026;REFB=0.00347439;REVB=-0.00853444;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000408292;OID=.;OPOS=170504700;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr2 170550839 . A G 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.013099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.526;QD=22.2223;RBI=0.0132067;REFB=-0.00326945;REVB=-0.00168335;RO=40;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178181;STB=0.598145;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00290267;OID=.;OPOS=170550839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:19:27:15:25:19:27:15:25 chr2 170605981 . C T 1133.44 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3846;QD=60.4502;RBI=0.0469057;REFB=0;REVB=0.0104779;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215575;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr2 170633001 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0217047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.762;QD=12.7823;RBI=0.0218936;REFB=-0.00558781;REVB=0.00286995;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00806963;OID=.;OPOS=170633001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr2 170672843 . G A 88.55 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0113574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.609;QD=14.758;RBI=0.0113922;REFB=0.00761851;REVB=-0.000888879;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208455;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0101654;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:5:8:7:4:5:8 chr2 170885930 . C A 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.24;QD=57.711;RBI=0.0192048;REFB=0;REVB=0.0157816;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90852e-05;OID=.;OPOS=170885930;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr2 170976590 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.235;QD=53.2698;RBI=0.0748425;REFB=0;REVB=0.0138338;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238171;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:19:3:0:0:19:4:0:0 chr2 171055772 . A G 325.14 PASS AF=0.627451;AO=30;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0763349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0323;QD=25.5008;RBI=0.119352;REFB=-0.0665553;REVB=0.0917496;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19833;STB=0.587734;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0471137;OID=.;OPOS=171055772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:19:30:32:0.627451:14:16:16:4:14:18:15:4 chr2 171070912 . T C 522.7 PASS AF=0.440945;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.00189704;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.347;QD=16.463;RBI=0.010894;REFB=-0.011288;REVB=0.0107275;RO=69;SAF=30;SAR=25;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937089;STB=0.563583;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0141438;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:69:71:55:56:0.440945:25:30:44:25:26:30:46:25 chr2 171073887 . G A 1573.07 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0095653;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.942;QD=64.2068;RBI=0.0136969;REFB=0;REVB=0.00980354;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196742;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:56:42:0:0:56:42:0:0 chr2 171355198 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.42;QD=62.0219;RBI=0.032329;REFB=0;REVB=0.00144546;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33171e-05;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:34:8:0:0:34:8:0:0 chr2 171356274 . G A 1691.37 PASS AF=1;AO=94;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238726;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.7141;QD=58.323;RBI=0.047963;REFB=0;REVB=0.0415998;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204593;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:116:1:0:94:116:1:43:51:1:0:62:54:0:0 chr2 171570151 . C T 292.52 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00871701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9718;QD=17.2071;RBI=0.0873536;REFB=0.00291454;REVB=-0.0869176;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23;STB=0.629131;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00541619;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:11:21:15:21:11:21:15:21 chr2 171570488 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.424;QD=39.2068;RBI=0.0472353;REFB=0;REVB=0.038329;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477527;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 171572940 . G A 276.94 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0176942;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.235;QD=15.8252;RBI=0.0201707;REFB=-0.0141895;REVB=-0.00968364;RO=38;SAF=24;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14653;STB=0.578259;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0229351;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:39:31:31:0.442857:7:24:25:13:7:24:26:13 chr2 171573185 . G T 31.26 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.094956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5134;QD=13.893;RBI=0.114239;REFB=-0.0622344;REVB=0.063513;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0756769;OID=.;OPOS=171573185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr2 171649402 . C T 286.42 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0368615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.916;QD=15.6941;RBI=0.038452;REFB=-0.0061681;REVB=-0.0109447;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290509;STB=0.668794;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0126564;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:32:32:0.438356:20:12:27:13:20:12:28:13 chr2 171678625 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.030919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5906;QD=13.485;RBI=0.0369609;REFB=-0.062621;REVB=-0.0202516;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0483012;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr2 171785928 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0138332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.246;QD=17.8405;RBI=0.0235786;REFB=-0.00200693;REVB=0.0190944;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305188;STB=0.673038;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0019647;OID=.;OPOS=171785928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:11:3:8:6:11:3 chr2 171822466 . C T 259.92 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.945;QD=45.2033;RBI=0.0667726;REFB=-0.129908;REVB=0.044954;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576738;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00243199;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:23:23:2:1:21:22:0.956522:15:6:0:2:16:6:0:1 chr2 171854232 . TA T 59.81 PASS AF=0.4;AO=13;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0906928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.1654;QD=5.98053;RBI=0.181516;REFB=0.0305849;REVB=-0.157235;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272451;STB=0.574908;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=-0.0472537;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:13:40:16:40:24:8:8:15:9:59:22:8:5:13:9 chr2 171910337 . T C 225.96 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0407758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1731;QD=20.5414;RBI=0.050055;REFB=-0.0180185;REVB=0.0290316;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313206;STB=0.681653;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0165509;OID=.;OPOS=171910337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:14:7:15:7:15:7:15:7 chr2 171916495 . C A 133.06 PASS AF=0.279412;AO=18;DP=66;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0624572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.876;QD=7.82713;RBI=0.0633186;REFB=-0.00530975;REVB=0.0104094;RO=48;SAF=13;SAR=5;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079085;STB=0.57241;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0153338;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:48:49:18:19:0.279412:5:13:32:16:5:14:32:17 chr2 172174150 . AA GC 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231554;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.556;QD=51.9167;RBI=0.037205;REFB=0;REVB=0.0291211;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000338569;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 172174194 . C T 83.89 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00565995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8401;QD=12.9067;RBI=0.00572115;REFB=0.0251903;REVB=-0.000834568;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20027;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0290794;OID=.;OPOS=172174194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:26:15:15:10:11:0.423077:4:6:6:9:4:7:6:9 chr2 172180771 . A G 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.52;QD=62.1777;RBI=0.0249132;REFB=0;REVB=0.00877002;RO=0;SAF=80;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9331e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:48:80:0:0:48:80:0:0 chr2 172216969 . T C 161.78 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00975179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1734;QD=20.222;RBI=0.0678452;REFB=-0.0208764;REVB=0.0671407;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0194251;OID=.;OPOS=172216969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:6:9:7:10:6:9 chr2 172291616 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0276295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.471;QD=17.4236;RBI=0.0276725;REFB=-0.00232435;REVB=-0.00154236;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151969;STB=0.584927;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00305362;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:22:12:16:15:22:12 chr2 172338658 . G A 309.44 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00288245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.648;QD=16.0747;RBI=0.0166175;REFB=0.00129066;REVB=-0.0163656;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175716;STB=0.599016;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00287949;OID=.;OPOS=172338658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:24:19:21:13:24:19 chr2 172378818 . A G 597.5 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163906;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3438;QD=58.2925;RBI=0.0244141;REFB=-0.0482018;REVB=0.0180941;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.509086;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00325298;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:38:40:0.97561:12:26:0:0:13:27:1:0 chr2 172379781 . G A 965.74 PASS AF=0.921053;AO=69;DP=76;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0362458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.956;QD=50.8284;RBI=0.0486841;REFB=-0.0106913;REVB=0.032502;RO=4;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222628;STB=0.523187;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000650516;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:76:76:4:6:69:70:0.921053:37:32:1:3:38:32:1:5 chr2 172411273 . G A 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0300966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.948;QD=12.0243;RBI=0.0739881;REFB=-0.018298;REVB=-0.0675902;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158921;STB=0.593599;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0567927;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:13:7:6:6:13:7 chr2 172693780 . G A 229.4 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0499907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1825;QD=14.1172;RBI=0.0500553;REFB=0.010529;REVB=0.00254327;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824933;STB=0.547044;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0116954;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:10:17:21:17:10:17:21:17 chr2 172709215 . G C 344.76 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191086;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.186;QD=55.161;RBI=0.0201962;REFB=0;REVB=-0.00653828;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0237e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:18:7:0:0 chr2 172725301 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.44;QD=59.6765;RBI=0.0343233;REFB=0;REVB=-0.00829077;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79267e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr2 172964638 . C A 323.43 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.488;QD=53.9049;RBI=0.00648878;REFB=0;REVB=0.00619899;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58992e-06;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:19:4:0:0:20:4:0:0 chr2 172966250 . T C 891.4 PASS AF=0.574468;AO=79;DP=141;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.000991853;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.668;QD=25.2878;RBI=0.0413881;REFB=-0.0110478;REVB=0.0413762;RO=60;SAF=51;SAR=28;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667243;STB=0.540194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0096374;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:60:79:81:0.574468:28:51:34:26:28:53:34:26 chr2 173352103 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0135823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.412;QD=8.69139;RBI=0.0237483;REFB=0.00433604;REVB=0.0194808;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323108;STB=0.51995;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00677006;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:9:8:4:4:9:8 chr2 173686663 . G T 142.65 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=-0.00903833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.465;QD=14.2646;RBI=0.0739037;REFB=-0.0101327;REVB=-0.0733489;RO=24;SAF=15;SAR=1;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829195;STB=0.548714;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.01505;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:1:15:22:2:1:15:22:2 chr2 173917425 . G A 1340.92 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.801;QD=60.9511;RBI=0.060254;REFB=-0.128732;REVB=-0.0452136;RO=1;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129782;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000557745;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:88:1:1:86:87:0.988636:36:50:0:1:37:50:0:1 chr2 174068513 . G C 972.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9548;QD=58.9524;RBI=0.0184665;REFB=0;REVB=-0.0137579;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78402e-06;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr2 174091088 . T C 1500.07 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2865;QD=62.503;RBI=0.0153074;REFB=-0.106394;REVB=0.0138102;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532826;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:50:46:0:0 chr2 174097106 . A G 829.98 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.727;QD=57.2398;RBI=0.0526923;REFB=0;REVB=0.0525566;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05794e-05;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:20:36:0:0:21:37:0:0 chr2 174103160 . T C 1055.81 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0396218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1522;QD=57.0707;RBI=0.0448664;REFB=-0.0167815;REVB=-0.0210502;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00214043;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:0:2:72:72:0.972973:33:39:0:0:33:39:1:1 chr2 174128513 . C T 435.55 PASS AF=0.530864;AO=41;DP=79;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00130184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4468;QD=21.5085;RBI=0.0314891;REFB=-0.00826704;REVB=0.0314622;RO=38;SAF=33;SAR=8;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20429;STB=0.599643;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0058024;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:38:38:41:43:0.530864:8:33:24:14:9:34:24:14 chr2 174232845 . T C 332.69 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00627068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1045;QD=19.0111;RBI=0.0222817;REFB=-0.0178993;REVB=-0.0213812;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104281;STB=0.558106;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0135085;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:17:18:14:21:17:18 chr2 175201299 . C G 1101.27 PASS AF=0.415033;AO=119;DP=297;FAO=127;FDP=306;FR=.;FRO=179;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=104;FSRR=75;FWDB=-0.00282255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.537;QD=14.3957;RBI=0.00604986;REFB=-0.0178185;REVB=0.00535108;RO=172;SAF=62;SAR=57;SRF=102;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076639;STB=0.549645;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0258033;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:306:172:179:119:127:0.415033:57:62:102:70:64:63:104:75 chr2 175287778 . G A 300.49 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0477834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.969;QD=23.1148;RBI=0.0514103;REFB=0.00353045;REVB=-0.0189675;RO=21;SAF=22;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284985;STB=0.66839;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0043869;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:8:22:8:13:8:22:8:14 chr2 175292580 . TTCAAATTTATCAG T 48.12 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0298351;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=13;MLLD=344.709;QD=3.00766;RBI=0.030046;REFB=-0.00973648;REVB=0.00355334;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067392;STB=0.538593;STBP=0.782;TYPE=del;VARB=0.0365697;OID=.;OPOS=175292581;OREF=TCAAATTTATCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:13:67:13:64:51:5:8:22:29:48:48:5:8:21:27 chr2 175300997 . G A 617.56 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00231563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.005;QD=19.149;RBI=0.0125074;REFB=-0.011828;REVB=-0.0122911;RO=65;SAF=29;SAR=34;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131139;STB=0.510788;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0138321;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:34:29:29:36:34:29:29:37 chr2 175424779 . T G 199.5 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00551103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.478;QD=15.6474;RBI=0.00563992;REFB=-0.0151416;REVB=-0.00119882;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272014;STB=0.649533;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0299894;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:17:5:13:15:17:5:13:16 chr2 175424825 . A T 148.07 PASS AF=0.447368;AO=13;DP=34;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0396724;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=50.997;QD=15.5865;RBI=0.041248;REFB=-0.0865834;REVB=0.0112917;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0514519;OID=.;OPOS=175424825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:38:14:21:13:17:0.447368:7:6:6:8:10:7:7:14 chr2 175425476 . G A 727.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.326;QD=63.2288;RBI=0.0350152;REFB=0;REVB=0.0301831;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65385e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:18:25:0:0:21:25:0:0 chr2 175425642 . T C 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00375722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.489;QD=16.0056;RBI=0.01692;REFB=-0.0265777;REVB=0.0164975;RO=45;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202703;STB=0.613574;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0246634;OID=.;OPOS=175425642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:17:18:14:31:17:18:14:31 chr2 175426274 . C G 1048.5 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1054;QD=58.2501;RBI=0.101685;REFB=0;REVB=0.044317;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775602;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:44:23:0:0:44:28:0:0 chr2 175436576 . A C 192.75 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.00578345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.851;QD=23.3641;RBI=0.0314695;REFB=-0.0549185;REVB=0.0309335;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137681;STB=0.576088;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0348213;OID=.;OPOS=175436576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:3:16:13:1:3:16:13:1 chr2 175436940 . G A 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.778;QD=52.6956;RBI=0.0866725;REFB=0.0283704;REVB=0.0828423;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276712;STB=0.5147;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=5.279e-06;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:2:0:16:33:2:0 chr2 175614716 . G A 793.97 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=154;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0159001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.438;QD=20.6226;RBI=0.0265768;REFB=-0.0252859;REVB=0.0212959;RO=73;SAF=33;SAR=47;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17683;STB=0.593757;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.021908;OID=.;OPOS=175614716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:74:80:80:0.519481:47:33:45:28:47:33:45:29 chr2 176032376 . G A 1165.04 PASS AF=0.57754;AO=104;DP=184;FAO=108;FDP=187;FR=.;FRO=79;FSAF=75;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.00534281;FXX=0.0157886;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5104;QD=24.9207;RBI=0.0218932;REFB=-0.0459873;REVB=0.0212313;RO=76;SAF=75;SAR=29;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828739;STB=0.541814;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0367362;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:76:79:104:108:0.57754:29:75:48:28:33:75:48:31 chr2 176794417 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0275041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9789;QD=14.7662;RBI=0.0298927;REFB=-0.0081194;REVB=-0.0117088;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186276;STB=0.605398;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0141258;OID=.;OPOS=176794417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:22:11:13:12:22:11 chr2 176957822 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00826108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.143;QD=12.3959;RBI=0.00826108;REFB=-0.0720195;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0553466;OID=.;OPOS=176957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr2 176988290 . C CGCA 332.0 PASS AF=0.682927;AO=26;DP=47;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0314676;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.748;QD=32.3905;RBI=0.0344691;REFB=-0.0678546;REVB=0.0140681;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714021;STB=0.52863;STBP=0.624;TYPE=ins;VARB=0.02556;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.682927:26:47:28:41:13:11:17:4:9:99:20:10:16:6:14 chr2 177036754 . T C 363.96 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6599;QD=51.9939;RBI=0.0490923;REFB=-0.0137171;REVB=-0.0197967;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00275356;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:13:12:0:1:13:14:0:1 chr2 178085137 . G A 785.72 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196223;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.39;QD=57.1434;RBI=0.0317436;REFB=0;REVB=0.0249524;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27319e-06;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:16:38:0:0:17:38:0:0 chr2 178417142 . C T 1525.09 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00176277;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0708;QD=58.0988;RBI=0.0311829;REFB=-0.0406571;REVB=0.0311331;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000797154;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:0:1:101:103:0.980952:52:49:0:0:53:50:0:1 chr2 178417225 . C T 1320.66 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.592;QD=62.1489;RBI=0.0429325;REFB=0;REVB=0.0192884;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117479;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:44:41:0:0:44:41:0:0 chr2 178481818 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.398;QD=58.4196;RBI=0.0174794;REFB=0;REVB=0.0105073;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.42283e-06;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr2 178482094 . C T 89.67 PASS AF=1;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152228;FXX=0.333056;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.948;QD=44.8349;RBI=0.0152229;REFB=0;REVB=4.27715e-05;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21357e-05;OID=.;OPOS=178482094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:8:0:0:6:8:1:0:6:0:0:0:8:0:0 chr2 178482737 . G A 129.5 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0157317;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.168;QD=12.0464;RBI=0.0160681;REFB=-0.0124569;REVB=0.00327037;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723332;STB=0.542799;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0210371;OID=.;OPOS=178482737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:13:15:9:6:13:15 chr2 178483621 . G A 874.52 PASS AF=0.570423;AO=80;DP=141;FAO=81;FDP=142;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.0742411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.4187;QD=24.6345;RBI=0.0953776;REFB=0.00131303;REVB=0.0598761;RO=58;SAF=37;SAR=43;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064996;STB=0.547039;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00117905;OID=.;OPOS=178483621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:58:61:80:81:0.570423:43:37:22:36:43:38:22:39 chr2 178491217 . G A 1068.87 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.963;QD=59.3816;RBI=0.0327274;REFB=0;REVB=0.027398;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206045;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:32:39:0:0:32:40:0:0 chr2 178493294 . A C 291.03 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.010454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2961;QD=26.4574;RBI=0.0114534;REFB=-0.0440859;REVB=-0.00467913;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17887;STB=0.598883;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0234139;OID=.;OPOS=178493294;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:6:12:11:15:6:12 chr2 178493301 . G T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0323985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.148;QD=15.6193;RBI=0.0328413;REFB=-0.0122085;REVB=-0.00537499;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233525;STB=0.634768;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0162259;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:14:11:12:6:14:11 chr2 178494173 . G GGGA 564.65 PASS AF=0.412162;AO=57;DP=151;FAO=61;FDP=148;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0112533;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=3;MLLD=283.226;QD=15.2607;RBI=0.015302;REFB=-0.0172581;REVB=-0.010369;RO=90;SAF=29;SAR=28;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627933;STB=0.558162;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0226109;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412162:57:151:61:148:87:29:32:50:37:99:90:29:28:51:39 chr2 178682603 . T C 207.47 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0230164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.038;QD=11.2145;RBI=0.0295798;REFB=-0.0315246;REVB=0.0185799;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112515;STB=0.565168;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0246743;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:12:14:21:27:12:14:21:27 chr2 178682655 . A G 199.77 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00384882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.395;QD=11.5806;RBI=0.00998058;REFB=-0.00418032;REVB=0.00920862;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605651;STB=0.534966;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00634;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:17:27:14:11:17:27 chr2 178936373 . T G 864.41 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.501;QD=57.627;RBI=0.0525745;REFB=0;REVB=0.0197139;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24235e-05;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:25:30:0:0:26:34:0:0 chr2 178936614 . C G,T 299.36 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147942,0.0195912;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.0185,174.498;QD=52.0625;RBI=0.034851,0.0361878;REFB=0,0;REVB=-0.0315551,0.030426;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138827,0.000396696;OID=.,.;OPOS=178936614,178936614;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:0,6:2,15:0:0:0,6:2,15:0:0 chr2 179203797 . G A 638.87 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2416;QD=59.4294;RBI=0.0234866;REFB=-0.102645;REVB=-0.0210842;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019159;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00225576;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:18:24:1:0:18:24:1:0 chr2 179260382 . A G 450.8 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00830145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.709;QD=17.1732;RBI=0.0267068;REFB=-0.0222158;REVB=0.0253838;RO=56;SAF=30;SAR=19;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495556;STB=0.527548;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0236321;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:19:30:37:19:19:30:37:19 chr2 179358665 . A G 1434.36 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.007;QD=63.0489;RBI=0.051515;REFB=0;REVB=0.0423524;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472733;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr2 179367086 . A G 714.31 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00115166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3124;QD=60.7924;RBI=0.0427323;REFB=-0.0490053;REVB=0.0427168;RO=1;SAF=45;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010337;STB=0.505492;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00113009;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:1:45:1:0:1:45:1:0 chr2 179393111 . A G 622.19 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0172605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.863;QD=18.166;RBI=0.0184646;REFB=-0.0234164;REVB=-0.00655869;RO=72;SAF=42;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155927;STB=0.590815;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0269437;OID=.;OPOS=179393111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:72:73:64:64:0.467153:22:42:36:36:22:42:36:37 chr2 179395560 . G A 504.32 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=127;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.00863171;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.318;QD=16.0103;RBI=0.0334595;REFB=0.00174958;REVB=0.032327;RO=70;SAF=36;SAR=19;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128812;STB=0.512816;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00190925;OID=.;OPOS=179395560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:70:71:55:55:0.436508:19:36:45:25:19:36:45:26 chr2 179395760 . G A 738.42 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=158;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00443349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.024;QD=18.6942;RBI=0.00495662;REFB=-0.00499366;REVB=-0.00221635;RO=81;SAF=46;SAR=31;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434826;STB=0.523968;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00542577;OID=.;OPOS=179395760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:81:77:77:0.487342:31:46:52:29:31:46:52:29 chr2 179395958 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.673;QD=57.2377;RBI=0.0256301;REFB=0;REVB=0.0229499;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79222e-05;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr2 179396354 . G A 251.57 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0296568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5166;QD=20.5361;RBI=0.0327212;REFB=0.022096;REVB=0.0138257;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134608;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0266178;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:13:12:15:9:13:12 chr2 179397561 . C T 1068.04 PASS AF=0.568182;AO=100;DP=176;FAO=100;FDP=176;FR=.;FRO=76;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0260092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.758;QD=24.2737;RBI=0.0311906;REFB=-0.0307623;REVB=-0.0172156;RO=75;SAF=64;SAR=36;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226325;STB=0.510052;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0251685;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:75:76:100:100:0.568182:36:64:46:29:36:64:47:29 chr2 179398509 . C A 543.27 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00176496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.934;QD=18.416;RBI=0.0313439;REFB=-0.00626074;REVB=-0.0312942;RO=60;SAF=38;SAR=19;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174864;STB=0.512816;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00733529;OID=.;OPOS=179398509;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:57:57:0.483051:19:38:41:19:19:38:42:19 chr2 179398823 . G A 37.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00533514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.796;QD=8.24953;RBI=0.0671231;REFB=-0.00229261;REVB=-0.0669107;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177981;STB=0.610759;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0228035;OID=.;OPOS=179398823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:8:4:3:3:8:4 chr2 179400895 . C T 635.69 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00536779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.843;QD=20.0217;RBI=0.00631145;REFB=-0.0272973;REVB=-0.00331983;RO=61;SAF=24;SAR=40;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206308;STB=0.606328;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0242684;OID=.;OPOS=179400895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:61:63:64:64:0.503937:40:24:37:24:40:24:37:26 chr2 179404628 . T A 65.43 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0132709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.43;QD=10.9057;RBI=0.0286461;REFB=-0.0242655;REVB=0.0253867;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399313;STB=0.636033;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0342926;OID=.;OPOS=179404628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:15:15:8:9:0.375:1:7:9:6:2:7:9:6 chr2 179406191 . C T 726.82 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=141;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.026974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.046;QD=20.619;RBI=0.0289065;REFB=-0.0270414;REVB=-0.0103918;RO=69;SAF=39;SAR=32;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807199;STB=0.540046;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0231231;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:69:70:71:71:0.503546:32:39:44:25:32:39:44:26 chr2 179408994 . C T 303.48 PASS AF=0.254237;AO=45;DP=177;FAO=45;FDP=177;FR=.;FRO=132;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=69;FSRR=63;FWDB=0.00261952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.398;QD=6.85832;RBI=0.0160124;REFB=-0.0030886;REVB=-0.0157967;RO=130;SAF=27;SAR=18;SRF=68;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971512;STB=0.558594;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00883948;OID=.;OPOS=179408994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:130:132:45:45:0.254237:18:27:68:62:18:27:69:63 chr2 179413110 . G A 205.14 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0240413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.215;QD=15.7802;RBI=0.043389;REFB=0.00319503;REVB=-0.0361196;RO=29;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237797;STB=0.633791;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00860159;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:11:12:22:7:11:12:22:7 chr2 179421694 . A G 1288.65 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3079;QD=59.2484;RBI=0.0355342;REFB=-0.170055;REVB=0.0249811;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997231;STB=0.501512;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00134465;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:87:1:2:84:85:0.977011:37:47:1:0:37:48:1:1 chr2 179427186 . A G 1644.97 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279687;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5442;QD=60.366;RBI=0.0428063;REFB=0;REVB=0.0324057;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165998;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:48:61:0:0:48:61:0:0 chr2 179427536 . T C 1738.92 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204693;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.736;QD=61.0147;RBI=0.0684606;REFB=0;REVB=0.0653288;RO=0;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110559;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:110:114:1:43:67:0:0:46:68:0:0 chr2 179430997 . G A 1345.82 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.137;QD=61.8767;RBI=0.0188174;REFB=0;REVB=0.00857199;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142654;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:36:50:0:0:37:50:0:0 chr2 179431797 . A T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0125207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.849;QD=15.7003;RBI=0.0150837;REFB=-0.000205631;REVB=0.00841127;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14909;STB=0.585548;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.000246233;OID=.;OPOS=179431797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:13:6:7:8:13:6 chr2 179434516 . C T 271.52 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0280522;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9501;QD=23.1077;RBI=0.042849;REFB=-0.0397351;REVB=-0.03239;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139203;STB=0.595261;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0333284;OID=.;OPOS=179434516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:22:25:25:0.531915:9:16:18:5:9:16:18:4 chr2 179436020 . G A 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0100675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.098;QD=22.5839;RBI=0.0120647;REFB=-0.0357482;REVB=-0.00664839;RO=33;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286334;STB=0.515752;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0274781;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:15:26:22:11:15:26:22:11 chr2 179440423 . C T 110.13 PASS AF=0.2;AO=18;DP=90;FAO=18;FDP=90;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0153987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.187;QD=4.89463;RBI=0.0302217;REFB=-0.00653074;REVB=-0.0260044;RO=71;SAF=12;SAR=6;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261958;STB=0.512383;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0283223;OID=.;OPOS=179440423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:71:72:18:18:0.2:6:12:46:25:6:12:47:25 chr2 179444768 . C G 2012.5 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.159;QD=61.4504;RBI=0.02847;REFB=-0.125819;REVB=0.0116575;RO=1;SAF=63;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748422;STB=0.503936;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000203489;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:67:63:1:0:67:63:1:0 chr2 179444939 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1646;QD=51.1832;RBI=0.0307531;REFB=0;REVB=-0.0298499;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100677;OID=.;OPOS=179444939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr2 179446667 . G A 43.22 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.036094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.758;QD=5.57672;RBI=0.0362342;REFB=-0.00505591;REVB=0.00318442;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143824;STB=0.509407;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0293717;OID=.;OPOS=179446667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:14:10:3:4:14:10 chr2 179447848 . T C 1909.06 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.71;QD=61.5826;RBI=0.0506699;REFB=0;REVB=0.00746243;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21944e-05;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:70:54:0:0:70:54:0:0 chr2 179451420 . G A 1970.34 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355542;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4911;QD=62.058;RBI=0.0626151;REFB=0;REVB=-0.0515417;RO=0;SAF=82;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534757;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:126:127:1:44:82:0:0:45:82:0:0 chr2 179454394 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.652;QD=57.2371;RBI=0.0268063;REFB=0;REVB=0.0156471;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38318e-05;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 179455207 . T C 2371.08 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.694;QD=64.0833;RBI=0.0984324;REFB=0;REVB=0.0912361;RO=0;SAF=98;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140044;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:49:98:0:0:50:98:0:0 chr2 179457147 . G A 325.96 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0210987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3838;QD=29.633;RBI=0.0852148;REFB=-0.00332607;REVB=-0.0825615;RO=16;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178319;STB=0.509797;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000431586;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:13:15:9:7:13:15:9:7 chr2 179458065 . G A 178.79 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00232331;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.414;QD=10.6742;RBI=0.00698579;REFB=-0.00319649;REVB=0.00658813;RO=44;SAF=6;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378376;STB=0.721289;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00458954;OID=.;OPOS=179458065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:44:23:23:0.343284:17:6:26:18:17:6:26:18 chr2 179458591 . C T 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0116075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.192;QD=28.1928;RBI=0.0149259;REFB=-0.0133886;REVB=0.00938347;RO=13;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475754;STB=0.526293;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00550821;OID=.;OPOS=179458591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:9:14:7:6:9:14:7:6 chr2 179459099 . G C 414.39 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0164801;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.487;QD=15.0688;RBI=0.0193193;REFB=-0.0195135;REVB=0.0100819;RO=62;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219309;STB=0.516647;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0222656;OID=.;OPOS=179459099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:23:24:33:29:23:24:34:29 chr2 179464527 . T C 1209.35 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5293;QD=60.4675;RBI=0.0290283;REFB=0;REVB=0.0250222;RO=1;SAF=35;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141774;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:1:0:79:80:1:44:35:1:0:44:36:0:0 chr2 179543217 . C T 1573.32 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.106638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8533;QD=58.8158;RBI=0.106734;REFB=0.00359604;REVB=-0.00452613;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887078;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000533489;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:53:53:1:0:53:53:1:0 chr2 179549988 . G A 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0202441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.078;QD=14.3996;RBI=0.0314783;REFB=-0.00109689;REVB=-0.0241052;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059742;STB=0.533954;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00137442;OID=.;OPOS=179549988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:21:13:11:14:21:13 chr2 179558366 . T C 1083.98 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982617;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.33;QD=60.2208;RBI=0.0153867;REFB=0;REVB=-0.0118405;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27218e-06;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr2 179578730 . G A 1788.23 PASS AF=0.991597;AO=103;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.156;QD=60.1085;RBI=0.0350734;REFB=0.0839924;REVB=0.0299334;RO=0;SAF=69;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00014272;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:0:1:103:118:0.991597:34:69:0:0:48:70:0:1 chr2 179579093 . T C 905.89 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.521;QD=56.6183;RBI=0.0140057;REFB=-0.0849876;REVB=-0.00406617;RO=1;SAF=38;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00436244;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:25:38:1:0:25:38:1:0 chr2 179579212 . T C 1442.44 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435213;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.783;QD=63.4039;RBI=0.0245688;REFB=0;REVB=0.0241802;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91352e-05;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr2 179579822 . T A 1670.51 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00876353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8376;QD=57.6039;RBI=0.0134092;REFB=-0.0379354;REVB=0.0101492;RO=3;SAF=58;SAR=55;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239232;STB=0.512603;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00982721;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:55:58:3:0:55:58:3:0 chr2 179582327 . C T 1361.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467397;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.285;QD=62.5979;RBI=0.0355403;REFB=0;REVB=0.0352316;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67206e-05;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:36:51:0:0 chr2 179582537 . G T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.749;QD=57.2377;RBI=0.0230685;REFB=0;REVB=-0.0189095;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36246e-05;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr2 179583496 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.065;QD=60.5471;RBI=0.0214068;REFB=0;REVB=0.0184834;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54036e-05;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr2 179585266 . C T 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1543;QD=62.3101;RBI=0.0274312;REFB=0;REVB=-0.0269651;RO=0;SAF=54;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162974;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:32:54:0:0:32:54:0:0 chr2 179585393 . A G 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.841;QD=48.7278;RBI=0.0318189;REFB=0;REVB=0.0309938;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22161e-05;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr2 179587130 . C G 1565.96 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.033;QD=63.9166;RBI=0.057837;REFB=0;REVB=-0.00170299;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91348e-05;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:35:62:0:0:35:63:0:0 chr2 179600563 . G A 1940.63 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00338612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.376;QD=60.1745;RBI=0.0125471;REFB=0.0518762;REVB=-0.0120815;RO=2;SAF=71;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176384;STB=0.500928;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-1.08823e-05;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:56:71:1:1:56:71:1:1 chr2 179605180 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.244;QD=58.5872;RBI=0.107477;REFB=0;REVB=-0.00720078;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991647;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr2 179611896 . TGGGGGT GTGGGGT,TGGGGT,TGGGGTC 143.48 PASS AF=0.0588235,0.310924,0.00840336;AO=9,28,8;DP=115;FAO=7,37,1;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=7,14,0;FSAR=0,23,1;FSRF=54;FSRR=20;FWDB=-0.00744919,-0.0120608,-0.0158006;FXX=0.00833264;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=33.7555,10.5283,38.3994;QD=4.82289;RBI=0.0148483,0.0324208,0.0341052;REFB=-0.0383202,-0.139348,-0.0225123;REVB=-0.0128445,0.0300939,-0.0302243;RO=59;SAF=9,12,0;SAR=0,16,8;SRF=49;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.57523,-0.454266,-0.794541;STB=0.997855,0.72196,0.994455;STBP=0.038,0.002,0.148;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.137132,0.13212,0.133618;OID=.,.,.;OPOS=179611896,179611897,179611901;OREF=TG,G,GT;OALT=GT,-,TC;OMAPALT=GTGGGGT,TGGGGT,TGGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:115:119:59:74:9,28,8:7,37,1:0.0588235,0.310924,0.00840336:0,16,8:9,12,0:49:10:0,23,1:7,14,0:54:20 chr2 179614952 . A G 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.237;QD=62.6139;RBI=0.0439747;REFB=0;REVB=0.0253268;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8759e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr2 179615887 . T C 435.93 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.106;QD=54.4907;RBI=0.116498;REFB=-0.0546215;REVB=0.0410773;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00135593;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:30:31:0.96875:19:11:0:0:19:12:0:1 chr2 179615931 . C G 661.53 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.373;QD=61.5373;RBI=0.0262056;REFB=0;REVB=0.0260599;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198035;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr2 179615994 . T C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.377;QD=58.5955;RBI=0.00901266;REFB=0;REVB=0.00219649;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54857e-06;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr2 179620951 . C T 972.08 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.36;QD=54.7652;RBI=0.0216758;REFB=-0.0669462;REVB=0.018326;RO=2;SAF=54;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.508153;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00306491;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:14:54:2:0:14:54:2:1 chr2 179621477 . C T 1857.7 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200628;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.761;QD=60.4131;RBI=0.0282348;REFB=0;REVB=0.0198667;RO=1;SAF=75;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449601;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:124:123:1:0:121:123:1:46:75:0:1:48:75:0:0 chr2 179623758 . C T 2809.05 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.985;QD=62.7721;RBI=0.0314764;REFB=0;REVB=0.00772351;RO=0;SAF=78;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2578e-05;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:178:179:1:100:78:0:0:100:79:0:0 chr2 179629363 . T C 996.32 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.477;QD=58.6073;RBI=0.0478053;REFB=0;REVB=0.02051;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160503;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr2 179629461 . C T 983.43 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803313;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.839;QD=59.6018;RBI=0.0081745;REFB=0;REVB=0.0015137;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.83078e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr2 179644035 . G A 1261.23 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.648;QD=61.5232;RBI=0.0505056;REFB=0;REVB=0.0132807;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07801e-05;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:31:45:0:0:34:48:0:0 chr2 179659912 . G A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.424;QD=59.5011;RBI=0.0695245;REFB=0;REVB=0.0694713;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025298;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr2 179702268 . A G 643.22 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.499;QD=61.2593;RBI=0.0453119;REFB=0;REVB=0.0438592;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152959;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:11:25:0:0:13:29:0:0 chr2 179839833 . A G 696.68 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474098;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.324;QD=63.3342;RBI=0.0714975;REFB=0;REVB=0.0535182;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249775;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr2 179997153 . C G 42.74 PASS AF=0.107527;AO=10;DP=93;FAO=10;FDP=93;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=0.0348208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.694;QD=1.83831;RBI=0.0359184;REFB=-0.0106083;REVB=-0.00881168;RO=83;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373569;STB=0.771054;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0443578;OID=.;OPOS=179997153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:93:93:83:83:10:10:0.107527:7:3:52:31:7:3:52:31 chr2 180047908 . T C 839.78 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9227;QD=56.9344;RBI=0.0308792;REFB=0;REVB=-0.0221009;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116013;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:23:35:0:0:24:35:0:0 chr2 180810180 . C T 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0319047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.267;QD=19.2746;RBI=0.0338728;REFB=-0.0230048;REVB=-0.011378;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0207137;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:16:10:11:12:16:10 chr2 180810202 . C T 169.17 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0875932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.26;QD=16.5046;RBI=0.0883504;REFB=-0.004093;REVB=-0.0115424;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233898;STB=0.644561;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00627967;OID=.;OPOS=180810202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:4:13:13:10:4:14:13:10 chr2 180810264 . A T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.426;QD=55.6504;RBI=0.0728938;REFB=0;REVB=0.0692057;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026321;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr2 180835792 . T A 288.54 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0393556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.839;QD=13.74;RBI=0.0395851;REFB=-0.0040647;REVB=0.00425577;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682724;STB=0.538881;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00599203;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:16:17:23:28:16:17:23:28 chr2 182347072 . T C 136.12 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0252827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7988;QD=10.4706;RBI=0.0383374;REFB=-0.0172398;REVB=0.0288191;RO=35;SAF=5;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290349;STB=0.672688;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0388465;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:12:5:19:16:12:5:19:16 chr2 182374534 . A G 292.71 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0345638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.736;QD=27.2287;RBI=0.0357843;REFB=-0.00734937;REVB=0.00926614;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949121;STB=0.55254;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0025181;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:8:9:17:9:8:9 chr2 182374567 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00664351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.936;QD=14.1955;RBI=0.0249069;REFB=-0.0119013;REVB=0.0240045;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390899;STB=0.522697;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0104022;OID=.;OPOS=182374567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:8:14:9:6:8:14 chr2 182392143 . G C 433.49 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0259072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.591;QD=15.0777;RBI=0.039777;REFB=-0.00521653;REVB=0.0301833;RO=66;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050583;STB=0.50284;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00953051;OID=.;OPOS=182392143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:66:66:49:49:0.426087:25:24:32:34:25:24:32:34 chr2 182395345 . G A 272.55 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00904589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.786;QD=12.5311;RBI=0.00907622;REFB=-0.00656077;REVB=-0.000741436;RO=54;SAF=20;SAR=12;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161299;STB=0.504584;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0108752;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:55:32:32:0.367816:12:20:33:21:12:20:34:21 chr2 182399097 . T C 409.6 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.043928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.074;QD=34.133;RBI=0.0451276;REFB=-0.0397404;REVB=-0.0103362;RO=15;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800123;STB=0.538438;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0240842;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:32:33:0.6875:15:17:10:5:15:18:10:5 chr2 182399638 . A G 1899.43 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058909;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5116;QD=61.77;RBI=0.064932;REFB=0;REVB=0.0273111;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319995;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr2 182400905 . T G 1335.48 PASS AF=0.915094;AO=97;DP=106;FAO=97;FDP=106;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0554634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.735;QD=50.3955;RBI=0.0576249;REFB=-0.153109;REVB=0.0156343;RO=9;SAF=44;SAR=53;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876931;STB=0.546382;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00365244;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:106:106:9:9:97:97:0.915094:53:44:9:0:53:44:9:0 chr2 182401109 . T TGATACA 91.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0309362;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=6;MLLD=283.942;QD=8.15626;RBI=0.0334797;REFB=-0.00892689;REVB=-0.0128001;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227343;STB=0.637248;STBP=0.336;TYPE=ins;VARB=0.0254466;OID=.;OPOS=182401110;OREF=-;OALT=GATACA;OMAPALT=TGATACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:12:46:12:45:33:7:5:25:8:91:33:7:5:25:8 chr2 182403851 . G A 985.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406603;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.048;QD=58.8513;RBI=0.0304397;REFB=0;REVB=0.030167;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90778e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:26:39:0:0:27:40:0:0 chr2 182413259 . A G 332.29 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00143958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.59;QD=19.8384;RBI=0.0222866;REFB=-0.00892689;REVB=0.0222401;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132839;STB=0.573293;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00842073;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:32:32:33:35:0.522388:14:19:23:9:15:20:23:9 chr2 182521578 . G A 628.04 PASS AF=0.639535;AO=54;DP=85;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0151671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.375;QD=29.2113;RBI=0.084886;REFB=-0.0151422;REVB=0.08352;RO=30;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297229;STB=0.512816;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00785956;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:30:31:54:55:0.639535:24:30:18:12:25:30:18:13 chr2 182543455 . T C 169.09 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00387731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.392;QD=13.0073;RBI=0.0233403;REFB=-0.0110667;REVB=-0.023016;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173384;STB=0.581313;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0181079;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:30:32:20:20:0.384615:8:12:13:17:8:12:15:17 chr2 182925120 . T C 160.38 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00353815;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.632;QD=16.8817;RBI=0.0297235;REFB=-0.0262121;REVB=0.0295122;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299673;STB=0.68553;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0302508;OID=.;OPOS=182925120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:7:9:17:3:8:9:18:3 chr2 182926144 . T C 252.05 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00606999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4165;QD=12.6025;RBI=0.00840861;REFB=-0.00643777;REVB=0.00581893;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.603068;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0140067;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:17:13:30:20:17:13:30:20 chr2 183007502 . A G 748.34 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00455624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0104;QD=51.6097;RBI=0.0630518;REFB=-0.0728882;REVB=0.062887;RO=2;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314024;STB=0.524581;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00386004;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:29:26:0:2:29:26:0:3 chr2 183731192 . GCCCCG GCCC,GCCCG 107.07 PASS AF=0.0588235,0.823529;AO=4,6;DP=17;FAO=1,14;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0,7;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.262053,-0.0117453;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=12.784,13.283;QD=25.193;RBI=0.270456,0.189711;REFB=-0.00173345,-0.0645759;REVB=-0.0668959,0.189347;RO=4;SAF=2,2;SAR=2,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.201109,0.0648362;STB=0.5,0.562412;STBP=1,0.235;TYPE=del,del;VARB=0.0715949,0.0508087;OID=.,.;OPOS=183731196,183731193;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.823529:4,6:17:1,14:17:2:0,7:1,7:0:2:10:4:2,2:2,4:1:3 chr2 183738620 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5086;QD=33.4284;RBI=0.065116;REFB=0;REVB=0.00833587;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00662885;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 183789649 . C A 736.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.193;QD=56.6751;RBI=0.0286278;REFB=0;REVB=0.0180479;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46958e-05;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr2 183799558 . G C 1572.74 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.364;QD=59.914;RBI=0.0756844;REFB=0;REVB=0.0138935;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226385;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:41:64:0:0:41:64:0:0 chr2 183961650 . A C 1859.37 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.937;QD=61.4669;RBI=0.0299757;REFB=0;REVB=0.0198841;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59148e-05;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:55:65:0:0:55:66:0:0 chr2 183961668 . A G 1517.79 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202365;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.592;QD=57.8205;RBI=0.0239018;REFB=0.0538006;REVB=0.0127192;RO=2;SAF=51;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182418;STB=0.509614;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=7.00585e-05;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:105:2:2:103:103:0.980952:52:51:2:0:52:51:2:0 chr2 184814072 . T C 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.041257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.976;QD=59.4237;RBI=0.0444136;REFB=0.148122;REVB=0.0164448;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00132492;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:0:1 chr2 185469503 . C T 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.249;QD=59.1408;RBI=0.0326203;REFB=0;REVB=-0.00134326;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00646e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr2 185800905 . A T 590.76 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.94;QD=59.0755;RBI=0.062309;REFB=0;REVB=0.0270494;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913342;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:17:22:1:0:17:23:0:0 chr2 185801747 . G A 593.4 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.944;QD=60.8615;RBI=0.0466498;REFB=0;REVB=0.00799498;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55853e-05;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr2 185801755 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.819;QD=60.2295;RBI=0.00919739;REFB=0;REVB=0.00446873;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05896e-05;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr2 185802211 . C CACA 108.7 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0187757;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.955;QD=33.4461;RBI=0.0393606;REFB=-0.0219759;REVB=-0.0345938;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=ins;VARB=0.00855368;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:10:16:11:13:2:5:6:0:2:10:4:4:6:0:4 chr2 185802243 . C A 116.36 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.163;QD=42.3114;RBI=0.0540009;REFB=0;REVB=0.0532557;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986559;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:4:4:0:0:7:4:0:0 chr2 185802363 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.6;QD=60.1583;RBI=0.0596768;REFB=-0.0737713;REVB=0.0092882;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240823;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000554039;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:1:0:25:19:1:0 chr2 186526579 . G A 551.15 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=100;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0141607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4237;QD=21.8277;RBI=0.026866;REFB=-0.00595275;REVB=-0.0228311;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453141;STB=0.529187;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00714476;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:46:46:54:55:0.544554:30:24:18:28:30:25:18:28 chr2 186625770 . A G 155.55 PASS AF=0.432432;AO=11;DP=39;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0186943;FXX=0.0512689;HRUN=8;LEN=1;MLLD=268.989;QD=16.8157;RBI=0.0239383;REFB=-0.0179568;REVB=0.0149521;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415476;STB=0.60857;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00837717;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:15:20:11:16:0.432432:6:5:1:14:9:7:5:15 chr2 186627943 . T C 280.67 PASS AF=0.324561;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=114;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00683729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.368;QD=9.84818;RBI=0.0567248;REFB=-0.011977;REVB=-0.0563112;RO=76;SAF=20;SAR=17;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918798;STB=0.547834;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0261326;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:76:77:37:37:0.324561:17:20:47:29:17:20:47:30 chr2 186654592 . A G 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0151275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9523;QD=14.8511;RBI=0.0457875;REFB=0.00630859;REVB=0.0432163;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158614;STB=0.59183;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00680808;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:14:15:7:12:14:15 chr2 186654867 . G C 292.72 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0130341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.014;QD=17.2191;RBI=0.0130869;REFB=-0.000268161;REVB=0.00117513;RO=36;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136063;STB=0.576563;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000589645;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:10:22:20:16:10:22:20:16 chr2 186655726 . G A 834.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0279;QD=57.5254;RBI=0.0379676;REFB=0;REVB=-0.0376931;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000339191;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr2 186656657 . C T 505.28 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0118312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4389;QD=22.7091;RBI=0.0901562;REFB=-0.0262155;REVB=-0.0893765;RO=39;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144132;STB=0.518546;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0124736;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:39:41:48:48:0.539326:23:25:21:18:23:25:23:18 chr2 186656956 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0117244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.725;QD=14.0789;RBI=0.0279808;REFB=-0.00408526;REVB=0.025406;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574387;STB=0.858653;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00746237;OID=.;OPOS=186656956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:11:1:8:7:11:1:9:7 chr2 186657089 . C A 228.65 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=-0.0244693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.869;QD=9.62724;RBI=0.0530936;REFB=-0.00625676;REVB=-0.0471188;RO=66;SAF=17;SAR=12;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043039;STB=0.525266;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.015587;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:12:17:41:25:12:17:41:25 chr2 186658056 . G A 324.22 PASS AF=0.622222;AO=27;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-2.31626e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.07;QD=28.8193;RBI=0.0263364;REFB=-0.00543602;REVB=-0.0263364;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490081;STB=0.53331;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00300955;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:27:28:0.622222:14:13:7:10:14:14:7:10 chr2 186658438 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0128613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.776;QD=14.1954;RBI=0.013932;REFB=0.00866206;REVB=0.00535618;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012446;STB=0.507237;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.0179031;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:12:10:7:8:12:10 chr2 186658565 . G T 223.96 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00877622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.927;QD=19.4748;RBI=0.0153864;REFB=-0.0306527;REVB=-0.012638;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0257687;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:11:11:11:11:11:11:12:12 chr2 186659359 . G T 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00585148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.325;QD=15.0665;RBI=0.0188242;REFB=-0.012381;REVB=-0.0178916;RO=47;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588387;STB=0.533314;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0236844;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:20:14:22:25:20:14:22:25 chr2 186661673 . A G 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0116873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.257;QD=22.3964;RBI=0.016162;REFB=-0.0163844;REVB=0.0111631;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744335;STB=0.530584;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00491714;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:13:9:9:9:13:9:9:10 chr2 186664473 . T C 649.2 PASS AF=0.446541;AO=71;DP=159;FAO=71;FDP=159;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.000186916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.445;QD=16.3321;RBI=0.00632874;REFB=-0.00637752;REVB=0.00632597;RO=88;SAF=33;SAR=38;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913293;STB=0.550808;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00705626;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:88:88:71:71:0.446541:38:33:49:39:38:33:49:39 chr2 186664963 . C A 122.42 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00660416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.565;QD=15.7957;RBI=0.0357813;REFB=-0.0496785;REVB=-0.0351665;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235334;STB=0.531973;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0333545;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:17:14:14:0.451613:5:9:10:5:5:9:10:7 chr2 186665432 . G A 232.69 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0345146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.735;QD=15.0124;RBI=0.0384588;REFB=-0.00242822;REVB=-0.0169653;RO=33;SAF=22;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298049;STB=0.676776;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00252494;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:35:27:27:0.435484:5:22:19:14:5:22:20:15 chr2 186665824 . A G 188.73 PASS AF=0.5;AO=17;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0113949;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.11;QD=19.8665;RBI=0.0117755;REFB=-0.0188238;REVB=0.00296957;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0159234;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:19:17:19:0.5:8:9:9:6:8:11:12:7 chr2 186667121 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0170087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.92;QD=15.8821;RBI=0.0241838;REFB=-0.00435925;REVB=0.0171919;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452485;STB=0.765397;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00401888;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:7:3:8:2:7:3 chr2 186668935 . A G 310.71 PASS AF=0.507692;AO=30;DP=63;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0610635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.155;QD=19.1206;RBI=0.0610666;REFB=-0.0257903;REVB=-0.000613261;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854921;STB=0.554275;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00896489;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:32:30:33:0.507692:16:14:12:20:17:16:12:20 chr2 186670104 . A C 1188.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1318;QD=60.9316;RBI=0.072021;REFB=0;REVB=0.0525797;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791635;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr2 186670780 . T A 197.63 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0130369;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.762;QD=12.9595;RBI=0.0130369;REFB=-0.0146957;REVB=2.0222e-06;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976133;STB=0.549197;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0248886;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:37:24:24:0.393443:11:13:24:14:11:13:23:14 chr2 186670979 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.223;QD=53.909;RBI=0.0483208;REFB=0;REVB=0.0288317;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492826;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr2 186671357 . G A 357.79 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00422936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.464;QD=19.6047;RBI=0.0362015;REFB=-0.00556983;REVB=-0.0359536;RO=36;SAF=26;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220253;STB=0.608985;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00661437;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:36:36:36:37:0.506849:10:26:18:18:11:26:18:18 chr2 186671912 . G A 219.84 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00678882;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.71;QD=9.35487;RBI=0.00734339;REFB=-0.0106005;REVB=-0.00279951;RO=65;SAF=18;SAR=10;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155003;STB=0.504947;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.027182;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:65:66:28:28:0.297872:10:18:41:24:10:18:42:24 chr2 186672897 . A G 49.35 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231734;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.837;QD=28.1977;RBI=0.0270532;REFB=-0.0242021;REVB=-0.0139595;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000241379;OID=.;OPOS=186672897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr2 186697876 . A G 1153.34 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.44;QD=60.7023;RBI=0.0456833;REFB=0;REVB=0.0408864;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123225;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr2 187351158 . CA AC,C 251.86 PASS AF=0.03125,0.78125;AO=3,34;DP=66;FAO=2,50;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=0,20;FSAR=2,30;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000942135,0.120244;FXX=0.0302984;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=140.361,8.33302;QD=15.7412;RBI=0.00843786,0.238676;REFB=-0.00168795,0.00416526;REVB=-0.0083851,-0.206174;RO=17;SAF=0,13;SAR=3,21;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.692296,-0.198423;STB=0.995029,0.536409;STBP=0.166,0.254;TYPE=mnp,del;VARB=0.190652,0.0790531;OID=.,.;OPOS=187351158,187351159;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:66:64:17:12:3,34:2,50:0.03125,0.78125:3,21:0,13:12:5:2,30:0,20:7:5 chr2 187487160 . G A 1728.82 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.542;QD=60.6604;RBI=0.0580823;REFB=0;REVB=0.00307163;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24633e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:40:72:0:0:42:72:0:0 chr2 187532417 . G A 1779.43 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601353;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1975;QD=60.8352;RBI=0.104293;REFB=0;REVB=0.104119;RO=0;SAF=106;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284265;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:115:117:1:9:106:0:0:11:106:0:0 chr2 187558960 . G A 577.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.755;QD=59.2459;RBI=0.107462;REFB=0;REVB=0.0905967;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138057;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:10:28:0:0:11:28:0:0 chr2 187559047 . G A,GCAA 925.6 PASS AF=0.278351,0.515464;AO=37,30;DP=117;FAO=27,50;FDP=97;FR=.;FRO=20;FSAF=18,32;FSAR=9,18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.022792,0.0122768;FXX=0.0202;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=82.5496,135.559;QD=38.1691;RBI=0.0261117,0.0312349;REFB=-0.0956591,-0.0616097;REVB=0.0127415,0.028721;RO=50;SAF=23,17;SAR=14,13;SRF=35;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0871807,-0.152233;STB=0.5757,0.542356;STBP=0.233,0.29;TYPE=snp,ins;VARB=0.0510174,0.0301398;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:117:97:50:20:37,30:27,50:0.278351,0.515464:14,13:23,17:35:15:9,18:18,32:10:10 chr2 187559065 . G A 54.49 PASS AF=0.114035;AO=17;DP=113;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.029378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.606;QD=1.9119;RBI=0.0300224;REFB=-0.007089;REVB=-0.00618687;RO=96;SAF=7;SAR=10;SRF=62;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289898;STB=0.78126;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0698808;OID=.;OPOS=187559065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:113:114:96:101:17:13:0.114035:10:7:62:34:9:4:66:35 chr2 188250301 . T A 1551.0 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00083986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.871;QD=59.6538;RBI=0.0235405;REFB=0;REVB=0.0235255;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91798e-05;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:51:53:0:0 chr2 189460553 . T C 1584.04 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00153577;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6593;QD=57.0826;RBI=0.00322199;REFB=-0.0998106;REVB=-0.00283242;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514016;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=1.68033e-05;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:0:3:106:108:0.972973:50:56:0:0:52:56:0:3 chr2 189866199 . T A 2717.07 PASS AF=0.994318;AO=174;DP=175;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00935978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.577;QD=61.7517;RBI=0.0386533;REFB=-0.0157341;REVB=0.037503;RO=1;SAF=87;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544004;STB=0.502824;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000105797;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:176:1:1:174:175:0.994318:87:87:1:0:87:88:1:0 chr2 189875421 . T G 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.92;QD=60.2001;RBI=0.0743654;REFB=0;REVB=0.0730801;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132064;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr2 189907937 . A G 1283.5 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271054;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5327;QD=61.8553;RBI=0.0380466;REFB=0;REVB=0.0266991;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348348;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:28:55:0:0:28:55:0:0 chr2 189932831 . T C 1636.41 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.222;QD=60.0517;RBI=0.0129017;REFB=0;REVB=0.0120805;RO=0;SAF=37;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31503e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:105:109:1:68:37:0:0:68:41:0:0 chr2 189962072 . A T 1019.71 PASS AF=0.507692;AO=96;DP=192;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.0185859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.303;QD=20.9171;RBI=0.018701;REFB=-0.0039334;REVB=0.0020721;RO=95;SAF=36;SAR=60;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158953;STB=0.59002;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00443302;OID=.;OPOS=189962072;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:195:95:96:96:99:0.507692:60:36:52:43:63:36:52:44 chr2 189974958 . G T 259.64 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0552148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7248;QD=30.5458;RBI=0.0567157;REFB=0.0379274;REVB=0.012961;RO=11;SAF=18;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389368;STB=0.715707;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.015887;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:34:11:11:23:23:0.676471:5:18:2:9:5:18:2:9 chr2 190323530 . A G 424.14 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0156649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.472;QD=21.207;RBI=0.0174436;REFB=-0.00191659;REVB=-0.00767392;RO=38;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502793;STB=0.527765;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00155257;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:19:23:23:15:19:23:23:15 chr2 190430177 . A G 2154.79 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6037;QD=62.9135;RBI=0.0432475;REFB=0;REVB=0.0251154;RO=0;SAF=72;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245064;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:137:0:0:132:137:1:60:72:0:0:63:74:0:0 chr2 190531426 . G A 1051.64 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.314;QD=59.2473;RBI=0.0330268;REFB=0;REVB=-0.0100535;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33555e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:22:48:0:0:22:49:0:0 chr2 190575815 . C T 353.78 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00374197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.098;QD=18.6198;RBI=0.0723742;REFB=-0.00123339;REVB=-0.0722774;RO=38;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745971;STB=0.536726;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000745808;OID=.;OPOS=190575815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:11:26:24:14:11:26:25:14 chr2 190595258 . G T 1437.88 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.106114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.409;QD=61.8444;RBI=0.107093;REFB=0.0846544;REVB=0.0144418;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101937;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0107279;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:45:46:1:0:46:46:1:0 chr2 190602513 . T C 685.35 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0364398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7593;QD=50.7668;RBI=0.0407974;REFB=0.187863;REVB=0.0183459;RO=3;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804506;STB=0.54284;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0069293;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:16:35:0:3:16:35:0:3 chr2 190617643 . A G,T 1528.17 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=82,22;DP=105;FAO=90,15;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=24,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138722,-0.0631086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.369,37.4334;QD=58.216;RBI=0.0230517,0.0635365;REFB=0,0;REVB=0.0184104,-0.00736134;RO=0;SAF=58,8;SAR=24,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.53051e-05,0.12888;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:73:105:105:0:0:82,22:90,15:0.857143,0.142857:24,14:58,8:0:0:24,15:66,0:0:0 chr2 190618249 . T A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.667;QD=62.3476;RBI=0.0211865;REFB=0;REVB=0.0134222;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133821;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr2 190636411 . C G 1137.52 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046108;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.039;QD=59.8693;RBI=0.0567287;REFB=0;REVB=0.0330484;RO=1;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117412;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:1:0:75:76:1:42:33:1:0:42:34:0:0 chr2 190788844 . T TC,TCG 409.79 PASS AF=1,0;AO=12,3;DP=30;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136763,-0.00727223;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=71.4087,65.6786;QD=54.6388;RBI=0.149141,0.220015;REFB=0,0;REVB=0.148513,0.219895;RO=14;SAF=8,3;SAR=4,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.402532,0.736641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-8.54177e-05,-0.0503236;OID=.,.;OPOS=190788845,190788845;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:12,3:30:30,0:30:0:15,0:15,0:0:0:4:14:8,3:4,0:3:11 chr2 190788845 . G C 123.77 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0867037;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.519;QD=16.5024;RBI=0.17871;REFB=-0.0602146;REVB=0.156269;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495573;STB=0.785306;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0268224;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:12:4:11:3:12:4 chr2 190815211 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.883;QD=62.6711;RBI=0.0518335;REFB=0;REVB=-0.00505378;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05706e-05;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr2 191064753 . C T 184.71 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0398852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.419;QD=26.3875;RBI=0.0527032;REFB=0.0185458;REVB=0.0344499;RO=10;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154352;STB=0.585021;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00328513;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:13:5:1:9:13:5:1:9 chr2 191065236 . TTTTG T 119.21 PASS AF=0.434783;AO=15;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00895748;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=4;MLLD=325.01;QD=10.366;RBI=0.0205784;REFB=-0.00317365;REVB=-0.0185266;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160884;STB=0.505149;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.00422296;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:15:45:20:46:26:14:6:18:8:99:25:10:5:17:8 chr2 191065595 . G T 137.71 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0377289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.4548;QD=11.4759;RBI=0.0399379;REFB=-0.0047654;REVB=-0.0130982;RO=28;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388816;STB=0.816299;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0152784;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:28:32:16:16:0.333333:15:1:6:22:15:1:10:22 chr2 191065782 . A AGAT 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00192357;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=308.783;QD=18.1185;RBI=0.00524255;REFB=-0.0249415;REVB=-0.0048769;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795846;STB=0.57823;STBP=0.404;TYPE=ins;VARB=0.0263905;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:18:40:18:38:20:10:8:14:6:99:22:10:8:14:8 chr2 191066683 . C T 527.74 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00956059;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.303;QD=24.264;RBI=0.0144791;REFB=-0.00399817;REVB=-0.0108738;RO=38;SAF=23;SAR=26;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662334;STB=0.536319;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0024918;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:38:38:49:49:0.563218:26:23:21:17:26:23:21:17 chr2 191066769 . C T 392.16 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.637;QD=56.0223;RBI=0.0265514;REFB=0;REVB=0.022687;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118742;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr2 191066913 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0602539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.993;QD=20.0176;RBI=0.0626868;REFB=-0.0399333;REVB=0.0172948;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404594;STB=0.727036;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0411074;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:14:3:12:6:14:3 chr2 191066970 . C T 253.9 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0260575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9283;QD=21.6083;RBI=0.0293836;REFB=-0.0222652;REVB=0.0135795;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418453;STB=0.733835;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0332032;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:18:5:17:7:18:5 chr2 191067233 . T C 186.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00647734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.099;QD=19.6679;RBI=0.04298;REFB=-0.0020688;REVB=0.0424891;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00236756;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:15:19:0.5:9:6:8:10:9:10:9:10 chr2 191067766 . T TTC 210.22 PASS AF=0.446809;AO=18;DP=51;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00391831;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=2;MLLD=118.177;QD=17.8911;RBI=0.0242226;REFB=-0.0221695;REVB=0.0239036;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063912;STB=0.569556;STBP=0.393;TYPE=ins;VARB=0.0251848;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:18:51:21:47:26:12:9:18:8:99:30:11:7:20:10 chr2 191068061 . A T 54.83 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0332045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7191;QD=8.4347;RBI=0.0361387;REFB=0.00833433;REVB=-0.0142641;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293402;STB=0.719924;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0125257;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:17:18:8:8:0.307692:1:7:12:5:1:7:12:6 chr2 191161622 . T C 559.71 PASS AF=0.541667;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0206877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0918;QD=23.3214;RBI=0.0323037;REFB=-0.0056176;REVB=0.0248103;RO=44;SAF=28;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302866;STB=0.503225;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00175633;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:44:51:52:0.541667:23:28:24:20:24:28:24:20 chr2 191224927 . C T 555.24 PASS AF=0.553191;AO=50;DP=93;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00928285;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8719;QD=23.6274;RBI=0.0128733;REFB=-0.0315816;REVB=-0.00891906;RO=42;SAF=31;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180424;STB=0.604455;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0300361;OID=.;OPOS=191224927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:42:50:52:0.553191:19:31:17:25:19:33:17:25 chr2 191224981 . G T 906.0 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9026;QD=56.6251;RBI=0.0183717;REFB=-0.131072;REVB=0.0114981;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00167487;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr2 191231458 . G A 1802.92 PASS AF=0.968;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=125;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0120404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2396;QD=57.6933;RBI=0.019321;REFB=-0.0488096;REVB=0.0151106;RO=2;SAF=61;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153185;STB=0.500132;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0144145;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:125:125:2:4:121:121:0.968:60:61:2:0:60:61:2:2 chr2 191231503 . G A 550.66 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.0168376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0223;QD=14.7827;RBI=0.0296406;REFB=-0.0106753;REVB=-0.0243938;RO=89;SAF=30;SAR=30;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.516773;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0145619;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:89:60:60:0.402685:30:30:47:42:30:30:47:42 chr2 191235901 . A C 1375.71 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120575;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6926;QD=61.8296;RBI=0.0906597;REFB=0;REVB=0.0898543;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883762;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:84:89:1:40:44:0:0:45:44:0:0 chr2 191301368 . A G 76.13 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.098465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.7468;QD=25.377;RBI=0.0985562;REFB=-0.201275;REVB=-0.00423767;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241727;STB=0.72665;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.044066;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:12:12:2:3:9:9:0.75:8:1:1:1:8:1:2:1 chr2 191354491 . T C 1190.13 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000302635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.723;QD=61.0323;RBI=0.0235394;REFB=0;REVB=0.0235375;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68097e-05;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:48:30:0:0:48:30:0:0 chr2 191379268 . G A 612.68 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2231;QD=61.2684;RBI=0.130712;REFB=0;REVB=0.0158198;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000915225;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr2 191402654 . A G 64.05 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000916632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.377;QD=9.48938;RBI=0.0547759;REFB=0.00426877;REVB=-0.0547683;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912882;STB=0.537107;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.0116948;OID=.;OPOS=191402654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:8:9:4:5:9:9 chr2 191402685 . A C 425.17 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0207574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0064;QD=27.4304;RBI=0.0216419;REFB=-0.00983209;REVB=-0.0061238;RO=21;SAF=31;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262288;STB=0.654426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00646891;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:9:31:9:12:9:31:9:13 chr2 191402698 . A C 432.92 PASS AF=0.693548;AO=29;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00561632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.798;QD=27.9304;RBI=0.0305613;REFB=0.000175271;REVB=-0.0300408;RO=18;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125662;STB=0.598348;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00542354;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:19:29:43:0.693548:11:18:8:10:11:32:9:10 chr2 191402702 . T C 478.24 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.011686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6646;QD=30.854;RBI=0.0396002;REFB=-0.0126187;REVB=-0.0378366;RO=19;SAF=32;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180619;STB=0.598348;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0189152;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:43:43:0.693548:11:32:9:10:11:32:9:10 chr2 191402710 . T C 506.36 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00597803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.057;QD=28.5271;RBI=0.00619;REFB=-0.0258853;REVB=0.00160602;RO=25;SAF=35;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131739;STB=0.571951;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0173046;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:11:35:15:10:11:35:15:10 chr2 191402712 . TA CG 520.58 PASS AF=0.681159;AO=45;DP=71;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.000592347;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=2;MLLD=114.821;QD=30.1788;RBI=0.0273111;REFB=0.0114715;REVB=0.0273047;RO=22;SAF=34;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156271;STB=0.588745;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=-0.00321032;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:22:22:45:47:0.681159:11:34:12:10:11:36:12:10 chr2 191402748 . A T 516.87 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0104084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.659;QD=30.8579;RBI=0.0158984;REFB=-0.0235334;REVB=0.0120177;RO=21;SAF=37;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186202;STB=0.601578;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0161932;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:9:37:12:9:9:37:12:9 chr2 191402761 . G A 473.92 PASS AF=0.68254;AO=39;DP=59;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0443208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.695;QD=30.0904;RBI=0.0482892;REFB=-0.013763;REVB=-0.0191707;RO=20;SAF=32;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198629;STB=0.59824;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00337535;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:20:20:39:43:0.68254:7:32:12:8:8:35:12:8 chr2 191402775 . T C 368.06 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0259203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.307;QD=29.4446;RBI=0.0263986;REFB=-0.0265179;REVB=-0.00500238;RO=19;SAF=27;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323308;STB=0.680534;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00273042;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:4:27:11:8:4:27:11:8 chr2 191402778 . T C 334.54 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0208527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.968;QD=27.309;RBI=0.0313129;REFB=-0.0188102;REVB=-0.0233594;RO=20;SAF=27;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484677;STB=0.775609;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00962575;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:2:27:12:8:2:27:12:8 chr2 191556554 . T TA 116.52 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00747112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4346;QD=12.947;RBI=0.0508246;REFB=-0.00850324;REVB=-0.0502725;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246942;STB=0.643972;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=0.00482589;OID=.;OPOS=191556555;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:17:36:17:36:19:2:15:5:14:99:19:2:15:5:14 chr2 191828203 . A T 906.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459997;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4628;QD=58.495;RBI=0.048003;REFB=0;REVB=0.0137227;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469061;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr2 191828205 . C A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0452691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.224;QD=56.0077;RBI=0.0467759;REFB=-0.0572927;REVB=0.0117767;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000631774;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr2 191828686 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00439919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.261;QD=7.32293;RBI=0.0329538;REFB=-0.00778607;REVB=-0.0326588;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.01693;OID=.;OPOS=191828686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:7:7:2:4:7:7 chr2 191874667 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.00194248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.505;QD=15.9155;RBI=0.0152934;REFB=-0.0229019;REVB=-0.0151696;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135433;STB=0.575865;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0307326;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:10:18:26:8:10:18:26:8 chr2 192160839 . A T 438.84 PASS AF=0.406504;AO=49;DP=122;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0350824;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.077;QD=14.2713;RBI=0.0365442;REFB=-0.00948591;REVB=-0.0102323;RO=72;SAF=31;SAR=18;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158014;STB=0.597692;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0118154;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:72:73:49:50:0.406504:18:31:35:37:18:32:35:38 chr2 192160875 . C T 476.95 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.000182468;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.961;QD=15.0222;RBI=0.0142269;REFB=-0.00812318;REVB=-0.0142257;RO=74;SAF=30;SAR=23;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068919;STB=0.538746;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0111818;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:23:30:37:37:23:30:37:37 chr2 192214966 . T C 405.35 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0850436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4623;QD=25.3341;RBI=0.0891794;REFB=0.0187697;REVB=0.026843;RO=25;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555292;STB=0.530362;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0103317;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:22:17:9:16:22:17:9:16 chr2 192250726 . G A 851.6 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.93;QD=57.7357;RBI=0.0556595;REFB=0;REVB=0.0292172;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12048e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:33:26:0:0 chr2 192279327 . T C 1032.91 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158475;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.935;QD=59.879;RBI=0.0470231;REFB=0;REVB=0.0442722;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28199e-05;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr2 192699639 . A AG 1571.44 PASS AF=1;AO=128;DP=141;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123647;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.4861;QD=47.6193;RBI=0.126419;REFB=0;REVB=0.0263264;RO=10;SAF=64;SAR=64;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000941481;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:141:132:132:0:67:65:0:0:29:10:64:64:6:4 chr2 192701141 . G A 76.64 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=15;FWDB=-0.00866004;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3628;QD=3.64948;RBI=0.0194397;REFB=-0.0100994;REVB=-0.0174042;RO=70;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358216;STB=0.737832;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0230489;OID=.;OPOS=192701141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:85:84:70:70:14:14:0.166667:7:7:54:16:7:7:55:15 chr2 192701393 . A G 1631.4 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522779;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.109;QD=60.4223;RBI=0.0558658;REFB=0;REVB=0.0196977;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162538;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr2 192814811 . A T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0269706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.267;QD=13.8992;RBI=0.0323631;REFB=-0.0302906;REVB=-0.0178873;RO=34;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126387;STB=0.507219;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0361219;OID=.;OPOS=192814811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:13:11:16:18:13:11:16:18 chr2 195523141 . G T 804.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1773;QD=64.3825;RBI=0.123476;REFB=0;REVB=0.0270059;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106799;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr2 196602054 . T TGTCA 153.98 PASS AF=0.3;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0203534;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=4;MLLD=269.942;QD=8.79895;RBI=0.0282714;REFB=-0.0132146;REVB=0.0196218;RO=50;SAF=14;SAR=7;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882557;STB=0.510628;STBP=0.923;TYPE=ins;VARB=0.0309593;OID=.;OPOS=196602055;OREF=-;OALT=GTCA;OMAPALT=TGTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:21:73:21:70:49:14:7:32:17:99:50:14:7:33:17 chr2 196673533 . A G 785.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9038;QD=64.1288;RBI=0.155115;REFB=0;REVB=0.150628;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217186;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr2 196726471 . G A 442.74 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.002237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.411;QD=22.7045;RBI=0.0045578;REFB=-0.0325186;REVB=0.00397107;RO=35;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555866;STB=0.53061;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0257998;OID=.;OPOS=196726471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:18:25:18:17:18:25:18:17 chr2 196762444 . T C 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0613195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1441;QD=11.2956;RBI=0.0648071;REFB=-0.00104726;REVB=0.0209734;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062033;STB=0.53644;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00322935;OID=.;OPOS=196762444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:10:8:17:17:10:8:17:17 chr2 196791276 . T G 850.97 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8875;QD=57.6931;RBI=0.0609028;REFB=0;REVB=0.0357615;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000766079;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr2 196851911 . G A 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.717;QD=63.5648;RBI=0.0452455;REFB=0;REVB=0.0174303;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76022e-05;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr2 196866420 . C T 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.519;QD=60.5459;RBI=0.0103591;REFB=0;REVB=0.00156179;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55323e-06;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr2 196915991 . A G 1515.14 PASS AF=1;AO=74;DP=110;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100703;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6831;QD=57.1752;RBI=0.100768;REFB=0;REVB=-0.00362276;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208705;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:110:106:0:0:74:106:1:40:34:0:0:49:57:0:0 chr2 197004439 . A G 1523.7 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412393;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.47;QD=61.5638;RBI=0.0438677;REFB=-0.0388108;REVB=0.0149564;RO=2;SAF=62;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150526;STB=0.507935;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000310394;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:35:62:2:0:35:62:2:0 chr2 197021276 . T C 1289.98 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.192;QD=60.7051;RBI=0.0688137;REFB=0;REVB=0.0113054;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165915;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:85:0:0:76:85:1:33:43:0:0:36:49:0:0 chr2 197021372 . T A 620.0 PASS AF=0.877551;AO=43;DP=49;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00236797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.89;QD=50.612;RBI=0.0207868;REFB=-0.151938;REVB=0.0206515;RO=3;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653794;STB=0.504288;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00159865;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:49:49:3:6:43:43:0.877551:20:23:0:3:20:23:3:3 chr2 197065023 . A G 245.28 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0406277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.623;QD=13.0815;RBI=0.0410183;REFB=0.000279971;REVB=-0.00564773;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257393;STB=0.651481;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000395759;OID=.;OPOS=197065023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:46:29:29:0.386667:18:11:27:16:18:11:29:17 chr2 197065221 . A G 426.93 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00711337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.954;QD=21.8937;RBI=0.0107653;REFB=-0.01122;REVB=0.00808035;RO=35;SAF=31;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136018;STB=0.584863;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00863414;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:11:31:21:14:11:31:21:15 chr2 197118729 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00535338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.975;QD=63.8716;RBI=0.00641391;REFB=0;REVB=-0.00353265;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3533e-05;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr2 197154234 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.106;QD=59.839;RBI=0.0542534;REFB=0;REVB=0.039371;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28279e-06;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr2 197184321 . C T 977.93 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0241185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.828;QD=55.0946;RBI=0.0266945;REFB=-0.1173;REVB=-0.0114408;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000511013;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:68:69:0.971831:38:30:0:0:38:31:2:0 chr2 197504545 . C G 285.91 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00886755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.171;QD=17.0693;RBI=0.0088678;REFB=-0.0447387;REVB=6.66191e-05;RO=34;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279296;STB=0.631888;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0598911;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:32:32:0.477612:21:11:22:12:20:12:22:13 chr2 197537115 . T G 175.11 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0302166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7353;QD=20.0121;RBI=0.0436381;REFB=-0.0206848;REVB=0.0314839;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0215657;OID=.;OPOS=197537115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr2 197597283 . G A 504.08 PASS AF=0.49;AO=46;DP=97;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0205812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.732;QD=20.1633;RBI=0.0320863;REFB=-0.0351761;REVB=0.024616;RO=51;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080658;STB=0.5294;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0242479;OID=.;OPOS=197597283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:51:51:46:49:0.49:25:21:19:32:28:21:19:32 chr2 197636527 . T C 210.78 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=6.88955e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8803;QD=14.052;RBI=0.0023233;REFB=0.0174738;REVB=-0.00232228;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191011;STB=0.608611;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.019448;OID=.;OPOS=197636527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:22:13:14:11:22:13 chr2 197639796 . A G 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0250591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.038;QD=12.4548;RBI=0.0255403;REFB=-0.0227069;REVB=-0.00493439;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345303;STB=0.519981;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0482088;OID=.;OPOS=197639796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:20:14:8:13:20:14 chr2 197697772 . T C 208.89 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00343079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.304;QD=18.1644;RBI=0.0248981;REFB=-0.0435558;REVB=-0.0246606;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187548;STB=0.563615;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0294173;OID=.;OPOS=197697772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:22:25:21:21:0.456522:10:11:16:6:10:11:16:9 chr2 197699178 . A G 356.87 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0206571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6243;QD=19.2901;RBI=0.022652;REFB=-0.015466;REVB=0.00929508;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108442;OID=.;OPOS=197699178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:13:22:23:14:14:23:23:14 chr2 197860140 . C T 318.54 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0400646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9494;QD=20.8877;RBI=0.0401985;REFB=-0.0152929;REVB=-0.00327902;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452127;STB=0.514802;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0139824;OID=.;OPOS=197860140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:14:19:17:10:14:19:17:11 chr2 198257795 . T C 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00331814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.303;QD=26.6163;RBI=0.064857;REFB=0.00947808;REVB=0.0647721;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499607;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0091236;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:15:14:10:11:15:14:10:11 chr2 198265526 . A G 190.84 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00600817;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.268;QD=9.91352;RBI=0.00698979;REFB=-0.0199197;REVB=-0.00357198;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217567;STB=0.62328;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0435564;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:53:24:24:0.311688:12:12:35:16:12:12:36:17 chr2 198283305 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0169252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.076;QD=27.2218;RBI=0.018145;REFB=-0.00992788;REVB=-0.0065404;RO=15;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510647;STB=0.528278;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00495646;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:8:16:9:6:8:16:9:6 chr2 198327314 . G A 202.92 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.011323;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.996;QD=20.2922;RBI=0.0148476;REFB=-0.00730642;REVB=-0.00960416;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302375;STB=0.669742;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00503281;OID=.;OPOS=198327314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:20:20:20:0.5:12:8:15:5:12:8:15:5 chr2 198362018 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0251621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.687;QD=25.1494;RBI=0.0292236;REFB=-0.00347632;REVB=-0.0148623;RO=20;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590167;STB=0.540511;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00245695;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:10:17:14:6:10:17:15:6 chr2 198363504 . A G 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00249933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.396;QD=16.384;RBI=0.0178109;REFB=-0.0116346;REVB=0.0176347;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106507;STB=0.559719;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0132434;OID=.;OPOS=198363504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:17:28:29:27:17:28:29:27 chr2 198508951 . G A 544.12 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00616542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.87;QD=17.0036;RBI=0.0418704;REFB=-0.0120941;REVB=0.041414;RO=68;SAF=33;SAR=25;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109905;STB=0.553553;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0182243;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:68:70:58:58:0.453125:25:33:31:37:25:33:33:37 chr2 198572076 . A ATTC 283.06 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0628314;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=3;MLLD=128.774;QD=49.2271;RBI=0.0665035;REFB=-0.0884721;REVB=0.0217929;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709089;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.00421751;OID=.;OPOS=198572077;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:21:24:22:23:1:13:9:1:0:6:2:12:9:2:0 chr2 198572461 . C T 356.38 PASS AF=0.407407;AO=37;DP=102;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0147387;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.581;QD=13.1992;RBI=0.0200291;REFB=-0.0242112;REVB=0.0135622;RO=64;SAF=31;SAR=6;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282027;STB=0.533416;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0418347;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:64:64:37:44:0.407407:6:31:42:22:13:31:42:22 chr2 198572617 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT,ATTTTTTA,TTTTTTA 112.75 PASS AF=0.25,0.0694444,0.152778,0;AO=17,4,9,3;DP=74;FAO=18,5,11,0;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15,5,10,0;FSAR=3,0,1,0;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.146045,-0.198716,0.150114,-0.0246175;FXX=0.0136968;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=12.3049,22.614,8.63418,106.413;QD=6.26389;RBI=0.205079,0.199274,0.211386,0.0375609;REFB=0.0574422,0.0229694,-0.057784,0.000231579;REVB=0.143973,0.0148941,-0.148828,-0.028369;RO=31;SAF=14,4,3,3;SAR=3,0,6,0;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.594835,0.710521,0.107908,0.665535;STB=0.877296,0.998791,0.944504,0.5;STBP=0,0,0.01,1;TYPE=del,mnp,ins,snp;VARB=0.0350769,-0.0466344,0.0419742,0;OID=.,.,.,.;OPOS=198572618,198572622,198572618,198572617;OREF=T,TA,-,A;OALT=-,AT,T,T;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT,ATTTTTTA,TTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:72:31:38:17,4,9,3:18,5,11,0:0.25,0.0694444,0.152778,0:3,0,6,0:14,4,3,3:8:23:3,0,1,0:15,5,10,0:8:30 chr2 200136583 . T A 815.79 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.06;QD=57.2481;RBI=0.0411245;REFB=0;REVB=-0.00425847;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110249;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr2 201173767 . T G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0304134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.372;QD=15.0173;RBI=0.0327324;REFB=-0.00663423;REVB=0.0121011;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260992;STB=0.514783;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0106251;OID=.;OPOS=201173767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:12:18:23:17:12:18:23:17 chr2 201344434 . A G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0221984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6331;QD=14.6977;RBI=0.0463182;REFB=0.00549411;REVB=0.0406523;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179275;STB=0.602296;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00340931;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:5:11:19:4:5:11:19:4 chr2 201344491 . G A 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0348062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1106;QD=19.762;RBI=0.0349017;REFB=-0.0219494;REVB=-0.00258075;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159937;STB=0.589402;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0185036;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:8:15:20:5:8:15:20:5 chr2 201344732 . C T 456.44 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0316156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.386;QD=21.7352;RBI=0.0317326;REFB=-0.0253148;REVB=-0.0027222;RO=39;SAF=13;SAR=31;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134297;STB=0.564269;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172818;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:31:13:17:22:31:14:17:22 chr2 201354935 . C G 550.13 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0077025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.724;QD=17.0582;RBI=0.0103539;REFB=-0.0269268;REVB=-0.00691917;RO=69;SAF=38;SAR=20;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164941;STB=0.599307;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0435119;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:58:59:0.457364:20:38:34:35:20:39:34:36 chr2 201437328 . C A 255.14 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0286231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.467;QD=22.1862;RBI=0.0370557;REFB=-0.0140013;REVB=0.0235339;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526104;STB=0.529388;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00821536;OID=.;OPOS=201437328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:15:7:9:15:15:7 chr2 201437334 . T C 628.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.69;QD=61.2791;RBI=0.0284137;REFB=0;REVB=0.0262065;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151279;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:12:25:0:0:14:27:0:0 chr2 201468732 . C G 178.9 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00447555;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.508;QD=17.8897;RBI=0.0478512;REFB=-0.0171315;REVB=0.0476414;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259162;STB=0.63624;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0184135;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:21:18:19:0.475:6:12:17:2:7:12:18:3 chr2 202122995 . A G 1248.27 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00583845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.817;QD=58.059;RBI=0.0380794;REFB=-0.100381;REVB=0.0376291;RO=2;SAF=67;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590443;STB=0.542846;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00116131;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:85:86:2:3:82:83:0.965116:15:67:0:2:16:67:0:3 chr2 202215492 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9339;QD=63.2864;RBI=0.0423812;REFB=0;REVB=-0.0194879;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389185;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr2 202245244 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.333;QD=61.2132;RBI=0.00879141;REFB=0;REVB=-0.00737693;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41123e-05;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:22:57:0:0:22:57:0:0 chr2 202260049 . G A 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.875;QD=63.8652;RBI=0.0418423;REFB=0;REVB=0.00589469;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7205e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr2 202264156 . C T 1989.68 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.758;QD=62.1774;RBI=0.0356771;REFB=0;REVB=-0.0160911;RO=0;SAF=58;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.21177e-05;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:70:58:0:0:70:58:0:0 chr2 202337730 . A G 1589.86 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000146869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.095;QD=58.8837;RBI=0.0431876;REFB=-0.0644801;REVB=0.0431874;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000207314;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:0:1:106:107:0.990741:48:58:0:0:48:59:1:0 chr2 202342402 . G T 1566.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314166;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.963;QD=59.6675;RBI=0.0417684;REFB=0;REVB=0.0275246;RO=0;SAF=60;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94011e-05;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:43:60:0:0:44:61:0:0 chr2 202357949 . A C 419.17 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00627517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3606;QD=54.0866;RBI=0.0136825;REFB=-0.063824;REVB=0.0121587;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00260682;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr2 202469361 . C T 393.01 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.57;QD=56.1442;RBI=0.0144776;REFB=0;REVB=0.0137842;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27007e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr2 202507353 . G C 394.62 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=55;FWDB=0.0312008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.159;QD=15.1776;RBI=0.0319384;REFB=-0.00407595;REVB=-0.0068239;RO=59;SAF=7;SAR=37;SRF=4;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204494;STB=0.60894;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00517764;OID=.;OPOS=202507353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:59:59:44:45:0.432692:37:7:4:55:38:7:4:55 chr2 202512449 . C T 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00106694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.475;QD=17.2392;RBI=0.00271225;REFB=-0.00622749;REVB=-0.00249359;RO=47;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139899;STB=0.578403;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0073461;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:16:23:21:26:16:23:21:26 chr2 202557702 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6458;QD=58.1391;RBI=0.0459431;REFB=0;REVB=-0.00978184;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398842;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 202575821 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.62;QD=60.2264;RBI=0.0111359;REFB=0;REVB=-0.0110186;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146775;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr2 202593280 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0152655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.892;QD=23.5284;RBI=0.0156652;REFB=-0.0170957;REVB=0.00351609;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0120157;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:10:5:10:10:10:5 chr2 202625615 . C T 1224.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.407;QD=60.4824;RBI=0.00478219;REFB=0;REVB=-0.00324903;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41432e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:37:44:0:0 chr2 202633582 . A G 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0064941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.227;QD=10.2377;RBI=0.0149274;REFB=-0.00477892;REVB=-0.0134408;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222825;STB=0.64836;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.010653;OID=.;OPOS=202633582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:6:4:11:7:6:4:12:7 chr2 202741256 . A T 1418.88 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0378821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.273;QD=61.6906;RBI=0.0715716;REFB=-0.137297;REVB=-0.0607243;RO=1;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104175;STB=0.505493;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000961176;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:45:46:0:1:45:46:0:1 chr2 202741269 . G A 1456.83 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030155;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.977;QD=63.3403;RBI=0.0774269;REFB=0;REVB=0.0713134;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111383;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:50:42:0:0:50:42:0:0 chr2 202901910 . G A 476.06 PASS AF=0.391304;AO=49;DP=132;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.0175141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8149;QD=13.7988;RBI=0.0305167;REFB=-0.0163444;REVB=0.0249906;RO=83;SAF=39;SAR=10;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353858;STB=0.632692;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.029105;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:138:83:84:49:54:0.391304:10:39:43:40:15:39:44:40 chr2 202939654 . T C 379.58 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00399469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.322;QD=16.6847;RBI=0.0105671;REFB=-0.0154143;REVB=-0.00978294;RO=50;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505492;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0112369;OID=.;OPOS=202939654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:51:40:40:0.43956:20:20:25:25:20:20:26:25 chr2 202939836 . G C 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00826921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.031;QD=21.43;RBI=0.00835476;REFB=-0.0184193;REVB=0.00119252;RO=27;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135519;STB=0.573671;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0162713;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:29:35:35:0.546875:16:19:10:17:16:19:11:18 chr2 202964517 . G C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0194908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0197;QD=13.3141;RBI=0.0384767;REFB=0.0188299;REVB=-0.0331748;RO=28;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206241;STB=0.575273;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.035011;OID=.;OPOS=202964517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:33:22:22:0.4:14:8:16:12:14:8:16:17 chr2 203155936 . A C 169.71 PASS AF=0.34375;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0698104;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6406;QD=10.6072;RBI=0.123645;REFB=0.00086804;REVB=0.102052;RO=42;SAF=12;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11304;STB=0.581324;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0021448;OID=.;OPOS=203155936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:42:21:22:0.34375:9:12:28:14:10:12:28:14 chr2 203168132 . GA G 67.64 PASS AF=0.513514;AO=16;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0271948;FXX=0.0263089;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.0144;QD=7.31291;RBI=0.0801237;REFB=-0.155623;REVB=-0.0753674;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.602534;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.119366;OID=.;OPOS=203168133;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:16:35:19:37:18:5:14:8:10:46:17:3:13:8:9 chr2 203424738 . TA AA,AT 64.82 PASS AF=0,0.375;AO=3,11;DP=37;FAO=0,12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=0,10;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00728502,0.117893;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=237.122,22.3334;QD=8.10192;RBI=0.0112263,0.128821;REFB=0.0114585,-0.0398734;REVB=0.00854155,-0.0519248;RO=18;SAF=3,10;SAR=0,1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.604808,0.553037;STB=0.5,0.77871;STBP=1,0.025;TYPE=snp,mnp;VARB=0,0.162308;OID=.,.;OPOS=203424738,203424738;OREF=T,TA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:37:32:18:17:3,11:0,12:0,0.375:0,1:3,10:9:9:0,2:0,10:7:10 chr2 203640713 . T C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0148382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.759;QD=13.8492;RBI=0.0316377;REFB=-0.00108778;REVB=0.0279423;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.51218;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00174532;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:13:12:8:8:13:12 chr2 203974870 . TAG AGT,TAGT 175.03 PASS AF=0,0.435185;AO=6,30;DP=108;FAO=0,47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=0,25;FSAR=0,22;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0460657,-0.0276792;FXX=0;HRUN=8,7;LEN=3,1;MLLD=13.5605,9.09392;QD=6.48273;RBI=0.0869957,0.235236;REFB=-0.00952369,-0.0597407;REVB=0.0737983,0.233602;RO=63;SAF=1,22;SAR=5,8;SRF=31;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.370179,0.297323;STB=0.5,0.514461;STBP=1,0.808;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0349881,0.0826107;OID=.,.;OPOS=203974870,203974873;OREF=TAG,-;OALT=AGT,T;OMAPALT=AGT,TAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:108:108:63:61:6,30:0,47:0,0.435185:5,8:1,22:31:32:0,22:0,25:34:27 chr2 204062061 . A G 2310.53 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290949;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.975;QD=63.7387;RBI=0.0245353;REFB=0;REVB=0.0243622;RO=0;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61089e-05;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:68:77:0:0:68:77:0:0 chr2 204090887 . C G 851.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.312;QD=57.7219;RBI=0.0355119;REFB=0;REVB=0.0301205;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92607e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:23:36:0:0 chr2 204116690 . C T 1138.58 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252658;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3925;QD=60.7244;RBI=0.0755657;REFB=0;REVB=-0.0755235;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350659;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:31:44:0:0 chr2 204206977 . C T 519.93 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.944;QD=59.4202;RBI=0.0500703;REFB=0;REVB=-0.0475606;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155044;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr2 204298783 . A C 101.44 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00632957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.741;QD=6.8772;RBI=0.0183947;REFB=-0.027994;REVB=0.0172714;RO=43;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278449;STB=0.657584;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0908462;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:44:15:15:0.254237:7:8:13:30:7:8:14:30 chr2 204298785 . A C 111.41 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0194178;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7242;QD=9.90316;RBI=0.022522;REFB=-0.0758504;REVB=0.0114102;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119092;STB=0.560423;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.119184;OID=.;OPOS=204298785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:8:6:16:14:8:6:16:15 chr2 204298787 . A C 106.52 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0325232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8668;QD=8.35434;RBI=0.0338579;REFB=-0.0383135;REVB=0.00941282;RO=36;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149312;STB=0.58089;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.105978;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:6:8:16:20:6:8:17:20 chr2 204299540 . A G 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00391408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.92;QD=22.8672;RBI=0.00457488;REFB=-0.0156995;REVB=0.00236843;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17945;STB=0.598211;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00773195;OID=.;OPOS=204299540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:16:21:22:6:16:21:22:6 chr2 204602211 . GA G 51.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.1149;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3781;QD=8.92087;RBI=0.115572;REFB=-0.000246308;REVB=-0.0124452;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=-0.131181;STB=0.578788;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=-0.0068667;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:10:24:10:23:13:4:6:7:6:51:11:4:6:6:5 chr2 204732714 . A G 184.67 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0462213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.668;QD=18.4674;RBI=0.0481561;REFB=-0.0437868;REVB=-0.013513;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186545;STB=0.607468;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0371969;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:16:3:6:15:16:3:6:15 chr2 205829991 . C T 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.201;QD=58.9574;RBI=0.0320619;REFB=0;REVB=0.0168731;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53803e-05;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr2 205912403 . T C 216.59 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00702109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.163;QD=13.3286;RBI=0.012616;REFB=-0.0110209;REVB=-0.0104817;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242684;STB=0.642237;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0112284;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:12:14:29:9:12:14:30:9 chr2 205969220 . G A 973.72 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.056;QD=59.0131;RBI=0.0272834;REFB=0;REVB=0.0118896;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149081;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:59:66:1:25:34:0:0:27:39:0:0 chr2 205986321 . A G 267.19 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.032732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6035;QD=28.1248;RBI=0.0397897;REFB=-0.00731279;REVB=0.0226238;RO=14;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134344;STB=0.574261;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00543071;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:15:9:8:6:15:9:8:6 chr2 205990353 . C T 381.02 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0142827;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.948;QD=16.7481;RBI=0.0155641;REFB=-0.0149294;REVB=-0.00618433;RO=51;SAF=28;SAR=12;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223038;STB=0.625817;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0170836;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:51:51:40:40:0.43956:12:28:25:26:12:28:25:26 chr2 206166580 . G A 632.98 PASS AF=0.563636;AO=61;DP=108;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0394369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8852;QD=23.0175;RBI=0.0539123;REFB=0.0101964;REVB=-0.0367596;RO=47;SAF=22;SAR=39;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12427;STB=0.567595;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00829059;OID=.;OPOS=206166580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:47:48:61:62:0.563636:39:22:24:23:39:23:25:23 chr2 206218963 . G A 324.78 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0198689;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.079;QD=16.8715;RBI=0.0236334;REFB=-0.0106238;REVB=0.0127971;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583519;STB=0.532794;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0127836;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:18:24:22:13:18:24 chr2 206219012 . TA CC 320.27 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0329949;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.922;QD=15.8158;RBI=0.059817;REFB=0.0036074;REVB=-0.049894;RO=46;SAF=10;SAR=25;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121905;STB=0.569064;STBP=0.321;TYPE=mnp;VARB=-0.00916056;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:25:10:18:28:25:10:18:28 chr2 206581033 . G A 2268.89 PASS AF=0.993151;AO=139;DP=142;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00432711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1201;QD=62.1612;RBI=0.032722;REFB=-0.00389219;REVB=-0.0324347;RO=1;SAF=85;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872291;STB=0.504504;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-6.964e-05;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:146:1:1:139:145:0.993151:54:85:0:1:55:90:0:1 chr2 206592695 . T C 838.34 PASS AF=0.5;AO=84;DP=169;FAO=85;FDP=170;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0135472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.835;QD=19.7255;RBI=0.0138328;REFB=-0.018132;REVB=0.0027962;RO=85;SAF=39;SAR=45;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702119;STB=0.541167;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0168654;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:85:84:85:0.5:45:39:46:39:46:39:46:39 chr2 206608039 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9897;QD=59.1405;RBI=0.0831431;REFB=0;REVB=-0.0813837;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519906;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr2 206610502 . T G 1098.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.914;QD=60.1942;RBI=0.0292498;REFB=0;REVB=-0.0249638;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92446e-05;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:19:53:0:0:20:53:0:0 chr2 206863874 . C T 128.52 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0622361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5351;QD=14.688;RBI=0.0655408;REFB=-0.0359687;REVB=0.020549;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.586091;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0368849;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:20:14:15:0.428571:6:8:9:11:6:9:9:11 chr2 206921451 . G A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00594134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.48;QD=13.4911;RBI=0.00594999;REFB=-0.000247142;REVB=-0.000320809;RO=45;SAF=27;SAR=3;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407846;STB=0.736167;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00035814;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:46:30:30:0.394737:3:27:30:15:3:27:31:15 chr2 207006676 . T C 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0942643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1995;QD=12.1189;RBI=0.110303;REFB=-0.00082474;REVB=0.0572794;RO=38;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222751;STB=0.629233;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00527433;OID=.;OPOS=207006676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:7:16:19:19:7:16:19:19 chr2 207008763 . C A 516.03 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0143434;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.243;QD=20.6411;RBI=0.0222845;REFB=-0.0195762;REVB=0.0170548;RO=48;SAF=37;SAR=15;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146523;STB=0.581119;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0133263;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:15:37:27:21:15:37:27:21 chr2 207041053 . T C 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0301555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2998;QD=18.4248;RBI=0.0464413;REFB=0.00914299;REVB=0.0353192;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00493892;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:16:12:12:16:16:12 chr2 207041441 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0338016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8942;QD=12.7299;RBI=0.0563482;REFB=-0.0106171;REVB=-0.0450841;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.01114;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr2 207086148 . T C 1320.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.713;QD=62.1529;RBI=0.0451308;REFB=0;REVB=0.0449406;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4898e-05;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr2 207172627 . A G 466.38 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0249767;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3134;QD=19.4325;RBI=0.0590388;REFB=-0.0400313;REVB=0.0534953;RO=49;SAF=26;SAR=19;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935968;STB=0.561772;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0332398;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:49:50:45:46:0.479167:19:26:33:16:20:26:34:16 chr2 207172770 . A G 358.23 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00057197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.126;QD=14.6217;RBI=0.0182928;REFB=-0.00681536;REVB=0.0182839;RO=58;SAF=16;SAR=23;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225297;STB=0.518787;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0109918;OID=.;OPOS=207172770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:59:39:39:0.397959:23:16:25:33:23:16:26:33 chr2 207174316 . T C 247.66 PASS AF=0.441176;AO=26;DP=64;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0245614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.322;QD=14.5684;RBI=0.03379;REFB=-0.00860111;REVB=-0.0232057;RO=38;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101009;STB=0.503065;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00976581;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:38:38:26:30:0.441176:18:8:15:23:18:12:15:23 chr2 207472683 . C CTA 537.98 PASS AF=0.366667;AO=62;DP=182;FAO=66;FDP=180;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=-0.0085021;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.263;QD=11.9551;RBI=0.0180205;REFB=-0.0108948;REVB=-0.0158888;RO=114;SAF=35;SAR=27;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136764;STB=0.504586;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.0200648;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:62:182:66:180:114:36:30:63:51:99:114:35:27:63:51 chr2 207603234 . T G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00482645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.822;QD=26.3154;RBI=0.0800584;REFB=-0.0177256;REVB=0.0799128;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121082;STB=0.566951;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0165403;OID=.;OPOS=207603234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:10:4:10:12:10:4 chr2 207621759 . A G 1227.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5029;QD=61.373;RBI=0.0476833;REFB=0;REVB=0.0468534;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244529;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr2 207647981 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0347325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.721;QD=15.2589;RBI=0.0458589;REFB=-0.0204989;REVB=0.0299448;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477234;STB=0.788535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0369453;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:4:2:6:1:4:2 chr2 207820276 . G A 261.49 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0810791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.554;QD=14.7319;RBI=0.0813302;REFB=0.00287048;REVB=0.00638627;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310199;STB=0.517591;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00553667;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:17:13:19:22:17:13:19:22 chr2 207824384 . T G 266.45 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00917537;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.494;QD=15.6737;RBI=0.0374107;REFB=-0.00729158;REVB=0.0362681;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141015;STB=0.507963;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00910354;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:21:17:13:17:21:17 chr2 207825656 . A T 453.68 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0734184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.626;QD=25.2045;RBI=0.0745859;REFB=-0.00848346;REVB=-0.013145;RO=28;SAF=31;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152986;STB=0.578752;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00743234;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:12:31:15:13:12:31:16:13 chr2 207833983 . A G 1283.76 PASS AF=0.60199;AO=117;DP=203;FAO=121;FDP=201;FR=.;FRO=80;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00070052;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.097;QD=25.5474;RBI=0.00913645;REFB=-0.00996448;REVB=0.00910955;RO=79;SAF=61;SAR=56;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360463;STB=0.51997;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00884074;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:201:79:80:117:121:0.60199:56:61:45:34:59:62:45:35 chr2 207988613 . C T 1420.32 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0314094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.889;QD=58.5698;RBI=0.0341149;REFB=-0.159869;REVB=0.0133147;RO=1;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150463;STB=0.51908;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00109466;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:1:4:93:93:0.958763:31:62:0:1:31:62:1:3 chr2 207998800 . C T 494.03 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107492;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.015;QD=56.4609;RBI=0.01735;REFB=-0.145586;REVB=0.013619;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00109224;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:1:0:13:21:1:0 chr2 208477852 . G A 1244.05 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.694;QD=61.4347;RBI=0.0145662;REFB=0;REVB=-0.000940578;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06307e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:38:43:0:0 chr2 208477956 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.153;QD=59.323;RBI=0.0166235;REFB=0;REVB=0.0165149;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42566e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr2 208478055 . A G 423.86 PASS AF=0.447619;AO=48;DP=106;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0903073;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5329;QD=16.147;RBI=0.103698;REFB=-0.00590032;REVB=0.05097;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1435;STB=0.568937;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00830758;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:57:58:48:47:0.447619:23:25:38:19:22:25:38:20 chr2 208489101 . C A 102.67 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00249765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.341;QD=7.08057;RBI=0.0133034;REFB=0.00286063;REVB=0.0130668;RO=43;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030153;STB=0.518494;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00483189;OID=.;OPOS=208489101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:8:7:19:24:8:7:19:24 chr2 208632093 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00929001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.622;QD=22.7944;RBI=0.0117411;REFB=-0.0238123;REVB=0.00717985;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106358;STB=0.559274;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0160177;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:14:7:11:13:14:7 chr2 208633413 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.366;QD=44.6898;RBI=0.0327662;REFB=0;REVB=-0.00384635;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310053;OID=.;OPOS=208633413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr2 208633627 . C T 4175.93 PASS AF=1;AO=260;DP=261;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228386;FXX=0.011152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.353;QD=62.7959;RBI=0.0262504;REFB=0;REVB=0.0129414;RO=0;SAF=123;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30315e-05;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:261:266:0:0:260:266:1:137:123:0:0:137:129:0:0 chr2 208841964 . A G 409.81 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00184741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.83;QD=20.7498;RBI=0.0048161;REFB=-0.0280914;REVB=0.00444768;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198601;STB=0.517638;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0228376;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:19:22:19:18:19:22:19:19 chr2 208842153 . C T 336.69 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0236317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.419;QD=17.2661;RBI=0.0247238;REFB=-0.00179424;REVB=-0.00726697;RO=42;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326995;STB=0.68335;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00199636;OID=.;OPOS=208842153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:25:11:27:15:25:11:27:15 chr2 208918917 . C T 380.18 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0372648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.139;QD=14.9092;RBI=0.0953692;REFB=-0.00284951;REVB=-0.0877874;RO=59;SAF=36;SAR=7;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334932;STB=0.691776;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00216056;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:7:36:35:24:7:36:35:24 chr2 208938866 . G T 136.05 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0146497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.066;QD=9.71755;RBI=0.0236688;REFB=-0.0130967;REVB=0.0185903;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803301;STB=0.517837;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0324127;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:38:17:18:0.321429:8:9:17:20:9:9:18:20 chr2 208989037 . A G 1339.72 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.157;QD=62.3127;RBI=0.0461936;REFB=0;REVB=0.00642738;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100182;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:38:48:0:0:38:48:0:0 chr2 208989059 . C T 180.28 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.00675415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.718;QD=7.43416;RBI=0.014808;REFB=0.00105616;REVB=-0.0131779;RO=71;SAF=20;SAR=5;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319795;STB=0.692898;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0118247;OID=.;OPOS=208989059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:72:25:25:0.257732:5:20:41:30:5:20:42:30 chr2 209033173 . A G 754.2 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=56.9206;RBI=0.0401643;REFB=0;REVB=0.0231043;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124639;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:23:30:0:0 chr2 209036712 . T C 1877.46 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.503;QD=61.5562;RBI=0.00462607;REFB=0;REVB=0.00254813;RO=0;SAF=74;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81284e-07;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:47:74:0:0:48:74:0:0 chr2 209036778 . A G 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.837;QD=60.0762;RBI=0.0957432;REFB=0;REVB=0.0810957;RO=0;SAF=58;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234941;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:49:58:0:0:49:58:0:0 chr2 209184980 . G A 1147.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00642502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.212;QD=60.3775;RBI=0.0513764;REFB=0;REVB=0.0509731;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40515e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:31:38:0:0:38:38:0:0 chr2 209184999 . C T 253.04 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0229703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.553;QD=12.652;RBI=0.022971;REFB=9.41775e-05;REVB=0.000177517;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223114;STB=0.644772;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.000135542;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:50:30:30:0.375:19:11:25:18:19:11:30:20 chr2 209190330 . T C 263.04 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.110046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9267;QD=12.6766;RBI=0.110068;REFB=-0.0208532;REVB=-0.00218654;RO=53;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474164;STB=0.510102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0844915;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:52:30:31:0.373494:16:14:27:26:16:15:26:26 chr2 209190519 . A T 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000194637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.153;QD=24.7073;RBI=0.0163204;REFB=0.016594;REVB=0.0163193;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163236;STB=0.509083;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0111202;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:10:7:9:14:10:7 chr2 209190528 . C G 231.41 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00294893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8332;QD=25.7124;RBI=0.0222667;REFB=-0.0311364;REVB=-0.0220705;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508858;STB=0.533304;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0106993;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:10:14:21:22:0.611111:8:13:7:3:8:14:10:4 chr2 209191082 . C A 90.31 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0195052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8405;QD=16.4206;RBI=0.0821364;REFB=-0.0190525;REVB=-0.0797868;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307182;STB=0.677107;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0248939;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:3:8:4:7:3:8 chr2 209191099 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.358;QD=48.7328;RBI=0.0379022;REFB=0;REVB=0.0362764;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451329;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:7:7:0:0:9:8:0:0 chr2 209209827 . G A 209.06 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0394926;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.76;QD=23.8927;RBI=0.0394968;REFB=-0.0186926;REVB=0.000579749;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255391;STB=0.514271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.010883;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:8:7:10:10:8:7 chr2 209212707 . G A 388.39 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0464837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8805;QD=16.5274;RBI=0.0599469;REFB=-0.0174715;REVB=-0.0378535;RO=48;SAF=29;SAR=12;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691093;STB=0.57792;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0170571;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:48:53:41:41:0.43617:12:29:31:17:12:29:31:22 chr2 209214770 . A G 139.47 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00304937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.453;QD=7.64221;RBI=0.0173075;REFB=-0.0125923;REVB=0.0170367;RO=52;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371064;STB=0.529544;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0279027;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:53:20:20:0.273973:9:11:27:25:9:11:27:26 chr2 209215586 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0141856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.934;QD=14.6163;RBI=0.0550426;REFB=-0.0104634;REVB=0.0531833;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239379;STB=0.635588;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0168526;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:17:11:24:14:17:11:24:14 chr2 209220157 . G T 708.52 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0352936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.59;QD=15.9218;RBI=0.0361965;REFB=-0.0276386;REVB=-0.00803431;RO=101;SAF=29;SAR=48;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182736;STB=0.60201;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0276093;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:101:77:77:0.432584:48:29:56:45:48:29:56:45 chr2 209220238 . G C 727.03 PASS AF=0.448276;AO=75;DP=171;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=48;FWDB=0.0892181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.034;QD=16.7133;RBI=0.0986206;REFB=-0.0144531;REVB=0.0420256;RO=96;SAF=23;SAR=52;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207595;STB=0.613606;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0151233;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:96:96:75:78:0.448276:52:23:48:48:54:24:48:48 chr2 209224874 . CA C 96.26 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.023364;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.3847;QD=5.92396;RBI=0.0682044;REFB=0.0364557;REVB=0.0640778;RO=40;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173217;STB=0.577812;STBP=0.42;TYPE=del;VARB=-0.0653102;OID=.;OPOS=209224875;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:21:65:21:65:44:6:15:17:27:96:40:6:15:17:23 chr2 209358027 . C T 438.37 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0230076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.048;QD=27.3981;RBI=0.0262912;REFB=-0.0171094;REVB=-0.012723;RO=23;SAF=26;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482152;STB=0.526303;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00721285;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:15:26:13:10:15:26:13:10 chr2 210586685 . T C 2216.37 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.749;QD=63.3249;RBI=0.0223742;REFB=0;REVB=0.0129974;RO=0;SAF=72;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35374e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:68:72:0:0:68:72:0:0 chr2 210685100 . G A 343.74 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0140037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.558;QD=12.1679;RBI=0.0427181;REFB=-0.00846734;REVB=-0.0403575;RO=71;SAF=23;SAR=19;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106449;STB=0.560711;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0191288;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:71:42:42:0.371681:19:23:32:39:19:23:32:39 chr2 210685367 . C T 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0044977;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9867;QD=8.14766;RBI=0.00491458;REFB=-0.011796;REVB=0.00198087;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0871021;OID=.;OPOS=210685367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:10:10:5:5:0.333333:1:4:8:2:1:4:8:2 chr2 210843383 . G A 1302.15 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.002;QD=62.007;RBI=0.0241486;REFB=0;REVB=0.00184024;RO=0;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54666e-05;OID=.;OPOS=210843383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:58:25:0:0:58:26:0:0 chr2 210860289 . G A 321.97 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.016539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.967;QD=13.9988;RBI=0.0168819;REFB=0.00919629;REVB=-0.00338504;RO=56;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106315;STB=0.50605;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0134894;OID=.;OPOS=210860289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:19:17:27:29:19:17:27:29 chr2 211098113 . C T 1526.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.69;QD=63.5984;RBI=0.0280945;REFB=0;REVB=-0.00725996;RO=0;SAF=53;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89963e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:96:0:0:90:96:1:37:53:0:0:37:59:0:0 chr2 211296239 . G A 91.42 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0187917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.234;QD=8.50438;RBI=0.0477488;REFB=-0.0121596;REVB=-0.0438956;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568211;STB=0.534826;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0467751;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:14:17:6:6:14:17 chr2 211342502 . G A 870.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669915;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.37;QD=58.0072;RBI=0.0371519;REFB=0;REVB=0.0365429;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.65513e-05;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:18:41:0:0:19:41:0:0 chr2 211421452 . A ATCT,T 402.24 PASS AF=0.37,0.07;AO=34,9;DP=100;FAO=37,7;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=22,2;FSAR=15,5;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00573808,0.00346093;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=243.874,111.388;QD=16.0898;RBI=0.0057389,0.0656087;REFB=-0.00684548,-0.0075095;REVB=-9.72473e-05,0.0655174;RO=57;SAF=21,3;SAR=13,6;SRF=28;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140583,-0.194674;STB=0.557752,0.69388;STBP=0.399,0.309;TYPE=ins,snp;VARB=0.00694848,0.116633;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:56:34,9:37,7:0.37,0.07:13,6:21,3:28:29:15,5:22,2:28:28 chr2 211540507 . C A 335.17 PASS AF=0.521127;AO=30;DP=68;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0183265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2631;QD=18.8827;RBI=0.0611686;REFB=-0.0525126;REVB=0.0583587;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178947;STB=0.603807;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0220761;OID=.;OPOS=211540507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:30:34:30:37:0.521127:12:18:12:18:12:25:16:18 chr2 212241725 . C T 157.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0184196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.381;QD=16.6164;RBI=0.0242193;REFB=-0.0286596;REVB=0.0157255;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095668;STB=0.555093;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0354978;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:8:13:12:5:8:13 chr2 212242745 . G C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0285157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.4;QD=18.2506;RBI=0.0360406;REFB=0.000429326;REVB=0.0220403;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.56748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=7.47883e-05;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:5:10:8:7:5:10 chr2 212244403 . G A 507.09 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.00412723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.699;QD=17.9499;RBI=0.00695221;REFB=-0.0120201;REVB=-0.00559456;RO=58;SAF=36;SAR=18;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243864;STB=0.516772;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0103477;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:59:54:54:0.477876:18:36:40:18:18:36:41:18 chr2 213866714 . G A 1437.84 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578008;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.551;QD=63.2018;RBI=0.0138035;REFB=0;REVB=0.0125351;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20628e-06;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr2 213886454 . A T 1163.61 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000173557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.087;QD=58.1803;RBI=0.0501587;REFB=-0.066411;REVB=0.0501584;RO=2;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606876;STB=0.500321;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000186043;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:38:40:1:1:38:40:1:1 chr2 214012405 . AA AC,CA 1211.42 PASS AF=0.197917,0.75;AO=12,45;DP=91;FAO=19,72;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=11,36;FSAR=8,36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0596394,0.0591838;FXX=0.0103082;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=119.497,106.685;QD=50.4757;RBI=0.0596424,0.0609425;REFB=-0.0626928,-0.0769895;REVB=0.000601477,0.0145348;RO=0;SAF=11,12;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,0;STB=0.537738,0.506492;STBP=0.558,0.796;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00567952,0.00652712;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:96:0:5:12,45:19,72:0.197917,0.75:1,33:11,12:0:0:8,36:11,36:2:3 chr2 214637044 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.293;QD=42.1826;RBI=0.031926;REFB=0;REVB=-0.0211617;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459967;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr2 214794743 . A C 1866.9 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.361;QD=59.7409;RBI=0.0304257;REFB=-0.0351805;REVB=0.00935708;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840822;STB=0.500721;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000290837;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:125:1:2:123:123:0.984:56:67:0:1:56:67:1:1 chr2 215102929 . T A 548.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.562;QD=59.3214;RBI=0.018;REFB=0;REVB=-0.00555116;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339946;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:12:25:0:0 chr2 215595645 . C T 940.71 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391244;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.085;QD=58.7944;RBI=0.0148831;REFB=0;REVB=0.0143597;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465062;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr2 215617262 . C T 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.03267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.202;QD=18.8402;RBI=0.0401049;REFB=-0.014222;REVB=-0.023261;RO=59;SAF=28;SAR=29;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465328;STB=0.525733;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0113424;OID=.;OPOS=215617262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:29:28:26:33:29:28:26:33 chr2 215632255 . CA TG 1457.06 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473562;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.185;QD=63.3505;RBI=0.0613574;REFB=0;REVB=0.0390144;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.30453e-05;OID=.;OPOS=215632255;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr2 215645464 . C G 1124.76 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0230474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.504;QD=55.5435;RBI=0.0266921;REFB=-0.0518947;REVB=0.0134642;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.513311;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000182984;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:81:1:4:77:77:0.950617:40:37:1:0:40:37:3:1 chr2 215674224 . G A 2698.34 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=175;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.105;QD=61.6763;RBI=0.0385354;REFB=-0.0276864;REVB=0.0307588;RO=1;SAF=98;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622206;STB=0.503268;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=7.89958e-05;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:175:175:1:1:174:174:0.994286:76:98:0:1:76:98:0:1 chr2 215796568 . T C 803.7 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.802;QD=55.4277;RBI=0.0371464;REFB=-0.162631;REVB=0.012874;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159856;STB=0.508472;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000679122;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:29:28:0:1:29:28:0:1 chr2 215820013 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0301897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.878;QD=16.9411;RBI=0.0725666;REFB=-0.0060805;REVB=-0.0659886;RO=24;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446194;STB=0.759334;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00533557;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:3:16:11:13:3:16:11:13 chr2 215865575 . T C 552.22 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0319092;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8918;QD=21.0369;RBI=0.0494704;REFB=-0.0291856;REVB=0.0378038;RO=47;SAF=28;SAR=28;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884141;STB=0.50476;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0278529;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:49:56:56:0.533333:28:28:24:23:28:28:25:24 chr2 215876166 . A T 808.59 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00944497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.546;QD=53.906;RBI=0.037686;REFB=-0.0180212;REVB=-0.0364832;RO=2;SAF=47;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310408;STB=0.516478;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00265808;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:11:47:1:1:11:47:1:1 chr2 215940242 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.632;QD=58.6006;RBI=0.0193147;REFB=0;REVB=0.0159144;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36535e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr2 216190020 . C G 222.74 PASS AF=0.375;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00675649;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.238;QD=12.3745;RBI=0.0564179;REFB=-0.0118523;REVB=-0.0560119;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348927;STB=0.537787;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0145966;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:26:27:0.375:15:11:20:24:16:11:21:24 chr2 216212339 . T C 434.5 PASS AF=0.511905;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0249171;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8266;QD=20.6906;RBI=0.0270307;REFB=-0.0145994;REVB=-0.0104785;RO=41;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109673;STB=0.548007;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.015804;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:41:43:0.511905:21:20:25:16:21:22:25:16 chr2 216229692 . A G 380.15 PASS AF=0.550725;AO=36;DP=67;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.120964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1698;QD=22.0376;RBI=0.120965;REFB=-0.0291479;REVB=-0.000226241;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113692;STB=0.571828;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0223977;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:31:31:36:38:0.550725:16:20:13:18:16:22:13:18 chr2 216235089 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.822;QD=62.0077;RBI=0.0413907;REFB=0;REVB=-0.040243;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77958e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr2 216242917 . T A 270.07 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0110453;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9051;QD=18.9524;RBI=0.0361693;REFB=0.00654891;REVB=0.0344415;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169613;STB=0.594627;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00423389;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:17:11:17:12:17:11 chr2 216249587 . C T 1364.38 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.239;QD=60.6391;RBI=0.135011;REFB=-0.162493;REVB=0.129285;RO=1;SAF=70;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285204;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:90:1:0:82:90:1:12:70:0:1:19:71:0:0 chr2 216272900 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.789;QD=63.583;RBI=0.0263839;REFB=0;REVB=0.0218175;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22496e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr2 216272907 . A T 708.74 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.931;QD=62.9992;RBI=0.0337361;REFB=0;REVB=0.0216063;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23596e-05;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:21:18:0:0:25:20:0:0 chr2 216272908 . G T 32.82 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.056066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.5497;QD=2.9173;RBI=0.059556;REFB=-0.031803;REVB=0.0200877;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316145;STB=0.614991;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0208302;OID=.;OPOS=216272908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:39:39:5:6:0.133333:4:1:18:21:4:2:18:21 chr2 216299550 . GC AA 782.36 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263931;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.269;QD=63.8661;RBI=0.0353318;REFB=0;REVB=-0.0234892;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.65148e-06;OID=.;OPOS=216299550;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:19:22:0:0:22:27:0:0 chr2 216300482 . T A 728.45 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5731;QD=57.1333;RBI=0.0896073;REFB=0;REVB=0.0516179;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173954;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr2 216878008 . C G 360.78 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00968542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0645;QD=20.3258;RBI=0.0843306;REFB=-0.0211343;REVB=0.0837725;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831712;STB=0.546135;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0205778;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:15:22:17:17:15:22:17:17 chr2 216923679 . C T 59.53 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=36;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00824656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.315;QD=6.10572;RBI=0.0242238;REFB=-0.0177899;REVB=0.0227769;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261551;STB=0.593016;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0465452;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:36:39:27:30:6:9:0.230769:2:4:12:15:4:5:13:17 chr2 216967346 . CTTTTTTTTTTTTTT CTCTTTTTTTTTTTT,CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTTT 183.31 PASS AF=0.0689655,0.137931,0.482759,0.241379,0.0689655;AO=3,3,6,3,2;DP=31;FAO=2,4,14,7,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,12,5,2;FSAR=2,2,2,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249072,-0.0272308,-0.116851,-0.123369,-0.213152;FXX=0.0644953;HRUN=14,14,14,14,1;LEN=1,1,3,1,2;MLLD=181.753,182.896,7.16575,12.6081,13.9908;QD=25.2846;RBI=0.1167,0.0981969,0.160018,0.270658,0.321656;REFB=-0.07062,-0.0777856,-0.415218,-0.455338,-0.455721;REVB=-0.114011,-0.0943457,-0.109322,-0.240906,-0.240892;RO=0;SAF=0,2,5,3,2;SAR=3,1,1,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.18042e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,snp,mnp;VARB=0.0135948,0.0212357,0.171479,-0.266144,0.100759;OID=.,.,.,.,.;OPOS=216967348,216967349,216967347,216967360,216967346;OREF=T,T,TTT,T,CT;OALT=C,C,-,A,TC;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTTTT,CTTCTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:54:31:29:0:0:3,3,6,3,2:2,4,14,7,2:0.0689655,0.137931,0.482759,0.241379,0.0689655:3,1,1,0,0:0,2,5,3,2:0:0:2,2,2,2,0:0,2,12,5,2:0:0 chr2 217012901 . A G 893.39 PASS AF=0.915493;AO=64;DP=70;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0416837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.1732;QD=50.3318;RBI=0.0800043;REFB=-0.0426807;REVB=0.0682872;RO=6;SAF=35;SAR=29;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743762;STB=0.53845;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00149514;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:70:71:6:6:64:65:0.915493:29:35:6:0:29:36:6:0 chr2 217148417 . C A 207.6 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00650464;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.342;QD=16.2822;RBI=0.00669711;REFB=-0.030153;REVB=-0.00159402;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218298;STB=0.612699;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0374002;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:28:23:23:0.45098:13:10:18:9:13:10:18:10 chr2 217288388 . G C 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00355987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.831;QD=10.168;RBI=0.00543362;REFB=-0.0217183;REVB=0.00410506;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151602;STB=0.588695;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0413968;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:9:10:25:13:9:10:25:13 chr2 217363597 . C T 398.27 PASS AF=0.414414;AO=46;DP=111;FAO=46;FDP=111;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0161983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0718;QD=14.352;RBI=0.0899948;REFB=-0.0277436;REVB=-0.088525;RO=64;SAF=25;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127118;STB=0.502957;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0352472;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:65:46:46:0.414414:21:25:34:30:21:25:35:30 chr2 217363638 . G A 305.55 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0297268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.041;QD=12.6001;RBI=0.0318648;REFB=-0.00119588;REVB=-0.0114752;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688519;STB=0.504502;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00156925;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:57:62:34:35:0.360825:14:20:30:27:15:20:35:27 chr2 217364539 . C T 701.44 PASS AF=0.462963;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=162;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0008807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9739;QD=17.3196;RBI=0.0033039;REFB=-0.00267625;REVB=-0.00318436;RO=85;SAF=40;SAR=35;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991251;STB=0.547409;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00216435;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:87:75:75:0.462963:35:40:54:31:35:40:54:33 chr2 217364764 . G T 522.71 PASS AF=0.3875;AO=62;DP=160;FAO=62;FDP=160;FR=.;FRO=98;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0136471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.512;QD=13.0678;RBI=0.0138609;REFB=-0.0173002;REVB=-0.00242477;RO=97;SAF=27;SAR=35;SRF=44;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198427;STB=0.508385;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0229576;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:97:98:62:62:0.3875:35:27:44:53:35:27:44:54 chr2 217541582 . T C 1400.03 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00410288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.989;QD=61.5397;RBI=0.00721817;REFB=-0.101573;REVB=-0.00593871;RO=1;SAF=56;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838874;STB=0.504347;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000196278;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:33:56:1:0:33:57:1:0 chr2 218577819 . C G 442.1 PASS AF=0.544304;AO=38;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0140102;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=303.411;QD=22.3848;RBI=0.0177003;REFB=-0.00638493;REVB=-0.0108173;RO=26;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00153622;STB=0.553048;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00192979;OID=.;OPOS=218577819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:35:38:43:0.544304:22:16:11:15:27:16:17:18 chr2 218604246 . G GC 472.86 PASS AF=1;AO=7;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109732;FXX=0.0476077;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.508;QD=47.2863;RBI=0.11263;REFB=0;REVB=0.0253828;RO=34;SAF=0;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00245454;OID=.;OPOS=218604247;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:42:40:40:0:11:29:0:0:3:34:0:7:11:23 chr2 218604247 . A C,G 569.93 PASS AF=0.809524,0.142857;AO=34,6;DP=42;FAO=34,6;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=11,0;FSAR=23,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0911281,-0.0178215;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=161.459,15.5236;QD=54.2785;RBI=0.0911282,0.0238065;REFB=0.107414,0.207934;REVB=-5.24568e-05,0.0157843;RO=2;SAF=11,0;SAR=23,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0389367,0;STB=0.520821,0.5;STBP=0.413,1;TYPE=snp,snp;VARB=-8.00221e-05,0.0605581;OID=.,.;OPOS=218604247,218604247;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:42:42:2:2:34,6:34,6:0.809524,0.142857:23,6:11,0:0:2:23,6:11,0:0:2 chr2 218664633 . T G 467.41 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00581294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.364;QD=16.8437;RBI=0.0251854;REFB=0.00145856;REVB=0.0245054;RO=58;SAF=26;SAR=25;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898518;STB=0.548848;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00207063;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:60:51:51:0.459459:25:26:35:23:25:26:36:24 chr2 218674697 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.015579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.883;QD=17.5012;RBI=0.0157007;REFB=-0.014231;REVB=0.00195088;RO=28;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148082;STB=0.583873;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0151319;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:20:6:10:18:20:6:10:18 chr2 218682474 . A G 414.47 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0314487;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.572;QD=16.0961;RBI=0.035531;REFB=-0.0232533;REVB=-0.0165357;RO=56;SAF=27;SAR=19;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573138;STB=0.535904;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0385748;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:19:27:36:20:19:27:37:20 chr2 218682771 . A G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00775142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.896;QD=11.2961;RBI=0.0216547;REFB=-0.00438108;REVB=-0.0202198;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158922;STB=0.593118;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00548813;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:14:20:8:10:14:20 chr2 218683154 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.392;QD=50.4133;RBI=0.0608043;REFB=0;REVB=0.0438798;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73734e-05;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:6:13:0:0 chr2 218683257 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00623495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.329;QD=19.0582;RBI=0.00847778;REFB=-0.0193718;REVB=0.0057444;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238133;STB=0.513499;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0195859;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:9:10:10:10:9:10:10:10 chr2 218683368 . C T 263.78 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.019871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.045;QD=21.9815;RBI=0.0215771;REFB=-0.0435285;REVB=0.00840904;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434061;STB=0.538022;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.047824;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:18:23:23:25:0.520833:14:9:8:10:16:9:10:13 chr2 218694551 . A G 1064.12 PASS AF=0.419355;AO=117;DP=279;FAO=117;FDP=279;FR=.;FRO=162;FSAF=39;FSAR=78;FSRF=60;FSRR=102;FWDB=0.0261215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.496;QD=15.2562;RBI=0.0331574;REFB=-5.44707e-05;REVB=0.0204225;RO=162;SAF=39;SAR=78;SRF=60;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042631;STB=0.523805;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000151003;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:162:162:117:117:0.419355:78:39:60:102:78:39:60:102 chr2 218712918 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2887;QD=55.6524;RBI=0.0353555;REFB=0;REVB=0.0253706;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848456;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr2 218745685 . G A 681.91 PASS AF=0.426136;AO=75;DP=176;FAO=75;FDP=176;FR=.;FRO=101;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.064863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.665;QD=15.4979;RBI=0.065154;REFB=-0.005885;REVB=0.00615044;RO=101;SAF=44;SAR=31;SRF=46;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135246;STB=0.575581;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0108754;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:101:101:75:75:0.426136:31:44:46:55:31:44:46:55 chr2 219029108 . C G 511.95 PASS AF=0.430769;AO=55;DP=129;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.000152867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.771;QD=15.7522;RBI=0.0104614;REFB=-0.0279466;REVB=-0.0104603;RO=73;SAF=26;SAR=29;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105925;STB=0.55733;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0305788;OID=.;OPOS=219029108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:73:74:55:56:0.430769:29:26:27:46:30:26:27:47 chr2 219110555 . A G 336.39 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.0208359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7384;QD=19.7879;RBI=0.0326864;REFB=-0.0101254;REVB=0.0251846;RO=32;SAF=31;SAR=4;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222946;STB=0.508192;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00824265;OID=.;OPOS=219110555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:4:31:28:4:4:31:29:4 chr2 219110625 . G A 312.97 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=0;FWDB=-0.00131904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.108;QD=16.9173;RBI=0.121748;REFB=-0.0104867;REVB=0.121741;RO=40;SAF=28;SAR=6;SRF=40;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38586;STB=0.708253;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0160613;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:6:28:40:0:6:28:40:0 chr2 219128506 . C T 5537.38 PASS AF=0.960526;AO=364;DP=379;FAO=365;FDP=380;FR=.;FRO=15;FSAF=220;FSAR=145;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00423586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.218;QD=58.2882;RBI=0.0119043;REFB=-0.0488277;REVB=0.0111252;RO=13;SAF=219;SAR=145;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168256;STB=0.508157;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00031005;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:379:380:13:15:364:365:0.960526:145:219:11:2:145:220:12:3 chr2 219140282 . G A 658.1 PASS AF=0.496296;AO=61;DP=130;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.00299692;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.095;QD=19.4992;RBI=0.0209373;REFB=-0.0256889;REVB=0.0207217;RO=67;SAF=21;SAR=40;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280928;STB=0.629348;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0296484;OID=.;OPOS=219140282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:67:68:61:67:0.496296:40:21:43:24:41:26:44:24 chr2 219140288 . G C 612.55 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=116;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0334638;FXX=0.0161277;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.741;QD=20.0837;RBI=0.0394724;REFB=-0.0227794;REVB=-0.0209343;RO=54;SAF=38;SAR=23;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170742;STB=0.597198;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0171109;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:122:54:60:61:62:0.508197:23:38:23:31:24:38:25:35 chr2 219143229 . G A 205.57 PASS AF=0.42;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00482209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.244;QD=16.4459;RBI=0.0378788;REFB=0.00026882;REVB=-0.0375706;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245992;STB=0.629094;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000795039;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:29:21:21:0.42:9:12:9:19:9:12:10:19 chr2 219144089 . G A 209.71 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0195241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.297;QD=18.6405;RBI=0.0300193;REFB=-0.0375542;REVB=-0.0228029;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125413;STB=0.571359;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0348486;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:13:11:7:14:13:11 chr2 219144815 . T C 1552.75 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138403;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.626;QD=64.0308;RBI=0.0378347;REFB=0;REVB=0.0352123;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40135e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:45:52:0:0 chr2 219146803 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.110394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5516;QD=11.4407;RBI=0.110429;REFB=-0.00561098;REVB=-0.00278775;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0235795;OID=.;OPOS=219146803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:11:3:1:8:11:3 chr2 219210382 . C CCT 197.54 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0164353;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.365;QD=14.9087;RBI=0.016496;REFB=-0.00968933;REVB=0.00141481;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616319;STB=0.570871;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.0124889;OID=.;OPOS=219210383;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:21:54:23:53:30:8:15:14:16:99:32:8:13:14:18 chr2 219222763 . A AC,C 40.32 PASS AF=0.230769,0;AO=13,2;DP=40;FAO=9,0;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0514455,-0.0259221;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=64.706,65.2645;QD=4.13534;RBI=0.0550238,0.0685345;REFB=-0.0236683,-0.0562221;REVB=-0.0195187,-0.063443;RO=25;SAF=8,1;SAR=5,1;SRF=4;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.478475,0.392519;STB=0.886719,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.199428,0;OID=.,.;OPOS=219222764,219222763;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:39:25:30:13,2:9,0:0.230769,0:5,1:8,1:4:21:2,0:7,0:5:25 chr2 219229428 . G A 484.4 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=130;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=19;FWDB=0.00334015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.235;QD=14.9047;RBI=0.0253316;REFB=-0.00384985;REVB=0.0251105;RO=74;SAF=39;SAR=15;SRF=56;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454408;STB=0.5206;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00636301;OID=.;OPOS=219229428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:76:54:54:0.415385:15:39:56:18:15:39:57:19 chr2 219231807 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.921;QD=64.4103;RBI=0.00881566;REFB=0;REVB=-0.00707032;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28798e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:15:35:0:0:15:35:0:0 chr2 219252630 . C T 270.48 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0072849;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.249;QD=22.0796;RBI=0.00875836;REFB=-0.0164981;REVB=-0.00486201;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901406;STB=0.550448;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0165938;OID=.;OPOS=219252630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:14:10:13:12:14:10 chr2 219254622 . A G 1659.53 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.8;QD=60.3467;RBI=0.0479878;REFB=0;REVB=0.0381466;RO=0;SAF=62;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012083;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:48:62:0:0:48:62:0:0 chr2 219259732 . G A 279.89 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0251921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9283;QD=14.1718;RBI=0.0481331;REFB=-0.00219929;REVB=-0.0410141;RO=46;SAF=16;SAR=16;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.556927;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00328218;OID=.;OPOS=219259732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:16:16:28:18:16:16:28:19 chr2 219265094 . T C 865.79 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7785;QD=57.7196;RBI=0.0329192;REFB=0;REVB=-0.000682712;RO=0;SAF=7;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54021e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320152;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:52:7:0:0:52:8:0:0 chr2 219267781 . C T 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0123919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.145;QD=16.0614;RBI=0.0159533;REFB=-0.00917424;REVB=0.0100473;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253998;STB=0.655273;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0330294;OID=.;OPOS=219267781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:11:7:15:8:11:7:16:8 chr2 219319657 . A G 1491.21 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.073;QD=63.4558;RBI=0.0137906;REFB=0;REVB=-0.0021341;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24194e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:31:62:0:0:32:62:0:0 chr2 219492924 . T C 990.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7717;QD=59.1315;RBI=0.0587319;REFB=0;REVB=0.0434624;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553938;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr2 219508988 . T C 1289.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.558;QD=61.3808;RBI=0.0563845;REFB=0;REVB=0.00886699;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100224;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:48:33:0:0:51:33:0:0 chr2 219509618 . C A 1258.45 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260089;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.881;QD=58.5324;RBI=0.0297942;REFB=-0.114683;REVB=0.0145338;RO=2;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336854;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00171071;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:86:2:2:82:84:0.976744:35:47:1:1:37:47:1:1 chr2 219563807 . C T 133.42 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.07196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4114;QD=16.6779;RBI=0.0719661;REFB=-0.0394044;REVB=0.000940297;RO=14;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308123;STB=0.705579;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0566359;OID=.;OPOS=219563807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:17:15:15:0.46875:3:12:7:7:3:12:8:9 chr2 219679309 . CA AC,CAC 44.77 PASS AF=0.0793651,0.111111;AO=4,10;DP=70;FAO=5,7;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5,6;FSAR=0,1;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0429025,-0.109576;FXX=0.0307645;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=24.0116,13.9055;QD=2.84261;RBI=0.0431355,0.11148;REFB=-0.0352407,-0.0586415;REVB=0.00447754,0.0205153;RO=51;SAF=4,8;SAR=0,2;SRF=33;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.473931,0.230686;STB=0.997297,0.744281;STBP=0.044,0.228;TYPE=mnp,ins;VARB=0.153829,0.116035;OID=.,.;OPOS=219679309,219679311;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:70:63:51:51:4,10:5,7:0.0793651,0.111111:0,2:4,8:33:18:0,1:5,6:33:18 chr2 219692696 . G C 701.78 PASS AF=0.483444;AO=73;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0493058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7138;QD=18.5902;RBI=0.0552156;REFB=-0.0178365;REVB=-0.0248534;RO=77;SAF=30;SAR=43;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161221;STB=0.592218;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0286593;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:73:73:0.483444:43:30:45:32:43:30:46:32 chr2 219695487 . G C 212.37 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0366887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2835;QD=14.3979;RBI=0.0425856;REFB=-0.00183435;REVB=-0.0216211;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125812;STB=0.562113;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00112744;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:13:20:12:13:14:20 chr2 219878594 . ATTTTA ATTACT,ATTTA 694.0 PASS AF=0.131148,0.868852;AO=8,15;DP=142;FAO=16,106;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=16,49;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302231,-0.276683;FXX=0.140835;HRUN=4,4;LEN=3,1;MLLD=180.558,7.78012;QD=22.7541;RBI=0.138273,1.12274;REFB=0.0103152,-0.000292574;REVB=0.13493,1.08811;RO=57;SAF=8,14;SAR=0,1;SRF=8;SRR=49;SSEN=0,0.339552;SSEP=0,0.444444;SSSB=0.812153,0.800821;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.168471,-0.0330065;OID=.,.;OPOS=219878597,219878595;OREF=TTA,T;OALT=ACT,-;OMAPALT=ATTACT,ATTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.131148,0.868852:8,15:142:16,106:122:0:16,49:0,57:0:0:77:57:8,14:0,1:8:49 chr2 219903258 . T G 381.31 PASS AF=0.465116;AO=37;DP=83;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00802333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.225;QD=17.7355;RBI=0.0208464;REFB=-0.0175289;REVB=0.0192405;RO=44;SAF=25;SAR=12;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181862;STB=0.526644;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0189478;OID=.;OPOS=219903258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:44:46:37:40:0.465116:12:25:29:15:13:27:29:17 chr2 219903723 . C T 417.8 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.000467591;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.15;QD=15.4741;RBI=0.0173347;REFB=-0.0115568;REVB=-0.0173284;RO=61;SAF=15;SAR=32;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232018;STB=0.630485;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0117156;OID=.;OPOS=219903723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:61:61:47:47:0.435185:32:15:33:28:32:15:33:28 chr2 219920037 . A G 3009.89 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.026;QD=63.0344;RBI=0.0547933;REFB=0;REVB=0.0254917;RO=0;SAF=71;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07877e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:175:191:0:0:175:191:1:104:71:0:0:113:78:0:0 chr2 219920412 . A G 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0292794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.24;QD=9.92282;RBI=0.0308898;REFB=-0.0216001;REVB=-0.00984351;RO=50;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274649;STB=0.516116;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0414278;OID=.;OPOS=219920412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:14:10:22:28:14:10:22:28 chr2 219923410 . G GAGA 251.25 PASS AF=0.326923;AO=27;DP=113;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=12;FWDB=0.00659167;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=3;MLLD=151.917;QD=9.66336;RBI=0.00909221;REFB=-0.0221412;REVB=-0.00626244;RO=84;SAF=22;SAR=5;SRF=71;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664927;STB=0.531231;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.0496585;OID=.;OPOS=219923411;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326923:27:113:34:104:70:29:5:58:12:99:84:22:5:71:13 chr2 219940484 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.082;QD=57.7121;RBI=0.0314091;REFB=0;REVB=-0.0312805;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101587;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr2 219941063 . G A 697.56 PASS AF=0.619048;AO=65;DP=105;FAO=65;FDP=105;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0284224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.723;QD=26.5738;RBI=0.028853;REFB=-0.0196425;REVB=0.00496644;RO=40;SAF=34;SAR=31;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155884;STB=0.584473;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0180033;OID=.;OPOS=219941063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:40:40:65:65:0.619048:31:34:12:28:31:34:12:28 chr2 219967380 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000194178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5077;QD=62.6652;RBI=0.0259266;REFB=0;REVB=-0.0259258;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361644;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 220037393 . A G 399.62 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.674;QD=53.2822;RBI=0.0187394;REFB=-0.0913557;REVB=0.00735184;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00127187;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:1:0:13:16:1:0 chr2 220045454 . G A 2324.42 PASS AF=1;AO=152;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7948;QD=60.3744;RBI=0.0178954;REFB=0;REVB=0.0170685;RO=2;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416027;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:154:154:2:0:152:154:1:81:71:0:2:83:71:0:0 chr2 220072766 . G T 1008.55 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3172;QD=59.3266;RBI=0.0689473;REFB=0;REVB=0.0101033;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721301;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:23:44:0:0:23:45:0:0 chr2 220082427 . C T 132.33 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0353458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.459;QD=9.98733;RBI=0.0441935;REFB=-0.0189262;REVB=-0.026528;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255265;STB=0.650589;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0556204;OID=.;OPOS=220082427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:7:10:13:23:7:10:13:23 chr2 220083279 . C T 1622.76 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444418;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.307;QD=59.0093;RBI=0.0530762;REFB=-0.0978089;REVB=0.0290175;RO=0;SAF=62;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612686;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:110:0:0:109:110:1:47:62:0:0:47:63:0:0 chr2 220084902 . G A 1353.99 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0744049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.097;QD=58.8691;RBI=0.076527;REFB=-0.0230494;REVB=0.0178964;RO=2;SAF=38;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310598;STB=0.507966;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=9.99997e-05;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:51:38:1:1:51:38:2:1 chr2 220085845 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000124868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2326;QD=61.6812;RBI=0.0577362;REFB=0;REVB=-0.057736;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000657481;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr2 220113242 . T G 7127.42 PASS AF=1;AO=453;DP=471;FAO=455;FDP=455;FR=.;FRO=0;FSAF=268;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331671;FXX=0.0339696;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.183;QD=62.6586;RBI=0.0246463;REFB=-0.112916;REVB=0.0244221;RO=3;SAF=267;SAR=186;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113511;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:471:455:3:0:453:455:1:186:267:1:2:187:268:0:0 chr2 220118531 . G C 674.9 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.143237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5833;QD=59.991;RBI=0.143367;REFB=0.0213525;REVB=0.00611091;RO=1;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374922;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000203729;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:45:1:1:41:44:0.977778:12:29:0:1:15:29:0:1 chr2 220136155 . T C 1929.68 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5816;QD=61.2597;RBI=0.0542021;REFB=0;REVB=-0.00885221;RO=0;SAF=69;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134685;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:56:69:0:0:57:69:0:0 chr2 220136351 . G A 506.36 PASS AF=0.38961;AO=53;DP=147;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00889459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2398;QD=13.1523;RBI=0.0305448;REFB=-0.00425002;REVB=-0.029221;RO=94;SAF=23;SAR=30;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133277;STB=0.55266;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00656352;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:154:94:94:53:60:0.38961:30:23:52:42:32:28:52:42 chr2 220136371 . T C 1739.49 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0576854;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.345;QD=58.9658;RBI=0.0606149;REFB=-0.00942425;REVB=0.0186162;RO=2;SAF=63;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174188;STB=0.500886;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-8.9445e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:114:116:0.983051:51:63:1:1:52:64:1:1 chr2 220250147 . A G 972.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.774;QD=58.956;RBI=0.0231957;REFB=0;REVB=-0.00370004;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77472e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr2 220283259 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2487;QD=56.6975;RBI=0.0543229;REFB=0;REVB=-0.00993263;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370012;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr2 220283277 . T C 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4966;QD=53.3603;RBI=0.0551347;REFB=0.0870592;REVB=0.0524424;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00229003;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr2 220313755 . AC CA 32.62 PASS AF=0.122449;AO=2;DP=47;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.176322;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.9235;QD=2.66246;RBI=0.176863;REFB=-0.00610726;REVB=0.0138211;RO=31;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357268;STB=0.61189;STBP=0.635;TYPE=mnp;VARB=-0.00340637;OID=.;OPOS=220313755;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:47:49:31:43:2:6:0.122449:2:0:7:24:3:3:16:27 chr2 220315970 . G A 1111.53 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.401;QD=58.5014;RBI=0.024215;REFB=-0.0469441;REVB=0.00466346;RO=0;SAF=18;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51351;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000284762;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:75:75:0.986842:57:18:0:0:57:18:1:0 chr2 220330804 . T C 259.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348525;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6549;QD=51.9759;RBI=0.0526632;REFB=0;REVB=0.0394806;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129067;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr2 220333950 . T C 1603.73 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.31;QD=59.9526;RBI=0.0181075;REFB=0;REVB=0.0158356;RO=0;SAF=70;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8213e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:35:70:0:0:37:70:0:0 chr2 220347881 . C G 62.45 PASS AF=0.0823529;AO=14;DP=165;FAO=14;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=140;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=56;FWDB=0.0817084;FXX=0.01734;HRUN=7;LEN=1;MLLD=21.5362;QD=1.46941;RBI=0.0820712;REFB=-0.0615517;REVB=0.00770761;RO=96;SAF=4;SAR=10;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302831;STB=0.768876;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.135807;OID=.;OPOS=220347881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:165:170:96:140:14:14:0.0823529:10:4:51:45:10:4:84:56 chr2 220362899 . C G 768.28 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7594;QD=61.4623;RBI=0.157888;REFB=0;REVB=0.0289083;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005913;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:50:0:0:47:50:1:20:27:0:0:22:28:0:0 chr2 220379560 . C G 1638.82 PASS AF=0.94958;AO=113;DP=119;FAO=113;FDP=119;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0105996;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=178.921;QD=55.0864;RBI=0.0143623;REFB=-0.0211397;REVB=0.00969152;RO=5;SAF=51;SAR=62;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282001;STB=0.510936;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000450936;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:119:5:6:113:113:0.94958:62:51:4:1:62:51:4:2 chr2 220399951 . A G 378.61 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0125596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.781;QD=13.1691;RBI=0.0311145;REFB=0.000650539;REVB=-0.028467;RO=70;SAF=25;SAR=20;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598968;STB=0.533965;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000843278;OID=.;OPOS=220399951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:70:45:45:0.391304:20:25:35:35:20:25:35:35 chr2 220402665 . C A 378.96 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0279391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.37;QD=33.6857;RBI=0.0297067;REFB=-0.000822126;REVB=-0.0100943;RO=14;SAF=25;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186138;STB=0.602337;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000237579;OID=.;OPOS=220402665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:6:25:8:6:6:25:8:6 chr2 220402671 . G T 85.48 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.00374941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.048;QD=7.27474;RBI=0.0446572;REFB=-0.00213506;REVB=-0.0444995;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363824;STB=0.701846;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0186544;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:46:47:34:35:12:12:0.255319:6:6:27:7:6:6:27:8 chr2 220402680 . T C 69.0 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0464336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6262;QD=6.13326;RBI=0.0868932;REFB=0.0106143;REVB=-0.0734462;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317758;STB=0.699689;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0417718;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:34:35:10:10:0.222222:4:6:28:6:4:6:29:6 chr2 220404381 . A G 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.964;QD=61.1857;RBI=0.0266999;REFB=-0.0795237;REVB=-0.0125411;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.517234;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00100387;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:33:14:1:0:33:14:1:0 chr2 220404648 . C T 611.79 PASS AF=0.367876;AO=71;DP=194;FAO=71;FDP=193;FR=.;FRO=122;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0239512;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.292;QD=12.6795;RBI=0.0381206;REFB=-0.0228817;REVB=-0.0296567;RO=113;SAF=42;SAR=29;SRF=70;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316526;STB=0.511576;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.038968;OID=.;OPOS=220404648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:113:122:71:71:0.367876:29:42:70:43:29:42:70:52 chr2 220404726 . G A 460.73 PASS AF=0.375887;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=141;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.00341187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.709;QD=13.0703;RBI=0.0115757;REFB=-0.0207488;REVB=0.0110614;RO=88;SAF=27;SAR=26;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602621;STB=0.534212;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0318203;OID=.;OPOS=220404726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:88:88:53:53:0.375887:26:27:40:48:26:27:40:48 chr2 220405230 . G A 827.99 PASS AF=0.480226;AO=85;DP=177;FAO=85;FDP=177;FR=.;FRO=92;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=62;FSRR=30;FWDB=-0.0141042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.256;QD=18.7117;RBI=0.0227183;REFB=-0.0216206;REVB=0.0178099;RO=91;SAF=47;SAR=38;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112993;STB=0.564444;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0174647;OID=.;OPOS=220405230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:91:92:85:85:0.480226:38:47:61:30:38:47:62:30 chr2 220405321 . T C 2886.19 PASS AF=1;AO=181;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305062;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.912;QD=62.7433;RBI=0.0575799;REFB=0;REVB=-0.0488346;RO=0;SAF=104;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.46293e-06;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:184:184:0:0:181:184:1:77:104:0:0:77:107:0:0 chr2 220406722 . T C 479.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.285;QD=58.1702;RBI=0.0292244;REFB=0;REVB=0.00515538;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187509;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr2 220412256 . T C 817.61 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3067;QD=57.376;RBI=0.0428175;REFB=0;REVB=-0.00586297;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402158;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr2 220414016 . C T 576.79 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.022257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.036;QD=52.4359;RBI=0.0339934;REFB=-0.0359206;REVB=0.0256939;RO=4;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425833;STB=0.502277;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000444693;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:4:4:40:40:0.909091:21:19:2:2:21:19:2:2 chr2 220414019 . T C 190.87 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00353499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.553;QD=17.7552;RBI=0.0164101;REFB=-0.0205329;REVB=-0.0160248;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333225;STB=0.50251;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0198708;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:18:19:0.44186:10:8:11:12:10:9:11:12 chr2 220415595 . GGAGAGA GGAG,GGAGA,GGAGGA 457.8 PASS AF=0,0.711538,0.0576923;AO=6,26,6;DP=59;FAO=0,37,3;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=0,20,0;FSAR=0,17,3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0253615,0.0271734,0.0265449;FXX=0.10343;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=223.533,241.582,233.224;QD=35.2152;RBI=0.0412966,0.0460581,0.0416261;REFB=-0.0471909,-0.0499896,-0.0504849;REVB=0.0325914,0.0371881,0.0320639;RO=9;SAF=4,14,0;SAR=2,12,6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.129519,-0.114771,-0.798548;STB=0.5,0.531233,0.996896;STBP=1,0.463,0.033;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0153897,0.0350203;OID=.,.,.;OPOS=220415599,220415596,220415599;OREF=AGA,GA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGAG,GGAGA,GGAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.711538,0.0576923:6,26,6:59:0,37,3:52:12:0,20,0:0,17,3:8:4:77:9:4,14,0:2,12,6:7:2 chr2 220417266 . C T 280.6 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0790383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8599;QD=14.3895;RBI=0.0791341;REFB=0.00382747;REVB=-0.00389269;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380075;STB=0.533097;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00425802;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:46:32:32:0.410256:17:15:19:25:17:15:19:27 chr2 220419236 . T C 3271.75 PASS AF=1;AO=205;DP=209;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148395;FXX=0.0276485;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6676;QD=62.0237;RBI=0.0400261;REFB=-0.0271918;REVB=0.0371736;RO=0;SAF=124;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121289;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:211:0:0:205:211:1:81:124:0:0:87:124:0:0 chr2 220419339 . T C 3762.72 PASS AF=1;AO=237;DP=237;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.728;QD=63.5058;RBI=0.0405175;REFB=0;REVB=-0.0339829;RO=0;SAF=124;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.1241e-06;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:237:0:0:237:237:1:113:124:0:0:113:124:0:0 chr2 220420956 . A G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.03;QD=54.8811;RBI=0.0172919;REFB=-0.0796381;REVB=0.00330751;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.511624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00203693;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:21:33:0:0:21:33:0:1 chr2 220421417 . C G 1048.76 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396478;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.147;QD=59.9291;RBI=0.00681498;REFB=0;REVB=-0.00554296;RO=0;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.01686e-05;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:19:50:0:0:20:50:0:0 chr2 220422774 . A G 1081.3 PASS AF=0.46748;AO=91;DP=224;FAO=115;FDP=246;FR=.;FRO=131;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=0.0157567;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.914;QD=17.5821;RBI=0.0215482;REFB=-0.0239119;REVB=0.0146986;RO=123;SAF=35;SAR=56;SRF=55;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667938;STB=0.522769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0282004;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:246:123:131:91:115:0.46748:56:35:55:68:68:47:59:72 chr2 220430203 . C T 1853.19 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9438;QD=60.7604;RBI=0.106332;REFB=0;REVB=0.1062;RO=1;SAF=63;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616396;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:1:0:121:122:1:58:63:0:1:59:63:0:0 chr2 220435033 . AA AG,GG 760.08 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=51,3;DP=54;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275321,0.0158104;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=169.983,107.321;QD=56.3024;RBI=0.0321355,0.0306894;REFB=0,0;REVB=-0.0165733,-0.0263034;RO=0;SAF=23,0;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.97956e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000841684,0.0623102;OID=.,.;OPOS=220435034,220435033;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:54:54:0:0:51,3:53,1:0.981481,0.0185185:28,3:23,0:0:0:30,1:23,0:0:0 chr2 220435375 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.475;QD=61.3318;RBI=0.0794691;REFB=0;REVB=0.0707029;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503443;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr2 220462640 . G T 2156.89 PASS AF=0.959184;AO=141;DP=147;FAO=141;FDP=147;FR=.;FRO=6;FSAF=93;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0144146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.74;QD=58.6909;RBI=0.0241038;REFB=-0.0347602;REVB=0.0193187;RO=4;SAF=93;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00528743;STB=0.507217;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00120151;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:147:147:4:6:141:141:0.959184:48:93:3:1:48:93:3:3 chr2 220466199 . G T 1157.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.468;QD=55.8046;RBI=0.0508521;REFB=0;REVB=0.0326735;RO=0;SAF=55;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713918;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:83:0:0:74:83:1:19:55:0:0:22:61:0:0 chr2 220466200 . C T 32.81 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=19;FWDB=-0.0128271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7683;QD=1.58122;RBI=0.015843;REFB=-0.0298057;REVB=-0.00929867;RO=75;SAF=5;SAR=3;SRF=56;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165475;STB=0.624299;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0320441;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:75:75:8:8:0.0963855:3:5:56:19:3:5:56:19 chr2 220471116 . C G 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.644;QD=57.6366;RBI=0.0420456;REFB=-0.0357833;REVB=0.0071161;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000153912;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr2 220473355 . G A 1547.03 PASS AF=0.964286;AO=107;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0211861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.191;QD=55.2512;RBI=0.0435278;REFB=-0.2318;REVB=0.0380239;RO=5;SAF=76;SAR=31;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112771;STB=0.501985;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00268464;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:5:4:107:108:0.964286:31:76:3:2:32:76:3:1 chr2 220476443 . C T 1515.21 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.318;QD=59.4198;RBI=0.0586899;REFB=0;REVB=0.0154307;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114626;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:49:46:0:0:49:53:0:0 chr2 220479312 . T C 1283.54 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.586;QD=61.8573;RBI=0.0314169;REFB=0;REVB=0.0167482;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07954e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:52:25:0:0:55:28:0:0 chr2 220494110 . GCCCCCCCA CGCCCCCCC,GCCCCCC,GCCCCCCC,GCCCCCCCC 532.61 PASS AF=0.0810811,0,0.918919,0;AO=2,5,11,9;DP=38;FAO=3,0,34,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,18,0;FSAR=3,0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298225,0.0580093,0.0280487,0.00161036;FXX=0.0263089;HRUN=1,7,1,1;LEN=9,2,1,1;MLLD=130.14,185.539,189.801,187.019;QD=57.5797;RBI=0.0345811,0.0610769,0.0333052,0.0168788;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0175064,0.0191129,0.0179584,0.0168018;RO=0;SAF=0,0,9,7;SAR=2,5,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0178703,0,-0.000563462,-0.0396936;OID=.,.,.,.;OPOS=220494110,220494117,220494118,220494118;OREF=GCCCCCCCA,CA,A,A;OALT=CGCCCCCCC,-,-,C;OMAPALT=CGCCCCCCC,GCCCCCC,GCCCCCCC,GCCCCCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:38:37:0:0:2,5,11,9:3,0,34,0:0.0810811,0,0.918919,0:2,5,2,2:0,0,9,7:0:0:3,0,16,0:0,0,18,0:0:0 chr2 220500423 . A G 2510.2 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5588;QD=61.6001;RBI=0.0427016;REFB=0;REVB=-0.00185692;RO=1;SAF=104;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455366;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104102;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:1:0:161:163:1:57:104:1:0:57:106:0:0 chr2 220500425 . C CG 1811.28 PASS AF=1;AO=20;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364807;FXX=0.00613459;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.6275;QD=44.7229;RBI=0.0576827;REFB=0;REVB=-0.0446816;RO=141;SAF=18;SAR=2;SRF=87;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000460163;OID=.;OPOS=220500426;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:163:162:162:0:106:56:0:0:12:141:18:2:87:54 chr2 220500426 . A G 2447.0 PASS AF=0.987805;AO=161;DP=163;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000198878;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.274;QD=59.683;RBI=0.0423849;REFB=-0.0909181;REVB=-0.0423844;RO=2;SAF=105;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897666;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000197103;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:164:2:2:161:162:0.987805:56:105:2:0:56:106:2:0 chr2 220502367 . A C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.437;QD=60.9773;RBI=0.0163535;REFB=0;REVB=-0.00361087;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4312e-05;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr2 220505265 . T C 1477.45 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186293;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.671;QD=58.513;RBI=0.0276796;REFB=-0.0250383;REVB=0.0204721;RO=1;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978065;STB=0.505154;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000412486;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:48:52:0:1:48:52:0:1 chr2 220771223 . C T 1669.6 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0173697;FXX=0.00833264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.681;QD=56.121;RBI=0.0195849;REFB=0.000633994;REVB=0.00904785;RO=2;SAF=69;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360251;STB=0.500231;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=7.61625e-07;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:119:2:5:114:114:0.957983:45:69:1:1:45:69:3:2 chr2 220771290 . G A 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.522;QD=61.7732;RBI=0.0102798;REFB=0;REVB=-0.0016546;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95828e-06;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:58:66:0:0:58:66:0:0 chr2 223161889 . A G 1181.84 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0725;QD=58.3626;RBI=0.0450694;REFB=0.00393521;REVB=-0.0404046;RO=2;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242617;STB=0.512817;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.000333913;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:38:41:0:2:38:41:0:2 chr2 223423362 . A G 1319.18 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.245;QD=62.079;RBI=0.103527;REFB=0;REVB=0.0661209;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523877;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr2 223436607 . C T 962.0 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433782;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2218;QD=59.1999;RBI=0.0491359;REFB=0;REVB=-0.0230797;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139832;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr2 223559089 . T C 302.22 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0558482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5819;QD=19.4978;RBI=0.0763844;REFB=0.0119697;REVB=0.0521109;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129439;STB=0.563214;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00934739;OID=.;OPOS=223559089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:17:15:18:11:17:15:18:12 chr2 223785740 . A G 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0203854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.901;QD=16.0286;RBI=0.021739;REFB=-0.0103282;REVB=-0.0075511;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.510908;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00623874;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:13:12:15:15:13:12:15:15 chr2 223807380 . C A 1793.6 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00938378;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.245;QD=59.2925;RBI=0.00979555;REFB=0.021022;REVB=-0.00281024;RO=1;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940432;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000206387;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:121:1:2:118:119:0.983471:50:68:0:1:51:68:1:1 chr2 223917629 . C T 164.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0605799;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1969;QD=19.9386;RBI=0.0648833;REFB=-0.0235224;REVB=0.023236;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465313;STB=0.526286;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0252857;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:4:12:12:5:4:12 chr2 223917812 . T C 1866.92 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.528;QD=61.2106;RBI=0.0392106;REFB=0;REVB=0.024948;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95403e-05;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:50:71:0:0:50:72:0:0 chr2 223917983 . T G 230.21 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0499505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.526;QD=17.7085;RBI=0.0533051;REFB=-0.034116;REVB=-0.0186114;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131253;STB=0.502338;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0300032;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:13:11:12:15:14:11:12:15 chr2 223918080 . C G 491.72 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3021;QD=54.636;RBI=0.0545272;REFB=-0.00393889;REVB=0.000934038;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00322673;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:16:18:0:1:16:19:0:1 chr2 223918363 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6598;QD=63.2834;RBI=0.0412243;REFB=0;REVB=0.037303;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185197;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr2 224620181 . G T 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.07939e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.243;QD=62.3368;RBI=0.0523335;REFB=0;REVB=-0.0523335;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70642e-05;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr2 224640803 . C CAA 117.42 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00435907;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.9078;QD=12.6936;RBI=0.0282346;REFB=-0.0217819;REVB=0.0278961;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22245;STB=0.582682;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=0.0268236;OID=.;OPOS=224640804;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:16:41:17:37:20:11:6:10:10:99:23:11:5:11:12 chr2 225244888 . A G 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0208231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.071;QD=15.9154;RBI=0.0222523;REFB=0.00256102;REVB=0.0078461;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135537;STB=0.576008;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00258651;OID=.;OPOS=225244888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:9:25:17:11:9:25 chr2 225244923 . A G 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0620039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7953;QD=18.6421;RBI=0.0643333;REFB=0.0209028;REVB=0.017155;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140318;STB=0.578878;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0216687;OID=.;OPOS=225244923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:5:19:14:7:5:19 chr2 225434445 . A G 224.6 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00663464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.492;QD=17.6156;RBI=0.032423;REFB=-0.0102487;REVB=0.0317369;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709782;STB=0.529387;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0115559;OID=.;OPOS=225434445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:12:12:15:11:12:12:15:12 chr2 225630233 . C T 509.72 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9624;QD=58.2542;RBI=0.121419;REFB=0;REVB=-0.0224524;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198836;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:18:16:0:1:19:16:0:0 chr2 225630435 . C T 746.24 PASS AF=0.454023;AO=78;DP=166;FAO=79;FDP=174;FR=.;FRO=95;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0201583;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.784;QD=17.1549;RBI=0.0412485;REFB=-0.0359842;REVB=-0.0359872;RO=88;SAF=55;SAR=23;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179958;STB=0.621007;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0315735;OID=.;OPOS=225630435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:174:88:95:78:79:0.454023:23:55:47:41:23:56:48:47 chr2 225706613 . C T 337.05 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0100232;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1543;QD=19.8263;RBI=0.0334272;REFB=-0.0354246;REVB=-0.031889;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103217;STB=0.511621;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.047338;OID=.;OPOS=225706613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:12:22:21:12:13:22:20:13 chr2 225719702 . G A 92.15 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00164548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.166;QD=18.43;RBI=0.0138427;REFB=-0.0167125;REVB=0.0137445;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0113294;OID=.;OPOS=225719702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:3:6:6:5:3:6 chr2 226273689 . T C 589.82 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00734525;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.77;QD=18.2889;RBI=0.0188823;REFB=-0.0144493;REVB=0.017395;RO=68;SAF=36;SAR=25;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589205;STB=0.532699;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0151415;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:25:36:36:32:25:36:36:32 chr2 226447735 . C T 455.15 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=121;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.00906225;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2592;QD=15.0461;RBI=0.00911188;REFB=0.0011328;REVB=-0.000949779;RO=70;SAF=19;SAR=31;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213263;STB=0.623531;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00116062;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:70:70:50:51:0.421488:31:19:41:29:32:19:41:29 chr2 226491770 . A C 367.4 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0815026;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8005;QD=21.612;RBI=0.0815882;REFB=-0.018561;REVB=-0.0037372;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122262;STB=0.567531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0110342;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:18:13:21:16:18:13 chr2 226516566 . CT C 189.95 PASS AF=0.616667;AO=31;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0835526;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.665;QD=12.6632;RBI=0.142478;REFB=0.0433493;REVB=0.115408;RO=22;SAF=24;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0.391304;SSEP=0;SSSB=0.00157589;STB=0.516302;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0110172;OID=.;OPOS=226516567;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.616667:31:60:37:60:23:27:10:16:7:80:22:24:7:17:5 chr2 226516913 . A G 244.35 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0057924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.354;QD=16.2897;RBI=0.0122559;REFB=-0.0038639;REVB=0.0108006;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766364;STB=0.56662;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00662545;OID=.;OPOS=226516913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:32:27:28:0.466667:13:14:18:12:14:14:20:12 chr2 227661043 . T C 259.06 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0193725;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.362;QD=11.643;RBI=0.0195696;REFB=-0.00845125;REVB=-0.0027701;RO=58;SAF=24;SAR=7;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231502;STB=0.635386;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0143692;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:58:58:31:31:0.348315:7:24:35:23:7:24:35:23 chr2 227807202 . G T 73.2 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00522972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.458;QD=20.9142;RBI=0.00629635;REFB=-0.067908;REVB=0.0035063;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0451811;OID=.;OPOS=227807202;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:13:14:2:5:8:9:0.642857:5:3:1:1:5:4:4:1 chr2 227872182 . G A 334.63 PASS AF=0.514706;AO=30;DP=63;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0015469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6247;QD=19.6839;RBI=0.00155104;REFB=-0.031476;REVB=-0.000113242;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16649;STB=0.599943;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0163936;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:29:33:30:35:0.514706:11:19:13:16:14:21:13:20 chr2 227872995 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9424;QD=57.3851;RBI=0.0370049;REFB=0;REVB=-0.034069;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435187;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr2 227886773 . A G 564.77 PASS AF=0.53;AO=38;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00182953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.983;QD=22.5906;RBI=0.00909098;REFB=-0.020785;REVB=-0.00890498;RO=45;SAF=27;SAR=11;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986276;STB=0.594165;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0193974;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:47:38:53:0.53:11:27:28:17:12:41:29:18 chr2 227892619 . C T 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00627517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.157;QD=14.1322;RBI=0.0132298;REFB=0.00419078;REVB=0.0116469;RO=31;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225;STB=0.631681;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00688697;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:5:14:17:14:5:14:17:14 chr2 227896865 . T C 866.56 PASS AF=0.517045;AO=73;DP=168;FAO=91;FDP=176;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=0.00136379;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.938;QD=19.6946;RBI=0.0293837;REFB=0.00335236;REVB=0.029352;RO=80;SAF=37;SAR=36;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159853;STB=0.61019;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00314541;OID=.;OPOS=227896865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:176:80:85:73:91:0.517045:36:37:54:26:51:40:57:28 chr2 227896886 . C T 804.0 PASS AF=0.474576;AO=77;DP=170;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=-0.00152249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.31;QD=18.1696;RBI=0.00715283;REFB=-0.00627525;REVB=-0.00698892;RO=91;SAF=45;SAR=32;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152129;STB=0.574176;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00755435;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:177:91:93:77:84:0.474576:32:45:39:52:36:48:40:53 chr2 227896976 . C T 763.22 PASS AF=0.473373;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=169;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=0.00241517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.8721;QD=18.0643;RBI=0.0157774;REFB=0.00327163;REVB=-0.0155915;RO=85;SAF=36;SAR=44;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362074;STB=0.524318;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0050709;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:169:85:89:80:80:0.473373:44:36:35:50:44:36:36:53 chr2 227915832 . G A 959.32 PASS AF=0.971429;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.849;QD=54.8184;RBI=0.043251;REFB=-0.179861;REVB=0.0371371;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00263898;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:1:1:64:68:0.971429:28:36:1:0:32:36:1:0 chr2 227954599 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.497;QD=64.4154;RBI=0.0192649;REFB=0;REVB=0.00735235;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03733e-05;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:27:22:0:0:27:23:0:0 chr2 228036680 . G C 297.95 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0885537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.009;QD=20.9084;RBI=0.0890774;REFB=-0.020616;REVB=0.00964459;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934377;STB=0.559781;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00902585;OID=.;OPOS=228036680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:16:15:15:10:16:15:16:10 chr2 228111435 . T C 404.38 PASS AF=0.405172;AO=46;DP=119;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00553572;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.905;QD=13.9443;RBI=0.0516048;REFB=0.0142926;REVB=-0.0513071;RO=57;SAF=32;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146042;STB=0.565887;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0192621;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:116:57:69:46:47:0.405172:14:32:32:25:15:32:40:29 chr2 228111600 . G T 106.0 PASS AF=0.246154;AO=17;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0463194;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2324;QD=6.52283;RBI=0.0502613;REFB=0.0118244;REVB=0.0195117;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16105;STB=0.584513;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0446018;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:48:49:17:16:0.246154:9:8:29:19:8:8:30:19 chr2 228113175 . A G 615.64 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0619883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1409;QD=26.4792;RBI=0.0656108;REFB=0.0366749;REVB=0.0214994;RO=38;SAF=35;SAR=20;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277184;STB=0.651108;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0267871;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:20:35:10:28:20:35:10:28 chr2 228121101 . G T 480.02 PASS AF=0.4;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.0265926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6164;QD=14.2228;RBI=0.0338125;REFB=-0.00661399;REVB=-0.0208836;RO=81;SAF=28;SAR=26;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262568;STB=0.514813;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00748957;OID=.;OPOS=228121101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:81:81:54:54:0.4:26:28:40:41:26:28:40:41 chr2 228128540 . C T 947.22 PASS AF=0.418605;AO=107;DP=256;FAO=108;FDP=258;FR=.;FRO=150;FSAF=72;FSAR=36;FSRF=90;FSRR=60;FWDB=0.0200128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2212;QD=14.6856;RBI=0.0389275;REFB=0.00285778;REVB=-0.0333892;RO=146;SAF=72;SAR=35;SRF=88;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797366;STB=0.542365;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00616794;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:258:146:150:107:108:0.418605:35:72:88:58:36:72:90:60 chr2 228135631 . C T 163.26 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00443101;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.84;QD=10.8836;RBI=0.0173254;REFB=-0.0101074;REVB=-0.0167492;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245374;STB=0.634519;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0250397;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:39:21:21:0.35:13:8:23:15:13:8:23:16 chr2 228177479 . C T 1149.84 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0570917;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.996;QD=58.2196;RBI=0.0571302;REFB=0.0426464;REVB=0.00209634;RO=2;SAF=43;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215028;STB=0.511361;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000280351;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:34:43:2:0:34:43:2:0 chr2 228177825 . C G 740.82 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.758;QD=60.4748;RBI=0.0681313;REFB=0;REVB=0.0620205;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144804;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:46:49:1:25:21:0:0:27:22:0:0 chr2 228179238 . G A 2864.96 PASS AF=1;AO=178;DP=180;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9622;QD=62.6221;RBI=0.0448139;REFB=0;REVB=-0.0204641;RO=0;SAF=68;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016127;OID=.;OPOS=228179238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:183:0:0:178:183:1:110:68:0:0:114:69:0:0 chr2 228416712 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.236;QD=58.141;RBI=0.0913257;REFB=0;REVB=0.0486465;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686171;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr2 228476140 . C T 415.33 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0080454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4671;QD=19.3175;RBI=0.0764852;REFB=0.00141899;REVB=0.0760608;RO=44;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489107;STB=0.527218;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000547691;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:16:26:25:19:16:26:25:19 chr2 228476253 . C G 1145.6 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.101148;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7874;QD=59.5115;RBI=0.101499;REFB=-0.0238863;REVB=0.00843885;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000442245;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:29:47:1:0:29:47:1:0 chr2 228776996 . T C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0224096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.145;QD=14.0977;RBI=0.0487119;REFB=-0.000582118;REVB=-0.0432511;RO=18;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690683;STB=0.90743;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00123664;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:1:12:5:13:1:12:5:13 chr2 228855866 . G C 202.95 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00186062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.0699;QD=12.2998;RBI=0.0125176;REFB=0.0029845;REVB=0.0123786;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163254;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0049022;OID=.;OPOS=228855866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:11:14:23:17:11:14:23:18 chr2 228882970 . T C 253.4 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0018458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.197;QD=18.0999;RBI=0.0242113;REFB=-0.00100832;REVB=0.0241409;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137696;STB=0.577291;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00227841;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:19:9:13:15:19:9:13:15 chr2 228883721 . T C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.012323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.63;QD=22.9244;RBI=0.0284568;REFB=0.00064105;REVB=0.0256502;RO=25;SAF=28;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303789;STB=0.516768;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000393403;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:6:28:20:5:6:28:20:5 chr2 230045542 . C G 1053.02 PASS AF=0.517949;AO=103;DP=195;FAO=101;FDP=195;FR=.;FRO=94;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=0.0374528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4836;QD=21.6003;RBI=0.0389698;REFB=-0.000487217;REVB=0.010767;RO=92;SAF=66;SAR=37;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397065;STB=0.535578;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000617942;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:92:94:103:101:0.517949:37:66:55:37:35:66:55:39 chr2 230045545 . T C 1118.64 PASS AF=0.538462;AO=105;DP=195;FAO=105;FDP=195;FR=.;FRO=90;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.0100985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.31;QD=22.9464;RBI=0.0101159;REFB=-0.0322907;REVB=0.000592965;RO=89;SAF=69;SAR=36;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562902;STB=0.534196;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0183255;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:89:90:105:105:0.538462:36:69:53:36:36:69:53:37 chr2 230045554 . G C 1110.03 PASS AF=0.547368;AO=104;DP=190;FAO=104;FDP=190;FR=.;FRO=86;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.00835989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.687;QD=23.369;RBI=0.0089835;REFB=-0.0136887;REVB=-0.0032887;RO=86;SAF=69;SAR=35;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842755;STB=0.546045;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0111764;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:86:86:104:104:0.547368:35:69:49:37:35:69:49:37 chr2 230045564 . T C 1120.02 PASS AF=0.588571;AO=102;DP=176;FAO=103;FDP=175;FR=.;FRO=72;FSAF=73;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0155372;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.211;QD=25.6004;RBI=0.0345858;REFB=-0.0297292;REVB=0.0308994;RO=70;SAF=72;SAR=30;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915258;STB=0.553091;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0318503;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:70:72:102:103:0.588571:30:72:42:28:30:73:43:29 chr2 230045568 . T C 1187.44 PASS AF=0.60452;AO=107;DP=178;FAO=107;FDP=177;FR=.;FRO=70;FSAF=76;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0124386;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.596;QD=26.8349;RBI=0.0243959;REFB=-0.0125028;REVB=-0.0209867;RO=70;SAF=76;SAR=31;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818138;STB=0.544391;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0104272;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:70:70:107:107:0.60452:31:76:43:27:31:76:43:27 chr2 230045615 . G A 1221.73 PASS AF=0.811966;AO=95;DP=117;FAO=95;FDP=117;FR=.;FRO=22;FSAF=74;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00904999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.49;QD=41.7685;RBI=0.00965077;REFB=-0.0212451;REVB=0.00335187;RO=22;SAF=74;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131362;STB=0.570175;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00381239;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:22:22:95:95:0.811966:21:74:11:11:21:74:11:11 chr2 230045628 . GT G 89.37 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.143053;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.1696;QD=14.3;RBI=0.147422;REFB=-0.093746;REVB=-0.0356264;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.308261;SSSB=-0.606834;STB=0.870278;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0540538;OID=.;OPOS=230045629;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52:13:26:13:25:12:1:12:8:4:61:11:1:12:7:4 chr2 230092723 . G A 233.86 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0486429;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9069;QD=8.7426;RBI=0.0486453;REFB=-0.0133045;REVB=0.000489288;RO=74;SAF=17;SAR=15;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092488;STB=0.558145;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0466326;OID=.;OPOS=230092723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:74:75:32:32:0.299065:15:17:45:29:15:17:46:29 chr2 230135711 . G C,GC 2377.68 PASS AF=0,1;AO=19,128;DP=184;FAO=0,169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=0,69;FSAR=0,100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138677,-0.233199;FXX=0.0174408;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.89299,22.6616;QD=56.2763;RBI=0.153724,0.261782;REFB=0,0;REVB=0.0663314,0.118946;RO=30;SAF=11,47;SAR=8,81;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0489346,-0.0627089;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00177564;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:14:184:169:30:0:19,128:0,169:0,1:8,81:11,47:16:14:0,100:0,69:0:0 chr2 230723777 . G C 201.56 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0252749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.433;QD=20.6725;RBI=0.0658471;REFB=-0.0483904;REVB=0.0608031;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143117;STB=0.589242;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0381227;OID=.;OPOS=230723777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:12:7:10:9:13:7:10:9 chr2 230841074 . C T 392.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342623;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.375;QD=56.0375;RBI=0.0386444;REFB=0;REVB=-0.0178741;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330517;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr2 231050715 . A G 1591.02 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3345;QD=58.9265;RBI=0.0533258;REFB=-0.014493;REVB=0.0170346;RO=1;SAF=79;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172501;STB=0.50877;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000780138;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:108:1:1:106:107:0.990741:27:79:0:1:28:79:0:1 chr2 231072709 . C T 689.21 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0148188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.446;QD=43.7596;RBI=0.086909;REFB=-0.00247646;REVB=-0.0856363;RO=8;SAF=20;SAR=34;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156035;STB=0.591802;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00730419;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:8:9:54:54:0.857143:34:20:8:0:34:20:9:0 chr2 231077110 . C T 461.49 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0534326;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8511;QD=21.2181;RBI=0.0534448;REFB=-0.0177938;REVB=-0.00114251;RO=42;SAF=13;SAR=32;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281488;STB=0.656161;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0160235;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:42:42:45:45:0.517241:32:13:25:17:32:13:25:17 chr2 231077725 . A G 482.78 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1831;QD=58.5188;RBI=0.0637732;REFB=0;REVB=0.0628726;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115109;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr2 231149108 . G A 1122.98 PASS AF=0.987013;AO=54;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0417949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9882;QD=58.3369;RBI=0.157512;REFB=0.00641541;REVB=0.151865;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.506492;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00119098;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:54:76:0.987013:22:32:1:0:38:38:1:0 chr2 231406680 . T C 297.34 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000249217;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.171;QD=15.6492;RBI=0.0122777;REFB=-0.0194272;REVB=0.0122751;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923181;STB=0.546571;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0354601;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:12:21:23:19:12:21:24:19 chr2 231451851 . A G 158.17 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00477941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.1;QD=17.0996;RBI=0.00971445;REFB=-0.0181399;REVB=-0.00845741;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168577;STB=0.596104;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0327597;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:7:13:8:9:7:13 chr2 231738168 . G A 301.23 PASS AF=0.5;AO=19;DP=58;FAO=28;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0137759;FXX=0.0344768;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.294;QD=21.5164;RBI=0.0265762;REFB=-0.0242846;REVB=0.022727;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957355;STB=0.567275;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130343;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:17:19:19:28:0.5:10:9:10:7:15:13:12:7 chr2 231738263 . C T 362.54 PASS AF=0.475;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00807909;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9707;QD=18.1267;RBI=0.0149116;REFB=-0.00308726;REVB=-0.0125333;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718184;STB=0.561721;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00401065;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:42:36:38:0.475:20:16:16:27:20:18:15:27 chr2 231738269 . G A 362.88 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00748205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.578;QD=18.1438;RBI=0.0460886;REFB=-0.00969408;REVB=0.0454772;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124585;STB=0.561721;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00696492;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:20:18:14:27:20:18:15:27 chr2 231774844 . G A 826.92 PASS AF=0.557971;AO=77;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00284932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.499;QD=23.9687;RBI=0.00637836;REFB=-0.0168536;REVB=-0.00570656;RO=59;SAF=41;SAR=36;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021486;STB=0.51107;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0132268;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:59:61:77:77:0.557971:36:41:33:26:36:41:34:27 chr2 231775144 . G A 77.25 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00533057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.308;QD=13.4353;RBI=0.02907;REFB=-0.0142187;REVB=-0.0285771;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424961;STB=0.759911;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0233409;OID=.;OPOS=231775144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:1:9:8:5:1:9:8:5 chr2 231775297 . T G 509.82 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00250599;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.309;QD=31.8637;RBI=0.0028964;REFB=-0.0476403;REVB=0.00145229;RO=20;SAF=30;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160144;STB=0.593364;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0126484;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:20:19:45:45:0.703125:15:30:8:12:15:30:7:12 chr2 231861044 . C T 561.64 PASS AF=0.97619;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0795267;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.462;QD=53.4892;RBI=0.104116;REFB=0.0200349;REVB=0.067198;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176666;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00122762;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:42:1:1:36:41:0.97619:10:26:1:0:13:28:1:0 chr2 231861071 . T C 213.57 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00314065;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.38;QD=19.8672;RBI=0.0324041;REFB=-0.0381001;REVB=-0.0322516;RO=22;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198794;STB=0.590075;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0913477;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:6:14:11:11:7:14:11:11 chr2 231865090 . T C 830.75 PASS AF=0.38843;AO=94;DP=241;FAO=94;FDP=242;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=-0.0462495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.997;QD=13.7314;RBI=0.0881735;REFB=-0.000414705;REVB=-0.0750703;RO=147;SAF=46;SAR=48;SRF=64;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058675;STB=0.534876;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.000136355;OID=.;OPOS=231865090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:147:148:94:94:0.38843:48:46:64:83:48:46:64:84 chr2 232035429 . G A 770.55 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0510899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4242;QD=55.0394;RBI=0.0517755;REFB=-0.0646582;REVB=-0.008398;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000768851;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr2 232072912 . T C 564.71 PASS AF=0.508772;AO=55;DP=113;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.000331996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.172;QD=19.8142;RBI=0.0326873;REFB=-0.0129369;REVB=0.0326856;RO=54;SAF=34;SAR=21;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832264;STB=0.547513;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0123637;OID=.;OPOS=232072912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:54:56:55:58:0.508772:21:34:38:16:24:34:38:18 chr2 232087474 . AT AA,GA 921.87 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=5,53;DP=58;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128495,0.118993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=270.927,251.503;QD=58.5314;RBI=0.140675,0.121673;REFB=0,0;REVB=0.057258,0.0253934;RO=0;SAF=0,34;SAR=5,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.97342e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00439547,-0.0137075;OID=.,.;OPOS=232087475,232087474;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:58:63:0:0:5,53:59,4:0.936508,0.0634921:5,19:0,34:0:0:24,0:35,4:0:0 chr2 232091479 . C T 305.15 PASS AF=0.507463;AO=30;DP=64;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00228892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.119;QD=18.2181;RBI=0.0231158;REFB=-0.0140384;REVB=-0.0230022;RO=33;SAF=23;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298728;STB=0.659128;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0152171;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:33:33:30:34:0.507463:7:23:16:17:8:26:16:17 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 2230.76 PASS AF=0,0.0152284,0.984772;AO=11,35,129;DP=212;FAO=0,3,194;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,83;FSAR=0,0,111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748828,-0.0431279,0.127923;FXX=0.0149993;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=5.89633,5.98163,14.9874;QD=45.2946;RBI=0.0750874,0.0474229,0.131222;REFB=0,0,0;REVB=0.00553885,-0.0197211,-0.0292361;RO=17;SAF=7,16,50;SAR=4,19,79;SRF=15;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.308067,-0.251948,-0.111597;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.136951,-0.00576415;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:212:197:17:0:11,35,129:0,3,194:0,0.0152284,0.984772:4,19,79:7,16,50:15:2:0,0,111:0,3,83:0:0 chr2 232263593 . T TG 38.88 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0301655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2402;QD=7.40485;RBI=0.0544628;REFB=-0.0273081;REVB=-0.0453457;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596146;STB=0.863255;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.0300316;OID=.;OPOS=232263594;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:21:8:21:13:7:1:4:9:38:13:7:1:4:9 chr2 232326417 . C T 479.88 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.00502796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.913;QD=17.6103;RBI=0.0303814;REFB=-0.0562604;REVB=-0.0299624;RO=56;SAF=37;SAR=15;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237347;STB=0.516334;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0916491;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:15:37:41:15:15:37:42:15 chr2 232378231 . T C 313.01 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00868353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4422;QD=17.1511;RBI=0.0248507;REFB=-0.040467;REVB=0.0232842;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594784;STB=0.540959;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0626425;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:14:20:20:18:14:20:20:19 chr2 232458443 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.044;QD=59.6795;RBI=0.0264894;REFB=0;REVB=-0.0251057;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48023e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr2 232458862 . G C 76.07 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.000287796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8034;QD=5.96659;RBI=0.0596126;REFB=-0.0259488;REVB=-0.0596119;RO=39;SAF=1;SAR=10;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.752593;STB=0.947676;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.104804;OID=.;OPOS=232458862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:50:51:39:40:11:11:0.215686:10:1:32:7:10:1:32:8 chr2 232672932 . C T 512.18 PASS AF=1;AO=17;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124763;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.435;QD=56.9093;RBI=0.0128098;REFB=0;REVB=0.00290373;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556261;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:17:36:1:16:1:0:0:27:9:0:0 chr2 232672933 . G T 70.64 PASS AF=0.27027;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0255039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.617;QD=7.6365;RBI=0.0263465;REFB=-0.0222756;REVB=-0.00660983;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306345;STB=0.596804;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00509544;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:37:27:27:8:10:0.27027:7:1:8:19:8:2:8:19 chr2 233201328 . A G 243.99 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0260717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.136;QD=18.7686;RBI=0.0370133;REFB=-0.0259633;REVB=-0.0262727;RO=26;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333847;STB=0.69291;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0503335;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:6:19:11:15:6:20:11:15 chr2 233243586 . C T 1052.06 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297657;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.932;QD=58.448;RBI=0.0301442;REFB=-0.0308283;REVB=0.00476168;RO=1;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185371;STB=0.509801;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00148863;OID=.;OPOS=233243586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:25:46:0:1:25:46:0:1 chr2 233244586 . C G 695.98 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.088412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6087;QD=60.5199;RBI=0.0895027;REFB=-0.153945;REVB=-0.0139306;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00459761;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:1:0:15:30:1:0 chr2 233245026 . G A 341.29 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9064;QD=48.7563;RBI=0.152446;REFB=-0.112403;REVB=0.147374;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533308;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0043298;OID=.;OPOS=233245026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:28:28:0:2:26:26:0.928571:14:12:0:0:14:12:0:2 chr2 233245141 . T C 79.5 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9663;QD=35.3337;RBI=0.238838;REFB=0;REVB=0.237366;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150466;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:1:7:0:1:2:7:0:0 chr2 233273244 . C A 340.43 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.157;QD=54.4694;RBI=0.0861206;REFB=0;REVB=0.0158445;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736117;OID=.;OPOS=233273244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:11:13:1:0:11:14:0:0 chr2 233274475 . C A 272.41 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3831;QD=51.8878;RBI=0.0769661;REFB=0;REVB=0.0515593;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179004;OID=.;OPOS=233274475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 233349588 . G A 1512.19 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000131947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.722;QD=59.8886;RBI=0.00221721;REFB=0;REVB=0.00221328;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17571e-06;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr2 233385396 . G A 3501.14 PASS AF=0.987124;AO=224;DP=231;FAO=230;FDP=233;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0615994;FXX=0.0210075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5532;QD=60.1054;RBI=0.0882202;REFB=-0.0721689;REVB=0.0631531;RO=2;SAF=106;SAR=118;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890466;STB=0.502315;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0031651;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:231:233:2:3:224:230:0.987124:118:106:2:0:118:112:2:1 chr2 233386583 . T C 695.98 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=-0.000260058;FXX=0.0175428;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.299;QD=16.571;RBI=0.000780759;REFB=-0.0140441;REVB=-0.000736176;RO=92;SAF=50;SAR=25;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214979;STB=0.617252;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0136268;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:92:93:75:75:0.446429:25:50:42:50:25:50:43:50 chr2 233406178 . G A 435.65 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0173017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3854;QD=18.5381;RBI=0.0207496;REFB=-0.00279831;REVB=0.0114541;RO=50;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814938;STB=0.545434;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00327601;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:24:20:27:23:24:20:27:23 chr2 233413771 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00946225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7846;QD=4.81087;RBI=0.0854505;REFB=0.0133589;REVB=-0.084925;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768798;STB=0.551554;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0567148;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:13:10:3:3:13:10 chr2 233413825 . G A 66.78 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00483368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.114;QD=6.21205;RBI=0.0562968;REFB=-0.00722904;REVB=-0.0560889;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280827;STB=0.669509;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0264793;OID=.;OPOS=233413825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:43:43:28:33:9:10:0.232558:6:3:16:12:7:3:17:16 chr2 233498669 . G T 1767.69 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.51;QD=59.9218;RBI=0.0259018;REFB=-0.0944465;REVB=0.00175674;RO=1;SAF=76;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620844;STB=0.503225;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000428707;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:116:117:0.991525:40:76:1:0:40:77:1:0 chr2 233514636 . G T 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.735;QD=55.2224;RBI=0.0609813;REFB=-0.058862;REVB=0.0196297;RO=1;SAF=38;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122487;STB=0.506491;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00082117;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:18:38:1:0:18:38:1:0 chr2 233514638 . G C 837.1 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.646;QD=55.8065;RBI=0.0221916;REFB=-0.0034398;REVB=0.0124605;RO=1;SAF=41;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113712;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=3.41164e-05;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:18:41:1:0:18:41:1:0 chr2 233537125 . A G 435.35 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.000366674;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.76;QD=16.4285;RBI=0.00662049;REFB=-0.0237617;REVB=0.00661033;RO=58;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701064;STB=0.539191;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0296581;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:58:48:48:0.45283:19:29:31:27:19:29:31:27 chr2 233659553 . C A 1430.3 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186331;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8141;QD=62.8703;RBI=0.0355271;REFB=0;REVB=-0.0354782;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199842;OID=.;OPOS=233659553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:36:54:0:0:36:55:0:0 chr2 233708806 . A G 679.34 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.076;QD=60.3854;RBI=0.0872299;REFB=-0.154148;REVB=0.0834143;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00163413;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:1:0:15:29:1:0 chr2 233723177 . T TA 414.46 PASS AF=1;AO=7;DP=61;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17486;FXX=0.161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1101;QD=31.8814;RBI=0.208748;REFB=0;REVB=-0.114016;RO=52;SAF=5;SAR=2;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00673641;OID=.;OPOS=233723178;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:61:52:52:0:41:11:0:0:8:52:5:2:37:15 chr2 233723182 . G A 900.76 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4288;QD=58.1137;RBI=0.0520915;REFB=0;REVB=0.0422651;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66109e-05;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:56:62:1:16:40:0:0:18:44:0:0 chr2 233740177 . G A,T 871.48 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=58,3;DP=61;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829336,0.00997648;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.19,142.211;QD=57.1459;RBI=0.0829884,0.0146569;REFB=0,0;REVB=0.00301567,0.0107375;RO=0;SAF=29,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00108501,0.156183;OID=.,.;OPOS=233740177,233740177;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:61:0:0:58,3:58,3:0.95082,0.0491803:29,2:29,1:0:0:29,2:29,1:0:0 chr2 233740227 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00776984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.559;QD=62.3505;RBI=0.0257166;REFB=0;REVB=0.0245147;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81173e-05;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 233744021 . G A 818.02 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6399;QD=57.4051;RBI=0.0598754;REFB=0;REVB=0.00129404;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035042;OID=.;OPOS=233744021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:18:38:0:0:18:39:0:0 chr2 233757679 . G A 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.071;QD=61.5358;RBI=0.0266095;REFB=0;REVB=0.0140389;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72762e-05;OID=.;OPOS=233757679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr2 233757697 . A G 1227.3 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.646;QD=61.3648;RBI=0.0338415;REFB=0;REVB=0.0065795;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012484;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr2 233834975 . A G 883.73 PASS AF=0.491713;AO=89;DP=181;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.00782636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.326;QD=19.5298;RBI=0.029854;REFB=-0.0255166;REVB=-0.0288099;RO=90;SAF=37;SAR=52;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098256;STB=0.54894;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0256459;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:90:92:89:89:0.491713:52:37:47:43:52:37:47:45 chr2 233897503 . G A 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00988255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.887;QD=17.4996;RBI=0.0298047;REFB=-0.0508903;REVB=-0.0281186;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494418;STB=0.535371;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0378528;OID=.;OPOS=233897503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:17:10:11:15:18:10 chr2 234055004 . T C 1569.13 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3137;QD=64.0459;RBI=0.0906726;REFB=0;REVB=0.0864345;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166241;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:48:48:0:0:50:48:0:0 chr2 234066969 . C G 980.12 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114854;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6632;QD=59.4012;RBI=0.011651;REFB=0;REVB=0.00195769;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105751;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr2 234113057 . G A 457.06 PASS AF=0.740741;AO=39;DP=53;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00171562;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.49;QD=33.8565;RBI=0.0151539;REFB=-0.0568751;REVB=0.0150565;RO=12;SAF=21;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531502;STB=0.549975;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0195202;OID=.;OPOS=234113057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:53:54:12:14:39:40:0.740741:18:21:5:7:18:22:5:9 chr2 234113301 . C T 161.31 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00657168;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.289;QD=17.9236;RBI=0.0546246;REFB=-0.0312741;REVB=0.0542279;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181555;STB=0.604188;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0583482;OID=.;OPOS=234113301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:9:10:12:5:9:10 chr2 234183368 . A G 477.76 PASS AF=0.427419;AO=52;DP=123;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0321031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0042;QD=15.4116;RBI=0.0401384;REFB=-0.0123896;REVB=0.0240932;RO=71;SAF=22;SAR=30;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158171;STB=0.581787;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0192071;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:71:71:52:53:0.427419:30:22:41:30:30:23:41:30 chr2 234184417 . G A 413.69 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0172186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.912;QD=16.3836;RBI=0.018811;REFB=-0.00580842;REVB=0.00757452;RO=56;SAF=37;SAR=8;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370507;STB=0.710262;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00972664;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:8:37:29:27:8:37:29:27 chr2 234227523 . A G 1083.67 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249794;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.726;QD=60.2039;RBI=0.0270195;REFB=0;REVB=0.0102997;RO=0;SAF=17;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99182e-05;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:55:17:0:0:55:17:0:0 chr2 234235820 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00327733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.194;QD=14.6576;RBI=0.0168268;REFB=-0.013402;REVB=-0.0165045;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.03091;OID=.;OPOS=234235820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr2 234247508 . C G 620.44 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00431006;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.888;QD=21.0319;RBI=0.00643411;REFB=-0.0072174;REVB=-0.00477716;RO=56;SAF=40;SAR=22;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249727;STB=0.637318;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00880726;OID=.;OPOS=234247508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:56:56:62:62:0.525424:22:40:20:36:22:40:20:36 chr2 234255547 . G A 579.79 PASS AF=0.508475;AO=57;DP=115;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0114339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3345;QD=19.6538;RBI=0.0241107;REFB=-0.00964909;REVB=-0.0212271;RO=57;SAF=19;SAR=38;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086256;STB=0.561972;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.016369;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:57:58:57:60:0.508475:38:19:24:33:41:19:25:33 chr2 234354320 . C T 468.67 PASS AF=0.563218;AO=43;DP=82;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00606868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.564;QD=21.5479;RBI=0.0204467;REFB=-0.0279122;REVB=-0.0195254;RO=38;SAF=26;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157101;STB=0.547733;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0329824;OID=.;OPOS=234354320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:38:38:43:49:0.563218:17:26:16:22:23:26:16:22 chr2 234386134 . A G 154.06 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0486808;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8381;QD=8.93077;RBI=0.0831829;REFB=-0.0112006;REVB=-0.0674505;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117635;STB=0.569947;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0273941;OID=.;OPOS=234386134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:8:13:25:23:8:13:25:23 chr2 234394487 . G A 314.34 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0320549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.752;QD=17.2239;RBI=0.0445426;REFB=0.00463236;REVB=-0.0309278;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127004;STB=0.571268;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00827284;OID=.;OPOS=234394487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:20:19:21:13:20:19 chr2 234394569 . A G 305.88 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0467491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.344;QD=15.2937;RBI=0.0486784;REFB=-0.00651307;REVB=-0.0135684;RO=42;SAF=12;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261358;STB=0.635475;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00823513;OID=.;OPOS=234394569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:46:34:34:0.425:22:12:26:16:22:12:27:19 chr2 234408547 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000270474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.689;QD=21.5457;RBI=0.0795419;REFB=-0.00532886;REVB=-0.0795414;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00301089;OID=.;OPOS=234408547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:5:5:8:6:5:5 chr2 234420361 . C T 161.47 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.00878449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.628;QD=18.9968;RBI=0.0313046;REFB=-0.0174751;REVB=-0.0300468;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377989;STB=0.707144;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0315273;OID=.;OPOS=234420361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:17:0:5:12:17:0 chr2 234421283 . A AATATTATTTTTCTTAGT 51.86 PASS AF=0.258065;AO=6;DP=33;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0315758;FXX=0;HRUN=2;LEN=17;MLLD=351.363;QD=6.6919;RBI=0.0338257;REFB=-0.00421256;REVB=-0.0121303;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404966;STB=0.814633;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0101083;OID=.;OPOS=234421284;OREF=-;OALT=ATATTATTTTTCTTAGT;OMAPALT=AATATTATTTTTCTTAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:6:33:8:31:23:1:7:11:12:51:25:1:5:12:13 chr2 234432017 . A G 416.62 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000521431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4935;QD=19.6059;RBI=0.0227716;REFB=0.00323988;REVB=0.0227657;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776203;STB=0.543147;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00362997;OID=.;OPOS=234432017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:25:17:21:22:25:17:21:22 chr2 234433124 . G A 120.08 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0164728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5663;QD=9.41807;RBI=0.0602859;REFB=-0.0099507;REVB=-0.0579916;RO=35;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154304;STB=0.600905;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00873916;OID=.;OPOS=234433124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:36:15:15:0.294118:7:8:14:21:7:8:14:22 chr2 234449316 . G A 323.51 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.000122966;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4217;QD=18.7544;RBI=0.0183334;REFB=-0.0135638;REVB=-0.018333;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936748;STB=0.536061;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.030421;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:33:34:0.492754:16:17:21:13:16:18:21:14 chr2 234460046 . A G 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0271655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.193;QD=20.753;RBI=0.0312673;REFB=-0.0158485;REVB=-0.0154816;RO=12;SAF=14;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50937;STB=0.799466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00912471;OID=.;OPOS=234460046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:1:14:7:5:1:14:7:5 chr2 234465572 . A T 444.23 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0115049;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.2;QD=13.4615;RBI=0.0116222;REFB=-0.0159889;REVB=0.00164684;RO=81;SAF=31;SAR=20;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988284;STB=0.556074;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0270849;OID=.;OPOS=234465572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:81:81:51:51:0.386364:20:31:42:39:20:31:42:39 chr2 234468542 . C T 80.78 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=0.0111901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5096;QD=3.40126;RBI=0.0747356;REFB=-0.00925776;REVB=-0.0738931;RO=80;SAF=7;SAR=8;SRF=56;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29608;STB=0.692084;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0301882;OID=.;OPOS=234468542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:95:80:80:15:15:0.157895:8:7:56:24:8:7:56:24 chr2 234469664 . T C 282.94 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0111496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2119;QD=14.8917;RBI=0.0303155;REFB=-0.00737926;REVB=-0.0281907;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697201;STB=0.539449;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.032735;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:19:25:16:16:19:25 chr2 234526871 . C G 1695.93 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.224;QD=59.5062;RBI=0.0246926;REFB=-0.0590423;REVB=-0.0218184;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921867;STB=0.504853;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000236604;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:61:51:1:0:62:51:1:0 chr2 234627937 . T C,G 2905.86 PASS AF=0.968254,0.021164;AO=179,7;DP=188;FAO=183,4;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=123,1;FSAR=60,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0243828,-0.0106256;FXX=0.0502487;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.1386,168.499;QD=61.4998;RBI=0.0835018,0.0113169;REFB=-0.0211821,-0.022254;REVB=0.0798625,-0.00389458;RO=2;SAF=122,1;SAR=57,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0164073,0.125389;STB=0.508196,0.624469;STBP=0.073,0.685;TYPE=snp,snp;VARB=0.0130166,0.154666;OID=.,.;OPOS=234627937,234627937;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:188:189:2:2:179,7:183,4:0.968254,0.021164:57,6:122,1:0:2:60,3:123,1:0:2 chr2 234688036 . C A 1457.11 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118265;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1526;QD=63.3528;RBI=0.0243396;REFB=0;REVB=-0.0212733;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10048e-05;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr2 234702459 . T C 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.256;QD=63.3384;RBI=0.047116;REFB=0;REVB=0.0469139;RO=0;SAF=70;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19989e-05;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:70:70:0:0:70:70:0:0 chr2 234703136 . T C 1061.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2129;QD=59.8027;RBI=0.0615794;REFB=0;REVB=0.0397907;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687896;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr2 234704318 . A G 1023.96 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0180149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7617;QD=55.3493;RBI=0.0629577;REFB=0.0101822;REVB=-0.0603252;RO=3;SAF=37;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368007;STB=0.518982;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00143573;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:74:3:3:70:71:0.959459:33:37:3:0:33:38:3:0 chr2 234704690 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.675;QD=51.9165;RBI=0.0698269;REFB=0;REVB=0.0529018;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041468;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 234708868 . G C 1459.65 PASS AF=0.989691;AO=91;DP=92;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.866;QD=60.1918;RBI=0.0628939;REFB=-0.0979166;REVB=0.0614901;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00264286;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:97:0:1:91:96:0.989691:39:52:0:0:44:52:0:1 chr2 234710831 . G C 1008.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.081;QD=59.324;RBI=0.0461475;REFB=0;REVB=0.0325598;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150391;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:40:27:0:0:40:28:0:0 chr2 234713706 . T C 2065.98 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288343;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.244;QD=62.6054;RBI=0.0143468;REFB=0;REVB=0.014054;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462287;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:68:63:0:0:69:63:0:0 chr2 234716426 . G A 1559.79 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0209976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.458;QD=57.7699;RBI=0.0210877;REFB=-0.137115;REVB=-0.00194706;RO=2;SAF=40;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231347;STB=0.512193;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00065101;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:66:40:2:0:66:40:2:0 chr2 234725502 . T C 1190.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9907;QD=61.0385;RBI=0.0402695;REFB=0;REVB=0.0266369;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428633;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr2 234727333 . C G 1221.28 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0278064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.977;QD=58.8567;RBI=0.0566438;REFB=-0.150231;REVB=0.049349;RO=0;SAF=57;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56014e-08;STB=0.509802;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00137487;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:83:0:1:77:82:0.987952:20:57:0:0:25:57:0:1 chr2 234728078 . T C 1712.92 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8987;QD=60.6343;RBI=0.0420172;REFB=0;REVB=-0.0265847;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319486;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:48:65:0:0:48:65:0:0 chr2 234732317 . A G 252.29 PASS AF=0.321739;AO=29;DP=117;FAO=37;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0881221;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.43;QD=8.77531;RBI=0.0986528;REFB=-0.032781;REVB=-0.0443495;RO=48;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21761;STB=0.563489;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.06586;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:48:78:29:37:0.321739:10:19:22:26:12:25:46:32 chr2 234737275 . G C 893.48 PASS AF=0.494505;AO=89;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=30;FWDB=-0.0730173;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0371;QD=19.6369;RBI=0.073525;REFB=-0.0166286;REVB=-0.00862585;RO=92;SAF=63;SAR=26;SRF=62;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371774;STB=0.522444;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0124106;OID=.;OPOS=234737275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:92:89:90:0.494505:26:63:62:30:26:64:62:30 chr2 234737372 . C A 732.39 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=57;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00685511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.654;QD=23.2505;RBI=0.00795716;REFB=-0.0256075;REVB=0.00404029;RO=55;SAF=57;SAR=13;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201912;STB=0.618342;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0200015;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:56:70:70:0.555556:13:57:35:20:13:57:35:21 chr2 234740136 . G A 386.81 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0552072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.713;QD=15.7882;RBI=0.0552221;REFB=-0.00772365;REVB=-0.00128278;RO=57;SAF=13;SAR=28;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25892;STB=0.646412;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0138777;OID=.;OPOS=234740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:28:13:32:25:28:13:32:25 chr2 234740157 . G A 319.14 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00894503;FXX=0.0679546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.143;QD=13.2973;RBI=0.00898211;REFB=-0.0104107;REVB=0.000815255;RO=49;SAF=12;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236188;STB=0.657057;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0132468;OID=.;OPOS=234740157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:59:37:37:0.385417:25:12:27:22:25:12:34:25 chr2 234749354 . G A 213.83 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0533799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0566;QD=20.8616;RBI=0.0997267;REFB=-0.00594131;REVB=0.0842378;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236234;STB=0.632065;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00923962;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:15:5:11:10:15:5 chr2 234749722 . T G 368.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.0117703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.87;QD=19.4005;RBI=0.0291542;REFB=-0.00895155;REVB=0.0266726;RO=38;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146215;STB=0.580606;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00787086;OID=.;OPOS=234749722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:12:26:31:7:12:26:31:7 chr2 234749780 . G C 226.55 PASS AF=0.448276;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0289194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1456;QD=15.6241;RBI=0.0289194;REFB=-0.0282533;REVB=-3.43987e-05;RO=30;SAF=18;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021448;STB=0.513641;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0296402;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:32:24:26:0.448276:6:18:22:8:7:19:24:8 chr2 234750542 . G C 345.94 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0135364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.757;QD=11.25;RBI=0.0269187;REFB=-0.0136391;REVB=0.0232677;RO=79;SAF=18;SAR=25;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426131;STB=0.520824;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.023035;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:80:43:43:0.349593:25:18:36:43:25:18:36:44 chr2 234750831 . T C 133.99 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00220735;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.315;QD=10.3067;RBI=0.017078;REFB=0.00623734;REVB=0.0169347;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271658;STB=0.528269;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.0097732;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:35:17:17:0.326923:10:7:14:22:10:7:13:22 chr2 234758500 . G A 346.17 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.000381294;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3746;QD=18.9684;RBI=0.0129896;REFB=0.00960495;REVB=0.012984;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368779;STB=0.520537;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0116579;OID=.;OPOS=234758500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:18:18:20:17:18:18:20:17 chr2 234761225 . C T 207.78 PASS AF=0.289474;AO=28;DP=109;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0863544;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3173;QD=7.29054;RBI=0.0863719;REFB=-0.0162365;REVB=-0.00173933;RO=79;SAF=18;SAR=10;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11008;STB=0.608677;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.047923;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:114:79:81:28:33:0.289474:10:18:44:35:10:23:45:36 chr2 234762480 . A T 2286.43 PASS AF=1;AO=148;DP=154;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126634;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.904;QD=60.5677;RBI=0.0145009;REFB=0;REVB=0.00706494;RO=0;SAF=114;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37114e-05;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:151:0:0:148:151:1:34:114:0:0:37:114:0:0 chr2 234775169 . T C 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00386999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1286;QD=14.646;RBI=0.0558311;REFB=0.00487936;REVB=0.0556968;RO=45;SAF=24;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274377;STB=0.656829;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00686176;OID=.;OPOS=234775169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:8:24:23:22:8:24:23:22 chr2 234854550 . G C 376.65 PASS AF=0.421053;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.00595974;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.762;QD=15.8587;RBI=0.0201823;REFB=-0.0136468;REVB=-0.0192823;RO=55;SAF=29;SAR=11;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648371;STB=0.536675;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0209027;OID=.;OPOS=234854550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:55:55:40:40:0.421053:11:29:37:18:11:29:37:18 chr2 234915540 . C G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00186704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.556;QD=32.2106;RBI=0.0154499;REFB=-0.0242187;REVB=-0.0153366;RO=13;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115047;STB=0.551912;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0198317;OID=.;OPOS=234915540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:14:29:29:0.674419:17:12:8:5:17:12:8:6 chr2 235402279 . T C 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.152;QD=59.6733;RBI=0.0352563;REFB=0;REVB=0.016728;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36012e-05;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr2 235950187 . T C 2277.58 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00401908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.694;QD=62.8297;RBI=0.00697351;REFB=-0.0904423;REVB=0.00569885;RO=0;SAF=68;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=6.72458e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:0:1:144:144:0.993103:76:68:0:0:76:68:1:0 chr2 235951818 . TA T,TG 1541.12 PASS AF=0.127273,0.863636;AO=12,90;DP=108;FAO=14,95;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=4,57;FSAR=10,38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.077006,0.0207191;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1219,84.0847;QD=56.0409;RBI=0.0770068,0.021077;REFB=-0.0936487,-0.0858634;REVB=0.000336141,-0.00386758;RO=2;SAF=2,53;SAR=10,37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.294912,-0.0175486;STB=0.555473,0.504347;STBP=0.255,0.512;TYPE=del,snp;VARB=-0.0128823,0.00196088;OID=.,.;OPOS=235951819,235951819;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.127273,0.863636:12,90:108:14,95:110:1:4,57:10,38:1:0:46:2:2,53:10,37:2:0 chr2 236433161 . G A 204.02 PASS AF=0.536585;AO=17;DP=38;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0319107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.482;QD=19.9041;RBI=0.034077;REFB=-0.0231229;REVB=-0.011956;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386739;STB=0.560921;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.02238;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:13:19:17:22:0.536585:11:6:4:9:11:11:7:12 chr2 236649671 . AGGGGGC AGGGGC,AGGGG,AGGGGG 56.21 PASS AF=0.0212766,0.223404,0;AO=13,14,12;DP=91;FAO=2,21,0;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=0,9,0;FSAR=2,12,0;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0599094,-0.0705076,-0.0803122;FXX=0.0105252;HRUN=5,5,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.99498,16.8472,9.49053;QD=2.39182;RBI=0.4487,0.184949,0.141272;REFB=-0.068667,-0.0587788,-0.0467539;REVB=-0.444683,-0.170982,0.116223;RO=34;SAF=3,6,10;SAR=10,8,2;SRF=21;SRR=13;SSEN=0.416667,0.416667,0.690476;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.452534,-0.218257,0.325508;STB=0.995246,0.581966,0.5;STBP=0.112,0.418,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.190278,0.135106,0.0267149;OID=.,.,.;OPOS=236649672,236649676,236649677;OREF=G,GC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0212766,0.223404,0:13,14,12:91:2,21,0:94:71:0,9,0:2,12,0:38:33:44:34:3,6,10:10,8,2:21:13 chr2 236683024 . TTAA T,TA 35.16 PASS AF=0,0.151515;AO=14,16;DP=102;FAO=0,15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=0,12;FSAR=0,3;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00501335,-0.00188272;FXX=0.009999;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=24.9536,20.3211;QD=1.42064;RBI=0.0890562,0.129415;REFB=-0.0284024,-0.0479912;REVB=-0.088915,-0.129401;RO=63;SAF=6,10;SAR=8,6;SRF=34;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.1385,0.109485;STB=0.5,0.768854;STBP=1,0.026;TYPE=del,del;VARB=0,0.150415;OID=.,.;OPOS=236683025,236683025;OREF=TAA,TA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.151515:14,16:102:0,15:99:84:0,12:0,3:42:42:35:63:6,10:8,6:34:29 chr2 236715897 . C T 488.43 PASS AF=0.490909;AO=50;DP=107;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0733684;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3;QD=17.761;RBI=0.0762333;REFB=-0.0603906;REVB=-0.0207026;RO=56;SAF=16;SAR=34;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214396;STB=0.586174;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0729944;OID=.;OPOS=236715897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:56:56:50:54:0.490909:34:16:30:26:34:20:30:26 chr2 236761396 . C T 985.89 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0387612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.7;QD=55.5433;RBI=0.0464011;REFB=-0.112346;REVB=-0.0255075;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.515147;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000979319;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:68:69:0.971831:37:31:1:0:37:32:2:0 chr2 236957822 . G A 532.94 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00535101;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0342;QD=18.3773;RBI=0.0100521;REFB=-0.0205666;REVB=-0.00850952;RO=60;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190562;STB=0.510562;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0202705;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:60:60:56:56:0.482759:25:31:32:28:25:31:32:28 chr2 237061782 . A G 334.87 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0614646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6914;QD=16.9556;RBI=0.0886229;REFB=-0.0391728;REVB=0.0638446;RO=43;SAF=9;SAR=27;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2388;STB=0.634956;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0498332;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:27:9:20:23:27:9:20:23 chr2 237149941 . C T 371.03 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0137171;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.151;QD=16.8651;RBI=0.0139003;REFB=-0.013075;REVB=-0.00224917;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419771;STB=0.510493;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0130153;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:51:49:39:39:0.443182:16:23:28:23:16:23:28:21 chr2 237150166 . A C 699.16 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0570711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.861;QD=54.8363;RBI=0.060657;REFB=-0.0479079;REVB=0.0205465;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000107523;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:25:25:0:0:25:25:0:1 chr2 237374286 . C T 136.8 PASS AF=0.182482;AO=25;DP=137;FAO=25;FDP=137;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0203441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4314;QD=3.99429;RBI=0.0204149;REFB=-0.00160497;REVB=-0.00169822;RO=112;SAF=14;SAR=11;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110494;STB=0.570707;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00748769;OID=.;OPOS=237374286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:112:112:25:25:0.182482:11:14:53:59:11:14:53:59 chr2 237923852 . G A 385.82 PASS AF=0.493976;AO=32;DP=75;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=6;FWDB=-0.00701406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.31;QD=18.5937;RBI=0.00963202;REFB=-0.0250646;REVB=0.00660142;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=35;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312658;STB=0.639521;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0190982;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:41:42:32:41:0.493976:14:18:35:6:16:25:36:6 chr2 238166147 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=335.875;QD=55.0987;RBI=0.00753224;REFB=0;REVB=-0.00725227;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41078e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 238233483 . G A 170.27 PASS AF=0.45;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0206007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.475;QD=17.0267;RBI=0.040051;REFB=-0.0566774;REVB=-0.0343467;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.56243;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0530001;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:19:22:18:18:0.45:7:11:11:8:7:11:11:11 chr2 238275533 . A AC 42.67 PASS AF=0.110294;AO=18;DP=139;FAO=15;FDP=136;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0166139;FXX=0.0215812;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.4108;QD=1.25513;RBI=0.0604069;REFB=-0.00261091;REVB=-0.0580773;RO=117;SAF=13;SAR=5;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259844;STB=0.918662;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0932311;OID=.;OPOS=238275534;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.110294:18:139:15:136:121:14:1:61:60:42:117:13:5:61:56 chr2 238275810 . C T 181.34 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0248114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5939;QD=9.42015;RBI=0.0469889;REFB=0.000300179;REVB=-0.0399043;RO=53;SAF=12;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550896;STB=0.532441;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00211038;OID=.;OPOS=238275810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:12:12:29:24:12:12:29:24 chr2 238296531 . G A 68.45 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.026233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1556;QD=5.70443;RBI=0.0319396;REFB=0.00256867;REVB=-0.01822;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321181;STB=0.520792;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0389616;OID=.;OPOS=238296531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:5:5:20:18:5:5:20:18 chr2 238434249 . C T 212.2 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0371227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1016;QD=12.3016;RBI=0.0688476;REFB=0.0114363;REVB=0.0579819;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306335;STB=0.517648;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0256197;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:9:17:27:16:9:17:27:16 chr2 238443226 . A G 306.49 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0303352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.065;QD=27.2437;RBI=0.0314197;REFB=-0.0273201;REVB=-0.00818359;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120381;STB=0.566453;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0101887;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:12:15:7:11:12:15:7:11 chr2 238449007 . T C 293.68 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0273385;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.363;QD=16.7814;RBI=0.0293982;REFB=-0.0413864;REVB=-0.0108102;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129192;STB=0.565843;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.030612;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:37:38:32:32:0.457143:13:19:17:20:13:19:18:20 chr2 238449023 . T C 307.31 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0109179;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.89;QD=17.815;RBI=0.012283;REFB=-0.0364893;REVB=-0.00562778;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122646;STB=0.56862;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0342341;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:36:36:33:33:0.478261:14:19:16:20:14:19:16:20 chr2 238449107 . A G 337.73 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.032439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8294;QD=17.5445;RBI=0.0333145;REFB=-0.0481469;REVB=0.00758723;RO=40;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073115;STB=0.534228;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0563382;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:17:19:18:22:17:19:19:22 chr2 238503559 . C G 363.39 PASS AF=0.369748;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=119;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.0224301;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.767;QD=12.2149;RBI=0.0257469;REFB=-0.0316489;REVB=0.0126409;RO=73;SAF=33;SAR=11;SRF=54;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014861;STB=0.524579;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0554015;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:73:75:44:44:0.369748:11:33:54:19:11:33:54:21 chr2 238991733 . C A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.779;QD=58.6006;RBI=0.0356166;REFB=0;REVB=0.0330913;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116762;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr2 239025630 . T C 728.61 PASS AF=0.403587;AO=75;DP=208;FAO=90;FDP=223;FR=.;FRO=133;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=0.0134657;FXX=0.00888849;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4044;QD=13.0693;RBI=0.0254492;REFB=-0.0236943;REVB=-0.0215949;RO=114;SAF=28;SAR=47;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148309;STB=0.546773;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0376431;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:223:114:133:75:90:0.403587:47:28:58:56:47:43:74:59 chr2 239025631 . G C 41.31 PASS AF=0.0714286;AO=15;DP=207;FAO=16;FDP=224;FR=.;FRO=208;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=102;FSRR=106;FWDB=-0.0467932;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.209;QD=0.73776;RBI=0.0469374;REFB=-0.0141085;REVB=-0.00367631;RO=192;SAF=15;SAR=0;SRF=86;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60045;STB=0.931496;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0500063;OID=.;OPOS=239025631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:207:224:192:208:15:16:0.0714286:0:15:86:106:1:15:102:106 chr2 239025645 . C T 648.34 PASS AF=0.414773;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=176;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.025233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.709;QD=14.7351;RBI=0.0291811;REFB=-0.0157011;REVB=-0.0146571;RO=103;SAF=35;SAR=38;SRF=48;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014062;STB=0.507877;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0265684;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:103:103:73:73:0.414773:38:35:48:55:38:35:48:55 chr2 239036270 . C T 240.16 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0257241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.409;QD=16.5628;RBI=0.0306828;REFB=-0.0344871;REVB=0.0167244;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265066;STB=0.658545;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0408567;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:19:8:17:13:19:8:18:13 chr2 239038912 . T C 786.04 PASS AF=0.473988;AO=82;DP=173;FAO=82;FDP=173;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.074125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.888;QD=18.1744;RBI=0.0844687;REFB=0.017957;REVB=-0.0405024;RO=91;SAF=37;SAR=45;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124385;STB=0.568724;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.02782;OID=.;OPOS=239038912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:91:91:82:82:0.473988:45:37:53:38:45:37:53:38 chr2 239039637 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0904905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5267;QD=40.7594;RBI=0.153935;REFB=0;REVB=0.124529;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193937;OID=.;OPOS=239039637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr2 239039841 . A G 107.51 PASS AF=0.25;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0597584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7546;QD=11.946;RBI=0.0651757;REFB=-0.0253777;REVB=0.0260154;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501648;STB=0.734212;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0455047;OID=.;OPOS=239039841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:36:36:21:22:8:9:0.25:6:2:15:6:6:3:15:7 chr2 239039896 . G C 2303.69 PASS AF=0.941176;AO=159;DP=168;FAO=160;FDP=170;FR=.;FRO=10;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0130009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8728;QD=54.2045;RBI=0.0790585;REFB=0.0474579;REVB=-0.0779822;RO=9;SAF=88;SAR=71;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034663;STB=0.520572;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0060355;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:168:170:9:10:159:160:0.941176:71:88:8:1:71:89:9:1 chr2 239040187 . T C 594.5 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.918;QD=60.9743;RBI=0.0417218;REFB=0;REVB=0.0288883;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019112;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr2 239050033 . C T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9538;QD=55.087;RBI=0.0963043;REFB=0;REVB=0.0310874;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153536;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 239051550 . T C 3275.63 PASS AF=0.986175;AO=214;DP=220;FAO=214;FDP=217;FR=.;FRO=3;FSAF=116;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0643791;FXX=0.0136357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8144;QD=60.3803;RBI=0.0724103;REFB=-0.0411885;REVB=0.0331448;RO=0;SAF=116;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502904;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=5.37263e-05;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:220:217:0:3:214:214:0.986175:98:116:0:0:98:116:1:2 chr2 239059484 . T C 2216.5 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456959;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.767;QD=63.3284;RBI=0.0693896;REFB=0;REVB=0.069239;RO=0;SAF=82;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648033;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:136:140:1:54:82:0:0:58:82:0:0 chr2 239071474 . T C 57.1 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0274721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.386;QD=2.05781;RBI=0.0347859;REFB=-0.00389743;REVB=-0.0213387;RO=98;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790619;STB=0.556876;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0193954;OID=.;OPOS=239071474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:111:111:98:98:13:13:0.117117:7:6:39:59:7:6:39:59 chr2 239075812 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.023082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.575;QD=12.9224;RBI=0.0230833;REFB=-0.0216625;REVB=-0.000239653;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293628;STB=0.670884;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0416928;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:17:5:16:18:17:5:16:18 chr2 239075935 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7198;QD=62.9808;RBI=0.0548641;REFB=0;REVB=-0.0547608;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750869;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 239076119 . G GGC 33.21 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.0128299;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=76.2842;QD=1.79519;RBI=0.025775;REFB=-0.00890601;REVB=-0.0223549;RO=63;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50041;STB=0.836304;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.210487;OID=.;OPOS=239076120;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121622:9:75:9:74:65:7:2:23:42:33:63:7:2:21:42 chr2 239149078 . G A 240.82 PASS AF=0.32;AO=22;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0157075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1661;QD=12.8435;RBI=0.135168;REFB=-0.025017;REVB=0.134252;RO=40;SAF=21;SAR=1;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542885;STB=0.677243;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00325717;OID=.;OPOS=239149078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:22:24:0.32:1:21:29:11:3:21:29:12 chr2 239162038 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0652344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5981;QD=12.7276;RBI=0.1015;REFB=-0.0226808;REVB=-0.077761;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374679;STB=0.522337;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0381487;OID=.;OPOS=239162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:9:3:2:7:9:3 chr2 239229372 . C A 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00353753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.99;QD=33.9183;RBI=0.0035479;REFB=-0.0669247;REVB=0.000271156;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476188;STB=0.526282;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0250847;OID=.;OPOS=239229372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:6:10:2:2:6:10:2:2 chr2 239261866 . G A 488.49 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0079849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.221;QD=19.1565;RBI=0.00963874;REFB=-0.0184776;REVB=-0.00539875;RO=51;SAF=32;SAR=18;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193629;STB=0.610346;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0182624;OID=.;OPOS=239261866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:51:50:51:0.5:18:32:22:29:18:33:22:29 chr2 239321367 . A T 416.23 PASS AF=0.462366;AO=40;DP=90;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00454206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.916;QD=17.9024;RBI=0.0131624;REFB=-0.00647108;REVB=0.0123539;RO=50;SAF=23;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191405;STB=0.594899;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0090423;OID=.;OPOS=239321367;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:50:50:40:43:0.462366:17:23:19:31:19:24:19:31 chr2 239969974 . G C 570.76 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0420315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.575;QD=23.061;RBI=0.084336;REFB=-0.053208;REVB=0.0731158;RO=44;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853013;STB=0.513011;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0436275;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:44:46:53:53:0.535354:21:32:27:17:21:32:29:17 chr2 239972883 . C T 601.25 PASS AF=0.97561;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00908441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.248;QD=58.6589;RBI=0.0100723;REFB=-0.0630604;REVB=-0.00435019;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00012968;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:32:40:0.97561:15:17:0:0:15:25:0:1 chr2 239973560 . CT C,TA 127.75 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=10,2;DP=16;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266216,-0.0274327;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=10.3307,87.779;QD=28.3895;RBI=0.294704,0.0653166;REFB=-0.0663226,0.00933329;REVB=-0.126409,-0.0592765;RO=2;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220927,-0.727176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0247382,0.210905;OID=.,.;OPOS=239973561,239973560;OREF=T,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=C,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:16:18:2:0:10,2:16,2:0.888889,0.111111:7,2:3,0:2:0:9,2:7,0:0:0 chr2 240003870 . G A 811.95 PASS AF=0.447368;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=74;FSRR=31;FWDB=-0.0027358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.988;QD=17.0937;RBI=0.0293222;REFB=-0.000427518;REVB=0.0291943;RO=102;SAF=50;SAR=35;SRF=73;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1333;STB=0.568048;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000525819;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:102:105:85:85:0.447368:35:50:73:29:35:50:74:31 chr2 240061403 . C T 397.75 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00803574;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.904;QD=14.0797;RBI=0.00810274;REFB=-0.0227183;REVB=-0.00103988;RO=62;SAF=29;SAR=17;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136907;STB=0.592494;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0404108;OID=.;OPOS=240061403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:62:67:46:46:0.40708:17:29:31:31:17:29:32:35 chr2 240323905 . T TG 1041.23 PASS AF=1;AO=93;DP=102;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243246;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.6057;QD=42.9374;RBI=0.107219;REFB=0;REVB=-0.104423;RO=7;SAF=51;SAR=42;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00142038;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:102:97:97:0:53:44:0:0:20:7:51:42:5:2 chr2 240500413 . A G 376.83 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.000685546;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.032;QD=15.7012;RBI=0.0181522;REFB=-0.0207179;REVB=-0.0181393;RO=55;SAF=26;SAR=14;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222437;STB=0.630736;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0280591;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:55:56:40:40:0.416667:14:26:24:31:14:26:24:32 chr2 240684619 . G A 508.97 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.00160867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.476;QD=16.6875;RBI=0.00840125;REFB=-0.00840149;REVB=-0.0082458;RO=67;SAF=32;SAR=23;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124325;STB=0.569033;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0113806;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:23:32:47:20:23:32:47:20 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 247.81 PASS AF=0,0.623377;AO=15,30;DP=82;FAO=0,48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=0,28;FSAR=0,20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.193935,-0.0380066;FXX=0.0253133;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=13.5322,12.2034;QD=12.8733;RBI=0.193987,0.0829436;REFB=-0.00989869,-0.0521072;REVB=-0.00448974,0.0737234;RO=21;SAF=11,14;SAR=4,16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.320987,0.0286157;STB=0.5,0.51219;STBP=1,0.783;TYPE=del,del;VARB=0.0283273,0.0360197;OID=.,.;OPOS=240900612,240900608;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.623377:15,30:82:0,48:77:29:0,28:0,20:16:13:95:21:11,14:4,16:9:12 chr2 240923050 . C T 737.58 PASS AF=0.44382;AO=79;DP=178;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.0123385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.248;QD=16.5749;RBI=0.0123633;REFB=-0.0161443;REVB=-0.000782664;RO=99;SAF=44;SAR=35;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122298;STB=0.568007;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0257483;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:99:99:79:79:0.44382:35:44:43:56:35:44:43:56 chr2 240946766 . T C 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.741;QD=59.8555;RBI=0.0490026;REFB=0;REVB=0.0267787;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191143;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:23:48:0:0:23:48:0:0 chr2 240961728 . T C 1213.68 PASS AF=1;AO=65;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290978;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.206;QD=57.1144;RBI=0.0950223;REFB=0;REVB=0.0904575;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152277;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:65:85:1:28:37:0:0:48:37:0:0 chr2 240981262 . A C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.88;QD=62.3473;RBI=0.0810409;REFB=0;REVB=0.0763648;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229423;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr2 240981375 . T A 773.58 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.559;QD=63.1493;RBI=0.0542521;REFB=0;REVB=0.054227;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156156;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr2 240984789 . C T 1018.98 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8403;QD=59.0711;RBI=0.0127772;REFB=0;REVB=0.01135;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89496e-05;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:37:30:0:0:39:30:0:0 chr2 240985347 . G A 595.36 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0290211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.685;QD=52.9207;RBI=0.0290301;REFB=-0.0810725;REVB=-0.00072429;RO=4;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521145;STB=0.527855;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00287947;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:4:4:41:41:0.911111:23:18:3:1:23:18:3:1 chr2 241066280 . C T 417.56 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8331;QD=53.8789;RBI=0.0345532;REFB=-0.0805376;REVB=-0.00104636;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00445258;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:19:11:0:0:19:11:1:0 chr2 241066325 . A C 110.92 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0115539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.775;QD=15.2996;RBI=0.0139333;REFB=0.00108532;REVB=0.00778742;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101624;STB=0.559344;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000896569;OID=.;OPOS=241066325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:5:11:10:3:5:11 chr2 241390002 . A G 1723.44 PASS AF=0.449412;AO=171;DP=407;FAO=191;FDP=425;FR=.;FRO=234;FSAF=99;FSAR=92;FSRF=124;FSRR=110;FWDB=0.0218771;FXX=0.00234736;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0467;QD=16.2206;RBI=0.0650149;REFB=-0.0188962;REVB=0.0612236;RO=228;SAF=98;SAR=73;SRF=119;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532992;STB=0.506392;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0198678;OID=.;OPOS=241390002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:425:228:234:171:191:0.449412:73:98:119:109:92:99:124:110 chr2 241492255 . G T 1060.25 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.911;QD=58.096;RBI=0.0328269;REFB=0;REVB=-0.0320733;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022702;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:68:73:1:26:42:0:0:29:44:0:0 chr2 241537421 . G A 1261.7 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0135298;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.224;QD=59.3743;RBI=0.0216491;REFB=-0.0407519;REVB=0.0169005;RO=2;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035744;STB=0.501887;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.000337987;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:48:35:1:1:48:35:1:1 chr2 241538074 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.368;QD=62.4652;RBI=0.037694;REFB=0;REVB=-0.0376374;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.74631e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:48:39:0:0:48:39:0:0 chr2 241558397 . G A 892.31 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00329221;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.256;QD=56.6548;RBI=0.0348454;REFB=-0.0760193;REVB=-0.0346895;RO=1;SAF=19;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241965;STB=0.512816;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000711326;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:43:19:1:0:43:19:1:0 chr2 241570249 . A C 358.23 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.241;QD=55.1119;RBI=0.0249946;REFB=0;REVB=-0.024834;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.13361e-05;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:11:15:0:0 chr2 241570391 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.036655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.693;QD=56.8271;RBI=0.0470213;REFB=0.0781433;REVB=0.0294518;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00103188;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:26:38:0:1:26:38:0:1 chr2 241621799 . GC G 133.1 PASS AF=0.515152;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0173345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2253;QD=16.133;RBI=0.0840741;REFB=-0.0126939;REVB=-0.0822677;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.638613;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0246725;OID=.;OPOS=241621800;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:15:33:17:33:16:5:12:9:7:99:16:5:10:9:7 chr2 241622195 . T C 108.18 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0125458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.501;QD=4.65274;RBI=0.0164661;REFB=-0.0187988;REVB=0.0106646;RO=74;SAF=8;SAR=10;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271914;STB=0.664167;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.034412;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:74:75:18:18:0.193548:10:8:49:25:10:8:49:26 chr2 241622209 . T C 42.34 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0263839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0488;QD=1.88166;RBI=0.0971866;REFB=-0.0107379;REVB=-0.0935368;RO=76;SAF=6;SAR=4;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573267;STB=0.523318;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.102031;OID=.;OPOS=241622209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:90:76:80:10:10:0.111111:4:6:49:27:4:6:50:30 chr2 241627928 . A G 261.51 PASS AF=0.373494;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0291249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.889;QD=12.603;RBI=0.029468;REFB=-0.0222863;REVB=-0.00448376;RO=51;SAF=21;SAR=9;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261822;STB=0.628048;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.031938;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:52:30:31:0.373494:9:21:24:27:10:21:25:27 chr2 241631476 . C G 218.82 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0877986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6476;QD=16.2086;RBI=0.0958051;REFB=-0.0113444;REVB=-0.0383408;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397674;STB=0.501482;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0110303;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:28:29:24:25:0.462963:11:13:14:14:12:13:15:14 chr2 241667780 . G A 225.72 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0174644;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7165;QD=15.3029;RBI=0.030859;REFB=-0.0270177;REVB=0.0254416;RO=33;SAF=10;SAR=16;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328721;STB=0.685004;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0393593;OID=.;OPOS=241667780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:33:26:26:0.440678:16:10:24:9:16:10:24:9 chr2 241808347 . A G 414.26 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0213537;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.863;QD=27.1648;RBI=0.0214644;REFB=-0.002487;REVB=-0.00217696;RO=21;SAF=12;SAR=27;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016683;STB=0.514962;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00115636;OID=.;OPOS=241808347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:22:39:39:0.639344:27:12:6:15:27:12:6:16 chr2 241812428 . C T 536.09 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00376661;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.465;QD=17.2931;RBI=0.00624168;REFB=0.00654154;REVB=0.00497707;RO=67;SAF=28;SAR=29;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117128;STB=0.565072;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00378019;OID=.;OPOS=241812428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:67:67:57:57:0.459677:29:28:41:26:29:28:41:26 chr2 241812461 . G A 546.61 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0250761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8098;QD=17.9216;RBI=0.0314395;REFB=-0.0035788;REVB=0.0189639;RO=63;SAF=29;SAR=29;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126948;STB=0.565552;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00340117;OID=.;OPOS=241812461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:64:58:58:0.47541:29:29:40:23:29:29:40:24 chr2 241813453 . G A 688.18 PASS AF=0.470968;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0472125;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.467;QD=17.7595;RBI=0.0477312;REFB=-0.011046;REVB=-0.00701753;RO=80;SAF=40;SAR=33;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499583;STB=0.52662;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0115988;OID=.;OPOS=241813453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:80:82:73:73:0.470968:33:40:48:32:33:40:49:33 chr2 241816871 . G T 266.3 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.021082;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8733;QD=15.6649;RBI=0.0508514;REFB=-0.0208394;REVB=-0.0462754;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189104;STB=0.599933;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0282516;OID=.;OPOS=241816871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:38:30:30:0.441176:12:18:16:23:12:18:16:22 chr2 241817516 . A G 772.02 PASS AF=0.423645;AO=86;DP=203;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=46;FWDB=-0.0132136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.672;QD=15.2122;RBI=0.0181155;REFB=-0.0159297;REVB=0.0123924;RO=117;SAF=56;SAR=30;SRF=71;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494383;STB=0.52764;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0208948;OID=.;OPOS=241817516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:117:117:86:86:0.423645:30:56:71:46:30:56:71:46 chr2 241826517 . C T 583.6 PASS AF=0.458647;AO=52;DP=124;FAO=61;FDP=133;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0164844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.372;QD=17.5519;RBI=0.0231509;REFB=-0.0198019;REVB=0.0162551;RO=71;SAF=30;SAR=22;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581137;STB=0.563156;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0224861;OID=.;OPOS=241826517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:133:71:72:52:61:0.458647:22:30:37:34:22:39:38:34 chr2 241827798 . T C 50.67 PASS AF=0.2;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0103984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.59;QD=5.06744;RBI=0.020193;REFB=-0.0312294;REVB=-0.0173098;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161873;STB=0.574817;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0481823;OID=.;OPOS=241827798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:30:32:8:8:0.2:4:4:11:19:4:4:13:19 chr2 241827803 . G A 317.39 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0864612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5982;QD=32.5526;RBI=0.0902472;REFB=-0.0484074;REVB=0.0258655;RO=12;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538257;STB=0.502945;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0445267;OID=.;OPOS=241827803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:16:11:5:7:16:11:5:7 chr2 241828012 . T C 1254.08 PASS AF=0.934783;AO=84;DP=93;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0516096;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.248;QD=54.5252;RBI=0.0625509;REFB=-0.0542607;REVB=0.0353421;RO=6;SAF=41;SAR=43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434736;STB=0.52325;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00528856;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:93:92:6:6:84:86:0.934783:43:41:5:1:45:41:5:1 chr2 241828034 . A G 910.42 PASS AF=0.985075;AO=60;DP=61;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0895505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.077;QD=54.3532;RBI=0.0901988;REFB=-0.113066;REVB=0.0107956;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00267639;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:67:0:1:60:66:0.985075:32:28:0:0:32:34:1:0 chr2 241830969 . G A 556.81 PASS AF=0.406667;AO=58;DP=148;FAO=61;FDP=150;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.0108088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.479;QD=14.8482;RBI=0.145077;REFB=-0.0129544;REVB=0.144673;RO=83;SAF=42;SAR=16;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105645;STB=0.56134;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0148636;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:83:89:58:61:0.406667:16:42:53:30:19:42:53:36 chr2 241831005 . C T 1009.33 PASS AF=0.434959;AO=107;DP=246;FAO=107;FDP=246;FR=.;FRO=139;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=90;FSRR=49;FWDB=0.0572946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2693;QD=16.4119;RBI=0.0613074;REFB=-0.00363465;REVB=0.0218156;RO=139;SAF=66;SAR=41;SRF=90;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332701;STB=0.518479;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00501987;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:139:139:107:107:0.434959:41:66:90:49:41:66:90:49 chr2 241831296 . C G 237.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=47;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0898281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.853;QD=18.2924;RBI=0.0902906;REFB=-0.0317406;REVB=-0.00912636;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198173;STB=0.543592;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0342295;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:26:26:21:26:0.5:15:6:7:19:17:9:7:19 chr2 241834907 . C T 232.8 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=124;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.0279729;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4234;QD=7.57074;RBI=0.113692;REFB=-0.0218796;REVB=-0.110197;RO=89;SAF=19;SAR=15;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514243;STB=0.530555;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0563456;OID=.;OPOS=241834907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:89:89:34:34:0.276423:15:19:46:43:15:19:46:43 chr2 241834944 . T C 356.83 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=143;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=42;FWDB=0.00352648;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.67;QD=10.0515;RBI=0.00486676;REFB=-0.00116826;REVB=0.003354;RO=98;SAF=25;SAR=20;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190018;STB=0.507933;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00243828;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:98:97:45:45:0.316901:20:25:56:42:20:25:55:42 chr2 241835379 . G A 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0264763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.076;QD=11.1262;RBI=0.0390868;REFB=-0.0175673;REVB=0.0287539;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116318;STB=0.55937;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0444703;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:7:10:16:17:7:10:17:17 chr2 241865156 . T C 4996.81 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297569;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.68;QD=62.4602;RBI=0.00427475;REFB=0.0372212;REVB=-0.003069;RO=0;SAF=198;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98411e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:320:320:0:0:320:320:1:122:198:0:0:122:198:0:0 chr2 241872597 . A G 1069.78 PASS AF=0.516908;AO=107;DP=207;FAO=107;FDP=207;FR=.;FRO=100;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0106303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.893;QD=20.6721;RBI=0.0284278;REFB=-0.0226487;REVB=0.0263654;RO=99;SAF=62;SAR=45;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572753;STB=0.52918;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0193064;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:99:100:107:107:0.516908:45:62:51:48:45:62:52:48 chr2 241872722 . G A 553.91 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0262224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.005;QD=21.1012;RBI=0.0299418;REFB=-0.039066;REVB=-0.0144533;RO=49;SAF=41;SAR=15;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140222;STB=0.577436;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0322591;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:15:41:29:20:15:41:29:20 chr2 241898824 . A G 505.56 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.014677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.613;QD=17.7391;RBI=0.0228151;REFB=-0.0151803;REVB=0.0174676;RO=59;SAF=29;SAR=25;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026951;STB=0.510759;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0168063;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:54:54:0.473684:25:29:30:29:25:29:31:29 chr2 241904001 . G C 528.79 PASS AF=0.433824;AO=57;DP=126;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0132381;FXX=0.0285694;HRUN=7;LEN=1;MLLD=42.2516;QD=15.5526;RBI=0.0153871;REFB=-0.076625;REVB=-0.00784314;RO=68;SAF=30;SAR=27;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400807;STB=0.501122;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0938085;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:136:68:77:57:59:0.433824:27:30:33:35:29:30:39:38 chr2 241922430 . T C 1804.12 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=61.1568;RBI=0.018714;REFB=0;REVB=0.00774059;RO=0;SAF=51;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30057e-05;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:66:51:0:0:66:52:0:0 chr2 241925343 . T C 641.83 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00383981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.78;QD=20.8725;RBI=0.00384184;REFB=-0.0199212;REVB=-0.00012466;RO=58;SAF=41;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502549;STB=0.524346;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0210672;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:59:64:64:0.520325:23:41:34:24:23:41:35:24 chr2 241929228 . A G 2360.81 PASS AF=0.993711;AO=156;DP=157;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00527893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.618;QD=59.3915;RBI=0.0224096;REFB=0.130519;REVB=0.021779;RO=1;SAF=90;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525705;STB=0.503759;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00034729;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:159:1:1:156:158:0.993711:66:90:1:0:66:92:0:1 chr2 241973223 . C T 380.52 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0128053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4586;QD=22.7177;RBI=0.0150731;REFB=-0.040386;REVB=0.0079512;RO=27;SAF=23;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819846;STB=0.538202;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0751054;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:16:23:13:14:16:23:14:14 chr2 241979550 . T C 1105.92 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.982;QD=59.7794;RBI=0.0469012;REFB=0;REVB=0.0373184;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38991e-05;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chr2 241991875 . G A 908.22 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0696252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.31;QD=55.0435;RBI=0.0746421;REFB=-0.113402;REVB=0.0269031;RO=1;SAF=44;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106134;STB=0.505375;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000875178;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:63:65:0.984848:19:44:1:0:19:46:1:0 chr2 242002306 . G A 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.000239582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9062;QD=19.0564;RBI=0.033679;REFB=-0.0393568;REVB=0.0336781;RO=20;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969548;STB=0.555492;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0383426;OID=.;OPOS=242002306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:17:2:3:17:17:2:3:17 chr2 242003487 . C T 4182.25 PASS AF=1;AO=255;DP=258;FAO=283;FDP=283;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112522;FXX=0.003521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2394;QD=59.1131;RBI=0.124106;REFB=-0.0402425;REVB=0.0523559;RO=1;SAF=139;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00733961;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:258:283:1:0:255:283:1:116:139:1:0:131:152:0:0 chr2 242003488 . G T 74.92 PASS AF=0.0880282;AO=25;DP=284;FAO=25;FDP=284;FR=.;FRO=259;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=140;FSRR=119;FWDB=0.0264518;FXX=0.00350865;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3082;QD=1.05525;RBI=0.0269332;REFB=-0.020163;REVB=-0.0050694;RO=258;SAF=12;SAR=13;SRF=140;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073807;STB=0.555013;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.017969;OID=.;OPOS=242003488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:284:284:258:259:25:25:0.0880282:13:12:140:118:13:12:140:119 chr2 242004866 . A G 1396.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.909;QD=62.7594;RBI=0.0113299;REFB=0;REVB=0.0083327;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86083e-05;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr2 242011084 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0965048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.162;QD=17.2298;RBI=0.0967501;REFB=-0.0348331;REVB=0.00688497;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0151336;OID=.;OPOS=242011084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:0:6:6:2:0:6 chr2 242011330 . C A 549.98 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0122852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.62;QD=20.754;RBI=0.0288514;REFB=-0.0110861;REVB=0.0261051;RO=49;SAF=24;SAR=32;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145282;STB=0.58307;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00954028;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:50:56:56:0.528302:32:24:13:36:32:24:13:37 chr2 242021742 . G T 718.58 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=169;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.0360837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.799;QD=16.9078;RBI=0.039947;REFB=-0.0144059;REVB=-0.0171385;RO=90;SAF=44;SAR=33;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102203;STB=0.548211;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0168791;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:90:93:77:77:0.452941:33:44:42:48:33:44:45:48 chr2 242028762 . T C 178.86 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00409334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.669;QD=14.9053;RBI=0.00437325;REFB=-0.00304667;REVB=0.00153946;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185438;STB=0.618925;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0069085;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:18:19:0.395833:8:10:11:18:8:11:11:18 chr2 242046785 . A C 212.48 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0257496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.293;QD=10.2402;RBI=0.0258533;REFB=-0.0131834;REVB=-0.00231335;RO=56;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608461;STB=0.535493;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0283763;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:12:15:34:22:12:15:34:22 chr2 242051777 . G A 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0059719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.609;QD=22.5296;RBI=0.0170491;REFB=-0.0247905;REVB=-0.015969;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824198;STB=0.545432;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0210879;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:16:24:16:16:16:24:16:16 chr2 242054403 . G A 631.12 PASS AF=0.474453;AO=64;DP=139;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.0101496;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.728;QD=18.427;RBI=0.010579;REFB=-0.0213661;REVB=0.00298331;RO=72;SAF=31;SAR=33;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186893;STB=0.606164;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0224597;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:72:72:64:65:0.474453:33:31:49:23:34:31:49:23 chr2 242066156 . C T 153.69 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00375374;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.3265;QD=14.9937;RBI=0.0401783;REFB=-0.0132289;REVB=-0.0400026;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39344;STB=0.735109;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0138082;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:7:16:5:12:7:17 chr2 242066314 . T C 264.53 PASS AF=0.520833;AO=22;DP=45;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0263568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.431;QD=22.0438;RBI=0.0268245;REFB=-0.00825241;REVB=0.00498693;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297137;STB=0.683551;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0169942;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:23:23:22:25:0.520833:4:18:13:10:4:21:13:10 chr2 242066789 . A G 324.42 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0247556;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7983;QD=11.797;RBI=0.0312212;REFB=-0.0112871;REVB=-0.0190243;RO=67;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137533;STB=0.569799;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0230681;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:67:70:40:40:0.363636:22:18:22:45:22:18:24:46 chr2 242075362 . G A 301.09 PASS AF=0.4;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00261392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0807;QD=14.169;RBI=0.0172717;REFB=0.00146638;REVB=0.0170728;RO=49;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108866;STB=0.547458;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00172309;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:51:34:34:0.4:18:16:18:31:18:16:20:31 chr2 242082262 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.241;QD=57.7081;RBI=0.0289414;REFB=0;REVB=0.0198545;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117129;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr2 242122391 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.457;QD=58.2387;RBI=0.0342885;REFB=0;REVB=-0.0328926;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35504e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr2 242122820 . G A 395.73 PASS AF=0.428571;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0570713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6232;QD=16.1523;RBI=0.0802241;REFB=-0.0157839;REVB=0.0563805;RO=56;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150551;STB=0.5897;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0239513;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:56:41:42:0.428571:16:25:26:30:16:26:26:30 chr2 242122844 . C T 409.0 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0384919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.859;QD=15.5807;RBI=0.0400334;REFB=-0.0115618;REVB=0.0110023;RO=59;SAF=29;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159498;STB=0.589541;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0164269;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:59:46:46:0.438095:17:29:28:31:17:29:28:31 chr2 242129515 . G A 1258.9 PASS AF=0.445946;AO=131;DP=297;FAO=132;FDP=296;FR=.;FRO=164;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=74;FSRR=90;FWDB=0.0194422;FXX=0.0100331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=17.0121;RBI=0.019513;REFB=-0.0216181;REVB=-0.00166083;RO=160;SAF=68;SAR=63;SRF=75;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049961;STB=0.539552;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0206399;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:296:160:164:131:132:0.445946:63:68:75:85:63:69:74:90 chr2 242168976 . T C 1573.91 PASS AF=0.972973;AO=106;DP=113;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0330335;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.029;QD=56.7174;RBI=0.0332525;REFB=-0.0395807;REVB=-0.00381007;RO=4;SAF=73;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494006;STB=0.509932;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000130706;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:111:4:3:106:108:0.972973:33:73:3:1:34:74:3:0 chr2 242203916 . A C 1493.85 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550512;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.856;QD=59.7539;RBI=0.0326779;REFB=0;REVB=0.0322108;RO=0;SAF=66;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48084e-06;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:32:66:0:0:34:66:0:0 chr2 242291371 . CTTTTTTCT CTTTTTCT,CTTTTTCTA 98.99 PASS AF=0.941176,0;AO=9,2;DP=17;FAO=16,0;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=7.44682e-06,0.0727715;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=9.47229,10.0385;QD=23.2911;RBI=0.172484,0.181721;REFB=-0.0250363,-0.0113389;REVB=0.172484,-0.166514;RO=2;SAF=8,0;SAR=1,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.4,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241727,-0.639851;STB=0.529375,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0321813,0;OID=.,.;OPOS=242291372,242291377;OREF=T,TCT;OALT=-,CTA;OMAPALT=CTTTTTCT,CTTTTTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176,0:9,2:17:16,0:17:1:8,0:8,0:1:0:4:2:8,0:1,2:1:1 chr2 242572846 . A G 954.85 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.724;QD=58.76;RBI=0.0344189;REFB=0;REVB=0.0291727;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55213e-05;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:27:38:0:0 chr2 242573211 . T C 268.5 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.746;QD=51.1423;RBI=0.0277564;REFB=0;REVB=0.0148089;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759328;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr2 242606036 . G C 449.69 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0272624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4987;QD=18.9343;RBI=0.0608384;REFB=0.00185009;REVB=-0.0543881;RO=50;SAF=25;SAR=20;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121246;STB=0.567279;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.003228;OID=.;OPOS=242606036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:20:25:34:16:20:25:34:16 chr2 242610773 . T A 2160.83 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473756;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.405;QD=62.6328;RBI=0.0619292;REFB=0;REVB=0.0398845;RO=1;SAF=88;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147279;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:139:138:1:0:137:138:1:49:88:1:0:49:89:0:0 chr2 242611934 . T C 553.41 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0417521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.551;QD=22.1363;RBI=0.0423154;REFB=-0.0165081;REVB=-0.00688154;RO=44;SAF=17;SAR=35;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983249;STB=0.531238;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0214234;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:48:52:52:0.52:35:17:10:34:35:17:13:35 chr2 242613089 . A G 757.41 PASS AF=0.5;AO=78;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.0462757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.627;QD=19.4207;RBI=0.0464095;REFB=-0.0198607;REVB=0.0035209;RO=78;SAF=36;SAR=42;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466479;STB=0.525685;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0128914;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:78:78:78:78:0.5:42:36:40:38:42:36:40:38 chr2 242613133 . T G 664.02 PASS AF=0.485507;AO=65;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00165598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.797;QD=19.247;RBI=0.00543906;REFB=-0.026727;REVB=0.00518084;RO=70;SAF=28;SAR=37;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078773;STB=0.546396;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.030803;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:70:71:65:67:0.485507:37:28:36:34:39:28:36:35 chr2 242618050 . A G 400.75 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0186569;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.975;QD=15.563;RBI=0.0188387;REFB=-0.00831207;REVB=0.0026108;RO=57;SAF=26;SAR=19;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206605;STB=0.610541;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00438118;OID=.;OPOS=242618050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:57:58:45:45:0.436893:19:26:21:36:19:26:22:36 chr2 242674803 . G A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00286974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.644;QD=14.9203;RBI=0.014615;REFB=-0.025711;REVB=-0.0143305;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087456;STB=0.549465;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0260732;OID=.;OPOS=242674803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:23:14:13:15:23:14 chr2 242680430 . A G 162.69 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0265735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.081;QD=10.8463;RBI=0.0267636;REFB=-0.0127906;REVB=0.00318378;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843123;STB=0.540374;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0230855;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:11:10:21:17:11:10:21:18 chr2 242684132 . C T 865.0 PASS AF=0.551724;AO=80;DP=145;FAO=80;FDP=145;FR=.;FRO=65;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.00953042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.698;QD=23.862;RBI=0.0215792;REFB=-0.0233606;REVB=0.0193606;RO=65;SAF=58;SAR=22;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631213;STB=0.534553;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0210222;OID=.;OPOS=242684132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:65:65:80:80:0.551724:22:58:43:22:22:58:43:22 chr2 242716380 . A T 190.42 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00633709;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8577;QD=20.0443;RBI=0.0520308;REFB=-0.0133728;REVB=-0.0516435;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.511241;STB=0.796494;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0238919;OID=.;OPOS=242716380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:2:17:9:10:2:17:9:10 chr2 242758048 . T C,TC 39.07 PASS AF=0,0.135802;AO=3,14;DP=81;FAO=0,11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=0,8;FSAR=0,3;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.112686,-0.110352;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=133.57,116.832;QD=1.92926;RBI=0.113443,0.110569;REFB=0.00291904,-0.00122873;REVB=-0.0130882,-0.00691982;RO=64;SAF=3,10;SAR=0,4;SRF=31;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.434307,0.292895;STB=0.5,0.691229;STBP=1,0.216;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0478688;OID=.,.;OPOS=242758048,242758049;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:81:81:64:70:3,14:0,11:0,0.135802:0,4:3,10:31:33:0,3:0,8:36:34 chr2 242758179 . C T 602.51 PASS AF=0.446809;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=141;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0150018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.377;QD=17.0926;RBI=0.0299985;REFB=-0.018111;REVB=0.025978;RO=78;SAF=45;SAR=18;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218167;STB=0.622181;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0170159;OID=.;OPOS=242758179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:78:78:63:63:0.446809:18:45:40:38:18:45:40:38 chr2 242758203 . T C 547.18 PASS AF=0.441176;AO=47;DP=123;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00114991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.957;QD=16.0936;RBI=0.0162564;REFB=-0.0233744;REVB=0.0162157;RO=73;SAF=42;SAR=5;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530168;STB=0.617574;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0130409;OID=.;OPOS=242758203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:136:73:76:47:60:0.441176:5:42:38:35:17:43:40:36 chr2 242758326 . G A 329.98 PASS AF=0.487805;AO=30;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0590776;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.909;QD=16.0967;RBI=0.0598594;REFB=-0.0278065;REVB=0.00964266;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118057;STB=0.523885;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.023739;OID=.;OPOS=242758326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:42:30:40:0.487805:19:11:17:18:19:21:24:18 chr2 242813124 . T C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.373;QD=58.4169;RBI=0.0761871;REFB=0;REVB=0.0733941;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256356;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr2 242814027 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0138997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.762;QD=14.3349;RBI=0.0220864;REFB=-0.0130402;REVB=0.0171641;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252251;STB=0.643769;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.014025;OID=.;OPOS=242814027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:5:21:10:7:5:21 chr2 242814283 . C T 473.31 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0254389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7686;QD=18.9324;RBI=0.0603053;REFB=0.00679176;REVB=0.0546771;RO=53;SAF=31;SAR=16;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021013;STB=0.51169;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0066024;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:16:31:36:17:16:31:36:17 chr2 242814360 . T C 664.43 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.021426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7369;QD=22.3338;RBI=0.0244251;REFB=-0.0793951;REVB=-0.0117266;RO=54;SAF=41;SAR=24;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155263;STB=0.5085;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0617704;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:65:65:0.546218:24:41:35:19:24:41:35:19 chr2 242814463 . A T 741.19 PASS AF=0.496552;AO=70;DP=148;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0325989;FXX=0.0333311;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5692;QD=20.4466;RBI=0.0327428;REFB=-0.0147142;REVB=0.00306621;RO=73;SAF=51;SAR=19;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496101;STB=0.532145;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0156949;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:145:73:73:70:72:0.496552:19:51:50:23:19:53:50:23 chr2 242815059 . C T 651.3 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.00346263;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.727;QD=18.7424;RBI=0.0366182;REFB=-0.00223006;REVB=0.0364542;RO=70;SAF=31;SAR=35;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226071;STB=0.611882;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00240172;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:73:66:66:0.47482:35:31:50:20:35:31:50:23 chr2 242839363 . G C 377.66 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0563361;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6846;QD=13.9875;RBI=0.0597495;REFB=-0.0050967;REVB=0.0199058;RO=64;SAF=18;SAR=26;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160895;STB=0.590868;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00670484;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:26:18:36:28:26:18:36:28 chr3 361508 . C T 243.35 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0601923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6241;QD=12.8078;RBI=0.085269;REFB=-0.0359226;REVB=-0.0603961;RO=46;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419814;STB=0.734369;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0339375;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:8:21:15:31:8:21:16:31 chr3 391100 . A G 1432.09 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0213928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.209;QD=55.0804;RBI=0.0308579;REFB=-0.0833786;REVB=0.0222387;RO=2;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429442;STB=0.514455;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000303207;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:2:4:100:100:0.961538:61:39:1:1:61:39:3:1 chr3 439963 . A G 1269.24 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00333015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3987;QD=60.4402;RBI=0.00450069;REFB=-0.154268;REVB=0.0030276;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00156157;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:40:43:0:0:40:43:1:0 chr3 440028 . T C 930.12 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.689;QD=58.1323;RBI=0.0308635;REFB=0;REVB=0.0215464;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70925e-06;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr3 450391 . T C 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.947;QD=62.9759;RBI=0.0225178;REFB=0;REVB=6.55914e-05;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105039;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr3 450534 . T C 1375.75 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0387912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8281;QD=57.3231;RBI=0.0594996;REFB=-0.0285983;REVB=0.0451159;RO=4;SAF=61;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015272;STB=0.504131;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00587648;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:96:96:4:5:91:91:0.947917:30:61:2:2:30:61:3:2 chr3 1107455 . T C 725.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.676;QD=63.0472;RBI=0.00429528;REFB=0;REVB=0.00267452;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30734e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:23:21:0:0:25:21:0:0 chr3 1107550 . A T 86.83 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0801104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3932;QD=12.8632;RBI=0.0801223;REFB=0.00973659;REVB=-0.00138393;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146881;STB=0.586057;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0166693;OID=.;OPOS=1107550;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:5:11:6:5:5:11 chr3 1262474 . T C 444.72 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0145568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.225;QD=16.4711;RBI=0.0170889;REFB=0.00061054;REVB=0.00895148;RO=59;SAF=21;SAR=28;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12792;STB=0.571399;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00069362;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:28:21:33:26:28:21:33:26 chr3 1424850 . T G 1958.74 PASS AF=0.977444;AO=122;DP=125;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00879903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.605;QD=58.9095;RBI=0.0245271;REFB=-0.04467;REVB=0.0228944;RO=2;SAF=71;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257948;STB=0.505823;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000157641;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:133:2:3:122:130:0.977444:51:71:1:1:54:76:1:2 chr3 3067791 . A G 432.9 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00424109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.794;QD=16.1832;RBI=0.0389064;REFB=-0.00143208;REVB=0.0386745;RO=59;SAF=19;SAR=29;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112523;STB=0.50629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00154958;OID=.;OPOS=3067791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:29:19:24:35:29:19:24:35 chr3 3081750 . A T 2500.63 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=166;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=97;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000314276;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1364;QD=60.9909;RBI=0.00852291;REFB=-0.0286561;REVB=-0.00851711;RO=0;SAF=97;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29745e-08;STB=0.502564;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-7.42054e-06;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:164:0:1:163:163:0.993902:66:97:0:0:66:97:1:0 chr3 3081825 . T C 2653.48 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136036;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.734;QD=62.0696;RBI=0.0669248;REFB=0;REVB=0.0655276;RO=0;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97123e-05;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:169:171:1:69:100:0:0:71:100:0:0 chr3 3098041 . G C 1567.9 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.523;QD=63.996;RBI=0.0179848;REFB=0;REVB=-0.0179422;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10192e-05;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:45:53:0:0:45:53:0:0 chr3 3099460 . T C 317.92 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0593861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.107;QD=15.5084;RBI=0.0599451;REFB=-0.00990175;REVB=0.00816749;RO=46;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294457;STB=0.522334;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0132196;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:17:18:25:21:17:18:26:21 chr3 3115478 . T C 989.2 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.992;QD=59.0565;RBI=0.0398247;REFB=0;REVB=-0.00190186;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43266e-05;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:26:41:0:0 chr3 3115482 . T A 226.53 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0178236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.931;QD=13.7289;RBI=0.0189099;REFB=-0.00502484;REVB=0.00631714;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26649;STB=0.638391;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00654128;OID=.;OPOS=3115482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:14:12:28:11:14:13:28:11 chr3 3115514 . C A 802.74 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.74;QD=64.2195;RBI=0.0218531;REFB=0;REVB=0.0216442;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40079e-05;OID=.;OPOS=3115514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:20:30:0:0 chr3 3139957 . T C 210.69 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00936671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.679;QD=19.1536;RBI=0.0094343;REFB=0.00175883;REVB=0.00112724;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163228;STB=0.591754;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0021128;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:6:17:12:9:6:17 chr3 3170792 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2439;QD=59.6792;RBI=0.0239252;REFB=0;REVB=0.0195936;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79898e-05;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr3 3189279 . A G 281.46 PASS AF=0.438356;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00315928;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.023;QD=15.4224;RBI=0.0220637;REFB=-0.0116533;REVB=-0.0218363;RO=41;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345406;STB=0.698135;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0281986;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:41:31:32:0.438356:20:11:29:12:21:11:29:12 chr3 3197918 . A G 212.21 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0219447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.384;QD=12.3019;RBI=0.021951;REFB=-0.0323423;REVB=-0.00052595;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258706;STB=0.637583;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0317857;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:13:13:31:11:13:13:31:12 chr3 3886580 . A G 1362.14 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139843;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.335;QD=60.5397;RBI=0.0305902;REFB=0.0937844;REVB=0.0272066;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116984;STB=0.505881;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-4.39855e-05;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:40:47:0:1:42:47:0:1 chr3 3886721 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.038837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.843;QD=20.8931;RBI=0.0483354;REFB=-0.036043;REVB=0.0287751;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176021;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00766942;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:5:5:4:1:5:5:4:2 chr3 3886847 . G C 57.6 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0432364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7244;QD=6.7759;RBI=0.0589368;REFB=-0.0264717;REVB=-0.0400519;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332289;STB=0.668445;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0450875;OID=.;OPOS=3886847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:34:34:24:25:8:9:0.264706:3:5:8:16:4:5:8:17 chr3 3886919 . C T 312.87 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.032142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.67;QD=14.3849;RBI=0.0503153;REFB=-0.00846553;REVB=-0.0387108;RO=52;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281748;STB=0.660309;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0147837;OID=.;OPOS=3886919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:11:24:22:30:11:24:22:30 chr3 3887876 . T C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00289598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.961;QD=13.5051;RBI=0.00500441;REFB=-0.00375107;REVB=0.00408135;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184269;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0122672;OID=.;OPOS=3887876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:6:6:11:5:6:6:12:5 chr3 3889222 . G T 256.14 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.926;QD=51.2287;RBI=0.0269868;REFB=0;REVB=0.0176903;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144353;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:5:15:0:0 chr3 4403837 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0257463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.728;QD=18.6413;RBI=0.0325991;REFB=-0.00216931;REVB=-0.0199957;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092369;STB=0.551958;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0020052;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:13:13:10:15:13:13 chr3 4712413 . G A 335.52 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00338599;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.066;QD=21.6463;RBI=0.0179056;REFB=-0.0228704;REVB=0.0175825;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325901;STB=0.526753;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0156221;OID=.;OPOS=4712413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:27:28:34:34:0.548387:15:19:14:13:15:19:14:14 chr3 4716811 . A C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=0.00442402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.997;QD=14.473;RBI=0.00450223;REFB=0.00788282;REVB=0.000835498;RO=41;SAF=13;SAR=17;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345491;STB=0.685372;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00713578;OID=.;OPOS=4716811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:17:13:32:9:17:13:32:10 chr3 4738837 . A G 306.37 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00302318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.842;QD=27.2328;RBI=0.0179914;REFB=-0.0190237;REVB=0.0177356;RO=16;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655154;STB=0.550526;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0206184;OID=.;OPOS=4738837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:7:20:13:3:7:20:15:3 chr3 4767262 . T C 396.97 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0218214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.354;QD=14.1774;RBI=0.0218337;REFB=-0.0116246;REVB=0.000732671;RO=66;SAF=18;SAR=27;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2902;STB=0.654481;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0114031;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:45:46:0.410714:27:18:45:21:27:19:45:21 chr3 4817057 . T C 1047.59 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339602;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.747;QD=59.8622;RBI=0.0424141;REFB=0;REVB=0.0254097;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010191;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr3 4842231 . C T 701.45 PASS AF=0.439306;AO=77;DP=174;FAO=76;FDP=173;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0104873;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.622;QD=16.2184;RBI=0.0118224;REFB=-0.00183527;REVB=-0.00545763;RO=97;SAF=44;SAR=33;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669948;STB=0.541861;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00365026;OID=.;OPOS=4842231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:97:97:77:76:0.439306:33:44:49:48:32:44:49:48 chr3 4856180 . T C 1358.34 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9518;QD=62.4525;RBI=0.0513745;REFB=0;REVB=0.0477191;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334576;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr3 4856234 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.832;QD=64.1031;RBI=0.0165617;REFB=0;REVB=0.003531;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1648e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:21:24:0:0:21:29:0:0 chr3 4920353 . A AC 136.11 PASS AF=0.509804;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00434146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.6017;QD=10.6749;RBI=0.0326379;REFB=0.00164739;REVB=-0.0323479;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214666;STB=0.50793;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.010384;OID=.;OPOS=4920354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:22:51:26:51:25:10:16:10:15:99:26:8:14:10:16 chr3 5241309 . C A 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00589063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.317;QD=55.6068;RBI=0.0241459;REFB=-0.0724808;REVB=0.0234163;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000281474;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:0:1:25:33:0:1 chr3 5244678 . G A 682.51 PASS AF=0.49635;AO=67;DP=136;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00138315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.571;QD=19.9274;RBI=0.00844746;REFB=-0.00684245;REVB=-0.00833346;RO=69;SAF=39;SAR=28;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697283;STB=0.541472;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0062686;OID=.;OPOS=5244678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:69:69:67:68:0.49635:28:39:35:34:28:40:35:34 chr3 6828364 . A G 89.78 PASS AF=0.292683;AO=9;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=0.0499011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8934;QD=8.75939;RBI=0.0512815;REFB=0.0300372;REVB=-0.0118185;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410712;STB=0.755782;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0269271;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:41:21:29:9:12:0.292683:5:4:17:4:6:6:25:4 chr3 6903297 . C T 981.44 PASS AF=0.481132;AO=100;DP=215;FAO=102;FDP=212;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.0543956;FXX=0.0139528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.153;QD=18.5177;RBI=0.0545447;REFB=-0.0172468;REVB=0.00402965;RO=110;SAF=45;SAR=55;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648934;STB=0.540126;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00993875;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:212:110:110:100:102:0.481132:55:45:57:53:57:45:57:53 chr3 7603194 . C T 422.01 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=126;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0137825;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.719;QD=13.3971;RBI=0.0275839;REFB=-0.0116037;REVB=-0.0238938;RO=75;SAF=28;SAR=21;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313586;STB=0.524466;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0175008;OID=.;OPOS=7603194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:75:77:49:49:0.388889:21:28:45:30:21:28:47:30 chr3 7620151 . G A 222.8 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0509201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9946;QD=14.1457;RBI=0.0637379;REFB=-0.0861745;REVB=0.0383362;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100515;STB=0.565992;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0750928;OID=.;OPOS=7620151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:34:35:24:28:0.444444:10:14:23:11:12:16:24:11 chr3 7620789 . T C 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0125549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.125;QD=17.4896;RBI=0.0127263;REFB=-0.0400763;REVB=0.00208155;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941356;STB=0.552788;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0381045;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:13:17:13:15:13:17 chr3 8556671 . T G 593.89 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.000628913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.293;QD=15.5265;RBI=0.00267514;REFB=0.00490679;REVB=-0.00260016;RO=87;SAF=28;SAR=38;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231771;STB=0.629101;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0078698;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:38:28:57:30:38:28:57:30 chr3 8676204 . A G 1320.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.998;QD=62.1472;RBI=0.0763112;REFB=0;REVB=0.0691742;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184119;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:28:57:0:0:28:57:0:0 chr3 8701430 . T C 98.46 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0119978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.55;QD=14.0653;RBI=0.0857777;REFB=-0.034811;REVB=0.0849345;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122388;STB=0.571312;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0514472;OID=.;OPOS=8701430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:10:6:6:6:10:6 chr3 8705555 . T C 263.15 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0262385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.113;QD=19.4923;RBI=0.0268487;REFB=-0.02151;REVB=0.00569183;RO=26;SAF=21;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277954;STB=0.656131;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00892268;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:7:21:12:14:7:21:12:14 chr3 8775661 . C T 171.32 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0100865;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.658;QD=12.4597;RBI=0.0142609;REFB=-0.0198666;REVB=-0.0100815;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190928;STB=0.610329;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.040761;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:34:21:21:0.381818:13:8:18:14:13:8:19:15 chr3 8787220 . T C 229.19 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00520747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.9979;QD=14.104;RBI=0.046801;REFB=-0.00620703;REVB=0.0465104;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126676;STB=0.57267;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00612232;OID=.;OPOS=8787220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:6:21:26:12:6:21:26:12 chr3 8809703 . G A 1843.48 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204636;FXX=0.0314936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.647;QD=59.9504;RBI=0.0498598;REFB=0;REVB=0.045467;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948326;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:116:123:1:55:61:0:0:56:67:0:0 chr3 8954067 . CA C 33.5 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.153417;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.32387;QD=6.0906;RBI=0.167375;REFB=-0.0436645;REVB=0.0669143;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.0823686;OID=.;OPOS=8954068;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:8:22:9:22:13:6:3:8:5:33:11:5:3:8:3 chr3 9026818 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000591834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.395;QD=57.5451;RBI=0.0529743;REFB=0;REVB=0.052971;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152598;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr3 9091151 . C G 289.44 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00457272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.884;QD=13.949;RBI=0.0181133;REFB=-0.0125026;REVB=-0.0175266;RO=48;SAF=11;SAR=21;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19209;STB=0.596353;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0148942;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:50:32:33:0.39759:21:11:25:23:21:12:26:24 chr3 9122948 . A G 1467.04 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.334;QD=62.4271;RBI=0.0497259;REFB=0;REVB=0.0249729;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195077;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:41:51:0:0:42:52:0:0 chr3 9438487 . G A 847.69 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.752;QD=57.4702;RBI=0.0436686;REFB=0;REVB=0.0433266;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246678;OID=.;OPOS=9438487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:14:44:0:0:15:44:0:0 chr3 9757722 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0286896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.549;QD=19.646;RBI=0.0329438;REFB=-0.0303556;REVB=-0.0161925;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0171449;OID=.;OPOS=9757722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr3 9768336 . C G 416.16 PASS AF=0.427273;AO=46;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0135084;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.891;QD=15.1333;RBI=0.0231831;REFB=-0.0143198;REVB=-0.0188409;RO=63;SAF=34;SAR=12;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128397;STB=0.5599;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0329227;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:63:63:46:47:0.427273:12:34:40:23:13:34:40:23 chr3 9781169 . C T 391.87 PASS AF=0.450549;AO=38;DP=88;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00977906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.713;QD=17.2252;RBI=0.00978848;REFB=-0.0302273;REVB=-0.000429362;RO=49;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581368;STB=0.526686;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0387949;OID=.;OPOS=9781169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:50:38:41:0.450549:12:26:31:18:13:28:32:18 chr3 9784853 . GAAAAAAT GAAAAA,GAAAAAT,GAAAAATG 45.12 PASS AF=0,0.270833,0.0625;AO=6,9,3;DP=49;FAO=0,13,3;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=0,10,3;FSAR=0,3,0;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0729529,-0.0761131,0.0854532;FXX=0.020404;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=68.4177,9.253,18.8;QD=3.75998;RBI=0.120821,0.139296,0.0859155;REFB=-0.00369735,-0.0873705,-0.0754836;REVB=0.0963102,0.116662,-0.00890147;RO=24;SAF=6,6,3;SAR=0,3,0;SRF=18;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.409091,0.409091,0;SSSB=0.636354,-0.115465,0.4907;STB=0.5,0.547868,0.995084;STBP=1,0.731,0.187;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0675044,0.0597956,0.0110738;OID=.,.,.;OPOS=9784859,9784854,9784859;OREF=AT,A,AT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAT,GAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.270833,0.0625:6,9,3:49:0,13,3:48:32:0,10,3:0,3,0:23:9:31:24:6,6,3:0,3,0:18:6 chr3 9798773 . C G 765.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.135;QD=63.8142;RBI=0.0199475;REFB=0;REVB=0.0188607;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6914e-05;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:11:37:0:0:11:37:0:0 chr3 9870869 . C T 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00370572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.493;QD=10.8099;RBI=0.00426299;REFB=-0.0072157;REVB=-0.0021073;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113238;STB=0.565892;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0113018;OID=.;OPOS=9870869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:7:12:26:10:7:12:26:10 chr3 9896259 . T A 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.093;QD=46.8388;RBI=0.0450047;REFB=0;REVB=0.0103801;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564933;OID=.;OPOS=9896259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 9908749 . G C 1470.9 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00942764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3654;QD=58.2533;RBI=0.0642512;REFB=-0.113944;REVB=0.0635558;RO=1;SAF=68;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014592;STB=0.507691;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00170177;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:100:100:0.990099:32:68:0:1:32:68:0:1 chr3 9934605 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.191;QD=63.2842;RBI=0.07401;REFB=0;REVB=0.0737225;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162584;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 9970031 . A G 198.55 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2117;QD=44.1223;RBI=0.0583344;REFB=-0.00630034;REVB=0.0559231;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0011668;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr3 9975247 . C G 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.25;QD=42.2421;RBI=0.0557319;REFB=0;REVB=0.0539469;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193487;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:1:9:0:0:1:10:0:0 chr3 9976159 . A C,G 1054.74 PASS AF=0.0694444,0.930556;AO=4,67;DP=71;FAO=5,67;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=5,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338273,0.0211352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.2132,94.0419;QD=58.5964;RBI=0.0345762,0.0211618;REFB=0,0;REVB=-0.00715737,-0.00106086;RO=0;SAF=0,36;SAR=4,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0807764,-0.00292984;OID=.,.;OPOS=9976159,9976159;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:71:72:0:0:4,67:5,67:0.0694444,0.930556:4,31:0,36:0:0:5,31:0,36:0:0 chr3 9979713 . C G 201.96 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00476329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.0446;QD=15.2422;RBI=0.0122753;REFB=-0.00905156;REVB=0.0113134;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880988;STB=0.52468;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0111942;OID=.;OPOS=9979713;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:30:23:23:0.433962:14:9:13:14:14:9:13:17 chr3 9991388 . G C 2307.4 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1426;QD=61.1232;RBI=0.0110436;REFB=0;REVB=-0.00316434;RO=0;SAF=72;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70733e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73531e-05;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:79:72:0:0:79:72:0:0 chr3 10088266 . G T 136.06 PASS AF=0.25641;AO=19;DP=77;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00773756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.272;QD=6.97744;RBI=0.0109443;REFB=-0.00853004;REVB=0.00773998;RO=58;SAF=4;SAR=15;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416344;STB=0.719773;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0280846;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:58:58:19:20:0.25641:15:4:31:27:15:5:31:27 chr3 10088299 . C T 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0282902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.112;QD=7.9454;RBI=0.0300497;REFB=0.000891599;REVB=0.0101316;RO=53;SAF=5;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383378;STB=0.726077;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00145356;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:54:21:21:0.28:16:5:29:24:16:5:29:25 chr3 10088308 . T C 152.68 PASS AF=0.295775;AO=19;DP=68;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0218319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.874;QD=8.60177;RBI=0.0218771;REFB=0.000725668;REVB=-0.00140628;RO=49;SAF=4;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42583;STB=0.735144;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00153596;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:49:50:19:21:0.295775:15:4:27:22:16:5:28:22 chr3 10088343 . A G 152.82 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0272951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0712;QD=11.9861;RBI=0.0301783;REFB=0.00561288;REVB=0.0128727;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325158;STB=0.692837;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0205248;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:14:4:16:17:14:4:16:17 chr3 10088404 . C T 59.52 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00733115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.063;QD=10.3514;RBI=0.0402672;REFB=-0.0430113;REVB=0.0395942;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547961;STB=0.83635;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0598329;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:8:6:8:1:8:6 chr3 10089723 . G A 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0598918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.352;QD=9.99331;RBI=0.0615611;REFB=-0.0080814;REVB=-0.0142389;RO=36;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412849;STB=0.743316;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00947684;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:12:5:24:12:12:5:24:12 chr3 10089738 . A G 130.93 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0385785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.527;QD=10.2691;RBI=0.0406518;REFB=0.00408608;REVB=0.0128169;RO=35;SAF=3;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521023;STB=0.7711;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00411512;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:15:16:0.313725:12:3:23:12:12:4:23:12 chr3 10183274 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3723;QD=46.8479;RBI=0.0516487;REFB=0;REVB=0.0313795;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370776;OID=.;OPOS=10183274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 10188326 . G GT 33.53 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.0293261;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=42.1917;QD=2.23508;RBI=0.0387694;REFB=-0.0258563;REVB=-0.0253583;RO=49;SAF=1;SAR=12;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.726108;STB=0.891384;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.190102;OID=.;OPOS=10188327;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667:13:62:13:60:47:2:11:34:13:33:49:1:12:36:13 chr3 10276163 . T A 1537.0 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.641;QD=62.7345;RBI=0.0245683;REFB=0;REVB=0.017265;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512762;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:52:42:0:0:54:44:0:0 chr3 10302045 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.05539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.057;QD=11.3692;RBI=0.0600197;REFB=0.00384802;REVB=-0.0231152;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47093;STB=0.810105;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0139597;OID=.;OPOS=10302045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:1:10:11:7:1:10:11:8 chr3 10302056 . A G 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0133171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9313;QD=10.1405;RBI=0.0135447;REFB=-0.0203846;REVB=-0.00247274;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186327;STB=0.510187;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0602114;OID=.;OPOS=10302056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:22:25:12:12:0.324324:4:8:15:7:4:8:17:8 chr3 10302172 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0726013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.777;QD=15.1661;RBI=0.0736215;REFB=-0.0297999;REVB=0.0122138;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.603639;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0155761;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:20:15:15:0.428571:8:7:11:7:8:7:13:7 chr3 10368948 . G A 422.68 PASS AF=0.335404;AO=54;DP=162;FAO=54;FDP=161;FR=.;FRO=107;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00269394;FXX=0.0122692;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.818;QD=10.5015;RBI=0.00298082;REFB=-0.00039344;REVB=0.00127592;RO=105;SAF=21;SAR=33;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135089;STB=0.578107;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000878755;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:105:107:54:54:0.335404:33:21:53:52:33:21:54:53 chr3 10379923 . C T 3240.5 PASS AF=0.99061;AO=211;DP=213;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=126;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0368953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.843;QD=60.8545;RBI=0.070053;REFB=-0.0921571;REVB=0.0595496;RO=0;SAF=126;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.90907e-08;STB=0.503937;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000182771;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:213:0:2:211:211:0.99061:85:126:0:0:85:126:2:0 chr3 10413601 . G A 675.39 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=152;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=0.0264958;FXX=0.0374977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4406;QD=17.5427;RBI=0.0325957;REFB=-0.0325974;REVB=0.0189856;RO=69;SAF=34;SAR=37;SRF=56;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29682;STB=0.604766;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0277109;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:69:83:71:71:0.461039:37:34:56:13:37:34:56:27 chr3 10413715 . G A 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.037455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.984;QD=23.7573;RBI=0.0404838;REFB=-0.00693431;REVB=0.0153644;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110699;STB=0.574266;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00437978;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:17:9:10:11:17:9:11:11 chr3 10420087 . T C 1438.75 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00205296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.951;QD=61.8816;RBI=0.039739;REFB=-0.0992774;REVB=0.0396859;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938747;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000198862;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:50:42:0:1:50:42:0:1 chr3 10885920 . T C 569.76 PASS AF=0.414013;AO=65;DP=157;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=37;FWDB=-0.0182479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.02;QD=14.5162;RBI=0.0254688;REFB=-0.00594054;REVB=-0.0177673;RO=92;SAF=43;SAR=22;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721753;STB=0.54058;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0088691;OID=.;OPOS=10885920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:92:92:65:65:0.414013:22:43:55:37:22:43:55:37 chr3 11302884 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0152607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.175;QD=12.4825;RBI=0.0218177;REFB=-0.00958682;REVB=-0.0155924;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0209088;OID=.;OPOS=11302884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:11:8:4:8:11:8 chr3 11302933 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.151;QD=56.953;RBI=0.0924226;REFB=0;REVB=0.0896386;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120651;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 11303874 . T C 1540.23 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.309;QD=59.8147;RBI=0.020079;REFB=0;REVB=-0.00788437;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59312e-05;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr3 11596348 . C T 248.29 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.0211051;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.142;QD=9.45853;RBI=0.0279784;REFB=-0.0118281;REVB=0.0183675;RO=61;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322392;STB=0.565333;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0130701;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:61:72:33:33:0.314286:15:18:35:26:15:18:46:26 chr3 11643465 . T C 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000567078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.309;QD=63.2734;RBI=0.0360098;REFB=0;REVB=0.0360053;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07981e-05;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr3 11734610 . A C 206.97 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8657;QD=48.6985;RBI=0.0908626;REFB=0;REVB=0.0844003;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134579;OID=.;OPOS=11734610;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 127.03 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00356589;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=4;MLLD=300.936;QD=15.398;RBI=0.0135604;REFB=-0.0228906;REVB=-0.0130832;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0191627;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:17:34:17:33:16:8:9:7:9:99:16:8:9:7:9 chr3 11880760 . T C 245.6 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0235298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.351;QD=23.9607;RBI=0.0235304;REFB=-0.000995041;REVB=0.000164073;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089494;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000938082;OID=.;OPOS=11880760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:22:23:0.560976:11:11:11:7:11:12:11:7 chr3 11887991 . C G 365.06 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0625212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.403;QD=13.6471;RBI=0.0626893;REFB=-0.0208164;REVB=-0.00458703;RO=64;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538973;STB=0.530474;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0348907;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:21:22:36:28:21:22:36:28 chr3 11994493 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0315289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.351;QD=19.1085;RBI=0.0403228;REFB=-0.019463;REVB=0.0251367;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265094;STB=0.651856;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0123725;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:5:1:5:4:5:1 chr3 12046076 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.334;QD=42.1821;RBI=0.0458986;REFB=0;REVB=0.0386113;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677304;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr3 12229015 . A G 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1407;QD=57.379;RBI=0.0313982;REFB=0;REVB=-0.0132947;RO=0;SAF=10;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05572e-05;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:47:10:0:0:47:10:0:0 chr3 12232074 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.209;QD=59.1423;RBI=0.013369;REFB=0;REVB=0.00649349;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04129e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr3 12475557 . C T 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0213104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.417;QD=23.0874;RBI=0.0216386;REFB=-0.00439515;REVB=-0.00375473;RO=18;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214046;STB=0.620667;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00491839;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:5:17:10:8:5:17:10:8 chr3 12552628 . A C 208.99 PASS AF=0.423729;AO=22;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0331915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.074;QD=14.1685;RBI=0.033598;REFB=-0.0192125;REVB=0.00521018;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791366;STB=0.516561;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0248808;OID=.;OPOS=12552628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:34:22:25:0.423729:11:11:19:14:11:14:20:14 chr3 12581734 . G C 440.71 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.0143977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.292;QD=19.587;RBI=0.0350227;REFB=-0.0141901;REVB=-0.0319264;RO=46;SAF=18;SAR=26;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259181;STB=0.643501;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.017713;OID=.;OPOS=12581734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:26:18:32:14:26:18:32:14 chr3 12598701 . C T 384.99 PASS AF=0.415929;AO=41;DP=108;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=0.0193574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.192;QD=13.6279;RBI=0.019543;REFB=-0.036639;REVB=0.00268684;RO=66;SAF=24;SAR=17;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110444;STB=0.540787;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.03515;OID=.;OPOS=12598701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:66:66:41:47:0.415929:17:24:45:21:18:29:45:21 chr3 12613866 . T C 286.18 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0304903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.598;QD=18.1704;RBI=0.0352222;REFB=-0.019419;REVB=-0.0176336;RO=32;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19901;STB=0.611576;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0211568;OID=.;OPOS=12613866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:10:21:15:17:10:21:15:17 chr3 12645007 . C T 55.85 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00716932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.528;QD=10.6374;RBI=0.0119346;REFB=-0.00624401;REVB=-0.00954123;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0128142;OID=.;OPOS=12645007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr3 12810755 . G C 730.02 PASS AF=0.427807;AO=78;DP=187;FAO=80;FDP=187;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=63;FWDB=-0.0561959;FXX=0.0105815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6796;QD=15.6153;RBI=0.0697757;REFB=-0.017575;REVB=-0.0413603;RO=104;SAF=30;SAR=48;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309159;STB=0.514198;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0188609;OID=.;OPOS=12810755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:104:107:78:80:0.427807:48:30:43:61:49:31:44:63 chr3 12838293 . G C 459.27 PASS AF=0.401515;AO=49;DP=129;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00831386;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.418;QD=13.9174;RBI=0.0159347;REFB=-0.0215113;REVB=-0.0135939;RO=80;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606779;STB=0.539636;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0289968;OID=.;OPOS=12838293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:80:79:49:53:0.401515:23:26:38:42:24:29:38:41 chr3 12851445 . T C 223.27 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0213418;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.624;QD=14.4046;RBI=0.0304078;REFB=0.00314545;REVB=0.0216602;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063253;STB=0.536054;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00700094;OID=.;OPOS=12851445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:20:16:10:16:20:16 chr3 12858028 . T C 902.7 PASS AF=0.486631;AO=89;DP=185;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0124835;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.428;QD=19.3092;RBI=0.017152;REFB=-0.0178865;REVB=0.0117624;RO=96;SAF=31;SAR=58;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196738;STB=0.605726;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0203813;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:96:96:89:91:0.486631:58:31:53:43:59:32:53:43 chr3 12875443 . G A 497.51 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.103223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7461;QD=26.5338;RBI=0.103617;REFB=0.00140617;REVB=0.00902076;RO=29;SAF=39;SAR=7;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707627;STB=0.538771;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00202874;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:7:39:23:6:7:39:23:6 chr3 12940868 . GC CG,GCG 70.44 PASS AF=0.1,0.183333;AO=6,12;DP=61;FAO=6,11;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=4,6;FSAR=2,5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0203164,-0.0198618;FXX=0;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=70.641,63.4504;QD=4.69573;RBI=0.0976817,0.128846;REFB=-0.0104592,-0.0110883;REVB=0.0955456,0.127306;RO=41;SAF=4,7;SAR=2,5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18391,0.087556;STB=0.61931,0.508459;STBP=0.598,0.956;TYPE=mnp,ins;VARB=0.112618,0.196078;OID=.,.;OPOS=12940868,12940870;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:61:60:41:43:6,12:6,11:0.1,0.183333:2,5:4,7:21:20:2,5:4,6:23:20 chr3 12940890 . TAGG T 208.53 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0250505;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.559;QD=13.6738;RBI=0.0337153;REFB=-0.0303825;REVB=-0.0225654;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264102;STB=0.632305;STBP=0.089;TYPE=del;VARB=0.0296384;OID=.;OPOS=12940891;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:24:64:25:61:36:9:16:21:15:99:34:8:16:20:14 chr3 12942408 . G A 680.57 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0448287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1475;QD=24.5249;RBI=0.0741313;REFB=-0.0338356;REVB=0.059041;RO=46;SAF=23;SAR=42;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484015;STB=0.526402;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.016884;OID=.;OPOS=12942408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:42:23:19:27:42:23:19:27 chr3 12962074 . G A 512.14 PASS AF=0.427481;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0265507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.229;QD=15.638;RBI=0.0268035;REFB=-0.0108581;REVB=-0.0036722;RO=73;SAF=37;SAR=18;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141918;STB=0.507766;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0138225;OID=.;OPOS=12962074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:73:75:55:56:0.427481:18:37:50:23:18:38:50:25 chr3 12977188 . C T 291.32 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0686038;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7318;QD=19.7503;RBI=0.0686234;REFB=-0.00171015;REVB=0.0016408;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256403;STB=0.626249;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00446923;OID=.;OPOS=12977188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:30:31:0.525424:22:8:15:13:22:9:15:13 chr3 13358204 . G A 590.7 PASS AF=0.55102;AO=50;DP=94;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0652274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6664;QD=24.1103;RBI=0.106965;REFB=-0.0205474;REVB=0.084776;RO=44;SAF=30;SAR=20;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115962;STB=0.556215;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0143506;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:44:44:50:54:0.55102:20:30:32:12:21:33:32:12 chr3 13358718 . GTTTTC GTTTC,GTTTCA 39.51 PASS AF=0.226415,0;AO=13,2;DP=54;FAO=12,0;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0576428,-0.0833052;FXX=0.036357;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.9788,28.719;QD=2.98172;RBI=0.177394,0.130484;REFB=-0.0592292,-0.00319878;REVB=-0.167768,-0.10043;RO=34;SAF=7,2;SAR=6,0;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.282771,0.34666;STB=0.581963,0.5;STBP=0.61,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0923443,0;OID=.,.;OPOS=13358719,13358722;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=GTTTC,GTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226415,0:13,2:54:12,0:53:41:8,0:4,0:31:10:39:34:7,2:6,0:26:8 chr3 13358816 . T A 193.69 PASS AF=0.375;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0598165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.291;QD=12.1054;RBI=0.0598248;REFB=-0.0130562;REVB=-0.000995232;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220779;STB=0.645961;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0125789;OID=.;OPOS=13358816;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:40:24:24:0.375:10:14:28:8:10:14:32:8 chr3 13361287 . C T 530.07 PASS AF=0.411348;AO=58;DP=141;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=23;FWDB=-0.00783347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.855;QD=15.0375;RBI=0.0213075;REFB=-0.0103215;REVB=0.0198153;RO=83;SAF=41;SAR=17;SRF=60;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204188;STB=0.511465;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0130504;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:83:83:58:58:0.411348:17:41:60:23:17:41:60:23 chr3 13361391 . A G 2105.65 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142604;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.147;QD=62.8553;RBI=0.0336434;REFB=0;REVB=0.0304716;RO=0;SAF=88;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2344e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:45:88:0:0:45:89:0:0 chr3 13364837 . G A 582.26 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00381193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.154;QD=19.0904;RBI=0.0207721;REFB=-0.0195078;REVB=-0.0204194;RO=62;SAF=32;SAR=28;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438374;STB=0.524221;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0161564;OID=.;OPOS=13364837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:28:32:36:26:28:32:36:26 chr3 13364876 . G T 491.88 PASS AF=0.469027;AO=54;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0226327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7174;QD=17.4118;RBI=0.102214;REFB=-0.0350375;REVB=0.0996765;RO=59;SAF=31;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141251;STB=0.570354;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.039875;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:54:53:0.469027:23:31:25:34:23:30:26:34 chr3 13367406 . C T 598.69 PASS AF=0.409639;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=166;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0286671;FXX=0.0119041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.56;QD=14.4264;RBI=0.0318785;REFB=-0.0213612;REVB=0.013944;RO=98;SAF=29;SAR=39;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565207;STB=0.531745;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0288785;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:98:98:68:68:0.409639:39:29:47:51:39:29:47:51 chr3 13368892 . G A 704.01 PASS AF=0.447059;AO=76;DP=170;FAO=76;FDP=170;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.00578281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.926;QD=16.5648;RBI=0.0162656;REFB=-0.0140543;REVB=0.0152029;RO=93;SAF=27;SAR=49;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045284;STB=0.529062;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0216276;OID=.;OPOS=13368892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:94:76:76:0.447059:49:27:37:56:49:27:38:56 chr3 13379400 . C T 252.54 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.065392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8834;QD=12.6272;RBI=0.0833988;REFB=0.00800106;REVB=0.0517614;RO=50;SAF=8;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167535;STB=0.596831;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0144582;OID=.;OPOS=13379400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:22:8:20:30:22:8:20:30 chr3 13383540 . A G 543.32 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00358896;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.248;QD=20.8968;RBI=0.0231178;REFB=-0.00705084;REVB=-0.0228376;RO=49;SAF=44;SAR=11;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172572;STB=0.595707;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00566591;OID=.;OPOS=13383540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:49:55:55:0.528846:11:44:32:17:11:44:32:17 chr3 13395475 . G C 349.95 PASS AF=0.305195;AO=47;DP=154;FAO=47;FDP=154;FR=.;FRO=107;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=-0.0100652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3354;QD=9.08949;RBI=0.0885156;REFB=-0.010035;REVB=0.0879415;RO=105;SAF=24;SAR=23;SRF=67;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152622;STB=0.580549;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0278703;OID=.;OPOS=13395475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:105:107:47:47:0.305195:23:24:67:38:23:24:67:40 chr3 13395579 . C A 164.71 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0117099;FXX=0.0520779;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7836;QD=7.2401;RBI=0.0289723;REFB=-0.00322757;REVB=-0.0265005;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190661;STB=0.594516;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0129981;OID=.;OPOS=13395579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:91:56:68:23:23:0.252747:11:12:38:18:11:12:44:24 chr3 13407556 . T C 442.94 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00628809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.556;QD=16.2547;RBI=0.010044;REFB=-0.0152879;REVB=0.00783214;RO=59;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11768;STB=0.560514;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0215477;OID=.;OPOS=13407556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:24:25:23:36:24:25:24:36 chr3 13421150 . C T 447.46 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0199217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.491;QD=16.2711;RBI=0.0212964;REFB=-0.0161875;REVB=-0.0075277;RO=58;SAF=26;SAR=23;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113141;STB=0.566954;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0162837;OID=.;OPOS=13421150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:60:49:50:0.454545:23:26:24:34:23:27:25:35 chr3 13611850 . T C 536.49 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0119792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.124;QD=18.6606;RBI=0.0119943;REFB=-0.00980084;REVB=-0.000601199;RO=57;SAF=30;SAR=27;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950321;STB=0.55655;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0124432;OID=.;OPOS=13611850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:58:57:57:0.495652:27:30:24:33:27:30:24:34 chr3 13612020 . T C 1190.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.379;QD=61.0414;RBI=0.0489151;REFB=0;REVB=0.0192799;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120396;OID=.;OPOS=13612020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr3 13612296 . C T 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0195161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7221;QD=20.562;RBI=0.0213591;REFB=-0.0170804;REVB=0.00867939;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296387;STB=0.656919;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0148959;OID=.;OPOS=13612296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:9:20:8:16:9:20:9:16 chr3 13612936 . A G 2177.95 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.94;QD=63.129;RBI=0.0269334;REFB=0;REVB=0.0144138;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26151e-05;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:138:0:0:136:138:1:70:66:0:0:71:67:0:0 chr3 13670481 . A G 1434.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2274;QD=63.0433;RBI=0.0117372;REFB=0;REVB=0.00313101;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00555e-05;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chr3 13670536 . A G 810.21 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208036;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7684;QD=55.8767;RBI=0.208086;REFB=0;REVB=0.00458879;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191028;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:1:0:48:58:1:26:22:1:0:26:32:0:0 chr3 13670776 . T C 603.57 PASS AF=1;AO=20;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.518;QD=58.8851;RBI=0.0573342;REFB=0;REVB=0.0517544;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08253e-05;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:20:41:1:16:4:0:0:22:19:0:0 chr3 13679203 . G A 457.61 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0122023;FXX=0.0238067;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.489;QD=22.3225;RBI=0.0122644;REFB=-0.0250044;REVB=0.00123251;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575598;STB=0.524379;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0293273;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:35:38:44:44:0.536585:22:22:15:20:22:22:17:21 chr3 13679335 . C T 372.66 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0112977;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=14.7589;RBI=0.016918;REFB=-0.0380255;REVB=0.0125929;RO=58;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563586;STB=0.523666;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.044641;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:58:58:42:43:0.425743:24:18:28:30:24:19:28:30 chr3 13679688 . T A 598.71 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00222727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.41;QD=19.792;RBI=0.00823546;REFB=-0.0250671;REVB=0.00792856;RO=60;SAF=28;SAR=33;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384698;STB=0.521209;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0227663;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:60:61:61:0.504132:33:28:25:35:33:28:25:35 chr3 13679695 . C A 536.89 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0331305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2316;QD=17.4598;RBI=0.0342859;REFB=-0.00346374;REVB=-0.00882552;RO=64;SAF=27;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647004;STB=0.543088;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00395711;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:66:57:57:0.463415:30:27:26:38:30:27:26:40 chr3 13679708 . C A 524.05 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.0604883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7231;QD=17.3241;RBI=0.0628083;REFB=-0.00248903;REVB=0.0169132;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868227;STB=0.551685;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00352882;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:30:26:24:40:30:26:24:41 chr3 13833957 . C T 687.23 PASS AF=0.553719;AO=64;DP=119;FAO=67;FDP=121;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0921065;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9008;QD=22.7185;RBI=0.0921066;REFB=-0.0123919;REVB=-5.31265e-05;RO=55;SAF=28;SAR=36;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912137;STB=0.539934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0104165;OID=.;OPOS=13833957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:55:54:64:67:0.553719:36:28:30:25:37:30:29:25 chr3 13896140 . A G 2159.61 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.215;QD=63.0544;RBI=0.0162039;REFB=0;REVB=0.0160953;RO=0;SAF=72;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22197e-05;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:65:72:0:0:65:72:0:0 chr3 13896284 . C T 3140.01 PASS AF=1;AO=204;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256138;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.776;QD=61.2684;RBI=0.0415776;REFB=0;REVB=0.032751;RO=0;SAF=93;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14523e-05;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:206:205:0:0:204:205:1:111:93:0:0:112:93:0:0 chr3 14106499 . G A 379.45 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0112123;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.016;QD=21.6829;RBI=0.0112535;REFB=0.00481269;REVB=-0.000962146;RO=31;SAF=15;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478732;STB=0.534865;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00301701;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:32:38:38:0.542857:23:15:14:17:23:15:15:17 chr3 14123156 . T C 171.23 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0450757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.383;QD=17.5623;RBI=0.0450784;REFB=-0.0194693;REVB=0.000494852;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215434;STB=0.640881;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.015273;OID=.;OPOS=14123156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:18:18:0.461538:9:9:14:5:9:9:16:5 chr3 14175262 . T C 719.73 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.99;QD=54.3193;RBI=0.051415;REFB=0;REVB=0.0503362;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365387;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr3 14187449 . G T 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.528;QD=63.8859;RBI=0.0439049;REFB=0;REVB=0.0339923;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20817e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:41:56:0:0:41:56:0:0 chr3 14197987 . A T 410.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.226;QD=56.6548;RBI=0.0306487;REFB=0;REVB=0.0120904;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109094;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:8:21:0:0 chr3 14220023 . G C 2232.64 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000283292;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3099;QD=63.3372;RBI=0.0102829;REFB=0;REVB=0.010279;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013149;OID=.;OPOS=14220023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:139:141:1:62:77:0:0:63:78:0:0 chr3 14436184 . GT G 1270.17 PASS AF=0.988506;AO=77;DP=80;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409005;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.592;QD=58.3986;RBI=0.0545543;REFB=-0.0409483;REVB=0.0361016;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141253;STB=0.507245;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.00198358;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:77:80:86:87:1:52:34:0:1:3:1:44:33:0:1 chr3 14485484 . C A 110.67 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0427719;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=290.268;QD=19.2474;RBI=0.043138;REFB=0.00819372;REVB=0.00560812;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176687;STB=0.666419;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00776419;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:23:23:3:7:8:11:0.478261:6:2:0:3:7:4:0:7 chr3 14551444 . A G 394.18 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0382273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8455;QD=17.3267;RBI=0.0382274;REFB=-0.00673804;REVB=-7.42919e-05;RO=48;SAF=18;SAR=23;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138684;STB=0.566349;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0073952;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:50:41:41:0.450549:23:18:28:20:23:18:28:22 chr3 14552994 . A G 108.02 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0332004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.7478;QD=16.003;RBI=0.0385302;REFB=-0.027949;REVB=0.0195528;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12387;STB=0.597346;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0155027;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:27:8:14:12:13:0.481481:5:7:6:2:5:8:11:3 chr3 14555216 . T C 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0364916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6047;QD=23.8243;RBI=0.0492731;REFB=-0.00266394;REVB=-0.0331088;RO=28;SAF=23;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100103;STB=0.554811;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00104821;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:16:23:20:8:16:23:20:8 chr3 14555811 . A G 66.36 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0419544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6075;QD=11.0594;RBI=0.0645481;REFB=-0.0133211;REVB=-0.0490539;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333138;STB=0.705518;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0247653;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:2:12:5:4:2:13 chr3 14559395 . C T 826.46 PASS AF=0.521739;AO=78;DP=155;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.032374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.692;QD=20.5333;RBI=0.0326408;REFB=-0.0411231;REVB=0.00416485;RO=77;SAF=37;SAR=41;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524315;STB=0.515524;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.03136;OID=.;OPOS=14559395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:77:77:78:84:0.521739:41:37:41:36:42:42:41:36 chr3 14561627 . A AG 655.23 PASS AF=1;AO=60;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.278685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.0384;QD=37.9842;RBI=0.279119;REFB=0;REVB=-0.0155471;RO=9;SAF=22;SAR=38;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00476974;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:70:69:69:0:25:44:0:0:14:9:22:38:3:6 chr3 14563258 . A G 288.78 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00199246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6742;QD=16.2692;RBI=0.0462488;REFB=-0.0240865;REVB=-0.0462059;RO=39;SAF=24;SAR=8;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101633;STB=0.557484;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0286935;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:8:24:26:13:8:24:26:13 chr3 14712473 . G A 567.08 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=-0.0175283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.018;QD=18.5927;RBI=0.0183866;REFB=0.00407993;REVB=-0.00555203;RO=63;SAF=37;SAR=22;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893554;STB=0.549314;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00411287;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:22:37:45:18:22:37:45:18 chr3 14724413 . G A 279.71 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0225915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.601;QD=16.6991;RBI=0.0455078;REFB=-0.0155765;REVB=0.0395043;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137881;STB=0.558643;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0163803;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:35:36:30:31:0.462687:12:18:16:19:13:18:17:19 chr3 14745857 . G A 106.1 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0175449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.199;QD=11.7883;RBI=0.0327355;REFB=-0.0137771;REVB=-0.0276368;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.510713;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0227919;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:7:6:11:11:7:6:11:12 chr3 14755572 . A G 354.21 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00841098;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.545;QD=15.9195;RBI=0.00910912;REFB=0.00843771;REVB=0.00349734;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101016;STB=0.550535;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0105439;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:51:38:38:0.426966:19:19:30:20:19:19:30:21 chr3 14755617 . C G 261.88 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0385706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6939;QD=12.4705;RBI=0.0394178;REFB=-0.0103399;REVB=-0.0081288;RO=52;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15682;STB=0.583471;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00830729;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:53:31:31:0.369048:17:14:31:21:17:14:31:22 chr3 14768534 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00733971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.804;QD=15.2617;RBI=0.00752646;REFB=-0.0246071;REVB=-0.00166623;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522596;STB=0.530339;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0262117;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:9:7:5:8:9:7 chr3 14939088 . GA AT 312.08 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0107609;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=183.896;QD=16.4252;RBI=0.0134817;REFB=-0.0202763;REVB=0.00812147;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523968;STB=0.542479;STBP=0.539;TYPE=mnp;VARB=0.023162;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:42:34:34:0.447368:18:16:21:19:18:16:23:19 chr3 14939479 . G T 421.88 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0345237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1378;QD=20.8338;RBI=0.0365311;REFB=-0.025987;REVB=-0.0119433;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357486;STB=0.524579;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0310069;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:16:26:25:13:16:26:26:13 chr3 15476011 . C G 178.28 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.133948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5553;QD=10.8048;RBI=0.135896;REFB=-0.0135859;REVB=0.0229253;RO=42;SAF=7;SAR=16;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177361;STB=0.597613;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.016071;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:43:23:23:0.348485:16:7:19:23:16:7:19:24 chr3 15492150 . C T 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00641733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.856;QD=22.5295;RBI=0.0201569;REFB=0.0167298;REVB=0.0191081;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103505;STB=0.549975;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0105905;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:18:22:13:18:18:22:14:18 chr3 15492786 . T A 335.84 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0169909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.293;QD=22.3891;RBI=0.0251787;REFB=-0.00711577;REVB=-0.0185816;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04;STB=0.522075;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00588577;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:12:14:20:14:12:14 chr3 15492807 . G A 303.32 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00456507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.671;QD=22.0598;RBI=0.0671794;REFB=-0.0226851;REVB=0.0670242;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223003;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193367;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:18:13:9:14:18:13:10:14 chr3 15509327 . C G 561.92 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.00108948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.937;QD=16.2875;RBI=0.00114129;REFB=-0.0189387;REVB=0.000339954;RO=75;SAF=28;SAR=32;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0175614;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:75:78:60:60:0.434783:32:28:35:40:32:28:35:43 chr3 15515695 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0315106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6915;QD=15.1602;RBI=0.0568784;REFB=-0.000127405;REVB=-0.0473523;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153522;STB=0.58917;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00126133;OID=.;OPOS=15515695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:5:11:12:10:5:11:12:10 chr3 15516481 . T C 207.51 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00906278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4231;QD=11.2165;RBI=0.00908454;REFB=-0.0136896;REVB=0.000628373;RO=48;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371832;STB=0.717312;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.013221;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:6:20:22:26:6:20:22:26 chr3 15548131 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000334681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.338;QD=13.2126;RBI=0.000674416;REFB=-0.0136923;REVB=-0.000585513;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404825;STB=0.523775;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0202134;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:15:7:4:10:15:7 chr3 15548227 . G A 340.87 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00924206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.037;QD=18.1797;RBI=0.0273809;REFB=-0.0146886;REVB=-0.025774;RO=39;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131721;STB=0.563723;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0123984;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:35:36:0.48:14:21:18:21:15:21:18:21 chr3 15613279 . T G 55.53 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0847946;FXX=0.214133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4221;QD=20.1923;RBI=0.0929112;REFB=-0.284805;REVB=0.0379785;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0248267;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:25:11:9:3:7:8:0.727273:1:6:4:5:5:3:1:2 chr3 15643043 . A G 1047.23 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.744;QD=58.9987;RBI=0.064718;REFB=0;REVB=0.0493212;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221643;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:19:51:0:0:20:51:0:0 chr3 15643175 . G A 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0188025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.79;QD=23.488;RBI=0.0299429;REFB=-0.0302789;REVB=0.0233033;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106844;STB=0.558789;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.018189;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:19:15:14:10:19:15:14:10 chr3 15686776 . T C 695.04 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=154;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=50;FWDB=-0.0140651;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.715;QD=18.2906;RBI=0.0191555;REFB=-0.0105647;REVB=0.0130041;RO=77;SAF=43;SAR=30;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196198;STB=0.614255;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0139332;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:77:79:73:73:0.480263:30:43:29:48:30:43:29:50 chr3 15710011 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0158196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.954;QD=10.5422;RBI=0.0170138;REFB=-0.0257803;REVB=0.00626161;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279205;STB=0.671289;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0477306;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:8:13:9:2:8:13 chr3 15737689 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0247183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.039;QD=14.8342;RBI=0.0405186;REFB=0.0128494;REVB=-0.0321056;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549419;STB=0.531467;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0103813;OID=.;OPOS=15737689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:19:11:7:15:19:11 chr3 15737698 . T C 190.39 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0546412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5455;QD=14.6451;RBI=0.07393;REFB=-0.0130211;REVB=0.0497995;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369256;STB=0.540505;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0179737;OID=.;OPOS=15737698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:25:30:22:22:0.423077:8:14:16:9:8:14:21:9 chr3 15753641 . A G 181.9 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0452524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8391;QD=16.9213;RBI=0.0496176;REFB=0.0203946;REVB=0.0203501;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370151;STB=0.521175;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.0226317;OID=.;OPOS=15753641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:13:11:8:11:13:11 chr3 16250068 . C G 1189.33 PASS AF=0.564767;AO=109;DP=193;FAO=109;FDP=193;FR=.;FRO=84;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0185034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.514;QD=24.6493;RBI=0.0187083;REFB=-0.012975;REVB=0.00276147;RO=84;SAF=64;SAR=45;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226953;STB=0.512348;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00958116;OID=.;OPOS=16250068;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:84:84:109:109:0.564767:45:64:47:37:45:64:47:37 chr3 16261420 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.017953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.38;QD=20.4366;RBI=0.0195137;REFB=-0.0287753;REVB=0.00764703;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599773;STB=0.533311;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.018136;OID=.;OPOS=16261420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:12:14:14:16:12:14 chr3 16268974 . T A 774.38 PASS AF=0.515924;AO=78;DP=150;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.00579053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6803;QD=19.7294;RBI=0.0167551;REFB=-0.0010152;REVB=-0.0157227;RO=72;SAF=31;SAR=47;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593875;STB=0.545771;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00265531;OID=.;OPOS=16268974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:157:72:76:78:81:0.515924:47:31:24:48:47:34:25:51 chr3 16268986 . C A 754.34 PASS AF=0.5;AO=76;DP=156;FAO=78;FDP=156;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=0.0150585;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.202;QD=19.3421;RBI=0.0154976;REFB=-0.0402592;REVB=-0.00366307;RO=76;SAF=32;SAR=44;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099959;STB=0.553375;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0346518;OID=.;OPOS=16268986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:78:76:78:0.5:44:32:24:52:45:33:25:53 chr3 16358584 . T C 1521.93 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.009;QD=63.4138;RBI=0.0237781;REFB=0;REVB=0.0105501;RO=0;SAF=71;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11714e-05;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:23:71:0:0:23:73:0:0 chr3 16364919 . A C 1248.65 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0398969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7758;QD=56.7569;RBI=0.0434377;REFB=-0.0834952;REVB=0.0171777;RO=4;SAF=54;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363596;STB=0.519226;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0156536;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:84:84:0.954545:30:54:1:3:30:54:1:3 chr3 16535229 . C T 180.1 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0231795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.744;QD=23.2381;RBI=0.0252496;REFB=-0.00458392;REVB=0.0100126;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372281;STB=0.708855;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00192452;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:10:3:13:5:10:3 chr3 16646745 . C G 709.43 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1644;QD=60.3769;RBI=0.0123564;REFB=-0.155399;REVB=-0.00558548;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00297015;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr3 16926766 . C T 60.31 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0409621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.791;QD=17.2327;RBI=0.0410094;REFB=-0.0226158;REVB=-0.00197031;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0107279;OID=.;OPOS=16926766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr3 17051450 . C A 197.65 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0268907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.287;QD=26.3531;RBI=0.0343323;REFB=-0.0484748;REVB=0.0213448;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2705;STB=0.63144;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0175;OID=.;OPOS=17051450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:6:12:3:8:7:12:3:8 chr3 17053499 . A G 189.27 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=34;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0345055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4471;QD=20.4617;RBI=0.0780478;REFB=-0.0801221;REVB=0.0700059;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14541;STB=0.559943;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.05685;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:16:17:18:20:0.540541:6:12:13:3:7:13:13:4 chr3 17741409 . C G 1362.84 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401376;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8221;QD=62.6595;RBI=0.0401818;REFB=0;REVB=0.00188244;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347888;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr3 18055231 . A C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.617;QD=58.9626;RBI=0.0304686;REFB=0;REVB=0.0285119;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97772e-05;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr3 18390227 . CTTT CTT,TCTT,TTCT,TTTC 230.08 PASS AF=0.869565,0,0.130435,0;AO=11,5,4,3;DP=41;FAO=40,0,6,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0,1,0;FSAR=14,0,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116364,0.0460533,0.0143383,0.00638392;FXX=0;HRUN=12,1,1,1;LEN=1,2,3,4;MLLD=6.34083,8.37838,16.6393,29.0016;QD=20.0072;RBI=0.136454,0.0603646,0.0184494,0.00743981;REFB=0.0343478,0.0826519,0.111808,0.0939903;REVB=0.0712676,0.0390253,0.01161,0.00382052;RO=9;SAF=8,2,1,0;SAR=3,3,3,3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.15431,-0.157037,-0.32832,-0.670564;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.0400919,-0.0341557,-0.118809,0.0332174;OID=.,.,.,.;OPOS=18390228,18390227,18390227,18390227;OREF=T,CT,CTT,CTTT;OALT=-,TC,TTC,TTTC;OMAPALT=CTT,TCTT,TTCT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:27:41:46:9:0:11,5,4,3:40,0,6,0:0.869565,0,0.130435,0:3,3,3,3:8,2,1,0:5:4:14,0,5,0:26,0,1,0:0:0 chr3 18427924 . G T 1727.74 PASS AF=0.902985;AO=121;DP=134;FAO=121;FDP=134;FR=.;FRO=13;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00359946;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.439;QD=51.5744;RBI=0.0454677;REFB=-0.0556128;REVB=0.045325;RO=11;SAF=61;SAR=60;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00782382;STB=0.511592;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000552336;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:134:134:11:13:121:121:0.902985:60:61:5:6:60:61:5:8 chr3 19930130 . A T 277.22 PASS AF=0.447368;AO=29;DP=71;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0216868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.673;QD=14.5903;RBI=0.0299036;REFB=-0.0349433;REVB=-0.0205891;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187301;STB=0.634865;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0379212;OID=.;OPOS=19930130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:42:42:29:34:0.447368:12:17:17:25:12:22:17:25 chr3 19959756 . G A 351.86 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00867456;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.479;QD=13.7985;RBI=0.0137949;REFB=-0.00869896;REVB=-0.0107262;RO=61;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733536;STB=0.541546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0140884;OID=.;OPOS=19959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:61:41:41:0.401961:18:23:30:31:18:23:30:31 chr3 19961330 . C T 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00737885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.329;QD=16.4521;RBI=0.028527;REFB=-0.0353036;REVB=0.0275561;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622254;STB=0.525468;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0210131;OID=.;OPOS=19961330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:20:13:13:26:20:13:14:26 chr3 19962044 . G A 530.01 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.00650636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2069;QD=20.583;RBI=0.0233552;REFB=0.0193289;REVB=-0.0224307;RO=49;SAF=26;SAR=28;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218015;STB=0.619515;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0187101;OID=.;OPOS=19962044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:28:26:36:13:28:26:36:13 chr3 20156433 . ATTT ATTC,ATT 116.49 PASS AF=0.121951,0.512195;AO=5,19;DP=41;FAO=5,21;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=5,18;FSAR=0,3;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.114619,-0.130885;FXX=0.0238039;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=182.35,10.17;QD=11.365;RBI=0.119189,0.137165;REFB=-0.0127164,-0.139106;REVB=-0.0326881,-0.0410265;RO=12;SAF=5,15;SAR=0,4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.823379,0.498596;STB=0.998599,0.827251;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.245523,-0.00190397;OID=.,.;OPOS=20156436,20156434;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTC,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.121951,0.512195:5,19:41:5,21:41:15:5,18:0,3:2:13:77:12:5,15:0,4:1:11 chr3 20216519 . T A 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0919501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.506;QD=31.2366;RBI=0.0926342;REFB=-0.00815577;REVB=-0.0112373;RO=11;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181512;STB=0.599914;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00322623;OID=.;OPOS=20216519;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:16:8:7:4:16:8:7:4 chr3 21462754 . A G 312.23 PASS AF=0.347826;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0294587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.542;QD=10.8602;RBI=0.0382351;REFB=-0.0171181;REVB=-0.0243743;RO=73;SAF=21;SAR=18;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668089;STB=0.537035;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0284704;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:73:75:39:40:0.347826:18:21:35:38:18:22:37:38 chr3 21462787 . G A 1962.12 PASS AF=0.977444;AO=129;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0199598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.06;QD=59.011;RBI=0.049378;REFB=-0.209054;REVB=0.045164;RO=1;SAF=60;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078548;STB=0.50291;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0010983;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:1:3:129:130:0.977444:69:60:1:0:70:60:1:2 chr3 21462880 . A G 259.72 PASS AF=0.418919;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.033659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.604;QD=14.0387;RBI=0.0487025;REFB=-0.0270882;REVB=0.0351994;RO=40;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198481;STB=0.649362;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0358376;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:40:43:29:31:0.418919:21:8:18:22:23:8:21:22 chr3 24006477 . T A 695.76 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00885197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1437;QD=60.5011;RBI=0.0468526;REFB=-0.153791;REVB=-0.0460088;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00378866;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:46:45:0.978261:19:27:0:0:19:26:1:0 chr3 27297816 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.458;QD=57.1773;RBI=0.0286224;REFB=0;REVB=0.0272894;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7179e-05;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr3 27307155 . C T 1026.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4923;QD=59.4894;RBI=0.0700408;REFB=0;REVB=-0.0609466;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486521;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr3 27326097 . G T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000267307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.406;QD=12.724;RBI=0.00356425;REFB=-0.0116812;REVB=-0.00355422;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069001;STB=0.550636;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0198952;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:9:13:19:17:9:14:19:17 chr3 27326451 . A G 158.61 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0226891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.518;QD=17.1469;RBI=0.0741701;REFB=-0.0313965;REVB=0.0706146;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377328;STB=0.706193;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0243272;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:16:17:0.459459:10:6:15:4:11:6:15:5 chr3 27332177 . T C 407.73 PASS AF=0.443299;AO=42;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0413862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0671;QD=16.8135;RBI=0.0751399;REFB=-0.00680792;REVB=-0.0627151;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530985;STB=0.503837;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00775808;OID=.;OPOS=27332177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:54:54:42:43:0.443299:22:20:26:28:22:21:26:28 chr3 27332820 . A G 329.76 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0290049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.3;QD=31.4055;RBI=0.0323501;REFB=0.0101226;REVB=0.0143266;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108259;STB=0.55928;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00238012;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:13:15:5:9:13:15:5:9 chr3 27424718 . A G 1415.98 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5149;QD=62.9323;RBI=0.0570838;REFB=0;REVB=0.037384;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330282;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:41:48:0:0:41:49:0:0 chr3 27442336 . G A 224.41 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00649277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.33;QD=13.0093;RBI=0.00701184;REFB=-0.00196339;REVB=-0.00264762;RO=39;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243467;STB=0.646948;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00401644;OID=.;OPOS=27442336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:42:27:27:0.391304:18:9:22:17:18:9:24:18 chr3 27472936 . C T 788.81 PASS AF=0.587302;AO=72;DP=124;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=65;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.00732391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.474;QD=25.0416;RBI=0.0133338;REFB=-0.0116834;REVB=0.0111423;RO=52;SAF=65;SAR=7;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278661;STB=0.604364;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00746544;OID=.;OPOS=27472936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:52:52:72:74:0.587302:7:65:38:14:9:65:39:13 chr3 27473066 . A G 528.49 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.010673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8119;QD=17.915;RBI=0.011092;REFB=-0.0196595;REVB=0.00301969;RO=62;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509654;STB=0.528292;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0198968;OID=.;OPOS=27473066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:31:25:31:31:31:25:31:31 chr3 27490194 . T C 744.84 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=152;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0505192;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2988;QD=19.7308;RBI=0.0505395;REFB=0.0192158;REVB=-0.00143173;RO=76;SAF=40;SAR=36;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360179;STB=0.52347;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0185589;OID=.;OPOS=27490194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:76:75:76:76:0.503311:36:40:43:33:36:40:43:32 chr3 27761702 . GCCCCCCT GCCCCCTC 131.59 PASS AF=0.243902;AO=28;DP=124;FAO=30;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=-0.0534214;FXX=0.0159987;HRUN=6;LEN=2;MLLD=100.91;QD=4.27918;RBI=0.0617364;REFB=-0.00852431;REVB=-0.0309442;RO=58;SAF=25;SAR=3;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541216;STB=0.842909;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.218329;OID=.;OPOS=27761708;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243902:28:124:30:123:93:27:3:50:43:99:58:25:3:30:28 chr3 28520417 . T A 1713.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7769;QD=60.6458;RBI=0.0364491;REFB=0;REVB=-5.19915e-05;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41515e-05;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:48:64:0:0:48:65:0:0 chr3 28533658 . G A 256.05 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.192;QD=51.2108;RBI=0.0407134;REFB=0;REVB=0.0272476;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112003;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr3 29628639 . C T 554.17 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0160541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1723;QD=16.793;RBI=0.0194147;REFB=0.00924797;REVB=0.0109178;RO=73;SAF=42;SAR=17;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320088;STB=0.517873;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0117044;OID=.;OPOS=29628639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:73:59:59:0.44697:17:42:50:23:17:42:50:23 chr3 29804487 . A T 192.91 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00575276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.308;QD=23.3825;RBI=0.00622221;REFB=-0.0351433;REVB=0.00237099;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114403;STB=0.564035;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0246692;OID=.;OPOS=29804487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:8:6:11:8:8:6 chr3 30691871 . GA GAA,G,GG 128.21 PASS AF=0,0.818182,0.106061;AO=8,25,6;DP=67;FAO=0,54,7;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=0,35,5;FSAR=0,19,2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.699491,0.679747,0.240011;FXX=0.0149231;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,1;MLLD=4.2659,4.06891,14.8342;QD=7.77023;RBI=0.701487,0.680011,0.240156;REFB=0.0135825,-0.0436014,-0.0293216;REVB=-0.0528862,0.0189651,0.00835048;RO=16;SAF=6,13,3;SAR=2,12,3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.72236e-08,-0.164343,-0.28974;STB=0.5,0.540616,0.713672;STBP=1,0.051,0.139;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.0973669,0.0858229,0.125538;OID=.,.,.;OPOS=30691872,30691872,30691872;OREF=-,A,A;OALT=A,-,G;OMAPALT=GAA,G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.818182,0.106061:8,25,6:67:0,54,7:66:5:0,35,5:0,19,2:1:4:15:16:6,13,3:2,12,3:12:4 chr3 30713842 . C T 669.73 PASS AF=0.470199;AO=72;DP=152;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.010591;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.668;QD=17.7411;RBI=0.0116138;REFB=-0.0208586;REVB=-0.00476549;RO=80;SAF=44;SAR=28;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110782;STB=0.503119;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.024112;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:80:80:72:71:0.470199:28:44:48:32:28:43:48:32 chr3 31270258 . T C 1400.07 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0750872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=61.5415;RBI=0.0880316;REFB=-0.107376;REVB=0.0459508;RO=1;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106485;STB=0.505493;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000501969;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:44:44:0:1:45:45:0:1 chr3 31712393 . C T 1740.89 PASS AF=1;AO=72;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187532;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.05;QD=59.5178;RBI=0.0239322;REFB=0;REVB=0.0148683;RO=0;SAF=64;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125088;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:72:117:1:8:64:0:0:51:66:0:0 chr3 31725316 . G A 683.42 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.000345359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6586;QD=18.2245;RBI=0.0263887;REFB=-0.0277828;REVB=0.0263865;RO=79;SAF=45;SAR=24;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182523;STB=0.59564;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0250676;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:81:69:69:0.46:24:45:37:42:24:45:39:42 chr3 31839242 . T C 561.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148141;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.536;QD=60.6939;RBI=0.0164559;REFB=0;REVB=0.00716515;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215688;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr3 31839284 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0114401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.074;QD=23.8204;RBI=0.0247952;REFB=0.00642684;REVB=0.0219983;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756476;STB=0.542333;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00390295;OID=.;OPOS=31839284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:6:16:11:6:6:16:11:6 chr3 31839325 . A T 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00914079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.982;QD=21.266;RBI=0.00985356;REFB=-0.0501393;REVB=0.00367948;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124478;STB=0.570643;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0364496;OID=.;OPOS=31839325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:9:5:4:13:9:5 chr3 32031962 . A G 134.26 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0512205;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2491;QD=15.3438;RBI=0.0512837;REFB=-0.0163499;REVB=-0.00254435;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375681;STB=0.510624;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0375064;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:5:10:12:7:5:10:13:7 chr3 32208621 . T C 255.73 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.015175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.823;QD=15.7375;RBI=0.0155338;REFB=-0.00539506;REVB=0.00331946;RO=34;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391909;STB=0.509911;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00643762;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:36:29:29:0.446154:19:10:13:21:19:10:13:23 chr3 32209927 . A G 415.31 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.03596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.802;QD=19.3167;RBI=0.0363787;REFB=-0.0313076;REVB=0.00550323;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116651;STB=0.558112;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0218445;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:21:21:27:16:21:21:27:17 chr3 32214179 . A T 430.38 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0591555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1272;QD=20.0177;RBI=0.0595619;REFB=-0.0363;REVB=-0.00694555;RO=41;SAF=28;SAR=15;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156951;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:43:43:43:0.5:15:28:26:15:15:28:28:15 chr3 32214212 . A C 378.08 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.021153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.242;QD=18.904;RBI=0.0435191;REFB=-0.0343289;REVB=-0.0380324;RO=40;SAF=26;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114056;STB=0.558528;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0253381;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:41:39:39:0.4875:13:26:22:18:13:26:23:18 chr3 32815231 . A T 573.79 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.255;QD=60.3988;RBI=0.03174;REFB=0;REVB=0.0103908;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358285;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:21:11:0:0:21:17:0:0 chr3 32927509 . G T 1213.13 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0797122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.37;QD=59.9078;RBI=0.0922981;REFB=-0.0612406;REVB=0.0465284;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00033962;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr3 33055721 . A G 1194.42 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972446;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.075;QD=61.2524;RBI=0.01083;REFB=0;REVB=0.00476703;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196793;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr3 33118631 . G A 1659.3 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00936766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.846;QD=60.3383;RBI=0.0978472;REFB=0;REVB=0.0973977;RO=0;SAF=83;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126455;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:27:83:0:0:27:83:0:0 chr3 33138544 . A G 2446.67 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.583;QD=60.7869;RBI=0.0762678;REFB=0;REVB=0.0620788;RO=1;SAF=84;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99945e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:161:161:1:0:160:161:1:76:84:0:1:77:84:0:0 chr3 33155782 . G A 507.73 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644832;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.708;QD=59.7324;RBI=0.0777443;REFB=0;REVB=0.0434292;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161591;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr3 33161898 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.793;QD=60.0766;RBI=0.00378772;REFB=0;REVB=-0.00303785;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98431e-07;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr3 33194990 . C A 481.56 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0399814;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.954;QD=53.5061;RBI=0.0471018;REFB=-0.215104;REVB=0.0249012;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00329425;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:0:2:34:34:0.944444:15:19:0:0:15:19:1:1 chr3 33255592 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.463;QD=55.6558;RBI=0.0250652;REFB=0;REVB=0.0210884;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56465e-05;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr3 33434831 . G A 1398.95 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152077;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.624;QD=60.824;RBI=0.0206291;REFB=-0.114068;REVB=0.0139386;RO=1;SAF=49;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957528;STB=0.504949;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00027341;OID=.;OPOS=33434831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:90:91:0.98913:41:49:1:0:41:50:1:0 chr3 33458266 . T C 1245.95 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.533;QD=61.5282;RBI=0.0559022;REFB=0;REVB=0.0304078;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06967e-05;OID=.;OPOS=33458266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr3 33533554 . C T 269.42 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0177277;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.048;QD=18.5806;RBI=0.0181788;REFB=-0.0132513;REVB=0.00402448;RO=25;SAF=26;SAR=3;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179325;STB=0.580943;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00833092;OID=.;OPOS=33533554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:29:29:29:0.5:3:26:20:5:3:26:24:5 chr3 33539893 . A G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.018278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.156;QD=21.2924;RBI=0.0187782;REFB=-0.0135124;REVB=0.00430534;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716692;STB=0.540161;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0140229;OID=.;OPOS=33539893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:15:10:12:13:15:10 chr3 33879770 . G A 955.83 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0513763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.886;QD=56.2252;RBI=0.0521617;REFB=0.0322182;REVB=-0.00901737;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00043955;OID=.;OPOS=33879770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:65:67:0.985294:32:33:0:0:32:35:1:0 chr3 33908717 . A T 395.43 PASS AF=0.540541;AO=37;DP=70;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00191353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.358;QD=21.3748;RBI=0.00237546;REFB=-0.0127206;REVB=-0.00140756;RO=33;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030266;STB=0.515596;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00927813;OID=.;OPOS=33908717;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:33:34:37:40:0.540541:17:20:19:14:19:21:19:15 chr3 36422135 . G A 464.86 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0166581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.884;QD=17.2169;RBI=0.0177248;REFB=-0.0181817;REVB=-0.00605602;RO=55;SAF=21;SAR=30;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175397;STB=0.606019;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0452111;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:57:51:51:0.472222:30:21:33:22:30:21:35:22 chr3 36422216 . T C 287.12 PASS AF=0.39759;AO=30;DP=80;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00111724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.723;QD=13.8373;RBI=0.00972624;REFB=-0.0316327;REVB=-0.00966186;RO=47;SAF=19;SAR=11;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425788;STB=0.556487;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0491062;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:47:50:30:33:0.39759:11:19:28:19:11:22:29:21 chr3 36940741 . G T 125.25 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0242586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.962;QD=10.4374;RBI=0.0325223;REFB=-0.0175404;REVB=-0.0216616;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.504342;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0338064;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:33:15:15:0.3125:6:9:19:13:6:9:20:13 chr3 37067240 . T A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0263647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.056;QD=20.2748;RBI=0.0287315;REFB=-0.0217745;REVB=0.0114194;RO=45;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198626;STB=0.609923;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0189579;OID=.;OPOS=37067240;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:26:19:29:16:26:19:29:16 chr3 37083740 . A G 160.12 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0283687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2628;QD=12.3169;RBI=0.0319418;REFB=0.00682049;REVB=-0.0146798;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620092;STB=0.545407;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00661123;OID=.;OPOS=37083740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:9:10:15:17:9:10:15:18 chr3 37163039 . G A 736.06 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.036;QD=55.5517;RBI=0.00368737;REFB=0;REVB=0.000687014;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231241;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:48:53:1:33:15:0:0:35:18:0:0 chr3 37366459 . C A 298.85 PASS AF=0.5;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0145553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.794;QD=18.6779;RBI=0.0174128;REFB=-0.0202394;REVB=-0.00955755;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253516;STB=0.547029;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0235208;OID=.;OPOS=37366459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:26:32:32:32:0.5:17:15:13:13:18:14:17:15 chr3 37368755 . T A 289.11 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0202945;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.677;QD=18.652;RBI=0.0341419;REFB=-0.015172;REVB=-0.0274554;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202189;STB=0.61283;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0157626;OID=.;OPOS=37368755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:12:19:12:19:12:19:12:19 chr3 37407664 . G T 265.73 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0131645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.218;QD=18.6475;RBI=0.0136486;REFB=-0.0215969;REVB=0.00360313;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331479;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0212;OID=.;OPOS=37407664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:17:11:12:16:17:12:12:16 chr3 37535984 . C G 909.54 PASS AF=1;AO=36;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.861;QD=58.6802;RBI=0.064879;REFB=0;REVB=0.0393886;RO=0;SAF=33;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163794;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:36:62:1:3:33:0:0:4:58:0:0 chr3 37574951 . G A 1586.38 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.611;QD=64.096;RBI=0.0401862;REFB=0;REVB=-0.0215396;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283765;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr3 37670876 . G C 138.46 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.023721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2381;QD=21.3009;RBI=0.0255491;REFB=-0.0668996;REVB=0.0094906;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305212;STB=0.6832;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0665705;OID=.;OPOS=37670876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:8:7:9:1:8:7:10:1 chr3 37778481 . G C 377.23 PASS AF=0.558824;AO=30;DP=73;FAO=38;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00748707;FXX=0.0684838;HRUN=8;LEN=1;MLLD=230.084;QD=22.1898;RBI=0.0098723;REFB=-0.0107752;REVB=-0.00643476;RO=16;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186201;STB=0.518858;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00258112;OID=.;OPOS=37778481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:68:16:29:30:38:0.558824:14:16:9:7:20:18:15:14 chr3 38022620 . GAAAA AGAAA,G 40.38 PASS AF=0.583333,0.25;AO=3,2;DP=13;FAO=7,3;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000470527,-0.00190812;FXX=0.142755;HRUN=1,17;LEN=2,4;MLLD=11.44,10.8589;QD=13.4607;RBI=0.11498,0.0202973;REFB=-0.115942,-0.0835491;REVB=0.114979,-0.0202074;RO=3;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0478578,0.200454;OID=.,.;OPOS=38022620,38022621;OREF=GA,AAAA;OALT=AG,-;OMAPALT=AGAAA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:13:12:3:2:3,2:7,3:0.583333,0.25:3,2:0,0:0:3:7,3:0,0:0:2 chr3 38080952 . T G 1469.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3695;QD=63.1839;RBI=0.102402;REFB=0;REVB=0.0890564;RO=0;SAF=67;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435505;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:93:0:0:88:93:1:21:67:0:0:22:71:0:0 chr3 38081031 . A T 1458.6 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373327;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1292;QD=59.5347;RBI=0.0105955;REFB=0;REVB=0.00991606;RO=0;SAF=68;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48619e-05;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:101:98:0:0:98:98:1:30:68:0:0:30:68:0:0 chr3 38125705 . G A 1542.49 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817023;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4729;QD=59.3264;RBI=0.0319266;REFB=0;REVB=-0.0308635;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526391;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:102:104:1:41:61:0:0:43:61:0:0 chr3 38151731 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.626;QD=58.0578;RBI=0.0166689;REFB=0;REVB=-0.0166036;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.43316e-05;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr3 38170810 . C G 955.54 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2762;QD=57.0473;RBI=0.0512932;REFB=0.000447859;REVB=0.0072069;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000122563;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:21:44:0:0:21:45:0:1 chr3 38291464 . A C 34.91 PASS AF=0.126582;AO=8;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.142066;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.1884;QD=1.76757;RBI=0.144155;REFB=-0.0630786;REVB=0.0244565;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490578;STB=0.836118;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.183629;OID=.;OPOS=38291464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:79:79:44:63:8:10:0.126582:6:2:30:14:8:2:39:24 chr3 38316867 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00102649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.559;QD=14.7663;RBI=0.0484364;REFB=-0.00671154;REVB=0.0484256;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109522;STB=0.575017;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00957551;OID=.;OPOS=38316867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:7:18:20:12:7:18:20:13 chr3 38350479 . T C 2368.61 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.798;QD=61.1255;RBI=0.0240326;REFB=0;REVB=-0.00637627;RO=0;SAF=85;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06629e-05;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:70:85:0:0:70:85:0:0 chr3 38350519 . G A 2245.97 PASS AF=0.962264;AO=149;DP=155;FAO=153;FDP=159;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.150379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.973;QD=56.5023;RBI=0.150782;REFB=-0.184944;REVB=0.011015;RO=3;SAF=83;SAR=66;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211246;STB=0.515392;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000735111;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:155:159:3:6:149:153:0.962264:66:83:0:3:66:87:1:5 chr3 38350543 . A G 2341.2 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.957;QD=63.7061;RBI=0.0194604;REFB=0;REVB=-0.0062193;RO=0;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03699e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:58:88:0:0:59:88:0:0 chr3 38355225 . G A 195.39 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0152322;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5031;QD=14.2104;RBI=0.0202272;REFB=0.00292417;REVB=-0.0133087;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668076;STB=0.538183;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00972761;OID=.;OPOS=38355225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:16:16:10:13:16:16 chr3 38357817 . C T 722.6 PASS AF=0.510791;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00599867;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.492;QD=20.7943;RBI=0.00616606;REFB=-0.0459167;REVB=-0.00142697;RO=68;SAF=25;SAR=46;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842439;STB=0.546423;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0345439;OID=.;OPOS=38357817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:68:68:71:71:0.510791:46:25:30:38:46:25:30:38 chr3 38401839 . T C 797.03 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.204;QD=54.9674;RBI=0.0522014;REFB=-0.129708;REVB=0.0430523;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000790834;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:1:1:56:57:0.982759:34:22:0:1:34:23:0:1 chr3 38404472 . C A 1583.6 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.045;QD=63.984;RBI=0.0319232;REFB=0;REVB=0.0261166;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23468e-05;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:39:59:0:0:40:59:0:0 chr3 38406773 . G T 670.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.267;QD=62.4;RBI=0.104082;REFB=0;REVB=0.0352375;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277946;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr3 38408361 . G A 1339.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.387;QD=62.3135;RBI=0.0397864;REFB=0;REVB=0.0397456;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45238e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:50:36:0:0 chr3 38442490 . G A 420.87 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0172889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.159;QD=25.8997;RBI=0.0197814;REFB=-0.0300683;REVB=0.00961239;RO=23;SAF=21;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218621;STB=0.513507;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0104564;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:23:25:40:40:0.615385:19:21:12:11:19:21:14:11 chr3 38442504 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0249717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.694;QD=13.224;RBI=0.0254813;REFB=0.00024476;REVB=0.0050705;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146552;STB=0.508396;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.000439355;OID=.;OPOS=38442504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:20:16:11:13:20:16 chr3 38519424 . A G 1245.74 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.481;QD=61.5178;RBI=0.0361371;REFB=0;REVB=0.0085094;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87921e-05;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr3 38524742 . C T 791.37 PASS AF=0.430769;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=195;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=0.00511381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.813;QD=16.2332;RBI=0.0229269;REFB=-0.0143921;REVB=-0.0223493;RO=111;SAF=53;SAR=31;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123819;STB=0.569156;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.017387;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:111:111:84:84:0.430769:31:53:57:54:31:53:57:54 chr3 38525567 . T C 157.26 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0096507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8916;QD=7.9627;RBI=0.0266895;REFB=-0.000442726;REVB=-0.0248836;RO=56;SAF=15;SAR=7;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755723;STB=0.554089;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00147254;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:57:22:22:0.278481:7:15:35:21:7:15:35:22 chr3 38525588 . G A 452.66 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0430384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4829;QD=25.1479;RBI=0.0565725;REFB=-0.0475219;REVB=0.0367171;RO=28;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159442;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0332211;OID=.;OPOS=38525588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:29:43:43:0.597222:16:27:17:11:16:27:18:11 chr3 38529818 . C T 210.24 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0164426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.201;QD=15.5736;RBI=0.0411812;REFB=-0.00987406;REVB=-0.0377562;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372782;STB=0.521109;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0161218;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:21:9:8:16:21:9 chr3 38529825 . C T 185.9 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0116891;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.26;QD=14.8717;RBI=0.0147976;REFB=-0.0154868;REVB=-0.00907376;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013457;STB=0.515137;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0218787;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:19:9:7:14:20:9 chr3 38532511 . G A 416.02 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0620323;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.004;QD=15.2666;RBI=0.0622712;REFB=-0.0108333;REVB=-0.00544943;RO=61;SAF=21;SAR=26;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143655;STB=0.584687;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0115251;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:62:47:47:0.431193:26:21:36:25:26:21:37:25 chr3 38534296 . T C 157.56 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00720373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.094;QD=25.2098;RBI=0.0308612;REFB=-0.029517;REVB=0.0300086;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0246591;OID=.;OPOS=38534296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:5:4:9:7:5:4 chr3 38541161 . A C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0520991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1549;QD=25.4671;RBI=0.0760204;REFB=0.0279553;REVB=0.0553604;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198601;STB=0.615086;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00191542;OID=.;OPOS=38541161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:2:1:1:8:2:1 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 253.87 PASS AF=0.472727,0.0363636;AO=11,14;DP=58;FAO=26,2;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15,1;FSAR=11,1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0228237,-0.0284145;FXX=0.0350816;HRUN=3,3;LEN=24,25;MLLD=442.719,441.554;QD=18.4631;RBI=0.0288672,0.0342736;REFB=-0.00547134,-0.00200193;REVB=-0.0176746,-0.0191649;RO=30;SAF=5,10;SAR=6,4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170443,0.145946;STB=0.527715,0.619561;STBP=0.667,0.772;TYPE=ins,ins;VARB=0.00139033,0.0164217;OID=.,.;OPOS=38589667,38589667;OREF=-,-;OALT=CCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTCCTACTCTCTTCTC,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727,0.0363636:11,14:58:26,2:55:27:15,1:11,1:17:10:99:30:5,10:6,4:18:12 chr3 38590358 . C CT 73.76 PASS AF=0.361111;AO=14;DP=38;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0050933;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.4976;QD=8.1951;RBI=0.0564012;REFB=0.00948534;REVB=0.0561708;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068991;STB=0.565857;STBP=0.567;TYPE=ins;VARB=0.00128819;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:14:38:13:36:23:6:7:13:10:73:23:7:7:13:10 chr3 38590422 . T C 101.1 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00404163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.27;QD=8.42532;RBI=0.00662783;REFB=-0.0104473;REVB=0.00525293;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625855;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0401919;OID=.;OPOS=38590422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:7:6:18:17:7:6:18:17 chr3 38592406 . A G 738.89 PASS AF=0.418848;AO=81;DP=192;FAO=80;FDP=191;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=0.0619294;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6773;QD=15.4741;RBI=0.0651528;REFB=-0.0315362;REVB=-0.0202397;RO=109;SAF=37;SAR=44;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133347;STB=0.583443;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0238487;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:109:111:81:80:0.418848:44:37:64:45:44:36:66:45 chr3 38622467 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9124;QD=57.2357;RBI=0.0704526;REFB=0;REVB=0.0564317;RO=0;SAF=44;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101995;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:12:44:0:0:12:44:0:0 chr3 38674712 . T C 5280.88 PASS AF=1;AO=333;DP=335;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115986;FXX=0.00591698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.075;QD=62.8676;RBI=0.03845;REFB=-0.0546116;REVB=0.0366589;RO=1;SAF=165;SAR=168;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128193;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:335:336:1:0:333:336:1:168:165:1:0:170:166:0:0 chr3 38739574 . T C 2049.65 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01596;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4428;QD=62.5848;RBI=0.116252;REFB=0;REVB=0.115151;RO=1;SAF=84;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291573;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:1:0:129:131:1:45:84:0:1:47:84:0:0 chr3 38739845 . A G 954.33 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.178;QD=58.7278;RBI=0.0365756;REFB=0;REVB=0.00952856;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184807;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr3 38748833 . T C 1279.49 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4854;QD=61.6623;RBI=0.0489791;REFB=0;REVB=0.0439326;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507131;OID=.;OPOS=38748833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:31:51:0:0:32:51:0:0 chr3 38766675 . A G 903.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.364;QD=58.2649;RBI=0.0338939;REFB=0;REVB=-0.00713698;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0915e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:34:25:0:0:34:28:0:0 chr3 38768334 . T C 1324.01 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198951;FXX=0.0337041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.992;QD=61.5817;RBI=0.0281716;REFB=0;REVB=-0.0199455;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108466;OID=.;OPOS=38768334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:51:33:0:0:51:35:0:0 chr3 38945560 . A G 403.53 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.00623695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.408;QD=16.8138;RBI=0.0383835;REFB=-0.010284;REVB=-0.0378734;RO=53;SAF=25;SAR=17;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303155;STB=0.672999;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00799215;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:17:25:15:38:17:25:15:39 chr3 39077433 . T C 308.3 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00523307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.895;QD=15.8104;RBI=0.0356429;REFB=-0.0161274;REVB=0.0352567;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893845;STB=0.550429;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0221706;OID=.;OPOS=39077433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:22:22:20:14:22:22 chr3 39077530 . T C 267.43 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00715164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5078;QD=13.7142;RBI=0.0125172;REFB=-0.00028589;REVB=0.010273;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523219;STB=0.529838;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000530328;OID=.;OPOS=39077530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:13:18:25:22:13:18:25:22 chr3 39111140 . C A 303.48 PASS AF=0.330508;AO=38;DP=117;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.00516509;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.143;QD=10.2876;RBI=0.0230362;REFB=-0.00446275;REVB=-0.0224497;RO=76;SAF=25;SAR=13;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272756;STB=0.666581;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00830982;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:76:79:38:39:0.330508:13:25:32:44:13:26:33:46 chr3 39138082 . C T 162.85 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0117714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1368;QD=13.0276;RBI=0.0120692;REFB=0.00155141;REVB=-0.00266437;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609951;STB=0.535674;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00692868;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:16:16:8:10:16:16 chr3 39180099 . T C 1973.57 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0087;QD=61.1961;RBI=0.0229026;REFB=0.0173633;REVB=-0.0105803;RO=1;SAF=67;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704024;STB=0.503703;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00128302;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:61:67:1:0:61:67:1:0 chr3 39180263 . G A 1129.17 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.628;QD=60.2225;RBI=0.0558769;REFB=0;REVB=0.0469642;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542685;OID=.;OPOS=39180263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:45:30:0:0 chr3 39184959 . C T 1346.25 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.265;QD=61.1931;RBI=0.0411277;REFB=-0.128091;REVB=-0.0348422;RO=1;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556046;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:1:0:87:88:1:39:48:1:0:39:49:0:0 chr3 39185077 . G A 478.2 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0495882;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.73;QD=56.2585;RBI=0.0553091;REFB=-0.17845;REVB=0.0244971;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00134151;OID=.;OPOS=39185077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:34:1:1:33:33:0.970588:11:22:0:1:11:22:0:1 chr3 39185248 . A G 766.49 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.062;QD=63.874;RBI=0.00223739;REFB=0;REVB=-0.00153654;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2375e-05;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr3 39186728 . C T 1798.17 PASS AF=0.97561;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=123;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0500385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.805;QD=58.4769;RBI=0.0610565;REFB=-0.0190354;REVB=0.0349863;RO=3;SAF=52;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109832;STB=0.505784;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000536544;OID=.;OPOS=39186728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:123:3:3:120:120:0.97561:68:52:2:1:68:52:2:1 chr3 39229900 . T C 1676.72 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=60.4225;RBI=0.0405127;REFB=0;REVB=0.0267979;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58952e-05;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:49:61:0:0:50:61:0:0 chr3 39307562 . C T 390.96 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0143463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.548;QD=14.48;RBI=0.0497305;REFB=-0.0177247;REVB=-0.0476162;RO=61;SAF=29;SAR=16;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767535;STB=0.554758;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0211253;OID=.;OPOS=39307562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:63:45:45:0.416667:16:29:35:26:16:29:35:28 chr3 39323163 . A C 269.17 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=-0.0107016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5437;QD=11.8318;RBI=0.0124197;REFB=-0.00412696;REVB=0.00630269;RO=59;SAF=20;SAR=12;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107932;STB=0.561897;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00755919;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:12:20:42:17:12:20:42:17 chr3 39431081 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.485;QD=53.2772;RBI=0.0227938;REFB=0;REVB=0.0205949;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010492;OID=.;OPOS=39431081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:16:7:0:0 chr3 40231383 . C T 536.09 PASS AF=0.518868;AO=49;DP=103;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0269173;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=164.943;QD=20.2299;RBI=0.0269596;REFB=-0.0182376;REVB=-0.0015107;RO=29;SAF=30;SAR=19;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430366;STB=0.532585;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0117476;OID=.;OPOS=40231383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:29:51:49:55:0.518868:19:30:16:13:23:32:33:18 chr3 40231883 . C T 451.93 PASS AF=0.481132;AO=43;DP=98;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0533804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2312;QD=17.0541;RBI=0.0859374;REFB=-0.0470059;REVB=0.0673481;RO=55;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570438;STB=0.559324;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0800781;OID=.;OPOS=40231883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:106:55:55:43:51:0.481132:22:21:30:25:29:22:30:25 chr3 40275461 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0103704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.45;QD=15.6262;RBI=0.0170911;REFB=-0.00891863;REVB=0.0135854;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122911;STB=0.546713;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.012388;OID=.;OPOS=40275461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:18:19:0.413043:6:12:15:12:7:12:15:12 chr3 40286017 . T C 2324.59 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140985;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5282;QD=62.8269;RBI=0.0264552;REFB=0;REVB=0.0223855;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708985;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:148:0:0:136:148:1:66:70:0:0:66:82:0:0 chr3 40286018 . G C 32.83 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=150;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=-0.0904013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7136;QD=0.869787;RBI=0.117519;REFB=-0.0387075;REVB=-0.0750884;RO=139;SAF=10;SAR=1;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445004;STB=0.887828;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0868934;OID=.;OPOS=40286018;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:150:151:139:140:11:11:0.0728477:1:10:73:66:1:10:74:66 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 1139.26 PASS AF=0,0.892473;AO=17,66;DP=92;FAO=0,83;FDP=93;FR=.;FRO=10;FSAF=0,37;FSAR=0,46;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0824299,0.0752701;FXX=0.0510152;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=53.2545,231.393;QD=49.0003;RBI=0.0840458,0.0769205;REFB=-0.00367288,-0.021849;REVB=-0.0164013,-0.0158486;RO=0;SAF=8,23;SAR=9,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.126e-08,0;STB=0.5,0.516715;STBP=1,0.362;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00232439;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.892473:17,66:92:0,83:93:10:0,37:0,46:6:4:44:0:8,23:9,43:0:0 chr3 40301661 . A G 260.22 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0107882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.115;QD=16.7883;RBI=0.0124561;REFB=-0.0144752;REVB=0.00622657;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172978;STB=0.605308;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0134325;OID=.;OPOS=40301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:11:18:14:18:11:18:14:19 chr3 40498845 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.062;QD=61.336;RBI=0.046174;REFB=0;REVB=0.00465736;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401267;OID=.;OPOS=40498845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr3 40499182 . C T 1649.55 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704333;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6973;QD=59.9836;RBI=0.0810979;REFB=0;REVB=0.0401998;RO=0;SAF=43;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619024;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:109:110:1:66:43:0:0:67:43:0:0 chr3 40519429 . T C 687.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3115;QD=62.4734;RBI=0.0503673;REFB=0;REVB=0.0335129;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20709e-05;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 40557443 . C A 278.21 PASS AF=0.517241;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0182842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3249;QD=19.1871;RBI=0.0268249;REFB=0.00064893;REVB=0.0196282;RO=28;SAF=23;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260676;STB=0.596473;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000475692;OID=.;OPOS=40557443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:28:30:0.517241:5:23:17:11:7:23:17:11 chr3 40559078 . G C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00434339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.76;QD=13.7267;RBI=0.00591112;REFB=0.00181589;REVB=0.00400953;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726495;STB=0.551864;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00539537;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:24:25:0.409836:11:13:17:19:11:14:17:19 chr3 40573744 . A G 312.71 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00930638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1178;QD=21.9448;RBI=0.0122822;REFB=-0.0320352;REVB=-0.00801516;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201369;STB=0.501113;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0236988;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:14:11:14:18:14:11 chr3 41723280 . G A 118.04 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00933629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.734;QD=12.4254;RBI=0.0208741;REFB=-0.0305665;REVB=0.0186698;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0307321;OID=.;OPOS=41723280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:24:24:13:14:0.368421:7:6:13:11:8:6:13:11 chr3 41756965 . C T 281.58 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00518221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.342;QD=14.44;RBI=0.00978652;REFB=-0.0243766;REVB=0.00830184;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107972;STB=0.55125;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0195864;OID=.;OPOS=41756965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:31:32:0.410256:16:15:27:19:16:16:27:19 chr3 41756986 . A T 315.72 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00737036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.908;QD=15.0344;RBI=0.00760969;REFB=-0.00860918;REVB=-0.00189345;RO=49;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109206;STB=0.561702;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0143766;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:18:17:29:20:18:17:29:20 chr3 41841716 . A C 871.33 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0197427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9428;QD=56.2151;RBI=0.0458039;REFB=-0.011627;REVB=0.0413306;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000139653;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:0:1:58:61:0.983871:17:41:0:0:19:42:0:1 chr3 41877414 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.020281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.909;QD=13.9118;RBI=0.0238398;REFB=-0.0140408;REVB=-0.0125307;RO=31;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962466;STB=0.555501;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0267239;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:7:14:18:13:7:14:18:13 chr3 41910571 . T C 698.3 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.201631;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4826;QD=55.8641;RBI=0.201646;REFB=0;REVB=-0.00246881;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359363;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:38:50:1:30:8:0:0:31:19:0:0 chr3 41925398 . C T 602.0 PASS AF=0.545455;AO=59;DP=109;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.00903148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.409;QD=21.8908;RBI=0.016162;REFB=-0.0222872;REVB=-0.013403;RO=50;SAF=25;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037679;STB=0.517236;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0160157;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:50:50:59:60:0.545455:34:25:19:31:35:25:19:31 chr3 41925423 . T C 1589.57 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.628;QD=59.9836;RBI=0.0339401;REFB=0;REVB=0.0261702;RO=0;SAF=42;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102372;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:64:42:0:0:64:42:0:0 chr3 41937000 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00344717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.34;QD=21.9992;RBI=0.00771634;REFB=-0.00571892;REVB=0.00690354;RO=21;SAF=22;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322641;STB=0.688046;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0108166;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:23:28:29:0.557692:6:22:9:12:6:23:10:13 chr3 41939993 . T A 566.19 PASS AF=1;AO=17;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.197786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.1649;QD=58.0704;RBI=0.264674;REFB=0;REVB=0.175877;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106727;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:17:39:1:8:9:0:0:17:22:0:0 chr3 41942255 . A G 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0416523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.751;QD=27.6972;RBI=0.0450153;REFB=0.00256683;REVB=0.0170723;RO=21;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705393;STB=0.538442;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00140228;OID=.;OPOS=41942255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:18:21:9:12:18:21:9:12 chr3 41957466 . T G 101.95 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0283178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.883;QD=9.06219;RBI=0.0815014;REFB=-0.000459327;REVB=0.0764237;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102272;STB=0.577235;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00207463;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:4:9:19:12:4:9:19:13 chr3 41960006 . T C 102.49 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0132282;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.445;QD=8.91254;RBI=0.0484239;REFB=-0.0119504;REVB=0.0465821;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119819;STB=0.573265;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0365625;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:17:16:5:8:17:16 chr3 41996136 . T C 319.02 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0134311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.705;QD=15.7543;RBI=0.0155688;REFB=-0.02284;REVB=-0.00787349;RO=45;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956769;STB=0.500355;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0299563;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:16:19:24:21:16:19:25:21 chr3 42236415 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0095;QD=62.6707;RBI=0.0544041;REFB=0;REVB=-0.0533619;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828771;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr3 42244321 . G A 2178.89 PASS AF=0.979167;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0279767;FXX=0.0204068;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.951;QD=60.5246;RBI=0.0559215;REFB=-0.0610456;REVB=0.0484202;RO=2;SAF=77;SAR=63;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148526;STB=0.504466;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000432835;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:144:144:2:3:140:141:0.979167:63:77:0:2:64:77:1:2 chr3 42568929 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0509362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.662;QD=12.3283;RBI=0.0536088;REFB=-0.00539973;REVB=-0.0167156;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.545372;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0161415;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:8:9:5:6:8:9 chr3 42597491 . A C 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00441728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.323;QD=3.54655;RBI=0.0180614;REFB=-0.00495536;REVB=-0.0175129;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131434;STB=0.592331;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0245124;OID=.;OPOS=42597491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:4:3:21:18:4:3:21:18 chr3 42599091 . G A 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00750658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.664;QD=29.3742;RBI=0.0188733;REFB=-0.0178859;REVB=-0.0173162;RO=7;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530245;STB=0.529377;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00637806;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:9:8:4:3:9:8:4:3 chr3 42610374 . A G 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.020321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.258;QD=12.0835;RBI=0.0211244;REFB=-0.0294452;REVB=-0.00577034;RO=27;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115918;STB=0.59311;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0408202;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:30:16:16:0.347826:7:9:18:9:7:9:21:9 chr3 42636141 . G A 152.21 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0631285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4818;QD=25.3682;RBI=0.075557;REFB=0.0143275;REVB=-0.0415168;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180941;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:24:7:8:14:16:0.666667:8:6:4:3:8:8:4:4 chr3 42700456 . C T 576.97 PASS AF=0.483871;AO=52;DP=127;FAO=60;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0176723;FXX=0.0387567;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.575;QD=18.6118;RBI=0.0290784;REFB=-0.0204328;REVB=-0.023092;RO=49;SAF=29;SAR=23;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600034;STB=0.565289;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0208272;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:124:49:64:52:60:0.483871:23:29:24:25:28:32:26:38 chr3 42700630 . A G 850.68 PASS AF=0.521472;AO=85;DP=162;FAO=85;FDP=163;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0219821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.787;QD=20.8757;RBI=0.0349578;REFB=0.00591715;REVB=-0.0271814;RO=74;SAF=47;SAR=38;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125986;STB=0.505406;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.00651586;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:74:78:85:85:0.521472:38:47:42:32:38:47:44:34 chr3 42728144 . A C,G 681.52 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=2,42;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.092748,-0.0365336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.6769,111.921;QD=61.9567;RBI=0.137479,0.0397311;REFB=0,0;REVB=-0.101481,-0.0156159;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.98888e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0708583,0.000134446;OID=.,.;OPOS=42728144,42728144;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:2,42:1,43:0.0227273,0.977273:2,25:0,17:0:0:1,26:0,17:0:0 chr3 42733468 . T C 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.774;QD=58.7774;RBI=0.0620956;REFB=0;REVB=0.0292022;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010743;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr3 42735150 . T C 461.68 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.828;QD=57.7105;RBI=0.0274152;REFB=0;REVB=0.00633625;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42273e-05;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr3 42735274 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.709;QD=59.0177;RBI=0.0414059;REFB=0;REVB=-0.0256499;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224574;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 42826168 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0331211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.428;QD=28.538;RBI=0.0340609;REFB=-0.143832;REVB=0.00794551;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00880154;OID=.;OPOS=42826168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr3 42907112 . A C 538.92 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.152;QD=59.8802;RBI=0.0507387;REFB=0;REVB=0.049323;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6696e-05;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:17:19:0:0 chr3 42908146 . A T 1002.88 PASS AF=0.606897;AO=88;DP=145;FAO=88;FDP=145;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0396047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.924;QD=27.6656;RBI=0.0476858;REFB=-0.0282619;REVB=-0.0265596;RO=56;SAF=50;SAR=38;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062321;STB=0.53056;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0202672;OID=.;OPOS=42908146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:56:57:88:88:0.606897:38:50:27:29:38:50:28:29 chr3 42908775 . A C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.829;QD=51.1795;RBI=0.128123;REFB=0;REVB=0.0312057;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493048;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr3 42917047 . A G 2008.91 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.982;QD=62.2917;RBI=0.0336446;REFB=0;REVB=0.0335641;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14311e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:125:129:1:57:68:0:0:61:68:0:0 chr3 42956273 . T C 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.301;QD=55.5216;RBI=0.0792447;REFB=-0.143167;REVB=0.0652805;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00294124;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:0:1 chr3 43073761 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3521;QD=54.5172;RBI=0.131093;REFB=0;REVB=0.13102;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186072;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr3 43074430 . A G 756.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320242;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.036;QD=57.1008;RBI=0.0417069;REFB=0;REVB=0.0267191;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70493e-05;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:26:27:0:0 chr3 43074434 . C T 678.21 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0730622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.101;QD=53.1932;RBI=0.0850273;REFB=-0.195385;REVB=0.0434921;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03761;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00834236;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:2:1:49:50:0.980392:25:24:2:0:25:25:1:0 chr3 43074871 . A G 3031.59 PASS AF=1;AO=165;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=124;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562493;FXX=0.0516408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.799;QD=60.0316;RBI=0.0090867;REFB=0;REVB=0.00713641;RO=0;SAF=118;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93661e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:202:0:0:165:202:1:47:118:0:0:78:124:0:0 chr3 43074872 . C G 251.04 PASS AF=0.196429;AO=36;DP=216;FAO=44;FDP=224;FR=.;FRO=180;FSAF=6;FSAR=38;FSRF=124;FSRR=56;FWDB=-0.0216704;FXX=0.00444425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5288;QD=4.48277;RBI=0.0264168;REFB=-0.0209398;REVB=0.0151077;RO=180;SAF=5;SAR=31;SRF=124;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643386;STB=0.897372;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0144252;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:224:180:180:36:44:0.196429:31:5:124:56:38:6:124:56 chr3 43095101 . A G 506.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804476;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.501;QD=59.5657;RBI=0.00806362;REFB=0;REVB=-0.000551234;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156673;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr3 43097710 . A G 1276.54 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187113;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.15;QD=61.52;RBI=0.00792556;REFB=0;REVB=-0.00770152;RO=0;SAF=61;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50678e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:83:0:0:83:83:1:22:61:0:0:22:61:0:0 chr3 43121559 . C T 1156.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801287;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.18;QD=60.893;RBI=0.00869622;REFB=0;REVB=-0.0033791;RO=0;SAF=51;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.59886e-06;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:25:51:0:0:25:51:0:0 chr3 43122966 . G A 1312.83 PASS AF=0.93617;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=94;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0793071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8523;QD=55.8649;RBI=0.0857127;REFB=-0.160024;REVB=-0.0325123;RO=5;SAF=55;SAR=33;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027101;STB=0.50284;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0109159;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:94:94:5:6:88:88:0.93617:33:55:3:2:33:55:4:2 chr3 43390387 . C CT,T 341.82 PASS AF=0.611111,0.0138889;AO=37,3;DP=74;FAO=44,1;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=34,1;FSAR=10,0;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0328016,-0.00131281;FXX=0.0136968;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=15.4173,234.905;QD=18.9897;RBI=0.0329656,0.0118034;REFB=0.0661867,-0.00208659;REVB=0.00328361,-0.0117302;RO=32;SAF=28,3;SAR=9,0;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.028379,0.441008;STB=0.523354,0.984022;STBP=0.706,0.547;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0434388,-0.00313303;OID=.,.;OPOS=43390388,43390387;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:32:27:37,3:44,1:0.611111,0.0138889:9,0:28,3:25:7:10,0:34,1:22:5 chr3 43414318 . A G 2752.88 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.651;QD=62.5654;RBI=0.046382;REFB=0;REVB=0.0179961;RO=0;SAF=75;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33951e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:176:0:0:172:176:1:97:75:0:0:98:78:0:0 chr3 43602803 . C T 179.41 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0212824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.119;QD=15.6009;RBI=0.0220094;REFB=-0.00757107;REVB=0.00560991;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354864;STB=0.706569;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0180735;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:14:13:15:4:14:13 chr3 43607136 . T C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00655234;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.67;QD=10.5422;RBI=0.023632;REFB=-0.0155536;REVB=-0.0227055;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126689;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0279331;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:10:11:7:4:10:11 chr3 44434424 . G A 507.98 PASS AF=0.53125;AO=46;DP=92;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=0.0212776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.638;QD=21.1658;RBI=0.0218332;REFB=-0.0242723;REVB=-0.00489406;RO=45;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061969;STB=0.554537;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0215502;OID=.;OPOS=44434424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:45:45:46:51:0.53125:31:15:12:33:32:19:12:33 chr3 44540790 . TTTC T,TT 905.24 PASS AF=0,0.952941;AO=9,69;DP=85;FAO=0,81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=0,51;FSAR=0,30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00562721,0.0111296;FXX=0.0116266;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=290.42,302.402;QD=42.5993;RBI=0.00954812,0.0141271;REFB=-0.0526402,-0.0538539;REVB=0.0077137,0.00870095;RO=0;SAF=6,43;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.518863;STBP=1,0.143;TYPE=del,del;VARB=0.0280415,-0.000154646;OID=.,.;OPOS=44540791,44540792;OREF=TTC,TC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.952941:9,69:85:0,81:85:4:0,51:0,30:4:0:3:0:6,43:3,26:0:0 chr3 44761736 . C T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0657744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.812;QD=18.3092;RBI=0.0658659;REFB=-0.0241883;REVB=0.00347148;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705375;STB=0.503935;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.032824;OID=.;OPOS=44761736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:21:16:17:23:21:16:17:23 chr3 44841824 . A G 308.85 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00756213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8814;QD=15.6377;RBI=0.0290972;REFB=-0.0106496;REVB=0.0280974;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929373;STB=0.577419;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0096919;OID=.;OPOS=44841824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:41:45:34:34:0.43038:15:19:19:22:15:19:19:26 chr3 44869026 . A T 3485.75 PASS AF=0.991304;AO=226;DP=230;FAO=228;FDP=230;FR=.;FRO=2;FSAF=117;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0501494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7155;QD=60.6218;RBI=0.091072;REFB=-0.135642;REVB=0.0760207;RO=2;SAF=117;SAR=109;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00866217;STB=0.504464;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00313939;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:230:230:2:2:226:228:0.991304:109:117:0:2:111:117:0:2 chr3 44884647 . C A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0242119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.188;QD=14.9475;RBI=0.0269359;REFB=-0.0315061;REVB=-0.0118038;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143849;STB=0.580956;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0296693;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:18:13:12:30:18:13:12:30 chr3 44943069 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0170296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.584;QD=27.2218;RBI=0.0231962;REFB=-0.00561739;REVB=0.0157498;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100145;STB=0.555508;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00393626;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:16:8:7:8:16:8:7:8 chr3 44943389 . G A 369.49 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00802286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.515;QD=16.988;RBI=0.0715065;REFB=-0.00942938;REVB=0.071055;RO=48;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388478;STB=0.52181;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00465665;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:14:25:29:19:14:25:29:19 chr3 44948479 . C T 356.81 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00108847;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.293;QD=19.0299;RBI=0.0132785;REFB=-0.0195381;REVB=0.0132338;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985821;STB=0.548763;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0230483;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:38:37:37:0.493333:22:15:19:18:22:15:19:19 chr3 44948590 . G A 522.89 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0106052;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.757;QD=19.9195;RBI=0.0135896;REFB=-0.00931139;REVB=-0.0084974;RO=50;SAF=20;SAR=34;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897774;STB=0.511274;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00738516;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:50:51:54:54:0.514286:34:20:19:31:34:20:20:31 chr3 44968319 . CTTTTTC CTTTC,CTTTTC,CTTTTCA,TCTTTTC 242.64 PASS AF=0,0.837838,0,0;AO=5,18,2,2;DP=35;FAO=0,31,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=0,24,0,0;FSAR=0,7,0,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.08918,-0.162896,0.0656483,-0.0676939;FXX=0;HRUN=5,5,5,2;LEN=2,1,2,2;MLLD=11.8028,11.4531,11.4447,173.213;QD=26.2311;RBI=0.0966156,0.176565,0.108413,0.109904;REFB=-0.0461161,-0.0702892,-0.0819977,0.0205244;REVB=0.0371686,0.0681171,-0.0862773,-0.0865819;RO=6;SAF=5,17,0,0;SAR=0,1,2,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.694502,0.191029,-0.719959,-0.719959;STB=0.5,0.513915,0.5,0.5;STBP=1,0.784,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.0399366,0.0211319,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=44968320,44968320,44968324,44968319;OREF=TT,T,TC,CT;OALT=-,-,CA,TC;OMAPALT=CTTTC,CTTTTC,CTTTTCA,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:35:37:6:6:5,18,2,2:0,31,0,0:0,0.837838,0,0:0,1,2,2:5,17,0,0:5:1:0,7,0,0:0,24,0,0:5:1 chr3 45052775 . G C 592.72 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0117103;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.453;QD=20.0923;RBI=0.0169964;REFB=-0.0215211;REVB=-0.0123185;RO=58;SAF=36;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151544;STB=0.58359;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0184513;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:58:58:60:60:0.508475:24:36:25:33:24:36:25:33 chr3 45077123 . G A 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00633147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.705;QD=13.0537;RBI=0.00728174;REFB=-0.0177314;REVB=0.00359669;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976283;STB=0.556005;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0286887;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:15:20:11:12:15:20 chr3 45127515 . T C 1280.26 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3118;QD=61.6993;RBI=0.168391;REFB=0;REVB=0.0609479;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146798;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:51:26:0:0:52:31:0:0 chr3 45134822 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.764;QD=60.8834;RBI=0.00942256;REFB=0;REVB=-0.00748745;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98566e-06;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr3 45152071 . C T 1034.61 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=168;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00934857;FXX=0.00591681;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.327;QD=24.6337;RBI=0.0101579;REFB=-0.0110164;REVB=0.00397333;RO=71;SAF=49;SAR=48;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204311;STB=0.511103;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00789942;OID=.;OPOS=45152071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:71:71:97:97:0.577381:48:49:34:37:48:49:34:37 chr3 45187785 . C G 180.67 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0306655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0227;QD=16.4246;RBI=0.0419561;REFB=-0.019194;REVB=0.0286347;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275801;STB=0.523919;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0233699;OID=.;OPOS=45187785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:7:17:13:6:7:18 chr3 45527218 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111326;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.637;QD=60.042;RBI=0.0235719;REFB=0;REVB=0.0207774;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18319e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr3 45533224 . G A 1365.18 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197235;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.895;QD=62.7667;RBI=0.0227045;REFB=0;REVB=0.0112461;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62551e-05;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:36:51:0:0:36:51:0:0 chr3 45559519 . T C 1540.94 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.836;QD=59.8423;RBI=0.0333268;REFB=0;REVB=0.0320785;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82145e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:98:103:1:38:60:0:0:38:65:0:0 chr3 45565554 . A G 2355.25 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684228;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.926;QD=61.1752;RBI=0.0693882;REFB=0;REVB=-0.0115349;RO=0;SAF=63;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146328;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:91:63:0:0:91:63:0:0 chr3 45637253 . C T 1290.72 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0054048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.151;QD=57.3654;RBI=0.0131387;REFB=-0.0188607;REVB=0.0119755;RO=4;SAF=51;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137135;STB=0.507245;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000440695;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:4:4:86:86:0.955556:35:51:3:1:35:51:3:1 chr3 45637439 . T C 5854.55 PASS AF=1;AO=302;DP=362;FAO=369;FDP=369;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=196;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252303;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.173;QD=63.464;RBI=0.0647128;REFB=0;REVB=0.0595918;RO=0;SAF=193;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52629e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:362:369:0:0:302:369:1:109:193:0:0:173:196:0:0 chr3 45817418 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.341;QD=60.0305;RBI=0.0728932;REFB=0;REVB=0.0535057;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327957;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr3 45957055 . G A 562.76 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0224471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.222;QD=19.5743;RBI=0.0252332;REFB=-6.87358e-05;REVB=0.0115257;RO=55;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126389;STB=0.567279;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=4.94469e-05;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:55:57:58:58:0.504348:32:26:17:38:32:26:18:39 chr3 45959515 . A T 1019.17 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.152;QD=59.0821;RBI=0.0312642;REFB=0;REVB=0.0307641;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487266;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr3 45959759 . T C 1540.68 PASS AF=0.980583;AO=56;DP=99;FAO=101;FDP=103;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.573;QD=59.8324;RBI=0.0959608;REFB=0;REVB=0.0298962;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303047;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:103:0:0:56:101:0.980583:43:13:0:0:50:51:0:0 chr3 45989044 . T G 797.4 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=56.9573;RBI=0.0420484;REFB=0;REVB=0.0382588;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26764e-05;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:17:38:0:0:18:38:0:0 chr3 45996761 . G A 3130.08 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109705;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.689;QD=63.8791;RBI=0.0110296;REFB=0;REVB=-0.00114068;RO=0;SAF=111;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17245e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:196:0:0:195:196:1:84:111:0:0:84:112:0:0 chr3 46008790 . G A 2262.67 PASS AF=0.993377;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0753783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7628;QD=59.9382;RBI=0.0825467;REFB=-0.0466657;REVB=0.0336463;RO=0;SAF=93;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000795717;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:0:1:149:150:0.993377:56:93:0:0:57:93:0:1 chr3 46009864 . C G 1446.81 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.28;QD=61.5666;RBI=0.105028;REFB=-0.103188;REVB=0.0336942;RO=1;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187653;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:86:94:1:0:85:94:1:37:48:0:1:38:56:0:0 chr3 46010077 . C T 1536.5 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.734;QD=62.7141;RBI=0.0331044;REFB=-0.138699;REVB=0.011363;RO=0;SAF=65;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632349;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:0:97:98:1:32:65:0:0:33:65:0:0 chr3 46021218 . G T 823.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298765;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.111;QD=57.7903;RBI=0.0346655;REFB=0;REVB=0.0175809;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14611e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr3 46399798 . T C 330.68 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.012202;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.869;QD=20.6677;RBI=0.0138931;REFB=-0.00660879;REVB=0.00664317;RO=30;SAF=22;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157947;STB=0.587733;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00574396;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:12:22:14:16:12:22:14:16 chr3 46416470 . G T 862.84 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2481;QD=54.7832;RBI=0.0927308;REFB=-0.108218;REVB=0.0921045;RO=2;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00557531;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00826424;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:2:1:61:62:0.984127:36:25:1:1:37:25:1:0 chr3 46417312 . G T 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.55;QD=61.3293;RBI=0.0276362;REFB=0;REVB=0.010751;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76244e-05;OID=.;OPOS=46417312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:11:29:0:0 chr3 46449978 . A C 1233.45 PASS AF=0.988372;AO=80;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217561;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.542;QD=57.3696;RBI=0.0317212;REFB=0.0426726;REVB=0.0230849;RO=2;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210329;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000124292;OID=.;OPOS=46449978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:2:1:80:85:0.988372:44:36:0:2:46:39:0:1 chr3 46450070 . T A 905.66 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.21;QD=56.604;RBI=0.0990911;REFB=-0.0816654;REVB=0.0943634;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00063782;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:0:1:26:37:0:1 chr3 46480801 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.000832153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.675;QD=21.0649;RBI=0.00241726;REFB=-0.0180314;REVB=-0.00226951;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117379;STB=0.565641;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0125988;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:10:14:17:7:10:14:17:7 chr3 46480958 . C G 298.9 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0401433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.047;QD=18.6815;RBI=0.0444685;REFB=-0.00626395;REVB=-0.0191302;RO=31;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240921;STB=0.627409;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00374964;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:11:21:12:19:11:21:13:19 chr3 46484964 . G A 1187.91 PASS AF=1;AO=62;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478506;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1639;QD=60.9187;RBI=0.0644127;REFB=0;REVB=0.0642347;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422011;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:62:78:1:38:24:0:0:39:39:0:0 chr3 46491393 . C A 270.15 PASS AF=0.25;AO=41;DP=164;FAO=41;FDP=164;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=82;FSRR=41;FWDB=0.00827527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.781;QD=6.58913;RBI=0.0368489;REFB=-0.001814;REVB=-0.0359076;RO=123;SAF=14;SAR=27;SRF=82;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390241;STB=0.731273;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0101556;OID=.;OPOS=46491393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:123:123:41:41:0.25:27:14:82:41:27:14:82:41 chr3 46501213 . T C 1641.59 PASS AF=0.965517;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=116;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0278015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.112;QD=56.6064;RBI=0.050757;REFB=-0.198849;REVB=0.0424659;RO=3;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287472;STB=0.511276;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00114814;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:116:116:3:4:112:112:0.965517:48:64:0:3:48:64:1:3 chr3 46501268 . C T 581.58 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00645234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.728;QD=25.0143;RBI=0.00925662;REFB=-0.0489084;REVB=0.00663719;RO=40;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741227;STB=0.504057;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0161473;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:26:27:20:20:26:27:20:20 chr3 46501284 . C CCTT 1085.3 PASS AF=1;AO=62;DP=83;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134219;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=3;MLLD=250.945;QD=60.2945;RBI=0.0345309;REFB=0;REVB=0.0318157;RO=12;SAF=25;SAR=37;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.3733e-05;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:83:72:72:0:31:41:0:0:6:12:25:37:8:4 chr3 46580588 . A G 217.99 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00478708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.071;QD=13.8408;RBI=0.0252736;REFB=-0.0272114;REVB=0.0248161;RO=36;SAF=20;SAR=6;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166341;STB=0.589988;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0300344;OID=.;OPOS=46580588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:6:20:23:13:6:20:24:13 chr3 46592987 . A G 278.26 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0249425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2886;QD=16.368;RBI=0.0255628;REFB=-0.00902369;REVB=0.00559713;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722622;STB=0.5407;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0132499;OID=.;OPOS=46592987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:20:17:12:19:20:17 chr3 46620614 . T C 780.71 PASS AF=0.503106;AO=79;DP=159;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.0192517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6677;QD=19.3965;RBI=0.0356471;REFB=-0.0149269;REVB=0.0300014;RO=79;SAF=42;SAR=37;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460118;STB=0.527762;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0236454;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:79:80:79:81:0.503106:37:42:38:41:38:43:38:42 chr3 46620760 . T G 259.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.000475178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4913;QD=11.9324;RBI=0.0262415;REFB=-0.0376011;REVB=0.0262372;RO=55;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481525;STB=0.521854;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0341881;OID=.;OPOS=46620760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:16:15:29:26:16:15:29:27 chr3 46620801 . G A 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00221261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.064;QD=17.0592;RBI=0.0193783;REFB=-0.0158562;REVB=-0.0192516;RO=38;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272917;STB=0.653545;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0173956;OID=.;OPOS=46620801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:10:23:16:22:10:23:16:22 chr3 46654132 . G A 1822.66 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.889;QD=61.2658;RBI=0.0293749;REFB=0;REVB=0.027529;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2375e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:47:71:0:0:47:72:0:0 chr3 46658737 . A G 1665.16 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=114;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281359;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9298;QD=59.4701;RBI=0.0653067;REFB=-0.0696918;REVB=0.058935;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000659105;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:112:0:1:111:111:0.991071:53:58:0:0:53:58:0:1 chr3 46713457 . C G 736.25 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0286443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.074;QD=18.522;RBI=0.0437754;REFB=0.00634931;REVB=0.0331027;RO=82;SAF=35;SAR=42;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166573;STB=0.591813;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00865428;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:82:82:77:77:0.484277:42:35:52:30:42:35:52:30 chr3 46714821 . C G 425.14 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00586905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.003;QD=24.2935;RBI=0.0118969;REFB=-0.0488197;REVB=0.0103485;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056032;STB=0.530711;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0370652;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:21:20:12:17:21:20:12:17 chr3 46722692 . G T 1226.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3577;QD=61.3229;RBI=0.0273594;REFB=0;REVB=0.0268397;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237557;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr3 46723551 . G A 102.54 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.023947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0715;QD=17.8321;RBI=0.0249495;REFB=-0.02624;REVB=-0.00700107;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581219;STB=0.533279;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0241814;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:3:8:8:4:3:8 chr3 46729757 . C G 429.03 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0250705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9804;QD=15.7441;RBI=0.0279387;REFB=-0.00826356;REVB=0.0123304;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290172;STB=0.516246;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0109337;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:61:61:48:48:0.440367:25:23:31:30:25:23:31:30 chr3 46755937 . C T 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0196002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.711;QD=18.0812;RBI=0.019997;REFB=-0.0249434;REVB=-0.00396407;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474324;STB=0.521831;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0310464;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:26:15:19:27:26:15:19:28 chr3 46775322 . A G 474.84 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0112208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.908;QD=16.9585;RBI=0.0149277;REFB=-0.0120913;REVB=-0.00984529;RO=60;SAF=18;SAR=33;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226143;STB=0.62914;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0130809;OID=.;OPOS=46775322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:60:51:52:0.464286:33:18:35:25:34:18:35:25 chr3 46775383 . A G 517.33 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00518009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5738;QD=22.7396;RBI=0.0715681;REFB=-0.0254514;REVB=-0.0713804;RO=42;SAF=16;SAR=33;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21376;STB=0.617928;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0201001;OID=.;OPOS=46775383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:33:16:24:18:33:16:24:18 chr3 46775608 . A G 512.54 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.038269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4013;QD=17.2282;RBI=0.0544606;REFB=-0.0174507;REVB=0.0387484;RO=58;SAF=24;SAR=31;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154024;STB=0.608539;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0311093;OID=.;OPOS=46775608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:64:55:55:0.462185:31:24:35:23:31:24:41:23 chr3 46777881 . C G 251.4 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.024435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.579;QD=17.0442;RBI=0.0275865;REFB=0.00620814;REVB=-0.0128041;RO=30;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279649;STB=0.669432;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.030483;OID=.;OPOS=46777881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:6:22:16:14:6:22:16:15 chr3 46777885 . T C 229.4 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0663449;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.859;QD=16.0982;RBI=0.0664233;REFB=-0.00772066;REVB=-0.00322597;RO=30;SAF=21;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320356;STB=0.694048;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00884601;OID=.;OPOS=46777885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:26:26:0.45614:5:21:16:14:5:21:16:15 chr3 46874578 . G A 266.4 PASS AF=0.276119;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=134;FR=.;FRO=97;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.00560666;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.492;QD=7.95226;RBI=0.0296664;REFB=-0.000325487;REVB=-0.0291318;RO=98;SAF=23;SAR=14;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382101;STB=0.518052;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.000695255;OID=.;OPOS=46874578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:98:97:37:37:0.276119:14:23:58:40:14:23:58:39 chr3 47018214 . T C 1802.81 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.485;QD=60.0935;RBI=0.0367219;REFB=-0.0647355;REVB=-0.00205871;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.503875;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000101496;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:64:55:0:0:64:55:0:1 chr3 47033985 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 90.59 PASS AF=0.0805687,0.00947867;AO=13,8;DP=219;FAO=17,2;FDP=211;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=175;FSAF=4,1;FSAR=13,1;FSRF=146;FSRR=29;FWDB=0.00777344,-0.0164305;FXX=0.036528;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=24.6778,18.937;QD=1.71728;RBI=0.0675974,0.069032;REFB=-0.0146057,-0.0279032;REVB=-0.0671489,-0.0670482;RO=112;SAF=4,4;SAR=9,4;SRF=97;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.6468,-0.482003;STB=0.920419,0.828658;STBP=0.026,0.736;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.185262,0.125467;OID=.,.;OPOS=47033985,47033991;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:219:211:112:175:13,8:17,2:0.0805687,0.00947867:9,4:4,4:97:15:13,1:4,1:146:29 chr3 47036565 . G A 149.72 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0435303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1126;QD=28.5182;RBI=0.0473537;REFB=-0.0198996;REVB=-0.018641;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140931;STB=0.578836;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.005155;OID=.;OPOS=47036565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:3:3:11:4:3:3 chr3 47036578 . G A 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0157334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9301;QD=21.9427;RBI=0.0812767;REFB=0.0104644;REVB=0.0797394;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338842;STB=0.692054;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0143023;OID=.;OPOS=47036578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:8:4:12:4:8:4 chr3 47036756 . C G 269.21 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0552931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1836;QD=16.5667;RBI=0.0830799;REFB=-0.0128198;REVB=-0.0620076;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111628;STB=0.559056;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0123381;OID=.;OPOS=47036756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:29:30:0.461538:17:12:18:16:17:13:19:16 chr3 47040466 . C A 165.88 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0777647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3074;QD=16.1835;RBI=0.127816;REFB=-0.0216756;REVB=0.101437;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541645;STB=0.550966;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0347689;OID=.;OPOS=47040466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:6:11:16:7:7:11:16:7 chr3 47043238 . C T 313.04 PASS AF=0.459459;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0240951;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.349;QD=16.921;RBI=0.0277045;REFB=-0.0101914;REVB=0.0136737;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15324;STB=0.591733;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0107557;OID=.;OPOS=47043238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:33:34:0.459459:13:20:18:22:13:21:18:22 chr3 47043622 . G A 369.45 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0699136;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.32;QD=15.7214;RBI=0.0700066;REFB=-0.0292773;REVB=0.0036082;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586443;STB=0.538442;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0372258;OID=.;OPOS=47043622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:21:18:28:26:21:18:29:26 chr3 47051026 . A G 1081.43 PASS AF=0.453441;AO=111;DP=247;FAO=112;FDP=247;FR=.;FRO=135;FSAF=69;FSAR=43;FSRF=80;FSRR=55;FWDB=-0.0148128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1398;QD=17.513;RBI=0.0444127;REFB=-0.0278761;REVB=-0.0418697;RO=126;SAF=68;SAR=43;SRF=78;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653795;STB=0.513476;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0332933;OID=.;OPOS=47051026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:126:135:111:112:0.453441:43:68:78:48:43:69:80:55 chr3 47161214 . T C 165.0 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0258465;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.787;QD=28.6964;RBI=0.0267147;REFB=-0.01217;REVB=-0.00675538;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113727;STB=0.56284;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00265707;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:6:1:5:11:6:1 chr3 47162661 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0115552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.497;QD=13.4559;RBI=0.021407;REFB=-0.00921086;REVB=0.0180205;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143835;STB=0.585202;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0132977;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:9:6:3:8:9:6 chr3 47162886 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0529496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.249;QD=12.7299;RBI=0.0563653;REFB=-0.0169202;REVB=-0.0193232;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.599771;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0154335;OID=.;OPOS=47162886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:6:6:3:6:6:6 chr3 47288905 . G A 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00744741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.152;QD=23.252;RBI=0.00801786;REFB=-0.00783376;REVB=0.0029702;RO=43;SAF=25;SAR=26;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133812;STB=0.573422;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00704211;OID=.;OPOS=47288905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:26:25:28:15:26:25:28:15 chr3 47386059 . TG CC 801.25 PASS AF=1;AO=5;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148532;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=2;MLLD=45.1498;QD=65.4083;RBI=0.222905;REFB=0;REVB=0.166208;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00175534;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:5:49:1:3:2:0:0:29:20:0:0 chr3 47448825 . G A 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0138827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.114;QD=12.7239;RBI=0.0161174;REFB=-0.0320699;REVB=0.00818785;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.563822;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0390746;OID=.;OPOS=47448825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:14:21:11:12:15:21 chr3 47449058 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.89;QD=57.2026;RBI=0.0617765;REFB=0;REVB=0.0373281;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179964;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr3 47452087 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.286;QD=51.9162;RBI=0.0674591;REFB=0;REVB=-0.0195117;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252346;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr3 47454399 . G A 47.66 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.40476e-05;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8045;QD=31.775;RBI=0.12552;REFB=0;REVB=0.12552;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0190967;OID=.;OPOS=47454399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:6:0:0:0 chr3 47455294 . G GGCCCC 329.97 PASS AF=0.514706;AO=32;DP=73;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00371635;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=5;MLLD=294.41;QD=19.4099;RBI=0.00670016;REFB=-0.0168515;REVB=0.00557502;RO=39;SAF=10;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157256;STB=0.527024;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.0152502;OID=.;OPOS=47455295;OREF=-;OALT=GCCCC;OMAPALT=GGCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514706:32:73:35:68:33:12:23:13:20:99:39:10:22:18:21 chr3 47462200 . T C 904.49 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763884;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.649;QD=57.4282;RBI=0.0221044;REFB=0;REVB=0.0207426;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146513;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:53:63:1:18:35:0:0:24:39:0:0 chr3 47539702 . T C 897.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.252;QD=57.8967;RBI=0.086003;REFB=0;REVB=0.0815281;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266319;OID=.;OPOS=47539702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:23:35:0:0:23:39:0:0 chr3 47539751 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416494;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.187;QD=59.8317;RBI=0.037579;REFB=0;REVB=-0.0373475;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3431e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:101:102:1:44:57:0:0:44:58:0:0 chr3 47618953 . C A 507.89 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00696084;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.861;QD=23.0858;RBI=0.00728738;REFB=-0.0221637;REVB=-0.00215698;RO=40;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528953;STB=0.529058;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0102351;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:40:48:48:0.545455:21:27:25:15:21:27:25:15 chr3 47645933 . A T 533.42 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.000754188;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8602;QD=20.9184;RBI=0.0356739;REFB=-0.0112567;REVB=-0.0356659;RO=49;SAF=27;SAR=27;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114727;STB=0.568603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00942643;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:49:48:54:54:0.529412:27:27:18:31:27:27:17:31 chr3 47953405 . A C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00170759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=343.194;QD=10.3792;RBI=0.0194023;REFB=-0.00530957;REVB=0.019327;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00830221;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:10:6:4:5:10:6 chr3 47953733 . C A 123.25 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0134909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.476;QD=7.35789;RBI=0.0246633;REFB=-0.00441156;REVB=-0.0206464;RO=49;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103691;STB=0.562844;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0124931;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:8:10:23:26:8:10:23:26 chr3 47956424 . C T 330.75 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0336706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=15.9397;RBI=0.0338706;REFB=-0.00551305;REVB=-0.00367519;RO=46;SAF=28;SAR=8;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493391;STB=0.781759;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115031;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:8:28:13:33:8:28:13:34 chr3 47958037 . G T 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0194454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.485;QD=17.5745;RBI=0.0205009;REFB=-0.0202488;REVB=-0.00649326;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199471;STB=0.610611;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0266967;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:17:24:38:11:17:24:38:11 chr3 48419897 . C T 909.87 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9065;QD=57.7693;RBI=0.0162324;REFB=0;REVB=0.0141018;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375031;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:35:26:0:0:35:28:0:0 chr3 48476431 . C G 2685.43 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0283015;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.035;QD=60.6877;RBI=0.0404855;REFB=-0.050286;REVB=0.02895;RO=3;SAF=99;SAR=75;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186553;STB=0.503225;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000562072;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:177:177:3:1:174:176:0.99435:75:99:0:3:77:99:0:1 chr3 48679362 . T TC 38.21 PASS AF=0.0801527;AO=32;DP=267;FAO=21;FDP=262;FR=.;FRO=241;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=126;FSRR=115;FWDB=-0.0615988;FXX=0.00757547;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3381;QD=0.583394;RBI=0.0672126;REFB=-0.0131061;REVB=-0.0268908;RO=229;SAF=6;SAR=26;SRF=124;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445606;STB=0.949093;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.223347;OID=.;OPOS=48679363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0801527:32:267:21:262:241:1:20:126:115:38:229:6:26:124:105 chr3 48727112 . G A 1006.37 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.185;QD=59.1981;RBI=0.00986697;REFB=0;REVB=0.00597706;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01817e-06;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr3 48731961 . ATA GAT,GTA 218.68 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,14;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144643,0.0546878;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=118.379,76.4321;QD=48.5945;RBI=0.0149793,0.0746274;REFB=0,0;REVB=-0.00389381,0.0507789;RO=0;SAF=0,5;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0846976,-0.00854214;OID=.,.;OPOS=48731961,48731961;OREF=ATA,A;OALT=GAT,G;OMAPALT=GAT,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:3,14:2,16:0.111111,0.888889:3,9:0,5:0:0:2,10:0,6:0:0 chr3 48995487 . C T 357.98 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.393;QD=55.0736;RBI=0.0311975;REFB=0;REVB=0.0246766;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57984e-05;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr3 49051381 . CG C,GC 175.07 PASS AF=0.75,0;AO=15,9;DP=49;FAO=36,0;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=19,0;FSAR=17,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.24208,0.0165831;FXX=0.020404;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.83054,16.0823;QD=14.5892;RBI=0.250238,0.13262;REFB=-0.155165,-0.0208879;REVB=0.063374,-0.131579;RO=19;SAF=9,1;SAR=6,8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0320951,-0.603237;STB=0.506957,0.5;STBP=0.891,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.143678,0.0151598;OID=.,.;OPOS=49051382,49051381;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:49:48:19:12:15,9:36,0:0.75,0:6,8:9,1:12:7:17,0:19,0:6:6 chr3 49053219 . A G 1453.55 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300041;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.058;QD=60.5644;RBI=0.0417925;REFB=0;REVB=-0.0290924;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201543;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:96:0:0:82:96:1:44:38:0:0:44:52:0:0 chr3 49054692 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.618;QD=57.7122;RBI=0.0404878;REFB=0;REVB=0.034046;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03153e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr3 49168218 . G A 627.64 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0207675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4234;QD=20.5784;RBI=0.0235469;REFB=-0.023925;REVB=0.0110981;RO=59;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900722;STB=0.549515;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0220018;OID=.;OPOS=49168218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:31:32:36:23:31:32:36:23 chr3 49200480 . GCCCA GCCA,GCTCG 154.0 PASS AF=0.7,0.3;AO=3,4;DP=19;FAO=14,6;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=5,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.483033,0.0481521;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=10.6221,132.366;QD=30.7996;RBI=0.719434,0.0980081;REFB=-0.0404088,-0.0202814;REVB=0.533164,0.0853637;RO=8;SAF=3,0;SAR=0,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.388889,0;SSSB=0.660908,-0.703678;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.13896,-0.00361463;OID=.,.;OPOS=49200481,49200482;OREF=C,CCA;OALT=-,TCG;OMAPALT=GCCA,GCTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.3:3,4:19:14,6:20:0:9,0:5,6:0:0:37:8:3,0:0,4:4:4 chr3 49200627 . A G 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3897;QD=43.4726;RBI=0.0713795;REFB=0;REVB=0.0650245;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256975;OID=.;OPOS=49200627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr3 49200692 . T A 571.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7127;QD=58.6291;RBI=0.240269;REFB=-0.0511627;REVB=0.238853;RO=0;SAF=32;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29107e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678749;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:0:0:38:39:1:6:32:0:0:7:32:0:0 chr3 49273996 . C T 208.43 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.715;QD=41.6857;RBI=0.0400919;REFB=-0.0601953;REVB=-0.0320523;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.535676;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00352974;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:5:13:1:0:5:13:2:0 chr3 49298139 . G A 1085.1 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0186982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6887;QD=57.1103;RBI=0.0201868;REFB=-0.07099;REVB=-0.00760811;RO=2;SAF=44;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210146;STB=0.510867;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00272679;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:76:2:2:73:74:0.973684:29:44:2:0:29:45:2:0 chr3 49298205 . T C 923.95 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505722;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.356;QD=58.6634;RBI=0.0626208;REFB=0;REVB=0.0369299;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103733;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr3 49548008 . C G 800.33 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.784;QD=56.1632;RBI=0.049859;REFB=0;REVB=0.0471822;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384377;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:48:57:1:20:28:0:0:24:33:0:0 chr3 49569944 . A AC 37.27 PASS AF=0.173611;AO=33;DP=149;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=-0.0383964;FXX=0.0136977;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.444;QD=1.03535;RBI=0.0472994;REFB=-0.00320309;REVB=-0.0276215;RO=114;SAF=18;SAR=15;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065682;STB=0.609403;STBP=0.242;TYPE=ins;VARB=0.1483;OID=.;OPOS=49569945;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173611:33:149:25:144:119:12:13:73:46:37:114:18:15:68:46 chr3 49570434 . G GC 31.67 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0330508;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.6222;QD=4.36815;RBI=0.0431175;REFB=0.00117349;REVB=-0.0276905;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479529;STB=0.847466;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=-0.0219435;OID=.;OPOS=49570435;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:7:34:7:29:22:6:1:9:13:31:27:6:1:13:14 chr3 49570882 . T C 1660.98 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.825;QD=59.3209;RBI=0.0238995;REFB=-0.0695629;REVB=0.00888444;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000287281;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:111:111:0.991071:44:67:0:0:44:67:0:1 chr3 49690199 . G A 2273.15 PASS AF=0.987179;AO=151;DP=158;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0677898;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.292;QD=58.2858;RBI=0.070084;REFB=-0.100568;REVB=0.017785;RO=2;SAF=83;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113228;STB=0.505746;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00158195;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:156:2:2:151:154:0.987179:68:83:2:0:68:86:2:0 chr3 49701298 . G A 1609.59 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190639;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6904;QD=60.1718;RBI=0.0218995;REFB=0;REVB=-0.0107775;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46937e-05;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:106:107:1:39:67:0:0:40:67:0:0 chr3 49708767 . CTT CT,CTC 2189.02 PASS AF=0.107383,0.892617;AO=17,131;DP=151;FAO=16,133;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=16,71;FSAR=0,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711242,0.102765;FXX=0.0132442;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.3359,47.1015;QD=58.7656;RBI=0.0739235,0.10527;REFB=0,0;REVB=0.0201502,0.0228318;RO=1;SAF=17,69;SAR=0,62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00683859;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0437458,0.00167072;OID=.,.;OPOS=49708768,49708769;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107383,0.892617:17,131:151:16,133:149:0:16,71:0,62:0:0:50:1:17,69:0,62:1:0 chr3 49708785 . G A 71.05 PASS AF=0.112676;AO=14;DP=144;FAO=16;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=55;FWDB=0.0324128;FXX=0.0138879;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.2585;QD=2.00154;RBI=0.0405303;REFB=-0.0543304;REVB=0.0243333;RO=79;SAF=13;SAR=1;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60456;STB=0.914444;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.134606;OID=.;OPOS=49708785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:144:142:79:118:14:16:0.112676:1:13:37:42:1:15:63:55 chr3 49723784 . C A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00727195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.679;QD=26.5702;RBI=0.0122368;REFB=-0.0183568;REVB=0.00984168;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185599;STB=0.604744;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00356311;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:1:3:4:7:1:3 chr3 49724808 . T C 2201.18 PASS AF=0.986014;AO=140;DP=144;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00437533;FXX=0.0137922;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8251;QD=61.5715;RBI=0.0140142;REFB=-0.0707772;REVB=0.0133137;RO=1;SAF=69;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664988;STB=0.500149;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000424459;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:143:1:2:140:141:0.986014:71:69:0:1:72:69:1:1 chr3 49739507 . G C 557.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2863;QD=60.2229;RBI=0.0374201;REFB=0;REVB=0.0342602;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193103;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr3 49760039 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.981;QD=62.348;RBI=0.0612095;REFB=0;REVB=0.0204939;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273848;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 49928691 . T C 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000766266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3862;QD=55.0836;RBI=0.0554741;REFB=0;REVB=-0.0554688;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736607;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr3 50114515 . C T 446.78 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.871;QD=57.6491;RBI=0.0334933;REFB=0;REVB=-0.00565659;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145169;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:9:21:0:0:10:21:0:0 chr3 50129399 . C T 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.24;QD=59.7952;RBI=0.0492557;REFB=-0.0442557;REVB=-0.0480699;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000119787;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr3 50144951 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9722;QD=54.5149;RBI=0.0730508;REFB=0;REVB=-0.00387968;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr3 50153356 . T C 1115.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2639;QD=60.2872;RBI=0.0348274;REFB=0;REVB=0.0222571;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245977;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:32:41:0:0:33:41:0:0 chr3 50197092 . C T 899.1 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4632;QD=53.6773;RBI=0.0255481;REFB=-0.0638552;REVB=0.00256659;RO=1;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145288;STB=0.50746;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0155646;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:67:1:3:63:64:0.955224:32:31:0:1:32:32:2:1 chr3 50212609 . A AC 40.58 PASS AF=0.188235;AO=22;DP=88;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=56;FWDB=-0.0484133;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.5681;QD=1.90982;RBI=0.0607518;REFB=-0.00459947;REVB=-0.0367006;RO=65;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404908;STB=0.81766;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.0940735;OID=.;OPOS=50212610;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188235:22:88:16:85:69:10:6:13:56:40:65:12:10:14:51 chr3 50222926 . T A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00810981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.745;QD=61.5112;RBI=0.0378681;REFB=-0.0337261;REVB=0.0369895;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000611616;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr3 50251833 . A AG 402.99 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6926;QD=41.3318;RBI=0.136211;REFB=0;REVB=0.031601;RO=5;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00543002;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:43:39:39:0:20:19:0:0:8:5:18:19:1:4 chr3 50311899 . AC A,AT 1077.22 PASS AF=0.136986,0.863014;AO=10,63;DP=77;FAO=10,63;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=7,40;FSAR=3,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325298,0.00438521;FXX=0.0519413;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=260.973,281.061;QD=59.0259;RBI=0.0234212,0.0192416;REFB=0,0;REVB=0.0231942,0.0187352;RO=0;SAF=7,40;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0225616,0.00275942;OID=.,.;OPOS=50311900,50311900;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136986,0.863014:10,63:77:10,63:73:0:7,40:3,23:0:0:45:0:7,40:3,23:0:0 chr3 50311902 . G T 46.77 PASS AF=0.12987;AO=11;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0664564;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.2553;QD=2.42947;RBI=0.0698158;REFB=-0.0253083;REVB=-0.0213963;RO=66;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395861;STB=0.598086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.166175;OID=.;OPOS=50311902;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:77:77:66:67:11:10:0.12987:4:7:40:26:3:7:40:27 chr3 50326020 . G A 1087.81 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.728;QD=59.606;RBI=0.0158768;REFB=0;REVB=0.00568769;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265719;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:41:31:0:0:41:32:0:0 chr3 50327429 . A G 538.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3535;QD=58.2631;RBI=0.0403823;REFB=0;REVB=0.013639;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00866568;OID=.;OPOS=50327429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:12:22:0:0:14:23:0:0 chr3 50329826 . A G 744.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.794;QD=63.319;RBI=0.0895005;REFB=0;REVB=0.0733697;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401197;OID=.;OPOS=50329826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr3 50334231 . T A 561.39 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190454;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4714;QD=60.6908;RBI=0.0190454;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=37;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383709;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:0:37:0:0:0:37:0:0 chr3 50336661 . T C 1425.11 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182752;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.792;QD=62.6421;RBI=0.0292825;REFB=0;REVB=0.0228797;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194716;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:88:91:1:43:45:0:0:46:45:0:0 chr3 50355730 . T G 945.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.358;QD=58.1859;RBI=0.0334412;REFB=0;REVB=0.0130578;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99239e-05;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:26:39:0:0 chr3 50357869 . A C 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2454;QD=61.8505;RBI=0.0571125;REFB=0;REVB=-0.0558747;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365753;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr3 50367867 . A C 877.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.065;QD=56.6013;RBI=0.0194661;REFB=0;REVB=0.0117402;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138355;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:19:39:0:0:19:43:0:0 chr3 50378176 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.766;QD=33.4285;RBI=0.0666594;REFB=0;REVB=0.0308593;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721939;OID=.;OPOS=50378176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr3 50401841 . G A 1058.42 PASS AF=0.895349;AO=77;DP=87;FAO=77;FDP=86;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0519657;FXX=0.0114929;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.0316;QD=49.229;RBI=0.0853934;REFB=-0.185599;REVB=0.0677613;RO=2;SAF=25;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953909;STB=0.52702;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0494412;OID=.;OPOS=50401841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:87:86:2:9:77:77:0.895349:52:25:1:1:52:25:5:4 chr3 50403455 . CGGGGTG CGGGCTG,CGGGTG,CGGGTGC 210.54 PASS AF=0.115385,0.673077,0;AO=5,15,3;DP=53;FAO=6,35,0;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=6,20,0;FSAR=0,15,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0928161,-0.0718761,-0.0249034;FXX=0.0188644;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,3;MLLD=89.3793,9.66748,11.8477;QD=16.1951;RBI=0.105114,0.0897513,0.0537604;REFB=-0.029484,-0.0980663,-0.0506575;REVB=-0.0493365,0.0537505,0.0476445;RO=11;SAF=5,10,3;SAR=0,5,0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.731328,0.166822,0.657411;STB=0.997449,0.515914,0.5;STBP=0.058,0.728,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.129451,0.090359,0.109948;OID=.,.,.;OPOS=50403459,50403456,50403459;OREF=G,G,GTG;OALT=C,-,TGC;OMAPALT=CGGGCTG,CGGGTG,CGGGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115385,0.673077,0:5,15,3:53:6,35,0:52:11:6,20,0:0,15,0:7:4:40:11:5,10,3:0,5,0:5:6 chr3 50597092 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.289;QD=59.6786;RBI=0.0675625;REFB=0;REVB=0.0532895;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62521e-05;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr3 50609624 . T G 1570.18 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021115;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5888;QD=64.0889;RBI=0.0288591;REFB=0;REVB=-0.0196724;RO=0;SAF=30;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43309e-06;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:97:98:1:67:30:0:0:68:30:0:0 chr3 51273773 . T C 1181.5 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0574498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.3849;QD=58.3458;RBI=0.0574499;REFB=-0.06109;REVB=7.74574e-05;RO=2;SAF=47;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197152;STB=0.510414;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00125894;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:78:79:0.975309:31:47:2:0:32:47:2:0 chr3 51432895 . T C 778.63 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552338;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2065;QD=56.6273;RBI=0.0718624;REFB=0;REVB=0.045972;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115619;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr3 51433034 . G A 137.82 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00470855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.982;QD=10.0235;RBI=0.0311813;REFB=0.00341194;REVB=-0.0308237;RO=37;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423728;STB=0.755078;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00685372;OID=.;OPOS=51433034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:3:15:19:18:3:15:19:18 chr3 51434215 . A C 250.78 PASS AF=0.509434;AO=24;DP=50;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00290021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.277;QD=18.9268;RBI=0.00295529;REFB=-0.01141;REVB=0.000567918;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25047;STB=0.639793;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0100134;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:26:26:24:27:0.509434:12:12:20:6:14:13:20:6 chr3 51728573 . GC AC,AT 716.1 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=48,2;DP=52;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304285,-0.0390669;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=126.869,67.3123;QD=56.1647;RBI=0.0308713,0.0390739;REFB=0,0;REVB=0.00520972,0.000740033;RO=0;SAF=39,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000652793,-0.00940034;OID=.,.;OPOS=51728573,51728573;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:51:0:0:48,2:49,2:0.960784,0.0392157:9,0:39,2:0:0:9,0:40,2:0:0 chr3 51911118 . C T 75.61 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00916126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.672;QD=23.2632;RBI=0.109093;REFB=-0.00225285;REVB=0.108708;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436233;OID=.;OPOS=51911118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:13:3:4:7:8:0.615385:1:6:2:1:2:6:3:1 chr3 51978220 . A G 445.21 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.975;QD=57.4466;RBI=0.0304815;REFB=0;REVB=0.0303887;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118127;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr3 51990930 . G C 261.87 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0363526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9973;QD=13.4291;RBI=0.0374899;REFB=-0.00536276;REVB=0.00916419;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161981;STB=0.586957;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0183296;OID=.;OPOS=51990930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:47:30:31:0.397436:15:15:30:16:15:16:31:16 chr3 51993041 . A AC,C 47.09 PASS AF=0.310345,0;AO=7,2;DP=29;FAO=9,0;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0620264,-0.0360537;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=25.2784,255.148;QD=6.49537;RBI=0.0621484,0.0383598;REFB=-0.071174,-0.0104697;REVB=-0.00389158,-0.0130999;RO=20;SAF=0,1;SAR=7,1;SRF=4;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.67241,0.336825;STB=0.624676,0.5;STBP=0.513,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.11838,0;OID=.,.;OPOS=51993042,51993041;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:29:29:20:20:7,2:9,0:0.310345,0:7,1:0,1:4:16:8,0:1,0:4:16 chr3 52281046 . C T 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0260488;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.675;QD=7.82533;RBI=0.0342716;REFB=-0.0126017;REVB=0.0222711;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336053;STB=0.702364;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0419786;OID=.;OPOS=52281046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:21:6:5:5:21:6 chr3 52291078 . G A 2898.1 PASS AF=0.994792;AO=182;DP=188;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=134;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00827636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8595;QD=60.377;RBI=0.0519118;REFB=-0.125112;REVB=0.0512478;RO=4;SAF=134;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380283;STB=0.504347;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000944062;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:188:192:4:1:182:191:0.994792:48:134:0:4:57:134:0:1 chr3 52430526 . G A 923.29 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331532;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.431;QD=58.6218;RBI=0.0332732;REFB=0;REVB=-0.00282294;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109053;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr3 52430698 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.891;QD=58.0604;RBI=0.0377631;REFB=0;REVB=0.030739;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02243e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr3 52453893 . C T 1011.02 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.305;QD=58.6097;RBI=0.0725394;REFB=0;REVB=0.0676163;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124226;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:67:69:1:24:43:0:0:24:45:0:0 chr3 52477080 . T C 725.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8061;QD=56.9108;RBI=0.0291027;REFB=0;REVB=0.0271961;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190239;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr3 52492707 . T C 1568.11 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.432;QD=64.0043;RBI=0.0451882;REFB=0;REVB=0.00975941;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14211e-05;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:54:43:0:0:54:44:0:0 chr3 52510592 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.538;QD=63.2866;RBI=0.0583873;REFB=0;REVB=0.0309363;RO=0;SAF=6;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05009e-05;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:40:6:0:0:40:6:0:0 chr3 52514519 . A G 431.99 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00303277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5196;QD=23.0395;RBI=0.0267769;REFB=0.000799515;REVB=-0.0266046;RO=33;SAF=31;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252737;STB=0.639787;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00219561;OID=.;OPOS=52514519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:11:31:15:18:11:31:15:18 chr3 52523404 . G GT 875.72 PASS AF=1;AO=14;DP=82;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17368;FXX=0.103883;HRUN=0;LEN=1;MLLD=33.4299;QD=50.7663;RBI=0.175074;REFB=0;REVB=-0.0220541;RO=66;SAF=14;SAR=0;SRF=49;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00184737;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:82:69:69:0:61:8:0:0:5:66:14:0:49:17 chr3 52523405 . C T 778.51 PASS AF=0.805195;AO=59;DP=77;FAO=62;FDP=77;FR=.;FRO=15;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.19905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1677;QD=40.4422;RBI=0.199335;REFB=-0.200102;REVB=-0.010669;RO=17;SAF=43;SAR=16;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154927;STB=0.570073;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0344388;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:77:77:17:15:59:62:0.805195:16:43:17:0:16:46:15:0 chr3 52525475 . T A 742.34 PASS AF=0.554688;AO=71;DP=128;FAO=71;FDP=128;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00316456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.7;QD=23.198;RBI=0.00316456;REFB=-0.0141198;REVB=4.2042e-06;RO=57;SAF=42;SAR=29;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068754;STB=0.537604;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0124649;OID=.;OPOS=52525475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:57:57:71:71:0.554688:29:42:29:28:29:42:29:28 chr3 52540773 . T C 2526.03 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188581;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.533;QD=61.6106;RBI=0.0205362;REFB=0;REVB=0.00813064;RO=0;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07608e-05;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:163:164:1:76:87:0:0:76:88:0:0 chr3 52544470 . A G 1190.26 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000756714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.177;QD=61.0392;RBI=0.0204825;REFB=0;REVB=-0.0204685;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99434e-05;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr3 52554304 . G C 927.48 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9128;QD=57.0754;RBI=0.00835475;REFB=0;REVB=-0.000901337;RO=1;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764091;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:44:20:0:1:45:20:0:0 chr3 52745087 . T C 684.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248091;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.739;QD=60.8617;RBI=0.024933;REFB=-0.133296;REVB=0.00248254;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00060743;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:45:0:1:44:44:0.977778:21:23:0:0:21:23:1:0 chr3 52867715 . G C 2235.78 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.983;QD=63.4263;RBI=0.0442955;REFB=0;REVB=0.0440448;RO=0;SAF=90;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06361e-05;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:51:90:0:0:51:90:0:0 chr3 52874446 . C G,T 788.23 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018295,-0.0107052;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.257,59.3862;QD=56.3024;RBI=0.0184405,0.0738456;REFB=0,0;REVB=-0.00231251,0.0730655;RO=0;SAF=2,31;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6027e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.144313,0.000730818;OID=.,.;OPOS=52874446,52874446;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,23:2,31:0:0:0,23:2,31:0:0 chr3 52929974 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0751567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.43;QD=15.7813;RBI=0.0752127;REFB=-0.010327;REVB=-0.00290182;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147856;STB=0.583954;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00708953;OID=.;OPOS=52929974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:12:17:10:13:12:17 chr3 52939210 . T C 407.67 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0291596;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.921;QD=14.1799;RBI=0.0320247;REFB=-0.0190806;REVB=-0.0132401;RO=68;SAF=25;SAR=22;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155959;STB=0.587766;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0285805;OID=.;OPOS=52939210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:68:68:47:47:0.408696:22:25:26:42:22:25:26:42 chr3 53003179 . A C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000201412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.046;QD=11.0198;RBI=0.00384563;REFB=-0.0175756;REVB=-0.00384036;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0290739;OID=.;OPOS=53003179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr3 53125922 . T C 270.05 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0546696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5738;QD=22.9827;RBI=0.060282;REFB=0.0122664;REVB=0.0253998;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197307;STB=0.610082;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.0088621;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:8:14:10:15:8:14 chr3 53215799 . G A 572.53 PASS AF=0.58427;AO=47;DP=85;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0412453;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5382;QD=25.7315;RBI=0.0592784;REFB=-0.0707188;REVB=0.0425765;RO=37;SAF=31;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209819;STB=0.616207;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0365541;OID=.;OPOS=53215799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:37:37:47:52:0.58427:16:31:15:22:17:35:15:22 chr3 53215875 . A C 416.15 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00128191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.084;QD=16.161;RBI=0.00779366;REFB=-0.030491;REVB=0.00768751;RO=56;SAF=14;SAR=32;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170746;STB=0.601789;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0282007;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:57:46:46:0.446602:32:14:26:30:32:14:27:30 chr3 53220215 . G A 139.39 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0172594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.791;QD=9.14045;RBI=0.0358558;REFB=-0.0110542;REVB=0.0314286;RO=42;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1686;STB=0.600629;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0216818;OID=.;OPOS=53220215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:6:13:23:19:6:13:23:19 chr3 53222761 . C T 414.05 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00963341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.191;QD=19.0367;RBI=0.0110289;REFB=-0.0116252;REVB=-0.00536963;RO=44;SAF=20;SAR=22;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126046;STB=0.563765;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0123086;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:45:42:42:0.482759:22:20:27:17:22:20:27:18 chr3 53223927 . C G 1046.14 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0112177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6631;QD=55.0601;RBI=0.0573793;REFB=-0.0253913;REVB=-0.0562721;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.516849;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0123335;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:72:73:0.960526:30:42:3:0:30:43:3:0 chr3 53224002 . T C 803.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3661;QD=56.3729;RBI=0.0637338;REFB=0;REVB=-0.0410404;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150655;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:31:26:0:0 chr3 53226554 . CAT C 142.73 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0166645;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.213;QD=22.836;RBI=0.0531207;REFB=-0.125235;REVB=0.0504391;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177944;STB=0.61889;STBP=0.16;TYPE=del;VARB=0.0707673;OID=.;OPOS=53226555;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:15:25:15:25:10:6:9:7:3:75:9:6:9:6:3 chr3 53321631 . A C 401.36 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0118259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.205;QD=16.3822;RBI=0.0234593;REFB=-0.0138347;REVB=0.0202605;RO=56;SAF=22;SAR=20;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853374;STB=0.547923;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0193783;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:20:22:34:22:20:22:34:22 chr3 53324819 . ATGGCAC A 330.01 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238418;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=313.837;QD=50.7714;RBI=0.0260644;REFB=-0.0487513;REVB=0.010532;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=del;VARB=0.00270336;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:25:25:25:26:1:11:14:0:1:6:0:11:14:0:0 chr3 53700550 . T C 614.55 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00526012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.684;QD=18.7649;RBI=0.03664;REFB=-0.024712;REVB=0.0362604;RO=66;SAF=37;SAR=26;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02534;STB=0.507352;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0238063;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:66:68:63:63:0.480916:26:37:37:29:26:37:39:29 chr3 53766026 . T C 1194.43 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8522;QD=59.7217;RBI=0.0346719;REFB=-0.102362;REVB=0.0265109;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00106022;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:31:47:0:0:32:47:0:1 chr3 53769479 . C T 70.3 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0343375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6128;QD=7.0297;RBI=0.059465;REFB=-0.0230192;REVB=-0.0485491;RO=30;SAF=8;SAR=2;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159907;STB=0.602515;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0581247;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:2:8:21:9:2:8:21:9 chr3 53856653 . C T 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0202517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.125;QD=20.563;RBI=0.0230455;REFB=-0.00436967;REVB=0.0109984;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155019;STB=0.586147;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00326282;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:17:12:15:10:17:12:15:10 chr3 53857803 . A C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.514;QD=58.6003;RBI=0.115653;REFB=0;REVB=0.0261926;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359522;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr3 53882663 . G A 1271.83 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300349;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.135;QD=60.5633;RBI=0.0310733;REFB=-0.0483946;REVB=-0.00796576;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561466;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:84:0:0:83:84:1:31:52:0:0:31:53:0:0 chr3 53883722 . C G 1017.12 PASS AF=0.502538;AO=100;DP=197;FAO=99;FDP=197;FR=.;FRO=98;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0212692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1124;QD=20.6522;RBI=0.0240467;REFB=0.00513278;REVB=0.0112189;RO=94;SAF=58;SAR=42;SRF=46;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810046;STB=0.543345;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00458137;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:94:98:100:99:0.502538:42:58:46:48:41:58:49:49 chr3 53899276 . C T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.018056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.988;QD=20.563;RBI=0.0194919;REFB=-0.0116943;REVB=-0.00734267;RO=31;SAF=25;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158422;STB=0.588182;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0140057;OID=.;OPOS=53899276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:10:25:17:14:10:25:17:14 chr3 53905308 . T C 627.2 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0681973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.54;QD=27.8753;RBI=0.0720446;REFB=-0.0248184;REVB=0.0232282;RO=33;SAF=35;SAR=21;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532175;STB=0.533121;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00723322;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:34:56:56:0.622222:21:35:23:10:21:35:24:10 chr3 53906513 . G A 496.86 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00881734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.189;QD=16.562;RBI=0.0324103;REFB=-0.0157883;REVB=-0.0311879;RO=66;SAF=20;SAR=34;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559266;STB=0.531238;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0178295;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:34:20:28:38:34:20:28:38 chr3 53925775 . C T 402.04 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0131625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.715;QD=21.7316;RBI=0.0151647;REFB=-0.0186172;REVB=0.00753109;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024477;STB=0.513507;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0289561;OID=.;OPOS=53925775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:20:20:18:16:20:20:18:16 chr3 53925849 . C T 382.26 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0326185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.639;QD=22.8215;RBI=0.0330171;REFB=-0.0141286;REVB=-0.00511522;RO=29;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492907;STB=0.527142;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0113561;OID=.;OPOS=53925849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:22:16:14:15:22:16:14:15 chr3 54354510 . T C 275.54 PASS AF=0.33;AO=33;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.0220091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.403;QD=11.0215;RBI=0.0306695;REFB=0.0191959;REVB=0.0213593;RO=67;SAF=25;SAR=8;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400513;STB=0.523335;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.0426544;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:67:33:33:0.33:8:25:49:18:8:25:49:18 chr3 54604029 . C T 499.29 PASS AF=0.516129;AO=46;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00379863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.783;QD=21.4748;RBI=0.0250603;REFB=-0.00535508;REVB=-0.0247708;RO=45;SAF=34;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210258;STB=0.622587;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00446857;OID=.;OPOS=54604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:46:48:0.516129:12:34:24:21:12:36:24:21 chr3 54798258 . G A 568.96 PASS AF=0.458015;AO=48;DP=121;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0399071;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.755;QD=17.3729;RBI=0.0399073;REFB=-0.0131507;REVB=-0.000132906;RO=71;SAF=18;SAR=30;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171537;STB=0.535693;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0143276;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:131:71:71:48:60:0.458015:30:18:38:33:31:29:39:32 chr3 55501002 . GA CA,CG 713.28 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=48,3;DP=52;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34,3;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493286,0.0726376;FXX=0.0192271;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=87.9441,65.3422;QD=55.9437;RBI=0.0602311,0.0727967;REFB=0,0;REVB=0.0345612,0.00481021;RO=0;SAF=34,3;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00182307,0.0896965;OID=.,.;OPOS=55501002,55501002;OREF=G,GA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:52:51:0:0:48,3:48,3:0.941176,0.0588235:14,0:34,3:0:0:14,0:34,3:0:0 chr3 55984542 . G C 598.37 PASS AF=0.427673;AO=66;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=-0.0222423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3065;QD=15.0534;RBI=0.0230717;REFB=-0.0113654;REVB=-0.00613078;RO=90;SAF=33;SAR=33;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057269;STB=0.53666;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0191026;OID=.;OPOS=55984542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:91:66:68:0.427673:33:33:50:40:35:33:50:41 chr3 56106226 . C T 397.05 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0273098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8547;QD=23.3558;RBI=0.0277741;REFB=-0.0175526;REVB=0.00505726;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367436;STB=0.520203;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0130813;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:17:22:15:14:17:22:15:14 chr3 56114861 . T C 581.89 PASS AF=0.48;AO=60;DP=126;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.00236322;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.1;QD=18.6204;RBI=0.0191512;REFB=-0.0175631;REVB=0.0190048;RO=64;SAF=39;SAR=21;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723107;STB=0.533621;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0320995;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:64:65:60:60:0.48:21:39:46:18:21:39:46:19 chr3 56219179 . GAAGCT G 285.42 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00217714;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=5;MLLD=285.543;QD=15.0218;RBI=0.00624708;REFB=-0.0187314;REVB=-0.00585543;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658473;STB=0.531438;STBP=0.614;TYPE=del;VARB=0.0168866;OID=.;OPOS=56219180;OREF=AAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513158:39:79:39:76:37:24:15:25:12:99:38:24:15:26:12 chr3 56219210 . T C 384.46 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0571195;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6743;QD=18.3077;RBI=0.0621263;REFB=-0.0221041;REVB=0.0244344;RO=40;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687942;STB=0.546094;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0169324;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:44:40:40:0.47619:18:22:25:15:18:22:28:16 chr3 56591298 . T A 55.77 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.000694542;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.861;QD=4.20871;RBI=0.0408987;REFB=9.59257e-05;REVB=-0.0408928;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751684;STB=0.588557;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-4.06753e-05;OID=.;OPOS=56591298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:57:53:39:44:9:9:0.169811:4:5:24:15:4:5:29:15 chr3 56597954 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00632593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.787;QD=17.542;RBI=0.0121083;REFB=-0.00628677;REVB=-0.0103245;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00637786;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:8:8:6:9:8:8 chr3 56627048 . A G 2939.2 PASS AF=0.979275;AO=189;DP=193;FAO=189;FDP=193;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00912608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.876;QD=60.9161;RBI=0.026583;REFB=-0.0712553;REVB=0.0249674;RO=2;SAF=105;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011201;STB=0.511627;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000227111;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:193:193:2:4:189:189:0.979275:84:105:0:2:84:105:0:4 chr3 56627598 . A G 1728.38 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.835;QD=60.6448;RBI=0.102216;REFB=0;REVB=0.0153736;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271722;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:114:0:0:105:114:1:38:67:0:0:38:76:0:0 chr3 56650051 . A ACTT 1106.2 PASS AF=0.877778;AO=78;DP=90;FAO=79;FDP=90;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.033281;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.221;QD=49.1646;RBI=0.0581207;REFB=-0.0524087;REVB=0.0476487;RO=11;SAF=41;SAR=37;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899779;STB=0.546579;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00687524;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.877778:78:90:79:90:11:42:37:10:1:51:11:41:37:10:1 chr3 56653424 . A T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0027722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.271;QD=14.3993;RBI=0.0175569;REFB=-0.00949796;REVB=-0.0173366;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279102;STB=0.655035;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0079158;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:5:20:19:14:5:20:20:14 chr3 56653427 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000971539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6828;QD=14.3998;RBI=0.023856;REFB=-0.0144211;REVB=0.0238362;RO=34;SAF=20;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268758;STB=0.655035;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0153745;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:5:20:20:14:5:20:20:14 chr3 56667682 . G C 836.8 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299717;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9724;QD=57.7106;RBI=0.0642212;REFB=0;REVB=0.0567984;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024311;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr3 56703746 . A C 253.92 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00556043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.994;QD=21.6104;RBI=0.00558543;REFB=-0.022939;REVB=0.000527941;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168371;STB=0.594515;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0268901;OID=.;OPOS=56703746;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:10:13:9:15:10:13 chr3 56716922 . T G 801.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0461737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0686;QD=55.2787;RBI=0.0680452;REFB=0.0847954;REVB=-0.0499813;RO=1;SAF=41;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113664;STB=0.506022;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0108105;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:16:41:1:0:16:41:1:0 chr3 56763316 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00451669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.069;QD=17.4545;RBI=0.00478486;REFB=-0.00625015;REVB=0.00157937;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025444;STB=0.514275;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00738392;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:10:17:19:10:10:17:19:10 chr3 56763328 . T C 246.78 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0263421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.009;QD=17.9474;RBI=0.111614;REFB=-0.0317602;REVB=-0.108461;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240616;STB=0.513503;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0236426;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:18:10:9:18:18:10 chr3 56771251 . A C 740.78 PASS AF=0.451429;AO=78;DP=175;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.013726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7387;QD=16.9321;RBI=0.014157;REFB=-0.0287078;REVB=0.00346645;RO=95;SAF=41;SAR=37;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740723;STB=0.540136;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0362401;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:95:96:78:79:0.451429:37:41:57:38:37:42:58:38 chr3 57108545 . C T 219.88 PASS AF=0.412698;AO=23;DP=60;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0109399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.771;QD=13.9604;RBI=0.0203199;REFB=-0.0162207;REVB=0.0171236;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834696;STB=0.511355;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0073661;OID=.;OPOS=57108545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:37:37:23:26:0.412698:6:17:25:12:8:18:25:12 chr3 57108551 . C A 341.49 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000195844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.666;QD=22.0315;RBI=0.00727781;REFB=-0.0101203;REVB=0.00727517;RO=27;SAF=24;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371309;STB=0.509549;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00763016;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:34:35:0.564516:10:24:18:9:11:24:18:9 chr3 57109095 . T C 179.07 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0152048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.292;QD=12.5663;RBI=0.0152735;REFB=-0.00719149;REVB=-0.00144627;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062041;STB=0.54382;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0158526;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:11:11:19:15:11:11:20:15 chr3 57132200 . A G 569.85 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0478282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3178;QD=22.7938;RBI=0.049251;REFB=-0.000793439;REVB=-0.0117526;RO=47;SAF=32;SAR=21;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118539;STB=0.506522;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-7.01672e-05;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:21:32:29:18:21:32:29:18 chr3 57136585 . C T 1787.48 PASS AF=0.507123;AO=178;DP=355;FAO=178;FDP=351;FR=.;FRO=173;FSAF=94;FSAR=84;FSRF=90;FSRR=83;FWDB=-0.0252285;FXX=0.0112673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4721;QD=20.3702;RBI=0.0342751;REFB=0.0148844;REVB=0.0232013;RO=170;SAF=94;SAR=84;SRF=88;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093543;STB=0.503883;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0142467;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:351:170:173:178:178:0.507123:84:94:88:82:84:94:90:83 chr3 57139972 . A G 486.21 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0206081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5572;QD=21.3719;RBI=0.0339796;REFB=0.00766199;REVB=-0.027017;RO=44;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829813;STB=0.545711;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00641399;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:18:29:31:13:18:29:31:13 chr3 57176505 . A G 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00699555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.779;QD=16.884;RBI=0.00715893;REFB=-0.0149716;REVB=0.0015207;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116243;STB=0.555478;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0186031;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:11:4:6:10:11:4:6:11 chr3 57323170 . A G 669.87 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.994;QD=62.3139;RBI=0.102029;REFB=0;REVB=0.01706;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002518;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr3 57335876 . C T 3040.95 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019874;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.945;QD=63.6848;RBI=0.0405862;REFB=0;REVB=0.0353873;RO=0;SAF=116;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28859e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:75:116:0:0:75:116:0:0 chr3 57386148 . C G 316.8 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000558231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2059;QD=20.4387;RBI=0.0740791;REFB=-0.0405011;REVB=-0.074077;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057509;STB=0.521639;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0360119;OID=.;OPOS=57386148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:14:19:18:10:14:19:18:11 chr3 57388114 . C T 425.73 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0442216;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.648;QD=23.9849;RBI=0.0515314;REFB=-0.0423324;REVB=-0.0264564;RO=30;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408979;STB=0.522461;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0293924;OID=.;OPOS=57388114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:17:24:16:14:17:24:16:14 chr3 57414071 . G A 494.01 PASS AF=0.308411;AO=66;DP=214;FAO=66;FDP=214;FR=.;FRO=148;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=-0.103031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0049;QD=9.23387;RBI=0.109534;REFB=-0.0192074;REVB=-0.0371781;RO=144;SAF=33;SAR=33;SRF=76;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329311;STB=0.514014;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0409291;OID=.;OPOS=57414071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:144:148:66:66:0.308411:33:33:76:68:33:33:77:71 chr3 57414434 . A G 248.26 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0222955;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.799;QD=18.0553;RBI=0.0232191;REFB=0.00285069;REVB=0.00648367;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115009;STB=0.564468;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=1.15887e-06;OID=.;OPOS=57414434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:16:12:15:12:16:12 chr3 57419497 . C T 253.11 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0214697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3885;QD=19.103;RBI=0.0511817;REFB=0.00487071;REVB=-0.0464609;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00531127;OID=.;OPOS=57419497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:14:12:13:14:14:12 chr3 57430988 . G A 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0225177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.493;QD=10.0236;RBI=0.0226402;REFB=-0.000915503;REVB=-0.0023519;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172414;STB=0.510193;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00184212;OID=.;OPOS=57430988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:17:20:10:8:17:20 chr3 57431985 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00874732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.151;QD=10.6345;RBI=0.0105173;REFB=-0.00862111;REVB=0.00583936;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0315894;OID=.;OPOS=57431985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr3 57475351 . T G 132.13 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0153908;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.318;QD=15.1007;RBI=0.0259975;REFB=-0.00578016;REVB=0.0209522;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354186;STB=0.673227;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.010893;OID=.;OPOS=57475351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:20:14:15:0.428571:3:11:10:11:4:11:9:11 chr3 57479493 . C T 163.58 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0387254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6833;QD=20.4476;RBI=0.0627488;REFB=-0.012876;REVB=0.0493736;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106919;STB=0.560369;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0098658;OID=.;OPOS=57479493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:9:6:9:8:9:6 chr3 57563120 . GA G 555.98 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824026;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.9576;QD=40.4348;RBI=0.176523;REFB=-0.0135345;REVB=0.15611;RO=3;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00830779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00271174;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:55:55:0:23:32:0:0:9:3:19:28:1:2 chr3 57882601 . C T 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0103238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.828;QD=14.2704;RBI=0.0335874;REFB=0.0210055;REVB=-0.0319614;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129812;STB=0.573711;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.020838;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:11:22:13:11:11:22 chr3 58081888 . T C 1125.24 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.856;QD=60.013;RBI=0.0764515;REFB=0;REVB=0.0478233;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175122;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:31:44:0:0 chr3 58109162 . G A 325.99 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0240174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4892;QD=17.386;RBI=0.0242842;REFB=-0.00774167;REVB=-0.0035892;RO=40;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053695;STB=0.530103;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0125723;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:22:13:17:23:22:13:17:23 chr3 58112440 . A G 931.06 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0191;QD=58.1912;RBI=0.0236244;REFB=0;REVB=0.0227175;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925669;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:32:32:0:0 chr3 58112488 . C G,T 362.1 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,24;DP=28;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056598,0.00309418;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.6681,63.786;QD=51.7289;RBI=0.0566148,0.0112019;REFB=0,0;REVB=0.00138014,-0.0107661;RO=1;SAF=1,10;SAR=2,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266641,-0.0440956;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0985141,-0.0051187;OID=.,.;OPOS=58112488,58112488;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:1:0:3,24:3,25:0.107143,0.892857:2,14:1,10:1:0:2,14:1,11:0:0 chr3 58118555 . G A 1431.89 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0215488;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.694;QD=60.9314;RBI=0.0446933;REFB=-0.0906082;REVB=0.0391554;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513155;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00102897;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:0:2:91:92:0.978723:55:36:0:0:55:37:2:0 chr3 58120469 . C T 506.86 PASS AF=0.411765;AO=56;DP=136;FAO=56;FDP=136;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0104302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.653;QD=14.9077;RBI=0.0193858;REFB=-0.0127259;REVB=0.0163407;RO=77;SAF=29;SAR=27;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689997;STB=0.548532;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.020161;OID=.;OPOS=58120469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:80:56:56:0.411765:27:29:45:32:27:29:48:32 chr3 58154327 . C T 360.45 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0180151;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.434;QD=14.8638;RBI=0.0203472;REFB=-0.00726641;REVB=0.00945863;RO=58;SAF=25;SAR=14;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135355;STB=0.576883;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00838926;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:58:58:39:39:0.402062:14:25:30:28:14:25:30:28 chr3 58179028 . T C 1239.26 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219496;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6507;QD=60.4516;RBI=0.0593519;REFB=0;REVB=0.055144;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417638;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:82:0:0:78:82:1:47:31:0:0:47:35:0:0 chr3 58191266 . C T 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.654;QD=59.5012;RBI=0.0369128;REFB=0;REVB=-0.017182;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177231;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr3 58280206 . TTA T,TTT 167.48 PASS AF=0.428571,0;AO=21,4;DP=66;FAO=24,0;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12,0;FSAR=12,0;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0547126,-0.0470805;FXX=0.0344768;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.8187,16.2729;QD=11.9629;RBI=0.110922,0.050292;REFB=-0.106869,-0.00188546;REVB=-0.0964899,-0.0176836;RO=33;SAF=8,0;SAR=13,4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266414,-0.651904;STB=0.57137,0.5;STBP=0.375,1;TYPE=del,snp;VARB=0.146887,0;OID=.,.;OPOS=58280207,58280208;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571,0:21,4:66:24,0:56:32:12,0:12,0:20:12:99:33:8,0:13,4:21:12 chr3 58302236 . A G 329.64 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0323232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4175;QD=15.697;RBI=0.035653;REFB=-0.0123244;REVB=0.015045;RO=48;SAF=25;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146593;STB=0.583042;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0169359;OID=.;OPOS=58302236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:11:25:27:21:11:25:27:21 chr3 58305033 . A C 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0017432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.637;QD=10.5912;RBI=0.0259914;REFB=-0.0145919;REVB=-0.0259329;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294782;STB=0.517225;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0238244;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:11:10:18:22:11:10:18:22 chr3 58305079 . T C 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00399865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.899;QD=14.1723;RBI=0.00835362;REFB=-0.0187795;REVB=0.00733442;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230868;STB=0.513118;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0189527;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:21:26:17:15:21:26 chr3 58305235 . G T 350.0 PASS AF=0.632653;AO=22;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0126836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.026;QD=28.5711;RBI=0.0356039;REFB=0.0104676;REVB=0.0332681;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290258;STB=0.586433;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00143917;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:22:31:0.632653:9:13:4:14:17:14:4:14 chr3 58395891 . C G 183.76 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0863086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.646;QD=17.9278;RBI=0.0864351;REFB=-0.0254356;REVB=-0.00467468;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131428;STB=0.58433;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0129394;OID=.;OPOS=58395891;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:14:7:9:10:15:7 chr3 58409173 . A T 340.08 PASS AF=0.486486;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0066103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.226;QD=18.3826;RBI=0.00764423;REFB=-0.0235081;REVB=-0.00383904;RO=38;SAF=25;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379562;STB=0.718184;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175409;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:38:34:36:0.486486:9:25:13:25:9:27:13:25 chr3 58416538 . T C 1150.65 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.356;QD=59.0077;RBI=0.028788;REFB=-0.109734;REVB=0.0143782;RO=1;SAF=47;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995914;STB=0.504949;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000158208;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:78:1:1:73:77:0.987179:26:47:1:0:27:50:1:0 chr3 58484521 . T C 1071.77 PASS AF=0.523077;AO=101;DP=195;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0712059;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7829;QD=21.9851;RBI=0.0749206;REFB=-0.0206142;REVB=0.0232984;RO=92;SAF=50;SAR=51;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033566;STB=0.513282;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0213658;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:92:93:101:102:0.523077:51:50:42:50:52:50:43:50 chr3 58512237 . A G 237.6 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0111325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.833;QD=13.7737;RBI=0.0174868;REFB=-0.0108354;REVB=-0.0134854;RO=41;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251809;STB=0.644336;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0186615;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:8:20:20:21:8:20:20:21 chr3 58520306 . G C 1432.92 PASS AF=0.979381;AO=69;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0373796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5366;QD=59.0893;RBI=0.0395883;REFB=-0.0473861;REVB=-0.0130385;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.513511;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00221355;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:69:95:0.979381:36:33:0:0:36:59:0:2 chr3 58551247 . TG CA 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.050114;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.478;QD=16.4544;RBI=0.050367;REFB=-0.0136907;REVB=0.0050423;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.00825211;OID=.;OPOS=58551247;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr3 58572577 . C G 502.49 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00321046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.475;QD=24.8145;RBI=0.00345741;REFB=-0.0256181;REVB=0.0012832;RO=34;SAF=24;SAR=23;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075701;STB=0.54143;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0154755;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:23:24:14:20:23:24:14:20 chr3 58572625 . G A 241.46 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0110061;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.08;QD=18.574;RBI=0.0154198;REFB=-0.00978535;REVB=0.0107999;RO=26;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269408;STB=0.629034;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0173358;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:26:25:26:0.5:19:6:13:13:19:7:13:13 chr3 58834824 . A G 268.8 PASS AF=0.54717;AO=26;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.129703;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1736;QD=20.287;RBI=0.151443;REFB=-0.065828;REVB=-0.0781806;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112969;STB=0.582846;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0486205;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:19:24:26:29:0.54717:12:14:13:6:15:14:16:8 chr3 58834890 . C T 397.96 PASS AF=0.460674;AO=42;DP=90;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00741871;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.885;QD=17.8859;RBI=0.0100963;REFB=-0.0162064;REVB=0.00684826;RO=48;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250691;STB=0.636101;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0169446;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:48:48:42:41:0.460674:26:16:31:17:25:16:31:17 chr3 59908126 . A G 219.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00494088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.861;QD=17.5852;RBI=0.00525664;REFB=-0.00767381;REVB=-0.00179442;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238047;STB=0.627257;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0127807;OID=.;OPOS=59908126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:7:15:12:15:7:15:13:15 chr3 60519224 . G A 730.95 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291121;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6177;QD=63.5611;RBI=0.054514;REFB=0;REVB=0.0460897;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418671;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr3 62229553 . C T 574.85 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1677;QD=60.5107;RBI=0.0404628;REFB=0;REVB=-0.0235042;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958159;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr3 62384314 . A G 655.68 PASS AF=1;AO=23;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.338;QD=60.9931;RBI=0.0593552;REFB=0;REVB=0.0561926;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172465;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:23:43:1:10:13:0:0:13:30:0:0 chr3 62384315 . T G 113.66 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0105449;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=89.2444;QD=10.3322;RBI=0.0315499;REFB=-0.00763375;REVB=0.0297355;RO=30;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215246;STB=0.630942;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.154324;OID=.;OPOS=62384315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:3:11:19:11:3:11:19:11 chr3 62431415 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.199;QD=60.9777;RBI=0.0281688;REFB=0;REVB=-0.000413387;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48685e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 62452995 . A G 320.89 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00690291;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8428;QD=26.7407;RBI=0.0775466;REFB=0.0104944;REVB=0.0772388;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520818;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00595816;OID=.;OPOS=62452995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:14:14:10:10:14:14:9:11 chr3 62556622 . A G 832.51 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00960554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.317;QD=52.8581;RBI=0.0223242;REFB=-0.102775;REVB=0.020152;RO=3;SAF=36;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377169;STB=0.519993;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000466144;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:24:36:3:0:24:36:3:0 chr3 63264201 . G A 863.64 PASS AF=0.558442;AO=75;DP=143;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=-0.0132174;FXX=0.0191071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1099;QD=22.4321;RBI=0.11463;REFB=-0.0352256;REVB=0.113865;RO=68;SAF=56;SAR=19;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293516;STB=0.534434;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0327517;OID=.;OPOS=63264201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:154:68:68:75:86:0.558442:19:56:49:19:30:56:49:19 chr3 63817430 . G C 375.91 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0188161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2619;QD=21.1779;RBI=0.0261885;REFB=-0.0215556;REVB=0.0182151;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661826;STB=0.530105;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0194973;OID=.;OPOS=63817430;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:33:38:38:0.535211:16:22:16:16:16:22:17:16 chr3 63967900 . A G 329.54 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.00171808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.54;QD=13.3149;RBI=0.00354723;REFB=-0.00836066;REVB=-0.00310339;RO=62;SAF=26;SAR=10;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800371;STB=0.530257;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0137433;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:62:62:36:37:0.373737:10:26:41:21:11:26:41:21 chr3 63981215 . A G 240.12 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00332926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.837;QD=21.3441;RBI=0.00335072;REFB=-0.0191802;REVB=-0.000378569;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10861;STB=0.561265;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0149041;OID=.;OPOS=63981215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:6:17:14:8:6:17:14:8 chr3 63981479 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0338784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.857;QD=16.9316;RBI=0.0342957;REFB=-0.00536725;REVB=0.00533375;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236162;STB=0.634129;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0051302;OID=.;OPOS=63981479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:2:10:7:5:2:10 chr3 63982082 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0409471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.075;QD=13.631;RBI=0.0411825;REFB=0.00161647;REVB=0.00439674;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0020977;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr3 64009005 . G A 115.27 PASS AF=0.123348;AO=29;DP=227;FAO=28;FDP=227;FR=.;FRO=199;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=157;FSRR=42;FWDB=-0.041402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.587;QD=2.0311;RBI=0.0650908;REFB=-0.0113991;REVB=-0.0502264;RO=198;SAF=24;SAR=5;SRF=157;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704162;STB=0.603855;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0804001;OID=.;OPOS=64009005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:198:199:29:28:0.123348:5:24:157:41:4:24:157:42 chr3 64133350 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.048;QD=44.6892;RBI=0.0883326;REFB=0;REVB=0.0218965;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095777;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 64497464 . T C 1302.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.292;QD=62.0003;RBI=0.0443947;REFB=0;REVB=0.0202142;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84449e-05;OID=.;OPOS=64497464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr3 64502188 . C T 912.72 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4068;QD=57.9506;RBI=0.0315276;REFB=0;REVB=0.0287056;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749946;OID=.;OPOS=64502188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:32:31:0:0 chr3 64532476 . G C,GC 1496.32 PASS AF=0.915094,0.0754717;AO=94,11;DP=106;FAO=97,8;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=63,8;FSAR=34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00912143,0.000374015;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=74.2558,116.367;QD=56.4648;RBI=0.0526258,0.00794872;REFB=-0.115399,-0.0220476;REVB=0.0518292,-0.00793992;RO=1;SAF=60,11;SAR=34,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00783785,0;STB=0.503936,0.5;STBP=0.526,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0094342,-0.0496681;OID=.,.;OPOS=64532476,64532477;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:106:106:1:1:94,11:97,8:0.915094,0.0754717:34,0:60,11:1:0:34,0:63,8:1:0 chr3 65425560 . T TCTG 42.34 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0866571;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=157.485;QD=16.9358;RBI=0.146509;REFB=-0.17759;REVB=0.118134;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248791;STB=0.642482;STBP=0.731;TYPE=ins;VARB=0.0721378;OID=.;OPOS=65425561;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:6:10:6:10:4:5:1:4:0:19:4:5:1:4:0 chr3 66287056 . G A 514.86 PASS AF=0.386076;AO=61;DP=159;FAO=61;FDP=158;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=-0.0444986;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2588;QD=13.0343;RBI=0.0635583;REFB=-0.00588416;REVB=-0.0453821;RO=96;SAF=39;SAR=22;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040682;STB=0.527135;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00894374;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:96:97:61:61:0.386076:22:39:58:38:22:39:58:39 chr3 66354911 . G C 548.7 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0382079;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4683;QD=19.0853;RBI=0.0616884;REFB=-0.024333;REVB=0.0484316;RO=58;SAF=17;SAR=40;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16782;STB=0.593158;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0246667;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:58:58:57:57:0.495652:40:17:27:31:40:17:27:31 chr3 66374361 . G C 281.3 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00590804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5528;QD=19.4003;RBI=0.0491103;REFB=1.37465e-05;REVB=0.0487536;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566803;STB=0.531609;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000764253;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:12:16:19:11:12:16 chr3 66396845 . G A 102.62 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0233077;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6744;QD=16.4197;RBI=0.0235423;REFB=0.0245923;REVB=-0.00331571;RO=14;SAF=11;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589924;STB=0.860146;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.020259;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:14:13:12:12:0.48:1:11:6:8:1:11:5:8 chr3 66419956 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00965785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.44;QD=23.8548;RBI=0.0198512;REFB=-0.0179851;REVB=-0.0173435;RO=26;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125479;STB=0.568826;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00815672;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:18:19:9:17:18:19:9:17 chr3 66431968 . G A 631.37 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0279474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.118;QD=19.4268;RBI=0.029901;REFB=0.00788139;REVB=0.0106308;RO=65;SAF=40;SAR=24;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272244;STB=0.646343;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0066645;OID=.;OPOS=66431968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:64:64:0.492308:24:40:21:44:24:40:22:44 chr3 66433676 . A G 511.9 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0620114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9083;QD=18.6144;RBI=0.0932082;REFB=0.0160445;REVB=-0.069587;RO=56;SAF=19;SAR=35;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237007;STB=0.631333;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0189577;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:35:19:34:22:35:19:34:22 chr3 66434643 . T C 663.0 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00193772;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.779;QD=20.2442;RBI=0.00914733;REFB=-0.0148235;REVB=0.00893974;RO=63;SAF=26;SAR=40;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607204;STB=0.542328;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0166858;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:63:65:66:66:0.503817:40:26:29:34:40:26:31:34 chr3 66436550 . G C 593.87 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.00507985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.09;QD=19.157;RBI=0.0101486;REFB=-0.0193134;REVB=0.00878576;RO=62;SAF=26;SAR=35;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24031;STB=0.63566;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0164679;OID=.;OPOS=66436550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:63:61:61:0.491935:35:26:43:19:35:26:44:19 chr3 66444615 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0686569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1666;QD=15.8822;RBI=0.073142;REFB=-0.0239519;REVB=0.0252187;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.029723;OID=.;OPOS=66444615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr3 67048762 . T C 237.55 PASS AF=0.3875;AO=21;DP=71;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0014868;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5797;QD=11.8777;RBI=0.00464353;REFB=-0.0614165;REVB=0.00439907;RO=48;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188821;STB=0.518507;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0981339;OID=.;OPOS=67048762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:80:48:49:21:31:0.3875:8:13:22:26:18:13:22:27 chr3 67411103 . C T 224.33 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.011418;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.615;QD=14.9555;RBI=0.0133869;REFB=-0.0182406;REVB=0.00698833;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252034;OID=.;OPOS=67411103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:17:17:13:13:17:17 chr3 67411166 . A G 222.91 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0104681;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.403;QD=16.5118;RBI=0.0106335;REFB=-0.00205498;REVB=0.00186844;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262555;STB=0.501482;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00308152;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:14:15:13:12:14:15 chr3 68594319 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0309281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.009;QD=21.9707;RBI=0.0442572;REFB=-0.0222813;REVB=-0.0316567;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169061;STB=0.594503;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0214616;OID=.;OPOS=68594319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:12:5:10:10:12:5 chr3 69024687 . C CTT 108.23 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0234667;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=2;MLLD=23.3875;QD=13.1187;RBI=0.149427;REFB=-0.0132653;REVB=0.147573;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490331;STB=0.683952;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.0163733;OID=.;OPOS=69024688;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:13:36:16:33:17:13:3:9:8:89:19:12:1:12:7 chr3 69036678 . G C 309.01 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0477537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0678;QD=18.4484;RBI=0.0587561;REFB=-0.0196909;REVB=0.0342325;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142415;STB=0.507038;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.042802;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:33:32:34:0.507463:16:16:15:16:18:16:16:17 chr3 69038088 . A G 293.91 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00387953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.131;QD=13.6702;RBI=0.00967321;REFB=-0.0177114;REVB=0.00886116;RO=50;SAF=21;SAR=12;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847959;STB=0.557129;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0302377;OID=.;OPOS=69038088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:52:33:34:0.395349:12:21:28:22:12:22:29:23 chr3 69054341 . T C 181.49 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0439041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.872;QD=15.1237;RBI=0.0553882;REFB=-0.0130102;REVB=-0.0337681;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250913;STB=0.662617;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0218698;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:28:28:18:20:0.416667:5:13:14:14:5:15:14:14 chr3 69091716 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00232883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.083;QD=13.7271;RBI=0.0204085;REFB=-0.000194706;REVB=0.0202752;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641949;STB=0.528156;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000361003;OID=.;OPOS=69091716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:12:13:16:19:12:13:17:19 chr3 69096614 . G A 335.48 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0395076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.817;QD=13.2865;RBI=0.0542959;REFB=-0.0165068;REVB=-0.0372451;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053407;STB=0.525974;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0407601;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:62:39:39:0.386139:16:23:33:28:16:23:34:28 chr3 69151152 . C A 1152.91 PASS AF=0.497835;AO=115;DP=231;FAO=115;FDP=231;FR=.;FRO=116;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=-0.0430515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7902;QD=19.9639;RBI=0.0430906;REFB=0.00593451;REVB=0.001836;RO=116;SAF=72;SAR=43;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219594;STB=0.512064;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0053985;OID=.;OPOS=69151152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:116:116:115:115:0.497835:43:72:70:46:43:72:70:46 chr3 69154386 . T A 388.86 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00170536;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=362.314;QD=16.2025;RBI=0.0200512;REFB=-0.00318011;REVB=-0.0199785;RO=55;SAF=26;SAR=15;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149628;STB=0.58438;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00360909;OID=.;OPOS=69154386;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:55:55:41:41:0.427083:15:26:27:28:15:26:27:28 chr3 69158231 . T C 566.37 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=88;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0219932;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.23;QD=25.455;RBI=0.0296526;REFB=-0.0496401;REVB=-0.0198891;RO=36;SAF=26;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136139;STB=0.508875;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0370336;OID=.;OPOS=69158231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:36:37:51:52:0.58427:25:26:19:17:25:27:20:17 chr3 69230061 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.648;QD=51.1842;RBI=0.043812;REFB=0;REVB=-0.00134804;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568527;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr3 69230801 . G A 914.67 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.88412e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.181;QD=57.1665;RBI=0.159257;REFB=0;REVB=0.159257;RO=0;SAF=46;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651189;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:17:46:0:0:18:46:0:0 chr3 69245454 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.517;QD=61.2129;RBI=0.0226498;REFB=0;REVB=-0.0180603;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78763e-06;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr3 69246152 . A G 1138.53 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7404;QD=59.1442;RBI=0.0656962;REFB=-0.0150624;REVB=0.0352041;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.50769;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00161078;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:1:0:44:32:1:0 chr3 70016904 . C T 1345.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.302;QD=61.8818;RBI=0.0793669;REFB=0;REVB=0.0256068;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107511;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:87:0:0:79:87:1:43:36:0:0:46:41:0:0 chr3 72426901 . A G 5545.58 PASS AF=1;AO=355;DP=356;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123512;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6054;QD=62.6619;RBI=0.146398;REFB=0;REVB=0.0785945;RO=0;SAF=199;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260877;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:356:354:0:0:355:354:1:156:199:0:0:155:199:0:0 chr3 72495777 . C G 740.73 PASS AF=0.981481;AO=19;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.066983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6218;QD=54.8686;RBI=0.0669846;REFB=-0.142073;REVB=0.000472953;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00415333;OID=.;OPOS=72495777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:54:0:1:19:53:0.981481:18:1:0:0:20:33:0:1 chr3 72495945 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.283;QD=45.1041;RBI=0.0331517;REFB=-0.0599408;REVB=0.0134704;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0114228;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:19:18:0.947368:12:7:0:0:11:7:0:1 chr3 73024350 . C A 1085.91 PASS AF=0.528205;AO=102;DP=194;FAO=103;FDP=195;FR=.;FRO=92;FSAF=74;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=-0.00508268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2113;QD=22.275;RBI=0.075348;REFB=0.00496964;REVB=-0.0751764;RO=92;SAF=73;SAR=29;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653793;STB=0.537373;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00489569;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:92:92:102:103:0.528205:29:73:60:32:29:74:60:32 chr3 73111368 . T C 731.37 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0246214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0392;QD=22.3319;RBI=0.135903;REFB=-0.036926;REVB=-0.133654;RO=60;SAF=49;SAR=22;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114603;STB=0.56293;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0277381;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:60:71:71:0.541985:22:49:34:26:22:49:34:26 chr3 73111480 . AC ACA,CA 378.09 PASS AF=0.467391,0;AO=32,11;DP=97;FAO=43,0;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=32,0;FSAR=11,0;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00283724,-0.0489842;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=26.8597,30.8217;QD=16.4387;RBI=0.0407043,0.0544704;REFB=0.0123085,0.0527498;REVB=-0.0406053,0.0238238;RO=54;SAF=22,10;SAR=10,1;SRF=24;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27239,0.592412;STB=0.681506,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0147956,0.0632345;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:92:54:49:32,11:43,0:0.467391,0:10,1:22,10:24:30:11,0:32,0:21:28 chr3 73111973 . A G 173.06 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0691898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8893;QD=18.7091;RBI=0.070572;REFB=-0.0134767;REVB=0.0138991;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302987;STB=0.517222;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0239026;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:11:8:7:11:11:8 chr3 73111998 . C T 131.48 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00473102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.126;QD=15.0266;RBI=0.0394613;REFB=-0.0229309;REVB=-0.0391767;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.558061;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0265151;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:10:10:6:9:10:10 chr3 73112378 . A G 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-8.80944e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.245;QD=15.8862;RBI=0.00502569;REFB=-0.0155676;REVB=-0.00502492;RO=42;SAF=22;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204975;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:11:22:28:14:11:22:28:14 chr3 73114003 . T C 529.79 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0139889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9659;QD=22.5444;RBI=0.0247011;REFB=-0.012693;REVB=0.0203581;RO=44;SAF=31;SAR=19;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14372;STB=0.578696;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0119063;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:44:50:50:0.531915:19:31:34:10:19:31:34:10 chr3 73290979 . G T 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0151929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.592;QD=21.5366;RBI=0.0153739;REFB=-0.014885;REVB=0.00235203;RO=37;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043893;STB=0.52426;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.015723;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:15:27:22:15:15:27:22:15 chr3 73433369 . G A 360.81 PASS AF=0.75;AO=28;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0978554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8256;QD=36.0813;RBI=0.0999945;REFB=-0.0312071;REVB=0.020572;RO=10;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914376;STB=0.52905;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0109085;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:39:40:10:10:28:30:0.75:21:7:4:6:21:9:4:6 chr3 73433494 . T C 64.7 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00565166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.895;QD=16.1754;RBI=0.10227;REFB=-0.0134398;REVB=0.102114;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226064;STB=0.648255;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0124167;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:7:7:8:9:0.5625:1:7:5:2:1:8:5:2 chr3 73453325 . C T 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.889;QD=59.6781;RBI=0.0718229;REFB=0;REVB=0.0672433;RO=0;SAF=65;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121267;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:4:65:0:0:4:66:0:0 chr3 74349062 . T C 1246.06 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.879;QD=61.5336;RBI=0.022395;REFB=0;REVB=0.00811938;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77788e-05;OID=.;OPOS=74349062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:32:48:0:0:33:48:0:0 chr3 74413676 . T C 215.18 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0232846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.917;QD=10.8953;RBI=0.0299666;REFB=-0.0179176;REVB=0.0188634;RO=51;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744423;STB=0.501423;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.069213;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:12:15:28:23:12:15:29:23 chr3 75232044 . C T 131.17 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0360303;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=90.8501;QD=8.19787;RBI=0.0362803;REFB=-0.00716023;REVB=-0.00425172;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959474;STB=0.557317;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0290816;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:43:45:18:19:0.296875:9:9:25:18:10:9:25:20 chr3 75475670 . A C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0274084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.077;QD=17.5398;RBI=0.0369581;REFB=-0.012314;REVB=-0.0247928;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917347;STB=0.552561;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0228736;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:8:8:6:9:8:8 chr3 75679930 . A C 48.69 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0181492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.63;QD=2.59679;RBI=0.0214718;REFB=-0.00396653;REVB=-0.0114737;RO=64;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158931;STB=0.608469;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0406744;OID=.;OPOS=75679930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:75:64:65:10:10:0.133333:7:3:27:37:7:3:27:38 chr3 75679937 . G A 157.88 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00717419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.65;QD=8.09655;RBI=0.0479544;REFB=-0.00206106;REVB=-0.0474147;RO=55;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339942;STB=0.525524;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0079996;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:56:22:22:0.282051:13:9:21:34:13:9:21:35 chr3 75679938 . T C 47.27 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00607056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.172;QD=2.39318;RBI=0.00965142;REFB=-0.00467701;REVB=-0.00750321;RO=64;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158931;STB=0.600897;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0391492;OID=.;OPOS=75679938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:64:69:10:10:0.126582:7:3:27:37:7:3:28:41 chr3 75679945 . C G 163.04 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0150473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.868;QD=7.49605;RBI=0.0150473;REFB=-0.0105772;REVB=1.29601e-05;RO=64;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152668;STB=0.592433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0505891;OID=.;OPOS=75679945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:15:8:30:34:15:8:30:34 chr3 75679958 . C T 117.34 PASS AF=0.197917;AO=19;DP=96;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.027608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.234;QD=4.88923;RBI=0.0309805;REFB=-0.0062603;REVB=-0.0140568;RO=77;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074035;STB=0.546913;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0268664;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:77:19:19:0.197917:10:9:32:45:10:9:32:45 chr3 75679965 . C T 52.39 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0485988;FXX=0.09999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.085;QD=2.3284;RBI=0.0652082;REFB=-0.00412596;REVB=-0.0434773;RO=79;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170104;STB=0.621302;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0253482;OID=.;OPOS=75679965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:100:90:79:79:11:11:0.122222:5:6:32:47:5:6:32:47 chr3 75679973 . A G 248.23 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0381765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.246;QD=9.4564;RBI=0.0387095;REFB=-0.0112581;REVB=-0.0064013;RO=72;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010822;STB=0.506325;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0321852;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:72:72:33:33:0.314286:20:13:29:43:20:13:29:43 chr3 75679975 . C T 52.09 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0378196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.611;QD=1.94712;RBI=0.0386651;REFB=-0.00168569;REVB=-0.00804206;RO=95;SAF=4;SAR=8;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858127;STB=0.563649;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0151717;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:95:95:12:12:0.11215:8:4:38:57:8:4:38:57 chr3 75679988 . A G 56.96 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.0499589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0095;QD=2.05258;RBI=0.0517559;REFB=0.00278103;REVB=0.0135197;RO=96;SAF=4;SAR=9;SRF=39;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129293;STB=0.587114;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0207423;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:96:98:13:13:0.117117:9:4:39:57:9:4:39:59 chr3 75679997 . C T 40.84 PASS AF=0.106195;AO=10;DP=109;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.0192312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2165;QD=1.44554;RBI=0.0245843;REFB=0.000604561;REVB=0.015315;RO=99;SAF=4;SAR=6;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072963;STB=0.551195;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0281262;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:109:113:99:101:10:12:0.106195:6:4:39:60:8:4:39:62 chr3 75680006 . T C 225.22 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=115;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0104832;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.253;QD=7.90244;RBI=0.0165705;REFB=-0.00302816;REVB=-0.0128329;RO=80;SAF=12;SAR=20;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325262;STB=0.507038;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0070413;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:80:82:32:32:0.280702:20:12:28:52:20:12:30:52 chr3 75680010 . TG CA,CG 216.85 PASS AF=0.0956522,0.191304;AO=11,22;DP=116;FAO=11,22;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=3,9;FSAR=8,13;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.0328989,-0.0200738;FXX=0.00861995;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=87.7601,64.7574;QD=7.54242;RBI=0.0330428,0.0218822;REFB=-0.0104986,-0.0104323;REVB=0.00308054,0.00871042;RO=81;SAF=3,9;SAR=8,13;SRF=30;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133374,0.0511388;STB=0.594413,0.535682;STBP=0.546,0.733;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0195438,0.0235749;OID=.,.;OPOS=75680010,75680010;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:116:115:81:82:11,22:11,22:0.0956522,0.191304:8,13:3,9:30:51:8,13:3,9:30:52 chr3 75714298 . A G 1111.2 PASS AF=0.591954;AO=99;DP=171;FAO=103;FDP=174;FR=.;FRO=71;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00260339;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.011;QD=25.5448;RBI=0.0155194;REFB=-0.00456542;REVB=0.0152995;RO=69;SAF=64;SAR=35;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426384;STB=0.523196;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00331539;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:174:69:71:99:103:0.591954:35:64:41:28:38:65:41:30 chr3 75714311 . G A 111.45 PASS AF=0.134409;AO=26;DP=186;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=64;FWDB=0.00837715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4676;QD=2.39669;RBI=0.0421449;REFB=0.00553481;REVB=-0.041304;RO=154;SAF=18;SAR=8;SRF=96;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967605;STB=0.613443;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00852171;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:154:161:26:25:0.134409:8:18:96:58:7:18:97:64 chr3 75714337 . T G 1464.99 PASS AF=0.62381;AO=131;DP=211;FAO=131;FDP=210;FR=.;FRO=79;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.00565322;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.663;QD=27.9045;RBI=0.00604432;REFB=-0.0302232;REVB=0.00213892;RO=78;SAF=80;SAR=51;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590102;STB=0.501222;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0153779;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:78:79:131:131:0.62381:51:80:47:31:51:80:48:31 chr3 75714345 . G T 669.73 PASS AF=0.373832;AO=80;DP=214;FAO=80;FDP=214;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.00561806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.605;QD=12.5183;RBI=0.00589067;REFB=-0.0259825;REVB=0.00177127;RO=133;SAF=52;SAR=28;SRF=75;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100605;STB=0.5551;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0253471;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:133:134:80:80:0.373832:28:52:75:58:28:52:76:58 chr3 75714702 . A G 673.21 PASS AF=0.61165;AO=63;DP=103;FAO=63;FDP=103;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.000536764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.796;QD=26.1441;RBI=0.0148006;REFB=-0.0147067;REVB=0.0147909;RO=40;SAF=34;SAR=29;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435477;STB=0.523654;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00931554;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:40:40:63:63:0.61165:29:34:24:16:29:34:24:16 chr3 75714809 . C T 52.97 PASS AF=0.0821918;AO=18;DP=220;FAO=18;FDP=219;FR=.;FRO=201;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=108;FWDB=-0.0137429;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.868;QD=0.967574;RBI=0.0142738;REFB=-0.0095224;REVB=0.00385657;RO=107;SAF=5;SAR=13;SRF=43;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171551;STB=0.677815;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.034504;OID=.;OPOS=75714809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:220:219:107:201:18:18:0.0821918:13:5:43:64:13:5:93:108 chr3 75714819 . G A 79.82 PASS AF=0.0956175;AO=24;DP=251;FAO=24;FDP=251;FR=.;FRO=227;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=107;FSRR=120;FWDB=-0.0267306;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.544;QD=1.27199;RBI=0.0445983;REFB=-0.00451378;REVB=-0.0356999;RO=226;SAF=9;SAR=15;SRF=107;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119701;STB=0.588758;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0313195;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:251:251:226:227:24:24:0.0956175:15:9:107:119:15:9:107:120 chr3 75714825 . G A 958.08 PASS AF=0.441176;AO=103;DP=236;FAO=105;FDP=238;FR=.;FRO=133;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=79;FWDB=0.00607985;FXX=0.0810779;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6903;QD=16.1022;RBI=0.0113574;REFB=-0.02155;REVB=-0.00959301;RO=133;SAF=58;SAR=45;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158339;STB=0.581276;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0203431;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:133:133:103:105:0.441176:45:58:54:79:47:58:54:79 chr3 75714831 . G A 207.0 PASS AF=0.153571;AO=43;DP=279;FAO=43;FDP=280;FR=.;FRO=237;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=111;FSRR=126;FWDB=-0.0292923;FXX=0.00355859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.148;QD=2.95715;RBI=0.0293298;REFB=-0.00673367;REVB=0.00148286;RO=236;SAF=16;SAR=27;SRF=111;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128986;STB=0.583422;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.039636;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:236:237:43:43:0.153571:27:16:111:125:27:16:111:126 chr3 75714835 . C T 239.49 PASS AF=0.167857;AO=47;DP=280;FAO=47;FDP=280;FR=.;FRO=233;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=104;FSRR=129;FWDB=0.00106862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.594;QD=3.42135;RBI=0.0100944;REFB=-0.00732116;REVB=-0.0100377;RO=233;SAF=18;SAR=29;SRF=104;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841475;STB=0.554348;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0425879;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:233:233:47:47:0.167857:29:18:104:129:29:18:104:129 chr3 75714840 . A G 1449.65 PASS AF=0.503521;AO=144;DP=284;FAO=143;FDP=284;FR=.;FRO=141;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=0.00418398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3025;QD=20.4176;RBI=0.0156749;REFB=-0.0047533;REVB=0.0151062;RO=140;SAF=68;SAR=76;SRF=55;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072037;STB=0.535729;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0045805;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:140:141:144:143:0.503521:76:68:55:85:76:67:56:85 chr3 75714843 . T A 794.58 PASS AF=0.335616;AO=98;DP=291;FAO=98;FDP=292;FR=.;FRO=194;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=75;FSRR=119;FWDB=-0.0210945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7493;QD=10.8846;RBI=0.0263692;REFB=0.00842442;REVB=-0.0158226;RO=193;SAF=51;SAR=47;SRF=74;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158524;STB=0.588389;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0244932;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:193:194:98:98:0.335616:47:51:74:119:47:51:75:119 chr3 75714853 . G A 831.81 PASS AF=0.325153;AO=106;DP=328;FAO=106;FDP=326;FR=.;FRO=220;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=90;FSRR=130;FWDB=0.00289983;FXX=0.00609737;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3962;QD=10.2062;RBI=0.0306917;REFB=-0.019186;REVB=-0.0305544;RO=220;SAF=52;SAR=54;SRF=90;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962365;STB=0.555107;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0340026;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:326:220:220:106:106:0.325153:54:52:90:130:54:52:90:130 chr3 75714898 . G A 754.32 PASS AF=0.275325;AO=102;DP=380;FAO=106;FDP=385;FR=.;FRO=279;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=124;FSRR=155;FWDB=-0.0234785;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.442;QD=7.83711;RBI=0.0744738;REFB=-0.00657265;REVB=0.070676;RO=278;SAF=59;SAR=43;SRF=125;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159402;STB=0.594379;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0184452;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:385:278:279:102:106:0.275325:43:59:125:153:45:61:124:155 chr3 75714917 . G A 653.48 PASS AF=0.269795;AO=87;DP=340;FAO=92;FDP=341;FR=.,HEALED;FRO=249;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=120;FSRR=129;FWDB=-0.0204125;FXX=0.00872068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.817;QD=7.6655;RBI=0.0255783;REFB=-0.00794984;REVB=-0.0154137;RO=177;SAF=43;SAR=44;SRF=115;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182238;STB=0.521119;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0310303;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:177:249:87:92:0.269795:44:43:115:62:45:47:120:129 chr3 75714929 . G A 589.63 PASS AF=0.260606;AO=86;DP=330;FAO=86;FDP=330;FR=.;FRO=244;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=116;FSRR=128;FWDB=-0.0412448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8663;QD=7.14707;RBI=0.0575144;REFB=-0.0265129;REVB=-0.0400846;RO=244;SAF=46;SAR=40;SRF=116;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742073;STB=0.543909;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0543398;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:244:244:86:86:0.260606:40:46:116:128:40:46:116:128 chr3 75714950 . C A 435.83 PASS AF=0.236111;AO=66;DP=288;FAO=68;FDP=288;FR=.;FRO=220;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=107;FSRR=113;FWDB=0.0204829;FXX=0.0103089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.743;QD=6.05322;RBI=0.0209678;REFB=-0.0209785;REVB=-0.00448325;RO=219;SAF=36;SAR=30;SRF=106;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780932;STB=0.55538;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0455504;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:219:220:66:68:0.236111:30:36:106:113:30:38:107:113 chr3 75714976 . C T 728.0 PASS AF=0.374449;AO=84;DP=229;FAO=85;FDP=227;FR=.;FRO=142;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=0.0599522;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.97;QD=12.8282;RBI=0.0604396;REFB=-0.015004;REVB=0.00766015;RO=142;SAF=49;SAR=35;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108873;STB=0.564543;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0265607;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:142:142:84:85:0.374449:35:49:69:73:35:50:69:73 chr3 75714980 . C A 301.35 PASS AF=0.220721;AO=49;DP=225;FAO=49;FDP=222;FR=.;FRO=173;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=89;FSRR=84;FWDB=0.0125122;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.329;QD=5.42973;RBI=0.0332372;REFB=-0.00413719;REVB=0.0307921;RO=172;SAF=26;SAR=23;SRF=88;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242299;STB=0.512617;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00569403;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:222:172:173:49:49:0.220721:23:26:88:84:23:26:89:84 chr3 75715118 . G A 195.46 PASS AF=0.295455;AO=25;DP=86;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00179068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.371;QD=8.88471;RBI=0.00846671;REFB=-0.0156688;REVB=0.00827518;RO=61;SAF=20;SAR=5;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370369;STB=0.697511;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0378942;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:61:62:25:26:0.295455:5:20:32:29:6:20:32:30 chr3 75715124 . C T 136.81 PASS AF=0.234043;AO=19;DP=91;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0315874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9997;QD=5.82155;RBI=0.031588;REFB=-0.0367707;REVB=0.000188163;RO=72;SAF=13;SAR=6;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187594;STB=0.653941;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.116785;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:72:72:19:22:0.234043:6:13:39:33:6:16:39:33 chr3 75715173 . CT TG 218.96 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00512436;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.043;QD=7.06333;RBI=0.014691;REFB=-0.0171414;REVB=-0.0137683;RO=88;SAF=18;SAR=14;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131961;STB=0.593942;STBP=0.224;TYPE=mnp;VARB=0.0434195;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:92:32:32:0.258065:14:18:40:48:14:18:40:52 chr3 75715181 . G A 237.96 PASS AF=0.272;AO=34;DP=125;FAO=34;FDP=125;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.0176173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.074;QD=7.61469;RBI=0.0238603;REFB=-0.0155095;REVB=0.0160919;RO=91;SAF=17;SAR=17;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073975;STB=0.543974;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0366747;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:91:91:34:34:0.272:17:17:40:51:17:17:40:51 chr3 75779719 . T C 43.8 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=89;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0139741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.995;QD=1.96861;RBI=0.0523345;REFB=-0.000174913;REVB=0.0504344;RO=78;SAF=6;SAR=4;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522972;STB=0.542774;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00300695;OID=.;OPOS=75779719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:89:89:78:79:10:10:0.11236:4:6:50:28:4:6:51:28 chr3 75779724 . T C 283.12 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0179612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.016;QD=12.583;RBI=0.041706;REFB=-0.0165981;REVB=0.0376402;RO=57;SAF=21;SAR=12;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568948;STB=0.503266;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0426107;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:12:21:36:21:12:21:36:21 chr3 75779727 . A G 282.46 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0715026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4235;QD=12.416;RBI=0.075452;REFB=-0.0110812;REVB=0.0240913;RO=55;SAF=21;SAR=12;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57304e-08;STB=0.501079;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0148763;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:55:58:33:33:0.362637:12:21:35:20:12:21:37:21 chr3 75779742 . G A 74.04 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.014587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.457;QD=3.29073;RBI=0.0290069;REFB=-0.000868569;REVB=-0.0250723;RO=74;SAF=10;SAR=4;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14698;STB=0.591261;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0137981;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:74:76:14:14:0.155556:4:10:45:29:4:10:47:29 chr3 75779762 . G T 100.0 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=93;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0431125;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0652;QD=4.34793;RBI=0.0432636;REFB=-0.0159604;REVB=-0.00361169;RO=75;SAF=12;SAR=5;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163302;STB=0.60661;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0455794;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:75:75:17:17:0.184783:5:12:44:31:5:12:44:31 chr3 75779769 . C G 259.97 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0159005;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.396;QD=11.6838;RBI=0.0176776;REFB=-0.0240046;REVB=-0.00772475;RO=57;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018317;STB=0.515323;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0343913;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:57:58:31:31:0.348315:13:18:34:23:13:18:35:23 chr3 75779777 . TA T 102.83 PASS AF=0.320513;AO=23;DP=86;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.143516;FXX=0.0930124;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5123;QD=5.27343;RBI=0.149031;REFB=0.0295997;REVB=0.0401678;RO=50;SAF=15;SAR=8;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.0891332;STB=0.570412;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=-0.0385155;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320513:23:86:25:78:53:17:8:31:22:99:50:15:8:29:21 chr3 75781200 . G T 38.12 PASS AF=0.119403;AO=6;DP=65;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0121456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.101;QD=2.27609;RBI=0.0121494;REFB=-0.00554922;REVB=-0.000305515;RO=58;SAF=6;SAR=0;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557779;STB=0.795345;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0280617;OID=.;OPOS=75781200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:67:58:59:6:8:0.119403:0:6:35:23:1:7:36:23 chr3 75781222 . C T 285.19 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0416938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3754;QD=15.4154;RBI=0.0836734;REFB=-0.00014146;REVB=0.0725456;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129593;STB=0.572798;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00214167;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:13:19:30:12:13:19:30:12 chr3 75781229 . G C 41.93 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0175137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3896;QD=2.23607;RBI=0.0398857;REFB=-0.00565435;REVB=-0.0358349;RO=65;SAF=8;SAR=1;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39011;STB=0.799201;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0435337;OID=.;OPOS=75781229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:65:66:9:9:0.12:1:8:41:24:1:8:42:24 chr3 75781243 . T C 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0305155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1207;QD=2.28967;RBI=0.0334339;REFB=0.000693223;REVB=0.0136613;RO=65;SAF=6;SAR=3;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272317;STB=0.519955;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00580508;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:3:6:42:23:3:6:42:23 chr3 75781245 . C T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0304488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.749;QD=2.28972;RBI=0.0390458;REFB=-0.000488281;REVB=-0.0244426;RO=65;SAF=8;SAR=1;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403365;STB=0.811678;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00503918;OID=.;OPOS=75781245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:1:8:40:25:1:8:40:25 chr3 75781257 . T C 97.38 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00679673;FXX=0.166641;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4896;QD=7.08198;RBI=0.049084;REFB=0.0118837;REVB=-0.0486112;RO=41;SAF=11;SAR=3;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12605;STB=0.578826;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0472859;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:66:55:41:41:14:14:0.254545:3:11:29:12:3:11:29:12 chr3 75781263 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00446822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5147;QD=12.3391;RBI=0.00466729;REFB=0.00893487;REVB=-0.00134855;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791781;STB=0.545418;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.019008;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:27:12:9:15:27:12 chr3 75781272 . C A 69.44 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0281708;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4817;QD=4.96017;RBI=0.0797947;REFB=0.00895192;REVB=-0.0746565;RO=46;SAF=5;SAR=6;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270091;STB=0.666389;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0402751;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:57:56:46:45:11:11:0.196429:6:5:31:15:6:5:30:15 chr3 75786031 . A C 162.99 PASS AF=0.181818;AO=30;DP=166;FAO=30;FDP=165;FR=.;FRO=135;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=92;FSRR=43;FWDB=0.0231055;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5424;QD=3.95134;RBI=0.0437574;REFB=0.00108723;REVB=0.0371597;RO=134;SAF=23;SAR=7;SRF=93;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117852;STB=0.588172;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00396189;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:134:135:30:30:0.181818:7:23:93:41:7:23:92:43 chr3 75786036 . A C 139.69 PASS AF=0.165644;AO=27;DP=156;FAO=27;FDP=163;FR=.;FRO=136;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=92;FSRR=44;FWDB=-0.00858508;FXX=0.0467809;HRUN=6;LEN=1;MLLD=185.406;QD=3.428;RBI=0.0337788;REFB=-0.00516802;REVB=-0.0326697;RO=114;SAF=21;SAR=6;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163818;STB=0.607553;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0229872;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:163:114:136:27:27:0.165644:6:21:77:37:6:21:92:44 chr3 75786042 . G A 467.62 PASS AF=0.350282;AO=52;DP=171;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=83;FSRR=32;FWDB=0.00255301;FXX=0.0166657;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.286;QD=10.5676;RBI=0.00742882;REFB=-0.0177706;REVB=0.00697635;RO=117;SAF=31;SAR=21;SRF=82;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134232;STB=0.566734;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0272292;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:177:117:115:52:62:0.350282:21:31:82:35:23:39:83:32 chr3 75786059 . CA TA,TG 506.2 PASS AF=0.163462,0.173077;AO=34,36;DP=208;FAO=34,36;FDP=208;FR=.;FRO=138;FSAF=22,24;FSAR=12,12;FSRF=89;FSRR=49;FWDB=-0.0172006,-0.00790493;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=147.311,195.352;QD=9.73465;RBI=0.0194351,0.0195243;REFB=-0.00248365,-0.00692796;REVB=-0.00904797,-0.0178524;RO=138;SAF=22,24;SAR=12,12;SRF=89;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00298156,0.0307566;STB=0.501869,0.519138;STBP=0.992,0.824;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0336391,0.0215662;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:208:208:138:138:34,36:34,36:0.163462,0.173077:12,12:22,24:89:49:12,12:22,24:89:49 chr3 75786071 . C A 184.73 PASS AF=0.161572;AO=37;DP=228;FAO=37;FDP=229;FR=.;FRO=192;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=128;FSRR=64;FWDB=-0.00645038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.773;QD=3.22678;RBI=0.0104729;REFB=-0.00159775;REVB=-0.00825067;RO=188;SAF=22;SAR=15;SRF=125;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968908;STB=0.564159;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00812732;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:188:192:37:37:0.161572:15:22:125:63:15:22:128:64 chr3 75786073 . C G 264.91 PASS AF=0.197425;AO=46;DP=234;FAO=46;FDP=233;FR=.;FRO=187;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=123;FSRR=64;FWDB=0.0210705;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.194;QD=4.54774;RBI=0.0211498;REFB=-0.00131094;REVB=0.00182986;RO=186;SAF=30;SAR=16;SRF=122;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531259;STB=0.504948;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0060687;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:186:187:46:46:0.197425:16:30:122:64:16:30:123:64 chr3 75786079 . CG CT,TA 986.49 PASS AF=0.314136,0.21466;AO=60,41;DP=236;FAO=60,41;FDP=191;FR=.;FRO=90;FSAF=39,24;FSAR=21,17;FSRF=60;FSRR=30;FWDB=-0.0245365,-0.0100664;FXX=0.19067;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.1506,117.901;QD=20.6594;RBI=0.0275253,0.0128047;REFB=-0.0135796,-0.00808355;REVB=0.012474,-0.00791376;RO=88;SAF=39,24;SAR=21,17;SRF=59;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.02396,-0.105486;STB=0.511058,0.558658;STBP=0.857,0.421;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0290431,0.0225094;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=T,TA;OMAPALT=CT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:191:88:90:60,41:60,41:0.314136,0.21466:21,17:39,24:59:29:21,17:39,24:60:30 chr3 75786132 . T C 281.88 PASS AF=0.201681;AO=48;DP=238;FAO=48;FDP=238;FR=.;FRO=190;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=129;FSRR=61;FWDB=-0.0120494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.107;QD=4.73749;RBI=0.0167819;REFB=-0.00537398;REVB=-0.0116809;RO=187;SAF=25;SAR=23;SRF=126;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201479;STB=0.627742;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0305112;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:187:190:48:48:0.201681:23:25:126:61:23:25:129:61 chr3 75786163 . C T 252.14 PASS AF=0.212435;AO=41;DP=193;FAO=41;FDP=193;FR=.;FRO=152;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=97;FSRR=55;FWDB=-0.0275465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.219;QD=5.22567;RBI=0.041536;REFB=-0.0050709;REVB=-0.0310875;RO=152;SAF=19;SAR=22;SRF=97;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222119;STB=0.635554;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0260327;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:152:152:41:41:0.212435:22:19:97:55:22:19:97:55 chr3 75786175 . C A 183.27 PASS AF=0.1875;AO=28;DP=176;FAO=33;FDP=176;FR=.;FRO=143;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=61;FWDB=-0.0193432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8634;QD=4.16511;RBI=0.0210143;REFB=-0.00310917;REVB=-0.00821234;RO=119;SAF=19;SAR=9;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155986;STB=0.580595;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0219392;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:119:143:28:33:0.1875:9:19:67:52:11:22:82:61 chr3 75786202 . TG CA 100.16 PASS AF=0.155039;AO=20;DP=129;FAO=20;FDP=129;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=0.0019801;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.949;QD=3.10581;RBI=0.00784405;REFB=-0.0026355;REVB=0.00759001;RO=108;SAF=12;SAR=8;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021845;STB=0.519211;STBP=0.871;TYPE=mnp;VARB=0.010965;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:108:109:20:20:0.155039:8:12:63:45:8:12:63:46 chr3 75786211 . A G 162.29 PASS AF=0.226087;AO=26;DP=115;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=0.00190418;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.747;QD=5.64469;RBI=0.0105905;REFB=-0.00356158;REVB=-0.0104179;RO=89;SAF=14;SAR=12;SRF=54;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087304;STB=0.544682;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0093532;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:89:89:26:26:0.226087:12:14:54:35:12:14:53:36 chr3 75786221 . G A 98.73 PASS AF=0.173077;AO=15;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=0.00121876;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.261;QD=3.79743;RBI=0.00688025;REFB=-0.000855503;REVB=0.00677144;RO=87;SAF=11;SAR=4;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215136;STB=0.646819;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00327275;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:104:104:87:86:15:18:0.173077:4:11:50:37:5:13:48:38 chr3 75786225 . G A 96.57 PASS AF=0.195652;AO=11;DP=90;FAO=18;FDP=92;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00266106;FXX=0.0706999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6214;QD=4.19881;RBI=0.00762637;REFB=-0.00895121;REVB=-0.00714705;RO=78;SAF=4;SAR=7;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328631;STB=0.586863;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.138056;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:90:92:78:74:11:18:0.195652:7:4:50:28:9:9:45:29 chr3 75786230 . C T 90.39 PASS AF=0.190476;AO=15;DP=83;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0432113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.949;QD=4.3043;RBI=0.0664376;REFB=-0.00134916;REVB=-0.0504652;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698719;STB=0.571341;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00444852;OID=.;OPOS=75786230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:83:84:68:68:15:16:0.190476:7:8:40:28:8:8:40:28 chr3 75786243 . C T 82.58 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0107411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.333;QD=4.65213;RBI=0.0937043;REFB=-0.00208237;REVB=-0.0930867;RO=56;SAF=4;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333567;STB=0.719688;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0214633;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:56:57:14:14:0.197183:10:4:31:25:10:4:32:25 chr3 75786245 . T A 86.04 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00482174;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.288;QD=5.21445;RBI=0.0114056;REFB=-0.000506229;REVB=-0.0103363;RO=53;SAF=4;SAR=10;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326078;STB=0.701463;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00476599;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:67:66:53:52:14:14:0.212121:10:4:29:24:10:4:28:24 chr3 75786251 . GG AT,GT 214.04 PASS AF=0.212121,0.19697;AO=14,13;DP=66;FAO=14,13;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10,3;FSAR=4,10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00139773,-0.000231212;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=211.14,241.255;QD=12.9718;RBI=0.0208443,0.0231327;REFB=-0.00547456,-0.00799144;REVB=-0.0207973,-0.0231315;RO=39;SAF=10,3;SAR=4,10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281652,-0.333102;STB=0.6739,0.709334;STBP=0.155,0.1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0085851,0.0172948;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:66:66:39:39:14,13:14,13:0.212121,0.19697:4,10:10,3:19:20:4,10:10,3:19:20 chr3 75786256 . T A 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0100176;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.894;QD=4.77047;RBI=0.0163411;REFB=4.10756e-05;REVB=-0.0129104;RO=49;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471041;STB=0.808707;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000327856;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:10:2:26:23:10:2:26:23 chr3 75786261 . C T 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00930304;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.446;QD=5.3794;RBI=0.0113227;REFB=-0.00977547;REVB=-0.0064542;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263846;STB=0.669666;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0186731;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:7:4:25:18:7:4:25:18 chr3 75786278 . A C 115.51 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0106152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.098;QD=8.88533;RBI=0.0122787;REFB=-0.0115572;REVB=-0.00617127;RO=36;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273905;STB=0.671425;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0277353;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:37:15:15:0.288462:9:6:23:13:9:6:24:13 chr3 75786288 . A G 55.11 PASS AF=0.209302;AO=8;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.000258272;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.576;QD=5.12672;RBI=0.0117695;REFB=-0.00117591;REVB=0.0117667;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494962;STB=0.75312;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00921371;OID=.;OPOS=75786288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:43:43:35:34:8:9:0.209302:6:2:24:11:6:3:23:11 chr3 75786354 . G A 36.29 PASS AF=0.12069;AO=6;DP=57;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0122337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1971;QD=2.50304;RBI=0.0293882;REFB=-0.00654679;REVB=-0.0267209;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188948;STB=0.700911;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0452013;OID=.;OPOS=75786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:58:50:51:6:7:0.12069:3:3:33:17:4:3:34:17 chr3 75786355 . T A 51.53 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00936082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.899;QD=3.55361;RBI=0.0239094;REFB=-0.00928317;REVB=-0.0220007;RO=49;SAF=8;SAR=1;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440918;STB=0.818678;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0588147;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:1:8:29:20:1:8:29:20 chr3 75786381 . T C 271.42 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0014142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4208;QD=17.5108;RBI=0.0376613;REFB=-0.0173277;REVB=0.0376347;RO=32;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08582;STB=0.547914;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0340909;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:12:18:22:10:12:18:22:10 chr3 75786385 . C G 48.2 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00669861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.782;QD=3.10982;RBI=0.0440398;REFB=-0.00032863;REVB=0.0435274;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164648;STB=0.575484;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00395655;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:61:62:52:53:8:9:0.145161:4:4:33:19:4:5:34:19 chr3 75786440 . C T 562.83 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=88;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0227546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1354;QD=23.6983;RBI=0.0333198;REFB=-0.0434653;REVB=-0.02434;RO=37;SAF=32;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485026;STB=0.554791;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0301859;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:37:42:51:53:0.557895:19:32:21:16:19:34:22:20 chr3 75786449 . C T 52.08 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=107;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0755431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2756;QD=1.94706;RBI=0.101964;REFB=-0.00109351;REVB=-0.0684824;RO=93;SAF=10;SAR=2;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365322;STB=0.770111;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0027638;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:107:107:93:95:12:12:0.11215:2:10:52:41:2:10:54:41 chr3 75786453 . C T 90.02 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0106457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=3.36537;RBI=0.0534977;REFB=-0.0107815;REVB=-0.0524278;RO=89;SAF=12;SAR=5;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179656;STB=0.617081;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.043307;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:107:107:89:90:17:17:0.158879:5:12:51:38:5:12:52:38 chr3 75786499 . CA CG,TG 75.17 PASS AF=0.0576923,0.0961538;AO=6,10;DP=104;FAO=6,10;FDP=104;FR=.;FRO=88;FSAF=5,9;FSAR=1,1;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0218981,-0.0191805;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=187.968,287.359;QD=2.89099;RBI=0.0329312,0.0299886;REFB=-0.00349968,-0.00278122;REVB=-0.0245955,-0.0230526;RO=86;SAF=5,9;SAR=1,1;SRF=50;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282085,0.436763;STB=0.771358,0.849936;STBP=0.203,0.039;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0126375,0.0265686;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:104:104:86:88:6,10:6,10:0.0576923,0.0961538:1,1:5,9:50:36:1,1:5,9:51:37 chr3 75786515 . GG AG,AT 94.43 PASS AF=0.101852,0.0740741;AO=11,9;DP=111;FAO=11,8;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=6,7;FSAR=5,1;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=-0.00155544,-0.0111249;FXX=0.0270246;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=190.693,196.009;QD=3.49742;RBI=0.00222332,0.0161782;REFB=0.000196478,-2.83103e-05;REVB=0.00158863,-0.0117461;RO=89;SAF=6,8;SAR=5,1;SRF=52;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0473224,0.400638;STB=0.534992,0.817557;STBP=0.812,0.088;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00789168,0.0127678;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:111:108:89:89:11,9:11,8:0.101852,0.0740741:5,1:6,8:52:37:5,1:6,7:52:37 chr3 75786555 . C CTG 245.42 PASS AF=0.424242;AO=21;DP=105;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00365688;FXX=0.383142;HRUN=0;LEN=2;MLLD=206.056;QD=14.8741;RBI=0.00409691;REFB=-0.0113362;REVB=0.00184714;RO=73;SAF=18;SAR=3;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413179;STB=0.599924;STBP=0.206;TYPE=ins;VARB=0.0152636;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:21:105:28:66:38:21:7:23:15:99:73:18:3:43:30 chr3 75786556 . A C 255.35 PASS AF=0.33;AO=32;DP=108;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0146016;FXX=0.0740672;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.231;QD=10.214;RBI=0.0185924;REFB=0.0010011;REVB=0.0115096;RO=66;SAF=19;SAR=13;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128045;STB=0.557834;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0213825;OID=.;OPOS=75786556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:100:66:67:32:33:0.33:13:19:46:20:13:20:46:21 chr3 75786572 . T C 111.86 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.023357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.422;QD=4.06781;RBI=0.0250204;REFB=-0.00606101;REVB=0.00897053;RO=87;SAF=15;SAR=5;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203088;STB=0.622209;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0385207;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:87:90:20:20:0.181818:5:15:53:34:5:15:56:34 chr3 75786575 . T C 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=-0.0148972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.894;QD=1.15114;RBI=0.0157684;REFB=-3.90514e-05;REVB=-0.00516851;RO=100;SAF=7;SAR=2;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189485;STB=0.657449;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000599121;OID=.;OPOS=75786575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:100:101:9:9:0.0818182:2:7:63:37:2:7:64:37 chr3 75786586 . G T 31.66 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=110;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=-0.00535298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.404;QD=1.15123;RBI=0.023517;REFB=-0.000889242;REVB=-0.0228996;RO=101;SAF=8;SAR=1;SRF=65;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340732;STB=0.801365;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0184087;OID=.;OPOS=75786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:110:110:101:101:9:9:0.0818182:1:8:65:36:1:8:65:36 chr3 75786597 . C T 105.69 PASS AF=0.169492;AO=20;DP=118;FAO=20;FDP=118;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=28;FWDB=-0.00537898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.127;QD=3.58271;RBI=0.0310377;REFB=-0.00407259;REVB=0.0305681;RO=98;SAF=11;SAR=9;SRF=70;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2221;STB=0.641599;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0277298;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:98:98:20:20:0.169492:9:11:70:28:9:11:70:28 chr3 75786607 . C T 104.49 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=109;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=28;FWDB=-0.0335779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.691;QD=3.83433;RBI=0.0342251;REFB=-0.0178456;REVB=-0.0066241;RO=90;SAF=10;SAR=9;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21386;STB=0.636411;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0239487;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:90:90:19:19:0.174312:9:10:62:28:9:10:62:28 chr3 75786610 . T G 77.39 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=0.0449002;FXX=0.0377323;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.602;QD=3.0349;RBI=0.0499081;REFB=-0.00197123;REVB=0.0217895;RO=86;SAF=10;SAR=5;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277401;STB=0.511096;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0145946;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:106:102:86:87:15:15:0.147059:5:10:59:27:5:10:59:28 chr3 75786619 . T C 114.73 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.0072534;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.688;QD=4.28912;RBI=0.00819746;REFB=-0.00499038;REVB=-0.00381924;RO=88;SAF=10;SAR=10;SRF=58;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204647;STB=0.62605;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0101552;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:88:87:20:20:0.186916:10:10:58:30:10:10:57:30 chr3 75786623 . G T 89.08 PASS AF=0.157407;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=108;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=0.00629047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.726;QD=3.29919;RBI=0.0206849;REFB=-0.00125216;REVB=0.0197052;RO=91;SAF=9;SAR=8;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154335;STB=0.601657;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00779776;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:108:108:91:91:17:17:0.157407:8:9:59:32:8:9:59:32 chr3 75786628 . G C 186.48 PASS AF=0.254545;AO=27;DP=109;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.00578462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.448;QD=6.7809;RBI=0.00582041;REFB=-0.00365233;REVB=-0.000644432;RO=81;SAF=20;SAR=7;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207133;STB=0.597594;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00721178;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:81:82:27:28:0.254545:7:20:48:33:8:20:49:33 chr3 75786662 . A T 31.96 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=-0.00317907;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.708;QD=1.17301;RBI=0.00333292;REFB=-0.00077701;REVB=-0.00100094;RO=99;SAF=4;SAR=5;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264923;STB=0.699807;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0243138;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:109:99:100:9:9:0.0825688:5:4:67:32:5:4:67:33 chr3 75786670 . G A 160.49 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=26;FWDB=-0.00788144;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.805;QD=5.9996;RBI=0.0223479;REFB=-0.00439962;REVB=-0.020912;RO=82;SAF=12;SAR=13;SRF=56;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254687;STB=0.653733;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0109925;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:82:82:25:25:0.233645:13:12:56:26:13:12:56:26 chr3 75786672 . C T 42.62 PASS AF=0.103774;AO=8;DP=103;FAO=11;FDP=106;FR=.;FRO=95;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=34;FWDB=-0.00490699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.797;QD=1.60831;RBI=0.00989533;REFB=-0.000528018;REVB=-0.00859296;RO=89;SAF=6;SAR=2;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126507;STB=0.588599;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00574294;OID=.;OPOS=75786672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:103:106:89:95:8:11:0.103774:2:6:58:31:5:6:61:34 chr3 75786681 . G A 533.52 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=8;FWDB=-0.00659657;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.812;QD=19.9445;RBI=0.00675794;REFB=-0.00845178;REVB=0.001468;RO=52;SAF=25;SAR=30;SRF=44;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33958;STB=0.68537;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00687287;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:52:55:55:0.514019:30:25:44:8:30:25:44:8 chr3 75786684 . G T 69.88 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0224004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.362;QD=2.74027;RBI=0.022595;REFB=-0.0042227;REVB=-0.0029596;RO=88;SAF=9;SAR=5;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874387;STB=0.50607;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0196832;OID=.;OPOS=75786684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:88:88:14:14:0.137255:5:9:56:32:5:9:56:32 chr3 75786687 . A T 62.37 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=-0.0177638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.842;QD=2.47017;RBI=0.0185942;REFB=0.000471791;REVB=0.00549466;RO=86;SAF=6;SAR=7;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280089;STB=0.687245;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00394172;OID=.;OPOS=75786687;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:86:88:13:13:0.128713:7:6:59:27:7:6:60:28 chr3 75786737 . A T 375.7 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.000566961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.715;QD=17.0773;RBI=0.00382468;REFB=0.00220877;REVB=-0.00378242;RO=46;SAF=24;SAR=15;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608197;STB=0.5507;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0026902;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:48:39:40:0.454545:15:24:31:15:16:24:33:15 chr3 75786740 . CA CG,GG 251.49 PASS AF=0.238095,0.142857;AO=19,11;DP=83;FAO=20,12;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=10,4;FSAR=10,8;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=0.00356562,-0.00086921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.514,118.128;QD=11.9757;RBI=0.0179769,0.0177591;REFB=0.00583052,-0.00309813;REVB=0.0176197,0.0177378;RO=49;SAF=9,3;SAR=10,8;SRF=37;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.338519,-0.548386;STB=0.666518,0.792054;STBP=0.101,0.04;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00234039,0.0151092;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:52:19,11:20,12:0.238095,0.142857:10,8:9,3:37:12:10,8:10,4:38:14 chr3 75786748 . C T 133.56 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.088895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1856;QD=6.43668;RBI=0.0999374;REFB=0.00891342;REVB=-0.0456635;RO=62;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904418;STB=0.550654;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0335674;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:62:63:20:20:0.240964:7:13:36:26:7:13:37:26 chr3 75786753 . C T 242.69 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00434035;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.356;QD=11.9845;RBI=0.0197763;REFB=-0.000719721;REVB=-0.0192941;RO=52;SAF=21;SAR=8;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246684;STB=0.64335;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00214884;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:8:21:27:25:8:21:27:25 chr3 75786754 . G T 33.96 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0141061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.621;QD=1.71955;RBI=0.0146274;REFB=-0.0041595;REVB=-0.00387024;RO=71;SAF=1;SAR=7;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541026;STB=0.901686;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0474138;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:79:71:71:8:8:0.101266:7:1:44:27:7:1:44:27 chr3 75786759 . T C 203.35 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0230356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.553;QD=10.2962;RBI=0.0243019;REFB=-0.00641662;REVB=-0.00774231;RO=50;SAF=10;SAR=15;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26886;STB=0.679114;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0105973;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:53:25:26:0.329114:15:10:32:18:16:10:35:18 chr3 75786760 . TC T 66.01 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=73;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0729279;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3992;QD=3.52029;RBI=0.13522;REFB=-0.0492246;REVB=0.113869;RO=41;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445314;STB=0.540161;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.0791544;OID=.;OPOS=75786761;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:21:73:25:75:50:13:12:29:21:66:41:12:9:25:16 chr3 75786773 . T A 108.47 PASS AF=0.22973;AO=16;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0175737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2992;QD=5.86298;RBI=0.0176821;REFB=-0.0061386;REVB=0.00195481;RO=56;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208218;STB=0.596104;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0210767;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:57:16:17:0.22973:9:7:34:22:9:8:34:23 chr3 75786802 . G A 87.86 PASS AF=0.21875;AO=13;DP=66;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.014112;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8679;QD=5.49114;RBI=0.0143225;REFB=-0.00227538;REVB=-0.00244665;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220285;STB=0.609226;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0323426;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:66:64:50:50:13:14:0.21875:7:6:32:18:7:7:32:18 chr3 75786827 . A T 154.19 PASS AF=0.33871;AO=19;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00401555;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.886;QD=9.94789;RBI=0.014018;REFB=-0.0222244;REVB=0.0134306;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230152;STB=0.58998;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0556107;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:41:19:21:0.33871:10:9:27:13:10:11:27:14 chr3 75786832 . C T 207.31 PASS AF=0.396825;AO=23;DP=61;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00441353;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.869;QD=13.1626;RBI=0.00995588;REFB=-0.0252597;REVB=0.00892415;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237321;STB=0.606475;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0238868;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:38:23:25:0.396825:13:10:25:13:13:12:25:13 chr3 75786833 . G A 149.15 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000537001;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.498;QD=9.46995;RBI=0.025655;REFB=-0.0173668;REVB=-0.0256493;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338346;STB=0.529382;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0171908;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:8:12:24:18:8:12:24:19 chr3 75786845 . T C 510.95 PASS AF=0.657143;AO=39;DP=72;FAO=46;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0324538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.711;QD=29.1972;RBI=0.0510449;REFB=-0.0558195;REVB=0.0393996;RO=24;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958552;STB=0.557596;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0240783;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:24:24:39:46:0.657143:20:19:15:9:25:21:15:9 chr3 75786854 . A T 93.55 PASS AF=0.188235;AO=15;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0204031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.825;QD=4.40228;RBI=0.0341698;REFB=0.00233966;REVB=-0.0274097;RO=69;SAF=7;SAR=8;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690716;STB=0.568197;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.010932;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:69:69:15:16:0.188235:8:7:36:33:9:7:36:33 chr3 75786866 . G T 112.07 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=103;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0246432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.697;QD=4.35239;RBI=0.0496826;REFB=-0.00777294;REVB=-0.0431402;RO=84;SAF=8;SAR=11;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115087;STB=0.574129;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0512472;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:84:84:19:19:0.184466:11:8:43:41:11:8:43:41 chr3 75786888 . C T 183.68 PASS AF=0.247788;AO=28;DP=113;FAO=28;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.0067503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.605;QD=6.50199;RBI=0.0239836;REFB=-0.00799832;REVB=-0.0230141;RO=85;SAF=11;SAR=17;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214525;STB=0.512982;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0134764;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:85:28:28:0.247788:17:11:32:53:17:11:32:53 chr3 75786892 . A C 153.46 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0016033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.982;QD=5.3845;RBI=0.0077783;REFB=-0.00861849;REVB=-0.00761126;RO=87;SAF=6;SAR=19;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287642;STB=0.689414;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0302001;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:87:89:25:25:0.219298:19:6:39:48:19:6:41:48 chr3 75786899 . T C 356.15 PASS AF=0.256881;AO=25;DP=112;FAO=28;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.160624;FXX=0.0353951;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.6971;QD=13.0696;RBI=0.168591;REFB=0.0228852;REVB=-0.0512141;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108726;STB=0.60792;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00928038;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:44:57:25:28:0.256881:16:9:20:24:19:9:27:30 chr3 75786910 . T C 62.44 PASS AF=0.105263;AO=16;DP=152;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=79;FWDB=-0.0228068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9006;QD=1.64324;RBI=0.024898;REFB=-0.00342005;REVB=0.00998796;RO=136;SAF=8;SAR=8;SRF=57;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982769;STB=0.57228;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0223351;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:152:152:136:136:16:16:0.105263:8:8:57:79:8:8:57:79 chr3 75786916 . C A 230.45 PASS AF=0.233766;AO=36;DP=156;FAO=36;FDP=154;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=-0.00070611;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.863;QD=5.98567;RBI=0.0169773;REFB=-0.00306477;REVB=-0.0169626;RO=118;SAF=12;SAR=24;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173873;STB=0.606274;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0232423;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:118:118:36:36:0.233766:24:12:55:63:24:12:55:63 chr3 75786919 . A T 192.82 PASS AF=0.203704;AO=35;DP=162;FAO=33;FDP=162;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.00526664;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.896;QD=4.76102;RBI=0.0182816;REFB=-0.00187436;REVB=-0.0175066;RO=124;SAF=11;SAR=24;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193609;STB=0.669749;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0127256;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:124:129:35:33:0.203704:24:11:57:67:24:9:61:68 chr3 75786921 . G A 107.64 PASS AF=0.141975;AO=22;DP=161;FAO=23;FDP=162;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=78;FWDB=-0.00110697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.113;QD=2.65788;RBI=0.00200891;REFB=-0.00370061;REVB=-0.00167641;RO=139;SAF=8;SAR=14;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981423;STB=0.541998;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0156732;OID=.;OPOS=75786921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:139:139:22:23:0.141975:14:8:61:78:14:9:61:78 chr3 75786942 . C A 177.39 PASS AF=0.188235;AO=32;DP=170;FAO=32;FDP=170;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=83;FWDB=-0.0566721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0431;QD=4.17397;RBI=0.0597641;REFB=-0.0156999;REVB=-0.0189742;RO=137;SAF=19;SAR=13;SRF=54;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251588;STB=0.654609;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0714507;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:137:138:32:32:0.188235:13:19:54:83:13:19:55:83 chr3 75786965 . C T 195.83 PASS AF=0.202381;AO=33;DP=167;FAO=34;FDP=168;FR=.;FRO=134;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=82;FWDB=-0.0277124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8125;QD=4.66267;RBI=0.0283313;REFB=-0.00370539;REVB=0.0058897;RO=129;SAF=17;SAR=16;SRF=49;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173081;STB=0.589235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0156896;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:129:134:33:34:0.202381:16:17:49:80:17:17:52:82 chr3 75786991 . C T 204.33 PASS AF=0.203488;AO=36;DP=172;FAO=35;FDP=172;FR=.;FRO=137;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=81;FWDB=-0.0714678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5908;QD=4.75189;RBI=0.0728934;REFB=-0.00664341;REVB=-0.014346;RO=136;SAF=19;SAR=17;SRF=55;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156955;STB=0.583673;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0184078;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:136:137:36:35:0.203488:17:19:55:81:17:18:56:81 chr3 75786993 . T A 38.07 PASS AF=0.0764706;AO=13;DP=171;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=87;FWDB=-0.0282106;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7098;QD=0.895651;RBI=0.0482932;REFB=-0.00332667;REVB=0.0391969;RO=158;SAF=2;SAR=11;SRF=71;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353361;STB=0.801114;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0439239;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:171:170:158:157:13:13:0.0764706:11:2:71:87:11:2:70:87 chr3 75787015 . C T 207.7 PASS AF=0.209581;AO=35;DP=167;FAO=35;FDP=167;FR=.;FRO=132;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.00454449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.475;QD=4.97492;RBI=0.00624543;REFB=-0.00314632;REVB=0.00428404;RO=131;SAF=11;SAR=24;SRF=68;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264842;STB=0.661917;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00818861;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:131:132:35:35:0.209581:24:11:68:63:24:11:68:64 chr3 75787032 . T C 139.68 PASS AF=0.166667;AO=27;DP=162;FAO=27;FDP=162;FR=.;FRO=135;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=73;FWDB=0.0145514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.563;QD=3.44896;RBI=0.0155787;REFB=-0.00113713;REVB=0.0055636;RO=133;SAF=16;SAR=11;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161176;STB=0.610273;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0115529;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:133:135:27:27:0.166667:11:16:62:71:11:16:62:73 chr3 75787043 . G A 300.7 PASS AF=0.276316;AO=55;DP=152;FAO=42;FDP=152;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.0202196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4896;QD=7.91302;RBI=0.021741;REFB=0.00032305;REVB=-0.00798992;RO=96;SAF=23;SAR=32;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12652;STB=0.582454;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00074563;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:96:110:55:42:0.276316:32:23:51:45:25:17:57:53 chr3 75787049 . C A 206.75 PASS AF=0.225352;AO=32;DP=142;FAO=32;FDP=142;FR=.;FRO=110;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0133381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.214;QD=5.82392;RBI=0.0176718;REFB=-0.011661;REVB=-0.0115926;RO=106;SAF=14;SAR=18;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906053;STB=0.555521;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0383174;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:106:110:32:32:0.225352:18:14:54:52:18:14:56:54 chr3 75787057 . G A 517.85 PASS AF=0.475;AO=48;DP=112;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.012916;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.091;QD=17.2617;RBI=0.032995;REFB=-0.0137649;REVB=0.030362;RO=58;SAF=21;SAR=27;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111876;STB=0.591896;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0265386;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:58:63:48:57:0.475:27:21:32:26:36:21:34:29 chr3 75787169 . G A 206.91 PASS AF=0.252033;AO=31;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.00481529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.251;QD=6.72885;RBI=0.00725329;REFB=-0.00336391;REVB=0.00542431;RO=88;SAF=17;SAR=14;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532884;STB=0.529268;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.011293;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:88:92:31:31:0.252033:14:17:52:36:14:17:54:38 chr3 75787186 . C T 165.36 PASS AF=0.217742;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=124;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00358128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2585;QD=5.33407;RBI=0.0554633;REFB=-0.00261316;REVB=-0.0553476;RO=97;SAF=15;SAR=12;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116947;STB=0.507241;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00984095;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:97:97:27:27:0.217742:12:15:53:44:12:15:53:44 chr3 75787199 . A C 119.91 PASS AF=0.178862;AO=22;DP=123;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=46;FWDB=-0.0396774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.23;QD=3.89958;RBI=0.0397076;REFB=-0.00456678;REVB=0.00154817;RO=101;SAF=11;SAR=11;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567394;STB=0.536552;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0301113;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:101:101:22:22:0.178862:11:11:55:46:11:11:55:46 chr3 75787221 . C T 107.42 PASS AF=0.172414;AO=20;DP=116;FAO=20;FDP=116;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0267039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.2;QD=3.70395;RBI=0.0271706;REFB=-0.00234413;REVB=0.00501429;RO=94;SAF=10;SAR=10;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676085;STB=0.551673;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0135412;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:94:96:20:20:0.172414:10:10:52:42:10:10:54:42 chr3 75787224 . C G 96.35 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.0217499;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.18;QD=3.56862;RBI=0.0217698;REFB=0.000790574;REVB=-0.000931515;RO=88;SAF=10;SAR=8;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273592;STB=0.509345;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00993136;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:112:108:88:90:18:18:0.166667:8:10:47:41:8:10:49:41 chr3 75787236 . C T 70.8 PASS AF=0.14;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0246049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.11;QD=2.83214;RBI=0.0247022;REFB=-0.00310248;REVB=-0.00219026;RO=85;SAF=8;SAR=6;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641787;STB=0.508759;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0168646;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:99:100:85:86:14:14:0.14:6:8:49:36:6:8:50:36 chr3 75787279 . A T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.030895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.998;QD=2.51669;RBI=0.0345101;REFB=-0.00772815;REVB=-0.0153767;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406918;STB=0.532704;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0474049;OID=.;OPOS=75787279;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:64:54:56:8:8:0.125:5:3:22:32:5:3:23:33 chr3 75787288 . T C 35.01 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0244129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.348;QD=2.29598;RBI=0.0250599;REFB=-0.00937644;REVB=-0.00565782;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299807;STB=0.519176;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.06783;OID=.;OPOS=75787288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:61:61:52:54:7:7:0.114754:4:3:21:31:4:3:22:32 chr3 75787382 . T C 509.43 PASS AF=0.925;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0725724;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3193;QD=50.9432;RBI=0.0961523;REFB=-0.0610916;REVB=0.0630754;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389783;STB=0.529396;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00907846;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:40:40:2:3:36:37:0.925:13:23:2:0:13:24:3:0 chr3 75787424 . C G 57.67 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00288103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.804;QD=3.20363;RBI=0.00613701;REFB=-0.000464045;REVB=0.00541872;RO=57;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134831;STB=0.600962;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00635062;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:57:61:11:11:0.152778:3:8:36:21:3:8:38:23 chr3 75787458 . G A 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0223042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.331;QD=1.64909;RBI=0.0260737;REFB=-0.0056732;REVB=0.0135041;RO=73;SAF=3;SAR=5;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32062;STB=0.738607;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.040626;OID=.;OPOS=75787458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:5:3:48:25:5:3:48:25 chr3 75787464 . C T 53.58 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0279877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5337;QD=2.61383;RBI=0.0305687;REFB=0.00483819;REVB=0.0122938;RO=70;SAF=6;SAR=5;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124043;STB=0.590752;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0546427;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:82:70:71:11:11:0.134146:5:6:45:25:5:6:46:25 chr3 75787486 . C T 174.77 PASS AF=0.257732;AO=22;DP=95;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00517923;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.248;QD=7.20698;RBI=0.00854917;REFB=-0.00945394;REVB=0.00680175;RO=73;SAF=13;SAR=9;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695717;STB=0.500894;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0278234;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:73:72:22:25:0.257732:9:13:47:26:9:16:46:26 chr3 75787490 . A T 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0173564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7777;QD=1.52796;RBI=0.0187831;REFB=-0.00774948;REVB=0.00718044;RO=94;SAF=7;SAR=3;SRF=59;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930008;STB=0.573124;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0420491;OID=.;OPOS=75787490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:94:94:10:10:0.0961538:3:7:59:35:3:7:59:35 chr3 75787511 . C A 52.05 PASS AF=0.11215;AO=12;DP=108;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=34;FWDB=-0.000123773;FXX=0.0360328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.456;QD=1.94596;RBI=0.00345383;REFB=0.000934636;REVB=-0.00345162;RO=93;SAF=7;SAR=5;SRF=60;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791418;STB=0.554561;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00825162;OID=.;OPOS=75787511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:108:107:93:95:12:12:0.11215:5:7:60:33:5:7:61:34 chr3 75787516 . C G 100.82 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=112;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.00865879;FXX=0.0086949;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.562;QD=3.53744;RBI=0.0175528;REFB=-0.00389981;REVB=-0.0152685;RO=91;SAF=12;SAR=7;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508895;STB=0.52783;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.021737;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:91:95:19:19:0.166667:7:12:54:37:7:12:57:38 chr3 75787519 . CT AG,CG 301.24 PASS AF=0.194915,0.152542;AO=23,18;DP=118;FAO=23,18;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=14,8;FSAR=9,10;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00548623,-0.00987333;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=106.887,166.576;QD=10.2115;RBI=0.0431072,0.0198118;REFB=0.0150302,-0.00158565;REVB=0.0427567,0.0171763;RO=77;SAF=14,8;SAR=9,10;SRF=49;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.036711,-0.240096;STB=0.522561,0.652015;STBP=0.821,0.169;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0112617,0.0110845;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:77:23,18:23,18:0.194915,0.152542:9,10:14,8:49:28:9,10:14,8:49:28 chr3 75787576 . A G 103.52 PASS AF=0.163934;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=122;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=0.0128105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.075;QD=3.39406;RBI=0.0128106;REFB=-0.00177408;REVB=-4.64654e-05;RO=102;SAF=9;SAR=11;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286633;STB=0.684045;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00668096;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:102:102:20:20:0.163934:11:9:69:33:11:9:69:33 chr3 75787583 . AC GA,GC 93.1 PASS AF=0.104348,0.0695652;AO=11,8;DP=114;FAO=12,8;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=6,3;FSAR=6,5;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=0.0152084,-0.00770708;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=172.854,78.5846;QD=3.23821;RBI=0.0166445,0.00817533;REFB=-0.00526193,-0.00452863;REVB=-0.00676344,-0.00272707;RO=95;SAF=6,3;SAR=5,5;SRF=62;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.132934,-0.300357;STB=0.635305,0.739794;STBP=0.341,0.215;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0473301,0.0263991;OID=.,.;OPOS=75787583,75787583;OREF=AC,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:114:115:95:95:11,8:12,8:0.104348,0.0695652:5,5:6,3:62:33:6,5:6,3:62:33 chr3 75787620 . T C 118.88 PASS AF=0.176;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=29;FWDB=0.0396084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2706;QD=3.80422;RBI=0.0432222;REFB=-0.00359651;REVB=0.0173011;RO=103;SAF=10;SAR=12;SRF=74;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336716;STB=0.710697;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0141824;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:103:103:22:22:0.176:12:10:74:29:12:10:74:29 chr3 75787637 . C T 199.68 PASS AF=0.25;AO=29;DP=122;FAO=31;FDP=124;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=33;FWDB=-0.00897736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.377;QD=6.44113;RBI=0.0264912;REFB=-0.0131923;REVB=-0.0249237;RO=90;SAF=20;SAR=9;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785574;STB=0.555919;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0353015;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:90:93:29:31:0.25:9:20:57:33:9:22:60:33 chr3 75787645 . GAA G 72.54 PASS AF=0.207207;AO=19;DP=120;FAO=23;FDP=111;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=-0.0541804;FXX=0.0826378;HRUN=4;LEN=2;MLLD=32.1359;QD=2.61401;RBI=0.0566485;REFB=-0.00220755;REVB=-0.016539;RO=69;SAF=14;SAR=5;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163349;STB=0.513687;STBP=0.903;TYPE=del;VARB=0.0158346;OID=.;OPOS=75787646;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207207:19:120:23:111:88:15:8:56:32:72:69:14:5:43:26 chr3 75787679 . T C 125.45 PASS AF=0.191304;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=32;FWDB=0.0110678;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.257;QD=4.3635;RBI=0.018219;REFB=-0.00249265;REVB=-0.0144719;RO=90;SAF=17;SAR=5;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166121;STB=0.617156;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.010507;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:90:93:22:22:0.191304:5:17:60:30:5:17:61:32 chr3 75787688 . T A 176.35 PASS AF=0.234783;AO=24;DP=119;FAO=27;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.0521853;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0152;QD=6.13393;RBI=0.0858577;REFB=-0.0163364;REVB=0.068178;RO=55;SAF=17;SAR=7;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493004;STB=0.545274;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0468191;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:115:55:88:24:27:0.234783:7:17:37:18:7:20:61:27 chr3 75787702 . C G 645.81 PASS AF=0.477941;AO=65;DP=136;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.00860129;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.623;QD=18.9944;RBI=0.0574535;REFB=-0.0451;REVB=-0.056806;RO=69;SAF=43;SAR=22;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205598;STB=0.516849;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0414385;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:69:71:65:65:0.477941:22:43:47:22:22:43:49:22 chr3 75787726 . G A 1321.57 PASS AF=0.734266;AO=104;DP=142;FAO=105;FDP=143;FR=.;FRO=38;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0153536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.354;QD=36.9669;RBI=0.0165097;REFB=-0.00131756;REVB=-0.00606932;RO=38;SAF=69;SAR=35;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311438;STB=0.500222;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0022524;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:38:38:104:105:0.734266:35:69:25:13:36:69:25:13 chr3 75787728 . C T 186.72 PASS AF=0.212766;AO=30;DP=141;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=37;FWDB=-0.000422496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5124;QD=5.29713;RBI=0.0554761;REFB=-0.0187244;REVB=-0.0554745;RO=111;SAF=18;SAR=12;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906866;STB=0.555855;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00829707;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:111:111:30:30:0.212766:12:18:74:37:12:18:74:37 chr3 75787732 . A C 164.3 PASS AF=0.190476;AO=28;DP=147;FAO=28;FDP=147;FR=.;FRO=119;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=0.00490199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6459;QD=4.47081;RBI=0.021163;REFB=-0.00597275;REVB=-0.0205874;RO=117;SAF=20;SAR=8;SRF=75;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10689;STB=0.563016;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0152431;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:117:119:28:28:0.190476:8:20:75:42:8:20:77:42 chr3 75787739 . A T 2261.58 PASS AF=1;AO=113;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=90;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.949;QD=61.5396;RBI=0.0499117;REFB=0;REVB=0.0372246;RO=4;SAF=77;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720732;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:147:147:4:0:113:147:1:36:77:4:0:57:90:0:0 chr3 75787770 . C T 73.12 PASS AF=0.0995261;AO=21;DP=211;FAO=21;FDP=211;FR=.;FRO=190;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=122;FSRR=68;FWDB=-0.0265545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.606;QD=1.38621;RBI=0.0340337;REFB=-0.00450084;REVB=-0.0212874;RO=190;SAF=15;SAR=6;SRF=122;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982139;STB=0.57446;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0448145;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:211:211:190:190:21:21:0.0995261:6:15:122:68:6:15:122:68 chr3 75787794 . A G 1461.88 PASS AF=0.59375;AO=133;DP=225;FAO=133;FDP=224;FR=.;FRO=91;FSAF=87;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=29;FWDB=0.0104499;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.005;QD=26.1051;RBI=0.0318291;REFB=-0.0336304;REVB=0.0300647;RO=91;SAF=87;SAR=46;SRF=62;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227262;STB=0.512294;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0246415;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:91:91:133:133:0.59375:46:87:62:29:46:87:62:29 chr3 75787801 . TG CA 169.64 PASS AF=0.155556;AO=35;DP=226;FAO=35;FDP=225;FR=.;FRO=190;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=129;FSRR=61;FWDB=0.0119447;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.851;QD=3.01575;RBI=0.0124228;REFB=-0.00108367;REVB=0.00341338;RO=189;SAF=18;SAR=17;SRF=128;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215401;STB=0.640203;STBP=0.078;TYPE=mnp;VARB=0.00721144;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:189:190:35:35:0.155556:17:18:128:61:17:18:129:61 chr3 75787809 . T C 799.87 PASS AF=0.388186;AO=91;DP=237;FAO=92;FDP=237;FR=.;FRO=145;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=93;FSRR=52;FWDB=0.0189573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.903;QD=13.4999;RBI=0.0225902;REFB=-0.0183352;REVB=-0.0122857;RO=145;SAF=57;SAR=34;SRF=93;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175775;STB=0.50721;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0183153;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:145:145:91:92:0.388186:34:57:93:52:34:58:93:52 chr3 75787812 . C CT 118.29 PASS AF=0.181818;AO=43;DP=244;FAO=44;FDP=242;FR=.;FRO=198;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=121;FSRR=77;FWDB=-0.0354882;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4603;QD=1.95522;RBI=0.122093;REFB=0.00542706;REVB=0.116822;RO=198;SAF=30;SAR=13;SRF=122;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116289;STB=0.563554;STBP=0.38;TYPE=ins;VARB=-0.0231863;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:43:244:44:242:198:30:14:121:77:99:198:30:13:122:76 chr3 75787840 . C A 104.26 PASS AF=0.107407;AO=29;DP=270;FAO=29;FDP=270;FR=.;FRO=241;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=147;FSRR=94;FWDB=-0.019392;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.857;QD=1.54465;RBI=0.0213718;REFB=-0.00435805;REVB=-0.00898335;RO=236;SAF=22;SAR=7;SRF=142;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215731;STB=0.652456;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0469554;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:236:241:29:29:0.107407:7:22:142:94:7:22:147:94 chr3 75787863 . AT TA 159.96 PASS AF=0.138462;AO=36;DP=262;FAO=36;FDP=260;FR=.;FRO=224;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=125;FSRR=99;FWDB=-0.019254;FXX=0.0076333;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.962;QD=2.46098;RBI=0.0255024;REFB=-0.00663069;REVB=-0.0167229;RO=224;SAF=22;SAR=14;SRF=125;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694922;STB=0.547069;STBP=0.58;TYPE=mnp;VARB=0.0329191;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:260:224:224:36:36:0.138462:14:22:125:99:14:22:125:99 chr3 75787869 . CA TG 1468.42 PASS AF=0.555556;AO=140;DP=252;FAO=140;FDP=252;FR=.;FRO=112;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0289542;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.108;QD=23.3083;RBI=0.0454636;REFB=-0.0173395;REVB=-0.0350514;RO=111;SAF=76;SAR=64;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128831;STB=0.5048;STBP=0.862;TYPE=mnp;VARB=0.0114968;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:111:112:140:140:0.555556:64:76:62:49:64:76:62:50 chr3 75787876 . G T 1556.86 PASS AF=0.577689;AO=145;DP=251;FAO=145;FDP=251;FR=.;FRO=106;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=62;FSRR=44;FWDB=0.00185984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.16;QD=24.8105;RBI=0.00771388;REFB=-0.0396831;REVB=-0.00748632;RO=105;SAF=78;SAR=67;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411076;STB=0.520011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0228402;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:105:106:145:145:0.577689:67:78:62:43:67:78:62:44 chr3 75787880 . A G 239.37 PASS AF=0.177419;AO=44;DP=248;FAO=44;FDP=248;FR=.;FRO=204;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=112;FSRR=92;FWDB=-0.0177988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.58;QD=3.86088;RBI=0.0326805;REFB=-0.000340683;REVB=-0.0274084;RO=204;SAF=27;SAR=17;SRF=112;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855003;STB=0.55463;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00183164;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:204:204:44:44:0.177419:17:27:112:92:17:27:112:92 chr3 75787897 . T C 393.54 PASS AF=0.242798;AO=59;DP=243;FAO=59;FDP=243;FR=.;FRO=184;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=111;FSRR=73;FWDB=0.00219572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.84;QD=6.478;RBI=0.021255;REFB=-0.00291022;REVB=0.0211413;RO=177;SAF=24;SAR=35;SRF=106;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237607;STB=0.645709;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0144242;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:177:184:59:59:0.242798:35:24:106:71:35:24:111:73 chr3 75787918 . C T 128.88 PASS AF=0.132159;AO=30;DP=227;FAO=30;FDP=227;FR=.;FRO=197;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=110;FSRR=87;FWDB=-0.0385556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.763;QD=2.27105;RBI=0.0476918;REFB=0.000346048;REVB=-0.0280708;RO=197;SAF=15;SAR=15;SRF=110;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740948;STB=0.550627;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00427619;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:197:197:30:30:0.132159:15:15:110:87:15:15:110:87 chr3 75787926 . T C 130.73 PASS AF=0.138095;AO=29;DP=210;FAO=29;FDP=210;FR=.;FRO=181;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=98;FSRR=83;FWDB=-0.00799399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.348;QD=2.49011;RBI=0.0163835;REFB=-0.00147442;REVB=0.0143009;RO=172;SAF=15;SAR=14;SRF=90;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767553;STB=0.520894;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0814857;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:172:181:29:29:0.138095:14:15:90:82:14:15:98:83 chr3 75787927 . A G 831.38 PASS AF=0.448276;AO=85;DP=197;FAO=91;FDP=203;FR=.;FRO=112;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.00688838;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.895;QD=16.3819;RBI=0.0092687;REFB=-0.0128762;REVB=0.00620153;RO=110;SAF=43;SAR=42;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401169;STB=0.501524;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.016156;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:203:110:112:85:91:0.448276:42:43:60:50:42:49:60:52 chr3 75787949 . C T 1078.15 PASS AF=0.558011;AO=97;DP=178;FAO=101;FDP=181;FR=.;FRO=80;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.0146334;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.34;QD=23.8264;RBI=0.0173111;REFB=-0.0398492;REVB=-0.00924877;RO=81;SAF=48;SAR=49;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608799;STB=0.521101;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.028661;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:81:80:97:101:0.558011:49:48:46:35:49:52:45:35 chr3 75787961 . A G 353.18 PASS AF=0.301887;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=159;FR=.;FRO=111;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=-0.0106755;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.216;QD=8.88497;RBI=0.0111396;REFB=-0.0173167;REVB=-0.00318205;RO=111;SAF=21;SAR=27;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144125;STB=0.590127;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0297001;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:111:111:48:48:0.301887:27:21:62:49:27:21:63:48 chr3 75787962 . G C 102.15 PASS AF=0.140127;AO=22;DP=157;FAO=22;FDP=157;FR=.;FRO=135;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=69;FWDB=-0.0358263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.986;QD=2.60261;RBI=0.0370423;REFB=-0.00204476;REVB=0.00941324;RO=135;SAF=18;SAR=4;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430595;STB=0.796083;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0439946;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:135:135:22:22:0.140127:4:18:66:69:4:18:66:69 chr3 75787996 . C T 30.55 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0269011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2676;QD=1.34274;RBI=0.0562033;REFB=3.49627e-05;REVB=0.0493472;RO=83;SAF=6;SAR=2;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337571;STB=0.769399;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00153728;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:83:83:8:8:0.0879121:2:6:37:46:2:6:37:46 chr3 75788010 . A C 1209.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.034;QD=61.2245;RBI=0.0446679;REFB=0;REVB=0.00172558;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62164e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:41:37:0:0:42:37:0:0 chr3 75788023 . C T 333.58 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0171221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2696;QD=17.1067;RBI=0.0752797;REFB=-0.0115382;REVB=-0.0733066;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041761;STB=0.530069;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00921353;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:16:19:21:21:16:20:21:21 chr3 75788028 . G C 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00846911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.191;QD=9.25779;RBI=0.010744;REFB=0.000460412;REVB=0.00661122;RO=54;SAF=11;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113583;STB=0.566966;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00282916;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:13:11:30:24:13:11:30:24 chr3 75788040 . G A 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0141693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.582;QD=4.51185;RBI=0.0152596;REFB=-0.00262903;REVB=0.00566437;RO=50;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224313;STB=0.636143;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0147549;OID=.;OPOS=75788040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:63:50:51:12:12:0.190476:7:5:30:20:7:5:30:21 chr3 75788068 . A C 50.2 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0214196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.285;QD=2.78911;RBI=0.0235918;REFB=-0.00965315;REVB=0.00988812;RO=60;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204313;STB=0.527722;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0611949;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:72:60:62:10:10:0.138889:5:5:31:29:5:5:33:29 chr3 75788076 . A C 367.17 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0282466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4527;QD=19.074;RBI=0.0446862;REFB=0.0328657;REVB=0.0346264;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946483;STB=0.546177;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.015123;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:17:21:17:21:17:21:18:21 chr3 75788085 . A G 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0245274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.279;QD=1.61376;RBI=0.0245644;REFB=2.36575e-06;REVB=-0.00134686;RO=71;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169138;STB=0.636025;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.000411132;OID=.;OPOS=75788085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:71:74:8:8:0.097561:5:3:37:34:5:3:39:35 chr3 75788115 . G A 306.46 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0124307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.379;QD=15.323;RBI=0.0126154;REFB=-0.00133165;REVB=0.00215059;RO=45;SAF=23;SAR=11;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219788;STB=0.619159;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00167432;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:11:23:21:24:11:23:22:24 chr3 75788130 . C A 164.99 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00316307;FXX=0.0430061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.414;QD=7.41523;RBI=0.00631864;REFB=-0.00363344;REVB=-0.00546993;RO=66;SAF=14;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170569;STB=0.60324;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0130661;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:66:66:23:23:0.258427:9:14:31:35:9:14:31:35 chr3 75788152 . T C 309.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00707694;FXX=0.205862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.628;QD=15.264;RBI=0.0365928;REFB=-0.00538161;REVB=0.0359019;RO=47;SAF=25;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333422;STB=0.689539;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00626165;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:81:47:47:34:34:0.419753:9:25:20:27:9:25:20:27 chr3 75788158 . G C 233.14 PASS AF=0.299065;AO=31;DP=108;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.00171399;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1226;QD=8.71563;RBI=0.0165925;REFB=-0.00770011;REVB=-0.0165038;RO=72;SAF=12;SAR=19;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261948;STB=0.659552;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0273059;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:72:75:31:32:0.299065:19:12:44:28:19:13:48:27 chr3 75788199 . T C 332.55 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.00535538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.525;QD=10.7275;RBI=0.0530929;REFB=-0.0126384;REVB=0.0528221;RO=82;SAF=25;SAR=17;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165116;STB=0.595193;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.021896;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:82:42:42:0.33871:17:25:37:45:17:25:37:45 chr3 75788226 . CA AG,GG 577.65 PASS AF=0.357143,0.1875;AO=39,21;DP=111;FAO=40,21;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=23,11;FSAR=17,10;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0147542,-0.0112454;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=242.334,228.674;QD=20.6304;RBI=0.0187567,0.0142226;REFB=-0.00689354,-0.00558658;REVB=-0.0115814,-0.00870771;RO=50;SAF=23,11;SAR=16,10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169306,0.122364;STB=0.590988,0.578874;STBP=0.133,0.382;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.01264,0.00193414;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:50:51:39,21:40,21:0.357143,0.1875:16,10:23,11:21:29:17,10:23,11:21:30 chr3 75788230 . C T 56.96 PASS AF=0.117117;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=111;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0244134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.437;QD=2.05269;RBI=0.0282149;REFB=-0.00334927;REVB=-0.0141445;RO=98;SAF=7;SAR=6;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592097;STB=0.54287;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0190764;OID=.;OPOS=75788230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:111:98:98:13:13:0.117117:6:7:48:50:6:7:48:50 chr3 75788245 . C T 88.17 PASS AF=0.155963;AO=17;DP=109;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0397866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.527;QD=3.23557;RBI=0.0400639;REFB=-0.00819199;REVB=-0.00470529;RO=91;SAF=8;SAR=9;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163324;STB=0.515657;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0380328;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:109:109:91:92:17:17:0.155963:9:8:44:47:9:8:45:47 chr3 75788258 . C A 512.41 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0100052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.631;QD=21.5751;RBI=0.0117878;REFB=-0.000321628;REVB=-0.00623277;RO=46;SAF=27;SAR=22;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829243;STB=0.545788;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0002729;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:22:27:21:25:22:27:21:25 chr3 75788281 . T C 459.42 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00371477;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.244;QD=23.2617;RBI=0.0109997;REFB=-0.00123492;REVB=0.0103535;RO=35;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528042;STB=0.529026;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00179338;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:35:35:44:44:0.556962:21:23:16:19:21:23:16:19 chr3 75788291 . AT AA,GA 333.07 PASS AF=0.132353,0.397059;AO=9,27;DP=69;FAO=9,27;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=6,15;FSAR=3,12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00804235,0.00668216;FXX=0.0144907;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=96.58,233.578;QD=19.5922;RBI=0.0160568,0.00857947;REFB=-0.0138904,0.0123148;REVB=0.0138975,-0.00538109;RO=32;SAF=6,15;SAR=3,12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240105,0.0835435;STB=0.655389,0.547135;STBP=0.324,0.516;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0545125,-0.00369734;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:68:32:32:9,27:9,27:0.132353,0.397059:3,12:6,15:15:17:3,12:6,15:15:17 chr3 75788316 . C T 177.44 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=55;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00344294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3615;QD=12.4518;RBI=0.00539299;REFB=-0.0384829;REVB=-0.00415096;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213783;STB=0.582325;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.088582;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:35:35:20:22:0.385965:7:13:16:19:9:13:16:19 chr3 75790427 . C T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00149936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9611;QD=1.76262;RBI=0.0510168;REFB=0.00540484;REVB=-0.0509947;RO=69;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375655;STB=0.536819;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0464087;OID=.;OPOS=75790427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:69:70:8:8:0.102564:5:3:28:41:5:3:29:41 chr3 75790444 . G A 343.8 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00134001;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.57;QD=15.4517;RBI=0.0101644;REFB=-0.0172237;REVB=0.0100757;RO=50;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975936;STB=0.555325;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0193623;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:37:38:0.426966:21:16:17:33:21:17:18:33 chr3 75790448 . T C 58.2 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.052513;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.699;QD=2.58667;RBI=0.0549612;REFB=-0.00137631;REVB=0.0162209;RO=74;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672893;STB=0.517213;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00823774;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:87:90:74:78:12:12:0.133333:7:5:27:47:7:5:31:47 chr3 75790479 . C T 357.91 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0303988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.056;QD=12.7824;RBI=0.0328964;REFB=-0.00752633;REVB=-0.0125731;RO=69;SAF=12;SAR=31;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156169;STB=0.58931;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0168378;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:31:12:28:41:31:12:28:41 chr3 75790513 . T C 1590.38 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357377;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.694;QD=60.0143;RBI=0.0407197;REFB=0;REVB=0.0195169;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69594e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:67:38:0:0:67:39:0:0 chr3 75790516 . TGC AGC,ATG 150.78 PASS AF=0.22549,0;AO=17,4;DP=104;FAO=23,0;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=12,0;FSAR=11,0;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.040205,-0.0417703;FXX=0.0192289;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=82.7851,35.411;QD=5.91292;RBI=0.04062,0.245385;REFB=-0.00077386,-0.00134941;REVB=0.00579221,-0.241803;RO=49;SAF=11,0;SAR=6,4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145931,-0.550305;STB=0.637863,0.5;STBP=0.158,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00634648,0;OID=.,.;OPOS=75790516,75790516;OREF=T,TGC;OALT=A,ATG;OMAPALT=AGC,ATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:49:79:17,4:23,0:0.22549,0:6,4:11,0:26:23:11,0:12,0:27:52 chr3 75790822 . A G 312.97 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0128264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.743;QD=36.8196;RBI=0.0138467;REFB=-0.0365058;REVB=0.00521689;RO=8;SAF=17;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136929;STB=0.507457;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00841844;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:9:17:5:3:9:17:5:3 chr3 75986663 . C A 1783.38 PASS AF=0.465347;AO=149;DP=366;FAO=188;FDP=404;FR=.;FRO=216;FSAF=86;FSAR=102;FSRF=122;FSRR=94;FWDB=0.00586358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.123;QD=17.6572;RBI=0.0519836;REFB=-0.0425877;REVB=0.0516518;RO=214;SAF=76;SAR=73;SRF=120;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536451;STB=0.557254;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0383569;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:404:214:216:149:188:0.465347:73:76:120:94:102:86:122:94 chr3 75986686 . A G 1876.95 PASS AF=0.449772;AO=196;DP=438;FAO=197;FDP=438;FR=.;FRO=241;FSAF=89;FSAR=108;FSRF=132;FSRR=109;FWDB=0.0169478;FXX=0.00227785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5608;QD=17.1411;RBI=0.0170387;REFB=-0.0229474;REVB=-0.00175743;RO=239;SAF=89;SAR=107;SRF=132;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975379;STB=0.552738;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0309835;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:239:241:196:197:0.449772:107:89:132:107:108:89:132:109 chr3 75986695 . G A 185.4 PASS AF=0.112335;AO=51;DP=448;FAO=51;FDP=454;FR=.;FRO=403;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=196;FSRR=207;FWDB=-0.0116777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.589;QD=1.63349;RBI=0.0173692;REFB=-0.0034197;REVB=-0.0128577;RO=397;SAF=30;SAR=21;SRF=194;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124677;STB=0.590332;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0272769;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:454:397:403:51:51:0.112335:21:30:194:203:21:30:196:207 chr3 75986717 . G A 254.72 PASS AF=0.133333;AO=60;DP=451;FAO=60;FDP=450;FR=.;FRO=390;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=191;FSRR=199;FWDB=0.00597391;FXX=0.00442468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.335;QD=2.26415;RBI=0.0088649;REFB=-0.00709062;REVB=-0.00654972;RO=386;SAF=24;SAR=36;SRF=189;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115623;STB=0.578449;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0538209;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:450:386:390:60:60:0.133333:36:24:189:197:36:24:191:199 chr3 75986719 . G C 1655.19 PASS AF=0.409502;AO=182;DP=443;FAO=181;FDP=442;FR=.;FRO=261;FSAF=81;FSAR=100;FSRF=132;FSRR=129;FWDB=0.0108645;FXX=0.0177774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9434;QD=14.9791;RBI=0.0388628;REFB=-0.0114834;REVB=0.0373133;RO=236;SAF=82;SAR=100;SRF=120;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591672;STB=0.534514;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00985765;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:442:236:261:182:181:0.409502:100:82:120:116:100:81:132:129 chr3 77860987 . A G 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.010412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4453;QD=9.10765;RBI=0.0188972;REFB=0.0164799;REVB=-0.01577;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0343323;OID=.;OPOS=77860987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:8:8:5:3:8:8 chr3 78655923 . T G 993.19 PASS AF=0.530387;AO=96;DP=181;FAO=96;FDP=181;FR=.;FRO=85;FSAF=66;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=0.0377721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0815;QD=21.9489;RBI=0.0520463;REFB=0.00593051;REVB=0.0358062;RO=83;SAF=66;SAR=30;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473051;STB=0.527925;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00487038;OID=.;OPOS=78655923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:83:85:96:96:0.530387:30:66:53:30:30:66:54:31 chr3 78700901 . G T 360.25 PASS AF=0.394495;AO=41;DP=109;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0097884;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.379;QD=13.2202;RBI=0.0367361;REFB=-0.0278193;REVB=-0.035408;RO=65;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084776;STB=0.526213;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0462872;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:66:41:43:0.394495:17:24:33:32:19:24:34:32 chr3 78717343 . C T 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00395211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.459;QD=14.1729;RBI=0.0155848;REFB=-0.0141944;REVB=-0.0150754;RO=47;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127444;STB=0.507242;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0207286;OID=.;OPOS=78717343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:14:18:27:20:14:18:27:20 chr3 80677187 . T C 753.86 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.356;QD=61.5396;RBI=0.0328355;REFB=-0.0407944;REVB=-0.0276205;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000120453;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr3 81558726 . C T 186.47 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0323773;FXX=0.0638162;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.1437;QD=16.9516;RBI=0.0755868;REFB=-0.00974398;REVB=-0.0683013;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137865;STB=0.555499;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000474304;OID=.;OPOS=81558726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:26:24:20:20:0.454545:12:8:14:12:12:8:12:12 chr3 81643167 . T C 1059.97 PASS AF=0.873563;AO=75;DP=87;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0306676;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5662;QD=48.7344;RBI=0.0328846;REFB=0.0304093;REVB=0.0118697;RO=10;SAF=36;SAR=39;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114866;STB=0.564689;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0013496;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:10:11:75:76:0.873563:39:36:10:0:39:37:11:0 chr3 81698130 . T C 729.88 PASS AF=0.67033;AO=61;DP=92;FAO=61;FDP=91;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0257017;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.46;QD=32.0828;RBI=0.0315323;REFB=-0.0127907;REVB=0.0182676;RO=30;SAF=28;SAR=33;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126146;STB=0.568127;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00405804;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:30:30:61:61:0.67033:33:28:20:10:33:28:20:10 chr3 81792730 . G A 307.39 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00777491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7232;QD=13.2211;RBI=0.0159988;REFB=-0.00145927;REVB=-0.0139826;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104749;STB=0.5596;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00163617;OID=.;OPOS=81792730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:21:14:18:40:21:14:18:40 chr3 81810702 . A AG 640.36 PASS AF=1;AO=54;DP=63;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842446;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4544;QD=45.7398;RBI=0.155761;REFB=0;REVB=0.131012;RO=8;SAF=20;SAR=34;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00478215;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:63:56:56:0:21:35:0:0:11:8:20:34:4:4 chr3 81810725 . C T 313.68 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.104474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7233;QD=31.3678;RBI=0.104487;REFB=-0.0402362;REVB=0.00169511;RO=13;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193148;STB=0.605924;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0196219;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:17:10:9:4:17:10:9:4 chr3 86411485 . A G 185.01 PASS AF=0.475;AO=20;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0172484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0733;QD=18.501;RBI=0.0214529;REFB=-0.0127347;REVB=-0.0127561;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976358;STB=0.507035;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0537291;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:18:21:20:19:0.475:8:12:11:7:7:12:13:8 chr3 86411527 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0193688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4696;QD=16.9281;RBI=0.0464231;REFB=-0.0246872;REVB=-0.0421895;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0235287;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:7:5:4:8:7:5 chr3 86995839 . T TC 119.68 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0771809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.1143;QD=14.0796;RBI=0.106318;REFB=-0.0184281;REVB=0.0731211;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.53;STBP=0.763;TYPE=ins;VARB=0.0281815;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:17:35:17:34:17:7:10:8:9:99:18:7:10:9:9 chr3 87295049 . T C 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.443;QD=63.1934;RBI=0.035107;REFB=0;REVB=0.00659382;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06763e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr3 87791778 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0276086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0458;QD=12.8689;RBI=0.0280471;REFB=-0.0191102;REVB=-0.00493972;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468065;STB=0.5027;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0294947;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:9:12:19:14:9:12:19:14 chr3 88041023 . A C 228.36 PASS AF=0.552632;AO=18;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.000676812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.683;QD=24.0375;RBI=0.0637448;REFB=-0.0163118;REVB=0.0637412;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424398;STB=0.551677;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00485698;OID=.;OPOS=88041023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:15:18:21:0.552632:6:12:10:4:8:13:11:4 chr3 88041650 . G A 325.91 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0140405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.669;QD=12.0705;RBI=0.0269016;REFB=-0.0135285;REVB=-0.0229469;RO=67;SAF=23;SAR=17;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254146;STB=0.519764;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0221888;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:68:40:40:0.37037:17:23:37:30:17:23:37:31 chr3 88042501 . GTTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTC 118.7 PASS AF=0,0.757576,0.0606061;AO=4,16,2;DP=33;FAO=0,25,2;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=0,14,2;FSAR=0,11,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0871582,0.164763,0.131576;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=9.63785,7.19481,29.6232;QD=14.3881;RBI=0.121163,0.22979,0.149844;REFB=0.0848058,0.154637,0.0911821;REVB=-0.0841663,-0.160178,-0.0716989;RO=7;SAF=0,12,2;SAR=4,4,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.751977,0.02563,0.539624;STB=0.5,0.554334,0.991203;STBP=1,0.276,0.467;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00551958,-0.00118006,-0.0596837;OID=.,.,.;OPOS=88042502,88042502,88042509;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTT,GTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.757576,0.0606061:4,16,2:33:0,25,2:33:6:0,14,2:0,11,0:5:1:16:7:0,12,2:4,4,0:5:2 chr3 88101694 . G T 2680.84 PASS AF=0.972376;AO=176;DP=181;FAO=176;FDP=181;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0160007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1777;QD=59.245;RBI=0.0310103;REFB=-0.000371466;REVB=-0.0265634;RO=5;SAF=92;SAR=84;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646035;STB=0.503396;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-1.5847e-05;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:181:181:5:5:176:176:0.972376:84:92:2:3:84:92:2:3 chr3 88105264 . A C 2030.06 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.638;QD=61.517;RBI=0.0280793;REFB=-0.077988;REVB=-0.000267301;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.503448;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=4.9771e-05;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:59:72:0:0:59:72:1:0 chr3 88105818 . T C 730.44 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583347;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2343;QD=63.5168;RBI=0.148407;REFB=0;REVB=0.136461;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193337;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:43:46:1:17:26:0:0:20:26:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 473.68 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=29,4;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249461,0.00647539;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=274.363,75.3865;QD=57.4158;RBI=0.0290543,0.0109381;REFB=0,0;REVB=0.0148944,-0.00881535;RO=0;SAF=16,3;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000239844,-0.0127519;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061:29,4:33:31,2:33:0:18,1:13,1:0:0:10:0:16,3:13,1:0:0 chr3 88189341 . T C 1079.64 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6513;QD=59.9797;RBI=0.0528641;REFB=0;REVB=0.0507896;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248111;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr3 88190768 . C A 935.25 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.084;QD=58.4533;RBI=0.0284235;REFB=0;REVB=0.00668479;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99521e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr3 88190809 . C T 1398.47 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106159;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.286;QD=62.8526;RBI=0.0106748;REFB=0;REVB=0.00111922;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49417e-06;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:46:42:0:0:47:42:0:0 chr3 88191144 . A G 679.54 PASS AF=1;AO=3;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.228839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.8335;QD=57.8332;RBI=0.247033;REFB=-0.0677308;REVB=0.0930489;RO=1;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29095e-05;OID=.;OPOS=88191144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:0:3:47:1:3:0:1:0:13:34:0:0 chr3 88191169 . GTGGGGA AGTGGGA,GTGGG,GTGGGA 654.55 PASS AF=0,0,1;AO=3,19,23;DP=50;FAO=0,0,48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,33;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607725,-0.0363705,-0.0379331;FXX=0.039992;HRUN=1,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=137.533,173.027,18.7942;QD=54.5457;RBI=0.13732,0.0365884,0.174359;REFB=0,0,0;REVB=-0.12314,0.00398704,-0.170183;RO=0;SAF=2,13,18;SAR=1,6,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.851e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,-0.00585241;OID=.,.,.;OPOS=88191169,88191174,88191171;OREF=GTG,GA,G;OALT=AGT,-,-;OMAPALT=AGTGGGA,GTGGG,GTGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:50:48:0:0:3,19,23:0,0,48:0,0,1:1,6,5:2,13,18:0:0:0,0,15:0,0,33:0:0 chr3 88191446 . C A,CAA 46.68 PASS AF=0.0625,0.4375;AO=4,4;DP=18;FAO=1,7;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1,5;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00857953,0.0935332;FXX=0.0587889;HRUN=1,8;LEN=1,2;MLLD=253.627,13.1503;QD=11.6704;RBI=0.00897779,0.0996375;REFB=-0.0132584,-0.0577648;REVB=-0.00264433,-0.0343392;RO=8;SAF=3,3;SAR=1,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272394,0.272394;STB=0.991208,0.685728;STBP=0.288,0.242;TYPE=snp,ins;VARB=0.0431279,0.113559;OID=.,.;OPOS=88191446,88191447;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:18:16:8:8:4,4:1,7:0.0625,0.4375:1,1:3,3:4:4:0,2:1,5:3:5 chr3 88192423 . A G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.912;QD=60.6008;RBI=0.0857052;REFB=0;REVB=0.0119573;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453706;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 88192484 . T C 667.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5062;QD=62.0789;RBI=0.100854;REFB=0;REVB=0.0918851;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914115;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:30:12:0:0:30:13:0:0 chr3 88199298 . T C 475.56 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00959429;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.481;QD=57.6436;RBI=0.0111319;REFB=0;REVB=-0.00564525;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317776;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr3 89521693 . T C 595.77 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00362119;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.456;QD=20.7225;RBI=0.00560399;REFB=-0.00267174;REVB=0.00427688;RO=54;SAF=30;SAR=30;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638289;STB=0.530425;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0022704;OID=.;OPOS=89521693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:55:60:60:0.521739:30:30:31:23:30:30:31:24 chr3 89521725 . T C 587.33 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0012814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.058;QD=21.3575;RBI=0.0118065;REFB=-0.0028471;REVB=0.0117367;RO=51;SAF=29;SAR=30;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981197;STB=0.553828;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00193075;OID=.;OPOS=89521725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:59:59:0.536364:30:29:31:20:30:29:31:20 chr3 89530956 . G A 377.81 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0529083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6321;QD=18.8905;RBI=0.0580127;REFB=-0.00460495;REVB=-0.0237945;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112644;STB=0.562628;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00533837;OID=.;OPOS=89530956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:25:16:20:19:25:16 chr3 93593119 . T C 991.48 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.246;QD=59.1931;RBI=0.110006;REFB=0;REVB=0.1078;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439529;OID=.;OPOS=93593119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:27:38:0:0:29:38:0:0 chr3 96327750 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.943;QD=43.4862;RBI=0.0422168;REFB=0;REVB=0.0104436;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818154;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 97365038 . G A 1556.87 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.946;QD=59.8795;RBI=0.00573838;REFB=0;REVB=0.00328863;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02556e-05;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:53:50:0:0:53:51:0:0 chr3 97365074 . A G 1245.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5884;QD=61.5251;RBI=0.0492867;REFB=0;REVB=0.0268252;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356502;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr3 97611743 . A G 799.65 PASS AF=0.474286;AO=81;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.00139049;FXX=0.0112988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.659;QD=18.2776;RBI=0.0023846;REFB=-0.0188283;REVB=-0.00193722;RO=91;SAF=39;SAR=42;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507927;STB=0.536862;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0244625;OID=.;OPOS=97611743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:91:92:81:83:0.474286:42:39:39:52:42:41:39:53 chr3 97660106 . A C 691.29 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0549635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.081;QD=49.3775;RBI=0.0593375;REFB=-0.102381;REVB=0.0223596;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.510305;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0014695;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:1:4:52:52:0.928571:33:19:1:0:33:19:2:2 chr3 97664725 . C T 877.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.419;QD=57.5396;RBI=0.110258;REFB=0;REVB=-0.00312359;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229519;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:31:27:0:0:33:28:0:0 chr3 97673268 . A C 1680.52 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706711;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.652;QD=60.5593;RBI=0.0241272;REFB=0;REVB=0.023069;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03072e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:110:111:1:45:65:0:0:46:65:0:0 chr3 97726747 . T A 1171.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.125;QD=60.8803;RBI=0.0235675;REFB=0;REVB=0.0115106;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34019e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:38:39:0:0 chr3 97851968 . C T 45.23 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0176651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.133;QD=1.69092;RBI=0.018147;REFB=-0.00266988;REVB=-0.00415447;RO=96;SAF=6;SAR=5;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066095;STB=0.549994;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0300321;OID=.;OPOS=97851968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:107:107:96:96:11:11:0.102804:5:6:47:49:5:6:47:49 chr3 97851998 . A C 1475.58 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358245;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7047;QD=63.4659;RBI=0.0364434;REFB=0;REVB=0.00668804;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000729865;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:47:46:0:0 chr3 97852058 . A G 190.67 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0487475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.608;QD=9.53362;RBI=0.0582532;REFB=-0.00446996;REVB=0.0318922;RO=54;SAF=16;SAR=9;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145455;STB=0.592517;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0137545;OID=.;OPOS=97852058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:9:16:28:26:9:16:28:27 chr3 97852066 . T C 189.36 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0239661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.33;QD=9.23708;RBI=0.0239668;REFB=-0.0137304;REVB=-0.000178838;RO=57;SAF=16;SAR=9;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138084;STB=0.581751;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0317998;OID=.;OPOS=97852066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:9:16:30:27:9:16:30:27 chr3 97852083 . C T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.258;QD=60.7147;RBI=0.0363061;REFB=0;REVB=0.00568877;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3618e-05;OID=.;OPOS=97852083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr3 97852229 . T A 210.19 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=68;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=-0.000356855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.721;QD=12.0111;RBI=0.0163663;REFB=-0.00182388;REVB=0.0163624;RO=44;SAF=18;SAR=6;SRF=38;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190779;STB=0.591775;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00276605;OID=.;OPOS=97852229;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:44:44:24:26:0.371429:6:18:38:6:6:20:38:6 chr3 97868419 . G A 2250.85 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165019;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.487;QD=62.5236;RBI=0.0513657;REFB=0.134872;REVB=-0.0486429;RO=1;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773109;STB=0.503936;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00103346;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:1:1:141:143:0.993056:61:80:0:1:63:80:0:1 chr3 97868616 . C T 877.2 PASS AF=0.96875;AO=63;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0170115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9871;QD=54.825;RBI=0.0381091;REFB=-0.200212;REVB=-0.0341015;RO=1;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219527;STB=0.505604;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00558955;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:63:62:0.96875:21:42:0:1:21:41:1:1 chr3 97868653 . A C 217.31 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0103859;FXX=0.083316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.23;QD=19.7551;RBI=0.0126166;REFB=-0.0043659;REVB=0.00716313;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533301;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0047342;OID=.;OPOS=97868653;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:44:27:23:21:21:0.477273:7:14:18:9:7:14:14:9 chr3 97868795 . A G 919.9 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.635;QD=58.4062;RBI=0.0539854;REFB=0;REVB=0.0341916;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149586;OID=.;OPOS=97868795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 97868970 . T A 2390.55 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9549;QD=64.176;RBI=0.108713;REFB=0;REVB=-0.0121054;RO=0;SAF=91;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302891;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:57:91:0:0:58:91:0:0 chr3 97887865 . G A 971.43 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.092132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.541;QD=58.8746;RBI=0.0921763;REFB=0;REVB=0.00285747;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239811;OID=.;OPOS=97887865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr3 97887985 . T A 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.893;QD=58.0582;RBI=0.0473821;REFB=0;REVB=0.038311;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235578;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr3 97888042 . A T 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.963;QD=64.4089;RBI=0.0342623;REFB=0;REVB=0.00243409;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120659;OID=.;OPOS=97888042;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr3 97888197 . C T 605.54 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301293;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.155;QD=59.0766;RBI=0.0561018;REFB=-0.0677796;REVB=-0.0473247;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000503693;OID=.;OPOS=97888197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:41:0:1:40:40:0.97561:18:22:0:0:18:22:1:0 chr3 97888337 . C T 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.36;QD=54.7461;RBI=0.0500323;REFB=-0.0457038;REVB=0.00645632;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00101494;OID=.;OPOS=97888337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr3 97957349 . G A 1481.24 PASS AF=1;AO=70;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.276;QD=63.7092;RBI=0.0550847;REFB=0;REVB=0.0181512;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040499;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:70:93:1:37:33:0:0:44:49:0:0 chr3 97983257 . C G 1597.17 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229454;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0178;QD=60.2707;RBI=0.0257162;REFB=0;REVB=0.0116117;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337414;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr3 97983265 . C A 532.83 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00200908;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.193;QD=19.5535;RBI=0.00361891;REFB=-0.0148275;REVB=0.00301;RO=54;SAF=24;SAR=31;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740816;STB=0.540925;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0151377;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:54:54:55:55:0.504587:31:24:28:26:31:24:28:26 chr3 97983374 . A G 495.04 PASS AF=0.394366;AO=55;DP=141;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.000341305;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.964;QD=13.9447;RBI=0.00775155;REFB=-0.00323318;REVB=-0.00774403;RO=84;SAF=27;SAR=28;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124323;STB=0.566894;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00628808;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:84:86:55:56:0.394366:28:27:51:33:29:27:51:35 chr3 97983391 . C G,T 2140.97 PASS AF=0.387324,0.612676;AO=55,85;DP=140;FAO=55,87;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=27,50;FSAR=28,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017224,-0.020803;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.077,224.642;QD=60.3091;RBI=0.017279,0.0244883;REFB=0,0;REVB=-0.00137776,-0.0129194;RO=0;SAF=27,50;SAR=28,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.4002e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0068716,0.00297003;OID=.,.;OPOS=97983391,97983391;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:140:142:0:0:55,85:55,87:0.387324,0.612676:28,35:27,50:0:0:28,37:27,50:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 188.52 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.00151459;FXX=0.157012;HRUN=2;LEN=9;MLLD=301.669;QD=7.39291;RBI=0.00647314;REFB=0.00212135;REVB=-0.00629346;RO=60;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06961;STB=0.519619;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=-0.00344609;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:34:116:34:102:68:16:18:34:34:99:60:16:18:32:28 chr3 97983561 . G C 1541.68 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271775;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.915;QD=59.8712;RBI=0.0293889;REFB=0;REVB=0.0111844;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63729e-05;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:51:52:0:0:51:52:0:0 chr3 97983711 . T C 717.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116245;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.739;QD=57.4383;RBI=0.0530773;REFB=0;REVB=0.0517888;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913589;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr3 97983942 . A G 1289.03 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276015;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.383;QD=62.1221;RBI=0.0296704;REFB=0;REVB=0.0108854;RO=0;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00528e-05;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:31:52:0:0:31:52:0:0 chr3 97983981 . G A 259.56 PASS AF=0.356322;AO=30;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=-0.0123046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1459;QD=11.9338;RBI=0.0465545;REFB=-0.017213;REVB=-0.044899;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=40;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257482;STB=0.640367;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0270074;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:30:31:0.356322:15:15:40:15:15:16:41:15 chr3 98002587 . A G 184.43 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00132482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.804;QD=18.4429;RBI=0.072765;REFB=-0.0152002;REVB=0.072753;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105735;STB=0.548847;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0215239;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:6:12:16:5:6:13:16:5 chr3 98189413 . C A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0785932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.294;QD=19.0581;RBI=0.0792905;REFB=-0.0046226;REVB=-0.0104926;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303562;STB=0.517223;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00210093;OID=.;OPOS=98189413;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:12:8:7:12:12:8 chr3 98250986 . C T 235.14 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0188157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9731;QD=13.2472;RBI=0.0211052;REFB=0.00513477;REVB=0.00956021;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379625;STB=0.536887;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00796294;OID=.;OPOS=98250986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:43:43:27:28:0.394366:9:18:30:13:10:18:30:13 chr3 98251840 . GAAAAACT GAAAACT,GAAAACTA 219.73 PASS AF=0.626866,0.0149254;AO=34,5;DP=67;FAO=42,1;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=34,1;FSAR=8,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0625603,-0.172211;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=10.7931,17.5533;QD=13.1182;RBI=0.176669,0.223373;REFB=-0.129881,-0.0537496;REVB=0.165222,0.142264;RO=21;SAF=27,5;SAR=7,0;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.203877,0.661756;STB=0.595826,0.987486;STBP=0.086,0.473;TYPE=del,mnp;VARB=0.125027,-0.0587849;OID=.,.;OPOS=98251841,98251845;OREF=A,ACT;OALT=-,CTA;OMAPALT=GAAAACT,GAAAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626866,0.0149254:34,5:67:42,1:67:24:34,1:8,0:15:9:99:21:27,5:7,0:12:9 chr3 98304466 . G GC 380.67 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962394;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.798;QD=41.1539;RBI=0.0974107;REFB=0;REVB=0.0150603;RO=36;SAF=4;SAR=0;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000320413;OID=.;OPOS=98304467;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:37:37:0:23:14:0:0:8:36:4:0:21:15 chr3 98304467 . T C 555.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.672;QD=60.1065;RBI=0.0257412;REFB=0;REVB=0.0156575;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30884e-05;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr3 98307696 . T G 560.7 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0400722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1833;QD=16.1353;RBI=0.0400959;REFB=-0.00279582;REVB=0.00137837;RO=79;SAF=42;SAR=18;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211046;STB=0.618563;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00509232;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:18:42:40:39:18:42:40:39 chr3 98501128 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00747444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.933;QD=15.3789;RBI=0.00748664;REFB=-0.00845164;REVB=-0.000427239;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00773362;OID=.;OPOS=98501128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr3 98518072 . A G 184.0 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0026297;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.387;QD=11.323;RBI=0.00728634;REFB=-0.0169437;REVB=0.00679525;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239916;STB=0.647912;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0420908;OID=.;OPOS=98518072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:16:7:21:20:16:7:22:20 chr3 98518377 . C T 865.93 PASS AF=0.527607;AO=86;DP=163;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=59;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=19;FWDB=-0.0139034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.283;QD=21.2498;RBI=0.0140647;REFB=0.0017277;REVB=0.0021242;RO=76;SAF=59;SAR=27;SRF=57;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654667;STB=0.537877;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00177644;OID=.;OPOS=98518377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:76:77:86:86:0.527607:27:59:57:19:27:59:58:19 chr3 98540931 . T C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-8.34494e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.055;QD=22.3393;RBI=0.0380519;REFB=-0.0130732;REVB=-0.0380518;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25027;STB=0.640258;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0240855;OID=.;OPOS=98540931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:10:4:11:7:10:4 chr3 98540982 . A G 156.19 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0133176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.148;QD=15.6189;RBI=0.0133331;REFB=-0.0155687;REVB=0.000642462;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294677;STB=0.669369;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.018775;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:8:15:6:11:8:15 chr3 98541012 . G A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00896573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.4;QD=57.3916;RBI=0.0131549;REFB=0.0760321;REVB=0.00962643;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00033544;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:22:15:1:0 chr3 98541116 . G A 204.89 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0571868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0499;QD=13.0091;RBI=0.0574147;REFB=-0.00670602;REVB=0.00511037;RO=37;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191341;STB=0.602514;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.012087;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:9:16:17:20:9:16:18:20 chr3 100084203 . C G 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00309795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=22.9241;RBI=0.0142771;REFB=0.007186;REVB=-0.013937;RO=25;SAF=24;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190141;STB=0.605198;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0171504;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:10:24:12:13:10:24:12:13 chr3 100084432 . G A 684.07 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0174839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.38;QD=23.387;RBI=0.023541;REFB=-0.0373328;REVB=-0.0157636;RO=50;SAF=41;SAR=25;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102644;STB=0.549436;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0343766;OID=.;OPOS=100084432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:50:51:66:66:0.564103:25:41:37:13:25:41:37:14 chr3 100170628 . A G 154.05 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.021044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1544;QD=14.3302;RBI=0.0418962;REFB=-0.0101026;REVB=0.0362276;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308025;STB=0.67808;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0223425;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:9:17:6:11:9:17 chr3 100170634 . T C 109.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0264887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9773;QD=10.9665;RBI=0.0426473;REFB=-0.0111296;REVB=0.0334237;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243323;STB=0.643161;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0175672;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:9:17:6:8:9:17 chr3 100174722 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.751;QD=63.8713;RBI=0.0463444;REFB=0;REVB=0.0450037;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91367e-05;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr3 100287764 . T C 554.74 PASS AF=0.389222;AO=65;DP=167;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.0195506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.23;QD=13.2872;RBI=0.0200089;REFB=-0.00159913;REVB=0.00425818;RO=102;SAF=42;SAR=23;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668565;STB=0.537813;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0028572;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:102:102:65:65:0.389222:23:42:60:42:23:42:60:42 chr3 100368546 . A G 225.7 PASS AF=0.35;AO=26;DP=78;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00962339;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.948;QD=11.2848;RBI=0.0108902;REFB=-0.0149903;REVB=0.00509772;RO=52;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187675;STB=0.570844;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.025474;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:52:52:26:28:0.35:8:18:28:24:10:18:28:24 chr3 100374740 . T C 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0178128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.301;QD=9.46318;RBI=0.0197174;REFB=-0.0298605;REVB=-0.00845455;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173305;STB=0.502295;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0567658;OID=.;OPOS=100374740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:45:21:21:0.318182:8:13:26:17:8:13:28:17 chr3 100467018 . T C 239.93 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.904;QD=50.5117;RBI=0.0306749;REFB=0;REVB=0.0287836;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152251;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:12:7:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 870.88 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=71;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00614405;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.616;QD=50.4858;RBI=0.0350689;REFB=-0.0528189;REVB=0.0345265;RO=6;SAF=38;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689442;STB=0.536574;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.00231513;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:63:71:63:69:6:38:25:6:0:21:6:38:25:6:0 chr3 100539887 . C T 344.65 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0574313;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.401;QD=18.6296;RBI=0.0588113;REFB=-0.0135408;REVB=-0.0126657;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168241;STB=0.594208;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0130272;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:38:38:36:36:0.486486:25:11:18:20:25:11:18:20 chr3 100544675 . G A 222.89 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0215625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.179;QD=18.9691;RBI=0.0241684;REFB=-0.00301366;REVB=0.0109167;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19324;STB=0.595661;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00282635;OID=.;OPOS=100544675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:11:11:17:7:11:11:17:8 chr3 100553578 . C T 1128.27 PASS AF=0.468504;AO=117;DP=257;FAO=119;FDP=254;FR=.;FRO=135;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=94;FSRR=41;FWDB=-0.0764744;FXX=0.0193043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4881;QD=17.768;RBI=0.0764751;REFB=-0.013789;REVB=-0.000321763;RO=132;SAF=61;SAR=56;SRF=91;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163552;STB=0.594052;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0124925;OID=.;OPOS=100553578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:254:132:135:117:119:0.468504:56:61:91:41:57:62:94:41 chr3 100558416 . T C 507.57 PASS AF=0.5;AO=53;DP=107;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.008728;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.248;QD=19.1536;RBI=0.0241653;REFB=-0.02106;REVB=-0.0225341;RO=52;SAF=31;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424864;STB=0.528846;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0246624;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:53:53:53:0.5:22:31:28:24:22:31:28:25 chr3 100617680 . C T 589.17 PASS AF=0.512821;AO=58;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0460662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.23;QD=20.1426;RBI=0.046961;REFB=-0.0500652;REVB=-0.00912332;RO=41;SAF=31;SAR=27;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354896;STB=0.539688;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0447342;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:41:57:58:60:0.512821:27:31:20:21:28:32:35:22 chr3 100949842 . G A 347.87 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0397021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.455;QD=14.8029;RBI=0.0603061;REFB=0.0210643;REVB=-0.0453935;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838061;STB=0.547461;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.0309242;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:18:20:25:31:18:20:25:31 chr3 100963154 . G A 522.79 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=114;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00774805;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.22;QD=18.5056;RBI=0.030583;REFB=-0.0112747;REVB=0.0295853;RO=58;SAF=27;SAR=28;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563052;STB=0.531178;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00623921;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:58:55:55:0.486726:28:27:32:26:28:27:32:26 chr3 101043906 . G A 1181.25 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.020741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1688;QD=58.3331;RBI=0.0367818;REFB=-0.00716853;REVB=-0.0303762;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.514282;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000173226;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:81:0:2:79:79:0.975309:34:45:0:0:34:45:0:2 chr3 101044310 . TTA T,TTT 59.44 PASS AF=0.190476,0;AO=18,10;DP=97;FAO=16,0;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=10,0;FSAR=6,0;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=0.0238406,-0.0173339;FXX=0.0454494;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=17.233,13.332;QD=2.8306;RBI=0.0468807,0.0513191;REFB=-0.0565968,-0.0203407;REVB=-0.0403662,-0.0483031;RO=56;SAF=12,1;SAR=6,9;SRF=37;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00819591,-0.637356;STB=0.599886,0.5;STBP=0.449,1;TYPE=del,snp;VARB=0.163459,0;OID=.,.;OPOS=101044311,101044312;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0:18,10:97:16,0:84:68:10,0:6,0:50:18:60:56:12,1:6,9:37:19 chr3 101070483 . ATTTTT ATTTTC,ATTTT 101.24 PASS AF=0.0833333,0.233333;AO=7,27;DP=128;FAO=10,28;FDP=120;FR=.;FRO=82;FSAF=10,13;FSAR=0,15;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.073213,-0.286867;FXX=0.0624951;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=181.114,7.03015;QD=3.37466;RBI=0.0757174,0.286987;REFB=-0.0189031,-0.123302;REVB=-0.019313,-0.00830243;RO=65;SAF=7,8;SAR=0,19;SRF=27;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.645028,-0.15626;STB=0.999001,0.518966;STBP=0,0.82;TYPE=snp,del;VARB=0.137447,-0.18143;OID=.,.;OPOS=101070488,101070484;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTTTC,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.233333:7,27:128:10,28:120:82:10,13:0,15:36:46:51:65:7,8:0,19:27:38 chr3 101080694 . T C 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.447;QD=59.4984;RBI=0.0389481;REFB=0;REVB=0.00644655;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101932;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr3 101085413 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.005;QD=58.6004;RBI=0.0212403;REFB=0;REVB=-0.0131717;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87186e-06;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr3 101219889 . G C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0010002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.897;QD=60.8523;RBI=0.0638394;REFB=-0.022796;REVB=0.0638316;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000629397;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:18:27:1:0:19:27:1:0 chr3 101221069 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.468;QD=63.2842;RBI=0.0922476;REFB=0;REVB=-0.0824772;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529775;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr3 101231921 . T C 1510.79 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.364;QD=63.6122;RBI=0.0232461;REFB=0;REVB=0.0177943;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34359e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr3 101334753 . C A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.897;QD=57.3857;RBI=0.0208946;REFB=0;REVB=0.0124594;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49442e-06;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr3 101484335 . G A 1625.73 PASS AF=0.982143;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00851064;FXX=0.0175423;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.6933;QD=58.0616;RBI=0.0690781;REFB=0.0858985;REVB=-0.0685518;RO=2;SAF=66;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215633;STB=0.511362;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00118874;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:112:2:2:109:110:0.982143:43:66:0:2:43:67:0:2 chr3 101571550 . A G 781.86 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8312;QD=63.8251;RBI=0.0947719;REFB=0;REVB=0.0913405;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614969;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:25:22:0:0:27:22:0:0 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 139.04 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00524945;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=23;MLLD=522.379;QD=17.3794;RBI=0.00649519;REFB=-0.00104469;REVB=-0.00382501;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518668;STB=0.80041;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.000816223;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:13:33:15:32:17:4:11:15:2:99:17:4:9:15:2 chr3 101576175 . T C 1677.23 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2107;QD=60.4406;RBI=0.0225996;REFB=0;REVB=0.01173;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142851;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr3 103879569 . G A 4551.79 PASS AF=1;AO=279;DP=281;FAO=288;FDP=288;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064625;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.491;QD=63.2193;RBI=0.0646323;REFB=-0.0227676;REVB=-0.000972277;RO=0;SAF=137;SAR=142;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.73112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93173e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:281:288:0:0:279:288:1:142:137:0:0:146:142:0:0 chr3 103879597 . AAT A,AA,AAA 1862.8 PASS AF=0,1,0;AO=23,29,57;DP=123;FAO=0,127,0;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45,0;FSAR=0,82,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710389,0.0676086,0.0651995;FXX=0.0155027;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=191.466,193.72,190.496;QD=58.6709;RBI=0.0738287,0.0678184,0.0656634;REFB=0,0,0;REVB=0.0201034,0.00533132,-0.00779158;RO=9;SAF=5,3,20;SAR=18,26,37;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.382364,-0.504517,-0.14385;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.000325475,-0.0538211;OID=.,.,.;OPOS=103879598,103879599,103879599;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:23,29,57:123:0,127,0:127:0:0,45,0:0,82,0:0:0:10:9:5,3,20:18,26,37:8:1 chr3 105238915 . TG T 44.98 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00712904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.6132;QD=10.5829;RBI=0.142193;REFB=-0.0127734;REVB=-0.142014;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327753;STB=0.710535;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0249129;OID=.;OPOS=105238916;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:17:9:17:8:1:8:3:5:43:8:1:7:3:5 chr3 105260596 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.085;QD=63.2867;RBI=0.0108282;REFB=0;REVB=0.00856426;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89114e-05;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr3 105266274 . T C 125.45 PASS AF=0.3125;AO=16;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00779933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6066;QD=10.4544;RBI=0.0105546;REFB=-0.0156025;REVB=-0.00711119;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210769;STB=0.599867;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0554725;OID=.;OPOS=105266274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:16:15:0.3125:10:6:18:14:9:6:18:15 chr3 105294502 . G A 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.0187264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.176;QD=12.6367;RBI=0.0195157;REFB=-0.00148887;REVB=0.00549402;RO=65;SAF=16;SAR=24;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340703;STB=0.692219;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00202085;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:24:16:47:18:24:16:47:18 chr3 105421034 . C T 479.98 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.041851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.795;QD=17.1422;RBI=0.0423242;REFB=-0.0196516;REVB=-0.0063112;RO=60;SAF=28;SAR=24;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210547;STB=0.51172;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0255765;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:24:28:31:29:24:28:31:29 chr3 105422844 . C T 1047.55 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7158;QD=58.197;RBI=0.0722047;REFB=0.111199;REVB=-0.0710944;RO=1;SAF=49;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955431;STB=0.505049;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00104216;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:22:49:1:0:22:49:1:0 chr3 106613060 . T G 347.21 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0255055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5544;QD=17.1462;RBI=0.0389391;REFB=0.0342012;REVB=-0.0294231;RO=44;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113613;STB=0.563397;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0400793;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:15:22:31:13:15:22:31:13 chr3 106617500 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.008;QD=59.4352;RBI=0.0619332;REFB=0;REVB=-0.0146503;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34516e-05;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr3 107096547 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.654;QD=57.3858;RBI=0.0119085;REFB=0;REVB=0.000624848;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64126e-05;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr3 107646728 . G A 727.65 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.536;QD=63.2737;RBI=0.0327589;REFB=0;REVB=0.0308824;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52432e-05;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:11:34:0:0:12:34:0:0 chr3 107646807 . G T 877.32 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401619;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.249;QD=56.6011;RBI=0.0408911;REFB=-0.0244679;REVB=-0.00768807;RO=1;SAF=43;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108531;STB=0.505745;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=2.05165e-05;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:18:43:1:0:18:43:1:0 chr3 107646895 . T C 666.36 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0330847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8025;QD=57.9443;RBI=0.0511435;REFB=-0.0359625;REVB=-0.0390008;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.527765;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0100891;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:1:2:44:44:0.956522:17:27:0:1:17:27:0:2 chr3 107764851 . C T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0437942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7239;QD=13.4589;RBI=0.0636319;REFB=-0.00596038;REVB=-0.0461637;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19221;STB=0.633959;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0165721;OID=.;OPOS=107764851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:3:13:17:8:3:13:17:9 chr3 107765249 . T C 1061.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.463;QD=59.8084;RBI=0.0295451;REFB=0;REVB=-0.0285549;RO=0;SAF=48;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1828e-05;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:22:48:0:0:22:49:0:0 chr3 107765392 . G A 669.84 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0858;QD=62.3111;RBI=0.142405;REFB=0;REVB=0.0460817;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181121;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:33:10:0:0:33:10:0:0 chr3 108072425 . C T 503.22 PASS AF=0.390411;AO=56;DP=146;FAO=57;FDP=146;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.00739817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.304;QD=13.787;RBI=0.103558;REFB=-0.00597376;REVB=-0.103294;RO=89;SAF=35;SAR=21;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108422;STB=0.553888;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00850068;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:89:89:56:57:0.390411:21:35:47:42:22:35:47:42 chr3 108072524 . G A 354.23 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0123211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.958;QD=13.8912;RBI=0.0217723;REFB=-0.0058179;REVB=-0.0179506;RO=61;SAF=25;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921671;STB=0.552257;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00733366;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:16:25:32:29:16:25:32:29 chr3 108135680 . C T 477.34 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00990704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.907;QD=22.202;RBI=0.0169519;REFB=-0.0253043;REVB=0.0137557;RO=40;SAF=29;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196619;STB=0.608448;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0388217;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:17:29:16:24:17:29:16:24 chr3 108159977 . G A 175.09 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0133436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8442;QD=10.0049;RBI=0.0133957;REFB=-0.00874303;REVB=-0.00118114;RO=45;SAF=3;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519071;STB=0.824721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154526;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:47:22:23:0.328571:19:3:24:21:20:3:26:21 chr3 108229350 . C T 181.76 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0704016;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2531;QD=16.156;RBI=0.0705947;REFB=-0.0171379;REVB=-0.00521777;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296408;STB=0.668043;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0233148;OID=.;OPOS=108229350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:20:6:10:9:20:6 chr3 108298260 . C T 279.29 PASS AF=0.52;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0744206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.781;QD=22.3433;RBI=0.0752589;REFB=-0.0118669;REVB=0.0112017;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.557332;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00969012;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:24:24:24:26:0.52:15:9:11:13:17:9:11:13 chr3 108403086 . T C 1537.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.159;QD=63.3906;RBI=0.0416294;REFB=0;REVB=0.0129334;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24105e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:97:0:0:87:97:1:45:42:0:0:48:49:0:0 chr3 108557820 . T C 267.49 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00856563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.497;QD=21.8359;RBI=0.0139454;REFB=0.00149397;REVB=0.0110048;RO=24;SAF=5;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281729;STB=0.659652;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00160535;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:20:5:11:13:20:5:11:13 chr3 108703587 . C T 937.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8386;QD=58.568;RBI=0.0282245;REFB=0;REVB=-0.0263764;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194792;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:21:43:0:0 chr3 108754238 . A T 1384.5 PASS AF=0.957895;AO=91;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00704383;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.892;QD=58.2949;RBI=0.023754;REFB=-0.0469562;REVB=0.0226856;RO=3;SAF=46;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299103;STB=0.510296;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00091304;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:95:3:4:91:91:0.957895:45:46:3:0:45:46:3:1 chr3 108867128 . A G 1513.23 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0242;QD=59.9298;RBI=0.0124341;REFB=0;REVB=-0.00233444;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40107e-05;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr3 109047928 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0189029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.817;QD=15.7819;RBI=0.020599;REFB=-0.026427;REVB=0.00818529;RO=28;SAF=18;SAR=5;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133919;STB=0.570071;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0328253;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:5:18:19:9:5:18:20:9 chr3 109178707 . C G 502.12 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383685;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.147;QD=57.3846;RBI=0.046038;REFB=0;REVB=0.0254431;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344141;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:33:35:1:11:22:0:0:11:24:0:0 chr3 109178758 . C T 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.23215e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.674;QD=57.1884;RBI=0.0442336;REFB=0;REVB=0.0442336;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002499;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr3 110611137 . G A 719.48 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6613;QD=56.43;RBI=0.0803151;REFB=0;REVB=-0.0728976;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162107;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:18:30:0:0:19:32:0:0 chr3 110793050 . G A 1832.75 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252198;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.674;QD=61.0918;RBI=0.0175965;REFB=0;REVB=0.0174148;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446611;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:119:120:1:56:63:0:0:57:63:0:0 chr3 111286375 . G C 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=-0.0122134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.104;QD=10.4742;RBI=0.0138817;REFB=-0.00426437;REVB=0.00659816;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=32;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44463;STB=0.75209;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00646494;OID=.;OPOS=111286375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:32:5:10:9:32:5 chr3 111313457 . T C 220.2 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0856242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7472;QD=14.2063;RBI=0.141148;REFB=0.00674836;REVB=0.11221;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056154;STB=0.531891;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00293793;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:10:16:24:12:10:16:24:12 chr3 111313854 . C T 296.53 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00586572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.703;QD=49.4223;RBI=0.0295667;REFB=-0.123334;REVB=0.028979;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0015429;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:1:0:15:8:1:0 chr3 111356083 . G C 2091.53 PASS AF=1;AO=106;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7651;QD=61.0666;RBI=0.0902843;REFB=0;REVB=0.0630956;RO=1;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0046434;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:137:1:0:106:137:1:39:67:0:1:57:80:0:0 chr3 111604541 . G C 748.72 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0125892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.829;QD=51.6361;RBI=0.0144051;REFB=0.01832;REVB=0.00700123;RO=3;SAF=31;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434591;STB=0.523069;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00032031;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:3:3:55:55:0.948276:24:31:3:0:24:31:3:0 chr3 111672825 . C T 255.67 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0105751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8045;QD=17.9417;RBI=0.0215548;REFB=-0.0211989;REVB=0.0187824;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137259;STB=0.507687;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0213543;OID=.;OPOS=111672825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:17:12:12:16:17:12 chr3 111677526 . G A 725.44 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.777;QD=56.8974;RBI=0.0404134;REFB=0;REVB=0.0224695;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186156;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr3 111688578 . C T 518.15 PASS AF=0.538462;AO=47;DP=89;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00242472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5551;QD=22.7758;RBI=0.0086286;REFB=-0.0198193;REVB=-0.00828091;RO=42;SAF=31;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813831;STB=0.540524;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00481348;OID=.;OPOS=111688578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:42:47:49:0.538462:16:31:24:18:17:32:24:18 chr3 111694438 . T C 1423.22 PASS AF=0.99;AO=96;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032092;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1338;QD=56.9286;RBI=0.0434434;REFB=-0.147005;REVB=0.029282;RO=2;SAF=55;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169311;STB=0.504273;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00304416;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:100:2:1:96:99:0.99:41:55:2:0:41:58:1:0 chr3 111719786 . A T 849.75 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.827;QD=57.6102;RBI=0.0123368;REFB=0;REVB=0.00737984;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7917e-05;OID=.;OPOS=111719786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr3 111765834 . G A 320.12 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000971873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.365;QD=53.3527;RBI=0.0122776;REFB=0;REVB=-0.012239;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305665;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr3 111799845 . A T 3975.3 PASS AF=1;AO=247;DP=249;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678713;FXX=0.00399984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1767;QD=63.8602;RBI=0.0719523;REFB=0;REVB=-0.0238877;RO=0;SAF=150;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481763;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:249:249:0:0:247:249:1:97:150:0:0:98:151:0:0 chr3 111812290 . C T 459.01 PASS AF=0.46789;AO=46;DP=104;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0109062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2958;QD=16.8445;RBI=0.0323418;REFB=-0.0186627;REVB=0.0304475;RO=58;SAF=20;SAR=26;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116415;STB=0.564096;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0213254;OID=.;OPOS=111812290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:58:58:46:51:0.46789:26:20:32:26:29:22:32:26 chr3 111828423 . G A 1531.3 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=109;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0359929;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.59;QD=56.715;RBI=0.0364121;REFB=-0.1159;REVB=-0.00550919;RO=3;SAF=58;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239113;STB=0.512603;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00177116;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:108:3:3:105:105:0.972222:47:58:3:0:47:58:3:0 chr3 111918215 . CA CG,TG 1011.08 PASS AF=0.457143,0.542857;AO=31,38;DP=73;FAO=32,38;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=16,20;FSAR=16,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.4706e-05,-0.00433224;FXX=0.0410903;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=131.075,231.168;QD=57.7758;RBI=0.0188836,0.0122342;REFB=0,0;REVB=-0.0188836,0.0114415;RO=0;SAF=16,20;SAR=15,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.51048e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00266823,-0.00142297;OID=.,.;OPOS=111918216,111918215;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:73:70:0:0:31,38:32,38:0.457143,0.542857:15,18:16,20:0:0:16,18:16,20:0:0 chr3 111921116 . C A 621.4 PASS AF=0.580952;AO=59;DP=104;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00480556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9836;QD=23.6724;RBI=0.0110039;REFB=-0.0437695;REVB=0.00989913;RO=44;SAF=32;SAR=27;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154422;STB=0.500782;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0286426;OID=.;OPOS=111921116;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:44:44:59:61:0.580952:27:32:23:21:29:32:23:21 chr3 111921225 . G T 912.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.717;QD=57.9488;RBI=0.0320872;REFB=0;REVB=0.0309188;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59372e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:63:0:0:57:63:1:25:32:0:0:28:35:0:0 chr3 111923123 . G A 937.52 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.438;QD=58.5948;RBI=0.0193866;REFB=0;REVB=0.0185038;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4545e-05;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:32:32:0:0 chr3 111962851 . T C 614.15 PASS AF=0.512397;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0169429;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.681;QD=20.3026;RBI=0.0293952;REFB=-0.0139645;REVB=0.0240211;RO=59;SAF=33;SAR=29;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510774;STB=0.528132;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0132915;OID=.;OPOS=111962851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:59:59:62:62:0.512397:29:33:28:31:29:33:28:31 chr3 111981849 . C T 710.97 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0657983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0558;QD=52.6648;RBI=0.0658861;REFB=-0.126647;REVB=-0.00339974;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171263;STB=0.51785;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00558594;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:1:2:52:52:0.962963:25:27:1:0:25:27:2:0 chr3 111981878 . T C 740.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.404;QD=56.9894;RBI=0.0502569;REFB=0;REVB=0.0247746;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181008;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr3 111981924 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.476;QD=59.4322;RBI=0.0414028;REFB=0;REVB=0.0113937;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197263;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr3 111985107 . T C 1193.05 PASS AF=0.52;AO=117;DP=225;FAO=117;FDP=225;FR=.;FRO=108;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=0.0113915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.796;QD=21.2099;RBI=0.0352593;REFB=-0.0138955;REVB=0.0333685;RO=108;SAF=61;SAR=56;SRF=64;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628164;STB=0.534345;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0110087;OID=.;OPOS=111985107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:108:108:117:117:0.52:56:61:64:44:56:61:64:44 chr3 111996554 . T C 167.33 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00479568;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.4;QD=11.7427;RBI=0.0055976;REFB=-0.0423913;REVB=-0.00288697;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297685;STB=0.667759;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0741794;OID=.;OPOS=111996554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:36:21:21:0.368421:5:16:18:17:5:16:19:17 chr3 112059768 . C G 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.063;QD=57.186;RBI=0.0238008;REFB=0;REVB=0.00767666;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146638;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr3 112066562 . G A 375.41 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0284588;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.233;QD=20.2924;RBI=0.0294241;REFB=-0.0183029;REVB=-0.00747526;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18613;STB=0.594547;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0229852;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:19:19:10:25:19:19:11:25 chr3 112081560 . T A,TA,TTA 779.36 PASS AF=0,0.0135135,0.810811;AO=5,16,43;DP=93;FAO=0,1,60;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,29;FSAR=0,1,31;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00176973,0.0119544,0.0288551;FXX=0.0512755;HRUN=3,1,3;LEN=1,1,2;MLLD=146.999,159.294,168.341;QD=42.1278;RBI=0.0691597,0.0784154,0.0836055;REFB=-0.12035,-0.136751,-0.138851;REVB=0.069137,0.0774988,0.0784682;RO=29;SAF=4,6,22;SAR=1,10,21;SRF=19;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.206538,-0.300156,-0.106105;STB=0.5,0.995718,0.564385;STBP=1,0.096,0.035;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,0.00718635,0.02943;OID=.,.,.;OPOS=112081560,112081561,112081561;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:74:93:74:29:13:5,16,43:0,1,60:0,0.0135135,0.810811:1,10,21:4,6,22:19:10:0,1,31:0,0,29:11:2 chr3 112185025 . G A 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.617;QD=59.9369;RBI=0.019693;REFB=0;REVB=-0.00103368;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94833e-05;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:43:58:0:0:43:58:0:0 chr3 112190137 . G T 1036.22 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.878;QD=58.3788;RBI=0.0599689;REFB=-0.0521711;REVB=0.0598987;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345877;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:1:0:69:71:1:34:35:0:1:35:36:0:0 chr3 112357368 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=0;FWDB=-0.0222613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.133;QD=4.85431;RBI=0.0391289;REFB=-0.00396161;REVB=-0.0321793;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627547;STB=0.849652;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0335964;OID=.;OPOS=112357368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:1:6:28:0:1:6:28:0 chr3 112545910 . GT G 194.77 PASS AF=0.428571;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00314066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.909;QD=13.9123;RBI=0.016594;REFB=-0.00912362;REVB=-0.0162941;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203854;STB=0.57686;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0148536;OID=.;OPOS=112545911;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:22:56:24:56:32:11:13:19:13:99:33:9:13:20:13 chr3 112642568 . C G 264.52 PASS AF=0.272059;AO=37;DP=136;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0220004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2371;QD=7.7799;RBI=0.0502813;REFB=0.00295742;REVB=0.0452127;RO=97;SAF=28;SAR=9;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284314;STB=0.665077;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00613915;OID=.;OPOS=112642568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:97:99:37:37:0.272059:9:28:53:44:9:28:55:44 chr3 112642572 . T C 164.41 PASS AF=0.214286;AO=27;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.0853531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.562;QD=5.21947;RBI=0.0898611;REFB=-0.0227662;REVB=0.0281047;RO=98;SAF=18;SAR=9;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140373;STB=0.592108;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0595316;OID=.;OPOS=112642572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:98:99:27:27:0.214286:9:18:55:43:9:18:55:44 chr3 112643403 . G T 159.85 PASS AF=0.666667;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0017634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.619;QD=26.6418;RBI=0.0330725;REFB=-0.0372484;REVB=0.0330255;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00920066;OID=.;OPOS=112643403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:8:8:15:16:0.666667:9:6:5:3:9:7:5:3 chr3 112643952 . C T 265.39 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0228452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.115;QD=27.2198;RBI=0.0305753;REFB=-0.0174053;REVB=-0.0203211;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582899;STB=0.503223;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0193232;OID=.;OPOS=112643952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:8:7:11:13:8:7 chr3 112647832 . A C 233.77 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0108552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0722;QD=17.0017;RBI=0.0305716;REFB=0.000150933;REVB=-0.0285795;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166177;STB=0.593812;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.000929567;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:14:15:9:17:14:15 chr3 112647988 . C T 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0198228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.671;QD=14.6852;RBI=0.0199267;REFB=-0.0224892;REVB=0.00203127;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222883;STB=0.638155;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0276378;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:43:31:31:0.418919:19:12:25:16:19:12:27:16 chr3 112648125 . G T 428.47 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=-0.0139828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.352;QD=18.629;RBI=0.0147392;REFB=-0.00499442;REVB=0.00466114;RO=48;SAF=24;SAR=19;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229466;STB=0.63101;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00553559;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:19:24:15:33:19:25:15:33 chr3 112648127 . T G 289.87 PASS AF=0.467391;AO=41;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0982308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.264;QD=12.6032;RBI=0.0994399;REFB=-0.0587978;REVB=0.0154603;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247876;STB=0.621459;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.080745;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:41:43:0.467391:17:24:16:33:19:24:16:33 chr3 112648222 . T C 344.65 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0850505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5341;QD=16.4121;RBI=0.0958403;REFB=0.000477095;REVB=0.0441788;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178684;STB=0.606163;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00129934;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:36:37:0.440476:19:17:14:33:19:18:14:33 chr3 112935113 . G C 842.11 PASS AF=0.953846;AO=58;DP=64;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.110499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8487;QD=51.8221;RBI=0.177413;REFB=-0.210379;REVB=0.138801;RO=5;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472654;STB=0.512566;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0125364;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:65:5:3:58:62:0.953846:33:25:2:3:37:25:2:1 chr3 112935138 . C G 840.0 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169481;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.626;QD=57.9312;RBI=0.018333;REFB=0;REVB=0.00698997;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49341e-05;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr3 112991312 . C T 179.63 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00404304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9666;QD=15.62;RBI=0.0330452;REFB=-0.0132619;REVB=0.0327969;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810188;STB=0.546713;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0250912;OID=.;OPOS=112991312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:15:12:7:12:15:12 chr3 112991959 . C T 549.4 PASS AF=0.362637;AO=66;DP=181;FAO=66;FDP=182;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=81;FSRR=35;FWDB=0.0492772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.885;QD=12.0746;RBI=0.0642653;REFB=-0.0306927;REVB=0.0412527;RO=108;SAF=46;SAR=20;SRF=74;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151788;STB=0.500986;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0623109;OID=.;OPOS=112991959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:108:116:66:66:0.362637:20:46:74:34:20:46:81:35 chr3 112993367 . G A 638.91 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0439068;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.176;QD=18.5191;RBI=0.0442192;REFB=-0.00626332;REVB=-0.00524668;RO=72;SAF=42;SAR=23;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195553;STB=0.60532;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00841503;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:73:65:65:0.471014:23:42:32:40:23:42:33:40 chr3 112997554 . A G 781.87 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0923;QD=56.8636;RBI=0.0282065;REFB=0;REVB=-0.00135038;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311629;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:36:18:1:0:36:19:0:0 chr3 112998265 . A G 617.88 PASS AF=0.477273;AO=61;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0098946;FXX=0.0503561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.252;QD=18.7237;RBI=0.010165;REFB=-0.00421121;REVB=0.002329;RO=60;SAF=28;SAR=33;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219551;STB=0.547187;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00434963;OID=.;OPOS=112998265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:69:61:63:0.477273:33:28:29:31:34:29:38:31 chr3 112998268 . G A 689.1 PASS AF=0.511278;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.019867;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.414;QD=20.7247;RBI=0.0202282;REFB=-0.00243952;REVB=-0.00380584;RO=65;SAF=37;SAR=31;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597705;STB=0.532895;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00411661;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:65:65:68:68:0.511278:31:37:31:34:31:37:31:34 chr3 113010466 . T C 1023.36 PASS AF=0.432;AO=108;DP=250;FAO=108;FDP=250;FR=.;FRO=142;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=80;FSRR=62;FWDB=-0.0112989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.865;QD=16.3738;RBI=0.0136044;REFB=-0.0235444;REVB=-0.0075773;RO=141;SAF=52;SAR=56;SRF=79;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801114;STB=0.546414;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0302681;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:141:142:108:108:0.432:56:52:79:62:56:52:80:62 chr3 113015660 . G A 632.4 PASS AF=0.442953;AO=65;DP=148;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0138681;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.112;QD=16.9771;RBI=0.01439;REFB=-0.0237277;REVB=0.00384038;RO=81;SAF=31;SAR=34;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777192;STB=0.506831;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0242938;OID=.;OPOS=113015660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:81:83:65:66:0.442953:34:31:38:43:35:31:40:43 chr3 113022870 . T C 1499.08 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101278;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0458;QD=59.9634;RBI=0.0352333;REFB=0;REVB=0.0337463;RO=0;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111403;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:57:43:0:0:57:43:0:0 chr3 113046640 . A G 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0431885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.344;QD=17.9411;RBI=0.0433144;REFB=-0.00609083;REVB=-0.00329977;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462645;STB=0.525898;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0102805;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:15:13:12:17:15:13:12:17 chr3 113145006 . C T 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0099481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.863;QD=20.0949;RBI=0.0105958;REFB=-0.0110946;REVB=-0.00364791;RO=40;SAF=23;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989226;STB=0.554859;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00704219;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:18:23:18:22:18:23:18:22 chr3 113146130 . T C 458.92 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000271177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.987;QD=20.8602;RBI=0.0229763;REFB=-0.0202359;REVB=0.0229747;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177099;STB=0.5098;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0208015;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:24:19:19:26:24:19 chr3 113164109 . A G 540.29 PASS AF=0.975;AO=34;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0535784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.0833;QD=54.0293;RBI=0.150993;REFB=-0.128867;REVB=0.141168;RO=2;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583286;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0108069;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:2:1:34:39:0.975:15:19:0:2:19:20:0:1 chr3 113176122 . G A 375.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0228054;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.871;QD=18.0831;RBI=0.0275527;REFB=0.00212532;REVB=-0.0154617;RO=44;SAF=30;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251164;STB=0.641514;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0046179;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:9:30:24:20:9:30:24:20 chr3 113222036 . G A 685.81 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.013778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.459;QD=21.9461;RBI=0.0165507;REFB=-0.00459305;REVB=0.00917009;RO=58;SAF=36;SAR=31;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417566;STB=0.522885;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00258233;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:31:36:34:24:31:36:34:24 chr3 113233563 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0139244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4548;QD=17.6433;RBI=0.0882687;REFB=-0.000609045;REVB=0.0871635;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.571275;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00671985;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:5:2:4:5:5:2 chr3 113286405 . C T 198.32 PASS AF=0.295455;AO=24;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0044715;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=9.01432;RBI=0.0160027;REFB=-0.00583979;REVB=0.0153653;RO=64;SAF=12;SAR=12;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568431;STB=0.50439;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0139717;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:62:24:26:0.295455:12:12:29:35:14:12:29:33 chr3 113351719 . T C 120.97 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0300962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.852;QD=16.1293;RBI=0.0326167;REFB=-0.0072615;REVB=-0.0125725;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236183;STB=0.635327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.013998;OID=.;OPOS=113351719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:5:11:6:8:5:11 chr3 113371382 . AG A,AA 259.11 PASS AF=0.509091,0;AO=24,2;DP=53;FAO=28,0;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=21,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00984037,0.0061096;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.803,239.967;QD=18.8445;RBI=0.0126527,0.00924044;REFB=-0.0185819,-0.016766;REVB=-0.00795345,-0.00693243;RO=27;SAF=18,2;SAR=6,0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246589,0.463741;STB=0.631478,0.5;STBP=0.069,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0206786,0;OID=.,.;OPOS=113371383,113371383;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509091,0:24,2:53:28,0:55:27:21,0:7,0:14:13:99:27:18,2:6,0:14:13 chr3 113373787 . G C 309.72 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00710772;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.069;QD=18.4905;RBI=0.0071932;REFB=-0.0139222;REVB=-0.00110564;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414729;STB=0.523147;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0125754;OID=.;OPOS=113373787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:17:17:15:18:17:17 chr3 113373930 . A G 1008.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5572;QD=59.3169;RBI=0.0437313;REFB=0;REVB=-0.0436169;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354605;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:32:36:0:0 chr3 113374633 . C A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0259172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.532;QD=21.3769;RBI=0.0274466;REFB=-0.0187792;REVB=-0.00903396;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202869;STB=0.612677;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0243201;OID=.;OPOS=113374633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:18:4:9:14:18:4 chr3 113557787 . AGCC A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129577;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=329.179;QD=47.8224;RBI=0.0137456;REFB=0;REVB=0.00458679;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.78883e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:16:16:16:0:2:14:0:0:4:0:2:14:0:0 chr3 113673125 . A G 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2257;QD=64.1398;RBI=0.0292369;REFB=0;REVB=-0.0291787;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032034;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr3 113679589 . C A 960.85 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.896;QD=57.3644;RBI=0.0332398;REFB=-0.110892;REVB=0.0157371;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119621;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000581443;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:1:0:27:39:1:0 chr3 113753801 . C T 785.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5547;QD=64.1256;RBI=0.0712759;REFB=0;REVB=0.00430706;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904906;OID=.;OPOS=113753801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:13:36:0:0:13:36:0:0 chr3 113858350 . C T 2350.89 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101092;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.008;QD=63.1111;RBI=0.010143;REFB=0;REVB=-0.000828133;RO=0;SAF=86;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506853;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:149:0:0:143:149:1:57:86:0:0:57:92:0:0 chr3 113955164 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.296;QD=62.022;RBI=0.0307028;REFB=0;REVB=0.0252439;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1909e-05;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr3 113955265 . G A 1540.57 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.524;QD=61.6227;RBI=0.0162085;REFB=-0.0451677;REVB=0.00449078;RO=2;SAF=45;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020611;STB=0.510867;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=3.97596e-05;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:53:45:2:0:53:45:2:0 chr3 113955320 . C T 1350.05 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6749;QD=60.6764;RBI=0.0549078;REFB=0;REVB=0.0357073;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310656;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:44:41:0:0:48:41:0:0 chr3 113955820 . G C 1536.17 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.541;QD=56.8952;RBI=0.0157718;REFB=-0.159738;REVB=-0.00360613;RO=3;SAF=55;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754652;STB=0.508927;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00114427;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:3:2:105:106:0.981481:50:55:2:1:51:55:2:0 chr3 115440007 . T G 396.65 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0268417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5381;QD=20.605;RBI=0.0283749;REFB=0.0205693;REVB=-0.00920092;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603496;STB=0.524578;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.020248;OID=.;OPOS=115440007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:16:24:24:12:16:24:24:13 chr3 115440074 . C CCT 129.39 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00634663;FXX=0.155521;HRUN=2;LEN=2;MLLD=95.4639;QD=13.6199;RBI=0.0808514;REFB=-0.0632155;REVB=-0.0806019;RO=45;SAF=13;SAR=1;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53293;STB=0.822182;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.165353;OID=.;OPOS=115440075;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:14:60:14:38:24:13:1:15:9:99:45:13:1:28:17 chr3 115560711 . A AC 42.81 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0553106;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.0933;QD=2.11415;RBI=0.0806264;REFB=-0.00265724;REVB=-0.058663;RO=70;SAF=1;SAR=11;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648095;STB=0.931553;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0482927;OID=.;OPOS=115560712;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.148148:12:82:12:81:69:1:11:44:25:42:70:1:11:45:25 chr3 116301660 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.261;QD=43.4862;RBI=0.036839;REFB=0;REVB=-0.013283;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250944;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr3 116683964 . G C 5485.5 PASS AF=1;AO=351;DP=355;FAO=353;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.94921e-05;FXX=0.00842673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.605;QD=62.1586;RBI=0.0243165;REFB=-0.0153953;REVB=0.0243165;RO=2;SAF=185;SAR=166;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8856e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:355:353:2:0:351:353:1:166:185:2:0:166:187:0:0 chr3 118269774 . A G 521.17 PASS AF=0.482456;AO=56;DP=115;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0449275;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.448;QD=18.2866;RBI=0.0449412;REFB=-0.0255331;REVB=0.0011079;RO=58;SAF=25;SAR=31;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967815;STB=0.545438;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0236417;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:58:59:56:55:0.482456:31:25:32:26:30:25:32:27 chr3 118381320 . C A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.022945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.98;QD=12.7823;RBI=0.0300415;REFB=-0.0139239;REVB=-0.0193912;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0148867;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:7:3:7:6:7:3:8:6 chr3 118621664 . C A 251.6 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00793173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.986;QD=12.4248;RBI=0.0172591;REFB=-0.0199557;REVB=-0.0153286;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219512;STB=0.629549;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0237459;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:15:15:15:35:15:15:15:36 chr3 118649060 . G T 1156.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223606;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.067;QD=60.8929;RBI=0.0590405;REFB=0;REVB=0.0546423;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21344e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr3 118865801 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.205;QD=62.019;RBI=0.0511357;REFB=0;REVB=0.020129;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170311;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr3 118867047 . C G 502.49 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308775;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.903;QD=55.8318;RBI=0.0472567;REFB=-0.135327;REVB=0.035774;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000515943;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:36:1:1:34:35:0.972222:12:22:0:1:12:23:0:1 chr3 118909159 . A G 435.99 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.338;QD=54.4992;RBI=0.0305923;REFB=0.00387924;REVB=0.0204953;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000168824;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:28:31:0.96875:9:19:1:0:10:21:1:0 chr3 118945796 . G C 695.55 PASS AF=0.485915;AO=69;DP=143;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0161668;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.865;QD=19.5931;RBI=0.0175433;REFB=-0.0141095;REVB=0.00681203;RO=73;SAF=39;SAR=30;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041997;STB=0.523213;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.020562;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:73:73:69:69:0.485915:30:39:38:35:30:39:38:35 chr3 119118104 . A G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.871;QD=64.4078;RBI=0.0666314;REFB=0;REVB=0.0550633;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295544;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr3 119128398 . G A 315.45 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0144099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.278;QD=22.5322;RBI=0.0144712;REFB=-0.0275779;REVB=0.00133055;RO=22;SAF=10;SAR=22;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431604;STB=0.549968;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0199368;OID=.;OPOS=119128398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:22:24:32:32:0.571429:22:10:8:14:22:10:10:14 chr3 119133183 . G A 823.37 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.015113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.567;QD=51.4604;RBI=0.02742;REFB=-0.0172629;REVB=0.0228791;RO=3;SAF=34;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398368;STB=0.511698;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00212178;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:3:4:60:60:0.9375:26:34:3:0:26:34:3:1 chr3 119196166 . T C 562.58 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0267293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0228;QD=18.1478;RBI=0.0732216;REFB=-0.0291965;REVB=0.0681685;RO=64;SAF=27;SAR=32;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105058;STB=0.510167;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0336651;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:64:65:59:59:0.475806:32:27:30:34:32:27:31:34 chr3 119197285 . A G 1457.7 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1452;QD=62.0299;RBI=0.0482403;REFB=-0.0571466;REVB=0.0455973;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849531;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:52:42:0:0 chr3 119222456 . G C 447.35 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0116525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.635;QD=15.5598;RBI=0.0143873;REFB=-0.011352;REVB=0.00843893;RO=65;SAF=34;SAR=16;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890988;STB=0.550056;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0133512;OID=.;OPOS=119222456;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:16:34:39:26:16:34:39:26 chr3 119248301 . G A 3938.88 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583293;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1715;QD=63.7875;RBI=0.0618454;REFB=0;REVB=-0.020556;RO=0;SAF=128;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07368e-05;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:246:247:0:0:245:247:1:117:128:0:0:117:130:0:0 chr3 119248321 . A G 2714.94 PASS AF=0.994709;AO=79;DP=187;FAO=188;FDP=189;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=110;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=1.06915e-06;FXX=0.112671;HRUN=9;LEN=1;MLLD=265.536;QD=57.4591;RBI=0.0322744;REFB=-0.0364613;REVB=-0.0322744;RO=0;SAF=69;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76975e-08;STB=0.503184;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000266055;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:187:189:0:1:79:188:0.994709:10:69:0:0:78:110:0:1 chr3 119305379 . T A 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.00488717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.431;QD=19.3924;RBI=0.0247653;REFB=0.0026046;REVB=-0.0242783;RO=52;SAF=26;SAR=27;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147549;STB=0.58129;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00239756;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:27:26:17:35:27:26:17:35 chr3 119327653 . T C 730.66 PASS AF=0.490323;AO=76;DP=155;FAO=76;FDP=155;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.000458369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.809;QD=18.8558;RBI=0.032887;REFB=-0.00812049;REVB=0.0328838;RO=78;SAF=45;SAR=31;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741863;STB=0.538025;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00716521;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:79:76:76:0.490323:31:45:40:38:31:45:41:38 chr3 119331874 . C T 241.1 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0039384;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.285;QD=14.6124;RBI=0.00443623;REFB=0.00981237;REVB=-0.00204185;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096251;STB=0.554755;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0150861;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:10:18:21:17:10:18:21:17 chr3 119331892 . C G 250.67 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00206527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.57;QD=14.5316;RBI=0.0493033;REFB=-0.0130795;REVB=-0.0492601;RO=40;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635298;STB=0.536089;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0188331;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:12:17:21:19:12:17:21:19 chr3 119338956 . A G 1628.03 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174925;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.133;QD=60.2975;RBI=0.00199433;REFB=0;REVB=-0.000957842;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69648e-07;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:50:58:0:0:50:58:0:0 chr3 119361415 . A G 565.36 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00860463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2377;QD=27.5785;RBI=0.00876078;REFB=-0.0240647;REVB=-0.00164669;RO=31;SAF=26;SAR=25;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174673;STB=0.594816;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.014686;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:51:51:0.621951:25:26:8:23:25:26:8:23 chr3 119367390 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.922;QD=58.7813;RBI=0.0378466;REFB=0;REVB=0.0377838;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76146e-05;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr3 119378872 . G A 595.9 PASS AF=0.385475;AO=69;DP=179;FAO=69;FDP=179;FR=.;FRO=110;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=-0.0119987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9046;QD=13.3162;RBI=0.0120206;REFB=-0.00651412;REVB=0.000725336;RO=108;SAF=41;SAR=28;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103202;STB=0.564201;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0112884;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:110:69:69:0.385475:28:41:54:54:28:41:54:56 chr3 119379186 . C T 234.11 PASS AF=0.7;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0157145;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7625;QD=31.2149;RBI=0.0418387;REFB=-0.00394979;REVB=0.0387754;RO=9;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326026;STB=0.680666;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0061611;OID=.;OPOS=119379186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:9:9:21:21:0.7:16:5:7:2:16:5:7:2 chr3 119395662 . C G 536.74 PASS AF=0.421429;AO=58;DP=140;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0329589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2911;QD=15.3354;RBI=0.0330712;REFB=-0.0135975;REVB=-0.002722;RO=75;SAF=28;SAR=30;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912005;STB=0.575017;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0177119;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:75:81:58:59:0.421429:30:28:43:32:31:28:49:32 chr3 119395799 . A C 708.49 PASS AF=0.507246;AO=63;DP=131;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0262286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.824;QD=20.536;RBI=0.03799;REFB=-0.0264448;REVB=-0.0274827;RO=66;SAF=32;SAR=31;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347478;STB=0.513798;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0234174;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:138:66:68:63:70:0.507246:31:32:36:30:31:39:36:32 chr3 119426307 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.319;QD=64.4149;RBI=0.0687338;REFB=0;REVB=0.0603024;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580936;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr3 119434527 . G C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.465;QD=60.255;RBI=0.0370818;REFB=0;REVB=0.0143251;RO=0;SAF=71;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95608e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:38:71:0:0:38:71:0:0 chr3 119533910 . T C 1343.49 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.044;QD=61.0676;RBI=0.052994;REFB=-0.0311074;REVB=0.0490304;RO=0;SAF=55;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92665e-08;STB=0.50769;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000224776;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:32:55:0:0:32:55:0:1 chr3 120068022 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.513;QD=40.7625;RBI=0.0521515;REFB=0;REVB=0.0472082;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149358;OID=.;OPOS=120068022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 120389316 . T A 1104.2 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209447;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.967;QD=58.8909;RBI=0.0216801;REFB=-0.033108;REVB=-0.00559864;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524405;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:30:45:0:0 chr3 120500093 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6845;QD=63.867;RBI=0.0414211;REFB=0;REVB=0.0354049;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174911;OID=.;OPOS=120500093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr3 121137976 . C T 1119.94 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.96;QD=58.9442;RBI=0.0124008;REFB=-0.00630179;REVB=0.000924781;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000296673;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:37:37:0:1:37:38:0:1 chr3 121138015 . C T 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0845;QD=58.5987;RBI=0.00516055;REFB=0;REVB=-0.00315347;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46956e-05;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr3 121143384 . C CT 1672.97 PASS AF=1;AO=131;DP=152;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488813;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.6095;QD=47.126;RBI=0.0820142;REFB=0;REVB=-0.0658555;RO=21;SAF=73;SAR=58;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801338;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000181058;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:131:152:142:142:0:83:59:0:0:31:21:73:58:18:3 chr3 121154974 . T C 1809.83 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235464;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.739;QD=60.3276;RBI=0.028589;REFB=-0.0305008;REVB=-0.0162141;RO=1;SAF=71;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097924;STB=0.505154;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000100404;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:48:71:0:1:48:71:0:1 chr3 121208176 . T C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5636;QD=57.5438;RBI=0.091668;REFB=0;REVB=0.0799464;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118001;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr3 121208833 . G C 345.7 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422622;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.762;QD=55.3122;RBI=0.0183352;REFB=0;REVB=-0.0178415;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549743;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr3 121238749 . G A 1130.38 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0013564;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.854;QD=57.9682;RBI=0.121205;REFB=-0.147858;REVB=-0.121197;RO=1;SAF=44;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106344;STB=0.502074;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0011459;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:1:2:76:76:0.974359:32:44:1:0:32:44:1:1 chr3 121263720 . C A 1550.01 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273043;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8536;QD=63.918;RBI=0.0286093;REFB=0;REVB=0.00854213;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474157;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:44:53:0:0 chr3 121340536 . T C 1668.06 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1042;QD=60.1104;RBI=0.0791335;REFB=0;REVB=-0.0267774;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413712;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:66:45:0:0 chr3 121350966 . C G 501.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.119;QD=58.98;RBI=0.0656276;REFB=0;REVB=0.0135988;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408675;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr3 121351315 . G A,GGGCTCAGGCTCA 328.61 PASS AF=0.291667,0.458333;AO=14,16;DP=51;FAO=14,22;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=3,12;FSAR=11,10;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0678733,-0.0412396;FXX=0.020404;HRUN=3,3;LEN=1,12;MLLD=179.104,74.2462;QD=27.3841;RBI=0.0681721,0.0476363;REFB=-0.017324,-0.0880965;REVB=0.0063754,-0.0238435;RO=20;SAF=3,7;SAR=11,9;SRF=18;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.624559,-0.436552;STB=0.810103,0.635248;STBP=0.006,0.053;TYPE=snp,ins;VARB=0.0813275,0.0488544;OID=.,.;OPOS=121351315,121351316;OREF=G,-;OALT=A,GGCTCAGGCTCA;OMAPALT=A,GGGCTCAGGCTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:48:20:12:14,16:14,22:0.291667,0.458333:11,9:3,7:18:2:11,10:3,12:11:1 chr3 121353254 . T C 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.816;QD=50.1333;RBI=0.0407512;REFB=-0.00449483;REVB=0.0315916;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000137344;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr3 121354583 . G A 1066.37 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00157906;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.921;QD=56.1246;RBI=0.037863;REFB=-0.14045;REVB=0.0378301;RO=2;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286441;STB=0.522382;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000778103;OID=.;OPOS=121354583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:76:2:3:73:73:0.960526:32:41:0:2:32:41:0:3 chr3 121372875 . A G 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0108;QD=56.1762;RBI=0.0456023;REFB=0;REVB=0.00964377;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109182;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr3 121373058 . T C 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0713;QD=58.1303;RBI=0.062037;REFB=0;REVB=0.0533969;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156958;OID=.;OPOS=121373058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr3 121373111 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.997;QD=53.3622;RBI=0.0350768;REFB=-0.0315247;REVB=0.0335352;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0023496;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:1:0:9:20:1:0 chr3 121374361 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9795;QD=57.6778;RBI=0.0365757;REFB=0;REVB=0.0351123;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028297;OID=.;OPOS=121374361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr3 121414061 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.174;QD=57.1775;RBI=0.0390804;REFB=0;REVB=0.0279955;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1627e-05;OID=.;OPOS=121414061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr3 121415720 . T C 1194.19 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143671;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.446;QD=61.2404;RBI=0.0368273;REFB=0;REVB=0.0339092;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133906;OID=.;OPOS=121415720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:33:45:0:0 chr3 121435621 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00028527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2896;QD=40.7623;RBI=0.0997792;REFB=0;REVB=0.0997788;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00539976;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr3 121435624 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.276;QD=40.7629;RBI=0.0387358;REFB=0;REVB=-0.00371474;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496775;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr3 121563355 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4992;QD=60.2532;RBI=0.0431101;REFB=0;REVB=0.0311335;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321938;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:63:46:0:0:63:46:0:0 chr3 121641693 . G A 789.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333659;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3675;QD=64.4723;RBI=0.0116559;REFB=0;REVB=0.0111681;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614989;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr3 121642048 . A T 1356.9 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0343534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1289;QD=60.9844;RBI=0.0744728;REFB=0.0153271;REVB=-0.0660761;RO=1;SAF=57;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824214;STB=0.504347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000897947;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:31:57:1:0:31:57:1:0 chr3 121643170 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.353;QD=63.8716;RBI=0.0298406;REFB=0;REVB=-0.0291378;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4444e-05;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr3 121643804 . C T 1204.5 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0443493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6462;QD=55.3795;RBI=0.0906734;REFB=-0.156277;REVB=-0.0790874;RO=2;SAF=50;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185651;STB=0.523804;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00703273;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:87:87:2:5:82:82:0.942529:32:50:2:0:32:50:5:0 chr3 121646641 . A G 1249.84 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485865;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.297;QD=61.7203;RBI=0.0496759;REFB=0;REVB=0.0103463;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06583e-05;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr3 121647286 . C T 1343.7 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.732;QD=61.0771;RBI=0.038286;REFB=0.00199875;REVB=-0.00157272;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101897;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=4.42804e-05;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:46:41:0:1:46:41:0:1 chr3 121647396 . C T 277.73 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0100782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7918;QD=14.0623;RBI=0.030457;REFB=-0.00279194;REVB=0.0287412;RO=46;SAF=11;SAR=21;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168501;STB=0.602887;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0097035;OID=.;OPOS=121647396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:47:32:32:0.405063:21:11:23:23:21:11:24:23 chr3 121648168 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.131;QD=60.6103;RBI=0.0200828;REFB=0;REVB=0.0084571;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54085e-05;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 121712051 . A C 739.2 PASS AF=0.979592;AO=43;DP=45;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.381;QD=60.3427;RBI=0.131521;REFB=-0.0862497;REVB=0.127607;RO=1;SAF=29;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159212;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0125133;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:49:1:1:43:48:0.979592:14:29:1:0:18:30:1:0 chr3 121825197 . G A 1995.55 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233703;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.556;QD=62.3611;RBI=0.0371822;REFB=0;REVB=-0.0289197;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144948;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:72:56:0:0:72:56:0:0 chr3 121836966 . TGA T 371.37 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022857;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.355;QD=55.0175;RBI=0.026312;REFB=0;REVB=0.0130336;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.36111e-05;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:29:27:27:0:16:11:0:0:3:0:15:8:0:0 chr3 121838319 . G A 327.42 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0132755;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.976;QD=14.8826;RBI=0.0141692;REFB=-0.00725055;REVB=0.00495236;RO=50;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178045;STB=0.609311;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00758892;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:52:35:36:0.409091:10:25:28:22:10:26:29:23 chr3 121838791 . T C 452.32 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0100274;FXX=0.054939;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.056;QD=21.0383;RBI=0.0164938;REFB=-0.0158198;REVB=0.0130956;RO=41;SAF=17;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195293;STB=0.613585;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0118745;OID=.;OPOS=121838791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:41:42:44:44:0.511628:27:17:25:16:27:17:26:16 chr3 122003045 . G C 2044.99 PASS AF=1;AO=113;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.005;QD=61.9693;RBI=0.0484359;REFB=0;REVB=0.0476489;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106419;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:113:132:1:45:68:0:0:60:72:0:0 chr3 122003769 . A G 1096.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.057;QD=60.0713;RBI=0.0389452;REFB=0;REVB=0.0381057;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18894e-05;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:45:26:0:0:46:27:0:0 chr3 122003832 . G C 1358.1 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9674;QD=62.4414;RBI=0.0426894;REFB=0;REVB=-0.0395478;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.02785e-05;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr3 122140919 . T C 244.98 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.012812;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.253;QD=22.7891;RBI=0.0176693;REFB=-0.00778206;REVB=0.0121679;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180819;STB=0.510113;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00683813;OID=.;OPOS=122140919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:10:10:11:12:10:10 chr3 122144347 . C G 302.39 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0165674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.074;QD=19.5087;RBI=0.0565897;REFB=-0.0197548;REVB=0.0541102;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272198;STB=0.515142;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0181712;OID=.;OPOS=122144347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:15:15:15:17:15:15 chr3 122144873 . G A 222.47 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0242779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.209;QD=26.1731;RBI=0.0243013;REFB=-0.0265256;REVB=0.00106755;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195879;STB=0.596189;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0104234;OID=.;OPOS=122144873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:11:13:20:21:0.617647:13:7:1:10:13:8:2:11 chr3 122145470 . C A 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00927002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=330.943;QD=15.7907;RBI=0.00945191;REFB=0.00233018;REVB=0.00184532;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403754;STB=0.522807;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00259785;OID=.;OPOS=122145470;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:25:14:10:21:25:14 chr3 122186188 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.242;QD=63.8692;RBI=0.0294717;REFB=0;REVB=0.0260821;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170957;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr3 122259606 . T C 359.55 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=122;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-3.89312e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5282;QD=11.7886;RBI=0.0472125;REFB=-0.0185692;REVB=0.0472125;RO=76;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131664;STB=0.581931;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.021447;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:78:44:44:0.360656:22:22:29:47:22:22:29:49 chr3 122259640 . T C 255.24 PASS AF=0.315315;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0129399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.406;QD=9.19791;RBI=0.0176043;REFB=-0.0130743;REVB=0.0119361;RO=74;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205833;STB=0.617821;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0120075;OID=.;OPOS=122259640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:74:76:35:35:0.315315:16:19:27:47:16:19:28:48 chr3 122288210 . G A 110.2 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00421793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2094;QD=7.5997;RBI=0.0479845;REFB=-0.0535709;REVB=-0.0477987;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832045;STB=0.506571;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0883164;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:38:42:15:16:0.275862:8:7:18:20:9:7:18:24 chr3 122290579 . C T 1420.45 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.019486;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.973;QD=57.3918;RBI=0.0207405;REFB=0.00161749;REVB=0.00710374;RO=2;SAF=51;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182337;STB=0.509613;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-5.5584e-05;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:99:2:2:97:97:0.979798:46:51:2:0:46:51:2:0 chr3 122296638 . G A 1988.92 PASS AF=0.487923;AO=202;DP=414;FAO=202;FDP=414;FR=.;FRO=212;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=126;FSRR=86;FWDB=0.0508463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0458;QD=19.2166;RBI=0.052048;REFB=-0.0307502;REVB=0.0111198;RO=211;SAF=95;SAR=107;SRF=126;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117765;STB=0.563259;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0550479;OID=.;OPOS=122296638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:414:211:212:202:202:0.487923:107:95:126:85:107:95:126:86 chr3 122354034 . GAAA GAA,GA,GAAG 336.01 PASS AF=0.461538,0.102564,0.384615;AO=7,10,13;DP=39;FAO=18,4,15;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=6,0,5;FSAR=12,4,10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.183116,0.101317,0.0323502;FXX=0.0249938;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=8.78857,14.416,233.609;QD=34.4627;RBI=0.280014,0.153774,0.0480516;REFB=-0.0557344,-0.0370134,-0.0226073;REVB=-0.21184,-0.115678,-0.0355306;RO=6;SAF=1,0,4;SAR=6,10,9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.381818,0.381818,0;SSSB=-0.637124,-0.844818,-0.382089;STB=0.571347,0.996649,0.583219;STBP=0.126,0.036,0.129;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0542708,0.11524,-0.00481832;OID=.,.,.;OPOS=122354035,122354035,122354037;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GAA,GA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.461538,0.102564,0.384615:7,10,13:39:18,4,15:39:2:6,0,5:12,4,10:2:0:99:6:1,0,4:6,10,9:6:0 chr3 122354792 . G A 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0125632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.395;QD=15.6695;RBI=0.0138321;REFB=-0.00462052;REVB=-0.0057872;RO=60;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606379;STB=0.533955;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00476113;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:60:47:47:0.439252:24:23:33:27:24:23:33:27 chr3 122418750 . G A 189.24 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0188537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5738;QD=13.0511;RBI=0.0389603;REFB=-0.0148272;REVB=-0.0340947;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259397;STB=0.647972;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0216768;OID=.;OPOS=122418750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:24:11:13:10:24:11 chr3 122419083 . C A 338.49 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00639132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.378;QD=17.8151;RBI=0.00684644;REFB=-0.0210405;REVB=-0.00245456;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291314;STB=0.65086;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0179624;OID=.;OPOS=122419083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:12:23:14:26:13:23:14:26 chr3 122437321 . T C 1292.35 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8843;QD=59.4184;RBI=0.0570025;REFB=-0.0530315;REVB=0.0475181;RO=2;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255879;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00119433;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:2:1:85:86:0.988506:36:49:0:2:37:49:0:1 chr3 122459290 . G GAGA 248.75 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00253968;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.417;QD=17.1553;RBI=0.00879063;REFB=-0.0419798;REVB=-0.00841577;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138879;STB=0.598352;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=0.0394085;OID=.;OPOS=122459291;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:26:60:28:58:30:19:9:15:15:99:31:17:9:16:15 chr3 122459477 . A G 684.67 PASS AF=0.446429;AO=72;DP=165;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.00723826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.563;QD=16.3018;RBI=0.0141881;REFB=-0.00594843;REVB=-0.0122029;RO=92;SAF=44;SAR=28;SRF=57;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897166;STB=0.501779;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0082271;OID=.;OPOS=122459477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:92:93:72:75:0.446429:28:44:57:35:28:47:58:35 chr3 122605701 . T A 36.63 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.05543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2977;QD=7.32652;RBI=0.0730225;REFB=-0.00724516;REVB=-0.0475373;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133506;STB=0.538337;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0395484;OID=.;OPOS=122605701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:13:14:6:6:0.3:2:4:10:3:2:4:10:4 chr3 122630323 . T G 307.15 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0148767;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.471;QD=12.9327;RBI=0.0151503;REFB=-0.000822749;REVB=-0.00286587;RO=60;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210199;STB=0.512041;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00109965;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:60:35:35:0.368421:17:18:32:28:17:18:32:28 chr3 122630346 . T C 202.65 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0198016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3081;QD=10.1323;RBI=0.0295925;REFB=0.0185118;REVB=0.0219912;RO=54;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656934;STB=0.538432;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0250173;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:14:12:28:26:14:12:28:26 chr3 122631762 . G A 344.65 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00414686;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.992;QD=18.885;RBI=0.0230045;REFB=-0.011065;REVB=0.0226277;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333756;STB=0.505615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00864597;OID=.;OPOS=122631762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:37:36:36:0.493151:14:22:22:12:14:22:23:14 chr3 122631896 . A T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00763903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=19.1333;RBI=0.0384721;REFB=-0.0299132;REVB=0.0377061;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00864999;OID=.;OPOS=122631896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr3 122642590 . G A 302.22 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0120197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.357;QD=25.7205;RBI=0.0169861;REFB=-0.0166879;REVB=-0.0120023;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172109;STB=0.595745;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0115456;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:10:10:8:19:10:10 chr3 122843110 . G T 446.03 PASS AF=0.368056;AO=47;DP=138;FAO=53;FDP=144;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.00532184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4241;QD=12.3897;RBI=0.0125447;REFB=-0.00241214;REVB=0.0113599;RO=84;SAF=22;SAR=25;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194804;STB=0.590131;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00471236;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:84:91:47:53:0.368056:25:22:54:30:28:25:56:35 chr3 122864436 . G A 286.67 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00246788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.304;QD=13.3335;RBI=0.00986495;REFB=-0.016303;REVB=-0.00955128;RO=53;SAF=18;SAR=15;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148513;STB=0.584367;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0224794;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:15:18:36:17:15:18:36:17 chr3 122880179 . C T 671.78 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00969363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.214;QD=23.3663;RBI=0.0375949;REFB=-0.0139634;REVB=-0.0363237;RO=50;SAF=32;SAR=33;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041666;STB=0.522757;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0116985;OID=.;OPOS=122880179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:33:32:22:28:33:32:22:28 chr3 122991021 . A T 574.46 PASS AF=0.527273;AO=57;DP=109;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.020207;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.103;QD=20.8894;RBI=0.0214971;REFB=-0.0175125;REVB=0.00733511;RO=49;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130795;STB=0.578527;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0170954;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:49:52:57:58:0.527273:31:26:30:19:32:26:32:20 chr3 122991038 . C T 1641.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.568;QD=60.2495;RBI=0.0121071;REFB=0;REVB=0.00850733;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71884e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr3 123218524 . TTAAAA T 285.12 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0385457;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=5;MLLD=335.942;QD=16.772;RBI=0.0397051;REFB=-0.0120886;REVB=0.00952493;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823554;STB=0.567094;STBP=0.246;TYPE=del;VARB=0.0106894;OID=.;OPOS=123218525;OREF=TAAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:38:72:38:68:30:21:17:12:18:99:31:21:17:14:17 chr3 123331774 . T TTAAG,TTTAAG 165.51 PASS AF=0.809524,0;AO=11,3;DP=23;FAO=17,0;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00668781,0.00359201;FXX=0.0454339;HRUN=3,3;LEN=4,5;MLLD=254.022,243.396;QD=31.5249;RBI=0.0096893,0.00774124;REFB=-0.0112554,-0.00993826;REVB=0.00701112,0.00685742;RO=8;SAF=6,2;SAR=5,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0335209,0.177018;STB=0.578852,0.5;STBP=0.147,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00428005,0;OID=.,.;OPOS=123331775,123331775;OREF=-,-;OALT=TAAG,TTAAG;OMAPALT=TTAAG,TTTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524,0:11,3:23:17,0:21:4:11,0:6,0:1:3:22:8:6,2:5,1:4:4 chr3 123357037 . A G 1480.52 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054009;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.367;QD=59.2208;RBI=0.00558701;REFB=0;REVB=-0.00143002;RO=0;SAF=37;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4168e-06;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:97:100:1:60:37:0:0:62:38:0:0 chr3 123368013 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.93;QD=53.2767;RBI=0.0516589;REFB=0;REVB=0.0391509;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524037;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr3 123418913 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.602;QD=59.6793;RBI=0.00448877;REFB=0;REVB=-0.00239097;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31509e-06;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr3 123419116 . GTTC G 239.64 PASS AF=0.360656;AO=42;DP=121;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.00720153;FXX=0.039367;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.596;QD=7.85711;RBI=0.0180003;REFB=-0.0198559;REVB=-0.0164969;RO=66;SAF=21;SAR=21;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652355;STB=0.518316;STBP=0.781;TYPE=del;VARB=0.0341415;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360656:42:121:44:122:78:23:21:43:35:99:66:21:21:37:29 chr3 123419288 . C T 336.65 PASS AF=0.467532;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0279332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.509;QD=17.488;RBI=0.0292585;REFB=-0.0212299;REVB=0.00870621;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243766;STB=0.508122;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0263014;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:35:36:0.467532:24:11:12:29:25:11:12:29 chr3 123419573 . G T 370.92 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0717433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5581;QD=14.6898;RBI=0.0735791;REFB=0.017019;REVB=0.0163336;RO=59;SAF=18;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100646;STB=0.556791;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0247915;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:24:18:31:28:24:18:31:28 chr3 123419732 . TA CT,TG 222.07 PASS AF=0,0.355263;AO=3,24;DP=76;FAO=0,27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=0,15;FSAR=0,12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0265184,-0.00099802;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=84.5156,98.9298;QD=11.6877;RBI=0.0364531,0.0265551;REFB=-0.0338418,-0.0230221;REVB=-0.0250121,0.0265364;RO=46;SAF=3,12;SAR=0,12;SRF=21;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.503147,0.0490245;STB=0.5,0.555514;STBP=1,0.523;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0332325;OID=.,.;OPOS=123419732,123419733;OREF=TA,A;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:76:46:49:3,24:0,27:0,0.355263:0,12:3,12:21:25:0,12:0,15:23:26 chr3 123451773 . G C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.926;QD=61.5356;RBI=0.047545;REFB=0;REVB=0.0387921;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96231e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:28:53:0:0:28:53:0:0 chr3 123452838 . G A 1483.02 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0260059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.029;QD=61.1553;RBI=0.0294391;REFB=-0.0970526;REVB=0.0137968;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000144674;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:0:2:95:95:0.979381:47:48:0:0:47:48:2:0 chr3 123457893 . G A 517.81 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.271;QD=54.5059;RBI=0.0190289;REFB=-0.155751;REVB=-0.000826734;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53844;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00779915;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:0:2:36:36:0.947368:24:12:0:0:24:12:2:0 chr3 123512627 . G T 608.92 PASS AF=0.525424;AO=61;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0146377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.581;QD=20.6415;RBI=0.0257997;REFB=-0.0218391;REVB=-0.0212453;RO=55;SAF=37;SAR=24;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544414;STB=0.52112;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0208758;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:55:56:61:62:0.525424:24:37:30:25:25:37:31:25 chr3 123634046 . G A 1530.0 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9481;QD=63.7498;RBI=0.00320186;REFB=0;REVB=0.00281037;RO=0;SAF=46;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80378e-06;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:50:46:0:0:50:46:0:0 chr3 123988039 . T C 1827.57 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.442;QD=60.919;RBI=0.0275604;REFB=0;REVB=0.0250334;RO=0;SAF=80;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253258;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:39:80:0:0:39:81:0:0 chr3 124044948 . TC T,TT 1791.86 PASS AF=0.0330579,0.966942;AO=24,96;DP=121;FAO=4,117;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=4,61;FSAR=0,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159028,0.0771432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.741,121.69;QD=59.235;RBI=0.0362353,0.0864043;REFB=0,0;REVB=0.0325591,0.0389183;RO=0;SAF=21,43;SAR=3,53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86584e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0507158,0.00722443;OID=.,.;OPOS=124044949,124044949;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0330579,0.966942:24,96:121:4,117:121:0:4,61:0,56:0:0:3:0:21,43:3,53:0:0 chr3 124181454 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00559989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1847;QD=12.0238;RBI=0.00965774;REFB=0.0155142;REVB=-0.0078685;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181383;STB=0.510735;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0264261;OID=.;OPOS=124181454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:8:12:7:5:8:12 chr3 124351316 . G A 312.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.02757;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6551;QD=18.9663;RBI=0.0276447;REFB=0.0100933;REVB=0.00203113;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.610458;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0115088;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:33:33:33:33:0.5:11:22:15:18:11:22:15:18 chr3 124351424 . T C 553.08 PASS AF=0.536082;AO=51;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0070307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.608;QD=22.8074;RBI=0.0174756;REFB=-0.0192431;REVB=-0.015999;RO=45;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195509;STB=0.610331;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.022435;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:45:51:52:0.536082:19:32:18:27:19:33:18:27 chr3 124376653 . G A 425.41 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0107751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.769;QD=18.9071;RBI=0.0251376;REFB=-0.006049;REVB=-0.0227111;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427422;STB=0.523798;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00428642;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:23:20:24:23:23:20:24:23 chr3 124412634 . G T 145.15 PASS AF=0.30303;AO=21;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00867463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.537;QD=8.79693;RBI=0.0087226;REFB=-0.00580129;REVB=0.000913618;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10167;STB=0.540332;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00893803;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:21:20:0.30303:13:8:21:24:12:8:21:25 chr3 124451284 . T C 252.09 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=62;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=0.00168761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.656;QD=15.7558;RBI=0.0629477;REFB=0.00647861;REVB=0.062925;RO=32;SAF=25;SAR=2;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149888;STB=0.582669;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00851201;OID=.;OPOS=124451284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:35:27:29:0.453125:2:25:28:4:2:27:31:4 chr3 124515308 . A G 231.89 PASS AF=0.479452;AO=20;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00342228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.769;QD=12.7065;RBI=0.0559629;REFB=-0.00740889;REVB=0.0558581;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571453;STB=0.663196;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.015519;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:20:35:0.479452:8:12:24:13:23:12:25:13 chr3 124515314 . G A 343.04 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0300164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1024;QD=18.7966;RBI=0.0313795;REFB=-0.0296;REVB=0.00914813;RO=36;SAF=13;SAR=23;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272591;STB=0.657551;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0131356;OID=.;OPOS=124515314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:23:13:24:12:23:13:25:12 chr3 124515395 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.020682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.148;QD=17.0888;RBI=0.0244721;REFB=-0.0265478;REVB=0.0130819;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658101;STB=0.525404;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0307817;OID=.;OPOS=124515395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:11:14:17:10:11:14:17:11 chr3 124515636 . C T 402.85 PASS AF=0.493976;AO=38;DP=81;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0349712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.64;QD=19.4143;RBI=0.0360073;REFB=-0.0171412;REVB=0.00857563;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526315;STB=0.50649;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0161797;OID=.;OPOS=124515636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:42:42:38:41:0.493976:22:16:20:22:22:19:20:22 chr3 124646594 . A G 319.28 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0433325;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.409;QD=15.5745;RBI=0.0442291;REFB=-0.00170641;REVB=0.00886076;RO=43;SAF=13;SAR=22;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312941;STB=0.662016;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00138788;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:47:35:35:0.426829:22:13:30:13:22:13:31:16 chr3 124646703 . GGA AAG,GAA,GGAAAG 1080.65 PASS AF=0,0,1;AO=4,3,49;DP=80;FAO=0,0,72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235736,0.11629,0.0253526;FXX=0.0649266;HRUN=3,3,3;LEN=3,1,3;MLLD=197.209,6.58625,261.224;QD=60.0363;RBI=0.044872,0.116301,0.0625467;REFB=0,0,0;REVB=0.0381809,0.00160327,0.0571781;RO=10;SAF=0,0,5;SAR=4,3,44;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.671791,-0.622111,-0.208828;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0,0,0.00015964;OID=.,.,.;OPOS=124646703,124646704,124646706;OREF=GGA,G,-;OALT=AAG,A,AAG;OMAPALT=AAG,GAA,GGAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:6:80:72:10:0:4,3,49:0,0,72:0,0,1:4,3,44:0,0,5:4:6:0,0,65:0,0,7:0:0 chr3 124688787 . A AT 264.6 PASS AF=1;AO=11;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482319;FXX=0.0666445;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.0568;QD=37.7995;RBI=0.188784;REFB=0;REVB=-0.182518;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.01039;OID=.;OPOS=124688788;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:32:28:28:0:13:15:0:0:5:21:5:6:10:11 chr3 124688791 . A T 128.69 PASS AF=0.5;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0158974;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=33.0415;QD=17.1586;RBI=0.0381434;REFB=-0.283605;REVB=0.0346727;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0666811;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:30:15:15:13:15:0.5:8:5:8:7:9:6:8:7 chr3 124692689 . C T 2222.25 PASS AF=1;AO=136;DP=139;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614506;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7919;QD=62.5986;RBI=0.0130586;REFB=0;REVB=0.0115224;RO=0;SAF=66;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218482;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:142:0:0:136:142:1:70:66:0:0:73:69:0:0 chr3 124731485 . C G 283.11 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0133616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.15;QD=14.9007;RBI=0.0137806;REFB=-0.0296294;REVB=-0.00337262;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204067;STB=0.600915;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.034414;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:42:44:32:32:0.421053:18:14:27:15:18:14:27:17 chr3 124731689 . T A 905.79 PASS AF=0.529762;AO=89;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.00408254;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.006;QD=21.5664;RBI=0.018232;REFB=-0.0109578;REVB=-0.0177691;RO=78;SAF=41;SAR=48;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117399;STB=0.503631;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0134216;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:78:79:89:89:0.529762:48:41:37:41:48:41:37:42 chr3 124733649 . T G 877.43 PASS AF=0.5;AO=84;DP=174;FAO=89;FDP=178;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.00137848;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.674;QD=19.7176;RBI=0.00648139;REFB=-0.0170125;REVB=0.0063331;RO=90;SAF=50;SAR=34;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111451;STB=0.56259;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0178367;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:90:89:84:89:0.5:34:50:43:47:36:53:42:47 chr3 124746347 . T C 476.84 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0116791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.414;QD=27.643;RBI=0.0129311;REFB=0.00126047;REVB=0.0055509;RO=25;SAF=25;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324837;STB=0.517694;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.000862558;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:19:25:13:12:19:25:13:12 chr3 124802881 . A G 363.78 PASS AF=0.513514;AO=33;DP=70;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0101229;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.601;QD=19.6635;RBI=0.0115739;REFB=-0.0197988;REVB=0.00561087;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815122;STB=0.512189;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0186803;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:33:36:33:38:0.513514:18:15:18:15:21:17:17:19 chr3 124802888 . C T 319.83 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00901022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.534;QD=18.5411;RBI=0.0107584;REFB=0.0112223;REVB=0.00587871;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264315;STB=0.507688;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0061761;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:18:16:17:17:18:16:17:18 chr3 124837684 . T C 1659.54 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176571;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.053;QD=60.3471;RBI=0.0356685;REFB=0;REVB=0.0309915;RO=0;SAF=74;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80314e-05;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:35:74:0:0:35:75:0:0 chr3 124839470 . G A 1922.61 PASS AF=0.912752;AO=129;DP=143;FAO=136;FDP=149;FR=.;FRO=13;FSAF=80;FSAR=56;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0170287;FXX=0.00666622;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.293;QD=51.6137;RBI=0.0312728;REFB=-0.0234848;REVB=0.02623;RO=11;SAF=80;SAR=49;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259826;STB=0.518216;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00039537;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:143:149:11:13:129:136:0.912752:49:80:5:6:56:80:5:8 chr3 124951821 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0137895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.314;QD=16.1155;RBI=0.0229321;REFB=-0.0245006;REVB=0.0183229;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631938;STB=0.543824;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0221845;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:11:13:17:11:11:13:18:11 chr3 125235852 . A ATTTAT 304.92 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00259701;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=5;MLLD=279.991;QD=15.0576;RBI=0.00592565;REFB=-0.01981;REVB=0.00532625;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123931;STB=0.570134;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=0.0289659;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419753:33:84:34:81:47:14:20:25:22:99:49:13:20:25:24 chr3 125692134 . GTCTC G 432.14 PASS AF=0.453608;AO=43;DP=99;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00312136;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=318.986;QD=17.8204;RBI=0.010782;REFB=-0.00732869;REVB=-0.0103203;RO=51;SAF=25;SAR=18;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126952;STB=0.5732;STBP=0.201;TYPE=del;VARB=0.0126618;OID=.;OPOS=125692135;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453608:43:99:44:97:53:25:19:23:30:99:51:25:18:23:28 chr3 125692141 . G A 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0131468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.067;QD=14.1657;RBI=0.0138193;REFB=-0.0156819;REVB=-0.00425835;RO=63;SAF=25;SAR=19;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145137;STB=0.58185;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0209491;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:19:25:27:36:19:25:27:36 chr3 125725268 . TAACA T 216.59 PASS AF=0.458333;AO=29;DP=74;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00606736;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=4;MLLD=236.039;QD=12.0327;RBI=0.0324656;REFB=-0.00617578;REVB=0.0318936;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052746;STB=0.526865;STBP=0.7;TYPE=del;VARB=0.00654935;OID=.;OPOS=125725269;OREF=AACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:29:74:33:72:39:21:12:23:16:99:31:17:12:18:13 chr3 125726048 . G C 336.11 PASS AF=0.493333;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0178576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.418;QD=17.9256;RBI=0.0183632;REFB=-0.0200632;REVB=-0.00427918;RO=37;SAF=10;SAR=24;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195353;STB=0.578705;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0186275;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:38:34:37:0.493333:24:10:18:19:24:13:19:19 chr3 125769757 . C T 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0121225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.253;QD=15.4226;RBI=0.0240826;REFB=-0.0253524;REVB=-0.0208091;RO=53;SAF=24;SAR=14;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537449;STB=0.530287;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0365018;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:14:24:36:17:14:24:36:17 chr3 125775228 . T C 1456.8 PASS AF=1;AO=46;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.102;QD=64.0353;RBI=0.1791;REFB=0;REVB=0.179005;RO=0;SAF=43;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94467e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129818;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:46:91:1:3:43:0:0:46:45:0:0 chr3 125786879 . T C 804.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3664;QD=64.3942;RBI=0.0305635;REFB=0;REVB=0.0126076;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145366;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr3 125826059 . T C 775.48 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0381206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.773;QD=19.1477;RBI=0.0436257;REFB=0.011862;REVB=0.0212136;RO=81;SAF=43;SAR=37;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279965;STB=0.518203;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0122682;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:81:82:80:80:0.493827:37:43:46:35:37:43:47:35 chr3 125854311 . TC T 109.36 PASS AF=0.428571;AO=47;DP=120;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0348306;FXX=0.00833264;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.33595;QD=3.67589;RBI=0.143879;REFB=-0.0470994;REVB=0.139599;RO=54;SAF=17;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835593;STB=0.537557;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=0.048792;OID=.;OPOS=125854312;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:47:120:51:119:68:20:31:31:37:99:54:17:30:24:30 chr3 126132999 . C A 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0118083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.973;QD=13.5147;RBI=0.0177576;REFB=-0.0077131;REVB=-0.0132626;RO=42;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147513;STB=0.584553;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0126677;OID=.;OPOS=126132999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:9:19:23:19:9:19:23:19 chr3 126152124 . G A 384.35 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0314244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.703;QD=17.6713;RBI=0.031468;REFB=-0.0161168;REVB=0.00165507;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276147;STB=0.576292;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0178194;OID=.;OPOS=126152124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:47:39:40:0.45977:20:19:29:7:21:19:29:18 chr3 126152474 . C T 413.26 PASS AF=0.4;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00828323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.517;QD=13.7753;RBI=0.0195913;REFB=-0.00313933;REVB=0.0177541;RO=67;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573732;STB=0.546006;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00552628;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:72:48:48:0.4:27:21:33:34:27:21:37:35 chr3 126169230 . C T 1463.28 PASS AF=0.962617;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0357345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.648;QD=54.7021;RBI=0.0363292;REFB=-0.132265;REVB=-0.00654605;RO=2;SAF=63;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148221;STB=0.515172;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000627099;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:107:2:4:101:103:0.962617:38:63:2:0:38:65:1:3 chr3 126169472 . T C 393.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.887;QD=56.2529;RBI=0.052401;REFB=0;REVB=0.0291816;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190473;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr3 126179277 . C T 269.17 PASS AF=0.5;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00475932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.847;QD=17.9444;RBI=0.0514106;REFB=-0.0253947;REVB=0.0511899;RO=30;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910966;STB=0.556779;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0227904;OID=.;OPOS=126179277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:29:30:0.5:9:20:18:12:9:21:18:12 chr3 126228510 . A G 39.77 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0047916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.907;QD=2.44715;RBI=0.017015;REFB=0.00259628;REVB=-0.0163264;RO=56;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268944;STB=0.706776;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.038259;OID=.;OPOS=126228510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:6:2:26:30:6:2:27:30 chr3 126329910 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0753;QD=55.0975;RBI=0.0457542;REFB=0;REVB=0.0315087;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852028;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr3 126708453 . T C 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.526;QD=58.9584;RBI=0.0491527;REFB=0;REVB=0.0409064;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4686e-05;OID=.;OPOS=126708453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr3 126708459 . C T 882.42 PASS AF=0.969697;AO=54;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0720311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2756;QD=53.48;RBI=0.0889187;REFB=-0.0405948;REVB=0.052135;RO=3;SAF=24;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553369;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00289726;OID=.;OPOS=126708459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:3:1:54:64:0.969697:30:24:3:0:38:26:1:0 chr3 126722304 . C T 1438.4 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00335125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.615;QD=61.8668;RBI=0.032881;REFB=-0.0301592;REVB=0.0327098;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000133895;OID=.;OPOS=126722304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:57:35:0:0:57:35:0:1 chr3 126733554 . G A 572.09 PASS AF=0.548077;AO=58;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00899166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.724;QD=22.0035;RBI=0.0146181;REFB=-0.0081657;REVB=0.0115256;RO=46;SAF=46;SAR=12;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133195;STB=0.594507;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00905167;OID=.;OPOS=126733554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:47:58:57:0.548077:12:46:31:15:11:46:31:16 chr3 126741674 . G A 676.09 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.066009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.911;QD=49.1701;RBI=0.083488;REFB=-0.212622;REVB=0.0511181;RO=3;SAF=20;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029854;STB=0.526966;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00306461;OID=.;OPOS=126741674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:3:4:51:51:0.927273:31:20:2:1:31:20:3:1 chr3 126746690 . A G 1487.67 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.325;QD=58.3401;RBI=0.0111779;REFB=0;REVB=0.0101667;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52697e-05;OID=.;OPOS=126746690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:96:102:1:39:57:0:0:40:62:0:0 chr3 126746729 . GTT GT,GTG,TGG 775.48 PASS AF=0,0.982456,0.0175439;AO=10,37,2;DP=57;FAO=0,56,1;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38,1;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0790223,-0.1703,-0.0598165;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=19.8494,30.8179,16.5808;QD=54.4198;RBI=0.103477,0.198326,0.120336;REFB=0,0,0;REVB=-0.0668062,0.101642,0.104416;RO=0;SAF=0,29,2;SAR=10,8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00858622,0.00644627,0.0962984;OID=.,.,.;OPOS=126746730,126746731,126746729;OREF=T,T,GTT;OALT=-,G,TGG;OMAPALT=GT,GTG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:4:57:57:0:0:10,37,2:0,56,1:0,0.982456,0.0175439:10,8,0:0,29,2:0:0:0,18,0:0,38,1:0:0 chr3 126754711 . G A 1677.08 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3258;QD=59.3655;RBI=0.165397;REFB=0;REVB=0.139492;RO=1;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958853;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164876;OID=.;OPOS=126754711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:1:0:108:113:1:49:59:0:1:52:61:0:0 chr3 126916371 . T C 600.86 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18392;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8136;QD=60.0862;RBI=0.183958;REFB=0;REVB=-0.00371988;RO=1;SAF=7;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264329;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:1:0:39:40:1:32:7:1:0:32:8:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 317.86 PASS AF=0.96;AO=23;DP=28;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00511058;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=3;MLLD=255.127;QD=50.8576;RBI=0.0567247;REFB=0.0291902;REVB=0.056494;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100094;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.00761928;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:23:28:24:25:1:14:10:1:0:4:4:14:9:1:3 chr3 127399505 . GCCCCCT GCCCCCTC,GCCCCT 59.3 PASS AF=0.227273,0.590909;AO=3,4;DP=22;FAO=5,13;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=1,5;FSAR=4,8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.456883,0.0180437;FXX=0;HRUN=6,5;LEN=1,1;MLLD=10.2868,7.59373;QD=10.782;RBI=0.462132,0.287109;REFB=-0.106266,-0.0395657;REVB=0.0694572,0.286541;RO=5;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.4;SSSB=0.152533,0.0609289;STB=0.665923,0.528258;STBP=0.429,0.691;TYPE=ins,del;VARB=0.0420323,0.0763776;OID=.,.;OPOS=127399512,127399506;OREF=-,C;OALT=C,-;OMAPALT=GCCCCCTC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.590909:3,4:22:5,13:22:4:1,5:4,8:2:2:19:5:1,1:2,3:1:4 chr3 127434580 . G A 616.84 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0408739;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5425;QD=57.3803;RBI=0.0869826;REFB=-0.155783;REVB=0.0767809;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.527764;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0146318;OID=.;OPOS=127434580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:44:43:0:2:41:41:0.953488:17:24:0:0:17:24:0:2 chr3 127454545 . T C 393.15 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00152419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.893;QD=17.0935;RBI=0.0274147;REFB=0.00804713;REVB=-0.0273723;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00292296;STB=0.501639;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00947111;OID=.;OPOS=127454545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:17:24:30:21:17:24:30:21 chr3 127454573 . G A 438.05 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0174692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0264;QD=19.0458;RBI=0.0218555;REFB=0.00520288;REVB=-0.0131336;RO=48;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448851;STB=0.524989;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00465685;OID=.;OPOS=127454573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:19:25:25:23:19:25:25:23 chr3 127641968 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.628;QD=52.6131;RBI=0.0242252;REFB=0;REVB=-0.0146569;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178682;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 127642814 . G C 390.93 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0222862;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7081;QD=18.8402;RBI=0.0356004;REFB=-0.01469;REVB=-0.0277617;RO=42;SAF=12;SAR=28;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414315;STB=0.734153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102695;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:43:40:40:0.481928:28:12:32:10:28:12:33:10 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 160.19 PASS AF=0.233645;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=107;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00624349;FXX=0.0272702;HRUN=0;LEN=7;MLLD=366.156;QD=5.98834;RBI=0.0156549;REFB=-0.000750841;REVB=0.014356;RO=87;SAF=12;SAR=13;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900201;STB=0.533953;STBP=0.711;TYPE=ins;VARB=0.00252282;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233645:25:113:25:107:82:12:13:43:39:99:87:12:13:48:39 chr3 127682477 . AC GT 174.94 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00539514;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.564;QD=6.36151;RBI=0.0164499;REFB=-0.00855639;REVB=-0.01554;RO=82;SAF=14;SAR=10;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898893;STB=0.555509;STBP=0.505;TYPE=mnp;VARB=0.0280401;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:82:82:24:24:0.218182:10:14:42:40:10:14:42:40 chr3 127983495 . T C 634.2 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.219;QD=61.8733;RBI=0.0514496;REFB=0;REVB=0.00654483;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527061;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:31:41:1:20:11:0:0:21:20:0:0 chr3 128181537 . C T 515.42 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0285839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.049;QD=20.0164;RBI=0.033759;REFB=-0.0139524;REVB=0.0179618;RO=50;SAF=34;SAR=19;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144271;STB=0.500796;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0243315;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:19:34:32:18:19:34:32:18 chr3 128182074 . G A 562.05 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0593104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.47;QD=29.1974;RBI=0.0635584;REFB=-0.0350927;REVB=0.0228461;RO=26;SAF=20;SAR=30;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400419;STB=0.5294;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0173051;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:26:27:50:50:0.649351:30:20:12:14:30:20:13:14 chr3 128182444 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0742756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9225;QD=21.9706;RBI=0.0767593;REFB=-0.00596406;REVB=0.019368;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.54541;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00806106;OID=.;OPOS=128182444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:11:6:9:11:11:6 chr3 128204685 . A AG 42.85 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=86;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=-0.0946024;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.0546;QD=2.04047;RBI=0.131515;REFB=-0.0255638;REVB=-0.0913595;RO=66;SAF=14;SAR=5;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10474;STB=0.527228;STBP=0.893;TYPE=ins;VARB=0.136736;OID=.;OPOS=128204686;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:19:86:12:84:72:8:4:50:22:42:66:14:5:44:22 chr3 128204951 . C T 88.33 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.749;QD=39.2588;RBI=0.0688251;REFB=0;REVB=0.0684074;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558739;OID=.;OPOS=128204951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr3 128205860 . G C 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0351;QD=53.9078;RBI=0.0636554;REFB=0;REVB=-0.0183723;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825028;OID=.;OPOS=128205860;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr3 128292844 . A G 229.66 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5283;QD=45.9327;RBI=0.0444279;REFB=-0.007876;REVB=0.0358959;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.000801657;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:5:14:1:0:5:14:1:0 chr3 128580574 . T C 515.66 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0168167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.599;QD=20.0255;RBI=0.0179728;REFB=-0.0289862;REVB=-0.00634187;RO=49;SAF=24;SAR=29;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576;STB=0.525993;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0270713;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:50:53:53:0.514563:29:24:19:30:29:24:20:30 chr3 128580585 . C A 564.2 PASS AF=0.491667;AO=57;DP=119;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00949222;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.673;QD=18.8065;RBI=0.0176503;REFB=-0.0163093;REVB=-0.0148806;RO=61;SAF=23;SAR=34;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375691;STB=0.52785;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0191731;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:61:57:59:0.491667:34:23:27:34:36:23:27:34 chr3 128614185 . A C 167.59 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00937323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0982;QD=23.1155;RBI=0.0439553;REFB=-0.0891661;REVB=-0.0429443;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217112;STB=0.512181;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0244055;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:29:12:12:17:17:0.586207:8:9:6:6:8:9:6:6 chr3 128627021 . A G 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0119934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.247;QD=22.7192;RBI=0.0121563;REFB=0.00708599;REVB=0.00198385;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385055;STB=0.521708;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00623906;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:5:4:7:7:5:4 chr3 128627933 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0260976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.598;QD=17.0891;RBI=0.0261595;REFB=-0.0333851;REVB=-0.00179895;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184807;STB=0.60358;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0271252;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:20:8:12:13:20:8 chr3 128755953 . G A 376.51 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0238112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.731;QD=18.5932;RBI=0.0258778;REFB=0.00495765;REVB=0.0101335;RO=42;SAF=6;SAR=33;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303945;STB=0.67212;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0143753;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:33:6:16:26:33:6:16:26 chr3 128890350 . G A 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.909;QD=47.8129;RBI=0.0363402;REFB=0;REVB=-0.0300855;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136927;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr3 129034578 . G A 398.04 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0338039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2657;QD=20.9493;RBI=0.0386914;REFB=-0.00954022;REVB=0.0188235;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181872;STB=0.600472;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0101132;OID=.;OPOS=129034578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:13:23:17:23:13:23 chr3 129130197 . T C 255.53 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0473724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.336;QD=21.294;RBI=0.0474246;REFB=0.00273695;REVB=-0.00222412;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14747;STB=0.582691;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00181279;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:15:9:13:11:15:9 chr3 129134242 . G A 328.53 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0270873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.849;QD=15.4601;RBI=0.0271366;REFB=-0.0166727;REVB=-0.0016355;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249195;STB=0.644836;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0154731;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:21:15:32:16:21:15:33:16 chr3 129137127 . G A 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0137139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.892;QD=19.5868;RBI=0.0137158;REFB=-0.0267199;REVB=0.000230936;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200648;STB=0.611228;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0224469;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:25:19:30:16:25:19:30:16 chr3 129140499 . T C 421.75 PASS AF=0.567568;AO=35;DP=67;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0119528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.388;QD=22.7975;RBI=0.0156344;REFB=-0.0338751;REVB=0.010078;RO=31;SAF=19;SAR=16;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20258;STB=0.595099;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0208119;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:31:32:35:42:0.567568:16:19:24:7:18:24:25:7 chr3 129150291 . CTTTTTTG CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTTG 155.82 PASS AF=0,0.415584,0;AO=25,35,7;DP=152;FAO=0,64,0;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=0,11,0;FSAR=0,53,0;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00894351,0.16845,0.055424;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=2,1,2;MLLD=46.0308,7.83703,25.088;QD=4.04725;RBI=0.0502666,0.233665,0.141316;REFB=-0.0167045,-0.150391,-0.035643;REVB=-0.0494646,-0.161939,-0.129994;RO=75;SAF=0,7,0;SAR=25,28,7;SRF=51;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.826446,-0.54622,-0.671172;STB=0.5,0.769262,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.183355,0;OID=.,.,.;OPOS=129150297,129150292,129150291;OREF=TG,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:152:154:75:90:25,35,7:0,64,0:0,0.415584,0:25,28,7:0,7,0:51:24:0,53,0:0,11,0:52:38 chr3 129155451 . C T 257.0 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0748409;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.976;QD=22.3474;RBI=0.0757439;REFB=-0.0220147;REVB=-0.0116611;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244915;STB=0.646935;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.029196;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:22:24:24:0.521739:8:16:9:14:8:16:8:14 chr3 129210977 . G C 129.57 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00639648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.722;QD=12.957;RBI=0.049691;REFB=-0.00809187;REVB=-0.0492776;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363284;STB=0.733022;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0130441;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:4:10:9:15:4:11:9:16 chr3 129262077 . G A 468.24 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0152535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8935;QD=16.8735;RBI=0.0230415;REFB=-0.0325165;REVB=-0.0172697;RO=57;SAF=43;SAR=8;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25138;STB=0.644475;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0505354;OID=.;OPOS=129262077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:60:51:51:0.459459:8:43:38:19:8:43:40:20 chr3 129274363 . G A 405.31 PASS AF=0.340278;AO=49;DP=143;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.0066574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.297;QD=11.2586;RBI=0.0169545;REFB=-0.00425078;REVB=-0.0155927;RO=92;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096398;STB=0.558168;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00806915;OID=.;OPOS=129274363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:92:95:49:49:0.340278:23:26:41:51:23:26:42:53 chr3 129275206 . C T 612.07 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=152;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0718015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0668;QD=16.1071;RBI=0.081495;REFB=-0.00674725;REVB=-0.0385485;RO=83;SAF=37;SAR=30;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198734;STB=0.507057;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00595456;OID=.;OPOS=129275206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:85:67:67:0.440789:30:37:46:37:30:37:48:37 chr3 129279570 . T C 217.73 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0390742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6725;QD=16.7482;RBI=0.0394362;REFB=-0.0266599;REVB=0.00533135;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19967;STB=0.613236;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0307394;OID=.;OPOS=129279570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:15:13:16:8:15:13 chr3 129279597 . C T 546.29 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201799;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7636;QD=57.504;RBI=0.0460568;REFB=-0.0564787;REVB=0.0414005;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00138775;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:36:37:0.973684:22:14:0:1:22:15:0:1 chr3 129281718 . C T 793.47 PASS AF=0.523179;AO=79;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0360659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.732;QD=21.0191;RBI=0.0360705;REFB=-0.0151587;REVB=-0.000578177;RO=71;SAF=36;SAR=43;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434539;STB=0.505411;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0142452;OID=.;OPOS=129281718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:71:72:79:79:0.523179:43:36:32:39:43:36:32:40 chr3 129281980 . C T 1319.2 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9639;QD=61.3579;RBI=0.0543981;REFB=0;REVB=0.0378644;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443877;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:38:48:0:0 chr3 129286413 . G C 368.43 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.032033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.264;QD=19.3912;RBI=0.0339133;REFB=-0.0019235;REVB=-0.0111357;RO=38;SAF=10;SAR=28;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310595;STB=0.517232;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0015658;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:28:10:9:29:28:10:9:29 chr3 129290087 . G A 579.79 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.024681;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5032;QD=24.412;RBI=0.0248066;REFB=-0.00783917;REVB=-0.00249279;RO=42;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438037;STB=0.523994;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00972909;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:30:23:16:26:30:23:16:26 chr3 129293183 . T C 2053.68 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651045;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3834;QD=61.3039;RBI=0.0433876;REFB=0;REVB=-0.0428963;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80992e-05;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:132:134:0:0:130:134:1:54:76:0:0:55:79:0:0 chr3 129308209 . G A 628.97 PASS AF=0.451389;AO=64;DP=143;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.000732333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.403;QD=17.4715;RBI=0.0130749;REFB=-0.00467206;REVB=0.0130544;RO=79;SAF=34;SAR=30;SRF=51;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114992;STB=0.567745;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00475019;OID=.;OPOS=129308209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:79:79:64:65:0.451389:30:34:51:28:31:34:51:28 chr3 129366963 . G T 513.02 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0189836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9655;QD=19.1782;RBI=0.025824;REFB=-0.0225702;REVB=0.0175072;RO=53;SAF=33;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420318;STB=0.523235;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0226816;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:21:33:30:23:21:33:30:23 chr3 129367024 . T A 1294.19 PASS AF=0.927835;AO=87;DP=96;FAO=90;FDP=97;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.042103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.103;QD=53.3685;RBI=0.044466;REFB=-0.115555;REVB=-0.0143027;RO=4;SAF=50;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364064;STB=0.530967;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0059461;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:96:97:4:7:87:90:0.927835:37:50:4:0:37:53:7:0 chr3 129538635 . A G 605.69 PASS AF=0.933333;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0381163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.62;QD=53.8395;RBI=0.0539506;REFB=-0.111027;REVB=0.0381813;RO=3;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447983;STB=0.501729;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00181087;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:41:42:0.933333:26:15:1:2:27:15:1:2 chr3 129546729 . T C 1146.21 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.277;QD=59.5435;RBI=0.0528841;REFB=0;REVB=0.0481378;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133036;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:26:48:0:0:29:48:0:0 chr3 129546995 . T C 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0307454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.338;QD=32.7571;RBI=0.0454136;REFB=-0.0380941;REVB=0.0334234;RO=7;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336717;STB=0.5185;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00924726;OID=.;OPOS=129546995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:10:10:4:3:10:10:4:3 chr3 129695642 . AG AA,A 123.29 PASS AF=0.125,0.5;AO=4,16;DP=37;FAO=5,20;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=4,7;FSAR=1,13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00582751,0.00815304;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=20.585,8.89402;QD=12.3289;RBI=0.172188,0.0112095;REFB=-0.110002,-0.115489;REVB=0.17209,0.00769296;RO=15;SAF=3,7;SAR=1,9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.324872,-0.0251235;STB=0.764838,0.553137;STBP=0.205,0.476;TYPE=snp,del;VARB=0.0545748,0.113927;OID=.,.;OPOS=129695643,129695643;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.5:4,16:37:5,20:40:15:4,7:1,13:7:8:55:15:3,7:1,9:7:8 chr3 129695952 . CTT CTC,TGC 748.75 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=49,2;DP=54;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225253,-0.00891683;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=51.062,47.8729;QD=56.5092;RBI=0.0205453,0.069526;REFB=0,0;REVB=-0.0204214,-0.0689518;RO=0;SAF=29,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0018076,0.10473;OID=.,.;OPOS=129695954,129695952;OREF=T,CTT;OALT=C,TGC;OMAPALT=CTC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:53:0:0:49,2:52,1:0.981132,0.0188679:20,2:29,0:0:0:23,1:29,0:0:0 chr3 129696041 . A G 1241.24 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.979;QD=61.296;RBI=0.0305737;REFB=0;REVB=0.0249716;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70153e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr3 129800823 . T G 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00869238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.41;QD=5.83178;RBI=0.0130289;REFB=-0.00300829;REVB=-0.00970536;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496865;STB=0.531857;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0116337;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:6:5:17:24:6:5:17:24 chr3 129800888 . G A 166.73 PASS AF=0.323529;AO=19;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00809203;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.064;QD=9.80762;RBI=0.008692;REFB=-0.00881591;REVB=-0.00317331;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060288;STB=0.529385;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00946621;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:46:19:22:0.323529:10:9:19:17:11:11:25:21 chr3 129800895 . G A 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0316233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.279;QD=9.54746;RBI=0.0316401;REFB=-0.00448484;REVB=-0.00103125;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122911;STB=0.50724;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0168916;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:22:22:0.318841:11:11:24:23:11:11:24:23 chr3 129814934 . GC G 33.39 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.103475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9871;QD=4.94647;RBI=0.113506;REFB=-0.0114559;REVB=-0.0466519;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0.251645;SSEP=0;SSSB=-0.139361;STB=0.58922;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.0458405;OID=.;OPOS=129814935;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:7:27:7:27:20:3:4:11:9:33:20:3:4:11:9 chr3 130098349 . G A 2350.51 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5825;QD=60.2694;RBI=0.0378843;REFB=-0.0944697;REVB=-0.0024976;RO=1;SAF=84;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563001;STB=0.502958;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000223157;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:155:155:0.99359:71:84:1:0:71:84:1:0 chr3 130103709 . G A 819.77 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1578;QD=55.5775;RBI=0.0514417;REFB=-0.00608919;REVB=-0.0324356;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000258776;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:33:25:0:0:33:25:1:0 chr3 130103723 . G A 226.87 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00952125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.797;QD=15.6461;RBI=0.0145984;REFB=-0.00598013;REVB=-0.0110661;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249719;STB=0.626537;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0137183;OID=.;OPOS=130103723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:10:15:11:21:11:15:11:21 chr3 130104062 . T C 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.752;QD=60.4126;RBI=0.0148061;REFB=-0.0863031;REVB=0.00504492;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00130908;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:47:36:0:0:47:36:0:1 chr3 130104206 . A G 1043.49 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000344285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.2877;QD=55.6529;RBI=0.0050704;REFB=-0.0197941;REVB=0.0050587;RO=2;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596327;STB=0.517237;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00178929;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:74:75:2:2:72:73:0.973333:28:44:1:1:28:45:0:2 chr3 130110550 . A G 491.46 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0289439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.646;QD=51.7323;RBI=0.0346542;REFB=-0.0733402;REVB=-0.0190568;RO=3;SAF=29;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459616;STB=0.523796;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00059015;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:34:35:0.921053:5:29:3:0:5:30:3:0 chr3 130114082 . C G 354.15 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0444316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.899;QD=12.3183;RBI=0.045771;REFB=-0.00388143;REVB=-0.0109918;RO=71;SAF=16;SAR=27;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165632;STB=0.590547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00715097;OID=.;OPOS=130114082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:71:72:43:43:0.373913:27:16:37:34:27:16:37:35 chr3 130116684 . G A 408.03 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0531373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.388;QD=17.7407;RBI=0.0534566;REFB=-0.00729506;REVB=0.00583429;RO=49;SAF=31;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185781;STB=0.600433;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00932298;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:50:42:42:0.456522:11:31:28:21:11:31:29:21 chr3 130128159 . ATT A,AT,CAT 261.16 PASS AF=0.0212766,0.957447,0;AO=7,30,2;DP=48;FAO=1,45,0;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,30,0;FSAR=1,15,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220232,0.0422038,0.0403627;FXX=0.040808;HRUN=7,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=11.2011,8.20397,19.3317;QD=22.2267;RBI=0.0277532,0.0526316,0.0460144;REFB=0.045755,0.0664202,0.0673163;REVB=0.0168884,0.0314472,0.0220948;RO=6;SAF=7,18,0;SAR=0,12,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.74229,-0.0763288,-0.719959;STB=0.5,0.516122,0.5;STBP=1,0.274,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0531606,0.00588111,0;OID=.,.,.;OPOS=130128160,130128160,130128159;OREF=TT,T,AT;OALT=-,-,CA;OMAPALT=A,AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:9:48:47:6:1:7,30,2:1,45,0:0.0212766,0.957447,0:0,12,2:7,18,0:5:1:1,15,0:0,30,0:0:1 chr3 130162395 . A G 700.83 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262326;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3144;QD=56.0667;RBI=0.0497915;REFB=0;REVB=0.0423207;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360064;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:12:34:0:0:15:35:0:0 chr3 130174334 . G A 1156.95 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162649;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.207;QD=60.8919;RBI=0.0163739;REFB=0;REVB=-0.00188587;RO=0;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43812e-05;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:22:54:0:0:22:54:0:0 chr3 130187817 . T C 1152.38 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0170152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.646;QD=56.9075;RBI=0.0339569;REFB=0.00226684;REVB=0.0293863;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225281;STB=0.505238;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.000120832;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:37:41:2:0:37:41:2:1 chr3 130190630 . G A 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6684;QD=60.3737;RBI=0.0327465;REFB=0;REVB=0.0125294;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96612e-05;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:17:57:0:0:17:57:0:0 chr3 130190720 . AT A 116.54 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.130034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.428;QD=12.9486;RBI=0.130913;REFB=0.0405663;REVB=0.0151475;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299453;STB=0.640366;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=-0.016406;OID=.;OPOS=130190721;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.527778:18:36:19:36:17:14:5:8:9:99:14:13:5:5:9 chr3 130286067 . A G 167.38 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0126939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.817;QD=23.0865;RBI=0.0196339;REFB=-0.011963;REVB=0.0149785;RO=12;SAF=15;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282146;STB=0.661538;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0089904;OID=.;OPOS=130286067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:2:15:8:4:2:15:8:4 chr3 130287194 . AGG ACG,A,AG 342.28 PASS AF=0,0,0.925926;AO=2,6,27;DP=52;FAO=0,0,50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,18;FSAR=0,0,32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.11912,-0.0777044,-0.149207;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=9.28943,14.4621,10.9517;QD=25.354;RBI=0.145204,0.0965951,0.186509;REFB=0.103085,0.0349646,0.0596728;REVB=-0.0830352,0.0573816,0.111906;RO=14;SAF=1,2,13;SAR=1,4,14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.221239,0.221239;SSSB=0.322357,0.159998,0.168108;STB=0.5,0.5,0.530793;STBP=1,1,0.148;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0162205,-0.00106987;OID=.,.,.;OPOS=130287195,130287195,130287195;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.925926:2,6,27:52:0,0,50:54:4:0,0,18:0,0,32:3:1:15:14:1,2,13:1,4,14:3:11 chr3 130308840 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTT,ATTTTTTT 110.51 PASS AF=0.125,0.425,0;AO=7,8,7;DP=43;FAO=5,17,0;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=3,8,0;FSAR=2,9,0;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.145717,-0.0813878,0.00419932;FXX=0.0697512;HRUN=7,7,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.55166,16.2182,8.7211;QD=11.0511;RBI=0.221072,0.0816284,0.129969;REFB=-0.0915668,-0.109538,-0.118401;REVB=0.166251,0.00626275,-0.129901;RO=9;SAF=5,2,0;SAR=2,6,7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0.368071;SSEP=0,0,0;SSSB=0.163877,-0.295251,-0.776003;STB=0.57863,0.515134,0.5;STBP=0.744,0.826,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.132138,0.0921845,0;OID=.,.,.;OPOS=130308841,130308847,130308848;OREF=T,TA,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTT,ATTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.425,0:7,8,7:43:5,17,0:40:18:3,8,0:2,9,0:9:9:71:9:5,2,0:2,6,7:5:4 chr3 130325787 . A G 101.42 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0080978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.992;QD=6.87616;RBI=0.0188153;REFB=-0.00643327;REVB=-0.0169836;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202002;STB=0.623998;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0169899;OID=.;OPOS=130325787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:9:6:25:19:9:6:25:19 chr3 130718472 . G A 158.0 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0688353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1282;QD=10.0319;RBI=0.0798735;REFB=-0.0165563;REVB=-0.0405153;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317567;STB=0.671984;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0293487;OID=.;OPOS=130718472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:38:42:21:21:0.333333:11:10:29:9:11:10:31:11 chr3 130852185 . TG CA 398.95 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241455;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.534;QD=56.9934;RBI=0.0242758;REFB=0;REVB=0.00251219;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.22467e-05;OID=.;OPOS=130852185;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr3 131947937 . A G 1193.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017584;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6601;QD=61.1969;RBI=0.0305806;REFB=0;REVB=0.0250195;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44532e-05;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr3 131950716 . G GC 50.16 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.151929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.4224;QD=8.72389;RBI=0.153554;REFB=-0.0924021;REVB=0.0222814;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419633;STB=0.77236;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.112677;OID=.;OPOS=131950717;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:23:11:23:12:6:5:0:12:50:13:5:5:1:12 chr3 132063904 . G A 224.9 PASS AF=0.488889;AO=16;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00988512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.861;QD=19.9912;RBI=0.0111351;REFB=-0.0183035;REVB=0.00512578;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.558229;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0154848;OID=.;OPOS=132063904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:15:23:16:22:0.488889:8:8:6:9:13:9:12:11 chr3 132175141 . TA AT 30.09 PASS AF=0.0742857;AO=13;DP=176;FAO=13;FDP=175;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=87;FSRR=75;FWDB=-0.0241028;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.0497;QD=0.687834;RBI=0.046686;REFB=-0.00907283;REVB=-0.0399829;RO=125;SAF=8;SAR=5;SRF=68;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852898;STB=0.573876;STBP=0.608;TYPE=mnp;VARB=0.195297;OID=.;OPOS=132175141;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:176:175:125:162:13:13:0.0742857:5:8:68:57:5:8:87:75 chr3 132218623 . G T 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.668;QD=62.2773;RBI=0.0160804;REFB=0;REVB=0.00341109;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22824e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr3 132257747 . G A 597.21 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0189518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.626;QD=17.9611;RBI=0.0192052;REFB=-0.0166341;REVB=-0.00310954;RO=70;SAF=40;SAR=22;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26157;STB=0.648548;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0161948;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:71:62:62:0.466165:22:40:26:44:22:40:26:45 chr3 132295809 . G A 159.51 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0365909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3343;QD=17.7234;RBI=0.0634035;REFB=-0.0191474;REVB=0.0517794;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.508886;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0211791;OID=.;OPOS=132295809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:11:6:7:11:11:6:7:12 chr3 132320525 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0709159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.398;QD=26.0262;RBI=0.101095;REFB=-0.010799;REVB=0.0720491;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00146941;OID=.;OPOS=132320525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr3 132322085 . AT A 31.2 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00531825;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.16798;QD=3.46699;RBI=0.06767;REFB=-0.0765319;REVB=-0.0674607;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0.454545;SSEP=0;SSSB=-0.18633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00456251;OID=.;OPOS=132322086;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:34:12:36:24:7:5:14:10:31:19:5:6:12:7 chr3 132337477 . C A 197.87 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0140637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3377;QD=11.4704;RBI=0.0627664;REFB=-0.0219762;REVB=-0.0611705;RO=44;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034746;STB=0.520079;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0485143;OID=.;OPOS=132337477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:11:14:26:18:11:14:26:18 chr3 132360883 . C T 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.002;QD=59.9953;RBI=0.00440712;REFB=0;REVB=-0.0010022;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59309e-06;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr3 132401600 . C T 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0203518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.6698;QD=9.37451;RBI=0.0384808;REFB=-0.00123412;REVB=0.0326585;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911162;STB=0.562544;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00284195;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:11:8:20:20:11:8:21:20 chr3 132409455 . C T 537.46 PASS AF=0.391304;AO=63;DP=163;FAO=63;FDP=161;FR=.;FRO=98;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.0142479;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.497;QD=13.353;RBI=0.0150928;REFB=-0.00342566;REVB=0.00497885;RO=98;SAF=39;SAR=24;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109242;STB=0.561757;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00351912;OID=.;OPOS=132409455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:161:98:98:63:63:0.391304:24:39:51:47:24:39:51:47 chr3 132436901 . AT A 189.06 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.099717;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=11.577;QD=32.8799;RBI=0.204796;REFB=0;REVB=-0.178879;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00192761;OID=.;OPOS=132436902;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:23:23:0:16:7:0:0:4:1:15:5:1:0 chr3 132436967 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.551;QD=57.6805;RBI=0.0770887;REFB=0;REVB=0.0741439;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767566;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr3 133098661 . G C 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0412579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.717;QD=19.3925;RBI=0.0465205;REFB=-0.0201456;REVB=0.0214928;RO=50;SAF=36;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583142;STB=0.524899;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0201195;OID=.;OPOS=133098661;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:52:53:53:0.504762:17:36:31:19:17:36:33:19 chr3 133114893 . C T 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.606;QD=63.2712;RBI=0.0248805;REFB=0;REVB=-0.0152476;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75037e-05;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr3 133329943 . G A 957.45 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000705371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.549;QD=58.9202;RBI=0.0502871;REFB=0;REVB=0.0502821;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05762e-05;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:28:33:0:0:32:33:0:0 chr3 133368362 . T G 1476.08 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.784;QD=57.3234;RBI=0.0553137;REFB=-0.118282;REVB=0.0501465;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.50877;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000381382;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:0:2:101:101:0.980583:45:56:0:0:45:56:2:0 chr3 133465283 . A G 1678.94 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0707732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6075;QD=59.4314;RBI=0.0826403;REFB=-0.0825438;REVB=-0.0426682;RO=1;SAF=54;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871142;STB=0.504586;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00475517;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:58:54:1:0:58:54:1:0 chr3 133474328 . G A 1083.59 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.335;QD=60.1992;RBI=0.0201087;REFB=0;REVB=0.00491019;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.23782e-05;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr3 133483696 . T C 1161.23 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00792524;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.37;QD=55.9628;RBI=0.0176552;REFB=-0.181388;REVB=0.0157764;RO=4;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338838;STB=0.517926;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00066412;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:4:4:79:79:0.951807:31:48:1:3:31:48:1:3 chr3 133485133 . A G 1514.04 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173035;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2111;QD=63.7489;RBI=0.0215724;REFB=0;REVB=0.0128825;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59837e-05;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr3 133494397 . A G 59.37 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0273581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6086;QD=4.09461;RBI=0.0280482;REFB=-0.00682156;REVB=-0.00618315;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080513;STB=0.56883;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0627766;OID=.;OPOS=133494397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:46:48:10:10:0.172414:5:5:26:20:5:5:28:20 chr3 133547245 . G A 81.79 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0316087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1179;QD=8.60941;RBI=0.03422;REFB=-0.00525044;REVB=-0.013111;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973186;STB=0.559889;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0131669;OID=.;OPOS=133547245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:15:12:4:7:15:12 chr3 133547692 . G A 595.19 PASS AF=0.466165;AO=61;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0270383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=17.9003;RBI=0.0271211;REFB=-0.0176063;REVB=0.00211729;RO=71;SAF=37;SAR=24;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152168;STB=0.5876;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0237853;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:71:61:62:0.466165:24:37:32:39:24:38:32:39 chr3 133698349 . C T 1419.89 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500194;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.712;QD=63.1062;RBI=0.0277162;REFB=0;REVB=0.0272611;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53626e-05;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr3 133941320 . C T 308.44 PASS AF=0.402299;AO=33;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0047676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4576;QD=14.181;RBI=0.0201878;REFB=-0.00582603;REVB=0.0196168;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09855;STB=0.537528;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0173077;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:52:52:33:35:0.402299:16:17:22:30:18:17:22:30 chr3 134075522 . A G 1683.31 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.757;QD=58.5501;RBI=0.0345712;REFB=-0.0979245;REVB=-0.0171429;RO=1;SAF=71;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664132;STB=0.502386;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00128897;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:113:113:0.982609:42:71:1:0:42:71:1:1 chr3 134077470 . C G 2541.53 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.014122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.273;QD=59.8007;RBI=0.0187331;REFB=0.0218676;REVB=0.0123084;RO=3;SAF=100;SAR=67;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140611;STB=0.504901;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=1.43644e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:170:170:3:2:167:168:0.988235:67:100:3:0:67:101:2:0 chr3 134278270 . C T 73.82 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00233363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.495;QD=9.8432;RBI=0.0046544;REFB=-0.0121175;REVB=-0.00402711;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.533267;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.023763;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:10:9:5:5:11:9 chr3 134280395 . T A 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.309;QD=61.5347;RBI=0.0234585;REFB=0;REVB=-0.00496539;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00736e-05;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr3 134322163 . C A 263.97 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.00967941;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.65;QD=12.7216;RBI=0.0214311;REFB=-0.0125252;REVB=-0.0191207;RO=53;SAF=14;SAR=17;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247144;STB=0.647776;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0188613;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:52:31:31:0.373494:17:14:36:17:17:14:36:16 chr3 134322742 . A G 286.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0190745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.669;QD=24.38;RBI=0.023857;REFB=-0.00348353;REVB=0.014329;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369017;STB=0.520532;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00225298;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:9:12:16:10:9:12 chr3 134322814 . G C 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0212239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.612;QD=20.0308;RBI=0.0344016;REFB=-0.00607573;REVB=0.0270743;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.563705;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00620329;OID=.;OPOS=134322814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:14:10:13:12:14:10:14:12 chr3 134323156 . A G 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0242334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6191;QD=57.4312;RBI=0.0278014;REFB=-0.0589295;REVB=-0.0136257;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00028715;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:30:37:0:1:30:37:0:1 chr3 134499419 . G A,T 729.19 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253605,-0.046185;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.9733,173.503;QD=56.0919;RBI=0.0334337,0.0485115;REFB=0,0;REVB=-0.0217866,-0.0148428;RO=0;SAF=21,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.20481e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000899047,0.113237;OID=.,.;OPOS=134499419,134499419;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:29,0:21,2:0:0:29,0:21,2:0:0 chr3 134898742 . C T 852.02 PASS AF=0.502924;AO=86;DP=171;FAO=86;FDP=171;FR=.;FRO=85;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0165751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.117;QD=19.9303;RBI=0.0236348;REFB=-0.0229926;REVB=0.0168485;RO=84;SAF=56;SAR=30;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988729;STB=0.558045;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0228334;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:84:85:86:86:0.502924:30:56:46:38:30:56:46:39 chr3 134920337 . G A 440.06 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0115207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.411;QD=17.4282;RBI=0.0180347;REFB=-0.00288154;REVB=0.0138753;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600682;STB=0.52697;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00269512;OID=.;OPOS=134920337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:54:46:47:0.465347:21:25:26:28:22:25:26:28 chr3 135980821 . GC CG,GCG 53.63 PASS AF=0.0222222,0.2;AO=5,17;DP=45;FAO=1,9;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=0,1;FSAR=1,8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0786251,-0.0790815;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=98.5012,93.3432;QD=4.76675;RBI=0.0849264,0.0830055;REFB=-0.00541707,-0.00452683;REVB=-0.0321027,-0.0252198;RO=23;SAF=0,1;SAR=5,16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.681056,-0.644625;STB=0.986987,0.769637;STBP=0.482,0.155;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0615436,0.160572;OID=.,.;OPOS=135980821,135980823;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:45:45:23:35:5,17:1,9:0.0222222,0.2:5,16:0,1:12:11:1,8:0,1:12:23 chr3 136573440 . A G 1252.81 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8055;QD=60.3762;RBI=0.0594264;REFB=-0.061968;REVB=0.021852;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449083;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:1:0:82:83:1:39:43:0:1:40:43:0:0 chr3 136574501 . A G 1460.86 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0930483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8569;QD=57.2886;RBI=0.101836;REFB=-0.217763;REVB=-0.0413835;RO=1;SAF=53;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886705;STB=0.509257;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00429541;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:102:1:2:100:100:0.980392:47:53:1:0:47:53:2:0 chr3 136574578 . T TTAA 896.08 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=74;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00671574;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.271;QD=56.8937;RBI=0.0294835;REFB=-0.0727601;REVB=0.0287084;RO=13;SAF=29;SAR=29;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131689;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=ins;VARB=0.000737233;OID=.;OPOS=136574579;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984127:58:74:62:63:1:29:33:1:0:3:13:29:29:6:7 chr3 136649463 . C T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=56.9983;RBI=0.0121176;REFB=0;REVB=-0.00143293;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48721e-05;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 137786442 . T C 535.7 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0366661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.182;QD=54.9437;RBI=0.0378193;REFB=-0.0407344;REVB=0.00926785;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492024;STB=0.526302;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00438614;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:36:37:0.948718:18:18:0:2:18:19:0:2 chr3 137787046 . G GT 540.39 PASS AF=1;AO=10;DP=66;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257116;FXX=0.163908;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.8224;QD=42.3835;RBI=0.257274;REFB=0;REVB=0.00901189;RO=55;SAF=9;SAR=1;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000152524;OID=.;OPOS=137787047;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:66:51:51:0:38:13:0:0:4:55:9:1:35:20 chr3 137787047 . C G,T 852.96 PASS AF=0.180328,0.819672;AO=11,50;DP=61;FAO=11,50;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=9,31;FSAR=2,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184042,0.0175426;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.111,92.6684;QD=55.9318;RBI=0.0184345,0.018509;REFB=0,0;REVB=0.00105664,0.00590253;RO=0;SAF=9,31;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.23142,-0.00343596;OID=.,.;OPOS=137787047,137787047;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:61:61:0:0:11,50:11,50:0.180328,0.819672:2,19:9,31:0:0:2,19:9,31:0:0 chr3 137787192 . T C 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3706;QD=59.3154;RBI=0.0522707;REFB=0;REVB=0.0336475;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383947;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr3 137787963 . T G 2235.96 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.747;QD=63.4314;RBI=0.0135611;REFB=0;REVB=-0.00316226;RO=0;SAF=82;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63182e-06;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:59:82:0:0:59:82:0:0 chr3 137807259 . G A 1268.56 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281332;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.878;QD=61.8808;RBI=0.0509349;REFB=0;REVB=0.0424604;RO=0;SAF=54;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75641e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:28:54:0:0:28:54:0:0 chr3 137843106 . T C 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00961714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=340.471;QD=52.7019;RBI=0.0148105;REFB=-0.0763627;REVB=0.0112632;RO=2;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361964;STB=0.519223;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00240715;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:25:27:0:2:25:27:0:2 chr3 137843476 . G T 1146.63 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0285465;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.734;QD=58.8016;RBI=0.0285467;REFB=-0.0855904;REVB=0.000102403;RO=1;SAF=47;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996047;STB=0.504949;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0002356;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:74:77:0.987179:27:47:1:0:27:50:1:0 chr3 137850003 . A G 863.68 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021969;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.334;QD=56.6345;RBI=0.0325057;REFB=-0.0511555;REVB=0.023958;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444799;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:61:1:0:60:61:1:28:32:0:1:29:32:0:0 chr3 137880743 . G A 481.6 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000640188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7144;QD=58.3751;RBI=0.0663205;REFB=0;REVB=-0.0663174;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118026;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr3 137881265 . T A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.436;QD=52.7701;RBI=0.0453167;REFB=-0.124965;REVB=0.0276056;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00125295;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr3 138033181 . C T 463.07 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0486599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5092;QD=52.9218;RBI=0.0493002;REFB=-0.0780938;REVB=0.0079203;RO=2;SAF=25;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359281;STB=0.519219;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0443392;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:8:25:2:0:8:25:2:0 chr3 138121692 . C G 508.19 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00894345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2005;QD=26.0611;RBI=0.0113417;REFB=-0.0301457;REVB=0.00697481;RO=31;SAF=32;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10595;STB=0.558002;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0136097;OID=.;OPOS=138121692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:15:32:17:14:15:32:17:14 chr3 138122781 . A G 717.9 PASS AF=0.428571;AO=78;DP=182;FAO=78;FDP=182;FR=.;FRO=104;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=73;FSRR=31;FWDB=-0.00393463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.905;QD=15.7781;RBI=0.00430697;REFB=-0.0181488;REVB=0.00175178;RO=104;SAF=42;SAR=36;SRF=73;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171679;STB=0.595318;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.033403;OID=.;OPOS=138122781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:104:104:78:78:0.428571:36:42:73:31:36:42:73:31 chr3 138187568 . C T 3221.82 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.524;QD=60.789;RBI=0.0167499;REFB=-0.0382493;REVB=0.000238189;RO=2;SAF=116;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000951821;STB=0.5005;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0001152;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:2:2:210:210:0.990566:94:116:1:1:94:116:1:1 chr3 138191232 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.122;QD=44.6898;RBI=0.0210251;REFB=0;REVB=0.00468131;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011271;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr3 138289163 . T C 1153.3 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0195466;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5717;QD=58.395;RBI=0.124083;REFB=-0.254061;REVB=0.122533;RO=2;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286589;STB=0.515148;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00376029;OID=.;OPOS=138289163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:2:2:77:77:0.974684:32:45:0:2:32:45:0:2 chr3 138289221 . C T 1839.19 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.218;QD=61.3063;RBI=0.00257482;REFB=0;REVB=-0.000421461;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59264e-06;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:61:58:0:0:62:58:0:0 chr3 138329862 . G A 912.52 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00264493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.711;QD=55.3043;RBI=0.0359338;REFB=-0.105107;REVB=0.0358363;RO=2;SAF=45;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138293;STB=0.507326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00122281;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:64:64:0.969697:19:45:1:1:19:45:1:1 chr3 138724757 . C G 155.67 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0258079;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1544;QD=9.57988;RBI=0.0299543;REFB=-0.0200026;REVB=0.0152057;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295002;STB=0.680693;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0559668;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:45:44:21:21:0.323077:12:9:31:14:12:9:31:13 chr3 138739617 . A G 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.539;QD=43.4694;RBI=0.0140363;REFB=0;REVB=0.0138831;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103707;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr3 138762707 . C G 673.81 PASS AF=0.59596;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00182047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9619;QD=27.2245;RBI=0.0433146;REFB=-0.0320906;REVB=-0.0432763;RO=39;SAF=40;SAR=18;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142911;STB=0.577751;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0110595;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:39:40:58:59:0.59596:18:40:20:19:19:40:20:20 chr3 138763160 . G A 269.15 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.023601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.444;QD=22.9066;RBI=0.031051;REFB=-0.0133427;REVB=0.0201782;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338799;STB=0.682263;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0120014;OID=.;OPOS=138763160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:19:6:13:8:19:6:13:9 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 1397.32 PASS AF=0,1;AO=19,62;DP=101;FAO=0,97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=0,64;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359837,0.0317546;FXX=0.0490148;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=270.351,283.093;QD=57.6215;RBI=0.0718372,0.0739444;REFB=0,0;REVB=0.0621752,0.0667789;RO=0;SAF=11,40;SAR=8,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000523875;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,62:101:0,97:97:0:0,64:0,33:0:0:8:0:11,40:8,22:0:0 chr3 139102120 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.222;QD=58.4197;RBI=0.0182309;REFB=0;REVB=0.0150295;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7948e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr3 139303248 . G A 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00122608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.648;QD=47.8784;RBI=0.0338808;REFB=-0.00522615;REVB=0.0338586;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.504501;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000527248;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:11:14:1:0:11:14:1:1 chr3 139318241 . A T 1061.43 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.437;QD=58.9684;RBI=0.0315817;REFB=0;REVB=0.0147048;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76094e-05;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:66:72:1:36:30:0:0:40:32:0:0 chr3 139328739 . C T 446.72 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4663;QD=57.6412;RBI=0.177777;REFB=0;REVB=0.156055;RO=0;SAF=26;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370241;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:5:26:0:0:5:26:0:0 chr3 140167536 . A G 1461.97 PASS AF=0.980392;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271915;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.62;QD=57.3323;RBI=0.0272039;REFB=-0.115166;REVB=-0.000820576;RO=2;SAF=47;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197561;STB=0.510415;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000212048;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:100:100:0.980392:53:47:2:0:53:47:2:0 chr3 140401693 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.704;QD=60.6079;RBI=0.0511127;REFB=0;REVB=-0.035779;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000826176;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr3 141162128 . C G 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0189314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.501;QD=20.4853;RBI=0.020141;REFB=-0.0209906;REVB=0.00687472;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0142517;OID=.;OPOS=141162128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:3:8:10:4:3:8 chr3 141162185 . T G 95.17 PASS AF=0.714286;AO=8;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0091656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.641;QD=27.1924;RBI=0.0255385;REFB=-0.0556852;REVB=0.0238371;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426219;STB=0.666295;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00370129;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:14:14:2:2:8:10:0.714286:7:1:2:0:8:2:2:0 chr3 141326602 . T C 382.06 PASS AF=0.394737;AO=43;DP=113;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=0.0114919;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.418;QD=13.4057;RBI=0.0132111;REFB=-0.00706401;REVB=0.00651689;RO=69;SAF=22;SAR=21;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582205;STB=0.532798;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0115508;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:69:69:43:45:0.394737:21:22:39:30:22:23:39:30 chr3 141327474 . G A 163.86 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0352811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3035;QD=10.5717;RBI=0.0353349;REFB=-0.00651694;REVB=0.00194864;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309598;STB=0.695477;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00949942;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:38:40:20:22:0.354839:7:13:14:24:7:15:15:25 chr3 141331222 . G A 1077.49 PASS AF=0.456;AO=114;DP=251;FAO=114;FDP=250;FR=.;FRO=136;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0201206;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6939;QD=17.2398;RBI=0.024716;REFB=-0.0130985;REVB=-0.014354;RO=135;SAF=64;SAR=50;SRF=80;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311806;STB=0.514872;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0146071;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:250:135:136:114:114:0.456:50:64:80:55:50:64:80:56 chr3 141923505 . AC AT,TA 582.85 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565095,0.0506772;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=160.585,124.208;QD=59.7796;RBI=0.0568145,0.0509143;REFB=0,0;REVB=0.00587933,0.00490761;RO=0;SAF=9,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00193288,-0.0304801;OID=.,.;OPOS=141923506,141923505;OREF=C,AC;OALT=T,TA;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:28,1:9,1:0:0:28,1:9,1:0:0 chr3 141932356 . G A 787.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.475;QD=56.2308;RBI=0.0185281;REFB=0;REVB=0.0147933;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223553;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:23:29:0:0:26:30:0:0 chr3 142139172 . T C 216.59 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00274331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.683;QD=14.4392;RBI=0.0105168;REFB=-0.0102576;REVB=0.0101527;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502435;STB=0.519111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00973323;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:25:26:0.433333:10:15:22:12:10:16:22:12 chr3 142168331 . C T 597.05 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0316513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8848;QD=21.1346;RBI=0.0322923;REFB=-0.0127527;REVB=0.00640213;RO=53;SAF=41;SAR=19;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758736;STB=0.541776;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0127437;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:19:41:32:21:19:41:32:21 chr3 142222284 . A G 308.99 PASS AF=0.432099;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00570891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.004;QD=15.2586;RBI=0.0229639;REFB=-0.00822648;REVB=0.022243;RO=46;SAF=14;SAR=20;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198795;STB=0.601341;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0101813;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:46:46:34:35:0.432099:20:14:28:18:20:15:28:18 chr3 142277536 . A G 685.13 PASS AF=0.536;AO=66;DP=124;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0753519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.286;QD=21.9242;RBI=0.0758016;REFB=-0.0267893;REVB=-0.00824516;RO=58;SAF=30;SAR=36;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241812;STB=0.516357;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0204075;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:58:58:66:67:0.536:36:30:28:30:37:30:28:30 chr3 142277575 . A T 571.29 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.000545552;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.759;QD=20.4032;RBI=0.0100555;REFB=-0.0203102;REVB=-0.0100407;RO=54;SAF=28;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336234;STB=0.518512;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0212522;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:54:54:58:58:0.517857:30:28:24:30:30:28:24:30 chr3 142281612 . A G 417.49 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00406709;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.693;QD=32.7439;RBI=0.00616658;REFB=0.00101163;REVB=0.00463523;RO=14;SAF=20;SAR=17;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12665;STB=0.568465;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000750073;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:14:14:37:37:0.72549:17:20:11:3:17:20:11:3 chr3 142392596 . T TC 130.51 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.082553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4532;QD=7.56572;RBI=0.102445;REFB=0.00699856;REVB=-0.0606629;RO=51;SAF=6;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285229;STB=0.609327;STBP=0.214;TYPE=ins;VARB=-0.0196466;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.376812:26:77:26:69:43:6:20:16:27:99:51:6:20:23:28 chr3 142408606 . G A 426.48 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00678845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.705;QD=16.4032;RBI=0.00807111;REFB=-0.00516319;REVB=0.00436574;RO=57;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326235;STB=0.518222;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00963077;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:24:23:26:31:24:23:26:31 chr3 142503605 . G A 597.08 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00235361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.313;QD=15.2122;RBI=0.00915057;REFB=-0.00375811;REVB=-0.0088427;RO=87;SAF=38;SAR=29;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973446;STB=0.557741;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00549503;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:157:87:90:67:67:0.426752:29:38:41:46:29:38:42:48 chr3 142523349 . G A 460.32 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00487083;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.688;QD=23.3073;RBI=0.0219387;REFB=-0.0349639;REVB=-0.0213911;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207172;STB=0.511392;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0242155;OID=.;OPOS=142523349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:25:19:16:19:25:19:16:19 chr3 142524858 . G A 561.82 PASS AF=0.434783;AO=61;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0138373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5237;QD=16.2846;RBI=0.0375125;REFB=-0.000735166;REVB=-0.0348671;RO=77;SAF=37;SAR=24;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364455;STB=0.513509;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.000640407;OID=.;OPOS=142524858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:78:61:60:0.434783:24:37:44:33:24:36:45:33 chr3 142730774 . T G 849.54 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0210059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3813;QD=53.0965;RBI=0.0227177;REFB=0.0241066;REVB=-0.00865121;RO=3;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154529;STB=0.508194;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0270087;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:31:30:2:1:31:30:2:1 chr3 142779294 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.498;QD=62.9815;RBI=0.0106706;REFB=0;REVB=-0.00831749;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18073e-06;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr3 145782812 . T C 752.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0087;QD=56.7749;RBI=0.130307;REFB=0;REVB=0.128689;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138966;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr3 145803138 . T C 453.31 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0720407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0311;QD=54.9461;RBI=0.0743542;REFB=0.0656196;REVB=0.0184034;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00148285;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr3 145803142 . T A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.279;QD=58.1348;RBI=0.0279675;REFB=0;REVB=0.00840018;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96404e-05;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr3 145809661 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.253;QD=59.6789;RBI=0.0252954;REFB=0;REVB=-0.0176234;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10133e-06;OID=.;OPOS=145809661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:26:43:0:0:27:43:0:0 chr3 146177815 . C T 1680.41 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6304;QD=59.4836;RBI=0.0897554;REFB=-0.0765074;REVB=-0.0886983;RO=1;SAF=60;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784784;STB=0.504131;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00022998;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:113:113:1:1:112:112:0.99115:52:60:1:0:52:60:1:0 chr3 146234853 . C T 212.77 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0267575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.976;QD=20.2636;RBI=0.026778;REFB=-0.0274763;REVB=-0.0010472;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222277;OID=.;OPOS=146234853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:13:8:8:13:13:8 chr3 146289323 . T C 156.93 PASS AF=0.64;AO=12;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0529785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1672;QD=25.1087;RBI=0.0560097;REFB=-0.0130597;REVB=0.018176;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.018172;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:9:9:12:16:0.64:6:6:5:4:9:7:5:4 chr3 148459395 . C T 288.83 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0547526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1593;QD=21.3944;RBI=0.062476;REFB=-0.0512625;REVB=-0.0300899;RO=22;SAF=26;SAR=4;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499613;STB=0.56517;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0374464;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:22:24:30:30:0.555556:4:26:19:3:4:26:19:5 chr3 148459988 . A C 170.22 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00588857;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.915;QD=15.1308;RBI=0.00828023;REFB=-0.00671541;REVB=-0.00582125;RO=27;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428487;STB=0.751898;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00988261;OID=.;OPOS=148459988;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:27:18:18:0.4:3:15:13:14:3:15:13:14 chr3 148460467 . C A 2268.24 PASS AF=0.97973;AO=145;DP=148;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0261966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.396;QD=61.3037;RBI=0.0399926;REFB=-0.0508335;REVB=0.0302184;RO=3;SAF=64;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172848;STB=0.50909;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000709274;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:148:148:3:3:145:145:0.97973:81:64:0:3:81:64:0:3 chr3 148460700 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.126;QD=39.2068;RBI=0.0452356;REFB=0;REVB=-0.0108346;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956627;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr3 148562310 . G A 197.41 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0167219;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.152;QD=14.6228;RBI=0.0234767;REFB=-0.0139201;REVB=-0.0164783;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112676;STB=0.554408;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0153062;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:31:23:23:0.425926:9:14:16:16:9:14:16:15 chr3 148597612 . C T 885.05 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.624;QD=58.0357;RBI=0.0291199;REFB=0;REVB=-0.00962644;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87226e-05;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr3 148727133 . G A 219.21 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0137428;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.413;QD=17.1928;RBI=0.0151906;REFB=-0.0142673;REVB=-0.00647212;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564863;STB=0.531888;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0142385;OID=.;OPOS=148727133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:13:14:11:13:13:14 chr3 148759325 . T C 289.92 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0210178;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7432;QD=25.2102;RBI=0.0217093;REFB=-0.0483292;REVB=0.00543566;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100651;STB=0.555707;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0382813;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:14:6:11:15:14:6 chr3 148786108 . C T 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.237;QD=60.3762;RBI=0.0402848;REFB=0;REVB=-0.0401304;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18286e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr3 148863151 . A G 179.71 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0071987;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.433;QD=14.9762;RBI=0.0186203;REFB=-0.0110231;REVB=-0.0171725;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842517;STB=0.557463;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0182603;OID=.;OPOS=148863151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:17:11:9:10:18:11 chr3 148895648 . G A 884.95 PASS AF=0.454545;AO=95;DP=208;FAO=95;FDP=209;FR=.;FRO=114;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.0297016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3218;QD=16.9368;RBI=0.0307135;REFB=-0.00295758;REVB=-0.00781854;RO=112;SAF=51;SAR=44;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986952;STB=0.500962;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00454017;OID=.;OPOS=148895648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:112:114:95:95:0.454545:44:51:59:53:44:51:61:53 chr3 148916235 . T A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0024285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.925;QD=60.5092;RBI=0.0228754;REFB=-0.0806982;REVB=-0.0227461;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00396749;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:25:20:0:0:25:20:1:0 chr3 149051067 . T C 290.78 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0022887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.001;QD=16.6162;RBI=0.00287237;REFB=-3.81551e-05;REVB=-0.00173562;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160752;STB=0.597764;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000112937;OID=.;OPOS=149051067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:38:32:32:0.457143:20:12:20:17:20:12:21:17 chr3 149093238 . A G 990.79 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.539;QD=59.1516;RBI=0.0350375;REFB=0;REVB=0.0347376;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.095e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:25:42:0:0 chr3 149238595 . C A,CTTAA 293.98 PASS AF=0.0795455,0.318182;AO=8,26;DP=91;FAO=7,28;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=5,18;FSAR=2,10;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0161516,-0.00295751;FXX=0.0112347;HRUN=1,0;LEN=1,4;MLLD=169.679,139.489;QD=13.3625;RBI=0.0256549,0.00389428;REFB=-0.000172649,-0.0145077;REVB=-0.0199324,0.00253349;RO=55;SAF=6,17;SAR=2,9;SRF=25;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.351847,0.23311;STB=0.740076,0.63707;STBP=0.204,0.056;TYPE=snp,ins;VARB=0.0370491,0.0317851;OID=.,.;OPOS=149238595,149238596;OREF=C,-;OALT=A,TTAA;OMAPALT=A,CTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:91:88:55:53:8,26:7,28:0.0795455,0.318182:2,9:6,17:25:30:2,10:5,18:23:30 chr3 149374873 . G T 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00923062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.747;QD=16.6084;RBI=0.0114388;REFB=-0.00767462;REVB=0.00675585;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0076244;OID=.;OPOS=149374873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:12:9:8:9:12:9 chr3 149459341 . A G 1449.05 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321785;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4699;QD=58.5474;RBI=0.0344411;REFB=0;REVB=0.0122774;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157344;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:96:99:1:46:50:0:0:46:53:0:0 chr3 149459413 . C T 640.26 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00699619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.075;QD=20.6534;RBI=0.0199252;REFB=-0.0128073;REVB=-0.0186566;RO=59;SAF=33;SAR=31;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530612;STB=0.532851;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.013392;OID=.;OPOS=149459413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:31:33:34:25:31:33:35:25 chr3 149469159 . C G 314.93 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00419885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7805;QD=19.9955;RBI=0.0343534;REFB=0.0133252;REVB=0.0340958;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656869;STB=0.536492;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0115097;OID=.;OPOS=149469159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:19:14:15:15:19:14:15:15 chr3 149479301 . C T 445.81 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0116847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.774;QD=13.9315;RBI=0.0167534;REFB=-0.00489608;REVB=-0.012006;RO=77;SAF=28;SAR=23;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241633;STB=0.513642;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.009456;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:23:28:44:33:23:28:44:33 chr3 149485531 . A C 400.04 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.000652077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.889;QD=15.8432;RBI=0.00844667;REFB=-0.00521538;REVB=0.00842147;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656011;STB=0.534638;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00622997;OID=.;OPOS=149485531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:57:43:44:0.435644:21:22:25:31:22:22:25:32 chr3 149678534 . C T 905.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.533;QD=56.6152;RBI=0.020904;REFB=-0.0789307;REVB=0.0162065;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00051913;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:21:42:0:0:21:42:0:1 chr3 150280445 . C G,T 684.52 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=42,2;DP=44;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039813,0.0362824;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.3662,13.9295;QD=62.2294;RBI=0.0449455,0.0468221;REFB=0,0;REVB=0.0208572,-0.0295956;RO=0;SAF=22,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00352337,0.0791629;OID=.,.;OPOS=150280445,150280445;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:0:0:42,2:43,1:0.977273,0.0227273:20,2:22,0:0:0:21,1:22,0:0:0 chr3 150403635 . T C 505.83 PASS AF=0.5;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00671335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.818;QD=20.2332;RBI=0.0667824;REFB=-0.0108527;REVB=0.0664441;RO=50;SAF=25;SAR=23;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148103;STB=0.589965;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0129186;OID=.;OPOS=150403635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:50:50:48:50:0.5:23:25:34:16:25:25:34:16 chr3 150403749 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1948;QD=60.2287;RBI=0.0780148;REFB=0;REVB=-0.056351;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61172e-05;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr3 150421419 . G A 666.08 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0856892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.849;QD=57.9197;RBI=0.0912296;REFB=-0.114299;REVB=0.0313083;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.521729;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00190808;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:22:22:1:0:22:22:2:0 chr3 150690439 . T A 230.15 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0234386;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.183;QD=21.9191;RBI=0.0294033;REFB=-0.033859;REVB=-0.0177535;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206658;STB=0.616329;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.033593;OID=.;OPOS=150690439;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:9:11:7:15:9:11 chr3 151112568 . G A 119.79 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0222775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=7.9862;RBI=0.0673653;REFB=-0.00434471;REVB=-0.0635751;RO=43;SAF=6;SAR=11;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319137;STB=0.691212;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0125791;OID=.;OPOS=151112568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:11:6:27:16:11:6:27:16 chr3 151150645 . AT ATA,TA 32.83 PASS AF=0.122807,0.0175439;AO=8,2;DP=57;FAO=7,1;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4,1;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0426072,-0.0430376;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=128.966,135.423;QD=2.30405;RBI=0.0426517,0.0433001;REFB=-0.00194733,-0.00148571;REVB=0.00194735,0.00476066;RO=47;SAF=4,1;SAR=4,1;SRF=24;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0128732,-0.00812601;STB=0.571225,0.990184;STBP=0.75,0.488;TYPE=ins,mnp;VARB=0.126938,0.116422;OID=.,.;OPOS=151150647,151150645;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:57:47:49:8,2:7,1:0.122807,0.0175439:4,1:4,1:24:23:3,0:4,1:24:25 chr3 151154666 . T C 641.96 PASS AF=0.52459;AO=64;DP=122;FAO=64;FDP=122;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0176923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.694;QD=21.0479;RBI=0.0337474;REFB=-0.0125929;REVB=0.0287379;RO=58;SAF=43;SAR=21;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348451;STB=0.519123;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0104371;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:58:64:64:0.52459:21:43:41:17:21:43:41:17 chr3 151155758 . A C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0144136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.418;QD=19.173;RBI=0.0442146;REFB=-0.00993268;REVB=0.0417993;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152189;STB=0.508469;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00945587;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:14:18:18:15:14:18 chr3 151161428 . T C 309.21 PASS AF=0.380435;AO=29;DP=86;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0155453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.977;QD=13.4438;RBI=0.0265252;REFB=-0.0362565;REVB=0.0214926;RO=57;SAF=20;SAR=9;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525743;STB=0.570737;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0533615;OID=.;OPOS=151161428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:57:57:29:35:0.380435:9:20:37:20:9:26:37:20 chr3 151165678 . T C 490.44 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021604;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.889;QD=59.4477;RBI=0.0257115;REFB=0;REVB=0.013941;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148695;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr3 151166422 . C T 747.16 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.245;QD=63.5878;RBI=0.0467861;REFB=0;REVB=0.0199004;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58278e-05;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr3 151171439 . A C 983.59 PASS AF=0.96;AO=62;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00258167;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.99;QD=52.4583;RBI=0.0235184;REFB=-0.104214;REVB=0.0233763;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516125;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00107718;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:75:0:3:62:72:0.96:25:37:0:0:27:45:3:0 chr3 151171542 . A G 790.33 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228136;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.016;QD=64.5164;RBI=0.0324734;REFB=0;REVB=0.0231098;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242347;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr3 151283691 . C A 1069.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.782;QD=59.3953;RBI=0.0646208;REFB=0;REVB=0.0424981;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201184;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:31:41:0:0 chr3 151463421 . G T 560.18 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00313864;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.322;QD=23.1001;RBI=0.0141917;REFB=-0.00337455;REVB=0.0138403;RO=46;SAF=30;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00877464;STB=0.500406;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245785;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:46:45:52:52:0.536082:22:30:27:19:22:30:26:19 chr3 151986434 . GCC GC,GCG 898.73 PASS AF=0.652174,0.282609;AO=14,26;DP=93;FAO=60,26;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=23,26;FSAR=37,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0623583,-0.0461365;FXX=0.0107515;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.4367,192.259;QD=39.0752;RBI=0.835639,0.0478934;REFB=-0.00108214,0.0126067;REVB=0.833309,0.0128532;RO=43;SAF=12,26;SAR=2,0;SRF=9;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.691522,0.866703;STB=0.557673,0.5;STBP=0.006,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0378943,0.0854238;OID=.,.;OPOS=151986435,151986436;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.652174,0.282609:14,26:93:60,26:92:6:23,26:37,0:6:0:99:43:12,26:2,0:9:34 chr3 152181040 . T C 37.25 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.035856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.457;QD=9.93213;RBI=0.0469175;REFB=-0.013705;REVB=-0.0302588;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272394;STB=0.5996;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0324449;OID=.;OPOS=152181040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:16:15:8:9:4:5:0.333333:3:1:4:4:2:3:4:5 chr3 152554357 . A G 461.6 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.00923312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.163;QD=14.6541;RBI=0.00951624;REFB=-0.0175125;REVB=0.00230398;RO=74;SAF=26;SAR=26;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140997;STB=0.507933;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0258921;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:26:26:38:36:26:26:38:36 chr3 152555521 . CTTTG C 194.59 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0141875;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=4;MLLD=258.767;QD=17.2972;RBI=0.0156985;REFB=-0.0229677;REVB=0.00671988;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688945;STB=0.533308;STBP=0.609;TYPE=del;VARB=0.0195924;OID=.;OPOS=152555522;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:25:47:26:45:19:13:13:11:8:99:17:13:12:9:8 chr3 152852044 . C T 169.9 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00207733;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.313;QD=22.6537;RBI=0.0678854;REFB=0.00302805;REVB=0.0678536;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.537506;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0010884;OID=.;OPOS=152852044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:9:8:5:7:9:8:5:8 chr3 152852067 . C T 178.79 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0180502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.505;QD=17.028;RBI=0.0613139;REFB=-0.0269086;REVB=0.0585968;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0475316;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:10:13:11:8:10:13 chr3 152852070 . T C 651.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.375;QD=62.0857;RBI=0.0472952;REFB=0;REVB=0.0298768;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109576;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr3 152852188 . T C 1086.4 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801554;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.717;QD=60.3553;RBI=0.0190573;REFB=0;REVB=0.0172897;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11597e-05;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr3 152881396 . T G 55.27 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0187977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.534;QD=9.61222;RBI=0.0387489;REFB=-0.0309101;REVB=-0.033884;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0273443;OID=.;OPOS=152881396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:23:13:14:7:9:0.391304:1:6:10:3:1:8:11:3 chr3 152881453 . CT TC,TT 52.72 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=3,3;DP=8;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185408,0.00923923;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.875,268.245;QD=23.4292;RBI=0.0185408,0.00923923;REFB=-0.0923433,0.0148748;REVB=0,0;RO=1;SAF=3,3;SAR=0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000787369,-0.00877292;OID=.,.;OPOS=152881453,152881453;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:8:9:1:0:3,3:6,3:0.666667,0.333333:0,0:3,3:1:0:0,0:6,3:0:0 chr3 152883036 . G A 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00898547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.293;QD=8.84619;RBI=0.00908709;REFB=-0.0099055;REVB=0.00135523;RO=38;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381979;STB=0.733548;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0176007;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:13:3:18:20:13:3:18:20 chr3 152885599 . A T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.365;QD=62.9829;RBI=0.0320713;REFB=0;REVB=0.015752;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02123e-05;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr3 152885818 . G A 487.94 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00295446;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.512;QD=26.3752;RBI=0.0263656;REFB=-0.0333867;REVB=0.0261996;RO=28;SAF=27;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465483;STB=0.533318;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0144711;OID=.;OPOS=152885818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:28:29:45:45:0.608108:18:27:15:13:18:27:15:14 chr3 152917590 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0109072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.389;QD=11.8146;RBI=0.0139824;REFB=-0.00955051;REVB=-0.00874871;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299035;STB=0.679313;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0148107;OID=.;OPOS=152917590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:11:12:10:3:11:12 chr3 153202348 . G A 261.79 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.052495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.549;QD=17.1667;RBI=0.0560147;REFB=-0.0197112;REVB=0.0195428;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167668;STB=0.594073;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0202338;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:19:13:17:12:19:13 chr3 153725166 . G A 1138.92 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00249208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.855;QD=59.1648;RBI=0.0165539;REFB=0.0388091;REVB=-0.0163652;RO=1;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012618;STB=0.506665;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-2.08527e-05;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:37:39:0:1:37:39:0:1 chr3 153725172 . C G,T 1241.53 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=3,79;DP=82;FAO=2,80;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201483,-0.0292556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.9487,64.2373;QD=60.5627;RBI=0.0781451,0.0565816;REFB=0,0;REVB=-0.075503,-0.0484313;RO=0;SAF=0,42;SAR=3,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.162829,-0.000127302;OID=.,.;OPOS=153725172,153725172;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:82:0:0:3,79:2,80:0.0243902,0.97561:3,37:0,42:0:0:2,38:0,42:0:0 chr3 153725251 . T C 1594.19 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2937;QD=58.5022;RBI=0.0331846;REFB=-0.110177;REVB=-0.00785397;RO=1;SAF=60;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784535;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000858302;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:109:1:1:107:108:0.990826:47:60:1:0:47:61:1:0 chr3 153839866 . G C 2668.61 PASS AF=0.967033;AO=175;DP=182;FAO=176;FDP=182;FR=.;FRO=6;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0245504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.082;QD=58.6507;RBI=0.0263931;REFB=-0.0540226;REVB=0.00968906;RO=6;SAF=85;SAR=90;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114125;STB=0.50587;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00135237;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:182:182:6:6:175:176:0.967033:90:85:4:2:90:86:4:2 chr3 153839959 . CT TC 803.32 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00523908;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=62.8465;QD=55.4011;RBI=0.033578;REFB=-0.042637;REVB=-0.0331667;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=mnp;VARB=0.002457;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr3 153998374 . CTTTTTTTA CTTTTTT,CTTTTTTA 34.41 PASS AF=0,0.625;AO=2,6;DP=15;FAO=0,10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=0,7;FSAR=0,3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0377399,-0.124562;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=207.739,7.99629;QD=8.60163;RBI=0.0383553,0.214733;REFB=-0.00452151,-0.109926;REVB=0.006843,0.174913;RO=6;SAF=2,4;SAR=0,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658493,0.275357;STB=0.5,0.583159;STBP=1,0.398;TYPE=del,del;VARB=0,0.0857902;OID=.,.;OPOS=153998381,153998375;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.625:2,6:15:0,10:16:6:0,7:0,3:3:3:21:6:2,4:0,2:2:4 chr3 154018887 . G C 425.32 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.927;QD=56.7091;RBI=0.0560998;REFB=0;REVB=0.021681;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123597;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr3 154878158 . GA G 405.92 PASS AF=0.445545;AO=43;DP=103;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00262498;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.124;QD=16.0758;RBI=0.00935439;REFB=-0.00836278;REVB=-0.00897854;RO=55;SAF=30;SAR=13;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287978;STB=0.635074;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0116387;OID=.;OPOS=154878159;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.445545:43:103:45:101:56:30:15:24:32:99:55:30:13:23:32 chr3 155200562 . C T 881.0 PASS AF=0.529762;AO=85;DP=169;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=63;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0106517;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1386;QD=20.9761;RBI=0.0222988;REFB=-0.00990283;REVB=-0.0195903;RO=75;SAF=59;SAR=26;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115403;STB=0.567379;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0143384;OID=.;OPOS=155200562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:75:79:85:89:0.529762:26:59:43:32:26:63:46:33 chr3 155241740 . A G 925.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905305;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.947;QD=58.7866;RBI=0.011119;REFB=0;REVB=-0.00645551;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528926;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr3 155485302 . C T 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.248;QD=62.0124;RBI=0.0649682;REFB=0;REVB=0.0249673;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342291;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr3 156249214 . T C 278.41 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=0.0253284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1348;QD=11.6003;RBI=0.0264424;REFB=-0.00841543;REVB=0.00759426;RO=62;SAF=16;SAR=17;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162753;STB=0.597932;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0174722;OID=.;OPOS=156249214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:33:33:0.34375:17:16:39:23:17:16:40:23 chr3 156266765 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0204682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.322;QD=21.5108;RBI=0.021204;REFB=-0.0160093;REVB=0.00553732;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818149;STB=0.545803;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00953714;OID=.;OPOS=156266765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:12:3:5:13:12:3 chr3 156266774 . C T 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00647974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7588;QD=15.1946;RBI=0.0419463;REFB=-0.00683083;REVB=-0.0414428;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103828;STB=0.549925;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00874923;OID=.;OPOS=156266774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:3:11:12:5:3:11:13:5 chr3 156544584 . C T 1593.56 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293347;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.713;QD=59.0207;RBI=0.0300897;REFB=-0.0125407;REVB=-0.00669794;RO=3;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312564;STB=0.505375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000382817;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:3:1:105:107:0.990741:44:61:0:3:46:61:0:1 chr3 156763370 . G A 388.02 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00316939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.677;QD=26.7599;RBI=0.0435282;REFB=-0.00230716;REVB=-0.0434126;RO=21;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481275;STB=0.526301;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00135858;OID=.;OPOS=156763370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:15:22:11:10:15:22:11:10 chr3 156871332 . C A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00664178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.243;QD=21.4744;RBI=0.0103307;REFB=-0.018942;REVB=0.00791265;RO=25;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169304;STB=0.594033;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0215462;OID=.;OPOS=156871332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:10:21:12:13:10:21:12:13 chr3 156877276 . CAA C,CGA 342.32 PASS AF=0.58,0.02;AO=28,2;DP=50;FAO=29,1;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13,0;FSAR=16,1;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0232856,-0.107865;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=202.514,71.8133;QD=27.3858;RBI=0.0298198,0.112112;REFB=-0.0244839,0.00296736;REVB=0.0186279,-0.0305655;RO=19;SAF=12,1;SAR=16,1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.259679,-0.322878;STB=0.640792,0.995261;STBP=0.019,0.093;TYPE=del,snp;VARB=0.0171095,0.077307;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.58,0.02:28,2:50:29,1:50:20:13,0:16,1:16:4:99:19:12,1:16,1:15:4 chr3 156983414 . T C 462.39 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.0184844;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.276;QD=16.2244;RBI=0.0187494;REFB=-0.0247622;REVB=-0.00314154;RO=59;SAF=31;SAR=20;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316229;STB=0.502702;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.027098;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:63:51:51:0.447368:20:31:34:25:20:31:38:25 chr3 157081324 . A G 616.37 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0161248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0542;QD=23.7064;RBI=0.0229867;REFB=-0.0205088;REVB=0.0163823;RO=43;SAF=31;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286257;STB=0.507053;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0139795;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:44:59:60:0.576923:28:31:21:22:29:31:22:22 chr3 157155314 . C A 246.63 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.000331534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.354;QD=11.3393;RBI=0.0120206;REFB=-8.1168e-06;REVB=-0.0120161;RO=56;SAF=17;SAR=13;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026036;STB=0.508204;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-4.88585e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:57:30:30:0.344828:13:17:33:23:13:17:33:24 chr3 157161190 . CAAAAAAAA CAAAAAAAAT,CAAAAAAA,CAAAAAAAT 160.2 PASS AF=0.377778,0.0888889,0;AO=8,13,6;DP=46;FAO=17,4,0;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10,2,0;FSAR=7,2,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.011469,-0.234004,-0.0268153;FXX=0.0217344;HRUN=0,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=113.254,6.03163,112.216;QD=14.2399;RBI=0.0128206,0.29266,0.0351561;REFB=-0.00609504,-0.179897,-0.0200747;REVB=0.00572968,-0.17576,-0.0227353;RO=13;SAF=6,7,3;SAR=2,6,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.241788,0,-0.0414775;STB=0.502955,0.57108,0.5;STBP=0.99,0.818,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0192132,0.0877353,0.0571266;OID=.,.,.;OPOS=157161199,157161191,157161198;OREF=-,A,A;OALT=T,-,T;OMAPALT=CAAAAAAAAT,CAAAAAAA,CAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778,0.0888889,0:8,13,6:46:17,4,0:45:24:10,2,0:7,2,0:14:10:99:13:6,7,3:2,6,3:7:6 chr3 157815088 . G A 1152.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6388;QD=60.6753;RBI=0.0499841;REFB=0;REVB=0.0440701;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87807e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:24:51:0:0:25:51:0:0 chr3 157815217 . A T 505.72 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1941;QD=53.2334;RBI=0.119857;REFB=0;REVB=0.0681316;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385336;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:38:3:0:32:38:1:18:14:3:0:20:18:0:0 chr3 158952315 . C A 772.09 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000487143;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.524;QD=57.1915;RBI=0.0246064;REFB=0;REVB=0.0246016;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102738;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 159744438 . C T 260.55 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=66;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=0.0324512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.758;QD=14.475;RBI=0.0377959;REFB=-0.0515184;REVB=-0.0193764;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248731;STB=0.514009;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0317086;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:40:42:25:30:0.416667:8:17:28:12:8:22:30:12 chr3 159744440 . C T 276.31 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0293077;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1369;QD=15.5665;RBI=0.0296513;REFB=-0.00486921;REVB=-0.00450144;RO=40;SAF=23;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528519;STB=0.529934;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00717826;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:8:23:28:12:8:23:28:12 chr3 160151452 . CAAAAAATG AAAAAAATG,CAAAAATG,CAAAAATGA 33.3 PASS AF=0,0.290909,0;AO=2,20,2;DP=55;FAO=0,16,0;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=0,4,0;FSAR=0,12,0;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00911488,0.192999,0.0496898;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,3;MLLD=222.954,8.39233,30.4024;QD=2.42216;RBI=0.0205714,0.195454,0.0528032;REFB=0.00108803,-0.112311,-0.0171706;REVB=-0.0184418,0.0308813,-0.0178634;RO=27;SAF=1,5,0;SAR=1,15,2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0.335294,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.121485,-0.391503,-0.535538;STB=0.5,0.742813,0.5;STBP=1,0.029,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.186254,0;OID=.,.,.;OPOS=160151452,160151453,160151458;OREF=C,A,ATG;OALT=A,-,TGA;OMAPALT=AAAAAAATG,CAAAAATG,CAAAAATGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:55:55:27:39:2,20,2:0,16,0:0,0.290909,0:1,15,2:1,5,0:17:10:0,12,0:0,4,0:23:16 chr3 160414759 . G A 538.55 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=131;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.0118968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.274;QD=16.1969;RBI=0.0355752;REFB=-0.0155365;REVB=-0.033527;RO=73;SAF=35;SAR=23;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117105;STB=0.570649;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0197016;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:73:75:58:58:0.43609:23:35:52:21:23:35:54:21 chr3 160436316 . A G 453.39 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0336846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9453;QD=19.7126;RBI=0.0522722;REFB=-0.0149234;REVB=0.0399716;RO=47;SAF=26;SAR=19;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782978;STB=0.543383;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0125178;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:19:26:31:16:19:26:31:16 chr3 160939775 . TT AA,TA 193.14 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=4,13;DP=17;FAO=3,14;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139471,-0.013824;FXX=0;HRUN=30,30;LEN=2,1;MLLD=13.5638,21.44;QD=45.4458;RBI=0.0195481,0.0369583;REFB=0,0;REVB=0.0136969,0.0342756;RO=0;SAF=0,5;SAR=4,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000827861,-0.0040043;OID=.,.;OPOS=160939775,160939776;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:17:17:0:0:4,13:3,14:0.176471,0.823529:4,8:0,5:0:0:3,9:0,5:0:0 chr3 160967354 . G A 476.28 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0157893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1656;QD=18.6777;RBI=0.0464879;REFB=-0.0320896;REVB=-0.0437244;RO=49;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00913111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0167024;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:52:50:50:0.490196:25:25:24:25:25:25:26:26 chr3 161062631 . T C 351.9 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00711652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.386;QD=15.6401;RBI=0.0113423;REFB=-0.017441;REVB=0.00883196;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566027;STB=0.537364;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0230696;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:52:38:38:0.422222:20:18:27:24:20:18:28:24 chr3 161062848 . G A 269.2 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0211294;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.499;QD=16.3149;RBI=0.0211722;REFB=-0.0128574;REVB=-0.00134622;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11865;STB=0.566622;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.017958;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:36:30:30:0.454545:13:17:15:19:13:17:16:20 chr3 161221705 . A C 347.17 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0209846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4623;QD=27.7732;RBI=0.0252449;REFB=0.00317252;REVB=0.014034;RO=19;SAF=22;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129189;STB=0.564058;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00118734;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:8:22:11:8:8:22:12:8 chr3 164697153 . T C 304.83 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0144856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.738;QD=12.701;RBI=0.0587916;REFB=-0.00980388;REVB=0.0569791;RO=61;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110654;STB=0.563428;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0232283;OID=.;OPOS=164697153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:16:19:27:34:16:19:27:34 chr3 164714532 . C T 1690.18 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916542;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9595;QD=60.3634;RBI=0.0113246;REFB=0;REVB=-0.00665141;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45979e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:62:49:0:0:63:49:0:0 chr3 164730804 . T C 506.86 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0160881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4609;QD=23.0392;RBI=0.017001;REFB=-0.0100015;REVB=-0.00549617;RO=40;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241729;STB=0.51329;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00830941;OID=.;OPOS=164730804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:25:23:18:22:25:23:18:22 chr3 164764719 . C A 1022.1 PASS AF=0.507692;AO=99;DP=195;FAO=99;FDP=195;FR=.;FRO=96;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=0.0173984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.504;QD=20.9661;RBI=0.021669;REFB=-0.00809132;REVB=-0.0129166;RO=96;SAF=56;SAR=43;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064336;STB=0.535263;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0063733;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:96:96:99:99:0.507692:43:56:61:35:43:56:61:35 chr3 164773057 . G A 206.64 PASS AF=0.442308;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0147615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.481;QD=15.8957;RBI=0.0232125;REFB=-0.0290374;REVB=-0.0179142;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370558;STB=0.527508;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0287177;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:29:22:23:0.442308:8:14:19:0:9:14:19:10 chr3 164783165 . T C 577.67 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0173787;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.769;QD=19.9196;RBI=0.0185854;REFB=0.00197456;REVB=-0.00658763;RO=57;SAF=31;SAR=28;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322032;STB=0.517752;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00225779;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:57:57:59:59:0.508621:28:31:32:25:28:31:32:25 chr3 164793758 . C A 1023.34 PASS AF=0.444898;AO=99;DP=235;FAO=109;FDP=245;FR=.;FRO=136;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=73;FWDB=-0.00862106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.219;QD=16.7075;RBI=0.0148513;REFB=-0.0137495;REVB=-0.0120929;RO=133;SAF=47;SAR=52;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109637;STB=0.522943;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0186342;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:245:133:136:99:109:0.444898:52:47:63:70:54:55:63:73 chr3 164905688 . G A 393.34 PASS AF=0.533333;AO=36;DP=71;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0183876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.366;QD=20.9784;RBI=0.0240334;REFB=-0.026044;REVB=-0.0154757;RO=34;SAF=28;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310659;STB=0.624285;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0181448;OID=.;OPOS=164905688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:34:35:36:40:0.533333:8:28:16:18:11:29:17:18 chr3 164906806 . T C 162.76 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0285787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2855;QD=10.8504;RBI=0.0368654;REFB=-0.0218659;REVB=-0.0232876;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176527;STB=0.603101;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0391838;OID=.;OPOS=164906806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:13:8:21:18:13:8:21:18 chr3 166900401 . C G 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0063703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3486;QD=19.8463;RBI=0.0885114;REFB=-0.0313716;REVB=-0.0882818;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207806;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0290734;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:9:6:8:4:9:6:8:5 chr3 166966436 . C T 828.86 PASS AF=0.366667;AO=98;DP=262;FAO=99;FDP=270;FR=.;FRO=171;FSAF=58;FSAR=41;FSRF=115;FSRR=56;FWDB=-0.00778257;FXX=0.0036899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.5;QD=12.2794;RBI=0.00779683;REFB=-0.00918101;REVB=0.000471342;RO=163;SAF=57;SAR=41;SRF=108;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938547;STB=0.557658;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0190798;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:270:163:171:98:99:0.366667:41:57:108:55:41:58:115:56 chr3 167000256 . G C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0049657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.265;QD=21.1302;RBI=0.0172368;REFB=-0.0117276;REVB=0.0165061;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221279;STB=0.624106;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0116608;OID=.;OPOS=167000256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:14:7:13:9:14:7 chr3 167051726 . A G 439.09 PASS AF=0.451327;AO=48;DP=109;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0128957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3679;QD=15.5429;RBI=0.0129357;REFB=-0.0110047;REVB=-0.00101601;RO=60;SAF=33;SAR=15;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788907;STB=0.529663;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0172267;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:60:62:48:51:0.451327:15:33:37:23:18:33:37:25 chr3 167077691 . T A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.369;QD=61.0492;RBI=0.0165011;REFB=0;REVB=0.00766698;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63335e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr3 167159980 . A G 91.5 PASS AF=0.909091;AO=6;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0484177;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=72.9753;QD=33.2717;RBI=0.090753;REFB=0.113984;REVB=0.0767582;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57128;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.00327765;OID=.;OPOS=167159980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:0:1:6:10:0.909091:0:6:0:0:3:7:0:1 chr3 167164187 . A G 1866.54 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.514;QD=60.211;RBI=0.0500033;REFB=-0.0451013;REVB=0.0374551;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785219;STB=0.504132;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000118487;OID=.;OPOS=167164187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:1:1:122:123:0.991935:60:62:0:1:60:63:0:1 chr3 167167186 . T A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.131;QD=58.4194;RBI=0.0176821;REFB=0;REVB=0.0171798;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70011e-05;OID=.;OPOS=167167186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:23:40:0:0:23:40:0:0 chr3 167184877 . CT C,CC 1008.15 PASS AF=1,0;AO=27,40;DP=68;FAO=67,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272446,-0.0676145;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.835,150.348;QD=60.1883;RBI=0.0813098,0.156646;REFB=0,0;REVB=-0.0766095,-0.141302;RO=0;SAF=26,15;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000229603,0;OID=.,.;OPOS=167184878,167184878;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,40:68:67,0:67:0:41,0:26,0:0:0:5:0:26,15:1,25:0:0 chr3 167217960 . C T 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1574;QD=57.4351;RBI=0.0497049;REFB=0.14152;REVB=-0.0482839;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00139314;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:32:35:0:0:32:35:1:0 chr3 167217964 . A G 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00027925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.681;QD=60.3736;RBI=0.00711289;REFB=0;REVB=0.00710741;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74974e-06;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr3 168538993 . A G 1527.35 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.29;QD=59.896;RBI=0.0496898;REFB=0;REVB=0.0348923;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13287e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:102:0:0:95:102:1:42:53:0:0:43:59:0:0 chr3 168546914 . C T 1569.02 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0318402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.281;QD=57.5787;RBI=0.0372395;REFB=-0.148492;REVB=0.0193128;RO=1;SAF=38;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123256;STB=0.502896;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.000527629;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:69:38:1:0:69:38:1:1 chr3 168810874 . C T 314.35 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00193205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.026;QD=17.2246;RBI=0.0354108;REFB=-0.0376651;REVB=-0.035358;RO=39;SAF=23;SAR=10;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034011;STB=0.505954;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0268184;OID=.;OPOS=168810874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:10:23:26:13:11:23:26:13 chr3 169490024 . G C 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.0623788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.747;QD=7.8105;RBI=0.0623802;REFB=0.000428967;REVB=-0.000417096;RO=49;SAF=12;SAR=7;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110936;STB=0.566199;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000603246;OID=.;OPOS=169490024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:7:12:35:14:7:12:35:14 chr3 169492101 . C T 1358.15 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.48;QD=62.4438;RBI=0.0373911;REFB=0;REVB=-0.0361743;RO=0;SAF=62;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.21489e-05;OID=.;OPOS=169492101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:25:62:0:0:25:62:0:0 chr3 169514585 . A T 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.518;QD=59.3211;RBI=0.0226436;REFB=0;REVB=-0.02092;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124147;OID=.;OPOS=169514585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr3 169518455 . T C 1034.73 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0698753;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4881;QD=58.2947;RBI=0.0814866;REFB=-0.0588344;REVB=0.0419227;RO=1;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165827;STB=0.508769;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00222411;OID=.;OPOS=169518455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:28:41:0:1:28:42:0:1 chr3 169540397 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9869;QD=47.8141;RBI=0.0517345;REFB=0;REVB=0.0513997;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168441;OID=.;OPOS=169540397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr3 169558025 . C T 740.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.83;QD=56.9409;RBI=0.0162373;REFB=0;REVB=0.00543113;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38426e-05;OID=.;OPOS=169558025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr3 169713483 . C T 382.21 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0229199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.236;QD=19.8549;RBI=0.0271256;REFB=-0.023187;REVB=-0.0145077;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941714;STB=0.54519;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.01456;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:39:39:0.506494:20:19:22:15:20:19:22:16 chr3 169802930 . G T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.01508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.733;QD=15.2366;RBI=0.0215203;REFB=-0.0209055;REVB=-0.0153531;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140354;STB=0.515614;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0187417;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:14:14:17:18:14:14:17:19 chr3 169813396 . CT C 36.46 PASS AF=0.292683;AO=28;DP=84;FAO=24;FDP=82;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0975462;FXX=0.0238067;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.91253;QD=1.77876;RBI=0.146706;REFB=-0.0992244;REVB=0.109578;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112732;STB=0.52437;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.122183;OID=.;OPOS=169813397;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:28:84:24:82:58:12:12:27:31:36:41:12:16:22:19 chr3 169894680 . G A 297.37 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0183791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.565;QD=15.8596;RBI=0.0249697;REFB=-0.0182056;REVB=-0.0169025;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171033;STB=0.59569;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0224236;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:14:19:31:11:14:19:31:11 chr3 169962666 . TAAAAAAT TAAAAA,TAAAAAT,TAACAAAT 163.77 PASS AF=0,0.571429,0.428571;AO=3,6,5;DP=21;FAO=0,12,9;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,0;FSAR=0,2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.14423,0.0378702,-0.02681;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=7.49993,9.22353,80.2553;QD=31.1937;RBI=0.15431,0.0432896,0.108707;REFB=-0.112813,-0.0626807,-0.0816138;REVB=0.0548567,0.0209723,0.105349;RO=1;SAF=3,6,0;SAR=0,0,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.727144,0.782178,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0582208,0.0469668;OID=.,.,.;OPOS=169962672,169962667,169962669;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAT,TAACAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.571429,0.428571:3,6,5:21:0,12,9:21:0:0,10,0:0,2,9:0:0:64:1:3,6,0:0,0,5:0:1 chr3 170078232 . C T 460.85 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.177;QD=55.8601;RBI=0.0601488;REFB=0;REVB=0.0533052;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049726;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:30:33:1:14:16:0:0:14:19:0:0 chr3 170216617 . T C 661.49 PASS AF=0.613861;AO=60;DP=99;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00812476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0148;QD=26.1974;RBI=0.00812479;REFB=-0.0277422;REVB=2.19391e-05;RO=39;SAF=40;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138466;STB=0.564116;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0267163;OID=.;OPOS=170216617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:39:39:60:62:0.613861:20:40:19:20:22:40:19:20 chr3 170584178 . C T 611.92 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=95;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=2.47386e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.978;QD=25.765;RBI=0.00435946;REFB=-0.0238432;REVB=-0.00435946;RO=40;SAF=35;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.506222;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0180484;OID=.;OPOS=170584178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:40:55:55:0.578947:20:35:26:14:20:35:26:14 chr3 170609123 . C G 552.52 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.0219525;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7099;QD=16.6172;RBI=0.0260851;REFB=-0.0165379;REVB=0.0140898;RO=74;SAF=38;SAR=21;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347909;STB=0.519386;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0227429;OID=.;OPOS=170609123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:74:74:59:59:0.443609:21:38:50:24:21:38:50:24 chr3 170715830 . G A 139.51 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0042756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.483;QD=12.4009;RBI=0.0113958;REFB=-0.00311641;REVB=-0.0105633;RO=28;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498811;STB=0.549232;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00296735;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:4:12:20:8:4:12:20:9 chr3 170825905 . C G 1396.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.545;QD=62.7538;RBI=0.0429386;REFB=0;REVB=0.0127632;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31906e-05;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr3 170893070 . G A 565.85 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0197694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.023;QD=43.5266;RBI=0.0297245;REFB=-0.0529095;REVB=0.0221973;RO=6;SAF=41;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640043;STB=0.521618;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000528894;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:52:6:7:45:45:0.865385:4:41:6:0:4:41:6:1 chr3 171065030 . AG AC,CA 99.39 PASS AF=0.9,0.1;AO=5,3;DP=10;FAO=9,1;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144938,-0.21034;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=163.413,176.113;QD=39.7542;RBI=0.144954,0.210408;REFB=0,0;REVB=0.00218334,0.00537591;RO=0;SAF=0,2;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00267101,0.0117403;OID=.,.;OPOS=171065031,171065030;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:10:10:0:0:5,3:9,1:0.9,0.1:5,1:0,2:0:0:7,1:2,0:0:0 chr3 171338237 . T G 290.87 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.05014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9717;QD=26.4426;RBI=0.0513572;REFB=-0.00911665;REVB=0.011115;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694597;STB=0.538432;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00513122;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:10:8:14:12:10:8 chr3 171395468 . A G 478.0 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00950678;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4139;QD=18.9308;RBI=0.0199515;REFB=-0.0294689;REVB=-0.017541;RO=49;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997331;STB=0.555666;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0292586;OID=.;OPOS=171395468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:49:51:50:50:0.49505:21:29:23:26:21:29:24:27 chr3 171404478 . C A 356.85 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.028893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.095;QD=19.2894;RBI=0.0289091;REFB=-0.0214396;REVB=-0.000965134;RO=37;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385187;STB=0.513566;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0198905;OID=.;OPOS=171404478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:20:16:18:19:20:17:18:19 chr3 171405373 . G A 328.35 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0269997;FXX=0.0425441;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4017;QD=29.187;RBI=0.0852175;REFB=0.00425277;REVB=-0.0808273;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10224;STB=0.539735;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0037445;OID=.;OPOS=171405373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:19:17:28:28:0.622222:11:17:14:5:11:17:12:5 chr3 171510238 . C T 587.3 PASS AF=0.522124;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0180375;FXX=0.0341851;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.163;QD=20.7894;RBI=0.0189641;REFB=-0.0193552;REVB=0.00585539;RO=53;SAF=27;SAR=32;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220915;STB=0.624627;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0136119;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:113:53:54:59:59:0.522124:32:27:38:15:32:27:39:15 chr3 171510841 . C T 491.79 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.013122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.212;QD=18.5581;RBI=0.013172;REFB=-0.00653961;REVB=-0.00114728;RO=54;SAF=37;SAR=15;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307978;STB=0.671134;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00785583;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:15:37:21:33:15:37:21:33 chr3 171510898 . A G 578.19 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-4.37392e-05;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.141;QD=23.8427;RBI=0.00678719;REFB=-0.00809604;REVB=-0.00678705;RO=41;SAF=35;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202103;STB=0.617437;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00567613;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:41:44:53:53:0.546392:18:35:17:24:18:35:18:26 chr3 171511020 . T G 157.17 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0227798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8314;QD=16.1203;RBI=0.0456;REFB=-0.023125;REVB=0.0395025;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129296;STB=0.555492;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0315842;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:6:15:10:7:7:15 chr3 171511139 . C T 141.64 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00363012;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3126;QD=9.93937;RBI=0.0322096;REFB=-0.00463275;REVB=-0.0320044;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14891;STB=0.611657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0248821;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:18:19:0.333333:7:11:27:10:8:11:28:10 chr3 171511355 . G A 531.28 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0402136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.68;QD=19.6771;RBI=0.0421509;REFB=-0.0245923;REVB=-0.0126318;RO=53;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134398;STB=0.577983;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0187902;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:54:55:0.509259:23:31:38:15:24:31:38:15 chr3 171844787 . A T 1378.98 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.217;QD=61.9768;RBI=0.0706523;REFB=0;REVB=0.0699194;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018165;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:36:48:0:0:38:51:0:0 chr3 171969077 . C G 361.0 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00790474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1993;QD=20.3379;RBI=0.0151404;REFB=-0.0202345;REVB=0.0129131;RO=34;SAF=25;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278605;STB=0.515455;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0277652;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:12:25:22:12:12:25:22:12 chr3 172034271 . T C 542.05 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.00665494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.284;QD=19.7109;RBI=0.00665507;REFB=-0.00624283;REVB=-4.05039e-05;RO=54;SAF=17;SAR=39;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117602;STB=0.506491;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00494381;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:39:17:17:37:39:17:17:37 chr3 172046861 . T C 1175.35 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294418;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.363;QD=61.0572;RBI=0.0367877;REFB=0;REVB=0.022057;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86381e-05;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:36:41:0:0 chr3 172118162 . A G 763.6 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.0050511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.058;QD=19.8337;RBI=0.0168189;REFB=-0.0206395;REVB=0.0160426;RO=75;SAF=47;SAR=31;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351483;STB=0.521917;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0173829;OID=.;OPOS=172118162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:75:76:78:78:0.506494:31:47:48:27:31:47:49:27 chr3 172224303 . A G 174.37 PASS AF=0.365385;AO=15;DP=49;FAO=19;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00501478;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=121.799;QD=13.4131;RBI=0.131317;REFB=-0.000124324;REVB=-0.131222;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.54617;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00103333;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:19:31:15:19:0.365385:6:9:9:10:9:10:14:17 chr3 172348906 . A ACCTC 296.16 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0141331;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=318.168;QD=28.2056;RBI=0.0141343;REFB=-0.0178558;REVB=0.000187092;RO=17;SAF=20;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155182;STB=0.567512;STBP=0.352;TYPE=ins;VARB=0.00745385;OID=.;OPOS=172348907;OREF=-;OALT=CCTC;OMAPALT=ACCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:25:44:26:42:16:21:5:11:5:99:17:20:5:11:6 chr3 172428782 . T C 400.96 PASS AF=0.395161;AO=42;DP=117;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0339581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.598;QD=12.9342;RBI=0.0349654;REFB=-0.0171241;REVB=0.00833222;RO=74;SAF=22;SAR=20;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866121;STB=0.54663;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0254673;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:124:74:75:42:49:0.395161:20:22:33:41:23:26:34:41 chr3 172489076 . C T 279.85 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00133022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.155;QD=14.1698;RBI=0.054231;REFB=-0.00339545;REVB=-0.0542147;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109251;STB=0.55025;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00482706;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:47:32:32:0.405063:13:19:22:23:13:19:24:23 chr3 172514294 . G A 935.32 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.178;QD=58.4575;RBI=0.0580521;REFB=0;REVB=0.0580399;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383427;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr3 172835115 . C T 79.55 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.026328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0304;QD=2.89282;RBI=0.0312298;REFB=-0.00108854;REVB=-0.0167969;RO=94;SAF=9;SAR=7;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289817;STB=0.519697;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00747275;OID=.;OPOS=172835115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:94:94:16:16:0.145455:7:9:55:39:7:9:55:39 chr3 174581888 . T C 139.94 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00291336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.406;QD=13.0174;RBI=0.0181532;REFB=-0.0202625;REVB=0.0179179;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574909;STB=0.54323;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0331132;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:16:10:7:9:17:10 chr3 174814738 . G A 920.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.826;QD=58.4145;RBI=0.0775154;REFB=0;REVB=-0.0772885;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242582;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr3 174814920 . A G 964.26 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.195;QD=57.5677;RBI=0.0260905;REFB=0;REVB=-0.0026607;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445109;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:27:40:0:0 chr3 174951756 . T C 696.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.91;QD=61.8875;RBI=0.0319067;REFB=0;REVB=0.00599061;RO=0;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347902;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:11:33:0:0:11:34:0:0 chr3 175165078 . A AT 411.2 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596987;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.305;QD=54.8271;RBI=0.0597395;REFB=0;REVB=-0.00220733;RO=27;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000393473;OID=.;OPOS=175165079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:30:30:0:21:9:0:0:4:27:3:0:18:9 chr3 175165079 . C T 351.2 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0132152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.587;QD=46.8263;RBI=0.0165997;REFB=-0.177414;REVB=0.0100454;RO=3;SAF=18;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00674628;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:9:18:3:0:9:18:3:0 chr3 175189447 . G A 171.42 PASS AF=0.319444;AO=17;DP=66;FAO=23;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00302385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.201;QD=9.52356;RBI=0.00562202;REFB=-0.0136157;REVB=-0.00473956;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217817;STB=0.592509;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0287359;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:37:49:17:23:0.319444:6:11:17:20:7:16:28:21 chr3 175327309 . G A 3072.74 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7232;QD=63.3555;RBI=0.02245;REFB=0;REVB=-0.0129447;RO=0;SAF=84;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66363e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46761e-05;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:194:0:0:192:194:1:108:84:0:0:109:85:0:0 chr3 175345143 . C G 1343.99 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.977;QD=61.0905;RBI=0.0390355;REFB=-0.117399;REVB=0.0358077;RO=0;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57206e-08;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000155117;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:48:39:0:0:48:39:0:1 chr3 175473047 . T C 1837.08 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156287;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5676;QD=61.2361;RBI=0.0220811;REFB=0;REVB=0.0155987;RO=0;SAF=78;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177328;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:119:120:1:41:78:0:0:41:79:0:0 chr3 175521611 . A G 860.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.325;QD=57.3483;RBI=0.032511;REFB=0;REVB=0.00480706;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15214e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:36:24:0:0 chr3 176765269 . T C 453.62 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5732;QD=54.984;RBI=0.0457508;REFB=-0.0837448;REVB=0.0398447;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00291129;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr3 176838514 . C G 390.13 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.171;QD=55.7323;RBI=0.0089762;REFB=0;REVB=0.00727263;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134731;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:8:16:0:0:10:18:0:0 chr3 178742690 . T C 791.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.131;QD=56.5536;RBI=0.0250968;REFB=0;REVB=0.0219644;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153747;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr3 178815528 . G A 2027.85 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0702;QD=61.9192;RBI=0.0393229;REFB=0;REVB=0.038712;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000969107;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:131:0:0:126:131:1:68:58:0:0:71:60:0:0 chr3 178976777 . C T 279.29 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5793;QD=48.5716;RBI=0.0314849;REFB=-0.0762356;REVB=-0.0159209;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0166877;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr3 179096508 . C G 911.55 PASS AF=0.917808;AO=65;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0276854;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9201;QD=49.9482;RBI=0.0579138;REFB=0.0930932;REVB=0.0508677;RO=6;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518904;STB=0.52566;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00429089;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:73:73:6:6:65:67:0.917808:33:32:1:5:35:32:1:5 chr3 179114529 . GATTA G 74.28 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00951423;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.386;QD=9.28494;RBI=0.0108424;REFB=-0.0176387;REVB=0.00519981;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122057;STB=0.58316;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=0.0313624;OID=.;OPOS=179114530;OREF=ATTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:10:33:10:32:22:7:3:13:9:74:20:7:3:12:8 chr3 179137273 . A G 669.18 PASS AF=0.587156;AO=62;DP=107;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00743957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.645;QD=24.5572;RBI=0.0141134;REFB=-0.0318921;REVB=0.0119934;RO=45;SAF=22;SAR=40;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143115;STB=0.567355;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0232616;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:45:45:62:64:0.587156:40:22:24:21:40:24:24:21 chr3 179293184 . T C 718.1 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=118;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0194632;FXX=0.00847386;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.872;QD=24.5505;RBI=0.0194654;REFB=-0.00377173;REVB=0.000291473;RO=49;SAF=48;SAR=20;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295594;STB=0.516124;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00283763;OID=.;OPOS=179293184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:49:49:68:68:0.581197:20:48:33:16:20:48:33:16 chr3 179298999 . C T 2216.84 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=63.3383;RBI=0.0775609;REFB=0;REVB=-0.0771465;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115741;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:72:68:0:0:72:68:0:0 chr3 180666557 . A T 435.93 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=0.00054402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.506;QD=26.8265;RBI=0.0180883;REFB=-0.000886832;REVB=0.0180801;RO=23;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201489;STB=0.614407;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000590293;OID=.;OPOS=180666557;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:24:41:41:0.630769:17:24:20:3:17:24:21:3 chr3 182631792 . C A 606.89 PASS AF=0.555556;AO=59;DP=107;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0272492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.927;QD=22.4773;RBI=0.0413807;REFB=-0.0194213;REVB=-0.0311422;RO=48;SAF=30;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410233;STB=0.525901;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0144607;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:48:48:59:60:0.555556:29:30:22:26:29:31:22:26 chr3 182790249 . G A 1114.85 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.983;QD=60.2623;RBI=0.0252451;REFB=0;REVB=0.0217999;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18757e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:36:34:0:0:40:34:0:0 chr3 182853670 . T C 341.72 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.016815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0752;QD=15.8938;RBI=0.0171001;REFB=-0.0119908;REVB=0.00310922;RO=49;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468283;STB=0.509573;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0199587;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:49:36:37:0.430233:20:16:22:27:21:16:22:27 chr3 182871962 . C T 475.31 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0861659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.476;QD=16.5326;RBI=0.0861681;REFB=-0.01293;REVB=-0.000612872;RO=61;SAF=12;SAR=40;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121983;STB=0.562365;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0100291;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:61:63:52:52:0.452174:40:12:20:41:40:12:20:43 chr3 182925403 . GT G,GC 879.46 PASS AF=0.123077,0.861538;AO=9,53;DP=66;FAO=8,56;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=8,36;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420812,0.0294665;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.7907,78.952;QD=54.1208;RBI=0.0452425,0.0460868;REFB=-0.00449695,-0.031844;REVB=0.0166149,0.0354362;RO=2;SAF=8,36;SAR=1,17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.429214,0.0522466;STB=0.997736,0.512191;STBP=0.046,0.278;TYPE=del,snp;VARB=-0.0245202,0.00381649;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.123077,0.861538:9,53:66:8,56:65:1:8,36:0,20:0:1:37:2:8,36:1,17:0:2 chr3 182989413 . A AT,T 46.85 PASS AF=0.212766,0;AO=8,2;DP=47;FAO=10,0;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.115494,-0.056232;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.73,39.2087;QD=3.98765;RBI=0.149623,0.0732093;REFB=-0.0682577,-0.0258951;REVB=-0.0951231,-0.0468781;RO=36;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.472971,0.418334;STB=0.847358,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.161003,0;OID=.,.;OPOS=182989414,182989413;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:47:47:36:37:8,2:10,0:0.212766,0:1,0:7,2:19:17:1,0:9,0:20:17 chr3 183017965 . T A 277.63 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0177399;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.387;QD=25.2388;RBI=0.0451124;REFB=-0.000465151;REVB=0.041478;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377535;STB=0.520941;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0021999;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:13:6:9:16:13:6 chr3 183027542 . T G 281.42 PASS AF=0.517241;AO=23;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0609859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.708;QD=19.4082;RBI=0.0647371;REFB=0.00576119;REVB=0.0217167;RO=26;SAF=18;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341419;STB=0.618966;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00287765;OID=.;OPOS=183027542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:28:23:30:0.517241:5:18:12:14:10:20:12:16 chr3 183211906 . A G 1239.6 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0066924;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.961;QD=61.215;RBI=0.0287236;REFB=0;REVB=-0.0279331;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08465e-05;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr3 183212026 . C T 123.44 PASS AF=0.303571;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0124386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.441;QD=8.81742;RBI=0.0374157;REFB=-0.0157325;REVB=-0.0352877;RO=39;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157804;STB=0.543123;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0297499;OID=.;OPOS=183212026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:16:17:0.303571:13:3:11:28:13:4:11:28 chr3 183226114 . G T 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0285404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.169;QD=14.734;RBI=0.0316194;REFB=-0.0266107;REVB=0.01361;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284165;STB=0.516117;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0359062;OID=.;OPOS=183226114;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:21:15:12:15:21:15 chr3 183368216 . A T 501.95 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0172602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.95;QD=18.5909;RBI=0.0299237;REFB=-0.00694252;REVB=0.0244441;RO=54;SAF=27;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590577;STB=0.536913;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0106351;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:55:53:53:0.490741:26:27:31:23:26:27:32:23 chr3 183368891 . C T 348.18 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0121112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9803;QD=14.9754;RBI=0.0292967;REFB=-0.00651723;REVB=-0.0266761;RO=55;SAF=19;SAR=19;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181272;STB=0.602099;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0101177;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:55:55:38:38:0.408602:19:19:37:18:19:19:37:18 chr3 183396973 . G T 164.82 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00956115;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3508;QD=13.4549;RBI=0.0208119;REFB=-0.0353981;REVB=-0.0184856;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113651;STB=0.579355;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0508304;OID=.;OPOS=183396973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:31:18:18:0.367347:10:8:11:21:10:8:10:21 chr3 183442219 . A G 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0108657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.03;QD=13.7258;RBI=0.0138511;REFB=-0.00482706;REVB=-0.00859009;RO=48;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506169;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0072426;OID=.;OPOS=183442219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:16:16:24:24:16:16:25:24 chr3 183465483 . G A 391.61 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0486475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.19;QD=19.5804;RBI=0.049113;REFB=-0.0138982;REVB=-0.00674594;RO=38;SAF=28;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431298;STB=0.529055;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0158016;OID=.;OPOS=183465483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:40:40:40:0.5:12:28:25:13:12:28:26:14 chr3 183476685 . G A 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0278093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9501;QD=4.96862;RBI=0.043499;REFB=-0.0242417;REVB=-0.0334486;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167923;STB=0.594587;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0472255;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:53:54:14:14:0.205882:8:6:16:37:8:6:17:37 chr3 183508590 . A G 255.65 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0119025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7314;QD=15.7321;RBI=0.0768407;REFB=-0.00999577;REVB=-0.0759133;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874776;STB=0.549262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0143846;OID=.;OPOS=183508590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:23:13:13:16:23:13 chr3 183508714 . G A 398.99 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00354709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.673;QD=18.3442;RBI=0.0112878;REFB=-0.0340728;REVB=0.010716;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283622;STB=0.513985;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0384396;OID=.;OPOS=183508714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:18:23:26:18:18:23:27:19 chr3 183521133 . A G 1396.68 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.988;QD=62.7723;RBI=0.0384348;REFB=0;REVB=-0.00365656;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9853e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:53:35:0:0:53:36:0:0 chr3 183524193 . T C 166.17 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0363427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.7637;QD=12.0853;RBI=0.0366219;REFB=-0.0179103;REVB=0.00451399;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158558;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220446;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:13:8:13:21:13:8:13:21 chr3 183530331 . G C 328.92 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00313325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.195;QD=12.8989;RBI=0.00419099;REFB=-0.00822353;REVB=0.00278338;RO=63;SAF=25;SAR=14;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114639;STB=0.565458;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0147531;OID=.;OPOS=183530331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:14:25:34:29:14:25:34:29 chr3 183533964 . T C 226.67 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834021;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8523;QD=50.3702;RBI=0.0326474;REFB=0;REVB=-0.0315642;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190033;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr3 183637722 . T G 79.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0644283;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6465;QD=7.58343;RBI=0.0665897;REFB=-0.0172182;REVB=-0.016828;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253056;STB=0.502179;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0361894;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:42:30:31:11:11:0.261905:5:6:17:13:5:6:17:14 chr3 183660585 . G A 399.57 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0110319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5257;QD=17.7588;RBI=0.0340533;REFB=-0.0149096;REVB=0.0322169;RO=48;SAF=27;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159881;STB=0.593704;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0247066;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:48:41:42:0.466667:14:27:24:24:14:28:24:24 chr3 183682960 . G A 237.19 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.030241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.969;QD=20.1862;RBI=0.0354617;REFB=0.00360393;REVB=0.0185206;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227283;STB=0.628567;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00632486;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:7:16:11:13:7:16:11:13 chr3 183685534 . A G 756.85 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.062527;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9174;QD=55.0432;RBI=0.100697;REFB=-0.116447;REVB=0.0789316;RO=1;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324675;STB=0.517235;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0101702;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:14:40:0:1:14:40:0:1 chr3 183696402 . A G 1060.65 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.973;QD=59.7547;RBI=0.0465989;REFB=0;REVB=-0.0038911;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174765;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:41:28:0:0:41:30:0:0 chr3 183699516 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00491077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.926;QD=25.2545;RBI=0.0477862;REFB=-0.0152827;REVB=0.0475332;RO=11;SAF=16;SAR=2;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234526;STB=0.627795;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00777164;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:2:16:11:0:2:16:11:0 chr3 183753777 . G A 86.91 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0270036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9807;QD=18.2979;RBI=0.0273307;REFB=-0.0418275;REVB=0.00421583;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264286;STB=0.622427;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0410206;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:8:8:10:11:0.578947:6:4:6:2:6:5:6:2 chr3 183754294 . G C 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0787215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4523;QD=18.6747;RBI=0.0837635;REFB=0.000144893;REVB=0.0286225;RO=32;SAF=8;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226398;STB=0.627187;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000524866;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:24:8:15:17:24:8:15:17 chr3 183754585 . C T 175.57 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0909814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9412;QD=11.903;RBI=0.09708;REFB=-0.00511942;REVB=-0.033866;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20834;STB=0.619956;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00769336;OID=.;OPOS=183754585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:13:24:10:12:13:24 chr3 183755822 . G A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3943;QD=57.2366;RBI=0.0335228;REFB=0;REVB=0.0184497;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319758;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr3 183756637 . C T 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.00886692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.841;QD=19.0768;RBI=0.033787;REFB=-0.0250993;REVB=0.0326027;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158818;STB=0.587853;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0240479;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:16:22:29:10:16:22:29:10 chr3 183756702 . G A 215.47 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0140188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.081;QD=13.0585;RBI=0.0338701;REFB=-0.0303245;REVB=0.0308327;RO=40;SAF=20;SAR=6;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963077;STB=0.555511;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0374401;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:6:20:28:12:6:20:28:12 chr3 183774762 . C A 1985.43 PASS AF=0.992308;AO=124;DP=125;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7435;QD=61.0901;RBI=0.0430339;REFB=0.127366;REVB=0.0387244;RO=1;SAF=79;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597677;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00035821;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:130:1:1:124:129:0.992308:45:79:1:0:49:80:1:0 chr3 183778010 . G C 773.78 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040112;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.724;QD=57.3173;RBI=0.0584157;REFB=0;REVB=0.0424666;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126885;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr3 183818416 . G A 607.97 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.127;QD=60.7974;RBI=0.0341067;REFB=0;REVB=-0.032378;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183829;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr3 183861243 . A G 371.83 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00222906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.423;QD=20.948;RBI=0.003091;REFB=-0.0128993;REVB=-0.00214139;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597523;STB=0.533208;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0131201;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:37:38:0.535211:14:23:22:10:14:24:23:10 chr3 183863084 . AAG A 72.85 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0133055;FXX=0.0555401;HRUN=4;LEN=2;MLLD=299.854;QD=8.57096;RBI=0.0153244;REFB=-0.0239834;REVB=-0.00760262;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.521702;STBP=0.87;TYPE=del;VARB=0.0410851;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:11:32:12:34:22:4:8:8:14:72:18:4:7:7:11 chr3 183900680 . G C 175.71 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0177019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3107;QD=11.9124;RBI=0.0849709;REFB=-0.00653986;REVB=0.0831065;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20834;STB=0.619956;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0134306;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:13:24:10:12:13:24 chr3 183900729 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0112796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.807;QD=11.6674;RBI=0.0157698;REFB=-0.00748335;REVB=0.0110208;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300813;STB=0.67478;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0100445;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:6:20:7:7:6:20 chr3 183906578 . C T 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0033985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.647;QD=28.0208;RBI=0.0588496;REFB=-0.014457;REVB=0.0587514;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394226;STB=0.521724;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0102988;OID=.;OPOS=183906578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:10:8:14:14:10:8 chr3 183907032 . G C 935.05 PASS AF=0.515957;AO=87;DP=181;FAO=97;FDP=188;FR=.;FRO=91;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.00500405;FXX=0.0358956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.006;QD=19.8948;RBI=0.00904533;REFB=-0.00873986;REVB=0.00753509;RO=74;SAF=47;SAR=40;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101755;STB=0.551262;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00922433;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:188:74:91:87:97:0.515957:40:47:31:43:42:55:42:49 chr3 183907033 . T C 41.95 PASS AF=0.0753769;AO=15;DP=186;FAO=15;FDP=199;FR=.;FRO=184;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=94;FSRR=90;FWDB=-0.0168944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=121.324;QD=0.84313;RBI=0.0271151;REFB=-0.00360792;REVB=-0.0212086;RO=171;SAF=7;SAR=8;SRF=86;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041198;STB=0.540776;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0219397;OID=.;OPOS=183907033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:186:199:171:184:15:15:0.0753769:8:7:86:85:8:7:94:90 chr3 183975365 . C T 682.41 PASS AF=0.928571;AO=51;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0138032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.565;QD=48.7436;RBI=0.0603309;REFB=-0.170319;REVB=0.0587307;RO=5;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722727;STB=0.530292;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00267096;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:56:56:5:4:51:52:0.928571:30:21:0:5:31:21:0:4 chr3 183976103 . C T 406.88 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00333829;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.218;QD=17.3141;RBI=0.0165572;REFB=-0.00955073;REVB=-0.0162172;RO=51;SAF=25;SAR=17;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739011;STB=0.545433;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0065332;OID=.;OPOS=183976103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:51:52:42:42:0.446809:17:25:34:17:17:25:35:17 chr3 183996068 . C T 1953.58 PASS AF=0.969925;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0257009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.064;QD=58.7542;RBI=0.0257826;REFB=-0.0819952;REVB=0.00205003;RO=3;SAF=58;SAR=71;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239428;STB=0.509109;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000880942;OID=.;OPOS=183996068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:133:133:3:4:129:129:0.969925:71:58:3:0:71:58:3:1 chr3 184020542 . G T 388.8 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=107;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=15;FWDB=-0.0210029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.794;QD=14.3999;RBI=0.081912;REFB=-0.0181827;REVB=0.0791736;RO=62;SAF=27;SAR=17;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165994;STB=0.602368;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0274263;OID=.;OPOS=184020542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:62:63:44:45:0.416667:17:27:47:15:18:27:48:15 chr3 184037533 . A G 904.76 PASS AF=1;AO=45;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352908;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7379;QD=56.5476;RBI=0.0217095;REFB=0;REVB=0.0214207;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150512;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:45:64:1:35:10:0:0:45:19:0:0 chr3 184039666 . A G 787.08 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373335;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0817;QD=57.2423;RBI=0.0387817;REFB=0;REVB=0.0386016;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148591;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr3 184071063 . G C 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.011421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.954;QD=26.5676;RBI=0.0126941;REFB=-0.00843831;REVB=0.00554074;RO=19;SAF=23;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288262;STB=0.676328;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00384087;OID=.;OPOS=184071063;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:5:23:10:9:5:23:10:10 chr3 184075047 . A G 436.6 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00673734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.536;QD=24.5972;RBI=0.00836086;REFB=-0.0127349;REVB=-0.00495098;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222285;STB=0.516771;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.012439;OID=.;OPOS=184075047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:41:42:0.591549:21:20:15:14:22:20:15:14 chr3 184144585 . A G 242.06 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00220505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7691;QD=11.3911;RBI=0.0155135;REFB=-0.0360272;REVB=-0.015356;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155961;STB=0.583863;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0640652;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:30:30:0.352941:13:17:23:31:13:17:24:31 chr3 184300041 . AGTGTGT A 70.92 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.000764755;FXX=0.263019;HRUN=1;LEN=6;MLLD=122.971;QD=20.2632;RBI=0.0018521;REFB=-0.0542069;REVB=0.00168684;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0767601;OID=.;OPOS=184300042;OREF=GTGTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:8:13:8:14:6:6:2:2:4:46:0:6:2:0:0 chr3 184550501 . A G 1129.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9368;QD=60.2298;RBI=0.0410889;REFB=0;REVB=0.00249861;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188229;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:25:49:0:0:26:49:0:0 chr3 184573555 . C T 249.15 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00978787;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.777;QD=24.9149;RBI=0.00987984;REFB=-0.00741141;REVB=0.00134492;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0047732;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:7:10:12:11:7:10 chr3 184633247 . A C 163.62 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00962465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.259;QD=13.3566;RBI=0.0574721;REFB=-0.0158613;REVB=0.0566604;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121217;STB=0.561416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0282194;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:7:11:15:15:7:11:16:15 chr3 184647413 . T A,C 978.97 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=3,64;DP=67;FAO=2,66;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660837,0.00119228;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.801,216.511;QD=57.5863;RBI=0.0350199,0.00711131;REFB=0,0;REVB=-0.0343907,0.00701065;RO=0;SAF=1,33;SAR=2,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0560611,-0.00105352;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:67:68:0:0:3,64:2,66:0.0294118,0.970588:2,31:1,33:0:0:1,32:1,34:0:0 chr3 184700356 . A C 341.12 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.23359e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.217;QD=54.5798;RBI=0.0583165;REFB=0;REVB=0.0583165;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136453;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr3 184700426 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0528064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3396;QD=20.456;RBI=0.0553367;REFB=-0.0176013;REVB=-0.0165421;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161694;STB=0.591136;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0161193;OID=.;OPOS=184700426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:10:5:9:8:10:5 chr3 184795895 . A G 260.74 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0170015;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.913;QD=18.963;RBI=0.0329512;REFB=-0.0102687;REVB=0.0282264;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144509;STB=0.580588;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00981531;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:17:10:15:13:17:10 chr3 184798067 . T C 1083.96 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221879;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.039;QD=60.22;RBI=0.04025;REFB=0;REVB=0.0335821;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79212e-05;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chr3 185046975 . T C 1616.87 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0234902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.352;QD=57.2345;RBI=0.0313613;REFB=-0.169315;REVB=0.0207784;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.516126;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000557101;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:113:113:0:3:110:110:0.973451:45:65:0:0:45:65:0:3 chr3 185146702 . C T 315.33 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5197;QD=52.5555;RBI=0.0728958;REFB=0;REVB=-0.00970639;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00575534;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:21:24:1:13:8:0:0:13:11:0:0 chr3 185300589 . T C 228.58 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00415849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=12.8775;RBI=0.00449354;REFB=-0.0209242;REVB=-0.0017026;RO=40;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224825;STB=0.63232;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0443265;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:43:27:28:0.394366:16:11:25:15:16:12:28:15 chr3 185331165 . C A 174.26 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0305073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.543;QD=11.617;RBI=0.0465791;REFB=-0.0197037;REVB=-0.0351983;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01346;STB=0.507805;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.061078;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:22:16:9:13:22:16 chr3 185348402 . C T 337.41 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0663327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.292;QD=11.4375;RBI=0.0681825;REFB=-0.00794313;REVB=0.015774;RO=73;SAF=30;SAR=12;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202306;STB=0.614916;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0150218;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:76:42:42:0.355932:12:30:40:33:12:30:42:34 chr3 185765391 . A C 354.3 PASS AF=0.697674;AO=26;DP=42;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0597084;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.049;QD=32.9577;RBI=0.060567;REFB=-0.0225724;REVB=0.0101624;RO=5;SAF=6;SAR=20;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129982;STB=0.555517;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00640866;OID=.;OPOS=185765391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:5:13:26:30:0.697674:20:6:1:4:21:9:6:7 chr3 185765580 . G GT,T 115.0 PASS AF=0.846154,0.0384615;AO=7,2;DP=27;FAO=22,1;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=12,1;FSAR=10,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0580331,-0.0141819;FXX=0.0370233;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=9.99926,274.246;QD=17.6916;RBI=0.118388,0.0142158;REFB=-0.0894387,-0.00393676;REVB=-0.103189,-0.000981137;RO=17;SAF=6,2;SAR=1,0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523944,0.566117;STB=0.514693,0.985111;STBP=0.719,0.519;TYPE=ins,snp;VARB=0.0685294,0.0125319;OID=.,.;OPOS=185765581,185765580;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:17:3:7,2:22,1:0.846154,0.0384615:1,0:6,2:7:10:10,0:12,1:2:1 chr3 185797672 . C T 78.7 PASS AF=0.213115;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00651104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3567;QD=5.16038;RBI=0.0170731;REFB=-0.0207721;REVB=0.0157829;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502534;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0440001;OID=.;OPOS=185797672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:61:61:38:48:12:13:0.213115:6:6:19:19:6:7:26:22 chr3 185866733 . T C 634.9 PASS AF=0.488722;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=133;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0336115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.103;QD=19.0947;RBI=0.0349678;REFB=-0.0062366;REVB=-0.00964413;RO=68;SAF=36;SAR=28;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153293;STB=0.579686;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00747499;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:68:64:65:0.488722:28:36:27:41:29:36:27:41 chr3 185867550 . G C 382.59 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.159;QD=52.7703;RBI=0.0118738;REFB=0.0677622;REVB=0.0092258;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.510631;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=2.24556e-05;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:23:5:0:0:23:5:0:1 chr3 186006566 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.221;QD=58.061;RBI=0.01583;REFB=0;REVB=0.0157495;RO=0;SAF=50;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31416e-05;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:11:50:0:0:11:50:0:0 chr3 186006618 . G C 263.49 PASS AF=0.518519;AO=20;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0101782;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=183.181;QD=19.518;RBI=0.0513723;REFB=-0.0382485;REVB=0.0503539;RO=21;SAF=16;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517297;STB=0.540568;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0299721;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:26:20:28:0.518519:4:16:16:5:5:23:20:6 chr3 186015283 . A G 756.81 PASS AF=0.979592;AO=49;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0103127;FXX=0.019996;HRUN=8;LEN=1;MLLD=294.933;QD=61.7801;RBI=0.0104057;REFB=0.0238179;REVB=-0.0013886;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-3.11327e-05;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:49:48:0.979592:23:26:0:1:23:25:0:1 chr3 186337713 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.112397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.686;QD=11.2563;RBI=0.112758;REFB=-0.0193933;REVB=-0.00901509;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0489131;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr3 186338382 . G C 301.55 PASS AF=0.35;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0284502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.652;QD=12.0618;RBI=0.0292515;REFB=-0.00639181;REVB=0.00679961;RO=65;SAF=25;SAR=10;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198381;STB=0.615073;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0169206;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:65:35:35:0.35:10:25:36:29:10:25:36:29 chr3 186338425 . A C 182.55 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.0117993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.19;QD=7.85144;RBI=0.0124407;REFB=-0.00216383;REVB=-0.00394318;RO=66;SAF=12;SAR=13;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791561;STB=0.557416;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00584719;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:68:25:25:0.268817:13:12:36:30:13:12:38:30 chr3 186370333 . G T 175.15 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0126158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3428;QD=12.291;RBI=0.0150244;REFB=0.00646417;REVB=0.00815942;RO=35;SAF=14;SAR=7;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592992;STB=0.553145;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.0114118;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:21:22:0.385965:7:14:25:10:8:14:25:10 chr3 186395180 . T C 556.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.233;QD=60.1392;RBI=0.0645404;REFB=0;REVB=-0.015155;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254393;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:10:27:0:0 chr3 186395436 . C T 43.84 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00777647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.609;QD=6.26328;RBI=0.100336;REFB=-0.00194996;REVB=0.100035;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423926;STB=0.768521;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00389551;OID=.;OPOS=186395436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:7:14:2:5:7:14 chr3 186395572 . A T 320.16 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9233;QD=51.2261;RBI=0.0837083;REFB=-0.056357;REVB=0.00254815;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00506753;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr3 186435370 . G A 556.06 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0137733;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.004;QD=24.714;RBI=0.0139973;REFB=-0.0268614;REVB=-0.00249426;RO=39;SAF=22;SAR=29;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649672;STB=0.535606;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0239843;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:39:39:51:51:0.566667:29:22:20:19:29:22:20:19 chr3 186440243 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0125933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.211;QD=17.0701;RBI=0.0158685;REFB=-0.0272954;REVB=0.009655;RO=34;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524063;STB=0.538436;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0334139;OID=.;OPOS=186440243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:12:19:19:15:12:19:19:16 chr3 186443018 . T C 235.65 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00281357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.184;QD=15.9761;RBI=0.0180614;REFB=-0.0180683;REVB=-0.0178409;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631405;STB=0.520624;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0173617;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:9:17:19:13:10:17:19:13 chr3 186459927 . T C 404.83 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0301025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2234;QD=43.7658;RBI=0.0334399;REFB=-0.0588664;REVB=-0.0145626;RO=6;SAF=15;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548693;STB=0.529598;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.006162;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:16:15:4:2:16:15:4:2 chr3 186489724 . T C 127.74 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0657492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8738;QD=11.8823;RBI=0.0670241;REFB=-0.0102005;REVB=0.0130103;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759084;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0215563;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:8:7:15:13:8:7:15:13 chr3 186504148 . T C 585.51 PASS AF=0.433566;AO=62;DP=143;FAO=62;FDP=143;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=0.00477467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.964;QD=16.378;RBI=0.0553342;REFB=-0.00103012;REVB=-0.0551278;RO=75;SAF=35;SAR=27;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451225;STB=0.516235;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00126914;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:81:62:62:0.433566:27:35:42:33:27:35:48:33 chr3 186506975 . G A 64.39 PASS AF=0.119048;AO=14;DP=128;FAO=15;FDP=126;FR=.;FRO=111;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=-0.0221101;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.502;QD=2.04418;RBI=0.0252245;REFB=-0.00413095;REVB=-0.0121416;RO=113;SAF=9;SAR=5;SRF=62;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117187;STB=0.545393;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.031148;OID=.;OPOS=186506975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:128:126:113:111:14:15:0.119048:5:9:62:51:6:9:61:50 chr3 186509517 . G A 490.13 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00776513;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.013;QD=24.204;RBI=0.0103772;REFB=-0.0100245;REVB=0.00688391;RO=34;SAF=28;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154206;STB=0.578855;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00995872;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:34:35:46:46:0.567901:18:28:14:20:18:28:15:20 chr3 186570892 . T G 344.62 PASS AF=0.486486;AO=33;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0282954;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.254;QD=18.6282;RBI=0.075406;REFB=-0.022933;REVB=-0.0698959;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688589;STB=0.526159;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.02599;OID=.;OPOS=186570892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:33:36:0.486486:11:22:27:10:11:25:28:10 chr3 186570997 . TGGGG TGGG,TGGGC 484.9 PASS AF=0.893939,0.106061;AO=25,14;DP=63;FAO=59,7;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23,7;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.469057,0.113851;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.1625,10.1507;QD=29.3876;RBI=0.469143,0.1199;REFB=-0.0194101,-0.0528284;REVB=0.00898094,0.0376023;RO=17;SAF=0,14;SAR=25,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0.472222,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.87016,0.785871;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0378373,-0.0815502;OID=.,.;OPOS=186570998,186571001;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.893939,0.106061:25,14:63:59,7:66:0:23,7:36,0:0:0:12:17:0,14:25,0:13:4 chr3 186917751 . C G 305.93 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.040337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.487;QD=20.3952;RBI=0.040536;REFB=-0.0435173;REVB=0.00401261;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120301;STB=0.566626;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0179019;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:18:10:16:16:18:10 chr3 186937466 . C T 307.2 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0360405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4257;QD=11.7029;RBI=0.0416767;REFB=-0.0252509;REVB=-0.0209291;RO=63;SAF=28;SAR=10;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22255;STB=0.613547;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.045205;OID=.;OPOS=186937466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:67:38:38:0.361905:10:28:35:28:10:28:39:28 chr3 186937568 . A G,T 695.83 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190034,0.00445287;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.958,155.632;QD=56.8027;RBI=0.0704356,0.0105705;REFB=0,0;REVB=0.0678236,0.00958687;RO=0;SAF=29,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000929543,0.0459273;OID=.,.;OPOS=186937568,186937568;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:18,0:29,2:0:0:18,0:29,2:0:0 chr3 186953808 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00862115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.831;QD=23.7581;RBI=0.020292;REFB=0.0212627;REVB=0.0183695;RO=22;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17124;STB=0.595742;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0125469;OID=.;OPOS=186953808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:8:18:11:11:8:18:11:11 chr3 186954285 . A G 1044.45 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2146;QD=59.6831;RBI=0.0678093;REFB=0;REVB=0.0615053;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226635;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:28:42:0:0 chr3 187088812 . C T 912.15 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.603;QD=55.282;RBI=0.010919;REFB=-0.0798171;REVB=0.000335596;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460997;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559197;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:2:2:63:64:0.969697:31:32:1:1:32:32:1:1 chr3 187088903 . C A 716.22 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4908;QD=62.2799;RBI=0.0433059;REFB=0;REVB=0.0336669;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313691;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr3 187088926 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.181;QD=62.6709;RBI=0.0229211;REFB=0;REVB=0.014208;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54318e-06;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr3 187089031 . C A,G 1135.95 PASS AF=0.987013,0.012987;AO=71,4;DP=76;FAO=76,1;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44,1;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285671,0.0236512;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.861,76.2691;QD=59.0103;RBI=0.04546,0.024272;REFB=0,0;REVB=0.0353629,0.00545438;RO=0;SAF=42,3;SAR=29,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000378432,0.205303;OID=.,.;OPOS=187089031,187089031;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:76:77:0:0:71,4:76,1:0.987013,0.012987:29,1:42,3:0:0:32,0:44,1:0:0 chr3 187416634 . C A 1520.37 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0344585;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5869;QD=55.7934;RBI=0.0505889;REFB=-0.172983;REVB=-0.0370385;RO=4;SAF=62;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064993;STB=0.503428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0068912;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:110:109:4:4:105:105:0.963303:43:62:2:2:43:62:2:2 chr3 187416719 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.285;QD=56.9361;RBI=0.0177101;REFB=0;REVB=0.00663591;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28656e-05;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr3 187447032 . G A 958.51 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.105;QD=57.2245;RBI=0.0546883;REFB=0.0199276;REVB=0.0135653;RO=1;SAF=52;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325479;STB=0.517236;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-1.23954e-05;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:14:52:0:1:14:52:0:1 chr3 187897059 . G A,C 895.46 PASS AF=0.861538,0.123077;AO=56,8;DP=65;FAO=56,8;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=16,8;FSAR=40,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110556,0.0181871;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.046,192.772;QD=55.1054;RBI=0.0151789,0.0301735;REFB=0.0130699,-0.0316084;REVB=-0.0104006,-0.0240763;RO=0;SAF=16,8;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.01924e-08,0;STB=0.515146,0.5;STBP=0.161,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00508534,0.0346667;OID=.,.;OPOS=187897059,187897059;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:65:65:0:1:56,8:56,8:0.861538,0.123077:40,0:16,8:0:0:40,0:16,8:1:0 chr3 187897283 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0045156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.951;QD=14.0958;RBI=0.040344;REFB=-0.0254236;REVB=0.0400905;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264132;STB=0.654398;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0244228;OID=.;OPOS=187897283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:5:9:4:7:5:9 chr3 187897424 . A C 113.99 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0736083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.16;QD=6.9086;RBI=0.0787835;REFB=-0.0068776;REVB=-0.0280829;RO=48;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211455;STB=0.633654;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0116216;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:48:49:17:17:0.257576:9:8:31:17:9:8:32:17 chr3 187897614 . C G 344.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275105;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.81;QD=55.1431;RBI=0.0297604;REFB=0;REVB=0.0113513;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157197;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr3 187897954 . T A 2290.09 PASS AF=0.965116;AO=161;DP=172;FAO=166;FDP=172;FR=.;FRO=6;FSAF=101;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.114562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6333;QD=53.2579;RBI=0.120129;REFB=-0.0993109;REVB=0.0361457;RO=6;SAF=98;SAR=63;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00777646;STB=0.502133;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0161965;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:172:172:6:6:161:166:0.965116:63:98:3:3:65:101:4:2 chr3 187898523 . T C 83.84 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0051304;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.842;QD=9.58147;RBI=0.0429465;REFB=0.00173124;REVB=0.0426389;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.508365;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00878273;OID=.;OPOS=187898523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:15:9:4:7:15:9 chr3 187898593 . G A 218.94 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=25;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00397662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.893;QD=33.6827;RBI=0.00775462;REFB=-0.0403797;REVB=0.00665737;RO=6;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248595;STB=0.62488;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00617724;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:6:6:19:20:0.769231:11:8:6:0:11:9:6:0 chr3 188327461 . C T 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00297847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.317;QD=20.3419;RBI=0.00471288;REFB=-0.00754839;REVB=0.00365239;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161006;STB=0.589077;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00857318;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:22:12:20:17:22:12 chr3 188464248 . G GT 426.62 PASS AF=0.548673;AO=58;DP=114;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0667088;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9095;QD=15.1015;RBI=0.0720495;REFB=0.027176;REVB=-0.0272227;RO=51;SAF=45;SAR=13;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162487;STB=0.563773;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=-0.0252073;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548673:58:114:62:113:51:47:15:33:18:99:51:45:13:32:19 chr3 188590446 . A G 691.51 PASS AF=0.417582;AO=75;DP=181;FAO=76;FDP=182;FR=.;FRO=106;FSAF=59;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=31;FWDB=-0.0188076;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.325;QD=15.198;RBI=0.0242359;REFB=-0.0212292;REVB=-0.0152857;RO=102;SAF=58;SAR=17;SRF=71;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10559;STB=0.554192;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0320866;OID=.;OPOS=188590446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:102:106:75:76:0.417582:17:58:71:31:17:59:75:31 chr3 189033292 . C G 723.06 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0294443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.41;QD=25.3704;RBI=0.0294445;REFB=-0.0568519;REVB=-0.000120313;RO=45;SAF=35;SAR=33;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676629;STB=0.540946;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0407949;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:45:46:68:68:0.596491:33:35:19:26:33:35:19:27 chr3 189713205 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9363;QD=58.0578;RBI=0.0855195;REFB=0;REVB=0.0428438;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285789;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr3 190023552 . T C 207.33 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.444;QD=48.7834;RBI=0.0396715;REFB=0;REVB=0.0396033;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102758;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr3 190024457 . A G 1064.62 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140993;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.074;QD=59.9784;RBI=0.0431079;REFB=0;REVB=0.040737;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128617;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr3 190030680 . A G 549.59 PASS AF=0.495652;AO=55;DP=116;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0101261;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.36;QD=19.1163;RBI=0.0552092;REFB=-0.00891814;REVB=0.0542726;RO=51;SAF=28;SAR=27;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864652;STB=0.565142;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0164632;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:51:58:55:57:0.495652:27:28:31:20:29:28:36:22 chr3 190333162 . TG T,TT 1332.39 PASS AF=1,0;AO=73,13;DP=87;FAO=87,0;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450996,0.00209779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=332.5,317.776;QD=61.2594;RBI=0.0150588,0.0162357;REFB=0,0;REVB=-0.0143676,-0.0160996;RO=0;SAF=44,5;SAR=29,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-4.25334e-05,0;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:73,13:87:87,0:87:0:50,0:37,0:0:0:7:0:44,5:29,8:0:0 chr3 190578566 . A G 485.88 PASS AF=0.457627;AO=52;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0120295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.936;QD=16.4706;RBI=0.0124019;REFB=-0.0133227;REVB=0.00301625;RO=63;SAF=28;SAR=24;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120584;STB=0.50476;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0178374;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:63:64:52:54:0.457627:24:28:34:29:24:30:35:29 chr3 190999917 . C A 303.95 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0064153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3092;QD=24.8122;RBI=0.00702938;REFB=-0.0562278;REVB=0.00287334;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276891;STB=0.636248;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.011729;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:23:24:0.489796:7:16:8:13:8:16:8:13 chr3 191047532 . A G 2837.82 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417635;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.564;QD=63.0627;RBI=0.0811268;REFB=0;REVB=0.0695513;RO=0;SAF=86;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22577e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:180:0:0:180:180:1:94:86:0:0:94:86:0:0 chr3 191074873 . C G 680.33 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517469;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.929;QD=60.4733;RBI=0.0524509;REFB=0.00240766;REVB=0.00856478;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=5.69014e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:16:28:0:0:16:28:1:0 chr3 191093053 . T C 178.27 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0102352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=16.5833;RBI=0.0184779;REFB=-0.0155695;REVB=0.0153842;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208569;STB=0.629411;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0107422;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:18:19:0.44186:9:9:17:7:10:9:17:7 chr3 191093080 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0143702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.783;QD=12.7902;RBI=0.01494;REFB=0.00234261;REVB=-0.0040866;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507618;STB=0.789144;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00197976;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:20:3:9:5:20:3 chr3 191093175 . T A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0892644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4572;QD=23.2359;RBI=0.0975109;REFB=0.00243301;REVB=-0.0392459;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863657;STB=0.548334;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00705233;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:8:5:9:9:8:5 chr3 191093310 . A G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00519195;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.923;QD=20.5427;RBI=0.0199299;REFB=-0.026243;REVB=-0.0192418;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134608;STB=0.575852;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.025971;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:13:12:15:9:13:12 chr3 191097966 . T C 962.69 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157559;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.317;QD=59.2424;RBI=0.0388164;REFB=0;REVB=0.0354749;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11811e-05;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:15:50:0:0:15:50:0:0 chr3 191100561 . C A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4464;QD=56.9951;RBI=0.063354;REFB=0;REVB=-0.0632841;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266694;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr3 191179193 . A G 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0639553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2481;QD=14.7937;RBI=0.0654375;REFB=0.0162964;REVB=-0.013849;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576169;STB=0.533296;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0174158;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:12:15:9:9:12:15 chr3 191810914 . TA CG 328.89 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0232637;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.055;QD=23.0803;RBI=0.0328441;REFB=-0.0108511;REVB=-0.0231848;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292623;STB=0.516119;STBP=0.799;TYPE=mnp;VARB=0.00781519;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:33:33:0.578947:15:18:14:10:15:18:14:10 chr3 192515557 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.856;QD=61.6839;RBI=0.0632394;REFB=0;REVB=-0.060632;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52337e-05;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 192994543 . A G 648.42 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0257904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9981;QD=27.5924;RBI=0.0734833;REFB=-0.0397136;REVB=0.0688088;RO=37;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101443;STB=0.555162;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0279157;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:28:29:24:13:28:29:24:13 chr3 193031926 . C T 817.49 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0254;QD=57.3678;RBI=0.0916151;REFB=0;REVB=-0.0296258;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114293;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:17:40:0:0:17:40:0:0 chr3 193036794 . G C 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.839;QD=62.34;RBI=0.0513826;REFB=0;REVB=0.0438856;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160978;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr3 193042776 . T C,G 920.08 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=61,3;DP=64;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273253,-0.00725942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.726,82.7032;QD=57.5049;RBI=0.029408,0.0128887;REFB=0,0;REVB=-0.0108703,-0.0106499;RO=0;SAF=36,3;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=3.1366e-06,0.0805634;OID=.,.;OPOS=193042776,193042776;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:64:64:0:0:61,3:61,3:0.953125,0.046875:25,0:36,3:0:0:25,0:36,3:0:0 chr3 193080344 . C T 1456.78 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125319;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.759;QD=63.3383;RBI=0.0182666;REFB=0;REVB=-0.0182236;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00345e-05;OID=.;OPOS=193080344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:48:44:0:0:48:44:0:0 chr3 193081122 . G T 2124.29 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7748;QD=62.0232;RBI=0.021456;REFB=-0.0203439;REVB=-0.000552794;RO=1;SAF=66;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714856;STB=0.503759;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0003444;OID=.;OPOS=193081122;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:70:66:1:0:70:66:1:0 chr3 193096529 . C T 470.4 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.0100931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8557;QD=20.6771;RBI=0.0104508;REFB=-0.0135141;REVB=0.00271094;RO=45;SAF=23;SAR=23;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249882;STB=0.637307;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0102936;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:23:23:10:35:23:23:10:35 chr3 193120359 . GA G 240.63 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0340817;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.737;QD=12.0314;RBI=0.0340853;REFB=-0.0265187;REVB=0.000492798;RO=52;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351906;STB=0.511496;STBP=0.898;TYPE=del;VARB=0.0494084;OID=.;OPOS=193120360;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3625:28:82:29:80:51:17:12:29:22:99:52:17:11:30:22 chr3 193334991 . G A 334.18 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0357254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1424;QD=19.9512;RBI=0.0535359;REFB=-0.0193363;REVB=0.0398721;RO=32;SAF=26;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267607;STB=0.632215;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.01352;OID=.;OPOS=193334991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:34:35:0.522388:8:26:16:16:9:26:16:16 chr3 193355074 . T C 1577.36 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483519;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.293;QD=60.09;RBI=0.0520572;REFB=0;REVB=0.0520549;RO=0;SAF=29;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73931e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:75:29:0:0:76:29:0:0 chr3 193374964 . T C 309.51 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0163439;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.419;QD=18.4782;RBI=0.0372979;REFB=-0.00751684;REVB=0.0335263;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239747;STB=0.627164;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.015319;OID=.;OPOS=193374964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:34:33:33:0.492537:20:13:23:12:20:13:22:12 chr3 193386239 . C T 240.54 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0494024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8907;QD=14.578;RBI=0.0537355;REFB=0.0125931;REVB=-0.02114;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297209;STB=0.51688;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00700349;OID=.;OPOS=193386239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:22:16:11:17:22:16 chr3 193854657 . A C 239.34 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00991057;FXX=0.0449388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.724;QD=11.2631;RBI=0.0107175;REFB=-0.0154461;REVB=0.00407989;RO=56;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210098;STB=0.512187;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0330779;OID=.;OPOS=193854657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:56:56:29:29:0.341176:15:14:26:30:15:14:26:30 chr3 193863706 . A G 370.27 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0253386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0084;QD=36.1241;RBI=0.0329171;REFB=-0.0376938;REVB=0.0210117;RO=11;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557954;STB=0.530357;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00928696;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:13:17:5:6:13:17:5:6 chr3 194061906 . TG CA 1401.45 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305453;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.7;QD=62.9867;RBI=0.0365414;REFB=0;REVB=0.0200564;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.65838e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:49:38:0:0:49:40:0:0 chr3 194062565 . C T 144.59 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8776;QD=44.4887;RBI=0.0465046;REFB=0;REVB=-0.0236378;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250567;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:2:8:0:0:5:8:0:0 chr3 194063152 . CG AA,CA 1465.12 PASS AF=0.029703,0.970297;AO=5,74;DP=101;FAO=3,98;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379184,0.0479691;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=244.762,272.21;QD=58.0246;RBI=0.0389566,0.0483835;REFB=0,0;REVB=0.00893357,0.00631871;RO=0;SAF=5,19;SAR=0,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0752353,-0.000463557;OID=.,.;OPOS=194063152,194063153;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:101:101:0:0:5,74:3,98:0.029703,0.970297:0,55:5,19:0:0:0,66:3,32:0:0 chr3 194063300 . T C,G 2235.44 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=135,9;DP=144;FAO=135,9;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0;FSAR=72,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000649319,-0.0337869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.301,200.737;QD=62.0956;RBI=0.01522,0.038155;REFB=0,0;REVB=0.0152061,-0.0177271;RO=0;SAF=63,0;SAR=72,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00517551,0.135219;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:144:144:0:0:135,9:135,9:0.9375,0.0625:72,9:63,0:0:0:72,9:63,0:0:0 chr3 194081618 . G A 534.8 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.000929771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.731;QD=18.7649;RBI=0.00650926;REFB=-0.0270192;REVB=0.00644252;RO=54;SAF=22;SAR=34;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225514;STB=0.607105;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0282602;OID=.;OPOS=194081618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:58:56:56:0.491228:34:22:35:19:34:22:35:23 chr3 194118874 . T C 839.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.04;QD=56.8986;RBI=0.0286731;REFB=0;REVB=0.0110272;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167145;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:33:24:0:0:35:24:0:0 chr3 194124421 . A G 627.28 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00209985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.203;QD=26.1366;RBI=0.00250493;REFB=-0.0277632;REVB=-0.00136576;RO=40;SAF=37;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300384;STB=0.516414;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0209747;OID=.;OPOS=194124421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:40:56:56:0.583333:19:37:25:15:19:37:25:15 chr3 194124427 . C T 372.69 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00512822;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.121;QD=15.0581;RBI=0.0162291;REFB=-0.000246258;REVB=-0.0153975;RO=59;SAF=25;SAR=15;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215479;STB=0.512189;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000271069;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:59:59:40:40:0.40404:15:25:38:21:15:25:38:21 chr3 194313832 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.377;QD=56.1914;RBI=0.0778543;REFB=0;REVB=0.00602053;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159246;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 194337901 . T C 1407.17 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.09196e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.838;QD=61.1813;RBI=0.00134359;REFB=0.0279635;REVB=0.00134297;RO=0;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000240232;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:0:1:90:91:0.98913:32:58:0:0:33:58:1:0 chr3 194338423 . C T 439.85 PASS AF=0.529412;AO=40;DP=88;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.00890645;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.414;QD=20.6987;RBI=0.00892785;REFB=-0.0271481;REVB=0.000617719;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194513;STB=0.585223;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0250464;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:85:38:40:40:45:0.529412:18:22:29:9:19:26:30:10 chr3 194353875 . G T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6004;QD=48.6278;RBI=0.154555;REFB=-0.113911;REVB=0.109177;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0147396;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr3 194373832 . TG CA 2933.16 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03187;FXX=0.0159566;HRUN=2;LEN=2;MLLD=347.397;QD=63.4197;RBI=0.0329654;REFB=0;REVB=0.00842749;RO=0;SAF=88;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.13455e-06;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:185:0:0:185:185:1:97:88:0:0:97:88:0:0 chr3 194387300 . C T 796.52 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.332;QD=56.8939;RBI=0.0649234;REFB=0;REVB=0.0259563;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188806;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:1:0:46:56:1:30:16:1:0:32:24:0:0 chr3 194842876 . CA TG 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00264376;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.657;QD=12.8341;RBI=0.00444274;REFB=-0.0157763;REVB=0.00357051;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133074;STB=0.576524;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.0245391;OID=.;OPOS=194842876;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:10:20:27:22:10:20:27:22 chr3 194842911 . A G 180.08 PASS AF=0.392857;AO=19;DP=53;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.000396698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.705;QD=12.8627;RBI=0.0142318;REFB=-0.0166855;REVB=0.0142263;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585442;STB=0.558084;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0218243;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:33:34:19:22:0.392857:6:13:21:12:6:16:22:12 chr3 195076877 . C G 487.76 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00210033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.719;QD=17.4201;RBI=0.00434075;REFB=-0.0294553;REVB=0.00379878;RO=59;SAF=31;SAR=21;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690711;STB=0.531903;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0364262;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:59:52:53:0.473214:21:31:31:28:22:31:31:28 chr3 195133640 . C T 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0133002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.782;QD=20.6392;RBI=0.0193579;REFB=-0.0337058;REVB=-0.0140654;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904525;STB=0.542391;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0193258;OID=.;OPOS=195133640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:32:36:36:0.529412:19:17:18:13:19:17:18:14 chr3 195242526 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.996;QD=51.9167;RBI=0.0307861;REFB=0;REVB=0.0306574;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103803;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr3 195345828 . AG GA 572.57 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398743;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.865;QD=60.2705;RBI=0.0406596;REFB=0;REVB=-0.00795262;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000177197;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr3 195345953 . C T 287.33 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.124431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7675;QD=38.3111;RBI=0.124515;REFB=-0.106018;REVB=0.00457577;RO=6;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183486;STB=0.509992;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0168033;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:30:30:6:6:24:24:0.8:7:17:4:2:7:17:4:2 chr3 195346477 . C T 651.42 PASS AF=0.602041;AO=56;DP=97;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0425502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5375;QD=26.5884;RBI=0.0623316;REFB=-0.0518594;REVB=0.045549;RO=40;SAF=24;SAR=32;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027825;STB=0.52238;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0305852;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:40:39:56:59:0.602041:32:24:17:23:35:24:18:21 chr3 195346861 . T C 78.52 PASS AF=0.123288;AO=18;DP=146;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=67;FWDB=-0.0475636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.359;QD=2.15119;RBI=0.0486605;REFB=-0.00127905;REVB=0.0102735;RO=127;SAF=5;SAR=13;SRF=60;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250525;STB=0.681826;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00564972;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:146:146:127:128:18:18:0.123288:13:5:60:67:13:5:61:67 chr3 195391083 . C G 1423.93 PASS AF=0.949495;AO=92;DP=97;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0403011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.599;QD=57.5326;RBI=0.0462742;REFB=-0.0246343;REVB=0.0227403;RO=5;SAF=54;SAR=38;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386398;STB=0.51989;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00117873;OID=.;OPOS=195391083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:99:5:5:92:94:0.949495:38:54:1:4:39:55:1:4 chr3 195399505 . C T 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00393511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7365;QD=10.1382;RBI=0.0248329;REFB=-0.00818219;REVB=0.0245191;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163718;STB=0.597559;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0133874;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:9:19:7:6:9:19 chr3 195400795 . C T 46.56 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0756683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9407;QD=3.44862;RBI=0.0786044;REFB=0.00920231;REVB=-0.0212831;RO=44;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125993;STB=0.589396;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0132365;OID=.;OPOS=195400795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:44:46:8:8:0.148148:5:3:21:23:5:3:22:24 chr3 195400799 . G A 46.98 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00294916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.038;QD=3.54594;RBI=0.0287907;REFB=-0.00220514;REVB=-0.0286392;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113301;STB=0.579508;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0681626;OID=.;OPOS=195400799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:53:45:45:8:8:0.150943:5:3:21:24:5:3:21:24 chr3 195400814 . C CTT,T 54.07 PASS AF=0.16,0.02;AO=5,2;DP=50;FAO=8,1;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3,1;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0350542,-0.00795513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=36.9041,186.391;QD=4.32522;RBI=0.040098,0.00812684;REFB=0.0240929,0.00737519;REVB=-0.0194692,-0.00166173;RO=40;SAF=2,1;SAR=3,1;SRF=17;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.02918,0.0614947;STB=0.555415,0.9911;STBP=0.809,0.273;TYPE=ins,snp;VARB=-0.14365,-0.0342463;OID=.,.;OPOS=195400815,195400814;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:50:40:41:5,2:8,1:0.16,0.02:3,1:2,1:17:23:5,0:3,1:18:23 chr3 195400822 . G A 78.14 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00989746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.68;QD=6.25134;RBI=0.0245816;REFB=0.00104826;REVB=0.022501;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549466;STB=0.534992;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00531946;OID=.;OPOS=195400822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:6:5:16:23:6:5:16:23 chr3 195400841 . C A 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00854328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.721;QD=9.09087;RBI=0.0197772;REFB=-0.00609331;REVB=0.0178368;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189758;STB=0.614694;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0194793;OID=.;OPOS=195400841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:12:20:6:7:12:20 chr3 195400848 . G A 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00146694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.986;QD=9.33445;RBI=0.041076;REFB=0.00601352;REVB=0.0410498;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211774;STB=0.627399;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.033028;OID=.;OPOS=195400848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:11:20:6:7:11:20 chr3 195404649 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4852;QD=48.7356;RBI=0.0373246;REFB=0;REVB=0.00918856;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114848;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 195447886 . G C 1133.25 PASS AF=0.491379;AO=114;DP=232;FAO=114;FDP=232;FR=.;FRO=118;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=0.0396509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7616;QD=19.5388;RBI=0.0473725;REFB=-0.044802;REVB=0.0259222;RO=116;SAF=73;SAR=41;SRF=76;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148426;STB=0.502054;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0438599;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:116:118:114:114:0.491379:41:73:76:40:41:73:76:42 chr3 195451880 . AG GA 223.14 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247949;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.543;QD=49.587;RBI=0.0338477;REFB=0;REVB=0.0230409;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000603746;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr3 195452770 . G A 234.34 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0241905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.584;QD=13.0188;RBI=0.0302058;REFB=-0.00565664;REVB=-0.018089;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000883841;STB=0.505984;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0118465;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:15:13:20:23:15:13:20:24 chr3 195452799 . C T 331.69 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0260749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.118;QD=12.6359;RBI=0.0619472;REFB=0.00115611;REVB=0.0561921;RO=65;SAF=19;SAR=21;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209417;STB=0.501193;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000678008;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:21:19:31:34:21:19:31:34 chr3 195452951 . G C 1377.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6882;QD=62.6084;RBI=0.101633;REFB=0;REVB=-0.0761472;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900233;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:40:48:0:0:40:48:0:0 chr3 195452987 . G A 281.1 PASS AF=0.432432;AO=33;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0763808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.181;QD=15.1948;RBI=0.0890234;REFB=-0.0410038;REVB=-0.0457289;RO=40;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390994;STB=0.53123;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0496885;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:42:33:32:0.432432:16:17:19:21:15:17:20:22 chr3 195452991 . C T 285.18 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0457256;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0883;QD=15.4153;RBI=0.0951505;REFB=0.00131781;REVB=0.0834433;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110588;STB=0.562461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.000707359;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:42:32:32:0.432432:14:18:19:23:14:18:19:23 chr3 195453014 . G A 230.1 PASS AF=0.375;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00569181;FXX=0.0399947;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.135;QD=12.7832;RBI=0.00767096;REFB=-0.0130788;REVB=-0.00514265;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474072;STB=0.523203;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0308678;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:39:45:27:27:0.375:14:13:17:22:14:13:20:25 chr3 195453064 . T G 1227.39 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.80854e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9777;QD=61.3695;RBI=0.00315557;REFB=0;REVB=0.00315503;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17824e-05;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:41:39:0:0 chr3 195453243 . C T 688.49 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00542716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.085;QD=35.3072;RBI=0.0161818;REFB=-0.0360288;REVB=0.0152446;RO=21;SAF=23;SAR=34;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367658;STB=0.519767;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0144029;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:21:21:57:57:0.730769:34:23:7:14:34:23:7:14 chr3 195453257 . G A 527.28 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0568169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2857;QD=27.3914;RBI=0.057744;REFB=-0.050615;REVB=-0.0103061;RO=28;SAF=16;SAR=32;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909614;STB=0.5098;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0370965;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:29:48:48:0.623377:32:16:9:19:32:16:9:20 chr3 195453288 . A C 32.05 PASS AF=0.0972222;AO=6;DP=69;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.0331968;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.616;QD=1.78051;RBI=0.0371045;REFB=-0.00278967;REVB=-0.0165745;RO=60;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659469;STB=0.52374;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0256637;OID=.;OPOS=195453288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:69:72:60:65:6:7:0.0972222:4:2:17:43:5:2:20:45 chr3 195453406 . G C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0234776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.541;QD=18.0505;RBI=0.035135;REFB=0.00534906;REVB=-0.0261394;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175521;STB=0.599822;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00302753;OID=.;OPOS=195453406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:1:7:7:3:1:7 chr3 195453412 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00426586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.308;QD=14.6539;RBI=0.00765278;REFB=-0.0391187;REVB=0.00635354;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246848;STB=0.64255;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0326563;OID=.;OPOS=195453412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:1:7:5:3:1:7 chr3 195456561 . C G 308.26 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00528916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.361;QD=18.4036;RBI=0.0252649;REFB=-0.0070372;REVB=0.024705;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394283;STB=0.521975;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00686529;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:13:20:22:12:13:20:22:12 chr3 195477791 . G A 3079.53 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.804;QD=62.8475;RBI=0.0554213;REFB=0;REVB=0.0222322;RO=0;SAF=113;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71231e-05;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:196:0:0:176:196:1:63:113:0:0:71:125:0:0 chr3 195479256 . T C 1039.93 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0790735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3517;QD=57.7738;RBI=0.120818;REFB=-0.0362483;REVB=0.0913475;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126057;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000631759;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:32:37:1:0:33:38:1:0 chr3 195489009 . C A 4265.88 PASS AF=1;AO=271;DP=273;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02416;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.739;QD=62.965;RBI=0.0438565;REFB=0;REVB=0.0366017;RO=0;SAF=156;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95433e-05;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:271:0:0:271:271:1:115:156:0:0:115:156:0:0 chr3 195489067 . C G 4748.57 PASS AF=1;AO=304;DP=304;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8875;QD=62.4812;RBI=0.0751012;REFB=0;REVB=-0.0616691;RO=0;SAF=158;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158926;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:304:304:0:0:304:304:1:146:158:0:0:146:158:0:0 chr3 195495916 . G C 1335.07 PASS AF=0.816;AO=100;DP=124;FAO=102;FDP=125;FR=.;FRO=23;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0431139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.238;QD=42.7224;RBI=0.0432039;REFB=0.0266808;REVB=0.00278692;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.560245;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00105462;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:0:23:100:102:0.816:45:55:0:0:46:56:20:3 chr3 195497174 . C G 1605.93 PASS AF=0.964912;AO=108;DP=112;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0740494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4883;QD=56.3486;RBI=0.0755601;REFB=-0.163248;REVB=-0.015034;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.503294;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0040136;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:114:0:4:108:110:0.964912:64:44:0:0:65:45:2:2 chr3 195497743 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.659;QD=62.3487;RBI=0.0400404;REFB=0;REVB=-0.0390782;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61639e-05;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 195501149 . C T 1385.96 PASS AF=0.957895;AO=87;DP=91;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.131471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9797;QD=58.3563;RBI=0.137103;REFB=-0.0715111;REVB=0.038892;RO=4;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411445;STB=0.521734;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00285698;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:91:95:4:4:87:91:0.957895:44:43:0:4:44:47:0:4 chr3 195505664 . G A 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.201;QD=60.962;RBI=0.0170028;REFB=0;REVB=-0.00573711;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03019e-05;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr3 195505788 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.819;QD=28.538;RBI=0.0315531;REFB=-0.123982;REVB=0.0146379;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00450408;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr3 195510827 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0184773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.263;QD=18.7673;RBI=0.0851616;REFB=-0.0355401;REVB=0.083133;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0182077;OID=.;OPOS=195510827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr3 195512107 . T A 56.11 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6714;QD=32.0638;RBI=0.0398463;REFB=0;REVB=0.0317685;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154473;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:3:4:0:0 chr3 195512373 . G GGAT 54.55 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0130637;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=237.938;QD=10.9093;RBI=0.0301405;REFB=-0.0182231;REVB=-0.0271623;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473679;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=0.0298857;OID=.;OPOS=195512374;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=GGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:20:8:20:12:7:1:5:7:54:13:6:1:6:7 chr3 195512405 . G T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00773729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.478;QD=8.69146;RBI=0.0360065;REFB=-0.0330086;REVB=-0.0351654;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550255;STB=0.845217;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0444914;OID=.;OPOS=195512405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:1:7:7:10:1:7:7:10 chr3 195515593 . TC T,TG 1538.02 PASS AF=0.121212,0.878788;AO=11,81;DP=99;FAO=12,87;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=2,61;FSAR=10,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420982,-0.0617112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.697,138.987;QD=62.1422;RBI=0.0588325,0.0774853;REFB=0,0;REVB=0.0410975,0.0468582;RO=0;SAF=0,56;SAR=11,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00619234,0.00336729;OID=.,.;OPOS=195515594,195515594;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.121212,0.878788:11,81:99:12,87:99:0:2,61:10,26:0:0:40:0:0,56:11,25:0:0 chr3 195515617 . G C 607.52 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0740006;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3492;QD=24.5463;RBI=0.156308;REFB=-0.0519765;REVB=0.137681;RO=41;SAF=35;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244824;STB=0.513351;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0382492;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:41:41:58:58:0.585859:23:35:26:15:23:35:26:15 chr3 195516087 . G T 425.48 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0118618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.295;QD=18.9102;RBI=0.0125609;REFB=-0.0278658;REVB=-0.00413203;RO=46;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153886;STB=0.50371;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0229501;OID=.;OPOS=195516087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:18:25:26:20:18:25:27:20 chr3 195516630 . G T 1122.78 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.553;QD=59.8818;RBI=0.0156355;REFB=0;REVB=0.00514321;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42212e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:52:22:0:0:53:22:0:0 chr3 195516878 . T C 320.96 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.955;QD=53.4925;RBI=0.127415;REFB=0;REVB=0.0811492;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368701;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:9:11:0:0:10:14:0:0 chr3 195517258 . G A 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.131;QD=59.4994;RBI=0.00760428;REFB=0;REVB=0.00742717;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0516e-05;OID=.;OPOS=195517258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr3 195517321 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2337;QD=60.6075;RBI=0.0887048;REFB=0;REVB=0.0836565;RO=0;SAF=37;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984678;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:1:37:0:0:1:37:0:0 chr3 195517553 . A C 538.48 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.54;QD=59.8314;RBI=0.0315414;REFB=0;REVB=0.0276052;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233663;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr3 195518112 . T TGTCTCCTGCGTAACA 180.7 PASS AF=0.235294;AO=27;DP=123;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=-0.0031022;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=15;MLLD=437.17;QD=6.07384;RBI=0.00368089;REFB=-0.00618194;REVB=0.00198123;RO=89;SAF=7;SAR=20;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369863;STB=0.740252;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.016597;OID=.;OPOS=195518113;OREF=-;OALT=GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=TGTCTCCTGCGTAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:27:123:28:119:91:7:21:51:40:99:89:7:20:49:40 chr3 195518330 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.018184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.345;QD=15.8821;RBI=0.0193593;REFB=-0.0202669;REVB=0.00664266;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227652;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr3 195594858 . G A 123.96 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0120019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.989;QD=17.0982;RBI=0.017131;REFB=-0.0246808;REVB=0.012224;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.599833;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0382695;OID=.;OPOS=195594858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:13:2:1:13:13:2 chr3 195595228 . CGG C,CG 31.84 PASS AF=0,0.375;AO=4,5;DP=24;FAO=0,9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=0,7;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.104303,-0.198384;FXX=0.039984;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=14.7036,8.2841;QD=5.30605;RBI=0.170084,0.299432;REFB=0.00236146,0.00721259;REVB=-0.134349,-0.224284;RO=13;SAF=3,4;SAR=1,1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0291583,0.0502989;STB=0.5,0.538373;STBP=1,0.858;TYPE=del,del;VARB=0.0614711,-0.109204;OID=.,.;OPOS=195595229,195595229;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.375:4,5:24:0,9:24:15:0,7:0,2:11:4:28:13:3,4:1,1:10:3 chr3 195597245 . G C 317.02 PASS AF=0.478873;AO=29;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0361457;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.576;QD=17.8603;RBI=0.0366285;REFB=-0.0217616;REVB=0.00592752;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764456;STB=0.590733;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.017047;OID=.;OPOS=195597245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:21:37:29:34:0.478873:18:11:10:11:23:11:18:19 chr3 195615376 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0828623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.759;QD=14.1319;RBI=0.084175;REFB=-0.00955109;REVB=0.0148077;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170097;STB=0.610618;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0117097;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:13:6:14:16:13:6:15:16 chr3 195668443 . GA G 171.27 PASS AF=0.338235;AO=21;DP=66;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.00642195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.417;QD=10.0744;RBI=0.0120426;REFB=-0.0278332;REVB=0.0101874;RO=45;SAF=18;SAR=3;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195151;STB=0.63335;STBP=0.237;TYPE=del;VARB=0.0554744;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338235:21:66:23:68:45:20:3:34:11:99:45:18:3:34:11 chr3 195668466 . G A 33.15 PASS AF=0.107692;AO=5;DP=63;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.02238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.707;QD=2.04025;RBI=0.051204;REFB=-0.0145089;REVB=-0.0460542;RO=58;SAF=4;SAR=1;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165835;STB=0.726511;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0572471;OID=.;OPOS=195668466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:65:58:58:5:7:0.107692:1:4:39:19:1:6:39:19 chr3 195668478 . A G 775.25 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0468776;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9607;QD=50.836;RBI=0.0518224;REFB=-0.0272234;REVB=0.0220919;RO=4;SAF=38;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116199;STB=0.506171;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00486362;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:62:61:4:4:57:57:0.934426:19:38:3:1:19:38:3:1 chr3 195692311 . T C 48.22 PASS AF=0.0684039;AO=21;DP=307;FAO=21;FDP=307;FR=.;FRO=286;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=160;FSRR=126;FWDB=0.00784512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.55;QD=0.628292;RBI=0.0509065;REFB=-0.000800948;REVB=-0.0502983;RO=278;SAF=11;SAR=10;SRF=159;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536964;STB=0.533343;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0168742;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:307:307:278:286:21:21:0.0684039:10:11:159:119:10:11:160:126 chr3 195692347 . G A 118.54 PASS AF=0.102339;AO=35;DP=342;FAO=35;FDP=342;FR=.;FRO=307;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=171;FSRR=136;FWDB=-0.00133186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.982;QD=1.3864;RBI=0.00138755;REFB=-0.00456834;REVB=0.000389158;RO=306;SAF=16;SAR=19;SRF=170;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120129;STB=0.588878;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0299382;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:306:307:35:35:0.102339:19:16:170:136:19:16:171:136 chr3 195701278 . C T 362.77 PASS AF=0.259434;AO=53;DP=210;FAO=55;FDP=212;FR=.;FRO=157;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=87;FSRR=70;FWDB=0.0186858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.621;QD=6.84468;RBI=0.0187869;REFB=-0.00190793;REVB=0.00194598;RO=156;SAF=24;SAR=29;SRF=86;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122565;STB=0.560054;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0149146;OID=.;OPOS=195701278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:156:157:53:55:0.259434:29:24:86:70:29:26:87:70 chr3 195701285 . G T 359.58 PASS AF=0.242291;AO=55;DP=227;FAO=55;FDP=227;FR=.;FRO=172;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=98;FSRR=74;FWDB=0.00666614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.652;QD=6.33614;RBI=0.0117072;REFB=-0.00240862;REVB=-0.00962401;RO=171;SAF=26;SAR=29;SRF=98;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126042;STB=0.573133;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00656065;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:171:172:55:55:0.242291:29:26:98:73:29:26:98:74 chr3 195701304 . C T 476.08 PASS AF=0.261194;AO=70;DP=268;FAO=70;FDP=268;FR=.;FRO=198;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=111;FSRR=87;FWDB=0.0213321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.382;QD=7.1056;RBI=0.0249266;REFB=-0.00119408;REVB=0.0128947;RO=198;SAF=38;SAR=32;SRF=111;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223423;STB=0.513236;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00769644;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:198:198:70:70:0.261194:32:38:111:87:32:38:111:87 chr3 195701310 . C CAA 260.12 PASS AF=0.252747;AO=63;DP=274;FAO=69;FDP=273;FR=.;FRO=204;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=117;FSRR=87;FWDB=-0.00157343;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=2;MLLD=36.1795;QD=3.81128;RBI=0.0379104;REFB=0.00829336;REVB=-0.0378778;RO=201;SAF=35;SAR=28;SRF=116;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277431;STB=0.528124;STBP=0.57;TYPE=ins;VARB=-0.0250166;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252747:63:274:69:273:204:37:32:117:87:99:201:35:28:116:85 chr3 195701331 . G A 565.01 PASS AF=0.275261;AO=79;DP=287;FAO=79;FDP=287;FR=.;FRO=208;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=123;FSRR=85;FWDB=-0.0146892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.686;QD=7.87467;RBI=0.0719385;REFB=-0.000228886;REVB=0.0704229;RO=205;SAF=44;SAR=35;SRF=120;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355957;STB=0.525387;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00123827;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:205:208:79:79:0.275261:35:44:120:85:35:44:123:85 chr3 195701388 . GC AA 730.04 PASS AF=0.352941;AO=90;DP=258;FAO=90;FDP=255;FR=.;FRO=165;FSAF=58;FSAR=32;FSRF=88;FSRR=77;FWDB=-0.00127502;FXX=0.0116275;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.956;QD=11.4516;RBI=0.018527;REFB=-0.00755471;REVB=0.0184831;RO=162;SAF=58;SAR=32;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133688;STB=0.575024;STBP=0.06;TYPE=mnp;VARB=0.012617;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:255:162:165:90:90:0.352941:32:58:86:76:32:58:88:77 chr3 195702731 . G C 77.7 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00802218;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.623;QD=12.4325;RBI=0.011335;REFB=-0.0117707;REVB=-0.00800797;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.019816;OID=.;OPOS=195702731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:16:15:10:10:0.4:5:5:7:9:5:5:7:8 chr3 195710989 . G A 1048.44 PASS AF=0.463519;AO=91;DP=239;FAO=108;FDP=233;FR=.;FRO=125;FSAF=35;FSAR=73;FSRF=46;FSRR=79;FWDB=-0.0253151;FXX=0.0251036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.152;QD=17.999;RBI=0.0310613;REFB=-0.00881908;REVB=0.0179987;RO=96;SAF=19;SAR=72;SRF=25;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692559;STB=0.52639;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0385613;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:233:96:125:91:108:0.463519:72:19:25:71:73:35:46:79 chr3 195710993 . A G 1138.15 PASS AF=0.46332;AO=120;DP=258;FAO=120;FDP=259;FR=.;FRO=139;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.0171681;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.898;QD=17.5776;RBI=0.0213476;REFB=-0.00328688;REVB=-0.0126876;RO=138;SAF=44;SAR=76;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549376;STB=0.532801;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00263328;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:138:139:120:120:0.46332:76:44:58:80:76:44:59:80 chr3 195711016 . G A 1354.79 PASS AF=0.464646;AO=138;DP=296;FAO=138;FDP=297;FR=.;FRO=159;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=70;FSRR=89;FWDB=-0.0166915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.008;QD=18.2464;RBI=0.0232316;REFB=-0.0188725;REVB=-0.0161586;RO=158;SAF=57;SAR=81;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234949;STB=0.51494;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0216546;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:297:158:159:138:138:0.464646:81:57:69:89:81:57:70:89 chr3 195798320 . G C 219.52 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=-0.0683061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.468;QD=13.1057;RBI=0.107636;REFB=-0.0177884;REVB=-0.0831847;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253934;STB=0.652678;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0265169;OID=.;OPOS=195798320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:36:40:26:27:0.402985:12:14:28:8:12:15:32:8 chr3 195925458 . A C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.101773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3821;QD=16.7277;RBI=0.108405;REFB=-0.00480266;REVB=0.0373336;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361203;STB=0.502072;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00292151;OID=.;OPOS=195925458;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:6:13:11:5:6:13 chr3 195938177 . A G 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0188298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2225;QD=58.6079;RBI=0.0233868;REFB=-0.0617378;REVB=-0.0138701;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00274949;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:36:37:0:1 chr3 195941216 . C G 2048.9 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00420824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.409;QD=61.621;RBI=0.0381568;REFB=-0.0557895;REVB=0.0379241;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=9.62582e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:0:1:132:132:0.992481:68:64:0:0:68:64:0:1 chr3 195955762 . G A 721.52 PASS AF=0.405941;AO=82;DP=202;FAO=82;FDP=202;FR=.;FRO=120;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.0104119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.127;QD=14.2876;RBI=0.0109545;REFB=-0.00701369;REVB=-0.00340481;RO=120;SAF=36;SAR=46;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824947;STB=0.546281;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0123928;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:120:120:82:82:0.405941:46:36:62:58:46:36:62:58 chr3 195956827 . T C 300.15 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00638594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9222;QD=13.9606;RBI=0.0114915;REFB=0.00484714;REVB=-0.00955379;RO=52;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830933;STB=0.547297;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0084056;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:15:19:25:27:15:19:25:27 chr3 196054439 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.775;QD=56.9383;RBI=0.0196042;REFB=0;REVB=0.00419311;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88646e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr3 196199204 . G T 347.67 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0469327;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.066;QD=14.337;RBI=0.0566525;REFB=0.00710439;REVB=-0.0317306;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180156;STB=0.597889;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0120343;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:60:59:38:38:0.391753:19:19:40:20:19:19:39:20 chr3 196281208 . T C 461.92 PASS AF=0.474227;AO=30;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00753977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.561;QD=19.0484;RBI=0.014061;REFB=-0.00680705;REVB=0.0118686;RO=45;SAF=1;SAR=29;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786178;STB=0.684133;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00572994;OID=.;OPOS=196281208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:51:30:46:0.474227:29:1:31:14:30:16:36:15 chr3 196294104 . C G 1276.63 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.24;QD=61.5241;RBI=0.0181992;REFB=0;REVB=0.0175057;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62074e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:30:50:0:0:31:52:0:0 chr3 196386964 . C G 1495.78 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.539;QD=62.3243;RBI=0.0490445;REFB=-0.109596;REVB=0.042307;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000293364;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:1:0 chr3 196435534 . T C 1104.96 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0623019;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.059;QD=58.9311;RBI=0.0627012;REFB=-0.0954828;REVB=-0.0070651;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00024011;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:34:40:1:0:34:40:1:0 chr3 196438826 . G T 703.79 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4928;QD=54.1379;RBI=0.0624126;REFB=-0.0915742;REVB=0.0538625;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00190449;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:49:51:0.980769:20:29:0:0:21:30:0:1 chr3 196443803 . T C 8238.43 PASS AF=1;AO=497;DP=501;FAO=522;FDP=522;FR=.;FRO=0;FSAF=236;FSAR=286;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779251;FXX=0.00381672;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3683;QD=63.1297;RBI=0.096913;REFB=0;REVB=0.0576176;RO=1;SAF=223;SAR=274;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00173939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100592;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:501:522:1:0:497:522:1:274:223:0:1:286:236:0:0 chr3 196448103 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.532;QD=58.1412;RBI=0.0221476;REFB=0;REVB=0.0198887;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8333e-05;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr3 196511870 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.311;QD=44.6897;RBI=0.0162786;REFB=0;REVB=-0.00244153;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271166;OID=.;OPOS=196511870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr3 196511920 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00895027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.628;QD=18.8866;RBI=0.0215808;REFB=-0.0282077;REVB=-0.0196373;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0201877;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr3 196674749 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.992;QD=58.5874;RBI=0.0650842;REFB=0;REVB=0.0396163;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884078;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 196674879 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2166;QD=60.0301;RBI=0.0461012;REFB=0;REVB=-0.0457308;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323769;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr3 196674916 . A C 910.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323442;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.199;QD=57.8033;RBI=0.0586786;REFB=0;REVB=0.0489595;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013402;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:26:35:0:0:28:35:0:0 chr3 196674971 . G GT 586.29 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579;FXX=0.0217344;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.9579;QD=52.1148;RBI=0.0585614;REFB=0;REVB=0.00877635;RO=41;SAF=5;SAR=0;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000257292;OID=.;OPOS=196674972;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:47:45:45:0:29:16:0:0:4:41:5:0:25:16 chr3 196674972 . CTG CGC,TCG 688.92 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=6,39;DP=46;FAO=6,39;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=5,24;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053543,-0.00250201;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=186.381,287.763;QD=61.2375;RBI=0.053839,0.004544;REFB=0,0;REVB=-0.0535721,0.00379313;RO=0;SAF=5,24;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0329178,-0.0042515;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=TG,CT;OALT=GC,TC;OMAPALT=CGC,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:46:45:0:0:6,39:6,39:0.133333,0.866667:1,15:5,24:0:0:1,15:5,24:0:0 chr3 196675453 . C G 277.32 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0182086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6011;QD=18.488;RBI=0.0222561;REFB=0.0300538;REVB=0.0127977;RO=30;SAF=24;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087239;STB=0.548985;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0473154;OID=.;OPOS=196675453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:6:24:22:8:6:24:22:8 chr3 196770355 . TAAGG T 323.13 PASS AF=0.348315;AO=61;DP=180;FAO=62;FDP=178;FR=.;FRO=116;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0150209;FXX=0.0165737;HRUN=2;LEN=4;MLLD=178.566;QD=7.26125;RBI=0.0152867;REFB=-0.0194462;REVB=-0.0028382;RO=112;SAF=30;SAR=31;SRF=54;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109556;STB=0.504895;STBP=0.904;TYPE=del;VARB=0.0362657;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348315:61:180:62:178:116:30:32:57:59:99:112:30:31:54:58 chr3 196771245 . G A 257.32 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0478118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.66;QD=13.724;RBI=0.0482124;REFB=0.00951966;REVB=-0.00620221;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601552;STB=0.534224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0125106;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:13:17:28:17:13:17:28:17 chr3 197020780 . G GA 98.46 PASS AF=0.393443;AO=33;DP=157;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.080866;FXX=0.0468713;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.84382;QD=3.22826;RBI=0.158596;REFB=-0.0714061;REVB=-0.136431;RO=103;SAF=12;SAR=21;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190572;STB=0.614818;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0296296;OID=.;OPOS=197020781;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443:33:157:48:122:74:20:28:45:29:98:103:12:21:53:50 chr3 197495334 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6209;QD=58.4185;RBI=0.00650175;REFB=0;REVB=0.00596391;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43525e-05;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr3 197846850 . G A 37.22 PASS AF=0.108434;AO=8;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0653965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4399;QD=1.79381;RBI=0.0653967;REFB=0.00369435;REVB=-0.000159082;RO=61;SAF=7;SAR=1;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302361;STB=0.839903;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.024594;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:83:83:61:74:8:9:0.108434:1:7:42:19:1:8:42:32 chr4 53428 . G A 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.816;QD=59.8538;RBI=0.078942;REFB=0;REVB=0.0549678;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139955;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr4 85995 . C CA 188.11 PASS AF=0.9;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0477815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5487;QD=37.6223;RBI=0.236308;REFB=0.0206398;REVB=-0.231427;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1332;STB=0.56243;STBP=0.138;TYPE=ins;VARB=-0.0229887;OID=.;OPOS=85996;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:18:26:18:20:2:11:7:0:2:9:8:11:7:3:5 chr4 86022 . CAG ATA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03343;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=154.513;QD=35.5759;RBI=0.0611131;REFB=0;REVB=-0.051159;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00333123;OID=.;OPOS=86022;OREF=CAG;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr4 86040 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.607;QD=33.4283;RBI=0.0994056;REFB=0;REVB=0.00789045;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319562;OID=.;OPOS=86040;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86042 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.31;QD=33.4285;RBI=0.0528357;REFB=0;REVB=0.0463763;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269825;OID=.;OPOS=86042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86044 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.889;QD=33.4285;RBI=0.0771805;REFB=0;REVB=0.0766792;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170877;OID=.;OPOS=86044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr4 86738 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.993;QD=55.6554;RBI=0.0399577;REFB=0;REVB=0.0191709;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37352e-05;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr4 87277 . G C 272.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8317;QD=51.8961;RBI=0.0151144;REFB=0;REVB=0.00502973;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152433;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 87313 . G GA 315.74 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6787;QD=43.55;RBI=0.102104;REFB=0;REVB=0.0767574;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00125079;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:29:29:0:14:15:0:0:6:2:12:14:1:1 chr4 376919 . G A 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.062325;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.87;QD=2.58905;RBI=0.0631033;REFB=-0.00844213;REVB=-0.00987977;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833084;STB=0.506155;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.048615;OID=.;OPOS=376919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:50:50:7:7:0.122807:2:5:36:14:2:5:36:14 chr4 648643 . G A 327.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167076;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.212;QD=54.5884;RBI=0.0168063;REFB=0;REVB=-0.00181787;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148122;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:25:24:1:21:4:0:0:20:4:0:0 chr4 663908 . A G 246.17 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0220504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.17;QD=13.4887;RBI=0.0224109;REFB=-0.0109268;REVB=0.0040038;RO=43;SAF=21;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30958;STB=0.671876;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00718411;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:29:29:0.39726:8:21:19:24:8:21:20:24 chr4 673772 . C T 123.34 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00663518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.844;QD=5.87324;RBI=0.00775794;REFB=-0.00618046;REVB=-0.00401995;RO=64;SAF=13;SAR=6;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339548;STB=0.704223;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0175285;OID=.;OPOS=673772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:64:65:19:19:0.22619:6:13:26:38:6:13:27:38 chr4 755129 . C T 1316.86 PASS AF=0.655172;AO=113;DP=173;FAO=114;FDP=174;FR=.;FRO=60;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00532511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.004;QD=30.2726;RBI=0.0294323;REFB=-0.0166967;REVB=0.0289466;RO=60;SAF=54;SAR=59;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892288;STB=0.546178;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0100596;OID=.;OPOS=755129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:60:60:113:114:0.655172:59:54:37:23:59:55:37:23 chr4 762285 . A G 714.81 PASS AF=0.634615;AO=65;DP=103;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0169269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.047;QD=27.4927;RBI=0.0181205;REFB=0.00351556;REVB=-0.00646788;RO=38;SAF=38;SAR=27;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145038;STB=0.511068;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00174922;OID=.;OPOS=762285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:38:38:65:66:0.634615:27:38:23:15:28:38:23:15 chr4 762963 . A G 59.29 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.669;QD=15.8112;RBI=0.0344395;REFB=-0.0444385;REVB=-0.0344395;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0379675;OID=.;OPOS=762963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:7:8:0.533333:7:0:0:7:8:0:0:7 chr4 780286 . C G 179.72 PASS AF=0.311688;AO=20;DP=73;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=0.00268152;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.221;QD=9.33601;RBI=0.00321405;REFB=-0.0302081;REVB=0.00177188;RO=52;SAF=13;SAR=7;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19941;STB=0.599924;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0646064;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:52:53:20:24:0.311688:7:13:41:11:9:15:40:13 chr4 843508 . C T 170.46 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0271536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.818;QD=14.205;RBI=0.0487248;REFB=-0.0200893;REVB=0.0404572;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346553;STB=0.710482;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0202697;OID=.;OPOS=843508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:29:18:19:0.395833:4:14:14:15:4:15:14:15 chr4 843695 . A G 286.83 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0140239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.628;QD=24.4114;RBI=0.0312269;REFB=-0.0391439;REVB=-0.0279007;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.545419;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0231464;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:11:15:10:11:11:15:10:11 chr4 843720 . T C 610.05 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0183577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8752;QD=28.3743;RBI=0.0285241;REFB=-0.0497016;REVB=0.0218316;RO=30;SAF=32;SAR=22;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842774;STB=0.535198;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0281688;OID=.;OPOS=843720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:30:32:54:54:0.627907:22:32:14:16:22:32:16:16 chr4 858941 . T C 817.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3688;QD=57.3512;RBI=0.0541625;REFB=0;REVB=0.0531209;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048318;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr4 860192 . A G 417.74 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0095531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.591;QD=22.8897;RBI=0.0474707;REFB=-0.0410678;REVB=-0.0464995;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945092;STB=0.546831;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0395621;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:40:41:0.561644:17:23:22:10:17:24:22:10 chr4 950213 . GT G,TG 48.81 PASS AF=0.166667,0.166667;AO=3,4;DP=24;FAO=4,4;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2,4;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.126838,-0.0161738;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.3718,98.074;QD=8.13546;RBI=0.146579,0.0630419;REFB=0.00577989,0.00120215;REVB=0.073469,-0.0609318;RO=13;SAF=1,4;SAR=2,0;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.267542,0.788559;STB=0.749062,0.99825;STBP=0.432,0.003;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0113344,-0.00132134;OID=.,.;OPOS=950214,950213;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:24:24:13:16:3,4:4,4:0.166667,0.166667:2,0:1,4:2:11:2,0:2,4:3:13 chr4 961373 . G A 4469.13 PASS AF=1;AO=281;DP=281;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.859;QD=63.392;RBI=0.0403072;REFB=0;REVB=0.0313956;RO=0;SAF=207;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20702e-05;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:281:282:0:0:281:282:1:74:207:0:0:74:208:0:0 chr4 982852 . G A 4990.44 PASS AF=0.98773;AO=321;DP=326;FAO=322;FDP=326;FR=.;FRO=4;FSAF=159;FSAR=163;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0639849;FXX=0.00305801;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.967;QD=61.2323;RBI=0.0687485;REFB=-0.116116;REVB=0.0251454;RO=2;SAF=158;SAR=163;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.20017e-05;STB=0.503144;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00139608;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:326:326:2:4:321:322:0.98773:163:158:1:1:163:159:3:1 chr4 983060 . T C 1589.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.483;QD=64.2359;RBI=0.051567;REFB=0;REVB=0.0512814;RO=0;SAF=58;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011519;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:99:0:0:94:99:1:36:58:0:0:40:59:0:0 chr4 983809 . C T 1514.58 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4403;QD=62.4567;RBI=0.0455309;REFB=-0.12062;REVB=0.0379594;RO=0;SAF=73;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511109;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000103891;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:95:96:0.989691:22:73:0:0:22:74:0:1 chr4 985727 . A G 2621.56 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.903;QD=62.0488;RBI=0.0624297;REFB=0;REVB=0.0619873;RO=0;SAF=119;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12496e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:169:0:0:163:169:1:44:119:0:0:44:125:0:0 chr4 1050653 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.804;QD=51.9167;RBI=0.0330734;REFB=0;REVB=0.0270937;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150277;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr4 1052125 . T C 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00926471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6872;QD=18.4427;RBI=0.0664035;REFB=-0.00319082;REVB=0.065754;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3166;STB=0.681098;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00670093;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:2:7:4:7:2:7 chr4 1052166 . A C 91.11 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00206025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.781;QD=17.3544;RBI=0.00657886;REFB=-0.0189112;REVB=0.00624794;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3166;STB=0.699657;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0168692;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:4:7:2:7:4:7:2:8 chr4 1087265 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0388337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.742;QD=16.1988;RBI=0.0393252;REFB=-0.0281406;REVB=-0.00619783;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0194021;OID=.;OPOS=1087265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 205.32 PASS AF=0.205128,0.333333;AO=8,13;DP=41;FAO=8,13;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8,12;FSAR=0,1;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0236772,-0.00291199;FXX=0.0249938;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=381.389,628.119;QD=21.058;RBI=0.118987,0.0199232;REFB=-0.00783803,-0.00842469;REVB=-0.116607,-0.0197093;RO=20;SAF=8,12;SAR=0,1;SRF=18;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677661,0.0764767;STB=0.997549,0.547103;STBP=0.343,0.791;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0220143,0.0044667;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:39:20:18:8,13:8,13:0.205128,0.333333:0,1:8,12:18:2:0,1:8,12:17:1 chr4 1087329 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00557097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.879;QD=20.5465;RBI=0.00889666;REFB=-0.0162719;REVB=0.00693649;RO=21;SAF=20;SAR=1;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184129;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156476;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:21:22:0.5:1:20:19:2:2:20:20:2 chr4 1087338 . C T 306.51 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.01655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.652;QD=22.7041;RBI=0.0166635;REFB=-0.0161804;REVB=0.00194216;RO=23;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162221;STB=0.588733;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00263968;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:9:22:20:3:9:22:20:3 chr4 1090625 . G A 305.0 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0105267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.15;QD=32.9727;RBI=0.018184;REFB=-0.062656;REVB=0.0148272;RO=11;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537579;STB=0.529389;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0199659;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:14:12:4:7:14:12:4:7 chr4 1102195 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0307497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.247;QD=9.56923;RBI=0.0313772;REFB=-0.00269057;REVB=-0.00624357;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00849639;OID=.;OPOS=1102195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:4:4:9:5:4:4:9:6 chr4 1164277 . C G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.17;QD=53.909;RBI=0.0185463;REFB=0;REVB=0.00399229;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175243;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:3:21:0:0:3:21:0:0 chr4 1164552 . A G 612.19 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.574;QD=59.7254;RBI=0.0294913;REFB=0;REVB=-0.00178022;RO=0;SAF=34;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640948;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:4:34:0:0:4:37:0:0 chr4 1165130 . G T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.055;QD=57.5451;RBI=0.0921734;REFB=0;REVB=0.0863811;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574411;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr4 1165741 . A G 1561.68 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.713;QD=63.7422;RBI=0.0166556;REFB=0;REVB=-0.000430149;RO=0;SAF=66;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9408e-05;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:31:66:0:0:31:67:0:0 chr4 1194630 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.022;QD=62.0207;RBI=0.0315869;REFB=0;REVB=0.0185143;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08635e-06;OID=.;OPOS=1194630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr4 1215585 . T C 340.91 PASS AF=0.618182;AO=32;DP=53;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00423815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0172;QD=24.7932;RBI=0.0741187;REFB=-0.0130182;REVB=0.0739974;RO=18;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183132;STB=0.592304;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0101966;OID=.;OPOS=1215585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:18:21:32:34:0.618182:16:16:14:4:18:16:15:6 chr4 1244416 . A G 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00927687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.93;QD=62.0197;RBI=0.0152363;REFB=-0.0585095;REVB=-0.0120866;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-3.39309e-06;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:0:1:93:93:0.989362:47:46:0:0:47:46:0:1 chr4 1330759 . T C 52.57 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0383112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9009;QD=6.78274;RBI=0.084907;REFB=-0.00956124;REVB=-0.0757723;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993443;STB=0.612635;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0297705;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:7:8:0.258065:4:3:8:15:4:4:8:15 chr4 1343405 . T C 500.05 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00337077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.602;QD=13.9874;RBI=0.011225;REFB=-0.0116613;REVB=-0.0107069;RO=87;SAF=34;SAR=22;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362293;STB=0.520491;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0185213;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:87:87:56:56:0.391608:22:34:50:37:22:34:50:37 chr4 1349029 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=0.027422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9182;QD=11.4384;RBI=0.173474;REFB=-0.00351159;REVB=0.171293;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274858;STB=0.657347;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0156157;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:22:2:3:10:22:2 chr4 1374695 . C A 234.22 PASS AF=0.31;AO=29;DP=97;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00895891;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.99;QD=9.36864;RBI=0.0110544;REFB=-0.00178782;REVB=0.00647588;RO=66;SAF=8;SAR=21;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31209;STB=0.684304;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00748823;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:66:69:29:31:0.31:21:8:35:31:23:8:35:34 chr4 1374774 . C T 162.9 PASS AF=0.309859;AO=14;DP=69;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0452765;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.35;QD=9.17723;RBI=0.0457697;REFB=-0.0177552;REVB=0.00670147;RO=36;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379075;STB=0.766783;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0224935;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:36:49:14:22:0.309859:10:4:22:14:18:4:26:23 chr4 1377615 . A G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=25;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0133881;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.899;QD=16.115;RBI=0.0210533;REFB=-0.0204372;REVB=0.0162482;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17909;STB=0.559538;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0238901;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:29:25:24:0.45283:10:15:21:6:9:15:21:8 chr4 1619865 . T C 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.847;QD=59.4988;RBI=0.0289426;REFB=0;REVB=0.0246386;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205294;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr4 1685211 . T C,G 787.97 PASS AF=0.931034,0.0517241;AO=54,3;DP=58;FAO=54,3;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31,3;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000887022,-0.00897181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.876,131.052;QD=54.3428;RBI=0.0161485,0.0100974;REFB=-0.0496075,0.0072325;REVB=0.0161242,-0.00463303;RO=1;SAF=31,3;SAR=23,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0149611,0;STB=0.507934,0.5;STBP=0.516,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000482424,0.0115063;OID=.,.;OPOS=1685211,1685211;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:1:1:54,3:54,3:0.931034,0.0517241:23,0:31,3:1:0:23,0:31,3:1:0 chr4 1701317 . G A 1020.87 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000115962;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.719;QD=59.1809;RBI=0.00361594;REFB=0;REVB=-0.00361408;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818706;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr4 1719390 . A C 264.15 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0327039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.683;QD=10.7815;RBI=0.0327088;REFB=0.00312483;REVB=0.000562287;RO=64;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179344;STB=0.510198;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00851833;OID=.;OPOS=1719390;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:66:32:32:0.326531:16:16:31:33:16:16:32:34 chr4 1737502 . C T 1432.83 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0110481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.717;QD=60.9716;RBI=0.0418238;REFB=-0.04874;REVB=0.0403381;RO=1;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137378;STB=0.504273;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000307871;OID=.;OPOS=1737502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:34:58:0:1:35:58:1:0 chr4 1739518 . CGCCATCCCTGCCATC CGCCATC,CGCCAT 810.6 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=47,14;DP=76;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213683,-0.00219177;FXX=0.142839;HRUN=3,3;LEN=9,10;MLLD=299.127,282.826;QD=49.1272;RBI=0.0366174,0.0309782;REFB=0,0;REVB=0.029736,0.0309006;RO=0;SAF=7,14;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.446729,0.446729;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000120095,-0.00668945;OID=.,.;OPOS=1739519,1739524;OREF=GCCATCCCT,CCCTGCCATC;OALT=-,-;OMAPALT=CGCCATC,CGCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969697,0.030303:47,14:76:64,2:66:0:26,2:38,0:0:0:5:0:7,14:40,0:0:0 chr4 1739592 . A G 1170.01 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.189;QD=60.7796;RBI=0.0422736;REFB=0;REVB=-0.0405147;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26474e-05;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:35:42:0:0 chr4 1805478 . C T 599.07 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.012745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3466;QD=26.0465;RBI=0.0140064;REFB=0.0174418;REVB=-0.00580891;RO=38;SAF=37;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02367;STB=0.512934;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0123344;OID=.;OPOS=1805478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:17:37:25:13:17:37:25:13 chr4 1807894 . G A 868.02 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5869;QD=57.8682;RBI=0.0517114;REFB=0;REVB=0.0380071;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511026;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr4 1809127 . CGT C,TGC 1245.17 PASS AF=0.917647,0.0823529;AO=63,13;DP=88;FAO=78,7;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=25,5;FSAR=53,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791613,-0.0429638;FXX=0.0659268;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=75.6363,68.2551;QD=58.5961;RBI=0.102648,0.0655144;REFB=0,0;REVB=0.0653462,-0.0494596;RO=0;SAF=18,6;SAR=45,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18913e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0136587,0.147857;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:88:85:0:0:63,13:78,7:0.917647,0.0823529:45,7:18,6:0:0:53,2:25,5:0:0 chr4 1815990 . G A 490.36 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0219503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.396;QD=56.0416;RBI=0.0384748;REFB=-0.175337;REVB=0.031599;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000537723;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:0:1:12:22:0:1 chr4 1816227 . T C 125.39 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0418056;FXX=0.0309246;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.2912;QD=5.33587;RBI=0.108032;REFB=-0.0813578;REVB=-0.0996155;RO=45;SAF=18;SAR=1;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.682585;STB=0.935917;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.152071;OID=.;OPOS=1816227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:97:94:45:61:19:19:0.202128:1:18:21:24:1:18:26:35 chr4 1818594 . C T 1796.36 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6003;QD=60.8935;RBI=0.0432782;REFB=0;REVB=0.0395704;RO=0;SAF=60;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65872e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:52:60:0:0:53:65:0:0 chr4 1952803 . C T 186.41 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0366043;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6099;QD=25.7117;RBI=0.0405191;REFB=-0.0788074;REVB=0.0173759;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121811;STB=0.567497;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.051452;OID=.;OPOS=1952803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:11:11:18:18:0.62069:6:12:9:2:6:12:9:2 chr4 1954941 . C T 57.29 PASS AF=0.112;AO=14;DP=125;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.0107104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.248;QD=1.8332;RBI=0.0467391;REFB=-0.000862522;REVB=-0.0454954;RO=111;SAF=11;SAR=3;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368937;STB=0.771533;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00482456;OID=.;OPOS=1954941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:125:125:111:111:14:14:0.112:3:11:54:57:3:11:54:57 chr4 1954945 . A G 2027.22 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.581;QD=62.3759;RBI=0.0116513;REFB=0;REVB=-0.0024802;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37819e-05;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:60:70:0:0:60:70:0:0 chr4 1986542 . C T 466.07 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.714;QD=58.2592;RBI=0.0254537;REFB=0;REVB=0.0110467;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184193;OID=.;OPOS=1986542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:30:32:1:15:15:0:0:17:15:0:0 chr4 2257022 . C CG 73.66 PASS AF=0.290698;AO=29;DP=88;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0502938;FXX=0.0114929;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.5692;QD=3.426;RBI=0.0879691;REFB=-0.0132149;REVB=-0.0721742;RO=57;SAF=19;SAR=10;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133187;STB=0.684703;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.1395;OID=.;OPOS=2257023;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290698:29:88:25:86:61:19:6:32:29:73:57:19:10:31:26 chr4 2306053 . A G 63.45 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0104404;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.137;QD=7.93129;RBI=0.0128676;REFB=-0.0124433;REVB=0.00752146;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411622;STB=0.538922;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0291445;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:22:23:9:9:0.28125:4:5:13:9:4:5:14:9 chr4 2444931 . A G 359.32 PASS AF=0.282486;AO=50;DP=177;FAO=50;FDP=177;FR=.;FRO=127;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=80;FSRR=47;FWDB=-0.00597835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.105;QD=8.12011;RBI=0.0117366;REFB=-0.00461131;REVB=-0.0100998;RO=127;SAF=21;SAR=29;SRF=80;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251805;STB=0.647236;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0112672;OID=.;OPOS=2444931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:127:127:50:50:0.282486:29:21:80:47:29:21:80:47 chr4 2451694 . T C 264.25 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00260331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.257;QD=26.4251;RBI=0.00414924;REFB=-0.0343281;REVB=0.00323094;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181102;STB=0.59992;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0192629;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:12:4:12:12:12:4 chr4 2460571 . C T 375.58 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0876587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0652;QD=23.8462;RBI=0.0877835;REFB=-0.0358991;REVB=-0.00467886;RO=26;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970927;STB=0.558109;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0217917;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:26:36:37:0.587302:19:17:9:17:19:18:9:17 chr4 2460955 . G A 359.48 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00362521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=17.3244;RBI=0.00710342;REFB=-0.030766;REVB=0.00610871;RO=45;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134935;STB=0.575195;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0344106;OID=.;OPOS=2460955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:22:16:13:32:22:16:13:32 chr4 2461888 . A G 748.42 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00276135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.279;QD=55.4388;RBI=0.0747543;REFB=0;REVB=0.0747033;RO=1;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429265;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:29:24:0:1:30:24:0:0 chr4 2492191 . T C 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0172294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.865;QD=12.0972;RBI=0.0182295;REFB=-0.00315571;REVB=0.00595504;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20135;STB=0.615532;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00382885;OID=.;OPOS=2492191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:12:15:17:29:12:15:17:29 chr4 2695383 . CA AC,CAC 73.68 PASS AF=0.02,0.32;AO=6,8;DP=51;FAO=1,16;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=1,9;FSAR=0,7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.026959,-0.00539246;FXX=0.019604;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=28.4459,12.8596;QD=5.89435;RBI=0.027146,0.0670549;REFB=-0.0181088,-0.111365;REVB=-0.00318007,0.0668377;RO=35;SAF=5,5;SAR=1,3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.350753,0.0674139;STB=0.987921,0.529989;STBP=0.472,0.767;TYPE=mnp,ins;VARB=0.181674,0.184034;OID=.,.;OPOS=2695383,2695385;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:51:50:35:33:6,8:1,16:0.02,0.32:1,3:5,5:20:15:0,7:1,9:20:13 chr4 2743999 . A G 1822.5 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.753;QD=61.2605;RBI=0.033691;REFB=0;REVB=9.13243e-05;RO=0;SAF=52;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55092e-05;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:67:52:0:0:67:52:0:0 chr4 2744087 . G A 980.92 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5748;QD=55.263;RBI=0.028327;REFB=-0.175887;REVB=0.0174771;RO=3;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121383;STB=0.500613;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00601781;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:3:2:68:69:0.971831:35:33:1:2:36:33:1:1 chr4 2814148 . A G 493.45 PASS AF=0.321608;AO=60;DP=199;FAO=64;FDP=199;FR=.;FRO=135;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=60;FSRR=75;FWDB=-0.0199078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4067;QD=9.91853;RBI=0.0247421;REFB=-0.00552328;REVB=-0.0146918;RO=131;SAF=37;SAR=23;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222883;STB=0.633612;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0498175;OID=.;OPOS=2814148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:131:135:60:64:0.321608:23:37:56:75:23:41:60:75 chr4 2822467 . G T 745.19 PASS AF=0.759494;AO=57;DP=76;FAO=60;FDP=79;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0621928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.929;QD=37.7309;RBI=0.0765062;REFB=-0.0530179;REVB=0.0445561;RO=19;SAF=28;SAR=29;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155909;STB=0.578743;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155117;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:19:19:57:60:0.759494:29:28:3:16:31:29:3:16 chr4 2826400 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2694;QD=58.9592;RBI=0.0637583;REFB=0;REVB=-0.0225475;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536093;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr4 2826912 . C G 239.32 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=18;FWDB=-0.0134187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.83;QD=9.20459;RBI=0.023855;REFB=-0.0112831;REVB=-0.019723;RO=72;SAF=19;SAR=13;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202352;STB=0.616969;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0182102;OID=.;OPOS=2826912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:13:19:54:18:13:19:54:18 chr4 2828771 . T G 205.93 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0288253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.605;QD=31.6817;RBI=0.0564354;REFB=-0.0194314;REVB=0.0485186;RO=7;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14341;STB=0.578644;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00780458;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:7:7:19:19:0.730769:11:8:1:6:11:8:1:6 chr4 2829409 . G A 78.65 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00704699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.808;QD=14.9801;RBI=0.0175099;REFB=-0.020018;REVB=0.0160292;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483868;STB=0.75628;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0258669;OID=.;OPOS=2829409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:9:1:7:3:9:2 chr4 2831383 . T G 387.73 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.00773705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.073;QD=29.2624;RBI=0.007873;REFB=-0.0258558;REVB=0.00145674;RO=17;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286328;STB=0.655657;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0229065;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:17:17:35:36:0.679245:19:16:16:1:20:16:16:1 chr4 2906707 . G T 1040.91 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00808519;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.499;QD=56.2655;RBI=0.0157104;REFB=-0.0949208;REVB=0.0134702;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.511901;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000694364;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:71:72:0.972973:30:41:1:0:31:41:2:0 chr4 2916762 . C G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.003;QD=62.3138;RBI=0.0770213;REFB=0;REVB=-0.0665846;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44085e-05;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:55:31:0:0:55:31:0:0 chr4 2928413 . T C 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.03418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.092;QD=23.6238;RBI=0.0364847;REFB=-0.0211192;REVB=0.0127617;RO=36;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943586;STB=0.551739;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0127061;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:22:24:23:13:22:24:23:13 chr4 3162056 . C T 461.33 PASS AF=0.72;AO=37;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.016609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7276;QD=36.9067;RBI=0.052505;REFB=0.0491433;REVB=-0.0498088;RO=13;SAF=12;SAR=25;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914486;STB=0.515143;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0204602;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:14:37:36:0.72:25:12:4:9:24:12:4:10 chr4 3213832 . G A 549.67 PASS AF=0.705882;AO=47;DP=67;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000423575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.636;QD=32.3337;RBI=0.00412938;REFB=-0.0362371;REVB=0.0041076;RO=19;SAF=24;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196834;STB=0.506132;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0140717;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:19:20:47:48:0.705882:23:24:9:10:23:25:10:10 chr4 3215835 . T C 277.47 PASS AF=0.392857;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0196059;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.921;QD=19.8193;RBI=0.0227495;REFB=-0.0374541;REVB=0.0115389;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115914;STB=0.529043;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0300393;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:26:20:22:0.392857:13:7:12:14:13:9:12:14 chr4 3219613 . A C 2374.77 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172963;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.46;QD=64.183;RBI=0.0624601;REFB=0;REVB=0.0600175;RO=0;SAF=85;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63683e-05;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:148:148:1:63:85:0:0:63:85:0:0 chr4 3227419 . A G 791.75 PASS AF=0.626087;AO=72;DP=115;FAO=72;FDP=115;FR=.;FRO=43;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0119944;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.15;QD=27.539;RBI=0.020667;REFB=-0.00750359;REVB=-0.0168303;RO=43;SAF=38;SAR=34;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10711;STB=0.558;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00551407;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:43:43:72:72:0.626087:34:38:16:27:34:38:16:27 chr4 3231661 . G A 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0446603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.991;QD=7.40608;RBI=0.0465658;REFB=0.00726618;REVB=0.0131845;RO=40;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203313;STB=0.627317;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0245082;OID=.;OPOS=3231661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:11:3:14:26:11:3:14:26 chr4 3234980 . G A 894.88 PASS AF=0.613636;AO=80;DP=131;FAO=81;FDP=132;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0390416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.751;QD=27.1176;RBI=0.0401204;REFB=-0.0155874;REVB=0.00924116;RO=50;SAF=37;SAR=43;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408914;STB=0.515738;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00827771;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:50:51:80:81:0.613636:43:37:26:24:43:38:26:25 chr4 3257593 . C T 444.72 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0378499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.27;QD=41.3692;RBI=0.0485331;REFB=-0.0548751;REVB=0.0303784;RO=9;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252833;STB=0.513661;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0119844;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:21:13:4:5:21:13:4:5 chr4 3263138 . G A 419.44 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0268826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.912;QD=22.9833;RBI=0.0520387;REFB=-0.0515913;REVB=0.0445573;RO=32;SAF=18;SAR=23;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183538;STB=0.600371;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0286113;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:23:18:7:25:23:18:7:25 chr4 3318413 . A G 122.31 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0114749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.682;QD=8.43539;RBI=0.0152305;REFB=0.00990309;REVB=-0.0100147;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134538;STB=0.580552;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0281922;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:9:8:24:17:9:8:24:17 chr4 3417845 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.63;QD=58.5876;RBI=0.0260359;REFB=0;REVB=0.0104671;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126334;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr4 3424231 . C T 184.26 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00664263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.519;QD=8.18927;RBI=0.00860482;REFB=-0.00630756;REVB=-0.00546977;RO=65;SAF=16;SAR=9;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493405;STB=0.529389;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0152048;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:65:65:25:25:0.277778:9:16:44:21:9:16:44:21 chr4 3441283 . GC CG,GCG 82.77 PASS AF=0.0243902,0.195122;AO=6,14;DP=85;FAO=2,16;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=2,14;FSAR=0,2;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0481428,-0.0465428;FXX=0.03529;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=66.9744,59.6161;QD=4.03745;RBI=0.111618,0.183097;REFB=0.00190091,-0.000998132;REVB=-0.100702,-0.177083;RO=60;SAF=5,11;SAR=1,3;SRF=25;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.448424,0.455756;STB=0.995639,0.868957;STBP=0.097,0.003;TYPE=mnp,ins;VARB=0.125167,-0.0650457;OID=.,.;OPOS=3441283,3441285;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:85:82:60:64:6,14:2,16:0.0243902,0.195122:1,3:5,11:25:35:0,2:2,14:27:37 chr4 3441286 . C CG,G 56.85 PASS AF=0.170732,0;AO=14,5;DP=83;FAO=14,0;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=10,0;FSAR=4,0;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0279956,-0.0146397;FXX=0.03529;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=82.3173,58.6889;QD=2.77332;RBI=0.0585876,0.0341314;REFB=-0.00431109,0.00406763;REVB=-0.0514661,-0.0308323;RO=62;SAF=12,0;SAR=2,5;SRF=32;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.46991,-0.554171;STB=0.672472,0.5;STBP=0.17,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.098855,0;OID=.,.;OPOS=3441287,3441286;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:83:82:62:68:14,5:14,0:0.170732,0:2,5:12,0:32:30:4,0:10,0:35:33 chr4 3444503 . G A 195.58 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.0360863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2366;QD=12.6178;RBI=0.0363175;REFB=-0.011976;REVB=0.00409211;RO=38;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582057;STB=0.533307;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0309851;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:6:18:30:8:6:18:30:8 chr4 3446131 . TC T,TG,TT 623.46 PASS AF=0,0.952381,0.047619;AO=6,30,2;DP=42;FAO=0,40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169641,0.0100561,0.0202196;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=197.576,205.759,178.16;QD=59.3769;RBI=0.0594149,0.0469025,0.055916;REFB=0,0,0;REVB=0.0569417,0.0458118,0.0521322;RO=0;SAF=3,9,0;SAR=3,21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00504998,0.000230228,0.0495505;OID=.,.,.;OPOS=3446132,3446132,3446132;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.952381,0.047619:6,30,2:42:0,40,2:42:0:0,14,0:0,26,2:0:0:8:0:3,9,0:3,21,2:0:0 chr4 3447016 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.016398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.08;QD=12.2122;RBI=0.0802053;REFB=-0.0274791;REVB=-0.0785111;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303876;STB=0.67972;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0257585;OID=.;OPOS=3447016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:9:13:4:9:9:13 chr4 3447962 . C T 670.24 PASS AF=0.686747;AO=57;DP=84;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0409799;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.487;QD=32.3006;RBI=0.0505945;REFB=-0.0237972;REVB=0.0296723;RO=25;SAF=40;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116089;STB=0.571131;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0070158;OID=.;OPOS=3447962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:25:26:57:57:0.686747:17:40:13:12:17:40:13:13 chr4 3449652 . G A 303.55 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0337923;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4706;QD=14.2849;RBI=0.0465546;REFB=-0.0204525;REVB=-0.032022;RO=47;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106563;STB=0.542144;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0204327;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:51:34:34:0.4:19:15:16:31:19:15:19:32 chr4 3475252 . T C 5392.16 PASS AF=0.991304;AO=341;DP=345;FAO=342;FDP=345;FR=.;FRO=3;FSAF=186;FSAR=156;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0283655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3099;QD=62.5178;RBI=0.0327743;REFB=0.0463742;REVB=-0.016418;RO=3;SAF=185;SAR=156;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208107;STB=0.501076;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000887033;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:345:345:3:3:341:342:0.991304:156:185:2:1:156:186:2:1 chr4 3495095 . G A 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0563143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.564;QD=32.8219;RBI=0.0601274;REFB=-0.00715147;REVB=-0.0210714;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.599759;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0102577;OID=.;OPOS=3495095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:0:1:2:7:0:1 chr4 3514695 . A G 703.13 PASS AF=0.631579;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=95;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0349594;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.006;QD=29.6054;RBI=0.0619951;REFB=0.0089433;REVB=-0.051198;RO=35;SAF=34;SAR=26;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15135;STB=0.582083;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0113837;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:35:35:60:60:0.631579:26:34:12:23:26:34:12:23 chr4 3589689 . C A 267.27 PASS AF=0.541667;AO=22;DP=45;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0504002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8506;QD=22.2723;RBI=0.0593773;REFB=-0.0925587;REVB=0.0313925;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319312;STB=0.639957;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0677371;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:22:22:22:26:0.541667:17:5:12:10:19:7:12:10 chr4 3589719 . CA C 186.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0468176;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5796;QD=12.656;RBI=0.072458;REFB=0.0166764;REVB=-0.0553017;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254471;STB=0.63494;STBP=0.052;TYPE=del;VARB=-0.0189718;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:28:61:28:59:31:10:18:19:12:99:30:10:18:19:11 chr4 3590683 . T G 447.28 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0138567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.108;QD=18.4446;RBI=0.0178206;REFB=0.00291756;REVB=0.0112056;RO=52;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00495076;STB=0.502761;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00357672;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:21:24:28:24:21:24:28:24 chr4 3590711 . G T 339.55 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0193616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9795;QD=15.434;RBI=0.0237893;REFB=-0.0238777;REVB=-0.0138224;RO=51;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884037;STB=0.549973;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0340024;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:15:22:26:25:15:22:26:25 chr4 3590730 . G A 330.93 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0126319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.111;QD=15.9482;RBI=0.0295862;REFB=0.000853472;REVB=0.026754;RO=46;SAF=22;SAR=14;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253003;STB=0.509111;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000533472;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:46:47:36:36:0.433735:14:22:28:18:14:22:28:19 chr4 3590817 . T C 271.31 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00472493;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4134;QD=22.1476;RBI=0.00720459;REFB=-0.0457427;REVB=0.00543886;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173477;STB=0.596537;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0535532;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:18:6:11:14:18:6 chr4 3590823 . GACACACACACACACACACAC GACACACACACACACAC,GACACACACACACACACAC,GACACACACACACACACACA 458.94 PASS AF=0.685714,0.285714,0;AO=19,5,4;DP=39;FAO=24,10,0;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16,10,0;FSAR=8,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023691,0.0164734,-0.00275653;FXX=0.102538;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=94.6239,37.9414,44.7149;QD=52.4508;RBI=0.111749,0.0169008,0.0232463;REFB=-0.0765125,-0.264187,-0.235464;REVB=0.109209,0.00377648,-0.0230823;RO=1;SAF=15,5,4;SAR=4,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0297028,0,0;STB=0.515139,0.5,0.5;STBP=0.608,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.072016,0.0495002,0.0279189;OID=.,.,.;OPOS=3590824,3590824,3590843;OREF=ACAC,AC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GACACACACACACACAC,GACACACACACACACACAC,GACACACACACACACACACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.685714,0.285714,0:19,5,4:39:24,10,0:35:1:16,10,0:8,0,0:1:0:59:1:15,5,4:4,0,0:1:0 chr4 3590878 . C T 617.42 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.00221418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9847;QD=26.273;RBI=0.110559;REFB=-0.0536722;REVB=0.110537;RO=38;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179735;STB=0.599966;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0508618;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:55:56:0.595745:26:29:29:9:27:29:29:9 chr4 3590911 . A C 1021.53 PASS AF=0.578313;AO=96;DP=166;FAO=96;FDP=166;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=-0.00571346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.358;QD=24.6153;RBI=0.0353679;REFB=-0.0155925;REVB=0.0349034;RO=70;SAF=49;SAR=47;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114337;STB=0.562047;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0125523;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:70:70:96:96:0.578313:47:49:46:24:47:49:46:24 chr4 3591015 . A C 1027.85 PASS AF=0.439024;AO=108;DP=246;FAO=108;FDP=246;FR=.;FRO=138;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=-0.0246158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6501;QD=16.713;RBI=0.0252985;REFB=-0.0125597;REVB=-0.0058371;RO=126;SAF=57;SAR=51;SRF=79;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976347;STB=0.537527;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0158953;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:126:138:108:108:0.439024:51:57:79:47:51:57:82:56 chr4 3591049 . C T 771.18 PASS AF=0.396624;AO=92;DP=228;FAO=94;FDP=237;FR=.;FRO=143;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=80;FSRR=63;FWDB=0.0421961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.2467;QD=13.0157;RBI=0.0438455;REFB=-0.0175008;REVB=0.0119126;RO=136;SAF=51;SAR=41;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020706;STB=0.503816;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0325588;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:237:136:143:92:94:0.396624:41:51:78:58:42:52:80:63 chr4 3591069 . C T 841.59 PASS AF=0.43662;AO=89;DP=208;FAO=93;FDP=213;FR=.;FRO=120;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.0160174;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.124;QD=15.8045;RBI=0.0352086;REFB=-0.0143362;REVB=-0.0313542;RO=115;SAF=49;SAR=40;SRF=60;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293839;STB=0.508545;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0174875;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:213:115:120:89:93:0.43662:40:49:60:55:42:51:64:56 chr4 4199755 . T C 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0262667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.327;QD=3.15726;RBI=0.0262668;REFB=-2.19491e-05;REVB=-6.56606e-05;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229851;STB=0.666112;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00231818;OID=.;OPOS=4199755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:19:17:4:2:19:17 chr4 4237495 . A G 50.82 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0557038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.756;QD=5.21233;RBI=0.0575358;REFB=-0.00587227;REVB=0.0144034;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394356;STB=0.758854;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0401947;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:18:13:6:2:18:13 chr4 4237511 . C T 42.48 PASS AF=0.2;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0137107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.998;QD=4.85444;RBI=0.0140626;REFB=-0.00577368;REVB=-0.00312627;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317106;STB=0.747354;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0360192;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:28:28:6:7:0.2:4:2:17:11:5:2:17:11 chr4 4239587 . G T 149.51 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=95;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0418397;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6059;QD=6.3619;RBI=0.0432865;REFB=0.00160103;REVB=0.0110976;RO=70;SAF=16;SAR=6;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32544;STB=0.691973;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00342298;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:70:72:22:22:0.234043:6:16:33:37:6:16:35:37 chr4 4276132 . T C 689.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.819;QD=62.6538;RBI=0.0639479;REFB=0;REVB=0.0381089;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301938;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr4 4304605 . G A 335.79 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.415;QD=53.7258;RBI=0.0582391;REFB=0;REVB=0.0237311;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209387;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:11:14:0:0 chr4 4322570 . G A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4017;QD=57.5418;RBI=0.0160369;REFB=0;REVB=-0.0155831;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67906e-05;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr4 4322665 . T C 1107.23 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344321;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.154;QD=60.6703;RBI=0.0347372;REFB=0;REVB=-0.00459382;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99737e-06;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:45:28:0:0:45:28:0:0 chr4 4322770 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.486;QD=62.671;RBI=0.0691936;REFB=0;REVB=0.0655362;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62796e-05;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr4 4864638 . C T 224.7 PASS AF=0.35;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0372152;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.885;QD=11.2349;RBI=0.0433375;REFB=-0.0217787;REVB=-0.0222074;RO=51;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344611;STB=0.524982;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0447363;OID=.;OPOS=4864638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:27:28:0.35:14:13:23:28:14:14:24:28 chr4 5448429 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00622726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.306;QD=18.4835;RBI=0.0249193;REFB=-0.0179986;REVB=-0.0241286;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711292;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.022838;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:13:6:5:15:13:6:5:16 chr4 5570221 . G A 2456.82 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.755;QD=61.4204;RBI=0.0179641;REFB=0;REVB=1.33177e-05;RO=0;SAF=105;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62732e-05;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:55:105:0:0:55:105:0:0 chr4 5624670 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0174351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.319;QD=29.1641;RBI=0.0175815;REFB=-0.0370335;REVB=-0.00226405;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119933;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00827536;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:2:1:7:4:2:1 chr4 5630290 . C T 320.38 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0168999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.591;QD=16.2217;RBI=0.0765406;REFB=-0.0175007;REVB=-0.0746515;RO=41;SAF=26;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072194;STB=0.57214;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0259652;OID=.;OPOS=5630290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:41:44:35:35:0.443038:9:26:28:13:9:26:28:16 chr4 5690902 . T C 459.96 PASS AF=0.637681;AO=41;DP=66;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00448761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.654;QD=26.6642;RBI=0.00472036;REFB=-0.00306148;REVB=-0.00146393;RO=23;SAF=25;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295993;STB=0.505195;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00415139;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:23:25:41:44:0.637681:16:25:15:8:17:27:15:10 chr4 5721021 . A C 146.32 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=4.38665e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7321;QD=7.40857;RBI=0.0321407;REFB=0.00199035;REVB=0.0321407;RO=58;SAF=8;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186865;STB=0.612951;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00661881;OID=.;OPOS=5721021;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:13:8:31:27:13:8:31:27 chr4 5743509 . C T 1200.73 PASS AF=0.964286;AO=83;DP=83;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0181658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.087;QD=57.1774;RBI=0.0192452;REFB=-0.0451356;REVB=0.00635448;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.519995;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000404772;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:84:0:3:83:81:0.964286:39:44:0:0:36:45:0:3 chr4 5743512 . T C 1193.61 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.207;QD=59.6807;RBI=0.0472574;REFB=0.0846486;REVB=0.0188211;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106383;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000228536;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:35:44:1:0:35:44:1:0 chr4 5749904 . T C 241.8 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0214728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0369;QD=29.3089;RBI=0.0300535;REFB=-0.000547183;REVB=-0.021027;RO=11;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032086;STB=0.517669;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000485387;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:7:15:8:3:7:15:8:3 chr4 5749961 . G C 208.88 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00169585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6336;QD=25.319;RBI=0.0372498;REFB=-0.0326859;REVB=0.0372112;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688599;STB=0.538422;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0185812;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:6:14:8:5:6:14:8:5 chr4 5755542 . C A 258.29 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00713483;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.025;QD=13.7752;RBI=0.0107109;REFB=-0.0104433;REVB=-0.00798863;RO=45;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154582;STB=0.57138;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.01413;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:9:20:25:20:10:20:25:20 chr4 5759860 . A G 150.19 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0190361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7269;QD=9.84825;RBI=0.0237171;REFB=-0.0184266;REVB=-0.0141466;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267307;STB=0.657266;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0392612;OID=.;OPOS=5759860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:7:13:17:24:7:13:17:24 chr4 5838513 . C G 138.44 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=104;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.0188672;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9529;QD=5.3762;RBI=0.0432037;REFB=-0.00583179;REVB=0.0388663;RO=82;SAF=9;SAR=13;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234124;STB=0.650429;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0237811;OID=.;OPOS=5838513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:82:81:22:22:0.213592:13:9:49:33:13:9:49:32 chr4 5975538 . G A 795.29 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=64;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0199681;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.159;QD=51.3087;RBI=0.0223481;REFB=-0.0267166;REVB=0.0100355;RO=4;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168034;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:62:4:4:58:58:0.935484:29:29:2:2:29:29:2:2 chr4 5990110 . C A 1447.66 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00475376;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.669;QD=60.9541;RBI=0.0125293;REFB=-0.16221;REVB=0.0115924;RO=1;SAF=38;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123125;STB=0.501989;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=7.19362e-05;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:1:2:93:93:0.978947:55:38:1:0:55:38:1:1 chr4 5990339 . G A 1313.13 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.165;QD=61.7946;RBI=0.0171565;REFB=0;REVB=0.00847032;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10912e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:78:85:1:34:44:0:0:39:46:0:0 chr4 5990551 . G A 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6718;QD=59.832;RBI=0.0372467;REFB=0;REVB=0.000943019;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625421;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr4 5990599 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3548;QD=52.6126;RBI=0.0833548;REFB=0;REVB=0.012316;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157187;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr4 5990791 . A G 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.945;QD=57.0992;RBI=0.0475484;REFB=0;REVB=0.0463621;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154373;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr4 5991384 . T C 364.82 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.019703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3228;QD=52.1175;RBI=0.0418253;REFB=-0.0475359;REVB=-0.0368937;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00789383;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr4 5991448 . G A 88.76 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0186329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7817;QD=16.9057;RBI=0.0548226;REFB=-0.00883488;REVB=0.051559;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172412;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0257582;OID=.;OPOS=5991448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:20:21:10:10:10:11:0.52381:5:5:3:7:5:6:3:7 chr4 5991476 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2034;QD=42.1823;RBI=0.0533758;REFB=0;REVB=-0.000253226;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229978;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr4 6293696 . C G 3806.13 PASS AF=1;AO=236;DP=238;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467853;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.516;QD=63.7009;RBI=0.0470968;REFB=0;REVB=0.00540802;RO=0;SAF=132;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08866e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34959e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:238:239:0:0:236:239:1:104:132:0:0:105:134:0:0 chr4 6302519 . G A 544.58 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134055;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6036;QD=60.5087;RBI=0.0532164;REFB=0;REVB=-0.0515003;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322131;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 6302707 . C T 598.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108804;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.277;QD=61.3545;RBI=0.0133229;REFB=0;REVB=0.00768872;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78189e-05;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:40:39:1:26:14:0:0:25:14:0:0 chr4 6303022 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.882;QD=63.2854;RBI=0.0202431;REFB=0;REVB=-0.012731;RO=0;SAF=39;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32234e-06;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:7:39:0:0:7:39:0:0 chr4 6303248 . G A 298.64 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000397268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.319;QD=23.8915;RBI=0.031695;REFB=-0.0397428;REVB=0.0316925;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235135;STB=0.630562;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0215113;OID=.;OPOS=6303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:16:7:16:11:16:7 chr4 6303955 . G A 763.35 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.411;QD=63.6127;RBI=0.0504409;REFB=0;REVB=0.024489;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111561;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:1:0:45:48:1:21:24:1:0:23:25:0:0 chr4 6304087 . A G 907.35 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021865;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.007;QD=57.6098;RBI=0.0280578;REFB=0;REVB=-0.0175829;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20409e-05;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:21:41:0:0:22:41:0:0 chr4 6304118 . G A 130.48 PASS AF=0.227273;AO=19;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0280382;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.272;QD=5.93109;RBI=0.042308;REFB=-0.0097988;REVB=0.0316831;RO=69;SAF=10;SAR=9;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104587;STB=0.553312;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0389872;OID=.;OPOS=6304118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:68:19:20:0.227273:9:10:42:27:9:11:42:26 chr4 6304242 . T C 744.39 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0808892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8074;QD=54.1374;RBI=0.0837611;REFB=0.106467;REVB=0.0217455;RO=1;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200431;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-7.62105e-05;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:23:30:0:1:24:30:0:1 chr4 6304286 . C T 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.951;QD=64.4124;RBI=0.0458505;REFB=0;REVB=-0.00140006;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147917;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr4 6304344 . G A 613.99 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0133663;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.304;QD=25.8523;RBI=0.0226677;REFB=-0.0142155;REVB=0.0183076;RO=37;SAF=30;SAR=25;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979358;STB=0.555536;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0127012;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:37:40:55:55:0.578947:25:30:25:12:25:30:27:13 chr4 6325086 . G A 1338.81 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.637;QD=62.27;RBI=0.0685786;REFB=0;REVB=0.0627883;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109022;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:37:46:0:0:39:47:0:0 chr4 6382919 . C CT,T 467.28 PASS AF=0.111111,0.861111;AO=4,29;DP=36;FAO=4,31;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=2,22;FSAR=2,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244019,0.0354174;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=165.544,180.95;QD=51.9205;RBI=0.0275567,0.0382726;REFB=-0.0457939,-0.0515702;REVB=0.0128031,0.0145052;RO=3;SAF=2,20;SAR=2,9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.357477,-0.0649138;STB=0.599516,0.511104;STBP=0.533,0.621;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0170657,0.00303826;OID=.,.;OPOS=6382920,6382919;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:36:36:3:1:4,29:4,31:0.111111,0.861111:2,9:2,20:3:0:2,9:2,22:1:0 chr4 6594947 . A C 1255.09 PASS AF=0.965517;AO=78;DP=81;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0400522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8817;QD=57.7052;RBI=0.0402414;REFB=0.0105226;REVB=-0.00389689;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134949;STB=0.506577;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00275918;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:87:3:3:78:84:0.965517:37:41:1:2:40:44:1:2 chr4 6600012 . A G 2477.43 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545973;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.393;QD=61.5511;RBI=0.0613581;REFB=0;REVB=0.0279992;RO=0;SAF=67;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.9218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84694e-05;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:161:0:0:158:161:1:91:67:0:0:91:70:0:0 chr4 6606864 . A G 734.11 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.321;QD=61.1756;RBI=0.0425128;REFB=0.013279;REVB=0.0215622;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000143634;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:24:22:0:1:25:22:0:1 chr4 6619165 . A G 421.71 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.584;QD=56.2279;RBI=0.0456873;REFB=0;REVB=-0.0233271;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423946;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:10:20:0:0 chr4 6619204 . G A 105.3 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000403225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.072;QD=11.0845;RBI=0.0612753;REFB=-0.0207797;REVB=0.061274;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180844;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.043226;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:25:13:13:0.342105:7:6:11:12:7:6:13:12 chr4 6698667 . T A,C 737.91 PASS AF=0.0408163,0.938776;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=2,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00930952,-0.010324;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.4186,157.951;QD=60.2378;RBI=0.0402818,0.0180864;REFB=0.0694812,0.0327811;REVB=-0.0391913,0.0148503;RO=1;SAF=0,16;SAR=2,30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.028473;STB=0.993266,0.515145;STBP=0.232,0.269;TYPE=snp,snp;VARB=0.162382,-0.00241597;OID=.,.;OPOS=6698667,6698667;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:1:1:2,46:2,46:0.0408163,0.938776:2,30:0,16:1:0:2,30:0,16:1:0 chr4 6698706 . A C 846.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4857;QD=57.3606;RBI=0.0258517;REFB=0;REVB=0.0252219;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218542;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:39:19:0:0:40:19:0:0 chr4 6718775 . G T 364.42 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00504407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.847;QD=23.5109;RBI=0.0191747;REFB=-0.00409067;REVB=0.0184994;RO=24;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133648;STB=0.559788;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00407908;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:24:26:35:36:0.580645:18:17:16:8:19:17:16:10 chr4 6719092 . TAGTC T 122.91 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00809996;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=4;MLLD=313.946;QD=12.6058;RBI=0.0138612;REFB=-0.0231253;REVB=-0.0112482;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157235;STB=0.58163;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=0.0339378;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:14:42:14:39:25:9:5:13:12:99:24:9:5:12:12 chr4 6884329 . T C 711.47 PASS AF=0.873016;AO=52;DP=62;FAO=55;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0188873;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.556;QD=45.1726;RBI=0.0228363;REFB=0.0237815;REVB=0.012836;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524189;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00066206;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:63:0:8:52:55:0.873016:22:30:0:0:24:31:3:5 chr4 6884352 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC 235.0 PASS AF=0.40678,0.0677966;AO=18,4;DP=58;FAO=24,4;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8,0;FSAR=16,4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0221198,0.036622;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.15,98.6551;QD=15.9322;RBI=0.0221819,0.0453645;REFB=-0.0954968,-0.0200017;REVB=-0.00165874,-0.0267725;RO=29;SAF=7,0;SAR=11,4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.101845,-0.603382;STB=0.607503,0.997296;STBP=0.156,0.03;TYPE=del,snp;VARB=0.102734,0.10282;OID=.,.;OPOS=6884353,6884374;OREF=GT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678,0.0677966:18,4:58:24,4:59:31:8,0:16,4:16:15:99:29:7,0:11,4:14:15 chr4 6925237 . C G 193.9 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00514765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.949;QD=6.86385;RBI=0.00518054;REFB=-0.00213003;REVB=0.000582777;RO=84;SAF=17;SAR=12;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107061;STB=0.564531;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00634072;OID=.;OPOS=6925237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:84:84:29:29:0.256637:12:17:42:42:12:17:42:42 chr4 7044357 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0387;QD=33.4285;RBI=0.0370834;REFB=0;REVB=0.0256146;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102775;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr4 7044600 . G A 1256.73 PASS AF=0.713287;AO=101;DP=142;FAO=102;FDP=143;FR=.;FRO=41;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0707065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6823;QD=35.1534;RBI=0.0732392;REFB=-0.116962;REVB=0.0190937;RO=40;SAF=63;SAR=38;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148197;STB=0.583925;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0427377;OID=.;OPOS=7044600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:40:41:101:102:0.713287:38:63:14:26:38:64:14:27 chr4 7057106 . G C 651.15 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.316;QD=62.0142;RBI=0.0330083;REFB=0;REVB=0.00568504;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113209;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:14:18:0:0:22:20:0:0 chr4 7114091 . C T 105.1 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00337531;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.27;QD=10.2532;RBI=0.00596175;REFB=-0.00573134;REVB=-0.00491424;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1722;STB=0.603613;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.014014;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:13:15:5:8:13:15 chr4 7325840 . G T 1508.11 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.063122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.833;QD=57.4518;RBI=0.0645974;REFB=-0.116325;REVB=0.0137272;RO=0;SAF=76;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00084034;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:0:2:103:103:0.980952:27:76:0:0:27:76:2:0 chr4 7435379 . A G 1480.13 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0355322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7697;QD=58.6191;RBI=0.0538874;REFB=-0.11681;REVB=-0.0405131;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000790444;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:42:58:0:0:42:58:1:0 chr4 7435805 . C A 44.43 PASS AF=0.28;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0660675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1492;QD=7.1091;RBI=0.0681972;REFB=-0.03711;REVB=0.0169102;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311628;STB=0.658146;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0976184;OID=.;OPOS=7435805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:25:17:18:6:7:0.28:3:3:4:13:4:3:4:14 chr4 7436486 . C A 501.31 PASS AF=0.354651;AO=59;DP=170;FAO=61;FDP=172;FR=.;FRO=111;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=64;FSRR=47;FWDB=0.0509196;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.787;QD=11.6584;RBI=0.0509928;REFB=-0.0175831;REVB=0.00273119;RO=111;SAF=35;SAR=24;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195775;STB=0.509031;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0316324;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:111:111:59:61:0.354651:24:35:64:47:25:36:64:47 chr4 7461826 . C CCCA 237.86 PASS AF=0.5;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0126583;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=3;MLLD=243.087;QD=17.6193;RBI=0.0126748;REFB=-0.0287073;REVB=-0.000646282;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573547;STB=0.57453;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.0274879;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:56:27:54:27:16:11:12:15:99:31:13:11:15:16 chr4 7655855 . C T 756.38 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=128;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0250267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5083;QD=23.4537;RBI=0.0780896;REFB=0.0048923;REVB=0.0739706;RO=57;SAF=45;SAR=26;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194989;STB=0.503492;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00244897;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:57:57:71:72:0.55814:26:45:36:21:26:46:36:21 chr4 7714490 . T C 1403.33 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00400437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.46;QD=58.4721;RBI=0.00564584;REFB=-0.0150737;REVB=-0.00398002;RO=4;SAF=28;SAR=64;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180839;STB=0.509552;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00104379;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:4:4:92:92:0.958333:64:28:2:2:64:28:2:2 chr4 7716932 . T C 672.53 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.362;QD=59.7806;RBI=0.0716898;REFB=0;REVB=0.0541952;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116071;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:41:45:1:24:17:0:0:26:19:0:0 chr4 7770723 . G T 1005.19 PASS AF=0.5875;AO=94;DP=161;FAO=94;FDP=160;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0411487;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.717;QD=25.1298;RBI=0.0455901;REFB=-0.0247583;REVB=0.0196274;RO=66;SAF=31;SAR=63;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195567;STB=0.606422;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0114629;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:66:66:94:94:0.5875:63:31:38:28:63:31:38:28 chr4 7780582 . C T 120.62 PASS AF=0.348837;AO=12;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0305246;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.939;QD=11.2201;RBI=0.0414518;REFB=-0.0210215;REVB=0.0280446;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293774;STB=0.723836;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.023374;OID=.;OPOS=7780582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:12:15:0.348837:8:4:16:11:11:4:17:11 chr4 7783163 . G A 1343.69 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.776;QD=61.0769;RBI=0.0787859;REFB=-0.0887358;REVB=0.0664206;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000583787;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:87:87:0.988636:33:54:0:0:33:54:0:1 chr4 7802292 . G A 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0228399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.82;QD=18.9077;RBI=0.0234082;REFB=-0.00734072;REVB=-0.00512703;RO=47;SAF=30;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189595;STB=0.606009;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00760108;OID=.;OPOS=7802292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:13:30:24:23:13:30:24:23 chr4 7857230 . C T 858.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.643;QD=57.208;RBI=0.0176362;REFB=0;REVB=-0.0041092;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125146;OID=.;OPOS=7857230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr4 7941901 . A C 666.86 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.86;QD=57.9877;RBI=0.0327249;REFB=-0.0440665;REVB=0.0255311;RO=2;SAF=33;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276275;STB=0.514699;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000711937;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:11:33:2:0:11:33:2:0 chr4 8021414 . GAAA GAA,GAAG 186.85 PASS AF=0.390244,0.390244;AO=14,10;DP=41;FAO=16,16;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=11,9;FSAR=5,7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0361191,-0.0137447;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.05699,240.803;QD=18.2288;RBI=0.144614,0.0303495;REFB=-0.0942404,-0.0212199;REVB=-0.140031,-0.0270588;RO=9;SAF=9,8;SAR=5,2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.357377,0.547083;STB=0.704182,0.658351;STBP=0.016,0.056;TYPE=del,snp;VARB=0.191554,0.017672;OID=.,.;OPOS=8021415,8021417;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.390244,0.390244:14,10:41:16,16:41:9:11,9:5,7:1:8:57:9:9,8:5,2:1:8 chr4 8031411 . T C 151.51 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0064218;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1555;QD=12.3683;RBI=0.0547677;REFB=0.018108;REVB=-0.0543899;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155642;STB=0.590693;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0381299;OID=.;OPOS=8031411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:32:17:17:0.346939:7:10:23:9:7:10:23:9 chr4 8031471 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00356167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.544;QD=57.3823;RBI=0.0105772;REFB=0;REVB=0.00995955;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53129e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr4 8062689 . TG CA,TA 792.53 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,2;DP=57;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403974,-0.0432219;FXX=0.0175408;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=157.723,94.8621;QD=56.6089;RBI=0.0117666,0.048086;REFB=0,0;REVB=-0.0110514,-0.0210745;RO=0;SAF=26,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00135396,-0.0563393;OID=.,.;OPOS=8062689,8062690;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:56:0:0:53,2:54,2:0.964286,0.0357143:27,1:26,1:0:0:28,1:26,1:0:0 chr4 8207083 . A G 100.21 PASS AF=0.26;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0808618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.295;QD=8.01697;RBI=0.0903298;REFB=-0.0193566;REVB=-0.0402596;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193045;STB=0.603623;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0445587;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:37:13:13:0.26:7:6:11:25:7:6:12:25 chr4 8228731 . T C 2075.96 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.244;QD=61.9689;RBI=0.0935394;REFB=0;REVB=0.0306537;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258836;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:134:0:0:126:134:1:58:68:0:0:58:76:0:0 chr4 8228894 . T C 1469.85 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932168;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.501;QD=59.9939;RBI=0.0142842;REFB=0;REVB=-0.0108234;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121368;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr4 8228943 . G GC 623.09 PASS AF=1;AO=12;DP=104;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540542;FXX=0.1313;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5303;QD=28.9807;RBI=0.200343;REFB=-0.0140709;REVB=-0.192913;RO=89;SAF=6;SAR=6;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00207971;OID=.;OPOS=8228944;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:104:86:86:0:50:36:0:0:12:89:6:6:48:41 chr4 8228948 . T C 1554.35 PASS AF=1;AO=85;DP=89;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1961;QD=62.8019;RBI=0.0479156;REFB=0;REVB=-0.0103985;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000305206;OID=.;OPOS=8228948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:99:0:0:85:99:1:46:39:0:0:49:50:0:0 chr4 8229218 . A G 1952.27 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.66;QD=61.9767;RBI=0.0197656;REFB=0;REVB=-0.00689317;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.34243e-05;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:68:57:0:0:68:58:0:0 chr4 8229326 . T C 662.4 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0719686;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.361;QD=60.2185;RBI=0.0724739;REFB=-0.0712268;REVB=-0.00854384;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.516121;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000790691;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:28:15:1:0:28:15:1:0 chr4 8229713 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0020053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.704;QD=40.6387;RBI=0.0327518;REFB=0.0140565;REVB=0.0326904;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518492;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00181889;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:13:1:0:0:13:1:0:1 chr4 8229774 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8886;QD=39.2068;RBI=0.0290042;REFB=0;REVB=-0.0209401;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.17411e-05;OID=.;OPOS=8229774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr4 8230070 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.748;QD=64.1514;RBI=0.0389363;REFB=0;REVB=0.0360822;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150692;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 8230235 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00642376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.567;QD=36.3474;RBI=0.0331638;REFB=0.0288416;REVB=-0.0325357;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00465958;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr4 8238151 . C T 3740.51 PASS AF=0.958175;AO=251;DP=263;FAO=252;FDP=263;FR=.;FRO=11;FSAF=165;FSAR=87;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00898277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.452;QD=56.8899;RBI=0.0375092;REFB=-0.136892;REVB=0.0364177;RO=12;SAF=165;SAR=86;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711831;STB=0.500851;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.000633813;OID=.;OPOS=8238151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:263:263:12:11:251:252:0.958175:86:165:7:5:87:165:7:4 chr4 8242466 . A G 3049.15 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.629;QD=60.3792;RBI=0.0463421;REFB=0;REVB=0.0267075;RO=0;SAF=121;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289964;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:202:0:0:194:202:1:73:121:0:0:79:123:0:0 chr4 8304222 . C T 99.09 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.029731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7822;QD=6.49767;RBI=0.0392264;REFB=-0.023244;REVB=-0.0255887;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435831;STB=0.526991;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0904614;OID=.;OPOS=8304222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:6:9:26:20:6:9:26:20 chr4 8394836 . G C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.234;QD=58.5997;RBI=0.0149238;REFB=0;REVB=-0.0110206;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63345e-06;OID=.;OPOS=8394836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr4 8394850 . C CT 55.28 PASS AF=0.55;AO=13;DP=58;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0072429;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.71568;QD=5.52764;RBI=0.0717281;REFB=-0.029725;REVB=0.0713615;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118721;STB=0.520529;STBP=0.821;TYPE=ins;VARB=0.0365484;OID=.;OPOS=8394851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:13:58:22:40:18:12:10:9:9:43:39:10:3:27:12 chr4 8443041 . C T 671.94 PASS AF=0.39;AO=77;DP=201;FAO=78;FDP=200;FR=.;FRO=122;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=-0.00207842;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.194;QD=13.4389;RBI=0.0646422;REFB=-0.0136764;REVB=0.0646088;RO=123;SAF=46;SAR=31;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11199;STB=0.560378;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0186866;OID=.;OPOS=8443041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:123:122:77:78:0.39:31:46:61:62:32:46:60:62 chr4 8454639 . A G 918.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.105;QD=58.2987;RBI=0.0468032;REFB=0;REVB=0.0324361;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09419e-05;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:21:38:0:0:23:40:0:0 chr4 8582742 . C T 265.09 PASS AF=0.282443;AO=35;DP=129;FAO=37;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=0.0291031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9725;QD=8.09445;RBI=0.0307674;REFB=-0.0112752;REVB=0.00998207;RO=94;SAF=21;SAR=14;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815566;STB=0.511551;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.036186;OID=.;OPOS=8582742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:94:94:35:37:0.282443:14:21:57:37:14:23:57:37 chr4 8582856 . T G 239.38 PASS AF=0.248227;AO=35;DP=141;FAO=35;FDP=141;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.026279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0178;QD=6.79097;RBI=0.0375577;REFB=0.00320528;REVB=-0.0268326;RO=106;SAF=13;SAR=22;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151149;STB=0.591345;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0301365;OID=.;OPOS=8582856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:106:106:35:35:0.248227:22:13:52:54:22:13:52:54 chr4 8588901 . C T 178.3 PASS AF=0.247706;AO=25;DP=107;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0100727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9306;QD=6.54324;RBI=0.0794836;REFB=-0.000368475;REVB=0.0788428;RO=81;SAF=15;SAR=10;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163235;STB=0.560037;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00252194;OID=.;OPOS=8588901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:81:82:25:27:0.247706:10:15:38:43:12:15:39:43 chr4 8594574 . T C 76.17 PASS AF=0.75;AO=11;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0133981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6284;QD=25.3888;RBI=0.0219928;REFB=-0.0472456;REVB=-0.0174406;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0302981;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:0:3:11:9:0.75:5:6:0:0:5:4:3:0 chr4 8594577 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.992;QD=39.318;RBI=0.079025;REFB=0.115145;REVB=0.0607298;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00249906;OID=.;OPOS=8594577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr4 8601298 . G A 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0551867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8856;QD=5.21417;RBI=0.0557189;REFB=-0.0110624;REVB=0.00768286;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583456;STB=0.538366;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0326838;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:14:17:4:4:14:17 chr4 8602884 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8904;QD=60.2302;RBI=0.0529424;REFB=0;REVB=-0.0235691;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949809;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr4 8602935 . A G 947.7 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.069;QD=58.32;RBI=0.0149611;REFB=0;REVB=-0.00941859;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69724e-05;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:24:37:0:0:28:37:0:0 chr4 8605818 . C T 1531.04 PASS AF=0.763975;AO=123;DP=161;FAO=123;FDP=161;FR=.;FRO=38;FSAF=59;FSAR=64;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.101051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2733;QD=38.0382;RBI=0.101237;REFB=-0.0239995;REVB=0.00612844;RO=38;SAF=59;SAR=64;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265717;STB=0.501416;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00752311;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:38:38:123:123:0.763975:64:59:18:20:64:59:18:20 chr4 8613786 . C T 574.48 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.000160885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.14;QD=23.69;RBI=0.0284012;REFB=-0.00713395;REVB=0.0284007;RO=41;SAF=23;SAR=30;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158557;STB=0.591156;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00851704;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:44:53:53:0.546392:30:23:26:15:30:23:28:16 chr4 8613867 . G A 198.65 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0165125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.922;QD=19.3808;RBI=0.037744;REFB=-0.0352375;REVB=0.0339404;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197257;STB=0.611539;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0239228;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:13:8:12:8:13:8 chr4 8616096 . T C 748.52 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00923769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3245;QD=54.4374;RBI=0.0822373;REFB=-0.0104307;REVB=-0.0817168;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000191706;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:21:32:0:1:21:33:0:1 chr4 8616179 . T C 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.637;QD=61.375;RBI=0.00958036;REFB=0;REVB=-0.00933486;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77677e-05;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr4 8621194 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9889;QD=57.3826;RBI=0.0323909;REFB=0;REVB=0.0309171;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89248e-05;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chr4 8951816 . A G 129.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.211;QD=43.2924;RBI=0.00404962;REFB=0;REVB=0.00389267;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99355e-05;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr4 9370690 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5902;QD=17.2297;RBI=0.034804;REFB=-0.00916629;REVB=-0.034804;RO=6;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00630408;OID=.;OPOS=9370690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:8:0:0:6:8:0:0:6 chr4 9386295 . C A 557.45 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0073199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.253;QD=27.5282;RBI=0.0324513;REFB=-0.00264846;REVB=0.031615;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143252;STB=0.521078;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00362037;OID=.;OPOS=9386295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:30:34:51:0.62963:13:21:13:16:26:25:13:17 chr4 9387462 . C T 242.24 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0222756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.168;QD=9.40722;RBI=0.0275273;REFB=-0.0180369;REVB=-0.0161725;RO=71;SAF=14;SAR=18;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820908;STB=0.548082;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0319474;OID=.;OPOS=9387462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:71:71:32:32:0.31068:18:14:36:35:18:14:36:35 chr4 9388888 . A G 175.92 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.711;QD=46.9123;RBI=0.0654665;REFB=0;REVB=0.0286977;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467841;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:7:8:0:0 chr4 9390660 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.21;QD=33.4285;RBI=0.0495552;REFB=0;REVB=0.0495552;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565696;OID=.;OPOS=9390660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 9390708 . A T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.761;QD=19.1337;RBI=0.0109031;REFB=0.0269117;REVB=0.0109031;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0492755;OID=.;OPOS=9390708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr4 9784631 . C T 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0278279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.33;QD=6.14765;RBI=0.0512599;REFB=-0.0153035;REVB=-0.0430486;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379268;STB=0.761026;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0545198;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:45:32:35:10:10:0.222222:3:7:12:20:3:7:12:23 chr4 9982330 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.801;QD=56.1888;RBI=0.043497;REFB=0;REVB=-0.0414669;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574369;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr4 9998440 . C T 891.24 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.143;QD=56.5869;RBI=0.0444468;REFB=-0.0828628;REVB=0.0444353;RO=1;SAF=54;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554087;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410932;OID=.;OPOS=9998440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:62:63:1:8:54:0:1:9:54:0:0 chr4 9998493 . A G 2030.12 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.072;QD=61.5189;RBI=0.0447729;REFB=-0.116155;REVB=0.0339523;RO=0;SAF=82;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2364e-08;STB=0.50505;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000248883;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:131:131:0.992424:49:82:0:0:49:82:0:1 chr4 10022981 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00767482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.383;QD=10.212;RBI=0.00778753;REFB=-0.00974133;REVB=-0.00132014;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205427;OID=.;OPOS=10022981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:14:9:18:27:14:9:18:28 chr4 10027542 . C T 320.36 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00302057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.272;QD=27.2646;RBI=0.00415758;REFB=-0.027091;REVB=0.00285686;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333391;STB=0.518382;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0105143;OID=.;OPOS=10027542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:10:18:13:6:10:18:13:6 chr4 10090178 . T C 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00223498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.733;QD=57.0309;RBI=0.00448569;REFB=-0.0389265;REVB=-0.00388925;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000782746;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:25:40:1:0:25:40:1:0 chr4 10094671 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0447387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.779;QD=16.1193;RBI=0.0549649;REFB=-0.025337;REVB=-0.031931;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.562401;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0188836;OID=.;OPOS=10094671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:8:4:3:9:8:4:3:10 chr4 10099340 . T C 844.63 PASS AF=0.685185;AO=73;DP=107;FAO=74;FDP=108;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0294197;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.011;QD=31.2826;RBI=0.0344378;REFB=-0.0258798;REVB=0.017901;RO=32;SAF=40;SAR=33;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15016;STB=0.590343;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0152079;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:32:34:73:74:0.685185:33:40:9:23:33:41:9:25 chr4 10442602 . C CTACTT 146.08 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00501423;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=5;MLLD=286.684;QD=15.3768;RBI=0.0208126;REFB=-0.0168799;REVB=-0.0201996;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540073;STB=0.812109;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0260213;OID=.;OPOS=10442603;OREF=-;OALT=TACTT;OMAPALT=CTACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:16:39:16:38:22:13:3:6:16:99:22:13:3:6:16 chr4 10442700 . C T 578.38 PASS AF=0.634146;AO=51;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0494351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5878;QD=28.2138;RBI=0.0514351;REFB=0.0172558;REVB=-0.0142036;RO=30;SAF=19;SAR=32;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244917;STB=0.634564;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0103992;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:51:52:0.634146:32:19:22:8:33:19:22:8 chr4 10446385 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.21;QD=56.9565;RBI=0.0234259;REFB=0;REVB=0.0129911;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55205e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:14:38:0:0:14:38:0:0 chr4 10446906 . A G 229.53 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376193;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.294;QD=51.0055;RBI=0.0413183;REFB=0;REVB=0.0170878;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323627;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr4 10447985 . ATTC AATC,ATC,ATCA 669.32 PASS AF=0,1,0;AO=6,35,2;DP=43;FAO=0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,0;FSAR=0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.193633,-0.141233,-0.054061;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=14.3833,25.7915,4.49762;QD=59.4952;RBI=0.198798,0.147946,0.103685;REFB=0,0,0;REVB=-0.0450214,-0.0440597,-0.0884761;RO=0;SAF=6,16,0;SAR=0,19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,-0.0051805,0;OID=.,.,.;OPOS=10447986,10447986,10447987;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CA;OMAPALT=AATC,ATC,ATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:6,35,2:43:0,45,0:45:0:0,22,0:0,23,0:0:0:4:0:6,16,0:0,19,2:0:0 chr4 10502937 . T G 1375.06 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2414;QD=62.5029;RBI=0.0148785;REFB=0;REVB=0.0122491;RO=0;SAF=71;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32223e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18278e-05;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:17:71:0:0:17:71:0:0 chr4 10669522 . A C 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0122646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.677;QD=14.3241;RBI=0.0258266;REFB=-0.0186744;REVB=0.0227287;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160705;STB=0.596948;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0243258;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:25:13:14:14:26:13 chr4 11400982 . G A 173.12 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0125798;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.903;QD=9.35767;RBI=0.0227474;REFB=-0.00959335;REVB=-0.0189524;RO=51;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550276;STB=0.532439;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0188668;OID=.;OPOS=11400982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:51:51:23:23:0.310811:12:11:22:29:12:11:22:29 chr4 13545792 . G C,T 382.92 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=5,23;DP=28;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00574748,0.00380908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.817,173.371;QD=54.7028;RBI=0.0392097,0.0729356;REFB=0,0;REVB=-0.0387862,0.0728361;RO=0;SAF=1,5;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0448534,-0.00124511;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:28:28:0:0:5,23:4,24:0.142857,0.857143:4,18:1,5:0:0:3,19:1,5:0:0 chr4 13548796 . T G 663.79 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6506;QD=61.7478;RBI=0.0276431;REFB=0;REVB=0.0222695;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273706;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr4 13606576 . A T 1248.54 PASS AF=0.878788;AO=88;DP=100;FAO=87;FDP=99;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0211801;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8528;QD=50.4462;RBI=0.0211827;REFB=-0.0185076;REVB=-0.000329562;RO=10;SAF=38;SAR=50;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906371;STB=0.52811;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0113481;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:99:10:12:88:87:0.878788:50:38:9:1:49:38:8:4 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 144.14 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0203604;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=9;MLLD=291.491;QD=8.23671;RBI=0.0401363;REFB=-0.0116142;REVB=-0.0345887;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270094;STB=0.662555;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0328962;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:20:71:20:70:50:6:14:26:24:99:50:6:14:26:24 chr4 15095629 . G A 57.41 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0111772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.502;QD=3.1896;RBI=0.0281492;REFB=-0.00756066;REVB=-0.0258351;RO=60;SAF=9;SAR=2;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529425;STB=0.855565;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0405637;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:60:61:11:11:0.152778:2:9:22:38:2:9:22:39 chr4 15444077 . G A 217.39 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.007889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1569;QD=13.5868;RBI=0.0412452;REFB=-0.0230541;REVB=-0.0404837;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126804;STB=0.507241;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0326554;OID=.;OPOS=15444077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:20:18:12:14:20:18 chr4 15482360 . C T 765.21 PASS AF=0.571429;AO=72;DP=126;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.000530623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.737;QD=24.2925;RBI=0.0320343;REFB=-0.0176504;REVB=0.0320299;RO=54;SAF=48;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946377;STB=0.551709;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00900987;OID=.;OPOS=15482360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:54:54:72:72:0.571429:24:48:30:24:24:48:30:24 chr4 15516389 . C T 288.84 PASS AF=0.291045;AO=37;DP=131;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0331247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1115;QD=8.62195;RBI=0.0360876;REFB=-3.65745e-05;REVB=-0.0143202;RO=94;SAF=15;SAR=22;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215791;STB=0.600404;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000484337;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:94:95:37:39:0.291045:22:15:55:39:22:17:55:40 chr4 15518357 . A C 98.46 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00185773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.162;QD=14.0653;RBI=0.0196594;REFB=-0.000623915;REVB=0.0195714;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122388;STB=0.571312;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00121375;OID=.;OPOS=15518357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:6:10:6:6:6:10 chr4 15689928 . G A 101.76 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0175922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.266;QD=13.5682;RBI=0.0490109;REFB=-0.0362607;REVB=-0.0457447;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0398634;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:17:11:13:0.433333:6:5:6:10:6:7:7:10 chr4 15690233 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.631;QD=40.7629;RBI=0.0318345;REFB=0;REVB=0.0244927;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60912e-05;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 15709252 . G A 346.42 PASS AF=0.385321;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00191944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2272;QD=12.7127;RBI=0.00235146;REFB=-0.00238198;REVB=0.00135834;RO=62;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646678;STB=0.517536;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00975416;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:62:67:41:42:0.385321:22:19:25:37:22:20:30:37 chr4 15713446 . C T 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0281256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5416;QD=5.84411;RBI=0.0288601;REFB=0.000599286;REVB=-0.00646977;RO=61;SAF=13;SAR=5;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965026;STB=0.560461;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00304523;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:5:13:40:21:5:13:40:21 chr4 15724487 . T G 212.69 PASS AF=0.246154;AO=32;DP=130;FAO=32;FDP=130;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.00855175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.364;QD=6.54424;RBI=0.011156;REFB=-0.00807858;REVB=-0.00716406;RO=97;SAF=16;SAR=16;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109356;STB=0.569188;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0231913;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:97:98:32:32:0.246154:16:16:57:40:16:16:58:40 chr4 15733454 . A C 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.02628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.729;QD=6.69558;RBI=0.0330755;REFB=-0.00606298;REVB=-0.0200836;RO=56;SAF=7;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286448;STB=0.679064;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0200376;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:57:19:19:0.25:12:7:34:22:12:7:35:22 chr4 15937731 . T C 1194.31 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.8003;QD=54.2867;RBI=0.128681;REFB=0;REVB=0.0404368;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023906;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:88:1:0:69:88:1:24:45:0:1:27:61:0:0 chr4 15964485 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00287446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.852;QD=11.3697;RBI=0.00892447;REFB=-0.0025734;REVB=0.00844889;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412848;STB=0.751016;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00604862;OID=.;OPOS=15964485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:4:7:4:14:4:7:4:15 chr4 15964501 . G A 166.85 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0107864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2192;QD=25.6688;RBI=0.0108029;REFB=-0.0108742;REVB=0.000596047;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106481;STB=0.559513;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0221152;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:4:5:12:5:4:5 chr4 15964573 . A G 521.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00685035;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.691;QD=56.3662;RBI=0.0191831;REFB=-0.0112138;REVB=0.0179183;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00100761;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr4 15964763 . C T 253.72 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0093076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.888;QD=28.1912;RBI=0.0380367;REFB=0.00345261;REVB=0.0368803;RO=13;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058241;STB=0.532106;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00230803;OID=.;OPOS=15964763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:9:14:9:4:9:14:9:4 chr4 15964826 . AAG AA,A 55.43 PASS AF=0.0344828,0.37931;AO=4,7;DP=29;FAO=1,11;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5;FSAR=1,6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.195009,-0.138593;FXX=0.0333222;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=10.6697,22.1444;QD=7.64517;RBI=0.195263,0.186439;REFB=-0.136853,-0.0973579;REVB=-0.00996122,-0.124705;RO=14;SAF=3,2;SAR=1,5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0559248,-0.500057;STB=0.995569,0.716647;STBP=0.086,0.101;TYPE=del,del;VARB=0.029332,0.149014;OID=.,.;OPOS=15964828,15964827;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.37931:4,7:29:1,11:29:17:0,5:1,6:14:3:49:14:3,2:1,5:11:3 chr4 15972714 . CA C 34.09 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0350568;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=14.0396;QD=8.02108;RBI=0.229751;REFB=0.00917805;REVB=0.22706;RO=10;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671791;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=del;VARB=0.0354713;OID=.;OPOS=15972715;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:4:16:7:17:10:5:2:6:4:34:10:4:0:6:4 chr4 15977823 . A C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00928823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.901;QD=29.8323;RBI=0.00929899;REFB=-0.0109804;REVB=-0.000447245;RO=14;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077;STB=0.504234;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0072657;OID=.;OPOS=15977823;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:9:17:9:5:9:17:9:5 chr4 15977828 . C G 267.15 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0191077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.877;QD=28.1207;RBI=0.0265329;REFB=-0.0304498;REVB=0.0184089;RO=14;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694906;STB=0.538429;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0116254;OID=.;OPOS=15977828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:8:16:8:6:8:16:8:6 chr4 16037352 . C T 567.35 PASS AF=0.684932;AO=48;DP=71;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00418146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5894;QD=31.0879;RBI=0.0267361;REFB=-0.0405268;REVB=0.0264071;RO=22;SAF=26;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769418;STB=0.526824;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00808363;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:22:23:48:50:0.684932:22:26:9:13:24:26:10:13 chr4 16675898 . C A 352.11 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.042205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.308;QD=46.9476;RBI=0.0464308;REFB=-0.204729;REVB=0.0193535;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.540511;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00256981;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:30:30:1:3:27:27:0.9:10:17:1:0:10:17:3:0 chr4 17488286 . T G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00967055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.193;QD=9.8439;RBI=0.0102863;REFB=-0.0137345;REVB=-0.00350546;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0335981;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:11:9:4:6:11:9 chr4 17488346 . G A 84.36 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0481151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.864;QD=10.5449;RBI=0.0481801;REFB=-0.00777528;REVB=0.00250142;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020408;STB=0.51721;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0158974;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:19:21:11:11:0.34375:5:6:10:9:5:6:12:9 chr4 17488351 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0133035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.127;QD=10.9408;RBI=0.0436625;REFB=-0.0188809;REVB=0.0415864;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0263011;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:11:9:5:6:11:9 chr4 17503433 . C T 355.91 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0333119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4064;QD=24.5452;RBI=0.0681049;REFB=-0.0291805;REVB=-0.059402;RO=22;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184176;STB=0.508419;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0176271;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:23:35:35:0.603448:16:19:12:10:16:19:12:11 chr4 17517099 . A G 147.52 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0894316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7191;QD=36.88;RBI=0.178457;REFB=0.00982378;REVB=-0.154431;RO=1;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295994;STB=0.649735;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0134161;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:1:13:0:1:1:13:1:1 chr4 17586703 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.404;QD=59.4353;RBI=0.0143202;REFB=0;REVB=0.00984892;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52792e-06;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr4 17627294 . A G 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.487;QD=62.0132;RBI=0.0275837;REFB=0;REVB=0.0257394;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130908;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr4 17627332 . T C 328.01 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00630462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.002;QD=43.735;RBI=0.0154958;REFB=0.00408006;REVB=0.0141553;RO=4;SAF=21;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806914;STB=0.543447;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.000246112;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:5:21:4:0:5:21:4:0 chr4 17634213 . A G 972.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0597;QD=58.9322;RBI=0.115151;REFB=0;REVB=0.110813;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121318;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:28:38:0:0 chr4 17660082 . C T 736.01 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0073;QD=54.5194;RBI=0.0379744;REFB=-0.0978727;REVB=0.0254635;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00127293;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:22:30:1:0:23:30:1:0 chr4 17694943 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6229;QD=61.6821;RBI=0.0328511;REFB=0;REVB=-0.00639658;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360059;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr4 17711076 . T C 423.6 PASS AF=0.337423;AO=55;DP=163;FAO=55;FDP=163;FR=.;FRO=108;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0246766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.283;QD=10.3952;RBI=0.0281022;REFB=-0.0114169;REVB=-0.013446;RO=106;SAF=26;SAR=29;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529124;STB=0.524204;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0207181;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:106:108:55:55:0.337423:29:26:55:51:29:26:55:53 chr4 17802388 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0111845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.099;QD=9.91669;RBI=0.0276022;REFB=-0.00320358;REVB=-0.0252347;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356588;STB=0.719105;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0075407;OID=.;OPOS=17802388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:8:9:2:7:8:9 chr4 17805379 . G A 258.9 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0288424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5679;QD=14.1865;RBI=0.0524449;REFB=-0.00667649;REVB=-0.0438017;RO=43;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185348;STB=0.605896;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0107086;OID=.;OPOS=17805379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:9:21:23:20:9:21:23:20 chr4 17812796 . C T 263.82 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0230975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.644;QD=12.8693;RBI=0.0402788;REFB=-0.00123232;REVB=0.0329983;RO=51;SAF=8;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224908;STB=0.635946;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00210269;OID=.;OPOS=17812796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:51:51:30:31:0.378049:22:8:23:28:23:8:23:28 chr4 17829990 . G C 841.38 PASS AF=0.701923;AO=73;DP=104;FAO=73;FDP=104;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0056167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5179;QD=32.3608;RBI=0.0325985;REFB=-0.0159793;REVB=0.032111;RO=30;SAF=39;SAR=34;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186138;STB=0.515051;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00708854;OID=.;OPOS=17829990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:30:31:73:73:0.701923:34:39:15:15:34:39:15:16 chr4 17846522 . T C 391.52 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0779572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=29.5485;RBI=0.0779686;REFB=-0.0145602;REVB=-0.00133346;RO=17;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519859;STB=0.528286;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0055366;OID=.;OPOS=17846522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:18:18:7:10:18:18:7:10 chr4 17847281 . A C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0542988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8488;QD=28.5378;RBI=0.0676403;REFB=-0.0610344;REVB=0.0403341;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0117837;OID=.;OPOS=17847281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr4 19183454 . A G 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0288007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.436;QD=21.7441;RBI=0.0322675;REFB=-0.00824358;REVB=-0.0145504;RO=16;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582543;STB=0.83355;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00908708;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:2:17:5:11:2:17:5:11 chr4 20520993 . T C 603.35 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019738;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.292;QD=58.8633;RBI=0.0661156;REFB=-0.112925;REVB=0.0631006;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00104099;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr4 20621987 . G A 627.85 PASS AF=0.632184;AO=55;DP=87;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0118791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.408;QD=28.8668;RBI=0.0220077;REFB=-0.0446517;REVB=-0.0185263;RO=31;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114135;STB=0.567183;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209443;OID=.;OPOS=20621987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:32:55:55:0.632184:29:26:20:11:29:26:21:11 chr4 20622009 . C T 693.78 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00895797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2302;QD=28.3174;RBI=0.0158611;REFB=-0.0273756;REVB=0.0130893;RO=38;SAF=34;SAR=26;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669395;STB=0.536352;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0201565;OID=.;OPOS=20622009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:26:34:25:13:26:34:25:13 chr4 20731573 . T TAAAACAAAGCTTGTTTGCA 116.14 PASS AF=0.319149;AO=10;DP=50;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0103696;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=19;MLLD=363.24;QD=9.8838;RBI=0.0110172;REFB=-0.011968;REVB=0.00372158;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165756;STB=0.504419;STBP=0.992;TYPE=ins;VARB=0.0232572;OID=.;OPOS=20731574;OREF=-;OALT=AAAACAAAGCTTGTTTGCA;OMAPALT=TAAAACAAAGCTTGTTTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149:10:50:15:47:32:9:6:19:13:99:33:5:5:21:12 chr4 20731688 . A G 421.41 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00934712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.71;QD=29.0628;RBI=0.0122879;REFB=-0.00540209;REVB=0.0079764;RO=19;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023564;STB=0.512814;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00299959;OID=.;OPOS=20731688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:20:19:10:9:20:19:10:9 chr4 20733708 . C A,CA 180.54 PASS AF=0,0.6875;AO=2,18;DP=34;FAO=0,22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=0,8;FSAR=0,14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00687239,-0.125799;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=218.452,15.4919;QD=22.5679;RBI=0.0101052,0.126602;REFB=-0.00201593,-0.0246212;REVB=-0.0074085,-0.0142364;RO=14;SAF=1,7;SAR=1,11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0725367,-0.0322033;STB=0.5,0.512184;STBP=1,0.878;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00494563;OID=.,.;OPOS=20733708,20733709;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:34:32:14:10:2,18:0,22:0,0.6875:1,11:1,7:6:8:0,14:0,8:4:6 chr4 20751278 . A G 456.03 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0301716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.655;QD=31.4501;RBI=0.0303587;REFB=-0.0146297;REVB=-0.00336594;RO=17;SAF=15;SAR=26;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423696;STB=0.522925;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00612395;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:26:15:5:12:26:15:5:12 chr4 20852166 . A G 276.85 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00748112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.709;QD=29.1421;RBI=0.013278;REFB=-0.00657878;REVB=-0.0109699;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139115;STB=0.563824;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00469045;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:24:25:0.657895:8:16:6:7:9:16:6:7 chr4 20852244 . A G 406.78 PASS AF=0.717391;AO=31;DP=44;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0569484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.654;QD=35.3723;RBI=0.0581566;REFB=-0.0405647;REVB=-0.0117925;RO=11;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879382;STB=0.53404;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00791572;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:11:13:31:33:0.717391:14:17:8:3:14:19:9:4 chr4 21950259 . A G 3222.09 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.562;QD=61.3732;RBI=0.0474202;REFB=0;REVB=0.0463648;RO=0;SAF=104;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93053e-05;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:197:210:0:0:197:210:1:93:104:0:0:104:106:0:0 chr4 22416195 . C G 269.92 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0550865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.441;QD=22.9719;RBI=0.0616199;REFB=-0.0372688;REVB=0.0276132;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130674;STB=0.572824;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0339814;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:14:8:13:12:14:8 chr4 22425877 . A G 163.83 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0157886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.367;QD=9.36182;RBI=0.0291276;REFB=-0.0223282;REVB=-0.0244773;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040371;STB=0.531222;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0472584;OID=.;OPOS=22425877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:48:22:22:0.314286:10:12:24:23:10:12:24:24 chr4 22439914 . A C 1543.88 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144794;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.212;QD=59.9565;RBI=0.0235775;REFB=0;REVB=0.0186077;RO=0;SAF=65;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167992;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:38:65:0:0:38:65:0:0 chr4 22444692 . C T 137.89 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00757047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.926;QD=39.3983;RBI=0.0466985;REFB=-0.0521314;REVB=0.0460808;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000537627;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr4 22457478 . C T 1266.28 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0419409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7668;QD=60.2988;RBI=0.044697;REFB=-0.0807051;REVB=-0.0154525;RO=1;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145697;STB=0.50769;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000649165;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:51:32:1:0:51:32:1:0 chr4 22820504 . A T 205.32 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.056623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.169;QD=14.6659;RBI=0.0569371;REFB=-0.0168492;REVB=0.00597307;RO=31;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290697;STB=0.676314;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0288873;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:6:18:15:16:6:18:15:17 chr4 23815522 . C T 1238.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0423282;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.333;QD=60.41;RBI=0.0522218;REFB=-0.110378;REVB=0.0305849;RO=1;SAF=36;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000502276;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:1:1:81:81:0.987805:45:36:1:0:45:36:1:0 chr4 23815662 . C T 1066.18 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.378;QD=58.421;RBI=0.00260469;REFB=-0.100604;REVB=0.000378429;RO=1;SAF=44;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106287;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000401088;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:28:44:1:0:28:44:1:0 chr4 23815924 . T C 1153.52 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.49;QD=60.7117;RBI=0.0165747;REFB=0;REVB=0.0111995;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61272e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr4 23886323 . G T 61.46 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0232244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.937;QD=4.39035;RBI=0.0235194;REFB=-0.00820908;REVB=0.00371366;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18846;STB=0.606939;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0401634;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:53:56:43:46:10:10:0.178571:5:5:28:15:5:5:29:17 chr4 24534687 . T C 653.37 PASS AF=0.714286;AO=55;DP=77;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00348026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8281;QD=33.9413;RBI=0.00451215;REFB=-0.0138718;REVB=0.00287182;RO=22;SAF=36;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160992;STB=0.586924;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00287392;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:22:22:55:55:0.714286:19:36:8:14:19:36:8:14 chr4 24801315 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.461;QD=59.0187;RBI=0.110461;REFB=0;REVB=0.0625135;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124048;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr4 24801949 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0162843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4202;QD=8.6908;RBI=0.0170747;REFB=-0.0361556;REVB=0.00513495;RO=17;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35954;STB=0.730647;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0750805;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:1:7:11:6:1:7:11:6 chr4 24801976 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0244053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.965;QD=11.4396;RBI=0.0289554;REFB=-0.0189064;REVB=-0.015582;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19145;STB=0.615193;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0363162;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:3:10:15:9:3:10:15:9 chr4 24802323 . G C 453.85 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.088;QD=55.0118;RBI=0.0592357;REFB=-0.112569;REVB=0.0405685;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000839155;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:1:0:17:15:1:0 chr4 24802412 . T C 464.45 PASS AF=0.68254;AO=41;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00376752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.905;QD=29.489;RBI=0.0149994;REFB=-0.019243;REVB=-0.0145185;RO=20;SAF=24;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218757;STB=0.510199;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0095428;OID=.;OPOS=24802412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:41:43:0.68254:17:24:11:9:18:25:11:9 chr4 25001439 . T C 1477.63 PASS AF=0.971429;AO=103;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0144986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6348;QD=56.2907;RBI=0.0192182;REFB=0.00887878;REVB=0.0126146;RO=1;SAF=61;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771574;STB=0.502314;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00101699;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:1:3:103:102:0.971429:42:61:1:0:42:60:2:1 chr4 25005193 . G A 1358.02 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.79;QD=62.4377;RBI=0.00743634;REFB=0;REVB=8.22328e-06;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7361e-06;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr4 25363901 . T A 146.28 PASS AF=0.265823;AO=20;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0181344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7212;QD=7.40658;RBI=0.0473853;REFB=-0.00449271;REVB=0.043778;RO=58;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166669;STB=0.576281;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0101789;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:20:21:0.265823:7:13:30:28:8:13:30:28 chr4 25678199 . A C,G 681.93 PASS AF=0.0392157,0.941176;AO=2,47;DP=50;FAO=2,48;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=2,30;FSAR=0,18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.020182,0.0147767;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.8217,110.99;QD=53.4848;RBI=0.021075,0.0156967;REFB=0.0106516,-0.121049;REVB=-0.00606996,-0.00529486;RO=1;SAF=2,29;SAR=0,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0159432;STB=0.5,0.508193;STBP=1,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.106746,0.00568499;OID=.,.;OPOS=25678199,25678199;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:50:51:1:1:2,47:2,48:0.0392157,0.941176:0,18:2,29:1:0:0,18:2,30:1:0 chr4 25760692 . TA T,TG 205.48 PASS AF=0.324324,0.405405;AO=10,14;DP=36;FAO=12,15;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5;FSAR=12,10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00501665,0.0196976;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.72219,84.1515;QD=22.2136;RBI=0.0562302,0.0540295;REFB=-0.0210797,-0.0300862;REVB=-0.056006,-0.0503109;RO=8;SAF=1,4;SAR=9,10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.646198,-0.380628;STB=0.999014,0.717673;STBP=0,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.0291437,0.0554546;OID=.,.;OPOS=25760693,25760693;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.324324,0.405405:10,14:36:12,15:37:10:0,5:12,10:9:1:67:8:1,4:9,10:7:1 chr4 25915648 . G A 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0708364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.257;QD=5.57427;RBI=0.0715204;REFB=-0.0119679;REVB=-0.00986732;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993443;STB=0.542737;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0443825;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:3:4:15:8:3:4:15:9 chr4 25915826 . G A 296.55 PASS AF=0.448276;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0124339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.919;QD=20.4516;RBI=0.0140957;REFB=-0.0219507;REVB=-0.0066397;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236174;STB=0.598116;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0180068;OID=.;OPOS=25915826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:23:26:0.448276:12:11:19:7:12:14:19:7 chr4 26673761 . T A 335.55 PASS AF=0.375;AO=37;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=-0.0715327;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=33.5274;QD=11.984;RBI=0.0913609;REFB=-0.0276147;REVB=-0.056832;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146254;STB=0.660209;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0535335;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:35:70:37:42:0.375:16:21:14:21:16:26:25:45 chr4 26673787 . A G 2286.1 PASS AF=0.987013;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=90;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0448836;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.589;QD=59.3791;RBI=0.0478461;REFB=0.057276;REVB=0.0165744;RO=1;SAF=62;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761038;STB=0.507935;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-9.16235e-05;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:154:1:2:152:152:0.987013:90:62:1:0:90:62:2:0 chr4 27004011 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1974;QD=63.5827;RBI=0.034045;REFB=0;REVB=-0.0293522;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156157;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 28712912 . C G 83.29 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0253348;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3419;QD=9.00479;RBI=0.0432759;REFB=-0.011697;REVB=-0.035085;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717141;STB=0.54396;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0247317;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:26:26:11:11:0.297297:4:7:15:11:4:7:15:11 chr4 28712968 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.998;QD=62.9827;RBI=0.0360731;REFB=0;REVB=0.01726;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285878;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 30725987 . G A 66.17 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0167744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.733;QD=5.08961;RBI=0.0194225;REFB=-0.00349559;REVB=0.0097904;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149507;STB=0.519192;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0172092;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:41:42:10:10:0.192308:5:5:20:21:5:5:20:22 chr4 36081878 . C T 778.9 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.832;QD=56.6473;RBI=0.0372544;REFB=0;REVB=-0.00698411;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109115;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr4 36163128 . G A 81.6 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0110221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.92;QD=4.66258;RBI=0.0123104;REFB=-0.00611176;REVB=-0.00548256;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134302;STB=0.585595;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0326991;OID=.;OPOS=36163128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:70:70:56:56:14:14:0.2:7:7:34:22:7:7:34:22 chr4 36258197 . T C 2530.67 PASS AF=0.993976;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0089241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3704;QD=60.9799;RBI=0.0299236;REFB=-0.111171;REVB=0.0285619;RO=1;SAF=91;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638748;STB=0.503355;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000283823;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:166:1:1:165:165:0.993976:74:91:0:1:74:91:0:1 chr4 36292018 . T A 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9554;QD=63.5667;RBI=0.0547235;REFB=0;REVB=0.0235286;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845251;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 37435524 . C T 190.94 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0168414;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.239;QD=14.688;RBI=0.0168474;REFB=-0.0290782;REVB=-0.000449547;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483884;STB=0.514375;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.032088;OID=.;OPOS=37435524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:9:13:17:12:9:13:17:13 chr4 37592128 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0636304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.029;QD=24.8026;RBI=0.0636309;REFB=-0.0513625;REVB=0.000270547;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0205239;OID=.;OPOS=37592128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr4 37593173 . G A 180.87 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00933885;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.444;QD=22.6084;RBI=0.01627;REFB=-0.00728015;REVB=-0.0133228;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167427;STB=0.593649;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00522032;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:4:10:9:9:4:10 chr4 37612486 . T A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.314;QD=60.9776;RBI=0.0285009;REFB=0;REVB=0.0256501;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104962;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr4 37836302 . T C 542.47 PASS AF=0.389222;AO=64;DP=166;FAO=65;FDP=167;FR=.;FRO=102;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0259209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0049;QD=12.9934;RBI=0.0502611;REFB=-0.00718021;REVB=0.0430615;RO=102;SAF=41;SAR=23;SRF=43;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23881;STB=0.627936;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0165862;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:102:102:64:65:0.389222:23:41:43:59:24:41:43:59 chr4 37851856 . A C 839.86 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00603192;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.394;QD=55.9905;RBI=0.00996495;REFB=0.0338186;REVB=0.00793198;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-2.878e-05;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:58:59:0.983333:30:28:0:1:31:28:0:1 chr4 37962186 . G A,C 435.57 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=3,28;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106588,0.0012243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.6528,83.7521;QD=56.2027;RBI=0.149879,0.104147;REFB=0,0;REVB=0.1495,0.10414;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0703486,-0.00421084;OID=.,.;OPOS=37962186,37962186;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:31:31:0:0:3,28:3,28:0.0967742,0.903226:0,11:3,17:0:0:0,11:3,17:0:0 chr4 38016395 . T G 566.99 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.812;QD=59.6836;RBI=0.055259;REFB=0;REVB=0.0506212;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033435;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:23:15:0:0 chr4 38023302 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.721;QD=56.7066;RBI=0.0306251;REFB=0;REVB=0.0290694;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.637e-05;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:12:13:0:0:12:17:0:0 chr4 38062233 . T A 620.19 PASS AF=0.955556;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0387835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.366;QD=55.1284;RBI=0.0495647;REFB=-0.0439601;REVB=0.0308625;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347063;STB=0.529398;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00164329;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:45:1:2:40:43:0.955556:27:13:1:0:27:16:2:0 chr4 38139024 . C T 199.99 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00766328;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.559;QD=15.0933;RBI=0.061034;REFB=-0.0269203;REVB=0.060551;RO=27;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261162;STB=0.685538;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0216033;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:30:23:23:0.433962:5:18:15:12:5:18:15:15 chr4 38690459 . TAAAAAAA TAAAAAAC,TAAAAAA 150.61 PASS AF=0.0163934,0.672131;AO=5,26;DP=62;FAO=1,41;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=1,30;FSAR=0,11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0509212,-0.116378;FXX=0.031741;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=92.5132,7.62506;QD=9.87588;RBI=0.0516993,0.216799;REFB=0.0033884,-0.125573;REVB=0.0089362,0.182915;RO=21;SAF=5,19;SAR=0,7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.703765,0.264687;STB=0.989205,0.576884;STBP=0.477,0.108;TYPE=snp,del;VARB=-0.106564,0.143013;OID=.,.;OPOS=38690466,38690460;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0163934,0.672131:5,26:62:1,41:61:19:1,30:0,11:10:9:54:21:5,19:0,7:9:12 chr4 38774785 . A G 275.85 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0131955;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.213;QD=24.5203;RBI=0.031094;REFB=-0.0207888;REVB=-0.0281552;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240149;STB=0.513358;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0443503;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:20:20:25:25:0.555556:12:13:11:9:12:13:11:9 chr4 38774889 . T C 1021.92 PASS AF=0.777778;AO=77;DP=99;FAO=77;FDP=99;FR=.;FRO=22;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0141822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.093;QD=41.2896;RBI=0.0204837;REFB=-0.0134589;REVB=0.01478;RO=22;SAF=44;SAR=33;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301695;STB=0.516125;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00530112;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:22:22:77:77:0.777778:33:44:11:11:33:44:11:11 chr4 38775040 . A G 572.11 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0190555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5416;QD=31.3487;RBI=0.0639273;REFB=-0.00441794;REVB=0.0610212;RO=22;SAF=25;SAR=25;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256842;STB=0.52054;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00313649;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:22:23:50:50:0.684932:25:25:10:12:25:25:10:13 chr4 38776070 . C T 120.06 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0816601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9163;QD=9.41678;RBI=0.116372;REFB=-0.00755642;REVB=-0.0829103;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103629;STB=0.562417;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0113009;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:8:7:20:16:8:7:20:16 chr4 38776107 . T G 164.86 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000131274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.375;QD=21.9818;RBI=0.000214956;REFB=-0.0205016;REVB=-0.000170215;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186812;STB=0.588131;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0281767;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:17:17:0.566667:10:7:8:4:10:7:8:5 chr4 38776180 . C A 82.3 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0345083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4818;QD=19.3657;RBI=0.0523728;REFB=0.0196153;REVB=-0.0393965;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123877;STB=0.571284;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0348171;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:3:4:4:6:3:4 chr4 38776491 . T G 395.66 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00671467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.052;QD=30.4356;RBI=0.0133894;REFB=-0.027957;REVB=0.011584;RO=14;SAF=21;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317902;STB=0.533315;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.011471;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:16:36:36:0.692308:15:21:9:5:15:21:11:5 chr4 38798648 . C A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.606;QD=60.2307;RBI=0.0262733;REFB=0;REVB=-0.0260352;RO=0;SAF=34;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110725;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:3:34:0:0:3:34:0:0 chr4 38798935 . C T 135.41 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00290149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.332;QD=30.0901;RBI=0.00615888;REFB=-0.113348;REVB=-0.0054326;RO=4;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155903;STB=0.571326;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0139827;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:18:18:4:4:13:14:0.777778:8:5:3:1:8:6:3:1 chr4 38798971 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0186201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.585;QD=11.0922;RBI=0.0217394;REFB=-0.0156309;REVB=0.0112203;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0190552;OID=.;OPOS=38798971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr4 38799710 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0634515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.0392;QD=20.8919;RBI=0.0692663;REFB=-0.0507201;REVB=-0.02778;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296836;STB=0.674571;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0201002;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:4:2:1:9:4:2 chr4 38830350 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2577;QD=62.9801;RBI=0.126413;REFB=0;REVB=-0.0100961;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157588;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr4 38916610 . G A 429.52 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0283131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.693;QD=28.1654;RBI=0.0351675;REFB=0.00229246;REVB=-0.0208595;RO=21;SAF=24;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110065;STB=0.55997;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.000943936;OID=.;OPOS=38916610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:16:24:9:12:16:24:9:12 chr4 38916631 . T C 133.33 PASS AF=0.279412;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0159081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1234;QD=7.84282;RBI=0.0464823;REFB=-0.00104962;REVB=0.0436754;RO=45;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265965;STB=0.549947;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00173592;OID=.;OPOS=38916631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:49:18:19:0.279412:8:10:24:21:8:11:25:24 chr4 38937372 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3496;QD=50.4125;RBI=0.0150977;REFB=0;REVB=-0.0128542;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374474;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 38995374 . T C 740.29 PASS AF=0.659574;AO=61;DP=94;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0159667;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.264;QD=31.5018;RBI=0.018797;REFB=-0.0211704;REVB=0.00991934;RO=32;SAF=33;SAR=28;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855776;STB=0.548371;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00760946;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:32:32:61:62:0.659574:28:33:13:19:28:34:13:19 chr4 39064162 . A C 478.84 PASS AF=0.616438;AO=42;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00161648;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9129;QD=26.2375;RBI=0.0803627;REFB=-0.0228176;REVB=0.0803464;RO=24;SAF=32;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108673;STB=0.533883;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.01367;OID=.;OPOS=39064162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:24:28:42:45:0.616438:10:32:18:6:10:35:20:8 chr4 39094738 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0251513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.391;QD=9.60056;RBI=0.0649646;REFB=-0.00710843;REVB=-0.0598984;RO=37;SAF=13;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420277;STB=0.75081;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0200293;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:4:13:15:22:4:13:15:22 chr4 39116911 . T C 658.34 PASS AF=0.613861;AO=54;DP=93;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0122423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.018;QD=26.0727;RBI=0.0225543;REFB=-0.0197543;REVB=0.0189426;RO=39;SAF=28;SAR=26;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102511;STB=0.526239;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0133676;OID=.;OPOS=39116911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:39:39:54:62:0.613861:26:28:15:24:34:28:15:24 chr4 39122697 . C T 382.74 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0146194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.528;QD=25.5159;RBI=0.0155054;REFB=-0.00877379;REVB=-0.00516642;RO=23;SAF=14;SAR=23;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414634;STB=0.522715;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00427796;OID=.;OPOS=39122697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:23:23:37:37:0.616667:23:14:10:13:23:14:10:13 chr4 39207318 . A G 141.16 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.045629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5466;QD=7.95271;RBI=0.0622825;REFB=0.000415132;REVB=0.0423923;RO=51;SAF=14;SAR=6;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977995;STB=0.559044;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000665048;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:6:14:32:19:6:14:32:19 chr4 39216221 . C T 207.02 PASS AF=0.254098;AO=30;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0286153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.447;QD=6.78742;RBI=0.06453;REFB=-0.0103806;REVB=-0.0578385;RO=89;SAF=18;SAR=12;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158904;STB=0.580593;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.030517;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:89:91:30:31:0.254098:12:18:42:47:13:18:43:48 chr4 39302029 . T C 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0179327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0822;QD=29.3732;RBI=0.0221155;REFB=-0.000145696;REVB=0.0129426;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110583;STB=0.545399;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-3.43694e-05;OID=.;OPOS=39302029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:6:7:17:17:0.708333:5:12:3:3:5:12:4:3 chr4 39408762 . C G 171.78 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.000842672;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.582;QD=10.9063;RBI=0.00340844;REFB=-0.000687524;REVB=0.00330263;RO=41;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221331;STB=0.628619;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00104964;OID=.;OPOS=39408762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:13:9:25:16:13:9:25:16 chr4 39448542 . C G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0495218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.657;QD=50.134;RBI=0.0497834;REFB=-0.0212005;REVB=-0.00509684;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00038426;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:8:16:1:0:8:16:1:0 chr4 39450229 . C A 537.74 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.916;QD=59.7486;RBI=0.0391272;REFB=0;REVB=0.0388192;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103798;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr4 39458051 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.061;QD=55.6521;RBI=0.0810574;REFB=0;REVB=0.0728688;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303609;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr4 39459724 . T A,C 1116.85 PASS AF=0.0632911,0.911392;AO=5,72;DP=80;FAO=5,72;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=5,38;FSAR=0,34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00732176,-0.0121772;FXX=0.0124984;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.0265,171.228;QD=56.5495;RBI=0.0429814,0.03214;REFB=-0.06468,-0.123636;REVB=-0.0423532,0.0297438;RO=1;SAF=5,38;SAR=0,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.0137071;STB=0.996516,0.500753;STBP=0.14,0.868;TYPE=snp,snp;VARB=0.126064,0.00338003;OID=.,.;OPOS=39459724,39459724;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:80:79:1:2:5,72:5,72:0.0632911,0.911392:0,34:5,38:0:1:0,34:5,38:1:1 chr4 39460490 . C G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.972;QD=58.0611;RBI=0.0562174;REFB=0;REVB=0.00962874;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67355e-05;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr4 39472842 . T A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.781;QD=56.1899;RBI=0.116448;REFB=0;REVB=0.116412;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036739;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr4 39501086 . G A 619.29 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0370074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.175;QD=58.9799;RBI=0.0381412;REFB=-0.0550978;REVB=0.00923063;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0094975;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:0:1:16:25:0:1 chr4 39510264 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.021169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.013;QD=10.7924;RBI=0.0214809;REFB=0.00227974;REVB=0.00364722;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465329;STB=0.527396;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00388215;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:17:18:10:8:17:18 chr4 39515736 . A G 152.8 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0507132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.87;QD=10.3592;RBI=0.0521844;REFB=-0.0018214;REVB=0.0123035;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241362;STB=0.640466;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00243449;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:11:9:26:13:11:9:26:13 chr4 39921942 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.04;QD=61.3361;RBI=0.0369531;REFB=0;REVB=0.0164729;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104007;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 40045139 . T C 1511.91 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0087;QD=59.2907;RBI=0.0563218;REFB=0;REVB=0.0544141;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281891;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:102:0:0:96:102:1:43:53:0:0:47:55:0:0 chr4 40079556 . C T 533.21 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000299936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.804;QD=59.2458;RBI=0.0356792;REFB=0;REVB=0.0356779;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104605;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:18:16:0:0:20:16:0:0 chr4 40121562 . G A 902.95 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.731;QD=58.2546;RBI=0.0389988;REFB=0;REVB=-0.0227974;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88451e-05;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:20:42:0:0 chr4 40138676 . A G 1149.18 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0134925;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5381;QD=58.1862;RBI=0.0177217;REFB=-0.0947923;REVB=-0.0114896;RO=2;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349053;STB=0.501845;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00207801;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:79:2:2:77:77:0.974684:33:44:1:1:33:44:1:1 chr4 40155927 . T C 740.31 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.268;QD=56.9472;RBI=0.0381605;REFB=0;REVB=0.0349479;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30971e-05;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr4 40245990 . A C 279.97 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00375366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7973;QD=27.9966;RBI=0.00856148;REFB=-0.014812;REVB=-0.00769474;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259417;STB=0.505716;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00577677;OID=.;OPOS=40245990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:25:25:0.625:8:17:10:4:8:17:10:5 chr4 40337908 . T C 352.77 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00941717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.155;QD=15.8547;RBI=0.0112042;REFB=-0.0231467;REVB=-0.00607053;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126992;STB=0.565337;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0284744;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:18:20:20:30:18:20:21:30 chr4 40356422 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.899;QD=51.1824;RBI=0.0210623;REFB=0;REVB=0.0207167;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190648;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr4 40438576 . A G 1065.93 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.275;QD=59.2182;RBI=0.0413036;REFB=0;REVB=0.029758;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010369;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:22:47:0:0:23:49:0:0 chr4 40440215 . T C 716.15 PASS AF=0.609091;AO=67;DP=110;FAO=67;FDP=110;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00183569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.489;QD=26.0418;RBI=0.00187993;REFB=-0.0337784;REVB=-0.000405437;RO=42;SAF=39;SAR=28;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270928;STB=0.509088;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0201037;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:42:43:67:67:0.609091:28:39:26:16:28:39:26:17 chr4 40778146 . C T 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0115159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.21;QD=3.83788;RBI=0.0292476;REFB=-0.00723417;REVB=-0.0268851;RO=62;SAF=6;SAR=7;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22911;STB=0.64898;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0279811;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:7:6:40:22:7:6:40:22 chr4 40778162 . T G 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0149447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.05;QD=3.40668;RBI=0.0159329;REFB=-0.00614073;REVB=-0.00552382;RO=63;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286882;STB=0.689219;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.031881;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:7:5:41:22:7:5:41:22 chr4 40810747 . A G 715.13 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00041239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.103;QD=60.8623;RBI=0.00119834;REFB=-0.119825;REVB=0.00112514;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000762201;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr4 41015823 . G A,T 1245.32 PASS AF=0.52381,0.47619;AO=44,39;DP=83;FAO=44,40;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=31,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489643,-0.00996712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.893,191.601;QD=59.3011;RBI=0.0521321,0.0105011;REFB=0,0;REVB=0.0178956,-0.00330586;RO=0;SAF=13,13;SAR=31,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0115151,0.0230532;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:83:84:0:0:44,39:44,40:0.52381,0.47619:31,26:13,13:0:0:31,26:13,14:0:0 chr4 41015899 . C T 1052.12 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=2.54443e-05;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.356;QD=58.4511;RBI=0.0179085;REFB=-0.187506;REVB=0.0179085;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000652739;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:41:29:0:1:41:30:0:1 chr4 41016484 . T C 35.99 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0200643;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.077;QD=6.54446;RBI=0.0243737;REFB=-0.0071548;REVB=-0.0138383;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292794;STB=0.705222;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0319391;OID=.;OPOS=41016484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:9:6:4:2:10:6 chr4 41259633 . C A 755.27 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500441;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.68;QD=57.0013;RBI=0.173125;REFB=0;REVB=0.173053;RO=0;SAF=41;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573917;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:9:41:0:0:12:41:0:0 chr4 41615660 . C T 393.81 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0325958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8284;QD=20.1952;RBI=0.0541626;REFB=-0.0145831;REVB=0.0432563;RO=37;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000668249;STB=0.505129;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.050959;OID=.;OPOS=41615660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:38:40:40:0.512821:13:27:25:12:13:27:26:12 chr4 41628818 . A G 178.43 PASS AF=0.296296;AO=23;DP=80;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=-0.0109752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.59;QD=8.8111;RBI=0.0236397;REFB=-0.00415621;REVB=-0.0209376;RO=57;SAF=18;SAR=5;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102385;STB=0.527976;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0101175;OID=.;OPOS=41628818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:57:57:23:24:0.296296:5:18:41:16:6:18:41:16 chr4 41631718 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0357007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.021;QD=14.7421;RBI=0.0375604;REFB=-0.00449709;REVB=-0.0116725;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165108;STB=0.596155;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00754469;OID=.;OPOS=41631718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:5:12:14:11:5:12:14:11 chr4 41633322 . C A 198.36 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0276071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.132;QD=9.22622;RBI=0.0300827;REFB=-0.0280272;REVB=-0.0119505;RO=59;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263563;STB=0.661637;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0576663;OID=.;OPOS=41633322;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:59:60:26:26:0.302326:8:18:28:31:8:18:28:32 chr4 41984118 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.036;QD=57.8841;RBI=0.0267767;REFB=0;REVB=0.0124796;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38502e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:29:29:0:0:31:29:0:0 chr4 41985101 . A G 2274.07 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.336;QD=63.6104;RBI=0.0746936;REFB=0;REVB=0.0507396;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204815;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:75:68:0:0:75:68:0:0 chr4 41985478 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.578;QD=57.2025;RBI=0.0610568;REFB=0;REVB=0.0390811;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308549;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 41986857 . A G 1039.85 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00885385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6016;QD=57.7693;RBI=0.076988;REFB=-0.078147;REVB=0.0764772;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141118;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00186721;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:33:37:0:1:33:38:0:1 chr4 41987892 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.107;QD=58.2396;RBI=0.0333061;REFB=0;REVB=0.0229356;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75566e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr4 41988385 . TACACAG TACA,TACAG 798.42 PASS AF=0,1;AO=6,41;DP=50;FAO=0,50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956942,0.0411671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=160.337,150.096;QD=63.8732;RBI=0.0244368,0.0414336;REFB=0,0;REVB=-0.0224852,0.00469221;RO=0;SAF=4,14;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00110847;OID=.,.;OPOS=41988389,41988386;OREF=CAG,AC;OALT=-,-;OMAPALT=TACA,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,41:50:0,50:50:0:0,18:0,32:0:0:4:0:4,14:2,27:0:0 chr4 41992677 . C G 3710.01 PASS AF=0.972656;AO=248;DP=257;FAO=249;FDP=256;FR=.;FRO=7;FSAF=143;FSAR=106;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0444654;FXX=0.0038909;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3892;QD=57.9689;RBI=0.0457668;REFB=-0.136;REVB=0.0108365;RO=6;SAF=142;SAR=106;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432805;STB=0.503918;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00317352;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:257:256:6:7:248:249:0.972656:106:142:4:2:106:143:5:2 chr4 42003671 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.233;QD=57.2002;RBI=0.0201216;REFB=0;REVB=-0.00527303;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64122e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr4 42020142 . A G 1584.21 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1981;QD=63.3683;RBI=0.0452107;REFB=0;REVB=0.0401151;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293292;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:52:48:0:0 chr4 42022464 . C A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.71;QD=63.5808;RBI=0.0659979;REFB=0;REVB=0.0334104;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11783e-05;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr4 42895423 . C T 423.54 PASS AF=0.525;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.099959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9328;QD=21.1769;RBI=0.129022;REFB=-0.0507506;REVB=-0.081578;RO=37;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070772;STB=0.53352;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0393013;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:37:38:42:42:0.525:25:17:18:19:25:17:18:20 chr4 44295839 . G A 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0544571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.193;QD=7.30264;RBI=0.0623314;REFB=-0.0207551;REVB=-0.0303255;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054508;STB=0.524557;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0495173;OID=.;OPOS=44295839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:42:15:15:0.263158:7:8:20:21:7:8:21:21 chr4 44626641 . A G 333.69 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00956995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.491;QD=21.8814;RBI=0.00986042;REFB=-0.0140558;REVB=0.00237571;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129814;STB=0.571388;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0114079;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:14:20:20:7:14:20:20:7 chr4 44680720 . CCCGG C,CCG 117.69 PASS AF=0,0.821429;AO=10,5;DP=29;FAO=0,23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=0,20;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0658977,-0.139069;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,2;MLLD=16.2222,11.7075;QD=16.8124;RBI=0.0659055,0.139076;REFB=-0.0341616,-0.06761;REVB=0.00101406,-0.00137563;RO=11;SAF=10,3;SAR=0,2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.763125,-0.267754;STB=0.5,0.526292;STBP=1,0.795;TYPE=del,del;VARB=0,0.0208376;OID=.,.;OPOS=44680721,44680722;OREF=CCGG,CG;OALT=-,-;OMAPALT=C,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.821429:10,5:29:0,23:28:5:0,20:0,3:4:1:16:11:10,3:0,2:9:2 chr4 44682465 . T C 158.37 PASS AF=0.258427;AO=24;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0405108;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2114;QD=7.1178;RBI=0.0446878;REFB=-0.0256364;REVB=-0.0188646;RO=61;SAF=17;SAR=7;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196331;STB=0.585499;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0750555;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:66:24:23:0.258427:7:17:34:27:7:16:39:27 chr4 44699484 . T G 97.95 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.000879959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.705;QD=7.1237;RBI=0.00521332;REFB=-0.00921446;REVB=-0.00513852;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427272;STB=0.526424;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0573399;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:16:25:9:5:16:25 chr4 44704757 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.116;QD=60.6101;RBI=0.0136411;REFB=0;REVB=0.010267;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43863e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr4 46086060 . T C 605.16 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8616;QD=60.516;RBI=0.074045;REFB=0;REVB=0.0329401;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928592;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr4 46995366 . G T 187.05 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0108533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.298;QD=14.6702;RBI=0.0132182;REFB=-0.0427715;REVB=0.00754493;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172587;STB=0.593872;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0394704;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:30:20:21:0.411765:5:15:17:11:5:16:19:11 chr4 47034626 . C G 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0277229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.801;QD=5.88657;RBI=0.0277679;REFB=-0.0138804;REVB=0.0015805;RO=50;SAF=4;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342299;STB=0.714593;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0576713;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:11:4:27:23:11:4:27:23 chr4 47322190 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.726;QD=55.0937;RBI=0.0443933;REFB=0;REVB=0.0429334;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599133;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr4 47514685 . C T 446.27 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0156776;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.234;QD=19.8343;RBI=0.0234338;REFB=-0.0353825;REVB=0.0174171;RO=41;SAF=17;SAR=26;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471098;STB=0.514279;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0322215;OID=.;OPOS=47514685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:41:46:43:44:0.488889:26:17:16:25:27:17:19:27 chr4 47560163 . C A 320.19 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0213243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.06;QD=13.625;RBI=0.0342542;REFB=-0.00521697;REVB=-0.0268072;RO=58;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190531;STB=0.608844;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00638451;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:13:23:27:31:13:23:27:31 chr4 47584046 . G A 723.38 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0158847;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.364;QD=23.3348;RBI=0.0213283;REFB=-0.0173906;REVB=-0.0142329;RO=55;SAF=28;SAR=41;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704954;STB=0.538561;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0109724;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:55:55:69:69:0.556452:41:28:27:28:41:28:27:28 chr4 47589203 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000510929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.833;QD=23.412;RBI=0.00169655;REFB=-0.0166864;REVB=-0.00161779;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177038;STB=0.597103;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0135981;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:18:17:18:7:18:17:18:7 chr4 47667064 . T C 428.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9084;QD=57.1728;RBI=0.111341;REFB=0;REVB=0.111219;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137592;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr4 47839929 . C T 1610.72 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8377;QD=59.1089;RBI=0.0693802;REFB=-0.0567314;REVB=0.0691837;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062371;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:109:1:0:108:109:1:58:50:0:1:59:50:0:0 chr4 47887536 . T C 840.51 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222909;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.697;QD=55.1156;RBI=0.0374865;REFB=0.0248881;REVB=0.0301389;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=5.54978e-05;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:61:0:1:59:60:0.983607:26:33:0:0:27:33:0:1 chr4 47887991 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.153;QD=60.5471;RBI=0.0293753;REFB=0;REVB=-0.00350723;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91356e-05;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr4 47901476 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.967;QD=57.1774;RBI=0.0734556;REFB=0;REVB=0.00790354;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026347;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr4 47945295 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9021;QD=52.6111;RBI=0.0756894;REFB=0;REVB=-0.0753;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137081;OID=.;OPOS=47945295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr4 48069696 . G C 946.52 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0105458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7329;QD=55.6774;RBI=0.0195861;REFB=-0.00837382;REVB=0.0165046;RO=2;SAF=32;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000842368;STB=0.500446;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000669446;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:34:32:1:1:34:32:1:1 chr4 48069725 . G A 814.94 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159418;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.811;QD=56.203;RBI=0.0585815;REFB=0;REVB=0.0563707;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140352;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:32:25:0:1:33:25:0:0 chr4 48170669 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.369;QD=60.2291;RBI=0.0586467;REFB=0;REVB=-0.0485491;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06998e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:12:25:0:0 chr4 48172266 . G A 770.6 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000164505;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.995;QD=64.2169;RBI=0.0370986;REFB=0;REVB=-0.0370982;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92071e-05;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr4 48426066 . A T 223.82 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00361981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2049;QD=19.4627;RBI=0.0408781;REFB=-0.0130431;REVB=0.0407175;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509041;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0214948;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:14:7:8:16:15:7:8:16 chr4 48492434 . G C 101.76 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=40.7023;RBI=0.0849897;REFB=0;REVB=0.0849897;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235787;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr4 48530070 . A G 30.87 PASS AF=0.178571;AO=5;DP=31;FAO=5;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.170531;FXX=0.096743;HRUN=11;LEN=1;MLLD=21.8343;QD=4.41017;RBI=0.228997;REFB=-0.00840179;REVB=0.152836;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018687;STB=0.540818;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0726913;OID=.;OPOS=48530070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:31:28:12:20:5:5:0.178571:2:3:7:5:2:3:11:9 chr4 48551527 . C T 574.72 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00249552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.264;QD=23.6998;RBI=0.0116747;REFB=-0.0169806;REVB=-0.0114049;RO=44;SAF=23;SAR=30;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220712;STB=0.620883;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0121136;OID=.;OPOS=48551527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:30:23:31:13:30:23:31:13 chr4 48582909 . G A 441.21 PASS AF=0.683333;AO=39;DP=59;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00353834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.562;QD=29.414;RBI=0.00422797;REFB=-0.0297727;REVB=0.00231429;RO=20;SAF=25;SAR=14;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274885;STB=0.500875;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.016943;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:19:39:41:0.683333:14:25:12:8:15:26:12:7 chr4 48588742 . C T 112.65 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.025894;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=331.607;QD=9.19572;RBI=0.0280476;REFB=-0.00948928;REVB=-0.010778;RO=24;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247002;STB=0.763801;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0170482;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:34:13:13:0.265306:12:1:4:20:12:1:9:25 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 476.35 PASS AF=0.472222,0.472222,0;AO=8,13,12;DP=35;FAO=17,17,0;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=7,6,0;FSAR=10,11,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0104765,-0.0143293,-0.0253855;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=275.073,275.267,268.073;QD=52.9274;RBI=0.0241418,0.0271263,0.0352236;REFB=-0.123536,-0.0708958,-0.033143;REVB=-0.0217501,-0.0230328,-0.0244189;RO=2;SAF=4,5,3;SAR=4,8,9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.175673,-0.1501,-0.222789;STB=0.562426,0.571342,0.5;STBP=0.147,0.135,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00885389,0.00565099,0;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.472222,0.472222,0:8,13,12:35:17,17,0:36:2:7,6,0:10,11,0:2:0:22:2:4,5,3:4,8,9:2:0 chr4 48859370 . C A 48.17 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00904379;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3797;QD=6.88084;RBI=0.0502106;REFB=-0.0144515;REVB=-0.0493894;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535944;STB=0.83254;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.18341;OID=.;OPOS=48859370;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:9:9:9:1:9:9 chr4 48988450 . C A 787.88 PASS AF=0.663265;AO=64;DP=95;FAO=65;FDP=98;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0151067;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7327;QD=32.1584;RBI=0.0162241;REFB=-0.0331001;REVB=-0.00591683;RO=31;SAF=33;SAR=31;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118005;STB=0.548658;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0134519;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:31:33:64:65:0.663265:31:33:22:9:31:34:22:11 chr4 49063872 . C A 358.3 PASS AF=0.59375;AO=34;DP=60;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00572135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.612;QD=22.3939;RBI=0.0116473;REFB=-0.020909;REVB=-0.0101452;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844015;STB=0.537109;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0108195;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:25:26:34:38:0.59375:14:20:12:13:17:21:12:14 chr4 52714354 . A ATTTC 136.62 PASS AF=0.269231;AO=13;DP=79;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.018809;FXX=0.0126566;HRUN=5;LEN=4;MLLD=240.953;QD=7.00617;RBI=0.0248396;REFB=0.00107915;REVB=-0.0162243;RO=55;SAF=6;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194332;STB=0.574656;STBP=0.461;TYPE=ins;VARB=-0.00345458;OID=.;OPOS=52714355;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=ATTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:13:79:21:78:57:10:11:33:24:99:55:6:7:34:21 chr4 52752812 . A T 487.78 PASS AF=0.5;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0212534;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.623;QD=19.5113;RBI=0.0262394;REFB=-0.00908741;REVB=0.0153884;RO=49;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816847;STB=0.54986;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00824378;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:50:50:50:0.5:24:26:21:28:24:26:21:29 chr4 52780048 . G C 523.74 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00151041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.265;QD=17.3136;RBI=0.00400533;REFB=-0.0126579;REVB=0.00370963;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176242;STB=0.5098;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0141097;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:65:56:56:0.46281:26:30:36:29:26:30:36:29 chr4 52889602 . T A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0336929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.744;QD=12.862;RBI=0.0396132;REFB=-0.021064;REVB=0.0208325;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561098;STB=0.838983;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0120315;OID=.;OPOS=52889602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:6:2:6:1:6:2 chr4 52938243 . T C 399.2 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0179071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.08;QD=23.8327;RBI=0.0333437;REFB=-0.0145509;REVB=-0.0281272;RO=28;SAF=12;SAR=27;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432769;STB=0.523797;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0062653;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:27:12:10:18:27:12:10:18 chr4 53610272 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00287073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.864;QD=17.0333;RBI=0.00287611;REFB=-0.00112795;REVB=-0.00017583;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981228;STB=0.505612;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00109917;OID=.;OPOS=53610272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:10:12:10:8:10:12 chr4 53610788 . CA AC,C 31.14 PASS AF=0.08,0.28;AO=2,7;DP=25;FAO=2,7;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=2,4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.115337,-0.161134;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=23.4033,7.66705;QD=4.98266;RBI=0.142977,0.19335;REFB=-0.0382116,-0.069503;REVB=0.0844984,0.106863;RO=11;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622114,-0.205271;STB=0.99558,0.633776;STBP=0.091,0.444;TYPE=mnp,del;VARB=0.0721956,0.0611836;OID=.,.;OPOS=53610788,53610789;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:25:25:11:16:2,7:2,7:0.08,0.28:2,4:0,3:7:4:2,4:0,3:10:6 chr4 53611668 . T C 89.77 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00755742;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2032;QD=25.6489;RBI=0.0166139;REFB=-0.0251858;REVB=0.0147955;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0557609;OID=.;OPOS=53611668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:14:4:4:10:10:0.714286:6:4:2:2:6:4:2:2 chr4 53652758 . A T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0141083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.96;QD=12.8689;RBI=0.0301004;REFB=-0.000530941;REVB=0.0265893;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00064883;OID=.;OPOS=53652758;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:10:6:8:3:10:6 chr4 53729429 . G A 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00940335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.827;QD=11.9922;RBI=0.0240995;REFB=-0.00894008;REVB=0.0221892;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141457;STB=0.583238;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00799058;OID=.;OPOS=53729429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:6:12:18:15:6:12:18:15 chr4 53732943 . T A 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00781697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.794;QD=13.5799;RBI=0.00818928;REFB=-0.00764035;REVB=0.00244118;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489516;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0114604;OID=.;OPOS=53732943;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:18:10:6:11:18:10 chr4 53751932 . C T 228.83 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.02019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7947;QD=14.5288;RBI=0.0417305;REFB=0.0213673;REVB=0.0365212;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199445;STB=0.601352;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0201463;OID=.;OPOS=53751932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:13:13:11:25:14:13:11:25 chr4 53822307 . A G 668.23 PASS AF=0.623656;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00459332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.491;QD=28.7413;RBI=0.0266724;REFB=-0.039994;REVB=0.0262739;RO=35;SAF=37;SAR=21;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696881;STB=0.537904;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0238779;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:35:35:58:58:0.623656:21:37:19:16:21:37:19:16 chr4 54011526 . A G 840.95 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00282161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.091;QD=21.8428;RBI=0.0282373;REFB=-0.0192819;REVB=0.028096;RO=70;SAF=53;SAR=30;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218372;STB=0.509355;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.012774;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:70:71:83:83:0.538961:30:53:43:27:30:53:44:27 chr4 54310281 . T G 1066.06 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1827;QD=58.4145;RBI=0.0656615;REFB=0.0299076;REVB=0.0344629;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-3.49419e-05;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:42:30:0:0:42:30:0:1 chr4 54966667 . C T 1474.49 PASS AF=0.921053;AO=105;DP=114;FAO=105;FDP=114;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=81;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0656695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.006;QD=51.7365;RBI=0.0658333;REFB=-0.247063;REVB=0.0046408;RO=4;SAF=24;SAR=81;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727761;STB=0.578931;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00968104;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:114:114:4:9:105:105:0.921053:81:24:4:0:81:24:9:0 chr4 54966830 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.811;QD=56.9569;RBI=0.0147611;REFB=0;REVB=0.00755195;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65821e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr4 54966919 . T C 299.7 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.38;QD=52.1222;RBI=0.0116918;REFB=0;REVB=-0.0116918;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113977;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:22:0:0:0:23:0:0:0 chr4 55130078 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0181739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.7;QD=11.9921;RBI=0.0217737;REFB=0.0104001;REVB=0.0119919;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415639;STB=0.740496;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0198855;OID=.;OPOS=55130078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:6:12:9:24:6:12:9:24 chr4 55133726 . T G 478.28 PASS AF=0.521739;AO=45;DP=88;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0560489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9642;QD=20.7947;RBI=0.0656489;REFB=-0.0255877;REVB=0.0341803;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622175;STB=0.5238;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0263039;OID=.;OPOS=55133726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:43:44:45:48:0.521739:22:23:25:18:22:26:26:18 chr4 55141055 . A G 2293.96 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=143;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00914163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.013;QD=62.8483;RBI=0.0283724;REFB=-0.0418644;REVB=0.0268593;RO=0;SAF=89;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38408e-08;STB=0.502793;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=3.10348e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:143:146:0:1:143:145:0.993151:54:89:0:0:56:89:1:0 chr4 55161391 . T C 2623.9 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=117;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016906;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.142;QD=61.3777;RBI=0.0464517;REFB=-0.136626;REVB=0.043266;RO=0;SAF=117;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000267071;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:171:0:1:170:170:0.994152:53:117:0:0:53:117:0:1 chr4 55161517 . A G 3098.45 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136141;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.555;QD=61.3555;RBI=0.00803136;REFB=0.0196095;REVB=0.00791513;RO=0;SAF=115;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74044e-05;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:202:0:0:202:202:1:87:115:0:0:87:115:0:0 chr4 55593464 . A C 413.79 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00269009;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.021;QD=18.8087;RBI=0.00498457;REFB=-0.0266895;REVB=0.00419635;RO=46;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802469;STB=0.544641;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0259855;OID=.;OPOS=55593464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:20:22:28:18:20:22:28:18 chr4 55599436 . T C 112.56 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0126037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1414;QD=8.4953;RBI=0.053213;REFB=0.0055628;REVB=-0.0516989;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246202;STB=0.640835;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.017959;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:38:15:15:0.283019:10:5:20:17:10:5:20:18 chr4 55602765 . G C 307.44 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00971406;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8423;QD=12.9448;RBI=0.0147463;REFB=0.00266193;REVB=-0.0110946;RO=56;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709546;STB=0.532449;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00663121;OID=.;OPOS=55602765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:60:35:35:0.368421:14:21:30:26:14:21:33:27 chr4 55606427 . G T 737.63 PASS AF=0.428571;AO=81;DP=189;FAO=81;FDP=189;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=66;FSRR=42;FWDB=0.00892254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.578;QD=15.6112;RBI=0.00995768;REFB=0.00264098;REVB=-0.00442082;RO=106;SAF=43;SAR=38;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748883;STB=0.546283;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00304636;OID=.;OPOS=55606427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:106:108:81:81:0.428571:38:43:64:42:38:43:66:42 chr4 55946081 . A G 1745.47 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.817;QD=60.7119;RBI=0.03006;REFB=0;REVB=0.0299079;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95895e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:50:64:0:0:51:64:0:0 chr4 55972974 . T A 152.06 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00386079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.691;QD=13.2228;RBI=0.0133266;REFB=-0.0178889;REVB=-0.0127551;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214589;STB=0.505294;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0249968;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:4:13:21:7:4:13:22:7 chr4 56291620 . CAA C 390.73 PASS AF=0.491379;AO=53;DP=117;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0292887;FXX=0.0413189;HRUN=2;LEN=2;MLLD=73.1372;QD=13.4735;RBI=0.0294106;REFB=-0.0127675;REVB=0.00267437;RO=57;SAF=25;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018606;STB=0.500455;STBP=0.983;TYPE=del;VARB=0.0104462;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491379:53:117:57:116:59:27:30:28:31:99:57:25:28:27:30 chr4 56300685 . C T 163.63 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00695561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.411;QD=20.4537;RBI=0.0180357;REFB=0.00223753;REVB=-0.0166405;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0100714;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:7:10:6:9:7:10:6:9 chr4 56301049 . G GA 229.02 PASS AF=0.5;AO=32;DP=75;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.064237;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5009;QD=13.0868;RBI=0.0648744;REFB=-0.00316146;REVB=0.00907164;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055294;STB=0.599134;STBP=0.116;TYPE=ins;VARB=0.00991755;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:32:75:35:70:35:20:15:13:22:99:42:17:15:20:22 chr4 56306111 . G A 376.7 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0591599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.106;QD=18.6027;RBI=0.060495;REFB=-0.0176438;REVB=-0.0126391;RO=42;SAF=11;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284771;STB=0.659403;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0185769;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:28:11:24:18:28:11:24:18 chr4 56309992 . A G 308.3 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0474199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.283;QD=28.0275;RBI=0.0474721;REFB=-0.0130333;REVB=-0.00222524;RO=17;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814124;STB=0.545039;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00547072;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:20:7:6:11:20:7:6:11 chr4 56318462 . G A 119.3 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0361452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.317;QD=13.6342;RBI=0.0363139;REFB=-0.00953041;REVB=0.00349654;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.545388;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0278941;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:12:9:5:9:12:9 chr4 56367796 . T G 111.23 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00910398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.548;QD=16.4787;RBI=0.0194223;REFB=-0.0300994;REVB=0.0171564;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0276667;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:9:13:0.481481:3:6:6:8:6:7:6:8 chr4 56756531 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.515;QD=56.9568;RBI=0.0357822;REFB=0;REVB=0.0205594;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163627;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr4 56771089 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.865;QD=60.9774;RBI=0.0323685;REFB=0;REVB=0.0204262;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105862;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr4 57154737 . T C 359.43 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.015097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.093;QD=19.9681;RBI=0.0156099;REFB=-0.022247;REVB=-0.00396859;RO=35;SAF=27;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2119;STB=0.618253;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0317504;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:10:27:18:17:10:27:18:17 chr4 57180521 . A G 42.82 PASS AF=0.148649;AO=13;DP=74;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.00750326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.1674;QD=2.31473;RBI=0.00961295;REFB=-0.0226497;REVB=-0.00600914;RO=60;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.738921;STB=0.886236;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.139397;OID=.;OPOS=57180521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:60:63:13:11:0.148649:1:12:14:46:2:9:18:45 chr4 57180563 . G C 217.44 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0135416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.471;QD=22.8885;RBI=0.0174859;REFB=-0.0535536;REVB=0.0110626;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133651;STB=0.596175;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0373797;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:16:5:6:10:16:5:7:10 chr4 57181629 . C T 634.15 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00309707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.425;QD=18.1186;RBI=0.0198769;REFB=-0.0129558;REVB=0.0196341;RO=74;SAF=31;SAR=34;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298376;STB=0.519853;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0136829;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:75:65:65:0.464286:34:31:33:41:34:31:33:42 chr4 57181632 . G C 2126.19 PASS AF=0.985401;AO=122;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.048;QD=62.0786;RBI=0.0246017;REFB=0;REVB=0.023628;RO=0;SAF=57;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138843;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:137:137:0:0:122:135:0.985401:65:57:0:0:75:60:0:0 chr4 57181995 . C T 473.23 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.017721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4466;QD=21.2685;RBI=0.0177415;REFB=0.00607156;REVB=-0.000852916;RO=43;SAF=7;SAR=39;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350733;STB=0.696808;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00375389;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:39:7:19:24:39:7:19:24 chr4 57182647 . G A 339.74 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00864442;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.037;QD=15.2693;RBI=0.0198102;REFB=-0.00865567;REVB=-0.0178246;RO=52;SAF=27;SAR=8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263706;STB=0.613994;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0193491;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:35:37:0.41573:8:27:29:23:10:27:29:23 chr4 57182758 . C T 559.99 PASS AF=0.522936;AO=54;DP=106;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.02655;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.68;QD=20.55;RBI=0.0275733;REFB=-0.0562853;REVB=0.00744237;RO=51;SAF=28;SAR=26;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442724;STB=0.515935;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0699354;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:51:52:54:57:0.522936:26:28:29:22:26:31:30:22 chr4 57194329 . G T 333.76 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0926317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.245;QD=12.8367;RBI=0.0926329;REFB=0.00507627;REVB=-0.00047761;RO=64;SAF=24;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244816;STB=0.513937;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.0133657;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:16:24:37:27:16:24:37:27 chr4 57204960 . A G 129.11 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0369778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3805;QD=21.5182;RBI=0.0369868;REFB=-0.0206436;REVB=-0.000811894;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0290394;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr4 57219592 . G A 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00606927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.59;QD=15.2365;RBI=0.0278484;REFB=-0.0138545;REVB=-0.027179;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290636;STB=0.664667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.025199;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:9:19:14:22:9:19:14:22 chr4 57268328 . T C 574.77 PASS AF=0.495798;AO=57;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0121452;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.37;QD=19.32;RBI=0.0121657;REFB=-0.0189518;REVB=-0.000706144;RO=61;SAF=39;SAR=18;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263546;STB=0.654202;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00917117;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:60:57:59:0.495798:18:39:25:36:18:41:24:36 chr4 57270197 . T C 495.93 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0110896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.48;QD=17.8714;RBI=0.011159;REFB=-0.00660873;REVB=0.00124268;RO=57;SAF=36;SAR=17;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308495;STB=0.675241;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00585183;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:17:36:20:37:17:36:20:38 chr4 57361553 . A G 420.72 PASS AF=0.35461;AO=50;DP=141;FAO=50;FDP=141;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00351414;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.161;QD=11.9353;RBI=0.013995;REFB=-0.00912191;REVB=-0.0135466;RO=91;SAF=33;SAR=17;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180675;STB=0.603675;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0155483;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:91:91:50:50:0.35461:17:33:46:45:17:33:46:45 chr4 57368807 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00961668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.54;QD=15.2558;RBI=0.0101722;REFB=-0.0241745;REVB=0.00331549;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532089;STB=0.53996;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0228762;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:10:10:13:16:10:10:13:17 chr4 57516896 . G A 373.83 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.000501916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.26;QD=14.805;RBI=0.0248409;REFB=-0.0146723;REVB=-0.0248358;RO=59;SAF=23;SAR=19;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479256;STB=0.527008;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0209082;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:59:42:42:0.415842:19:23:35:24:19:23:35:24 chr4 57660802 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5195;QD=48.7373;RBI=0.048612;REFB=0;REVB=0.0438465;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221355;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr4 57676369 . T C 166.39 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0240298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9068;QD=14.7904;RBI=0.050491;REFB=-0.0299577;REVB=0.0444063;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02426;STB=0.514003;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.044123;OID=.;OPOS=57676369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:5:13:20:7:5:13:20:7 chr4 57687711 . T C 424.55 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.039323;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3417;QD=18.2601;RBI=0.0403516;REFB=-0.0163036;REVB=-0.00905262;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410927;STB=0.522925;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0304712;OID=.;OPOS=57687711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:50:50:43:43:0.462366:19:24:30:20:19:24:30:20 chr4 57687719 . C T 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00780792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.805;QD=17.8206;RBI=0.0110321;REFB=-0.0114379;REVB=0.00779378;RO=52;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308681;STB=0.521812;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0127616;OID=.;OPOS=57687719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:20:24:30:22:20:24:31:22 chr4 57797414 . C T 239.49 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0215391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8805;QD=35.4802;RBI=0.0217882;REFB=0.045871;REVB=-0.00328555;RO=6;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163469;STB=0.589389;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00674435;OID=.;OPOS=57797414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:9:12:1:5:9:12:1:5 chr4 57876955 . G A 593.17 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0124248;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.488;QD=18.8308;RBI=0.0327738;REFB=-0.015472;REVB=0.0303273;RO=64;SAF=26;SAR=35;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399458;STB=0.518512;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0152536;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:65:61:61:0.484127:35:26:30:34:35:26:30:35 chr4 57881715 . G A 365.82 PASS AF=0.401869;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=107;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0109863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.489;QD=13.6756;RBI=0.0140157;REFB=-0.00823461;REVB=-0.00870302;RO=64;SAF=15;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181461;STB=0.602912;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0135043;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:64:64:43:43:0.401869:28:15:33:31:28:15:33:31 chr4 57889677 . C T 376.18 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.046473;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.689;QD=26.3988;RBI=0.0478528;REFB=-0.0266683;REVB=0.0114084;RO=21;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409013;STB=0.522376;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0199896;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:21:36:36:0.631579:15:21:11:10:15:21:11:10 chr4 62598689 . C T 1193.64 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328741;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.251;QD=58.945;RBI=0.045693;REFB=-0.0263286;REVB=-0.0317355;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937498;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000396095;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:29:50:1:0:29:51:1:0 chr4 62800728 . T C 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0735;QD=60.3733;RBI=0.027596;REFB=0;REVB=0.0267953;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143122;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr4 62845388 . G C 1747.26 PASS AF=0.930769;AO=119;DP=130;FAO=121;FDP=130;FR=.;FRO=9;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00600673;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.326;QD=53.7617;RBI=0.007119;REFB=0.000909851;REVB=-0.00382091;RO=8;SAF=64;SAR=55;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255311;STB=0.508473;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-1.06219e-05;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:130:130:8:9:119:121:0.930769:55:64:6:2:55:66:6:3 chr4 62845490 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.659;QD=58.061;RBI=0.00910502;REFB=0;REVB=0.000746733;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07884e-05;OID=.;OPOS=62845490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr4 62862077 . T G 120.78 PASS AF=0.181818;AO=21;DP=121;FAO=22;FDP=121;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.0184552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6712;QD=3.99285;RBI=0.0221448;REFB=-0.00819804;REVB=0.0122393;RO=99;SAF=11;SAR=10;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666077;STB=0.561928;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0236695;OID=.;OPOS=62862077;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:99:99:21:22:0.181818:10:11:57:42:11:11:57:42 chr4 62936176 . C A 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.043067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.506;QD=1.93528;RBI=0.0445361;REFB=0.00202313;REVB=-0.0113444;RO=66;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313769;STB=0.73912;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0367783;OID=.;OPOS=62936176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:2:6:32:34:2:6:32:34 chr4 66197804 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0106452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.61;QD=21.9722;RBI=0.0190995;REFB=-0.0150308;REVB=-0.0158579;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.015253;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:12:9:10:13:12:9 chr4 67142620 . G A 469.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305142;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.806;QD=58.6979;RBI=0.0106226;REFB=0;REVB=0.0101749;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155748;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr4 68374597 . C T 1572.07 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6884;QD=59.3234;RBI=0.0328274;REFB=0;REVB=-0.0289154;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086186;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:46:59:0:0:46:60:0:0 chr4 68374712 . GT G,TG 57.76 PASS AF=0.20354,0.0442478;AO=39,8;DP=115;FAO=23,5;FDP=113;FR=.;FRO=85;FSAF=11,5;FSAR=12,0;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0797857,-0.0352634;FXX=0.0173898;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.66975,29.3177;QD=2.04444;RBI=0.0824999,0.0418747;REFB=-0.155091,-0.0273638;REVB=-0.0209876,-0.0225828;RO=62;SAF=16,8;SAR=23,0;SRF=25;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0078479,0.6803;STB=0.552629,0.998227;STBP=0.599,0.007;TYPE=del,mnp;VARB=0.190525,0.148761;OID=.,.;OPOS=68374713,68374712;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:115:113:62:85:39,8:23,5:0.20354,0.0442478:23,0:16,8:25:37:12,0:11,5:35:50 chr4 68376708 . T C 604.72 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272668;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.669;QD=58.9967;RBI=0.0369386;REFB=-0.0100741;REVB=0.0249195;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000431832;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:16:23:0:1:17:23:0:1 chr4 68380215 . G A 1478.58 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9481;QD=61.6077;RBI=0.0573035;REFB=-0.00502512;REVB=0.0551958;RO=2;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225643;STB=0.505881;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00125049;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:2:1:94:95:0.989583:41:53:0:2:42:53:0:1 chr4 68384008 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.904;QD=60.2306;RBI=0.0170574;REFB=0;REVB=0.0104898;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73431e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr4 68436883 . T C 402.57 PASS AF=0.44;AO=32;DP=101;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0554375;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6187;QD=16.1028;RBI=0.0671714;REFB=-0.00407349;REVB=0.03793;RO=51;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338487;STB=0.567798;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00543862;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:51:56:32:44:0.44:21:11:19:32:23:21:20:36 chr4 68780399 . A G 3517.43 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554789;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.09;QD=62.8113;RBI=0.0978181;REFB=0;REVB=0.0805635;RO=0;SAF=113;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30491e-05;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:224:0:0:219:224:1:106:113:0:0:107:117:0:0 chr4 68784774 . T C 1904.71 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=61.4422;RBI=0.020412;REFB=0;REVB=-0.0160125;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49082e-05;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:123:124:1:67:56:0:0:68:56:0:0 chr4 68812283 . C A,T 651.15 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,41;DP=43;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461194,0.0200046;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.6679,174.349;QD=60.572;RBI=0.0618433,0.0208379;REFB=0,0;REVB=-0.0412019,0.00583411;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.255095,-0.00116567;OID=.,.;OPOS=68812283,68812283;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:2,41:2,41:0.0465116,0.953488:0,26:2,15:0:0:0,26:2,15:0:0 chr4 68995529 . C T 1415.31 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2735;QD=62.9028;RBI=0.0355744;REFB=0;REVB=0.0242577;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10647e-05;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr4 69078113 . T C 698.75 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.068;QD=59.4681;RBI=0.0386794;REFB=-0.111712;REVB=0.0355722;RO=1;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03755;STB=0.51851;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0011437;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:12:33:0:1:13:33:0:1 chr4 69094507 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.363;QD=59.4345;RBI=0.027669;REFB=0;REVB=0.0272074;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50927e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 69094575 . T G 393.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7043;QD=56.2165;RBI=0.0781955;REFB=0;REVB=-0.00384245;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043438;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr4 69095197 . T C 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6654;QD=62.6576;RBI=0.0401412;REFB=0;REVB=0.0356466;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254072;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 69179276 . GAAAAAT GAAAAATA,GAAAAT 35.37 PASS AF=0.375,0;AO=10,4;DP=33;FAO=12,0;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0594767,-0.0893422;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.94017,14.0041;QD=4.42158;RBI=0.139998,0.17685;REFB=-0.093932,-0.0828411;REVB=0.126736,-0.152624;RO=15;SAF=7,1;SAR=3,3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0409094,-0.506051;STB=0.511608,0.5;STBP=0.956,1;TYPE=ins,del;VARB=0.139926,0;OID=.,.;OPOS=69179283,69179277;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAATA,GAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:10,4:33:12,0:32:20:8,0:4,0:13:7:36:15:7,1:3,3:11:4 chr4 69179300 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTTA 57.24 PASS AF=0.419355,0.0322581;AO=7,4;DP=33;FAO=13,1;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8,1;FSAR=5,0;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.180463,-0.161697;FXX=0.0605877;HRUN=6,7;LEN=1,1;MLLD=9.70977,6.60476;QD=7.38553;RBI=0.257263,0.28817;REFB=-0.00883906,-0.150595;REVB=0.183351,0.238529;RO=10;SAF=4,4;SAR=3,0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130818,0.650438;STB=0.593087,0.984829;STBP=0.435,0.504;TYPE=del,ins;VARB=-0.0149686,-0.0491316;OID=.,.;OPOS=69179301,69179307;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355,0.0322581:7,4:33:13,1:31:17:8,1:5,0:13:4:52:10:4,4:3,0:7:3 chr4 69203080 . T C 253.1 PASS AF=0.5625;AO=23;DP=44;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0111917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.07;QD=21.092;RBI=0.0112478;REFB=-0.0470709;REVB=-0.0011224;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791788;STB=0.507037;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0392927;OID=.;OPOS=69203080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:21:21:23:27:0.5625:12:11:12:9:12:15:12:9 chr4 69203551 . A T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.655;QD=56.9569;RBI=0.0162197;REFB=0;REVB=-0.000363836;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84858e-05;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr4 69340500 . A G 285.77 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0348026;FXX=0.0256377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.202;QD=15.0406;RBI=0.0366657;REFB=-0.0095343;REVB=-0.011539;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177617;STB=0.618819;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0179069;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:42:44:31:32:0.421053:13:18:17:25:13:19:17:27 chr4 69417570 . A G 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.853;QD=60.714;RBI=0.00284992;REFB=0;REVB=-0.00113654;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82612e-06;OID=.;OPOS=69417570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr4 69433937 . A AC 168.38 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638476;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.238;QD=44.9025;RBI=0.111993;REFB=0;REVB=-0.0920099;RO=13;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000401269;OID=.;OPOS=69433938;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:15:15:0:6:9:0:0:4:13:1:1:5:8 chr4 69433938 . A C 144.58 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00662478;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=204.525;QD=36.1461;RBI=0.0072399;REFB=0.0389147;REVB=0.00292035;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.000453959;OID=.;OPOS=69433938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr4 69512847 . T G 246.76 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.000438514;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.919;QD=11.3452;RBI=0.0106172;REFB=-0.0164225;REVB=-0.0106081;RO=56;SAF=24;SAR=6;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206469;STB=0.630207;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0246879;OID=.;OPOS=69512847;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:6:24:37:19:6:24:37:20 chr4 69536084 . A C 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0010116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.457;QD=12.9219;RBI=0.00414233;REFB=-0.00131306;REVB=0.00401691;RO=34;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201251;STB=0.616329;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00392391;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:7:15:17:17:7:15:17:17 chr4 69687987 . C A 1179.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0213323;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.962;QD=59.7377;RBI=0.0247869;REFB=-0.0907867;REVB=-0.0126224;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=8.18046e-05;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr4 69795626 . C T 260.46 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00845543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2898;QD=24.8059;RBI=0.0413468;REFB=-0.0401217;REVB=-0.040473;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272933;STB=0.651042;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.023165;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:14:4:14:10:14:4 chr4 69962449 . G T 76.77 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0225737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8815;QD=12.7948;RBI=0.0409601;REFB=-0.0205867;REVB=-0.0341784;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.559202;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0332667;OID=.;OPOS=69962449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:6:7:6:4:7:7 chr4 69962610 . A G 123.72 PASS AF=0.375;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0187811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9045;QD=12.3715;RBI=0.0188916;REFB=0.00131468;REVB=-0.00204065;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34616;STB=0.631385;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0042693;OID=.;OPOS=69962610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:24:25:14:15:0.375:2:12:15:9:3:12:16:9 chr4 69964337 . AT TC 762.59 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036905;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.737;QD=63.5487;RBI=0.0371331;REFB=0;REVB=0.00410911;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000136931;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr4 69972949 . C G 3040.59 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103437;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.566;QD=63.6774;RBI=0.0146014;REFB=0;REVB=0.0103058;RO=0;SAF=103;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47433e-06;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:191:0:0:191:191:1:88:103:0:0:88:103:0:0 chr4 70066319 . G T 346.1 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0200224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.513;QD=19.4987;RBI=0.0225958;REFB=-0.0107552;REVB=-0.0104724;RO=31;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189772;STB=0.630414;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0100725;OID=.;OPOS=70066319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:35:36:36:0.507042:15:21:11:20:15:21:11:24 chr4 70070366 . A T 490.37 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0507924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3569;QD=24.8287;RBI=0.0601471;REFB=-0.0398071;REVB=-0.0322151;RO=30;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174623;STB=0.587074;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.025674;OID=.;OPOS=70070366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:33:46:46:0.582278:25:21:21:9:25:21:22:11 chr4 70146230 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9328;QD=53.272;RBI=0.0694486;REFB=0;REVB=0.0581585;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160993;OID=.;OPOS=70146230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 70146719 . G C 796.75 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8911;QD=55.9122;RBI=0.0104267;REFB=0;REVB=-0.000701695;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16291e-05;OID=.;OPOS=70146719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:21:34:0:0:22:35:0:0 chr4 70160338 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.126;QD=35.5759;RBI=0.0353378;REFB=0;REVB=-0.0320911;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185764;OID=.;OPOS=70160338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr4 70160342 . TG CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00052717;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.328;QD=35.5759;RBI=0.0495034;REFB=0;REVB=0.0495006;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00039493;OID=.;OPOS=70160342;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr4 70296603 . A G 149.51 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530758;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0244;QD=46.0037;RBI=0.103662;REFB=0;REVB=-0.0890439;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175685;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr4 70296618 . G C 53.35 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0266163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.225;QD=7.62154;RBI=0.0292766;REFB=-0.0152606;REVB=-0.0121939;RO=20;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454775;STB=0.794592;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0464406;OID=.;OPOS=70296618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:1:7:11:9:1:7:11:9 chr4 70296641 . A G 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0191038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.627;QD=8.80977;RBI=0.0256627;REFB=-0.0120388;REVB=-0.0171353;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355595;STB=0.721736;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0340682;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:2:8:12:11:2:8:12:11 chr4 70296644 . A G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.026515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.673;QD=8.8107;RBI=0.0403138;REFB=-0.00213545;REVB=-0.030367;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392929;STB=0.721736;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00183384;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:21:23:10:10:0.30303:2:8:10:11:2:8:12:11 chr4 70296648 . T G 83.33 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0030666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.262;QD=9.80362;RBI=0.0394302;REFB=-0.00540917;REVB=-0.0393108;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399005;STB=0.735373;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0141686;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:2:9:11:11:2:9:12:11 chr4 70296653 . GCCT TGGG 81.14 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=29;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0482707;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.079;QD=9.83485;RBI=0.0484058;REFB=-0.0221213;REVB=0.00361416;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282546;STB=0.744731;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=0.0532176;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:33:19:22:7:11:0.333333:2:5:9:10:2:9:11:11 chr4 70296660 . A G 83.75 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0141424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9668;QD=10.1512;RBI=0.0599014;REFB=0.00718107;REVB=0.058208;RO=22;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399005;STB=0.744731;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0127187;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:2:9:11:11:2:9:11:11 chr4 70296662 . C T 72.03 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0165787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.912;QD=8.23149;RBI=0.0433849;REFB=0.0108574;REVB=0.0400924;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300877;STB=0.530061;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0136957;OID=.;OPOS=70296662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:4:6:15:9:4:6:16:9 chr4 70355211 . T C 1116.26 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.781;QD=60.3384;RBI=0.0211758;REFB=0;REVB=-0.00216461;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59528e-05;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr4 70505162 . G A 358.37 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0586429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3179;QD=17.0651;RBI=0.0591501;REFB=-0.0260113;REVB=-0.00772977;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164526;STB=0.596965;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0239842;OID=.;OPOS=70505162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:20:18:29:16:20:18:30:16 chr4 70513139 . C T 711.31 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00466189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3098;QD=52.6899;RBI=0.0474526;REFB=-0.0332245;REVB=-0.0472231;RO=2;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695;STB=0.503691;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000882426;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:21:31:1:1:21:31:1:1 chr4 70599952 . C T 1036.42 PASS AF=0.412186;AO=115;DP=279;FAO=115;FDP=279;FR=.;FRO=164;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=85;FSRR=79;FWDB=-0.0205914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.628;QD=14.8591;RBI=0.0374753;REFB=-0.0193165;REVB=-0.0313112;RO=163;SAF=62;SAR=53;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186191;STB=0.512298;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0224274;OID=.;OPOS=70599952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:163:164:115:115:0.412186:53:62:85:78:53:62:85:79 chr4 70802218 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0129617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.213;QD=9.8303;RBI=0.0135651;REFB=0.000329766;REVB=-0.00400083;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515758;STB=0.796392;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000689621;OID=.;OPOS=70802218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:23:3:7:5:23:3 chr4 70807747 . T C 122.16 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.000100307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.851;QD=9.39704;RBI=0.00729465;REFB=-0.00182672;REVB=-0.00729396;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228698;STB=0.598318;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00459233;OID=.;OPOS=70807747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:36:15:16:0.307692:4:11:20:16:5:11:20:16 chr4 70807771 . C T 122.37 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0385754;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9783;QD=8.43959;RBI=0.0662625;REFB=0.00579102;REVB=-0.0538763;RO=39;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1796;STB=0.594478;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0171998;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:41:17:17:0.293103:5:12:22:17:5:12:24:17 chr4 70821025 . A G 336.51 PASS AF=0.461538;AO=37;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0736437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.168;QD=17.2571;RBI=0.10428;REFB=-0.0117814;REVB=0.0738297;RO=41;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244746;STB=0.655085;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0162141;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:37:36:0.461538:24:13:25:16:24:12:26:16 chr4 70898907 . C T 708.92 PASS AF=0.59292;AO=67;DP=113;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00634049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.577;QD=25.0946;RBI=0.00740685;REFB=-0.0306942;REVB=-0.00382879;RO=45;SAF=30;SAR=37;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634185;STB=0.539061;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0221707;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:46:67:67:0.59292:37:30:24:21:37:30:25:21 chr4 70944452 . G A 2427.23 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302413;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.224;QD=61.4488;RBI=0.0149623;REFB=0;REVB=0.0146535;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1683e-05;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:158:0:0:158:158:1:78:80:0:0:78:80:0:0 chr4 71062256 . C T 352.0 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0165619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.751;QD=15.3045;RBI=0.118731;REFB=-0.0337868;REVB=-0.117571;RO=51;SAF=14;SAR=24;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256978;STB=0.512814;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0539627;OID=.;OPOS=71062256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:51:54:38:38:0.413043:24:14:20:31:24:14:21:33 chr4 71062426 . C T 422.36 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.00681725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.74;QD=20.8572;RBI=0.0252478;REFB=-0.0125844;REVB=-0.02431;RO=39;SAF=7;SAR=35;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057442;STB=0.531899;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00896387;OID=.;OPOS=71062426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:35:7:8:31:35:7:8:31 chr4 71068489 . T C 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00605493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.368;QD=28.8059;RBI=0.0306269;REFB=-0.0434643;REVB=0.0300224;RO=17;SAF=22;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222312;STB=0.623385;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0144557;OID=.;OPOS=71068489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:6:22:9:8:6:22:9:8 chr4 71115060 . G A 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00529765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.423;QD=14.1381;RBI=0.0254156;REFB=-0.00512319;REVB=-0.0248574;RO=20;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597979;STB=0.860797;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149651;OID=.;OPOS=71115060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:1:13:10:10:1:13:10:10 chr4 71115152 . T C 31.4 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0175075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3021;QD=5.70859;RBI=0.057807;REFB=-0.0236102;REVB=0.0550921;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149998;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.138481;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:22:22:15:16:5:6:0.272727:2:3:7:8:2:4:7:9 chr4 71201388 . C T 502.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7737;QD=59.0629;RBI=0.0540257;REFB=0;REVB=0.0525364;RO=0;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709782;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:3:29:0:0:3:31:0:0 chr4 71201597 . C T 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00653649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.444;QD=26.6545;RBI=0.00972324;REFB=-0.0250718;REVB=-0.00719831;RO=17;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191282;STB=0.620619;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0130048;OID=.;OPOS=71201597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:19:33:33:0.634615:15:18:4:13:15:18:4:15 chr4 71232388 . G A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0124581;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.624;QD=13.7844;RBI=0.0152835;REFB=-0.0180381;REVB=0.00885324;RO=32;SAF=18;SAR=5;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202871;STB=0.521139;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.028635;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:5:18:25:7:5:18:25:8 chr4 71232430 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0511438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2736;QD=56.4856;RBI=0.0540341;REFB=-0.0031743;REVB=0.0174354;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00167347;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:1:0:16:19:1:0 chr4 71255767 . A G 306.58 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0132181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.988;QD=22.7096;RBI=0.0230562;REFB=-0.0198438;REVB=0.018891;RO=22;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188264;STB=0.61283;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.018581;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:19:12:14:8:19:12:15:8 chr4 71275232 . C T 363.0 PASS AF=0.419355;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00300548;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.115;QD=15.6129;RBI=0.00338888;REFB=-0.0227087;REVB=0.00156575;RO=56;SAF=17;SAR=21;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24;STB=0.627996;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0328567;OID=.;OPOS=71275232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:54:38:39:0.419355:21:17:38:18:21:18:37:17 chr4 71339723 . G A 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00838335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7748;QD=14.6526;RBI=0.119639;REFB=-0.0165533;REVB=-0.119345;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230989;STB=0.632005;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0165362;OID=.;OPOS=71339723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:14:3:5:8:14:3 chr4 71339728 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.013463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.706;QD=14.0974;RBI=0.0148799;REFB=0.013509;REVB=0.006337;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230989;STB=0.604249;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0459567;OID=.;OPOS=71339728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:5:8:14:3:5:8:14:4 chr4 71346701 . C G 72.25 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00333847;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=143.604;QD=11.115;RBI=0.0145188;REFB=0.00719392;REVB=-0.0141298;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.653567;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00943291;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:25:26:14:16:10:10:0.384615:5:5:4:10:5:5:4:12 chr4 71384488 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.335;QD=56.9554;RBI=0.0420352;REFB=0;REVB=0.0156651;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83386e-05;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:25:25:0:0:25:27:0:0 chr4 71396989 . C T 304.86 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0297477;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8106;QD=17.1752;RBI=0.0297882;REFB=-0.016643;REVB=-0.00155117;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11965;STB=0.580105;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0362314;OID=.;OPOS=71396989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:33:33:0.464789:18:15:21:15:18:15:23:15 chr4 71555754 . G T 819.78 PASS AF=0.669725;AO=71;DP=107;FAO=73;FDP=109;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0215412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.1;QD=30.0835;RBI=0.0247382;REFB=-0.0285784;REVB=0.0121636;RO=33;SAF=27;SAR=44;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457967;STB=0.53491;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0120887;OID=.;OPOS=71555754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:33:36:71:73:0.669725:44:27:15:18:44:29:18:18 chr4 71657772 . G A 1080.12 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142632;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.279;QD=58.3846;RBI=0.0402375;REFB=0;REVB=0.0376246;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140199;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:74:0:0:70:74:1:29:41:0:0:32:42:0:0 chr4 71704965 . C T 468.16 PASS AF=0.555556;AO=37;DP=73;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0683642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.383;QD=23.1191;RBI=0.0703814;REFB=-0.0642387;REVB=0.0167295;RO=35;SAF=26;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129031;STB=0.565663;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0275804;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:81:35:36:37:45:0.555556:11:26:20:15:14:31:20:16 chr4 71849697 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.738;QD=57.2024;RBI=0.0166253;REFB=0;REVB=-0.0159685;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71778e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 71849888 . G T 347.41 PASS AF=0.404255;AO=36;DP=92;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.00985167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.757;QD=14.7835;RBI=0.0113901;REFB=-0.0262597;REVB=-0.00571662;RO=55;SAF=10;SAR=26;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632349;STB=0.503874;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0351959;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:55:56:36:38:0.404255:26:10:18:37:26:12:18:38 chr4 72425863 . C T 105.09 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0163565;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.364;QD=10.253;RBI=0.0163573;REFB=-0.0109466;REVB=0.00016084;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4024;STB=0.759912;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0311011;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:28:13:13:0.317073:11:2:12:15:11:2:13:15 chr4 72433642 . TG T,TT 322.13 PASS AF=0.443038,0;AO=29,8;DP=86;FAO=35,0;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=20,0;FSAR=15,0;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0046532,-0.00971137;FXX=0.0246883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.408,261.882;QD=16.3105;RBI=0.00755008,0.00971231;REFB=0.000702719,0.00134957;REVB=0.00594571,0.000134496;RO=49;SAF=18,3;SAR=11,5;SRF=16;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.313583,0.0644228;STB=0.650095,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000140374,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038,0:29,8:86:35,0:79:44:20,0:15,0:13:31:99:49:18,3:11,5:16:33 chr4 72436804 . G A 669.98 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0140235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.853;QD=21.4393;RBI=0.0243291;REFB=-0.0206329;REVB=0.0198808;RO=59;SAF=41;SAR=25;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114638;STB=0.563027;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0211723;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:25:41:29:30:25:41:29:30 chr4 72618296 . T C 2220.09 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422873;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.524;QD=63.4312;RBI=0.0510136;REFB=0;REVB=0.0285336;RO=0;SAF=63;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012883;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:76:63:0:0:76:64:0:0 chr4 72618323 . G T 495.07 PASS AF=0.378378;AO=55;DP=147;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=-0.0278945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5037;QD=13.3804;RBI=0.0607878;REFB=0.0157762;REVB=0.0540098;RO=92;SAF=31;SAR=24;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199768;STB=0.606356;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.030917;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:92:92:55:56:0.378378:24:31:35:57:25:31:35:57 chr4 72649774 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.048761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7031;QD=13.3403;RBI=0.049136;REFB=-0.0441887;REVB=0.00605889;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107815;STB=0.562103;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0371119;OID=.;OPOS=72649774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:9:12:15:17:9:12:15:17 chr4 73013235 . C A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00748462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.672;QD=21.5084;RBI=0.00748463;REFB=-0.0160852;REVB=-1.04346e-05;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988308;STB=0.540495;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0176391;OID=.;OPOS=73013235;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:10:8:8:6:10:8:8:7 chr4 73414286 . C T 317.5 PASS AF=0.532258;AO=26;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.013783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.398;QD=20.4841;RBI=0.0450093;REFB=-0.0204309;REVB=0.0428471;RO=29;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750589;STB=0.568822;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0228722;OID=.;OPOS=73414286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:26:33:0.532258:10:16:20:9:15:18:20:9 chr4 73433122 . GA G 139.55 PASS AF=0.5;AO=26;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.115997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9728;QD=11.1639;RBI=0.127751;REFB=-0.0735248;REVB=-0.0535261;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159056;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0629813;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:26:50:25:50:25:12:13:18:7:99:22:14:12:16:6 chr4 73942678 . C T 493.92 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00212878;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.14;QD=19.5611;RBI=0.0104798;REFB=-0.00693246;REVB=-0.0102613;RO=50;SAF=29;SAR=22;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122516;STB=0.567488;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00552095;OID=.;OPOS=73942678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:50:50:51:51:0.50495:22:29:35:15:22:29:35:15 chr4 73991006 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.727;QD=63.8712;RBI=0.0335044;REFB=0;REVB=0.00980459;RO=0;SAF=8;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.98835e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151783;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:40:8:0:0:40:8:0:0 chr4 74285239 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0383104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7054;QD=14.0974;RBI=0.0412898;REFB=-0.000724684;REVB=-0.0154001;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-1.60848e-05;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:9:9:5:8:9:9 chr4 74302071 . T A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00347184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.709;QD=12.229;RBI=0.00358716;REFB=-0.013383;REVB=0.000902244;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207771;STB=0.620143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0244143;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:14:8:20:16:14:8:20:16 chr4 74302870 . T C 481.41 PASS AF=0.505263;AO=45;DP=91;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00450099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7501;QD=20.2698;RBI=0.0497481;REFB=-0.0435085;REVB=-0.0495441;RO=46;SAF=29;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560241;STB=0.538445;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0351206;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:46:47:45:48:0.505263:16:29:27:19:16:32:28:19 chr4 74318330 . A G 661.84 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0612034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.943;QD=49.0248;RBI=0.0653051;REFB=-0.149962;REVB=0.0227794;RO=3;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350121;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:54:54:3:4:50:50:0.925926:25:25:1:2:25:25:2:2 chr4 74347503 . TA T 276.5 PASS AF=0.97561;AO=30;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00648094;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.673;QD=26.9753;RBI=0.151829;REFB=-0.0268159;REVB=-0.151691;RO=4;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.0985383;STB=0.510633;STBP=0.504;TYPE=del;VARB=0.00222934;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.97561:30:42:40:41:1:23:17:1:0:3:4:20:10:1:3 chr4 74447510 . A C 1466.75 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00821851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.805;QD=55.349;RBI=0.00962454;REFB=-0.0419508;REVB=-0.00500878;RO=4;SAF=62;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807399;STB=0.504259;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00069481;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:4:4:102:102:0.962264:40:62:2:2:40:62:2:2 chr4 74714098 . G A 1514.39 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478827;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.91;QD=59.9758;RBI=0.0502392;REFB=0;REVB=0.015206;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38943e-05;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr4 74863997 . T C 1023.45 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0332775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2023;QD=55.3215;RBI=0.0350512;REFB=-0.0625209;REVB=0.0110089;RO=2;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000364693;STB=0.506472;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00748458;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:2:3:71:71:0.959459:35:36:1:1:35:36:2:1 chr4 74904296 . G T 45.21 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00429567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.998;QD=8.61048;RBI=0.0120083;REFB=-0.0169391;REVB=0.0112137;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.025521;OID=.;OPOS=74904296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:9:5:1:6:9:5 chr4 75023609 . T C 1045.48 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3096;QD=58.0822;RBI=0.065589;REFB=0.0866146;REVB=-0.0401369;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116761;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00485359;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:40:31:0:1:40:31:0:1 chr4 75023709 . C T 1484.25 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0368653;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.47;QD=54.4678;RBI=0.040859;REFB=-0.172105;REVB=0.0176183;RO=3;SAF=49;SAR=55;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073562;STB=0.512495;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00129336;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:109:109:3:5:104:104:0.954128:55:49:1:2:55:49:1:4 chr4 75046465 . C G,T 976.81 PASS AF=0.970149,0.0298507;AO=64,3;DP=67;FAO=65,2;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105461,-0.0149911;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.026,211.868;QD=58.3172;RBI=0.0107511,0.0246104;REFB=0,0;REVB=0.00208975,-0.0195176;RO=0;SAF=40,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.3845e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00678033,0.0646316;OID=.,.;OPOS=75046465,75046465;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:67:67:0:0:64,3:65,2:0.970149,0.0298507:24,1:40,2:0:0:25,0:40,2:0:0 chr4 75168785 . A G 374.58 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0739908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.558;QD=18.7291;RBI=0.0758246;REFB=-0.0245389;REVB=0.0165748;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454371;STB=0.525291;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0273669;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:19:20:19:22:19:20:19:22 chr4 75248434 . A G 1142.28 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502458;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.151;QD=59.3391;RBI=0.0503287;REFB=-0.0247538;REVB=-0.00288787;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.507461;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000162371;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:76:76:0.987013:33:43:0:0:33:43:0:1 chr4 75254282 . G A 1698.14 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131448;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.231;QD=60.6478;RBI=0.0232872;REFB=0;REVB=-0.0192226;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03907e-06;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:62:50:0:0:62:50:0:0 chr4 75485872 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.763;QD=47.8223;RBI=0.0226513;REFB=0;REVB=0.0215736;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08046e-05;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr4 75937971 . C T 390.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4043;QD=55.7153;RBI=0.0875847;REFB=0;REVB=0.0298499;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184456;OID=.;OPOS=75937971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:2:25:0:0:2:26:0:0 chr4 75938179 . G A 190.99 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3021;QD=47.748;RBI=0.0215057;REFB=0;REVB=0.0201567;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444466;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:11:3:0:0:11:5:0:0 chr4 75938236 . A G 248.23 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00676919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.482;QD=49.646;RBI=0.0395118;REFB=0;REVB=0.0389276;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136156;OID=.;OPOS=75938236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr4 76407217 . A ACT,T 1391.24 PASS AF=0.880435,0.119565;AO=79,11;DP=98;FAO=81,11;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46,9;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028711,0.00290415;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=255.609,94.5942;QD=60.4887;RBI=0.0458037,0.0478867;REFB=0,0;REVB=-0.0356884,0.0477986;RO=6;SAF=44,9;SAR=35,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0375041,-0.0159979;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00383043,-0.0165311;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:98:92:6:0:79,11:81,11:0.880435,0.119565:35,2:44,9:5:1:35,2:46,9:0:0 chr4 76407219 . T C 496.86 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000824483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.835;QD=20.9204;RBI=0.00297045;REFB=-0.012221;REVB=0.00285373;RO=46;SAF=28;SAR=20;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330036;STB=0.506326;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0141307;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:47:48:48:0.505263:20:28:27:19:20:28:28:19 chr4 76720885 . T C 940.81 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00743554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.614;QD=57.0189;RBI=0.00957474;REFB=-0.0641157;REVB=0.00603229;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000349998;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:25:40:1:0:25:40:1:0 chr4 76722353 . G A 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0446;QD=39.2006;RBI=0.0793881;REFB=0;REVB=-0.0785614;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00580589;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 76787673 . T C 1261.62 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.295;QD=61.5424;RBI=0.156829;REFB=0;REVB=0.153261;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861588;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:34:43:0:0:39:43:0:0 chr4 76793228 . A G 1291.78 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190601;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.801;QD=60.7894;RBI=0.163321;REFB=-0.0692476;REVB=-0.162205;RO=1;SAF=54;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086921;STB=0.504586;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000832417;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:30:54:1:0:30:54:1:0 chr4 76794345 . T G 1308.11 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00612034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.486;QD=60.1432;RBI=0.00612181;REFB=0.128928;REVB=-0.00013418;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.504347;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000690634;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:85:86:0.988506:29:56:0:0:29:57:1:0 chr4 76804137 . T C 342.09 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00905054;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.237;QD=23.5927;RBI=0.0195132;REFB=-0.0199017;REVB=0.0172874;RO=23;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026417;STB=0.505089;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0100114;OID=.;OPOS=76804137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:24:34:34:0.586207:16:18:13:10:16:18:13:11 chr4 76805902 . C T 1453.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4193;QD=63.1917;RBI=0.0144314;REFB=0;REVB=0.0075455;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11166e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:39:53:0:0 chr4 76807218 . C G 821.36 PASS AF=0.828947;AO=62;DP=76;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00473301;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8785;QD=43.2293;RBI=0.0520908;REFB=-0.0184892;REVB=-0.0518753;RO=12;SAF=11;SAR=51;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183296;STB=0.611725;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00408023;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:12:13:62:63:0.828947:51:11:7:5:52:11:8:5 chr4 76807249 . C G 780.74 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0074254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1956;QD=39.037;RBI=0.0347502;REFB=-0.00529513;REVB=-0.0339476;RO=18;SAF=10;SAR=52;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302287;STB=0.663513;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0064152;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:18:18:62:62:0.775:52:10:12:6:52:10:12:6 chr4 76807252 . C A 777.73 PASS AF=0.765432;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=81;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0221969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5514;QD=38.4064;RBI=0.0230439;REFB=-0.0478043;REVB=0.00619023;RO=18;SAF=10;SAR=52;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275875;STB=0.659687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0145787;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:18:19:62:62:0.765432:52:10:11:7:52:10:12:7 chr4 76807270 . C T 770.89 PASS AF=0.724138;AO=62;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00740192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.794;QD=35.4434;RBI=0.0181622;REFB=-0.0225274;REVB=0.0165855;RO=24;SAF=11;SAR=51;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352018;STB=0.691617;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00790379;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:24:62:63:0.724138:51:11:17:7:52:11:17:7 chr4 76807288 . A G 757.0 PASS AF=0.704545;AO=62;DP=89;FAO=62;FDP=88;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=51;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00540569;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.042;QD=34.4092;RBI=0.0172938;REFB=-0.0393403;REVB=0.0164272;RO=26;SAF=11;SAR=51;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358526;STB=0.694947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00900368;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:26:26:62:62:0.704545:51:11:18:8:51:11:18:8 chr4 76807302 . A G 756.78 PASS AF=0.670213;AO=61;DP=92;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.000258203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3417;QD=32.2034;RBI=0.0377233;REFB=-0.030795;REVB=-0.0377224;RO=31;SAF=9;SAR=52;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413939;STB=0.699277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0135752;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:31:31:61:63:0.670213:52:9:20:11:52:11:20:11 chr4 76807304 . A G 757.59 PASS AF=0.670213;AO=63;DP=94;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0133953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.413;QD=32.2378;RBI=0.0140663;REFB=0.00472257;REVB=0.0042926;RO=31;SAF=11;SAR=52;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365228;STB=0.699277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00164791;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:31:31:63:63:0.670213:52:11:20:11:52:11:20:11 chr4 76807313 . C A 668.54 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=101;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0148944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.256;QD=26.4768;RBI=0.0186936;REFB=-0.0231528;REVB=0.0112963;RO=39;SAF=10;SAR=52;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455749;STB=0.750298;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00238117;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:39:39:62:62:0.613861:52:10:27:12:52:10:27:12 chr4 76807325 . T A 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0172525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.411;QD=20.9711;RBI=0.0174986;REFB=-0.012323;REVB=0.00292391;RO=44;SAF=10;SAR=36;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481656;STB=0.766977;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00732204;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:36:10:33:11:36:10:33:11 chr4 76807334 . T C 247.41 PASS AF=0.39726;AO=18;DP=74;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0260752;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=13.5566;RBI=0.0263233;REFB=-0.00122781;REVB=-0.00360529;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292968;STB=0.739916;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00535693;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:44:18:29:0.39726:9:9:32:11:20:9:32:12 chr4 76809386 . A G 2226.28 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440396;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1181;QD=62.712;RBI=0.0490123;REFB=-0.0781959;REVB=-0.0215109;RO=1;SAF=78;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605734;STB=0.503184;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000376071;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:142:1:1:141:141:0.992958:63:78:1:0:63:78:1:0 chr4 76836137 . A G 177.04 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0480778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9313;QD=10.4139;RBI=0.0484797;REFB=-0.0206255;REVB=0.00622882;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061674;STB=0.536051;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0316875;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:22:23:13:10:22:23 chr4 76878716 . G C 198.93 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0197495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.861;QD=13.4865;RBI=0.0203181;REFB=-0.00118938;REVB=-0.00477313;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243655;STB=0.640651;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00163656;OID=.;OPOS=76878716;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:6:18:19:16:6:18:19:16 chr4 76881233 . G T 470.75 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0199413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.605;QD=15.9577;RBI=0.149951;REFB=-0.0459758;REVB=-0.148619;RO=54;SAF=29;SAR=23;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121008;STB=0.501652;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0531328;OID=.;OPOS=76881233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:66:52:52:0.440678:23:29:37:17:23:29:37:29 chr4 76911852 . C T 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0109111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9755;QD=14.664;RBI=0.0444399;REFB=-0.0210405;REVB=0.0430796;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057395;STB=0.533289;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0303722;OID=.;OPOS=76911852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:11:10:8:7:11:10 chr4 76942943 . C G 1396.07 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8006;QD=62.7449;RBI=0.0449142;REFB=0;REVB=-0.0145091;RO=0;SAF=49;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330615;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:40:49:0:0:40:49:0:0 chr4 76943137 . G C 1712.93 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6018;QD=60.6349;RBI=0.112159;REFB=0;REVB=0.0586794;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827597;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr4 76955914 . T C 733.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.451;QD=62.4154;RBI=0.0562302;REFB=0;REVB=0.0331461;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359262;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:47:0:0:40:47:1:30:10:0:0:33:14:0:0 chr4 76956188 . T C 888.58 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000181028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.017;QD=56.4176;RBI=0.0191549;REFB=-0.0906718;REVB=0.019154;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.000197919;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:29:33:0:0:29:33:0:1 chr4 77021433 . C T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00968552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.378;QD=12.4668;RBI=0.0106977;REFB=-0.00257627;REVB=-0.00454225;RO=32;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00690635;STB=0.503933;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00388114;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:8:12:19:13:8:12:20:13 chr4 77033590 . C T 1514.29 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00475402;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.694;QD=59.9719;RBI=0.0334148;REFB=0;REVB=0.0330749;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107514;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:40:61:0:0:40:61:0:0 chr4 77105911 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0222843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.925;QD=27.1542;RBI=0.0393732;REFB=0.011108;REVB=0.0324601;RO=5;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525103;STB=0.514265;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00573805;OID=.;OPOS=77105911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:5:6:14:14:0.7:2:12:4:1:2:12:5:1 chr4 77192868 . G A 902.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3655;QD=58.2213;RBI=0.0931017;REFB=0;REVB=-0.0114519;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714315;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr4 77201487 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.718;QD=60.6099;RBI=0.0731068;REFB=0;REVB=-0.030397;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152531;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr4 78638730 . T C 286.86 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00199317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1844;QD=18.8108;RBI=0.086135;REFB=0.0188133;REVB=0.0861119;RO=25;SAF=22;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383765;STB=0.677209;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00261742;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:29:27:30:0.491803:5:22:11:14:7:23:13:16 chr4 78669454 . A G 208.54 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00298415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.264;QD=18.134;RBI=0.00988695;REFB=-0.0109407;REVB=0.00942585;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347428;STB=0.519732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.010505;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:11:14:11:10:11:14 chr4 78740132 . G C 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0268034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6676;QD=12.3939;RBI=0.0306916;REFB=-0.0096213;REVB=0.0149516;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251789;OID=.;OPOS=78740132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr4 78987157 . A G 269.45 PASS AF=0.340206;AO=31;DP=96;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00214822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.848;QD=11.1112;RBI=0.00220876;REFB=-0.0173036;REVB=-0.000513591;RO=63;SAF=15;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885743;STB=0.519762;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0320161;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:63:64:31:33:0.340206:16:15:30:33:18:15:31:33 chr4 78989672 . G C 305.54 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.0241408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.773;QD=10.7206;RBI=0.0388527;REFB=-0.00779177;REVB=0.0304426;RO=75;SAF=18;SAR=21;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556432;STB=0.532044;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0166376;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:21:18:31:44:21:18:31:44 chr4 78989716 . T C 304.41 PASS AF=0.361111;AO=37;DP=106;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0476417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.91;QD=11.2744;RBI=0.0506294;REFB=-0.00676904;REVB=-0.0171349;RO=69;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137979;STB=0.561456;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0140857;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:69:69:37:39:0.361111:18:19:27:42:20:19:27:42 chr4 79186047 . G A 293.43 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.114229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3811;QD=14.8574;RBI=0.115023;REFB=-0.00764508;REVB=-0.013492;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104773;STB=0.559261;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0126645;OID=.;OPOS=79186047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:16:17:19:27:16:17:19:27 chr4 79186171 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000985916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.99;QD=56.9382;RBI=0.0400769;REFB=0;REVB=0.0400647;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38379e-05;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr4 79205699 . T A 328.74 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00403011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.018;QD=13.1497;RBI=0.0208703;REFB=-0.0135405;REVB=-0.0204775;RO=62;SAF=12;SAR=25;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131032;STB=0.571138;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0258955;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:63:37:37:0.37:25:12:27:35:25:12:27:36 chr4 79238649 . T C 655.11 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=156;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.00226631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.248;QD=16.7978;RBI=0.00378004;REFB=-0.00570317;REVB=-0.00302531;RO=85;SAF=35;SAR=36;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703233;STB=0.539047;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00591842;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:85:85:71:71:0.455128:36:35:48:37:36:35:48:37 chr4 79240063 . A G 315.81 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0160428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7075;QD=15.0387;RBI=0.0626887;REFB=0.000325697;REVB=-0.0606012;RO=47;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165728;STB=0.605999;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00157901;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:49:35:35:0.416667:13:22:22:25:13:22:22:27 chr4 79293964 . G A 477.61 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0105341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.147;QD=22.2143;RBI=0.0117388;REFB=-0.0356644;REVB=0.0051799;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814849;STB=0.544885;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0200712;OID=.;OPOS=79293964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:17:23:22:24:17:23 chr4 79372930 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00494548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.977;QD=13.9183;RBI=0.029508;REFB=-0.00494058;REVB=-0.0290906;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187022;STB=0.510657;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00530672;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:22:15:11:15:22:15 chr4 79387442 . C T 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0288703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.868;QD=18.3451;RBI=0.0304941;REFB=-0.0327251;REVB=0.00981821;RO=44;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128911;STB=0.561885;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0360251;OID=.;OPOS=79387442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:46:41:41:0.471264:15:26:22:22:15:26:24:22 chr4 79387464 . A G 1354.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7806;QD=60.8716;RBI=0.0748101;REFB=0;REVB=0.0398475;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209564;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:0:0:83:89:1:41:42:0:0:41:48:0:0 chr4 79387586 . A G 163.76 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0668605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.029;QD=11.2935;RBI=0.0774041;REFB=0.00913278;REVB=-0.0390009;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276866;STB=0.725074;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0184313;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:37:20:21:0.362069:13:7:18:11:14:7:26:11 chr4 79432455 . A C 599.15 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.00156208;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.315;QD=19.0206;RBI=0.033749;REFB=-0.0181819;REVB=-0.0337128;RO=64;SAF=34;SAR=28;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101359;STB=0.555886;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.018864;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:64:64:62:62:0.492063:28:34:42:22:28:34:42:22 chr4 79437155 . C T 588.47 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00295811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.683;QD=23.3059;RBI=0.0197055;REFB=0.0135257;REVB=-0.0194822;RO=43;SAF=29;SAR=28;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167897;STB=0.595505;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0135285;OID=.;OPOS=79437155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:44:57:57:0.564356:28:29:31:12:28:29:32:12 chr4 79443850 . G A 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0021722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.376;QD=22.7692;RBI=0.00672031;REFB=-0.0190117;REVB=0.00635957;RO=36;SAF=28;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930567;STB=0.551289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0150018;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:16:28:19:17:16:28:19:17 chr4 79447763 . T C 453.7 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00653774;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.069;QD=19.5142;RBI=0.00782129;REFB=-0.0141442;REVB=0.00429309;RO=47;SAF=27;SAR=18;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163726;STB=0.513508;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0136397;OID=.;OPOS=79447763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:18:27:29:18:18:27:30:18 chr4 79455714 . C G 923.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022794;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.869;QD=58.6088;RBI=0.0259717;REFB=0;REVB=0.0124483;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302139;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr4 79455733 . C T 908.24 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386658;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9397;QD=58.5963;RBI=0.0115387;REFB=0;REVB=0.0108716;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250313;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr4 79845007 . C A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.394;QD=59.4335;RBI=0.0432828;REFB=0;REVB=0.0380386;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23754e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr4 80329343 . T C 701.01 PASS AF=0.8;AO=54;DP=71;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0361774;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.269;QD=40.0578;RBI=0.0396771;REFB=0.0175124;REVB=0.0162932;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.511107;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00299497;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:70:0:14:54:56:0.8:23:31:0:0:23:33:9:5 chr4 80827062 . T C 1323.34 PASS AF=0.931373;AO=95;DP=102;FAO=95;FDP=102;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0103888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=325.695;QD=51.8955;RBI=0.0182605;REFB=0.0012377;REVB=0.0150172;RO=7;SAF=55;SAR=40;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199496;STB=0.510546;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-1.94605e-05;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:102:102:7:7:95:95:0.931373:40:55:3:4:40:55:3:4 chr4 80905989 . GC G,GG 325.07 PASS AF=1,0;AO=13,11;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028568,-0.0363328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.426,262.533;QD=54.1789;RBI=0.0486278,0.0505799;REFB=0,0;REVB=0.0393514,0.0351888;RO=0;SAF=10,11;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000697869,0;OID=.,.;OPOS=80905990,80905990;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,11:24:24,0:24:0:21,0:3,0:0:0:4:0:10,11:3,0:0:0 chr4 80977077 . AT AG,GG 983.8 PASS AF=0.926471,0.0735294;AO=62,5;DP=68;FAO=63,5;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=30,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158617,0.0232562;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=69.8295,26.8984;QD=57.8703;RBI=0.0441421,0.0586292;REFB=0,0;REVB=0.0411938,0.0538195;RO=0;SAF=33,0;SAR=29,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00530261,-0.0358456;OID=.,.;OPOS=80977078,80977077;OREF=T,AT;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:68:68:0:0:62,5:63,5:0.926471,0.0735294:29,5:33,0:0:0:30,5:33,0:0:0 chr4 81124596 . G C 1179.09 PASS AF=0.534884;AO=115;DP=215;FAO=115;FDP=215;FR=.;FRO=100;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=56;FWDB=0.0365366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4921;QD=21.9365;RBI=0.0399878;REFB=-0.0112688;REVB=0.0162513;RO=99;SAF=68;SAR=47;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125469;STB=0.570904;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0108603;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:99:100:115:115:0.534884:47:68:44:55:47:68:44:56 chr4 81283914 . A G 255.17 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0194821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.273;QD=22.1884;RBI=0.0397052;REFB=-0.023444;REVB=-0.0345969;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636784;STB=0.526294;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0241234;OID=.;OPOS=81283914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:13:10:8:14:14:10:8:14 chr4 81529518 . T C 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.411;QD=58.5978;RBI=0.0797888;REFB=0;REVB=0.0792969;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192158;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr4 81884722 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.192;QD=62.4654;RBI=0.0138203;REFB=0;REVB=-0.0131856;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0341e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr4 81967188 . C T 725.85 PASS AF=1;AO=40;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087453;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.838;QD=56.9294;RBI=0.0874936;REFB=0;REVB=-0.00266786;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795172;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:40:51:1:30:10:0:0:29:22:0:0 chr4 81974809 . T C 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0889439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.648;QD=54.6385;RBI=0.102679;REFB=0.0187672;REVB=0.0513024;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000163595;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:1:0:32:19:1:0 chr4 81975088 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00584558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.046;QD=59.8394;RBI=0.0332639;REFB=0;REVB=0.0327463;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010493;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr4 81977690 . C T 689.0 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.779;QD=62.6366;RBI=0.0511901;REFB=0;REVB=0.000886611;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57525e-05;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:25:19:0:0 chr4 81977730 . A T 749.85 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.279;QD=53.5608;RBI=0.0281672;REFB=-0.11664;REVB=-0.00675855;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00102237;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:54:55:0.982143:32:22:0:0:32:23:1:0 chr4 83274634 . C T 223.09 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0502149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7114;QD=16.5251;RBI=0.0616451;REFB=-0.00115438;REVB=-0.0357572;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672963;STB=0.554354;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000988181;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:29:25:25:0.462963:13:12:11:16:13:12:11:18 chr4 83551007 . G A 431.53 PASS AF=0.473118;AO=41;DP=90;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0410607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.587;QD=18.5603;RBI=0.0411875;REFB=-0.012761;REVB=-0.00322939;RO=47;SAF=12;SAR=29;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204448;STB=0.607426;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0123617;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:47:49:41:44:0.473118:29:12:23:24:30:14:25:24 chr4 83551119 . T C 242.96 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0992618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.998;QD=15.1848;RBI=0.100882;REFB=-0.0298175;REVB=0.0180102;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219515;STB=0.63097;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0277365;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:19:8:18:18:20:8:18:18 chr4 83778839 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0122472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.83;QD=27.2213;RBI=0.0127381;REFB=-0.0236362;REVB=0.00350204;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637471;STB=0.523603;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0131869;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:14:11:8:7:14:11:8:8 chr4 83788344 . A T 1250.0 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.815;QD=60.2411;RBI=0.0298427;REFB=-0.0925241;REVB=0.0236316;RO=1;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150302;STB=0.507935;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000360652;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:31:51:0:1:31:51:0:1 chr4 83792555 . C A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.050135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8195;QD=13.7529;RBI=0.0909712;REFB=-0.0111333;REVB=-0.0759095;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250649;STB=0.648429;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0167862;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:3:12:14:9:3:12:14:9 chr4 83838217 . G A,T 1372.14 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=84,5;DP=89;FAO=88,2;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48,2;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193462,-0.0219629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.8965,114.08;QD=60.9839;RBI=0.0194272,0.0427332;REFB=0,0;REVB=0.00177255,-0.0366573;RO=0;SAF=46,4;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.981e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000171335,0.118376;OID=.,.;OPOS=83838217,83838217;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:89:90:0:0:84,5:88,2:0.977778,0.0222222:38,1:46,4:0:0:40,0:48,2:0:0 chr4 83839799 . A G 726.86 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104857;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.747;QD=57.0089;RBI=0.0105915;REFB=0;REVB=0.00149355;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54828e-06;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr4 83848965 . G A 508.28 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=151;FAO=60;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.105897;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=13.7372;RBI=0.105967;REFB=-0.0517804;REVB=-0.00385955;RO=62;SAF=25;SAR=4;SRF=54;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222511;STB=0.623843;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0710792;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:62:88:29:60:0.405405:4:25:54:8:31:29:61:27 chr4 83848976 . CAGAA C 522.12 PASS AF=0.396104;AO=61;DP=158;FAO=61;FDP=154;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.0128686;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=4;MLLD=265.454;QD=13.5616;RBI=0.0158428;REFB=-0.0216304;REVB=0.00924095;RO=93;SAF=30;SAR=31;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141196;STB=0.572953;STBP=0.17;TYPE=del;VARB=0.0344538;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396104:61:158:61:154:93:30:31:57:36:99:93:30:31:58:35 chr4 83849057 . G A 403.85 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00895236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.6366;QD=22.1285;RBI=0.0508143;REFB=-0.0228405;REVB=-0.0500195;RO=30;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909352;STB=0.543188;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0104752;OID=.;OPOS=83849057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:33:40:40:0.547945:18:22:13:17:18:22:15:18 chr4 83900043 . A G 1513.3 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.456;QD=59.9328;RBI=0.0297657;REFB=0;REVB=-0.00518357;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15957e-05;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:62:39:0:0:62:39:0:0 chr4 84191031 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8865;QD=63.2837;RBI=0.0555927;REFB=0;REVB=0.0541737;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502638;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 84230619 . T C 85.33 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0101178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.455;QD=11.7694;RBI=0.0657945;REFB=-0.00687415;REVB=0.0650119;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0141494;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:10:8:4:7:10:8 chr4 84364751 . A G 289.58 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0108197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.358;QD=13.9558;RBI=0.0400195;REFB=-0.00232388;REVB=0.0385291;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193096;STB=0.59864;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0051998;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:50:32:33:0.39759:18:14:31:19:18:15:31:19 chr4 84370091 . A G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0242054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.09;QD=16.6185;RBI=0.0242085;REFB=-0.00817866;REVB=-0.000387116;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157537;STB=0.500894;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00767282;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:11:17:14:9:11:17 chr4 84374480 . C T 503.5 PASS AF=0.469565;AO=53;DP=114;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0417343;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7672;QD=17.5132;RBI=0.0424813;REFB=-0.0320253;REVB=0.0079312;RO=60;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134978;STB=0.573255;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.032263;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:60:61:53:54:0.469565:27:26:21:39:28:26:21:40 chr4 84376743 . A T 1048.12 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0764747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5719;QD=58.2291;RBI=0.0768852;REFB=-0.0731422;REVB=0.0079349;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000729118;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:36:35:0:0:36:35:1:0 chr4 84380955 . G T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0048657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.813;QD=15.9155;RBI=0.00684385;REFB=-0.0134168;REVB=-0.00481282;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0183837;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:11:17:19:15:11:17:19:15 chr4 84382552 . A T 433.69 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0125293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.634;QD=23.4428;RBI=0.0130402;REFB=-0.0119866;REVB=0.00361425;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305651;STB=0.516788;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0080438;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:22:20:14:18:22:20:14:18 chr4 84383810 . C T 721.44 PASS AF=0.560976;AO=66;DP=119;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0118166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.674;QD=23.4615;RBI=0.015177;REFB=-0.0334057;REVB=-0.00952414;RO=49;SAF=41;SAR=25;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105815;STB=0.564121;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0277054;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:49:54:66:69:0.560976:25:41:24:25:26:43:26:28 chr4 85154910 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0880274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.468;QD=11.0196;RBI=0.0961643;REFB=0.000316962;REVB=-0.0387137;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00158649;OID=.;OPOS=85154910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:2:6:2:4:2:6 chr4 85418780 . G C 115.28 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.0287255;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2082;QD=7.09408;RBI=0.0288986;REFB=-0.00683615;REVB=-0.0031588;RO=49;SAF=14;SAR=3;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282961;STB=0.512644;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.04017;OID=.;OPOS=85418780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:49:48:17:17:0.261538:3:14:41:8:3:14:40:8 chr4 85762385 . T C 822.97 PASS AF=0.546099;AO=77;DP=142;FAO=77;FDP=141;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00763128;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.205;QD=23.3466;RBI=0.0115876;REFB=-0.0177175;REVB=0.00871988;RO=64;SAF=42;SAR=35;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102385;STB=0.55597;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0108431;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:64:64:77:77:0.546099:35:42:27:37:35:42:27:37 chr4 86021741 . C T 897.25 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.423;QD=57.8872;RBI=0.0495705;REFB=0;REVB=-0.00575499;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383313;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:54:62:1:33:21:0:0:34:28:0:0 chr4 86021765 . C T 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8933;QD=59.851;RBI=0.0671206;REFB=0;REVB=-0.00299054;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498411;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr4 86021967 . C T 761.5 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00310035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.25;QD=54.3927;RBI=0.0153379;REFB=0.0119939;REVB=0.0150212;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.511624;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-8.65632e-05;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:54:55:0.982143:20:34:0:0:21:34:0:1 chr4 87024409 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.035;QD=55.6528;RBI=0.0835602;REFB=0;REVB=0.04876;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407666;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr4 87684031 . A G 369.88 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.0166335;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4509;QD=21.136;RBI=0.0317051;REFB=-0.00329144;REVB=-0.0269915;RO=33;SAF=30;SAR=7;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101599;STB=0.555827;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00467936;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:7:30:29:4:7:30:29:4 chr4 87690998 . A G 458.48 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00342398;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.124;QD=16.825;RBI=0.0210067;REFB=-0.0169816;REVB=0.0207258;RO=59;SAF=32;SAR=18;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132497;STB=0.574016;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0215255;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:18:32:30:29:18:32:30:29 chr4 87706506 . T G 448.99 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0287005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4025;QD=16.943;RBI=0.0498756;REFB=0.0152618;REVB=0.0407904;RO=57;SAF=20;SAR=29;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814672;STB=0.545436;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0189163;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:29:20:28:29:29:20:28:29 chr4 87809387 . G T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00720483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.651;QD=56.4873;RBI=0.033942;REFB=0.0243792;REVB=-0.0331685;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0025706;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr4 88056925 . A G,T 349.02 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=22,3;DP=25;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000841997,-0.00387904;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.601,212.014;QD=51.7061;RBI=0.00542101,0.0223776;REFB=0,0;REVB=-0.00535522,0.0220388;RO=0;SAF=14,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00855963,0.0566418;OID=.,.;OPOS=88056925,88056925;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:27:0:0:22,3:24,3:0.888889,0.111111:8,0:14,3:0:0:10,0:14,3:0:0 chr4 88057353 . G A 400.23 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0442924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5781;QD=16.5043;RBI=0.0860502;REFB=0.0186076;REVB=-0.0737754;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212558;STB=0.623839;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0277069;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:55:41:42:0.43299:16:25:22:33:16:26:22:33 chr4 88059415 . G A 378.26 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0852689;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.053;QD=16.0961;RBI=0.0859827;REFB=-0.0329054;REVB=-0.0110564;RO=56;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334042;STB=0.507507;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0415363;OID=.;OPOS=88059415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:56:54:40:40:0.425532:22:18:27:29:22:18:25:29 chr4 88084360 . T G,TAG 535.13 PASS AF=0.25974,0.415584;AO=31,21;DP=92;FAO=20,32;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=1,19;FSAR=19,13;FSRF=24;FSRR=1;FWDB=-0.00549096,0.0536;FXX=0.0374953;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=90.5791,104.417;QD=27.799;RBI=0.158806,0.0917826;REFB=-0.035531,-0.0880242;REVB=0.158711,0.0745056;RO=38;SAF=2,18;SAR=29,3;SRF=33;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.776894,-0.0260734;STB=0.959183,0.677485;STBP=0,0.023;TYPE=snp,ins;VARB=0.0335144,0.08656;OID=.,.;OPOS=88084360,88084361;OREF=T,-;OALT=G,AG;OMAPALT=G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:92:77:38:25:31,21:20,32:0.25974,0.415584:29,3:2,18:33:5:19,13:1,19:24:1 chr4 88116518 . A G 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4162;QD=53.9129;RBI=0.0684192;REFB=-0.0538747;REVB=-0.044106;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0022503;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr4 88258483 . T C 815.3 PASS AF=0.897059;AO=41;DP=68;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.163957;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.9919;QD=47.959;RBI=0.163965;REFB=-0.0496532;REVB=0.00167748;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534085;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00408027;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:68:68:0:7:41:61:0.897059:23:18:0:0:24:37:2:5 chr4 88308235 . G A 167.3 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0241497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.481;QD=11.7405;RBI=0.0241574;REFB=-0.0159873;REVB=-0.000612567;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225785;STB=0.630422;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0382488;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:23:13:12:9:23:13 chr4 88401616 . A G 1513.36 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.977;QD=59.9352;RBI=0.076537;REFB=0;REVB=0.0445416;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203027;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr4 88415636 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.483;QD=58.1421;RBI=0.0194984;REFB=0;REVB=0.0147328;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78049e-05;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr4 88416188 . G T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=64.1526;RBI=0.0498796;REFB=0;REVB=-0.0122318;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07568e-05;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:45:54:0:0:45:54:0:0 chr4 88416223 . A G 1390.87 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3126;QD=62.511;RBI=0.0276309;REFB=0;REVB=-0.00852076;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92548e-05;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:53:35:0:0:53:36:0:0 chr4 88534065 . G A 334.86 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000601392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3252;QD=29.1179;RBI=0.0294316;REFB=-0.0247443;REVB=0.0294254;RO=17;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262609;STB=0.64807;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0136853;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:21:7:10:7:22:7:10:7 chr4 88534235 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0276009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.283;QD=15.5715;RBI=0.0326783;REFB=-0.0155699;REVB=-0.0174947;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224136;STB=0.631326;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0148763;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:6:6:8:3:6:6 chr4 88536520 . T C 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00326611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.161;QD=26.0219;RBI=0.0921286;REFB=-0.109299;REVB=0.0920707;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.010314;OID=.;OPOS=88536520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr4 88583135 . A T 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0183914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.801;QD=12.9137;RBI=0.0210579;REFB=-0.0206734;REVB=0.0102562;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460265;STB=0.52644;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0323145;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:14:10:17:20:14:10:17:20 chr4 88732531 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8085;QD=47.8195;RBI=0.0740372;REFB=0;REVB=0.0632677;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119579;OID=.;OPOS=88732531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr4 88732692 . G A 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5057;QD=56.701;RBI=0.0536722;REFB=0;REVB=0.0523679;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080369;OID=.;OPOS=88732692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr4 88732746 . A G 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.39;QD=62.6653;RBI=0.118082;REFB=0;REVB=0.102194;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738907;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr4 88732918 . A T 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8961;QD=60.0244;RBI=0.0826731;REFB=0;REVB=0.0650519;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101688;OID=.;OPOS=88732918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr4 88767008 . G A 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00465214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.19;QD=18.7116;RBI=0.0635064;REFB=-0.00231515;REVB=0.0633358;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214562;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00467326;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:11:8:8:10:11:8 chr4 88813100 . G A 426.18 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.00225727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.547;QD=14.0886;RBI=0.00624624;REFB=-0.00744877;REVB=0.00582411;RO=72;SAF=25;SAR=24;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332163;STB=0.518736;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0114515;OID=.;OPOS=88813100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:72:49:49:0.404959:24:25:39:33:24:25:39:33 chr4 88813126 . C A 426.92 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0220669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5859;QD=13.0357;RBI=0.0417812;REFB=-0.0259877;REVB=-0.0354785;RO=81;SAF=25;SAR=25;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201711;STB=0.511446;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0387176;OID=.;OPOS=88813126;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:81:81:50:50:0.381679:25:25:42:39:25:25:42:39 chr4 88813503 . T C 3722.99 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.807;QD=63.3701;RBI=0.0254124;REFB=0;REVB=0.0251648;RO=1;SAF=91;SAR=142;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01074e-05;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:235:1:0:233:235:1:142:91:0:1:143:92:0:0 chr4 88813583 . G A 551.32 PASS AF=0.4;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=160;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=40;FSRR=56;FWDB=-0.0338241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.77;QD=13.7829;RBI=0.0361377;REFB=-0.0221872;REVB=-0.0127225;RO=94;SAF=14;SAR=50;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263301;STB=0.645266;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0279108;OID=.;OPOS=88813583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:160:94:96:64:64:0.4:50:14:40:54:50:14:40:56 chr4 88813659 . C G 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.0159924;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.012;QD=12.4525;RBI=0.0567995;REFB=-0.0207444;REVB=-0.0545016;RO=35;SAF=3;SAR=20;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279785;STB=0.540503;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0430383;OID=.;OPOS=88813659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:37:23:23:0.383333:20:3:5:30:20:3:6:31 chr4 88814048 . A C 319.54 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.054072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4756;QD=13.4542;RBI=0.0810455;REFB=-0.0163203;REVB=0.0603704;RO=57;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432696;STB=0.536521;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0259531;OID=.;OPOS=88814048;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:59:36:36:0.378947:21:15:26:31:21:15:28:31 chr4 88814125 . C G 289.29 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0052213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.764;QD=11.6886;RBI=0.0224044;REFB=-0.00817178;REVB=-0.0217875;RO=65;SAF=16;SAR=18;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198448;STB=0.614053;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0100191;OID=.;OPOS=88814125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:18:16:42:23:18:16:42:23 chr4 88814665 . A C 256.48 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0218036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.224;QD=19.7293;RBI=0.0246922;REFB=-0.0217042;REVB=0.0115893;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672863;STB=0.559394;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0173797;OID=.;OPOS=88814665;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:24:25:26:27:0.519231:19:7:8:16:20:7:9:16 chr4 88814683 . G T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0159436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.524;QD=15.5754;RBI=0.0186613;REFB=-0.0231389;REVB=-0.00969772;RO=31;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064517;STB=0.536693;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0226212;OID=.;OPOS=88814683;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:19:6:9:22:19:6:9:22 chr4 88814989 . C T 490.11 PASS AF=0.416667;AO=53;DP=130;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0136165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.899;QD=14.8517;RBI=0.014761;REFB=-0.0154214;REVB=-0.00569902;RO=76;SAF=37;SAR=16;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109186;STB=0.57404;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0203181;OID=.;OPOS=88814989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:76:77:53:55:0.416667:16:37:46:30:16:39:46:31 chr4 88815148 . G A 520.99 PASS AF=0.419118;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=136;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0108769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.572;QD=15.3232;RBI=0.0195489;REFB=-0.019246;REVB=-0.0162435;RO=77;SAF=34;SAR=23;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133246;STB=0.567826;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0142813;OID=.;OPOS=88815148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:79:57:57:0.419118:23:34:36:41:23:34:38:41 chr4 88815163 . A ATTAGG 271.68 PASS AF=0.296;AO=36;DP=127;FAO=37;FDP=125;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00450638;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=5;MLLD=289.786;QD=8.6937;RBI=0.0213859;REFB=-0.0166901;REVB=-0.0209057;RO=89;SAF=18;SAR=18;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203329;STB=0.525483;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=0.0359721;OID=.;OPOS=88815164;OREF=-;OALT=TTAGG;OMAPALT=ATTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296:36:127:37:125:88:19:18:42:46:99:89:18:18:43:46 chr4 88898941 . C T 1020.24 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0328466;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4465;QD=57.4782;RBI=0.048271;REFB=-0.00386505;REVB=-0.0353722;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111219;STB=0.505881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000229989;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:68:70:0.985915:26:42:1:0:28:42:1:0 chr4 88902692 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.845;QD=63.5784;RBI=0.0399653;REFB=0;REVB=0.0361258;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019398;OID=.;OPOS=88902692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr4 88903853 . C T 1213.33 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401847;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.272;QD=61.4344;RBI=0.0217416;REFB=0;REVB=0.021367;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97396e-05;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr4 89053718 . T C 462.54 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0250642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8888;QD=19.0736;RBI=0.0489562;REFB=-0.011954;REVB=-0.0420535;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154552;STB=0.50047;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0131619;OID=.;OPOS=89053718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:51:45:46:0.474227:27:18:20:32:28:18:20:31 chr4 89061114 . C T 397.35 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00380452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.669;QD=20.6418;RBI=0.00810636;REFB=-0.00129571;REVB=-0.00715813;RO=37;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220333;STB=0.512189;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00108676;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:15:25:24:13:15:25:24:13 chr4 89182518 . T C 413.14 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0381878;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7847;QD=51.6419;RBI=0.0463234;REFB=-0.0749801;REVB=0.0262212;RO=2;SAF=5;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662674;STB=0.535689;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0107707;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:32:2:2:30:30:0.9375:25:5:1:1:25:5:1:1 chr4 89311962 . T C 432.27 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0117779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.437;QD=13.5084;RBI=0.0203593;REFB=-0.0282914;REVB=0.0166067;RO=78;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229329;STB=0.629579;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0285651;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:78:78:50:50:0.390625:20:30:30:48:20:30:30:48 chr4 89319296 . T C 499.82 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6602;QD=58.8021;RBI=0.0460753;REFB=0;REVB=0.0268636;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180344;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr4 89397091 . A G 1822.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.216;QD=61.2539;RBI=0.014906;REFB=0;REVB=-0.00294873;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85557e-05;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:69:49:0:0:69:50:0:0 chr4 89415396 . T C 1319.25 PASS AF=0.898148;AO=96;DP=109;FAO=97;FDP=108;FR=.;FRO=11;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0232231;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2376;QD=48.861;RBI=0.0239335;REFB=-0.0106997;REVB=0.00578783;RO=11;SAF=43;SAR=53;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720812;STB=0.538336;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0095193;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:108:11:11:96:97:0.898148:53:43:9:2:54:43:9:2 chr4 89443162 . G A 188.53 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0909193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.152;QD=9.19666;RBI=0.0909452;REFB=-0.00277422;REVB=0.00217167;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121187;STB=0.556375;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0236669;OID=.;OPOS=89443162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:57:25:25:0.304878:12:13:22:31:12:13:25:32 chr4 89617387 . A G 1479.39 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650213;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.12;QD=63.6295;RBI=0.0676958;REFB=0;REVB=0.0188402;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251406;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr4 89618837 . T C 600.91 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00681261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.85;QD=58.6254;RBI=0.0229587;REFB=0.0286271;REVB=-0.0219246;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000465361;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:0:1:16:24:0:1 chr4 89619276 . A G 1086.1 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282836;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.008;QD=59.5125;RBI=0.0388544;REFB=0;REVB=0.0266403;RO=0;SAF=14;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19862e-06;OID=.;OPOS=89619276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:56:14:0:0:56:17:0:0 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AA,A 478.53 PASS AF=0,0.783784,0.162162;AO=11,22,7;DP=45;FAO=0,29,6;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=0,18,4;FSAR=0,11,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000309799,0.0080241,0.0117301;FXX=0.0263089;HRUN=1,7,7;LEN=1,2,3;MLLD=307.438,319.833,315.573;QD=51.7324;RBI=0.0159627,0.0204126,0.0232758;REFB=-0.027339,-0.0296034,-0.0298032;REVB=0.0159597,0.0187694,0.020104;RO=0;SAF=2,15,3;SAR=9,7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.79751e-08,0;STB=0.5,0.50823,0.545299;STBP=1,0.784,0.798;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.000727922,0.0135677;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647799,89647798;OREF=C,AC,AAC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.783784,0.162162:11,22,7:45:0,29,6:37:2:0,18,4:0,11,2:1:1:16:0:2,15,3:9,7,4:0:0 chr4 89670155 . C T 1559.6 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00420544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.803;QD=55.207;RBI=0.00980542;REFB=-0.0682738;REVB=0.0088578;RO=4;SAF=56;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157092;STB=0.512481;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00191063;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:4:5:108:108:0.955752:52:56:3:1:52:56:4:1 chr4 90034686 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00554407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.779;QD=18.8287;RBI=0.0128312;REFB=-0.00415389;REVB=0.0115716;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214713;STB=0.620579;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00347925;OID=.;OPOS=90034686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:17:5:9:11:17:5 chr4 90168415 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.089;QD=60.9786;RBI=0.00736078;REFB=0;REVB=0.00651772;RO=0;SAF=33;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49872e-06;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:6:33:0:0:6:33:0:0 chr4 90168572 . C T 513.69 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0205515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3501;QD=21.8591;RBI=0.0487314;REFB=-0.0271769;REVB=-0.0441858;RO=42;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456575;STB=0.5306;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0159163;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:45:49:49:0.521277:23:26:20:22:23:26:21:24 chr4 90169925 . A G 507.85 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.389;QD=56.4275;RBI=0.0573537;REFB=-0.048314;REVB=0.0370288;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00108467;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr4 90170118 . A G 212.18 PASS AF=0.38806;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.103191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1946;QD=12.6673;RBI=0.104084;REFB=-0.00886814;REVB=-0.0136051;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113041;STB=0.509957;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0118437;OID=.;OPOS=90170118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:39:41:25:26:0.38806:10:15:23:16:11:15:23:18 chr4 90170418 . C G 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0445024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0111;QD=10.1385;RBI=0.0589003;REFB=-0.010738;REVB=-0.0385848;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583047;OID=.;OPOS=90170418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:15:13:6:7:15:13 chr4 90857479 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0154557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.899;QD=18.9487;RBI=0.0155816;REFB=-0.0092461;REVB=0.00197719;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800724;STB=0.544715;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00777704;OID=.;OPOS=90857479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:15:12:15:13:15:12 chr4 90874408 . A G 127.66 PASS AF=0.28125;AO=16;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0239481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.789;QD=7.97891;RBI=0.0264781;REFB=-0.0193238;REVB=-0.011295;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372397;STB=0.5551;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0420823;OID=.;OPOS=90874408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:46:16:18:0.28125:6:10:22:15:8:10:29:17 chr4 90874879 . T C 649.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102124;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2864;QD=61.8462;RBI=0.10228;REFB=0;REVB=-0.00565487;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162178;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr4 91230579 . G A 855.63 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096751;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.951;QD=58.0085;RBI=0.0167952;REFB=0;REVB=0.0137285;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37577e-05;OID=.;OPOS=91230579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr4 91584992 . A G 1677.08 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.327;QD=60.4354;RBI=0.0218564;REFB=0;REVB=-0.015671;RO=0;SAF=57;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.24922e-06;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:54:57:0:0:54:57:0:0 chr4 91585003 . T C 496.01 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0762592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.996;QD=17.8743;RBI=0.0780632;REFB=-0.0402449;REVB=0.0166853;RO=58;SAF=24;SAR=29;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768966;STB=0.542686;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.025099;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:58:53:53:0.477477:29:24:31:27:29:24:31:27 chr4 91585060 . A T 388.34 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.000358094;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.14;QD=20.4387;RBI=0.0244628;REFB=-0.0353146;REVB=0.0244602;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2217;STB=0.608643;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0338186;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:37:37:39:0.513158:19:18:9:28:21:18:9:28 chr4 92185835 . C A 92.75 PASS AF=0.214286;AO=14;DP=67;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0177343;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.316;QD=5.2998;RBI=0.0186838;REFB=-0.0105164;REVB=-0.00588051;RO=51;SAF=9;SAR=5;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462409;STB=0.52628;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0666396;OID=.;OPOS=92185835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:67:70:51:55:14:15:0.214286:5:9:31:20:5:10:35:20 chr4 92240802 . C T 1068.2 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150132;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5483;QD=58.5317;RBI=0.0519773;REFB=0;REVB=0.0497618;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147102;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:73:0:0:67:73:1:25:42:0:0:30:43:0:0 chr4 92246344 . G A 1484.77 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434064;FXX=0.0198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.644;QD=59.9907;RBI=0.0563287;REFB=0;REVB=0.0358999;RO=0;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1272e-05;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:99:0:0:99:99:1:47:52:0:0:47:52:0:0 chr4 94316763 . T G 348.41 PASS AF=0.4625;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0371713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7482;QD=17.4202;RBI=0.0378646;REFB=-0.00810749;REVB=-0.00721235;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115348;STB=0.555224;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00911837;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:36:37:0.4625:15:21:20:23:16:21:20:23 chr4 95134164 . TC CT,TG 208.63 PASS AF=0,0.461538;AO=2,15;DP=53;FAO=0,24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=0,17;FSAR=0,7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.119045,0.0229628;FXX=0.0188644;HRUN=7,1;LEN=2,1;MLLD=19.5552,56.3099;QD=16.0487;RBI=0.17734,0.0267876;REFB=0.000958659,-0.0037272;REVB=-0.131445,0.0137945;RO=15;SAF=1,11;SAR=1,4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10165,0.137254;STB=0.5,0.602747;STBP=1,0.211;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0054241;OID=.,.;OPOS=95134164,95134165;OREF=TC,C;OALT=CT,G;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:52:15:28:2,15:0,24:0,0.461538:1,4:1,11:9:6:0,7:0,17:15:13 chr4 95169682 . G T 314.24 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0443241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5244;QD=17.2187;RBI=0.0598434;REFB=-0.0129642;REVB=0.0402071;RO=37;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203856;STB=0.615063;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.013894;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:39:34:34:0.465753:12:22:16:21:12:22:17:22 chr4 95170839 . G A 427.27 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0410126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.485;QD=15.537;RBI=0.0424027;REFB=-0.0064466;REVB=-0.0107681;RO=62;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122527;STB=0.568599;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0118881;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:22:26:26:36:22:26:26:36 chr4 95173779 . T C 216.66 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00159628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3635;QD=13.333;RBI=0.0192383;REFB=-0.00771359;REVB=0.0191719;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203314;STB=0.594134;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00739525;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:12:14:27:10:12:14:27:12 chr4 95186055 . A G 321.08 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0105855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.298;QD=13.8098;RBI=0.0120657;REFB=-0.00366944;REVB=-0.00579045;RO=56;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786592;STB=0.539546;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00501391;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:57:36:36:0.387097:20:16:29:27:20:16:29:28 chr4 95197520 . C T 545.68 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0114799;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.704;QD=25.3803;RBI=0.0196417;REFB=0.000144401;REVB=-0.0159377;RO=36;SAF=26;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365508;STB=0.519992;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00043986;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:24:26:17:19:24:26:17:19 chr4 95211610 . T C 224.73 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000740889;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.26;QD=26.4391;RBI=0.0190861;REFB=-0.0133467;REVB=0.0190717;RO=13;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390861;STB=0.521718;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0082467;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:7:14:8:5:7:14:8:5 chr4 95496882 . C T 185.95 PASS AF=0.423077;AO=17;DP=49;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0131944;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.547;QD=14.3035;RBI=0.0436035;REFB=-0.0258134;REVB=0.0415593;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00859308;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0343157;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:31:30:17:22:0.423077:10:7:13:18:12:10:14:16 chr4 95503902 . T C 195.06 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0553465;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4445;QD=14.1859;RBI=0.0560974;REFB=-0.0188152;REVB=0.00914736;RO=32;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106098;STB=0.560458;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.029134;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:12:11:12:20:12:11:12:20 chr4 95531417 . A G 968.16 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.997;QD=56.9508;RBI=0.0439631;REFB=-0.0652732;REVB=-0.00945206;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000499717;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:30:36:0:0:30:37:0:1 chr4 95539267 . G A 937.39 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.114;QD=58.5866;RBI=0.016602;REFB=0;REVB=0.00731577;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46128e-05;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr4 95578588 . G A 1490.87 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.116;QD=63.4415;RBI=0.012766;REFB=0;REVB=0.00535742;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04331e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr4 95588075 . G A 1725.86 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150712;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4451;QD=60.03;RBI=0.0153798;REFB=0;REVB=0.00306567;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120953;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:111:115:1:46:65:0:0:46:69:0:0 chr4 95588158 . C G 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0120889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.877;QD=21.3617;RBI=0.0380252;REFB=0.000994038;REVB=0.0360524;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394006;STB=0.521757;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00072702;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:15:20:21:19:15:20 chr4 96169733 . G T 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.583;QD=57.5407;RBI=0.0195681;REFB=0;REVB=0.0191719;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82133e-05;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr4 96256616 . A G 1457.67 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590769;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1878;QD=63.3771;RBI=0.0807356;REFB=0;REVB=0.0550287;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102901;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:40:52:0:0:40:52:0:0 chr4 96256673 . G A 1540.52 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000292768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3183;QD=59.8259;RBI=0.0827111;REFB=0;REVB=-0.0827106;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205198;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:49:54:0:0:49:54:0:0 chr4 97270063 . C A,G 717.84 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=47,2;DP=49;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15,1;FSAR=36,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152777,-0.00700092;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.515,34.6989;QD=55.2183;RBI=0.0350015,0.00794154;REFB=0,0;REVB=0.0314913,-0.00374903;RO=0;SAF=15,1;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.003211,0.0999331;OID=.,.;OPOS=97270063,97270063;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:49:52:0:0:47,2:51,1:0.980769,0.0192308:32,1:15,1:0:0:36,0:15,1:0:0 chr4 99218108 . G GA 153.63 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00895319;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=221.549;QD=12.049;RBI=0.00919257;REFB=-0.0157781;REVB=0.00208416;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249511;STB=0.640324;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0289309;OID=.;OPOS=99218109;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:22:53:24:51:27:18:6:14:13:99:30:16:6:15:15 chr4 99802070 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00469149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.279;QD=10.6346;RBI=0.00921455;REFB=-0.00668659;REVB=0.00793081;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392276;STB=0.52375;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0206744;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:6:7:4:4:6:7 chr4 99850126 . A G 172.48 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=90;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0115797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9778;QD=7.66558;RBI=0.0221623;REFB=-0.00197972;REVB=-0.0188965;RO=57;SAF=12;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135751;STB=0.55551;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0136645;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:66:24:24:0.266667:12:12:35:22:12:12:38:28 chr4 99926965 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0146958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.939;QD=13.2063;RBI=0.0191403;REFB=0.00142815;REVB=-0.0122632;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168138;STB=0.599699;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00107805;OID=.;OPOS=99926965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:1:5:4:2:1:5 chr4 99952710 . A G 664.22 PASS AF=0.52381;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00743694;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.384;QD=21.0862;RBI=0.0173758;REFB=-0.00574133;REVB=0.0157038;RO=59;SAF=38;SAR=27;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038179;STB=0.528293;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00732158;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:59:60:65:66:0.52381:27:38:37:22:28:38:38:22 chr4 100045574 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.558;QD=56.1914;RBI=0.0292858;REFB=0;REVB=0.00480381;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019214;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr4 100045616 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.838;QD=56.1916;RBI=0.0276516;REFB=0;REVB=0.027537;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305189;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr4 100045647 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.334;QD=52.6123;RBI=0.0711305;REFB=0;REVB=0.0523268;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534843;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr4 100048414 . T C 1245.96 PASS AF=1;AO=64;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.146;QD=61.5291;RBI=0.103221;REFB=0;REVB=0.0956989;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351991;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:64:81:1:35:29:0:0:41:40:0:0 chr4 100052733 . C A 766.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.681;QD=55.7316;RBI=0.0158969;REFB=0;REVB=0.0157773;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135679;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:19:34:0:0:21:34:0:0 chr4 100062819 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.478;QD=57.2373;RBI=0.059543;REFB=0;REVB=0.0510429;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013466;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 100064247 . G T 436.31 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0883975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0093;QD=15.4447;RBI=0.0922966;REFB=0.0110307;REVB=-0.0265435;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483654;STB=0.52709;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.015333;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:23:26:37:27:23:26:37:27 chr4 100064305 . C G 1674.75 PASS AF=0.982759;AO=110;DP=112;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0254433;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.259;QD=57.7501;RBI=0.0274917;REFB=-0.0318691;REVB=0.010413;RO=2;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021086;STB=0.511109;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00128925;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:116:2:2:110:114:0.982759:44:66:0:2:44:70:0:2 chr4 100140306 . A T 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.411;QD=61.049;RBI=0.0395687;REFB=0;REVB=0.0378519;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4605e-05;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr4 100203447 . A C 918.05 PASS AF=0.529412;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=0.00149402;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.104;QD=21.6012;RBI=0.00497418;REFB=-0.0141969;REVB=-0.00474451;RO=78;SAF=52;SAR=38;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13154;STB=0.572011;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00918632;OID=.;OPOS=100203447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:78:80:90:90:0.529412:38:52:33:45:38:52:34:46 chr4 100235053 . A G 2576.2 PASS AF=0.994083;AO=166;DP=168;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00181713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0627;QD=60.9751;RBI=0.0410117;REFB=-0.0172661;REVB=-0.0409714;RO=2;SAF=96;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981054;STB=0.502538;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000173585;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:169:2:1:166:168:0.994083:70:96:2:0:70:98:1:0 chr4 100239319 . T C 738.66 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0384636;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5943;QD=22.2153;RBI=0.0389606;REFB=-0.0323307;REVB=-0.0062036;RO=62;SAF=25;SAR=46;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172302;STB=0.594627;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0283934;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:62:62:71:71:0.533835:46:25:34:28:46:25:34:28 chr4 100266133 . T C 750.08 PASS AF=0.451977;AO=78;DP=176;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.00239734;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.509;QD=16.951;RBI=0.0139861;REFB=-0.0348286;REVB=0.0137791;RO=97;SAF=48;SAR=30;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816112;STB=0.550648;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0372015;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:97:97:78:80:0.451977:30:48:52:45:30:50:52:45 chr4 100268190 . A C 2369.4 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0793;QD=63.184;RBI=0.0536687;REFB=-0.0673555;REVB=0.0171762;RO=1;SAF=77;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193596;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:150:1:0:148:150:1:71:77:1:0:71:79:0:0 chr4 100341861 . C T 369.89 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0506437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8085;QD=15.0974;RBI=0.15339;REFB=-0.018073;REVB=-0.144788;RO=49;SAF=25;SAR=15;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515974;STB=0.534742;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0200129;OID=.;OPOS=100341861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:98:49:58:40:40:0.408163:15:25:33:16:15:25:33:25 chr4 100443720 . G A 380.68 PASS AF=0.5;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0251695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8134;QD=19.5219;RBI=0.0286126;REFB=0.015062;REVB=-0.013608;RO=38;SAF=27;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251632;STB=0.64674;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0148498;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:39:39:39:0.5:12:27:16:22:12:27:16:23 chr4 100443782 . T C 926.64 PASS AF=1;AO=45;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.817;QD=57.915;RBI=0.0929884;REFB=0;REVB=0.0170021;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604751;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:45:64:1:30:15:0:0:37:27:0:0 chr4 100443853 . A G 154.2 PASS AF=0.386364;AO=18;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0392144;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7897;QD=14.0179;RBI=0.0408419;REFB=-0.000777059;REVB=0.0114144;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575692;STB=0.511614;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0022074;OID=.;OPOS=100443853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:18:17:0.386364:12:6:10:16:11:6:10:17 chr4 100457117 . A ACAGT 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000312061;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.979;QD=14.2309;RBI=0.0221589;REFB=-0.00398026;REVB=0.0221567;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123673;STB=0.570317;STBP=0.366;TYPE=ins;VARB=0.00485343;OID=.;OPOS=100457118;OREF=-;OALT=CAGT;OMAPALT=ACAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:26:62:26:62:36:12:14:21:15:99:36:12:14:21:15 chr4 100504575 . G C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0024105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3653;QD=15.2679;RBI=0.0237216;REFB=-0.025365;REVB=0.0235988;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16509;STB=0.593151;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.027344;OID=.;OPOS=100504575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:22:11:13:13:22:11 chr4 100510859 . T C 1101.19 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0608241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.983;QD=58.7303;RBI=0.0650227;REFB=-0.214623;REVB=0.0229865;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00353835;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:73:74:0.986667:30:43:0:0:30:44:1:0 chr4 100510903 . A G 162.79 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0567468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2017;QD=10.8528;RBI=0.0707707;REFB=0.00440284;REVB=0.0422882;RO=39;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284067;STB=0.664964;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00502069;OID=.;OPOS=100510903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:13:8:25:14:13:8:25:14 chr4 100512412 . T C 285.78 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=2.38226e-05;FXX=0.0666593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.821;QD=13.6087;RBI=0.00663702;REFB=-0.00616359;REVB=0.00663698;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161281;STB=0.583284;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0121062;OID=.;OPOS=100512412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:51:52:32:32:0.380952:14:18:36:15:14:18:36:16 chr4 100516022 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182;QD=58.7817;RBI=0.0256299;REFB=0;REVB=-0.0216582;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72698e-05;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr4 100570681 . T A 332.43 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0354655;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0259;QD=18.9961;RBI=0.0457567;REFB=0.0101916;REVB=0.0289115;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391044;STB=0.514348;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.0142117;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:35:35:35:0.5:19:16:18:18:19:16:17:18 chr4 100574195 . A G 404.32 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00887375;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5217;QD=19.2531;RBI=0.0687666;REFB=0.00269974;REVB=-0.0681917;RO=43;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111468;STB=0.56203;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00387824;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:43:41:41:0.488095:24:17:23:20:24:17:23:20 chr4 100574816 . TCCCCC TCCCCG,TCCCC 78.99 PASS AF=0.615385,0.230769;AO=6,2;DP=13;FAO=8,3;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0;FSAR=7,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00511245,0.0721108;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=37.8737,11.3493;QD=24.3057;RBI=0.0682706,0.104354;REFB=-0.0958682,-0.15722;REVB=0.0680789,0.0754301;RO=3;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.353846;SSSB=-0.146968,-0.599865;STB=0.635964,0.994603;STBP=0.227,0.202;TYPE=snp,del;VARB=0.0317279,0.131173;OID=.,.;OPOS=100574821,100574817;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=TCCCCG,TCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.615385,0.230769:6,2:13:8,3:13:2:1,0:7,3:1:1:12:3:1,0:5,2:1:2 chr4 100575398 . C T 447.07 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.00284191;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.324;QD=20.093;RBI=0.0365893;REFB=-0.0295259;REVB=0.0364788;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131069;STB=0.564296;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0360718;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:44:45:44:44:0.494382:18:26:32:12:18:26:32:13 chr4 100575483 . G T 270.71 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0350036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1273;QD=16.9194;RBI=0.0402364;REFB=-0.0327297;REVB=0.0198424;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219515;STB=0.623572;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0389447;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:20:10:19:15:20:10:19:15 chr4 100575711 . C T 499.56 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0136278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.102;QD=16.9342;RBI=0.0175874;REFB=-0.00966173;REVB=-0.0111175;RO=63;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229715;STB=0.623023;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0160775;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:63:64:54:54:0.457627:31:23:42:21:31:23:42:22 chr4 100805207 . C A 440.68 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0324941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.679;QD=19.5858;RBI=0.0442828;REFB=-0.0178091;REVB=-0.0300849;RO=44;SAF=27;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0175725;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:46:44:44:0.488889:17:27:27:17:17:27:27:19 chr4 101401161 . TAAC T 369.65 PASS AF=0.428571;AO=58;DP=141;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0140026;FXX=0.0209776;HRUN=2;LEN=3;MLLD=242.504;QD=10.5615;RBI=0.0140988;REFB=-0.00813234;REVB=0.0016439;RO=71;SAF=32;SAR=26;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399471;STB=0.552969;STBP=0.303;TYPE=del;VARB=0.0126187;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:58:141:60:140:80:32:28:50:30:99:71:32:26:42:29 chr4 102751076 . G A 530.22 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00854415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.706;QD=25.2483;RBI=0.0187561;REFB=-0.0127565;REVB=-0.016697;RO=35;SAF=33;SAR=16;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106462;STB=0.505821;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00799868;OID=.;OPOS=102751076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:16:33:24:11:16:33:24:11 chr4 102751276 . C T 1777.04 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00613952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.816;QD=59.7324;RBI=0.00718151;REFB=-0.103776;REVB=-0.00372564;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000311657;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:119:0:1:117:118:0.991597:50:67:0:0:50:68:1:0 chr4 102839287 . G A 387.03 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.0845366;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0514;QD=15.6376;RBI=0.0998499;REFB=-0.0210994;REVB=-0.0531372;RO=58;SAF=26;SAR=15;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146402;STB=0.582003;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0284017;OID=.;OPOS=102839287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:15:26:44:14:15:26:44:14 chr4 102965043 . T C 898.01 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.444;QD=57.9362;RBI=0.0180465;REFB=0;REVB=-0.00124841;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6976e-05;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:25:37:0:0 chr4 103514658 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.624;QD=57.7114;RBI=0.0230009;REFB=0;REVB=0.0205236;RO=0;SAF=51;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50557e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:8:51:0:0:8:51:0:0 chr4 103538410 . AT A,TA 52.83 PASS AF=0.285714,0.0408163;AO=17,2;DP=51;FAO=14,2;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5,0;FSAR=9,2;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.224972,-0.118397;FXX=0.039208;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=9.56302,19.0227;QD=4.31237;RBI=0.22733,0.12108;REFB=-0.12034,-0.0492714;REVB=0.0326591,-0.0253474;RO=25;SAF=6,0;SAR=11,2;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0.326531,0;SSSB=0.133963,-0.391105;STB=0.542314,0.992941;STBP=0.724,0.332;TYPE=del,mnp;VARB=0.0912052,0.158582;OID=.,.;OPOS=103538411,103538410;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:51:49:25:33:17,2:14,2:0.285714,0.0408163:11,2:6,0:6:19:9,2:5,0:10:23 chr4 103555992 . A G 1419.29 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3625;QD=61.7082;RBI=0.0501278;REFB=-0.00659465;REVB=-0.045543;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000219531;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:0:1:47:44:0:1 chr4 103557077 . G A 920.35 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.718;QD=58.4348;RBI=0.0164325;REFB=0;REVB=-0.00823743;RO=0;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9312e-05;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:16:46:0:0:17:46:0:0 chr4 103611845 . C T 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.02349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5757;QD=9.89722;RBI=0.0237447;REFB=-0.00529168;REVB=0.00346907;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168476;STB=0.601763;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0150544;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:16:16:5:9:16:16 chr4 103808862 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0286951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.572;QD=12.2166;RBI=0.0307585;REFB=-0.00395559;REVB=-0.0110758;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145055;STB=0.586541;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00593824;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:3:12:19:8:3:12:19:8 chr4 103866480 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0500217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8947;QD=14.1956;RBI=0.0586577;REFB=-0.00154527;REVB=-0.0306358;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071126;STB=0.522697;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000525859;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:14:7:6:9:14:8 chr4 103911069 . C A 327.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286748;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.981;QD=54.5633;RBI=0.0291284;REFB=0;REVB=-0.00512069;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.93563e-05;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr4 104007666 . TTGA T,TTAA 178.06 PASS AF=0.435897,0.0512821;AO=17,2;DP=40;FAO=17,2;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6,2;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00775108,-0.0165659;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=218.674,115.398;QD=18.2627;RBI=0.0338373,0.0185666;REFB=-0.0173826,-0.0175695;REVB=-0.0329375,-0.00838369;RO=21;SAF=6,2;SAR=11,0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.169315,0.494107;STB=0.60899,0.994143;STBP=0.24,0.179;TYPE=del,snp;VARB=0.0194427,0.0540294;OID=.,.;OPOS=104007667,104007668;OREF=TGA,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897,0.0512821:17,2:40:17,2:39:20:6,2:11,0:11:9:99:21:6,2:11,0:11:10 chr4 104012903 . GAAAAAAAAA AGAAAAAAAA,GAAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG 229.14 PASS AF=0.0121951,0,0.841463,0.109756;AO=3,11,30,5;DP=85;FAO=1,0,69,9;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,50,3;FSAR=1,0,19,6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.207728,-0.533905,0.492528,0.000710079;FXX=0.0574647;HRUN=1,10,10,10;LEN=2,1,1,1;MLLD=15.521,4.25929,5.0247,191.414;QD=11.1776;RBI=0.213389,0.554107,0.505714,0.0080566;REFB=-0.0370329,0.0228456,-0.0300956,-0.0183909;REVB=-0.0488263,-0.148257,0.11473,-0.00802524;RO=27;SAF=0,11,18,1;SAR=3,0,12,4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.724131,0.715678,-0.200709,-0.638774;STB=0.994936,0.5,0.514559,0.666295;STBP=0.123,1,0.306,0.084;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=-0.1923,0,0.103831,-0.0087917;OID=.,.,.,.;OPOS=104012903,104012904,104012904,104012912;OREF=GA,-,A,A;OALT=AG,A,-,G;OMAPALT=AGAAAAAAAA,GAAAAAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:38:85:82:27:3:3,11,30,5:1,0,69,9:0.0121951,0,0.841463,0.109756:3,0,12,4:0,11,18,1:22:5:1,0,19,6:0,0,50,3:3:0 chr4 104065609 . T C 301.61 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0491883;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4548;QD=21.5434;RBI=0.0493241;REFB=-0.0154985;REVB=0.00365716;RO=24;SAF=22;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148987;STB=0.575865;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0210963;OID=.;OPOS=104065609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:25:31:31:0.553571:9:22:13:11:9:22:14:11 chr4 106159644 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.562;QD=49.5992;RBI=0.0502869;REFB=0;REVB=0.00684896;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110851;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr4 106317429 . C G 184.1 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00151652;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.609;QD=16.3648;RBI=0.0186193;REFB=-0.00577368;REVB=0.0185574;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332383;STB=0.509989;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00961244;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:15:10:7:12:16:10 chr4 106328200 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00513317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.934;QD=10.0752;RBI=0.0345028;REFB=0.0104401;REVB=-0.0341188;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103271;STB=0.562351;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0226232;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:10:4:3:5:10:4 chr4 106474096 . T C 757.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135064;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.133;QD=57.199;RBI=0.0179014;REFB=0;REVB=0.0117489;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96873e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr4 106580341 . C T 304.88 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000396998;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.158;QD=19.6696;RBI=0.0432716;REFB=0.0136785;REVB=-0.0432698;RO=29;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147463;STB=0.516119;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0132043;OID=.;OPOS=106580341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:30:32:32:0.516129:16:16:14:15:16:16:14:16 chr4 106861730 . A G 1330.09 PASS AF=0.988889;AO=82;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.315;QD=59.115;RBI=0.124171;REFB=-0.162846;REVB=0.00902523;RO=3;SAF=31;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436438;STB=0.506492;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00117774;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:3:1:82:89:0.988889:51:31:3:0:51:38:1:0 chr4 107168431 . G C 366.21 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0862437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2432;QD=19.0239;RBI=0.0862601;REFB=-0.0664049;REVB=-0.00168224;RO=38;SAF=10;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283496;STB=0.665584;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0663675;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:39:38:38:0.493506:28:10:21:17:28:10:22:17 chr4 107249244 . C G 1102.0 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022002;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.279;QD=57.247;RBI=0.0250735;REFB=-0.0251666;REVB=0.0120247;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160305;STB=0.508472;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000484872;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:1:1:73:76:0.987013:44:29:1:0:47:29:1:0 chr4 107288449 . G A 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.198;QD=60.0306;RBI=0.0349454;REFB=0;REVB=0.00415745;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83017e-05;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr4 107845794 . C T 338.3 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0913084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3774;QD=12.5297;RBI=0.0953635;REFB=-0.00903109;REVB=-0.0275134;RO=67;SAF=27;SAR=14;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551673;STB=0.53148;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0181343;OID=.;OPOS=107845794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:14:27:41:26:14:27:41:26 chr4 108356274 . G A 66.26 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0140456;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3765;QD=10.6017;RBI=0.0192684;REFB=-0.00112777;REVB=0.0131905;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509244;STB=0.817349;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00260616;OID=.;OPOS=108356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:16:16:9:9:0.36:8:1:8:8:8:1:8:8 chr4 108641300 . T C 1792.14 PASS AF=0.968504;AO=121;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0218933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.373;QD=56.4452;RBI=0.0424295;REFB=-0.142662;REVB=-0.0363448;RO=4;SAF=68;SAR=53;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019195;STB=0.510216;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00236891;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:127:127:4:4:121:123:0.968504:53:68:1:3:53:70:1:3 chr4 108641317 . G A 1598.89 PASS AF=0.948718;AO=108;DP=116;FAO=111;FDP=117;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0759761;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3233;QD=54.6629;RBI=0.0772841;REFB=-0.0714988;REVB=0.014159;RO=6;SAF=61;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656812;STB=0.504016;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0225029;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:116:117:6:6:108:111:0.948718:47:61:3:3:47:64:3:3 chr4 108931039 . T C 976.2 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.13638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0925;QD=57.4235;RBI=0.139607;REFB=-0.0227681;REVB=-0.0298441;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00106162;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:40:27:0:0:40:27:1:0 chr4 109478108 . C G 274.93 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0118969;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6637;QD=21.5632;RBI=0.0223277;REFB=-0.0333399;REVB=-0.0188942;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111191;STB=0.561753;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0125325;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:10:13:12:16:10:13 chr4 109541499 . C T 515.03 PASS AF=0.519608;AO=46;DP=96;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0823687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1194;QD=20.1973;RBI=0.0912457;REFB=-0.0044222;REVB=0.0392577;RO=50;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203726;STB=0.527654;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00825505;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:50:49:46:53:0.519608:22:24:25:25:24:29:24:25 chr4 109541603 . T A 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00308434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.719;QD=25.2551;RBI=0.0104701;REFB=-0.0282911;REVB=0.0100055;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27777;STB=0.656366;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0111265;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:6:4:13:4:6:4 chr4 109735133 . T C 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.828;QD=56.0112;RBI=0.0528137;REFB=-0.0228854;REVB=0.0430443;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00114023;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:21:13:0:1:21:13:0:1 chr4 109769899 . C T 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.914;QD=59.6789;RBI=0.018823;REFB=0;REVB=0.0165504;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12458e-05;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:21:49:0:0:21:49:0:0 chr4 109895718 . GAA GA,G 192.17 PASS AF=1,0;AO=18,3;DP=23;FAO=23,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917102,-0.051099;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=12.1988,8.42394;QD=33.4202;RBI=0.116394,0.0637358;REFB=0,0;REVB=-0.0716708,-0.0380938;RO=1;SAF=7,1;SAR=11,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0611153,-0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00778607,0;OID=.,.;OPOS=109895719,109895719;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,3:23:23,0:23:0:9,0:14,0:0:0:4:1:7,1:11,2:1:0 chr4 110442602 . A G 304.22 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00939325;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.573;QD=23.8607;RBI=0.0274848;REFB=-0.00549372;REVB=0.0258298;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114349;STB=0.562882;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0025208;OID=.;OPOS=110442602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:17:13:6:15:17:13:6:15 chr4 110581363 . T A 65.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0723254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9731;QD=11.4336;RBI=0.0875217;REFB=-0.01415;REVB=-0.0492857;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248624;STB=0.646176;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0235848;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:11:3:4:5:11:3 chr4 110603784 . T C 372.02 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0198509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3308;QD=31.0018;RBI=0.032898;REFB=0.0254849;REVB=0.0262339;RO=17;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109829;STB=0.560177;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0251378;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:18:13:10:7:18:13:10:7 chr4 110605744 . A T 309.21 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0061136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.531;QD=13.5917;RBI=0.0154693;REFB=-0.0148061;REVB=-0.01421;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113381;STB=0.56859;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0236288;OID=.;OPOS=110605744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:15:20:37:18:15:20:38:18 chr4 110638810 . C T 603.75 PASS AF=0.521368;AO=59;DP=115;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0184434;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.385;QD=20.641;RBI=0.0232591;REFB=-0.0288271;REVB=0.0141714;RO=55;SAF=34;SAR=25;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113072;STB=0.506824;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0267516;OID=.;OPOS=110638810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:55:56:59:61:0.521368:25:34:31:24:27:34:32:24 chr4 110661937 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.532;QD=57.6797;RBI=0.0256428;REFB=0;REVB=0.0020151;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111122;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr4 110678925 . T C 623.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.524;QD=60.837;RBI=0.205202;REFB=0;REVB=0.00411794;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341595;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:23:14:0:0:23:18:0:0 chr4 110681505 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0285918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.907;QD=12.9741;RBI=0.0285918;REFB=0.0109633;REVB=-4.39818e-06;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0171819;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:6:6:6:11:6:6:7:11 chr4 110737389 . T C 673.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674676;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.641;QD=62.6344;RBI=0.067474;REFB=0;REVB=0.000929621;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353946;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr4 110757224 . G A 783.37 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=169;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0064065;FXX=0.0462401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.605;QD=18.9907;RBI=0.00668343;REFB=-0.00867675;REVB=-0.00190393;RO=79;SAF=51;SAR=29;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168257;STB=0.600253;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00777669;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:79:85:80:80:0.484848:29:51:36:43:29:51:38:47 chr4 110757287 . G A 606.38 PASS AF=0.484375;AO=62;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=5.20237e-05;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.248;QD=18.9494;RBI=0.0267857;REFB=-0.00299175;REVB=-0.0267856;RO=66;SAF=40;SAR=22;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195817;STB=0.608526;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00366744;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:66:62:62:0.484375:22:40:29:37:22:40:29:37 chr4 110773067 . G A 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0077539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.904;QD=27.4996;RBI=0.00787353;REFB=-0.034591;REVB=-0.00136727;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049823;STB=0.527646;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0148443;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:5:5:8:11:5:5 chr4 110790911 . A T 540.48 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0353961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.607;QD=22.2877;RBI=0.0373108;REFB=-0.0202103;REVB=0.0117986;RO=45;SAF=24;SAR=26;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121884;STB=0.565192;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0109357;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:45:46:50:51:0.525773:26:24:28:17:27:24:28:18 chr4 110791361 . G A 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0202454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9225;QD=30.8602;RBI=0.0347817;REFB=-0.0102298;REVB=-0.0282824;RO=9;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432098;STB=0.523787;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00749709;OID=.;OPOS=110791361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:11:10:5:4:11:10:5:4 chr4 110791413 . C T 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0016663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.646;QD=36.6466;RBI=0.00226863;REFB=0.00650191;REVB=-0.00153952;RO=7;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201039;STB=0.609664;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.003148;OID=.;OPOS=110791413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:15:9:6:1:15:9:6:1 chr4 110791543 . C T 288.78 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0071252;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.262;QD=16.0435;RBI=0.0340248;REFB=0.0044894;REVB=-0.0332704;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142436;STB=0.586154;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00786573;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:40:32:32:0.444444:17:15:24:15:17:15:25:15 chr4 110901198 . G A 1924.49 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0099782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.035;QD=60.6138;RBI=0.0287743;REFB=-0.110015;REVB=0.0269889;RO=0;SAF=56;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000970423;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:0:1:126:126:0.992126:70:56:0:0:71:55:1:0 chr4 110914427 . A T 1471.93 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118266;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2117;QD=58.2943;RBI=0.0221451;REFB=0;REVB=0.0187226;RO=1;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326896;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:1:0:98:101:1:33:65:0:1:36:65:0:0 chr4 110971030 . G T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.267;QD=57.3845;RBI=0.0304551;REFB=0;REVB=0.00447192;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213765;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr4 111398208 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.911;QD=63.2852;RBI=0.0686375;REFB=0;REVB=0.0611961;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590737;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr4 111409705 . T C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.868;QD=60.203;RBI=0.0146181;REFB=0;REVB=-0.00226947;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9082e-05;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr4 111483133 . C A 269.45 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0265844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4473;QD=14.1815;RBI=0.0767426;REFB=-0.0033393;REVB=-0.071991;RO=45;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514606;STB=0.529243;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00532967;OID=.;OPOS=111483133;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:16:15:24:21:16:15:24:21 chr4 111542124 . G A 889.19 PASS AF=0.45933;AO=94;DP=206;FAO=96;FDP=209;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=-0.00261026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.822;QD=17.018;RBI=0.00391361;REFB=-0.0161491;REVB=0.00291597;RO=112;SAF=54;SAR=40;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998758;STB=0.55751;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0218956;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:209:112:113:94:96:0.45933:40:54:53:59:40:56:54:59 chr4 111542234 . C T 778.92 PASS AF=0.47929;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0632417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.443;QD=18.436;RBI=0.064178;REFB=-0.0372434;REVB=-0.0109228;RO=88;SAF=37;SAR=44;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728915;STB=0.540262;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0476116;OID=.;OPOS=111542234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:88:88:81:81:0.47929:44:37:47:41:44:37:47:41 chr4 112252643 . G T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8122;QD=56.7052;RBI=0.0601008;REFB=0;REVB=-0.0223876;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677329;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr4 113178894 . ATTTGT A,TTTTGT 283.18 PASS AF=0.37931,0;AO=25,3;DP=85;FAO=33,0;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=9,0;FSAR=24,0;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00375603,-0.0300569;FXX=0.0113623;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=223.094,39.1912;QD=13.0199;RBI=0.0278408,0.0838607;REFB=-0.0205299,-0.046866;REVB=0.0275863,-0.0782892;RO=49;SAF=9,0;SAR=16,3;SRF=31;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.303833,-0.540143;STB=0.694022,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0368691,0.132856;OID=.,.;OPOS=113178895,113178894;OREF=TTTGT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TTTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:54:25,3:33,0:0.37931,0:16,3:9,0:31:18:24,0:9,0:31:23 chr4 113198805 . G C 161.36 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=0.0481071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4272;QD=8.84178;RBI=0.0707307;REFB=-0.000329415;REVB=-0.0518511;RO=51;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129691;STB=0.575753;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00147096;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:17:5:8:43:17:5:8:43 chr4 113199075 . A G 402.39 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.0303027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6645;QD=15.6267;RBI=0.0320205;REFB=-0.0118916;REVB=-0.0103471;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320634;STB=0.681269;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0123314;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:45:45:0.436893:25:20:44:13:25:20:45:13 chr4 113344925 . C T 162.9 PASS AF=0.36;AO=15;DP=47;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00652597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.162;QD=13.0317;RBI=0.0213534;REFB=-0.01584;REVB=-0.0203317;RO=32;SAF=13;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54015;STB=0.783238;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0252636;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:32:32:15:18:0.36:2:13:14:18:3:15:14:18 chr4 113352397 . G A 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00582074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.02;QD=14.3999;RBI=0.0110491;REFB=-0.000827259;REVB=0.00939163;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363691;STB=0.531766;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00155182;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:16:9:13:20:16:9:14:20 chr4 113352628 . A G 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00490197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.362;QD=13.9524;RBI=0.0392078;REFB=-0.0291188;REVB=-0.0389001;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213568;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:1:6:5:1:1:6:6:1 chr4 113352899 . G A 424.07 PASS AF=0.47;AO=41;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0194933;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.453;QD=16.9627;RBI=0.0322978;REFB=-0.0299432;REVB=-0.0257519;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296047;STB=0.504423;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0333522;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:44:53:41:47:0.47:19:22:25:19:19:28:32:21 chr4 113353285 . T C 125.7 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=5;FWDB=-0.0138813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.079;QD=9.66934;RBI=0.0362402;REFB=-0.00807688;REVB=-0.0334763;RO=36;SAF=13;SAR=3;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100426;STB=0.559254;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0261757;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:3:13:31:5:3:13:31:5 chr4 113359703 . A G 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0116412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.259;QD=15.3079;RBI=0.0184515;REFB=-0.0138299;REVB=0.0143158;RO=46;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112762;STB=0.56376;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0156635;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:14:20:22:24:14:20:22:24 chr4 113362622 . C G 416.11 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.000738041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0505;QD=22.1925;RBI=0.0431583;REFB=0.00031046;REVB=-0.0431519;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26;STB=0.642138;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00077154;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:28:6:20:21:28:6 chr4 113436044 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.942;QD=35.5759;RBI=0.0319931;REFB=0;REVB=-0.027707;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170593;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr4 113479339 . G C 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0294177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8955;QD=25.4506;RBI=0.0401402;REFB=-0.0379614;REVB=-0.02731;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048505;STB=0.526618;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0253803;OID=.;OPOS=113479339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:15:17:12:8:15:17:12:8 chr4 113539969 . T C 211.86 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0130086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.618;QD=16.6165;RBI=0.0152732;REFB=-0.0210496;REVB=-0.00800305;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135504;STB=0.507686;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0254443;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:11:12:15:13:11:12:15:13 chr4 113549989 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00536245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.484;QD=8.30758;RBI=0.0162351;REFB=-0.00699872;REVB=-0.0153239;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.613332;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0183956;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:7:11:6:2:7:11 chr4 113565835 . G A 82.77 PASS AF=0.275;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0157388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6314;QD=8.27712;RBI=0.0183143;REFB=-0.0337467;REVB=-0.00936503;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141068;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162321;OID=.;OPOS=113565835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:39:40:24:29:11:11:0.275:6:5:8:16:6:5:13:16 chr4 113611785 . A G 364.38 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0108512;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.719;QD=20.8218;RBI=0.0255573;REFB=-0.0249719;REVB=-0.0231394;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03751;STB=0.513506;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0240586;OID=.;OPOS=113611785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:33:37:37:0.528571:19:18:17:15:19:18:17:16 chr4 114081490 . A G 133.92 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00484766;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.387;QD=23.2905;RBI=0.00504798;REFB=-0.0148003;REVB=-0.00140794;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272371;STB=0.651976;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0171672;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:8:1:7:7:8:1 chr4 114341210 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00500305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.488;QD=7.62886;RBI=0.00781379;REFB=-0.000188762;REVB=-0.00600207;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196171;STB=0.624665;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000500667;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:12:8:2:6:12:8 chr4 114341631 . T C 61.37 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0135956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9054;QD=7.67066;RBI=0.0290445;REFB=-0.0329263;REVB=0.025666;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185999;STB=0.511602;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0652131;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:15:8:3:6:15:8 chr4 114373806 . T TA 30.96 PASS AF=0.12;AO=25;DP=183;FAO=21;FDP=175;FR=.;FRO=154;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=92;FSRR=62;FWDB=-0.00422967;FXX=0.0489104;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.1394;QD=0.707667;RBI=0.0326866;REFB=-0.00101221;REVB=-0.0324118;RO=156;SAF=5;SAR=20;SRF=92;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478831;STB=0.876588;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0450243;OID=.;OPOS=114373807;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12:25:183:21:175:154:3:18:92:62:30:156:5:20:92:64 chr4 114822485 . G A 538.92 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00144425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247;QD=24.2211;RBI=0.0161306;REFB=-0.0110022;REVB=-0.0160659;RO=38;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520201;STB=0.533411;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00635658;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:27:23:15:23:27:23:15:24 chr4 114823316 . A C 359.7 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0931979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1316;QD=22.8378;RBI=0.147349;REFB=0.00862033;REVB=0.114131;RO=27;SAF=25;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895116;STB=0.549422;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00742257;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:11:25:16:11:11:25:16:11 chr4 115544713 . CA CG,TG 1192.28 PASS AF=0.54321,0.45679;AO=43,37;DP=81;FAO=44,37;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24,20;FSAR=20,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033141,0.00760475;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=73.4357,144.518;QD=58.878;RBI=0.0355951,0.031914;REFB=0,0;REVB=-0.0129877,0.0309947;RO=0;SAF=24,20;SAR=19,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0240023,-0.0183171;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:0:0:43,37:44,37:0.54321,0.45679:19,17:24,20:0:0:20,17:24,20:0:0 chr4 115589302 . A G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8699;QD=61.3744;RBI=0.027029;REFB=0;REVB=0.02483;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124387;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr4 118006689 . GA G 34.72 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0813738;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=9.37046;QD=6.31272;RBI=0.10986;REFB=-0.0696379;REVB=-0.073807;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.58807;STBP=0.504;TYPE=del;VARB=0.0630071;OID=.;OPOS=118006690;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:8:22:10:22:12:6:4:9:3:34:12:6:2:9:3 chr4 119237348 . T C 1076.36 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.613;QD=58.9786;RBI=0.0994332;REFB=0;REVB=0.000923547;RO=1;SAF=45;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480328;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:73:1:0:72:73:1:27:45:1:0:27:46:0:0 chr4 119239539 . G A 491.66 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00513995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.152;QD=22.6049;RBI=0.0246629;REFB=-0.00977382;REVB=0.0241213;RO=40;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148011;STB=0.585045;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00824823;OID=.;OPOS=119239539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:40:46:47:0.54023:23:23:27:13:24:23:27:13 chr4 119736796 . A C 753.75 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=161;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.0246505;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5725;QD=18.9623;RBI=0.036461;REFB=-0.0157118;REVB=0.0268656;RO=78;SAF=38;SAR=40;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081392;STB=0.541052;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0175663;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:78:81:78:78:0.490566:40:38:45:33:40:38:46:35 chr4 119947961 . AAAG A 1047.33 PASS AF=1;AO=80;DP=92;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577587;FXX=0.0860123;HRUN=3;LEN=3;MLLD=185.08;QD=49.2862;RBI=0.0184043;REFB=0;REVB=-0.0174745;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.98876e-06;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:92:85:85:0:43:42:0:0:18:0:42:38:0:0 chr4 119947985 . G C 1339.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7816;QD=62.3078;RBI=0.0203175;REFB=0;REVB=-0.0193628;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.506e-05;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr4 119951647 . A G 610.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.273;QD=61.079;RBI=0.0729042;REFB=0;REVB=0.0332759;RO=0;SAF=35;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50694e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160025;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:2:35:0:0:2:38:0:0 chr4 120057709 . A C 224.59 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0576117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.108;QD=17.6145;RBI=0.0608819;REFB=-0.0151503;REVB=0.019685;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807429;STB=0.545418;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0290893;OID=.;OPOS=120057709;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:8:19:15:9:8:19 chr4 120158685 . T G 422.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000546835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.106;QD=56.2933;RBI=0.0339272;REFB=0;REVB=0.0339228;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170164;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:9:19:0:0:11:19:0:0 chr4 120214030 . T G 391.34 PASS AF=0.633333;AO=36;DP=58;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0919749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8671;QD=26.0894;RBI=0.103094;REFB=0.0527265;REVB=0.0465731;RO=22;SAF=15;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380632;STB=0.521728;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0275893;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:22:22:36:38:0.633333:21:15:8:14:22:16:8:14 chr4 120215314 . A G 1832.28 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.74743e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.656;QD=61.0759;RBI=0.0411899;REFB=0;REVB=0.0411899;RO=0;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44276e-05;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:116:120:1:45:71:0:0:48:72:0:0 chr4 120216418 . T A,TA,TTA 415.7 PASS AF=0,0.0689655,0.931034;AO=6,10,19;DP=42;FAO=0,2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.0937207;HRUN=5,0,5;LEN=1,1,2;MLLD=282.924,300.524,311.892;QD=57.3372;RBI=0.0120991,0.015557,0.0181787;REFB=0,0,0;REVB=0.0120991,0.015557,0.0181787;RO=7;SAF=2,0,0;SAR=4,10,19;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.090705,-0.799827,-0.846031;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0,-0.0311556,0.00315182;OID=.,.,.;OPOS=120216418,120216419,120216419;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:42:29:7:0:6,10,19:0,2,27:0,0.0689655,0.931034:4,10,19:2,0,0:3:4:0,2,27:0,0,0:0:0 chr4 120239831 . A G 435.66 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.573;QD=54.4579;RBI=0.0715036;REFB=-0.106582;REVB=0.0297217;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00188047;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr4 120239878 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.095;QD=61.6827;RBI=0.0233439;REFB=0;REVB=0.00713798;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39095e-05;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr4 120240238 . T C 804.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.889;QD=64.3973;RBI=0.0819087;REFB=0;REVB=0.0109393;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546545;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr4 120241849 . A G 641.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.251;QD=61.0551;RBI=0.0134825;REFB=0;REVB=0.0124173;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108073;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:16:26:0:0 chr4 120241902 . T C 730.73 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.007;QD=56.2099;RBI=0.0211912;REFB=0;REVB=0.0143013;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40898e-05;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:17:34:0:0:18:34:0:0 chr4 120325630 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00763273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.561;QD=60.1579;RBI=0.0201836;REFB=-0.031978;REVB=-0.0186847;RO=1;SAF=8;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551391;STB=0.529398;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000274131;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:36:8:1:0:36:8:1:0 chr4 120325653 . TGC CTG,TG 489.29 PASS AF=0,0.962963;AO=4,38;DP=54;FAO=0,52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=0,14;FSAR=0,38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00543971,0.102531;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=32.3649,13.6392;QD=36.2439;RBI=0.0414795,0.211748;REFB=0.0469757,0.0310898;REVB=0.0411213,0.185269;RO=9;SAF=1,10;SAR=3,28;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0398812,0.0189598;STB=0.5,0.510749;STBP=1,0.545;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0142473;OID=.,.;OPOS=120325653,120325655;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:54:54:9:2:4,38:0,52:0,0.962963:3,28:1,10:2:7:0,38:0,14:1:1 chr4 120325731 . C CA 1249.14 PASS AF=1;AO=11;DP=101;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921866;FXX=0.0101;HRUN=0;LEN=1;MLLD=207.022;QD=50.9852;RBI=0.0404131;REFB=0;REVB=-0.0393477;RO=87;SAF=10;SAR=1;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606014;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000324192;OID=.;OPOS=120325732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:101:98:98:0:42:56:0:0:8:87:10:1:32:55 chr4 120325732 . C A 1274.23 PASS AF=0.888889;AO=86;DP=99;FAO=88;FDP=99;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0148648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.797;QD=51.484;RBI=0.0298073;REFB=-0.0854246;REVB=0.0258363;RO=11;SAF=32;SAR=54;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118785;STB=0.563204;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000775846;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:99:99:11:11:86:88:0.888889:54:32:10:1:56:32:10:1 chr4 120325820 . T A 1050.13 PASS AF=0.531579;AO=96;DP=187;FAO=101;FDP=190;FR=.;FRO=89;FSAF=72;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0105188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.088;QD=22.108;RBI=0.0174306;REFB=-0.0257785;REVB=-0.013899;RO=86;SAF=69;SAR=27;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923989;STB=0.557722;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0217573;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:86:89:96:101:0.531579:27:69:54:32:29:72:54:35 chr4 120330155 . C T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6226;QD=59.4311;RBI=0.0888852;REFB=0;REVB=-0.0826828;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180661;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr4 120330272 . C G 382.53 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8001;QD=52.7624;RBI=0.017678;REFB=-0.070839;REVB=-0.0148965;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00366646;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr4 120330379 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4832;QD=35.572;RBI=0.0802437;REFB=0;REVB=0.068312;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143839;OID=.;OPOS=120330379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr4 120330448 . GC AA 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120904;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.495;QD=52.6754;RBI=0.0214934;REFB=0;REVB=0.0177704;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=2.87027e-05;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr4 120330539 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8425;QD=51.9102;RBI=0.0209121;REFB=0;REVB=0.0124958;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513117;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr4 120423729 . T C 310.54 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377973;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.537;QD=54.0073;RBI=0.0499111;REFB=0;REVB=0.0325958;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301712;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr4 120474859 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.672;QD=58.961;RBI=0.0553083;REFB=0;REVB=0.000550198;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69005e-05;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr4 120528327 . G A 800.93 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.999;QD=57.2092;RBI=0.0217379;REFB=0;REVB=0.0125841;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49165e-05;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr4 120868354 . C T 780.49 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.514;QD=56.763;RBI=0.0680205;REFB=0;REVB=0.0433042;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111075;OID=.;OPOS=120868354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:25:25:0:0:29:26:0:0 chr4 121957051 . C T 3087.74 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184958;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.792;QD=61.1433;RBI=0.0226577;REFB=0.0236238;REVB=-0.0130872;RO=1;SAF=103;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123366;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:201:202:1:98:103:1:0:99:103:0:0 chr4 121957734 . T C 1177.37 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109079;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.851;QD=61.1621;RBI=0.0307461;REFB=0;REVB=0.0287462;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53667e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:25:50:0:0:27:50:0:0 chr4 121958091 . T G 732.78 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0409107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.397;QD=48.8523;RBI=0.060692;REFB=-0.173897;REVB=0.0448312;RO=5;SAF=27;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483844;STB=0.525733;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00192855;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:60:60:5:5:55:55:0.916667:28:27:4:1:28:27:4:1 chr4 121958187 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.605;QD=56.9985;RBI=0.0029117;REFB=0;REVB=-0.00104682;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30606e-06;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 121958697 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.515;QD=59.4342;RBI=0.00844828;REFB=0;REVB=-0.00121039;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87528e-05;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr4 121966807 . C T 490.73 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.761;QD=56.0836;RBI=0.0180054;REFB=-0.0532226;REVB=-0.0102746;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000186014;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:0:1:33:34:0.971429:13:20:0:0:13:21:0:1 chr4 122137661 . A AAG 360.07 PASS AF=1;AO=10;DP=56;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.259906;FXX=0.418106;HRUN=4;LEN=2;MLLD=83.2713;QD=45.0091;RBI=0.262707;REFB=0;REVB=0.0382619;RO=39;SAF=10;SAR=0;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.716848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0146363;OID=.;OPOS=122137662;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:10:56:32:32:0:32:0:0:0:3:39:10:0:22:17 chr4 122137662 . T A,G 735.14 PASS AF=0.327273,0.672727;AO=15,36;DP=53;FAO=18,37;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14,20;FSAR=4,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592096,0.0452217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.179,50.482;QD=53.4648;RBI=0.00934743,0.0545451;REFB=0,0;REVB=-0.00723303,-0.0304987;RO=0;SAF=12,19;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00279557,0.0053197;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:55:0:0:15,36:18,37:0.327273,0.672727:3,17:12,19:0:0:4,17:14,20:0:0 chr4 122250734 . A G 278.39 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0306857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.1016;QD=11.8462;RBI=0.0515299;REFB=-0.0082692;REVB=0.0413971;RO=61;SAF=17;SAR=16;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106294;STB=0.506129;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0164794;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:16:17:32:29:16:17:32:29 chr4 122254014 . A G 374.08 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00297415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6865;QD=18.028;RBI=0.020129;REFB=0.0275067;REVB=0.0199081;RO=44;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503133;STB=0.528076;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0308055;OID=.;OPOS=122254014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:18:21:26:18:18:21:26:18 chr4 122254119 . G A 535.22 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0999837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5299;QD=23.0201;RBI=0.111255;REFB=-0.0229748;REVB=-0.0487945;RO=40;SAF=26;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162046;STB=0.502537;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0218379;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:42:50:51:0.548387:24:26:20:20:24:27:22:20 chr4 122617718 . G C 266.33 PASS AF=0.453125;AO=24;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0209024;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.564;QD=16.6458;RBI=0.0358003;REFB=-0.0426137;REVB=-0.0290646;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741341;STB=0.620606;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0327661;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:33:24:29:0.453125:11:13:11:13:11:18:13:20 chr4 122617745 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0025138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.856;QD=15.3049;RBI=0.0141581;REFB=-0.0104091;REVB=-0.0139331;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923068;STB=0.545159;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0116731;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:13:17:18:20:13:17:19:20 chr4 122683007 . G A 536.0 PASS AF=0.51;AO=50;DP=99;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0230255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.939;QD=21.44;RBI=0.0349997;REFB=0.00871318;REVB=-0.0263591;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469087;STB=0.530794;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00757037;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:49:49:50:51:0.51:27:23:20:29:27:24:20:29 chr4 122687238 . A G 836.74 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=144;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0158757;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.331;QD=23.0825;RBI=0.0159642;REFB=-0.019698;REVB=-0.00167824;RO=63;SAF=46;SAR=32;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011378;STB=0.517833;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0155478;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:63:67:78:78:0.537931:32:46:38:25:32:46:42:25 chr4 122687491 . G C 435.65 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0340687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4449;QD=18.5384;RBI=0.0499391;REFB=0.00117163;REVB=-0.0365136;RO=49;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11595;STB=0.570143;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00246728;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:18:26:23:26:18:26:23:27 chr4 122742217 . T C 527.95 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0451548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6818;QD=22.7074;RBI=0.0579751;REFB=-0.043017;REVB=0.0363615;RO=42;SAF=21;SAR=28;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255262;STB=0.637922;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0225589;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:43:49:50:0.537634:28:21:31:11:28:22:32:11 chr4 122824052 . C T 548.39 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0191133;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.124;QD=17.4092;RBI=0.0201295;REFB=-0.0154374;REVB=0.0063148;RO=68;SAF=41;SAR=17;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144978;STB=0.580994;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0192741;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:68:68:58:58:0.460317:17:41:39:29:17:41:39:29 chr4 122872719 . G A 41.05 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00782827;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.797;QD=10.9477;RBI=0.0360356;REFB=-0.0282379;REVB=0.0351751;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0490756;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:15:9:9:6:6:0.4:2:4:7:2:2:4:7:2 chr4 123008808 . C T 625.74 PASS AF=0.701299;AO=53;DP=77;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00556662;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.338;QD=32.5058;RBI=0.046504;REFB=-0.0219104;REVB=-0.0461696;RO=23;SAF=25;SAR=28;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149121;STB=0.5766;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0128051;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:23:53:54:0.701299:28:25:17:6:28:26:17:6 chr4 123113428 . A G 270.82 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00833666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.981;QD=14.4438;RBI=0.0083948;REFB=-0.00981402;REVB=0.000986294;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14283;STB=0.57089;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0180959;OID=.;OPOS=123113428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:15:15:16:28:16:15:16:28 chr4 123192383 . T C 232.46 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00140074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.74;QD=12.5652;RBI=0.0128563;REFB=-0.00118398;REVB=0.0127797;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621692;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00154742;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:22:24:13:15:22:24 chr4 123268859 . A G 121.61 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0308885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.385;QD=11.5815;RBI=0.0814974;REFB=-0.0148508;REVB=0.0754171;RO=27;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509172;STB=0.651902;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0389846;OID=.;OPOS=123268859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:42:42:27:27:10:12:0.285714:9:1:12:15:9:3:12:15 chr4 123377482 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.248;QD=62.6707;RBI=0.0145959;REFB=0;REVB=0.0123302;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1951e-05;OID=.;OPOS=123377482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr4 123536963 . G A 1513.65 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.71;QD=59.3587;RBI=0.0394688;REFB=0;REVB=0.0165121;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21811e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:102:0:0:93:102:1:41:52:0:0:43:59:0:0 chr4 123664204 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0309902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.838;QD=10.6346;RBI=0.0385509;REFB=-0.00283912;REVB=-0.0229298;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.004775;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:8:5:3:5:8:5 chr4 123664445 . C T 235.19 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0164956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0488;QD=25.4263;RBI=0.0166726;REFB=-0.00399301;REVB=-0.00242275;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578724;STB=0.532105;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00564823;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:5:10:13:9:5:10 chr4 123665991 . C G 382.17 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0842533;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.627;QD=22.4808;RBI=0.0858504;REFB=-0.00567918;REVB=-0.0164825;RO=30;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548617;STB=0.530262;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00517442;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:30:38:38:0.558824:24:14:13:17:24:14:13:17 chr4 123838758 . A G 1521.14 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.38;QD=58.5055;RBI=0.0410383;REFB=0;REVB=0.0357652;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298616;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:44:57:0:0:45:59:0:0 chr4 123843716 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.288;QD=42.1826;RBI=0.0340395;REFB=0;REVB=0.0281784;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767985;OID=.;OPOS=123843716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr4 123949556 . G A 450.76 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914508;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.281;QD=58.162;RBI=0.0915419;REFB=0;REVB=0.00408224;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305171;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr4 125586828 . A C 183.71 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00875849;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.247;QD=17.0896;RBI=0.00933516;REFB=-0.0102436;REVB=-0.00323018;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.583855;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00916797;OID=.;OPOS=125586828;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:24:19:19:0.44186:10:9:13:9:10:9:15:9 chr4 125590478 . T C 537.85 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0328366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.013;QD=24.1729;RBI=0.0329795;REFB=-0.0281553;REVB=0.00306755;RO=39;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609843;STB=0.533411;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0270121;OID=.;OPOS=125590478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:27:23:15:24:27:23:15:24 chr4 125591687 . A G 1251.69 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995501;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.238;QD=61.812;RBI=0.102399;REFB=0;REVB=0.0239868;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304685;OID=.;OPOS=125591687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr4 125592440 . T C 492.3 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0312609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212;QD=22.6346;RBI=0.0316792;REFB=-0.035663;REVB=0.00513109;RO=40;SAF=39;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166808;STB=0.592662;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0233807;OID=.;OPOS=125592440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:8:39:28:12:8:39:28:12 chr4 126240485 . C T 336.03 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0144199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9877;QD=14.7704;RBI=0.0294063;REFB=-0.0381368;REVB=0.0256281;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529954;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.061595;OID=.;OPOS=126240485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:50:54:36:37:0.406593:18:18:25:25:19:18:29:25 chr4 126240510 . T C 425.58 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0461406;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.368;QD=18.7067;RBI=0.0528151;REFB=-0.0129914;REVB=0.0256998;RO=49;SAF=26;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281554;STB=0.511273;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0154052;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:48:43:43:0.472527:17:26:31:18:17:26:30:18 chr4 126241335 . C G 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0337369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1619;QD=20.1898;RBI=0.0447786;REFB=-0.0507052;REVB=-0.0294439;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720325;STB=0.539899;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0226861;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:20:19:15:22:20:19:15:22 chr4 126241871 . C T 204.13 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000894209;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.787;QD=20.413;RBI=0.00120153;REFB=-0.00497959;REVB=0.000802543;RO=20;SAF=17;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475042;STB=0.772417;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00843898;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:3:17:8:12:3:17:8:12 chr4 126329789 . T C 1574.25 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200123;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.233;QD=59.9715;RBI=0.029334;REFB=0;REVB=0.0292656;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235875;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:105:0:0:102:105:1:50:52:0:0:53:52:0:0 chr4 126336703 . T C 410.57 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000392713;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.286;QD=18.047;RBI=0.0143972;REFB=-0.00457506;REVB=0.0143918;RO=49;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200021;STB=0.511177;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00581749;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:24:18:22:27:24:18:22:27 chr4 126369872 . G C 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.2;QD=61.852;RBI=0.0257168;REFB=0;REVB=-0.00395173;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5275e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr4 126372742 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0020956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.632;QD=13.9481;RBI=0.00455878;REFB=-0.0107161;REVB=0.00404857;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05285;STB=0.543427;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0112344;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:7:10:14:12:7:10:14:13 chr4 126373789 . G A 1008.92 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.46;QD=59.3482;RBI=0.0363489;REFB=0;REVB=0.023226;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147201;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:28:38:0:0:29:39:0:0 chr4 126412575 . A G 575.2 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2409;QD=60.5474;RBI=0.0139178;REFB=0;REVB=-0.0099286;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295742;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr4 128689936 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00495281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.423;QD=17.6716;RBI=0.00619421;REFB=-0.00443113;REVB=0.00371995;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575933;STB=0.532237;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00439293;OID=.;OPOS=128689936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:18:14:15:15:18:14 chr4 128723042 . T C 540.31 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0416395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6977;QD=22.0535;RBI=0.064649;REFB=-0.0127364;REVB=0.0494534;RO=47;SAF=34;SAR=17;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125374;STB=0.569315;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.013031;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:17:34:25:22:17:34:25:22 chr4 128807219 . T A 149.65 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.00688252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.491;QD=11.9719;RBI=0.0072601;REFB=-0.00910105;REVB=0.00231085;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355426;STB=0.704863;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0167839;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:26:7:9:8:26:7 chr4 128814964 . G T 249.32 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0121733;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6462;QD=16.3487;RBI=0.0121901;REFB=-0.0227682;REVB=0.000639634;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114401;STB=0.570117;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0230012;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:33:28:28:0.459016:11:17:23:9:11:17:24:9 chr4 129012181 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00961986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.915;QD=12.546;RBI=0.00964847;REFB=-0.00552019;REVB=0.000742504;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046803;STB=0.526849;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00739016;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:26:16:11:15:26:16 chr4 129012638 . A G 226.59 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0150963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2144;QD=13.5278;RBI=0.0249724;REFB=-0.0214048;REVB=-0.0198928;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593056;STB=0.533826;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.033605;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:17:23:14:13:17:23 chr4 129043204 . C G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0469822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.072;QD=12.7895;RBI=0.0523779;REFB=-0.00499945;REVB=0.0231542;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131722;STB=0.57529;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00658245;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:14:14:28:17:14:14:28:17 chr4 129043286 . C T 401.5 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0202429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.47;QD=18.894;RBI=0.0414037;REFB=-0.029829;REVB=-0.0361178;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107371;STB=0.564937;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0257211;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:44:41:41:0.482353:21:20:26:17:21:20:27:17 chr4 129100643 . G A 356.52 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0105944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.14;QD=11.4085;RBI=0.0193021;REFB=-0.00587943;REVB=-0.0161348;RO=81;SAF=15;SAR=29;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23215;STB=0.633407;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0153792;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:29:15:44:37:29:15:44:37 chr4 129677239 . T C 1033.78 PASS AF=1;AO=61;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771502;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.005;QD=59.0732;RBI=0.0804764;REFB=0;REVB=0.0228977;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566841;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:61:70:1:37:24:0:0:37:33:0:0 chr4 129867280 . T A 787.83 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040963;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.755;QD=57.2969;RBI=0.0440566;REFB=0;REVB=0.0162176;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176589;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr4 129924977 . C A 251.71 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0368808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8154;QD=14.8063;RBI=0.0729645;REFB=0.0184484;REVB=-0.0629574;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13879;STB=0.579008;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0264004;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:9:20:22:17:9:20:22:17 chr4 130030652 . A G 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0338308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.686;QD=13.7242;RBI=0.0353569;REFB=-0.0281471;REVB=0.0102756;RO=44;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468243;STB=0.761686;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.022391;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:7:23:14:30:7:23:15:30 chr4 133367588 . T C 245.37 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00132212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4582;QD=13.2629;RBI=0.0847284;REFB=-0.0122575;REVB=0.0847181;RO=44;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208873;STB=0.624915;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0273954;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:17:12:27:17:17:12:28:17 chr4 134071430 . T G 1066.69 PASS AF=0.460251;AO=110;DP=239;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=85;FSRR=44;FWDB=0.00287278;FXX=0.00416649;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3478;QD=17.8526;RBI=0.00395135;REFB=0.00570464;REVB=-0.00271299;RO=128;SAF=54;SAR=56;SRF=85;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168419;STB=0.590397;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0103056;OID=.;OPOS=134071430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:128:129:110:110:0.460251:56:54:85:43:56:54:85:44 chr4 134072264 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00612934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8433;QD=16.1719;RBI=0.0149814;REFB=-0.00339056;REVB=0.0136701;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471307;STB=0.769942;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00749945;OID=.;OPOS=134072264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:4:12:5:15:4:12:5:15 chr4 134076153 . T C 315.84 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0215454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.447;QD=15.0401;RBI=0.0287396;REFB=0.00341287;REVB=-0.01902;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124381;STB=0.559693;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00375557;OID=.;OPOS=134076153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:34:35:0.416667:14:20:23:26:15:20:23:26 chr4 134082967 . T C 1566.7 PASS AF=0.417874;AO=166;DP=417;FAO=173;FDP=414;FR=.;FRO=241;FSAF=78;FSAR=95;FSRF=118;FSRR=123;FWDB=-0.00413013;FXX=0.0327095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.884;QD=15.1372;RBI=0.0708612;REFB=0.00449514;REVB=0.0707407;RO=223;SAF=74;SAR=92;SRF=110;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492622;STB=0.522679;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00572811;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:417:414:223:241:166:173:0.417874:92:74:110:113:95:78:118:123 chr4 135121066 . T G 995.16 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.11;QD=58.5388;RBI=0.025119;REFB=0;REVB=-0.0127572;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51768e-06;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:38:28:0:0:39:29:0:0 chr4 135121368 . G T 658.06 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0523132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.979;QD=59.8233;RBI=0.0605508;REFB=-0.156063;REVB=0.0304915;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00139132;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:0:1:27:16:0:1 chr4 135121601 . C T 220.55 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.848;QD=49.0113;RBI=0.0136732;REFB=0;REVB=0.0105049;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529994;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr4 138449683 . A G 1305.48 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650257;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.915;QD=62.1655;RBI=0.066928;REFB=0;REVB=0.0158436;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128989;OID=.;OPOS=138449683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr4 138452463 . C T 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=15;FWDB=-0.0230812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.655;QD=2.60635;RBI=0.0233357;REFB=-0.00437383;REVB=-0.00343684;RO=59;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317311;STB=0.732968;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0165561;OID=.;OPOS=138452463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:59:65:10:10:0.133333:5:5:44:15:5:5:50:15 chr4 138453453 . G A 1576.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.41;QD=63.6917;RBI=0.0292347;REFB=0;REVB=0.0274772;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19666e-05;OID=.;OPOS=138453453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:45:51:0:0:47:52:0:0 chr4 139086246 . A G 417.99 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.717;QD=53.9347;RBI=0.119196;REFB=-0.170335;REVB=0.118579;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00130391;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:12:18:0:0:12:18:1:0 chr4 139100372 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.307;QD=58.4165;RBI=0.0260976;REFB=0;REVB=0.0200697;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40231e-05;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr4 139135799 . T C 1989.65 PASS AF=0.611888;AO=175;DP=288;FAO=175;FDP=286;FR=.;FRO=111;FSAF=74;FSAR=101;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.0303225;FXX=0.0103803;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.143;QD=27.8273;RBI=0.0324461;REFB=-0.0105388;REVB=0.0115453;RO=104;SAF=74;SAR=101;SRF=37;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479802;STB=0.517779;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00753744;OID=.;OPOS=139135799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:286:104:111:175:175:0.611888:101:74:37:67:101:74:42:69 chr4 140005294 . A G 1549.13 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8077;QD=63.8818;RBI=0.0608511;REFB=0;REVB=-0.0561441;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471944;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr4 140021554 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.859;QD=56.1916;RBI=0.042544;REFB=0;REVB=0.00671293;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010435;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 140310520 . T C 1475.28 PASS AF=1;AO=82;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323126;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.664;QD=63.4528;RBI=0.0408466;REFB=0;REVB=0.0249867;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114043;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:82:93:1:44:38:0:0:45:48:0:0 chr4 140417671 . G C 1207.86 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0182787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.661;QD=57.517;RBI=0.0263603;REFB=-0.0933022;REVB=-0.0189935;RO=3;SAF=32;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423394;STB=0.522382;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00821355;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:49:32:3:0:49:32:3:0 chr4 140651584 . TCTG T 61.87 PASS AF=1;AO=3;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569562;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.951;QD=35.3515;RBI=0.108957;REFB=0;REVB=0.0928846;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000739112;OID=.;OPOS=140651585;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:7:7:7:0:4:3:0:0:4:0:3:0:0:0 chr4 140810334 . T C 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00287062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.547;QD=18.6057;RBI=0.00715913;REFB=-0.0278704;REVB=-0.00655841;RO=42;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378768;STB=0.521116;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0360096;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:17:22:22:20:17:22:22:20 chr4 140810637 . C T 120.13 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0235871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8411;QD=14.1332;RBI=0.0446936;REFB=-0.0536366;REVB=-0.0379626;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151967;STB=0.588113;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0809621;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:7:13:7:7:7:13 chr4 141264871 . A G 205.76 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0212689;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.623;QD=22.2448;RBI=0.0308043;REFB=-0.0133687;REVB=-0.0222831;RO=9;SAF=3;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242251;STB=0.61892;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00575646;OID=.;OPOS=141264871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:9:17:18:20:0.540541:15:3:4:5:15:5:8:9 chr4 141295264 . G A 230.73 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0127576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.226;QD=14.4207;RBI=0.0253002;REFB=-0.0155804;REVB=0.0218482;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144108;STB=0.58246;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0190459;OID=.;OPOS=141295264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:7:20:23:14:7:20:23:14 chr4 141317068 . G A 410.03 PASS AF=0.392;AO=48;DP=124;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0498012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.374;QD=13.121;RBI=0.0683794;REFB=-0.0229476;REVB=0.0468571;RO=76;SAF=26;SAR=22;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552299;STB=0.537686;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0352141;OID=.;OPOS=141317068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:76:76:48:49:0.392:22:26:45:31:23:26:45:31 chr4 141364579 . CTTAT C 129.92 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0101961;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=4;MLLD=248.066;QD=14.8479;RBI=0.010318;REFB=-0.0217409;REVB=0.00158078;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204867;STB=0.541619;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0207726;OID=.;OPOS=141364580;OREF=TTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:17:37:18:35:17:12:6:10:7:99:16:11:6:10:6 chr4 141499166 . G A 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0260093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.523;QD=16.6318;RBI=0.0410026;REFB=-0.0073;REVB=0.0316975;RO=41;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252431;STB=0.640789;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00900027;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:16:18:11:30:16:18:11:30 chr4 141543997 . G A 1584.19 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.252;QD=59.7808;RBI=0.0502585;REFB=0;REVB=0.0479112;RO=0;SAF=38;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105644;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:66:38:0:0:68:38:0:0 chr4 141600320 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.476;QD=63.5791;RBI=0.0482615;REFB=0;REVB=0.0380444;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290159;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr4 141974816 . A C 97.46 PASS AF=0.264151;AO=11;DP=50;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00780225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.705;QD=7.35547;RBI=0.122304;REFB=0.000806599;REVB=0.122055;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394066;STB=0.579716;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000140996;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:50:53:38:39:11:14:0.264151:2:9:20:18:5:9:21:18 chr4 142654084 . C A 1565.04 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.181;QD=63.8791;RBI=0.00924907;REFB=0;REVB=0.00201551;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20857e-06;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:54:42:0:0:56:42:0:0 chr4 144116901 . A C 695.05 PASS AF=0.618557;AO=58;DP=95;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00331411;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.338;QD=28.6619;RBI=0.00722655;REFB=-0.0139179;REVB=-0.00642182;RO=37;SAF=33;SAR=25;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136215;STB=0.56524;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0127218;OID=.;OPOS=144116901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:37:37:58:60:0.618557:25:33:14:23:27:33:14:23 chr4 144135718 . G A 224.51 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0210852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4298;QD=13.015;RBI=0.0430687;REFB=-0.00139446;REVB=-0.0375543;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719517;STB=0.542638;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000869897;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:42:27:27:0.391304:11:16:21:19:11:16:22:20 chr4 144442611 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.449;QD=45.8022;RBI=0.040704;REFB=0;REVB=0.00506352;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611673;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr4 144442735 . C T 306.02 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.94;QD=53.2203;RBI=0.0536658;REFB=0;REVB=0.0394257;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07685e-05;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr4 144467104 . T C 806.42 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220612;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.048;QD=57.6017;RBI=0.0224466;REFB=0;REVB=-0.004142;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55432e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr4 144618610 . G C 1405.98 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875663;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.339;QD=63.1902;RBI=0.0170853;REFB=0;REVB=-0.0146707;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179019;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:36:52:0:0:36:53:0:0 chr4 144801662 . C G,T 1431.03 PASS AF=0.239583,0.75;AO=23,71;DP=96;FAO=23,72;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=6,37;FSAR=17,35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00234102,-0.014236;FXX=0.0103082;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.113,37.0494;QD=59.6264;RBI=0.0479541,0.0142642;REFB=-0.0541838,-0.091044;REVB=-0.0478969,0.000897055;RO=1;SAF=6,36;SAR=17,35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0709998,-0.0129547;STB=0.538427,0.506665;STBP=0.166,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138867,0.0214055;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:96:96:1:1:23,71:23,72:0.239583,0.75:17,35:6,36:1:0:17,35:6,37:1:0 chr4 144922436 . T G 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.000895145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.813;QD=1.48414;RBI=0.0342488;REFB=-0.00310147;REVB=-0.034237;RO=78;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388046;STB=0.798229;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0429118;OID=.;OPOS=144922436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:2:6:31:47:2:6:31:47 chr4 145041686 . A G 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2046;QD=59.8244;RBI=0.0531513;REFB=0;REVB=0.0448221;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127415;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 145041741 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.57;QD=58.139;RBI=0.0571291;REFB=0;REVB=0.00800581;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277001;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr4 145568001 . G A 349.9 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0515079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3498;QD=15.213;RBI=0.053016;REFB=-0.0323766;REVB=0.0125552;RO=53;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709213;STB=0.535566;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0348929;OID=.;OPOS=145568001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:24:14:23:30:24:14:23:31 chr4 145974921 . T TA 41.47 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0287724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7607;QD=7.21246;RBI=0.188882;REFB=-0.00197047;REVB=0.186677;RO=19;SAF=7;SAR=0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.721204;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=ins;VARB=0.0314377;OID=.;OPOS=145974922;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:7:28:9:23:14:7:2:10:4:41:19:7:0:11:8 chr4 146054799 . G C 447.12 PASS AF=0.541176;AO=41;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0112363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5282;QD=21.041;RBI=0.0313829;REFB=-0.0545379;REVB=0.0293025;RO=37;SAF=31;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349656;STB=0.647454;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0438972;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:39:41:46:0.541176:10:31:14:23:15:31:14:25 chr4 146057634 . GAAA GAAAAC,GAA,GAAAC 78.73 PASS AF=0.275862,0.103448,0.0344828;AO=5,4,4;DP=31;FAO=8,3,1;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7,3,1;FSAR=1,0,0;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0240555,-0.115075,-0.0295926;FXX=0.0937207;HRUN=4,4,1;LEN=2,1,1;MLLD=254.387,16.1464,258.631;QD=10.8586;RBI=0.0672753,0.240107,0.0713123;REFB=-0.0226407,-0.00215819,-0.0214301;REVB=0.0628275,0.210734,0.0648824;RO=15;SAF=5,4,3;SAR=0,0,1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.351613,0;SSSB=0,0,-0.623277;STB=0.621377,0.993596,0.981375;STBP=0.796,0.493,0.582;TYPE=ins,del,ins;VARB=0.0480172,0.0828384,0.101576;OID=.,.,.;OPOS=146057638,146057635,146057638;OREF=-,A,-;OALT=AC,-,C;OMAPALT=GAAAAC,GAA,GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0.103448,0.0344828:5,4,4:31:8,3,1:29:17:7,3,1:1,0,0:16:1:54:15:5,4,3:0,0,1:15:0 chr4 146479235 . A C 135.26 PASS AF=0.375;AO=3;DP=44;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00570499;FXX=0.333264;HRUN=15;LEN=1;MLLD=96.5068;QD=16.9079;RBI=0.0550048;REFB=-0.184857;REVB=-0.0547082;RO=2;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39997;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0552306;OID=.;OPOS=146479235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:44:32:2:16:3:12:0.375:1:2:0:2:4:8:8:8 chr4 146744641 . T A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0326556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.099;QD=22.9155;RBI=0.0326556;REFB=-0.0627163;REVB=0;RO=4;SAF=9;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192348;OID=.;OPOS=146744641;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:0:9:4:0:0:9:4:0 chr4 146828332 . A G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00947371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.907;QD=21.5459;RBI=0.012836;REFB=-0.007111;REVB=0.00866086;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00526183;OID=.;OPOS=146828332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:5:5:6:8:5:5 chr4 147176571 . C A 156.62 PASS AF=0.472222;AO=13;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0421271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5582;QD=17.402;RBI=0.0561948;REFB=-0.00620497;REVB=-0.0371909;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305054;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00247372;OID=.;OPOS=147176571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:19:13:17:0.472222:9:4:10:6:11:6:12:7 chr4 147177468 . T G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.00230841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.611;QD=15.1567;RBI=0.0176653;REFB=-0.0127281;REVB=0.0175139;RO=32;SAF=19;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293571;STB=0.516621;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0144081;OID=.;OPOS=147177468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:6:19:25:7:6:19:25:7 chr4 147215092 . T C 597.16 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00961397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7705;QD=19.5789;RBI=0.0098618;REFB=9.18669e-05;REVB=0.00219698;RO=61;SAF=36;SAR=25;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119754;STB=0.566139;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-2.05229e-05;OID=.;OPOS=147215092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:25:36:28:33:25:36:28:33 chr4 147788709 . C T 1090.32 PASS AF=0.530928;AO=102;DP=194;FAO=103;FDP=194;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0036425;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.583;QD=22.4808;RBI=0.0104816;REFB=0.000481197;REVB=0.00982834;RO=91;SAF=49;SAR=53;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783527;STB=0.540268;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.000402015;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:91:91:102:103:0.530928:53:49:52:39:53:50:52:39 chr4 147824864 . G A 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.011355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7218;QD=14.1697;RBI=0.0234797;REFB=-0.00837203;REVB=-0.0205514;RO=51;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932037;STB=0.552983;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00962317;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:15:19:24:27:15:19:24:27 chr4 148867764 . C A 221.77 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00658735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.149;QD=14.7845;RBI=0.0322383;REFB=-0.0218516;REVB=-0.0315581;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288542;STB=0.671519;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.022506;OID=.;OPOS=148867764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:34:26:26:0.433333:15:11:22:8:15:11:25:9 chr4 149000024 . C T 165.06 PASS AF=0.355932;AO=17;DP=55;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00892996;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.331;QD=11.1907;RBI=0.00990676;REFB=-0.0128242;REVB=-0.00428949;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336457;STB=0.532227;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0290942;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:36:38:17:21:0.355932:9:8:18:18:10:11:18:20 chr4 149356516 . A G 629.86 PASS AF=0.481203;AO=63;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0140272;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.192;QD=18.9431;RBI=0.0240416;REFB=-0.0138688;REVB=-0.0195252;RO=66;SAF=40;SAR=23;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285314;STB=0.517802;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0147772;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:66:69:63:64:0.481203:23:40:40:26:23:41:42:27 chr4 149357475 . C T 102.16 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00466457;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.591;QD=16.3459;RBI=0.0223077;REFB=0.00586754;REVB=0.0218146;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103751;STB=0.559901;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00560317;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:8:5:6:6:8:5 chr4 149358014 . G C 147.05 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0265104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.747;QD=16.8053;RBI=0.0269954;REFB=-0.0115618;REVB=-0.00509454;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0158732;OID=.;OPOS=149358014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:9:6:8:10:10:6:9:10 chr4 150769133 . G A 252.11 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00832891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.538;QD=14.8299;RBI=0.00937608;REFB=-0.00895324;REVB=-0.00430582;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161513;STB=0.579969;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0118783;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:12:17:28:10:12:17:28:11 chr4 151177340 . CC TG 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353464;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=349.651;QD=39.2068;RBI=0.00520155;REFB=0;REVB=0.00381608;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.87703e-07;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 151199080 . G A 523.28 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0139773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.385;QD=23.7856;RBI=0.048391;REFB=-0.00516354;REVB=0.0463285;RO=37;SAF=36;SAR=13;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801001;STB=0.535327;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00482874;OID=.;OPOS=151199080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:39:49:49:0.556818:13:36:30:7:13:36:31:8 chr4 151207127 . C T 92.36 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0516073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.149;QD=10.2619;RBI=0.0545284;REFB=-0.0141054;REVB=-0.0176077;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630838;STB=0.559897;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0352797;OID=.;OPOS=151207127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:35:36:24:24:11:12:0.333333:4:7:14:10:4:8:14:10 chr4 151505322 . T A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0695678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2554;QD=60.609;RBI=0.0938916;REFB=0;REVB=-0.0630551;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132485;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr4 151773593 . G C 155.93 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00524083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.636;QD=15.5925;RBI=0.0174409;REFB=-0.000233307;REVB=0.0166349;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000917896;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:13:10:9:8:13:10 chr4 151829824 . T C 579.69 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00434952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.683;QD=24.6677;RBI=0.0168116;REFB=-0.0109263;REVB=0.0162392;RO=41;SAF=32;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254253;STB=0.513919;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00791109;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:21:32:26:15:21:32:26:15 chr4 152041502 . C G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0088663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.235;QD=20.601;RBI=0.0121943;REFB=-0.00116419;REVB=-0.00837201;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.562597;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000627334;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:8:11:9:11:8:11 chr4 152070633 . T A 588.38 PASS AF=0.424051;AO=65;DP=152;FAO=67;FDP=158;FR=.;FRO=91;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0107821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.582;QD=14.8956;RBI=0.0109703;REFB=-0.0120395;REVB=0.00202308;RO=85;SAF=39;SAR=26;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.23703e-08;STB=0.511038;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0146942;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:158:85:91:65:67:0.424051:26:39:51:34:27:40:56:35 chr4 152201053 . G A 475.16 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0165798;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.899;QD=18.6337;RBI=0.0203816;REFB=-0.0136743;REVB=0.011854;RO=52;SAF=21;SAR=29;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178657;STB=0.598947;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00947245;OID=.;OPOS=152201053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:52:50:50:0.490196:29:21:32:20:29:21:32:20 chr4 152204298 . G A 41.55 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00658868;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.178;QD=1.69572;RBI=0.0143039;REFB=-0.000332575;REVB=-0.0126962;RO=88;SAF=6;SAR=4;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917599;STB=0.570106;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00276038;OID=.;OPOS=152204298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:98:88:88:10:10:0.102041:4:6:46:42:4:6:46:42 chr4 152212486 . C T 302.2 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0615027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0516;QD=17.0251;RBI=0.0627008;REFB=-0.0551428;REVB=-0.0121986;RO=38;SAF=24;SAR=9;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199075;STB=0.511175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0324237;OID=.;OPOS=152212486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:9:24:27:11:9:24:27:11 chr4 152212603 . T G 203.28 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0268611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.336;QD=14.2654;RBI=0.0481447;REFB=-0.00632327;REVB=0.0399549;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120773;STB=0.584836;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00900435;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:13:11:18:13:13:11:20:13 chr4 153690842 . T C 444.1 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00939444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1791;QD=20.1862;RBI=0.0461633;REFB=-0.0201122;REVB=0.0451973;RO=44;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731047;STB=0.545434;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0286225;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:23:20:24:20:24:20:24:20 chr4 153791946 . A G 469.85 PASS AF=0.412214;AO=45;DP=121;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.0421101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.14;QD=14.3467;RBI=0.0437417;REFB=-0.0205226;REVB=-0.0118353;RO=74;SAF=21;SAR=24;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139165;STB=0.543618;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0240468;OID=.;OPOS=153791946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:131:74:77:45:54:0.412214:24:21:44:30:25:29:47:30 chr4 153874666 . G A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0131997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8213;QD=9.49099;RBI=0.0132675;REFB=-0.0415542;REVB=0.00133961;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431551;STB=0.764106;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0291903;OID=.;OPOS=153874666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:11:7:7:2:11:7 chr4 153896358 . C T 3348.86 PASS AF=0.936;AO=231;DP=251;FAO=234;FDP=250;FR=.;FRO=16;FSAF=125;FSAR=109;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0268411;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.596;QD=53.5818;RBI=0.0291496;REFB=-0.204208;REVB=0.0113692;RO=18;SAF=122;SAR=109;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267998;STB=0.518226;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00403328;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:251:250:18:16:231:234:0.936:109:122:6:12:109:125:4:12 chr4 153897770 . G A 1235.28 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=91;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0250435;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.178;QD=56.149;RBI=0.0556101;REFB=-0.118562;REVB=0.0496518;RO=5;SAF=49;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00107054;STB=0.500566;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00141362;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:91:88:5:5:83:83:0.943182:34:49:3:2:34:49:3:2 chr4 153898178 . A G 306.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6698;QD=53.2636;RBI=0.0522654;REFB=0;REVB=0.0382393;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82984e-05;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 154216710 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0262835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.141;QD=22.7199;RBI=0.0474376;REFB=-0.0534919;REVB=-0.0394906;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115717;STB=0.565126;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0373144;OID=.;OPOS=154216710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:7:7:6:3:7:7:6:3 chr4 154276856 . A G 301.15 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0646156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8917;QD=9.19538;RBI=0.0659755;REFB=-0.0363887;REVB=0.0133262;RO=89;SAF=33;SAR=7;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363983;STB=0.718287;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0635763;OID=.;OPOS=154276856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:89:91:40:40:0.305344:7:33:51:38:7:33:52:39 chr4 154303033 . A G 236.51 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.004182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.493;QD=13.5148;RBI=0.0103009;REFB=-0.00104083;REVB=-0.0094138;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150611;STB=0.585655;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00146468;OID=.;OPOS=154303033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:14:14:27:15:14:14:27:15 chr4 154387597 . G C 193.88 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0117654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9195;QD=25.8507;RBI=0.0218716;REFB=0.0234739;REVB=0.0184376;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699535;STB=0.545405;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0128692;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:5:13:7:4:5:14:7:4 chr4 154478222 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4878;QD=60.9777;RBI=0.0842384;REFB=0;REVB=-0.070206;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00175871;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr4 154479430 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.167;QD=58.1419;RBI=0.0232919;REFB=0;REVB=-0.0230301;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192488;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr4 154513627 . A G 385.05 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=100;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00289537;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.274;QD=15.0999;RBI=0.026747;REFB=-0.010329;REVB=0.0265899;RO=57;SAF=20;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115009;STB=0.564802;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0155636;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:57:58:43:44:0.431373:23:20:33:24:24:20:33:25 chr4 154513722 . C T 301.25 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0445451;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1875;QD=13.8507;RBI=0.0455941;REFB=0.00134483;REVB=-0.00972367;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127518;STB=0.567527;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00408626;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:13:21:26:26:13:21:27:26 chr4 154514965 . T C 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00693532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.322;QD=15.9783;RBI=0.0090219;REFB=-0.0213858;REVB=0.00577027;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858378;STB=0.548476;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0261746;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:11:21:23:17:11:21:23:17 chr4 154525458 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0202118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.333;QD=12.9421;RBI=0.0236825;REFB=-0.0116422;REVB=0.0123427;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139165;STB=0.571331;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0170328;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:5:10:13:11:5:10:14:11 chr4 154624656 . T C 168.67 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00843591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.239;QD=10.3796;RBI=0.0168176;REFB=-0.00516908;REVB=-0.0145487;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673157;STB=0.544852;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0103283;OID=.;OPOS=154624656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:43:22:22:0.338462:8:14:29:13:8:14:30:13 chr4 154625409 . T C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0126193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3302;QD=13.458;RBI=0.0322402;REFB=0.0191294;REVB=0.0296679;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106944;STB=0.562422;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0264881;OID=.;OPOS=154625409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:14:12:9:7:14:12 chr4 154631543 . A T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.432;QD=60.7147;RBI=0.0115461;REFB=0;REVB=-0.00750876;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87088e-06;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr4 154631563 . T C 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00727535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.192;QD=17.2249;RBI=0.00761371;REFB=-0.00877004;REVB=0.00224451;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030932;STB=0.524762;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.011145;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:19:15:18:20:19:15:19:20 chr4 154702283 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0899918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.57;QD=8.30739;RBI=0.0900163;REFB=-0.0219131;REVB=-0.00209654;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.57124;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0206642;OID=.;OPOS=154702283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:6:2:6:12:6:2:6:12 chr4 154709856 . A C 1031.06 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121052;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.627;QD=59.7715;RBI=0.0356016;REFB=0;REVB=0.0334804;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3452e-05;OID=.;OPOS=154709856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr4 155156207 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.273;QD=58.2396;RBI=0.00256396;REFB=0;REVB=0.00181597;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92047e-08;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr4 155219314 . G T 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00361629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9556;QD=4.36779;RBI=0.016008;REFB=-0.00363425;REVB=-0.0155941;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680861;STB=0.555432;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00876572;OID=.;OPOS=155219314;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:5:4:21:21:5:4:22:21 chr4 155241572 . G A 448.51 PASS AF=0.458716;AO=47;DP=108;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00285643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.37;QD=16.459;RBI=0.0272194;REFB=-0.00632616;REVB=-0.0270691;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404721;STB=0.539807;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00876709;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:59:59:47:50:0.458716:26:21:24:35:26:24:24:35 chr4 155243573 . C T 1658.87 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000847034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.461;QD=59.7791;RBI=0.0346182;REFB=0;REVB=-0.0346079;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21849e-05;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:54:56:0:0:54:57:0:0 chr4 155243604 . T C 1263.98 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9837;QD=61.6576;RBI=0.0405302;REFB=0;REVB=0.0277951;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363525;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr4 155244401 . TTTTGTTTGTTTGTTTG TTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGT 208.67 PASS AF=0.666667,0.0606061;AO=12,4;DP=31;FAO=22,2;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=14,2;FSAR=8,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0139074,0.00616483;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=220.616,217.707;QD=25.2929;RBI=0.0252177,0.015594;REFB=-0.0274589,-0.02505;REVB=0.0210361,0.0143237;RO=0;SAF=7,4;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509546,0.992777;STBP=0.856,0.314;TYPE=del,del;VARB=0.00771168,0.028898;OID=.,.;OPOS=155244402,155244415;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=TTTTGTTTGTTTG,TTTTGTTTGTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0.0606061:12,4:31:22,2:33:9:14,2:8,0:6:3:45:0:7,4:5,0:0:0 chr4 155244475 . G T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0348971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.745;QD=49.3981;RBI=0.0349175;REFB=-0.0405903;REVB=-0.00119576;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00286773;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:0:1:13:10:0:1 chr4 155256177 . A G 300.44 PASS AF=0.5;AO=26;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0318829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7621;QD=18.7774;RBI=0.0319289;REFB=-0.010367;REVB=-0.00171249;RO=26;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342964;STB=0.546754;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00979933;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:32:26:32:0.5:13:13:14:12:17:15:18:14 chr4 155256205 . G A 747.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.332;QD=63.5991;RBI=0.0676217;REFB=0;REVB=0.0577138;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245581;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:25:19:0:0:27:20:0:0 chr4 155287535 . T C 381.28 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00473215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.095;QD=22.4284;RBI=0.0083292;REFB=-0.0145919;REVB=0.00685436;RO=29;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147924;STB=0.57504;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00950342;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:30:38:38:0.558824:24:14:16:13:24:14:16:14 chr4 155295076 . A G 109.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0864358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4701;QD=14.6508;RBI=0.0876181;REFB=-0.0116541;REVB=0.014345;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.019529;OID=.;OPOS=155295076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr4 155407680 . A G 417.94 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0432501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.6316;QD=53.9278;RBI=0.0905101;REFB=0.0185127;REVB=0.079508;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.000171901;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:29:30:0.967742:10:19:0:0:11:19:0:1 chr4 155410650 . T C 193.51 PASS AF=0.213793;AO=30;DP=143;FAO=31;FDP=145;FR=.;FRO=114;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=-0.0187324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.433;QD=5.33823;RBI=0.0428845;REFB=-0.0105201;REVB=-0.0385769;RO=112;SAF=17;SAR=13;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411347;STB=0.519987;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0610099;OID=.;OPOS=155410650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:112:114:30:31:0.213793:13:17:67:45:13:18:69:45 chr4 155410667 . G A 186.16 PASS AF=0.212766;AO=30;DP=141;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=38;FWDB=0.0110933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7812;QD=5.28123;RBI=0.0147658;REFB=-0.00432514;REVB=-0.00974511;RO=111;SAF=19;SAR=11;SRF=73;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03368;STB=0.52083;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0181297;OID=.;OPOS=155410667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:111:111:30:30:0.212766:11:19:73:38:11:19:73:38 chr4 155410731 . G C 226.35 PASS AF=0.315217;AO=28;DP=91;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.00878763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.883;QD=9.84121;RBI=0.0140989;REFB=-7.7654e-05;REVB=0.0110253;RO=63;SAF=17;SAR=11;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116671;STB=0.581361;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000477178;OID=.;OPOS=155410731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:63:63:28:29:0.315217:11:17:44:19:12:17:44:19 chr4 155410822 . G A 858.88 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.018854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.258;QD=26.632;RBI=0.0262227;REFB=-0.0189662;REVB=0.0182252;RO=49;SAF=54;SAR=24;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487351;STB=0.520656;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0180743;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:49:51:78:78:0.604651:24:54:31:18:24:54:33:18 chr4 155411065 . T C 2385.15 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127758;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.156;QD=64.0308;RBI=0.0163657;REFB=0;REVB=-0.0102282;RO=0;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111147;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:148:149:1:74:74:0:0:75:74:0:0 chr4 155411104 . A C 2739.96 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=61.9201;RBI=0.0204568;REFB=-0.0621934;REVB=0.0204115;RO=0;SAF=108;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547644;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:177:177:0:0:176:177:1:68:108:0:0:69:108:0:0 chr4 155411939 . A C 790.97 PASS AF=0.413953;AO=89;DP=216;FAO=89;FDP=215;FR=.;FRO=126;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=78;FSRR=48;FWDB=-0.0197285;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3628;QD=14.7157;RBI=0.0585469;REFB=-0.0200854;REVB=-0.0551228;RO=126;SAF=49;SAR=40;SRF=77;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646301;STB=0.540877;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.027258;OID=.;OPOS=155411939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:126:126:89:89:0.413953:40:49:77:49:40:49:78:48 chr4 155412464 . C T 425.42 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0432512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6266;QD=18.9075;RBI=0.0484768;REFB=-0.00727267;REVB=0.0218936;RO=46;SAF=14;SAR=29;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249069;STB=0.644376;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0135979;OID=.;OPOS=155412464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:29:14:27:19:29:14:28:19 chr4 155507590 . T C 81.64 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0447388;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2076;QD=7.77519;RBI=0.0477942;REFB=-0.00160057;REVB=-0.0168142;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423177;STB=0.526268;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00612467;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:31:31:11:11:0.261905:6:5:13:18:6:5:13:18 chr4 155671626 . T G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00969973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.977;QD=11.4398;RBI=0.0255014;REFB=-0.0454284;REVB=0.0235847;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.62712;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0448222;OID=.;OPOS=155671626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:11:3:1:8:11:3 chr4 155719189 . T G 530.05 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00177019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.785;QD=22.5553;RBI=0.0043751;REFB=-0.0106576;REVB=-0.00400099;RO=43;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488552;STB=0.531902;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00740798;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:44:50:50:0.531915:25:25:19:24:25:25:19:25 chr4 155720274 . T C 397.22 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015297;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.246;QD=56.746;RBI=0.0390354;REFB=0;REVB=0.0359132;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232565;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr4 155720349 . C A 347.81 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0057728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.101;QD=25.7639;RBI=0.0110544;REFB=-0.000346053;REVB=0.00942733;RO=14;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340623;STB=0.665031;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00311106;OID=.;OPOS=155720349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:16:29:29:0.537037:10:19:1:13:10:19:3:13 chr4 156135676 . C T 1399.59 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1144;QD=61.5205;RBI=0.0395353;REFB=-0.0289645;REVB=0.0281221;RO=1;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119978;STB=0.506328;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000746654;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:51:39:1:0:51:39:1:0 chr4 156136027 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.808;QD=58.239;RBI=0.0657517;REFB=0;REVB=0.0640731;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183164;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr4 156273768 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.56;QD=56.7054;RBI=0.0248607;REFB=0;REVB=0.0229512;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70088e-05;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 156274377 . T C 392.04 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00932771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6935;QD=44.8049;RBI=0.0193303;REFB=-0.131436;REVB=-0.0169309;RO=5;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899694;STB=0.504851;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00761151;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:13:17:3:2:13:17:3:2 chr4 156276289 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8125;QD=62.9809;RBI=0.0244002;REFB=0;REVB=0.0224731;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016395;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr4 156276317 . A G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5443;QD=59.0105;RBI=0.0566978;REFB=0;REVB=0.0206183;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307156;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr4 156379973 . G T 262.7 PASS AF=0.295082;AO=36;DP=122;FAO=36;FDP=122;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.00524168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.576;QD=8.61326;RBI=0.0554558;REFB=-0.0109177;REVB=-0.0552075;RO=85;SAF=23;SAR=13;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464804;STB=0.508345;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.02751;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:85:86:36:36:0.295082:13:23:54:31:13:23:54:32 chr4 156380807 . T G 537.43 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.000645244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.973;QD=16.0426;RBI=0.017655;REFB=-0.0187212;REVB=-0.0176432;RO=72;SAF=31;SAR=27;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349784;STB=0.525419;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0236716;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:76:58:58:0.432836:27:31:41:31:27:31:44:32 chr4 156382707 . T A 489.2 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0147115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.219;QD=21.9863;RBI=0.0185016;REFB=-0.0341964;REVB=-0.0112197;RO=42;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177382;STB=0.601129;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0300212;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:46:47:0.52809:29:17:24:18:30:17:24:18 chr4 156382738 . A C 183.57 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0419225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.561;QD=11.8435;RBI=0.0572404;REFB=0.000240335;REVB=0.038974;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127514;STB=0.574256;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00014236;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:17:6:14:25:17:6:14:25 chr4 156632391 . A G 830.95 PASS AF=0.967213;AO=60;DP=63;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0237924;FXX=0.031741;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.584;QD=54.4886;RBI=0.0391908;REFB=-0.127341;REVB=0.0311423;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.51562;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000364394;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:61:1:2:60:59:0.967213:31:29:0:1:31:28:0:2 chr4 156638428 . A G 239.31 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0088704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.527;QD=9.86847;RBI=0.0463231;REFB=-0.00803484;REVB=-0.0454659;RO=67;SAF=20;SAR=10;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142379;STB=0.583884;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0120104;OID=.;OPOS=156638428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:67:30:30:0.309278:10:20:37:30:10:20:37:30 chr4 156693910 . T G 192.2 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0562745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.5852;QD=9.85619;RBI=0.0574972;REFB=-0.0200655;REVB=-0.0117943;RO=52;SAF=9;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143435;STB=0.578659;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0386863;OID=.;OPOS=156693910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:25:25:0.320513:16:9:25:27:16:9:25:28 chr4 156787340 . G A 702.91 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.607;QD=54.0699;RBI=0.0359742;REFB=-0.158892;REVB=-0.00985462;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256486;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:0:0:49:52:1:30:19:0:0:31:21:0:0 chr4 156847230 . A G 585.48 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0533307;FXX=0.0217344;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.6693;QD=52.0426;RBI=0.0901396;REFB=-0.317828;REVB=0.0726705;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010638;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0201843;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:45:2:1:41:44:0.977778:21:20:1:1:22:22:0:1 chr4 156847236 . AAGG AAAG,AAG,AAGA,AG 482.86 PASS AF=0,0,0,1;AO=5,25,2,10;DP=42;FAO=0,0,0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,19;FSAR=0,0,0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134673,-0.0222574,-0.0222666,-0.172161;FXX=0;HRUN=2,2,2,8;LEN=1,1,1,2;MLLD=6.29217,12.4929,6.97274,18.8105;QD=45.9865;RBI=0.158614,0.0769507,0.0801842,0.172333;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0837957,-0.0736615,-0.0770306,0.00769864;RO=0;SAF=0,11,0,7;SAR=5,14,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,-3.99383e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=0,0.0359653,0,0.00657226;OID=.,.,.,.;OPOS=156847238,156847238,156847239,156847237;OREF=G,G,G,AG;OALT=A,-,A,-;OMAPALT=AAAG,AAG,AAGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 4/4:0,0,0,1:5,25,2,10:42:0,0,0,42:42:0:0,0,0,19:0,0,0,23:0:0:3:0:0,11,0,7:5,14,2,3:0:0 chr4 157557726 . A G 1138.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572158;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8634;QD=60.7419;RBI=0.0575399;REFB=0;REVB=-0.00609887;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038193;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:24:50:0:0:24:51:0:0 chr4 157684248 . T C 690.08 PASS AF=0.648352;AO=52;DP=84;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00525121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.869;QD=30.3331;RBI=0.0325206;REFB=-0.0385137;REVB=0.0320938;RO=30;SAF=34;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109946;STB=0.52238;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0191677;OID=.;OPOS=157684248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:30:32:52:59:0.648352:18:34:15:15:24:35:17:15 chr4 158065038 . T C 1248.51 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.26;QD=61.6547;RBI=0.0570788;REFB=0;REVB=-0.0081797;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27153e-05;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:35:42:0:0:35:46:0:0 chr4 158238830 . T C 3819.16 PASS AF=0.992;AO=245;DP=247;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=131;FSAR=117;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0288142;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.495;QD=61.1066;RBI=0.030074;REFB=0.029389;REVB=0.00861321;RO=1;SAF=131;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362479;STB=0.503788;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-1.36398e-05;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:247:250:1:2:245:248:0.992:114:131:1:0:117:131:2:0 chr4 159076826 . C T 1698.89 PASS AF=0.982759;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00356195;FXX=0.0169477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.497;QD=58.5825;RBI=0.0154087;REFB=-0.0855818;REVB=-0.0149913;RO=0;SAF=43;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502072;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000290368;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:0:2:112:114:0.982759:69:43:0:0:70:44:1:1 chr4 159092633 . A G 1426.84 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133253;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2732;QD=62.0367;RBI=0.0254248;REFB=0;REVB=-0.0216531;RO=1;SAF=61;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770835;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132817;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:92:1:0:91:92:1:30:61:1:0:30:62:0:0 chr4 159156622 . G A 522.05 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0109089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.897;QD=15.468;RBI=0.0218358;REFB=-0.0119362;REVB=-0.0189155;RO=78;SAF=40;SAR=17;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156553;STB=0.588203;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0164127;OID=.;OPOS=159156622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:78:57:57:0.422222:17:40:44:34:17:40:44:34 chr4 159601676 . C T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000223372;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.017;QD=59.862;RBI=0.0260527;REFB=0;REVB=0.0260517;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161267;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr4 159826773 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=364.367;QD=56.1916;RBI=0.0274554;REFB=0;REVB=0.00587369;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06749e-05;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr4 159881479 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0372758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2542;QD=16.5357;RBI=0.0660474;REFB=0.00568909;REVB=-0.0545232;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468456;STB=0.768928;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00727513;OID=.;OPOS=159881479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:14:4:16:7:14:4:16:7 chr4 159894250 . C T 941.34 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00809646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.215;QD=57.0507;RBI=0.0186577;REFB=-0.133248;REVB=0.0168094;RO=1;SAF=44;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106171;STB=0.505616;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-5.27502e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:21:44:1:0:21:44:1:0 chr4 159894277 . T C 315.59 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0290283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.488;QD=17.5329;RBI=0.0705163;REFB=-0.0259359;REVB=0.0642643;RO=35;SAF=22;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733162;STB=0.523795;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0193237;OID=.;OPOS=159894277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:38:34:34:0.472222:12:22:20:15:12:22:23:15 chr4 159894305 . T C 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000795341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.471;QD=60.5404;RBI=0.0289629;REFB=0;REVB=0.0289519;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04363e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr4 159894391 . G A 362.57 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0278787;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.074;QD=20.4267;RBI=0.0279826;REFB=-0.00938681;REVB=0.00240942;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935509;STB=0.55175;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00578653;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:22:12:17:20:22:12 chr4 160428588 . G A 1008.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.779;QD=59.3447;RBI=0.0410788;REFB=0;REVB=0.0387643;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46973e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:32:35:0:0:33:35:0:0 chr4 162307000 . T C 444.93 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.017776;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7035;QD=15.2114;RBI=0.0209421;REFB=0.0255024;REVB=0.0110718;RO=66;SAF=28;SAR=22;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162587;STB=0.512869;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0410652;OID=.;OPOS=162307000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:67:50:50:0.42735:22:28:38:28:22:28:39:28 chr4 164048199 . G C 1555.31 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00039282;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.572;QD=64.1364;RBI=0.0140908;REFB=0;REVB=0.0140853;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59163e-05;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr4 164085425 . T C 2245.26 PASS AF=0.934132;AO=155;DP=168;FAO=156;FDP=167;FR=.;FRO=11;FSAF=78;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0639325;FXX=0.017646;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.842;QD=53.7787;RBI=0.0846605;REFB=-0.212693;REVB=0.055498;RO=11;SAF=78;SAR=77;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404093;STB=0.520955;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00296215;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:168:167:11:11:155:156:0.934132:77:78:2:9:78:78:2:9 chr4 164393117 . T A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1124;QD=59.4343;RBI=0.0517901;REFB=0;REVB=-0.00565857;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000583913;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr4 164533702 . T C 557.03 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0251481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1217;QD=21.4241;RBI=0.064508;REFB=-0.0237281;REVB=0.0594042;RO=48;SAF=31;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13202;STB=0.572478;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0216683;OID=.;OPOS=164533702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:48:48:56:56:0.538462:25:31:19:29:25:31:19:29 chr4 165878335 . A G 264.14 PASS AF=0.367816;AO=24;DP=89;FAO=32;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0720912;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7226;QD=12.1444;RBI=0.0907665;REFB=-0.0276911;REVB=-0.0551489;RO=44;SAF=20;SAR=4;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296296;STB=0.575173;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0373178;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:44:55:24:32:0.367816:4:20:28:16:12:20:28:27 chr4 166000195 . A G 652.8 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.676;QD=62.1711;RBI=0.0428501;REFB=0;REVB=0.0268534;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185151;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:29:42:1:11:18:0:0:22:20:0:0 chr4 166000263 . C T 239.62 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0102466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.533;QD=18.0847;RBI=0.0766724;REFB=0.00140555;REVB=-0.0759846;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170545;STB=0.596138;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00326295;OID=.;OPOS=166000263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:13:14:18:8:13:14 chr4 166403504 . G A 483.52 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0168625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9625;QD=19.1492;RBI=0.0418795;REFB=-0.0240406;REVB=0.0383347;RO=51;SAF=34;SAR=16;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922953;STB=0.55125;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0308963;OID=.;OPOS=166403504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:16:34:30:21:16:34:30:21 chr4 166405584 . C T 585.49 PASS AF=0.432432;AO=63;DP=147;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=28;FWDB=0.00908675;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.37;QD=15.824;RBI=0.014192;REFB=0.00629863;REVB=0.0109016;RO=83;SAF=36;SAR=27;SRF=55;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964032;STB=0.552338;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.0068561;OID=.;OPOS=166405584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:83:84:63:64:0.432432:27:36:55:28:27:37:56:28 chr4 167012381 . G A 798.47 PASS AF=0.425837;AO=89;DP=209;FAO=89;FDP=209;FR=.;FRO=120;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=-0.00172694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2059;QD=15.2817;RBI=0.0539338;REFB=-0.00941785;REVB=-0.0539061;RO=120;SAF=32;SAR=57;SRF=62;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166048;STB=0.592809;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0138516;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:120:120:89:89:0.425837:57:32:62:58:57:32:62:58 chr4 167012480 . T C 2031.78 PASS AF=0.992424;AO=128;DP=130;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277109;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.504;QD=61.569;RBI=0.0410899;REFB=-0.047694;REVB=0.0303395;RO=1;SAF=72;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655489;STB=0.503401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000635939;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:132:1:1:128:131:0.992424:56:72:1:0:58:73:1:0 chr4 167654960 . C A,G 662.36 PASS AF=0.113636,0.886364;AO=5,38;DP=43;FAO=5,39;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=4,32;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462634,-0.0030715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.058,114.278;QD=60.2141;RBI=0.0173781,0.0172662;REFB=0,0;REVB=-0.016751,0.0169908;RO=0;SAF=3,32;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.29107e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0512797,0.000239885;OID=.,.;OPOS=167654960,167654960;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:43:44:0:0:5,38:5,39:0.113636,0.886364:2,6:3,32:0:0:1,7:4,32:0:0 chr4 168584259 . T A 260.43 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721692;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0607;QD=52.0854;RBI=0.100153;REFB=0;REVB=0.0694423;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152891;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr4 169083694 . A C 315.86 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.00665605;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.523;QD=14.3573;RBI=0.0144013;REFB=-0.00866094;REVB=-0.0127709;RO=53;SAF=24;SAR=10;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994532;STB=0.508714;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0204633;OID=.;OPOS=169083694;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:53:53:34:35:0.397727:10:24:37:16:11:24:37:16 chr4 169086441 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00847537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.571;QD=9.91658;RBI=0.0192191;REFB=-0.0168082;REVB=-0.0172495;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234373;STB=0.514254;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0259072;OID=.;OPOS=169086441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:6:11:6:3:6:11 chr4 169099125 . C T 274.04 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0464073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.968;QD=24.9125;RBI=0.0644272;REFB=-0.0133894;REVB=0.0446903;RO=19;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257668;STB=0.642746;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00540386;OID=.;OPOS=169099125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:15:10:14:5:15:10:14:5 chr4 169141748 . T A 49.84 PASS AF=0.0901961;AO=25;DP=257;FAO=23;FDP=255;FR=.;FRO=232;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=154;FSRR=78;FWDB=-0.0337038;FXX=0.0116275;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.641;QD=0.781857;RBI=0.0443968;REFB=-0.00251691;REVB=-0.0288986;RO=222;SAF=8;SAR=17;SRF=147;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398774;STB=0.826511;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.187116;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:257:255:222:232:25:23:0.0901961:17:8:147:75:17:6:154:78 chr4 169194452 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0359386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.656;QD=10.2706;RBI=0.0478114;REFB=-0.0148218;REVB=-0.0315333;RO=35;SAF=12;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431392;STB=0.756963;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0225795;OID=.;OPOS=169194452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:4:12:13:22:4:12:13:22 chr4 169282355 . T C 1362.6 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329126;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.611;QD=62.6483;RBI=0.00332912;REFB=0;REVB=0.000500641;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023107;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr4 169299528 . T C 632.39 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0247626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.569;QD=22.7888;RBI=0.0250171;REFB=0.00546972;REVB=0.00355931;RO=48;SAF=35;SAR=26;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251145;STB=0.521538;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00427384;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:49:61:62:0.558559:26:35:29:19:27:35:30:19 chr4 169315760 . C A 612.43 PASS AF=0.578947;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0438514;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.089;QD=25.7863;RBI=0.0468069;REFB=-0.0190893;REVB=-0.016369;RO=40;SAF=26;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210424;STB=0.511499;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0195992;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:40:40:55:55:0.578947:29:26:20:20:29:26:20:20 chr4 169317279 . C T 259.73 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0640729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.946;QD=31.4825;RBI=0.0748429;REFB=-0.0890776;REVB=-0.0386797;RO=10;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941651;STB=0.551901;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0141018;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:17:6:4:6:17:6:4:6 chr4 169327191 . C T 486.23 PASS AF=0.494845;AO=44;DP=94;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00336644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.792;QD=20.0508;RBI=0.00373231;REFB=-0.0155881;REVB=-0.00161158;RO=49;SAF=14;SAR=30;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247499;STB=0.60048;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0181942;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:49:49:44:48:0.494845:30:14:28:21:30:18:28:21 chr4 169336662 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7698;QD=51.9157;RBI=0.051472;REFB=0;REVB=0.0322465;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014043;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr4 169341435 . A G 1660.95 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00425112;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.009;QD=59.3195;RBI=0.00813869;REFB=0.00516363;REVB=-0.00694019;RO=1;SAF=59;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079792;STB=0.504201;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000170651;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:52:59:1:0:52:59:1:0 chr4 169362557 . C G 386.6 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0152294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.732;QD=20.8975;RBI=0.0516593;REFB=-0.00620348;REVB=-0.0493634;RO=35;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187428;STB=0.603514;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00301394;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:22:17:23:12:22:17:23:12 chr4 169369820 . T A 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000955778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.326;QD=61.5099;RBI=0.00840614;REFB=-0.0955945;REVB=-0.00835163;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-7.32107e-05;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr4 169369853 . A T 801.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.437;QD=57.2316;RBI=0.0293033;REFB=0;REVB=0.00317747;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8477e-05;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr4 169369920 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00698676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.214;QD=17.7317;RBI=0.0171653;REFB=-0.00264059;REVB=0.015679;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00400216;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:8:10:8:9:9:10 chr4 169393595 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0897;QD=58.5996;RBI=0.0869511;REFB=0;REVB=0.0302541;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000990194;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr4 169621191 . G A 187.99 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0134233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.497;QD=8.95204;RBI=0.016587;REFB=-0.000556256;REVB=-0.00974391;RO=59;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12967;STB=0.576861;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.000981128;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:10:15:29:30:10:15:29:30 chr4 169630204 . T G 253.12 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00134066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.417;QD=15.1115;RBI=0.0141984;REFB=-0.00200704;REVB=-0.014135;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104361;STB=0.559055;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00225273;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:17:21:13:16:17:21 chr4 169806527 . A G 205.18 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00811845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5965;QD=8.73091;RBI=0.016166;REFB=-0.0118234;REVB=-0.0139797;RO=67;SAF=16;SAR=11;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854531;STB=0.550803;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0305288;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:67:27:27:0.287234:11:16:35:32:11:16:35:32 chr4 169846359 . GCT G 708.14 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693033;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.319;QD=56.6513;RBI=0.0697172;REFB=0;REVB=0.00758634;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000143164;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:50:50:50:0:23:27:0:0:4:0:20:26:0:0 chr4 169928842 . G T 4609.38 PASS AF=1;AO=288;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599481;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.071;QD=63.7977;RBI=0.0599488;REFB=0;REVB=0.00028734;RO=0;SAF=159;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37351e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:290:289:0:0:288:289:1:129:159:0:0:129:160:0:0 chr4 170028300 . G A 411.05 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0174817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.665;QD=23.829;RBI=0.0233845;REFB=-0.0275223;REVB=-0.0155314;RO=29;SAF=23;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200618;STB=0.609982;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0169751;OID=.;OPOS=170028300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:17:23:9:20:17:23:9:20 chr4 170398454 . T C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0101989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6832;QD=24.7077;RBI=0.0347162;REFB=0.0166697;REVB=-0.0331843;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0127936;OID=.;OPOS=170398454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:10:13:11:6:10:13:11:6 chr4 170581570 . G A 1377.35 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0651;QD=62.6067;RBI=0.0508377;REFB=0;REVB=-0.00715872;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141692;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:38:49:0:0:39:49:0:0 chr4 170623982 . C G 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0094206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.53;QD=19.9563;RBI=0.0124964;REFB=-0.0101565;REVB=-0.00821052;RO=51;SAF=27;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431647;STB=0.523801;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00952633;OID=.;OPOS=170623982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:27:27:28:23:27:27:28:23 chr4 170634390 . C T 475.46 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.032845;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.865;QD=16.2551;RBI=0.0339837;REFB=-0.0201553;REVB=0.00872315;RO=64;SAF=27;SAR=25;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10531;STB=0.562332;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0203645;OID=.;OPOS=170634390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:65:52:52:0.444444:25:27:40:24:25:27:41:24 chr4 170663235 . C T 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00839785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.436;QD=59.0424;RBI=0.020545;REFB=0.0370754;REVB=-0.0187503;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000892963;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:0:1 chr4 170678993 . T C 768.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.009;QD=56.9191;RBI=0.0649054;REFB=0;REVB=0.0264898;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18469e-05;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:32:18:0:0:32:22:0:0 chr4 170981425 . G C 302.3 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0012161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3521;QD=12.2141;RBI=0.0162196;REFB=-0.00322928;REVB=-0.016174;RO=64;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719795;STB=0.541378;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00856455;OID=.;OPOS=170981425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:17:18:37:27:17:18:37:27 chr4 170981431 . T G 302.03 PASS AF=0.360825;AO=31;DP=95;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00397333;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.321;QD=12.4548;RBI=0.0163156;REFB=-0.0164516;REVB=0.0158244;RO=61;SAF=18;SAR=13;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271314;STB=0.532173;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0311554;OID=.;OPOS=170981431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:61:62:31:35:0.360825:13:18:34:27:17:18:35:27 chr4 170987636 . A G 326.74 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.00289462;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.436;QD=15.0226;RBI=0.00362846;REFB=-0.0069912;REVB=0.00218789;RO=50;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278964;STB=0.660765;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00996203;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:16:20:14:36:16:20:14:37 chr4 172735897 . C G 489.76 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0250886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8923;QD=19.5905;RBI=0.120936;REFB=0.00603761;REVB=-0.118305;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539954;STB=0.529988;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0114941;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:24:24:29:23:24:24:29:23 chr4 174062875 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2846;QD=53.909;RBI=0.00949565;REFB=0;REVB=-0.00949565;RO=0;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222376;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:24:0:0:0:24:0:0:0 chr4 174090004 . G A 669.01 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00351239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.2;QD=21.5809;RBI=0.0173237;REFB=-0.0244445;REVB=-0.0169639;RO=56;SAF=43;SAR=23;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177566;STB=0.598401;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0329392;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:58:66:66:0.532258:23:43:25:31:23:43:26:32 chr4 175158212 . G T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0541093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3909;QD=14.0438;RBI=0.0553091;REFB=-0.00734372;REVB=0.0114577;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148502;STB=0.508451;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00939711;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:15:13:18:22:15:13:18:22 chr4 175225452 . G A 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00790758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.364;QD=19.8665;RBI=0.00803523;REFB=-0.00829618;REVB=-0.00142657;RO=45;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919247;STB=0.550913;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00676504;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:45:44:44:0.494382:20:24:29:16:20:24:29:16 chr4 175229858 . C T 390.92 PASS AF=0.44086;AO=38;DP=90;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00598896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6575;QD=16.8136;RBI=0.0431827;REFB=-0.0189856;REVB=0.0427654;RO=52;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039376;STB=0.528288;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0192427;OID=.;OPOS=175229858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:52:52:38:41:0.44086:19:19:28:24:21:20:28:24 chr4 175237408 . T C 1208.98 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.338;QD=61.2141;RBI=0.050977;REFB=0;REVB=0.0292851;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115461;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:35:43:0:0:35:44:0:0 chr4 175443156 . C T 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0147612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.423;QD=12.1823;RBI=0.0225334;REFB=-0.00116986;REVB=-0.0170253;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738242;STB=0.542524;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00224527;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:17:12:24:26:17:12:24:26 chr4 175598280 . A G 600.92 PASS AF=0.432258;AO=66;DP=154;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0110068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.782;QD=15.5076;RBI=0.0228539;REFB=-0.00423566;REVB=0.0200288;RO=82;SAF=33;SAR=33;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523573;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00801526;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:82:88:66:67:0.432258:33:33:41:41:34:33:47:41 chr4 175598334 . T C 2061.8 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.133;QD=62.0089;RBI=0.0105044;REFB=0;REVB=0.00917983;RO=1;SAF=58;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91729e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:1:0:131:133:1:73:58:1:0:73:60:0:0 chr4 175688138 . A G 1149.52 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119226;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.387;QD=58.2036;RBI=0.0428646;REFB=0.017713;REVB=0.0411731;RO=2;SAF=36;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255651;STB=0.51351;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-4.00468e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:41:36:2:0:41:36:2:0 chr4 175688141 . G A 249.55 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00361018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.489;QD=12.6354;RBI=0.040172;REFB=-0.0366412;REVB=0.0400095;RO=46;SAF=9;SAR=23;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346931;STB=0.701297;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0447927;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:46:32:33:0.417722:23:9:28:18:24:9:28:18 chr4 176555585 . A C 572.33 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00971535;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8193;QD=17.61;RBI=0.00999565;REFB=-0.022902;REVB=0.00235055;RO=69;SAF=34;SAR=26;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559194;STB=0.534235;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0316267;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:69:70:60:60:0.461538:26:34:43:26:26:34:44:26 chr4 177073026 . G A 769.53 PASS AF=1;AO=41;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183896;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.821;QD=57.0021;RBI=0.039769;REFB=0;REVB=0.0352618;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774976;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:41:54:1:25:16:0:0:27:27:0:0 chr4 177087322 . C T 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8834;QD=56.9531;RBI=0.0226131;REFB=0;REVB=0.00862864;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01177e-05;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr4 177113779 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.053;QD=64.2853;RBI=0.00864709;REFB=0;REVB=0.00225727;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99946e-06;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:36:64:0:0:36:64:0:0 chr4 177113956 . A G 440.92 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.127635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.871;QD=13.2607;RBI=0.129283;REFB=-0.0116122;REVB=-0.0205778;RO=81;SAF=23;SAR=28;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732149;STB=0.53781;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0189204;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:82:51:51:0.383459:28:23:42:39:28:23:42:40 chr4 177137988 . C T 1230.87 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0670249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2214;QD=60.0424;RBI=0.0739575;REFB=0.0387;REVB=-0.0312631;RO=1;SAF=52;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902011;STB=0.504761;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00876027;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:29:52:1:0:29:52:1:0 chr4 177605081 . CTCA C 794.49 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142817;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=3;MLLD=295.763;QD=56.7492;RBI=0.0145508;REFB=0.0304998;REVB=-0.00278555;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000173063;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:56:59:56:56:0:42:14:0:0:3:0:42:14:0:0 chr4 178102691 . C G 711.04 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=127;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0247505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1871;QD=22.0478;RBI=0.0291268;REFB=0.0270796;REVB=0.0153552;RO=58;SAF=42;SAR=27;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149809;STB=0.582513;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0231687;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:58:60:69:69:0.534884:27:42:25:33:27:42:26:34 chr4 178274565 . A G 286.02 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0443142;FXX=0.0294074;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.3667;QD=17.3346;RBI=0.0485952;REFB=0.0570536;REVB=0.0199435;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826029;STB=0.546312;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0550978;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:20:15:16:15:20:15 chr4 178274694 . T G 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00156697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.674;QD=15.5566;RBI=0.0254725;REFB=-0.0182142;REVB=0.0254243;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187531;STB=0.598171;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0243776;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:18:16:29:15:18:16:29:16 chr4 178274750 . C T 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0134037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.048;QD=19.5168;RBI=0.0135471;REFB=-0.0122082;REVB=0.00196584;RO=26;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160426;STB=0.58941;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00835579;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:16:12:16:10:16:12:16:10 chr4 178281754 . G A 1220.57 PASS AF=0.913043;AO=84;DP=92;FAO=84;FDP=92;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0179037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.692;QD=53.0685;RBI=0.0430655;REFB=-0.108767;REVB=0.0391675;RO=8;SAF=54;SAR=30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899491;STB=0.547686;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00274011;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:92:92:8:8:84:84:0.913043:30:54:1:7:30:54:1:7 chr4 178359960 . G C 726.84 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208616;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.183;QD=57.0071;RBI=0.0347639;REFB=0;REVB=0.0278087;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217757;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:20:29:0:0:22:29:0:0 chr4 178378317 . C A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0205682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.868;QD=27.8592;RBI=0.0208537;REFB=-0.0310951;REVB=-0.00343862;RO=8;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116692;STB=0.506486;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00765746;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:4:13:6:2:4:13:6:2 chr4 178881982 . G T 300.7 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0282903;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.535;QD=30.0696;RBI=0.0313463;REFB=-0.0193864;REVB=-0.0134998;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165348;STB=0.509084;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.011452;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:8:18:10:4:8:18:10:4 chr4 179037990 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.857;QD=57.1759;RBI=0.00338859;REFB=0;REVB=0.00108663;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73612e-06;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr4 179327856 . G A 1191.13 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1502;QD=61.0835;RBI=0.0912546;REFB=0;REVB=-0.0604847;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3975e-05;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:31:45:0:0:31:47:0:0 chr4 183601847 . T C 1612.06 PASS AF=0.956897;AO=113;DP=116;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.101734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8922;QD=55.5882;RBI=0.139857;REFB=0.0126338;REVB=0.0959693;RO=3;SAF=49;SAR=64;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281805;STB=0.506917;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000147402;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:116:116:3:5:113:111:0.956897:64:49:3:0:62:49:3:2 chr4 183652175 . T C 2643.37 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101688;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.395;QD=62.1969;RBI=0.0441439;REFB=0;REVB=0.0429567;RO=0;SAF=102;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.09061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34532e-05;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:170:0:0:170:170:1:68:102:0:0:68:102:0:0 chr4 183674697 . C T 690.87 PASS AF=0.5;AO=67;DP=138;FAO=68;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0191026;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.64;QD=20.3197;RBI=0.0227267;REFB=-0.0256736;REVB=-0.0123124;RO=54;SAF=31;SAR=36;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455359;STB=0.536802;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0219819;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:54:68:67:68:0.5:36:31:22:32:37:31:36:32 chr4 183715019 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00125365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.136;QD=22.7239;RBI=0.00864979;REFB=-0.0251267;REVB=-0.00855846;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130169;STB=0.57296;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0114147;OID=.;OPOS=183715019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:9:7:12:8:9:7 chr4 184190233 . G T 386.52 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0168202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8961;QD=15.7764;RBI=0.0168451;REFB=-0.0455359;REVB=-0.000916229;RO=56;SAF=25;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218964;STB=0.518663;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0346005;OID=.;OPOS=184190233;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:16:25:33:23:16:25:33:24 chr4 184203886 . G C 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.061608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6461;QD=14.9018;RBI=0.063242;REFB=-0.0299033;REVB=0.0142826;RO=34;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202714;STB=0.614091;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0370268;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:14:12:9:25:14:12:9:25 chr4 184237192 . CA AC,CAC 1636.94 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=5,112;DP=129;FAO=2,124;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=2,66;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060859,-0.101871;FXX=0.0156238;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=7.54153,20.2401;QD=51.9662;RBI=0.0555932,0.167036;REFB=-0.0091461,0.00420567;REVB=0.0552591,0.132376;RO=2;SAF=3,58;SAR=2,54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0491618,0.0005955;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0743934,0.00364537;OID=.,.;OPOS=184237192,184237194;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:129:126:2:0:5,112:2,124:0.015873,0.984127:2,54:3,58:1:1:0,58:2,66:0:0 chr4 184238670 . C G 592.6 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0185359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0034;QD=30.0052;RBI=0.0462113;REFB=-0.00503218;REVB=-0.0423309;RO=26;SAF=22;SAR=30;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505492;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00158753;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:26:27:52:52:0.658228:30:22:11:15:30:22:11:16 chr4 184243528 . G A 503.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.006;QD=59.1773;RBI=0.0511634;REFB=0;REVB=0.04249;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6594e-05;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:17:17:0:0 chr4 184366145 . C T 971.31 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=0.0680902;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2472;QD=24.2827;RBI=0.0916427;REFB=-0.0290011;REVB=0.061336;RO=66;SAF=44;SAR=48;SRF=49;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202115;STB=0.602245;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0284936;OID=.;OPOS=184366145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:66:68:92:92:0.575:48:44:49:17:48:44:49:19 chr4 184367558 . TCTG T 118.45 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0184414;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=3;MLLD=328.087;QD=20.5993;RBI=0.0188397;REFB=-0.0165988;REVB=0.00385348;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275703;STB=0.659716;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0152313;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:13:24:13:23:10:11:2:6:4:79:10:11:2:6:4 chr4 184368714 . T C 260.24 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0149017;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.357;QD=20.4109;RBI=0.0387718;REFB=-0.0307456;REVB=0.0357938;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113213;STB=0.563205;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0182128;OID=.;OPOS=184368714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:12:12:10:17:12:12 chr4 184426387 . C T 1324.21 PASS AF=0.457912;AO=136;DP=297;FAO=136;FDP=297;FR=.;FRO=161;FSAF=65;FSAR=71;FSRF=92;FSRR=69;FWDB=0.00078957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.737;QD=17.8345;RBI=0.00364691;REFB=-0.0449941;REVB=-0.00356041;RO=160;SAF=65;SAR=71;SRF=92;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947636;STB=0.550543;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0471164;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:160:161:136:136:0.457912:71:65:92:68:71:65:92:69 chr4 184560790 . G A 209.51 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00737653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.201;QD=9.52296;RBI=0.0113199;REFB=-0.00717313;REVB=-0.00858649;RO=60;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570635;STB=0.540605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0149472;OID=.;OPOS=184560790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:60:61:27:27:0.306818:17:10:25:35:17:10:26:35 chr4 184596309 . CT C 271.28 PASS AF=0.440415;AO=80;DP=195;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0400115;FXX=0.0102559;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2427;QD=5.62244;RBI=0.154706;REFB=0.000342852;REVB=0.149442;RO=93;SAF=49;SAR=31;SRF=60;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336792;STB=0.525343;STBP=0.54;TYPE=del;VARB=0.0304553;OID=.;OPOS=184596310;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440415:80:195:85:193:108:49:36:67:41:99:93:49:31:60:33 chr4 184596850 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2142;QD=57.175;RBI=0.0435524;REFB=0;REVB=0.0426733;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528175;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr4 184600571 . C A 487.7 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00328482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.641;QD=21.6755;RBI=0.0336741;REFB=-0.0176702;REVB=-0.0335135;RO=43;SAF=31;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135381;STB=0.574905;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0202529;OID=.;OPOS=184600571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:16:31:22:21:16:31:22:21 chr4 184600601 . A G 1510.38 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.741;QD=63.5949;RBI=0.0171246;REFB=0;REVB=0.00393481;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01873e-05;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr4 184614874 . C T 583.58 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00799856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.26;QD=19.2919;RBI=0.0096751;REFB=-0.00421659;REVB=-0.00544339;RO=61;SAF=28;SAR=32;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827324;STB=0.545642;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00445958;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:32:28:23:38:32:28:23:38 chr4 184931818 . G A 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0157906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.756;QD=13.4583;RBI=0.0159966;REFB=-0.00985003;REVB=0.0025585;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100129;STB=0.558211;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0181066;OID=.;OPOS=184931818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:17:9:7:9:17:9 chr4 185012398 . T C 298.3 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00567413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2864;QD=29.8295;RBI=0.0356384;REFB=-0.0116796;REVB=-0.0351838;RO=14;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433144;STB=0.523791;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00868946;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:11:15:9:5:11:15:9:5 chr4 185310218 . C T 187.91 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0391656;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.7072;QD=10.8931;RBI=0.0395719;REFB=-0.0373768;REVB=-0.00565619;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156158;STB=0.590286;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0294262;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:43:45:24:24:0.347826:14:10:24:19:14:10:25:20 chr4 185549217 . C T 185.76 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0063356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.046;QD=13.7601;RBI=0.021221;REFB=-0.0344425;REVB=-0.0202532;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576337;STB=0.518502;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0224278;OID=.;OPOS=185549217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:21:22:0.407407:11:10:17:15:11:11:17:15 chr4 185587165 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.631;QD=61.5361;RBI=0.0608895;REFB=0;REVB=0.00500109;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36188e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr4 185622046 . C A,T 805.67 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,55;DP=57;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028926,0.0266639;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.14,58.4548;QD=56.5383;RBI=0.0392441,0.0457333;REFB=0,0;REVB=-0.0265215,0.037156;RO=0;SAF=0,33;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151251,-0.00125658;OID=.,.;OPOS=185622046,185622046;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:57:0:0:2,55:3,54:0.0526316,0.947368:2,22:0,33:0:0:3,21:0,33:0:0 chr4 185652147 . G A 1055.08 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.459;QD=59.4411;RBI=0.0248307;REFB=0;REVB=0.00552431;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81812e-06;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:68:71:1:41:27:0:0:42:29:0:0 chr4 185678110 . A G 529.52 PASS AF=0.482759;AO=55;DP=114;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0406843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.649;QD=18.2593;RBI=0.0409446;REFB=-0.0136583;REVB=0.00460971;RO=59;SAF=30;SAR=25;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110243;STB=0.559916;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0130141;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:59:60:55:56:0.482759:25:30:39:20:25:31:40:20 chr4 185678118 . C G 1609.43 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000127145;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4553;QD=59.6085;RBI=0.077705;REFB=0;REVB=0.0777049;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110281;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:108:0:0:105:108:1:41:64:0:0:42:66:0:0 chr4 185686032 . C T 991.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3935;QD=59.1754;RBI=0.117195;REFB=0;REVB=0.11606;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517529;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:23:42:0:0:25:42:0:0 chr4 185687863 . A G 348.9 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00647957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.455;QD=22.8786;RBI=0.0754268;REFB=0.0149911;REVB=-0.075148;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757729;STB=0.541643;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00867067;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:21:14:8:18:21:14:8:18 chr4 185940952 . C G 600.69 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0219144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.599;QD=18.4828;RBI=0.051603;REFB=-0.0159779;REVB=-0.0467186;RO=67;SAF=37;SAR=25;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142588;STB=0.512566;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0216464;OID=.;OPOS=185940952;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:68:62:62:0.476923:25:37:39:28:25:37:39:29 chr4 185940991 . GAAAAA GAAAA,GAAAAG 865.41 PASS AF=0.925532,0.0744681;AO=37,16;DP=95;FAO=87,7;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38,7;FSAR=49,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.355911,0.0347732;FXX=0.0105252;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.815,9.66924;QD=36.826;RBI=0.748843,0.24398;REFB=0.0296311,0.0313927;REVB=0.658857,0.24149;RO=33;SAF=24,14;SAR=13,2;SRF=6;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0.329412,0;SSSB=0.383397,0.707119;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0160014,-0.0217205;OID=.,.;OPOS=185940992,185940996;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925532,0.0744681:37,16:95:87,7:94:0:38,7:49,0:0:0:8:33:24,14:13,2:6:27 chr4 186091487 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0156485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.204;QD=14.196;RBI=0.0185254;REFB=-0.0284805;REVB=0.00991525;RO=32;SAF=19;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276697;STB=0.660711;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0327271;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:4:19:20:12:4:19:20:12 chr4 186097045 . C T 487.56 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0164335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.384;QD=21.6693;RBI=0.0172793;REFB=-0.00393982;REVB=-0.00534012;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431439;STB=0.523799;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00358561;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:22:25:25:18:22:25:25:18 chr4 186111639 . T C 280.02 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.01512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.832;QD=12.044;RBI=0.0174895;REFB=0.0110372;REVB=0.00879019;RO=59;SAF=22;SAR=11;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237502;STB=0.642248;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0115925;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:60:33:33:0.354839:11:22:27:32:11:22:27:33 chr4 186112111 . G A 268.85 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00724118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.977;QD=22.404;RBI=0.0195037;REFB=-0.012834;REVB=0.0181097;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142568;STB=0.579768;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0139014;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:13:10:15:10:13:10 chr4 186320880 . A G 242.36 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.029831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.404;QD=14.9144;RBI=0.0301496;REFB=-0.0170706;REVB=-0.00437118;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715461;STB=0.533309;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0219293;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:12:16:18:18:12:16:19:18 chr4 186320906 . C G 201.36 PASS AF=0.428571;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00367457;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.681;QD=14.3831;RBI=0.00934524;REFB=-0.020801;REVB=-0.0085925;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160829;STB=0.57686;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0278278;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:23:24:0.428571:10:13:13:19:11:13:13:19 chr4 186339584 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.78;QD=60.9763;RBI=0.0407322;REFB=0;REVB=0.033186;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139429;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr4 186347055 . G A 77.75 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0206764;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.244;QD=12.4403;RBI=0.0289383;REFB=-0.00411114;REVB=0.0202463;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306545;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00505868;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:3:7:6:9:3:7:6:9 chr4 186357523 . C G 1049.23 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204924;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.587;QD=59.9559;RBI=0.00323956;REFB=0;REVB=-0.00250905;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115653;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr4 186361876 . A G 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.922;QD=59.4235;RBI=0.0163759;REFB=-0.0143248;REVB=0.00517385;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000117052;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr4 186379371 . G A 1287.33 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0390271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3655;QD=60.5802;RBI=0.045646;REFB=-0.0485917;REVB=-0.0236736;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000225609;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:36:48:0:0:36:48:0:1 chr4 186379735 . T C 140.64 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0026792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.851;QD=13.0823;RBI=0.00738488;REFB=-0.0245488;REVB=0.00688174;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250102;STB=0.640857;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0426382;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:27:16:16:0.372093:9:7:17:8:9:7:18:9 chr4 186391868 . T C 285.89 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=-0.00802105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.613;QD=10.3961;RBI=0.0180207;REFB=-0.0176503;REVB=-0.0161372;RO=73;SAF=14;SAR=23;SRF=24;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617178;STB=0.535582;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0407603;OID=.;OPOS=186391868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:23:14:24:49:23:14:24:49 chr4 186391898 . C T 267.88 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.0183315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.719;QD=10.0143;RBI=0.0214954;REFB=-0.0125441;REVB=0.0112252;RO=68;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725698;STB=0.504013;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0304348;OID=.;OPOS=186391898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:68:72:35:35:0.327103:24:11:21:47:24:11:23:49 chr4 186393372 . T C 213.12 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0357845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0359;QD=14.698;RBI=0.0465369;REFB=0.00817583;REVB=-0.0297514;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00489109;STB=0.509109;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0113586;OID=.;OPOS=186393372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:33:23:25:0.431034:10:13:14:11:11:14:19:14 chr4 186423637 . G A 234.15 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0475715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7402;QD=10.7653;RBI=0.0814039;REFB=-0.0148073;REVB=-0.0660571;RO=57;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707278;STB=0.534582;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0259004;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:29:29:0.333333:15:14:24:33:15:14:25:33 chr4 186507298 . AATAT AATA,AAT 634.18 PASS AF=0,1;AO=5,34;DP=42;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282571,0.0473713;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=41.8426,159.843;QD=61.8715;RBI=0.0396024,0.0735259;REFB=0,0;REVB=-0.0277468,0.0562318;RO=0;SAF=0,17;SAR=5,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000312524;OID=.,.;OPOS=186507302,186507299;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AATA,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,34:42:0,41:41:0:0,18:0,23:0:0:4:0:0,17:5,17:0:0 chr4 186528433 . T C 749.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.155;QD=55.5428;RBI=0.00730895;REFB=0;REVB=-0.00599551;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198526;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:14:39:0:0:15:39:0:0 chr4 186544435 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00665789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.386;QD=18.2489;RBI=0.00853484;REFB=-0.00758552;REVB=-0.00534005;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.558527;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00680592;OID=.;OPOS=186544435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:7:5:4:9:7:5 chr4 186631028 . T A,TA,TTA 379.62 PASS AF=0,1,0;AO=20,9,6;DP=39;FAO=0,29,0;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058077,0.016563,-0.0394561;FXX=0.0937207;HRUN=12,2,12;LEN=1,1,2;MLLD=24.4765,26.9666,24.8551;QD=52.3616;RBI=0.348265,0.114409,0.604255;REFB=0,0,0;REVB=-0.343389,0.113204,0.602965;RO=2;SAF=10,7,6;SAR=10,2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.118266,0.767694;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-0.000927227,0.00053547,-0.20621;OID=.,.,.;OPOS=186631028,186631029,186631029;OREF=T,-,-;OALT=A,A,TA;OMAPALT=A,TA,TTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:39:29:2:0:20,9,6:0,29,0:0,1,0:10,2,0:10,7,6:1:1:0,8,0:0,21,0:0:0 chr4 187004217 . C T 414.57 PASS AF=0.935484;AO=26;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0563224;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.003;QD=53.4927;RBI=0.0563417;REFB=-0.0669297;REVB=0.00147123;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00221899;OID=.;OPOS=187004217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:26:29:0.935484:16:10:1:0:18:11:1:0 chr4 187074833 . A G 1949.5 PASS AF=0.965035;AO=100;DP=138;FAO=138;FDP=143;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00590295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.952;QD=54.5316;RBI=0.0618567;REFB=-0.0853317;REVB=0.0615744;RO=0;SAF=76;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520658;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00313569;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:138:143:0:5:100:138:0.965035:24:76:0:0:58:80:0:5 chr4 187077206 . A G 1983.63 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0212537;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.708;QD=60.5688;RBI=0.0213634;REFB=-0.0591606;REVB=-0.00216286;RO=2;SAF=71;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147661;STB=0.500777;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000511744;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:58:71:1:1:58:71:1:1 chr4 187078785 . A G 3839.32 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.852;QD=63.7232;RBI=0.0582729;REFB=0;REVB=0.0456854;RO=0;SAF=146;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36136e-05;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:241:0:0:241:241:1:95:146:0:0:95:146:0:0 chr4 187078819 . C G 2582.9 PASS AF=0.912621;AO=185;DP=206;FAO=188;FDP=206;FR=.;FRO=18;FSAF=109;FSAR=79;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0783805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.249;QD=50.1534;RBI=0.0840831;REFB=-0.187899;REVB=0.0304378;RO=20;SAF=106;SAR=79;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024104;STB=0.507808;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0235371;OID=.;OPOS=187078819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:206:206:20:18:185:188:0.912621:79:106:14:6:79:109:12:6 chr4 187120211 . C A 217.23 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0414266;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.094;QD=19.7484;RBI=0.0425609;REFB=-0.0287748;REVB=-0.00976013;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370214;STB=0.626813;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0167406;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:16:20:16:17:0.386364:6:10:3:13:7:10:7:13 chr4 187122319 . T G 479.32 PASS AF=0.647059;AO=43;DP=67;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0181618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.318;QD=28.1955;RBI=0.018882;REFB=-0.0209606;REVB=0.00516534;RO=24;SAF=28;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771061;STB=0.535394;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00471989;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:24:43:44:0.647059:15:28:13:11:16:28:13:11 chr4 187122355 . T C 280.02 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.025361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.804;QD=11.9157;RBI=0.0305241;REFB=-0.0191182;REVB=-0.0169865;RO=61;SAF=19;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00228619;STB=0.501318;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.027881;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:14:19:35:26:14:19:35:26 chr4 187133576 . A C 1057.63 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.175;QD=59.5846;RBI=0.0406244;REFB=0;REVB=0.0255885;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454051;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:34:34:0:0:36:35:0:0 chr4 187158034 . G A 966.76 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000169988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3092;QD=56.8681;RBI=0.00750275;REFB=-0.13784;REVB=-0.00750082;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122684;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00200136;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:64:67:0.985294:38:26:0:1:38:29:0:1 chr4 187171427 . C A 321.23 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.000701108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.01;QD=16.265;RBI=0.0203335;REFB=-0.0212253;REVB=0.0203214;RO=44;SAF=14;SAR=21;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210022;STB=0.618024;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0237218;OID=.;OPOS=187171427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:21:14:27:17:21:14:27:17 chr4 187178473 . G A 1214.02 PASS AF=0.445993;AO=126;DP=283;FAO=128;FDP=287;FR=.;FRO=159;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=100;FSRR=59;FWDB=-0.0953241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.152;QD=16.9201;RBI=0.0961475;REFB=-0.0132664;REVB=-0.0125558;RO=157;SAF=72;SAR=54;SRF=98;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544492;STB=0.533437;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0182489;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:287:157:159:126:128:0.445993:54:72:98:59:55:73:100:59 chr4 187179210 . T C 524.62 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8007;QD=55.223;RBI=0.015494;REFB=-0.104633;REVB=-0.00743713;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.519989;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00616258;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:25:10:1:0:25:12:1:0 chr4 187509861 . G C 228.29 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0203169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2923;QD=13.8356;RBI=0.0313765;REFB=-0.0061223;REVB=-0.0239103;RO=39;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22748;STB=0.629047;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00681328;OID=.;OPOS=187509861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:12:15:13:26:12:15:13:26 chr4 187510280 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00287865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.35;QD=24.5996;RBI=0.0140878;REFB=-0.0165079;REVB=0.0137906;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142054;STB=0.578877;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0110725;OID=.;OPOS=187510280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:5:11:11:11:5:11 chr4 187516880 . A G 426.75 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00531337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.95;QD=27.5323;RBI=0.0250806;REFB=-0.0346258;REVB=0.0245114;RO=22;SAF=26;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563791;STB=0.530671;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0188088;OID=.;OPOS=187516880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:22:40:40:0.645161:14:26:16:6:14:26:16:6 chr4 187517758 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0141285;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.422;QD=15.1965;RBI=0.0252406;REFB=-0.00872757;REVB=0.0209158;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.502657;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00964078;OID=.;OPOS=187517758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:16:10:7:11:16:10 chr4 187519206 . C G 2257.53 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178695;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.243;QD=63.5923;RBI=0.0489346;REFB=0;REVB=0.048902;RO=0;SAF=73;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35263e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:142:0:0:139:142:1:66:73:0:0:69:73:0:0 chr4 187522528 . C T 512.71 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0266314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.491;QD=20.3052;RBI=0.0294514;REFB=-0.0130334;REVB=-0.012576;RO=48;SAF=32;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103152;STB=0.562476;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0174091;OID=.;OPOS=187522528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:20:32:24:24:20:32:24:25 chr4 187525020 . A C 229.24 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0408447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.118;QD=29.5799;RBI=0.0416069;REFB=-0.00836759;REVB=-0.00792736;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483279;STB=0.526723;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00555047;OID=.;OPOS=187525020;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:5:16:7:3:5:16:7:3 chr4 187531022 . A G 476.51 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00266836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.681;QD=18.6866;RBI=0.0182368;REFB=-0.0051667;REVB=0.0180406;RO=52;SAF=30;SAR=20;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109827;STB=0.560646;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00602521;OID=.;OPOS=187531022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:52:50:50:0.490196:20:30:37:15:20:30:37:15 chr4 187534363 . G A 701.18 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=162;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=0.0186561;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.085;QD=17.4205;RBI=0.0193969;REFB=-0.00215003;REVB=0.00530963;RO=82;SAF=30;SAR=45;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141683;STB=0.578926;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00182258;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:82:86:75:75:0.465839:45:30:45:37:45:30:47:39 chr4 187538942 . T G 514.6 PASS AF=0.422222;AO=56;DP=135;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00194048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6403;QD=15.2473;RBI=0.010744;REFB=-0.00423043;REVB=-0.0105673;RO=68;SAF=24;SAR=32;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184507;STB=0.586747;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00409081;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:78:56:57:0.422222:32:24:42:26:32:25:46:32 chr4 187542755 . T C 376.41 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00479525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.371;QD=16.0173;RBI=0.0328031;REFB=-0.031758;REVB=0.0324507;RO=54;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118337;STB=0.506663;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0272283;OID=.;OPOS=187542755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:16:24:33:21:16:24:33:21 chr4 187557893 . T C 975.79 PASS AF=0.567073;AO=92;DP=163;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0100521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7492;QD=23.7998;RBI=0.0641586;REFB=-0.0274952;REVB=0.0633662;RO=71;SAF=62;SAR=30;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143177;STB=0.573897;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0249358;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:71:71:92:93:0.567073:30:62:36:35:31:62:36:35 chr4 187627791 . CT C,CC 758.9 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=7,47;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567879,0.0609057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.591,142.222;QD=56.2145;RBI=0.0596452,0.0632912;REFB=0,0;REVB=-0.0182397,-0.0172124;RO=0;SAF=7,27;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00917529,-0.000399486;OID=.,.;OPOS=187627792,187627792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:7,47:54:1,53:54:0:1,33:0,20:0:0:3:0:7,27:0,20:0:0 chr4 187628398 . C G 1476.42 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306814;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.664;QD=63.5018;RBI=0.0340112;REFB=0;REVB=0.0338725;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167904;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr4 187629140 . G C 768.48 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0127268;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.503;QD=52.1003;RBI=0.0151962;REFB=-0.155132;REVB=0.00830374;RO=3;SAF=35;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038716;STB=0.520541;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00258987;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:59:3:3:56:56:0.949153:21:35:3:0:21:35:3:0 chr4 187630590 . G A 1387.5 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000564445;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.809;QD=63.0682;RBI=0.0243086;REFB=0;REVB=0.0243021;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43464e-05;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:31:56:0:0:31:57:0:0 chr4 188924979 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.691;QD=51.9167;RBI=0.0264743;REFB=0;REVB=-0.00476461;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47212e-05;OID=.;OPOS=188924979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 1001.52 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=72;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127927;FXX=0.0416609;HRUN=0;LEN=3;MLLD=318.05;QD=58.0591;RBI=0.0176266;REFB=-0.00170859;REVB=-0.0121262;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122819;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=2.4733e-05;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985507:67:72:68:69:1:33:35:1:0:3:2:32:35:1:1 chr4 189012728 . G C 1688.24 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00367947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.885;QD=60.2944;RBI=0.00569948;REFB=0;REVB=-0.00435266;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57894e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:49:61:0:0:49:63:0:0 chr4 189012809 . C T 1102.5 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.744;QD=58.8002;RBI=0.0391201;REFB=0.0673327;REVB=0.0160865;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160326;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000516839;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:0:1:29:45:0:1 chr4 189022324 . C T 1567.65 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.309;QD=63.9858;RBI=0.0190287;REFB=0;REVB=0.00789212;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00109e-05;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:46:51:0:0:47:51:0:0 chr4 189042746 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00154671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.391;QD=17.089;RBI=0.0141545;REFB=-0.0138862;REVB=0.0140697;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0164166;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:12:16:14:11:12:16 chr4 189060983 . G C 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.078791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7115;QD=21.8819;RBI=0.080057;REFB=-0.0259766;REVB=-0.0141814;RO=27;SAF=21;SAR=13;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309566;STB=0.670326;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0250289;OID=.;OPOS=189060983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:13:21:6:21:13:21:6:21 chr4 190630778 . GC AT 1712.74 PASS AF=0.640693;AO=147;DP=232;FAO=148;FDP=231;FR=.;FRO=83;FSAF=102;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=21;FWDB=-0.0253928;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.006;QD=29.6579;RBI=0.0254836;REFB=-0.0411023;REVB=-0.00214946;RO=75;SAF=101;SAR=46;SRF=61;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962162;STB=0.524687;STBP=0.348;TYPE=mnp;VARB=0.0209153;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:75:83:147:148:0.640693:46:101:61:14:46:102:62:21 chr4 190630786 . A G 1855.21 PASS AF=0.637097;AO=157;DP=247;FAO=158;FDP=248;FR=.;FRO=90;FSAF=105;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=28;FWDB=0.024454;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.344;QD=29.9227;RBI=0.0251675;REFB=-0.0379552;REVB=-0.00595046;RO=89;SAF=104;SAR=53;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173766;STB=0.509966;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0179458;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:89:90:157:158:0.637097:53:104:61:28:53:105:62:28 chr4 190630805 . G C 144.31 PASS AF=0.130268;AO=34;DP=260;FAO=34;FDP=261;FR=.;FRO=227;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=147;FSRR=80;FWDB=-0.046966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6549;QD=2.21169;RBI=0.0791117;REFB=-0.000674364;REVB=0.0636621;RO=226;SAF=25;SAR=9;SRF=146;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130826;STB=0.589661;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00551002;OID=.;OPOS=190630805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:261:226:227:34:34:0.130268:9:25:146:80:9:25:147:80 chr4 190815066 . CA C,CG 380.35 PASS AF=0.714286,0.285714;AO=17,14;DP=31;FAO=20,8;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655883,0.0404811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.1987,75.582;QD=54.336;RBI=0.06977,0.0468895;REFB=0,0;REVB=-0.0237913,-0.0236623;RO=0;SAF=9,7;SAR=8,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0166376,-0.0189954;OID=.,.;OPOS=190815067,190815067;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.285714:17,14:31:20,8:28:0:11,5:9,3:0:0:20:0:9,7:8,7:0:0 chr4 190874206 . T A 131.94 PASS AF=0.177778;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=135;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=38;FWDB=0.00934911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.638;QD=3.90937;RBI=0.013304;REFB=-0.00147456;REVB=-0.00946522;RO=111;SAF=17;SAR=7;SRF=73;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744988;STB=0.548346;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00234791;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:111:111:24:24:0.177778:7:17:73:38:7:17:73:38 chr4 190874234 . C T 151.18 PASS AF=0.170588;AO=29;DP=170;FAO=29;FDP=170;FR=.;FRO=141;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=95;FSRR=46;FWDB=-0.0095796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.951;QD=3.55706;RBI=0.00976512;REFB=-0.00546453;REVB=-0.00189443;RO=141;SAF=21;SAR=8;SRF=95;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765311;STB=0.549916;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0259063;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:141:141:29:29:0.170588:8:21:95:46:8:21:95:46 chr4 190874255 . A T 203.43 PASS AF=0.210227;AO=31;DP=170;FAO=37;FDP=176;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=92;FSRR=47;FWDB=-0.0141894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.996;QD=4.62345;RBI=0.0171183;REFB=-0.00753199;REVB=-0.00957582;RO=138;SAF=21;SAR=10;SRF=92;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156329;STB=0.537399;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0411513;OID=.;OPOS=190874255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:176:138:139:31:37:0.210227:10:21:92:46:11:26:92:47 chr4 190874256 . C T 41.93 PASS AF=0.0795455;AO=14;DP=176;FAO=14;FDP=176;FR=.;FRO=162;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=110;FSRR=52;FWDB=-0.0101326;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.116;QD=0.952851;RBI=0.0346493;REFB=-0.00344199;REVB=-0.0331346;RO=161;SAF=9;SAR=5;SRF=109;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433234;STB=0.536952;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0315161;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:176:176:161:162:14:14:0.0795455:5:9:109:52:5:9:110:52 chr4 190874290 . T A 268.5 PASS AF=0.230769;AO=42;DP=182;FAO=42;FDP=182;FR=.;FRO=140;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=97;FSRR=43;FWDB=0.0078502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.309;QD=5.90112;RBI=0.0162055;REFB=-0.00422159;REVB=0.0141772;RO=140;SAF=26;SAR=16;SRF=97;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102674;STB=0.561936;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0105043;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:140:140:42:42:0.230769:16:26:97:43:16:26:97:43 chr4 190876192 . A C 107.95 PASS AF=0.161538;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=130;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=70;FSRR=39;FWDB=-0.0322176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.363;QD=3.32147;RBI=0.0367208;REFB=-0.00101749;REVB=0.0176195;RO=106;SAF=8;SAR=13;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311319;STB=0.708909;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00555756;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:106:109:21:21:0.161538:13:8:67:39:13:8:70:39 chr4 190876195 . C T 411.68 PASS AF=0.360294;AO=49;DP=136;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=-0.0235793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.172;QD=12.1082;RBI=0.0265028;REFB=-0.000394155;REVB=-0.0121003;RO=86;SAF=25;SAR=24;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171898;STB=0.593092;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000639582;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:87:49:49:0.360294:24:25:57:29:24:25:57:30 chr4 190876196 . G A 98.64 PASS AF=0.148148;AO=21;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0033998;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.599;QD=2.92266;RBI=0.0153188;REFB=-0.00499687;REVB=-0.0149368;RO=111;SAF=17;SAR=4;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345257;STB=0.720847;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0151898;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:135:135:111:115:21:20:0.148148:4:17:63:48:4:16:66:49 chr4 190876204 . G A 819.3 PASS AF=0.596774;AO=68;DP=133;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00053485;FXX=0.107906;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1921;QD=26.429;RBI=0.0505428;REFB=-0.0278713;REVB=0.0505399;RO=49;SAF=41;SAR=27;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040616;STB=0.538348;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00738575;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:124:49:50:68:74:0.596774:27:41:32:17:32:42:33:17 chr4 190876242 . G A 1495.44 PASS AF=0.690608;AO=125;DP=182;FAO=125;FDP=181;FR=.;FRO=56;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0116747;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5171;QD=33.0485;RBI=0.0580277;REFB=-0.0114489;REVB=-0.0568411;RO=55;SAF=72;SAR=53;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339716;STB=0.504212;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00528153;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:55:56:125:125:0.690608:53:72:32:23:53:72:33:23 chr4 190876256 . C T 138.63 PASS AF=0.157303;AO=28;DP=178;FAO=28;FDP=178;FR=.;FRO=150;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=84;FSRR=66;FWDB=-0.0688729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.433;QD=3.11524;RBI=0.0695642;REFB=-0.00337335;REVB=-0.00978306;RO=149;SAF=18;SAR=10;SRF=83;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113767;STB=0.572811;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0271968;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:149:150:28:28:0.157303:10:18:83:66:10:18:84:66 chr4 190876263 . A T 52.34 PASS AF=0.0893855;AO=16;DP=179;FAO=16;FDP=179;FR=.;FRO=163;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=90;FSRR=73;FWDB=-0.0136401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=1.16962;RBI=0.0279023;REFB=-0.00267831;REVB=-0.024341;RO=162;SAF=11;SAR=5;SRF=89;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167384;STB=0.629327;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0287262;OID=.;OPOS=190876263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:179:179:162:163:16:16:0.0893855:5:11:89:73:5:11:90:73 chr4 190876269 . T C 41.9 PASS AF=0.0795455;AO=14;DP=175;FAO=14;FDP=176;FR=.;FRO=162;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.003163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.582;QD=0.952327;RBI=0.00662305;REFB=-0.00202802;REVB=0.00581895;RO=161;SAF=10;SAR=4;SRF=89;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190542;STB=0.660139;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0258006;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:175:176:161:162:14:14:0.0795455:4:10:89:72:4:10:89:73 chr4 190876278 . G A 133.54 PASS AF=0.156977;AO=27;DP=172;FAO=27;FDP=172;FR=.;FRO=145;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=67;FWDB=-0.013854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.419;QD=3.10564;RBI=0.0189394;REFB=0.00045059;REVB=-0.0129139;RO=145;SAF=17;SAR=10;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.5794;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.00260604;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:145:145:27:27:0.156977:10:17:78:67:10:17:78:67 chr4 190876293 . C A 137.47 PASS AF=0.163636;AO=27;DP=165;FAO=27;FDP=165;FR=.;FRO=138;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.0667255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8238;QD=3.33257;RBI=0.0881002;REFB=0.00694698;REVB=-0.057527;RO=137;SAF=17;SAR=10;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126509;STB=0.586142;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0442407;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:137:138:27:27:0.163636:10:17:73:64:10:17:73:65 chr4 190878563 . C A 44.28 PASS AF=0.100917;AO=10;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0233621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4903;QD=1.62488;RBI=0.0284718;REFB=-0.00735129;REVB=-0.0162744;RO=94;SAF=4;SAR=6;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116633;STB=0.531715;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.049221;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:94:98:10:11:0.100917:6:4:47:47:6:5:48:50 chr4 190878597 . C T 213.49 PASS AF=0.269565;AO=31;DP=116;FAO=31;FDP=115;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0186913;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.045;QD=7.42557;RBI=0.0394633;REFB=-0.0143593;REVB=-0.0347561;RO=84;SAF=17;SAR=14;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145711;STB=0.586804;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0311167;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:84:84:31:31:0.269565:14:17:36:48:14:17:36:48 chr4 190878654 . C G 66.98 PASS AF=0.157303;AO=11;DP=88;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0687154;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3697;QD=3.01018;RBI=0.10426;REFB=-0.0103612;REVB=-0.078411;RO=73;SAF=5;SAR=6;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137963;STB=0.532421;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0468717;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:89:73:75:11:14:0.157303:6:5:34:39:8:6:35:40 chr4 190906025 . G A 434.91 PASS AF=0.353333;AO=52;DP=148;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=60;FSRR=37;FWDB=-0.0224652;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.243;QD=11.5975;RBI=0.0233209;REFB=-0.0325164;REVB=0.00625912;RO=96;SAF=43;SAR=9;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314138;STB=0.662337;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0457764;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:150:96:97:52:53:0.353333:9:43:59:37:10:43:60:37 chr4 190936390 . G T 38.85 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0392912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.443;QD=1.25317;RBI=0.0398509;REFB=0.000656273;REVB=0.00665509;RO=113;SAF=7;SAR=4;SRF=54;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181592;STB=0.643536;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.00950038;OID=.;OPOS=190936390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:113:113:11:11:0.0887097:4:7:54:59:4:7:54:59 chr5 163260 . A C 662.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.54;QD=61.6698;RBI=0.0485797;REFB=0;REVB=-0.00117896;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100947;OID=.;OPOS=163260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:19:24:0:0 chr5 256451 . C T 851.5 PASS AF=0.538462;AO=84;DP=156;FAO=84;FDP=156;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.022139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.315;QD=21.8334;RBI=0.0225456;REFB=-0.0275071;REVB=0.00426269;RO=72;SAF=37;SAR=47;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120356;STB=0.565818;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0146097;OID=.;OPOS=256451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:72:72:84:84:0.538462:47:37:42:30:47:37:42:30 chr5 367969 . G A 1235.84 PASS AF=0.580311;AO=110;DP=190;FAO=112;FDP=193;FR=.;FRO=81;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00885402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.377;QD=25.6132;RBI=0.00916395;REFB=-0.0137337;REVB=0.00236311;RO=80;SAF=72;SAR=38;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665806;STB=0.533591;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00765991;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:80:81:110:112:0.580311:38:72:46:34:40:72:46:35 chr5 422873 . C T 291.44 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00966652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.82;QD=19.4294;RBI=0.0136733;REFB=-0.0071945;REVB=-0.0096704;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289383;STB=0.500538;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00738616;OID=.;OPOS=422873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:14:16:14:14:15:16:15:14 chr5 422955 . C G 280.15 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0208591;FXX=0.0327815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1346;QD=18.9934;RBI=0.051486;REFB=-0.0455947;REVB=0.0470713;RO=24;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143399;STB=0.574922;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0429077;OID=.;OPOS=422955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:24:29:29:30:0.508475:16:13:15:9:17:13:17:12 chr5 453567 . G A 284.0 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0329351;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0085;QD=24.1698;RBI=0.037194;REFB=-0.0482478;REVB=-0.0172821;RO=21;SAF=22;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248016;STB=0.597742;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0584843;OID=.;OPOS=453567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:21:25:26:0.553191:3:22:15:6:4:22:15:6 chr5 462465 . C A 1574.59 PASS AF=0.57874;AO=146;DP=254;FAO=147;FDP=254;FR=.;FRO=107;FSAF=86;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.00240635;FXX=0.00392141;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.355;QD=24.7967;RBI=0.0144104;REFB=-0.0396218;REVB=0.0142081;RO=104;SAF=86;SAR=60;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991238;STB=0.558011;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0221226;OID=.;OPOS=462465;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:104:107:146:147:0.57874:60:86:48:56:61:86:48:59 chr5 472951 . T C 765.48 PASS AF=0.5;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=148;FR=.;FRO=74;FSAF=64;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=0.00220063;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.735;QD=20.6886;RBI=0.0513843;REFB=0.000206408;REVB=-0.0513371;RO=74;SAF=64;SAR=10;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263643;STB=0.647409;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000205784;OID=.;OPOS=472951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:74:74:74:74:0.5:10:64:51:23:10:64:51:23 chr5 472952 . T G 35.02 PASS AF=0.0503597;AO=7;DP=140;FAO=7;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=124;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=96;FSRR=28;FWDB=-0.00858494;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3268;QD=1.00771;RBI=0.0900477;REFB=-0.00395237;REVB=-0.0896375;RO=96;SAF=5;SAR=2;SRF=78;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148955;STB=0.57367;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0951799;OID=.;OPOS=472952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:140:139:96:124:7:7:0.0503597:2:5:78:18:2:5:96:28 chr5 475104 . A G 653.08 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=49;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.000511037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.97;QD=23.9662;RBI=0.0331317;REFB=-0.0207091;REVB=-0.0331277;RO=46;SAF=49;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187686;STB=0.603098;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0150763;OID=.;OPOS=475104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:63:63:0.577982:14:49:27:19:14:49:27:19 chr5 482186 . C G 1097.21 PASS AF=0.683824;AO=91;DP=134;FAO=93;FDP=136;FR=.;FRO=43;FSAF=71;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0567259;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8656;QD=32.2709;RBI=0.0853792;REFB=-0.0553297;REVB=0.0638105;RO=43;SAF=69;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065552;STB=0.546712;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0270928;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:43:43:91:93:0.683824:22:69:29:14:22:71:28:15 chr5 601966 . T A 3819.7 PASS AF=1;AO=239;DP=242;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249765;FXX=0.00826412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2261;QD=63.6617;RBI=0.0317308;REFB=0;REVB=0.0195709;RO=0;SAF=126;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10758e-05;OID=.;OPOS=601966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:242:240:0:0:239:240:1:113:126:0:0:113:127:0:0 chr5 741736 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.813;QD=39.2068;RBI=0.0805461;REFB=0;REVB=-0.0785118;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000752889;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr5 745306 . A C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.130536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.634;QD=36.3474;RBI=0.1369;REFB=-0.0292234;REVB=0.0412575;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00250378;OID=.;OPOS=745306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:7:4:0:0:7:4:1:0 chr5 766910 . C T 4308.03 PASS AF=1;AO=275;DP=279;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010792;FXX=0.0143364;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.731;QD=62.6622;RBI=0.0130788;REFB=-0.128632;REVB=0.00738848;RO=2;SAF=176;SAR=99;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152622;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:279:275:2:0:275:275:1:99:176:2:0:99:176:0:0 chr5 767033 . A C 1794.9 PASS AF=1;AO=105;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031865;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.957;QD=61.364;RBI=0.0607463;REFB=0;REVB=0.0517178;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259106;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:105:117:1:40:65:0:0:49:68:0:0 chr5 837556 . T G 114.78 PASS AF=0.113879;AO=30;DP=280;FAO=32;FDP=281;FR=.;FRO=249;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=143;FSRR=106;FWDB=0.0406364;FXX=0.00706689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.503;QD=1.63385;RBI=0.0412926;REFB=-0.00210547;REVB=0.00733191;RO=250;SAF=11;SAR=19;SRF=144;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25343;STB=0.645804;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0180292;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:250:249:30:32:0.113879:19:11:144:106:19:13:143:106 chr5 840342 . A G 881.95 PASS AF=0.390152;AO=102;DP=263;FAO=103;FDP=264;FR=.;FRO=161;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=92;FSRR=69;FWDB=0.00248935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.383;QD=13.3628;RBI=0.0192517;REFB=-0.0249385;REVB=-0.01909;RO=160;SAF=58;SAR=44;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000135628;STB=0.500864;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0313594;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:264:160:161:102:103:0.390152:44:58:91:69:44:59:92:69 chr5 840506 . C T 49.89 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.000190045;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.397;QD=2.73372;RBI=0.00362199;REFB=-0.00470481;REVB=-0.003617;RO=61;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118571;STB=0.576326;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0321632;OID=.;OPOS=840506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:75:73:61:63:10:10:0.136986:6:4:19:42:6:4:20:43 chr5 843723 . C A 483.76 PASS AF=0.376712;AO=55;DP=147;FAO=55;FDP=146;FR=.;FRO=91;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.0238826;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.322;QD=13.2537;RBI=0.0242676;REFB=-0.0252667;REVB=0.00430609;RO=90;SAF=34;SAR=21;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586739;STB=0.53041;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0417706;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:90:91:55:55:0.376712:21:34:51:39:21:34:52:39 chr5 843815 . C T 255.72 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00731855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.502;QD=15.7365;RBI=0.0109181;REFB=-0.029604;REVB=0.00810203;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147217;STB=0.501638;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0378681;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:12:17:20:15:12:17:21:15 chr5 878525 . T A 255.39 PASS AF=0.150685;AO=55;DP=366;FAO=55;FDP=365;FR=.;FRO=310;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=204;FSRR=106;FWDB=-0.0559158;FXX=0.00273217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.974;QD=2.79879;RBI=0.0571786;REFB=-0.00480093;REVB=-0.0119503;RO=310;SAF=16;SAR=39;SRF=204;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448947;STB=0.787064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0260452;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:366:365:310:310:55:55:0.150685:39:16:204:106:39:16:204:106 chr5 1036900 . C T 1518.35 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319465;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.127;QD=58.3982;RBI=0.0355433;REFB=-0.06438;REVB=0.0155805;RO=1;SAF=41;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114312;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000595336;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:104:1:1:102:103:0.990385:61:41:1:0:62:41:1:0 chr5 1036962 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.733;QD=56.9565;RBI=0.0477622;REFB=0;REVB=0.0400966;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039496;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr5 1038526 . A G 282.39 PASS AF=0.92;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0320418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=45.1822;RBI=0.116712;REFB=-0.21965;REVB=0.112228;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.541631;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00861065;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:23:25:1:2:22:23:0.92:10:12:0:1:11:12:0:2 chr5 1052359 . G GT 1131.6 PASS AF=1;AO=24;DP=222;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484786;FXX=0.483849;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.757;QD=40.4144;RBI=0.0484786;REFB=0;REVB=-3.48774e-05;RO=192;SAF=0;SAR=24;SRF=117;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.711085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000849801;OID=.;OPOS=1052360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:222:112:112:0:112:0:0:0:8:192:0:24:117:75 chr5 1052360 . C T 3361.11 PASS AF=1;AO=186;DP=212;FAO=216;FDP=216;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=116;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680801;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0115;QD=62.2428;RBI=0.0749703;REFB=-0.00588694;REVB=0.031395;RO=1;SAF=111;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002522;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:216:1:0:186:216:1:75:111:1:0:100:116:0:0 chr5 1060507 . C T 1180.34 PASS AF=0.534884;AO=113;DP=213;FAO=115;FDP=215;FR=.;FRO=100;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=0.00623803;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.404;QD=21.9598;RBI=0.0151446;REFB=-0.0248789;REVB=0.0138003;RO=98;SAF=60;SAR=53;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901507;STB=0.504868;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0252836;OID=.;OPOS=1060507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:215:98:100:113:115:0.534884:53:60:51:47:54:61:52:48 chr5 1065399 . C T 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.055;QD=61.5363;RBI=0.0256002;REFB=0;REVB=0.0253286;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96116e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:24:56:0:0:25:56:0:0 chr5 1081702 . A G 453.94 PASS AF=0.347561;AO=57;DP=164;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.029335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2314;QD=11.0716;RBI=0.0379328;REFB=-0.0292577;REVB=-0.024049;RO=105;SAF=29;SAR=28;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495255;STB=0.521732;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0657465;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:105:107:57:57:0.347561:28:29:58:47:28:29:58:49 chr5 1081767 . C T 1494.14 PASS AF=0.679348;AO=124;DP=188;FAO=125;FDP=184;FR=.;FRO=59;FSAF=72;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.00404257;FXX=0.0212755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.888;QD=32.4814;RBI=0.018087;REFB=-0.0530079;REVB=0.0176295;RO=59;SAF=72;SAR=52;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606989;STB=0.533808;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0171627;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:184:59:59:124:125:0.679348:52:72:40:19:53:72:40:19 chr5 1201806 . G A 695.72 PASS AF=0.577586;AO=50;DP=118;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00084698;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.181;QD=23.9903;RBI=0.0100165;REFB=-0.0135711;REVB=-0.00998061;RO=40;SAF=47;SAR=3;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523626;STB=0.579332;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0129835;OID=.;OPOS=1201806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:40:49:50:67:0.577586:3:47:25:15:16:51:30:19 chr5 1216775 . A G 2966.24 PASS AF=0.989529;AO=188;DP=191;FAO=189;FDP=191;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00388645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4028;QD=62.1202;RBI=0.0112993;REFB=-0.00643791;REVB=0.0106098;RO=2;SAF=94;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500028;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=6.2971e-05;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:191:2:2:188:189:0.989529:94:94:1:1:94:95:1:1 chr5 1225613 . G A 894.51 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143032;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.545;QD=55.9069;RBI=0.0274499;REFB=-0.0570989;REVB=0.0234289;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000996127;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:62:63:0.984375:26:36:0:1:27:36:0:1 chr5 1225626 . T A 1237.7 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.52;QD=61.1212;RBI=0.0325606;REFB=0;REVB=-0.0309072;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187334;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr5 1225687 . CT CG,TC 1436.23 PASS AF=0.102804,0.869159;AO=9,89;DP=106;FAO=11,93;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=2,50;FSAR=9,43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00215559,0.00366492;FXX=0.0092584;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=165.083,231.311;QD=53.6908;RBI=0.0415983,0.063142;REFB=-0.0748541,-0.183764;REVB=-0.0415424,0.0630355;RO=0;SAF=1,50;SAR=8,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.571311,0.51685;STBP=0.619,0.077;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0228682,0.00174327;OID=.,.;OPOS=1225688,1225687;OREF=T,CT;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:106:107:0:3:9,89:11,93:0.102804,0.869159:8,39:1,50:0:0:9,43:2,50:0:3 chr5 1225703 . A G 1763.56 PASS AF=0.991597;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00444146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.928;QD=59.2793;RBI=0.00690766;REFB=0.00733191;REVB=0.00529048;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.504132;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-8.00207e-06;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:119:0:1:115:118:0.991597:57:58:0:0:58:60:1:0 chr5 1364439 . T C 378.33 PASS AF=0.353846;AO=19;DP=131;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00307845;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.002;QD=11.641;RBI=0.00823796;REFB=-0.00165025;REVB=0.00764115;RO=75;SAF=2;SAR=17;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622833;STB=0.532096;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0025983;OID=.;OPOS=1364439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:75:84:19:46:0.353846:17:2:45:30:17:29:49:35 chr5 1463196 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 190.35 PASS AF=0.52,0.04,0;AO=13,6,2;DP=49;FAO=26,2,0;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=22,1,0;FSAR=4,1,0;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.00512537,0.0931838,0.107306;FXX=0.0384541;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=16.3438,8.86759,8.66443;QD=15.2281;RBI=0.118946,0.160653,0.109204;REFB=-0.0107183,-0.0714956,-0.0672567;REVB=0.118836,0.130867,0.0202689;RO=17;SAF=12,6,2;SAR=1,0,0;SRF=16;SRR=1;SSEN=0.391304,0.391304,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0666657,0.633843,0.394761;STB=0.559958,0.873354,0.5;STBP=0.564,0.765,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0345829,0.104743,0;OID=.,.,.;OPOS=1463202,1463197,1463202;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0.04,0:13,6,2:49:26,2,0:50:22:22,1,0:4,1,0:20:2:99:17:12,6,2:1,0,0:16:1 chr5 1466919 . G A 470.85 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=0.0223014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.589;QD=12.989;RBI=0.0239614;REFB=-0.00180343;REVB=0.00876328;RO=90;SAF=25;SAR=29;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040951;STB=0.500899;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00261741;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:90:91:54:54:0.372414:29:25:42:48:29:25:42:49 chr5 1494909 . C T 1115.73 PASS AF=0.657718;AO=98;DP=151;FAO=98;FDP=149;FR=.;FRO=51;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0222559;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.101;QD=29.9525;RBI=0.0263307;REFB=-0.0467059;REVB=0.0140706;RO=50;SAF=57;SAR=41;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647321;STB=0.53855;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0216731;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:50:51:98:98:0.657718:41:57:24:26:41:57:24:27 chr5 1814783 . T C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0277908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0622;QD=16.4148;RBI=0.0357089;REFB=-0.0342267;REVB=-0.0224231;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.624812;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0052186;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:8:8:4:10:8:8 chr5 1880865 . T C 622.7 PASS AF=0.404494;AO=69;DP=176;FAO=72;FDP=178;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.00261424;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.365;QD=13.9933;RBI=0.0227793;REFB=-0.00616396;REVB=-0.0226288;RO=105;SAF=43;SAR=26;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140034;STB=0.573042;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00996111;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:105:106:69:72:0.404494:26:43:52:53:28:44:52:54 chr5 2184901 . C T 1059.31 PASS AF=0.575581;AO=99;DP=172;FAO=99;FDP=172;FR=.;FRO=73;FSAF=66;FSAR=33;FSRF=55;FSRR=18;FWDB=0.0169301;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.097;QD=24.635;RBI=0.0182036;REFB=-0.0309235;REVB=-0.00668899;RO=72;SAF=66;SAR=33;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748026;STB=0.542593;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0223891;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:72:73:99:99:0.575581:33:66:54:18:33:66:55:18 chr5 2749057 . C A 67.29 PASS AF=0.45;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0108707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.087;QD=13.4578;RBI=0.0314796;REFB=-0.0103269;REVB=0.0295431;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0369853;OID=.;OPOS=2749057;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:20:20:11:11:7:9:0.45:5:2:6:5:6:3:6:5 chr5 3600334 . T C 2761.0 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505876;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.392;QD=62.75;RBI=0.0506255;REFB=0;REVB=-0.0503722;RO=0;SAF=104;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16184e-05;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:72:104:0:0:72:104:0:0 chr5 3610658 . T C 1785.69 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00421577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9957;QD=59.5231;RBI=0.0210286;REFB=-0.0729356;REVB=0.0206017;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940386;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000526718;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:117:119:0.991667:50:67:0:1:50:69:0:1 chr5 5140632 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.137;QD=37.4885;RBI=0.050464;REFB=0;REVB=-0.0202686;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031484;OID=.;OPOS=5140632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr5 5146335 . C G 670.89 PASS AF=0.540984;AO=65;DP=118;FAO=66;FDP=122;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0822192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1428;QD=21.9963;RBI=0.0827794;REFB=0.00647692;REVB=-0.00961473;RO=52;SAF=27;SAR=38;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147027;STB=0.598781;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00673678;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:122:52:56:65:66:0.540984:38:27:31:21:39:27:35:21 chr5 5146377 . T C 692.34 PASS AF=0.589286;AO=60;DP=106;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0171746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.88;QD=24.7264;RBI=0.0192017;REFB=-0.0217485;REVB=-0.00858699;RO=46;SAF=32;SAR=28;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955204;STB=0.550531;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0218966;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:112:46:46:60:66:0.589286:28:32:30:16:31:35:30:16 chr5 5146395 . A G 373.78 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00828133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.343;QD=13.5919;RBI=0.023726;REFB=-0.0143921;REVB=-0.0222338;RO=66;SAF=27;SAR=17;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746339;STB=0.542288;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0167416;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:17:27:36:30:17:27:36:30 chr5 5182385 . CAAA CAACA,CA,CACA,C 196.97 PASS AF=0.352941,0.529412,0.117647,0;AO=4,7,4,2;DP=17;FAO=6,9,2,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0;FSAR=6,9,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0;FXX=0;HRUN=0,4,4,4;LEN=1,2,1,3;MLLD=122.66,33.4109,112.753,15.166;QD=46.3465;RBI=0.0308172,0.000157173,0.0383658,0.000347408;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0308172,0.000157173,-0.0383658,-0.000347408;RO=0;SAF=0,0,0,0;SAR=4,7,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,snp,del;VARB=0.0856852,0.0320389,0.00935511,0.0934069;OID=.,.,.,.;OPOS=5182388,5182386,5182387,5182386;OREF=-,AA,A,AAA;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CAACA,CA,CACA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.529412,0.117647,0:4,7,4,2:17:6,9,2,0:17:0:0,0,0,0:6,9,2,0:0:0:31:0:0,0,0,0:4,7,4,2:0:0 chr5 5200281 . C T 1141.11 PASS AF=0.987013;AO=60;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.275;QD=59.2786;RBI=0.00916684;REFB=0;REVB=-0.00641114;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43251e-05;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:0:60:76:0.987013:28:32:0:0:39:37:0:0 chr5 5209210 . G A 77.17 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0913443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.655;QD=4.67668;RBI=0.0992898;REFB=-0.0187756;REVB=-0.0389189;RO=52;SAF=6;SAR=7;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16642;STB=0.598005;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0419806;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:52:53:13:13:0.19697:7:6:31:21:7:6:31:22 chr5 5447607 . A G 612.47 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=0.0186496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.001;QD=24.0185;RBI=0.0242831;REFB=-0.0142935;REVB=0.0155519;RO=42;SAF=40;SAR=19;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536574;STB=0.532699;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.010585;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:43:59:59:0.578431:19:40:31:11:19:40:32:11 chr5 5457724 . ATTTTTT ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT 238.3 PASS AF=0.155172,0.0344828,0.568966;AO=5,6,20;DP=59;FAO=9,2,33;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=9,1,8;FSAR=0,1,25;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0462807,-0.0478959,-0.0872657;FXX=0.0333278;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=140.421,13.2543,9.02752;QD=16.4345;RBI=0.0570277,0.0485057,0.0887249;REFB=-0.0155517,-0.0228426,-0.0478417;REVB=-0.0333205,-0.00766746,-0.0160251;RO=16;SAF=5,3,0;SAR=0,3,20;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.656709,-0.2144,-0.855964;STB=0.99816,0.685895,0.65972;STBP=0.042,0.707,0.011;TYPE=snp,del,del;VARB=0.168862,-0.0385326,0.0549589;OID=.,.,.;OPOS=5457730,5457725,5457725;OREF=T,TT,T;OALT=A,-,-;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTT,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.155172,0.0344828,0.568966:5,6,20:59:9,2,33:58:14:9,1,8:0,1,25:10:4:33:16:5,3,0:0,3,20:11:5 chr5 5460569 . C T 861.22 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00129838;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9522;QD=56.4737;RBI=0.00721855;REFB=0.100126;REVB=-0.00710082;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00159433;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr5 5460619 . G C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.668;QD=58.7776;RBI=0.0464806;REFB=0;REVB=0.0418352;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177614;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr5 5462148 . G A 523.77 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043232;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.217;QD=59.8597;RBI=0.0451233;REFB=0;REVB=0.0129267;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167246;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr5 5462607 . A G 315.04 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0125104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.102;QD=17.5022;RBI=0.0239243;REFB=-0.0133215;REVB=-0.0203927;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744624;STB=0.541642;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0113475;OID=.;OPOS=5462607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:22:16:17:17:22:16 chr5 5462620 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00724738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.676;QD=16.2363;RBI=0.0195386;REFB=-0.00233359;REVB=0.0181448;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107749;STB=0.560566;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00346233;OID=.;OPOS=5462620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:22:14:15:15:22:14 chr5 6600150 . G A 489.72 PASS AF=0.375796;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=157;FR=.;FRO=98;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.00107504;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=12.4768;RBI=0.00154559;REFB=-0.0168445;REVB=-0.00111047;RO=96;SAF=32;SAR=27;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103009;STB=0.55812;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0377493;OID=.;OPOS=6600150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:98:59:59:0.375796:27:32:43:53:27:32:44:54 chr5 6602544 . T C 1740.33 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6981;QD=60.5333;RBI=0.0146494;REFB=0;REVB=-0.00240943;RO=0;SAF=60;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82561e-05;OID=.;OPOS=6602544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:55:60:0:0:55:60:0:0 chr5 6645016 . A G 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.009;QD=62.0114;RBI=0.0607362;REFB=0;REVB=0.0305555;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504695;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr5 6651970 . A G 492.56 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00600124;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.132;QD=19.9015;RBI=0.00677005;REFB=-0.0116954;REVB=0.00313347;RO=51;SAF=23;SAR=25;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118202;STB=0.565467;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0117945;OID=.;OPOS=6651970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:51:48:48:0.484848:25:23:18:33:25:23:18:33 chr5 6652009 . G A 536.15 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00694759;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6235;QD=17.2952;RBI=0.0154104;REFB=0.00610603;REVB=-0.0137554;RO=66;SAF=25;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155863;STB=0.50502;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00726558;OID=.;OPOS=6652009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:66:67:57:57:0.459677:32:25:30:36:32:25:30:37 chr5 6656210 . G A 287.2 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0122793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1918;QD=15.7371;RBI=0.0194271;REFB=-0.0115265;REVB=-0.0150542;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518216;STB=0.524337;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00857911;OID=.;OPOS=6656210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:41:32:32:0.438356:23:9:13:27:23:9:13:28 chr5 6748659 . T C 1953.58 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00582181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.6;QD=61.0495;RBI=0.0237053;REFB=-0.0683749;REVB=-0.0229793;RO=1;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693679;STB=0.503649;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-6.75409e-05;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:126:127:0.992188:68:58:0:1:68:59:0:1 chr5 7414683 . C T 518.04 PASS AF=0.378049;AO=61;DP=163;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=67;FSRR=35;FWDB=0.00597023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.111;QD=12.6351;RBI=0.00739579;REFB=-0.0095009;REVB=-0.0043651;RO=100;SAF=39;SAR=22;SRF=67;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369114;STB=0.507982;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0176697;OID=.;OPOS=7414683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:100:102:61:62:0.378049:22:39:67:33:22:40:67:35 chr5 7802363 . C T 497.31 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0186834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6506;QD=19.1272;RBI=0.0377589;REFB=-0.018818;REVB=-0.0328126;RO=51;SAF=33;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624514;STB=0.540546;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0223069;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:52:52:52:0.5:19:33:29:22:19:33:29:23 chr5 7866821 . T C 389.07 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.043584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3784;QD=15.1094;RBI=0.0491218;REFB=-0.0192243;REVB=0.0226581;RO=58;SAF=33;SAR=11;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195098;STB=0.606884;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0266006;OID=.;OPOS=7866821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:11:33:34:24:11:33:35:24 chr5 7866967 . G C 2083.97 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.495;QD=62.6758;RBI=0.0408358;REFB=0;REVB=0.0149367;RO=0;SAF=78;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53589e-05;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:54:78:0:0:55:78:0:0 chr5 7868030 . T C 1806.63 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.244;QD=60.2209;RBI=0.0199799;REFB=-0.0248206;REVB=0.0171441;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785093;STB=0.504132;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=1.19966e-05;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:59:60:1:0:59:60:1:0 chr5 7870973 . A G 801.1 PASS AF=0.451613;AO=84;DP=186;FAO=84;FDP=186;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=55;FSRR=47;FWDB=0.0481648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8663;QD=17.228;RBI=0.0492427;REFB=-0.0134362;REVB=-0.0102466;RO=101;SAF=37;SAR=47;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928172;STB=0.554204;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0141199;OID=.;OPOS=7870973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:101:102:84:84:0.451613:47:37:54:47:47:37:55:47 chr5 7878424 . T A 137.58 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0403668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6563;QD=10.006;RBI=0.0406691;REFB=-0.0122081;REVB=0.00494939;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208692;STB=0.641815;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0227589;OID=.;OPOS=7878424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:35:37:18:18:0.327273:12:6:18:17:12:6:20:17 chr5 7889216 . G A 361.3 PASS AF=0.360656;AO=44;DP=124;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00923461;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.196;QD=11.8458;RBI=0.0134432;REFB=0.00527427;REVB=0.00976941;RO=78;SAF=24;SAR=20;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787052;STB=0.504502;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00855908;OID=.;OPOS=7889216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:78:78:44:44:0.360656:20:24:42:36:20:24:42:36 chr5 7889304 . C T 358.56 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0103873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.568;QD=11.6603;RBI=0.021601;REFB=-0.00498938;REVB=-0.0189396;RO=76;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176406;STB=0.603686;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00587852;OID=.;OPOS=7889304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:76:79:44:44:0.357724:19:25:31:45:19:25:32:47 chr5 7891506 . C G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0019112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.298;QD=15.6194;RBI=0.00871523;REFB=-0.00447129;REVB=-0.00850309;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976554;STB=0.55651;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00574492;OID=.;OPOS=7891506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:16:9:5:13:16:9 chr5 9041924 . T C 734.82 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.701;QD=61.2352;RBI=0.0656032;REFB=-0.143027;REVB=0.0599397;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00118867;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:1:1:46:47:0.979167:17:29:0:1:17:30:0:1 chr5 9041935 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.782;QD=63.8716;RBI=0.0471271;REFB=0;REVB=-0.0399622;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73243e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr5 9053945 . C T 284.28 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000663093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5601;QD=47.3806;RBI=0.0210112;REFB=-0.0942702;REVB=-0.0210008;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00676776;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:21:23:0.958333:12:9:1:0:12:11:1:0 chr5 9108333 . C T 280.24 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.02089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.103;QD=14.1895;RBI=0.0290267;REFB=-0.00200948;REVB=0.0201534;RO=47;SAF=11;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223079;STB=0.627038;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00298928;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:21:11:26:21:21:11:26:21 chr5 9122926 . C T 285.36 PASS AF=0.342857;AO=35;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0496608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.626;QD=10.871;RBI=0.0497568;REFB=-0.041949;REVB=0.00308822;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266892;STB=0.569582;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0805299;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:69:35:36:0.342857:20:15:21:31:20:16:38:31 chr5 9265602 . C T 660.19 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0128483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.071;QD=18.4669;RBI=0.0520765;REFB=-0.00872682;REVB=-0.0504666;RO=76;SAF=40;SAR=27;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144306;STB=0.580052;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00816158;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:76:76:67:67:0.468531:27:40:34:42:27:40:34:42 chr5 9280957 . C A 1008.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.612;QD=59.3106;RBI=0.0231643;REFB=0;REVB=-0.0127265;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07476e-05;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr5 10237036 . A G 369.21 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00495534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.505;QD=19.9574;RBI=0.00766748;REFB=-0.00963886;REVB=-0.00585106;RO=36;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487226;STB=0.527013;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00895736;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:36:38:38:0.513514:19:19:20:16:19:19:20:16 chr5 10239261 . G A 835.46 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00585011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.093;QD=24.939;RBI=0.00593842;REFB=-0.0123383;REVB=-0.00102034;RO=57;SAF=43;SAR=34;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234526;STB=0.501277;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00830209;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:57:77:77:0.574627:34:43:32:25:34:43:32:25 chr5 10239278 . C T 872.32 PASS AF=0.56338;AO=80;DP=142;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00748831;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.469;QD=24.5725;RBI=0.0165524;REFB=0.00119037;REVB=0.0147617;RO=60;SAF=47;SAR=33;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435638;STB=0.517505;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.000794042;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:60:62:80:80:0.56338:33:47:32:28:33:47:34:28 chr5 10250430 . G A 519.28 PASS AF=0.355191;AO=64;DP=183;FAO=65;FDP=183;FR=.;FRO=118;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=0.0769972;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.022;QD=11.3503;RBI=0.120049;REFB=-0.0211368;REVB=0.0921049;RO=114;SAF=35;SAR=29;SRF=57;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528593;STB=0.523939;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0362714;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:114:118:64:65:0.355191:29:35:57:57:29:36:61:57 chr5 10250443 . T C 748.48 PASS AF=0.411168;AO=81;DP=197;FAO=81;FDP=197;FR=.;FRO=116;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=-0.0143611;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.579;QD=15.1976;RBI=0.0156541;REFB=-0.0125608;REVB=-0.00622974;RO=115;SAF=43;SAR=38;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278296;STB=0.518198;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0199266;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:115:116:81:81:0.411168:38:43:58:57:38:43:58:58 chr5 10254817 . A G 594.23 PASS AF=0.561224;AO=48;DP=92;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0112903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.952;QD=24.2541;RBI=0.0141105;REFB=-0.0522227;REVB=0.00846381;RO=44;SAF=12;SAR=36;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144124;STB=0.575857;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0311751;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:98:44:43:48:55:0.561224:36:12:17:27:42:13:16:27 chr5 10256161 . T C 913.76 PASS AF=0.568493;AO=83;DP=146;FAO=83;FDP=146;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0379838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.008;QD=25.0346;RBI=0.0387095;REFB=-0.0160299;REVB=0.00746041;RO=63;SAF=37;SAR=46;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266038;STB=0.514488;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0133059;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:63:63:83:83:0.568493:46:37:26:37:46:37:26:37 chr5 10261966 . G A 492.18 PASS AF=0.54023;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0166161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3338;QD=22.6289;RBI=0.0246246;REFB=0.00172157;REVB=-0.0181735;RO=40;SAF=16;SAR=30;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276034;STB=0.643528;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0036117;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:46:47:0.54023:30:16:27:13:30:17:27:13 chr5 10505585 . A G 246.95 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=25;FWDB=-0.00638487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.982;QD=8.6648;RBI=0.0171015;REFB=-0.00634957;REVB=0.0158649;RO=80;SAF=23;SAR=11;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151412;STB=0.508892;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0234675;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:11:23:55:25:11:23:55:25 chr5 10564846 . C T 2484.28 PASS AF=1;AO=159;DP=161;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7876;QD=60.5922;RBI=0.075554;REFB=-0.104606;REVB=0.0352206;RO=2;SAF=71;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153355;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:161:164:2:0:159:164:1:88:71:0:2:91:73:0:0 chr5 10624887 . T C 1785.57 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00529943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.944;QD=61.045;RBI=0.0449481;REFB=0;REVB=-0.0446346;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78484e-05;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:60:56:0:0:60:57:0:0 chr5 10638180 . T C 2143.16 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179069;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.32;QD=63.0342;RBI=0.0193996;REFB=0;REVB=0.00746244;RO=1;SAF=73;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11847e-05;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:1:0:135:136:1:62:73:1:0:62:74:0:0 chr5 10649412 . G C 658.13 PASS AF=0.444444;AO=71;DP=162;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.0213838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.011;QD=16.2501;RBI=0.0229772;REFB=-0.0162911;REVB=0.00840737;RO=88;SAF=37;SAR=34;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812321;STB=0.541784;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0154197;OID=.;OPOS=10649412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:90:71:72:0.444444:34:37:53:35:35:37:53:37 chr5 11117583 . C T 464.05 PASS AF=0.481132;AO=49;DP=102;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0538775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2138;QD=17.5112;RBI=0.0994156;REFB=-0.0336781;REVB=0.0835505;RO=53;SAF=33;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718846;STB=0.526305;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0344702;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:53:55:49:51:0.481132:16:33:32:21:18:33:33:22 chr5 13701525 . T C 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0112585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3731;QD=20.9343;RBI=0.0112789;REFB=0.00386122;REVB=-0.000679534;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12881;STB=0.570951;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00156552;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:21:13:7:22:21:13:7:22 chr5 13701536 . T C 303.66 PASS AF=0.571429;AO=21;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0296625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.133;QD=24.7889;RBI=0.0338034;REFB=-0.0358313;REVB=0.0162112;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198021;STB=0.581341;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0376287;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:21:21:28:0.571429:12:9:3:13:18:10:4:17 chr5 13719022 . T G 614.09 PASS AF=0.582524;AO=58;DP=101;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.00844226;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.396;QD=23.848;RBI=0.0115915;REFB=0.00668017;REVB=0.00794304;RO=42;SAF=39;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500555;STB=0.511274;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.00152902;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:42:43:58:60:0.582524:19:39:28:14:21:39:29:14 chr5 13719089 . G A 832.6 PASS AF=0.578947;AO=75;DP=130;FAO=77;FDP=133;FR=.;FRO=56;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.00605864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.657;QD=25.0405;RBI=0.0113402;REFB=-0.0212707;REVB=0.00958603;RO=52;SAF=45;SAR=30;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273196;STB=0.506484;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0164334;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:52:56:75:77:0.578947:30:45:33:19:30:47:35:21 chr5 13788886 . C A 274.01 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0493274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.501;QD=12.8943;RBI=0.0506563;REFB=-0.00510657;REVB=-0.0115265;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157869;STB=0.595128;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00394684;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:17:15:32:20:17:15:33:20 chr5 13811775 . T C 2699.56 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244099;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1632;QD=62.4175;RBI=0.0330341;REFB=0;REVB=0.0222577;RO=0;SAF=91;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012148;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:82:91:0:0:82:91:0:0 chr5 13829799 . G A 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.292;QD=62.4755;RBI=0.0246572;REFB=0;REVB=-0.00520907;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59975e-05;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:64:67:0:0:64:67:0:0 chr5 13845045 . G A 906.46 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00905087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.87;QD=56.654;RBI=0.0126431;REFB=-0.140284;REVB=0.00882772;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000365718;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:40:23:0:0:40:23:0:1 chr5 13864728 . C A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0190346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.649;QD=10.8325;RBI=0.0190457;REFB=-0.00114386;REVB=-0.00064919;RO=41;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996532;STB=0.505809;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00187712;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:10:12:22:19:10:12:22:19 chr5 13865980 . T C 119.28 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00551212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.286;QD=8.83558;RBI=0.0106434;REFB=-0.0057075;REVB=0.00910486;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293909;STB=0.675465;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0141531;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:10:6:24:14:10:6:24:14 chr5 13900345 . A G 1403.14 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939394;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.103;QD=63.0623;RBI=0.0264718;REFB=0;REVB=0.024749;RO=0;SAF=60;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06716e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:89:0:0:88:89:1:28:60:0:0:29:60:0:0 chr5 13902220 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.475;QD=59.8375;RBI=0.0914779;REFB=0;REVB=0.0176623;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344762;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 13913885 . A G 1743.54 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00122438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.038;QD=59.6083;RBI=0.0112812;REFB=0.00647912;REVB=-0.0112146;RO=1;SAF=55;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798064;STB=0.504201;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-3.23519e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:117:1:1:114:116:0.991453:59:55:0:1:59:57:0:1 chr5 13931340 . C T 306.1 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00460504;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7178;QD=27.209;RBI=0.0242981;REFB=-0.0487116;REVB=-0.0238577;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108051;STB=0.559559;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.033934;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:6:12:14:13:6:12 chr5 13944512 . A C 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=0.0106444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9853;QD=19.8665;RBI=0.0119994;REFB=-0.00191457;REVB=0.00553914;RO=34;SAF=30;SAR=6;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137428;STB=0.575434;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00206977;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:6:30:31:3:6:30:31:3 chr5 14184022 . G A,T 881.82 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=58,3;DP=61;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=31,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156734,-0.0228683;FXX=0.0312451;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.51,41.3505;QD=56.8917;RBI=0.0171181,0.0230543;REFB=0,0;REVB=0.00688271,-0.00292251;RO=0;SAF=28,0;SAR=30,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00210906,0.125786;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:61:62:0:0:58,3:59,3:0.951613,0.0483871:30,3:28,0:0:0:31,3:28,0:0:0 chr5 14184079 . G A 1135.02 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.403;QD=60.5345;RBI=0.0293099;REFB=0;REVB=0.0114451;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112544;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr5 14316642 . G A 128.87 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00302079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7794;QD=8.45072;RBI=0.0269467;REFB=-0.00943829;REVB=-0.0267769;RO=43;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492996;STB=0.798462;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0208489;OID=.;OPOS=14316642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:3:15:19:24:3:15:19:24 chr5 14420027 . A C 1131.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5956;QD=60.3527;RBI=0.077437;REFB=0;REVB=0.0529354;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54504e-05;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:30:44:0:0:31:44:0:0 chr5 14709412 . A AT 314.55 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9439;QD=41.9397;RBI=0.13718;REFB=0;REVB=0.0897899;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000244937;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:32:30:30:0:17:13:0:0:6:2:14:13:1:1 chr5 16666180 . A G 354.79 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3783;QD=54.5837;RBI=0.0346677;REFB=0;REVB=0.0110548;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010177;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr5 16673975 . C G 770.84 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.698;QD=61.6671;RBI=0.0820741;REFB=0;REVB=0.0368087;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896816;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:26:20:0:0:26:24:0:0 chr5 16766269 . T C 193.87 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0043985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.81;QD=16.8582;RBI=0.00741203;REFB=-0.00811432;REVB=-0.00596585;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873898;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0176036;OID=.;OPOS=16766269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:14:12:11:9:14:12 chr5 16769273 . G A 273.19 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0332715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3432;QD=31.2215;RBI=0.0360246;REFB=0.00343733;REVB=0.0138122;RO=11;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193453;STB=0.610071;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00157001;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:17:6:6:5:18:6:6:5 chr5 17345805 . G A 330.84 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00768487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.062;QD=25.4488;RBI=0.00769519;REFB=-0.0127053;REVB=0.000398399;RO=20;SAF=23;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275614;STB=0.651962;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0183303;OID=.;OPOS=17345805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:9:23:7:13:9:23:7:13 chr5 19721490 . T C 1914.74 PASS AF=0.969925;AO=121;DP=130;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=78;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0649795;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9887;QD=57.5862;RBI=0.0657616;REFB=-0.0962463;REVB=0.0101119;RO=4;SAF=47;SAR=74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711928;STB=0.511101;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0137573;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:133:4:4:121:129:0.969925:74:47:2:2:78:51:3:1 chr5 23976115 . G A 513.74 PASS AF=0.398601;AO=57;DP=143;FAO=57;FDP=143;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0150989;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.521;QD=14.3704;RBI=0.0160649;REFB=-0.00651473;REVB=-0.00548683;RO=85;SAF=27;SAR=30;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466777;STB=0.529791;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00887383;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:86:57:57:0.398601:30:27:44:41:30:27:45:41 chr5 24910721 . C G 1043.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9435;QD=59.6204;RBI=0.0235129;REFB=0;REVB=-0.00567323;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81664e-05;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr5 26198575 . G T 860.27 PASS AF=0.540541;AO=77;DP=146;FAO=80;FDP=148;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.00300467;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4857;QD=23.2504;RBI=0.00311968;REFB=-0.00650438;REVB=-0.000839277;RO=65;SAF=40;SAR=37;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355997;STB=0.531727;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00652174;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:65:68:77:80:0.540541:37:40:31:34:38:42:31:37 chr5 26198591 . C T 2446.53 PASS AF=0.981818;AO=161;DP=165;FAO=162;FDP=165;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=87;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00470076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.509;QD=59.3099;RBI=0.0250832;REFB=0.00901972;REVB=0.0246388;RO=3;SAF=75;SAR=86;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186487;STB=0.509803;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000135636;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:165:165:3:3:161:162:0.981818:86:75:3:0:87:75:3:0 chr5 26903557 . G A 576.67 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00230595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.497;QD=22.3948;RBI=0.0528807;REFB=-0.0282548;REVB=-0.0528304;RO=38;SAF=29;SAR=28;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643422;STB=0.562032;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0186263;OID=.;OPOS=26903557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:38:46:57:57:0.553398:28:29:16:22:28:29:17:29 chr5 31302288 . C T 724.29 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=120;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0233907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1626;QD=23.9436;RBI=0.023421;REFB=-0.0416454;REVB=0.00119017;RO=51;SAF=41;SAR=28;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481595;STB=0.507675;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0205506;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:51:52:69:69:0.570248:28:41:30:21:28:41:30:22 chr5 31317494 . C T 225.72 PASS AF=0.295238;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0696893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4901;QD=8.59879;RBI=0.0701757;REFB=0.0112337;REVB=0.00824822;RO=74;SAF=21;SAR=10;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156646;STB=0.592847;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0275584;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:74:74:31:31:0.295238:10:21:41:33:10:21:41:33 chr5 31317529 . A G 312.49 PASS AF=0.330579;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00151389;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.427;QD=10.3303;RBI=0.0443328;REFB=-0.00153077;REVB=0.0443069;RO=80;SAF=20;SAR=20;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130074;STB=0.570213;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00330836;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:80:81:40:40:0.330579:20:20:49:31:20:20:49:32 chr5 31317952 . T C 853.78 PASS AF=0.590909;AO=77;DP=131;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0012906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.486;QD=25.8721;RBI=0.0285029;REFB=-0.0126796;REVB=0.0284737;RO=54;SAF=44;SAR=33;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204729;STB=0.504151;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00840444;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:54:54:77:78:0.590909:33:44:31:23:34:44:31:23 chr5 31401447 . A G 976.31 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162055;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.954;QD=59.17;RBI=0.0164879;REFB=0;REVB=0.00303837;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32839e-06;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr5 31595776 . C T 689.84 PASS AF=0.638298;AO=56;DP=90;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00788332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0042;QD=29.3548;RBI=0.0456735;REFB=-0.0398664;REVB=-0.0449881;RO=33;SAF=26;SAR=30;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347914;STB=0.506031;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0371594;OID=.;OPOS=31595776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:33:34:56:60:0.638298:30:26:17:16:31:29:17:17 chr5 31832618 . AT AC,A 219.99 PASS AF=0.288889,0.4;AO=7,6;DP=44;FAO=13,18;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=6,15;FSAR=7,3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00383304,-0.0342655;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=120.146,11.1277;QD=19.5546;RBI=0.12377,0.151723;REFB=-0.0266585,-0.044499;REVB=0.123711,0.147803;RO=12;SAF=1,6;SAR=6,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.182856,0.792717;STB=0.631394,0.795102;STBP=0.207,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0386001,0.0325851;OID=.,.;OPOS=31832619,31832619;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.288889,0.4:7,6:44:13,18:45:14:6,15:7,3:3:11:99:12:1,6:6,0:3:9 chr5 31832628 . AT GT,TA 122.28 PASS AF=0.285714,0.0714286;AO=7,7;DP=42;FAO=12,3;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7,2;FSAR=5,1;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0328788,-0.0432869;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=160.712,40.2495;QD=11.6458;RBI=0.0336382,0.0733155;REFB=-0.00331139,-0.0909432;REVB=0.00710703,0.0591727;RO=19;SAF=2,6;SAR=5,1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113585,0.661268;STB=0.620056,0.722009;STBP=0.356,0.49;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0308568,0.0376895;OID=.,.;OPOS=31832628,31832628;OREF=A,AT;OALT=G,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:42:42:19:27:7,7:12,3:0.285714,0.0714286:5,1:2,6:4:15:5,1:7,2:11:16 chr5 32058115 . A G 551.4 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=1.8529e-05;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.364;QD=23.9738;RBI=0.0140127;REFB=-0.028002;REVB=-0.0140127;RO=42;SAF=16;SAR=35;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050591;STB=0.52392;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0206336;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:42:41:51:51:0.554348:35:16:11:31:35:16:11:30 chr5 32229677 . G A 1047.58 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144942;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.868;QD=59.8619;RBI=0.0193645;REFB=0;REVB=-0.0128414;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20668e-06;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:71:70:1:27:44:0:0:26:44:0:0 chr5 32400266 . A G 269.31 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.00322811;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.722;QD=11.5833;RBI=0.00373869;REFB=0.000983946;REVB=-0.00188602;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247133;STB=0.645078;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00167749;OID=.;OPOS=32400266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:60:61:32:32:0.344086:16:16:43:17:16:16:44:17 chr5 32403346 . C T 715.95 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0561526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3026;QD=16.6499;RBI=0.0664422;REFB=-0.000744386;REVB=-0.035517;RO=95;SAF=28;SAR=49;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254956;STB=0.641691;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00021369;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:95:95:77:77:0.447674:49:28:59:36:49:28:59:36 chr5 32594752 . C T 192.91 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.010388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.21;QD=23.3824;RBI=0.0172586;REFB=-0.0398051;REVB=-0.0137821;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102746;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0174555;OID=.;OPOS=32594752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:14:19:19:0.575758:9:10:5:8:9:10:6:8 chr5 32789852 . T C 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0516196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.412;QD=14.7347;RBI=0.0516568;REFB=0.00790741;REVB=0.00195953;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176565;STB=0.60016;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00919144;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:11:16:15:21:11:16:15:21 chr5 32790616 . T C 597.2 PASS AF=0.426752;AO=67;DP=157;FAO=67;FDP=157;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.00700181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.861;QD=15.2152;RBI=0.00722172;REFB=-0.0219262;REVB=-0.00176861;RO=88;SAF=43;SAR=24;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030782;STB=0.512111;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0305955;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:88:90:67:67:0.426752:24:43:54:34:24:43:56:34 chr5 33278049 . T C 263.79 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=3.54708e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.835;QD=12.8676;RBI=0.0212599;REFB=-0.0167918;REVB=0.0212599;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154546;STB=0.587991;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0221722;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:14:17:35:16:14:17:35:16 chr5 33462034 . G A 396.68 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.00241901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.193;QD=12.9;RBI=0.0175248;REFB=-0.00699826;REVB=-0.017357;RO=75;SAF=24;SAR=23;SRF=51;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185374;STB=0.599542;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0128592;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:23:24:51:24:23:24:51:25 chr5 33535060 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0949;QD=62.6682;RBI=0.0653501;REFB=0;REVB=-0.0249266;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525061;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr5 33624430 . A G 741.55 PASS AF=0.546154;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0098029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.245;QD=22.8171;RBI=0.0106332;REFB=-0.0118658;REVB=-0.00411927;RO=58;SAF=31;SAR=40;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164468;STB=0.58593;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0154466;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:59:71:71:0.546154:40:31:37:21:40:31:37:22 chr5 33938447 . G A 739.15 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.3;QD=54.7517;RBI=0.0597045;REFB=-0.15234;REVB=0.0541696;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285316;STB=0.515146;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0005439;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:16:37:0:1:16:37:0:1 chr5 33954511 . T C 1513.33 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.167;QD=59.3461;RBI=0.0435246;REFB=0;REVB=0.0402978;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71746e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:58:42:0:0:59:43:0:0 chr5 33989518 . C T 1697.28 PASS AF=0.991228;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0612693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.717;QD=59.5536;RBI=0.0706158;REFB=-0.0235754;REVB=0.0351093;RO=1;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104317;STB=0.505494;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000178808;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:114:1:1:109:113:0.991228:45:64:0:1:45:68:0:1 chr5 33994182 . T C 669.71 PASS AF=0.456376;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=149;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0116648;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.886;QD=17.9787;RBI=0.0160051;REFB=-0.0156101;REVB=0.0109588;RO=81;SAF=30;SAR=38;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336595;STB=0.518692;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0196202;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:81:81:68:68:0.456376:38:30:33:48:38:30:33:48 chr5 33998768 . C A 1127.49 PASS AF=0.547264;AO=103;DP=195;FAO=110;FDP=201;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=-0.0111659;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6681;QD=22.4375;RBI=0.0690519;REFB=-0.0262408;REVB=0.0681432;RO=90;SAF=63;SAR=40;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690726;STB=0.529379;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0308815;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:201:90:91:103:110:0.547264:40:63:48:42:45:65:48:43 chr5 33998883 . A G 617.19 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0226514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2982;QD=20.7459;RBI=0.0291587;REFB=0.0185786;REVB=0.0183614;RO=57;SAF=32;SAR=30;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702648;STB=0.538617;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0167207;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:30:32:34:23:30:32:34:23 chr5 34020277 . C T 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0147389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.216;QD=10.9435;RBI=0.0233442;REFB=-0.00909061;REVB=-0.0181029;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302567;STB=0.677239;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0153593;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:14:6:21:16:14:6:21:16 chr5 34038537 . A G 1212.27 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648134;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.168;QD=60.6137;RBI=0.00984668;REFB=0;REVB=-0.00741278;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131783;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:0:0:78:80:1:29:49:0:0:30:50:0:0 chr5 34823576 . A C 176.82 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0127561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.697;QD=14.4346;RBI=0.021653;REFB=-0.0261358;REVB=0.0174967;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.520526;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0450521;OID=.;OPOS=34823576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:18:19:0.387755:11:7:12:17:12:7:12:18 chr5 34862125 . C T 517.75 PASS AF=0.375758;AO=61;DP=162;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.0366514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.319;QD=12.5515;RBI=0.0369666;REFB=-0.00796937;REVB=0.0048176;RO=101;SAF=33;SAR=28;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395419;STB=0.503159;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0123916;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:165:101:103:61:62:0.375758:28:33:55:46:28:34:57:46 chr5 34998877 . C A 1572.27 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.42;QD=59.896;RBI=0.0159398;REFB=0;REVB=-0.0141696;RO=0;SAF=70;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58145e-05;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:34:70:0:0:35:70:0:0 chr5 35010138 . A G 3063.25 PASS AF=1;AO=184;DP=189;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735102;FXX=0.0148508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.575;QD=61.573;RBI=0.0737381;REFB=0;REVB=-0.00579265;RO=0;SAF=97;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41298e-06;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:189:199:0:0:184:199:1:87:97:0:0:87:112:0:0 chr5 35033605 . G A 958.69 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00915306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.783;QD=57.2351;RBI=0.027656;REFB=-0.0794206;REVB=0.0260974;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165747;STB=0.508769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000384398;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:28:38:0:1:28:38:0:1 chr5 35641582 . A C 904.31 PASS AF=0.529762;AO=89;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0202764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.452;QD=21.5311;RBI=0.0295937;REFB=-0.0123153;REVB=0.0215559;RO=79;SAF=54;SAR=35;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120897;STB=0.566239;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0116312;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:89:89:0.529762:35:54:37:42:35:54:37:42 chr5 35644621 . T C 516.67 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0361785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7172;QD=30.846;RBI=0.0393153;REFB=-0.00964055;REVB=-0.0153885;RO=21;SAF=37;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249404;STB=0.63622;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00794577;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:9:37:10:11:9:37:10:11 chr5 35654711 . C T 1711.75 PASS AF=0.523511;AO=167;DP=319;FAO=167;FDP=319;FR=.;FRO=152;FSAF=83;FSAR=84;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=-0.0393252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.797;QD=21.4639;RBI=0.0417273;REFB=0.00609234;REVB=-0.0139533;RO=152;SAF=83;SAR=84;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203619;STB=0.511113;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00563241;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:152:152:167:167:0.523511:84:83:72:80:84:83:72:80 chr5 35692775 . T A 1116.59 PASS AF=0.583333;AO=89;DP=165;FAO=105;FDP=180;FR=.;FRO=75;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0445815;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.335;QD=24.813;RBI=0.0453603;REFB=-0.0195479;REVB=0.00836936;RO=75;SAF=47;SAR=42;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156119;STB=0.501599;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0104197;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:180:75:75:89:105:0.583333:42:47:41:34:48:57:41:34 chr5 35695915 . A C 520.89 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.010531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.456;QD=19.6564;RBI=0.0207527;REFB=-0.0033853;REVB=0.0178822;RO=52;SAF=21;SAR=33;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18486;STB=0.602067;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00402454;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:33:21:31:21:33:21:31:21 chr5 35700598 . T C 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0147257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.193;QD=20.7379;RBI=0.0222969;REFB=-0.023781;REVB=-0.0167423;RO=15;SAF=16;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243593;STB=0.631407;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0255998;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:2:16:11:4:2:16:12:4 chr5 35700714 . G A,GA 41.28 PASS AF=0.0465116,0.127907;AO=5,17;DP=91;FAO=4,11;FDP=86;FR=.;FRO=71;FSAF=2,7;FSAR=2,4;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00136374,-0.0374565;FXX=0.0652103;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=278.774,7.24147;QD=1.92013;RBI=0.00199507,0.0811138;REFB=0.00183429,-0.0868673;REVB=-0.00145619,-0.0719476;RO=63;SAF=5,12;SAR=0,5;SRF=31;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.547943,0.273996;STB=0.572976,0.553389;STBP=0.813,0.698;TYPE=snp,ins;VARB=0.00824372,0.0335864;OID=.,.;OPOS=35700714,35700715;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:91:86:63:71:5,17:4,11:0.0465116,0.127907:0,5:5,12:31:32:2,4:2,7:41:30 chr5 35702306 . A G 337.11 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00460886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.055;QD=24.9709;RBI=0.0101597;REFB=0.00277578;REVB=-0.00905415;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940659;STB=0.551692;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00180113;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:13:20:10:11:13:20:10:11 chr5 35709095 . C T 555.27 PASS AF=0.537736;AO=53;DP=102;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00472787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.537;QD=20.9535;RBI=0.00967544;REFB=-0.0234379;REVB=-0.00844165;RO=47;SAF=33;SAR=20;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537286;STB=0.51919;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0216405;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:47:49:53:57:0.537736:20:33:32:15:22:35:32:17 chr5 35709184 . G C 262.28 PASS AF=0.373494;AO=32;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00122159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8796;QD=12.6398;RBI=0.0131979;REFB=-0.00980677;REVB=-0.0131412;RO=50;SAF=21;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130751;STB=0.557796;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0274264;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:52:32:31:0.373494:11:21:27:23:11:20:29:23 chr5 35764696 . C T 482.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7842;QD=58.5289;RBI=0.0503512;REFB=0;REVB=0.00764882;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434384;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr5 35764835 . T G 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0132698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.423;QD=19.9033;RBI=0.0186904;REFB=-0.0195928;REVB=-0.0131622;RO=27;SAF=10;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165882;STB=0.592529;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0259544;OID=.;OPOS=35764835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:20:10:14:13:20:10:14:13 chr5 35779447 . A C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00381944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.916;QD=17.2289;RBI=0.0130986;REFB=-0.0435601;REVB=-0.0125294;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861157;STB=0.549882;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0595264;OID=.;OPOS=35779447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:1:5:6:2:1:5 chr5 35788661 . T C 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0323396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.092;QD=17.5337;RBI=0.0345884;REFB=-0.00688279;REVB=-0.0122683;RO=15;SAF=1;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603445;STB=0.868943;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0140627;OID=.;OPOS=35788661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:14:1:8:7:14:1:9:7 chr5 35789760 . C T 580.74 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=92;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.000665427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.384;QD=24.978;RBI=0.00116988;REFB=-0.0219925;REVB=-0.000962197;RO=40;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545448;STB=0.53398;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0226416;OID=.;OPOS=35789760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:40:40:52:53:0.569892:23:29:25:15:24:29:25:15 chr5 35790252 . A G 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0520091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2977;QD=16.6329;RBI=0.056404;REFB=0.00498481;REVB=0.0218281;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16754;STB=0.593882;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00502361;OID=.;OPOS=35790252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:20:17:29:17:20:17:29:17 chr5 35790286 . T C 308.32 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00747526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.294;QD=15.8114;RBI=0.0260912;REFB=-0.025065;REVB=0.0249975;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179587;STB=0.612789;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0334065;OID=.;OPOS=35790286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:44:33:34:0.435897:19:14:26:17:20:14:27:17 chr5 35861068 . T C 613.26 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0127686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.368;QD=18.5838;RBI=0.0163459;REFB=-0.0108804;REVB=-0.0102054;RO=68;SAF=42;SAR=21;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654556;STB=0.533323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0108212;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:21:42:41:27:21:42:42:27 chr5 35871190 . G A 323.85 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=120;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00220962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.465;QD=10.795;RBI=0.00259012;REFB=-0.00952982;REVB=0.00135141;RO=78;SAF=25;SAR=16;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183584;STB=0.609703;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.021534;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:78:79:41:41:0.341667:16:25:35:43:16:25:35:44 chr5 35875593 . A T 651.76 PASS AF=0.365741;AO=69;DP=206;FAO=79;FDP=216;FR=.;FRO=137;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=0.0337865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.777;QD=12.0697;RBI=0.0361039;REFB=-0.0235862;REVB=0.0127265;RO=136;SAF=26;SAR=43;SRF=64;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111624;STB=0.511962;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0397442;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:216:136:137:69:79:0.365741:43:26:64:72:43:36:65:72 chr5 35876274 . A G 265.6 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0139923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8963;QD=13.2797;RBI=0.0146497;REFB=-0.000714877;REVB=0.00433914;RO=49;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224439;STB=0.512812;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00115127;OID=.;OPOS=35876274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:12:19:31:18:12:19:31:18 chr5 35910529 . C T 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0128019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.714;QD=24.2736;RBI=0.015403;REFB=-0.0126287;REVB=0.00856526;RO=21;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366234;STB=0.700237;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0146993;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:12:19:2:19:12:19:2:19 chr5 35962984 . A G 179.89 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342209;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.09;QD=47.9706;RBI=0.0457529;REFB=0;REVB=0.0303686;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911993;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:11:15:1:7:4:0:0:11:4:0:0 chr5 35965970 . A C 127.89 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0130087;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.812;QD=18.9465;RBI=0.0130291;REFB=-0.000106515;REVB=-0.000728475;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22989;STB=0.631986;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000136799;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:6:7:4:10:6:7 chr5 35991562 . T C 643.84 PASS AF=0.381643;AO=75;DP=205;FAO=79;FDP=207;FR=.;FRO=128;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=-0.00430007;FXX=0.014285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.367;QD=12.4414;RBI=0.0109952;REFB=-0.0123199;REVB=-0.0101195;RO=127;SAF=44;SAR=31;SRF=58;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144424;STB=0.595992;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0224161;OID=.;OPOS=35991562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:207:127:128:75:79:0.381643:31:44:58:69:31:48:58:70 chr5 36155318 . C CT,CTT 172.9 PASS AF=0,0.541667;AO=7,14;DP=53;FAO=0,26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0787258,0.0461877;FXX=0.020404;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.7774,21.4671;QD=14.4087;RBI=0.276946,0.147374;REFB=-0.005948,-0.0022248;REVB=-0.265521,-0.139949;RO=26;SAF=4,5;SAR=3,9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174911,-0.0764117;STB=0.5,0.572094;STBP=1,0.321;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00108133,-0.00460462;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.541667:7,14:53:0,26:48:22:0,11:0,15:6:16:99:26:4,5:3,9:11:15 chr5 36171780 . A G 916.99 PASS AF=0.567742;AO=88;DP=155;FAO=88;FDP=155;FR=.;FRO=67;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0099879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.716;QD=23.6642;RBI=0.0270254;REFB=-0.0268666;REVB=0.025112;RO=66;SAF=51;SAR=37;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587858;STB=0.534593;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0221569;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:66:67:88:88:0.567742:37:51:43:23:37:51:44:23 chr5 36193223 . CAG C 59.75 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0191158;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.808;QD=9.95763;RBI=0.0293182;REFB=-0.0258527;REVB=-0.0222293;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.52824;STBP=0.863;TYPE=del;VARB=0.0464762;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:24:9:24:15:4:5:6:9:59:15:3:5:6:9 chr5 36193232 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0029239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.503;QD=10.8848;RBI=0.0321396;REFB=-0.0163529;REVB=-0.0320063;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.52824;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0341389;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:6:9:5:4:6:9 chr5 36257018 . A G 1252.98 PASS AF=0.920792;AO=91;DP=100;FAO=93;FDP=101;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00467343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5656;QD=49.623;RBI=0.0204227;REFB=-0.152581;REVB=0.0198808;RO=8;SAF=45;SAR=46;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580804;STB=0.530944;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0137342;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:100:101:8:8:91:93:0.920792:46:45:7:1:48:45:7:1 chr5 36265122 . C CT,T 62.89 PASS AF=0.183908,0;AO=14,5;DP=90;FAO=16,0;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0898025,-0.0189598;FXX=0.0113623;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=14.6647,228.43;QD=2.89166;RBI=0.180323,0.0225648;REFB=-0.0530101,0.000241873;REVB=-0.156371,-0.0122351;RO=71;SAF=12,4;SAR=2,1;SRF=27;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.572985,0.405498;STB=0.881888,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.124803,0;OID=.,.;OPOS=36265123,36265122;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:90:87:71:71:14,5:16,0:0.183908,0:2,1:12,4:27:44:2,0:14,0:28:43 chr5 36269551 . G C 1343.11 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166628;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.732;QD=62.4703;RBI=0.0169887;REFB=0;REVB=0.00331152;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8349e-06;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:27:59:0:0:27:59:0:0 chr5 37244479 . CATT CAGG,CAGT,CAT,TCAT 133.42 PASS AF=0.075,0.2,0.375,0;AO=2,2,11,8;DP=43;FAO=3,8,15,0;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=3,8,3,0;FSAR=0,0,12,0;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00388549,0.00592051,-0.05832,-0.0188922;FXX=0.0697512;HRUN=6,6,6,1;LEN=2,1,1,3;MLLD=123.257,104.69,8.94408,33.7268;QD=13.3424;RBI=0.0404544,0.0520042,0.128549,0.0822944;REFB=-0.0113805,-0.00483206,-0.143007,-0.0363175;REVB=-0.0402674,-0.051666,-0.114558,-0.0800966;RO=9;SAF=2,2,5,0;SAR=0,0,6,8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0.33042,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.476258,0.476258,-0.335498,-0.83257;STB=0.994924,0.997951,0.764333,0.5;STBP=0.236,0.042,0.01,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0.121609,-0.149033,0.176821,0;OID=.,.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244481,37244479;OREF=TT,T,T,CAT;OALT=GG,G,-,TCA;OMAPALT=CAGG,CAGT,CAT,TCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:49:43:40:9:14:2,2,11,8:3,8,15,0:0.075,0.2,0.375,0:0,0,6,8:2,2,5,0:8:1:0,0,12,0:3,8,3,0:10:4 chr5 37244488 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACG 260.73 PASS AF=0.732143,0.0535714;AO=26,3;DP=53;FAO=41,3;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=17,3;FSAR=24,0;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.276493,0.0335367;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.4647,40.4988;QD=18.6237;RBI=0.280204,0.0536731;REFB=-0.0831614,-0.0301828;REVB=-0.0454511,-0.0419057;RO=19;SAF=3,3;SAR=23,0;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.573748,0.523984;STB=0.519764,0.996015;STBP=0.612,0.105;TYPE=del,mnp;VARB=0.136156,0.0568385;OID=.,.;OPOS=37244489,37244493;OREF=A,AC;OALT=-,CG;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.732143,0.0535714:26,3:53:41,3:56:12:17,3:24,0:6:6:37:19:3,3:23,0:14:5 chr5 37294473 . T C 637.7 PASS AF=0.4;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.0118047;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.631;QD=14.1711;RBI=0.0189892;REFB=-0.00938088;REVB=0.014874;RO=107;SAF=40;SAR=32;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156858;STB=0.50563;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0156072;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:180:107:108:72:72:0.4:32:40:61:46:32:40:61:47 chr5 37309371 . TAGAA TA,TAGAG 71.66 PASS AF=0.163265,0.0612245;AO=8,2;DP=48;FAO=8,3;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=4,2;FSAR=4,1;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0429215,0.0625666;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=191.293,43.1728;QD=5.84955;RBI=0.0429571,0.0803124;REFB=-0.0112632,-0.00904824;REVB=-0.00174882,-0.0503537;RO=32;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.447722;STB=0.54337,0.697135;STBP=0.814,0.563;TYPE=del,snp;VARB=0.0710996,0.00172056;OID=.,.;OPOS=37309372,37309375;OREF=AGA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.163265,0.0612245:8,2:48:8,3:49:38:4,2:4,1:17:21:50:32:4,2:4,0:16:16 chr5 37364443 . C T 816.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.355;QD=55.3245;RBI=0.00445666;REFB=0;REVB=-0.00201248;RO=0;SAF=40;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185703;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:14:40:0:0:18:41:0:0 chr5 37688010 . A G 363.47 PASS AF=0.407767;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00301677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.79;QD=14.1153;RBI=0.0196893;REFB=-0.0176406;REVB=-0.0194569;RO=60;SAF=26;SAR=15;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178856;STB=0.610979;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.02578;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:60:61:41:42:0.407767:15:26:28:32:15:27:28:33 chr5 37688094 . C T 369.99 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0195185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.548;QD=14.7996;RBI=0.0273041;REFB=-0.0156195;REVB=-0.019093;RO=58;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247915;STB=0.525368;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0330553;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:60:40:40:0.4:23:17:26:32:23:17:28:32 chr5 37700502 . C T 827.58 PASS AF=0.462366;AO=85;DP=185;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00250161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.113;QD=17.7974;RBI=0.0140892;REFB=-0.0191163;REVB=-0.0138653;RO=100;SAF=50;SAR=35;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677211;STB=0.533529;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0246066;OID=.;OPOS=37700502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:100:100:85:86:0.462366:35:50:52:48:36:50:52:48 chr5 37700516 . C T 1163.89 PASS AF=0.545455;AO=107;DP=197;FAO=108;FDP=198;FR=.;FRO=90;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.00349331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.144;QD=23.513;RBI=0.0214753;REFB=-0.0303748;REVB=-0.0211893;RO=90;SAF=57;SAR=50;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192383;STB=0.512681;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0208832;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:90:90:107:108:0.545455:50:57:50:40:51:57:50:40 chr5 38370537 . T C 785.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.411;QD=64.1444;RBI=0.0356596;REFB=0;REVB=-0.00753359;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48483e-05;OID=.;OPOS=38370537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr5 38464224 . A G 466.1 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00333936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.426;QD=25.1947;RBI=0.0673758;REFB=-0.0131169;REVB=0.067293;RO=30;SAF=35;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320244;STB=0.517552;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00889103;OID=.;OPOS=38464224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:9:35:23:7:9:35:23:7 chr5 38486065 . C T 387.43 PASS AF=0.534247;AO=37;DP=71;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.04626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.005;QD=21.229;RBI=0.0476504;REFB=0.0134536;REVB=-0.011427;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202312;STB=0.531629;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0135269;OID=.;OPOS=38486065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:31:34:37:39:0.534247:17:20:16:15:18:21:16:18 chr5 38821752 . T G 279.18 PASS AF=0.290076;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=0.0257801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0828;QD=8.52448;RBI=0.0295892;REFB=-0.0158499;REVB=-0.0145226;RO=92;SAF=22;SAR=16;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782881;STB=0.54088;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0312592;OID=.;OPOS=38821752;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:93:38:38:0.290076:16:22:59:33:16:22:59:34 chr5 38822040 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3645;QD=47.821;RBI=0.110741;REFB=0;REVB=-0.0161111;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00424963;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr5 38823254 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7342;QD=58.9618;RBI=0.0199259;REFB=0;REVB=-0.01417;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015487;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr5 38823306 . A G 380.54 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0283299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0059;QD=20.2953;RBI=0.0559162;REFB=-0.024859;REVB=-0.0482083;RO=36;SAF=28;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158124;STB=0.591787;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0363321;OID=.;OPOS=38823306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:36:38:39:0.52:10:28:21:15:10:29:21:15 chr5 38940550 . G A 707.63 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00984046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.449;QD=21.607;RBI=0.0124072;REFB=0.00830103;REVB=0.0075567;RO=61;SAF=34;SAR=35;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148384;STB=0.504204;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00490389;OID=.;OPOS=38940550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:62:69:69:0.526718:35:34:29:32:35:34:30:32 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 1373.91 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=31,24;DP=147;FAO=27,117;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=27,40;FSAR=0,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655721,-0.0999119;FXX=0.0204068;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=179.288,11.6991;QD=38.1641;RBI=0.123194,0.905581;REFB=0,0;REVB=0.104293,0.900053;RO=70;SAF=31,20;SAR=0,4;SRF=1;SRR=69;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.900547,0.804768;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.112482,-0.0448982;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1875,0.8125:31,24:147:27,117:144:0:27,40:0,77:0:0:99:70:31,20:0,4:1:69 chr5 38941426 . TGT TG,TT,TTT 227.01 PASS AF=0.0175439,0.45614,0;AO=7,17,3;DP=55;FAO=1,26,0;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=1,14,0;FSAR=0,12,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0784225,-0.00502652,-0.00410014;FXX=0.0338926;HRUN=8,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=7.06067,197.77,195.97;QD=15.9306;RBI=0.0798568,0.0364052,0.0233893;REFB=0.020772,-0.00403609,-0.00330792;REVB=0.015067,-0.0360565,-0.0230271;RO=20;SAF=4,9,0;SAR=3,8,3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0826548,0.0278045,-0.594329;STB=0.989867,0.520645,0.5;STBP=0.457,0.746,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0528234,0.00457717,-0.0354835;OID=.,.,.;OPOS=38941428,38941427,38941427;OREF=T,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TG,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0175439,0.45614,0:7,17,3:55:1,26,0:57:30:1,14,0:0,12,0:15:15:99:20:4,9,0:3,8,3:10:10 chr5 38941707 . T C 202.05 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0329148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5903;QD=14.1791;RBI=0.0332285;REFB=-0.00711395;REVB=0.00455539;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349646;STB=0.519924;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0560909;OID=.;OPOS=38941707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:11:13:19:14:11:13:19:14 chr5 38942090 . T C 1608.23 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00976121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.781;QD=59.0177;RBI=0.0690194;REFB=-0.101652;REVB=0.0683257;RO=1;SAF=74;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137544;STB=0.507245;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000115954;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:34:74:0:1:34:74:0:1 chr5 38950776 . G A 1345.12 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.863;QD=61.8445;RBI=0.0127976;REFB=0;REVB=0.00267386;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76582e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:30:56:0:0:30:57:0:0 chr5 38955796 . G A 606.07 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.000300958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2821;QD=16.162;RBI=0.0127731;REFB=-0.00562013;REVB=0.0127696;RO=85;SAF=28;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141236;STB=0.575558;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122194;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:86:64:64:0.426667:36:28:49:36:36:28:49:37 chr5 39107100 . A G 295.63 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0811991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8294;QD=17.9167;RBI=0.0977676;REFB=-0.00525659;REVB=0.0544538;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972221;STB=0.561283;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00814363;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:15:16:14:20:15:17:14:20 chr5 39108309 . A G 407.37 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0100398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.609;QD=20.6263;RBI=0.0138763;REFB=-0.0187382;REVB=0.00957888;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825018;STB=0.533359;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0222498;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:38:38:39:41:0.518987:19:20:23:15:19:22:23:15 chr5 39108322 . A G 392.11 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00421188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.083;QD=20.1081;RBI=0.00520733;REFB=-0.0126292;REVB=0.00306208;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959575;STB=0.539335;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00936266;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:39:40:0.512821:19:20:23:14:19:21:23:15 chr5 39119723 . C A 209.09 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0133652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.264;QD=19.0084;RBI=0.0206778;REFB=-0.0221364;REVB=0.0157779;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0238475;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:23:20:21:0.477273:8:12:13:8:8:13:13:10 chr5 39134417 . G A 608.61 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.015501;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.159;QD=23.6353;RBI=0.0167406;REFB=-0.0181907;REVB=-0.00632189;RO=41;SAF=40;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189944;STB=0.591725;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0126341;OID=.;OPOS=39134417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:41:44:59:59:0.572816:19:40:18:23:19:40:21:23 chr5 40852451 . C G 2305.13 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0005;QD=61.063;RBI=0.0398469;REFB=0;REVB=-0.0388682;RO=0;SAF=73;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171373;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:78:73:0:0:78:73:0:0 chr5 40853048 . C T 380.36 PASS AF=0.448276;AO=40;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0102564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2754;QD=17.488;RBI=0.0125307;REFB=-0.050917;REVB=-0.00719892;RO=31;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246293;STB=0.523159;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0183713;OID=.;OPOS=40853048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:31:46:40:39:0.448276:18:22:18:13:17:22:24:22 chr5 40964852 . A C 2955.31 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9871;QD=63.2151;RBI=0.0440322;REFB=0;REVB=0.0360435;RO=0;SAF=107;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.94103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111443;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:187:0:0:187:187:1:80:107:0:0:80:107:0:0 chr5 40972111 . C T 4101.5 PASS AF=1;AO=262;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135261;FXX=0.00751851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.782;QD=62.144;RBI=0.0316218;REFB=-0.0811336;REVB=-0.0285829;RO=1;SAF=150;SAR=112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165708;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:264:264:1:0:262:264:1:112:150:1:0:113:151:0:0 chr5 41008780 . A G 1952.64 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.495;QD=61.9884;RBI=0.0419344;REFB=0;REVB=0.0374795;RO=0;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65134e-05;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:69:55:0:0:70:56:0:0 chr5 41018452 . A T 1068.23 PASS AF=0.973333;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.845;QD=56.9723;RBI=0.0263431;REFB=-0.155104;REVB=0.0082748;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502054;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00130512;OID=.;OPOS=41018452;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:75:0:2:69:73:0.973333:29:40:0:0:31:42:1:1 chr5 41033992 . G T 34.24 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.013556;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6661;QD=13.6948;RBI=0.0426273;REFB=-0.0172853;REVB=-0.0404143;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0214264;OID=.;OPOS=41033992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr5 41042204 . T A 770.7 PASS AF=0.590164;AO=70;DP=124;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00484497;FXX=0.0317435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.613;QD=25.2689;RBI=0.0304193;REFB=0.00120165;REVB=0.030031;RO=43;SAF=29;SAR=41;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529853;STB=0.532468;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.000802922;OID=.;OPOS=41042204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:43:50:70:72:0.590164:41:29:21:22:43:29:24:26 chr5 41042284 . G T 224.97 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=96;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.036465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0362;QD=9.27695;RBI=0.0382137;REFB=-0.0170199;REVB=-0.0114278;RO=68;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173108;STB=0.589985;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0387316;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:68:68:28:29:0.298969:15:13:22:46:16:13:22:46 chr5 41049389 . T C 452.63 PASS AF=0.48913;AO=44;DP=91;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00236395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.172;QD=19.6796;RBI=0.00262639;REFB=0.00115243;REVB=0.00114441;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831768;STB=0.545612;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00207681;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:47:44:45:0.48913:19:25:22:24:19:26:23:24 chr5 41049397 . C T 478.02 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00999471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.476;QD=19.712;RBI=0.0359131;REFB=-0.0480552;REVB=-0.0344942;RO=48;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874709;STB=0.538786;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0532961;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:20:27:23:25:20:27:25:25 chr5 41061715 . CA TG 323.2 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=126;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00513483;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.494;QD=10.4256;RBI=0.00727609;REFB=0.000330111;REVB=0.00515508;RO=82;SAF=23;SAR=18;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566171;STB=0.528931;STBP=0.673;TYPE=mnp;VARB=-0.000695706;OID=.;OPOS=41061715;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:82:83:41:41:0.330645:18:23:42:40:18:23:43:40 chr5 41158863 . G A 1575.11 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301299;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0578;QD=60.0041;RBI=0.0294349;REFB=0;REVB=-0.0292803;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74054e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr5 41199959 . G T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0129861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.139;QD=12.5628;RBI=0.0171673;REFB=-0.00207751;REVB=-0.0112285;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275043;STB=0.659641;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00258627;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:6:16:17:18:6:16:17:18 chr5 41310957 . C G 393.82 PASS AF=0.775;AO=30;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0591578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4475;QD=39.3818;RBI=0.059168;REFB=-0.00918565;REVB=-0.00109588;RO=9;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435936;STB=0.526988;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00179866;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:30:31:0.775:17:13:3:6:17:14:3:6 chr5 41312164 . A C 425.77 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0209537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.731;QD=19.1357;RBI=0.0235335;REFB=-0.0501423;REVB=0.0107129;RO=46;SAF=31;SAR=12;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287237;STB=0.515998;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0534321;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:12:31:32:14:12:31:32:14 chr5 41312206 . TA AT,TT 143.01 PASS AF=0.239437,0.15493;AO=12,4;DP=64;FAO=17,11;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=5,2;FSAR=12,9;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0522459,-0.0197926;FXX=0;HRUN=12,1;LEN=2,1;MLLD=29.9858,156.075;QD=8.05667;RBI=0.056999,0.0216784;REFB=-0.140401,-0.00273922;REVB=-0.0227871,0.00884343;RO=37;SAF=1,2;SAR=11,2;SRF=27;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.714676,-0.267567;STB=0.782314,0.875537;STBP=0.013,0.009;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0293168,0.0398515;OID=.,.;OPOS=41312206,41312207;OREF=TA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:64:71:37:43:12,4:17,11:0.239437,0.15493:11,2:1,2:27:10:12,9:5,2:31:12 chr5 42700044 . A G 1357.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.382;QD=62.4076;RBI=0.069496;REFB=0;REVB=0.0641801;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260235;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:41:46:0:0 chr5 42719239 . A C 542.69 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00177666;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.158;QD=24.9513;RBI=0.00215124;REFB=-0.0240859;REVB=-0.00121297;RO=37;SAF=26;SAR=24;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582028;STB=0.531843;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00903262;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:37:37:50:50:0.574713:24:26:22:15:24:26:22:15 chr5 42720068 . T TA 551.69 PASS AF=0.961538;AO=45;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00588927;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=346.03;QD=42.4375;RBI=0.057437;REFB=-0.084543;REVB=0.0571342;RO=8;SAF=32;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029117;STB=0.53332;STBP=0.039;TYPE=ins;VARB=0.00157729;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:45:53:50:52:2:36:14:0:2:3:8:32:13:5:3 chr5 43120098 . A G 191.67 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000190612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.198;QD=42.5929;RBI=0.0187658;REFB=-0.062525;REVB=0.0187648;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00370735;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:6:10:0:1:7:10:0:1 chr5 43174710 . A G 394.33 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0347216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.394;QD=17.3331;RBI=0.0393139;REFB=0.00157267;REVB=0.018439;RO=49;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266683;STB=0.65299;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00152798;OID=.;OPOS=43174710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:50:41:41:0.450549:17:24:15:34:17:24:15:35 chr5 43492978 . G A 480.28 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.235;QD=58.2153;RBI=0.0440893;REFB=0;REVB=0.0331157;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115229;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:14:13:0:0:16:17:0:0 chr5 43492979 . T A 34.32 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0118629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.3457;QD=4.1595;RBI=0.0120776;REFB=-0.00208638;REVB=0.00226748;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221173;STB=0.652547;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.000700115;OID=.;OPOS=43492979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:13:14:2:4:13:14 chr5 43509348 . T A 2140.64 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6182;QD=62.9599;RBI=0.0368091;REFB=0;REVB=0.0367818;RO=0;SAF=70;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83158e-05;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:66:70:0:0:66:70:0:0 chr5 43527135 . A C 2248.63 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.595;QD=62.4619;RBI=0.0564319;REFB=-0.0633366;REVB=0.0551271;RO=0;SAF=95;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502617;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000651937;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:144:0:1:143:143:0.993056:48:95:0:0:48:95:1:0 chr5 43529902 . G A 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0221832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.594;QD=8.68423;RBI=0.0223723;REFB=-0.00768973;REVB=-0.0029033;RO=61;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215954;STB=0.627532;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.020642;OID=.;OPOS=43529902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:11:14:23:38:11:14:23:38 chr5 44066732 . A G 449.86 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0210798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1459;QD=22.7776;RBI=0.0301972;REFB=-0.0146621;REVB=-0.021622;RO=35;SAF=31;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145574;STB=0.580336;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0108466;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:13:31:19:16:13:31:19:16 chr5 44809162 . G C 245.52 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00213644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.774;QD=23.9529;RBI=0.00241921;REFB=-0.0175204;REVB=-0.00113498;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381109;STB=0.534577;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0147473;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:7:15:13:5:8:15:13:5 chr5 50053015 . G A 781.98 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204398;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.581;QD=56.871;RBI=0.0212147;REFB=0;REVB=0.00568137;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4913e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr5 50057729 . G T 188.4 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0256282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.588;QD=14.2185;RBI=0.0309404;REFB=-0.0298481;REVB=-0.0173351;RO=30;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144581;STB=0.603193;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0309887;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:31:21:22:0.415094:7:14:16:14:7:15:16:15 chr5 50090163 . G A 480.72 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.011195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.397;QD=25.6385;RBI=0.0254347;REFB=-0.0176241;REVB=-0.0228384;RO=30;SAF=23;SAR=22;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897313;STB=0.548998;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0101832;OID=.;OPOS=50090163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:22:23:19:11:22:23:19:11 chr5 52087584 . T TCA 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=277.996;QD=54.5176;RBI=0.0063034;REFB=0;REVB=0.0063034;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.7748e-05;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:25:25:25:0:0:25:0:0:4:0:0:25:0:0 chr5 52096889 . C A 2300.83 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=148;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00215511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.844;QD=62.1846;RBI=0.0253781;REFB=-0.0679504;REVB=0.0252864;RO=2;SAF=86;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024941;STB=0.501344;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00114305;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:148:148:2:2:145:146:0.986486:59:86:1:1:59:87:1:1 chr5 52157374 . T C 1098.03 PASS AF=0.613497;AO=100;DP=163;FAO=100;FDP=163;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=63;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0617886;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2429;QD=26.9455;RBI=0.0661819;REFB=-0.00526347;REVB=0.0237109;RO=63;SAF=37;SAR=63;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323905;STB=0.517535;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00267755;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:63:63:100:100:0.613497:63:37:26:37:63:37:26:37 chr5 52193287 . C T 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0275634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.831;QD=33.3162;RBI=0.0304214;REFB=-0.00272705;REVB=-0.0128733;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02248;STB=0.512305;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=7.30505e-05;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:16:9:4:6:16:9:4:6 chr5 52248291 . T C 850.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.902;QD=57.6912;RBI=0.0381123;REFB=0;REVB=0.0363116;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116246;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr5 52389455 . A G 223.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0362917;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.505;QD=19.0481;RBI=0.0382848;REFB=-0.0106712;REVB=0.0121919;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216266;STB=0.623258;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0101149;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:12:13:16:6:12:13 chr5 52389811 . T TAAAG 66.92 PASS AF=0.212766;AO=8;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0638158;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=4;MLLD=181.388;QD=5.69489;RBI=0.0726274;REFB=-0.00633729;REVB=-0.0346738;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484399;STB=0.847358;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.028348;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766:8:48:10:47:37:9:1:20:17:66:35:7:1:18:17 chr5 52403040 . A G 335.83 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0589297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.404;QD=22.3888;RBI=0.0604319;REFB=-0.0252788;REVB=0.0133907;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584593;STB=0.503224;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0178407;OID=.;OPOS=52403040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:9:17:22:12:9:17 chr5 52778877 . GCC GC,GCG 561.35 PASS AF=0.898305,0.101695;AO=33,6;DP=58;FAO=53,6;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=35,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.280537,-0.0348993;FXX=0.0166639;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.5834,201.391;QD=38.0578;RBI=0.341131,0.0424194;REFB=0,0;REVB=0.194086,-0.0241131;RO=7;SAF=5,0;SAR=28,6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218768,-0.767038;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0015139,0.0310115;OID=.,.;OPOS=52778878,52778879;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.898305,0.101695:33,6:58:53,6:59:0:18,0:35,6:0:0:29:7:5,0:28,6:4:3 chr5 52856504 . G C 1553.22 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.307;QD=62.7563;RBI=0.0924842;REFB=-0.084709;REVB=0.0893922;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.504586;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000943253;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:44:54:1:0:44:54:1:0 chr5 52942083 . A C 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.59;QD=62.3359;RBI=0.0365768;REFB=0;REVB=-0.00403114;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46028e-05;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr5 52942197 . A G 1492.08 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.036;QD=58.5131;RBI=0.0428897;REFB=-0.0663603;REVB=0.0399896;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958248;STB=0.505049;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00040899;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:102:1:1:99:101:0.990196:50:49:1:0:52:49:1:0 chr5 52979097 . G A 512.24 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0606655;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=23.8249;RBI=0.0607797;REFB=-0.00728292;REVB=-0.00372495;RO=38;SAF=17;SAR=31;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185593;STB=0.602048;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00215441;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:38:38:48:48:0.55814:31:17:22:16:31:17:22:16 chr5 53344135 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.264;QD=42.1827;RBI=0.0480861;REFB=0;REVB=0.00412239;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479975;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 53751901 . G A 659.96 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0328492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1134;QD=27.215;RBI=0.033511;REFB=-0.0122537;REVB=0.00662666;RO=39;SAF=38;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921363;STB=0.550287;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00829384;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:39:58:58:0.597938:20:38:21:18:20:38:21:18 chr5 53751988 . T C 599.14 PASS AF=0.4375;AO=63;DP=144;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.00301631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.351;QD=16.6429;RBI=0.0186599;REFB=-0.0220954;REVB=-0.0184145;RO=81;SAF=31;SAR=32;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605179;STB=0.533764;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0380401;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:81:63:63:0.4375:32:31:35:46:32:31:35:46 chr5 53814394 . T C 262.95 PASS AF=0.954545;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267;QD=47.8093;RBI=0.0805953;REFB=-0.0436975;REVB=-0.0726322;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514272;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00399664;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:14:21:0.954545:1:13:0:0:4:17:1:0 chr5 54252345 . T C 740.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.504;QD=56.9456;RBI=0.0444281;REFB=0;REVB=0.0199292;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169558;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr5 54253555 . A G 1287.03 PASS AF=0.988235;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0231;QD=60.5662;RBI=0.0524869;REFB=0.114076;REVB=-0.0468188;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.504503;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00223701;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:85:84:0.988235:29:56:0:0:29:55:1:0 chr5 54253581 . A G 1283.32 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3136;QD=61.8468;RBI=0.0716763;REFB=0;REVB=0.0673911;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270194;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr5 54403957 . T C 712.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648571;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.624;QD=63.295;RBI=0.055531;REFB=0;REVB=0.0551509;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198741;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:46:45:1:16:30:0:0:15:30:0:0 chr5 54404015 . C T 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.652;QD=59.4985;RBI=0.0396391;REFB=0;REVB=-0.00784728;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20393e-05;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr5 54404057 . C G 275.95 PASS AF=0.426667;AO=29;DP=73;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00334481;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.239;QD=14.7174;RBI=0.00480355;REFB=-0.0245565;REVB=0.00344766;RO=43;SAF=21;SAR=8;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340085;STB=0.506818;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0289215;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:43:43:29:32:0.426667:8:21:30:13:10:22:30:13 chr5 54410099 . G A 440.93 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0290101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.623;QD=27.9953;RBI=0.0292219;REFB=-0.0162967;REVB=0.00351205;RO=22;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109274;STB=0.559412;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00535933;OID=.;OPOS=54410099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:20:21:15:7:20:21:15:7 chr5 54410120 . A C 784.84 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4758;QD=57.079;RBI=0.0554496;REFB=0;REVB=0.0520587;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418525;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:24:31:0:0 chr5 54420799 . A C 337.34 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0355114;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2074;QD=19.8432;RBI=0.0542716;REFB=0.0243144;REVB=-0.0410408;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090688;STB=0.543599;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0226023;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:33:35:35:0.514706:18:17:20:14:18:17:19:14 chr5 54439466 . G A 463.02 PASS AF=0.541176;AO=44;DP=81;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0377555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.223;QD=21.7891;RBI=0.0381904;REFB=-0.0150903;REVB=-0.00574695;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181854;STB=0.595499;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0154069;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:37:39:44:46:0.541176:20:24:12:25:21:25:13:26 chr5 54459961 . A G 247.05 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0271578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2841;QD=11.4907;RBI=0.0533829;REFB=-0.00355714;REVB=-0.0459586;RO=56;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192156;STB=0.611037;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00806847;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:12:18:24:32:12:18:24:32 chr5 54466544 . A G 159.8 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0150289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.832;QD=11.6217;RBI=0.0753441;REFB=-0.0161933;REVB=0.0738299;RO=35;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910414;STB=0.553137;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0274151;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:7:13:20:15:7:13:20:15 chr5 54572163 . T C 245.12 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0275531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.857;QD=11.0164;RBI=0.0360695;REFB=-0.0217108;REVB=-0.0232774;RO=58;SAF=19;SAR=11;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229821;STB=0.628013;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0493818;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:59:30:30:0.337079:11:19:25:33:11:19:26:33 chr5 54645411 . G A 52.82 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000911625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.437;QD=7.28595;RBI=0.0275613;REFB=-0.0171684;REVB=0.0275462;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.57503;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0393917;OID=.;OPOS=54645411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:9:11:5:3:10:11 chr5 54674296 . A G 256.5 PASS AF=0.394737;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0509861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0406;QD=13.5001;RBI=0.056;REFB=0.00101648;REVB=0.0231607;RO=46;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132356;STB=0.543329;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00417922;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:46:46:28:30:0.394737:9:19:26:20:11:19:26:20 chr5 54830380 . A G 613.42 PASS AF=0.586538;AO=54;DP=98;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=50;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0317013;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8003;QD=23.593;RBI=0.0325713;REFB=-0.0462365;REVB=0.00747754;RO=41;SAF=43;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17337;STB=0.626072;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0575211;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:41:43:54:61:0.586538:11:43:26:15:11:50:26:17 chr5 55058992 . C A 352.8 PASS AF=0.402062;AO=37;DP=94;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0667235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4717;QD=14.5486;RBI=0.0711744;REFB=-0.0167456;REVB=-0.0247746;RO=57;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163801;STB=0.599216;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0262508;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:57:58:37:39:0.402062:17:20:22:35:17:22:23:35 chr5 55062756 . G A 272.44 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0395445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0206;QD=12.6717;RBI=0.0840359;REFB=0.00254475;REVB=0.0741502;RO=53;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016901;STB=0.504422;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00580297;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:53:54:32:32:0.372093:14:18:29:24:14:18:30:24 chr5 55062764 . T C 285.16 PASS AF=0.375;AO=32;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0429899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.035;QD=12.9618;RBI=0.0434131;REFB=-0.0134865;REVB=0.00604668;RO=55;SAF=18;SAR=14;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216752;STB=0.503879;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0146333;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:55:55:32:33:0.375:14:18:32:23:14:19:32:23 chr5 55082474 . C T 440.85 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0139769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.52;QD=13.2585;RBI=0.0149099;REFB=-0.0162616;REVB=-0.00519137;RO=81;SAF=32;SAR=19;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212218;STB=0.62388;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0313881;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:81:82:51:51:0.383459:19:32:35:46:19:32:35:47 chr5 55149407 . T C 586.88 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0227627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.721;QD=18.1978;RBI=0.0295869;REFB=-0.0155525;REVB=0.0189009;RO=68;SAF=39;SAR=22;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796947;STB=0.504418;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.017002;OID=.;OPOS=55149407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:22:39:44:24:22:39:44:24 chr5 55155402 . C T 654.74 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0636728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.22;QD=22.1946;RBI=0.0717412;REFB=-0.0516919;REVB=0.0330541;RO=50;SAF=43;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152224;STB=0.581216;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.050231;OID=.;OPOS=55155402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:50:53:65:65:0.550847:22:43:24:26:22:43:26:27 chr5 55206444 . G A 478.95 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.0141768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.8;QD=15.5757;RBI=0.0142341;REFB=-0.000615257;REVB=-0.00127575;RO=70;SAF=33;SAR=20;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535934;STB=0.529966;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00145212;OID=.;OPOS=55206444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:20:33:47:23:20:33:47:23 chr5 55246001 . A G 607.72 PASS AF=0.97619;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0548294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.6705;QD=57.8777;RBI=0.0816609;REFB=-0.0768112;REVB=0.0605165;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00488301;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:42:1:1:38:41:0.97619:17:21:1:0:19:22:1:0 chr5 55421574 . ATTTG ATTG,ATTGA,ATTTA 51.92 PASS AF=0.26,0.04,0;AO=9,4,4;DP=60;FAO=13,2,0;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=12,2,0;FSAR=1,0,0;FSRF=34;FSRR=1;FWDB=-0.0615777,-0.147682,-0.223863;FXX=0.019604;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,1;MLLD=13.838,42.2423,37.2146;QD=4.15342;RBI=0.156667,0.204297,0.246738;REFB=-0.115694,-0.0434232,-0.0102621;REVB=-0.144059,-0.141164,-0.103755;RO=35;SAF=9,4,4;SAR=0,0,0;SRF=32;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.633506,0.458148,0.458148;STB=0.656969,0.990226,0.5;STBP=0.822,0.542,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.141927,0.283492,0;OID=.,.,.;OPOS=55421575,55421577,55421578;OREF=T,TG,G;OALT=-,GA,A;OMAPALT=ATTG,ATTGA,ATTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26,0.04,0:9,4,4:60:13,2,0:50:35:12,2,0:1,0,0:34:1:45:35:9,4,4:0,0,0:32:3 chr5 56161787 . G A 1246.04 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.369;QD=61.5326;RBI=0.0271577;REFB=0;REVB=0.0259208;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23926e-05;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr5 56177743 . G A 420.53 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0291863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6979;QD=17.8949;RBI=0.0313907;REFB=-0.0260149;REVB=-0.0115558;RO=50;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754711;STB=0.537029;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0243856;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:19:24:24:26:19:24:25:26 chr5 56177848 . TCAA T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00632056;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=206.454;QD=16.8229;RBI=0.0206399;REFB=-0.0891069;REVB=0.0196483;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.640603;STBP=0.333;TYPE=del;VARB=0.0636041;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:7:12:7:12:5:5:2:2:3:30:5:5:2:2:3 chr5 56178217 . A C 280.8 PASS AF=0.625;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00256808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6726;QD=28.0801;RBI=0.0103923;REFB=0.00475562;REVB=-0.01007;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519984;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00268721;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:24:25:0.625:12:12:7:7:13:12:8:7 chr5 56242774 . T C 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00330184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.59;QD=8.79689;RBI=0.00558087;REFB=0.00099539;REVB=0.00449933;RO=45;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152886;STB=0.521255;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00283211;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:6:14:31:14:6:14:31:15 chr5 56526565 . G T 1166.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.526;QD=60.5818;RBI=0.0484839;REFB=0;REVB=0.0319861;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73806e-05;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:70:77:1:42:28:0:0:45:32:0:0 chr5 56526783 . G A 1493.85 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00588677;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7592;QD=58.5822;RBI=0.00657583;REFB=-0.105933;REVB=0.00293043;RO=1;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939421;STB=0.50495;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000558027;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:1:1:101:101:0.990196:50:51:0:1:50:51:0:1 chr5 57750267 . A C 1091.51 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0247743;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5709;QD=57.4478;RBI=0.0414205;REFB=-0.0493311;REVB=-0.0331948;RO=3;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198691;STB=0.502579;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0124169;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:3:2:74:74:0.973684:30:44:1:2:30:44:1:1 chr5 57750350 . C G 1080.25 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.653;QD=60.014;RBI=0.0173776;REFB=0;REVB=0.0149528;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24487e-05;OID=.;OPOS=57750350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:69:72:1:32:37:0:0:34:38:0:0 chr5 57754004 . C T 242.45 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.00324523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4926;QD=14.9201;RBI=0.00948976;REFB=-0.0347086;REVB=0.00891763;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716174;STB=0.558401;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0109324;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:27:28:0.430769:10:17:25:11:11:17:26:11 chr5 57754132 . G C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.803;QD=63.8695;RBI=0.0128869;REFB=0;REVB=0.0025588;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51865e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr5 57754808 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2748;QD=57.8828;RBI=0.0521337;REFB=0;REVB=-0.000672047;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000500664;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr5 57755703 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0447998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.928;QD=24.5996;RBI=0.0466906;REFB=-0.0493344;REVB=-0.0131525;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815793;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.052156;OID=.;OPOS=57755703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:9:7:12:10:9:7 chr5 58267557 . C T 763.08 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=141;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.00952643;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0229;QD=21.9591;RBI=0.0151507;REFB=-0.00167114;REVB=-0.0117809;RO=66;SAF=36;SAR=37;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15013;STB=0.582197;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00168763;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:66:66:73:73:0.52518:37:36:44:22:37:36:44:22 chr5 58267723 . A C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0291186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.623;QD=17.2298;RBI=0.030248;REFB=-0.0056994;REVB=0.00818839;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00358343;OID=.;OPOS=58267723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr5 58269673 . G GGAA 85.54 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0189146;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=3;MLLD=249.754;QD=4.02527;RBI=0.0213162;REFB=-0.00156176;REVB=-0.00982959;RO=71;SAF=14;SAR=1;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620394;STB=0.914582;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0137066;OID=.;OPOS=58269674;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:15:87:15:85:70:14:1:34:36:85:71:14:1:34:37 chr5 58489384 . G A 1572.88 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0814747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9484;QD=59.9192;RBI=0.0831485;REFB=0;REVB=-0.0165995;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465385;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:39:66:0:0:39:66:0:0 chr5 59984897 . A T 269.85 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00735392;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.044;QD=10.6872;RBI=0.00842149;REFB=-0.00782107;REVB=0.00410383;RO=67;SAF=21;SAR=13;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425379;STB=0.524665;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.014807;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:67:67:34:34:0.336634:13:21:39:28:13:21:39:28 chr5 60241142 . G A 247.82 PASS AF=0.340909;AO=26;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0336094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1464;QD=11.2643;RBI=0.197785;REFB=0.00942167;REVB=0.194909;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181774;STB=0.546677;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0133285;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:58:26:30:0.340909:11:15:35:13:14:16:35:23 chr5 60839907 . C A 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0137562;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.193;QD=15.3774;RBI=0.0155388;REFB=0.0112685;REVB=-0.00722652;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00808939;OID=.;OPOS=60839907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:7:6:6:6:8:6 chr5 60982841 . G A 1266.71 PASS AF=0.645349;AO=110;DP=172;FAO=111;FDP=172;FR=.;FRO=61;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0129088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9961;QD=29.4584;RBI=0.0761377;REFB=-0.0282907;REVB=-0.0750354;RO=61;SAF=59;SAR=51;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068936;STB=0.535469;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0144119;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:61:61:110:111:0.645349:51:59:39:22:51:60:39:22 chr5 61772535 . G T 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=77;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.866;QD=59.1731;RBI=0.0718886;REFB=0.0181075;REVB=0.0652567;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000477472;OID=.;OPOS=61772535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:77:76:0.987013:32:45:0:0:32:44:1:0 chr5 63626148 . T A 31.65 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=50;FWDB=0.0195975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7905;QD=1.56286;RBI=0.0386871;REFB=-0.0242583;REVB=-0.0333561;RO=73;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587467;STB=0.921657;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.144912;OID=.;OPOS=63626148;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:81:81:73:73:8:8:0.0987654:1:7:23:50:1:7:23:50 chr5 63665861 . A G 196.61 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0298529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3642;QD=8.73815;RBI=0.0327209;REFB=-0.00610505;REVB=-0.0133962;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784065;STB=0.551088;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0116437;OID=.;OPOS=63665861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:12:14:38:25:12:14:39:25 chr5 63905068 . A G 1575.89 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155402;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3969;QD=60.0338;RBI=0.0174047;REFB=0;REVB=0.0078375;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221272;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:52:53:0:0:52:53:0:0 chr5 63991473 . G C 337.59 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0310267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0845;QD=22.8873;RBI=0.0314468;REFB=0.0200201;REVB=0.0051232;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286964;STB=0.522808;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0280859;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:20:14:9:15:20:14:9:16 chr5 64015361 . G C 507.24 PASS AF=0.551724;AO=47;DP=86;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0314971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.607;QD=23.3212;RBI=0.0591214;REFB=-0.0232653;REVB=0.0500327;RO=39;SAF=16;SAR=31;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251202;STB=0.640565;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0200421;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:39:47:48:0.551724:31:16:25:14:32:16:25:14 chr5 64023924 . C A 470.55 PASS AF=0.516484;AO=29;DP=93;FAO=47;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.00763917;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9197;QD=20.6834;RBI=0.00942152;REFB=0.00139624;REVB=-0.00551437;RO=38;SAF=19;SAR=10;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262674;STB=0.504585;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00320266;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:38:44:29:47:0.516484:10:19:33:5:11:36:34:10 chr5 64023981 . C T 739.08 PASS AF=0.627273;AO=66;DP=106;FAO=69;FDP=110;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0099822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.953;QD=26.8756;RBI=0.0110712;REFB=-0.0189014;REVB=0.00478827;RO=40;SAF=26;SAR=40;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261249;STB=0.623342;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00927302;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:40:41:66:69:0.627273:40:26:31:9:40:29:31:10 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=67;DP=96;LEN=9;RO=29;SAF=30;SAR=41;SRF=21;SRR=4;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:96:29:67:41:30:21:4 chr5 64097145 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0351175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9153;QD=12.2127;RBI=0.035118;REFB=-0.0172144;REVB=-0.000188424;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218069;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0234374;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:13:9:8:5:13:9 chr5 64267595 . T C 53.61 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00786053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.188;QD=7.65844;RBI=0.0868593;REFB=-0.0185635;REVB=-0.0865029;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139534;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.043679;OID=.;OPOS=64267595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:12:20:8:8:0.285714:3:5:9:3:3:5:9:11 chr5 64273018 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00194823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.602;QD=22.9078;RBI=0.00493992;REFB=-0.00117085;REVB=-0.00453952;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.523787;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000778184;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:9:8:11:10:9:8 chr5 64766859 . T G 364.42 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0107633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.722;QD=23.8964;RBI=0.0330959;REFB=-0.0327024;REVB=-0.0312968;RO=25;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107699;STB=0.559196;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0145175;OID=.;OPOS=64766859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:15:21:11:14:15:21:11:14 chr5 64926500 . ATTTTTTA ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA 129.53 PASS AF=0.708333,0,0;AO=3,8,6;DP=27;FAO=17,0,0;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=16,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.124939,-0.0417461,-0.170504;FXX=0.039984;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=19.9464,10.7806,9.2627;QD=21.5887;RBI=0.198389,0.150361,0.170608;REFB=0.0291123,0.055521,0.0305328;REVB=0.154105,0.14445,0.00594278;RO=6;SAF=3,8,6;SAR=0,0,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0.318584,0.318584,0;SSSB=0.637446,0.773302,0.740222;STB=0.695353,0.5,0.5;STBP=0.101,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00704324,0.0349141,0;OID=.,.,.;OPOS=64926506,64926501,64926506;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTA,ATTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.708333,0,0:3,8,6:27:17,0,0:24:7:16,0,0:1,0,0:5:2:41:6:3,8,6:0,0,0:4:2 chr5 65167288 . G T 1031.65 PASS AF=0.626667;AO=86;DP=145;FAO=94;FDP=150;FR=.;FRO=56;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00484738;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.94;QD=27.5106;RBI=0.0321698;REFB=-0.0218995;REVB=0.0318025;RO=55;SAF=48;SAR=38;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306688;STB=0.529406;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0124617;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:55:56:86:94:0.626667:38:48:33:22:46:48:33:23 chr5 65350374 . A G 1208.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.097;QD=61.1752;RBI=0.0319473;REFB=0;REVB=-0.0282573;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51344e-05;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:29:49:0:0:29:50:0:0 chr5 65350481 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0175644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.36;QD=9.56965;RBI=0.0221435;REFB=0.0125327;REVB=-0.0134844;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.514249;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0246257;OID=.;OPOS=65350481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:4:11:6:2:4:11 chr5 66283374 . C T 246.4 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0478847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9146;QD=24.6402;RBI=0.051585;REFB=-0.0564361;REVB=0.0191851;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527522;STB=0.529386;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0524951;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:15:8:7:10:15:8:7:10 chr5 66459878 . G C 536.71 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7533;QD=59.6347;RBI=0.0575396;REFB=0;REVB=0.0333458;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212526;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr5 66480004 . T C 631.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6203;QD=60.1754;RBI=0.117414;REFB=0;REVB=0.0513448;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185204;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:22:17:0:0:23:19:0:0 chr5 67522722 . C T 94.48 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0175669;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.709;QD=6.63048;RBI=0.0183923;REFB=-0.005139;REVB=0.005448;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135358;STB=0.584293;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0153101;OID=.;OPOS=67522722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:58:57:43:43:14:14:0.245614:5:9:23:20:5:9:23:20 chr5 67588148 . G A 119.4 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0715367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6365;QD=8.84461;RBI=0.11997;REFB=0.00648722;REVB=-0.0963086;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150466;STB=0.598502;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0206897;OID=.;OPOS=67588148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:38:16:16:0.296296:7:9:16:21:7:9:16:22 chr5 67596933 . C T 117.19 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0267749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.327;QD=12.0192;RBI=0.0493699;REFB=-0.0218735;REVB=-0.0414789;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327112;STB=0.695897;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0443418;OID=.;OPOS=67596933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:13:12:3:11:13:12 chr5 68266553 . A T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.521;QD=61.6833;RBI=0.0617843;REFB=0;REVB=0.000703633;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393757;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr5 68417643 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0180412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.891;QD=24.2928;RBI=0.019215;REFB=-0.0274244;REVB=-0.00661318;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400472;STB=0.512182;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0200836;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:15:4:3:9:15:4:3:10 chr5 68419054 . A T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0111111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.039;QD=26.5503;RBI=0.030553;REFB=-0.00210449;REVB=-0.028461;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110222;STB=0.560402;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000807045;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:15:17:7:12:15:17:7:12 chr5 68524133 . A G 156.97 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0356308;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.126;QD=12.5572;RBI=0.0357473;REFB=-0.00751651;REVB=0.00288415;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107648;STB=0.562434;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0103104;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:24:8:6:12:24:8 chr5 68531253 . C T 469.7 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00445788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.58;QD=28.9047;RBI=0.00565241;REFB=-0.00941865;REVB=-0.00347519;RO=22;SAF=23;SAR=20;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217837;STB=0.511839;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00785392;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:20:23:11:11:20:23:11:11 chr5 68546706 . A G 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0155467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.911;QD=20.9978;RBI=0.016978;REFB=-0.028654;REVB=-0.00682295;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184228;STB=0.601201;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0101525;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:17:23:28:8:17:23:28:8 chr5 68551507 . T G 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00723506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2298;QD=26.8476;RBI=0.00771949;REFB=-0.016923;REVB=0.00269154;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596536;STB=0.533289;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00210863;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:8:7:4:3:8:7:4:3 chr5 68688608 . T C 176.81 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0728176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.862;QD=23.5744;RBI=0.0728604;REFB=0.0151799;REVB=-0.00249735;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203027;STB=0.576838;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00745666;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:30:30:10:11:15:17:0.566667:10:5:1:9:11:6:2:9 chr5 68720419 . T G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0179853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.568;QD=7.08572;RBI=0.0269195;REFB=0.00111459;REVB=0.0200296;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968764;STB=0.561068;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00350578;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:7:4:15:19:7:4:15:19 chr5 68774966 . A G 383.28 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00485485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.213;QD=22.8824;RBI=0.00735358;REFB=-0.00720903;REVB=0.00552318;RO=29;SAF=28;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252278;STB=0.639641;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00964582;OID=.;OPOS=68774966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:10:28:13:16:10:28:13:16 chr5 70308251 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.245;QD=45.8067;RBI=0.0498717;REFB=0;REVB=-0.0112585;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240313;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 70751818 . T G 921.62 PASS AF=0.728972;AO=78;DP=107;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0201017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6419;QD=34.4532;RBI=0.028105;REFB=-0.04761;REVB=0.0196422;RO=29;SAF=39;SAR=39;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261368;STB=0.514015;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.014867;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:29:29:78:78:0.728972:39:39:16:13:39:39:16:13 chr5 70800538 . G A 353.94 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0199335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.196;QD=16.0883;RBI=0.0214122;REFB=-0.0123417;REVB=-0.00781917;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19888;STB=0.611776;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0105522;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:22:16:31:19:22:16:31:19 chr5 70806457 . G A 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0258776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.53;QD=36.3422;RBI=0.0504584;REFB=-0.00382136;REVB=0.0433174;RO=5;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19772;STB=0.608582;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000900907;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:14:6:4:1:14:6:4:1 chr5 70806649 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0216052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.803;QD=10.0339;RBI=0.0251902;REFB=-0.0144203;REVB=-0.0129523;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0232488;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr5 70806711 . C G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00744993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1127;QD=10.1736;RBI=0.0423811;REFB=0.00610535;REVB=-0.0417212;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00836283;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr5 70806958 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0247157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.613;QD=21.7465;RBI=0.0252997;REFB=-0.014633;REVB=-0.00540449;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188376;STB=0.615283;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00997532;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:13:6:12:10:14:6 chr5 70809169 . A G 203.0 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0213936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.186;QD=18.8833;RBI=0.0213968;REFB=-0.0120819;REVB=0.000365883;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.511101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00869847;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:19:21:0.488372:10:9:10:12:11:10:10:12 chr5 70837295 . A C 174.08 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0385188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8047;QD=27.8533;RBI=0.0402381;REFB=-0.0207698;REVB=0.0116366;RO=8;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664305;STB=0.5368;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00981145;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:6:11:6:2:6:11:6:2 chr5 70840233 . C T 424.03 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00929153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8496;QD=26.9226;RBI=0.0452474;REFB=-0.00545443;REVB=-0.0442831;RO=22;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162946;STB=0.517069;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00234894;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:23:40:40:0.634921:21:19:11:11:21:19:12:11 chr5 70849021 . G T 346.48 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0149449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.048;QD=26.6524;RBI=0.0174706;REFB=-0.0275353;REVB=-0.00904833;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829596;STB=0.545427;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0180959;OID=.;OPOS=70849021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:15:18:8:11:15:18:8:11 chr5 70932002 . G A 85.64 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0352266;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.804;QD=10.7054;RBI=0.0964658;REFB=-0.0168555;REVB=-0.0898039;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189924;STB=0.615163;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0121962;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:12:9:3:8:12:9 chr5 70945075 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.81;QD=49.5968;RBI=0.0434026;REFB=0;REVB=-0.0198315;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160777;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 71146741 . T G 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00675134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.466;QD=40.5912;RBI=0.00675134;REFB=-0.011412;REVB=0;RO=2;SAF=17;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406008;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:0:17:2:0:0:17:2:0 chr5 71146757 . T C 840.78 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0151528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9828;QD=54.2442;RBI=0.0744543;REFB=-0.127238;REVB=-0.0728961;RO=2;SAF=40;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230134;STB=0.512191;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00363938;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:20:40:2:0:20:40:2:0 chr5 71146882 . T C 3912.02 PASS AF=0.956044;AO=261;DP=273;FAO=261;FDP=273;FR=.;FRO=12;FSAF=162;FSAR=99;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0297224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.685;QD=57.319;RBI=0.0315988;REFB=-0.020355;REVB=0.0107267;RO=12;SAF=162;SAR=99;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180403;STB=0.509479;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000417737;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:273:273:12:12:261:261:0.956044:99:162:5:7:99:162:5:7 chr5 71146889 . A G 3746.78 PASS AF=0.958015;AO=250;DP=261;FAO=251;FDP=262;FR=.;FRO=11;FSAF=157;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00922141;FXX=0.0113203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.395;QD=57.2028;RBI=0.0144715;REFB=-0.0368234;REVB=0.011153;RO=11;SAF=156;SAR=94;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144277;STB=0.50763;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0013084;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:261:262:11:11:250:251:0.958015:94:156:5:6:94:157:5:6 chr5 71490962 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3337;QD=35.569;RBI=0.0544147;REFB=0;REVB=0.027813;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312491;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr5 71499510 . A T 261.93 PASS AF=0.246914;AO=40;DP=162;FAO=40;FDP=162;FR=.;FRO=122;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=-0.0142401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.999;QD=6.46731;RBI=0.016769;REFB=-0.00250723;REVB=-0.00885553;RO=121;SAF=23;SAR=17;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180033;STB=0.604841;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00680051;OID=.;OPOS=71499510;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:121:122:40:40:0.246914:17:23:52:69:17:23:53:69 chr5 71756102 . G A 2483.47 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=166;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.017666;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7709;QD=60.2053;RBI=0.102935;REFB=-0.147426;REVB=0.101408;RO=2;SAF=86;SAR=76;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109363;STB=0.505746;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00173539;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:166:165:2:2:162:163:0.987879:76:86:2:0:77:86:2:0 chr5 71756670 . C T 86.43 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0387603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.102;QD=13.2976;RBI=0.0392721;REFB=-0.0139363;REVB=0.00631982;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.620478;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0152474;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:26:15:15:9:11:0.423077:5:4:5:10:5:6:5:10 chr5 72144209 . C T 742.29 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00927153;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.926;QD=54.9842;RBI=0.0115942;REFB=-0.12494;REVB=0.00696158;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000130433;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:1:0:26:27:1:0 chr5 72174432 . C G 1056.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5217;QD=59.547;RBI=0.036468;REFB=0;REVB=-0.0333656;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35121e-05;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:35:33:0:0:35:36:0:0 chr5 72184098 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9495;QD=57.2019;RBI=0.00974178;REFB=0;REVB=-0.00652934;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29097e-05;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr5 72347223 . A G 670.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.245;QD=62.3344;RBI=0.0225927;REFB=0;REVB=0.015645;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101302;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr5 72351905 . A G 145.15 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.701;QD=44.6626;RBI=0.144061;REFB=0;REVB=0.143921;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807213;OID=.;OPOS=72351905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr5 72385914 . A G 493.8 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183552;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.964;QD=56.4346;RBI=0.0755658;REFB=-0.197531;REVB=0.0733026;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00300943;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr5 72419410 . A G 1051.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.235;QD=59.2284;RBI=0.0252767;REFB=0;REVB=-0.0060659;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58391e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:29:41:0:0:29:42:0:0 chr5 72419456 . C G 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0349;QD=56.0068;RBI=0.0407871;REFB=-0.0812401;REVB=-0.0353975;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00139925;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:0:1:30:30:0:1 chr5 72419617 . C A 1061.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.42;QD=59.8108;RBI=0.0344302;REFB=0;REVB=0.0343985;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99818e-05;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:32:34:0:0:36:35:0:0 chr5 72742882 . T C 193.18 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.067245;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.5;QD=10.4421;RBI=0.0748599;REFB=-0.0166408;REVB=-0.0328955;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142541;STB=0.591571;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0429661;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:8:17:27:21:8:17:27:22 chr5 72795160 . AATCTC A 254.69 PASS AF=0.557377;AO=31;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=287.805;QD=16.7012;RBI=0.0117719;REFB=-0.0146;REVB=-0.00584656;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425123;STB=0.544721;STBP=0.479;TYPE=del;VARB=0.0142888;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557377:31:61:34:61:27:16:18:10:17:99:27:13:18:10:17 chr5 72795176 . G A 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.027145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.576;QD=23.9706;RBI=0.0274161;REFB=-0.0240076;REVB=-0.00384573;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932573;STB=0.551152;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.010547;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:19:16:8:16:19:16:8:16 chr5 72798845 . A G 316.34 PASS AF=0.636364;AO=24;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0830104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3823;QD=28.7581;RBI=0.0832532;REFB=-0.089416;REVB=0.00635309;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694702;STB=0.548984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0393684;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:11:16:24:28:0.636364:15:9:4:7:16:12:9:7 chr5 73144845 . A G 548.89 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.000344045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.622;QD=26.4527;RBI=0.0403596;REFB=-0.0330259;REVB=0.0403581;RO=33;SAF=33;SAR=17;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542135;STB=0.502957;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0223178;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:17:33:22:11:17:33:22:11 chr5 73163831 . C T 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0167596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.726;QD=28.1265;RBI=0.0171811;REFB=-0.0552101;REVB=-0.00378241;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216275;STB=0.618952;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00785126;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:13:11:11:3:13:11:11:3 chr5 73163965 . C A 204.56 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.034865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7429;QD=26.3949;RBI=0.0552097;REFB=-0.0176384;REVB=-0.0428083;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475086;STB=0.565851;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00677718;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:9:11:19:20:0.645161:10:9:5:4:11:9:7:4 chr5 73207372 . T A 445.55 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0169746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.177;QD=26.2087;RBI=0.017184;REFB=0.00217623;REVB=-0.00267458;RO=25;SAF=13;SAR=29;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288244;STB=0.651375;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00142465;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:25:26:42:42:0.617647:29:13:18:7:29:13:18:8 chr5 73218954 . C T 251.48 PASS AF=0.258993;AO=36;DP=139;FAO=36;FDP=139;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.0160075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.307;QD=7.23685;RBI=0.0206223;REFB=-0.00253411;REVB=0.0130015;RO=101;SAF=18;SAR=18;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104046;STB=0.561118;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00739296;OID=.;OPOS=73218954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:101:103:36:36:0.258993:18:18:59:42:18:18:60:43 chr5 73930751 . C T 180.84 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0644433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5227;QD=11.3022;RBI=0.0644482;REFB=0.0214583;REVB=-0.000791089;RO=41;SAF=19;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449627;STB=0.764453;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.02564;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:4:19:19:22:4:19:19:22 chr5 73931246 . T C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0227768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.251;QD=9.10803;RBI=0.0246706;REFB=0.000833098;REVB=-0.00947916;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00471745;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:5:11:6:2:5:11 chr5 73931280 . A C 39.47 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0626688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0209;QD=3.67197;RBI=0.0853549;REFB=-0.0077277;REVB=-0.057949;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483862;STB=0.825086;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0584039;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:43:43:34:36:7:7:0.162791:6:1:18:16:6:1:18:18 chr5 73932315 . T C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00580947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.876;QD=16.6188;RBI=0.047655;REFB=-0.000505846;REVB=-0.0472995;RO=28;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283822;STB=0.660878;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000467831;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:8:15:10:18:8:15:10:18 chr5 73981270 . T C 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0362958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.802;QD=46.951;RBI=0.0462454;REFB=0.0138723;REVB=0.0286575;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000606855;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:1:0:7:13:1:0 chr5 74021846 . TACTCAA T 362.16 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0243881;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=6;MLLD=285.756;QD=22.2864;RBI=0.038429;REFB=-0.0229487;REVB=0.0296987;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313299;STB=0.501729;STBP=0.987;TYPE=del;VARB=0.0175979;OID=.;OPOS=74021847;OREF=ACTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553846:36:67:36:65:29:20:16:16:13:99:29:20:16:16:13 chr5 74046464 . C T 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00353265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.342;QD=28.7635;RBI=0.00644904;REFB=-0.0211617;REVB=0.00539542;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527488;STB=0.529153;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0108647;OID=.;OPOS=74046464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:8:11:6:3:8:11:6:3 chr5 74063154 . C G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000686152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.915;QD=26.372;RBI=0.0357504;REFB=-0.0204776;REVB=-0.0357438;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209584;STB=0.59992;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0143837;OID=.;OPOS=74063154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:16:24:24:0.6:12:12:3:12:12:12:4:12 chr5 74069863 . A G 335.82 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0049765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.892;QD=22.3882;RBI=0.0307029;REFB=-0.0333131;REVB=-0.0302969;RO=26;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125361;STB=0.569236;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0211403;OID=.;OPOS=74069863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:13:21:12:14:13:21:12:14 chr5 74178511 . C T 389.81 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0201073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.528;QD=38.0298;RBI=0.0217425;REFB=-0.0506585;REVB=0.00827257;RO=10;SAF=19;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09827;STB=0.553363;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0188675;OID=.;OPOS=74178511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:10:10:31:31:0.756098:12:19:4:6:12:19:4:6 chr5 74442410 . G A 170.24 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0331725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1059;QD=10.8086;RBI=0.0586522;REFB=-0.0247905;REVB=-0.04837;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252296;STB=0.634807;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0479232;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:40:41:22:22:0.349206:11:11:29:11:11:11:29:12 chr5 74442920 . A G 142.58 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00543715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.31;QD=14.258;RBI=0.00903392;REFB=-0.0116901;REVB=-0.0072145;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143153;STB=0.59988;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.01357;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:8:7:8:16:8:8:8:16 chr5 74443132 . C T 138.25 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00906079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.776;QD=7.37336;RBI=0.0306944;REFB=-0.012199;REVB=-0.0293265;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660661;STB=0.537277;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0310086;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:53:55:20:20:0.266667:9:11:32:21:9:11:33:22 chr5 74491715 . TTCA T 65.63 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000566908;FXX=0.0434688;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.675;QD=5.96617;RBI=0.0466016;REFB=-0.0131758;REVB=-0.0465981;RO=29;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611393;STB=0.891872;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0311478;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:13:46:13:44:31:12:1:14:17:65:29:12:1:14:15 chr5 74491956 . T C 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0124025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.727;QD=7.98283;RBI=0.0218233;REFB=-0.0255592;REVB=0.0179565;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761347;STB=0.534789;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0452976;OID=.;OPOS=74491956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:7:9:25:15:7:9:25:16 chr5 74951901 . G A 138.96 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0646314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6075;QD=12.0832;RBI=0.0651341;REFB=-0.018508;REVB=-0.0080768;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347927;STB=0.702889;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0286979;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:21:9:10:6:21:9 chr5 74970024 . T C 180.17 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.000369719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.224;QD=11.0871;RBI=0.0314857;REFB=-0.00456872;REVB=-0.0314835;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160907;STB=0.571164;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00777888;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:7:15:23:19:8:15:23:19 chr5 75001582 . A G 198.32 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0881731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.952;QD=13.2213;RBI=0.0886114;REFB=-0.0165351;REVB=0.00880235;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581527;STB=0.533306;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0118103;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:20:16:12:12:20:16 chr5 75003678 . T C 496.49 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0036018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.87;QD=13.5099;RBI=0.0131763;REFB=-0.0145059;REVB=0.0126745;RO=91;SAF=26;SAR=30;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450558;STB=0.525538;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0207441;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:91:91:56:56:0.380952:30:26:46:45:30:26:46:45 chr5 75427935 . G A 310.17 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00775972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0376;QD=28.8526;RBI=0.0225807;REFB=0.00282403;REVB=0.0212056;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215395;STB=0.618629;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00117801;OID=.;OPOS=75427935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:17:10:11:5:17:10:11:5 chr5 75884734 . G A 332.77 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0217343;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5594;QD=23.7694;RBI=0.0275524;REFB=-0.0257042;REVB=0.0169339;RO=18;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101888;STB=0.588186;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0103275;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:18:23:33:33:0.589286:12:21:14:4:12:21:19:4 chr5 75906851 . T C 1572.95 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.434;QD=59.922;RBI=0.0591601;REFB=0;REVB=0.0375405;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148615;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:39:66:0:0:39:66:0:0 chr5 75923285 . C T 1080.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7596;QD=60.0263;RBI=0.0501553;REFB=0;REVB=-0.0489309;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208548;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr5 75923294 . T G 1053.18 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.157;QD=58.5099;RBI=0.0350727;REFB=-0.0869803;REVB=0.00577418;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555034;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:72:1:0:65:72:1:23:42:1:0:23:49:0:0 chr5 75923307 . A G 1061.68 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.786;QD=58.9821;RBI=0.00508705;REFB=0;REVB=0.00319064;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5251e-05;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:24:47:0:1:25:47:0:0 chr5 75932869 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.137;QD=56.9991;RBI=0.0441913;REFB=0;REVB=0.0289876;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151064;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr5 75932965 . G C 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.607;QD=57.5412;RBI=0.0561735;REFB=0;REVB=0.0457549;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346349;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr5 75960865 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.78;QD=47.8206;RBI=0.03597;REFB=0;REVB=0.035806;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279987;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 76003254 . AAAAC TAAAC,TAAAT 681.04 PASS AF=0.660714,0.321429;AO=31,14;DP=56;FAO=37,18;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21,9;FSAR=16,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.127325,0.0318583;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=24.0814,238.806;QD=48.6456;RBI=0.149568,0.0318583;REFB=-0.141701,-0.129266;REVB=0.0784778,-1.50068e-05;RO=2;SAF=18,6;SAR=13,8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0490584,-0.129287;STB=0.511622,0.526287;STBP=0.499,0.516;TYPE=snp,mnp;VARB=0.020281,-0.012815;OID=.,.;OPOS=76003254,76003254;OREF=A,AAAAC;OALT=T,TAAAT;OMAPALT=TAAAC,TAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:56:2:1:31,14:37,18:0.660714,0.321429:13,8:18,6:2:0:16,9:21,9:1:0 chr5 76030796 . T C 164.1 PASS AF=0.372549;AO=18;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0066323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.345;QD=12.8702;RBI=0.0265987;REFB=-0.00651368;REVB=0.0257586;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171859;STB=0.613382;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0161634;OID=.;OPOS=76030796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:32:18:19:0.372549:9:9:21:11:10:9:21:11 chr5 76128521 . G A 727.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.374;QD=57.0517;RBI=0.0391615;REFB=0;REVB=-0.0038533;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143808;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr5 76129053 . T C 562.83 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00266519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1784;QD=50.029;RBI=0.0204135;REFB=-0.00783051;REVB=-0.0202388;RO=5;SAF=23;SAR=17;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916859;STB=0.548996;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00282417;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:17:23:5:0:17:23:5:0 chr5 76171252 . A C 272.75 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.000923714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.512;QD=19.4822;RBI=0.0603394;REFB=-0.0529873;REVB=-0.0603324;RO=19;SAF=22;SAR=5;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106978;STB=0.637061;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0428497;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:27:27:29:0.517857:5:22:17:2:5:24:17:10 chr5 76358966 . CA AC,C 88.32 PASS AF=0.0208333,0.520833;AO=2,24;DP=48;FAO=1,25;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=1,12;FSAR=0,13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00372665,0.0430456;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=2,1;MLLD=17.5221,6.82991;QD=7.35971;RBI=0.116789,0.183766;REFB=-0.0681849,-0.120165;REVB=-0.116729,-0.178653;RO=17;SAF=1,11;SAR=1,13;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291053,-0.226514;STB=0.986419,0.593836;STBP=0.501,0.203;TYPE=mnp,del;VARB=0.0432859,0.100671;OID=.,.;OPOS=76358966,76358967;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:48:48:17:22:2,24:1,25:0.0208333,0.520833:1,13:1,11:13:4:0,13:1,12:15:7 chr5 76621399 . C T 611.16 PASS AF=0.712329;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0390295;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8826;QD=33.4883;RBI=0.0417691;REFB=-0.0101866;REVB=0.0148781;RO=20;SAF=29;SAR=23;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750779;STB=0.546124;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00375879;OID=.;OPOS=76621399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:20:21:52:52:0.712329:23:29:14:6:23:29:15:6 chr5 76704849 . T C 795.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.254;QD=63.6493;RBI=0.0211664;REFB=0;REVB=0.0206813;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79409e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:33:13:0:0:36:14:0:0 chr5 76708987 . A G 726.14 PASS AF=0.579832;AO=68;DP=122;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.00632059;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.128;QD=24.4081;RBI=0.0101174;REFB=-0.00966705;REVB=0.00790018;RO=44;SAF=32;SAR=36;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184443;STB=0.598331;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0187977;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:44:50:68:69:0.579832:36:32:32:12:37:32:35:15 chr5 76722443 . G A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.313;QD=59.426;RBI=0.0505854;REFB=0;REVB=-0.0271862;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260036;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr5 76722891 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.296;QD=55.6546;RBI=0.0578131;REFB=0;REVB=0.0450683;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515765;OID=.;OPOS=76722891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 76722895 . A G 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0576614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.378;QD=27.6498;RBI=0.0716635;REFB=-0.0517565;REVB=0.0425537;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0297192;OID=.;OPOS=76722895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:4:5:10:8:4:5 chr5 76734084 . C T 885.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.476;QD=58.047;RBI=0.0515885;REFB=0;REVB=0.0512812;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227336;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr5 76916335 . G GC 675.2 PASS AF=1;AO=57;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3602;QD=43.5616;RBI=0.109608;REFB=-0.0198107;REVB=0.109475;RO=7;SAF=31;SAR=26;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00301296;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:65:62:62:0:33:29:0:0:11:7:31:26:3:4 chr5 76926578 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.968;QD=57.1775;RBI=0.0236997;REFB=0;REVB=-0.0148254;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30455e-06;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr5 77011066 . T C 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00735397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.387;QD=27.2646;RBI=0.0353302;REFB=-0.0162486;REVB=0.0345563;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472495;STB=0.502615;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00990405;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:7:6:10:12:7:6 chr5 77745853 . C CA 354.63 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.1799;QD=40.5293;RBI=0.202178;REFB=0;REVB=0.197304;RO=6;SAF=24;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00865653;OID=.;OPOS=77745854;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:37:35:35:0:25:10:0:0:7:6:24:7:3:3 chr5 77781152 . TTACAA T,TTATAA 483.16 PASS AF=0.655738,0.0655738;AO=38,4;DP=62;FAO=40,4;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=26,1;FSAR=14,3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0101006,0.00276355;FXX=0.0161264;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=232.91,79.8574;QD=31.6829;RBI=0.0172165,0.0490801;REFB=-0.0392822,-0.0265069;REVB=0.0139422,-0.0490022;RO=18;SAF=25,1;SAR=13,3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13337,-0.238271;STB=0.556768,0.691296;STBP=0.228,0.444;TYPE=del,snp;VARB=0.0192995,0.137238;OID=.,.;OPOS=77781153,77781155;OREF=TACAA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.655738,0.0655738:38,4:62:40,4:61:17:26,1:14,3:8:9:99:18:25,1:13,3:8:10 chr5 77781390 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0527672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.895;QD=18.2488;RBI=0.0528919;REFB=-0.00435646;REVB=-0.00362954;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798371;STB=0.545388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00419943;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:2:10:10:3:2:10 chr5 77781785 . C CT 585.21 PASS AF=1;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6751;QD=41.8005;RBI=0.0863371;REFB=0;REVB=0.0850464;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00195462;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:57:56:56:0:32:24:0:0:11:2:30:24:2:0 chr5 77782447 . C G 445.54 PASS AF=0.300518;AO=57;DP=192;FAO=58;FDP=193;FR=.;FRO=135;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=-0.041071;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4407;QD=9.23408;RBI=0.0988691;REFB=-0.0197233;REVB=-0.0899349;RO=132;SAF=30;SAR=27;SRF=69;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431295;STB=0.506007;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0352487;OID=.;OPOS=77782447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:193:132:135:57:58:0.300518:27:30:69:63:27:31:71:64 chr5 77784433 . T C 577.91 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00288595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0147;QD=24.333;RBI=0.0140853;REFB=-0.0112992;REVB=-0.0137865;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993512;STB=0.554435;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0160892;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:28:25:25:17:28:25:25:17 chr5 77784438 . T A 590.62 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-7.04018e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.118;QD=24.3553;RBI=0.0287159;REFB=-0.00545118;REVB=-0.0287159;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103523;STB=0.55668;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00590625;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:27:27:27:16:27:27:27:16 chr5 77784738 . A G 264.36 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=93;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.0126139;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.835;QD=11.4941;RBI=0.0280001;REFB=-0.000870881;REVB=0.0249979;RO=56;SAF=20;SAR=10;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297542;STB=0.504199;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00130025;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:61:30:31:0.336957:10:20:36:20:11:20:39:22 chr5 78340257 . C G 1588.14 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.85;QD=64.1672;RBI=0.0146409;REFB=0;REVB=-0.00176047;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2693e-06;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:39:59:0:0:39:60:0:0 chr5 78340286 . A G 1343.34 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249101;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.099;QD=62.4809;RBI=0.0494161;REFB=0;REVB=0.0493533;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47346e-05;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:33:53:0:0:33:53:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 686.05 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=14,31;DP=46;FAO=4,42;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605692,0.088532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.1413,53.3515;QD=59.6566;RBI=0.0649625,0.0919136;REFB=0,0;REVB=0.0234842,0.0247021;RO=0;SAF=14,12;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0529787,0.02373;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0869565,0.913043:14,31:46:4,42:46:0:4,22:0,20:0:0:14:0:14,12:0,19:0:0 chr5 78373431 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.806;QD=60.9784;RBI=0.00646481;REFB=0;REVB=-0.00110126;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62355e-05;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr5 78421959 . G A 753.76 PASS AF=0.743902;AO=61;DP=82;FAO=61;FDP=82;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00207639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.13;QD=36.7686;RBI=0.00512644;REFB=-0.0199248;REVB=0.00468711;RO=21;SAF=30;SAR=31;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10598;STB=0.556868;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0087893;OID=.;OPOS=78421959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:21:21:61:61:0.743902:31:30:15:6:31:30:15:6 chr5 78423621 . C T 352.84 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0144865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.255;QD=26.1362;RBI=0.0165428;REFB=-0.0259374;REVB=-0.00798775;RO=20;SAF=28;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267993;STB=0.514697;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0139299;OID=.;OPOS=78423621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:6:28:16:4:6:28:16:4 chr5 78533286 . TG T,TT 40.7 PASS AF=0.19697,0.030303;AO=12,5;DP=66;FAO=13,2;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=9,0;FSAR=4,2;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0105813,-0.00059618;FXX=0.0571347;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.6656,22.5447;QD=2.4667;RBI=0.11547,0.0241606;REFB=-0.115831,-0.0668474;REVB=-0.114985,0.0241532;RO=37;SAF=12,0;SAR=0,5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.718967,-0.708403;STB=0.574349,0.995879;STBP=0.607,0.11;TYPE=del,snp;VARB=0.19065,-0.036563;OID=.,.;OPOS=78533287,78533287;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697,0.030303:12,5:66:13,2:66:51:9,0:4,2:31:20:32:37:12,0:0,5:26:11 chr5 78573790 . A T 371.68 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00705264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7963;QD=20.0907;RBI=0.0130534;REFB=-0.0169715;REVB=-0.0109842;RO=35;SAF=12;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224557;STB=0.620373;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0156929;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:37:38:0.513514:25:12:20:15:25:13:21:15 chr5 78596044 . T C 551.42 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00886406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.554;QD=18.852;RBI=0.00893114;REFB=-0.0148266;REVB=-0.00109255;RO=59;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996388;STB=0.558374;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0149276;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:59:57:58:0.495726:22:35:30:29:22:36:30:29 chr5 78617534 . T G 340.02 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0022552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.175;QD=29.5671;RBI=0.01271;REFB=-0.0364972;REVB=-0.0125083;RO=15;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314528;STB=0.504501;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0168444;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:17:29:29:0.630435:15:14:8:7:15:14:8:9 chr5 79025157 . A G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0153992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.957;QD=19.8489;RBI=0.0169365;REFB=-0.0119589;REVB=0.00705067;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131368;STB=0.507453;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0046265;OID=.;OPOS=79025157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:8:5:6:9:8:5 chr5 79028472 . C T 270.5 PASS AF=0.568182;AO=23;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00277102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.446;QD=24.5913;RBI=0.0290168;REFB=-0.016086;REVB=0.0288842;RO=18;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223202;STB=0.620811;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00999912;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:18:19:23:25:0.568182:5:18:10:8:6:19:10:9 chr5 79030045 . A G 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00353314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.316;QD=21.2658;RBI=0.00873019;REFB=-0.0231335;REVB=0.0079833;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918183;STB=0.551664;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0100802;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:5:9:9:8:5:9 chr5 79031558 . G A 235.11 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000161639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.803;QD=40.8891;RBI=0.0049881;REFB=-0.0274349;REVB=-0.00498548;RO=3;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995917;STB=0.554399;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00402302;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:6:14:1:2:6:14:1:2 chr5 79033391 . G A 963.54 PASS AF=0.72973;AO=81;DP=111;FAO=81;FDP=111;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=2.07952e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.38;QD=34.7223;RBI=0.00362395;REFB=-0.0116228;REVB=0.00362389;RO=30;SAF=44;SAR=37;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122171;STB=0.565461;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00531853;OID=.;OPOS=79033391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:30:30:81:81:0.72973:37:44:9:21:37:44:9:21 chr5 79048562 . C T 113.04 PASS AF=0.246377;AO=15;DP=67;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0216088;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.135;QD=6.55287;RBI=0.0259271;REFB=-0.00579591;REVB=-0.0143274;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536019;STB=0.53604;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.025549;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:52:52:15:17:0.246377:9:6:23:29:9:8:22:30 chr5 79277817 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0314527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.287;QD=18.0506;RBI=0.0441816;REFB=-0.0212142;REVB=0.031028;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.6109;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0122331;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:6:2:5:5:6:2 chr5 79286419 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00727888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.234;QD=17.1565;RBI=0.0265315;REFB=-0.0196557;REVB=0.0255135;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201851;STB=0.593118;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0228958;OID=.;OPOS=79286419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:7:10:15:4:7:10:15:5 chr5 79351852 . A T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00127109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0544;QD=21.546;RBI=0.0570392;REFB=-0.0267365;REVB=0.057025;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432924;STB=0.749583;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0284184;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:12:2:6:4:12:2:6:4 chr5 79439630 . G A 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0104207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.896;QD=35.0853;RBI=0.0125391;REFB=-0.010112;REVB=0.00697419;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630015;STB=0.534226;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00384759;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:20:13:4:10:20:13:4:10 chr5 79616083 . G C 713.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429924;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.103;QD=63.4083;RBI=0.0526854;REFB=0;REVB=-0.0304533;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42553e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr5 79617357 . T C 411.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.532;QD=56.7274;RBI=0.038344;REFB=0;REVB=0.0379676;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104838;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr5 79733079 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.958;QD=51.9165;RBI=0.0548066;REFB=0;REVB=0.0385741;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156075;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr5 79734297 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.093;QD=50.412;RBI=0.0323086;REFB=0;REVB=-0.0127243;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016074;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr5 79734409 . G A 284.98 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.451;QD=51.8143;RBI=0.0402325;REFB=0;REVB=0.0401331;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623609;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:6:16:0:0 chr5 79735858 . A G 1427.09 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374916;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.372;QD=62.0474;RBI=0.0386498;REFB=0.0304845;REVB=0.00939084;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=6.37675e-05;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:91:91:0.98913:49:42:1:0:49:42:1:0 chr5 79745469 . A G 725.76 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0445995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7191;QD=52.7823;RBI=0.0474739;REFB=-0.104028;REVB=-0.0162682;RO=2;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000646073;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0027333;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:26:27:1:1:26:27:1:1 chr5 79815658 . T C 1066.23 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00725544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.572;QD=58.4234;RBI=0.0151197;REFB=-0.0818809;REVB=0.0132652;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000814738;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:70:72:0.986301:29:41:0:0:31:41:0:1 chr5 79855372 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00542324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.823;QD=62.9818;RBI=0.0139169;REFB=0;REVB=-0.0128167;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.109e-05;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr5 79946883 . G A 44.37 PASS AF=0.100917;AO=11;DP=109;FAO=11;FDP=109;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0462462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.548;QD=1.62826;RBI=0.0462926;REFB=-0.00301953;REVB=-0.0020724;RO=96;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274429;STB=0.532683;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0397594;OID=.;OPOS=79946883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:109:96:98:11:11:0.100917:7:4:37:59:7:4:39:59 chr5 79966029 . G A 766.32 PASS AF=1;AO=32;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.294;QD=63.86;RBI=0.0790881;REFB=0;REVB=-0.072352;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198327;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:32:48:1:21:11:0:0:22:26:0:0 chr5 80149981 . A G 657.75 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.861;QD=59.7955;RBI=0.0200035;REFB=-0.0241787;REVB=0.0134331;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000936614;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:44:43:0.977273:20:24:0:0:19:24:0:1 chr5 80168937 . G A 715.03 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00367625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5908;QD=60.8532;RBI=0.0312424;REFB=-0.109622;REVB=-0.0310253;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000646741;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:22:23:0:0:22:24:0:1 chr5 80502736 . C G 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0161823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.835;QD=35.274;RBI=0.0164816;REFB=-0.027332;REVB=-0.00312669;RO=5;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702272;STB=0.538422;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00737887;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:7:12:4:1:7:12:4:1 chr5 80736444 . A G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00647563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.89;QD=15.2681;RBI=0.0172242;REFB=-0.031666;REVB=0.0159605;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253515;STB=0.633703;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0228553;OID=.;OPOS=80736444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:11:15:10:22:11:15:11:22 chr5 80756848 . TAAAAAAA TAAAAAA,TAAAAAAT 1520.92 PASS AF=0.193069,0.658416;AO=32,40;DP=217;FAO=39,133;FDP=202;FR=.;FRO=30;FSAF=13,86;FSAR=26,47;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.516943,-0.0820532;FXX=0.0733911;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=5.76623,143.559;QD=30.1173;RBI=0.517504,0.0831515;REFB=-0.199528,-0.0490194;REVB=0.0240906,0.0134696;RO=24;SAF=11,28;SAR=21,12;SRF=2;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.246063,0.413887;STB=0.533317,0.573211;STBP=0.576,0;TYPE=del,snp;VARB=0.120945,0.0381424;OID=.,.;OPOS=80756849,80756855;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.193069,0.658416:32,40:217:39,133:202:30:13,86:26,47:8:22:99:24:11,28:21,12:2:22 chr5 81354389 . T C 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00426627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.157;QD=24.2723;RBI=0.0311626;REFB=-0.00844685;REVB=0.0308692;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146361;STB=0.580593;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00727085;OID=.;OPOS=81354389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:13:8:18:13:13:8 chr5 81549216 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.479;QD=59.0184;RBI=0.0361364;REFB=0;REVB=0.00867379;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115315;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr5 81549240 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.093;QD=55.0981;RBI=0.0102355;REFB=0;REVB=-0.0068292;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41609e-06;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr5 81572184 . G C 991.72 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8343;QD=58.3364;RBI=0.0470476;REFB=0;REVB=0.0154526;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76174e-05;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:39:26:0:0:39:29:0:0 chr5 82500734 . G T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0400517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.068;QD=19.0175;RBI=0.0405496;REFB=0.00319871;REVB=0.00633537;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333241;STB=0.690557;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0014619;OID=.;OPOS=82500734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:9:5:11:4:9:5 chr5 82833145 . G A 394.49 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.094;QD=56.3556;RBI=0.246419;REFB=0;REVB=0.021294;RO=0;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110644;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:25:0:0:0:25:3:0:0 chr5 82833369 . A G 300.44 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0166252;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=291.904;QD=44.51;RBI=0.0296958;REFB=0.0280016;REVB=0.0246057;RO=3;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131699;STB=0.571368;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000587121;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:9:15:0:3:9:15:0:3 chr5 82834299 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.819;QD=58.7814;RBI=0.0550399;REFB=0;REVB=0.0429497;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158992;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr5 82834630 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.657;QD=53.2757;RBI=0.0814399;REFB=0;REVB=0.0156866;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661535;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 82835545 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.047;QD=64.4151;RBI=0.0323099;REFB=0;REVB=0.0296988;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81905e-05;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr5 82835724 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00056654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.741;QD=49.5992;RBI=0.0494615;REFB=0;REVB=0.0494582;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022818;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr5 82837631 . G T 454.61 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408202;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2799;QD=58.6591;RBI=0.0412168;REFB=0;REVB=-0.00570419;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169533;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr5 82875800 . C T 1472.4 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.039;QD=63.3292;RBI=0.032088;REFB=0;REVB=-0.0206636;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25262e-05;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:57:36:0:0:57:36:0:0 chr5 82940273 . C G 177.97 PASS AF=0.26;AO=25;DP=101;FAO=26;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=-0.14862;FXX=0.00990001;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.5599;QD=7.11879;RBI=0.150523;REFB=-0.0352492;REVB=0.023858;RO=44;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00300987;STB=0.599926;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.101999;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:44:74:25:26:0.26:13:12:21:23:13:13:47:27 chr5 82948542 . T C 271.68 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0162588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.083;QD=20.8985;RBI=0.021946;REFB=-0.00440664;REVB=0.0147405;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985106;STB=0.554756;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00291534;OID=.;OPOS=82948542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:14:10:15:13:14:10 chr5 82999358 . T G 249.89 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0288949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.505;QD=37.0202;RBI=0.0295234;REFB=-0.0351807;REVB=0.006059;RO=4;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021315;STB=0.527002;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0056337;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:27:4:5:21:22:0.814815:9:12:2:2:10:12:2:3 chr5 83360520 . C T 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0141568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.744;QD=15.1956;RBI=0.0196273;REFB=-0.00518982;REVB=0.0135947;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112775;STB=0.573444;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00726006;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:26:18:18:0.409091:5:13:15:9:5:13:16:10 chr5 85582712 . T C 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0340806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.169;QD=3.67683;RBI=0.0512536;REFB=-0.00969397;REVB=0.0382811;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468786;STB=0.815097;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.021418;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:2:6:15:29:2:6:15:29 chr5 85583642 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0793331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.886;QD=11.3688;RBI=0.0794953;REFB=-0.0318617;REVB=0.00507593;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0371231;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:9:10:7:4:9:10 chr5 86513974 . A G 119.69 PASS AF=0.213483;AO=16;DP=81;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.060945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4668;QD=5.37909;RBI=0.0614622;REFB=-0.0191529;REVB=-0.00795709;RO=65;SAF=3;SAR=13;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242204;STB=0.730314;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0554439;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:89:65:70:16:19:0.213483:13:3:22:43:16:3:27:43 chr5 86627243 . AAG A 481.87 PASS AF=0.577982;AO=60;DP=108;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00140441;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=2;MLLD=231.321;QD=17.6834;RBI=0.0243378;REFB=-0.0484949;REVB=0.0242972;RO=43;SAF=27;SAR=33;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827915;STB=0.53511;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0337173;OID=.;OPOS=86627244;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577982:60:108:63:109:46:29:34:25:21:99:43:27:33:24:19 chr5 87497977 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.491;QD=58.5868;RBI=0.0795396;REFB=0;REVB=-0.00481539;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418379;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr5 87498849 . G A 1463.47 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.189;QD=62.9449;RBI=0.030826;REFB=0;REVB=0.0208494;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30943e-05;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:89:93:1:50:39:0:0:52:41:0:0 chr5 89769647 . G A 116.14 PASS AF=0.705882;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00454107;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.8772;QD=27.3258;RBI=0.0290367;REFB=-0.10803;REVB=-0.0286795;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175933;STB=0.533278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00979412;OID=.;OPOS=89769647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:17:17:4:3:10:12:0.705882:6:4:3:1:6:6:1:2 chr5 89769728 . T C 207.86 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0985;QD=48.9077;RBI=0.088684;REFB=0;REVB=0.0739995;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312567;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:5:9:0:0:7:10:0:0 chr5 89810077 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0459746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0712;QD=5.2152;RBI=0.0953509;REFB=-0.00858978;REVB=-0.0835352;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275267;STB=0.682326;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0304108;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:12:9:4:2:12:9 chr5 89816299 . C A 160.33 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0620095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.851;QD=10.344;RBI=0.0630784;REFB=-0.0136641;REVB=-0.0115633;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658064;STB=0.555502;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0204039;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:41:21:21:0.33871:12:9:19:20:12:9:21:20 chr5 89816309 . A AT 54.96 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=60;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00345672;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4951;QD=3.72608;RBI=0.101393;REFB=-0.0199155;REVB=0.101334;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103381;STB=0.612517;STBP=0.261;TYPE=ins;VARB=0.0338717;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:16:60:17:59:42:10:7:18:24:54:40:9:7:19:21 chr5 89820984 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0159878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.293;QD=12.546;RBI=0.0159952;REFB=-0.0129488;REVB=0.000484988;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990658;STB=0.50569;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0225618;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:14:12:19:23:14:12:19:23 chr5 89943571 . G T 160.18 PASS AF=0.64;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.032601;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.543;QD=25.6291;RBI=0.033382;REFB=-0.0499194;REVB=-0.00717846;RO=9;SAF=14;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522318;STB=0.797034;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0380016;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:27:25:9:9:16:16:0.64:2:14:2:7:2:14:2:7 chr5 89979589 . G A 423.71 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=-0.0311533;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6762;QD=23.5396;RBI=0.0312369;REFB=0.0104569;REVB=0.00228346;RO=31;SAF=21;SAR=20;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300593;STB=0.663681;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00786791;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:31:31:41:41:0.569444:20:21:4:27:20:21:4:27 chr5 89979698 . C T 325.73 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00718839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9719;QD=24.5832;RBI=0.0161373;REFB=-0.0297605;REVB=0.0144478;RO=21;SAF=11;SAR=21;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871519;STB=0.547751;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0107552;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:21:11:5:16:21:11:5:16 chr5 89981639 . C T 639.51 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0205179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.22;QD=25.8387;RBI=0.0386728;REFB=-0.0148195;REVB=-0.0327811;RO=42;SAF=26;SAR=30;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470721;STB=0.529401;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00911908;OID=.;OPOS=89981639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:56:57:0.575758:30:26:17:25:30:27:17:25 chr5 89985882 . A G 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0175748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.516;QD=15.305;RBI=0.0193436;REFB=-0.0177048;REVB=0.00808092;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540016;STB=0.51162;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0177664;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:14:16:19:17:14:16:20:19 chr5 89988504 . A G 654.74 PASS AF=0.626374;AO=57;DP=91;FAO=57;FDP=91;FR=.;FRO=34;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0229926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2955;QD=28.7798;RBI=0.0307823;REFB=-0.00751918;REVB=-0.0204668;RO=32;SAF=49;SAR=8;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987493;STB=0.547265;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00406327;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:34:57:57:0.626374:8:49:25:7:8:49:27:7 chr5 89989779 . G A 1217.39 PASS AF=0.652439;AO=107;DP=156;FAO=107;FDP=164;FR=.;FRO=57;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00664875;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2597;QD=29.6925;RBI=0.0674564;REFB=-0.0703839;REVB=-0.0671279;RO=49;SAF=59;SAR=48;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242884;STB=0.545353;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0423793;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:164:49:57:107:107:0.652439:48:59:25:24:48:59:24:33 chr5 89990324 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0301807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.674;QD=21.1726;RBI=0.0342626;REFB=-0.034096;REVB=0.0162189;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0101295;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr5 90020923 . T G 261.88 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0296054;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.041;QD=20.5395;RBI=0.0298489;REFB=-0.0107769;REVB=-0.00380439;RO=21;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161707;STB=0.620348;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00961121;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:24:27:27:0.529412:10:17:9:12:10:17:9:15 chr5 90024735 . G A 657.42 PASS AF=0.623656;AO=54;DP=89;FAO=58;FDP=93;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00637317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.164;QD=28.2761;RBI=0.0072341;REFB=-0.0222283;REVB=-0.00342269;RO=31;SAF=20;SAR=34;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2079;STB=0.605345;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0176589;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:31:35:54:58:0.623656:34:20:21:10:36:22:23:12 chr5 90052289 . G A 110.86 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0221013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2601;QD=15.8371;RBI=0.0227342;REFB=-0.000722296;REVB=-0.005327;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426609;STB=0.741947;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=4.95612e-05;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:13:2:8:5:13:2 chr5 90052372 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0106444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.01;QD=18.1184;RBI=0.0197202;REFB=-0.0173448;REVB=-0.0166006;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23314;STB=0.632043;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0140122;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:14:6:10:8:14:6 chr5 90087161 . C G 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0608372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7586;QD=6.95132;RBI=0.0739292;REFB=-0.0030792;REVB=-0.0420042;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526499;STB=0.532218;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00511294;OID=.;OPOS=90087161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:8:8:25:21:8:8:25:21 chr5 90107108 . A G 1311.52 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.936;QD=61.7184;RBI=0.0652434;REFB=0;REVB=0.0380663;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0808e-05;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:35:45:0:0:38:47:0:0 chr5 90119293 . C T 201.46 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.044849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1106;QD=11.8505;RBI=0.0826801;REFB=-0.023567;REVB=0.0694592;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118236;STB=0.559952;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0399024;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:43:24:25:0.367647:10:14:20:22:11:14:20:23 chr5 90119324 . G A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.41;QD=57.8828;RBI=0.0117684;REFB=0;REVB=0.00401547;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18483e-06;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 90151589 . G A 646.79 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0377238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.053;QD=27.2334;RBI=0.050044;REFB=-0.031768;REVB=-0.0328833;RO=36;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112747;STB=0.559772;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0101379;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:38:57:57:0.6:28:29:24:12:28:29:25:13 chr5 93731985 . A G 1878.41 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.687;QD=61.5871;RBI=0.0242481;REFB=0;REVB=0.0127039;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35937e-05;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:59:61:0:0:61:61:0:0 chr5 93798142 . A T 314.84 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.000535833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.597;QD=14.8159;RBI=0.00698195;REFB=-0.0122165;REVB=0.00696135;RO=50;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156495;STB=0.588578;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0166859;OID=.;OPOS=93798142;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:15:20:21:29:15:20:21:29 chr5 93987532 . C A 145.17 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.00886452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.553;QD=7.16878;RBI=0.0661946;REFB=0.00102379;REVB=-0.0655983;RO=59;SAF=12;SAR=9;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149999;STB=0.516114;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00331774;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:59:60:21:21:0.259259:9:12:33:26:9:12:33:27 chr5 94278129 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0288486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8236;QD=9.19974;RBI=0.0288486;REFB=-0.017679;REVB=0;RO=13;SAF=7;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252888;OID=.;OPOS=94278129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:0:7:13:0:0:7:13:0 chr5 94749723 . G A 794.72 PASS AF=0.69;AO=69;DP=100;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0025297;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.952;QD=31.7886;RBI=0.0201605;REFB=-0.0220145;REVB=-0.0200012;RO=31;SAF=38;SAR=31;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135864;STB=0.500732;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00722091;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:31:31:69:69:0.69:31:38:17:14:31:38:17:14 chr5 94772540 . C T 1215.15 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4434;QD=60.0074;RBI=0.156481;REFB=0;REVB=-0.0627816;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822297;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:76:81:1:43:33:0:0:43:38:0:0 chr5 94783994 . G A,GA 33.9 PASS AF=0,0.135135;AO=3,11;DP=77;FAO=0,10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.053702,-0.0761259;FXX=0.0263123;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.3705,17.8211;QD=1.8323;RBI=0.0617895,0.0766049;REFB=-0.0222376,-0.0361189;REVB=-0.0305621,-0.00855267;RO=63;SAF=2,3;SAR=1,8;SRF=39;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0430284,-0.411323;STB=0.5,0.846675;STBP=1,0.029;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.178082;OID=.,.;OPOS=94783994,94783995;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:77:74:63:64:3,11:0,10:0,0.135135:1,8:2,3:39:24:0,8:0,2:41:23 chr5 94957676 . A T 173.71 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0702525;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0855;QD=18.2851;RBI=0.077011;REFB=-0.00620815;REVB=-0.0315482;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509793;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00396454;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:6:12:14:7:6:12:13:7 chr5 94994339 . A G 278.98 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0110513;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.813;QD=16.1725;RBI=0.0263951;REFB=-0.0121313;REVB=0.0239702;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169928;STB=0.615453;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0207578;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:38:31:31:0.449275:18:13:21:14:18:13:24:14 chr5 95084131 . G A 1434.18 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.822;QD=63.0408;RBI=0.0188647;REFB=0;REVB=0.0167119;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36806e-05;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr5 95091194 . C T 1413.32 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.399;QD=62.8141;RBI=0.0397414;REFB=0;REVB=0.0374882;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57491e-05;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:40:50:0:0:40:50:0:0 chr5 95091201 . A G 1519.2 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.933;QD=62.0081;RBI=0.0107003;REFB=-0.11507;REVB=0.000938536;RO=2;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288141;STB=0.504504;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-2.30379e-05;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:2:1:96:97:0.989796:41:55:1:1:42:55:1:0 chr5 95152313 . A G 384.01 PASS AF=0.72093;AO=30;DP=42;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0357859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.085;QD=35.7222;RBI=0.0502844;REFB=-0.00790913;REVB=0.0353256;RO=12;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121172;STB=0.509548;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00111106;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:42:43:12:12:30:31:0.72093:7:23:9:3:7:24:9:3 chr5 95194571 . T C 1914.1 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=125;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0444848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3582;QD=60.7649;RBI=0.0910002;REFB=-0.104303;REVB=-0.079386;RO=1;SAF=56;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840822;STB=0.504347;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000221138;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:126:1:1:123:125:0.992063:67:56:1:0:68:57:1:0 chr5 95194593 . G T 358.59 PASS AF=0.348837;AO=44;DP=128;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.00344467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.667;QD=11.1192;RBI=0.0217657;REFB=-0.01077;REVB=-0.0214914;RO=83;SAF=25;SAR=19;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983431;STB=0.56636;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0192448;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:83:84:44:45:0.348837:19:25:40:43:19:26:40:44 chr5 95222277 . C T 646.55 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.784;QD=61.5767;RBI=0.0102899;REFB=0;REVB=0.00155453;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05723e-05;OID=.;OPOS=95222277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr5 95234350 . A G 127.41 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00203749;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.236;QD=9.26611;RBI=0.0242678;REFB=-0.00810786;REVB=-0.0241821;RO=36;SAF=16;SAR=1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562138;STB=0.867231;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.02027;OID=.;OPOS=95234350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:38:17:17:0.309091:1:16:23:13:1:16:23:15 chr5 95234377 . C T 230.39 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00253984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4214;QD=12.2872;RBI=0.0793583;REFB=-0.0204158;REVB=-0.0793177;RO=40;SAF=26;SAR=2;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458267;STB=0.814886;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0518958;OID=.;OPOS=95234377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:47:28:28:0.373333:2:26:28:12:2:26:30:17 chr5 95234392 . A C 389.05 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0041768;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.012;QD=16.0432;RBI=0.00420159;REFB=-0.00448086;REVB=0.000455694;RO=54;SAF=31;SAR=10;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135359;STB=0.592796;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00771771;OID=.;OPOS=95234392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:56:41:41:0.42268:10:31:35:19:10:31:35:21 chr5 95236415 . G A 338.16 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0291339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8506;QD=28.7792;RBI=0.0674077;REFB=-0.0496753;REVB=-0.0607866;RO=17;SAF=24;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679663;STB=0.503873;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0158845;OID=.;OPOS=95236415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:18:29:29:0.617021:5:24:15:2:5:24:15:3 chr5 95236459 . C T 275.79 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00330908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.262;QD=25.6553;RBI=0.0254477;REFB=-0.0240281;REVB=-0.0252317;RO=18;SAF=21;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145563;STB=0.581467;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0144544;OID=.;OPOS=95236459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:4:21:13:5:4:21:13:5 chr5 95728440 . A G 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5852;QD=62.1592;RBI=0.0554723;REFB=0;REVB=-0.00110779;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248846;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr5 95759035 . C A 299.24 PASS AF=0.325;AO=38;DP=120;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.0328698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.369;QD=9.97461;RBI=0.0350525;REFB=9.62802e-05;REVB=0.0121759;RO=81;SAF=19;SAR=19;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196385;STB=0.60442;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000193827;OID=.;OPOS=95759035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:81:81:38:39:0.325:19:19:54:27:19:20:54:27 chr5 95865526 . G A 195.65 PASS AF=0.241935;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0424345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0533;QD=6.31119;RBI=0.0574671;REFB=0.0109318;REVB=0.0387528;RO=94;SAF=9;SAR=21;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182773;STB=0.61181;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0351706;OID=.;OPOS=95865526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:94:94:30:30:0.241935:21:9:41:53:21:9:41:53 chr5 96079387 . C T 919.12 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6895;QD=58.3568;RBI=0.0536434;REFB=0;REVB=0.0350736;RO=0;SAF=13;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329912;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:50:13:0:0:50:13:0:0 chr5 96079402 . C T 844.5 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4603;QD=57.2541;RBI=0.0188296;REFB=0;REVB=0.00511077;RO=0;SAF=12;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65036e-05;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:46:12:0:0:47:12:0:0 chr5 96231000 . G T 3255.91 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.105;QD=62.0173;RBI=0.00768627;REFB=0;REVB=-0.0075821;RO=0;SAF=128;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14145e-06;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:81:128:0:0:81:129:0:0 chr5 96232142 . T A 1562.36 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.043;QD=58.4059;RBI=0.0502159;REFB=0;REVB=3.33329e-06;RO=0;SAF=29;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0826e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96806e-05;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:107:0:0:100:107:1:71:29:0:0:73:34:0:0 chr5 96235896 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00713874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.917;QD=55.0444;RBI=0.0319234;REFB=0.055481;REVB=0.031115;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000212236;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:0:1:21:34:0:1 chr5 96237326 . G A 1756.09 PASS AF=0.944882;AO=122;DP=127;FAO=120;FDP=127;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0253399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0632;QD=55.3098;RBI=0.0549349;REFB=0.018069;REVB=0.0487415;RO=5;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035674;STB=0.51003;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00180362;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:127:127:5:7:122:120:0.944882:64:58:0:5:64:56:2:5 chr5 96245343 . C T 1433.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.158;QD=63.0056;RBI=0.0195987;REFB=0;REVB=-0.0194962;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36007e-05;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:49:42:0:0:49:42:0:0 chr5 96245439 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.295;QD=61.0492;RBI=0.0273277;REFB=0;REVB=0.0217724;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15441e-05;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:41:35:0:0:43:35:0:0 chr5 96249115 . C T 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.141;QD=63.3367;RBI=0.0179941;REFB=0;REVB=0.0153198;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15263e-05;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr5 96350710 . G A 2030.02 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000906172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.408;QD=61.5157;RBI=0.00940033;REFB=-0.102205;REVB=-0.00935655;RO=1;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736859;STB=0.503875;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000409701;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:64:67:0:1:64:67:0:1 chr5 96498783 . G A 773.06 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168626;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.337;QD=55.2184;RBI=0.0370969;REFB=-0.0294547;REVB=0.0330429;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00031557;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:23:32:1:0:23:32:1:0 chr5 96503523 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.776;QD=53.9112;RBI=0.0203151;REFB=0;REVB=-0.00478388;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2148e-05;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr5 96512865 . T A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.382;QD=58.2396;RBI=0.0630912;REFB=0;REVB=0.0620813;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38444e-05;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr5 96512871 . T A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.299;QD=58.7817;RBI=0.0459726;REFB=0;REVB=0.0433092;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74995e-05;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr5 96513471 . G C 909.02 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296205;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.654;QD=58.6466;RBI=0.0418914;REFB=0;REVB=-0.0296229;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00060423;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr5 96518792 . T G 471.16 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00068996;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3877;QD=58.8948;RBI=0.0973843;REFB=0;REVB=0.0973818;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290531;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:27:32:1:12:15:0:0:17:15:0:0 chr5 99382109 . T G 275.48 PASS AF=0.343434;AO=32;DP=102;FAO=34;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0383309;FXX=0.0294089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6885;QD=11.1305;RBI=0.0701916;REFB=0.00379629;REVB=-0.0588014;RO=46;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155087;STB=0.593065;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00858198;OID=.;OPOS=99382109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:46:65:32:34:0.343434:12:20:22:24:14:20:29:36 chr5 99388523 . A G 111.01 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.000774404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.895;QD=5.04584;RBI=0.0155408;REFB=-0.00336276;REVB=-0.0155215;RO=69;SAF=8;SAR=10;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150618;STB=0.588875;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0149139;OID=.;OPOS=99388523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:70:18:18:0.204545:10:8:39:30:10:8:39:31 chr5 100068875 . C T 261.41 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0395845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1611;QD=10.3529;RBI=0.0600043;REFB=-0.0243705;REVB=-0.0450952;RO=68;SAF=26;SAR=7;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424765;STB=0.748881;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0445997;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:7:26:30:38:7:26:30:38 chr5 100145388 . A C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8477;QD=63.2834;RBI=0.0575183;REFB=0;REVB=0.0558678;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409254;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 38.64 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0418597;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=4;MLLD=159.581;QD=7.0253;RBI=0.046714;REFB=-0.0289698;REVB=-0.0207355;RO=24;SAF=3;SAR=2;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263579;STB=0.681292;STBP=0.374;TYPE=ins;VARB=0.102166;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:5:31:6:22:16:3:3:12:4:38:24:3:2:19:5 chr5 100146447 . G T 988.63 PASS AF=0.971831;AO=59;DP=75;FAO=69;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371796;FXX=0.0533262;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.145;QD=55.6975;RBI=0.124779;REFB=-0.14046;REVB=-0.119111;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314298;STB=0.506171;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00675889;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:71:2:1:59:69:0.971831:30:29:2:0:29:40:1:0 chr5 101466768 . C G 283.31 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0100583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.117;QD=15.524;RBI=0.0415778;REFB=-0.0374229;REVB=0.0403428;RO=41;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330179;STB=0.518652;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0716551;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:10:22:27:14:10:22:27:14 chr5 101575091 . C T 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0785881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5037;QD=25.898;RBI=0.0798334;REFB=0.0303785;REVB=-0.0140456;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14697;STB=0.581337;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.024231;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:13:8:16:12:13:8 chr5 101638381 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.158;QD=57.5448;RBI=0.0232698;REFB=0;REVB=0.0230906;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109867;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr5 101816104 . G A 501.48 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2983;QD=58.9971;RBI=0.073725;REFB=0;REVB=-0.0284046;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180072;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:20:14:0:0 chr5 102345546 . A C 233.38 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0030455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.834;QD=8.72448;RBI=0.0129438;REFB=-0.00617956;REVB=-0.0125804;RO=75;SAF=17;SAR=15;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134327;STB=0.507904;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0162873;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:15:17:39:36:15:17:39:36 chr5 102365186 . G A 469.3 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00338624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2606;QD=26.0722;RBI=0.0108157;REFB=-0.00493312;REVB=-0.0102719;RO=28;SAF=26;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00187999;STB=0.502658;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0032207;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:28:43:44:0.611111:17:26:17:11:17:27:17:11 chr5 102365426 . C CAG 486.04 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0130121;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.084;QD=23.7091;RBI=0.0133072;REFB=-0.0158711;REVB=0.00278709;RO=38;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082633;STB=0.533884;STBP=0.484;TYPE=ins;VARB=0.00872735;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:46:84:46:82:36:22:24:20:16:99:38:22:24:22:16 chr5 102433409 . G A 274.22 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=29;FWDB=-0.0213056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.087;QD=8.99083;RBI=0.0217057;REFB=-0.0168662;REVB=-0.0041481;RO=79;SAF=25;SAR=12;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230338;STB=0.513263;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0439683;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:79:85:37:37:0.303279:12:25:52:27:12:25:56:29 chr5 102512570 . C A,CA 1064.72 PASS AF=0,1;AO=3,69;DP=77;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774203,-0.0564049;FXX=0.0131562;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=4.88496,24.5418;QD=56.7853;RBI=0.168605,0.133562;REFB=0,0;REVB=-0.149779,-0.121068;RO=3;SAF=1,32;SAR=2,37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.352427,0.0367953;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.0027474;OID=.,.;OPOS=102512570,102512571;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:77:75:3:0:3,69:0,75:0,1:2,37:1,32:0:3:0,42:0,33:0:0 chr5 102520400 . A C 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00757848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.166;QD=13.4047;RBI=0.0183533;REFB=0.00553453;REVB=0.0167156;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682366;STB=0.539136;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00929766;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:13:10:17:17:13:10:17:17 chr5 102538752 . T C 260.33 PASS AF=0.315315;AO=34;DP=110;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.0265229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.6;QD=9.38111;RBI=0.0865685;REFB=-0.00313282;REVB=0.0824054;RO=76;SAF=18;SAR=16;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170948;STB=0.589735;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0169809;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:76:76:34:35:0.315315:16:18:51:25:16:19:51:25 chr5 102891695 . A G 234.38 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0171566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.393;QD=9.19133;RBI=0.0173744;REFB=-0.0186214;REVB=-0.00274251;RO=71;SAF=18;SAR=13;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546092;STB=0.532113;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0436543;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:71:31:31:0.303922:13:18:38:33:13:18:38:33 chr5 108672755 . T A 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.34;QD=58.5802;RBI=0.0169267;REFB=-0.0259975;REVB=-0.00447736;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771574;STB=0.504064;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=2.90098e-05;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:61:42:0:1:61:42:0:1 chr5 108672946 . C T 1041.85 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606554;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.136;QD=59.5345;RBI=0.0123007;REFB=0;REVB=-0.0107012;RO=0;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644313;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:18:50:0:0:20:50:0:0 chr5 109035301 . TT AG,TTAAAG 592.3 PASS AF=0.0930233,0.860465;AO=4,36;DP=43;FAO=4,37;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=4,26;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215761,0.00982342;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,4;MLLD=103.787,233.482;QD=55.0976;RBI=0.0262469,0.0512328;REFB=0.00272316,-0.0319342;REVB=0.0149457,0.0502822;RO=2;SAF=4,26;SAR=0,10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.725637,0.0268759;STB=0.995773,0.512309;STBP=0.168,0.572;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00974355,0.000585477;OID=.,.;OPOS=109035301,109035303;OREF=TT,-;OALT=AG,AAAG;OMAPALT=AG,TTAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:43:43:2:2:4,36:4,37:0.0930233,0.860465:0,10:4,26:1:1:0,11:4,26:1:1 chr5 109035496 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.627;QD=53.9104;RBI=0.0299919;REFB=0;REVB=0.0168268;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276628;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr5 109117171 . A G 1699.42 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00158129;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6673;QD=58.6006;RBI=0.0477752;REFB=-0.0898364;REVB=0.047749;RO=1;SAF=83;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155616;STB=0.515622;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00654386;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:1:2:113:114:0.982759:30:83:0:1:31:83:0:2 chr5 109120562 . G A 413.48 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0122075;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.14;QD=19.2318;RBI=0.0365685;REFB=-0.0296069;REVB=0.0344707;RO=39;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125687;STB=0.569547;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0213482;OID=.;OPOS=109120562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:39:43:40:43:0.5:20:20:25:14:22:21:27:16 chr5 109181682 . A T 1265.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.375;QD=61.7204;RBI=0.0614179;REFB=0;REVB=0.0447075;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04012e-05;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:41:40:0:0:41:41:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1033.9 PASS AF=1;AO=67;DP=73;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302141;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=3;MLLD=149.499;QD=59.9365;RBI=0.0302246;REFB=0;REVB=-0.000795303;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.21935e-05;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:73:69:69:0:32:37:0:0:6:0:32:35:0:0 chr5 109849584 . CAAAAAT ACAAAAT,CAAAAA,CAAAA,CAAAAT 54.81 PASS AF=0,0.100775,0,0.248062;AO=7,23,14,26;DP=127;FAO=0,13,0,32;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=0,13,0,13;FSAR=0,0,0,19;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0669575,-0.124414,-0.147351,-0.171585;FXX=0;HRUN=1,2,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=33.2041,11.2734,13.3505,7.7273;QD=1.69939;RBI=0.138003,0.130779,0.149865,0.172112;REFB=-0.0308354,-0.150594,-0.131113,-0.107736;REVB=-0.120671,0.0403009,0.0273338,0.0134634;RO=41;SAF=2,23,14,12;SAR=5,0,0,14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.275014,0.818359,0.769229,-0.0540568;STB=0.5,0.998986,0.5,0.64262;STBP=1,0,1,0.059;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0.0578533,0.179704,0,0.102852;OID=.,.,.,.;OPOS=109849584,109849590,109849589,109849585;OREF=CA,T,AT,A;OALT=AC,-,-,-;OMAPALT=ACAAAAT,CAAAAA,CAAAA,CAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:46:127:129:41:84:7,23,14,26:0,13,0,32:0,0.100775,0,0.248062:5,0,0,14:2,23,14,12:21:20:0,0,0,19:0,13,0,13:51:33 chr5 109864483 . T C 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0248816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.519;QD=31.6306;RBI=0.0293501;REFB=-0.0448761;REVB=-0.0155671;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118435;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0238346;OID=.;OPOS=109864483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:14:13:6:7:14:13:6:7 chr5 110430605 . C CT,T 45.33 PASS AF=0.269231,0;AO=13,4;DP=60;FAO=14,0;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=3,0;FSAR=11,0;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.112957,-0.0109414;FXX=0.0188644;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=12.4991,359.929;QD=3.48698;RBI=0.191426,0.0163206;REFB=-0.066827,-0.00165675;REVB=-0.154547,-0.0121098;RO=40;SAF=2,1;SAR=11,3;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.420878,-0.224848;STB=0.728566,0.5;STBP=0.06,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.126365,0;OID=.,.;OPOS=110430606,110430605;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:60:52:40:38:13,4:14,0:0.269231,0:11,3:2,1:18:22:11,0:3,0:19:19 chr5 110784822 . A G 193.92 PASS AF=0.256637;AO=29;DP=113;FAO=29;FDP=113;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=0.0188001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2532;QD=6.86443;RBI=0.0192685;REFB=-0.000885592;REVB=0.00422288;RO=83;SAF=15;SAR=14;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138212;STB=0.503968;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00471926;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:84:29:29:0.256637:14:15:42:41:14:15:43:41 chr5 111500816 . C CTAAAA 416.09 PASS AF=0.439252;AO=43;DP=109;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0162757;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=5;MLLD=275.739;QD=15.5547;RBI=0.0179516;REFB=-0.0142055;REVB=0.00757373;RO=61;SAF=11;SAR=32;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459146;STB=0.748113;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0195071;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.439252:43:109:47:107:60:12:35:42:18:99:61:11:32:43:18 chr5 111504479 . C T 1612.64 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396161;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.737;QD=60.2857;RBI=0.0399724;REFB=0;REVB=0.00532511;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72449e-05;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:105:107:1:56:49:0:0:58:49:0:0 chr5 111506069 . G A 990.34 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.209;QD=59.1245;RBI=0.0166653;REFB=0;REVB=0.0112512;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36613e-06;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr5 111519740 . T C 2101.18 PASS AF=0.972789;AO=143;DP=151;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.033548;FXX=0.0264883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.828;QD=57.1749;RBI=0.0521874;REFB=-0.0814604;REVB=0.0399758;RO=3;SAF=78;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477627;STB=0.501247;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000433917;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:151:147:3:4:143:143:0.972789:65:78:2:1:65:78:2:2 chr5 111530284 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0222;QD=51.1824;RBI=0.0855696;REFB=0;REVB=0.0404087;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347269;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr5 111545670 . C G 1080.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.723;QD=60.0287;RBI=0.00992258;REFB=0;REVB=0.00834469;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82362e-06;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr5 111611076 . A G 138.49 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00271795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.249;QD=11.7864;RBI=0.00400117;REFB=-0.0206955;REVB=-0.00293634;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140886;STB=0.573677;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0398806;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:31:16:16:0.340426:6:10:15:15:6:10:16:15 chr5 112162854 . T C 1810.85 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169289;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.337;QD=61.3848;RBI=0.0695813;REFB=0;REVB=0.0674906;RO=0;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429353;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:117:118:1:68:49:0:0:68:50:0:0 chr5 112162896 . T G 178.78 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00792375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.829;QD=6.00944;RBI=0.0087361;REFB=-0.0106593;REVB=-0.00367881;RO=91;SAF=12;SAR=16;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139973;STB=0.508551;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0345002;OID=.;OPOS=112162896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:91:28:28:0.235294:16:12:40:51:16:12:40:51 chr5 112164561 . G A 990.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9827;QD=59.1315;RBI=0.0748684;REFB=0;REVB=0.068531;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273737;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr5 112175770 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00090332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.675;QD=57.1772;RBI=0.00314785;REFB=0;REVB=0.00301546;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42011e-06;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr5 112176325 . G A 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.842;QD=58.2429;RBI=0.0356595;REFB=-0.0120624;REVB=0.0213265;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.512189;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000192921;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:1:0:19:20:1:0 chr5 112176559 . T G 444.21 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.421;QD=57.3176;RBI=0.101069;REFB=0;REVB=0.0239206;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113857;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:15:14:0:0:15:16:0:0 chr5 112176756 . T A 683.29 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320354;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1028;QD=54.6629;RBI=0.100096;REFB=0.0560762;REVB=0.0948313;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000159155;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:0:1:49:49:0.98:26:23:0:0:26:23:0:1 chr5 112200098 . A G 772.72 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0972298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9456;QD=61.8175;RBI=0.099115;REFB=-0.105649;REVB=0.0192391;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00238088;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:23:26:0:0:23:26:0:1 chr5 112203564 . T A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.828;QD=55.5196;RBI=0.0265368;REFB=-0.0845138;REVB=0.0124794;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00189265;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:0:1:15:18:0:1 chr5 112312528 . T C 112.32 PASS AF=0.28;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0731751;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9138;QD=8.98593;RBI=0.0740253;REFB=-0.013516;REVB=-0.0111874;RO=35;SAF=7;SAR=7;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291542;STB=0.69976;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0601829;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:36:14:14:0.28:7:7:26:9:7:7:28:8 chr5 112312676 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.058;QD=61.5363;RBI=0.0379652;REFB=0;REVB=0.0200647;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56473e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr5 112328377 . A G 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0530616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7912;QD=16.0422;RBI=0.0571456;REFB=0.0125461;REVB=0.0212153;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1337;STB=0.568049;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.018561;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:6:13:14:11:6:13:15:11 chr5 112349070 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0058851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.188;QD=25.3616;RBI=0.0234656;REFB=-0.00540295;REVB=-0.0227157;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215614;STB=0.62053;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00269682;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:2:6:6:9:2:6 chr5 112349379 . T C 360.63 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=0.0399484;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8067;QD=31.3592;RBI=0.0498507;REFB=-0.0333321;REVB=0.0298198;RO=15;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252451;STB=0.613968;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00467516;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:20:10:0:15:20:10:1:15 chr5 112350707 . G A 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0402006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.153;QD=21.8983;RBI=0.0605742;REFB=-0.0352905;REVB=-0.0453117;RO=26;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325299;STB=0.51796;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0159865;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:14:19:16:10:14:19:16:10 chr5 112355231 . G C 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000852685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4109;QD=3.67473;RBI=0.00247084;REFB=0.00609613;REVB=-0.00231905;RO=47;SAF=8;SAR=1;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522232;STB=0.861194;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.038231;OID=.;OPOS=112355231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:47:48:9:9:0.157895:1:8:23:24:1:8:24:24 chr5 112358131 . T C 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-3.12142e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.29;QD=18.7957;RBI=0.00643487;REFB=-0.0105212;REVB=-0.0064348;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225392;STB=0.627476;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0138642;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:10:17:9:14:10:17 chr5 112379289 . G A 772.07 PASS AF=0.792208;AO=61;DP=77;FAO=61;FDP=77;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00538039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.63;QD=40.1074;RBI=0.011785;REFB=-0.0219363;REVB=-0.0104851;RO=16;SAF=24;SAR=37;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.509548;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00448647;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:16:16:61:61:0.792208:37:24:7:9:37:24:7:9 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 91.86 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.001285;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=11;MLLD=327.987;QD=4.48091;RBI=0.0531878;REFB=-0.0164056;REVB=-0.0531722;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880478;STB=0.529311;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=0.046327;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.256098:21:74:21:82:61:13:8:40:21:91:45:13:8:31:14 chr5 112384802 . G A 1090.41 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5611;QD=58.9409;RBI=0.108013;REFB=0;REVB=0.0303469;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252557;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:70:74:1:40:30:0:0:40:34:0:0 chr5 112399791 . G A 941.61 PASS AF=0.864198;AO=63;DP=75;FAO=70;FDP=81;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0463888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.831;QD=46.4992;RBI=0.0957278;REFB=-0.228108;REVB=0.0837371;RO=12;SAF=42;SAR=21;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158867;STB=0.557772;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0181323;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:75:81:12:11:63:70:0.864198:21:42:2:10:28:42:2:9 chr5 112439941 . T C 945.15 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0178348;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8521;QD=57.2816;RBI=0.105092;REFB=-0.0259959;REVB=0.103567;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106152;STB=0.505616;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00458981;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:20:44:1:0:21:44:1:0 chr5 112479004 . T C 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.749;QD=60.852;RBI=0.0208509;REFB=-0.0392212;REVB=0.0170072;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000539318;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:0:1:20:26:0:1 chr5 112823998 . C T 2254.82 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.687;QD=63.0719;RBI=0.0604025;REFB=0;REVB=0.0289255;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87295e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:134:143:0:0:134:143:1:64:70:0:0:65:78:0:0 chr5 112824039 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.402;QD=59.0183;RBI=0.0948259;REFB=0;REVB=0.0346808;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703459;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr5 113589389 . T A 252.85 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00408402;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.448;QD=12.1856;RBI=0.00810985;REFB=-0.00131857;REVB=-0.00700646;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206484;STB=0.511887;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00206104;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:31:22:13:17:31:22 chr5 113698544 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.765;QD=54.5177;RBI=0.0360935;REFB=0;REVB=0.0249865;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146109;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr5 113698631 . T TGCC 217.45 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=31;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00930408;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=178.131;QD=31.0639;RBI=0.0237499;REFB=-0.0859331;REVB=0.0218516;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1854;STB=0.633671;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0238141;OID=.;OPOS=113698632;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:14:31:20:28:8:8:12:7:1:53:14:6:8:9:5 chr5 113829121 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.583;QD=63.2819;RBI=0.0396934;REFB=0;REVB=0.0377781;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015871;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr5 114460580 . C G 1343.9 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537633;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4331;QD=62.5069;RBI=0.0549259;REFB=0;REVB=0.0112414;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313052;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:43:43:0:0 chr5 114462355 . C T 910.01 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.573;QD=57.7786;RBI=0.0278971;REFB=0;REVB=0.0111411;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30708e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:25:37:0:0:26:37:0:0 chr5 114611185 . A C 264.56 PASS AF=0.483333;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.029669;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.906;QD=17.6372;RBI=0.0407343;REFB=-0.0172781;REVB=0.0279111;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398586;STB=0.514276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0135631;OID=.;OPOS=114611185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:28:29:0.483333:12:16:19:12:12:17:19:12 chr5 115249078 . C T 49.9 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00584138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.095;QD=4.53666;RBI=0.00823098;REFB=-0.00256903;REVB=0.0057989;RO=36;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374998;STB=0.764834;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0487716;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:1:7:23:13:1:7:23:13 chr5 115249271 . G A 851.38 PASS AF=0.494253;AO=86;DP=177;FAO=86;FDP=174;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00435149;FXX=0.0169482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1308;QD=19.572;RBI=0.00643948;REFB=-0.00860236;REVB=0.00474673;RO=91;SAF=38;SAR=48;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120568;STB=0.575063;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00862946;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:174:91:88:86:86:0.494253:48:38:52:39:48:38:52:36 chr5 115298232 . G C 1228.03 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.432;QD=61.4017;RBI=0.087238;REFB=0;REVB=-0.00407202;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59729e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:2:0:72:80:1:33:39:2:0:33:47:0:0 chr5 115298378 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=24;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.621;QD=61.684;RBI=0.0614313;REFB=0;REVB=0.0159757;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015924;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:24:41:1:7:17:0:0:24:17:0:0 chr5 115298475 . T C 607.69 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.454;QD=60.7694;RBI=0.02339;REFB=0;REVB=0.010126;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101738;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:20:20:0:0 chr5 115298518 . A G 508.25 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2281;QD=56.4721;RBI=0.0218305;REFB=0.0541707;REVB=-0.00691131;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000613177;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:1:0:14:21:1:0 chr5 115298977 . C T 3531.22 PASS AF=1;AO=209;DP=215;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14467;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2674;QD=61.6806;RBI=0.146221;REFB=-0.125887;REVB=0.0212457;RO=3;SAF=118;SAR=91;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223121;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:215:229:3:0:209:229:1:91:118:3:0:91:138:0:0 chr5 115341611 . G T 2178.57 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.626;QD=63.1469;RBI=0.0276382;REFB=0;REVB=0.026416;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26367e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:69:69:0:0:69:69:0:0 chr5 115341638 . G C 2140.82 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8048;QD=62.9652;RBI=0.0128135;REFB=0;REVB=0.00826387;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79789e-06;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:72:63:0:0:73:63:0:0 chr5 115362148 . A G 1398.16 PASS AF=1;AO=81;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.405;QD=62.1404;RBI=0.100485;REFB=0;REVB=0.0351284;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167233;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:81:90:1:24:57:0:0:24:66:0:0 chr5 115394626 . G A 457.11 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.019371;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.894;QD=22.8554;RBI=0.0261829;REFB=-0.0229041;REVB=0.0176155;RO=36;SAF=23;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727272;STB=0.539982;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0189949;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:36:44:44:0.55:21:23:22:14:21:23:22:14 chr5 115428334 . G T 582.24 PASS AF=0.491803;AO=60;DP=122;FAO=60;FDP=122;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0326464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.031;QD=19.0899;RBI=0.0335796;REFB=0.011504;REVB=0.0078615;RO=62;SAF=29;SAR=31;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000494613;STB=0.500273;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0109091;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:62:60:60:0.491803:31:29:30:32:31:29:30:32 chr5 115469773 . C T 477.69 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0147299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.281;QD=33.5224;RBI=0.0184982;REFB=-0.0232507;REVB=-0.0111899;RO=15;SAF=25;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16051;STB=0.586715;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00643086;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:17:25:4:11:17:25:4:11 chr5 115811220 . T C 91.97 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0128844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.981;QD=8.97279;RBI=0.0129518;REFB=0.0003194;REVB=0.00131995;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238373;STB=0.682663;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00211426;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:39:41:27:29:11:12:0.292683:5:6:20:7:6:6:22:7 chr5 115813726 . A G,T 1132.55 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=73,3;DP=76;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=37,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707081,-0.0048311;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.0843,180.554;QD=59.6076;RBI=0.0730676,0.0136665;REFB=0,0;REVB=0.0184186,-0.0127842;RO=0;SAF=36,0;SAR=37,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.89682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00220002,0.179085;OID=.,.;OPOS=115813726,115813726;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:76:0:0:73,3:73,3:0.960526,0.0394737:37,3:36,0:0:0:37,3:36,0:0:0 chr5 118324113 . G C 181.72 PASS AF=0.772727;AO=12;DP=21;FAO=17;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0430772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.692;QD=33.0404;RBI=0.0634229;REFB=-0.0381712;REVB=-0.0465491;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405314;STB=0.716081;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0134497;OID=.;OPOS=118324113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:22:3:5:12:17:0.772727:1:11:1:2:1:16:3:2 chr5 118451873 . T G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00721749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.833;QD=15.9168;RBI=0.025486;REFB=-0.0271671;REVB=-0.0244427;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185962;STB=0.606587;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0301272;OID=.;OPOS=118451873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:11:4:6:7:11:4 chr5 118484804 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.465;QD=62.3508;RBI=0.0451329;REFB=0;REVB=0.0102884;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167632;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr5 118485238 . G C 720.01 PASS AF=0.632075;AO=65;DP=104;FAO=67;FDP=106;FR=.;FRO=39;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0153684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.019;QD=27.1703;RBI=0.0196186;REFB=-0.0138415;REVB=0.0121944;RO=37;SAF=39;SAR=26;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131723;STB=0.554276;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00675238;OID=.;OPOS=118485238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:37:39:65:67:0.632075:26:39:15:22:28:39:17:22 chr5 118490402 . G A 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0648805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9212;QD=17.3175;RBI=0.0757479;REFB=0.0324845;REVB=-0.0390931;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0435327;OID=.;OPOS=118490402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr5 118513697 . C G 84.68 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.013403;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.94;QD=19.9239;RBI=0.0348403;REFB=-0.010225;REVB=-0.0321591;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153826;STB=0.588064;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00657832;OID=.;OPOS=118513697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:5:2:5:5:5:2 chr5 118811533 . G A 405.7 PASS AF=0.65;AO=37;DP=58;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00212189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.566;QD=27.0468;RBI=0.0160157;REFB=-0.0371267;REVB=-0.0158745;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713494;STB=0.545432;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0184303;OID=.;OPOS=118811533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:20:21:37:39:0.65:20:17:7:13:21:18:7:14 chr5 118827842 . T C 78.93 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=0.017642;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.777;QD=4.93339;RBI=0.019333;REFB=-0.0211801;REVB=-0.0079072;RO=51;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24502;STB=0.651975;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0421673;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:66:64:51:51:13:13:0.203125:8:5:11:40:8:5:11:40 chr5 118861713 . A G 316.57 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0347983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.479;QD=38.3726;RBI=0.0353494;REFB=0.0220377;REVB=0.00621738;RO=6;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575672;STB=0.54542;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00283308;OID=.;OPOS=118861713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:6:7:26:26:0.787879:13:13:2:4:13:13:2:5 chr5 118872184 . C T 123.8 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0266472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1624;QD=7.73725;RBI=0.0818878;REFB=-0.012728;REVB=-0.0774309;RO=45;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13134;STB=0.570856;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.022327;OID=.;OPOS=118872184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:8:10:20:25:8:10:21:25 chr5 118969960 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00477604;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.245;QD=10.1577;RBI=0.00485196;REFB=-0.00436979;REVB=0.00085498;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473296;STB=0.722955;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0118867;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:31:13:14:0.311111:3:10:7:15:4:10:12:19 chr5 119673248 . AT ATA,TA 99.98 PASS AF=0.349206,0.031746;AO=16,5;DP=64;FAO=22,2;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=19,2;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0654813,-0.034562;FXX=0.0156226;HRUN=1,6;LEN=1,2;MLLD=12.0349,16.5748;QD=6.34809;RBI=0.0833867,0.0622284;REFB=-0.0938857,-0.0691702;REVB=0.0516288,0.0517479;RO=38;SAF=15,5;SAR=1,0;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.609219,0.600776;STB=0.725871,0.993728;STBP=0.023,0.236;TYPE=ins,mnp;VARB=0.115114,0.0592308;OID=.,.;OPOS=119673250,119673248;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:63:38:39:16,5:22,2:0.349206,0.031746:1,0:15,5:21:17:3,0:19,2:24:15 chr5 119673264 . G A,GA 49.73 PASS AF=0,0.210526;AO=6,8;DP=57;FAO=0,12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=0,10;FSAR=0,2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0114633,0.00842852;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=73.4144,14.5413;QD=3.48967;RBI=0.0214498,0.0244658;REFB=-0.00989886,-0.053222;REVB=-0.0181297,-0.0229681;RO=41;SAF=6,4;SAR=0,4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.600443,-0.165191;STB=0.5,0.744221;STBP=1,0.088;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.16055;OID=.,.;OPOS=119673264,119673265;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:57:57:41:45:6,8:0,12:0,0.210526:0,4:6,4:26:15:0,2:0,10:26:19 chr5 120021819 . G A,C 388.85 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495982,-0.0216421;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.322,6.54665;QD=53.6348;RBI=0.12189,0.0581367;REFB=0,0;REVB=-0.111343,-0.0539583;RO=0;SAF=23,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=4.92625e-05,0.0899444;OID=.,.;OPOS=120021819,120021819;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:29:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:4,0:23,2:0:0:4,0:24,1:0:0 chr5 121488203 . G A 39.56 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00822804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.939;QD=13.1883;RBI=0.0124027;REFB=-0.0318873;REVB=0.00928043;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0436728;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr5 121518309 . G A 1127.14 PASS AF=0.639241;AO=101;DP=158;FAO=101;FDP=158;FR=.;FRO=57;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=0.00616768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.567;QD=28.5351;RBI=0.0826796;REFB=-0.0291278;REVB=-0.0824493;RO=55;SAF=54;SAR=47;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103618;STB=0.554614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0190811;OID=.;OPOS=121518309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:55:57:101:101:0.639241:47:54:38:17:47:54:39:18 chr5 122682334 . C T 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00435292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.024;QD=21.1286;RBI=0.0203141;REFB=-0.0462951;REVB=0.0198422;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10206;STB=0.557469;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0267905;OID=.;OPOS=122682334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:11:10:8:14:11:10 chr5 122682348 . A G 201.38 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0156732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.928;QD=20.6542;RBI=0.0192704;REFB=-0.0156232;REVB=0.0112116;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472314;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0222568;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:8:11:10:9:8:12:10:9 chr5 122758268 . G C 273.52 PASS AF=0.4;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0109955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.484;QD=13.6758;RBI=0.0151499;REFB=-0.0159988;REVB=0.0104221;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185715;STB=0.506458;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.025458;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:48:48:30:32:0.4:18:12:20:28:19:13:20:28 chr5 122950330 . G C 58.02 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0476679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7049;QD=3.6837;RBI=0.0517042;REFB=-0.0118074;REVB=-0.0200274;RO=52;SAF=3;SAR=8;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448572;STB=0.790968;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0506316;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:63:63:52:52:11:11:0.174603:8:3:34:18:8:3:34:18 chr5 122950911 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.441;QD=59.4325;RBI=0.0359882;REFB=0;REVB=0.0291409;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130446;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr5 122990902 . A T 186.53 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000499381;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.582;QD=18.6525;RBI=0.000529765;REFB=-0.0161995;REVB=0.000176831;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167203;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0154336;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:21:19:19:0.475:12:7:11:9:12:7:11:10 chr5 123973360 . T TTA 110.03 PASS AF=0.631579;AO=10;DP=59;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0082755;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=2;MLLD=140.721;QD=23.1649;RBI=0.0216221;REFB=-0.0995831;REVB=0.0199758;RO=47;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5678;STB=0.538396;STBP=0.702;TYPE=ins;VARB=0.0591641;OID=.;OPOS=123973361;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:10:59:12:19:7:8:4:4:3:47:47:8:2:14:33 chr5 125696118 . G C 253.43 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00576675;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5411;QD=16.8954;RBI=0.00948027;REFB=0.00357313;REVB=-0.00752464;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833225;STB=0.546765;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00577543;OID=.;OPOS=125696118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:21:11:12:16:21:11 chr5 125696140 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.139;QD=63.8719;RBI=0.0178106;REFB=0;REVB=-0.00226327;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71366e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr5 125802027 . G A 300.08 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000175985;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.496;QD=30.7771;RBI=0.0129105;REFB=-0.0228329;REVB=0.0129093;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755934;STB=0.525877;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0103875;OID=.;OPOS=125802027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:13:25:26:0.666667:14:11:6:8:14:12:5:8 chr5 125828803 . A G 760.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000396727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.758;QD=63.3428;RBI=0.0164977;REFB=0;REVB=0.0164929;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312777;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr5 126171999 . T C 1286.36 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0305093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2149;QD=60.5344;RBI=0.0342183;REFB=-0.0628628;REVB=0.0154943;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506023;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00674781;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:43:40:1:0:43:41:1:0 chr5 126746277 . C T 1358.55 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5706;QD=62.462;RBI=0.0145075;REFB=0;REVB=-0.00595387;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72988e-05;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr5 126792974 . T A 528.47 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00742036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5371;QD=20.9294;RBI=0.0205839;REFB=-0.00591989;REVB=-0.0191999;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155556;STB=0.590167;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0053605;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:47:48:53:53:0.524752:23:30:18:29:23:30:18:30 chr5 126887569 . G A 183.09 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0671773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6044;QD=13.3155;RBI=0.0680026;REFB=-0.0251201;REVB=-0.0105623;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228388;STB=0.640894;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0312411;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:15:7:17:15:15:7:18:15 chr5 126890472 . C T 247.32 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0146434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1598;QD=13.7399;RBI=0.0723285;REFB=-0.0317994;REVB=-0.0708307;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090559;STB=0.545158;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0295056;OID=.;OPOS=126890472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:12:17:21:21:12:17:22:21 chr5 126890541 . T C 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00662482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.372;QD=10.6448;RBI=0.0096585;REFB=-0.0294702;REVB=0.0070284;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026658;STB=0.515609;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0446788;OID=.;OPOS=126890541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:20:18:9:11:20:18 chr5 126993249 . G C 233.26 PASS AF=0.340909;AO=24;DP=84;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00911471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.323;QD=10.6029;RBI=0.0362605;REFB=-0.00937143;REVB=-0.0350962;RO=53;SAF=7;SAR=17;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324777;STB=0.633244;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0286756;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:53:58:24:30:0.340909:17:7:30:23:19:11:33:25 chr5 126993263 . A T 317.94 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.040697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.008;QD=13.1109;RBI=0.0407456;REFB=0.0053597;REVB=0.00199019;RO=60;SAF=14;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176804;STB=0.596255;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00631081;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:22:14:33:27:22:14:33:28 chr5 126993282 . G A 380.92 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.031885;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2703;QD=13.2494;RBI=0.0338028;REFB=-0.00612027;REVB=-0.0112239;RO=69;SAF=16;SAR=29;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166729;STB=0.59085;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0114579;OID=.;OPOS=126993282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:69:70:45:45:0.391304:29:16:35:34:29:16:35:35 chr5 126993958 . C T 243.41 PASS AF=0.381579;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00330393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.721;QD=12.811;RBI=0.00627354;REFB=-0.00077067;REVB=0.00533304;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183033;STB=0.617676;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00130185;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:41:47:28:29:0.381579:9:19:21:20:9:20:24:23 chr5 127614472 . A G 347.22 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0352813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4046;QD=13.7513;RBI=0.0414293;REFB=-0.0279346;REVB=-0.0217166;RO=59;SAF=19;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106288;STB=0.559418;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0507883;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:59:61:40:40:0.39604:21:19:34:25:21:19:35:26 chr5 127622491 . T C 356.11 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0162641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.932;QD=14.6849;RBI=0.0215607;REFB=0.00299854;REVB=-0.0141544;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956965;STB=0.55377;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0043254;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:58:39:39:0.402062:18:21:25:31:18:21:26:32 chr5 127685135 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.936;QD=58.9623;RBI=0.00847262;REFB=0;REVB=-0.00658605;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38984e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr5 127685624 . C A 1340.96 PASS AF=0.666667;AO=115;DP=174;FAO=116;FDP=174;FR=.;FRO=58;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0112813;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.603;QD=30.8266;RBI=0.0127286;REFB=-0.0193449;REVB=0.00589483;RO=59;SAF=58;SAR=57;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260146;STB=0.505746;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0084347;OID=.;OPOS=127685624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:59:58:115:116:0.666667:57:58:30:29:58:58:30:28 chr5 128301885 . T G 406.49 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0694379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.668;QD=14.1386;RBI=0.0749074;REFB=-0.00132592;REVB=0.028098;RO=68;SAF=23;SAR=24;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419519;STB=0.523659;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00208888;OID=.;OPOS=128301885;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:24:23:36:32:24:23:36:32 chr5 128301971 . T C 309.08 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00905836;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4455;QD=18.1813;RBI=0.00993261;REFB=-0.0266762;REVB=0.00407466;RO=35;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143018;STB=0.580061;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0388856;OID=.;OPOS=128301971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:35:35:33:33:0.485294:21:12:18:17:21:12:18:17 chr5 128430757 . T C 451.36 PASS AF=0.379562;AO=52;DP=137;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0343441;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.152;QD=13.1783;RBI=0.0366981;REFB=-0.0221316;REVB=-0.0129319;RO=85;SAF=24;SAR=28;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681516;STB=0.538622;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0340265;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:85:85:52:52:0.379562:28:24:34:51:28:24:34:51 chr5 128433399 . GC G 30.61 PASS AF=0.266667;AO=23;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.235058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.28315;QD=1.63242;RBI=0.268998;REFB=-0.126684;REVB=-0.130798;RO=41;SAF=18;SAR=5;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1446;STB=0.752987;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0827743;OID=.;OPOS=128433400;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:23:75:20:75:55:18:2:38:17:30:41:18:5:28:13 chr5 128797156 . C G 66.53 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156703;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.924;QD=26.6107;RBI=0.0247824;REFB=-0.0260709;REVB=0.0191992;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00459029;OID=.;OPOS=128797156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:0:1:3:5:1:1 chr5 128797315 . T TCCCGGC 57.74 PASS AF=0.119266;AO=12;DP=115;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0410572;FXX=0.0353951;HRUN=3;LEN=6;MLLD=242.402;QD=2.11895;RBI=0.0486957;REFB=-0.00967081;REVB=-0.0261835;RO=91;SAF=4;SAR=8;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24705;STB=0.661828;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=0.0621318;OID=.;OPOS=128797316;OREF=-;OALT=CCCGGC;OMAPALT=TCCCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119266:12:115:13:109:96:5:8:55:41:57:91:4:8:49:42 chr5 128863471 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.957;QD=62.0082;RBI=0.0315944;REFB=0;REVB=0.027283;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32567e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr5 129072943 . G T 673.38 PASS AF=0.945455;AO=48;DP=53;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0781446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.0351;QD=48.9728;RBI=0.0784216;REFB=0.0201995;REVB=0.00658569;RO=4;SAF=19;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156595;STB=0.516123;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0107006;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:55:4:3:48:52:0.945455:29:19:2:2:32:20:2:1 chr5 129520679 . G A 126.49 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0117939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.053;QD=11.2433;RBI=0.0444042;REFB=-0.0205006;REVB=-0.0428093;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221887;STB=0.631407;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0300769;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:18:12:9:6:18:12 chr5 129521126 . A G 188.64 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00369835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.729;QD=14.2368;RBI=0.0139324;REFB=7.70139e-06;REVB=-0.0134326;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107983;STB=0.573313;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-1.89372e-05;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:10:11:13:18:10:12:13:18 chr5 129521624 . G A 156.82 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00748006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.938;QD=6.27265;RBI=0.0139575;REFB=-0.00778742;REVB=0.0117839;RO=77;SAF=11;SAR=12;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999899;STB=0.561472;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0202893;OID=.;OPOS=129521624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:77:23:23:0.23:12:11:43:34:12:11:43:34 chr5 130766662 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.246;QD=62.3498;RBI=0.0221528;REFB=0;REVB=-0.00859521;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1636e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr5 130805475 . C T 327.19 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.00805255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.373;QD=14.5416;RBI=0.0802577;REFB=-0.0286077;REVB=-0.0798528;RO=53;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107043;STB=0.560408;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0323975;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:17:20:34:19:17:20:34:19 chr5 130808198 . T C 221.74 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0229369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.363;QD=10.1948;RBI=0.0334296;REFB=-0.00461825;REVB=0.0243196;RO=59;SAF=15;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275809;STB=0.516118;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00963719;OID=.;OPOS=130808198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:13:15:33:26:13:15:33:26 chr5 130979332 . A G 119.13 PASS AF=0.2;AO=8;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0189707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.912;QD=10.5889;RBI=0.031097;REFB=-0.008247;REVB=-0.0246402;RO=28;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55102;STB=0.870919;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.010985;OID=.;OPOS=130979332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:45:45:28:28:8:9:0.2:1:7:12:16:1:8:12:16 chr5 131008194 . T C 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0169866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.541;QD=24.3891;RBI=0.0174598;REFB=-0.0189712;REVB=0.00403746;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947799;STB=0.542126;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.010107;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:11:14:20:20:0.588235:8:12:5:6:8:12:7:7 chr5 131066725 . C A 1116.07 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0401605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.399;QD=56.5099;RBI=0.0409158;REFB=0.0234521;REVB=-0.00782511;RO=2;SAF=28;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684319;STB=0.501432;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000541732;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:2:3:76:76:0.962025:48:28:1:1:48:28:1:2 chr5 131283376 . C T 632.81 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0442172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.044;QD=19.6221;RBI=0.0464557;REFB=0.00557692;REVB=-0.0142469;RO=65;SAF=28;SAR=36;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161378;STB=0.589;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00534161;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:65:64:64:0.496124:36:28:40:25:36:28:40:25 chr5 131322494 . C T 319.26 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.00568368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.147;QD=12.1622;RBI=0.00633053;REFB=-0.00412241;REVB=-0.00278772;RO=66;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193905;STB=0.610809;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00758841;OID=.;OPOS=131322494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:15:24:29:37:15:24:29:37 chr5 131324250 . C CTG 390.73 PASS AF=0.453608;AO=41;DP=105;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00947515;FXX=0.0582468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.791;QD=16.1125;RBI=0.0119321;REFB=-0.0240662;REVB=-0.00725242;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749592;STB=0.546371;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.0277869;OID=.;OPOS=131324251;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453608:41:105:44:97:53:22:22:31:22:99:60:21:20:35:25 chr5 131396478 . C T 693.98 PASS AF=0.594595;AO=65;DP=110;FAO=66;FDP=111;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00279817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.313;QD=25.0083;RBI=0.0106088;REFB=-0.00800919;REVB=-0.0102332;RO=45;SAF=34;SAR=31;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177182;STB=0.592658;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00847817;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:45:45:65:66:0.594595:31:34:34:11:31:35:34:11 chr5 131411460 . T C 1042.01 PASS AF=0.459574;AO=108;DP=235;FAO=108;FDP=235;FR=.;FRO=127;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=-0.00619586;FXX=0.00423711;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.686;QD=17.7363;RBI=0.0163695;REFB=-0.0283471;REVB=0.0151516;RO=126;SAF=64;SAR=44;SRF=75;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266886;STB=0.503267;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0361344;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:126:127:108:108:0.459574:44:64:75:51:44:64:76:51 chr5 131602166 . T C 316.88 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00593053;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.404;QD=16.2502;RBI=0.0124575;REFB=-0.0169077;REVB=0.0109552;RO=43;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606708;STB=0.525026;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0380086;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:43:44:34:34:0.435897:13:21:29:14:13:21:29:15 chr5 131663062 . T C 540.12 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00321368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1007;QD=19.4637;RBI=0.00519302;REFB=-0.0119684;REVB=-0.00407917;RO=55;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10506;STB=0.557999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0122244;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:31:25:31:24:31:25:31:24 chr5 131670546 . C G 475.49 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00651012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.177;QD=19.2118;RBI=0.00777057;REFB=-0.0145849;REVB=-0.00424266;RO=51;SAF=30;SAR=17;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124961;STB=0.575346;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0182213;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:47:47:0.474747:17:30:26:25:17:30:26:26 chr5 131701279 . T C 742.16 PASS AF=0.666667;AO=62;DP=93;FAO=62;FDP=93;FR=.;FRO=31;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0322203;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.267;QD=31.9206;RBI=0.0392424;REFB=-0.0360706;REVB=-0.0224013;RO=30;SAF=42;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956454;STB=0.558916;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0196581;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:30:31:62:62:0.666667:20:42:16:14:20:42:16:15 chr5 131705949 . T C 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.030178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5384;QD=11.9865;RBI=0.162637;REFB=-0.000602239;REVB=-0.159813;RO=50;SAF=22;SAR=7;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159505;STB=0.58817;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00151328;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:7:22:32:18:7:22:33:18 chr5 131721174 . A G 503.11 PASS AF=0.397163;AO=56;DP=141;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=-0.0593054;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.556;QD=14.2726;RBI=0.0680037;REFB=-0.00700122;REVB=-0.0332773;RO=85;SAF=32;SAR=24;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123874;STB=0.569596;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00820372;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:85:56:56:0.397163:24:32:58:27:24:32:58:27 chr5 131731304 . A T 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.742;QD=57.1962;RBI=0.0465756;REFB=0;REVB=0.0166787;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02296e-05;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr5 131755651 . C T 97.26 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0125685;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.476;QD=11.1157;RBI=0.0162329;REFB=-0.011588;REVB=-0.0102733;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036388;STB=0.521703;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0254824;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:37:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:7:16:8:4:7:16 chr5 131796498 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.977;QD=62.6711;RBI=0.0317753;REFB=0;REVB=0.000635887;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08663e-05;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr5 131803868 . A G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0540796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.281;QD=16.1197;RBI=0.0541964;REFB=-0.0571839;REVB=-0.00355615;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244233;STB=0.639785;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.036119;OID=.;OPOS=131803868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:10:3:6:6:10:3 chr5 131805735 . C T 732.52 PASS AF=0.408163;AO=80;DP=196;FAO=80;FDP=196;FR=.;FRO=116;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=75;FSRR=41;FWDB=-0.00224629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.963;QD=14.9495;RBI=0.00804822;REFB=-0.000885082;REVB=0.00772839;RO=115;SAF=45;SAR=35;SRF=74;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878213;STB=0.551169;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00109948;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:115:116:80:80:0.408163:35:45:74:41:35:45:75:41 chr5 131818828 . CT C 182.65 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.037861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4113;QD=13.0462;RBI=0.0410506;REFB=0.0257161;REVB=0.015865;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170827;STB=0.572442;STBP=0.262;TYPE=del;VARB=-0.0224835;OID=.;OPOS=131818829;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:29:56:29:56:27:15:14:18:9:99:25:15:14:18:7 chr5 131892357 . C T 539.19 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5952;QD=59.9098;RBI=0.0375921;REFB=0;REVB=0.033034;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690452;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr5 131925447 . TGA ATG,TG 41.35 PASS AF=0,0.210526;AO=4,9;DP=57;FAO=0,12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=0,1;FSAR=0,11;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0452642,0.0214453;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=96.7768,16.5549;QD=2.9021;RBI=0.0804453,0.0518301;REFB=-0.0140407,-0.0256074;REVB=-0.0665026,-0.0471854;RO=42;SAF=0,1;SAR=4,8;SRF=16;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515177,-0.42388;STB=0.5,0.823108;STBP=1,0.037;TYPE=mnp,del;VARB=0.0448764,0.0397054;OID=.,.;OPOS=131925447,131925449;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:57:57:42:45:4,9:0,12:0,0.210526:4,8:0,1:16:26:0,11:0,1:16:29 chr5 131995964 . A G 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0158113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.704;QD=12.2291;RBI=0.0174609;REFB=-0.010283;REVB=-0.00740853;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190939;STB=0.511031;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0192499;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:17:19:12:10:17:19 chr5 131996500 . A C 271.48 PASS AF=0.336364;AO=33;DP=108;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.00621602;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.198;QD=9.87211;RBI=0.022627;REFB=-0.0131541;REVB=0.0217564;RO=70;SAF=19;SAR=14;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119033;STB=0.551095;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0290827;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:70:73:33:37:0.336364:14:19:41:29:17:20:45:28 chr5 132030414 . T A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0372533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7337;QD=18.6437;RBI=0.0470474;REFB=0.000188232;REVB=-0.0287342;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-8.77982e-06;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:6:7:5:9:6:7 chr5 132031972 . T C 276.79 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0300253;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4684;QD=19.771;RBI=0.0325409;REFB=-0.00983163;REVB=0.0125455;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056155;STB=0.547413;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00130779;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:29:30:0.535714:12:17:13:12:12:18:13:13 chr5 132042146 . C T 1005.07 PASS AF=0.575758;AO=94;DP=164;FAO=95;FDP=165;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.000304948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.509;QD=24.3654;RBI=0.0123521;REFB=-0.0184004;REVB=-0.0123484;RO=68;SAF=45;SAR=49;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748794;STB=0.531444;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0127142;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:68:70:94:95:0.575758:49:45:26:42:50:45:28:42 chr5 132098242 . A G 2680.53 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334529;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2063;QD=61.9775;RBI=0.0337701;REFB=0;REVB=0.00461761;RO=0;SAF=84;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280498;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:173:0:0:170:173:1:86:84:0:0:86:87:0:0 chr5 132099999 . A G 817.57 PASS AF=0.506098;AO=83;DP=164;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.035947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.681;QD=19.9407;RBI=0.0409817;REFB=-0.0119569;REVB=-0.0196804;RO=80;SAF=51;SAR=32;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711532;STB=0.542708;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0133525;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:80:81:83:83:0.506098:32:51:43:37:32:51:43:38 chr5 132150948 . T G 2191.61 PASS AF=0.979167;AO=140;DP=143;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0449539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.1;QD=60.8779;RBI=0.0450104;REFB=0.00208055;REVB=-0.0022547;RO=3;SAF=58;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010348;STB=0.505303;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=3.34788e-06;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:144:3:3:140:141:0.979167:82:58:2:1:82:59:2:1 chr5 132151071 . A G 576.66 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0160149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.096;QD=21.3576;RBI=0.0162113;REFB=-0.0103379;REVB=0.00251579;RO=49;SAF=35;SAR=23;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625243;STB=0.539684;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0131254;OID=.;OPOS=132151071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:50:58:58:0.537037:23:35:26:23:23:35:26:24 chr5 132151751 . C T 328.27 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00169163;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.496;QD=29.8428;RBI=0.114978;REFB=-0.0091832;REVB=-0.114965;RO=16;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00602121;STB=0.503309;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00641637;OID=.;OPOS=132151751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:12:16:9:7:12:16:9:7 chr5 132159134 . C T 447.62 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0592584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.236;QD=23.8729;RBI=0.0595251;REFB=-0.0151373;REVB=-0.00562803;RO=32;SAF=24;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117875;STB=0.564676;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0121905;OID=.;OPOS=132159134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:19:24:13:19:19:24:13:19 chr5 132209378 . CCT C 328.11 PASS AF=0.372671;AO=53;DP=172;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.0210005;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=102.835;QD=8.15169;RBI=0.134681;REFB=-0.0228851;REVB=0.133034;RO=106;SAF=28;SAR=25;SRF=69;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0.431034;SSSB=-0.144458;STB=0.576446;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.0506024;OID=.;OPOS=132209379;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372671:53:172:60:161:101:32:28:66:35:99:106:28:25:69:37 chr5 132211855 . C T 305.94 PASS AF=0.364583;AO=34;DP=97;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0219948;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0249;QD=12.7476;RBI=0.0388256;REFB=-0.0267268;REVB=-0.0319946;RO=59;SAF=8;SAR=26;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205266;STB=0.627828;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0616431;OID=.;OPOS=132211855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:59:61:34:35:0.364583:26:8:23:36:27:8:24:37 chr5 132232315 . G A 752.33 PASS AF=0.598291;AO=69;DP=111;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00359886;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.707;QD=25.7208;RBI=0.00629742;REFB=-0.0261783;REVB=-0.00516775;RO=42;SAF=40;SAR=29;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138824;STB=0.567218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0174687;OID=.;OPOS=132232315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:42:47:69:70:0.598291:29:40:16:26:30:40:19:28 chr5 132267859 . A T 187.08 PASS AF=0.636364;AO=17;DP=29;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0326155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.1255;QD=22.6759;RBI=0.0330221;REFB=-0.0746661;REVB=-0.00516565;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376677;STB=0.705693;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0122999;OID=.;OPOS=132267859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:29:33:11:12:17:21:0.636364:6:11:1:10:7:14:1:11 chr5 132534059 . T G 767.35 PASS AF=0.516129;AO=76;DP=151;FAO=80;FDP=155;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00576617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.473;QD=19.8026;RBI=0.0195113;REFB=-0.0356301;REVB=0.0186398;RO=75;SAF=35;SAR=41;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186688;STB=0.504891;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0247662;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:75:75:76:80:0.516129:41:35:33:42:44:36:33:42 chr5 132535046 . G A 659.15 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0194346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.404;QD=29.6249;RBI=0.0201084;REFB=-0.00261505;REVB=0.00516167;RO=32;SAF=32;SAR=25;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10761;STB=0.558242;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00145071;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:25:32:23:9:25:32:23:9 chr5 133186592 . G A 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0106613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9196;QD=15.3754;RBI=0.0170802;REFB=-0.0399036;REVB=-0.0133442;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202806;STB=0.616261;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0448826;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:11:3:5:7:11:3 chr5 133186603 . A C 364.71 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00508063;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.846;QD=52.1012;RBI=0.0778051;REFB=-0.134327;REVB=-0.077639;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00329532;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr5 133316518 . G A 699.55 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.031476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.77;QD=25.4382;RBI=0.0329638;REFB=-0.0263752;REVB=-0.00979151;RO=44;SAF=25;SAR=41;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125717;STB=0.568457;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0174857;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:41:25:24:20:41:25:24:20 chr5 133477802 . C T 823.97 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=170;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0175371;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.275;QD=19.5022;RBI=0.0477591;REFB=-0.0216019;REVB=-0.0444228;RO=84;SAF=53;SAR=31;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123004;STB=0.565214;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0144157;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:84:85:84:84:0.497041:31:53:42:42:31:53:43:42 chr5 133481467 . G A 739.43 PASS AF=0.650485;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00088397;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.751;QD=28.7159;RBI=0.00338886;REFB=-0.0291338;REVB=0.00327153;RO=36;SAF=34;SAR=33;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157499;STB=0.58498;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0238737;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:36:36:67:67:0.650485:33:34:27:9:33:34:27:9 chr5 133909475 . G A 1570.57 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9752;QD=59.2667;RBI=0.107515;REFB=0;REVB=0.0969861;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763433;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:103:106:1:53:50:0:0:55:51:0:0 chr5 134076812 . G A 352.46 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0149415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.462;QD=21.0421;RBI=0.0412506;REFB=-0.0121127;REVB=-0.0384495;RO=31;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161201;STB=0.589423;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0247524;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:12:24:15:16:12:24:15:16 chr5 134223593 . A G 549.17 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0222998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5313;QD=26.4658;RBI=0.0295093;REFB=0.0193751;REVB=-0.0193266;RO=33;SAF=23;SAR=27;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149707;STB=0.581586;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0132286;OID=.;OPOS=134223593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:27:23:22:11:27:23:22:11 chr5 134235613 . A C 426.64 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0164017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.72;QD=14.1038;RBI=0.01767;REFB=-0.00789649;REVB=0.00657386;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180934;STB=0.50607;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0126331;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:25:24:36:35:25:24:36:36 chr5 134343661 . C T 530.05 PASS AF=0.518868;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00180196;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.875;QD=20.002;RBI=0.00190985;REFB=-0.0100977;REVB=0.000632833;RO=51;SAF=25;SAR=29;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144081;STB=0.582594;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0100273;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:51:51:54:55:0.518868:29:25:32:19:30:25:32:19 chr5 134343799 . A G 680.68 PASS AF=0.585586;AO=64;DP=110;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00514879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.557;QD=24.529;RBI=0.0163096;REFB=0.00220194;REVB=-0.0154755;RO=45;SAF=31;SAR=33;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706655;STB=0.539174;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0020029;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:45:46:64:65:0.585586:33:31:26:19:33:32:27:19 chr5 134364518 . C G 136.2 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.103212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4197;QD=17.025;RBI=0.128281;REFB=0.0147742;REVB=-0.0761792;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44622;STB=0.756057;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0389887;OID=.;OPOS=134364518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:32:32:14:16:9:9:0.28125:1:8:8:6:1:8:10:6 chr5 134781197 . G A 1495.14 PASS AF=0.428571;AO=162;DP=378;FAO=162;FDP=378;FR=.;FRO=216;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=133;FSRR=83;FWDB=-0.0140353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=333.947;QD=15.8216;RBI=0.0177525;REFB=-0.00977691;REVB=0.0108703;RO=215;SAF=91;SAR=71;SRF=132;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549234;STB=0.531582;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0129796;OID=.;OPOS=134781197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:215:216:162:162:0.428571:71:91:132:83:71:91:133:83 chr5 134782414 . G T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.75209e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.34;QD=57.7115;RBI=0.0215246;REFB=0;REVB=0.0215245;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84176e-05;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr5 134782450 . T A 1154.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.679;QD=60.7499;RBI=0.0997379;REFB=0;REVB=0.0777932;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622846;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr5 134782510 . T C 1174.32 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0145349;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.796;QD=57.2839;RBI=0.0316386;REFB=-0.11745;REVB=-0.0281023;RO=2;SAF=55;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378196;STB=0.515497;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000859189;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:82:2:3:79:79:0.963415:24:55:0:2:24:55:1:2 chr5 134782576 . T G 1691.25 PASS AF=0.982906;AO=112;DP=115;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0456967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.687;QD=57.8205;RBI=0.0569028;REFB=-0.131358;REVB=0.0339078;RO=2;SAF=76;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256421;STB=0.513511;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00688735;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:115:117:2:2:112:115:0.982906:36:76:0:2:36:79:0:2 chr5 135178124 . T C 1061.81 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00834469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8231;QD=55.885;RBI=0.00836829;REFB=-0.0544702;REVB=0.000628059;RO=2;SAF=40;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230622;STB=0.518067;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00251758;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:2:3:73:73:0.960526:33:40:2:0:33:40:3:0 chr5 135188341 . G A 942.91 PASS AF=0.381119;AO=107;DP=285;FAO=109;FDP=286;FR=.;FRO=177;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=113;FSRR=64;FWDB=-0.0101813;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.531;QD=13.1876;RBI=0.0133756;REFB=-0.0145391;REVB=0.00867458;RO=178;SAF=54;SAR=53;SRF=114;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151032;STB=0.582944;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0261322;OID=.;OPOS=135188341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:178:177:107:109:0.381119:53:54:114:64:54:55:113:64 chr5 135207187 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00384358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.025;QD=18.6371;RBI=0.0434176;REFB=-0.0076376;REVB=-0.0432471;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116243;STB=0.576821;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00688544;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:4:11:10:6:4:12:10:6 chr5 135207382 . C T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.55;QD=56.9338;RBI=0.0421263;REFB=0;REVB=0.0379252;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147977;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr5 135231229 . A G 271.99 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.105955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2354;QD=16.484;RBI=0.108161;REFB=-0.00441318;REVB=0.0217341;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874028;STB=0.541422;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00756904;OID=.;OPOS=135231229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:30:31:0.469697:12:18:24:11:12:19:24:11 chr5 135258105 . G A 1934.41 PASS AF=0.969697;AO=128;DP=133;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00334956;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.905;QD=58.6185;RBI=0.0335359;REFB=-0.0435305;REVB=0.0333682;RO=4;SAF=78;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216055;STB=0.511379;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000788292;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:133:132:4:4:128:128:0.969697:50:78:1:3:50:78:1:3 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 750.88 PASS AF=0,1;AO=12,49;DP=63;FAO=0,63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231324,0.0236289;FXX=0.0307645;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=242.737,254.689;QD=47.6747;RBI=0.0275225,0.0236907;REFB=0,0;REVB=-0.0149123,-0.00171013;RO=0;SAF=9,29;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0113644,0.00064758;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,49:63:0,63:63:0:0,38:0,25:0:0:13:0:9,29:3,20:0:0 chr5 135276314 . C T 1462.46 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=108;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0435464;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.621;QD=55.1871;RBI=0.0492335;REFB=-0.00670883;REVB=0.0229705;RO=4;SAF=42;SAR=59;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123511;STB=0.50665;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000172934;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:106:4:4:101:102:0.962264:59:42:1:3:59:43:1:3 chr5 135276847 . T C 2881.71 PASS AF=0.984043;AO=185;DP=189;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=103;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0113817;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.618;QD=61.313;RBI=0.0354512;REFB=-0.0402816;REVB=0.0335745;RO=2;SAF=82;SAR=103;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114697;STB=0.508981;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000387675;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:189:188:2:3:185:185:0.984043:103:82:2:0:103:82:3:0 chr5 135282630 . C T 1712.82 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.332;QD=59.5764;RBI=0.0247502;REFB=0;REVB=0.0210917;RO=0;SAF=55;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335245;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:109:115:0:0:109:115:1:54:55:0:0:57:58:0:0 chr5 135287029 . T C 1606.9 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=64.2762;RBI=0.0178108;REFB=0;REVB=0.0172058;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47426e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:51:48:0:0:52:48:0:0 chr5 135382989 . G C 202.69 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=102;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0148733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.686;QD=7.94844;RBI=0.0389538;REFB=-0.00902949;REVB=-0.0360025;RO=72;SAF=19;SAR=9;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10702;STB=0.566465;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0238206;OID=.;OPOS=135382989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:74:28:28:0.27451:9:19:43:29:9:19:44:30 chr5 135513085 . T C,TC 1970.43 PASS AF=0.00775194,0.992248;AO=5,120;DP=129;FAO=1,128;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=1,79;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282187,0.0642711;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=52.7378,78.2607;QD=61.0986;RBI=0.0321867,0.0680578;REFB=0,0;REVB=0.0154819,0.022385;RO=4;SAF=4,76;SAR=1,44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.554117,0.0412396;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.143191,0.00135243;OID=.,.;OPOS=135513085,135513086;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:129:129:4:0:5,120:1,128:0.00775194,0.992248:1,44:4,76:0:4:0,49:1,79:0:0 chr5 136313330 . A AG 256.9 PASS AF=0.520325;AO=51;DP=124;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.20377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5732;QD=8.35438;RBI=0.204172;REFB=0.0696925;REVB=0.0127946;RO=58;SAF=21;SAR=30;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101926;STB=0.526146;STBP=0.556;TYPE=ins;VARB=-0.0327217;OID=.;OPOS=136313331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520325:51:124:64:123:59:28:36:29:30:99:58:21:30:30:28 chr5 136953577 . T C 168.74 PASS AF=0.580645;AO=15;DP=29;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00141149;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.241;QD=21.7724;RBI=0.0103108;REFB=-0.00114007;REVB=0.0102137;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322042;STB=0.661499;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00278948;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:11:13:15:18:0.580645:5:10:11:0:8:10:12:1 chr5 136954719 . T C 526.34 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00278899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.692;QD=27.3422;RBI=0.0134177;REFB=-0.0102021;REVB=0.0131247;RO=29;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.562789;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0119726;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:21:27:21:8:21:27:21:8 chr5 136955383 . G T 625.52 PASS AF=0.512;AO=40;DP=128;FAO=64;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0441725;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.611;QD=20.0166;RBI=0.0480124;REFB=-0.0225713;REVB=0.0188145;RO=40;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045;STB=0.501812;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0221354;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:40:61:40:64:0.512:19:21:19:21:38:26:25:36 chr5 136969793 . C T 349.27 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0107449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.39;QD=25.4017;RBI=0.0125719;REFB=-0.0166036;REVB=-0.00652686;RO=20;SAF=22;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217829;STB=0.50823;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0102982;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:12:22:13:7:12:22:14:7 chr5 137028029 . T C 1641.8 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1337;QD=60.2497;RBI=0.0322073;REFB=0;REVB=0.0319837;RO=0;SAF=74;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136555;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:35:74:0:0:35:74:0:0 chr5 137206556 . T TC 276.33 PASS AF=1;AO=6;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.4029;QD=28.3414;RBI=0.101458;REFB=0;REVB=-0.0993272;RO=36;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0015598;OID=.;OPOS=137206557;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:42:39:39:0:25:14:0:0:6:36:6:0:22:14 chr5 137206560 . A C 499.83 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00718592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2361;QD=51.2649;RBI=0.0755613;REFB=-0.028777;REVB=-0.0752188;RO=3;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.531897;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00845291;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:3:3:35:36:0.923077:14:21:3:0:14:22:3:0 chr5 137244517 . G A 1506.85 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.647;QD=59.6773;RBI=0.0294076;REFB=0;REVB=-0.014469;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4776e-06;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:53:48:0:0 chr5 137259179 . T C 3779.98 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184024;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4251;QD=63.2632;RBI=0.0211204;REFB=-0.086723;REVB=0.0103645;RO=1;SAF=129;SAR=109;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36384e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:239:1:0:238:239:1:109:129:0:1:109:130:0:0 chr5 137347498 . G A 1933.23 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.012;QD=61.8635;RBI=0.0326035;REFB=0;REVB=0.00280519;RO=0;SAF=81;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27078e-05;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:44:81:0:0:44:81:0:0 chr5 137372207 . A T 1081.06 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249865;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.871;QD=60.0586;RBI=0.0460785;REFB=0;REVB=0.0387156;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343996;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:35:37:0:0 chr5 137426447 . G A 92.25 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0167475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.436;QD=18.449;RBI=0.0177815;REFB=-0.0109492;REVB=-0.00597508;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529408;STB=0.799519;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00539413;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:9:0:8:3:9:0 chr5 137476416 . T C 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2554;QD=60.9516;RBI=0.0171005;REFB=0;REVB=-0.00881007;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19735e-05;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr5 137665323 . G A,T 947.29 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=60,6;DP=66;FAO=60,6;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37,6;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141265,0.0153187;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.4175,162.281;QD=57.4115;RBI=0.0323504,0.0179066;REFB=0,0;REVB=0.0291031,0.00927278;RO=0;SAF=37,6;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.03034e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00754798,0.0144053;OID=.,.;OPOS=137665323,137665323;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:66:66:0:0:60,6:60,6:0.909091,0.0909091:23,0:37,6:0:0:23,0:37,6:0:0 chr5 137708434 . C T 2121.52 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.392;QD=62.8597;RBI=0.0383902;REFB=0;REVB=0.00958485;RO=0;SAF=76;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30349e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:59:76:0:0:59:76:0:0 chr5 137717265 . G A 1390.01 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.894;QD=61.0993;RBI=0.0528828;REFB=-0.0873986;REVB=0.0312377;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000493017;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:0:1:89:90:0.989011:44:45:0:0:46:44:1:0 chr5 137721896 . G T 682.07 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0131505;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.263;QD=24.5791;RBI=0.0304062;REFB=-0.048997;REVB=0.0274154;RO=42;SAF=35;SAR=30;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588595;STB=0.529403;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0247524;OID=.;OPOS=137721896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:42:46:65:65:0.585586:30:35:26:16:30:35:28:18 chr5 137733905 . GGT G 32.58 PASS AF=0.180556;AO=10;DP=79;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00656295;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=2;MLLD=28.142;QD=1.80998;RBI=0.0948258;REFB=-0.0307017;REVB=0.0945984;RO=58;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.320312;SSSB=0.25;STB=0.524587;STBP=0.84;TYPE=del;VARB=0.183633;OID=.;OPOS=137733906;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180556:10:79:13:72:59:7:6:30:29:32:58:7:3:29:29 chr5 137754695 . T C 2083.38 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0502;QD=62.6581;RBI=0.0143815;REFB=0;REVB=0.00488992;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85472e-05;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr5 137892170 . G A 356.44 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0338819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.043;QD=14.2574;RBI=0.0340597;REFB=-0.0303;REVB=-0.00347576;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112721;STB=0.56407;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0381871;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:22:17:33:28:22:17:33:28 chr5 137902339 . T C 253.41 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00877388;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.654;QD=10.4498;RBI=0.0194103;REFB=-0.00432157;REVB=0.0173141;RO=66;SAF=13;SAR=18;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129407;STB=0.575567;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0102932;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:18:13:35:31:18:13:35:31 chr5 138268654 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA 94.13 PASS AF=0.4375,0,0;AO=7,7,3;DP=38;FAO=14,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.150699,-0.0633167,-0.218299;FXX=0.0302939;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=17.7009,10.4295,13.718;QD=11.7656;RBI=0.152583,0.180562,0.274515;REFB=-0.0564297,-0.00340236,0.0507444;REVB=0.0239005,0.169096,0.166446;RO=15;SAF=5,7,3;SAR=2,0,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.123921,0.696788,0.534287;STB=0.53841,0.5,0.5;STBP=0.839,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0647099,0.0288635,0;OID=.,.,.;OPOS=138268659,138268655,138268659;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA,ATTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0,0:7,7,3:38:14,0,0:32:18:12,0,0:2,0,0:16:2:89:15:5,7,3:2,0,0:12:3 chr5 138632055 . T G 31.89 PASS AF=0.12;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0483804;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5446;QD=2.55156;RBI=0.0741183;REFB=-0.00166908;REVB=0.0561504;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17907;STB=0.659769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0211771;OID=.;OPOS=138632055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:46:50:40:44:6:6:0.12:5:1:11:29:5:1:13:31 chr5 138668972 . TC T 204.78 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=77;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0242808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.089;QD=11.2207;RBI=0.0305972;REFB=-0.0136739;REVB=-0.018618;RO=51;SAF=20;SAR=5;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912546;STB=0.539741;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.0288978;OID=.;OPOS=138668973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.356164:25:77:26:73:47:20:6:34:13:99:51:20:5:38:13 chr5 138705187 . AC ACATT,TT 1235.84 PASS AF=0.864583,0.0520833;AO=74,5;DP=96;FAO=83,5;FDP=96;FR=.;FRO=8;FSAF=49,5;FSAR=34,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0127837,-0.0151781;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=261.025,125.346;QD=51.4935;RBI=0.0139895,0.0761708;REFB=0.00924098,-0.000615499;REVB=-0.00568173,-0.0746432;RO=8;SAF=48,5;SAR=26,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.078327,0.779142;STB=0.530583,0.997846;STBP=0.057,0.004;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00100795,0.0243216;OID=.,.;OPOS=138705189,138705187;OREF=-,AC;OALT=ATT,TT;OMAPALT=ACATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:96:96:8:8:74,5:83,5:0.864583,0.0520833:26,0:48,5:2:6:34,0:49,5:2:6 chr5 138713959 . A C 1230.53 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388881;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.493;QD=61.5266;RBI=0.0656311;REFB=0;REVB=0.0528692;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179115;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr5 138720108 . C T 419.38 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0405962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3101;QD=20.2113;RBI=0.125751;REFB=-0.00288393;REVB=0.119018;RO=41;SAF=30;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198611;STB=0.610632;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00505197;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:12:30:21:20:12:30:21:20 chr5 138720156 . C T 448.51 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0141018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.344;QD=15.7372;RBI=0.0878451;REFB=-0.024982;REVB=0.0867058;RO=61;SAF=25;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887968;STB=0.552611;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0364843;OID=.;OPOS=138720156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:64:50:50:0.438596:25:25:36:25:25:25:38:26 chr5 138728483 . A G 1171.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1644;QD=60.8742;RBI=0.0369457;REFB=0;REVB=0.036901;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013644;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:27:49:0:0:28:49:0:0 chr5 138728533 . C T 471.46 PASS AF=0.511111;AO=45;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.038948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1096;QD=20.9536;RBI=0.0553906;REFB=-0.01416;REVB=0.039385;RO=43;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622175;STB=0.533319;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0199278;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:44:45:46:0.511111:22:23:25:18:23:23:25:19 chr5 138732579 . C T 500.91 PASS AF=0.326316;AO=60;DP=192;FAO=62;FDP=190;FR=.;FRO=128;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=73;FWDB=-0.0132798;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.34;QD=10.5455;RBI=0.0236313;REFB=-0.016524;REVB=0.019547;RO=129;SAF=23;SAR=37;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715046;STB=0.54146;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0349612;OID=.;OPOS=138732579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:129:128:60:62:0.326316:37:23:57:72:39:23:55:73 chr5 138773090 . A G 181.23 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.030315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6466;QD=16.4751;RBI=0.0312462;REFB=-0.0220576;REVB=0.00757122;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148152;STB=0.584299;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0345838;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:7:18:11:8:7:18 chr5 138842178 . C T 585.92 PASS AF=0.449664;AO=42;DP=148;FAO=67;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0135256;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.544;QD=15.7294;RBI=0.0139154;REFB=-0.00902103;REVB=0.00327051;RO=82;SAF=34;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425081;STB=0.517519;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0140263;OID=.;OPOS=138842178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:82:82:42:67:0.449664:8:34:39:43:33:34:39:43 chr5 138857919 . T C 3013.32 PASS AF=1;AO=188;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000142451;FXX=0.0206175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.617;QD=63.4384;RBI=0.0294822;REFB=-0.112533;REVB=0.0294818;RO=0;SAF=96;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49586e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:190:0:0:188:190:1:92:96:0:0:93:97:0:0 chr5 138861146 . C G 336.92 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0412739;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.781;QD=14.6486;RBI=0.0413211;REFB=0.0017981;REVB=0.00197452;RO=54;SAF=13;SAR=24;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216976;STB=0.618269;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00241168;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:55:37:37:0.402174:24:13:30:24:24:13:30:25 chr5 139661085 . A G 356.03 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0730096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.933;QD=24.5541;RBI=0.0741389;REFB=-0.000629385;REVB=-0.0128908;RO=22;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665356;STB=0.514278;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.000708269;OID=.;OPOS=139661085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:23:35:35:0.603448:21:14:9:13:21:14:10:13 chr5 139740445 . TGCCCCCCAC CTGCCCCCAT,TGCCCCCCAT 179.34 PASS AF=0,0.5;AO=2,9;DP=37;FAO=0,18;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=0,12;FSAR=0,6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.104386,-0.0127761;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=10,1;MLLD=170.839,173.325;QD=19.9265;RBI=0.104709,0.0145563;REFB=-0.0045416,-0.00244966;REVB=-0.00821683,-0.00697551;RO=9;SAF=1,4;SAR=1,5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.681849,0.419765;STB=0.5,0.708111;STBP=1,0.013;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0120794;OID=.,.;OPOS=139740445,139740454;OREF=TGCCCCCCAC,C;OALT=CTGCCCCCAT,T;OMAPALT=CTGCCCCCAT,TGCCCCCCAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:37:36:9:13:2,9:0,18:0,0.5:1,5:1,4:0:9:0,6:0,12:2:11 chr5 139745154 . T C 1418.37 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279554;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.66;QD=63.0387;RBI=0.0371592;REFB=0;REVB=0.0244807;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55984e-06;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr5 139936760 . G T 720.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5994;QD=61.3058;RBI=0.136736;REFB=-0.0825894;REVB=0.124002;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520168;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:47:0:0:46:47:1:13:33:0:0:14:33:0:0 chr5 139936980 . A G 1214.0 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.778;QD=59.9504;RBI=0.0156449;REFB=0;REVB=-0.0106856;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288825;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:75:81:1:40:35:0:0:40:41:0:0 chr5 139940233 . G A 2226.54 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=102;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0152095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.269;QD=60.5861;RBI=0.0169954;REFB=-0.00167823;REVB=0.00758385;RO=2;SAF=102;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221014;STB=0.509189;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000142781;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:2:3:144:144:0.979592:42:102:0:2:42:102:1:2 chr5 139940302 . G A 719.26 PASS AF=0.522388;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=134;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0133115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.723;QD=21.4705;RBI=0.0152586;REFB=-0.00829216;REVB=0.00745851;RO=64;SAF=43;SAR=27;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389127;STB=0.521348;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00815183;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:64:70:70:0.522388:27:43:42:22:27:43:42:22 chr5 139941228 . A G 823.26 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0398649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.8727;QD=53.9845;RBI=0.0470453;REFB=-0.07494;REVB=0.0249809;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277382;STB=0.514701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00141398;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:2:0:26:33:2:0 chr5 140021482 . C T 172.4 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.025772;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.416;QD=16.8193;RBI=0.026144;REFB=-0.0154496;REVB=-0.00439433;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109005;STB=0.551474;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0251317;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:11:11:7:11:12:11 chr5 140023238 . C G 720.21 PASS AF=0.407216;AO=70;DP=194;FAO=79;FDP=194;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=-0.0138233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.026;QD=14.8497;RBI=0.0147602;REFB=-0.00676269;REVB=-0.00517505;RO=97;SAF=31;SAR=39;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212674;STB=0.51068;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0105895;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:97:115:70:79:0.407216:39:31:41:56:44:35:53:62 chr5 140048209 . T C 246.19 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0234068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3809;QD=11.319;RBI=0.0305213;REFB=-0.02605;REVB=0.0195875;RO=57;SAF=19;SAR=11;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193531;STB=0.511196;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0523806;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:11:19:37:20:11:19:37:20 chr5 140048267 . T C 1513.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.177;QD=59.9361;RBI=0.0333214;REFB=0;REVB=0.0300644;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05717e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:36:65:0:0:36:65:0:0 chr5 140048544 . C T 471.15 PASS AF=0.495146;AO=44;DP=97;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00109185;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.428;QD=18.2972;RBI=0.039628;REFB=-0.0322026;REVB=0.039613;RO=51;SAF=24;SAR=20;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345806;STB=0.53403;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0361829;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:51:52:44:51:0.495146:20:24:28:23:26:25:29:23 chr5 140052271 . A G 37.5 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00846628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.13;QD=8.82236;RBI=0.0519053;REFB=-0.0275928;REVB=-0.0512102;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.6187;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0513542;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:9:2:2:4:9:2 chr5 140098596 . T G 116.71 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0317403;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.38;QD=8.48815;RBI=0.0317444;REFB=-0.0172524;REVB=0.000507853;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134615;STB=0.581292;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0438818;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:19:20:10:6:19:20 chr5 140099022 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG 141.06 PASS AF=0,0.65625,0,0.34375;AO=4,4,6,2;DP=37;FAO=0,21,0,11;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,11;FSAR=0,21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.481066,-0.280733,-0.193133,-0.0485434;FXX=0.157853;HRUN=17,17,17,17;LEN=1,2,3,1;MLLD=1.84196,3.77587,5.2015,107.164;QD=17.6329;RBI=0.527408,0.302448,0.207401,0.0499005;REFB=0.409937,0.391119,0.313466,0.0298283;REVB=0.216184,0.112533,0.0755975,-0.0115586;RO=2;SAF=0,0,0,2;SAR=4,4,6,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.527011,-0.0149332,-0.055561,-0.0505177;OID=.,.,.,.;OPOS=140099023,140099023,140099023,140099033;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.65625,0,0.34375:4,4,6,2:37:0,21,0,11:32:0:0,0,0,11:0,21,0,0:0:0:65:2:0,0,0,2:4,4,6,0:0:2 chr5 140111764 . AT A 274.97 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0588913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1349;QD=15.2762;RBI=0.113807;REFB=-0.0227528;REVB=0.0973846;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456387;STB=0.517233;STBP=0.793;TYPE=del;VARB=0.0265879;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:39:72:39:72:33:21:18:19:14:99:32:21:18:19:13 chr5 140167463 . C T 406.73 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.2;QD=54.2303;RBI=0.117831;REFB=-0.0230897;REVB=0.0315888;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261285;OID=.;OPOS=140167463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:29:30:1:15:14:1:0:15:15:0:0 chr5 140168070 . A G 484.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000862539;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7031;QD=58.6764;RBI=0.0611538;REFB=0;REVB=-0.0611477;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046587;OID=.;OPOS=140168070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr5 140168151 . G T 593.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.591;QD=60.9011;RBI=0.0694474;REFB=0;REVB=0.0498807;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306298;OID=.;OPOS=140168151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr5 140174622 . G A 1348.34 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.101599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9879;QD=59.9261;RBI=0.114814;REFB=-0.167841;REVB=0.0534791;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129808;STB=0.51351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00444409;OID=.;OPOS=140174622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:52:36:1:0:52:36:2:0 chr5 140174865 . G C 832.6 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0188794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8287;QD=52.8632;RBI=0.0190337;REFB=-0.136097;REVB=-0.00241905;RO=3;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554087;STB=0.529402;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00339799;OID=.;OPOS=140174865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:24:36:0:3:24:36:0:3 chr5 140181734 . A G 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.176;QD=62.9741;RBI=0.0244661;REFB=0;REVB=-0.023528;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59033e-05;OID=.;OPOS=140181734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr5 140181892 . T C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000848198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.065;QD=59.8559;RBI=0.01074;REFB=0;REVB=0.0107065;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13517e-05;OID=.;OPOS=140181892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr5 140182101 . G T 1176.41 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0237;QD=58.8204;RBI=0.0533834;REFB=-0.10885;REVB=0.0405852;RO=1;SAF=44;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010637;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00118714;OID=.;OPOS=140182101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:34:44:1:0:34:45:1:0 chr5 140183058 . G A 334.03 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00343175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7714;QD=46.0732;RBI=0.015838;REFB=-0.0763788;REVB=0.0154617;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393744;STB=0.52126;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00669868;OID=.;OPOS=140183058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:12:14:1:2:12:14:1:2 chr5 140186937 . G T 499.41 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0407509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.352;QD=53.99;RBI=0.0684879;REFB=-0.112213;REVB=0.055045;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.529395;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00200876;OID=.;OPOS=140186937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:16:19:0:1:16:19:0:2 chr5 140186979 . GG AA 100.69 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032678;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=109.523;QD=40.274;RBI=0.0327147;REFB=0;REVB=0.00155051;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000111555;OID=.;OPOS=140186979;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 140186982 . C A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0426136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.446;QD=24.3282;RBI=0.0446399;REFB=-0.0123321;REVB=-0.0132966;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223089;STB=0.631145;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00770882;OID=.;OPOS=140186982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:1:1:6:1:1:1 chr5 140186984 . G A 60.92 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00282562;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.258;QD=30.4604;RBI=0.0385485;REFB=-0.0325459;REVB=0.0384448;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0298125;OID=.;OPOS=140186984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr5 140187048 . G C 436.04 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0239512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.61;QD=54.5049;RBI=0.0310084;REFB=-0.125858;REVB=0.0196942;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00064159;OID=.;OPOS=140187048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:21:10:0:0:21:10:0:1 chr5 140187102 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.752;QD=63.8716;RBI=0.0359995;REFB=0;REVB=-0.0250663;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60208e-06;OID=.;OPOS=140187102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr5 140187322 . C T 1524.59 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3327;QD=59.7879;RBI=0.00705039;REFB=0;REVB=0.00464711;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23541e-06;OID=.;OPOS=140187322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:50:50:0:0:52:50:0:0 chr5 140188383 . T G 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.017;QD=62.0184;RBI=0.0302527;REFB=0;REVB=0.0012756;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176767;OID=.;OPOS=140188383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr5 140188401 . A G 451.17 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287145;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2913;QD=58.2148;RBI=0.0294077;REFB=0;REVB=0.00634758;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260848;OID=.;OPOS=140188401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr5 140188575 . G C 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0693277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.923;QD=57.8233;RBI=0.0697549;REFB=-0.0816722;REVB=-0.00770833;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00389487;OID=.;OPOS=140188575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr5 140201420 . T C 693.59 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167372;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.5;QD=63.0533;RBI=0.0275317;REFB=0;REVB=0.02186;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41958e-05;OID=.;OPOS=140201420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr5 140203432 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.806;QD=53.9109;RBI=0.0157457;REFB=0;REVB=0.00137932;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69223e-05;OID=.;OPOS=140203432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 140209467 . T G 445.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6488;QD=57.5225;RBI=0.102222;REFB=0;REVB=-0.0738762;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290355;OID=.;OPOS=140209467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr5 140214381 . G A 462.41 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0171991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5026;QD=52.8463;RBI=0.0805462;REFB=-0.0454954;REVB=-0.0786885;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.522714;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0136516;OID=.;OPOS=140214381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:35:1:2:31:33:0.942857:12:19:1:0:12:21:2:0 chr5 140221139 . G A 670.14 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.618;QD=62.3388;RBI=0.0335848;REFB=0;REVB=0.021165;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300665;OID=.;OPOS=140221139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr5 140221195 . G C 52.61 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=0.0642248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.426;QD=2.50526;RBI=0.0827287;REFB=0.00478794;REVB=0.0521461;RO=73;SAF=6;SAR=5;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164041;STB=0.615182;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0243352;OID=.;OPOS=140221195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:5:6:30:43:5:6:30:43 chr5 140222157 . A C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.484;QD=57.0986;RBI=0.0589586;REFB=0;REVB=0.041634;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47313e-07;OID=.;OPOS=140222157;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr5 140222641 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000286283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.455;QD=51.1818;RBI=0.012753;REFB=0;REVB=-0.0127498;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144135;OID=.;OPOS=140222641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr5 140228262 . C A 30.42 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=21;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0749399;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.476;QD=6.40366;RBI=0.0787792;REFB=0.0138202;REVB=0.0242935;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481903;STB=0.815104;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0211807;OID=.;OPOS=140228262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:21:19:14:14:5:5:0.263158:4:1:9:5:4:1:9:5 chr5 140231237 . T C 792.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029805;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5942;QD=55.6426;RBI=0.0744651;REFB=-0.167876;REVB=0.0682401;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00336247;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:1:0:22:34:1:0 chr5 140236950 . C G 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00678915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.758;QD=25.3393;RBI=0.00793143;REFB=-0.0310632;REVB=-0.00410062;RO=24;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158481;STB=0.501628;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0198731;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:25:39:39:0.609375:17:22:13:11:17:22:14:11 chr5 140237109 . T G 1133.48 PASS AF=0.657895;AO=100;DP=152;FAO=100;FDP=152;FR=.;FRO=52;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0631264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8639;QD=29.8283;RBI=0.0671226;REFB=-0.0146217;REVB=-0.0228144;RO=50;SAF=64;SAR=36;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.95679e-08;STB=0.509089;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00631075;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:50:52:100:100:0.657895:36:64:32:18:36:64:32:20 chr5 140237387 . T G 80.81 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0311811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6966;QD=17.9581;RBI=0.0701291;REFB=-0.0508011;REVB=-0.0628159;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545363;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0404593;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:9:10:0.555556:3:6:4:3:4:6:4:4 chr5 140237548 . A G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00225884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.366;QD=23.2628;RBI=0.00225884;REFB=-0.0151569;REVB=6.77814e-07;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01133;STB=0.506324;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0129023;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:8:11:13:10:8:11 chr5 140242451 . GC G 199.66 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.011608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0381;QD=17.3615;RBI=0.0818329;REFB=-0.0231988;REVB=-0.0810054;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186981;STB=0.613335;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0096837;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586957:27:46:27:46:19:16:11:6:13:99:18:16:11:6:12 chr5 140242479 . T A 362.51 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0100734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.797;QD=27.885;RBI=0.01371;REFB=-0.0178477;REVB=-0.00930005;RO=18;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127071;STB=0.569435;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00911902;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:14:20:7:11:14:20:7:11 chr5 140250252 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0191617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.352;QD=13.7265;RBI=0.0202409;REFB=-0.033243;REVB=0.00652093;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27233;STB=0.657007;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0334226;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:6:19:19:17:6:19:19:17 chr5 140255792 . C A 55.5 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.104402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.198;QD=10.0902;RBI=0.288209;REFB=-0.0443466;REVB=-0.268635;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456174;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0549623;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:7:14:7:8:0.363636:5:2:6:1:6:2:6:8 chr5 140263290 . T G 373.6 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0144223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.47;QD=23.3502;RBI=0.0328244;REFB=-0.038908;REVB=-0.0294862;RO=27;SAF=26;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208378;STB=0.602352;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0197561;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:36:37:0.578125:10:26:13:14:11:26:13:14 chr5 140307284 . G A 182.56 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0264787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7419;QD=7.85192;RBI=0.0274233;REFB=-0.00540212;REVB=-0.0071354;RO=66;SAF=15;SAR=10;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490389;STB=0.541816;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0113647;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:66:68:25:25:0.268817:10:15:37:29:10:15:37:31 chr5 140307746 . C G 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00818785;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.912;QD=20.0177;RBI=0.0171944;REFB=-0.0158109;REVB=-0.0151198;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521025;STB=0.51427;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0143999;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:9:9:7:9:9:9:8:9 chr5 140307969 . C G 112.5 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0152872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5065;QD=8.33296;RBI=0.0280412;REFB=-0.00851778;REVB=-0.0235076;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193299;STB=0.607341;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.043508;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:16:16:0.296296:6:10:17:20:6:10:18:20 chr5 140309016 . C T 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00531032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.924;QD=14.9196;RBI=0.0358968;REFB=-0.0176371;REVB=-0.0355019;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165334;STB=0.588718;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.02632;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:7:21:22:14:7:21:23:14 chr5 140309124 . G A 64.18 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.117131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.121;QD=10.6967;RBI=0.173267;REFB=-0.0300105;REVB=-0.127679;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.747;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0342452;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:14:15:9:9:0.375:2:7:6:8:2:7:6:9 chr5 140346468 . T A 328.7 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00902434;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.517;QD=17.7674;RBI=0.0216765;REFB=-0.0341643;REVB=0.0197087;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100084;STB=0.541226;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0483601;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:39:35:35:0.472973:17:18:15:22:17:18:17:22 chr5 140346712 . T C 209.49 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=117;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.00894383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2723;QD=7.04172;RBI=0.0572876;REFB=-0.0223367;REVB=-0.0565852;RO=86;SAF=21;SAR=10;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169561;STB=0.611576;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.045354;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:86:88:31:31:0.260504:10:21:47:39:10:21:47:41 chr5 140347053 . C T 141.82 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0675329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9467;QD=13.8364;RBI=0.0804674;REFB=0.0195493;REVB=0.0437528;RO=25;SAF=14;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36613;STB=0.719296;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0245537;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:2:14:16:9:2:14:16:9 chr5 140476653 . GC AA 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0162124;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.897;QD=16.2726;RBI=0.0166327;REFB=-0.00236955;REVB=-0.00371565;RO=39;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219908;STB=0.512366;STBP=0.866;TYPE=mnp;VARB=0.00250369;OID=.;OPOS=140476653;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:13:19:24:15:13:19:24:15 chr5 140480852 . G A 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0625081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9974;QD=29.78;RBI=0.0636132;REFB=0.025325;REVB=-0.0118058;RO=4;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113256;STB=0.506319;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00310943;OID=.;OPOS=140480852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:10:3:1:3:10:3:1:3 chr5 140481475 . A T 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0221441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.031;QD=27.235;RBI=0.0241998;REFB=-0.0379074;REVB=0.00976047;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160726;STB=0.58871;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0170808;OID=.;OPOS=140481475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:4:10:11:12:4:10 chr5 140482483 . G A 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.687;QD=59.0109;RBI=0.0482807;REFB=0;REVB=0.0447379;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133745;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr5 140502177 . G A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00059096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.769;QD=21.744;RBI=0.00272257;REFB=-0.0140861;REVB=0.00265766;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496376;STB=0.52784;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0126198;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:11:5:7:12:11:5 chr5 140502341 . GCCC GCTT 406.19 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0144328;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=256.691;QD=32.4951;RBI=0.01499;REFB=-0.0408504;REVB=0.00404866;RO=11;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982997;STB=0.515142;STBP=0.799;TYPE=mnp;VARB=0.0184822;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=GCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.66:33:50:33:50:17:17:16:8:9:99:11:17:16:8:3 chr5 140503237 . A G 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0143453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.094;QD=33.7897;RBI=0.0285387;REFB=0.00815376;REVB=0.0246712;RO=7;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18176;STB=0.599902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00428542;OID=.;OPOS=140503237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:14:7:5:2:14:7:5:2 chr5 140517174 . T C 38.22 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0228868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.989;QD=11.7614;RBI=0.0248898;REFB=-0.0397163;REVB=0.00978257;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0268548;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:5:2:4:2:5:2 chr5 140530529 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0214448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.692;QD=7.71662;RBI=0.0278907;REFB=-0.00160302;REVB=-0.0178329;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533266;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00828704;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:25:27:10:10:0.27027:4:6:15:10:4:6:15:12 chr5 140531175 . T C 448.6 PASS AF=1;AO=21;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.317;QD=57.8841;RBI=0.097669;REFB=0;REVB=-0.0249425;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989674;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:21:31:1:15:6:0:0:16:15:0:0 chr5 140531746 . C G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0268306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.122;QD=10.39;RBI=0.0272476;REFB=0.00664079;REVB=0.00474865;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0085474;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr5 140532871 . T A 182.7 PASS AF=0.475;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0609842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9077;QD=18.2697;RBI=0.121012;REFB=-0.0336436;REVB=-0.104522;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115484;STB=0.558841;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0370844;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:21:18:19:0.475:12:6:9:11:12:7:10:11 chr5 140553581 . G C 174.62 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0167578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=8.02869;RBI=0.0189189;REFB=-0.004406;REVB=-0.00878058;RO=62;SAF=10;SAR=14;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214548;STB=0.632661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0169988;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:14:10:37:25:14:10:38:25 chr5 140554006 . C G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0167857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.935;QD=9.19978;RBI=0.035309;REFB=-0.0242528;REVB=-0.0310639;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0622725;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:5:8:2:5:5:8 chr5 140554481 . G T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0210541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2657;QD=9.47328;RBI=0.0643121;REFB=0.0129649;REVB=0.0607681;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189567;STB=0.615156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0246459;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:12:9:6:4:12:9 chr5 140554606 . T C 123.07 PASS AF=0.21978;AO=22;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0756594;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7212;QD=5.40954;RBI=0.0951514;REFB=-0.00674899;REVB=-0.0577013;RO=67;SAF=11;SAR=11;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138781;STB=0.544189;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0195886;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:71:22:20:0.21978:11:11:41:26:9:11:43:28 chr5 140554808 . T A 268.15 PASS AF=0.215;AO=42;DP=198;FAO=43;FDP=200;FR=.;FRO=157;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=96;FSRR=61;FWDB=0.000193868;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2551;QD=5.36301;RBI=0.039607;REFB=-0.00581581;REVB=-0.0396065;RO=148;SAF=25;SAR=17;SRF=88;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000848918;STB=0.505604;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0184855;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:148:157:42:43:0.215:17:25:88:60:17:26:96:61 chr5 140559596 . T G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.665;QD=40.6387;RBI=0.0546899;REFB=-0.000333672;REVB=0.040034;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000466192;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:0:1:6:8:0:1 chr5 140559914 . T C 432.25 PASS AF=0.621212;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.034404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.865;QD=26.1972;RBI=0.0349819;REFB=-0.0130513;REVB=0.00633263;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128231;STB=0.581459;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00998168;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:25:40:41:0.621212:19:21:9:17:19:22:8:17 chr5 140563579 . C T 43.74 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.329;QD=21.8687;RBI=0.0292375;REFB=-0.193877;REVB=0.0292375;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171497;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:6:0:0:2:6:0:0:2 chr5 140564263 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0350948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.253;QD=7.83659;RBI=0.0358794;REFB=-0.00879064;REVB=-0.0074625;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.59233;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0324103;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:7:9:3:4:7:9 chr5 140565168 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.879;QD=33.4285;RBI=0.0383677;REFB=0;REVB=0.0354511;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202945;OID=.;OPOS=140565168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr5 140567264 . G T 95.52 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00521198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.093;QD=10.9163;RBI=0.00561191;REFB=-0.018834;REVB=0.00208056;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684697;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0377747;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:11:12:7:5:11:12 chr5 140567445 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0275017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.164;QD=9.53617;RBI=0.0349993;REFB=-0.00380573;REVB=-0.0216474;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206484;STB=0.626639;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0108162;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:16:11:3:9:16:11 chr5 140567608 . C T 342.47 PASS AF=0.622642;AO=23;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.290244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9036;QD=25.8468;RBI=0.290403;REFB=0.0264956;REVB=-0.0096093;RO=11;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136234;STB=0.554761;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0223152;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:11:20:23:33:0.622642:17:6:5:6:18:15:12:8 chr5 140568026 . T C 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00126221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.311;QD=9.88279;RBI=0.0304772;REFB=-0.00768212;REVB=0.030451;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015445;STB=0.509082;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0236862;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:9:12:24:19:9:12:24:19 chr5 140568034 . C CA 642.32 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.5913;QD=46.7139;RBI=0.14113;REFB=0;REVB=-0.140545;RO=7;SAF=29;SAR=22;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00267598;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:59:55:55:0:31:24:0:0:12:7:29:22:3:4 chr5 140568796 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000662959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9604;QD=7.62864;RBI=0.0252552;REFB=-0.0260089;REVB=-0.0252465;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454775;STB=0.794592;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0736302;OID=.;OPOS=140568796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:7:1:9:11:7:1:9:11 chr5 140572668 . C T 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0279875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5955;QD=11.49;RBI=0.0312705;REFB=0.00399517;REVB=-0.0139479;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520807;STB=0.521026;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00729025;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:9:7:15:16:9:7:15:17 chr5 140573439 . G C 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0367017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.714;QD=9.0915;RBI=0.0600299;REFB=-0.0185253;REVB=-0.0475034;RO=31;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546797;STB=0.839746;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0411434;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:13:13:0.288889:11:2:19:12:11:2:20:12 chr5 140575211 . G T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00370621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.731;QD=14.6984;RBI=0.0040419;REFB=-0.0072103;REVB=0.00161275;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283506;STB=0.653269;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0174289;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:5:11:9:13:5:11:10:13 chr5 140580493 . T A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00186276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.616;QD=8.51179;RBI=0.0184792;REFB=-0.000360558;REVB=-0.018385;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444693;STB=0.768743;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000684502;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:17:7:7:3:17:7 chr5 140580931 . C G 70.94 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00101143;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2631;QD=12.3371;RBI=0.0285385;REFB=0.0027706;REVB=0.0285206;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865477;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00637068;OID=.;OPOS=140580931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:23:12:13:9:10:0.434783:3:6:7:5:3:7:8:5 chr5 140581510 . G T 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00515004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.304;QD=10.4381;RBI=0.0164263;REFB=-0.0100366;REVB=0.0155981;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187898;STB=0.612001;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0260378;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:17:10:7:6:17:10 chr5 140595355 . G T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0119865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.683;QD=19.134;RBI=0.0362453;REFB=-0.00321099;REVB=0.0342059;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00280927;OID=.;OPOS=140595355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr5 140620056 . A G 342.01 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0146866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8718;QD=17.7667;RBI=0.0492643;REFB=-0.00988184;REVB=0.0470242;RO=41;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13191;STB=0.554366;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0181535;OID=.;OPOS=140620056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:40:36:37:0.480519:12:24:22:19:13:24:22:18 chr5 140626566 . A C 37.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.049703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.395;QD=9.90568;RBI=0.0506057;REFB=-0.0474122;REVB=-0.00951548;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0544645;OID=.;OPOS=140626566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr5 140626626 . C CA 38.3 PASS AF=0.346154;AO=3;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0205975;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=146.743;QD=5.89207;RBI=0.0247297;REFB=-0.00969194;REVB=0.0136858;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180929;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=ins;VARB=0.0605765;OID=.;OPOS=140626627;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:3:28:9:26:17:5:4:8:9:38:22:1:2:11:11 chr5 140626627 . G A 37.63 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00472426;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.889;QD=5.57497;RBI=0.00698032;REFB=-0.00602883;REVB=0.00513869;RO=18;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523032;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0196817;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:27:18:21:5:6:0.222222:2:3:10:8:3:3:10:11 chr5 140682757 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0246699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.618;QD=27.2219;RBI=0.0251312;REFB=-0.0260057;REVB=-0.00479322;RO=14;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167178;STB=0.601671;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0224926;OID=.;OPOS=140682757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:13:11:3:11:13:11:3:12 chr5 140683265 . G A 109.09 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0257346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.537;QD=5.97745;RBI=0.0257411;REFB=-0.00664633;REVB=0.000578481;RO=56;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878296;STB=0.554585;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0201721;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:7:10:29:27:7:10:29:27 chr5 140710705 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.334;QD=54.5153;RBI=0.0191592;REFB=0;REVB=0.010906;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142388;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr5 140719090 . G A 633.31 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0107912;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.274;QD=35.1839;RBI=0.0162654;REFB=-0.0297477;REVB=0.0121702;RO=19;SAF=40;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223034;STB=0.620683;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00956703;OID=.;OPOS=140719090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:19:19:53:53:0.736111:13:40:7:12:13:40:7:12 chr5 140720516 . C G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00970857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.576;QD=14.6539;RBI=0.071971;REFB=-0.0391842;REVB=-0.0713132;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0453326;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr5 140730674 . A G 143.3 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.010206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.246;QD=9.88253;RBI=0.0414743;REFB=-0.015569;REVB=0.0401989;RO=39;SAF=13;SAR=6;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553545;STB=0.532752;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0331591;OID=.;OPOS=140730674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:6:13:25:14:6:13:25:14 chr5 140731334 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0365164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7666;QD=7.46431;RBI=0.0400059;REFB=-0.0118181;REVB=0.0163409;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0173207;OID=.;OPOS=140731334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr5 140731336 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0209124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.66;QD=7.46507;RBI=0.0465145;REFB=-0.0142601;REVB=0.0415484;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0607871;OID=.;OPOS=140731336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr5 140731340 . C G 44.83 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0865217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.368;QD=7.47111;RBI=0.0981059;REFB=-0.0259107;REVB=-0.0462467;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0661263;OID=.;OPOS=140731340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:13:17:7:7:0.291667:5:2:6:7:5:2:8:9 chr5 140731343 . C G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0243146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.995;QD=7.12513;RBI=0.0303093;REFB=-0.0301789;REVB=-0.0180956;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253539;STB=0.662168;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0713089;OID=.;OPOS=140731343;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:9:9:5:2:9:9 chr5 140750044 . T C 3426.02 PASS AF=1;AO=220;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.378;QD=61.7301;RBI=0.0592696;REFB=0;REVB=0.0211422;RO=1;SAF=119;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24075e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:222:222:1:0:220:222:1:101:119:1:0:101:121:0:0 chr5 140768941 . G A 141.35 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0444952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.708;QD=21.7463;RBI=0.0483694;REFB=-0.0286237;REVB=0.0189675;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780516;STB=0.543983;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0206316;OID=.;OPOS=140768941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:4:7:8:7:4:7 chr5 140769251 . C T 91.13 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.040647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0426;QD=6.07527;RBI=0.0433306;REFB=0.010906;REVB=0.0150121;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330898;STB=0.715623;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0313351;OID=.;OPOS=140769251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:44:46:14:14:0.233333:9:5:28:16:9:5:30:16 chr5 140769278 . T C 68.29 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0676703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.745;QD=5.81171;RBI=0.0775091;REFB=-0.013818;REVB=-0.0377941;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214257;STB=0.59556;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0642947;OID=.;OPOS=140769278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:37:37:9:10:0.212766:5:4:23:14:5:5:23:14 chr5 140774288 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.227;QD=52.1523;RBI=0.0309971;REFB=-0.0172333;REVB=0.0276687;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000780745;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr5 140801398 . G C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=7.03715e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.777;QD=8.45108;RBI=0.0459547;REFB=-0.0224152;REVB=-0.0459547;RO=43;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111089;STB=0.566005;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0500081;OID=.;OPOS=140801398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:11:7:13:30:11:7:13:30 chr5 140890927 . T C 35.12 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0183398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.504;QD=5.20281;RBI=0.0399292;REFB=-0.0122375;REVB=-0.0354681;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.71347;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0374062;OID=.;OPOS=140890927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:19:21:6:6:0.222222:1:5:12:7:1:5:13:8 chr5 141036318 . CTTTTTTC CTTTTTC,CTTTTTCA 56.77 PASS AF=0.326531,0.0408163;AO=15,3;DP=48;FAO=16,2;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11,1;FSAR=5,1;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.137342,-0.00852031;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.39742,23.0238;QD=4.63456;RBI=0.178571,0.0277989;REFB=-0.122158,-0.0700788;REVB=-0.114126,-0.026461;RO=21;SAF=12,1;SAR=3,2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.311828,0;SSSB=0.0571008,-0.454259;STB=0.51722,0.695316;STBP=0.884,0.714;TYPE=del,mnp;VARB=0.0663593,0.108819;OID=.,.;OPOS=141036319,141036324;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531,0.0408163:15,3:48:16,2:49:31:11,1:5,1:22:9:54:21:12,1:3,2:16:5 chr5 141243646 . A G 531.31 PASS AF=0.336788;AO=65;DP=193;FAO=65;FDP=193;FR=.;FRO=128;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.0238306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.645;QD=11.0117;RBI=0.0243159;REFB=-0.0130316;REVB=0.00483369;RO=126;SAF=31;SAR=34;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448269;STB=0.525654;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0298977;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:126:128:65:65:0.336788:34:31:65:61:34:31:66:62 chr5 141309824 . G A 149.88 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0160913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7502;QD=15.7772;RBI=0.0240728;REFB=-0.0517683;REVB=0.0179044;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044353;STB=0.511931;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0654977;OID=.;OPOS=141309824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:14:7:6:11:14:7 chr5 141325249 . T C 1839.38 PASS AF=0.983871;AO=121;DP=125;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0308338;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.657;QD=59.3349;RBI=0.0398677;REFB=0.0320827;REVB=0.0252727;RO=0;SAF=41;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20281e-08;STB=0.511626;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=4.61765e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:124:0:2:121:122:0.983871:80:41:0:0:80:42:2:0 chr5 141335241 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0524072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.619;QD=14.1391;RBI=0.0524093;REFB=-0.00933928;REVB=0.000473969;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425507;STB=0.743786;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00627146;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:16:4:9:5:16:4 chr5 141335284 . G A 133.42 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0126416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.114;QD=10.6737;RBI=0.0388418;REFB=-0.0254213;REVB=0.0367271;RO=32;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418874;STB=0.730875;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0931782;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:34:15:16:0.32:9:6:25:7:10:6:25:9 chr5 141335498 . C T 426.74 PASS AF=0.645161;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00907698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.625;QD=27.5319;RBI=0.010397;REFB=-0.0191205;REVB=0.00507022;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120959;STB=0.55607;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0113453;OID=.;OPOS=141335498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:22:40:40:0.645161:21:19:6:15:21:19:7:15 chr5 141336264 . G T 120.83 PASS AF=0.301887;AO=14;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00652943;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.271;QD=9.1195;RBI=0.00822068;REFB=0.000205847;REVB=-0.0049946;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23307;STB=0.679109;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00045539;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:37:14:16:0.301887:9:5:21:17:11:5:21:16 chr5 141337126 . C T 198.31 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0876446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.671;QD=13.2205;RBI=0.0876526;REFB=0.00121197;REVB=-0.00118371;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298995;STB=0.670594;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00184439;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:9:15:12:24:9:15:12:24 chr5 141337225 . A G 415.0 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906349;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.469;QD=57.2412;RBI=0.0978643;REFB=0;REVB=0.0369153;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916881;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr5 141391532 . G A 1453.21 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.443;QD=63.1829;RBI=0.0273532;REFB=0;REVB=0.0191098;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10773e-06;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr5 141531735 . C T 787.22 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.702;QD=64.263;RBI=0.034349;REFB=0;REVB=0.0252261;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64235e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:45:49:1:26:19:0:0:27:22:0:0 chr5 141973349 . C G 389.25 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00487189;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5816;QD=15.1166;RBI=0.0048806;REFB=-0.0101516;REVB=-0.000291392;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10647;STB=0.559832;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0179626;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:59:59:44:44:0.427184:24:20:33:26:24:20:33:26 chr5 141973501 . T C 343.94 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=0.0146185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.864;QD=12.1749;RBI=0.0246977;REFB=-0.00815014;REVB=0.0199068;RO=71;SAF=24;SAR=18;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13713;STB=0.577801;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0143782;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:71:71:42:42:0.371681:18:24:49:22:18:24:49:22 chr5 141974653 . T G 373.33 PASS AF=0.371901;AO=45;DP=121;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=-0.00297507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.577;QD=12.3415;RBI=0.00527989;REFB=0.00271432;REVB=-0.0043619;RO=76;SAF=20;SAR=25;SRF=53;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274542;STB=0.655232;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00585915;OID=.;OPOS=141974653;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:76:76:45:45:0.371901:25:20:53:23:25:20:53:23 chr5 142254679 . A G 1604.34 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.043;QD=59.9753;RBI=0.0195311;REFB=0;REVB=-0.0148624;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74252e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:58:48:0:0:59:48:0:0 chr5 142593652 . C T 1519.07 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799488;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.506;QD=63.9607;RBI=0.0112643;REFB=0;REVB=-0.00793514;RO=0;SAF=69;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138266;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:26:69:0:0:26:69:0:0 chr5 143059433 . T C 170.55 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00185812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8734;QD=9.09609;RBI=0.0254137;REFB=-0.0196315;REVB=-0.0253457;RO=52;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340464;STB=0.701095;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0663285;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:7:16:21:31:7:16:21:31 chr5 145199593 . ATTTTTTTA ATTTTTTA,ATTTTTTAA,ATTTTTTAC 138.44 PASS AF=0.521739,0,0;AO=17,7,3;DP=70;FAO=36,0,0;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=17,0,0;FSAR=19,0,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.108583,-0.120513,0.184613;FXX=0.054787;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=9.02713,15.4944,17.7315;QD=8.02543;RBI=0.112546,0.122896,0.185773;REFB=-0.106861,-0.0425889,-0.038206;REVB=0.0296039,-0.0240881,0.0207295;RO=30;SAF=4,7,2;SAR=13,0,1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.37967,0.686018,0.107385;STB=0.54937,0.5,0.5;STBP=0.425,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.104316,0,0;OID=.,.,.;OPOS=145199594,145199600,145199600;OREF=T,T,TA;OALT=-,A,AC;OMAPALT=ATTTTTTA,ATTTTTTAA,ATTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739,0,0:17,7,3:70:36,0,0:69:33:17,0,0:19,0,0:19:14:99:30:4,7,2:13,0,1:17:13 chr5 145246085 . T G 4088.66 PASS AF=0.989051;AO=257;DP=266;FAO=271;FDP=274;FR=.;FRO=3;FSAF=173;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0245279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.037;QD=59.6884;RBI=0.0245534;REFB=-0.0394638;REVB=0.00111769;RO=2;SAF=161;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198792;STB=0.500335;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000103613;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:266:274:2:3:257:271:0.989051:96:161:1:1:98:173:2:1 chr5 145393364 . C T 362.1 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0120372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.574;QD=19.312;RBI=0.0236795;REFB=0.00563504;REVB=0.0203918;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117089;STB=0.549682;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0056221;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:37:38:0.506667:16:21:25:11:16:22:25:12 chr5 145439647 . T C 1579.2 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00153276;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.256;QD=57.9524;RBI=0.00710488;REFB=0.00884409;REVB=-0.00693758;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507574;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-8.09838e-05;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:0:2:107:107:0.981651:65:42:0:0:65:42:0:2 chr5 145477855 . T C 1505.82 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.409;QD=63.4028;RBI=0.0192193;REFB=0;REVB=0.0181568;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04384e-05;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:37:54:0:0:38:57:0:0 chr5 145483844 . A T 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3243;QD=59.854;RBI=0.0736818;REFB=0;REVB=0.0735239;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303872;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr5 145499996 . C T 1534.78 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0242899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3622;QD=58.4679;RBI=0.0948185;REFB=-0.0544544;REVB=-0.0916545;RO=2;SAF=50;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185991;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=4.83985e-05;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:2:1:103:104:0.990476:53:50:2:0:53:51:1:0 chr5 145508340 . A G 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.714;QD=59.9233;RBI=0.0525513;REFB=0;REVB=-0.0094218;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88439e-05;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:57:48:0:0:57:48:0:0 chr5 145508636 . TA CC 956.86 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436518;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=2;MLLD=116.364;QD=58.8837;RBI=0.0485094;REFB=0;REVB=0.0211585;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000169753;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:36:28:0:0:37:28:0:0 chr5 145519821 . G A 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.248;QD=58.6482;RBI=0.0374915;REFB=0.013446;REVB=0.017175;RO=1;SAF=8;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550491;STB=0.529397;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=2.52036e-05;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:32:8:1:0:32:8:1:0 chr5 145523105 . G A 784.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0689893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9561;QD=57.0308;RBI=0.0972703;REFB=0;REVB=-0.068571;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138338;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr5 145539996 . T G 317.32 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283466;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.191;QD=50.7719;RBI=0.0285937;REFB=-0.0245624;REVB=-0.00375092;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00108771;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:25:0:1:24:24:0.96:12:12:0:0:12:12:0:1 chr5 145543972 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00136229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.82;QD=56.6222;RBI=0.0618988;REFB=0.0818586;REVB=-0.0618838;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171678;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000365246;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:27:36:0:1:27:36:0:1 chr5 145890028 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.722;QD=58.2396;RBI=0.040961;REFB=0;REVB=0.03776;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97419e-05;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr5 145894896 . G C 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.339;QD=57.5415;RBI=0.0421347;REFB=0;REVB=0.0382948;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225248;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr5 145935658 . G A 2993.58 PASS AF=1;AO=186;DP=188;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307946;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.859;QD=62.6927;RBI=0.0301664;REFB=-0.122409;REVB=-0.0300088;RO=1;SAF=85;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07194e-05;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:188:191:1:0:186:191:1:101:85:0:1:103:88:0:0 chr5 146092291 . C G 1515.76 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00902222;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.62;QD=62.5055;RBI=0.00996142;REFB=-0.000524933;REVB=0.00422249;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=1.60627e-05;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:43:53:1:0:43:53:1:0 chr5 146092398 . A G 304.88 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00403768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.479;QD=26.5112;RBI=0.0243999;REFB=-0.024396;REVB=0.0240635;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133708;STB=0.583273;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0183416;OID=.;OPOS=146092398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:19:27:27:0.586957:14:13:12:6:14:13:13:6 chr5 147012303 . T C 451.99 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0770064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9061;QD=22.0485;RBI=0.10396;REFB=0.00123632;REVB=0.0698403;RO=38;SAF=20;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161864;STB=0.508924;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000596893;OID=.;OPOS=147012303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:24:20:18:20:24:20:18:20 chr5 147286054 . G A 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00480977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.393;QD=14.4114;RBI=0.0121949;REFB=-0.0180207;REVB=-0.0112064;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750195;STB=0.54343;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0308361;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:16:12:9:9:16:12 chr5 147468614 . A G 161.79 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0341352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9771;QD=8.9883;RBI=0.0644975;REFB=-0.0207737;REVB=-0.054724;RO=49;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346328;STB=0.706353;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0734786;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:9:13:14:35:9:13:14:36 chr5 147480080 . G A 99.22 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0152522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9281;QD=6.50603;RBI=0.0452507;REFB=-0.00417892;REVB=-0.0426027;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435831;STB=0.526991;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0274921;OID=.;OPOS=147480080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:9:6:20:26:9:6:20:26 chr5 147516598 . T C 804.95 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.954;QD=64.396;RBI=0.0295065;REFB=0;REVB=0.0272862;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49273e-05;OID=.;OPOS=147516598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr5 147554889 . A C 522.79 PASS AF=0.342246;AO=64;DP=185;FAO=64;FDP=187;FR=.;FRO=123;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=-0.00217903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.337;QD=11.1826;RBI=0.0144065;REFB=-0.0169572;REVB=0.0142407;RO=121;SAF=45;SAR=19;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166817;STB=0.597203;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0332933;OID=.;OPOS=147554889;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:121:123:64:64:0.342246:19:45:69:52:19:45:70:53 chr5 147593497 . C A 449.75 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00230705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.436;QD=18.937;RBI=0.0203241;REFB=-0.00266458;REVB=-0.0201927;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00633092;STB=0.503525;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00286196;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:50:45:45:0.473684:21:24:27:23:21:24:27:23 chr5 147692959 . A G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00462267;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=272.377;QD=14.6688;RBI=0.00465084;REFB=-0.00645119;REVB=0.000511103;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531483;STB=0.530278;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00919434;OID=.;OPOS=147692959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:15:17:14:10:15:17 chr5 147692967 . G T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0230858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.434;QD=19.7604;RBI=0.0236071;REFB=-0.000829796;REVB=0.00493367;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038794;STB=0.540948;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000946679;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:12:11:10:13:12:11:10:15 chr5 147785886 . A G 201.36 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0199458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9115;QD=12.5853;RBI=0.115669;REFB=-0.0193561;REVB=0.113936;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203805;STB=0.59992;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0201188;OID=.;OPOS=147785886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:24:25:0.390625:9:15:17:22:10:15:17:22 chr5 147856271 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0370159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.454;QD=10.7921;RBI=0.0475922;REFB=-0.00216944;REVB=-0.0299139;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104511;STB=0.56749;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00267828;OID=.;OPOS=147856271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:17:18:0.339623:6:11:19:15:6:12:20:15 chr5 147856333 . G A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00317461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.325;QD=29.5625;RBI=0.00816175;REFB=-0.0155526;REVB=0.00751904;RO=17;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248878;STB=0.513668;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00802106;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:13:16:10:7:13:16:10:7 chr5 148206440 . G A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0255836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.935;QD=26.3414;RBI=0.0258509;REFB=-0.0187084;REVB=-0.00370745;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167464;STB=0.592501;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0127484;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:9:2:8:11:9:2 chr5 148206473 . G C 472.74 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=37;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102231;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.507;QD=54.027;RBI=0.1057;REFB=-0.126477;REVB=0.105205;RO=2;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929272;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00126132;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:35:2:2:31:33:0.942857:9:22:0:2:11:22:0:2 chr5 148206646 . G A 199.1 PASS AF=0.271845;AO=28;DP=103;FAO=28;FDP=103;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0333506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.737;QD=7.73221;RBI=0.0334794;REFB=-0.00843221;REVB=-0.00293292;RO=75;SAF=13;SAR=15;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148323;STB=0.588376;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0216215;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:75:75:28:28:0.271845:15:13:44:31:15:13:44:31 chr5 148206917 . C A 102.69 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00511575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.928;QD=6.04054;RBI=0.0432286;REFB=-0.00574449;REVB=-0.0429249;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207104;STB=0.617508;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0217238;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:52:16:16:0.235294:8:8:34:17:8:8:34:18 chr5 148207447 . G C 317.79 PASS AF=0.376238;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0157367;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.201;QD=12.5857;RBI=0.0158023;REFB=-0.00502931;REVB=-0.00143835;RO=62;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510495;STB=0.542243;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00965589;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:63:37:38:0.376238:21:16:24:38:21:17:24:39 chr5 148207633 . G A 46.19 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0475888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.872;QD=9.72321;RBI=0.0757063;REFB=-0.00261765;REVB=-0.0588791;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0126614;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:5:7:4:3:5:7 chr5 148384307 . C T 256.8 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0377816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.393;QD=21.8555;RBI=0.165548;REFB=-0.030298;REVB=0.161179;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829982;STB=0.580924;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0291517;OID=.;OPOS=148384307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:22:23:25:0.531915:9:14:16:7:11:14:16:6 chr5 148386525 . T C 468.85 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0152904;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.69;QD=25.3433;RBI=0.0184718;REFB=-0.0230937;REVB=0.0103639;RO=28;SAF=33;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125658;STB=0.559294;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0123928;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:30:44:44:0.594595:11:33:17:11:11:33:19:11 chr5 148407708 . A C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8723;QD=63.2835;RBI=0.0262892;REFB=0;REVB=0.0242616;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014125;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 148407945 . C T 394.36 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000925828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.525;QD=28.1686;RBI=0.0422716;REFB=-0.00455831;REVB=0.0422614;RO=19;SAF=26;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191233;STB=0.604592;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00167039;OID=.;OPOS=148407945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:37:37:0.660714:11:26:8:11:11:26:8:11 chr5 148422274 . C T 789.72 PASS AF=0.598361;AO=73;DP=122;FAO=73;FDP=122;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00482879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7776;QD=25.8925;RBI=0.0119607;REFB=0.0130092;REVB=-0.0109426;RO=49;SAF=34;SAR=39;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630042;STB=0.534237;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00875892;OID=.;OPOS=148422274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:49:49:73:73:0.598361:39:34:27:22:39:34:27:22 chr5 148425518 . A T 43.13 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0340482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.678;QD=11.501;RBI=0.0450172;REFB=-0.00276482;REVB=0.0294494;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490704;STB=0.705136;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00742426;OID=.;OPOS=148425518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:15:3:8:4:5:0.333333:3:1:3:0:3:2:6:2 chr5 148437158 . A G 289.0 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0133373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1036;QD=32.1113;RBI=0.0280575;REFB=-0.0343649;REVB=0.0246848;RO=11;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186934;STB=0.602752;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.023734;OID=.;OPOS=148437158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:17:8:7:4:17:8:7:4 chr5 148578636 . T C 337.24 PASS AF=0.493151;AO=33;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0211757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.365;QD=18.4788;RBI=0.0218311;REFB=0.00357951;REVB=0.00530877;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195125;STB=0.635437;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00226497;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:33:36:0.493151:21:12:21:16:24:12:22:15 chr5 148610276 . C A 461.13 PASS AF=0.274262;AO=63;DP=235;FAO=65;FDP=237;FR=.;FRO=172;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=87;FSRR=85;FWDB=-0.016773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.983;QD=7.78278;RBI=0.0212819;REFB=-0.0163033;REVB=-0.013099;RO=168;SAF=29;SAR=34;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04168;STB=0.543383;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0404621;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:168:172:63:65:0.274262:34:29:83:85:36:29:87:85 chr5 148627252 . G A 232.45 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0174586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.478;QD=16.9056;RBI=0.0193436;REFB=-0.0152567;REVB=-0.00832905;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409847;STB=0.53189;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0233782;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:14:11:14:15:15:11:14:15 chr5 148699940 . A C 81.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0110142;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.139;QD=11.6126;RBI=0.103684;REFB=-0.0166487;REVB=0.103097;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.599828;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.04778;OID=.;OPOS=148699940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:29:28:16:17:11:11:0.392857:5:6:12:4:5:6:12:5 chr5 148700031 . A T 53.74 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0241943;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.105;QD=6.93377;RBI=0.0354009;REFB=0.00270862;REVB=-0.0258429;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10556;STB=0.580449;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0150391;OID=.;OPOS=148700031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:22:23:8:8:0.258065:4:4:13:9:4:4:14:9 chr5 148720087 . T G 425.55 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.113436;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4826;QD=18.7054;RBI=0.120937;REFB=-0.024417;REVB=0.0419306;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102262;STB=0.562089;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0160425;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:47:48:43:43:0.472527:23:20:27:20:23:20:28:20 chr5 148989122 . C T 747.68 PASS AF=1;AO=39;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.147;QD=56.4283;RBI=0.0903634;REFB=0;REVB=0.0271505;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002106;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:39:53:1:27:12:0:0:35:18:0:0 chr5 148996328 . G A 138.37 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00493013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.68;QD=26.357;RBI=0.0137079;REFB=-0.0305557;REVB=0.0127906;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.644965;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00492489;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:21:6:6:14:15:0.714286:9:5:5:1:10:5:5:1 chr5 148998582 . G A 718.16 PASS AF=0.634615;AO=66;DP=104;FAO=66;FDP=104;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0223393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.282;QD=27.6217;RBI=0.0227312;REFB=-0.00773363;REVB=0.00420268;RO=37;SAF=36;SAR=30;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750222;STB=0.535891;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00531126;OID=.;OPOS=148998582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:37:38:66:66:0.634615:30:36:16:21:30:36:17:21 chr5 149001551 . A C 354.01 PASS AF=0.625;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00259532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.046;QD=29.5011;RBI=0.00392262;REFB=-0.00144156;REVB=0.0029413;RO=17;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976793;STB=0.513545;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00054026;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:18:30:30:0.625:11:19:11:6:11:19:12:6 chr5 149006837 . A G 38.06 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.107521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.657;QD=10.1505;RBI=0.112331;REFB=0.00130595;REVB=-0.0325172;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415714;STB=0.736367;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00329667;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:0:9:5:1:0:9 chr5 149008403 . A G 1369.92 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.309;QD=61.5692;RBI=0.00357827;REFB=0;REVB=0.00155793;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35874e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:87:89:1:37:50:1:0:38:51:0:0 chr5 149008467 . C A 181.75 PASS AF=0.265957;AO=22;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.025665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.78;QD=7.73386;RBI=0.0260588;REFB=-0.010926;REVB=0.00451304;RO=57;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862296;STB=0.519984;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0150025;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:69:22:25:0.265957:10:12:27:30:13:12:35:34 chr5 149008484 . G A 725.01 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=85;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0066686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.378;QD=34.118;RBI=0.00672317;REFB=-0.0104658;REVB=0.000854835;RO=25;SAF=28;SAR=32;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509728;STB=0.527463;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00297789;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:25:60:60:0.705882:32:28:14:11:32:28:14:11 chr5 149008521 . A G 864.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6487;QD=57.6405;RBI=0.0553238;REFB=0;REVB=-0.0199628;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126078;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 149212510 . C A 289.82 PASS AF=0.714286;AO=23;DP=33;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0403198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.369;QD=33.1223;RBI=0.0406035;REFB=-0.0510375;REVB=-0.00479154;RO=10;SAF=5;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142255;STB=0.529047;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.020464;OID=.;OPOS=149212510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:10:10:23:25:0.714286:18:5:2:8:18:7:2:8 chr5 149360877 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.19;QD=64.1521;RBI=0.02935;REFB=0;REVB=-0.00444933;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393067;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr5 149374879 . CT C 497.86 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210821;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.2765;QD=45.2603;RBI=0.0268227;REFB=0;REVB=0.0165832;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00154696;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:45:44:44:0:24:20:0:0:9:1:23:20:1:0 chr5 149374932 . T C 769.57 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.726;QD=57.0048;RBI=0.0616452;REFB=0;REVB=-0.0195991;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96604e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr5 149406271 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.126;QD=57.8847;RBI=0.0354195;REFB=0;REVB=0.0326172;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65799e-05;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr5 149433400 . G C 665.58 PASS AF=1;AO=13;DP=54;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126573;FXX=0.09998;HRUN=8;LEN=1;MLLD=187.082;QD=59.1625;RBI=0.150058;REFB=0;REVB=0.080602;RO=24;SAF=13;SAR=0;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.75267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028038;OID=.;OPOS=149433400;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:45:24:0:13:45:1:0:13:19:5:12:33:0:0 chr5 149433401 . G C 125.31 PASS AF=0.303571;AO=18;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0225909;FXX=0.0175408;HRUN=8;LEN=1;MLLD=121.056;QD=8.95059;RBI=0.0345682;REFB=-0.0436289;REVB=0.0261651;RO=39;SAF=13;SAR=5;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610907;STB=0.510192;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0149745;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:39:39:18:17:0.303571:5:13:28:11:5:12:28:11 chr5 149450132 . T C 95.14 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00999763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.656;QD=11.1935;RBI=0.0113942;REFB=-0.0177363;REVB=0.00546577;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378991;STB=0.726884;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0551209;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:9:13:3:9:9:13 chr5 149493472 . C T 801.26 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.35;QD=57.2328;RBI=0.0379965;REFB=0;REVB=0.0377515;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123165;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr5 149495050 . T C 3629.18 PASS AF=0.979079;AO=234;DP=239;FAO=234;FDP=239;FR=.;FRO=5;FSAF=128;FSAR=106;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00647293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.509;QD=60.7394;RBI=0.015692;REFB=-0.0226843;REVB=0.0142948;RO=5;SAF=128;SAR=106;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101827;STB=0.505345;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000277174;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:239:239:5:5:234:234:0.979079:106:128:4:1:106:128:4:1 chr5 149495395 . T C 760.25 PASS AF=0.688172;AO=62;DP=91;FAO=64;FDP=93;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.014372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.12;QD=32.6992;RBI=0.0245363;REFB=-0.0141496;REVB=-0.0198866;RO=29;SAF=34;SAR=28;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159831;STB=0.579134;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0041404;OID=.;OPOS=149495395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:29:29:62:64:0.688172:28:34:8:21:30:34:8:21 chr5 149499672 . T C 334.9 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000693448;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.293;QD=26.2668;RBI=0.0224422;REFB=0.0221646;REVB=-0.0224315;RO=17;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132549;STB=0.572082;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0171088;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:17:19:32:32:0.627451:18:14:11:6:18:14:12:7 chr5 149563715 . T C 726.83 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0409895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9222;QD=52.8606;RBI=0.0425034;REFB=0.0198853;REVB=0.0112428;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.516123;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.0122022;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:23:30:2:0:23:30:2:0 chr5 149583336 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.000872298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.844;QD=14.0973;RBI=0.0202223;REFB=-0.00816732;REVB=-0.0202034;RO=18;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374308;STB=0.723285;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0159317;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:2:11:10:8:2:11:10:8 chr5 149585025 . A C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.16;QD=62.6704;RBI=0.0257558;REFB=0;REVB=0.0188394;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66674e-06;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr5 149602608 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.277;QD=64.4141;RBI=0.0247478;REFB=0;REVB=0.0198382;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47556e-06;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr5 149644597 . T G 2385.93 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00373285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.193;QD=61.1777;RBI=0.0155706;REFB=0;REVB=0.0151165;RO=0;SAF=81;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01613e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:75:81:0:0:75:81:0:0 chr5 149677851 . A G 1178.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.734;QD=60.4547;RBI=0.0437068;REFB=0;REVB=0.0436688;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375666;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:25:52:0:0:26:52:0:0 chr5 149824223 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=438.907;QD=57.6807;RBI=0.00558431;REFB=0;REVB=0.0044678;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.89243e-07;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chr5 149826526 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.605;QD=57.1951;RBI=0.0234514;REFB=0;REVB=0.0212489;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21559e-05;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr5 149907533 . T G 591.56 PASS AF=0.641975;AO=50;DP=82;FAO=52;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0119563;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.169;QD=29.2127;RBI=0.0547369;REFB=-0.018124;REVB=-0.0534151;RO=16;SAF=34;SAR=16;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281403;STB=0.60173;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00795145;OID=.;OPOS=149907533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:16:29:50:52:0.641975:16:34:10:6:18:34:11:18 chr5 149907602 . A G 381.49 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0507907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6534;QD=34.6806;RBI=0.0577246;REFB=-0.00319818;REVB=-0.0274306;RO=13;SAF=20;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227417;STB=0.62399;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000180057;OID=.;OPOS=149907602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:11:20:3:10:11:20:3:10 chr5 149919739 . G C 1152.53 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.259;QD=60.6594;RBI=0.0347078;REFB=0;REVB=0.0344881;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92794e-05;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:22:52:0:0:24:52:0:0 chr5 149923209 . C T 651.57 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0192325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3015;QD=25.0605;RBI=0.0219592;REFB=0.0162654;REVB=0.0105979;RO=41;SAF=40;SAR=22;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107211;STB=0.509534;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00960117;OID=.;OPOS=149923209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:42:62:62:0.596154:22:40:27:14:22:40:28:14 chr5 149937495 . TA T,TT 358.65 PASS AF=0.514286,0.0142857;AO=34,5;DP=73;FAO=36,1;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17,1;FSAR=19,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0194244,0.00995496;FXX=0.0410903;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=244.67,240.966;QD=20.4943;RBI=0.0206062,0.0131391;REFB=-0.00508153,-0.00322718;REVB=-0.00687817,-0.0085753;RO=32;SAF=16,3;SAR=18,2;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0800367,0.0444928;STB=0.54937,0.988484;STBP=0.425,0.47;TYPE=del,snp;VARB=0.00330201,0.0413844;OID=.,.;OPOS=149937496,149937496;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286,0.0142857:34,5:73:36,1:70:33:17,1:19,0:19:14:99:32:16,3:18,2:18:14 chr5 149998128 . G A 664.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000783286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.48;QD=60.4253;RBI=0.0339316;REFB=-0.0540097;REVB=0.0339225;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229163;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr5 150030667 . AGGGGA AGGGA,AGGGAC,GAGGGA 30.38 PASS AF=0.5,0,0;AO=4,3,3;DP=19;FAO=9,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0555797,-0.194522,-0.034304;FXX=0.0526039;HRUN=4,4,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.94469,20.9916,99.2381;QD=6.75197;RBI=0.113201,0.205135,0.0412645;REFB=-0.166638,-0.0843174,-0.0152089;REVB=-0.098617,-0.0651265,-0.0229344;RO=7;SAF=4,3,0;SAR=0,0,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0.533333,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.694548,0.649962,-0.684179;STB=0.636033,0.5,0.5;STBP=0.333,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.158382,0,0;OID=.,.,.;OPOS=150030668,150030671,150030667;OREF=G,GA,AG;OALT=-,AC,GA;OMAPALT=AGGGA,AGGGAC,GAGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:19:18:7:9:4,3,3:9,0,0:0.5,0,0:0,0,3:4,3,0:4:3:2,0,0:7,0,0:5:4 chr5 150051430 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.54;QD=33.4285;RBI=0.0256239;REFB=0;REVB=0.0256239;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322425;OID=.;OPOS=150051430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 150051779 . G C 698.06 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.978;QD=62.0499;RBI=0.0734193;REFB=0;REVB=0.00711894;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193803;OID=.;OPOS=150051779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:28:17:0:0 chr5 150051958 . T C 2263.45 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.639;QD=63.3133;RBI=0.028999;REFB=0;REVB=0.013721;RO=0;SAF=80;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36099e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:143:0:0:141:143:1:61:80:0:0:62:81:0:0 chr5 150089827 . C A 174.28 PASS AF=0.642857;AO=16;DP=26;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.033726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5365;QD=24.8966;RBI=0.0343292;REFB=0.0159723;REVB=-0.00640715;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144208;STB=0.571351;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0086327;OID=.;OPOS=150089827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:28:9:10:16:18:0.642857:7:9:7:2:9:9:7:3 chr5 150097883 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.322;QD=56.1916;RBI=0.0424702;REFB=0;REVB=0.0258388;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344635;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr5 150158147 . C T 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0153685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.455;QD=27.2765;RBI=0.0179485;REFB=-0.0147339;REVB=-0.00927137;RO=18;SAF=25;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39691;STB=0.740528;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0164361;OID=.;OPOS=150158147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:3:25:10:8:3:25:10:9 chr5 150158164 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.528;QD=64.1538;RBI=0.0309208;REFB=0;REVB=0.0308854;RO=0;SAF=37;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89327e-05;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:12:37:0:0:12:37:0:0 chr5 150158191 . G T 714.67 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0683311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2593;QD=60.8229;RBI=0.0728686;REFB=-0.0406803;REVB=0.0253117;RO=1;SAF=32;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144681;STB=0.507689;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00309708;OID=.;OPOS=150158191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:14:32:1:0:14:32:1:0 chr5 150158199 . C T 712.41 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.751;QD=63.3254;RBI=0.171312;REFB=0;REVB=0.0491027;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281835;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:14:25:0:0:14:31:0:0 chr5 150158226 . A C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00640982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.398;QD=54.4806;RBI=0.00934615;REFB=-0.0657752;REVB=-0.00680182;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217036;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00224204;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:1:0:10:21:1:0 chr5 150227998 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3566;QD=56.7033;RBI=0.0266237;REFB=0;REVB=-0.00914955;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501124;OID=.;OPOS=150227998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 150257616 . A G 462.51 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0764507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5716;QD=52.8586;RBI=0.076598;REFB=-0.174918;REVB=0.00474716;RO=2;SAF=24;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030063;STB=0.516119;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0130374;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:9:24:1:1:9:24:1:1 chr5 150311773 . T C 808.57 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3986;QD=56.7417;RBI=0.0247564;REFB=0;REVB=0.00571768;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346964;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:21:32:0:0:22:35:0:0 chr5 150323428 . A G 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.947;QD=63.1932;RBI=0.0408922;REFB=0;REVB=0.0284883;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66533e-05;OID=.;OPOS=150323428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr5 150407456 . T C 4477.15 PASS AF=1;AO=278;DP=283;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127484;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.666;QD=63.0585;RBI=0.035903;REFB=-0.0844018;REVB=0.0358804;RO=1;SAF=156;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038439;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:283:284:1:0:278:284:1:122:156:1:0:122:162:0:0 chr5 150409477 . T C 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00396716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.281;QD=61.5536;RBI=0.0172207;REFB=0.0614993;REVB=0.0167575;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000142999;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:48:42:0:0:48:42:0:1 chr5 150480520 . C T 565.08 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0338357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4428;QD=16.7431;RBI=0.0432683;REFB=-0.0230035;REVB=-0.0269683;RO=74;SAF=28;SAR=32;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717462;STB=0.507445;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0314415;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:75:60:60:0.444444:32:28:34:40:32:28:34:41 chr5 150484787 . C T 751.22 PASS AF=0.38326;AO=86;DP=227;FAO=87;FDP=227;FR=.;FRO=140;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.00324455;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5286;QD=13.2373;RBI=0.00337059;REFB=-0.00759683;REVB=-0.000913121;RO=140;SAF=49;SAR=37;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692845;STB=0.542079;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00838234;OID=.;OPOS=150484787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:140:140:86:87:0.38326:37:49:71:69:37:50:71:69 chr5 150489390 . A G 1356.97 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.099;QD=62.3895;RBI=0.0440778;REFB=0;REVB=0.0366109;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.965e-05;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:30:56:0:0:30:57:0:0 chr5 150512740 . G A 746.17 PASS AF=0.568;AO=71;DP=126;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00393946;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.325;QD=23.8774;RBI=0.00983658;REFB=-0.0421427;REVB=-0.00901326;RO=54;SAF=29;SAR=42;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00085465;STB=0.500466;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0315321;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:54:54:71:71:0.568:42:29:22:32:42:29:22:32 chr5 150518988 . G A 390.75 PASS AF=0.361538;AO=47;DP=131;FAO=47;FDP=130;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.00335531;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6755;QD=12.0231;RBI=0.00534634;REFB=-0.00305172;REVB=0.00416236;RO=83;SAF=30;SAR=17;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165086;STB=0.594517;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00424134;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:83:83:47:47:0.361538:17:30:41:42:17:30:41:42 chr5 150562692 . GCCCCT GCCCC,GCCCT 159.8 PASS AF=0.344262,0.0163934;AO=16,10;DP=61;FAO=21,1;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14,1;FSAR=7,0;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0111979,-0.0815507;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=144.577,12.0993;QD=10.4788;RBI=0.0126293,0.198773;REFB=-0.0289672,-0.166625;REVB=0.00584006,-0.181274;RO=29;SAF=13,2;SAR=3,8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0.3;SSEP=0,0;SSSB=0.140313,-0.57498;STB=0.554164,0.988263;STBP=0.555,0.463;TYPE=del,del;VARB=0.0425431,0.0996874;OID=.,.;OPOS=150562697,150562693;OREF=T,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344262,0.0163934:16,10:61:21,1:61:39:14,1:7,0:23:16:99:29:13,2:3,8:21:8 chr5 150578574 . A G 1267.64 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394288;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.168;QD=61.8359;RBI=0.040162;REFB=0;REVB=-0.00763889;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41322e-05;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:38:44:0:0 chr5 150639409 . A G 2353.57 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560549;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.015;QD=61.1316;RBI=0.0560918;REFB=0;REVB=-0.00203262;RO=0;SAF=47;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0409e-05;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:151:154:1:104:47:0:0:104:50:0:0 chr5 150639439 . A G 1753.59 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191846;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6113;QD=60.9943;RBI=0.0215395;REFB=0;REVB=-0.009793;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171479;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:73:42:0:0:73:42:0:0 chr5 150647012 . A G 652.03 PASS AF=0.446667;AO=67;DP=150;FAO=67;FDP=150;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0497543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.236;QD=17.3874;RBI=0.0531236;REFB=-0.0235868;REVB=-0.0186178;RO=83;SAF=41;SAR=26;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13136;STB=0.57323;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0350724;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:83:83:67:67:0.446667:26:41:40:43:26:41:40:43 chr5 150666933 . C A 1298.85 PASS AF=0.670659;AO=112;DP=167;FAO=112;FDP=167;FR=.;FRO=55;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0124106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7595;QD=31.1101;RBI=0.0217532;REFB=-0.00388616;REVB=0.0178656;RO=55;SAF=45;SAR=67;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897581;STB=0.548273;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00205918;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:55:55:112:112:0.670659:67:45:30:25:67:45:30:25 chr5 150667016 . T C 480.77 PASS AF=0.317708;AO=56;DP=192;FAO=61;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=131;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=84;FWDB=-0.0369196;FXX=0.0103087;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.025;QD=10.0161;RBI=0.0445295;REFB=-0.0116373;REVB=-0.0248961;RO=98;SAF=18;SAR=38;SRF=38;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818138;STB=0.501389;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0217186;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:98:131:56:61:0.317708:38:18:38:60:39:22:47:84 chr5 150695254 . T C 321.11 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0141872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1416;QD=31.3276;RBI=0.0201325;REFB=-0.0779971;REVB=0.0142843;RO=12;SAF=18;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149073;STB=0.574614;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0386501;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:12:13:27:28:0.682927:9:18:5:7:9:19:6:7 chr5 150696447 . C T 1918.18 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0621529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6992;QD=58.5704;RBI=0.102064;REFB=-0.0463574;REVB=-0.0809571;RO=2;SAF=58;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161014;STB=0.512395;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00436741;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:130:131:2:3:127:128:0.977099:69:58:2:0:69:59:3:0 chr5 150696498 . G A 355.96 PASS AF=0.316901;AO=44;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0228168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.258;QD=10.027;RBI=0.0240114;REFB=-0.0109782;REVB=-0.00747939;RO=97;SAF=22;SAR=22;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670682;STB=0.531187;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0267408;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:97:97:44:45:0.316901:22:22:43:54:23:22:43:54 chr5 150696540 . C T 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.715;QD=63.7509;RBI=0.0282295;REFB=0;REVB=-0.0102042;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2406e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr5 150723806 . G A 1469.06 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0175296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6882;QD=57.0508;RBI=0.027722;REFB=0.0147329;REVB=-0.0214761;RO=2;SAF=13;SAR=87;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296758;STB=0.514384;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00211212;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:2:2:100:101:0.980583:87:13:1:1:87:14:1:1 chr5 150886725 . G A 1413.74 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0552;QD=62.8327;RBI=0.138964;REFB=0;REVB=-0.138956;RO=0;SAF=60;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000712594;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:30:60:0:0:30:60:0:0 chr5 150886882 . G A 2934.01 PASS AF=0.965854;AO=197;DP=204;FAO=198;FDP=205;FR=.;FRO=7;FSAF=103;FSAR=95;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0202944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.091;QD=57.249;RBI=0.0306237;REFB=-0.0437738;REVB=0.0229335;RO=4;SAF=103;SAR=94;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181324;STB=0.506641;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000803344;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:204:205:4:7:197:198:0.965854:94:103:4:0:95:103:5:2 chr5 150891733 . A G 1514.11 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435996;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.338;QD=63.7519;RBI=0.0482531;REFB=0;REVB=-0.0206746;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97865e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr5 150901111 . A G 2132.98 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.219;QD=62.7348;RBI=0.0196941;REFB=0;REVB=0.0119242;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054957;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:67:67:0:0:67:69:0:0 chr5 150901261 . C T 804.79 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487132;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.929;QD=55.5028;RBI=0.049632;REFB=-0.0484807;REVB=0.00950565;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000708055;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:0:1 chr5 150901300 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.496;QD=62.3497;RBI=0.0378076;REFB=0;REVB=0.0342441;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79296e-05;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr5 150901612 . C CG 495.44 PASS AF=0.973684;AO=4;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610717;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.9132;QD=52.1514;RBI=0.0774586;REFB=-0.213533;REVB=0.0476454;RO=33;SAF=3;SAR=1;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720321;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.0173797;OID=.;OPOS=150901613;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:4:38:37:38:1:25:12:0:1:4:33:3:1:23:10 chr5 150901613 . A G 450.84 PASS AF=0.894737;AO=33;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.071309;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.0246;QD=47.4568;RBI=0.078862;REFB=-0.0773976;REVB=0.0336785;RO=4;SAF=22;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189967;STB=0.511938;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0114911;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:38:38:4:4:33:34:0.894737:11:22:3:1:12:22:3:1 chr5 150923405 . A G 1471.6 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6686;QD=63.2946;RBI=0.0601237;REFB=0;REVB=-0.0414958;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547893;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:54:39:0:0:54:39:0:0 chr5 150925144 . A G 186.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00462654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.48;QD=19.6599;RBI=0.026331;REFB=-0.00698055;REVB=0.0259214;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11199;STB=0.563688;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0061499;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:5:14:12:7:5:14:12:7 chr5 150942919 . A G 1081.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.417;QD=59.2494;RBI=0.00780685;REFB=0;REVB=0.0053054;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216413;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:73:0:0:65:73:1:32:33:0:0:39:34:0:0 chr5 150942969 . G A 359.34 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.00303863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.905;QD=12.9492;RBI=0.00354066;REFB=-0.0114682;REVB=0.00181741;RO=67;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045495;STB=0.530384;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0164369;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:68:43:43:0.387387:20:23:33:34:20:23:33:35 chr5 150943085 . G A 610.21 PASS AF=0.391061;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=61;FWDB=-0.011851;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8743;QD=13.6361;RBI=0.0134163;REFB=0.00785239;REVB=0.00628898;RO=110;SAF=34;SAR=36;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536147;STB=0.527672;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0125402;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:110:109:70:70:0.391061:36:34:48:62:36:34:48:61 chr5 150945483 . C T 304.73 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0113229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.219;QD=12.697;RBI=0.0177553;REFB=-0.00566047;REVB=0.0136764;RO=59;SAF=21;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834136;STB=0.548908;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0127416;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:61:35:35:0.364583:14:21:31:28:14:21:32:29 chr5 150945699 . G A 286.53 PASS AF=0.31405;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0102172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.171;QD=9.47216;RBI=0.0103476;REFB=-0.0212566;REVB=0.0016379;RO=78;SAF=22;SAR=16;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121525;STB=0.574873;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0474381;OID=.;OPOS=150945699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:78:83:38:38:0.31405:16:22:37:41:16:22:39:44 chr5 150945862 . A G 206.62 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00554961;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.382;QD=8.26494;RBI=0.0205028;REFB=-0.011409;REVB=-0.0197375;RO=72;SAF=12;SAR=16;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533287;STB=0.531769;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.022041;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:16:12:34:38:16:12:34:38 chr5 150945931 . C T 215.56 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0072921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.017;QD=10.9145;RBI=0.0126229;REFB=-0.0167544;REVB=-0.0103036;RO=52;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232412;STB=0.634589;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0285725;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:11:16:20:32:11:16:20:32 chr5 150946132 . G A 345.73 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00930229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.116;QD=14.4053;RBI=0.0404819;REFB=-0.00630163;REVB=-0.0393986;RO=58;SAF=17;SAR=21;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110775;STB=0.562877;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00976103;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:21:17:32:26:21:17:32:26 chr5 150946436 . A G 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=-0.00212102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.629;QD=11.6126;RBI=0.0298577;REFB=-0.0076292;REVB=-0.0297822;RO=53;SAF=18;SAR=11;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143361;STB=0.58212;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0128686;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:11:18:39:14:11:18:39:14 chr5 150946773 . G A 253.13 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00126407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.544;QD=15.112;RBI=0.0144656;REFB=-0.0137448;REVB=-0.0144102;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207799;STB=0.617181;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0202181;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:13:25:13:16:13:25 chr5 150946966 . G A 3034.66 PASS AF=0.976415;AO=183;DP=189;FAO=207;FDP=212;FR=.;FRO=5;FSAF=129;FSAR=78;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0132668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.0665;QD=57.2578;RBI=0.0570427;REFB=-0.0468553;REVB=0.0554785;RO=5;SAF=129;SAR=54;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180931;STB=0.509505;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000979453;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:189:212:5:5:183:207:0.976415:54:129:5:0:78:129:5:0 chr5 150947719 . C T 255.34 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00676262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.893;QD=13.2646;RBI=0.0101812;REFB=-0.0108667;REVB=0.00761083;RO=47;SAF=8;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341607;STB=0.696067;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.027534;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:22:8:27:20:22:8:27:20 chr5 151042949 . C T 677.93 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0662675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2002;QD=20.8592;RBI=0.0955305;REFB=-0.00521977;REVB=-0.0688092;RO=63;SAF=32;SAR=35;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574905;STB=0.531601;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00381939;OID=.;OPOS=151042949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:35:32:26:37:35:32:26:37 chr5 151054165 . C A 623.58 PASS AF=0.617978;AO=55;DP=89;FAO=55;FDP=89;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0128507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.766;QD=28.0262;RBI=0.0153329;REFB=-0.0347417;REVB=0.00836404;RO=34;SAF=36;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176876;STB=0.596396;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0201369;OID=.;OPOS=151054165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:34:55:55:0.617978:19:36:14:20:19:36:14:20 chr5 151083909 . T C 189.0 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.009805;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.379;QD=13.0343;RBI=0.0355488;REFB=-0.0146858;REVB=0.0341698;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174751;STB=0.608601;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0183466;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:35:23:23:0.396552:14:9:19:15:14:9:20:15 chr5 151084036 . T C 295.46 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.00571223;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.214;QD=12.7079;RBI=0.0293128;REFB=-0.0152941;REVB=-0.0287508;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197984;STB=0.626562;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0535777;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:59:34:34:0.365591:15:19:21:35:15:19:21:38 chr5 151167380 . A T 267.52 PASS AF=0.685714;AO=17;DP=37;FAO=24;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0166558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.918;QD=30.5741;RBI=0.0232802;REFB=-0.0344345;REVB=0.016265;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26923;STB=0.558853;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0191534;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:35:13:11:17:24:0.685714:4:13:6:7:7:17:6:5 chr5 151248069 . G A 536.03 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0337977;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.829;QD=28.9745;RBI=0.0349619;REFB=0.0105918;REVB=0.00894681;RO=27;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968149;STB=0.5474;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0045716;OID=.;OPOS=151248069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:27:26:48:48:0.648649:19:29:20:7:19:29:19:7 chr5 151255217 . C T 344.96 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00500221;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.239;QD=13.9379;RBI=0.0385304;REFB=0.0013775;REVB=-0.0382043;RO=60;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16305;STB=0.58729;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00191985;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:60:61:38:38:0.383838:17:21:24:36:17:21:25:36 chr5 151771817 . C T 1984.38 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.978;QD=61.5311;RBI=0.0434062;REFB=0;REVB=0.0431536;RO=0;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03524e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:67:59:0:0:70:59:0:0 chr5 151784183 . G A 240.83 PASS AF=0.306931;AO=29;DP=97;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0206813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.568;QD=9.5377;RBI=0.0324579;REFB=-0.0196909;REVB=-0.0250159;RO=68;SAF=17;SAR=12;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509536;STB=0.536593;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0430695;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:68:70:29:31:0.306931:12:17:37:31:13:18:37:33 chr5 153413390 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.495;QD=57.5453;RBI=0.0222183;REFB=0;REVB=-0.0196629;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42642e-05;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr5 153429459 . T C 1582.15 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495078;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8365;QD=59.7038;RBI=0.0687263;REFB=0;REVB=0.0476685;RO=0;SAF=35;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717621;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:68:35:0:0:70:36:0:0 chr5 153432733 . T C 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.556;QD=59.8305;RBI=0.0284227;REFB=0;REVB=0.0173333;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167178;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr5 153432970 . C T 1602.44 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0225831;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1664;QD=58.2706;RBI=0.0229516;REFB=-0.0814896;REVB=0.00409634;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904086;STB=0.509432;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000596028;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:110:1:2:108:108:0.981818:52:56:0:1:52:56:0:2 chr5 153570569 . C A 287.4 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.081511;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4765;QD=27.3715;RBI=0.0884176;REFB=-0.0652995;REVB=0.0342584;RO=16;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961194;STB=0.510196;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0772557;OID=.;OPOS=153570569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:25:26:0.619048:6:19:12:4:6:20:12:4 chr5 153729217 . A G 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0218962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.771;QD=14.1724;RBI=0.0219152;REFB=-0.00485146;REVB=0.000911254;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132328;STB=0.575091;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00622341;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:17:15:28:19:17:15:28:19 chr5 153798056 . C T 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0166766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.206;QD=13.9657;RBI=0.0173193;REFB=-0.0165981;REVB=-0.00467451;RO=43;SAF=24;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256632;STB=0.643251;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0265563;OID=.;OPOS=153798056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:6:24:26:17:6:24:27:17 chr5 153854714 . A T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00115552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.372;QD=12.329;RBI=0.00226729;REFB=-0.0085318;REVB=-0.00195073;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973866;STB=0.558029;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0121163;OID=.;OPOS=153854714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:6:11:8:3:6:11 chr5 154193919 . AT AG,A 180.91 PASS AF=0.146341,0.487805;AO=6,14;DP=41;FAO=6,20;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=6,7;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0332792,-0.0273435;FXX=0.0238039;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=68.6889,13.8949;QD=17.6496;RBI=0.0405463,0.0645311;REFB=-0.0197203,-0.0405278;REVB=-0.0231623,0.0584516;RO=13;SAF=5,5;SAR=1,9;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.700009,0.287029;STB=0.998888,0.644929;STBP=0,0.102;TYPE=snp,del;VARB=-0.00237108,0.0909489;OID=.,.;OPOS=154193920,154193920;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.146341,0.487805:6,14:41:6,20:41:15:6,7:0,13:1:14:79:13:5,5:1,9:1:12 chr5 154268902 . C T 1827.31 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8474;QD=60.9102;RBI=0.0492856;REFB=0;REVB=0.0485473;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160673;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:120:0:0:111:120:1:41:70:0:0:48:72:0:0 chr5 154271948 . G A 1512.17 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4503;QD=58.1602;RBI=0.027949;REFB=0;REVB=0.0277201;RO=0;SAF=64;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466152;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:104:0:0:100:104:1:36:64:0:0:40:64:0:0 chr5 154291409 . C T 1353.9 PASS AF=0.968085;AO=88;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0244462;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.879;QD=57.6126;RBI=0.0621408;REFB=-0.171363;REVB=0.0571302;RO=5;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598441;STB=0.518514;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00306604;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:94:94:5:3:88:91:0.968085:37:51:0:5:39:52:0:3 chr5 154300940 . A C 1098.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1112;QD=60.1855;RBI=0.0663425;REFB=0;REVB=0.0615708;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302752;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr5 154306972 . T C 2387.8 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501867;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1939;QD=61.2257;RBI=0.0671379;REFB=0;REVB=0.0445959;RO=0;SAF=65;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015607;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:156:0:0:157:156:1:92:65:0:0:91:65:0:0 chr5 154395158 . G T 331.73 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0681999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.719;QD=18.6891;RBI=0.0689455;REFB=-0.01368;REVB=-0.0101125;RO=36;SAF=24;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01991;STB=0.511105;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0155789;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:11:24:24:12:11:24:24:12 chr5 154395458 . G A 256.61 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00934701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.07;QD=18.3293;RBI=0.00965353;REFB=-0.0160622;REVB=0.00241333;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064394;STB=0.520757;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0152939;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:9:19:20:7:9:19:20:8 chr5 154395682 . G A 826.59 PASS AF=0.5;AO=84;DP=168;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=62;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.00966993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.338;QD=19.6806;RBI=0.0274208;REFB=-0.0291688;REVB=-0.0256592;RO=84;SAF=62;SAR=22;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283929;STB=0.657068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0391233;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:84:84:84:84:0.5:22:62:38:46:22:62:38:46 chr5 154396505 . G A 423.21 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0360646;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5289;QD=14.981;RBI=0.0444423;REFB=-0.00987021;REVB=-0.0259705;RO=65;SAF=26;SAR=22;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506259;STB=0.528443;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.019897;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:65:48:48:0.424779:22:26:32:33:22:26:32:33 chr5 155511486 . T C 581.12 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00130979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.501;QD=22.789;RBI=0.0340963;REFB=-0.0217977;REVB=0.0340711;RO=45;SAF=35;SAR=22;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026019;STB=0.514239;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0133067;OID=.;OPOS=155511486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:22:35:29:16:22:35:29:16 chr5 155771579 . T C 2023.89 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=138;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0374531;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.109;QD=59.5262;RBI=0.0432406;REFB=-0.00798303;REVB=0.0216104;RO=2;SAF=66;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00010907;STB=0.503593;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=8.35383e-05;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:136:2:3:131:133:0.977941:65:66:1:1:66:67:2:1 chr5 156376703 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.82;QD=45.8068;RBI=0.0454906;REFB=0;REVB=0.0159672;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781795;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr5 156479424 . A C 3093.34 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.85;QD=63.7803;RBI=0.0519989;REFB=0;REVB=0.051306;RO=1;SAF=112;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423297;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08477e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:191:194:1:0:190:194:1:78:112:1:0:81:113:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 852.7 PASS AF=0.528889;AO=116;DP=224;FAO=119;FDP=225;FR=.;FRO=106;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.0114154;FXX=0.0131573;HRUN=2;LEN=3;MLLD=277.221;QD=15.159;RBI=0.0119982;REFB=-0.0205171;REVB=-0.00369382;RO=95;SAF=64;SAR=52;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515728;STB=0.508036;STBP=0.786;TYPE=del;VARB=0.018345;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528889:116:224:119:225:106:66:53:57:49:99:95:64:52:53:42 chr5 156479508 . CAGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT C 50.0 PASS AO=96;DP=290;LEN=66;RO=194;SAF=66;SAR=88;SRF=74;SRR=62;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=156479509;OREF=AGAACAGTCGTTGTCGTTGGAATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:290:194:96:88:66:74:62 chr5 156479509 . A G 3737.49 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191976;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.49;QD=62.8149;RBI=0.0237628;REFB=0;REVB=0.0140045;RO=0;SAF=112;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207896;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:232:238:0:0:231:238:1:119:112:0:0:125:113:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 2121.44 PASS AF=0.216216,0.682432,0.101351;AO=31,86,13;DP=168;FAO=32,101,15;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=11,30,0;FSAR=21,71,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038094,0.0676392,-0.0120871;FXX=0.124253;HRUN=2,1,1;LEN=15,3,5;MLLD=110.873,255.745,67.463;QD=57.3363;RBI=0.0616728,0.0677377,0.043998;REFB=0,0,0;REVB=-0.0485014,0.00365167,-0.0423051;RO=0;SAF=10,25,0;SAR=21,61,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0245865,0.0196094,0.0317119;OID=.,.,.;OPOS=156479558,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,-,CGTCA;OALT=-,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.216216,0.682432,0.101351:31,86,13:168:32,101,15:148:0:11,30,0:21,71,15:0:0:99:0:10,25,0:21,61,13:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=82;DP=290;LEN=69;RO=208;SAF=66;SAR=88;SRF=74;SRR=62;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:290:208:82:88:66:74:62 chr5 156482459 . G T 1958.89 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4078;QD=61.6973;RBI=0.0542112;REFB=0;REVB=-0.0346265;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128701;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:63:63:0:0:63:64:0:0 chr5 156531736 . C A 1400.81 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0884454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.636;QD=61.5741;RBI=0.0884458;REFB=-0.160684;REVB=-0.000281037;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000369714;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:35:55:0:0:35:55:0:1 chr5 156533653 . A AT 31.16 PASS AF=0.117021;AO=17;DP=95;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.00816139;FXX=0.0105252;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.306;QD=1.32581;RBI=0.0346434;REFB=-0.000930001;REVB=-0.0336683;RO=77;SAF=5;SAR=12;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427782;STB=0.863295;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.130769;OID=.;OPOS=156533654;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117021:17:95:11:94:83:2:9:53:30:31:77:5:12:50:27 chr5 156607994 . C A 193.15 PASS AF=0.23622;AO=23;DP=124;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=0.00844761;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.467;QD=6.0835;RBI=0.0226215;REFB=-0.00867745;REVB=-0.020985;RO=100;SAF=14;SAR=9;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287238;STB=0.51461;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.025535;OID=.;OPOS=156607994;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:100:97:23:30:0.23622:9:14:63:37:10:20:63:34 chr5 156721863 . T TC 1242.67 PASS AF=1;AO=116;DP=151;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.6093;QD=34.0457;RBI=0.0537164;REFB=0;REVB=0.0388324;RO=28;SAF=69;SAR=47;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00467618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000933829;OID=.;OPOS=156721864;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:151:146:146:0:85:61:0:0:25:28:69:47:17:11 chr5 156898690 . A G 1910.51 PASS AF=1;AO=106;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.559;QD=61.6293;RBI=0.0643222;REFB=0;REVB=0.0632427;RO=0;SAF=80;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001924;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:106:124:1:26:80:0:0:38:86:0:0 chr5 156899869 . T C 206.64 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.904;QD=48.6208;RBI=0.0524983;REFB=0;REVB=0.0453269;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187371;OID=.;OPOS=156899869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr5 156904633 . C T 1152.18 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180848;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.857;QD=59.0863;RBI=0.0181921;REFB=0;REVB=-0.00197343;RO=2;SAF=33;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610132;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:2:0:76:78:1:43:33:2:0:43:35:0:0 chr5 157102159 . G A 351.8 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0042565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.989;QD=18.2751;RBI=0.0152371;REFB=-0.00593886;REVB=-0.0146305;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458023;STB=0.518063;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00691602;OID=.;OPOS=157102159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:20:17:16:23:20:17:17:23 chr5 157102185 . A G 276.19 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00198487;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.886;QD=15.56;RBI=0.042511;REFB=-0.0348041;REVB=0.0424646;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162368;STB=0.500917;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0441923;OID=.;OPOS=157102185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:18:22:17:14:18:22 chr5 157164962 . T C 233.45 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0115479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8691;QD=16.9783;RBI=0.0388858;REFB=-0.00548283;REVB=0.0371316;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618301;STB=0.534857;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00840264;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:13:16:16:10:13:16 chr5 157183739 . G A 337.3 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.016025;FXX=0.0441112;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.7311;QD=20.7569;RBI=0.0767918;REFB=-0.0168898;REVB=0.0751012;RO=19;SAF=21;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270726;STB=0.637282;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00365146;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:30:27:35:0.538462:6:21:9:10:11:24:12:18 chr5 157183770 . C T 201.86 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0180652;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4744;QD=16.149;RBI=0.0523449;REFB=-0.0189305;REVB=-0.0491288;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39153;STB=0.719548;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140507;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:5:23:9:13:5:23 chr5 157213497 . A G 2820.4 PASS AF=1;AO=179;DP=183;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079353;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.737;QD=62.3293;RBI=0.0838127;REFB=-0.0314948;REVB=0.0269753;RO=1;SAF=101;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012908;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:183:181:1:0:179:181:1:78:101:1:0:79:102:0:0 chr5 158204425 . A G 1698.83 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658556;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.533;QD=60.1355;RBI=0.00658708;REFB=0;REVB=-0.000141659;RO=1;SAF=53;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223873;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:1:0:111:113:1:58:53:1:0:59:54:0:0 chr5 159437836 . GA G 83.45 PASS AF=0.434783;AO=21;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00550965;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.5262;QD=7.25685;RBI=0.0372204;REFB=-0.106285;REVB=0.0368103;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162969;STB=0.62057;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.121729;OID=.;OPOS=159437837;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:21:46:20:46:26:12:8:10:16:83:25:12:9:10:15 chr5 159505208 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.643;QD=56.9568;RBI=0.0730772;REFB=0;REVB=-0.0676492;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107239;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr5 159659273 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4932;QD=60.8834;RBI=0.0106493;REFB=0;REVB=-0.0011246;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61065e-05;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr5 159679636 . C T 879.74 PASS AF=0.663793;AO=75;DP=116;FAO=77;FDP=116;FR=.;FRO=39;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0265041;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.517;QD=30.3359;RBI=0.0265043;REFB=0.00385804;REVB=-9.46019e-05;RO=38;SAF=48;SAR=27;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125127;STB=0.566555;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00290624;OID=.;OPOS=159679636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:38:39:75:77:0.663793:27:48:17:21:27:50:18:21 chr5 159679990 . C T 194.88 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0220172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.045;QD=14.1728;RBI=0.0255371;REFB=-0.00210735;REVB=-0.0129377;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538882;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00261285;OID=.;OPOS=159679990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:15:17:11:12:15:17 chr5 159680046 . T C 267.46 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0256917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0447;QD=20.1853;RBI=0.0638233;REFB=-0.00984534;REVB=0.0584238;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994623;STB=0.545055;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00960078;OID=.;OPOS=159680046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:27:28:0.528302:12:15:11:14:13:15:11:14 chr5 159686503 . G A 254.0 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00319387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.25;QD=21.6172;RBI=0.0076853;REFB=-0.0209486;REVB=0.00699021;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146427;STB=0.516116;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.020817;OID=.;OPOS=159686503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:8:16:15:7:8:16:16:7 chr5 159696554 . A G 353.98 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.010926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7442;QD=18.8792;RBI=0.0217217;REFB=0.00464139;REVB=-0.0187738;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743222;STB=0.548763;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0064562;OID=.;OPOS=159696554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:22:15:18:19:22:15:19:19 chr5 159718987 . C T 582.9 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00164998;FXX=0.0159987;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.359;QD=18.9559;RBI=0.0137709;REFB=0.00104149;REVB=0.0136717;RO=58;SAF=20;SAR=40;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110291;STB=0.569744;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00107193;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:58:63:60:60:0.487805:40:20:26:32:40:20:29:34 chr5 159775741 . G A 753.31 PASS AF=0.493671;AO=77;DP=160;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=-0.0332019;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1511;QD=19.0712;RBI=0.0334445;REFB=-0.00676554;REVB=-0.00402085;RO=70;SAF=33;SAR=44;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244215;STB=0.613237;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00688608;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:158:70:80:77:78:0.493671:44:33:50:20:44:34:53:27 chr5 159776047 . A G 267.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0466844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.247;QD=21.8119;RBI=0.0468138;REFB=-0.0248511;REVB=-0.00347886;RO=20;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759698;STB=0.529593;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00931625;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:24:25:25:0.510204:16:9:9:11:16:9:10:14 chr5 159776637 . C T 392.08 PASS AF=0.533333;AO=35;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0788932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.3628;QD=20.9109;RBI=0.0864854;REFB=-0.0349647;REVB=-0.0354341;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167181;STB=0.543369;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0325067;OID=.;OPOS=159776637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:35:35:40:0.533333:14:21:12:18:18:22:16:19 chr5 159901408 . C A 1297.42 PASS AF=0.931373;AO=92;DP=99;FAO=95;FDP=102;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0324844;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.058;QD=50.8791;RBI=0.037027;REFB=-0.0634647;REVB=0.0177698;RO=7;SAF=63;SAR=29;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498181;STB=0.525175;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0078961;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:99:102:7:7:92:95:0.931373:29:63:7:0:29:66:7:0 chr5 159912418 . C G 972.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2525;QD=58.9582;RBI=0.0399634;REFB=0;REVB=-0.0131068;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359851;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr5 160097496 . A G 1215.86 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022571;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8693;QD=61.5625;RBI=0.0114135;REFB=0;REVB=0.0111881;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86364e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr5 160097632 . G A 976.09 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389709;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.242;QD=59.157;RBI=0.0390304;REFB=0;REVB=0.00215413;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121392;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr5 160716376 . CTTTTTTT CTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTC 247.48 PASS AF=0,0.956522,0;AO=5,22,6;DP=46;FAO=0,44,0;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=0,26,0;FSAR=0,18,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0772442,0.149412,0.107318;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=8.82275,8.64646,4.33874;QD=21.5202;RBI=0.080933,0.156542,0.187235;REFB=0.0660634,0.0975753,-0.102233;REVB=0.0241555,0.0467072,-0.153427;RO=5;SAF=1,15,2;SAR=4,7,4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.487487,-0.0471806,-0.344857;STB=0.5,0.51851,0.5;STBP=1,0.276,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0275455,-0.00322462,0.0434217;OID=.,.,.;OPOS=160716377,160716377,160716383;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.956522,0:5,22,6:46:0,44,0:46:2:0,26,0:0,18,0:2:0:9:5:1,15,2:4,7,4:4:1 chr5 161119071 . G T 1828.0 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0183345;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8694;QD=60.4299;RBI=0.0212852;REFB=-0.135266;REVB=0.0108123;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826089;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000790686;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:57:63:0:1:57:63:0:1 chr5 161128761 . C G 1568.29 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5228;QD=64.0119;RBI=0.0440637;REFB=0;REVB=-0.0389238;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309469;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr5 161281245 . T C 542.05 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0214678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.041;QD=19.7109;RBI=0.0230569;REFB=-0.00423924;REVB=0.00841135;RO=53;SAF=30;SAR=26;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606538;STB=0.528168;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00421811;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:54:56:56:0.509091:26:30:32:21:26:30:32:22 chr5 161325934 . A C 209.59 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0198416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.486;QD=8.13937;RBI=0.0529497;REFB=-0.0220732;REVB=0.0490916;RO=74;SAF=21;SAR=8;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224177;STB=0.63439;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0448741;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:74:74:29:29:0.281553:8:21:41:33:8:21:41:33 chr5 161528280 . C T 308.46 PASS AF=0.37;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00196403;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.798;QD=12.3383;RBI=0.00954644;REFB=-0.0127745;REVB=0.00934222;RO=61;SAF=25;SAR=11;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216616;STB=0.611702;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0160555;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:63:36:37:0.37:11:25:31:30:11:26:34:29 chr5 161904930 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.995;QD=26.0262;RBI=0.0222303;REFB=-0.0565766;REVB=0.00272089;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00871926;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr5 162210532 . A G 429.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.857;QD=57.2569;RBI=0.0510567;REFB=0;REVB=0.0391164;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12609e-05;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr5 162890953 . G A 1445.56 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.154;QD=62.8503;RBI=0.0123858;REFB=0;REVB=-0.0110786;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1684e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:89:92:1:37:52:0:0:37:55:0:0 chr5 162902516 . T C 220.42 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0169287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.568;QD=16.0303;RBI=0.0197512;REFB=-0.00108469;REVB=-0.010175;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980391;STB=0.555511;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00100956;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:10:15:15:15:10:15:15:15 chr5 167489093 . A T 241.05 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0128174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.474;QD=14.6089;RBI=0.0149406;REFB=-0.0273087;REVB=-0.00767707;RO=38;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699027;STB=0.539514;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0379268;OID=.;OPOS=167489093;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:9:19:28:10:9:19:28:10 chr5 167645888 . T C 1685.83 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551035;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.753;QD=60.7506;RBI=0.0235045;REFB=0;REVB=-0.0228495;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131797;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:44:67:0:0:44:67:0:0 chr5 167674370 . C T 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0149174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.974;QD=11.1765;RBI=0.0268701;REFB=-0.00354016;REVB=0.0223489;RO=52;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864197;STB=0.543179;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00720764;OID=.;OPOS=167674370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:53:28:28:0.345679:14:14:30:22:14:14:30:23 chr5 167850748 . A G 3254.85 PASS AF=1;AO=209;DP=209;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.572;QD=61.9972;RBI=0.0286572;REFB=0;REVB=0.0187612;RO=0;SAF=102;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0989e-05;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:210:0:0:209:210:1:107:102:0:0:107:103:0:0 chr5 167868779 . A G 761.28 PASS AF=0.496644;AO=74;DP=149;FAO=74;FDP=149;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.10971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.992;QD=20.4369;RBI=0.109717;REFB=-0.0320549;REVB=0.00128631;RO=75;SAF=32;SAR=42;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164263;STB=0.590459;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0211119;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:75:75:74:74:0.496644:42:32:46:29:42:32:46:29 chr5 167868809 . C T 599.04 PASS AF=0.5;AO=60;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.10436;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.959;QD=19.6406;RBI=0.104441;REFB=-0.0075487;REVB=-0.00410754;RO=62;SAF=20;SAR=40;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233187;STB=0.617721;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00417013;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:62:61:60:61:0.5:40:20:36:26:40:21:35:26 chr5 167895953 . T C 2178.54 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.721;QD=63.146;RBI=0.0149161;REFB=0;REVB=-0.0121529;RO=0;SAF=79;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52078e-06;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:59:79:0:0:59:79:0:0 chr5 167896235 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAC 88.8 PASS AF=0.492958,0;AO=19,3;DP=66;FAO=35,0;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15,0;FSAR=20,0;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0941531,0.030007;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.76536,18.3123;QD=5.00265;RBI=0.120433,0.0856658;REFB=-0.0991216,-0.0641445;REVB=0.075096,0.0802384;RO=35;SAF=5,3;SAR=14,0;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0697754,0.618058;STB=0.53525,0.5;STBP=0.595,1;TYPE=del,snp;VARB=0.117102,0;OID=.,.;OPOS=167896236,167896243;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492958,0:19,3:66:35,0:71:36:15,0:20,0:13:23:89:35:5,3:14,0:11:24 chr5 167913510 . G A 719.94 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.81;QD=56.4655;RBI=0.0356903;REFB=0;REVB=0.0100016;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021362;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr5 167943827 . G A 1575.08 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297623;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.413;QD=60.0032;RBI=0.0298856;REFB=0;REVB=-0.00271181;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171424;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:37:68:0:0:37:68:0:0 chr5 167957055 . G A 1480.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450427;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.166;QD=63.681;RBI=0.0457133;REFB=0;REVB=0.00780143;RO=0;SAF=22;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.68874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106357;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:71:22:0:0:71:22:0:0 chr5 167995996 . T C 402.82 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.01325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0062;QD=19.182;RBI=0.0132562;REFB=0.00113687;REVB=0.000405665;RO=41;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044301;STB=0.513507;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00249402;OID=.;OPOS=167995996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:43:41:41:0.488095:18:23:21:20:18:23:23:20 chr5 168093522 . G A 651.79 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.602;QD=62.0748;RBI=0.0637125;REFB=0;REVB=0.0628864;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355992;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:15:27:0:0 chr5 168098463 . A G 1044.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.216;QD=59.6684;RBI=0.0395239;REFB=0;REVB=0.0135223;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18517e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr5 168176517 . A G 425.04 PASS AF=0.444444;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0478433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6153;QD=17.1733;RBI=0.0942504;REFB=0.00703093;REVB=-0.0812043;RO=55;SAF=19;SAR=24;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263188;STB=0.638929;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0104848;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:55:43:44:0.444444:24:19:39:16:24:20:39:16 chr5 168180081 . C T 560.32 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0187052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.533;QD=26.0613;RBI=0.0307544;REFB=-0.0188366;REVB=0.0244121;RO=35;SAF=27;SAR=24;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222557;STB=0.621064;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0161248;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:24:27:8:27:24:27:8:27 chr5 168212951 . A G 788.29 PASS AF=0.982456;AO=40;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.26562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5028;QD=55.3189;RBI=0.26747;REFB=-0.0664769;REVB=0.0314071;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177001;STB=0.50588;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00268487;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:1:40:56:0.982456:14:26:1:0:14:42:1:0 chr5 168690612 . A G 4720.69 PASS AF=1;AO=303;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166544;FXX=0.00973994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.384;QD=61.9107;RBI=0.0205923;REFB=-0.0546698;REVB=-0.0121109;RO=0;SAF=176;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32216e-05;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:305:305:0:0:303:305:1:127:176:0:0:127:178:0:0 chr5 169021610 . C T 801.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000208068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.203;QD=57.2235;RBI=0.0975725;REFB=0;REVB=0.0975722;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455613;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:23:28:0:0:27:29:0:0 chr5 169028481 . T C 745.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.212;QD=63.4714;RBI=0.041058;REFB=0;REVB=0.0390106;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017585;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr5 169031150 . T C 2216.45 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.927;QD=63.327;RBI=0.0330839;REFB=0;REVB=0.0297456;RO=0;SAF=65;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13161e-05;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:75:65:0:0:75:65:0:0 chr5 169129422 . A G 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0133698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.721;QD=57.589;RBI=0.0244515;REFB=0.10272;REVB=0.0204725;RO=2;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051115;STB=0.502702;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00176816;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:30:45:1:1:30:45:1:1 chr5 169310757 . G A 495.97 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00567536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.227;QD=20.8829;RBI=0.0168624;REFB=-0.0172321;REVB=0.0158786;RO=47;SAF=27;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844265;STB=0.504671;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0132138;OID=.;OPOS=169310757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:21:27:26:21:21:27:26:21 chr5 169435713 . A C 3098.17 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000454742;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.685;QD=61.3498;RBI=0.0187006;REFB=0.000487139;REVB=0.018695;RO=1;SAF=108;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59485e-06;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:202:202:1:94:108:1:0:94:108:0:0 chr5 169454941 . C G 290.16 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00287215;FXX=0.0769146;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4102;QD=13.817;RBI=0.0385305;REFB=0.00949335;REVB=-0.0384233;RO=51;SAF=23;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222118;STB=0.609915;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0147804;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:51:51:32:33:0.392857:9:23:27:24:10:23:27:24 chr5 169461547 . C T 323.81 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0156533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5314;QD=14.3914;RBI=0.0291418;REFB=-0.0141442;REVB=-0.0245808;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390746;STB=0.527762;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0160203;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:19:17:27:26:19:17:28:26 chr5 169504743 . T C 535.94 PASS AF=0.377907;AO=62;DP=166;FAO=65;FDP=172;FR=.;FRO=107;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.0124021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.657;QD=12.4638;RBI=0.0191073;REFB=-0.009962;REVB=-0.0145353;RO=103;SAF=28;SAR=34;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153874;STB=0.578643;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0175092;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:103:107:62:65:0.377907:34:28:61:42:35:30:63:44 chr5 169535522 . T C 2218.86 PASS AF=0.992958;AO=139;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246842;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.582;QD=62.5031;RBI=0.0310703;REFB=0.0647051;REVB=0.0188694;RO=0;SAF=54;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58833e-08;STB=0.50289;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-5.80825e-05;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:0:1:139:141:0.992958:85:54:0:0:86:55:0:1 chr5 169661994 . G C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.469;QD=52.6107;RBI=0.014135;REFB=0;REVB=-0.00242978;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86993e-05;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr5 169685163 . C T 421.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00296369;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.704;QD=17.3692;RBI=0.006721;REFB=-0.0131721;REVB=-0.00603227;RO=57;SAF=28;SAR=15;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576974;STB=0.521102;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0154475;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:57:54:43:43:0.443299:15:28:40:17:15:28:37:17 chr5 169715038 . A G 606.61 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0148279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.026;QD=24.7595;RBI=0.027324;REFB=-0.00378549;REVB=0.0229507;RO=43;SAF=35;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854297;STB=0.546858;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00299629;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:20:35:23:20:20:35:23:20 chr5 169805956 . C G 97.91 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0192102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.184;QD=7.121;RBI=0.0196763;REFB=-0.00908175;REVB=-0.00425735;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103224;STB=0.563939;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0224581;OID=.;OPOS=169805956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:18:23:9:5:18:23 chr5 169910062 . A G 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0240495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.504;QD=16.077;RBI=0.0249598;REFB=-0.00292433;REVB=0.00667927;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107896;STB=0.560843;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00418643;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:21:22:21:13:21:22 chr5 169910084 . G T 1029.53 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00138777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9229;QD=58.0014;RBI=0.0477751;REFB=0.0700534;REVB=-0.0477549;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00179989;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:1:0:41:29:1:0 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1573.79 PASS AF=0,0,0,0.931034,0.0689655;AO=17,67,28,21,17;DP=198;FAO=0,0,0,189,14;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,131,0;FSAR=0,0,0,58,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.261666,-0.76947,-0.0600876,0.730057,0.0163374;FXX=0;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=8.11451,11.6417,5.35923,10.4874,164.711;QD=31.0106;RBI=0.399113,0.770121,0.079829,0.742293,0.0445548;REFB=0.0720381,-0.0355709,-0.00627738,0.0293891,0.0807305;REVB=-0.301368,0.0316585,-0.0525562,-0.134224,-0.0414515;RO=29;SAF=0,67,28,3,0;SAR=17,0,0,18,17;SRF=25;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.8658,0.871053,0.816141,-0.678386,-0.8658;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,0,-0.0166154,0.0514534;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 4/5:34:198:203:29:0:17,67,28,21,17:0,0,0,189,14:0,0,0,0.931034,0.0689655:17,0,0,18,17:0,67,28,3,0:25:4:0,0,0,58,14:0,0,0,131,0:0:0 chr5 170294132 . G A 1400.4 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.217;QD=61.5559;RBI=0.0139186;REFB=0.0951609;REVB=0.00941677;RO=1;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101917;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000319541;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:46:43:0:1:46:44:0:1 chr5 170338106 . G A 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0314025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3865;QD=20.4411;RBI=0.0315855;REFB=0.00496807;REVB=0.00339478;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190937;STB=0.605211;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0037718;OID=.;OPOS=170338106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:18:20:26:9:18:20:26:9 chr5 170395512 . A T 1472.68 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.285;QD=63.341;RBI=0.0794402;REFB=0;REVB=0.0525695;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260451;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:55:37:0:0:56:37:0:0 chr5 171201499 . G C 1200.07 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0370009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7034;QD=58.5402;RBI=0.037326;REFB=-0.0244728;REVB=-0.00491555;RO=2;SAF=24;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016609;STB=0.50877;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00311396;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:56:24:0:2:56:24:0:2 chr5 171472417 . A G 103.57 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00564662;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.075;QD=7.96704;RBI=0.00630109;REFB=-0.000234144;REVB=0.00279633;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347621;STB=0.710245;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000498027;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:38:38:14:14:0.269231:5:9:13:25:5:9:13:25 chr5 171481606 . A G 924.31 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118624;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.491;QD=58.6861;RBI=0.040074;REFB=0;REVB=0.038278;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309301;OID=.;OPOS=171481606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:16:47:0:0:16:47:0:0 chr5 171533782 . T C 2516.04 PASS AF=0.988235;AO=162;DP=165;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00306433;FXX=0.00584761;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2398;QD=59.201;RBI=0.0475278;REFB=-0.0132653;REVB=0.0474289;RO=2;SAF=85;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000574298;STB=0.500422;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00289366;OID=.;OPOS=171533782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:165:170:2:2:162:168:0.988235:77:85:1:1:78:90:1:1 chr5 171760569 . A G 441.34 PASS AF=0.6;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0175363;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.265;QD=25.2193;RBI=0.0189582;REFB=-0.01342;REVB=-0.00720364;RO=27;SAF=13;SAR=28;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184315;STB=0.585817;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0118618;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:27:28:41:42:0.6:28:13:15:12:28:14:15:13 chr5 171849471 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00291113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.664;QD=22.9244;RBI=0.0387103;REFB=-0.0150792;REVB=-0.0386006;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236357;STB=0.513018;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0138441;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:16:18:14:11:16:18:14:11 chr5 172196711 . G T 803.48 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.091;QD=55.4126;RBI=0.0712577;REFB=0.033659;REVB=0.0526464;RO=1;SAF=10;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044835;STB=0.523801;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=4.58695e-07;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:47:10:1:0:47:10:1:0 chr5 172261462 . G A 74.43 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.7926;QD=29.7715;RBI=0.108071;REFB=-0.109172;REVB=0.105616;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0108649;OID=.;OPOS=172261462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:10:0:1:8:9:0.9:3:5:0:0:3:6:1:0 chr5 172294193 . C T 857.82 PASS AF=0.711538;AO=72;DP=102;FAO=74;FDP=104;FR=.;FRO=30;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00578204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.691;QD=32.9929;RBI=0.00596431;REFB=-0.0113429;REVB=0.00146322;RO=30;SAF=56;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232845;STB=0.61953;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120201;OID=.;OPOS=172294193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:30:30:72:74:0.711538:16:56:13:17:17:57:13:17 chr5 172294194 . G T 206.66 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=18;FWDB=-0.017448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.603;QD=7.94853;RBI=0.0179739;REFB=-0.0053199;REVB=-0.00431626;RO=74;SAF=13;SAR=16;SRF=57;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384867;STB=0.716902;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0210998;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:74:75:29:29:0.278846:16:13:57:17:16:13:57:18 chr5 172341917 . T C 199.76 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00450016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.508;QD=9.51232;RBI=0.021408;REFB=-0.0157942;REVB=-0.0209297;RO=57;SAF=22;SAR=4;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443837;STB=0.762633;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0202292;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:58:26:26:0.309524:4:22:30:27:4:22:31:27 chr5 172342029 . G GT 73.03 PASS AF=0.269663;AO=19;DP=101;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.121208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4962;QD=3.28226;RBI=0.124209;REFB=0.0245615;REVB=0.0271397;RO=80;SAF=8;SAR=11;SRF=54;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315319;STB=0.602326;STBP=0.25;TYPE=ins;VARB=-0.0887885;OID=.;OPOS=172342030;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269663:19:101:24:89:65:11:13:39:26:73:80:8:11:54:26 chr5 172342668 . C T 389.01 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0559901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1849;QD=18.7473;RBI=0.0572253;REFB=-0.00551411;REVB=-0.0118255;RO=43;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401457;STB=0.522377;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00692919;OID=.;OPOS=172342668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:16:24:24:19:16:24:24:19 chr5 172381973 . A AGGT 1177.1 PASS AF=0.882979;AO=80;DP=96;FAO=83;FDP=94;FR=.;FRO=11;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0204183;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.681;QD=50.0892;RBI=0.0229713;REFB=-0.0695969;REVB=0.010525;RO=11;SAF=48;SAR=32;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523632;STB=0.52903;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.00702198;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882979:80:96:83:94:11:48:35:9:2:49:11:48:32:9:2 chr5 172447762 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.267;QD=63.2853;RBI=0.0355426;REFB=0;REVB=-0.0180294;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259878;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr5 172631051 . T G 369.2 PASS AF=0.632653;AO=29;DP=48;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.037227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.397;QD=30.1385;RBI=0.0661886;REFB=-0.0301365;REVB=0.0547273;RO=18;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487295;STB=0.53486;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00863608;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:18:29:31:0.632653:8:21:12:6:8:23:12:6 chr5 172660519 . A T 45.6 PASS AF=0.148148;AO=9;DP=57;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0710005;FXX=0.0526223;HRUN=14;LEN=1;MLLD=133.795;QD=3.37812;RBI=0.0710095;REFB=-0.00866034;REVB=0.00113387;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162271;STB=0.675254;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0240921;OID=.;OPOS=172660519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:54:45:46:9:8:0.148148:5:4:26:19:5:3:27:19 chr5 172660523 . T A 63.72 PASS AF=0.32;AO=16;DP=43;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.174737;FXX=0.390149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.814;QD=10.1953;RBI=0.174866;REFB=-0.0114299;REVB=-0.00670547;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454969;STB=0.734096;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0702814;OID=.;OPOS=172660523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:25:22:17:16:8:0.32:8:8:10:12:2:6:7:10 chr5 172662024 . T C 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0051429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.16;QD=8.81183;RBI=0.0256241;REFB=-0.0151963;REVB=-0.0251027;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376974;STB=0.741662;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0209451;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:16:7:1:9:16:7 chr5 172750436 . G A 487.64 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00251796;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9002;QD=21.4349;RBI=0.00330873;REFB=0.000854804;REVB=-0.00214653;RO=45;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012721;STB=0.520539;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000427858;OID=.;OPOS=172750436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:44:46:47:0.516484:18:28:28:17:19:28:28:16 chr5 173376506 . A G 233.08 PASS AF=0.402778;AO=27;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-2.50066e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2215;QD=12.9488;RBI=0.00151483;REFB=8.29337e-05;REVB=-0.00151483;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16449;STB=0.572616;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000300521;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:43:27:29:0.402778:17:10:21:19:17:12:23:20 chr5 174156168 . T C 994.01 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.238;QD=57.6239;RBI=0.0317712;REFB=-0.115472;REVB=0.0107605;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000837455;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:31:35:1:0:33:35:1:0 chr5 174178774 . G A 105.22 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.113271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.395;QD=32.3742;RBI=0.117459;REFB=-0.0784189;REVB=0.0310875;RO=2;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13189;STB=0.574321;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00345013;OID=.;OPOS=174178774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:9:2:1:1:9:2:1:1 chr5 174541854 . A G 400.21 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0074139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.753;QD=15.85;RBI=0.0133318;REFB=-0.00815347;REVB=-0.0110802;RO=57;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722076;STB=0.540522;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0108143;OID=.;OPOS=174541854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:24:20:30:27:24:20:30:27 chr5 174542146 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00914173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.391;QD=8.69139;RBI=0.0291643;REFB=-0.00537616;REVB=-0.0276945;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175566;STB=0.606499;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0154772;OID=.;OPOS=174542146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:13:4:3:5:13:4 chr5 174542179 . A G 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0417332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6034;QD=10.6317;RBI=0.0600587;REFB=-0.0338874;REVB=-0.0431901;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.049427;OID=.;OPOS=174542179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr5 174868840 . T C 1451.13 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00412124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.006;QD=63.0925;RBI=0.0185001;REFB=0;REVB=0.0180352;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41186e-05;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:48:43:0:0:49:43:0:0 chr5 174870150 . C T 772.32 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-6.86721e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.926;QD=61.7857;RBI=0.00274083;REFB=-0.0103078;REVB=-0.00273997;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=6.38444e-05;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr5 174937193 . C T 320.25 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.00913725;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.337;QD=15.8149;RBI=0.0250527;REFB=-0.000326691;REVB=-0.023327;RO=46;SAF=19;SAR=16;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135183;STB=0.575912;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000342628;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:16:19:31:15:16:19:31:15 chr5 175307256 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0338273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3149;QD=16.3854;RBI=0.0730875;REFB=-0.0053431;REVB=-0.0647881;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.592997;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0151014;OID=.;OPOS=175307256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:5:3:2:7:5:3 chr5 175307373 . G A 1429.86 PASS AF=0.949495;AO=94;DP=99;FAO=94;FDP=99;FR=.;FRO=5;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0534235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6038;QD=57.7719;RBI=0.0595192;REFB=-0.0650866;REVB=-0.0262386;RO=5;SAF=58;SAR=36;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417267;STB=0.522047;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0214996;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:99:5:5:94:94:0.949495:36:58:1:4:36:58:1:4 chr5 175308022 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0182115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.363;QD=21.6127;RBI=0.0344737;REFB=-0.00803354;REVB=-0.0292707;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592592;STB=0.533186;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00828498;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:9:14:13:11:9:14 chr5 175511992 . C T 111.02 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=-0.0221991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2088;QD=7.52703;RBI=0.0327239;REFB=-0.0129877;REVB=-0.0240428;RO=43;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314809;STB=0.701428;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.047405;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:15:1:7:36:15:1:7:36 chr5 175528581 . G A 597.43 PASS AF=0.283737;AO=81;DP=287;FAO=82;FDP=289;FR=.;FRO=207;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=106;FSRR=101;FWDB=0.0108068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4585;QD=8.26894;RBI=0.0141863;REFB=-0.027461;REVB=-0.00919046;RO=201;SAF=44;SAR=37;SRF=103;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376729;STB=0.517599;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0633235;OID=.;OPOS=175528581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:289:201:207:81:82:0.283737:37:44:103:98:38:44:106:101 chr5 175811094 . C CGT 819.46 PASS AF=0.780488;AO=62;DP=88;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0519659;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.408;QD=39.9738;RBI=0.0693824;REFB=-0.109435;REVB=0.0459724;RO=20;SAF=40;SAR=22;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789124;STB=0.5733;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0172363;OID=.;OPOS=175811095;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.780488:62:88:64:82:18:42:22:17:1:99:20:40:22:16:4 chr5 175954622 . G A 30.91 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0202139;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2368;QD=8.83068;RBI=0.0389677;REFB=-0.0311892;REVB=-0.0333148;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236266;STB=0.709037;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.155116;OID=.;OPOS=175954622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:10:9:5:5:0.357143:2:3:8:2:2:3:8:1 chr5 175955814 . A G 239.29 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000606583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.391;QD=50.3763;RBI=0.218;REFB=0;REVB=0.217999;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119056;OID=.;OPOS=175955814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:0:18:0:0:1:18:0:0 chr5 175956271 . A C 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.676;QD=63.6149;RBI=0.0109328;REFB=0;REVB=0.00867236;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18233e-06;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:58:37:0:0:58:37:0:0 chr5 175998246 . T C 1753.77 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510443;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.764;QD=61.0007;RBI=0.0322443;REFB=0;REVB=0.0318377;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57616e-05;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:51:64:0:0:51:64:0:0 chr5 176002144 . A C 1067.89 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011827;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.155;QD=60.1627;RBI=0.0786754;REFB=0;REVB=0.0777814;RO=0;SAF=65;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216658;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:6:65:0:0:6:65:0:0 chr5 176004476 . T C,G 458.42 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=28,3;DP=31;FAO=30,3;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106749,0.0218636;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5007,133.054;QD=55.5657;RBI=0.0780357,0.0624333;REFB=0,0;REVB=0.0773021,0.0584799;RO=0;SAF=20,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.75204e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00919809,0.0111967;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:31:33:0:0:28,3:30,3:0.909091,0.0909091:8,0:20,3:0:0:10,0:20,3:0:0 chr5 176017639 . C A 1719.42 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827965;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.862;QD=60.8644;RBI=0.0310024;REFB=0;REVB=0.0298764;RO=0;SAF=33;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75725e-05;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:113:113:1:80:33:0:0:80:33:0:0 chr5 176024880 . C T 1131.75 PASS AF=0.828283;AO=82;DP=99;FAO=82;FDP=99;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.000917464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.712;QD=45.7271;RBI=0.0236343;REFB=-0.0892303;REVB=0.0236165;RO=9;SAF=21;SAR=61;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165863;STB=0.634132;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00192668;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:99:99:9:17:82:82:0.828283:61:21:9:0:61:21:16:1 chr5 176025938 . T C,G 559.22 PASS AF=0.925,0.05;AO=36,3;DP=40;FAO=37,2;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=25,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00067402,-0.00448627;FXX=0.0243843;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.525,186.851;QD=55.922;RBI=0.0244384,0.0296829;REFB=-0.105044,-0.153487;REVB=0.0244291,0.0293419;RO=0;SAF=25,3;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.58193e-08,0;STB=0.519989,0.993266;STBP=0.254,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000446512,0.200279;OID=.,.;OPOS=176025938,176025938;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:40:40:0:1:36,3:37,2:0.925,0.05:11,0:25,3:0:0:12,0:25,2:0:1 chr5 176047761 . G A 147.61 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.02721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.705;QD=36.9022;RBI=0.0381515;REFB=-0.0682737;REVB=0.0267423;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179609;STB=0.580518;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00130128;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:2:12:0:1:2:12:1:1 chr5 176053622 . G A 637.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033342;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2374;QD=62.1906;RBI=0.0366292;REFB=0;REVB=0.0364771;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112755;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr5 176069831 . G A 2992.99 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012973;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5786;QD=63.0102;RBI=0.0154879;REFB=0;REVB=-0.0084604;RO=1;SAF=85;SAR=100;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148138;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:190:1:0:185:190:1:100:85:0:1:102:88:0:0 chr5 176334195 . C T 393.62 PASS AF=0.454545;AO=26;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00976702;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.438;QD=17.8918;RBI=0.0279172;REFB=-0.0094527;REVB=-0.0261529;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180317;STB=0.502277;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0246868;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:48:26:40:0.454545:8:18:19:17:21:19:23:25 chr5 176378574 . G T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00667519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.892;QD=21.0649;RBI=0.00727432;REFB=-0.00107084;REVB=-0.00289094;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152138;STB=0.585038;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00110108;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:17:7:11:13:17:7 chr5 176402401 . G A 524.72 PASS AF=0.522936;AO=49;DP=101;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=0.00907441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.362;QD=19.2558;RBI=0.0536467;REFB=-0.0210024;REVB=-0.0528736;RO=52;SAF=27;SAR=22;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269436;STB=0.612603;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0252225;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:109:52:52:49:57:0.522936:22:27:43:9:22:35:43:9 chr5 176492557 . G A 228.27 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00912673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.299;QD=16.9091;RBI=0.0243168;REFB=-0.0221206;REVB=0.0225391;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0173609;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:25:28:25:26:0.481481:14:11:11:14:14:12:14:14 chr5 176516631 . G A 1636.08 PASS AF=0.957265;AO=112;DP=119;FAO=112;FDP=117;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0267009;FXX=0.0168053;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.788;QD=55.9343;RBI=0.0478537;REFB=-0.120199;REVB=0.039712;RO=1;SAF=62;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759679;STB=0.502008;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.000436337;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:119:117:1:5:112:112:0.957265:50:62:1:0:50:62:3:2 chr5 176517170 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.934;QD=52.6084;RBI=0.0547518;REFB=0;REVB=0.012419;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411746;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr5 176517292 . A G 1135.93 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182158;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5194;QD=59.0092;RBI=0.0576173;REFB=0;REVB=-0.0546621;RO=0;SAF=24;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254047;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:49:24:0:0:53:24:0:0 chr5 176517326 . T C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.183;QD=59.8538;RBI=0.0311135;REFB=0;REVB=0.0251979;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42383e-05;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr5 176517461 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.253;QD=56.9382;RBI=0.0405392;REFB=0;REVB=0.0353685;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90659e-05;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr5 176517797 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.536;QD=60.8835;RBI=0.0291031;REFB=0;REVB=0.0252841;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84721e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr5 176518784 . C T 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.468;QD=63.1508;RBI=0.0218887;REFB=0;REVB=0.00829495;RO=0;SAF=76;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78401e-06;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:62:76:0:0:62:76:0:0 chr5 176522614 . GAC ACC,GCA,GCAC 42.14 PASS AF=0,0,0.215686;AO=3,2,9;DP=52;FAO=0,0,11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,3;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0252036,0.00643545,-0.00986164;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=2,2,1;MLLD=178.033,126.178,117.114;QD=3.30471;RBI=0.025897,0.0130334,0.0129541;REFB=-0.00245757,0.00055995,-0.000813983;REVB=-0.00595239,-0.0113338,-0.00839973;RO=37;SAF=3,2,6;SAR=0,0,3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.450975,0.360493,-0.0124302;STB=0.5,0.5,0.549263;STBP=1,1,0.776;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.0571724,0.117121;OID=.,.,.;OPOS=176522614,176522615,176522615;OREF=GA,AC,-;OALT=AC,CA,C;OMAPALT=ACC,GCA,GCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:52:51:37:40:3,2,9:0,0,11:0,0,0.215686:0,0,3:3,2,6:25:12:0,0,3:0,0,8:27:13 chr5 176721198 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.983;QD=62.9829;RBI=0.01479;REFB=0;REVB=-0.00203583;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84863e-05;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr5 176728400 . G A 1537.59 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00586721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3492;QD=57.4801;RBI=0.00915964;REFB=-0.0641275;REVB=0.00703384;RO=2;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163575;STB=0.508619;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0121091;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:104:105:0.981308:57:47:0:2:57:48:0:2 chr5 176728458 . G T 1464.61 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=102;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.047705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.389;QD=56.3311;RBI=0.0481021;REFB=-0.173577;REVB=0.006168;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193519;STB=0.509998;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00144966;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:104:2:2:99:102:0.980769:51:48:2:0:53:49:2:0 chr5 176733116 . A G 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.103;QD=59.9369;RBI=0.022365;REFB=0;REVB=0.00632203;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3401e-05;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:55:46:0:0:55:46:0:0 chr5 176733616 . T C 1120.29 PASS AF=1;AO=67;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.471;QD=60.5563;RBI=0.0896857;REFB=0;REVB=0.0636201;RO=1;SAF=20;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351482;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:74:1:0:67:74:1:47:20:0:1:53:21:0:0 chr5 176737720 . A G 1010.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.418;QD=59.4225;RBI=0.0664702;REFB=0;REVB=0.0538642;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114267;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:26:39:0:0:26:42:0:0 chr5 176815124 . T C 1292.89 PASS AF=0.581731;AO=121;DP=207;FAO=121;FDP=208;FR=.;FRO=87;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=-0.0149203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.84;QD=24.8633;RBI=0.0224808;REFB=-0.0108642;REVB=-0.0168158;RO=84;SAF=67;SAR=54;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768171;STB=0.548954;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00975221;OID=.;OPOS=176815124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:208:84:87:121:121:0.581731:54:67:38:46:54:67:38:49 chr5 176831826 . C G 3274.11 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563287;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.526;QD=61.7756;RBI=0.034565;REFB=-0.0710907;REVB=0.0341029;RO=0;SAF=139;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216645;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:211:212:0:0:210:212:1:71:139:0:0:73:139:0:0 chr5 176836532 . A G 527.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0172952;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.478;QD=26.6897;RBI=0.0256484;REFB=-0.00547067;REVB=-0.0189398;RO=31;SAF=25;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265864;STB=0.514506;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00375664;OID=.;OPOS=176836532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:23:25:15:16:23:25:15:16 chr5 176863519 . G C 2835.77 PASS AF=0.994536;AO=178;DP=179;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.404;QD=61.984;RBI=0.0495035;REFB=-0.0216358;REVB=0.0268495;RO=1;SAF=94;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563364;STB=0.50289;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-1.36991e-05;OID=.;OPOS=176863519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:183:1:1:178:182:0.994536:84:94:0:1:86:96:0:1 chr5 176867943 . A G 1665.16 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0186603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9857;QD=58.4266;RBI=0.0261138;REFB=-0.0412718;REVB=-0.0182682;RO=1;SAF=61;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772026;STB=0.500789;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000542744;OID=.;OPOS=176867943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:51:61:1:0:51:61:1:1 chr5 176885178 . A G 543.19 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0449;QD=58.7228;RBI=0.0226188;REFB=0;REVB=-0.020331;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224904;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:18:17:0:0:19:18:0:0 chr5 176885499 . T C 2752.3 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.095;QD=62.5522;RBI=0.0236772;REFB=0;REVB=0.00241654;RO=0;SAF=71;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39674e-05;OID=.;OPOS=176885499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:105:71:0:0:105:71:0:0 chr5 176894756 . C T 727.41 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0184251;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.49;QD=59.3804;RBI=0.0308142;REFB=-0.109248;REVB=0.0246988;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.516122;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000648266;OID=.;OPOS=176894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:49:1:2:47:47:0.959184:30:17:0:1:30:17:0:2 chr5 176916516 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.235;QD=57.0004;RBI=0.0444061;REFB=0;REVB=0.0268944;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291935;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr5 176917078 . T C 1124.05 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000400148;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.27;QD=59.1606;RBI=0.0123597;REFB=-0.0370796;REVB=0.0123532;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000905051;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:35:40:0:0:35:40:0:1 chr5 176930135 . G A 1542.77 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.902;QD=63.6192;RBI=0.0705128;REFB=0;REVB=0.0702681;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08868e-05;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:46:51:0:0 chr5 176930171 . AGAG A 1738.53 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411386;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=3;MLLD=249.744;QD=61.0012;RBI=0.0816127;REFB=0;REVB=0.0704858;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000108417;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:115:114:114:0:61:53:0:0:10:0:58:52:0:0 chr5 176936590 . T C 795.65 PASS AF=0.637168;AO=72;DP=114;FAO=72;FDP=113;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0602799;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.814;QD=28.1644;RBI=0.0675202;REFB=-0.00755749;REVB=-0.0304188;RO=41;SAF=45;SAR=27;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964337;STB=0.552044;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00386954;OID=.;OPOS=176936590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:41:41:72:72:0.637168:27:45:31:10:27:45:31:10 chr5 176936650 . T C 834.35 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8363;QD=57.5416;RBI=0.0556572;REFB=0;REVB=0.0472004;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157661;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:18:39:0:0:19:39:0:0 chr5 176936819 . C G 150.6 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0469597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1428;QD=20.0793;RBI=0.0922216;REFB=-0.0230971;REVB=0.0793701;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142626;STB=0.61161;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0276102;OID=.;OPOS=176936819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:14:14:16:0.533333:11:3:5:10:13:3:5:9 chr5 176940384 . G A 492.77 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.00860979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9931;QD=14.4932;RBI=0.0318131;REFB=-0.0199783;REVB=0.0306259;RO=80;SAF=33;SAR=22;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697439;STB=0.534149;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0158307;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:80:81:55:55:0.404412:22:33:53:27:22:33:53:28 chr5 176951276 . A G 1416.27 PASS AF=1;AO=66;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.846;QD=62.9454;RBI=0.0785544;REFB=0;REVB=0.0766148;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165318;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:66:90:1:30:36:0:0:49:41:0:0 chr5 177022652 . A G 387.09 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0272432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2914;QD=43.0105;RBI=0.0975253;REFB=-0.0189363;REVB=0.0936429;RO=6;SAF=22;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111588;STB=0.559963;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0583863;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:36:36:6:6:30:30:0.833333:8:22:6:0:8:22:6:0 chr5 177023098 . A T 1038.79 PASS AF=0.943182;AO=37;DP=79;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0193456;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=102.964;QD=47.2178;RBI=0.0431194;REFB=-0.176754;REVB=0.0385361;RO=10;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122903;STB=0.520656;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00416802;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:88:10:5:37:83:0.943182:33:4:0:10:58:25:0:5 chr5 177031353 . GC CG 163.5 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=63;FAO=14;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0335274;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=2;MLLD=46.2379;QD=10.9;RBI=0.0445762;REFB=-0.025677;REVB=-0.0293761;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439766;STB=0.851103;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0951496;OID=.;OPOS=177031353;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:63:60:19:31:7:14:0.233333:6:1:9:10:12:2:20:11 chr5 177031366 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTC 51.79 PASS AF=0.242857,0.0428571;AO=21,5;DP=69;FAO=17,3;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=8,0;FSAR=9,3;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0177909,-0.0113084;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.6697,55.2603;QD=2.95961;RBI=0.0196174,0.0266873;REFB=-0.137033,-0.0232401;REVB=-0.00826585,-0.0241729;RO=39;SAF=7,0;SAR=14,5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0.355556,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.336263,-0.674515;STB=0.566356,0.996872;STBP=0.556,0.046;TYPE=del,mnp;VARB=0.198607,0.200332;OID=.,.;OPOS=177031367,177031371;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242857,0.0428571:21,5:69:17,3:70:50:8,0:9,3:28:22:39:39:7,0:14,5:25:14 chr5 177035964 . T C 841.53 PASS AF=0.505952;AO=85;DP=168;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.078467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.835;QD=20.0363;RBI=0.0784846;REFB=-0.0167732;REVB=0.00166264;RO=83;SAF=50;SAR=35;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107428;STB=0.55908;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0190953;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:83:83:85:85:0.505952:35:50:39:44:35:50:39:44 chr5 177180236 . G A 1247.19 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00366323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.431;QD=60.1057;RBI=0.0198712;REFB=-0.131842;REVB=-0.0195306;RO=1;SAF=67;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701643;STB=0.503703;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.000167513;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:81:82:0.987952:14:67:1:0:15:67:1:0 chr5 177302645 . GT G 103.54 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4137;QD=37.6501;RBI=0.0514925;REFB=0;REVB=0.0469109;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000449674;OID=.;OPOS=177302646;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:9:2:0:0:4:0:8:2:0:0 chr5 177422876 . T C 2497.23 PASS AF=0.987952;AO=162;DP=166;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=106;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.025;QD=60.1742;RBI=0.0243741;REFB=-0.0171875;REVB=-0.00506208;RO=2;SAF=105;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376404;STB=0.501926;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=1.7292e-05;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:166:166:2:2:162:164:0.987952:57:105:1:1:58:106:1:1 chr5 177422908 . A G 2385.82 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.642;QD=61.1748;RBI=0.0327637;REFB=0;REVB=0.020359;RO=0;SAF=101;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71538e-05;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:54:101:0:0:54:102:0:0 chr5 177547247 . T C 1776.47 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332658;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.627;QD=61.2576;RBI=0.0336662;REFB=0;REVB=-0.0051768;RO=0;SAF=6;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108504;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:110:6:0:0:110:6:0:0 chr5 177550723 . T C 558.12 PASS AF=0.536082;AO=48;DP=94;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=52;FSAR=0;FSRF=45;FSRR=0;FWDB=0.0017584;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.223;QD=23.0152;RBI=0.0017584;REFB=-0.0292798;REVB=0;RO=45;SAF=48;SAR=0;SRF=45;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.028144;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:45:45:48:52:0.536082:0:48:45:0:0:52:45:0 chr5 177551154 . C T 155.79 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.111816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3307;QD=10.9326;RBI=0.112005;REFB=-0.00912084;REVB=0.00651059;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315932;STB=0.657784;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0711637;OID=.;OPOS=177551154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:37:20:20:0.350877:7:13:12:22:7:13:15:22 chr5 177551169 . T C 217.93 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00509139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5172;QD=13.6207;RBI=0.0126458;REFB=-0.0269898;REVB=0.0115755;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172569;STB=0.607062;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0216193;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:11:14:15:23:11:15:15:23 chr5 177551176 . T C 258.76 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0408934;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.932;QD=13.9867;RBI=0.0416947;REFB=-0.00941682;REVB=-0.00813474;RO=43;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176118;STB=0.592962;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0147938;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:43:44:30:30:0.405405:13:17:17:26:13:17:18:26 chr5 177612734 . T C 2739.31 PASS AF=0.988827;AO=177;DP=179;FAO=177;FDP=179;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0153634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.63;QD=61.2137;RBI=0.0208561;REFB=-0.0388278;REVB=0.0141048;RO=2;SAF=92;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110677;STB=0.505813;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=4.80855e-05;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:179:179:2:2:177:177:0.988827:85:92:0:2:85:92:0:2 chr5 177612744 . A G 2586.31 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.238;QD=61.2145;RBI=0.0155487;REFB=-0.0320548;REVB=0.00753606;RO=1;SAF=86;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550198;STB=0.50289;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=8.18056e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:1:1:168:168:0.994083:82:86:1:0:82:86:1:0 chr5 177612983 . G A 1138.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100762;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.307;QD=60.7248;RBI=0.0406519;REFB=0;REVB=0.0393834;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114008;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr5 177613123 . T C 941.04 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0472043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7321;QD=57.0325;RBI=0.063768;REFB=-0.0702001;REVB=0.0428732;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000905639;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr5 177613168 . C T 1471.83 PASS AF=0.980769;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00784799;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4814;QD=56.6089;RBI=0.0736087;REFB=-0.0526139;REVB=0.0731892;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507574;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00234493;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:104:0:2:99:102:0.980769:64:35:0:0:65:37:0:2 chr5 177613296 . C T 1697.33 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.682;QD=59.5554;RBI=0.0280356;REFB=0.0405456;REVB=0.00433756;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.503649;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000357784;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:0:1:113:113:0.991228:68:45:0:0:68:45:0:1 chr5 177614001 . T C 990.92 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.117;QD=59.1594;RBI=0.0324067;REFB=0;REVB=0.0243829;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07593e-05;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:36:29:0:0:37:30:0:0 chr5 177614090 . G C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.157;QD=58.5878;RBI=0.025139;REFB=0;REVB=0.00287942;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73733e-05;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 177614094 . C G 445.64 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0942194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.859;QD=52.4287;RBI=0.0986581;REFB=-0.175472;REVB=0.0292594;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53123;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0025609;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:0:2:32:32:0.941176:17:15:0:0:17:15:2:0 chr5 177614137 . C T 358.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.809;QD=55.1374;RBI=0.0239454;REFB=0;REVB=0.0103661;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83896e-05;OID=.;OPOS=177614137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:12:12:0:0:12:14:0:0 chr5 177614183 . T C 101.93 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.766;QD=40.7719;RBI=0.0401894;REFB=0;REVB=0.0165201;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489009;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr5 177669413 . T G 1819.55 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000628634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.699;QD=61.1612;RBI=0.017757;REFB=0;REVB=0.0177458;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11723e-05;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:55:63:0:0:55:64:0:0 chr5 177715581 . T C 404.04 PASS AF=0.31746;AO=42;DP=175;FAO=60;FDP=189;FR=.;FRO=129;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=0.0159736;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.973;QD=8.55121;RBI=0.0228243;REFB=-0.0380424;REVB=0.0163032;RO=130;SAF=25;SAR=17;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082161;STB=0.545439;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0664338;OID=.;OPOS=177715581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:189:130:129:42:60:0.31746:17:25:69:61:24:36:69:60 chr5 178049444 . C G 2159.39 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.798;QD=63.048;RBI=0.00548406;REFB=0;REVB=0.00364706;RO=0;SAF=82;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94769e-06;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:54:82:0:0:55:82:0:0 chr5 178138657 . A ATTCATTTGTAT 78.47 PASS AF=0.185714;AO=12;DP=80;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00494084;FXX=0.078937;HRUN=0;LEN=11;MLLD=267.08;QD=4.48416;RBI=0.011786;REFB=-0.00808773;REVB=-0.0107004;RO=63;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848091;STB=0.570619;STBP=0.614;TYPE=ins;VARB=0.0341413;OID=.;OPOS=178138658;OREF=-;OALT=TTCATTTGTAT;OMAPALT=ATTCATTTGTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185714:12:80:13:70:57:4:9:22:35:78:63:4:8:25:38 chr5 178139442 . T G 444.76 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0147603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.529;QD=16.4725;RBI=0.0153052;REFB=-0.0126061;REVB=0.00404748;RO=59;SAF=27;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00821587;STB=0.504585;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0133235;OID=.;OPOS=178139442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:22:27:33:26:22:27:33:26 chr5 178140090 . C T 481.0 PASS AF=0.541176;AO=45;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0244548;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.019;QD=22.6352;RBI=0.0372248;REFB=-0.0129388;REVB=-0.0280651;RO=39;SAF=30;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708286;STB=0.542612;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0206843;OID=.;OPOS=178140090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:45:46:0.541176:15:30:23:16:15:31:23:16 chr5 178359136 . A G 126.36 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0102641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.198;QD=19.4404;RBI=0.0357238;REFB=-0.0235047;REVB=0.0342175;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176873;STB=0.615228;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0123189;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:8:3:7:7:9:3 chr5 178391860 . G A 783.74 PASS AF=0.670103;AO=65;DP=97;FAO=65;FDP=97;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.056743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4144;QD=32.3192;RBI=0.057586;REFB=-0.0549778;REVB=-0.00981726;RO=31;SAF=32;SAR=33;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168572;STB=0.595037;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0221108;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:31:32:65:65:0.670103:33:32:24:7:33:32:25:7 chr5 178391902 . A C 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0140712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.001;QD=8.81187;RBI=0.0393435;REFB=-0.0242897;REVB=0.0367412;RO=57;SAF=18;SAR=6;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344386;STB=0.705703;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0479931;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:57:57:24:24:0.296296:6:18:27:30:6:18:27:30 chr5 178395850 . G C 2326.53 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.691;QD=63.7405;RBI=0.0430889;REFB=0;REVB=0.012137;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20026e-05;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:69:77:0:0:69:77:0:0 chr5 178410151 . C T 575.48 PASS AF=0.597701;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0525159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.497;QD=26.4587;RBI=0.0528786;REFB=-0.0113802;REVB=0.00618224;RO=34;SAF=30;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525869;STB=0.521414;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00533707;OID=.;OPOS=178410151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:35:52:52:0.597701:22:30:22:12:22:30:22:13 chr5 178410538 . A C 127.28 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0194489;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9942;QD=11.3135;RBI=0.0200691;REFB=-0.015456;REVB=-0.00495043;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163587;STB=0.596035;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0276844;OID=.;OPOS=178410538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:8:22:9:6:8:22 chr5 178412667 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0117839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.804;QD=16.199;RBI=0.0779076;REFB=-0.00768719;REVB=-0.0770112;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.635921;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00652255;OID=.;OPOS=178412667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:3:0:1:4:3:0 chr5 178413816 . T C 382.04 PASS AF=0.364341;AO=44;DP=129;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=21;FWDB=0.00288961;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.167;QD=11.8461;RBI=0.0416263;REFB=-0.0108553;REVB=-0.0415259;RO=80;SAF=28;SAR=16;SRF=60;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145687;STB=0.562022;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0251632;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:80:82:44:47:0.364341:16:28:60:20:16:31:61:21 chr5 178413947 . T C 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00694968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.074;QD=6.91317;RBI=0.00694973;REFB=-0.000504485;REVB=2.71928e-05;RO=48;SAF=11;SAR=7;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444969;STB=0.533861;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00144395;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:52:18:18:0.257143:7:11:31:17:7:11:34:18 chr5 178415937 . A C,G 633.59 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,38;DP=41;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316242,0.0190402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.696,118.104;QD=60.3417;RBI=0.0393182,0.0419947;REFB=0,0;REVB=-0.0233629,0.0374303;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0448615,-0.0110948;OID=.,.;OPOS=178415937,178415937;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:42:0:0:3,38:3,39:0.0714286,0.928571:0,16:3,22:0:0:0,16:3,23:0:0 chr5 178415982 . A G 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.323;QD=58.962;RBI=0.0120025;REFB=0;REVB=-0.0080418;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20691e-07;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr5 178416063 . G A 1349.53 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00264722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.992;QD=59.9791;RBI=0.0251505;REFB=-0.0865562;REVB=0.0250108;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510414;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000340951;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:2:88:88:0.977778:41:47:0:0:41:47:2:0 chr5 178416288 . G A 1957.96 PASS AF=0.929577;AO=132;DP=143;FAO=132;FDP=142;FR=.;FRO=10;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0144669;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.082;QD=55.1537;RBI=0.0589328;REFB=-0.192906;REVB=0.0571296;RO=8;SAF=69;SAR=63;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431098;STB=0.515693;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0025553;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:143:142:8:10:132:132:0.929577:63:69:1:7:63:69:3:7 chr5 178419288 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0284972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.033;QD=7.46503;RBI=0.0670127;REFB=-0.00239264;REVB=-0.0606516;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871158;STB=0.555391;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0102819;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:11:6:2:5:11:6 chr5 178419396 . A AC 137.9 PASS AF=1;AO=11;DP=23;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2455;QD=29.0307;RBI=0.126805;REFB=-0.026065;REVB=-0.10038;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00923967;OID=.;OPOS=178419397;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:23:19:19:0:15:4:0:0:3:9:8:3:8:1 chr5 178507069 . T C 250.11 PASS AF=0.361446;AO=28;DP=79;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.000875275;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.833;QD=12.0535;RBI=0.00669833;REFB=-0.00189189;REVB=0.0066409;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183321;STB=0.581417;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00345533;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:34:53:28:30:0.361446:9:19:17:17:11:19:27:26 chr5 178507090 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00950144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.148;QD=12.1357;RBI=0.00953071;REFB=-0.00931801;REVB=-0.000746342;RO=48;SAF=17;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966546;STB=0.555729;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0124534;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:11:17:25:23:11:17:25:23 chr5 178540975 . G A 669.29 PASS AF=0.356828;AO=81;DP=227;FAO=81;FDP=227;FR=.;FRO=146;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=71;FWDB=0.00458471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.637;QD=11.7937;RBI=0.00825394;REFB=-0.0138106;REVB=0.00686352;RO=143;SAF=43;SAR=38;SRF=73;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229513;STB=0.511065;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.022226;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:143:146:81:81:0.356828:38:43:73:70:38:43:75:71 chr5 178581859 . G A 311.9 PASS AF=0.330579;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=121;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.00842469;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.486;QD=10.3108;RBI=0.0149343;REFB=-0.00836426;REVB=0.0123312;RO=77;SAF=15;SAR=25;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461547;STB=0.512189;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0157106;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:77:81:40:40:0.330579:25:15:26:51:25:15:29:52 chr5 178634619 . C T 1661.42 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.244;QD=59.3365;RBI=0.0189328;REFB=-0.00483119;REVB=0.00193092;RO=0;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7808e-08;STB=0.503401;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000101879;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:111:111:0.991071:38:73:0:0:38:73:1:0 chr5 178634672 . C T 1584.57 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.319;QD=59.2361;RBI=0.0366954;REFB=0;REVB=-0.00486481;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31107e-05;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:107:0:0:104:107:1:39:65:0:0:40:67:0:0 chr5 178634683 . C T 415.58 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0960706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2663;QD=19.3292;RBI=0.0995241;REFB=-0.0341712;REVB=0.0259901;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762231;STB=0.548472;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0446112;OID=.;OPOS=178634683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:18:24:21:22:18:24:21:23 chr5 178949560 . AG GT 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234343;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.8;QD=57.8849;RBI=0.0283624;REFB=0;REVB=0.0159769;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000131558;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 178949781 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.177;QD=51.5078;RBI=0.0332007;REFB=0.0564751;REVB=0.0223115;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00209897;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr5 178951598 . G A 601.12 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0398103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6363;QD=58.6462;RBI=0.061138;REFB=0.0793341;REVB=-0.0464005;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00209224;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:25:15:1:0:25:15:1:0 chr5 178951831 . G A 198.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0102504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5239;QD=26.4751;RBI=0.0153361;REFB=-0.0392306;REVB=-0.0114072;RO=10;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990355;STB=0.532959;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0147134;OID=.;OPOS=178951831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:30:10:11:19:19:0.633333:15:4:2:8:15:4:3:8 chr5 179020622 . T C 88.99 PASS AF=0.24;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00121357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.607;QD=7.11947;RBI=0.0422058;REFB=-0.00557617;REVB=-0.0421884;RO=37;SAF=8;SAR=4;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241583;STB=0.529362;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0187615;OID=.;OPOS=179020622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:50:37:38:12:12:0.24:4:8:24:13:4:8:24:14 chr5 179025789 . G A 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0181793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3607;QD=8.10351;RBI=0.0466013;REFB=0.0141518;REVB=0.0429092;RO=49;SAF=9;SAR=11;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11946;STB=0.564039;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0351039;OID=.;OPOS=179025789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:11:9:27:22:11:9:27:23 chr5 179069468 . A G 114.42 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0332817;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5923;QD=9.73797;RBI=0.0943834;REFB=0.0017953;REVB=-0.0883207;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658857;STB=0.53982;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00851978;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:16:17:8:6:16:17 chr5 179069912 . C T 134.26 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0396934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4429;QD=9.42172;RBI=0.0424087;REFB=-0.0162218;REVB=-0.0149308;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.547534;STB=0.816461;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0305929;OID=.;OPOS=179069912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:13:5:31:8:13:5:31:8 chr5 179071866 . A G 679.39 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=128;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0335821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0743;QD=21.0664;RBI=0.0405102;REFB=-0.0141724;REVB=-0.0226565;RO=61;SAF=35;SAR=32;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265426;STB=0.518513;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0115658;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:61:62:67:67:0.51938:32:35:30:31:32:35:30:32 chr5 179071958 . C G 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00258551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.56;QD=1.5565;RBI=0.0174462;REFB=-0.00427974;REVB=-0.0172536;RO=84;SAF=4;SAR=5;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064394;STB=0.550128;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0381862;OID=.;OPOS=179071958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:5:4:42:42:5:4:42:42 chr5 179078940 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.282;QD=57.5453;RBI=0.0445625;REFB=0;REVB=0.0356628;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103369;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr5 179126090 . C T 353.39 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00707464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208;QD=21.4177;RBI=0.00788235;REFB=-0.0234421;REVB=-0.00347576;RO=29;SAF=27;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248745;STB=0.65173;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0210222;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:35:36:0.545455:8:27:15:14:8:28:15:15 chr5 179157296 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00456499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.498;QD=12.3961;RBI=0.0103896;REFB=-0.00359008;REVB=-0.00933304;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460738;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00797264;OID=.;OPOS=179157296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:1:3:1:4:2:3:1:4 chr5 179193598 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0207883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1425;QD=16.1177;RBI=0.0297528;REFB=-0.0115894;REVB=0.0212855;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10868;STB=0.562401;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0165532;OID=.;OPOS=179193598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:10:3:4:8:10:3 chr5 179201847 . G A 246.83 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00109086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=17.9512;RBI=0.0221503;REFB=-0.00563311;REVB=-0.0221235;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814878;STB=0.545665;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00764872;OID=.;OPOS=179201847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:12:16:13:14:12:16 chr5 179203933 . A G 629.14 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00493647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8724;QD=26.4902;RBI=0.00511608;REFB=-0.0365293;REVB=-0.0013437;RO=39;SAF=15;SAR=41;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189107;STB=0.603685;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0363736;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:41:15:19:20:41:15:19:20 chr5 179218842 . G A 1201.98 PASS AF=0.586022;AO=109;DP=186;FAO=109;FDP=186;FR=.;FRO=77;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0247867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.735;QD=25.8491;RBI=0.0266831;REFB=-0.0135198;REVB=-0.00987953;RO=77;SAF=65;SAR=44;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998614;STB=0.554208;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00791121;OID=.;OPOS=179218842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:77:77:109:109:0.586022:44:65:36:41:44:65:36:41 chr5 179260153 . C T 1718.53 PASS AF=0.991525;AO=113;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373767;FXX=0.0247913;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2327;QD=58.2553;RBI=0.0379337;REFB=-0.138324;REVB=0.00647654;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150689;STB=0.503936;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0024234;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:116:118:2:1:113:117:0.991525:51:62:2:0:54:63:1:0 chr5 179260213 . G A 218.03 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0628461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8026;QD=7.14859;RBI=0.0744338;REFB=-0.0106287;REVB=0.0398844;RO=86;SAF=10;SAR=22;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182846;STB=0.604328;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0379719;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:86:90:32:32:0.262295:22:10:39:47:22:10:40:50 chr5 179264731 . T C 692.23 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=0.0044756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.526;QD=16.4816;RBI=0.0177957;REFB=-0.0144849;REVB=-0.0172237;RO=90;SAF=39;SAR=36;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196536;STB=0.502145;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0217178;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:90:93:75:75:0.446429:36:39:45:45:36:39:48:45 chr5 179267949 . T C 1631.68 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.25;QD=59.8782;RBI=0.0553652;REFB=0;REVB=-0.0458535;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11841e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:107:109:1:46:61:0:0:46:63:0:0 chr5 179280379 . T C 386.39 PASS AF=0.367188;AO=46;DP=127;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0106642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.408;QD=12.0746;RBI=0.012147;REFB=-0.000139561;REVB=0.00581579;RO=81;SAF=24;SAR=22;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173857;STB=0.516316;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000226106;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:81:81:46:47:0.367188:22:24:41:40:22:25:41:40 chr5 179285752 . G A 695.12 PASS AF=0.429379;AO=76;DP=177;FAO=76;FDP=177;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=0.0191104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4545;QD=15.7088;RBI=0.0543279;REFB=-0.0296344;REVB=0.0508559;RO=97;SAF=38;SAR=38;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882791;STB=0.553658;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0374984;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:97:101:76:76:0.429379:38:38:40:57:38:38:41:60 chr5 179529124 . G A 1283.27 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.026;QD=61.8444;RBI=0.0445384;REFB=0;REVB=0.0243692;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90933e-05;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr5 179563435 . T C 1643.27 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.053848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3254;QD=59.2168;RBI=0.0591752;REFB=-0.0317914;REVB=0.0245378;RO=1;SAF=66;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106666;STB=0.505617;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00136337;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:44:66:0:1:44:66:0:1 chr5 179706947 . A AC 41.63 PASS AF=0.205882;AO=25;DP=69;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.13289;FXX=0.0144907;HRUN=0;LEN=1;MLLD=47.1284;QD=2.4491;RBI=0.140866;REFB=-0.0198769;REVB=-0.0467269;RO=43;SAF=2;SAR=23;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.595178;STB=0.868533;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.242385;OID=.;OPOS=179706948;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:25:69:14:68:54:1:13:22:32:41:43:2:23:21:22 chr5 179729519 . A G 1815.82 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.72;QD=61.036;RBI=0.053327;REFB=0;REVB=0.0306669;RO=0;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61093e-05;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:59:60:0:0:59:60:0:0 chr5 179734200 . A G 233.43 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00055063;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9117;QD=12.618;RBI=0.0185163;REFB=0.00316714;REVB=0.0185081;RO=45;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741283;STB=0.53701;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00358076;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:46:28:28:0.378378:10:18:26:19:10:18:27:19 chr5 179744009 . T G 707.41 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0220834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.864;QD=28.5821;RBI=0.0224864;REFB=-0.00950433;REVB=0.00423815;RO=38;SAF=37;SAR=24;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395048;STB=0.521478;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00716105;OID=.;OPOS=179744009;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:38:61:61:0.616162:24:37:21:17:24:37:21:17 chr5 179765498 . G A 122.15 PASS AF=0.290323;AO=17;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0143236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.457;QD=7.88041;RBI=0.0363174;REFB=-0.0199061;REVB=0.0333734;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471112;STB=0.532222;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0567324;OID=.;OPOS=179765498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:44:17:18:0.290323:8:9:24:21:9:9:24:20 chr5 179996111 . C T 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0419003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.805;QD=54.8825;RBI=0.0419093;REFB=-0.0507077;REVB=0.000867016;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000233878;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:31:23:0:0:31:23:0:1 chr5 180035182 . CAGT C 179.18 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00138764;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.019;QD=21.0796;RBI=0.046957;REFB=-0.00332109;REVB=-0.0469365;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374307;STB=0.731415;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.00171073;OID=.;OPOS=180035183;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:18:35:18:34:16:15:3:7:9:99:15:15:3:7:8 chr5 180046344 . G C 687.84 PASS AF=0.372727;AO=82;DP=220;FAO=82;FDP=220;FR=.;FRO=138;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.0459278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1779;QD=12.5062;RBI=0.0480956;REFB=-0.0447082;REVB=-0.0142768;RO=137;SAF=39;SAR=43;SRF=66;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680554;STB=0.501666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0703047;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:137:138:82:82:0.372727:43:39:66:71:43:39:66:72 chr5 180046426 . C CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G 459.1 PASS AF=0.875,0.125;AO=28,4;DP=71;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000503013,0.00421476;FXX=0.448199;HRUN=0,3;LEN=22,1;MLLD=707.17,142.595;QD=57.3878;RBI=0.018034,0.0246455;REFB=0,0;REVB=0.018027,0.0242824;RO=38;SAF=17,4;SAR=11,0;SRF=15;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.214131,0.62073;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00356081,-0.00676015;OID=.,.;OPOS=180046427,180046426;OREF=-,C;OALT=TGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G;OMAPALT=CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:71:32:38:0:28,4:28,4:0.875,0.125:11,0:17,4:15:23:11,0:17,4:0:0 chr5 180046427 . CC TG 153.51 PASS AF=0.236842;AO=17;DP=79;FAO=18;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0251508;FXX=0.0379699;HRUN=3;LEN=2;MLLD=168.279;QD=8.07952;RBI=0.0307684;REFB=-0.00310916;REVB=-0.0177238;RO=54;SAF=0;SAR=17;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.75713;STB=0.894183;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.00913069;OID=.;OPOS=180046427;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:54:54:17:18:0.236842:17:0:23:31:17:1:23:31 chr5 180046492 . CAGAG CA,CAG 1780.79 PASS AF=0,1;AO=16,90;DP=119;FAO=0,118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=0,66;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339536,0.0318315;FXX=0.0247913;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=264.97,280.044;QD=60.3659;RBI=0.0553032,0.048917;REFB=0,0;REVB=0.0436531,0.0371434;RO=0;SAF=13,52;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78418e-08,5.28321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,7.06228e-05;OID=.,.;OPOS=180046494,180046493;OREF=GAG,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:16,90:119:0,118:118:0:0,66:0,52:0:0:10:0:13,52:3,38:0:0 chr5 180046636 . G C 334.94 PASS AF=0.294872;AO=46;DP=156;FAO=46;FDP=156;FR=.;FRO=110;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=72;FWDB=-0.0421672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8819;QD=8.58814;RBI=0.0429413;REFB=0.0235557;REVB=0.00811659;RO=104;SAF=12;SAR=34;SRF=36;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121631;STB=0.571972;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0584194;OID=.;OPOS=180046636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:104:110:46:46:0.294872:34:12:36:68:34:12:38:72 chr5 180052946 . G A 297.55 PASS AF=0.553571;AO=27;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.012198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.174;QD=21.2537;RBI=0.016858;REFB=-0.0119403;REVB=-0.0116362;RO=16;SAF=22;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233636;STB=0.693733;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0117522;OID=.;OPOS=180052946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:25:27:31:0.553571:5:22:9:7:5:26:13:12 chr5 180057231 . C A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00499018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.829;QD=10.0338;RBI=0.110532;REFB=-0.00791311;REVB=0.11042;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0174529;OID=.;OPOS=180057231;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr5 180120192 . G T 449.69 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0153096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.64;QD=21.6721;RBI=0.015511;REFB=-0.0252302;REVB=0.00249167;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923808;STB=0.550335;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0237847;OID=.;OPOS=180120192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:39:43:44:0.53012:18:25:18:20:19:25:18:21 chr5 180166461 . C G 669.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.34;QD=62.2326;RBI=0.0284996;REFB=0;REVB=0.0207554;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220814;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr5 180219984 . C T 599.2 PASS AF=0.495935;AO=59;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0386081;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0226;QD=19.4861;RBI=0.0394224;REFB=-0.00700983;REVB=-0.00797127;RO=58;SAF=43;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181645;STB=0.615436;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0270224;OID=.;OPOS=180219984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:58:62:59:61:0.495935:16:43:32:26:17:44:32:30 chr5 180276402 . C T 1655.39 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0156426;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.409;QD=57.5786;RBI=0.0355684;REFB=-0.127508;REVB=0.0319441;RO=3;SAF=77;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00119952;STB=0.500632;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00478377;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:3:3:112:112:0.973913:35:77:2:1:35:77:2:1 chr5 180277343 . T C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00575577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.197;QD=15.3563;RBI=0.00893676;REFB=-0.0179884;REVB=-0.00683644;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465953;STB=0.5263;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0248681;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:26:18:15:18:26:18 chr5 180278393 . C G 415.4 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.611;QD=53.6005;RBI=0.0305179;REFB=-0.182429;REVB=0.0242944;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00346397;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:31:1:1:29:30:0.967742:19:10:1:0:19:11:1:0 chr5 180329359 . T C 397.61 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0106656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5564;QD=30.0085;RBI=0.0605823;REFB=0.0157187;REVB=0.0596361;RO=16;SAF=20;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670549;STB=0.539547;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00626117;OID=.;OPOS=180329359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:16:16:36:37:0.698113:16:20:7:9:16:21:7:9 chr5 180335671 . G A 494.77 PASS AF=0.384106;AO=55;DP=149;FAO=58;FDP=151;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.00743775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.945;QD=13.1065;RBI=0.00911621;REFB=-0.00923319;REVB=-0.00527115;RO=93;SAF=29;SAR=26;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242328;STB=0.517961;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.014646;OID=.;OPOS=180335671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:93:93:55:58:0.384106:26:29:47:46:27:31:47:46 chr5 180336849 . C T 1112.68 PASS AF=0.678832;AO=92;DP=136;FAO=93;FDP=137;FR=.;FRO=44;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0157229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.926;QD=32.487;RBI=0.0363854;REFB=-0.00265515;REVB=-0.0328129;RO=44;SAF=50;SAR=42;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808102;STB=0.544759;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000971764;OID=.;OPOS=180336849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:44:44:92:93:0.678832:42:50:18:26:42:51:18:26 chr5 180338368 . A G 676.85 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0851128;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.675;QD=25.7849;RBI=0.0877773;REFB=-0.011235;REVB=0.0214633;RO=41;SAF=34;SAR=30;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.521264;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00675237;OID=.;OPOS=180338368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:41:41:64:64:0.609524:30:34:24:17:30:34:24:17 chr5 180374534 . G A 1064.08 PASS AF=0.495413;AO=108;DP=218;FAO=108;FDP=218;FR=.;FRO=110;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0135912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8876;QD=19.5245;RBI=0.0259139;REFB=-0.00866088;REVB=0.0220637;RO=109;SAF=62;SAR=46;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642374;STB=0.537781;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00591265;OID=.;OPOS=180374534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:109:110:108:108:0.495413:46:62:55:54:46:62:55:55 chr5 180376972 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.325;QD=43.4857;RBI=0.0119571;REFB=0;REVB=-0.00237418;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78602e-05;OID=.;OPOS=180376972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr5 180376974 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.841;QD=44.6895;RBI=0.0354563;REFB=0;REVB=0.0294604;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555031;OID=.;OPOS=180376974;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr5 180377018 . C A 239.35 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.253;QD=50.3902;RBI=0.0265017;REFB=0;REVB=0.00362421;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94035e-05;OID=.;OPOS=180377018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:8:9:0:0:10:9:0:0 chr5 180432416 . C T 94.43 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00237773;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.081;QD=18.8853;RBI=0.00925696;REFB=-0.00661404;REVB=0.00894638;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00453725;OID=.;OPOS=180432416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:9:9:11:11:0.55:8:3:5:4:8:3:5:4 chr5 180472498 . C T 921.45 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.851;QD=57.5906;RBI=0.0936747;REFB=0;REVB=-0.0810801;RO=1;SAF=42;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.99251e-05;OID=.;OPOS=180472498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:21:42:1:0:21:43:0:0 chr5 180472513 . A G 1063.75 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.66;QD=59.9296;RBI=0.0602002;REFB=0;REVB=-0.0291141;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13385e-05;OID=.;OPOS=180472513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:29:39:0:0:29:42:0:0 chr5 180486247 . G C,T 975.48 PASS AF=0.0434783,0.942029;AO=3,65;DP=69;FAO=3,65;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=0,44;FSAR=3,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992862,0.0283875;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.5472,180.655;QD=56.5498;RBI=0.0112168,0.0480831;REFB=-0.0969978,-0.118583;REVB=-0.00521911,0.038809;RO=0;SAF=0,44;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.994936,0.505616;STBP=0.121,0.616;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138674,0.00150338;OID=.,.;OPOS=180486247,180486247;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:69:69:0:1:3,65:3,65:0.0434783,0.942029:3,21:0,44:0:0:3,21:0,44:1:0 chr5 180582604 . A G 216.27 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0347039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0887;QD=22.1812;RBI=0.037321;REFB=-0.0389498;REVB=0.0137295;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448759;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0387168;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:8:9:11:10:9:9 chr5 180596597 . A G 1388.76 PASS AF=0.375;AO=162;DP=430;FAO=162;FDP=432;FR=.;FRO=270;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=123;FSRR=147;FWDB=-0.0283391;FXX=0.0091741;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4358;QD=12.8589;RBI=0.0499739;REFB=0.00970551;REVB=0.0411617;RO=268;SAF=85;SAR=77;SRF=122;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768072;STB=0.543126;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0151245;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:430:432:268:270:162:162:0.375:77:85:122:146:77:85:123:147 chr5 180600638 . T C 1657.12 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00914191;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.523;QD=57.6389;RBI=0.0845444;REFB=-0.149484;REVB=0.0840487;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511809;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000805342;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:115:0:3:112:112:0.973913:62:50:0:0:62:50:0:3 chr5 180600702 . G C 389.92 PASS AF=0.418367;AO=39;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.00186264;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.301;QD=15.9149;RBI=0.00477516;REFB=-0.0139176;REVB=0.0043969;RO=55;SAF=10;SAR=29;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685404;STB=0.527878;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0176394;OID=.;OPOS=180600702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:57:39:41:0.418367:29:10:17:38:29:12:19:38 chr5 180615933 . T C 317.94 PASS AF=0.336066;AO=40;DP=122;FAO=41;FDP=122;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=-0.0239736;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.674;QD=10.4244;RBI=0.0241912;REFB=-0.00965139;REVB=-0.00323696;RO=81;SAF=21;SAR=19;SRF=55;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181723;STB=0.596368;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0220651;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:81:81:40:41:0.336066:19:21:55:26:19:22:55:26 chr5 180618713 . A AC 1493.33 PASS AF=1;AO=140;DP=168;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.7686;QD=36.6462;RBI=0.135805;REFB=-0.0232241;REVB=-0.0689557;RO=25;SAF=69;SAR=71;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535045;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00349873;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:168:163:163:0:81:82:0:0:22:25:69:71:17:8 chr5 180626927 . A G 576.98 PASS AF=0.367568;AO=68;DP=185;FAO=68;FDP=185;FR=.;FRO=117;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=0.00421094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.702;QD=12.4752;RBI=0.0066397;REFB=-0.00650156;REVB=-0.00513358;RO=114;SAF=35;SAR=33;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120354;STB=0.5694;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0141908;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:114:117:68:68:0.367568:33:35:71:43:33:35:73:44 chr5 180645279 . C G 539.68 PASS AF=0.439394;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=132;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00990845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.432;QD=16.3539;RBI=0.0102297;REFB=-0.0124572;REVB=-0.00254357;RO=74;SAF=34;SAR=24;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868952;STB=0.504853;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0127757;OID=.;OPOS=180645279;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:74:74:58:58:0.439394:24:34:44:30:24:34:44:30 chr5 180645350 . G T 512.57 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00809475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.568;QD=17.2294;RBI=0.0173775;REFB=0.00485126;REVB=-0.015377;RO=63;SAF=29;SAR=26;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033829;STB=0.514683;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00956218;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:63:64:55:55:0.462185:26:29:31:32:26:29:32:32 chr5 180648971 . C A 708.51 PASS AF=0.432584;AO=77;DP=178;FAO=77;FDP=178;FR=.;FRO=101;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.00805109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.531;QD=15.9215;RBI=0.0319574;REFB=-0.0167973;REVB=-0.0309266;RO=101;SAF=49;SAR=28;SRF=66;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189129;STB=0.510541;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0283297;OID=.;OPOS=180648971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:101:77:77:0.432584:28:49:66:35:28:49:66:35 chr5 180687212 . C T 637.08 PASS AF=0.402235;AO=72;DP=179;FAO=72;FDP=179;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.00541607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.737;QD=14.2363;RBI=0.00822391;REFB=-0.00719981;REVB=-0.00618861;RO=107;SAF=29;SAR=43;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168131;STB=0.594505;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0106225;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:107:107:72:72:0.402235:43:29:60:47:43:29:60:47 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 371.18 PASS AF=0.467532,0.0519481;AO=34,4;DP=76;FAO=36,4;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25,3;FSAR=11,1;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0022511,-0.0146012;FXX=0.0128189;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=197.735,45.021;QD=19.2823;RBI=0.0609543,0.0190073;REFB=-0.0526263,-0.0313035;REVB=0.0609128,0.0121689;RO=34;SAF=23,3;SAR=11,1;SRF=28;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.161698,-0.12386;STB=0.55563,0.542172;STBP=0.441,0.901;TYPE=del,snp;VARB=0.0505445,0.0646538;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467532,0.0519481:34,4:76:36,4:77:37:25,3:11,1:29:8:99:34:23,3:11,1:28:6 chr6 335175 . A T 845.9 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.027;QD=57.3492;RBI=0.0362606;REFB=0;REVB=0.0266966;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24299e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:25:31:0:0:26:33:0:0 chr6 348906 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0170531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.864;QD=15.6171;RBI=0.0181842;REFB=-0.00273078;REVB=-0.00631333;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126627;STB=0.571386;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00387415;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:25:18:18:15:25:18 chr6 350829 . G A 243.7 PASS AF=0.226744;AO=39;DP=172;FAO=39;FDP=172;FR=.;FRO=133;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0037539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.787;QD=5.66747;RBI=0.00377011;REFB=-7.04012e-06;REVB=0.00034924;RO=133;SAF=22;SAR=17;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114346;STB=0.569777;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=1.41483e-05;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:133:133:39:39:0.226744:17:22:63:70:17:22:63:70 chr6 350940 . T TA 494.27 PASS AF=0.550388;AO=69;DP=142;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0584806;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2726;QD=15.3261;RBI=0.058669;REFB=1.92208e-05;REVB=0.00469826;RO=71;SAF=27;SAR=42;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1214;STB=0.548677;STBP=0.255;TYPE=ins;VARB=-0.001413;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.550388:69:142:71:129:58:28:43:29:29:99:71:27:42:37:34 chr6 408012 . G A 1139.06 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0698703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0761;QD=59.1717;RBI=0.0718461;REFB=-0.0858865;REVB=0.0167335;RO=1;SAF=49;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956081;STB=0.505049;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000626526;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:27:49:1:0:27:49:1:0 chr6 408079 . C T 459.84 PASS AF=0.435897;AO=49;DP=115;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0354855;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.165;QD=15.7212;RBI=0.0388192;REFB=-0.0346638;REVB=-0.0157386;RO=66;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464833;STB=0.515269;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0311556;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:66:66:49:51:0.435897:23:26:38:28:23:28:38:28 chr6 656143 . C A 1104.98 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123459;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9524;QD=60.5468;RBI=0.0363957;REFB=0;REVB=-0.0342377;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197971;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr6 1507626 . G A 428.37 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000661349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.344;QD=17.4843;RBI=0.0309338;REFB=-0.0193739;REVB=-0.0309267;RO=54;SAF=26;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689916;STB=0.530347;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0260152;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:54:43:44:0.44898:17:26:29:25:18:26:29:25 chr6 1507808 . G T 748.69 PASS AF=0.43956;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=182;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.00507796;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.932;QD=16.4547;RBI=0.0064431;REFB=-0.00277733;REVB=0.00396583;RO=97;SAF=39;SAR=41;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233021;STB=0.509486;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00375472;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:97:102:80:80:0.43956:41:39:45:52:41:39:48:54 chr6 1523145 . C G 1227.65 PASS AF=0.923077;AO=84;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=66;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0427311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4581;QD=53.9628;RBI=0.0434705;REFB=0.013318;REVB=-0.00798323;RO=0;SAF=66;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.38618e-08;STB=0.581375;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00314655;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:91:91:0:7:84:84:0.923077:18:66:0:0:18:66:0:7 chr6 2623820 . G A 219.75 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0117456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.618;QD=17.5796;RBI=0.044775;REFB=-0.018311;REVB=0.043207;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534818;STB=0.530391;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0165474;OID=.;OPOS=2623820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:18:10:9:13:18:10 chr6 2664375 . C A 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0170671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2162;QD=19.69;RBI=0.0197494;REFB=-0.00210423;REVB=-0.00993744;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251306;STB=0.642715;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00218447;OID=.;OPOS=2664375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:10:12:6:15:10:12 chr6 2667031 . A G 411.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.15;QD=56.7215;RBI=0.0828643;REFB=0;REVB=0.0821367;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221145;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:7:21:0:0:8:21:0:0 chr6 2667863 . ATTTTTTT AATTTTTA,AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTTA 412.26 PASS AF=0,0.0952381,0.880952,0;AO=5,5,7,6;DP=37;FAO=0,4,37,0;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,16,0;FSAR=0,2,21,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712983,0.20178,0.211597,0.0159465;FXX=0.0454442;HRUN=7,7,7,7;LEN=7,1,2,1;MLLD=10.0307,6.03103,14.8813,6.39841;QD=39.2631;RBI=0.119844,0.331326,0.291603,0.0169948;REFB=-0.0375469,-0.17676,-0.118572,0.107325;REVB=0.0963284,0.262795,0.200646,0.0058766;RO=2;SAF=0,2,4,3;SAR=5,3,3,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.749526,-0.0491618,0.0278747,0;STB=0.5,0.599516,0.515143,0.5;STBP=1,0.533,0.293,1;TYPE=mnp,snp,del,snp;VARB=-0.027837,0.0193902,0.0117569,-0.0101807;OID=.,.,.,.;OPOS=2667864,2667864,2667864,2667870;OREF=TTTTTTT,T,TT,T;OALT=ATTTTTA,A,-,A;OMAPALT=AATTTTTA,AATTTTTT,ATTTTT,ATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0952381,0.880952,0:5,5,7,6:37:0,4,37,0:42:1:0,2,16,0:0,2,21,0:1:0:15:2:0,2,4,3:5,3,3,3:1:1 chr6 2668071 . G C 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0206136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.094;QD=23.598;RBI=0.021534;REFB=-0.00692972;REVB=-0.00622826;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950496;STB=0.505296;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00359988;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:12:9:11:14:12:9 chr6 2679676 . G A 245.94 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.000222099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.901;QD=11.179;RBI=0.000451295;REFB=-0.012405;REVB=-0.000392861;RO=58;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391851;STB=0.522712;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0359886;OID=.;OPOS=2679676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:15:15:27:31:15:15:27:31 chr6 2685775 . G A 197.45 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0152094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7749;QD=18.8043;RBI=0.0160499;REFB=-0.0105837;REVB=0.00512589;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0270385;OID=.;OPOS=2685775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:9:11:9:11:9:11:10:12 chr6 2766465 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8149;QD=59.4344;RBI=0.054277;REFB=0;REVB=0.0535629;RO=0;SAF=32;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317137;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:3:32:0:0:3:32:0:0 chr6 2784571 . G A 1244.92 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.992;QD=61.4774;RBI=0.0233716;REFB=0;REVB=0.0233233;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44825e-05;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:46:34:0:0:46:35:0:0 chr6 2959513 . C T 267.76 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0444479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1645;QD=11.5166;RBI=0.0457709;REFB=-0.0177311;REVB=-0.0109256;RO=61;SAF=18;SAR=14;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149225;STB=0.585723;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0145768;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:14:18:42:19:14:18:42:19 chr6 3010390 . C T 1520.61 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0954;QD=62.0658;RBI=0.0348524;REFB=-0.0928322;REVB=0.0176393;RO=2;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329621;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:2:0:96:98:1:38:58:0:2:40:58:0:0 chr6 3015790 . A G 1918.83 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038786;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.902;QD=61.8978;RBI=0.0388918;REFB=0;REVB=0.00286685;RO=0;SAF=48;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56651e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:75:48:0:0:75:49:0:0 chr6 3019927 . G C 383.97 PASS AF=0.52;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00233119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6275;QD=20.4786;RBI=0.0555995;REFB=-0.0137979;REVB=-0.0555507;RO=35;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807066;STB=0.543502;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0113499;OID=.;OPOS=3019927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:38:39:0.52:23:15:17:18:24:15:17:19 chr6 3077141 . T C 1028.79 PASS AF=0.515;AO=102;DP=201;FAO=103;FDP=200;FR=.;FRO=97;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.0132407;FXX=0.00497488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.868;QD=20.5757;RBI=0.0617485;REFB=-0.0106693;REVB=-0.0603122;RO=91;SAF=59;SAR=43;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110817;STB=0.553039;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00696352;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:91:97:102:103:0.515:43:59:41:50:43:60:46:51 chr6 3154871 . A C 337.16 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0134008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8594;QD=20.7484;RBI=0.0256415;REFB=-0.0267626;REVB=-0.021861;RO=30;SAF=25;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278322;STB=0.658132;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0380005;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:9:25:13:17:9:26:13:17 chr6 3154882 . C T 49.97 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0519253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6364;QD=3.33146;RBI=0.0573862;REFB=0.00296014;REVB=-0.0244323;RO=51;SAF=2;SAR=7;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47208;STB=0.820039;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00889179;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:7:2:32:19:7:2:32:19 chr6 3225759 . C A 156.87 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0132599;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6701;QD=6.40281;RBI=0.0147358;REFB=-0.00545469;REVB=-0.00642794;RO=74;SAF=16;SAR=7;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25113;STB=0.659802;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.014967;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:74:75:23:23:0.234694:7:16:37:37:7:16:37:38 chr6 3255327 . G A 1734.28 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861222;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8075;QD=60.8519;RBI=0.0450612;REFB=0;REVB=-0.0442305;RO=0;SAF=74;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113632;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:40:74:0:0:40:74:0:0 chr6 3255340 . A C 2122.49 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.885;QD=62.8887;RBI=0.0279787;REFB=0;REVB=-0.00934403;RO=0;SAF=83;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62233e-05;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:135:0:0:132:135:1:49:83:0:0:49:86:0:0 chr6 3264487 . T C 1967.57 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0686941;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.562;QD=61.4867;RBI=0.0757467;REFB=0;REVB=0.0319167;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16334e-05;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:63:63:0:0:63:65:0:0 chr6 3264502 . G C 1822.18 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.999;QD=61.2498;RBI=0.0516889;REFB=0;REVB=0.00844713;RO=0;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30718e-05;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:56:63:0:0:56:63:0:0 chr6 3264526 . CT TC 745.11 PASS AF=0.914634;AO=74;DP=81;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0584935;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.292;QD=36.3468;RBI=0.112835;REFB=-0.104534;REVB=0.0964897;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242466;STB=0.531028;STBP=0.076;TYPE=mnp;VARB=0.0117409;OID=.;OPOS=3264526;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:81:82:2:7:74:75:0.914634:36:38:2:0:38:37:6:1 chr6 3285286 . A G 2331.77 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4026;QD=63.8841;RBI=0.0419384;REFB=0;REVB=-0.0214051;RO=0;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71951e-05;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:76:70:0:0:76:70:0:0 chr6 3287118 . T C 809.24 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.932;QD=56.7886;RBI=0.0378039;REFB=0;REVB=-0.0349233;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233665;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr6 3438738 . G A 199.26 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00894649;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.643;QD=13.2841;RBI=0.0281269;REFB=-0.0165841;REVB=0.0266661;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726495;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0219447;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:36:24:24:0.4:11:13:17:19:11:13:17:19 chr6 3439595 . G GA 423.32 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9175;QD=42.3322;RBI=0.150768;REFB=0;REVB=-0.0540174;RO=7;SAF=23;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00386733;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:42:40:40:0:27:13:0:0:7:7:23:12:5:2 chr6 3727811 . C G 2025.84 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.33;QD=62.3336;RBI=0.0353672;REFB=0;REVB=0.00508507;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11707e-05;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:55:74:0:0:56:74:0:0 chr6 3851193 . C G,T 1005.41 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=65,4;DP=69;FAO=66,3;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183153,0.00651807;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.186,126.124;QD=58.2847;RBI=0.0186109,0.0153809;REFB=0,0;REVB=0.00330362,-0.0139315;RO=0;SAF=30,1;SAR=35,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00392013,-0.0188952;OID=.,.;OPOS=3851193,3851193;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:69:69:0:0:65,4:66,3:0.956522,0.0434783:35,3:30,1:0:0:36,2:30,1:0:0 chr6 4031998 . A G 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0643887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.664;QD=13.2013;RBI=0.0785315;REFB=-0.0167851;REVB=-0.0449589;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513504;STB=0.799197;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0448909;OID=.;OPOS=4031998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:0:6:2:4:0:6 chr6 4069166 . C T 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0296993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0448;QD=12.0823;RBI=0.0458394;REFB=-0.0329903;REVB=-0.034917;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717878;STB=0.541556;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.039395;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:19:16:11:10:19:16 chr6 4069685 . C T 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0073816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.009;QD=12.0144;RBI=0.0383002;REFB=-0.0180177;REVB=-0.0375822;RO=34;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470683;STB=0.774907;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0217001;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:4:16:13:21:4:16:13:21 chr6 4074612 . A C 929.05 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=0.00633225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.201;QD=20.4187;RBI=0.00714389;REFB=-0.00902457;REVB=-0.00330723;RO=86;SAF=40;SAR=52;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355419;STB=0.506328;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00861325;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:86:90:92:92:0.505495:52:40:34:52:52:40:38:52 chr6 4074634 . C A 680.21 PASS AF=0.438596;AO=74;DP=171;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00432161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.262;QD=15.9113;RBI=0.0132252;REFB=-0.0277056;REVB=-0.0124992;RO=97;SAF=24;SAR=50;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1517;STB=0.574979;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0230886;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:97:96:74:75:0.438596:50:24:45:52:50:25:44:52 chr6 4079858 . C G 964.14 PASS AF=0.519126;AO=94;DP=181;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=79;FWDB=0.043341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.193;QD=21.074;RBI=0.0434372;REFB=-0.0256482;REVB=0.00288926;RO=82;SAF=50;SAR=44;SRF=8;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36639;STB=0.703767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0298336;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:82:88:94:95:0.519126:44:50:8:74:44:51:9:79 chr6 4079875 . T C 895.38 PASS AF=0.48913;AO=90;DP=184;FAO=90;FDP=184;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=80;FWDB=0.00536458;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6267;QD=19.4647;RBI=0.0968823;REFB=-0.017056;REVB=-0.0967336;RO=94;SAF=37;SAR=53;SRF=14;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267198;STB=0.645434;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134386;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:94:94:90:90:0.48913:53:37:14:80:53:37:14:80 chr6 4087934 . G C 171.48 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0245625;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.345;QD=12.4716;RBI=0.0282607;REFB=0.0112546;REVB=0.0139768;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293787;STB=0.666518;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0134477;OID=.;OPOS=4087934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:34:20:21:0.381818:11:9:24:9:12:9:24:10 chr6 4115758 . C T 275.08 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0298595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.149;QD=15.4972;RBI=0.0607829;REFB=-0.00698832;REVB=-0.0529431;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130524;STB=0.573723;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0156905;OID=.;OPOS=4115758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:18:22:13:18:18:22 chr6 4116262 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.121086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.02;QD=11.3691;RBI=0.122179;REFB=-0.016147;REVB=-0.0163085;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.604745;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0411438;OID=.;OPOS=4116262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:9:10:4:7:9:10 chr6 4122249 . C A 102.98 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=3;FWDB=-0.0419519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0303;QD=9.36206;RBI=0.0440068;REFB=0.00548584;REVB=0.0132904;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403957;STB=0.737449;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0280488;OID=.;OPOS=4122249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:31:13:13:0.295455:5:8:27:3:5:8:28:3 chr6 4428223 . C G 124.17 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012621;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.429;QD=35.4782;RBI=0.0197656;REFB=-0.144891;REVB=0.0152115;RO=1;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0013303;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:1:1:12:13:0.928571:2:10:1:0:2:11:1:0 chr6 4716016 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.785;QD=58.1391;RBI=0.0164841;REFB=0;REVB=0.010067;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01502e-05;OID=.;OPOS=4716016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 4716037 . T C 519.82 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7089;QD=59.4079;RBI=0.061933;REFB=0;REVB=0.0374404;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198658;OID=.;OPOS=4716037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 4735035 . T C 785.07 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1469;QD=64.0875;RBI=0.042727;REFB=0;REVB=0.0418339;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597448;OID=.;OPOS=4735035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 4735071 . C G 780.31 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140054;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.471;QD=63.699;RBI=0.0228503;REFB=0;REVB=0.018055;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120733;OID=.;OPOS=4735071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr6 5086070 . A G 61.99 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.01;QD=35.4254;RBI=0.0692453;REFB=0;REVB=-0.0686121;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124825;OID=.;OPOS=5086070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 5086211 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.748;QD=45.8068;RBI=0.087346;REFB=0;REVB=0.0825748;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583609;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 5086558 . C A 473.83 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.00416448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.979;QD=16.3388;RBI=0.0162654;REFB=-0.0220245;REVB=0.0157232;RO=64;SAF=31;SAR=21;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157194;STB=0.58779;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0388784;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:21:31:28:36:21:31:28:36 chr6 5139012 . C A 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5526;QD=44.6874;RBI=0.0906004;REFB=0;REVB=-0.027773;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00512398;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 5260936 . A C 1015.04 PASS AF=0.544944;AO=97;DP=178;FAO=97;FDP=178;FR=.;FRO=81;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.00147055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.845;QD=22.8098;RBI=0.00179572;REFB=-0.0301621;REVB=0.00103058;RO=81;SAF=57;SAR=40;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037904;STB=0.520698;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0248335;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:81:81:97:97:0.544944:40:57:44:37:40:57:44:37 chr6 5431340 . A G 1375.05 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172478;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.005;QD=62.5025;RBI=0.0395676;REFB=0;REVB=0.0356105;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155694;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr6 6003985 . C T 580.81 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0589861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.699;QD=21.9172;RBI=0.0605232;REFB=-0.0397141;REVB=0.0135536;RO=46;SAF=25;SAR=33;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876996;STB=0.535822;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0253066;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:46:48:58:58:0.54717:33:25:15:31:33:25:17:31 chr6 6145726 . A G 424.12 PASS AF=0.390625;AO=44;DP=122;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0067715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.221;QD=13.2537;RBI=0.00741921;REFB=-0.0139345;REVB=0.00303174;RO=78;SAF=26;SAR=18;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307538;STB=0.514811;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0215145;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:128:78:78:44:50:0.390625:18:26:44:34:23:27:44:34 chr6 6174866 . G A 662.78 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00219201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.742;QD=18.8021;RBI=0.00871782;REFB=-0.00753442;REVB=-0.00843775;RO=74;SAF=45;SAR=22;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133256;STB=0.574009;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00729941;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:22:45:40:34:22:45:40:34 chr6 6320808 . T G 2129.48 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.859;QD=62.6319;RBI=0.109451;REFB=0;REVB=-0.10525;RO=0;SAF=66;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388787;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:68:66:0:0:69:67:0:0 chr6 6938928 . C T 431.81 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0156681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7492;QD=23.03;RBI=0.0843784;REFB=-0.00576933;REVB=0.0829109;RO=32;SAF=24;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105746;STB=0.551699;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00733111;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:18:24:14:18:18:24:15:18 chr6 7182798 . T C 286.25 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0077411;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.57;QD=15.2666;RBI=0.0176858;REFB=-0.0114371;REVB=0.0159017;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353501;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0119227;OID=.;OPOS=7182798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:43:32:32:0.426667:16:16:20:23:16:16:20:23 chr6 7211818 . G A 511.21 PASS AF=0.458333;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.0168411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.506;QD=17.0402;RBI=0.023427;REFB=-0.0228483;REVB=-0.0162849;RO=63;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289291;STB=0.501557;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0256164;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:63:65:54:55:0.458333:23:31:38:25:23:32:38:27 chr6 7229346 . T C 692.27 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0259427;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.216;QD=32.965;RBI=0.0260381;REFB=-0.0267974;REVB=0.00222774;RO=26;SAF=36;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203003;STB=0.510952;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0128084;OID=.;OPOS=7229346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:22:36:17:9:22:36:17:9 chr6 7230680 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.72;QD=53.277;RBI=0.0338356;REFB=0;REVB=0.0145117;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38324e-05;OID=.;OPOS=7230680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr6 7246998 . G A 212.67 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0113938;FXX=0.0140825;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.125;QD=12.1523;RBI=0.0149831;REFB=-0.0206225;REVB=0.00973;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122888;STB=0.527425;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0332121;OID=.;OPOS=7246998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:37:44:26:26:0.371429:9:17:20:17:9:17:27:17 chr6 7247247 . CT C,CC 442.72 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=6,25;DP=31;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231146,-0.0175765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.47,190.559;QD=57.1255;RBI=0.0314735,0.0370411;REFB=0,0;REVB=0.0213611,0.0326053;RO=0;SAF=1,11;SAR=5,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0159316,0.00403168;OID=.,.;OPOS=7247248,7247248;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0645161,0.935484:6,25:31:2,29:31:0:2,10:0,19:0:0:5:0:1,11:5,14:0:0 chr6 7248925 . C T 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0360931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.175;QD=22.1894;RBI=0.0408049;REFB=-0.0212319;REVB=-0.0190349;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226513;STB=0.65121;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0256314;OID=.;OPOS=7248925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:22:24:24:0.521739:7:17:9:11:7:17:9:13 chr6 7251037 . C T 554.28 PASS AF=0.47541;AO=57;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00417424;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.348;QD=18.1731;RBI=0.022017;REFB=-0.00446847;REVB=-0.0216177;RO=63;SAF=27;SAR=30;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196558;STB=0.61511;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00575106;OID=.;OPOS=7251037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:64:57:58:0.47541:30:27:43:20:31:27:44:20 chr6 7288544 . A C 45.69 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0528317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6431;QD=8.70223;RBI=0.0892912;REFB=0.0102004;REVB=0.0719842;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00845594;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr6 7289782 . A T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0054961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.141;QD=13.4862;RBI=0.0173292;REFB=-0.000908267;REVB=0.0164346;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00150485;OID=.;OPOS=7289782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:4:7:3:6:4:7 chr6 7289957 . CCA C 217.88 PASS AF=0.5;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00072926;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=2;MLLD=232.798;QD=13.6172;RBI=0.0141888;REFB=-0.0208314;REVB=0.0141701;RO=31;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11796;STB=0.563201;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0173122;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:31:66:32:64:32:19:13:15:17:99:31:19:12:15:16 chr6 7295283 . T A 131.42 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.053656;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3179;QD=13.4787;RBI=0.0810771;REFB=-0.00358912;REVB=-0.0607827;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283311;STB=0.656496;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00407388;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:24:15:15:0.384615:4:11:11:12:4:11:12:12 chr6 7295300 . TA TAA,T 42.92 PASS AF=0,0.5;AO=5,11;DP=30;FAO=0,15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.169563,0.143438;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.52868,8.61261;QD=5.72215;RBI=0.259838,0.239657;REFB=-0.0311027,0.00964072;REVB=-0.196886,0.191992;RO=12;SAF=3,6;SAR=2,5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.018687,-0.0343697;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0441054,0.0630644;OID=.,.;OPOS=7295301,7295301;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:5,11:30:0,15:30:15:0,9:0,6:9:6:43:12:3,6:2,5:7:5 chr6 7310259 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00531159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.586;QD=13.6611;RBI=0.0100684;REFB=-0.00761537;REVB=0.00855336;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328654;STB=0.709353;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0263638;OID=.;OPOS=7310259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:14:14:0.4:11:3:10:10:11:3:11:10 chr6 7330097 . C T 74.28 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0253344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8926;QD=10.6113;RBI=0.0613866;REFB=0.0065507;REVB=-0.055915;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431551;STB=0.775545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0115285;OID=.;OPOS=7330097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:18:18:9:10:0.357143:2:7:7:11:2:8:7:11 chr6 7542148 . C CA 246.9 PASS AF=0.409091;AO=50;DP=136;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.108005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.0246;QD=7.48194;RBI=0.132464;REFB=-0.0492076;REVB=0.0766914;RO=86;SAF=28;SAR=22;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050673;STB=0.501722;STBP=0.975;TYPE=ins;VARB=0.0670597;OID=.;OPOS=7542149;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:50:136:54:132:78:31:23:45:33:99:86:28:22:52:34 chr6 7542274 . T C 1388.81 PASS AF=0.449848;AO=147;DP=317;FAO=148;FDP=329;FR=.;FRO=181;FSAF=99;FSAR=49;FSRF=124;FSRR=57;FWDB=-0.0486978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8412;QD=16.8852;RBI=0.0537595;REFB=-0.03008;REVB=-0.0227729;RO=170;SAF=98;SAR=49;SRF=119;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369922;STB=0.510106;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0398039;OID=.;OPOS=7542274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:329:170:181:147:148:0.449848:49:98:119:51:49:99:124:57 chr6 7563983 . T G 1973.58 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0241673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2829;QD=61.1964;RBI=0.0326849;REFB=-0.0447538;REVB=0.0220055;RO=1;SAF=60;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785446;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000384952;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:128:128:0.992248:68:60:1:0:68:60:1:0 chr6 7572262 . A G 627.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.758;QD=61.2334;RBI=0.0531988;REFB=0;REVB=0.0260473;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137917;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:25:12:0:0:29:12:0:0 chr6 7576527 . G A 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00461429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5369;QD=60.0237;RBI=0.136901;REFB=0;REVB=-0.136823;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297476;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr6 7585967 . G C 211.97 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0467585;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.029;QD=42.3939;RBI=0.0471534;REFB=0.108661;REVB=0.00608982;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00301345;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:2:0:8:10:2:0 chr6 7601720 . C T 399.18 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0303139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6411;QD=15.3532;RBI=0.0731958;REFB=-0.00876556;REVB=-0.0666235;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127352;STB=0.571397;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0103273;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:21:24:24:35:21:24:24:35 chr6 7727522 . G C,GAGC 54.36 PASS AF=0.12,0.2;AO=3,4;DP=32;FAO=3,5;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2,4;FSAR=1,1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0503282,-0.0214619;FXX=0.218682;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=151.298,137.359;QD=8.6975;RBI=0.0579476,0.0476544;REFB=-0.0416697,-0.0316687;REVB=-0.0287228,-0.0425479;RO=22;SAF=2,4;SAR=1,0;SRF=16;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0780926,0.570884;STB=0.665777,0.529298;STBP=0.768,0.922;TYPE=snp,ins;VARB=0.10069,0.0626375;OID=.,.;OPOS=7727522,7727523;OREF=G,-;OALT=C,AGC;OMAPALT=C,GAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:32:25:22:17:3,4:3,5:0.12,0.2:1,0:2,4:16:6:1,1:2,4:14:3 chr6 7862631 . G C 1928.96 PASS AF=1;AO=98;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7726;QD=60.7545;RBI=0.112562;REFB=0;REVB=0.0271263;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460507;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:127:0:0:98:127:1:57:41:0:0:57:70:0:0 chr6 7986847 . G A 1164.01 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0570244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7335;QD=58.2006;RBI=0.0573563;REFB=-0.170794;REVB=-0.00616203;RO=0;SAF=13;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535705;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00336452;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:0:2:78:78:0.975:65:13:0:0:65:13:2:0 chr6 7988185 . GCCA GCAC 578.11 PASS AF=1;AO=4;DP=80;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867718;FXX=0.437445;HRUN=2;LEN=2;MLLD=66.5047;QD=51.3872;RBI=0.0872726;REFB=0;REVB=0.00933603;RO=45;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000775775;OID=.;OPOS=7988187;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:80:45:45:0:45:0:0:0:3:45:4:0:12:33 chr6 7988189 . T C 1127.62 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0359251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.18;QD=54.3433;RBI=0.0383001;REFB=-0.00302191;REVB=0.013277;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.528083;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000318375;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:1:5:78:78:0.939759:36:42:1:0:36:42:5:0 chr6 8015129 . T C 769.97 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379352;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.444;QD=64.1641;RBI=0.0405181;REFB=0;REVB=0.014235;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135654;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 8428137 . A AAGT 316.43 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026063;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.833;QD=52.7378;RBI=0.035915;REFB=0;REVB=0.0247104;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000160238;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:24:24:0:18:6:0:0:4:0:17:4:0:0 chr6 8430049 . G A 1752.5 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115725;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3684;QD=60.9564;RBI=0.0160884;REFB=0;REVB=-0.0111765;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50749e-05;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:54:61:0:0:54:61:0:0 chr6 9776058 . G A 194.52 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00293343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0241;QD=17.2909;RBI=0.0621547;REFB=-0.0422293;REVB=-0.0620854;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109375;STB=0.57568;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0410799;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:13:11:7:13:13:12 chr6 9900599 . T TGAG 407.76 PASS AF=0.384;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.019732;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.823;QD=13.0484;RBI=0.027447;REFB=-0.00885491;REVB=0.0190784;RO=77;SAF=28;SAR=19;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769751;STB=0.559417;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.0165965;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384:47:125:48:125:77:28:20:52:25:99:77:28:19:51:26 chr6 9933492 . G A 118.82 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0247959;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.824;QD=6.42274;RBI=0.0301403;REFB=-0.0158864;REVB=-0.0171348;RO=55;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275734;STB=0.661117;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0337291;OID=.;OPOS=9933492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:55:56:18:18:0.243243:7:11:21:34:7:11:22:34 chr6 10410123 . C T 339.21 PASS AF=0.217742;AO=54;DP=249;FAO=54;FDP=248;FR=.;FRO=194;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=112;FSRR=82;FWDB=-0.0249926;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.095;QD=5.47111;RBI=0.0277357;REFB=-0.0168722;REVB=-0.0120267;RO=188;SAF=27;SAR=27;SRF=108;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951529;STB=0.560462;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0681457;OID=.;OPOS=10410123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:248:188:194:54:54:0.217742:27:27:108:80:27:27:112:82 chr6 10587038 . C G 291.28 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0231503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5671;QD=16.886;RBI=0.0312758;REFB=-0.019952;REVB=-0.0210295;RO=37;SAF=22;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228104;STB=0.628488;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0339935;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:10:22:17:20:10:22:17:20 chr6 10729020 . C T 520.49 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0765747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8494;QD=19.6412;RBI=0.0765834;REFB=-0.00233171;REVB=0.00115217;RO=52;SAF=30;SAR=24;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836947;STB=0.546201;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00200015;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:52:54:54:0.509434:24:30:24:28:24:30:24:28 chr6 10753107 . T A 844.67 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150752;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.933;QD=54.4951;RBI=0.0329643;REFB=-0.00506994;REVB=0.0293152;RO=2;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101517;STB=0.500538;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000288416;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:31:29:1:1:31:29:1:1 chr6 10763312 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.268;QD=57.5452;RBI=0.019119;REFB=0;REVB=0.019046;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67247e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr6 10764727 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.517;QD=60.0304;RBI=0.0097516;REFB=0;REVB=0.00514472;RO=0;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29588e-05;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:22:49:0:0:22:50:0:0 chr6 10891781 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.391;QD=57.1048;RBI=0.0238061;REFB=0;REVB=0.000506216;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43847e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr6 10906256 . A G 277.35 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.053274;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.288;QD=15.8483;RBI=0.0611629;REFB=0.0116283;REVB=0.0300463;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135761;STB=0.56246;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0165974;OID=.;OPOS=10906256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:14:17:16:23:14:17:17:22 chr6 10942964 . A G 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=5;FWDB=-0.00132643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.482;QD=17.0592;RBI=0.0233387;REFB=-0.0192438;REVB=0.023301;RO=38;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410419;STB=0.72649;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0265497;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:19:14:33:5:19:14:33:5 chr6 10955408 . C T 237.66 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0155761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2099;QD=18.6401;RBI=0.0242289;REFB=0.000867305;REVB=-0.0185588;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420343;STB=0.73356;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000987817;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:22:4:16:9:22:4 chr6 10981053 . G A 442.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.123;QD=57.0389;RBI=0.0101624;REFB=0;REVB=-0.00997674;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10936e-06;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr6 11105763 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.062;QD=60.9772;RBI=0.0147349;REFB=0;REVB=0.00181135;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.37001e-05;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr6 11185257 . A T 539.62 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.199;QD=55.3457;RBI=0.0314023;REFB=-0.0277999;REVB=-0.014722;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000885223;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:39:1:1:36:38:0.974359:19:17:1:0:19:19:1:0 chr6 11185533 . G A 493.27 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0126112;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.041;QD=22.4212;RBI=0.0313081;REFB=0.00398086;REVB=0.0286558;RO=41;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172781;STB=0.595267;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00205214;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:29:18:24:17:29:18:24:17 chr6 11190626 . A G 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.531;QD=63.1942;RBI=0.00753616;REFB=0;REVB=-0.00140741;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27292e-06;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr6 11192575 . C T 1343.65 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0334312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2245;QD=61.0748;RBI=0.0377499;REFB=-0.0752852;REVB=0.0175332;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000402352;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:38:49:0:0:38:49:1:0 chr6 11576130 . T C 1265.65 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0965246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.6118;QD=58.1907;RBI=0.101833;REFB=-0.134548;REVB=0.0324489;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938023;STB=0.514282;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00234785;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:87:1:2:84:85:0.977011:50:34:0:1:51:34:2:0 chr6 11581374 . T C 486.02 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0325158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.81;QD=21.3633;RBI=0.046846;REFB=-0.0155;REVB=0.0337234;RO=44;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904541;STB=0.549909;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0110905;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:23:24:27:17:23:24:27:17 chr6 11644302 . T C 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4174;QD=37.477;RBI=0.0768142;REFB=0;REVB=0.0453887;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111554;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr6 11644518 . C T 354.91 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0219508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5471;QD=18.9287;RBI=0.0250837;REFB=-0.0275787;REVB=0.012139;RO=37;SAF=8;SAR=29;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240406;STB=0.608633;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0257351;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:29:8:16:21:28:9:16:22 chr6 11714705 . G A 559.18 PASS AF=0.522936;AO=57;DP=109;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0380413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.324;QD=20.5205;RBI=0.0381822;REFB=-0.0155527;REVB=0.00327721;RO=52;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104431;STB=0.557462;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0118852;OID=.;OPOS=11714705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:52:57:57:0.522936:31:26:30:22:31:26:30:22 chr6 11770334 . TAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAT 38.94 PASS AF=0,0.390244,0;AO=4,17,2;DP=39;FAO=0,16,0;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=0,4,0;FSAR=0,12,0;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.138698,-0.232645,-0.179771;FXX=0.0238039;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=8.36753,7.03351,23.5644;QD=3.79899;RBI=0.139168,0.23266,0.180236;REFB=0.0680855,-0.110917,-0.0434285;REVB=-0.0114307,0.00259014,0.0129364;RO=15;SAF=0,4,2;SAR=4,13,0;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.59478,0.0417705,0.691135;STB=0.5,0.508187,0.5;STBP=1,0.965,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.0352185,0.13357,0;OID=.,.,.;OPOS=11770335,11770335,11770342;OREF=-,A,A;OALT=A,-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.390244,0:4,17,2:39:0,16,0:41:25:0,4,0:0,12,0:6:19:42:15:0,4,2:4,13,0:3:12 chr6 12122645 . A G 905.81 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304496;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.634;QD=58.4394;RBI=0.0370601;REFB=0;REVB=0.0211251;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26814e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr6 12122773 . T C,G 785.86 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579436,0.000704921;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.337,116.411;QD=62.8685;RBI=0.031719,0.0392336;REFB=0,0;REVB=0.0311853,0.0392272;RO=0;SAF=32,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00856348,0.14082;OID=.,.;OPOS=12122773,12122773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:15,0:32,3:0:0:15,0:32,3:0:0 chr6 12294258 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.52;QD=61.5363;RBI=0.0120684;REFB=0;REVB=0.0114588;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43642e-06;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr6 13206282 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0192417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.544;QD=8.25467;RBI=0.0194788;REFB=-0.0291514;REVB=-0.00302969;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0359164;OID=.;OPOS=13206282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:18:6:12:6:6:0.333333:2:4:2:4:2:4:7:5 chr6 13288648 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.207;QD=57.2025;RBI=0.0258197;REFB=0;REVB=0.00283659;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.8747e-05;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 13288679 . GCT G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102126;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.805;QD=49.5992;RBI=0.110697;REFB=0;REVB=0.0427103;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000810696;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:8:10:0:0:4:0:8:10:0:0 chr6 13295502 . T C 1157.73 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319166;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.36;QD=60.9333;RBI=0.0423751;REFB=0;REVB=0.0278743;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100349;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr6 13295515 . A C 1170.83 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.759;QD=60.8221;RBI=0.0615061;REFB=0;REVB=0.0233703;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68292e-05;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:33:43:0:0:34:43:0:0 chr6 13295536 . C T 1065.47 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00790757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.565;QD=58.382;RBI=0.0112148;REFB=-0.0236598;REVB=-0.00795253;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000413609;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:36:36:0:0:36:36:1:0 chr6 13361088 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.405;QD=60.5472;RBI=0.0420388;REFB=0;REVB=0.00109425;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36153e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr6 13470113 . A T 743.35 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0183112;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1451;QD=55.0629;RBI=0.0266986;REFB=-0.00391167;REVB=0.0194299;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012566;STB=0.506664;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00161421;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:54:1:1:53:53:0.981481:16:37:1:0:16:37:1:0 chr6 13487087 . G A 268.68 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0218404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.903;QD=22.3901;RBI=0.0242106;REFB=-0.0137154;REVB=0.0104474;RO=23;SAF=4;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420142;STB=0.705701;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00734189;OID=.;OPOS=13487087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:20:4:13:10:20:5:13:10 chr6 13547958 . C T 726.87 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129084;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.85;QD=57.0094;RBI=0.0422231;REFB=0;REVB=-0.0402015;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304845;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr6 13548165 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.429;QD=56.7065;RBI=0.0380633;REFB=0;REVB=0.0142913;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179095;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr6 13616712 . A T 57.87 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00734747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.843;QD=13.6165;RBI=0.0126883;REFB=0.00171095;REVB=0.0103444;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278203;STB=0.660682;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00229691;OID=.;OPOS=13616712;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:1:8:5:3:1:8 chr6 13617987 . G GT,T 56.73 PASS AF=0.314286,0;AO=14,5;DP=72;FAO=22,0;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=17,0;FSAR=5,0;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.172128,-0.0146197;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,1;MLLD=6.96226,276.788;QD=3.24147;RBI=0.172129,0.0146608;REFB=-0.113582,0.00245288;REVB=-0.000481336,-0.00109677;RO=46;SAF=9,4;SAR=5,1;SRF=32;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0727043,0.148157;STB=0.609013,0.5;STBP=0.281,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.131148,0;OID=.,.;OPOS=13617988,13617987;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:72:70:46:48:14,5:22,0:0.314286,0:5,1:9,4:32:14:5,0:17,0:31:17 chr6 13659079 . T G 150.56 PASS AF=0.340909;AO=10;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00842621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.4151;QD=13.6874;RBI=0.125119;REFB=-0.0354608;REVB=0.124835;RO=22;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100431;STB=0.584804;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0832908;OID=.;OPOS=13659079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:43:44:22:24:10:15:0.340909:1:9:19:3:4:11:20:4 chr6 13801615 . T C 57.31 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0960999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2968;QD=12.7358;RBI=0.0961714;REFB=-0.0143163;REVB=-0.00370795;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51755;STB=0.815763;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0431618;OID=.;OPOS=13801615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:4:6:1:7:4:6 chr6 13978275 . A C 2456.32 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5795;QD=61.4081;RBI=0.0532523;REFB=0;REVB=0.051728;RO=0;SAF=83;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116786;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:160:0:0:160:160:1:77:83:0:0:77:83:0:0 chr6 13978618 . C G 747.75 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594399;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.992;QD=62.3124;RBI=0.059623;REFB=0;REVB=-0.00466836;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52386e-05;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr6 13978802 . TCTC T 532.63 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844288;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.908;QD=59.1809;RBI=0.0873655;REFB=0;REVB=0.0224612;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000145642;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:36:36:0:23:13:0:0:4:0:23:11:0:0 chr6 13978837 . G T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.847;QD=58.1395;RBI=0.04293;REFB=0;REVB=-0.00204733;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209632;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr6 14131804 . G A 441.13 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000717285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.922;QD=17.4706;RBI=0.0197531;REFB=-0.0318601;REVB=0.0197401;RO=54;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576777;STB=0.532168;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0350867;OID=.;OPOS=14131804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:28:19:25:29:28:19:25:29 chr6 14646772 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4915;QD=61.3341;RBI=0.0314776;REFB=0;REVB=-0.0229736;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16915e-05;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 15513482 . G A 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.01503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9536;QD=19.3386;RBI=0.019745;REFB=-0.0279094;REVB=0.0128048;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0317338;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:9:9:10:8:9:9 chr6 15586009 . G T 1381.3 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.925;QD=61.391;RBI=0.019571;REFB=-0.0332347;REVB=0.014092;RO=1;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869637;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000709188;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:54:35:0:1:54:35:0:1 chr6 16145325 . A G 944.34 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807646;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.008;QD=59.021;RBI=0.0227267;REFB=0;REVB=0.0212432;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90046e-06;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr6 16279097 . T C 406.7 PASS AF=0.412281;AO=46;DP=112;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.117666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7784;QD=14.2701;RBI=0.117865;REFB=-0.0427194;REVB=-0.00684355;RO=65;SAF=25;SAR=21;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100905;STB=0.553169;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0651158;OID=.;OPOS=16279097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:65:67:46:47:0.412281:21:25:29:36:21:26:31:36 chr6 16290761 . T A 1809.52 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371059;FXX=0.00826378;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.48;QD=60.3175;RBI=0.0383932;REFB=0.0418647;REVB=0.00985839;RO=1;SAF=78;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605125;STB=0.503184;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-1.88665e-05;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:41:78:1:0:41:78:1:0 chr6 16306866 . G A 1320.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.27;QD=62.1522;RBI=0.0128384;REFB=0;REVB=0.00576122;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11923e-05;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:39:46:0:0:39:46:0:0 chr6 16327330 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7345;QD=56.1884;RBI=0.0451866;REFB=0;REVB=0.0446415;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000796168;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr6 16327615 . A G 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00821338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.198;QD=26.0488;RBI=0.0452189;REFB=-0.0351061;REVB=-0.0444668;RO=5;SAF=11;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348572;STB=0.7017;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0129747;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:1:11:3:2:1:11:3:2 chr6 17293563 . G C 525.65 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0590402;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.618;QD=17.2346;RBI=0.0603201;REFB=-0.02705;REVB=0.0123598;RO=66;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952046;STB=0.505298;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0295811;OID=.;OPOS=17293563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:26:30:36:30:26:30:36:30 chr6 17608540 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0492548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.414;QD=17.5597;RBI=0.0492581;REFB=0.00162614;REVB=-0.000573426;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186942;STB=0.60702;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0026533;OID=.;OPOS=17608540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:10:11:6:12:10:11 chr6 17629616 . G A 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00993858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.628;QD=60.1584;RBI=0.0101201;REFB=0.118078;REVB=-0.00190807;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=1.95601e-05;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr6 17633061 . C T 638.89 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.748;QD=59.4318;RBI=0.0324205;REFB=-0.170582;REVB=-0.023758;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00179531;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:31:11:0:1:31:11:0:1 chr6 17688798 . G A 615.32 PASS AF=0.627907;AO=53;DP=85;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0100989;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.68;QD=28.6193;RBI=0.0114504;REFB=-0.0127017;REVB=-0.00539669;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114505;STB=0.563235;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00673064;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:31:32:53:54:0.627907:26:27:21:10:26:28:22:10 chr6 17737690 . T A 125.23 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0272212;FXX=0.0517152;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.399;QD=9.10745;RBI=0.0579656;REFB=-0.0132495;REVB=0.0511763;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252157;STB=0.615243;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0286939;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:40:38:17:17:0.309091:5:12:20:20:5:12:21:17 chr6 17764530 . C T 323.97 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0204944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5187;QD=17.0511;RBI=0.0847553;REFB=-0.0163077;REVB=-0.0822401;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530617;STB=0.529749;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0175395;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:16:19:20:21:16:19:20:21 chr6 17764755 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0142423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2016;QD=12.4133;RBI=0.0330934;REFB=-0.0140965;REVB=0.0298719;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230551;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0215645;OID=.;OPOS=17764755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:11:12:18:18:11:12:18:19 chr6 17781450 . G A 359.56 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000723256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.709;QD=17.3283;RBI=0.00636375;REFB=-0.00131169;REVB=-0.00632252;RO=45;SAF=26;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178752;STB=0.600489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00207224;OID=.;OPOS=17781450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:12:26:23:22:12:26:23:22 chr6 17794494 . G A 525.73 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00229327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.647;QD=21.6795;RBI=0.0023019;REFB=-0.0217715;REVB=0.000199212;RO=45;SAF=23;SAR=27;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327759;STB=0.527292;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0205624;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:47:50:50:0.515464:27:23:19:26:27:23:19:28 chr6 17834198 . T G 204.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00765964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.171;QD=12.564;RBI=0.0236685;REFB=-0.0200062;REVB=0.0223948;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862245;STB=0.549466;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0451161;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:24:16:12:13:24:16 chr6 17834213 . T C 217.21 PASS AF=0.40625;AO=23;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.136609;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1122;QD=13.5758;RBI=0.137606;REFB=-0.0114286;REVB=0.0165353;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.562453;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0159131;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:38:23:26:0.40625:11:12:12:14:13:13:23:15 chr6 18122506 . G A 340.36 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0443894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.916;QD=48.6233;RBI=0.0534315;REFB=-0.172333;REVB=0.0297407;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533308;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00153268;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:26:26:0.928571:12:14:0:0:12:14:2:0 chr6 18134020 . AC AA,A 66.16 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=3,3;DP=8;FAO=8,1;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.292731,-0.274601;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.6559,10.7038;QD=29.4045;RBI=0.293496,0.28198;REFB=0,0;REVB=0.0211735,0.0640871;RO=0;SAF=2,2;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.019936,0.0101939;OID=.,.;OPOS=18134021,18134021;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:3,3:8:8,1:9:0:6,1:2,0:0:0:6:0:2,2:1,1:0:0 chr6 18139214 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.4;QD=56.9381;RBI=0.0217532;REFB=0;REVB=-0.0205253;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71496e-05;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr6 18161563 . G A 421.87 PASS AF=0.602941;AO=37;DP=64;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00274507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.478;QD=24.8156;RBI=0.00769268;REFB=-0.0287292;REVB=0.00718624;RO=27;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608271;STB=0.541527;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0182304;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:27:27:37:41:0.602941:18:19:16:11:21:20:16:11 chr6 18215303 . T C 3049.79 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379501;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.647;QD=60.9959;RBI=0.0467449;REFB=-0.00187345;REVB=-0.0272924;RO=0;SAF=101;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76823e-05;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:200:0:0:197:200:1:96:101:0:0:96:104:0:0 chr6 18222298 . A T 253.45 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0325519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7635;QD=17.4795;RBI=0.0713543;REFB=-0.000893598;REVB=-0.0634965;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345061;STB=0.693294;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00107267;OID=.;OPOS=18222298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:9:19:9:21:9:19:9:21 chr6 18222480 . G T 624.45 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00515402;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.699;QD=29.7358;RBI=0.00841786;REFB=-0.0110502;REVB=0.00665555;RO=29;SAF=28;SAR=26;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000823729;STB=0.505298;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00692541;OID=.;OPOS=18222480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:29:30:54:54:0.642857:26:28:15:14:26:28:16:14 chr6 18466677 . A T 837.02 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7359;QD=56.7473;RBI=0.142376;REFB=0;REVB=-0.0617055;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725802;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:49:59:1:17:32:0:0:19:40:0:0 chr6 20282269 . T C 304.5 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.222;QD=50.7499;RBI=0.0846768;REFB=0;REVB=0.0809392;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608101;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:10:11:0:0:10:14:0:0 chr6 20492995 . T C 1090.43 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00546375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.856;QD=57.3908;RBI=0.0238177;REFB=-0.0913346;REVB=-0.0231825;RO=2;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000672969;STB=0.500356;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-3.89967e-05;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:38:36:1:1:38:36:1:1 chr6 20599628 . C T 1785.15 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968486;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.953;QD=61.0308;RBI=0.0217416;REFB=0;REVB=0.0194654;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33248e-06;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:114:117:1:55:59:0:0:55:62:0:0 chr6 21201493 . G A 523.75 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0120669;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.782;QD=21.3776;RBI=0.0158544;REFB=-0.00327497;REVB=-0.0102835;RO=48;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120467;STB=0.57022;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00378961;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:49:50:0.510204:29:20:26:22:30:20:26:22 chr6 21597221 . AG AA,GA 32.04 PASS AF=0.352941,0;AO=4,2;DP=15;FAO=6,0;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.018417,-0.0624736;FXX=0;HRUN=1,9;LEN=1,2;MLLD=202.35,39.2654;QD=7.53921;RBI=0.0187169,0.0645805;REFB=-0.000153544,-0.0735732;REVB=0.00333725,-0.0163614;RO=9;SAF=2,1;SAR=2,1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175958,0.174857;STB=0.691681,0.5;STBP=0.256,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00183958,0;OID=.,.;OPOS=21597222,21597221;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:17:9:11:4,2:6,0:0.352941,0:2,1:2,1:3:6:2,0:4,0:4:7 chr6 22136879 . G T 210.04 PASS AF=0.36;AO=24;DP=72;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00368402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.772;QD=11.2021;RBI=0.0384123;REFB=-0.0296528;REVB=-0.0382352;RO=44;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33195;STB=0.730604;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0388489;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:44:48:24:27:0.36:8:16:16:28:8:19:16:32 chr6 24147409 . C A 1043.68 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0718133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2182;QD=57.9822;RBI=0.0745239;REFB=0.00834823;REVB=-0.0199162;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.506022;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000226357;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:30:41:1:0:30:41:1:0 chr6 24174955 . G C 1324.25 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219432;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6419;QD=62.3176;RBI=0.0219863;REFB=0;REVB=0.00137636;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59497e-05;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:29:55:0:0:29:56:0:0 chr6 24291203 . T C 852.52 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.948;QD=55.9028;RBI=0.0350211;REFB=-0.122401;REVB=0.0273327;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000979261;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:24:35:1:0:24:36:1:0 chr6 24403455 . C T 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.474;QD=64.2853;RBI=0.0689086;REFB=0;REVB=0.0194601;RO=0;SAF=51;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04847e-05;OID=.;OPOS=24403455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:49:51:0:0:49:51:0:0 chr6 24411018 . A G 1331.03 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0516428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.888;QD=59.8215;RBI=0.0540922;REFB=-0.00993221;REVB=0.0160929;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512497;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000668678;OID=.;OPOS=24411018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:89:0:2:87:87:0.977528:40:47:0:0:39:48:0:2 chr6 24418786 . T C 1490.18 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289236;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.773;QD=62.091;RBI=0.0290029;REFB=-0.144079;REVB=-0.00214315;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000360971;OID=.;OPOS=24418786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:0:1:95:95:0.989583:43:52:0:0:43:52:1:0 chr6 24424230 . A AT 92.98 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842567;FXX=0.481303;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.6136;QD=26.5664;RBI=0.0403818;REFB=0;REVB=-0.039493;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00301114;OID=.;OPOS=24424231;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:27:14:14:0:10:4:0:0:4:24:2:1:9:15 chr6 24424231 . G A,T 367.04 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101642,-0.0221011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.423,78.4069;QD=54.3769;RBI=0.0101949,0.0221114;REFB=0,0;REVB=-0.00079023,-0.000672768;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.071246,-0.0010953;OID=.,.;OPOS=24424231,24424231;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:0,16:2,9:0:0:0,16:2,9:0:0 chr6 24425609 . T A 650.06 PASS AF=0.957447;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00684711;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.0238;QD=55.324;RBI=0.122525;REFB=-0.0896737;REVB=0.122334;RO=3;SAF=20;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987718;STB=0.522717;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00204649;OID=.;OPOS=24425609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:47:3:2:33:45:0.957447:13:20:2:1:24:21:2:0 chr6 24425671 . A G 689.98 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00347768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7375;QD=49.2845;RBI=0.0548234;REFB=-0.0414014;REVB=-0.0547129;RO=2;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324593;STB=0.51523;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00252909;OID=.;OPOS=24425671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:2:4:52:52:0.928571:28:24:0:2:28:24:1:3 chr6 24425690 . A G 737.58 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.364;QD=55.6664;RBI=0.0219232;REFB=0;REVB=0.0171394;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351002;OID=.;OPOS=24425690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr6 24433483 . T C 1267.11 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.224;QD=60.3386;RBI=0.0206608;REFB=-0.0248831;REVB=0.0145348;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129728;STB=0.506848;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000130174;OID=.;OPOS=24433483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:36:46:0:1:36:47:0:1 chr6 24437445 . G A 1112.65 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161518;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.224;QD=57.8;RBI=0.0421975;REFB=-0.114336;REVB=0.0389839;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00110722;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:75:75:0.974026:32:43:0:0:32:43:2:0 chr6 24447177 . G A 362.91 PASS AF=0.394495;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=109;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0160912;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.687;QD=13.318;RBI=0.0376899;REFB=-0.00669324;REVB=-0.0340823;RO=66;SAF=23;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113542;STB=0.506435;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0162229;OID=.;OPOS=24447177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:66:66:43:43:0.394495:20:23:36:30:20:23:36:30 chr6 24463020 . G C 851.0 PASS AF=0.620968;AO=75;DP=123;FAO=77;FDP=124;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0192327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4692;QD=27.4517;RBI=0.0205735;REFB=-0.0353711;REVB=0.00730574;RO=47;SAF=29;SAR=46;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753931;STB=0.544491;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0230969;OID=.;OPOS=24463020;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:47:47:75:77:0.620968:46:29:23:24:48:29:23:24 chr6 24596478 . T G 894.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7744;QD=57.6836;RBI=0.105845;REFB=0;REVB=0.0361646;RO=0;SAF=47;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007034;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:15:47:0:0:15:47:0:0 chr6 24653273 . G C 298.33 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.000937471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.334;QD=13.5604;RBI=0.0115553;REFB=-0.023024;REVB=0.0115172;RO=54;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893885;STB=0.551075;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0266226;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:34:34:0.386364:13:21:29:25:13:21:29:25 chr6 24653376 . G A 979.3 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.665;QD=58.4659;RBI=0.0561109;REFB=0;REVB=0.0208754;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9586e-05;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:26:41:0:0 chr6 24780892 . A C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000396262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.716;QD=15.6536;RBI=0.060779;REFB=-0.0141912;REVB=0.0607777;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138879;STB=0.571372;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0202338;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:17:9:15:16:17:9:15:17 chr6 24805826 . GA G 215.32 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0144092;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.13;QD=13.2503;RBI=0.0170147;REFB=0.0016809;REVB=-0.00904837;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500632;STB=0.535443;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=-0.00125986;OID=.;OPOS=24805827;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:27:67:27:65:38:14:13:22:16:99:37:14:13:21:16 chr6 24818785 . A G 149.04 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00468512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.467;QD=11.2482;RBI=0.00660848;REFB=-0.012778;REVB=-0.00466064;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12679;STB=0.554398;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0211838;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:10:8:19:15:10:9:19:15 chr6 24825511 . A G 1029.67 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129301;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3688;QD=59.6909;RBI=0.0273092;REFB=0;REVB=-0.0240542;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309951;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr6 24869300 . T C 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.00298154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.427;QD=24.598;RBI=0.0101904;REFB=-0.0320592;REVB=0.00974442;RO=16;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201791;STB=0.610601;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0152384;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:5:17:15:1:5:17:15:1 chr6 25084718 . A G 2331.72 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6353;QD=63.8826;RBI=0.0803244;REFB=0;REVB=0.0725069;RO=0;SAF=68;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421806;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:78:68:0:0:78:68:0:0 chr6 25106745 . A G 709.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.67;QD=63.0313;RBI=0.0542344;REFB=0;REVB=0.0337456;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140081;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr6 25106783 . G A 357.22 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0604;QD=54.9573;RBI=0.0478678;REFB=0;REVB=0.00943329;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676298;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 25115296 . G T 191.54 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00172168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.04;QD=17.4131;RBI=0.0128076;REFB=0.0238834;REVB=-0.0126914;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248915;STB=0.64985;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00545158;OID=.;OPOS=25115296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:12:7:15:9:13:7:15:9 chr6 25420344 . C G 1671.08 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00675717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.607;QD=57.6235;RBI=0.0272321;REFB=-0.181814;REVB=-0.0263804;RO=3;SAF=79;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189121;STB=0.500996;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00066786;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:34:79:2:1:34:79:2:1 chr6 25426768 . GTTT ATTA,ATTT 143.63 PASS AF=0,0.444444;AO=2,12;DP=34;FAO=0,16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=0,5;FSAR=0,11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-7.01194e-05,-0.00312769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=147.942,154.415;QD=15.9586;RBI=0.0541342,0.00603997;REFB=-0.0090472,-0.0120299;REVB=-0.0541342,-0.00516709;RO=16;SAF=0,5;SAR=2,7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.534299,-0.0822464;STB=0.5,0.554194;STBP=1,0.569;TYPE=mnp,snp;VARB=0.181844,0.0135737;OID=.,.;OPOS=25426768,25426768;OREF=GTTT,G;OALT=ATTA,A;OMAPALT=ATTA,ATTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:36:16:20:2,12:0,16:0,0.444444:2,7:0,5:8:8:0,11:0,5:8:12 chr6 25435758 . A G 227.89 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0183975;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3141;QD=26.0449;RBI=0.0587685;REFB=-0.00822787;REVB=0.0558146;RO=13;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578375;STB=0.549248;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0118313;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:8:13:7:6:8:13:7:7 chr6 25605091 . G A 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7271;QD=57.1685;RBI=0.0254698;REFB=0;REVB=-0.00487105;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143891;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr6 25726675 . G A 501.24 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0033836;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.519;QD=24.1563;RBI=0.00390703;REFB=-0.0141574;REVB=0.0019535;RO=36;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796665;STB=0.543661;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.012368;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:23:24:22:14:23:24:22:14 chr6 25727265 . C T 330.74 PASS AF=0.336;AO=40;DP=123;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.000585315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.496;QD=10.5837;RBI=0.039323;REFB=-0.0199401;REVB=-0.0393186;RO=83;SAF=24;SAR=16;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152022;STB=0.567474;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.045752;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:83:83:40:42:0.336:16:24:39:44:18:24:39:44 chr6 25727334 . C T 434.72 PASS AF=0.364286;AO=53;DP=140;FAO=51;FDP=140;FR=.;FRO=89;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0237878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1353;QD=12.4206;RBI=0.0784304;REFB=0.0108069;REVB=-0.074736;RO=85;SAF=36;SAR=17;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270127;STB=0.634093;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0210885;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:85:89:53:51:0.364286:17:36:37:48:17:34:41:48 chr6 25727517 . G A 123.93 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0284557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.475;QD=17.0944;RBI=0.0284949;REFB=0.00431387;REVB=0.00149384;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00704938;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:7:7:7:7:8:7 chr6 25769349 . T C 831.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0620592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7836;QD=57.3306;RBI=0.0621818;REFB=0;REVB=0.00390224;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00056499;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr6 25776949 . G A 847.87 PASS AF=0.541096;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=146;FR=.;FRO=67;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.000605564;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.35;QD=23.2294;RBI=0.00296314;REFB=-0.0157293;REVB=0.0029006;RO=67;SAF=54;SAR=25;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159233;STB=0.587374;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0181018;OID=.;OPOS=25776949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:67:67:79:79:0.541096:25:54:34:33:25:54:34:33 chr6 25813150 . G A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.019907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3696;QD=10.9515;RBI=0.0208799;REFB=0.000120694;REVB=-0.00629936;RO=47;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103121;STB=0.517228;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.000465236;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:24:25:0.347222:10:14:27:20:10:15:27:20 chr6 25826864 . A G 116.2 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0303225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.425;QD=11.3366;RBI=0.0335477;REFB=0.000993372;REVB=0.0143526;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307102;STB=0.683184;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00143743;OID=.;OPOS=25826864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:12:15:4:10:12:15 chr6 25849620 . A G 347.71 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0143432;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3121;QD=19.5892;RBI=0.057563;REFB=0.00286465;REVB=0.0557474;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125133;STB=0.577063;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00189617;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:34:35:36:36:0.507042:14:22:16:18:14:22:16:19 chr6 25850658 . G C 222.16 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0105667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.601;QD=14.5678;RBI=0.0180507;REFB=-0.026287;REVB=0.0146346;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907633;STB=0.502536;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0411742;OID=.;OPOS=25850658;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:12:14:18:16:12:14:19:16 chr6 25914801 . G A 307.92 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00820874;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.899;QD=15.5909;RBI=0.112457;REFB=-0.0165658;REVB=-0.112157;RO=45;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288636;STB=0.516273;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0199129;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:45:34:34:0.43038:13:21:29:16:13:21:29:16 chr6 25914901 . G A 379.36 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0310351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.952;QD=19.2079;RBI=0.0318017;REFB=-0.00604764;REVB=-0.00694032;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107688;STB=0.559969;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00789657;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:24:15:20:20:24:15:20:20 chr6 25916979 . C T 306.29 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0180461;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.784;QD=15.7071;RBI=0.0192922;REFB=-0.00569119;REVB=-0.00682133;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173115;STB=0.571499;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00737793;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:42:44:33:34:0.435897:15:18:30:12:15:19:30:14 chr6 25967068 . C T 528.01 PASS AF=0.405594;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=143;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.00022034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.075;QD=14.7694;RBI=0.0172721;REFB=-0.0185456;REVB=-0.0172707;RO=85;SAF=34;SAR=24;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858629;STB=0.54837;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0406867;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:85:85:58:58:0.405594:24:34:43:42:24:34:43:42 chr6 26027433 . G A 229.01 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00919683;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.406;QD=21.3035;RBI=0.0110211;REFB=-0.00354034;REVB=0.00607319;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159634;STB=0.589089;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00309923;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:9:13:16:5:9:13:16:5 chr6 26033506 . G A 446.44 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=4.35647e-05;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.433;QD=20.2929;RBI=0.00875479;REFB=-0.00327277;REVB=0.00875468;RO=46;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185351;STB=0.591816;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00273757;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:46:44:44:44:0.5:17:27:19:27:17:27:19:25 chr6 26044369 . A G 522.37 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00683114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.834;QD=21.1059;RBI=0.0173793;REFB=-0.0252775;REVB=-0.0159805;RO=49;SAF=40;SAR=10;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241464;STB=0.634861;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0261212;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:10:40:29:20:10:40:29:20 chr6 26045929 . T C 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0544768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3898;QD=17.662;RBI=0.0587055;REFB=-0.00796145;REVB=-0.0218773;RO=47;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932036;STB=0.552212;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00724151;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:25:15:22:25:25:15:22:25 chr6 26056072 . G C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=17;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0216413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.871;QD=15.654;RBI=0.0261196;REFB=-0.0235967;REVB=-0.0146249;RO=31;SAF=1;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670116;STB=0.582146;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0267986;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:17:26:0.448276:16:1:17:14:16:10:17:15 chr6 26056549 . A G 437.89 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00877533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.162;QD=15.6388;RBI=0.0099105;REFB=-0.00259179;REVB=0.0046056;RO=63;SAF=37;SAR=12;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111709;STB=0.562905;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00392522;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:12:37:42:21:12:37:42:21 chr6 26104280 . T C 457.14 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.000497421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3571;QD=15.4963;RBI=0.00897099;REFB=0.00194993;REVB=-0.00895719;RO=67;SAF=31;SAR=20;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203191;STB=0.511379;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00323481;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:67:67:51:51:0.432203:20:31:42:25:20:31:42:25 chr6 26104448 . A G 461.84 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0016324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.181;QD=18.8507;RBI=0.0377112;REFB=0.00139577;REVB=0.0376758;RO=51;SAF=19;SAR=27;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139226;STB=0.569793;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00410796;OID=.;OPOS=26104448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:52:46:46:0.469388:27:19:14:37:27:19:15:37 chr6 26108282 . C G 352.12 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0203521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1042;QD=28.7445;RBI=0.0722872;REFB=-0.0284942;REVB=0.0693631;RO=19;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101378;STB=0.55552;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0271472;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:10:20:15:4:10:20:15:4 chr6 26199454 . C T 117.5 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00133614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.142;QD=12.368;RBI=0.0458394;REFB=-0.00844661;REVB=0.0458199;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592718;STB=0.534835;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.011637;OID=.;OPOS=26199454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:9:15:8:6:9:15 chr6 26199822 . A G 759.63 PASS AF=0.493333;AO=74;DP=150;FAO=74;FDP=150;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0035479;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.941;QD=20.2567;RBI=0.0103295;REFB=-0.0124351;REVB=0.0097011;RO=76;SAF=41;SAR=33;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133752;STB=0.573715;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0120635;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:76:76:74:74:0.493333:33:41:31:45:33:41:31:45 chr6 26200083 . A G 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0104479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.214;QD=24.4907;RBI=0.0198416;REFB=7.40835e-05;REVB=0.0168681;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15345;STB=0.598332;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000161097;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:15:21:21:0.583333:9:12:5:9:9:12:5:10 chr6 26200256 . C T 350.02 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00713115;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.782;QD=17.5012;RBI=0.0456576;REFB=-0.00325666;REVB=-0.0450972;RO=43;SAF=29;SAR=8;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112418;STB=0.563331;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00310132;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:8:29:30:13:8:29:30:13 chr6 26200425 . C T 678.11 PASS AF=0.48227;AO=67;DP=140;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00290273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.604;QD=19.2372;RBI=0.0215247;REFB=-0.00150499;REVB=-0.021328;RO=72;SAF=36;SAR=31;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112604;STB=0.561637;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00158518;OID=.;OPOS=26200425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:72:73:67:68:0.48227:31:36:30:42:31:37:31:42 chr6 26200518 . G A 557.64 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=124;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.00271472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.521;QD=17.7029;RBI=0.00932112;REFB=-0.033219;REVB=0.00891703;RO=66;SAF=28;SAR=30;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562784;STB=0.522296;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0240009;OID=.;OPOS=26200518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:66:67:58:59:0.468254:30:28:28:38:31:28:29:38 chr6 26200707 . G A 68.14 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0126321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.268;QD=14.3449;RBI=0.0133842;REFB=-0.00452886;REVB=-0.00442362;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00370007;OID=.;OPOS=26200707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:4:6:5:4:4:6 chr6 26205052 . G A 794.06 PASS AF=0.549296;AO=73;DP=139;FAO=78;FDP=142;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.0361005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3666;QD=22.3678;RBI=0.0706221;REFB=-0.0226571;REVB=0.0606979;RO=66;SAF=47;SAR=26;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352005;STB=0.50781;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0173087;OID=.;OPOS=26205052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:66:64:73:78:0.549296:26:47:40:26:28:50:40:24 chr6 26205293 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00939438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.377;QD=14.7986;RBI=0.00958097;REFB=0.000165917;REVB=0.00188164;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264456;STB=0.65544;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.000191247;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:7:6:8:3:7:6 chr6 26205384 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0103035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.461;QD=5.21517;RBI=0.0242365;REFB=-0.00201626;REVB=-0.0219373;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00644725;OID=.;OPOS=26205384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:15:6:2:4:15:6 chr6 26205500 . C T 251.58 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.012278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6359;QD=20.537;RBI=0.0252876;REFB=0.0228028;REVB=-0.0221069;RO=25;SAF=20;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16053;STB=0.591314;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0260053;OID=.;OPOS=26205500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:4:20:18:7:4:20:18:7 chr6 26205604 . C T 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0133047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.735;QD=19.3867;RBI=0.0215425;REFB=-0.0109795;REVB=0.016943;RO=34;SAF=28;SAR=7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809274;STB=0.504502;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0112403;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:7:28:27:7:7:28:27:7 chr6 26205718 . T C 444.43 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00959952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.984;QD=23.0874;RBI=0.0180552;REFB=-0.0073687;REVB=0.0152918;RO=34;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516539;STB=0.528403;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00944849;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:23:20:18:16:23:20:18:16 chr6 26205939 . A AG 284.38 PASS AF=0.539474;AO=39;DP=78;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.114451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1768;QD=14.9676;RBI=0.120756;REFB=0.03032;REVB=-0.0385093;RO=37;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440403;STB=0.506955;STBP=0.916;TYPE=ins;VARB=-0.0370923;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539474:39:78:41:76:35:24:17:21:14:99:37:23:16:22:15 chr6 26206074 . C A 95.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0108687;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.572;QD=9.12463;RBI=0.0482929;REFB=-0.0251785;REVB=-0.047054;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116751;STB=0.551636;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0561842;OID=.;OPOS=26206074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:42:42:28:30:12:12:0.285714:4:8:16:12:4:8:18:12 chr6 26216584 . C T 610.35 PASS AF=0.504065;AO=61;DP=122;FAO=62;FDP=123;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0185464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.797;QD=19.8488;RBI=0.0189215;REFB=-0.0166886;REVB=0.00374861;RO=60;SAF=26;SAR=35;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170234;STB=0.600281;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0143918;OID=.;OPOS=26216584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:60:61:61:62:0.504065:35:26:37:23:36:26:38:23 chr6 26234883 . A G 404.31 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00868313;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.572;QD=19.253;RBI=0.0147386;REFB=-0.0248743;REVB=0.0119092;RO=44;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222233;STB=0.618418;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0208008;OID=.;OPOS=26234883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:44:43:41:41:0.488095:19:22:13:31:19:22:13:30 chr6 26234952 . A G 220.09 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=0.00205298;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.614;QD=13.9739;RBI=0.00641256;REFB=-0.013119;REVB=-0.00607504;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34448;STB=0.688914;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0254278;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:37:26:26:0.412698:11:15:9:29:11:15:9:28 chr6 26240752 . C T 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00325132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.191;QD=24.3886;RBI=0.0034786;REFB=-0.0157514;REVB=-0.00123676;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990445;STB=0.555497;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00799013;OID=.;OPOS=26240752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:9:5:5:15:9:5 chr6 26285560 . A G 512.48 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=0.00959251;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.937;QD=17.0826;RBI=0.0271842;REFB=-0.0189095;REVB=0.0254355;RO=65;SAF=23;SAR=32;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290228;STB=0.660712;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0217469;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:65:65:55:55:0.458333:32:23:47:18:32:23:47:18 chr6 26285683 . T C 280.3 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=107;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0111485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.718;QD=9.58289;RBI=0.0111874;REFB=-0.0211202;REVB=-0.000932697;RO=77;SAF=5;SAR=24;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473715;STB=0.63151;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0633452;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:117:77:78:29:39:0.333333:24:5:41:36:26:13:41:37 chr6 26286744 . C T 373.12 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.00841955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.918;QD=15.3863;RBI=0.0231132;REFB=0.000418805;REVB=-0.0215251;RO=57;SAF=25;SAR=15;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129353;STB=0.572615;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00122647;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:15:25:42:15:15:25:42:15 chr6 26286838 . TTCT TT,TTCC,TTCTC 276.22 PASS AF=0.576923,0,0.0192308;AO=8,6,8;DP=77;FAO=30,0,1;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=8,0,0;FSAR=22,0,1;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0215828,0.0276147,0.517553;FXX=0.0370302;HRUN=1,1,8;LEN=2,1,1;MLLD=225.138,222.53,5.00737;QD=21.2475;RBI=0.0216361,0.0277659,0.525569;REFB=-0.0259028,-0.0284254,0.0941537;REVB=-0.00151718,-0.00289399,-0.0914439;RO=20;SAF=0,5,0;SAR=8,1,8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.773579,0.329408,-0.773579;STB=0.515244,0.5,0.984941;STBP=0.845,1,0.522;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0194423,0,0.127631;OID=.,.,.;OPOS=26286839,26286841,26286842;OREF=TC,T,-;OALT=-,C,C;OMAPALT=TT,TTCC,TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923,0,0.0192308:8,6,8:77:30,0,1:52:21:8,0,0:22,0,1:5:16:99:20:0,5,0:8,1,8:12:8 chr6 26299900 . C T 1469.5 PASS AF=0.461095;AO=152;DP=343;FAO=160;FDP=347;FR=.;FRO=187;FSAF=96;FSAR=64;FSRF=134;FSRR=53;FWDB=-0.00935568;FXX=0.0252802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2674;QD=16.9395;RBI=0.0533615;REFB=-0.0150494;REVB=-0.0525349;RO=167;SAF=96;SAR=56;SRF=120;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915378;STB=0.567193;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0169918;OID=.;OPOS=26299900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:347:167:187:152:160:0.461095:56:96:120:47:64:96:134:53 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 60.12 PASS AF=0.151899;AO=11;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=-0.0162451;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=355.433;QD=3.04406;RBI=0.0170281;REFB=-0.00262061;REVB=0.00510434;RO=67;SAF=6;SAR=5;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103318;STB=0.607424;STBP=0.47;TYPE=ins;VARB=0.0138973;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151899:11:79:12:79:67:6:6:42:25:60:67:6:5:42:25 chr6 26305796 . C T 82.8 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0123542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2159;QD=4.80013;RBI=0.0710899;REFB=-0.0041164;REVB=-0.0700082;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00335797;STB=0.50632;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0164676;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:68:69:54:55:14:14:0.202899:6:8:31:23:6:8:31:24 chr6 26305801 . C G 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00201826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.964;QD=5.8865;RBI=0.00738635;REFB=-0.0117309;REVB=-0.00710527;RO=50;SAF=8;SAR=7;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108647;STB=0.56748;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0313289;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:7:8:31:19:7:8:31:19 chr6 26313362 . T C 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0084491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.171;QD=14.1872;RBI=0.0224216;REFB=-0.0144002;REVB=0.0207687;RO=45;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306297;STB=0.501741;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0220103;OID=.;OPOS=26313362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:13:18:26:19:13:18:26:19 chr6 26327814 . T C 676.84 PASS AF=0.478873;AO=68;DP=142;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=27;FWDB=0.0152923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.812;QD=19.066;RBI=0.0158197;REFB=-0.00445815;REVB=0.00405073;RO=74;SAF=37;SAR=31;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872563;STB=0.548197;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0040017;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:74:74:68:68:0.478873:31:37:47:27:31:37:47:27 chr6 26328365 . A G 746.44 PASS AF=0.5;AO=72;DP=144;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0108317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.034;QD=20.4503;RBI=0.0347215;REFB=-0.0281961;REVB=-0.0329887;RO=72;SAF=37;SAR=35;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252437;STB=0.513703;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0314917;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:72:73:72:73:0.5:35:37:39:33:36:37:39:34 chr6 26466225 . A C 1523.91 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000464295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4452;QD=59.761;RBI=0.0184426;REFB=0;REVB=-0.0184367;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.97542e-05;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:52:50:0:0 chr6 26501897 . T C 1502.33 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00847538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.774;QD=61.3197;RBI=0.014162;REFB=-0.0454665;REVB=0.011346;RO=2;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189593;STB=0.509802;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000227581;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:2:2:95:96:0.979592:49:46:0:2:50:46:0:2 chr6 26505362 . G A 786.5 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0610901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4407;QD=55.1931;RBI=0.066384;REFB=0.0180632;REVB=-0.0259777;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00108194;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:34:22:0:0:34:22:0:1 chr6 26505403 . C A 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.439;QD=59.8344;RBI=0.0420204;REFB=0;REVB=0.0147996;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123686;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr6 26509330 . C G 627.0 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8268;QD=61.1706;RBI=0.03327;REFB=0;REVB=0.0266952;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171067;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:22:19:0:0 chr6 26521435 . C G 1894.62 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.14;QD=61.6136;RBI=0.018558;REFB=0;REVB=0.00962367;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60203e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:51:71:0:0:51:72:0:0 chr6 26521520 . T C 1783.7 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.471;QD=58.9651;RBI=0.034206;REFB=-0.122976;REVB=0.0171568;RO=2;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160942;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00128964;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:120:121:2:1:118:120:0.991736:58:60:0:2:59:61:0:1 chr6 26538268 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.6;QD=61.6781;RBI=0.109533;REFB=0;REVB=0.109348;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156325;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr6 26545632 . G A 595.83 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4417;QD=59.5832;RBI=0.0162856;REFB=0;REVB=-0.00988874;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55217e-05;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:19:20:0:1:20:20:0:0 chr6 26546048 . C T 727.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.869;QD=54.9154;RBI=0.0174893;REFB=-0.114536;REVB=-0.0127929;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246779;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:21:31:1:0:21:32:0:0 chr6 26546808 . T C 771.55 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00743048;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.457;QD=55.1105;RBI=0.0232634;REFB=-0.00802244;REVB=0.0220448;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000231161;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:32:22:1:0:32:23:1:0 chr6 26553815 . C G 691.49 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0219032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6975;QD=49.392;RBI=0.0290176;REFB=-0.0143442;REVB=0.0190334;RO=4;SAF=22;SAR=30;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446016;STB=0.523734;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00422884;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:30:22:3:1:30:22:3:1 chr6 26555484 . A G 1742.21 PASS AF=0.991525;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9283;QD=59.058;RBI=0.0735058;REFB=-0.0830255;REVB=0.0704068;RO=1;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010436;STB=0.503496;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000450609;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:118:118:1:1:116:117:0.991525:45:71:0:1:46:71:1:0 chr6 26556769 . G T 2307.74 PASS AF=0.98;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=150;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0405309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.711;QD=61.5398;RBI=0.057441;REFB=-0.0496856;REVB=0.0407027;RO=2;SAF=98;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190122;STB=0.507462;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000446972;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:150:2:3:147:147:0.98:49:98:0:2:49:98:1:2 chr6 26569177 . G GT 30.43 PASS AF=0.210526;AO=19;DP=79;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.125878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.6002;QD=1.60154;RBI=0.151088;REFB=-0.0608537;REVB=0.0835605;RO=54;SAF=18;SAR=1;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654423;STB=0.873191;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0899456;OID=.;OPOS=26569178;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:19:79:16:76:60:15:1:37:23:30:54:18:1:28:26 chr6 26572165 . G T 1151.35 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.573;QD=59.8103;RBI=0.0371604;REFB=0;REVB=0.00518806;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5799e-05;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:30:43:0:0:32:45:0:0 chr6 26577326 . C A 2423.89 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026095;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.856;QD=61.3644;RBI=0.0607394;REFB=0;REVB=0.0548482;RO=0;SAF=83;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.07021e-05;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:158:158:1:75:83:0:0:75:83:0:0 chr6 26577370 . C T 3256.72 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.621;QD=62.0327;RBI=0.0482767;REFB=0;REVB=0.0452493;RO=0;SAF=114;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10044e-05;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:210:0:0:207:210:1:93:114:0:0:96:114:0:0 chr6 26595168 . T C 2653.12 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1082;QD=62.0613;RBI=0.144835;REFB=0;REVB=0.00432159;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452847;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:171:0:0:159:171:1:84:75:0:0:84:87:0:0 chr6 26597333 . A G 2141.61 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00179452;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.532;QD=62.9885;RBI=0.0136258;REFB=0;REVB=0.0135071;RO=0;SAF=45;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83751e-06;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:91:45:0:0:91:45:0:0 chr6 26598188 . A G 1600.84 PASS AF=0.991453;AO=89;DP=114;FAO=116;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182615;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=29.5707;QD=54.7295;RBI=0.0781542;REFB=-0.0830071;REVB=-0.0759908;RO=2;SAF=56;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057562;STB=0.503875;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00107606;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:117:2:1:89:116:0.991453:33:56:1:1:52:64:1:0 chr6 26745250 . A G 276.11 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.297;QD=50.2015;RBI=0.137435;REFB=0;REVB=0.137;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320694;OID=.;OPOS=26745250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr6 26745257 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.397;QD=53.2766;RBI=0.0119318;REFB=0;REVB=-0.00195105;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33011e-05;OID=.;OPOS=26745257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr6 26745260 . A G 279.65 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7336;QD=48.6343;RBI=0.10064;REFB=-0.095099;REVB=0.0975627;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00617721;OID=.;OPOS=26745260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:7:15:0:0:7:15:1:0 chr6 26745262 . T C 311.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584429;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.997;QD=54.1146;RBI=0.0117253;REFB=0;REVB=-0.010165;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157413;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr6 26745286 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.344;QD=58.142;RBI=0.038294;REFB=0;REVB=-0.00101803;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334795;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr6 26745312 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00198514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.723;QD=8.62688;RBI=0.0121298;REFB=-0.00629902;REVB=0.0119663;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392614;STB=0.745363;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0285585;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:2:9:14:13:2:9:14:13 chr6 26758631 . AT GC 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0584281;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.823;QD=47.8146;RBI=0.0635405;REFB=-0.0813452;REVB=0.0249711;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=mnp;VARB=0.00594303;OID=.;OPOS=26758631;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr6 26758634 . ATGC TCAA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164078;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=255.471;QD=51.1846;RBI=0.0347644;REFB=0;REVB=0.0306488;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.96174e-05;OID=.;OPOS=26758634;OREF=ATGC;OALT=TCAA;OMAPALT=TCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 27114907 . T C 129.57 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000938743;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1542;QD=12.3396;RBI=0.00189451;REFB=-0.00879979;REVB=-0.00164558;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463686;STB=0.527237;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0165031;OID=.;OPOS=27114907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:19:8:5:10:19:8 chr6 27181610 . G A 460.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.762;QD=57.561;RBI=0.0809764;REFB=0;REVB=0.0548419;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60001e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:23:9:0:0 chr6 27181669 . A G 106.33 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0373111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.322;QD=10.6326;RBI=0.054742;REFB=-0.0217034;REVB=-0.0400571;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1136;STB=0.613877;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0148282;OID=.;OPOS=27181669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:26:13:13:0.325:8:5:6:15:8:5:6:20 chr6 27181701 . T C 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.064272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9251;QD=59.4185;RBI=0.0737314;REFB=0;REVB=-0.0361308;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117697;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr6 27261713 . C T 642.36 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0305793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.233;QD=17.5989;RBI=0.0334851;REFB=-0.0193535;REVB=-0.0136441;RO=79;SAF=42;SAR=24;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364953;STB=0.5067;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0193967;OID=.;OPOS=27261713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:80:66:66:0.452055:24:42:50:29:24:42:50:30 chr6 27263209 . T G 482.17 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.0043759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.16;QD=23.2373;RBI=0.0050415;REFB=-0.0248648;REVB=-0.00250363;RO=37;SAF=39;SAR=7;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154903;STB=0.508522;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0230844;OID=.;OPOS=27263209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:7:39:31:6:7:39:31:6 chr6 27271600 . G A 1164.56 PASS AF=0.545894;AO=113;DP=206;FAO=113;FDP=207;FR=.;FRO=94;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0328349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.074;QD=22.5035;RBI=0.0339224;REFB=-0.0139117;REVB=0.0085205;RO=93;SAF=64;SAR=49;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510289;STB=0.525583;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0121002;OID=.;OPOS=27271600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:93:94:113:113:0.545894:49:64:47:46:49:64:48:46 chr6 27277402 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.249;QD=59.4356;RBI=0.0362773;REFB=0;REVB=-0.0336633;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148821;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 27279852 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.251;QD=57;RBI=0.0247879;REFB=0;REVB=0.015266;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.43035e-06;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 27300755 . T TA 64.7 PASS AF=0.25;AO=24;DP=122;FAO=30;FDP=120;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.044399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8431;QD=2.15658;RBI=0.237728;REFB=-0.0150546;REVB=0.233545;RO=87;SAF=18;SAR=6;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285598;STB=0.534224;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=-0.0288971;OID=.;OPOS=27300756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:24:122:30:120:90:18:12:50:40:64:87:18:6:47:40 chr6 27327349 . C G 554.19 PASS AF=0.544554;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=101;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0114031;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1421;QD=21.948;RBI=0.0183178;REFB=-0.0147911;REVB=0.0143357;RO=46;SAF=38;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110952;STB=0.553154;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0108998;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:46:46:54:55:0.544554:16:38:27:19:17:38:27:19 chr6 27356867 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.423;QD=58.6002;RBI=0.00290601;REFB=0;REVB=0.0025683;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63045e-06;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 27356902 . A G 187.63 PASS AF=0.389831;AO=24;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0536888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7806;QD=12.7208;RBI=0.111029;REFB=-0.000902362;REVB=-0.0971849;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024699;STB=0.572004;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.000445982;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:36:24:23:0.389831:13:11:13:17:12:11:13:23 chr6 27356925 . T G 141.87 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00431604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.033;QD=11.1268;RBI=0.0129562;REFB=-0.014821;REVB=-0.0122161;RO=33;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361013;STB=0.688685;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0481728;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:18:17:0.333333:7:11:9:24:7:10:10:24 chr6 27369873 . C T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=3;FWDB=-0.00843046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.361;QD=7.71918;RBI=0.023419;REFB=-0.000267704;REVB=-0.0218489;RO=38;SAF=8;SAR=5;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470348;STB=0.770347;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00278016;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:5:8:35:3:5:8:35:3 chr6 27369892 . C T 49.55 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=3;FWDB=0.00681154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.347;QD=4.30897;RBI=0.00779963;REFB=-0.0028598;REVB=-0.00379963;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499681;STB=0.799582;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0203082;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:3:5:35:3:3:5:35:3 chr6 27370046 . T G 251.34 PASS AF=0.489796;AO=25;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0152051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.756;QD=20.5175;RBI=0.0209601;REFB=0.00595843;REVB=0.0144267;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174911;STB=0.53149;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00408046;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:25:24:0.489796:12:13:12:12:11:13:12:13 chr6 27370473 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0511303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5802;QD=16.8226;RBI=0.10116;REFB=0.0139513;REVB=-0.0872873;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0123569;OID=.;OPOS=27370473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:3:2:3:4:3:2 chr6 27371011 . C T 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000670842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.362;QD=24.7059;RBI=0.00235802;REFB=-0.0146554;REVB=-0.00226058;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195246;STB=0.608601;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0292495;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:11:6:14:9:11:6 chr6 27371193 . G A 334.3 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0549528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5135;QD=19.3797;RBI=0.0551945;REFB=-0.00727493;REVB=-0.00516031;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141453;STB=0.578556;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00679436;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:19:16:21:13:19:16:21:13 chr6 27425185 . C A 601.0 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0081256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.695;QD=26.4177;RBI=0.0250943;REFB=-0.0208246;REVB=0.0237423;RO=37;SAF=32;SAR=21;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101638;STB=0.551887;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0173413;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:37:53:54:0.593407:21:32:27:10:21:33:27:10 chr6 27435707 . G A 259.74 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0265197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1986;QD=17.0319;RBI=0.0321605;REFB=-0.00987232;REVB=0.0181935;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21519;STB=0.612862;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0124912;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:18:11:19:12:18:11:19:13 chr6 27447476 . A T 66.07 PASS AF=0.123077;AO=14;DP=128;FAO=16;FDP=130;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=76;FSRR=38;FWDB=-0.0159756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.855;QD=2.0329;RBI=0.0160272;REFB=-0.00863134;REVB=0.00128588;RO=114;SAF=9;SAR=5;SRF=76;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031911;STB=0.594888;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0589161;OID=.;OPOS=27447476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:128:130:114:114:14:16:0.123077:5:9:76:38:7:9:76:38 chr6 27471515 . A G 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00269786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.542;QD=16.7506;RBI=0.0317563;REFB=0.00482254;REVB=-0.0316415;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148031;STB=0.583282;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00495183;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:12:21:19:20:12:21:19:20 chr6 27473602 . C G 239.9 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0178783;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5864;QD=14.1117;RBI=0.0180777;REFB=-0.0180304;REVB=-0.00267791;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302824;STB=0.511355;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.021227;OID=.;OPOS=27473602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:40:28:28:0.411765:18:10:15:24:18:10:15:25 chr6 27515519 . A C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0362307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.839;QD=10.1405;RBI=0.0363044;REFB=-0.0186287;REVB=0.00231241;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286919;STB=0.67128;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0364443;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:10:18:5:8:10:18 chr6 27551316 . C G 512.49 PASS AF=0.432;AO=53;DP=131;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0016454;FXX=0.0941961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.291;QD=16.3995;RBI=0.0105627;REFB=0.00217838;REVB=-0.0104338;RO=48;SAF=30;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163848;STB=0.593485;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0022431;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:125:48:71:53:54:0.432:23:30:18:30:23:31:29:42 chr6 27560587 . A G 227.02 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00282603;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=296.158;QD=13.5536;RBI=0.0201056;REFB=-0.000460492;REVB=-0.019906;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228127;STB=0.629296;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000698408;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:14:13:28:12:14:13:28:12 chr6 27573463 . G A 403.45 PASS AF=0.66;AO=29;DP=47;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00192962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.945;QD=32.2762;RBI=0.0255382;REFB=-0.0454068;REVB=0.0254652;RO=18;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144288;STB=0.52696;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0230973;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:18:17:29:33:0.66:9:20:9:9:13:20:9:8 chr6 27618731 . G T 400.1 PASS AF=0.435644;AO=44;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00238904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.422;QD=15.8454;RBI=0.00314634;REFB=-0.0109869;REVB=-0.00204743;RO=57;SAF=25;SAR=19;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657012;STB=0.536806;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0112843;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:44:44:0.435644:19:25:36:21:19:25:36:21 chr6 27636354 . A G 150.36 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00401027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9452;QD=8.23875;RBI=0.021284;REFB=-0.0225471;REVB=-0.0209028;RO=50;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308505;STB=0.69702;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0511581;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:50:52:21:21:0.287671:15:6:27:23:15:6:29:23 chr6 27636378 . C T 168.8 PASS AF=0.294872;AO=22;DP=77;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0154746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.542;QD=8.6562;RBI=0.0208885;REFB=-0.00844538;REVB=-0.0140309;RO=51;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275154;STB=0.663576;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.015468;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:51:55:22:23:0.294872:15:7:28:23:15:8:32:23 chr6 27648894 . C T 184.39 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0102565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.932;QD=12.5011;RBI=0.0107332;REFB=-0.0241677;REVB=-0.00316336;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015201;STB=0.50369;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0342089;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:22:23:0.389831:11:11:17:18:12:11:17:19 chr6 27648908 . C G 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00148028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.272;QD=13.3141;RBI=0.00235987;REFB=-0.00625911;REVB=0.00183787;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158109;STB=0.509083;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00876215;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:16:17:11:11:16:17 chr6 27650521 . C T 249.67 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=81;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=8;FWDB=-0.00846295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.446;QD=12.1789;RBI=0.00956277;REFB=-0.0073533;REVB=0.00445253;RO=52;SAF=20;SAR=9;SRF=44;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227662;STB=0.639921;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.023718;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:52:52:29:30:0.365854:9:20:44:8:10:20:44:8 chr6 27655994 . T G 434.5 PASS AF=0.389313;AO=49;DP=128;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0165127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.406;QD=13.2673;RBI=0.0166048;REFB=-0.0151053;REVB=0.00174628;RO=77;SAF=20;SAR=29;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134742;STB=0.582039;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0248155;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:77:80:49:51:0.389313:29:20:41:36:31:20:42:38 chr6 27694460 . A G 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0302859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.283;QD=13.7245;RBI=0.0400754;REFB=-0.0233153;REVB=0.026245;RO=45;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196801;STB=0.611867;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0218861;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:17:13:28:17:17:13:28:17 chr6 27792221 . C T 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2388;QD=53.8902;RBI=0.0406939;REFB=0;REVB=-0.0237532;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186019;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 27792228 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.7;QD=53.9111;RBI=0.00411443;REFB=0;REVB=-0.00030818;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01285e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 27805959 . C T 169.55 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=0.0085516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.017;QD=5.74752;RBI=0.017094;REFB=-0.00613852;REVB=0.0148012;RO=91;SAF=11;SAR=16;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137269;STB=0.58432;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0174012;OID=.;OPOS=27805959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:91:91:27:27:0.228814:16:11:47:44:16:11:47:44 chr6 27879551 . C G 88.82 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0204456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.836;QD=14.8037;RBI=0.0206059;REFB=-0.0255924;REVB=0.00256543;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.545372;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0244211;OID=.;OPOS=27879551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:6:6:5:6:6:7 chr6 27925456 . T C 520.91 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0119152;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.35;QD=23.1513;RBI=0.013058;REFB=-0.0156491;REVB=0.00534207;RO=41;SAF=33;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802407;STB=0.555973;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0161179;OID=.;OPOS=27925456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:49:49:0.544444:16:33:24:17:16:33:23:18 chr6 27925827 . A G 463.36 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0132562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.599;QD=21.805;RBI=0.0150144;REFB=-0.00639437;REVB=-0.00705027;RO=40;SAF=25;SAR=20;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168247;STB=0.50928;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00657013;OID=.;OPOS=27925827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:20:25:23:17:20:25:23:17 chr6 28059020 . G A 381.28 PASS AF=0.39823;AO=44;DP=112;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00818582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.25;QD=13.4966;RBI=0.00819273;REFB=0.00746569;REVB=-0.000336523;RO=68;SAF=22;SAR=22;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506685;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00667451;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:68:68:44:45:0.39823:22:22:34:34:23:22:34:34 chr6 28059217 . G C 386.86 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.00780638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.406;QD=15.321;RBI=0.0456393;REFB=-0.0166943;REVB=0.0449667;RO=57;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145065;STB=0.585551;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0188089;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:43:43:0.425743:22:21:36:21:22:21:37:21 chr6 28104634 . G T 741.37 PASS AF=0.370213;AO=87;DP=235;FAO=87;FDP=235;FR=.;FRO=148;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=83;FSRR=65;FWDB=0.0185802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.621;QD=12.6191;RBI=0.0185842;REFB=-0.0249653;REVB=-0.000386878;RO=148;SAF=47;SAR=40;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231013;STB=0.51307;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0404725;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:148:148:87:87:0.370213:40:47:83:65:40:47:83:65 chr6 28120898 . G A 474.28 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000459636;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.192;QD=26.72;RBI=0.00643027;REFB=-0.0243689;REVB=0.00641382;RO=28;SAF=9;SAR=35;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14967;STB=0.569072;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0126212;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:28:27:44:44:0.619718:35:9:10:18:35:9:9:18 chr6 28134582 . C T 489.97 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0116883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.526;QD=25.1264;RBI=0.0194147;REFB=-0.00916517;REVB=-0.015502;RO=32;SAF=10;SAR=36;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369433;STB=0.703561;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00919305;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:36:10:21:11:36:10:21:11 chr6 28180818 . G C 463.03 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=158;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=0.0311233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.09;QD=11.6487;RBI=0.0930659;REFB=-0.0119452;REVB=0.0877075;RO=101;SAF=33;SAR=24;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12759;STB=0.569697;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0255413;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:101:102:57:57:0.358491:24:33:47:54:24:33:48:54 chr6 28180870 . A C 490.92 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0234579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.074;QD=14.2295;RBI=0.0576992;REFB=-0.0126794;REVB=-0.0527155;RO=83;SAF=28;SAR=27;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289381;STB=0.516327;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0187078;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:83:83:55:55:0.398551:27:28:40:43:27:28:40:43 chr6 28180904 . A G 297.31 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=104;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00761865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.598;QD=11.4349;RBI=0.0142464;REFB=-0.0089641;REVB=-0.0120382;RO=67;SAF=14;SAR=23;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14717;STB=0.584699;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0166181;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:67:37:37:0.355769:23:14:34:33:23:14:34:33 chr6 28213239 . T C 359.48 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00797845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.611;QD=19.9709;RBI=0.0478622;REFB=-0.00566684;REVB=0.0471925;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746419;STB=0.531898;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00439052;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:22:15:11:23:22:15:12:23 chr6 28219270 . G A 695.01 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0830976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1576;QD=21.5507;RBI=0.0900604;REFB=-0.0193115;REVB=-0.0347228;RO=61;SAF=38;SAR=30;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00126292;STB=0.500693;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0161971;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:68:68:0.527132:30:38:34:27:30:38:34:27 chr6 28227436 . A G 536.53 PASS AF=0.395973;AO=59;DP=149;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.00361715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.796;QD=14.4034;RBI=0.0455462;REFB=-0.00387932;REVB=-0.0454024;RO=89;SAF=24;SAR=35;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176895;STB=0.596423;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00696699;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:90:59:59:0.395973:35:24:51:38:35:24:51:39 chr6 28227604 . C A 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00717501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.4878;QD=17.4001;RBI=0.0110601;REFB=-0.00355604;REVB=-0.00841702;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199178;STB=0.613866;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00334034;OID=.;OPOS=28227604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:9:4:7:6:9:4 chr6 28228342 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.663;QD=60.8835;RBI=0.0311641;REFB=0;REVB=0.0226821;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62603e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr6 28239873 . A G 513.45 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0239641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.286;QD=24.4501;RBI=0.023977;REFB=-0.0264511;REVB=0.00078612;RO=36;SAF=21;SAR=27;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135365;STB=0.574153;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.012901;OID=.;OPOS=28239873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:27:21:22:14:27:21:22:14 chr6 28239932 . T TG 652.95 PASS AF=1;AO=58;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189375;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.17;QD=41.4571;RBI=0.0347697;REFB=0;REVB=0.0291599;RO=5;SAF=31;SAR=27;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000767358;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:64:63:63:0:34:29:0:0:13:5:31:27:3:2 chr6 28264681 . G A 416.69 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00114352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.711;QD=19.6088;RBI=0.00549681;REFB=-0.0212022;REVB=-0.00537655;RO=43;SAF=21;SAR=21;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202161;STB=0.611714;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0220805;OID=.;OPOS=28264681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:21:21:31:12:21:21:31:12 chr6 28269407 . G A 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00260729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.437;QD=13.7269;RBI=0.0166539;REFB=-0.0297456;REVB=-0.0164485;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27233;STB=0.657007;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0327342;OID=.;OPOS=28269407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:17:19:19:6:17:19 chr6 28269663 . A G 405.56 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.018723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.727;QD=15.1613;RBI=0.0189338;REFB=-0.0236194;REVB=0.00281748;RO=60;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941495;STB=0.557332;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0358534;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:21:25:27:33:21:25:27:34 chr6 28294550 . T C 164.04 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.014649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.738;QD=7.62959;RBI=0.0146509;REFB=-0.0106298;REVB=-0.000234672;RO=63;SAF=13;SAR=10;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171041;STB=0.601818;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0311081;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:63:23:23:0.267442:10:13:44:19:10:13:44:19 chr6 28327371 . G C 192.83 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0292547;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.536;QD=13.7734;RBI=0.0307908;REFB=-0.0168055;REVB=0.00960378;RO=33;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442178;STB=0.752456;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0364251;OID=.;OPOS=28327371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:6:17:10:23:6:17:10:23 chr6 28328064 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0311321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2022;QD=24.3284;RBI=0.0674327;REFB=-0.098094;REVB=0.0598161;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0180079;OID=.;OPOS=28328064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr6 28359170 . A G 378.77 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0282423;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.322;QD=21.6442;RBI=0.0316623;REFB=-0.0112957;REVB=-0.0143132;RO=32;SAF=22;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393818;STB=0.521728;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0103799;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:16:22:20:12:16:22:20:12 chr6 28359186 . C T 429.71 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0105845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4052;QD=22.6165;RBI=0.0362261;REFB=-0.0540511;REVB=-0.0346453;RO=33;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792476;STB=0.552355;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0364853;OID=.;OPOS=28359186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:14:28:19:14:14:28:19:15 chr6 28483482 . A C 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.637;QD=59.8332;RBI=0.0131936;REFB=0;REVB=-0.00409267;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85674e-06;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr6 28542424 . G A 687.89 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4309;QD=62.5356;RBI=0.0939146;REFB=0;REVB=0.0189706;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177384;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:37:44:1:9:28:0:0:11:33:0:0 chr6 28542520 . C T 1252.9 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.816;QD=61.1171;RBI=0.0293571;REFB=0;REVB=0.0165542;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184052;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:27:48:0:0:29:53:0:0 chr6 28601934 . A T 792.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0441457;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6931;QD=53.7526;RBI=0.0442624;REFB=-0.0695229;REVB=-0.00321244;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428118;STB=0.522719;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00831068;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:0:2:21:36:0:2 chr6 28616066 . T A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.462;QD=58.9616;RBI=0.0603665;REFB=0;REVB=0.0597148;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115589;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr6 28626098 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.906;QD=63.2856;RBI=0.0100429;REFB=0;REVB=-0.000266543;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80354e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr6 28641689 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4673;QD=56.9535;RBI=0.0513339;REFB=0;REVB=0.000793287;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370917;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 28663716 . A G 1244.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.756;QD=61.4558;RBI=0.0364616;REFB=0;REVB=-0.00166304;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104867;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:43:37:0:0:43:38:0:0 chr6 28663754 . T C 1176.08 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.385;QD=59.5485;RBI=0.0506782;REFB=-0.0772053;REVB=0.0293774;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000459755;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:43:35:0:0:43:35:1:0 chr6 28678357 . T C 755.25 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226813;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.183;QD=56.9997;RBI=0.0228238;REFB=0;REVB=-0.00254664;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152501;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:28:25:0:0 chr6 28687468 . AGG AAG,AGA,AG 605.11 PASS AF=0.744186,0.0232558,0.232558;AO=30,2,9;DP=41;FAO=32,1,10;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1,7;FSAR=11,0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523167,-0.048029,-0.130903;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=26.3365,48.9998,24.1726;QD=56.2894;RBI=0.0962861,0.0500009,0.137978;REFB=0,0,0;REVB=0.080833,0.0139035,0.0436178;RO=0;SAF=19,2,6;SAR=11,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0320816,-0.0769359,0.0528651;OID=.,.,.;OPOS=28687469,28687470,28687469;OREF=G,G,G;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAG,AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.744186,0.0232558,0.232558:30,2,9:41:32,1,10:43:0:21,1,7:11,0,3:0:0:25:0:19,2,6:11,0,3:0:0 chr6 28687542 . T C 716.89 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.02;QD=62.3382;RBI=0.0350342;REFB=0;REVB=-0.0346801;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503398;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:18:25:0:0:19:27:0:0 chr6 28703244 . T C 1552.34 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.718;QD=62.7208;RBI=0.0348658;REFB=-0.0174454;REVB=0.0228803;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958098;STB=0.504949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=7.53983e-05;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:99:1:1:97:98:0.989899:48:49:1:0:48:50:1:0 chr6 28703281 . T C 1424.53 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0177963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.959;QD=60.6182;RBI=0.0179855;REFB=0.0228392;REVB=-0.00260219;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000324726;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:47:45:0:1:47:45:1:1 chr6 28715604 . G C 2181.88 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519542;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2572;QD=63.2429;RBI=0.0537055;REFB=0;REVB=0.0136029;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140313;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:58:80:0:0:58:80:0:0 chr6 28758580 . TTTG T 556.42 PASS AF=0.885246;AO=52;DP=61;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0108361;FXX=0.0468677;HRUN=3;LEN=3;MLLD=226.302;QD=36.4863;RBI=0.0154747;REFB=-0.0563923;REVB=0.0110474;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.502512;STBP=0.927;TYPE=del;VARB=0.00686211;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885246:52:61:54:61:7:32:22:4:3:16:0:32:20:0:0 chr6 28770596 . A AC,C 1016.94 PASS AF=1,0;AO=65,4;DP=78;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129794,-0.0194501;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.7067,5.28573;QD=54.2367;RBI=0.131581,0.027378;REFB=0,0;REVB=-0.0216143,-0.0192679;RO=8;SAF=39,4;SAR=26,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.059849,0.633251;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00190218,0;OID=.,.;OPOS=28770597,28770596;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:75:8:0:65,4:75,0:1,0:26,0:39,4:7:1:27,0:48,0:0:0 chr6 28775664 . C T 1803.98 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.491;QD=61.152;RBI=0.0363626;REFB=0;REVB=0.0356048;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93727e-05;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr6 28779933 . G A,C 994.44 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=64,4;DP=68;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32,4;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218874,-0.0122042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.26,157.935;QD=57.6489;RBI=0.0194922,0.0487367;REFB=0,0;REVB=0.0193689,0.0471839;RO=0;SAF=32,4;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00138511,0.0205582;OID=.,.;OPOS=28779933,28779933;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:68:69:0:0:64,4:65,4:0.942029,0.057971:32,0:32,4:0:0:33,0:32,4:0:0 chr6 28785085 . C T 750.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6826;QD=56.6147;RBI=0.0602067;REFB=0;REVB=-4.95115e-05;RO=0;SAF=39;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205981;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:14:39:0:0:14:39:0:0 chr6 28791134 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.861;QD=57.3857;RBI=0.0456068;REFB=0;REVB=0.0253463;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159961;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr6 28791150 . A C 863.74 PASS AF=0.96875;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-6.2412e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1566;QD=53.9835;RBI=0.0332086;REFB=0.0259763;REVB=0.0332086;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285653;STB=0.514701;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0142338;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:64:2:2:57:62:0.96875:32:25:0:2:33:29:0:2 chr6 28806218 . G A 560.66 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0449225;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.301;QD=60.6113;RBI=0.113136;REFB=0;REVB=0.103836;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710271;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:1:0:37:37:1:14:23:0:1:14:23:0:0 chr6 28849157 . T C 2426.85 PASS AF=0.981928;AO=161;DP=166;FAO=163;FDP=166;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00028966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.708;QD=58.4783;RBI=0.00288158;REFB=-0.122879;REVB=-0.00286698;RO=2;SAF=110;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00857249;STB=0.500298;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00188104;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:166:166:2:3:161:163:0.981928:51:110:2:0:52:111:2:1 chr6 28911802 . G A 1141.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6706;QD=59.3174;RBI=0.123513;REFB=-0.122724;REVB=0.0922772;RO=1;SAF=50;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430707;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:0:76:77:1:26:50:1:0:26:51:0:0 chr6 28912076 . C T 1508.24 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010926;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.066;QD=61.5607;RBI=0.0360738;REFB=-0.0946259;REVB=0.0343794;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509257;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000161973;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:98:0:2:96:96:0.979592:43:53:0:0:43:53:2:0 chr6 28945522 . C T 1533.69 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451122;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.484;QD=58.4262;RBI=0.045591;REFB=-0.117282;REVB=0.00659001;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000167802;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:106:105:0:1:104:104:0.990476:48:56:0:0:48:56:1:0 chr6 28949971 . C T 302.57 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=-0.0120886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.648;QD=12.2252;RBI=0.0121012;REFB=-0.0219955;REVB=-0.000553434;RO=64;SAF=27;SAR=8;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917707;STB=0.505286;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0333766;OID=.;OPOS=28949971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:8:27:49:15:8:27:49:15 chr6 28963248 . T G 3941.6 PASS AF=1;AO=245;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1652;QD=63.8316;RBI=0.0209067;REFB=0;REVB=0.0206335;RO=0;SAF=144;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305985;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:247:247:0:0:245:247:1:101:144:0:0:103:144:0:0 chr6 29012067 . C T 2077.13 PASS AF=0.978261;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=95;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.04079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0635;QD=60.2066;RBI=0.0916137;REFB=0.0799341;REVB=-0.082032;RO=3;SAF=95;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147734;STB=0.507771;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0220736;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:138:3:3:135:135:0.978261:40:95:3:0:40:95:3:0 chr6 29012116 . G A 2580.75 PASS AF=0.982659;AO=168;DP=172;FAO=170;FDP=173;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01668;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.556;QD=59.6706;RBI=0.0209811;REFB=-0.0171016;REVB=0.0127274;RO=3;SAF=97;SAR=71;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00305517;STB=0.501602;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000163627;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:173:3:3:168:170:0.982659:71:97:2:1:72:98:2:1 chr6 29141743 . A G 4411.08 PASS AF=1;AO=279;DP=281;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075998;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5365;QD=63.0154;RBI=0.0920052;REFB=-0.035082;REVB=0.0518581;RO=2;SAF=117;SAR=162;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589411;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:281:280:2:0:279:280:1:162:117:2:0:162:118:0:0 chr6 29323259 . G A 636.89 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000889383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.724;QD=59.2452;RBI=0.0735551;REFB=-0.155983;REVB=0.0735498;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00181448;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:18:23:0:1:19:23:0:1 chr6 29323905 . A C 686.72 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0502307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0354;QD=54.9379;RBI=0.0863632;REFB=-0.151365;REVB=0.070253;RO=4;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815158;STB=0.543459;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0145479;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:4:4:46:46:0.92:21:25:0:4:21:25:0:4 chr6 29342825 . G A 600.02 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=104;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0142824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.674;QD=22.8579;RBI=0.0142854;REFB=-0.0238127;REVB=0.000293449;RO=46;SAF=33;SAR=25;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209088;STB=0.514638;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.011286;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:46:58:59:0.561905:25:33:25:21:25:34:25:21 chr6 29364787 . C T 1695.12 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2186;QD=60.5399;RBI=0.0750413;REFB=0;REVB=0.0501151;RO=0;SAF=76;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.66798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532683;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:36:76:0:0:36:76:0:0 chr6 29385237 . T C 709.49 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.052603;FXX=0.0220572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9683;QD=21.3381;RBI=0.0556963;REFB=-0.000152627;REVB=-0.0183032;RO=62;SAF=37;SAR=32;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038621;STB=0.527929;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000400672;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:62:64:69:69:0.518797:32:37:36:26:32:37:38:26 chr6 29408528 . A G 393.08 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0046743;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0955;QD=14.6946;RBI=0.0183568;REFB=-0.0332079;REVB=-0.0177517;RO=61;SAF=31;SAR=14;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000434592;STB=0.503155;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0322708;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:61:62:45:45:0.420561:14:31:42:19:14:31:43:19 chr6 29431698 . A G 313.69 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0425409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4453;QD=14.7617;RBI=0.0583424;REFB=-0.031322;REVB=0.0399263;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116643;STB=0.56278;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0516605;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:50:34:35:0.411765:14:20:34:15:14:21:35:15 chr6 29523676 . C G 878.8 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9505;QD=56.6968;RBI=0.0816779;REFB=0;REVB=-0.057155;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344254;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:1:0:60:62:1:32:28:1:0:33:29:0:0 chr6 29523952 . A G 864.67 PASS AF=0.453659;AO=93;DP=205;FAO=93;FDP=205;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00893035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.355;QD=16.8716;RBI=0.0466522;REFB=-0.00863712;REVB=0.0457895;RO=112;SAF=51;SAR=42;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091622;STB=0.550791;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0120643;OID=.;OPOS=29523952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:112:112:93:93:0.453659:42:51:51:61:42:51:51:61 chr6 29555778 . A G 698.47 PASS AF=0.469799;AO=69;DP=148;FAO=70;FDP=149;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0155681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0043;QD=18.7508;RBI=0.01589;REFB=-0.000629127;REVB=0.00318205;RO=73;SAF=32;SAR=37;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908789;STB=0.552818;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000506861;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:73:79:69:70:0.469799:37:32:41:32:38:32:44:35 chr6 29555809 . C T 770.26 PASS AF=0.484848;AO=79;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0117018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4533;QD=18.6731;RBI=0.0117106;REFB=-0.0122609;REVB=-0.000454312;RO=85;SAF=40;SAR=39;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327241;STB=0.514789;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0413186;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:79:80:0.484848:39:40:46:39:39:41:46:39 chr6 29571373 . GC CG,GCG 75.41 PASS AF=0.0588235,0.323529;AO=4,7;DP=37;FAO=2,11;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1,10;FSAR=1,1;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=0.00844826,0.00370698;FXX=0.0555401;HRUN=6,0;LEN=2,1;MLLD=92.5764,77.7478;QD=8.87154;RBI=0.0548422,0.0632972;REFB=-0.0106641,-0.00625507;REVB=-0.0541876,-0.0631885;RO=23;SAF=2,7;SAR=2,0;SRF=21;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.561787,0.636338;STB=0.91172,0.599848;STBP=0.787,0.785;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0919452,0.162818;OID=.,.;OPOS=29571373,29571375;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:37:34:23:21:4,7:2,11:0.0588235,0.323529:2,0:2,7:21:2:1,1:1,10:20:1 chr6 29625001 . A G 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00987308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1964;QD=54.6506;RBI=0.0211419;REFB=-0.0893993;REVB=0.018695;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00245784;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:23:29:0:0:23:29:0:1 chr6 29634003 . G C 727.95 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=112;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0161324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.565;QD=25.9982;RBI=0.0705199;REFB=-0.0293754;REVB=-0.0686499;RO=44;SAF=37;SAR=31;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135549;STB=0.573438;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0219483;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:44:68:68:0.607143:31:37:32:12:31:37:32:12 chr6 29634012 . A G 1577.72 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00871749;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.727;QD=58.9803;RBI=0.024514;REFB=-0.0367141;REVB=0.0229116;RO=1;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771739;STB=0.504064;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00011872;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:45:61:1:0:45:61:1:0 chr6 29691303 . G A 277.83 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=63;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0125322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.492;QD=17.3641;RBI=0.0132971;REFB=-0.00792645;REVB=-0.00444483;RO=33;SAF=22;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227618;STB=0.632936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0149569;OID=.;OPOS=29691303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:33:30:31:0.484375:8:22:17:16:8:23:17:16 chr6 29691857 . C G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0218535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.724;QD=13.5764;RBI=0.0224451;REFB=-0.0100524;REVB=-0.00511917;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32953;STB=0.694865;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0219785;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:9:10:3:10:9:10 chr6 29693011 . C T 853.88 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0533161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.278;QD=55.9919;RBI=0.0555575;REFB=-0.0845355;REVB=-0.0156211;RO=2;SAF=40;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125364;STB=0.512816;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00115742;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:2:1:59:60:0.983607:19:40:1:1:19:41:0:1 chr6 29694680 . AA CT 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0285875;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=195.593;QD=23.252;RBI=0.0292;REFB=-0.0242443;REVB=0.00594917;RO=43;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118157;STB=0.564829;STBP=0.189;TYPE=mnp;VARB=0.0188059;OID=.;OPOS=29694680;OREF=AA;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:25:26:28:15:25:26:28:15 chr6 29695808 . A G 412.33 PASS AF=0.43;AO=42;DP=99;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0274221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.651;QD=16.4933;RBI=0.0341517;REFB=-0.023285;REVB=0.020356;RO=57;SAF=22;SAR=20;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748584;STB=0.548485;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0367918;OID=.;OPOS=29695808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:57:42:43:0.43:20:22:34:23:21:22:34:23 chr6 29695854 . G A 680.33 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0199964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9032;QD=22.8681;RBI=0.031147;REFB=0.0157048;REVB=0.0238805;RO=52;SAF=40;SAR=26;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087598;STB=0.544204;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0115575;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:52:53:66:66:0.554622:26:40:26:26:26:40:27:26 chr6 29718220 . G A 177.59 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0353089;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.012;QD=12.0403;RBI=0.0369719;REFB=-0.0262833;REVB=-0.010964;RO=35;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153862;STB=0.570488;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0536583;OID=.;OPOS=29718220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:35:37:22:22:0.372881:12:10:21:14:12:10:21:16 chr6 29760029 . G C 61.67 PASS AF=0.375;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0492389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5253;QD=10.2781;RBI=0.0495651;REFB=0.00118187;REVB=-0.00567656;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185114;STB=0.52824;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000765844;OID=.;OPOS=29760029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:24:15:15:7:9:0.375:3:4:6:9:5:4:6:9 chr6 29794860 . C T 436.54 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=0.00832054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.749;QD=18.7758;RBI=0.0131659;REFB=-0.0288075;REVB=0.0102034;RO=49;SAF=23;SAR=21;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22431;STB=0.624019;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0247072;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:21:23:37:12:21:23:37:12 chr6 29795636 . G A 425.09 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0151584;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1732;QD=15.8911;RBI=0.026557;REFB=-0.0172334;REVB=0.0218059;RO=55;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160902;STB=0.522093;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0196207;OID=.;OPOS=29795636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:55:60:47:47:0.439252:23:24:29:26:23:24:33:27 chr6 29795657 . G A 410.42 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0507042;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.663;QD=18.0404;RBI=0.0553806;REFB=-0.0205474;REVB=0.0222732;RO=49;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165037;STB=0.509221;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0167402;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:49:42:42:0.461538:19:23:26:23:19:23:26:23 chr6 29795993 . G A 147.59 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00621433;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.036;QD=10.734;RBI=0.00910063;REFB=-0.0167671;REVB=-0.00664858;RO=32;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160535;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0294929;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:36:18:19:0.345455:7:11:20:12:8:11:21:15 chr6 29796369 . A T 456.97 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00547187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7891;QD=15.4904;RBI=0.0733026;REFB=0.00725061;REVB=-0.0730981;RO=63;SAF=32;SAR=19;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581958;STB=0.553229;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0107434;OID=.;OPOS=29796369;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:63:67:51:51:0.432203:19:32:36:27:19:32:36:31 chr6 29797696 . A G 433.19 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0414777;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4254;QD=14.3202;RBI=0.0865649;REFB=-0.0239043;REVB=-0.0759808;RO=69;SAF=24;SAR=26;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131656;STB=0.507608;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0314209;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:69:71:50:50:0.413223:26:24:34:35:26:24:35:36 chr6 29798140 . A G 307.69 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00918814;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.641;QD=15.0093;RBI=0.0157272;REFB=-0.0101428;REVB=-0.0127641;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851494;STB=0.531773;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.012926;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:44:48:34:34:0.414634:16:18:27:17:16:18:28:20 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT 1574.37 PASS AF=0.59292,0.221239,0.185841;AO=61,21,14;DP=108;FAO=67,25,21;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=28,20,18;FSAR=39,5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803015,0.0481134,-0.0983827;FXX=0.0341851;HRUN=1,1,1;LEN=6,1,1;MLLD=228.572,73.4265,127.88;QD=55.7299;RBI=0.00846281,0.0481461,0.0983827;REFB=0,0,0;REVB=0.00267129,-0.00177335,4.05013e-05;RO=0;SAF=22,18,11;SAR=39,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=6.01474e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00702853,0.0197901,0.053345;OID=.,.,.;OPOS=29855581,29855590,29855586;OREF=CCCTGA,T,A;OALT=-,A,G;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA,GCCCTGGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.59292,0.221239,0.185841:61,21,14:108:67,25,21:113:0:28,20,18:39,5,3:0:0:99:0:22,18,11:39,3,3:0:0 chr6 29855849 . A C 147.18 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0192663;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.815;QD=15.9113;RBI=0.020833;REFB=-0.0171267;REVB=-0.00792631;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311226;STB=0.517906;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0276091;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:21:16:16:0.432432:5:11:15:6:5:11:15:6 chr6 29855858 . C A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0346628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.983;QD=14.262;RBI=0.0384329;REFB=-0.011456;REVB=-0.0166007;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144654;STB=0.583236;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0193895;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:18:6:6:10:18:6 chr6 29855862 . AGA GAT 147.61 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0103622;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.357;QD=15.1394;RBI=0.0112288;REFB=-0.0198328;REVB=-0.00432555;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157214;STB=0.57438;STBP=0.456;TYPE=mnp;VARB=0.0257158;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:39:23:23:15:16:0.410256:6:9:17:6:6:10:17:6 chr6 29855901 . AG AA,GG 708.73 PASS AF=0.489362,0.510638;AO=22,23;DP=48;FAO=23,24;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16,18;FSAR=7,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115959,0.0204084;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.92,183.718;QD=60.3175;RBI=0.0311941,0.0310046;REFB=0,0;REVB=0.0289587,0.0233406;RO=0;SAF=16,17;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17051e-08,-2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0118039,0.00301801;OID=.,.;OPOS=29855902,29855901;OREF=G,A;OALT=A,G;OMAPALT=AA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:47:0:0:22,23:23,24:0.489362,0.510638:6,6:16,17:0:0:7,6:16,18:0:0 chr6 29856330 . G A 607.23 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00885935;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.821;QD=22.2837;RBI=0.0267463;REFB=-0.0249174;REVB=0.0252364;RO=49;SAF=25;SAR=34;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891254;STB=0.55176;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0201821;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:49:59:60:0.550459:34:25:26:23:35:25:26:23 chr6 29856347 . C T 599.01 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=112;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00178946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.755;QD=21.3933;RBI=0.00228596;REFB=-0.0222694;REVB=0.00142248;RO=52;SAF=26;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105362;STB=0.557857;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0207186;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:52:60:60:0.535714:34:26:29:23:34:26:29:23 chr6 29856427 . G A 491.77 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0160758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.344;QD=22.6101;RBI=0.0172832;REFB=-0.0287593;REVB=-0.00634648;RO=39;SAF=9;SAR=38;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165975;STB=0.602711;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0417942;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:39:40:47:47:0.54023:38:9:13:26:38:9:14:26 chr6 29856439 . T G 207.48 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0574421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.251;QD=11.2153;RBI=0.0612214;REFB=-0.0179732;REVB=-0.021177;RO=48;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140565;STB=0.580807;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0438692;OID=.;OPOS=29856439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:16:10:13:35:16:10:13:35 chr6 29856445 . C T 253.85 PASS AF=0.453125;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00216901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2808;QD=15.8655;RBI=0.0551249;REFB=-0.0849406;REVB=-0.0550822;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252462;STB=0.591505;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0295473;OID=.;OPOS=29856445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:35:27:29:0.453125:15:12:10:11:16:13:10:25 chr6 29856546 . G T 220.75 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0164134;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.402;QD=14.0158;RBI=0.0225049;REFB=-0.0163134;REVB=0.0153971;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462359;STB=0.517228;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0149159;OID=.;OPOS=29856546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:37:26:26:0.412698:12:14:21:15:12:14:21:16 chr6 29856550 . C G 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0311839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.526;QD=18.4129;RBI=0.0319306;REFB=-0.0222977;REVB=-0.00686483;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961915;STB=0.553701;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0137777;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:16:18:14:19:16:18 chr6 29856633 . T C 316.37 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.0166979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9349;QD=11.9386;RBI=0.0167075;REFB=-0.00972583;REVB=-0.000566762;RO=67;SAF=26;SAR=13;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484505;STB=0.527763;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0199854;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:13:26:42:25:13:26:42:25 chr6 29856686 . C G 389.46 PASS AF=0.350746;AO=47;DP=136;FAO=47;FDP=134;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=0.000893635;FXX=0.0147048;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.423;QD=11.6257;RBI=0.0323597;REFB=-0.00664849;REVB=-0.0323473;RO=86;SAF=25;SAR=22;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830774;STB=0.550685;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0232362;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:86:87:47:47:0.350746:22:25:52:34:22:25:53:34 chr6 29856693 . C T 446.31 PASS AF=0.379562;AO=50;DP=135;FAO=52;FDP=137;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.00811624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.34;QD=13.0308;RBI=0.0144235;REFB=-0.0114331;REVB=-0.0119232;RO=85;SAF=27;SAR=23;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939611;STB=0.565107;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0249712;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:85:85:50:52:0.379562:23:27:53:32:25:27:53:32 chr6 29856718 . G C 472.89 PASS AF=0.375;AO=54;DP=145;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=0.0221729;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6314;QD=13.1358;RBI=0.0482358;REFB=0.0081879;REVB=0.0428376;RO=89;SAF=27;SAR=27;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154529;STB=0.590245;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0123393;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:89:90:54:54:0.375:27:27:57:32:27:27:58:32 chr6 29910324 . G C 213.36 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0155341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.851;QD=16.1024;RBI=0.0166513;REFB=-0.0104327;REVB=-0.00599645;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736317;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0128435;OID=.;OPOS=29910324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:13:11:15:13:13:11:15:14 chr6 29910358 . C G 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00118049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5917;QD=23.8963;RBI=0.0408572;REFB=-0.0041435;REVB=0.0408402;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387046;STB=0.521529;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00911201;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:14:13:10:13:14:13:10:13 chr6 29910378 . C T 220.76 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0231047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.663;QD=22.0759;RBI=0.0236504;REFB=-0.00294198;REVB=0.00505134;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456183;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672087;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:19:20:0.5:13:6:4:11:13:7:6:11 chr6 29910538 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0232515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.539;QD=14.9786;RBI=0.0238891;REFB=-0.0295779;REVB=0.00548259;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.576768;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0416138;OID=.;OPOS=29910538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:6:5:6:4:6:5 chr6 29910558 . T C 90.33 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.032266;FXX=0.249911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4156;QD=17.2055;RBI=0.124859;REFB=0.00885416;REVB=-0.120618;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231477;STB=0.63608;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0181859;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:5:6:3:7:5:6 chr6 29910562 . A C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0210141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.572;QD=6.26145;RBI=0.0210331;REFB=-0.00187184;REVB=0.000894552;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180464;STB=0.617624;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00297061;OID=.;OPOS=29910562;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:12:9:2:5:12:9 chr6 29910572 . C T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00727272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.422;QD=9.10109;RBI=0.0907103;REFB=0.00101453;REVB=0.0904182;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.000504365;OID=.;OPOS=29910572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:10:9:2:7:10:9 chr6 29910587 . G A 62.37 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0791083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0698;QD=8.3154;RBI=0.104608;REFB=-0.00812362;REVB=0.0684454;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269229;STB=0.669154;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0269979;OID=.;OPOS=29910587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:12:9:2:7:12:9 chr6 29910604 . C A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00464075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.987;QD=17.7309;RBI=0.02131;REFB=-0.0196317;REVB=-0.0207985;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342104;STB=0.69211;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0373075;OID=.;OPOS=29910604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:16:3:9:8:16:3 chr6 29910700 . G T 58.92 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.01982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.453;QD=5.12311;RBI=0.0338632;REFB=-0.0120803;REVB=-0.0274569;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239226;STB=0.639515;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.044545;OID=.;OPOS=29910700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:31:37:9:9:0.195652:5:4:20:11:5:4:23:14 chr6 29910716 . CA GG 76.74 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0274988;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=2;MLLD=184.509;QD=5.38558;RBI=0.0283246;REFB=-0.0104948;REVB=-0.00678968;RO=44;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211684;STB=0.625156;STBP=0.401;TYPE=mnp;VARB=0.036671;OID=.;OPOS=29910716;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:57:44:45:12:12:0.210526:7:5:26:18:7:5:26:19 chr6 29910730 . T A 76.21 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0315366;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.299;QD=5.25589;RBI=0.0328948;REFB=-0.0134211;REVB=-0.00935491;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169914;STB=0.616286;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0298558;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:58:45:46:12:12:0.206897:7:5:25:20:7:5:26:20 chr6 29910742 . G C 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00287415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2889;QD=5.64502;RBI=0.0455526;REFB=-0.00288687;REVB=0.0454618;RO=46;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127042;STB=0.580189;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0120871;OID=.;OPOS=29910742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:7:6:26:20:7:6:26:20 chr6 29910752 . G C 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0109754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.523;QD=5.6449;RBI=0.012067;REFB=-0.00448047;REVB=0.00501519;RO=46;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127042;STB=0.580189;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0168172;OID=.;OPOS=29910752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:7:6:26:20:7:6:26:20 chr6 29910801 . C A 324.24 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0249639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0851;QD=41.8376;RBI=0.050788;REFB=0.00220694;REVB=-0.0442292;RO=5;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.554414;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.000696287;OID=.;OPOS=29910801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:26:26:0.83871:14:12:4:1:14:12:4:1 chr6 29911086 . T C 420.75 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8803;QD=38.2504;RBI=0.0230447;REFB=-0.0315739;REVB=0.00592201;RO=11;SAF=21;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446376;STB=0.524214;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0125819;OID=.;OPOS=29911086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:11:11:33:33:0.75:12:21:6:5:12:21:6:5 chr6 29911092 . G T 81.01 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0100007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.104;QD=7.5361;RBI=0.0540617;REFB=-0.00913175;REVB=0.0531287;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151132;STB=0.560238;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0271956;OID=.;OPOS=29911092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:42:43:32:32:10:11:0.255814:5:5:20:12:5:6:20:12 chr6 29911114 . GG AC 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0419579;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.755;QD=7.86317;RBI=0.0425857;REFB=0.00867448;REVB=0.00728518;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126373;STB=0.565111;STBP=0.612;TYPE=mnp;VARB=-0.0250825;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:6:6:20:13:6:6:20:14 chr6 29911119 . G T 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0202944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.076;QD=7.8632;RBI=0.0237768;REFB=0.00438613;REVB=0.0123885;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105495;STB=0.565111;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00388304;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:20:14:6:6:20:14 chr6 29911154 . C A 106.27 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0395405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8329;QD=10.1212;RBI=0.0448202;REFB=-0.00112855;REVB=-0.0211047;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104545;STB=0.549227;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0118786;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:13:14:0.333333:6:7:17:10:6:8:18:10 chr6 29911190 . G A 482.06 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0291807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7492;QD=53.5627;RBI=0.0661695;REFB=-0.0326056;REVB=0.0593876;RO=2;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245816;STB=0.511105;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00756397;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:10:23:1:1:11:23:1:1 chr6 29911198 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0119828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.5;QD=11.6672;RBI=0.0532094;REFB=-0.0154391;REVB=-0.0518426;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327112;STB=0.709353;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0234788;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:3:11:13:12:3:11:13:13 chr6 29911207 . G A 119.36 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0005004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4271;QD=13.6406;RBI=0.00436524;REFB=-0.0292506;REVB=-0.00433646;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395121;STB=0.732978;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0244616;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:3:11:9:12:3:11:9:12 chr6 29911228 . A C,T 419.39 PASS AF=0.514286,0.4;AO=18,14;DP=35;FAO=18,14;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=7,10;FSAR=11,4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0277473,0.0339977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.792,40.4362;QD=47.9305;RBI=0.0289059,0.0463266;REFB=-0.00160171,-0.019899;REVB=0.00810167,0.0314693;RO=3;SAF=7,10;SAR=11,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.015307,0.138172;STB=0.508371,0.576808;STBP=0.911,0.259;TYPE=snp,snp;VARB=0.0027358,0.0191064;OID=.,.;OPOS=29911228,29911228;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:35:3:3:18,14:18,14:0.514286,0.4:11,4:7,10:1:2:11,4:7,10:1:2 chr6 29911239 . TT CA 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0118551;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.301;QD=17.542;RBI=0.0259411;REFB=0.0146275;REVB=-0.0230737;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146539;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=-0.0162807;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:12:4:6:9:12:4 chr6 29911256 . T G 483.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.905;QD=58.6526;RBI=0.0476292;REFB=0;REVB=0.0252011;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127893;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:11:20:0:0:11:22:0:0 chr6 29911260 . AC CG 98.68 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00787903;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.538;QD=12.3351;RBI=0.00905498;REFB=-0.0166421;REVB=-0.00446247;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.511608;STBP=0.956;TYPE=mnp;VARB=0.0231899;OID=.;OPOS=29911260;OREF=AC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:32:20:20:12:12:0.375:4:8:13:7:4:8:13:7 chr6 29911319 . G T 32.96 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0325961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.506;QD=3.06636;RBI=0.0338403;REFB=-0.0080346;REVB=-0.00909174;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322876;STB=0.720338;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0638476;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:28:9:3:3:28:9 chr6 29912108 . G C 66.2 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00569375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0607;QD=12.0358;RBI=0.097322;REFB=0.0173116;REVB=0.0971554;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242158;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0123038;OID=.;OPOS=29912108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:9:4:5:4:9:4 chr6 29912147 . C T 72.25 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0103282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.755;QD=10.7034;RBI=0.0274235;REFB=-0.0311726;REVB=0.0254043;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153571;STB=0.617414;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0521752;OID=.;OPOS=29912147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:27:17:17:9:10:0.37037:5:4:10:7:6:4:10:7 chr6 29912280 . T C 140.25 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0178395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.87;QD=10.3886;RBI=0.0178408;REFB=-0.0243118;REVB=0.0002191;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094823;STB=0.539605;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0491925;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:36:17:18:0.333333:7:10:24:12:7:11:24:12 chr6 29912333 . C T 134.18 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=69;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0113101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9248;QD=7.66745;RBI=0.0562329;REFB=-0.00579661;REVB=-0.0550838;RO=47;SAF=16;SAR=3;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297474;STB=0.678364;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0177478;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:47:50:19:20:0.285714:3:16:31:16:3:17:34:16 chr6 29912368 . C T 134.6 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.0104483;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.473;QD=6.56594;RBI=0.0286553;REFB=-0.0131868;REVB=-0.0266826;RO=61;SAF=18;SAR=2;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343915;STB=0.716545;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0375017;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:61:62:20:20:0.243902:2:18:45:16:2:18:46:16 chr6 29912830 . T C 1264.68 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.948;QD=61.6916;RBI=0.050785;REFB=0;REVB=0.00765325;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78018e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:42:38:0:0:42:40:0:0 chr6 29912852 . T C 301.42 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0161317;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.28;QD=14.0196;RBI=0.0241745;REFB=-0.0119715;REVB=0.0180049;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103161;STB=0.563995;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0248281;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:18:16:29:22:18:16:30:22 chr6 29912856 . A T 336.74 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.017136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.29;QD=14.8017;RBI=0.0189665;REFB=-0.00660472;REVB=0.0081295;RO=54;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690553;STB=0.547055;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0236772;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:36:37:0.406593:17:19:32:22:18:19:32:22 chr6 29913042 . C T 2185.36 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0286531;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.636;QD=62.4387;RBI=0.0403781;REFB=-0.0755673;REVB=0.0284499;RO=1;SAF=74;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638196;STB=0.503355;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=3.8111e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:141:140:1:1:139:139:0.992857:65:74:1:0:65:74:1:0 chr6 29913067 . T C 445.59 PASS AF=0.390977;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00395093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7502;QD=13.4013;RBI=0.0850733;REFB=-0.00550113;REVB=0.0849815;RO=80;SAF=25;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375147;STB=0.51879;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0100833;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:80:81:51:52:0.390977:26:25:42:38:26:26:43:38 chr6 29913074 . A G 1859.95 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.964;QD=60.4863;RBI=0.0826131;REFB=0;REVB=0.0651076;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442771;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:123:0:0:112:123:1:50:62:0:0:60:63:0:0 chr6 29913078 . A G 1718.39 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135574;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.253;QD=59.7702;RBI=0.0161539;REFB=0.0652212;REVB=-0.00878335;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.504761;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000188593;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:113:114:0.991304:52:61:0:1:52:62:0:1 chr6 29976838 . A G 522.3 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0222681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9318;QD=21.103;RBI=0.026131;REFB=0.00552183;REVB=0.0136733;RO=49;SAF=23;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813899;STB=0.544996;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0071289;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:27:23:27:22:27:23:27:22 chr6 30075843 . T C 1007.17 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0571233;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=114.712;QD=55.1873;RBI=0.0572896;REFB=-0.117102;REVB=-0.00436241;RO=0;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514559;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000496448;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:0:3:70:70:0.958904:20:50:0:0:20:50:3:0 chr6 30075864 . A G 1105.79 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132658;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1179;QD=60.5915;RBI=0.0135872;REFB=0;REVB=-0.00293768;RO=0;SAF=52;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685771;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:21:52:0:0:21:52:0:0 chr6 30075903 . C T 405.45 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.007027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.197;QD=19.7778;RBI=0.0137017;REFB=-0.0361983;REVB=-0.0117626;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705665;STB=0.539079;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0334542;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:16:25:28:13:16:25:28:13 chr6 30114845 . T C 303.27 PASS AF=0.542373;AO=29;DP=56;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.017508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.418;QD=20.5608;RBI=0.0198339;REFB=-0.0388883;REVB=0.00931958;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068717;STB=0.545426;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0300231;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:27:27:29:32:0.542373:13:16:17:10:15:17:17:10 chr6 30114955 . C T 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0132503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.709;QD=24.3824;RBI=0.0155602;REFB=-0.021559;REVB=-0.00815778;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637347;STB=0.534946;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0124028;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:18:19:15:10:18:19:15:10 chr6 30115542 . G A 258.36 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0354463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5209;QD=19.8742;RBI=0.0583327;REFB=-0.00630827;REVB=-0.0463278;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10591;STB=0.559394;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00383556;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:7:20:16:9:7:20:16:9 chr6 30121460 . C T 455.09 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0258191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.898;QD=18.0235;RBI=0.0280522;REFB=-0.00372762;REVB=0.0109681;RO=53;SAF=28;SAR=20;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199143;STB=0.511069;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0044134;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:20:28:32:21:20:28:32:21 chr6 30121821 . A G 882.05 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=145;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0290256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.351;QD=24.3325;RBI=0.0297929;REFB=-0.0358377;REVB=-0.00671813;RO=61;SAF=47;SAR=34;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835531;STB=0.556533;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0266212;OID=.;OPOS=30121821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:61:64:81:81:0.558621:34:47:29:32:34:47:29:35 chr6 30122154 . T C 1309.97 PASS AF=0.92233;AO=94;DP=104;FAO=95;FDP=103;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00557688;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.862;QD=50.8727;RBI=0.0127223;REFB=-0.0144552;REVB=-0.0114348;RO=8;SAF=69;SAR=25;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051872;STB=0.527021;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00227386;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:104:103:8:8:94:95:0.92233:25:69:8:0:25:70:8:0 chr6 30131546 . A G 392.64 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0143479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.218;QD=22.7615;RBI=0.0167982;REFB=-0.0550172;REVB=-0.00873593;RO=23;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152602;STB=0.558109;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0317115;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:23:26:36:37:0.536232:17:19:17:6:18:19:17:9 chr6 30139699 . G A 436.64 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0201715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.228;QD=15.7348;RBI=0.0242291;REFB=-0.0242839;REVB=0.0134223;RO=62;SAF=15;SAR=33;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246496;STB=0.641697;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0298854;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:62:48:49:0.441441:33:15:34:28:34:15:34:28 chr6 30140342 . T C 1613.49 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0037857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=58.6723;RBI=0.0256774;REFB=-0.251432;REVB=0.0253968;RO=1;SAF=69;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068307;STB=0.503596;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00284479;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:40:69:1:0:40:69:1:0 chr6 30154199 . T C 159.5 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00274009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.601;QD=17.7226;RBI=0.0522668;REFB=-0.00132524;REVB=-0.0521949;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671833;STB=0.538415;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00143502;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:11:8:6:11:11:8 chr6 30227583 . C G 93.17 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00628487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3483;QD=9.80782;RBI=0.0459461;REFB=-0.0105319;REVB=0.0455142;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18379;STB=0.583205;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0116704;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:8:4:5:20:8:4:6:20 chr6 30228230 . A C 362.16 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00243473;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.534;QD=17.6665;RBI=0.0112077;REFB=-0.024251;REVB=0.01094;RO=44;SAF=27;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106771;STB=0.559967;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0312595;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:11:27:27:17:11:27:27:17 chr6 30228379 . A G 271.65 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00472721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.519;QD=22.6375;RBI=0.0453539;REFB=-0.0446336;REVB=-0.0451069;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690176;STB=0.538432;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0381164;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:10:12:12:14:10:12 chr6 30228398 . CG C 126.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.036212;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.0188;QD=12.0302;RBI=0.134147;REFB=0.0534749;REVB=0.129167;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447114;STB=0.523788;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=-0.0504164;OID=.;OPOS=30228399;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:22:43:22:42:20:11:11:9:11:99:18:11:11:8:10 chr6 30229013 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0312927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.472;QD=21.0075;RBI=0.0320042;REFB=-0.0148845;REVB=0.00671096;RO=14;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147905;STB=0.551914;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0133559;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:19:19:0.527778:5:14:8:6:5:14:11:6 chr6 30229034 . C CT 227.35 PASS AF=0.65;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0114551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.4483;QD=22.735;RBI=0.0328464;REFB=0.0262465;REVB=-0.0307842;RO=14;SAF=20;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193609;STB=0.583264;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=-0.016059;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:24:40:26:40:14:21:5:9:5:80:14:20:4:9:5 chr6 30229457 . C T 687.84 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0287517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1286;QD=23.9247;RBI=0.0659375;REFB=-0.0308912;REVB=-0.0593388;RO=49;SAF=38;SAR=28;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519077;STB=0.528334;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0389837;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:49:66:66:0.573913:28:38:25:24:28:38:25:24 chr6 30229463 . G A 616.56 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0170372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.281;QD=22.2183;RBI=0.0252362;REFB=-0.0235755;REVB=-0.0186172;RO=50;SAF=37;SAR=24;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731867;STB=0.540133;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0218782;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:24:37:26:24:24:37:26:24 chr6 30230085 . T C 120.75 PASS AF=0.25;AO=7;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.0257899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.55;QD=10.0627;RBI=0.0261508;REFB=-0.0385426;REVB=-0.00432995;RO=33;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589618;STB=0.688006;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.07683;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:48:33:33:7:12:0.25:5:2:27:6:5:7:27:6 chr6 30231071 . G A 283.97 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-6.18541e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1615;QD=12.7625;RBI=0.000911112;REFB=-0.00923012;REVB=0.00090901;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185026;STB=0.609956;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0204413;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:17:16:36:19:17:16:37:19 chr6 30231108 . G T 305.49 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=-0.0555458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.73;QD=12.8628;RBI=0.0794792;REFB=-0.00920604;REVB=-0.0568472;RO=59;SAF=17;SAR=18;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210822;STB=0.623962;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0136712;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:60:35:35:0.368421:18:17:40:19:18:17:41:19 chr6 30297529 . T C 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0207686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.255;QD=24.3903;RBI=0.0212079;REFB=-0.0161518;REVB=0.00429439;RO=34;SAF=17;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105058;STB=0.557667;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0153547;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:29:17:17:17:29:17:17:17 chr6 30309508 . T C 436.65 PASS AF=0.45;AO=43;DP=98;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0113734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.292;QD=17.4662;RBI=0.0190244;REFB=-0.00719472;REVB=0.0152504;RO=55;SAF=31;SAR=12;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365595;STB=0.529008;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0083481;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:55:55:43:45:0.45:12:31:38:17:12:33:38:17 chr6 30313267 . G GA 125.15 PASS AF=0.479452;AO=14;DP=87;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0329628;FXX=0.130937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.492;QD=6.85745;RBI=0.0411836;REFB=-0.0285856;REVB=-0.0246889;RO=73;SAF=13;SAR=1;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.534565;STB=0.655558;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0615217;OID=.;OPOS=30313268;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479452:14:87:35:73:38:26:9:18:20:99:73:13:1:43:30 chr6 30313268 . G A 271.87 PASS AF=0.426667;AO=29;DP=83;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00111681;FXX=0.127892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.334;QD=14.4998;RBI=0.0140295;REFB=-0.023412;REVB=-0.013985;RO=41;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178198;STB=0.607773;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0314411;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:75:41:43:29:32:0.426667:10:19:20:21:10:22:22:21 chr6 30314566 . TC GA 567.48 PASS AF=0.495798;AO=58;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00750577;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.446;QD=19.0749;RBI=0.014903;REFB=-0.0279323;REVB=-0.0128749;RO=59;SAF=32;SAR=26;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701129;STB=0.503758;STBP=0.937;TYPE=mnp;VARB=0.0293099;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:60:58:59:0.495798:26:32:33:26:26:33:34:26 chr6 30457732 . T C 967.66 PASS AF=1;AO=54;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.08;QD=58.6458;RBI=0.0404463;REFB=0;REVB=0.0369732;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51159e-05;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:54:66:1:27:27:0:0:37:29:0:0 chr6 30521137 . G A 1470.93 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0208878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.013;QD=60.0379;RBI=0.0449081;REFB=-0.0895356;REVB=0.0397547;RO=2;SAF=57;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163465;STB=0.512818;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000277374;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:2:3:95:95:0.969388:38:57:2:0:38:57:3:0 chr6 30530245 . T C 1412.94 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.451;QD=62.7975;RBI=0.0426752;REFB=0;REVB=0.0118532;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25273e-05;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:35:54:0:0:35:55:0:0 chr6 30558477 . G GA 1962.76 PASS AF=1;AO=151;DP=192;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165211;FXX=0.0279314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8326;QD=45.1209;RBI=0.267876;REFB=0;REVB=0.210862;RO=39;SAF=83;SAR=68;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00306551;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:151:192:174:174:0:87:87:0:0:37:39:83:68:17:22 chr6 30575603 . A G 754.59 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0529964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7971;QD=54.8794;RBI=0.0532029;REFB=-0.122117;REVB=0.00468296;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0138251;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr6 30627325 . A G 583.18 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.000278496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.452;QD=19.2787;RBI=0.0464452;REFB=-0.0131495;REVB=-0.0464444;RO=59;SAF=22;SAR=38;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856213;STB=0.548799;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0160107;OID=.;OPOS=30627325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:61:60:60:0.495868:38:22:27:32:38:22:28:33 chr6 30647000 . T TGCA 225.66 PASS AF=0.391304;AO=25;DP=70;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0186713;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=245.828;QD=13.0815;RBI=0.0191695;REFB=-0.0622062;REVB=0.00434194;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279776;STB=0.618962;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=0.0821704;OID=.;OPOS=30647001;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=TGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:25:70:27:69:42:15:12:15:27:99:44:15:10:15:29 chr6 30652872 . G A 2424.19 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0258765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.533;QD=59.8566;RBI=0.0688158;REFB=-0.104599;REVB=0.0637654;RO=1;SAF=86;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550078;STB=0.505746;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000334801;OID=.;OPOS=30652872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:1:2:160:160:0.987654:74:86:1:0:74:86:2:0 chr6 30673385 . CT CTT,TC,TT 30.28 PASS AF=0.171875,0,0;AO=13,3,3;DP=63;FAO=11,0,0;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0125524,-0.0171788,-0.0206109;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=11.0395,187.745,57.0563;QD=1.89224;RBI=0.0163443,0.0447701,0.0732244;REFB=-0.0925529,0.00586532,-0.00699374;REVB=0.0104677,-0.041343,-0.0702638;RO=40;SAF=4,0,1;SAR=9,3,2;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.424855,-0.594689,-0.328862;STB=0.664511,0.5,0.5;STBP=0.28,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=0.101972,0,0.0110984;OID=.,.,.;OPOS=30673386,30673385,30673385;OREF=-,CT,C;OALT=T,TC,T;OMAPALT=CTT,TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:63:64:40:53:13,3,3:11,0,0:0.171875,0,0:9,3,2:4,0,1:27:13:7,0,0:4,0,0:30:23 chr6 30711805 . C G 814.68 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.942;QD=57.1702;RBI=0.0449258;REFB=0;REVB=0.0439372;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6158e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr6 30782105 . T C 1587.56 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.345;QD=64.144;RBI=0.0117021;REFB=0;REVB=-0.0111207;RO=0;SAF=67;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63143e-06;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:31:67:0:0:32:67:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 322.9 PASS AF=0.391304;AO=34;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0326865;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.5;QD=14.0389;RBI=0.0331184;REFB=-0.00904815;REVB=0.0053309;RO=56;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165562;STB=0.592974;STBP=0.172;TYPE=ins;VARB=0.0152764;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:34:93:36:92:56:19:17:38:18:99:56:18:16:38:18 chr6 30782235 . G A 1168.26 PASS AF=0.975309;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0190165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.542;QD=57.6917;RBI=0.0396085;REFB=-0.199176;REVB=0.0347449;RO=2;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029553;STB=0.514702;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00193695;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:77:79:0.975309:31:46:0:2:33:46:0:2 chr6 30782302 . TC T,TT 370.76 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=4,26;DP=31;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348374,0.0319372;FXX=0.096743;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.627,220.708;QD=52.9656;RBI=0.04859,0.0435178;REFB=0,0;REVB=0.0338725,0.0295603;RO=1;SAF=2,13;SAR=2,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0.0343929;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0149657,0.000670415;OID=.,.;OPOS=30782303,30782303;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:4,26:31:4,24:28:0:2,13:2,11:0:0:14:1:2,13:2,13:0:1 chr6 30782323 . T C 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0113016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.964;QD=18.6413;RBI=0.0187586;REFB=-0.00538982;REVB=0.014972;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165626;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00479268;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:6:7:10:4:6:7 chr6 30782361 . G A 56.38 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0116572;FXX=0.096743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.724;QD=8.05491;RBI=0.0199048;REFB=-0.00817124;REVB=-0.0161341;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.599771;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0158379;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:30:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:5:15:5:3:5:15 chr6 30782407 . A G,T 700.01 PASS AF=0.93617,0.0425532;AO=44,2;DP=47;FAO=44,2;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373803,0.0229524;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.507,132.11;QD=59.5749;RBI=0.043008,0.0230394;REFB=-0.0776349,-0.0456912;REVB=0.0212698,-0.00200049;RO=0;SAF=16,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508768,0.5;STBP=0.529,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00131939,0.0471068;OID=.,.;OPOS=30782407,30782407;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:1:44,2:44,2:0.93617,0.0425532:28,2:16,0:0:0:28,2:16,0:0:1 chr6 30857072 . G C 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.963;QD=60.0683;RBI=0.00663623;REFB=-0.0145362;REVB=0.00399096;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=1.73414e-05;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:0:1:81:81:0.987805:43:38:0:0:43:38:1:0 chr6 30858857 . C T 2647.75 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3492;QD=61.9356;RBI=0.0161906;REFB=0;REVB=-0.00342163;RO=0;SAF=105;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48931e-05;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:66:105:0:0:66:105:0:0 chr6 30864829 . T C 1979.47 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000707896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1993;QD=60.442;RBI=0.0419989;REFB=-0.147243;REVB=0.041993;RO=2;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150813;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151523;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:2:0:129:131:1:62:67:0:2:64:67:0:0 chr6 30865204 . A C 759.67 PASS AF=0.55303;AO=71;DP=129;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0382715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6778;QD=23.0204;RBI=0.0673365;REFB=-0.0104099;REVB=0.0554031;RO=58;SAF=46;SAR=25;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18339;STB=0.586711;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00836096;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:58:59:71:73:0.55303:25:46:25:33:27:46:26:33 chr6 30876238 . G A 755.35 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.522;QD=54.9342;RBI=0.0555176;REFB=-0.106647;REVB=0.0248035;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000494579;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr6 30877760 . A C 1607.05 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.157;QD=60.0767;RBI=0.0273807;REFB=0;REVB=0.0199947;RO=0;SAF=61;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01228e-05;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:46:61:0:0:46:61:0:0 chr6 30882203 . T C 314.06 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4309;QD=52.3435;RBI=0.124137;REFB=0;REVB=-0.118234;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042437;OID=.;OPOS=30882203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:3:20:0:0:3:21:0:0 chr6 30887972 . C T 1979.43 PASS AF=0.963235;AO=131;DP=136;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0296696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.177;QD=58.2184;RBI=0.0459846;REFB=-0.0697548;REVB=0.0351325;RO=5;SAF=62;SAR=69;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191521;STB=0.510085;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000906436;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:136:5:5:131:131:0.963235:69:62:1:4:69:62:1:4 chr6 30888161 . T C,G 1623.89 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=105,4;DP=109;FAO=106,4;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54,2;FSAR=52,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307274,-0.00211992;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.6028,118.089;QD=59.0505;RBI=0.00565911,0.0235594;REFB=0,0;REVB=-0.00475224,-0.0234638;RO=0;SAF=54,2;SAR=51,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00040523,0.159518;OID=.,.;OPOS=30888161,30888161;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:109:110:0:0:105,4:106,4:0.963636,0.0363636:51,2:54,2:0:0:52,2:54,2:0:0 chr6 30888502 . G A 169.01 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0476801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1212;QD=12.519;RBI=0.0542606;REFB=-0.0708108;REVB=0.0259001;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210901;STB=0.516114;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.108918;OID=.;OPOS=30888502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:33:20:21:0.388889:8:12:18:13:9:12:18:15 chr6 30889389 . T C 1219.95 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00647834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8115;QD=58.7929;RBI=0.0116496;REFB=-0.163488;REVB=0.00968212;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.503342;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0022219;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:0:2:79:81:0.975904:30:49:0:0:30:51:1:1 chr6 30893127 . G A 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0797;QD=58.7776;RBI=0.0481998;REFB=0;REVB=-0.0440416;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160323;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr6 30893728 . C T 1044.03 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.093569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3929;QD=59.6591;RBI=0.119025;REFB=0;REVB=0.0735642;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110202;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:26:43:0:0:27:43:0:0 chr6 30899571 . C T 344.47 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00760795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.953;QD=26.4974;RBI=0.00777302;REFB=-0.0163256;REVB=-0.00159341;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130742;STB=0.571387;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.021491;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:15:18:14:5:15:18:14:5 chr6 30900399 . C G 399.58 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196971;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.738;QD=57.0834;RBI=0.0597141;REFB=0;REVB=0.0563719;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525888;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr6 30900427 . TAGA GAGA,T 544.49 PASS AF=0.282051,0.692308;AO=11,27;DP=40;FAO=11,27;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=7,15;FSAR=4,12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132684,0.0204511;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=83.063,139.494;QD=55.8448;RBI=0.0319533,0.0205259;REFB=-0.0661739,0.0274271;REVB=-0.0290682,-0.00175071;RO=1;SAF=7,15;SAR=4,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0994753,0.0371713;STB=0.555452,0.519985;STBP=0.317,0.325;TYPE=snp,del;VARB=-0.00685369,0.00334935;OID=.,.;OPOS=30900427,30900428;OREF=T,AGA;OALT=G,-;OMAPALT=GAGA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:83:40:39:1:1:11,27:11,27:0.282051,0.692308:4,12:7,15:0:1:4,12:7,15:0:1 chr6 30900435 . G T 92.0 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0104413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7939;QD=8.97561;RBI=0.0410108;REFB=-0.005948;REVB=0.0396594;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373364;STB=0.522783;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0133669;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:16:13:5:7:16:13 chr6 30916920 . GA G 46.77 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0925856;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.72052;QD=7.48307;RBI=0.259804;REFB=-0.0709962;REVB=0.242746;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0.419355;SSEP=0;SSSB=0.421462;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.147539;OID=.;OPOS=30916921;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:11:24:12:25:13:7:5:3:10:45:10:7:4:1:9 chr6 30954245 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.115994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1876;QD=21.1723;RBI=0.116161;REFB=-0.00764203;REVB=-0.00621787;RO=8;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2735;STB=0.659672;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0015053;OID=.;OPOS=30954245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:11:1:2:6:11:1:2:6 chr6 30955209 . T A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0370682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.763;QD=10.8849;RBI=0.0471676;REFB=-0.00201258;REVB=-0.0291673;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480808;STB=0.7992;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00267846;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:1:8:8:7:1:8:8:7 chr6 30955211 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00809482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2384;QD=16.4169;RBI=0.0143877;REFB=-0.0192977;REVB=0.0118946;RO=16;SAF=13;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54253;STB=0.82479;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0155391;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:1:13:9:7:1:13:9:7 chr6 30955359 . G A 856.98 PASS AF=0.479381;AO=79;DP=180;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.0248027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5166;QD=17.6698;RBI=0.0672417;REFB=-0.0260768;REVB=0.0625002;RO=94;SAF=47;SAR=32;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145766;STB=0.589145;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0204826;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:194:94:101:79:93:0.479381:32:47:42:52:35:58:46:55 chr6 30955929 . C A 686.22 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0185805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.864;QD=20.3324;RBI=0.0256471;REFB=-0.000426475;REVB=0.0176789;RO=66;SAF=42;SAR=26;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670773;STB=0.541372;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000569173;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:67:68:68:0.503704:26:42:36:30:26:42:36:31 chr6 30993377 . T A 121.16 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0146774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7228;QD=15.145;RBI=0.0323517;REFB=-0.018846;REVB=0.0288306;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554898;STB=0.54161;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0308265;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:3:11:14:3:3:11:15:3 chr6 30993499 . C T 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00115182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.24;QD=8.22937;RBI=0.00808402;REFB=-0.0142392;REVB=0.00800154;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270486;STB=0.516745;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0384077;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:17:8:3:7:17:8 chr6 30993533 . A G 149.24 PASS AF=0.340909;AO=11;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00106041;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.707;QD=13.5676;RBI=0.00206518;REFB=-0.0348427;REVB=0.00177215;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0624353;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:11:15:0.340909:4:7:18:9:5:10:18:9 chr6 30993813 . G A 42.76 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.00554769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.48;QD=10.0612;RBI=0.0690694;REFB=-0.0245643;REVB=0.0688462;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.683735;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0557719;OID=.;OPOS=30993813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:10:10:5:6:0.352941:1:4:8:2:2:4:9:1 chr6 30993866 . A T 64.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0489766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0492;QD=9.4852;RBI=0.077273;REFB=-0.004813;REVB=0.0597697;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472813;STB=0.736453;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0315803;OID=.;OPOS=30993866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:16:1:4:5:16:2 chr6 30993880 . G C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0614851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.689;QD=7.95418;RBI=0.0627165;REFB=-0.0276131;REVB=-0.0123665;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403858;STB=0.740278;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0627152;OID=.;OPOS=30993880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:16:3:4:4:16:3 chr6 30993958 . A G 597.61 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329587;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7955;QD=61.2929;RBI=0.0424928;REFB=0;REVB=0.0268209;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.85961e-06;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 30994052 . A T 421.16 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.188;QD=56.1544;RBI=0.0500954;REFB=0;REVB=0.0417775;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119962;OID=.;OPOS=30994052;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:4:23:0:0:5:25:0:0 chr6 30995080 . G C 32.43 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0521085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.716;QD=16.2165;RBI=0.0545501;REFB=-0.158772;REVB=0.0161372;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0201038;OID=.;OPOS=30995080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr6 30995178 . C T 186.26 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0259641;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.475;QD=17.7391;RBI=0.0265326;REFB=-0.0303739;REVB=0.00546294;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054985;STB=0.531218;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0480725;OID=.;OPOS=30995178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:4:15:19:4:4:15:19:4 chr6 30995187 . T C 301.79 PASS AF=0.5625;AO=28;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0173234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.792;QD=25.1494;RBI=0.0175873;REFB=-0.0374128;REVB=-0.00303487;RO=19;SAF=23;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386653;STB=0.570191;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0269236;OID=.;OPOS=30995187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:21:28:27:0.5625:5:23:15:4:4:23:16:5 chr6 30995297 . A G 541.02 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.035561;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.652;QD=24.3156;RBI=0.0469086;REFB=-0.0271931;REVB=0.0305914;RO=38;SAF=44;SAR=6;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182311;STB=0.597782;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0195632;OID=.;OPOS=30995297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:38:39:50:50:0.561798:6:44:29:9:6:44:30:9 chr6 30995532 . T C 195.63 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0508407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0563;QD=17.7846;RBI=0.0998831;REFB=-0.051013;REVB=-0.0859759;RO=23;SAF=18;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436507;STB=0.749687;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0372872;OID=.;OPOS=30995532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:2:18:14:9:2:18:15:9 chr6 30996132 . C T 85.88 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0289761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8811;QD=11.8452;RBI=0.0398516;REFB=-0.00212741;REVB=0.0273594;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307581;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00494894;OID=.;OPOS=30996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:8:10:3:8:8:10 chr6 30997078 . T C 158.06 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0192871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.53;QD=35.1238;RBI=0.0989783;REFB=-0.0786781;REVB=0.097081;RO=3;SAF=13;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413168;STB=0.649766;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0138214;OID=.;OPOS=30997078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:18:3:3:14:15:0.833333:1:13:1:2:2:13:1:2 chr6 30997334 . A G 236.47 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.00148374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1807;QD=26.2749;RBI=0.105512;REFB=-0.0388036;REVB=0.105501;RO=14;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257789;STB=0.6399;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0833057;OID=.;OPOS=30997334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:4:18:14:0:4:18:14:0 chr6 30997352 . A G 189.22 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0201088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.376;QD=23.6527;RBI=0.0971852;REFB=-0.0505119;REVB=0.095082;RO=11;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271522;STB=0.658406;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0503649;OID=.;OPOS=30997352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:11:13:17:19:0.59375:4:13:11:0:5:14:13:0 chr6 30997692 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.561;QD=59.4356;RBI=0.0404026;REFB=0;REVB=0.0105816;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107929;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr6 30997816 . G T 274.83 PASS AF=0.432432;AO=26;DP=68;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=2;FWDB=0.000103185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.388;QD=14.8555;RBI=0.050407;REFB=-0.0323325;REVB=-0.0504069;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=37;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403131;STB=0.691376;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0461712;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:39:42:26:32:0.432432:9:17:37:2:9:23:40:2 chr6 30997824 . T C 299.67 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=2;FWDB=0.0144803;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.103;QD=16.1981;RBI=0.0150789;REFB=-0.0196212;REVB=0.00420645;RO=42;SAF=22;SAR=9;SRF=40;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360291;STB=0.691878;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0296864;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:41:31:33:0.445946:9:22:40:2:10:23:39:2 chr6 30999997 . T C 583.25 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0184825;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.943;QD=25.0861;RBI=0.0221398;REFB=-0.0254903;REVB=-0.0121888;RO=41;SAF=30;SAR=23;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116715;STB=0.559542;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0172166;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:40:53:53:0.569892:23:30:29:12:23:30:28:12 chr6 31000139 . C T 331.77 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.0713207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4947;QD=13.8236;RBI=0.0873102;REFB=-0.0206401;REVB=0.050363;RO=51;SAF=15;SAR=21;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254586;STB=0.666948;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.029016;OID=.;OPOS=31000139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:59:36:37:0.385417:21:15:34:17:21:16:42:17 chr6 31002452 . A G 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0156975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.28;QD=23.1221;RBI=0.0157084;REFB=-0.0119795;REVB=0.000585075;RO=22;SAF=20;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949151;STB=0.552206;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00762096;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:10:20:17:5:10:20:17:5 chr6 31002527 . A G 743.05 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0692143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0408;QD=24.7684;RBI=0.128012;REFB=-0.0173652;REVB=-0.107687;RO=50;SAF=38;SAR=32;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132264;STB=0.507203;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0104606;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:50:70:70:0.583333:32:38:28:22:32:38:28:22 chr6 31079889 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.999;QD=40.763;RBI=0.0265847;REFB=0;REVB=-7.88544e-05;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354198;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 31079994 . C T 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0081825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.521;QD=23.1241;RBI=0.0294732;REFB=-0.0457778;REVB=0.0283146;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255786;STB=0.514129;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0367572;OID=.;OPOS=31079994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:11:11:16:14:11:11 chr6 31080016 . C G 185.23 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0102358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.057;QD=13.721;RBI=0.0104072;REFB=0.000992484;REVB=0.00188074;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775949;STB=0.536049;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000832159;OID=.;OPOS=31080016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:15:16:13:9:15:17 chr6 31084792 . C T 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00863703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.865;QD=3.37614;RBI=0.0274357;REFB=-0.00888193;REVB=-0.0260407;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128978;STB=0.591456;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0390972;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:19:22:3:4:19:22 chr6 31097453 . T G 337.1 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00533432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.079;QD=11.4272;RBI=0.0216691;REFB=-0.0189124;REVB=-0.0210023;RO=76;SAF=28;SAR=14;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179897;STB=0.6035;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0421696;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:14:28:39:37:14:28:39:37 chr6 31105891 . A G 75.0 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.686;QD=37.5021;RBI=0.0329702;REFB=0;REVB=0.0241145;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258938;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr6 31106177 . T C 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00553022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.026;QD=9.10907;RBI=0.0218191;REFB=-0.0183974;REVB=-0.0211066;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228754;STB=0.642474;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.024028;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:9:7:2:6:9:7 chr6 31106268 . A G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00913137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.385;QD=13.7263;RBI=0.0250778;REFB=-0.00625774;REVB=0.0233563;RO=36;SAF=21;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291615;STB=0.669637;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0104373;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:4:21:23:13:4:21:23:13 chr6 31106459 . C A 365.97 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00236233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6972;QD=22.5214;RBI=0.0283678;REFB=-0.0120975;REVB=0.0282692;RO=27;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385287;STB=0.519376;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00930781;OID=.;OPOS=31106459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:27:28:36:37:0.569231:13:23:16:11:13:24:17:11 chr6 31110391 . G C 474.33 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0161846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.242;QD=18.973;RBI=0.0161848;REFB=-0.00972615;REVB=-8.06355e-05;RO=53;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.563031;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00689094;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:26:21:30:23:26:21:30:23 chr6 31111180 . T C 464.06 PASS AF=0.628571;AO=42;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0156878;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6108;QD=26.5176;RBI=0.0402725;REFB=-0.0544249;REVB=-0.0370914;RO=26;SAF=22;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373368;STB=0.528558;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.045029;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:42:44:0.628571:20:22:15:11:22:22:15:11 chr6 31112484 . C T 243.5 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00682078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.361;QD=12.8157;RBI=0.0177747;REFB=-0.0481846;REVB=-0.0164139;RO=43;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13242;STB=0.605929;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0703055;OID=.;OPOS=31112484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:47:29:29:0.381579:10:19:23:20:10:19:23:24 chr6 31112602 . G C 352.9 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00391126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.637;QD=15.8605;RBI=0.0045716;REFB=-0.0142018;REVB=0.00236675;RO=51;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237878;STB=0.51341;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0193785;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:17:21:27:24:17:21:27:24 chr6 31113030 . A G 586.73 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00491557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.868;QD=26.077;RBI=0.0126007;REFB=-0.0327547;REVB=-0.0116023;RO=37;SAF=40;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255532;STB=0.640409;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0280371;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:13:40:17:20:13:40:17:20 chr6 31113052 . G A 594.31 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.029686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.921;QD=25.0236;RBI=0.0297079;REFB=-0.0156018;REVB=0.00113932;RO=40;SAF=42;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260576;STB=0.650643;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0142919;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:40:41:54:54:0.568421:12:42:20:20:12:42:20:21 chr6 31113275 . AG GA 61.41 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0197389;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.3821;QD=9.44762;RBI=0.0586584;REFB=-0.132619;REVB=0.0552375;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362611;STB=0.623511;STBP=0.348;TYPE=mnp;VARB=0.0224914;OID=.;OPOS=31113275;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:26:15:15:9:11:0.423077:8:1:5:10:9:2:5:10 chr6 31116210 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0344305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.787;QD=18.9017;RBI=0.0380886;REFB=-0.0206636;REVB=0.0162876;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125931;STB=0.570496;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.020498;OID=.;OPOS=31116210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:25:9:13:21:25:9:13:21 chr6 31116246 . G A 426.97 PASS AF=0.505882;AO=41;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0141242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.133;QD=20.0929;RBI=0.0484364;REFB=-0.0130849;REVB=0.0463313;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540604;STB=0.529592;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0125618;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:42:42:41:43:0.505882:21:20:18:24:22:21:18:24 chr6 31118565 . C G 399.89 PASS AF=0.6;AO=32;DP=66;FAO=39;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0339006;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.196;QD=24.6084;RBI=0.035391;REFB=-0.0139315;REVB=-0.0101621;RO=26;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129681;STB=0.537124;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00677719;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:26:32:39:0.6:12:20:20:6:12:27:20:6 chr6 31118898 . A T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0652597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7594;QD=16.0337;RBI=0.0685284;REFB=-0.0203376;REVB=0.0209122;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362745;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.038392;OID=.;OPOS=31118898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:15:13:10:10:15:13 chr6 31125158 . C T 645.31 PASS AF=0.584906;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0133792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.263;QD=24.3514;RBI=0.0198838;REFB=-0.0294172;REVB=0.0147092;RO=44;SAF=30;SAR=32;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468446;STB=0.525539;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0240986;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:62:62:0.584906:32:30:24:20:32:30:24:20 chr6 31125257 . C A 722.36 PASS AF=0.596491;AO=68;DP=114;FAO=68;FDP=114;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0329351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7038;QD=25.3461;RBI=0.0329372;REFB=-0.036946;REVB=0.000364179;RO=46;SAF=35;SAR=33;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862197;STB=0.546853;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0265532;OID=.;OPOS=31125257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:46:46:68:68:0.596491:33:35:29:17:33:35:29:17 chr6 31129616 . A G 260.45 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=36;FWDB=-0.0257343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0548;QD=14.4696;RBI=0.027487;REFB=-0.020163;REVB=-0.00965823;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29203;STB=0.666574;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0192692;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:18:12:6:35:18:12:6:36 chr6 31129642 . A C 327.92 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=0.0101807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.053;QD=17.7252;RBI=0.0124678;REFB=-0.0222396;REVB=0.00719715;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194595;STB=0.601588;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0258488;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:22:12:7:32:23:12:7:32 chr6 31129707 . C T 532.23 PASS AF=0.581395;AO=49;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0217798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2345;QD=24.7549;RBI=0.0665246;REFB=-0.00394182;REVB=0.0628582;RO=36;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12168;STB=0.570031;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00614606;OID=.;OPOS=31129707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:49:50:0.581395:28:21:10:26:28:22:10:26 chr6 31132956 . G C 221.99 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.031477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.325;QD=14.3218;RBI=0.0366268;REFB=-0.0104801;REVB=-0.0187276;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462359;STB=0.526296;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0146327;OID=.;OPOS=31132956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:21:15:12:14:21:15 chr6 31133870 . G A 521.16 PASS AF=0.604938;AO=47;DP=79;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0052394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.641;QD=25.7362;RBI=0.0191299;REFB=-0.00715932;REVB=0.0183984;RO=31;SAF=19;SAR=28;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.589437;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.004429;OID=.;OPOS=31133870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:31:32:47:49:0.604938:28:19:20:11:28:21:21:11 chr6 31134118 . C CGAG 394.08 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0122263;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.965;QD=19.2233;RBI=0.0126079;REFB=-0.0214677;REVB=0.00307815;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358805;STB=0.525722;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.0241885;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:40:83:40:82:42:18:22:21:21:99:43:18:22:21:22 chr6 31138220 . TCCCCCA CTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC 46.46 PASS AF=0.0416667,0.270833,0.0208333;AO=4,11,2;DP=46;FAO=2,13,1;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=0,5,1;FSAR=2,8,0;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0156894,0.099076,-0.0343339;FXX=0.020404;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=127.148,9.76322,27.6642;QD=3.87202;RBI=0.026541,0.102259,0.0423181;REFB=-0.00788754,-0.11901,-0.0582578;REVB=-0.0214072,-0.0253161,-0.0247387;RO=24;SAF=0,5,2;SAR=4,6,0;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.335526,0;SSSB=-0.677679,-0.190887,0.439015;STB=0.996778,0.724611,0.98583;STBP=0.026,0.072,0.503;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.077153,0.187814,0.131397;OID=.,.,.;OPOS=31138220,31138221,31138225;OREF=TC,C,CA;OALT=CT,-,AC;OMAPALT=CTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:46:48:24:32:4,11,2:2,13,1:0.0416667,0.270833,0.0208333:4,6,0:0,5,2:15:9:2,8,0:0,5,1:23:9 chr6 31165566 . T C 828.45 PASS AF=0.59375;AO=76;DP=128;FAO=76;FDP=128;FR=.;FRO=52;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0191058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7116;QD=25.8892;RBI=0.0426023;REFB=-0.00555454;REVB=-0.0380778;RO=52;SAF=48;SAR=28;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495146;STB=0.526875;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0043252;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:52:52:76:76:0.59375:28:48:36:16:28:48:36:16 chr6 31165597 . AT A 639.1 PASS AF=0.577982;AO=62;DP=111;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.021007;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8841;QD=23.4533;RBI=0.0234786;REFB=-0.00985747;REVB=-0.0104858;RO=46;SAF=38;SAR=24;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345453;STB=0.50462;STBP=0.929;TYPE=del;VARB=0.00632417;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577982:62:111:63:109:46:39:24:28:18:99:46:38:24:28:18 chr6 31165962 . G A 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0143775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.978;QD=22.0765;RBI=0.0265405;REFB=-0.0240935;REVB=-0.0223089;RO=42;SAF=30;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536828;STB=0.501466;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0217373;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:48:48:0.527473:18:30:26:16:18:30:27:16 chr6 31170228 . G C 323.09 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000872106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.269;QD=21.9044;RBI=0.00744238;REFB=-0.0314905;REVB=-0.0073911;RO=26;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179618;STB=0.509928;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.038186;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:12:21:16:10:12:21:16:10 chr6 31170514 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00721204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3576;QD=14.0972;RBI=0.0593102;REFB=0.00129142;REVB=-0.0588701;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628588;STB=0.536854;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00669464;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:5:13:10:3:5:13 chr6 31170528 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00483046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.631;QD=16.728;RBI=0.0107042;REFB=-0.00714105;REVB=-0.00955227;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117301;STB=0.56685;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00944555;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:5:14:10:6:5:14 chr6 31236853 . G A 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.122106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4152;QD=25.3604;RBI=0.128722;REFB=-0.0150854;REVB=0.0407373;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251479;STB=0.639824;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00498498;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:7:1:8:7:7:1 chr6 31237124 . T C 176.23 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0263306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6766;QD=29.3724;RBI=0.0693896;REFB=-0.0507369;REVB=0.0641998;RO=7;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129623;STB=0.572237;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0164455;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:4:13:4:3:4:13:4:3 chr6 31237162 . C G 116.93 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0223067;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4237;QD=22.2727;RBI=0.0442455;REFB=0.0232437;REVB=0.038211;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466193;STB=0.526276;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0106339;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:6:2:4:9:6:2 chr6 31237255 . G A 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0137118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7791;QD=12.0484;RBI=0.0262753;REFB=-0.00244085;REVB=0.0224137;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.517204;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00252664;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:4:9:6:3:4:9 chr6 31237323 . A G 76.55 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0458546;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.287;QD=11.3407;RBI=0.0535992;REFB=-0.0165471;REVB=-0.027753;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0248702;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:8:9:5:5:8:9 chr6 31237333 . T A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0151545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.718;QD=9.56962;RBI=0.0151912;REFB=0.0146741;REVB=-0.0010549;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0258314;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:8:7:4:4:8:7 chr6 31237723 . G A 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0242711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.538;QD=19.8458;RBI=0.0794993;REFB=-0.0219363;REVB=-0.0757037;RO=12;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407578;STB=0.720988;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0613793;OID=.;OPOS=31237723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:12:3:8:4:12:3:8:5 chr6 31237727 . T C 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0573754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1861;QD=15.3813;RBI=0.0876614;REFB=-0.000812719;REVB=-0.0662765;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485423;STB=0.785196;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00440075;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:10:2:9:5:10:2:9:5 chr6 31238135 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0410514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.159;QD=12.0517;RBI=0.0418062;REFB=0.0151556;REVB=0.00790794;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521077;STB=0.819676;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0124136;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:6:7:1:8:6:7 chr6 31238138 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00708238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.03;QD=12.0517;RBI=0.0101895;REFB=-0.01072;REVB=-0.00732566;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521077;STB=0.819676;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0149258;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:6:7:1:8:6:7 chr6 31238155 . G A 91.14 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0189805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9541;QD=17.36;RBI=0.0197572;REFB=-0.0186187;REVB=0.00548541;RO=9;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359995;STB=0.75698;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0479401;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:1:10:6:3:1:10:6:4 chr6 31238230 . GGGGG CGGGA 116.01 PASS AF=0.8;AO=10;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277041;FXX=0;HRUN=5;LEN=5;MLLD=223.055;QD=30.9364;RBI=0.0542956;REFB=-0.0615994;REVB=0.0466958;RO=3;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244374;STB=0.599822;STBP=0.187;TYPE=mnp;VARB=0.00746374;OID=.;OPOS=31238230;OREF=GGGGG;OALT=CGGGA;OMAPALT=CGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:10:12:0.8:2:8:1:2:3:9:1:2 chr6 31238259 . G T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00620985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.077;QD=27.3837;RBI=0.0106214;REFB=-0.0342342;REVB=-0.00861701;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.012464;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:3:7:2:1:3:7:2:1 chr6 31238490 . T C 258.89 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00114677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6978;QD=20.7111;RBI=0.0136456;REFB=0.00245881;REVB=0.0135973;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244678;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:17:8:8:17:17:8 chr6 31238492 . C A 246.37 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0107148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.966;QD=20.1122;RBI=0.0107169;REFB=-0.00225327;REVB=0.000210336;RO=23;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140713;STB=0.507686;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00311299;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:23:25:22:24:0.489796:5:17:15:8:8:16:17:8 chr6 31238851 . T C 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0342247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.293;QD=24.491;RBI=0.0365744;REFB=-0.0335973;REVB=0.012898;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210526;STB=0.616518;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0198015;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:3:12:11:10:3:12 chr6 31238930 . A C 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0154387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.782;QD=6.10488;RBI=0.0389453;REFB=-0.00181535;REVB=-0.0357544;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.568009;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00399661;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:12:14:5:3:12:14 chr6 31238942 . G A 81.54 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00309977;FXX=0.17138;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7909;QD=11.2475;RBI=0.0185852;REFB=-0.0216291;REVB=0.0183249;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300856;STB=0.679662;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0217786;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:35:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:6:13:4:6:6:13 chr6 31238957 . A C 152.66 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0630828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7342;QD=16.0691;RBI=0.0777049;REFB=0.0061244;REVB=-0.045372;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044353;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00334218;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:10:6:7:14:10:7:7:14 chr6 31238983 . G C 89.39 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0259629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8919;QD=5.86162;RBI=0.0495264;REFB=-0.0036665;REVB=0.0421757;RO=47;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114414;STB=0.572022;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0147464;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:47:47:14:14:0.229508:9:5:21:26:9:5:21:26 chr6 31238992 . G C 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0434122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4051;QD=9.40153;RBI=0.0475683;REFB=0.0157621;REVB=0.0194453;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164824;STB=0.603076;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0358077;OID=.;OPOS=31238992;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:43:20:20:0.31746:10:10:15:27:10:10:15:28 chr6 31239006 . G T 136.63 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0104318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.425;QD=8.6747;RBI=0.0228436;REFB=-0.0086435;REVB=-0.0203226;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176442;STB=0.593814;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0258182;OID=.;OPOS=31239006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:10:9:14:29:10:9:15:29 chr6 31239010 . G A 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00436433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.922;QD=8.05029;RBI=0.0157008;REFB=-0.0193757;REVB=0.015082;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963808;STB=0.551665;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0323737;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:12:6:18:26:12:6:18:27 chr6 31239050 . G A 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00582613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9751;QD=10.643;RBI=0.0394913;REFB=0.0175463;REVB=0.0390591;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114422;STB=0.567204;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0320025;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:13:7:17:21:13:7:17:21 chr6 31239057 . C T 143.32 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00311268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.304;QD=9.88422;RBI=0.00420236;REFB=-0.0174097;REVB=-0.00282331;RO=38;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188661;STB=0.604537;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0392228;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:13:6:18:20:13:6:18:21 chr6 31239060 . A G 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00140978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.843;QD=7.98273;RBI=0.0261607;REFB=-0.0016493;REVB=-0.0261227;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160272;STB=0.596375;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00500306;OID=.;OPOS=31239060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:8:8:15:26:8:8:15:26 chr6 31239082 . G C 162.0 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0730861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0949;QD=11.172;RBI=0.0914536;REFB=-0.00704103;REVB=-0.0549744;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078171;STB=0.602052;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0336158;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:35:36:21:22:0.37931:14:7:14:21:16:6:15:21 chr6 31239101 . G A 240.48 PASS AF=0.575;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=3.83922e-05;FXX=0.230725;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.404;QD=24.0475;RBI=0.0250857;REFB=-0.0132761;REVB=0.0250857;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915441;STB=0.53559;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0119787;OID=.;OPOS=31239101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:40:17:17:21:23:0.575:14:7:4:13:16:7:4:13 chr6 31239114 . G T 67.76 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00382307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.971;QD=5.42058;RBI=0.00744592;REFB=-0.0200242;REVB=0.00638951;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169794;STB=0.608497;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0482979;OID=.;OPOS=31239114;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:11:29:6:4:11:29 chr6 31239116 . G A 67.76 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0434293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.969;QD=5.42058;RBI=0.0440301;REFB=-0.00468768;REVB=-0.00724902;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169794;STB=0.608497;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0224047;OID=.;OPOS=31239116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:11:29:6:4:11:29 chr6 31239407 . G T 515.42 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0631183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.5249;QD=44.8193;RBI=0.0910654;REFB=-0.0157336;REVB=0.0656428;RO=7;SAF=13;SAR=25;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718426;STB=0.529909;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00343202;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:46:46:7:8:38:38:0.826087:25:13:4:3:25:13:4:4 chr6 31239417 . C T 573.05 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.031852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.861;QD=46.7797;RBI=0.0549763;REFB=-0.0488743;REVB=0.044809;RO=7;SAF=13;SAR=28;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118625;STB=0.55565;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00902712;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:7:8:41:41:0.836735:28:13:5:2:28:13:5:3 chr6 31239501 . G T 353.64 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0716669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2639;QD=41.6046;RBI=0.0843204;REFB=-0.0770305;REVB=0.0444273;RO=6;SAF=9;SAR=19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649093;STB=0.535186;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0165344;OID=.;OPOS=31239501;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:19:9:3:3:19:9:3:3 chr6 31239518 . C T 236.54 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.176713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.234;QD=35.0435;RBI=0.177336;REFB=-0.0252447;REVB=-0.0148453;RO=4;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181957;STB=0.555501;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00212443;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:27:4:6:20:21:0.777778:15:5:3:1:15:6:3:3 chr6 31239577 . A C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0125834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1563;QD=12.3961;RBI=0.0423054;REFB=-0.0228344;REVB=-0.0403906;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00613489;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr6 31239722 . A C 30.75 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0285635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2749;QD=15.3737;RBI=0.0285659;REFB=0.00795733;REVB=0.000374462;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490704;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00393143;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:4:5:0.625:3:1:3:0:4:1:3:0 chr6 31239742 . G C 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00495822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.24;QD=32.9752;RBI=0.0515698;REFB=-0.0763689;REVB=0.0513309;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0212506;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:5:12:4:1:5:12:4:1 chr6 31239752 . C T 192.75 PASS AF=0.75;AO=16;DP=22;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0142172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.83;QD=32.1257;RBI=0.0647789;REFB=-0.0212961;REVB=0.0631995;RO=6;SAF=13;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108002;STB=0.517026;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00358269;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:24:6:6:16:18:0.75:3:13:4:2:5:13:4:2 chr6 31239776 . A C 257.77 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00850998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.755;QD=30.3264;RBI=0.0238549;REFB=-0.0262753;REVB=-0.0222854;RO=10;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605245;STB=0.554864;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0111298;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:10:11:23:23:0.676471:7:16:6:4:7:16:6:5 chr6 31239802 . C G 341.74 PASS AF=0.625;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0307297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5202;QD=28.4781;RBI=0.0401337;REFB=-0.0771536;REVB=-0.0258148;RO=17;SAF=21;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192054;STB=0.604473;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0511552;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:18:29:30:0.625:8:21:8:9:9:21:8:10 chr6 31239821 . G T 296.15 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.033758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.804;QD=20.4244;RBI=0.0430907;REFB=-0.0314255;REVB=0.0267808;RO=26;SAF=23;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316394;STB=0.685214;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0132191;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:8:23:10:16:8:23:10:17 chr6 31239827 . C T 333.85 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00871945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.7;QD=21.8918;RBI=0.0621556;REFB=-0.0228946;REVB=0.061541;RO=27;SAF=22;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245945;STB=0.639439;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0137144;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:11:22:10:17:11:23:10:17 chr6 31322303 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7448;QD=33.4282;RBI=0.0344143;REFB=0;REVB=-0.0326154;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00374477;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 31322470 . C G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0917767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.531;QD=57.6807;RBI=0.0926996;REFB=0;REVB=0.0130478;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200833;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr6 31322888 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8796;QD=49.5985;RBI=0.0685738;REFB=0;REVB=0.0288014;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172054;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 31322911 . C T 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.825;QD=61.6737;RBI=0.0513515;REFB=0;REVB=0.0407141;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420316;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 31322979 . ACG ATG,GAT 774.75 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=38,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036455,0.0315739;FXX=0.019996;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=182.997,144.699;QD=63.2445;RBI=0.0510844,0.0432396;REFB=0,0;REVB=0.035786,0.0295423;RO=0;SAF=26,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.05056e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000604946,0.0209321;OID=.,.;OPOS=31322980,31322979;OREF=C,ACG;OALT=T,GAT;OMAPALT=ATG,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:49:0:0:38,2:47,2:0.959184,0.0408163:12,2:26,0:0:0:18,2:29,0:0:0 chr6 31322996 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.466;QD=57.0006;RBI=0.0129701;REFB=0;REVB=0.0102875;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34387e-05;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr6 31323233 . A G 148.59 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0503855;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.623;QD=11.654;RBI=0.0539662;REFB=0.00337999;REVB=-0.0193302;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222913;STB=0.622186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00823097;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:33:18:18:0.352941:8:10:12:22:8:10:12:21 chr6 31323296 . A G 573.14 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0206355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.989;QD=55.916;RBI=0.0229588;REFB=-0.126492;REVB=-0.0100639;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584765;STB=0.531234;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000700436;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:24:15:2:0:24:15:2:0 chr6 31323337 . T C 270.28 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00391044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.527;QD=25.7411;RBI=0.0500152;REFB=-0.0202663;REVB=0.0498621;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695422;STB=0.567309;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0170464;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:17:24:25:0.595238:12:12:9:6:13:12:11:6 chr6 31323353 . G A 221.72 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0298953;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9435;QD=22.7403;RBI=0.0662853;REFB=-0.00645809;REVB=0.0591609;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406149;STB=0.664884;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0147714;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:10:15:0.384615:2:8:7:9:4:11:7:9 chr6 31323945 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.183;QD=47.8222;RBI=0.0647151;REFB=0;REVB=0.00975008;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304253;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr6 31323953 . C G 185.16 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.34;QD=46.2891;RBI=0.186931;REFB=0;REVB=0.00682359;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282855;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:5:10:1:0:5:11:0:0 chr6 31323958 . T G 152.44 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.464;QD=40.6517;RBI=0.0436097;REFB=-0.130673;REVB=0.0271454;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00372756;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr6 31323960 . G C 175.53 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.582;QD=46.8089;RBI=0.0116161;REFB=0;REVB=0.00175575;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129554;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:5:9:0:0:5:10:0:0 chr6 31324003 . TC AG,GT 203.15 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=15,2;DP=17;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443512,-0.0211851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=105.246,70.3798;QD=47.7998;RBI=0.0651948,0.0477657;REFB=0,0;REVB=0.0477842,0.0428107;RO=0;SAF=9,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0076136,0.106891;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:15,2:15,2:0.882353,0.117647:6,2:9,0:0:0:6,2:9,0:0:0 chr6 31324025 . G A 138.04 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0541286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.728;QD=29.0612;RBI=0.112446;REFB=-0.0921538;REVB=0.0985603;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218489;STB=0.512178;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0216647;OID=.;OPOS=31324025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:2:3:9:5:2:3 chr6 31324086 . G C 188.68 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0160663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5327;QD=29.0282;RBI=0.0275254;REFB=-0.0190176;REVB=0.02235;RO=8;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213627;STB=0.618908;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00897629;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:13:5:5:3:13:5:5:3 chr6 31324100 . G T 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00270263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.13;QD=25.3595;RBI=0.0106372;REFB=-0.0543605;REVB=0.0102881;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276867;STB=0.678762;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.038361;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:7:8:15:15:0.652174:11:4:5:2:11:4:6:2 chr6 31324104 . G A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00739581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7728;QD=6.57493;RBI=0.0209403;REFB=-0.0214765;REVB=-0.0195908;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38307;STB=0.742119;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0348346;OID=.;OPOS=31324104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:5:11:2:4:5:11 chr6 31324144 . T A,G 217.85 PASS AF=0.277778,0.722222;AO=5,12;DP=17;FAO=5,13;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175204,-0.023177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.826,190.624;QD=48.4102;RBI=0.0413659,0.0377629;REFB=0,0;REVB=0.0374723,0.0298138;RO=0;SAF=4,3;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0288034,0.0162859;OID=.,.;OPOS=31324144,31324144;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:17:18:0:0:5,12:5,13:0.277778,0.722222:1,9:4,3:0:0:1,10:4,3:0:0 chr6 31324200 . G C 62.29 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.429;QD=35.5942;RBI=0.0681103;REFB=0;REVB=0.0299693;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242538;OID=.;OPOS=31324200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr6 31324516 . C A 175.85 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3938;QD=46.8932;RBI=0.133016;REFB=0;REVB=0.0434492;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283235;OID=.;OPOS=31324516;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:7:8:0:0 chr6 31324525 . CC TG 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383536;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=331.849;QD=44.6898;RBI=0.039126;REFB=0;REVB=-0.00773617;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000154104;OID=.;OPOS=31324525;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31324531 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.481;QD=44.6898;RBI=0.138898;REFB=0;REVB=0.00129273;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030939;OID=.;OPOS=31324531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr6 31324536 . T A,G 157.65 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=11,2;DP=13;FAO=12,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577506,-0.0418632;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.7002,25.3128;QD=45.0431;RBI=0.0637846,0.0551414;REFB=0,0;REVB=0.0270801,0.0358893;RO=0;SAF=5,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00535498,0.0584783;OID=.,.;OPOS=31324536,31324536;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:14:0:0:11,2:12,2:0.857143,0.142857:6,1:5,1:0:0:6,1:6,1:0:0 chr6 31324586 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.281;QD=42.1825;RBI=0.0912048;REFB=0;REVB=0.0385664;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318511;OID=.;OPOS=31324586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 31324595 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.552;QD=39.2068;RBI=0.0296026;REFB=0;REVB=0.0288843;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199294;OID=.;OPOS=31324595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 31324602 . TCT GTC 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00899788;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.359;QD=38.0149;RBI=0.0985709;REFB=0;REVB=-0.0981594;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00308133;OID=.;OPOS=31324602;OREF=TCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31324666 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.892;QD=40.7623;RBI=0.027258;REFB=0;REVB=0.0193798;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15838e-05;OID=.;OPOS=31324666;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 31324702 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.17;QD=37.4885;RBI=0.0310519;REFB=0;REVB=0.0300339;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341046;OID=.;OPOS=31324702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31324705 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.479;QD=37.4885;RBI=0.0198167;REFB=0;REVB=0.0185639;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184382;OID=.;OPOS=31324705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31324829 . GG CA 79.32 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03322;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=2;MLLD=165.303;QD=39.6588;RBI=0.0339887;REFB=0;REVB=-0.00718748;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000296926;OID=.;OPOS=31324829;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr6 31324851 . A AC 118.9 PASS AF=1;AO=12;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.0242;QD=29.7253;RBI=0.0494906;REFB=-0.0474234;REVB=-0.049131;RO=2;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902947;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00298667;OID=.;OPOS=31324852;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:16:16:16:0:13:3:0:0:3:2:9:3:2:0 chr6 31324891 . CG C,CC,TC 141.75 PASS AF=0.0769231,0.230769,0.692308;AO=2,2,8;DP=12;FAO=1,3,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,8;FSAR=1,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592562,0.000356058,0.0351505;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=1,1,2;MLLD=121.556,121.822,114.687;QD=43.6145;RBI=0.0443728,0.0352929,0.0694006;REFB=0,0,0;REVB=0.0439754,0.0352911,0.0598405;RO=0;SAF=1,1,8;SAR=1,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.098489,0.0432522,0.0501498;OID=.,.,.;OPOS=31324892,31324892,31324891;OREF=G,G,CG;OALT=-,C,TC;OMAPALT=C,CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:12:13:0:0:2,2,8:1,3,9:0.0769231,0.230769,0.692308:1,1,0:1,1,8:0:0:1,1,1:0,2,8:0:0 chr6 31324925 . A G 114.61 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.0486;QD=41.6758;RBI=0.0905769;REFB=0;REVB=0.0554582;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00735634;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 31324931 . A C 115.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9621;QD=42.1568;RBI=0.0433067;REFB=0;REVB=0.0243319;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101941;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 31371430 . T C 556.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0834809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0228;QD=60.201;RBI=0.0925347;REFB=0;REVB=-0.0399201;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196368;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr6 31378335 . G C 176.73 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0456002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.229;QD=13.3383;RBI=0.0473448;REFB=0.000458017;REVB=-0.012734;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418615;STB=0.524062;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.000874342;OID=.;OPOS=31378335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:21:11:8:13:21:11 chr6 31378358 . T G 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00193781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.124;QD=30.6478;RBI=0.00414316;REFB=0.00317108;REVB=0.00366206;RO=14;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383405;STB=0.521057;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00151028;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:10:17:8:6:10:17:8:6 chr6 31378387 . T C 154.43 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.057751;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8557;QD=21.3004;RBI=0.0577511;REFB=-0.0302505;REVB=-0.000105813;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.612095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0221547;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:7:6:4:12:7:6 chr6 31378425 . A G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0200919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.394;QD=30.1267;RBI=0.038909;REFB=-0.0304491;REVB=0.03332;RO=12;SAF=12;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504751;STB=0.527755;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0120119;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:12:12:7:5:12:12:7:5 chr6 31378977 . G A 431.86 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00173361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.78;QD=23.0324;RBI=0.0378268;REFB=-0.0308466;REVB=-0.0377871;RO=32;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922978;STB=0.543705;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00944547;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:20:22:13:19:20:22:14:19 chr6 31379109 . G A 385.2 PASS AF=0.541667;AO=36;DP=69;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.01313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.379;QD=21.3999;RBI=0.0161037;REFB=-0.00689749;REVB=0.00932362;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181872;STB=0.581932;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00406672;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:32:33:36:39:0.541667:17:19:10:22:19:20:11:22 chr6 31379115 . G A 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0183148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.856;QD=17.7106;RBI=0.0191399;REFB=0.0104471;REVB=-0.00555925;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163565;STB=0.591779;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.012523;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:22:11:18:18:22:11:18:18 chr6 31379773 . C T 226.81 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0394097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.458;QD=15.6422;RBI=0.0394831;REFB=-0.0198843;REVB=0.00240552;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903871;STB=0.538432;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0226212;OID=.;OPOS=31379773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:11:14:15:17:12:14:15:17 chr6 31379794 . CA TG 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0236733;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.234;QD=15.2681;RBI=0.0238608;REFB=0.00432904;REVB=0.00298534;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525914;STB=0.513079;STBP=0.857;TYPE=mnp;VARB=-0.00477609;OID=.;OPOS=31379794;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:33:26:26:0.440678:12:14:15:16:12:14:17:16 chr6 31379807 . C T 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000477741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.141;QD=14.4004;RBI=0.00850859;REFB=-0.0129396;REVB=-0.00849516;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814413;STB=0.528433;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0188654;OID=.;OPOS=31379807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:25:25:0.423729:12:13:14:18:12:13:16:18 chr6 31379817 . T C 233.43 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0177492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.443;QD=15.0597;RBI=0.0186505;REFB=-0.0246717;REVB=-0.00572767;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726809;STB=0.513762;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0189807;OID=.;OPOS=31379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:35:27:27:0.435484:14:13:13:19:14:13:16:19 chr6 31379823 . C G 221.88 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0526583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.599;QD=14.5492;RBI=0.0595694;REFB=-0.012911;REVB=-0.0278498;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819476;STB=0.546564;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0394294;OID=.;OPOS=31379823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:16:19:12:14:16:19 chr6 31379931 . G A 352.88 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0127544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.487;QD=21.0673;RBI=0.0162813;REFB=-0.0368529;REVB=0.0101195;RO=31;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179862;STB=0.589565;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0234818;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:13:22:13:18:14:22:13:18 chr6 31380160 . TG T,TGCTGCTGCTGCT 443.14 PASS AF=0.764706,0.235294;AO=26,8;DP=37;FAO=26,8;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049647,-0.0291649;FXX=0.0810592;HRUN=2,1;LEN=1,11;MLLD=22.8539,204.079;QD=52.1343;RBI=0.0854022,0.037855;REFB=0,0;REVB=-0.069489,-0.0241331;RO=0;SAF=16,1;SAR=10,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.71087e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0124848,0.0341441;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.764706,0.235294:26,8:37:26,8:34:0:16,1:10,7:0:0:54:0:16,1:10,7:0:0 chr6 31380194 . T C 144.06 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0417523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.103;QD=24.0107;RBI=0.077956;REFB=-0.0286784;REVB=0.0658323;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550669;STB=0.530992;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0113986;OID=.;OPOS=31380194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:3:6:11:4:3:6 chr6 31380198 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00776202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.396;QD=24.0303;RBI=0.0174458;REFB=-0.0343166;REVB=0.015624;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550669;STB=0.530992;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0170461;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:3:6:11:4:3:6 chr6 31382882 . C A 579.87 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0265664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.396;QD=20.3462;RBI=0.0308656;REFB=-0.00491092;REVB=-0.0157135;RO=55;SAF=36;SAR=23;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024271;STB=0.513356;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00464661;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:23:36:35:20:23:36:35:20 chr6 31382911 . A G 1187.3 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8904;QD=59.3652;RBI=0.0524973;REFB=-0.0488488;REVB=0.0286935;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458918;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:0:78:80:1:27:51:1:0:28:52:0:0 chr6 31466051 . T A 428.07 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0331499;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.06;QD=34.9444;RBI=0.0331557;REFB=-0.0484349;REVB=-0.000617046;RO=11;SAF=19;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061117;STB=0.528399;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0222926;OID=.;OPOS=31466051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:11:15:34:34:0.693878:15:19:6:5:15:19:7:8 chr6 31473546 . A G 1495.62 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.41;QD=62.3175;RBI=0.0492784;REFB=0.126642;REVB=0.0125005;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000120081;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:50:44:0:0:51:44:0:1 chr6 31477681 . A G 1194.39 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8012;QD=60.4753;RBI=0.0972954;REFB=0;REVB=-0.0477906;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934502;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:37:42:0:0 chr6 31496925 . G A 626.94 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.362;QD=61.1647;RBI=0.0652224;REFB=0;REVB=0.0370791;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200212;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:27:12:0:0:29:12:0:0 chr6 31497706 . C T 2450.81 PASS AF=1;AO=161;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.856;QD=57.3289;RBI=0.16314;REFB=-0.119768;REVB=0.0153699;RO=10;SAF=91;SAR=70;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494687;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137188;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:171:171:10:0:161:171:1:70:91:10:0:70:101:0:0 chr6 31506624 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.282;QD=59.5016;RBI=0.0432934;REFB=0;REVB=0.0416773;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175062;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr6 31506648 . G T 1035.04 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.424;QD=58.312;RBI=0.106475;REFB=0;REVB=0.0158258;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428949;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:1:0:68:71:1:41:27:1:0:41:30:0:0 chr6 31506691 . G A 201.48 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0873774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8853;QD=12.0289;RBI=0.0928789;REFB=-0.00575441;REVB=-0.0314909;RO=42;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911965;STB=0.552589;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0106044;OID=.;OPOS=31506691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:14:11:22:20:14:11:22:20 chr6 31509432 . G A 993.95 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183368;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.905;QD=59.3402;RBI=0.0262317;REFB=0;REVB=0.0187581;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15236e-05;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr6 31510105 . A G 1513.19 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.224;QD=59.9284;RBI=0.0172885;REFB=0;REVB=0.0162827;RO=0;SAF=77;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58209e-05;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:24:77:0:0:24:77:0:0 chr6 31525912 . C T 1102.61 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00216481;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.477;QD=56.5441;RBI=0.0143032;REFB=-0.12678;REVB=0.0141384;RO=3;SAF=41;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333662;STB=0.517642;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00103096;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:78:3:3:75:75:0.961538:34:41:3:0:34:41:3:0 chr6 31528188 . G C 49.17 PASS AF=0.122642;AO=11;DP=107;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0101566;FXX=0.0185168;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.4289;QD=1.85547;RBI=0.102804;REFB=-0.019584;REVB=-0.102301;RO=73;SAF=10;SAR=1;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567032;STB=0.913967;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0328875;OID=.;OPOS=31528188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:107:106:73:93:11:13:0.122642:1:10:33:40:1:12:44:49 chr6 31528326 . G C 215.77 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00241484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6053;QD=15.1417;RBI=0.0438456;REFB=-0.0172399;REVB=0.0437791;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128786;STB=0.511227;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0125284;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:13:12:14:16:13:12:16:16 chr6 31540784 . C A 78.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0845468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9466;QD=14.9739;RBI=0.11415;REFB=0.00493111;REVB=0.0766939;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167219;STB=0.59977;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00420925;OID=.;OPOS=31540784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:2:9:9:1:2:9 chr6 31555130 . A G 415.14 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=118;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.028986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.476;QD=13.9542;RBI=0.0352782;REFB=-0.026366;REVB=0.0201089;RO=71;SAF=18;SAR=29;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192555;STB=0.61306;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.046254;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:71:71:47:48:0.403361:29:18:40:31:30:18:40:31 chr6 31556709 . A G 321.13 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0411367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.351;QD=18.8897;RBI=0.0412278;REFB=0.00695556;REVB=-0.0027389;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109176;STB=0.558789;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00778906;OID=.;OPOS=31556709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:34:34:34:0.5:17:17:12:20:17:17:13:21 chr6 31583166 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.531;QD=56.1911;RBI=0.0243238;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=28;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100749;OID=.;OPOS=31583166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:0:28:0:0:0:28:0:0 chr6 31583931 . C G,T 1480.49 PASS AF=0.0105263,0.989474;AO=4,90;DP=94;FAO=1,94;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=0,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000760266,0.0152074;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.53,190.157;QD=62.3365;RBI=0.0122856,0.0181653;REFB=0,0;REVB=0.012262,0.00993537;RO=0;SAF=4,28;SAR=0,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.01361e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0908236,-0.00143191;OID=.,.;OPOS=31583931,31583931;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:94:95:0:0:4,90:1,94:0.0105263,0.989474:0,62:4,28:0:0:0,62:1,32:0:0 chr6 31594628 . T A 1305.22 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014926;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9703;QD=62.1534;RBI=0.0184465;REFB=0;REVB=0.0108392;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79534e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr6 31595772 . GCCTGCTGCCCCA G 770.28 PASS AF=1;AO=60;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348221;FXX=0.0999857;HRUN=2;LEN=12;MLLD=340.34;QD=48.9067;RBI=0.0409783;REFB=0;REVB=0.021602;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.77369e-05;OID=.;OPOS=31595773;OREF=CCTGCTGCCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:68:63:63:0:35:28:0:0:14:0:33:27:0:0 chr6 31595882 . C A 851.74 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0632835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.656;QD=55.8519;RBI=0.0710453;REFB=-0.250797;REVB=0.0322898;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0013876;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:27:31:1:0:27:33:1:0 chr6 31601344 . T C 849.38 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0485425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7843;QD=53.0863;RBI=0.0485988;REFB=0.0384547;REVB=-0.00233801;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491064;STB=0.50743;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0380934;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:30:31:1:1:30:31:2:1 chr6 31602967 . G A 1399.77 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.92966e-05;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.371;QD=62.9109;RBI=0.0339711;REFB=0;REVB=0.0339711;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34647e-05;OID=.;OPOS=31602967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr6 31604040 . T TG 285.11 PASS AF=1;AO=5;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.1267;QD=30.0112;RBI=0.18032;REFB=-0.0196299;REVB=-0.155876;RO=34;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00617025;OID=.;OPOS=31604041;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:39:38:38:0:8:30:0:0:5:34:2:3:6:28 chr6 31604044 . T G 487.32 PASS AF=0.9;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0365489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1841;QD=48.7317;RBI=0.061032;REFB=-0.0782259;REVB=-0.0488782;RO=4;SAF=6;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102089;STB=0.545998;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0206245;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:39:40:4:4:35:36:0.9:29:6:2:2:29:7:2:2 chr6 31617054 . AGGGGGGGA ACGGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG 185.25 PASS AF=0,0.714286,0.285714;AO=5,14,3;DP=40;FAO=0,30,12;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,12;FSAR=0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0623034,-0.34077,-0.100373;FXX=0.0232504;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=95.5308,5.67074,141.707;QD=17.6431;RBI=0.287584,0.358261,0.10259;REFB=0.0665856,0.0601295,0.0176814;REVB=-0.280754,-0.110575,-0.021213;RO=4;SAF=0,2,3;SAR=5,12,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.745569,-0.233203,0.683038;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0660164,-0.158193;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617061;OREF=G,G,GA;OALT=C,-,AG;OMAPALT=ACGGGGGGA,AGGGGGGA,AGGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.714286,0.285714:5,14,3:40:0,30,12:42:0:0,7,12:0,23,0:0:0:50:4:0,2,3:5,12,0:2:2 chr6 31617063 . TCCCCCA CCCCTCA,CTCCCCA,GTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC,TCCCGCA 145.48 PASS AF=0,0,0,0.75,0,0;AO=2,2,3,16,3,2;DP=47;FAO=0,0,0,36,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=0,0,0,17,0,0;FSAR=0,0,0,19,0,0;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.0857181,-0.132637,-0.0632181,-0.171402,-0.0684136,-0.159299;FXX=0.020404;HRUN=1,1,1,5,5,5;LEN=5,2,2,1,2,1;MLLD=141.986,95.251,86.057,7.37095,13.7649,172.392;QD=12.1234;RBI=0.0858783,0.132699,0.0635012,0.171763,0.102484,0.15982;REFB=-0.0097934,-0.00240727,-0.00666723,-0.246951,-0.184535,-0.0114126;REVB=-0.00524386,-0.00405631,-0.00598952,-0.0111263,0.0763051,-0.0128938;RO=13;SAF=2,0,3,2,3,2;SAR=0,2,0,14,0,0;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.381818,0,0;SSSB=0.840886,0,0.844812,0.289512,0.844812,0.840886;STB=0.5,0.5,0.5,0.619938,0.5,0.5;STBP=1,1,1,0.011,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.134254,-0.0783525,0.134171,0.0448276,0.0655648;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=31617063,31617063,31617063,31617064,31617068,31617067;OREF=TCCCC,TC,TC,C,CA,C;OALT=CCCCT,CT,GT,-,AC,G;OMAPALT=CCCCTCA,CTCCCCA,GTCCCCA,TCCCCA,TCCCCAC,TCCCGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:25:47:48:13:12:2,2,3,16,3,2:0,0,0,36,0,0:0,0,0,0.75,0,0:0,2,0,14,0,0:2,0,3,2,3,2:0:13:0,0,0,19,0,0:0,0,0,17,0,0:0:12 chr6 31627449 . C G 3029.33 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245255;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.998;QD=63.4415;RBI=0.0249193;REFB=0;REVB=-0.00441285;RO=0;SAF=113;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86188e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53167e-05;OID=.;OPOS=31627449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:191:0:0:190:191:1:77:113:0:0:77:114:0:0 chr6 31627523 . C T 3243.2 PASS AF=0.986047;AO=212;DP=215;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=126;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0128447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8857;QD=60.3385;RBI=0.0159121;REFB=-0.0736448;REVB=-0.009392;RO=0;SAF=126;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503771;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00027277;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:215:215:0:3:212:212:0.986047:86:126:0:0:86:126:1:2 chr6 31630241 . C T 1272.24 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274917;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.376;QD=60.5829;RBI=0.0398616;REFB=0.0121036;REVB=0.0288643;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133394;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-8.55604e-05;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:1:0:48:35:1:0 chr6 31630313 . GCCCCCCCT CGCCCCCCT,GCCCCCCT,GCCCCCCTC 41.1 PASS AF=0.0350877,0.157895,0.0701754;AO=2,15,2;DP=56;FAO=2,9,4;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=0,2,4;FSAR=2,7,0;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0217945,0.0433547,0.0202463;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=135.107,7.93272,23.2054;QD=2.88418;RBI=0.0314641,0.0644612,0.0831997;REFB=-0.00858246,-0.121117,-0.0698465;REVB=-0.0226934,-0.0477034,-0.0806987;RO=28;SAF=0,2,2;SAR=2,13,0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.451606,-0.456228,0.482752;STB=0.993707,0.655871,0.997833;STBP=0.198,0.332,0.006;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0939884,0.107902,0.0746385;OID=.,.,.;OPOS=31630313,31630314,31630320;OREF=GC,C,CT;OALT=CG,-,TC;OMAPALT=CGCCCCCCT,GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:56:57:28:42:2,15,2:2,9,4:0.0350877,0.157895,0.0701754:2,13,0:0,2,2:13:15:2,7,0:0,2,4:16:26 chr6 31634758 . G A 2445.95 PASS AF=1;AO=158;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013198;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.308;QD=61.5333;RBI=0.0219521;REFB=0;REVB=0.0175416;RO=0;SAF=95;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63554e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:159:0:0:158:159:1:63:95:0:0:64:95:0:0 chr6 31635710 . T C 803.42 PASS AF=0.982759;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00942561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.268;QD=55.4085;RBI=0.0110441;REFB=-0.0090226;REVB=0.00575595;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000144384;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:58:57:0.982759:38:20:0:0:38:19:1:0 chr6 31657413 . T C 1548.96 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.626;QD=63.8746;RBI=0.0582221;REFB=0;REVB=0.057115;RO=0;SAF=71;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90468e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:25:71:0:0:26:71:0:0 chr6 31675765 . G A 1326.61 PASS AF=0.956522;AO=84;DP=91;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0397485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5453;QD=57.6786;RBI=0.0635847;REFB=-0.0457528;REVB=0.0496293;RO=6;SAF=50;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339925;STB=0.527021;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.012693;OID=.;OPOS=31675765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:92:6:4:84:88:0.956522:34:50:2:4:35:53:0:4 chr6 31687008 . G A 1630.35 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=57.7115;RBI=0.0566322;REFB=-0.0791272;REVB=0.0496827;RO=1;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020526;OID=.;OPOS=31687008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:110:113:1:0:107:113:1:56:51:0:1:62:51:0:0 chr6 31708328 . C T 2961.49 PASS AF=0.979381;AO=190;DP=195;FAO=190;FDP=194;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0154202;FXX=0.00512794;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.435;QD=61.0616;RBI=0.0173902;REFB=0.002489;REVB=0.00803964;RO=3;SAF=70;SAR=120;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111598;STB=0.502627;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-1.70351e-05;OID=.;OPOS=31708328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:195:194:3:4:190:190:0.979381:120:70:1:2:120:70:1:3 chr6 31728541 . C T 596.61 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0313948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.114;QD=25.3878;RBI=0.033837;REFB=-0.0233285;REVB=-0.0126217;RO=39;SAF=35;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597725;STB=0.500864;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.017655;OID=.;OPOS=31728541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:40:54:54:0.574468:19:35:25:14:19:35:26:14 chr6 31729359 . A G 1917.54 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00952386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.802;QD=60.8744;RBI=0.0767509;REFB=-0.00808548;REVB=-0.0761577;RO=1;SAF=76;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621137;STB=0.503267;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-5.06132e-05;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:49:76:1:0:49:76:1:0 chr6 31731881 . C T 998.27 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=77;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00137305;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.093;QD=51.8581;RBI=0.00516738;REFB=-0.105425;REVB=-0.00498163;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50925;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.000471324;OID=.;OPOS=31731881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:77:77:0:6:71:71:0.922078:32:39:0:0:32:39:4:2 chr6 31745284 . C T 1469.21 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0481104;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.492;QD=58.7682;RBI=0.110249;REFB=-0.0599057;REVB=0.0991978;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000936738;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:43:56:0:0:43:56:1:0 chr6 31748820 . G A 1958.87 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.46;QD=61.6968;RBI=0.0112745;REFB=0;REVB=-0.00788953;RO=0;SAF=61;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265781;OID=.;OPOS=31748820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:65:61:0:0:65:62:0:0 chr6 31750170 . C T 359.39 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0712458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0238;QD=19.9662;RBI=0.0943433;REFB=-0.0362034;REVB=0.0618442;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491473;STB=0.502726;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0372714;OID=.;OPOS=31750170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:15:22:21:14:15:22:21:14 chr6 31778272 . G A 934.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.049;QD=58.3903;RBI=0.0993617;REFB=0;REVB=0.0528918;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464816;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:18:42:0:0:18:46:0:0 chr6 31779472 . G A 475.77 PASS AF=0.446281;AO=46;DP=113;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0127604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6352;QD=15.7279;RBI=0.0306354;REFB=-0.00543475;REVB=-0.0278513;RO=67;SAF=33;SAR=13;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310775;STB=0.649201;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0122824;OID=.;OPOS=31779472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:67:67:46:54:0.446281:13:33:29:38:16:38:30:37 chr6 31797587 . C G 865.58 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.858;QD=57.7054;RBI=0.0345311;REFB=0;REVB=0.0190563;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97398e-05;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:22:34:0:0:24:36:0:0 chr6 31797769 . A AAAGTT,T 1131.4 PASS AF=0.638037,0.00613497;AO=86,8;DP=170;FAO=104,1;FDP=163;FR=.;FRO=58;FSAF=49,0;FSAR=55,1;FSRF=54;FSRR=4;FWDB=-0.0155585,-0.126556;FXX=0.0239507;HRUN=3,3;LEN=5,1;MLLD=228.925,41.0458;QD=27.7645;RBI=0.0195096,0.157775;REFB=-0.0370406,0.0203068;REVB=0.011771,-0.0942152;RO=65;SAF=37,5;SAR=49,3;SRF=59;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.366817,-0.486611;STB=0.66208,0.998303;STBP=0,0.033;TYPE=ins,snp;VARB=0.0139695,0.0553399;OID=.,.;OPOS=31797770,31797769;OREF=-,A;OALT=AAGTT,T;OMAPALT=AAAGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:163:65:58:86,8:104,1:0.638037,0.00613497:49,3:37,5:59:6:55,1:49,0:54:4 chr6 31797774 . T TAA 258.71 PASS AF=0.251701;AO=37;DP=166;FAO=37;FDP=147;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=-0.0444624;FXX=0.0067563;HRUN=0;LEN=2;MLLD=183.56;QD=7.03962;RBI=0.0472335;REFB=-0.00529653;REVB=-0.0159405;RO=129;SAF=35;SAR=2;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656403;STB=0.930747;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0348937;OID=.;OPOS=31797775;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.251701:37:166:37:147:110:35:2:48:62:99:129:35:2:67:62 chr6 31797919 . G T 139.43 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=56;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00491058;FXX=0.101678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.847;QD=10.5228;RBI=0.00554977;REFB=-0.00458723;REVB=-0.00258576;RO=33;SAF=15;SAR=2;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333332;STB=0.775384;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00854051;OID=.;OPOS=31797919;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:33:35:17:18:0.339623:2:15:23:10:2:16:21:14 chr6 31797923 . G T 465.67 PASS AF=0.804348;AO=25;DP=33;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0302585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.782;QD=40.4931;RBI=0.0444028;REFB=-0.040945;REVB=0.0324966;RO=6;SAF=23;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235647;STB=0.639912;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0103936;OID=.;OPOS=31797923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:33:46:6:9:25:37:0.804348:2:23:4:2:5:32:4:5 chr6 31797936 . T G 42.58 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00374523;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=158.556;QD=4.86684;RBI=0.00387144;REFB=0.00428129;REVB=0.000980461;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00377772;OID=.;OPOS=31797936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:20:8:2:5:20:8 chr6 31797937 . T G 63.54 PASS AF=0.28125;AO=10;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00681013;FXX=0.0302939;HRUN=24;LEN=1;MLLD=174.973;QD=7.94311;RBI=0.00697986;REFB=-0.0159673;REVB=0.00152992;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467048;STB=0.761141;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0149976;OID=.;OPOS=31797937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:23:23:10:9:0.28125:6:4:19:4:5:4:19:4 chr6 31846741 . C A,CA 1456.33 PASS AF=0.980583,0.0194175;AO=84,18;DP=103;FAO=101,2;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=93,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129033,0.0794557;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=42.9546,32.7798;QD=56.5567;RBI=0.153283,0.0898277;REFB=0,0;REVB=0.0827421,0.0419023;RO=1;SAF=6,1;SAR=78,17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0726235,-0.299342;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.012859,-0.01033;OID=.,.;OPOS=31846741,31846742;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:103:103:1:0:84,18:101,2:0.980583,0.0194175:78,17:6,1:1:0:93,2:8,0:0:0 chr6 31855913 . CCG C,GCG 33.11 PASS AF=0.4,0;AO=3,4;DP=28;FAO=6,0;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.254775,-0.07396;FXX=0.347675;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.9595,135.76;QD=8.82986;RBI=0.258526,0.0812944;REFB=-0.0221685,0.00747523;REVB=0.0438787,-0.0337447;RO=19;SAF=1,4;SAR=2,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.428571,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0417057,0.697755;STB=0.666172,0.5;STBP=0.338,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0406949,0.247202;OID=.,.;OPOS=31855914,31855913;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:28:15:19:9:3,4:6,0:0.4,0:2,0:1,4:7:12:3,0:3,0:2:7 chr6 31856212 . C T 577.48 PASS AF=0.64557;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0232871;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.449;QD=29.2395;RBI=0.0579635;REFB=-0.0158489;REVB=0.05308;RO=28;SAF=28;SAR=23;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216057;STB=0.616998;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0044472;OID=.;OPOS=31856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:28:28:51:51:0.64557:23:28:6:22:23:28:6:22 chr6 31860337 . T C 1568.5 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.683;QD=64.0204;RBI=0.0294134;REFB=0;REVB=0.0273429;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25895e-05;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:41:57:0:0:41:57:0:0 chr6 31864547 . G T 255.85 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0653973;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4591;QD=13.6452;RBI=0.0714134;REFB=-0.028585;REVB=-0.0286891;RO=42;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943458;STB=0.553155;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0408532;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:45:30:30:0.4:9:21:26:16:9:21:28:17 chr6 31905130 . G A 583.72 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0699025;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2914;QD=17.4243;RBI=0.0704976;REFB=-0.0178237;REVB=0.00914075;RO=70;SAF=31;SAR=30;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609441;STB=0.544103;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0198027;OID=.;OPOS=31905130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:134:70:73:61:61:0.455224:30:31:40:30:30:31:43:30 chr6 31914180 . G A 700.53 PASS AF=0.50365;AO=68;DP=136;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00878931;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.497;QD=20.4535;RBI=0.0158147;REFB=-0.00513719;REVB=0.0131474;RO=67;SAF=34;SAR=34;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020162;STB=0.503703;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00471633;OID=.;OPOS=31914180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:67:68:68:69:0.50365:34:34:32:35:35:34:33:35 chr6 31914935 . A G 434.35 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=0.0150844;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.066;QD=13.6804;RBI=0.0182646;REFB=-0.00523358;REVB=-0.0102984;RO=78;SAF=24;SAR=26;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214148;STB=0.617455;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00787707;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:78:77:50:50:0.393701:26:24:53:25:26:24:52:25 chr6 31917291 . C T 492.36 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.020662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.286;QD=16.0117;RBI=0.0215022;REFB=-0.00719114;REVB=-0.0059517;RO=68;SAF=24;SAR=29;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916184;STB=0.549125;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00766927;OID=.;OPOS=31917291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:68:69:53:54:0.439024:29:24:37:31:29:25:38:31 chr6 31927087 . A AC 101.97 PASS AF=0.224771;AO=51;DP=219;FAO=49;FDP=218;FR=.;FRO=169;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=82;FSRR=87;FWDB=-0.0369028;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.8414;QD=1.87108;RBI=0.0571809;REFB=-0.010622;REVB=0.0436788;RO=167;SAF=21;SAR=30;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861637;STB=0.610241;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.159338;OID=.;OPOS=31927088;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224771:51:219:49:218:169:17:32:82:87:99:167:21:30:80:87 chr6 31928306 . A G 717.42 PASS AF=0.403941;AO=82;DP=201;FAO=82;FDP=203;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=58;FWDB=0.014966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.396;QD=14.1362;RBI=0.024619;REFB=-0.0225869;REVB=-0.0195477;RO=116;SAF=34;SAR=48;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108233;STB=0.563665;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0214279;OID=.;OPOS=31928306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:203:116:121:82:82:0.403941:48:34:60:56:48:34:63:58 chr6 31928799 . T C 543.63 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0201168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2767;QD=19.9497;RBI=0.0509297;REFB=-0.00826043;REVB=-0.0467883;RO=53;SAF=32;SAR=24;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987947;STB=0.554329;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00716938;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:24:32:36:17:24:32:36:17 chr6 31929014 . A C 614.04 PASS AF=0.45;AO=62;DP=145;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.000628767;FXX=0.0476158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1811;QD=17.5439;RBI=0.015948;REFB=-0.0228078;REVB=-0.0159356;RO=75;SAF=30;SAR=32;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153192;STB=0.572053;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0361464;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:140:75:77:62:63:0.45:32:30:48:27:32:31:48:29 chr6 31936668 . T C 824.86 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.935;QD=56.8867;RBI=0.0466265;REFB=0;REVB=0.0147206;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169927;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:14:42:0:0:15:43:0:0 chr6 31936679 . C T 154.31 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.00488401;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7801;QD=8.81787;RBI=0.00826164;REFB=-0.0236549;REVB=-0.00666342;RO=47;SAF=16;SAR=5;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271416;STB=0.543785;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0306216;OID=.;OPOS=31936679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:5:16:35:12:5:16:35:14 chr6 31974849 . C G 1141.27 PASS AF=0.648649;AO=96;DP=148;FAO=96;FDP=148;FR=.;FRO=52;FSAF=74;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00814844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4018;QD=30.8452;RBI=0.0325908;REFB=-0.037749;REVB=0.0315557;RO=51;SAF=74;SAR=22;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120839;STB=0.563089;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0123443;OID=.;OPOS=31974849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:51:52:96:96:0.648649:22:74:32:19:22:74:33:19 chr6 31975113 . G C 364.03 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=20;FWDB=-0.00163975;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.686;QD=12.3401;RBI=0.0175739;REFB=-0.00743365;REVB=0.0174972;RO=74;SAF=38;SAR=6;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262401;STB=0.641484;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.011108;OID=.;OPOS=31975113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:74:74:44:44:0.372881:6:38:53:21:6:38:54:20 chr6 31975151 . T G 675.68 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=-0.00611505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.565;QD=18.9002;RBI=0.00741317;REFB=-0.0276947;REVB=-0.00419062;RO=75;SAF=50;SAR=18;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496069;STB=0.527526;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0300207;OID=.;OPOS=31975151;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:75:75:68:68:0.475524:18:50:52:23:18:50:52:23 chr6 31977391 . C T 2253.73 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.021;QD=63.4854;RBI=0.0908307;REFB=0;REVB=0.0767727;RO=0;SAF=88;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122068;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:54:88:0:0:54:88:0:0 chr6 31977528 . C G 317.56 PASS AF=0.285714;AO=44;DP=154;FAO=44;FDP=154;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.00396722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.219;QD=8.24821;RBI=0.00417165;REFB=-0.0109485;REVB=-0.00128989;RO=109;SAF=18;SAR=26;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202781;STB=0.621882;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0300919;OID=.;OPOS=31977528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:109:110:44:44:0.285714:26:18:63:46:26:18:64:46 chr6 31977552 . C G 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=-0.0161937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.592;QD=1.10964;RBI=0.0262075;REFB=-0.00263513;REVB=-0.0206058;RO=103;SAF=5;SAR=4;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034911;STB=0.528878;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0318167;OID=.;OPOS=31977552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:4:5:54:49:4:5:54:49 chr6 31978746 . G A 1233.76 PASS AF=1;AO=75;DP=79;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102581;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.393;QD=58.7503;RBI=0.010697;REFB=0;REVB=0.00303274;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234474;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:84:0:0:75:84:1:27:48:0:0:30:54:0:0 chr6 31996524 . C A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.034775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.466;QD=14.6524;RBI=0.045952;REFB=-0.0353309;REVB=0.0300382;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344857;STB=0.70522;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0221156;OID=.;OPOS=31996524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:1:4:2:4:1:4 chr6 32006214 . CCTGCTGCTGCTGCTGC CCTGCTGCTGCTGC,CCTGCTGCTGCTGCTG 176.07 PASS AF=0.413043,0;AO=16,8;DP=50;FAO=19,0;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16,0;FSAR=3,0;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0156964,-0.0307558;FXX=0.061212;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=216.627,10.5499;QD=15.3106;RBI=0.0210696,0.20154;REFB=-0.0530684,-0.17082;REVB=-0.0140553,-0.19918;RO=17;SAF=13,5;SAR=3,3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.066946,-0.175566;STB=0.626184,0.5;STBP=0.258,1;TYPE=del,del;VARB=0.064579,0.0914461;OID=.,.;OPOS=32006215,32006230;OREF=CTG,C;OALT=-,-;OMAPALT=CCTGCTGCTGCTGC,CCTGCTGCTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043,0:16,8:50:19,0:46:27:16,0:3,0:19:8:99:17:13,5:3,3:13:4 chr6 32006317 . C T 417.19 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.298;QD=52.1493;RBI=0.0269646;REFB=-0.0233144;REVB=0.0234804;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00293968;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:32:2:1:30:31:0.96875:15:15:1:1:15:16:0:1 chr6 32006337 . C A 288.84 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0577998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3145;QD=46.2139;RBI=0.0588171;REFB=0.0765949;REVB=0.0108921;RO=3;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707008;STB=0.509083;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00842094;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:3:2:22:23:0.92:14:8:2:1:14:9:1:1 chr6 32006858 . C A 719.7 PASS AF=0.964912;AO=52;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.104884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1818;QD=50.505;RBI=0.177705;REFB=-0.142123;REVB=0.143452;RO=4;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167828;STB=0.505153;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0104006;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:57:4:2:52:55:0.964912:33:19:1:3:35:20:1:1 chr6 32006886 . G A 222.71 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0575486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4527;QD=12.5469;RBI=0.0724553;REFB=0.0209025;REVB=-0.0440219;RO=44;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243339;STB=0.639244;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0373968;OID=.;OPOS=32006886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:11:16:16:28:11:16:16:28 chr6 32007790 . C G 57.06 PASS AF=0.161765;AO=10;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0382849;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.711;QD=3.35656;RBI=0.0434861;REFB=-0.0026498;REVB=0.0206229;RO=58;SAF=10;SAR=0;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645159;STB=0.805754;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0232041;OID=.;OPOS=32007790;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:68:68:58:57:10:11:0.161765:0:10:38:20:1:10:38:19 chr6 32007849 . G C 294.22 PASS AF=0.254237;AO=42;DP=177;FAO=45;FDP=177;FR=.;FRO=132;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=88;FSRR=44;FWDB=-0.0094681;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.48;QD=6.64899;RBI=0.0924161;REFB=-0.00117475;REVB=0.0919298;RO=134;SAF=33;SAR=9;SRF=88;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203312;STB=0.605718;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00401087;OID=.;OPOS=32007849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:134:132:42:45:0.254237:9:33:88:46:10:35:88:44 chr6 32008451 . C T 116.71 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0117289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.889;QD=11.671;RBI=0.019328;REFB=-0.00514556;REVB=0.0153625;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214953;STB=0.624844;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0116595;OID=.;OPOS=32008451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:21:5:5:9:21:5 chr6 32010272 . T A 873.69 PASS AF=0.322581;AO=109;DP=329;FAO=110;FDP=341;FR=.;FRO=231;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=133;FSRR=98;FWDB=-0.0130329;FXX=0.00872068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.864;QD=10.2486;RBI=0.0209361;REFB=-0.00418099;REVB=-0.0163848;RO=218;SAF=66;SAR=43;SRF=130;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111581;STB=0.523462;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00961961;OID=.;OPOS=32010272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:341:218:231:109:110:0.322581:43:66:130:88:43:67:133:98 chr6 32012987 . A G 2200.26 PASS AF=0.3789;AO=256;DP=681;FAO=255;FDP=673;FR=.;FRO=418;FSAF=125;FSAR=130;FSRF=212;FSRR=206;FWDB=-0.0280973;FXX=0.0117473;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.06;QD=13.0773;RBI=0.0315936;REFB=-0.0192082;REVB=-0.0144463;RO=423;SAF=125;SAR=131;SRF=218;SRR=205;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300236;STB=0.510546;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0289843;OID=.;OPOS=32012987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:681:673:423:418:256:255:0.3789:131:125:218:205:130:125:212:206 chr6 32024395 . C T 253.16 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00599543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5644;QD=12.818;RBI=0.0126147;REFB=-0.0209478;REVB=-0.0110989;RO=49;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736687;STB=0.54211;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0381168;OID=.;OPOS=32024395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:13:17:31:18:13:17:31:18 chr6 32026098 . TCGGGGGGCC GTCGGGGGCC,TCGGGGGGCT 47.12 PASS AF=0,0.24;AO=3,4;DP=26;FAO=0,6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=0,4;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0807076,-0.0182869;FXX=0.0384468;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=32.0743,206.689;QD=7.53936;RBI=0.0915704,0.0335938;REFB=-0.035998,-0.0135539;REVB=-0.0432599,-0.0281803;RO=10;SAF=0,3;SAR=3,1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622111,0.372583;STB=0.5,0.721525;STBP=1,0.248;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0362815;OID=.,.;OPOS=32026098,32026107;OREF=TCG,C;OALT=GTC,T;OMAPALT=GTCGGGGGCC,TCGGGGGGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:26:25:10:17:3,4:0,6:0,0.24:3,1:0,3:4:6:0,2:0,4:6:11 chr6 32029226 . A G 262.8 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00443784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.392;QD=15.0172;RBI=0.0306002;REFB=-0.0190617;REVB=-0.0302767;RO=40;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170688;STB=0.509665;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0260288;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:13:17:22:18:13:17:22:18 chr6 32029415 . T C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0116937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.538;QD=18.8207;RBI=0.0125268;REFB=0.00913149;REVB=0.00449183;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260731;STB=0.651885;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0128514;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:6:4:2:10:6:4 chr6 32029431 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00253732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0093;QD=15.8387;RBI=0.0431358;REFB=0.000308025;REVB=0.0430611;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211985;STB=0.622369;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00233892;OID=.;OPOS=32029431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:6:1:3:5:6:1 chr6 32032743 . G A 325.91 PASS AF=0.420455;AO=24;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00325735;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.195;QD=14.814;RBI=0.023938;REFB=-0.0325607;REVB=-0.0237153;RO=45;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106502;STB=0.543746;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0538691;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:51:24:37:0.420455:14:10:23:22:14:23:28:23 chr6 32050067 . T C 755.81 PASS AF=0.514085;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=142;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00211199;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.75;QD=21.2904;RBI=0.00521138;REFB=-0.0155121;REVB=-0.00476424;RO=65;SAF=50;SAR=23;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956588;STB=0.5492;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0236467;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:142:65:69:73:73:0.514085:23:50:38:27:23:50:41:28 chr6 32088854 . G C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.00862674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.802;QD=12.8691;RBI=0.00899646;REFB=-0.00952047;REVB=-0.00255256;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354585;STB=0.702524;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0155898;OID=.;OPOS=32088854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:9:24:8:13:9:24 chr6 32119898 . T C 4581.94 PASS AF=0.977273;AO=301;DP=308;FAO=301;FDP=308;FR=.;FRO=7;FSAF=177;FSAR=124;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.000232299;FXX=0.00323614;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.072;QD=59.5058;RBI=0.0268467;REFB=-0.0441057;REVB=0.0268457;RO=5;SAF=177;SAR=124;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132795;STB=0.509695;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00167632;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:308:308:5:7:301:301:0.977273:124:177:5:0:124:177:7:0 chr6 32122385 . GC G,GG 914.16 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=14,49;DP=63;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017421,0.0143412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.619,218.872;QD=58.0421;RBI=0.0612639,0.0635449;REFB=0,0;REVB=0.0587348,0.0619054;RO=0;SAF=2,27;SAR=12,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.30731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0375939,-0.000265615;OID=.,.;OPOS=32122386,32122386;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.015873,0.984127:14,49:63:1,62:63:0:1,28:0,34:0:0:4:0:2,27:12,22:0:0 chr6 32151443 . C T 1051.81 PASS AF=0.537634;AO=100;DP=185;FAO=100;FDP=186;FR=.;FRO=86;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=-0.0074226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.832;QD=22.6195;RBI=0.0179799;REFB=-0.0326528;REVB=0.0163763;RO=82;SAF=52;SAR=48;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115391;STB=0.566466;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0315834;OID=.;OPOS=32151443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:82:86:100:100:0.537634:48:52:54:28:48:52:57:29 chr6 32151694 . GGC G 290.17 PASS AF=0.986486;AO=26;DP=89;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0664157;FXX=0.038956;HRUN=5;LEN=2;MLLD=8.08215;QD=15.6848;RBI=0.0785805;REFB=-0.102634;REVB=-0.0419982;RO=49;SAF=21;SAR=5;SRF=24;SRR=25;SSEN=0.305263;SSEP=0;SSSB=0.402274;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.0327486;OID=.;OPOS=32151695;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.986486:26:89:73:74:1:46:27:1:0:3:49:21:5:24:25 chr6 32151994 . A T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.266;QD=57.3858;RBI=0.0299134;REFB=0;REVB=-0.026293;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22156e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr6 32154998 . C T 383.19 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00204532;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2141;QD=14.5977;RBI=0.033206;REFB=0.00333862;REVB=0.0331429;RO=58;SAF=18;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161785;STB=0.595462;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00482573;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:58:61:44:44:0.419048:26:18:33:25:26:18:35:26 chr6 32159956 . T C 130.82 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00754638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.924;QD=18.688;RBI=0.00822842;REFB=-0.0154006;REVB=0.0032801;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157376;STB=0.599863;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0089136;OID=.;OPOS=32159956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:9:5:7:6:10:5:7:6 chr6 32172065 . T G 2307.72 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.22;QD=61.1317;RBI=0.0125451;REFB=0;REVB=-0.0122707;RO=0;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62155e-05;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:64:87:0:0:64:87:0:0 chr6 32178570 . C T 769.79 PASS AF=0.517483;AO=74;DP=142;FAO=74;FDP=143;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.018633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.499;QD=21.5325;RBI=0.0216772;REFB=-0.0105696;REVB=0.0110774;RO=68;SAF=26;SAR=48;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126035;STB=0.501867;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0104417;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:68:69:74:74:0.517483:48:26:23:45:48:26:24:45 chr6 32182002 . C T 347.6 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0331776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.259;QD=18.057;RBI=0.0347205;REFB=-0.0219511;REVB=0.0102354;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340235;STB=0.518977;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0544552;OID=.;OPOS=32182002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:18:19:22:18:18:19:22:18 chr6 32183158 . C T 271.25 PASS AF=0.380952;AO=30;DP=82;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00809913;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.718;QD=12.9167;RBI=0.0367614;REFB=-0.0199153;REVB=-0.0358581;RO=52;SAF=25;SAR=5;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318457;STB=0.660044;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0229499;OID=.;OPOS=32183158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:52:52:30:32:0.380952:5:25:32:20:6:26:32:20 chr6 32184705 . G A 1036.04 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0674;QD=59.2022;RBI=0.0426743;REFB=0;REVB=0.0348824;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49646e-05;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:42:28:0:0 chr6 32188297 . G C 349.22 PASS AF=0.271605;AO=19;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.000771571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.819;QD=17.2456;RBI=0.0130326;REFB=-0.0208626;REVB=-0.0130097;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233442;STB=0.558294;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0431433;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:19:22:0.271605:10:9:29:14:9:13:29:14 chr6 32188642 . T C 455.72 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0105401;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.766;QD=24.9707;RBI=0.0185557;REFB=0.00589374;REVB=-0.0152715;RO=30;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162529;STB=0.588623;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00536408;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:43:43:0.589041:19:24:23:7:19:24:23:7 chr6 32188909 . C T 698.36 PASS AF=0.471338;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00780202;FXX=0.00632871;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.001;QD=17.7927;RBI=0.013862;REFB=-0.0205346;REVB=-0.0114579;RO=81;SAF=33;SAR=41;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687889;STB=0.531906;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0207681;OID=.;OPOS=32188909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:81:83:74:74:0.471338:41:33:42:39:41:33:42:41 chr6 32188943 . G A 799.26 PASS AF=0.471591;AO=83;DP=176;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.00134919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.683;QD=18.1649;RBI=0.00153377;REFB=-0.0231666;REVB=-0.000729477;RO=93;SAF=37;SAR=46;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159969;STB=0.508847;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0275785;OID=.;OPOS=32188943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:93:93:83:83:0.471591:46:37:43:50:46:37:43:50 chr6 32188996 . G A 830.03 PASS AF=0.4375;AO=91;DP=209;FAO=91;FDP=208;FR=.;FRO=117;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.00252759;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.484;QD=15.962;RBI=0.00844122;REFB=-0.0204347;REVB=0.00805391;RO=115;SAF=46;SAR=45;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025057;STB=0.508929;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0261625;OID=.;OPOS=32188996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:115:117:91:91:0.4375:45:46:61:54:45:46:61:56 chr6 32189032 . T C 758.23 PASS AF=0.418719;AO=85;DP=203;FAO=85;FDP=203;FR=.;FRO=118;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=-0.0164338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.724;QD=14.9405;RBI=0.0170665;REFB=0.00288489;REVB=-0.00460371;RO=118;SAF=49;SAR=36;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802425;STB=0.54488;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0029859;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:118:118:85:85:0.418719:36:49:59:59:36:49:59:59 chr6 32190390 . T G 451.4 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0607856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8624;QD=17.196;RBI=0.12052;REFB=0.00762145;REVB=-0.104069;RO=53;SAF=28;SAR=21;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230683;STB=0.528914;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.010304;OID=.;OPOS=32190390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:53:56:49:49:0.466667:21:28:29:24:21:28:29:27 chr6 32190406 . A G 397.47 PASS AF=0.419643;AO=45;DP=111;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00839673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.362;QD=14.1954;RBI=0.0126053;REFB=-0.0256328;REVB=-0.00940152;RO=62;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130002;STB=0.561976;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0522277;OID=.;OPOS=32190406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:62:65:45:47:0.419643:19:26:28:34:21:26:29:36 chr6 32190484 . G A 602.34 PASS AF=0.545455;AO=60;DP=110;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0212533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.62;QD=21.9034;RBI=0.0235821;REFB=-0.0470047;REVB=0.0102181;RO=50;SAF=24;SAR=36;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198259;STB=0.60866;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0291887;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:50:60:60:0.545455:36:24:32:18:36:24:32:18 chr6 32191620 . C T 295.25 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0384009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7231;QD=15.1408;RBI=0.0384193;REFB=-0.00943843;REVB=-0.0011885;RO=40;SAF=24;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619507;STB=0.527204;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00816539;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:45:33:33:0.423077:9:24:27:13:9:24:31:14 chr6 32191658 . T TAGC 136.21 PASS AF=0.25974;AO=18;DP=90;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=-0.0143818;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=3;MLLD=170.854;QD=7.07592;RBI=0.0873124;REFB=-0.0280579;REVB=-0.0861198;RO=70;SAF=15;SAR=3;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2712;STB=0.578146;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.0699563;OID=.;OPOS=32191659;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25974:18:90:20:77:57:17:3:45:12:99:70:15:3:47:23 chr6 32223632 . G A 352.48 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00518849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.016;QD=19.5822;RBI=0.00891813;REFB=-0.018141;REVB=0.00725345;RO=35;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137359;STB=0.581108;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0125334;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:16:20:14:21:16:21:14:21 chr6 32230608 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0685229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3033;QD=21.1693;RBI=0.0977867;REFB=0.0120081;REVB=-0.0697628;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00557232;OID=.;OPOS=32230608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr6 32256418 . T C 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=41;FWDB=0.0154277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1141;QD=13.3047;RBI=0.048969;REFB=0.0118679;REVB=0.0464753;RO=51;SAF=3;SAR=29;SRF=10;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242923;STB=0.642142;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.01646;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:29:3:10:41:29:3:10:41 chr6 32261507 . T C 842.71 PASS AF=0.633333;AO=76;DP=121;FAO=76;FDP=120;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.0223415;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6894;QD=28.0905;RBI=0.0380553;REFB=-0.0395784;REVB=0.0308069;RO=43;SAF=33;SAR=43;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20489;STB=0.614256;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0328252;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:43:44:76:76:0.633333:43:33:32:11:43:33:33:11 chr6 32261952 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0186069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5696;QD=20.7548;RBI=0.0784397;REFB=-0.0722784;REVB=-0.0762008;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395277;STB=0.522358;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0586547;OID=.;OPOS=32261952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:7:5:7:8:7:5 chr6 32270363 . A T 129.34 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0518792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3859;QD=12.6181;RBI=0.0538252;REFB=-0.0132399;REVB=-0.0143423;RO=25;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963792;STB=0.563797;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0229122;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:4:11:20:5:4:11:21:5 chr6 32290927 . G T 1952.08 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5436;QD=61.9707;RBI=0.0370422;REFB=0;REVB=0.0309479;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.918e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:63:62:0:0:63:63:0:0 chr6 32291359 . T G 975.9 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8139;QD=57.406;RBI=0.0148178;REFB=-0.0209011;REVB=0.0080864;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.507934;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00100826;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:1:0:36:31:1:0 chr6 32317859 . T C 456.22 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0643505;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4886;QD=22.5294;RBI=0.0770499;REFB=-0.0117365;REVB=0.0423757;RO=37;SAF=29;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818301;STB=0.545158;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0109242;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:37:44:44:0.54321:15:29:21:16:15:29:21:16 chr6 32333093 . A G 237.94 PASS AF=0.292035;AO=33;DP=113;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0116572;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.113;QD=8.42246;RBI=0.0121236;REFB=-0.0146896;REVB=-0.00333008;RO=80;SAF=19;SAR=14;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455563;STB=0.526824;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.020319;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:80:33:33:0.292035:14:19:49:31:14:19:49:31 chr6 32333098 . C T 242.34 PASS AF=0.298246;AO=33;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0108364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.484;QD=8.50327;RBI=0.0165977;REFB=-0.0137043;REVB=-0.0125721;RO=77;SAF=18;SAR=15;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947855;STB=0.529488;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0231229;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:80:33:34:0.298246:15:18:48:29:15:19:48:32 chr6 32333299 . C T 438.85 PASS AF=0.435897;AO=48;DP=114;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00470758;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.306;QD=15.0033;RBI=0.0388058;REFB=-0.0383676;REVB=0.0385192;RO=66;SAF=24;SAR=24;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780461;STB=0.526306;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0418766;OID=.;OPOS=32333299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:66:66:48:51:0.435897:24:24:28:38:27:24:28:38 chr6 32337686 . A G 801.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.616;QD=57.2681;RBI=0.0479306;REFB=0;REVB=0.0421777;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188255;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:20:35:0:0:21:35:0:0 chr6 32339511 . C T 312.79 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00686919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.934;QD=17.1394;RBI=0.0123208;REFB=-0.0149876;REVB=-0.0102282;RO=38;SAF=10;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209897;STB=0.612607;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0131261;OID=.;OPOS=32339511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:24:10:19:19:24:10:19:20 chr6 32361742 . CT C 184.04 PASS AF=0.482759;AO=43;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.296804;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7025;QD=8.46167;RBI=0.299787;REFB=-0.0383727;REVB=0.0421875;RO=38;SAF=30;SAR=13;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328836;STB=0.654922;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0222779;OID=.;OPOS=32361743;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:43:87:42:87:45:29:13:18:27:99:38:30:13:12:26 chr6 32361762 . G A 463.84 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.038161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.514;QD=19.3266;RBI=0.0446376;REFB=-0.0186541;REVB=-0.0231571;RO=50;SAF=35;SAR=11;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379466;STB=0.712112;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0201913;OID=.;OPOS=32361762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:11:35:19:31:11:35:19:31 chr6 32361799 . C G 349.85 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0181997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.678;QD=15.211;RBI=0.01893;REFB=-0.00158983;REVB=0.00520706;RO=53;SAF=26;SAR=12;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351423;STB=0.702598;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00308859;OID=.;OPOS=32361799;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:38:38:0.413043:12:26:18:35:12:26:18:36 chr6 32362521 . C A 344.91 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00614487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1883;QD=21.8991;RBI=0.0204402;REFB=-0.0154502;REVB=-0.0194947;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593151;STB=0.521726;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00895438;OID=.;OPOS=32362521;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:28:35:35:0.555556:11:24:18:8:11:24:18:10 chr6 32362639 . G A 598.36 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=132;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0688307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7831;QD=18.1321;RBI=0.0706587;REFB=-0.011577;REVB=0.0159681;RO=70;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308819;STB=0.517135;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00956901;OID=.;OPOS=32362639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:70:70:62:62:0.469697:33:29:35:35:33:29:35:35 chr6 32362669 . T G 486.24 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.000923156;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.586;QD=14.9611;RBI=0.00761015;REFB=-0.012178;REVB=-0.00755395;RO=76;SAF=22;SAR=32;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138031;STB=0.577622;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0192622;OID=.;OPOS=32362669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:76:76:54:54:0.415385:32:22:41:35:32:22:41:35 chr6 32362702 . TG CT 486.0 PASS AF=0.415385;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=130;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0403222;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=54.0192;QD=14.954;RBI=0.041265;REFB=-0.0277493;REVB=-0.0087705;RO=70;SAF=24;SAR=30;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419097;STB=0.532634;STBP=0.522;TYPE=mnp;VARB=0.0306888;OID=.;OPOS=32362702;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:70:76:54:54:0.415385:30:24:34:36:30:24:38:38 chr6 32362741 . C T 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00494477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.391;QD=17.0286;RBI=0.0187977;REFB=-0.0117736;REVB=-0.0181357;RO=55;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953318;STB=0.553169;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0245747;OID=.;OPOS=32362741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:26:21:30:25:26:21:30:25 chr6 32362745 . G A 415.32 PASS AF=0.45;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0269553;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.884;QD=16.6126;RBI=0.027213;REFB=-0.011011;REVB=-0.00373643;RO=54;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112514;STB=0.567959;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0177294;OID=.;OPOS=32362745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:54:55:45:45:0.45:26:19:29:25:26:19:30:25 chr6 32362785 . G A 291.18 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0288552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.786;QD=13.8655;RBI=0.0395046;REFB=-0.0163973;REVB=0.0269814;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760072;STB=0.558789;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0436466;OID=.;OPOS=32362785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:50:50:32:34:0.404762:17:15:27:23:19:15:27:23 chr6 32363816 . T C 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=0.0108356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0958;QD=9.60002;RBI=0.0608564;REFB=0.00856267;REVB=-0.059884;RO=37;SAF=14;SAR=3;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290498;STB=0.517222;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.025585;OID=.;OPOS=32363816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:3:14:31:6:3:14:31:6 chr6 32363888 . C T 199.44 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=0.057835;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8546;QD=11.236;RBI=0.137782;REFB=-0.0156922;REVB=0.125056;RO=47;SAF=21;SAR=3;SRF=40;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584034;STB=0.509547;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0205353;OID=.;OPOS=32363888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:46:24:25:0.352113:3:21:40:7:4:21:39:7 chr6 32363955 . T C 393.36 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.0225742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2698;QD=15.4258;RBI=0.0235922;REFB=-0.0365147;REVB=-0.00685544;RO=58;SAF=37;SAR=7;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16261;STB=0.592384;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0452791;OID=.;OPOS=32363955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:7:37:43:15:7:37:43:15 chr6 32363973 . C T 386.18 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0039787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.72;QD=14.853;RBI=0.00536932;REFB=-0.0314194;REVB=0.00360548;RO=58;SAF=34;SAR=9;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955521;STB=0.564485;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0440234;OID=.;OPOS=32363973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:58:60:43:44:0.423077:9:34:42:16:9:35:43:17 chr6 32364011 . T C 479.05 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0584411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8357;QD=19.9606;RBI=0.0766387;REFB=-0.0553332;REVB=-0.0495795;RO=48;SAF=29;SAR=17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788544;STB=0.542307;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0376632;OID=.;OPOS=32364011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:49:46:47:0.489583:17:29:34:14:18:29:34:15 chr6 32364046 . T A 435.65 PASS AF=0.473684;AO=42;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.0174399;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=18.3431;RBI=0.0254232;REFB=-0.0401974;REVB=0.0184983;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115678;STB=0.544623;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0458575;OID=.;OPOS=32364046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:50:42:45:0.473684:18:24:33:15:18:27:34:16 chr6 32364052 . C T 362.08 PASS AF=0.41;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=0.0107959;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0295;QD=14.483;RBI=0.0398453;REFB=-0.0176122;REVB=0.0383548;RO=56;SAF=22;SAR=19;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187021;STB=0.626317;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0469996;OID=.;OPOS=32364052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:59:41:41:0.41:19:22:40:16:19:22:44:15 chr6 32364057 . C T 469.0 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.00184517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0509;QD=18.5744;RBI=0.0119863;REFB=-0.0309868;REVB=-0.0118434;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862711;STB=0.544253;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0345366;OID=.;OPOS=32364057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:52:49:49:0.485149:19:30:35:15:19:30:36:16 chr6 32364194 . A C 302.08 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0103389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.903;QD=14.3846;RBI=0.0128886;REFB=-0.00901002;REVB=-0.00769569;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627826;STB=0.535693;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0173048;OID=.;OPOS=32364194;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:13:21:28:22:13:21:28:22 chr6 32364214 . T C 213.26 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00398786;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.037;QD=10.2777;RBI=0.00613932;REFB=-0.0266676;REVB=-0.00466779;RO=50;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825983;STB=0.52697;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0307083;OID=.;OPOS=32364214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:56:27:27:0.325301:11:16:26:24:11:16:31:25 chr6 32369554 . G A 352.83 PASS AF=0.303797;AO=47;DP=155;FAO=48;FDP=158;FR=.;FRO=110;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0341252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.72;QD=8.93233;RBI=0.0373934;REFB=-0.0110623;REVB=-0.0152884;RO=108;SAF=21;SAR=26;SRF=59;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118442;STB=0.566674;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0352046;OID=.;OPOS=32369554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:108:110:47:48:0.303797:26:21:59:49:26:22:61:49 chr6 32369586 . GAA GA,G 146.0 PASS AF=0,0.262774;AO=16,29;DP=137;FAO=0,36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=0,12;FSAR=0,24;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.139592,-0.0701913;FXX=0.0143875;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.9908,27.9881;QD=4.26269;RBI=0.179009,0.0917871;REFB=0.0366799,0.0186783;REVB=-0.112063,-0.0591444;RO=81;SAF=12,12;SAR=4,17;SRF=36;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0.330986,0.330986;SSSB=0.38329,-0.0384095;STB=0.5,0.629926;STBP=1,0.067;TYPE=del,del;VARB=0,-0.04939;OID=.,.;OPOS=32369587,32369587;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.262774:16,29:137:0,36:137:101:0,12:0,24:51:50:99:81:12,12:4,17:36:45 chr6 32369594 . A G 250.98 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0229422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.632;QD=7.17079;RBI=0.0231198;REFB=-0.00687187;REVB=0.00286016;RO=99;SAF=12;SAR=24;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180658;STB=0.620621;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0238356;OID=.;OPOS=32369594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:99:104:36:36:0.257143:24:12:47:52:24:12:51:53 chr6 32369596 . A G 261.7 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.0573513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.247;QD=7.47713;RBI=0.0573863;REFB=-0.00618767;REVB=-0.00200288;RO=103;SAF=12;SAR=25;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217251;STB=0.63018;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0303631;OID=.;OPOS=32369596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:103:103:37:37:0.264286:25:12:51:52:25:12:51:52 chr6 32370791 . G A 413.68 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00497228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.88;QD=15.0429;RBI=0.0292952;REFB=-0.0144976;REVB=-0.0288702;RO=58;SAF=34;SAR=13;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207528;STB=0.644146;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0355433;OID=.;OPOS=32370791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:63:47:47:0.427273:13:34:31:27:13:34:31:32 chr6 32370794 . C T 616.31 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=0.00298949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8252;QD=22.2094;RBI=0.00758468;REFB=0.0106642;REVB=0.00697068;RO=50;SAF=30;SAR=31;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154653;STB=0.584534;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00872262;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:31:30:34:16:31:30:34:16 chr6 32370816 . G A 1556.47 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7019;QD=59.8644;RBI=0.0528738;REFB=0;REVB=0.0507667;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196907;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr6 32370835 . T C 1607.07 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.55;QD=64.283;RBI=0.0431774;REFB=0;REVB=0.00614524;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48922e-05;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:41:59:0:0:41:59:0:0 chr6 32370860 . G A 362.92 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00446887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.232;QD=14.094;RBI=0.0196626;REFB=-0.0340559;REVB=0.019148;RO=61;SAF=27;SAR=15;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145974;STB=0.582694;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0370081;OID=.;OPOS=32370860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:61:61:42:42:0.407767:15:27:31:30:15:27:31:30 chr6 32370879 . C T 443.41 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0470743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.091;QD=20.1551;RBI=0.0474471;REFB=-0.0179419;REVB=0.0059364;RO=44;SAF=15;SAR=28;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30043;STB=0.657072;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0130823;OID=.;OPOS=32370879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:43:44:0.5:28:15:30:14:28:16:30:14 chr6 32370908 . T A 460.54 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0191028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.699;QD=23.9242;RBI=0.0204138;REFB=-0.00709621;REVB=-0.00719778;RO=32;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142401;STB=0.584577;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00533885;OID=.;OPOS=32370908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:26:18:19:13:26:18:20:13 chr6 32370927 . G A 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0121551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.598;QD=14.4198;RBI=0.0209467;REFB=-0.0118898;REVB=-0.0170592;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704303;STB=0.54004;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0175387;OID=.;OPOS=32370927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:12:15:18:19:12:15:18:19 chr6 32370969 . TG T 166.48 PASS AF=0.55;AO=20;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0818485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.871;QD=16.648;RBI=0.0819697;REFB=-0.0514136;REVB=-0.00445745;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0446742;OID=.;OPOS=32370970;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:20:40:22:40:18:11:11:9:9:99:17:10:10:8:9 chr6 32370975 . C T 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00204707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.904;QD=23.0861;RBI=0.00438093;REFB=-0.00172223;REVB=-0.00387325;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131609;OID=.;OPOS=32370975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:9:9:11:11:9:9 chr6 32370986 . C A 187.68 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0024905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3667;QD=20.2892;RBI=0.00252227;REFB=-0.00359163;REVB=0.000399106;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.538864;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00334792;OID=.;OPOS=32370986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:8:11:9:8:8:11:9:9 chr6 32372863 . A T 681.31 PASS AF=0.534884;AO=65;DP=128;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0299343;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=21.1258;RBI=0.0314048;REFB=-0.0465961;REVB=-0.00949727;RO=59;SAF=28;SAR=37;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125961;STB=0.562188;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0432352;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:59:60:65:69:0.534884:37:28:34:25:38:31:35:25 chr6 32372963 . G A 374.19 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0155289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.546;QD=18.0332;RBI=0.0197574;REFB=-0.026026;REVB=0.0122151;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471418;STB=0.520436;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0318745;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:21:18:22:21:21:18:22:22 chr6 32407773 . G C 352.74 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00918877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3302;QD=15.8535;RBI=0.013645;REFB=-0.000764357;REVB=-0.0100873;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962654;STB=0.554217;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.000984693;OID=.;OPOS=32407773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:20:18:29:22:20:18:29:22 chr6 32410987 . A G 1419.31 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161839;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.867;QD=61.7093;RBI=0.0228607;REFB=-0.137726;REVB=-0.016146;RO=1;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141463;STB=0.507461;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000113489;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:92:1:1:91:91:0.98913:33:58:0:1:33:58:0:1 chr6 32412809 . T A 118.95 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0199754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8331;QD=14.8689;RBI=0.0223353;REFB=-0.000759452;REVB=0.00999247;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338916;STB=0.70096;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00333544;OID=.;OPOS=32412809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:2:12:11:7:2:12:11:7 chr6 32489744 . GC AG 75.98 PASS AF=0.191176;AO=11;DP=66;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00475008;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.479;QD=4.46917;RBI=0.00780146;REFB=-0.011844;REVB=-0.00618866;RO=55;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112226;STB=0.505686;STBP=0.975;TYPE=mnp;VARB=0.0498842;OID=.;OPOS=32489744;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:66:68:55:55:11:13:0.191176:5:6:25:30:7:6:25:30 chr6 32489749 . G C 73.49 PASS AF=0.185714;AO=12;DP=69;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0369205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.674;QD=4.19963;RBI=0.0394923;REFB=-0.013584;REVB=-0.0140185;RO=57;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546178;STB=0.504418;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0457604;OID=.;OPOS=32489749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:69:70:57:57:12:13:0.185714:6:6:26:31:7:6:26:31 chr6 32489766 . A T 54.87 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.027737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.584;QD=2.81408;RBI=0.0705273;REFB=-0.0041376;REVB=-0.0648441;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190443;STB=0.620479;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0198757;OID=.;OPOS=32489766;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:64:67:11:11:0.141026:5:6:25:39:5:6:27:40 chr6 32489791 . A G 54.48 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=79;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0186023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.592;QD=2.75853;RBI=0.0219961;REFB=-0.0097327;REVB=-0.0117381;RO=68;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200168;STB=0.637771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0452076;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:79:68:68:11:11:0.139241:5:6:26:42:5:6:26:42 chr6 32489795 . TC CT 56.25 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0390335;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=68.6637;QD=2.99997;RBI=0.0425261;REFB=-0.00858233;REVB=-0.0168775;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166971;STB=0.629846;STBP=0.394;TYPE=mnp;VARB=0.0602599;OID=.;OPOS=32489795;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:61:64:11:11:0.146667:5:6:25:36:5:6:25:39 chr6 32489853 . A C 839.79 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0081837;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.197;QD=55.986;RBI=0.0148559;REFB=0.00350889;REVB=-0.0123986;RO=1;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111038;STB=0.50588;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-2.67378e-05;OID=.;OPOS=32489853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:42:17:0:1:42:17:0:1 chr6 32489856 . C A,T 820.69 PASS AF=0.05,0.933333;AO=3,56;DP=60;FAO=3,56;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=3,40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266687,0.0276258;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.9745,52.8389;QD=54.7127;RBI=0.0446356,0.0332013;REFB=-0.0399035,-0.0936558;REVB=-0.0357927,-0.0184158;RO=1;SAF=0,16;SAR=3,40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0285524;STB=0.994936,0.515146;STBP=0.121,0.161;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0123668,0.00660305;OID=.,.;OPOS=32489856,32489856;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:60:60:1:1:3,56:3,56:0.05,0.933333:3,40:0,16:1:0:3,40:0,16:1:0 chr6 32489876 . T C 696.44 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0506964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.074;QD=52.5616;RBI=0.0813794;REFB=-0.105467;REVB=0.0636591;RO=2;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00685016;OID=.;OPOS=32489876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:38:13:0:2:38:13:0:2 chr6 32546726 . A G 95.49 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.126096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1247;QD=34.7235;RBI=0.126096;REFB=-0.0557763;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138739;OID=.;OPOS=32546726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:0:9:1:0:0:10:1:0 chr6 32548520 . C T 234.97 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0177468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.126;QD=19.5808;RBI=0.0247737;REFB=-0.0151405;REVB=-0.0172855;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175538;STB=0.599515;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0238705;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:13:12:7:16:13:12 chr6 32548632 . T A 167.01 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00286376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.861;QD=15.5355;RBI=0.00289505;REFB=-0.0359731;REVB=-0.000424451;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131602;STB=0.598399;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0496107;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:17:19:0.44186:10:7:12:10:12:7:13:11 chr6 32549401 . T C 98.07 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0550629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7966;QD=4.08608;RBI=0.055596;REFB=-0.00488303;REVB=-0.00768025;RO=79;SAF=11;SAR=6;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164962;STB=0.607911;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0204207;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:96:96:79:79:17:17:0.177083:6:11:41:38:6:11:41:38 chr6 32549452 . C G 117.01 PASS AF=0.184211;AO=21;DP=114;FAO=21;FDP=114;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.000870718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.818;QD=4.10554;RBI=0.0234522;REFB=-0.00925392;REVB=0.023436;RO=93;SAF=15;SAR=6;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184376;STB=0.619715;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0374131;OID=.;OPOS=32549452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:93:93:21:21:0.184211:6:15:54:39:6:15:54:39 chr6 32549475 . T C 119.62 PASS AF=0.177419;AO=22;DP=125;FAO=22;FDP=124;FR=.;FRO=102;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=-0.00477046;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.471;QD=3.85867;RBI=0.0137804;REFB=-0.00599267;REVB=-0.0129283;RO=101;SAF=15;SAR=7;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944986;STB=0.566658;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0261041;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:101:102:22:22:0.177419:7:15:62:39:7:15:62:40 chr6 32549481 . C T 119.59 PASS AF=0.178862;AO=22;DP=123;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.0485021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.71;QD=3.889;RBI=0.0491689;REFB=-0.00195802;REVB=-0.00806976;RO=101;SAF=14;SAR=8;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305245;STB=0.519729;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0115604;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:101:101:22:22:0.178862:8:14:62:39:8:14:62:39 chr6 32549497 . G A 165.42 PASS AF=0.230088;AO=25;DP=111;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.00898181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.477;QD=5.85553;RBI=0.0138716;REFB=-0.00273352;REVB=0.0105711;RO=85;SAF=13;SAR=12;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863119;STB=0.528177;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0154505;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:85:87:25:26:0.230088:12:13:50:35:12:14:50:37 chr6 32549501 . A C 162.3 PASS AF=0.226087;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=115;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0234849;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.753;QD=5.64515;RBI=0.0252373;REFB=-0.0091566;REVB=-0.00924022;RO=89;SAF=12;SAR=14;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153438;STB=0.585593;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0245852;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:89:89:26:26:0.226087:14:12:52:37:14:12:51:38 chr6 32549548 . G A 270.44 PASS AF=0.291339;AO=37;DP=127;FAO=37;FDP=127;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0483558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.342;QD=8.51783;RBI=0.0504974;REFB=-0.017153;REVB=0.0145499;RO=90;SAF=19;SAR=18;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296212;STB=0.517437;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0385799;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:90:90:37:37:0.291339:18:19:44:46:18:19:44:46 chr6 32549596 . T C 339.67 PASS AF=0.297297;AO=43;DP=147;FAO=44;FDP=148;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0109021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0402;QD=9.18024;RBI=0.0274724;REFB=-0.00353853;REVB=0.0252166;RO=104;SAF=18;SAR=25;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132953;STB=0.568151;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0096636;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:104:104:43:44:0.297297:25:18:55:49:25:19:55:49 chr6 32549611 . T A 334.15 PASS AF=0.311594;AO=43;DP=137;FAO=43;FDP=138;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00761248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.277;QD=9.68539;RBI=0.015984;REFB=-0.00705855;REVB=-0.0140548;RO=93;SAF=18;SAR=25;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1152;STB=0.560053;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.022016;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:93:95:43:43:0.311594:25:18:48:45:25:18:48:47 chr6 32551911 . CA AC 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735192;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=55.3103;QD=59.0002;RBI=0.0772702;REFB=0;REVB=-0.0237826;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00166185;OID=.;OPOS=32551911;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr6 32552059 . G T 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0322417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9213;QD=4.41738;RBI=0.0339207;REFB=-0.00406986;REVB=-0.0105397;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419351;STB=0.528223;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0196287;OID=.;OPOS=32552059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:23:8:2:5:23:8 chr6 32552067 . C T 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0366674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.522;QD=4.41811;RBI=0.0425689;REFB=-0.00130346;REVB=0.0216243;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419351;STB=0.528223;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0104809;OID=.;OPOS=32552067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:23:8:2:5:23:8 chr6 32552123 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0185843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.245;QD=5.00562;RBI=0.0305148;REFB=-0.00367177;REVB=-0.0242028;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129158;STB=0.576644;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0142763;OID=.;OPOS=32552123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:28:21:22:6:6:0.214286:1:5:16:5:1:5:17:5 chr6 32606701 . A G 3507.84 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7257;QD=62.6399;RBI=0.0766794;REFB=0;REVB=0.0481658;RO=0;SAF=123;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236138;OID=.;OPOS=32606701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:224:0:0:217:224:1:94:123:0:0:97:127:0:0 chr6 32609094 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.948;QD=59.143;RBI=0.0475869;REFB=0;REVB=0.0279495;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51907e-05;OID=.;OPOS=32609094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:19:48:0:0:19:48:0:0 chr6 32609147 . A T 729.29 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.494;QD=57.1996;RBI=0.0754245;REFB=0;REVB=0.0722799;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171596;OID=.;OPOS=32609147;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:31:20:0:0 chr6 32609195 . G A 994.31 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689904;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4887;QD=59.3619;RBI=0.0862715;REFB=0;REVB=0.0517987;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105201;OID=.;OPOS=32609195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr6 32609813 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.434;QD=63.872;RBI=0.015523;REFB=0;REVB=0.0101444;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88694e-06;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr6 32609873 . GT CG 214.41 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378876;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.992;QD=47.6476;RBI=0.0720741;REFB=0;REVB=0.0719744;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00138392;OID=.;OPOS=32609873;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:5:11:0:0:6:12:0:0 chr6 32610075 . A G 1305.85 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.784;QD=60.737;RBI=0.0203132;REFB=0.0517426;REVB=-0.00537679;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976682;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000624325;OID=.;OPOS=32610075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:36:48:1:0:36:49:1:0 chr6 32610151 . T A 527.42 PASS AF=0.925;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0432363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2903;QD=52.7418;RBI=0.0432736;REFB=-0.113057;REVB=0.00179477;RO=3;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415307;STB=0.520156;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0272397;OID=.;OPOS=32610151;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:36:37:0.925:22:14:2:1:22:15:2:1 chr6 32610461 . A G 2293.4 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.666;QD=63.7055;RBI=0.0217865;REFB=0;REVB=-0.0138541;RO=0;SAF=88;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05683e-06;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:56:88:0:0:56:88:0:0 chr6 32610535 . A C 1522.69 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.987;QD=59.7131;RBI=0.0510305;REFB=0;REVB=0.0139769;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80702e-05;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:102:0:0:99:102:1:36:63:0:0:36:66:0:0 chr6 32610696 . G A,C 1076.14 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=69,4;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277291,-0.0501835;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=260.323,11.3295;QD=58.9665;RBI=0.0277345,0.147339;REFB=0,0;REVB=-0.000546617,-0.13853;RO=0;SAF=34,0;SAR=35,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000178665,0.0373399;OID=.,.;OPOS=32610696,32610696;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:73:0:0:69,4:70,3:0.958904,0.0410959:35,4:34,0:0:0:36,3:34,0:0:0 chr6 32610749 . G A 786.94 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00368289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.36;QD=55.2239;RBI=0.034235;REFB=-0.112378;REVB=0.0340363;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000505348;OID=.;OPOS=32610749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:31:25:0:0:31:25:1:0 chr6 32610976 . A C 2509.39 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.098;QD=61.5801;RBI=0.0182097;REFB=0;REVB=0.0172811;RO=0;SAF=72;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00928e-05;OID=.;OPOS=32610976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:163:0:0:161:163:1:89:72:0:0:90:73:0:0 chr6 32628045 . C G 1008.24 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.132;QD=59.308;RBI=0.058767;REFB=0;REVB=0.0218213;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138174;OID=.;OPOS=32628045;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr6 32628047 . T G 946.16 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.139386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7966;QD=55.6565;RBI=0.139392;REFB=0.0299838;REVB=0.00121649;RO=2;SAF=26;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349599;STB=0.518513;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00513639;OID=.;OPOS=32628047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:40:26:2:0:40:26:2:0 chr6 32628065 . C G 817.64 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.31;QD=57.3784;RBI=0.0287655;REFB=0;REVB=0.00753639;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36361e-05;OID=.;OPOS=32628065;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:30:27:0:0 chr6 32628602 . G GT 221.52 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469791;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=162.174;QD=49.2272;RBI=0.0469884;REFB=0;REVB=0.000934219;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000247245;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:13:5:0:0:4:0:13:5:0:0 chr6 32628609 . C T 217.65 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.781;QD=48.3674;RBI=0.0742948;REFB=0;REVB=0.0741332;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916238;OID=.;OPOS=32628609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr6 32628611 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.349;QD=49.5929;RBI=0.0781079;REFB=0;REVB=-0.0620661;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199181;OID=.;OPOS=32628611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr6 32628660 . T C 205.3 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1678;QD=48.305;RBI=0.0270124;REFB=0;REVB=0.0261006;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692867;OID=.;OPOS=32628660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr6 32629161 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00696987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.357;QD=49.3984;RBI=0.0415106;REFB=-0.0384477;REVB=0.0409212;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00173307;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:14:9:1:0:14:9:1:0 chr6 32629193 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.125;QD=52.613;RBI=0.0760452;REFB=0;REVB=0.00482538;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506581;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 32629210 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.445;QD=51.9167;RBI=0.0464009;REFB=0;REVB=0.0188807;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178031;OID=.;OPOS=32629210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 32629802 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.93;QD=57.8823;RBI=0.028748;REFB=0;REVB=0.0156258;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51611e-05;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr6 32629809 . C T 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3327;QD=59.496;RBI=0.0407977;REFB=0;REVB=0.0338083;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272154;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr6 32629847 . A G 1385.29 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0298;QD=62.2602;RBI=0.0461496;REFB=0;REVB=-0.0385414;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360066;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr6 32629859 . A G 1568.09 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012856;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.574;QD=64.0037;RBI=0.015229;REFB=0;REVB=-0.00816355;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08613e-05;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr6 32629889 . G A 1640.22 PASS AF=0.990991;AO=105;DP=109;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00976431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.594;QD=59.1071;RBI=0.0545474;REFB=-0.114145;REVB=0.0536663;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000468493;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:111:0:1:105:110:0.990991:47:58:0:0:52:58:1:0 chr6 32629904 . A G 1725.28 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324272;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.321;QD=60.536;RBI=0.0365276;REFB=0;REVB=0.016815;RO=0;SAF=56;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52449e-05;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:113:114:1:57:56:0:0:57:57:0:0 chr6 32632642 . C T 2708.6 PASS AF=0.967391;AO=177;DP=183;FAO=178;FDP=184;FR=.;FRO=6;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0272057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.342;QD=58.8825;RBI=0.0471496;REFB=-0.121435;REVB=0.0385089;RO=5;SAF=76;SAR=101;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197031;STB=0.513485;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000740028;OID=.;OPOS=32632642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:183:184:5:6:177:178:0.967391:101:76:4:1:102:76:5:1 chr6 32632650 . C T 2604.75 PASS AF=0.982857;AO=171;DP=175;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00273645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.02;QD=59.5371;RBI=0.019746;REFB=-0.142895;REVB=0.0195555;RO=3;SAF=73;SAR=98;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313846;STB=0.504244;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000196443;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:175:3:3:171:172:0.982857:98:73:1:2:99:73:2:1 chr6 32632659 . CT TG 2154.65 PASS AF=0.973333;AO=144;DP=156;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=90;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0302299;FXX=0.0445831;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.614;QD=57.4574;RBI=0.0303584;REFB=-0.125367;REVB=-0.00279048;RO=3;SAF=54;SAR=90;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256816;STB=0.517239;STBP=0.018;TYPE=mnp;VARB=0.00148248;OID=.;OPOS=32632659;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:156:150:3:4:144:146:0.973333:90:54:3:0:90:56:4:0 chr6 32632687 . A G 2108.75 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214358;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.4;QD=62.9479;RBI=0.0216821;REFB=0;REVB=0.00325886;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127015;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:134:0:0:132:134:1:75:57:0:0:76:58:0:0 chr6 32632714 . G C 1066.24 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.156;QD=58.4239;RBI=0.0171128;REFB=-0.127014;REVB=0.000525644;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.504586;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.000273824;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:0:1:72:72:0.986301:54:18:0:0:54:18:0:1 chr6 32632717 . G A 1011.51 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355269;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.127;QD=56.9865;RBI=0.0468065;REFB=-0.0316479;REVB=0.0304744;RO=0;SAF=17;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000286216;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:69:70:0.985915:52:17:0:0:52:18:0:1 chr6 32632745 . G A 573.12 PASS AF=0.95122;AO=37;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00991037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.301;QD=55.9138;RBI=0.0546308;REFB=-0.0553195;REVB=0.0537244;RO=2;SAF=7;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116396;STB=0.562466;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0114936;OID=.;OPOS=32632745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:37:39:0.95122:30:7:2:0:32:7:2:0 chr6 32632749 . A C 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00315734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.278;QD=55.0067;RBI=0.0171751;REFB=-0.10363;REVB=0.0168824;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529393;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00960986;OID=.;OPOS=32632749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:24:8:0:0:24:8:1:0 chr6 32632781 . AG TA 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926588;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.398;QD=40.7629;RBI=0.0959088;REFB=0;REVB=0.0247557;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00255211;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 32632801 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.46;QD=35.5759;RBI=0.0380091;REFB=0;REVB=0.0214758;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594602;OID=.;OPOS=32632801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32632820 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2153;QD=33.4278;RBI=0.0966808;REFB=0;REVB=0.0421891;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122177;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32632833 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.592;QD=33.4285;RBI=0.0529599;REFB=0;REVB=0.014996;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102349;OID=.;OPOS=32632833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32634331 . G C 45.65 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.127;QD=26.0839;RBI=0.0224373;REFB=-0.0798879;REVB=0.0141547;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00375742;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr6 32634339 . C G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.851;QD=33.4212;RBI=0.0527473;REFB=0;REVB=0.052737;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138119;OID=.;OPOS=32634339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 32634341 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.128;QD=33.4284;RBI=0.0415995;REFB=0;REVB=-0.00944473;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000852758;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 32636040 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.465;QD=39.2067;RBI=0.0517953;REFB=0;REVB=0.0474467;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130513;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:1:7:0:0:2:7:0:0 chr6 32636062 . GG CA 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190292;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=357.11;QD=44.6898;RBI=0.0298114;REFB=0;REVB=0.022948;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000165906;OID=.;OPOS=32636062;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr6 32636071 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1793;QD=44.6898;RBI=0.0433203;REFB=0;REVB=-0.0401796;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00237751;OID=.;OPOS=32636071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr6 32636217 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.146;QD=52.613;RBI=0.0184048;REFB=0;REVB=0.0164369;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90157e-05;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr6 32636221 . T G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4231;QD=51.9103;RBI=0.033292;REFB=0;REVB=-0.0328655;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000740867;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr6 32636262 . C A 306.72 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.176;QD=53.3427;RBI=0.015229;REFB=0;REVB=-0.00291315;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149704;OID=.;OPOS=32636262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:20:23:1:9:11:0:0:9:14:0:0 chr6 32636364 . G A 203.19 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5213;QD=47.8089;RBI=0.0944438;REFB=0;REVB=-0.00502603;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329176;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr6 32636385 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5201;QD=44.6897;RBI=0.0403057;REFB=0;REVB=-0.0177908;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017076;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 32636433 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354487;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.773;QD=45.8068;RBI=0.03678;REFB=0;REVB=-0.00980605;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69748e-05;OID=.;OPOS=32636433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 32709309 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.32;QD=60.0304;RBI=0.0172768;REFB=0;REVB=0.0127838;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7733e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr6 32713030 . T C 1494.11 PASS AF=0.552124;AO=143;DP=259;FAO=143;FDP=259;FR=.;FRO=116;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=0.0256012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.061;QD=23.075;RBI=0.0256013;REFB=-0.00697851;REVB=-6.01484e-05;RO=116;SAF=83;SAR=60;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169117;STB=0.509201;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00433222;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:116:116:143:143:0.552124:60:83:65:51:60:83:65:51 chr6 32713044 . C T 1065.17 PASS AF=0.434457;AO=116;DP=267;FAO=116;FDP=267;FR=.;FRO=151;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=88;FSRR=63;FWDB=-0.0037351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.833;QD=15.9576;RBI=0.0170891;REFB=-0.0137464;REVB=-0.0166759;RO=151;SAF=65;SAR=51;SRF=88;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232463;STB=0.512914;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0213261;OID=.;OPOS=32713044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:151:151:116:116:0.434457:51:65:88:63:51:65:88:63 chr6 32724258 . C T 240.67 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0220082;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.829;QD=14.3684;RBI=0.0477826;REFB=-0.016731;REVB=-0.0424125;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199619;STB=0.51056;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0279296;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:11:17:23:15:11:17:23:16 chr6 32725062 . T A 276.38 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00937543;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.5;QD=14.1731;RBI=0.0479871;REFB=-0.0207569;REVB=0.0470624;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375345;STB=0.529838;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0365442;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:47:30:31:0.397436:13:17:25:22:13:18:25:22 chr6 32725619 . TG CA,CG 1471.42 PASS AF=0.423729,0.5;AO=50,59;DP=118;FAO=50,59;FDP=118;FR=.;FRO=9;FSAF=27,34;FSAR=23,25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0412514,-0.0234837;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=99.95,91.5482;QD=49.8786;RBI=0.0423745,0.0269078;REFB=-0.0581997,-0.042357;REVB=-0.00969104,-0.0131357;RO=9;SAF=27,34;SAR=23,25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00446702,0.00526164;STB=0.502388,0.502804;STBP=0.966,0.91;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00202271,0.0159074;OID=.,.;OPOS=32725619,32725619;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:118:118:9:9:50,59:50,59:0.423729,0.5:23,25:27,34:5:4:23,25:27,34:5:4 chr6 32725625 . T C 503.64 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.00294505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222;QD=15.9887;RBI=0.00639964;REFB=-0.013338;REVB=-0.00568173;RO=69;SAF=29;SAR=26;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818646;STB=0.536459;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0171596;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:71:55:55:0.436508:26:29:42:27:26:29:42:29 chr6 32726803 . C T 575.77 PASS AF=0.430556;AO=61;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00520308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.33;QD=15.9937;RBI=0.017494;REFB=-0.00366727;REVB=0.0167023;RO=82;SAF=27;SAR=34;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120943;STB=0.57131;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00590817;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:82:61:62:0.430556:34:27:46:36:35:27:46:36 chr6 32726838 . C T 2083.81 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.133;QD=62.6709;RBI=0.042559;REFB=0;REVB=0.0205476;RO=0;SAF=68;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72405e-05;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:65:68:0:0:65:68:0:0 chr6 32729459 . C T 1461.92 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.562;QD=62.2094;RBI=0.0421756;REFB=-0.0970808;REVB=0.00564295;RO=1;SAF=67;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099808;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:93:94:1:26:67:1:0:26:68:0:0 chr6 32729642 . G C 1705.74 PASS AF=0.991304;AO=111;DP=111;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00126869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.086;QD=59.3302;RBI=0.0430067;REFB=-0.0194897;REVB=0.042988;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000135923;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:115:0:1:111:114:0.991304:56:55:0:0:60:54:1:0 chr6 32782897 . C T 293.18 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0250749;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.165;QD=12.2157;RBI=0.0361157;REFB=-0.0189453;REVB=0.0259922;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130958;STB=0.580952;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0324892;OID=.;OPOS=32782897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:63:62:34:34:0.354167:16:18:26:37:16:18:25:37 chr6 32784676 . C T 278.11 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0248961;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.667;QD=18.8548;RBI=0.0267044;REFB=-0.000922429;REVB=0.0096596;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114114;STB=0.546732;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00314461;OID=.;OPOS=32784676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:29:29:30:0.508475:18:11:7:20:18:12:9:20 chr6 32796653 . C A 640.58 PASS AF=0.477941;AO=63;DP=135;FAO=65;FDP=136;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=19;FWDB=-0.00306458;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.614;QD=18.8406;RBI=0.00860946;REFB=-0.0176441;REVB=0.00804557;RO=67;SAF=49;SAR=14;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412726;STB=0.538548;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0175715;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:67:71:63:65:0.477941:14:49:50:17:14:51:52:19 chr6 32796685 . A G 531.54 PASS AF=0.388889;AO=62;DP=162;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=56;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.0311464;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.475;QD=13.1243;RBI=0.0490967;REFB=-0.00998845;REVB=-0.0379525;RO=100;SAF=55;SAR=7;SRF=61;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442677;STB=0.754618;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0201351;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:100:99:62:63:0.388889:7:55:61:39:7:56:61:38 chr6 32796751 . T C 1052.98 PASS AF=0.44358;AO=114;DP=256;FAO=114;FDP=257;FR=.;FRO=143;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.0357571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.011;QD=16.3888;RBI=0.0392278;REFB=-0.0201647;REVB=-0.0161322;RO=141;SAF=51;SAR=63;SRF=60;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220852;STB=0.511727;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0167038;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:257:141:143:114:114:0.44358:63:51:60:81:63:51:61:82 chr6 32797297 . T C 313.32 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00925354;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5234;QD=29.8399;RBI=0.0134633;REFB=-0.0425374;REVB=-0.00977915;RO=16;SAF=6;SAR=21;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266565;STB=0.522371;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0259713;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:16:15:27:27:0.642857:21:6:4:12:21:6:4:11 chr6 32797773 . T C 268.98 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0149509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.266;QD=14.1566;RBI=0.0469289;REFB=-0.0104239;REVB=-0.0444836;RO=42;SAF=18;SAR=10;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250099;STB=0.642755;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0110904;OID=.;OPOS=32797773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:28:28:0.368421:10:18:17:25:10:18:18:26 chr6 32800224 . C A 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00760103;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.846;QD=19.6178;RBI=0.0328296;REFB=-0.0152764;REVB=0.0319376;RO=36;SAF=26;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065592;STB=0.536523;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.012709;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:11:26:23:13:11:26:23:13 chr6 32805849 . C T 212.13 PASS AF=0.567568;AO=16;DP=34;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00208316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.506;QD=22.9333;RBI=0.0493969;REFB=-0.0356931;REVB=0.049353;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0294424;OID=.;OPOS=32805849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:9:16:16:21:0.567568:8:8:5:4:11:10:9:7 chr6 32904981 . G A 2843.06 PASS AF=0.989247;AO=181;DP=183;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0036947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.672;QD=61.1411;RBI=0.0128607;REFB=-0.0500741;REVB=0.0123185;RO=1;SAF=93;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0053795;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=8.48937e-05;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:183:186:1:2:181:184:0.989247:88:93:0:1:89:95:1:1 chr6 32917544 . C T 247.44 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00572756;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.839;QD=14.5551;RBI=0.00756568;REFB=-0.00110019;REVB=0.00494313;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109615;STB=0.571381;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00217914;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:28:29:0.426471:15:13:14:25:15:14:14:25 chr6 32939894 . G T 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.2606e-05;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.239;QD=56.7418;RBI=0.0111532;REFB=0;REVB=0.0111532;RO=0;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46844e-05;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:28:0:0:0:28:0:0:0 chr6 32942302 . G A 355.9 PASS AF=0.436782;AO=36;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00194052;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.207;QD=16.3633;RBI=0.00212132;REFB=-0.0229272;REVB=-0.00085696;RO=49;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104133;STB=0.505744;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0307997;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:36:38:0.436782:18:18:24:25:19:19:24:25 chr6 32946133 . T C 839.32 PASS AF=0.477778;AO=85;DP=179;FAO=86;FDP=180;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-6.22992e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.566;QD=18.6516;RBI=0.0178165;REFB=-0.0144755;REVB=0.0178164;RO=94;SAF=31;SAR=54;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922974;STB=0.546548;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0190248;OID=.;OPOS=32946133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:94:94:85:86:0.477778:54:31:43:51:54:32:43:51 chr6 32948462 . G A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0528248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4927;QD=13.7832;RBI=0.0532457;REFB=-0.0186786;REVB=0.00668138;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106098;STB=0.568017;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0218135;OID=.;OPOS=32948462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:11:12:20:12:11:12:21:12 chr6 32948607 . C T 333.03 PASS AF=0.962963;AO=14;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114087;FXX=0.0357015;HRUN=9;LEN=1;MLLD=269.271;QD=49.338;RBI=0.0120042;REFB=0.00700869;REVB=0.00373374;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000585468;OID=.;OPOS=32948607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:0:1:14:26:0.962963:6:8:0:0:9:17:1:0 chr6 32948804 . C T 1622.32 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2378;QD=60.086;RBI=0.0250479;REFB=0;REVB=-0.024917;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147342;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:51:57:0:0:51:57:0:0 chr6 32974934 . G A 226.8 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.013674;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7413;QD=15.3761;RBI=0.0141033;REFB=-0.00488511;REVB=-0.00345326;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366047;STB=0.530003;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0234;OID=.;OPOS=32974934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:30:33:26:26:0.440678:12:14:15:15:12:14:16:17 chr6 32975014 . T C 1061.96 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.927;QD=59.8287;RBI=0.0605621;REFB=0;REVB=0.0531442;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565644;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr6 32975257 . C T 2120.97 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8042;QD=62.8437;RBI=0.0329027;REFB=0;REVB=0.02479;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137582;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:72:62:0:0:72:63:0:0 chr6 32975808 . G A 457.71 PASS AF=0.416;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=21;FWDB=0.004487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.345;QD=14.6466;RBI=0.070806;REFB=-0.0382734;REVB=0.0706637;RO=72;SAF=35;SAR=17;SRF=52;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591844;STB=0.526512;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0522188;OID=.;OPOS=32975808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:72:73:52:52:0.416:17:35:52:20:17:35:52:21 chr6 32975869 . G A 480.66 PASS AF=0.509091;AO=38;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0138081;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2403;QD=17.4785;RBI=0.0733733;REFB=-0.0558348;REVB=0.0720623;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27912;STB=0.545972;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0870714;OID=.;OPOS=32975869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:54:38:56:0.509091:25:13:33:21:27:29:33:21 chr6 32975870 . C A 77.87 PASS AF=0.141593;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0266099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9644;QD=2.7565;RBI=0.0269634;REFB=-0.0348613;REVB=0.00435169;RO=89;SAF=15;SAR=1;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620749;STB=0.916611;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0328538;OID=.;OPOS=32975870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:105:113:89:97:16:16:0.141593:1:15:42:47:1:15:50:47 chr6 33036435 . T G 305.93 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013017;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2835;QD=53.2046;RBI=0.013017;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690242;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:20:23:1:0:20:0:0:0:23:0:0 chr6 33036505 . G C 951.29 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.871;QD=58.5411;RBI=0.095163;REFB=0;REVB=0.0936322;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232528;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:30:32:0:0:30:35:0:0 chr6 33036853 . A C 1713.79 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.131;QD=60.1331;RBI=0.0155077;REFB=0;REVB=0.0152733;RO=1;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49286e-05;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:1:0:111:114:1:59:52:0:1:62:52:0:0 chr6 33036951 . A G 1737.47 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00942799;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5688;QD=59.9129;RBI=0.0317081;REFB=-0.0123923;REVB=0.030274;RO=1;SAF=66;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714086;STB=0.503759;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000329644;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:116:1:1:114:115:0.991379:48:66:1:0:49:66:1:0 chr6 33036959 . G A 1653.37 PASS AF=0.982456;AO=110;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0311448;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.381;QD=58.0129;RBI=0.0335225;REFB=-0.0143799;REVB=0.0123999;RO=2;SAF=61;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015309;STB=0.507811;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000347371;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:110:112:0.982456:49:61:2:0:49:63:2:0 chr6 33036971 . C T 1695.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.139;QD=60.5446;RBI=0.0618743;REFB=0;REVB=-0.0172416;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4035e-05;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:48:64:0:0:48:64:0:0 chr6 33036977 . G A 463.39 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0286023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.753;QD=16.4033;RBI=0.0286693;REFB=-0.00688779;REVB=0.00195782;RO=61;SAF=21;SAR=29;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228911;STB=0.624141;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0110652;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:50:51:0.451327:29:21:40:21:29:22:41:21 chr6 33036999 . T C 1318.77 PASS AF=0.923077;AO=94;DP=103;FAO=96;FDP=104;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00844834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0871;QD=50.7221;RBI=0.0123865;REFB=-0.084091;REVB=0.00905825;RO=8;SAF=47;SAR=47;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741595;STB=0.537728;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0347397;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:103:104:8:8:94:96:0.923077:47:47:8:0:47:49:8:0 chr6 33037060 . C T 419.58 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0708542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.491;QD=22.9905;RBI=0.0709313;REFB=0.0049991;REVB=0.00330619;RO=32;SAF=27;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295029;STB=0.652274;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00272698;OID=.;OPOS=33037060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:40:41:0.561644:13:27:10:22:14:27:10:22 chr6 33037061 . G C 242.84 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.116667;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4768;QD=14.498;RBI=0.116776;REFB=0.000521878;REVB=0.00504838;RO=39;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393432;STB=0.722356;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00480194;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:39:39:28:28:0.41791:19:9:28:11:19:9:28:11 chr6 33037080 . G A 709.79 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0246556;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.747;QD=49.8099;RBI=0.0246765;REFB=-0.148545;REVB=0.00101614;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219051;STB=0.543462;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000786252;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:57:1:4:53:53:0.929825:21:32:0:1:21:32:0:4 chr6 33037419 . G A 1520.34 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00336807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.926;QD=61.4278;RBI=0.0170092;REFB=-0.0710917;REVB=0.0166724;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.513511;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000375713;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:36:61:0:0:36:61:0:2 chr6 33037424 . T C 1484.71 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039688;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6146;QD=59.3885;RBI=0.0580731;REFB=0;REVB=0.0579373;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154785;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:36:63:0:0:37:63:0:0 chr6 33037522 . T C 1589.3 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.939;QD=59.9734;RBI=0.0209058;REFB=0;REVB=0.0208802;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36198e-05;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr6 33037560 . G A 337.71 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0458104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.964;QD=15.0094;RBI=0.0478285;REFB=-0.0117813;REVB=0.0137465;RO=53;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127962;STB=0.507242;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0170794;OID=.;OPOS=33037560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:20:17:25:28:20:17:25:28 chr6 33037579 . AT TG 1138.73 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.065316;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.855;QD=59.1547;RBI=0.0742725;REFB=-0.0958579;REVB=0.0353586;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.000554348;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:0:1:75:76:0.987013:44:31:0:0:45:31:0:1 chr6 33037611 . C T 905.99 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.989;QD=56.6245;RBI=0.0375882;REFB=-0.09232;REVB=0.0345826;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.509431;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000206683;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:1:0:37:26:1:0 chr6 33037626 . C G 727.58 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.193;QD=57.0651;RBI=0.0309543;REFB=0;REVB=-0.00010143;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70785e-05;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:29:20:0:0:30:21:0:0 chr6 33037639 . GC AT 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424068;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.295;QD=62.3509;RBI=0.0230492;REFB=0;REVB=0.0226558;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000101956;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr6 33048538 . T C 395.43 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0157187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.843;QD=17.5748;RBI=0.0161576;REFB=-0.0182504;REVB=0.00374052;RO=49;SAF=29;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147898;STB=0.583139;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0185989;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:12:29:28:21:12:29:28:21 chr6 33048542 . C T 310.43 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0281604;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.334;QD=14.7825;RBI=0.02858;REFB=-0.00868689;REVB=-0.00487958;RO=50;SAF=23;SAR=11;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109969;STB=0.562653;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0192858;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:50:50:34:34:0.404762:11:23:29:21:11:23:29:21 chr6 33048599 . CT AG 267.03 PASS AF=0.340426;AO=32;DP=94;FAO=32;FDP=94;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00733875;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.233;QD=11.3632;RBI=0.0515207;REFB=-0.021066;REVB=-0.0509953;RO=62;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107865;STB=0.562461;STBP=0.4;TYPE=mnp;VARB=0.0354794;OID=.;OPOS=33048599;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:62:32:32:0.340426:14:18:29:33:14:18:29:33 chr6 33048686 . G A 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0284932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.952;QD=8.52414;RBI=0.0324843;REFB=-0.00190653;REVB=0.0156003;RO=39;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615605;STB=0.537227;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0313086;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:11:5:14:25:11:5:14:25 chr6 33048689 . G A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0039287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.737;QD=7.81283;RBI=0.00492319;REFB=0.00201966;REVB=0.00296701;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221199;STB=0.513495;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00956932;OID=.;OPOS=33048689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:10:5:14:26:10:5:14:26 chr6 33048694 . A G 113.94 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0175054;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.196;QD=8.76436;RBI=0.0225775;REFB=-0.0227795;REVB=-0.0142584;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05797;STB=0.535163;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0333412;OID=.;OPOS=33048694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:10:5:14:23:10:5:14:23 chr6 33052736 . G A 108.75 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0314306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6347;QD=7.13087;RBI=0.0320221;REFB=-0.00992366;REVB=0.00612683;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134;STB=0.508186;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0332509;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:8:8:23:22:8:8:23:22 chr6 33052743 . T C 181.1 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00323688;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.226;QD=11.1444;RBI=0.0235605;REFB=0.00479571;REVB=-0.0233371;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374353;STB=0.514044;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0074422;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:41:42:23:23:0.353846:11:12:20:21:11:12:21:21 chr6 33052768 . T C 410.11 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.035422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7821;QD=18.0267;RBI=0.0778507;REFB=-0.0194354;REVB=-0.0693254;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021786;STB=0.529275;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.026022;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:49:41:42:0.461538:21:20:25:24:22:20:26:23 chr6 33052803 . G A 726.85 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=122;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0307179;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.82;QD=24.0282;RBI=0.0322004;REFB=0.000978608;REVB=0.00965793;RO=52;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944064;STB=0.505151;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00087056;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:52:52:69:69:0.570248:35:34:25:27:35:34:25:27 chr6 33052950 . T C 546.49 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0036361;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.588;QD=25.4183;RBI=0.0151143;REFB=-0.0158896;REVB=-0.0146704;RO=36;SAF=23;SAR=27;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307108;STB=0.5168;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0121538;OID=.;OPOS=33052950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:36:36:50:50:0.581395:27:23:18:18:27:23:18:18 chr6 33052958 . C T 523.23 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0182362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.178;QD=23.7831;RBI=0.0184845;REFB=0.0131074;REVB=0.0030196;RO=39;SAF=23;SAR=26;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351023;STB=0.519268;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00893642;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:26:23:20:19:26:23:20:19 chr6 33052986 . T C 338.02 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0161178;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.184;QD=17.3343;RBI=0.0163746;REFB=0.00292347;REVB=0.00288885;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045763;STB=0.525627;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00376111;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:42:36:36:0.461538:18:18:23:19:18:18:23:19 chr6 33053609 . G A 413.24 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0284909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.377;QD=15.0269;RBI=0.0285647;REFB=-0.013509;REVB=0.00205271;RO=63;SAF=22;SAR=25;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121097;STB=0.567934;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0103998;OID=.;OPOS=33053609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:25:22:37:26:25:22:37:26 chr6 33053682 . G A 358.23 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0416352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3191;QD=17.0587;RBI=0.0668693;REFB=-0.000830084;REVB=0.052326;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161449;STB=0.590464;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00104841;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:46:38:38:0.452381:22:16:27:19:22:16:27:19 chr6 33053968 . T A 102.33 PASS AF=0.191489;AO=16;DP=92;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=12;FWDB=0.0142238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6826;QD=4.35427;RBI=0.0434616;REFB=-0.00785127;REVB=0.0410682;RO=76;SAF=11;SAR=5;SRF=64;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268428;STB=0.678417;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0303982;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:76:76:16:18:0.191489:5:11:64:12:6:12:64:12 chr6 33053971 . T C 98.59 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=13;FWDB=-0.0129834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.461;QD=4.15109;RBI=0.0536587;REFB=-0.00271419;REVB=0.0520643;RO=77;SAF=11;SAR=6;SRF=64;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296386;STB=0.685544;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0129202;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:77:78:17:17:0.178947:6:11:64:13:6:11:65:13 chr6 33053982 . G C 100.06 PASS AF=0.178947;AO=19;DP=98;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=13;FWDB=-0.0269664;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.74;QD=4.213;RBI=0.0283216;REFB=-0.00170541;REVB=-0.008656;RO=74;SAF=12;SAR=7;SRF=62;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322822;STB=0.685544;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00408891;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:74:78:19:17:0.178947:7:12:62:12:6:11:65:13 chr6 33054046 . T G 86.27 PASS AF=0.165138;AO=15;DP=107;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=19;FWDB=0.003521;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.386;QD=3.16574;RBI=0.00743525;REFB=-0.00444369;REVB=0.0065487;RO=88;SAF=12;SAR=3;SRF=71;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135118;STB=0.576584;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0223596;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:107:109:88:91:15:18:0.165138:3:12:71:17:5:13:72:19 chr6 33054057 . G A 56.43 PASS AF=0.116071;AO=13;DP=112;FAO=13;FDP=112;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=68;FSRR=31;FWDB=0.0229809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.245;QD=2.01545;RBI=0.031637;REFB=-0.00529795;REVB=-0.0217435;RO=99;SAF=11;SAR=2;SRF=68;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257583;STB=0.696386;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0238818;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:112:112:99:99:13:13:0.116071:2:11:68:31:2:11:68:31 chr6 33080359 . CT TG 351.51 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.016032;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.155;QD=20.0862;RBI=0.0274395;REFB=-0.0229695;REVB=0.0222688;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19811;STB=0.609081;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=0.0216588;OID=.;OPOS=33080359;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:27:7:15:21:27:7 chr6 33086249 . C T 819.1 PASS AF=0.462312;AO=71;DP=182;FAO=92;FDP=199;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=0.00212393;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.989;QD=16.4644;RBI=0.00480775;REFB=-0.0131009;REVB=-0.00431316;RO=73;SAF=45;SAR=26;SRF=53;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941145;STB=0.554972;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0169977;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:199:73:107:71:92:0.462312:26:45:53:20:41:51:70:37 chr6 33133471 . GC CG 44.0 PASS AF=0.114583;AO=12;DP=97;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0210042;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.5126;QD=1.83338;RBI=0.0273961;REFB=-0.0113037;REVB=-0.017589;RO=82;SAF=10;SAR=2;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42642;STB=0.784441;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0788413;OID=.;OPOS=33133471;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:97:96:82:85:12:11:0.114583:2:10:41:41:2:9:44:41 chr6 33136310 . G T 129.97 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0105557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2694;QD=13.3302;RBI=0.0162309;REFB=-0.0100881;REVB=-0.0123297;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0323177;OID=.;OPOS=33136310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:12:12:7:8:12:12 chr6 33138677 . G A 176.28 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0099494;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.789;QD=12.5917;RBI=0.0217753;REFB=-0.00292797;REVB=-0.0193693;RO=29;SAF=4;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412228;STB=0.714067;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00772992;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:29:34:21:22:0.392857:17:4:16:13:18:4:16:18 chr6 33138955 . G A 1036.3 PASS AF=1;AO=63;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.438;QD=59.2173;RBI=0.103008;REFB=0;REVB=0.0984847;RO=0;SAF=59;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246212;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:63:70:1:4:59:0:0:10:60:0:0 chr6 33139328 . C T 474.28 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=97;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0764011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0323;QD=19.3584;RBI=0.0806611;REFB=-0.0109136;REVB=-0.0258668;RO=49;SAF=19;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128704;STB=0.554367;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0121008;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:51:46:47:0.479592:27:19:27:22:27:20:27:24 chr6 33141161 . A G 598.2 PASS AF=1;AO=31;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265509;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.802;QD=61.3535;RBI=0.0269955;REFB=0;REVB=-0.00487921;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24301e-05;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:31:39:1:17:14:0:0:18:21:0:0 chr6 33141475 . C T 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.749;QD=53.2676;RBI=0.13607;REFB=0;REVB=0.135369;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953343;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr6 33141919 . CG C,CC 252.2 PASS AF=0.05,0.95;AO=4,16;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607989,0.0594865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=276.01,289.896;QD=50.4406;RBI=0.0714981,0.0667913;REFB=0,0;REVB=0.0376229,0.0303717;RO=0;SAF=3,4;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0315876,-6.88572e-05;OID=.,.;OPOS=33141920,33141920;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:4,16:20:1,19:20:0:0,7:1,12:0:0:7:0:3,4:1,12:0:0 chr6 33144243 . T A 294.68 PASS AF=0.336283;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=113;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.0237667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.986;QD=10.4312;RBI=0.0240663;REFB=-0.00815372;REVB=0.00378541;RO=75;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116709;STB=0.567228;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0277077;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:75:75:38:38:0.336283:20:18:28:47:20:18:28:47 chr6 33152835 . A T 36.22 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00918774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5216;QD=6.5846;RBI=0.0276536;REFB=-0.0112581;REVB=-0.0260827;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133506;STB=0.517185;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0129826;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:13:16:6:6:0.272727:2:4:10:3:2:4:11:5 chr6 33153528 . C T 210.47 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=-0.0331415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9332;QD=19.1336;RBI=0.0349334;REFB=0.0194932;REVB=0.0110445;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510189;STB=0.794292;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0228955;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:14:7:20:1:14:7:22:1 chr6 33163451 . G A 1577.46 PASS AF=1;AO=94;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.2;QD=60.0936;RBI=0.0937712;REFB=0;REVB=0.0873412;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016271;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:94:105:1:50:44:0:0:59:46:0:0 chr6 33169895 . C G 635.71 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.00659098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.408;QD=20.0223;RBI=0.00659154;REFB=-0.0211421;REVB=-8.592e-05;RO=63;SAF=33;SAR=31;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935437;STB=0.551504;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0204714;OID=.;OPOS=33169895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:31:33:39:24:31:33:39:24 chr6 33176958 . C T 785.5 PASS AF=0.58871;AO=72;DP=124;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0122973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.162;QD=25.3388;RBI=0.0355255;REFB=-0.0167157;REVB=-0.0333292;RO=51;SAF=41;SAR=31;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10793;STB=0.561132;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.013548;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:51:51:72:73:0.58871:31:41:36:15:32:41:36:15 chr6 33179689 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00332193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.085;QD=9.84389;RBI=0.0834613;REFB=-0.0109779;REVB=0.0833952;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222928;STB=0.631357;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.028737;OID=.;OPOS=33179689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:17:3:3:7:17:3 chr6 33239905 . A G 296.7 PASS AF=0.409091;AO=30;DP=82;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00210006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.457;QD=13.4862;RBI=0.0179085;REFB=-0.0127353;REVB=0.0177849;RO=52;SAF=18;SAR=12;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906346;STB=0.511357;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0251465;OID=.;OPOS=33239905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:88:52:52:30:36:0.409091:12:18:27:25:18:18:27:25 chr6 33240506 . A G 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00999072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.279;QD=22.7207;RBI=0.0141431;REFB=-0.0209903;REVB=-0.0100106;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433031;STB=0.502391;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0156836;OID=.;OPOS=33240506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:15:16:12:11:15:16:12:11 chr6 33246518 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0146844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.797;QD=23.3999;RBI=0.0164205;REFB=-0.0286821;REVB=0.0073486;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.636047;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00636149;OID=.;OPOS=33246518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:0:3:4:4:0:3 chr6 33254665 . A G 105.3 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0367118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.631;QD=11.0842;RBI=0.0692051;REFB=-0.0029666;REVB=0.0586651;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4951;STB=0.799495;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0107274;OID=.;OPOS=33254665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:11:2:14:11:11:2:14:11 chr6 33256397 . G A 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0319077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.499;QD=18.0355;RBI=0.0328804;REFB=-0.0106405;REVB=0.00793839;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723099;STB=0.540947;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0133171;OID=.;OPOS=33256397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:19:8:8:14:19:8 chr6 33256471 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.124;QD=58.1394;RBI=0.0242998;REFB=0;REVB=0.0227744;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05722e-05;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr6 33272855 . G C 1538.83 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406304;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4313;QD=63.4567;RBI=0.0699606;REFB=-0.0250414;REVB=0.0569532;RO=0;SAF=59;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460807;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:97:0:0:96:97:1:37:59:0:0:37:60:0:0 chr6 33281842 . GA TT 140.08 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0355135;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.306;QD=20.753;RBI=0.0355584;REFB=-0.0453866;REVB=-0.00178581;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412874;STB=0.718297;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.0329985;OID=.;OPOS=33281842;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:11:4:9:2:11:4:9:3 chr6 33283766 . T C 1869.88 PASS AF=0.984;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0220083;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.172;QD=59.8363;RBI=0.0222132;REFB=-0.0113525;REVB=-0.00300991;RO=2;SAF=54;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00188083;STB=0.50099;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000335179;OID=.;OPOS=33283766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:125:2:2:123:123:0.984:69:54:1:1:69:54:1:1 chr6 33288271 . A G 505.69 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.049307;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8686;QD=27.7088;RBI=0.0493818;REFB=-0.00425578;REVB=0.00271718;RO=27;SAF=35;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834057;STB=0.545576;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00489798;OID=.;OPOS=33288271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:27:27:46:46:0.630137:11:35:18:9:11:35:18:9 chr6 33333446 . C T 168.55 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.207;QD=44.9464;RBI=0.0581986;REFB=0;REVB=0.0459248;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201025;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr6 33333916 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.121;QD=58.1421;RBI=0.0269991;REFB=0;REVB=0.0249418;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73186e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr6 33382136 . TGG T,TG 183.5 PASS AF=0.142857,0.350649;AO=11,27;DP=77;FAO=11,27;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=11,24;FSAR=0,3;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0192323,0.0376919;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.0648,13.8802;QD=9.53242;RBI=0.0243127,0.0465779;REFB=-0.00253791,-0.00347674;REVB=0.0148738,0.0273647;RO=33;SAF=11,24;SAR=0,3;SRF=24;SRR=9;SSEN=0.518519,0.518519;SSEP=0,0;SSSB=0.712226,0.288135;STB=0.99851,0.639878;STBP=0.03,0.154;TYPE=del,del;VARB=0.0619839,-0.0299942;OID=.,.;OPOS=33382137,33382137;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.142857,0.350649:11,27:77:11,27:77:39:11,24:0,3:30:9:99:33:11,24:0,3:24:9 chr6 33382288 . G A 980.53 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4025;QD=58.5392;RBI=0.0653395;REFB=0;REVB=0.0378023;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185088;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:58:67:1:33:25:0:0:36:31:0:0 chr6 33408542 . G A 892.51 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.394;QD=57.5815;RBI=0.0438464;REFB=0;REVB=0.0422204;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018211;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:1:0:59:62:1:35:24:1:0:35:27:0:0 chr6 33421194 . G A 31.8 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=45;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2305;QD=2.4941;RBI=0.00936635;REFB=0.000458502;REVB=0.00936635;RO=45;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00418902;OID=.;OPOS=33421194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:6:0:0:45:6:0:0:45 chr6 33422976 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2702;QD=60.2303;RBI=0.0641468;REFB=0;REVB=0.0591868;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118306;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr6 33541507 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.416;QD=60.9786;RBI=0.0762109;REFB=0;REVB=0.0328212;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202547;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 33560896 . A G 193.13 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00545199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.131;QD=13.795;RBI=0.0100146;REFB=-0.00724941;REVB=0.00840051;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781761;STB=0.578242;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0205029;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:33:22:23:0.410714:7:15:19:12:7:16:19:14 chr6 33636907 . C G,T 475.9 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=34;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209279,0.0383617;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=15.943,183.468;QD=57.6843;RBI=0.0209284,0.0549385;REFB=0,0;REVB=0.000139699,0.039327;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.220548,-0.000773984;OID=.,.;OPOS=33636907,33636907;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:0,17:2,14:0:0:0,17:2,14:0:0 chr6 33638180 . C T 1195.64 PASS AF=1;AO=79;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734636;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.64;QD=58.3241;RBI=0.0853583;REFB=-0.104579;REVB=0.0434641;RO=3;SAF=39;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135803;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:3:0:79:82:1:40:39:3:0:40:42:0:0 chr6 33638300 . G A 97.34 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.020639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.897;QD=12.9787;RBI=0.0270427;REFB=-0.00982539;REVB=0.017474;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00732518;OID=.;OPOS=33638300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:12:6:9:3:12:6 chr6 33641379 . T C 1624.0 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.746;QD=60.1483;RBI=0.022996;REFB=0;REVB=-0.00278212;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26241e-05;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:44:62:0:0:44:64:0:0 chr6 33648228 . C T 1734.21 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.562;QD=59.8003;RBI=0.0390381;REFB=-0.143082;REVB=0.0345565;RO=1;SAF=55;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855602;STB=0.504504;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000122393;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:60:55:1:0:60:55:1:0 chr6 33653448 . C T 1585.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.319;QD=64.0795;RBI=0.0463909;REFB=0;REVB=0.0396895;RO=0;SAF=67;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08982e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:29:67:0:0:31:68:0:0 chr6 33659472 . C G 1410.49 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162899;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9742;QD=62.6886;RBI=0.0362425;REFB=0;REVB=-0.0323753;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446316;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:87:90:1:57:30:0:0:58:32:0:0 chr6 33690796 . CA TG 1078.51 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165887;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.194;QD=59.917;RBI=0.0322529;REFB=0;REVB=0.0276597;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.83765e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:32:39:0:0:32:40:0:0 chr6 33739118 . C CA 167.47 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0217093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.1629;QD=11.5494;RBI=0.023048;REFB=0.0103971;REVB=-0.00774047;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129934;STB=0.603372;STBP=0.168;TYPE=ins;VARB=-0.0108451;OID=.;OPOS=33739119;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:25:59:26:58:32:13:13:10:22:99:34:12:13:12:22 chr6 33739960 . A G 1520.08 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0185121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2417;QD=61.4175;RBI=0.0235807;REFB=-0.124872;REVB=0.0146065;RO=1;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117088;STB=0.512193;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0107411;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:40:57:0:1:40:57:0:2 chr6 33740025 . C T 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2408;QD=17.5449;RBI=0.0810225;REFB=-0.00395643;REVB=0.0810225;RO=16;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00675717;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:15:0:0:16:15:0:0:16 chr6 33768897 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.729;QD=57.5453;RBI=0.0154385;REFB=0;REVB=0.0110817;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4198e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr6 34008006 . A G 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00668883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.401;QD=17.7531;RBI=0.0120201;REFB=0.000823162;REVB=0.00998716;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000861197;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:14:13:14:11:14:13 chr6 34069822 . G A 452.3 PASS AF=0.358974;AO=56;DP=160;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=41;FWDB=-6.17057e-05;FXX=0.0249984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.108;QD=11.5974;RBI=0.00628081;REFB=-0.00463367;REVB=0.0062805;RO=95;SAF=28;SAR=28;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991561;STB=0.557672;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00642336;OID=.;OPOS=34069822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:156:95:100:56:56:0.358974:28:28:56:39:28:28:59:41 chr6 34078463 . G A 74.0 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0286229;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9634;QD=19.7335;RBI=0.0550216;REFB=-0.0101775;REVB=0.0469904;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088444;STB=0.551599;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0109556;OID=.;OPOS=34078463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:8:1:1:5:8:1:1:5 chr6 34212743 . A G 507.45 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8778;QD=57.9947;RBI=0.0112814;REFB=0;REVB=-0.0112814;RO=0;SAF=0;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54361e-05;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:32:0:0:0:35:0:0:0 chr6 34213296 . T C 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.178;QD=62.6597;RBI=0.0180691;REFB=0;REVB=0.00424009;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48532e-05;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 34213868 . A G 379.45 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528066;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.941;QD=56.2151;RBI=0.0140911;REFB=0;REVB=-0.0130643;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48407e-05;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr6 34214322 . C G 696.81 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283556;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.88;QD=52.5897;RBI=0.0286798;REFB=-0.143238;REVB=0.00430022;RO=2;SAF=25;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361869;STB=0.519223;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000817019;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:26:25:2:0:26:25:2:0 chr6 34502687 . T C 2734.72 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.272;QD=62.5079;RBI=0.0501493;REFB=0;REVB=0.0477407;RO=0;SAF=91;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39223e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:175:0:0:164:175:1:73:91:0:0:81:94:0:0 chr6 34557374 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.013;QD=59.4333;RBI=0.0277748;REFB=0;REVB=0.000856661;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73185e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr6 34653268 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.020581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.292;QD=19.1341;RBI=0.0318215;REFB=0.0235778;REVB=-0.0242699;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00307886;OID=.;OPOS=34653268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr6 34725654 . TG CA,TGTCA 62.99 PASS AF=0.0416667,0.166667;AO=2,8;DP=49;FAO=2,8;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2,2;FSAR=0,6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0112831,-0.00401059;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=143.225,226.016;QD=5.24878;RBI=0.0144137,0.00401773;REFB=-0.00291241,-0.00426699;REVB=0.00896912,-0.000239286;RO=39;SAF=2,2;SAR=0,6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.412431,-0.327185;STB=0.994552,0.732739;STBP=0.185,0.185;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0220467,0.0288946;OID=.,.;OPOS=34725654,34725656;OREF=TG,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=CA,TGTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:50:49:48:39:38:2,8:2,8:0.0416667,0.166667:0,6:2,2:20:19:0,6:2,2:20:18 chr6 34725658 . G T 74.83 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0372034;FXX=0.124974;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.511;QD=7.12676;RBI=0.0565371;REFB=-0.0123495;REVB=-0.0425717;RO=32;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157464;STB=0.5998;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0325411;OID=.;OPOS=34725658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:48:42:32:32:10:10:0.238095:6:4:17:15:6:4:17:15 chr6 34803947 . C T 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000919862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.142;QD=15.3808;RBI=0.00478545;REFB=-0.0118993;REVB=0.00469621;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00996812;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:5:7:5:8:5:7:5:9 chr6 34824107 . A C 389.9 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0250876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.428;QD=16.417;RBI=0.0270714;REFB=-0.034736;REVB=-0.010172;RO=54;SAF=25;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756554;STB=0.542594;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0474441;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:16:25:29:25:16:25:29:25 chr6 34824636 . A G 181.62 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.000714104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.131;QD=19.634;RBI=0.0192163;REFB=-0.0210759;REVB=0.019203;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.591972;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0176656;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:18:17:19:0.513514:9:8:11:7:11:8:11:7 chr6 34831866 . G A 626.87 PASS AF=0.504;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00344988;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.204;QD=20.06;RBI=0.0034896;REFB=-0.00740871;REVB=0.000525035;RO=62;SAF=26;SAR=37;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941303;STB=0.551938;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00656106;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:62:63:63:0.504:37:26:32:30:37:26:32:30 chr6 34977663 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6491;QD=33.4276;RBI=0.0774579;REFB=0;REVB=-0.0719675;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00890524;OID=.;OPOS=34977663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 35005993 . A G 226.31 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0277204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.329;QD=11.1758;RBI=0.0298897;REFB=-0.00820495;REVB=0.0111792;RO=53;SAF=12;SAR=16;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277692;STB=0.659686;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0156194;OID=.;OPOS=35005993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:16:12:36:17:16:12:36:17 chr6 35027927 . T C 2670.08 PASS AF=1;AO=171;DP=174;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142571;FXX=0.0172404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.787;QD=62.458;RBI=0.0033335;REFB=0;REVB=-0.00301323;RO=0;SAF=100;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040025;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:171:0:0:171:171:1:71:100:0:0:71:100:0:0 chr6 35050506 . G A 892.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260976;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2923;QD=57.5934;RBI=0.0261494;REFB=0;REVB=0.00164431;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579571;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr6 35203203 . T G 399.7 PASS AF=0.891892;AO=27;DP=36;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0100088;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.702;QD=43.2112;RBI=0.0762334;REFB=0.130783;REVB=0.0755735;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.501113;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.000370552;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:36:37:0:4:27:33:0.891892:7:20:0:0:8:25:3:1 chr6 35216740 . G A 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0537636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6235;QD=17.4223;RBI=0.0594617;REFB=0.00974478;REVB=-0.0254;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220451;STB=0.623662;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.01479;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:20:14:20:11:20:14 chr6 35260503 . C T 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.061;QD=57.7108;RBI=0.0479073;REFB=0;REVB=0.0221563;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127743;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr6 35260530 . C T 670.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6174;QD=62.3403;RBI=0.0608898;REFB=0;REVB=0.0494084;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115609;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr6 35263555 . A G 770.73 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1382;QD=55.0522;RBI=0.0428286;REFB=-0.153704;REVB=0.0363521;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00368433;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:37:19:0:0:36:19:0:1 chr6 35285720 . A C 728.04 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8758;QD=57.1013;RBI=0.0161069;REFB=0;REVB=-0.0116816;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45744e-06;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 35391787 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0191428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.726;QD=12.7983;RBI=0.0192216;REFB=-0.0130389;REVB=-0.00173892;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010774;STB=0.512186;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0188337;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:16:10:15:25:16:10:15:26 chr6 35395010 . C T 508.69 PASS AF=0.50495;AO=49;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00836563;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.72;QD=20.146;RBI=0.0122201;REFB=-0.0330576;REVB=0.00890765;RO=36;SAF=31;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149525;STB=0.533098;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0304438;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:36:48:49:51:0.50495:18:31:16:20:19:32:27:21 chr6 35395795 . G C 264.78 PASS AF=0.248485;AO=36;DP=161;FAO=41;FDP=165;FR=.;FRO=124;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=99;FWDB=-0.00498232;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0157;QD=6.41893;RBI=0.0122261;REFB=-0.0124533;REVB=-0.0111648;RO=124;SAF=23;SAR=13;SRF=26;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512298;STB=0.807241;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0228309;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:165:124:124:36:41:0.248485:13:23:26:98:14:27:25:99 chr6 35423662 . A C 112.15 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0915145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.474;QD=16.6141;RBI=0.0915162;REFB=0.00739309;REVB=0.000563053;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396177;STB=0.732918;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00589784;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:11:2:7:7:11:2:7:7 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT 656.63 PASS AF=0.706294,0.223776,0.0629371;AO=56,34,11;DP=140;FAO=101,32,9;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=45,14,4;FSAR=56,18,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.055223,-0.0345217,-0.11449;FXX=0.0402658;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=6.12653,10.036,152.76;QD=18.3672;RBI=0.0788928,0.0461866,0.117677;REFB=-0.0181835,-0.0107795,0.0142691;REVB=-0.0563427,-0.0306832,-0.027203;RO=19;SAF=28,13,8;SAR=28,21,3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0620183,0.00968885,0.380433;STB=0.505493,0.517231,0.555432;STBP=0.273,0.308,0.533;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00289878,0.00552174,0.0450133;OID=.,.,.;OPOS=35441517,35441517,35441522;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.706294,0.223776,0.0629371:56,34,11:140:101,32,9:143:1:45,14,4:56,18,5:1:0:46:19:28,13,8:28,21,3:7:12 chr6 35477025 . C G 836.7 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.255;QD=55.7797;RBI=0.049853;REFB=0.00323881;REVB=0.0482715;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000114246;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:34:25:0:0:34:25:1:0 chr6 35479573 . CG C,CC 370.61 PASS AF=1,0;AO=4,23;DP=27;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557304,-0.442747;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.093,130.341;QD=54.9056;RBI=0.100956,0.451524;REFB=0,0;REVB=-0.0841798,-0.0885953;RO=0;SAF=2,12;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000243448,0.00240909;OID=.,.;OPOS=35479574,35479574;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,23:27:27,0:27:0:14,0:13,0:0:0:4:0:2,12:2,11:0:0 chr6 35705892 . T C 526.3 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805805;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.776;QD=60.149;RBI=0.016923;REFB=0;REVB=0.0148814;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237819;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 35745655 . C T 715.69 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679936;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6945;QD=57.2549;RBI=0.0681997;REFB=0;REVB=0.00529736;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038143;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr6 35803192 . C A 242.89 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0183931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7037;QD=15.6701;RBI=0.0234784;REFB=-0.0254299;REVB=0.0145922;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347599;STB=0.519616;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0177528;OID=.;OPOS=35803192;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:17:17:15:13:17:17 chr6 35888067 . G C 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0298555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.41;QD=18.4412;RBI=0.0450793;REFB=-0.0274074;REVB=-0.0337756;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0361225;OID=.;OPOS=35888067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:5:4:3:8:5:4 chr6 36027142 . A G 417.2 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0260914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.398;QD=25.2847;RBI=0.0266559;REFB=-0.0352873;REVB=0.00545663;RO=25;SAF=17;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766062;STB=0.547933;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0138415;OID=.;OPOS=36027142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:23:17:8:17:23:17:8:18 chr6 36098410 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.908;QD=50.4134;RBI=0.0373819;REFB=0;REVB=0.0371066;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152445;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr6 36168297 . A T 211.45 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00154142;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5616;QD=14.0966;RBI=0.073291;REFB=-0.0186188;REVB=0.0732748;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360194;STB=0.529389;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0327112;OID=.;OPOS=36168297;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:35:26:25:0.416667:9:17:24:11:9:16:24:11 chr6 36198577 . G A,C 1346.28 PASS AF=0.0430108,0.924731;AO=4,86;DP=93;FAO=4,86;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=0,51;FSAR=4,35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0441195,0.0122687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.9519,132.605;QD=57.9043;RBI=0.0466622,0.0483011;REFB=-0.0874222,-0.129101;REVB=-0.0151933,-0.046717;RO=3;SAF=0,51;SAR=4,35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0388872;STB=0.5,0.520543;STBP=1,0.037;TYPE=snp,snp;VARB=0.0483686,0.00138458;OID=.,.;OPOS=36198577,36198577;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:93:93:3:3:4,86:4,86:0.0430108,0.924731:4,35:0,51:0:3:4,35:0,51:0:3 chr6 36260858 . C T 169.75 PASS AF=0.44186;AO=16;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0141094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3621;QD=15.791;RBI=0.0424785;REFB=-0.042835;REVB=0.0400668;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947353;STB=0.575759;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0331594;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:24:16:19:0.44186:6:10:17:7:8:11:17:7 chr6 36260914 . C T 303.52 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00776984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.229;QD=26.9791;RBI=0.0621547;REFB=-0.0208694;REVB=-0.0616672;RO=12;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274154;STB=0.627996;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0138146;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:12:14:24:25:0.555556:9:15:2:10:9:16:4:10 chr6 36275458 . T C 954.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4835;QD=58.7665;RBI=0.078594;REFB=0;REVB=-0.0291872;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000913373;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 36287312 . G C 403.49 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00542759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.616;QD=16.812;RBI=0.0054757;REFB=-0.0261154;REVB=-0.000724236;RO=54;SAF=25;SAR=16;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131584;STB=0.578909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0281154;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:54:41:42:0.4375:16:25:26:28:16:26:26:28 chr6 36334732 . G A 487.13 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.035245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.335;QD=29.9771;RBI=0.0370347;REFB=-0.000569596;REVB=0.0113734;RO=21;SAF=21;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277218;STB=0.515039;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=7.30371e-05;OID=.;OPOS=36334732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:23:21:11:10:23:21:11:10 chr6 36341294 . C T 334.61 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0369083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9848;QD=14.7079;RBI=0.0369089;REFB=-0.00485259;REVB=0.000201754;RO=54;SAF=15;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100877;STB=0.556924;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00550915;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:22:15:17:37:22:15:17:37 chr6 36393816 . A G 685.77 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.000554683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.472;QD=21.9446;RBI=0.00909069;REFB=-0.0137388;REVB=0.00907375;RO=57;SAF=37;SAR=30;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00709814;STB=0.500241;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138879;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:58:67:67:0.536:30:37:31:26:30:37:32:26 chr6 36418781 . T TG 154.04 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0201962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.6225;QD=11.4103;RBI=0.0215976;REFB=0.0166998;REVB=-0.00765307;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366917;STB=0.70816;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=-0.0215907;OID=.;OPOS=36418782;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:24:54:24:54:30:7:17:20:10:99:30:7:17:20:10 chr6 36446975 . G C 485.24 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.00305732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6288;QD=17.8069;RBI=0.00395009;REFB=0.00632046;REVB=0.0025012;RO=57;SAF=29;SAR=23;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140503;STB=0.577692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00532822;OID=.;OPOS=36446975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:57:57:52:52:0.477064:23:29:40:17:23:29:40:17 chr6 36463627 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0228549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.498;QD=12.5695;RBI=0.0402791;REFB=-0.00625811;REVB=-0.0331672;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00352433;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100675;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:19:7:4:11:19:7 chr6 36490128 . AGGGGG AGGGGA,GAGGGG 223.97 PASS AF=0.419355,0;AO=24,3;DP=59;FAO=26,0;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=13,0;FSAR=13,0;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0396566,-0.249745;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=289.924,20.976;QD=14.4497;RBI=0.0396591,0.253973;REFB=-0.0231323,-0.0624395;REVB=-0.000444624,-0.0461483;RO=15;SAF=11,3;SAR=13,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0883466,0.682659;STB=0.532233,0.5;STBP=0.681,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.027119,0;OID=.,.;OPOS=36490133,36490128;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGGGGA,GAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:15:36:24,3:26,0:0.419355,0:13,0:11,3:5:10:13,0:13,0:16:20 chr6 36645696 . A G 1012.14 PASS AF=0.455319;AO=100;DP=229;FAO=107;FDP=235;FR=.;FRO=128;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=48;FWDB=-0.00386054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.615;QD=17.2278;RBI=0.0209823;REFB=-0.0168932;REVB=0.0206241;RO=125;SAF=61;SAR=39;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147794;STB=0.520512;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0204714;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:235:125:128:100:107:0.455319:39:61:78:47:44:63:80:48 chr6 36713263 . A G 4637.6 PASS AF=1;AO=291;DP=296;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870451;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0544;QD=63.3119;RBI=0.0120104;REFB=-0.025582;REVB=-0.00827535;RO=1;SAF=129;SAR=162;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00293483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741242;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:296:293:1:0:291:293:1:162:129:0:1:162:131:0:0 chr6 36733132 . G A 1437.18 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872747;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.358;QD=63.1729;RBI=0.0111899;REFB=0;REVB=0.00700325;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97371e-05;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:61:30:0:0:61:30:0:0 chr6 36742769 . C T 630.41 PASS AF=0.442177;AO=65;DP=149;FAO=65;FDP=147;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.000280027;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3855;QD=17.1541;RBI=0.0679375;REFB=0.00213595;REVB=-0.0679369;RO=77;SAF=39;SAR=26;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157738;STB=0.501416;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0034927;OID=.;OPOS=36742769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:77:82:65:65:0.442177:26:39:45:32:26:39:49:33 chr6 36762431 . GGAGAGAGAGGGG GGAGAGAGGGGGA 339.75 PASS AF=0.316667;AO=15;DP=68;FAO=19;FDP=60;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.038672;FXX=0.11763;HRUN=1;LEN=5;MLLD=91.7062;QD=22.6497;RBI=0.051828;REFB=-0.0339807;REVB=-0.0345053;RO=13;SAF=14;SAR=1;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.716648;STB=0.933213;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0190284;OID=.;OPOS=36762439;OREF=AGGGG;OALT=GGGGA;OMAPALT=GGAGAGAGGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.316667:15:68:19:60:22:18:1:5:17:99:13:14:1:2:11 chr6 36766292 . C T 1483.16 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467899;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.038;QD=63.7919;RBI=0.0535063;REFB=0;REVB=0.0259543;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29191e-05;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:91:93:1:52:39:0:0:53:40:0:0 chr6 36789940 . CG C,CGG 69.78 PASS AF=0,0.294521;AO=18,39;DP=148;FAO=0,43;FDP=146;FR=.;FRO=103;FSAF=0,20;FSAR=0,23;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.00637016,-0.0203412;FXX=0.0135126;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.58897,8.03209;QD=1.91169;RBI=0.145274,0.154802;REFB=0.00892237,-0.0056987;REVB=-0.145135,0.15346;RO=77;SAF=4,20;SAR=14,19;SRF=39;SRR=38;SSEN=0.857143,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.374722,0.00726879;STB=0.5,0.520055;STBP=1,0.761;TYPE=del,ins;VARB=0,-0.0390118;OID=.,.;OPOS=36789941,36789941;OREF=G,-;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.294521:18,39:148:0,43:146:103:0,20:0,23:45:58:71:77:4,20:14,19:39:38 chr6 36824399 . C T 331.66 PASS AF=0.433735;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.000248293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.535;QD=15.9838;RBI=0.00798192;REFB=-0.0249932;REVB=0.00797805;RO=47;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340673;STB=0.512776;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0415502;OID=.;OPOS=36824399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:47:35:36:0.433735:22:13:16:31:23:13:16:31 chr6 36922684 . A C 867.66 PASS AF=0.488889;AO=86;DP=177;FAO=88;FDP=180;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=0.000855414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7709;QD=19.2813;RBI=0.0434944;REFB=-0.000298669;REVB=0.043486;RO=90;SAF=28;SAR=58;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181672;STB=0.597844;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000394601;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:180:90:92:86:88:0.488889:58:28:46:44:59:29:47:45 chr6 36931162 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.919;QD=58.1418;RBI=0.0159405;REFB=0;REVB=0.0069365;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57547e-05;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 36931364 . C G 405.26 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0159071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.16;QD=25.3285;RBI=0.0168351;REFB=-0.0288201;REVB=0.00551231;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12518;STB=0.579369;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0198214;OID=.;OPOS=36931364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:25:38:39:0.609375:21:17:15:9:22:17:16:9 chr6 36936697 . T C 734.03 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00887009;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1167;QD=19.5742;RBI=0.0208523;REFB=-0.0035994;REVB=-0.0188716;RO=75;SAF=48;SAR=27;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231512;STB=0.627585;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00506463;OID=.;OPOS=36936697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:27:48:29:46:27:48:29:46 chr6 36937798 . G A 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0106368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.157;QD=31.6308;RBI=0.0220901;REFB=-0.00529244;REVB=0.0193606;RO=13;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101321;STB=0.555514;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00123964;OID=.;OPOS=36937798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:15:12:8:5:15:12:8:5 chr6 36943513 . G C 172.16 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.068054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.931;QD=18.1221;RBI=0.0681672;REFB=-0.0261226;REVB=-0.00392765;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381998;STB=0.521715;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0358064;OID=.;OPOS=36943513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:7:13:11:7:7:13 chr6 36945032 . GA G,GG 46.95 PASS AF=0.195652,0.0869565;AO=14,4;DP=49;FAO=9,4;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3,1;FSAR=6,3;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.161332,0.0294517;FXX=0.079984;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=9.51625,28.408;QD=4.08297;RBI=0.186582,0.0824733;REFB=-0.0722736,-0.0455635;REVB=0.0937265,0.0770353;RO=23;SAF=4,1;SAR=10,3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0237927,-0.0762926;STB=0.527213,0.559012;STBP=0.908,0.825;TYPE=del,snp;VARB=0.0775397,0.00327905;OID=.,.;OPOS=36945033,36945033;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652,0.0869565:14,4:49:9,4:46:33:3,1:6,3:10:23:26:23:4,1:10,3:7:16 chr6 36945393 . G A 138.67 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.14126;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7046;QD=19.8094;RBI=0.209149;REFB=-0.0582431;REVB=0.154236;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913102;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0602095;OID=.;OPOS=36945393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:7:8:5:7:7:8:6:7 chr6 36945938 . C T 87.39 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0476449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.104;QD=13.445;RBI=0.0736176;REFB=-0.0282867;REVB=0.0561205;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134192;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0445415;OID=.;OPOS=36945938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:7:7:4:7:8:7 chr6 36976637 . G C 1789.35 PASS AF=0.976;AO=120;DP=125;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0505394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.863;QD=57.2592;RBI=0.0689864;REFB=-0.158838;REVB=0.0469563;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.511809;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00160352;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:125:1:3:120:122:0.976:60:60:1:0:60:62:3:0 chr6 36978834 . A G 543.76 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826438;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.998;QD=60.4176;RBI=0.016192;REFB=0;REVB=0.0139241;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01904e-05;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:37:36:1:24:13:0:0:24:12:0:0 chr6 36988364 . C T 375.5 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00235111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.557;QD=18.3169;RBI=0.00495253;REFB=-0.0122588;REVB=0.00435888;RO=42;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246597;STB=0.522511;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0138378;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:43:39:39:0.47561:13:26:27:15:13:26:27:16 chr6 36993641 . T C 62.56 PASS AF=0.157895;AO=11;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0559841;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.147;QD=3.29289;RBI=0.0559858;REFB=-0.00966431;REVB=0.000437915;RO=64;SAF=0;SAR=11;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.704699;STB=0.903041;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0419947;OID=.;OPOS=36993641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:76:76:64:64:11:12:0.157895:11:0:34:30:11:1:34:30 chr6 36995222 . G A 473.32 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00991944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.079;QD=21.2728;RBI=0.0258268;REFB=-0.0280772;REVB=-0.0238459;RO=40;SAF=36;SAR=10;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172893;STB=0.584376;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0159715;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:43:46:46:0.516854:10:36:25:15:10:36:28:15 chr6 37013127 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00789738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.413;QD=6.8072;RBI=0.00881025;REFB=-0.0050608;REVB=0.00390538;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142825;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:9:18:6:3:9:18 chr6 37138220 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.566;QD=48.7373;RBI=0.158439;REFB=0;REVB=0.146506;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173103;OID=.;OPOS=37138220;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr6 37180237 . G A 1135.21 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1886;QD=60.5448;RBI=0.0343708;REFB=0;REVB=0.0132232;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.1136e-05;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:33:42:0:0 chr6 37180355 . G A 1020.66 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.23;QD=59.1688;RBI=0.0179624;REFB=0;REVB=0.00163769;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98486e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:32:37:0:0 chr6 37180523 . A G 1783.11 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00436644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.5919;QD=59.9364;RBI=0.00878305;REFB=-0.0798717;REVB=-0.00762077;RO=0;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11903e-08;STB=0.503759;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000468778;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:0:1:117:118:0.991597:51:66:0:0:52:66:1:0 chr6 37250112 . A G 432.31 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100551;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.464;QD=57.6411;RBI=0.103457;REFB=0;REVB=0.024348;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347337;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:29:1:0:0:29:1:0:0 chr6 37252210 . C T 804.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0073892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.476;QD=55.4774;RBI=0.0283884;REFB=-0.138552;REVB=0.0274099;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000993276;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:32:25:0:0:32:25:0:1 chr6 37288036 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.618;QD=57.7113;RBI=0.0437388;REFB=0;REVB=0.0222357;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25139e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr6 37349033 . G A 1718.36 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178807;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.027;QD=60.8268;RBI=0.0197193;REFB=0;REVB=-0.00831432;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09767e-06;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:60:53:0:0:60:53:0:0 chr6 37450914 . T C 469.3 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.000810938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.067;QD=18.5859;RBI=0.0124186;REFB=0.0028845;REVB=-0.0123921;RO=52;SAF=21;SAR=28;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241005;STB=0.633281;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00558554;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:52:49:49:0.485149:28:21:36:16:28:21:36:16 chr6 37603087 . G A 68.4 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0147002;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.609;QD=5.4723;RBI=0.0356157;REFB=-0.0115353;REVB=-0.0324404;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448465;STB=0.777346;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0507976;OID=.;OPOS=37603087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:50:40:40:10:10:0.2:6:4:31:9:6:4:31:9 chr6 37603102 . TG AG,CA,CG 667.55 PASS AF=0.14,0.36,0.5;AO=7,18,25;DP=51;FAO=7,18,25;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12,18;FSAR=3,6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527408,-0.0213479,0.00401868;FXX=0.019604;HRUN=1,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=40.8702,101.205,35.5851;QD=53.404;RBI=0.0559548,0.0248318,0.023877;REFB=0,0,0;REVB=0.0186907,0.0126841,0.0235364;RO=0;SAF=4,12,18;SAR=3,6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.00463837,0.0610546,-0.00431532;OID=.,.,.;OPOS=37603102,37603102,37603102;OREF=T,TG,T;OALT=A,CA,C;OMAPALT=AG,CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:51:50:0:0:7,18,25:7,18,25:0.14,0.36,0.5:3,6,7:4,12,18:0:0:3,6,7:4,12,18:0:0 chr6 37623566 . C T 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00628175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.612;QD=15.6415;RBI=0.00705486;REFB=-0.0384084;REVB=0.00321104;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134577;STB=0.584825;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0345254;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:9:11:19:9:9:11:20:9 chr6 37623626 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.01168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.556;QD=24.2461;RBI=0.0160159;REFB=0.0096234;REVB=-0.0109584;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071103;STB=0.53965;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00773054;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:8:17:12:8:8:17:12:8 chr6 37626142 . C T 461.37 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0110133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.43;QD=18.8313;RBI=0.0110133;REFB=-0.0135711;REVB=-2.69587e-06;RO=52;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150417;STB=0.583665;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0122422;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:25:21:32:20:25:21:32:20 chr6 37800789 . A C 214.45 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0196865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.002;QD=12.803;RBI=0.0376541;REFB=-0.0205389;REVB=-0.0320979;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040757;STB=0.516117;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0182783;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:26:26:0.38806:12:14:20:20:12:14:21:20 chr6 38110010 . G A 927.24 PASS AF=0.476923;AO=93;DP=195;FAO=93;FDP=195;FR=.;FRO=102;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=0.00474227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.011;QD=19.0204;RBI=0.00533419;REFB=-0.0242076;REVB=-0.00244223;RO=102;SAF=56;SAR=37;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00406112;STB=0.502242;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.024035;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:102:102:93:93:0.476923:37:56:61:41:37:56:61:41 chr6 38120405 . T A 173.58 PASS AF=0.340909;AO=11;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0118039;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=264.758;QD=15.7804;RBI=0.0288617;REFB=-0.0083433;REVB=-0.0263376;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359136;STB=0.646851;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0083139;OID=.;OPOS=38120405;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:44:44:12:15:11:15:0.340909:8:3:8:4:11:4:8:7 chr6 38121211 . A G 271.8 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00921991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.497;QD=15.1002;RBI=0.0183578;REFB=-0.0171431;REVB=-0.0158746;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504582;STB=0.52559;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0185847;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:30:31:0.430556:15:15:18:22:16:15:18:23 chr6 38670837 . G A 686.27 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.04089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2631;QD=20.3339;RBI=0.0609993;REFB=-0.00666984;REVB=0.045265;RO=67;SAF=27;SAR=41;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06081;STB=0.533533;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00738754;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:68:68:0.503704:41:27:31:36:41:27:31:36 chr6 38747770 . G A 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.893;QD=60.3765;RBI=0.0132816;REFB=0;REVB=0.0103509;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19823e-05;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:17:57:0:0:17:57:0:0 chr6 38750812 . T C 352.01 PASS AF=0.388889;AO=41;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.013954;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.01;QD=13.0375;RBI=0.0179612;REFB=-0.0064596;REVB=0.011309;RO=65;SAF=25;SAR=16;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453434;STB=0.527662;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00947794;OID=.;OPOS=38750812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:66:41:42:0.388889:16:25:37:28:16:26:38:28 chr6 38750888 . A G 549.66 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00988594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.719;QD=19.2864;RBI=0.0160621;REFB=-0.00205635;REVB=-0.0126594;RO=57;SAF=27;SAR=30;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476226;STB=0.526307;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00170374;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:30:27:30:27:30:27:30:27 chr6 38759379 . G A 351.08 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00763956;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.842;QD=15.2642;RBI=0.0146771;REFB=0.00286417;REVB=-0.0125322;RO=55;SAF=18;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969614;STB=0.561169;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00623033;OID=.;OPOS=38759379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:55:54:38:38:0.413043:20:18:21:34:20:18:20:34 chr6 38773293 . G A 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7282;QD=57.0998;RBI=0.0773224;REFB=0;REVB=-0.0773051;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573533;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr6 38781866 . C A,G,T 718.59 PASS AF=0.0217391,0.978261,0;AO=2,42,2;DP=46;FAO=1,45,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=1,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295205,0.00322604,-0.0484751;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=43.2989,74.9201,24.0637;QD=62.4862;RBI=0.0390532,0.0140224,0.117091;REFB=0,0,0;REVB=-0.0255674,0.0136463,-0.106585;RO=0;SAF=1,27,1;SAR=1,15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.13648e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,snp;VARB=0.110154,0.0010336,0;OID=.,.,.;OPOS=38781866,38781866,38781866;OREF=C,C,C;OALT=A,G,T;OMAPALT=A,G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:46:46:0:0:2,42,2:1,45,0:0.0217391,0.978261,0:1,15,1:1,27,1:0:0:1,16,0:0,29,0:0:0 chr6 38800209 . T C 739.06 PASS AF=0.981481;AO=37;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.111727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8969;QD=54.745;RBI=0.111854;REFB=0.0684382;REVB=-0.00532149;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00269813;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:37:53:0.981481:16:21:0:0:32:21:0:1 chr6 38825329 . C T 986.13 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351963;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0192;QD=58.8734;RBI=0.0370886;REFB=0;REVB=0.0116956;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00547189;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:31:36:0:0 chr6 38841101 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.052;QD=59.0187;RBI=0.026725;REFB=0;REVB=0.0160666;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01578e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr6 38843426 . C T 2205.4 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0313011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3328;QD=61.6895;RBI=0.0321318;REFB=0.0256336;REVB=-0.00725908;RO=2;SAF=76;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144035;STB=0.507575;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000754092;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:65:76:0:2:65:76:0:2 chr6 38875752 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.522;QD=50.4135;RBI=0.01206;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04048e-05;OID=.;OPOS=38875752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:0:19:0:0:0:19:0:0 chr6 38951998 . C T 469.81 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=64;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0108167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.884;QD=28.9116;RBI=0.0227812;REFB=-0.0191201;REVB=-0.0200495;RO=20;SAF=33;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160609;STB=0.594547;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0078372;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:20:22:43:43:0.661538:10:33:11:9:10:33:12:10 chr6 38957853 . A G 336.14 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.0275213;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.577;QD=12.2231;RBI=0.0277977;REFB=-0.00382819;REVB=-0.00391015;RO=69;SAF=21;SAR=20;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171541;STB=0.597369;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00355353;OID=.;OPOS=38957853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:69:69:41:41:0.372727:20:21:46:23:20:21:46:23 chr6 39033595 . G A 160.79 PASS AF=0.291139;AO=21;DP=78;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0272166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2826;QD=8.14112;RBI=0.127161;REFB=-0.0236;REVB=0.124214;RO=54;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144788;STB=0.558934;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0730379;OID=.;OPOS=39033595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:54:56:21:23:0.291139:8:13:27:27:10:13:27:29 chr6 39033602 . A G 984.05 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.253;QD=56.2314;RBI=0.0385748;REFB=-0.0753115;REVB=0.033507;RO=2;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00239951;STB=0.50127;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00100092;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:2:2:68:68:0.971429:37:31:1:1:37:31:1:1 chr6 39040654 . A C 310.48 PASS AF=0.391304;AO=34;DP=90;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0253225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.156;QD=13.4992;RBI=0.0259308;REFB=-0.0221474;REVB=-0.00558359;RO=55;SAF=21;SAR=13;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607363;STB=0.543398;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0331388;OID=.;OPOS=39040654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:55:56:34:36:0.391304:13:21:31:24:13:23:32:24 chr6 39041502 . A C 366.64 PASS AF=0.351562;AO=46;DP=128;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0418737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0689;QD=11.4575;RBI=0.0438433;REFB=-0.0159841;REVB=-0.0129933;RO=81;SAF=31;SAR=15;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11311;STB=0.553648;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0301499;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:83:46:45:0.351562:15:31:47:34:15:30:49:34 chr6 39048491 . A C 276.86 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.00470671;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.062;QD=15.3809;RBI=0.0165346;REFB=-0.0176306;REVB=-0.0158505;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171618;STB=0.602772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00735769;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:40:41:31:31:0.430556:17:14:25:15:17:14:26:15 chr6 39267267 . G T 883.41 PASS AF=0.466321;AO=90;DP=193;FAO=90;FDP=193;FR=.;FRO=103;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.00910478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.344;QD=18.3091;RBI=0.009811;REFB=-0.0146596;REVB=-0.00365496;RO=101;SAF=55;SAR=35;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658225;STB=0.542474;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0178354;OID=.;OPOS=39267267;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:101:103:90:90:0.466321:35:55:55:46:35:55:55:48 chr6 39311521 . A T 642.14 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0222247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.171;QD=24.0052;RBI=0.0274712;REFB=-0.0210012;REVB=-0.0161471;RO=45;SAF=33;SAR=29;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874542;STB=0.547655;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0144783;OID=.;OPOS=39311521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:62:62:0.579439:29:33:29:16:29:33:29:16 chr6 39828862 . A C 390.32 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0169635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.705;QD=19.0402;RBI=0.0176435;REFB=-0.027572;REVB=-0.00485133;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885476;STB=0.549246;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0278039;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:18:24:19:21:18:24 chr6 39851818 . G A 893.6 PASS AF=1;AO=33;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.62;QD=58.5964;RBI=0.0486322;REFB=0;REVB=-0.00296476;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221452;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:33:61:1:20:13:0:0:20:41:0:0 chr6 39864730 . C T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0114549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.211;QD=7.7983;RBI=0.0176044;REFB=-0.00984819;REVB=0.0133679;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312079;STB=0.693457;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0185808;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:6:3:14:9:6:3:14:9 chr6 39865047 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.488;QD=60.2279;RBI=0.0363763;REFB=0;REVB=0.035147;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120586;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr6 39869952 . T A 349.56 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0154611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.682;QD=17.6994;RBI=0.0171412;REFB=-0.0282811;REVB=-0.00740113;RO=42;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283503;STB=0.65872;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0415542;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:12:25:16:26:12:25:16:26 chr6 40359744 . C T 30.96 PASS AF=0.5;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.02781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.484;QD=12.3844;RBI=0.03035;REFB=-0.0220716;REVB=-0.0121544;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0188629;OID=.;OPOS=40359744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:9:10:4:5:5:5:0.5:2:3:1:3:2:3:1:4 chr6 40360465 . A G 876.89 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0354938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5093;QD=54.8054;RBI=0.0435911;REFB=0.0150498;REVB=0.0253057;RO=2;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448908;STB=0.523802;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00244295;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:20:42:0:2:20:42:0:2 chr6 41196156 . C T 537.76 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.177;QD=59.7515;RBI=0.0343574;REFB=0;REVB=0.0308146;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19297e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:10:24:0:0:11:25:0:0 chr6 41196605 . T C 801.84 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.714;QD=56.2692;RBI=0.006281;REFB=0;REVB=0.00414656;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13961e-06;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:29:24:0:0:29:28:0:0 chr6 41196727 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3368;QD=58.5862;RBI=0.008703;REFB=0;REVB=-0.00549786;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115287;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr6 41197785 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.009;QD=54.6507;RBI=0.0837246;REFB=0.0101265;REVB=0.0811638;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=6.91461e-05;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:0:1:21:31:0:1 chr6 41197857 . C T 867.09 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.155;QD=57.8062;RBI=0.0677277;REFB=0;REVB=0.0628976;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225321;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr6 41250466 . T A 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.199;QD=55.8047;RBI=0.0389954;REFB=0.00158219;REVB=0.0232119;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=5.15107e-05;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:24:35:0:1:24:35:0:1 chr6 41270223 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0384;QD=62.0211;RBI=0.0771999;REFB=0;REVB=-0.0728791;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000906049;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr6 41303592 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.342;QD=57.1952;RBI=0.0120265;REFB=0;REVB=-0.0117527;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.65158e-05;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 41303995 . A G 295.19 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00837469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.329;QD=20.358;RBI=0.0365823;REFB=-0.0381128;REVB=-0.0356108;RO=24;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186462;STB=0.530265;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0217651;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:24:27:31:31:0.534483:11:20:16:8:11:20:19:8 chr6 41309552 . T C 253.36 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00220354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.122;QD=23.5682;RBI=0.00954461;REFB=-0.0190392;REVB=-0.00928677;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726852;STB=0.506817;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0155316;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:19:23:24:0.55814:13:10:9:8:13:11:9:10 chr6 41318424 . T A 290.69 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00409229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.015;QD=16.8514;RBI=0.00410855;REFB=-0.00543615;REVB=0.000365207;RO=36;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703017;STB=0.535797;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00871798;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:31:32:0.463768:10:21:22:14:11:21:22:15 chr6 41318438 . A G 1234.58 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511471;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.121;QD=61.7291;RBI=0.0526045;REFB=0;REVB=0.0122967;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4477e-05;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr6 41533579 . C A 633.76 PASS AF=0.59375;AO=56;DP=96;FAO=57;FDP=96;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0466392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.68;QD=26.4066;RBI=0.0466573;REFB=-0.0330691;REVB=0.00130085;RO=38;SAF=24;SAR=32;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257143;STB=0.515249;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0253065;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:39:56:57:0.59375:32:24:15:23:33:24:15:24 chr6 41621618 . A G 429.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000165779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.848;QD=57.2104;RBI=0.000165779;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=29;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24748e-06;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:0:29:0:0:0:30:0:0 chr6 41621625 . G A 351.14 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.025193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.699;QD=46.8193;RBI=0.025193;REFB=-0.0177134;REVB=0;RO=3;SAF=27;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109269;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:0:27:3:0:0:27:3:0 chr6 41652604 . T C 67.79 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128792;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.849;QD=38.7365;RBI=0.0494396;REFB=0;REVB=0.0477326;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00596949;OID=.;OPOS=41652604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 41658566 . C T 447.01 PASS AF=0.535714;AO=42;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00226536;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3181;QD=21.2863;RBI=0.00227142;REFB=-0.0121531;REVB=0.000165841;RO=40;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405199;STB=0.515906;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0077552;OID=.;OPOS=41658566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:40:39:42:45:0.535714:15:27:24:16:17:28:23:16 chr6 41658889 . C T 680.87 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.662;QD=60.5217;RBI=0.108841;REFB=0;REVB=0.107618;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347536;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:45:45:1:12:33:0:0:12:33:0:0 chr6 41708938 . C G 404.83 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00489336;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.328;QD=16.868;RBI=0.0103626;REFB=-0.0156465;REVB=-0.00913449;RO=55;SAF=24;SAR=18;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451127;STB=0.530106;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0170399;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:54:42:42:0.4375:18:24:29:26:18:24:28:26 chr6 41753084 . C T 682.37 PASS AF=0.453988;AO=70;DP=159;FAO=74;FDP=163;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=0.0027001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.549;QD=16.7453;RBI=0.0116511;REFB=-0.0289232;REVB=0.011334;RO=89;SAF=32;SAR=38;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11155;STB=0.54737;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0395061;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:163:89:89:70:74:0.453988:38:32:31:58:42:32:31:58 chr6 41754576 . C T 225.32 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0752611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.879;QD=27.3114;RBI=0.0791414;REFB=-0.00569969;REVB=0.0244772;RO=12;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122325;STB=0.567506;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00190724;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:9:12:9:3:9:12:9:3 chr6 41773576 . G C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0742861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.951;QD=19.1796;RBI=0.0956566;REFB=-0.0354962;REVB=0.0602642;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414958;STB=0.523772;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0195723;OID=.;OPOS=41773576;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:2:9:11:2:2:9 chr6 41800629 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.011826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.56;QD=16.4079;RBI=0.0210498;REFB=-0.00991059;REVB=0.0174138;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226474;STB=0.63001;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0139731;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:16:13:14:7:16:13 chr6 41903782 . A C 191.76 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00664835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3389;QD=16.3199;RBI=0.0146779;REFB=-0.0136263;REVB=-0.0130859;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771642;STB=0.50442;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0226168;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:16:11:8:12:16:11 chr6 42044945 . G A 1175.82 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1415;QD=59.535;RBI=0.0308397;REFB=0.0244641;REVB=-0.00643203;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014127;STB=0.507461;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000346696;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:45:33:1:0:45:33:1:0 chr6 42123317 . A C 2980.17 PASS AF=1;AO=187;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.79;QD=63.408;RBI=0.018253;REFB=0;REVB=0.0173664;RO=0;SAF=126;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37888e-05;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:187:188:1:61:126:0:0:62:126:0:0 chr6 42162388 . A G 784.06 PASS AF=0.552239;AO=74;DP=134;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0101546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.974;QD=23.4049;RBI=0.0105864;REFB=-0.0343634;REVB=0.00299265;RO=58;SAF=28;SAR=46;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169577;STB=0.585843;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0283803;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:58:60:74:74:0.552239:46:28:34:24:46:28:34:26 chr6 42532102 . C T 300.67 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.000788208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.036;QD=16.4749;RBI=0.00552722;REFB=-0.02041;REVB=0.00547073;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01249;STB=0.502511;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0289087;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:14:18:22:18:15:18:22:18 chr6 42600319 . A G 1785.55 PASS AF=0.967742;AO=119;DP=123;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0367903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7849;QD=57.5985;RBI=0.0409213;REFB=-0.16362;REVB=0.0179172;RO=4;SAF=61;SAR=58;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301273;STB=0.515622;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00254473;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:124:4:4:119:120:0.967742:58:61:4:0:58:62:4:0 chr6 42627434 . G A 349.22 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0114773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7013;QD=20.2448;RBI=0.0117835;REFB=-0.00912794;REVB=-0.00266856;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290466;STB=0.51612;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0033458;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:12:24:21:12:12:24:21:12 chr6 42650772 . C T 342.79 PASS AF=0.533333;AO=34;DP=74;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00516587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1755;QD=18.2824;RBI=0.0286819;REFB=-0.0203843;REVB=0.0282129;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213166;STB=0.606256;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0238979;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:26:35:34:40:0.533333:21:13:17:9:26:14:20:15 chr6 42666061 . T C 183.05 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0201148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6754;QD=13.313;RBI=0.021922;REFB=-0.0523195;REVB=0.00871616;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.581746;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0309823;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:11:11:21:11:11:11:21:12 chr6 42666145 . C T 1173.34 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3422;QD=59.4098;RBI=0.116692;REFB=-0.137259;REVB=0.0545231;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101798;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0127036;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:0:1:46:32:0:1 chr6 42666164 . G C 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.00111388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.59;QD=13.9457;RBI=0.0133986;REFB=-0.0222342;REVB=-0.0133522;RO=48;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576922;STB=0.532767;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0333394;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:19:13:17:31:19:13:17:31 chr6 42689755 . A G 348.17 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000984384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.22;QD=19.8951;RBI=0.00886109;REFB=-0.0236708;REVB=-0.00880625;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737077;STB=0.540961;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0225117;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:22:14:16:18:22:14:16:18 chr6 42713618 . A G 1822.5 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.281;QD=61.2605;RBI=0.0333607;REFB=0;REVB=0.0305849;RO=0;SAF=78;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21629e-05;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:40:78:0:0:40:79:0:0 chr6 42932200 . G T 676.1 PASS AF=0.475524;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=143;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.017072;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0296;QD=18.912;RBI=0.0179758;REFB=0.000910768;REVB=-0.00562818;RO=76;SAF=35;SAR=33;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147556;STB=0.502779;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00116796;OID=.;OPOS=42932200;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:76:75:68:68:0.475524:33:35:39:37:33:35:39:36 chr6 42932202 . C T 671.23 PASS AF=0.48227;AO=64;DP=136;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00452484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.226;QD=19.042;RBI=0.00646824;REFB=-0.0227927;REVB=0.00462212;RO=72;SAF=34;SAR=30;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166151;STB=0.504069;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0225392;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:141:72:73:64:68:0.48227:30:34:37:35:33:35:37:36 chr6 42942779 . A G 439.39 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.008002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.028;QD=21.9693;RBI=0.0110596;REFB=-0.0177039;REVB=0.00763427;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153979;STB=0.592525;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0145974;OID=.;OPOS=42942779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:43:43:0.5375:29:14:18:18:29:14:19:18 chr6 42989057 . T C 946.81 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07854;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.904;QD=58.2651;RBI=0.0833989;REFB=0;REVB=0.0280509;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173985;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:40:22:0:0:43:22:0:0 chr6 42992808 . T C 431.19 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00972413;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5727;QD=17.4218;RBI=0.0302086;REFB=-0.00594995;REVB=0.0286007;RO=55;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495517;STB=0.527752;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00527507;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:55:55:44:44:0.444444:23:21:29:26:23:21:29:26 chr6 42992825 . C G 523.28 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0136287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=21.3584;RBI=0.0148235;REFB=-0.00898038;REVB=-0.00583043;RO=48;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535502;STB=0.529593;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00754792;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:28:22:24:24:28:22:24:24 chr6 42995211 . A G 31.88 PASS AF=0.263158;AO=4;DP=19;FAO=5;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0199297;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=199.839;QD=6.712;RBI=0.0265809;REFB=0.00765038;REVB=0.0175884;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365295;STB=0.633673;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0307488;OID=.;OPOS=42995211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:11:13:4:5:0.263158:2:2:9:2:2:3:10:3 chr6 43004055 . CATTTATTTATTT C 119.82 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00680034;FXX=0.292612;HRUN=1;LEN=12;MLLD=287.261;QD=16.5272;RBI=0.0289714;REFB=0.00568132;REVB=0.028162;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052924;STB=0.582665;STBP=0.515;TYPE=del;VARB=-0.00564411;OID=.;OPOS=43004056;OREF=ATTTATTTATTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:11:16:13:29:16:4:9:3:13:99:1:3:8:0:1 chr6 43004132 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.126;QD=37.4885;RBI=0.0634368;REFB=0;REVB=0.00925791;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00480574;OID=.;OPOS=43004132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 43008298 . C T 99.73 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0137991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.414;QD=18.1332;RBI=0.0275054;REFB=0.00156785;REVB=-0.0237936;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.538397;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.000957637;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:10:10:11:12:0.545455:5:6:5:5:5:7:5:5 chr6 43014298 . TT CC 195.45 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102656;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.969;QD=48.8618;RBI=0.0243652;REFB=0;REVB=0.0220971;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.60854e-05;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 43020188 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00534057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.234;QD=11.8306;RBI=0.0273317;REFB=-0.00525165;REVB=-0.0268049;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284632;STB=0.675282;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00996442;OID=.;OPOS=43020188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:14:4:1:10:14:4 chr6 43034850 . C T 67.61 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8856;QD=14.2337;RBI=0.0366926;REFB=-0.0857219;REVB=0.0366926;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.105374;OID=.;OPOS=43034850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:18:19:9:10:9:9:0.473684:9:0:0:9:9:0:0:10 chr6 43148987 . G C 574.74 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00907766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.502;QD=18.1021;RBI=0.00984788;REFB=-0.0284817;REVB=0.00381798;RO=67;SAF=24;SAR=36;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754996;STB=0.541921;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0279586;OID=.;OPOS=43148987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:36:24:32:35:36:24:32:35 chr6 43152573 . A G 250.18 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0389704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8811;QD=20.0141;RBI=0.0534485;REFB=0.00194444;REVB=-0.0365794;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209355;STB=0.602564;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00365221;OID=.;OPOS=43152573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:23:24:0.48:9:14:10:16:10:14:10:16 chr6 43154091 . C G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.001;QD=58.4166;RBI=0.0231887;REFB=0;REVB=0.0227216;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65311e-05;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr6 43184132 . A C 258.39 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00485273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.577;QD=23.4904;RBI=0.0294849;REFB=-0.0305324;REVB=0.0290828;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547599;STB=0.543824;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0259356;OID=.;OPOS=43184132;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:7:16:15:5:8:16:15:5 chr6 43227329 . GCCCCCCCA CGCCCCCCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC,GCCCCCCCAC 35.15 PASS AF=0,0.103448,0.0517241,0.0862069;AO=3,12,3,6;DP=58;FAO=0,6,3,5;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=0,5,0,0;FSAR=0,1,3,5;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0188297,-0.0512684,-0.014153,-0.0118226;FXX=0;HRUN=1,7,7,0;LEN=2,1,2,1;MLLD=49.9172,8.24852,110.934,107.554;QD=2.42397;RBI=0.022847,0.0572191,0.0357867,0.0379956;REFB=-0.0263957,-0.117575,-0.0165985,-0.0101692;REVB=-0.0129394,0.0254082,-0.0328691,-0.0361095;RO=26;SAF=3,9,0,0;SAR=0,3,3,6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.580472,0.341848,-0.549722,-0.682146;STB=0.5,0.782553,0.996755,0.997965;STBP=1,0.172,0.05,0.014;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.134186,0.109872,0.0155842,0.00532271;OID=.,.,.,.;OPOS=43227329,43227330,43227336,43227338;OREF=GC,C,CA,-;OALT=CG,-,AC,C;OMAPALT=CGCCCCCCA,GCCCCCCA,GCCCCCCAC,GCCCCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:58:58:26:44:3,12,3,6:0,6,3,5:0,0.103448,0.0517241,0.0862069:0,3,3,6:3,9,0,0:12:14:0,1,3,5:0,5,0,0:24:20 chr6 43270097 . T C 1133.41 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6476;QD=59.6533;RBI=0.0595783;REFB=0;REVB=0.0575696;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905104;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr6 43273604 . A G 1231.3 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0386466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.554;QD=60.0633;RBI=0.0461602;REFB=-0.131415;REVB=0.0252429;RO=1;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129713;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00320581;OID=.;OPOS=43273604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:36:45:0:1:36:45:0:1 chr6 43306346 . A G 1160.13 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.787;QD=60.2664;RBI=0.0364959;REFB=0;REVB=0.0204801;RO=0;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163883;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:22:54:0:0:23:54:0:0 chr6 43306998 . C T 39.63 PASS AF=0.5;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.017055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.049;QD=13.2099;RBI=0.0599932;REFB=-0.0124443;REVB=-0.0575179;RO=3;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705357;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0210882;OID=.;OPOS=43306998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:3:6:4:6:0.5:0:4:2:1:1:5:3:3 chr6 43406501 . C T 334.47 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0134335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.194;QD=27.304;RBI=0.0193075;REFB=-0.00367568;REVB=0.013868;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101697;STB=0.556149;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00254761;OID=.;OPOS=43406501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:9:11:12:17:9:11 chr6 43488766 . G A 176.68 PASS AF=0.205674;AO=29;DP=140;FAO=29;FDP=141;FR=.;FRO=112;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.00183128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.763;QD=5.0123;RBI=0.016949;REFB=-0.00370187;REVB=-0.0168498;RO=111;SAF=16;SAR=13;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150773;STB=0.596834;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0150427;OID=.;OPOS=43488766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:111:112:29:29:0.205674:13:16:48:63:13:16:48:64 chr6 43533405 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00591977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.82;QD=6.01607;RBI=0.00683175;REFB=-0.0179794;REVB=0.00341014;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218582;STB=0.65343;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0330771;OID=.;OPOS=43533405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:13:8:4:3:14:8 chr6 43581585 . C T 196.5 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.042045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.255;QD=18.2792;RBI=0.0438446;REFB=-0.0246032;REVB=0.0124326;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448276;STB=0.525399;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0290551;OID=.;OPOS=43581585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:6:17:14:6:6:17 chr6 43596715 . TCG GTC,TC,TGC 91.33 PASS AF=0.0625,0.5625,0.03125;AO=2,11,3;DP=32;FAO=2,18,1;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=0,10,0;FSAR=2,8,1;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0135123,-0.0383675,-0.0173581;FXX=0;HRUN=1,6,1;LEN=3,1,2;MLLD=103.491,8.96991,186.576;QD=11.4159;RBI=0.0180036,0.170709,0.0686807;REFB=0.0150619,-0.0412236,0.00133376;REVB=-0.0118973,0.166342,-0.066451;RO=8;SAF=0,8,0;SAR=2,3,3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.648649,0;SSSB=-0.519945,0.35797,-0.602514;STB=0.993132,0.572439,0.986937;STBP=0.304,0.332,0.531;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0414824,0.115339,0.0316379;OID=.,.,.;OPOS=43596715,43596717,43596716;OREF=TCG,G,CG;OALT=GTC,-,GC;OMAPALT=GTC,TC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:32:32:8:11:2,11,3:2,18,1:0.0625,0.5625,0.03125:2,3,3:0,8,0:2:6:2,8,1:0,10,0:4:7 chr6 43638636 . G A 756.37 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0129769;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.192;QD=22.7478;RBI=0.0131163;REFB=-0.00589718;REVB=-0.00190703;RO=61;SAF=38;SAR=34;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164323;STB=0.508997;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00459211;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:61:61:72:72:0.541353:34:38:31:30:34:38:31:30 chr6 43640099 . A G 820.73 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00821551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.935;QD=55.643;RBI=0.0106346;REFB=-0.0365977;REVB=-0.00675272;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00029251;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:0:1:22:36:0:1 chr6 43968814 . A G 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0149291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.598;QD=53.0517;RBI=0.0394335;REFB=-0.0928244;REVB=0.0364982;RO=2;SAF=37;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247953;STB=0.513153;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00102367;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:17:37:2:0:17:37:2:0 chr6 44081718 . G A 1593.03 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4044;QD=59.0012;RBI=0.241145;REFB=0;REVB=0.24112;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864687;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:99:108:1:38:61:0:0:47:61:0:0 chr6 44108028 . G T 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00878567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.647;QD=20.6402;RBI=0.0226431;REFB=-0.0261503;REVB=-0.0208692;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785736;STB=0.556972;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0183259;OID=.;OPOS=44108028;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:32:36:36:0.529412:19:17:16:12:19:17:19:13 chr6 44108150 . T C 99.17 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0939353;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1972;QD=13.679;RBI=0.104265;REFB=-0.0200975;REVB=0.045247;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167346;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0376862;OID=.;OPOS=44108150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:18:17:10:12:0.413793:7:3:8:10:7:5:7:10 chr6 44108848 . C T 353.37 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0167693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1781;QD=16.0623;RBI=0.0170831;REFB=-0.0303976;REVB=-0.00325967;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570129;STB=0.542147;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0230704;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:50:38:38:0.431818:20:18:20:28:20:18:20:30 chr6 44145063 . T C 1913.73 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6587;QD=61.7331;RBI=0.0274599;REFB=0;REVB=-0.00391392;RO=0;SAF=75;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19397e-05;OID=.;OPOS=44145063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:122:124:1:47:75:0:0:48:76:0:0 chr6 44147337 . C T 503.38 PASS AF=0.469565;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=115;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00558179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9958;QD=17.5089;RBI=0.0191835;REFB=-0.0440946;REVB=-0.0183534;RO=60;SAF=30;SAR=24;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532554;STB=0.500978;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0531068;OID=.;OPOS=44147337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:60:61:54:54:0.469565:24:30:33:27:24:30:34:27 chr6 44218120 . A G 147.48 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238616;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.985;QD=36.871;RBI=0.023945;REFB=-0.103527;REVB=-0.00199698;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.59985;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00292646;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:10:4:1:0:10:4:2:0 chr6 44223010 . G T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000342479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.748;QD=20.872;RBI=0.00461973;REFB=-0.0247655;REVB=-0.00460702;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106966;STB=0.560128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0215748;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:8:12:10:11:8:12 chr6 44247951 . T G 1406.79 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.044176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.125;QD=60.5071;RBI=0.0499327;REFB=-0.00518673;REVB=-0.0232757;RO=1;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108962;STB=0.511361;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-3.896e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:1:2:91:91:0.978495:43:48:0:1:43:48:0:2 chr6 44253749 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4598;QD=58.1369;RBI=0.0905974;REFB=0;REVB=-0.0851329;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010046;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr6 44253765 . A G 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.294;QD=60.9742;RBI=0.010805;REFB=0;REVB=-0.00926231;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230302;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr6 44268135 . C T 1553.04 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.593;QD=62.7491;RBI=0.0382114;REFB=-0.100702;REVB=0.00747913;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.504672;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000523611;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:53:45:0:1:53:45:0:1 chr6 44268371 . T C 1659.36 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.933;QD=60.3404;RBI=0.0744601;REFB=0;REVB=0.0678701;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113506;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr6 44275011 . T C 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.832;QD=63.0524;RBI=0.0187871;REFB=0;REVB=0.0185749;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15343e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr6 44320548 . T A 1539.77 PASS AF=0.990566;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9408;QD=58.1044;RBI=0.0325654;REFB=-0.0842082;REVB=0.0121689;RO=1;SAF=72;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00654547;STB=0.503401;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00111275;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:103:105:0.990566:31:72:1:0:32:73:1:0 chr6 44371714 . C T 272.8 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0114614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.148;QD=17.3206;RBI=0.0134226;REFB=-0.00176218;REVB=-0.00698584;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592805;STB=0.541199;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00130191;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:33:29:30:0.47619:15:14:18:15:16:14:18:15 chr6 44403438 . A G 340.86 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.006;QD=54.5373;RBI=0.0245771;REFB=0;REVB=0.00240628;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022839;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr6 44413463 . T A 434.76 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.00233851;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.331;QD=16.2525;RBI=0.00304852;REFB=-0.00150552;REVB=-0.00195571;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275387;STB=0.654023;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00162234;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:53:59:48:48:0.448598:16:32:20:33:16:32:23:36 chr6 46047458 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0026535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=368.023;QD=14.6506;RBI=0.0232797;REFB=-0.011912;REVB=-0.023128;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161409;STB=0.592509;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0154748;OID=.;OPOS=46047458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:17:14:7:16:17:14 chr6 46107752 . C G 1197.55 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3549;QD=59.8773;RBI=0.0937832;REFB=-0.0219606;REVB=0.0559898;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201441;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:80:0:0:76:80:1:44:32:0:0:47:33:0:0 chr6 46128688 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.428;QD=57.1775;RBI=0.0257891;REFB=0;REVB=0.0190883;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116533;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr6 46128745 . C T 727.12 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268496;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0206;QD=57.0287;RBI=0.0841573;REFB=0;REVB=-0.0797593;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588703;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 46129345 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.378;QD=59.8551;RBI=0.0501325;REFB=0;REVB=0.0282267;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109084;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr6 46135489 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.141;QD=46.848;RBI=0.0539385;REFB=0;REVB=0.0539137;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543513;OID=.;OPOS=46135489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 46135984 . G T 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022655;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5918;QD=59.3362;RBI=0.0285837;REFB=0;REVB=-0.0174292;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72874e-05;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr6 46563817 . A T 247.31 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0223253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.242;QD=26.7358;RBI=0.0234831;REFB=0.00389591;REVB=0.00728285;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10021;STB=0.54606;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00145116;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:11:11:5:9:12:11:5:9 chr6 46623698 . T C 1218.35 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933928;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.207;QD=61.6887;RBI=0.0755306;REFB=0;REVB=0.0749509;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229644;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:69:79:1:42:27:0:0:44:35:0:0 chr6 46657057 . A G 920.7 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.39;QD=58.4574;RBI=0.0604112;REFB=0;REVB=0.0580281;RO=0;SAF=44;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172396;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:16:44:0:0:18:45:0:0 chr6 46657259 . C T 209.17 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000438914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2012;QD=26.146;RBI=0.00386408;REFB=-0.0279071;REVB=-0.00383907;RO=12;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125126;STB=0.56955;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0234483;OID=.;OPOS=46657259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:8:12:5:7:8:12:5:7 chr6 46658892 . A T 255.33 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0101133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.071;QD=22.203;RBI=0.0188995;REFB=-0.0118458;REVB=0.015966;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596409;STB=0.521721;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00798156;OID=.;OPOS=46658892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:9:12:12:12:10:12 chr6 46658905 . C G 713.42 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303885;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7977;QD=57.0737;RBI=0.0341436;REFB=0;REVB=-0.0155667;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561736;OID=.;OPOS=46658905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr6 46672943 . A G 2134.82 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00180357;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.105;QD=61.4335;RBI=0.0564248;REFB=-0.0409468;REVB=0.056396;RO=2;SAF=89;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193925;STB=0.50505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000144123;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:139:2:1:137:138:0.992806:48:89:0:2:49:89:0:1 chr6 46677098 . C A 452.96 PASS AF=0.489362;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00652429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7466;QD=19.2748;RBI=0.114962;REFB=0.00600116;REVB=-0.114777;RO=47;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243124;STB=0.508768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00282031;OID=.;OPOS=46677098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:47:48:44:46:0.489362:17:27:30:17:18:28:30:18 chr6 46679303 . A G 468.38 PASS AF=0.384058;AO=53;DP=140;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0127218;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0806;QD=13.5763;RBI=0.0315702;REFB=0.00612499;REVB=-0.0288935;RO=79;SAF=32;SAR=21;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235079;STB=0.617515;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00952846;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:79:85:53:53:0.384058:21:32:30:49:21:32:35:50 chr6 46680070 . G T 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0162232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8107;QD=24.2857;RBI=0.0714163;REFB=-0.0276606;REVB=0.0695492;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0337215;OID=.;OPOS=46680070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr6 46684222 . C T 327.12 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0385909;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.962;QD=17.6819;RBI=0.0929478;REFB=-0.0537534;REVB=-0.0845579;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370817;STB=0.503935;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0717977;OID=.;OPOS=46684222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:39:35:35:0.472973:20:15:14:22:20:15:17:22 chr6 46766321 . TTA T,TAA 285.64 PASS AF=0.915254,0;AO=22,14;DP=79;FAO=54,0;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=47,0;FSAR=7,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0156697,0.0357447;FXX=0.191755;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=11.239,4.32717;QD=19.3653;RBI=0.0282011,0.1997;REFB=-0.0612014,-0.110299;REVB=0.023447,0.196475;RO=27;SAF=21,14;SAR=1,0;SRF=26;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0496999,0.729876;STB=0.525244,0.5;STBP=0.393,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0278636,0;OID=.,.;OPOS=46766322,46766322;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.915254,0:22,14:79:54,0:59:5:47,0:7,0:5:0:17:27:21,14:1,0:26:1 chr6 46824448 . A G 478.01 PASS AF=0.875;AO=31;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0572424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.1305;QD=47.8012;RBI=0.092346;REFB=0.0113324;REVB=0.0724645;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5614;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000240739;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:40:0:5:31:35:0.875:8:23:0:0:8:27:2:3 chr6 46826508 . G A 471.91 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.262;QD=55.5189;RBI=0.0213622;REFB=-0.0880177;REVB=-0.0164131;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000839562;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr6 46826715 . T A 1513.41 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.558;QD=59.9369;RBI=0.0487338;REFB=0;REVB=-0.0174925;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33834e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:45:56:0:0:45:56:0:0 chr6 46826844 . T C 1978.22 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0311154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.421;QD=60.4036;RBI=0.0400808;REFB=0.0515776;REVB=0.0252645;RO=1;SAF=83;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102185;STB=0.502382;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000279323;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:129:129:0.984733:46:83:0:1:46:83:1:1 chr6 46826910 . G A 1810.92 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00503304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.922;QD=59.3746;RBI=0.0225059;REFB=0.0459101;REVB=0.0219359;RO=2;SAF=87;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874639;STB=0.504605;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000656149;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:122:2:2:120:120:0.983607:33:87:1:1:33:87:1:1 chr6 46827073 . A G 2519.62 PASS AF=0.993939;AO=161;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0220011;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.924;QD=61.0818;RBI=0.0261603;REFB=-0.0783767;REVB=0.0141532;RO=1;SAF=88;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647357;STB=0.503355;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000119327;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:1:1:161:164:0.993939:73:88:0:1:74:90:0:1 chr6 46827126 . C T 1611.93 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0397298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.366;QD=58.0874;RBI=0.0401712;REFB=-0.132168;REVB=0.00593865;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.501439;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.000532046;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:2:109:109:0.981982:46:63:0:0:46:63:1:1 chr6 46832813 . G A 1566.68 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.284;QD=59.6832;RBI=0.0464904;REFB=0;REVB=0.0464233;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46854e-05;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:41:63:0:0:42:63:0:0 chr6 46834685 . G A 2027.04 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.924;QD=62.3706;RBI=0.0137387;REFB=0;REVB=0.01051;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9903e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:57:73:0:0:57:73:0:0 chr6 46856100 . G A 944.21 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0122268;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.508;QD=54.7367;RBI=0.0184949;REFB=-0.0369378;REVB=-0.0138768;RO=3;SAF=48;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042664;STB=0.522733;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00217426;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:3:3:65:66:0.956522:17:48:1:2:17:49:1:2 chr6 47563692 . C T 1699.38 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6469;QD=59.109;RBI=0.0613416;REFB=0;REVB=0.0563331;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574866;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:115:0:0:112:115:1:71:41:0:0:71:44:0:0 chr6 47594302 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.691;QD=60.2044;RBI=0.0172004;REFB=0;REVB=0.0170503;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14183e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 47594722 . G A 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00807039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.177;QD=15.6684;RBI=0.0221651;REFB=-0.014685;REVB=-0.0206437;RO=50;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.632696;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0161154;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:13:24:21:29:13:24:21:29 chr6 47624239 . A G 43.19 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0226864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.139;QD=5.57238;RBI=0.0758937;REFB=-0.00412749;REVB=-0.0724237;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143824;STB=0.509407;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0251588;OID=.;OPOS=47624239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:10:14:4:3:10:14 chr6 47624299 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0467713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9937;QD=7.62895;RBI=0.0489575;REFB=0.00490478;REVB=-0.0144667;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299924;STB=0.51882;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0211976;OID=.;OPOS=47624299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:8:12:5:3:8:12 chr6 47626833 . C A 231.03 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0121076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.7418;QD=10.2682;RBI=0.016079;REFB=-0.000948607;REVB=0.0105802;RO=57;SAF=21;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205513;STB=0.603058;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00510398;OID=.;OPOS=47626833;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:61:29:29:0.322222:8:21:32:25:8:21:36:25 chr6 47646842 . A G 443.47 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0143755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.107;QD=25.7084;RBI=0.0145548;REFB=-0.0121283;REVB=-0.00227754;RO=27;SAF=21;SAR=21;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397544;STB=0.521729;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00842098;OID=.;OPOS=47646842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:21:21:15:12:21:21:15:12 chr6 47649222 . T G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.064311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=14.2308;RBI=0.0656878;REFB=-0.0230425;REVB=0.0133782;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639505;STB=0.545078;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0119371;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:11:15:18:17:11:15:18:18 chr6 47649265 . T A 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.012037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.06;QD=19.0433;RBI=0.0358158;REFB=-0.0234735;REVB=-0.0337325;RO=42;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041787;STB=0.52323;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0197555;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:23:17:16:26:23:17:16:26 chr6 47649573 . CA TG 107.22 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.02092;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.489;QD=11.5915;RBI=0.0316161;REFB=-0.00145969;REVB=-0.0237052;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276494;STB=0.64083;STBP=0.229;TYPE=mnp;VARB=0.00259432;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:6:7:18:5:6:7:18:6 chr6 47649694 . A G 655.59 PASS AF=0.488889;AO=64;DP=133;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0160921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3913;QD=19.4248;RBI=0.0168796;REFB=-0.0134906;REVB=-0.0050957;RO=66;SAF=36;SAR=28;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409202;STB=0.517316;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0148322;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:66:69:64:66:0.488889:28:36:40:26:28:38:42:27 chr6 47654742 . A T 388.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0218934;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4113;QD=18.0628;RBI=0.0219384;REFB=-0.0110749;REVB=0.00140376;RO=46;SAF=25;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811901;STB=0.545431;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0183836;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:15:25:25:21:15:25:25:21 chr6 47682604 . A C 1880.54 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026887;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.31;QD=61.6571;RBI=0.028705;REFB=0;REVB=0.0100531;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278315;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:60:60:0:0:60:62:0:0 chr6 47684591 . G A 330.4 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00205361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.658;QD=13.4855;RBI=0.0155186;REFB=0.00815247;REVB=-0.0153821;RO=60;SAF=27;SAR=10;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269071;STB=0.660016;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00806843;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:61:37:37:0.377551:10:27:30:30:10:27:30:31 chr6 47685100 . CT C 94.99 PASS AF=0.722222;AO=5;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0254338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.2723;QD=21.1098;RBI=0.076114;REFB=0.0273274;REVB=0.0717388;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7737;STB=0.573803;STBP=0.318;TYPE=del;VARB=0.011986;OID=.;OPOS=47685101;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:5:18:13:18:5:6:7:1:4:22:4:5:0:1:3 chr6 47791205 . G A 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0366169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.553;QD=11.2835;RBI=0.0428186;REFB=-0.0100734;REVB=-0.0221953;RO=49;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225013;STB=0.637065;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.022777;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:9:18:23:26:9:18:23:27 chr6 47847179 . A G 297.78 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0972487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.18;QD=15.8815;RBI=0.108809;REFB=0.00575518;REVB=0.0488058;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133064;STB=0.574835;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00836097;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:17:16:26:16:17:16:26:16 chr6 47847401 . A G 167.6 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0139194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.672;QD=15.5911;RBI=0.0139287;REFB=-0.0212975;REVB=0.000509938;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0249881;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:17:18:0.418605:8:9:10:13:8:10:12:13 chr6 49459978 . A G 891.19 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0348;QD=54.8425;RBI=0.0334557;REFB=-0.0246177;REVB=-0.00210913;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.516124;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000635577;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:62:63:0.969231:32:30:1:0:33:30:2:0 chr6 49460152 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6324;QD=61.6831;RBI=0.055154;REFB=0;REVB=0.00491256;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853373;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr6 49485266 . C A 1724.96 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.508;QD=60.5249;RBI=0.0156131;REFB=0;REVB=0.0154082;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.797e-06;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:110:114:1:59:51:0:0:63:51:0:0 chr6 49518914 . C G 2091.65 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739955;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3309;QD=60.6277;RBI=0.0777517;REFB=0;REVB=0.0238746;RO=0;SAF=54;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513937;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:138:0:0:129:138:1:75:54:0:0:80:58:0:0 chr6 49660577 . C G 390.57 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.035;QD=19.0524;RBI=0.012191;REFB=-0.00826047;REVB=0.00548907;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032637;STB=0.523066;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00916808;OID=.;OPOS=49660577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:16:24:26:15:16:24:27:15 chr6 49696473 . G T 961.76 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933183;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1253;QD=59.1854;RBI=0.0250793;REFB=0;REVB=-0.0232785;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170366;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr6 49701523 . A G 801.85 PASS AF=1;AO=50;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.494;QD=57.2747;RBI=0.0729688;REFB=0;REVB=0.0722784;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308705;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:50:56:1:21:29:0:0:26:30:0:0 chr6 51524403 . G A 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0155767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.119;QD=25.7574;RBI=0.0168798;REFB=-0.0124131;REVB=-0.00650341;RO=20;SAF=22;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122856;STB=0.567525;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00546611;OID=.;OPOS=51524403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:11:22:10:10:11:22:10:10 chr6 51586771 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.065;QD=53.2772;RBI=0.0467701;REFB=0;REVB=0.0398445;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462274;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr6 51613177 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1639;QD=55.0956;RBI=0.0520548;REFB=0;REVB=0.0136316;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591153;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr6 51720838 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.93;QD=59.3223;RBI=0.0139917;REFB=0;REVB=0.00797412;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14385e-05;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr6 51875250 . A C 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0424317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.829;QD=58.7477;RBI=0.0431533;REFB=-0.0189808;REVB=0.00785887;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447127;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000193897;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:26:20:2:0:26:20:2:0 chr6 51890823 . G A 3165.27 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457406;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.835;QD=63.9449;RBI=0.074415;REFB=0;REVB=0.0586975;RO=0;SAF=103;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84799e-05;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:187:198:0:0:185:198:1:82:103:0:0:91:107:0:0 chr6 51914956 . G A 791.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0663;QD=63.3382;RBI=0.0540724;REFB=0;REVB=0.0525422;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124894;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:28:22:0:0 chr6 51924774 . A G 1026.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9608;QD=59.4903;RBI=0.0469255;REFB=0;REVB=0.026609;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100979;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr6 52360283 . T A 1272.03 PASS AF=1;AO=79;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.647;QD=61.3025;RBI=0.0765212;REFB=0;REVB=0.0723637;RO=2;SAF=64;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120545;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:2:0:79:83:1:15:64:0:2:18:65:0:0 chr6 52362844 . T A 341.77 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0210612;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.3867;QD=39.0591;RBI=0.0722247;REFB=-0.0258001;REVB=0.0690857;RO=4;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227759;STB=0.514008;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00209635;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:35:35:4:6:27:27:0.771429:16:11:2:2:16:11:2:4 chr6 52374319 . T C,TAC 1871.82 PASS AF=0.0373134,0.91791;AO=5,122;DP=134;FAO=5,123;FDP=134;FR=.;FRO=6;FSAF=5,75;FSAR=0,48;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.016399,-0.0102746;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.2197,155.85;QD=55.8752;RBI=0.0168488,0.0446714;REFB=-0.0588245,-0.0905669;REVB=-0.00386714,0.0434737;RO=6;SAF=5,75;SAR=0,47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.739739,0.0107414;STB=0.997085,0.50535;STBP=0.042,0.586;TYPE=snp,ins;VARB=0.0181569,0.00458605;OID=.,.;OPOS=52374319,52374320;OREF=T,-;OALT=C,AC;OMAPALT=C,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:13:134:134:6:6:5,122:5,123:0.0373134,0.91791:0,47:5,75:3:3:0,48:5,75:3:3 chr6 52617731 . C G 583.51 PASS AF=0.462121;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.000273394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.103;QD=17.6822;RBI=0.0263763;REFB=0.000433038;REVB=-0.0263749;RO=71;SAF=37;SAR=24;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133879;STB=0.507437;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000537938;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:71:61:61:0.462121:24:37:44:27:24:37:44:27 chr6 52617738 . G A 677.88 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0162618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.52;QD=20.8578;RBI=0.0173322;REFB=-0.00567858;REVB=-0.00599665;RO=63;SAF=40;SAR=27;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202623;STB=0.51114;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00448591;OID=.;OPOS=52617738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:27:40:39:24:27:40:39:24 chr6 52658962 . T C 487.53 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0213977;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6975;QD=15.2355;RBI=0.0386455;REFB=-0.0114068;REVB=0.0321809;RO=74;SAF=24;SAR=30;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180945;STB=0.601338;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0160051;OID=.;OPOS=52658962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:30:24:46:28:30:24:46:28 chr6 52701143 . C T 157.37 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0101414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.267;QD=17.4861;RBI=0.0401175;REFB=-0.00491278;REVB=-0.0388145;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.533294;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00492321;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:7:9:10:9:7:10:10:9 chr6 52843131 . G T 1328.55 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1108;QD=61.793;RBI=0.109923;REFB=0;REVB=0.100221;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622083;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:32:52:0:0:34:52:0:0 chr6 52844045 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.604;QD=57.5453;RBI=0.0568504;REFB=0;REVB=0.0544036;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137119;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr6 52869746 . CAAAAAAG CAAAAAG,CAAAAAGC 102.69 PASS AF=0.547619,0.0238095;AO=18,5;DP=44;FAO=23,1;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14,1;FSAR=9,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.1279,0.0999984;FXX=0.0454442;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.07873,23.9851;QD=9.78018;RBI=0.274984,0.111581;REFB=-0.0459513,-0.0277351;REVB=-0.243429,-0.0495048;RO=14;SAF=9,5;SAR=9,0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.280994,0.633262;STB=0.580579,0.984607;STBP=0.3,0.519;TYPE=del,mnp;VARB=0.0346261,0.0454821;OID=.,.;OPOS=52869747,52869752;OREF=A,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=CAAAAAG,CAAAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619,0.0238095:18,5:44:23,1:42:18:14,1:9,0:14:4:74:14:9,5:9,0:12:2 chr6 52963071 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.401;QD=55.0985;RBI=0.0226784;REFB=0;REVB=0.010982;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7764e-05;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 53363486 . CGGGCT C,CG 534.38 PASS AF=0,0.852459;AO=18,34;DP=53;FAO=0,52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=0,23;FSAR=0,29;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0311468,0.0366043;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=202.137,217.522;QD=35.0413;RBI=0.0524023,0.0822701;REFB=-0.0593611,-0.072766;REVB=0.0421411,0.0736783;RO=0;SAF=0,23;SAR=18,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.38835,0.38835;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.565739;STBP=1,0.017;TYPE=del,del;VARB=0,0.00957182;OID=.,.;OPOS=53363487,53363488;OREF=GGGCT,GGCT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.852459:18,34:53:0,52:61:9:0,23:0,29:8:1:25:0:0,23:18,11:0:0 chr6 53370107 . T C 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00486814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.055;QD=45.1041;RBI=0.00538334;REFB=-0.096251;REVB=0.00229816;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00175659;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:6:12:0:0:6:12:1:0 chr6 53514843 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00746051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3091;QD=7.83716;RBI=0.0222469;REFB=-0.00785649;REVB=-0.0209587;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108749;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0142345;OID=.;OPOS=53514843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:5:10:4:3:6:10 chr6 53516876 . T G 1495.5 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921633;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.342;QD=59.8202;RBI=0.0279828;REFB=0;REVB=-0.0264215;RO=0;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171707;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:35:65:0:0:35:65:0:0 chr6 53519062 . A G 521.72 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0255103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.781;QD=18.4679;RBI=0.0323573;REFB=0.00560336;REVB=0.0199052;RO=57;SAF=22;SAR=33;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133563;STB=0.578543;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0053235;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:57:58:55:55:0.486726:33:22:31:26:33:22:32:26 chr6 53519605 . C T 562.2 PASS AF=0.37931;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.000322882;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.339;QD=12.9242;RBI=0.0780906;REFB=-0.00688968;REVB=-0.07809;RO=103;SAF=30;SAR=36;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086581;STB=0.500527;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0130638;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:103:108:66:66:0.37931:36:30:46:57:36:30:49:59 chr6 53519857 . G A 408.18 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0588618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2813;QD=15.5496;RBI=0.0921748;REFB=-0.00778985;REVB=-0.070933;RO=57;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101014;STB=0.548064;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00792124;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:57:59:46:46:0.438095:18:28:29:28:18:28:31:28 chr6 53762092 . A G 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0165004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.149;QD=29.3797;RBI=0.0364933;REFB=0.00175696;REVB=0.03255;RO=11;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10895;STB=0.560382;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.000930468;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:5:17:7:4:5:17:7:4 chr6 53989526 . G A 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0283003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8954;QD=20.0287;RBI=0.0299664;REFB=-0.0173688;REVB=-0.00985294;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126246;STB=0.571367;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.014657;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:14:12:8:16:14:12 chr6 54002741 . A G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0356138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.487;QD=20.563;RBI=0.0385307;REFB=-0.0107878;REVB=0.0147062;RO=24;SAF=25;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374157;STB=0.706046;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00855101;OID=.;OPOS=54002741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:4:25:13:11:4:25:14:11 chr6 54025155 . T C 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=0.00170733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.879;QD=16.0054;RBI=0.00325616;REFB=-0.0223893;REVB=0.00277265;RO=44;SAF=29;SAR=6;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218756;STB=0.516037;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0272238;OID=.;OPOS=54025155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:6:29:37:7:6:29:38:7 chr6 54054686 . T A 298.8 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0296684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.273;QD=18.6752;RBI=0.0302647;REFB=-0.0278044;REVB=-0.0059783;RO=32;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984849;STB=0.555137;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0411271;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:9:23:20:12:9:23:20:12 chr6 54079968 . G A 685.72 PASS AF=0.5;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=-0.0393968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.125;QD=20.1681;RBI=0.0412119;REFB=0.00922603;REVB=0.0120959;RO=66;SAF=38;SAR=30;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14211;STB=0.583608;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00946624;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:66:68:68:68:0.5:30:38:47:19:30:38:49:19 chr6 54095524 . C T 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00112035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.604;QD=22.4804;RBI=0.0186684;REFB=-0.023472;REVB=-0.0186348;RO=31;SAF=26;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476831;STB=0.526302;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0139315;OID=.;OPOS=54095524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:13:26:19:12:13:26:19:12 chr6 54186147 . T C 503.58 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0699234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6052;QD=22.3811;RBI=0.0797755;REFB=0.00489704;REVB=0.0384038;RO=42;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354115;STB=0.519509;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00292795;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:22:26:21:21:22:26:21:21 chr6 54191970 . T A 243.2 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0405552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.206;QD=12.8;RBI=0.0409822;REFB=0.0051825;REVB=-0.0059003;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901939;STB=0.551688;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00655255;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:22:25:13:16:22:25 chr6 55142337 . A G 1790.75 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.229;QD=60.1932;RBI=0.0344886;REFB=-0.0756527;REVB=0.0222197;RO=1;SAF=69;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292393;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:119:1:0:117:119:1:48:69:1:0:49:70:0:0 chr6 55266625 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3712;QD=55.6555;RBI=0.0250927;REFB=0;REVB=0.0135745;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.34981e-05;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr6 55428650 . T C 85.26 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00421361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.992;QD=11.0016;RBI=0.164162;REFB=-0.0119999;REVB=0.164108;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599844;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0134828;OID=.;OPOS=55428650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:20:20:10:11:0.354839:1:9:18:2:2:9:18:2 chr6 56044578 . T C 1840.85 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.613;QD=61.3618;RBI=0.00531028;REFB=0;REVB=0.00505004;RO=0;SAF=62;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8458e-06;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:58:62:0:0:58:62:0:0 chr6 56327849 . C T 422.9 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0119027;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.892;QD=14.97;RBI=0.0232748;REFB=-0.0186898;REVB=-0.0200011;RO=65;SAF=28;SAR=20;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626463;STB=0.535218;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0321755;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:65:65:48:48:0.424779:20:28:34:31:20:28:34:31 chr6 56380460 . GT GA,G 351.77 PASS AF=0,0.844444;AO=4,45;DP=93;FAO=0,76;FDP=90;FR=.;FRO=14;FSAF=0,41;FSAR=0,35;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0431754,0.0012294;FXX=0.0322546;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=177.964,7.8282;QD=15.6341;RBI=0.0656273,0.245591;REFB=0.0058814,-0.13589;REVB=-0.049425,0.245588;RO=31;SAF=0,32;SAR=4,13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0.314286;SSSB=-0.540895,0.302093;STB=0.5,0.505005;STBP=1,0.825;TYPE=snp,del;VARB=0,0.139161;OID=.,.;OPOS=56380461,56380461;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.844444:4,45:93:0,76:90:14:0,41:0,35:8:6:26:31:0,32:4,13:10:21 chr6 56417282 . C T 417.09 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00695239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.524;QD=17.1996;RBI=0.0255106;REFB=-0.0280386;REVB=-0.0245449;RO=54;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220566;STB=0.623174;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0370559;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:24:19:36:18:24:19:36:18 chr6 56417545 . T C 254.63 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0103026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.111;QD=22.1416;RBI=0.0178544;REFB=-0.0200032;REVB=0.014582;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863188;STB=0.539649;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0124079;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:16:8:9:12:16:8:9:13 chr6 56420538 . C T 672.11 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0104799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.303;QD=26.8842;RBI=0.0380419;REFB=0.00220583;REVB=-0.0365699;RO=41;SAF=31;SAR=28;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453099;STB=0.524694;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00130648;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:28:31:24:17:28:31:24:17 chr6 56426931 . C T 193.64 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0404428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.119;QD=14.0832;RBI=0.0413494;REFB=-0.0485106;REVB=-0.0086114;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506003;STB=0.542094;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0655251;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:12:10:13:19:12:11:13:19 chr6 56463410 . T C 460.48 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=78;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.053352;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4408;QD=23.3157;RBI=0.0534339;REFB=0.016431;REVB=0.00295838;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174122;STB=0.598929;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0121111;OID=.;OPOS=56463410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:35:35:43:44:0.556962:19:24:12:23:19:25:12:23 chr6 56470551 . T A 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00736733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.877;QD=36.4505;RBI=0.016083;REFB=0.00966113;REVB=0.0142963;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.599873;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00377238;OID=.;OPOS=56470551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:6:10:0:3:6:10:0:3 chr6 56470690 . G A 561.22 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0164145;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.794;QD=24.1384;RBI=0.0492526;REFB=-0.0170307;REVB=-0.0464368;RO=41;SAF=18;SAR=33;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322411;STB=0.523242;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.013288;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:41:41:51:52:0.55914:33:18:13:28:33:19:13:28 chr6 56471402 . G A 527.03 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00190517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.294;QD=21.9598;RBI=0.0307333;REFB=-0.0226374;REVB=-0.0306742;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886083;STB=0.548916;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0193586;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:46:50:50:0.520833:20:30:23:23:20:30:23:23 chr6 56471995 . C T 150.85 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0302367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.764;QD=11.6039;RBI=0.0560778;REFB=-0.0283445;REVB=-0.0472277;RO=32;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307137;STB=0.683241;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0379016;OID=.;OPOS=56471995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:18:19:0.365385:4:14:17:15:4:15:18:15 chr6 56481627 . T G 172.59 PASS AF=0.404255;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0244011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.988;QD=14.6881;RBI=0.0305247;REFB=-0.00398729;REVB=0.0183397;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161133;STB=0.629823;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00831643;OID=.;OPOS=56481627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:28:17:19:0.404255:8:9:11:18:8:11:10:18 chr6 56482801 . C G 481.91 PASS AF=0.5;AO=46;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00884698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.442;QD=20.5067;RBI=0.010387;REFB=-0.00197064;REVB=0.00544255;RO=44;SAF=30;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256541;STB=0.618364;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00294717;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:44:47:46:47:0.5:16:30:16:28:17:30:19:28 chr6 56484758 . C T 491.06 PASS AF=0.464912;AO=53;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0328883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.575;QD=17.2301;RBI=0.0426135;REFB=-0.0314391;REVB=0.0270973;RO=56;SAF=28;SAR=25;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00689432;STB=0.524466;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.039573;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:61:53:53:0.464912:25:28:30:26:25:28:35:26 chr6 56810539 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.521;QD=44.0922;RBI=0.0280416;REFB=-0.0314437;REVB=0.0248575;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00193879;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr6 56918592 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0181371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4717;QD=16.4802;RBI=0.0637861;REFB=0.012208;REVB=-0.0611531;RO=25;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199577;STB=0.615255;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0179067;OID=.;OPOS=56918592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:14:5:11:14:14:5:11:14 chr6 57244780 . G A 242.36 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0121547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.544;QD=10.424;RBI=0.0121892;REFB=-0.00385148;REVB=0.00091583;RO=63;SAF=23;SAR=7;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243269;STB=0.643662;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0134099;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:7:23:37:26:7:23:37:26 chr6 57246884 . A G 1074.73 PASS AF=0.466387;AO=108;DP=239;FAO=111;FDP=238;FR=.;FRO=127;FSAF=83;FSAR=28;FSRF=74;FSRR=53;FWDB=-0.00548682;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.166;QD=18.0626;RBI=0.0204176;REFB=-0.0174937;REVB=-0.0196666;RO=124;SAF=81;SAR=27;SRF=72;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19361;STB=0.604621;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0128835;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:124:127:108:111:0.466387:27:81:72:52:28:83:74:53 chr6 57246969 . G A 642.94 PASS AF=0.373786;AO=77;DP=206;FAO=77;FDP=206;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=-0.034806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.898;QD=12.4842;RBI=0.0369303;REFB=-0.0144469;REVB=-0.0123445;RO=128;SAF=49;SAR=28;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767283;STB=0.541462;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0253396;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:128:129:77:77:0.373786:28:49:73:55:28:49:74:55 chr6 57246982 . G T 626.6 PASS AF=0.378947;AO=71;DP=189;FAO=72;FDP=190;FR=.;FRO=118;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=-0.0531342;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.303;QD=13.1916;RBI=0.0533484;REFB=-0.0134683;REVB=-0.00477585;RO=115;SAF=45;SAR=26;SRF=68;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492512;STB=0.520827;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0175209;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:115:118:71:72:0.378947:26:45:68:47:27:45:70:48 chr6 57254927 . A G 111.24 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0152249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.535;QD=5.17392;RBI=0.0162536;REFB=-0.00593662;REVB=0.00569058;RO=66;SAF=10;SAR=8;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104425;STB=0.562267;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0271538;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:66:68:18:18:0.209302:8:10:42:24:8:10:43:25 chr6 57254955 . G A 53.73 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0287693;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.861;QD=3.46652;RBI=0.0622678;REFB=-0.00516254;REVB=-0.0552232;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190123;STB=0.587392;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0618104;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:63:62:25:51:7:7:0.112903:3:4:18:7:3:4:34:17 chr6 57372361 . C A 964.46 PASS AF=0.700855;AO=82;DP=118;FAO=82;FDP=117;FR=.;FRO=35;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0139109;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5242;QD=32.973;RBI=0.0234635;REFB=-0.0160789;REVB=-0.018895;RO=35;SAF=46;SAR=36;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591156;STB=0.503176;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0071671;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:35:35:82:82:0.700855:36:46:20:15:36:46:20:15 chr6 57372365 . A G 189.8 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=117;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.0848807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8714;QD=6.48876;RBI=0.0955444;REFB=-0.0174693;REVB=0.0438635;RO=88;SAF=15;SAR=14;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635917;STB=0.538435;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0521153;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:88:88:29:29:0.247863:14:15:50:38:14:15:50:38 chr6 57393112 . T C 92.89 PASS AF=0.159292;AO=18;DP=113;FAO=18;FDP=113;FR=.;FRO=95;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=35;FWDB=-0.0155858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.853;QD=3.28804;RBI=0.0168802;REFB=0.000277432;REVB=-0.00648263;RO=95;SAF=7;SAR=11;SRF=60;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299953;STB=0.695738;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00325267;OID=.;OPOS=57393112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:113:113:95:95:18:18:0.159292:11:7:60:35:11:7:60:35 chr6 57393125 . A G 778.85 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0218317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.604;QD=24.5308;RBI=0.0264497;REFB=-0.0245632;REVB=0.014932;RO=53;SAF=45;SAR=28;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406912;STB=0.518873;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0275147;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:53:54:73:73:0.574803:28:45:30:23:28:45:31:23 chr6 57393144 . A T 134.19 PASS AF=0.183206;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=131;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=60;FSRR=47;FWDB=-0.00819428;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.678;QD=4.09748;RBI=0.00825735;REFB=-0.00313013;REVB=-0.00101865;RO=104;SAF=16;SAR=8;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133335;STB=0.59132;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0173058;OID=.;OPOS=57393144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:104:107:24:24:0.183206:8:16:59:45:8:16:60:47 chr6 57393160 . G A 234.57 PASS AF=0.248175;AO=30;DP=133;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.0330109;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.5;QD=6.84887;RBI=0.035086;REFB=-0.00437197;REVB=-0.0118872;RO=99;SAF=20;SAR=10;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195959;STB=0.626543;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0192935;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:99:103:30:34:0.248175:10:20:51:48:11:23:53:50 chr6 57398154 . T C 535.02 PASS AF=0.426471;AO=58;DP=136;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=0.0194599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4076;QD=15.7359;RBI=0.042645;REFB=-0.00347541;REVB=-0.0379461;RO=78;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865331;STB=0.548337;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0043752;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:78:78:58:58:0.426471:34:24:26:52:34:24:26:52 chr6 57398157 . A G 547.54 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=53;FWDB=-0.0052515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.202;QD=15.9865;RBI=0.00771943;REFB=-0.0225004;REVB=0.00565786;RO=78;SAF=25;SAR=34;SRF=25;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109896;STB=0.56127;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.024937;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:78:59:59:0.430657:34:25:25:53:34:25:25:53 chr6 57398163 . A G 586.61 PASS AF=0.43662;AO=62;DP=142;FAO=62;FDP=142;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=0.00848683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.985;QD=16.5241;RBI=0.00917807;REFB=-0.00938779;REVB=-0.0034944;RO=80;SAF=25;SAR=37;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700587;STB=0.539039;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.020039;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:80:62:62:0.43662:37:25:27:53:37:25:27:53 chr6 57398186 . G GA 48.0 PASS AF=0.167665;AO=30;DP=168;FAO=28;FDP=167;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=87;FWDB=0.186955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.5894;QD=1.14966;RBI=0.187749;REFB=-0.0112975;REVB=-0.0172427;RO=129;SAF=6;SAR=24;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266429;STB=0.661014;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=0.0230061;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.167665:30:168:28:167:139:6:22:52:87:47:129:6:24:48:81 chr6 57398201 . T C 1000.56 PASS AF=0.521505;AO=97;DP=186;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=-0.0168841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0753;QD=21.5175;RBI=0.0177373;REFB=0.00191986;REVB=-0.00543517;RO=88;SAF=39;SAR=58;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771828;STB=0.544262;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00338639;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:88:89:97:97:0.521505:58:39:28:60:58:39:28:61 chr6 57398207 . G T 241.39 PASS AF=0.203046;AO=40;DP=198;FAO=40;FDP=197;FR=.;FRO=157;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=94;FWDB=0.00105807;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2983;QD=4.90136;RBI=0.0210528;REFB=-0.000396628;REVB=-0.0210262;RO=158;SAF=10;SAR=30;SRF=64;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224252;STB=0.63841;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00136246;OID=.;OPOS=57398207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:158:157:40:40:0.203046:30:10:64:94:30:10:63:94 chr6 57398226 . T G 605.2 PASS AF=0.42953;AO=64;DP=193;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=0.000524264;FXX=0.231947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0577;QD=16.247;RBI=0.0359083;REFB=-0.00498148;REVB=0.0359045;RO=85;SAF=36;SAR=28;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222955;STB=0.62424;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00853256;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:149:85:85:64:64:0.42953:28:36:29:56:28:36:29:56 chr6 57398264 . A G 1063.11 PASS AF=0.572254;AO=99;DP=173;FAO=99;FDP=173;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.00830722;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.629;QD=24.5806;RBI=0.0224326;REFB=-0.0158355;REVB=0.0208377;RO=74;SAF=48;SAR=51;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841253;STB=0.545701;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0119565;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:74:74:99:99:0.572254:51:48:28:46:51:48:28:46 chr6 57398270 . C T 242.06 PASS AF=0.222857;AO=39;DP=176;FAO=39;FDP=175;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=65;FSRR=71;FWDB=-0.0262646;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7179;QD=5.53288;RBI=0.0434334;REFB=-0.00668132;REVB=-0.0345924;RO=134;SAF=12;SAR=27;SRF=65;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233331;STB=0.638636;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0331984;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:134:136:39:39:0.222857:27:12:65:69:27:12:65:71 chr6 57467084 . A G 82.45 PASS AF=0.113514;AO=21;DP=185;FAO=21;FDP=185;FR=.;FRO=164;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.0177745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.545;QD=1.78278;RBI=0.0179189;REFB=-0.00241507;REVB=-0.00227;RO=163;SAF=4;SAR=17;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385545;STB=0.782916;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0208719;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:185:185:163:164:21:21:0.113514:17:4:80:83:17:4:81:83 chr6 57467093 . A G 68.27 PASS AF=0.101064;AO=19;DP=189;FAO=19;FDP=188;FR=.;FRO=169;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=88;FWDB=0.0132955;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.677;QD=1.45252;RBI=0.0215358;REFB=0.00176143;REVB=0.0169417;RO=167;SAF=5;SAR=14;SRF=80;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268521;STB=0.70223;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00624553;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:189:188:167:169:19:19:0.101064:14:5:80:87:14:5:81:88 chr6 57467100 . G C 959.33 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=194;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.00144794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.247;QD=19.78;RBI=0.00559254;REFB=-0.0161119;REVB=-0.00540185;RO=97;SAF=37;SAR=58;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108593;STB=0.560342;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0137992;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:97:99:95:95:0.489691:58:37:49:48:58:37:50:49 chr6 57467107 . C T 113.75 PASS AF=0.128713;AO=26;DP=202;FAO=26;FDP=202;FR=.;FRO=176;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=87;FSRR=89;FWDB=-0.0127035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.93;QD=2.25251;RBI=0.0512117;REFB=-0.00258749;REVB=-0.049611;RO=176;SAF=8;SAR=18;SRF=87;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239047;STB=0.666276;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0294886;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:176:176:26:26:0.128713:18:8:87:89:18:8:87:89 chr6 57467175 . A G 503.44 PASS AF=0.365269;AO=61;DP=167;FAO=61;FDP=167;FR=.;FRO=106;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0159294;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.062;QD=12.0585;RBI=0.0162482;REFB=-0.0161526;REVB=-0.00320293;RO=106;SAF=24;SAR=37;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467711;STB=0.526628;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0251884;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:106:106:61:61:0.365269:37:24:46:60:37:24:46:60 chr6 57512476 . G A 1491.09 PASS AF=0.491639;AO=147;DP=299;FAO=147;FDP=299;FR=.;FRO=152;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=78;FSRR=74;FWDB=0.00424873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.015;QD=19.9477;RBI=0.00959169;REFB=-0.00179087;REVB=-0.00859935;RO=151;SAF=85;SAR=62;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638897;STB=0.53355;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00188147;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:151:152:147:147:0.491639:62:85:77:74:62:85:78:74 chr6 57512510 . T G 3103.2 PASS AF=0.72434;AO=247;DP=340;FAO=247;FDP=341;FR=.;FRO=94;FSAF=140;FSAR=107;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.00547241;FXX=0.00292389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.06;QD=36.4012;RBI=0.024223;REFB=-0.0357612;REVB=0.0235967;RO=92;SAF=140;SAR=107;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677803;STB=0.536306;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0135717;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:341:92:94:247:247:0.72434:107:140:40:52:107:140:41:53 chr6 57512529 . C A 322.43 PASS AF=0.177326;AO=60;DP=343;FAO=61;FDP=344;FR=.;FRO=283;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=145;FSRR=138;FWDB=-0.00908197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.36;QD=3.74916;RBI=0.0373566;REFB=-0.00382212;REVB=-0.0362358;RO=282;SAF=34;SAR=26;SRF=145;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068367;STB=0.550847;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0174797;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:344:282:283:60:61:0.177326:26:34:145:137:26:35:145:138 chr6 57512565 . T C 1556.68 PASS AF=0.518771;AO=139;DP=280;FAO=152;FDP=293;FR=.;FRO=141;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=81;FSRR=60;FWDB=0.026678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.978;QD=21.2516;RBI=0.0274106;REFB=-0.0149917;REVB=-0.0062946;RO=141;SAF=67;SAR=72;SRF=81;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847102;STB=0.523291;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0148026;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:293:141:141:139:152:0.518771:72:67:81:60:72:80:81:60 chr6 57512678 . G A 354.39 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0318075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4174;QD=16.2936;RBI=0.0483327;REFB=-0.0105843;REVB=-0.0363914;RO=48;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432263;STB=0.519989;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0210954;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:38:38:0.436782:26:12:17:31:26:12:17:32 chr6 58141869 . C T 120.22 PASS AF=0.178862;AO=22;DP=124;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.00334963;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.333;QD=3.90973;RBI=0.00581734;REFB=0.000880037;REVB=0.0047562;RO=99;SAF=17;SAR=5;SRF=48;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378418;STB=0.751862;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00253217;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:99:101:22:22:0.178862:5:17:48:51:5:17:48:53 chr6 58141876 . C T 1335.53 PASS AF=0.816;AO=99;DP=123;FAO=102;FDP=125;FR=.;FRO=23;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.000676857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.025;QD=42.7369;RBI=0.026501;REFB=0.0122571;REVB=0.0264923;RO=22;SAF=48;SAR=51;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982312;STB=0.55544;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00359863;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:22:23:99:102:0.816:51:48:17:5:53:49:18:5 chr6 58141878 . A G 123.62 PASS AF=0.178295;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=129;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0024008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.609;QD=3.83301;RBI=0.00333481;REFB=-0.00337892;REVB=-0.00231454;RO=105;SAF=17;SAR=6;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309834;STB=0.746023;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0185605;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:105:106:23:23:0.178295:6:17:53:52:5:18:53:53 chr6 58141886 . G C 1765.86 PASS AF=0.937984;AO=120;DP=128;FAO=121;FDP=129;FR=.;FRO=8;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0155705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=313.525;QD=54.7555;RBI=0.0205943;REFB=-0.0473092;REVB=0.0134791;RO=8;SAF=64;SAR=56;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258296;STB=0.513295;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00143579;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:128:129:8:8:120:121:0.937984:56:64:6:2:56:65:6:2 chr6 58141920 . G C 84.75 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=128;FAO=18;FDP=128;FR=.;FRO=110;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=-0.000730822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.121;QD=2.64854;RBI=0.00469701;REFB=-0.00846581;REVB=-0.00463981;RO=110;SAF=16;SAR=2;SRF=59;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495044;STB=0.849265;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0569133;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:128:128:110:110:18:18:0.140625:2:16:59:51:2:16:59:51 chr6 58141946 . C T 542.87 PASS AF=0.504505;AO=57;DP=110;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0705995;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3394;QD=19.5628;RBI=0.106376;REFB=-0.0211688;REVB=0.0795708;RO=53;SAF=26;SAR=31;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225713;STB=0.611037;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0213494;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:55:57:56:0.504505:31:26:38:15:30:26:38:17 chr6 58196684 . G A 224.85 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.00981991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.963;QD=7.88961;RBI=0.0104018;REFB=-0.00363103;REVB=-0.00343022;RO=82;SAF=13;SAR=19;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284912;STB=0.667632;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00802688;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:19:13:53:29:19:13:53:29 chr6 58287640 . C G 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0294689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.592;QD=7.66794;RBI=0.0527364;REFB=-0.0157515;REVB=-0.0437345;RO=34;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229713;STB=0.50703;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0521803;OID=.;OPOS=58287640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:9:3:9:25:9:3:9:26 chr6 61944740 . C A 168.87 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0223782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0474;QD=24.1243;RBI=0.0932543;REFB=0.00822076;REVB=-0.0905295;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173369;STB=0.596307;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00932769;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:9:2:7:10:9:2 chr6 62282965 . C T 479.78 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.071983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5617;QD=21.0891;RBI=0.0781239;REFB=-0.0174091;REVB=-0.0303611;RO=42;SAF=25;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12863;STB=0.570003;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.019497;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:44:47:47:0.516484:22:25:16:26:22:25:17:27 chr6 62283016 . T G 285.04 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.072045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.965;QD=23.7531;RBI=0.0721001;REFB=-0.0365841;REVB=-0.0028197;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199407;STB=0.594526;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0159109;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:26:26:0.541667:15:11:4:17:15:11:5:17 chr6 62284247 . T G 578.84 PASS AF=0.4375;AO=60;DP=140;FAO=63;FDP=144;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=0.0375247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.923;QD=16.0789;RBI=0.0393318;REFB=-0.0339552;REVB=-0.011785;RO=79;SAF=38;SAR=22;SRF=54;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559494;STB=0.528776;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0468736;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:79:81:60:63:0.4375:22:38:54:25:24:39:54:27 chr6 62284356 . CA C 356.76 PASS AF=0.53211;AO=56;DP=111;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0315284;FXX=0.0180164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5806;QD=13.0922;RBI=0.0361961;REFB=-0.0234099;REVB=0.0177797;RO=50;SAF=44;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1649;STB=0.603687;STBP=0.056;TYPE=del;VARB=0.031573;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53211:56:111:58:109:51:46:12:32:19:99:50:44:12:32:18 chr6 62284487 . C T 620.9 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0237717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.728;QD=25.0869;RBI=0.0514409;REFB=-0.0245902;REVB=-0.0456188;RO=43;SAF=45;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145496;STB=0.580165;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0279301;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:11:45:29:14:11:45:29:14 chr6 62284512 . T C 1472.34 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.929;QD=63.3265;RBI=0.0370889;REFB=0;REVB=0.0358192;RO=0;SAF=67;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81101e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:26:67:0:0:26:67:0:0 chr6 62390916 . T C 809.51 PASS AF=0.516779;AO=77;DP=149;FAO=77;FDP=149;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00560216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.443;QD=21.7318;RBI=0.00891738;REFB=-0.0160088;REVB=-0.00693798;RO=71;SAF=40;SAR=37;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137763;STB=0.510743;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.01477;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:72:77:77:0.516779:37:40:38:33:37:40:39:33 chr6 62442604 . A G 232.37 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.00882408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9283;QD=12.5607;RBI=0.0211851;REFB=-0.0037313;REVB=0.0192599;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148466;STB=0.589226;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00654025;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:46:28:28:0.378378:11:17:33:12:11:17:34:12 chr6 63921853 . A G 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00689859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.4;QD=18.7913;RBI=0.00874313;REFB=-0.0107396;REVB=0.00537139;RO=49;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719855;STB=0.540099;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0104623;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:20:24:23:26:20:24:23:26 chr6 63921873 . A T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0132028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.242;QD=19.1823;RBI=0.0143946;REFB=-0.00631628;REVB=-0.00573505;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902685;STB=0.55024;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00706591;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:21:22:17:24:21:22 chr6 63921924 . A G 244.25 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0060656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.075;QD=17.4467;RBI=0.00783085;REFB=-0.0020289;REVB=0.00495285;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277428;STB=0.703553;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00108138;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:22:29:25:27:0.482143:18:7:13:9:19:8:20:9 chr6 63922023 . C T 186.62 PASS AF=0.363636;AO=22;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0119758;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.042;QD=11.3101;RBI=0.012308;REFB=-0.0160805;REVB=-0.00284031;RO=41;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914302;STB=0.548345;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0237533;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:22:24:0.363636:16:6:14:27:17:7:15:27 chr6 63922282 . G T 236.68 PASS AF=0.45;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0319409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.093;QD=15.7786;RBI=0.047555;REFB=-0.0116685;REVB=-0.0352315;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066439;STB=0.501853;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0130406;OID=.;OPOS=63922282;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:33:27:27:0.45:13:14:16:11:13:14:17:16 chr6 63922916 . T C 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0140306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.574;QD=14.6555;RBI=0.0415322;REFB=-0.00396949;REVB=0.0390905;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28602;STB=0.660827;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00500682;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:1:16:10:3:1:16 chr6 64395252 . G A 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0837376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.214;QD=11.8453;RBI=0.0838347;REFB=-0.00292371;REVB=-0.00403391;RO=45;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137723;STB=0.579888;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00552764;OID=.;OPOS=64395252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:18:8:19:26:18:8:19:26 chr6 64498055 . T A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0048713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6036;QD=19.4074;RBI=0.0203389;REFB=0.0124468;REVB=0.0197469;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619054;STB=0.53446;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00912864;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:15:15:16:12:15:15:16:12 chr6 65016977 . TGA T 358.44 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17226;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.531;QD=55.1443;RBI=0.213649;REFB=0;REVB=0.126382;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00186368;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:27:26:26:0:11:15:0:0:3:0:8:13:0:0 chr6 65301504 . A G 476.53 PASS AF=0.490196;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.0184273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.451;QD=18.6874;RBI=0.0186126;REFB=-0.00472702;REVB=-0.00261974;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257068;STB=0.645281;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.003551;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:52:50:50:0.490196:23:27:13:38:23:27:13:39 chr6 65622463 . A G 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0710216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3585;QD=18.4955;RBI=0.081862;REFB=-0.0010438;REVB=0.0407101;RO=26;SAF=6;SAR=21;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572964;STB=0.525992;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00337186;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:21:6:7:19:21:6:7:20 chr6 66005857 . T A 809.41 PASS AF=0.494048;AO=83;DP=169;FAO=83;FDP=168;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0212063;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.938;QD=19.2716;RBI=0.0225754;REFB=-0.0328645;REVB=0.00774212;RO=85;SAF=40;SAR=43;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429717;STB=0.52366;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0311288;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:85:85:83:83:0.494048:43:40:37:48:43:40:37:48 chr6 66005888 . C T 630.03 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0193872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.754;QD=17.6232;RBI=0.026659;REFB=-0.00999296;REVB=-0.0182986;RO=78;SAF=24;SAR=41;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042601;STB=0.523715;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0110894;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:78:65:65:0.454545:41:24:32:46:41:24:32:46 chr6 66005970 . G A 323.92 PASS AF=0.4;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0125624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.205;QD=14.3964;RBI=0.0270099;REFB=-0.0125373;REVB=-0.0239107;RO=52;SAF=13;SAR=22;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735942;STB=0.535601;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0145626;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:54:35:36:0.4:22:13:16:36:22:14:18:36 chr6 66013867 . G T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0202346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8344;QD=20.8377;RBI=0.0357744;REFB=0.0692706;REVB=-0.0295021;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0267097;OID=.;OPOS=66013867;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr6 66063513 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0247582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.868;QD=17.9409;RBI=0.0329741;REFB=-0.0295617;REVB=-0.021779;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110079;STB=0.562594;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0317069;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:13:9:10:9:13:9 chr6 66112409 . A G 121.01 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0279919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1205;QD=6.91496;RBI=0.0463379;REFB=-0.0169565;REVB=0.0369276;RO=52;SAF=11;SAR=7;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556975;STB=0.533861;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0377752;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:7:11:34:18:7:11:34:18 chr6 68599166 . A G 1473.76 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140092;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.607;QD=63.3875;RBI=0.0148158;REFB=0;REVB=0.0048216;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80947e-05;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr6 68599169 . A T 1436.84 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.688;QD=63.158;RBI=0.0539924;REFB=0;REVB=0.0500734;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39982e-05;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:91:0:0:83:91:1:40:43:0:0:46:45:0:0 chr6 69666684 . A G 1529.99 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.998;QD=63.7497;RBI=0.0353293;REFB=0;REVB=-0.0134679;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139968;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:58:36:0:0:60:36:0:0 chr6 70071173 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.312;QD=61.3362;RBI=0.020645;REFB=0;REVB=0.0130963;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016753;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr6 70071214 . A G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0304005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.968;QD=10.7535;RBI=0.0372999;REFB=0.0156246;REVB=0.0216122;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239501;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0215127;OID=.;OPOS=70071214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:14:11:6:7:14:12 chr6 70407465 . A T 1823.24 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.992;QD=61.2854;RBI=0.0630675;REFB=0;REVB=0.0295464;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102829;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:53:65:0:0:53:66:0:0 chr6 70778378 . GC CT 627.3 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0548625;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.0379;QD=59.7424;RBI=0.0607317;REFB=-0.138168;REVB=0.026047;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=mnp;VARB=0.00215747;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:40:41:0.97619:24:16:0:0:25:16:0:1 chr6 70812123 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.486;QD=51.5082;RBI=0.0287128;REFB=-0.0579056;REVB=0.00997723;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000853589;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:0:1 chr6 70917559 . A AT 349.96 PASS AF=1;AO=24;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026431;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.713;QD=45.1555;RBI=0.0288343;REFB=0;REVB=-0.0115246;RO=6;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.76297e-05;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:33:31:31:0:15:16:0:0:6:6:11:13:4:2 chr6 71238105 . A G 592.58 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0497237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.705;QD=57.8126;RBI=0.054256;REFB=-0.134812;REVB=0.0217086;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00574979;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:1:0:23:17:1:0 chr6 71546702 . C T 453.44 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0104078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0533;QD=19.715;RBI=0.0123748;REFB=0.0103777;REVB=-0.00669434;RO=47;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220076;STB=0.501222;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0113374;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:25:20:21:26:25:20:21:26 chr6 71569090 . T C 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.528;QD=60.8765;RBI=0.0149261;REFB=0;REVB=0.0145837;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11412e-05;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr6 71665986 . G A 58.85 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0445325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.486;QD=18.1086;RBI=0.12648;REFB=-0.016532;REVB=0.118381;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201109;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0260218;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:4:5:4:6:0.461538:2:2:3:1:2:4:4:1 chr6 72113269 . C T 452.01 PASS AF=0.20155;AO=78;DP=387;FAO=78;FDP=387;FR=.;FRO=309;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=146;FSRR=163;FWDB=-0.00305976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.452;QD=4.67198;RBI=0.00404092;REFB=-0.000938654;REVB=0.00263949;RO=309;SAF=35;SAR=43;SRF=146;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309042;STB=0.519104;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0039113;OID=.;OPOS=72113269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:309:309:78:78:0.20155:43:35:146:163:43:35:146:163 chr6 72889471 . T TG 988.49 PASS AF=1;AO=14;DP=87;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165948;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.514;QD=48.2189;RBI=0.166485;REFB=0;REVB=0.0133598;RO=68;SAF=0;SAR=14;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69705;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000223733;OID=.;OPOS=72889472;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:87:82:82:0:27:55:0:0:6:68:0:14:27:41 chr6 72889472 . A G 850.73 PASS AF=0.804878;AO=62;DP=79;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.00340232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.556;QD=41.4989;RBI=0.00968178;REFB=-0.00418617;REVB=0.00906428;RO=16;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159778;STB=0.585082;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00220426;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:79:82:16:16:62:66:0.804878:39:23:0:16:39:27:0:16 chr6 72892116 . G A 223.58 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0106173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.261;QD=14.9054;RBI=0.0140479;REFB=-0.0295985;REVB=-0.00919864;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238629;STB=0.501354;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0319306;OID=.;OPOS=72892116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:21:13:10:16:21:13 chr6 72892257 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2742;QD=46.8464;RBI=0.0251804;REFB=0;REVB=0.0219015;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837431;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 74019376 . T C 457.82 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0218531;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.877;QD=19.6911;RBI=0.029464;REFB=-0.0269443;REVB=0.0197629;RO=46;SAF=39;SAR=6;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110736;STB=0.592447;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0342259;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:46:48:45:45:0.483871:6:39:37:9:6:39:37:11 chr6 74073531 . C G 293.76 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00314596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.852;QD=17.5381;RBI=0.00314975;REFB=-0.0238983;REVB=-0.000154365;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104185;STB=0.550708;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0357389;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:18:13:11:24:19:13:11:24 chr6 74079024 . A G 415.96 PASS AF=0.396694;AO=46;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.0244953;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.777;QD=13.7507;RBI=0.0358036;REFB=-0.000129054;REVB=0.0261128;RO=74;SAF=29;SAR=17;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374185;STB=0.525272;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000174013;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:73:46:48:0.396694:17:29:49:25:19:29:47:26 chr6 74079041 . A C 1789.08 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00902605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3693;QD=59.1431;RBI=0.0654706;REFB=-0.0463779;REVB=0.0648454;RO=2;SAF=71;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357;STB=0.501815;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00105026;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:121:2:2:117:119:0.983471:46:71:1:1:47:72:1:1 chr6 74111596 . C T 149.29 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00552663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.068;QD=9.63129;RBI=0.0100658;REFB=-0.00550258;REVB=0.00841295;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157156;STB=0.581048;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0161247;OID=.;OPOS=74111596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:9:11:28:13:9:11:28:14 chr6 74125875 . A G 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0115919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.376;QD=13.727;RBI=0.0146441;REFB=-0.0314516;REVB=0.00894857;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244493;STB=0.640983;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0201793;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:16:20:19:6:16:20 chr6 74125888 . A G 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0280505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.827;QD=13.4034;RBI=0.0322857;REFB=-0.0106287;REVB=-0.0159855;RO=33;SAF=4;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231583;STB=0.649425;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0315139;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:19:4:11:22:19:4:12:22 chr6 74161503 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.23;QD=45.8068;RBI=0.0707701;REFB=0;REVB=0.0308137;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328446;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 74161801 . G T 1043.91 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.952;QD=59.6522;RBI=0.0799023;REFB=0;REVB=0.0583055;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924478;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr6 74190448 . T C 345.69 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0293438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8153;QD=17.9579;RBI=0.0317635;REFB=-0.00427208;REVB=0.0121597;RO=39;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177381;STB=0.593403;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0124154;OID=.;OPOS=74190448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:13:24:18:21:13:24:19:21 chr6 74197548 . C T 174.82 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0402539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5609;QD=27.9704;RBI=0.0429989;REFB=-0.0797284;REVB=-0.0151172;RO=8;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936007;STB=0.551667;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0173449;OID=.;OPOS=74197548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:25:25:8:8:17:17:0.68:4:13:7:1:4:13:7:1 chr6 74521947 . C T 979.77 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123495;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.837;QD=57.6335;RBI=0.0123564;REFB=-0.0502866;REVB=0.000412514;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-1.94748e-05;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:42:25:0:0:42:25:1:0 chr6 74533192 . T G 686.66 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.181;QD=62.4234;RBI=0.0146196;REFB=0;REVB=-0.00235008;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49516e-05;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr6 75797302 . C T 489.29 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00312616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5665;QD=19.5716;RBI=0.0255282;REFB=-0.000849263;REVB=0.025336;RO=52;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179927;STB=0.509996;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00151295;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:24:24:27:25:24:24:27:25 chr6 75841722 . A T 1934.45 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=131;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142874;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.058;QD=60.4517;RBI=0.0293534;REFB=-0.189777;REVB=0.0256416;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000443435;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:131:128:0:1:125:127:0.992188:52:73:0:0:53:74:1:0 chr6 75848181 . A G 523.94 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.000878079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.249;QD=17.3204;RBI=0.0291915;REFB=-0.0156996;REVB=-0.0291783;RO=64;SAF=32;SAR=24;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529644;STB=0.532835;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0204217;OID=.;OPOS=75848181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:24:32:40:24:24:32:41:24 chr6 76138146 . C CAG 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0134883;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=309.995;QD=12.5882;RBI=0.0144396;REFB=-0.018288;REVB=0.00515446;RO=57;SAF=13;SAR=20;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310488;STB=0.517834;STBP=0.833;TYPE=ins;VARB=0.0329535;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:33:90:33:90:57:13:20:24:33:99:57:13:20:24:33 chr6 76369054 . A G 1415.4 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.289;QD=62.9066;RBI=0.0489147;REFB=0;REVB=0.043808;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122574;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:33:57:0:0:33:57:0:0 chr6 76425594 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.306;QD=58.0611;RBI=0.0370712;REFB=0;REVB=0.0355319;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10291e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr6 76570815 . ATGTGT ATGTG,ATG,ATGT 98.94 PASS AF=0.0322581,0,0.387097;AO=5,4,5;DP=32;FAO=1,0,12;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0,0,8;FSAR=1,0,4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0231718,-0.000983414,0.000420781;FXX=0.0312402;HRUN=6,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=8.14825,194.947,197.536;QD=12.7668;RBI=0.269906,0.0465485,0.0281152;REFB=-0.052414,-0.0177673,-0.0161818;REVB=0.268909,0.0465381,0.028112;RO=12;SAF=4,4,2;SAR=1,0,3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.419355,0,0;SSSB=0.27779,0.664388,-0.196884;STB=0.992713,0.5,0.5;STBP=0.257,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0402723,0.00166276,0.0266824;OID=.,.,.;OPOS=76570820,76570818,76570816;OREF=T,TGT,TG;OALT=-,-,-;OMAPALT=ATGTG,ATG,ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0322581,0,0.387097:5,4,5:32:1,0,12:31:18:0,0,8:1,0,4:12:6:84:12:4,4,2:1,0,3:7:5 chr6 76604573 . T G 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00232365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.857;QD=16.6185;RBI=0.00577381;REFB=-0.00856522;REVB=0.0052856;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135504;STB=0.507686;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0107764;OID=.;OPOS=76604573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:13:15:12:11:13:15 chr6 76625079 . T C 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.00765093;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=329.207;QD=15.0059;RBI=0.0098656;REFB=-0.00424655;REVB=-0.00622844;RO=56;SAF=20;SAR=19;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143465;STB=0.585375;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00709414;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:19:20:21:35:19:20:21:36 chr6 76626756 . T C 577.65 PASS AF=0.508621;AO=56;DP=112;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0169751;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1158;QD=19.9189;RBI=0.0195277;REFB=-0.022503;REVB=-0.00965276;RO=56;SAF=40;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196378;STB=0.589126;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0235267;OID=.;OPOS=76626756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:56:57:56:59:0.508621:16:40:29:27:19:40:29:28 chr6 76631823 . C T 126.5 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00698034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.911;QD=12.3414;RBI=0.00811714;REFB=-0.0108925;REVB=-0.00414279;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993992;STB=0.56427;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0193573;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:14:15:0.365854:6:8:12:13:6:9:13:13 chr6 76660551 . G C 201.51 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0274497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7444;QD=13.8975;RBI=0.0280628;REFB=-0.0522789;REVB=0.00583388;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707983;STB=0.540506;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0323458;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:19:15:9:15:19:15 chr6 78172260 . C G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.346;QD=57.1041;RBI=0.0313345;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=55;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334129;OID=.;OPOS=78172260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:0:55:0:0:0:55:0:0 chr6 78172992 . G A 1633.07 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.762;QD=58.8492;RBI=0.0562912;REFB=-0.0734221;REVB=0.0419139;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408239;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:111:0:0:109:111:1:55:54:0:0:57:54:0:0 chr6 79595167 . A ACTTAT 421.65 PASS AF=0.672414;AO=37;DP=59;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0240927;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=5;MLLD=264.52;QD=29.0792;RBI=0.0271236;REFB=-0.0479986;REVB=-0.0124591;RO=20;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179722;STB=0.50649;STBP=0.891;TYPE=ins;VARB=0.0146621;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.672414:37:59:39:58:19:26:13:13:6:99:20:25:12:14:6 chr6 79612800 . G A 1026.29 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.381;QD=59.4953;RBI=0.0247448;REFB=0;REVB=0.0120834;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4051e-05;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 79657391 . G A 1098.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.657;QD=60.1904;RBI=0.0300307;REFB=0;REVB=-0.0298984;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98688e-05;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr6 79679577 . A G 756.29 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550131;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.458;QD=64.3647;RBI=0.056188;REFB=0;REVB=0.0114304;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26122e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr6 79708000 . A C 1245.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5121;QD=61.5157;RBI=0.0319631;REFB=0;REVB=-0.00179992;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219236;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr6 79918309 . G A 827.21 PASS AF=1;AO=42;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1714;QD=56.0823;RBI=0.168978;REFB=0;REVB=-0.0674918;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152163;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:42:59:1:25:17:0:0:29:30:0:0 chr6 79944246 . T C 915.85 PASS AF=0.916667;AO=67;DP=73;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0055202;FXX=0.0136968;HRUN=7;LEN=1;MLLD=310.639;QD=50.8803;RBI=0.0176773;REFB=-0.0686871;REVB=0.0167933;RO=3;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398855;STB=0.540528;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000268722;OID=.;OPOS=79944246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:73:72:3:6:67:66:0.916667:34:33:0:3:34:32:0:6 chr6 80196498 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2199;QD=56.999;RBI=0.0759692;REFB=0;REVB=0.0634396;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844001;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr6 80228541 . A G 3544.78 PASS AF=0.987013;AO=226;DP=229;FAO=228;FDP=231;FR=.;FRO=3;FSAF=122;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0418526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.905;QD=61.3815;RBI=0.0537839;REFB=-0.167239;REVB=0.0337797;RO=0;SAF=120;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506072;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00054961;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:229:231:0:3:226:228:0.987013:106:120:0:0:106:122:3:0 chr6 80411572 . C A 901.07 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00641053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5288;QD=53.7951;RBI=0.0492678;REFB=-0.0353626;REVB=-0.048849;RO=3;SAF=40;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375821;STB=0.501991;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00845015;OID=.;OPOS=80411572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:24:40:2:1:24:40:2:1 chr6 80580038 . T G 1481.25 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592497;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.368;QD=63.7098;RBI=0.0759159;REFB=0;REVB=0.0474627;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286737;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:39:54:0:0:39:54:0:0 chr6 80715838 . T G 1760.09 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.633;QD=60.6929;RBI=0.0261088;REFB=0;REVB=0.0256492;RO=0;SAF=71;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32748e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:44:71:0:0:45:71:0:0 chr6 80837253 . G T 98.01 PASS AF=0.342105;AO=4;DP=29;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0509117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7256;QD=10.3167;RBI=0.0510363;REFB=-0.0326277;REVB=-0.0035642;RO=23;SAF=4;SAR=0;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586756;STB=0.633922;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0243671;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:38:23:25:4:13:0.342105:0:4:15:8:3:10:15:10 chr6 82457147 . C G 238.36 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00695794;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.063;QD=14.8977;RBI=0.0365756;REFB=-0.00250195;REVB=-0.0359077;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09664;STB=0.542153;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00514264;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:27:28:0.4375:19:8:13:21:19:9:14:22 chr6 82458639 . G T 514.09 PASS AF=0.495413;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=109;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0637156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4432;QD=18.8657;RBI=0.0792285;REFB=-0.0459377;REVB=-0.04709;RO=52;SAF=31;SAR=23;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148424;STB=0.505374;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0495589;OID=.;OPOS=82458639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:52:55:54:54:0.495413:23:31:29:23:23:31:31:24 chr6 82461520 . A G 171.24 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0191749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3846;QD=17.563;RBI=0.0237015;REFB=-0.047088;REVB=-0.0139314;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109098;STB=0.561734;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0356515;OID=.;OPOS=82461520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:17:4:5:13:17:4 chr6 83078381 . C T 397.39 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0991737;FXX=0.0133316;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0492;QD=21.4804;RBI=0.102137;REFB=-0.0579454;REVB=-0.0244234;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514163;STB=0.517848;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0467457;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:29:34:39:40:0.540541:15:24:16:13:15:25:20:14 chr6 83667045 . C T 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0302533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.433;QD=16.6612;RBI=0.0302783;REFB=-0.0224661;REVB=-0.00122991;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148471;STB=0.583275;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0132068;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:21:11:14:14:21:11 chr6 83838673 . G A 281.95 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0220249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.233;QD=14.647;RBI=0.0264217;REFB=-0.00132867;REVB=-0.0145949;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638805;STB=0.521725;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00144903;OID=.;OPOS=83838673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:45:45:31:32:0.415584:10:21:28:17:11:21:28:17 chr6 83880167 . C T 388.73 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00565407;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5342;QD=14.1356;RBI=0.0365495;REFB=-0.0166082;REVB=-0.0361096;RO=63;SAF=35;SAR=10;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239505;STB=0.639439;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0233413;OID=.;OPOS=83880167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:65:45:45:0.409091:10:35:37:26:10:35:38:27 chr6 83881740 . T C 142.1 PASS AF=0.4;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0179903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.4304;QD=14.2104;RBI=0.106925;REFB=-0.0662323;REVB=-0.1054;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177126;STB=0.634807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0855561;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:24:16:16:0.4:7:9:8:13:7:9:8:16 chr6 83949261 . T C 400.42 PASS AF=0.540541;AO=34;DP=68;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0226585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.482;QD=21.6442;RBI=0.0231213;REFB=-0.0365901;REVB=0.00460273;RO=34;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300298;STB=0.59995;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0269895;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:34:34:34:40:0.540541:24:10:21:13:24:16:21:13 chr6 84303342 . T C,G 710.27 PASS AF=0.843137,0.156863;AO=41,9;DP=50;FAO=43,8;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13,8;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013043,0.00507919;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.85,85.8455;QD=55.707;RBI=0.0463053,0.0162115;REFB=0,0;REVB=0.0444304,0.0153953;RO=0;SAF=13,8;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00612928,0.0488625;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:42:50:51:0:0:41,9:43,8:0.843137,0.156863:28,1:13,8:0:0:30,0:13,8:0:0 chr6 84563410 . G A 918.04 PASS AF=0.494565;AO=91;DP=190;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0333859;FXX=0.0315773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4235;QD=19.9573;RBI=0.0381014;REFB=-0.0585972;REVB=-0.0183604;RO=88;SAF=40;SAR=51;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443057;STB=0.533478;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.080094;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:184:88:93:91:91:0.494565:51:40:43:45:51:40:47:46 chr6 84862685 . C A 293.61 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.01499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.344;QD=17.5288;RBI=0.0150696;REFB=-0.0106232;REVB=0.00154718;RO=34;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137862;STB=0.571845;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00449352;OID=.;OPOS=84862685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:9:23:20:14:9:23:21:14 chr6 85444342 . C CA 50.78 PASS AF=0.197861;AO=28;DP=197;FAO=37;FDP=187;FR=.;FRO=150;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=65;FSRR=85;FWDB=-0.0174726;FXX=0.0157886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.3746;QD=1.08624;RBI=0.0435664;REFB=-0.0539045;REVB=-0.0399091;RO=161;SAF=21;SAR=7;SRF=69;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402927;STB=0.606463;STBP=0.155;TYPE=ins;VARB=0.09666;OID=.;OPOS=85444343;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197861:28:197:37:187:150:21:16:65:85:50:161:21:7:69:92 chr6 86199233 . A G 686.1 PASS AF=0.527132;AO=67;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00718398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.58;QD=21.2744;RBI=0.0570495;REFB=-0.0141816;REVB=0.0565953;RO=61;SAF=30;SAR=37;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165018;STB=0.586081;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.01209;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:61:61:67:68:0.527132:37:30:39:22:37:31:39:22 chr6 86205323 . T G 297.57 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0118278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.328;QD=14.0032;RBI=0.0135923;REFB=-0.00981019;REVB=-0.00669733;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287033;STB=0.662919;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0116994;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:12:22:19:32:12:22:19:32 chr6 86303091 . G A 304.49 PASS AF=0.414634;AO=32;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.067223;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2405;QD=14.8533;RBI=0.0676866;REFB=-0.010115;REVB=0.00790887;RO=48;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782122;STB=0.540122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0216402;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:48:32:34:0.414634:13:19:25:23:14:20:25:23 chr6 87796233 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00541745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.868;QD=19.3688;RBI=0.00550662;REFB=-0.0324436;REVB=0.000986949;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302492;STB=0.674342;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0445633;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:5:2:7:3:5:2 chr6 88108048 . AGAT A 353.71 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728211;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.197;QD=54.4169;RBI=0.0792878;REFB=0;REVB=0.0313632;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00042677;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:27:26:26:0:10:16:0:0:4:0:9:16:0:0 chr6 88136324 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0137981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.628;QD=11.4186;RBI=0.0140905;REFB=-0.01051;REVB=-0.00285604;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148394;STB=0.585709;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0242266;OID=.;OPOS=88136324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:14:12:28:19:14:12:28:19 chr6 88366708 . C T 385.15 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0058543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9617;QD=17.3103;RBI=0.0280085;REFB=-0.0139596;REVB=0.0273899;RO=49;SAF=24;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766359;STB=0.557831;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0149885;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:48:40:41:0.460674:16:24:33:16:17:24:33:15 chr6 88769214 . G A 115.33 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0407122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7817;QD=8.23786;RBI=0.0556809;REFB=0.0107004;REVB=-0.0379852;RO=40;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822979;STB=0.549936;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0442985;OID=.;OPOS=88769214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:5:11:25:15:5:11:25:15 chr6 88850192 . GT G,TG,TT 35.59 PASS AF=0.266667,0,0.0222222;AO=13,3,2;DP=45;FAO=12,0,1;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=10,0,1;FSAR=2,0,0;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.0689762,-0.0624589,-0.0168599;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=9.49907,23.1649,272.769;QD=3.16318;RBI=0.0868277,0.0891761,0.0327651;REFB=-0.0731002,-0.0288173,-0.00363882;REVB=-0.0527384,-0.0636495,-0.0280944;RO=25;SAF=11,2,2;SAR=2,1,0;SRF=19;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.155744,-0.123865,0.391105;STB=0.562388,0.5,0.984674;STBP=0.741,1,0.52;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.102021,0,0.0323456;OID=.,.,.;OPOS=88850193,88850192,88850192;OREF=T,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=G,TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:45:25:32:13,3,2:12,0,1:0.266667,0,0.0222222:2,1,0:11,2,2:19:6:2,0,0:10,0,1:25:7 chr6 89793894 . G C 474.75 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00912397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.951;QD=21.5795;RBI=0.0106506;REFB=-0.00588575;REVB=0.00549444;RO=42;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476926;STB=0.526304;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00607148;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:26:20:16:26:26:20:16:26 chr6 89806689 . T C 155.52 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.040573;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2177;QD=11.9632;RBI=0.0821892;REFB=-0.0290437;REVB=0.0714765;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315853;STB=0.684017;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0461374;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:6:13:13:20:6:13:13:20 chr6 89806992 . A C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0130131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.486;QD=10.14;RBI=0.0205052;REFB=-0.00543401;REVB=-0.0158469;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.526275;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0152281;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:14:14:7:6:14:14 chr6 89888744 . C T 251.63 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0075383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5198;QD=17.0595;RBI=0.014418;REFB=-0.026553;REVB=-0.0122904;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329824;STB=0.510321;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0306558;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:13:15:15:15:13:15:16:15 chr6 89907873 . G A 559.28 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=27;FWDB=0.0100673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.669;QD=15.9794;RBI=0.0117503;REFB=-0.0092858;REVB=-0.00605971;RO=78;SAF=43;SAR=17;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750978;STB=0.536877;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0164327;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:78:80:60:60:0.428571:17:43:51:27:17:43:53:27 chr6 89913209 . C T 264.13 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0358889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.777;QD=10.7809;RBI=0.0360397;REFB=-0.00831521;REVB=-0.0032937;RO=66;SAF=18;SAR=14;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222449;STB=0.501295;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0205387;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:66:32:32:0.326531:14:18:37:29:14:18:37:29 chr6 89913218 . T A 219.69 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00966532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3005;QD=9.76395;RBI=0.0235699;REFB=-0.00955389;REVB=0.021497;RO=57;SAF=15;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108467;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00968012;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:62:28:28:0.311111:13:15:30:27:13:15:33:29 chr6 89926962 . T C 159.0 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0829155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4029;QD=10.0952;RBI=0.0837637;REFB=-0.0084142;REVB=-0.0118905;RO=42;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837598;STB=0.549248;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0143777;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:13:8:19:23:13:8:19:23 chr6 89926966 . T C 429.39 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0470002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.966;QD=28.1565;RBI=0.0541453;REFB=-0.0136913;REVB=0.0268829;RO=20;SAF=19;SAR=21;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771604;STB=0.532548;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00848873;OID=.;OPOS=89926966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:20:21:40:40:0.655738:21:19:7:13:21:19:8:13 chr6 89967498 . G A 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00326872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.55;QD=17.6171;RBI=0.00845625;REFB=-0.00389874;REVB=0.00779895;RO=27;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17567;STB=0.599911;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00458643;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:6:18:16:11:6:18:16:11 chr6 89981413 . T C 354.31 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00576051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.748;QD=27.7886;RBI=0.0532182;REFB=-0.0212986;REVB=-0.0529055;RO=18;SAF=21;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101888;STB=0.555523;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0283408;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:12:21:14:4:12:21:14:4 chr6 90024864 . G A 491.52 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.023154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.374;QD=25.2063;RBI=0.0249941;REFB=0.00258332;REVB=-0.00941263;RO=31;SAF=29;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111917;STB=0.568597;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00229002;OID=.;OPOS=90024864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:46:46:0.589744:17:29:15:16:17:29:15:17 chr6 90039670 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.851;QD=61.6839;RBI=0.0320642;REFB=0;REVB=0.0197247;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138117;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 90315789 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.799;QD=60.228;RBI=0.0336162;REFB=0;REVB=0.0162928;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286396;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 90327873 . G A 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8401;QD=60.3747;RBI=0.0680341;REFB=0;REVB=0.0648998;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311293;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr6 90333599 . A C,G 756.22 PASS AF=0.0892857,0.910714;AO=6,47;DP=53;FAO=5,51;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=4,18;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105738,0.114202;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.618,110.81;QD=54.0157;RBI=0.0302328,0.126276;REFB=0,0;REVB=0.0283234,0.0538856;RO=0;SAF=5,16;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.186488,0.00534854;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:53:56:0:0:6,47:5,51:0.0892857,0.910714:1,31:5,16:0:0:1,33:4,18:0:0 chr6 90338863 . C T 439.02 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0109174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8737;QD=19.0877;RBI=0.0708138;REFB=-0.0514233;REVB=-0.0699672;RO=46;SAF=30;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217078;STB=0.597892;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0230268;OID=.;OPOS=90338863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:48:44:44:0.478261:14:30:21:25:15:29:23:25 chr6 90340276 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.168;QD=57.0004;RBI=0.0319002;REFB=0;REVB=0.0309243;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016854;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr6 90362783 . A C 710.33 PASS AF=0.493056;AO=68;DP=142;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.00454183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.429;QD=19.7315;RBI=0.00459368;REFB=-0.0248808;REVB=-0.000688251;RO=66;SAF=44;SAR=24;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104313;STB=0.505262;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0211282;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:66:73:68:71:0.493056:24:44:42:24:24:47:49:24 chr6 90371202 . G A 1914.57 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000989102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.633;QD=61.2664;RBI=0.0159729;REFB=0;REVB=-0.0159423;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449533;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:57:64:0:0:61:64:0:0 chr6 90384230 . CT CTG,TG 66.58 PASS AF=0.205128,0.0128205;AO=10,4;DP=83;FAO=16,1;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=5,0;FSAR=11,1;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00334785,-0.0293161;FXX=0.0370325;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=17.3057,31.0019;QD=3.41456;RBI=0.0891142,0.0709898;REFB=-0.0257087,0.0060526;REVB=-0.0890513,-0.0646538;RO=66;SAF=4,0;SAR=6,4;SRF=40;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247314,-0.539248;STB=0.735336,0.992368;STBP=0.041,0.256;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0213495,0.0236556;OID=.,.;OPOS=90384232,90384230;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:83:78:66:61:10,4:16,1:0.205128,0.0128205:6,4:4,0:40:26:11,1:5,0:38:23 chr6 90388368 . A AT,ATT 329.25 PASS AF=0.323699,0.0924855;AO=49,21;DP=189;FAO=56,16;FDP=173;FR=.;FRO=101;FSAF=37,16;FSAR=19,0;FSRF=29;FSRR=72;FWDB=-0.0444562,-0.022468;FXX=0.0114279;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=14.8599,21.2892;QD=7.61262;RBI=0.0447086,0.0225954;REFB=-0.0626943,-0.0316315;REVB=-0.00474424,-0.00239614;RO=116;SAF=32,21;SAR=17,0;SRF=42;SRR=74;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341108,0.764264;STB=0.728554,0.999519;STBP=0,0;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0392143,0.0882058;OID=.,.;OPOS=90388369,90388369;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323699,0.0924855:49,21:189:56,16:173:101:37,16:19,0:29:72:99:116:32,21:17,0:42:74 chr6 90390443 . C A 652.08 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.023;QD=62.1032;RBI=0.104771;REFB=0;REVB=0.0265099;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000850809;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:39:42:1:17:22:0:0:17:25:0:0 chr6 90402482 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.808;QD=58.2396;RBI=0.0492011;REFB=0;REVB=0.04458;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124312;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr6 90402840 . C G 243.51 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194781;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.336;QD=51.2646;RBI=0.0229283;REFB=0;REVB=-0.0120957;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07394e-06;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 90418262 . C T 2878.81 PASS AF=0.984043;AO=185;DP=188;FAO=185;FDP=188;FR=.;FRO=3;FSAF=103;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00950854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.631;QD=61.2512;RBI=0.032734;REFB=-0.0207825;REVB=0.0313226;RO=2;SAF=103;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00117074;STB=0.501777;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000153951;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:188:188:2:3:185:185:0.984043:82:103:1:1:82:103:2:1 chr6 90448092 . C T 1379.92 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.517;QD=62.0187;RBI=0.0241325;REFB=0;REVB=0.00950053;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570742;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:34:52:0:0:34:55:0:0 chr6 90455084 . A G 885.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.773;QD=58.0481;RBI=0.0621868;REFB=0;REVB=-0.00311875;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252577;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr6 90459454 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.889;QD=62.9821;RBI=0.043795;REFB=0;REVB=-0.0222044;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38846e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr6 90461123 . G A 201.13 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00823893;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.792;QD=11.8313;RBI=0.0282933;REFB=-0.0043082;REVB=-0.0270672;RO=41;SAF=17;SAR=8;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343955;STB=0.530363;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0103393;OID=.;OPOS=90461123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:43:25:25:0.367647:8:17:29:12:8:17:31:12 chr6 90482397 . T C 438.18 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0210759;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.004;QD=18.6461;RBI=0.0214496;REFB=-0.0165588;REVB=-0.00398675;RO=50;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165221;STB=0.50921;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0185171;OID=.;OPOS=90482397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:50:50:44:44:0.468085:21:23:27:23:21:23:27:23 chr6 90497589 . A C 196.49 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.04295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.6725;QD=17.8624;RBI=0.0650826;REFB=-0.0167149;REVB=0.0488983;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197068;STB=0.585221;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0197234;OID=.;OPOS=90497589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:24:18:20:0.454545:13:5:9:10:13:7:12:12 chr6 90565242 . A G 72.64 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0105884;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.7994;QD=8.8045;RBI=0.0394057;REFB=-0.00556689;REVB=0.0379565;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.52495;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0378097;OID=.;OPOS=90565242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:6:4:9:13:6:4:10:13 chr6 90638390 . G A 195.57 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0694052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.405;QD=17.779;RBI=0.0706957;REFB=-0.00716096;REVB=0.0134462;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176508;STB=0.51004;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0133067;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:16:8:7:13:16:8 chr6 90638553 . T G 269.47 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0381691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.634;QD=18.9103;RBI=0.0463419;REFB=-0.011846;REVB=0.0262812;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230755;STB=0.622552;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0126138;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:8:21:13:14:8:21:14:14 chr6 90660319 . T C 36.63 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000912124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.504;QD=7.32525;RBI=0.0221619;REFB=0.000515782;REVB=-0.0221431;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264082;OID=.;OPOS=90660319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr6 91225737 . C T 618.6 PASS AF=0.411765;AO=70;DP=170;FAO=70;FDP=170;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=73;FSRR=27;FWDB=-0.015749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.542;QD=14.5553;RBI=0.0161854;REFB=-0.0184751;REVB=-0.00373311;RO=100;SAF=47;SAR=23;SRF=73;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071764;STB=0.540106;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.026132;OID=.;OPOS=91225737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:100:100:70:70:0.411765:23:47:73:27:23:47:73:27 chr6 91226042 . T C 285.41 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0168882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9159;QD=18.1211;RBI=0.0217677;REFB=0.0161635;REVB=0.0137339;RO=32;SAF=22;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150036;STB=0.584239;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00691913;OID=.;OPOS=91226042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:9:22:18:14:9:22:18:14 chr6 92829297 . T C 341.29 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0221899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.564;QD=25.7578;RBI=0.0247387;REFB=0.00844114;REVB=-0.0109366;RO=20;SAF=9;SAR=24;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247322;STB=0.636276;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00578706;OID=.;OPOS=92829297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:24:9:12:8:24:9:12:8 chr6 93967851 . C T 1571.63 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220333;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5628;QD=64.1482;RBI=0.0223061;REFB=0;REVB=0.00347755;RO=0;SAF=73;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144515;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:97:98:1:24:73:0:0:24:74:0:0 chr6 93982124 . A G 990.39 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.882;QD=59.1279;RBI=0.0665116;REFB=0;REVB=0.0353014;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330636;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr6 94067981 . C T 1104.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000630167;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.858;QD=60.4937;RBI=0.0308647;REFB=0;REVB=0.0308583;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196383;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr6 96034869 . G A,GTATA 183.16 PASS AF=0.0147059,0.323529;AO=11,19;DP=116;FAO=1,22;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=1,14;FSAR=0,8;FSRF=45;FSRR=0;FWDB=-0.124917,-0.0474833;FXX=0.370336;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=57.6217,122.478;QD=10.7744;RBI=0.124994,0.143403;REFB=-0.044261,-0.0441636;REVB=0.00437071,0.135313;RO=82;SAF=7,13;SAR=4,6;SRF=69;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.32861,-0.270514;STB=0.5,0.80807;STBP=1,0.034;TYPE=snp,ins;VARB=0.183833,0.0605261;OID=.,.;OPOS=96034869,96034870;OREF=G,-;OALT=A,TATA;OMAPALT=A,GTATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:116:68:82:45:11,19:1,22:0.0147059,0.323529:4,6:7,13:69:13:0,8:1,14:45:0 chr6 96034881 . A G 756.71 PASS AF=0.297872;AO=43;DP=191;FAO=42;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0200986;FXX=0.175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1318;QD=21.4669;RBI=0.027509;REFB=-0.0341878;REVB=-0.0187826;RO=113;SAF=23;SAR=20;SRF=78;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196197;STB=0.528545;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00951546;OID=.;OPOS=96034881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:141:113:63:43:42:0.297872:20:23:78:35:20:22:30:33 chr6 96035175 . T C 1097.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.611;QD=60.1495;RBI=0.0474895;REFB=0;REVB=0.0416047;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211203;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr6 96055915 . G C 4174.5 PASS AF=1;AO=264;DP=268;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317517;FXX=0.0184495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.21;QD=62.7744;RBI=0.0754783;REFB=0;REVB=0.0684748;RO=0;SAF=103;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252509;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:268:266:0:0:264:266:1:161:103:0:0:162:104:0:0 chr6 96386151 . G A 557.56 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00540929;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.429;QD=18.7415;RBI=0.00546832;REFB=-0.0124617;REVB=-0.000801363;RO=61;SAF=31;SAR=27;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605078;STB=0.503349;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0130548;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:27:31:33:28:27:31:33:28 chr6 96651740 . A G 920.04 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.585;QD=58.4154;RBI=0.0396429;REFB=0;REVB=0.0262685;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381185;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr6 96652371 . T C 390.8 PASS AF=0.939394;AO=27;DP=30;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=1.68871e-05;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.391;QD=47.3699;RBI=0.0184676;REFB=-0.0772152;REVB=0.0184676;RO=2;SAF=18;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.524984;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00101167;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:33:2:2:27:31:0.939394:9:18:2:0:12:19:2:0 chr6 96652582 . G T 617.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177582;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.933;QD=61.7199;RBI=0.0209625;REFB=0;REVB=-0.0111388;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17696e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr6 96652706 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.71;QD=60.6097;RBI=0.0154611;REFB=0;REVB=-0.00182968;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61405e-05;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr6 96653038 . T C 3860.74 PASS AF=0.98855;AO=200;DP=259;FAO=259;FDP=262;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=116;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0785697;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8064;QD=58.9426;RBI=0.112285;REFB=-0.0734032;REVB=0.0802165;RO=2;SAF=108;SAR=92;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102403;STB=0.503472;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00562233;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:259:262:2:2:200:259:0.98855:92:108:0:2:143:116:0:2 chr6 96653208 . C G 1115.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3375;QD=60.3192;RBI=0.0392405;REFB=0;REVB=-0.0113981;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179247;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr6 96661315 . T C 145.36 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.961;QD=44.727;RBI=0.107389;REFB=0;REVB=0.0931846;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212683;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr6 96661410 . A G 611.83 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.82;QD=61.1828;RBI=0.0348761;REFB=0;REVB=0.0193617;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156745;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr6 96730731 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0104567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.24;QD=15.8391;RBI=0.0107892;REFB=0.00324076;REVB=-0.00265777;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00279483;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr6 96971139 . A G 457.05 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0281452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.784;QD=23.1419;RBI=0.0293074;REFB=-0.0254416;REVB=-0.00817123;RO=35;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116819;STB=0.564191;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0171653;OID=.;OPOS=96971139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:24:20:21:14:24:20:21:14 chr6 96988480 . G A 131.59 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=-0.0312083;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.555;QD=8.92165;RBI=0.0320561;REFB=0.0010786;REVB=0.00732388;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521895;STB=0.794935;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00587849;OID=.;OPOS=96988480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:41:18:18:0.305085:7:11:5:33:7:11:6:35 chr6 97058574 . G A 1004.87 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026858;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.008;QD=56.6127;RBI=0.0303491;REFB=-0.0915925;REVB=0.0141321;RO=1;SAF=47;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995334;STB=0.505848;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00296489;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:71:1:2:69:69:0.971831:22:47:1:0:22:47:1:1 chr6 97339078 . A G 533.09 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0277387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.041;QD=23.1778;RBI=0.0308675;REFB=-0.0268442;REVB=0.0135413;RO=42;SAF=21;SAR=29;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106637;STB=0.558645;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0230575;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:29:21:23:19:29:21:23:19 chr6 97339088 . C T 1476.43 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0787211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5626;QD=62.1655;RBI=0.102019;REFB=-0.125899;REVB=-0.0648905;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.505154;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=3.03702e-05;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:48:46:0:0:48:46:0:1 chr6 99284244 . G A 476.39 PASS AF=0.36646;AO=53;DP=157;FAO=59;FDP=161;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0102058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.34;QD=11.8358;RBI=0.0111322;REFB=-0.011935;REVB=-0.00444589;RO=101;SAF=20;SAR=33;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203007;STB=0.607174;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0147692;OID=.;OPOS=99284244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:101:102:53:59:0.36646:33:20:56:45:36:23:57:45 chr6 99724713 . G A 191.64 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0305487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.807;QD=9.70341;RBI=0.0314083;REFB=-0.0162643;REVB=-0.00729785;RO=51;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124608;STB=0.549859;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0341564;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:51:54:25:25:0.316456:13:12:19:32:13:12:22:32 chr6 99771540 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.404;QD=57.106;RBI=0.023267;REFB=0;REVB=-0.01225;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95023e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr6 99817419 . T TC 215.7 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00214812;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=307.731;QD=13.6949;RBI=0.00627896;REFB=-0.0127169;REVB=-0.00590008;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14333;STB=0.571375;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=0.0163425;OID=.;OPOS=99817420;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.412698:25:67:26:63:37:13:13:23:14:99:39:12:13:24:15 chr6 99817601 . A G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.121;QD=63.5764;RBI=0.0172401;REFB=0;REVB=0.0169275;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011318;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr6 99819379 . T C 251.28 PASS AF=0.575;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0323976;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2932;QD=25.1276;RBI=0.0995661;REFB=-0.023402;REVB=0.0941478;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150556;STB=0.551678;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.019757;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:19:17:23:23:0.575:16:7:9:10:16:7:7:10 chr6 99842056 . C A 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0185701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.755;QD=14.9205;RBI=0.0266752;REFB=-0.0313018;REVB=0.0191499;RO=37;SAF=19;SAR=9;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332645;STB=0.501885;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0291009;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:9:19:25:12:9:19:25:12 chr6 99883694 . T C 263.96 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0317434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.082;QD=22.4651;RBI=0.0449065;REFB=-0.0267003;REVB=0.031764;RO=22;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270159;STB=0.521721;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0221042;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:7:17:15:7:7:18:15:7 chr6 99883704 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.255;QD=62.9682;RBI=0.0204455;REFB=0;REVB=0.00740835;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07703e-05;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr6 99893938 . T C 580.22 PASS AF=0.569892;AO=51;DP=91;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00402451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.718;QD=24.9557;RBI=0.0114162;REFB=-0.00427719;REVB=-0.0106834;RO=40;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322531;STB=0.517459;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0032727;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:40:40:51:53:0.569892:25:26:22:18:26:27:22:18 chr6 99956560 . T C 292.71 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00923561;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.745;QD=16.9687;RBI=0.01449;REFB=-0.0109619;REVB=0.0111653;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133155;STB=0.57616;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0139005;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:37:32:32:0.463768:12:20:17:18:12:20:18:19 chr6 100868721 . G A 373.67 PASS AF=0.335766;AO=46;DP=139;FAO=46;FDP=137;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.00834138;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3339;QD=10.9101;RBI=0.026963;REFB=-0.00450287;REVB=-0.0256403;RO=81;SAF=28;SAR=18;SRF=50;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100867;STB=0.504671;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0195967;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:81:91:46:46:0.335766:18:28:50:31:18:28:56:35 chr6 100868779 . G T 432.04 PASS AF=0.372263;AO=50;DP=138;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.00406983;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6171;QD=12.6143;RBI=0.0114245;REFB=-0.0107303;REVB=0.0106751;RO=85;SAF=23;SAR=27;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248107;STB=0.523581;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0325931;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:85:86:50:51:0.372263:27:23:41:44:28:23:42:44 chr6 100964147 . G C 379.62 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00807351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.249;QD=16.6864;RBI=0.0179243;REFB=-0.0119997;REVB=0.0160031;RO=51;SAF=27;SAR=13;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739307;STB=0.54162;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0163084;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:13:27:31:20:13:27:31:20 chr6 101094554 . A G 1501.54 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.881;QD=59.467;RBI=0.0493888;REFB=0;REVB=0.0484066;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45874e-05;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:101:0:0:92:101:1:44:48:0:0:53:48:0:0 chr6 101296389 . G A 356.22 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0198694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.511;QD=16.5682;RBI=0.0206245;REFB=-0.00534397;REVB=-0.00552951;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487385;STB=0.536392;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00677519;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:48:48:37:38:0.44186:23:14:16:32:23:15:16:32 chr6 101405050 . T G 230.3 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00632156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.928;QD=14.3936;RBI=0.00633454;REFB=-0.00475513;REVB=0.000405421;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873679;STB=0.549617;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00482375;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:21:16:14:13:21:16 chr6 102503317 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0116958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.874;QD=19.0787;RBI=0.0351775;REFB=-0.0254698;REVB=0.0331763;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250534;STB=0.638219;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0287669;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:15:17:25:6:15:17:25:6 chr6 102517520 . A T 33.02 PASS AF=0.0704225;AO=5;DP=71;FAO=5;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0509565;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.8873;QD=1.86003;RBI=0.0569204;REFB=-0.000346456;REVB=0.0253647;RO=61;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467222;STB=0.86477;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.03873;OID=.;OPOS=102517520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:61:63:5:5:0.0704225:1:4:20:41:1:4:22:41 chr6 105300250 . A G 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0128059;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.167;QD=15.6556;RBI=0.0129801;REFB=-0.00464834;REVB=-0.00211955;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0166062;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:8:4:8:7:8:4:7:7 chr6 105530994 . GTA G 327.73 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=69;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00905692;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.87;QD=20.8082;RBI=0.0159084;REFB=-0.00221684;REVB=0.0130786;RO=29;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225789;STB=0.589691;STBP=0.136;TYPE=del;VARB=0.00176433;OID=.;OPOS=105530995;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:27:69:35:63:28:23:12:13:15:99:29:16:11:10:19 chr6 106352349 . T C 342.89 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00156818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.936;QD=21.4303;RBI=0.0314334;REFB=-0.02005;REVB=0.0313942;RO=29;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267868;STB=0.509798;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0203549;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:29:34:35:0.546875:13:21:18:11:14:21:18:11 chr6 106555020 . GCCCCG GCCCCA,GCCCG 215.6 PASS AF=0.727273,0.227273;AO=15,4;DP=22;FAO=16,5;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9,5;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00708189,0.0183492;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=89.2328,13.6489;QD=39.1992;RBI=0.0123562,0.152286;REFB=-0.000518364,0.0526527;REVB=0.0101254,-0.151176;RO=1;SAF=9,4;SAR=6,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0479918,0;STB=0.533291,0.996613;STBP=0.293,0.062;TYPE=snp,del;VARB=0.0144486,0.156236;OID=.,.;OPOS=106555025,106555021;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCCA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.727273,0.227273:15,4:22:16,5:22:1:9,5:7,0:0:1:24:1:9,4:6,0:1:0 chr6 106959424 . A G 491.64 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.8539;QD=56.1868;RBI=0.144502;REFB=0;REVB=0.0358592;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250151;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:29:35:1:12:17:0:0:18:17:0:0 chr6 106959999 . C G 156.18 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195345;FXX=0.0666222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.293;QD=44.6227;RBI=0.0667857;REFB=0;REVB=0.0638649;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147339;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:14:0:0:11:14:1:2:9:0:0:4:10:0:0 chr6 106960039 . G A 305.77 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.824;QD=48.9231;RBI=0.10105;REFB=-0.103027;REVB=0.090937;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146664;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:25:0:0:21:25:1:6:15:0:0:8:17:0:0 chr6 106960447 . G A 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.315;QD=46.8401;RBI=0.100869;REFB=0;REVB=0.074529;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142564;OID=.;OPOS=106960447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 106987370 . A C 1962.43 PASS AF=0.992308;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.743;QD=60.3825;RBI=0.0428896;REFB=-0.134909;REVB=0.0196852;RO=2;SAF=71;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131968;STB=0.503448;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000806786;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:130:130:2:1:128:129:0.992308:57:71:2:0:57:72:1:0 chr6 106992464 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.675;QD=60.2045;RBI=0.00972424;REFB=0;REVB=0.00918274;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39483e-06;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr6 107016731 . T C 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.000269505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.447;QD=16.5948;RBI=0.00722232;REFB=-0.00562337;REVB=0.00721729;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114769;STB=0.564326;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00540732;OID=.;OPOS=107016731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:20:22:35:20:20:22:35:20 chr6 107076783 . A T 301.39 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00247328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4884;QD=16.7439;RBI=0.0107689;REFB=-0.0123247;REVB=0.0104811;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959733;STB=0.51578;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0123856;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:39:33:33:0.458333:11:22:25:12:11:22:27:12 chr6 107388504 . C T 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.259;QD=61.8755;RBI=0.0165445;REFB=0;REVB=-0.00508833;RO=0;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.69985e-05;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:68:57:0:0:68:57:0:0 chr6 107391213 . C T 727.0 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00298406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.379;QD=19.1316;RBI=0.0172531;REFB=-0.0293864;REVB=-0.0169931;RO=77;SAF=33;SAR=42;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155658;STB=0.585751;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.026896;OID=.;OPOS=107391213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:75:75:0.493421:42:33:47:30:42:33:47:30 chr6 107420516 . A C 367.52 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00439021;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.451;QD=19.0918;RBI=0.00657075;REFB=-0.0150304;REVB=0.00488885;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581938;STB=0.532342;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0178055;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:24:15:17:21:24:15 chr6 107454303 . A C 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00673055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.205;QD=8.98947;RBI=0.0171205;REFB=-0.00597044;REVB=-0.015742;RO=43;SAF=16;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302736;STB=0.671565;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0121237;OID=.;OPOS=107454303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:45:20:20:0.307692:4:16:25:18:4:16:27:18 chr6 107565060 . T C 1363.35 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755036;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.781;QD=62.6829;RBI=0.0756699;REFB=0;REVB=0.00501407;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143491;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:40:44:0:0:41:46:0:0 chr6 107980406 . A T 1933.01 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.765;QD=61.8564;RBI=0.0386271;REFB=0;REVB=0.0366632;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82677e-05;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr6 108026146 . C T 377.61 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00169534;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.942;QD=18.4201;RBI=0.00964315;REFB=-0.00326194;REVB=-0.00949295;RO=43;SAF=26;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109704;STB=0.561371;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0042854;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:13:26:24:19:13:26:24:19 chr6 108026317 . G T 2811.97 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=62.4883;RBI=0.0638571;REFB=0;REVB=0.0579324;RO=0;SAF=101;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2356e-05;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:180:0:0:170:180:1:69:101:0:0:75:105:0:0 chr6 108026402 . A C 469.0 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.01138;FXX=0.013985;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.211;QD=13.305;RBI=0.0115269;REFB=0.00146625;REVB=-0.00183458;RO=81;SAF=29;SAR=25;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982151;STB=0.554604;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00300904;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:81:87:54:54:0.382979:25:29:36:45:25:29:39:48 chr6 108026455 . A G 1472.77 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.771;QD=63.345;RBI=0.0328063;REFB=0;REVB=0.0235441;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42042e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:90:93:1:51:39:0:0:53:40:0:0 chr6 108029091 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0123586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.808;QD=19.9056;RBI=0.0169869;REFB=-0.00849496;REVB=0.0116541;RO=27;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655688;STB=0.503647;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0075391;OID=.;OPOS=108029091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:12:18:16:11:12:18:16:11 chr6 108029109 . T C 886.13 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254588;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.108;QD=56.2623;RBI=0.0260361;REFB=0.0496873;REVB=0.0054523;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000123662;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:0:1:60:62:0.984127:18:42:0:0:19:43:1:0 chr6 108068003 . C T 670.61 PASS AF=0.462585;AO=67;DP=146;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0206337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7844;QD=18.248;RBI=0.0206701;REFB=-0.013006;REVB=-0.00122594;RO=79;SAF=36;SAR=31;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671568;STB=0.540729;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.014877;OID=.;OPOS=108068003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:79:79:67:68:0.462585:31:36:37:42:31:37:37:42 chr6 108233929 . G A,T 713.52 PASS AF=0.90566,0.0943396;AO=45,5;DP=50;FAO=48,5;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536706,-0.0016472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.88,103.083;QD=53.8508;RBI=0.0133369,0.0208427;REFB=0,0;REVB=0.0122093,-0.0207775;RO=0;SAF=28,3;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00211748,0.071826;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:50:53:0:0:45,5:48,5:0.90566,0.0943396:17,2:28,3:0:0:17,2:31,3:0:0 chr6 108277287 . C A 3476.58 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.532;QD=62.3601;RBI=0.0165923;REFB=0;REVB=-0.00216137;RO=0;SAF=121;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51209e-05;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:223:223:0:0:222:223:1:101:121:0:0:101:122:0:0 chr6 108364637 . T C 108.59 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0253384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5734;QD=13.574;RBI=0.0667559;REFB=-0.0456287;REVB=0.0617602;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927383;STB=0.554371;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0688202;OID=.;OPOS=108364637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:10:9:5:8:10:9 chr6 108666049 . G A 343.84 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00481992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.343;QD=19.1021;RBI=0.0142535;REFB=-0.0103769;REVB=-0.0134139;RO=36;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249508;STB=0.638812;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0168092;OID=.;OPOS=108666049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:13:23:13:23:13:23:13:23 chr6 109583186 . A G 1556.01 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.701;QD=59.8464;RBI=0.0397131;REFB=0;REVB=0.0384964;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30509e-05;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:47:56:0:0:48:56:0:0 chr6 109586062 . C T 429.98 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=10;FWDB=-0.0118803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.256;QD=14.8267;RBI=0.0260331;REFB=-0.0185277;REVB=-0.0231643;RO=66;SAF=46;SAR=3;SRF=56;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279879;STB=0.659235;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0232957;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:66:67:49:49:0.422414:3:46:56:10:3:46:57:10 chr6 109591433 . T C 218.45 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.023152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.357;QD=19.8593;RBI=0.0242112;REFB=-0.00277861;REVB=0.00708274;RO=20;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175491;STB=0.572306;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00337565;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:22:21:22:0.5:13:8:4:16:13:9:6:16 chr6 109615603 . G T 559.42 PASS AF=0.415584;AO=62;DP=153;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.00799856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.769;QD=14.5303;RBI=0.0182707;REFB=-0.0171332;REVB=0.0164269;RO=89;SAF=45;SAR=17;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295219;STB=0.674584;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.016485;OID=.;OPOS=109615603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:89:90:62:64:0.415584:17:45:41:48:17:47:41:49 chr6 109616762 . A G 735.3 PASS AF=0.493151;AO=72;DP=147;FAO=72;FDP=146;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00334756;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.827;QD=20.1453;RBI=0.00349945;REFB=-0.0223869;REVB=0.00101977;RO=74;SAF=38;SAR=34;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492926;STB=0.527175;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0243943;OID=.;OPOS=109616762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:74:74:72:72:0.493151:34:38:43:31:34:38:43:31 chr6 109621493 . AT A,AC 345.33 PASS AF=0.233333,0.222222;AO=22,18;DP=91;FAO=21,20;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=19,4;FSAR=2,16;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.000243241,-0.00103565;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.718,169.182;QD=15.3478;RBI=0.00677105,0.0178176;REFB=-0.0458827,-0.0429637;REVB=0.00676668,-0.0177875;RO=48;SAF=22,1;SAR=0,17;SRF=34;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.775199,-0.750918;STB=0.737579,0.838401;STBP=0.049,0;TYPE=del,snp;VARB=0.0552835,0.108763;OID=.,.;OPOS=109621494,109621494;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333,0.222222:22,18:91:21,20:90:49:19,4:2,16:35:14:99:48:22,1:0,17:34:14 chr6 109665191 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00531027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.617;QD=7.12516;RBI=0.0428461;REFB=-0.00134499;REVB=-0.0425157;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00334091;OID=.;OPOS=109665191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:12:6:4:3:12:6 chr6 109674055 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00890299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.514;QD=10.4291;RBI=0.0235657;REFB=-0.0055133;REVB=-0.0218192;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227655;STB=0.641201;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00764087;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:29:30:14:14:0.318182:6:8:22:7:6:8:23:7 chr6 109689431 . A G 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.298;QD=60.7161;RBI=0.0190144;REFB=0;REVB=0.00656091;RO=0;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98039e-05;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:22:54:0:0:22:54:0:0 chr6 109761437 . A G 114.76 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.065112;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1758;QD=8.19728;RBI=0.071335;REFB=0.0163478;REVB=0.0291393;RO=40;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250709;STB=0.65602;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.0055687;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:40:40:16:16:0.285714:14:2:10:30:14:2:10:30 chr6 109762332 . C T 525.7 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=46;FWDB=-0.0205034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.639;QD=17.5234;RBI=0.033114;REFB=-0.0211529;REVB=-0.0260028;RO=64;SAF=27;SAR=29;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195513;STB=0.608072;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0189405;OID=.;OPOS=109762332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:29:27:18:46:29:27:18:46 chr6 109764535 . G T 246.63 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00424077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.16;QD=17.9366;RBI=0.011875;REFB=-0.0185062;REVB=-0.011092;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165216;STB=0.599661;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00755702;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:13:13:9:19:13:14:9:19 chr6 109767930 . GC TT 421.54 PASS AF=0.386364;AO=40;DP=123;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.00128881;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.759;QD=12.7741;RBI=0.00131445;REFB=-0.0175745;REVB=-0.000258351;RO=81;SAF=27;SAR=13;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189499;STB=0.609712;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.0271659;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:132:81:81:40:51:0.386364:13:27:42:39:16:35:42:39 chr6 109768295 . G A 248.17 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0038277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.634;QD=16.2733;RBI=0.00716404;REFB=-0.0136219;REVB=0.00605576;RO=33;SAF=22;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383247;STB=0.717848;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0134457;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:6:22:14:19:6:22:14:19 chr6 109775436 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0330045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.683;QD=16.4169;RBI=0.0334551;REFB=-0.0230072;REVB=0.00547238;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115907;STB=0.566573;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0217103;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:6:10:7:7:6:10 chr6 109827716 . C T 333.49 PASS AF=0.423529;AO=37;DP=87;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0425961;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2374;QD=15.6938;RBI=0.0842017;REFB=-0.0273294;REVB=-0.0726327;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11899;STB=0.577484;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0231359;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:48:49:37:36:0.423529:23:14:13:35:22:14:13:36 chr6 109885479 . T C 262.68 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0337078;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5425;QD=17.2249;RBI=0.0337078;REFB=-0.0086808;REVB=-5.33828e-05;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438144;STB=0.512752;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.011072;OID=.;OPOS=109885479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:28:29:0.47541:17:11:14:18:17:12:14:18 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTCT GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT 277.99 PASS AF=0.131579,0.0921053,0.381579;AO=10,10,10;DP=82;FAO=10,7,29;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=9,5,21;FSAR=1,2,8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00470984,-0.00550406,-0.00621199;FXX=0.0843272;HRUN=9,2,2;LEN=1,4,3;MLLD=5.67571,213.168,214.282;QD=14.6312;RBI=0.156482,0.0117484,0.0067301;REFB=-0.217381,-0.0374378,-0.0334115;REVB=0.156411,0.0103794,0.0025895;RO=12;SAF=10,9,9;SAR=0,1,1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.748096,-0.0450318,-0.0450318;STB=0.82816,0.629862,0.591879;STBP=0.045,0.494,0.201;TYPE=del,del,del;VARB=0.0218417,0.0162606,0.0331563;OID=.,.,.;OPOS=109906343,109906340,109906330;OREF=T,TTCT,CTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.131579,0.0921053,0.381579:10,10,10:82:10,7,29:76:30:9,5,21:1,2,8:17:13:99:12:10,9,9:0,1,1:11:1 chr6 109954252 . C T 513.15 PASS AF=0.525253;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00787324;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7714;QD=20.7332;RBI=0.0484353;REFB=0.00409834;REVB=-0.0477911;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416073;STB=0.536467;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00617012;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:41:47:51:52:0.525253:26:25:18:23:27:25:19:28 chr6 110064928 . A T 408.76 PASS AF=0.571429;AO=39;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0240272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.9;QD=23.3579;RBI=0.0350379;REFB=-0.0204845;REVB=-0.025502;RO=29;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122951;STB=0.564071;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0159724;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:29:30:39:40:0.571429:21:18:18:11:22:18:18:12 chr6 110106234 . A G 497.81 PASS AF=0.481818;AO=53;DP=110;FAO=53;FDP=110;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0112178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.873;QD=18.1022;RBI=0.0112955;REFB=-0.0207098;REVB=-0.0013224;RO=56;SAF=24;SAR=29;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768678;STB=0.53813;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0188201;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:57:53:53:0.481818:29:24:30:26:29:24:30:27 chr6 110107517 . T C 350.85 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0271216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1217;QD=20.6383;RBI=0.0523188;REFB=-0.0205267;REVB=0.0447401;RO=31;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636252;STB=0.542391;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0169261;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:17:19:14:17:17:19:14:18 chr6 110146303 . G A 688.13 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0146465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.906;QD=57.3439;RBI=0.0306458;REFB=-0.0115954;REVB=0.0269192;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391107;STB=0.520824;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00071923;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:48:2:2:44:46:0.958333:23:21:0:2:23:23:0:2 chr6 110301661 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.616;QD=62.6668;RBI=0.0290697;REFB=0;REVB=0.0287497;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176732;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr6 110421361 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4285;QD=57.5451;RBI=0.0401466;REFB=0;REVB=-0.0340352;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103716;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr6 110746526 . T C 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9208;QD=60.1977;RBI=0.0377907;REFB=0;REVB=-0.0240006;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331743;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr6 110746545 . T G 252.53 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0133026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7469;QD=12.6266;RBI=0.0133624;REFB=-0.0152504;REVB=0.00126347;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180014;STB=0.603068;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0297474;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:17:13:30:20:17:13:30:20 chr6 110777962 . A G 558.43 PASS AF=0.513274;AO=57;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00507496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6902;QD=19.7674;RBI=0.00871792;REFB=-0.00778739;REVB=0.0070885;RO=51;SAF=36;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570243;STB=0.501295;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0127904;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:55:57:58:0.513274:21:36:29:22:22:36:34:21 chr6 110778128 . T C 406.8 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00526179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.781;QD=17.4968;RBI=0.0123026;REFB=-0.0325429;REVB=-0.0111206;RO=50;SAF=26;SAR=16;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231173;STB=0.624047;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0210943;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:16:26:19:31:16:26:20:31 chr6 110797702 . GCCG GCGC 367.88 PASS AF=1;AO=3;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848244;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=2;MLLD=21.457;QD=44.591;RBI=0.220606;REFB=-0.0909548;REVB=-0.203646;RO=5;SAF=1;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.01746;OID=.;OPOS=110797704;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:34:33:33:0:12:21:0:0:3:5:1:2:2:3 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 456.18 PASS AF=0.666667,0.212121;AO=21,7;DP=32;FAO=22,7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,3;FSAR=16,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482477,0.0383737;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=127.938,103.797;QD=55.2947;RBI=0.0495581,0.0394141;REFB=0,0;REVB=0.011321,0.00899608;RO=0;SAF=5,3;SAR=16,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78933e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.000721457,0.00226198;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:32:33:0:0:21,7:22,7:0.666667,0.212121:16,4:5,3:0:0:16,4:6,3:0:0 chr6 110797713 . C T 238.59 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0179816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.649;QD=27.2678;RBI=0.0233686;REFB=-0.0223476;REVB=0.0149248;RO=8;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168421;STB=0.667508;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00500516;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:8:13:22:22:0.628571:17:5:4:4:17:5:8:5 chr6 110942500 . G A 127.75 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0175799;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.969;QD=18.9265;RBI=0.0417359;REFB=-0.0348296;REVB=0.0378528;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132182;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0620357;OID=.;OPOS=110942500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:10:13:14:14:0.518519:5:9:8:2:5:9:8:5 chr6 110964409 . G A 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00378971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2433;QD=14.6981;RBI=0.00609776;REFB=0.00420591;REVB=0.00477711;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238533;STB=0.636211;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.0049496;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:18:5:7:9:18:5 chr6 111280038 . C T 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.13279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.122;QD=20.4027;RBI=0.132799;REFB=-0.0315986;REVB=-0.00159495;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15677;STB=0.586629;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0351593;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:8:20:17:15:8:20 chr6 111283592 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.776;QD=59.837;RBI=0.110007;REFB=0;REVB=-0.105224;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114163;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr6 111587266 . T C 648.17 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00173626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.53;QD=24.6923;RBI=0.0190531;REFB=-0.0165053;REVB=0.0189738;RO=42;SAF=37;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037545;STB=0.526058;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00893536;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:43:62:62:0.590476:25:37:23:19:25:37:23:20 chr6 111589293 . A C 271.17 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0146077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7586;QD=19.3689;RBI=0.091639;REFB=-0.00168799;REVB=0.0904672;RO=26;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241903;STB=0.512812;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00271772;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:26:27:28:29:0.517857:19:9:9:17:20:9:9:18 chr6 111620758 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.121;QD=53.9112;RBI=0.0145595;REFB=0;REVB=0.0130529;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30112e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 111695073 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000993269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.508;QD=9.18859;RBI=0.00954618;REFB=0.00733076;REVB=-0.00949437;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158628;STB=0.59569;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0171562;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:8:17:6:5:8:17 chr6 111695268 . C T 318.98 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.000452763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.991;QD=15.7522;RBI=0.0131329;REFB=-0.0152731;REVB=-0.0131251;RO=46;SAF=17;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10178;STB=0.557321;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0221348;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:18:17:27:19:18:17:27:19 chr6 111695887 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=8;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0754685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.502;QD=16.6272;RBI=0.0754686;REFB=-0.027386;REVB=0.000117257;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.761892;STB=0.561308;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0250058;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:8:13:0.481481:0:8:7:5:5:8:7:7 chr6 111696257 . G A 511.96 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0360284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7094;QD=19.6906;RBI=0.0360288;REFB=-0.013688;REVB=-0.000184683;RO=51;SAF=22;SAR=31;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170655;STB=0.594178;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0145141;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:31:22:31:20:31:22:31:20 chr6 111696852 . T C 167.84 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0192918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0085;QD=11.778;RBI=0.037824;REFB=-0.0108472;REVB=-0.0325343;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309638;STB=0.695485;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0103089;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:36:21:21:0.368421:12:9:24:9:12:9:27:9 chr6 111901453 . G T 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.203;QD=62.3051;RBI=0.0117237;REFB=0;REVB=0.00776448;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62512e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chr6 112041139 . T G,TG 85.3 PASS AF=0,0.227273;AO=4,14;DP=87;FAO=0,20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=0,2;FSAR=0,18;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.00702457,-0.00568132;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=185.746,60.6039;QD=3.87744;RBI=0.0199232,0.0342415;REFB=-0.00123016,-0.000799057;REVB=-0.0186437,-0.0337668;RO=68;SAF=0,1;SAR=4,13;SRF=42;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540611,-0.663667;STB=0.5,0.8996;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00671985;OID=.,.;OPOS=112041139,112041140;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:87:88:68:68:4,14:0,20:0,0.227273:4,13:0,1:42:26:0,18:0,2:42:26 chr6 112382313 . G T 280.95 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00471244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=12.2151;RBI=0.0102082;REFB=-0.0173488;REVB=-0.00905541;RO=59;SAF=20;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537404;STB=0.530955;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0258121;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:13:20:33:26:13:20:33:26 chr6 112408610 . T C 282.83 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0279226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.15;QD=13.0036;RBI=0.0284259;REFB=-0.022893;REVB=0.00532593;RO=54;SAF=11;SAR=22;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263839;STB=0.65107;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0365148;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:22:11:31:23:22:11:31:23 chr6 112430669 . C T 368.23 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00540719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.435;QD=12.9202;RBI=0.0451783;REFB=-0.0327744;REVB=-0.0448535;RO=69;SAF=31;SAR=13;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299011;STB=0.674385;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0514364;OID=.;OPOS=112430669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:69:70:44:44:0.385965:13:31:30:39:13:31:30:40 chr6 112435912 . A T 641.76 PASS AF=0.557522;AO=61;DP=111;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0297108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6826;QD=22.7172;RBI=0.0538616;REFB=-0.0126024;REVB=0.0449259;RO=50;SAF=28;SAR=33;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082949;STB=0.537025;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0111921;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:50:50:61:63:0.557522:33:28:28:22:33:30:28:22 chr6 112457383 . G C 341.54 PASS AF=0.397849;AO=35;DP=94;FAO=37;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0695895;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5388;QD=14.6898;RBI=0.0986105;REFB=-0.0540132;REVB=-0.0698665;RO=43;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127728;STB=0.56513;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0404636;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:55:35:37:0.397849:21:14:12:31:21:16:18:37 chr6 112457390 . C T 358.24 PASS AF=0.397959;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0164111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.852;QD=14.6219;RBI=0.0204161;REFB=-0.000547727;REVB=-0.0121446;RO=59;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170465;STB=0.596107;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000596561;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:59:39:39:0.397959:21:18:18:41:21:18:18:41 chr6 112471688 . G C 1858.87 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6507;QD=61.4502;RBI=0.0802302;REFB=0;REVB=0.0802196;RO=0;SAF=102;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380795;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:19:102:0:0:19:102:0:0 chr6 112493872 . A G 776.99 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.000156177;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.829;QD=22.0423;RBI=0.0102778;REFB=4.26224e-05;REVB=-0.0102766;RO=66;SAF=46;SAR=28;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141571;STB=0.51235;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-3.8047e-05;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:66:67:74:74:0.524823:28:46:40:26:28:46:40:27 chr6 112508769 . TG GT 519.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105125;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.101;QD=35.8119;RBI=0.148295;REFB=0;REVB=0.104596;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000467652;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr6 112521387 . A C 572.6 PASS AF=0.445255;AO=60;DP=138;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0857758;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.728;QD=16.7182;RBI=0.0860364;REFB=-0.00208263;REVB=0.00669105;RO=76;SAF=33;SAR=27;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633885;STB=0.530079;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00463238;OID=.;OPOS=112521387;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:76:76:60:61:0.445255:27:33:37:39:28:33:37:39 chr6 116262976 . G A,T 624.07 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=39,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130035,-0.0624201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.963,19.501;QD=60.885;RBI=0.0187172,0.0642487;REFB=0,0;REVB=0.0134627,-0.0152194;RO=0;SAF=16,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.43889e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000191762,0.16967;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:41:41:0:0:39,2:40,1:0.97561,0.0243902:23,1:16,1:0:0:24,0:16,1:0:0 chr6 116263181 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.685;QD=58.5878;RBI=0.0571808;REFB=0;REVB=0.0494188;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192008;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr6 116325142 . C T 803.41 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171673;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.29;QD=57.3862;RBI=0.0264708;REFB=0;REVB=-0.0201491;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20066e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr6 116571255 . G A 733.56 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258971;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7877;QD=63.7882;RBI=0.0455084;REFB=0;REVB=-0.0374213;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054639;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr6 116574455 . G A 323.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4723;QD=53.8349;RBI=0.0255019;REFB=0;REVB=0.0106422;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637033;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 116575083 . C A,G 1040.21 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=68,3;DP=71;FAO=68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30,2;FSAR=38,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754767,-0.00541223;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.059,78.4018;QD=58.6034;RBI=0.0768612,0.00615124;REFB=0,0;REVB=0.0145226,0.00292327;RO=0;SAF=30,2;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000464698,0.190594;OID=.,.;OPOS=116575083,116575083;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:71:71:0:0:68,3:68,3:0.957746,0.0422535:38,1:30,2:0:0:38,1:30,2:0:0 chr6 116599665 . T C 111.93 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.019968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1449;QD=8.44728;RBI=0.0255595;REFB=-0.00338922;REVB=-0.015955;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851556;STB=0.513906;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00716466;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:7:8:20:17:7:8:21:17 chr6 116600465 . T C,TCAC 219.04 PASS AF=0.0952381,0.809524;AO=2,17;DP=23;FAO=2,17;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=2,10;FSAR=0,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.136191,0.0143103;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=44.7445,202.804;QD=41.7213;RBI=0.136221,0.032106;REFB=-0.0571963,-0.0406496;REVB=0.00282791,0.0287404;RO=4;SAF=2,10;SAR=0,7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.623114,0.0313083;STB=0.992443,0.509543;STBP=0.312,0.868;TYPE=snp,ins;VARB=0.0923858,0.0117365;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:23:21:4:2:2,17:2,17:0.0952381,0.809524:0,7:2,10:2:2:0,7:2,10:1:1 chr6 116600774 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.273;QD=52.6126;RBI=0.0443265;REFB=0;REVB=0.0416342;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017362;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 116600810 . G A 368.29 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0616966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.284;QD=47.5217;RBI=0.0638387;REFB=-0.127448;REVB=0.0163985;RO=3;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112306;STB=0.506049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0270584;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:17:11:1:2:17:11:1:2 chr6 116757557 . T C 131.69 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635135;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2722;QD=43.8976;RBI=0.0669148;REFB=0;REVB=0.0210625;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014393;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr6 116875427 . G A 1595.32 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.046099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.672;QD=58.0117;RBI=0.0501736;REFB=-0.0136156;REVB=0.0198057;RO=2;SAF=62;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00261224;STB=0.501376;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.000286541;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:46:62:1:1:46:62:1:1 chr6 117113653 . T C 238.85 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00252966;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.178;QD=19.9038;RBI=0.00735827;REFB=-0.0182226;REVB=0.00690977;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849801;STB=0.540805;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0228422;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:26:25:23:23:0.479167:7:16:20:6:7:16:19:6 chr6 117114025 . G A 145.25 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.011183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0455;QD=16.1388;RBI=0.0308247;REFB=-0.0245649;REVB=-0.0287245;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241819;STB=0.657342;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0418069;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:19:19:15:17:0.472222:5:10:8:11:5:12:8:11 chr6 117114223 . T A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0149718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0926;QD=10.6983;RBI=0.0153694;REFB=-0.0133967;REVB=0.00347334;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380163;STB=0.522697;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0219628;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:16:16:8:7:16:16 chr6 117114403 . G A 608.31 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00619448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6485;QD=30.4154;RBI=0.035913;REFB=-0.0220975;REVB=-0.0353748;RO=27;SAF=25;SAR=28;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00610997;STB=0.50331;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0196196;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:28:25:13:14:28:25:13:14 chr6 117121894 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.937;QD=58.7815;RBI=0.0176639;REFB=0;REVB=-0.0174836;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05752e-05;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:32:33:0:0 chr6 117130704 . G A 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0223134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5714;QD=18.7851;RBI=0.0225296;REFB=-0.00909395;REVB=-0.00311349;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027484;STB=0.515311;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00893388;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:18:15:14:19:18:15:14:19 chr6 117642457 . G A 376.77 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0129748;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.096;QD=18.1575;RBI=0.0197286;REFB=-0.0215553;REVB=-0.0148617;RO=44;SAF=31;SAR=8;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22229;STB=0.625434;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.024447;OID=.;OPOS=117642457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:8:31:27:17:8:31:27:17 chr6 117717348 . T C 338.42 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.00577866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.057;QD=12.5342;RBI=0.0185901;REFB=-0.00892938;REVB=-0.0176692;RO=67;SAF=21;SAR=20;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111086;STB=0.506326;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0142882;OID=.;OPOS=117717348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:20:21:35:32:20:21:35:32 chr6 117869491 . G A 138.35 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00696392;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.508;QD=11.2942;RBI=0.0162183;REFB=-0.00961607;REVB=-0.0146471;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195515;STB=0.511613;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0178455;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:15:18:9:7:15:18 chr6 117996896 . G T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=-0.0127826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.359;QD=11.3328;RBI=0.109352;REFB=-0.0263244;REVB=-0.108602;RO=27;SAF=13;SAR=1;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464066;STB=0.754525;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0499668;OID=.;OPOS=117996896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:1:13:27:0:1:13:27:0 chr6 119149149 . C G 877.34 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306531;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.137;QD=57.5308;RBI=0.0309515;REFB=0;REVB=0.00428747;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660869;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:28:33:0:0 chr6 119500916 . T C 417.14 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00786408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9063;QD=17.2015;RBI=0.023859;REFB=-0.0137419;REVB=-0.0225257;RO=54;SAF=17;SAR=26;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160004;STB=0.589726;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0166256;OID=.;OPOS=119500916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:26:17:30:24:26:17:30:24 chr6 119510941 . C A 1403.33 PASS AF=0.97;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0140482;FXX=0.0384578;HRUN=6;LEN=1;MLLD=104.473;QD=56.1331;RBI=0.014099;REFB=-0.0134704;REVB=-0.00119486;RO=2;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236968;STB=0.518515;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.000120216;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:100:2:3:97:97:0.97:39:58:0:2:39:58:0:3 chr6 120583498 . G A 79.14 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00450063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2283;QD=6.88168;RBI=0.00493164;REFB=-0.0287676;REVB=-0.00201627;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317211;STB=0.519964;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0180691;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:6:5:15:20:6:5:15:20 chr6 120583501 . T G 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0195733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.99;QD=6.90646;RBI=0.0209253;REFB=-0.0140785;REVB=-0.00739964;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317211;STB=0.519964;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0474314;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:6:5:15:20:6:5:15:20 chr6 120583509 . A G 80.61 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0130875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.728;QD=7.67729;RBI=0.0253735;REFB=-0.00805919;REVB=0.0217378;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654923;STB=0.55057;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0377563;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:6:5:12:18:6:5:12:19 chr6 120583521 . A T 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0194036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.403;QD=8.12712;RBI=0.0511846;REFB=-0.00303925;REVB=-0.0473641;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175922;STB=0.607294;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0239668;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:9:20:6:5:9:20 chr6 120583526 . C G 61.03 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0340615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.359;QD=6.5975;RBI=0.0340772;REFB=-0.0145441;REVB=-0.00103258;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318278;STB=0.697287;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0145579;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:8:20:4:5:8:20 chr6 120583533 . A G 61.45 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0216442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.872;QD=7.0234;RBI=0.0218476;REFB=5.8157e-05;REVB=0.00297397;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334194;STB=0.705124;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000314625;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:7:19:4:5:7:19 chr6 121620608 . G T 950.35 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.563;QD=58.4829;RBI=0.00320641;REFB=0;REVB=8.03715e-05;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74484e-06;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:59:65:1:24:35:0:0:30:35:0:0 chr6 121629167 . G A 2046.05 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2538;QD=62.4748;RBI=0.074893;REFB=0;REVB=-0.054229;RO=0;SAF=81;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469914;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:50:81:0:0:50:81:0:0 chr6 121632008 . T A 1213.09 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8707;QD=59.9055;RBI=0.0480345;REFB=-0.167002;REVB=0.0405097;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00203105;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:36:43:0:0:36:44:0:1 chr6 121768597 . C T 112.84 PASS AF=0.214286;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0288893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7793;QD=5.37341;RBI=0.0294731;REFB=-0.0108076;REVB=0.00583732;RO=65;SAF=16;SAR=2;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404057;STB=0.761548;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0381061;OID=.;OPOS=121768597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:66:18:18:0.214286:2:16:43:22:2:16:44:22 chr6 121775245 . C T 813.64 PASS AF=0.452128;AO=85;DP=188;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0192113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9667;QD=17.3115;RBI=0.0193718;REFB=-0.0246896;REVB=0.00248858;RO=101;SAF=36;SAR=49;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611066;STB=0.534357;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0306612;OID=.;OPOS=121775245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:101:103:85:85:0.452128:49:36:49:52:49:36:50:53 chr6 121901599 . A G 294.56 PASS AF=0.359223;AO=31;DP=97;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1118;QD=11.4393;RBI=0.0683239;REFB=-0.0429405;REVB=0.0362731;RO=66;SAF=12;SAR=19;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808607;STB=0.50317;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0922011;OID=.;OPOS=121901599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:103:66:66:31:37:0.359223:19:12:30:36:20:17:30:36 chr6 122532808 . G A 417.99 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0380776;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8112;QD=17.4163;RBI=0.0411723;REFB=-0.0131242;REVB=-0.0156604;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623915;STB=0.534867;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0171241;OID=.;OPOS=122532808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:53:43:43:0.447917:20:23:24:27:20:23:25:28 chr6 123066514 . T C 994.22 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00826012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.247;QD=57.6362;RBI=0.0285421;REFB=-0.000736711;REVB=0.0273207;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=2.88938e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:27:41:1:0:27:41:1:0 chr6 123066585 . G A 647.91 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0291074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1105;QD=57.5918;RBI=0.0375779;REFB=-0.016238;REVB=0.0237667;RO=2;SAF=19;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468927;STB=0.524988;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000670987;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:24:19:2:0:24:19:2:0 chr6 123594510 . T TA 2129.17 PASS AF=1;AO=198;DP=278;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455701;FXX=0.0283389;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7508;QD=35.4861;RBI=0.054267;REFB=0;REVB=0.0294664;RO=71;SAF=66;SAR=132;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00426202;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:198:278:240:240:0:80:160:0:0:35:71:66:132:39:32 chr6 123658825 . G T 3885.52 PASS AF=1;AO=250;DP=253;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178548;FXX=0.0118106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2469;QD=61.9207;RBI=0.0179308;REFB=-0.0622875;REVB=-0.00165005;RO=1;SAF=152;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117479;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:253:251:1:0:250:251:1:98:152:0:1:99:152:0:0 chr6 123687288 . A C,T 1818.27 PASS AF=0.832117,0.10219;AO=112,16;DP=137;FAO=114,14;FDP=137;FR=.;FRO=9;FSAF=72,0;FSAR=42,14;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0428397,0.0422508;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=111.248,27.0269;QD=53.088;RBI=0.0428451,0.0427483;REFB=0.00420725,0.00918738;REVB=-0.000683153,-0.00650342;RO=2;SAF=72,0;SAR=40,16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00517232,-0.843697;STB=0.540047,0.998604;STBP=0.004,0.2;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000344426,0.10308;OID=.,.;OPOS=123687288,123687288;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:137:137:2:9:112,16:114,14:0.832117,0.10219:40,16:72,0:1:1:42,14:72,0:1:8 chr6 123702499 . G A 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.557;QD=62.608;RBI=0.00653272;REFB=0;REVB=-0.0055325;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33091e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:37:51:0:0:37:51:0:0 chr6 123758492 . C T 825.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.811;QD=56.9549;RBI=0.0121525;REFB=0;REVB=0.000268087;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71517e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr6 123833457 . G C,T 1892.14 PASS AF=0.968,0.032;AO=118,6;DP=125;FAO=121,4;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69,1;FSAR=52,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081872,-0.044842;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.404,39.0326;QD=60.5486;RBI=0.0414412,0.0514652;REFB=0,0;REVB=0.0406244,-0.0252559;RO=0;SAF=67,3;SAR=51,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.14594e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000357848,0.208765;OID=.,.;OPOS=123833457,123833457;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:125:125:0:0:118,6:121,4:0.968,0.032:51,3:67,3:0:0:52,3:69,1:0:0 chr6 123869607 . G C 172.07 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0143661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2026;QD=26.4715;RBI=0.0393633;REFB=-0.0297718;REVB=-0.0366481;RO=9;SAF=16;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423261;STB=0.7438;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0133025;OID=.;OPOS=123869607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:1:16:6:3:1:16:6:3 chr6 124759053 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.019874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8881;QD=19.1054;RBI=0.0898309;REFB=-0.0396713;REVB=-0.0876049;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12236;STB=0.551599;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0420759;OID=.;OPOS=124759053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:5:6:9:9:0.6:8:1:1:4:8:1:1:5 chr6 125284457 . T C 600.38 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=94;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0221121;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.339;QD=26.3904;RBI=0.0288108;REFB=-0.0318072;REVB=0.0184694;RO=36;SAF=26;SAR=27;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699291;STB=0.505492;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0238273;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:36:37:53:54:0.593407:27:26:18:18:27:27:19:18 chr6 125475139 . G A 458.94 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00852093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.257;QD=18.3577;RBI=0.0108556;REFB=-0.015429;REVB=-0.00672596;RO=54;SAF=27;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311178;STB=0.517372;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0203127;OID=.;OPOS=125475139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:19:27:30:24:19:27:30:24 chr6 125573194 . A G 287.65 PASS AF=0.3;AO=38;DP=129;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.012904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.726;QD=8.85079;RBI=0.026209;REFB=-0.0103781;REVB=-0.0228123;RO=86;SAF=24;SAR=14;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048306;STB=0.535471;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0444904;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:86:91:38:39:0.3:14:24:51:35:14:25:54:37 chr6 126250386 . TTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTAA 95.86 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147793;FXX=0;HRUN=13;LEN=2;MLLD=11.9346;QD=25.5621;RBI=0.189825;REFB=-0.0292375;REVB=0.119125;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.697199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0225452;OID=.;OPOS=126250397;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=TTTTTTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:15:15:15:0:5:10:0:0:3:1:0:2:1:0 chr6 126278230 . G C 1470.5 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0151875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3056;QD=60.0203;RBI=0.0241944;REFB=-0.0129355;REVB=-0.0188337;RO=2;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172359;STB=0.513759;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0019318;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:98:2:3:94:95:0.969388:54:40:0:2:53:42:0:3 chr6 126334241 . C T 477.09 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00553225;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=19.2764;RBI=0.0205309;REFB=-0.0339884;REVB=-0.0197715;RO=52;SAF=28;SAR=19;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369651;STB=0.520575;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0311083;OID=.;OPOS=126334241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:52:52:47:47:0.474747:19:28:29:23:19:28:29:23 chr6 127476516 . G A 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.565;QD=59.8313;RBI=0.0659999;REFB=0;REVB=0.0217894;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635761;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr6 127609691 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.557;QD=40.7629;RBI=0.0287438;REFB=0;REVB=0.0286381;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358735;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 127768472 . G A 851.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.924;QD=57.6949;RBI=0.00816135;REFB=0;REVB=0.00732952;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31893e-05;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr6 127797179 . G A 787.03 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.476;QD=55.2303;RBI=0.0228299;REFB=-0.159396;REVB=0.00323173;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00130423;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:23:33:0:1:23:33:0:1 chr6 127797374 . G A 1516.56 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101882;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2317;QD=59.4728;RBI=0.0143113;REFB=0.000741042;REVB=-0.0100506;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167001;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:102:0:0:102:102:1:39:63:0:0:39:63:0:0 chr6 128312033 . A G 360.15 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.010556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1112;QD=20.0082;RBI=0.0134067;REFB=-0.0133422;REVB=0.00826509;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588861;STB=0.540069;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00933372;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:16:21:17:17:16:21:17:18 chr6 128388799 . G T 410.19 PASS AF=0.4625;AO=35;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00196133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.8876;QD=20.5093;RBI=0.00626398;REFB=-0.0137945;REVB=-0.005949;RO=36;SAF=7;SAR=28;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166626;STB=0.596801;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0548367;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:37:35:37:0.4625:28:7:12:24:30:7:12:25 chr6 128403745 . A G 1395.4 PASS AF=0.958763;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0274236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7155;QD=57.5422;RBI=0.0274677;REFB=-0.161151;REVB=0.00155554;RO=4;SAF=44;SAR=46;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411557;STB=0.520404;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0147957;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:94:97:4:4:90:93:0.958763:46:44:4:0:46:47:4:0 chr6 129381026 . C A 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.823;QD=57.8351;RBI=0.0203241;REFB=-0.0682537;REVB=0.00976061;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178329;STB=0.509431;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000791993;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:26:43:0:1:26:43:0:1 chr6 129511373 . T C 674.2 PASS AF=0.472222;AO=68;DP=144;FAO=68;FDP=144;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00306487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.655;QD=18.7277;RBI=0.00778925;REFB=-0.0192547;REVB=0.00716093;RO=75;SAF=38;SAR=30;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186645;STB=0.599486;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0148881;OID=.;OPOS=129511373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:75:76:68:68:0.472222:30:38:27:48:30:38:28:48 chr6 129612808 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.358;QD=60.8836;RBI=0.0350496;REFB=0;REVB=0.0347642;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5041e-05;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr6 129722389 . A G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0115546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.502;QD=15.6455;RBI=0.0231503;REFB=-0.0250454;REVB=0.0200606;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282491;STB=0.516114;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0285143;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:15:14:10:12:15:14 chr6 129722425 . G A 163.58 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.125135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3804;QD=11.0902;RBI=0.125433;REFB=-0.0375336;REVB=-0.00864325;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958943;STB=0.535681;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0586646;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:36:38:21:21:0.355932:11:10:14:22:11:10:16:22 chr6 129762112 . G A 423.19 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00808604;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.952;QD=23.1886;RBI=0.00974653;REFB=-0.00542961;REVB=0.00544157;RO=32;SAF=22;SAR=18;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875563;STB=0.542817;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00434709;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:18:22:21:11:18:23:21:11 chr6 129807629 . C T 157.07 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00308402;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.041;QD=9.51934;RBI=0.0983171;REFB=-0.0190808;REVB=-0.0982687;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434226;STB=0.761655;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0233502;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:21:21:0.318182:5:16:17:27:5:16:17:28 chr6 129807699 . G C 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00355964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.148;QD=11.8202;RBI=0.0334722;REFB=-0.0148555;REVB=-0.0332824;RO=42;SAF=19;SAR=6;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334268;STB=0.70174;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0261758;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:25:25:0.367647:6:19:20:22:6:19:20:23 chr6 129807714 . G A 405.9 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00474821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.377;QD=26.1874;RBI=0.0432082;REFB=-0.00732999;REVB=0.0429465;RO=23;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187023;STB=0.601915;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00522901;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:21:18:17:6:21:18:17:6 chr6 129814566 . G A 619.5 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0185561;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.9;QD=20.8234;RBI=0.020994;REFB=-0.0236802;REVB=-0.00981937;RO=53;SAF=22;SAR=40;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166715;STB=0.601638;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0267768;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:53:57:62:62:0.521008:40:22:29:24:40:22:32:25 chr6 129824266 . A C 236.5 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0222003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.078;QD=13.5141;RBI=0.023422;REFB=-0.0138711;REVB=0.00746579;RO=42;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104251;STB=0.559281;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0138305;OID=.;OPOS=129824266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:12:16:28:14:12:16:28:14 chr6 129927014 . A G 1989.22 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2175;QD=62.1632;RBI=0.0200819;REFB=0;REVB=0.0197354;RO=0;SAF=68;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09728e-05;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:60:68:0:0:60:68:0:0 chr6 130031215 . T C 1933.64 PASS AF=0.977099;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00797272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7429;QD=59.0425;RBI=0.0648497;REFB=-0.161334;REVB=0.0643578;RO=2;SAF=75;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179225;STB=0.513759;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0109302;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:129:131:2:3:127:128:0.977099:52:75:0:2:53:75:0:3 chr6 130374102 . C A 667.01 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5063;QD=62.0478;RBI=0.104584;REFB=0;REVB=-0.104338;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154528;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:40:43:1:15:25:0:0:18:25:0:0 chr6 130381246 . T C 1335.23 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.533;QD=62.1039;RBI=0.0189928;REFB=0;REVB=0.0157041;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66508e-05;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:48:37:0:0:48:38:0:0 chr6 130537005 . G A 972.81 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.535;QD=58.9582;RBI=0.0519538;REFB=0;REVB=-0.012344;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010517;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:30:36:0:0 chr6 130763224 . T A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0074732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.256;QD=20.8097;RBI=0.00766861;REFB=-0.00319454;REVB=0.00172015;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401138;STB=0.522574;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0020319;OID=.;OPOS=130763224;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:13:10:9:14:13:10 chr6 131148737 . G A 1978.84 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242349;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.885;QD=62.3257;RBI=0.0242431;REFB=0;REVB=0.00063171;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79788e-06;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:126:127:1:61:65:0:0:62:65:0:0 chr6 131156102 . G T 1156.14 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=352.863;QD=58.5386;RBI=0.0167263;REFB=-0.104918;REVB=-0.00611506;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506665;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-2.58224e-05;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:77:78:0.987342:36:41:0:0:37:41:0:1 chr6 131160876 . G T 987.06 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.752;QD=58.9292;RBI=0.076901;REFB=0;REVB=0.0768602;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97627e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:19:46:0:0:20:47:0:0 chr6 131161504 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0262381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.698;QD=13.4559;RBI=0.0328946;REFB=-0.0194978;REVB=0.0198399;RO=15;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291871;STB=0.517209;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0171517;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:2:9:12:3:2:9:12:3 chr6 131184770 . T G 134.15 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0241118;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.629;QD=10.7318;RBI=0.0241231;REFB=-0.0156693;REVB=0.000739154;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389323;STB=0.736563;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.052767;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:11:5:22:11:11:5:23:11 chr6 131520655 . G A 184.09 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0169433;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.178;QD=14.161;RBI=0.0388337;REFB=-0.0116524;REVB=-0.0349425;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990281;STB=0.531886;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0152173;OID=.;OPOS=131520655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:21:22:0.423077:10:11:18:11:10:12:18:12 chr6 132141692 . A T 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0142818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.188;QD=22.4365;RBI=0.0251345;REFB=-0.0233801;REVB=0.0206827;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324532;STB=0.517875;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0281333;OID=.;OPOS=132141692;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:18:20:17:13:18:20:17:13 chr6 132172368 . A C 441.83 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00532306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7787;QD=18.6035;RBI=0.00698458;REFB=0.00446377;REVB=0.00452209;RO=49;SAF=22;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869158;STB=0.547854;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00685007;OID=.;OPOS=132172368;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:50:44:45:0.473684:22:22:20:29:22:23:21:29 chr6 132193272 . AT A 35.59 PASS AF=0.297297;AO=7;DP=35;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.181282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.8243;QD=3.8481;RBI=0.235212;REFB=0.00343524;REVB=0.149872;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165355;STB=0.512173;STBP=0.993;TYPE=del;VARB=0.0574953;OID=.;OPOS=132193273;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297297:7:35:11:37:26:9:2:21:5:35:27:5:2:22:5 chr6 132212742 . A C 345.38 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00125291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.279;QD=16.0641;RBI=0.0143128;REFB=-0.00619087;REVB=-0.0142578;RO=49;SAF=25;SAR=12;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708961;STB=0.549768;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00898389;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:48:37:38:0.44186:12:25:30:19:12:26:29:19 chr6 132212808 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0156644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1741;QD=13.7273;RBI=0.0158905;REFB=-0.016237;REVB=-0.00267122;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042925;STB=0.527005;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0349383;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:36:25:25:0.409836:10:15:19:15:10:15:20:16 chr6 132271952 . G C 915.14 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.764;QD=57.1965;RBI=0.0935772;REFB=0;REVB=0.0865039;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601419;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:24:39:0:1:25:39:0:0 chr6 132271959 . T G 936.29 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4857;QD=58.5182;RBI=0.0701644;REFB=0;REVB=0.0115803;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402537;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr6 132271979 . AT A,AG 858.57 PASS AF=0.540984,0.459016;AO=9,50;DP=61;FAO=33,28;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=17,12;FSAR=16,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0721772,-0.0776028;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.944,94.9252;QD=56.2994;RBI=0.0747385,0.0825867;REFB=0,0;REVB=0.0193983,-0.0282555;RO=0;SAF=7,22;SAR=2,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.15703e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00637792,0.0833417;OID=.,.;OPOS=132271980,132271980;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.540984,0.459016:9,50:61:33,28:61:0:17,12:16,16:0:0:99:0:7,22:2,28:0:0 chr6 132859609 . T A 2300.87 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=63.4722;RBI=0.0497452;REFB=0;REVB=0.032727;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70111e-05;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:145:0:0:141:145:1:55:86:0:0:55:90:0:0 chr6 132910612 . G A 375.39 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0130623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6518;QD=18.3118;RBI=0.0666599;REFB=-0.022669;REVB=0.0653676;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884177;STB=0.549288;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0269179;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:20:19:25:18:20:19:25:18 chr6 132966348 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0404533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.385;QD=13.661;RBI=0.112463;REFB=-0.0339299;REVB=-0.104935;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221956;STB=0.6284;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0395729;OID=.;OPOS=132966348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:15:6:7:7:15:6 chr6 133035098 . G A 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.512;QD=62.0077;RBI=0.0102221;REFB=0;REVB=0.00546399;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88326e-06;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:41:43:0:0:41:43:0:0 chr6 133045812 . G A 783.21 PASS AF=0.482143;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0173098;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.035;QD=18.6478;RBI=0.0247219;REFB=-0.0142199;REVB=-0.0176506;RO=86;SAF=46;SAR=35;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530457;STB=0.532494;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.018081;OID=.;OPOS=133045812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:86:87:81:81:0.482143:35:46:44:42:35:46:44:43 chr6 133045902 . A G 407.3 PASS AF=0.412281;AO=46;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0434183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2899;QD=14.2913;RBI=0.0497478;REFB=0.0109078;REVB=0.0242835;RO=67;SAF=24;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108769;STB=0.566676;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0146495;OID=.;OPOS=133045902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:67:67:46:47:0.412281:22:24:28:39:22:25:28:39 chr6 133052616 . C T 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0108321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.898;QD=18.9388;RBI=0.0314015;REFB=-0.0211863;REVB=-0.029474;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177828;STB=0.598522;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0190221;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:22:7:13:17:22:7 chr6 133070995 . G T 1580.44 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.155;QD=59.6391;RBI=0.0280902;REFB=0;REVB=0.0135493;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18877e-06;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:53:51:0:0:54:52:0:0 chr6 133072650 . A G 476.25 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00612855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.407;QD=21.8964;RBI=0.00883346;REFB=0.00344578;REVB=0.00636167;RO=41;SAF=27;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187839;STB=0.603532;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00456565;OID=.;OPOS=133072650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:41:46:46:0.528736:19:27:15:26:19:27:15:26 chr6 133074645 . A G 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=0.0592922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.682;QD=12.6193;RBI=0.0595965;REFB=-0.00193556;REVB=0.00601488;RO=38;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143324;STB=0.581334;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00322531;OID=.;OPOS=133074645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:18:6:6:32:18:6:6:32 chr6 133074663 . T C 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.0739474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5266;QD=10.4725;RBI=0.0874201;REFB=0.0157647;REVB=-0.0466267;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163657;STB=0.595057;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0307849;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:13:4:5:30:13:4:5:30 chr6 133077063 . T C 573.1 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0153363;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.798;QD=17.6338;RBI=0.0184067;REFB=-0.0128459;REVB=0.0101785;RO=70;SAF=36;SAR=24;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708474;STB=0.539419;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0194856;OID=.;OPOS=133077063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:70:70:60:60:0.461538:24:36:37:33:24:36:37:33 chr6 133105136 . A G 455.25 PASS AF=0.479167;AO=44;DP=93;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00932343;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.025;QD=18.9686;RBI=0.0144643;REFB=-0.00726773;REVB=-0.0110585;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144527;STB=0.561997;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0131431;OID=.;OPOS=133105136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:49:50:44:46:0.479167:19:25:35:14:19:27:35:15 chr6 133135886 . A G 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000213845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.239;QD=16.1191;RBI=0.00186351;REFB=-0.0138255;REVB=0.0018512;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0265966;OID=.;OPOS=133135886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:9:4:6:6:9:4 chr6 133594108 . A G 36.09 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=0.0109044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7941;QD=1.30057;RBI=0.0547264;REFB=0.00058867;REVB=-0.053629;RO=100;SAF=9;SAR=1;SRF=65;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367884;STB=0.817412;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0120209;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:111:111:100:101:10:10:0.0900901:1:9:65:35:1:9:65:36 chr6 133849966 . C T 438.23 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00444368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.491;QD=17.7064;RBI=0.0267375;REFB=-0.00307209;REVB=-0.0263657;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101513;STB=0.566473;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00431982;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:53:54:44:45:0.454545:22:22:32:21:23:22:33:21 chr6 133850246 . AC A 233.7 PASS AF=0.5;AO=33;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0315978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.5656;QD=12.9836;RBI=0.0442936;REFB=-0.0204954;REVB=-0.0310403;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=0.0906352;STB=0.547258;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.0272094;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:33:72:36:72:36:25:11:22:14:99:36:23:10:22:14 chr6 133852131 . T A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0154931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.408;QD=9.19975;RBI=0.0170165;REFB=-0.0248773;REVB=-0.00703742;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224998;STB=0.636016;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0382974;OID=.;OPOS=133852131;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:3:10:4:3:3:10 chr6 134308786 . G A 71.31 PASS AF=0.133333;AO=22;DP=135;FAO=18;FDP=135;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=-0.220916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8698;QD=2.11291;RBI=0.23874;REFB=-0.0462318;REVB=-0.0905135;RO=108;SAF=10;SAR=12;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107846;STB=0.578859;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.319206;OID=.;OPOS=134308786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:135:135:108:117:22:18:0.133333:12:10:50:58:11:7:56:61 chr6 134493397 . G A 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.949;QD=57.8231;RBI=0.0457247;REFB=-0.0150669;REVB=0.0124455;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000907296;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr6 134578241 . T C 467.09 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=0.028817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7473;QD=16.8322;RBI=0.064433;REFB=-0.0197215;REVB=0.0576298;RO=60;SAF=21;SAR=30;SRF=17;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13251;STB=0.573485;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0233993;OID=.;OPOS=134578241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:30:21:17:43:30:21:17:43 chr6 135250256 . A C 572.81 PASS AF=0.5;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0300382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.397;QD=19.4174;RBI=0.0330477;REFB=-0.00447721;REVB=0.0137788;RO=57;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296999;STB=0.508575;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00270411;OID=.;OPOS=135250256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:59:59:59:0.5:26:33:30:27:26:33:32:27 chr6 135287533 . A G 300.1 PASS AF=0.382022;AO=32;DP=87;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.0070283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.924;QD=13.4876;RBI=0.00724668;REFB=-0.00135712;REVB=0.00176562;RO=54;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162863;STB=0.578269;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00213799;OID=.;OPOS=135287533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:54:55:32:34:0.382022:16:16:35:19:16:18:36:19 chr6 135358567 . T G 148.33 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0040309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.15;QD=17.9789;RBI=0.0187352;REFB=-0.0327434;REVB=0.0182964;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313904;STB=0.688275;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0521888;OID=.;OPOS=135358567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:15:16:0.484848:11:4:10:7:12:4:10:7 chr6 135375762 . G A 154.96 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00645391;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.79;QD=14.4149;RBI=0.00737111;REFB=-0.00138984;REVB=-0.00356094;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05285;STB=0.53069;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00208256;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:14:12:7:10:14:12 chr6 135754208 . A G 295.68 PASS AF=0.613636;AO=25;DP=42;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0627697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.851;QD=26.8799;RBI=0.0630402;REFB=-0.015021;REVB=0.00583303;RO=16;SAF=17;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181702;STB=0.603096;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.017107;OID=.;OPOS=135754208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:16:17:25:27:0.613636:8:17:7:9:9:18:7:10 chr6 136582401 . A T 42.81 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00343174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.185;QD=5.1894;RBI=0.00538408;REFB=-2.41612e-05;REVB=0.00414867;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309932;STB=0.699491;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000668269;OID=.;OPOS=136582401;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:18:8:4:3:18:8 chr6 136582417 . G A 113.61 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0377583;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.477;QD=7.97265;RBI=0.0379854;REFB=-0.0141708;REVB=-0.00414729;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431315;STB=0.526034;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0687638;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:41:41:16:16:0.280702:6:10:27:14:6:10:27:14 chr6 136582497 . G T 437.48 PASS AF=0.343558;AO=49;DP=155;FAO=56;FDP=163;FR=.;FRO=107;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0112336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.774;QD=10.7358;RBI=0.024631;REFB=-0.0147516;REVB=-0.0219201;RO=101;SAF=34;SAR=15;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241866;STB=0.574776;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.03098;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:163:101:107:49:56:0.343558:15:34:50:51:21:35:55:52 chr6 136597004 . A G 140.87 PASS AF=0.20339;AO=24;DP=118;FAO=24;FDP=118;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=32;FWDB=-0.0127776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.221;QD=4.77516;RBI=0.0283898;REFB=0.00447981;REVB=0.0253518;RO=93;SAF=19;SAR=5;SRF=62;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200049;STB=0.634353;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0259645;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:93:94:24:24:0.20339:5:19:62:31:5:19:62:32 chr6 136597262 . T C 262.06 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00925787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.051;QD=12.479;RBI=0.0105454;REFB=-0.0125927;REVB=0.00504944;RO=53;SAF=19;SAR=12;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196479;STB=0.61283;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0181828;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:12:19:23:30:12:19:23:30 chr6 136597281 . A T 251.57 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0107675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.871;QD=12.7378;RBI=0.0229904;REFB=-0.00889835;REVB=-0.0203131;RO=49;SAF=21;SAR=9;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280526;STB=0.661307;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00720863;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:9:21:22:27:9:21:22:27 chr6 136597288 . A C 190.68 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00236282;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.705;QD=11.3841;RBI=0.00242976;REFB=-0.00211229;REVB=-0.000566409;RO=42;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389662;STB=0.732626;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0204716;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:43:24:24:0.358209:6:18:17:25:6:18:17:26 chr6 136599393 . G C 77.15 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00533173;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.122;QD=11.869;RBI=0.0270898;REFB=0.0125395;REVB=-0.0265599;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662543;STB=0.539915;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0208912;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:16:16:10:10:0.384615:1:9:14:2:1:9:14:2 chr6 136599404 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.052159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6967;QD=11.8302;RBI=0.103281;REFB=-0.0403206;REVB=0.0891429;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230469;STB=0.642645;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0666581;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:3:8:15:2:3:8:16:2 chr6 136599514 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTT 30.18 PASS AF=0.0873786,0.0485437,0.00970874;AO=20,5,4;DP=103;FAO=9,5,1;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=7,5,1;FSAR=2,0,0;FSRF=54;FSRR=34;FWDB=-0.0326922,0.0416337,-0.0228894;FXX=0;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.76374,27.3915,77.243;QD=1.17209;RBI=0.246519,0.140519,0.0229742;REFB=-0.102592,-0.0550164,-0.0113579;REVB=0.244341,0.13421,-0.00197261;RO=64;SAF=19,5,4;SAR=1,0,0;SRF=37;SRR=27;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.625701,0.510282,0.459878;STB=0.673377,0.997473,0.987928;STBP=0.342,0.039,0.499;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.148212,0.102442,0.122834;OID=.,.,.;OPOS=136599515,136599520,136599514;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,TC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,TCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:103:103:64:88:20,5,4:9,5,1:0.0873786,0.0485437,0.00970874:1,0,0:19,5,4:37:27:2,0,0:7,5,1:54:34 chr6 136599822 . C G 99.9 PASS AF=0.171429;AO=18;DP=106;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.0152594;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.722;QD=3.80586;RBI=0.0155986;REFB=-0.00763144;REVB=-0.00323526;RO=87;SAF=9;SAR=9;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154098;STB=0.599893;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0444148;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:87:87:18:18:0.171429:9:9:54:33:9:9:54:33 chr6 136599836 . G A 70.72 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0293368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.703;QD=2.82892;RBI=0.0500341;REFB=0.000370439;REVB=-0.040531;RO=84;SAF=8;SAR=6;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459878;STB=0.52937;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00392815;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:84:86:14:14:0.14:6:8:51:33:6:8:52:34 chr6 136599842 . G A 69.12 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=-0.0646607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6993;QD=2.76473;RBI=0.065111;REFB=-0.00576812;REVB=-0.00764444;RO=85;SAF=7;SAR=7;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170962;STB=0.609851;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0383772;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:100:100:85:86:14:14:0.14:7:7:54:31:7:7:54:32 chr6 136682172 . G A 787.94 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230458;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8145;QD=57.3048;RBI=0.150573;REFB=0;REVB=0.148799;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144184;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr6 136888782 . T C 727.98 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0395465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.605;QD=51.9986;RBI=0.0414782;REFB=-0.215175;REVB=0.0125106;RO=2;SAF=34;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104968;STB=0.505778;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00167331;OID=.;OPOS=136888782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:19:34:1:1:19:35:1:1 chr6 136977568 . T C 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0237398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.32;QD=8.69803;RBI=0.0237796;REFB=0.00548493;REVB=-0.00137513;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0157133;OID=.;OPOS=136977568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:8:5:4:3:8:6 chr6 137026266 . T G 766.15 PASS AF=0.366534;AO=92;DP=252;FAO=92;FDP=251;FR=.;FRO=159;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=0.0656828;FXX=0.00790483;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.502;QD=12.2096;RBI=0.0662621;REFB=-0.00156866;REVB=0.00874295;RO=149;SAF=53;SAR=39;SRF=77;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657605;STB=0.558465;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00387982;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:149:159:92:92:0.366534:39:53:77:72:39:53:77:82 chr6 137113137 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0116254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.786;QD=11.9193;RBI=0.0565298;REFB=-0.00750038;REVB=0.0553215;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625044;STB=0.856122;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0208842;OID=.;OPOS=137113137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:6:1:7:1:6:1:7:2 chr6 137176884 . C T 256.72 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0162242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.23;QD=11.2843;RBI=0.0169818;REFB=-0.0108112;REVB=0.00501559;RO=59;SAF=15;SAR=16;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239251;STB=0.641266;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0164879;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:60:31:31:0.340659:16:15:41:18:16:15:42:18 chr6 137325847 . C T 770.58 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8713;QD=64.2151;RBI=0.0214811;REFB=0;REVB=0.0139356;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361057;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:18:23:0:0:20:28:0:0 chr6 137519238 . A G 449.15 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0388387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.187;QD=17.275;RBI=0.0683097;REFB=0.00282294;REVB=0.0561941;RO=55;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871168;STB=0.500589;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00240547;OID=.;OPOS=137519238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:48:49:0.471154:24:24:27:28:25:24:27:28 chr6 138196093 . G A 596.9 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00756317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5983;QD=17.9519;RBI=0.0703651;REFB=-0.0317389;REVB=-0.0699575;RO=71;SAF=38;SAR=24;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117755;STB=0.565455;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00771683;OID=.;OPOS=138196093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:24:38:35:36:24:38:35:36 chr6 138413269 . A G 291.41 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0283484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9227;QD=16.8933;RBI=0.0310245;REFB=0.0079128;REVB=0.0126052;RO=37;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28997;STB=0.662658;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0103978;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:11:21:13:24:11:21:13:24 chr6 138413333 . G C 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0160396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.335;QD=17.5645;RBI=0.0168336;REFB=-0.0227874;REVB=0.00510882;RO=35;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31504;STB=0.676064;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0214828;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:11:21:11:24:11:21:11:24 chr6 138539182 . TA AG,TAG 218.47 PASS AF=0.04,0.46;AO=2,22;DP=50;FAO=2,23;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=2,14;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00239579,0.0394645;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=188.904,21.4523;QD=17.4773;RBI=0.0324353,0.0763059;REFB=-0.000650568,0.0305738;REVB=-0.0323467,0.0653081;RO=25;SAF=2,14;SAR=0,8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44242,0.0364213;STB=0.993767,0.50474;STBP=0.201,0.949;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0812503,-0.0296926;OID=.,.;OPOS=138539182,138539184;OREF=TA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:25:25:2,22:2,23:0.04,0.46:0,8:2,14:15:10:0,9:2,14:15:10 chr6 138539315 . A G 670.93 PASS AF=0.447853;AO=73;DP=163;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.00295204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8506;QD=16.4646;RBI=0.0461051;REFB=0.00305189;REVB=0.0460105;RO=90;SAF=41;SAR=32;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616461;STB=0.534242;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00438738;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:90:90:73:73:0.447853:32:41:56:34:32:41:56:34 chr6 138539556 . T C 354.92 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0675365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.471;QD=16.3183;RBI=0.0749213;REFB=-0.0114759;REVB=0.032435;RO=49;SAF=23;SAR=15;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728576;STB=0.540868;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0225849;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:15:23:33:16:15:23:33:16 chr6 138584685 . T G 509.73 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00762003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.322;QD=16.8505;RBI=0.0206869;REFB=-0.0218562;REVB=-0.0192324;RO=66;SAF=35;SAR=20;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932071;STB=0.552031;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0268376;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:20:35:36:30:20:35:36:30 chr6 138753337 . C T 611.16 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.73;QD=61.1157;RBI=0.0617185;REFB=0;REVB=0.0514933;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114493;OID=.;OPOS=138753337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:15:23:0:0:16:24:0:0 chr6 138754323 . A G 1676.45 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.907;QD=60.4126;RBI=0.0267175;REFB=0;REVB=0.00021935;RO=0;SAF=68;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68665e-05;OID=.;OPOS=138754323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:43:68:0:0:43:68:0:0 chr6 138754715 . C T 325.83 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00890531;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.897;QD=17.6124;RBI=0.0118175;REFB=-0.029595;REVB=0.00776844;RO=39;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100151;STB=0.55619;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0414462;OID=.;OPOS=138754715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:11:24:23:16:11:24:23:16 chr6 139013188 . C T 558.59 PASS AF=0.491525;AO=54;DP=116;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.000850886;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.542;QD=18.9354;RBI=0.040356;REFB=-0.0149556;REVB=0.040347;RO=61;SAF=25;SAR=29;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259615;STB=0.642155;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0185862;OID=.;OPOS=139013188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:61:60:54:58:0.491525:29:25:45:16:32:26:44:16 chr6 139017780 . G A 666.41 PASS AF=0.5;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=132;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0191696;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8116;QD=20.1943;RBI=0.0201244;REFB=-0.0100214;REVB=-0.00612523;RO=67;SAF=36;SAR=30;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075589;STB=0.546205;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00858702;OID=.;OPOS=139017780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:67:66:66:66:0.5:30:36:42:25:30:36:42:24 chr6 139017815 . A G 611.51 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=121;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0134858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.727;QD=20.0496;RBI=0.0465904;REFB=-0.0247462;REVB=-0.044596;RO=59;SAF=32;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534129;STB=0.533146;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0286458;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:59:60:62:62:0.508197:30:32:34:25:30:32:35:25 chr6 139094638 . A G 197.34 PASS AF=0.4;AO=24;DP=63;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.0363124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2828;QD=12.1442;RBI=0.0420416;REFB=-0.0112993;REVB=0.0211873;RO=37;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907339;STB=0.576416;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.043396;OID=.;OPOS=139094638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:37:39:24:26:0.4:6:18:30:7:8:18:31:8 chr6 139097232 . C T 302.25 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0198713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.949;QD=19.4997;RBI=0.0256162;REFB=-0.0142156;REVB=-0.0161654;RO=28;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138352;STB=0.56246;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0126796;OID=.;OPOS=139097232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:30:32:32:0.516129:12:20:13:15:12:20:15:15 chr6 139197609 . G A 98.92 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0540026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.42;QD=14.6542;RBI=0.0631395;REFB=-0.0222336;REVB=-0.0327157;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953953;STB=0.555464;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0224061;OID=.;OPOS=139197609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:6:9:6:6:6:9 chr6 141004964 . G GT,GTC,T 1759.52 PASS AF=0.833333,0.121212,0.0454545;AO=90,16,20;DP=146;FAO=110,16,6;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=40,13,5;FSAR=70,3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698504,0.051281,-0.0874783;FXX=0.0364937;HRUN=0,0,2;LEN=1,2,1;MLLD=27.7933,18.7452,19.5717;QD=53.3188;RBI=0.0698507,0.0629037,0.0876219;REFB=0,0,0;REVB=0.000200733,0.0364298,0.0050142;RO=14;SAF=20,15,19;SAR=70,1,1;SRF=14;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.242963,-0.290796,-0.247684;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.00293795,-0.00883118,0.0328292;OID=.,.,.;OPOS=141004965,141004965,141004964;OREF=-,-,G;OALT=T,TC,T;OMAPALT=GT,GTC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:146:132:14:0:90,16,20:110,16,6:0.833333,0.121212,0.0454545:70,1,1:20,15,19:14:0:70,3,1:40,13,5:0:0 chr6 142691549 . A C 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0162752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.259;QD=7.25973;RBI=0.0166982;REFB=-0.0048271;REVB=0.00373434;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228223;STB=0.640766;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0142229;OID=.;OPOS=142691549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:20:9:5:5:20:9 chr6 142703137 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00418614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.847;QD=19.0581;RBI=0.0275925;REFB=-0.0213573;REVB=-0.0272731;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11199;STB=0.583241;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0186143;OID=.;OPOS=142703137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:5:14:12:7:5:14:12:8 chr6 142718801 . G A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.797;QD=62.7615;RBI=0.0352922;REFB=0;REVB=0.012939;RO=0;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17016e-05;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:38:51:0:0:38:51:0:0 chr6 142738314 . CTTCTT C,CTTCAT 567.38 PASS AF=0.477477,0.0540541;AO=52,10;DP=117;FAO=53,6;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=23,2;FSAR=30,4;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00357481,-0.0063542;FXX=0.0430997;HRUN=2,4;LEN=5,1;MLLD=243.421,105.261;QD=20.4459;RBI=0.0116574,0.00639645;REFB=-0.00852867,0.00239904;REVB=0.0110957,0.00073401;RO=48;SAF=23,3;SAR=29,7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0505459,-0.251823;STB=0.532982,0.650655;STBP=0.528,0.47;TYPE=del,snp;VARB=0.0074276,0.0257368;OID=.,.;OPOS=142738315,142738318;OREF=TTCTT,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.477477,0.0540541:52,10:117:53,6:111:52:23,2:30,4:26:26:99:48:23,3:29,7:24:24 chr6 142758631 . A G 1044.49 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0577;QD=59.685;RBI=0.0430834;REFB=0;REVB=0.0123686;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230863;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:27:43:0:0 chr6 143074700 . T C 874.35 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5484;QD=57.3342;RBI=0.0623467;REFB=0;REVB=0.0623243;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791531;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:21:38:0:0:21:40:0:0 chr6 143090734 . T C 354.97 PASS AF=0.436782;AO=39;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0137902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6995;QD=16.3202;RBI=0.0138266;REFB=0.0134843;REVB=0.00100298;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535435;STB=0.517232;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0181808;OID=.;OPOS=143090734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:39:38:0.436782:19:20:22:26:19:19:23:26 chr6 143091263 . A G 1388.83 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000383975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.044;QD=61.7256;RBI=0.0133718;REFB=0;REVB=0.0133663;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71252e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:86:90:1:40:46:0:0:43:47:0:0 chr6 143091769 . G A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0445914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8323;QD=16.8739;RBI=0.0500525;REFB=-0.00586451;REVB=-0.0227346;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00532188;OID=.;OPOS=143091769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:17:9:9:11:17:9 chr6 143382110 . T C 1241.75 PASS AF=0.508;AO=124;DP=247;FAO=127;FDP=250;FR=.;FRO=123;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0425693;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6256;QD=19.868;RBI=0.0773384;REFB=-0.0313036;REVB=-0.0645684;RO=121;SAF=70;SAR=54;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231944;STB=0.507041;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0323449;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:250:121:123:124:127:0.508:54:70:68:53:55:72:68:55 chr6 143745915 . A G 1403.28 PASS AF=0.958333;AO=93;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.066455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4473;QD=58.4701;RBI=0.081824;REFB=-0.0887393;REVB=0.0477379;RO=2;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187949;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:2:4:93:92:0.958333:46:47:0:2:46:46:2:2 chr6 143792675 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.567;QD=57.6794;RBI=0.00905529;REFB=0;REVB=0.00896762;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34772e-05;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr6 143816859 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.234;QD=58.7812;RBI=0.00880341;REFB=0;REVB=-0.00847062;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65717e-05;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:15:50:0:0:15:50:0:0 chr6 144081768 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00803733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.718;QD=16.199;RBI=0.00825772;REFB=0.064176;REVB=0.00189505;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.020124;OID=.;OPOS=144081768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr6 144537771 . T C 313.51 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.000165392;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.478;QD=14.0903;RBI=0.0133637;REFB=-0.00908277;REVB=0.0133627;RO=54;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103085;STB=0.558314;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00833679;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:54:54:35:35:0.393258:23:12:14:40:23:12:14:40 chr6 144758799 . A G 237.58 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0253901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8997;QD=13.7727;RBI=0.0281597;REFB=0.00212609;REVB=0.0121784;RO=40;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409445;STB=0.529759;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00238782;OID=.;OPOS=144758799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:13:15:23:17:13:15:24:17 chr6 144835059 . G A 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0256435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.757;QD=15.3988;RBI=0.0257882;REFB=-0.0177421;REVB=0.00272783;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800966;STB=0.545141;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0197896;OID=.;OPOS=144835059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:37:20:17:23:37:20 chr6 144852201 . G A 301.88 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0144139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5718;QD=14.3754;RBI=0.0329851;REFB=-0.0205063;REVB=-0.0296691;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1038;STB=0.547023;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0334367;OID=.;OPOS=144852201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:50:34:34:0.404762:15:19:22:26:15:19:24:26 chr6 144869785 . A G 748.72 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00247373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.532;QD=51.636;RBI=0.0567876;REFB=0.0632344;REVB=0.0567337;RO=2;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587833;STB=0.525087;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.000411421;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:15:40:0:2:15:40:1:2 chr6 144878337 . G T 542.31 PASS AF=0.478992;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.000589443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.802;QD=18.2289;RBI=0.0175142;REFB=-0.0317461;REVB=0.0175043;RO=53;SAF=32;SAR=24;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137673;STB=0.541615;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0348608;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:53:62:56:57:0.478992:24:32:22:31:24:33:31:31 chr6 145051594 . G A 223.93 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0309416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.748;QD=17.2254;RBI=0.0346665;REFB=-0.00588644;REVB=-0.0156327;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919185;STB=0.545416;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00533294;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:24:25:0.480769:19:5:7:18:20:5:7:20 chr6 145167978 . C G 675.0 PASS AF=0.4;AO=74;DP=188;FAO=76;FDP=190;FR=.;FRO=114;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=57;FWDB=0.0058176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.191;QD=14.2104;RBI=0.016239;REFB=-0.0158062;REVB=0.0151612;RO=113;SAF=41;SAR=33;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535328;STB=0.531711;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0252596;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:113:114:74:76:0.4:33:41:57:56:34:42:57:57 chr6 145172505 . A G 551.39 PASS AF=0.504425;AO=57;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00907563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8309;QD=19.5184;RBI=0.012176;REFB=-0.000367677;REVB=0.00811717;RO=56;SAF=41;SAR=16;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134439;STB=0.574532;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000324778;OID=.;OPOS=145172505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:57:57:0.504425:16:41:33:23:16:41:33:23 chr6 145503887 . G A 464.13 PASS AF=0.381295;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=139;FR=.;FRO=86;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0045061;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.613;QD=13.3562;RBI=0.0079482;REFB=-0.0216838;REVB=0.00654744;RO=82;SAF=31;SAR=22;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396183;STB=0.509609;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.032301;OID=.;OPOS=145503887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:82:86:53:53:0.381295:22:31:45:37:22:31:49:37 chr6 145822992 . A G 301.3 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0478123;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4784;QD=14.014;RBI=0.0515847;REFB=-0.00191281;REVB=0.0193639;RO=52;SAF=21;SAR=13;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14757;STB=0.572684;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00409148;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:52:52:34:34:0.395349:13:21:25:27:13:21:26:26 chr6 145823642 . G A 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0180313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.575;QD=15.8859;RBI=0.0193624;REFB=-0.00723737;REVB=0.00705517;RO=42;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356784;STB=0.520122;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00984499;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:13:20:24:18:13:20:24:18 chr6 146112348 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.748;QD=35.5759;RBI=0.0450811;REFB=0;REVB=0.00889417;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010674;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 146234644 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5819;QD=57.1753;RBI=0.0470324;REFB=0;REVB=-0.0423408;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711617;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr6 146755140 . G A 154.76 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0289578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.201;QD=10.1484;RBI=0.0358916;REFB=-0.0117819;REVB=-0.021205;RO=36;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209588;STB=0.644305;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0493234;OID=.;OPOS=146755140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:40:19:21:0.344262:7:12:16:20:7:14:18:22 chr6 146755324 . T C 238.47 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0016712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.589;QD=16.7346;RBI=0.014648;REFB=-0.00685561;REVB=-0.0145524;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931775;STB=0.541802;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00755678;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:30:25:27:0.473684:14:11:10:19:15:12:11:19 chr6 146755515 . T G 202.1 PASS AF=0.366197;AO=23;DP=67;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00401413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.454;QD=11.3862;RBI=0.00420746;REFB=-0.0137053;REVB=0.00126076;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16505;STB=0.595112;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0263442;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:41:45:23:26:0.366197:10:13:17:24:10:16:21:24 chr6 146755560 . T G 141.82 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0217514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.507;QD=9.61489;RBI=0.0396214;REFB=-0.0225773;REVB=-0.0331169;RO=40;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272716;STB=0.516112;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0497562;OID=.;OPOS=146755560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:10:9:18:22:10:9:18:22 chr6 146755842 . C A 248.26 PASS AF=0.314286;AO=33;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.011735;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.489;QD=9.45736;RBI=0.0139556;REFB=-0.00714334;REVB=0.00755302;RO=70;SAF=11;SAR=22;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247663;STB=0.645072;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0127832;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:70:72:33:33:0.314286:22:11:38:32:22:11:39:33 chr6 146993445 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2864;QD=62.1596;RBI=0.0269741;REFB=0;REVB=-0.0114895;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10277e-05;OID=.;OPOS=146993445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr6 147106841 . A G 945.8 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0736309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6075;QD=53.2844;RBI=0.0835894;REFB=-0.187799;REVB=0.0395687;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.530294;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0122973;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:71:71:1:4:67:67:0.943662:36:31:1:0:36:31:4:0 chr6 147136212 . A T 1713.04 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.441;QD=60.6386;RBI=0.0490498;REFB=0;REVB=0.00698453;RO=0;SAF=73;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88177e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:40:73:0:0:40:73:0:0 chr6 147136244 . A G 1400.98 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0452;QD=61.5815;RBI=0.0948315;REFB=0;REVB=0.0494941;RO=1;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149969;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:91:1:0:88:91:1:39:49:1:0:39:52:0:0 chr6 147635385 . C G 235.64 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00818643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1279;QD=11.0891;RBI=0.0407896;REFB=-0.00811822;REVB=-0.0399597;RO=56;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890326;STB=0.551455;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00681459;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:29:29:0.341176:17:12:19:37:17:12:19:37 chr6 147635413 . A G 211.76 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=0.00954653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.228;QD=10.0836;RBI=0.0111425;REFB=0.00326663;REVB=-0.00574629;RO=57;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113278;STB=0.565903;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00814257;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:16:11:18:39:16:11:18:39 chr6 147680359 . A G 365.45 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00610945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7003;QD=14.6181;RBI=0.0365686;REFB=-0.00476722;REVB=-0.0360547;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803303;STB=0.549975;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0064068;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:20:20:34:25:20:20:35:25 chr6 147830073 . C T 1516.14 PASS AF=0.435829;AO=163;DP=375;FAO=163;FDP=374;FR=.;FRO=211;FSAF=84;FSAR=79;FSRF=141;FSRR=70;FWDB=0.0160487;FXX=0.0026666;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.475;QD=16.2154;RBI=0.0162489;REFB=-0.0132534;REVB=0.00254269;RO=210;SAF=84;SAR=79;SRF=140;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155121;STB=0.586798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172477;OID=.;OPOS=147830073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:375:374:210:211:163:163:0.435829:79:84:140:70:79:84:141:70 chr6 147886107 . C G 423.39 PASS AF=0.395161;AO=49;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0100803;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7732;QD=13.6576;RBI=0.0297657;REFB=-0.0366881;REVB=-0.0280069;RO=74;SAF=30;SAR=19;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121719;STB=0.573218;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0497895;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:75:49:49:0.395161:19:30:37:37:19:30:37:38 chr6 148865257 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00411079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.748;QD=15.293;RBI=0.0261946;REFB=-0.0102942;REVB=0.02587;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00627171;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:6:3:6:3:6:3 chr6 149397743 . AT A 248.69 PASS AF=0.726496;AO=53;DP=116;FAO=85;FDP=117;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00631913;FXX=0.00847386;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.60347;QD=8.50236;RBI=0.101303;REFB=-0.0510364;REVB=0.101106;RO=41;SAF=26;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216316;STB=0.506939;STBP=0.79;TYPE=del;VARB=0.076483;OID=.;OPOS=149397744;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.726496:53:116:85:117:32:43:42:17:15:41:41:26:27:19:22 chr6 149721690 . G A 242.96 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.012362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.736;QD=22.6009;RBI=0.0147897;REFB=-0.0335618;REVB=-0.00811888;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363841;STB=0.520325;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0177148;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:13:7:9:14:13:7 chr6 149721965 . T C 175.09 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0201732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4847;QD=20.0106;RBI=0.0213789;REFB=-0.0408432;REVB=0.007078;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0381658;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:11:6:7:11:11:6 chr6 149722040 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.077;QD=46.8463;RBI=0.0545321;REFB=0;REVB=-0.0051628;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456691;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 149899981 . T C 284.66 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.000286239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.842;QD=17.791;RBI=0.000750723;REFB=-0.0064511;REVB=0.000694012;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147764;STB=0.582768;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00701143;OID=.;OPOS=149899981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:15:18:12:19:15:18 chr6 149953981 . C T 2012.4 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.908;QD=61.4472;RBI=0.0184983;REFB=-0.117084;REVB=0.0125824;RO=1;SAF=69;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683828;STB=0.503597;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=7.24253e-06;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:61:69:1:0:61:69:1:0 chr6 149983216 . G A 728.64 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9775;QD=57.1478;RBI=0.0612777;REFB=0;REVB=-0.0549847;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141601;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:11:37:0:0:11:40:0:0 chr6 150004779 . A G 984.23 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.421;QD=58.7601;RBI=0.02232;REFB=0;REVB=0.021251;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73832e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:29:38:0:0 chr6 150023048 . CCA ACC,C 289.68 PASS AF=0,0.459459;AO=3,27;DP=84;FAO=0,34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=0,2;FSAR=0,32;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0662427,-0.196142;FXX=0.0512755;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=138.754,30.2673;QD=15.6582;RBI=0.110486,0.197423;REFB=0.00537548,-0.0844232;REVB=-0.0884249,0.0224514;RO=53;SAF=0,2;SAR=3,25;SRF=11;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.358105,-0.343662;STB=0.5,0.755703;STBP=1,0.013;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.108097;OID=.,.;OPOS=150023048,150023049;OREF=CCA,CA;OALT=ACC,-;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:74:53:40:3,27:0,34:0,0.459459:3,25:0,2:11:42:0,32:0,2:10:30 chr6 150067675 . A G 1226.89 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.792;QD=61.3445;RBI=0.0665782;REFB=0;REVB=0.053093;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255204;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr6 150093678 . C T 635.54 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0327674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.427;QD=56.4928;RBI=0.0332104;REFB=-0.0478433;REVB=0.00540637;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.510323;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00450392;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:45:0:2:42:43:0.955556:12:30:0:0:13:30:1:1 chr6 150093682 . C T 569.13 PASS AF=0.87234;AO=39;DP=46;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0537712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2413;QD=48.4364;RBI=0.0557867;REFB=-0.0089459;REVB=-0.0148598;RO=5;SAF=26;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158105;STB=0.502391;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0124651;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:47:5:6:39:41:0.87234:13:26:3:2:13:28:4:2 chr6 150114745 . G A 784.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.82;QD=57.0414;RBI=0.0217151;REFB=0;REVB=-0.0212511;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173354;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:21:32:0:0:21:34:0:0 chr6 150209717 . C G 1482.35 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0775;QD=63.0788;RBI=0.0307971;REFB=0;REVB=0.0293839;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256455;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:33:60:0:0:34:60:0:0 chr6 150210681 . G A 1754.1 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.033049;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.705;QD=58.9614;RBI=0.0349203;REFB=-0.0368488;REVB=0.0112778;RO=1;SAF=79;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059742;STB=0.503067;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000353884;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:120:119:1:1:116:118:0.991597:37:79:1:0:37:81:1:0 chr6 150210685 . C T 1771.11 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00888872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.524;QD=60.0375;RBI=0.0403312;REFB=-0.11542;REVB=0.0393395;RO=1;SAF=84;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141723;STB=0.507461;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000176954;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:33:84:0:1:33:84:0:1 chr6 150210723 . C T 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.0120605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.606;QD=15.3247;RBI=0.0199631;REFB=0.00449601;REVB=-0.0159082;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132205;STB=0.573949;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00659901;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:17:26:42:16:17:26:42:16 chr6 150211100 . T C 725.35 PASS AF=0.60177;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=113;FR=.;FRO=45;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0139998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.823;QD=25.676;RBI=0.0205791;REFB=-0.0116109;REVB=0.0150833;RO=45;SAF=50;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100538;STB=0.554834;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.011379;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:45:68:68:0.60177:18:50:28:17:18:50:28:17 chr6 150211123 . A T 1784.09 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.949;QD=60.9947;RBI=0.0273892;REFB=0;REVB=0.0225542;RO=0;SAF=80;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37747e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:35:80:0:0:35:82:0:0 chr6 150212003 . C T 486.9 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0221485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8158;QD=27.05;RBI=0.0513098;REFB=-0.0280696;REVB=0.0462833;RO=25;SAF=21;SAR=24;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612403;STB=0.547114;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0219199;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:27:45:45:0.625:24:21:14:11:24:21:16:11 chr6 150239330 . C T 258.25 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00283041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0723;QD=24.0236;RBI=0.021734;REFB=0.0374848;REVB=0.0215489;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12867;STB=0.581329;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0294538;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:12:6:12:12:13:6 chr6 150240829 . G C 625.77 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=165;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.000154037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7303;QD=15.1702;RBI=0.0265315;REFB=-0.0118996;REVB=-0.0265311;RO=94;SAF=35;SAR=35;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436362;STB=0.527265;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0227747;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:95:70:70:0.424242:35:35:51:43:35:35:52:43 chr6 150267527 . A C 953.5 PASS AF=0.957746;AO=64;DP=67;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0100317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9933;QD=53.718;RBI=0.0761912;REFB=-0.0749958;REVB=0.0755279;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230303;STB=0.516479;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0252067;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:71:2:3:64:68:0.957746:40:24:0:2:44:24:0:3 chr6 150342232 . G A 827.07 PASS AF=0.51875;AO=83;DP=161;FAO=83;FDP=160;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0305169;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.815;QD=20.6768;RBI=0.0313568;REFB=-0.00611187;REVB=-0.00720893;RO=77;SAF=42;SAR=41;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232038;STB=0.512729;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00843962;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:77:77:83:83:0.51875:41:42:41:36:41:42:41:36 chr6 150346531 . CT C,CC 211.98 PASS AF=0.266667,0.166667;AO=15,11;DP=60;FAO=16,10;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15,2;FSAR=1,8;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.00891064,-0.0130199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.874,207.625;QD=14.1322;RBI=0.0466354,0.0330657;REFB=-0.0321747,-0.0282536;REVB=-0.0457762,-0.0303945;RO=34;SAF=14,3;SAR=1,8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.444659,-0.516297;STB=0.788986,0.863393;STBP=0.057,0.021;TYPE=del,snp;VARB=0.0547958,0.032567;OID=.,.;OPOS=150346532,150346532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.166667:15,11:60:16,10:60:34:15,2:1,8:25:9:99:34:14,3:1,8:25:9 chr6 150385730 . T G 665.36 PASS AF=0.518519;AO=63;DP=129;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00176939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.691;QD=19.7144;RBI=0.0820888;REFB=-0.00268881;REVB=0.0820697;RO=64;SAF=45;SAR=18;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12614;STB=0.537816;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00317813;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:135:64:65:63:70:0.518519:18:45:38:26:24:46:38:27 chr6 150390149 . G C 406.49 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.00477193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.996;QD=14.1386;RBI=0.00598329;REFB=-0.0128061;REVB=0.0036095;RO=67;SAF=24;SAR=23;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169362;STB=0.589707;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0227034;OID=.;OPOS=150390149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:68:47:47:0.408696:23:24:45:22:23:24:45:23 chr6 150570341 . C CT,T 39.25 PASS AF=0.152778,0;AO=10,3;DP=72;FAO=11,0;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0239679,-0.00392954;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.4466,241.696;QD=2.18046;RBI=0.15414,0.00995366;REFB=-0.0335143,-0.00225648;REVB=-0.152266,-0.00914516;RO=58;SAF=9,0;SAR=1,3;SRF=23;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.59836,-0.402444;STB=0.758674,0.5;STBP=0.087,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.113489,0;OID=.,.;OPOS=150570342,150570341;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:72:72:58:61:10,3:11,0:0.152778,0:1,3:9,0:23:35:3,0:8,0:25:36 chr6 150665226 . G A 150.48 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.011538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.506;QD=12.2842;RBI=0.024234;REFB=-0.00942907;REVB=-0.021311;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222474;STB=0.623225;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0221843;OID=.;OPOS=150665226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:5:12:16:15:5:12:17:15 chr6 150665264 . A T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0148633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.123;QD=14.6657;RBI=0.0189276;REFB=-0.000853292;REVB=-0.0117191;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197969;STB=0.615227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000935993;OID=.;OPOS=150665264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:10:11:5:10:10:11 chr6 150665278 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0170081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.688;QD=13.6609;RBI=0.0239336;REFB=-0.000502848;REVB=-0.0168387;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221397;STB=0.629443;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000602705;OID=.;OPOS=150665278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:9:12:5:9:9:12 chr6 150716533 . T A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00641211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.393;QD=18.4268;RBI=0.0201553;REFB=-0.00899446;REVB=0.0191082;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290468;STB=0.662673;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0064736;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:9:19:10:18:9:19:10:18 chr6 150716696 . TG CA,CG 486.49 PASS AF=0.5,0.5;AO=17,16;DP=35;FAO=17,17;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10,16;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000415216,-5.3145e-05;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=230.122,206.583;QD=57.2338;RBI=0.0304598,0.0338669;REFB=0,0;REVB=0.030457,0.0338669;RO=0;SAF=10,15;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00160435,-0.000124416;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:35:34:0:0:17,16:17,17:0.5,0.5:7,1:10,15:0:0:7,1:10,16:0:0 chr6 150717640 . T C 406.82 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00858669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.122;QD=15.9539;RBI=0.0108594;REFB=0.00215506;REVB=-0.00664791;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338121;STB=0.5085;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.003498;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:57:45:45:0.441176:22:23:30:25:22:23:30:27 chr6 150722187 . TG CA,CG 1545.64 PASS AF=0.504673,0.495327;AO=54,53;DP=108;FAO=54,53;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=26,23;FSAR=28,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382624,0.0371677;FXX=0.0092584;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=158.981,122.97;QD=57.7809;RBI=0.0410061,0.047943;REFB=0,0;REVB=0.0147475,0.0302835;RO=0;SAF=26,23;SAR=28,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52846e-08,-3.72004e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0178041,0.00561437;OID=.,.;OPOS=150722187,150722187;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:108:107:0:0:54,53:54,53:0.504673,0.495327:28,30:26,23:0:0:28,30:26,23:0:0 chr6 151055031 . C T 396.02 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00823643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.353;QD=18.8582;RBI=0.0219227;REFB=-0.0182076;REVB=0.0203167;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164271;STB=0.595809;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0197247;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:22:18:27:16:23:18:27:16 chr6 151121915 . G A 1534.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.442;QD=59.6001;RBI=0.0255147;REFB=0;REVB=0.0176477;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43263e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:46:57:0:0 chr6 151152257 . A G 1675.12 PASS AF=0.950413;AO=115;DP=121;FAO=115;FDP=121;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00353579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.391;QD=55.3758;RBI=0.00959708;REFB=-0.118686;REVB=0.008922;RO=2;SAF=71;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402827;STB=0.506142;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000498221;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:121:121:2:6:115:115:0.950413:44:71:1:1:44:71:3:3 chr6 151152656 . T C 1245.2 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.283;QD=61.4916;RBI=0.0225326;REFB=0;REVB=0.0215531;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74391e-05;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:22:57:0:0:23:58:0:0 chr6 151198895 . T C 493.62 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0170943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.977;QD=20.3556;RBI=0.0208125;REFB=-0.0119263;REVB=-0.011872;RO=49;SAF=18;SAR=30;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745539;STB=0.504131;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.012688;OID=.;OPOS=151198895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:30:18:18:31:30:18:18:31 chr6 151336739 . C G 755.11 PASS AF=0.455056;AO=80;DP=178;FAO=81;FDP=178;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=66;FSRR=31;FWDB=0.0356169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.202;QD=16.9687;RBI=0.0523965;REFB=-0.0201159;REVB=-0.0384296;RO=93;SAF=45;SAR=35;SRF=62;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104394;STB=0.569945;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0197625;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:93:97:80:81:0.455056:35:45:62:31:36:45:66:31 chr6 151669874 . C CG 483.7 PASS AF=1;AO=7;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590275;FXX=0.0285633;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.405;QD=56.9053;RBI=0.0755014;REFB=0;REVB=-0.0470768;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.95294e-05;OID=.;OPOS=151669875;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:35:34:34:0:21:13:0:0:4:27:6:1:15:12 chr6 151669875 . A G 381.2 PASS AF=0.833333;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00684598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.731;QD=42.355;RBI=0.0446698;REFB=-0.10808;REVB=0.0441421;RO=6;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146385;STB=0.578897;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0032291;OID=.;OPOS=151669875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:36:6:6:29:30:0.833333:13:16:6:0:14:16:6:0 chr6 151670172 . A C 301.25 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6137;QD=52.3908;RBI=0.074526;REFB=0;REVB=-0.0730103;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00216001;OID=.;OPOS=151670172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:14:9:0:0 chr6 151670897 . T C 1265.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.176;QD=61.7103;RBI=0.0544351;REFB=0;REVB=0.0543116;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41322e-05;OID=.;OPOS=151670897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:52:30:0:0 chr6 151674116 . T TGAG 503.14 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110683;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=296.274;QD=54.3937;RBI=0.0508528;REFB=-0.0117073;REVB=0.0496337;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=ins;VARB=0.000519395;OID=.;OPOS=151674117;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945946:35:38:35:37:2:17:18:1:1:9:2:17:18:1:1 chr6 151674326 . A C 671.41 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0502046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4922;QD=52.6595;RBI=0.0577282;REFB=-0.0748145;REVB=0.0284963;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0248047;OID=.;OPOS=151674326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:20:29:1:1:20:29:1:1 chr6 151686905 . C T 2008.29 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00936548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6035;QD=62.2726;RBI=0.0401981;REFB=0;REVB=0.0390919;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215822;OID=.;OPOS=151686905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:62:67:0:0:62:67:0:0 chr6 151859314 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.334;QD=59.0176;RBI=0.0430493;REFB=0;REVB=0.0139345;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167435;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr6 151894505 . T C 990.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3143;QD=59.1326;RBI=0.0697172;REFB=0;REVB=-0.0682991;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000739878;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr6 151914265 . T C 574.44 PASS AF=0.53211;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.000580371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.998;QD=21.0804;RBI=0.0280234;REFB=-0.0133304;REVB=0.0280173;RO=51;SAF=25;SAR=33;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341294;STB=0.518762;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0160832;OID=.;OPOS=151914265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:51:51:58:58:0.53211:33:25:24:27:33:25:24:27 chr6 151936677 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0565685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6857;QD=15.7816;RBI=0.0672199;REFB=-0.0120165;REVB=-0.0363114;RO=29;SAF=20;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529766;STB=0.806147;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0174018;OID=.;OPOS=151936677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:3:20:12:17:3:20:12:17 chr6 151939181 . G A 827.08 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302382;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.429;QD=57.0399;RBI=0.0561105;REFB=0;REVB=-0.0472657;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17509e-05;OID=.;OPOS=151939181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr6 152129077 . T C 779.63 PASS AF=0.44385;AO=82;DP=186;FAO=83;FDP=187;FR=.;FRO=104;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.00490075;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.202;QD=16.6766;RBI=0.0189701;REFB=-0.0125641;REVB=-0.0183261;RO=100;SAF=54;SAR=28;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104134;STB=0.549417;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0157454;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:100:104:82:83:0.44385:28:54:56:44:29:54:59:45 chr6 152201875 . T C 1569.06 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016473;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.323;QD=58.6566;RBI=0.0167706;REFB=0;REVB=0.00314543;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206889;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:102:107:1:57:45:0:0:57:50:0:0 chr6 152265522 . G C 1864.25 PASS AF=1;AO=103;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.713;QD=61.1229;RBI=0.0287721;REFB=0;REVB=0.0111799;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012927;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:103:122:1:42:61:0:0:48:74:0:0 chr6 152420095 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00388774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.911;QD=13.6997;RBI=0.0284145;REFB=0.00213374;REVB=-0.0281473;RO=30;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165388;STB=0.597706;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00585027;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:3:15:22:8:3:15:22:8 chr6 152422335 . C T 1475.84 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011378;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.002;QD=63.4769;RBI=0.0333571;REFB=0;REVB=0.0313567;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67034e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr6 152443756 . C T 282.31 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0707266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7593;QD=22.5845;RBI=0.0747738;REFB=-0.0451106;REVB=-0.0242664;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331203;STB=0.518504;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0451435;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:12:14:12:12:12:14:12:12 chr6 152446487 . C T 85.69 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0461607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1193;QD=6.01316;RBI=0.0626684;REFB=-0.00423067;REVB=-0.0423854;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242332;STB=0.653389;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0123206;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:4:9:22:22:4:9:22:22 chr6 152464839 . A G 453.74 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00167296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.811;QD=22.4069;RBI=0.0040422;REFB=-0.00220554;REVB=-0.00367976;RO=37;SAF=37;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292507;STB=0.663321;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0025298;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:7:37:22:15:7:37:22:15 chr6 152489294 . T C 685.72 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328749;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.349;QD=54.8572;RBI=0.0488719;REFB=-0.0559874;REVB=0.0361622;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00286644;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:22:27:0:1:22:27:0:1 chr6 152529260 . G A 706.82 PASS AF=0.48951;AO=69;DP=142;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=0.0370882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5917;QD=19.7711;RBI=0.0447496;REFB=-0.0211196;REVB=0.0250398;RO=73;SAF=40;SAR=29;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754047;STB=0.538258;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0183595;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:73:73:69:70:0.48951:29:40:48:25:29:41:48:25 chr6 152540278 . A C 1728.83 PASS AF=0.97479;AO=117;DP=120;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00939632;FXX=0.00833264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.263;QD=58.1118;RBI=0.0102404;REFB=-0.134653;REVB=-0.00407115;RO=3;SAF=49;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120554;STB=0.506554;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-5.69944e-05;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:119:3:3:117:116:0.97479:68:49:2:1:68:48:2:1 chr6 152638096 . T C 383.64 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0150427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.055;QD=20.1917;RBI=0.0260105;REFB=-0.0199298;REVB=0.0212194;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00060869;STB=0.500337;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0204001;OID=.;OPOS=152638096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:19:20:19:18:19:20:19:18 chr6 152640110 . G A 584.79 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00233245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1781;QD=17.8562;RBI=0.0325972;REFB=-0.00610424;REVB=0.0325137;RO=70;SAF=31;SAR=30;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747508;STB=0.541476;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00549477;OID=.;OPOS=152640110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:70:61:61:0.465649:30:31:41:29:30:31:41:29 chr6 152646279 . G C 680.73 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0166327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.93;QD=24.5309;RBI=0.0247993;REFB=-0.0237455;REVB=0.0183945;RO=46;SAF=44;SAR=21;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161434;STB=0.588207;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0170848;OID=.;OPOS=152646279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:21:44:22:24:21:44:22:24 chr6 152647681 . A T 1593.7 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.436;QD=57.9526;RBI=0.0315165;REFB=-0.00712089;REVB=-0.0159333;RO=2;SAF=73;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128265;STB=0.506756;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=9.15205e-05;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:35:73:2:0:35:73:2:0 chr6 152651759 . C G 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0165763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.984;QD=16.4437;RBI=0.0299897;REFB=-0.0174148;REVB=0.0249921;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617371;STB=0.535433;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0268843;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:16:11:7:13:16:11 chr6 152652034 . A T 1190.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.511;QD=61.045;RBI=0.0340113;REFB=0;REVB=0.0188894;RO=0;SAF=49;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122623;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:29:49:0:0:29:49:0:0 chr6 152658141 . CT AC,CC 436.95 PASS AF=0.30303,0.666667;AO=10,21;DP=33;FAO=10,22;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=6,8;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0184881,0.0222425;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=70.9886,37.4209;QD=52.9634;RBI=0.0199032,0.0436973;REFB=-0.107138,-0.120238;REVB=-0.00737075,0.0376128;RO=1;SAF=6,8;SAR=4,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0990155,0.0341946;STB=0.555443,0.517226;STBP=0.283,0.519;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00730302,0.00329317;OID=.,.;OPOS=152658141,152658142;OREF=CT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:74:33:33:1:1:10,21:10,22:0.30303,0.666667:4,13:6,8:0:1:4,14:6,8:0:1 chr6 152665261 . C A 543.37 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00656031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.111;QD=22.6405;RBI=0.0143924;REFB=-0.00235958;REVB=-0.0128102;RO=44;SAF=33;SAR=17;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208222;STB=0.521731;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00208113;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:50:51:0.53125:17:33:30:14:18:33:31:14 chr6 152675854 . A G 976.06 PASS AF=0.505263;AO=94;DP=189;FAO=96;FDP=190;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.02082;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.572;QD=20.5487;RBI=0.0215657;REFB=-0.0175622;REVB=0.00562226;RO=93;SAF=51;SAR=43;SRF=55;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447368;STB=0.527057;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0154474;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:93:94:94:96:0.505263:43:51:55:38:44:52:56:38 chr6 152683413 . G T 1012.26 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327241;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.549;QD=59.5445;RBI=0.0151787;REFB=0;REVB=0.0148218;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60732e-05;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr6 152694184 . T C 761.35 PASS AF=0.467836;AO=79;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.00548064;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.022;QD=17.8093;RBI=0.0605888;REFB=-0.00653217;REVB=0.0603404;RO=91;SAF=47;SAR=32;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125109;STB=0.509706;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0107597;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:79:80:0.467836:32:47:53:38:32:48:53:38 chr6 152708310 . G A 1113.21 PASS AF=0.456;AO=114;DP=250;FAO=114;FDP=250;FR=.;FRO=136;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=-0.0185491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5383;QD=17.8114;RBI=0.0186554;REFB=-0.0031761;REVB=0.00198833;RO=136;SAF=60;SAR=54;SRF=73;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103061;STB=0.505702;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00369569;OID=.;OPOS=152708310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:136:136:114:114:0.456:54:60:73:63:54:60:73:63 chr6 152772264 . A G 367.0 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0100419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.119;QD=12.7652;RBI=0.0385867;REFB=-0.00517233;REVB=0.0372571;RO=71;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144548;STB=0.582344;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00895357;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:28:16:35:36:28:16:35:36 chr6 152777819 . G A 484.3 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00316819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.423;QD=23.6244;RBI=0.0109012;REFB=-0.0145025;REVB=-0.0104307;RO=35;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847083;STB=0.539429;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0122725;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:22:24:22:13:22:24:22:14 chr6 153019099 . GAGATA GA,GAGAAT 808.21 PASS AF=1,0;AO=53,4;DP=59;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130867,0.00369711;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=233.484,33.7094;QD=56.7161;RBI=0.0308835,0.0145585;REFB=0,0;REVB=0.0279737,0.0140812;RO=0;SAF=27,0;SAR=26,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000183119,0;OID=.,.;OPOS=153019100,153019103;OREF=AGAT,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=GA,GAGAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:53,4:59:57,0:57:0:31,0:26,0:0:0:4:0:27,0:26,4:0:0 chr6 153296541 . G C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00926864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.134;QD=19.9918;RBI=0.0340814;REFB=-0.0185679;REVB=-0.0327968;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581448;STB=0.532757;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0152951;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:14:9:10:12:14:9 chr6 153315921 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.529;QD=53.9105;RBI=0.0530265;REFB=0;REVB=0.0147866;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286985;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr6 153323594 . C T 495.78 PASS AF=0.328042;AO=60;DP=189;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.0120966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8677;QD=10.4926;RBI=0.0122176;REFB=-0.00688296;REVB=-0.0017156;RO=126;SAF=31;SAR=29;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102516;STB=0.519057;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.011597;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:126:127:60:62:0.328042:29:31:64:62:29:33:64:63 chr6 153741613 . G C 1770.13 PASS AF=0.991525;AO=114;DP=116;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3044;QD=60.0042;RBI=0.059087;REFB=-0.126066;REVB=0.0502075;RO=1;SAF=49;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095921;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00127088;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:118:1:1:114:117:0.991525:65:49:1:0:68:49:1:0 chr6 153987576 . G A 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0365908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9322;QD=16.4112;RBI=0.0667915;REFB=-0.0159944;REVB=-0.0558768;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247787;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0161531;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:6:10:5:9:6:10 chr6 154360508 . G T 291.82 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0118861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.117;QD=21.6162;RBI=0.0119089;REFB=-0.0128476;REVB=-0.000735929;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933603;STB=0.55169;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0126941;OID=.;OPOS=154360508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:14:10:16:14:14:10 chr6 154414446 . A T 785.46 PASS AF=0.490909;AO=81;DP=164;FAO=81;FDP=165;FR=.;FRO=84;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.0159199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.929;QD=19.0414;RBI=0.056827;REFB=-0.0101309;REVB=-0.0545514;RO=83;SAF=48;SAR=33;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935577;STB=0.50769;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0111636;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:83:84:81:81:0.490909:33:48:50:33:33:48:51:33 chr6 154414563 . A G 214.09 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0134531;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.684;QD=17.1269;RBI=0.0141851;REFB=-0.0170055;REVB=-0.00449804;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154193;STB=0.60368;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0202666;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:27:22:23:0.46:7:15:15:13:7:16:14:13 chr6 154414573 . C T 194.85 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0135433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6487;QD=17.3202;RBI=0.0163145;REFB=-0.00743733;REVB=0.00909619;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401324;STB=0.522913;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00938712;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:14:11:8:12:14:11 chr6 154428666 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0186788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7145;QD=21.0646;RBI=0.024695;REFB=-0.00790353;REVB=-0.0161538;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074191;STB=0.541632;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00798226;OID=.;OPOS=154428666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:10:14:12:12:10:14 chr6 154431565 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0073934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.026;QD=21.6129;RBI=0.0379308;REFB=-0.0307144;REVB=-0.0372033;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134595;STB=0.575693;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0192652;OID=.;OPOS=154431565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:12:11:8:16:12:11 chr6 154771277 . A G 901.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.129;QD=58.1634;RBI=0.0264871;REFB=0;REVB=0.0208035;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101115;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr6 155451352 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.327;QD=48.7352;RBI=0.0282273;REFB=0;REVB=-0.0236484;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75544e-05;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr6 155485554 . G A 1312.07 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473303;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2679;QD=61.7447;RBI=0.0555204;REFB=0;REVB=-0.0553183;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217372;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:40:44:0:0:41:44:0:0 chr6 155561760 . T C 1619.87 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.76;QD=59.995;RBI=0.0266051;REFB=0;REVB=0.0262816;RO=3;SAF=61;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45301e-05;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:3:0:104:108:1:43:61:3:0:44:64:0:0 chr6 155577823 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.601;QD=63.8716;RBI=0.0140121;REFB=0;REVB=0.0109341;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75173e-05;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr6 155578592 . A AT 315.18 PASS AF=1;AO=12;DP=67;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.28737;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.11183;QD=20.3343;RBI=0.294888;REFB=0.0477827;REVB=-0.0661615;RO=53;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00306828;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:67:62:62:0:32:30:0:0:4:53:8:4:27:26 chr6 155578598 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 921.67 PASS AF=0.0149254,0.0149254,0.970149;AO=7,3,56;DP=67;FAO=1,1,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,31;FSAR=0,1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0938791,-0.0344859,0.0194838;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=19.1583,7.15235,27.5887;QD=55.0248;RBI=0.167452,0.148437,0.0298154;REFB=0,0,0;REVB=-0.138661,-0.144376,-0.0225686;RO=0;SAF=2,0,30;SAR=5,3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.314935,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,3.29784e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0178049,0.00183644,0.0130559;OID=.,.,.;OPOS=155578599,155578602,155578599;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0149254,0.0149254,0.970149:7,3,56:67:1,1,65:67:0:1,0,31:0,1,34:0:0:5:0:2,0,30:5,3,26:0:0 chr6 155578756 . A T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.011;QD=60.0304;RBI=0.0276935;REFB=0;REVB=0.0255732;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82029e-05;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr6 155596901 . T C,G 1311.71 PASS AF=0.988372,0.0116279;AO=79,4;DP=84;FAO=85,1;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=64,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249487,-0.00510183;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.485,205.644;QD=61.0097;RBI=0.00959256,0.00673151;REFB=0,0;REVB=0.00926244,0.00439142;RO=0;SAF=58,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00145622,0.00194364;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:84:86:0:0:79,4:85,1:0.988372,0.0116279:21,0:58,4:0:0:21,0:64,1:0:0 chr6 155597147 . C T 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.885;QD=59.8636;RBI=0.00465067;REFB=0;REVB=0.00443538;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7768e-06;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr6 155606325 . C T 1426.82 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00749655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.026;QD=61.3685;RBI=0.0113033;REFB=-0.0498354;REVB=0.00845973;RO=1;SAF=56;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839022;STB=0.504424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=6.10831e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:1:1:91:92:0.989247:35:56:1:0:36:56:1:0 chr6 155750035 . C T 708.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.513;QD=62.9486;RBI=0.0273109;REFB=0;REVB=-0.0019252;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165098;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr6 157405930 . G A 2571.05 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00640486;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.875;QD=61.2156;RBI=0.036663;REFB=0.0421291;REVB=0.0360992;RO=1;SAF=108;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799752;STB=0.504201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-6.37139e-05;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:1:1:167:167:0.994048:59:108:0:1:59:108:0:1 chr6 157801040 . T A 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.971;QD=59.1432;RBI=0.0375927;REFB=0;REVB=0.00213735;RO=1;SAF=15;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89536e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:51:15:0:1:52:15:0:0 chr6 157801186 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.452;QD=56.1916;RBI=0.04396;REFB=0;REVB=0.00608861;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156072;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr6 157801516 . A G 2066.67 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052087;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.148;QD=62.1556;RBI=0.00908766;REFB=0;REVB=0.00744681;RO=0;SAF=62;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38701e-05;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:69:62:0:0:71:62:0:0 chr6 158497717 . T C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.014079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.887;QD=24.1066;RBI=0.0167309;REFB=-0.0168546;REVB=-0.00903909;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749028;STB=0.553147;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00902839;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:13:11:10:8:13:11:11:8 chr6 158499302 . G T 537.55 PASS AF=0.467213;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00108257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.459;QD=17.6247;RBI=0.0420707;REFB=-0.0160633;REVB=0.0420567;RO=65;SAF=37;SAR=20;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191775;STB=0.510661;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0129168;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:65:65:57:57:0.467213:20:37:41:24:20:37:41:24 chr6 158505088 . A G 432.16 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00102998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.602;QD=20.579;RBI=0.00222165;REFB=-0.013017;REVB=0.00196847;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220745;STB=0.615711;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0113364;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:41:43:43:0.511905:18:25:13:27:18:25:14:27 chr6 158507981 . G A 322.76 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0250349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8468;QD=20.8235;RBI=0.0401146;REFB=-0.0495894;REVB=0.0313438;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162569;STB=0.602234;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0406926;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:33:34:0.548387:13:20:11:16:13:21:11:17 chr6 158508005 . G C,GC 30.95 PASS AF=0.04,0.12;AO=2,11;DP=52;FAO=2,6;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2,2;FSAR=0,4;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0493733,-0.0401086;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=41.916,107.361;QD=2.47569;RBI=0.0816076,0.0433661;REFB=-0.0106669,-0.00271352;REVB=-0.0649774,-0.01649;RO=39;SAF=2,3;SAR=0,8;SRF=13;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.507266,-0.0875987;STB=0.996833,0.548233;STBP=0.038,0.89;TYPE=snp,ins;VARB=0.0697199,0.147615;OID=.,.;OPOS=158508005,158508006;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:52:50:39:42:2,11:2,6:0.04,0.12:0,8:2,3:13:26:0,4:2,2:12:30 chr6 158509750 . A G 403.76 PASS AF=0.423423;AO=39;DP=103;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.122215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3627;QD=14.5499;RBI=0.122981;REFB=-0.0342677;REVB=-0.0136994;RO=64;SAF=16;SAR=23;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081939;STB=0.515133;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.050049;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:64:64:39:47:0.423423:23:16:31:33:23:24:31:33 chr6 158517308 . A G 152.29 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0189769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.471;QD=21.0052;RBI=0.0254552;REFB=0.0110164;REVB=0.0169661;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13083;STB=0.57437;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00883501;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:5:8:12:4:5:8 chr6 158571501 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000589143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7388;QD=61.3338;RBI=0.0585465;REFB=0;REVB=-0.0585435;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000599751;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 158735087 . C T 1042.65 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255011;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6092;QD=59.5797;RBI=0.0547557;REFB=0;REVB=-0.0484549;RO=0;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967348;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:51:18:0:0:51:19:0:0 chr6 158735090 . T C 1029.7 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00159505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.749;QD=58.0111;RBI=0.0110555;REFB=-0.00564734;REVB=-0.0109399;RO=1;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954998;STB=0.504853;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=8.29528e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:1:1:68:70:0.985915:49:19:0:1:51:19:0:1 chr6 158923434 . G C 1660.94 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1499;QD=59.3193;RBI=0.00810969;REFB=0;REVB=-0.00757035;RO=0;SAF=68;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598203;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:108:112:1:40:68:0:0:40:72:0:0 chr6 158924088 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.416;QD=58.2386;RBI=0.0670366;REFB=0;REVB=0.0669154;RO=0;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23482e-05;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:16:46:0:0:16:46:0:0 chr6 159006396 . G C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0214913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.1;QD=15.1662;RBI=0.0424514;REFB=-0.0186268;REVB=-0.0366094;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324444;STB=0.509083;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0236894;OID=.;OPOS=159006396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:8:15:19:10:8:15:20:10 chr6 159054832 . ATGT ATG,AT,ATT,ATTT 341.78 PASS AF=0.364865,0.162162,0.256757,0;AO=16,12,16,3;DP=73;FAO=27,12,19,0;FDP=74;FR=.;FRO=16;FSAF=8,8,17,0;FSAR=19,4,2,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0706368,-0.00193423,-0.00266412,-0.00316889;FXX=0;HRUN=8,1,1,1;LEN=1,2,1,1;MLLD=4.24106,207.439,210.209,208.775;QD=18.4743;RBI=0.473583,0.0102799,0.0336922,0.059411;REFB=-0.211683,-0.0216989,-0.0174038,-0.0133783;REVB=0.468285,0.0100963,-0.0335867,-0.0593265;RO=20;SAF=7,9,13,3;SAR=9,3,3,0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0122295,0.334531,0.400743,0.613473;STB=0.58455,0.599828,0.772373,0.5;STBP=0.17,0.411,0.008,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.225846,-0.00791335,0.0124122,0.0457832;OID=.,.,.,.;OPOS=159054835,159054833,159054834,159054834;OREF=T,TG,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=ATG,AT,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.364865,0.162162,0.256757,0:16,12,16,3:73:27,12,19,0:74:16:8,8,17,0:19,4,2,0:8:8:93:20:7,9,13,3:9,3,3,0:9:11 chr6 159055990 . A T 101.14 PASS AF=0.276596;AO=11;DP=41;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0449328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.856;QD=8.60725;RBI=0.0531438;REFB=-0.0687734;REVB=0.0283779;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152963;STB=0.526027;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0764943;OID=.;OPOS=159055990;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:47:28:34:11:13:0.276596:8:3:5:23:10:3:7:27 chr6 159065758 . C G 1285.75 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0454589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.089;QD=60.5057;RBI=0.0461636;REFB=-0.111321;REVB=0.00803494;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885259;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000244842;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:82:84:0.988235:53:29:0:1:53:31:0:1 chr6 159178345 . C T 1976.4 PASS AF=0.984848;AO=123;DP=125;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0758555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3069;QD=59.891;RBI=0.0759024;REFB=-0.0698307;REVB=0.00266881;RO=2;SAF=56;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166627;STB=0.507935;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00909726;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:132:2:2:123:130:0.984848:67:56:2:0:68:62:2:0 chr6 159398633 . T C 290.04 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=97;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0217055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.128;QD=11.8383;RBI=0.0239686;REFB=-0.0350945;REVB=0.0101669;RO=63;SAF=21;SAR=13;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119707;STB=0.572233;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0693309;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:63:64:34:34:0.346939:13:21:45:18:13:21:46:18 chr6 159398700 . C T 267.36 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.000891326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.281;QD=9.99492;RBI=0.0241578;REFB=-0.000846901;REVB=-0.0241414;RO=72;SAF=20;SAR=15;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132646;STB=0.57656;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00239719;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:72:72:35:35:0.327103:15:20:49:23:15:20:49:23 chr6 159398764 . G A 253.27 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.00354889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3469;QD=10.6638;RBI=0.00706825;REFB=-0.002361;REVB=0.00611274;RO=63;SAF=20;SAR=11;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128153;STB=0.503329;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00381265;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:64:31:31:0.326316:11:20:40:23:11:20:41:23 chr6 159399348 . A G 301.56 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0356587;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.253;QD=28.7195;RBI=0.0357554;REFB=-0.0167935;REVB=-0.00262741;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863483;STB=0.547583;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0203685;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:6:10:13:13:6:10 chr6 159407446 . C T 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00255746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.505;QD=19.3925;RBI=0.00734844;REFB=0.00378098;REVB=-0.00688905;RO=52;SAF=17;SAR=36;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638685;STB=0.535356;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00304887;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:36:17:20:32:36:17:20:32 chr6 159414899 . T C 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0059579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.04;QD=19.6663;RBI=0.00793172;REFB=-0.0111168;REVB=0.00523599;RO=32;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136583;STB=0.575714;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00753107;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:17:17:21:11:17:17:21:11 chr6 159420574 . T C 115.96 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0262616;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9575;QD=10.5414;RBI=0.046068;REFB=-0.0322346;REVB=-0.0378496;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816695;STB=0.548949;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0947758;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:15:15:6:8:15:15 chr6 159650978 . A G 569.52 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.00525292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.141;QD=19.1435;RBI=0.00885859;REFB=-0.0243862;REVB=0.00713312;RO=60;SAF=42;SAR=17;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.564938;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.023039;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:17:42:36:24:17:42:36:24 chr6 159652931 . G C 439.06 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00543887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0392;QD=19.9572;RBI=0.0556383;REFB=0.00405661;REVB=0.0553718;RO=44;SAF=31;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221474;STB=0.611559;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00273826;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:44:43:44:0.5:12:31:22:22:13:31:22:22 chr6 159653635 . C G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00239732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.074;QD=12.6376;RBI=0.0419596;REFB=-0.0164189;REVB=-0.041891;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765938;STB=0.545382;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.035584;OID=.;OPOS=159653635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:15:6:3:10:15:6 chr6 159654487 . G T 338.97 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0506978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6388;QD=17.8406;RBI=0.0609979;REFB=-0.0405284;REVB=0.0339187;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141186;STB=0.572876;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0285119;OID=.;OPOS=159654487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:14:22:18:21:14:22:19:21 chr6 159654551 . C G 98.08 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0946408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.2832;QD=15.0892;RBI=0.10646;REFB=-0.0446002;REVB=0.048752;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188202;STB=0.589115;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0477216;OID=.;OPOS=159654551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:12:14:12:12:0.461538:11:1:2:10:11:1:2:12 chr6 159654994 . A C 334.76 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00850416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8278;QD=18.0953;RBI=0.0475618;REFB=-0.0315617;REVB=-0.0467953;RO=32;SAF=26;SAR=9;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443857;STB=0.507431;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0309621;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:38:35:36:0.486486:9:26:25:7:10:26:27:11 chr6 159655084 . C G 1332.09 PASS AF=0.394256;AO=151;DP=383;FAO=151;FDP=383;FR=.;FRO=232;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=112;FSRR=120;FWDB=-0.0219283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7111;QD=13.9122;RBI=0.057691;REFB=-0.026294;REVB=-0.053361;RO=229;SAF=77;SAR=74;SRF=112;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224394;STB=0.516455;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0507108;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:229:232:151:151:0.394256:74:77:112:117:74:77:112:120 chr6 159655102 . A G 1304.41 PASS AF=0.394608;AO=95;DP=413;FAO=161;FDP=408;FR=.,HEALED;FRO=245;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=121;FSRR=124;FWDB=-0.00166025;FXX=0.0121062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.106;QD=12.7883;RBI=0.00646741;REFB=-0.0228814;REVB=0.00625068;RO=232;SAF=52;SAR=43;SRF=114;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682749;STB=0.531889;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0375277;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:408:232:245:95:161:0.394608:43:52:114:118:73:88:121:124 chr6 159655383 . A G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.010523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.456;QD=13.4562;RBI=0.0107238;REFB=-0.0184454;REVB=0.00206536;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186214;STB=0.607823;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0128009;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:12:3:4:7:12:3 chr6 159655402 . A G 209.6 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0142381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.09;QD=22.6596;RBI=0.0592927;REFB=-0.0554831;REVB=-0.0575578;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151457;STB=0.52775;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0481209;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:6:16:18:20:0.540541:9:9:1:5:10:10:9:7 chr6 159660804 . CC GG 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=245.876;QD=10.0339;RBI=0.00515601;REFB=0.0279902;REVB=-0.00515601;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0282552;OID=.;OPOS=159660804;OREF=CC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr6 159660879 . C A 33.69 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.4;QD=19.2497;RBI=0.0255308;REFB=-0.198048;REVB=0.0255308;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00976508;OID=.;OPOS=159660879;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:1:2:4:5:0.714286:4:0:0:1:5:0:0:2 chr6 159667961 . T G 486.69 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00911348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.682;QD=16.639;RBI=0.0142686;REFB=-0.00791843;REVB=0.0109789;RO=64;SAF=19;SAR=34;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274883;STB=0.653161;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00918657;OID=.;OPOS=159667961;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:34:19:41:23:34:19:41:23 chr6 159670100 . A G 133.41 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00478738;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.164;QD=10.2625;RBI=0.00482099;REFB=-0.0321878;REVB=0.000568296;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146354;STB=0.586417;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.059591;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:35:17:17:0.326923:9:8:21:14:9:8:21:14 chr6 159672455 . C T 612.55 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0382575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.803;QD=18.4225;RBI=0.0384999;REFB=-0.0173068;REVB=-0.00431303;RO=70;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.558287;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0188209;OID=.;OPOS=159672455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:70:70:63:63:0.473684:29:34:30:40:29:34:30:40 chr6 159692405 . C T 914.19 PASS AF=0.494565;AO=90;DP=185;FAO=91;FDP=184;FR=.;FRO=93;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00306192;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.065;QD=19.8738;RBI=0.0034543;REFB=-0.0229551;REVB=-0.00159902;RO=91;SAF=56;SAR=34;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277758;STB=0.518702;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0150261;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:91:93:90:91:0.494565:34:56:54:37:34:57:55:38 chr6 160114168 . T C 506.07 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0988694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7897;QD=23.0031;RBI=0.118382;REFB=0.0023279;REVB=-0.0651094;RO=36;SAF=25;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070987;STB=0.51329;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00320676;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:40:48:48:0.545455:23:25:22:14:23:25:22:18 chr6 160169258 . G T 327.38 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00378388;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.507;QD=17.4605;RBI=0.0156804;REFB=-0.0175292;REVB=-0.015217;RO=40;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178734;STB=0.599478;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0245655;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:16:19:29:11:16:19:29:11 chr6 160182617 . C T 408.47 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00175766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.306;QD=17.9547;RBI=0.0379923;REFB=-0.0393849;REVB=0.0379516;RO=49;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114388;STB=0.563872;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0418882;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:23:19:28:21:23:19:28:21 chr6 160198359 . C T 315.84 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0553246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.667;QD=15.0399;RBI=0.0553737;REFB=-0.0215066;REVB=0.00233203;RO=49;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126176;STB=0.571388;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0209568;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:20:15:27:22:20:15:27:22 chr6 160201295 . C A 205.53 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.000677682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.221;QD=15.8098;RBI=0.0861372;REFB=-0.0361408;REVB=-0.0861346;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110635;STB=0.548346;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0426569;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:9:14:20:8:9:14:20:9 chr6 160206716 . T C 173.95 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0378387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.913;QD=19.3282;RBI=0.0478108;REFB=-0.00457198;REVB=0.0292251;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293785;STB=0.666481;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00680855;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:12:6:12:6:12:6 chr6 160211636 . G A 788.71 PASS AF=0.374486;AO=91;DP=242;FAO=91;FDP=243;FR=.;FRO=152;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=0.00516781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.168;QD=12.9829;RBI=0.0295017;REFB=-0.0162798;REVB=0.0290456;RO=150;SAF=53;SAR=38;SRF=71;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120756;STB=0.568324;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.021331;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:150:152:91:91:0.374486:38:53:71:79:38:53:72:80 chr6 160211645 . GGTT G 441.54 PASS AF=0.367965;AO=55;DP=216;FAO=85;FDP=231;FR=.;FRO=146;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=81;FWDB=0.0112118;FXX=0.00858332;HRUN=5;LEN=3;MLLD=273.882;QD=7.64573;RBI=0.0125793;REFB=-0.0031141;REVB=0.00570384;RO=134;SAF=35;SAR=20;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237112;STB=0.5753;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.00500148;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.367965:55:216:85:231:146:48:37:65:81:99:134:35:20:59:75 chr6 160224346 . T C 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=5;FWDB=-0.0281319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.957;QD=8.66923;RBI=0.0389289;REFB=-0.013683;REVB=0.0269084;RO=42;SAF=11;SAR=7;SRF=37;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380764;STB=0.71777;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0306118;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:7:11:37:5:7:11:37:5 chr6 160234625 . G C 693.52 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=141;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.038005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2081;QD=19.6744;RBI=0.0886789;REFB=-0.0142208;REVB=0.0801222;RO=70;SAF=47;SAR=22;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109904;STB=0.555186;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0155674;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:70:72:69:69:0.489362:22:47:40:30:22:47:42:30 chr6 160328620 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.526;QD=58.1358;RBI=0.0572108;REFB=0;REVB=-0.00352546;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254934;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr6 160448324 . C G 187.33 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00872221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4333;QD=14.6926;RBI=0.0186671;REFB=-0.031814;REVB=-0.016504;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148572;STB=0.584828;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0426064;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:10:20:11:10:10:20 chr6 160453978 . A G 259.62 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00911153;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.458;QD=16.2262;RBI=0.0236184;REFB=-0.0156947;REVB=-0.0217901;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157106;STB=0.594792;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.025509;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:35:29:29:0.453125:15:14:22:12:15:14:23:12 chr6 160464289 . G A 863.13 PASS AF=0.50289;AO=87;DP=173;FAO=87;FDP=173;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=0.00095588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.587;QD=19.9568;RBI=0.00243898;REFB=-0.0302024;REVB=-0.00224387;RO=86;SAF=48;SAR=39;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140711;STB=0.577302;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0311375;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:86:86:87:87:0.50289:39:48:34:52:39:48:34:52 chr6 160468278 . A G 1369.82 PASS AF=1;AO=81;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329471;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0602;QD=62.2644;RBI=0.0918635;REFB=0;REVB=0.0918044;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318718;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:81:88:1:37:44:0:0:46:42:0:0 chr6 160493834 . G A 959.48 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=182;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.014226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.568;QD=20.9722;RBI=0.0157479;REFB=-0.0103734;REVB=0.00675397;RO=88;SAF=47;SAR=47;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400866;STB=0.524585;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00914505;OID=.;OPOS=160493834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:88:89:94:94:0.513661:47:47:48:40:47:47:49:40 chr6 160494409 . A G 1340.76 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.375;QD=62.361;RBI=0.0590992;REFB=0;REVB=0.0512938;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50221e-05;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:35:47:0:0:38:48:0:0 chr6 160505199 . C G 794.27 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.329;QD=55.7379;RBI=0.0801195;REFB=0;REVB=0.0138884;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499647;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:56:57:1:22:34:1:0:22:35:0:0 chr6 160517481 . C T 629.36 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0421498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.187;QD=17.6046;RBI=0.0431301;REFB=-0.0224025;REVB=-0.00914341;RO=77;SAF=37;SAR=28;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363407;STB=0.517025;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.036194;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:78:65:65:0.454545:28:37:41:36:28:37:42:36 chr6 160526904 . TCAAA T,TCAAC 215.15 PASS AF=0.396226,0.0754717;AO=21,4;DP=55;FAO=21,4;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=9,0;FSAR=12,4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0211574,-0.0804006;FXX=0.036357;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=239.234,40.7996;QD=16.2376;RBI=0.0221585,0.117632;REFB=-0.0103111,0.0344817;REVB=0.00658511,0.085867;RO=29;SAF=9,0;SAR=12,4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0202822,-0.591044;STB=0.52069,0.997043;STBP=0.842,0.063;TYPE=del,snp;VARB=0.0212214,-0.0523696;OID=.,.;OPOS=160526905,160526908;OREF=CAAA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TCAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396226,0.0754717:21,4:55:21,4:53:28:9,0:12,4:13:15:99:29:9,0:12,4:13:16 chr6 160526936 . TTTG T,TGTG 56.02 PASS AF=0.15625,0.125;AO=4,4;DP=31;FAO=5,4;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1,0;FSAR=4,4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0495003,-0.022998;FXX=0.0302939;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=65.4049,79.2482;QD=7.00199;RBI=0.0495025,0.0262247;REFB=-0.040718,-0.0309494;REVB=-0.000466047,-0.0126026;RO=21;SAF=0,0;SAR=4,4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.723919,-0.723919;STB=0.859541,0.997966;STBP=0.172,0.007;TYPE=del,snp;VARB=0.145972,0.133554;OID=.,.;OPOS=160526937,160526937;OREF=TTG,T;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625,0.125:4,4:31:5,4:32:23:1,0:4,4:16:7:27:21:0,0:4,4:15:6 chr6 160551204 . G C 1691.7 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503951;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.267;QD=59.3579;RBI=0.0506517;REFB=-0.101792;REVB=-0.00509207;RO=1;SAF=64;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139159;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:114:1:0:112:114:1:48:64:1:0:48:66:0:0 chr6 160557643 . C T 360.05 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00718181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.316;QD=15.0019;RBI=0.0104343;REFB=-0.0134061;REVB=0.00756945;RO=56;SAF=17;SAR=22;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158922;STB=0.594547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0213411;OID=.;OPOS=160557643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:57:39:39:0.40625:22:17:33:23:22:17:34:23 chr6 160560845 . A G 1587.29 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.505;QD=64.1328;RBI=0.0630705;REFB=0;REVB=0.0170271;RO=0;SAF=42;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44941e-05;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:55:42:0:0:55:44:0:0 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 674.01 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00820097;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=8;MLLD=316.03;QD=56.1676;RBI=0.0119283;REFB=-0.0811778;REVB=-0.00866189;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559972;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.00286625;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:45:45:45:48:3:11:34:3:0:13:0:11:34:0:0 chr6 160645832 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.012;QD=59.4334;RBI=0.0416735;REFB=0;REVB=0.024795;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323346;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr6 160670282 . A C 4126.24 PASS AF=1;AO=264;DP=270;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144046;FXX=0.0222214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.434;QD=62.5188;RBI=0.0541617;REFB=-0.0697382;REVB=0.052211;RO=1;SAF=135;SAR=129;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012056;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:270:264:1:0:264:264:1:129:135:0:1:129:135:0:0 chr6 160679400 . C A 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0255591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.97;QD=12.3266;RBI=0.0270307;REFB=-0.00245535;REVB=-0.00879734;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529751;STB=0.824958;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0218711;OID=.;OPOS=160679400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:9:8:1:10:9:8 chr6 160769811 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00285572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.669;QD=20.8979;RBI=0.0292488;REFB=-0.0390432;REVB=0.0291091;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0264296;OID=.;OPOS=160769811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr6 160858188 . G A 636.99 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=109;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0225107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.185;QD=23.3759;RBI=0.0270904;REFB=-0.00563572;REVB=-0.0150718;RO=47;SAF=38;SAR=24;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142113;STB=0.507766;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00501265;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:47:47:62:62:0.568807:24:38:28:19:24:38:28:19 chr6 160872151 . C T 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.026318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.717;QD=15.0643;RBI=0.0266511;REFB=-0.025328;REVB=-0.00420031;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163286;STB=0.592524;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0251443;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:20:15:16:11:20:15 chr6 160969629 . A G 649.18 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0042702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.252;QD=20.1295;RBI=0.0282773;REFB=0.00504467;REVB=0.027953;RO=63;SAF=30;SAR=35;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131497;STB=0.511374;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00501122;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:64:65:65:0.503876:35:30:30:33:35:30:31:33 chr6 161007496 . G C 395.81 PASS AF=0.40708;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00782002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.846;QD=14.0108;RBI=0.0204785;REFB=-0.0224613;REVB=0.0189266;RO=64;SAF=13;SAR=33;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128269;STB=0.591046;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0345568;OID=.;OPOS=161007496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:67:46:46:0.40708:33:13:25:39:33:13:28:39 chr6 161007538 . G C 532.14 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0515759;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.585;QD=16.6295;RBI=0.0548519;REFB=-0.0252888;REVB=0.0186724;RO=69;SAF=21;SAR=36;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239695;STB=0.523552;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0572591;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:71:57:57:0.445312:36:21:27:42:36:21:29:42 chr6 161032668 . A G 239.37 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.0251719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.854;QD=9.20643;RBI=0.0265814;REFB=-0.0110767;REVB=0.00854087;RO=71;SAF=22;SAR=10;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173739;STB=0.607899;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.02093;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:71:72:32:32:0.307692:10:22:39:32:10:22:39:33 chr6 161085267 . C T 274.63 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00470335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.76;QD=17.7182;RBI=0.0171434;REFB=-0.0192092;REVB=-0.0164856;RO=31;SAF=19;SAR=11;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279016;STB=0.64809;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0196599;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:11:19:10:21:11:19:11:21 chr6 161127578 . T C 466.37 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00207638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.186;QD=19.8456;RBI=0.00462319;REFB=-0.0141281;REVB=0.00413069;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291608;STB=0.662512;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173914;OID=.;OPOS=161127578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:33:13:28:20:33:13:28:20 chr6 161173946 . T G 3428.24 PASS AF=1;AO=218;DP=221;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00950546;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.406;QD=61.7701;RBI=0.0209975;REFB=-0.0709819;REVB=0.0187227;RO=2;SAF=135;SAR=83;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700587;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147335;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:221:222:2:0:218:222:1:83:135:2:0:84:138:0:0 chr6 161469774 . G A 698.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0386;QD=62.0738;RBI=0.0147257;REFB=0;REVB=0.0146513;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68018e-05;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr6 161519331 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000577201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.978;QD=17.643;RBI=0.0542032;REFB=-0.0365178;REVB=-0.0542001;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226064;STB=0.648255;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0365673;OID=.;OPOS=161519331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:8:9:0.5625:1:7:5:2:1:8:5:2 chr6 161519349 . CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 238.72 PASS AF=0.157895,0.842105,0;AO=3,6,3;DP=19;FAO=3,16,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062306,0.0781285,0.0843592;FXX=0.049975;HRUN=2,1,3;LEN=1,3,4;MLLD=85.3726,140.294,125.792;QD=50.2573;RBI=0.0896447,0.135856,0.118554;REFB=0,0,0;REVB=-0.0644526,0.111143,0.083298;RO=0;SAF=3,3,0;SAR=0,3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0.319328;SSEP=0,0,0.453333;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0836617,0.0232654,0;OID=.,.,.;OPOS=161519384,161519351,161519350;OREF=T,CTG,CCTG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,CCCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.842105,0:3,6,3:19:3,16,0:19:0:3,8,0:0,8,0:0:0:15:0:3,3,0:0,3,3:0:0 chr6 161538250 . G A 686.95 PASS AF=0.383886;AO=80;DP=211;FAO=81;FDP=211;FR=.;FRO=130;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=65;FWDB=-0.0147344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.588;QD=13.0227;RBI=0.0153288;REFB=-0.0163292;REVB=0.00422712;RO=129;SAF=43;SAR=37;SRF=65;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368516;STB=0.519039;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.033722;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:129:130:80:81:0.383886:37:43:65:64:38:43:65:65 chr6 161565180 . G A 442.83 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0439231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0174;QD=17.7131;RBI=0.0656333;REFB=0.0227846;REVB=-0.0487698;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323624;STB=0.518108;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0285976;OID=.;OPOS=161565180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:30:25:19:26:30:25 chr6 161582535 . T C 44.99 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0374306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9317;QD=7.82504;RBI=0.038744;REFB=-0.0401032;REVB=-0.0100022;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.674237;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0472938;OID=.;OPOS=161582535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:10:5:4:3:11:5 chr6 162622197 . C T 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0339944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.022;QD=19.44;RBI=0.0340239;REFB=-0.0262913;REVB=0.00141679;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769524;STB=0.542693;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0245222;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:8:21:20:11:8:21 chr6 163587146 . C G 1551.84 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326265;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5487;QD=59.1176;RBI=0.0611637;REFB=0;REVB=0.051735;RO=0;SAF=73;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178598;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:100:105:1:27:73:0:0:30:75:0:0 chr6 163587266 . C A 473.44 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0153519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.837;QD=16.3256;RBI=0.0256787;REFB=-0.0279247;REVB=0.0205843;RO=58;SAF=28;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101654;STB=0.529869;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0256074;OID=.;OPOS=163587266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:58:64:52:52:0.448276:24:28:25:33:24:28:31:33 chr6 163612745 . CAAAA CAAAC,CAAA 70.55 PASS AF=0.0119048,0.357143;AO=11,24;DP=85;FAO=1,30;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=1,27;FSAR=0,3;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.110659,-0.0821703;FXX=0.0117633;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=123.743,11.0849;QD=3.35965;RBI=0.117191,0.224886;REFB=-0.0111354,-0.153219;REVB=0.0385767,0.209336;RO=38;SAF=11,22;SAR=0,2;SRF=5;SRR=33;SSEN=0,0.349112;SSEP=0,0;SSSB=0.847785,0.766279;STB=0.993052,0.883448;STBP=0.262,0;TYPE=snp,del;VARB=0.107315,0.169086;OID=.,.;OPOS=163612749,163612746;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAAC,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0119048,0.357143:11,24:85:1,30:84:53:1,27:0,3:18:35:63:38:11,22:0,2:5:33 chr6 163612783 . C A 651.21 PASS AF=0.9;AO=44;DP=49;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0768899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6668;QD=52.0964;RBI=0.0863258;REFB=-0.0503021;REVB=0.0392441;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080277;STB=0.564074;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0361622;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:49:50:3:5:44:45:0.9:28:16:3:0:28:17:5:0 chr6 163736204 . T C 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.115;QD=61.6756;RBI=0.0250561;REFB=0;REVB=0.000895267;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99442e-05;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 165832227 . C T 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0265209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8521;QD=17.9523;RBI=0.0266298;REFB=-0.0123229;REVB=-0.00240573;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481927;STB=0.527007;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00797707;OID=.;OPOS=165832227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:12:16:14:13:12:16 chr6 166307718 . T C 1785.74 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.784;QD=61.0509;RBI=0.0263101;REFB=0;REVB=0.0255504;RO=0;SAF=86;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93635e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:31:86:0:0:31:86:0:0 chr6 166308090 . AT TC 3240.77 PASS AF=0.990654;AO=194;DP=199;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=122;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00807492;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.047;QD=60.5751;RBI=0.0813253;REFB=-0.134068;REVB=0.0809234;RO=2;SAF=114;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117551;STB=0.505494;STBP=0.145;TYPE=mnp;VARB=0.000338999;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:199:214:2:2:194:212:0.990654:80:114:0:2:90:122:0:2 chr6 166308584 . C A 1087.15 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.129138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6144;QD=57.2183;RBI=0.129218;REFB=-0.0469898;REVB=0.00454122;RO=2;SAF=47;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858482;STB=0.504279;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00355191;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:76:2:2:72:74:0.973684:25:47:1:1:26:48:1:1 chr6 166308611 . G C 992.83 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=76;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0260212;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.87;QD=52.9511;RBI=0.0405151;REFB=-0.033731;REVB=0.0310543;RO=5;SAF=40;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294839;STB=0.515621;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00244642;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:75:5:5:70:70:0.933333:30:40:4:1:30:40:4:1 chr6 166308682 . G GAAAT 719.66 PASS AF=0.786667;AO=53;DP=77;FAO=59;FDP=75;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0096515;FXX=0.0384566;HRUN=3;LEN=4;MLLD=291.038;QD=38.3821;RBI=0.0131267;REFB=-0.042878;REVB=0.00889713;RO=17;SAF=33;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442576;STB=0.524428;STBP=0.437;TYPE=ins;VARB=0.00701587;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.786667:53:77:59:75:16:36:23:8:8:99:17:33:20:9:8 chr6 166308924 . G A 1108.21 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.617;QD=58.327;RBI=0.0704929;REFB=-0.108316;REVB=0.0676565;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751056;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:0:74:76:1:40:34:0:0:42:34:0:0 chr6 166309167 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.305;QD=59.8389;RBI=0.0570095;REFB=0;REVB=-0.0568723;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148893;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr6 166309245 . A T 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000236722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.324;QD=56.9454;RBI=0.0190353;REFB=-0.0581035;REVB=0.0190338;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346393;STB=0.518508;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00164825;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:0:1:13:23:0:1 chr6 166309249 . G T 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.1358;QD=58.9816;RBI=0.111997;REFB=0;REVB=-0.111331;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00212806;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr6 166309288 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00193305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.9;QD=57.1059;RBI=0.0178079;REFB=0;REVB=0.0177027;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24589e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr6 166571157 . G A 274.7 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0303033;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.902;QD=15.0523;RBI=0.0393696;REFB=-0.0106867;REVB=-0.0251332;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287059;STB=0.661097;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0303072;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:31:11:17:14:31:11 chr6 166571164 . T G 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0185569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.913;QD=13.4961;RBI=0.0194986;REFB=-0.0110431;REVB=-0.00598659;RO=43;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22491;STB=0.632529;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0242874;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:15:14:30:13:15:14:31:13 chr6 166572005 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0170526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.261;QD=13.5806;RBI=0.0434914;REFB=-0.0126578;REVB=-0.0400089;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206386;STB=0.620016;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0173075;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:17:11:10:7:17:11 chr6 166721211 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328071;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.871;QD=46.848;RBI=0.0331724;REFB=0;REVB=-0.00490952;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120395;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 166721224 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000952882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.568;QD=46.8473;RBI=0.0310289;REFB=0;REVB=0.0310143;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155699;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr6 166739646 . T C 92.82 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0265436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.427;QD=9.52;RBI=0.0266502;REFB=-0.0141878;REVB=-0.00238106;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718642;STB=0.519618;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0282637;OID=.;OPOS=166739646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:25:27:12:12:0.307692:7:5:12:13:7:5:12:15 chr6 166739684 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0797816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.41;QD=8.23031;RBI=0.0816632;REFB=-0.019217;REVB=-0.0174293;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103103;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0444476;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:23:25:10:10:0.285714:6:4:9:14:6:4:10:15 chr6 166755975 . T C 221.14 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0116761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.938;QD=14.5011;RBI=0.0146886;REFB=-0.0115994;REVB=-0.00891199;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191011;STB=0.594929;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0245273;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:14:11:22:13:14:12:22:13 chr6 166755979 . A C 222.66 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0242285;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.506;QD=14.6008;RBI=0.0355253;REFB=-0.0208451;REVB=-0.0259812;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151646;STB=0.594929;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0110337;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:35:26:26:0.42623:14:12:22:14:14:12:22:13 chr6 166778679 . T G 407.62 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00332233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.724;QD=23.6303;RBI=0.0304484;REFB=-0.0246352;REVB=0.0302666;RO=28;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536192;STB=0.536214;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.020791;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:29:40:40:0.57971:20:20:12:16:20:20:12:17 chr6 166826255 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.965;QD=53.9112;RBI=0.0320811;REFB=0;REVB=-0.0018517;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102171;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr6 166826304 . T C 368.59 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160827;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.639;QD=52.6554;RBI=0.0321976;REFB=0.00480703;REVB=-0.0278933;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.000102025;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:0:1:8:19:0:1 chr6 166862233 . T C 441.6 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00524692;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.046;QD=19.1999;RBI=0.00956072;REFB=-0.00234392;REVB=-0.00799232;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241025;STB=0.639214;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00285737;OID=.;OPOS=166862233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:49:48:44:44:0.478261:29:15:29:20:29:15:29:19 chr6 166889281 . T A 1320.91 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.959;QD=62.1606;RBI=0.0690803;REFB=0;REVB=0.0628792;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53003e-05;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:28:55:0:0:29:56:0:0 chr6 166889331 . CAG C 1515.99 PASS AF=1;AO=90;DP=98;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380311;FXX=0.0404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.506;QD=63.831;RBI=0.0595341;REFB=0;REVB=0.0458033;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000197022;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:98:95:95:0:56:39:0:0:8:0:54:36:0:0 chr6 166952264 . G A 156.24 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0758566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4872;QD=14.5344;RBI=0.0774799;REFB=-0.0382542;REVB=0.0157772;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0701663;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:12:13:8:10:12:13 chr6 167271711 . T C 444.67 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.00961608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6105;QD=17.9664;RBI=0.0242787;REFB=-0.0185522;REVB=0.0222932;RO=51;SAF=22;SAR=22;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218164;STB=0.625964;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0162404;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:54:44:45:0.454545:22:22:37:14:22:23:40:14 chr6 167271716 . T C 442.91 PASS AF=0.488889;AO=41;DP=88;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=0.0107786;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.273;QD=19.6849;RBI=0.0108459;REFB=-0.0181977;REVB=0.00120695;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288963;STB=0.646094;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0210658;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:47:46:41:44:0.488889:20:21:38:9:21:23:37:9 chr6 167343141 . G A 488.2 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=-0.00114286;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.767;QD=15.2561;RBI=0.0209556;REFB=-0.0290742;REVB=-0.0209244;RO=72;SAF=17;SAR=37;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841982;STB=0.558065;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0514147;OID=.;OPOS=167343141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:74:54:54:0.421875:37:17:28:44:37:17:30:44 chr6 167352074 . GG AC,GC 412.53 PASS AF=0,0.672131;AO=3,35;DP=58;FAO=0,41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=0,28;FSAR=0,13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.140174,-0.141893;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=70.218,32.9908;QD=27.0511;RBI=0.140294,0.141895;REFB=0.0558001,0.0947648;REVB=-0.00580572,0.000748363;RO=20;SAF=3,22;SAR=0,13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.543452,-0.0153217;STB=0.5,0.512345;STBP=1,0.842;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0790031;OID=.,.;OPOS=167352074,167352075;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:61:20:20:3,35:0,41:0,0.672131:0,13:3,22:13:7:0,13:0,28:13:7 chr6 167411298 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0493206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.825;QD=10.3903;RBI=0.0509401;REFB=-0.0260963;REVB=0.0127423;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.051638;OID=.;OPOS=167411298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr6 167411300 . TG CA 46.43 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0141878;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=121.661;QD=9.77377;RBI=0.0876336;REFB=-0.0107132;REVB=0.0864775;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.691747;STBP=0.206;TYPE=mnp;VARB=0.0142983;OID=.;OPOS=167411300;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:10:12:6:7:0.368421:5:1:6:4:5:2:7:5 chr6 167413538 . T TC 421.88 PASS AF=0.401575;AO=17;DP=136;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0190848;FXX=0.00781189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=301.852;QD=13.2876;RBI=0.0229431;REFB=-0.0134434;REVB=0.0127341;RO=119;SAF=4;SAR=13;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448816;STB=0.502183;STBP=0.97;TYPE=ins;VARB=0.0211539;OID=.;OPOS=167413539;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.401575:17:136:51:127:76:28:23:42:34:99:119:4:13:73:46 chr6 167413539 . T C 231.73 PASS AF=0.251852;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=135;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=-0.00733453;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=295.647;QD=6.86606;RBI=0.0151032;REFB=-0.00423714;REVB=-0.0132027;RO=101;SAF=23;SAR=11;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196248;STB=0.618715;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0101938;OID=.;OPOS=167413539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:101:101:34:34:0.251852:11:23:53:48:11:23:53:48 chr6 167424293 . T C 126.79 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0160841;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.91;QD=18.1125;RBI=0.098976;REFB=-0.0248098;REVB=0.0976604;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403655;STB=0.732978;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0485447;OID=.;OPOS=167424293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:11:3:9:5:11:3:9:5 chr6 167435928 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00604593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1836;QD=13.7531;RBI=0.0253701;REFB=-0.00280175;REVB=-0.0246392;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220471;STB=0.627084;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00315061;OID=.;OPOS=167435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:17:6:7:8:17:6 chr6 167438276 . G T 490.69 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0250644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.898;QD=22.3042;RBI=0.025944;REFB=-0.0104703;REVB=0.00669807;RO=41;SAF=36;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165109;STB=0.591559;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0127831;OID=.;OPOS=167438276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:11:36:25:16:11:36:25:16 chr6 167438364 . T C 193.0 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0121995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2931;QD=10.0257;RBI=0.0199106;REFB=-0.00828758;REVB=-0.0157355;RO=50;SAF=20;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324077;STB=0.695479;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0139029;OID=.;OPOS=167438364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:52:25:25:0.324675:5:20:28:22:5:20:29:23 chr6 167453718 . C T 396.93 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0272465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1885;QD=14.1759;RBI=0.0286166;REFB=-0.0281482;REVB=-0.00874862;RO=64;SAF=29;SAR=17;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138433;STB=0.579039;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0319898;OID=.;OPOS=167453718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:66:46:46:0.410714:17:29:32:32:17:29:33:33 chr6 167453800 . G A 375.29 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0149376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.575;QD=13.7721;RBI=0.016554;REFB=-0.00168982;REVB=-0.0071347;RO=65;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144428;STB=0.5816;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00569583;OID=.;OPOS=167453800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:19:25:28:37:19:25:28:37 chr6 167550042 . C T 662.25 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.00283004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.769;QD=23.6516;RBI=0.0417049;REFB=-0.0115884;REVB=0.0416088;RO=48;SAF=44;SAR=20;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387074;STB=0.521102;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0111659;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:20:44:35:13:20:44:35:13 chr6 167571048 . T C 1399.79 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304741;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4217;QD=62.912;RBI=0.0333202;REFB=0;REVB=0.0134747;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138831;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr6 167571430 . A T 731.17 PASS AF=0.486486;AO=72;DP=148;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=30;FWDB=-0.004558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.874;QD=19.7612;RBI=0.0107361;REFB=-0.021016;REVB=0.00972054;RO=76;SAF=45;SAR=27;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194568;STB=0.51075;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0190665;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:76:76:72:72:0.486486:27:45:46:30:27:45:46:30 chr6 167590541 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0208708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0403;QD=18.0093;RBI=0.0392613;REFB=0.0142281;REVB=-0.0332545;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146964;STB=0.509954;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0101928;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:38:35:35:0.479452:20:15:16:20:20:15:17:21 chr6 167590574 . G C 785.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.467;QD=57.1224;RBI=0.0402587;REFB=0;REVB=0.0275019;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84261e-06;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:35:20:0:0 chr6 167591954 . G A 216.09 PASS AF=0.213018;AO=36;DP=169;FAO=36;FDP=169;FR=.;FRO=133;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=108;FWDB=-0.0230988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.334;QD=5.1146;RBI=0.0505979;REFB=-0.0118148;REVB=-0.0450177;RO=127;SAF=6;SAR=30;SRF=23;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031942;STB=0.528994;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0470273;OID=.;OPOS=167591954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:127:133:36:36:0.213018:30:6:23:104:30:6:25:108 chr6 167592524 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00420649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.929;QD=17.2646;RBI=0.0464332;REFB=-0.00141931;REVB=0.0462422;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117359;STB=0.506575;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00191151;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:24:18:15:21:24:18 chr6 167592571 . G A 55.48 PASS AF=0.121212;AO=12;DP=99;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0614338;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2778;QD=2.24158;RBI=0.0751433;REFB=-0.00707876;REVB=-0.0432713;RO=86;SAF=6;SAR=6;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141857;STB=0.515126;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0265412;OID=.;OPOS=167592571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:99:99:86:87:12:12:0.121212:6:6:44:42:6:6:45:42 chr6 167592576 . G A 443.66 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0295993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3615;QD=17.7463;RBI=0.029843;REFB=-0.0122446;REVB=0.00380582;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159018;STB=0.508893;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0175962;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:22:23:29:26:22:23:29:26 chr6 167592601 . G A 55.06 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0125946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.609;QD=2.20226;RBI=0.014475;REFB=-0.00624579;REVB=0.00713439;RO=88;SAF=6;SAR=6;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138289;STB=0.509983;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0356985;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:88:88:12:12:0.12:6:6:45:43:6:6:45:43 chr6 167592605 . TT GA 56.28 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.0478073;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.865;QD=2.32077;RBI=0.0480808;REFB=-0.00870189;REVB=-0.00512111;RO=83;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737457;STB=0.515438;STBP=0.932;TYPE=mnp;VARB=0.0644134;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:98:97:83:85:12:12:0.123711:6:6:42:41:6:6:44:41 chr6 167719436 . G A 283.22 PASS AF=0.356436;AO=34;DP=102;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00292747;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.785;QD=11.2168;RBI=0.0313278;REFB=-0.0178777;REVB=0.0311907;RO=65;SAF=29;SAR=5;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552832;STB=0.826971;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0321135;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:65:65:34:36:0.356436:5:29:26:39:5:31:26:39 chr6 167728774 . TG CA,CG 398.53 PASS AF=0.392857,0.607143;AO=11,14;DP=30;FAO=11,17;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,10;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454039,0.0107988;FXX=0.124961;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=88.3129,104.95;QD=56.9331;RBI=0.0633383,0.104887;REFB=0,0;REVB=-0.0631754,-0.104329;RO=0;SAF=8,9;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0190698,0.00336249;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:30:28:0:0:11,14:11,17:0.392857,0.607143:3,5:8,9:0:0:3,7:8,10:0:0 chr6 167753691 . C T 912.91 PASS AF=0.464115;AO=97;DP=209;FAO=97;FDP=209;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=75;FSRR=37;FWDB=0.0135039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6416;QD=17.472;RBI=0.0137538;REFB=-0.0091964;REVB=-0.00260994;RO=111;SAF=51;SAR=46;SRF=74;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13781;STB=0.577908;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00855368;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:111:112:97:97:0.464115:46:51:74:37:46:51:75:37 chr6 167754661 . A G 1452.58 PASS AF=1;AO=78;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.395;QD=63.1558;RBI=0.0331221;REFB=0;REVB=0.0171691;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122083;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:78:92:1:45:33:0:0:51:41:0:0 chr6 167754702 . C T 306.31 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00285734;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=15.1266;RBI=0.0205422;REFB=0.00444815;REVB=-0.0203425;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304054;STB=0.50922;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00610115;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:33:34:0.419753:18:15:20:27:19:15:20:27 chr6 167789493 . T C 477.46 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0200258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4769;QD=33.5059;RBI=0.052902;REFB=-0.0248869;REVB=0.0489652;RO=15;SAF=17;SAR=25;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240759;STB=0.5013;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00707175;OID=.;OPOS=167789493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:25:17:6:9:25:17:6:9 chr6 167796280 . C T 328.94 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0205039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.237;QD=12.8997;RBI=0.0206801;REFB=-0.00891317;REVB=0.00269376;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256397;STB=0.645423;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0113159;OID=.;OPOS=167796280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:23:16:41:22:23:16:41:22 chr6 167796309 . C T 321.53 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0115944;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.812;QD=11.5866;RBI=0.0291127;REFB=-0.0145505;REVB=0.0267043;RO=71;SAF=15;SAR=25;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284001;STB=0.662173;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0271622;OID=.;OPOS=167796309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:71:71:40:40:0.36036:25:15:45:26:25:15:45:26 chr6 167796319 . T C 342.65 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0331237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.132;QD=12.0227;RBI=0.0343792;REFB=-0.00521486;REVB=0.00920614;RO=72;SAF=14;SAR=28;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332759;STB=0.689567;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0344995;OID=.;OPOS=167796319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:28:14:46:26:28:14:46:26 chr6 168070084 . G A 97.28 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0720348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.651;QD=12.9707;RBI=0.0726459;REFB=-0.0159329;REVB=-0.00940215;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00927893;OID=.;OPOS=168070084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr6 168070293 . G A 182.39 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0178844;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.693;QD=14.8887;RBI=0.0187545;REFB=-0.0332393;REVB=-0.00564626;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337466;STB=0.72648;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0389925;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:30:19:19:0.387755:13:6:17:9:13:6:21:9 chr6 168323664 . A G 853.86 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3081;QD=55.991;RBI=0.0379951;REFB=-0.0564911;REVB=-0.00129167;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000852011;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:32:28:0:0:32:28:0:1 chr6 168343838 . T C 2082.1 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9565;QD=62.6195;RBI=0.0574088;REFB=0;REVB=0.0463408;RO=0;SAF=80;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196682;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:53:80:0:0:53:80:0:0 chr6 168349011 . C T 395.89 PASS AF=0.911765;AO=24;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.13057;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.65;QD=46.5758;RBI=0.163183;REFB=-0.173699;REVB=0.0978793;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596561;STB=0.505007;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0244951;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:2:3:24:31:0.911765:11:13:1:1:12:19:2:1 chr6 168376866 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.835;QD=39.2068;RBI=0.0456223;REFB=0;REVB=0.0455827;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643943;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 168376869 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116488;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.634;QD=39.2068;RBI=0.0476155;REFB=0;REVB=0.0461686;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455669;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 168442765 . G A 584.16 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00709777;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.194;QD=25.3983;RBI=0.119657;REFB=-0.0425584;REVB=0.119446;RO=37;SAF=37;SAR=16;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019846;STB=0.528058;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0349501;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:37:39:53:53:0.576087:16:37:25:12:16:37:25:14 chr6 168457801 . A G 1186.23 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.193;QD=60.0623;RBI=0.0277552;REFB=0;REVB=0.023387;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66423e-05;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:75:79:1:36:39:0:0:39:40:0:0 chr6 168457966 . G A 739.28 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0026138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.36;QD=54.7612;RBI=0.0266668;REFB=-0.103611;REVB=0.0265384;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00108865;OID=.;OPOS=168457966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr6 168459790 . G T 2116.04 PASS AF=0.971631;AO=136;DP=141;FAO=137;FDP=141;FR=.;FRO=4;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0205033;FXX=0.0208319;HRUN=7;LEN=1;MLLD=59.0723;QD=60.0295;RBI=0.0949944;REFB=-0.00138839;REVB=0.0927554;RO=4;SAF=81;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193898;STB=0.509976;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000523374;OID=.;OPOS=168459790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:141:141:4:4:136:137:0.971631:55:81:1:3:56:81:1:3 chr6 168459792 . G A 2160.66 PASS AF=0.972222;AO=139;DP=143;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00462556;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=265.73;QD=60.0183;RBI=0.0119131;REFB=0.0450597;REVB=0.0109785;RO=4;SAF=82;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186013;STB=0.509575;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-6.55134e-05;OID=.;OPOS=168459792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:144:4:4:139:140:0.972222:57:82:1:3:58:82:1:3 chr6 168459845 . G C 3152.61 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.63;QD=64.0124;RBI=0.077743;REFB=0;REVB=0.0584028;RO=0;SAF=111;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32225e-06;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:86:111:0:0:86:111:0:0 chr6 168479604 . G A 1996.16 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338278;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.24;QD=62.3799;RBI=0.0650686;REFB=0;REVB=0.0555841;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118237;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:75:52:0:0:76:52:0:0 chr6 168482110 . C T 2147.01 PASS AF=0.992701;AO=91;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815387;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.899;QD=62.6864;RBI=0.121679;REFB=0;REVB=0.0903171;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600726;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:0:0:91:136:0.992701:36:55:0:0:62:74:0:0 chr6 168482111 . G T 190.18 PASS AF=0.218978;AO=24;DP=131;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=37;FWDB=-0.0130538;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.614;QD=5.55278;RBI=0.0764997;REFB=-0.047678;REVB=0.0753778;RO=107;SAF=4;SAR=20;SRF=70;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58397;STB=0.857901;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268786;OID=.;OPOS=168482111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:107:107:24:30:0.218978:20:4:70:37:25:5:70:37 chr6 168694594 . C T 486.47 PASS AF=0.352941;AO=60;DP=170;FAO=60;FDP=170;FR=.;FRO=110;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=68;FSRR=42;FWDB=-0.0154713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1256;QD=11.4464;RBI=0.0745472;REFB=-0.00873327;REVB=-0.0729241;RO=108;SAF=29;SAR=31;SRF=67;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154176;STB=0.586818;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0089107;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:108:110:60:60:0.352941:31:29:67:41:31:29:68:42 chr6 168695309 . C T 573.14 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=29;FWDB=0.00621677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1194;QD=14.2395;RBI=0.046954;REFB=-0.00300688;REVB=-0.0465406;RO=95;SAF=38;SAR=28;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131405;STB=0.573433;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00431827;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:95:95:66:66:0.409938:28:38:66:29:28:38:66:29 chr6 168695345 . G A 868.23 PASS AF=0.431818;AO=95;DP=218;FAO=95;FDP=220;FR=.;FRO=125;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=43;FWDB=-0.00827546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5843;QD=15.7861;RBI=0.0148112;REFB=-0.0382449;REVB=-0.0122837;RO=123;SAF=44;SAR=51;SRF=82;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204736;STB=0.608385;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0413228;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:123:125:95:95:0.431818:51:44:82:41:51:44:82:43 chr6 169064933 . T C 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0205296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.039;QD=16.1707;RBI=0.0210026;REFB=-0.0176928;REVB=-0.00443225;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369908;STB=0.52125;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0233202;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:8:12:9:7:8:12 chr6 169619943 . G T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.081942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.267;QD=3.6494;RBI=0.0819453;REFB=-0.0116494;REVB=0.000726629;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258196;STB=0.675163;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0466427;OID=.;OPOS=169619943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:3:3:9:22:3:3:9:22 chr6 169621536 . A G 392.73 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00504357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.32;QD=19.8849;RBI=0.0132378;REFB=-0.00891252;REVB=0.0122393;RO=39;SAF=29;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280094;STB=0.64214;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0100242;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:39:39:39:40:0.506329:10:29:18:21:11:29:18:21 chr6 169622490 . G A 235.18 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0123801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5489;QD=13.2496;RBI=0.056768;REFB=-0.00614127;REVB=-0.0554016;RO=42;SAF=12;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506086;STB=0.522433;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0092113;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:43:28:28:0.394366:16:12:20:22:16:12:20:23 chr6 170013688 . T G 572.42 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0200854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.776;QD=22.0163;RBI=0.0200857;REFB=-0.002568;REVB=-0.000119619;RO=46;SAF=33;SAR=24;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043378;STB=0.527739;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00210318;OID=.;OPOS=170013688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:47:57:57:0.548077:24:33:29:17:24:33:30:17 chr6 170033086 . G A 565.69 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.00417947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.54;QD=22.184;RBI=0.0075929;REFB=0.00383406;REVB=0.0063391;RO=45;SAF=41;SAR=15;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123422;STB=0.504031;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00304631;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:46:56:56:0.54902:15:41:33:12:15:41:34:12 chr6 170047902 . T A 443.87 PASS AF=0.419355;AO=45;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00874205;FXX=0.0746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2198;QD=14.3185;RBI=0.0135776;REFB=-0.039216;REVB=-0.0103888;RO=60;SAF=28;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110477;STB=0.613591;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.026074;OID=.;OPOS=170047902;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:72:45:52:0.419355:17:28:31:29:17:35:35:37 chr6 170047903 . G A 30.65 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0114921;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.901;QD=0.914893;RBI=0.012823;REFB=-0.00182293;REVB=-0.00568864;RO=119;SAF=9;SAR=1;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4539;STB=0.8849;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00761805;OID=.;OPOS=170047903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:129:134:119:124:10:10:0.0746269:1:9:60:59:1:9:63:61 chr6 170058374 . C T 379.2 PASS AF=0.343066;AO=47;DP=137;FAO=47;FDP=137;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0248475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.989;QD=11.0715;RBI=0.0248641;REFB=-0.0202986;REVB=0.000906401;RO=83;SAF=24;SAR=23;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831024;STB=0.514919;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0297377;OID=.;OPOS=170058374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:83:90:47:47:0.343066:23:24:43:40:23:24:48:42 chr6 170059627 . G A 155.32 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0362999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.985;QD=15.1532;RBI=0.0363711;REFB=-0.0214037;REVB=0.0022741;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242255;STB=0.514002;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0314198;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:15:9:6:11:15:9 chr6 170068086 . C T 356.81 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00262512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8371;QD=13.5926;RBI=0.0226032;REFB=-0.0139794;REVB=-0.0224502;RO=63;SAF=33;SAR=9;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289909;STB=0.666034;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0184767;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:63:42:42:0.4:9:33:35:28:9:33:35:28 chr6 170068180 . A G 2390.48 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3286;QD=60.9038;RBI=0.0928728;REFB=0;REVB=-0.0715701;RO=0;SAF=76;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456755;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:80:76:0:0:81:76:0:0 chr6 170070723 . A G 749.92 PASS AF=1;AO=39;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.29;QD=63.8226;RBI=0.0680271;REFB=0;REVB=0.0118438;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643614;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:39:47:1:19:20:0:0:19:28:0:0 chr6 170102267 . A G 340.29 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1451;QD=54.4456;RBI=0.00964256;REFB=0;REVB=0.00496904;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317512;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr6 170103508 . G GT 164.92 PASS AF=0.555556;AO=21;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0355379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5489;QD=14.6595;RBI=0.0406331;REFB=-0.0647829;REVB=-0.0197003;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.50889;STBP=0.959;TYPE=ins;VARB=0.0436332;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:21:45:25:45:20:12:13:10:10:99:24:9:12:13:11 chr6 170105553 . T C 353.56 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00411132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.148;QD=23.9702;RBI=0.0194823;REFB=-0.0216377;REVB=0.0190436;RO=24;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022395;STB=0.512308;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0187142;OID=.;OPOS=170105553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:15:20:13:11:15:20:13:11 chr6 170106181 . GACTT G 347.34 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00897316;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=202.884;QD=30.2033;RBI=0.00996434;REFB=-0.0294176;REVB=0.00433248;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109848;STB=0.56491;STBP=0.242;TYPE=del;VARB=0.0208062;OID=.;OPOS=170106182;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.630435:28:50:29:46:17:17:12:7:10:99:17:16:12:7:10 chr6 170151766 . C T 46.76 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00105819;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.137;QD=6.23484;RBI=0.0329075;REFB=-0.0119006;REVB=-0.0328905;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450375;STB=0.517191;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0520676;OID=.;OPOS=170151766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:31:30:22:23:7:7:0.233333:2:5:15:7:2:5:16:7 chr6 170162537 . C T 549.04 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0100291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5526;QD=19.2644;RBI=0.012787;REFB=-0.0278362;REVB=-0.00793254;RO=57;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112551;STB=0.562224;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0288312;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:23:34:27:30:23:34:27:30 chr6 170176146 . G A 242.25 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=92;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0318211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.018;QD=10.4192;RBI=0.0365229;REFB=-0.03326;REVB=-0.017926;RO=59;SAF=15;SAR=15;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126095;STB=0.580593;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0462985;OID=.;OPOS=170176146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:59:63:30:30:0.322581:15:15:36:23:15:15:39:24 chr6 170176467 . A G 389.78 PASS AF=0.431579;AO=38;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00318576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.949;QD=16.4119;RBI=0.00319495;REFB=-0.0262257;REVB=-0.000242049;RO=54;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247712;STB=0.510853;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0324114;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:38:41:0.431579:16:22:30:24:19:22:30:24 chr6 170176647 . CA TG 524.78 PASS AF=0.478632;AO=55;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0154204;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.319;QD=17.9411;RBI=0.0154576;REFB=-0.0060771;REVB=0.00107129;RO=58;SAF=21;SAR=34;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250899;STB=0.644769;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.00736738;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:61:55:56:0.478632:34:21:38:20:35:21:40:21 chr6 170190200 . G A 2312.68 PASS AF=0.99359;AO=149;DP=151;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0567587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7561;QD=59.2994;RBI=0.0707789;REFB=-0.171323;REVB=0.0422859;RO=2;SAF=90;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158472;STB=0.503999;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00154835;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:151:156:2:1:149:155:0.99359:59:90:0:2:62:93:0:1 chr6 170190418 . T G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0165267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.755;QD=16.7549;RBI=0.0173459;REFB=-0.0134515;REVB=-0.0052678;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121745;STB=0.557645;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0172395;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:12:12:10:17:12:12:11:17 chr6 170592945 . C T 968.41 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022813;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.791;QD=56.1397;RBI=0.024149;REFB=-0.0502049;REVB=-0.00792076;RO=1;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178273;STB=0.50341;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00015718;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:69:1:2:67:67:0.971014:26:41:0:1:26:41:1:1 chr6 170597305 . C T 1293.11 PASS AF=0.977778;AO=83;DP=86;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0556688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9849;QD=57.4717;RBI=0.0661027;REFB=-0.141798;REVB=0.0356448;RO=3;SAF=46;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298874;STB=0.510414;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00394193;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:90:3:2:83:88:0.977778:37:46:3:0:41:47:2:0 chr6 170845354 . A G 197.67 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.016208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2385;QD=18.8256;RBI=0.0447254;REFB=-0.0288446;REVB=0.0416853;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939744;STB=0.553344;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0423889;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:11:11:8:12:11:11 chr6 170862300 . G C 787.27 PASS AF=0.528169;AO=75;DP=142;FAO=75;FDP=142;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0952285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.124;QD=22.1768;RBI=0.0952392;REFB=-0.0105057;REVB=0.00142777;RO=66;SAF=29;SAR=46;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601309;STB=0.529967;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00920443;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:67:75:75:0.528169:46:29:30:36:46:29:30:37 chr6 170871037 . GCAA G,GCAG 68.01 PASS AF=0.533333,0.0666667;AO=4,5;DP=16;FAO=8,1;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2,0;FSAR=6,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00653073,-0.159123;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=97.3279,97.9064;QD=18.137;RBI=0.010318,0.159417;REFB=-0.0846272,-0.0223493;REVB=0.00798822,0.00967417;RO=6;SAF=1,0;SAR=3,5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254893,-0.739739;STB=0.624664,0.98873;STBP=0.386,0.485;TYPE=del,snp;VARB=0.126263,-0.00968246;OID=.,.;OPOS=170871038,170871040;OREF=CAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0.0666667:4,5:16:8,1:15:6:2,0:6,1:3:3:27:6:1,0:3,5:3:3 chr6 170878793 . T C 696.92 PASS AF=0.434286;AO=76;DP=175;FAO=76;FDP=175;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0513214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.909;QD=15.9295;RBI=0.0552805;REFB=-0.0157919;REVB=-0.0205437;RO=99;SAF=49;SAR=27;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146966;STB=0.582126;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0383978;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:99:99:76:76:0.434286:27:49:50:49:27:49:50:49 chr6 170887693 . G C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0146368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.685;QD=8.37078;RBI=0.0332415;REFB=-0.00723318;REVB=-0.0298456;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449958;STB=0.758318;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0185625;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:26:2:4:7:26:2 chr7 299850 . G T 3325.37 PASS AF=1;AO=210;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244579;FXX=0.0138242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.879;QD=62.1564;RBI=0.0613647;REFB=0;REVB=0.05628;RO=0;SAF=112;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34686e-06;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:210:214:1:98:112:0:0:100:114:0:0 chr7 299881 . A G 3041.81 PASS AF=0.994845;AO=190;DP=192;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=100;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00768565;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0087;QD=62.7178;RBI=0.0585095;REFB=-0.0195305;REVB=-0.0580025;RO=1;SAF=98;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514795;STB=0.502674;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=8.25509e-05;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:194:1:1:190:193:0.994845:92:98:0:1:93:100:0:1 chr7 331086 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0247226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.077;QD=24.3281;RBI=0.0549141;REFB=-0.00681248;REVB=0.0490342;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00197167;OID=.;OPOS=331086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr7 331427 . C A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00616516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.104;QD=12.0157;RBI=0.0120799;REFB=-0.0144879;REVB=0.0103882;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0181444;OID=.;OPOS=331427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:1:6:5:1:1:6 chr7 470239 . A G 1726.49 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.655;QD=60.5786;RBI=0.0579619;REFB=0;REVB=-0.0291613;RO=0;SAF=20;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38893e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:94:20:0:0:94:20:0:0 chr7 470281 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.081;QD=57.1063;RBI=0.0281187;REFB=0;REVB=0.0157508;RO=0;SAF=6;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0398e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:49:6:0:0:49:6:0:0 chr7 540680 . C G 56.16 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=121;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.0272211;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9806;QD=1.87211;RBI=0.02984;REFB=-0.00369471;REVB=-0.0122246;RO=104;SAF=13;SAR=1;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523561;STB=0.892618;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0932734;OID=.;OPOS=540680;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:121:120:104:106:14:14:0.116667:1:13:58:46:1:13:60:46 chr7 540741 . G A 1224.79 PASS AF=0.622857;AO=109;DP=175;FAO=109;FDP=175;FR=.;FRO=66;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.00406405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.152;QD=27.9951;RBI=0.0072487;REFB=-0.0244596;REVB=-0.00600227;RO=65;SAF=64;SAR=45;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424579;STB=0.519265;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0154121;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:65:66:109:109:0.622857:45:64:42:23:45:64:42:24 chr7 552046 . A G 2120.97 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208901;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3863;QD=62.8436;RBI=0.0513231;REFB=0;REVB=-0.0468793;RO=0;SAF=67;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06194e-05;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:134:135:1:67:67:0:0:68:67:0:0 chr7 624220 . GT G,GG 5298.05 PASS AF=0.031339,0.968661;AO=103,233;DP=354;FAO=11,340;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=4,183;FSAR=7,157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254639,0.00134357;FXX=0.0112673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.586,133.297;QD=60.3766;RBI=0.0314038,0.0149779;REFB=0,0;REVB=0.018379,0.0149175;RO=0;SAF=55,121;SAR=48,112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0385113,0.00136493;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.031339,0.968661:103,233:354:11,340:351:0:4,183:7,157:0:0:4:0:55,121:48,112:0:0 chr7 624222 . A G 666.76 PASS AF=0.284507;AO=94;DP=338;FAO=101;FDP=355;FR=.;FRO=254;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=125;FSRR=129;FWDB=0.01176;FXX=0.00280891;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.732;QD=7.51282;RBI=0.0150418;REFB=-0.0391327;REVB=-0.00937865;RO=244;SAF=55;SAR=39;SRF=125;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905945;STB=0.588158;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.154644;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:355:244:254:94:101:0.284507:39:55:125:119:39:62:125:129 chr7 772174 . G A 117.96 PASS AF=0.24;AO=17;DP=74;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.0190428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.634;QD=6.29105;RBI=0.0393192;REFB=-0.00630563;REVB=-0.0344002;RO=56;SAF=15;SAR=2;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573076;STB=0.862307;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0298239;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:56:57:17:18:0.24:2:15:25:31:2:16:26:31 chr7 814788 . G A 388.99 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0209176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3187;QD=18.7466;RBI=0.0237128;REFB=-0.0076631;REVB=-0.0111692;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757257;STB=0.542148;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00841818;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:20:20:25:18:20:20:25:18 chr7 881668 . C T 223.98 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00359127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.686;QD=10.6658;RBI=0.0408587;REFB=-0.0219987;REVB=-0.0407006;RO=55;SAF=11;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178756;STB=0.582992;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0536031;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:27:28:0.333333:16:11:31:24:16:12:31:25 chr7 882895 . C G 122.05 PASS AF=0.3;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0127499;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3092;QD=9.76409;RBI=0.0130589;REFB=-0.0134718;REVB=0.00282411;RO=35;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320871;STB=0.689073;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0281847;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:35:35:15:15:0.3:8:7:26:9:8:7:26:9 chr7 897492 . A G 547.17 PASS AF=0.548387;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0161231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.837;QD=23.5343;RBI=0.0163664;REFB=-0.0286297;REVB=-0.00281196;RO=40;SAF=20;SAR=30;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162573;STB=0.572491;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0151042;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:40:42:50:51:0.548387:30:20:24:16:30:21:24:18 chr7 925717 . G A 441.06 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0117238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.937;QD=22.3322;RBI=0.0225807;REFB=-0.0287474;REVB=0.0192987;RO=36;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735089;STB=0.540423;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0277726;OID=.;OPOS=925717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:18:25:24:12:18:25:24:12 chr7 926827 . T C 1548.74 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000145456;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.483;QD=59.5671;RBI=0.0155813;REFB=0;REVB=0.0155806;RO=0;SAF=61;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428001;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:40:61:0:0:42:62:0:0 chr7 933369 . T C 35.06 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0468873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.074;QD=1.84543;RBI=0.0519905;REFB=-0.00182142;REVB=0.0224631;RO=68;SAF=1;SAR=7;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387231;STB=0.811106;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0269828;OID=.;OPOS=933369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:7:1:28:40:7:1:28:40 chr7 940181 . C T 1275.0 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.733;QD=59.3021;RBI=0.0162921;REFB=-0.0508525;REVB=-0.011423;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129756;STB=0.501695;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000280601;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:36:48:0:1:36:48:1:1 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 103.12 PASS AF=0.217949;AO=11;DP=84;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.0322803;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=10;MLLD=244.884;QD=5.28832;RBI=0.0396577;REFB=-0.0123171;REVB=-0.0230372;RO=65;SAF=9;SAR=2;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18435;STB=0.560709;STBP=0.616;TYPE=ins;VARB=0.0421277;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217949:11:84:17:78:61:13:4:43:18:99:65:9:2:46:19 chr7 995003 . G C 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0427765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.495;QD=10.1317;RBI=0.0716267;REFB=-0.0211716;REVB=0.0574505;RO=54;SAF=15;SAR=11;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336198;STB=0.501967;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0458115;OID=.;OPOS=995003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:11:15:31:23:11:15:31:23 chr7 1022936 . G A 329.49 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00512323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.475;QD=12.4334;RBI=0.0123183;REFB=-0.0178216;REVB=0.0112024;RO=66;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163786;STB=0.593293;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.030341;OID=.;OPOS=1022936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:17:23:28:38:17:23:28:38 chr7 1023013 . C T 1196.07 PASS AF=0.97619;AO=52;DP=81;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0458828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7135;QD=56.9557;RBI=0.0567599;REFB=-0.0960174;REVB=0.0334134;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515621;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00711111;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:84:0:2:52:82:0.97619:25:27:0:0:51:31:2:0 chr7 1097947 . G A 727.61 PASS AF=0.541985;AO=70;DP=130;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.00390497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4193;QD=22.2172;RBI=0.0139901;REFB=-0.032295;REVB=0.0134341;RO=59;SAF=54;SAR=16;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856264;STB=0.536616;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0145006;OID=.;OPOS=1097947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:59:60:70:71:0.541985:16:54:41:18:17:54:42:18 chr7 1098233 . CAGA C 154.76 PASS AF=0.308824;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0128412;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.561;QD=9.10371;RBI=0.0142795;REFB=-0.00505217;REVB=-0.00624561;RO=44;SAF=16;SAR=4;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119157;STB=0.604633;STBP=0.324;TYPE=del;VARB=0.0103856;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308824:20:69:21:68:47:17:4:33:14:99:44:16:4:32:12 chr7 1132075 . T C 673.83 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0173646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.017;QD=23.6432;RBI=0.0892114;REFB=-0.00167679;REVB=-0.0875052;RO=49;SAF=50;SAR=15;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138264;STB=0.575891;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000662672;OID=.;OPOS=1132075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:15:50:31:18:15:50:31:18 chr7 1132691 . C T 128.19 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0175097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.043;QD=12.2085;RBI=0.0857509;REFB=-0.014021;REVB=0.0839442;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216769;STB=0.626798;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.037203;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:18:9:8:7:18:9 chr7 1133171 . G T 487.12 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0272959;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.699;QD=29.0817;RBI=0.0803204;REFB=-0.0497217;REVB=0.0755401;RO=23;SAF=27;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142652;STB=0.577604;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0184857;OID=.;OPOS=1133171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:17:27:9:14:17:27:9:14 chr7 1133305 . C G 1533.65 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9804;QD=62.5979;RBI=0.0297885;REFB=-0.103665;REVB=0.00856837;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00120081;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:49:48:0:0:49:48:0:1 chr7 1473997 . C T 284.03 PASS AF=0.352941;AO=35;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0056019;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.622;QD=11.1384;RBI=0.0219113;REFB=-0.00359704;REVB=0.0211832;RO=66;SAF=16;SAR=19;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827696;STB=0.555525;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00795012;OID=.;OPOS=1473997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:66:66:35:36:0.352941:19:16:35:31:20:16:35:31 chr7 1474799 . A G 91.09 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00386289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.049;QD=8.28076;RBI=0.00610565;REFB=-0.0144005;REVB=-0.00472832;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738568;STB=0.545379;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0294676;OID=.;OPOS=1474799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:14:18:6:6:14:18 chr7 1478495 . A G 288.13 PASS AF=0.330435;AO=35;DP=113;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00882934;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.096;QD=10.0218;RBI=0.0148558;REFB=-0.0189131;REVB=-0.0119472;RO=76;SAF=19;SAR=16;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903568;STB=0.547946;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0368593;OID=.;OPOS=1478495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:76:77:35:38:0.330435:16:19:47:29:18:20:46:31 chr7 1478610 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.144205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.722;QD=10.3787;RBI=0.14623;REFB=-0.011505;REVB=-0.0242498;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227806;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0602706;OID=.;OPOS=1478610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:5:10:4:5:5:11 chr7 1479659 . T C 297.98 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0689867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1905;QD=13.7;RBI=0.070352;REFB=-0.00795959;REVB=0.0137931;RO=53;SAF=31;SAR=3;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612704;STB=0.85714;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0213926;OID=.;OPOS=1479659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:3:31:24:29:3:31:24:29 chr7 1480280 . C T 74.04 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00990165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.298;QD=5.58776;RBI=0.0258242;REFB=-0.0273073;REVB=-0.0238505;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860077;STB=0.536017;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.075019;OID=.;OPOS=1480280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:40:42:11:11:0.207547:6:5:21:19:6:5:21:21 chr7 1480286 . G A 83.52 PASS AF=0.226415;AO=6;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0988956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.723;QD=6.30303;RBI=0.0993181;REFB=-0.0189135;REVB=0.00915031;RO=40;SAF=0;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639122;STB=0.509418;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0321473;OID=.;OPOS=1480286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:6:12:0.226415:6:0:19:21:6:6:20:21 chr7 1481919 . C A 1724.44 PASS AF=0.951613;AO=118;DP=126;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0207347;FXX=0.0236202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.497;QD=55.6273;RBI=0.0381145;REFB=-0.148576;REVB=0.031981;RO=2;SAF=53;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017583;STB=0.505668;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000855309;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:126:124:2:6:118:118:0.951613:65:53:2:0:65:53:2:4 chr7 1482101 . C G 110.55 PASS AF=0.242857;AO=15;DP=68;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0112069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.357;QD=6.31701;RBI=0.0132989;REFB=-0.0163688;REVB=0.00715993;RO=52;SAF=14;SAR=1;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504515;STB=0.666444;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0444977;OID=.;OPOS=1482101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:52:53:15:17:0.242857:1:14:35:17:3:14:35:18 chr7 1484571 . C CG 51.92 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=32;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.169251;FXX=0.2999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.601;QD=9.88982;RBI=0.172296;REFB=-0.00155578;REVB=-0.0322485;RO=23;SAF=6;SAR=0;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.65359;STB=0.738772;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.00955307;OID=.;OPOS=1484572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:6:32:18:21:3:17:1:1:2:18:23:6:0:16:7 chr7 1484572 . A G 359.04 PASS AF=0.965517;AO=22;DP=25;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0788693;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4197;QD=49.5233;RBI=0.0795348;REFB=-0.048355;REVB=0.0102676;RO=1;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10217;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0133842;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:29:1:1:22:28:0.965517:4:18:0:1:10:18:0:1 chr7 1484587 . C T 88.43 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0284606;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.275;QD=13.101;RBI=0.0288269;REFB=-0.00171127;REVB=0.00458146;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00289036;OID=.;OPOS=1484587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:10:6:3:8:10:6 chr7 1486451 . G A 1010.72 PASS AF=0.464602;AO=95;DP=229;FAO=105;FDP=226;FR=.;FRO=121;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=72;FSRR=49;FWDB=-0.0314921;FXX=0.0130999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.992;QD=17.8888;RBI=0.058341;REFB=-0.0259487;REVB=0.0491114;RO=105;SAF=41;SAR=54;SRF=62;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150535;STB=0.56338;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0360069;OID=.;OPOS=1486451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:226:105:121:95:105:0.464602:54:41:62:43:55:50:72:49 chr7 1574016 . C T 186.61 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00470145;FXX=0.0819538;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0199;QD=13.3293;RBI=0.00859973;REFB=-0.0329506;REVB=-0.00720081;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233516;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.026649;OID=.;OPOS=1574016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:56:31:33:22:23:0.410714:13:9:12:19:13:10:14:19 chr7 1586662 . T C 72.01 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00755119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.121;QD=13.0935;RBI=0.00770006;REFB=-0.0347821;REVB=-0.00150682;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0358133;OID=.;OPOS=1586662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:22:22:11:12:9:10:0.454545:4:5:8:3:5:5:8:4 chr7 1588391 . A G 205.06 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0100755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3527;QD=16.4049;RBI=0.0451364;REFB=-0.015424;REVB=-0.0439975;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412558;STB=0.733971;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0306204;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:22:7:14:7:22:7 chr7 1588549 . G A 629.17 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00805282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.649;QD=57.1976;RBI=0.102195;REFB=-0.0939836;REVB=-0.101877;RO=1;SAF=37;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125225;STB=0.513152;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000809398;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:42:42:0.954545:5:37:1:0:5:37:2:0 chr7 1588768 . G A 114.27 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0215291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2766;QD=10.63;RBI=0.0232038;REFB=-0.0293232;REVB=0.00865523;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438183;STB=0.759145;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.027492;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:9:20:4:10:9:20 chr7 1595068 . G A 419.29 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0122805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.503;QD=22.9747;RBI=0.0230442;REFB=0.00447582;REVB=0.0194994;RO=32;SAF=26;SAR=15;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744022;STB=0.540819;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00299616;OID=.;OPOS=1595068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:15:26:23:9:15:26:23:9 chr7 1878377 . A G 180.37 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.0211071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.22;QD=7.43804;RBI=0.0336748;REFB=-0.00797245;REVB=-0.0262389;RO=72;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229673;STB=0.637152;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.024982;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:72:72:25:25:0.257732:12:13:24:48:12:13:24:48 chr7 1878453 . T A 198.3 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.031016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0161;QD=7.27705;RBI=0.0330218;REFB=-0.00573161;REVB=-0.0113335;RO=80;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102199;STB=0.561027;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00656544;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:80:80:29:29:0.266055:15:14:32:48:15:14:32:48 chr7 1886937 . C T 1046.35 PASS AF=0.446215;AO=112;DP=251;FAO=112;FDP=251;FR=.;FRO=139;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=59;FSRR=80;FWDB=0.00469899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.266;QD=16.6749;RBI=0.0285696;REFB=-0.0130685;REVB=-0.0281805;RO=138;SAF=63;SAR=49;SRF=58;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141101;STB=0.576165;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0142566;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:138:139:112:112:0.446215:49:63:58:80:49:63:59:80 chr7 1887037 . T C 1852.27 PASS AF=0.518325;AO=170;DP=370;FAO=198;FDP=382;FR=.;FRO=184;FSAF=82;FSAR=116;FSRF=119;FSRR=65;FWDB=-0.0287866;FXX=0.00779201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9894;QD=19.3955;RBI=0.0289486;REFB=-0.0330995;REVB=0.00305779;RO=158;SAF=73;SAR=97;SRF=103;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194442;STB=0.611027;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.02647;OID=.;OPOS=1887037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:382:158:184:170:198:0.518325:97:73:103:55:116:82:119:65 chr7 1887362 . G A 459.87 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=142;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=-0.0101354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.942;QD=12.9541;RBI=0.0131179;REFB=-0.0210101;REVB=0.00832786;RO=89;SAF=19;SAR=34;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105032;STB=0.559843;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0458082;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:89:53:53:0.373239:34:19:40:49:34:19:40:49 chr7 1976457 . C T 814.06 PASS AF=0.452128;AO=84;DP=188;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=0.0352467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.15;QD=17.3203;RBI=0.0354626;REFB=-0.0452141;REVB=0.00390693;RO=103;SAF=34;SAR=50;SRF=47;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524107;STB=0.524962;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.05123;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:103:103:84:85:0.452128:50:34:47:56:50:35:47:56 chr7 2297006 . A G 765.23 PASS AF=0.571429;AO=70;DP=124;FAO=72;FDP=126;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00123791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.256;QD=24.2929;RBI=0.00455501;REFB=-0.013729;REVB=0.00438357;RO=54;SAF=40;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101705;STB=0.54769;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00689285;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:54:54:70:72:0.571429:30:40:24:30:32:40:24:30 chr7 2303986 . T C 546.13 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0156055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1843;QD=23.2394;RBI=0.0370745;REFB=-0.0194881;REVB=0.0336302;RO=43;SAF=22;SAR=29;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143786;STB=0.579004;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0188259;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:29:22:26:17:29:22:26:17 chr7 2472707 . G C 466.19 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0103869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.451;QD=25.1996;RBI=0.011438;REFB=-0.0324801;REVB=0.00478963;RO=29;SAF=26;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104848;STB=0.564487;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0230253;OID=.;OPOS=2472707;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:18:26:13:16:18:26:13:17 chr7 2552881 . AGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAG AGATGGATGGATGGATGGATGGATGAG,AGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGA,AGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAG 1042.49 PASS AF=0.480519,0.0519481,0.454545;AO=34,4,31;DP=78;FAO=37,4,35;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0,16;FSAR=17,4,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281409,-0.0210806,-0.00768293;FXX=0.0493766;HRUN=2,1,1;LEN=4,2,4;MLLD=173.495,70.0563,84.9671;QD=54.1552;RBI=0.0549641,0.0317005,0.0513277;REFB=-0.120004,-0.120778,-0.175399;REVB=0.0472137,0.0236755,0.0507494;RO=1;SAF=18,0,14;SAR=16,4,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0283217,0,0.0266551;STB=0.514278,0.5,0.512813;STBP=0.296,1,0.517;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.020703,-0.0687371,0.0596876;OID=.,.,.;OPOS=2552882,2552910,2552882;OREF=GATG,AG,-;OALT=-,GA,GATG;OMAPALT=AGATGGATGGATGGATGGATGGATGAG,AGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGA,AGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.480519,0.0519481,0.454545:34,4,31:78:37,4,35:77:1:20,0,16:17,4,19:0:1:99:1:18,0,14:16,4,17:0:1 chr7 2577781 . T C 491.33 PASS AF=0.464912;AO=52;DP=114;FAO=53;FDP=114;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00272547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.023;QD=17.2396;RBI=0.00688537;REFB=-0.00572792;REVB=0.00632298;RO=61;SAF=20;SAR=32;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106526;STB=0.552264;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00610164;OID=.;OPOS=2577781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:61:61:52:53:0.464912:32:20:30:31:32:21:30:31 chr7 2578181 . C T 124.53 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.02086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0032;QD=31.1316;RBI=0.0319975;REFB=-0.0202488;REVB=0.0242632;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308588;STB=0.524235;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00675818;OID=.;OPOS=2578181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:16:3:3:12:13:0.8125:5:7:2:1:6:7:2:1 chr7 2578237 . T C 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00303016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.575;QD=30.1269;RBI=0.0390471;REFB=-0.0243339;REVB=-0.0389294;RO=12;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106285;STB=0.558772;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00992115;OID=.;OPOS=2578237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:5:19:8:4:5:19:8:4 chr7 2578371 . G A 959.82 PASS AF=0.607143;AO=84;DP=139;FAO=85;FDP=140;FR=.;FRO=55;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0350346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6683;QD=27.4233;RBI=0.0387764;REFB=-0.0509834;REVB=0.016619;RO=55;SAF=44;SAR=40;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558905;STB=0.527912;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0338281;OID=.;OPOS=2578371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:55:55:84:85:0.607143:40:44:33:22:40:45:33:22 chr7 2582907 . C T 1183.14 PASS AF=0.597765;AO=107;DP=180;FAO=107;FDP=179;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.01371;FXX=0.00555525;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3588;QD=26.4388;RBI=0.0162468;REFB=-0.00808059;REVB=0.00871744;RO=72;SAF=38;SAR=69;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144063;STB=0.578176;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00533892;OID=.;OPOS=2582907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:72:72:107:107:0.597765:69:38:39:33:69:38:39:33 chr7 2611878 . T C 461.47 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=54;FWDB=-0.00299945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7424;QD=11.6092;RBI=0.012179;REFB=-0.0124433;REVB=-0.0118039;RO=100;SAF=35;SAR=22;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162507;STB=0.592923;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0206045;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:102:57:57:0.358491:22:35:47:53:22:35:48:54 chr7 2613042 . G C 633.29 PASS AF=0.387097;AO=72;DP=187;FAO=72;FDP=186;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=70;FSRR=44;FWDB=-0.0189591;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.599;QD=13.6192;RBI=0.0493632;REFB=-0.0242113;REVB=-0.0455772;RO=109;SAF=44;SAR=28;SRF=65;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016561;STB=0.501886;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0394708;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:109:114:72:72:0.387097:28:44:65:44:28:44:70:44 chr7 2623351 . G A 261.01 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=81;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0584411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8667;QD=12.732;RBI=0.0595923;REFB=-0.0210249;REVB=0.0116568;RO=50;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06537;STB=0.532734;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0546856;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:50:51:30:31:0.378049:15:15:28:22:15:16:29:22 chr7 2636689 . C T 188.77 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0791306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1663;QD=13.0183;RBI=0.0824916;REFB=-0.036578;REVB=0.0233071;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144522;STB=0.573072;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0757812;OID=.;OPOS=2636689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:12:11:21:13:12:11:21:14 chr7 2644519 . C T 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0172769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.164;QD=19.9728;RBI=0.0172769;REFB=-0.00706017;REVB=-7.37257e-06;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101054;STB=0.556764;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00912988;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:5:15:13:7:5:15 chr7 2645526 . G A 1066.97 PASS AF=0.466667;AO=111;DP=251;FAO=112;FDP=240;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=0.0169917;FXX=0.0697647;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3232;QD=17.7829;RBI=0.0336776;REFB=-0.0147162;REVB=0.0290768;RO=117;SAF=51;SAR=60;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179639;STB=0.523894;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0185918;OID=.;OPOS=2645526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:240:117:128:111:112:0.466667:60:51:56:61:61:51:64:64 chr7 2645552 . A G 1207.65 PASS AF=0.522124;AO=118;DP=226;FAO=118;FDP=226;FR=.;FRO=108;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=-0.0106352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8932;QD=21.3744;RBI=0.0400737;REFB=-0.0277091;REVB=-0.0386367;RO=108;SAF=63;SAR=55;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458443;STB=0.525075;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0224169;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:108:108:118:118:0.522124:55:63:52:56:55:63:52:56 chr7 2646950 . T G 138.86 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0163738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.271;QD=19.8367;RBI=0.0259018;REFB=-0.0131983;REVB=-0.0200699;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293275;STB=0.666444;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00880717;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:9:4:10:5:9:4 chr7 2649704 . T G 922.76 PASS AF=0.584507;AO=83;DP=143;FAO=83;FDP=142;FR=.;FRO=59;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00125534;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.997;QD=25.9931;RBI=0.0198863;REFB=-0.0133167;REVB=-0.0198466;RO=58;SAF=50;SAR=33;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014491;STB=0.510761;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0109246;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:58:59:83:83:0.584507:33:50:36:22:33:50:37:22 chr7 2653792 . C A 234.21 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00942026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.357;QD=32.3052;RBI=0.0412461;REFB=-0.0416306;REVB=-0.0401559;RO=7;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246457;STB=0.526291;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00842588;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:28:29:7:8:21:21:0.724138:7:14:5:2:7:14:6:2 chr7 2702316 . C T 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0166709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4073;QD=17.7299;RBI=0.039732;REFB=-0.0150456;REVB=0.0360654;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251857;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0256901;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:19:17:17:0.472222:9:8:8:8:9:8:9:10 chr7 2748758 . G C 106.92 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0413789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0439;QD=7.77619;RBI=0.0413791;REFB=0.00678043;REVB=0.000148918;RO=40;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307805;STB=0.518772;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0156155;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:9:6:17:23:9:6:17:23 chr7 2748803 . C T 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0206474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.791;QD=10.9332;RBI=0.0562258;REFB=-0.00456261;REVB=0.0522975;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170739;STB=0.60136;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00899063;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:14:20:7:9:14:20 chr7 2946461 . T C 231.43 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0495684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.981;QD=20.5713;RBI=0.0498477;REFB=-0.0235778;REVB=0.0052695;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771275;STB=0.507036;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0199957;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:22:22:23:0.511111:18:4:5:16:18:5:5:17 chr7 2957005 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.542;QD=58.9606;RBI=0.0268547;REFB=0;REVB=0.00891628;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63702e-05;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr7 2959172 . G A 634.02 PASS AF=0.370558;AO=73;DP=197;FAO=73;FDP=197;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=74;FSRR=50;FWDB=0.00469284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0092;QD=12.8734;RBI=0.0230771;REFB=0.0157759;REVB=-0.0225949;RO=124;SAF=50;SAR=23;SRF=74;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107836;STB=0.561348;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0269438;OID=.;OPOS=2959172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:124:124:73:73:0.370558:23:50:74:50:23:50:74:50 chr7 2962293 . C G 2048.64 PASS AF=0.613333;AO=184;DP=302;FAO=184;FDP=300;FR=.;FRO=116;FSAF=111;FSAR=73;FSRF=21;FSRR=95;FWDB=0.00415106;FXX=0.0066223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.61;QD=27.3152;RBI=0.0148231;REFB=-0.037842;REVB=-0.01423;RO=117;SAF=111;SAR=73;SRF=23;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28728;STB=0.659296;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0233609;OID=.;OPOS=2962293;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:300:117:116:184:184:0.613333:73:111:23:94:73:111:21:95 chr7 2966443 . GGT AGG,G,GG,GGA 141.62 PASS AF=0,0.0576923,0.269231,0.0192308;AO=2,7,7,2;DP=52;FAO=0,3,14,1;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=0,2,8,0;FSAR=0,1,6,1;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0074491,-0.0075977,-0.00770691,-0.0192093;FXX=0;HRUN=2,2,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=203.476,194.121,197.762,81.1688;QD=10.8936;RBI=0.0219632,0.0225572,0.0277947,0.0564252;REFB=-0.0098962,-0.0117209,-0.010534,-0.00957725;REVB=0.0206614,0.0212391,0.0267048,-0.0530547;RO=30;SAF=2,2,5,0;SAR=0,5,2,2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.472075,-0.227745,0.299445,-0.442851;STB=0.5,0.70046,0.591586,0.988807;STBP=1,0.55,0.459,0.463;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0,0.0209155,0.0198607,0.0486124;OID=.,.,.,.;OPOS=2966443,2966444,2966445,2966445;OREF=GGT,GT,T,T;OALT=AGG,-,-,A;OMAPALT=AGG,G,GG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:76:52:52:30:34:2,7,7,2:0,3,14,1:0,0.0576923,0.269231,0.0192308:0,5,2,2:2,2,5,0:14:16:0,1,6,1:0,2,8,0:15:19 chr7 3197788 . G C 365.23 PASS AF=0.453488;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0103251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.871;QD=16.9872;RBI=0.0158611;REFB=-0.00655118;REVB=-0.0120403;RO=46;SAF=30;SAR=7;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365702;STB=0.663809;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0057156;OID=.;OPOS=3197788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:47:37:39:0.453488:7:30:23:23:9:30:24:23 chr7 4189075 . G C 812.27 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0118274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3494;QD=52.4045;RBI=0.107455;REFB=-0.0880557;REVB=0.106802;RO=3;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349149;STB=0.518066;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00337787;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:62:3:3:58:59:0.951613:39:19:0:3:40:19:0:3 chr7 4213877 . T C 684.79 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0208932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.275;QD=20.141;RBI=0.0311725;REFB=-0.0082037;REVB=0.0231344;RO=67;SAF=39;SAR=29;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195296;STB=0.51496;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00637534;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:68:68:68:0.5:29:39:37:30:29:39:37:31 chr7 4213940 . T C 634.63 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00221801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.98;QD=23.0774;RBI=0.00530394;REFB=-0.0144715;REVB=0.0048179;RO=48;SAF=32;SAR=30;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460927;STB=0.525197;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0102419;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:30:32:22:26:30:32:22:26 chr7 4213975 . A G 562.09 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00431808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.675;QD=29.1993;RBI=0.0158043;REFB=-0.00835548;REVB=-0.015203;RO=25;SAF=24;SAR=26;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491625;STB=0.526469;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00419648;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:27:50:50:0.649351:26:24:14:11:26:24:15:12 chr7 4802029 . T G 954.48 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.108;QD=58.7373;RBI=0.0393506;REFB=0;REVB=0.0147031;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10546e-05;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr7 4802032 . T C 105.06 PASS AF=0.246154;AO=17;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0648001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0223;QD=6.46532;RBI=0.0672192;REFB=-0.00884083;REVB=-0.0178711;RO=47;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352027;STB=0.693959;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0189718;OID=.;OPOS=4802032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:49:17:16:0.246154:4:13:23:24:4:12:25:24 chr7 4802035 . A G 107.75 PASS AF=0.258065;AO=15;DP=61;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0204809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.493;QD=6.95162;RBI=0.0205153;REFB=-0.00510781;REVB=0.00118875;RO=46;SAF=12;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395285;STB=0.757499;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0212208;OID=.;OPOS=4802035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:46:46:15:16:0.258065:3:12:23:23:3:13:23:23 chr7 4810801 . A G 296.03 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=111;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.00458003;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.08;QD=10.5725;RBI=0.0353075;REFB=-0.0190608;REVB=-0.0350092;RO=72;SAF=19;SAR=19;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078934;STB=0.553544;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.040857;OID=.;OPOS=4810801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:72:74:38:38:0.339286:19:19:31:41:19:19:31:43 chr7 4823971 . C T 110.29 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0311664;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.845;QD=13.7868;RBI=0.0381003;REFB=-0.0185268;REVB=0.0219155;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0362204;OID=.;OPOS=4823971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:11:8:6:7:11:8 chr7 4825307 . T A 188.8 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00929172;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.856;QD=10.9448;RBI=0.0103424;REFB=-0.024176;REVB=-0.00454204;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172862;STB=0.518503;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0213473;OID=.;OPOS=4825307;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:14:10:19:25:14:10:20:25 chr7 4825314 . C T 180.96 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0304241;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.391;QD=11.1361;RBI=0.0316778;REFB=-0.00393737;REVB=0.00882362;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169065;STB=0.511523;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00295135;OID=.;OPOS=4825314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:42:23:23:0.353846:13:10:18:22:13:10:19:23 chr7 4827330 . C T 289.82 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0848501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4405;QD=14.6746;RBI=0.0860888;REFB=-0.0170156;REVB=-0.0145516;RO=45;SAF=24;SAR=8;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316498;STB=0.691411;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0502241;OID=.;OPOS=4827330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:32:33:0.417722:8:24:21:24:8:25:21:25 chr7 4839882 . T C 187.79 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0233204;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4919;QD=10.7306;RBI=0.0234886;REFB=-0.00776761;REVB=-0.00280637;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981861;STB=0.557096;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0125779;OID=.;OPOS=4839882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:19:27:12:12:19:27 chr7 4841313 . A G 620.05 PASS AF=0.391304;AO=67;DP=182;FAO=72;FDP=184;FR=.;FRO=112;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=82;FSRR=30;FWDB=-0.0181027;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.857;QD=13.4793;RBI=0.0233108;REFB=-0.0208246;REVB=-0.0146862;RO=108;SAF=50;SAR=17;SRF=82;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189399;STB=0.517793;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0309266;OID=.;OPOS=4841313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:108:112:67:72:0.391304:17:50:82:26:21:51:82:30 chr7 4841470 . T C 1408.32 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167572;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.808;QD=61.9044;RBI=0.0225481;REFB=-0.0248426;REVB=0.0150868;RO=1;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838952;STB=0.504424;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000231214;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:91:1:1:90:90:0.989011:56:34:0:1:56:34:0:1 chr7 4845312 . T G 940.46 PASS AF=0.357367;AO=114;DP=320;FAO=114;FDP=319;FR=.;FRO=205;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=117;FSRR=88;FWDB=-0.012779;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.172;QD=11.7926;RBI=0.0186947;REFB=-0.0202047;REVB=-0.0136451;RO=203;SAF=54;SAR=60;SRF=117;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115659;STB=0.562119;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.040107;OID=.;OPOS=4845312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:203:205:114:114:0.357367:60:54:117:86:60:54:117:88 chr7 4850912 . G C 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.025452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8065;QD=14.6857;RBI=0.0459731;REFB=-0.00117868;REVB=-0.0382848;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715794;STB=0.54061;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00132638;OID=.;OPOS=4850912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:18:13:21:22:18:13:21:22 chr7 4874420 . G C 1616.92 PASS AF=0.587549;AO=149;DP=249;FAO=151;FDP=257;FR=.;FRO=106;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0550441;FXX=0.00772171;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.038;QD=25.1661;RBI=0.057692;REFB=-0.0148588;REVB=0.0172776;RO=99;SAF=85;SAR=64;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263447;STB=0.516142;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0110078;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:257:99:106:149:151:0.587549:64:85:53:46:64:87:57:49 chr7 4876057 . C T 439.91 PASS AF=0.565789;AO=40;DP=73;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0716641;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2765;QD=23.1532;RBI=0.0799469;REFB=-0.0585875;REVB=0.0354368;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055014;STB=0.517871;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0515139;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:29:33:40:43:0.565789:18:22:18:11:20:23:19:14 chr7 4900095 . A G 393.41 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00787127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.676;QD=22.4803;RBI=0.00919069;REFB=-0.0201833;REVB=-0.00474465;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150207;STB=0.589698;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0165477;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:23:16:18:12:23:16:19:12 chr7 4900341 . G A 426.87 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0123965;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.201;QD=18.9719;RBI=0.0130764;REFB=-0.000214098;REVB=-0.00416177;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147791;STB=0.577547;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000159096;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:47:43:43:0.477778:21:22:32:16:21:22:31:16 chr7 4901385 . A C 314.04 PASS AF=0.566667;AO=27;DP=58;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0242512;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6555;QD=20.9362;RBI=0.0563265;REFB=-0.0633285;REVB=-0.0508385;RO=23;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641169;STB=0.503935;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0596461;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:23:26:27:34:0.566667:15:12:12:11:16:18:14:12 chr7 5096958 . T C 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00478648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.955;QD=12.5626;RBI=0.00485529;REFB=-0.0115233;REVB=-0.000814527;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.588159;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0191327;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:24:11:10:12:24:11 chr7 5104275 . G A 173.6 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00319471;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.21;QD=9.51228;RBI=0.021696;REFB=-0.0174254;REVB=-0.0214595;RO=49;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225457;STB=0.627733;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0529159;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:16:7:24:25:16:7:24:26 chr7 5104359 . G A 125.6 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0222028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.488;QD=8.97153;RBI=0.0403636;REFB=-0.0167522;REVB=-0.0337084;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158259;STB=0.578852;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0207121;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:37:39:17:17:0.303571:6:11:19:18:6:11:21:18 chr7 5112035 . C T 113.03 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0230275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8769;QD=17.3892;RBI=0.0274926;REFB=-0.034036;REVB=0.0150193;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131584;STB=0.546694;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0429897;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:13:12:13:0.5:8:4:3:11:9:4:3:10 chr7 5161512 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.068;QD=57.1775;RBI=0.0434769;REFB=0;REVB=0.0426113;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010454;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr7 5172088 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.211;QD=35.5752;RBI=0.0266524;REFB=0;REVB=0.0169265;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120475;OID=.;OPOS=5172088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr7 5172096 . T C 66.23 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.137167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.852;QD=26.4935;RBI=0.193303;REFB=-0.0719205;REVB=0.136204;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00807243;OID=.;OPOS=5172096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr7 5172098 . CT TG 92.46 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240568;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.643;QD=41.094;RBI=0.0368517;REFB=0;REVB=-0.0279162;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000252633;OID=.;OPOS=5172098;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 5172102 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.608;QD=40.7623;RBI=0.0585619;REFB=0;REVB=0.00709118;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586978;OID=.;OPOS=5172102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr7 5172115 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.766;QD=43.4862;RBI=0.0810614;REFB=0;REVB=-0.00877622;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471614;OID=.;OPOS=5172115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr7 5219792 . TTA T,TTT 36.54 PASS AF=0.25,0;AO=7,4;DP=44;FAO=9,0;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0273405,-0.112464;FXX=0;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=23.5737,19.3745;QD=4.05988;RBI=0.028517,0.118814;REFB=-0.033254,0.017889;REVB=-0.00810662,0.0383219;RO=28;SAF=5,0;SAR=2,4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142045,-0.656079;STB=0.585805,0.5;STBP=0.576,1;TYPE=del,snp;VARB=0.108835,0;OID=.,.;OPOS=5219793,5219794;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:7,4:44:9,0:36:27:5,0:4,0:18:9:37:28:5,0:2,4:17:11 chr7 5254227 . C G 3104.63 PASS AF=1;AO=201;DP=201;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9207;QD=61.7837;RBI=0.0759174;REFB=0;REVB=0.0241915;RO=0;SAF=110;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125823;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:201:0:0:201:201:1:91:110:0:0:91:110:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 280.95 PASS AF=0.47619;AO=25;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000315538;FXX=0.11266;HRUN=1;LEN=5;MLLD=186.611;QD=17.8381;RBI=0.00857887;REFB=-0.0181437;REVB=-0.00857306;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529666;STB=0.574396;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=0.0184786;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:25:62:30:63:33:13:17:19:14:99:26:12:13:14:12 chr7 5327564 . G A 234.34 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.101802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9402;QD=13.0188;RBI=0.101844;REFB=-0.0210217;REVB=0.00291803;RO=44;SAF=9;SAR=19;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267987;STB=0.653734;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0175484;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:19:9:25:19:19:9:25:19 chr7 5338714 . T C 84.12 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0255189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.247;QD=10.5153;RBI=0.0601733;REFB=-0.0210848;REVB=-0.0544941;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208678;STB=0.606553;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0382837;OID=.;OPOS=5338714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:5:6:7:13:5:6:8:13 chr7 5346735 . T C 152.59 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.128;QD=43.5977;RBI=0.0247424;REFB=0;REVB=0.0142173;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468368;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr7 5352659 . G T 211.61 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0684968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.484;QD=35.269;RBI=0.181347;REFB=-0.0162366;REVB=0.167914;RO=4;SAF=17;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968333;STB=0.564042;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00584737;OID=.;OPOS=5352659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:4:5:19:19:0.791667:2:17:4:0:2:17:5:0 chr7 5410425 . G C 249.87 PASS AF=0.638889;AO=19;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0110223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.679;QD=27.7633;RBI=0.0112635;REFB=-0.0477399;REVB=0.00231858;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434325;STB=0.646333;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0211495;OID=.;OPOS=5410425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:12:13:19:23:0.638889:16:3:8:4:16:7:9:4 chr7 5427517 . G A 222.58 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.00848685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.038;QD=13.0929;RBI=0.0644505;REFB=-0.0212611;REVB=0.0638893;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234586;STB=0.657433;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0460323;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:26:27:0.397059:11:15:32:9:12:15:33:8 chr7 5427652 . G A 351.1 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=-0.0778665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.165;QD=18.0053;RBI=0.0785359;REFB=-0.021613;REVB=0.0102318;RO=41;SAF=27;SAR=10;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626973;STB=0.534887;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0198212;OID=.;OPOS=5427652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:10:27:32:9:10:27:32:9 chr7 5427720 . A C,G 637.97 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012522,0.0215835;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.9462,77.6553;QD=60.7593;RBI=0.0228553,0.0402613;REFB=0,0;REVB=0.0191197,-0.0339872;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.97233e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0245833,3.06136e-05;OID=.,.;OPOS=5427720,5427720;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:0,11:2,29:0:0:0,11:2,29:0:0 chr7 5434135 . A G 1156.12 PASS AF=0.975;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0414736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.8464;QD=57.8059;RBI=0.0522458;REFB=-0.0656237;REVB=0.0317736;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137144;STB=0.500967;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00047815;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:80:1:2:76:78:0.975:34:42:0:1:36:42:1:1 chr7 5459984 . T C 2630.65 PASS AF=0.500956;AO=260;DP=520;FAO=262;FDP=523;FR=.;FRO=261;FSAF=171;FSAR=91;FSRF=154;FSRR=107;FWDB=-0.0572672;FXX=0.00190836;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2708;QD=20.1197;RBI=0.0583338;REFB=-0.0279036;REVB=0.0111041;RO=259;SAF=169;SAR=91;SRF=153;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582092;STB=0.533757;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0270437;OID=.;OPOS=5459984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:523:259:261:260:262:0.500956:91:169:153:106:91:171:154:107 chr7 5460452 . G C 1184.31 PASS AF=0.482353;AO=123;DP=255;FAO=123;FDP=255;FR=.;FRO=132;FSAF=36;FSAR=87;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.00782829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7627;QD=18.5773;RBI=0.0484989;REFB=-0.0187619;REVB=-0.047863;RO=132;SAF=36;SAR=87;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139318;STB=0.576977;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0195263;OID=.;OPOS=5460452;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:132:132:123:123:0.482353:87:36:56:76:87:36:56:76 chr7 5460518 . C CGCCGGGGCCGCCGGACTG 121.75 PASS AF=0.156627;AO=20;DP=178;FAO=26;FDP=166;FR=.;FRO=140;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=-0.0121017;FXX=0;HRUN=1;LEN=18;MLLD=464.729;QD=2.93363;RBI=0.0166473;REFB=-0.00508291;REVB=-0.0114316;RO=151;SAF=15;SAR=5;SRF=70;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353139;STB=0.609581;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=0.0255454;OID=.;OPOS=5460519;OREF=-;OALT=GCCGGGGCCGCCGGACTG;OMAPALT=CGCCGGGGCCGCCGGACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156627:20:178:26:166:140:16:10:68:72:99:151:15:5:70:81 chr7 5467696 . CA C,CC,CG 264.19 PASS AF=0.5,0.027027,0.0135135;AO=32,3,3;DP=73;FAO=37,2,1;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27,1,1;FSAR=10,1,0;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0057414,0.00329602,-0.000701374;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=56.4556,60.2974,59.512;QD=14.2804;RBI=0.0342375,0.027118,0.0617585;REFB=-0.010207,-0.014891,-0.00338358;REVB=0.0337526,0.026917,0.0617545;RO=35;SAF=24,2,2;SAR=8,1,1;SRF=25;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0432261,-0.0566061,-0.0566061;STB=0.503386,0.720449,0.985535;STBP=0.984,0.68,0.503;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0579785,0.0443735,-0.025655;OID=.,.,.;OPOS=5467697,5467697,5467697;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.027027,0.0135135:32,3,3:73:37,2,1:74:34:27,1,1:10,1,0:25:9:99:35:24,2,2:8,1,1:25:10 chr7 5467858 . A G 201.42 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00715967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1695;QD=28.7737;RBI=0.0555203;REFB=-0.179985;REVB=-0.0550567;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111661;STB=0.561733;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0606845;OID=.;OPOS=5467858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:3:6:9:10:3:6 chr7 5487458 . T C 1186.72 PASS AF=1;AO=68;DP=82;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044026;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.066;QD=60.8573;RBI=0.0485438;REFB=0;REVB=0.0204502;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116798;OID=.;OPOS=5487458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:78:0:0:68:78:1:33:35:0:0:33:45:0:0 chr7 5487459 . G C 35.51 PASS AF=0.120482;AO=12;DP=83;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0120768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8533;QD=1.71123;RBI=0.0225185;REFB=-0.0121462;REVB=0.0190062;RO=71;SAF=10;SAR=2;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415111;STB=0.753385;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.178439;OID=.;OPOS=5487459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:83:83:71:73:12:10:0.120482:2:10:37:34:2:8:39:34 chr7 5515624 . T G 340.38 PASS AF=0.287425;AO=45;DP=164;FAO=48;FDP=167;FR=.;FRO=119;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=-0.0155252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.993;QD=8.15276;RBI=0.0242235;REFB=-0.0178244;REVB=-0.0185942;RO=119;SAF=27;SAR=18;SRF=72;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644984;STB=0.500652;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.038294;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:167:119:119:45:48:0.287425:18:27:72:47:19:29:72:47 chr7 5518331 . A G 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00849024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4523;QD=18.2418;RBI=0.0591158;REFB=-0.0504753;REVB=0.0585029;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182354;STB=0.603623;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.047243;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:3:9:7:6:3:9 chr7 5518333 . A T 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0608605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.203;QD=11.6305;RBI=0.0609357;REFB=-0.0307739;REVB=0.00302663;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.051246;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:4:6:5:10:4:6:5:11 chr7 5521553 . G A 1150.77 PASS AF=0.569892;AO=106;DP=186;FAO=106;FDP=186;FR=.;FRO=80;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0142873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.061;QD=24.7478;RBI=0.0164978;REFB=-0.0387856;REVB=0.00824919;RO=80;SAF=63;SAR=43;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360815;STB=0.519625;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0237324;OID=.;OPOS=5521553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:80:80:106:106:0.569892:43:63:44:36:43:63:44:36 chr7 5528883 . G A 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00729843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.446;QD=20.3419;RBI=0.00759435;REFB=-0.00915622;REVB=0.0020993;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966541;STB=0.505357;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00749017;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:18:16:17:20:18:16 chr7 5529583 . C A,CA 45.46 PASS AF=0,0.37931;AO=4,5;DP=29;FAO=0,11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,10;FSAR=0,1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0166837,0.019247;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=320.943,11.3951;QD=6.27021;RBI=0.0265962,0.0448923;REFB=0.000834285,-0.0995706;REVB=-0.0207126,0.0405571;RO=20;SAF=4,5;SAR=0,0;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.551434,0.598357;STB=0.5,0.535645;STBP=1,0.875;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.16498;OID=.,.;OPOS=5529583,5529584;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:29:29:20:18:4,5:0,11:0,0.37931:0,0:4,5:17:3:0,1:0,10:16:2 chr7 5540769 . A C 421.71 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=143;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0266515;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6991;QD=11.8791;RBI=0.0456788;REFB=-0.00985232;REVB=-0.0370979;RO=91;SAF=24;SAR=26;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535033;STB=0.534033;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0168675;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:91:92:50:50:0.352113:26:24:48:43:26:24:49:43 chr7 5541657 . G A 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00813184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8006;QD=15.643;RBI=0.025092;REFB=-0.0317832;REVB=0.0237378;RO=29;SAF=18;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183704;STB=0.606111;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0494099;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:4:18:20:9:4:18:20:9 chr7 5959485 . G A 233.44 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0218835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4426;QD=15.0607;RBI=0.0220976;REFB=-0.0123431;REVB=0.00306898;RO=35;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485757;STB=0.527617;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.01317;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:6:21:26:9:6:21:26:9 chr7 5965334 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0563287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.67;QD=10.1733;RBI=0.0714256;REFB=-0.0326965;REVB=0.0439168;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0372694;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr7 5983012 . A G 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0124998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.117;QD=33.3758;RBI=0.0215878;REFB=-0.022638;REVB=0.0176008;RO=6;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116481;STB=0.563812;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0134102;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:8:11:5:1:8:11:5:1 chr7 5983070 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0582777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7285;QD=17.1564;RBI=0.0642988;REFB=0.0018085;REVB=-0.0271669;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164156;STB=0.593118;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00198717;OID=.;OPOS=5983070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:15:5:7:10:15:5 chr7 6026775 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.323;QD=57.6767;RBI=0.0222068;REFB=0;REVB=0.0187281;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28635e-05;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr7 6026942 . G T 642.38 PASS AF=0.58;AO=56;DP=98;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0222515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.17;QD=25.6953;RBI=0.0253721;REFB=-0.0478486;REVB=0.0121907;RO=42;SAF=26;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660207;STB=0.535851;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0497315;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:42:42:56:58:0.58:30:26:16:26:31:27:16:26 chr7 6036980 . G C 226.13 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3376;QD=47.6055;RBI=0.0604312;REFB=0;REVB=-0.0328301;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416005;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:8:10:1:0:8:11:0:0 chr7 6043386 . G A 479.64 PASS AF=0.656716;AO=43;DP=66;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00238269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.644;QD=28.6352;RBI=0.0255908;REFB=-0.0108033;REVB=-0.0254796;RO=23;SAF=20;SAR=23;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03633;STB=0.515268;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00684559;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:23:23:43:44:0.656716:23:20:12:11:23:21:12:11 chr7 6043964 . CTG ATC,C 278.46 PASS AF=0.162162,0.283784;AO=5,20;DP=70;FAO=12,21;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=11,15;FSAR=1,6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.018994,-0.0174946;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=107.534,225.37;QD=15.052;RBI=0.0270117,0.0177056;REFB=-0.00968199,0.0020999;REVB=-0.0192058,-0.00272541;RO=41;SAF=5,15;SAR=0,5;SRF=18;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.634037,0.367799;STB=0.900305,0.687021;STBP=0.008,0.038;TYPE=mnp,del;VARB=0.0450248,-0.000614453;OID=.,.;OPOS=6043964,6043965;OREF=CTG,TG;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:74:41:41:5,20:12,21:0.162162,0.283784:0,5:5,15:18:23:1,6:11,15:18:23 chr7 6056530 . G A 416.6 PASS AF=0.494118;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00213563;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.707;QD=19.6049;RBI=0.103145;REFB=-0.0102682;REVB=-0.103123;RO=42;SAF=29;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26744;STB=0.643245;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00816319;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:42:43:41:42:0.494118:12:29:18:24:13:29:18:25 chr7 6066450 . T C 1161.67 PASS AF=0.975;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0358696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6278;QD=58.0834;RBI=0.0746669;REFB=0.000973995;REVB=0.0654868;RO=2;SAF=51;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018198;STB=0.509613;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000739497;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:80:2:2:77:78:0.975:26:51:2:0:27:51:2:0 chr7 6066461 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.863;QD=60.5454;RBI=0.029732;REFB=0;REVB=0.0206117;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72573e-05;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:27:47:0:0:27:48:0:0 chr7 6087389 . C A 255.99 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.768;QD=51.1987;RBI=0.0690355;REFB=0;REVB=0.0688643;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343882;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr7 6087400 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.007;QD=53.9105;RBI=0.0207575;REFB=0;REVB=0.0160137;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105365;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr7 6087566 . C T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00441052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.978;QD=30.8214;RBI=0.0154901;REFB=-0.0339445;REVB=-0.0148489;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.533278;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0101611;OID=.;OPOS=6087566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:2:1:6:6:2:1 chr7 6088420 . A G 347.78 PASS AF=0.962963;AO=27;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5022;QD=51.5223;RBI=0.0299955;REFB=-0.0954359;REVB=-0.0116807;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00349957;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:27:26:0.962963:13:14:0:0:12:14:0:1 chr7 6189487 . C A 405.21 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0237306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.101;QD=25.3254;RBI=0.0240194;REFB=-0.0319544;REVB=-0.00371383;RO=25;SAF=16;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050862;STB=0.527855;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0193552;OID=.;OPOS=6189487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:23:16:12:13:23:16:12:13 chr7 6193521 . G C 156.5 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0094529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.3;QD=26.0832;RBI=0.0106019;REFB=-0.0306771;REVB=0.0048004;RO=8;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351048;STB=0.699699;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0117216;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:14:2:4:4:14:2:4:4 chr7 6194274 . T C 355.31 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00047405;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.184;QD=19.4689;RBI=0.0163992;REFB=-0.0295898;REVB=-0.0163923;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086554;STB=0.548189;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.023421;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:21:16:19:17:21:16 chr7 6204999 . A C 810.18 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.341;QD=56.8547;RBI=0.0502018;REFB=0;REVB=0.0392396;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43257e-05;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:28:27:0:0:30:27:0:0 chr7 6252291 . G A 452.71 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0172243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.108;QD=27.8588;RBI=0.0225249;REFB=-0.0619759;REVB=0.0145152;RO=23;SAF=22;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296072;STB=0.516121;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0216474;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:20:22:11:12:20:22:11:12 chr7 6370194 . C T 1216.64 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.553;QD=60.8321;RBI=0.0380349;REFB=0;REVB=0.0320784;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442933;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:42:36:0:0:43:37:0:0 chr7 6370305 . C G,T 661.15 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=39,4;DP=44;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132151,-0.0220319;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.2116,78.2373;QD=56.2678;RBI=0.0147283,0.0345582;REFB=-0.0895062,-0.0555722;REVB=-0.00650273,-0.0266245;RO=0;SAF=17,3;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0281468,0.0288878;OID=.,.;OPOS=6370305,6370305;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:44:47:0:0:39,4:44,3:0.93617,0.0638298:22,1:17,3:0:0:24,1:20,2:0:0 chr7 6370406 . C T 137.57 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.759;QD=39.3065;RBI=0.0272809;REFB=-0.015866;REVB=0.0155576;RO=1;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394551;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000727141;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:2:11:1:0:2:11:1:0 chr7 6456302 . C T 2815.61 PASS AF=0.994505;AO=179;DP=185;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185958;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2378;QD=61.8816;RBI=0.0710559;REFB=-0.127518;REVB=0.0685794;RO=1;SAF=115;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412198;STB=0.502164;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00262146;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:182:1:1:179:181:0.994505:64:115:1:0:66:115:1:0 chr7 6461534 . C T 316.76 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0321804;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2205;QD=14.0781;RBI=0.0326074;REFB=0.0227125;REVB=-0.00525984;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106487;STB=0.542833;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0358465;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:50:55:35:35:0.388889:19:16:28:22:19:16:29:26 chr7 6502367 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0359732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7682;QD=22.6321;RBI=0.0678127;REFB=-0.00914002;REVB=0.0574847;RO=8;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180069;STB=0.510188;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00733512;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:10:3:2:6:10:3:2:6 chr7 6505901 . T C 711.31 PASS AF=0.622642;AO=66;DP=106;FAO=66;FDP=106;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00072963;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.511;QD=26.8418;RBI=0.0153941;REFB=-0.0175666;REVB=0.0153768;RO=40;SAF=27;SAR=39;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654701;STB=0.503551;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0125606;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:40:40:66:66:0.622642:39:27:16:24:39:27:16:24 chr7 6537821 . G C 675.6 PASS AF=0.5;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=57;FSRF=8;FSRR=60;FWDB=0.0200732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.975;QD=19.8707;RBI=0.0202927;REFB=-0.0253193;REVB=0.00297691;RO=68;SAF=10;SAR=57;SRF=8;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596793;STB=0.543026;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0252068;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:68:68:67:68:0.5:57:10:8:60:57:11:8:60 chr7 6621277 . G A 566.31 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0470154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9505;QD=24.6222;RBI=0.0476065;REFB=0.00685359;REVB=-0.00747871;RO=40;SAF=28;SAR=24;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130699;STB=0.571402;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00581785;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:40:52:52:0.565217:24:28:28:12:24:28:28:12 chr7 6647738 . T C 343.88 PASS AF=0.45122;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00234475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6424;QD=16.7745;RBI=0.0448896;REFB=-0.0146446;REVB=-0.0448283;RO=44;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123652;STB=0.569937;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0256254;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:45:36:37:0.45122:26:10:17:27:27:10:17:28 chr7 6656830 . G A 1420.38 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.867;QD=61.7555;RBI=0.0176908;REFB=-0.107876;REVB=0.0102366;RO=1;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117028;STB=0.506171;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=6.95321e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:40:51:0:1:40:51:0:1 chr7 6656897 . A G 1303.11 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.029652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2818;QD=58.5665;RBI=0.100247;REFB=-0.0432791;REVB=-0.0957613;RO=3;SAF=39;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013703;STB=0.507237;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00158789;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:89:89:3:3:86:86:0.966292:47:39:2:1:47:39:2:1 chr7 6660790 . G A 176.51 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.00880874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.453;QD=8.40509;RBI=0.0109572;REFB=-0.0191867;REVB=-0.00651656;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258114;STB=0.646085;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.033876;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:60:24:24:0.285714:13:11:38:18:13:11:40:20 chr7 6713936 . C T 403.42 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00557552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.906;QD=31.641;RBI=0.00683067;REFB=-0.00578636;REVB=0.00394608;RO=15;SAF=23;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226464;STB=0.512303;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00296888;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:13:23:9:6:13:23:9:6 chr7 6713940 . CAG C 306.91 PASS AF=0.627907;AO=25;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00513547;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.585;QD=28.5494;RBI=0.00749497;REFB=-0.039937;REVB=0.00545908;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357577;STB=0.502616;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=0.00783144;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627907:25:43:27:43:16:15:12:9:7:99:12:14:11:6:6 chr7 6713985 . A G 321.58 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0401303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.904;QD=47.6413;RBI=0.0490901;REFB=-0.137125;REVB=0.0282736;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00217229;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:0:2:12:13:0:2 chr7 6714028 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0224838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.41;QD=17.6438;RBI=0.024402;REFB=0.00184257;REVB=0.00948341;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00113333;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr7 6859453 . C G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0508373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6765;QD=15.5717;RBI=0.054086;REFB=-0.043381;REVB=-0.0184625;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129418;STB=0.574344;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0439873;OID=.;OPOS=6859453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:2:10:8:3:2:10 chr7 7283569 . G A 201.48 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0207593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9078;QD=13.8952;RBI=0.0572907;REFB=-0.00928974;REVB=-0.0533974;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116224;STB=0.566418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0145258;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:18:16:14:10:18:16 chr7 7283688 . T A 238.37 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0137948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.978;QD=11.9186;RBI=0.0159046;REFB=-0.0160544;REVB=-0.00791581;RO=49;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215982;STB=0.620606;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0345981;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:51:28:29:0.3625:10:18:22:27:11:18:22:29 chr7 7571094 . G C 1820.45 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.56;QD=61.1918;RBI=0.0299985;REFB=0;REVB=0.0296911;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38439e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:49:68:0:0:50:69:0:0 chr7 7646651 . G T 1661.94 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.805;QD=59.355;RBI=0.0445452;REFB=0.00365361;REVB=-0.0424669;RO=1;SAF=65;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724815;STB=0.503759;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.000162656;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:45:65:1:0:45:66:1:0 chr7 8125964 . C T 1442.11 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000439419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.649;QD=58.8618;RBI=0.0277826;REFB=-0.163731;REVB=0.0277791;RO=3;SAF=61;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201605;STB=0.506643;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00208048;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:98:98:3:4:94:94:0.959184:33:61:1:2:33:61:2:2 chr7 8132252 . T C 1429.7 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.247;QD=62.8437;RBI=0.0344887;REFB=0;REVB=0.0344079;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60565e-05;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:41:48:0:0:42:49:0:0 chr7 8196529 . A T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.639;QD=58.4162;RBI=0.022023;REFB=0;REVB=-0.0157642;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48991e-07;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr7 8792148 . T C 1572.36 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0737908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5;QD=62.8944;RBI=0.0737938;REFB=-0.0274488;REVB=0.00065531;RO=1;SAF=43;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109034;STB=0.505746;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000957576;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:56:43:1:0:56:43:1:0 chr7 11414835 . C T 188.21 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00519694;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.801;QD=12.7598;RBI=0.00958147;REFB=-0.0202042;REVB=-0.00804961;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524503;STB=0.554849;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0263889;OID=.;OPOS=11414835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:20:15:11:12:22:14 chr7 11486891 . A G 363.4 PASS AF=0.343511;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=0.00936766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.108;QD=11.0961;RBI=0.0193743;REFB=-0.0312493;REVB=0.016959;RO=86;SAF=28;SAR=17;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050046;STB=0.52871;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0564921;OID=.;OPOS=11486891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:86:86:45:45:0.343511:17:28:57:29:17:28:57:29 chr7 11509561 . G C 296.75 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=113;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00421238;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.224;QD=10.5982;RBI=0.0520754;REFB=-0.0181171;REVB=-0.0519048;RO=74;SAF=22;SAR=16;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133118;STB=0.507688;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0490806;OID=.;OPOS=11509561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:74:74:38:38:0.339286:16:22:42:32:16:22:42:32 chr7 11581121 . T C 530.59 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00523754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.896;QD=20.6055;RBI=0.0221975;REFB=-0.0317736;REVB=-0.0215708;RO=49;SAF=40;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19049;STB=0.605509;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.026176;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:14:40:27:22:14:40:27:22 chr7 11581134 . T C 530.7 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0273652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.153;QD=20.6096;RBI=0.0291232;REFB=-0.0202309;REVB=-0.00996506;RO=48;SAF=40;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19711;STB=0.605509;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00778689;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:48:49:54:54:0.524272:14:40:26:22:14:40:27:22 chr7 11676065 . G C 463.62 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=56;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0059899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.836;QD=33.1155;RBI=0.0169167;REFB=-0.0250961;REVB=0.0158207;RO=15;SAF=22;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06765;STB=0.536568;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00793395;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:15:15:41:41:0.732143:19:22:6:9:19:22:6:9 chr7 11676551 . G T 406.09 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.00867638;FXX=0.0317435;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.705;QD=13.3143;RBI=0.0147068;REFB=-0.0223029;REVB=0.0118748;RO=70;SAF=26;SAR=21;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414315;STB=0.51231;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0298642;OID=.;OPOS=11676551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:70:75:47:47:0.385246:21:26:36:34:21:26:40:35 chr7 12269417 . C G 1237.27 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0120965;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.749;QD=56.8861;RBI=0.0205527;REFB=-0.0651421;REVB=0.0166159;RO=4;SAF=41;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439906;STB=0.52325;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00158517;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:87:4:4:83:83:0.954023:42:41:4:0:42:41:4:0 chr7 12271997 . G A 724.5 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253528;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3352;QD=62.9996;RBI=0.027638;REFB=0;REVB=-0.0110042;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124111;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:42:46:1:26:16:0:0:29:17:0:0 chr7 12370794 . T C 1474.67 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385372;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3096;QD=63.4265;RBI=0.0911342;REFB=0;REVB=0.0825853;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057295;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr7 12376811 . A C 1263.38 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.582;QD=58.0865;RBI=0.0116629;REFB=-0.0831297;REVB=-0.00186301;RO=2;SAF=46;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201477;STB=0.504145;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000599315;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:84:84:0.965517:38:46:2:0:38:46:2:1 chr7 12391319 . G T 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.463;QD=57.3717;RBI=0.0273412;REFB=0;REVB=0.00660661;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16758e-05;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:20:37:0:0:20:37:0:0 chr7 12393966 . A G 907.74 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9105;QD=55.8608;RBI=0.10452;REFB=-0.110396;REVB=0.102041;RO=2;SAF=43;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133474;STB=0.505616;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00371173;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:2:1:62:64:0.984615:19:43:1:1:20:44:1:0 chr7 12393974 . A C 873.18 PASS AF=0.96875;AO=58;DP=61;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0155975;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.382;QD=54.5739;RBI=0.043819;REFB=-0.0763966;REVB=0.0409491;RO=0;SAF=42;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83285e-08;STB=0.511108;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000270903;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:64:0:2:58:62:0.96875:16:42:0:0:18:44:2:0 chr7 12394053 . G T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.672;QD=60.547;RBI=0.0256765;REFB=0;REVB=-0.00789675;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80062e-05;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr7 12395813 . T C 803.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195331;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3154;QD=57.4091;RBI=0.033869;REFB=0;REVB=-0.0276689;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269648;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 12409882 . G A 291.57 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0267153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.798;QD=19.4382;RBI=0.0299282;REFB=-0.0303045;REVB=0.0134904;RO=29;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571282;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0199687;OID=.;OPOS=12409882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:17:14:15:14:17:14:15:14 chr7 12410112 . G A 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0155799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.273;QD=8.68723;RBI=0.0296469;REFB=-0.000513003;REVB=0.0252231;RO=40;SAF=12;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107198;STB=0.564627;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00119781;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:5:12:25:15:5:12:25:15 chr7 12417407 . C T 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0344063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.03;QD=9.99206;RBI=0.106097;REFB=-0.014226;REVB=-0.100363;RO=33;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308584;STB=0.713338;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0277497;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:33:36:17:17:0.320755:4:13:17:16:4:13:17:19 chr7 12428608 . C A 736.66 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.747;QD=56.666;RBI=0.0215864;REFB=0;REVB=0.021479;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216894;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:16:30:0:0:20:32:0:0 chr7 12428803 . G A 1651.85 PASS AF=1;AO=89;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.402;QD=60.0672;RBI=0.0441922;REFB=0;REVB=0.0279219;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334649;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:89:110:1:43:46:0:0:44:66:0:0 chr7 12610594 . A G 190.13 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0429867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7483;QD=15.2103;RBI=0.0472998;REFB=-0.00964387;REVB=-0.0197337;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141289;STB=0.510111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0130905;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:30:20:20:0.4:11:9:7:16:11:9:13:17 chr7 12611252 . T C 562.89 PASS AF=0.381503;AO=66;DP=172;FAO=66;FDP=173;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0214099;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.756;QD=13.0149;RBI=0.0340888;REFB=-0.0150632;REVB=0.0265266;RO=101;SAF=26;SAR=40;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353986;STB=0.540723;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0299229;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:101:107:66:66:0.381503:40:26:43:58:40:26:49:58 chr7 12620804 . C T 492.37 PASS AF=0.395683;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0109847;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.035;QD=14.1689;RBI=0.0111154;REFB=-0.0051617;REVB=0.00170003;RO=84;SAF=24;SAR=31;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143939;STB=0.581221;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00562384;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:84:55:55:0.395683:31:24:48:36:31:24:48:36 chr7 12636026 . T C 556.85 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.485;QD=60.2;RBI=0.092328;REFB=0;REVB=0.0824408;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106834;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr7 12728977 . G A 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0258005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1075;QD=21.008;RBI=0.0560186;REFB=0.00465123;REVB=-0.0497234;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933603;STB=0.560346;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00511299;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:30:30:0.545455:14:16:10:14:14:16:10:15 chr7 12729269 . C G 233.07 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0431296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.316;QD=12.267;RBI=0.0514536;REFB=-0.00617032;REVB=-0.028059;RO=48;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123986;STB=0.571378;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.011134;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:12:16:22:26:12:16:22:26 chr7 12730503 . T G 270.11 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.000482652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.231;QD=12.005;RBI=0.0126775;REFB=-0.00712492;REVB=-0.0126683;RO=58;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183902;STB=0.605704;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0129461;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:14:18:23:35:14:18:23:35 chr7 14025727 . C T 509.33 PASS AF=0.505155;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00607923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.2;QD=21.0032;RBI=0.00815427;REFB=-0.0134298;REVB=0.00543463;RO=48;SAF=25;SAR=24;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103107;STB=0.556939;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0129661;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:48:49:49:0.505155:24:25:30:18:24:25:30:18 chr7 14025766 . T A 587.02 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0522298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1342;QD=21.3463;RBI=0.0877293;REFB=0.0126006;REVB=-0.0704874;RO=50;SAF=30;SAR=29;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110341;STB=0.56439;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0122424;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:50:51:59:59:0.536364:29:30:32:18:29:30:33:18 chr7 14217673 . G A 277.49 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0180743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.424;QD=16.8173;RBI=0.0214563;REFB=-0.0306554;REVB=0.0115627;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143156;STB=0.592415;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0289546;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:35:35:29:31:0.469697:19:10:17:18:21:10:17:18 chr7 14758273 . C T 1610.84 PASS AF=0.965217;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0435268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0494;QD=56.0292;RBI=0.057613;REFB=0.0216382;REVB=-0.0377449;RO=4;SAF=51;SAR=59;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035783;STB=0.518865;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.000860233;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:110:111:0.965217:59:51:4:0:60:51:4:0 chr7 14775822 . GGA G,GCA,GG 468.51 PASS AF=0,0.722222,0.277778;AO=14,13,9;DP=72;FAO=0,39,15;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,6;FSAR=0,23,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680286,0.033012,-0.0422485;FXX=0.0181785;HRUN=2,2,10;LEN=2,1,1;MLLD=20.792,212.843,2.25537;QD=34.7046;RBI=0.408884,0.0340008,0.649213;REFB=0.0846333,-0.0551173,0.117306;REVB=-0.403186,-0.00814012,-0.647837;RO=14;SAF=8,5,5;SAR=6,8,4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.169167,-0.0163296;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0153491,0.832195;OID=.,.,.;OPOS=14775823,14775823,14775824;OREF=GA,G,A;OALT=-,C,-;OMAPALT=G,GCA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.722222,0.277778:14,13,9:72:0,39,15:54:0:0,16,6:0,23,9:0:0:49:14:8,5,5:6,8,4:8:6 chr7 15651770 . C T 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6295;QD=58.5832;RBI=0.0553334;REFB=0;REVB=0.0344098;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093733;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 16128992 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.776;QD=26.0262;RBI=0.0560086;REFB=-0.10733;REVB=0.0410889;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.034305;OID=.;OPOS=16128992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr7 16128994 . TG CA 38.58 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0458748;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.14;QD=25.7198;RBI=0.0475356;REFB=-0.110222;REVB=0.0124556;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.024862;OID=.;OPOS=16128994;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:0:1:5:5:0.833333:0:5:0:0:0:5:1:0 chr7 16129172 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.247;QD=59.4334;RBI=0.182709;REFB=0;REVB=0.0340884;RO=0;SAF=4;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861681;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:31:4:0:0:31:4:0:0 chr7 16823095 . G A 171.71 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0400068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.43;QD=17.6117;RBI=0.0455177;REFB=-0.0162574;REVB=0.0217099;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235218;STB=0.643795;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0147662;OID=.;OPOS=16823095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:5:12:10:11:5:13:10:11 chr7 16823117 . T G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000473288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.059;QD=22.1872;RBI=0.00992261;REFB=0.016128;REVB=0.00991131;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194103;STB=0.608594;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0123582;OID=.;OPOS=16823117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:12:6:12:9:12:6 chr7 16834551 . C A 2140.67 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.129;QD=62.9608;RBI=0.00939219;REFB=0;REVB=-0.00594805;RO=0;SAF=75;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6675e-07;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:61:75:0:0:61:75:0:0 chr7 16872913 . G A 384.64 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0246842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7094;QD=15.3854;RBI=0.053334;REFB=-0.00337489;REVB=-0.0472779;RO=59;SAF=20;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127586;STB=0.57195;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00433105;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:21:20:36:23:21:20:36:23 chr7 16899197 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0314144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.787;QD=24.1065;RBI=0.0323191;REFB=-0.00394776;REVB=-0.00759327;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160789;STB=0.589943;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00488633;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:10:9:7:17:10:9 chr7 16913394 . A G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5987;QD=63.8671;RBI=0.0803738;REFB=0;REVB=0.0630178;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136963;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr7 17379110 . G A 64.67 PASS AF=0.101124;AO=17;DP=177;FAO=18;FDP=178;FR=.;FRO=160;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=78;FWDB=0.00480326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.788;QD=1.45329;RBI=0.020273;REFB=-0.00245708;REVB=-0.0196958;RO=160;SAF=10;SAR=7;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904623;STB=0.589433;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0187816;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:177:178:160:160:17:18:0.101124:7:10:82:78:7:11:82:78 chr7 17831806 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00601004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.735;QD=14.6164;RBI=0.0301634;REFB=-0.026692;REVB=-0.0295586;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261526;STB=0.51483;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0352213;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:24:14:11:17:24:14 chr7 17854532 . G T 1070.36 PASS AF=0.950617;AO=70;DP=74;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0100464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.867;QD=52.8571;RBI=0.0273417;REFB=-0.0319749;REVB=0.0254291;RO=4;SAF=30;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186551;STB=0.509023;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000187672;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:74:81:4:4:70:77:0.950617:40:30:1:3:44:33:1:3 chr7 18067082 . A G 294.05 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00299777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.742;QD=17.5552;RBI=0.0070464;REFB=-0.00495689;REVB=0.00637692;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129709;STB=0.508881;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00771334;OID=.;OPOS=18067082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:35:32:32:0.477612:15:17:18:15:15:17:18:17 chr7 18707365 . A G 113.48 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0969627;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1109;QD=4.77823;RBI=0.0969883;REFB=-0.00988121;REVB=-0.00222599;RO=69;SAF=13;SAR=2;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60237;STB=0.890434;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.044866;OID=.;OPOS=18707365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:95:95:69:73:15:15:0.157895:2:13:25:44:2:13:26:47 chr7 18767343 . A G 300.38 PASS AF=0.319672;AO=38;DP=123;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0263797;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.894;QD=9.84856;RBI=0.0270955;REFB=-0.00212498;REVB=0.00618658;RO=82;SAF=13;SAR=25;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148839;STB=0.59765;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00390489;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:82:83:38:39:0.319672:25:13:38:44:26:13:39:44 chr7 18977653 . G A 482.59 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0194864;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0943;QD=17.3905;RBI=0.0201897;REFB=-0.0130417;REVB=-0.00528233;RO=58;SAF=32;SAR=20;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792993;STB=0.549337;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0190744;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:58:59:52:52:0.468468:20:32:31:27:20:32:31:28 chr7 18993870 . C T 583.12 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00498523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.511;QD=58.3122;RBI=0.00830511;REFB=-0.0502515;REVB=-0.00664247;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=8.93201e-05;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr7 19155074 . T C 277.69 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0097251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.68;QD=13.713;RBI=0.0104538;REFB=-0.0177979;REVB=-0.00383471;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216465;STB=0.623113;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0269841;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:19:13:30:19:19:13:30:19 chr7 19184746 . C CTCT,T 284.62 PASS AF=0.295082,0.0245902;AO=34,5;DP=122;FAO=36,3;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=28,2;FSAR=8,1;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=-0.0143804,-0.0265843;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=196.53,54.4466;QD=9.33194;RBI=0.0229247,0.0265953;REFB=-0.033892,-0.00746181;REVB=-0.0178534,-0.000763539;RO=83;SAF=26,4;SAR=8,1;SRF=47;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.271228,0.239345;STB=0.672385,0.600933;STBP=0.023,0.709;TYPE=ins,snp;VARB=0.0818423,0.00334087;OID=.,.;OPOS=19184747,19184746;OREF=-,C;OALT=TCT,T;OMAPALT=CTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:83:83:34,5:36,3:0.295082,0.0245902:8,1:26,4:47:36:8,1:28,2:47:36 chr7 19760985 . A G 213.2 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0510343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.323;QD=12.5414;RBI=0.070291;REFB=-0.0280916;REVB=0.0483355;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020236;STB=0.511619;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0323343;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:25:17:11:15:25:17 chr7 20178175 . C T 234.96 PASS AF=0.338235;AO=16;DP=63;FAO=23;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00212166;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.832;QD=13.8214;RBI=0.005216;REFB=-0.0175187;REVB=-0.004765;RO=20;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313311;STB=0.573977;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0201826;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:20:32:16:23:0.338235:4:12:9:11:8:15:17:15 chr7 20180717 . C G 513.86 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.014542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.065;QD=21.8662;RBI=0.0399237;REFB=-0.0226262;REVB=-0.0371811;RO=45;SAF=31;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320687;STB=0.517673;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0206277;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:18:31:30:15:18:31:30:15 chr7 20198440 . G A 2138.3 PASS AF=0.992754;AO=134;DP=135;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0455005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3999;QD=61.9796;RBI=0.0503562;REFB=-0.0522601;REVB=0.0215744;RO=0;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79559e-08;STB=0.504132;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000965221;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:138:0:1:134:137:0.992754:57:77:0:0:60:77:0:1 chr7 20198929 . G C 320.11 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0167061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.577;QD=16.0053;RBI=0.0230685;REFB=-0.010928;REVB=-0.0159079;RO=45;SAF=25;SAR=10;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416839;STB=0.734135;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0182549;OID=.;OPOS=20198929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:10:25:13:32:10:25:13:32 chr7 20666235 . G C 153.33 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0677755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2294;QD=13.6293;RBI=0.0701709;REFB=-0.032083;REVB=0.0181779;RO=28;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106419;STB=0.540422;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0535817;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:28:16:17:0.377778:9:7:15:13:9:8:15:13 chr7 20685484 . C A 373.46 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0857692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6004;QD=13.5802;RBI=0.105098;REFB=-0.00507982;REVB=-0.0607387;RO=65;SAF=26;SAR=18;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727921;STB=0.546197;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00593126;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:66:44:44:0.4:18:26:34:31:18:26:34:32 chr7 20698270 . A G 1096.16 PASS AF=0.569832;AO=102;DP=179;FAO=102;FDP=179;FR=.;FRO=77;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.00172571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.284;QD=24.4952;RBI=0.00850691;REFB=-0.0360554;REVB=0.00833003;RO=77;SAF=46;SAR=56;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176056;STB=0.595597;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0333361;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:77:77:102:102:0.569832:56:46:52:25:56:46:52:25 chr7 20768013 . G A 323.1 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0199628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.641;QD=12.7958;RBI=0.0241531;REFB=-0.0158904;REVB=-0.0135963;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202863;STB=0.615365;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0252625;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:21:17:40:23:21:17:40:23 chr7 20778646 . G A 2097.3 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.017;QD=62.6059;RBI=0.026405;REFB=0;REVB=0.000184913;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39495e-06;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:134:0:0:122:134:1:68:54:0:0:69:65:0:0 chr7 20822196 . A AC 750.73 PASS AF=1;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.3645;QD=44.1607;RBI=0.209293;REFB=0;REVB=0.16014;RO=4;SAF=28;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00522869;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:68:68:68:0:31:37:0:0:14:4:28:36:3:1 chr7 20822303 . TC CA,TCA 207.7 PASS AF=0,1;AO=2,17;DP=23;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300337,-0.0482619;FXX=0.0434594;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=90.1883,15.9629;QD=37.7633;RBI=0.0472552,0.124995;REFB=-0.0659649,-0.0523737;REVB=-0.0364834,-0.115302;RO=1;SAF=2,13;SAR=0,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0339667;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00256273,0.00811478;OID=.,.;OPOS=20822303,20822305;OREF=TC,-;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:23:22:1:0:2,17:0,22:0,1:0,4:2,13:1:0:0,5:0,17:0:0 chr7 20824614 . C T 251.63 PASS AF=0.466667;AO=24;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00363959;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.717;QD=16.7753;RBI=0.00408177;REFB=-0.00909552;REVB=-0.00184775;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313523;STB=0.601191;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00773183;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:32:24:28:0.466667:5:19:15:14:9:19:16:16 chr7 20826450 . CTTTTTTA CTGTTTTA,CTTTTTA,CTTTTTAT 554.69 PASS AF=0.444444,0.0416667,0.333333;AO=18,8,12;DP=76;FAO=32,3,24;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=27,3,24;FSAR=5,0,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0202569,0.159041,0.189194;FXX=0.0399947;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=194.687,4.23794,14.8846;QD=30.8164;RBI=0.0390728,0.297713,0.209275;REFB=-0.0704306,-0.333961,-0.259392;REVB=0.0334117,0.251672,0.0894538;RO=14;SAF=16,8,12;SAR=2,0,0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.365385,0;SSSB=0.259117,0.734908,0.783934;STB=0.606667,0.995437,0.999277;STBP=0.078,0.135,0;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00354881,0.0795808,0.263344;OID=.,.,.;OPOS=20826452,20826451,20826456;OREF=T,T,TA;OALT=G,-,AT;OMAPALT=CTGTTTTA,CTTTTTA,CTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.444444,0.0416667,0.333333:18,8,12:76:32,3,24:72:13:27,3,24:5,0,0:8:5:99:14:16,8,12:2,0,0:10:4 chr7 21599233 . C T 1339.4 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.325;QD=62.2976;RBI=0.00820796;REFB=0;REVB=0.0069226;RO=0;SAF=58;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89592e-06;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:27:58:0:0:27:59:0:0 chr7 21603886 . A G 102.92 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.108999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.208;QD=9.35676;RBI=0.109006;REFB=-0.0176494;REVB=-0.00130888;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328091;STB=0.52999;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00827629;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:31:13:13:0.295455:7:6:13:17:7:6:13:18 chr7 21628237 . C T 2311.05 PASS AF=1;AO=147;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.098;QD=60.8171;RBI=0.0122171;REFB=0;REVB=0.00164596;RO=0;SAF=71;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45983e-06;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:147:152:1:76:71:0:0:79:73:0:0 chr7 21630982 . A G 1512.94 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0724;QD=59.9184;RBI=0.0149838;REFB=0;REVB=-0.0148999;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2025e-05;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:44:56:0:0:44:57:0:0 chr7 21640405 . A G 3210.06 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0575;QD=64.2012;RBI=0.0956741;REFB=0;REVB=0.094073;RO=0;SAF=116;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34403e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014614;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:200:0:0:200:200:1:84:116:0:0:84:116:0:0 chr7 21641218 . G A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0306;QD=60.9756;RBI=0.038502;REFB=0;REVB=0.00119658;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552243;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 21659645 . T C 2139.58 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9585;QD=62.9287;RBI=0.0289681;REFB=0;REVB=0.0222112;RO=0;SAF=76;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46647e-05;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:60:76:0:0:60:76:0:0 chr7 21723448 . G A 229.6 PASS AF=0.22561;AO=36;DP=163;FAO=37;FDP=164;FR=.;FRO=127;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=69;FWDB=-0.017766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.402;QD=5.60006;RBI=0.0269674;REFB=-0.00782659;REVB=-0.0202882;RO=123;SAF=22;SAR=14;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196396;STB=0.627273;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0182833;OID=.;OPOS=21723448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:123:127:36:37:0.22561:14:22:56:67:14:23:58:69 chr7 21775443 . G A 306.95 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0475028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.833;QD=22.7368;RBI=0.0494092;REFB=-0.0719628;REVB=-0.0135922;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713279;STB=0.502391;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0398281;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:23:30:31:0.574074:16:14:10:11:16:15:11:12 chr7 21856151 . G A 1993.16 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000309004;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.254;QD=62.2864;RBI=0.0521559;REFB=0;REVB=-0.052155;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34105e-05;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:63:63:0:0:65:63:0:0 chr7 21901566 . T C 494.8 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.0205117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.04;QD=16.6318;RBI=0.0268784;REFB=-0.0199926;REVB=0.0173701;RO=64;SAF=27;SAR=27;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456398;STB=0.521001;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0229124;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:64:65:54:54:0.453782:27:27:35:29:27:27:35:30 chr7 21901593 . G A 566.33 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00809376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.342;QD=20.0472;RBI=0.011175;REFB=-0.00189239;REVB=-0.00770535;RO=55;SAF=32;SAR=26;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559131;STB=0.503082;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00169128;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:55:58:58:0.513274:26:32:30:25:26:32:30:25 chr7 21924014 . A G 197.1 PASS AF=0.295455;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0112865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.985;QD=8.95899;RBI=0.0113356;REFB=-0.00687056;REVB=0.00105408;RO=61;SAF=10;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312665;STB=0.525528;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0154716;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:62:26:26:0.295455:16:10:25:36:16:10:26:36 chr7 21939032 . C A 289.06 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0141849;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2;QD=13.2899;RBI=0.0309674;REFB=-0.0089868;REVB=0.0275275;RO=54;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122545;STB=0.57009;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0104622;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:54:33:33:0.37931:14:19:25:29:14:19:25:29 chr7 21940960 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0188919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.287;QD=19.9987;RBI=0.0297248;REFB=-0.000282639;REVB=0.0229491;RO=30;SAF=25;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225839;STB=0.626341;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000856448;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:8:25:16:14:8:25:16:14 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 240.47 PASS AF=0.3;AO=31;DP=105;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.0151191;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=294.687;QD=8.74448;RBI=0.0176883;REFB=-0.0182334;REVB=0.00918094;RO=69;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18095;STB=0.642776;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0408147;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:31:105:33:110:77:15:18:51:26:99:69:15:16:44:25 chr7 21941669 . A C 275.34 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00972773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.952;QD=13.4312;RBI=0.0104528;REFB=-0.00783304;REVB=-0.00382521;RO=50;SAF=9;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347051;STB=0.698472;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0116888;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:23:9:30:20:23:9:30:20 chr7 21941727 . T C 49.72 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00237384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.932;QD=2.13839;RBI=0.106586;REFB=-0.00271146;REVB=0.10656;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235782;STB=0.670196;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0251151;OID=.;OPOS=21941727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:4:7:36:46:4:7:36:46 chr7 21956405 . G A 629.11 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0101466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.784;QD=31.8536;RBI=0.0312673;REFB=-0.0517644;REVB=-0.0295751;RO=25;SAF=37;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563905;STB=0.530525;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0160532;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:25:54:54:0.683544:17:37:15:10:17:37:15:10 chr7 22197507 . A G 1506.34 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4099;QD=58.4986;RBI=0.0248423;REFB=-0.12559;REVB=0.0191197;RO=1;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111623;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00114466;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:42:60:0:1:42:60:0:1 chr7 22478207 . G T 1877.61 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0132;QD=61.561;RBI=0.116727;REFB=0;REVB=0.0284193;RO=0;SAF=58;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432623;OID=.;OPOS=22478207;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:62:58:0:0:62:60:0:0 chr7 22787205 . G T 2102.1 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5812;QD=62.7493;RBI=0.0111438;REFB=0;REVB=0.00640356;RO=0;SAF=69;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77566e-06;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:65:69:0:0:65:69:0:0 chr7 23015831 . T C 540.22 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0123759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2456;QD=27.3527;RBI=0.0391689;REFB=-0.0198936;REVB=0.0371623;RO=30;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218901;STB=0.618904;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0112266;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:27:22:23:7:27:22:23:7 chr7 23157582 . A G 415.01 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00118651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6949;QD=19.3027;RBI=0.0121014;REFB=-0.0227176;REVB=-0.0120431;RO=43;SAF=29;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877484;STB=0.556973;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0181546;OID=.;OPOS=23157582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:44:42:42:0.488372:13:29:26:17:13:29:26:18 chr7 23164526 . C G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0699;QD=63.8713;RBI=0.0283519;REFB=0;REVB=-0.013533;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451367;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr7 23164701 . C T 519.05 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.020927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.074;QD=28.4409;RBI=0.0216583;REFB=0.010196;REVB=-0.00558032;RO=26;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321454;STB=0.517475;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00542983;OID=.;OPOS=23164701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:26:47:47:0.643836:23:24:12:14:23:24:12:14 chr7 23286355 . G GT 282.64 PASS AF=0.547619;AO=40;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0164071;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0003;QD=13.459;RBI=0.0475309;REFB=-0.0498467;REVB=-0.0446094;RO=45;SAF=24;SAR=16;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127802;STB=0.541648;STBP=0.434;TYPE=ins;VARB=0.0453677;OID=.;OPOS=23286356;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:40:85:46:84:38:26:20:18:20:99:45:24:16:21:24 chr7 23286525 . T C 727.15 PASS AF=0.575;AO=69;DP=119;FAO=69;FDP=120;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0152394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.272;QD=24.2385;RBI=0.0201014;REFB=-0.0280925;REVB=-0.0131083;RO=50;SAF=30;SAR=39;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507539;STB=0.523803;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0202954;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:50:51:69:69:0.575:39:30:25:25:39:30:25:26 chr7 23300255 . C T 1511.48 PASS AF=0.564516;AO=131;DP=239;FAO=140;FDP=248;FR=.;FRO=108;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.0195885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2092;QD=24.3786;RBI=0.0260256;REFB=-0.017186;REVB=0.0171354;RO=108;SAF=72;SAR=59;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012754;STB=0.509648;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0126443;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:248:108:108:131:140:0.564516:59:72:61:47:64:76:61:47 chr7 23313171 . T C 301.31 PASS AF=0.300752;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=133;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00514336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.995;QD=9.06193;RBI=0.00867395;REFB=0.00715804;REVB=-0.00698451;RO=93;SAF=23;SAR=17;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121739;STB=0.571285;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0190975;OID=.;OPOS=23313171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:93:93:40:40:0.300752:17:23:44:49:17:23:44:49 chr7 23728916 . G A 331.72 PASS AF=0.292994;AO=45;DP=157;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.00517679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.6;QD=8.45154;RBI=0.0103881;REFB=0.00414335;REVB=-0.00900631;RO=110;SAF=28;SAR=17;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846619;STB=0.552996;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0100453;OID=.;OPOS=23728916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:110:111:45:46:0.292994:17:28:61:49:17:29:62:49 chr7 23728931 . T C 398.3 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.0371543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3896;QD=8.8022;RBI=0.0393024;REFB=-0.0143288;REVB=-0.0128157;RO=124;SAF=35;SAR=19;SRF=68;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124737;STB=0.56583;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0391715;OID=.;OPOS=23728931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:124:127:54:54:0.298343:19:35:68:56:19:35:71:56 chr7 23737891 . A G 466.18 PASS AF=0.305825;AO=60;DP=203;FAO=63;FDP=206;FR=.;FRO=143;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=87;FSRR=56;FWDB=0.00662811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.513;QD=9.05206;RBI=0.0066331;REFB=-0.006287;REVB=-0.000257323;RO=141;SAF=30;SAR=30;SRF=85;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124114;STB=0.569884;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0170752;OID=.;OPOS=23737891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:141:143:60:63:0.305825:30:30:85:56:31:32:87:56 chr7 23751736 . A G 250.29 PASS AF=0.306306;AO=33;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0217958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.926;QD=9.01956;RBI=0.0304908;REFB=-0.016137;REVB=-0.0213221;RO=77;SAF=20;SAR=13;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180352;STB=0.613316;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0387577;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:77:77:33:34:0.306306:13:20:35:42:13:21:35:42 chr7 23757162 . G C 598.52 PASS AF=0.530973;AO=58;DP=110;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0477625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6344;QD=21.1866;RBI=0.0642781;REFB=-0.0199442;REVB=0.0430165;RO=50;SAF=43;SAR=15;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085085;STB=0.531468;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.016026;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:50:53:58:60:0.530973:15:43:33:17:16:44:36:17 chr7 23934657 . A C 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00610575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.139;QD=19.6682;RBI=0.00696831;REFB=-0.022547;REVB=0.00335815;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138931;STB=0.578431;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0175706;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:12:7:10:9:12:7 chr7 24325009 . G A 487.07 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00726685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.847;QD=27.0592;RBI=0.0109028;REFB=-0.0223834;REVB=-0.00812798;RO=27;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108694;STB=0.559295;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0143082;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:27:18:15:12:27:18:15:12 chr7 24703298 . G A 1804.17 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.002;QD=61.1582;RBI=0.0532144;REFB=0;REVB=0.0405412;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57908e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr7 24758753 . C T 239.35 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.0113842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.507;QD=9.20595;RBI=0.025786;REFB=-0.00759937;REVB=-0.0231369;RO=72;SAF=17;SAR=15;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18075;STB=0.605072;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0156684;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:72:32:32:0.307692:15:17:49:23:15:17:49:23 chr7 24758795 . T C 1299.18 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.11059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9876;QD=57.7414;RBI=0.110794;REFB=0.0489347;REVB=-0.00671483;RO=3;SAF=53;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00340217;STB=0.501628;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0159541;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:86:87:0.966667:33:53:2:1:33:54:2:1 chr7 24758818 . G T 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0128238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.957;QD=8.38244;RBI=0.0370553;REFB=-0.0166386;REVB=-0.0347655;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132809;STB=0.578877;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0464485;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:11:11:33:21:11:11:33:21 chr7 24874016 . C A 281.7 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0112482;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.145;QD=16.8177;RBI=0.0130325;REFB=0.000312389;REVB=-0.00658221;RO=36;SAF=21;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207814;STB=0.636929;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.000329171;OID=.;OPOS=24874016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:30:31:0.462687:9:21:18:18:9:22:17:19 chr7 25181912 . T C 1796.07 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026112;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.696;QD=60.8837;RBI=0.0277923;REFB=0;REVB=0.00951725;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525997;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:53:64:0:0:53:65:0:0 chr7 25194665 . G C 835.59 PASS AF=0.491329;AO=83;DP=173;FAO=85;FDP=173;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=25;FWDB=0.00198534;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.119;QD=19.3199;RBI=0.00369141;REFB=-0.00212471;REVB=0.00311207;RO=87;SAF=54;SAR=29;SRF=62;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.539214;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00203587;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:87:88:83:85:0.491329:29:54:62:25:30:55:63:25 chr7 25194753 . C T 964.8 PASS AF=0.430962;AO=103;DP=240;FAO=103;FDP=239;FR=.;FRO=136;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=0.0115951;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.693;QD=16.1472;RBI=0.0120634;REFB=-0.0282842;REVB=0.00332863;RO=133;SAF=45;SAR=58;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908975;STB=0.55691;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0327558;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:133:136:103:103:0.430962:58:45:70:63:58:45:73:63 chr7 25267934 . T C 589.45 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.103517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2353;QD=56.1382;RBI=0.133397;REFB=-0.0112244;REVB=0.0841363;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.527764;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00312922;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:1:2:39:40:0.952381:16:23:0:1:17:23:0:2 chr7 25267963 . G C 745.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1677;QD=63.4375;RBI=0.0433708;REFB=0;REVB=0.0338782;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565166;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr7 25304395 . A G 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298271;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.437;QD=64.1531;RBI=0.0379586;REFB=0;REVB=0.0234776;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130725;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr7 26224668 . C T 1027.41 PASS AF=0.622378;AO=87;DP=142;FAO=89;FDP=143;FR=.;FRO=54;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=12;FWDB=0.00365654;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.192;QD=28.7387;RBI=0.01684;REFB=-0.0391372;REVB=-0.0164382;RO=54;SAF=48;SAR=39;SRF=42;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165205;STB=0.584537;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0159689;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:54:54:87:89:0.622378:39:48:42:12:39:50:42:12 chr7 26252932 . CTGG C 74.88 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=97;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0456459;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=313.459;QD=3.2915;RBI=0.0484754;REFB=-0.00750022;REVB=-0.0163192;RO=79;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128376;STB=0.597992;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=0.0370495;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846:14:97:14:91:77:8:6:35:42:74:79:8:6:37:42 chr7 26386122 . T A 297.88 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0173581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.581;QD=15.8869;RBI=0.0184945;REFB=-0.00899792;REVB=0.00638292;RO=42;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00698372;STB=0.503935;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0122174;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:12:21:27:15:12:21:27:15 chr7 26576535 . T C 634.94 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0213654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.3153;QD=25.146;RBI=0.0264855;REFB=-0.0304498;REVB=-0.0156524;RO=40;SAF=33;SAR=27;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735801;STB=0.545079;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.012401;OID=.;OPOS=26576535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:40:41:60:60:0.594059:27:33:18:22:27:33:18:23 chr7 26678856 . A G 454.04 PASS AF=0.60274;AO=35;DP=74;FAO=44;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0534412;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2988;QD=24.8787;RBI=0.153673;REFB=-0.0843939;REVB=0.144082;RO=30;SAF=26;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230395;STB=0.529923;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0424253;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:29:35:44:0.60274:9:26:15:15:18:26:15:14 chr7 26685934 . T C 917.55 PASS AF=0.62406;AO=81;DP=129;FAO=83;FDP=133;FR=.;FRO=50;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0303216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8963;QD=27.5954;RBI=0.0975699;REFB=-0.0472796;REVB=0.0927388;RO=46;SAF=51;SAR=30;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149672;STB=0.521388;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.02391;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:46:50:81:83:0.62406:30:51:28:18:32:51:28:22 chr7 26778406 . A G 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.738;QD=54.0128;RBI=0.0658913;REFB=0.0716817;REVB=0.0589603;RO=2;SAF=25;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261699;STB=0.514011;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.000448267;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:10:25:1:1:10:25:1:1 chr7 27135314 . C T 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.36;QD=57.3777;RBI=0.0485305;REFB=0;REVB=0.0482788;RO=0;SAF=53;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218478;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:4:53:0:0:4:53:0:0 chr7 27169093 . T G 1952.27 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.83;QD=61.9767;RBI=0.0216147;REFB=0;REVB=0.00927248;RO=0;SAF=75;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15142e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:51:75:0:0:51:75:0:0 chr7 27194181 . A AG 49.56 PASS AF=0.178862;AO=30;DP=132;FAO=22;FDP=123;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0283659;FXX=0.0238076;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.0079;QD=1.61178;RBI=0.105355;REFB=-0.0475194;REVB=-0.101464;RO=94;SAF=29;SAR=1;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.749048;STB=0.94731;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.153185;OID=.;OPOS=27194182;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178862:30:132:22:123:101:21:1:45:56:49:94:29:1:38:56 chr7 27196069 . A C 4461.68 PASS AF=1;AO=282;DP=293;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553031;FXX=0.0375414;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0337;QD=63.2862;RBI=0.0691546;REFB=-0.133008;REVB=0.0415201;RO=2;SAF=105;SAR=177;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331362;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:293:282:2:0:282:282:1:177:105:0:2:177:105:0:0 chr7 27196113 . C T 4582.73 PASS AF=0.959752;AO=303;DP=321;FAO=310;FDP=323;FR=.;FRO=13;FSAF=116;FSAR=194;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.115971;FXX=0.00615366;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.8573;QD=56.7521;RBI=0.120189;REFB=-0.0776568;REVB=0.0315603;RO=17;SAF=110;SAR=193;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117166;STB=0.502861;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0044785;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:321:323:17:13:303:310:0.959752:193:110:8:9:194:116:4:9 chr7 27202289 . A G 1011.73 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137464;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.037;QD=59.5136;RBI=0.0606398;REFB=0;REVB=0.0590612;RO=0;SAF=50;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58734e-05;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:18:50:0:0:18:50:0:0 chr7 27202780 . T C 385.39 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=0.0524985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6396;QD=13.8878;RBI=0.0550851;REFB=0.00739513;REVB=-0.0166816;RO=66;SAF=29;SAR=16;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986226;STB=0.555432;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.01044;OID=.;OPOS=27202780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:16:29:48:18:16:29:48:18 chr7 27210428 . A AG 540.78 PASS AF=0.513661;AO=51;DP=186;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.183618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.4043;QD=11.8203;RBI=0.239589;REFB=-0.00442184;REVB=0.153908;RO=128;SAF=20;SAR=31;SRF=62;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114063;STB=0.571936;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.012757;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513661:51:186:94:183:89:37:57:48:41:99:128:20:31:62:66 chr7 27210430 . T G 53.91 PASS AF=0.117021;AO=25;DP=165;FAO=22;FDP=188;FR=.;FRO=166;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=89;FWDB=-0.0281178;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.886;QD=1.14696;RBI=0.0561815;REFB=-0.0225166;REVB=0.048639;RO=139;SAF=13;SAR=12;SRF=54;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167978;STB=0.549071;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.147461;OID=.;OPOS=27210430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:165:188:139:166:25:22:0.117021:12:13:54:85:13:9:77:89 chr7 27570892 . A G 995.86 PASS AF=0.639706;AO=87;DP=136;FAO=87;FDP=136;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.094314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0728;QD=29.29;RBI=0.0960049;REFB=-0.072662;REVB=0.0179389;RO=49;SAF=39;SAR=48;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109206;STB=0.558974;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0324708;OID=.;OPOS=27570892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:49:49:87:87:0.639706:48:39:30:19:48:39:30:19 chr7 27702390 . C A 904.97 PASS AF=0.529762;AO=88;DP=168;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.00439423;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2318;QD=21.5468;RBI=0.0128733;REFB=-0.0302334;REVB=0.0121001;RO=79;SAF=43;SAR=45;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807887;STB=0.54129;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.032956;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:79:79:88:89:0.529762:45:43:46:33:45:44:46:33 chr7 27886171 . A G 1914.31 PASS AF=1;AO=109;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.932;QD=61.258;RBI=0.0953173;REFB=0;REVB=0.0721193;RO=0;SAF=48;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713971;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:109:125:1:61:48:0:0:76:49:0:0 chr7 28319007 . T A 361.11 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00934965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.485;QD=15.2046;RBI=0.0488586;REFB=0.0066153;REVB=0.0479557;RO=55;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000490667;STB=0.504393;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00727616;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:55:56:39:39:0.410526:17:22:31:24:17:22:32:24 chr7 28319234 . A C 260.69 PASS AF=0.376471;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=0.0050151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8922;QD=12.268;RBI=0.0177371;REFB=-0.00653175;REVB=0.0170134;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484962;STB=0.513331;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0134063;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:30:32:0.376471:9:21:39:14:9:23:39:14 chr7 28449965 . T C 286.52 PASS AF=0.684211;AO=24;DP=35;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0414061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8397;QD=30.1603;RBI=0.0503558;REFB=-0.0885701;REVB=0.0286572;RO=11;SAF=19;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123205;STB=0.556053;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0433579;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:38:11:12:24:26:0.684211:5:19:7:4:7:19:7:5 chr7 28995800 . G A 174.83 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.041274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6882;QD=19.9807;RBI=0.0571549;REFB=-0.0151449;REVB=0.0395366;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176087;STB=0.599886;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00638799;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:8:9:6:12:8:9 chr7 28996557 . C T 437.7 PASS AF=0.52439;AO=37;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=0.0238139;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.862;QD=21.351;RBI=0.0367674;REFB=-0.0543643;REVB=0.0280132;RO=29;SAF=28;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345498;STB=0.500372;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0333544;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:29:39:37:43:0.52439:9:28:21:8:11:32:29:10 chr7 28996944 . T C 674.47 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161509;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.057;QD=62.7411;RBI=0.0468073;REFB=0;REVB=0.0439326;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24096e-05;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:19:24:0:0 chr7 28997141 . G C 612.27 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0364299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3997;QD=28.4774;RBI=0.0364726;REFB=-0.0475491;REVB=0.00176456;RO=32;SAF=27;SAR=27;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171574;STB=0.59299;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0201487;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:32:32:54:54:0.627907:27:27:24:8:27:27:24:8 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 1421.13 PASS AF=0.990385,0.00961538,0;AO=85,10,8;DP=106;FAO=103,1,0;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0,0;FSAR=55,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279686,-0.131957,-0.0920836;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=21.9393,6.1083,5.41102;QD=54.6587;RBI=0.0639196,0.154348,0.181064;REFB=0,0,0;REVB=-0.0574759,-0.080068,-0.1559;RO=1;SAF=39,8,0;SAR=46,2,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.011992,-0.0526894,-0.803989;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000470233,0.0328847,-0.0580062;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990385,0.00961538,0:85,10,8:106:103,1,0:104:0:48,0,0:55,1,0:0:0:4:1:39,8,0:46,2,8:1:0 chr7 29070209 . G A 224.37 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.000828512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.604;QD=13.1983;RBI=0.028414;REFB=-0.0127764;REVB=-0.0284019;RO=41;SAF=21;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36389;STB=0.709978;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.011461;OID=.;OPOS=29070209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:6:21:19:22:6:21:19:22 chr7 29186576 . A G 1696.69 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.609;QD=59.5331;RBI=0.0432967;REFB=-0.100485;REVB=0.0426665;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.50505;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000390434;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:0:1:112:113:0.991228:48:64:0:0:49:64:0:1 chr7 29523563 . G A 1978.37 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.884;QD=61.8241;RBI=0.011083;REFB=0;REVB=0.0106273;RO=0;SAF=69;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132277;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:58:69:0:0:59:69:0:0 chr7 29605975 . C G 449.65 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00558574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7238;QD=48.6105;RBI=0.00569862;REFB=0.00342472;REVB=0.00112864;RO=4;SAF=11;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910619;STB=0.548989;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00144078;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:22:11:3:1:22:11:3:1 chr7 29606288 . C T 194.11 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0193516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.515;QD=16.8793;RBI=0.0198566;REFB=-0.00157893;REVB=0.00444962;RO=25;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391085;STB=0.715685;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00220871;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:20:20:0.434783:5:15:9:16:5:15:10:16 chr7 29771597 . A C 1017.47 PASS AF=0.633094;AO=88;DP=134;FAO=88;FDP=139;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0511183;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6269;QD=29.2797;RBI=0.0888368;REFB=-0.0246032;REVB=0.072656;RO=45;SAF=34;SAR=54;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235903;STB=0.54408;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0121922;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:45:51:88:88:0.633094:54:34:19:26:55:33:25:26 chr7 29952207 . C G 826.23 PASS AF=0.584615;AO=76;DP=131;FAO=76;FDP=130;FR=.;FRO=54;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0392183;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1378;QD=25.4226;RBI=0.0392432;REFB=-0.0356448;REVB=0.00139835;RO=53;SAF=46;SAR=30;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102978;STB=0.552596;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.023438;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:53:54:76:76:0.584615:30:46:25:28:30:46:26:28 chr7 30177255 . A G 998.11 PASS AF=0.450644;AO=105;DP=233;FAO=105;FDP=233;FR=.;FRO=128;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.0203088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.637;QD=17.135;RBI=0.0219255;REFB=0.00743753;REVB=0.00826316;RO=128;SAF=49;SAR=56;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870802;STB=0.548249;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00980216;OID=.;OPOS=30177255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:128:128:105:105:0.450644:56:49:71:57:56:49:71:57 chr7 30177278 . C T 974.06 PASS AF=0.447826;AO=102;DP=231;FAO=103;FDP=230;FR=.;FRO=127;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=71;FSRR=56;FWDB=-0.0019315;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3397;QD=16.9402;RBI=0.0159445;REFB=0.0126399;REVB=-0.0158271;RO=128;SAF=49;SAR=53;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665593;STB=0.540581;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.0162517;OID=.;OPOS=30177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:128:127:102:103:0.447826:53:49:70:58:53:50:71:56 chr7 30491311 . C T 376.23 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00500339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.312;QD=21.1962;RBI=0.0131291;REFB=-0.0134906;REVB=-0.0121383;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157846;STB=0.587151;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0170563;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:17:21:12:21:17:21:12:21 chr7 30492237 . C T 57.11 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0244327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6156;QD=12.0221;RBI=0.124885;REFB=-0.00106041;REVB=0.122471;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00476983;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:10:11:7:8:0.421053:4:3:7:3:5:3:8:3 chr7 30492550 . G A 455.72 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0193438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4374;QD=25.6744;RBI=0.0226325;REFB=-0.000827116;REVB=0.0117493;RO=28;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147259;STB=0.580607;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00121772;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:27:16:16:12:27:16:16:12 chr7 30496382 . G C 556.19 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00355137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3823;QD=18.6955;RBI=0.0272158;REFB=-0.0255641;REVB=-0.0269831;RO=60;SAF=29;SAR=29;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919976;STB=0.546203;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0291291;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:61:58:58:0.487395:29:29:36:24:29:29:36:25 chr7 30538651 . T C 246.44 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0137535;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.272;QD=19.3282;RBI=0.034775;REFB=-0.0392268;REVB=0.0319396;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189334;STB=0.605979;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0446224;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:10:15:10:16:10:15 chr7 30671996 . GAC CGA 41.06 PASS AF=0.0949721;AO=26;DP=183;FAO=17;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=162;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=90;FWDB=-0.00705915;FXX=0.0218567;HRUN=1;LEN=3;MLLD=117.705;QD=0.917435;RBI=0.0333077;REFB=-0.00433373;REVB=-0.032551;RO=121;SAF=6;SAR=20;SRF=49;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252744;STB=0.916233;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.224461;OID=.;OPOS=30671996;OREF=GAC;OALT=CGA;OMAPALT=CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:179:121:162:26:17:0.0949721:20:6:49:72:16:1:72:90 chr7 30695202 . C T 283.69 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0431335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.126;QD=19.9084;RBI=0.0434128;REFB=-0.0131196;REVB=0.00491679;RO=26;SAF=21;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808816;STB=0.557729;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0114244;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:26:27:30:30:0.526316:9:21:16:10:9:21:16:11 chr7 30728452 . C T 460.33 PASS AF=0.578947;AO=42;DP=75;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0117295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4122;QD=24.2278;RBI=0.0471519;REFB=-0.00248956;REVB=0.0456697;RO=30;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16141;STB=0.583297;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00199463;OID=.;OPOS=30728452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:32:42:44:0.578947:20:22:22:8:21:23:23:9 chr7 30728472 . C G 487.81 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00404852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.081;QD=24.3904;RBI=0.0159988;REFB=-0.00673962;REVB=-0.0154781;RO=34;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121101;STB=0.566237;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00501904;OID=.;OPOS=30728472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:22:24:23:11:22:24:23:11 chr7 30728557 . A G 368.67 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0171862;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9702;QD=23.4074;RBI=0.0172195;REFB=-0.000609376;REVB=0.00107086;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00335679;STB=0.512188;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000338741;OID=.;OPOS=30728557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:36:37:0.587302:20:16:11:14:21:16:12:14 chr7 30791847 . C T 657.63 PASS AF=0.361607;AO=74;DP=217;FAO=81;FDP=224;FR=.;FRO=143;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=0.00056538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.225;QD=11.7434;RBI=0.0039662;REFB=-0.0183097;REVB=-0.00392569;RO=143;SAF=34;SAR=40;SRF=75;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074855;STB=0.511687;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0386227;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:224:143:143:74:81:0.361607:40:34:75:68:40:41:75:68 chr7 30795288 . A G 814.05 PASS AF=0.518987;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=158;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00208997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.662;QD=20.6089;RBI=0.0242476;REFB=-0.0115455;REVB=-0.0241574;RO=75;SAF=35;SAR=47;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127705;STB=0.566949;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0111107;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:75:76:82:82:0.518987:47:35:43:32:47:35:43:33 chr7 30795436 . T G 437.86 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=44;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00898446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.181;QD=38.9206;RBI=0.00904973;REFB=-0.0206916;REVB=-0.00108492;RO=11;SAF=7;SAR=26;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976743;STB=0.541641;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00745795;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:11:11:33:34:0.755556:26:7:4:7:26:8:4:7 chr7 30831144 . C T 507.39 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=97;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00975466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.089;QD=20.5007;RBI=0.0123082;REFB=-0.0359078;REVB=-0.00750589;RO=42;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13151;STB=0.537022;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0272084;OID=.;OPOS=30831144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:42:50:48:49:0.494949:28:20:24:18:29:20:24:26 chr7 30890137 . C T 605.08 PASS AF=0.329004;AO=76;DP=230;FAO=76;FDP=231;FR=.;FRO=155;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.0137483;FXX=0.00858332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0727;QD=10.4775;RBI=0.0200153;REFB=-0.0314812;REVB=-0.0145463;RO=151;SAF=46;SAR=30;SRF=80;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895106;STB=0.552329;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0405189;OID=.;OPOS=30890137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:151:155:76:76:0.329004:30:46:80:71:30:46:82:73 chr7 30898697 . G C 752.44 PASS AF=0.572581;AO=70;DP=123;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0173187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.804;QD=24.2723;RBI=0.0263023;REFB=-0.0214396;REVB=0.0197959;RO=53;SAF=39;SAR=31;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527865;STB=0.525905;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0162347;OID=.;OPOS=30898697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:53:53:70:71:0.572581:31:39:33:20:31:40:33:20 chr7 30915262 . CA TG 849.16 PASS AF=0.535032;AO=84;DP=158;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0244662;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.148;QD=21.6347;RBI=0.0245608;REFB=-0.0255554;REVB=-0.00215404;RO=71;SAF=39;SAR=45;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476786;STB=0.52619;STBP=0.494;TYPE=mnp;VARB=0.020493;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:71:73:84:84:0.535032:45:39:37:34:45:39:38:35 chr7 31377626 . G A,GA 51.97 PASS AF=0,0.333333;AO=3,14;DP=54;FAO=0,16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=0,6;FSAR=0,10;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00402361,-0.0859542;FXX=0.039992;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=250.025,8.29929;QD=4.33107;RBI=0.0150622,0.195961;REFB=-6.29073e-05,-0.0911183;REVB=-0.0145148,-0.176103;RO=37;SAF=0,6;SAR=3,8;SRF=24;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589739,-0.257343;STB=0.5,0.644152;STBP=1,0.202;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0621088;OID=.,.;OPOS=31377626,31377627;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:54:48:37:32:3,14:0,16:0,0.333333:3,8:0,6:24:13:0,10:0,6:19:13 chr7 31592733 . C A 568.15 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00713831;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.725;QD=25.5347;RBI=0.00723689;REFB=-0.0478716;REVB=0.00119044;RO=34;SAF=32;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173313;STB=0.520788;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0411867;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:34:37:52:52:0.58427:20:32:21:13:20:32:21:16 chr7 31594508 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0210773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.239;QD=9.10006;RBI=0.0251575;REFB=0.00463918;REVB=-0.0137349;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271522;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0228326;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:8:11:3:6:8:11 chr7 31617733 . T C 633.76 PASS AF=0.88;AO=45;DP=50;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0342731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0764;QD=50.7005;RBI=0.0354701;REFB=-0.121391;REVB=0.00913695;RO=5;SAF=29;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491364;STB=0.517502;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00967195;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:50:5:6:45:44:0.88:16:29:2:3:16:28:3:3 chr7 31618008 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.493;QD=53.9083;RBI=0.13142;REFB=0;REVB=-0.0126375;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131443;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr7 31682453 . C T 1556.11 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285464;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0916;QD=64.1694;RBI=0.041623;REFB=0;REVB=0.0302915;RO=0;SAF=63;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337315;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:34:63:0:0:34:63:0:0 chr7 31683410 . G A 1767.28 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.506;QD=60.9408;RBI=0.0218237;REFB=0;REVB=0.0171974;RO=0;SAF=81;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12845e-05;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:35:81:0:0:35:81:0:0 chr7 31848706 . A G 725.09 PASS AF=0.550388;AO=55;DP=131;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0175482;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7588;QD=22.4833;RBI=0.0181867;REFB=-0.0152354;REVB=-0.0047767;RO=46;SAF=17;SAR=38;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153148;STB=0.59373;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0126378;OID=.;OPOS=31848706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:46:58:55:71:0.550388:38:17:22:24:51:20:27:31 chr7 31855569 . G A 330.97 PASS AF=0.589286;AO=31;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0114745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.507;QD=23.6407;RBI=0.0154608;REFB=-0.0373015;REVB=-0.0103621;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199696;STB=0.602586;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0338875;OID=.;OPOS=31855569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:31:33:0.589286:20:11:14:9:21:12:14:9 chr7 31855577 . AG A,AA 811.3 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=8,49;DP=58;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000822753,0.0389098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.9607,77.1379;QD=55.9516;RBI=0.031458,0.0522467;REFB=0,0;REVB=0.0314472,0.0348675;RO=0;SAF=2,25;SAR=6,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0102481,0.00562035;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:8,49:58:1,57:58:0:1,27:0,30:0:0:3:0:2,25:6,24:0:0 chr7 32209425 . A G 1510.3 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.364;QD=59.814;RBI=0.0252575;REFB=0;REVB=0.0195615;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.84142e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:44:55:0:0:45:56:0:0 chr7 32209459 . C T 1592.83 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.122;QD=59.5449;RBI=0.0357453;REFB=0;REVB=0.0335627;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17509e-05;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:107:0:0:100:107:1:45:55:0:0:50:57:0:0 chr7 32338337 . G A 1079.76 PASS AF=0.643357;AO=92;DP=143;FAO=92;FDP=143;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0111054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8573;QD=30.2031;RBI=0.0333996;REFB=-0.0411425;REVB=0.0314993;RO=51;SAF=30;SAR=62;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183047;STB=0.599012;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0267342;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:51:51:92:92:0.643357:62:30:30:21:62:30:30:21 chr7 32529936 . G C 220.44 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0814693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3917;QD=16.0321;RBI=0.0837058;REFB=-0.0412322;REVB=-0.0192202;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590725;STB=0.522238;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0295061;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:14:11:11:18:14:11:12:18 chr7 32530105 . G C 246.33 PASS AF=0.284553;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0708999;FXX=0.00806387;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.667;QD=8.01059;RBI=0.107829;REFB=-0.0397417;REVB=-0.0812427;RO=72;SAF=18;SAR=17;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229019;STB=0.555006;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0807212;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:72:88:35:35:0.284553:17:18:51:21:17:18:52:36 chr7 32530198 . AA TC 113.62 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0445048;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=98.3386;QD=4.45548;RBI=0.0471487;REFB=-0.000933439;REVB=0.0155668;RO=81;SAF=5;SAR=14;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289655;STB=0.696754;STBP=0.06;TYPE=mnp;VARB=0.00385798;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:81:83:19:19:0.186275:14:5:39:42:14:5:41:42 chr7 32598630 . T A 411.33 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.000912147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.387;QD=24.929;RBI=0.0102163;REFB=-0.0020975;REVB=0.0101755;RO=25;SAF=15;SAR=25;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417707;STB=0.528674;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0032519;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:26:40:40:0.606061:25:15:8:17:25:15:8:18 chr7 32598656 . C T 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00381463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.582;QD=21.1192;RBI=0.00482916;REFB=0.00633367;REVB=-0.00296132;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031139;STB=0.517203;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00526038;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:23:14:11:21:23:14:11:21 chr7 32613020 . A G 465.13 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00670002;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1358;QD=16.4647;RBI=0.0079158;REFB=-0.0504684;REVB=-0.00421539;RO=61;SAF=23;SAR=28;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824654;STB=0.50035;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.056361;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:61:62:51:51:0.451327:28:23:27:34:28:23:28:34 chr7 32623477 . C G 800.32 PASS AF=0.592;AO=74;DP=125;FAO=74;FDP=125;FR=.;FRO=51;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0725571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5727;QD=25.6102;RBI=0.0742167;REFB=-0.0196681;REVB=-0.0156072;RO=51;SAF=55;SAR=19;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721772;STB=0.539352;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0220552;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:51:51:74:74:0.592:19:55:34:17:19:55:34:17 chr7 32623796 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.015;QD=59.1432;RBI=0.0161858;REFB=0;REVB=0.0158335;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56178e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr7 32908135 . C G 289.23 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0137073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.767;QD=11.6859;RBI=0.0150716;REFB=-0.0069963;REVB=-0.00626588;RO=64;SAF=23;SAR=11;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173516;STB=0.606338;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0113847;OID=.;OPOS=32908135;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:65:34:34:0.343434:11:23:34:30:11:23:34:31 chr7 32908287 . T C 870.47 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349581;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.128;QD=58.0314;RBI=0.0141286;REFB=0;REVB=0.0136893;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27595e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:32:28:0:0 chr7 33003171 . G A 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00990263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.275;QD=17.7093;RBI=0.0129135;REFB=-0.00750112;REVB=0.00828838;RO=36;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279562;STB=0.656157;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0146086;OID=.;OPOS=33003171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:21:12:24:12:21:12:24:12 chr7 33054112 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0636762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.017;QD=47.8146;RBI=0.0636862;REFB=0.00404847;REVB=0.00112956;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000115103;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:20:21:0.954545:9:11:1:0:10:11:1:0 chr7 33054117 . T TAAG,TAAGA 226.06 PASS AF=0,0.904762;AO=9,6;DP=27;FAO=0,19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00437784,0.00982472;FXX=0.0869187;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=121.841,222.857;QD=43.0585;RBI=0.0900672,0.107839;REFB=-0.0449207,-0.0548221;REVB=-0.0899608,-0.107391;RO=9;SAF=4,5;SAR=5,1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.280017,0.0887268;STB=0.5,0.549948;STBP=1,0.239;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0120753;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=-,-;OALT=AAG,AAGA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.904762:9,6:27:0,19:21:2:0,9:0,10:2:0:10:9:4,5:5,1:7:2 chr7 33054118 . TT AT,GA 124.74 PASS AF=0.526316,0;AO=10,2;DP=30;FAO=10,0;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00851933,-0.015521;FXX=0.173837;HRUN=14,14;LEN=1,2;MLLD=172.396,229.474;QD=26.2607;RBI=0.0103626,0.0172719;REFB=-0.083274,-0.00573251;REVB=-0.00589946,-0.00757721;RO=12;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.155332,-0.630414;STB=0.658231,0.5;STBP=0.146,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0102426,0;OID=.,.;OPOS=33054118,33054118;OREF=T,TT;OALT=A,GA;OMAPALT=AT,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:19:12:6:10,2:10,0:0.526316,0:5,2:5,0:8:4:6,0:4,0:5:1 chr7 33060946 . A G 297.39 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.052006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9137;QD=16.7542;RBI=0.0732675;REFB=-0.0302455;REVB=0.0516092;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010943;STB=0.520821;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0325933;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:38:32:33:0.464789:11:21:24:12:11:22:24:14 chr7 33385852 . C T 278.9 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.00479122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.583;QD=13.9451;RBI=0.0589291;REFB=-0.0157386;REVB=-0.058734;RO=46;SAF=22;SAR=10;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926556;STB=0.545086;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0232187;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:48:32:32:0.4:10:22:35:11:10:22:36:12 chr7 33388713 . G A 212.27 PASS AF=0.304348;AO=22;DP=89;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0120208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.913;QD=9.22922;RBI=0.0123198;REFB=-0.00379796;REVB=0.00269777;RO=61;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618712;STB=0.539157;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00864534;OID=.;OPOS=33388713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:61:64:22:28:0.304348:9:13:33:28:12:16:33:31 chr7 33391089 . G A 90.69 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00201379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0652;QD=6.71803;RBI=0.0462736;REFB=0.00478881;REVB=-0.0462298;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359071;STB=0.72266;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0227265;OID=.;OPOS=33391089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:4:9:16:25:4:9:16:25 chr7 33979637 . A G 251.65 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00467094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.665;QD=22.8771;RBI=0.0161191;REFB=-0.0120441;REVB=0.0154275;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.615223;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00207714;OID=.;OPOS=33979637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:18:19:14:14:0.318182:6:8:7:11:6:8:7:12 chr7 33979638 . GTT GGT,G,GT 98.31 PASS AF=0.184211,0.0789474,0.5;AO=8,4,4;DP=40;FAO=7,3,19;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=3,1,8;FSAR=4,2,11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0332561,0.0324708,0.0604986;FXX=0.0731529;HRUN=10,10,10;LEN=1,2,1;MLLD=13.3018,8.79912,4.42455;QD=10.3489;RBI=0.0518295,0.177206,0.331719;REFB=-0.0551213,-0.0735734,-0.137603;REVB=-0.0397533,-0.174206,-0.326155;RO=10;SAF=4,0,0;SAR=4,4,4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.187303,-0.745165,-0.745165;STB=0.571224,0.665558,0.54368;STBP=0.714,0.638,0.515;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0413829,-0.0602863,0.0736303;OID=.,.,.;OPOS=33979639,33979639,33979639;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGT,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.184211,0.0789474,0.5:8,4,4:40:7,3,19:38:9:3,1,8:4,2,11:5:4:32:10:4,0,0:4,4,4:7:3 chr7 34009946 . C T 495.33 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=189;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.0836987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.911;QD=10.4832;RBI=0.0890529;REFB=-0.00897355;REVB=-0.0304129;RO=127;SAF=31;SAR=31;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137819;STB=0.507934;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0184532;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:127:127:62:62:0.328042:31:31:62:65:31:31:62:65 chr7 34192762 . G C 1285.26 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.354;QD=61.9401;RBI=0.0572496;REFB=0;REVB=0.0486591;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001762;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:1:0:78:83:1:27:51:0:1:31:52:0:0 chr7 34818113 . A T 426.93 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00842279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6001;QD=24.7497;RBI=0.0255227;REFB=0.0221647;REVB=-0.0240929;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935041;STB=0.543764;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0253782;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:22:19:16:11:22:19:16:12 chr7 34867182 . C T 436.05 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0265784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2237;QD=21.2706;RBI=0.0359584;REFB=-0.00272641;REVB=-0.0242196;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376726;STB=0.520824;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00278418;OID=.;OPOS=34867182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:18:25:21:18:18:25:21:18 chr7 34968498 . A T 263.97 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=0.00164092;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.821;QD=12.7213;RBI=0.0121655;REFB=-0.012798;REVB=0.0120544;RO=51;SAF=21;SAR=10;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359239;STB=0.524871;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0183225;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:52:31:31:0.373494:10:21:36:15:10:21:37:15 chr7 35121343 . G A 939.66 PASS AF=0.566038;AO=90;DP=160;FAO=90;FDP=159;FR=.;FRO=69;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0208463;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4068;QD=23.6393;RBI=0.0367989;REFB=-0.00796491;REVB=-0.0303248;RO=69;SAF=48;SAR=42;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232009;STB=0.501263;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00534472;OID=.;OPOS=35121343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:69:69:90:90:0.566038:42:48:37:32:42:48:37:32 chr7 35293193 . A G 564.61 PASS AF=0.607143;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0066709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.78;QD=26.886;RBI=0.0342065;REFB=-0.0349828;REVB=0.0335497;RO=32;SAF=29;SAR=21;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566123;STB=0.539667;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0193289;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:32:33:50:51:0.607143:21:29:21:11:22:29:22:11 chr7 35709842 . C T 544.69 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0555387;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7848;QD=15.3434;RBI=0.0819304;REFB=-0.01394;REVB=-0.0602333;RO=82;SAF=35;SAR=24;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017826;STB=0.512918;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0160223;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:83:59:59:0.415493:24:35:50:32:24:35:51:32 chr7 35840898 . G C,GC 1874.21 PASS AF=0.0522388,0.925373;AO=17,107;DP=144;FAO=7,124;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=1,65;FSAR=6,59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0441785,0.0495767;FXX=0.0147048;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=103.11,118.207;QD=55.9466;RBI=0.0849059,0.0601674;REFB=-0.18321,-0.133432;REVB=-0.072507,-0.0340921;RO=15;SAF=3,62;SAR=14,45;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.571826,-0.0692556;STB=0.799037,0.511276;STBP=0.019,0.114;TYPE=snp,ins;VARB=0.00245878,0.00146821;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:144:134:15:3:17,107:7,124:0.0522388,0.925373:14,45:3,62:13:2:6,59:1,65:3:0 chr7 36124292 . G A 390.38 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0120008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3824;QD=19.043;RBI=0.0209519;REFB=0.00097673;REVB=0.0171745;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680624;STB=0.537878;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000896616;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:22:20:22:18:22:20 chr7 36320821 . G A 2584.39 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.297;QD=61.9016;RBI=0.0206682;REFB=0;REVB=0.0109634;RO=0;SAF=92;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47422e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:167:0:0:166:167:1:74:92:0:0:74:93:0:0 chr7 36338749 . T C 2532.27 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209103;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.85;QD=61.7626;RBI=0.0335497;REFB=0;REVB=0.0262363;RO=0;SAF=76;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65003e-06;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:88:76:0:0:88:76:0:0 chr7 36406318 . A G 350.07 PASS AF=0.330827;AO=44;DP=133;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.0101744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.463;QD=10.5283;RBI=0.0194065;REFB=-0.00661095;REVB=-0.0165255;RO=89;SAF=32;SAR=12;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118055;STB=0.568626;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0145407;OID=.;OPOS=36406318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:89:44:44:0.330827:12:32:57:32:12:32:57:32 chr7 36438709 . C G 367.74 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0714841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.682;QD=21.9546;RBI=0.0716371;REFB=0.0117332;REVB=0.00468084;RO=31;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606259;STB=0.51554;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0105425;OID=.;OPOS=36438709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:30:36:37:0.552239:16:20:17:14:16:21:16:14 chr7 36445856 . G A 1764.78 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.87;QD=60.8546;RBI=0.0509858;REFB=0;REVB=-0.00857599;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.737e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:116:0:0:112:116:1:51:61:0:0:52:64:0:0 chr7 36446121 . A G 583.59 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00413651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.705;QD=20.8425;RBI=0.00415052;REFB=-0.00604785;REVB=0.000340795;RO=53;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370013;STB=0.520336;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00552835;OID=.;OPOS=36446121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:53:53:59:59:0.526786:32:27:22:31:32:27:22:31 chr7 36447349 . A ACTT 797.59 PASS AF=0.847222;AO=61;DP=73;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00402486;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.047;QD=44.3104;RBI=0.0312872;REFB=-0.0557015;REVB=0.0310272;RO=11;SAF=36;SAR=25;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398249;STB=0.521245;STBP=0.405;TYPE=ins;VARB=0.0184816;OID=.;OPOS=36447350;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847222:61:73:61:72:11:36:25:5:6:57:11:36:25:5:6 chr7 36455477 . T C 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0130614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.043;QD=18.3092;RBI=0.0133289;REFB=-0.00232554;REVB=-0.00265696;RO=39;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150006;STB=0.590535;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00331213;OID=.;OPOS=36455477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:14:23:18:21:14:23:18:22 chr7 36459067 . A G 242.1 PASS AF=0.319149;AO=29;DP=93;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0125361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.664;QD=10.3022;RBI=0.0141622;REFB=-0.0147656;REVB=0.00658905;RO=64;SAF=14;SAR=15;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750986;STB=0.554419;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.02738;OID=.;OPOS=36459067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:64:64:29:30:0.319149:15:14:35:29:16:14:35:29 chr7 36492212 . C T 622.41 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0216779;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.706;QD=21.2788;RBI=0.0217356;REFB=-0.0167182;REVB=0.00158247;RO=54;SAF=34;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725353;STB=0.544136;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0124799;OID=.;OPOS=36492212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:55:62:62:0.529915:28:34:25:29:28:34:25:30 chr7 36552790 . G GT 1152.37 PASS AF=1;AO=95;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7662;QD=45.1911;RBI=0.0532649;REFB=0;REVB=-0.0370773;RO=1;SAF=56;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000214293;OID=.;OPOS=36552791;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:102:102:102:0:62:40:0:0:21:1:56:39:1:0 chr7 36656001 . C T 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0197875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.373;QD=17.587;RBI=0.0536896;REFB=-0.012236;REVB=-0.0499102;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079776;STB=0.545413;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00982605;OID=.;OPOS=36656001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:15:13:12:10:15:13 chr7 36657940 . T A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0268807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.025;QD=15.7729;RBI=0.0273773;REFB=-0.000394632;REVB=0.0051908;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559319;STB=0.531575;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00034933;OID=.;OPOS=36657940;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:19:14:13:14:19:14 chr7 36729757 . T C 1190.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.938;QD=61.043;RBI=0.0328482;REFB=0;REVB=0.0248555;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133805;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr7 36763672 . C T 222.84 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0034719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.65;QD=18.965;RBI=0.0327921;REFB=-0.0229246;REVB=0.0326078;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113601;STB=0.564456;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0262177;OID=.;OPOS=36763672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:13:12:8:14:13:12 chr7 36763688 . C T 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0311447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.154;QD=21.8384;RBI=0.0311508;REFB=-0.0331952;REVB=-0.00061941;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556107;STB=0.531123;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0164631;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:14:10:12:13:14:10 chr7 37209284 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00960744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.689;QD=20.5427;RBI=0.0162946;REFB=0.00466175;REVB=-0.0131609;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072161;STB=0.540721;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00588892;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:7:17:16:9:7:17:16:9 chr7 37355590 . C CT,T 651.02 PASS AF=1,0;AO=36,5;DP=49;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113911,-0.074054;FXX=0.0434688;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=22.9491,11.8352;QD=59.1832;RBI=0.117098,0.0843093;REFB=0,0;REVB=-0.0271334,-0.0402998;RO=8;SAF=24,4;SAR=12,1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0157225,0.216791;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00350868,0;OID=.,.;OPOS=37355591,37355590;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:44:8:0:36,5:44,0:1,0:12,1:24,4:5:3:14,0:30,0:0:0 chr7 37780799 . C A 902.11 PASS AF=0.523529;AO=89;DP=171;FAO=89;FDP=170;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0334345;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.441;QD=21.226;RBI=0.0350739;REFB=-0.0095283;REVB=-0.0105976;RO=81;SAF=44;SAR=45;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757531;STB=0.541475;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00916378;OID=.;OPOS=37780799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:81:81:89:89:0.523529:45:44:33:48:45:44:33:48 chr7 37907304 . T C 1842.36 PASS AF=0.968504;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=127;FR=.;FRO=4;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0771489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.211;QD=58.027;RBI=0.0823364;REFB=-0.169796;REVB=0.0287633;RO=1;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826211;STB=0.516946;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000662448;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:127:127:1:4:123:123:0.968504:57:66:0:1:57:66:0:4 chr7 37936530 . T C 464.19 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00272113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.286;QD=16.4313;RBI=0.00983669;REFB=-0.00805013;REVB=-0.00945283;RO=62;SAF=32;SAR=19;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166277;STB=0.500928;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0127742;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:19:32:39:23:19:32:39:23 chr7 37947164 . G T 1113.44 PASS AF=0.544041;AO=103;DP=194;FAO=105;FDP=193;FR=.;FRO=88;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0916933;FXX=0.00515437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0998;QD=23.0764;RBI=0.0963974;REFB=-0.000872745;REVB=-0.0297457;RO=83;SAF=53;SAR=50;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016861;STB=0.501333;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=9.24052e-05;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:83:88:103:105:0.544041:50:53:41:42:51:54:45:43 chr7 37951726 . G A 609.29 PASS AF=0.43038;AO=67;DP=157;FAO=68;FDP=158;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0104246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.198;QD=15.4251;RBI=0.0259353;REFB=-0.024571;REVB=0.023748;RO=89;SAF=38;SAR=29;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747607;STB=0.540003;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0358181;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:89:90:67:68:0.43038:29:38:44:45:30:38:44:46 chr7 37953840 . C T 814.31 PASS AF=0.467033;AO=84;DP=181;FAO=85;FDP=182;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.00372129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3128;QD=17.8969;RBI=0.057345;REFB=-0.0146441;REVB=-0.0572241;RO=97;SAF=38;SAR=46;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711194;STB=0.535706;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0287607;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:97:97:84:85:0.467033:46:38:51:46:46:39:51:46 chr7 37961001 . C A 1274.5 PASS AF=0.555046;AO=121;DP=218;FAO=121;FDP=218;FR=.;FRO=97;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.02054;FXX=0.0090905;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.18;QD=23.3853;RBI=0.023131;REFB=-0.0384871;REVB=-0.0106373;RO=94;SAF=80;SAR=41;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935154;STB=0.559704;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0421296;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:94:97:121:121:0.555046:41:80:52:42:41:80:52:45 chr7 37988589 . C G,T 1375.95 PASS AF=0.163043,0.836957;AO=17,71;DP=88;FAO=15,77;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=15,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398177,0.0616976;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=177.19,213.527;QD=59.8238;RBI=0.0398205,0.0617882;REFB=0,0;REVB=0.000474086,0.00334514;RO=0;SAF=1,22;SAR=16,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00821526,0.00901631;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:78:88:92:0:0:17,71:15,77:0.163043,0.836957:16,49:1,22:0:0:15,51:0,26:0:0 chr7 37991129 . C A,T 2594.62 PASS AF=0.953216,0.0467836;AO=160,8;DP=168;FAO=163,8;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=80,4;FSAR=83,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244743,0.0202437;FXX=0.01156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.937,142.082;QD=60.6928;RBI=0.0274192,0.0203179;REFB=0,0;REVB=0.0123621,0.00173491;RO=0;SAF=77,4;SAR=83,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.30228e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000341627,0.00537135;OID=.,.;OPOS=37991129,37991129;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:168:171:0:0:160,8:163,8:0.953216,0.0467836:83,4:77,4:0:0:83,4:80,4:0:0 chr7 37991186 . C T 933.73 PASS AF=0.508197;AO=92;DP=182;FAO=93;FDP=183;FR=.;FRO=90;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.00824873;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8441;QD=20.4095;RBI=0.0201522;REFB=-0.0216169;REVB=0.0183867;RO=89;SAF=51;SAR=41;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237202;STB=0.512954;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0181649;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:89:90:92:93:0.508197:41:51:47:42:42:51:47:43 chr7 38268395 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.835;QD=58.9622;RBI=0.0463569;REFB=0;REVB=0.0461426;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37414e-05;OID=.;OPOS=38268395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr7 38269668 . G A 242.82 PASS AF=0.376623;AO=27;DP=75;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0141045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.514;QD=12.6139;RBI=0.0154052;REFB=-0.0134579;REVB=-0.00619525;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191405;STB=0.625141;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0254359;OID=.;OPOS=38269668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:48:48:27:29:0.376623:10:17:22:26:10:19:22:26 chr7 38269675 . T C 466.09 PASS AF=0.594595;AO=43;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0110895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.465;QD=25.1943;RBI=0.0231084;REFB=-0.0219384;REVB=0.0202736;RO=30;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133546;STB=0.576372;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0175988;OID=.;OPOS=38269675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:43:44:0.594595:22:21:20:10:23:21:20:10 chr7 38284794 . C T 116.64 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=77;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=10;FWDB=-0.0149004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8223;QD=6.05935;RBI=0.0313944;REFB=-0.00125374;REVB=-0.027633;RO=59;SAF=11;SAR=7;SRF=49;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323109;STB=0.69176;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00372856;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:59:18:18:0.233766:7:11:49:10:7:11:49:10 chr7 38284804 . T C 132.99 PASS AF=0.238095;AO=20;DP=84;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=12;FWDB=0.0390948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.491;QD=6.33281;RBI=0.0441387;REFB=-0.0102781;REVB=0.0204895;RO=64;SAF=11;SAR=9;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356025;STB=0.71036;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0306051;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:64:64:20:20:0.238095:9:11:52:12:9:11:52:12 chr7 38284808 . A C 123.22 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=13;FWDB=0.0483282;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8908;QD=5.86743;RBI=0.0902493;REFB=0.000856698;REVB=-0.0762189;RO=64;SAF=11;SAR=8;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329046;STB=0.685555;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0050119;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:64:65:19:19:0.22619:8:11:52:12:8:11:52:13 chr7 38284834 . A G 115.41 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=14;FWDB=-0.000156783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.847;QD=5.84338;RBI=0.00503205;REFB=-0.00662432;REVB=0.0050296;RO=59;SAF=10;SAR=8;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301429;STB=0.674392;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0243948;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:61:18:18:0.227848:8:10:46:13:8:10:47:14 chr7 38284854 . C T 109.72 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.00917747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.75;QD=6.09526;RBI=0.0222956;REFB=-0.0119012;REVB=-0.0203191;RO=55;SAF=7;SAR=10;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400759;STB=0.740503;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0350543;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:10:7:41:14:10:7:41:14 chr7 38289121 . C T 479.39 PASS AF=0.346821;AO=59;DP=174;FAO=60;FDP=173;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0532046;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5216;QD=11.0842;RBI=0.0559651;REFB=-0.0232781;REVB=-0.0173601;RO=114;SAF=31;SAR=28;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010276;STB=0.507345;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0298834;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:114:113:59:60:0.346821:28:31:60:54:28:32:59:54 chr7 38299727 . T C 331.72 PASS AF=0.385417;AO=34;DP=94;FAO=37;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0203227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.684;QD=13.8216;RBI=0.0204095;REFB=-0.0198379;REVB=-0.00188093;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171082;STB=0.561134;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.031168;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:47:59:34:37:0.385417:16:18:17:30:17:20:26:33 chr7 38305083 . G A 892.19 PASS AF=0.363322;AO=104;DP=289;FAO=105;FDP=289;FR=.;FRO=184;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=114;FSRR=70;FWDB=-0.00469473;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.504;QD=12.3487;RBI=0.0130517;REFB=-0.011335;REVB=0.0121781;RO=181;SAF=69;SAR=35;SRF=111;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061475;STB=0.526106;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0176971;OID=.;OPOS=38305083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:181:184:104:105:0.363322:35:69:111:70:36:69:114:70 chr7 38305142 . G C 694.83 PASS AF=0.34;AO=81;DP=244;FAO=85;FDP=250;FR=.;FRO=165;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=96;FSRR=69;FWDB=0.00314564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.302;QD=11.1173;RBI=0.0233883;REFB=-0.0143744;REVB=0.0231758;RO=163;SAF=49;SAR=32;SRF=94;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341103;STB=0.528893;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.028193;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:250:163:165:81:85:0.34:32:49:94:69:32:53:96:69 chr7 38309102 . A C 268.99 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.025572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9862;QD=11.8239;RBI=0.0686718;REFB=-0.00508482;REVB=0.063733;RO=59;SAF=22;SAR=10;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211451;STB=0.622562;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00994845;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:10:22:30:29:10:22:30:29 chr7 38339604 . C T 610.6 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0175068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.434;QD=21.4246;RBI=0.0254399;REFB=-0.0118668;REVB=-0.018458;RO=53;SAF=36;SAR=25;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119403;STB=0.506553;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00944016;OID=.;OPOS=38339604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:25:36:32:21:25:36:32:21 chr7 38356757 . C A 482.16 PASS AF=0.374194;AO=58;DP=155;FAO=58;FDP=155;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.0273971;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1406;QD=12.4429;RBI=0.0300837;REFB=-0.0246454;REVB=-0.0124267;RO=97;SAF=36;SAR=22;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847885;STB=0.548207;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0351643;OID=.;OPOS=38356757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:97:97:58:58:0.374194:22:36:53:44:22:36:53:44 chr7 38356849 . C T 655.76 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00282108;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.995;QD=25.4665;RBI=0.0140585;REFB=-0.0144237;REVB=0.0137726;RO=41;SAF=34;SAR=28;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455483;STB=0.52477;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0103153;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:41:41:62:62:0.601942:28:34:25:16:28:34:25:16 chr7 38357075 . T C 260.32 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0160922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.675;QD=12.108;RBI=0.0198081;REFB=-0.02553;REVB=-0.0115501;RO=55;SAF=22;SAR=9;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346734;STB=0.69987;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0583785;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:9:22:22:33:9:22:22:33 chr7 38388851 . T G 458.41 PASS AF=0.745455;AO=39;DP=53;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00294287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1384;QD=33.3392;RBI=0.0479461;REFB=-0.048511;REVB=0.0478557;RO=14;SAF=16;SAR=23;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636763;STB=0.528288;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00909409;OID=.;OPOS=38388851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:53:55:14:14:39:41:0.745455:23:16:4:10:25:16:4:10 chr7 38388895 . A T 98.96 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00292665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.086;QD=5.34921;RBI=0.0090242;REFB=-0.00570895;REVB=-0.00853644;RO=58;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570473;STB=0.503593;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0252187;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:58:58:16:16:0.216216:10:6:22:36:10:6:22:36 chr7 38389410 . G C 496.96 PASS AF=0.362573;AO=60;DP=169;FAO=62;FDP=171;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=-0.00936895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8429;QD=11.6248;RBI=0.0101233;REFB=-0.00563787;REVB=0.00383451;RO=100;SAF=28;SAR=32;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368686;STB=0.519043;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0106588;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:171:100:109:60:62:0.362573:32:28:47:53:32:30:56:53 chr7 38393319 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0247125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3022;QD=21.9715;RBI=0.0322694;REFB=-0.00544531;REVB=0.0207511;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249368;STB=0.640668;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00169841;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:6:17:10:11:6:17:10:11 chr7 38393343 . T C 297.45 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00323359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.448;QD=18.3047;RBI=0.00610809;REFB=-0.00210152;REVB=0.00518195;RO=30;SAF=25;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45517;STB=0.754666;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00154377;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:33:31:32:0.492308:6:25:10:20:6:26:12:21 chr7 38393390 . T G 586.65 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00213388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.397;QD=19.7195;RBI=0.00444897;REFB=-0.00857431;REVB=0.00390383;RO=59;SAF=46;SAR=14;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284866;STB=0.658368;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104227;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:59:59:60:60:0.504202:14:46:29:30:14:46:29:30 chr7 38393403 . G A 568.82 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=-0.00636487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.177;QD=17.237;RBI=0.00879907;REFB=-0.0234067;REVB=0.00607553;RO=72;SAF=29;SAR=31;SRF=52;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233665;STB=0.629283;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.021456;OID=.;OPOS=38393403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:31:29:52:20:31:29:52:20 chr7 38393424 . G A 791.14 PASS AF=0.509434;AO=79;DP=160;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.00251187;FXX=0.00624961;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.831;QD=19.903;RBI=0.0113921;REFB=-0.0230904;REVB=-0.0111117;RO=76;SAF=58;SAR=21;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289837;STB=0.647413;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.011775;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:76:78:79:81:0.509434:21:58:33:43:23:58:34:44 chr7 38393448 . G C 797.92 PASS AF=0.466292;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=178;FR=.;FRO=95;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=0.0105103;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.371;QD=17.9308;RBI=0.020459;REFB=-0.0136434;REVB=-0.0175529;RO=96;SAF=55;SAR=28;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20441;STB=0.615873;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0177453;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:96:95:83:83:0.466292:28:55:44:52:28:55:43:52 chr7 38393524 . C T 619.22 PASS AF=0.387978;AO=71;DP=183;FAO=71;FDP=183;FR=.;FRO=112;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.0143878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.208;QD=13.5349;RBI=0.0151263;REFB=-0.00764655;REVB=-0.00466874;RO=112;SAF=48;SAR=23;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142485;STB=0.580686;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0162257;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:112:112:71:71:0.387978:23:48:62:50:23:48:62:50 chr7 38393534 . C T 568.53 PASS AF=0.374302;AO=67;DP=179;FAO=67;FDP=179;FR=.;FRO=112;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=0.00875912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3475;QD=12.7046;RBI=0.00877144;REFB=-5.23713e-05;REVB=-0.000464794;RO=111;SAF=47;SAR=20;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15196;STB=0.590075;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000188793;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:111:112:67:67:0.374302:20:47:64:47:20:47:64:48 chr7 38393592 . C A 365.01 PASS AF=0.346154;AO=45;DP=130;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=0.00583564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5082;QD=11.2312;RBI=0.0120799;REFB=-0.0100427;REVB=-0.0105769;RO=85;SAF=29;SAR=16;SRF=53;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257138;STB=0.514786;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0184332;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:85:85:45:45:0.346154:16:29:53:32:16:29:53:32 chr7 38393713 . A G 443.71 PASS AF=0.511628;AO=35;DP=85;FAO=44;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0581901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1499;QD=20.6378;RBI=0.0942053;REFB=0.00474233;REVB=0.0740848;RO=40;SAF=24;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140535;STB=0.503537;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00105379;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:40:41:35:44:0.511628:11:24:22:18:19:25:23:18 chr7 38393798 . A G 155.05 PASS AF=0.230769;AO=23;DP=103;FAO=24;FDP=104;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00305975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.571;QD=5.96343;RBI=0.00709478;REFB=-0.00743365;REVB=-0.00640108;RO=78;SAF=9;SAR=14;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168318;STB=0.583264;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.023544;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:78:80:23:24:0.230769:14:9:41:37:14:10:42:38 chr7 38397867 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0281779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.896;QD=13.4859;RBI=0.0319067;REFB=-0.00433106;REVB=0.0149682;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356162;STB=0.709231;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00837443;OID=.;OPOS=38397867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:8:3:6:3:8:3 chr7 38398077 . T A 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0168424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.826;QD=23.3696;RBI=0.0182846;REFB=-0.0128816;REVB=-0.0071174;RO=26;SAF=23;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306142;STB=0.668042;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00793433;OID=.;OPOS=38398077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:13:23:6:20:13:23:6:20 chr7 38398564 . AG AC,GC 803.24 PASS AF=0.623853,0.110092;AO=66,82;DP=155;FAO=68,12;FDP=109;FR=.;FRO=29;FSAF=46,12;FSAR=22,0;FSRF=29;FSRR=0;FWDB=-0.00409715,-0.0393327;FXX=0.301263;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.873,63.0136;QD=29.4768;RBI=0.0316785,0.0416897;REFB=-0.00165949,-0.329978;REVB=0.0314124,0.0138193;RO=0;SAF=44,44;SAR=22,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.11453e-08;STB=0.619804,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00802874,0.381751;OID=.,.;OPOS=38398565,38398564;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:109:0:29:66,82:68,12:0.623853,0.110092:22,38:44,44:0:0:22,0:46,12:29:0 chr7 38402496 . A G 1523.13 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.285;QD=58.5818;RBI=0.0296504;REFB=0.072491;REVB=0.0109073;RO=1;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903723;STB=0.504761;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-8.62752e-05;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:52:50:0:1:52:51:0:1 chr7 38431430 . A G 461.5 PASS AF=0.384058;AO=52;DP=138;FAO=53;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0112305;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.523;QD=13.3768;RBI=0.0112604;REFB=-0.0237295;REVB=0.000820491;RO=84;SAF=38;SAR=14;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113726;STB=0.558801;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0343235;OID=.;OPOS=38431430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:84:85:52:53:0.384058:14:38:54:30:15:38:54:31 chr7 38433726 . T G 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0272786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.146;QD=8.62656;RBI=0.0299394;REFB=-0.0096396;REVB=0.0123388;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243539;STB=0.647635;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0189292;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:9:18:5:6:9:18 chr7 38467842 . A G 321.98 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0588863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5141;QD=19.2226;RBI=0.0595325;REFB=-0.0272096;REVB=-0.00874781;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134131;STB=0.566395;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0213624;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:18:16:20:12:18:16:20:13 chr7 38467923 . A G 702.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.54;QD=62.3997;RBI=0.0518059;REFB=0;REVB=0.0475928;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397933;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr7 38468463 . C T 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0310538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.258;QD=21.8933;RBI=0.0318014;REFB=-0.00175928;REVB=-0.00685482;RO=34;SAF=30;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646916;STB=0.541105;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0019551;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:36:42:42:0.538462:12:30:22:12:12:30:23:13 chr7 38468695 . C T 162.74 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.905;QD=43.3968;RBI=0.0117608;REFB=0;REVB=0.000524412;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221987;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:6:8:0:1:7:8:0:0 chr7 38725804 . C T 240.95 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00108957;FXX=0.0659268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.72;QD=11.339;RBI=0.00725489;REFB=-0.000405601;REVB=0.00717261;RO=60;SAF=20;SAR=9;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153712;STB=0.608618;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000796097;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:60:56:29:29:0.341176:9:20:34:26:9:20:30:26 chr7 38780883 . C T 2240.8 PASS AF=0.993289;AO=146;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00330623;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=317.015;QD=60.1558;RBI=0.00357498;REFB=-0.116083;REVB=0.0013599;RO=1;SAF=85;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556257;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=5.40465e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:146:148:0.993289:61:85:1:0:63:85:1:0 chr7 38780924 . T C 3084.99 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249745;FXX=0.0147052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.461;QD=61.3929;RBI=0.039515;REFB=-0.131905;REVB=0.030622;RO=1;SAF=105;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196819;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:201:1:0:201:201:1:96:105:0:1:96:105:0:0 chr7 39472681 . C T 247.9 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.0201873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4139;QD=8.77509;RBI=0.0495028;REFB=0.00335223;REVB=0.0451996;RO=77;SAF=17;SAR=17;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209311;STB=0.619403;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0111792;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:77:79:34:34:0.300885:17:17:52:25:17:17:53:26 chr7 39472708 . A G 356.02 PASS AF=0.321429;AO=43;DP=138;FAO=45;FDP=140;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=64;FSRR=31;FWDB=-0.0139105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.283;QD=10.172;RBI=0.0162728;REFB=-0.0109419;REVB=0.00844409;RO=91;SAF=23;SAR=20;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162431;STB=0.596858;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0185384;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:91:95:43:45:0.321429:20:23:61:30:21:24:64:31 chr7 39472846 . G A 207.53 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0828356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8189;QD=11.2176;RBI=0.0849873;REFB=0.00211916;REVB=-0.0190028;RO=48;SAF=18;SAR=7;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21967;STB=0.605297;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00857643;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:7:18:26:22:8:18:26:22 chr7 40314243 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.993;QD=57.1745;RBI=0.0352547;REFB=0;REVB=-0.000717717;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172196;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr7 40899967 . G C 285.71 PASS AF=0.423077;AO=26;DP=71;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=7;FWDB=0.00626756;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.271;QD=14.652;RBI=0.0191444;REFB=-0.0312488;REVB=0.0180894;RO=45;SAF=16;SAR=10;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292483;STB=0.624934;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0289172;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:45:45:26:33:0.423077:10:16:38:7:11:22:38:7 chr7 42950640 . C T 1495.62 PASS AF=0.979592;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0604119;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9227;QD=61.0458;RBI=0.0644487;REFB=-0.103771;REVB=-0.022451;RO=2;SAF=56;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361052;STB=0.501748;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00211709;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:95:96:0.979592:39:56:1:1:40:56:1:1 chr7 42970733 . C T 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0668;QD=58.9548;RBI=0.0504227;REFB=0;REVB=0.0323894;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13348e-05;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:26:40:0:0:26:40:0:0 chr7 42976789 . A G 2403.29 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.46;QD=61.2302;RBI=0.0660864;REFB=0;REVB=0.065412;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08357e-05;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:157:157:1:84:73:0:0:84:73:0:0 chr7 42977091 . G A 1287.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439831;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.925;QD=62.0421;RBI=0.0475221;REFB=0;REVB=0.0179955;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000977096;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr7 43506059 . A G 392.25 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0181142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1249;QD=17.4333;RBI=0.0219644;REFB=-0.0141974;REVB=0.0124222;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339194;STB=0.528518;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0404081;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:49:41:41:0.455556:18:23:28:19:18:23:30:19 chr7 43506158 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0184761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.579;QD=17.0701;RBI=0.0552022;REFB=-0.00862267;REVB=0.0520184;RO=35;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469359;STB=0.526299;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00744793;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:13:18:22:13:13:18:22:13 chr7 43664280 . A G 707.85 PASS AF=0.427778;AO=77;DP=180;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0230924;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.984;QD=15.7299;RBI=0.0258413;REFB=-0.0110683;REVB=0.011598;RO=102;SAF=27;SAR=50;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216173;STB=0.618343;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00970851;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:102:103:77:77:0.427778:50:27:57:45:50:27:57:46 chr7 43664625 . G T 162.32 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000241475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.963;QD=12.0234;RBI=0.0157127;REFB=-0.0138677;REVB=-0.0157108;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637573;STB=0.537;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0313205;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:19:15:10:10:19:15 chr7 43664785 . C T 172.72 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00411104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.494;QD=9.46431;RBI=0.036859;REFB=-0.0181609;REVB=-0.036629;RO=50;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446626;STB=0.526293;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0369455;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:12:11:22:28:12:11:22:28 chr7 43810764 . G A 317.79 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=-0.0491284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.923;QD=10.0092;RBI=0.0498242;REFB=-0.0168298;REVB=-0.00829775;RO=86;SAF=20;SAR=21;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000662247;STB=0.500384;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0312812;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:86:41:41:0.322835:21:20:42:44:21:20:42:44 chr7 43906513 . A G 267.23 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0067598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6029;QD=21.8144;RBI=0.0111399;REFB=-0.0343624;REVB=-0.00885455;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143842;STB=0.569977;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0426244;OID=.;OPOS=43906513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:14:11:14:9:14:11:14:10 chr7 43916128 . C CCT,T 1583.48 PASS AF=0.981308,0;AO=102,6;DP=132;FAO=105,0;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=47,0;FSAR=58,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0281101,0.0185971;FXX=0.122941;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=278.726,238.248;QD=59.1956;RBI=0.029503,0.0195675;REFB=-0.0165997,-0.171986;REVB=0.00895826,0.00608586;RO=22;SAF=45,6;SAR=57,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0503424,0.683326;STB=0.50099,0.5;STBP=0.862,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000120143,0;OID=.,.;OPOS=43916129,43916128;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:107:22:2:102,6:105,0:0.981308,0:57,0:45,6:13:9:58,0:47,0:1:1 chr7 43916131 . G C 43.22 PASS AF=0.0930233;AO=12;DP=129;FAO=12;FDP=129;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.105196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4892;QD=1.34017;RBI=0.109593;REFB=-0.0119825;REVB=-0.0307299;RO=117;SAF=6;SAR=6;SRF=55;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348981;STB=0.527087;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0281851;OID=.;OPOS=43916131;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:129:129:117:117:12:12:0.0930233:6:6:55:62:6:6:55:62 chr7 43916138 . C G 1861.89 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=126;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586153;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.664;QD=60.0609;RBI=0.058716;REFB=-0.0278914;REVB=0.00343775;RO=1;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772447;STB=0.503999;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000652284;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:124:1:1:122:123:0.991935:61:61:0:1:62:61:0:1 chr7 43916727 . T G 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0298007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8477;QD=14.6558;RBI=0.0315463;REFB=-0.0214784;REVB=0.0103483;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0140614;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:9:8:5:8:9:8 chr7 43917013 . G A 1078.3 PASS AF=0.558011;AO=101;DP=181;FAO=101;FDP=181;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.0338788;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.003;QD=23.8299;RBI=0.0343593;REFB=-0.00868907;REVB=-0.00572609;RO=80;SAF=56;SAR=45;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375802;STB=0.520459;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00787439;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:80:80:101:101:0.558011:45:56:48:32:45:56:48:32 chr7 43917274 . A G 761.78 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0893016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.73;QD=63.4819;RBI=0.0897785;REFB=0;REVB=0.0092415;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147805;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr7 43966161 . C A 1588.11 PASS AF=0.372277;AO=185;DP=502;FAO=188;FDP=505;FR=.;FRO=317;FSAF=97;FSAR=91;FSRF=198;FSRR=119;FWDB=-0.00200639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.643;QD=12.5791;RBI=0.00204998;REFB=-0.00497018;REVB=0.000420465;RO=316;SAF=97;SAR=88;SRF=198;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115704;STB=0.568562;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00954167;OID=.;OPOS=43966161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:505:316:317:185:188:0.372277:88:97:198:118:91:97:198:119 chr7 43982482 . A C 708.7 PASS AF=0.496454;AO=67;DP=139;FAO=70;FDP=141;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0289165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.208;QD=20.105;RBI=0.0369567;REFB=-0.0268309;REVB=0.0230138;RO=68;SAF=35;SAR=32;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114895;STB=0.560679;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0226308;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:68:71:67:70:0.496454:32:35:44:24:33:37:46:25 chr7 44005513 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0116419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.834;QD=16.9796;RBI=0.0120175;REFB=-0.00833641;REVB=0.00298098;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173505;STB=0.60325;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0130099;OID=.;OPOS=44005513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:29:25:26:0.472727:11:14:10:17:11:15:11:18 chr7 44027348 . A G 1343.7 PASS AF=0.498155;AO=132;DP=267;FAO=135;FDP=271;FR=.;FRO=136;FSAF=91;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=59;FWDB=-0.0354632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5709;QD=19.8332;RBI=0.0567906;REFB=-0.00130363;REVB=-0.0443569;RO=135;SAF=88;SAR=44;SRF=77;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960296;STB=0.559072;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00229726;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:271:135:136:132:135:0.498155:44:88:77:58:44:91:77:59 chr7 44040713 . G A 78.88 PASS AF=0.5;AO=8;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.125907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4971;QD=15.7769;RBI=0.1275;REFB=0.0381796;REVB=0.0200889;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.556701;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0267621;OID=.;OPOS=44040713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:19:20:9:10:8:10:0.5:3:5:5:4:3:7:6:4 chr7 44047066 . T C 711.61 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0250653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.886;QD=31.6271;RBI=0.0404826;REFB=-0.00592698;REVB=-0.0317896;RO=30;SAF=22;SAR=38;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114632;STB=0.56176;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0028975;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:30:30:60:60:0.666667:38:22:6:24:38:22:6:24 chr7 44148553 . A G 2493.91 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.386;QD=61.578;RBI=0.0657314;REFB=0;REVB=0.0411296;RO=0;SAF=77;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104264;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:83:77:0:0:83:79:0:0 chr7 44180079 . A AG 639.27 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2875;QD=38.7438;RBI=0.136041;REFB=0;REVB=-0.125488;RO=11;SAF=22;SAR=36;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000683006;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:71:66:66:0:22:44:0:0:13:11:22:36:3:8 chr7 44180652 . G T 268.36 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=63;FAO=29;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0259027;FXX=0.0624902;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.274;QD=17.8904;RBI=0.0590878;REFB=-0.0409613;REVB=-0.0531076;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355158;STB=0.673508;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0290116;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:20:31:27:29:0.483333:7:20:6:14:6:23:16:15 chr7 44251833 . GT G 76.29 PASS AF=0.430556;AO=28;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.1133;FXX=0.0270234;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.60198;QD=4.23818;RBI=0.231767;REFB=-0.118492;REVB=0.202186;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35217;STB=0.607392;STBP=0.128;TYPE=del;VARB=0.114377;OID=.;OPOS=44251834;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430556:28:73:31:72:41:18:13:16:25:76:36:18:10:10:26 chr7 44258964 . G T 507.59 PASS AF=0.795918;AO=20;DP=26;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.0395583;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.387;QD=41.4357;RBI=0.0847759;REFB=-0.0266236;REVB=0.0749806;RO=1;SAF=19;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236587;STB=0.559496;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00408938;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:49:1:10:20:39:0.795918:1:19:1:0:2:37:10:0 chr7 44259706 . G A 1087.29 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00770803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.019;QD=57.9887;RBI=0.0169671;REFB=-0.146714;REVB=0.0151152;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506023;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000614831;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:72:74:0.986667:40:32:0:1:41:33:0:1 chr7 44259871 . C T 1361.83 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165935;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.541;QD=62.6128;RBI=0.0178804;REFB=0;REVB=0.00666044;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96069e-05;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:36:50:0:0:36:51:0:0 chr7 44442296 . A C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.529;QD=60.2043;RBI=0.0234542;REFB=0;REVB=0.0184096;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84858e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr7 44574064 . G A 256.97 PASS AF=0.347826;AO=28;DP=88;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0121704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.108;QD=11.1728;RBI=0.0121966;REFB=-0.0145236;REVB=0.000798995;RO=58;SAF=17;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858713;STB=0.508259;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.029254;OID=.;OPOS=44574064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:58:60:28:32:0.347826:11:17:31:27:14:18:33:27 chr7 44579180 . G C 1376.12 PASS AF=0.96875;AO=90;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0170717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5459;QD=57.3382;RBI=0.174711;REFB=-0.117321;REVB=0.173875;RO=6;SAF=55;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137691;STB=0.513272;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00520693;OID=.;OPOS=44579180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:96:96:6:3:90:93:0.96875:35:55:3:3:38:55:3:0 chr7 44606098 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.329;QD=53.9109;RBI=0.0177567;REFB=0;REVB=-0.00721433;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150857;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr7 44612229 . G A 2094.42 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=138;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00645538;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.422;QD=61.1508;RBI=0.00944301;REFB=-0.00399921;REVB=0.00689192;RO=2;SAF=78;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120318;STB=0.506328;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=5.86992e-05;OID=.;OPOS=44612229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:137:2:2:135:135:0.985401:57:78:2:0:57:78:2:0 chr7 44620836 . C A 611.61 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00566516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.629;QD=58.2483;RBI=0.013489;REFB=0.0590771;REVB=0.0122417;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.507243;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00148995;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:33:7:0:0:34:7:0:1 chr7 44798954 . G C,GC 140.86 PASS AF=0,0.585366;AO=2,9;DP=44;FAO=0,24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=0,11;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0552176,0.135119;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=19.3537,14.9489;QD=13.7427;RBI=0.138912,0.236592;REFB=-0.0540404,-0.118684;REVB=0.127466,0.194213;RO=33;SAF=2,7;SAR=0,2;SRF=5;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.677817,0.663556;STB=0.5,0.671456;STBP=1,0.027;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.122448;OID=.,.;OPOS=44798954,44798955;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:41:33:17:2,9:0,24:0,0.585366:0,2:2,7:5:28:0,13:0,11:1:16 chr7 44836314 . A G 2807.12 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655924;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0141;QD=63.0813;RBI=0.0212824;REFB=0;REVB=0.0202464;RO=0;SAF=106;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244385;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:178:0:0:178:178:1:72:106:0:0:72:106:0:0 chr7 44916067 . C T 324.98 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00543944;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.336;QD=12.9993;RBI=0.00718159;REFB=-0.00583756;REVB=0.0046891;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472036;STB=0.517619;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00856106;OID=.;OPOS=44916067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:62:38:38:0.38:17:21:34:23:17:21:36:26 chr7 45004063 . T C 2010.84 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.128;QD=61.3997;RBI=0.0294612;REFB=0;REVB=0.0278888;RO=0;SAF=79;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29436e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:131:0:0:126:131:1:47:79:0:0:49:82:0:0 chr7 45005795 . G A 801.5 PASS AF=0.67619;AO=71;DP=106;FAO=71;FDP=105;FR=.;FRO=34;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=0.0267605;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.711;QD=30.5334;RBI=0.0268062;REFB=-0.00633492;REVB=0.00156477;RO=34;SAF=52;SAR=19;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072541;STB=0.538997;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00209734;OID=.;OPOS=45005795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:34:34:71:71:0.67619:19:52:28:6:19:52:28:6 chr7 45009325 . G A 321.18 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0150772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.923;QD=13.9644;RBI=0.0531289;REFB=-0.0133655;REVB=0.0509447;RO=54;SAF=7;SAR=29;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454059;STB=0.761;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0320433;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:56:36:36:0.391304:29:7:32:22:29:7:33:23 chr7 45009341 . A G 1594.71 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7009;QD=63.7884;RBI=0.0840998;REFB=0;REVB=-0.0697955;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536108;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:55:44:0:0:55:45:0:0 chr7 45009723 . G A 167.0 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0204754;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.649;QD=14.5218;RBI=0.0225692;REFB=-0.00632291;REVB=0.00949347;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979559;STB=0.557077;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0085015;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:5:13:18:10:5:13:18:10 chr7 45015107 . G A 810.09 PASS AF=0.525974;AO=80;DP=154;FAO=81;FDP=154;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.0236295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.201;QD=21.0413;RBI=0.0253088;REFB=-0.00870742;REVB=0.00906529;RO=73;SAF=42;SAR=38;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440199;STB=0.521215;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00904568;OID=.;OPOS=45015107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:73:73:80:81:0.525974:38:42:42:31:38:43:42:31 chr7 45016621 . C T 309.02 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.074735;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8202;QD=27.4681;RBI=0.0753461;REFB=-0.0138518;REVB=-0.00957633;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131387;STB=0.507903;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0153293;OID=.;OPOS=45016621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:18:27:27:0.6:17:10:6:11:17:10:7:11 chr7 45113170 . G A 368.03 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00985898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0726;QD=29.4426;RBI=0.0100813;REFB=-0.00935946;REVB=0.0021056;RO=19;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180676;STB=0.599646;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00702088;OID=.;OPOS=45113170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:9:22:9:10:9:22:9:10 chr7 45122464 . A C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0104579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.978;QD=16.6318;RBI=0.0121428;REFB=-0.0275718;REVB=-0.00617077;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512885;STB=0.528829;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0266872;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:20:14:19:22:20:14:19:22 chr7 45122723 . G A 319.2 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0258951;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3853;QD=23.2144;RBI=0.057877;REFB=-0.0307679;REVB=0.0517609;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214149;STB=0.519709;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0325405;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:23:32:32:0.581818:18:14:9:13:18:14:9:14 chr7 45123090 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00589297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.672;QD=19.1804;RBI=0.0204623;REFB=-0.00544908;REVB=0.0195954;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155247;STB=0.588105;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00606354;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:3:8:7:6:3:8 chr7 45123925 . C T 97.59 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0273815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.06;QD=24.397;RBI=0.0462077;REFB=-0.000526442;REVB=-0.0372211;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188919;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00187796;OID=.;OPOS=45123925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:4:1:6:5:4:1 chr7 45123937 . T C 134.68 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00875108;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.852;QD=24.4874;RBI=0.054059;REFB=-0.0657588;REVB=0.053346;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0395559;OID=.;OPOS=45123937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:7:8:14:14:0.636364:7:7:3:4:7:7:4:4 chr7 45124008 . T C 410.99 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0063418;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7435;QD=23.4853;RBI=0.0718472;REFB=-0.00154447;REVB=0.0715668;RO=30;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454676;STB=0.524988;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00273239;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:30:40:40:0.571429:21:19:16:14:21:19:16:14 chr7 45124286 . A G 396.45 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=5.2265e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.77;QD=15.701;RBI=0.0283398;REFB=-0.021527;REVB=-0.0283397;RO=57;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103397;STB=0.563288;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0241251;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:43:44:0.435644:24:19:31:26:25:19:31:26 chr7 45124465 . A T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0167933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.681;QD=13.8495;RBI=0.0168874;REFB=-0.0109164;REVB=0.00178068;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.574043;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0194102;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:17:8:7:9:17:8 chr7 45148667 . G A 455.5 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0134473;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.325;QD=25.3057;RBI=0.018815;REFB=-0.00167447;REVB=-0.0131595;RO=29;SAF=28;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130212;STB=0.571395;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00154944;OID=.;OPOS=45148667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:29:29:43:43:0.597222:15:28:14:15:15:28:14:15 chr7 45148773 . C A 363.06 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000913411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.597;QD=22.3424;RBI=0.029689;REFB=-0.0327745;REVB=-0.029675;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225273;STB=0.627249;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.021346;OID=.;OPOS=45148773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:36:37:0.569231:13:23:10:18:13:24:10:18 chr7 45703971 . G A 1847.56 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162026;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.777;QD=60.5756;RBI=0.0445599;REFB=-0.151965;REVB=0.0415097;RO=1;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085588;STB=0.504504;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000576402;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:55:66:0:1:55:66:0:1 chr7 45765234 . G T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4075;QD=57.1762;RBI=0.0116576;REFB=0;REVB=0.00120959;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100141;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr7 45932669 . A G 395.57 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0262488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2955;QD=30.4288;RBI=0.0272157;REFB=-0.0474274;REVB=0.00719003;RO=16;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237795;STB=0.629166;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0184961;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:36:36:0.692308:22:14:13:3:22:14:13:3 chr7 46732428 . A G 2027.1 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00044716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.932;QD=62.3722;RBI=0.0160515;REFB=0;REVB=0.0160453;RO=0;SAF=81;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51238e-05;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:49:81:0:0:49:81:0:0 chr7 47323456 . A G 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.000618309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.781;QD=11.6277;RBI=0.0431639;REFB=-0.00526191;REVB=-0.0431594;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330977;STB=0.690483;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.012741;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:30:16:17:9:30:16 chr7 47333425 . A G 180.5 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0281118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.272;QD=16.0448;RBI=0.0284379;REFB=-0.0242793;REVB=0.0042948;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260962;STB=0.650994;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0229421;OID=.;OPOS=47333425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:13:13:14:5:13:13 chr7 47408029 . A C,G 2103.25 PASS AF=0.0362319,0.956522;AO=8,129;DP=139;FAO=5,132;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=5,62;FSAR=0,70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120964,0.021296;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.538,83.7472;QD=60.9637;RBI=0.0122226,0.0219775;REFB=-0.0666835,-0.0740589;REVB=0.00175175,-0.00543089;RO=0;SAF=8,59;SAR=0,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.996613,0.503546;STBP=0.062,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.0794794,0.00212366;OID=.,.;OPOS=47408029,47408029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:139:138:0:1:8,129:5,132:0.0362319,0.956522:0,70:8,59:0:0:0,70:5,62:0:1 chr7 47408443 . C G 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0210714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.16;QD=13.6611;RBI=0.027459;REFB=-0.0151546;REVB=-0.0176067;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21218;STB=0.624812;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0152731;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:11:10:4:10:11:10 chr7 47408974 . T A 1065.83 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479072;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.508;QD=60.0468;RBI=0.0479963;REFB=0;REVB=-0.00292427;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94139e-05;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr7 47546544 . TGGGA TGG,TGGA,TGGAA 297.75 PASS AF=0.0434783,0.956522,0;AO=7,15,5;DP=27;FAO=1,22,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10,0;FSAR=0,12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032952,0.0357539,-0.0279803;FXX=0.11534;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=25.431,26.7527,21.0157;QD=51.7817;RBI=0.312302,0.133992,0.154527;REFB=0,0,0;REVB=-0.310558,-0.129134,0.151972;RO=0;SAF=2,9,3;SAR=5,6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0409461,0.000907783,0;OID=.,.,.;OPOS=47546547,47546545,47546547;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=TGG,TGGA,TGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522,0:7,15,5:27:1,22,0:23:0:1,10,0:0,12,0:0:0:10:0:2,9,3:5,6,2:0:0 chr7 47847864 . AG A 41.63 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.04568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1019;QD=2.44872;RBI=0.0571044;REFB=-0.0191649;REVB=0.0342673;RO=50;SAF=1;SAR=15;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.625276;STB=0.896529;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0373467;OID=.;OPOS=47847865;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:16:66:16:68:52:1:15:24:28:41:50:1:15:24:26 chr7 47872845 . A G 1434.03 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4096;QD=62.349;RBI=0.0211741;REFB=0;REVB=0.0198676;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694257;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:50:42:0:0 chr7 47913579 . T C 1479.88 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00113602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.584;QD=61.0259;RBI=0.00710357;REFB=-0.0761388;REVB=0.00701214;RO=2;SAF=44;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210617;STB=0.510867;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000167035;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:50:44:2:0:50:45:2:0 chr7 47925331 . C G 397.13 PASS AF=0.442105;AO=35;DP=88;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0330927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.507;QD=16.7211;RBI=0.0455136;REFB=-0.0378152;REVB=-0.0312468;RO=52;SAF=22;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11867;STB=0.608338;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0404497;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:95:52:53:35:42:0.442105:13:22:27:25:13:29:27:26 chr7 47968927 . C A 244.06 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0083986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.571;QD=18.7741;RBI=0.0103007;REFB=-0.0142838;REVB=0.00596385;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547608;STB=0.538892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0166733;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:25:26:0.5:14:11:13:13:15:11:13:13 chr7 47971575 . A G 1099.22 PASS AF=0.681481;AO=92;DP=135;FAO=92;FDP=135;FR=.;FRO=43;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0273075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.392;QD=32.5694;RBI=0.0324742;REFB=-0.0431221;REVB=-0.0175748;RO=42;SAF=47;SAR=45;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214508;STB=0.507653;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0165433;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:42:43:92:92:0.681481:45:47:23:19:45:47:23:20 chr7 47971626 . G A 157.09 PASS AF=0.238532;AO=23;DP=107;FAO=26;FDP=109;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0243292;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.143;QD=5.76482;RBI=0.0301081;REFB=-0.00560766;REVB=-0.0177366;RO=82;SAF=9;SAR=14;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925169;STB=0.597725;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0220402;OID=.;OPOS=47971626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:82:83:23:26:0.238532:14:9:38:44:17:9:39:44 chr7 48004962 . C T 361.03 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00871667;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.135;QD=27.7713;RBI=0.0103166;REFB=-0.0415469;REVB=-0.00551831;RO=17;SAF=21;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926969;STB=0.561591;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0138505;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:17:18:34:34:0.653846:13:21:8:9:13:21:8:10 chr7 48011063 . A C 276.27 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0174674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.249;QD=15.7869;RBI=0.0185131;REFB=-0.0181058;REVB=0.00613392;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213502;STB=0.626293;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0230597;OID=.;OPOS=48011063;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:39:31:31:0.442857:12:19:14:22:12:19:15:24 chr7 48086077 . C T 780.74 PASS AF=0.660377;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=106;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00420027;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.545;QD=29.4617;RBI=0.0082521;REFB=0.00706608;REVB=-0.00710316;RO=36;SAF=42;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995993;STB=0.553831;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00298984;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:36:36:70:70:0.660377:28:42:16:20:28:42:16:20 chr7 48086161 . T C 516.38 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0251709;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.418;QD=30.3755;RBI=0.0283668;REFB=0.00431903;REVB=0.0130805;RO=22;SAF=24;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414341;STB=0.522455;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00363451;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:22:22:46:46:0.676471:22:24:13:9:22:24:13:9 chr7 48089542 . T C 685.84 PASS AF=0.544715;AO=56;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=14;FWDB=0.0107754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4081;QD=22.3036;RBI=0.0339143;REFB=-0.0237829;REVB=-0.032157;RO=50;SAF=31;SAR=25;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147394;STB=0.555841;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0471714;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:50:54:56:67:0.544715:25:31:36:14:25:42:40:14 chr7 48089571 . C A 407.83 PASS AF=0.412281;AO=32;DP=111;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=-0.00855779;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=160.905;QD=14.3098;RBI=0.0123411;REFB=-0.0122311;REVB=0.00889199;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185791;STB=0.502225;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0156745;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:36:67:32:47:0.412281:14:18:27:9:17:30:43:24 chr7 48092486 . T C 258.78 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0513971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.755;QD=38.3381;RBI=0.0526786;REFB=-0.0854431;REVB=0.0115489;RO=5;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261193;STB=0.50724;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0243322;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:21:22:0.814815:14:7:2:3:14:8:2:3 chr7 48285485 . C T 2127.84 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0028458;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.318;QD=62.1267;RBI=0.00480747;REFB=0.0742356;REVB=-0.00387469;RO=1;SAF=89;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100065;STB=0.505262;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000131943;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:47:89:0:1:47:89:0:1 chr7 48312674 . G A 1035.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.573;QD=56.7539;RBI=0.0402232;REFB=0;REVB=0.0148185;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00718276;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:65:73:1:21:44:0:0:21:52:0:0 chr7 48315796 . C A 748.31 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.859;QD=55.4301;RBI=0.0363316;REFB=0;REVB=0.0208957;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142412;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:22:29:0:0:22:32:0:0 chr7 48318811 . C T 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.833;QD=56.1845;RBI=0.0269716;REFB=0;REVB=-0.0244225;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117741;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 48335451 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00694342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.116;QD=16.2717;RBI=0.0262364;REFB=0.00020494;REVB=0.0253009;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286222;STB=0.641056;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=4.72244e-05;OID=.;OPOS=48335451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:4:11:7:9:4:11:9:9 chr7 48336844 . C T 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.095754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8735;QD=63.7513;RBI=0.0967761;REFB=0;REVB=0.0140276;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226449;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr7 48349647 . C T 852.36 PASS AF=0.53125;AO=84;DP=161;FAO=85;FDP=160;FR=.;FRO=75;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0128663;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4114;QD=21.309;RBI=0.0629864;REFB=-0.0113999;REVB=-0.0616583;RO=72;SAF=41;SAR=43;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604209;STB=0.53246;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0144546;OID=.;OPOS=48349647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:72:75:84:85:0.53125:43:41:30:42:44:41:31:44 chr7 48443570 . G A 154.17 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.00131737;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.919;QD=8.93742;RBI=0.0320863;REFB=0.0118686;REVB=-0.0320593;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344243;STB=0.512454;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0282185;OID=.;OPOS=48443570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:47:48:21:21:0.304348:11:10:21:26:11:10:22:26 chr7 48450157 . T C 663.5 PASS AF=0.45283;AO=72;DP=159;FAO=72;FDP=159;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.00174795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.504;QD=16.6919;RBI=0.0117459;REFB=-0.0141752;REVB=-0.0116151;RO=87;SAF=21;SAR=51;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123692;STB=0.569018;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0163735;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:87:87:72:72:0.45283:51:21:35:52:51:21:35:52 chr7 48506566 . A G 1816.03 PASS AF=0.976378;AO=101;DP=126;FAO=124;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00360873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.163;QD=57.1978;RBI=0.00636322;REFB=0.0031748;REVB=0.00524096;RO=3;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287266;STB=0.514849;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=4.14586e-05;OID=.;OPOS=48506566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:127:3:3:101:124:0.976378:48:53:0:3:49:75:0:3 chr7 48506567 . A G 57.15 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0412719;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.814;QD=1.81424;RBI=0.0495886;REFB=-0.0274018;REVB=-0.0274893;RO=111;SAF=12;SAR=1;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514325;STB=0.903548;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0451782;OID=.;OPOS=48506567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:126:126:111:112:13:14:0.111111:1:12:59:52:1:13:60:52 chr7 48506642 . A G 1321.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.41;QD=62.1709;RBI=0.0128371;REFB=0;REVB=-0.00911813;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1419e-07;OID=.;OPOS=48506642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:29:55:0:0:29:56:0:0 chr7 48545976 . A G 1189.13 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000869616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.381;QD=57.3074;RBI=0.0508096;REFB=-0.0896481;REVB=0.0508022;RO=2;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000577374;STB=0.506476;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000738985;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:2:3:80:80:0.963855:41:39:1:1:41:39:2:1 chr7 48964321 . TG T,TT 1740.99 PASS AF=0.0431034,0.956897;AO=14,102;DP=116;FAO=5,111;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=3,49;FSAR=2,62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046975,0.0469149;FXX=0.0169477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.855,247.012;QD=60.0341;RBI=0.0473623,0.0480336;REFB=0,0;REVB=0.00604493,0.0103061;RO=0;SAF=7,45;SAR=7,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.08171e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.023089,0.0013933;OID=.,.;OPOS=48964322,48964322;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0431034,0.956897:14,102:116:5,111:116:0:3,49:2,62:0:0:8:0:7,45:7,57:0:0 chr7 48965000 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.469;QD=57.106;RBI=0.10246;REFB=0;REVB=0.0107783;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106604;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr7 49815390 . C G 68.43 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00268639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=350.2;QD=14.4063;RBI=0.0119606;REFB=-0.00590069;REVB=-0.011655;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00641995;OID=.;OPOS=49815390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:18:19:10:10:8:9:0.473684:4:4:8:2:4:5:8:2 chr7 50173777 . A G 150.84 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0136289;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=170.08;QD=12.5698;RBI=0.0332293;REFB=-0.00573216;REVB=0.0303057;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184513;STB=0.608146;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.018057;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:10:7:18:13:10:7:18:13 chr7 50175681 . C T 486.75 PASS AF=0.379085;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0217812;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.185;QD=12.7254;RBI=0.0239231;REFB=-0.0198836;REVB=-0.00989414;RO=90;SAF=36;SAR=22;SRF=54;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234776;STB=0.533886;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0235911;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:90:95:58:58:0.379085:22:36:54:36:22:36:54:41 chr7 50435777 . T G 917.99 PASS AF=0.529412;AO=90;DP=170;FAO=90;FDP=170;FR=.;FRO=80;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.000310266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.053;QD=21.5998;RBI=0.0162194;REFB=-0.0232;REVB=0.0162164;RO=79;SAF=33;SAR=57;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187221;STB=0.605554;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0199091;OID=.;OPOS=50435777;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:79:80:90:90:0.529412:57:33:46:33:57:33:47:33 chr7 50436033 . A G 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00569591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.049;QD=15.0059;RBI=0.0128941;REFB=0.00545338;REVB=-0.0115679;RO=57;SAF=14;SAR=25;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196988;STB=0.611687;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00658074;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:25:14:31:26:25:14:31:26 chr7 50611735 . T C 1976.71 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164496;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1099;QD=61.2934;RBI=0.0216397;REFB=-0.126652;REVB=0.0140601;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000488284;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:0:1:128:128:0.992248:62:66:0:0:62:66:1:0 chr7 50660438 . T C 1320.77 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.186;QD=62.154;RBI=0.0273493;REFB=0;REVB=0.0265584;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44605e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr7 50673029 . T C 807.68 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422387;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.133;QD=57.6916;RBI=0.0182798;REFB=0;REVB=0.0177851;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24378e-05;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr7 51093013 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4278;QD=40.7627;RBI=0.0642803;REFB=0;REVB=0.0591458;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334165;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 51096036 . G C 747.03 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2109;QD=63.577;RBI=0.0568184;REFB=0;REVB=0.0493794;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847212;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr7 51096974 . C T 834.47 PASS AF=0.532051;AO=83;DP=156;FAO=83;FDP=156;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00172087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.925;QD=21.3966;RBI=0.0120009;REFB=-0.013523;REVB=-0.0118768;RO=73;SAF=53;SAR=30;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117349;STB=0.56436;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0178232;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:73:73:83:83:0.532051:30:53:37:36:30:53:37:36 chr7 51097063 . T G 1532.26 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.983;QD=59.5051;RBI=0.0491368;REFB=0;REVB=0.0230742;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18397e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:40:59:0:0:40:63:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTC,GTCT,GTCTTCA 2070.85 PASS AF=0,0.970149,0.0298507;AO=16,112,7;DP=135;FAO=0,130,4;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=0,79,3;FSAR=0,51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444949,0.0173272,0.0174953;FXX=0.00740686;HRUN=2,2,2;LEN=4,3,1;MLLD=215.085,241.795,122.382;QD=61.8165;RBI=0.0129519,0.0184137,0.0392647;REFB=0,0,0;REVB=-0.0121637,0.00623168,-0.0351515;RO=0;SAF=15,62,5;SAR=1,50,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0243086,0.000283909,0.0136032;OID=.,.,.;OPOS=51098570,51098568,51098573;OREF=TTCT,TCT,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTC,GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.970149,0.0298507:16,112,7:135:0,130,4:134:0:0,79,3:0,51,1:0:0:6:0:15,62,5:1,50,2:0:0 chr7 51287470 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.388;QD=58.058;RBI=0.0517975;REFB=0;REVB=0.00742834;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286864;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr7 53103371 . G T 547.06 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0414511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4637;QD=26.0503;RBI=0.101432;REFB=-0.0013733;REVB=0.0925759;RO=34;SAF=33;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125967;STB=0.568937;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00207249;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:17:33:17:17:17:33:17:17 chr7 53103382 . G T 518.76 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.031299;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.424;QD=20.3434;RBI=0.0415325;REFB=-0.0298406;REVB=0.0273006;RO=49;SAF=35;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102124;STB=0.556417;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0214749;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:49:49:53:53:0.519608:18:35:27:22:18:35:27:22 chr7 53103673 . C A 1149.03 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00705879;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.692;QD=56.0501;RBI=0.0301608;REFB=0.0401302;REVB=0.0293231;RO=4;SAF=46;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853517;STB=0.504515;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000111113;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:82:4:4:78:78:0.95122:32:46:2:2:32:46:2:2 chr7 53104078 . G A 752.61 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=31;FWDB=-0.0147599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.197;QD=31.3586;RBI=0.0179538;REFB=-0.0314526;REVB=0.0102217;RO=33;SAF=10;SAR=53;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128733;STB=0.569086;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0114349;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:33:63:63:0.65625:53:10:2:31:53:10:2:31 chr7 53433863 . G A 1100.77 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.986;QD=60.316;RBI=0.062728;REFB=0;REVB=0.0106412;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04962e-05;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:30:39:0:0:30:43:0:0 chr7 53557935 . A C 301.99 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=74;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0594196;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.385;QD=15.6878;RBI=0.0609765;REFB=-0.015577;REVB=-0.0136911;RO=38;SAF=24;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436016;STB=0.755046;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0416012;OID=.;OPOS=53557935;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:38:42:30:35:0.454545:6:24:15:23:6:29:18:24 chr7 53557963 . A G 394.02 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0129482;FXX=0.0476134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.763;QD=19.7009;RBI=0.0144718;REFB=-0.00910806;REVB=-0.00646358;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144938;STB=0.564822;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0168377;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:40:41:38:39:0.4875:15:23:30:10:15:24:30:11 chr7 53558015 . G T 563.8 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.00568512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.642;QD=21.0766;RBI=0.00742343;REFB=-0.00520327;REVB=0.00477354;RO=50;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167318;STB=0.591603;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00512589;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:27:30:36:14:27:30:36:14 chr7 54614698 . C CG 138.93 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=101;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.111512;FXX=0.0315756;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.1871;QD=6.04054;RBI=0.138103;REFB=-0.0254309;REVB=0.081471;RO=60;SAF=10;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233832;STB=0.561766;STBP=0.332;TYPE=ins;VARB=0.0195223;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:30:101:40:92:52:15:25:25:27:99:60:10:20:32:28 chr7 55214348 . C T 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00256933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5956;QD=18.4378;RBI=0.00357426;REFB=0.00316454;REVB=-0.00248473;RO=29;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619243;STB=0.534582;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00249951;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:15:14:12:17:15:14:12:17 chr7 55238087 . C T 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0138604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.482;QD=25.7159;RBI=0.0198218;REFB=0.000182036;REVB=0.0141702;RO=38;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155688;STB=0.584983;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-6.10157e-05;OID=.;OPOS=55238087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:29:24:25:13:29:24:25:13 chr7 55266417 . T C 346.77 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0072827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.668;QD=14.6007;RBI=0.00756997;REFB=-0.00564687;REVB=-0.00206561;RO=57;SAF=18;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556205;STB=0.531545;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00981603;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:20:18:30:27:20:18:30:27 chr7 55459563 . A G 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0109724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.297;QD=24.4929;RBI=0.0321095;REFB=-0.00766942;REVB=0.0301765;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00300361;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:6:9:15:6:6:9 chr7 55468966 . G A 489.92 PASS AF=0.559524;AO=46;DP=83;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00153122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.051;QD=23.3293;RBI=0.0200548;REFB=0.0133031;REVB=-0.0199962;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548026;STB=0.525104;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00805572;OID=.;OPOS=55468966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:37:46:47:0.559524:23:23:16:21:24:23:16:21 chr7 55499058 . A G 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.982;QD=62.3423;RBI=0.0390271;REFB=0;REVB=0.0361997;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157675;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr7 55629723 . A G 152.94 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0100421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0866;QD=11.9953;RBI=0.0105859;REFB=0.00646408;REVB=0.00334922;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151123;STB=0.58814;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0137975;OID=.;OPOS=55629723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:12:21:9:9:12:21 chr7 55750390 . A G 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.233;QD=62.4652;RBI=0.0197962;REFB=0;REVB=-0.00130488;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05937e-05;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr7 56007576 . C T 83.05 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0583174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2355;QD=9.491;RBI=0.0870937;REFB=-0.00557525;REVB=-0.0646868;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430506;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116311;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:11:13:6:5:11:13 chr7 56079282 . TAAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC 76.74 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=2,4;DP=14;FAO=6,7;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.531692,-0.14169;FXX=0.0713776;HRUN=15,15;LEN=2,1;MLLD=3.2679,226.577;QD=23.6116;RBI=0.533305,0.14267;REFB=-0.172001,-0.0285084;REVB=-0.0414505,-0.0166894;RO=1;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0538375,0.00053426;OID=.,.;OPOS=56079283,56079293;OREF=AA,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.538462:2,4:14:6,7:13:0:0,2:6,5:0:0:26:1:0,1:2,3:0:1 chr7 56087374 . C T 97.54 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0166767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8867;QD=5.13353;RBI=0.0218284;REFB=0.00278985;REVB=0.0140844;RO=57;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489364;STB=0.803961;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00451089;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:57:60:16:16:0.210526:3:13:24:33:3:13:26:34 chr7 56087379 . T C 106.23 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0047398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.622;QD=5.44748;RBI=0.0171486;REFB=-0.00632283;REVB=-0.0164806;RO=61;SAF=13;SAR=4;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38928;STB=0.74544;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0317658;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:4:13:28:33:4:13:28:33 chr7 56087399 . G A 96.8 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0169612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.237;QD=4.96411;RBI=0.0171743;REFB=0.00116482;REVB=0.00269677;RO=62;SAF=11;SAR=5;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330302;STB=0.708864;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00295837;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:5:11:26:36:5:11:26:36 chr7 56087409 . G A 59.26 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=-0.0654396;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1914;QD=3.43511;RBI=0.0674142;REFB=-0.000486781;REVB=0.0161967;RO=54;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193085;STB=0.623161;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.021005;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:71:69:54:58:11:11:0.15942:5:6:21:33:5:6:23:35 chr7 56087423 . G A 52.9 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00134433;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.94;QD=3.1585;RBI=0.0511586;REFB=-0.00782221;REVB=-0.0511409;RO=56;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323951;STB=0.512475;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.055643;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:56:57:10:10:0.149254:6:4:21:35:6:4:22:35 chr7 56087465 . G A 56.05 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0187836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6662;QD=3.61598;RBI=0.0364823;REFB=0.00453413;REVB=0.0312751;RO=50;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990097;STB=0.580488;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0397046;OID=.;OPOS=56087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:50:52:10:10:0.16129:5:5:21:29:5:5:21:31 chr7 56087474 . A G 41.38 PASS AF=0.129032;AO=7;DP=61;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0130431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3325;QD=2.66992;RBI=0.0141698;REFB=-0.000735624;REVB=0.00553729;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510509;STB=0.578313;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00409467;OID=.;OPOS=56087474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:62:53:54:7:8:0.129032:4:3:25:28:5:3:25:29 chr7 56088780 . G A 75.02 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=-0.0197812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.249;QD=2.83089;RBI=0.0435067;REFB=-0.00082803;REVB=-0.0387496;RO=90;SAF=7;SAR=8;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138539;STB=0.589147;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00667333;OID=.;OPOS=56088780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:106:106:90:91:15:15:0.141509:8:7:52:38:8:7:52:39 chr7 56088786 . A T 116.66 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0146123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.324;QD=4.40228;RBI=0.0384351;REFB=-0.00189382;REVB=-0.0355491;RO=86;SAF=10;SAR=10;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589654;STB=0.537698;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0105717;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:86:86:20:20:0.188679:10:10:47:39:10:10:47:39 chr7 56088789 . G A 117.81 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.00243746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.546;QD=4.48805;RBI=0.0516403;REFB=0.00322068;REVB=-0.0515828;RO=82;SAF=10;SAR=10;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617209;STB=0.5333;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0126868;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:82:85:20:20:0.190476:10:10:45:37:10:10:46:39 chr7 56088811 . T C 127.52 PASS AF=0.198198;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=111;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00411509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.63;QD=4.59524;RBI=0.0055989;REFB=0.0012907;REVB=0.00379653;RO=88;SAF=11;SAR=11;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143827;STB=0.5045;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00624216;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:88:89:22:22:0.198198:11:11:45:43:11:11:45:44 chr7 56088825 . T A 149.79 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=108;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0104396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.802;QD=5.54773;RBI=0.0276797;REFB=-0.00355725;REVB=0.0256356;RO=84;SAF=12;SAR=12;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044887;STB=0.527755;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0133077;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:84:84:24:24:0.222222:12:12:45:39:12:12:45:39 chr7 56088902 . C T 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0106797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.425;QD=10.3775;RBI=0.0129932;REFB=-0.026809;REVB=0.00740044;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914017;STB=0.553376;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0367891;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:14:11:26:24:14:11:26:24 chr7 56088907 . GC CT 191.46 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=62;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0383638;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.734;QD=12.9805;RBI=0.0385259;REFB=-0.0254333;REVB=-0.0035308;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160818;STB=0.564899;STBP=0.464;TYPE=mnp;VARB=0.0309747;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:30:35:22:23:0.389831:12:10:9:21:12:11:13:22 chr7 56136260 . C A 1887.62 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.128;QD=61.386;RBI=0.0519586;REFB=0;REVB=0.0505232;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8299e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:123:0:0:117:123:1:44:73:0:0:47:76:0:0 chr7 56155400 . G A 739.86 PASS AF=0.503311;AO=75;DP=149;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0299617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.927;QD=19.599;RBI=0.0381134;REFB=0.00250052;REVB=0.0235569;RO=74;SAF=36;SAR=39;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635061;STB=0.503144;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00189442;OID=.;OPOS=56155400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:74:75:75:76:0.503311:39:36:35:39:40:36:36:39 chr7 56174115 . A C 788.12 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532424;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.07;QD=57.3178;RBI=0.060056;REFB=0;REVB=0.0277844;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002723;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr7 56879552 . T C 523.86 PASS AF=0.357542;AO=62;DP=177;FAO=64;FDP=179;FR=.;FRO=115;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=77;FSRR=38;FWDB=-0.0153735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.847;QD=11.7064;RBI=0.0305218;REFB=-0.010703;REVB=-0.0263673;RO=115;SAF=42;SAR=20;SRF=77;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101684;STB=0.509534;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0181906;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:115:115:62:64:0.357542:20:42:77:38:22:42:77:38 chr7 57188016 . A G 78.66 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0468977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.796;QD=14.983;RBI=0.0469521;REFB=-0.0614125;REVB=0.00225895;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308745;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0294835;OID=.;OPOS=57188016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:5:5:8:2:5:6 chr7 57188362 . C A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00450613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.345;QD=16.8983;RBI=0.0402986;REFB=-0.017742;REVB=0.0400458;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157971;STB=0.590739;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0275474;OID=.;OPOS=57188362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:7:2:4:6:7:2 chr7 57188718 . T C 545.52 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00026884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7022;QD=17.1818;RBI=0.00660425;REFB=-0.0288736;REVB=-0.00659878;RO=69;SAF=36;SAR=22;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419427;STB=0.523367;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0371134;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:22:36:40:29:22:36:40:29 chr7 57238635 . G A 1004.52 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201258;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7869;QD=59.0891;RBI=0.00279503;REFB=0;REVB=-0.00193952;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662334;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:28:40:0:0 chr7 57242225 . T C 505.53 PASS AF=0.546512;AO=40;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0013223;FXX=0.0114929;HRUN=8;LEN=1;MLLD=210.863;QD=23.513;RBI=0.0120925;REFB=-0.0163146;REVB=0.01202;RO=21;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243625;STB=0.609253;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0151121;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:21:34:40:47:0.546512:25:15:16:5:30:17:21:13 chr7 57257162 . A C 1539.53 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.407;QD=59.7877;RBI=0.0238807;REFB=0;REVB=0.00980136;RO=0;SAF=58;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51103e-05;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:45:58:0:0:45:58:0:0 chr7 57528996 . GT G,GC 85.92 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,7;DP=9;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151237,0.00175334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.57,283.658;QD=38.1856;RBI=0.0217462,0.0391059;REFB=0,0;REVB=0.0216936,0.0390666;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0356099,0.000719721;OID=.,.;OPOS=57528997,57528997;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:2,7:9:2,7:9:0:0,4:2,3:0:0:8:0:0,4:2,3:0:0 chr7 57529392 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2886;QD=44.6882;RBI=0.135763;REFB=0;REVB=0.0365096;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00701437;OID=.;OPOS=57529392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 63225803 . T A 365.92 PASS AF=0.409524;AO=41;DP=103;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0469431;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.55;QD=13.9397;RBI=0.0511283;REFB=-0.0533262;REVB=-0.0202594;RO=58;SAF=15;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160661;STB=0.601964;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0585289;OID=.;OPOS=63225803;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:58:62:41:43:0.409524:26:15:30:28:28:15:32:30 chr7 63225842 . A T 474.27 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0198893;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2115;QD=17.5655;RBI=0.0542992;REFB=-0.00696722;REVB=-0.0505254;RO=56;SAF=18;SAR=33;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144146;STB=0.576279;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00976068;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:56:57:51:51:0.472222:33:18:28:28:33:18:28:29 chr7 63529956 . G A 205.81 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0433184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.098;QD=23.5207;RBI=0.0447611;REFB=-0.0356196;REVB=-0.0112725;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154021;STB=0.58612;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0363078;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:8:12:6:9:8:12:6:9 chr7 63537849 . G A 640.9 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00387606;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.877;QD=25.8949;RBI=0.00465004;REFB=-0.000332176;REVB=0.00256887;RO=42;SAF=28;SAR=29;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806711;STB=0.544055;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00026185;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:42:42:57:57:0.575758:29:28:25:17:29:28:25:17 chr7 63565953 . A C 189.22 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0169943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.304;QD=13.0495;RBI=0.0319489;REFB=-0.0121798;REVB=0.0270541;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204071;STB=0.624892;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0227842;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:14:9:20:14:14:9:21:14 chr7 63566387 . A ATGT 301.96 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00172204;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.23;QD=14.5522;RBI=0.00680324;REFB=0.00381987;REVB=0.00658169;RO=51;SAF=24;SAR=9;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363895;STB=0.680124;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=-0.00303719;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409639:33:85:34:83:49:24:10:20:29:99:51:24:9:20:31 chr7 63568887 . A ATAACT 53.81 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.043351;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=250.762;QD=2.65732;RBI=0.0590645;REFB=-0.0159011;REVB=-0.0401163;RO=71;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181816;STB=0.646777;STBP=0.33;TYPE=ins;VARB=0.0742853;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135802:11:83:11:81:70:8:3:40:30:53:71:8:3:42:29 chr7 63570733 . T C 225.14 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.044501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.786;QD=15.2638;RBI=0.0447034;REFB=-0.00544651;REVB=0.00424922;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160372;STB=0.590958;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00627023;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:15:18:10:16:15:18 chr7 63572047 . A G 191.0 PASS AF=0.384615;AO=22;DP=62;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00592997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.771;QD=11.7539;RBI=0.0132902;REFB=-0.0240603;REVB=0.0118939;RO=40;SAF=22;SAR=0;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.814126;STB=0.789284;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0542755;OID=.;OPOS=63572047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:40:40:22:25:0.384615:0:22:21:19:3:22:21:19 chr7 63679733 . A G 1535.75 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=94;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0080489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.357;QD=62.6835;RBI=0.0857505;REFB=-0.103294;REVB=0.085372;RO=1;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119999;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000168189;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:98:1:1:92:97:0.989796:39:53:0:1:44:53:0:1 chr7 63680098 . CC TA 258.25 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00771796;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=144.838;QD=28.6948;RBI=0.0230545;REFB=0.00214781;REVB=-0.0217242;RO=13;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130913;STB=0.572454;STBP=0.249;TYPE=mnp;VARB=-0.00132318;OID=.;OPOS=63680098;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:13:13:23:23:0.638889:8:15:6:7:8:15:6:7 chr7 63680133 . T A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0426572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.496;QD=11.016;RBI=0.0436924;REFB=-0.0229667;REVB=-0.00945458;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236241;STB=0.639808;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0367601;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:18:10:8:6:18:10 chr7 63796744 . T C 943.08 PASS AF=0.573248;AO=90;DP=157;FAO=90;FDP=157;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.019559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.847;QD=24.0275;RBI=0.0352504;REFB=-0.00420289;REVB=0.0293263;RO=67;SAF=41;SAR=49;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874786;STB=0.547592;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00278823;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:67:67:90:90:0.573248:49:41:38:29:49:41:38:29 chr7 63808867 . C A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0408901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.771;QD=7.3213;RBI=0.044344;REFB=-0.00892163;REVB=-0.0171579;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.035562;OID=.;OPOS=63808867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:12:14:6:6:0.3:3:3:5:7:3:3:7:7 chr7 63981563 . A G 243.86 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0152496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5575;QD=23.225;RBI=0.0579111;REFB=-0.00274581;REVB=0.0558673;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289003;STB=0.516115;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00343649;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:15:8:6:13:15:8:6:13 chr7 64152353 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.443;QD=51.1846;RBI=0.0665392;REFB=0;REVB=0.0575014;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434019;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 64168205 . C A 488.32 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.0331498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.007;QD=15.3801;RBI=0.0423762;REFB=-0.0098764;REVB=-0.0263975;RO=72;SAF=16;SAR=38;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375387;STB=0.713382;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0244406;OID=.;OPOS=64168205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:72:73:54:54:0.425197:38:16:48:24:38:16:49:24 chr7 64168806 . T C 68.1 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0232003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.629;QD=14.3376;RBI=0.0266974;REFB=-0.0204997;REVB=-0.0132097;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166059;STB=0.599746;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0239246;OID=.;OPOS=64168806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:1:8:8:2:1:8:8:2 chr7 64169019 . G A 450.65 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548593;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.283;QD=58.1479;RBI=0.0765893;REFB=0;REVB=0.0534451;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685389;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr7 64254901 . T C 300.73 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8513;QD=50.1219;RBI=0.0641113;REFB=-0.15464;REVB=0.0587486;RO=1;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040116;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:24:1:0:20:24:1:3:17:0:1:4:20:0:0 chr7 64291333 . T A 1205.82 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0211278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.041;QD=57.4198;RBI=0.0223966;REFB=-0.0186356;REVB=-0.00743118;RO=3;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423394;STB=0.522382;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=8.66103e-05;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:32:49:0:3:32:49:0:3 chr7 64291987 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0381156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9981;QD=26.461;RBI=0.045902;REFB=0.0109572;REVB=-0.0255771;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257637;STB=0.642018;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00925756;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:14:4:15:11:14:4 chr7 64291991 . T A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.548;QD=63.2868;RBI=0.01017;REFB=0;REVB=-0.00307433;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62212e-06;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 64389089 . A C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00851949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4761;QD=17.378;RBI=0.0613812;REFB=-0.0199616;REVB=0.0607871;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355197;STB=0.691913;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0218719;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:2:9:4:5:2:9:5:5 chr7 64438667 . G A 370.7 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.369;QD=52.9573;RBI=0.00283597;REFB=-0.117706;REVB=-0.00253963;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102418;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:10:17:0:1:11:17:0:0 chr7 64451699 . T C 1695.66 PASS AF=0.966387;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=64;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00466823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.099;QD=56.9971;RBI=0.0146343;REFB=-0.069225;REVB=0.0138697;RO=4;SAF=64;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202779;STB=0.51041;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00588372;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:114:115:0.966387:50:64:1:3:51:64:1:3 chr7 64451963 . T C 1007.79 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00810122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.802;QD=59.2815;RBI=0.0435377;REFB=0;REVB=0.0427773;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158242;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:19:48:0:0:20:48:0:0 chr7 64452738 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00645926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.328;QD=21.6304;RBI=0.00985925;REFB=-0.0199896;REVB=0.00744868;RO=24;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481689;STB=0.5267;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.017545;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:12:18:13:11:12:18:13:11 chr7 64452830 . C T 1743.24 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285819;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.678;QD=61.1663;RBI=0.0285867;REFB=0;REVB=0.000525186;RO=0;SAF=74;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557315;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:113:114:1:39:74:0:0:40:74:0:0 chr7 64453136 . G A 483.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.154;QD=58.5698;RBI=0.0176268;REFB=0;REVB=0.00677818;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9751e-05;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:8:24:0:0:9:24:0:0 chr7 64453615 . T C 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.645;QD=62.6486;RBI=0.0653008;REFB=0;REVB=0.0509546;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430979;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr7 64453634 . G A 660.73 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.215;QD=55.0608;RBI=0.0561622;REFB=-0.114811;REVB=0.0545597;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.505701;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0030778;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:48:1:3:44:45:0.9375:18:26:0:1:19:26:2:1 chr7 64863392 . C T 114.45 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0246921;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.609;QD=6.9361;RBI=0.0253997;REFB=-0.035182;REVB=-0.00595332;RO=49;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123687;STB=0.507551;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0448006;OID=.;OPOS=64863392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:49:49:17:17:0.257576:12:5:14:35:12:5:14:35 chr7 64864607 . G A 390.41 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0010458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.643;QD=19.0441;RBI=0.00296198;REFB=-0.0137106;REVB=-0.00277121;RO=41;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100213;STB=0.549246;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0124811;OID=.;OPOS=64864607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:21:19:24:17:21:19:24:18 chr7 64864800 . A G 340.57 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0294902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9498;QD=23.4874;RBI=0.0849395;REFB=0.00446244;REVB=0.0796558;RO=23;SAF=7;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143415;STB=0.573608;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00113795;OID=.;OPOS=64864800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:27:7:8:15:27:7:8:16 chr7 64864894 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00314241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4372;QD=21.7443;RBI=0.0334761;REFB=0.00730046;REVB=-0.0333283;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135139;STB=0.575663;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.00845706;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:2:9:10:5:2:9 chr7 64864912 . A C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00525664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.381;QD=12.0517;RBI=0.00663815;REFB=-0.00949052;REVB=-0.00405373;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325655;STB=0.701206;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0102473;OID=.;OPOS=64864912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:4:9:8:1:4:9 chr7 64865118 . A G 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00527462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.619;QD=26.6544;RBI=0.0054136;REFB=-0.0148715;REVB=0.00121879;RO=19;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137161;STB=0.575295;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00742414;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:22:11:10:9:22:11:10:9 chr7 64865280 . G A 892.1 PASS AF=0.562092;AO=85;DP=152;FAO=86;FDP=153;FR=.;FRO=67;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0154933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.121;QD=23.3228;RBI=0.0156972;REFB=-0.00189527;REVB=0.00252172;RO=67;SAF=51;SAR=34;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100753;STB=0.503342;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0015796;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:67:67:85:86:0.562092:34:51:41:26:34:52:41:26 chr7 65279676 . A T 849.37 PASS AF=0.421525;AO=94;DP=223;FAO=94;FDP=223;FR=.;FRO=129;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=0.00353448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.786;QD=15.2353;RBI=0.0476517;REFB=-0.0152353;REVB=-0.0475205;RO=129;SAF=65;SAR=29;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134326;STB=0.575265;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0218476;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:129:129:94:94:0.421525:29:65:74:55:29:65:74:55 chr7 65279757 . A T 342.86 PASS AF=0.318471;AO=38;DP=147;FAO=50;FDP=157;FR=.;FRO=107;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=0.00816179;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.782;QD=8.73526;RBI=0.00831449;REFB=-0.0116164;REVB=-0.00158619;RO=93;SAF=25;SAR=13;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213815;STB=0.633738;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0226752;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:93:107:38:50:0.318471:13:25:45:48:17:33:50:57 chr7 65425894 . A G 952.92 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2161;QD=56.8909;RBI=0.0196144;REFB=0.0454999;REVB=0.00368008;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00138395;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:30:35:1:0:31:35:1:0 chr7 65429359 . G A 486.41 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0130078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.238;QD=18.8897;RBI=0.0174499;REFB=-0.0038801;REVB=-0.0116317;RO=52;SAF=22;SAR=29;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097975;STB=0.55426;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00390547;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:52:51:51:0.495146:29:22:28:24:29:22:28:24 chr7 65552792 . A T 156.31 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0182319;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.406;QD=15.2495;RBI=0.0187677;REFB=-0.014652;REVB=-0.00445253;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836578;STB=0.548137;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0156621;OID=.;OPOS=65552792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:8:16:10:7:8:16 chr7 65557564 . C T 463.37 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00684173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.919;QD=21.8057;RBI=0.00835609;REFB=-0.0142928;REVB=-0.00479738;RO=39;SAF=29;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942589;STB=0.547148;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0139251;OID=.;OPOS=65557564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:16:29:21:18:16:29:22:18 chr7 65579987 . C G 246.28 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0134479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8047;QD=17.5917;RBI=0.126849;REFB=-0.00934497;REVB=-0.126134;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811688;STB=0.552807;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00671277;OID=.;OPOS=65579987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:12:15:18:10:12:15:19:10 chr7 65617284 . G A 205.33 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0305092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0025;QD=14.6663;RBI=0.0336161;REFB=-0.0494973;REVB=0.0141149;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167666;STB=0.617551;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0744508;OID=.;OPOS=65617284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:25:24:0.428571:14:11:19:12:14:10:20:12 chr7 65842543 . C CAT,T 662.29 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=38,4;DP=50;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=25,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262794,0.0295169;FXX=0.0652032;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=209.176,57.6019;QD=61.6083;RBI=0.0283388,0.0382486;REFB=0,0;REVB=0.0282167,0.0243251;RO=7;SAF=15,0;SAR=23,4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0528476,-0.722124;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0070475,0.0376178;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:50:43:7:0:38,4:40,3:0.930233,0.0697674:23,4:15,0:4:3:25,3:15,0:0:0 chr7 65842545 . T C 639.46 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00709834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4705;QD=55.6052;RBI=0.0151805;REFB=-0.0439294;REVB=0.0134187;RO=3;SAF=15;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850856;STB=0.545433;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.019152;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:28:15:3:0:28:15:3:0 chr7 65860213 . T G,TAGAG 812.67 PASS AF=0.0833333,0.9;AO=5,53;DP=60;FAO=5,54;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=4,26;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130071,-0.0153482;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=59.5747,284.835;QD=54.178;RBI=0.0319938,0.0181647;REFB=0.0211146,0.031116;REVB=0.0292305,0.00971541;RO=1;SAF=4,26;SAR=1,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277405,0.0171308;STB=0.66592,0.508769;STBP=0.23,0.526;TYPE=snp,ins;VARB=0.00682972,0.00249794;OID=.,.;OPOS=65860213,65860214;OREF=T,-;OALT=G,AGAG;OMAPALT=G,TAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:60:60:1:1:5,53:5,54:0.0833333,0.9:1,27:4,26:0:1:1,28:4,26:0:1 chr7 65860264 . CCATATG C,CG 551.28 PASS AF=0,1;AO=9,35;DP=47;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109975,0.000524353;FXX=0.059988;HRUN=2,2;LEN=6,5;MLLD=230.245,250.279;QD=46.9176;RBI=0.0195213,0.0370515;REFB=0,0;REVB=0.0194903,0.0370478;RO=0;SAF=5,18;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,4.26816e-05;OID=.,.;OPOS=65860265,65860265;OREF=CATATG,CATAT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,35:47:0,47:47:0:0,23:0,24:0:0:10:0:5,18:4,17:0:0 chr7 66015630 . C G 457.72 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418918;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.07;QD=55.4814;RBI=0.0648749;REFB=-0.0769562;REVB=0.0495361;RO=1;SAF=23;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198723;STB=0.510632;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000586812;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:32:32:0.969697:9:23:1:0:9:23:1:0 chr7 66104003 . C T 327.4 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0061239;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.107;QD=19.8425;RBI=0.0267381;REFB=-0.0112761;REVB=0.0260274;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139343;STB=0.589329;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.015306;OID=.;OPOS=66104003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:33:34:0.515152:17:16:20:11:18:16:21:11 chr7 66105163 . C G 333.93 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.022061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.168;QD=14.2098;RBI=0.0227856;REFB=-0.0141608;REVB=0.00570048;RO=57;SAF=8;SAR=29;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163073;STB=0.593577;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0244075;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:57:37:37:0.393617:29:8:19:38:29:8:19:38 chr7 66147057 . T C 434.88 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0468225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.545;QD=15.2588;RBI=0.0483967;REFB=-0.0211657;REVB=-0.0122432;RO=63;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387429;STB=0.513091;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0304835;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:65:49:49:0.429825:23:26:31:32:23:26:33:32 chr7 66147149 . A G 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00228282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.65;QD=9.76107;RBI=0.00768419;REFB=-0.0263481;REVB=0.00733726;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425185;STB=0.733907;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0387278;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:10:12:7:7:0.368421:1:6:5:5:1:6:7:5 chr7 66147746 . C G 442.25 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0683082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6307;QD=14.9916;RBI=0.074213;REFB=0.000289689;REVB=-0.0290095;RO=68;SAF=30;SAR=20;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119164;STB=0.566983;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00164162;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:20:30:33:35:20:30:33:35 chr7 66774604 . G C 972.7 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00554049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.721;QD=57.2178;RBI=0.022964;REFB=-0.0787956;REVB=0.0222856;RO=0;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.6764e-08;STB=0.505153;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=4.50448e-05;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:19:48:0:0:19:48:1:0 chr7 66785634 . T A 165.42 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0242091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0761;QD=14.3846;RBI=0.0985495;REFB=-0.0183922;REVB=-0.0955297;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409567;STB=0.745306;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0284384;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:3:15:13:13:3:15:14:14 chr7 68189006 . G A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.001502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.424;QD=15.0667;RBI=0.0128876;REFB=-0.0124656;REVB=-0.0127998;RO=47;SAF=24;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194156;STB=0.610425;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0151662;OID=.;OPOS=68189006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:10:24:25:22:10:24:25:22 chr7 68796377 . G A 756.74 PASS AF=0.410377;AO=86;DP=212;FAO=87;FDP=212;FR=.;FRO=125;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=71;FSRR=54;FWDB=0.00211009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.568;QD=14.2781;RBI=0.0257316;REFB=-0.0236231;REVB=-0.0256449;RO=121;SAF=37;SAR=49;SRF=67;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128943;STB=0.577076;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0338165;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:121:125:86:87:0.410377:49:37:67:54:49:38:71:54 chr7 70250396 . C A 907.47 PASS AF=0.536145;AO=89;DP=166;FAO=89;FDP=166;FR=.;FRO=77;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0158824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.225;QD=21.8667;RBI=0.0443856;REFB=0.00663202;REVB=-0.0414467;RO=76;SAF=52;SAR=37;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385492;STB=0.518412;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0048658;OID=.;OPOS=70250396;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:76:77:89:89:0.536145:37:52:41:35:37:52:42:35 chr7 70597522 . C A 3423.35 PASS AF=1;AO=214;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689791;FXX=0.0175431;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1207;QD=61.1312;RBI=0.118431;REFB=-0.0643239;REVB=0.0962688;RO=1;SAF=125;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224956;OID=.;OPOS=70597522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:222:224:1:0:214:224:1:89:125:1:0:91:133:0:0 chr7 70597675 . T C 360.74 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0764386;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0223;QD=20.0409;RBI=0.0773454;REFB=0.00642562;REVB=0.0118086;RO=34;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842007;STB=0.553852;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.0100798;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:35:37:37:0.513889:16:21:16:18:16:21:16:19 chr7 71150706 . A T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.396;QD=64.4105;RBI=0.0340177;REFB=0;REVB=-0.0130081;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53237e-05;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr7 72312214 . A G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0087156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0312;QD=16.7274;RBI=0.00927022;REFB=0.00518639;REVB=-0.00315835;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164083;STB=0.509422;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00876013;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:14:5:4:12:14:5 chr7 72413443 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3752;QD=43.4857;RBI=0.167305;REFB=0;REVB=0.165481;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072682;OID=.;OPOS=72413443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr7 72413494 . G A 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0123217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.63;QD=3.76548;RBI=0.0125896;REFB=-0.00119856;REVB=-0.00258338;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480192;STB=0.832224;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0157549;OID=.;OPOS=72413494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:5:1:16:12:5:1:17:13 chr7 72413581 . G A 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0196194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.149;QD=2.13786;RBI=0.0286325;REFB=-0.00372878;REVB=0.0208542;RO=60;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368931;STB=0.759923;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0340129;OID=.;OPOS=72413581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:60:62:8:8:0.114286:6:2:34:26:6:2:34:28 chr7 72413593 . T C 32.43 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0032817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.781;QD=1.9363;RBI=0.0198913;REFB=-0.000141078;REVB=-0.0196187;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282456;STB=0.743132;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.002507;OID=.;OPOS=72413593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:55:60:7:7:0.104478:5:2:29:26:5:2:34:26 chr7 72418963 . T C 309.28 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0165425;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8028;QD=20.9682;RBI=0.0512525;REFB=0.0173919;REVB=-0.0485094;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101953;STB=0.556459;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00851873;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:11:16:15:17:11:16 chr7 72418992 . C T 180.15 PASS AF=0.389831;AO=18;DP=54;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.116197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3656;QD=12.2137;RBI=0.12324;REFB=-0.0124348;REVB=0.0410651;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188199;STB=0.628629;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0265321;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:36:36:18:23:0.389831:11:7:20:16:15:8:20:16 chr7 72436471 . C G 104.24 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0383877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.3;QD=6.3174;RBI=0.0688432;REFB=-0.00753877;REVB=-0.0571469;RO=50;SAF=3;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416209;STB=0.761154;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0435524;OID=.;OPOS=72436471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:13:3:25:25:13:3:25:25 chr7 72738749 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.555;QD=56.1911;RBI=0.0360111;REFB=0;REVB=0.001958;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193196;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr7 72738762 . CA TG 248.35 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765896;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.386;QD=49.6694;RBI=0.0773964;REFB=0;REVB=0.0111467;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00225159;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr7 72884776 . C T 232.98 PASS AF=0.490566;AO=21;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.019871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.536;QD=17.5835;RBI=0.0929515;REFB=0.0280885;REVB=0.0908026;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241533;STB=0.569679;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0236792;OID=.;OPOS=72884776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:27:21:26:0.490566:16:5:11:13:16:10:14:13 chr7 72891754 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0211809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.638;QD=16.5623;RBI=0.0231566;REFB=-0.0162403;REVB=0.00935926;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27777;STB=0.655323;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0132218;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:23:8:15:12:23:8 chr7 72951204 . G A 286.51 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0134495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.286;QD=24.3837;RBI=0.0147193;REFB=-0.0274045;REVB=-0.00598059;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708955;STB=0.511619;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0216234;OID=.;OPOS=72951204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:18:8:6:14:18:8:6:15 chr7 73008616 . C T 364.33 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=109;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0182325;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=13.4935;RBI=0.0183409;REFB=-0.0311734;REVB=0.00199067;RO=62;SAF=25;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180561;STB=0.51693;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0595078;OID=.;OPOS=73008616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:62:65:43:43:0.398148:18:25:35:27:18:25:36:29 chr7 73020301 . T C 2121.25 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.513;QD=62.8519;RBI=0.0165214;REFB=0;REVB=-0.00838329;RO=0;SAF=75;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01178e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:133:135:1:58:75:0:0:58:77:0:0 chr7 73097238 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.040269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.112;QD=15.6996;RBI=0.0403805;REFB=-0.00747855;REVB=0.00299855;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078252;STB=0.525658;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00718929;OID=.;OPOS=73097238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:7:7:11:8:7:8:11:8 chr7 73097948 . G C 254.22 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0432174;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3399;QD=27.4829;RBI=0.095234;REFB=0.0360961;REVB=0.0848633;RO=15;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230035;STB=0.60414;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0179089;OID=.;OPOS=73097948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:14:23:23:0.621622:4:19:9:6:4:19:9:5 chr7 73108310 . T C 266.52 PASS AF=0.528302;AO=19;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0360832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5737;QD=20.115;RBI=0.050721;REFB=-0.0382483;REVB=0.0356459;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178806;STB=0.530591;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0435044;OID=.;OPOS=73108310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:19:28:0.528302:11:8:14:9:13:15:15:10 chr7 73115181 . G C 46.55 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0224073;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.6325;QD=3.87919;RBI=0.0622638;REFB=-0.0371308;REVB=0.0580922;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313878;STB=0.705265;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.154814;OID=.;OPOS=73115181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:48:48:33:39:8:8:0.166667:1:7:23:10:1:7:28:11 chr7 73147068 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0461342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.129;QD=12.097;RBI=0.0463941;REFB=-0.0128469;REVB=-0.00490399;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178141;STB=0.602335;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0316214;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:12:15:18:28:12:15:18:28 chr7 73151644 . A G 227.08 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.000759489;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.141;QD=15.3952;RBI=0.00213663;REFB=-0.00211517;REVB=-0.00199709;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156136;STB=0.581331;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00314667;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:9:17:16:16:9:17:17:16 chr7 73246461 . A G 475.58 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0201031;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.669;QD=17.7789;RBI=0.0241511;REFB=-0.015483;REVB=0.0133843;RO=56;SAF=21;SAR=30;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117646;STB=0.565384;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0139762;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:30:21:30:26:30:21:30:26 chr7 73246496 . C T 775.35 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.00223548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.597;QD=20.6761;RBI=0.0111035;REFB=-0.000820834;REVB=0.0108762;RO=75;SAF=33;SAR=42;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729372;STB=0.540182;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000662288;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:42:33:39:36:42:33:39:36 chr7 73246555 . C G 775.86 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0198137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.887;QD=20.0222;RBI=0.0218081;REFB=-0.0317164;REVB=-0.00911092;RO=76;SAF=36;SAR=43;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630849;STB=0.534677;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0300598;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:76:76:79:79:0.509677:43:36:40:36:43:36:40:36 chr7 73249165 . T A 384.71 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=74;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0250992;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4669;QD=21.3729;RBI=0.0283094;REFB=-0.0401082;REVB=0.0130941;RO=32;SAF=25;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188768;STB=0.601697;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0115029;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:32:33:38:39:0.541667:13:25:14:18:14:25:14:19 chr7 73249299 . G C 257.53 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0477253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1465;QD=13.9205;RBI=0.0571672;REFB=-0.00588542;REVB=0.0314704;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15144;STB=0.594534;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00809278;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:15:14:15:29:15:15:15:29 chr7 73254812 . T C 151.59 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0404432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5918;QD=9.18702;RBI=0.0475092;REFB=-0.0119505;REVB=-0.0249292;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528355;STB=0.534851;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0122214;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:45:21:21:0.318182:14:7:12:29:14:7:13:32 chr7 73275565 . T A 323.27 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.987;QD=53.8791;RBI=0.0242294;REFB=0;REVB=0.0167546;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024785;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr7 73279482 . T C 251.25 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.626;QD=50.2489;RBI=0.043209;REFB=0;REVB=-0.0382103;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76785e-05;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr7 73280020 . C T 216.2 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0150887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4722;QD=13.3049;RBI=0.0286284;REFB=-0.0252094;REVB=0.0243294;RO=39;SAF=20;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105429;STB=0.560698;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0398148;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:6:20:27:12:6:20:27:12 chr7 73449755 . T C 386.48 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00543473;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.273;QD=13.9273;RBI=0.0183627;REFB=-0.0166315;REVB=-0.01754;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357704;STB=0.524599;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0219638;OID=.;OPOS=73449755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:65:66:45:45:0.405405:23:22:34:31:23:22:35:31 chr7 73753250 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.486;QD=64.4149;RBI=0.0212708;REFB=0;REVB=-0.0211927;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1485e-05;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 73814749 . G C 2744.99 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2539;QD=61.6853;RBI=0.122436;REFB=0;REVB=-0.0902137;RO=2;SAF=122;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132477;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:171:178:2:0:169:178:1:47:122:2:0:47:131:0:0 chr7 73944185 . T C 383.24 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00177036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.479;QD=22.8798;RBI=0.00812108;REFB=-0.000743829;REVB=-0.00792576;RO=28;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551092;STB=0.537294;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000676974;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:19:19:16:12:19:19:17:12 chr7 73969541 . A G 220.54 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00967827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.216;QD=14.2281;RBI=0.00996257;REFB=-0.0214905;REVB=0.00236301;RO=36;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291332;STB=0.664118;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0370684;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:12:14:9:27:12:14:9:27 chr7 74193668 . G A 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0216081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.053;QD=8.40057;RBI=0.0560701;REFB=-0.00399206;REVB=-0.0517392;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.724321;STB=0.931776;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0223711;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:20:21:9:9:0.3:1:8:3:17:1:8:3:18 chr7 75051290 . C G 163.91 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0125997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.135;QD=13.3805;RBI=0.0177619;REFB=-0.0110017;REVB=-0.0125192;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135916;STB=0.579619;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0160517;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:17:14:6:12:17:14 chr7 75051311 . T C 151.45 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0967101;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.618;QD=12.3632;RBI=0.104836;REFB=-0.0166122;REVB=-0.0404685;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987987;STB=0.558305;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0305115;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:18:14:6:11:18:14 chr7 75051368 . T C 54.52 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0126968;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.643;QD=6.60886;RBI=0.0283967;REFB=-0.0083626;REVB=0.0254001;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511092;STB=0.551051;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0149247;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:33:24:25:8:8:0.242424:3:5:14:10:3:5:14:11 chr7 75441111 . G T 54.69 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00364174;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.453;QD=9.11511;RBI=0.0401264;REFB=-0.00411481;REVB=0.0399608;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.72607;STB=0.906527;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00498168;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:8:8:0.333333:7:1:13:1:7:1:13:3 chr7 75442730 . T G 1546.15 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0703;QD=63.7588;RBI=0.0632371;REFB=0;REVB=-0.0111682;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236612;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:49:46:0:0:49:48:0:0 chr7 75513062 . A G 894.97 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0554338;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.798;QD=56.8233;RBI=0.0554475;REFB=-0.0543402;REVB=0.00123253;RO=1;SAF=41;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113779;STB=0.506022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000365959;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:63:1:1:62:62:0.984127:21:41:1:0:21:41:1:0 chr7 75597545 . C T 191.7 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.020285;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.775;QD=11.4445;RBI=0.0249438;REFB=-0.0158238;REVB=0.0145158;RO=39;SAF=16;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031409;STB=0.505613;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0375753;OID=.;OPOS=75597545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:39:43:24:24:0.358209:8:16:27:12:8:16:29:14 chr7 75609677 . A G 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00503331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.945;QD=25.244;RBI=0.00523257;REFB=-8.75811e-05;REVB=-0.00143025;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155195;STB=0.585697;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=1.84737e-05;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:13:15:16:6:13:15:16:6 chr7 75614953 . T C 1738.34 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5909;QD=60.4641;RBI=0.0800357;REFB=0;REVB=0.0791353;RO=0;SAF=66;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266473;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:115:0:0:112:115:1:46:66:0:0:49:66:0:0 chr7 75615006 . C T 632.35 PASS AF=0.553571;AO=60;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0757333;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.756;QD=22.5839;RBI=0.0781102;REFB=-0.0300798;REVB=-0.0191227;RO=49;SAF=38;SAR=22;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000600593;STB=0.504309;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0307044;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:50:60:62:0.553571:22:38:31:18:23:39:31:19 chr7 75621827 . A G 699.78 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113515;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.315;QD=60.8505;RBI=0.0241494;REFB=-0.0424422;REVB=0.0213152;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000492856;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr7 75629777 . CT C,CC 1263.78 PASS AF=0.0120482,0.987952;AO=11,72;DP=83;FAO=1,82;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=1,50;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188579,0.0179501;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.836,246.685;QD=60.905;RBI=0.0506659,0.0502799;REFB=0,0;REVB=0.0470256,0.0469666;RO=0;SAF=5,46;SAR=6,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00508432,0.00327832;OID=.,.;OPOS=75629778,75629778;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0120482,0.987952:11,72:83:1,82:83:0:1,50:0,32:0:0:3:0:5,46:6,26:0:0 chr7 75630274 . T C 235.54 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0498633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.988;QD=15.9691;RBI=0.100814;REFB=-0.0225353;REVB=0.0876188;RO=32;SAF=19;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102514;STB=0.544007;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0311619;OID=.;OPOS=75630274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:32:32:24:27:0.457627:5:19:23:9:6:21:23:9 chr7 75643089 . G A 671.96 PASS AF=0.59;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.00147243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.136;QD=26.8785;RBI=0.00390077;REFB=-0.0329049;REVB=0.0036122;RO=41;SAF=43;SAR=16;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202177;STB=0.511032;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.02175;OID=.;OPOS=75643089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:41:41:59:59:0.59:16:43:29:12:16:43:29:12 chr7 75659815 . T C 867.58 PASS AF=0.517857;AO=86;DP=169;FAO=87;FDP=168;FR=.;FRO=81;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.00479368;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.475;QD=20.6567;RBI=0.0172544;REFB=-0.00813761;REVB=0.0165751;RO=80;SAF=53;SAR=33;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169795;STB=0.597984;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00781932;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:80:81:86:87:0.517857:33:53:34:46:33:54:34:47 chr7 75677504 . C T 673.65 PASS AF=0.608247;AO=58;DP=96;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0663586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3396;QD=27.7795;RBI=0.0666081;REFB=-0.0419407;REVB=0.00576002;RO=37;SAF=15;SAR=43;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105169;STB=0.546131;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0330794;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:37:38:58:59:0.608247:43:15:14:23:43:16:14:24 chr7 75716765 . C T 230.16 PASS AF=0.308511;AO=27;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00269357;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.609;QD=9.79384;RBI=0.00414822;REFB=-0.0157777;REVB=-0.00315474;RO=65;SAF=17;SAR=10;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130411;STB=0.584556;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0229156;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:65:65:27:29:0.308511:10:17:34:31:10:19:35:30 chr7 75716781 . G A 639.06 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00502735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.879;QD=25.8204;RBI=0.0112122;REFB=-0.0338983;REVB=0.0100219;RO=42;SAF=34;SAR=23;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390536;STB=0.521351;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.030125;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:23:34:23:19:23:34:23:19 chr7 75716789 . C A 176.96 PASS AF=0.25;AO=25;DP=101;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00356905;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.319;QD=7.07836;RBI=0.0164487;REFB=-0.00356433;REVB=-0.0160569;RO=76;SAF=16;SAR=9;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144617;STB=0.592517;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00886967;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:76:75:25:25:0.25:9:16:40:36:9:16:39:36 chr7 75716799 . A G 146.64 PASS AF=0.222222;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=99;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00200795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.31;QD=5.92464;RBI=0.0509933;REFB=-0.00234565;REVB=-0.0509538;RO=75;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106146;STB=0.556228;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00692374;OID=.;OPOS=75716799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:75:77:22:22:0.222222:9:13:38:37:9:13:40:37 chr7 75716804 . G A 130.39 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0106539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.561;QD=5.06373;RBI=0.0222559;REFB=-0.00597624;REVB=-0.0195402;RO=82;SAF=12;SAR=9;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752062;STB=0.547441;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.025226;OID=.;OPOS=75716804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:82:82:21:21:0.203883:9:12:42:40:9:12:42:40 chr7 75716832 . C T 117.75 PASS AF=0.2;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=95;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0443352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.867;QD=4.95787;RBI=0.0507899;REFB=-0.0088883;REVB=-0.024779;RO=74;SAF=11;SAR=8;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116463;STB=0.563407;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.017428;OID=.;OPOS=75716832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:74:76:19:19:0.2:8:11:36:38:8:11:38:38 chr7 75716842 . G A 74.42 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00575337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7055;QD=3.34456;RBI=0.0334334;REFB=-0.014562;REVB=-0.0329346;RO=74;SAF=7;SAR=7;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016918;STB=0.51683;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.031603;OID=.;OPOS=75716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:74:75:14:14:0.157303:7:7:36:38:7:7:36:39 chr7 75716846 . C G 67.3 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0325386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.207;QD=3.13029;RBI=0.0359568;REFB=0.00184596;REVB=-0.0153012;RO=72;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306934;STB=0.52684;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00144567;OID=.;OPOS=75716846;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:72:73:13:13:0.151163:7:6:35:37:7:6:36:37 chr7 76029695 . C T 1563.63 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.178409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.068;QD=56.8592;RBI=0.178439;REFB=-0.180689;REVB=-0.00322907;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.503875;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00163863;OID=.;OPOS=76029695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:110:0:1:106:109:0.990909:45:61:0:0:45:64:1:0 chr7 76069811 . T C 1208.7 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.982;QD=61.2002;RBI=0.0324332;REFB=0;REVB=0.0288978;RO=0;SAF=21;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50541e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:57:21:0:0:57:22:0:0 chr7 76111835 . G A 2335.25 PASS AF=0.987261;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.139;QD=59.4969;RBI=0.0246683;REFB=-0.027458;REVB=0.000836694;RO=1;SAF=96;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799471;STB=0.501611;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.000271952;OID=.;OPOS=76111835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:1:2:155:155:0.987261:59:96:0:1:59:96:1:1 chr7 76112060 . C T 728.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.499;QD=56.0035;RBI=0.0572112;REFB=0;REVB=0.0287158;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:52:0:0:47:52:1:25:22:0:0:27:25:0:0 chr7 76131645 . A G 1108.49 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000356996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.284;QD=57.5839;RBI=0.0487558;REFB=-0.0794728;REVB=-0.0487545;RO=2;SAF=52;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111141;STB=0.505876;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.000121124;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:23:52:1:1:23:52:1:1 chr7 76131695 . A G 1293.3 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.593;QD=59.4621;RBI=0.0130588;REFB=-0.179482;REVB=-0.000386382;RO=0;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505232;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00117954;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:0:2:85:85:0.977011:26:59:0:0:26:59:1:1 chr7 76144455 . A C 1263.68 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.079;QD=61.6429;RBI=0.022183;REFB=0;REVB=0.014961;RO=0;SAF=19;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71022e-06;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:62:19:0:0:62:20:0:0 chr7 76144560 . T C 370.76 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.12;QD=54.9278;RBI=0.129823;REFB=0;REVB=0.0154149;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663209;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:21:5:0:0:21:6:0:0 chr7 76239503 . G C,GC 326.15 PASS AF=0,1;AO=2,24;DP=32;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618,-0.030257;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=14.8469,14.5818;QD=40.7687;RBI=0.0895448,0.0451936;REFB=0,0;REVB=-0.0647998,-0.0335705;RO=4;SAF=0,17;SAR=2,7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.569412,0.136501;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000421957;OID=.,.;OPOS=76239503,76239504;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:32:32:4:0:2,24:0,32:0,1:2,7:0,17:1:3:0,13:0,19:0:0 chr7 76240785 . CA C 1004.18 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6443;QD=59.0692;RBI=0.00978318;REFB=0;REVB=-0.00593627;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.72118e-06;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:68:68:68:0:45:23:0:0:5:0:44:21:0:0 chr7 76240888 . A G 1179.88 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.127;QD=59.741;RBI=0.0600588;REFB=0;REVB=0.0440022;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203324;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:72:79:1:29:43:0:0:35:44:0:0 chr7 76885769 . A G 106.29 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0801948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8505;QD=11.8103;RBI=0.080355;REFB=-0.011003;REVB=0.00507122;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269149;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.056226;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:23:13:13:0.361111:5:8:7:13:5:8:9:14 chr7 76891485 . A G 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.009773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.403;QD=19.2111;RBI=0.0174317;REFB=-0.0124961;REVB=-0.0144344;RO=40;SAF=31;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2527;STB=0.642007;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0111648;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:8:31:23:17:8:31:23:17 chr7 77033937 . A G 302.08 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0118717;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=309.39;QD=14.3846;RBI=0.0119843;REFB=-0.0115943;REVB=-0.00163861;RO=24;SAF=15;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106481;STB=0.529394;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0149438;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:84:24:50:32:34:0.404762:17:15:8:16:18:16:26:24 chr7 77035392 . T C 594.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.675;QD=60.9558;RBI=0.0414666;REFB=0;REVB=0.0379673;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64153e-05;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr7 77053084 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0354415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.91;QD=12.7379;RBI=0.0443829;REFB=0.0387195;REVB=0.0267159;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0185876;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:3:5:5:4:3:5:5:5 chr7 77247821 . G A 1078.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6924;QD=59.9314;RBI=0.0651937;REFB=0;REVB=-0.0506022;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29504e-05;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr7 77256713 . A G 245.11 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532637;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.525;QD=51.6018;RBI=0.0549267;REFB=0;REVB=0.0134136;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144595;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 77552127 . G A 770.5 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140209;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.327;QD=64.2082;RBI=0.0159667;REFB=0;REVB=0.00763863;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40375e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:27:21:0:0 chr7 77648575 . G A 145.18 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0165492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.064;QD=7.16912;RBI=0.0350682;REFB=-0.000504686;REVB=-0.0309177;RO=60;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875826;STB=0.553141;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00164364;OID=.;OPOS=77648575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:9:12:30:30:9:12:30:30 chr7 77648671 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9268;QD=33.4284;RBI=0.0664144;REFB=0;REVB=0.0303721;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00750269;OID=.;OPOS=77648671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 77756580 . T C 339.76 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00993614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.628;QD=15.4437;RBI=0.0169043;REFB=-0.018664;REVB=-0.0136759;RO=51;SAF=19;SAR=18;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117662;STB=0.566282;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0306368;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:18:19:32:19:18:19:32:19 chr7 77756724 . C T 483.58 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.000993879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.467;QD=20.7989;RBI=0.00226989;REFB=-0.0370595;REVB=0.00204074;RO=46;SAF=28;SAR=19;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116039;STB=0.563964;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0349658;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:19:28:33:13:19:28:33:13 chr7 80374342 . A G 2120.63 PASS AF=0.978723;AO=136;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0221939;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7509;QD=60.1597;RBI=0.0311838;REFB=-0.0072059;REVB=0.0219058;RO=3;SAF=68;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205075;STB=0.510637;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000439808;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:3:3:136:138:0.978723:68:68:3:0:69:69:3:0 chr7 80374438 . T C 673.75 PASS AF=0.609524;AO=63;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0220252;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.845;QD=25.6667;RBI=0.0242516;REFB=0.000471704;REVB=0.0101505;RO=38;SAF=23;SAR=40;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603546;STB=0.516368;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000192791;OID=.;OPOS=80374438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:41:63:64:0.609524:40:23:17:21:40:24:17:24 chr7 80378319 . G C 666.62 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00145006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.726;QD=19.3222;RBI=0.0305894;REFB=-0.0197781;REVB=-0.030555;RO=71;SAF=37;SAR=30;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010496;STB=0.505801;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0202541;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:30:37:40:31:30:37:40:31 chr7 80962963 . A T 4023.99 PASS AF=0.985019;AO=262;DP=268;FAO=263;FDP=267;FR=.;FRO=4;FSAF=148;FSAR=115;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00028345;FXX=0.0037312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.95;QD=60.2844;RBI=0.000903401;REFB=-0.179809;REVB=0.000857782;RO=1;SAF=147;SAR=115;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00323228;STB=0.506666;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=8.96165e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:268:267:1:4:262:263:0.985019:115:147:1:0:115:148:4:0 chr7 82435033 . C T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=0.00153482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.39;QD=15.4185;RBI=0.0321726;REFB=-0.0290213;REVB=0.0321359;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150197;STB=0.584241;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0354606;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:11:18:28:9:11:18:28:9 chr7 82453708 . A C 490.61 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00844728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.95;QD=22.3002;RBI=0.0115079;REFB=-0.0239219;REVB=0.00781513;RO=41;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247145;STB=0.513613;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0195538;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:22:25:23:18:22:25:23:18 chr7 82455895 . A G 370.06 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00597402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.838;QD=19.7363;RBI=0.0178515;REFB=-0.00198099;REVB=-0.0168222;RO=37;SAF=21;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624859;STB=0.53465;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00232843;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:17:21:23:14:17:21:23:14 chr7 82544987 . A G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.187;QD=59.8538;RBI=0.0572562;REFB=0;REVB=0.0351271;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253736;OID=.;OPOS=82544987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr7 82581488 . T TTCA 359.61 PASS AF=0.875;AO=24;DP=33;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00542582;FXX=0;HRUN=5;LEN=3;MLLD=321.946;QD=44.9516;RBI=0.0128495;REFB=-0.0126369;REVB=0.0116477;RO=5;SAF=14;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717003;STB=0.518855;STBP=0.665;TYPE=ins;VARB=0.00147549;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875:24:33:28:32:4:17:11:3:1:19:5:14:10:4:1 chr7 82582846 . C T 294.57 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00321599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.276;QD=17.5861;RBI=0.0152104;REFB=-0.0104381;REVB=-0.0148666;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108118;STB=0.551335;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0121012;OID=.;OPOS=82582846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:15:17:22:12:15:17:22:13 chr7 82764425 . C G 670.9 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.008463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.613;QD=62.409;RBI=0.058159;REFB=0;REVB=0.0575399;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139465;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:39:43:1:20:19:0:0:24:19:0:0 chr7 82784832 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3952;QD=39.2066;RBI=0.0340733;REFB=0;REVB=-0.0309396;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916843;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr7 83023587 . TAC T 993.23 PASS AF=1;AO=56;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531357;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.884;QD=59.2971;RBI=0.133736;REFB=0;REVB=0.122727;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000289804;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:64:67:67:0:22:45:0:0:5:0:20:36:0:0 chr7 83029438 . C T 1794.8 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128632;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.38;QD=59.3323;RBI=0.0129588;REFB=-0.0111901;REVB=-0.00157083;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506943;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00050434;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:121:0:2:117:119:0.983471:69:48:0:0:71:48:0:2 chr7 83034754 . T A 1492.04 PASS AF=0.990291;AO=95;DP=96;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00716831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.965;QD=57.9435;RBI=0.00880338;REFB=-0.0411038;REVB=-0.00511027;RO=1;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129888;STB=0.506492;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=9.0046e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:103:1:1:95:102:0.990291:36:59:0:1:38:64:0:1 chr7 83037751 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.893;QD=57.8848;RBI=0.0594405;REFB=0;REVB=0.0498387;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88018e-05;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr7 83590852 . T C 619.79 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.587;QD=59.0273;RBI=0.040461;REFB=-0.0624453;REVB=-0.0110064;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000844838;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:0:1 chr7 83606518 . G A 990.4 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.817;QD=59.1282;RBI=0.0400053;REFB=0;REVB=0.00393324;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24625e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr7 83636676 . G C 202.18 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=-0.020077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0327;QD=8.16882;RBI=0.0252336;REFB=-0.0131619;REVB=-0.0152855;RO=72;SAF=19;SAR=8;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523994;STB=0.531445;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0262143;OID=.;OPOS=83636676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:72:27:27:0.272727:8:19:48:24:8:19:48:24 chr7 84628989 . T G 359.42 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00287739;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.185;QD=13.8238;RBI=0.00849641;REFB=-0.0227304;REVB=-0.00799435;RO=58;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207792;STB=0.611219;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0323403;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:62:42:42:0.403846:13:29:29:29:13:29:32:30 chr7 86415987 . C T 72.91 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0621446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1221;QD=20.8324;RBI=0.0929771;REFB=-0.0137751;REVB=0.0691578;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338781;STB=0.691926;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0162201;OID=.;OPOS=86415987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:5:0:5:4:5:0 chr7 86574221 . C T 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0129712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.175;QD=1.9828;RBI=0.0206295;REFB=0.00276394;REVB=0.0160413;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118783;STB=0.588826;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0683812;OID=.;OPOS=86574221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:4:4:39:26:4:4:39:26 chr7 86800351 . A G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.239;QD=57.3824;RBI=0.0368545;REFB=0;REVB=0.024975;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43909e-05;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr7 87082292 . G A 383.14 PASS AF=0.368;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=20;FWDB=-0.0127008;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.312;QD=12.2606;RBI=0.0132947;REFB=-0.00354751;REVB=0.0039291;RO=78;SAF=28;SAR=18;SRF=59;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180461;STB=0.595399;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00940665;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:78:79:46:46:0.368:18:28:59:19:18:28:59:20 chr7 87138645 . A G 505.51 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-5.2517e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8969;QD=20.2205;RBI=0.00248427;REFB=-0.000523062;REVB=0.00248372;RO=51;SAF=28;SAR=21;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164017;STB=0.590872;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00051626;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:21:28:20:31:21:28:20:31 chr7 87160618 . A C 439.0 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00898674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.526;QD=19.0868;RBI=0.00910636;REFB=-0.0122333;REVB=-0.00147112;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018742;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:48:43:44:0.478261:22:21:24:24:22:22:24:24 chr7 87179601 . A G 295.33 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00733919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.665;QD=17.8989;RBI=0.0332181;REFB=-0.01812;REVB=0.0323972;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404696;STB=0.513505;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0166192;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:18:14:13:20:18:14:14:20 chr7 87229501 . T C 836.52 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0448043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1286;QD=55.7682;RBI=0.073593;REFB=-0.0296872;REVB=-0.0583824;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00184686;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:0:1:31:28:0:1 chr7 87913361 . C T 1080.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3241;QD=60.0297;RBI=0.0476523;REFB=0;REVB=-0.0476362;RO=0;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356559;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:23:49:0:0:23:49:0:0 chr7 88423881 . T C 286.11 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00323351;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.6;QD=17.8816;RBI=0.0236954;REFB=0.00361909;REVB=0.0234738;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517179;STB=0.519987;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00309975;OID=.;OPOS=88423881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:33:31:31:0.484375:12:19:17:11:12:19:19:14 chr7 88424041 . C T 144.7 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.00761898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.468;QD=5.12195;RBI=0.0775418;REFB=0.00307769;REVB=-0.0771666;RO=89;SAF=9;SAR=15;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110996;STB=0.569417;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.0136566;OID=.;OPOS=88424041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:89:89:24:24:0.212389:15:9:41:48:15:9:41:48 chr7 88956699 . A G 4055.9 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.819;QD=62.3984;RBI=0.0498981;REFB=0;REVB=0.0427254;RO=0;SAF=148;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25163e-05;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:260:0:0:260:260:1:112:148:0:0:112:148:0:0 chr7 88963039 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0564499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.845;QD=49.5988;RBI=0.0573666;REFB=0;REVB=0.0102146;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433478;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 88964000 . C T 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.496;QD=60.9577;RBI=0.00480447;REFB=0;REVB=0.0041294;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23763e-05;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr7 88964195 . G GA 1029.06 PASS AF=0.960396;AO=11;DP=105;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0581567;FXX=0.0194156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=221.783;QD=40.7548;RBI=0.0583304;REFB=-0.0937568;REVB=0.00449832;RO=93;SAF=6;SAR=5;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073175;STB=0.520404;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=0.00129959;OID=.;OPOS=88964196;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.960396:11:105:97:101:4:50:47:0:4:4:93:6:5:45:48 chr7 88964196 . T A 1270.67 PASS AF=0.895238;AO=94;DP=105;FAO=94;FDP=105;FR=.;FRO=11;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00654338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.242;QD=48.4065;RBI=0.0153555;REFB=-0.0578946;REVB=0.0138915;RO=7;SAF=45;SAR=49;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682506;STB=0.516518;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00176182;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:105:105:7:11:94:94:0.895238:49:45:7:0:49:45:7:4 chr7 89790477 . AG A 707.4 PASS AF=0.424581;AO=76;DP=187;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.00500528;FXX=0.0427785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.276;QD=15.8079;RBI=0.00909118;REFB=-0.011307;REVB=0.00758925;RO=108;SAF=39;SAR=37;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737822;STB=0.528798;STBP=0.491;TYPE=del;VARB=0.0151771;OID=.;OPOS=89790478;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424581:76:187:76:179:103:39:37:58:45:99:108:39:37:63:45 chr7 89797144 . G T 2235.2 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.355;QD=63.41;RBI=0.0418039;REFB=0;REVB=0.0248087;RO=0;SAF=119;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78218e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:21:119:0:0:22:119:0:0 chr7 89856608 . C T 503.57 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0622417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.551;QD=15.9863;RBI=0.0671701;REFB=-0.00465639;REVB=-0.0252545;RO=71;SAF=29;SAR=26;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940898;STB=0.552529;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00440231;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:26:29:44:27:26:29:44:27 chr7 89861890 . G T 468.68 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590773;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5248;QD=58.5852;RBI=0.0608443;REFB=0;REVB=-0.0145568;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181716;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr7 89866845 . G T 434.55 PASS AF=0.350993;AO=52;DP=150;FAO=53;FDP=151;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0228376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.966;QD=11.5113;RBI=0.0410329;REFB=-0.0218907;REVB=-0.0340903;RO=96;SAF=28;SAR=24;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821227;STB=0.504156;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.033989;OID=.;OPOS=89866845;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:96:98:52:53:0.350993:24:28:51:45:24:29:53:45 chr7 89881239 . G C 785.15 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285531;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.195;QD=57.1021;RBI=0.0108228;REFB=0;REVB=-0.0104394;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89932e-06;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:16:38:0:0:16:39:0:0 chr7 89906609 . C T 378.53 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.000724865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.04;QD=16.4579;RBI=0.00899009;REFB=-0.00333095;REVB=-0.00896082;RO=51;SAF=13;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313323;STB=0.525535;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00682806;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:27:13:18:33:27:13:19:33 chr7 89912301 . G A 864.38 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161962;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5044;QD=57.6254;RBI=0.0341729;REFB=0;REVB=0.0341345;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227135;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:14:45:0:0:15:45:0:0 chr7 89933362 . G A 396.6 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0481571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8601;QD=15.1085;RBI=0.0649077;REFB=-0.0232964;REVB=-0.043519;RO=58;SAF=29;SAR=16;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117979;STB=0.51396;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0225169;OID=.;OPOS=89933362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:60:45:45:0.428571:16:29:38:20:16:29:40:20 chr7 89937168 . G A 198.44 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0341143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.765;QD=13.9254;RBI=0.0346287;REFB=-0.0229068;REVB=-0.00594631;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244828;STB=0.502207;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0252738;OID=.;OPOS=89937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:12:11:15:18:13:11:15:18 chr7 89938588 . C G 1189.23 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5143;QD=60.9864;RBI=0.0817111;REFB=0;REVB=0.0633309;RO=2;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000984043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087402;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:2:0:75:78:1:36:39:1:1:37:41:0:0 chr7 89939427 . T C 316.56 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0426891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.916;QD=12.4142;RBI=0.0428336;REFB=0.000260849;REVB=0.00351432;RO=64;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226638;STB=0.512947;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.000113441;OID=.;OPOS=89939427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:20:18:29:35:20:18:29:35 chr7 89982132 . T C 402.02 PASS AF=0.711538;AO=35;DP=50;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0108089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.962;QD=30.9242;RBI=0.0124821;REFB=-0.00567373;REVB=-0.0062426;RO=15;SAF=25;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129551;STB=0.519221;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00248887;OID=.;OPOS=89982132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:15:15:35:37:0.711538:10:25:11:4:12:25:11:4 chr7 89983808 . T G 208.74 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00124721;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.261;QD=12.8455;RBI=0.0326388;REFB=-0.0118401;REVB=0.0326149;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262119;STB=0.532442;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0174944;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:40:40:23:25:0.384615:8:15:26:14:10:15:26:14 chr7 90014408 . G A 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.074621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6753;QD=21.3758;RBI=0.0781562;REFB=-0.0110966;REVB=-0.0232401;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176566;STB=0.598765;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0126553;OID=.;OPOS=90014408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:12:11:15:7:12:11:15:7 chr7 90043304 . C T 286.59 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00580888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.123;QD=13.3298;RBI=0.00711149;REFB=0.00107775;REVB=0.00410246;RO=52;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129822;STB=0.580736;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00291566;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:53:33:33:0.383721:21:12:25:27:21:12:26:27 chr7 90043314 . C T 1160.18 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188061;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.13;QD=61.062;RBI=0.0194809;REFB=0;REVB=-0.00508303;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32229e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr7 90044945 . G A 552.24 PASS AF=0.47541;AO=58;DP=122;FAO=58;FDP=122;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0302317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1959;QD=18.1061;RBI=0.0302765;REFB=0.00753096;REVB=0.00164699;RO=64;SAF=40;SAR=18;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691581;STB=0.538448;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.012207;OID=.;OPOS=90044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:64:64:58:58:0.47541:18:40:40:24:18:40:40:24 chr7 90236415 . A G 888.77 PASS AF=0.928571;AO=64;DP=69;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00402976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.779;QD=50.7869;RBI=0.0295702;REFB=-0.138759;REVB=0.0292943;RO=5;SAF=38;SAR=26;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293652;STB=0.515919;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00310906;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:69:70:5:5:64:65:0.928571:26:38:4:1:27:38:4:1 chr7 90838866 . G A 373.61 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0272012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.637;QD=23.3508;RBI=0.0287065;REFB=-0.0208136;REVB=-0.00917389;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569102;STB=0.538046;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0180496;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:20:17:10:16:20:17:10:17 chr7 90838869 . G C 361.59 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0207464;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7717;QD=22.9581;RBI=0.023625;REFB=-0.0148666;REVB=-0.0113015;RO=27;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588241;STB=0.532356;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0144556;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:20:16:10:17:20:16:10:17 chr7 90896830 . A AC 141.55 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=35;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0235549;FXX=0.0571265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.306;QD=17.1579;RBI=0.0375956;REFB=-0.0180425;REVB=0.0293018;RO=30;SAF=4;SAR=0;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570182;STB=0.636249;STBP=0.036;TYPE=ins;VARB=0.00576139;OID=.;OPOS=90896831;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:4:35:22:33:11:11:11:10:1:58:30:4:0:18:12 chr7 90896831 . T C 221.52 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00777518;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.601;QD=26.0615;RBI=0.0259622;REFB=-0.0066928;REVB=0.0247705;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328989;STB=0.668364;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00249277;OID=.;OPOS=90896831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:20:21:0.617647:11:9:12:1:11:10:12:1 chr7 90897731 . A C 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.000223421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.218;QD=9.85697;RBI=0.0219657;REFB=-0.00764109;REVB=0.0219646;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984177;STB=0.557733;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0170976;OID=.;OPOS=90897731;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:26:15:9:11:26:15 chr7 91503228 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.110764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1073;QD=20.4853;RBI=0.121955;REFB=0.00926992;REVB=-0.0510311;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574843;STB=0.823103;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00734141;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:11:0:11:3:11:0 chr7 91503384 . G C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00608353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.057;QD=18.4438;RBI=0.0590566;REFB=0.00547979;REVB=-0.0587425;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.533271;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00447328;OID=.;OPOS=91503384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:6:3:3:8:6:3 chr7 91599825 . A C 140.01 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0196661;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.828;QD=19.312;RBI=0.0198211;REFB=-0.0120128;REVB=-0.00247386;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333241;STB=0.690557;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.008403;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:9:5:11:4:9:5 chr7 91630620 . G T 100.22 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00243708;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.063;QD=11.7901;RBI=0.0230283;REFB=-0.013721;REVB=0.022899;RO=20;SAF=0;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.787579;STB=0.693872;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0321223;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:20:20:11:14:0.411765:11:0:10:10:11:3:10:10 chr7 91632306 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.477;QD=56.9382;RBI=0.00907481;REFB=0;REVB=0.00208862;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91475e-05;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr7 91641928 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00182853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.666;QD=10.2403;RBI=0.0216649;REFB=-0.00206253;REVB=0.0215876;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321602;STB=0.68933;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00191907;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:15:4:5:5:15:4 chr7 91652178 . A AAAC,C 205.01 PASS AF=0.442308,0;AO=23,2;DP=57;FAO=23,0;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=16,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=2.1972e-05,0.0329639;FXX=0.0877039;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=249.712,129.02;QD=15.7701;RBI=0.0109355,0.0329645;REFB=-0.0094561,-0.0100956;REVB=-0.0109355,0.000208718;RO=32;SAF=16,2;SAR=7,0;SRF=16;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.211665,0.447722;STB=0.62622,0.5;STBP=0.12,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0120719,0;OID=.,.;OPOS=91652179,91652178;OREF=-,A;OALT=AAC,C;OMAPALT=AAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:52:32:29:23,2:23,0:0.442308,0:7,0:16,2:16:16:7,0:16,0:14:15 chr7 91670852 . A C 419.4 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0370659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7556;QD=25.809;RBI=0.0602059;REFB=0.0113784;REVB=0.0474434;RO=25;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02471;STB=0.513507;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00717719;OID=.;OPOS=91670852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:19:21:14:11:19:21:14:11 chr7 91691601 . C T 156.72 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.005;QD=9.6445;RBI=0.0304753;REFB=-0.00911493;REVB=0.00408682;RO=44;SAF=11;SAR=9;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187017;STB=0.623962;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0189493;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:44:20:21:0.323077:9:11:31:13:10:11:31:13 chr7 91712698 . A G 344.6 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0101148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.545;QD=19.1442;RBI=0.0129679;REFB=-0.0143232;REVB=-0.00811522;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499017;STB=0.527762;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0131847;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:19:17:19:17:19:17:19:17 chr7 91713972 . C T 543.42 PASS AF=0.475;AO=56;DP=119;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.024362;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.827;QD=18.1139;RBI=0.0499515;REFB=-0.0185173;REVB=-0.0436078;RO=61;SAF=33;SAR=23;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138417;STB=0.570775;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0195994;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:61:63:56:57:0.475:23:33:27:34:24:33:28:35 chr7 91714911 . C T 1866.32 PASS AF=0.984;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00797785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.127;QD=59.7221;RBI=0.00809317;REFB=0.0337672;REVB=-0.00136133;RO=2;SAF=79;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469846;STB=0.502473;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.000410624;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:123:123:0.984:44:79:1:1:44:79:1:1 chr7 91715662 . C T 360.76 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0340191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.948;QD=17.5979;RBI=0.0340196;REFB=0.00551593;REVB=0.000195692;RO=44;SAF=7;SAR=30;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320084;STB=0.684833;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00856577;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:30:7:20:24:31:7:20:24 chr7 91726927 . A C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0326199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.801;QD=15.2619;RBI=0.053616;REFB=-0.0175804;REVB=0.0425513;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0299212;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:8:8:8:5:8:8 chr7 91732038 . TGGGGGGGCA TGGGGGGCA,TGGGGGGCAT,TGGGGGGCGA 90.7 PASS AF=0.323944,0.0704225,0.0422535;AO=22,3,4;DP=73;FAO=23,5,3;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=9,0,3;FSAR=14,5,0;FSRF=32;FSRR=8;FWDB=0.0961986,0.0047409,-0.0261662;FXX=0.0405351;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,2;MLLD=6.78913,131.62,102.723;QD=5.10966;RBI=0.200196,0.0263572,0.0593183;REFB=-0.169253,-0.020281,-0.0320603;REVB=-0.175569,-0.0259273,-0.0532353;RO=30;SAF=7,0,4;SAR=15,3,0;SRF=26;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.514016,-0.755915,0.493103;STB=0.743343,0.998845,0.994617;STBP=0.003,0,0.292;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.190685,0.122183,0.0603121;OID=.,.,.;OPOS=91732039,91732045,91732045;OREF=G,GCA,GC;OALT=-,CAT,CG;OMAPALT=TGGGGGGCA,TGGGGGGCAT,TGGGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323944,0.0704225,0.0422535:22,3,4:73:23,5,3:71:40:9,0,3:14,5,0:32:8:46:30:7,0,4:15,3,0:26:4 chr7 91743150 . A G 210.76 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00836187;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.314;QD=14.0505;RBI=0.0109069;REFB=0.00670925;REVB=0.00700289;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566489;STB=0.563708;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00438346;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:35:24:25:0.416667:13:11:15:22:13:12:13:22 chr7 91774220 . C T 383.27 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0460552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8903;QD=14.6007;RBI=0.0603197;REFB=-0.0054542;REVB=-0.0389537;RO=61;SAF=24;SAR=20;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988433;STB=0.555531;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00554014;OID=.;OPOS=91774220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:20:24:39:22:20:24:39:22 chr7 91779242 . G A 252.67 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0495083;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.271;QD=12.4776;RBI=0.0510735;REFB=-0.00437157;REVB=-0.0125472;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734333;STB=0.534861;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0107627;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:51:30:30:0.37037:16:14:20:30:16:14:21:30 chr7 91779971 . T G 583.7 PASS AF=0.577778;AO=36;DP=97;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0853628;FXX=0.0816243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5995;QD=25.9422;RBI=0.0882819;REFB=-0.0248664;REVB=-0.0225139;RO=22;SAF=7;SAR=29;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673597;STB=0.513883;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0245513;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:90:22:38:36:52:0.577778:29:7:3:19:37:15:12:26 chr7 92027906 . C A 222.21 PASS AF=0.424242;AO=23;DP=61;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0639092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8769;QD=13.4673;RBI=0.0640331;REFB=-0.0280292;REVB=-0.00398065;RO=37;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297297;STB=0.691513;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0540883;OID=.;OPOS=92027906;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:37:38:23:28:0.424242:9:14:12:25:9:19:13:25 chr7 92029302 . G A 579.74 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00233739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.653;QD=20.3419;RBI=0.0365254;REFB=0.0113354;REVB=-0.0364506;RO=55;SAF=39;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918616;STB=0.550688;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0203552;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:20:39:31:24:20:39:31:24 chr7 92131289 . G T 1020.49 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.04;QD=59.1587;RBI=0.0491493;REFB=0;REVB=0.00536478;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50149e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:24:44:0:0:24:45:0:0 chr7 92166194 . G A 286.07 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0746618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9059;QD=15.675;RBI=0.0756062;REFB=-0.0304017;REVB=0.0119127;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102189;STB=0.53823;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0353882;OID=.;OPOS=92166194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:39:41:32:32:0.438356:19:13:12:27:19:13:14:27 chr7 92236829 . A G 468.94 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0205204;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9399;QD=22.8749;RBI=0.03495;REFB=-0.0177571;REVB=0.0282917;RO=37;SAF=24;SAR=21;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506655;STB=0.527857;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0176644;OID=.;OPOS=92236829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:21:24:22:15:21:24:22:15 chr7 92243347 . A G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.000958454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.007;QD=7.89729;RBI=0.0157075;REFB=-0.00716663;REVB=0.0156783;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128122;STB=0.580157;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0206239;OID=.;OPOS=92243347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:3:8:19:11:3:8:19:11 chr7 92600509 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.469;QD=62.9827;RBI=0.0570558;REFB=0;REVB=0.0491697;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019318;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr7 93054827 . C CTCTT 254.11 PASS AF=0.37037;AO=28;DP=90;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0156088;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.167;QD=12.5488;RBI=0.0444781;REFB=-0.0140961;REVB=-0.0416494;RO=56;SAF=25;SAR=3;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565248;STB=0.800964;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0179451;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:28:90:30:81:51:26:4:24:27:99:56:25:3:27:29 chr7 93054884 . AAT A,ATT 42.42 PASS AF=0.129032,0;AO=15,8;DP=108;FAO=12,0;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.181679,-0.0346113;FXX=0.0312467;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=25.8259,22.7165;QD=1.82464;RBI=0.190225,0.0346166;REFB=-0.0299446,0.00717633;REVB=-0.0563755,-0.000608994;RO=72;SAF=9,6;SAR=6,2;SRF=32;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.193872,0.348284;STB=0.559043,0.5;STBP=0.685,1;TYPE=del,snp;VARB=0.151996,0;OID=.,.;OPOS=93054885,93054885;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.129032,0:15,8:108:12,0:93:81:6,0:6,0:35:46:43:72:9,6:6,2:32:40 chr7 93055344 . T G 185.58 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0111361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6668;QD=13.7468;RBI=0.0495072;REFB=0.0297371;REVB=-0.0482385;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655579;STB=0.537701;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0527411;OID=.;OPOS=93055344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:7:15:20:12:7:15:20:12 chr7 93055650 . G A 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0211018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0605;QD=16.8624;RBI=0.0238714;REFB=0.000664604;REVB=0.0111604;RO=52;SAF=22;SAR=19;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158705;STB=0.588634;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.000814127;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:19:22:36:16:19:22:36:16 chr7 93055753 . A G 1026.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.787;QD=59.4936;RBI=0.0397612;REFB=0;REVB=0.032652;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108127;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:30:36:0:0:30:39:0:0 chr7 93070867 . AG A 30.62 PASS AF=0.2;AO=3;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0248094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.493;QD=4.08277;RBI=0.0279064;REFB=-0.0180539;REVB=0.0127774;RO=25;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650786;STB=0.632921;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.0694915;OID=.;OPOS=93070868;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:3:28:6:30:24:3:3:8:16:30:25:3:0:8:17 chr7 93070870 . GAA GA,G,GAG 136.29 PASS AF=0.678571,0.107143,0.214286;AO=14,4,6;DP=28;FAO=19,3,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1,3;FSAR=13,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.192603,-0.110525,-0.0143674;FXX=0;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.93401,7.90495,273.022;QD=19.47;RBI=0.330078,0.175644,0.0393678;REFB=0.0428185,0.0511871,0.0188342;REVB=-0.268059,-0.13651,-0.0366524;RO=2;SAF=5,1,3;SAR=9,3,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0908241,0.210252,0.215133;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.109578,0.0071191,0.0156507;OID=.,.,.;OPOS=93070871,93070871,93070872;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.678571,0.107143,0.214286:14,4,6:28:19,3,6:28:0:6,1,3:13,2,3:0:0:38:2:5,1,3:9,3,3:0:2 chr7 93515993 . T G 533.63 PASS AF=0.846154;AO=42;DP=51;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0152925;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=142.279;QD=41.0483;RBI=0.0167988;REFB=-0.00235535;REVB=-0.00695258;RO=4;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344875;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:51:52:4:8:42:44:0.846154:22:20:2:2:22:22:4:4 chr7 93623458 . A G 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00741885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.007;QD=10.4165;RBI=0.0109754;REFB=-0.00728823;REVB=0.00808823;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403436;STB=0.52354;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0158525;OID=.;OPOS=93623458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:18:27:13:10:18:27 chr7 94027699 . T C 1635.81 PASS AF=0.437186;AO=173;DP=393;FAO=174;FDP=398;FR=.;FRO=224;FSAF=115;FSAR=59;FSRF=108;FSRR=116;FWDB=0.00990343;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.596;QD=16.4403;RBI=0.0168499;REFB=-0.0229834;REVB=-0.0136323;RO=219;SAF=114;SAR=59;SRF=103;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196537;STB=0.604669;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0278898;OID=.;OPOS=94027699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:398:219:224:173:174:0.437186:59:114:103:116:59:115:108:116 chr7 94028427 . G A 446.56 PASS AF=0.401575;AO=50;DP=126;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.000697374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.272;QD=14.0649;RBI=0.000732689;REFB=-0.0175667;REVB=-0.000224729;RO=75;SAF=38;SAR=12;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28734;STB=0.654882;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0298877;OID=.;OPOS=94028427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:75:76:50:51:0.401575:12:38:39:36:13:38:39:37 chr7 94030899 . T C 2198.75 PASS AF=0.463115;AO=226;DP=489;FAO=226;FDP=488;FR=.;FRO=262;FSAF=155;FSAR=71;FSRF=202;FSRR=60;FWDB=0.00957908;FXX=0.00408155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.284;QD=18.0226;RBI=0.0105989;REFB=-0.00997476;REVB=-0.0045362;RO=260;SAF=155;SAR=71;SRF=200;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982057;STB=0.555218;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0109133;OID=.;OPOS=94030899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:488:260:262:226:226:0.463115:71:155:200:60:71:155:202:60 chr7 94038934 . C T 3367.5 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115504;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9264;QD=62.0738;RBI=0.0151978;REFB=-0.00479429;REVB=-0.00987734;RO=1;SAF=100;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26396e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:1:0:217:217:1:117:100:0:1:117:100:0:0 chr7 94039032 . C T 2337.82 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.209;QD=60.7227;RBI=0.0203859;REFB=0;REVB=-0.017928;RO=0;SAF=86;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.13789e-06;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:67:86:0:0:67:87:0:0 chr7 94041937 . A C 234.87 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00212091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.537;QD=15.4012;RBI=0.0153939;REFB=-0.0150114;REVB=0.0152471;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775006;STB=0.552365;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0240593;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:11:15:17:17:11:16:17:17 chr7 94043239 . C G 1196.83 PASS AF=0.932584;AO=82;DP=89;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0312756;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=307.178;QD=53.7903;RBI=0.0327786;REFB=-0.123349;REVB=0.00981171;RO=4;SAF=45;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402508;STB=0.530605;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000501968;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:89:4:6:82:83:0.932584:37:45:4:0:37:46:6:0 chr7 94047050 . G T 647.95 PASS AF=0.503876;AO=64;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.0475365;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7012;QD=20.0914;RBI=0.0566172;REFB=-0.0509661;REVB=0.0307538;RO=64;SAF=40;SAR=24;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447031;STB=0.527622;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0499974;OID=.;OPOS=94047050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:64:65:0.503876:24:40:37:27:24:41:37:27 chr7 94173803 . T C 661.33 PASS AF=0.463576;AO=70;DP=151;FAO=70;FDP=151;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.00231763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=340.48;QD=17.5187;RBI=0.00552627;REFB=-0.00700387;REVB=0.0050168;RO=80;SAF=39;SAR=31;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00695398;STB=0.500862;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00845594;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:81:70:70:0.463576:31:39:44:36:31:39:45:36 chr7 94174854 . T C 725.88 PASS AF=0.443182;AO=78;DP=176;FAO=78;FDP=176;FR=.;FRO=98;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=35;FWDB=0.00603876;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9684;QD=16.4972;RBI=0.141541;REFB=-0.00629703;REVB=0.141412;RO=97;SAF=30;SAR=48;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251057;STB=0.641897;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182467;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:97:98:78:78:0.443182:48:30:62:35:48:30:63:35 chr7 94185235 . A T 210.57 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=70;FAO=26;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.142519;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.888;QD=11.6984;RBI=0.143157;REFB=-0.0190558;REVB=-0.0134939;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137954;STB=0.520909;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0336762;OID=.;OPOS=94185235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:30:46:24:26:0.361111:11:13:12:18:11:15:28:18 chr7 94185888 . G A 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0405797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.408;QD=14.734;RBI=0.0417337;REFB=-0.0183909;REVB=0.00974665;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272114;STB=0.655053;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0175857;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:19:8:20:16:19:8:20:16 chr7 94273994 . A G 317.01 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00192912;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4226;QD=15.0957;RBI=0.0105521;REFB=0.00424887;REVB=0.0103743;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420867;STB=0.502381;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00565867;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:49:35:35:0.416667:17:18:25:24:17:18:25:24 chr7 94294682 . C A 722.49 PASS AF=0.490196;AO=74;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.0192945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3432;QD=18.8887;RBI=0.02183;REFB=0.00130504;REVB=0.0102114;RO=78;SAF=38;SAR=36;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831053;STB=0.548949;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0012201;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:74:75:0.490196:36:38:47:31:37:38:47:31 chr7 94295146 . T C 343.56 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=-0.00800223;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.477;QD=13.6063;RBI=0.0130303;REFB=-0.0122397;REVB=-0.0102836;RO=62;SAF=30;SAR=10;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555139;STB=0.522569;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0178609;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:61:40:40:0.39604:10:30:44:18:10:30:44:17 chr7 94295225 . T C 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.00851684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.104;QD=3.14447;RBI=0.00959153;REFB=-0.00262503;REVB=-0.00441145;RO=67;SAF=3;SAR=9;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418048;STB=0.781372;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0202217;OID=.;OPOS=94295225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:9:3:40:27:9:3:40:27 chr7 94295587 . C T 224.57 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0412141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9479;QD=17.6136;RBI=0.0511135;REFB=-0.0137724;REVB=-0.0302322;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520842;STB=0.529387;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0137372;OID=.;OPOS=94295587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:15:12:12:12:15:12 chr7 94296769 . T C 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.257;QD=57.435;RBI=0.0668505;REFB=-0.0205071;REVB=0.0630155;RO=1;SAF=47;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995023;STB=0.505262;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000538546;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:20:47:1:0:20:47:1:0 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTTTTTTG,GTTTTTTGT,TGTTTTTTG 788.39 PASS AF=1,0,0;AO=75,9,5;DP=108;FAO=107,0,0;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=77,0,0;FSAR=30,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119192,-0.120762,-0.0761413;FXX=0.0272702;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,2;MLLD=9.45205,11.6563,9.78611;QD=29.4727;RBI=0.172684,0.171308,0.0842997;REFB=0.0045387,-0.00366854,-0.0121688;REVB=-0.172272,-0.121503,-0.0361793;RO=5;SAF=52,9,5;SAR=23,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0148957,0.779824,0.706441;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-6.49365e-05,0,0;OID=.,.,.;OPOS=94297294,94297300,94297293;OREF=T,TG,GT;OALT=-,GT,TG;OMAPALT=GTTTTTTG,GTTTTTTGT,TGTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:107:5:0:75,9,5:107,0,0:1,0,0:23,0,0:52,9,5:4:1:30,0,0:77,0,0:0:0 chr7 94298237 . TACAG T 731.26 PASS AF=0.685393;AO=58;DP=88;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0195727;FXX=0.0430061;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.934;QD=32.8654;RBI=0.0196043;REFB=-0.0187597;REVB=0.00111384;RO=25;SAF=31;SAR=27;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527917;STB=0.541362;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.00993079;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.685393:58:88:61:89:28:32:29:11:17:99:25:31:27:11:14 chr7 95213059 . G A 156.27 PASS AF=0.227273;AO=12;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0232089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.836;QD=9.47066;RBI=0.0232122;REFB=-0.01811;REVB=0.000388722;RO=41;SAF=11;SAR=1;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466902;STB=0.566303;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0249501;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:66:66:41:44:12:15:0.227273:1:11:27:14:4:11:29:15 chr7 95213953 . A C 315.65 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00183507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.748;QD=17.5358;RBI=0.020747;REFB=-0.0213071;REVB=0.0206657;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233549;STB=0.630605;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0234047;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:13:21:14:24:13:21:14:24 chr7 95214911 . T C 451.49 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.00448809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.271;QD=17.1996;RBI=0.0203377;REFB=-0.00585279;REVB=-0.0198363;RO=56;SAF=25;SAR=24;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12774;STB=0.570955;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00810394;OID=.;OPOS=95214911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:24:25:36:20:24:25:36:20 chr7 95216394 . T G 329.9 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0161563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7232;QD=18.3275;RBI=0.115584;REFB=0.0256096;REVB=0.114449;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158832;STB=0.588756;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0262166;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:17:20:13:22:17:20 chr7 95216421 . G A 339.39 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00182818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.986;QD=20.5689;RBI=0.00485294;REFB=-0.00979448;REVB=-0.00449542;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128852;STB=0.571388;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0067255;OID=.;OPOS=95216421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:20:15:18:13:20:15:18:13 chr7 95668664 . C A 2075.17 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300142;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.478;QD=61.0344;RBI=0.0584884;REFB=-0.03997;REVB=-0.0502001;RO=2;SAF=75;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00169255;STB=0.50089;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000106777;OID=.;OPOS=95668664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:136:2:2:134:134:0.985294:59:75:1:1:59:75:1:1 chr7 95800820 . T C 177.1 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00386061;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.853;QD=13.8901;RBI=0.00822521;REFB=0.000206463;REVB=-0.0072629;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231656;STB=0.636227;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000983165;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:30:20:21:0.411765:6:14:13:14:6:15:15:15 chr7 97488569 . A T 1357.49 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.273;QD=62.4135;RBI=0.0849285;REFB=0;REVB=0.0845831;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129538;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:35:51:0:0:36:51:0:0 chr7 97822115 . T A 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00315881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.053;QD=12.785;RBI=0.00336043;REFB=-0.000284285;REVB=0.00114649;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175585;STB=0.510067;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.000445692;OID=.;OPOS=97822115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:23:20:13:14:23:20 chr7 97822210 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0174868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.198;QD=13.8305;RBI=0.0175367;REFB=-0.00094601;REVB=-0.00132121;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262698;STB=0.650416;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00177018;OID=.;OPOS=97822210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:18:21:8:19:18:21 chr7 97847040 . G A 240.46 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0568984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8126;QD=21.3743;RBI=0.0683618;REFB=-0.0153591;REVB=0.0378934;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682641;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0209419;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:22:23:23:0.511111:17:6:4:16:17:6:6:16 chr7 97852399 . G A 2105.15 PASS AF=0.5;AO=208;DP=445;FAO=218;FDP=436;FR=.;FRO=218;FSAF=94;FSAR=124;FSRF=130;FSRR=88;FWDB=0.0186265;FXX=0.0396467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.081;QD=19.3133;RBI=0.0270908;REFB=-0.025343;REVB=0.0196715;RO=211;SAF=85;SAR=123;SRF=124;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16465;STB=0.58225;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0234366;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:436:211:218:208:218:0.5:123:85:124:87:124:94:130:88 chr7 97873994 . G A 285.92 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.106967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.409;QD=21.1789;RBI=0.110727;REFB=-0.0227959;REVB=0.0286098;RO=24;SAF=18;SAR=11;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155217;STB=0.578898;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0109302;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:11:18:19:5:11:19:19:5 chr7 97911697 . C A 323.72 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0225234;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.019;QD=16.6009;RBI=0.0248787;REFB=-0.0170903;REVB=0.0105661;RO=42;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563598;STB=0.535695;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0180459;OID=.;OPOS=97911697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:35:35:0.448718:26:9:9:33:26:9:9:34 chr7 97922851 . C T 769.3 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0375341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.012;QD=23.1369;RBI=0.0388617;REFB=-0.0140574;REVB=0.0100711;RO=58;SAF=35;SAR=38;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166661;STB=0.516789;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0123909;OID=.;OPOS=97922851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:58:60:73:73:0.548872:38:35:29:29:38:35:31:29 chr7 97933601 . C T 751.09 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.063896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6548;QD=53.6492;RBI=0.0649034;REFB=-0.0825384;REVB=0.0113905;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00245207;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:1:1:53:55:0.982143:24:29:1:0:25:30:1:0 chr7 98258736 . G A 481.31 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0164897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1361;QD=15.9111;RBI=0.0554232;REFB=-0.00423306;REVB=0.0529133;RO=67;SAF=40;SAR=13;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219348;STB=0.629062;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00372962;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:67:68:53:53:0.438017:13:40:38:29:13:40:38:30 chr7 98460824 . C A 1070.69 PASS AF=0.925926;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=81;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0469648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8374;QD=52.8736;RBI=0.0739635;REFB=-0.0585661;REVB=0.0571394;RO=6;SAF=42;SAR=33;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629448;STB=0.533325;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.028252;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:81:81:6:6:75:75:0.925926:33:42:6:0:33:42:6:0 chr7 98650051 . G C 637.08 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9159;QD=59.2631;RBI=0.0347291;REFB=-0.0701676;REVB=0.0286583;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0120319;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr7 98782750 . C T 1120.41 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.476;QD=58.9689;RBI=0.0514127;REFB=-0.0376638;REVB=-0.0496312;RO=1;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996177;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000117784;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:47:28:0:1:47:28:0:1 chr7 98870997 . A G 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00691112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.44;QD=27.2343;RBI=0.0367528;REFB=-0.0323458;REVB=0.0360971;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105498;STB=0.558203;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0261501;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:10:4:10:13:10:4 chr7 99032458 . C T 840.73 PASS AF=0.450777;AO=87;DP=195;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.00635843;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.868;QD=17.4244;RBI=0.00966593;REFB=-0.00246589;REVB=-0.00728015;RO=98;SAF=47;SAR=40;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000565448;STB=0.501378;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00292951;OID=.;OPOS=99032458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:98:106:87:87:0.450777:40:47:53:45:40:47:57:49 chr7 99047978 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00599056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2619;QD=15.1661;RBI=0.0414434;REFB=-0.012151;REVB=-0.0410082;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373916;STB=0.721869;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0272845;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:2:13:12:8:2:13:12:8 chr7 99081730 . A G 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0066358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.307;QD=14.6207;RBI=0.0249979;REFB=-0.0189887;REVB=-0.024101;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808627;STB=0.504584;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0277375;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:15:18:26:21:15:18:26:21 chr7 99130875 . G A 126.92 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0181119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3345;QD=19.5253;RBI=0.0199216;REFB=-0.00279784;REVB=-0.00829639;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432283;STB=0.755332;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00248485;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:1:13:8:4:1:13:8:4 chr7 99145845 . C T 500.67 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0285572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7138;QD=24.4228;RBI=0.0377051;REFB=-0.010086;REVB=0.0246202;RO=35;SAF=31;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210612;STB=0.501154;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.013294;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:16:31:23:12:16:31:23:12 chr7 99217424 . G A 189.81 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.014378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.164;QD=12.8686;RBI=0.039646;REFB=-0.0230052;REVB=0.0369469;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522444;STB=0.533507;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0306374;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:35:36:22:23:0.389831:13:9:16:19:14:9:16:20 chr7 99227172 . A G 624.26 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.00835194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8122;QD=21.7135;RBI=0.00928307;REFB=-0.0172931;REVB=-0.00405222;RO=51;SAF=17;SAR=45;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400256;STB=0.536615;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0128403;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:53:62:62:0.53913:45:17:16:35:45:17:18:35 chr7 99306685 . C G 311.91 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0623299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9326;QD=14.1777;RBI=0.0836707;REFB=0.00933471;REVB=0.0558191;RO=53;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582177;STB=0.503309;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.01192;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:15:20:30:23:15:20:30:23 chr7 99453289 . T A 63.62 PASS AF=0.236364;AO=10;DP=47;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.067185;FXX=0.017854;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.308;QD=4.62656;RBI=0.0738003;REFB=-0.018881;REVB=-0.0305394;RO=32;SAF=10;SAR=0;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.771691;STB=0.908415;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0866972;OID=.;OPOS=99453289;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:47:55:32:42:10:13:0.236364:0:10:13:19:1:12:18:24 chr7 99569394 . G A 780.81 PASS AF=0.510204;AO=74;DP=146;FAO=75;FDP=147;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=0.010357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.442;QD=21.2466;RBI=0.0563823;REFB=-0.0184496;REVB=-0.0554229;RO=71;SAF=47;SAR=27;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537615;STB=0.529404;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0149432;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:71:72:74:75:0.510204:27:47:49:22:27:48:50:22 chr7 99578411 . T C 610.68 PASS AF=0.369792;AO=70;DP=192;FAO=71;FDP=192;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.00857655;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.362;QD=12.7224;RBI=0.0108524;REFB=-0.0228938;REVB=0.00664959;RO=121;SAF=34;SAR=36;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163561;STB=0.500294;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0276988;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:121:121:70:71:0.369792:36:34:57:64:37:34:58:63 chr7 99580907 . C G 243.75 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0153608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.282;QD=15.2344;RBI=0.0164152;REFB=-0.00764849;REVB=-0.00578848;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339205;STB=0.519217;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0107186;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:22:14:10:18:22:14 chr7 99654689 . G A 119.39 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0382356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5616;QD=14.9239;RBI=0.145029;REFB=0.0483172;REVB=0.139898;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0216529;OID=.;OPOS=99654689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:18:18:13:14:0.4375:5:8:12:6:5:9:12:6 chr7 99662511 . GTAGTTA GT,GTA 206.03 PASS AF=0.0754717,0.377358;AO=6,18;DP=54;FAO=4,20;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=4,11;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0258186,0.0235103;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=246.019,247.215;QD=15.5496;RBI=0.0260559,0.0239217;REFB=-0.0135405,-0.0155072;REVB=-0.00350846,-0.00441707;RO=24;SAF=6,9;SAR=0,9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.724132,0.0829087;STB=0.997132,0.519488;STBP=0.054,0.843;TYPE=del,del;VARB=-0.00190406,0.0339054;OID=.,.;OPOS=99662513,99662512;OREF=AGTTA,TAGT;OALT=-,-;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0754717,0.377358:6,18:54:4,20:53:29:4,11:0,9:15:14:99:24:6,9:0,9:10:14 chr7 99693078 . G A 689.09 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0451386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7121;QD=22.4094;RBI=0.0696517;REFB=-0.0143421;REVB=0.0530459;RO=56;SAF=40;SAR=27;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243059;STB=0.513304;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0140863;OID=.;OPOS=99693078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:67:67:0.544715:27:40:35:21:27:40:35:21 chr7 99695540 . TG T 35.38 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0860248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.177;QD=5.05442;RBI=0.0860884;REFB=-0.0772181;REVB=-0.00331002;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509815;STB=0.818242;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.162979;OID=.;OPOS=99695541;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:28:8:28:20:1:7:10:10:35:17:1:7:9:8 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 816.87 PASS AF=0.711538,0.0192308,0;AO=58,39,19;DP=183;FAO=111,3,0;FDP=156;FR=.;FRO=42;FSAF=64,3,0;FSAR=47,0,0;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.11461,0.167684,0.297716;FXX=0.128484;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.872,9.38497,7.91657;QD=20.9455;RBI=0.125842,0.18272,0.298497;REFB=-0.0957999,-0.142618,-0.053456;REVB=-0.0519696,-0.0725872,-0.0215745;RO=37;SAF=26,29,18;SAR=32,10,1;SRF=17;SRR=20;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00808231,0.276138,0.684862;STB=0.560529,0.997344,0.5;STBP=0.018,0.017,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0347393,0.238887,0;OID=.,.,.;OPOS=99709840,99709836,99709840;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.711538,0.0192308,0:58,39,19:183:111,3,0:156:42:64,3,0:47,0,0:15:27:99:37:26,29,18:32,10,1:17:20 chr7 99711040 . G A 95.02 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0474685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6708;QD=11.1792;RBI=0.0764237;REFB=-0.00608304;REVB=0.0598942;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00846107;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0119084;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:9:13:7:5:9:13 chr7 99747130 . G A 549.49 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.0173555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.846;QD=19.2802;RBI=0.0379119;REFB=-0.00304724;REVB=0.0337061;RO=56;SAF=30;SAR=27;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105722;STB=0.561954;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00221709;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:57:57:57:0.5:27:30:36:20:27:30:37:20 chr7 99751281 . G T 159.85 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0606119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8765;QD=26.6418;RBI=0.0734795;REFB=0.0127245;REVB=-0.0415382;RO=8;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00969454;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:12:4:2:6:12:4:2:6 chr7 99757612 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0454063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.013;QD=18.6415;RBI=0.0603519;REFB=-0.0170628;REVB=0.0397571;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529666;STB=0.529757;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0118122;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:14:12:13:12:14:12 chr7 99757655 . G A 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0127609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.427;QD=19.0224;RBI=0.0963023;REFB=-0.0125731;REVB=0.0954531;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646971;STB=0.542763;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0228765;OID=.;OPOS=99757655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:35:35:0.5:18:17:19:15:18:17:20:15 chr7 99757954 . C T 315.6 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0180876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.919;QD=25.2483;RBI=0.0201486;REFB=-0.0129729;REVB=0.00887714;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559648;STB=0.503103;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0112392;OID=.;OPOS=99757954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:10:18:14:8:10:18:14:8 chr7 99758136 . T G 431.09 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00400878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.69;QD=25.7368;RBI=0.00737373;REFB=-0.00399595;REVB=-0.00618883;RO=24;SAF=28;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126297;STB=0.504214;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00314636;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:26:41:41:0.61194:13:28:16:8:13:28:18:8 chr7 99772298 . A C 1189.54 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.804;QD=61.0018;RBI=0.0645603;REFB=0;REVB=0.0318856;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017055;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:63:78:1:37:26:0:0:46:32:0:0 chr7 99796146 . A C 1558.29 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.934;QD=59.3635;RBI=0.045739;REFB=0;REVB=-0.00666681;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47472e-05;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:97:105:0:0:97:105:1:59:38:0:0:60:45:0:0 chr7 99799845 . T A 1604.46 PASS AF=0.933333;AO=112;DP=120;FAO=112;FDP=120;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0195357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.819;QD=53.4819;RBI=0.020663;REFB=-0.207263;REVB=0.00673181;RO=3;SAF=70;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00220153;STB=0.517934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000714419;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:120:120:3:8:112:112:0.933333:42:70:2:1:42:70:7:1 chr7 99995549 . C G 30.51 PASS AF=0.0740741;AO=4;DP=58;FAO=4;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.093594;FXX=0.0526223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0804;QD=2.2603;RBI=0.101523;REFB=-0.0042409;REVB=-0.0393339;RO=45;SAF=1;SAR=3;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354769;STB=0.804182;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0220971;OID=.;OPOS=99995549;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:58:54:45:46:4:4:0.0740741:3:1:27:18:3:1:28:18 chr7 100065639 . A AC 147.02 PASS AF=0.349057;AO=36;DP=115;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0301407;FXX=0.0185168;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.1268;QD=5.54794;RBI=0.126637;REFB=-0.00146223;REVB=-0.122998;RO=74;SAF=17;SAR=19;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047832;STB=0.532331;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.0537225;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349057:36:115:37:106:69:19:18:32:37:99:74:17:19:38:36 chr7 100065642 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 31.98 PASS AF=0,0.0648148;AO=4,7;DP=108;FAO=0,7;FDP=108;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=94;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=43;FSRR=51;FWDB=-0.0245191,-0.0381312;FXX=0.00917347;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=130.052,22.4562;QD=1.18453;RBI=0.0665,0.0506223;REFB=-0.00833256,-0.0611462;REVB=-0.0618147,0.033296;RO=63;SAF=0,3;SAR=4,4;SRF=34;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513306,-0.126909;STB=0.5,0.527143;STBP=1,0.955;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.156089;OID=.,.;OPOS=100065642,100065648;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:108:108:63:94:4,7:0,7:0,0.0648148:4,4:0,3:34:29:0,4:0,3:43:51 chr7 100075112 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00812747;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.032;QD=14.6513;RBI=0.0107445;REFB=-0.00698129;REVB=-0.00702769;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.011326;OID=.;OPOS=100075112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr7 100173282 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.010471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.582;QD=19.7623;RBI=0.0291719;REFB=-0.0320555;REVB=-0.0272279;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905406;STB=0.551212;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0240629;OID=.;OPOS=100173282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:8:15:14:11:8:15:14:11 chr7 100175472 . GT G,GC 564.07 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=7,29;DP=38;FAO=3,36;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0062731,-0.0033909;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.931,104.888;QD=57.8532;RBI=0.0466449,0.0489655;REFB=0,0;REVB=0.0462212,0.0488479;RO=0;SAF=6,25;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.10829e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0702585,0.00272843;OID=.,.;OPOS=100175473,100175473;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:7,29:38:3,36:39:0:2,32:1,4:0:0:8:0:6,25:1,4:0:0 chr7 100212754 . C T 129.74 PASS AF=0.295082;AO=15;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0222049;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.762;QD=8.50746;RBI=0.0232419;REFB=-0.0109201;REVB=-0.00686505;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228249;STB=0.634087;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0213712;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:44:43:15:18:0.295082:9:6:26:18:11:7:25:18 chr7 100225031 . G A 95.07 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0169815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7061;QD=11.1851;RBI=0.0367779;REFB=-0.0211888;REVB=0.0326227;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294148;STB=0.677105;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.066385;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:3:9:11:11:3:9:11:11 chr7 100228602 . C T 150.68 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0072594;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.303;QD=9.72116;RBI=0.00936713;REFB=-0.00251413;REVB=-0.00591982;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197096;STB=0.522704;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00543435;OID=.;OPOS=100228602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:41:42:20:20:0.322581:7:13:26:15:7:13:26:16 chr7 100238744 . T TC 121.48 PASS AF=0.243478;AO=26;DP=115;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=25;FWDB=-0.0459751;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.4225;QD=4.22542;RBI=0.0523947;REFB=-0.0322333;REVB=-0.0251296;RO=87;SAF=0;SAR=26;SRF=63;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.831594;STB=0.941958;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.18575;OID=.;OPOS=100238745;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243478:26:115:28:115:87:2:26:62:25:99:87:0:26:63:24 chr7 100276038 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0267858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.922;QD=18.1942;RBI=0.0291156;REFB=-0.0201337;REVB=0.0114122;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254917;STB=0.641601;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188713;OID=.;OPOS=100276038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:19:15:26:10:19:15:26:10 chr7 100278657 . A G 754.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=56.9253;RBI=0.0179672;REFB=0;REVB=-0.0113951;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05566e-05;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr7 100280783 . C CG,G 65.24 PASS AF=0.270833,0;AO=11,4;DP=50;FAO=13,0;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9,0;FSAR=4,0;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0387026,-0.0189046;FXX=0.020404;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=73.7464,153.352;QD=5.43699;RBI=0.0526072,0.0574725;REFB=-0.00485516,-0.00787717;REVB=-0.0356318,-0.0542744;RO=34;SAF=9,1;SAR=2,3;SRF=25;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144721,-0.502605;STB=0.544681,0.5;STBP=0.765,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.140295,0;OID=.,.;OPOS=100280784,100280783;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:50:48:34:35:11,4:13,0:0.270833,0:2,3:9,1:25:9:4,0:9,0:26:9 chr7 100281768 . T C 332.04 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7518;QD=53.1259;RBI=0.0444603;REFB=0;REVB=0.0438787;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188618;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:8:15:0:0:9:16:0:0 chr7 100285476 . C T 398.79 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0225294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.094;QD=18.5481;RBI=0.0270652;REFB=-0.00788422;REVB=0.0149984;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201241;STB=0.509748;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0137619;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:45:40:41:0.476744:28:12:14:30:28:13:15:30 chr7 100348384 . T C 302.98 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.0173136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6811;QD=11.3262;RBI=0.0233652;REFB=-0.00316531;REVB=-0.0156898;RO=69;SAF=29;SAR=9;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172582;STB=0.600065;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00901169;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:38:38:0.35514:9:29:44:25:9:29:44:25 chr7 100350763 . T G 125.87 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0274211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.75;QD=19.3651;RBI=0.0281701;REFB=-0.0153188;REVB=-0.00645247;RO=12;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330015;STB=0.70233;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0261532;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:12:1:3:9:13:1:3:9 chr7 100361675 . G A 353.62 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00450046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3542;QD=16.0736;RBI=0.0129313;REFB=-0.0187296;REVB=0.0121229;RO=50;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019526;STB=0.510997;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0324649;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:22:16:22:28:22:16:22:28 chr7 100371358 . G A 891.48 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.354;QD=55.7178;RBI=0.0541422;REFB=-0.21057;REVB=0.0517518;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.508769;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00377605;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:62:63:0.984375:27:35:0:1:28:35:0:1 chr7 100371474 . G A 707.85 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.601;QD=62.9195;RBI=0.0716529;REFB=0;REVB=0.0227854;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343494;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr7 100371476 . T G,TG 676.61 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,40;DP=45;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373515,0.0432172;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=254.82,287.384;QD=61.5096;RBI=0.0395151,0.0486824;REFB=0,0;REVB=0.0128959,0.022411;RO=1;SAF=0,23;SAR=3,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0267872;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.10605,0.000991396;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:44:1:0:3,40:2,42:0.0454545,0.954545:3,17:0,23:0:1:2,18:0,24:0:0 chr7 100373077 . C G 789.38 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443037;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4968;QD=64.4391;RBI=0.0457815;REFB=0;REVB=0.0115381;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440465;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr7 100373367 . G C 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.693;QD=58.0519;RBI=0.0263794;REFB=0;REVB=-0.0036987;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68129e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr7 100386900 . T C 992.42 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7224;QD=57.5313;RBI=0.0728581;REFB=0;REVB=0.0167107;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120122;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:69:0:0:63:69:1:35:28:0:0:35:34:0:0 chr7 100391644 . T C 2496.49 PASS AF=0.993939;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00797975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.964;QD=60.521;RBI=0.00891996;REFB=0.0159086;REVB=-0.00398614;RO=0;SAF=91;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000180568;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:165:0:1:162:164:0.993939:71:91:0:0:73:91:0:1 chr7 100411278 . T C 1175.46 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393411;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0514;QD=61.0629;RBI=0.0469225;REFB=0;REVB=0.0255735;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09479e-05;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr7 100416139 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.094;QD=60.3756;RBI=0.0400915;REFB=0;REVB=0.0325928;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86029e-05;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr7 100416250 . A G 1785.28 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.873;QD=61.0351;RBI=0.0128104;REFB=0;REVB=-0.0067903;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54488e-06;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:50:66:0:0:50:67:0:0 chr7 100424586 . CG C,CC 1478.21 PASS AF=0.127451,0.872549;AO=20,73;DP=95;FAO=13,89;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=4,34;FSAR=9,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507101,0.0539905;FXX=0.0285687;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=223.864,226.23;QD=57.9691;RBI=0.0525011,0.0557589;REFB=0,0;REVB=0.0135959,0.0139313;RO=0;SAF=3,30;SAR=17,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0114415,0.0173963;OID=.,.;OPOS=100424587,100424587;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.127451,0.872549:20,73:95:13,89:102:0:4,34:9,55:0:0:10:0:3,30:17,43:0:0 chr7 100458795 . T C 2756.72 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222914;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.578;QD=62.6528;RBI=0.0346548;REFB=0;REVB=0.026534;RO=0;SAF=89;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47668e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:176:176:1:87:89:0:0:87:89:0:0 chr7 100459445 . CCG C,CCC,CGG 41.87 PASS AF=0.152778,0,0;AO=10,3,3;DP=78;FAO=11,0,0;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=9,0,0;FSAR=2,0,0;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.0888592,0.0607625,-0.0577607;FXX=0;HRUN=5,4,5;LEN=2,1,1;MLLD=22.0141,19.9284,22.5195;QD=2.326;RBI=0.109437,0.0785951,0.0767844;REFB=-0.0613031,-0.00295102,0.00240456;REVB=-0.0638794,0.0498508,-0.050592;RO=58;SAF=7,3,3;SAR=3,0,0;SRF=33;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.171042,0.415512,0.415512;STB=0.704909,0.5,0.5;STBP=0.2,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.177428,0,0;OID=.,.,.;OPOS=100459446,100459447,100459446;OREF=CG,G,C;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CCC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152778,0,0:10,3,3:78:11,0,0:72:61:9,0,0:2,0,0:38:23:43:58:7,3,3:3,0,0:33:25 chr7 100460331 . G A 1496.31 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557077;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.874;QD=59.8524;RBI=0.0284146;REFB=0;REVB=0.0278631;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51764e-05;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr7 100468284 . A G 2471.41 PASS AF=1;AO=160;DP=164;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221362;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8441;QD=61.4015;RBI=0.0339085;REFB=0;REVB=-0.0256861;RO=0;SAF=59;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280031;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:161:0:0:160:161:1:101:59:0:0:102:59:0:0 chr7 100482026 . T C 867.39 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2565;QD=57.8261;RBI=0.0477628;REFB=0;REVB=-0.0457045;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590792;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr7 100486656 . T G 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.853;QD=57.2361;RBI=0.111607;REFB=0;REVB=0.00978822;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684052;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr7 100494222 . G GC 2438.97 PASS AF=1;AO=203;DP=218;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272343;FXX=0.0186907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7771;QD=46.4566;RBI=0.0596369;REFB=0;REVB=0.0530552;RO=7;SAF=121;SAR=82;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000504794;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:203:218:210:210:0:127:83:0:0:45:7:121:82:4:3 chr7 100549573 . G T 32.22 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0333636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9615;QD=2.6304;RBI=0.0365695;REFB=-0.00604377;REVB=-0.0149733;RO=43;SAF=3;SAR=3;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336966;STB=0.734084;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0331173;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:3:3:33:10:3:3:33:10 chr7 100549583 . G A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0241542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.883;QD=4.36798;RBI=0.0254696;REFB=-0.00855041;REVB=0.0080793;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399999;STB=0.754658;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0263156;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:5:4:33:10:5:4:33:10 chr7 100549592 . TT AA 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=0.0022466;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.388;QD=5.22793;RBI=0.00227779;REFB=-0.00075712;REVB=-0.000375665;RO=44;SAF=7;SAR=5;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332618;STB=0.711754;STBP=0.174;TYPE=mnp;VARB=0.00752173;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:44:46:12:12:0.206897:5:7:36:8:5:7:38:8 chr7 100549650 . A G 241.59 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=0.0111843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.587;QD=10.2806;RBI=0.0502118;REFB=-0.0126772;REVB=0.0489504;RO=63;SAF=18;SAR=12;SRF=47;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186338;STB=0.599017;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0225211;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:64:30:30:0.319149:12:18:47:16:12:18:47:17 chr7 100549697 . A G 446.13 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=129;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=59;FSRR=18;FWDB=0.0070132;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.915;QD=13.9416;RBI=0.0171461;REFB=-0.017212;REVB=0.0156462;RO=76;SAF=31;SAR=20;SRF=58;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181936;STB=0.604395;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0429823;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:76:77:51:51:0.398438:20:31:58:18:20:31:59:18 chr7 100549703 . C T 440.93 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=20;FWDB=-0.00346881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.015;QD=13.2609;RBI=0.00383561;REFB=-0.0210959;REVB=0.00163686;RO=82;SAF=30;SAR=21;SRF=62;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197682;STB=0.610966;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0613395;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:21:30:62:20:21:30:62:20 chr7 100549787 . CA TG 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0024123;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.147;QD=15.8995;RBI=0.0111694;REFB=-0.00544078;REVB=0.0109058;RO=49;SAF=22;SAR=15;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084411;STB=0.54742;STBP=0.473;TYPE=mnp;VARB=0.00684196;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:15:22:33:16:15:22:33:16 chr7 100549873 . G A 65.48 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0502176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.6;QD=4.36556;RBI=0.0522858;REFB=-0.00120008;REVB=-0.0145601;RO=43;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470283;STB=0.797441;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00722405;OID=.;OPOS=100549873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:57:60:43:49:11:11:0.183333:1:10:27:16:1:10:33:16 chr7 100549884 . C T 76.5 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=55;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00151925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.82;QD=5.46446;RBI=0.011458;REFB=-0.00943339;REVB=-0.0113569;RO=44;SAF=10;SAR=1;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441798;STB=0.814149;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0210941;OID=.;OPOS=100549884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:55:56:44:44:11:12:0.214286:1:10:29:15:1:11:29:15 chr7 100549894 . T C 74.0 PASS AF=0.203704;AO=8;DP=51;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0077432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.512;QD=5.48137;RBI=0.0174541;REFB=-0.00925259;REVB=-0.0156425;RO=43;SAF=8;SAR=0;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651616;STB=0.820534;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0233793;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:51:54:43:43:8:11:0.203704:0:8:27:16:1:10:27:16 chr7 100549896 . G C 72.6 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0624033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2683;QD=5.37788;RBI=0.0805425;REFB=-0.0137222;REVB=-0.0509207;RO=42;SAF=10;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457812;STB=0.820534;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0265897;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:42:43:11:11:0.203704:1:10:27:15:1:10:27:16 chr7 100549902 . C T 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.005733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.531;QD=5.17505;RBI=0.0111703;REFB=-0.0120295;REVB=0.00958684;RO=44;SAF=10;SAR=1;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462313;STB=0.816592;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0123165;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:1:10:28:16:1:10:28:16 chr7 100549979 . C T 93.78 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0533879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.48;QD=7.0779;RBI=0.055217;REFB=-0.030503;REVB=0.0140945;RO=40;SAF=12;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494763;STB=0.825046;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0630332;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:53:53:40:40:13:13:0.245283:1:12:26:14:1:12:26:14 chr7 100550032 . C CCCT 84.98 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00958516;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.258;QD=12.5899;RBI=0.00961864;REFB=-0.0366813;REVB=0.000801785;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110878;STB=0.517211;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=0.0613883;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:9:31:11:27:16:8:3:12:4:84:20:6:3:15:5 chr7 100550079 . A C,G 283.88 PASS AF=0.515152,0.242424;AO=16,8;DP=33;FAO=17,8;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=12,7;FSAR=5,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0527321,0.0518936;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.705,114.613;QD=34.4097;RBI=0.0531907,0.0687355;REFB=-0.102992,-0.0822192;REVB=-0.00696971,0.0450735;RO=8;SAF=12,7;SAR=4,1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177944,0.427785;STB=0.574377,0.760088;STBP=0.326,0.081;TYPE=snp,snp;VARB=0.0398464,0.020903;OID=.,.;OPOS=100550079,100550079;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:8:8:16,8:17,8:0.515152,0.242424:4,1:12,7:4:4:5,1:12,7:4:4 chr7 100550133 . A G 82.65 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0197696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.772;QD=9.18301;RBI=0.0255448;REFB=-0.0173865;REVB=0.0161772;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291083;STB=0.517734;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.054843;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:6:5:12:13:6:5:12:13 chr7 100550138 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00243242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.264;QD=11.4396;RBI=0.0166582;REFB=-0.0216191;REVB=-0.0164796;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0163134;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:11:13:6:7:11:13 chr7 100550184 . C A 73.35 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0154748;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5689;QD=7.9294;RBI=0.0248343;REFB=0.00448177;REVB=0.0194234;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230887;STB=0.54046;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0205376;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:39:37:25:27:10:10:0.27027:5:5:13:12:5:5:15:12 chr7 100550191 . C T 150.65 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.024278;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.094;QD=17.2168;RBI=0.0242997;REFB=-0.0445092;REVB=-0.00102614;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0394633;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:12:18:14:16:0.457143:7:7:6:6:8:8:9:9 chr7 100550203 . T A 72.72 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0637546;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.96;QD=8.08027;RBI=0.0726;REFB=-0.0191584;REVB=-0.0347291;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117391;STB=0.572887;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0428672;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:13:13:4:6:13:13 chr7 100550205 . A C 70.89 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0355407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1924;QD=7.66391;RBI=0.0862476;REFB=-0.00975176;REVB=0.0785845;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967512;STB=0.560318;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0276817;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:14:13:4:6:14:13 chr7 100550245 . G A 34.68 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.236074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9896;QD=5.549;RBI=0.246217;REFB=-0.0407412;REVB=-0.0699406;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286369;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.094258;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:25:17:19:6:6:0.24:2:4:7:10:2:4:8:11 chr7 100551461 . C G 59.42 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00696808;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.066;QD=5.0574;RBI=0.0290284;REFB=-0.0264831;REVB=0.0281797;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807291;STB=0.553724;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0509637;OID=.;OPOS=100551461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:48:47:38:38:9:9:0.191489:6:3:15:23:6:3:15:23 chr7 100551471 . T C 74.27 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00583122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.767;QD=6.06302;RBI=0.0121465;REFB=-0.0204132;REVB=0.0106553;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444591;STB=0.685333;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.069776;OID=.;OPOS=100551471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:48:49:38:38:10:11:0.22449:9:1:14:24:9:2:14:24 chr7 100551473 . G C 78.15 PASS AF=0.22;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0546611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.794;QD=6.252;RBI=0.0549159;REFB=-0.0235808;REVB=-0.00528373;RO=39;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458347;STB=0.698223;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0369866;OID=.;OPOS=100551473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:10:11:0.22:9:1:15:24:9:2:15:24 chr7 100551565 . AT GC 85.44 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00559353;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.429;QD=4.11763;RBI=0.00560107;REFB=-0.00615395;REVB=0.000290574;RO=67;SAF=4;SAR=11;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373828;STB=0.737704;STBP=0.054;TYPE=mnp;VARB=0.0338671;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:67:68:15:15:0.180723:11:4:38:29:11:4:38:30 chr7 100551578 . T G 83.37 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.00341309;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1617;QD=3.74686;RBI=0.00345712;REFB=-0.00490495;REVB=0.00055001;RO=74;SAF=5;SAR=10;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335991;STB=0.719148;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0268404;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:91:89:74:74:15:15:0.168539:10:5:45:29:10:5:45:29 chr7 100551626 . T C 69.88 PASS AF=0.137255;AO=14;DP=102;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=32;FWDB=0.00683875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4794;QD=2.7402;RBI=0.0298695;REFB=-0.000926303;REVB=-0.0290761;RO=88;SAF=6;SAR=8;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25576;STB=0.673683;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00934787;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:102:102:88:88:14:14:0.137255:8:6:56:32:8:6:56:32 chr7 100551646 . A G 70.87 PASS AF=0.14;AO=14;DP=101;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=54;FSRR=32;FWDB=0.0447683;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.116;QD=2.83468;RBI=0.0448049;REFB=-0.00222665;REVB=0.0018103;RO=76;SAF=5;SAR=9;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378957;STB=0.721176;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00394421;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:101:100:76:86:14:14:0.14:9:5:51:25:9:5:54:32 chr7 100551662 . C T 87.8 PASS AF=0.16;AO=16;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.0430045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.984;QD=3.51201;RBI=0.0449532;REFB=-0.00315788;REVB=-0.0130922;RO=84;SAF=8;SAR=8;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151351;STB=0.59988;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0163515;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:100:100:84:84:16:16:0.16:8:8:52:32:8:8:52:32 chr7 100551666 . A T 89.56 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=95;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.036521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.257;QD=3.7709;RBI=0.0370599;REFB=-0.0025051;REVB=-0.00629703;RO=78;SAF=8;SAR=8;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113633;STB=0.578851;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0122673;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:95:95:78:79:16:16:0.168421:8:8:46:32:8:8:47:32 chr7 100551687 . T C 77.18 PASS AF=0.170732;AO=16;DP=82;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00438249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.986;QD=3.76496;RBI=0.0103139;REFB=-0.00735227;REVB=-0.00933649;RO=66;SAF=10;SAR=6;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139932;STB=0.535161;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0511409;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:82:66:68:16:14:0.170732:6:10:34:32:6:8:36:32 chr7 100551692 . C T 77.99 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0293804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.413;QD=3.89954;RBI=0.0364526;REFB=-0.0133877;REVB=-0.0215773;RO=66;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519994;STB=0.534247;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0393544;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:66:66:14:14:0.175:6:8:35:31:6:8:35:31 chr7 100551719 . C T 63.52 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00228872;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.884;QD=3.34329;RBI=0.00349455;REFB=-0.00615174;REVB=0.00264077;RO=64;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460413;STB=0.531198;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0306626;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:64:64:12:12:0.157895:5:7:35:29:5:7:35:29 chr7 100551729 . C T 58.1 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0122664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.765;QD=3.2731;RBI=0.018269;REFB=-0.00167792;REVB=-0.0135384;RO=60;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357197;STB=0.524377;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00689288;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:60:60:11:11:0.15493:5:6:31:29:5:6:31:29 chr7 100551773 . C A 90.24 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00204105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.164;QD=4.94484;RBI=0.0236454;REFB=-0.0105623;REVB=-0.0235571;RO=58;SAF=8;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143919;STB=0.500916;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0411643;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:7:8:31:27:7:8:31:27 chr7 100551778 . G A 111.7 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0268255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3839;QD=6.47511;RBI=0.0352192;REFB=-0.019447;REVB=-0.0228207;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382073;STB=0.523532;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0448946;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:7:10:29:23:7:10:29:23 chr7 100551793 . G T 140.57 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0543604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.981;QD=7.9196;RBI=0.0921908;REFB=-0.0167181;REVB=-0.0744586;RO=49;SAF=16;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34091;STB=0.710295;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0346437;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:51:20:20:0.28169:4:16:27:22:4:16:28:23 chr7 100551842 . CT TC 174.87 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0451688;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.771;QD=9.45228;RBI=0.0489886;REFB=-0.0098922;REVB=0.0189646;RO=49;SAF=20;SAR=3;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498363;STB=0.810882;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.0023156;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:49:51:23:23:0.310811:3:20:25:24:3:20:25:26 chr7 100551849 . A T 223.99 PASS AF=0.358974;AO=26;DP=76;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00524579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.539;QD=11.4866;RBI=0.00792881;REFB=-0.0277419;REVB=-0.0059454;RO=50;SAF=22;SAR=4;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476588;STB=0.789239;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0420495;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:50:50:26:28:0.358974:4:22:24:26:4:24:24:26 chr7 100552017 . C T 324.64 PASS AF=0.515152;AO=30;DP=62;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0722528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.54;QD=19.675;RBI=0.0722561;REFB=-0.0297821;REVB=0.000685951;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225139;STB=0.597652;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0149992;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:32:32:30:34:0.515152:7:23:18:14:9:25:18:14 chr7 100552018 . T G 255.8 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0240885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.295;QD=16.2411;RBI=0.0248276;REFB=-0.00974335;REVB=0.00601275;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21243;STB=0.618708;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0852819;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:25:9:14:15:25:9 chr7 100552020 . C T 258.61 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00561423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.628;QD=16.4199;RBI=0.0261144;REFB=-0.0275622;REVB=-0.0255038;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182828;STB=0.602194;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0253649;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:25:9:13:16:25:9 chr7 100552044 . T G 236.21 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0718611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7083;QD=17.4968;RBI=0.0730703;REFB=-0.0214807;REVB=0.0132383;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978894;STB=0.554855;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0152446;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:19:9:11:15:19:9 chr7 100552094 . G C 221.47 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0628741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1095;QD=18.4558;RBI=0.0694724;REFB=0.00729595;REVB=-0.0295512;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587971;STB=0.517226;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.0146689;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:7:15:15:9:7:15:17:9 chr7 100552117 . G T 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00265699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.389;QD=14.2706;RBI=0.00836694;REFB=-0.0336611;REVB=-0.00793386;RO=33;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0431726;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:8:16:22:11:8:16:22:11 chr7 100552135 . T C 245.1 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0428936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7471;QD=15.5619;RBI=0.0490666;REFB=0.0112046;REVB=-0.0238258;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445026;STB=0.50456;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.0179228;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:35:28:28:0.444444:9:19:23:9:9:19:24:11 chr7 100552251 . T C 830.18 PASS AF=1;AO=53;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.556;QD=57.2535;RBI=0.0740959;REFB=0;REVB=0.0491974;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130253;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:53:58:1:36:17:0:0:38:20:0:0 chr7 100552311 . C T 463.81 PASS AF=0.688525;AO=41;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0237083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.814;QD=30.414;RBI=0.0244167;REFB=-0.0187005;REVB=0.00583892;RO=18;SAF=10;SAR=31;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157355;STB=0.560614;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00820571;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:19:41:42:0.688525:31:10:1:17:32:10:2:17 chr7 100552338 . C T 446.45 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00255886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.387;QD=29.2752;RBI=0.00556484;REFB=-0.0183942;REVB=0.00494162;RO=20;SAF=10;SAR=31;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366924;STB=0.519902;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00815489;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:31:10:4:16:31:10:4:16 chr7 100552358 . C G 364.68 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.03547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.161;QD=26.5224;RBI=0.0383089;REFB=-0.0291067;REVB=0.0144723;RO=20;SAF=11;SAR=24;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506824;STB=0.52766;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0170789;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:24:11:5:15:24:11:5:15 chr7 100552371 . C G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0290666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.271;QD=24.2743;RBI=0.0316497;REFB=-0.0193737;REVB=0.0125234;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118965;STB=0.565236;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0144789;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:19:12:5:16:19:12:5:16 chr7 100552384 . A G 341.3 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0442068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.108;QD=25.7583;RBI=0.0534776;REFB=-0.0626147;REVB=0.0300934;RO=20;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125655;STB=0.568658;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0148898;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:19:14:5:15:19:14:5:15 chr7 100552390 . T C 368.93 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0337647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4295;QD=27.3283;RBI=0.0401738;REFB=-0.00825909;REVB=0.0217688;RO=19;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173469;STB=0.587938;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00467773;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:19:34:35:0.648148:16:18:5:14:17:18:5:14 chr7 100552412 . T C 368.94 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000211248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.461;QD=27.3287;RBI=0.00621809;REFB=-0.0149325;REVB=-0.0062145;RO=19;SAF=23;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177502;STB=0.587074;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00965967;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:34:35:0.648148:11:23:8:11:12:23:8:11 chr7 100552435 . TC AT 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0105328;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.168;QD=27.2773;RBI=0.0274837;REFB=0.0264353;REVB=0.0253853;RO=19;SAF=23;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327498;STB=0.68302;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=-0.00809073;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:5:23:9:10:5:23:9:10 chr7 100552440 . C T 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00435954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.283;QD=23.001;RBI=0.00436009;REFB=-0.00424895;REVB=-6.90633e-05;RO=21;SAF=24;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308604;STB=0.686794;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00319587;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:5:24:11:10:5:24:11:11 chr7 100552535 . GT AC 324.64 PASS AF=0.515152;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0178871;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=2;MLLD=96.4662;QD=19.675;RBI=0.0244855;REFB=0.00789315;REVB=0.016721;RO=31;SAF=24;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114877;STB=0.567774;STBP=0.294;TYPE=mnp;VARB=-0.00817734;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:32:32:34:0.515152:8:24:20:11:8:26:21:11 chr7 100552549 . CT AC 282.93 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=71;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0110125;FXX=0.0833218;HRUN=5;LEN=2;MLLD=139.059;QD=17.1472;RBI=0.0148892;REFB=-0.00355079;REVB=-0.0100207;RO=34;SAF=25;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344269;STB=0.660898;STBP=0.04;TYPE=mnp;VARB=0.0078122;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:66:34:35:29:31:0.469697:4:25:21:13:5:26:22:13 chr7 100552644 . C A 79.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.101137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.666;QD=15.1641;RBI=0.101392;REFB=-0.0147116;REVB=0.00718428;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0131502;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:1:9:7:3:1:10 chr7 100552657 . A G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0296007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.552;QD=16.8977;RBI=0.0399629;REFB=0.0496613;REVB=0.0268482;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299338;STB=0.666427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00534916;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:0:9:9:1:0:9 chr7 100552659 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.000225988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.486;QD=16.8983;RBI=0.0727818;REFB=0.00819834;REVB=-0.0727814;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276204;STB=0.666427;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0102052;OID=.;OPOS=100552659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:9:1:0:8:9:1:0:9 chr7 100552675 . C T 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.013161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.374;QD=13.483;RBI=0.01356;REFB=-0.012023;REVB=-0.003265;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499989;STB=0.529349;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0198874;OID=.;OPOS=100552675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:1:10:8:1:1:10 chr7 100552711 . T A 55.89 PASS AF=0.176471;AO=14;DP=28;FAO=3;FDP=17;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0312895;FXX=0.392717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=13.1497;RBI=0.0509909;REFB=-0.000887941;REVB=-0.0402621;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732887;STB=0.521593;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.179919;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:17:14:14:14:3:0.176471:10:4:5:9:2:1:5:9 chr7 100552713 . AC GT 119.98 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00798166;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.868;QD=16.5495;RBI=0.0435346;REFB=-0.0264044;REVB=0.0427967;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.56808;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.0239387;OID=.;OPOS=100552713;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:9:4:6:9:10:4:6:9 chr7 100552727 . G C 237.43 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00426426;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.245;QD=25.668;RBI=0.00763684;REFB=-0.0412946;REVB=-0.00633541;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126567;STB=0.507036;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0275781;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:15:22:22:0.594595:15:7:5:10:15:7:5:10 chr7 100552738 . CA TG 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00634179;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=272.001;QD=19.4668;RBI=0.0124804;REFB=-0.0213116;REVB=0.0107491;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11149;STB=0.56332;STBP=0.477;TYPE=mnp;VARB=0.0202179;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:9:15:16:6:9:15 chr7 100552915 . A C 2235.77 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.059;QD=63.4261;RBI=0.0175707;REFB=0;REVB=-0.0167391;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26291e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:73:68:0:0:73:68:0:0 chr7 100552978 . T C 366.29 PASS AF=0.363636;AO=43;DP=128;FAO=44;FDP=121;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=0.00420244;FXX=0.0620107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.482;QD=12.1087;RBI=0.00491933;REFB=-0.00629483;REVB=0.00255721;RO=65;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556382;STB=0.512875;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0115537;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:121:65:77:43:44:0.363636:26:17:29:36:26:18:30:47 chr7 100552984 . T C 409.57 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=124;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=0.0160033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2807;QD=13.2121;RBI=0.0178576;REFB=-0.00228547;REVB=0.00792396;RO=74;SAF=22;SAR=25;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112992;STB=0.564269;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00499639;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:74:76:47:48:0.387097:25:22:27:47:26:22:27:49 chr7 100553002 . A G 434.83 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0159226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.82;QD=16.4085;RBI=0.0314515;REFB=-0.0240941;REVB=-0.0271232;RO=57;SAF=22;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193687;STB=0.515073;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.029298;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:26:22:25:32:26:22:25:33 chr7 100607851 . C G 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0032471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.536;QD=15.4992;RBI=0.00333232;REFB=-0.0133156;REVB=-0.000748789;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11559;STB=0.565176;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0212417;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:15:16:16:24:15:16:16:24 chr7 100608370 . A C 271.45 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0136143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.261;QD=20.8807;RBI=0.0166855;REFB=-0.0212192;REVB=-0.00964649;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128361;STB=0.571378;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0227539;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:12:16:10:14:12:16:10:14 chr7 100608375 . G A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00479389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.568;QD=21.2262;RBI=0.00545748;REFB=-0.0140571;REVB=-0.0026082;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171732;STB=0.595265;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0199174;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:9:15:12:17:9:15 chr7 100608778 . TC CC,CT 271.24 PASS AF=0.410256,0.025641;AO=3,28;DP=78;FAO=32,2;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19,1;FSAR=13,1;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0473755,0.0367777;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=218.277,222.914;QD=13.91;RBI=0.0579427,0.0501405;REFB=-0.0557404,-0.0457549;REVB=0.0333605,0.0340804;RO=41;SAF=0,18;SAR=3,10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.541544,0.0637336;STB=0.511979,0.607668;STBP=0.875,0.774;TYPE=snp,mnp;VARB=0.071738,0.0350747;OID=.,.;OPOS=100608778,100608778;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:44:3,28:32,2:0.410256,0.025641:3,10:0,18:24:17:13,1:19,1:27:17 chr7 100608826 . C G 217.57 PASS AF=0.364865;AO=22;DP=69;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00928967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.323;QD=11.7604;RBI=0.0107233;REFB=-0.0183305;REVB=0.00535637;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160645;STB=0.576558;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0332068;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:47:47:22:27:0.364865:11:11:30:17:13:14:30:17 chr7 100608868 . A G 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00158454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.124;QD=12.6185;RBI=0.0118118;REFB=-0.0170536;REVB=-0.0117051;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687746;STB=0.539477;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0260508;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:11:13:23:15:11:13:23:15 chr7 100608884 . G A 125.71 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0156314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0585;QD=9.67014;RBI=0.0235878;REFB=-0.0137661;REVB=0.0176647;RO=35;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782627;STB=0.554389;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0314346;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:7:9:22:13:7:9:23:13 chr7 100610069 . C A 132.53 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=-0.0242659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9408;QD=7.79574;RBI=0.0329974;REFB=0.0191842;REVB=-0.0223606;RO=44;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272153;STB=0.68338;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0652075;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:44:49:19:19:0.279412:10:9:11:33:10:9:11:38 chr7 100612898 . T C 143.19 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0087466;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.367;QD=8.94926;RBI=0.00902474;REFB=-0.00717336;REVB=0.00222327;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105228;STB=0.534448;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0214646;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:44:19:20:0.3125:10:9:21:16:11:9:22:22 chr7 100612945 . C T 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0103929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.226;QD=7.54496;RBI=0.0181407;REFB=0.00754538;REVB=0.0148685;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106465;STB=0.56513;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0215339;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:9:6:20:21:9:6:20:21 chr7 100612952 . G A 107.41 PASS AF=0.272727;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00603211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.66;QD=7.81182;RBI=0.0350514;REFB=-0.0134498;REVB=0.0345285;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145767;STB=0.555481;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0383671;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:14:15:0.272727:9:5:19:21:9:6:19:21 chr7 100612955 . A ACTG 80.86 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00433693;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=3;MLLD=290.285;QD=5.9893;RBI=0.00522352;REFB=-0.0183151;REVB=-0.00291138;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180552;STB=0.615188;STBP=0.375;TYPE=ins;VARB=0.0505513;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:12:55:12:54:42:4:8:20:22:80:42:4:8:20:22 chr7 100612961 . G C 87.83 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00286385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.717;QD=7.02619;RBI=0.0346776;REFB=-0.00395647;REVB=-0.0345592;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698429;STB=0.543845;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0284206;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:18:20:7:5:18:20 chr7 100612969 . A G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0317863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.852;QD=8.06752;RBI=0.0363409;REFB=0.00156637;REVB=-0.0176151;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135193;STB=0.59394;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00779007;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:7:5:17:15:7:5:18:15 chr7 100615387 . C T 65.87 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0177101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3575;QD=3.71092;RBI=0.0199723;REFB=-0.0117025;REVB=-0.00923286;RO=59;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075906;STB=0.550933;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.052337;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:4:8:36:23:4:8:36:23 chr7 100615445 . A G 32.5 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0147191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.121;QD=1.54761;RBI=0.0370991;REFB=-0.00297011;REVB=-0.0340543;RO=76;SAF=6;SAR=2;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329446;STB=0.758185;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0221806;OID=.;OPOS=100615445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:2:6:35:41:2:6:35:41 chr7 100615449 . C G 33.39 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.045479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3917;QD=1.64909;RBI=0.0457893;REFB=-0.0031321;REVB=-0.00532207;RO=72;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348284;STB=0.771798;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0177561;OID=.;OPOS=100615449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:72:73:8:8:0.0987654:2:6:32:40:2:6:32:41 chr7 100624718 . G C 337.84 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0138484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2812;QD=15.1838;RBI=0.0360556;REFB=-0.0247489;REVB=0.0332901;RO=51;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128206;STB=0.578197;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0267316;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:15:22:24:27:15:22:24:28 chr7 100634476 . C G 88.72 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0996092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3291;QD=14.7861;RBI=0.126601;REFB=-0.0355847;REVB=0.0781399;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0547665;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:8:5:3:8:8:5 chr7 100634640 . T G 313.03 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.000995235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.859;QD=14.7306;RBI=0.00169537;REFB=-0.0156684;REVB=0.00137251;RO=49;SAF=25;SAR=10;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186254;STB=0.601443;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0301859;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:10:25:27:22:10:25:28:22 chr7 100635205 . C T 298.28 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=63;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0220283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.504;QD=18.3558;RBI=0.0240258;REFB=-0.017081;REVB=0.00959124;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858846;STB=0.525157;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0258742;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:33:30:32:0.492308:19:11:15:18:19:13:15:18 chr7 100635661 . T C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0322277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.05;QD=17.2458;RBI=0.0425502;REFB=-0.0353204;REVB=-0.027783;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362158;STB=0.506323;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0446711;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:21:21:0.4375:13:8:9:17:13:8:10:17 chr7 100637338 . G C 39.02 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0530184;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.524;QD=2.94516;RBI=0.0768777;REFB=-0.0133003;REVB=-0.0556707;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459147;STB=0.53324;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0869044;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:54:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:28:18:3:4:28:18 chr7 100638828 . C T 366.75 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0216032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.198;QD=24.4498;RBI=0.0292609;REFB=-0.00671562;REVB=0.0197358;RO=24;SAF=22;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113712;STB=0.562465;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0034996;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:14:22:11:13:14:22:11:13 chr7 100638856 . A G 488.92 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0322552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2454;QD=27.5448;RBI=0.0342676;REFB=-0.0338257;REVB=0.0115703;RO=26;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067513;STB=0.536725;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0236489;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:20:25:17:9:20:25:17:9 chr7 100638887 . A C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00964726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.089;QD=11.2162;RBI=0.0134158;REFB=-0.0128974;REVB=-0.00932282;RO=48;SAF=17;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131549;STB=0.576526;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0216465;OID=.;OPOS=100638887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:9:17:26:22:9:17:26:22 chr7 100639012 . C T 64.17 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0974994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8474;QD=9.50717;RBI=0.0982189;REFB=-0.00275561;REVB=0.0118665;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.679637;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00606477;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:17:18:9:9:0.333333:5:4:12:5:5:4:13:5 chr7 100639040 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0132746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.02;QD=7.76204;RBI=0.0180281;REFB=-0.0257177;REVB=0.0121982;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133506;STB=0.583077;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0504314;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:10:3:2:4:10:3 chr7 100643791 . G A 61.21 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=117;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=-0.0369042;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.237;QD=2.11079;RBI=0.0468848;REFB=-0.00553463;REVB=-0.0289182;RO=94;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201702;STB=0.629138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.04125;OID=.;OPOS=100643791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:117:116:94:102:14:14:0.12069:7:7:32:62:7:7:36:66 chr7 100648029 . G A 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0107637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.06;QD=14.0962;RBI=0.0640642;REFB=-0.033558;REVB=-0.0631535;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248152;STB=0.642659;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0389542;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:4:14:7:6:4:14 chr7 100675128 . G A 491.34 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0390548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.806;QD=25.1967;RBI=0.0390564;REFB=0.00470921;REVB=-0.000347607;RO=32;SAF=16;SAR=30;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167109;STB=0.591606;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0024861;OID=.;OPOS=100675128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:30:16:18:14:30:16:18:14 chr7 100675713 . C T 282.67 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.028528;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.764;QD=22.6133;RBI=0.0443599;REFB=-0.0129511;REVB=-0.0339699;RO=22;SAF=24;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228482;STB=0.628466;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0100425;OID=.;OPOS=100675713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:4:24:15:7:4:24:15:7 chr7 100677279 . G C 72.61 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0759849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.11;QD=5.37816;RBI=0.0772302;REFB=-0.0157632;REVB=-0.0138128;RO=43;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585346;STB=0.866893;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0569881;OID=.;OPOS=100677279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:2:9:13:30:2:9:13:30 chr7 100677333 . C G 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0548401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9394;QD=7.30308;RBI=0.0556798;REFB=-0.000866614;REVB=0.00963338;RO=37;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50026;STB=0.815057;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00649778;OID=.;OPOS=100677333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:2:10:16:21:2:10:16:21 chr7 100677378 . C A 74.71 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00107121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.252;QD=5.06482;RBI=0.0058647;REFB=-0.00619104;REVB=-0.00576604;RO=47;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239839;STB=0.656863;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0262558;OID=.;OPOS=100677378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:47:47:12:12:0.20339:3:9:27:20:3:9:27:20 chr7 100677405 . G A 66.16 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0361563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.734;QD=5.08945;RBI=0.0441329;REFB=-0.00351926;REVB=0.0253068;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021164;STB=0.513861;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0190323;OID=.;OPOS=100677405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:3:7:30:12:3:7:30:12 chr7 100677409 . G A 44.43 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0159154;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.712;QD=3.11754;RBI=0.0223016;REFB=0.00325845;REVB=0.0156225;RO=49;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122408;STB=0.585167;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0144652;OID=.;OPOS=100677409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:58:57:49:49:8:8:0.140351:3:5:35:14:3:5:35:14 chr7 100677415 . T C 57.39 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0189918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.523;QD=3.82612;RBI=0.0189919;REFB=-0.00629684;REVB=4.04813e-05;RO=49;SAF=8;SAR=2;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223778;STB=0.649241;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0410187;OID=.;OPOS=100677415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:49:50:10:10:0.166667:2:8:32:17:2:8:33:17 chr7 100677429 . G A 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.0400472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.423;QD=3.79128;RBI=0.0405898;REFB=-0.0114089;REVB=0.00661493;RO=53;SAF=8;SAR=3;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158702;STB=0.505254;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.039079;OID=.;OPOS=100677429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:53:54:11:11:0.169231:3:8:38:15:3:8:39:15 chr7 100677455 . G A 206.32 PASS AF=0.342105;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.00299869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.894;QD=10.8589;RBI=0.024804;REFB=0.00633764;REVB=-0.0246221;RO=49;SAF=19;SAR=6;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067819;STB=0.508922;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0158954;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:49:50:25:26:0.342105:6:19:35:14:7:19:36:14 chr7 100677457 . G T 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=-0.0186482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.616;QD=4.66897;RBI=0.0188001;REFB=-0.00478551;REVB=0.00238473;RO=61;SAF=11;SAR=4;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439758;STB=0.528346;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.023427;OID=.;OPOS=100677457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:4:11:43:18:4:11:43:18 chr7 100677516 . A G 109.32 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0207667;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.727;QD=4.70185;RBI=0.0224715;REFB=-0.00946275;REVB=0.00858559;RO=75;SAF=13;SAR=5;SRF=52;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044009;STB=0.540843;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0283861;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:75:75:18:18:0.193548:5:13:52:23:5:13:51:24 chr7 100677519 . C T 108.46 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.0030045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.981;QD=4.61546;RBI=0.0363753;REFB=-0.023755;REVB=-0.036251;RO=75;SAF=13;SAR=5;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824388;STB=0.549239;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0278588;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:76:18:18:0.191489:5:13:50:25:5:13:51:25 chr7 100677523 . A C 107.28 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.0275008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.304;QD=4.42379;RBI=0.0619168;REFB=-0.00634207;REVB=-0.0554743;RO=78;SAF=13;SAR=5;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642771;STB=0.537888;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0401296;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:78:79:18:18:0.185567:5:13:53:25:5:13:54:25 chr7 100677526 . A C 107.33 PASS AF=0.183673;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=24;FWDB=-0.0100832;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.266;QD=4.38071;RBI=0.0101328;REFB=-0.00438037;REVB=0.00100051;RO=81;SAF=13;SAR=5;SRF=57;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285766;STB=0.522136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.017308;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:81:80:18:18:0.183673:5:13:57:24:5:13:56:24 chr7 100677572 . A G 78.02 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0142611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.109;QD=3.90094;RBI=0.0156549;REFB=8.43758e-06;REVB=0.00645728;RO=64;SAF=10;SAR=4;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125734;STB=0.586914;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000673353;OID=.;OPOS=100677572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:64:66:14:14:0.175:4:10:40:24:4:10:41:25 chr7 100677586 . A G 70.3 PASS AF=0.168831;AO=12;DP=76;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0159964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.642;QD=3.65204;RBI=0.0495652;REFB=-0.0121002;REVB=-0.0469129;RO=64;SAF=7;SAR=5;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117689;STB=0.613334;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0654998;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:76:77:64:64:12:13:0.168831:5:7:43:21:6:7:43:21 chr7 100677625 . G A 74.51 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=-0.0512051;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4979;QD=3.34879;RBI=0.063335;REFB=-0.0051341;REVB=0.0372742;RO=76;SAF=8;SAR=6;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150746;STB=0.607965;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0364983;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:89:76:75:14:14:0.157303:6:8:52:24:6:8:52:23 chr7 100677630 . C T 303.2 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0152541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8234;QD=12.5031;RBI=0.0221956;REFB=-0.00493623;REVB=0.0161231;RO=62;SAF=24;SAR=11;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101593;STB=0.505831;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00706644;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:11:24:43:19:11:24:43:19 chr7 100677642 . C T 420.7 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.000615281;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.78;QD=15.7271;RBI=0.0193334;REFB=-0.0190224;REVB=0.0193236;RO=59;SAF=31;SAR=15;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462998;STB=0.509087;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0156003;OID=.;OPOS=100677642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:46:47:0.439252:15:31:40:19:15:32:40:20 chr7 100677645 . C A 97.14 PASS AF=0.166667;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=108;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=0.0147147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.346;QD=3.59782;RBI=0.0268929;REFB=-0.00339564;REVB=-0.0225102;RO=89;SAF=12;SAR=6;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107203;STB=0.510478;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0232573;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:108:108:89:90:18:18:0.166667:6:12:60:29:6:12:61:29 chr7 100677704 . C T 124.84 PASS AF=0.16;AO=24;DP=150;FAO=24;FDP=150;FR=.;FRO=126;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=84;FSRR=42;FWDB=0.0314355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5502;QD=3.32906;RBI=0.0799537;REFB=-0.00199788;REVB=0.0735146;RO=118;SAF=20;SAR=4;SRF=78;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284788;STB=0.688443;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0149711;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:118:126:24:24:0.16:4:20:78:40:4:20:84:42 chr7 100677710 . A G 196.22 PASS AF=0.20915;AO=32;DP=153;FAO=32;FDP=153;FR=.;FRO=121;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=39;FWDB=-0.0223495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.489;QD=5.12989;RBI=0.0238442;REFB=-0.00980952;REVB=-0.00830923;RO=118;SAF=22;SAR=10;SRF=82;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011028;STB=0.508965;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0409565;OID=.;OPOS=100677710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:118:121:32:32:0.20915:10:22:82:36:10:22:82:39 chr7 100677714 . C T 145.9 PASS AF=0.169697;AO=28;DP=167;FAO=28;FDP=165;FR=.;FRO=137;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=91;FSRR=46;FWDB=0.00426235;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.487;QD=3.53694;RBI=0.0285105;REFB=-0.00943937;REVB=-0.0281901;RO=139;SAF=22;SAR=6;SRF=91;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205606;STB=0.627782;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0462356;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:139:137:28:28:0.169697:6:22:91:48:6:22:91:46 chr7 100677944 . T C 446.78 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0187239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8017;QD=16.7019;RBI=0.0187316;REFB=-0.000278387;REVB=-0.00053725;RO=58;SAF=36;SAR=13;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131527;STB=0.573739;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=9.91901e-05;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:13:36:36:22:13:36:36:22 chr7 100677995 . A G 40.44 PASS AF=0.0932203;AO=11;DP=118;FAO=11;FDP=118;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=72;FSRR=35;FWDB=0.0501886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8789;QD=1.371;RBI=0.0658949;REFB=-0.00219214;REVB=0.0426995;RO=103;SAF=10;SAR=1;SRF=68;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384538;STB=0.813769;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0339087;OID=.;OPOS=100677995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:118:118:103:107:11:11:0.0932203:1:10:68:35:1:10:72:35 chr7 100678086 . T C 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9894;QD=59.8328;RBI=0.0517364;REFB=0;REVB=-0.0481945;RO=0;SAF=71;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358989;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:31:71:0:0:31:71:0:0 chr7 100678173 . C T 834.29 PASS AF=0.712766;AO=67;DP=94;FAO=67;FDP=94;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00336248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.349;QD=35.5019;RBI=0.0239187;REFB=-0.0312249;REVB=0.0236812;RO=27;SAF=40;SAR=27;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389871;STB=0.520952;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0109558;OID=.;OPOS=100678173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:27:27:67:67:0.712766:27:40:18:9:27:40:18:9 chr7 100678421 . T A 33.08 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00430615;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.172;QD=13.2324;RBI=0.0163698;REFB=-0.0101118;REVB=-0.0157933;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370384;STB=0.691764;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.039185;OID=.;OPOS=100678421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:6:5:5:5:0.5:1:4:6:0:1:4:5:0 chr7 100678740 . T C 132.11 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00494126;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.439;QD=13.906;RBI=0.0217349;REFB=-0.00356835;REVB=-0.0211658;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315918;STB=0.673251;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0172242;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:15:15:0.394737:9:6:17:7:9:6:16:7 chr7 100678820 . T C 104.86 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0135819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0996;QD=10.755;RBI=0.0316736;REFB=0.0206033;REVB=-0.0286138;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723725;STB=0.534704;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0147957;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:13:13:0.333333:3:10:18:7:3:10:19:7 chr7 100679296 . C T 74.76 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.015302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.668;QD=5.86347;RBI=0.0163405;REFB=-0.00184725;REVB=0.00573247;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401973;STB=0.790293;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0155789;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:50:51:40:40:10:11:0.215686:1:9:27:13:1:10:27:13 chr7 100679316 . T A 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0139299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.308;QD=4.5116;RBI=0.0198458;REFB=-0.0113721;REVB=-0.0141355;RO=50;SAF=10;SAR=2;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22899;STB=0.666349;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0387088;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:63:50:51:12:12:0.190476:2:10:35:15:2:10:35:16 chr7 100679318 . A C 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.00808173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.344;QD=3.5129;RBI=0.0421107;REFB=-0.00316429;REVB=-0.0413279;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388327;STB=0.781907;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0159165;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:1:9:36:17:1:9:36:17 chr7 100679374 . C T 230.65 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00222319;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.803;QD=11.6783;RBI=0.0260915;REFB=-0.00861899;REVB=-0.0259966;RO=48;SAF=20;SAR=8;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795831;STB=0.506603;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00950063;OID=.;OPOS=100679374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:51:28:28:0.35443:8:20:34:14:8:20:36:15 chr7 100679388 . A C 48.66 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=0.0252499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.553;QD=2.56085;RBI=0.0536972;REFB=-0.00450633;REVB=-0.0473902;RO=61;SAF=9;SAR=1;SRF=45;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318028;STB=0.762056;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0267489;OID=.;OPOS=100679388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:71:76:61:66:10:10:0.131579:1:9:45:16:1:9:47:19 chr7 100679390 . A G 49.01 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.0129203;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1776;QD=2.61361;RBI=0.0219307;REFB=-0.00630082;REVB=0.0177206;RO=65;SAF=9;SAR=1;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36438;STB=0.777087;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0465265;OID=.;OPOS=100679390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:76:75:65:65:10:10:0.133333:1:9:45:20:1:9:45:20 chr7 100679809 . C T 73.12 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0671589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.889;QD=8.86271;RBI=0.0706498;REFB=-0.0373257;REVB=0.0219334;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626681;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0761758;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:33:23:23:9:10:0.30303:4:5:14:9:4:6:14:9 chr7 100680120 . C A 41.52 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000314277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.629;QD=4.05102;RBI=0.0395787;REFB=-0.00544807;REVB=-0.0395774;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316367;STB=0.510608;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0222436;OID=.;OPOS=100680120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:33:34:7:7:0.170732:3:4:18:15:3:4:19:15 chr7 100680132 . G A 82.01 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00144832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.408;QD=8.63271;RBI=0.0178796;REFB=-0.017456;REVB=-0.0178208;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201073;STB=0.622427;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0302088;OID=.;OPOS=100680132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:17:10:6:5:17:10 chr7 100680538 . A C 110.46 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0113291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9367;QD=15.2358;RBI=0.0119246;REFB=0.00959103;REVB=-0.00372113;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0110587;OID=.;OPOS=100680538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:10:6:4:9:10:6 chr7 100680983 . G A 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0061617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.155;QD=18.6733;RBI=0.0176583;REFB=-0.0131262;REVB=-0.0165484;RO=36;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167131;STB=0.593167;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0136224;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:14:21:15:21:14:21:15:21 chr7 100681172 . A G 369.81 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0552226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.973;QD=26.4154;RBI=0.0568338;REFB=0.00555525;REVB=0.0134368;RO=20;SAF=12;SAR=23;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331937;STB=0.682253;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000985852;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:20:35:36:0.642857:23:12:17:3:24:12:17:3 chr7 100681359 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0149941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2554;QD=9.44491;RBI=0.0156692;REFB=-0.00361014;REVB=-0.0045499;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00575073;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr7 100681762 . A G 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0254524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.528;QD=25.4284;RBI=0.0261047;REFB=-0.0198844;REVB=0.0057988;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900794;STB=0.549955;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0414146;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:5:10:12:10:5:10 chr7 100682275 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0186093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.18;QD=16.4254;RBI=0.0186218;REFB=-0.00387935;REVB=-0.000680878;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00726403;OID=.;OPOS=100682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:3:8:6:5:3:8 chr7 100683050 . T G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00818765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.189;QD=15.7005;RBI=0.0092186;REFB=-0.0247548;REVB=0.00423614;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210988;STB=0.512179;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0306632;OID=.;OPOS=100683050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:8:11:9:6:8:11 chr7 100683864 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00682443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.818;QD=17.5425;RBI=0.00939811;REFB=-0.0246759;REVB=0.00646156;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261037;STB=0.647401;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0232715;OID=.;OPOS=100683864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:13:3:7:8:13:3 chr7 100692680 . T G 764.1 PASS AF=0.509934;AO=77;DP=151;FAO=77;FDP=151;FR=.;FRO=74;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.00113837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.935;QD=20.2411;RBI=0.0044216;REFB=0.00242803;REVB=0.00427254;RO=74;SAF=38;SAR=39;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062582;STB=0.50344;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00299899;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:74:77:77:0.509934:39:38:36:38:39:38:36:38 chr7 100701610 . T A 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000206401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.963;QD=17.1002;RBI=0.0298905;REFB=-0.00643415;REVB=-0.0298898;RO=15;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33275;STB=0.695323;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00408644;OID=.;OPOS=100701610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:2:12:9:6:2:12:9:6 chr7 100731829 . T C 826.57 PASS AF=0.515337;AO=80;DP=161;FAO=84;FDP=163;FR=.;FRO=79;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.00281458;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.039;QD=20.2839;RBI=0.0138166;REFB=-0.0327055;REVB=0.0135269;RO=77;SAF=53;SAR=27;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130508;STB=0.507635;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0366443;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:77:79:80:84:0.515337:27:53:50:27:31:53:51:28 chr7 100733596 . G GA 60.08 PASS AF=0.666667;AO=3;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0045306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.9597;QD=16.0207;RBI=0.0142568;REFB=0.00451936;REVB=-0.0135178;RO=13;SAF=0;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620235;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.0526797;OID=.;OPOS=100733597;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:3:16:10:15:5:3:7:2:3:14:13:0:3:6:7 chr7 100733598 . T A 50.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0698986;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6568;QD=14.5251;RBI=0.0720923;REFB=0.00763045;REVB=0.017649;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.651795;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0354419;OID=.;OPOS=100733598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:8:7:7:7:0.5:4:3:2:6:4:3:1:6 chr7 100804240 . T TACCTCC 311.85 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00821843;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=6;MLLD=344.367;QD=33.7137;RBI=0.00863674;REFB=0.00215743;REVB=0.00265533;RO=12;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534672;STB=0.546401;STBP=0.42;TYPE=ins;VARB=-0.000489929;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.702703:26:39:26:37:11:11:15:3:8:83:12:11:15:4:8 chr7 101006376 . C T 780.35 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.701;QD=63.7022;RBI=0.105028;REFB=0;REVB=0.0239138;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319914;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr7 101006381 . TC T,TT 758.26 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=6,41;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980161,0.17421;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.4743,40.9031;QD=61.8984;RBI=0.147342,0.22681;REFB=0,0;REVB=0.110012,0.145237;RO=1;SAF=5,20;SAR=1,21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281147,0.0218198;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0839889,0.00237304;OID=.,.;OPOS=101006382,101006382;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0408163,0.959184:6,41:49:2,47:49:0:0,25:2,22:0:0:7:1:5,20:1,21:0:1 chr7 101187311 . G C 978.3 PASS AF=0.588608;AO=89;DP=156;FAO=93;FDP=158;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00496309;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.638;QD=24.7671;RBI=0.00497651;REFB=-0.0205296;REVB=-0.000365161;RO=66;SAF=46;SAR=43;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581658;STB=0.532618;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0167623;OID=.;OPOS=101187311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:66:65:89:93:0.588608:43:46:39:27:46:47:38:27 chr7 101200669 . A AG,G 1651.3 PASS AF=0.991379,0.00862069;AO=107,5;DP=122;FAO=115,1;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=80,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609474,-0.0162258;FXX=0.00854628;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=25.0805,235.154;QD=56.9413;RBI=0.125209,0.0316876;REFB=0,0;REVB=-0.109374,-0.0272182;RO=9;SAF=74,5;SAR=33,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0344542,0.663036;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0021369,0.00593809;OID=.,.;OPOS=101200670,101200669;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:122:116:9:0:107,5:115,1:0.991379,0.00862069:33,0:74,5:8:1:35,0:80,1:0:0 chr7 101259504 . C T 399.04 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00556568;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.523;QD=17.9345;RBI=0.0116637;REFB=0.0199558;REVB=-0.0102501;RO=48;SAF=29;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134731;STB=0.575644;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0238686;OID=.;OPOS=101259504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:12:29:28:20:12:29:28:20 chr7 101877468 . C T 413.7 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00945902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.538;QD=15.0438;RBI=0.0268862;REFB=-0.0156555;REVB=0.0251673;RO=63;SAF=24;SAR=23;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296474;STB=0.516647;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0159461;OID=.;OPOS=101877468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:63:47:47:0.427273:23:24:34:29:23:24:34:29 chr7 101892833 . C T 1026.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2098;QD=59.4957;RBI=0.0522141;REFB=0;REVB=0.0158373;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250879;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr7 101916647 . A G 291.29 PASS AF=0.350515;AO=33;DP=96;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=0.0112792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.219;QD=12.0117;RBI=0.0343304;REFB=0.000705504;REVB=-0.0324247;RO=62;SAF=19;SAR=14;SRF=47;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221802;STB=0.626911;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00154242;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:63:33:34:0.350515:14:19:47:15:15:19:47:16 chr7 101917521 . G A 253.57 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00182106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8806;QD=17.4878;RBI=0.0433911;REFB=-0.0533022;REVB=0.0433529;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197132;STB=0.604317;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0603022;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:20:8:14:15:20:8:14:16 chr7 101928495 . G C 450.21 PASS AF=0.46729;AO=44;DP=101;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0231092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.952;QD=16.8304;RBI=0.0232277;REFB=-0.0363533;REVB=0.00234351;RO=57;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441028;STB=0.508702;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0453052;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:57:57:44:50:0.46729:22:22:31:26:22:28:31:26 chr7 102038153 . CTGTG C 386.72 PASS AF=1;AO=22;DP=33;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204973;FXX=0.358882;HRUN=1;LEN=4;MLLD=176.758;QD=61.8755;RBI=0.0926165;REFB=0;REVB=0.0903199;RO=0;SAF=21;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000311479;OID=.;OPOS=102038154;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:33:25:25:0:23:2:0:0:3:0:21:1:0:0 chr7 102063527 . G C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.478;QD=55.0917;RBI=0.0111644;REFB=0;REVB=-0.00768632;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119376;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr7 102066145 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00638598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.047;QD=15.947;RBI=0.0064719;REFB=0.00196378;REVB=-0.00105102;RO=47;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464352;STB=0.526108;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00234965;OID=.;OPOS=102066145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:13:23:32:15:13:23:32:15 chr7 102066539 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.439;QD=37.4885;RBI=0.0650189;REFB=0;REVB=-0.00386573;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988284;OID=.;OPOS=102066539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 102087202 . T C 713.31 PASS AF=0.507246;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0715431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7495;QD=20.6757;RBI=0.0715449;REFB=0.00589279;REVB=0.000517355;RO=68;SAF=44;SAR=26;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465706;STB=0.525599;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00738911;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:68:68:70:70:0.507246:26:44:46:22:26:44:46:22 chr7 102108152 . C T 530.92 PASS AF=0.509259;AO=53;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0958703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8738;QD=19.6636;RBI=0.118517;REFB=-0.0196007;REVB=0.0696784;RO=54;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126703;STB=0.546542;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0201154;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:53:53:55:0.509259:26:27:20:34:28:27:21:32 chr7 102111936 . G A 725.63 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0195455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.546;QD=22.3272;RBI=0.0223453;REFB=-0.0337433;REVB=0.0108299;RO=59;SAF=45;SAR=25;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227778;STB=0.621346;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0216574;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:59:60:70:70:0.538462:25:45:22:37:25:45:23:37 chr7 102111980 . C T 151.05 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00415556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.141;QD=11.1891;RBI=0.00911429;REFB=-0.0256889;REVB=0.00811182;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209157;STB=0.507804;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0416528;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:19:19:0.351852:10:9:15:18:10:9:17:18 chr7 102114087 . C T 295.5 PASS AF=0.484848;AO=29;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0289043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6157;QD=17.9093;RBI=0.0824685;REFB=-0.00732622;REVB=-0.0772373;RO=28;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120417;STB=0.540572;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00654683;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:34:29:32:0.484848:8:21:17:11:10:22:21:13 chr7 102119322 . T C 508.73 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0473928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.564;QD=23.3897;RBI=0.0475037;REFB=-0.0233169;REVB=-0.00324349;RO=31;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337014;STB=0.568121;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0135467;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:31:39:48:48:0.551724:27:21:15:16:27:21:23:16 chr7 102136576 . T C 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00394933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0228;QD=7.74611;RBI=0.0327251;REFB=-0.00634271;REVB=-0.0324859;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992856;STB=0.559927;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0158979;OID=.;OPOS=102136576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:7:9:27:15:7:9:27:15 chr7 102180473 . C T 92.4 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0335312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2848;QD=20.5339;RBI=0.0644789;REFB=-0.0135081;REVB=-0.0550745;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211612;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0125194;OID=.;OPOS=102180473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:10:11:0.611111:6:4:3:4:6:5:3:4 chr7 102210320 . G C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00667883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.678;QD=7.83712;RBI=0.00970662;REFB=0.00416131;REVB=0.00704356;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108096;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:7:9:4:3:7:9 chr7 102279592 . G A 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00754777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.477;QD=8.2825;RBI=0.0160286;REFB=-0.00523493;REVB=0.0141403;RO=32;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280373;STB=0.517213;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0108489;OID=.;OPOS=102279592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:4:8:22:10:4:8:22:10 chr7 102279621 . C T 149.37 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.032132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.878;QD=14.2253;RBI=0.0323704;REFB=0.00383668;REVB=-0.00392168;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160135;STB=0.571306;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=2.05208e-05;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:23:12:12:0.285714:4:8:11:10:4:8:13:10 chr7 102389833 . G C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=14;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0424912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.58;QD=48.626;RBI=0.049835;REFB=0.00740318;REVB=0.0260389;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-4.08924e-05;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:14:22:0.956522:9:5:0:0:9:13:1:0 chr7 102462636 . T C 334.28 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0579982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.157;QD=16.7138;RBI=0.0597332;REFB=-0.00561656;REVB=-0.0142923;RO=44;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00495869;STB=0.502784;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00699928;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:36:36:0.45:19:17:21:23:19:17:21:23 chr7 102497902 . T C 108.55 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00860913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.733;QD=13.5684;RBI=0.0171463;REFB=-0.00956794;REVB=-0.0148283;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754579;STB=0.543976;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0202317;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:13:6:5:8:13:6 chr7 102574714 . TA T,TG 351.29 PASS AF=0.269231,0.480769;AO=13,25;DP=56;FAO=14,25;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=0,10;FSAR=14,15;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.0434542,-0.0170461;FXX=0.0714158;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.5906,62.4788;QD=27.0222;RBI=0.101881,0.0267528;REFB=-0.0160263,-0.00894795;REVB=-0.0921491,-0.020619;RO=12;SAF=0,10;SAR=13,15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0.303191,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.867643,-0.343477;STB=0.999259,0.696825;STBP=0,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.0435997,-0.000522411;OID=.,.;OPOS=102574715,102574715;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.269231,0.480769:13,25:56:14,25:52:13:0,10:14,15:13:0:95:12:0,10:13,15:12:0 chr7 102574999 . TGAA T 234.59 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00265811;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.531;QD=19.5488;RBI=0.00281364;REFB=-0.012074;REVB=0.000922521;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232296;STB=0.620046;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.0111172;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167:22:51:23:48:25:16:7:12:13:99:23:15:7:10:13 chr7 102665620 . C G 280.88 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0038947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.151;QD=10.5992;RBI=0.0245651;REFB=-0.00861676;REVB=-0.0242544;RO=70;SAF=24;SAR=12;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654242;STB=0.53791;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0156325;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:70:36:36:0.339623:12:24:43:27:12:24:43:27 chr7 102668001 . A C 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.066;QD=56.9802;RBI=0.0182255;REFB=0.1465;REVB=0.00910322;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.500753;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000775829;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:34:38:1:0:34:38:1:1 chr7 102669176 . G A 316.04 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00313939;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.861;QD=14.8724;RBI=0.0335397;REFB=-0.0173463;REVB=-0.0333925;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338672;STB=0.512188;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0238725;OID=.;OPOS=102669176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:50:35:35:0.411765:14:21:29:22:14:21:29:21 chr7 102696108 . A G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00058749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.939;QD=7.89724;RBI=0.0187128;REFB=0.00124736;REVB=0.0187036;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392224;STB=0.524228;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00357821;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:20:10:4:7:20:10 chr7 102715804 . C T 54.34 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0126178;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.219;QD=16.7193;RBI=0.0733233;REFB=0.0203952;REVB=-0.0722295;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329175;STB=0.6871;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0157532;OID=.;OPOS=102715804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:14:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:6:0:2:5:6:0 chr7 102740683 . G A 651.03 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00446585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.806;QD=54.2527;RBI=0.0624596;REFB=-0.010839;REVB=-0.0622998;RO=4;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014632;STB=0.507809;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=1.02938e-05;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:18:26:2:2:18:26:2:2 chr7 102742144 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.425;QD=64.4133;RBI=0.0163694;REFB=0;REVB=0.00459119;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81176e-05;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:18:32:0:0:18:32:0:0 chr7 102743893 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.582;QD=60.6086;RBI=0.075288;REFB=0;REVB=0.00702757;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478163;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr7 102948040 . T C 464.24 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00918735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.951;QD=24.7594;RBI=0.00984259;REFB=-0.0146317;REVB=0.00353116;RO=30;SAF=27;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867311;STB=0.541674;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00943425;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:31:44:44:0.586667:17:27:15:15:17:27:16:15 chr7 102950891 . G A 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00568659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.129;QD=22.1929;RBI=0.0225804;REFB=-0.00537419;REVB=0.0218526;RO=34;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130756;STB=0.57195;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00383795;OID=.;OPOS=102950891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:21:20:22:12:21:20:22:12 chr7 102950912 . CAAAAAG AAAAAGA,CAAAAAGA,CAAAAG 30.11 PASS AF=0,0.173077,0.0192308;AO=2,7,6;DP=51;FAO=0,9,1;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=0,5,1;FSAR=0,4,0;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0623902,-0.0425294,-0.135175;FXX=0;HRUN=1,2,5;LEN=7,1,1;MLLD=85.9429,15.9705,14.6951;QD=2.31642;RBI=0.0655197,0.215186,0.135246;REFB=-0.00469053,-0.0556793,-0.0363759;REVB=0.0200073,0.210941,-0.00436102;RO=30;SAF=1,4,5;SAR=1,3,1;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0295658,0.125246,0.447513;STB=0.5,0.526257,0.989512;STBP=1,0.952,0.47;TYPE=mnp,ins,del;VARB=0,0.0645447,0.023574;OID=.,.,.;OPOS=102950912,102950919,102950913;OREF=CAAAAAG,-,A;OALT=AAAAAGA,A,-;OMAPALT=AAAAAGA,CAAAAAGA,CAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:51:52:30:42:2,7,6:0,9,1:0,0.173077,0.0192308:1,3,1:1,4,5:14:16:0,4,0:0,5,1:22:20 chr7 103007949 . A C 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.515;QD=64.0162;RBI=0.0182293;REFB=0;REVB=0.0180065;RO=0;SAF=61;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69281e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:37:61:0:0:37:61:0:0 chr7 103073964 . T C 66.16 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00924917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.283;QD=5.08959;RBI=0.011941;REFB=-0.00318461;REVB=0.00755254;RO=42;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607572;STB=0.503992;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0179571;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:4:6:25:17:4:6:25:17 chr7 103073979 . G C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00180978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.601;QD=3.78948;RBI=0.0325099;REFB=0.000662476;REVB=-0.0324595;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128119;STB=0.588022;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00498387;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:26:17:4:4:26:17 chr7 103073993 . T C 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0123469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.523;QD=3.29634;RBI=0.030087;REFB=-0.0101605;REVB=-0.0274368;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197915;STB=0.639617;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0290546;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:4:3:25:17:4:3:25:17 chr7 103124785 . T C 258.42 PASS AF=0.4;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0131487;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.327;QD=13.7825;RBI=0.0175892;REFB=-0.000235222;REVB=0.011683;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846107;STB=0.54809;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000444783;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:45:45:30:30:0.4:13:17:29:16:13:17:29:16 chr7 103124788 . C T 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0293953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.313;QD=13.046;RBI=0.0317097;REFB=-0.0179167;REVB=-0.0118923;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789833;STB=0.550232;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0170536;OID=.;OPOS=103124788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:48:30:30:0.384615:13:17:30:17:13:17:31:17 chr7 103155705 . A G 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.125;QD=63.2762;RBI=0.023323;REFB=0;REVB=-0.0228764;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10078e-05;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr7 103162607 . G A 456.82 PASS AF=0.393939;AO=52;DP=127;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.00532839;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.237;QD=13.8431;RBI=0.0133302;REFB=-0.00635274;REVB=-0.0122189;RO=75;SAF=19;SAR=33;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271396;STB=0.655382;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0126286;OID=.;OPOS=103162607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:75:80:52:52:0.393939:33:19:47:28:33:19:50:30 chr7 103180872 . A G 335.97 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00991187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.211;QD=19.7632;RBI=0.0187665;REFB=-0.0108394;REVB=0.0159353;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552121;STB=0.503066;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00926262;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:20:13:14:21:20:13 chr7 103389954 . A G 1071.35 PASS AF=0.950617;AO=72;DP=80;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.175947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.1145;QD=52.9061;RBI=0.175953;REFB=-0.145063;REVB=0.00143157;RO=5;SAF=35;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038451;STB=0.525634;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00850498;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:80:81:5:4:72:77:0.950617:37:35:4:1:37:40:0:4 chr7 104263425 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.952;QD=51.1821;RBI=0.0457521;REFB=0;REVB=0.0095961;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375342;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 104536783 . C T 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.0121425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.853;QD=16.923;RBI=0.0213764;REFB=-0.0170611;REVB=0.0175929;RO=34;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109162;STB=0.560937;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.018226;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:20:10:8:26:20:10:8:26 chr7 104717517 . C T 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0136895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7805;QD=8.30576;RBI=0.0140224;REFB=-0.00956821;REVB=-0.00303749;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136257;STB=0.57124;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0400243;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:2:6:11:6:2:6:12:6 chr7 104758225 . G T 505.91 PASS AF=0.49;AO=45;DP=96;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.022012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.948;QD=20.2366;RBI=0.0320641;REFB=-0.0102922;REVB=-0.0233147;RO=50;SAF=25;SAR=20;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817595;STB=0.51892;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0130868;OID=.;OPOS=104758225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:50:51:45:49:0.49:20:25:32:18:20:29:32:19 chr7 104785779 . T G 170.45 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0124143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.561;QD=25.2525;RBI=0.0143798;REFB=-0.0228318;REVB=-0.0072569;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195324;STB=0.510904;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0106511;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:5:5:8:9:5:5 chr7 105245754 . A G 585.62 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0151143;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.73;QD=22.3094;RBI=0.0151162;REFB=0.00634367;REVB=-0.000240661;RO=47;SAF=35;SAR=23;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671578;STB=0.536734;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00501135;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:47:47:58:58:0.552381:23:35:32:15:23:35:32:15 chr7 105245877 . G A 274.05 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0156451;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.129;QD=23.323;RBI=0.0160173;REFB=-0.0223863;REVB=-0.00343283;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977936;STB=0.546276;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.019849;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:8:17:12:9:8:17:13:9 chr7 105283569 . C CA 53.6 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0929404;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.8912;QD=6.30634;RBI=0.0995832;REFB=-0.00762676;REVB=-0.0357617;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267055;STB=0.763251;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.100591;OID=.;OPOS=105283570;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:11:34:12:34:22:8:4:5:17:53:23:6:5:7:16 chr7 105615406 . G A 460.79 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0148174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.1;QD=17.226;RBI=0.0260321;REFB=-0.0226256;REVB=-0.0214036;RO=57;SAF=30;SAR=20;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890267;STB=0.549598;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0223629;OID=.;OPOS=105615406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:57:50:50:0.46729:20:30:29:28:20:30:29:28 chr7 105615426 . G C 388.9 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00837681;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2103;QD=16.0372;RBI=0.00855294;REFB=-0.0209599;REVB=0.00172684;RO=56;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124935;STB=0.507039;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0150301;OID=.;OPOS=105615426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:56:56:41:41:0.42268:21:20:28:28:21:20:28:28 chr7 105621512 . G T 630.88 PASS AF=0.5625;AO=56;DP=106;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0191471;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.7;QD=22.5315;RBI=0.0242969;REFB=-0.0234114;REVB=0.0149575;RO=49;SAF=18;SAR=38;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187856;STB=0.559611;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0179639;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:112:49:49:56:63:0.5625:38:18:26:23:38:25:26:23 chr7 105655639 . TG CT 58.45 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.0633663;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.502;QD=2.38554;RBI=0.0655917;REFB=-0.00245226;REVB=-0.0169407;RO=84;SAF=10;SAR=3;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435922;STB=0.796558;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0616221;OID=.;OPOS=105655639;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:98:98:84:85:13:13:0.132653:3:10:34:50:3:10:35:50 chr7 105655642 . C G 69.6 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.102161;FXX=0.034087;HRUN=7;LEN=1;MLLD=31.3333;QD=3.27532;RBI=0.103842;REFB=-0.0814202;REVB=-0.0186064;RO=46;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451975;STB=0.803113;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.156139;OID=.;OPOS=105655642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:88:85:46:66:12:12:0.141176:3:9:17:29:3:9:24:42 chr7 105656263 . G A 279.66 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0150009;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.646;QD=16.2121;RBI=0.0248763;REFB=0.00463914;REVB=-0.0198445;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180584;STB=0.601606;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00723446;OID=.;OPOS=105656263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:23:15:18:13:23:15 chr7 105671267 . T C 2323.9 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215242;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.496;QD=61.1552;RBI=0.0250067;REFB=0;REVB=0.0127295;RO=0;SAF=57;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120598;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:152:0:0:150:152:1:93:57:0:0:95:57:0:0 chr7 105848638 . T C 134.89 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0203171;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.685;QD=14.5822;RBI=0.0218101;REFB=-0.0164192;REVB=-0.00793073;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149229;STB=0.58684;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0348793;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:12:10:9:6:12:10 chr7 105903904 . T C 1673.48 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0442355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6574;QD=57.7063;RBI=0.0662625;REFB=-0.0602203;REVB=0.049335;RO=3;SAF=63;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543247;STB=0.507811;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00347327;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:116:116:3:2:113:114:0.982759:50:63:2:1:51:63:2:0 chr7 106508978 . A G 2827.5 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5009;QD=62.8334;RBI=0.0363566;REFB=0;REVB=-0.0352889;RO=0;SAF=107;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03274e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:0:0:180:180:1:73:107:0:0:73:107:0:0 chr7 106508987 . T C 2842.73 PASS AF=1;AO=180;DP=183;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100429;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7964;QD=63.1718;RBI=0.0217352;REFB=0;REVB=0.0192758;RO=0;SAF=105;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398558;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:183:180:0:0:180:180:1:75:105:0:0:75:105:0:0 chr7 106509331 . C A 387.19 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=64;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00680263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.987;QD=23.8273;RBI=0.0495274;REFB=-0.00571897;REVB=0.049058;RO=27;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138849;STB=0.579957;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00497194;OID=.;OPOS=106509331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:27:37:38:0.584615:14:23:12:15:14:24:12:15 chr7 106524689 . C T 425.53 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0542594;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.982;QD=21.0136;RBI=0.072464;REFB=-0.0261665;REVB=-0.0480307;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678595;STB=0.53085;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0275947;OID=.;OPOS=106524689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:21:21:16:22:21:21:17:22 chr7 106685448 . G T 769.46 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.06;QD=56.997;RBI=0.124313;REFB=0;REVB=0.0989765;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720949;OID=.;OPOS=106685448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:19:34:0:0:19:35:0:0 chr7 107002806 . A G 279.03 PASS AF=0.336449;AO=36;DP=107;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0211364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6569;QD=10.4312;RBI=0.0211512;REFB=-0.014589;REVB=-0.000789534;RO=69;SAF=20;SAR=16;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448278;STB=0.53388;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0358853;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:71:36:36:0.336449:16:20:41:28:16:20:43:28 chr7 107188719 . G T 381.78 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.027422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0267;QD=17.1588;RBI=0.0757145;REFB=-0.0237388;REVB=-0.0705742;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213116;STB=0.511939;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0167355;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:22:18:21:28:22:18:21:28 chr7 107208250 . T C 156.64 PASS AF=0.323077;AO=15;DP=59;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0191071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.277;QD=9.63951;RBI=0.0259342;REFB=-0.015561;REVB=-0.0175358;RO=44;SAF=11;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165537;STB=0.669612;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0344896;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:65:44:44:15:21:0.323077:4:11:27:17:4:17:27:17 chr7 107414419 . A G 1219.0 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00205184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.688;QD=58.7472;RBI=0.007773;REFB=-0.129169;REVB=0.0074973;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106396;STB=0.501049;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00038377;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:1:2:80:81:0.975904:36:44:1:0:37:44:1:1 chr7 107559911 . G A 1178.89 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.066378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4797;QD=60.456;RBI=0.0706705;REFB=0;REVB=0.0242544;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501725;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:31:46:0:0:32:46:0:0 chr7 107569517 . A G 434.23 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=0.00680269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.373;QD=17.0285;RBI=0.0216482;REFB=-0.00900401;REVB=-0.0205516;RO=55;SAF=25;SAR=22;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230427;STB=0.627451;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00947204;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:22:25:42:13:22:25:42:13 chr7 107593989 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.559;QD=56.1894;RBI=0.0580806;REFB=0;REVB=0.0531118;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341462;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 107603431 . A C 561.18 PASS AF=0.345;AO=69;DP=200;FAO=69;FDP=200;FR=.;FRO=131;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=-0.0246681;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.105;QD=11.2237;RBI=0.0246884;REFB=-0.01159;REVB=-0.000999513;RO=126;SAF=37;SAR=32;SRF=73;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493842;STB=0.518913;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0185064;OID=.;OPOS=107603431;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:126:131:69:69:0.345:32:37:73:53:32:37:74:57 chr7 107788905 . CTG C 271.83 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=62;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0136267;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.624;QD=16.9893;RBI=0.0136284;REFB=-0.00797837;REVB=-0.0002167;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215459;STB=0.667298;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.00717358;OID=.;OPOS=107788906;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:28:62:30:64:34:8:22:19:15:99:30:8:20:15:15 chr7 107818851 . T C 691.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354535;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.774;QD=62.8887;RBI=0.0145419;REFB=0;REVB=0.0141031;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05803e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr7 107824678 . A G 1567.46 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.294;QD=59.7128;RBI=0.0851038;REFB=0;REVB=0.0515032;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219877;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:105:0:0:96:105:1:34:62:0:0:37:68:0:0 chr7 107824889 . C G 354.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.465;QD=54.523;RBI=0.0539318;REFB=0;REVB=0.0216129;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292587;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr7 107834613 . G C 1129.34 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3936;QD=60.2316;RBI=0.109733;REFB=0;REVB=0.0300066;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024248;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr7 107834734 . C T 990.19 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.13;QD=59.1157;RBI=0.0440883;REFB=0;REVB=0.0305421;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179549;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:28:39:0:0 chr7 107838464 . G T 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.712;QD=60.3751;RBI=0.0757342;REFB=0;REVB=-0.0754447;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300281;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr7 107849907 . CG C,CA 1138.84 PASS AF=0.0394737,0.960526;AO=9,63;DP=77;FAO=3,73;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=3,46;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728414,-0.00265729;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.483,110.571;QD=59.939;RBI=0.0362577,0.0137288;REFB=0,0;REVB=-0.0355184,0.0134692;RO=0;SAF=3,42;SAR=6,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00762772,-0.00528089;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0394737,0.960526:9,63:77:3,73:76:0:3,46:0,27:0:0:12:0:3,42:6,21:0:0 chr7 107849909 . T A 46.73 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.00670124;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=74.1643;QD=2.3364;RBI=0.0132499;REFB=-0.000662532;REVB=0.0114304;RO=70;SAF=4;SAR=6;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324047;STB=0.724724;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00297812;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:6:4:47:23:6:4:47:23 chr7 107872816 . G A 1083.84 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266283;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.533;QD=60.2135;RBI=0.0646001;REFB=0;REVB=0.0588567;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211364;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr7 107875170 . T C 962.33 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00390762;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.596;QD=57.4526;RBI=0.00471594;REFB=0.0214008;REVB=0.0026402;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000641782;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:0:1:66:66:0.985075:40:26:0:0:40:26:0:1 chr7 108212353 . G A 791.82 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0638777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.52;QD=53.6825;RBI=0.0705709;REFB=0.0302512;REVB=0.0299983;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.000469921;OID=.;OPOS=108212353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:31:26:2:0:31:26:2:0 chr7 111367623 . T C 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00537213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.917;QD=19.5769;RBI=0.00675018;REFB=-0.00345808;REVB=-0.00408719;RO=31;SAF=10;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199518;STB=0.611382;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0038294;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:23:10:16:15:23:10:16:15 chr7 111487098 . C T 118.61 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0662904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5113;QD=7.77755;RBI=0.0821282;REFB=-0.0114734;REVB=-0.0484832;RO=43;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365448;STB=0.531459;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.047023;OID=.;OPOS=111487098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:43:44:17:17:0.278689:7:10:24:19:7:10:24:20 chr7 111970342 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.518;QD=51.9164;RBI=0.0449791;REFB=0;REVB=-0.00378621;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839478;OID=.;OPOS=111970342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 112101907 . ATTTTT ATATTA,ATATTT,ATTATT,ATT,ATTTT 505.17 PASS AF=0.04,0,0.453333,0,0.506667;AO=4,10,3,8,14;DP=75;FAO=3,0,34,0,38;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23,0,28;FSAR=3,0,11,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679624,-0.0576317,-0.0645656,-0.230606,-0.74219;FXX=0.0384566;HRUN=11,11,11,11,11;LEN=4,1,1,3,1;MLLD=129.447,139.695,145.716,10.2914,3.74756;QD=26.9423;RBI=0.148517,0.222999,0.192251,0.335327,1.0208;REFB=0.0170245,0.00952185,0.010506,0.0613901,0.134497;REVB=-0.132055,-0.215423,-0.181085,-0.243445,-0.700847;RO=3;SAF=0,9,1,4,14;SAR=4,1,2,4,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.705357,0.394666,0,0.0790568,0.839249;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,del,del;VARB=0.162953,0.1024,-0.00447225,0,0.0149285;OID=.,.,.,.,.;OPOS=112101909,112101909,112101910,112101908,112101908;OREF=TTTT,T,T,TTT,T;OALT=ATTA,A,A,-,-;OMAPALT=ATATTA,ATATTT,ATTATT,ATT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/5:0.04,0,0.453333,0,0.506667:4,10,3,8,14:75:3,0,34,0,38:75:0:0,0,23,0,28:3,0,11,0,10:0:0:99:3:0,9,1,4,14:4,1,2,4,0:1:2 chr7 112102355 . T G 917.21 PASS AF=0.576389;AO=83;DP=144;FAO=83;FDP=144;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0381045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.503;QD=25.478;RBI=0.0448776;REFB=-0.00908465;REVB=0.0237075;RO=61;SAF=47;SAR=36;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320789;STB=0.51745;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00638335;OID=.;OPOS=112102355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:61:61:83:83:0.576389:36:47:37:24:36:47:37:24 chr7 112112279 . G A 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00305996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.792;QD=18.1915;RBI=0.015162;REFB=0.00260391;REVB=-0.01485;RO=45;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187943;STB=0.510493;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00306773;OID=.;OPOS=112112279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:17:23:25:20:17:23:25:20 chr7 112405982 . TA TAA,T 115.18 PASS AF=0,0.454545;AO=10,36;DP=88;FAO=0,40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=0,26;FSAR=0,14;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.13496,0.131419;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.96389,9.37397;QD=5.23556;RBI=0.200994,0.206127;REFB=-0.0135909,0.0181247;REVB=-0.148945,0.158799;RO=38;SAF=7,25;SAR=3,11;SRF=25;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0589246,0.0389029;STB=0.5,0.510045;STBP=1,0.868;TYPE=ins,del;VARB=0,0.00784268;OID=.,.;OPOS=112405983,112405983;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.454545:10,36:88:0,40:88:48:0,26:0,14:32:16:99:38:7,25:3,11:25:13 chr7 112406507 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0210449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.555;QD=7.67879;RBI=0.0223558;REFB=-0.0087285;REVB=-0.00754305;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229609;STB=0.644273;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0241811;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:3:8:17:14:3:8:17:14 chr7 112459652 . T A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0234437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.725;QD=14.2312;RBI=0.0239495;REFB=-0.0112436;REVB=-0.00489639;RO=36;SAF=21;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259362;STB=0.649708;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0140879;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:5:21:22:14:5:21:22:14 chr7 112459770 . T C 243.62 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00439393;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.385;QD=22.147;RBI=0.0168685;REFB=-0.0134268;REVB=0.0162861;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15005;STB=0.592737;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0146051;OID=.;OPOS=112459770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:21:23:23:0.522727:11:12:14:6:11:12:15:6 chr7 112461608 . A G 170.05 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.006778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.694;QD=17.0051;RBI=0.00680854;REFB=-0.0107342;REVB=-0.000644089;RO=22;SAF=3;SAR=15;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633532;STB=0.859004;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0244727;OID=.;OPOS=112461608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:15:3:19:3:15:3:19:3 chr7 112722278 . A AC,C 689.96 PASS AF=0.173077,0.826923;AO=11,36;DP=52;FAO=9,43;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=7,32;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043209,0.043725;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=110.949,113.218;QD=53.0738;RBI=0.0450274,0.0463142;REFB=0,0;REVB=-0.0126669,0.0152684;RO=0;SAF=8,28;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0199397,0.00813142;OID=.,.;OPOS=112722279,112722278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:52:52:0:0:11,36:9,43:0.173077,0.826923:3,8:8,28:0:0:2,11:7,32:0:0 chr7 112724417 . A G 822.98 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455936;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.7553;QD=55.7951;RBI=0.058935;REFB=-0.0097637;REVB=0.0373439;RO=1;SAF=13;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.000825349;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:45:13:1:0:45:13:1:0 chr7 112724525 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.263;QD=54.5177;RBI=0.0381134;REFB=0;REVB=0.0240485;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168263;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr7 113518434 . C A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00377888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.942;QD=20.8378;RBI=0.065055;REFB=0.0265572;REVB=-0.0649452;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00335094;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:2:3:4:5:2:3 chr7 113518498 . C A 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0545819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.58;QD=24.817;RBI=0.0609242;REFB=-0.02012;REVB=-0.0270662;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669753;STB=0.53716;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0147242;OID=.;OPOS=113518498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:12:6:10:14:12:6 chr7 113518502 . A T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.314;QD=56.956;RBI=0.0245696;REFB=0;REVB=0.0244235;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02118e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr7 113519719 . A T 1600.97 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.95;QD=64.0387;RBI=0.0318538;REFB=0;REVB=0.028922;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17331e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:100:0:0:92:100:1:49:43:0:0:51:49:0:0 chr7 113519796 . C T 740.56 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203969;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8157;QD=54.8566;RBI=0.0690376;REFB=-0.0931605;REVB=-0.0659557;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000540643;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:21:32:0:0:21:32:1:0 chr7 114296590 . A C 161.46 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0354074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.22;QD=16.1462;RBI=0.0378934;REFB=-0.0210933;REVB=0.0134991;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190375;STB=0.526996;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0256878;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:22:17:18:0.45:13:4:5:15:13:5:7:15 chr7 114619598 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.302;QD=51.184;RBI=0.0590233;REFB=0;REVB=0.0437087;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312663;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr7 115578124 . G T 766.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.637;QD=63.8405;RBI=0.0477603;REFB=0;REVB=-0.046475;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017683;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr7 115892650 . T G 554.3 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=106;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.00730982;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.374;QD=21.1161;RBI=0.00912368;REFB=-0.0108837;REVB=-0.00545967;RO=49;SAF=31;SAR=25;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224617;STB=0.623073;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0140655;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:49:49:56:56:0.533333:25:31:14:35:25:31:14:35 chr7 115897392 . G C 465.11 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0124803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.769;QD=19.5835;RBI=0.0128023;REFB=-0.0327674;REVB=0.00285316;RO=49;SAF=30;SAR=16;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021961;STB=0.51219;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0339004;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:16:30:33:16:16:30:33:16 chr7 116146127 . C T 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0297518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.004;QD=18.6338;RBI=0.0452129;REFB=-0.00993663;REVB=-0.0340446;RO=56;SAF=29;SAR=25;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341329;STB=0.518899;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0110233;OID=.;OPOS=116146127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:25:29:28:28:25:29:28:28 chr7 116165360 . A C,G 917.24 PASS AF=0.878788,0.121212;AO=57,5;DP=62;FAO=58,8;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=46,7;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966973,7.64385e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.2,150.672;QD=55.5901;RBI=0.0586292,0.00561593;REFB=0,0;REVB=0.0578263,-0.00561541;RO=0;SAF=45,5;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00396853,0.0271735;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:62:66:0:0:57,5:58,8:0.878788,0.121212:12,0:45,5:0:0:12,1:46,7:0:0 chr7 116165463 . T C 678.02 PASS AF=0.8;AO=52;DP=66;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=50;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0518286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3817;QD=38.7439;RBI=0.0636492;REFB=-0.0129696;REVB=0.0369461;RO=14;SAF=47;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280825;STB=0.632856;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0280385;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:66:70:14:14:52:56:0.8:5:47:8:6:6:50:8:6 chr7 116165464 . T C 64.78 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=6;FWDB=-0.0229682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2356;QD=3.75524;RBI=0.058603;REFB=-0.00792646;REVB=-0.0539145;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=50;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511755;STB=0.802535;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.206644;OID=.;OPOS=116165464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:69:69:56:56:13:13:0.188406:6:7:50:6:6:7:50:6 chr7 116364823 . CA C 459.1 PASS AF=0.578947;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0045054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.624;QD=24.1633;RBI=0.00890173;REFB=-0.00465191;REVB=-0.00767738;RO=32;SAF=28;SAR=15;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738509;STB=0.543964;STBP=0.401;TYPE=del;VARB=0.00453475;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:43:76:44:76:32:29:15:18:14:99:32:28:15:18:14 chr7 116397572 . A G 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.28;QD=62.0049;RBI=0.043451;REFB=0;REVB=0.0235997;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116129;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr7 116437606 . G A 2332.3 PASS AF=1;AO=147;DP=150;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.41;QD=60.5793;RBI=0.0131947;REFB=0;REVB=-0.0059859;RO=0;SAF=89;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150647;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:154:0:0:147:154:1:58:89:0:0:59:95:0:0 chr7 116528240 . C T 915.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.317;QD=58.1016;RBI=0.023724;REFB=0;REVB=0.0113029;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25156e-05;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:34:27:0:0:35:28:0:0 chr7 116595130 . G A 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0181082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.139;QD=11.9335;RBI=0.0190432;REFB=-0.0138693;REVB=0.00589375;RO=56;SAF=17;SAR=14;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463564;STB=0.526695;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0227139;OID=.;OPOS=116595130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:14:17:33:23:14:17:33:23 chr7 116596697 . A G 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.799;QD=63.6137;RBI=0.0153109;REFB=0;REVB=0.012535;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99906e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr7 116598735 . A G 1936.27 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00120224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.188;QD=60.9849;RBI=0.0415601;REFB=-0.0678491;REVB=0.0415427;RO=0;SAF=70;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000737912;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:127:0:1:124:126:0.992126:54:70:0:0:56:70:0:1 chr7 117185705 . A G 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0129996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.053;QD=22.4366;RBI=0.0754408;REFB=-0.0293711;REVB=0.0743123;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155668;STB=0.508594;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.019829;OID=.;OPOS=117185705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:10:23:17:8:10:23:17:8 chr7 117188736 . C A 63.37 PASS AF=0.225;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0218154;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.538;QD=6.33717;RBI=0.0321837;REFB=-0.00531166;REVB=0.0236617;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344517;STB=0.759408;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0231044;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:42:40:34:31:8:9:0.225:6:2:18:16:7:2:17:14 chr7 117825681 . A G 2037.91 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258404;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.523;QD=62.2261;RBI=0.0259603;REFB=0;REVB=0.00249192;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346178;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:52:78:0:0:52:79:0:0 chr7 117828407 . C G 302.19 PASS AF=0.362745;AO=36;DP=103;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0132158;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2408;QD=11.8506;RBI=0.0609042;REFB=0.00513335;REVB=-0.059453;RO=65;SAF=17;SAR=19;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142476;STB=0.588807;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0152821;OID=.;OPOS=117828407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:65:65:36:37:0.362745:19:17:39:26:20:17:39:26 chr7 120428799 . C A 1452.79 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00849783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.329;QD=59.909;RBI=0.0158149;REFB=-0.0711902;REVB=0.0133379;RO=3;SAF=54;SAR=39;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149932;STB=0.507608;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000348607;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:96:97:3:3:93:94:0.969072:39:54:1:2:40:54:1:2 chr7 120704289 . C T 937.52 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.287;QD=58.595;RBI=0.0215469;REFB=0;REVB=-0.00235346;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10597e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr7 120740103 . G T 2439.55 PASS AF=0.993789;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120361;FXX=0.024241;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.394;QD=60.6099;RBI=0.0120435;REFB=0.146196;REVB=-0.000421582;RO=1;SAF=93;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726332;STB=0.503816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000372856;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:158:160:0.993789:65:93:0:1:65:95:0:1 chr7 120764477 . G C 701.65 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9657;QD=55.031;RBI=0.122288;REFB=-0.078524;REVB=0.0950697;RO=1;SAF=35;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132589;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00548578;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:1:0:49:51:1:14:35:1:0:14:37:0:0 chr7 120765954 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.891;QD=56.938;RBI=0.043059;REFB=0;REVB=0.0101476;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33594e-05;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:35:18:0:0 chr7 120773954 . A G 229.39 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.6319;QD=48.2918;RBI=0.123469;REFB=0;REVB=0.0037669;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737965;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:8:11:0:0 chr7 120776097 . C G 450.96 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165548;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.458;QD=58.1881;RBI=0.021262;REFB=0;REVB=0.013342;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96286e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr7 120936006 . G A 162.15 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0207093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.685;QD=12.011;RBI=0.0251391;REFB=-0.00527584;REVB=-0.0142513;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420758;STB=0.524412;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00907366;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:14:20:11:9:14:20 chr7 121616250 . G A 564.15 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0122402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.597;QD=16.5926;RBI=0.0227108;REFB=-0.00773557;REVB=-0.01913;RO=76;SAF=25;SAR=35;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14926;STB=0.583306;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00979513;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:35:25:43:33:35:25:43:33 chr7 121653177 . A G 330.23 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=0.010302;FXX=0.101435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.866;QD=21.3048;RBI=0.0755088;REFB=-0.00163518;REVB=0.0748027;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255734;STB=0.653257;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00384944;OID=.;OPOS=121653177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:25:29:32:33:0.532258:11:21:23:2:11:22:27:2 chr7 121653250 . G A 122.88 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0119858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.837;QD=16.3844;RBI=0.0160771;REFB=-0.0492551;REVB=-0.010715;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509315;STB=0.526279;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0309379;OID=.;OPOS=121653250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:13:14:0.466667:5:8:10:5:5:9:11:5 chr7 121653398 . G A 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0141663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.713;QD=17.4545;RBI=0.0204688;REFB=-0.0221973;REVB=-0.0147746;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09886;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0200016;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:12:15:13:16:12:15:13:16 chr7 122303321 . C T 1287.75 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00461191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.282;QD=60.6;RBI=0.0709266;REFB=-0.118898;REVB=-0.0707765;RO=0;SAF=57;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38583e-08;STB=0.504347;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=3.28882e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:27:57:0:0:27:57:1:0 chr7 122635024 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00404509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.968;QD=18.9484;RBI=0.0155255;REFB=-0.0114335;REVB=-0.0149893;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052687;STB=0.529391;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00831017;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:10:17:16:12:10:17 chr7 122809234 . T C 327.37 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0161309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.06;QD=17.6958;RBI=0.0167844;REFB=-0.0187415;REVB=0.00463792;RO=38;SAF=22;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168545;STB=0.576604;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0238748;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:34:35:0.472973:12:22:18:20:13:22:19:20 chr7 123097468 . T C 238.69 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0261798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2162;QD=14.0407;RBI=0.0273127;REFB=-0.00858952;REVB=0.00778462;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120653;STB=0.568136;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0134716;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:9:19:31:9:9:19:31:9 chr7 123119990 . T C 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00132282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.959;QD=17.6936;RBI=0.0160827;REFB=-0.00666071;REVB=0.0160282;RO=39;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558158;STB=0.531232;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00662366;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:15:20:20:19:15:20:20:19 chr7 123152019 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0505325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4281;QD=10.9409;RBI=0.0752726;REFB=-0.0185369;REVB=0.0557892;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31541;STB=0.685413;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0327877;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:15:5:6:5:15:5 chr7 123152035 . T C 105.31 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0034493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.881;QD=11.0853;RBI=0.0430411;REFB=-0.0190808;REVB=-0.0429027;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160562;STB=0.594902;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0567457;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:17:8:6:7:17:8 chr7 123197005 . TA AT,T 39.71 PASS AF=0.047619,0.190476;AO=3,9;DP=43;FAO=2,8;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=0,4;FSAR=2,4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.125253,-0.172809;FXX=0.0454442;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=20.0753,9.20131;QD=3.78151;RBI=0.172293,0.197183;REFB=-0.0130082,-0.0679316;REVB=-0.118307,-0.0949645;RO=21;SAF=0,6;SAR=3,3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.532488,0.365064;STB=0.994175,0.549876;STBP=0.179,0.825;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0575589,0.0441639;OID=.,.;OPOS=123197005,123197006;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:43:42:21:32:3,9:2,8:0.047619,0.190476:3,3:0,6:7:14:2,4:0,4:14:18 chr7 123256427 . C T 546.38 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0366382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9718;QD=23.2501;RBI=0.0535601;REFB=0.00928624;REVB=-0.0390682;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124814;STB=0.568601;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00849383;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:22:29:18:25:22:29:18:25 chr7 123264804 . C T 504.34 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0281643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1413;QD=20.3774;RBI=0.0285083;REFB=-0.00382754;REVB=-0.00441537;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370782;STB=0.515774;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00302413;OID=.;OPOS=123264804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:27:22:24:25:27:22:24:26 chr7 123269118 . G C 133.07 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0306894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0689;QD=8.31691;RBI=0.0756586;REFB=0.00189004;REVB=0.0691547;RO=45;SAF=14;SAR=4;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249566;STB=0.662462;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000185724;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:18:19:0.296875:4:14:27:18:4:15:27:18 chr7 123301940 . A G 189.69 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0309407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5543;QD=11.3249;RBI=0.0879845;REFB=-0.0281126;REVB=0.0823647;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130586;STB=0.571552;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0383099;OID=.;OPOS=123301940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:43:24:24:0.358209:11:13:27:14:11:13:28:15 chr7 123321978 . C A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0200015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.465;QD=22.9576;RBI=0.0226319;REFB=-0.0127569;REVB=0.0105897;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00785289;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:5:6:6:10:5:6 chr7 123388732 . G A 1929.04 PASS AF=0.614719;AO=130;DP=238;FAO=142;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00134815;FXX=0.0334714;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.03;QD=33.4033;RBI=0.00608975;REFB=-0.0307884;REVB=-0.00593865;RO=44;SAF=60;SAR=70;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157294;STB=0.539664;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0201841;OID=.;OPOS=123388732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:231:44:57:130:142:0.614719:70:60:35:9:72:70:36:21 chr7 124387092 . C G 524.44 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=87;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0310593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0159;QD=24.1119;RBI=0.0391956;REFB=-0.0194314;REVB=0.0239085;RO=38;SAF=28;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992272;STB=0.554433;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0298565;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:38:49:49:0.563218:21:28:17:21:21:28:17:21 chr7 124387374 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7561;QD=42.1787;RBI=0.115598;REFB=0;REVB=-0.112918;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00742521;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 124486980 . T C 1491.8 PASS AF=1;AO=62;DP=98;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370638;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.516;QD=63.4806;RBI=0.165745;REFB=0;REVB=0.161548;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042041;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:94:0:0:62:94:1:20:42:0:0:35:59:0:0 chr7 124540841 . A C 243.52 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.000797561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5966;QD=23.1925;RBI=0.00942696;REFB=-0.0266606;REVB=-0.00939316;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238426;STB=0.631705;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0224932;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:16:3:10:13:16:3 chr7 124540872 . C T 286.16 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0307171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.965;QD=20.4403;RBI=0.0450644;REFB=-0.0278724;REVB=0.0329736;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194479;STB=0.612704;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0194357;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:11:19:21:4:11:19:22:4 chr7 126542667 . A T 519.65 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.024523;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.728;QD=25.6619;RBI=0.0254397;REFB=-8.84327e-05;REVB=-0.00676767;RO=33;SAF=35;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25015;STB=0.63739;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000530276;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:13:35:14:19:13:35:14:19 chr7 127222157 . G A 139.85 PASS AF=0.311475;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00522211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5687;QD=9.17063;RBI=0.0105317;REFB=-0.0107875;REVB=0.00914584;RO=42;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174193;STB=0.57643;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0250628;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:42:42:18:19:0.311475:6:12:22:20:7:12:22:20 chr7 127224286 . A G 266.31 PASS AF=0.483333;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0127717;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.513;QD=17.754;RBI=0.0132935;REFB=-0.0177303;REVB=0.00368796;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295686;STB=0.636167;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0188476;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:31:31:27:29:0.483333:18:9:20:11:18:11:20:11 chr7 127233977 . G T 138.41 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0153242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.7732;QD=11.7799;RBI=0.0153393;REFB=0.00535412;REVB=0.000681721;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146597;STB=0.585699;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00933778;OID=.;OPOS=127233977;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:23:8:6:10:23:8 chr7 127250907 . T C 505.82 PASS AF=0.578313;AO=42;DP=77;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0119042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5351;QD=24.377;RBI=0.0620932;REFB=-0.043191;REVB=0.0609415;RO=34;SAF=28;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259035;STB=0.600757;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0364008;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:83:34:35:42:48:0.578313:14:28:12:22:20:28:12:23 chr7 127251188 . T G 177.84 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.0150967;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.963;QD=10.461;RBI=0.0346404;REFB=-0.0108211;REVB=-0.0311776;RO=46;SAF=21;SAR=2;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310708;STB=0.669384;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0231943;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:46:45:23:23:0.338235:2:21:36:10:2:21:36:9 chr7 127669133 . C T 239.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.027483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0986;QD=20.8063;RBI=0.0289258;REFB=-0.0131185;REVB=0.00902152;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776697;STB=0.543688;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0140772;OID=.;OPOS=127669133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:11:12:10:13:11:12 chr7 127669857 . A T 731.94 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0156608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.039;QD=23.2362;RBI=0.0157015;REFB=-0.0312401;REVB=-0.0011296;RO=55;SAF=38;SAR=32;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317113;STB=0.520856;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0289596;OID=.;OPOS=127669857;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:55:56:70:70:0.555556:32:38:32:23:32:38:33:23 chr7 127721507 . T C 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0213483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.832;QD=21.4825;RBI=0.0219614;REFB=-0.0185236;REVB=0.00515307;RO=41;SAF=28;SAR=17;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201243;STB=0.611177;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0171946;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:17:28:16:25:17:28:16:25 chr7 127732105 . C T 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000569174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.042;QD=15.7725;RBI=0.0104289;REFB=-0.00694547;REVB=0.0104134;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.543364;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0106327;OID=.;OPOS=127732105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:16:17:16:11:16:17 chr7 127975972 . AACC A,AC 163.51 PASS AF=0,0.545455;AO=6,15;DP=57;FAO=0,30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=0,24;FSAR=0,6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.149409,-0.199732;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=25.0507,19.4499;QD=11.8913;RBI=0.168163,0.239192;REFB=-0.0382419,-0.0753708;REVB=0.0771721,0.131606;RO=27;SAF=6,12;SAR=0,3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663389,0.277756;STB=0.5,0.599927;STBP=1,0.157;TYPE=del,del;VARB=0.0773748,0.0753439;OID=.,.;OPOS=127975973,127975973;OREF=ACC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.545455:6,15:57:0,30:55:25:0,24:0,6:16:9:99:27:6,12:0,3:16:11 chr7 128038555 . C G 370.05 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0750301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.172;QD=17.014;RBI=0.0750309;REFB=-0.0205969;REVB=-0.000357657;RO=47;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170222;STB=0.503648;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0239041;OID=.;OPOS=128038555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:48:38:39:0.448276:16:22:28:19:16:23:28:20 chr7 128098071 . G A 494.54 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0160718;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7931;QD=18.8396;RBI=0.0263099;REFB=-0.00301296;REVB=0.0208305;RO=52;SAF=27;SAR=25;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0043494;OID=.;OPOS=128098071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:52:53:52:52:0.495238:25:27:27:25:25:27:27:26 chr7 128098198 . AT A 262.5 PASS AF=0.377778;AO=31;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.000346303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.908;QD=11.6665;RBI=0.00634221;REFB=-0.0156059;REVB=0.00633275;RO=56;SAF=21;SAR=10;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211184;STB=0.511105;STBP=0.885;TYPE=del;VARB=0.0236107;OID=.;OPOS=128098199;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778:31:91:34:90:56:23:11:37:19:99:56:21:10:37:19 chr7 128098268 . GT G 686.89 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180793;FXX=0.0468677;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0088;QD=45.0419;RBI=0.0190078;REFB=0;REVB=0.00586811;RO=0;SAF=55;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000283346;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:64:61:61:0:57:4:0:0:13:0:55:4:0:0 chr7 128133984 . G A 988.35 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225822;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.008;QD=59.006;RBI=0.0339531;REFB=0;REVB=-0.0253547;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01531e-06;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr7 128140982 . T C 525.6 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0055535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.145;QD=21.674;RBI=0.00844375;REFB=-0.0104412;REVB=0.00636047;RO=47;SAF=30;SAR=20;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055197;STB=0.530423;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00927471;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:20:30:31:16:20:30:31:16 chr7 128141865 . T C 1567.71 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.403;QD=63.9882;RBI=0.0137085;REFB=0;REVB=-0.0133098;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14717e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr7 128312450 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00845698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.525;QD=26.4613;RBI=0.0218729;REFB=-0.0129642;REVB=0.0201719;RO=18;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.515777;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00805982;OID=.;OPOS=128312450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:12:14:9:9:12:14:9:9 chr7 128358891 . C A 776.47 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=157;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=18;FWDB=0.000164701;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.061;QD=20.0378;RBI=0.0170136;REFB=-0.0061187;REVB=0.0170128;RO=76;SAF=61;SAR=18;SRF=58;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113146;STB=0.506222;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00542757;OID=.;OPOS=128358891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:155:76:76:79:79:0.509677:18:61:58:18:18:61:58:18 chr7 128363287 . G A 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0154093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.309;QD=16.4506;RBI=0.0199275;REFB=-0.0112255;REVB=-0.0126356;RO=45;SAF=7;SAR=29;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133945;STB=0.575923;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0144576;OID=.;OPOS=128363287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:29:7:13:32:29:7:13:32 chr7 128371206 . G A 506.86 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0167407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.282;QD=20.4792;RBI=0.0179853;REFB=-0.0231015;REVB=-0.00657404;RO=49;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184277;STB=0.505153;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0172148;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:50:49:49:0.494949:25:24:25:24:25:24:25:25 chr7 128451352 . CC CCAGAGAGCCTGGGA,GA 803.26 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=50,3;DP=62;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210349,-0.00721403;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=13,2;MLLD=416.696,80.9911;QD=56.3692;RBI=0.0367712,0.0282762;REFB=0,0;REVB=0.0301605,0.0273405;RO=5;SAF=20,3;SAR=30,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.104167,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00102274,0.0226515;OID=.,.;OPOS=128451354,128451352;OREF=-,CC;OALT=AGAGAGCCTGGGA,GA;OMAPALT=CCAGAGAGCCTGGGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:57:5:0:50,3:54,3:0.947368,0.0526316:30,0:20,3:5:0:32,0:22,3:0:0 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 50.0 PASS AO=34;DP=65;LEN=13;RO=31;SAF=22;SAR=31;SRF=8;SRR=4;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:31:34:31:22:8:4 chr7 128455767 . C G 283.06 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.205;QD=51.4657;RBI=0.0165654;REFB=0;REVB=0.0104456;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87893e-06;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr7 128455916 . G A 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3852;QD=61.3266;RBI=0.0652127;REFB=0;REVB=0.064998;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891423;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 128478103 . C T 1437.1 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103855;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.792;QD=63.1694;RBI=0.0136534;REFB=0;REVB=0.00886322;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.49852e-05;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr7 128480123 . C A 732.96 PASS AF=0.934426;AO=55;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0430911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3246;QD=48.0628;RBI=0.0701919;REFB=-0.207864;REVB=0.0554081;RO=3;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409459;STB=0.524886;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0156655;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:61:61:3:4:55:57:0.934426:33:22:0:3:35:22:3:1 chr7 128484816 . A G 2602.08 PASS AF=1;AO=167;DP=167;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.353;QD=61.9543;RBI=0.0260111;REFB=0;REVB=-0.00983583;RO=0;SAF=87;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06698e-06;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:168:0:0:167:168:1:80:87:0:0:81:87:0:0 chr7 128486363 . C T 1471.55 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.727;QD=63.2927;RBI=0.0320029;REFB=0;REVB=0.02982;RO=0;SAF=62;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67397e-05;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:29:62:0:0:30:63:0:0 chr7 128486446 . C T 1611.55 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000812605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.757;QD=58.0738;RBI=0.00910563;REFB=-0.118433;REVB=0.0090693;RO=2;SAF=71;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568822;STB=0.502997;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000851116;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:38:71:1:1:38:71:1:1 chr7 128487866 . T C 333.86 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.451;QD=49.4605;RBI=0.038302;REFB=-0.15846;REVB=0.0286561;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044143;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00594385;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:1:1:25:26:0.962963:10:15:0:1:10:16:0:1 chr7 128487893 . G A 427.29 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.929;QD=56.9717;RBI=0.0246017;REFB=0;REVB=0.00852695;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61261e-05;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr7 128491603 . T C 1884.55 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.747;QD=61.2863;RBI=0.0353556;REFB=0;REVB=-0.0207866;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00248e-05;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:52:70:0:0:52:71:0:0 chr7 128495338 . C T 1952.99 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000611455;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0096;QD=60.092;RBI=0.0364463;REFB=-0.0856982;REVB=0.0364411;RO=1;SAF=72;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655454;STB=0.500976;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00162221;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:129:130:1:2:127:128:0.984615:55:72:1:0:56:72:1:1 chr7 128502959 . A AG 38.73 PASS AF=0.2125;AO=22;DP=82;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=47;FSRR=16;FWDB=-0.0189632;FXX=0.0476134;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.5231;QD=1.93653;RBI=0.0930052;REFB=-0.00631635;REVB=-0.0910515;RO=55;SAF=17;SAR=5;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156447;STB=0.811442;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.161718;OID=.;OPOS=128502960;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2125:22:82:17:80:63:16:1:47:16:38:55:17:5:43:12 chr7 128532980 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0995;QD=39.2046;RBI=0.16561;REFB=0;REVB=0.083863;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225201;OID=.;OPOS=128532980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 128533514 . T C,TC 710.33 PASS AF=0,0.696078;AO=4,57;DP=108;FAO=0,71;FDP=102;FR=.;FRO=31;FSAF=0,60;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0.00408542,0.0557935;FXX=0.0097078;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=50.4948,19.3744;QD=27.8562;RBI=0.0444821,0.298116;REFB=-0.0202896,-0.0855401;REVB=0.0442941,0.292849;RO=44;SAF=4,55;SAR=0,2;SRF=6;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.763228,0.804477;STB=0.5,0.792362;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0986418;OID=.,.;OPOS=128533514,128533515;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:108:102:44:31:4,57:0,71:0,0.696078:0,2:4,55:6:38:0,11:0,60:0:31 chr7 128544133 . G T 840.52 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0731267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5156;QD=51.724;RBI=0.0828629;REFB=-0.0670479;REVB=0.0389711;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159989;STB=0.516905;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00363667;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:65:1:4:61:61:0.938462:29:32:0:1:29:32:1:3 chr7 128550680 . GCCCCCGA GCCCCGA,GCCCCGAC,GGCCCCGA 426.01 PASS AF=1,0,0;AO=22,4,3;DP=35;FAO=33,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292372,-0.102144,0.00953905;FXX=0.0294031;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,1;MLLD=21.8951,29.8972,5.93533;QD=51.6373;RBI=0.0294524,0.104908,0.0135677;REFB=0,0,0;REVB=-0.00355445,-0.0239241,0.00964824;RO=0;SAF=10,4,0;SAR=12,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.323529,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00192211,0.0392296,0;OID=.,.,.;OPOS=128550681,128550685,128550681;OREF=C,CGA,C;OALT=-,GAC,G;OMAPALT=GCCCCGA,GCCCCGAC,GGCCCCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:22,4,3:35:33,0,0:33:0:17,0,0:16,0,0:0:0:4:0:10,4,0:12,0,3:0:0 chr7 128607384 . G A 724.31 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=177;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=65;FSRR=35;FWDB=-0.0397897;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0669;QD=16.2766;RBI=0.0644319;REFB=0.00382073;REVB=-0.0506779;RO=98;SAF=47;SAR=31;SRF=64;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534702;STB=0.528134;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00543635;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:98:100:78:78:0.438202:31:47:64:34:31:47:65:35 chr7 128630227 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.943;QD=60.7162;RBI=0.0332808;REFB=0;REVB=0.0185683;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76823e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr7 128641226 . G C 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0235931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6821;QD=19.6656;RBI=0.0299588;REFB=-0.0251702;REVB=-0.0184633;RO=32;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680176;STB=0.503778;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0261766;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:13:21:20:12:13:21:20:12 chr7 128767250 . G A 682.54 PASS AF=0.527559;AO=67;DP=127;FAO=67;FDP=127;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0115132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.735;QD=21.4972;RBI=0.0164395;REFB=-0.0255306;REVB=0.0117346;RO=60;SAF=37;SAR=30;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880221;STB=0.548327;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0209825;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:60:60:67:67:0.527559:30:37:27:33:30:37:27:33 chr7 128767410 . A G 361.88 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0282285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.262;QD=17.8706;RBI=0.0374597;REFB=-0.0300162;REVB=-0.0246249;RO=42;SAF=24;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114334;STB=0.51123;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0301353;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:14:24:27:15:14:24:28:15 chr7 128767490 . T C 208.09 PASS AF=0.46;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0153497;FXX=0.0740604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9178;QD=16.6472;RBI=0.0364522;REFB=-0.0074747;REVB=-0.0330628;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449721;STB=0.75405;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00862791;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:27:27:23:23:0.46:17:6:20:7:17:6:20:7 chr7 128767506 . T G 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0450442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0489;QD=16.0285;RBI=0.0526083;REFB=0.0027171;REVB=-0.0271782;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342841;STB=0.692166;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00609947;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:23:7:15:10:23:7 chr7 128804780 . C G 1208.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7465;QD=61.2093;RBI=0.151035;REFB=0;REVB=0.0386549;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139326;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:27:52:0:0:27:52:0:0 chr7 128845088 . A G 307.97 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00787722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1071;QD=15.7932;RBI=0.0722009;REFB=0.00625229;REVB=-0.0717699;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744064;STB=0.54184;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.00949143;OID=.;OPOS=128845088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:15:29:20:14:15:29 chr7 128846328 . G C 2285.81 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00357017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.775;QD=60.153;RBI=0.0365935;REFB=-0.00911445;REVB=0.0364189;RO=1;SAF=93;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813022;STB=0.504273;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=1.89544e-05;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:58:93:0:1:58:93:0:1 chr7 129067053 . T C 388.4 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00198882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.388;QD=18.7179;RBI=0.00473815;REFB=-0.0221531;REVB=-0.00430054;RO=43;SAF=33;SAR=7;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148027;STB=0.58321;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0162028;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:7:33:31:12:7:33:31:12 chr7 129142691 . ACCC ACC,ACCG 757.79 PASS AF=0.04,0.96;AO=5,42;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453503,-0.0132743;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.5175,34.9251;QD=60.6229;RBI=0.117644,0.0646816;REFB=0,0;REVB=-0.108552,-0.0633049;RO=0;SAF=3,20;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0463547,0.00626432;OID=.,.;OPOS=129142692,129142694;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACC,ACCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:5,42:50:2,48:50:0:1,22:1,26:0:0:7:0:3,20:2,22:0:0 chr7 129297332 . T C,G 1064.66 PASS AF=0.0405405,0.945946;AO=3,69;DP=73;FAO=3,70;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=0,43;FSAR=3,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.008762,0.0446426;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.055,80.0214;QD=57.549;RBI=0.0147699,0.0448623;REFB=-0.0941541,-0.068854;REVB=-0.0118903,0.0044338;RO=1;SAF=0,42;SAR=3,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0111236;STB=0.994936,0.505745;STBP=0.121,0.532;TYPE=snp,snp;VARB=0.0184001,0.00192212;OID=.,.;OPOS=129297332,129297332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:73:74:1:1:3,69:3,70:0.0405405,0.945946:3,27:0,42:1:0:3,27:0,43:1:0 chr7 129395075 . G A 154.08 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0339035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0149;QD=16.219;RBI=0.0393547;REFB=-0.00529272;REVB=0.0199837;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384175;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00691911;OID=.;OPOS=129395075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:7:9:11:10:8:9:11:10 chr7 129504866 . C G 350.57 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00537247;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6708;QD=20.3231;RBI=0.0316554;REFB=-0.0218528;REVB=-0.0311962;RO=33;SAF=11;SAR=25;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278449;STB=0.515455;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0295276;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:36:36:0.521739:25:11:11:22:25:11:11:22 chr7 129664312 . T C 937.49 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.071;QD=58.593;RBI=0.0137568;REFB=0;REVB=0.00585526;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18597e-05;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr7 129690335 . CA C 34.37 PASS AF=0.321429;AO=21;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0241579;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.52353;QD=2.45504;RBI=0.256137;REFB=-0.0902501;REVB=0.254995;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148006;STB=0.545403;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.108983;OID=.;OPOS=129690336;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:21:56:18:56:38:12:6:23:15:34:28:16:5:18:10 chr7 129813738 . T C 707.57 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9631;QD=54.4282;RBI=0.169586;REFB=0.0266066;REVB=0.168476;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000821378;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:18:32:0:0:19:32:1:0 chr7 129913534 . TG GT 37.38 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0142907;FXX=0.040808;HRUN=18;LEN=2;MLLD=18.06;QD=3.18145;RBI=0.171207;REFB=-0.0920887;REVB=-0.17061;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280827;STB=0.607243;STBP=0.522;TYPE=mnp;VARB=0.0730029;OID=.;OPOS=129913534;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:45:47:28:38:9:9:0.191489:6:3:16:12:5:4:22:16 chr7 129916515 . T C 1047.75 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341529;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.026;QD=59.8715;RBI=0.0751587;REFB=0;REVB=0.0669508;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268053;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:71:70:1:37:34:0:0:37:33:0:0 chr7 129933013 . CCG CC,C 57.63 PASS AF=0,0.255814;AO=12,13;DP=87;FAO=0,22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=0,7;FSAR=0,15;FSRF=47;FSRR=17;FWDB=-0.00206091,-0.00349711;FXX=0.0114929;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.139,22.2884;QD=2.68039;RBI=0.0546118,0.0300765;REFB=-0.0703273,-0.0510973;REVB=-0.0545729,0.0298725;RO=59;SAF=2,4;SAR=10,9;SRF=46;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.381818,0;SSSB=-0.666233,-0.546307;STB=0.5,0.783145;STBP=1,0.005;TYPE=del,del;VARB=0,0.176471;OID=.,.;OPOS=129933015,129933014;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.255814:12,13:87:0,22:86:64:0,7:0,15:47:17:56:59:2,4:10,9:46:13 chr7 129938598 . G T 253.03 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.016149;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.236;QD=25.9521;RBI=0.0414852;REFB=-0.00567862;REVB=-0.038213;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933018;STB=0.55168;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00610431;OID=.;OPOS=129938598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:11:5:10:13:11:5 chr7 129950740 . G T 998.33 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00723199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.495;QD=53.9639;RBI=0.00770517;REFB=-0.121582;REVB=-0.00265855;RO=4;SAF=40;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449579;STB=0.523249;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00212367;OID=.;OPOS=129950740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:69:70:0.945946:29:40:4:0:29:41:4:0 chr7 129962360 . A G 1008.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.306;QD=59.2985;RBI=0.0548361;REFB=0;REVB=0.0174562;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167152;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr7 129962682 . A G 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.465;QD=62.7604;RBI=0.0500512;REFB=0;REVB=0.0467483;RO=0;SAF=71;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08325e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31388e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:18:71:0:0:18:71:0:0 chr7 130002317 . T C 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.291;QD=51.9002;RBI=0.0759482;REFB=0;REVB=0.0465617;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845073;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr7 130021488 . G C 1210.78 PASS AF=0.477612;AO=128;DP=270;FAO=128;FDP=268;FR=.;FRO=140;FSAF=53;FSAR=75;FSRF=66;FSRR=74;FWDB=0.0214886;FXX=0.0110697;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.2025;QD=18.0714;RBI=0.0250747;REFB=0.00526539;REVB=-0.0129219;RO=137;SAF=53;SAR=75;SRF=64;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508731;STB=0.53055;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0055768;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:268:137:140:128:128:0.477612:75:53:64:73:75:53:66:74 chr7 130080812 . T G 1542.12 PASS AF=0.990654;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127469;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.783;QD=57.6494;RBI=0.0159432;REFB=-0.0646194;REVB=-0.00957612;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000113319;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:107:0:1:104:106:0.990654:50:54:0:0:50:56:1:0 chr7 130368464 . G A 646.89 PASS AF=0.572727;AO=62;DP=111;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00512192;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.202;QD=23.5232;RBI=0.0193662;REFB=-0.00858903;REVB=-0.0186766;RO=43;SAF=38;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785515;STB=0.540592;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00451551;OID=.;OPOS=130368464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:43:47:62:63:0.572727:24:38:22:21:25:38:24:23 chr7 131148028 . A G 420.59 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.000122542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.046;QD=17.8975;RBI=0.00388546;REFB=-0.0219435;REVB=-0.00388353;RO=50;SAF=31;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250916;STB=0.63669;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0303556;OID=.;OPOS=131148028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:12:31:24:26:12:31:25:26 chr7 131190696 . T C 683.14 PASS AF=0.473684;AO=71;DP=150;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0189932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.399;QD=17.9773;RBI=0.019547;REFB=-0.00706277;REVB=-0.00462008;RO=79;SAF=41;SAR=30;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170809;STB=0.509047;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00974644;OID=.;OPOS=131190696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:79:80:71:72:0.473684:30:41:47:32:30:42:48:32 chr7 131193739 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0105777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.05;QD=15.65;RBI=0.0155968;REFB=-0.0381455;REVB=0.0114618;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072727;STB=0.517906;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0467037;OID=.;OPOS=131193739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:15:5:5:11:15:6 chr7 131195712 . G A 532.01 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=53;FSAR=4;FSRF=64;FSRR=5;FWDB=0.0288974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9719;QD=16.8891;RBI=0.0289037;REFB=0.0216475;REVB=0.000606828;RO=66;SAF=53;SAR=4;SRF=64;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174598;STB=0.50476;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0120217;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:69:57:57:0.452381:4:53:64:2:4:53:64:5 chr7 131195959 . C T 317.89 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.017702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9501;QD=15.5069;RBI=0.0251219;REFB=-0.00737889;REVB=-0.0178255;RO=47;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111165;STB=0.562466;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00878639;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:14:21:33:14:14:21:33:14 chr7 131241085 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.395;QD=33.4285;RBI=0.0890936;REFB=0;REVB=0.0853758;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159039;OID=.;OPOS=131241085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr7 131808146 . GTTTTTTTTG GTTTTTTTG,GTTTTTTTGT 111.07 PASS AF=0.305389,0.0239521;AO=49,16;DP=170;FAO=51,4;FDP=167;FR=.;FRO=112;FSAF=23,3;FSAR=28,1;FSRF=59;FSRR=53;FWDB=-0.166824,-0.250677;FXX=0.017646;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=6.76566,23.7076;QD=2.6604;RBI=0.175328,0.257314;REFB=-0.103026,-0.0371198;REVB=0.0539389,0.0580672;RO=77;SAF=15,15;SAR=34,1;SRF=37;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.200758,0.62696;STB=0.552035,0.722069;STBP=0.384,0.405;TYPE=del,mnp;VARB=0.0627732,0.0219005;OID=.,.;OPOS=131808147,131808154;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTTTTTG,GTTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305389,0.0239521:49,16:170:51,4:167:112:23,3:28,1:59:53:96:77:15,15:34,1:37:40 chr7 131812922 . T C 940.8 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146127;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0305;QD=58.8;RBI=0.0527953;REFB=0;REVB=-0.0507327;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539953;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr7 131814185 . A G 1396.44 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.823;QD=62.7614;RBI=0.065195;REFB=0;REVB=0.0643558;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98445e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:38:50:0:0:39:50:0:0 chr7 131814529 . G A 85.12 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00547731;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.274;QD=10.317;RBI=0.0525513;REFB=-0.00882951;REVB=-0.0522651;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.603574;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0139821;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:33:19:22:11:11:0.333333:3:8:12:7:3:8:13:9 chr7 131815310 . A G 1486.24 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0047;QD=58.2837;RBI=0.0534514;REFB=0;REVB=-0.0117247;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518737;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:98:102:1:54:44:0:0:56:46:0:0 chr7 131817850 . T C 509.57 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=0.00458091;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3212;QD=20.5885;RBI=0.010069;REFB=-0.0506788;REVB=0.00896662;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746055;STB=0.548661;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0521488;OID=.;OPOS=131817850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:50:49:49:0.494949:18:31:34:14:18:31:36:14 chr7 131859678 . G T 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0165679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1639;QD=13.5799;RBI=0.0171511;REFB=-0.00391895;REVB=-0.00443432;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610216;STB=0.535478;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0126994;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:10:18:10:7:10:18 chr7 131864591 . T C 1358.16 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.25;QD=62.4442;RBI=0.0106626;REFB=0;REVB=0.00834311;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77635e-06;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:33:54:0:0:33:54:0:0 chr7 131870108 . A G 483.97 PASS AF=0.377483;AO=56;DP=151;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.0542772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.26;QD=12.8204;RBI=0.0569722;REFB=-0.00847894;REVB=0.0173154;RO=94;SAF=24;SAR=32;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148699;STB=0.588572;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0139591;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:94:94:56:57:0.377483:32:24:53:41:33:24:53:41 chr7 131895903 . C CG 35.85 PASS AF=0.310345;AO=7;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0615795;FXX=0.0333222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.729;QD=4.94421;RBI=0.0633991;REFB=-0.00456584;REVB=-0.0150801;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166757;STB=0.715075;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.144634;OID=.;OPOS=131895904;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345:7:30:9:29:20:4:5:3:17:35:22:2:5:4:18 chr7 131912277 . G C 557.06 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00902456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.746;QD=20.2567;RBI=0.0326961;REFB=-0.0334462;REVB=0.031426;RO=53;SAF=30;SAR=27;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080629;STB=0.544397;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0326528;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:57:57:0.518182:27:30:23:30:27:30:23:30 chr7 132192295 . G A 325.78 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000603642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.604;QD=24.5873;RBI=0.0159341;REFB=-0.0176454;REVB=0.0159227;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653925;STB=0.503595;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0120725;OID=.;OPOS=132192295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:14:18:12:9:14:18:12:9 chr7 132192949 . T C 386.64 PASS AF=0.380165;AO=45;DP=120;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.00940856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.857;QD=12.7815;RBI=0.0094125;REFB=-0.0114804;REVB=0.000272287;RO=72;SAF=24;SAR=21;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960619;STB=0.534084;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0118302;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:72:75:45:46:0.380165:21:24:32:40:22:24:35:40 chr7 132707171 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3813;QD=55.6546;RBI=0.0416733;REFB=0;REVB=0.0221711;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020097;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr7 132767617 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3385;QD=33.4279;RBI=0.170991;REFB=0;REVB=-0.168944;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122236;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 133749164 . G A 177.84 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00792915;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.973;QD=10.4612;RBI=0.0118251;REFB=-0.00942146;REVB=-0.00877277;RO=46;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123445;STB=0.580084;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0167132;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:46:45:23:23:0.338235:11:12:19:27:11:12:18:27 chr7 133868507 . C T 2501.66 PASS AF=0.982143;AO=165;DP=168;FAO=165;FDP=168;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00334261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.701;QD=59.5633;RBI=0.0248959;REFB=-0.032127;REVB=0.0246705;RO=3;SAF=104;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135276;STB=0.507108;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.000198795;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:168:168:3:3:165:165:0.982143:61:104:3:0:61:104:3:0 chr7 133906669 . C T 222.81 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.0170996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.719;QD=18.9626;RBI=0.0215041;REFB=-0.0430019;REVB=0.0130396;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365635;STB=0.718058;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0189096;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:25:22:22:0.468085:13:9:19:4:13:9:21:4 chr7 133979368 . C T 291.45 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0163536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.764;QD=14.3928;RBI=0.0246838;REFB=-0.010973;REVB=-0.0184891;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277199;STB=0.515733;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0169487;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:17:16:22:26:17:16:22:26 chr7 133979795 . T C 118.54 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.047811;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.374;QD=11.2897;RBI=0.0522642;REFB=-0.0293379;REVB=0.0211106;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410896;STB=0.524103;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0704272;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:12:14:0.333333:6:6:13:15:8:6:13:15 chr7 133981227 . G A 374.39 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0123026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.829;QD=15.5995;RBI=0.0176852;REFB=-0.00702348;REVB=0.0127048;RO=52;SAF=17;SAR=23;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056754;STB=0.512732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0102112;OID=.;OPOS=133981227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:56:40:40:0.416667:23:17:25:27:23:17:25:31 chr7 133989543 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.066709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.54;QD=15.6504;RBI=0.0707521;REFB=-0.00800447;REVB=-0.0235745;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177126;STB=0.601881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0161836;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:13:8:9:7:13:8 chr7 134212741 . A G 1419.5 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.461;QD=61.7172;RBI=0.017417;REFB=-0.109569;REVB=0.00703723;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000259126;OID=.;OPOS=134212741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:46:45:0:0:46:45:0:1 chr7 134215403 . T C 1361.73 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00150417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.185;QD=61.2016;RBI=0.00275483;REFB=-0.0320933;REVB=0.00230794;RO=1;SAF=30;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155307;STB=0.508195;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000352743;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:57:30:1:0:58:30:1:0 chr7 134221826 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.621;QD=55.0986;RBI=0.0422304;REFB=0;REVB=0.0183284;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245193;OID=.;OPOS=134221826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr7 134225788 . C T 289.06 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.383;QD=52.5558;RBI=0.046775;REFB=0;REVB=0.0412348;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581736;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:8:11:0:0:10:12:0:0 chr7 134225827 . A G 563.69 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1406;QD=57.8139;RBI=0.0140197;REFB=-0.0192183;REVB=-9.96728e-05;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00057664;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:1:0:19:19:1:0 chr7 134254179 . C G 669.78 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.0239688;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2448;QD=20.7683;RBI=0.0513485;REFB=0.0151897;REVB=0.045411;RO=52;SAF=46;SAR=20;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578911;STB=0.508285;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0104807;OID=.;OPOS=134254179;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:129:52:63:66:66:0.511628:20:46:33:19:20:46:43:20 chr7 134261097 . C G 557.85 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0101735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.53;QD=21.6639;RBI=0.0343666;REFB=-0.0426011;REVB=0.0328263;RO=47;SAF=30;SAR=26;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562417;STB=0.53087;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0194928;OID=.;OPOS=134261097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:26:30:22:25:26:30:22:25 chr7 134264286 . C T 156.94 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0354754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0602;QD=16.0965;RBI=0.0719643;REFB=-0.0116079;REVB=-0.0626128;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037855;STB=0.521714;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0112414;OID=.;OPOS=134264286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:15:7:6:11:15:7 chr7 134576441 . T C 849.77 PASS AF=0.925373;AO=64;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0104609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2955;QD=50.7328;RBI=0.0424634;REFB=-0.132648;REVB=0.0411547;RO=3;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514289;STB=0.547154;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00147602;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:3:5:64:62:0.925373:26:38:0:3:24:38:0:5 chr7 134618710 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.009;QD=48.7328;RBI=0.0115566;REFB=0;REVB=0.00359427;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47665e-05;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:7:10:0:0 chr7 134678253 . T A 426.69 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00105333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.485;QD=19.1772;RBI=0.0100552;REFB=-0.0100285;REVB=0.00999988;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701885;STB=0.539008;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00765154;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:21:22:27:19:21:22:27:19 chr7 134701856 . G C 2200.65 PASS AF=0.992908;AO=138;DP=140;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00151186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.099;QD=62.4297;RBI=0.0110321;REFB=-0.10231;REVB=-0.010928;RO=0;SAF=93;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502645;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=3.74013e-05;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:141:0:1:138:140:0.992908:45:93:0:0:46:94:1:0 chr7 134719551 . C G 2293.27 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245613;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8435;QD=60.7488;RBI=0.0263729;REFB=0;REVB=-0.00960573;RO=0;SAF=76;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156699;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:74:76:0:0:74:77:0:0 chr7 134849280 . T A 1510.86 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.153;QD=63.615;RBI=0.0349606;REFB=0;REVB=0.0349582;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3569e-05;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr7 134850465 . C T 993.14 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179587;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.279;QD=59.2917;RBI=0.103197;REFB=0;REVB=0.101622;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429039;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:63:67:1:30:33:0:0:34:33:0:0 chr7 134850469 . A G 1059.19 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.215;QD=59.673;RBI=0.0750424;REFB=0;REVB=0.0743654;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245588;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr7 134871775 . C T 324.63 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0105837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.743;QD=14.5901;RBI=0.0108894;REFB=-0.01075;REVB=0.00256204;RO=53;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225841;STB=0.628649;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0152183;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:25:11:27:26:25:11:27:26 chr7 134879830 . G A 353.37 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00750846;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.795;QD=15.3639;RBI=0.0166003;REFB=-0.0218296;REVB=0.0148052;RO=54;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109651;STB=0.568276;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0306208;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:16:21:25:29:16:22:25:29 chr7 134882884 . G A 322.89 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0311168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.62;QD=19.2767;RBI=0.032163;REFB=-0.00802968;REVB=0.00813674;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199137;STB=0.610372;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00724766;OID=.;OPOS=134882884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:16:18:10:23:16:18:10:23 chr7 134889141 . G A 205.31 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.059618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7595;QD=12.8317;RBI=0.0599794;REFB=-0.00514296;REVB=-0.00657488;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210991;STB=0.620596;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0146609;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:14:11:25:14:14:11:25:14 chr7 134891961 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00960909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.857;QD=10.4291;RBI=0.0526121;REFB=0.0105476;REVB=-0.0517272;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519801;STB=0.531205;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.021666;OID=.;OPOS=134891961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:5:9:18:12:5:9:18:12 chr7 134925411 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00113442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5042;QD=21.971;RBI=0.0397666;REFB=0.00444776;REVB=-0.0397504;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154719;STB=0.586869;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00408408;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:10:7:12:8:10:7 chr7 134943159 . G A 408.9 PASS AF=0.511905;AO=39;DP=86;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00140244;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9467;QD=19.4714;RBI=0.0475427;REFB=-0.0232973;REVB=0.047522;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814532;STB=0.523509;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0274691;OID=.;OPOS=134943159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:40:41:39:43:0.511905:22:17:21:19:22:21:22:19 chr7 135047679 . GGT G,GGG 50.9 PASS AF=0.444444,0;AO=7,2;DP=27;FAO=8,0;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0393815,-0.017889;FXX=0.09995;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=22.713,15.1435;QD=11.3117;RBI=0.208333,0.166446;REFB=-0.0628915,-0.00538541;REVB=0.204577,0.165481;RO=17;SAF=3,1;SAR=4,1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177312,-0.0882671;STB=0.768677,0.5;STBP=0.085,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0727172,0;OID=.,.;OPOS=135047680,135047681;OREF=GT,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:7,2:27:8,0:18:10:3,0:5,0:9:1:51:17:3,1:4,1:10:7 chr7 135047703 . T C 116.16 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4438;QD=42.2407;RBI=0.190974;REFB=0;REVB=0.155977;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134972;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:4:5:0:0:5:6:0:0 chr7 135048804 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.645;QD=58.2391;RBI=0.0110717;REFB=0;REVB=0.0061156;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75342e-06;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr7 135095270 . A G 1840.8 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.987;QD=61.3599;RBI=0.056486;REFB=0;REVB=0.0309613;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116071;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr7 135279315 . A C 195.38 PASS AF=0.408163;AO=15;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0149549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.893;QD=15.949;RBI=0.0180841;REFB=-0.0282792;REVB=-0.0101679;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282465;STB=0.692105;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0234312;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:29:15:20:0.408163:10:5:16:11:15:5:16:13 chr7 135300783 . C G 608.76 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.012615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.567;QD=21.1742;RBI=0.0191601;REFB=-0.0222228;REVB=0.0144212;RO=54;SAF=29;SAR=32;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265678;STB=0.514592;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0195034;OID=.;OPOS=135300783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:32:29:24:30:32:29:24:30 chr7 135304273 . G C 1755.37 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278003;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.764;QD=60.0128;RBI=0.0315148;REFB=-0.127973;REVB=0.0148433;RO=1;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784965;STB=0.504132;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000166731;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:60:56:0:1:60:56:0:1 chr7 135387656 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8081;QD=61.6808;RBI=0.0298267;REFB=0;REVB=-0.02732;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000545684;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:18:22:0:1:19:22:0:0 chr7 135392876 . T C 2236.15 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.243;QD=63.4368;RBI=0.0226927;REFB=0;REVB=0.0050632;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12948e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:58:82:0:0:58:83:0:0 chr7 135406176 . A G 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.109;QD=63.8561;RBI=0.0224268;REFB=0;REVB=0.0123315;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42932e-05;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr7 135413626 . C T 1285.11 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00973925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.435;QD=58.4141;RBI=0.0164765;REFB=-0.00155106;REVB=0.0132899;RO=2;SAF=66;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.507351;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=5.70047e-05;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:88:2:2:85:86:0.977273:19:66:2:0:19:67:2:0 chr7 136700662 . A G 120.59 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00551685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.178;QD=14.1868;RBI=0.00587821;REFB=-0.00558805;REVB=-0.00202922;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457486;STB=0.76712;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00732121;OID=.;OPOS=136700662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:8:5:17:3:9:5:17:3 chr7 136701563 . G C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00227617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.725;QD=14.4906;RBI=0.0023212;REFB=-0.0222323;REVB=0.000454996;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403918;STB=0.52334;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0323589;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:20:10:7:12:20:10 chr7 136703707 . C T 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0090784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.747;QD=56.8256;RBI=0.0191178;REFB=-0.06304;REVB=-0.0168248;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000424044;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:34:30:0:0:34:30:0:1 chr7 136704811 . A C 197.37 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0771321;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8336;QD=12.7336;RBI=0.0806146;REFB=-0.00496547;REVB=-0.0234381;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100688;STB=0.55809;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0103848;OID=.;OPOS=136704811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:16:22:16:8:16:22 chr7 137074760 . AT GC 212.96 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0184305;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.255;QD=12.3455;RBI=0.0186241;REFB=-0.0132637;REVB=-0.00267817;RO=43;SAF=20;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240442;STB=0.639883;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.0215662;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:43:26:26:0.376812:6:20:25:18:6:20:25:18 chr7 137075847 . T A 342.73 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0374534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5321;QD=21.4208;RBI=0.0699303;REFB=-0.036077;REVB=-0.0590549;RO=26;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138758;STB=0.595635;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0289393;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:26:29:35:35:0.546875:18:17:8:18:18:17:8:21 chr7 137128830 . T C 3670.96 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502627;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5362;QD=63.0207;RBI=0.108042;REFB=-0.0225181;REVB=0.0956391;RO=1;SAF=141;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00538431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709825;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:230:233:1:0:229:233:1:88:141:0:1:91:142:0:0 chr7 137561077 . CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 154.07 PASS AF=0.571429,0,0.285714,0.142857;AO=6,2,2,2;DP=16;FAO=8,0,4,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,3,0;FSAR=4,0,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229423,-0.0108658,0.0542942,-0.0525781;FXX=0.124922;HRUN=1,1,1,0;LEN=4,3,2,2;MLLD=118.62,105.429,98.3733,20.3901;QD=44.0204;RBI=0.0232192,0.0139325,0.056703,0.0581547;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00357514,0.00872064,-0.0163513,0.0248496;RO=0;SAF=3,2,1,0;SAR=3,0,1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,ins;VARB=0.126495,0,0.0638063,0.12106;OID=.,.,.,.;OPOS=137561078,137561113,137561078,137561078;OREF=GTGT,TGT,GT,-;OALT=-,-,-,GT;OMAPALT=CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.571429,0,0.285714,0.142857:6,2,2,2:16:8,0,4,2:14:0:4,0,3,0:4,0,1,2:0:0:27:0:3,2,1,0:3,0,1,2:0:0 chr7 137564501 . C G 1208.71 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5493;QD=61.2006;RBI=0.0206898;REFB=0;REVB=0.0146169;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56751e-07;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr7 137600690 . C T 1100.25 PASS AF=0.445283;AO=118;DP=266;FAO=118;FDP=265;FR=.;FRO=147;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.0272748;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1313;QD=16.6076;RBI=0.0277248;REFB=-0.011294;REVB=0.00497484;RO=148;SAF=55;SAR=63;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611099;STB=0.53577;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0129587;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:148:147:118:118:0.445283:63:55:78:70:63:55:78:69 chr7 137801413 . A C 1059.59 PASS AF=0.985915;AO=59;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.051;QD=59.6949;RBI=0.106207;REFB=0;REVB=0.106046;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103107;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:0:59:70:0.985915:22:37:0:0:33:37:0:0 chr7 138270657 . G A 323.04 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.00587956;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.763;QD=13.6016;RBI=0.0074062;REFB=-0.00638782;REVB=0.00450362;RO=51;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247448;STB=0.511621;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0108398;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:51:59:36:36:0.378947:22:14:21:30:22:14:24:35 chr7 138281906 . T C 231.04 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0222626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.264;QD=16.5027;RBI=0.0367702;REFB=-0.00866841;REVB=0.0292648;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420474;STB=0.523725;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0128947;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:16:14:11:15:16:14 chr7 138305806 . T C 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00450477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.5;QD=23.8194;RBI=0.0191221;REFB=-0.0245194;REVB=0.0185839;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133867;STB=0.57481;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0210647;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:8:9:8:14:8:9 chr7 138347869 . C T 171.04 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0135955;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.601;QD=16.6867;RBI=0.0313911;REFB=-0.0197636;REVB=-0.0282943;RO=22;SAF=14;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30648;STB=0.691127;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.03518;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:4:14:11:11:4:14:11:12 chr7 138363767 . A G 610.01 PASS AF=0.539823;AO=57;DP=109;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0266143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.743;QD=21.5933;RBI=0.0287478;REFB=-0.0285997;REVB=0.010868;RO=51;SAF=42;SAR=15;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054245;STB=0.526937;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0212267;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:51:52:57:61:0.539823:15:42:35:16:17:44:35:17 chr7 138417791 . A G 298.02 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0629086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0004;QD=15.8944;RBI=0.0648422;REFB=-0.0063134;REVB=-0.0157168;RO=42;SAF=24;SAR=9;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393351;STB=0.721816;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.011939;OID=.;OPOS=138417791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:9:24:14:28:9:24:14:28 chr7 138433937 . G A 562.02 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00944189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.931;QD=23.6639;RBI=0.0165735;REFB=-0.0194054;REVB=-0.013621;RO=43;SAF=27;SAR=24;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240257;STB=0.508969;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0173468;OID=.;OPOS=138433937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:43:51:52:0.547368:24:27:24:19:24:28:24:19 chr7 138455988 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0624392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.252;QD=8.30753;RBI=0.0660054;REFB=0.0114656;REVB=0.0214021;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446598;STB=0.786654;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0134041;OID=.;OPOS=138455988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:7:1:8:10:7:1:8:10 chr7 138583840 . C A 1476.55 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000326838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.89;QD=62.1705;RBI=0.0063659;REFB=-0.0953164;REVB=0.00635751;RO=1;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117059;STB=0.506171;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000892714;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:40:54:0:1:40:54:0:1 chr7 138596064 . G A 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0167443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.023;QD=18.9143;RBI=0.0167444;REFB=-0.0308053;REVB=3.97819e-05;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169906;STB=0.59466;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0221947;OID=.;OPOS=138596064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:13:16:10:18:13:16:10:18 chr7 138601826 . G A 552.95 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=112;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00468197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.614;QD=19.7481;RBI=0.0050623;REFB=-0.00348262;REVB=0.00192512;RO=55;SAF=31;SAR=26;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111545;STB=0.561503;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00386601;OID=.;OPOS=138601826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:55:57:57:0.508929:26:31:23:32:26:31:23:32 chr7 138602417 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0335545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.886;QD=13.2052;RBI=0.0860239;REFB=-0.00896983;REVB=-0.0792098;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109659;OID=.;OPOS=138602417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr7 138602523 . T C 290.21 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00908394;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.325;QD=24.1839;RBI=0.00916781;REFB=0.00251176;REVB=-0.00123728;RO=20;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20413;STB=0.639957;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00121648;OID=.;OPOS=138602523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:22:26:26:0.541667:7:19:10:10:7:19:10:12 chr7 138602916 . G C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00242501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.122;QD=9.09233;RBI=0.026739;REFB=-0.00446955;REVB=0.0266288;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117318;STB=0.561308;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0097122;OID=.;OPOS=138602916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:5:8:16:15:5:8:17:15 chr7 138731687 . A G 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0171243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.401;QD=11.9232;RBI=0.0177314;REFB=-0.0218837;REVB=-0.00459974;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41721;STB=0.736402;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0183792;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:9:0:2:5:9:0 chr7 138732457 . G A 656.52 PASS AF=0.458065;AO=68;DP=152;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=26;FWDB=-0.00916301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.24;QD=16.9425;RBI=0.0403252;REFB=-0.0017166;REVB=0.0392704;RO=82;SAF=46;SAR=22;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351667;STB=0.52567;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00142786;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:82:84:68:71:0.458065:22:46:58:24:25:46:58:26 chr7 138732497 . G A 654.1 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=22;FWDB=-0.0204464;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.455;QD=18.9593;RBI=0.0503888;REFB=-0.00530583;REVB=-0.0460541;RO=63;SAF=42;SAR=24;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013891;STB=0.533323;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0131712;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:63:72:66:66:0.478261:24:42:41:22:24:42:50:22 chr7 138740037 . G C 1098.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.397;QD=60.1924;RBI=0.0499949;REFB=0;REVB=0.00885569;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035989;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:28:44:0:0:28:45:0:0 chr7 138761034 . G C 452.71 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00232034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.522;QD=16.4621;RBI=0.00285005;REFB=0.000875865;REVB=0.00165493;RO=60;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11297;STB=0.567187;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00108669;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:60:49:50:0.454545:19:30:30:30:19:31:30:30 chr7 138764060 . G A 338.73 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0279584;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.005;QD=11.4822;RBI=0.0281894;REFB=0.000555688;REVB=-0.00360117;RO=76;SAF=22;SAR=20;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047405;STB=0.527157;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00104548;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:76:76:42:42:0.355932:20:22:43:33:20:22:43:33 chr7 138764145 . T C 138.26 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.0177432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.651;QD=7.37396;RBI=0.0177514;REFB=-0.010054;REVB=-0.000539258;RO=55;SAF=12;SAR=8;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19697;STB=0.61893;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0244833;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:8:12:24:31:8:12:24:31 chr7 138764233 . C T 316.96 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=65;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00106214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.882;QD=19.2097;RBI=0.00115733;REFB=-0.00995117;REVB=-0.000459644;RO=31;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256774;STB=0.514277;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00914871;OID=.;OPOS=138764233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:32:33:34:0.515152:15:18:16:15:16:18:16:16 chr7 138831707 . C T 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00577092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.834;QD=8.2823;RBI=0.0285739;REFB=-0.00286412;REVB=-0.0279851;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796727;STB=0.538397;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00774263;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:7:5:15:16:7:5:15:17 chr7 139026152 . T G 573.59 PASS AF=0.53211;AO=57;DP=108;FAO=58;FDP=109;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0511304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0481;QD=21.0491;RBI=0.0715792;REFB=-0.00758567;REVB=-0.0500925;RO=49;SAF=29;SAR=28;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159666;STB=0.503482;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00506536;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:51:57:58:0.53211:28:29:24:25:28:30:26:25 chr7 139077240 . C A 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00405028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7102;QD=5.9921;RBI=0.0260667;REFB=0.0166998;REVB=-0.0257501;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050025;STB=0.532047;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0615779;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:4:6:23:13:4:6:23:13 chr7 139097282 . AT AC,ACT,A 499.95 PASS AF=0.341176,0.164706,0.411765;AO=11,13,14;DP=86;FAO=29,14,35;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=18,8,21;FSAR=11,6,14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0198872,0.0184066,0.0770717;FXX=0.0116266;HRUN=12,0,12;LEN=1,1,1;MLLD=87.1453,87.4957,4.41649;QD=23.5269;RBI=0.290281,0.0554221,0.379565;REFB=-0.0215323,-0.012253,-0.258282;REVB=-0.289599,0.0522763,-0.371658;RO=14;SAF=9,7,10;SAR=2,6,4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.146265,-0.162267,0;STB=0.510114,0.5,0.504948;STBP=0.867,1,0.919;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.0101469,0.0179226,0.162048;OID=.,.,.;OPOS=139097283,139097283,139097283;OREF=T,-,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=AC,ACT,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.341176,0.164706,0.411765:11,13,14:86:29,14,35:85:7:18,8,21:11,6,14:4:3:99:14:9,7,10:2,6,4:10:4 chr7 139107660 . A G 440.26 PASS AF=0.536585;AO=41;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0108934;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.983;QD=21.4763;RBI=0.0216071;REFB=-0.00578799;REVB=0.0186601;RO=36;SAF=18;SAR=23;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192594;STB=0.513898;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00491355;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:38:41:44:0.536585:23:18:15:21:23:21:17:21 chr7 139138871 . T G 68.57 PASS AF=0.144144;AO=5;DP=102;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00551437;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.11;QD=2.47091;RBI=0.0127256;REFB=-0.0182322;REVB=-0.0114687;RO=93;SAF=3;SAR=2;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285268;STB=0.820879;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.10173;OID=.;OPOS=139138871;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:102:111:93:95:5:16:0.144144:2:3:53:40:2:14:53:42 chr7 139138950 . C G 87.23 PASS AF=0.231884;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0968833;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3175;QD=5.05661;RBI=0.128871;REFB=-0.0558392;REVB=-0.0849793;RO=46;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350243;STB=0.671171;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.123676;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:62:69:46:53:15:16:0.231884:6:9:14:32:6:10:21:32 chr7 139252780 . T C 769.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107197;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.698;QD=64.1357;RBI=0.0423508;REFB=0;REVB=0.0409716;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453373;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:49:48:1:21:28:0:0:21:27:0:0 chr7 139268736 . C CG 139.58 PASS AF=0.232143;AO=33;DP=119;FAO=26;FDP=112;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=0.0120259;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.7553;QD=4.985;RBI=0.0387413;REFB=-0.00569794;REVB=-0.0368275;RO=85;SAF=23;SAR=10;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416294;STB=0.916394;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.113331;OID=.;OPOS=139268737;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143:33:119:26:112:86:23:3:23:63:99:85:23:10:29:56 chr7 139415775 . G C 695.97 PASS AF=0.436782;AO=75;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=0.012712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.947;QD=15.9994;RBI=0.0149682;REFB=-0.0143867;REVB=0.00790271;RO=88;SAF=34;SAR=41;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111473;STB=0.53551;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0351176;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:88:98:75:76:0.436782:41:34:50:38:42:34:50:48 chr7 139653196 . A C 765.62 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0038327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4995;QD=49.3951;RBI=0.00868732;REFB=0.0289294;REVB=-0.00779615;RO=4;SAF=40;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448642;STB=0.529402;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00213065;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:61:62:4:5:57:57:0.919355:17:40:4:0:17:40:5:0 chr7 139719829 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0553166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.647;QD=14.0466;RBI=0.106566;REFB=-0.0253533;REVB=-0.0910842;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650748;STB=0.537855;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0308469;OID=.;OPOS=139719829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:7:11:16:13:7:11:16:13 chr7 139724358 . G A 1824.53 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9574;QD=60.315;RBI=0.0409868;REFB=-0.0741632;REVB=-0.018002;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000394394;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:52:68:0:0:52:68:0:1 chr7 139724555 . C T 2282.87 PASS AF=0.993464;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298151;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3815;QD=59.6829;RBI=0.0601178;REFB=0.0124338;REVB=0.0522035;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00100497;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:0:1:151:152:0.993464:88:63:0:0:89:63:1:0 chr7 139727135 . G A 1565.52 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.791;QD=63.8988;RBI=0.0237904;REFB=0;REVB=0.0237637;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24756e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:45:50:0:0:46:52:0:0 chr7 139784641 . A G 1461.59 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0118924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.029;QD=57.3172;RBI=0.0358775;REFB=-0.00812228;REVB=0.0338492;RO=2;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201745;STB=0.510636;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=4.5522e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:46:53:0:2:46:54:0:2 chr7 140051764 . GTTTTC GTTT,GTTTC 82.86 PASS AF=0.294118,0;AO=15,9;DP=69;FAO=20,0;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=16,0;FSAR=4,0;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0812318,-0.145495;FXX=0.0144907;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.7686,14.8148;QD=4.87409;RBI=0.283711,0.469246;REFB=-0.0242172,0.0144472;REVB=-0.271834,-0.44612;RO=36;SAF=14,2;SAR=1,7;SRF=27;SRR=9;SSEN=0.515625,0.515625;SSEP=0,0;SSSB=0.428378,-0.582497;STB=0.641065,0.5;STBP=0.177,1;TYPE=del,del;VARB=0.0544406,0;OID=.,.;OPOS=140051768,140051765;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0:15,9:69:20,0:68:48:16,0:4,0:31:17:81:36:14,2:1,7:27:9 chr7 140051790 . T C 444.92 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.000284749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.388;QD=17.9767;RBI=0.00166736;REFB=-0.00883123;REVB=-0.00164287;RO=52;SAF=26;SAR=18;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139769;STB=0.524989;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0088258;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:54:44:45:0.454545:18:26:30:22:18:27:30:24 chr7 140080087 . C G 419.42 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0516077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8101;QD=20.2129;RBI=0.0516627;REFB=0.00398938;REVB=0.0023836;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317305;STB=0.517591;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00444178;OID=.;OPOS=140080087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:23:19:20:21:23:19:20:21 chr7 140158851 . C G 310.71 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0183107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.962;QD=28.903;RBI=0.0274512;REFB=-0.0495637;REVB=0.020452;RO=15;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395016;STB=0.535185;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0284657;OID=.;OPOS=140158851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:16:11:7:8:16:11:8:8 chr7 140258000 . T C 1324.37 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109209;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.236;QD=62.3234;RBI=0.0109507;REFB=0;REVB=0.000807756;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12579e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:42:43:0:0:42:43:0:0 chr7 140301731 . G T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.955;QD=57.6807;RBI=0.032374;REFB=0;REVB=0.0315532;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24562e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr7 140774467 . C G 562.58 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9808;QD=57.7006;RBI=0.0386851;REFB=-0.178037;REVB=0.0346442;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00792386;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr7 141176928 . G A 480.34 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=125;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00891808;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.949;QD=15.2488;RBI=0.0128905;REFB=-0.0173681;REVB=-0.00930773;RO=70;SAF=21;SAR=32;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150057;STB=0.584874;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0252552;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:72:53:54:0.428571:32:21:38:32:32:22:40:32 chr7 141364712 . G A 545.5 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00527442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6773;QD=17.181;RBI=0.0242821;REFB=-0.005644;REVB=0.0237024;RO=68;SAF=30;SAR=28;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118249;STB=0.502446;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00722694;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:68:69:58:58:0.456693:28:30:36:32:28:30:36:33 chr7 141464765 . C T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.286;QD=61.5359;RBI=0.0356924;REFB=0;REVB=0.0271451;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00125e-06;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr7 141478308 . T C 704.89 PASS AF=0.958333;AO=47;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6563;QD=58.7406;RBI=0.114013;REFB=-0.102107;REVB=0.0545874;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00692408;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:0:2:47:46:0.958333:18:29:0:0:18:28:2:0 chr7 141478574 . G C 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4198;QD=57.1576;RBI=0.0345981;REFB=0;REVB=0.0285326;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348341;OID=.;OPOS=141478574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr7 141478800 . G A 1250.35 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.428;QD=60.258;RBI=0.0152287;REFB=-0.052834;REVB=-0.0107844;RO=1;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101845;STB=0.505375;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000360258;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:36:46:1:0:36:46:1:0 chr7 141490238 . G T 1162.39 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.5;QD=59.6096;RBI=0.050398;REFB=-0.0533448;REVB=0.0492571;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272581;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:38:40:0:0 chr7 141501943 . G C 272.85 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9455;QD=51.971;RBI=0.0415083;REFB=0;REVB=0.0280767;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117611;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:13:5:0:0:14:7:0:0 chr7 141537735 . T G 2381.4 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1072;QD=63.9302;RBI=0.00676255;REFB=0;REVB=-0.0048629;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33885e-08;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:149:0:0:143:149:1:71:72:0:0:73:76:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 378.58 PASS AF=0.627119;AO=21;DP=79;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0446318;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=3;MLLD=306.736;QD=25.6664;RBI=0.0457288;REFB=-0.0277478;REVB=0.00995585;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382684;STB=0.616116;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0193036;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627119:21:79:37:59:22:27:10:10:12:99:54:11:10:30:24 chr7 141537945 . T A 159.97 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00679557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.912;QD=8.53196;RBI=0.0139565;REFB=-0.0282727;REVB=-0.0121903;RO=53;SAF=15;SAR=7;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191301;STB=0.614489;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0669097;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:7:15:28:25:7:15:28:25 chr7 141538741 . T C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00822599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.266;QD=22.3404;RBI=0.0120164;REFB=-0.0123273;REVB=0.00875935;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637858;STB=0.535676;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00845158;OID=.;OPOS=141538741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:11:3:5:13:11:3 chr7 141672604 . T C 155.99 PASS AF=0.625;AO=12;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0938821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8067;QD=25.9978;RBI=0.0990048;REFB=-0.0713777;REVB=0.0314341;RO=3;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571342;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0728445;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:24:3:4:12:15:0.625:12:0:0:3:12:3:0:4 chr7 141672705 . G A 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0156959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.762;QD=11.9526;RBI=0.0593166;REFB=-0.00781288;REVB=-0.0572023;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450024;STB=0.768576;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0207771;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:3:8:2:6:3:8 chr7 141673345 . C G 107.35 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0805524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7455;QD=12.6298;RBI=0.0832775;REFB=-0.0252183;REVB=-0.0211294;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154159;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0427771;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:10:11:7:6:10:11 chr7 141747658 . A G 851.01 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9841;QD=57.6958;RBI=0.0370862;REFB=0;REVB=0.0263103;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207677;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr7 141796131 . G A 809.21 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0207022;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.22;QD=52.2073;RBI=0.0232334;REFB=-0.00915143;REVB=-0.0105455;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.519993;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00027069;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:1:3:58:59:0.951613:23:35:1:0:23:36:3:0 chr7 141838362 . C G 180.46 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=108;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=-0.00244062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.383;QD=6.62244;RBI=0.0229302;REFB=-0.0112416;REVB=-0.0228;RO=78;SAF=13;SAR=14;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164765;STB=0.613954;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0305678;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:78:82:27:27:0.247706:14:13:48:30:14:13:52:30 chr7 141857846 . A G 2306.08 PASS AF=1;AO=148;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275348;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.778;QD=61.0883;RBI=0.0277662;REFB=0;REVB=0.00357744;RO=0;SAF=78;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88939e-06;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:151:0:0:148:151:1:70:78:0:0:72:79:0:0 chr7 141896059 . A G 1452.78 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.058;QD=63.1642;RBI=0.0443621;REFB=0;REVB=0.0204793;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42745e-05;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr7 141898522 . T A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.98;QD=52.6116;RBI=0.0190529;REFB=0;REVB=0.0172258;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161574;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr7 141918233 . A C 170.6 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00434865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.718;QD=10.8315;RBI=0.00542967;REFB=0.000283879;REVB=0.00325125;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588535;STB=0.536049;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00109021;OID=.;OPOS=141918233;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:13:9:18:21:13:9:19:22 chr7 141957504 . A G 160.88 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0124367;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.557;QD=12.6176;RBI=0.012923;REFB=-0.0150803;REVB=-0.00351162;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514927;STB=0.529883;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0252241;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:20:12:8:11:20:12 chr7 142001030 . A G 1438.99 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0396376;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.286;QD=59.958;RBI=0.0527041;REFB=-0.0244546;REVB=0.034736;RO=3;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334286;STB=0.517643;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.000478665;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:96:3:3:93:93:0.96875:41:52:0:3:41:52:0:3 chr7 142013384 . G C 1553.0 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427515;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.223;QD=58.6036;RBI=0.051933;REFB=-0.0896938;REVB=0.0294847;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000749888;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:44:61:0:0:44:61:1:0 chr7 142045613 . G T 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00253256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.676;QD=7.13184;RBI=0.0380745;REFB=-0.0106494;REVB=-0.0379901;RO=45;SAF=13;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381337;STB=0.737262;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0196487;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:3:13:24:21:3:13:24:21 chr7 142045678 . ACT GTC 92.95 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00363848;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=258.34;QD=5.3886;RBI=0.0308647;REFB=-0.00428106;REVB=-0.0306495;RO=53;SAF=13;SAR=2;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496214;STB=0.815672;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.0172941;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:69:53:54:15:15:0.217391:2:13:27:26:2:13:28:26 chr7 142045683 . A G 92.84 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0049682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.559;QD=5.38229;RBI=0.00661407;REFB=0.00575102;REVB=0.00436611;RO=53;SAF=13;SAR=2;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48049;STB=0.815672;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0460717;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:69:53:54:15:15:0.217391:2:13:28:25:2:13:28:26 chr7 142045690 . A G 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00257555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.852;QD=5.26459;RBI=0.0201074;REFB=0.000368213;REVB=-0.0199418;RO=53;SAF=13;SAR=2;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48049;STB=0.812031;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000729942;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:53:55:15:15:0.214286:2:13:28:25:2:13:29:26 chr7 142045692 . AC GT 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.000523331;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.377;QD=5.26467;RBI=0.0481739;REFB=-0.000627515;REVB=-0.048171;RO=55;SAF=13;SAR=2;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48112;STB=0.812031;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.00143871;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:2:13:29:26:2:13:29:26 chr7 142045802 . T C 88.88 PASS AF=0.16;AO=17;DP=100;FAO=16;FDP=100;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.132448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7732;QD=3.55534;RBI=0.132562;REFB=-0.0173961;REVB=0.00550287;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779691;STB=0.579903;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.082296;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:100:100:83:84:17:16:0.16:8:9:49:34:8:8:50:34 chr7 142045848 . T C 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.34;QD=59.4972;RBI=0.0237808;REFB=0;REVB=0.0237144;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96853e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr7 142045899 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0610607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6354;QD=3.83328;RBI=0.0614818;REFB=0.00486696;REVB=0.00718399;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493867;STB=0.53415;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0131448;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:4:3:14:22:4:3:14:22 chr7 142045924 . A G 287.34 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.101144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9561;QD=38.3119;RBI=0.101813;REFB=-0.00125012;REVB=0.0116556;RO=6;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670657;STB=0.536554;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00230306;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:16:8:3:3:16:8:3:3 chr7 142099484 . G C 77.68 PASS AF=0.189189;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.189259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0145;QD=4.19896;RBI=0.189322;REFB=-0.0317737;REVB=-0.00489981;RO=36;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640843;STB=0.784583;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.126689;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:74:74:36:60:14:14:0.189189:2:12:10:26:2:12:34:26 chr7 142099512 . T G 66.86 PASS AF=0.141304;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=-0.0306736;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.762;QD=2.90677;RBI=0.0402899;REFB=-0.00294265;REVB=-0.026123;RO=76;SAF=11;SAR=2;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330669;STB=0.726469;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0151934;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:92:76:79:13:13:0.141304:2:11:48:28:2:11:51:28 chr7 142099533 . T C 51.31 PASS AF=0.146067;AO=10;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=-0.026646;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.491;QD=2.30597;RBI=0.0271591;REFB=-0.00822631;REVB=0.00525459;RO=76;SAF=8;SAR=2;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223745;STB=0.705096;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0962742;OID=.;OPOS=142099533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:89:89:76:76:10:13:0.146067:2:8:49:27:2:11:51:25 chr7 142099537 . G T 53.85 PASS AF=0.147727;AO=5;DP=90;FAO=13;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0335745;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.56;QD=2.4479;RBI=0.0343548;REFB=-0.00801961;REVB=0.0072806;RO=65;SAF=3;SAR=2;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167075;STB=0.719235;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0533586;OID=.;OPOS=142099537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:90:88:65:75:5:13:0.147727:2:3:40:25:2:11:49:26 chr7 142099541 . T C 50.63 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.0219904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.255;QD=2.25029;RBI=0.0238309;REFB=-0.00551581;REVB=-0.00918327;RO=79;SAF=9;SAR=2;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270044;STB=0.702356;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0409212;OID=.;OPOS=142099541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:2:9:50:29:2:9:50:29 chr7 142099548 . A G 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0134537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.817;QD=2.53768;RBI=0.0138343;REFB=0.00049407;REVB=0.00322257;RO=79;SAF=10;SAR=2;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314026;STB=0.730157;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00381888;OID=.;OPOS=142099548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:2:10:49:30:2:10:49:30 chr7 142119831 . G A 711.4 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00472514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.781;QD=52.6959;RBI=0.0175114;REFB=-0.0574912;REVB=0.0168619;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407395;STB=0.502164;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00384591;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:29:23:1:1:29:23:1:1 chr7 142124170 . C T 1249.66 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363071;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.604;QD=61.7114;RBI=0.0152423;REFB=0;REVB=0.0148036;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31536e-05;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr7 142124424 . T G 2242.54 PASS AF=0.973154;AO=143;DP=148;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00514974;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.449;QD=60.2023;RBI=0.0321496;REFB=0.0312192;REVB=0.0317345;RO=4;SAF=76;SAR=67;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00163347;STB=0.501024;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00100138;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:149:4:4:143:145:0.973154:67:76:2:2:67:78:2:2 chr7 142124539 . C T 53.81 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0230577;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0025;QD=2.62489;RBI=0.0236107;REFB=-0.0106101;REVB=0.00507987;RO=67;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211798;STB=0.651916;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0766935;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:82:67:71:11:11:0.134146:6:5:42:25:6:5:45:26 chr7 142139348 . C T 1484.23 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207812;FXX=0.0291234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.108;QD=59.3691;RBI=0.0267951;REFB=0;REVB=-0.016915;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209916;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:100:0:0:99:100:1:59:40:0:0:59:41:0:0 chr7 142139773 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00879327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229;QD=21.376;RBI=0.0198125;REFB=-0.0357932;REVB=0.0177542;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356536;STB=0.509795;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0309941;OID=.;OPOS=142139773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:13:10:10:11:13:10:10:12 chr7 142139783 . C A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.741;QD=62.6708;RBI=0.0245784;REFB=0;REVB=0.0226705;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07645e-05;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr7 142143804 . A C 2315.19 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00448593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.173;QD=62.9984;RBI=0.0064241;REFB=0.0551526;REVB=0.00459843;RO=1;SAF=103;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109303;STB=0.505746;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000644534;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:43:103:0:1:43:103:0:1 chr7 142143879 . A T 89.5 PASS AF=0.118919;AO=22;DP=185;FAO=22;FDP=185;FR=.;FRO=163;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=-0.0174889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7266;QD=1.93514;RBI=0.0228574;REFB=-0.00780399;REVB=0.0147173;RO=162;SAF=8;SAR=14;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20692;STB=0.648646;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0202872;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:185:185:162:163:22:22:0.118919:14:8:86:76:14:8:87:76 chr7 142143906 . GT CC 141.08 PASS AF=0.160221;AO=29;DP=179;FAO=29;FDP=181;FR=.;FRO=152;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=81;FSRR=71;FWDB=0.00629458;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=314.216;QD=3.11778;RBI=0.00868876;REFB=-0.00314943;REVB=0.00598939;RO=149;SAF=13;SAR=16;SRF=79;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104672;STB=0.570729;STBP=0.423;TYPE=mnp;VARB=0.0157246;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:149:152:29:29:0.160221:16:13:79:70:16:13:81:71 chr7 142143941 . T C 195.53 PASS AF=0.19883;AO=34;DP=171;FAO=34;FDP=171;FR=.;FRO=137;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=77;FSRR=60;FWDB=-0.00974459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.132;QD=4.57376;RBI=0.0114263;REFB=-0.000600518;REVB=0.00596676;RO=137;SAF=16;SAR=18;SRF=77;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116686;STB=0.572853;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00387593;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:137:137:34:34:0.19883:18:16:77:60:18:16:77:60 chr7 142144022 . T C 173.63 PASS AF=0.235294;AO=25;DP=117;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.0278152;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=5.83635;RBI=0.028842;REFB=-0.00571991;REVB=-0.00762716;RO=91;SAF=13;SAR=12;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.570335;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0221548;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:91:91:25:28:0.235294:12:13:57:34:13:15:57:34 chr7 142144059 . A C 71.3 PASS AF=0.14433;AO=11;DP=95;FAO=14;FDP=97;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=27;FWDB=-0.011592;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.18;QD=2.94018;RBI=0.0209105;REFB=-0.0106192;REVB=-0.0174034;RO=83;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18112;STB=0.592468;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0605349;OID=.;OPOS=142144059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:95:97:83:83:11:14:0.14433:5:6:57:26:6:8:56:27 chr7 142144091 . GG AA 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=0.0196714;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=178.25;QD=3.07293;RBI=0.0199964;REFB=-0.00159414;REVB=0.00359054;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=43;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31111;STB=0.70554;STBP=0.219;TYPE=mnp;VARB=0.0080606;OID=.;OPOS=142144091;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:5:5:43:15:5:5:43:15 chr7 142144101 . C T 42.56 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0190185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7932;QD=2.83761;RBI=0.0204369;REFB=-0.00567313;REVB=-0.00748104;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245622;STB=0.732877;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.017291;OID=.;OPOS=142144101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:59:60:49:52:7:8:0.133333:3:4:37:12:4:4:40:12 chr7 142149160 . T G 693.12 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00333778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.938;QD=18.1208;RBI=0.00450955;REFB=-0.00692909;REVB=0.00303238;RO=80;SAF=40;SAR=33;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572971;STB=0.531696;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00761503;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:80:73:73:0.477124:33:40:39:41:33:40:39:41 chr7 142149349 . A C 991.11 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.645;QD=59.1705;RBI=0.0455945;REFB=0;REVB=-0.0118287;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73862e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:29:38:0:0 chr7 142162001 . A C 3133.38 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.244;QD=63.9464;RBI=0.0177935;REFB=0;REVB=0.0174938;RO=0;SAF=107;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60406e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:196:0:0:195:196:1:88:107:0:0:88:108:0:0 chr7 142162050 . A G 1021.62 PASS AF=0.44958;AO=107;DP=238;FAO=107;FDP=238;FR=.;FRO=131;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=57;FWDB=0.0141232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.266;QD=17.17;RBI=0.0142809;REFB=-0.00916897;REVB=0.00211662;RO=130;SAF=66;SAR=41;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491443;STB=0.529811;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0134152;OID=.;OPOS=142162050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:130:131:107:107:0.44958:41:66:74:56:41:66:74:57 chr7 142162148 . C T 1012.72 PASS AF=0.5;AO=103;DP=207;FAO=103;FDP=206;FR=.;FRO=103;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=-0.00433547;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.534;QD=19.6645;RBI=0.0401758;REFB=-0.015618;REVB=-0.0399412;RO=103;SAF=69;SAR=34;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774381;STB=0.542624;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.015338;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:103:103:103:103:0.5:34:69:61:42:34:69:61:42 chr7 142162306 . A G 272.51 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00226822;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.131;QD=17.0315;RBI=0.00410434;REFB=-0.000613844;REVB=-0.00342064;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322541;STB=0.505878;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.000562979;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:34:30:30:0.46875:10:20:23:10:10:20:23:11 chr7 142168429 . A G 1444.2 PASS AF=1;AO=79;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=68;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.718;QD=62.7911;RBI=0.0321301;REFB=0;REVB=0.022513;RO=0;SAF=55;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145594;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:79:92:1:24:55:0:0:24:68:0:0 chr7 142168452 . C A 1550.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.919;QD=59.067;RBI=0.064419;REFB=0;REVB=0.0640433;RO=0;SAF=73;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142995;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:98:105:1:25:73:0:0:30:75:0:0 chr7 142168662 . CG TC 1205.97 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106295;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.08;QD=60.2985;RBI=0.0506994;REFB=0;REVB=0.0495725;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000103438;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:44:36:0:0 chr7 142168819 . G A 304.95 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0113516;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.44;QD=17.4256;RBI=0.015913;REFB=-0.0232715;REVB=0.011152;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467095;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0308879;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:15:18:20:17:15:18:20:17 chr7 142168856 . C G 755.6 PASS AF=0.919355;AO=48;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.102334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.245;QD=48.7482;RBI=0.102474;REFB=-0.1205;REVB=-0.00536369;RO=5;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303357;STB=0.507359;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0132467;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:48:57:0.919355:28:20:2:3:29:28:2:3 chr7 142176378 . A G 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.592;QD=58.2387;RBI=0.0374814;REFB=0;REVB=0.035504;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46915e-05;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr7 142180646 . AG CT 85.7 PASS AF=0.100806;AO=24;DP=249;FAO=25;FDP=248;FR=.;FRO=223;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=136;FSRR=87;FWDB=-0.0134732;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.895;QD=1.38218;RBI=0.0337036;REFB=0.000271486;REVB=-0.0308935;RO=216;SAF=22;SAR=2;SRF=134;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446402;STB=0.865187;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=-0.00313151;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:249:248:216:223:24:25:0.100806:2:22:134:82:2:23:136:87 chr7 142180704 . G T 651.64 PASS AF=0.292359;AO=87;DP=301;FAO=88;FDP=301;FR=.;FRO=213;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=110;FSRR=103;FWDB=-0.00316515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.855;QD=8.65972;RBI=0.00830108;REFB=-0.00985213;REVB=-0.00767396;RO=211;SAF=41;SAR=46;SRF=110;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608075;STB=0.535736;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.016499;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:211:213:87:88:0.292359:46:41:110:101:47:41:110:103 chr7 142180737 . T A 624.29 PASS AF=0.307407;AO=83;DP=270;FAO=83;FDP=270;FR=.;FRO=187;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=92;FSRR=95;FWDB=0.00339809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.511;QD=9.24879;RBI=0.014014;REFB=-0.00266499;REVB=-0.0135958;RO=186;SAF=40;SAR=43;SRF=91;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00875505;STB=0.506965;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0201269;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:270:186:187:83:83:0.307407:43:40:91:95:43:40:92:95 chr7 142180770 . T C 574.37 PASS AF=0.330317;AO=73;DP=222;FAO=73;FDP=221;FR=.;FRO=148;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.0105471;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.962;QD=10.3959;RBI=0.0122305;REFB=-0.00272058;REVB=-0.00619227;RO=147;SAF=35;SAR=38;SRF=75;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357911;STB=0.518284;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00537987;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:147:148:73:73:0.330317:38:35:75:72:38:35:75:73 chr7 142206617 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0144441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.142;QD=18.2489;RBI=0.0157303;REFB=0.00414544;REVB=0.0062298;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327611;STB=0.689341;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00494739;OID=.;OPOS=142206617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:5:7:3:10:5:7 chr7 142231701 . G T 338.73 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0762659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3949;QD=15.2239;RBI=0.0763018;REFB=-0.0101926;REVB=-0.00234169;RO=52;SAF=25;SAR=12;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116113;STB=0.565184;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00987851;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:12:25:40:12:12:25:40:12 chr7 142242511 . A G 30.82 PASS AF=0.0679012;AO=12;DP=162;FAO=11;FDP=162;FR=.;FRO=151;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=84;FSRR=67;FWDB=-0.0951664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8428;QD=0.760926;RBI=0.102792;REFB=-0.00250287;REVB=-0.0388526;RO=148;SAF=5;SAR=7;SRF=82;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150968;STB=0.67513;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0219502;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:162:162:148:151:12:11:0.0679012:7:5:82:66:7:4:84:67 chr7 142242552 . G T 36.55 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.032766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.665;QD=1.10759;RBI=0.0331706;REFB=0.000279556;REVB=0.00516503;RO=121;SAF=4;SAR=7;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186221;STB=0.650003;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0021561;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:7:4:64:57:7:4:64:57 chr7 142247134 . T C 302.16 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00540117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.482;QD=19.4945;RBI=0.0298255;REFB=-0.0140486;REVB=0.0293323;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242688;STB=0.513505;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0124592;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:17:13:13:19:17:13 chr7 142247288 . T C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0211242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.628;QD=5.12633;RBI=0.026424;REFB=-0.00718778;REVB=-0.0158744;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486219;STB=0.531949;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0262103;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:15:22:5:4:15:22 chr7 142247347 . AT CC 93.04 PASS AF=0.254545;AO=13;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0607942;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=87.316;QD=6.76684;RBI=0.0704052;REFB=-0.0268327;REVB=-0.03551;RO=36;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26545;STB=0.649543;STBP=0.221;TYPE=mnp;VARB=0.0599443;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:55:55:36:41:13:14:0.254545:5:8:14:22:6:8:15:26 chr7 142247380 . T A 88.95 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00397387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.503;QD=7.11608;RBI=0.0045461;REFB=5.36353e-05;REVB=0.00220804;RO=38;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37872;STB=0.733816;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-2.26192e-05;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:4:8:13:25:4:8:13:25 chr7 142247396 . A T 59.08 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0311254;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3229;QD=4.82257;RBI=0.0453802;REFB=-0.00883009;REVB=-0.0330239;RO=40;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427354;STB=0.774478;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.016111;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:49:40:40:9:9:0.183673:3:6:12:28:3:6:12:28 chr7 142250938 . T G 855.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322727;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.113;QD=57.9814;RBI=0.0377548;REFB=0;REVB=0.0195933;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254932;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr7 142250988 . G A 767.94 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9082;QD=54.8525;RBI=0.0372889;REFB=-0.0153676;REVB=0.0288679;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00174543;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:23:32:0:0:23:32:0:1 chr7 142251132 . G T 501.52 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.359;QD=59.0027;RBI=0.0460832;REFB=0;REVB=0.0238958;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173742;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:26:8:0:0 chr7 142326607 . C T 2030.2 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.183;QD=61.9909;RBI=0.0265198;REFB=0;REVB=0.0256287;RO=0;SAF=81;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35098e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:131:0:0:123:131:1:42:81:0:0:44:87:0:0 chr7 142326909 . C G 1030.12 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131187;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3571;QD=59.7172;RBI=0.0538164;REFB=0;REVB=0.052193;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371163;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr7 142334648 . A T 1535.04 PASS AF=1;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000946941;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.171;QD=60.1977;RBI=0.0334127;REFB=0;REVB=-0.0333993;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152282;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:102:0:0:102:102:1:38:64:0:0:38:64:0:0 chr7 142378831 . C G 772.76 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103206;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.298;QD=64.3966;RBI=0.12287;REFB=0;REVB=0.122435;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661558;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr7 142423289 . C A 316.83 PASS AF=0.460526;AO=33;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0112739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4746;QD=16.6752;RBI=0.0128919;REFB=-0.0394842;REVB=0.00625306;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533718;STB=0.540517;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0480075;OID=.;OPOS=142423289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:41:33:35:0.460526:17:16:19:16:18:17:23:18 chr7 142423547 . C T 601.48 PASS AF=0.593407;AO=53;DP=87;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0152762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.53;QD=26.4388;RBI=0.0311116;REFB=-0.0201346;REVB=-0.0271029;RO=34;SAF=22;SAR=31;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245994;STB=0.519875;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00760559;OID=.;OPOS=142423547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:91:34:37:53:54:0.593407:31:22:14:20:31:23:14:23 chr7 142423562 . C T 1444.56 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.019705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6917;QD=60.8238;RBI=0.023369;REFB=0.0103065;REVB=-0.0125628;RO=1;SAF=35;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133522;STB=0.513886;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000707456;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:58:35:1:0:58:35:2:0 chr7 142458409 . C G 38.94 PASS AF=0.0707547;AO=15;DP=212;FAO=15;FDP=212;FR=.;FRO=197;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=129;FSRR=68;FWDB=0.000299631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3087;QD=0.73463;RBI=0.015964;REFB=-0.000125914;REVB=0.0159612;RO=196;SAF=8;SAR=7;SRF=128;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137581;STB=0.614995;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0029586;OID=.;OPOS=142458409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:212:212:196:197:15:15:0.0707547:7:8:128:68:7:8:129:68 chr7 142458412 . C T 33.63 PASS AF=0.0654206;AO=14;DP=198;FAO=14;FDP=214;FR=.;FRO=200;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=132;FSRR=68;FWDB=-0.0080018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.3411;QD=0.628613;RBI=0.014782;REFB=-0.00114227;REVB=-0.0124289;RO=184;SAF=7;SAR=7;SRF=121;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178488;STB=0.649338;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0154575;OID=.;OPOS=142458412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:198:214:184:200:14:14:0.0654206:7:7:121:63:7:7:132:68 chr7 142458414 . C T 38.35 PASS AF=0.0700935;AO=14;DP=213;FAO=15;FDP=214;FR=.;FRO=199;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=131;FSRR=68;FWDB=-0.0161294;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.978;QD=0.716904;RBI=0.0164912;REFB=-0.00156599;REVB=-0.0034354;RO=199;SAF=7;SAR=7;SRF=131;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175589;STB=0.618417;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.031163;OID=.;OPOS=142458414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:213:214:199:199:14:15:0.0700935:7:7:131:68:7:8:131:68 chr7 142458437 . C T 50.09 PASS AF=0.0786026;AO=18;DP=228;FAO=18;FDP=229;FR=.;FRO=211;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=137;FSRR=74;FWDB=-0.0112413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6188;QD=0.874968;RBI=0.0207513;REFB=-0.00142744;REVB=-0.0174428;RO=207;SAF=9;SAR=9;SRF=135;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178844;STB=0.637414;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.02517;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:228:229:207:211:18:18:0.0786026:9:9:135:72:9:9:137:74 chr7 142458451 . A T 165.52 PASS AF=0.151515;AO=35;DP=231;FAO=35;FDP=231;FR=.;FRO=196;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=124;FSRR=72;FWDB=-0.0142621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.362;QD=2.86616;RBI=0.0142636;REFB=-0.000120974;REVB=-0.00020411;RO=196;SAF=19;SAR=16;SRF=124;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118613;STB=0.577735;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00244577;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:196:196:35:35:0.151515:16:19:124:72:16:19:124:72 chr7 142458511 . G T 34.12 PASS AF=0.0727273;AO=12;DP=165;FAO=12;FDP=165;FR=.;FRO=153;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=93;FSRR=60;FWDB=-0.048755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2096;QD=0.827242;RBI=0.0587673;REFB=0.000393397;REVB=0.0328107;RO=150;SAF=8;SAR=4;SRF=90;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780506;STB=0.558851;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00605934;OID=.;OPOS=142458511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:165:165:150:153:12:12:0.0727273:4:8:90:60:4:8:93:60 chr7 142458697 . T A 63.8 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0168143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.203;QD=4.11591;RBI=0.0270683;REFB=-0.00456585;REVB=-0.0212125;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198971;STB=0.627206;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0139798;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:61:62:50:51:11:11:0.177419:8:3:21:29:8:3:21:30 chr7 142458700 . G T 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00669037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.292;QD=4.23723;RBI=0.0420454;REFB=-0.0102081;REVB=-0.0415097;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198971;STB=0.633407;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0544841;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:8:3:21:29:8:3:21:29 chr7 142458737 . C G 44.97 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0102032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.08;QD=2.68456;RBI=0.0156162;REFB=2.85157e-05;REVB=-0.011822;RO=58;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164847;STB=0.618287;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-4.9263e-05;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:67:58:58:9:9:0.134328:6:3:27:31:6:3:27:31 chr7 142458739 . T C 34.27 PASS AF=0.138462;AO=7;DP=64;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00455942;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.897;QD=2.10909;RBI=0.00600309;REFB=-0.0116004;REVB=-0.00390497;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211428;STB=0.616755;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.101313;OID=.;OPOS=142458739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:65:56:56:7:9:0.138462:4:3:25:31:6:3:26:30 chr7 142458829 . A G 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00375706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.025;QD=2.88043;RBI=0.0395482;REFB=-0.00603217;REVB=-0.0393693;RO=78;SAF=5;SAR=8;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11308;STB=0.578191;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0341954;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:8:5:37:41:8:5:37:41 chr7 142458837 . A T 57.75 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.015353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.553;QD=2.53831;RBI=0.0154036;REFB=-0.00408074;REVB=-0.00124821;RO=78;SAF=5;SAR=7;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102843;STB=0.577852;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0266038;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:90:91:78:79:12:12:0.131868:7:5:39:39:7:5:40:39 chr7 142458841 . AT A 58.44 PASS AF=0.146341;AO=11;DP=86;FAO=12;FDP=82;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0181746;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.923;QD=2.85073;RBI=0.0190906;REFB=-0.00108892;REVB=0.00584242;RO=72;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151933;STB=0.559327;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=0.0105669;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.146341:11:86:12:82:70:5:7:34:36:58:72:4:7:35:37 chr7 142458967 . A T 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0380692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.101;QD=2.58567;RBI=0.0634873;REFB=-0.009702;REVB=-0.0508072;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16716;STB=0.618792;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0499061;OID=.;OPOS=142458967;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:4:5:25:35:4:5:25:35 chr7 142458972 . T C 46.8 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.085876;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.849;QD=2.75319;RBI=0.0870709;REFB=-0.00762876;REVB=-0.0143759;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468739;STB=0.612659;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0542597;OID=.;OPOS=142458972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:69:68:39:59:9:9:0.132353:4:5:7:32:4:5:25:34 chr7 142458987 . C G 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0178199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.766;QD=2.51697;RBI=0.0510584;REFB=-0.00827504;REVB=-0.0478477;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235485;STB=0.667533;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0623427;OID=.;OPOS=142458987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:54:56:8:8:0.125:3:5:23:31:3:5:24:32 chr7 142459679 . G A 90.04 PASS AF=0.158879;AO=17;DP=107;FAO=17;FDP=107;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0323666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.072;QD=3.3658;RBI=0.0343342;REFB=0.000282315;REVB=0.0114561;RO=89;SAF=11;SAR=6;SRF=40;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247311;STB=0.659574;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00138711;OID=.;OPOS=142459679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:107:107:89:90:17:17:0.158879:6:11:40:49:6:11:41:49 chr7 142460313 . T C 495.36 PASS AF=0.309859;AO=66;DP=213;FAO=66;FDP=213;FR=.;FRO=147;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=97;FSRR=50;FWDB=-0.00904604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.984;QD=9.30245;RBI=0.0113804;REFB=-0.0070904;REVB=0.00690525;RO=147;SAF=38;SAR=28;SRF=97;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104853;STB=0.560481;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0190892;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:147:147:66:66:0.309859:28:38:97:50:28:38:97:50 chr7 142460335 . A G 599.96 PASS AF=0.347222;AO=74;DP=214;FAO=75;FDP=216;FR=.;FRO=141;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=52;FWDB=0.00188592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.116;QD=11.1104;RBI=0.0122174;REFB=-0.0048133;REVB=-0.0120709;RO=140;SAF=54;SAR=20;SRF=88;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135475;STB=0.578925;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0293876;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:216:140:141:74:75:0.347222:20:54:88:52:20:55:89:52 chr7 142460339 . G A 43.37 PASS AF=0.0744186;AO=16;DP=215;FAO=16;FDP=215;FR=.;FRO=199;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=127;FSRR=72;FWDB=-0.0209057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9477;QD=0.806897;RBI=0.0347962;REFB=-0.00445211;REVB=0.0278159;RO=199;SAF=11;SAR=5;SRF=127;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607584;STB=0.551008;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0336774;OID=.;OPOS=142460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:215:215:199:199:16:16:0.0744186:5:11:127:72:5:11:127:72 chr7 142460369 . G A 334.62 PASS AF=0.245;AO=49;DP=200;FAO=49;FDP=200;FR=.;FRO=151;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=84;FSRR=67;FWDB=-0.000203345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.216;QD=6.69248;RBI=0.0155155;REFB=0.000291969;REVB=-0.0155142;RO=151;SAF=34;SAR=15;SRF=84;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184525;STB=0.611624;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00139209;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:151:151:49:49:0.245:15:34:84:67:15:34:84:67 chr7 142460394 . T C 176.85 PASS AF=0.172775;AO=33;DP=192;FAO=33;FDP=191;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.0479185;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8853;QD=3.70355;RBI=0.0558466;REFB=-0.00134947;REVB=-0.028682;RO=157;SAF=20;SAR=13;SRF=86;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765685;STB=0.547024;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00930114;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:157:158:33:33:0.172775:13:20:86:71:13:20:87:71 chr7 142460412 . A C 51.98 PASS AF=0.0985915;AO=14;DP=142;FAO=14;FDP=142;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=-0.0215216;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.451;QD=1.46413;RBI=0.0256949;REFB=-0.0107608;REVB=-0.0140375;RO=128;SAF=9;SAR=5;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801402;STB=0.568321;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0656687;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:142:142:128:128:14:14:0.0985915:5:9:74:54:5:9:73:55 chr7 142460415 . T C 42.17 PASS AF=0.0915493;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=73;FSRR=56;FWDB=-0.0332767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.106;QD=1.18779;RBI=0.0592177;REFB=-0.000795755;REVB=0.0489837;RO=128;SAF=9;SAR=4;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149836;STB=0.621925;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0420679;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:142:142:128:129:13:13:0.0915493:4:9:73:55:4:9:73:56 chr7 142460865 . T C 324.41 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00351579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.952;QD=19.6611;RBI=0.024939;REFB=-0.0279944;REVB=0.02469;RO=32;SAF=23;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796316;STB=0.544352;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00991293;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:11:23:19:13:11:23:19:13 chr7 142470290 . T C 347.5 PASS AF=0.371681;AO=41;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00633842;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.579;QD=12.3009;RBI=0.0154288;REFB=-0.0213805;REVB=-0.0140667;RO=70;SAF=9;SAR=32;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209134;STB=0.608998;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0441567;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:71:41:42:0.371681:32:9:26:44:32:10:27:44 chr7 142478897 . T C 538.44 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.862;QD=59.8269;RBI=0.0333695;REFB=0;REVB=0.0235333;RO=0;SAF=5;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07488e-08;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:31:5:0:0:31:5:0:0 chr7 142479915 . T C 766.15 PASS AF=0.515924;AO=70;DP=147;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.0128989;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.217;QD=19.5199;RBI=0.013189;REFB=-0.0199862;REVB=-0.00275095;RO=74;SAF=39;SAR=31;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873405;STB=0.538278;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0123674;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:157:74:76:70:81:0.515924:31:39:48:26:35:46:49:27 chr7 142479940 . C T 774.07 PASS AF=0.460227;AO=80;DP=177;FAO=81;FDP=176;FR=.;FRO=95;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.00757533;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.638;QD=17.5924;RBI=0.00935944;REFB=-0.0102364;REVB=-0.00549667;RO=95;SAF=54;SAR=26;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917193;STB=0.545443;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0272008;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:95:95:80:81:0.460227:26:54:56:39:27:54:56:39 chr7 142479954 . C T 1131.26 PASS AF=0.562162;AO=104;DP=192;FAO=104;FDP=185;FR=.;FRO=81;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00396394;FXX=0.0364564;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.855;QD=24.4596;RBI=0.0129233;REFB=-0.00379821;REVB=0.0123003;RO=80;SAF=61;SAR=43;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423457;STB=0.519578;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00230602;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:185:80:81:104:104:0.562162:43:61:51:29:43:61:51:30 chr7 142480002 . C A 1182.87 PASS AF=0.559406;AO=113;DP=199;FAO=113;FDP=202;FR=.;FRO=89;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.00257831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.109;QD=23.4232;RBI=0.00684537;REFB=-0.0288702;REVB=0.00634124;RO=86;SAF=64;SAR=49;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311283;STB=0.51819;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0236285;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:86:89:113:113:0.559406:49:64:52:34:49:64:54:35 chr7 142480012 . C T 755.5 PASS AF=0.41791;AO=83;DP=201;FAO=84;FDP=201;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.0350199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.66;QD=15.0348;RBI=0.0351354;REFB=-0.0111848;REVB=-0.00284604;RO=117;SAF=49;SAR=34;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281964;STB=0.511467;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00625316;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:117:117:83:84:0.41791:34:49:66:51:35:49:66:51 chr7 142480034 . C A 656.57 PASS AF=0.402116;AO=69;DP=182;FAO=76;FDP=189;FR=.;FRO=113;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.0150995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.156;QD=13.8957;RBI=0.0165712;REFB=-0.0165057;REVB=-0.00682712;RO=112;SAF=40;SAR=29;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00928019;STB=0.502283;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0245762;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:189:112:113:69:76:0.402116:29:40:64:48:32:44:65:48 chr7 142480067 . C T 626.75 PASS AF=0.48855;AO=63;DP=130;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00495827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.241;QD=19.1374;RBI=0.012666;REFB=-0.00332679;REVB=0.0116552;RO=67;SAF=33;SAR=30;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686446;STB=0.5339;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00178264;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:67:67:63:64:0.48855:30:33:40:27:30:34:40:27 chr7 142481234 . T C 711.57 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0214159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.485;QD=52.7086;RBI=0.0492879;REFB=-0.0473232;REVB=0.044392;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192209;STB=0.519992;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00153519;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:28:24:1:0:28:24:2:0 chr7 142481807 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.441;QD=60.9786;RBI=0.0176119;REFB=0;REVB=-0.00267112;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66837e-05;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr7 142481867 . C G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1827;QD=63.2849;RBI=0.0815548;REFB=0;REVB=-0.0414919;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270374;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 106.05 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0322123;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=173.114;QD=9.02522;RBI=0.0325548;REFB=-0.00854418;REVB=0.00471;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160057;STB=0.57237;STBP=0.566;TYPE=mnp;VARB=0.0220934;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:12:47:12:47:33:7:5:16:17:92:25:7:5:11:14 chr7 142498833 . A T 461.94 PASS AF=0.422764;AO=51;DP=122;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0374245;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0125;QD=15.0225;RBI=0.0560361;REFB=-0.00106015;REVB=0.0417067;RO=66;SAF=29;SAR=22;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848358;STB=0.556932;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0020778;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:66:71:51:52:0.422764:22:29:32:34:22:30:34:37 chr7 142498837 . C T 513.96 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=131;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0123441;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.029;QD=15.8142;RBI=0.0210605;REFB=-0.00765082;REVB=0.0170637;RO=72;SAF=34;SAR=22;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151073;STB=0.584875;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00702545;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:72:74:56:56:0.430769:22:34:33:39:22:34:34:40 chr7 142498897 . A G 644.16 PASS AF=0.455782;AO=63;DP=143;FAO=67;FDP=147;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=0.00950974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.539;QD=17.5282;RBI=0.0102609;REFB=-0.0166827;REVB=0.00385379;RO=79;SAF=40;SAR=23;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169755;STB=0.593447;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0209453;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:79:80:63:67:0.455782:23:40:37:42:24:43:38:42 chr7 142499071 . T C 540.06 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.088484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.74;QD=19.4614;RBI=0.0885599;REFB=-0.0305086;REVB=0.00366553;RO=55;SAF=26;SAR=30;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760709;STB=0.5042;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0185864;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:55:55:56:56:0.504505:30:26:26:29:30:26:26:29 chr7 142499884 . C T 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0355004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.522;QD=2.14555;RBI=0.0630652;REFB=-0.00594089;REVB=-0.0521243;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520185;STB=0.891806;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0652417;OID=.;OPOS=142499884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:45:50:6:6:0.107143:1:5:16:29:1:5:16:34 chr7 142562396 . AGCCCCCCCA AGCCCCCCA,AGCCCCCCAG,AGCCCCCCCCA,CAGCCCCCCA 46.48 PASS AF=0.264706,0.0441176,0.0147059,0;AO=19,3,8,5;DP=69;FAO=18,3,1,0;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8,3,0,0;FSAR=10,0,1,0;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0180145,0.0802892,-0.0236749,-0.00898145;FXX=0.0144907;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,2,1,3;MLLD=8.36729,23.8411,7.69802,27.3309;QD=2.73385;RBI=0.0591965,0.117464,0.0644509,0.0513898;REFB=-0.04121,-0.0333777,0.0417482,-0.0124727;REVB=-0.0563889,-0.0857403,0.0599451,-0.0505989;RO=29;SAF=13,3,5,0;SAR=6,0,3,5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.318498,0.6052,0.288092,-0.613319;STB=0.555494,0.996349,0.990389,0.5;STBP=0.605,0.074,0.3,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.114628,0.106275,0.0764703,0;OID=.,.,.,.;OPOS=142562398,142562404,142562398,142562396;OREF=C,CA,-,AGC;OALT=-,AG,C,CAG;OMAPALT=AGCCCCCCA,AGCCCCCCAG,AGCCCCCCCCA,CAGCCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:69:68:29:46:19,3,8,5:18,3,1,0:0.264706,0.0441176,0.0147059,0:6,0,3,5:13,3,5,0:11:18:10,0,1,0:8,3,0,0:24:22 chr7 142563300 . C T 896.44 PASS AF=0.453271;AO=97;DP=214;FAO=97;FDP=214;FR=.;FRO=117;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=73;FSRR=44;FWDB=0.027665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.545;QD=16.7559;RBI=0.0282078;REFB=-0.0220884;REVB=-0.00550713;RO=112;SAF=49;SAR=48;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990441;STB=0.56502;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0233751;OID=.;OPOS=142563300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:112:117:97:97:0.453271:48:49:68:44:48:49:73:44 chr7 143017807 . G T 1544.96 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=98;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0101573;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.369;QD=56.6956;RBI=0.0133125;REFB=-0.126687;REVB=-0.00860526;RO=0;SAF=97;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.75002e-08;STB=0.578931;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000334543;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:0:3:105:106:0.972477:8:97:0:0:8:98:0:3 chr7 143042837 . C T 1357.31 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.265;QD=61.0025;RBI=0.0310895;REFB=-0.0814218;REVB=0.0246766;RO=1;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133448;STB=0.506848;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00028939;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:35:52:0:1:36:52:0:1 chr7 143053260 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.038;QD=57.0006;RBI=0.0235308;REFB=0;REVB=0.0157822;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9908e-05;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr7 143053723 . C T 79.32 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0292042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.727;QD=15.8642;RBI=0.0555124;REFB=-0.0415824;REVB=0.0472095;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.549901;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0271699;OID=.;OPOS=143053723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:6:3:5:5:6:4 chr7 143086968 . C T 488.01 PASS AF=0.481481;AO=49;DP=105;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00392868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.805;QD=18.0744;RBI=0.0215422;REFB=-0.0176348;REVB=0.0211809;RO=56;SAF=31;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260553;STB=0.504503;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0215401;OID=.;OPOS=143086968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:56:56:49:52:0.481481:18:31:34:22:20:32:34:22 chr7 143088823 . T C,G 546.11 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=34,3;DP=37;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640723,0.0016704;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.472,171.56;QD=59.0394;RBI=0.0426932,0.00572747;REFB=0,0;REVB=0.0422097,-0.00547847;RO=0;SAF=21,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00456078,0.0442282;OID=.,.;OPOS=143088823,143088823;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:37:0:0:34,3:35,2:0.945946,0.0540541:13,1:21,2:0:0:14,0:21,2:0:0 chr7 143088867 . T C 303.82 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.955;QD=52.838;RBI=0.0338048;REFB=0;REVB=0.0316673;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117128;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr7 143093538 . G A 2316.64 PASS AF=0.981132;AO=153;DP=156;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0228142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3764;QD=58.2804;RBI=0.0371503;REFB=-0.140082;REVB=-0.0293199;RO=3;SAF=63;SAR=90;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00960377;STB=0.505138;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00255283;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:159:3:3:153:156:0.981132:90:63:2:1:93:63:2:1 chr7 143097100 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6269;QD=62.6668;RBI=0.0319575;REFB=0;REVB=-0.0111867;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203433;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr7 143141475 . T C 575.35 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7522;QD=60.5631;RBI=0.046724;REFB=0;REVB=0.0364439;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102468;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr7 143270172 . A G 878.01 PASS AF=0.672269;AO=77;DP=111;FAO=80;FDP=119;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0160399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5281;QD=29.513;RBI=0.0502146;REFB=-0.00100798;REVB=-0.0475839;RO=34;SAF=26;SAR=51;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281425;STB=0.503105;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0103465;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:119:34:39:77:80:0.672269:51:26:13:21:54:26:13:26 chr7 143451771 . G A 96.31 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0478426;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.323;QD=3.81433;RBI=0.0482861;REFB=-0.0105556;REVB=-0.00652894;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901871;STB=0.553944;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0440255;OID=.;OPOS=143451771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:83:84:17:17:0.168317:8:9:38:45:8:9:39:45 chr7 143632618 . C T 521.63 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0167891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.186;QD=16.9635;RBI=0.0296449;REFB=-0.0193213;REVB=0.0244324;RO=66;SAF=29;SAR=27;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564913;STB=0.535109;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0196838;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:67:56:56:0.455285:27:29:38:28:27:29:39:28 chr7 143633297 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0239079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9783;QD=13.5757;RBI=0.0320006;REFB=-0.00350398;REVB=-0.021271;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00664314;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:8:11:7:6:8:11 chr7 143657801 . A G 403.43 PASS AF=0.425926;AO=44;DP=106;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0136135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.678;QD=14.942;RBI=0.0452778;REFB=-0.0183061;REVB=-0.0431828;RO=61;SAF=19;SAR=25;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406052;STB=0.530982;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0234831;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:61:62:44:46:0.425926:25:19:24:37:25:21:25:37 chr7 143701516 . C T 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0257633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.484;QD=22.7217;RBI=0.0335326;REFB=-0.0222276;REVB=-0.0214637;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120723;STB=0.566624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0208463;OID=.;OPOS=143701516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:14:9:17:14:14:9 chr7 143701884 . C T 364.88 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00555243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9468;QD=52.1257;RBI=0.0310928;REFB=0.0198393;REVB=-0.030593;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00887431;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:9:18:1:0:9:18:1:0 chr7 143748364 . T C 1264.6 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.703;QD=61.6876;RBI=0.0529797;REFB=0;REVB=0.0528093;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70791e-05;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:36:46:0:0:36:46:0:0 chr7 143771408 . G C 742.68 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246834;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.347;QD=57.1293;RBI=0.0526919;REFB=0;REVB=0.0465528;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368073;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 143771536 . G A 1426.75 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.958;QD=62.7145;RBI=0.0333402;REFB=0;REVB=0.0196712;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244403;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:54:37:0:0 chr7 143771557 . T C 582.62 PASS AF=0.545455;AO=53;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0055123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.309;QD=23.5403;RBI=0.00609476;REFB=-0.0135407;REVB=-0.00260014;RO=44;SAF=20;SAR=33;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104584;STB=0.566203;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0100079;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:45:53:54:0.545455:33:20:22:22:34:20:23:22 chr7 143771937 . G C 682.99 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217912;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.625;QD=60.7103;RBI=0.0223503;REFB=0;REVB=0.00496786;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184214;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:21:21:0:0:21:24:0:0 chr7 143792747 . G A 1080.49 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.67;QD=60.0272;RBI=0.00553229;REFB=0;REVB=0.00129921;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06059e-05;OID=.;OPOS=143792747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr7 143792893 . G A 1910.29 PASS AF=1;AO=106;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=77;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751479;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6849;QD=61.6223;RBI=0.196351;REFB=0;REVB=0.181402;RO=0;SAF=74;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144209;OID=.;OPOS=143792893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:106:124:1:32:74:0:0:47:77:0:0 chr7 143807515 . T G 1030.0 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00968724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.974;QD=58.0281;RBI=0.0775319;REFB=0.0377037;REVB=0.0769243;RO=1;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178357;STB=0.509431;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-1.56951e-05;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:26:44:0:1:26:44:0:1 chr7 143807518 . T C 1054.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.767;QD=59.3974;RBI=0.0124222;REFB=0;REVB=-0.0090684;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506334;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:27:43:0:0:27:44:0:0 chr7 143826603 . G T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00738477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.164;QD=60.6075;RBI=0.00806711;REFB=0;REVB=0.00324708;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23053e-05;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr7 143826697 . C G 410.2 PASS AF=0.939394;AO=13;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.245797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.04;QD=49.7217;RBI=0.247467;REFB=-0.192068;REVB=0.028702;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.522713;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0787396;OID=.;OPOS=143826697;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:3:2:13:31:0.939394:10:3:3:0:10:21:2:0 chr7 143826729 . ACTT A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280252;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.426;QD=51.1846;RBI=0.0155683;REFB=0;REVB=0.0153139;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.87627e-05;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:6:14:0:0:4:0:6:14:0:0 chr7 143884103 . G A 1309.49 PASS AF=0.988372;AO=78;DP=79;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.299;QD=60.9065;RBI=0.0550953;REFB=-0.0550107;REVB=0.0341823;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000895008;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:86:0:1:78:85:0.988372:39:39:0:0:46:39:0:1 chr7 144015434 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.239;QD=47.8219;RBI=0.0582176;REFB=0;REVB=0.0578449;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112622;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 144015437 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.969;QD=47.821;RBI=0.0282144;REFB=0;REVB=-0.0281807;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038428;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 144095600 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.015677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1939;QD=14.6525;RBI=0.119262;REFB=-0.015306;REVB=-0.118227;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00570494;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:4:4:2:6:4:4 chr7 144098992 . G A 277.3 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=4;FWDB=0.00960516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.709;QD=16.5549;RBI=0.0272967;REFB=0.00860956;REVB=0.025551;RO=36;SAF=23;SAR=7;SRF=31;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139975;STB=0.614462;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0126015;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:36:30:31:0.462687:7:23:31:5:8:23:32:4 chr7 147674978 . A G 167.21 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00921222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.089;QD=11.7338;RBI=0.0631161;REFB=-0.0131302;REVB=0.0624402;RO=36;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130216;STB=0.576194;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0240098;OID=.;OPOS=147674978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:5:16:24:12:5:16:24:12 chr7 147869455 . C A 615.24 PASS AF=0.450704;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0116264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.412;QD=17.3306;RBI=0.0116904;REFB=-0.0210178;REVB=-0.00122207;RO=77;SAF=29;SAR=35;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652417;STB=0.532867;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0236469;OID=.;OPOS=147869455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:77:78:64:64:0.450704:35:29:40:37:35:29:40:38 chr7 148113623 . ATAGTT A,CTTTTA 567.5 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=32,2;DP=41;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559445,0.0249094;FXX=0.116252;HRUN=1,1;LEN=5,6;MLLD=234.402,136.172;QD=59.7372;RBI=0.0563069,0.0406987;REFB=0,0;REVB=-0.00637755,-0.0321855;RO=0;SAF=18,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00332189,0.024715;OID=.,.;OPOS=148113624,148113623;OREF=TAGTT,ATAGTT;OALT=-,CTTTTA;OMAPALT=A,CTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:41:38:0:0:32,2:36,2:0.947368,0.0526316:14,0:18,2:0:0:15,0:21,2:0:0 chr7 148131742 . G A 61.04 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0378135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.985;QD=6.59848;RBI=0.0379219;REFB=-0.0107714;REVB=-0.00286582;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149962;STB=0.59503;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0290356;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:12:16:4:5:12:16 chr7 148143136 . A G 3511.77 PASS AF=1;AO=224;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1777;QD=62.7102;RBI=0.0516795;REFB=0;REVB=-0.0297372;RO=0;SAF=119;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017556;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:224:224:1:105:119:0:0:105:119:0:0 chr7 148481488 . G A 892.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.611;QD=57.5701;RBI=0.0239402;REFB=0;REVB=0.0230027;RO=0;SAF=53;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152557;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:8:53:0:0:9:53:0:0 chr7 148506396 . A C 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=0.00439364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.347;QD=16.5717;RBI=0.0116989;REFB=-0.00433211;REVB=0.0108425;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243448;STB=0.635056;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00777042;OID=.;OPOS=148506396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:12:18:29:6:12:18:29:6 chr7 148525904 . C G 169.18 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0381059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5959;QD=13.0138;RBI=0.0401667;REFB=-0.0118792;REVB=0.0127006;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288689;STB=0.504233;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0219229;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:7:12:21:11:7:13:21:11 chr7 148638578 . A G 622.2 PASS AF=0.433333;AO=65;DP=150;FAO=65;FDP=150;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00241611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.621;QD=16.5919;RBI=0.00247898;REFB=-0.000568472;REVB=-0.000554755;RO=85;SAF=33;SAR=32;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220439;STB=0.512311;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000885182;OID=.;OPOS=148638578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:85:85:65:65:0.433333:32:33:45:40:32:33:45:40 chr7 148700542 . A C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0200241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.814;QD=12.3291;RBI=0.0208125;REFB=-0.0294363;REVB=-0.00567429;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37343;STB=0.699657;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0256011;OID=.;OPOS=148700542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:4:7:4:12:4:7:5:12 chr7 148712092 . G A 281.95 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0287811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.631;QD=22.5556;RBI=0.0317807;REFB=-0.00474296;REVB=0.0134781;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971993;STB=0.562453;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00525733;OID=.;OPOS=148712092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:12:14:15:8:12:14:16:8 chr7 148801091 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.668;QD=50.4134;RBI=0.0320575;REFB=0;REVB=-0.0314909;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.57878e-05;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr7 148801658 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.914;QD=58.5854;RBI=0.027016;REFB=0;REVB=-0.0170573;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49815e-05;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr7 148822810 . C T 2556.02 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.719;QD=61.5909;RBI=0.0835499;REFB=0;REVB=0.031139;RO=0;SAF=92;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17882e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:166:0:0:162:166:1:70:92:0:0:70:96:0:0 chr7 148848358 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.956;QD=61.3362;RBI=0.0660962;REFB=0;REVB=0.0498982;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207717;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr7 148851213 . G A 676.82 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.358;QD=60.1618;RBI=0.038262;REFB=-0.142579;REVB=0.00520089;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025382;STB=0.513507;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000807642;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:18:26:0:1:18:26:0:1 chr7 149028274 . C T 780.9 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769107;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.955;QD=56.7927;RBI=0.00771222;REFB=0;REVB=-0.000570842;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001325;OID=.;OPOS=149028274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:16:37:0:0:16:39:0:0 chr7 149112306 . A G 365.07 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.287;QD=52.1525;RBI=0.0252121;REFB=-0.0525405;REVB=-0.0151438;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617811;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000902675;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:19:7:1:0:20:7:1:0 chr7 149152770 . A G 135.26 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0124812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.71;QD=10.6086;RBI=0.0130333;REFB=-0.0288248;REVB=0.0037531;RO=34;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313709;STB=0.699733;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0240784;OID=.;OPOS=149152770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:16:17:0.333333:3:13:20:14:3:14:20:14 chr7 149152906 . G A 331.72 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.00535447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.037;QD=12.6369;RBI=0.00836916;REFB=0.00234861;REVB=-0.00643214;RO=65;SAF=23;SAR=17;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279375;STB=0.5159;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00346362;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:17:23:39:26:17:23:39:26 chr7 149243619 . C T 175.13 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.022206;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5161;QD=10.4553;RBI=0.10861;REFB=-0.00798214;REVB=-0.106315;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286553;STB=0.621452;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0221991;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:40:44:23:23:0.343284:11:12:31:9:11:12:31:13 chr7 149317062 . C T 942.21 PASS AF=0.480392;AO=98;DP=205;FAO=98;FDP=204;FR=.;FRO=106;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=0.00935485;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7989;QD=18.4748;RBI=0.0291243;REFB=-0.00937915;REVB=0.027581;RO=106;SAF=44;SAR=54;SRF=68;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179929;STB=0.599029;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00932625;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:204:106:106:98:98:0.480392:54:44:68:38:54:44:68:38 chr7 149318375 . C T 206.45 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.018537;FXX=0.0832986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.255;QD=37.537;RBI=0.0203489;REFB=-0.0161481;REVB=0.00839407;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507238;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.000458385;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:24:22:0:4:18:18:0.818182:14:4:0:0:14:4:1:3 chr7 149318409 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0103157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.301;QD=9.1;RBI=0.0105395;REFB=-0.0129385;REVB=-0.00216022;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913134;STB=0.555438;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0362844;OID=.;OPOS=149318409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:5:14:6:3:5:14 chr7 149344105 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0526677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.405;QD=53.9313;RBI=0.0527002;REFB=-0.0595233;REVB=0.00185062;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00240919;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr7 149416771 . C T 629.86 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=131;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0214277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.872;QD=19.2324;RBI=0.0219412;REFB=-0.0348236;REVB=-0.00471928;RO=64;SAF=24;SAR=40;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882728;STB=0.546705;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0365125;OID=.;OPOS=149416771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:67:64:64:0.48855:40:24:30:34:40:24:31:36 chr7 149418856 . C T 521.71 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00334007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.476;QD=16.9663;RBI=0.0205587;REFB=-0.0206281;REVB=0.0202856;RO=65;SAF=29;SAR=27;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246751;STB=0.513791;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0185982;OID=.;OPOS=149418856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:65:67:56:56:0.455285:27:29:32:33:27:29:33:34 chr7 149419635 . T G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.574;QD=8.08879;RBI=0.0502956;REFB=-0.0175364;REVB=-0.0502956;RO=21;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0508673;OID=.;OPOS=149419635;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:9:0:0:21:9:0:0:22 chr7 149421773 . A G 1159.28 PASS AF=0.450549;AO=123;DP=273;FAO=123;FDP=273;FR=.;FRO=150;FSAF=76;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=0.0183395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.277;QD=16.9858;RBI=0.0228509;REFB=-0.00963865;REVB=-0.0136317;RO=142;SAF=76;SAR=47;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177468;STB=0.588029;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0143943;OID=.;OPOS=149421773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:142:150:123:123:0.450549:47:76:62:80:47:76:69:81 chr7 149426305 . G GC 1134.43 PASS AF=1;AO=101;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196072;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4959;QD=41.6305;RBI=0.111825;REFB=-0.0189229;REVB=0.111808;RO=6;SAF=66;SAR=35;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00193944;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:111:109:109:0:74:35:0:0:19:6:66:35:6:0 chr7 149427409 . T G 2281.77 PASS AF=0.993421;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00054272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.401;QD=60.0466;RBI=0.0874827;REFB=-0.0407156;REVB=-0.087481;RO=1;SAF=84;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562935;STB=0.502958;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000489336;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:152:1:1:151:151:0.993421:67:84:1:0:67:84:1:0 chr7 149474827 . G A 561.94 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.0153332;FXX=0.0335548;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1682;QD=15.6093;RBI=0.032248;REFB=-0.00528374;REVB=0.0283694;RO=82;SAF=34;SAR=26;SRF=49;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325799;STB=0.524186;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00857019;OID=.;OPOS=149474827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:144:82:84:60:60:0.416667:26:34:49:33:26:34:51:33 chr7 149503843 . T G 2296.98 PASS AF=0.986577;AO=143;DP=147;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0244739;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1987;QD=61.6639;RBI=0.0578309;REFB=-0.02044;REVB=-0.0523969;RO=2;SAF=73;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128483;STB=0.506493;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=5.8841e-05;OID=.;OPOS=149503843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:149:2:2:143:147:0.986577:70:73:2:0:71:76:2:0 chr7 149503916 . GGATA G 1083.13 PASS AF=0.829457;AO=93;DP=106;FAO=107;FDP=129;FR=.;FRO=22;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00305399;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=4;MLLD=259.937;QD=33.5854;RBI=0.0424329;REFB=-0.0838172;REVB=0.0423229;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.545749;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0107574;OID=.;OPOS=149503917;OREF=GATA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.829457:93:106:107:129:22:54:53:17:5:60:0:49:44:0:0 chr7 149504074 . CA C 37.81 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0595482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7613;QD=7.20174;RBI=0.256741;REFB=-0.0587949;REVB=-0.24974;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592515;STB=0.822876;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0446791;OID=.;OPOS=149504075;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:10:21:9:21:12:2:7:10:2:37:11:2:8:10:1 chr7 149506211 . G GC 4679.46 PASS AF=1;AO=407;DP=442;FAO=425;FDP=425;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107016;FXX=0.00468373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8015;QD=44.042;RBI=0.10762;REFB=0;REVB=-0.0113809;RO=30;SAF=215;SAR=192;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000201216;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:407:442:425:425:0:226:199:0:0:89:30:215:192:25:5 chr7 149511985 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.329;QD=57.1774;RBI=0.0429277;REFB=0;REVB=0.0244911;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01587e-05;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr7 149512832 . C G 126.25 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0153183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7871;QD=10.9778;RBI=0.0253533;REFB=0.000221062;REVB=0.0202024;RO=31;SAF=1;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597968;STB=0.870746;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00022339;OID=.;OPOS=149512832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:14:1:14:17:14:1:14:17 chr7 149513152 . C T 130.28 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.454;QD=43.4252;RBI=0.155139;REFB=0;REVB=0.0273655;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325554;OID=.;OPOS=149513152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr7 149513560 . T C 1945.47 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.989;QD=61.7609;RBI=0.0705313;REFB=0;REVB=0.0702041;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.205e-05;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:123:126:1:62:61:0:0:64:62:0:0 chr7 149515103 . C T 1141.4 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338705;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.612;QD=60.8747;RBI=0.0558474;REFB=0;REVB=0.0444041;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146351;OID=.;OPOS=149515103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr7 149515188 . TAA TA,TAC 207.0 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=13,3;DP=18;FAO=17,1;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739103,-0.161923;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.7984,7.53983;QD=46;RBI=0.0829266,0.163718;REFB=0,0;REVB=-0.0376044,-0.0241783;RO=0;SAF=4,2;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00479337,0.0460607;OID=.,.;OPOS=149515189,149515190;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:13,3:18:17,1:18:0:7,0:10,1:0:0:5:0:4,2:9,1:0:0 chr7 149515754 . A G 740.47 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.64;QD=56.9594;RBI=0.0393685;REFB=0;REVB=-0.023041;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32692e-06;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:35:16:0:0:35:17:0:0 chr7 149515773 . T TG 310.32 PASS AF=1;AO=6;DP=60;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864952;FXX=0.245861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=9.62231;QD=26.9845;RBI=0.0942256;REFB=0;REVB=0.0373771;RO=53;SAF=0;SAR=6;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00334514;OID=.;OPOS=149515774;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:60:46:46:0:8:38:0:0:8:53:0:6:22:31 chr7 149515775 . C G 770.63 PASS AF=0.983871;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0557;QD=49.7184;RBI=0.191457;REFB=-0.179777;REVB=0.18805;RO=7;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952761;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00464975;OID=.;OPOS=149515775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:62:7:1:53:61:0.983871:31:22:0:7:37:24:0:1 chr7 149515796 . C T 1045.49 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.015817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.892;QD=53.615;RBI=0.0173894;REFB=-0.162761;REVB=-0.00722587;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.517151;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00128356;OID=.;OPOS=149515796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:78:78:1:5:73:73:0.935897:39:34:0:1:39:34:1:4 chr7 149516486 . A G 2290.79 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.05;QD=60.6832;RBI=0.0667768;REFB=0;REVB=0.0417316;RO=0;SAF=41;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48922e-05;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:151:0:0:140:151:1:99:41:0:0:101:50:0:0 chr7 149516881 . G T 1830.58 PASS AF=0.975806;AO=119;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=79;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0481279;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.366;QD=59.0509;RBI=0.0587056;REFB=-0.0909992;REVB=0.0336163;RO=3;SAF=78;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334868;STB=0.517238;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00044751;OID=.;OPOS=149516881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:124:3:3:119:121:0.975806:41:78:0:3:42:79:0:3 chr7 149518148 . A G 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6579;QD=58.1358;RBI=0.0765506;REFB=0;REVB=-0.0406193;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018874;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr7 149518532 . TC T 1582.82 PASS AF=1;AO=128;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0747;QD=44.9028;RBI=0.101465;REFB=0;REVB=0.0988773;RO=4;SAF=60;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0.227976;SSEP=0;SSSB=0.0126479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00115932;OID=.;OPOS=149518533;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:141:141:141:0:68:73:0:0:28:4:60:68:1:3 chr7 149518961 . T C 5998.44 PASS AF=0.982587;AO=386;DP=394;FAO=395;FDP=402;FR=.;FRO=7;FSAF=208;FSAR=187;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00475116;FXX=0.00248133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1068;QD=59.686;RBI=0.0454259;REFB=-0.0266737;REVB=0.0451768;RO=6;SAF=206;SAR=180;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107578;STB=0.506696;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00242913;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:394:402:6:7:386:395:0.982587:180:206:1:5:187:208:1:6 chr7 149519184 . C T 1984.08 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392408;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.626;QD=62.0026;RBI=0.0537525;REFB=0;REVB=0.0367354;RO=0;SAF=84;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74174e-05;OID=.;OPOS=149519184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:128:0:0:123:128:1:39:84:0:0:39:89:0:0 chr7 149521183 . G A 2236.08 PASS AF=0.968354;AO=152;DP=159;FAO=153;FDP=158;FR=.;FRO=5;FSAF=94;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00775902;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0778;QD=56.6095;RBI=0.0328868;REFB=-0.170325;REVB=0.0319584;RO=1;SAF=94;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813053;STB=0.520323;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0025181;OID=.;OPOS=149521183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:159:158:1:5:152:153:0.968354:58:94:0:1:59:94:0:5 chr7 149521544 . C T 1796.17 PASS AF=0.942446;AO=100;DP=144;FAO=131;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=90;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.175981;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.311;QD=51.6884;RBI=0.185359;REFB=-0.237954;REVB=0.0582132;RO=20;SAF=61;SAR=39;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132923;STB=0.521273;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0220227;OID=.;OPOS=149521544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:144:139:20:8:100:131:0.942446:39:61:20:0:41:90:8:0 chr7 149522162 . G T 6495.34 PASS AF=1;AO=404;DP=411;FAO=416;FDP=416;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029437;FXX=0.0118762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0185;QD=62.4552;RBI=0.075599;REFB=-0.0185098;REVB=0.0696324;RO=2;SAF=223;SAR=181;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00426105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06964e-05;OID=.;OPOS=149522162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:411:416:2:0:404:416:1:181:223:2:0:183:233:0:0 chr7 149522366 . T G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.012;QD=60.3761;RBI=0.0162314;REFB=0;REVB=-0.0156344;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28208e-05;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:24:50:0:0:24:50:0:0 chr7 149523277 . A G 2883.13 PASS AF=1;AO=158;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265514;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.853;QD=62.6768;RBI=0.0345666;REFB=0;REVB=0.0221331;RO=0;SAF=82;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38182e-06;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:158:184:1:76:82:0:0:78:106:0:0 chr7 149528262 . C T 1265.04 PASS AF=0.98913;AO=77;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0848137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6474;QD=55.0017;RBI=0.110711;REFB=0.0508022;REVB=0.0711588;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.505746;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00700071;OID=.;OPOS=149528262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:92:1:1:77:91:0.98913:39:38:0:1:43:48:0:1 chr7 149530894 . G A 1102.89 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293451;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.446;QD=60.4325;RBI=0.0073148;REFB=0;REVB=0.00670037;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277819;OID=.;OPOS=149530894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr7 149556518 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.275;QD=60.8834;RBI=0.00629189;REFB=0;REVB=0.00542974;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9802e-05;OID=.;OPOS=149556518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr7 149558409 . G C 90.69 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0224714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.71;QD=17.2739;RBI=0.0851399;REFB=-0.0426593;REVB=0.0821208;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501661;STB=0.799313;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0168165;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:5:5:1:10:5:5 chr7 149559273 . C T 367.39 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000178804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.917;QD=19.3364;RBI=0.0141387;REFB=-0.0143209;REVB=0.0141376;RO=38;SAF=25;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216187;STB=0.608824;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.011215;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:38:37:38:0.5:12:25:17:21:13:25:17:21 chr7 149559465 . C T 668.84 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0148519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1735;QD=30.0601;RBI=0.0188506;REFB=-0.0355055;REVB=0.0116088;RO=31;SAF=36;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132511;STB=0.571857;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.030294;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:22:36:13:18:22:36:13:18 chr7 149562627 . CCGA CA,CCAC,CCCA 655.97 PASS AF=1,0,0;AO=38,2,2;DP=44;FAO=43,0,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700981,-0.0195835,0.00165126;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=132.141,98.4871,103.916;QD=61.0209;RBI=0.0134721,0.0215316,0.0284136;REFB=0,0,0;REVB=0.0115047,-0.00894959,-0.0283656;RO=0;SAF=22,2,2;SAR=16,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.402516,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000223029,0,0;OID=.,.,.;OPOS=149562628,149562629,149562629;OREF=CG,GA,G;OALT=-,AC,C;OMAPALT=CA,CCAC,CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:38,2,2:44:43,0,0:43:0:26,0,0:17,0,0:0:0:4:0:22,2,2:16,0,0:0:0 chr7 149571095 . G A 298.1 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0643254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.499;QD=29.8096;RBI=0.0644898;REFB=-0.0515973;REVB=0.00460174;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454511;STB=0.524981;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0235565;OID=.;OPOS=149571095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:13:13:6:8:13:13:6:8 chr7 149576818 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.482;QD=60.2294;RBI=0.123396;REFB=0;REVB=0.00865542;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492826;OID=.;OPOS=149576818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr7 150028958 . A G 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.614;QD=59.6764;RBI=0.0230811;REFB=0;REVB=0.00638146;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2133e-05;OID=.;OPOS=150028958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr7 150034184 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.855;QD=58.142;RBI=0.0546666;REFB=0;REVB=-0.0331777;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49711e-05;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr7 150034378 . A G 629.18 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00437687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6434;QD=57.1978;RBI=0.00885456;REFB=-0.056589;REVB=-0.00769716;RO=2;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132029;STB=0.507039;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00540714;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:27:15:1:1:27:15:1:1 chr7 150035183 . C T 586.28 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0045309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.753;QD=42.6383;RBI=0.0262214;REFB=-0.231987;REVB=0.025827;RO=8;SAF=17;SAR=30;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177778;STB=0.595197;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00242252;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:55:55:8:8:47:47:0.854545:30:17:8:0:30:17:8:0 chr7 150035458 . GT GG,G 172.58 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=11,4;DP=15;FAO=10,5;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0626481,-0.0284897;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.7163,37.2315;QD=46.0206;RBI=0.169091,0.0674198;REFB=0,0;REVB=-0.157057,-0.0611046;RO=0;SAF=5,0;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0247622,-0.025196;OID=.,.;OPOS=150035459,150035459;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:11,4:15:10,5:15:0:5,0:5,5:0:0:19:0:5,0:6,4:0:0 chr7 150035500 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0859;QD=44.6897;RBI=0.0542203;REFB=0;REVB=-0.0534297;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00275506;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr7 150035526 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.836;QD=40.7629;RBI=0.0214665;REFB=0;REVB=-0.0122717;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61421e-05;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 150037660 . A G 1074.86 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607441;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.469;QD=59.7147;RBI=0.0686469;REFB=0;REVB=0.0319775;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110247;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:36:36:0:0 chr7 150068371 . T C 1549.22 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.436;QD=63.8852;RBI=0.0376521;REFB=0;REVB=0.0190434;RO=0;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59066e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:38:59:0:0:38:59:0:0 chr7 150068605 . G A 2799.53 PASS AF=0.989011;AO=169;DP=176;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=86;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.136561;FXX=0.0215042;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9525;QD=61.5281;RBI=0.141573;REFB=-0.0612775;REVB=0.0373352;RO=2;SAF=84;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.58679e-05;STB=0.505263;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000438086;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:182:2:2:169:180:0.989011:85:84:1:1:86:94:2:0 chr7 150068620 . C T 2474.96 PASS AF=0.93956;AO=165;DP=177;FAO=171;FDP=182;FR=.;FRO=11;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0878521;FXX=0.0162153;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.44;QD=54.3947;RBI=0.0989238;REFB=-0.112798;REVB=0.0454746;RO=11;SAF=88;SAR=77;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449395;STB=0.52357;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00848279;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:177:182:11:11:165:171:0.93956:77:88:10:1:82:89:10:1 chr7 150068933 . T C 632.48 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.603;QD=61.7052;RBI=0.0617098;REFB=0;REVB=0.034037;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212092;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:27:14:0:0 chr7 150070630 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.402;QD=53.911;RBI=0.031621;REFB=0;REVB=-0.000427703;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030648;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr7 150070663 . T C 361.21 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109504;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.865;QD=55.5708;RBI=0.0160673;REFB=0;REVB=0.0117579;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107346;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr7 150070814 . G A 1618.58 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0977;QD=59.9475;RBI=0.0181446;REFB=0;REVB=-0.00885412;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001849;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:51:56:0:0:52:56:0:0 chr7 150093701 . A C 1996.79 PASS AF=1;AO=110;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.45;QD=62.3995;RBI=0.0170446;REFB=0;REVB=-0.00645152;RO=0;SAF=86;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08045e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13594e-05;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:110:128:1:24:86:0:0:24:104:0:0 chr7 150217089 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00532791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.458;QD=17.8006;RBI=0.0287088;REFB=-0.0126165;REVB=0.0282101;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156737;STB=0.588701;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.01416;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:17:7:9:11:17:7 chr7 150217248 . A G 479.37 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00405063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.379;QD=19.9739;RBI=0.00792759;REFB=-0.0149452;REVB=0.00681463;RO=49;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209453;STB=0.511623;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0148164;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:26:21:23:26:26:21:23:26 chr7 150218002 . C T 446.17 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0174533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.413;QD=23.4828;RBI=0.0220474;REFB=-0.0156369;REVB=-0.0134711;RO=33;SAF=19;SAR=24;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385945;STB=0.521187;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0135355;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:24:19:13:20:24:19:13:20 chr7 150324825 . C T 87.83 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0406078;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.238;QD=12.5469;RBI=0.0427836;REFB=-0.00592009;REVB=0.0134701;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37343;STB=0.699657;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0111233;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:16:17:11:11:0.392857:7:4:12:4:7:4:12:5 chr7 150326191 . A G 273.93 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0160962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.593;QD=17.6729;RBI=0.0208593;REFB=-0.0184565;REVB=0.0132674;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743881;STB=0.532237;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0148344;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:14:15:14:18:15:15:14:18 chr7 150327024 . C T 548.15 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=14;FWDB=-0.0418175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4654;QD=17.5407;RBI=0.0525192;REFB=-0.0330346;REVB=-0.0317736;RO=61;SAF=37;SAR=21;SRF=47;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139314;STB=0.593377;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0391689;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:67:58:58:0.464:21:37:47:14:21:37:53:14 chr7 150389593 . T C 233.46 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0136356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.276;QD=16.9792;RBI=0.0230713;REFB=-0.0243492;REVB=0.0186106;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101567;STB=0.557332;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0225048;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:16:13:9:17:16:13 chr7 150389677 . G C 129.29 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0117522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6678;QD=12.9292;RBI=0.032213;REFB=0.00976395;REVB=0.0299928;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12118;STB=0.571331;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0236925;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:11:14:10:5:11:14 chr7 150389856 . A G 129.08 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.00272253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.42;QD=7.07287;RBI=0.0873491;REFB=-0.00503771;REVB=0.0873066;RO=54;SAF=7;SAR=12;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391629;STB=0.733476;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0214895;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:12:7:38:16:12:7:38:16 chr7 150439500 . C T 1125.54 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00644817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.057;QD=57.7202;RBI=0.0449646;REFB=-0.0213854;REVB=0.0444999;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513885;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000104747;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:75:76:0.974359:34:41:0:0:35:41:0:2 chr7 150440043 . C T 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000414174;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8152;QD=50.4968;RBI=0.00779226;REFB=0;REVB=-0.00778125;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260273;OID=.;OPOS=150440043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 150446936 . A G 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.2763;QD=54.2238;RBI=0.0470519;REFB=0;REVB=0.026663;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131133;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:7:21:0:1:8:21:0:0 chr7 150447027 . T G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.277;QD=59.1424;RBI=0.0567349;REFB=0;REVB=0.0219113;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247903;OID=.;OPOS=150447027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr7 150488616 . A G 955.08 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.263;QD=58.7741;RBI=0.0157871;REFB=0;REVB=0.0116285;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6065e-05;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr7 150490376 . C T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9803;QD=56.6968;RBI=0.0252995;REFB=0;REVB=0.0227547;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241083;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr7 150491084 . T G 542.22 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332741;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.925;QD=60.2464;RBI=0.0283338;REFB=0;REVB=0.0281377;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001949;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr7 150500729 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.679;QD=57.1774;RBI=0.0405471;REFB=0;REVB=0.0289731;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187024;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr7 150501516 . A G 1587.65 PASS AF=1;AO=85;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5304;QD=59.3515;RBI=0.0372318;REFB=0;REVB=0.0331153;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503532;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:85:107:1:35:50:0:0:48:59:0:0 chr7 150554887 . G A 926.51 PASS AF=0.970588;AO=62;DP=64;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268966;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.808;QD=54.5004;RBI=0.0324438;REFB=-0.0517507;REVB=0.0181431;RO=2;SAF=43;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133474;STB=0.504891;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00172755;OID=.;OPOS=150554887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:68:2:2:62:66:0.970588:19:43:1:1:23:43:1:1 chr7 150555915 . A G 2827.31 PASS AF=0.973545;AO=183;DP=189;FAO=184;FDP=189;FR=.;FRO=5;FSAF=116;FSAR=68;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0131748;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.691;QD=59.8373;RBI=0.0139652;REFB=0.037382;REVB=-0.00463156;RO=5;SAF=115;SAR=68;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202466;STB=0.510547;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0009199;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:189:189:5:5:183:184:0.973545:68:115:5:0:68:116:5:0 chr7 150556002 . T C 2393.29 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009041;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.857;QD=64.2494;RBI=0.00968947;REFB=0;REVB=0.00348515;RO=0;SAF=89;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83023e-06;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:149:0:0:149:149:1:60:89:0:0:60:89:0:0 chr7 150556055 . CG GC 1423.28 PASS AF=0.989899;AO=95;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206773;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.937;QD=57.5064;RBI=0.0207186;REFB=-0.0122449;REVB=-0.00130709;RO=1;SAF=56;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839311;STB=0.504201;STBP=0.495;TYPE=mnp;VARB=0.000344056;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:1:1:95:98:0.989899:39:56:1:0:39:59:1:0 chr7 150557622 . G A 2243.3 PASS AF=0.950617;AO=154;DP=162;FAO=154;FDP=162;FR=.;FRO=8;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0192989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.543;QD=55.3901;RBI=0.0298491;REFB=-0.150195;REVB=0.022771;RO=8;SAF=72;SAR=82;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499751;STB=0.526312;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00179322;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:162:162:8:8:154:154:0.950617:82:72:8:0:82:72:8:0 chr7 150557665 . C G 1472.18 PASS AF=1;AO=89;DP=93;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.364;QD=58.3043;RBI=0.0775172;REFB=-0.0447447;REVB=0.0196764;RO=1;SAF=26;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104288;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:93:101:1:0:89:101:1:63:26:1:0:65:36:0:0 chr7 150648198 . A G 1163.97 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.155;QD=58.9353;RBI=0.0480453;REFB=-0.103569;REVB=0.0464838;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000818134;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:42:35:1:0:42:36:1:0 chr7 150648789 . T C 1513.33 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.016;QD=59.9338;RBI=0.0185228;REFB=0;REVB=-0.0184804;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79038e-05;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr7 150649531 . G A 619.25 PASS AF=0.429448;AO=67;DP=159;FAO=70;FDP=163;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.034245;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.38;QD=15.1962;RBI=0.112226;REFB=-0.0250779;REVB=0.106874;RO=88;SAF=38;SAR=29;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365605;STB=0.521795;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0377178;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:163:88:93:67:70:0.429448:29:38:53:35:32:38:54:39 chr7 150649603 . G A 1046.11 PASS AF=0.44856;AO=107;DP=242;FAO=109;FDP=243;FR=.;FRO=134;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=73;FSRR=61;FWDB=0.0192128;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.196;QD=17.22;RBI=0.0318803;REFB=-0.0162296;REVB=0.0254405;RO=135;SAF=51;SAR=56;SRF=73;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643441;STB=0.537283;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0222569;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:135:134:107:109:0.44856:56:51:73:62:57:52:73:61 chr7 150695726 . T C 277.4 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0338002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.376;QD=18.4935;RBI=0.039997;REFB=0.00100362;REVB=-0.0213848;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631344;STB=0.535188;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00137657;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:10:20:18:12:10:20 chr7 150696111 . T G 955.98 PASS AF=0.394265;AO=106;DP=293;FAO=110;FDP=279;FR=.;FRO=169;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=70;FSRR=99;FWDB=-0.00538553;FXX=0.0761564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.968;QD=13.7058;RBI=0.0129506;REFB=-0.0200787;REVB=-0.0117777;RO=128;SAF=55;SAR=51;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057149;STB=0.568172;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0265428;OID=.;OPOS=150696111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:279:128:169:106:110:0.394265:51:55:59:69:52:58:70:99 chr7 150715817 . A G 121.06 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420167;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0945;QD=44.0232;RBI=0.0429564;REFB=0;REVB=-0.00893581;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345992;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:9:11:1:4:5:0:0:4:7:0:0 chr7 150733025 . T A 488.0 PASS AF=0.418605;AO=53;DP=130;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.00202372;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7684;QD=15.1317;RBI=0.0246174;REFB=-0.00699675;REVB=0.0245341;RO=75;SAF=32;SAR=21;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250813;STB=0.509551;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00946465;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:75:75:53:54:0.418605:21:32:47:28:21:33:47:28 chr7 150733090 . GCCCCC GCCCCA,GCCCC 407.71 PASS AF=0.164179,0.835821;AO=11,17;DP=68;FAO=11,56;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=11,25;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304363,0.139007;FXX=0.0147037;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=177.076,6.93034;QD=24.3408;RBI=0.093387,0.900159;REFB=0,0;REVB=0.0882879,0.889361;RO=30;SAF=11,14;SAR=0,3;SRF=3;SRR=27;SSEN=0,0.52381;SSEP=0,0.619048;SSSB=0.85849,0.690194;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.115621,0.00274524;OID=.,.;OPOS=150733095,150733091;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCCA,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.164179,0.835821:11,17:68:11,56:67:0:11,25:0,31:0:0:56:30:11,14:0,3:3:27 chr7 150734380 . T C 629.4 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=113;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0291102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2302;QD=21.1562;RBI=0.0610656;REFB=-0.054141;REVB=-0.0536806;RO=49;SAF=41;SAR=22;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158746;STB=0.548831;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0534633;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:49:56:63:63:0.529412:22:41:31:18:22:41:31:25 chr7 150738186 . GAAAG GAAAC,GAAACG,GAACG,GAAG 30.41 PASS AF=0,0.0952381,0.00680272,0;AO=6,28,6,17;DP=145;FAO=0,14,1,0;FDP=147;FR=.;FRO=132;FSAF=0,9,0,0;FSAR=0,5,1,0;FSRF=57;FSRR=75;FWDB=-0.0851088,-0.0594886,-0.0866982,-0.260994;FXX=0;HRUN=1,0,3,3;LEN=1,1,1,1;MLLD=65.8847,59.9054,71.1941,16.8773;QD=0.827533;RBI=0.102966,0.0903348,0.133529,0.359721;REFB=-0.00339944,-0.00498135,-0.0031416,-0.0307678;REVB=-0.0579518,-0.0679816,-0.101554,-0.24755;RO=84;SAF=5,11,1,7;SAR=1,17,5,10;SRF=39;SRR=45;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.376186,-0.090379,-0.320634,-0.067224;STB=0.5,0.685459,0.988827,0.5;STBP=1,0.179,0.467,1;TYPE=snp,ins,snp,del;VARB=0.0460725,0.132737,0.0758733,0;OID=.,.,.,.;OPOS=150738190,150738190,150738189,150738187;OREF=G,-,A,A;OALT=C,C,C,-;OMAPALT=GAAAC,GAAACG,GAACG,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.0952381,0.00680272,0:6,28,6,17:145:0,14,1,0:147:132:0,9,0,0:0,5,1,0:57:75:31:84:5,11,1,7:1,17,5,10:39:45 chr7 150749810 . G A 187.09 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.012456;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.046;QD=10.1127;RBI=0.0124848;REFB=-0.00945661;REVB=-0.000848012;RO=49;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213805;STB=0.612895;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.018873;OID=.;OPOS=150749810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:49:50:24:24:0.324324:14:10:12:37:14:10:13:37 chr7 150761680 . C A 557.84 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00163449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3604;QD=18.9098;RBI=0.0487876;REFB=-0.0187702;REVB=0.0487602;RO=60;SAF=30;SAR=28;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609965;STB=0.533713;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0199154;OID=.;OPOS=150761680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:60:60:58:58:0.491525:28:30:35:25:28:30:35:25 chr7 150763655 . T A 183.2 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0168143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0535;QD=25.2687;RBI=0.021164;REFB=-0.0435744;REVB=0.0128528;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299269;STB=0.681619;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0195252;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:28:29:10:11:18:18:0.62069:12:6:8:2:12:6:9:2 chr7 150765065 . T C 4652.9 PASS AF=1;AO=287;DP=288;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293232;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.295;QD=63.7383;RBI=0.0466085;REFB=0;REVB=0.0362285;RO=0;SAF=147;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74544e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:288:292:0:0:287:292:1:140:147:0:0:143:149:0:0 chr7 150773165 . C T 328.95 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0150708;FXX=0.0285687;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.148;QD=12.8998;RBI=0.0224263;REFB=-0.0370233;REVB=-0.0166075;RO=62;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191291;STB=0.510864;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0659213;OID=.;OPOS=150773165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:62:62:40:40:0.392157:22:18:29:33:22:18:29:33 chr7 150773287 . T C 278.19 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0301742;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8738;QD=11.7135;RBI=0.0315716;REFB=-0.00220007;REVB=-0.00928891;RO=62;SAF=18;SAR=15;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589041;STB=0.53396;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00432033;OID=.;OPOS=150773287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:62:33:33:0.347368:15:18:37:25:15:18:37:25 chr7 150773779 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 237.49 PASS AF=0.337662,0.363636;AO=14,16;DP=77;FAO=26,28;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=17,21;FSAR=9,7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.210746,-0.0387123;FXX=0.0253133;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.44476,12.3136;QD=12.337;RBI=0.235834,0.0726909;REFB=0.0479973,-0.0376846;REVB=-0.105849,-0.061525;RO=19;SAF=9,11;SAR=5,5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.168911,-0.118875;STB=0.594429,0.547913;STBP=0.235,0.535;TYPE=del,snp;VARB=0.00303984,0.0795742;OID=.,.;OPOS=150773780,150773786;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.337662,0.363636:14,16:77:26,28:77:23:17,21:9,7:19:4:61:19:9,11:5,5:15:4 chr7 150773807 . A T 458.55 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00278707;FXX=0.0550408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.784;QD=17.8076;RBI=0.0187597;REFB=-0.0187801;REVB=0.0185515;RO=47;SAF=33;SAR=16;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348968;STB=0.514929;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0176807;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:103:47:54:49:49:0.475728:16:33:30:17:16:33:35:19 chr7 150774308 . G A 390.03 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00685335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9444;QD=19.0257;RBI=0.0390764;REFB=-0.0247453;REVB=0.0384707;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680624;STB=0.537878;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.023811;OID=.;OPOS=150774308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:20:22:18:22:20:22 chr7 150864240 . G C 87.11 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.112968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7004;QD=13.4011;RBI=0.115075;REFB=-0.0126447;REVB=0.0219223;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143835;STB=0.585202;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0470936;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:6:9:8:3:6:9 chr7 150873246 . G A 151.12 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0202176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.937;QD=20.1486;RBI=0.0879509;REFB=-0.0179802;REVB=0.0855956;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0180113;OID=.;OPOS=150873246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:9:5:7:9:9:5 chr7 150878258 . TCC TC,TCG 1252.76 PASS AF=0.0235294,0.976471;AO=20,60;DP=84;FAO=2,83;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=2,41;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263147,0.231551;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.0528,37.8779;QD=58.9533;RBI=0.0488647,0.239259;REFB=0,0;REVB=-0.0411739,-0.0602424;RO=0;SAF=20,21;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00145362,0.00505081;OID=.,.;OPOS=150878259,150878260;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0235294,0.976471:20,60:84:2,83:85:0:2,41:0,42:0:0:4:0:20,21:0,39:0:0 chr7 150883726 . C T 190.11 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0143711;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.835;QD=13.3409;RBI=0.0145423;REFB=-0.0144415;REVB=-0.0022247;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621457;STB=0.550272;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0220669;OID=.;OPOS=150883726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:13:9:12:22:13:10:12:22 chr7 150884266 . C CAG 149.94 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0199888;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=66.7335;QD=26.0773;RBI=0.0315396;REFB=-0.100973;REVB=0.0243966;RO=10;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796851;STB=0.542803;STBP=0.706;TYPE=ins;VARB=0.105267;OID=.;OPOS=150884267;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:14:25:15:23:8:12:3:7:1:46:10:12:2:8:2 chr7 150916228 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0565774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.607;QD=23.0008;RBI=0.0566221;REFB=-0.0249197;REVB=0.00224919;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178375;STB=0.609407;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0155411;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:19:10:12:9:19:10:13:9 chr7 150921950 . A G 572.8 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=-0.0116175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.698;QD=16.2495;RBI=0.0394437;REFB=-0.0110439;REVB=-0.0376941;RO=80;SAF=41;SAR=20;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267576;STB=0.64982;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0246169;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:20:41:33:47:20:41:33:47 chr7 150931268 . C G 351.88 PASS AF=0.338462;AO=43;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00192701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.87;QD=10.8269;RBI=0.0272495;REFB=0.00439876;REVB=-0.0271813;RO=86;SAF=26;SAR=17;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10915;STB=0.553167;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0130507;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:86:86:43:44:0.338462:17:26:44:42:18:26:44:42 chr7 150934975 . C G 632.76 PASS AF=0.580952;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=105;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00703516;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=316.023;QD=24.1052;RBI=0.012665;REFB=-0.0152686;REVB=-0.0105313;RO=41;SAF=35;SAR=26;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102649;STB=0.536935;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.01109;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:41:44:61:61:0.580952:26:35:29:12:26:35:29:15 chr7 150972189 . G A 620.9 PASS AF=0.369231;AO=71;DP=194;FAO=72;FDP=195;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=0.079533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.037;QD=12.7364;RBI=0.087789;REFB=0.00613;REVB=0.0371674;RO=117;SAF=29;SAR=42;SRF=68;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189007;STB=0.610469;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0100703;OID=.;OPOS=150972189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:117:123:71:72:0.369231:42:29:68:49:42:30:73:50 chr7 151049231 . C T 486.37 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0117707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.423;QD=18.8881;RBI=0.0118024;REFB=-0.0120887;REVB=0.000864816;RO=47;SAF=21;SAR=30;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105531;STB=0.574024;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0146932;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:47:52:51:51:0.495146:30:21:25:22:30:21:29:23 chr7 151097314 . A G 1300.94 PASS AF=0.389474;AO=147;DP=384;FAO=148;FDP=380;FR=.;FRO=232;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=106;FSRR=126;FWDB=-0.0359477;FXX=0.0104164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.372;QD=13.6941;RBI=0.0378144;REFB=-0.00669185;REVB=0.0117343;RO=222;SAF=64;SAR=83;SRF=97;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170743;STB=0.510942;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0127542;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:380:222:232:147:148:0.389474:83:64:97:125:83:65:106:126 chr7 151097323 . A G 1441.65 PASS AF=0.431319;AO=156;DP=359;FAO=157;FDP=364;FR=.;FRO=207;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=90;FSRR=117;FWDB=-0.0194864;FXX=0.00273965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.935;QD=15.8423;RBI=0.0325647;REFB=-0.0133371;REVB=-0.026091;RO=197;SAF=68;SAR=88;SRF=87;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00585946;STB=0.502719;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0151481;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:364:197:207:156:157:0.431319:88:68:87:110:88:69:90:117 chr7 151106066 . C T 928.7 PASS AF=0.57047;AO=78;DP=142;FAO=85;FDP=149;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=0.00968662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.153;QD=24.9314;RBI=0.0159381;REFB=-0.0148945;REVB=0.0126567;RO=64;SAF=48;SAR=30;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839364;STB=0.526514;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0116113;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:64:64:78:85:0.57047:30:48:40:24:37:48:40:24 chr7 151168534 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.826;QD=58.7815;RBI=0.0349453;REFB=0;REVB=-0.0339113;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39842e-05;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:20:45:0:0:20:45:0:0 chr7 151504019 . T C 89.99 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00992999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.31;QD=9.72823;RBI=0.0410288;REFB=-0.0149813;REVB=0.039809;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278579;STB=0.618835;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.027719;OID=.;OPOS=151504019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:35:37:25:25:10:12:0.324324:2:8:15:10:3:9:15:10 chr7 151504499 . G A 309.5 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0158115;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.814;QD=15.8717;RBI=0.0194784;REFB=-0.0115127;REVB=-0.0113756;RO=44;SAF=25;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280055;STB=0.65888;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0294634;OID=.;OPOS=151504499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:9:25:21:23:9:25:21:23 chr7 151506375 . TAC CCA,TA 121.76 PASS AF=0.16,0.52;AO=3,12;DP=26;FAO=4,13;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=4,12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.088073,0.0134464;FXX=0.0740466;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=130.057,15.0034;QD=19.4821;RBI=0.0895743,0.146594;REFB=-0.0162327,0.0333368;REVB=-0.0163311,-0.145976;RO=8;SAF=0,0;SAR=3,12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.660908,-0.81817;STB=0.996669,0.788892;STBP=0.06,0.016;TYPE=mnp,del;VARB=0.0473925,0.0337012;OID=.,.;OPOS=151506375,151506377;OREF=TAC,C;OALT=CCA,-;OMAPALT=CCA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:26:25:8:8:3,12:4,13:0.16,0.52:3,12:0,0:4:4:4,12:0,1:4:4 chr7 151597368 . G A 167.66 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0249152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7715;QD=11.9754;RBI=0.0579431;REFB=-0.0547083;REVB=-0.0523129;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225349;STB=0.629513;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.101653;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:10:11:11:24:10:11:11:24 chr7 151680072 . T C 2140.8 PASS AF=0.985816;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150976;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6629;QD=60.732;RBI=0.126445;REFB=-0.0772645;REVB=0.125541;RO=2;SAF=75;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012508;STB=0.506578;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00108681;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:141:2:2:138:139:0.985816:63:75:2:0:64:75:2:0 chr7 151684256 . A G 266.78 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0434195;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5051;QD=20.1344;RBI=0.0670135;REFB=-0.00637997;REVB=-0.0510446;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128623;STB=0.557124;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00597517;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:11:17:18:6:11:17:18:7 chr7 151791426 . G C 569.49 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0181771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.569;QD=25.3106;RBI=0.0259244;REFB=0.00621555;REVB=0.0184842;RO=37;SAF=21;SAR=31;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105465;STB=0.563612;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00467436;OID=.;OPOS=151791426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:52:52:0.577778:31:21:20:17:31:21:21:17 chr7 151805206 . C G 722.91 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0273057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0216;QD=22.0735;RBI=0.029904;REFB=-0.00427776;REVB=-0.0121923;RO=60;SAF=39;SAR=31;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159445;STB=0.583328;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00307136;OID=.;OPOS=151805206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:61:70:70:0.534351:31:39:22:38:31:39:23:38 chr7 151832739 . GAAAAA GAAAA,GAAAAT 411.4 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=22,6;DP=74;FAO=64,6;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36,6;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896675,-0.0482197;FXX=0.0540468;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.94435,192.323;QD=23.5083;RBI=1.07566,0.114723;REFB=0,0;REVB=1.07192,0.104097;RO=27;SAF=21,6;SAR=1,0;SRF=2;SRR=25;SSEN=0.446429,0;SSEP=0.471698,0;SSSB=0.813609,0.844228;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00783363,0.117716;OID=.,.;OPOS=151832740,151832744;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.914286,0.0857143:22,6:74:64,6:70:0:36,6:28,0:0:0:26:27:21,6:1,0:2:25 chr7 151859683 . G A 878.44 PASS AF=0.530488;AO=87;DP=164;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=14;FWDB=-0.00230567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.097;QD=21.4254;RBI=0.0439801;REFB=-0.00349255;REVB=0.0439196;RO=77;SAF=55;SAR=32;SRF=63;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181803;STB=0.598774;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00393353;OID=.;OPOS=151859683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:77:77:87:87:0.530488:32:55:63:14:32:55:63:14 chr7 151860023 . A G 155.93 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0187361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.699;QD=13.8603;RBI=0.0189119;REFB=-0.00354315;REVB=-0.00257296;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00979611;OID=.;OPOS=151860023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:9:8:12:15:10:8:12:15 chr7 151927026 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0383088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.415;QD=23.2183;RBI=0.053613;REFB=-0.0538417;REVB=0.0375072;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0104286;OID=.;OPOS=151927026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr7 151932908 . T C 33.75 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0243325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5869;QD=3.64862;RBI=0.0581581;REFB=0.00062636;REVB=-0.0528233;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204699;STB=0.513469;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00880099;OID=.;OPOS=151932908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:37:29:31:6:6:0.162162:3:3:15:14:3:3:16:15 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 37.1 PASS AF=0.132353,0;AO=23,31;DP=204;FAO=27,0;FDP=204;FR=.;FRO=177;FSAF=24,0;FSAR=3,0;FSRF=176;FSRR=1;FWDB=-0.101919,-0.181219;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.5452,13.5966;QD=0.727536;RBI=0.164998,0.195096;REFB=-0.0201327,-0.0274448;REVB=-0.129757,-0.0722622;RO=135;SAF=20,31;SAR=3,0;SRF=134;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.632061,0.650904;STB=0.861987,0.5;STBP=0.574,1;TYPE=del,del;VARB=0.101161,0.0205848;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132353,0:23,31:204:27,0:204:177:24,0:3,0:176:1:36:135:20,31:3,0:134:1 chr7 151945051 . A G 165.65 PASS AF=0.11007;AO=47;DP=414;FAO=47;FDP=427;FR=.;FRO=380;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=221;FSRR=159;FWDB=0.00801611;FXX=0.00233639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.968;QD=1.55179;RBI=0.041158;REFB=-0.000632088;REVB=-0.0403698;RO=340;SAF=7;SAR=40;SRF=209;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557451;STB=0.867349;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0130067;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:427:340:380:47:47:0.11007:40:7:209:131:40:7:221:159 chr7 151945071 . G GT 482.47 PASS AF=0.282051;AO=113;DP=436;FAO=121;FDP=429;FR=.;FRO=308;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=143;FSRR=165;FWDB=0.0485479;FXX=0.00464026;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1922;QD=4.49855;RBI=0.0877338;REFB=0.014722;REVB=-0.0730775;RO=315;SAF=65;SAR=48;SRF=147;SRR=168;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135318;STB=0.564054;STBP=0.107;TYPE=ins;VARB=-0.0418962;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:113:436:121:429:308:67:54:143:165:99:315:65:48:147:168 chr7 151945101 . G C 256.32 PASS AF=0.147287;AO=55;DP=385;FAO=57;FDP=387;FR=.;FRO=330;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=184;FSRR=146;FWDB=-0.0114595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7678;QD=2.64929;RBI=0.0609021;REFB=-0.00754484;REVB=0.0598142;RO=330;SAF=7;SAR=48;SRF=184;SRR=146;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555758;STB=0.874249;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0398841;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:387:330:330:55:57:0.147287:48:7:184:146:50:7:184:146 chr7 151945167 . G T 148.99 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=66;FWDB=-0.00463756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.736;QD=4.31858;RBI=0.0142982;REFB=-0.00782392;REVB=-0.0135252;RO=111;SAF=15;SAR=11;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205013;STB=0.632431;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0440722;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:111:112:26:26:0.188406:11:15:46:65:11:15:46:66 chr7 151945204 . G A 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0860834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0802;QD=7.54497;RBI=0.0883248;REFB=-0.00797023;REVB=0.0197717;RO=41;SAF=14;SAR=1;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540415;STB=0.847882;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0307927;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:1:14:26:15:1:14:26:15 chr7 151962176 . T A 136.7 PASS AF=0.165644;AO=25;DP=164;FAO=27;FDP=163;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=72;FWDB=-0.00589146;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.102;QD=3.35463;RBI=0.0204889;REFB=-0.00590487;REVB=-0.0196236;RO=135;SAF=10;SAR=15;SRF=64;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956553;STB=0.585597;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0263776;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:135:136:25:27:0.165644:15:10:64:71:17:10:64:72 chr7 151970797 . A T 79.59 PASS AF=0.0758621;AO=33;DP=435;FAO=33;FDP=435;FR=.;FRO=402;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=229;FSRR=173;FWDB=-0.00120469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.009;QD=0.731824;RBI=0.0124171;REFB=-0.000459548;REVB=-0.0123585;RO=398;SAF=23;SAR=10;SRF=228;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149133;STB=0.625422;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0071478;OID=.;OPOS=151970797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:435:435:398:402:33:33:0.0758621:10:23:228:170:10:23:229:173 chr7 151970856 . T A 3422.09 PASS AF=0.697733;AO=276;DP=398;FAO=277;FDP=397;FR=.;FRO=120;FSAF=150;FSAR=127;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=-0.0335554;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3418;QD=34.4795;RBI=0.033771;REFB=-0.0176108;REVB=0.00381;RO=120;SAF=149;SAR=127;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105612;STB=0.505123;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00539718;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:397:120:120:276:277:0.697733:127:149:67:53:127:150:67:53 chr7 151970859 . C T 59.39 PASS AF=0.0690537;AO=27;DP=391;FAO=27;FDP=391;FR=.;FRO=364;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=203;FSRR=161;FWDB=-0.016931;FXX=0.00255096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.647;QD=0.607524;RBI=0.028168;REFB=-2.6715e-05;REVB=-0.0225118;RO=357;SAF=12;SAR=15;SRF=198;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12184;STB=0.604196;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00159029;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:391:391:357:364:27:27:0.0690537:15:12:198:159:15:12:203:161 chr7 151970931 . G A 163.56 PASS AF=0.210938;AO=27;DP=129;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=-0.0600391;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9183;QD=5.11125;RBI=0.0743282;REFB=0.0079546;REVB=-0.0438177;RO=102;SAF=15;SAR=12;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419786;STB=0.500878;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0327715;OID=.;OPOS=151970931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:102:101:27:27:0.210938:12:15:57:45:12:15:56:45 chr7 152099906 . T A 1595.38 PASS AF=0.708108;AO=129;DP=183;FAO=131;FDP=185;FR=.;FRO=54;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.041664;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.463;QD=34.4946;RBI=0.0418428;REFB=-0.0289475;REVB=0.00386409;RO=54;SAF=66;SAR=63;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641091;STB=0.505575;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0135713;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:54:54:129:131:0.708108:63:66:27:27:63:68:27:27 chr7 152099917 . G A 1533.57 PASS AF=0.730994;AO=125;DP=171;FAO=125;FDP=171;FR=.;FRO=46;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.000495345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.703;QD=35.873;RBI=0.0225034;REFB=-0.0174007;REVB=-0.022498;RO=45;SAF=62;SAR=63;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255564;STB=0.516471;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00761426;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:45:46:125:125:0.730994:63:62:20:25:63:62:20:26 chr7 152099924 . T C 1481.82 PASS AF=0.721893;AO=122;DP=169;FAO=122;FDP=169;FR=.;FRO=47;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0549403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.919;QD=35.0728;RBI=0.0561315;REFB=-0.0338443;REVB=0.0115026;RO=47;SAF=62;SAR=60;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429675;STB=0.522975;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0197906;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:47:47:122:122:0.721893:60:62:20:27:60:62:20:27 chr7 152290144 . A G 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00364018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.231;QD=13.7269;RBI=0.00922679;REFB=-0.00497813;REVB=-0.00847837;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101811;STB=0.545152;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00624306;OID=.;OPOS=152290144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:36:25:25:0.409836:8:17:20:14:8:17:22:14 chr7 154429560 . C T 1497.0 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231317;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.588;QD=63.7019;RBI=0.02317;REFB=0;REVB=-0.00133046;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85809e-05;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr7 154461112 . A G 2358.24 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4276;QD=63.7361;RBI=0.0566214;REFB=0;REVB=0.0349085;RO=0;SAF=90;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91488e-05;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:148:148:1:58:90:0:0:58:90:0:0 chr7 154667628 . A G 1375.77 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3575;QD=61.8325;RBI=0.0463592;REFB=0;REVB=0.0233063;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460368;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:48:37:0:0:50:39:0:0 chr7 154667643 . G A 689.51 PASS AF=0.6;AO=60;DP=100;FAO=60;FDP=100;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00664755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.636;QD=27.5803;RBI=0.0067238;REFB=-0.0571344;REVB=0.00100973;RO=40;SAF=30;SAR=30;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918786;STB=0.549984;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0379435;OID=.;OPOS=154667643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:40:60:60:0.6:30:30:15:25:30:30:15:25 chr7 154672662 . C T 453.67 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.01066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.358;QD=22.4034;RBI=0.013616;REFB=-0.0228092;REVB=-0.0084711;RO=37;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628245;STB=0.534638;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0190992;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:17:27:20:17:17:27:20:17 chr7 154679447 . G A 1572.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8953;QD=59.9234;RBI=0.0463525;REFB=0;REVB=0.00177399;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154185;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:37:68:0:0:37:68:0:0 chr7 154681050 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0157494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.397;QD=14.2416;RBI=0.0162799;REFB=0.00215167;REVB=0.00412219;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245018;STB=0.64634;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00224691;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:12:10:21:9:12:10:22:9 chr7 154681216 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0277547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.182;QD=13.4591;RBI=0.0396393;REFB=-0.0151691;REVB=-0.0283011;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265885;STB=0.653888;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0233111;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:8:18:7:9:8:18 chr7 154684051 . C T 55.73 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0309233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.184;QD=2.93339;RBI=0.0309658;REFB=-0.00424865;REVB=-0.00162169;RO=64;SAF=8;SAR=3;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199326;STB=0.634662;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0322928;OID=.;OPOS=154684051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:64:65:11:11:0.144737:3:8:37:27:3:8:38:27 chr7 154760369 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5072;QD=37.4854;RBI=0.0280505;REFB=0;REVB=-0.0112485;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149422;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr7 154862621 . T A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00846403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5052;QD=21.6124;RBI=0.0253561;REFB=-0.000811725;REVB=0.0239018;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.531888;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00128709;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:13:10:12:12:13:10 chr7 154973603 . G A 128.6 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00443461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.997;QD=12.86;RBI=0.0186521;REFB=-0.0110105;REVB=0.0181172;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.558062;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0210868;OID=.;OPOS=154973603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:7:8:10:14:7:8:11:14 chr7 154989054 . C T 617.48 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00139644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1784;QD=19.1465;RBI=0.0260675;REFB=0.00483245;REVB=-0.0260301;RO=65;SAF=32;SAR=31;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141571;STB=0.581364;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00376037;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:31:32:23:42:31:32:23:43 chr7 154989982 . G A 326.3 PASS AF=0.472973;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00332887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4975;QD=17.6377;RBI=0.0336322;REFB=-0.0177323;REVB=-0.0334671;RO=35;SAF=7;SAR=26;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190476;STB=0.588065;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0336841;OID=.;OPOS=154989982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:35:39:33:35:0.472973:26:7:13:22:27:8:14:25 chr7 154990003 . C T 257.16 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=29;FWDB=-0.0278297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8148;QD=16.0722;RBI=0.0281149;REFB=-0.0103021;REVB=0.003995;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230424;STB=0.628112;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.010308;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:18:11:6:29:18:11:6:29 chr7 155150472 . G A 888.43 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131923;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.851;QD=55.527;RBI=0.0498986;REFB=-0.151526;REVB=0.0481231;RO=1;SAF=41;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113779;STB=0.505604;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00172165;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:64:1:2:62:62:0.96875:21:41:1:0:21:41:1:1 chr7 155150560 . A G 912.12 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00919215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1555;QD=55.2802;RBI=0.0309486;REFB=-0.0394123;REVB=-0.029552;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248459;STB=0.513154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00699342;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:2:0:27:37:2:0 chr7 155150602 . T C 720.45 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.073;QD=62.6477;RBI=0.033522;REFB=0;REVB=0.0274597;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991818;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:42:46:1:20:22:0:0:23:23:0:0 chr7 155150765 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.656;QD=57.0008;RBI=0.0561211;REFB=0;REVB=0.0499817;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60801e-05;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:15:39:0:0:15:39:0:0 chr7 155151018 . G A 848.96 PASS AF=1;AO=52;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7726;QD=55.6694;RBI=0.275265;REFB=0;REVB=0.212686;RO=3;SAF=39;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00462564;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:61:3:0:52:61:1:13:39:2:1:15:46:0:0 chr7 155151095 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.527;QD=53.2763;RBI=0.0403107;REFB=0;REVB=-0.0025052;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13251e-05;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr7 155151194 . G A 1843.38 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553657;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9395;QD=61.4459;RBI=0.085152;REFB=0;REVB=0.0646955;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341652;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:74:46:0:0:74:46:0:0 chr7 155151307 . A G 1577.77 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376934;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.376;QD=60.1056;RBI=0.0115123;REFB=0;REVB=0.0108778;RO=0;SAF=41;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229215;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:64:41:0:0:64:41:0:0 chr7 155151367 . G T 1529.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419642;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.134;QD=63.7092;RBI=0.0627204;REFB=0;REVB=0.0466139;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270907;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:36:60:0:0:37:59:0:0 chr7 155151369 . C T 1501.65 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0296432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.608;QD=61.2919;RBI=0.0348584;REFB=-0.0494096;REVB=0.0183409;RO=2;SAF=59;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467385;STB=0.502465;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000861618;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:37:59:1:1:37:59:1:1 chr7 155151432 . AT A,AC 706.7 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=7,39;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525167,0.064024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.667,119.466;QD=61.4525;RBI=0.062871,0.0702689;REFB=0,0;REVB=0.0345653,0.0289594;RO=0;SAF=7,23;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00386395,0.01058;OID=.,.;OPOS=155151433,155151433;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:7,39:46:1,45:46:0:1,29:0,16:0:0:4:0:7,23:0,16:0:0 chr7 155151437 . G A 583.31 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2103;QD=56.9082;RBI=0.0460492;REFB=-0.0806242;REVB=0.00446662;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00279798;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:13:26:0:1:14:26:0:1 chr7 155503920 . A T 325.64 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0065962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8166;QD=14.9721;RBI=0.00682277;REFB=-0.0258354;REVB=-0.00174365;RO=51;SAF=8;SAR=28;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473263;STB=0.526866;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0207426;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:28:8:13:38:28:8:13:38 chr7 155530954 . T C 150.5 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00378815;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6094;QD=14.6825;RBI=0.0214179;REFB=-0.0302363;REVB=-0.0210802;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127805;STB=0.541498;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0382288;OID=.;OPOS=155530954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:24:16:17:0.414634:9:7:14:11:9:8:13:11 chr7 155531080 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000328432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.743;QD=10.3902;RBI=0.00946499;REFB=-0.0336956;REVB=-0.00945929;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0278954;OID=.;OPOS=155531080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:6:4:4:3:6:5 chr7 155538175 . AG A 63.7 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.260648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3303;QD=9.09987;RBI=0.260828;REFB=-0.0508696;REVB=0.0096845;RO=14;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666301;STB=0.885214;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0429926;OID=.;OPOS=155538176;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:13:28:13:28:15:12:1:5:10:63:14:12:1:4:10 chr7 155755826 . A G 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0231045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.013;QD=15.4188;RBI=0.034589;REFB=-0.0173303;REVB=-0.0257406;RO=42;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0015494;STB=0.500875;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0266549;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:13:19:25:17:13:19:25:17 chr7 155757502 . T C 804.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.145;QD=64.3939;RBI=0.0562649;REFB=0;REVB=0.0109837;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291856;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr7 156468559 . T C 233.56 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0252319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.17;QD=24.5854;RBI=0.0978846;REFB=-0.0347973;REVB=0.0945766;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140595;STB=0.560922;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0231565;OID=.;OPOS=156468559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:10:12:11:4:10:12:11:5 chr7 156469123 . G A 1238.86 PASS AF=0.490347;AO=127;DP=258;FAO=127;FDP=259;FR=.;FRO=132;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=54;FSRR=78;FWDB=0.0192602;FXX=0.00766254;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.622;QD=19.133;RBI=0.0200586;REFB=-0.0109584;REVB=-0.00560305;RO=130;SAF=58;SAR=69;SRF=53;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456965;STB=0.524544;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00924749;OID=.;OPOS=156469123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:130:132:127:127:0.490347:69:58:53:77:69:58:54:78 chr7 156469190 . A G 892.24 PASS AF=0.550336;AO=82;DP=149;FAO=82;FDP=149;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0103314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.837;QD=23.9528;RBI=0.0110693;REFB=-0.0246199;REVB=0.00397383;RO=66;SAF=46;SAR=36;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111677;STB=0.564263;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.025448;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:66:67:82:82:0.550336:36:46:28:38:36:46:28:39 chr7 156518192 . G A 481.61 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00824942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.841;QD=17.3552;RBI=0.0151519;REFB=-0.00958893;REVB=-0.0127094;RO=56;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333702;STB=0.531519;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0129067;OID=.;OPOS=156518192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:59:52:52:0.468468:26:26:26:30:26:26:26:33 chr7 156518195 . G A 496.39 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.016109;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.289;QD=18.9101;RBI=0.0258517;REFB=-0.0240601;REVB=-0.0202191;RO=53;SAF=26;SAR=26;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00860019;STB=0.50476;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0179731;OID=.;OPOS=156518195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:105:53:53:52:52:0.495238:26:26:26:27:26:26:26:27 chr7 156801700 . G T 809.32 PASS AF=0.491124;AO=83;DP=169;FAO=83;FDP=169;FR=.;FRO=86;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0323171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.249;QD=19.1554;RBI=0.0324752;REFB=-0.00678002;REVB=-0.00320049;RO=86;SAF=51;SAR=32;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952926;STB=0.505252;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0069688;OID=.;OPOS=156801700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:86:86:83:83:0.491124:32:51:52:34:32:51:52:34 chr7 157061474 . T C 1589.87 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.252;QD=59.9952;RBI=0.0409842;REFB=0;REVB=0.00858583;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77054e-05;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr7 157162068 . T C 638.28 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0147308;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.175;QD=21.8215;RBI=0.0151543;REFB=-0.0127014;REVB=-0.00355753;RO=51;SAF=39;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264877;STB=0.521769;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0176922;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:51:54:63:63:0.538462:24:39:30:21:24:39:31:23 chr7 157318712 . C T 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00375987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.077;QD=21.4975;RBI=0.00580191;REFB=-0.0092765;REVB=0.00441877;RO=49;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106634;STB=0.558881;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00911872;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:23:28:21:28:23:28:21:28 chr7 157319256 . TAAA TAA,T 302.32 PASS AF=0,0.465347;AO=13,42;DP=104;FAO=0,47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=0,33;FSAR=0,14;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0195312,0.00667782;FXX=0.0648088;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=8.82881,33.8454;QD=11.9731;RBI=0.308708,0.106747;REFB=-0.0339241,-0.0101625;REVB=-0.30809,-0.106538;RO=37;SAF=5,32;SAR=8,10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.368378,0.0662997;STB=0.5,0.555531;STBP=1,0.355;TYPE=del,del;VARB=0.0144058,0.00517206;OID=.,.;OPOS=157319257,157319257;OREF=A,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.465347:13,42:104:0,47:101:54:0,33:0,14:33:21:99:37:5,32:8,10:26:11 chr7 157319423 . G C 646.33 PASS AF=0.5;AO=65;DP=130;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0686879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.176;QD=19.8872;RBI=0.0688132;REFB=-0.0333285;REVB=-0.00415054;RO=64;SAF=35;SAR=30;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646019;STB=0.53891;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.027005;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:64:65:65:65:0.5:30:35:39:25:30:35:40:25 chr7 157414064 . G A 568.26 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0134813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.903;QD=20.295;RBI=0.0275975;REFB=-0.00743845;REVB=-0.0240807;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146215;STB=0.58033;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00622412;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:29:29:18:36:29:29:18:36 chr7 157931119 . A G 801.12 PASS AF=0.515924;AO=81;DP=157;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.000857224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.1;QD=20.4107;RBI=0.0100023;REFB=-0.0246813;REVB=-0.00996546;RO=74;SAF=32;SAR=49;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152479;STB=0.506845;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0203215;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:74:76:81:81:0.515924:49:32:28:46:49:32:29:47 chr7 157931144 . C T 641.31 PASS AF=0.464789;AO=65;DP=141;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.0427449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.016;QD=18.0651;RBI=0.0529101;REFB=-0.0495498;REVB=0.0311825;RO=71;SAF=26;SAR=39;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475772;STB=0.545074;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0226857;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:71:76:65:66:0.464789:39:26:25:46:39:27:25:51 chr7 157959620 . C T 241.22 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00603658;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.699;QD=17.8684;RBI=0.0264962;REFB=-0.0159165;REVB=-0.0257994;RO=27;SAF=22;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418117;STB=0.741727;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0324025;OID=.;OPOS=157959620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:26:27:0.5:4:22:13:14:4:23:13:14 chr7 157959636 . G A 850.98 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.628;QD=57.6933;RBI=0.0956636;REFB=0;REVB=0.0956544;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215226;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:20:38:0:0:21:38:0:0 chr7 157959879 . C T 416.48 PASS AF=0.565789;AO=40;DP=73;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00264219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.354;QD=21.9199;RBI=0.0229263;REFB=-0.00939607;REVB=0.0227735;RO=32;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358739;STB=0.504613;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00796596;OID=.;OPOS=157959879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:32:33:40:43:0.565789:17:23:17:15:20:23:18:15 chr7 157959895 . C T 352.67 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0301673;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1904;QD=20.4444;RBI=0.035324;REFB=-0.0069432;REVB=0.0183771;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153031;STB=0.508484;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00782497;OID=.;OPOS=157959895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:18:15:17:19:18:15 chr7 157959911 . A G 920.69 PASS AF=1;AO=55;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.553;QD=57.5429;RBI=0.111625;REFB=0;REVB=0.0804958;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00662648;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:55:64:1:27:28:0:0:31:33:0:0 chr7 158263331 . T C 364.01 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.049438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.347;QD=52.0017;RBI=0.0495252;REFB=0.0238413;REVB=0.00293713;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00270731;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr7 158263336 . G C 391.69 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.98;QD=55.9554;RBI=0.037371;REFB=0;REVB=0.0364429;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38517e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:14:14:0:0 chr7 158263344 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.794;QD=56.1913;RBI=0.0284711;REFB=0;REVB=0.017661;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163128;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 158325503 . C T 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0324296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.843;QD=25.3678;RBI=0.0341757;REFB=-0.0227945;REVB=0.0107842;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170423;STB=0.594507;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.012335;OID=.;OPOS=158325503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:4:10:10:11:4:10 chr7 158384305 . CTGTG C 134.75 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0122037;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.515;QD=8.04487;RBI=0.0130053;REFB=-0.0100988;REVB=0.00449539;RO=47;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449506;STB=0.520846;STBP=0.863;TYPE=del;VARB=0.0276075;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283582:19:69:19:67:48:12:7:29:19:99:47:12:7:28:19 chr7 158590740 . A T 316.88 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00867974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.8;QD=15.2713;RBI=0.0270089;REFB=-0.0136589;REVB=0.0255762;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343982;STB=0.519424;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0183546;OID=.;OPOS=158590740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:20:15:19:29:20:15:19:29 chr7 158672476 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.573;QD=56.191;RBI=0.00348142;REFB=0;REVB=-0.00280602;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14522e-05;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr7 158672619 . A G 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00938747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.144;QD=21.7455;RBI=0.0107564;REFB=-0.0353068;REVB=-0.00525125;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127519;STB=0.571365;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0191569;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:7:13:11:11:7:13 chr7 158715219 . A G 1190.14 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8297;QD=61.0326;RBI=0.0162143;REFB=0;REVB=0.00817066;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122583;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr7 158719084 . C T 697.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.76;QD=62.0294;RBI=0.0215193;REFB=0;REVB=0.0160838;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031188;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:15:27:0:0:18:27:0:0 chr7 158827326 . G A 261.86 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00815864;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.208;QD=16.1144;RBI=0.0157406;REFB=0.00839327;REVB=-0.0134612;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143156;STB=0.589737;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00135214;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:19:10:17:18:19:10:18:18 chr7 158851234 . T G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.583;QD=60.6103;RBI=0.0372353;REFB=0;REVB=0.0365492;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56669e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr7 158896517 . G A 507.72 PASS AF=0.374233;AO=61;DP=162;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0242288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.072;QD=12.4593;RBI=0.0358474;REFB=-0.0112728;REVB=-0.0264196;RO=100;SAF=32;SAR=29;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160151;STB=0.503123;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0175475;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:100:102:61:61:0.374233:29:32:51:49:29:32:53:49 chr8 195254 . C A 256.65 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.000628653;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.877;QD=11.1585;RBI=0.0410518;REFB=-0.00970311;REVB=-0.041047;RO=62;SAF=21;SAR=10;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616909;STB=0.540114;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0154801;OID=.;OPOS=195254;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:61:31:31:0.336957:10:21:39:23:10:21:38:23 chr8 196274 . T G 80.59 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0202001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.529;QD=7.6757;RBI=0.0213174;REFB=-0.0053535;REVB=-0.00681081;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182714;STB=0.613826;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00747884;OID=.;OPOS=196274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:7:4:16:15:7:4:16:15 chr8 363192 . G A 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0130111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.766;QD=18.3163;RBI=0.0143612;REFB=-0.0174668;REVB=-0.00607918;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669237;STB=0.533183;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0151194;OID=.;OPOS=363192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:24:15:13:28:24:15:14:29 chr8 381344 . C G 73.3 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0128671;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.259;QD=4.18872;RBI=0.0226209;REFB=-0.00873401;REVB=-0.0186049;RO=56;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101295;STB=0.559726;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0585385;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:70:70:56:57:13:13:0.185714:8:5:26:30:8:5:26:31 chr8 382957 . T C 768.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.465;QD=56.9218;RBI=0.0723229;REFB=0;REVB=0.059146;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237087;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr8 565232 . C G 193.66 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0247425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6824;QD=10.3284;RBI=0.11849;REFB=-0.00790514;REVB=-0.115878;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256327;STB=0.632036;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0145991;OID=.;OPOS=565232;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:45:50:25:25:0.333333:13:12:32:13:13:12:34:16 chr8 566618 . GAGAG GA,GGAG,GGGAG 158.18 PASS AF=0,0.928571,0.0714286;AO=2,8,3;DP=13;FAO=0,13,1;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0;FSAR=0,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339473,0.0207725,-0.0054733;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=186.163,214.401,207.962;QD=45.1953;RBI=0.0520054,0.0420707,0.0287145;REFB=0,0,0;REVB=0.0393972,0.0365848,0.028188;RO=0;SAF=0,3,1;SAR=2,5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0506238,0.00137746,0.00355652;OID=.,.,.;OPOS=566620,566619,566619;OREF=GAG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,GGAG,GGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.928571,0.0714286:2,8,3:13:0,13,1:14:0:0,4,0:0,9,1:0:0:5:0:0,3,1:2,5,2:0:0 chr8 577101 . A G 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0993;QD=57.7065;RBI=0.0340205;REFB=0;REVB=-0.0150042;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18184e-05;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr8 577130 . A G 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00958971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.991;QD=9.01197;RBI=0.0229816;REFB=-0.00953039;REVB=-0.0208852;RO=49;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834432;STB=0.555506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.017092;OID=.;OPOS=577130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:50:22:22:0.305556:11:11:28:21:11:11:29:21 chr8 607766 . C G 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5494;QD=63.2811;RBI=0.0140202;REFB=0;REVB=-0.00229929;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014537;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr8 608018 . C T 172.29 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0198588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.785;QD=18.1356;RBI=0.0275773;REFB=-0.000176239;REVB=0.0191347;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422672;STB=0.744374;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000145828;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:15:3:11:9:15:3:11:9 chr8 608034 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.83;QD=60.2271;RBI=0.0306672;REFB=0;REVB=0.00791725;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72314e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:24:13:0:0 chr8 608174 . G A 62.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0447325;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.143;QD=7.38653;RBI=0.0652327;REFB=-0.020442;REVB=-0.0474796;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38685;STB=0.733717;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0597134;OID=.;OPOS=608174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:24:25:9:9:0.264706:7:2:13:11:7:2:13:12 chr8 609879 . AT CC,GC 805.6 PASS AF=0.551724,0.448276;AO=32,26;DP=58;FAO=32,26;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17,16;FSAR=15,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160387,-0.013823;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=147.852,207.754;QD=55.5582;RBI=0.0177095,0.0286472;REFB=0,0;REVB=0.00750921,-0.0250915;RO=0;SAF=17,16;SAR=15,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00892,-0.00157891;OID=.,.;OPOS=609879,609879;OREF=AT,AT;OALT=CC,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:58:0:0:32,26:32,26:0.551724,0.448276:15,10:17,16:0:0:15,10:17,16:0:0 chr8 618728 . A G 770.52 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00237255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9861;QD=55.0373;RBI=0.0597841;REFB=-0.0942506;REVB=0.059737;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00273826;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr8 977316 . A G 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0152597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.391;QD=33.7896;RBI=0.0162997;REFB=-0.00913856;REVB=0.00572902;RO=7;SAF=16;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165227;STB=0.589668;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0109848;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:5:16:7:0:5:16:7:0 chr8 977320 . G A 186.68 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0276522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.098;QD=27.6557;RBI=0.0590952;REFB=-0.0446907;REVB=0.0522264;RO=9;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23522;STB=0.628451;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0154239;OID=.;OPOS=977320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:5:13:9:0:5:13:9:0 chr8 977340 . C T 232.76 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00530043;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.518;QD=30.0336;RBI=0.0362234;REFB=-0.0159105;REVB=0.0358336;RO=10;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218946;STB=0.618952;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00798186;OID=.;OPOS=977340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:5:16:10:0:5:16:10:0 chr8 978074 . A G 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0190854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.957;QD=14.0404;RBI=0.0414408;REFB=-0.0264052;REVB=-0.0367843;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0162527;OID=.;OPOS=978074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr8 978076 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0489722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.117;QD=14.0438;RBI=0.0584503;REFB=-0.0288414;REVB=-0.0319087;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0207461;OID=.;OPOS=978076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr8 978170 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0608323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.188;QD=21.1692;RBI=0.109744;REFB=-0.0228745;REVB=0.0913415;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00980155;OID=.;OPOS=978170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr8 978573 . A G 467.15 PASS AF=0.745455;AO=40;DP=54;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0228955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2727;QD=33.9748;RBI=0.0937344;REFB=-0.0273258;REVB=-0.0908951;RO=14;SAF=13;SAR=27;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216576;STB=0.515929;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00648549;OID=.;OPOS=978573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:14:14:40:41:0.745455:27:13:4:10:27:14:4:10 chr8 1514009 . C A 434.69 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0318627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9818;QD=37.7988;RBI=0.0334175;REFB=0.0218394;REVB=-0.0100747;RO=12;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123479;STB=0.566971;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00823077;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:14:20:4:8:14:20:4:8 chr8 1616718 . A G 309.12 PASS AF=0.596154;AO=30;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0138377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.572;QD=23.7787;RBI=0.0144386;REFB=-0.0346517;REVB=0.00412212;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258286;STB=0.517498;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0211715;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:30:31:0.596154:19:11:8:12:19:12:9:12 chr8 1649960 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0101793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8696;QD=13.0887;RBI=0.0603548;REFB=-0.0162495;REVB=-0.0594902;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30247;STB=0.677196;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0228854;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:11:16:5:11:11:16 chr8 1651129 . G A 100.64 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.022566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.68;QD=8.38653;RBI=0.0337357;REFB=-0.00290567;REVB=-0.0250773;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298489;STB=0.673995;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0109775;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:35:13:13:0.270833:4:9:15:19:4:9:16:19 chr8 1817367 . G A 826.14 PASS AF=0.619835;AO=75;DP=121;FAO=75;FDP=121;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0525998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6686;QD=27.3105;RBI=0.0531181;REFB=-0.0140855;REVB=-0.00740197;RO=46;SAF=32;SAR=43;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825865;STB=0.544776;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00756935;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:46:46:75:75:0.619835:43:32:25:21:43:32:25:21 chr8 1876631 . C T 133.51 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=83;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0116136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1262;QD=6.43403;RBI=0.0145567;REFB=0.000953812;REVB=-0.00877614;RO=62;SAF=12;SAR=8;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590355;STB=0.540776;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00247399;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:63:20:20:0.240964:8:12:40:22:8:12:41:22 chr8 1900911 . C T 113.83 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00321537;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=5.48587;RBI=0.0041645;REFB=-0.0150423;REVB=-0.00264659;RO=64;SAF=12;SAR=6;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175044;STB=0.616534;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0519704;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:64:65:18:18:0.216867:6:12:34:30:6:12:34:31 chr8 1905132 . G A 562.08 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0125191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.037;QD=32.119;RBI=0.0239676;REFB=-0.0241437;REVB=0.0204382;RO=21;SAF=25;SAR=24;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870866;STB=0.547029;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0110661;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:24:25:14:7:24:25:14:7 chr8 1906630 . G T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.998;QD=59.678;RBI=0.0307952;REFB=0;REVB=0.0291554;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15761e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr8 1952587 . G A 52.59 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0557801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.997;QD=6.57381;RBI=0.0576401;REFB=-0.00400404;REVB=-0.0145244;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342276;STB=0.533815;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0159343;OID=.;OPOS=1952587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:3:5:15:8:3:5:16:8 chr8 1953194 . T G 554.74 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0629607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6101;QD=55.4741;RBI=0.0686724;REFB=-0.107175;REVB=0.0274198;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.533316;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0157646;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:14:24:0:1:14:24:0:2 chr8 1953223 . C T 775.01 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.794;QD=56.3645;RBI=0.0752829;REFB=0;REVB=0.070609;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411329;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:48:55:1:13:35:0:0:17:38:0:0 chr8 1953567 . C A 1528.7 PASS AF=0.990566;AO=92;DP=94;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0608188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.442;QD=57.6866;RBI=0.0615198;REFB=-0.101567;REVB=0.00926061;RO=0;SAF=56;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503596;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000677969;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:106:0:1:92:105:0.990566:36:56:0:0:36:69:1:0 chr8 1953642 . CAG C 810.97 PASS AF=1;AO=51;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143971;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=274.382;QD=55.929;RBI=0.0334749;REFB=0;REVB=0.0302207;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.48214e-05;OID=.;OPOS=1953643;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:59:58:58:0:38:20:0:0:5:0:34:17:0:0 chr8 1953759 . A T 803.31 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4259;QD=55.4006;RBI=0.0470171;REFB=-0.0971152;REVB=-0.0336626;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00438957;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr8 1954237 . G C 1540.53 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.342;QD=59.8265;RBI=0.0310061;REFB=0;REVB=0.030214;RO=1;SAF=71;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23637e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:1:0:102:103:1:31:71:1:0:31:72:0:0 chr8 1954587 . G A 552.78 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.424;QD=59.7597;RBI=0.072945;REFB=0;REVB=0.0717358;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73148e-05;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:12:19:0:0:13:24:0:0 chr8 2021421 . G T 390.53 PASS AF=0.355556;AO=47;DP=135;FAO=48;FDP=135;FR=.;FRO=87;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=24;FWDB=0.00789317;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.614;QD=11.5713;RBI=0.0825639;REFB=-0.0195156;REVB=-0.0821857;RO=87;SAF=37;SAR=10;SRF=62;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115435;STB=0.561224;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0379538;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:87:87:47:48:0.355556:10:37:62:25:10:38:63:24 chr8 2027633 . C G 243.75 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0555742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5402;QD=15.2342;RBI=0.0591566;REFB=-0.0194941;REVB=0.0202733;RO=35;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211916;STB=0.624916;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0308961;OID=.;OPOS=2027633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:14:14:25:10:14:14:26:10 chr8 2040337 . T C 1523.11 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0888001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1573;QD=58.5812;RBI=0.0890975;REFB=0.0854176;REVB=0.00727423;RO=1;SAF=56;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839826;STB=0.504424;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000745816;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:47:56:1:0:47:56:1:0 chr8 2048811 . A C 1359.15 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.572;QD=62.4896;RBI=0.0618164;REFB=0;REVB=0.0591266;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96463e-05;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr8 2056569 . C T 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2089;QD=61.9998;RBI=0.0580622;REFB=0;REVB=-0.0570302;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470397;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr8 2148550 . G A 414.98 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017667;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.077;QD=57.239;RBI=0.0456152;REFB=0;REVB=0.042055;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264205;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 2148771 . C T 344.56 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440739;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.713;QD=55.1295;RBI=0.0440982;REFB=0;REVB=0.00146447;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345309;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr8 2795835 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8776;QD=57.1761;RBI=0.0397646;REFB=0;REVB=0.0321502;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68308e-05;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr8 2796212 . T C 742.06 PASS AF=0.633028;AO=69;DP=108;FAO=69;FDP=109;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0466247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2592;QD=27.2316;RBI=0.0776009;REFB=0.0189786;REVB=0.0620326;RO=39;SAF=34;SAR=35;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646516;STB=0.539309;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00884555;OID=.;OPOS=2796212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:39:40:69:69:0.633028:35:34:23:16:35:34:24:16 chr8 2820745 . G C 623.67 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00993723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.458;QD=25.4561;RBI=0.0163755;REFB=-0.0238003;REVB=0.0130157;RO=42;SAF=27;SAR=29;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233718;STB=0.512779;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0161471;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:29:27:19:23:29:27:19:23 chr8 2830789 . T C,TC 31.25 PASS AF=0,0.18;AO=2,7;DP=50;FAO=0,9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0262974,-0.0697788;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=99.74,18.2804;QD=2.50035;RBI=0.0344029,0.136398;REFB=-0.00523631,-0.0363038;REVB=-0.0221811,-0.117198;RO=41;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=23;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.385002,0.402133;STB=0.5,0.829751;STBP=1,0.053;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0607703;OID=.,.;OPOS=2830789,2830790;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:50:50:41:41:2,7:0,9:0,0.18:0,1:2,6:23:18:0,1:0,8:23:18 chr8 2832139 . C G 1763.89 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.237;QD=60.8238;RBI=0.0656608;REFB=0;REVB=0.017011;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169116;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:69:46:0:0:70:46:0:0 chr8 2909992 . G A 1232.99 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681607;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.259;QD=61.6495;RBI=0.0381489;REFB=0;REVB=-0.0375351;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131182;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:40:40:0:0:40:40:0:0 chr8 2910020 . A G 1223.8 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0193145;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.58;QD=58.9783;RBI=0.0344541;REFB=-0.0616496;REVB=0.0285313;RO=2;SAF=43;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215128;STB=0.511361;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.000734183;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:83:2:2:81:81:0.975904:38:43:2:0:38:43:2:0 chr8 2965244 . T C 613.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651606;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.498;QD=61.3875;RBI=0.00776068;REFB=0;REVB=0.00421533;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14146e-06;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr8 3224561 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.00876445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.953;QD=6.90619;RBI=0.0134989;REFB=-0.00364489;REVB=0.0102666;RO=35;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1735;STB=0.606389;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00947021;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:3:8:29:6:3:8:29:6 chr8 3558050 . G A 854.14 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.469;QD=56.0088;RBI=0.0327547;REFB=-0.0606354;REVB=0.00277806;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.507244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000280601;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:58:60:0.983607:34:24:0:0:34:26:0:1 chr8 3807528 . C T 322.73 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00261224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.116;QD=21.8803;RBI=0.0116061;REFB=-0.0170051;REVB=0.0113083;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459175;STB=0.530767;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0208712;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:32:33:0.559322:19:13:12:14:20:13:12:14 chr8 6272399 . G T 1011.98 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0672;QD=57.8273;RBI=0.0347177;REFB=-0.00671577;REVB=0.0102872;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000686182;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:32:37:0:0:32:37:0:1 chr8 6296550 . G T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2548;QD=59.143;RBI=0.05943;REFB=0;REVB=0.00687583;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000375669;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr8 6302183 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8281;QD=56.7062;RBI=0.078131;REFB=0;REVB=0.0211559;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408749;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr8 6302418 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.51;QD=50.4134;RBI=0.0822356;REFB=0;REVB=-0.0765141;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396005;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr8 6389889 . C A,G 1177.16 PASS AF=0.426829,0.560976;AO=35,46;DP=82;FAO=35,46;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=18,21;FSAR=17,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219614,0.0115063;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=86.2194,35.7484;QD=57.4222;RBI=0.0305038,0.0129057;REFB=-0.0386945,0.00831594;REVB=0.0211702,-0.00584492;RO=1;SAF=18,21;SAR=17,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0252795,-0.0218604;STB=0.513506,0.511623;STBP=0.515,0.313;TYPE=snp,snp;VARB=0.0153132,0.000115865;OID=.,.;OPOS=6389889,6389889;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:1:1:35,46:35,46:0.426829,0.560976:17,25:18,21:1:0:17,25:18,21:1:0 chr8 6474473 . C G 1375.84 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0166831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.327;QD=59.1761;RBI=0.0360343;REFB=-0.073058;REVB=0.0319397;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.506101;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00128513;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:1:3:90:90:0.967742:43:47:1:0:43:47:1:2 chr8 6478986 . C T 131.85 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0465697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3602;QD=7.6433;RBI=0.0558287;REFB=-0.00490184;REVB=0.0307914;RO=49;SAF=12;SAR=7;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501461;STB=0.524246;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0161016;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:7:12:29:20:7:12:30:20 chr8 6479042 . C T 137.46 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0825955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.322;QD=7.53228;RBI=0.0826022;REFB=-0.0177402;REVB=0.00105232;RO=53;SAF=9;SAR=11;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206051;STB=0.623363;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0356498;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:11:9:33:20:11:9:33:20 chr8 6479178 . C A 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0329395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9144;QD=11.0139;RBI=0.035046;REFB=0.0145458;REVB=-0.0119669;RO=28;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.599867;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0438964;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:6:8:20:8:6:8:20:8 chr8 6566351 . C G 3350.67 PASS AF=0.990909;AO=217;DP=219;FAO=218;FDP=220;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=126;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0391421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.814;QD=60.9213;RBI=0.0394815;REFB=-0.0432536;REVB=0.00516613;RO=2;SAF=91;SAR=126;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103547;STB=0.505376;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=4.91256e-06;OID=.;OPOS=6566351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:219:220:2:2:217:218:0.990909:126:91:2:0:126:92:2:0 chr8 6615663 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5112;QD=54.5177;RBI=0.0361385;REFB=0;REVB=0.0345181;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380628;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr8 6673377 . CA C 604.68 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.435;QD=56.2497;RBI=0.0347523;REFB=0;REVB=0.0101798;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000238119;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:43:43:43:0:23:20:0:0:4:0:22:20:0:0 chr8 6690276 . T C 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5736;QD=59.4967;RBI=0.0518342;REFB=0;REVB=-0.000298088;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235539;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr8 6735300 . T A 472.07 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0714764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.178;QD=55.5383;RBI=0.0752882;REFB=-0.137757;REVB=0.0236526;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000616841;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:13:20:0:0:13:20:1:0 chr8 6793540 . C T 279.25 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0280276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.509;QD=18.9324;RBI=0.0281942;REFB=-0.00936607;REVB=-0.00306009;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136698;STB=0.576378;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0102944;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:19:11:15:14:19:11:15:14 chr8 6794249 . C A 426.8 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0247546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7273;QD=22.7624;RBI=0.0273468;REFB=0.0248929;REVB=-0.0116213;RO=33;SAF=18;SAR=23;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253941;STB=0.641726;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0206177;OID=.;OPOS=6794249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:23:18:25:8:24:18:25:8 chr8 6794399 . GC AG,GG 329.8 PASS AF=0.117647,0.388235;AO=37,3;DP=85;FAO=10,33;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=3,16;FSAR=7,17;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00400827,0.00468008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=168.203,164.958;QD=15.5202;RBI=0.0777892,0.0743724;REFB=-0.0697055,-0.0697859;REVB=0.0776859,0.074225;RO=40;SAF=18,1;SAR=19,2;SRF=29;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221908,-0.382616;STB=0.788232,0.614392;STBP=0.073,0.116;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0719861,0.0922801;OID=.,.;OPOS=6794399,6794400;OREF=GC,C;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:85:85:40:42:37,3:10,33:0.117647,0.388235:19,2:18,1:29:11:7,17:3,16:29:13 chr8 6913031 . G A 1749.34 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.994;QD=60.8465;RBI=0.0064545;REFB=0;REVB=0.000246281;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60021e-06;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr8 7154617 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8365;QD=37.4885;RBI=0.047423;REFB=0;REVB=0.0165973;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000984343;OID=.;OPOS=7154617;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr8 7154917 . A C 1198.9 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0221151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6973;QD=58.483;RBI=0.0287558;REFB=-0.116722;REVB=-0.0183798;RO=2;SAF=33;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416352;STB=0.502199;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00404205;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:47:33:1:1:47:33:1:1 chr8 7215694 . A G 137.85 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0282177;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0903;QD=7.16105;RBI=0.0285729;REFB=-0.00437642;REVB=0.00449174;RO=56;SAF=8;SAR=12;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185779;STB=0.606112;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0166352;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:56:57:20:20:0.25974:12:8:31:25:12:8:31:26 chr8 7217172 . G A 33.82 PASS AF=0.0722892;AO=12;DP=167;FAO=12;FDP=166;FR=.;FRO=154;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=-0.0403624;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.787;QD=0.814986;RBI=0.0410791;REFB=-8.75195e-05;REVB=-0.00763977;RO=154;SAF=4;SAR=8;SRF=79;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196435;STB=0.666389;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000785226;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:167:166:154:154:12:12:0.0722892:8:4:79:75:8:4:79:75 chr8 7218632 . C T 145.04 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0142027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1387;QD=5.52545;RBI=0.0589805;REFB=0.00403637;REVB=-0.0572449;RO=81;SAF=15;SAR=8;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141974;STB=0.58434;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0169924;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:82:23:23:0.219048:8:15:44:37:8:15:45:37 chr8 7308386 . T C 182.9 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0282672;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6876;QD=9.62623;RBI=0.0377301;REFB=-0.00802028;REVB=0.0249906;RO=51;SAF=12;SAR=12;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340314;STB=0.526294;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0219083;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:51:52:24:24:0.315789:12:12:27:24:12:12:28:24 chr8 7308729 . G C 522.97 PASS AF=0.322275;AO=68;DP=214;FAO=68;FDP=211;FR=.;FRO=143;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=70;FSRR=73;FWDB=0.0595062;FXX=0.014018;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.475;QD=9.91407;RBI=0.0595063;REFB=-0.00779796;REVB=0.000113083;RO=142;SAF=31;SAR=37;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353839;STB=0.52287;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0175384;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:211:142:143:68:68:0.322275:37:31:69:73:37:31:70:73 chr8 8098577 . G A 841.09 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.349;QD=57.0233;RBI=0.0166276;REFB=0;REVB=-0.0110373;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615281;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr8 8099618 . T C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0513449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.534;QD=2.3512;RBI=0.0524477;REFB=-0.00845588;REVB=-0.0106983;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228585;STB=0.674422;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0407653;OID=.;OPOS=8099618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:25:22:4:2:25:22 chr8 8176221 . C T 307.55 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00798329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.466;QD=34.1717;RBI=0.0139506;REFB=-0.0356307;REVB=-0.0114406;RO=10;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508327;STB=0.527756;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0130173;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:13:13:6:4:13:13:6:4 chr8 8176554 . C T 872.5 PASS AF=0.598485;AO=78;DP=131;FAO=79;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0180704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.222;QD=26.4392;RBI=0.0197382;REFB=-0.0311839;REVB=0.0079408;RO=53;SAF=33;SAR=45;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828864;STB=0.506686;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0184067;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:53:53:78:79:0.598485:45:33:23:30:46:33:23:30 chr8 8234077 . G C 48.04 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0676866;FXX=0.11107;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6593;QD=8.00644;RBI=0.108735;REFB=-0.0137003;REVB=0.0850988;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169726;STB=0.555391;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0388268;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:27:24:19:17:7:7:0.291667:5:2:8:11:5:2:6:11 chr8 8234218 . CG TA 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0288467;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.627;QD=6.31776;RBI=0.0288478;REFB=0.00365769;REVB=-0.000245765;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369839;STB=0.737857;STBP=0.15;TYPE=mnp;VARB=-0.0138142;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:11:14:2:6:11:14 chr8 8234714 . C T 74.22 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0151205;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.63;QD=9.27807;RBI=0.0177351;REFB=0.00233632;REVB=-0.00926859;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179247;STB=0.562377;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00628388;OID=.;OPOS=8234714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:33:32:18:22:10:10:0.3125:5:5:12:6:5:5:13:9 chr8 8439879 . A G 206.83 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.044914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8791;QD=29.5477;RBI=0.0651902;REFB=-0.0374639;REVB=-0.0472493;RO=8;SAF=17;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498633;STB=0.728305;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0216946;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:19:20:0.714286:2:17:2:6:3:17:2:6 chr8 8643582 . C G 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3728;QD=56.9324;RBI=0.0554952;REFB=0;REVB=0.00296794;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000613975;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr8 8747894 . A G 860.95 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0701;QD=55.5454;RBI=0.0935776;REFB=-0.113354;REVB=0.0193459;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00276681;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:31:29:1:0:31:30:0:1 chr8 8819186 . T A 261.92 PASS AF=0.330097;AO=33;DP=102;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.00332836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.369;QD=10.1715;RBI=0.0126879;REFB=-0.00791245;REVB=-0.0122435;RO=69;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634296;STB=0.545217;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0158602;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:69:69:33:34:0.330097:19:14:33:36:20:14:33:36 chr8 8860620 . T C 145.8 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0283015;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.241;QD=7.19979;RBI=0.0336919;REFB=-0.0237272;REVB=-0.0182803;RO=61;SAF=13;SAR=8;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118026;STB=0.577356;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0692284;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:61:60:21:21:0.259259:8:13:32:29:8:13:31:29 chr8 8887542 . TAAC T 102.91 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0013763;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=3;MLLD=272.531;QD=5.34583;RBI=0.00170222;REFB=-0.00196367;REVB=0.00100167;RO=52;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121418;STB=0.538972;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.00462407;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:22:79:22:77:55:10:12:28:27:99:52:10:12:29:23 chr8 9145082 . T C 208.38 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0115503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.546;QD=11.418;RBI=0.0189549;REFB=-0.0131325;REVB=0.0150293;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121521;STB=0.569959;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0271313;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:15:11:15:32:15:11:15:32 chr8 9414049 . G A 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.000804147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.761;QD=11.5945;RBI=0.0175784;REFB=-0.0200388;REVB=-0.01756;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187816;STB=0.609594;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0336294;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:17:4:4:8:17:4 chr8 9414159 . G C 92.99 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=0.0128145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.49;QD=9.53783;RBI=0.0133906;REFB=-0.00786742;REVB=0.00388561;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512138;STB=0.787;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0136015;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:2:10:26:0:2:10:27:0 chr8 9414237 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0012238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.789;QD=8.51167;RBI=0.0038027;REFB=0.00210764;REVB=-0.0036004;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00585927;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:14:10:5:5:14:10 chr8 9414503 . T C 93.0 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0796179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7882;QD=9.5386;RBI=0.0871709;REFB=0.0206063;REVB=0.0354932;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211317;STB=0.512799;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0364164;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:14:13:6:6:14:13 chr8 9415168 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.678;QD=57.3858;RBI=0.031434;REFB=0;REVB=0.00164052;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67701e-05;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:1:0:56:57:1:25:31:1:0:25:32:0:0 chr8 9415390 . G A 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0119479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.854;QD=7.86748;RBI=0.0145687;REFB=-0.00509545;REVB=-0.00833623;RO=61;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197655;STB=0.618942;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0152532;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:8:15:30:31:8:15:30:31 chr8 9416258 . G C 215.97 PASS AF=0.438596;AO=26;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0250682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.765;QD=15.1561;RBI=0.0379704;REFB=-0.0109178;REVB=-0.028519;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726166;STB=0.519298;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0143378;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:26:25:0.438596:12:14:19:12:11:14:19:13 chr8 9564437 . A G 460.07 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00627965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.799;QD=26.6706;RBI=0.0109288;REFB=0.00340279;REVB=0.00894458;RO=26;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242168;STB=0.513207;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00172686;OID=.;OPOS=9564437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:18:25:16:10:18:25:16:10 chr8 9577940 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.214;QD=56.9377;RBI=0.0144084;REFB=0;REVB=-0.00942113;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67524e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 9734267 . A C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.905;QD=41.8679;RBI=0.0228393;REFB=0.0460327;REVB=0.0189498;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000714735;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:14:15:0.9375:3:11:0:0:4:11:0:1 chr8 9734284 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.539;QD=39.2068;RBI=0.0229912;REFB=0;REVB=0.0217382;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394893;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr8 10285825 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.819;QD=45.8068;RBI=0.0593407;REFB=0;REVB=-0.0271284;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146895;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr8 10383138 . G A 304.19 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0168427;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.614;QD=22.1231;RBI=0.0168885;REFB=-0.0182283;REVB=-0.00124315;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472044;STB=0.533947;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0156468;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:24:31:31:0.563636:17:14:9:14:17:14:9:15 chr8 10390452 . C T 226.76 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.000811508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.83;QD=9.25546;RBI=0.0430343;REFB=-0.0167417;REVB=-0.0430266;RO=67;SAF=16;SAR=13;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912724;STB=0.551367;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0313695;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:69:29:29:0.295918:13:16:42:25:13:16:43:26 chr8 10396054 . A C 260.68 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.04002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2673;QD=12.2674;RBI=0.0570195;REFB=-0.00990693;REVB=-0.0406155;RO=52;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289554;STB=0.682422;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0113956;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:52:54:30:31:0.364706:10:20:21:31:10:21:21:33 chr8 10464885 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.983;QD=62.6711;RBI=0.0436903;REFB=0;REVB=0.0291612;RO=0;SAF=36;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187436;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:8:36:0:0:8:36:0:0 chr8 10467207 . C A 2239.66 PASS AF=0.993007;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488058;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7619;QD=62.6478;RBI=0.116024;REFB=0.0358131;REVB=0.10526;RO=1;SAF=91;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980147;STB=0.50495;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000181067;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:140:143:1:1:139:142:0.993007:48:91:0:1:50:92:0:1 chr8 10468172 . G A 65.13 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00730838;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.069;QD=6.6801;RBI=0.00979561;REFB=0.00135441;REVB=-0.0065224;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439041;STB=0.528238;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000388207;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:39:39:30:30:9:9:0.230769:3:6:19:11:3:6:19:11 chr8 10469282 . TGGGGG GTGGGG,TGGGG,TGGGGC 48.55 PASS AF=0,0.311475,0;AO=3,14,4;DP=60;FAO=0,19,0;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=0,11,0;FSAR=0,8,0;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0351744,0.163152,0.16139;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=26.6012,10.1849,22.6464;QD=3.18373;RBI=0.252371,0.286893,0.219151;REFB=-0.0143088,-0.105505,-0.0794356;REVB=-0.249908,-0.235985,-0.148259;RO=32;SAF=1,7,0;SAR=2,7,4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.540541,0;SSSB=-0.356087,-0.21883,-0.679734;STB=0.5,0.505295,0.5;STBP=1,0.963,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.127479,0.095287;OID=.,.,.;OPOS=10469282,10469283,10469287;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,C;OMAPALT=GTGGGG,TGGGG,TGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:60:61:32:42:3,14,4:0,19,0:0,0.311475,0:2,7,4:1,7,0:22:10:0,8,0:0,11,0:24:18 chr8 10474042 . T G 211.0 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.00693069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.922;QD=9.92925;RBI=0.0268725;REFB=-0.0192968;REVB=-0.0259634;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281386;STB=0.663153;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0514742;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:12:15:18:40:12:15:18:40 chr8 10480211 . T C 218.06 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0236642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.135;QD=11.477;RBI=0.0282229;REFB=-0.0156637;REVB=0.0153797;RO=49;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222628;STB=0.627499;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0203162;OID=.;OPOS=10480211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:13:14:35:14:13:14:35:14 chr8 10480295 . T TG 156.7 PASS AF=0.6;AO=25;DP=48;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0440696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.717;QD=13.9287;RBI=0.0833908;REFB=0.028142;REVB=-0.0707947;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107666;STB=0.54835;STBP=0.44;TYPE=ins;VARB=-0.0247841;OID=.;OPOS=10480296;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:25:48:27:45:18:18:9:10:8:93:23:17:8:13:10 chr8 10530218 . C T 428.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1084;QD=57.1552;RBI=0.0476453;REFB=0;REVB=0.00422678;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795702;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr8 10920326 . C T 682.38 PASS AF=0.601852;AO=63;DP=106;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0695359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4898;QD=25.2734;RBI=0.0701132;REFB=-0.0159974;REVB=0.00897893;RO=42;SAF=32;SAR=31;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117082;STB=0.560705;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00853682;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:42:43:63:65:0.601852:31:32:28:14:31:34:29:14 chr8 11162496 . A C 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7721;QD=59.4981;RBI=0.0163427;REFB=0;REVB=-0.00827382;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03267e-05;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr8 11184937 . G A 1725.12 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783792;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3053;QD=60.5307;RBI=0.0236199;REFB=0;REVB=0.0222815;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202301;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:42:69:0:0:44:70:0:0 chr8 11188743 . C T 894.16 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200571;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.338;QD=56.7722;RBI=0.0375187;REFB=-0.173168;REVB=0.0317076;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.506491;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00214862;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:24:38:1:0:24:38:1:0 chr8 11188752 . G A 700.83 PASS AF=0.885246;AO=54;DP=61;FAO=54;FDP=61;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0247179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.223;QD=45.9559;RBI=0.071698;REFB=-0.184706;REVB=0.0673025;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294362;STB=0.53353;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00479343;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:61:61:2:7:54:54:0.885246:23:31:2:0:23:31:6:1 chr8 11189316 . G C 414.18 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.122;QD=55.2234;RBI=0.0859814;REFB=0;REVB=0.0546333;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701649;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:14:15:0:1:15:15:0:0 chr8 11189488 . T C 1568.28 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.705;QD=64.0115;RBI=0.0376031;REFB=0;REVB=0.00293001;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22116e-05;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr8 11189535 . T C 633.52 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2253;QD=60.3353;RBI=0.101475;REFB=0;REVB=0.0919798;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521126;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr8 11204165 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.028;QD=52.6132;RBI=0.078111;REFB=0;REVB=-0.0479102;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180503;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr8 11204184 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.212;QD=55.0987;RBI=0.0177674;REFB=0;REVB=-0.00105842;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38087e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr8 11280851 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0124621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.507;QD=11.3359;RBI=0.0128664;REFB=-0.010794;REVB=0.00320013;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0138235;OID=.;OPOS=11280851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:12:12:21:21:12:12:22:21 chr8 11281963 . G A 604.99 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=86;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00145755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2827;QD=27.4994;RBI=0.0903049;REFB=-0.0827478;REVB=0.0902932;RO=32;SAF=30;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809915;STB=0.525707;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0569999;OID=.;OPOS=11281963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:32:34:54:54:0.613636:24:30:14:18:25:29:16:18 chr8 11301753 . A C 5064.92 PASS AF=1;AO=321;DP=322;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314346;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.756;QD=63.1142;RBI=0.0318244;REFB=0;REVB=-0.00496542;RO=0;SAF=181;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62872e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:322:321:0:0:321:321:1:140:181:0:0:140:181:0:0 chr8 11414237 . T C 1225.53 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9861;QD=61.2767;RBI=0.0609676;REFB=0;REVB=0.0135394;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347372;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chr8 11418385 . G A 976.26 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871912;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.785;QD=59.1674;RBI=0.0332046;REFB=0;REVB=0.0320394;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5161e-06;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr8 11418773 . C T 1368.33 PASS AF=0.957895;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0860771;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.0988;QD=57.6139;RBI=0.0876091;REFB=-0.0839052;REVB=0.0163119;RO=4;SAF=40;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415689;STB=0.50258;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00497102;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:93:95:4:4:89:91:0.957895:49:40:2:2:51:40:2:2 chr8 11421793 . C T 1406.76 PASS AF=1;AO=89;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.773;QD=59.2319;RBI=0.21824;REFB=-0.185969;REVB=0.218235;RO=6;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749461;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:6:0:89:95:1:28:61:0:6:34:61:0:0 chr8 11618998 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0102267;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.991;QD=23.2195;RBI=0.0606481;REFB=-0.111077;REVB=0.0597797;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00319247;OID=.;OPOS=11618998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr8 11619261 . T A 1055.99 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0955;QD=59.4922;RBI=0.153056;REFB=0;REVB=0.148043;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149841;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:35:36:0:0 chr8 11619819 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.91;QD=50.4125;RBI=0.0303304;REFB=0;REVB=-0.0193388;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.249e-05;OID=.;OPOS=11619819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 11620055 . A AAC 51.53 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0478619;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.5577;QD=18.7396;RBI=0.0478619;REFB=-0.222518;REVB=0;RO=3;SAF=7;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.178126;OID=.;OPOS=11620056;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:7:11:7:11:4:7:0:4:0:21:3:7:0:3:0 chr8 11620769 . T C 2677.65 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.913;QD=62.2709;RBI=0.0274927;REFB=0;REVB=0.0209477;RO=0;SAF=97;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54448e-05;OID=.;OPOS=11620769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:75:97:0:0:75:97:0:0 chr8 11621351 . C G 497.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8898;QD=58.4938;RBI=0.0421831;REFB=0;REVB=-0.0327825;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45493e-05;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:34:0:0:30:34:1:14:16:0:0:14:20:0:0 chr8 11637276 . G A 820.25 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334062;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.504;QD=57.5614;RBI=0.0663312;REFB=0;REVB=0.0573049;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493862;OID=.;OPOS=11637276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr8 11643553 . G T 398.7 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0248006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.637;QD=20.9842;RBI=0.0277454;REFB=-0.0285461;REVB=-0.0124394;RO=35;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643173;STB=0.547921;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0325949;OID=.;OPOS=11643553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:35:36:39:40:0.526316:24:15:16:19:25:15:17:19 chr8 11683653 . T C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000222124;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=372.236;QD=60.7162;RBI=0.00499144;REFB=0;REVB=-0.00498649;RO=0;SAF=14;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37012e-06;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:62:14:0:0:62:14:0:0 chr8 11689119 . G C 1568.3 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.236;QD=64.0122;RBI=0.037704;REFB=0;REVB=0.00853044;RO=0;SAF=44;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40252e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020373;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:54:44:0:0:54:44:0:0 chr8 11701842 . A C 1133.62 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6655;QD=60.4596;RBI=0.0470011;REFB=0;REVB=0.0469794;RO=0;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390589;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:20:55:0:0:20:55:0:0 chr8 11702542 . T C 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.582;QD=58.7786;RBI=0.043101;REFB=0;REVB=0.0200706;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41759e-05;OID=.;OPOS=11702542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr8 11793447 . T C 1543.41 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117473;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0762;QD=59.9383;RBI=0.118049;REFB=0;REVB=0.011641;RO=0;SAF=31;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13145e-05;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:103:103:1:72:31:0:0:72:31:0:0 chr8 11832079 . A G 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00105108;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.976;QD=56.948;RBI=0.0238321;REFB=-0.0751258;REVB=0.0238089;RO=1;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170248;STB=0.509086;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000387127;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:9:27:1:0:9:27:1:0 chr8 11872239 . C A 580.11 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112633;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4721;QD=61.0638;RBI=0.118818;REFB=0;REVB=0.0378339;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201701;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr8 11995062 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.546;QD=45.8068;RBI=0.0507996;REFB=0;REVB=0.0322684;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793801;OID=.;OPOS=11995062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 11995274 . G A 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.132;QD=55.0758;RBI=0.00753906;REFB=0;REVB=0.00744602;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75382e-05;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr8 12042880 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0137417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.369;QD=15.2589;RBI=0.0213429;REFB=0.00659572;REVB=0.0163305;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.033831;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr8 12285132 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.467;QD=39.2068;RBI=0.0522575;REFB=0;REVB=0.0438301;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005383;OID=.;OPOS=12285132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr8 12516729 . T G 485.92 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184391;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6006;QD=58.8991;RBI=0.0477764;REFB=0;REVB=0.0440747;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139735;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr8 12516857 . T C 1268.77 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1116;QD=61.1455;RBI=0.0394057;REFB=0;REVB=0.00788441;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228777;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:29:52:0:0:31:52:0:0 chr8 12580049 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.809;QD=44.6898;RBI=0.0863515;REFB=0;REVB=-0.0425418;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410661;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr8 12809667 . A T 4950.02 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380864;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.181;QD=62.6585;RBI=0.0381962;REFB=-0.103569;REVB=0.0380058;RO=1;SAF=178;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199996;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:317:316:1:0:316:316:1:138:178:0:1:138:178:0:0 chr8 12809691 . A G 2064.08 PASS AF=0.586957;AO=187;DP=325;FAO=189;FDP=322;FR=.;FRO=133;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=0.0462281;FXX=0.0122696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.504;QD=25.6407;RBI=0.0467531;REFB=-0.0265447;REVB=0.00698679;RO=132;SAF=99;SAR=88;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181519;STB=0.511324;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0178815;OID=.;OPOS=12809691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:322:132:133:187:189:0.586957:88:99:73:59:89:100:74:59 chr8 12809700 . G A 4839.57 PASS AF=0.978261;AO=315;DP=322;FAO=315;FDP=322;FR=.;FRO=7;FSAF=166;FSAR=149;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0135551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.809;QD=60.1189;RBI=0.0484905;REFB=-0.0163164;REVB=0.0465574;RO=7;SAF=166;SAR=149;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196845;STB=0.510324;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000969345;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:322:322:7:7:315:315:0.978261:149:166:7:0:149:166:7:0 chr8 12878637 . A C,G 694.27 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,43;DP=45;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0061291,0.00670531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.758,56.4154;QD=61.7132;RBI=0.00632255,0.0784519;REFB=0,0;REVB=0.00155203,0.0781649;RO=0;SAF=1,19;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.221633,-0.00838418;OID=.,.;OPOS=12878637,12878637;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:45:45:0:0:2,43:2,43:0.0444444,0.955556:1,24:1,19:0:0:1,24:1,19:0:0 chr8 12878677 . T C 781.89 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.262;QD=56.8649;RBI=0.0387157;REFB=0;REVB=0.0249785;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53024e-05;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:37:16:0:0:37:18:0:0 chr8 12878807 . T G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.269;QD=61.8526;RBI=0.00930957;REFB=0;REVB=-0.00776743;RO=0;SAF=25;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66445e-06;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:58:25:0:0:58:25:0:0 chr8 12879062 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.552;QD=60.2307;RBI=0.0304346;REFB=0;REVB=0.018671;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010103;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr8 12879099 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00158012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.356;QD=57.2344;RBI=0.0100097;REFB=0.0330115;REVB=-0.00988423;RO=1;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209893;STB=0.511108;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000592778;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:22:44:0:1:22:44:0:1 chr8 12879334 . T C 490.9 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6119;QD=56.1026;RBI=0.125367;REFB=-0.120512;REVB=0.0794596;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760386;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:0:34:35:1:19:15:0:1:20:15:0:0 chr8 12887172 . A G 184.87 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.052896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3667;QD=8.80322;RBI=0.0566195;REFB=-0.00654878;REVB=0.0201937;RO=57;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132247;STB=0.508096;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00838279;OID=.;OPOS=12887172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:59:25:25:0.297619:12:13:29:28:12:13:30:29 chr8 12888908 . T G 155.42 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0555139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.451;QD=15.163;RBI=0.0561632;REFB=-0.0156257;REVB=-0.00851489;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194869;STB=0.612768;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.014996;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:13:11:11:6:13:11 chr8 12941709 . C A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0147631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.962;QD=13.4559;RBI=0.018532;REFB=-0.00723566;REVB=-0.011202;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0130353;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:9:6:4:7:9:6 chr8 12957475 . C T 433.66 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.000396054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.846;QD=23.4413;RBI=0.0183101;REFB=-0.0143238;REVB=-0.0183058;RO=31;SAF=23;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768406;STB=0.547815;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0148169;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:32:42:42:0.567568:19:23:20:11:19:23:21:11 chr8 12958025 . C A 44.27 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0466311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0671;QD=6.81096;RBI=0.0524005;REFB=-0.0219634;REVB=-0.023903;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337669;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0571112;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:1:6:16:3:1:6:16:3 chr8 13072177 . C T 988.88 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.1;QD=59.0377;RBI=0.0397983;REFB=0;REVB=0.0396146;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78325e-05;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:20:45:0:0:21:46:0:0 chr8 13356802 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3223;QD=54.5157;RBI=0.0504215;REFB=0;REVB=0.0461826;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118964;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr8 13356818 . TT CG 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212383;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=330.816;QD=53.9112;RBI=0.0278557;REFB=0;REVB=0.0180243;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000111577;OID=.;OPOS=13356818;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr8 13357340 . G C 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.804;QD=58.418;RBI=0.0211189;REFB=0;REVB=-0.016893;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76522e-05;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr8 13424583 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.888;QD=57.7124;RBI=0.0404203;REFB=0;REVB=0.0325247;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23631e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr8 13424866 . G C 109.39 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0105105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.275;QD=24.3087;RBI=0.0328085;REFB=-0.0266078;REVB=0.0310793;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157187;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00746674;OID=.;OPOS=13424866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:5:6:12:12:0.666667:6:6:1:4:6:6:2:4 chr8 13425353 . T A 489.86 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00949381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.431;QD=55.9838;RBI=0.0543129;REFB=-0.115465;REVB=-0.0534767;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00591621;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr8 15095085 . C G 569.55 PASS AF=0.6375;AO=51;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0117668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0085;QD=28.4776;RBI=0.0373475;REFB=-0.076703;REVB=0.0354454;RO=26;SAF=34;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895048;STB=0.532097;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0606691;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:29:51:51:0.6375:17:34:17:9:17:34:17:12 chr8 15978063 . C T 699.28 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00729106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.508;QD=54.8457;RBI=0.023541;REFB=-0.165409;REVB=0.0223835;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000381941;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr8 16012648 . G C 1343.33 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0550289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.634;QD=61.0604;RBI=0.0556429;REFB=-0.00280584;REVB=-0.00824312;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.7114e-05;OID=.;OPOS=16012648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:0:1:87:87:0.988636:38:49:0:0:38:49:1:0 chr8 16043667 . C T 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0081625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.972;QD=9.25745;RBI=0.168751;REFB=-0.0122612;REVB=-0.168554;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318776;STB=0.728732;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0263368;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:26:28:12:12:0.3:2:10:16:10:2:10:16:12 chr8 16043686 . G C 152.07 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0400835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.056;QD=13.517;RBI=0.0417146;REFB=-0.0220089;REVB=0.0115507;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240483;STB=0.641795;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0983361;OID=.;OPOS=16043686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:4:13:16:12:4:13:16:12 chr8 16927250 . A C 178.19 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0474081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.654;QD=8.79941;RBI=0.0499199;REFB=-0.00600138;REVB=-0.0156355;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186828;STB=0.608254;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0175606;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:57:24:24:0.296296:11:13:21:34:11:13:22:35 chr8 16939284 . G A 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0106949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7751;QD=16.4186;RBI=0.0151849;REFB=0.0349599;REVB=0.0107796;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220165;STB=0.63619;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.024591;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:6:8:12:3:6:8:13:3 chr8 16939298 . AC ACA,CA 97.59 PASS AF=0.407407,0.037037;AO=10,2;DP=29;FAO=11,1;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7,1;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0154264,-0.0124309;FXX=0.0357015;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=172.354,173.165;QD=14.4577;RBI=0.0171374,0.0152333;REFB=0.00688836,0.00567216;REVB=-0.00746443,-0.008805;RO=16;SAF=6,2;SAR=4,0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.246387,0.433373;STB=0.607823,0.984143;STBP=0.412,0.533;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00573005,0.0243666;OID=.,.;OPOS=16939300,16939298;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:27:16:15:10,2:11,1:0.407407,0.037037:4,0:6,2:13:3:4,0:7,1:12:3 chr8 17079358 . A G 443.1 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237221;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.825;QD=57.1747;RBI=0.0313659;REFB=0;REVB=0.0205204;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373828;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr8 17092164 . G T 1508.26 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5823;QD=59.7331;RBI=0.00330394;REFB=0;REVB=-0.00290617;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51896e-06;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:49:52:0:0 chr8 17125768 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.212;QD=50.4096;RBI=0.0558848;REFB=0;REVB=-0.0265574;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028834;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr8 17142065 . C T 464.05 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.155;QD=58.0068;RBI=0.0360051;REFB=0;REVB=0.0277545;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114622;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr8 17157259 . G A 920.45 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.789;QD=58.4412;RBI=0.0225935;REFB=0;REVB=0.0140993;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50055e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr8 17206588 . G A 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000491149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.723;QD=22.1656;RBI=0.00301561;REFB=-0.0158629;REVB=-0.00297535;RO=44;SAF=28;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423546;STB=0.523355;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0152916;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:21:28:23:21:21:28:23:21 chr8 17230644 . G C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00049728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.897;QD=58.032;RBI=0.00850486;REFB=0.0360792;REVB=0.00849031;RO=1;SAF=41;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-4.41137e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:29:41:1:0:29:41:1:0 chr8 17270759 . C T 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0609858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.911;QD=6.07085;RBI=0.0965721;REFB=-0.0275629;REVB=-0.0748792;RO=46;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421835;STB=0.526279;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0892326;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:9:5:15:31:9:5:15:31 chr8 17270770 . T C 84.87 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00782883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7586;QD=5.9556;RBI=0.0445538;REFB=-0.023249;REVB=-0.0438606;RO=44;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177698;STB=0.511165;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0506589;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:57:44:44:13:13:0.22807:9:4:13:31:9:4:13:31 chr8 17270787 . A G 803.78 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429539;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.131;QD=57.4128;RBI=0.0430935;REFB=0;REVB=-0.00346511;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25518e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr8 17412140 . G C 1713.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.697;QD=60.6445;RBI=0.023492;REFB=0;REVB=-0.000841316;RO=0;SAF=63;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10327e-05;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:50:63:0:0:50:63:0:0 chr8 17415862 . A C 482.92 PASS AF=0.704918;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0069471;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.995;QD=31.6667;RBI=0.0257053;REFB=-0.0601012;REVB=0.0247487;RO=18;SAF=12;SAR=30;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676116;STB=0.529553;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0235165;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:42:43:0.704918:30:12:7:11:30:13:7:11 chr8 17424920 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.954;QD=56.187;RBI=0.0190804;REFB=0;REVB=-0.00282625;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87488e-05;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr8 17425296 . C T 290.1 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00037287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.895;QD=11.7212;RBI=0.0271744;REFB=-0.0176818;REVB=-0.0271719;RO=64;SAF=25;SAR=8;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253637;STB=0.623658;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0349301;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:64:65:33:34:0.343434:8:25:36:28:9:25:37:28 chr8 17486282 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.745;QD=58.5752;RBI=0.0818924;REFB=0;REVB=0.0154608;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610817;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr8 17502900 . CTGATTGATTGATT CTGATTGATT,CTGATTGATTG 482.98 PASS AF=0.470588,0.529412;AO=14,15;DP=34;FAO=16,18;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,12;FSAR=4,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169375,0.0222678;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=234.631,240.636;QD=56.8214;RBI=0.0193702,0.0246831;REFB=0,0;REVB=-0.00939816,-0.0106489;RO=0;SAF=10,10;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00794675,0.0117976;OID=.,.;OPOS=17502901,17502911;OREF=TGAT,ATT;OALT=-,-;OMAPALT=CTGATTGATT,CTGATTGATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.470588,0.529412:14,15:34:16,18:34:0:12,12:4,6:0:0:99:0:10,10:4,5:0:0 chr8 17503125 . C T 629.06 PASS AF=0.581633;AO=58;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0377994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.6964;QD=25.6758;RBI=0.0384527;REFB=0.00589127;REVB=-0.00705803;RO=37;SAF=30;SAR=28;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606385;STB=0.539328;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00372102;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:41:58:57:0.581633:28:30:16:21:28:29:17:24 chr8 17503205 . G A 509.79 PASS AF=0.61039;AO=45;DP=75;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00606223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.138;QD=26.4825;RBI=0.0113848;REFB=0.0149886;REVB=-0.0096366;RO=26;SAF=22;SAR=23;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174892;STB=0.579564;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00475748;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:26:30:45:47:0.61039:23:22:6:20:25:22:8:22 chr8 17503270 . GT CT,TG 163.15 PASS AF=0.435897,0;AO=15,2;DP=39;FAO=17,0;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=14,0;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0863827,-0.0441769;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=71.8977,46.8276;QD=16.7332;RBI=0.0887823,0.172132;REFB=-0.0519166,-0.0214553;REVB=0.0205015,-0.166366;RO=18;SAF=3,0;SAR=12,2;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0513058,-0.413769;STB=0.525395,0.5;STBP=0.85,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0932759,0;OID=.,.;OPOS=17503270,17503270;OREF=G,GT;OALT=C,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:15,2:17,0:0.435897,0:12,2:3,0:3:15:14,0:3,0:3:17 chr8 17503501 . G A 791.58 PASS AF=0.456044;AO=83;DP=182;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=0.0025326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.577;QD=17.3972;RBI=0.0246935;REFB=-0.00701813;REVB=0.0245633;RO=96;SAF=44;SAR=39;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392838;STB=0.530113;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00745909;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:96:99:83:83:0.456044:39:44:47:49:39:44:47:52 chr8 17513414 . G A 356.28 PASS AF=0.28655;AO=48;DP=174;FAO=49;FDP=171;FR=.;FRO=122;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00512792;FXX=0.0228558;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.763;QD=8.334;RBI=0.00746199;REFB=-0.0175445;REVB=0.00542085;RO=119;SAF=29;SAR=19;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720504;STB=0.540457;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0300148;OID=.;OPOS=17513414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:171:119:122:48:49:0.28655:19:29:65:54:19:30:68:54 chr8 17541957 . C T 147.77 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0823185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5759;QD=8.82198;RBI=0.0985596;REFB=-0.00983036;REVB=-0.0542002;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215393;STB=0.5111;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0235854;OID=.;OPOS=17541957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:46:20:21:0.313433:7:13:30:15:7:14:30:16 chr8 17581155 . C T 620.25 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0086452;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.941;QD=25.3164;RBI=0.00914609;REFB=-0.00608497;REVB=-0.00298521;RO=40;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954429;STB=0.551002;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00507512;OID=.;OPOS=17581155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:42:56:56:0.571429:28:28:15:25:28:28:16:26 chr8 17611959 . T G 1008.62 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.425;QD=59.3306;RBI=0.0445998;REFB=0;REVB=0.0327938;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60187e-05;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:29:38:0:0:29:39:0:0 chr8 17739538 . T C 306.7 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.012738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3048;QD=28.5304;RBI=0.025997;REFB=-0.040915;REVB=0.0226625;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155061;STB=0.576274;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0440496;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:26:27:0.627907:14:12:11:5:14:13:11:5 chr8 17743020 . G A 391.13 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0630702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.446;QD=27.4476;RBI=0.063079;REFB=-0.0132479;REVB=0.00105174;RO=20;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122036;STB=0.566536;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00346843;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:20:17:13:7:20:17:13:7 chr8 17796382 . ACC AGT,GTC 214.72 PASS AF=0.0350877,0.385965;AO=2,22;DP=56;FAO=2,22;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1,9;FSAR=1,13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00582201,-0.00538517;FXX=0;HRUN=6,3;LEN=2,2;MLLD=181.851,200.773;QD=15.0683;RBI=0.00740841,0.00650507;REFB=-0.0156191,-0.0163758;REVB=0.00458134,-0.00364909;RO=27;SAF=1,9;SAR=1,13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0507908,-0.0351417;STB=0.545007,0.52546;STBP=0.863,0.794;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0100492,0.0202571;OID=.,.;OPOS=17796383,17796382;OREF=CC,AC;OALT=GT,GT;OMAPALT=AGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:57:27:31:2,22:2,22:0.0350877,0.385965:1,13:1,9:12:15:1,13:1,9:14:17 chr8 17814915 . A G 287.21 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000676744;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.856;QD=23.9338;RBI=0.0387719;REFB=0.00457183;REVB=0.038766;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578887;STB=0.503223;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00257768;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:12:10:12:14:12:10 chr8 17817553 . G T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0112922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.185;QD=21.5108;RBI=0.0179256;REFB=-0.0185766;REVB=0.0139216;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920302;STB=0.551668;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0159342;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:10:5:8:10:10:5 chr8 17820714 . A T 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0149758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0389;QD=16.0276;RBI=0.0480806;REFB=-0.0127905;REVB=0.0456888;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980391;STB=0.555511;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0200993;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:15:10:15:15:15:10:15:15 chr8 17885406 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0537652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.719;QD=14.0438;RBI=0.0575077;REFB=0.00284775;REVB=0.0204067;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554117;STB=0.832095;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00579762;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:4:0:4:1:4:0 chr8 17918934 . A G 5092.61 PASS AF=1;AO=320;DP=323;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688413;FXX=0.0121947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4194;QD=62.8717;RBI=0.0830007;REFB=-0.0782681;REVB=0.0463679;RO=3;SAF=159;SAR=161;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464582;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:323:324:3:0:320:324:1:161:159:2:1:164:160:0:0 chr8 17928811 . C T 673.66 PASS AF=0.602041;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0296335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5348;QD=27.4963;RBI=0.0304719;REFB=-0.0128485;REVB=-0.0070991;RO=39;SAF=32;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028452;STB=0.512311;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00884785;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:58:59:0.602041:26:32:23:16:26:33:23:16 chr8 17930727 . G A 98.8 PASS AF=0.262295;AO=14;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0310155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.248;QD=6.47891;RBI=0.0336843;REFB=-0.00127557;REVB=-0.0131403;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196045;STB=0.664479;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0103932;OID=.;OPOS=17930727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:61:61:44:45:14:16:0.262295:7:7:15:29:7:9:15:30 chr8 17930734 . C A 117.58 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0205401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4377;QD=7.58574;RBI=0.0555518;REFB=-6.87159e-05;REVB=-0.051615;RO=44;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288837;STB=0.678703;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00229255;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:45:17:17:0.274194:7:10:15:29:7:10:15:30 chr8 17930772 . C T 88.97 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0123585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4639;QD=7.11751;RBI=0.0209422;REFB=-0.00522247;REVB=0.0169069;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348289;STB=0.713063;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0218672;OID=.;OPOS=17930772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:5:7:11:27:5:7:11:27 chr8 18077007 . G C 669.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.499;QD=62.308;RBI=0.0668198;REFB=0;REVB=0.0396681;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013048;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:32:10:0:0:32:11:0:0 chr8 18080644 . A T 198.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406608;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.825;QD=44.0974;RBI=0.0576107;REFB=0.0578601;REVB=0.0408128;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000129136;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr8 18080651 . A C 244.67 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.497;QD=48.9343;RBI=0.0347789;REFB=0;REVB=0.0155862;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023193;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:11:9:0:0 chr8 18080923 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2451;QD=60.7136;RBI=0.00210637;REFB=0;REVB=-0.000869141;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84499e-06;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr8 18258316 . G A 537.59 PASS AF=1;AO=24;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.248;QD=59.7322;RBI=0.0719273;REFB=0;REVB=0.0320036;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182126;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:24:36:1:16:8:0:0:18:18:0:0 chr8 18388177 . T G 801.07 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260334;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9816;QD=56.2156;RBI=0.0587146;REFB=0;REVB=0.0526277;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760718;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:15:38:0:0:19:38:0:0 chr8 18388195 . CTTTTTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTTTTTTCT 199.89 PASS AF=1;AO=2;DP=32;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805785;FXX=0.242351;HRUN=15;LEN=2;MLLD=9.01089;QD=31.9828;RBI=0.0923536;REFB=0;REVB=-0.0451252;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00916061;OID=.;OPOS=18388210;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:32:25:25:0:25:0:0:0:3:2:2:0:2:0 chr8 18457957 . A G 798.87 PASS AF=0.972222;AO=52;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160932;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.9478;QD=44.3815;RBI=0.110472;REFB=-0.121128;REVB=0.109293;RO=4;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067131;STB=0.51351;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0062727;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:71:72:4:2:52:70:0.972222:26:26:0:4:34:36:2:0 chr8 18620570 . T C 412.64 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=68;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0483657;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6421;QD=24.6354;RBI=0.0589511;REFB=-0.0128809;REVB=-0.0337045;RO=26;SAF=15;SAR=24;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868719;STB=0.548756;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0112153;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:26:27:39:40:0.597015:24:15:13:13:24:16:14:13 chr8 18666236 . T A 625.55 PASS AF=0.57;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00518759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.434;QD=25.0218;RBI=0.0116824;REFB=-0.0219598;REVB=0.0104675;RO=43;SAF=33;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00645783;STB=0.506722;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0220601;OID=.;OPOS=18666236;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:43:43:56:57:0.57:23:33:25:18:23:34:25:18 chr8 18729459 . T C 336.8 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0214347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.76;QD=14.8042;RBI=0.0291711;REFB=-0.0340468;REVB=-0.0197865;RO=54;SAF=20;SAR=17;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949223;STB=0.553651;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0434734;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:17:20:34:20:17:20:34:20 chr8 18729496 . G A 162.39 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0138065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.601;QD=10.6485;RBI=0.0176568;REFB=-0.00541333;REVB=0.0110064;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287356;STB=0.53372;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00742668;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:9:11:23:17:10:11:23:17 chr8 18729816 . C CA 484.19 PASS AF=1;AO=5;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124431;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.688;QD=49.6609;RBI=0.125746;REFB=0;REVB=0.0181363;RO=35;SAF=2;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00189743;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:40:39:39:0:18:21:0:0:4:35:2:3:17:18 chr8 18729817 . GT AG 462.19 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.028008;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.893;QD=47.4042;RBI=0.0359332;REFB=-0.0513833;REVB=0.0225111;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169093;STB=0.509086;STBP=0.778;TYPE=mnp;VARB=0.00173314;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:2:3:18:16:2:3 chr8 19218745 . A G 156.37 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=17;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0510721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2356;QD=34.7487;RBI=0.0786615;REFB=-0.0332554;REVB=0.059827;RO=3;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118465;STB=0.559925;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.034265;OID=.;OPOS=19218745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:18:3:3:14:15:0.833333:10:4:0:3:11:4:0:3 chr8 19218766 . A G 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0327168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0726;QD=43.6798;RBI=0.0330749;REFB=0.00489392;REVB=0.00485379;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575947;STB=0.53122;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000509185;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:15:5:0:2:15:5:0:2 chr8 19221664 . G C 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00535816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.064;QD=32.5643;RBI=0.00611892;REFB=-0.0358496;REVB=-0.00295488;RO=16;SAF=16;SAR=16;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152838;STB=0.583283;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0144617;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:16:16:4:12:16:16:4:12 chr8 19252189 . G A 222.92 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0470511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.664;QD=18.9715;RBI=0.0473112;REFB=-0.012736;REVB=0.00495425;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123185;STB=0.580509;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0156712;OID=.;OPOS=19252189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:13:11:13:9:14:11 chr8 19316086 . G A 1003.49 PASS AF=0.603896;AO=92;DP=154;FAO=93;FDP=154;FR=.;FRO=61;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.00321408;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8323;QD=26.0648;RBI=0.050197;REFB=-0.030961;REVB=0.050094;RO=58;SAF=55;SAR=37;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170426;STB=0.508626;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0276608;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:58:61:92:93:0.603896:37:55:36:22:37:56:38:23 chr8 19362768 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.97;QD=57.0007;RBI=0.0178224;REFB=0;REVB=0.0118614;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71324e-05;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr8 19690804 . C T 116.9 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00951235;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.098;QD=11.1331;RBI=0.013591;REFB=-0.000714054;REVB=-0.00970721;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535208;STB=0.815705;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00263021;OID=.;OPOS=19690804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:28:28:14:14:0.333333:11:3:20:8:11:3:20:8 chr8 19819724 . C G 501.16 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0251629;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.64;QD=29.9201;RBI=0.0696388;REFB=-0.0257584;REVB=-0.0649337;RO=22;SAF=23;SAR=22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207987;STB=0.511283;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0108488;OID=.;OPOS=19819724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:22:22:45:45:0.671642:22:23:12:10:22:23:12:10 chr8 19822809 . GC GT,TG 300.21 PASS AF=0.44186,0;AO=14,2;DP=43;FAO=19,0;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=7,0;FSAR=12,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0393847,0.0420489;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=209.208,195.269;QD=27.9267;RBI=0.0418101,0.042804;REFB=-0.0144116,-0.0138257;REVB=-0.0140333,-0.00800444;RO=16;SAF=3,2;SAR=11,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359682,0.510523;STB=0.590672,0.5;STBP=0.254,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0250176,0;OID=.,.;OPOS=19822810,19822809;OREF=C,GC;OALT=T,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:14,2:19,0:0.44186,0:11,0:3,2:9:7:12,0:7,0:9:7 chr8 19824071 . A G 474.32 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=61;FSRR=26;FWDB=-0.00406023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.852;QD=13.4559;RBI=0.00584734;REFB=-0.012152;REVB=-0.00420784;RO=86;SAF=25;SAR=29;SRF=60;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252345;STB=0.644561;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.014851;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:86:87:54:54:0.382979:29:25:60:26:29:25:61:26 chr8 19824626 . C CTT 414.35 PASS AF=0.574468;AO=51;DP=96;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00716792;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=2;MLLD=40.2459;QD=17.6319;RBI=0.0413824;REFB=-0.0201658;REVB=-0.0407568;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911291;STB=0.533348;STBP=0.471;TYPE=ins;VARB=0.0139017;OID=.;OPOS=19824627;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574468:51:96:54:94:40:31:23:26:14:99:43:29:22:29:14 chr8 19824667 . C T 664.13 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00927606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.703;QD=27.9635;RBI=0.0103702;REFB=-0.0190038;REVB=0.00463635;RO=37;SAF=30;SAR=28;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361167;STB=0.519644;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0112394;OID=.;OPOS=19824667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:28:30:21:16:28:30:21:16 chr8 20036713 . A G 93.7 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0978226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.701;QD=5.679;RBI=0.098488;REFB=-0.00596884;REVB=0.0114291;RO=51;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194646;STB=0.512179;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0244499;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:66:66:51:51:15:15:0.227273:7:8:28:23:7:8:28:23 chr8 20038466 . T G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0612912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1764;QD=10.1733;RBI=0.0651539;REFB=-0.000100446;REVB=-0.0221002;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00292592;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr8 20054936 . CGGGGGA CGGGGA,CGGGGAG 44.98 PASS AF=0.22,0;AO=25,5;DP=100;FAO=22,0;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=54;FSRR=24;FWDB=0.0699536,0.00187739;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.9644,110.835;QD=1.79919;RBI=0.125209,0.1004;REFB=-0.0962621,-0.0066879;REVB=-0.103845,-0.100382;RO=57;SAF=11,1;SAR=14,4;SRF=48;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.466186,-0.645711;STB=0.617878,0.5;STBP=0.254,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.137804,0;OID=.,.;OPOS=20054937,20054941;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=CGGGGA,CGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22,0:25,5:100:22,0:100:78:12,0:10,0:54:24:46:57:11,1:14,4:48:9 chr8 20068163 . T G 1244.29 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.511;QD=61.4465;RBI=0.0787116;REFB=0;REVB=0.0278914;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110952;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr8 20103654 . G A 422.89 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0761569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1313;QD=33.8312;RBI=0.119165;REFB=-0.0349256;REVB=0.0916544;RO=16;SAF=20;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896896;STB=0.548897;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0198444;OID=.;OPOS=20103654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:14:20:7:9:14:20:7:9 chr8 20104905 . G T 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000130696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.717;QD=33.6875;RBI=0.0148737;REFB=-0.0265433;REVB=-0.0148731;RO=14;SAF=26;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230522;STB=0.6271;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0133179;OID=.;OPOS=20104905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:5:26:8:6:5:26:8:6 chr8 20107601 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0450969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.931;QD=15.8391;RBI=0.0455541;REFB=-0.0168993;REVB=0.00643811;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0150386;OID=.;OPOS=20107601;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr8 21456116 . G A 152.87 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00232475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.063;QD=10.3643;RBI=0.0128825;REFB=-0.00901233;REVB=0.012671;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184243;STB=0.608;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0118539;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:12:8:22:17:12:8:22:17 chr8 21640374 . C A 106.59 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0171359;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.441;QD=11.2195;RBI=0.0354385;REFB=-0.00198265;REVB=-0.0310202;RO=24;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141481;STB=0.605885;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0083364;OID=.;OPOS=21640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:25:13:13:0.342105:3:10:16:8:3:10:16:9 chr8 21766900 . G A 228.79 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.00763089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.429;QD=11.733;RBI=0.00795236;REFB=-0.00895772;REVB=0.00223823;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174657;STB=0.599933;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0166192;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:14:36:16:12:14:36 chr8 21769814 . G A 368.5 PASS AF=0.283333;AO=51;DP=180;FAO=51;FDP=180;FR=.;FRO=129;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=82;FSRR=47;FWDB=0.00275715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7366;QD=8.18879;RBI=0.0623602;REFB=-0.00987312;REVB=0.0622992;RO=126;SAF=34;SAR=17;SRF=81;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320279;STB=0.52458;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0274818;OID=.;OPOS=21769814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:126:129:51:51:0.283333:17:34:81:45:17:34:82:47 chr8 21827704 . C T 218.83 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0353795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.643;QD=28.2359;RBI=0.035489;REFB=0.00504895;REVB=0.00278652;RO=11;SAF=2;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504331;STB=0.71029;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00139629;OID=.;OPOS=21827704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:11:10:20:21:0.677419:18:2:7:4:18:3:6:4 chr8 21833965 . C T 339.98 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.819;QD=54.3963;RBI=0.0564866;REFB=0;REVB=-0.00109841;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430539;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr8 21846586 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.11;QD=59.0186;RBI=0.0433434;REFB=0;REVB=0.0430867;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149797;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr8 21862551 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4461;QD=57.6779;RBI=0.0547867;REFB=0;REVB=0.0483499;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110501;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr8 21927460 . C G 677.54 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.325;QD=56.462;RBI=0.0164323;REFB=-0.120398;REVB=-0.0113875;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000899632;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:0:3:45:45:0.9375:23:22:0:0:23:22:2:1 chr8 21939435 . C T 1363.55 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=101;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0649735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5443;QD=54.0021;RBI=0.0677706;REFB=-0.0664249;REVB=0.0192692;RO=4;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394644;STB=0.525768;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0129049;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:101:101:4:5:96:96:0.950495:46:50:0:4:46:50:0:5 chr8 21955116 . C T 374.0 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2962;QD=55.4072;RBI=0.188327;REFB=0;REVB=0.182668;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288985;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:15:12:0:0 chr8 21955784 . A C 517.48 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0413804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0455;QD=54.4716;RBI=0.0640874;REFB=-0.0261919;REVB=-0.0489373;RO=2;SAF=32;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230748;STB=0.599937;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00537717;OID=.;OPOS=21955784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:3:32:0:2:4:32:0:2 chr8 21956108 . A G 1191.89 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.557;QD=59.5945;RBI=0.0382258;REFB=0.0354735;REVB=-0.0315279;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108827;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00106019;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:43:36:0:1:43:36:0:1 chr8 21961834 . G A 793.48 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00033817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3282;QD=29.6628;RBI=0.00571063;REFB=0.00483324;REVB=-0.0057006;RO=36;SAF=41;SAR=30;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139522;STB=0.507533;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00192434;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:36:71:71:0.663551:30:41:20:16:30:41:20:16 chr8 21965113 . T C 378.23 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0446287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1825;QD=33.6206;RBI=0.0448648;REFB=-0.0406621;REVB=-0.00459691;RO=14;SAF=21;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728111;STB=0.539604;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0150542;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:10:21:11:3:10:21:11:3 chr8 21967304 . C T 283.41 PASS AF=0.25;AO=43;DP=171;FAO=43;FDP=172;FR=.;FRO=129;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.0161078;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2578;QD=6.59097;RBI=0.0288541;REFB=-0.00885237;REVB=-0.0239395;RO=121;SAF=13;SAR=30;SRF=54;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19075;STB=0.640775;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.044361;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:121:129:43:43:0.25:30:13:54:67:30:13:62:67 chr8 21967309 . A C 294.21 PASS AF=0.261905;AO=46;DP=168;FAO=44;FDP=168;FR=.;FRO=124;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=-0.0324717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.714;QD=7.00499;RBI=0.0339865;REFB=-0.0101382;REVB=-0.0100337;RO=109;SAF=16;SAR=30;SRF=44;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718269;STB=0.616384;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.020343;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:109:124:46:44:0.261905:30:16:44:65:30:14:58:66 chr8 22021289 . C T 1534.66 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0233476;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.302;QD=55.8059;RBI=0.0242446;REFB=-0.145543;REVB=0.00653379;RO=3;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319599;STB=0.512918;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00183794;OID=.;OPOS=22021289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:3:4:106:106:0.963636:43:63:0:3:43:63:1:3 chr8 22034501 . CGGGGGC CGGGC,CGGGG,CGGGGCC 522.04 PASS AF=0,0.75,0;AO=13,30,8;DP=96;FAO=0,57,0;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=0,37,0;FSAR=0,20,0;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0882474,0.00416894,0.179478;FXX=0.116266;HRUN=5,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=13.3849,24.7887,10.4786;QD=27.4756;RBI=0.413342,0.0176835,0.742752;REFB=-0.013415,-0.0450096,0.0203005;REVB=-0.403812,-0.0171851,-0.720742;RO=19;SAF=1,29,8;SAR=12,1,0;SRF=17;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.761613,0.27327,0.683348;STB=0.5,0.554665,0.5;STBP=1,0.135,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0145937,0;OID=.,.,.;OPOS=22034502,22034506,22034506;OREF=GG,GC,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=CGGGC,CGGGG,CGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.75,0:13,30,8:96:0,57,0:76:19:0,37,0:0,20,0:16:3:99:19:1,29,8:12,1,0:17:2 chr8 22054197 . T C 283.11 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00298512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3624;QD=19.8676;RBI=0.0390423;REFB=0.0224791;REVB=0.038928;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101881;STB=0.563939;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0195423;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:13:16:18:9:14:16:18:9 chr8 22079355 . A G 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.912;QD=54.5042;RBI=0.0215706;REFB=0;REVB=-0.0208015;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35154e-05;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr8 22084503 . C T 466.35 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0407129;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2199;QD=27.4325;RBI=0.041643;REFB=-0.0332595;REVB=-0.00875202;RO=23;SAF=27;SAR=16;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470832;STB=0.536896;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0263265;OID=.;OPOS=22084503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:25:43:43:0.632353:16:27:16:7:16:27:18:7 chr8 22105502 . T C 728.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.748;QD=63.3358;RBI=0.0540925;REFB=0;REVB=0.0533379;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172203;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr8 22108611 . A C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0794131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4568;QD=10.1032;RBI=0.0820931;REFB=-0.0232704;REVB=0.020805;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294301;STB=0.51665;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0389692;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:10:10:18:20:10:10:19:21 chr8 22262228 . AGCTGCT A 193.33 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00384062;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=6;MLLD=302.179;QD=13.8094;RBI=0.00386239;REFB=-0.0055581;REVB=-0.000409548;RO=24;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198415;STB=0.589413;STBP=0.347;TYPE=del;VARB=0.0064258;OID=.;OPOS=22262229;OREF=GCTGCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:22:55:23:56:33:19:4:24:9:99:24:18:4:16:8 chr8 22262321 . T C 1259.02 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000982327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.109;QD=61.4156;RBI=0.00499415;REFB=0;REVB=0.00489658;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58285e-05;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:34:46:0:0:36:46:0:0 chr8 22262379 . C T 509.78 PASS AF=0.564706;AO=46;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0160797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1324;QD=23.9894;RBI=0.0229905;REFB=-0.00890981;REVB=-0.0164319;RO=36;SAF=22;SAR=24;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718725;STB=0.541159;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00537255;OID=.;OPOS=22262379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:37:46:48:0.564706:24:22:14:22:24:24:15:22 chr8 22262418 . A G 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.251;QD=61.3715;RBI=0.0454561;REFB=0;REVB=0.00235205;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26068e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:49:31:0:0:49:31:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 787.37 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216358;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=3;MLLD=131.499;QD=57.263;RBI=0.0294326;REFB=0;REVB=0.0199543;RO=3;SAF=31;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434591;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.32407e-05;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:58:55:55:0:31:24:0:0:4:3:31:24:3:0 chr8 22424189 . A AG,G 38.06 PASS AF=0.222222,0.0740741;AO=6,2;DP=27;FAO=6,2;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2,0;FSAR=4,2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0481429,-0.0518926;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=67.9213,79.449;QD=5.63805;RBI=0.0660767,0.0698135;REFB=-0.00477663,-0.00373603;REVB=-0.0452592,-0.046702;RO=18;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0690318,-0.479986;STB=0.529312,0.993399;STBP=0.911,0.314;TYPE=ins,snp;VARB=0.042581,0.186657;OID=.,.;OPOS=22424190,22424189;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:27:27:18:19:6,2:6,2:0.222222,0.0740741:4,2:2,0:7:11:4,2:2,0:7:12 chr8 22428658 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.36;QD=55.0978;RBI=0.00656517;REFB=0;REVB=-0.00578949;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3477e-05;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr8 22482851 . A C 902.02 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.215;QD=57.2713;RBI=0.0600138;REFB=0;REVB=0.0120498;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625702;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:31:29:0:0:31:32:0:0 chr8 22491980 . G T 420.41 PASS AF=0.293194;AO=56;DP=191;FAO=56;FDP=191;FR=.;FRO=135;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=-0.0253058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.184;QD=8.80432;RBI=0.0493945;REFB=-0.0103879;REVB=0.0424198;RO=131;SAF=35;SAR=21;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658216;STB=0.551002;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0299213;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:131:135:56:56:0.293194:21:35:75:56:21:35:75:60 chr8 22492052 . G A 364.38 PASS AF=0.310811;AO=45;DP=147;FAO=46;FDP=148;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.00950837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.057;QD=9.84807;RBI=0.0143711;REFB=-0.00291211;REVB=-0.0107759;RO=102;SAF=21;SAR=24;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745557;STB=0.535196;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00912692;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:102:102:45:46:0.310811:24:21:54:48:24:22:54:48 chr8 22570901 . C T 718.29 PASS AF=0.403941;AO=82;DP=203;FAO=82;FDP=203;FR=.;FRO=121;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=62;FWDB=-0.00139138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.443;QD=14.1535;RBI=0.0378394;REFB=-0.0348848;REVB=-0.0378138;RO=121;SAF=56;SAR=26;SRF=59;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217273;STB=0.622349;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0427571;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:121:121:82:82:0.403941:26:56:59:62:26:56:59:62 chr8 22570907 . GT G 351.72 PASS AF=0.423645;AO=93;DP=203;FAO=86;FDP=203;FR=.;FRO=117;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=-0.11169;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.658;QD=6.93046;RBI=0.115482;REFB=-0.0591807;REVB=-0.0293466;RO=94;SAF=60;SAR=33;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.118694;STB=0.565977;STBP=0.11;TYPE=del;VARB=0.0707876;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423645:93:203:86:203:117:55:31:62:55:99:94:60:33:49:45 chr8 22570935 . T C 876.32 PASS AF=0.407563;AO=98;DP=238;FAO=97;FDP=238;FR=.;FRO=141;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=76;FWDB=-0.0288316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.817;QD=14.728;RBI=0.0289001;REFB=-0.0090913;REVB=-0.00198857;RO=140;SAF=60;SAR=38;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157225;STB=0.594456;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0129914;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:140:141:98:97:0.407563:38:60:65:75:37:60:65:76 chr8 22571018 . A G 815.43 PASS AF=0.432692;AO=90;DP=208;FAO=90;FDP=208;FR=.;FRO=118;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=64;FWDB=-0.0276036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.576;QD=15.6813;RBI=0.0279613;REFB=-0.0017708;REVB=0.00445859;RO=117;SAF=44;SAR=46;SRF=54;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278002;STB=0.517754;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00215922;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:117:118:90:90:0.432692:46:44:54:63:46:44:54:64 chr8 22864622 . T C 1405.3 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0270527;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9629;QD=58.5541;RBI=0.0318201;REFB=0.0102882;REVB=0.0167532;RO=4;SAF=58;SAR=34;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315746;STB=0.516663;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00489318;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:97:96:4:4:92:92:0.958333:34:58:4:0:34:58:4:0 chr8 22886020 . A G 943.75 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.427;QD=58.077;RBI=0.0369802;REFB=0;REVB=0.0111064;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86904e-05;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:60:65:1:26:34:0:0:31:34:0:0 chr8 22900701 . G A 225.39 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0131569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.934;QD=10.9946;RBI=0.0521115;REFB=-0.0320657;REVB=0.0504232;RO=54;SAF=19;SAR=9;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388097;STB=0.522577;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0236287;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:9:19:35:19:9:19:35:19 chr8 22926313 . G A 683.71 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0429779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.144;QD=52.5927;RBI=0.0590421;REFB=-0.148991;REVB=0.0404829;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346316;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:25:25:1:1:25:25:1:1 chr8 22960553 . C A 1372.63 PASS AF=0.617347;AO=114;DP=195;FAO=121;FDP=196;FR=.;FRO=75;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.015448;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6264;QD=28.0128;RBI=0.0417495;REFB=-0.00436008;REVB=0.0387864;RO=69;SAF=58;SAR=56;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293178;STB=0.506072;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00240431;OID=.;OPOS=22960553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:69:75:114:121:0.617347:56:58:38:31:60:61:39:36 chr8 22960704 . G C 1731.1 PASS AF=0.991453;AO=107;DP=109;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0693806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.027;QD=59.1828;RBI=0.0693807;REFB=-0.132284;REVB=-4.65114e-05;RO=2;SAF=48;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193627;STB=0.504586;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00765646;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:117:2:1:107:116:0.991453:59:48:2:0:62:54:1:0 chr8 22974325 . G A 117.66 PASS AF=0.857143;AO=9;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0521104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.929;QD=33.6181;RBI=0.0563726;REFB=-0.122822;REVB=-0.0215032;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147719;STB=0.571312;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0118577;OID=.;OPOS=22974325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:9:12:0.857143:5:4:0:2:6:6:0:2 chr8 22993108 . T C 486.36 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0125711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.948;QD=24.318;RBI=0.0789475;REFB=-0.032271;REVB=0.0779402;RO=32;SAF=25;SAR=21;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125804;STB=0.568152;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0164578;OID=.;OPOS=22993108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:34:46:46:0.575:21:25:12:20:21:25:13:21 chr8 22995402 . G C 58.34 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.009823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.679;QD=4.7625;RBI=0.0251374;REFB=-0.00468202;REVB=-0.0231387;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241729;STB=0.516093;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0258751;OID=.;OPOS=22995402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:4:5:23:17:4:5:23:17 chr8 23001988 . A G 581.83 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146548;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.857;QD=61.2449;RBI=0.0896376;REFB=0;REVB=-0.0884316;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57963e-05;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr8 23021346 . G A 1090.47 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00374025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.125;QD=57.3931;RBI=0.00916021;REFB=-0.138431;REVB=-0.00836182;RO=1;SAF=48;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975526;STB=0.504279;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000576454;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:26:48:1:0:26:48:1:1 chr8 23049292 . C T 813.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.344;QD=57.0587;RBI=0.056601;REFB=0;REVB=0.0412108;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130094;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:0:0:52:57:1:20:32:0:0:23:34:0:0 chr8 23059324 . C G 583.0 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4964;QD=59.7947;RBI=0.0789431;REFB=0;REVB=0.04561;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297846;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr8 23060256 . T C 1008.17 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2352;QD=59.3042;RBI=0.0317088;REFB=0;REVB=0.0296969;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116766;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr8 23118304 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0026861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.988;QD=14.8513;RBI=0.00357888;REFB=0.00115205;REVB=0.002365;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285738;STB=0.661793;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000991977;OID=.;OPOS=23118304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:24:5:8:11:24:5 chr8 23118400 . T C 340.44 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0590056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9811;QD=18.1569;RBI=0.0606589;REFB=-0.00999537;REVB=0.0140655;RO=39;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185552;STB=0.602784;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00877376;OID=.;OPOS=23118400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:15:21:30:9:15:21:30:9 chr8 23147564 . G A 725.16 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7319;QD=61.716;RBI=0.199543;REFB=0;REVB=0.14027;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240991;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479295;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:19:27:0:1:20:27:0:0 chr8 23148930 . A G 1663.91 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.018;QD=58.3827;RBI=0.0499999;REFB=0;REVB=0.00321609;RO=0;SAF=55;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025073;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:114:0:0:106:114:1:51:55:0:0:51:63:0:0 chr8 23148940 . G A 1890.01 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.976;QD=61.4638;RBI=0.0328121;REFB=0;REVB=0.0299651;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13525e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:52:70:0:0:53:70:0:0 chr8 23150878 . T G 1790.78 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.058;QD=60.7043;RBI=0.0242213;REFB=0;REVB=0.0186055;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50381e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:118:0:0:115:118:1:56:59:0:0:58:60:0:0 chr8 23152334 . A G 1301.83 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.159;QD=61.992;RBI=0.0276468;REFB=0;REVB=-0.00895979;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66656e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr8 23153022 . T A,C 2007.59 PASS AF=0.0381679,0.961832;AO=5,126;DP=131;FAO=5,126;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=3,69;FSAR=2,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00444514,0.0197819;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.3176,218.497;QD=61.3005;RBI=0.0315244,0.0217062;REFB=0,0;REVB=-0.0312095,0.00893515;RO=0;SAF=3,69;SAR=2,57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0548531,-0.00184081;OID=.,.;OPOS=23153022,23153022;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:131:131:0:0:5,126:5,126:0.0381679,0.961832:2,57:3,69:0:0:2,57:3,69:0:0 chr8 23154982 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.491;QD=43.4862;RBI=0.0332142;REFB=0;REVB=0.0131469;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158608;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:3:6:0:0:4:8:0:0 chr8 23154989 . T G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.937;QD=55.0958;RBI=0.0386286;REFB=0;REVB=0.0331264;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416632;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 23155130 . A C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0122391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.7927;QD=25.7109;RBI=0.0153965;REFB=-0.0227121;REVB=0.00934113;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1602;STB=0.590024;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00487281;OID=.;OPOS=23155130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:4:2:8:5:4:2 chr8 23167353 . T G 1350.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482166;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.114;QD=62.0924;RBI=0.00485828;REFB=0;REVB=-0.000595409;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186718;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:41:44:0:0:42:45:0:0 chr8 23225745 . C T 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00660334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.471;QD=19.367;RBI=0.0263705;REFB=-0.000972953;REVB=0.0255304;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915042;STB=0.551804;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00120862;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:10:5:7:9:10:5 chr8 23392733 . C T 250.18 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0385498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6207;QD=14.503;RBI=0.0386673;REFB=-0.0210129;REVB=0.00301224;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597565;STB=0.54816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0235869;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:40:28:29:0.42029:13:15:22:15:14:15:24:16 chr8 23423669 . A G 432.29 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0225906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.824;QD=28.819;RBI=0.0241932;REFB=0.013509;REVB=-0.00865909;RO=20;SAF=26;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00711099;OID=.;OPOS=23423669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:20:40:40:0.666667:14:26:13:7:14:26:13:7 chr8 23423758 . G A 544.28 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00271874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.358;QD=31.1019;RBI=0.0193714;REFB=-0.0414149;REVB=-0.0191797;RO=21;SAF=34;SAR=14;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590499;STB=0.543037;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0274659;OID=.;OPOS=23423758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:22:48:48:0.685714:14:34:13:8:14:34:13:9 chr8 23428924 . C G 171.32 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0411419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6139;QD=18.0333;RBI=0.159087;REFB=-0.0103627;REVB=-0.153675;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178935;STB=0.602529;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00532566;OID=.;OPOS=23428924;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:11:9:5:13:11:9 chr8 23429329 . T C 237.82 PASS AF=0.243056;AO=35;DP=144;FAO=35;FDP=144;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.0148932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7445;QD=6.60615;RBI=0.137346;REFB=0.0175071;REVB=0.136536;RO=109;SAF=26;SAR=9;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252162;STB=0.654211;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0451269;OID=.;OPOS=23429329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:109:109:35:35:0.243056:9:26:61:48:9:26:61:48 chr8 23431407 . A G 209.46 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0118446;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.122;QD=11.4775;RBI=0.0171822;REFB=-0.0098703;REVB=-0.0124473;RO=47;SAF=22;SAR=4;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576335;STB=0.834876;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117885;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:47:47:26:26:0.356164:4:22:16:31:4:22:16:31 chr8 23432314 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00449073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.521;QD=19.3689;RBI=0.0128918;REFB=-0.0180367;REVB=-0.0120844;RO=15;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358705;STB=0.708546;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0147929;OID=.;OPOS=23432314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:14:2:6:9:14:2:6:9 chr8 23432326 . T A 589.88 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00636279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.833;QD=57.5497;RBI=0.00862716;REFB=-0.125839;REVB=-0.00582605;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00183556;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:0:1:23:17:0:1 chr8 23432776 . A C 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.451;QD=60.3767;RBI=0.0317472;REFB=0;REVB=0.0316017;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9456e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr8 24171051 . C T 1306.08 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183447;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.434;QD=62.1943;RBI=0.0245229;REFB=0;REVB=-0.016274;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43136e-06;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:42:42:0:0 chr8 24208847 . G A 702.74 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00456464;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.063;QD=25.554;RBI=0.00508165;REFB=-0.0289495;REVB=0.00223322;RO=44;SAF=40;SAR=26;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773253;STB=0.541972;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0152981;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:26:40:31:13:26:40:31:13 chr8 24211278 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.452;QD=51.9167;RBI=0.00811706;REFB=0;REVB=-0.000706927;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28806e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr8 24211331 . G A 284.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.994;QD=49.5595;RBI=0.0207684;REFB=-0.094165;REVB=0.0177995;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129598;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 644.47 PASS AF=0.696203;AO=53;DP=83;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0168397;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.299;QD=32.6312;RBI=0.0194566;REFB=-0.0199586;REVB=0.00974596;RO=26;SAF=29;SAR=24;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114133;STB=0.54518;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.00724148;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.696203:53:83:55:79:24:31:24:17:7:99:26:29:24:19:7 chr8 24211889 . T TGTC 64.92 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00261058;FXX=0.0379699;HRUN=0;LEN=3;MLLD=311.773;QD=3.41701;RBI=0.0167376;REFB=-0.00384327;REVB=-0.0165327;RO=66;SAF=8;SAR=4;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119146;STB=0.592434;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.018144;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:12:81:12:76:64:8:4:36:28:64:66:8:4:38:28 chr8 24774683 . C A 1061.03 PASS AF=0.986842;AO=69;DP=71;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8895;QD=55.8438;RBI=0.0281741;REFB=-0.183631;REVB=0.0126888;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00840196;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:76:2:1:69:75:0.986842:36:33:2:0:40:35:1:0 chr8 24810088 . T A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5515;QD=59.5012;RBI=0.0106438;REFB=0;REVB=-0.00814701;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105129;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr8 24811064 . AGG A,AG 427.71 PASS AF=0,1;AO=19,33;DP=60;FAO=0,60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151711,-0.286218;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.80797,10.1027;QD=28.5137;RBI=0.151728,0.286267;REFB=-0.00238535,-0.00146375;REVB=-0.00224638,-0.00528621;RO=2;SAF=18,27;SAR=1,6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277741,0.0547419;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00816056,-0.011724;OID=.,.;OPOS=24811065,24811065;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:19,33:60:0,60:60:0:0,50:0,10:0:0:8:2:18,27:1,6:1:1 chr8 25182969 . C T 696.61 PASS AF=0.833333;AO=55;DP=67;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00725313;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.891;QD=42.219;RBI=0.0322154;REFB=-0.00671261;REVB=-0.0313883;RO=10;SAF=31;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106621;STB=0.512355;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.000956549;OID=.;OPOS=25182969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:67:66:10:11:55:55:0.833333:24:31:6:4:24:31:7:4 chr8 25182970 . A T 39.05 PASS AF=0.119403;AO=10;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00770927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.3955;QD=2.33119;RBI=0.0426944;REFB=-0.000591065;REVB=-0.0419926;RO=57;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266963;STB=0.682443;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00174299;OID=.;OPOS=25182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:67:57:59:10:8:0.119403:4:6:33:24:2:6:33:26 chr8 25183041 . C T 400.44 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00451239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5553;QD=42.152;RBI=0.0703621;REFB=-0.00946862;REVB=0.0702172;RO=7;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898248;STB=0.548416;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00296607;OID=.;OPOS=25183041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:12:19:6:1:12:19:6:1 chr8 25203022 . A G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.418;QD=63.2856;RBI=0.0789455;REFB=0;REVB=0.0454788;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050604;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 25222165 . A G 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.038;QD=58.7977;RBI=0.0354562;REFB=0;REVB=0.0261154;RO=1;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498118;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:43:1:0:41:43:1:10:31:0:1:12:31:0:0 chr8 25230168 . C T 969.14 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6134;QD=56.1817;RBI=0.0345377;REFB=-0.105972;REVB=-0.00288684;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00384199;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:0:1:67:68:0.985507:40:27:0:0:40:28:1:0 chr8 25234858 . A G 1077.85 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0887104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2404;QD=53.8923;RBI=0.0890436;REFB=-0.076558;REVB=-0.00769583;RO=3;SAF=37;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126019;STB=0.519155;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0252066;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:80:80:3:5:75:75:0.9375:38:37:2:1:38:37:4:1 chr8 25258442 . C T 149.13 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0227542;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.409;QD=17.5451;RBI=0.0264858;REFB=-0.0158007;REVB=-0.0135553;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0157807;OID=.;OPOS=25258442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr8 25267622 . A G 70.87 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0031523;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.764;QD=6.74977;RBI=0.0106771;REFB=-0.00864989;REVB=0.0102011;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20142;STB=0.624777;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0410938;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:24:8:4:6:24:8 chr8 25280800 . C G 91.03 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.00313922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.332;QD=6.06868;RBI=0.00432931;REFB=-0.00246037;REVB=0.00298131;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313422;STB=0.666455;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00925806;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:44:46:14:14:0.233333:7:7:33:11:7:7:33:13 chr8 25287397 . T C 215.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000708504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4476;QD=21.5028;RBI=0.0125265;REFB=-0.0326175;REVB=0.0125065;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468431;STB=0.526291;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0282683;OID=.;OPOS=25287397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:8:11:11:10:8:11 chr8 25317824 . A T 388.99 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00179595;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.572;QD=20.7459;RBI=0.0270432;REFB=-0.0280839;REVB=0.0269835;RO=36;SAF=25;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197815;STB=0.609699;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0245882;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:14:25:15:21:14:25:15:21 chr8 25323777 . T C 733.25 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283959;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.272;QD=63.7612;RBI=0.0335942;REFB=0;REVB=0.0179512;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173221;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr8 25325730 . T C 1004.54 PASS AF=0.572289;AO=95;DP=166;FAO=95;FDP=166;FR=.;FRO=71;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00282592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.712;QD=24.2058;RBI=0.0746691;REFB=-0.00490712;REVB=0.0746156;RO=70;SAF=49;SAR=46;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679718;STB=0.533816;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00341064;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:70:71:95:95:0.572289:46:49:30:40:46:49:31:40 chr8 25364834 . A T 553.82 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0194881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.993;QD=38.8645;RBI=0.0334654;REFB=-0.0475666;REVB=0.0272057;RO=11;SAF=23;SAR=23;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490266;STB=0.526304;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0117756;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:23:23:7:4:23:23:7:4 chr8 25364960 . A G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0240597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.761;QD=30.8213;RBI=0.0350278;REFB=-0.0139674;REVB=0.0254574;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00995881;OID=.;OPOS=25364960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:1:3:12:12:0.8:8:4:0:1:8:4:1:2 chr8 26221331 . T C 358.07 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0457967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.985;QD=31.1367;RBI=0.0469054;REFB=-0.034386;REVB=0.0101378;RO=16;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217742;STB=0.618835;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0144155;OID=.;OPOS=26221331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:16:14:13:3:16:14:13:3 chr8 26240646 . A G 2917.18 PASS AF=0.984211;AO=187;DP=190;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=121;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0080491;FXX=0.00523533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.343;QD=61.4144;RBI=0.0548073;REFB=-0.0193734;REVB=-0.054213;RO=2;SAF=121;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00780492;STB=0.500339;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000283459;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:190:190:2:3:187:187:0.984211:66:121:2:0:66:121:2:1 chr8 26269191 . C T 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0309808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.422;QD=30.6473;RBI=0.0314159;REFB=-0.0181945;REVB=0.00521013;RO=14;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797904;STB=0.543695;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0065152;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:11:16:10:4:11:16:10:4 chr8 26362201 . A T 754.37 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.728;QD=56.9332;RBI=0.0573033;REFB=0;REVB=0.056271;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279128;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr8 26481771 . T C 905.76 PASS AF=0.745098;AO=77;DP=103;FAO=76;FDP=102;FR=.;FRO=26;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00757957;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4798;QD=35.5201;RBI=0.00923576;REFB=-0.00972964;REVB=0.00527726;RO=25;SAF=38;SAR=39;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618494;STB=0.509801;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0038556;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:25:26:77:76:0.745098:39:38:12:13:38:38:12:14 chr8 26628028 . A G 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.075;QD=59.3196;RBI=0.0612846;REFB=0;REVB=0.0378693;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167499;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr8 26636906 . T A 215.06 PASS AF=0.45614;AO=23;DP=53;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0490935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6999;QD=15.0918;RBI=0.050108;REFB=-0.00795157;REVB=-0.010032;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104493;STB=0.55692;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0113885;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:30:31:23:26:0.45614:10:13:20:10:11:15:21:10 chr8 26636925 . T C,G 745.43 PASS AF=0.897959,0.102041;AO=43,5;DP=49;FAO=44,5;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,5;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185437,0.0132819;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=46.8309,7.97633;QD=60.8514;RBI=0.0256653,0.0356802;REFB=0,0;REVB=0.0177437,0.033116;RO=0;SAF=24,5;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00598498,0.22981;OID=.,.;OPOS=26636925,26636925;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:49:49:0:0:43,5:44,5:0.897959,0.102041:19,0:24,5:0:0:20,0:24,5:0:0 chr8 26721618 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0436686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.062;QD=12.8607;RBI=0.0454663;REFB=0.000560725;REVB=-0.0126586;RO=8;SAF=6;SAR=0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.702488;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000651618;OID=.;OPOS=26721618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:6:7:0.466667:0:6:7:1:1:6:7:1 chr8 26944733 . G A 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.000541163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.809;QD=7.52765;RBI=0.0381447;REFB=0.00070153;REVB=-0.0381408;RO=43;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228291;STB=0.640588;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00225258;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:4:12:25:18:4:12:25:18 chr8 27101204 . T A 487.34 PASS AF=0.384615;AO=55;DP=144;FAO=55;FDP=143;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00340284;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.738;QD=13.6319;RBI=0.00619603;REFB=-0.00914805;REVB=-0.00517799;RO=88;SAF=42;SAR=13;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329011;STB=0.687868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0102918;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:88:88:55:55:0.384615:13:42:43:45:13:42:43:45 chr8 27101206 . A C 496.46 PASS AF=0.380952;AO=56;DP=147;FAO=56;FDP=147;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00554031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.059;QD=13.5092;RBI=0.0723837;REFB=0.00127908;REVB=-0.0721713;RO=91;SAF=42;SAR=14;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293891;STB=0.667861;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00293347;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:91:91:56:56:0.380952:14:42:46:45:14:42:46:45 chr8 27277537 . G A 368.02 PASS AF=0.62;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.06386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.955;QD=29.4416;RBI=0.066418;REFB=-0.00823288;REVB=0.0182553;RO=18;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122109;STB=0.575787;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00995359;OID=.;OPOS=27277537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:31:31:0.62:16:15:12:6:16:15:13:6 chr8 27289879 . G C 44.71 PASS AF=0.0875;AO=14;DP=160;FAO=14;FDP=160;FR=.;FRO=146;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=59;FSRR=87;FWDB=-0.058459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7767;QD=1.11766;RBI=0.0591692;REFB=-0.00437754;REVB=-0.0091399;RO=140;SAF=13;SAR=1;SRF=53;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599018;STB=0.940216;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.172377;OID=.;OPOS=27289879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:160:160:140:146:14:14:0.0875:1:13:53:87:1:13:59:87 chr8 27308585 . A C 286.54 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00413766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.945;QD=25.4698;RBI=0.061387;REFB=-0.00768191;REVB=-0.0612474;RO=19;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218829;STB=0.621721;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00910492;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:18:8:11:8:18:8:11:8 chr8 27311703 . T C 395.59 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00158387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.896;QD=30.4299;RBI=0.00553804;REFB=-0.0265881;REVB=-0.00530672;RO=15;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975955;STB=0.537805;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00833461;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:15:16:36:36:0.692308:13:23:12:3:13:23:12:4 chr8 27315876 . A G 321.29 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00117177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.574;QD=27.9378;RBI=0.0131211;REFB=-0.0276108;REVB=0.0130687;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906193;STB=0.549964;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0220158;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:16:12:10:8:16:12:10:8 chr8 27315900 . A G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0155552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.967;QD=28.7488;RBI=0.0194193;REFB=-0.00914015;REVB=-0.0116252;RO=19;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055637;STB=0.530592;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00507604;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:15:15:11:8:15:15:11:8 chr8 27324822 . T C 201.85 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00419977;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.075;QD=9.38839;RBI=0.0084851;REFB=-0.00895708;REVB=-0.00737285;RO=56;SAF=9;SAR=17;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101618;STB=0.564465;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0251512;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:56:60:26:26:0.302326:17:9:24:32:17:9:26:34 chr8 27324844 . G A 174.37 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0155061;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8462;QD=8.40342;RBI=0.0628547;REFB=-0.00762606;REVB=0.060912;RO=57;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447566;STB=0.524853;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0244489;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:57:59:24:24:0.289157:13:11:24:33:13:11:25:34 chr8 27328511 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00668292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.33;QD=15.7848;RBI=0.0179009;REFB=-0.0034122;REVB=-0.0166066;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359682;STB=0.698104;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00654508;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:3:11:7:9:3:11:8:9 chr8 27462481 . A G 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.489;QD=58.4165;RBI=0.0295993;REFB=0;REVB=0.0208192;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60574e-07;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr8 27528446 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00847442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.1;QD=14.169;RBI=0.0433791;REFB=-0.00702787;REVB=-0.0425433;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569313;STB=0.533269;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00686682;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:9:3:3:7:9:3 chr8 27591164 . C T 269.56 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0742744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1238;QD=21.1419;RBI=0.0791413;REFB=0.0037109;REVB=-0.0273249;RO=22;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640485;STB=0.525928;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00122345;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:26:28:0.54902:15:11:11:11:15:13:12:11 chr8 27592828 . G A 696.81 PASS AF=0.6;AO=62;DP=107;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00125211;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3232;QD=25.3384;RBI=0.101951;REFB=-0.0413897;REVB=0.101944;RO=45;SAF=38;SAR=24;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257887;STB=0.518927;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0333847;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:45:44:62:66:0.6:24:38:29:16:27:39:28:16 chr8 27631179 . A C 140.01 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.015399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.975;QD=20.7419;RBI=0.0685112;REFB=-0.0185995;REVB=0.0667581;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138447;STB=0.578836;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00912363;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:5:7:11:4:5:7 chr8 27661318 . C A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0361633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.235;QD=5.95779;RBI=0.036294;REFB=-0.00682128;REVB=0.00307783;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.019438;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:8:10:5:1:8:10 chr8 27667969 . C G 131.46 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0219895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.254;QD=11.6853;RBI=0.0223627;REFB=-0.00538426;REVB=-0.00406852;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132331;STB=0.555487;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0158373;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:7:8:12:17:8:8:12:17 chr8 27679981 . T C 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.010871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8627;QD=7.54493;RBI=0.0127375;REFB=-0.00117664;REVB=-0.00663819;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19165;STB=0.616867;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00209167;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:9:6:23:18:9:6:23:18 chr8 27690557 . A C 121.88 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0263198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.014;QD=16.2511;RBI=0.0282403;REFB=-0.00215304;REVB=0.0102363;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208073;STB=0.633156;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00110124;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:6:7:12:4:7:7:12:4 chr8 27767171 . G A 232.68 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0108409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6692;QD=10.4574;RBI=0.0179812;REFB=-0.0020601;REVB=0.0143456;RO=60;SAF=25;SAR=4;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330029;STB=0.697513;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00848695;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:60:60:29:29:0.325843:4:25:40:20:4:25:40:20 chr8 27898580 . T C 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.000404358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.475;QD=21.4745;RBI=0.0168609;REFB=-0.0273895;REVB=0.016856;RO=25;SAF=24;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303446;STB=0.516768;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0187114;OID=.;OPOS=27898580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:7:24:20:5:7:24:20:5 chr8 27903069 . C T 242.25 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.0127095;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.066;QD=8.07485;RBI=0.0183094;REFB=-0.00894225;REVB=-0.0131795;RO=85;SAF=18;SAR=16;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086264;STB=0.562897;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.023009;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:85:86:34:34:0.283333:16:18:51:34:16:18:53:33 chr8 27915830 . T C 2469.21 PASS AF=0.993865;AO=160;DP=162;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153;FXX=0.0239507;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.7394;QD=60.594;RBI=0.0265846;REFB=-0.080562;REVB=0.0217405;RO=2;SAF=90;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133984;STB=0.503448;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000695698;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:163:2:1:160:162:0.993865:70:90:0:2:72:90:0:1 chr8 27918051 . TGGGCT TGGCTC 327.67 PASS AF=1;AO=2;DP=40;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041168;FXX=0.174956;HRUN=3;LEN=3;MLLD=178.507;QD=39.718;RBI=0.0298947;REFB=0;REVB=-0.0296099;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.778926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0028922;OID=.;OPOS=27918054;OREF=GCT;OALT=CTC;OMAPALT=TGGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:40:33:33:0:22:11:0:0:3:13:2:0:1:12 chr8 27918057 . T C 525.19 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00745287;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.584;QD=51.2381;RBI=0.0476545;REFB=-0.0672109;REVB=0.0470681;RO=3;SAF=22;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104975;STB=0.509532;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00255841;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:41:3:4:37:37:0.902439:15:22:2:1:15:22:2:2 chr8 27925204 . T C 445.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.691;QD=57.4342;RBI=0.0537018;REFB=0;REVB=0.0243919;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206876;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:5:23:0:0:5:26:0:0 chr8 27925796 . A T 179.82 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0105194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.706;QD=9.10466;RBI=0.0196491;REFB=-0.00827327;REVB=0.0165961;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183315;STB=0.501084;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170712;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:10:14:32:23:10:14:32:23 chr8 27927849 . C G 763.53 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.19;QD=63.6278;RBI=0.0574919;REFB=0;REVB=0.00571111;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153589;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:44:48:1:24:20:0:0:24:24:0:0 chr8 27967964 . TTAAAAAAC TAAAAAC,TTAAAAAC,TTAAAAACT 111.91 PASS AF=0.384615,0,0.025641;AO=9,6,2;DP=40;FAO=15,0,1;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10,0,0;FSAR=5,0,1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0121999,-0.0947242,-0.0339763;FXX=0;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=24.1695,12.8372,80.5408;QD=11.4775;RBI=0.150301,0.134173,0.0451133;REFB=-0.0390102,-0.00115347,0.0041246;REVB=0.149805,0.0950251,-0.0296785;RO=16;SAF=8,2,0;SAR=1,4,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.392857,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.509244,-0.192221,-0.534299;STB=0.61802,0.5,0.98937;STBP=0.239,1,0.459;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0775079,0.0180028,0.0626827;OID=.,.,.;OPOS=27967965,27967966,27967971;OREF=TA,A,AC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=TAAAAAC,TTAAAAAC,TTAAAAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0,0.025641:9,6,2:40:15,0,1:39:23:10,0,0:5,0,1:11:12:99:16:8,2,0:1,4,2:8:8 chr8 27970592 . G A 135.57 PASS AF=0.25;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00541795;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.892;QD=6.77823;RBI=0.0418674;REFB=-0.0016649;REVB=-0.0415154;RO=55;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772011;STB=0.537463;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00723511;OID=.;OPOS=27970592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:55:60:20:20:0.25:10:10:24:31:10:10:27:33 chr8 28040712 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0172207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.699;QD=19.9931;RBI=0.0181343;REFB=-0.00570434;REVB=-0.0056832;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523787;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00704699;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:5:17:17:5:5:17:17:6 chr8 28286174 . T G 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0449525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.378;QD=9.41534;RBI=0.0648447;REFB=-0.0212682;REVB=-0.0467344;RO=39;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229119;STB=0.635689;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0623201;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:7:11:16:23:7:11:16:23 chr8 28304769 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.432;QD=58.1408;RBI=0.0267159;REFB=0;REVB=-0.00723329;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149862;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr8 28384712 . A G 1589.7 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.938;QD=59.9886;RBI=0.0158261;REFB=0;REVB=0.010653;RO=0;SAF=64;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74749e-06;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:40:64:0:0:41:65:0:0 chr8 28420903 . C G 95.49 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0042408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4608;QD=7.34512;RBI=0.0414401;REFB=-0.00847416;REVB=-0.0412225;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253825;STB=0.658287;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0235045;OID=.;OPOS=28420903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:4:9:19:20:4:9:19:20 chr8 28574803 . G A 141.0 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0227303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.633;QD=11.059;RBI=0.0242088;REFB=-0.0161329;REVB=-0.00833065;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149979;STB=0.539124;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.037531;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:34:34:15:17:0.333333:6:9:16:18:8:9:16:18 chr8 29005093 . A G 125.5 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.131275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4373;QD=8.09651;RBI=0.131421;REFB=-0.00934679;REVB=0.00620124;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778687;STB=0.57135;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0193845;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:44:18:18:0.290323:10:8:12:20:10:8:24:20 chr8 29196001 . G C 322.58 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0108769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.834;QD=22.2468;RBI=0.0110969;REFB=-0.0158439;REVB=-0.00219856;RO=24;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170314;STB=0.583717;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00842711;OID=.;OPOS=29196001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:17:16:17:7:17:16:17:8 chr8 29927300 . C G 860.35 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.023;QD=57.3566;RBI=0.0460472;REFB=0;REVB=-0.0248943;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76557e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:31:26:0:0:32:28:0:0 chr8 29927321 . A G 773.56 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.517;QD=63.1479;RBI=0.0579881;REFB=0;REVB=0.0207024;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184684;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr8 29961951 . C T 171.77 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.00635409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5221;QD=6.73592;RBI=0.0579543;REFB=0.0018007;REVB=-0.0576049;RO=77;SAF=10;SAR=15;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164213;STB=0.59992;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00784308;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:77:77:25:25:0.245098:15:10:41:36:15:10:41:36 chr8 29965519 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7098;QD=53.2736;RBI=0.0735653;REFB=0;REVB=0.0695169;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248643;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 29989564 . A G 448.57 PASS AF=0.75;AO=37;DP=50;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0218933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.821;QD=34.5053;RBI=0.0525564;REFB=-0.038283;REVB=0.0477792;RO=13;SAF=16;SAR=21;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234745;STB=0.506636;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0138564;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:50:52:13:13:37:39:0.75:21:16:5:8:23:16:5:8 chr8 29996158 . A G 400.94 PASS AF=0.717391;AO=30;DP=43;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0186791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.433;QD=34.8641;RBI=0.0699604;REFB=-0.0266454;REVB=0.0674207;RO=13;SAF=25;SAR=5;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963206;STB=0.553162;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0105402;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:13:13:30:33:0.717391:5:25:12:1:6:27:12:1 chr8 29996256 . T C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00261674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.964;QD=28.9132;RBI=0.0102615;REFB=-0.0207088;REVB=0.0099222;RO=15;SAF=23;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267977;STB=0.65004;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0109636;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:3:23:10:5:3:23:10:5 chr8 30423886 . C CAG 1487.95 PASS AF=0.9;AO=105;DP=126;FAO=108;FDP=120;FR=.;FRO=12;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0179674;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.388;QD=49.5985;RBI=0.0183486;REFB=-0.0274228;REVB=0.00372087;RO=16;SAF=41;SAR=64;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107741;STB=0.545793;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.00164211;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:105:126:108:120:12:42:66:10:2:46:16:41:64:13:3 chr8 30494732 . CTTGT C 47.56 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0140478;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=266.551;QD=11.8906;RBI=0.0388883;REFB=-0.000561722;REVB=-0.0362623;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642184;STB=0.538357;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=0.000605616;OID=.;OPOS=30494733;OREF=TTGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:7:16:7:16:9:6:1:8:1:47:9:6:1:8:1 chr8 30503371 . C T 149.76 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0587953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0145;QD=19.3244;RBI=0.0786276;REFB=-0.00734349;REVB=-0.0522055;RO=15;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403224;STB=0.673331;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00312209;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:2:13:8:7:3:13:8:7 chr8 30608976 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.11;QD=56.9349;RBI=0.0567497;REFB=0;REVB=-0.0556078;RO=0;SAF=43;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164218;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:10:43:0:0:10:43:0:0 chr8 30620840 . G GT 495.57 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.131289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.1129;QD=35.3977;RBI=0.13489;REFB=-0.0138139;REVB=0.0309609;RO=6;SAF=16;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157991;STB=0.506327;STBP=0.628;TYPE=ins;VARB=0.00195775;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982143:49:58:55:56:1:16:39:0:1:6:6:16:33:2:4 chr8 30670357 . GGGT GG,GGG,TCGG 1148.11 PASS AF=0,0.932692,0.0673077;AO=20,10,7;DP=95;FAO=0,97,7;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52,6;FSAR=0,45,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319579,0.415027,-0.0842101;FXX=0.0188661;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,4;MLLD=8.95079,14.3991,187.878;QD=44.158;RBI=0.253981,0.794887,0.0900737;REFB=0,0,0;REVB=0.251963,0.677937,-0.0319674;RO=57;SAF=18,6,6;SAR=2,4,1;SRF=20;SRR=37;SSEN=0.300628,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.663271,0.300521,0.547974;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.045001,0.0951448;OID=.,.,.;OPOS=30670359,30670360,30670357;OREF=GT,T,GGGT;OALT=-,-,TCGG;OMAPALT=GG,GGG,TCGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:22:95:104:57:0:20,10,7:0,97,7:0,0.932692,0.0673077:2,4,1:18,6,6:20:37:0,45,1:0,52,6:0:0 chr8 30695226 . C T 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9353;QD=49.5861;RBI=0.0268868;REFB=0;REVB=-0.0253643;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106572;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr8 30700598 . T C 127.0 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00662383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.313;QD=11.2885;RBI=0.0215504;REFB=-0.00485351;REVB=-0.0205072;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0121966;OID=.;OPOS=30700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:18:12:6:9:18:12 chr8 30924557 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00547043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.564;QD=59.4338;RBI=0.0647869;REFB=0;REVB=0.0645555;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382042;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr8 30973957 . G T 163.24 PASS AF=0.261364;AO=22;DP=88;FAO=23;FDP=88;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0183311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.253;QD=7.42;RBI=0.0192499;REFB=-0.00327364;REVB=0.0058761;RO=64;SAF=7;SAR=15;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316395;STB=0.695482;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0186401;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:65:22:23:0.261364:15:7:37:27:16:7:37:28 chr8 30999280 . G T 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00716008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.146;QD=7.30338;RBI=0.00729075;REFB=-0.00059936;REVB=0.00137416;RO=42;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644267;STB=0.539515;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0015739;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:9:6:19:23:9:6:19:23 chr8 31024638 . C T 610.91 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0160385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9943;QD=30.9322;RBI=0.0433644;REFB=-0.0131863;REVB=-0.0402894;RO=25;SAF=25;SAR=28;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666973;STB=0.528835;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00554471;OID=.;OPOS=31024638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:26:53:53:0.670886:28:25:9:16:28:25:10:16 chr8 32453358 . G A 197.52 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0313198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1343;QD=26.3355;RBI=0.0478596;REFB=-0.0125611;REVB=0.0361886;RO=10;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111712;STB=0.578864;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0189778;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:30:10:11:19:19:0.633333:11:8:6:4:11:8:7:4 chr8 32621844 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00717426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.911;QD=57.2023;RBI=0.0262359;REFB=0;REVB=0.0252359;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161708;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr8 32663420 . A G 1155.0 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.725;QD=60.7897;RBI=0.0336537;REFB=0;REVB=-0.00480688;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53619e-05;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:44:29:0:0:44:32:0:0 chr8 32769008 . TTAAAAAA TAAAAA,TTAAAAAG,TTAAAAA,TTTAAAAA 75.6 PASS AF=0.304348,0.173913,0,0;AO=4,2,3,2;DP=25;FAO=7,4,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2,4,0,0;FSAR=5,0,0,0;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0197339,-0.00175689,-0.00146051,-0.0192476;FXX=0.0416493;HRUN=6,6,6,6;LEN=2,1,1,1;MLLD=18.1804,22.6619,11.1061,11.8542;QD=13.1487;RBI=0.0237173,0.0419493,0.0264829,0.0266459;REFB=-0.0356794,-0.0149574,-0.0611424,-0.0253832;REVB=0.0131562,0.0419125,0.0264426,0.0184265;RO=8;SAF=1,2,2,1;SAR=3,0,1,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0.456311,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.575744,0.490468,-0.294841,-0.438176;STB=0.843421,0.995245,0.5,0.5;STBP=0.075,0.401,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0.0487077,0.0131816,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32769009,32769015,32769010,32769010;OREF=TA,A,A,A;OALT=-,G,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TTAAAAAG,TTAAAAA,TTTAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0.173913,0,0:4,2,3,2:25:7,4,0,0:23:12:2,4,0,0:5,0,0,0:11:1:42:8:1,2,2,1:3,0,1,1:7:1 chr8 33246538 . A G 204.17 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.021743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.239;QD=10.4704;RBI=0.0219838;REFB=-0.0157858;REVB=0.00324475;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195854;STB=0.613949;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0279047;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:15:11:31:21:15:11:31:21 chr8 33246591 . G C 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0439629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.488;QD=8.23014;RBI=0.0481617;REFB=0.00411204;REVB=-0.0196676;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11734;STB=0.59242;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00866439;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:23:25:10:10:0.285714:4:6:16:7:4:6:18:7 chr8 33246685 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0538253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6514;QD=10.6679;RBI=0.0620526;REFB=-0.00994347;REVB=-0.0308766;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104859;STB=0.562383;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0133201;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:14:4:3:7:14:4 chr8 33313329 . G A 292.25 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0144881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.182;QD=20.875;RBI=0.0145743;REFB=-0.0252852;REVB=0.00158306;RO=25;SAF=7;SAR=22;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29748;STB=0.666543;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0193677;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:29:29:0.517857:22:7:14:11:22:7:14:11 chr8 33356074 . A G 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00517592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.159;QD=32.9593;RBI=0.0164546;REFB=-0.025304;REVB=0.0156193;RO=14;SAF=23;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235396;STB=0.629468;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00653564;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:7:23:6:8:7:23:6:8 chr8 33369944 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.06602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.587;QD=29.8317;RBI=0.0666136;REFB=0.00736803;REVB=0.00887291;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204506;STB=0.612084;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00252094;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:12:14:3:11:12:14:3:11 chr8 33369994 . A G 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00919129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9778;QD=33.478;RBI=0.0138242;REFB=0.0504422;REVB=-0.0103261;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110741;STB=0.560455;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0230136;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:13:15:4:8:13:15:4:8 chr8 33416189 . G A 267.28 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0428042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5472;QD=21.8191;RBI=0.0465777;REFB=-0.0128334;REVB=0.0183652;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160804;STB=0.590092;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00817346;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:10:15:10:14:10:15:10:14 chr8 33416222 . C T 236.31 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00925699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.155;QD=17.5041;RBI=0.0166437;REFB=-0.00576703;REVB=0.0138318;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193337;STB=0.615296;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00765259;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:25:26:0.481481:10:15:11:17:10:16:11:17 chr8 33437926 . C T 215.53 PASS AF=0.636364;AO=19;DP=31;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0187599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.509;QD=26.1249;RBI=0.0298388;REFB=-0.0147823;REVB=0.0232038;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398011;STB=0.538868;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.011179;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:33:12:12:19:21:0.636364:9:10:7:5:11:10:7:5 chr8 33573577 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.727;QD=33.4284;RBI=0.0817878;REFB=0;REVB=0.0173371;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687214;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr8 36694394 . C T 551.12 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8541;QD=26.8838;RBI=0.0551113;REFB=-0.00346691;REVB=0.00111561;RO=32;SAF=24;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812672;STB=0.544286;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00207333;OID=.;OPOS=36694394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:32:32:50:50:0.609756:26:24:19:13:26:24:19:13 chr8 36767024 . T C 764.09 PASS AF=0.646465;AO=64;DP=99;FAO=64;FDP=99;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00291478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.093;QD=30.8723;RBI=0.00316754;REFB=-0.014384;REVB=0.0012399;RO=34;SAF=21;SAR=43;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334564;STB=0.505568;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00637065;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:35:64:64:0.646465:43:21:11:23:43:21:11:24 chr8 37455990 . G C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0150666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4011;QD=8.24589;RBI=0.087902;REFB=-0.000934063;REVB=-0.0866012;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365691;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00655929;OID=.;OPOS=37455990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:6:9:6:1:6:9 chr8 37456304 . G A 300.31 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00282653;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.596;QD=16.2327;RBI=0.0245785;REFB=-0.0050148;REVB=-0.0244154;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184707;STB=0.584758;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00558741;OID=.;OPOS=37456304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:41:33:33:0.445946:12:21:18:22:12:21:20:21 chr8 37456438 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00709182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.854;QD=18.1176;RBI=0.0297067;REFB=-0.0128608;REVB=-0.0288478;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.642696;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0190303;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:6:11:8:12:6:12:8:12 chr8 37702472 . G A 483.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9454;QD=58.6427;RBI=0.186452;REFB=0;REVB=0.121154;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473236;OID=.;OPOS=37702472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:23:8:0:0:24:9:0:0 chr8 37728017 . A G 1098.63 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=60.1991;RBI=0.00947616;REFB=0;REVB=0.00942091;RO=0;SAF=51;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63247e-05;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:22:51:0:0:22:51:0:0 chr8 37728019 . T G 1044.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1718;QD=59.6659;RBI=0.0959324;REFB=0;REVB=-0.044899;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113145;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:19:51:0:0:19:51:0:0 chr8 37730366 . G A 515.02 PASS AF=0.505051;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00600393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.608;QD=20.8087;RBI=0.0309138;REFB=-0.00840735;REVB=-0.0303252;RO=49;SAF=13;SAR=36;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245714;STB=0.639322;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0131083;OID=.;OPOS=37730366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:49:49:49:50:0.505051:36:13:25:24:37:13:25:24 chr8 37730368 . G A 1521.63 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294068;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8745;QD=62.7477;RBI=0.0397295;REFB=-0.135472;REVB=0.0267146;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810701;STB=0.504273;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00121596;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:58:38:0:1:58:38:0:1 chr8 37823798 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0256851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.487;QD=20.3165;RBI=0.0262435;REFB=-0.00490224;REVB=-0.00538449;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.566503;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00638083;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:11:7:10:9:11:7 chr8 37979919 . G C 414.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.661;QD=55.2931;RBI=0.0152618;REFB=0;REVB=0.0113746;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100745;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:9:19:0:0:10:20:0:0 chr8 37985897 . A G 802.41 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0354227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5227;QD=55.3387;RBI=0.0704121;REFB=-0.0283289;REVB=-0.0608531;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000638157;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:31:26:0:1:31:26:0:1 chr8 38005835 . T C 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.313;QD=60.8782;RBI=0.0547173;REFB=0;REVB=0.0245343;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110893;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr8 38270433 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00575998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.19;QD=21.0138;RBI=0.0145775;REFB=-0.00469968;REVB=-0.0133913;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230775;STB=0.63353;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00289916;OID=.;OPOS=38270433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:4:3:2:9:4:3 chr8 38458371 . G T 2655.6 PASS AF=0.977528;AO=148;DP=178;FAO=174;FDP=178;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=97;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0182719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.601;QD=59.6764;RBI=0.0216067;REFB=-0.0568394;REVB=-0.0115321;RO=0;SAF=68;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87518e-08;STB=0.512657;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00115644;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:178:178:0:4:148:174:0.977528:80:68:0:0:97:77:4:0 chr8 38458552 . G GTCT 2234.85 PASS AF=1;AO=133;DP=148;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106635;FXX=0.0342442;HRUN=0;LEN=3;MLLD=204.46;QD=63.4;RBI=0.0527584;REFB=0;REVB=0.0516695;RO=4;SAF=66;SAR=67;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.726e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:133:148:141:141:0:70:71:0:0:12:4:66:67:3:1 chr8 38458659 . C T 1363.61 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0603318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.953;QD=61.2857;RBI=0.0604049;REFB=-0.130097;REVB=0.00297067;RO=1;SAF=34;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137327;STB=0.507245;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000266098;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:54:34:1:0:54:34:1:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1759.96 PASS AF=1,0;AO=91,30;DP=127;FAO=126,0;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69,0;FSAR=57,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226931,-0.0231417;FXX=0.0078734;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.687,188.548;QD=55.8717;RBI=0.205802,0.102176;REFB=0,0;REVB=0.20579,-0.0995213;RO=0;SAF=69,0;SAR=22,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=3.43953e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00190417,0.0606693;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:91,30:127:126,0:126:0:69,0:57,0:0:0:10:0:69,0:22,30:0:0 chr8 38835666 . T C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0184777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.66;QD=10.4727;RBI=0.0305654;REFB=-0.00246131;REVB=0.0243479;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277332;STB=0.666389;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00569907;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:14:10:8:4:14:10 chr8 38848850 . C T 313.43 PASS AF=0.515625;AO=30;DP=61;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0126748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.376;QD=19.5893;RBI=0.0140151;REFB=-0.0130497;REVB=0.0059812;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895679;STB=0.5475;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0120214;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:30:31:30:33:0.515625:15:15:18:12:16:17:19:12 chr8 38964647 . G A 193.37 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00964699;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.896;QD=9.91623;RBI=0.0109593;REFB=0.00270781;REVB=-0.00520009;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445565;STB=0.547287;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00733891;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:53:25:25:0.320513:11:14:25:23:11:14:26:27 chr8 38965271 . C T 895.12 PASS AF=0.440909;AO=97;DP=220;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=43;FWDB=-0.00191035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.084;QD=16.275;RBI=0.0146445;REFB=-0.0258696;REVB=0.0145194;RO=114;SAF=53;SAR=44;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759106;STB=0.559292;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0339225;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:114:123:97:97:0.440909:44:53:71:43:44:53:80:43 chr8 39080632 . C G 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.815;QD=62.0074;RBI=0.0372752;REFB=0;REVB=-0.0325319;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61669e-05;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr8 39311600 . C T 2309.28 PASS AF=1;AO=152;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.95;QD=60.3734;RBI=0.0842402;REFB=0;REVB=-0.0841371;RO=1;SAF=109;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77681e-05;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:153:1:0:152:153:1:43:109:1:0:43:110:0:0 chr8 39312886 . G A 1745.62 PASS AF=1;AO=98;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=85;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332669;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.538;QD=60.1937;RBI=0.0397159;REFB=0;REVB=-0.0216949;RO=0;SAF=74;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88986e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302583;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:98:116:1:24:74:0:0:31:85:0:0 chr8 39496029 . T C 376.43 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0132957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.588;QD=16.0185;RBI=0.0157885;REFB=-0.00668837;REVB=-0.00851477;RO=54;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177448;STB=0.59995;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0103941;OID=.;OPOS=39496029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:16:24:23:31:16:24:23:31 chr8 39840234 . A G 284.31 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00555997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1418;QD=19.275;RBI=0.00835602;REFB=0.00229878;REVB=-0.00623778;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105002;STB=0.558305;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0040095;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:11:17:15:16:11:17 chr8 39872866 . A C 1236.39 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439875;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2286;QD=61.8193;RBI=0.0514219;REFB=0;REVB=0.0266328;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165944;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:80:0:0:80:80:1:35:45:0:0:35:45:0:0 chr8 39872935 . T A 388.34 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0226545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.572;QD=21.2791;RBI=0.0227821;REFB=-0.0412034;REVB=0.00240811;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238864;STB=0.621827;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0362844;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:34:38:39:0.534247:25:13:21:13:25:14:21:13 chr8 39873478 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.42;QD=52.6101;RBI=0.0140419;REFB=0;REVB=-0.0095731;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212278;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr8 39873483 . TT AA 63.51 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00819531;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=2;MLLD=203.298;QD=18.1447;RBI=0.0129327;REFB=-0.0141252;REVB=0.0100046;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=0.00299157;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:14:3:5:7:7:0.5:5:2:1:2:5:2:2:3 chr8 40011079 . GT AC,AT 718.1 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040665,0.00439656;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=53.6569,124.062;QD=56.3218;RBI=0.050776,0.0208596;REFB=0,0;REVB=-0.0304065,-0.020391;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0563032,-8.44877e-05;OID=.,.;OPOS=40011079,40011079;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:0,25:2,24:0:0:0,25:2,24:0:0 chr8 40012063 . A G 224.23 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00902603;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.611;QD=25.6264;RBI=0.0125995;REFB=0.00468223;REVB=-0.00879078;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578375;STB=0.519981;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00290818;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:14:21:21:0.6:13:8:6:7:13:8:6:8 chr8 40012684 . C G 236.27 PASS AF=0.306122;AO=28;DP=96;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00848728;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.315;QD=9.6436;RBI=0.0121799;REFB=-0.0027827;REVB=0.00873589;RO=66;SAF=17;SAR=11;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932847;STB=0.549966;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00927146;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:66:68:28:30:0.306122:11:17:35:31:12:18:36:32 chr8 41132742 . A T 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=3;FWDB=-0.0135874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.283;QD=11.2606;RBI=0.0234822;REFB=-0.0189376;REVB=-0.019152;RO=30;SAF=13;SAR=2;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088109;STB=0.55166;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.036813;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:2:13:27:3:2:13:27:3 chr8 41293142 . C T 382.54 PASS AF=0.519481;AO=38;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00858065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.726;QD=19.8724;RBI=0.0168139;REFB=-0.00892996;REVB=-0.0144596;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845806;STB=0.542351;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00673716;OID=.;OPOS=41293142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:37:38:40:0.519481:24:14:17:20:25:15:17:20 chr8 41297464 . T G 330.74 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0228621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2429;QD=16.3329;RBI=0.0234553;REFB=-0.0132773;REVB=0.00524167;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836281;STB=0.503095;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0219581;OID=.;OPOS=41297464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:45:35:36:0.444444:17:18:23:21:17:19:24:21 chr8 41367882 . A G 1085.22 PASS AF=0.4;AO=124;DP=310;FAO=124;FDP=310;FR=.;FRO=186;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=101;FSRR=85;FWDB=-0.00605577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.272;QD=14.0028;RBI=0.00667303;REFB=-0.01177;REVB=-0.00280302;RO=185;SAF=57;SAR=67;SRF=101;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920946;STB=0.549914;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.018243;OID=.;OPOS=41367882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:185:186:124:124:0.4:67:57:101:84:67:57:101:85 chr8 41391704 . A G 2910.39 PASS AF=0.989362;AO=186;DP=189;FAO=186;FDP=188;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213017;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6589;QD=61.9233;RBI=0.0230859;REFB=-0.130216;REVB=0.00889913;RO=1;SAF=121;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726858;STB=0.507575;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000645266;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:188:1:2:186:186:0.989362:65:121:0:1:65:121:0:2 chr8 41391761 . A T 514.61 PASS AF=0.414474;AO=52;DP=141;FAO=63;FDP=152;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=27;FWDB=0.00856971;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=38.5559;QD=13.5422;RBI=0.0491139;REFB=-0.0654191;REVB=0.0483605;RO=51;SAF=29;SAR=23;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137389;STB=0.576447;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0378398;OID=.;OPOS=41391761;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:152:51:89:52:63:0.414474:23:29:36:15:27:36:62:27 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00696249;FXX=0;HRUN=1;LEN=14;MLLD=496.751;QD=8.30755;RBI=0.00767024;REFB=-0.00305547;REVB=0.00321813;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618928;STB=0.538366;STBP=0.801;TYPE=del;VARB=0.00761742;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:8:26:8:26:18:4:4:8:10:53:18:4:4:8:10 chr8 41512648 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 146.89 PASS AF=0,0.769231,0.230769;AO=2,8,3;DP=14;FAO=0,10,3;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,0;FSAR=0,8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11025,0.127542,0.0143027;FXX=0.0713776;HRUN=1,1,0;LEN=3,2,4;MLLD=157.312,171.078,60.1539;QD=45.1965;RBI=0.133625,0.157369,0.0222831;REFB=0,0,0;REVB=0.0755022,0.0921845,0.0170871;RO=0;SAF=2,0,0;SAR=0,8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0,0.0225107,-0.0048528;OID=.,.,.;OPOS=41512671,41512649,41512649;OREF=GTC,GT,-;OALT=-,-,GTGT;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.769231,0.230769:2,8,3:14:0,10,3:13:0:0,2,0:0,8,3:0:0:16:0:2,0,0:0,8,3:0:0 chr8 41517958 . A AG 2891.63 PASS AF=1;AO=244;DP=294;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156857;FXX=0.0143364;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.0132;QD=42.0601;RBI=0.15748;REFB=0;REVB=0.0139999;RO=40;SAF=128;SAR=116;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00182983;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:244:294:275:275:0:145:130:0:0:54:40:128:116:33:7 chr8 41519462 . A G 141.81 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00539349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.441;QD=11.1225;RBI=0.0104885;REFB=-0.0270797;REVB=0.00899546;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.539124;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0511009;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:34:18:17:0.333333:9:9:16:16:8:9:16:18 chr8 41525914 . C T 619.01 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.0188787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8563;QD=19.4964;RBI=0.0366912;REFB=-0.0219305;REVB=0.0314617;RO=62;SAF=36;SAR=27;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837474;STB=0.552431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0350838;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:64:63:63:0.496063:27:36:41:21:27:36:43:21 chr8 41583294 . C T 438.31 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00985253;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.457;QD=20.872;RBI=0.0463276;REFB=-0.00329389;REVB=0.0452678;RO=39;SAF=28;SAR=15;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647745;STB=0.544411;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00339672;OID=.;OPOS=41583294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:39:41:43:43:0.511905:15:28:28:11:15:28:30:11 chr8 41585438 . G A 733.41 PASS AF=0.436464;AO=79;DP=181;FAO=79;FDP=181;FR=.;FRO=102;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=0.0399542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.937;QD=16.2079;RBI=0.0402744;REFB=-0.00421209;REVB=0.00506851;RO=101;SAF=49;SAR=30;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689655;STB=0.536096;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00803154;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:101:102:79:79:0.436464:30:49:56:45:30:49:57:45 chr8 41787705 . CTCATT C 175.76 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411544;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=302.459;QD=46.8683;RBI=0.0424912;REFB=0;REVB=0.0105747;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000179911;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:4:11:0:0:4:0:3:11:0:0 chr8 41791283 . G A 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0250191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9996;QD=18.2885;RBI=0.0289747;REFB=-0.0403071;REVB=0.0146143;RO=33;SAF=19;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154427;STB=0.586253;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0319078;OID=.;OPOS=41791283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:13:19:14:19:13:19:14:19 chr8 41798417 . C T 371.11 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0105115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.166;QD=15.3035;RBI=0.0214611;REFB=-0.0201463;REVB=-0.0187106;RO=55;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109337;STB=0.571027;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0274388;OID=.;OPOS=41798417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:57:40:40:0.412371:19:21:23:32:19:21:23:34 chr8 41906095 . A G 552.43 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0144045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.04;QD=27.2805;RBI=0.0165044;REFB=-0.01309;REVB=0.00805638;RO=31;SAF=29;SAR=20;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821521;STB=0.507689;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00641041;OID=.;OPOS=41906095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:31:49:50:0.617284:20:29:18:13:20:30:18:13 chr8 42013563 . T TATG 985.04 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00321583;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=3;MLLD=332.324;QD=53.9749;RBI=0.00406379;REFB=-0.0607724;REVB=-0.00248452;RO=5;SAF=38;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032216;STB=0.511054;STBP=0.464;TYPE=ins;VARB=-3.70048e-06;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.945205:69:74:69:73:4:38:31:3:1:13:5:38:31:4:1 chr8 42044954 . G A 542.64 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0237184;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.789;QD=15.0733;RBI=0.0325764;REFB=-0.0138763;REVB=0.0223306;RO=85;SAF=33;SAR=26;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12981;STB=0.572946;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0181381;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:85:85:59:59:0.409722:26:33:37:48:26:33:37:48 chr8 42295022 . G A 363.72 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0343161;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.447;QD=17.5286;RBI=0.0345153;REFB=-0.00865966;REVB=-0.00370315;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832812;STB=0.546642;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00915977;OID=.;OPOS=42295022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:21:24:17:21:21:24 chr8 42882554 . CA CATTTGT,GT 1421.98 PASS AF=0.830508,0.0677966;AO=83,8;DP=122;FAO=98,8;FDP=118;FR=.;FRO=12;FSAF=68,8;FSAR=30,0;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00405084,-0.00378869;FXX=0.0708606;HRUN=3,1;LEN=5,2;MLLD=168.887,140.04;QD=48.2026;RBI=0.0177921,0.020297;REFB=-0.0441994,-0.00876999;REVB=-0.0173249,-0.0199402;RO=13;SAF=59,8;SAR=24,0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0679453,0.709988;STB=0.529248,0.997579;STBP=0.133,0.307;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00445101,0.00637617;OID=.,.;OPOS=42882556,42882554;OREF=-,CA;OALT=TTTGT,GT;OMAPALT=CATTTGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:122:118:13:12:83,8:98,8:0.830508,0.0677966:24,0:59,8:12:1:30,0:68,8:11:1 chr8 42882555 . A ATTTGT 50.0 PASS AO=86;DP=168;LEN=5;RO=82;SAF=70;SAR=30;SRF=35;SRR=33;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:168:82:86:30:70:35:33 chr8 43054553 . T C 1044.25 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.93;QD=59.6714;RBI=0.025104;REFB=0;REVB=0.0111641;RO=0;SAF=45;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51046e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:25:45:0:0:25:45:0:0 chr8 46951721 . C G 1246.05 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1632;QD=61.5335;RBI=0.0546352;REFB=0;REVB=0.0146969;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319613;OID=.;OPOS=46951721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr8 46951809 . G A 484.74 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0315098;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5158;QD=53.8602;RBI=0.110239;REFB=-0.147683;REVB=0.10564;RO=2;SAF=11;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776698;STB=0.541642;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0112166;OID=.;OPOS=46951809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:2:2:34:34:0.944444:23:11:2:0:23:11:2:0 chr8 46951813 . G T 490.41 PASS AF=0.948718;AO=33;DP=36;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0530272;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0597;QD=50.2984;RBI=0.0827904;REFB=-0.0649749;REVB=0.0635796;RO=3;SAF=11;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111588;STB=0.533315;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0227153;OID=.;OPOS=46951813;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:39:3:2:33:37:0.948718:22:11:3:0:23:14:2:0 chr8 47979781 . G C 1190.56 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1476;QD=61.0542;RBI=0.0549492;REFB=0;REVB=-0.0378459;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56846e-05;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:44:34:0:0 chr8 48102786 . C T 1438.06 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1734;QD=61.852;RBI=0.026453;REFB=-0.102588;REVB=-0.000625248;RO=0;SAF=61;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00112639;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:31:61:0:0:31:61:0:1 chr8 48102987 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.666;QD=57.6806;RBI=0.0888371;REFB=0;REVB=0.063216;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883294;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr8 48103328 . C T 589.85 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0265357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.464;QD=21.6457;RBI=0.0313781;REFB=-0.025399;REVB=0.0167465;RO=49;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306388;STB=0.511178;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.021411;OID=.;OPOS=48103328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:50:59:59:0.541284:25:34:30:19:25:34:30:20 chr8 48104722 . G T 1236.53 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0483864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9182;QD=59.592;RBI=0.0625726;REFB=-0.0259935;REVB=0.0396749;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.003825;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:83:0:1:80:82:0.987952:44:36:0:0:46:36:1:0 chr8 48625316 . C T 501.15 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0669048;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8974;QD=25.0576;RBI=0.0670046;REFB=-0.0351762;REVB=-0.00365557;RO=29;SAF=32;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204919;STB=0.534591;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.060506;OID=.;OPOS=48625316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:29:33:47:47:0.5875:15:32:19:10:15:32:20:13 chr8 48641515 . AC ACG,CG 36.72 PASS AF=0.149254,0.0298507;AO=8,6;DP=67;FAO=10,2;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=2,1;FSAR=8,1;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.00913674,-0.0229256;FXX=0.0147037;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=118.503,120.822;QD=2.19203;RBI=0.0108719,0.0266131;REFB=-0.00212917,-0.000571394;REVB=-0.00589228,-0.0135156;RO=51;SAF=2,1;SAR=6,5;SRF=31;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.415576,-0.481782;STB=0.813761,0.578184;STBP=0.063,0.84;TYPE=ins,mnp;VARB=0.15159,0.0149882;OID=.,.;OPOS=48641517,48641515;OREF=-,AC;OALT=G,CG;OMAPALT=ACG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:67:67:51:55:8,6:10,2:0.149254,0.0298507:6,5:2,1:31:20:8,1:2,1:32:23 chr8 48691325 . C A 423.77 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00508434;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.459;QD=20.4227;RBI=0.00776325;REFB=0.00251511;REVB=-0.00586665;RO=35;SAF=21;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117792;STB=0.518064;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00246853;OID=.;OPOS=48691325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:35:41:42:42:0.506024:21:21:17:18:21:21:22:19 chr8 48885436 . T A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.061;QD=59.1429;RBI=0.0318986;REFB=0;REVB=0.00759683;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03469e-05;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr8 49375958 . T C 1564.15 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00994821;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.172;QD=59.0245;RBI=0.0181871;REFB=0.0118324;REVB=0.0152251;RO=1;SAF=65;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724579;STB=0.503816;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-4.48343e-06;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:106:1:1:105:105:0.990566:40:65:1:0:40:65:1:0 chr8 50242991 . G C,T 1111.2 PASS AF=0.0533333,0.946667;AO=4,71;DP=75;FAO=4,71;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=4,29;FSAR=0,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017924,0.00537468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.803,184.858;QD=59.264;RBI=0.0186113,0.00879881;REFB=0,0;REVB=0.00501114,0.00696649;RO=0;SAF=4,29;SAR=0,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00518837,-0.00135129;OID=.,.;OPOS=50242991,50242991;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:75:75:0:0:4,71:4,71:0.0533333,0.946667:0,42:4,29:0:0:0,42:4,29:0:0 chr8 51571172 . G A 281.45 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6842;QD=48.9474;RBI=0.0850516;REFB=-0.108076;REVB=0.083912;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579709;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:10:13:0:0 chr8 52321243 . T C 2303.62 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.682;QD=60.6216;RBI=0.0337701;REFB=0;REVB=0.00485391;RO=0;SAF=80;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49908e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:152:0:0:148:152:1:68:80:0:0:68:84:0:0 chr8 52366200 . G A 770.64 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=142;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0223319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8194;QD=21.7083;RBI=0.0243691;REFB=-0.00941008;REVB=0.00975386;RO=68;SAF=43;SAR=31;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458744;STB=0.525197;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00786772;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:68:68:74:74:0.521127:31:43:36:32:31:43:36:32 chr8 52366217 . G A 536.15 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0196294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.892;QD=17.4356;RBI=0.021124;REFB=-0.0066627;REVB=-0.00780463;RO=66;SAF=32;SAR=25;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290308;STB=0.516133;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0102457;OID=.;OPOS=52366217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:25:32:39:27:25:32:39:27 chr8 52366300 . A G 278.83 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00669784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1416;QD=16.402;RBI=0.0203153;REFB=0.000531539;REVB=-0.0191794;RO=37;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722622;STB=0.5407;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000664443;OID=.;OPOS=52366300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:12:19:20:17:12:19:20:17 chr8 52396241 . T C 322.36 PASS AF=0.548387;AO=31;DP=59;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00532557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.623;QD=20.7971;RBI=0.00544638;REFB=-0.0204208;REVB=0.00114078;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221013;STB=0.586654;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0117284;OID=.;OPOS=52396241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:28:28:31:34:0.548387:21:10:16:12:21:13:16:12 chr8 52730441 . T C 346.13 PASS AF=0.24537;AO=53;DP=216;FAO=53;FDP=216;FR=.;FRO=163;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=96;FSRR=67;FWDB=-0.0135728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.167;QD=6.40984;RBI=0.0658097;REFB=-0.00393563;REVB=0.0643949;RO=161;SAF=27;SAR=26;SRF=95;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10174;STB=0.560146;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0149285;OID=.;OPOS=52730441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:161:163:53:53:0.24537:26:27:95:66:26:27:96:67 chr8 52730521 . C T 1206.34 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6565;QD=61.0804;RBI=0.0111284;REFB=0;REVB=0.00842188;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58248e-05;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr8 52730864 . T C 494.49 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0249978;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.647;QD=38.7838;RBI=0.0267674;REFB=-0.0493777;REVB=-0.009571;RO=10;SAF=23;SAR=18;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014467;STB=0.507778;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0183989;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:10:10:41:41:0.803922:18:23:6:4:18:23:6:4 chr8 52731975 . C A 33.15 PASS AF=0.142857;AO=5;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00332038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.806;QD=3.15701;RBI=0.00837206;REFB=-0.00312771;REVB=0.00768548;RO=36;SAF=3;SAR=2;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474542;STB=0.618674;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0426981;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:36:36:5:6:0.142857:2:3:23:13:3:3:23:13 chr8 52861127 . G C 96.76 PASS AF=0.631579;AO=7;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0135082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3925;QD=20.3705;RBI=0.0139732;REFB=-0.0560603;REVB=0.00357475;RO=6;SAF=0;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.793444;STB=0.642615;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0462935;OID=.;OPOS=52861127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:19:6:7:7:12:0.631579:7:0:4:2:8:4:5:2 chr8 53071461 . G A 476.74 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0265894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.29;QD=24.7657;RBI=0.0266539;REFB=0.000586601;REVB=-0.00185275;RO=32;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119677;STB=0.565488;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.000319367;OID=.;OPOS=53071461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:24:21:20:12:24:21:20:12 chr8 53537316 . A G 367.63 PASS AF=0.520548;AO=36;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00186752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8233;QD=20.1441;RBI=0.0133452;REFB=0.00549964;REVB=0.0132138;RO=35;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168672;STB=0.572241;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00104156;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:36:38:0.520548:12:24:17:18:14:24:17:18 chr8 53555069 . A G 336.6 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00805154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9323;QD=14.7958;RBI=0.0158864;REFB=-0.0149557;REVB=0.0136949;RO=54;SAF=25;SAR=12;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31853;STB=0.680376;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0212096;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:37:37:0.406593:12:25:20:34:12:25:20:34 chr8 53586706 . A G 1264.68 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.763;QD=61.6919;RBI=0.0386706;REFB=0;REVB=0.0160416;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62911e-05;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:47:34:0:0:48:34:0:0 chr8 53586729 . A G 391.64 PASS AF=0.526316;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00608235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.267;QD=20.6126;RBI=0.0117902;REFB=-0.0100965;REVB=-0.0101002;RO=34;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324987;STB=0.523798;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0099481;OID=.;OPOS=53586729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:36:39:40:0.526316:21:18:17:17:22:18:18:18 chr8 53853526 . G A 264.95 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0455573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.537;QD=17.9629;RBI=0.0455785;REFB=-0.0240563;REVB=0.00138752;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2406;STB=0.610777;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0403938;OID=.;OPOS=53853526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:28:30:29:29:0.491525:14:15:22:6:14:15:22:8 chr8 53853614 . C T 512.32 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0160304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.716;QD=21.5713;RBI=0.0432979;REFB=-0.0259803;REVB=0.0402211;RO=46;SAF=30;SAR=19;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327366;STB=0.501808;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0184809;OID=.;OPOS=53853614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:19:30:28:18:19:30:28:18 chr8 54155452 . G A 731.46 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103764;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.88;QD=63.6054;RBI=0.00122141;REFB=0;REVB=-0.000644328;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75939e-05;OID=.;OPOS=54155452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr8 54155455 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8397;QD=63.5819;RBI=0.119762;REFB=0;REVB=0.00930786;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168376;OID=.;OPOS=54155455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr8 54163562 . C A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4971;QD=39.2065;RBI=0.0242262;REFB=0;REVB=-0.0131176;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0019189;OID=.;OPOS=54163562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 54745538 . C G 1415.37 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6366;QD=62.9055;RBI=0.0377509;REFB=0;REVB=0.0145802;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278656;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:42:46:0:0:42:48:0:0 chr8 54896960 . T G 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00978816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.094;QD=13.5517;RBI=0.0134578;REFB=-0.0160182;REVB=0.00923604;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111945;STB=0.563747;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0210695;OID=.;OPOS=54896960;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:24:11:10:14:24:11 chr8 55539057 . G A 248.38 PASS AF=0.488889;AO=13;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0272221;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5064;QD=22.0781;RBI=0.0490807;REFB=0.00683384;REVB=-0.0408396;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.602013;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00831652;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:21:13:22:0.488889:6:7:8:9:9:13:8:13 chr8 55541450 . G A 236.04 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=58;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00994451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.102;QD=14.9867;RBI=0.0113466;REFB=-0.0139342;REVB=0.00546362;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349646;STB=0.555516;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0178533;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:33:35:24:28:0.444444:11:13:19:14:14:14:21:14 chr8 55541513 . T C 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0183655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.991;QD=21.1298;RBI=0.0198712;REFB=-0.00908272;REVB=-0.00758774;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101306;STB=0.55691;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00873381;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:12:9:12:10:12:9 chr8 55541617 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0044789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.801;QD=15.1975;RBI=0.00570607;REFB=-0.0152646;REVB=0.00353535;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275051;STB=0.660139;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0183767;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:10:8:10:4:10:8 chr8 55586495 . C T 676.94 PASS AF=0.478873;AO=67;DP=141;FAO=68;FDP=142;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0602745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0537;QD=19.0687;RBI=0.0612733;REFB=-0.00214165;REVB=-0.0110182;RO=73;SAF=46;SAR=21;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181228;STB=0.590761;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00316463;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:73:74:67:68:0.478873:21:46:37:36:22:46:38:36 chr8 55632762 . C T 641.73 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00275778;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.447;QD=17.4621;RBI=0.00685885;REFB=-0.0126756;REVB=0.00628001;RO=81;SAF=30;SAR=36;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224562;STB=0.512496;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0163495;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:66:66:0.44898:36:30:35:46:36:30:35:46 chr8 56076708 . TTGC T 210.22 PASS AF=0.56;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00484036;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=3;MLLD=292.783;QD=16.8178;RBI=0.0181857;REFB=-0.021021;REVB=0.0175297;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971859;STB=0.540511;STBP=0.573;TYPE=del;VARB=0.0171108;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:25:50:28:50:22:20:8:14:8:99:21:18:7:13:8 chr8 56651746 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00737022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.099;QD=13.2053;RBI=0.0481303;REFB=-0.0147414;REVB=0.0475626;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00984479;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr8 56652048 . CAT C 891.5 PASS AF=0.410042;AO=97;DP=240;FAO=98;FDP=239;FR=.;FRO=141;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=-0.00874417;FXX=0.0123962;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.639;QD=14.9205;RBI=0.0284937;REFB=-0.0157043;REVB=0.0271188;RO=138;SAF=50;SAR=47;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162426;STB=0.512293;STBP=0.739;TYPE=del;VARB=0.0218871;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410042:97:240:98:239:141:50:48:69:72:99:138:50:47:69:69 chr8 56657801 . C T 310.61 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00418434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.656;QD=16.3478;RBI=0.00650609;REFB=0.00808803;REVB=0.00498201;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064419;STB=0.536256;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0164087;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:14:20:22:20:14:20:22:20 chr8 56686224 . T C 1589.77 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5338;QD=59.9914;RBI=0.0255059;REFB=0;REVB=-0.0071335;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15155e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr8 56821700 . T G 1619.88 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00486825;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.128;QD=57.3409;RBI=0.00639206;REFB=-0.0461437;REVB=0.00414228;RO=3;SAF=60;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023142;STB=0.512193;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000400391;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:114:113:3:3:110:110:0.973451:50:60:3:0:50:60:3:0 chr8 56821795 . T G 1780.42 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.08;QD=60.8692;RBI=0.0473611;REFB=0;REVB=0.0157575;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76425e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:117:0:0:102:117:1:44:58:0:0:53:64:0:0 chr8 56821809 . C T 1701.72 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0291998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.94;QD=58.68;RBI=0.0349124;REFB=-0.0406918;REVB=-0.0191376;RO=2;SAF=65;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0023425;STB=0.501234;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000489801;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:114:114:0.982759:49:65:1:1:49:65:1:1 chr8 56821945 . G A 774.26 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00566815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.517;QD=61.9409;RBI=0.0248829;REFB=-0.120324;REVB=0.0242287;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00187489;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:50:0:1:49:49:0.98:19:30:0:0:19:30:0:1 chr8 57129291 . A T 968.37 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453595;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.711;QD=58.6893;RBI=0.0477255;REFB=0;REVB=0.0148403;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93104e-05;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:33:30:0:0:33:33:0:0 chr8 57872679 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9292;QD=54.517;RBI=0.0505538;REFB=0;REVB=-0.0205007;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526102;OID=.;OPOS=57872679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr8 59059543 . CG C 103.93 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=102;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0126091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.638;QD=4.07578;RBI=0.0572902;REFB=-0.00239162;REVB=0.0558854;RO=84;SAF=8;SAR=10;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403733;STB=0.526286;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.0120105;OID=.;OPOS=59059544;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:18:102:18:102:84:8:10:40:44:99:84:8:10:40:44 chr8 59060275 . A G 492.29 PASS AF=0.489796;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00968416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.53;QD=20.0936;RBI=0.0112176;REFB=-0.00795657;REVB=0.00566145;RO=49;SAF=30;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056103;STB=0.503245;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0173664;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:50:47:48:0.489796:17:30:31:18:17:31:32:18 chr8 59409373 . T C 156.38 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.019078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.457;QD=24.0577;RBI=0.0203857;REFB=-0.0511354;REVB=0.00718379;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262232;STB=0.514688;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00620042;OID=.;OPOS=59409373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:6:4:7:9:6:4 chr8 59496490 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.411;QD=62.0212;RBI=0.0839339;REFB=0;REVB=0.0795242;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290956;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr8 59512334 . G A 1651.99 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111831;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.991;QD=60.0724;RBI=0.038818;REFB=-0.12278;REVB=0.0371723;RO=0;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252531;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:113:110:0:0:110:110:1:38:72:0:0:38:72:0:0 chr8 59547804 . C A 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.000101547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.24;QD=17.752;RBI=0.037043;REFB=-0.0124221;REVB=-0.0370428;RO=54;SAF=18;SAR=27;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256253;STB=0.637735;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0184398;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:27:18:36:18:27:18:36:19 chr8 62490978 . T C 337.28 PASS AF=0.402174;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0176226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.485;QD=14.6644;RBI=0.0263362;REFB=-0.0386968;REVB=-0.0195714;RO=53;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460332;STB=0.508231;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0224059;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:92:53:55:35:37:0.402174:16:19:29:24:18:19:29:26 chr8 62491095 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00509662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.685;QD=14.1699;RBI=0.00780563;REFB=-0.0104357;REVB=-0.00591205;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0095568;OID=.;OPOS=62491095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:3:8:4:6:4:8 chr8 62491107 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0264237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.169;QD=27.3839;RBI=0.0267884;REFB=-0.00175922;REVB=-0.0044053;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000305177;OID=.;OPOS=62491107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:2:1:4:6:2:1 chr8 62491943 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0487223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4799;QD=13.5047;RBI=0.049264;REFB=-0.025878;REVB=-0.00728515;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374704;STB=0.724211;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.037116;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:10:2:8:9:10:2:8:9 chr8 62491985 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0585712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3173;QD=9.9164;RBI=0.0879852;REFB=-0.00834773;REVB=-0.0656568;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0070528;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:9:8:4:5:9:8 chr8 62544428 . G T 375.02 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0079376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1922;QD=20.8343;RBI=0.0180303;REFB=-0.0124758;REVB=-0.0161891;RO=33;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937471;STB=0.550871;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0154423;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:37:38:0.527778:23:14:16:17:23:15:17:17 chr8 62595068 . C T 225.58 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0250407;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.411;QD=17.0247;RBI=0.0272996;REFB=-0.0196244;REVB=0.0108733;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05214;STB=0.529388;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00628588;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:13:15:12:13:13:15 chr8 63161612 . C G 212.55 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00664634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8295;QD=20.243;RBI=0.0282048;REFB=-0.0216185;REVB=-0.0274105;RO=21;SAF=17;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272377;STB=0.65562;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0306975;OID=.;OPOS=63161612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:4:17:12:9:4:17:12:9 chr8 63659610 . G A 2514.02 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135785;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.075;QD=61.6938;RBI=0.0388854;REFB=0;REVB=0.0364376;RO=0;SAF=99;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91274e-05;OID=.;OPOS=63659610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:161:163:1:62:99:0:0:64:99:0:0 chr8 63775812 . G GT,T 38.31 PASS AF=0.466667,0;AO=4,2;DP=16;FAO=7,0;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3,0;FSAR=4,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.142928,-0.0269653;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=13.1818,274.15;QD=10.2157;RBI=0.193104,0.0283928;REFB=-0.0266757,0.0069523;REVB=0.129849,0.00888947;RO=10;SAF=2,0;SAR=2,2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.217427,-0.655147;STB=0.538351,0.5;STBP=0.737,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0971008,0;OID=.,.;OPOS=63775813,63775812;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:15:10:8:4,2:7,0:0.466667,0:2,2:2,0:7:3:4,0:3,0:4:4 chr8 63942717 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4314;QD=51.9156;RBI=0.0807687;REFB=0;REVB=0.0336413;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711214;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA 260.69 PASS AF=1,0;AO=35,2;DP=45;FAO=45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457531,-0.1858;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.18376,11.4948;QD=23.1721;RBI=0.0694363,0.186055;REFB=0,0;REVB=-0.0522307,-0.00974293;RO=2;SAF=17,2;SAR=18,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0518991,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000765931,0;OID=.,.;OPOS=63978659,63978666;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:35,2:45:45,0:45:0:25,0:20,0:0:0:3:2:17,2:18,0:2:0 chr8 64098729 . A AG 1050.99 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217588;FXX=0.0410903;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.581;QD=60.0565;RBI=0.0325632;REFB=0;REVB=0.0242264;RO=8;SAF=51;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.63524e-05;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:79:70:70:0:52:18:0:0:6:8:51:18:5:3 chr8 65290650 . C T 184.89 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00718966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.094;QD=12.3258;RBI=0.0188034;REFB=-0.0328925;REVB=0.0173746;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441614;STB=0.544149;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0450556;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:35:37:21:23:0.383333:8:13:23:12:9:14:25:12 chr8 65495059 . C G 212.82 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000685918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2222;QD=21.2821;RBI=0.00530079;REFB=0.00426552;REVB=0.00525623;RO=18;SAF=1;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640191;STB=0.883042;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0222545;OID=.;OPOS=65495059;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:20:1:9:9:20:1:10:9 chr8 66515783 . G A 204.17 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0276417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4873;QD=12.5645;RBI=0.0330239;REFB=0.00321456;REVB=-0.0180698;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128104;STB=0.573471;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00418827;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:16:24:12:13:16:24 chr8 66516490 . C T 222.93 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0329202;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7339;QD=16.5131;RBI=0.0336096;REFB=0.0106055;REVB=0.00677249;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162758;STB=0.591329;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0155112;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:21:8:11:14:21:8 chr8 66517486 . C T 136.53 PASS AF=0.25;AO=19;DP=82;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0226524;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1643;QD=6.82646;RBI=0.120762;REFB=-0.0180329;REVB=-0.118618;RO=58;SAF=13;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192881;STB=0.602988;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0567641;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:58:60:19:20:0.25:6:13:31:27:7:13:31:29 chr8 66525548 . T C 216.34 PASS AF=0.538462;AO=17;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0217387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.467;QD=22.1885;RBI=0.0237641;REFB=-0.0117464;REVB=0.00960014;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346166;STB=0.677563;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0193738;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:18:17:21:0.538462:7:10:2:12:8:13:4:14 chr8 66609549 . A G 336.73 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0221929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3968;QD=34.5367;RBI=0.0275779;REFB=-0.00691985;REVB=0.0163712;RO=11;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506185;STB=0.50276;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00226182;OID=.;OPOS=66609549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:39:39:11:11:28:28:0.717949:13:15:6:5:13:15:6:5 chr8 66635839 . AT TA 33.65 PASS AF=0.0681818;AO=25;DP=313;FAO=21;FDP=308;FR=.,HEALED;FRO=287;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=137;FSRR=150;FWDB=-0.0416879;FXX=0.0159739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=17.6168;QD=0.436982;RBI=0.0881732;REFB=-0.00596807;REVB=0.0776958;RO=162;SAF=23;SAR=2;SRF=82;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567347;STB=0.902113;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=-0.0309102;OID=.;OPOS=66635839;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:313:308:162:287:25:21:0.0681818:2:23:82:80:2:19:137:150 chr8 67026314 . GACA GACAC,GA 248.05 PASS AF=0.0172414,0.465517;AO=10,14;DP=66;FAO=1,27;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1;FSAR=1,26;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.225366,-0.0724508;FXX=0.121194;HRUN=11,1;LEN=1,2;MLLD=7.27153,205.564;QD=17.1069;RBI=0.31194,0.0795596;REFB=-0.106182,-0.00636779;REVB=-0.215677,0.0328726;RO=10;SAF=1,0;SAR=9,14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190473,-0.804187;STB=0.984933,0.809007;STBP=0.519,0.018;TYPE=ins,del;VARB=-0.0276327,0.0435711;OID=.,.;OPOS=67026318,67026315;OREF=-,AC;OALT=C,-;OMAPALT=GACAC,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0172414,0.465517:10,14:66:1,27:58:30:0,1:1,26:7:23:99:10:1,0:9,14:2:8 chr8 67108975 . G C 175.13 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0292767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7404;QD=20.0152;RBI=0.0327775;REFB=-0.0102242;REVB=-0.0147391;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986999;STB=0.555497;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0124809;OID=.;OPOS=67108975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:13:4:6:12:13:4 chr8 67109100 . C T 346.66 PASS AF=0.445783;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0136682;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.513;QD=16.7065;RBI=0.0156858;REFB=-0.0186974;REVB=0.00769589;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258408;STB=0.631923;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0234488;OID=.;OPOS=67109100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:46:35:37:0.445783:23:12:28:19:24:13:27:19 chr8 68494981 . C CATT 2088.23 PASS AF=0.951724;AO=131;DP=148;FAO=138;FDP=145;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0201368;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.865;QD=57.6064;RBI=0.020189;REFB=-0.0617315;REVB=-0.00145126;RO=8;SAF=65;SAR=66;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277038;STB=0.517583;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.00177495;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.951724:131:148:138:145:7:68:70:6:1:13:8:65:66:6:2 chr8 68864728 . G A 2101.31 PASS AF=1;AO=115;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767907;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.416;QD=62.7256;RBI=0.0848617;REFB=0;REVB=0.0361206;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982514;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:115:134:1:56:59:0:0:63:71:0:0 chr8 68993013 . AT GC 250.37 PASS AF=0.336957;AO=29;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.00751183;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.663;QD=10.8858;RBI=0.0330799;REFB=-0.0251838;REVB=0.0322158;RO=55;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168639;STB=0.581442;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=0.037972;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:55:61:29:31:0.336957:17:12:31:24:19:12:31:30 chr8 69009268 . C T 306.57 PASS AF=0.345133;AO=37;DP=111;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=0.0118609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.452;QD=10.8522;RBI=0.0242612;REFB=-0.0119376;REVB=-0.0211642;RO=72;SAF=19;SAR=18;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788674;STB=0.569071;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0186388;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:72:74:37:39:0.345133:18:19:32:40:18:21:32:42 chr8 69012364 . G A 1357.24 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.344;QD=62.4019;RBI=0.0112129;REFB=0;REVB=-0.0078356;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81136e-06;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:35:50:0:0:35:52:0:0 chr8 69020496 . T C 850.98 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4115;QD=57.6937;RBI=0.0273331;REFB=0;REVB=0.0229589;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037966;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr8 69730488 . G C 131.82 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0122332;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.133;QD=9.94845;RBI=0.0183205;REFB=-0.025172;REVB=-0.0136378;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255265;STB=0.650589;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0357814;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:36:36:17:17:0.320755:10:7:23:13:10:7:23:13 chr8 70571313 . G A 859.29 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0870771;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1329;QD=56.3466;RBI=0.0892115;REFB=-0.153516;REVB=0.0193978;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00444285;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:35:25:0:0:35:25:1:0 chr8 70571531 . G A 787.79 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148933;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.196;QD=57.2935;RBI=0.0203709;REFB=0;REVB=0.0203164;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189837;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr8 70573004 . G A 1517.1 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102406;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.56;QD=63.2125;RBI=0.0694789;REFB=0;REVB=0.0687201;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173596;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:36:57:0:0:36:60:0:0 chr8 70584628 . T C 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6711;QD=62.9776;RBI=0.00521029;REFB=0;REVB=0.000273738;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20283e-05;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr8 70602299 . A G 759.15 PASS AF=0.773333;AO=43;DP=77;FAO=58;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.028263;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8424;QD=40.4882;RBI=0.048209;REFB=-0.0223329;REVB=0.0390553;RO=13;SAF=14;SAR=29;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100267;STB=0.557762;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0161089;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:75:13:14:43:58:0.773333:29:14:7:6:43:15:7:7 chr8 70602341 . A G 4349.48 PASS AF=0.966667;AO=287;DP=299;FAO=290;FDP=300;FR=.;FRO=10;FSAF=138;FSAR=152;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00519758;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.368;QD=57.993;RBI=0.0424748;REFB=-0.0303837;REVB=0.0421556;RO=10;SAF=136;SAR=151;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810849;STB=0.504146;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00112974;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:299:300:10:10:287:290:0.966667:151:136:6:4:152:138:6:4 chr8 70602526 . A G 136.4 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0330522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2954;QD=17.0498;RBI=0.0332304;REFB=0.0176644;REVB=0.00343672;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21177;STB=0.622468;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00867618;OID=.;OPOS=70602526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:8:9:11:4:8:9 chr8 70602529 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0155591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.425;QD=7.83727;RBI=0.0172394;REFB=-0.00175593;REVB=-0.00742372;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00293363;OID=.;OPOS=70602529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:8:8:3:4:8:8 chr8 70602538 . T A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00340301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.204;QD=17.3778;RBI=0.0135964;REFB=-0.0403687;REVB=0.0131637;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200531;STB=0.615182;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0167189;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:7:3:6:5:7:3 chr8 70612637 . C A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0132196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.478;QD=11.1267;RBI=0.0184555;REFB=0.00240064;REVB=-0.0128782;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169559;STB=0.59942;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00728306;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:23:11:8:9:23:11 chr8 70612692 . G A 86.22 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0310355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3937;QD=13.2651;RBI=0.0310356;REFB=-0.0476568;REVB=-7.61108e-05;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26404;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0656021;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:10:5:7:4:10:5 chr8 70835081 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3837;QD=51.9162;RBI=0.0565267;REFB=0;REVB=-0.00152958;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673629;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr8 70964399 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0229439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.684;QD=18.4383;RBI=0.0230164;REFB=-0.0303824;REVB=-0.00182585;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974127;STB=0.554271;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0352077;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:12:17:20:9:12:17:20:9 chr8 70967607 . T C 96.76 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0821533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6351;QD=12.4845;RBI=0.0935936;REFB=0.0358903;REVB=-0.0448398;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176841;STB=0.622014;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0169315;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:4:8:9:9:4:8:9:10 chr8 71486568 . G C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.834;QD=48.7314;RBI=0.0396207;REFB=0;REVB=0.03805;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430225;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr8 71575184 . A G 175.61 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.731;QD=46.829;RBI=0.141202;REFB=0;REVB=-0.13802;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121752;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr8 72111599 . A G 256.64 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0231935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.175;QD=16.2948;RBI=0.0318649;REFB=-0.0347187;REVB=-0.0218502;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.543829;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0414595;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:34:28:29:0.460317:13:15:10:18:13:16:16:18 chr8 72129009 . G A 477.76 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0109914;FXX=0.0421008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.361;QD=21.0005;RBI=0.0186765;REFB=-0.0289392;REVB=-0.0150998;RO=41;SAF=20;SAR=26;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128436;STB=0.559783;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.034529;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:91:41:45:46:46:0.505495:26:20:24:17:26:20:25:20 chr8 72211295 . T C 3305.96 PASS AF=1;AO=202;DP=205;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556133;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.668;QD=62.0838;RBI=0.0630687;REFB=0;REVB=0.029746;RO=0;SAF=88;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21979e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011401;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:205:213:0:0:202:213:1:114:88:0:0:114:99:0:0 chr8 72383124 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.279;QD=57.2017;RBI=0.0575404;REFB=0;REVB=0.0349871;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208115;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr8 72914433 . CTTTT CTTTC,CT,CTT 158.47 PASS AF=0.416667,0,0.583333;AO=3,5,6;DP=24;FAO=10,0,14;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,14;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015962,0.0108332,0.0160665;FXX=0.039984;HRUN=16,16,16;LEN=1,3,2;MLLD=195.91,11.4031,5.1441;QD=26.412;RBI=0.111373,0.300044,0.47203;REFB=0,0,0;REVB=-0.111362,-0.299848,-0.471756;RO=0;SAF=0,5,6;SAR=3,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0113579,0.0466432,0.00166436;OID=.,.,.;OPOS=72914437,72914434,72914434;OREF=T,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.416667,0,0.583333:3,5,6:24:10,0,14:24:0:0,0,14:10,0,0:0:0:65:0:0,5,6:3,0,0:0:0 chr8 72935000 . C CTAA 228.83 PASS AF=0.4;AO=25;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00716484;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=3;MLLD=292.258;QD=13.076;RBI=0.0163782;REFB=-0.00407107;REVB=-0.0147279;RO=41;SAF=20;SAR=5;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105704;STB=0.576743;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=0.00749399;OID=.;OPOS=72935001;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:25:71:28:70:42:23:5:31:11:99:41:20:5:30:11 chr8 72935008 . C T 486.79 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0163925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.378;QD=24.3395;RBI=0.0214305;REFB=-0.0162017;REVB=0.013804;RO=34;SAF=32;SAR=14;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941511;STB=0.551381;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0117276;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:14:32:27:7:14:32:27:7 chr8 72935039 . C T 534.1 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.0021665;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.534;QD=22.2543;RBI=0.00638591;REFB=-0.0140452;REVB=-0.00600717;RO=46;SAF=35;SAR=15;SRF=36;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089145;STB=0.54895;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0131962;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:46:46:50:50:0.520833:15:35:36:10:15:35:36:10 chr8 72935045 . G A,C 1570.79 PASS AF=0.05,0.95;AO=5,95;DP=100;FAO=5,95;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=2,70;FSAR=3,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112305,-0.0291111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.361,62.0924;QD=62.8318;RBI=0.0451393,0.0306205;REFB=0,0;REVB=-0.04372,0.00949529;RO=0;SAF=2,70;SAR=3,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.98657e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14377,0.000134781;OID=.,.;OPOS=72935045,72935045;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:100:100:0:0:5,95:5,95:0.05,0.95:3,25:2,70:0:0:3,25:2,70:0:0 chr8 72942210 . G T 873.56 PASS AF=1;AO=51;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.698;QD=57.2827;RBI=0.0393736;REFB=0;REVB=0.0288727;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279508;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:51:61:1:12:39:0:0:22:39:0:0 chr8 72966002 . G A 1173.78 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577712;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0497;QD=60.9753;RBI=0.0777459;REFB=0;REVB=-0.0775309;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000597937;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:42:34:0:0:42:35:0:0 chr8 72975801 . T G 901.7 PASS AF=0.955224;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0308725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.332;QD=53.833;RBI=0.031525;REFB=-0.13046;REVB=-0.00638082;RO=3;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479435;STB=0.524583;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000434098;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:67:3:3:63:64:0.955224:28:35:0:3:29:35:0:3 chr8 72981327 . A G,T 1987.44 PASS AF=0.947761,0.0373134;AO=128,5;DP=133;FAO=127,5;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=80,5;FSAR=47,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000751192,-0.00243641;FXX=0.00740686;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.726,185.79;QD=59.3266;RBI=0.0154561,0.0166527;REFB=0.039378,-0.0398593;REVB=-0.0154378,0.0164735;RO=0;SAF=81,5;SAR=47,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.502157,0.996516;STBP=0.765,0.14;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0024952,0.052642;OID=.,.;OPOS=72981327,72981327;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:133:134:0:2:128,5:127,5:0.947761,0.0373134:47,0:81,5:0:0:47,0:80,5:1:1 chr8 74005131 . A G 2937.55 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00277505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4885;QD=63.1731;RBI=0.008052;REFB=0;REVB=-0.00755869;RO=0;SAF=90;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98972e-05;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:186:0:0:186:186:1:96:90:0:0:96:90:0:0 chr8 74005179 . T G 1577.55 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.478;QD=63.7395;RBI=0.018841;REFB=0;REVB=-0.000714258;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179154;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:52:46:0:0:53:46:0:0 chr8 74169337 . T C 1381.36 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0654436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1655;QD=61.3938;RBI=0.0673859;REFB=-0.0762146;REVB=-0.0160622;RO=1;SAF=50;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00645646;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:39:50:1:0:39:50:1:0 chr8 74527996 . C T 501.54 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.029;QD=59.0042;RBI=0.0263891;REFB=0;REVB=0.0123511;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102808;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr8 74581288 . AGA AGAG,GAG 1307.36 PASS AF=0.988372,0.0116279;AO=73,6;DP=86;FAO=85,1;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560432,0.034216;FXX=0;HRUN=0,4;LEN=1,3;MLLD=189.65,171.641;QD=60.8073;RBI=0.0627693,0.049653;REFB=0,0;REVB=0.0282694,0.0359818;RO=1;SAF=42,6;SAR=31,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0111301,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000170973,-0.0281007;OID=.,.;OPOS=74581291,74581288;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:0:73,6:85,1:0.988372,0.0116279:31,0:42,6:1:0:33,0:52,1:0:0 chr8 74917084 . A G 1534.41 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0132446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.317;QD=57.3613;RBI=0.0328726;REFB=0.00530409;REVB=-0.0300863;RO=1;SAF=59;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079761;STB=0.508332;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000765395;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:105:105:0.981308:46:59:1:0:46:59:2:0 chr8 75262798 . G C 1496.04 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1693;QD=58.6682;RBI=0.0241215;REFB=0;REVB=0.01162;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255877;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:102:0:0:97:102:1:44:53:0:0:45:57:0:0 chr8 75274141 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.668;QD=58.142;RBI=0.0130633;REFB=0;REVB=0.0119451;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78385e-05;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr8 75460784 . T TG 1179.3 PASS AF=0.990291;AO=87;DP=155;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0767734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3424;QD=45.798;RBI=0.077013;REFB=0.111792;REVB=0.00607055;RO=56;SAF=39;SAR=48;SRF=53;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3525;STB=0.50495;STBP=0.323;TYPE=ins;VARB=-0.00407087;OID=.;OPOS=75460785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990291:87:155:102:103:1:50:52:1:0:16:56:39:48:53:3 chr8 75460789 . A AG 808.47 PASS AF=1;AO=82;DP=102;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.459;QD=34.0408;RBI=0.139323;REFB=0;REVB=0.0075245;RO=19;SAF=41;SAR=41;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00928899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253581;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:102:95:95:0:50:45:0:0:18:19:41:41:10:9 chr8 75614617 . A G 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0286352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.494;QD=54.6468;RBI=0.0335857;REFB=0.0363527;REVB=0.0175505;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154433;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00628934;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:0:1:30:22:0:1 chr8 75664693 . CCA C,CC 969.03 PASS AF=0,1;AO=9,56;DP=66;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559806,0.0489236;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=255.121,271.61;QD=58.7289;RBI=0.0784509,0.072503;REFB=0,0;REVB=0.0549611,0.0535086;RO=0;SAF=5,30;SAR=4,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.29784e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000224295;OID=.,.;OPOS=75664694,75664695;OREF=CA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,56:66:0,66:66:0:0,35:0,31:0:0:5:0:5,30:4,26:0:0 chr8 75928854 . G A 758.84 PASS AF=0.484663;AO=77;DP=160;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.0606421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.633;QD=18.6217;RBI=0.0608059;REFB=-0.0159326;REVB=-0.00445987;RO=80;SAF=22;SAR=55;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249965;STB=0.635372;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0142462;OID=.;OPOS=75928854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:80:84:77:79:0.484663:55:22:43:37:56:23:45:39 chr8 76452313 . G A 339.13 PASS AF=0.493151;AO=30;DP=67;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0329325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7957;QD=18.5826;RBI=0.0976426;REFB=-0.0469936;REVB=0.0919213;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139223;STB=0.604522;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0524872;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:36:37:30:36:0.493151:16:14:22:14:22:14:22:15 chr8 76465360 . A G 773.05 PASS AF=0.50641;AO=79;DP=156;FAO=79;FDP=156;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.004707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.472;QD=19.8218;RBI=0.0133084;REFB=-0.0157749;REVB=0.0124482;RO=77;SAF=36;SAR=43;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223993;STB=0.512319;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0195394;OID=.;OPOS=76465360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:77:77:79:79:0.50641:43:36:37:40:43:36:37:40 chr8 76468282 . G A 1254.27 PASS AF=0.578431;AO=118;DP=204;FAO=118;FDP=204;FR=.;FRO=86;FSAF=76;FSAR=42;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.121568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8016;QD=24.5936;RBI=0.121638;REFB=-0.0345276;REVB=-0.004134;RO=84;SAF=76;SAR=42;SRF=56;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019017;STB=0.503267;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0196416;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:84:86:118:118:0.578431:42:76:56:28:42:76:56:30 chr8 76476396 . G A 366.77 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0272222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4691;QD=12.7572;RBI=0.0890161;REFB=-0.0146029;REVB=-0.0847515;RO=71;SAF=15;SAR=29;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31425;STB=0.678283;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0230839;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:71:44:44:0.382609:29:15:45:26:29:15:45:26 chr8 76476457 . G A 274.27 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0285554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.228;QD=12.907;RBI=0.0438818;REFB=-0.00876884;REVB=0.0333197;RO=53;SAF=10;SAR=22;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318183;STB=0.682308;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0132659;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:53:32:32:0.376471:22:10:32:21:22:10:32:21 chr8 76478768 . C T 1843.89 PASS AF=0.392857;AO=210;DP=533;FAO=209;FDP=532;FR=.;FRO=323;FSAF=103;FSAR=106;FSRF=133;FSRR=190;FWDB=-0.0196576;FXX=0.00374525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.601;QD=13.8639;RBI=0.0227203;REFB=-0.017504;REVB=0.0113926;RO=322;SAF=104;SAR=106;SRF=131;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958641;STB=0.549289;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0193423;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:532:322:323:210:209:0.392857:106:104:131:191:106:103:133:190 chr8 77048621 . C A 407.79 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0111387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.596;QD=14.3085;RBI=0.0320039;REFB=-0.000108662;REVB=-0.030003;RO=64;SAF=25;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167493;STB=0.505616;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=7.13016e-05;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:67:47:47:0.412281:22:25:33:31:22:25:35:32 chr8 77745635 . G A 1136.74 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7725;QD=59.8286;RBI=0.00556896;REFB=0;REVB=0.0052858;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021775;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:76:0:0:72:76:1:38:34:0:0:41:35:0:0 chr8 77754957 . A T 520.24 PASS AF=0.451613;AO=55;DP=123;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0145883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2488;QD=16.7821;RBI=0.0232317;REFB=-0.0144153;REVB=0.0180803;RO=68;SAF=28;SAR=27;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381185;STB=0.516123;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0190893;OID=.;OPOS=77754957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:68:55:56:0.451613:27:28:32:36:28:28:32:36 chr8 77765398 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3819;QD=42.179;RBI=0.0544152;REFB=0;REVB=0.0513382;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105426;OID=.;OPOS=77765398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr8 77768390 . T G 1993.11 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029953;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.209;QD=62.2848;RBI=0.0411898;REFB=0;REVB=0.028274;RO=0;SAF=73;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33451e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43093e-05;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:127:128:1:54:73:0:0:54:74:0:0 chr8 77778118 . TG T,TT 1056.58 PASS AF=0.25,0.75;AO=24,41;DP=65;FAO=18,54;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=10,29;FSAR=8,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922016,0.0819928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=278.047,280.782;QD=58.6987;RBI=0.0923028,0.0820709;REFB=0,0;REVB=0.00432043,0.00357871;RO=0;SAF=16,16;SAR=8,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00279702,0.00516426;OID=.,.;OPOS=77778119,77778119;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:24,41:65:18,54:72:0:10,29:8,25:0:0:41:0:16,16:8,25:0:0 chr8 77779044 . AG GA 31.1 PASS AF=0.416667;AO=2;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00131033;FXX=0;HRUN=10;LEN=2;MLLD=37.8774;QD=10.3651;RBI=0.0350248;REFB=-0.0340661;REVB=0.0350003;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705406;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=-0.0161314;OID=.;OPOS=77779044;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:5:5:2:5:0.416667:2:0:4:1:4:1:4:1 chr8 77895865 . A G 463.4 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000512405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.597;QD=57.9247;RBI=0.0290931;REFB=0;REVB=0.0290886;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00895e-05;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr8 79610710 . A G 751.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788869;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.78;QD=63.9406;RBI=0.0309935;REFB=0;REVB=0.0299727;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42422e-05;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr8 80678427 . T C 441.91 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.028897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.151;QD=14.7303;RBI=0.0464528;REFB=-0.0147476;REVB=-0.0363706;RO=68;SAF=25;SAR=25;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906151;STB=0.55831;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.027753;OID=.;OPOS=80678427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:70:50:50:0.416667:25:25:40:28:25:25:42:28 chr8 80941997 . T C 302.6 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0698103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8281;QD=19.8424;RBI=0.0731283;REFB=-0.0802853;REVB=0.0217776;RO=29;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350163;STB=0.519468;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0694994;OID=.;OPOS=80941997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:20:12:12:17:20:12:12:17 chr8 80962663 . G C 362.21 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00122833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.927;QD=23.3683;RBI=0.0551972;REFB=-0.00325078;REVB=-0.0551836;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952305;STB=0.558792;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00280488;OID=.;OPOS=80962663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:26:36:36:0.580645:16:20:17:8:16:20:18:8 chr8 81116920 . G C 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.011709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1093;QD=12.6275;RBI=0.0364544;REFB=0.0188824;REVB=0.0345227;RO=50;SAF=20;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167456;STB=0.596425;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.025366;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:10:20:26:24:10:20:26:24 chr8 81399180 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0355837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3027;QD=14.7981;RBI=0.103954;REFB=-0.0194929;REVB=-0.0976741;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264456;STB=0.65544;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00643556;OID=.;OPOS=81399180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:6:7:3:8:6:7 chr8 81426196 . C A 955.93 PASS AF=0.489899;AO=86;DP=187;FAO=97;FDP=198;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.00952218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.189;QD=19.3118;RBI=0.0101001;REFB=-0.022339;REVB=0.00336767;RO=95;SAF=44;SAR=42;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360281;STB=0.509998;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0228335;OID=.;OPOS=81426196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:198:95:101:86:97:0.489899:42:44:45:50:49:48:48:53 chr8 81905397 . A G 158.37 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0209788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.267;QD=8.227;RBI=0.0329411;REFB=-0.0138062;REVB=-0.025397;RO=55;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979646;STB=0.558389;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0401365;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:55:55:22:22:0.285714:11:11:23:32:11:11:23:32 chr8 82355621 . A G 582.28 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0691725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4502;QD=58.2281;RBI=0.0735022;REFB=-0.0206982;REVB=0.0248545;RO=1;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492505;STB=0.526302;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00487095;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:9:30:0:1:9:30:0:1 chr8 82357112 . T C 1899.48 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00896796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.63;QD=60.7835;RBI=0.0220913;REFB=-0.0758181;REVB=0.0201891;RO=1;SAF=68;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840865;STB=0.504424;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=5.00993e-05;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:56:68:0:1:56:68:0:1 chr8 82606782 . A G 127.29 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0101228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.459;QD=9.25714;RBI=0.0436027;REFB=-0.0141534;REVB=0.0424114;RO=37;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020034;STB=0.511614;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0337425;OID=.;OPOS=82606782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:6:11:24:13:6:11:24:14 chr8 82607752 . G C 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0269699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.579;QD=17.9387;RBI=0.0277565;REFB=-0.0168529;REVB=0.00656104;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561003;STB=0.531882;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0125242;OID=.;OPOS=82607752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:8:14:11:8:8:14 chr8 82608238 . A T 512.75 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0592539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1247;QD=21.8192;RBI=0.0592554;REFB=-0.020124;REVB=-0.000427519;RO=45;SAF=30;SAR=19;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504065;STB=0.527767;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0194201;OID=.;OPOS=82608238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:45:45:49:49:0.521277:19:30:30:15:19:30:30:15 chr8 82633452 . C G 283.3 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0051535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.565;QD=19.5377;RBI=0.0202352;REFB=-0.0380852;REVB=-0.019568;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217875;STB=0.616704;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0250602;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:24:28:30:30:0.517241:13:17:7:17:13:17:9:19 chr8 82712929 . A C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00372488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.443;QD=15.7005;RBI=0.00648587;REFB=-0.0112321;REVB=0.00530959;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072901;STB=0.542112;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0124778;OID=.;OPOS=82712929;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:10:9:6:9:10:9 chr8 85833168 . A G 490.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.932;QD=57.6858;RBI=0.0679673;REFB=0;REVB=0.0668165;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551336;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr8 85833439 . A G 1157.44 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.051;QD=59.3561;RBI=0.046869;REFB=0.0552179;REVB=0.0106546;RO=1;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975903;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-5.34725e-05;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:48:29:0:1:48:29:0:1 chr8 86027418 . A G 978.68 PASS AF=0.558824;AO=94;DP=170;FAO=95;FDP=170;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00471331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.089;QD=23.0278;RBI=0.0186933;REFB=-0.00696891;REVB=0.0180894;RO=75;SAF=46;SAR=48;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574595;STB=0.533392;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00558694;OID=.;OPOS=86027418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:75:75:94:95:0.558824:48:46:42:33:49:46:42:33 chr8 86126827 . C CAACATT 712.74 PASS AF=0.887097;AO=49;DP=66;FAO=55;FDP=62;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0135401;FXX=0.0461467;HRUN=2;LEN=6;MLLD=340.551;QD=45.9833;RBI=0.0141952;REFB=-0.0102239;REVB=0.00426272;RO=8;SAF=26;SAR=23;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00806237;STB=0.50704;STBP=0.808;TYPE=ins;VARB=0.00077335;OID=.;OPOS=86126828;OREF=-;OALT=AACATT;OMAPALT=CAACATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.887097:49:66:55:62:7:27:28:3:4:34:8:26:23:4:4 chr8 87060837 . G A 240.57 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0560527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.852;QD=12.1806;RBI=0.0567138;REFB=-0.0098687;REVB=-0.0086341;RO=50;SAF=20;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109109;STB=0.563062;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0175249;OID=.;OPOS=87060837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:9:20:30:20:9:20:30:20 chr8 87226642 . C T 122.87 PASS AF=0.636364;AO=2;DP=10;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0549144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.79;QD=22.3394;RBI=0.133239;REFB=-0.0429127;REVB=0.121396;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.633179;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0255057;OID=.;OPOS=87226642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:10:22:8:8:2:14:0.636364:0:2:8:0:3:11:8:0 chr8 87229702 . A G 234.04 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0139706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.737;QD=17.021;RBI=0.0142465;REFB=-0.0164123;REVB=0.00279024;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180996;STB=0.601109;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0116041;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:22:7:11:15:22:7 chr8 87229739 . C T 330.8 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00613112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.689;QD=15.942;RBI=0.0731874;REFB=-0.00328875;REVB=-0.0729301;RO=47;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688709;STB=0.538751;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00401509;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:17:19:28:19:17:19:28:19 chr8 87235273 . C T 252.17 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00140958;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.009;QD=17.0962;RBI=0.0233514;REFB=-0.00849669;REVB=-0.0233088;RO=30;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423586;STB=0.534858;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0202406;OID=.;OPOS=87235273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:10:18:18:12:10:18:18:13 chr8 87241847 . G A 273.01 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0182672;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6593;QD=12.4096;RBI=0.044586;REFB=-0.0255177;REVB=-0.0406722;RO=56;SAF=19;SAR=13;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057128;STB=0.532767;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0251433;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:13:19:36:20:13:19:36:20 chr8 87474085 . A G 820.07 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00128733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7829;QD=55.5979;RBI=0.0651051;REFB=-0.0465436;REVB=0.0650924;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00138796;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:29:29:0:1:29:29:0:1 chr8 87479810 . C T 1327.85 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3731;QD=61.7605;RBI=0.0655709;REFB=0;REVB=-0.0634374;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773463;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:39:45:0:0:39:47:0:0 chr8 87480890 . C T 1332.37 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1717;QD=61.2585;RBI=0.0425458;REFB=0;REVB=0.0248811;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764798;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:87:1:0:85:87:1:33:52:0:1:35:52:0:0 chr8 87484669 . C T 464.71 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.432;QD=58.0883;RBI=0.0522213;REFB=0;REVB=0.0309274;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312031;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr8 87489562 . AACAC AAACA,AAC,AACAA 1196.47 PASS AF=0.0365854,0.890244,0.0731707;AO=5,57,6;DP=77;FAO=3,73,6;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30,0;FSAR=1,43,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000737398,0.0110875,-0.000151388;FXX=0.0238067;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=276.929,299.32,276.183;QD=58.3642;RBI=0.0107303,0.0172451,0.00844846;REFB=0,0,0;REVB=0.0107049,0.0132084,0.00844711;RO=0;SAF=3,22,0;SAR=2,35,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.00513158,-0.000590746,0.006116;OID=.,.,.;OPOS=87489564,87489563,87489566;OREF=CAC,AC,C;OALT=ACA,-,A;OMAPALT=AAACA,AAC,AACAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0365854,0.890244,0.0731707:5,57,6:77:3,73,6:82:0:2,30,0:1,43,6:0:0:22:0:3,22,0:2,35,6:0:0 chr8 87497176 . G A 718.7 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00564272;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.961;QD=61.1663;RBI=0.0513852;REFB=-0.0617005;REVB=-0.0510745;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00240555;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:0:1:28:18:0:1 chr8 87567076 . T C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00258476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.585;QD=12.0148;RBI=0.0126793;REFB=-0.00594727;REVB=-0.0124131;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109787;STB=0.563845;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0153823;OID=.;OPOS=87567076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:8:12:17:17:8:12:17:17 chr8 87587121 . CAT C 428.97 PASS AF=0.393701;AO=48;DP=127;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.00126247;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=2;MLLD=105.665;QD=13.5108;RBI=0.018512;REFB=-0.00118007;REVB=-0.0184689;RO=74;SAF=31;SAR=17;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354013;STB=0.523536;STBP=0.685;TYPE=del;VARB=0.00125609;OID=.;OPOS=87587122;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393701:48:127:50:127:77:32:18:52:25:99:74:31:17:50:24 chr8 87588198 . T C 637.33 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.00727183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1542;QD=18.6083;RBI=0.0272613;REFB=0.0177199;REVB=-0.0262735;RO=70;SAF=48;SAR=17;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10877;STB=0.563606;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0193731;OID=.;OPOS=87588198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:72:65:65:0.474453:17:48:45:25:17:48:46:26 chr8 87588248 . T C 367.37 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=0.0246658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2986;QD=16.6987;RBI=0.029295;REFB=-0.0186538;REVB=-0.0158048;RO=49;SAF=26;SAR=12;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111314;STB=0.556718;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0232497;OID=.;OPOS=87588248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:49:49:38:39:0.443182:12:26:38:11:12:27:38:11 chr8 87660100 . T C 281.83 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0884473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7503;QD=14.6403;RBI=0.0889205;REFB=0.00491685;REVB=-0.00916145;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114465;STB=0.506489;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.00714016;OID=.;OPOS=87660100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:23:22:16:16:23:22 chr8 87666251 . T G 220.49 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00650531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.736;QD=14.2252;RBI=0.03014;REFB=-0.00570099;REVB=0.0294296;RO=36;SAF=5;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415623;STB=0.739235;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0211301;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:21:5:20:16:21:5:20:16 chr8 87679303 . A C 1391.29 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0159107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.199;QD=59.2038;RBI=0.0201154;REFB=-0.0696597;REVB=-0.0123077;RO=3;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104076;STB=0.505493;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00271797;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:46:45:2:1:46:45:2:1 chr8 88622043 . T G 1048.55 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619104;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.175;QD=59.9173;RBI=0.0674986;REFB=0;REVB=0.0672141;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051134;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr8 89081730 . T C 1525.47 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8081;QD=59.8225;RBI=0.0876753;REFB=0;REVB=-0.00603118;RO=0;SAF=31;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82367e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003393;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:70:31:0:0:70:32:0:0 chr8 89128905 . G T 115.57 PASS AF=0.125;AO=28;DP=224;FAO=28;FDP=224;FR=.;FRO=196;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=108;FSRR=88;FWDB=0.00502927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.721;QD=2.06375;RBI=0.0144929;REFB=-0.00404987;REVB=-0.0135922;RO=195;SAF=17;SAR=11;SRF=107;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750013;STB=0.550323;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0325219;OID=.;OPOS=89128905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:195:196:28:28:0.125:11:17:107:88:11:17:108:88 chr8 89180147 . G A 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0221423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.737;QD=6.043;RBI=0.0246519;REFB=0.00273578;REVB=-0.0108367;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180552;STB=0.615188;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00850082;OID=.;OPOS=89180147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:42:42:12:12:0.222222:4:8:22:20:4:8:22:20 chr8 89340162 . G C 564.86 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00683751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.951;QD=24.295;RBI=0.00770651;REFB=-0.0311358;REVB=-0.00355509;RO=36;SAF=28;SAR=24;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496891;STB=0.543785;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0232722;OID=.;OPOS=89340162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:36:41:52:52:0.55914:24:28:17:19:24:28:18:23 chr8 90958422 . T C 1525.88 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198402;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.973;QD=58.6877;RBI=0.0353804;REFB=-0.000142527;REVB=0.0292941;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825224;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=5.74941e-05;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:46:57:1:0:46:57:1:0 chr8 90967711 . A G 1696.34 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7158;QD=59.5206;RBI=0.0450624;REFB=0;REVB=-0.00201253;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138739;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:111:114:1:49:62:0:0:49:65:0:0 chr8 90990479 . C G 3505.32 PASS AF=1;AO=220;DP=224;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018994;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7383;QD=62.3167;RBI=0.0201111;REFB=0;REVB=0.00660945;RO=0;SAF=129;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239239;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:225:0:0:220:225:1:91:129:0:0:96:129:0:0 chr8 90995019 . C T 1195.51 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145824;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.487;QD=61.3083;RBI=0.0232914;REFB=0;REVB=0.0181615;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793345;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr8 91031074 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3711;QD=56.703;RBI=0.0647392;REFB=0;REVB=-0.0119824;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103179;OID=.;OPOS=91031074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr8 91940446 . C T 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0187451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.781;QD=25.2446;RBI=0.0226525;REFB=-0.0110535;REVB=0.0127184;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135851;STB=0.575231;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0061174;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:15:13:14:8:15:13:14:8 chr8 92021036 . C T 186.93 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.033904;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9608;QD=12.2575;RBI=0.0426759;REFB=-0.00527587;REVB=-0.0259182;RO=37;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557377;STB=0.524474;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00754502;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:38:23:23:0.377049:13:10:18:19:13:10:18:20 chr8 92083424 . A G 1194.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8525;QD=60.4791;RBI=0.0478818;REFB=0;REVB=0.0386948;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487358;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:45:34:0:0 chr8 92136728 . C A,T 1359.8 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=4,84;DP=88;FAO=2,86;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=2,50;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105124,0.00521855;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.8268,170.051;QD=61.8089;RBI=0.027299,0.0184;REFB=0,0;REVB=-0.0251937,0.0176444;RO=0;SAF=2,50;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.06517e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0789283,-0.000330954;OID=.,.;OPOS=92136728,92136728;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:88:88:0:0:4,84:2,86:0.0227273,0.977273:2,34:2,50:0:0:0,36:2,50:0:0 chr8 94739345 . A G 272.09 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.00499453;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.707;QD=11.9599;RBI=0.0307273;REFB=0.000930786;REVB=0.0303186;RO=57;SAF=22;SAR=10;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018616;STB=0.505614;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00270323;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:59:32:32:0.351648:10:22:40:17:10:22:41:18 chr8 94744813 . C T 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.129749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8313;QD=19.1076;RBI=0.147707;REFB=-0.00284353;REVB=-0.0705876;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270213;STB=0.652054;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00168752;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:20:7:14:12:20:7:14:12 chr8 94745050 . T C 109.1 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00236571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.275;QD=14.0768;RBI=0.0162074;REFB=-0.00643628;REVB=0.0160338;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330769;STB=0.73261;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00600602;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:15:18:11:13:0.419355:8:3:9:6:10:3:11:7 chr8 94745386 . G T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00880163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.629;QD=9.1;RBI=0.0152444;REFB=0.00840588;REVB=-0.0124468;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.693228;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0171956;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:10:9:2:7:10:9 chr8 94752754 . G A 372.47 PASS AF=0.419048;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.00896207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.416;QD=14.1891;RBI=0.0131193;REFB=-0.00835383;REVB=0.00958115;RO=59;SAF=29;SAR=14;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912388;STB=0.533224;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0122654;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:61:43:44:0.419048:14:29:35:24:15:29:37:24 chr8 94752857 . CTAT C 283.06 PASS AF=0.56;AO=29;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.000797727;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=321.908;QD=22.6451;RBI=0.0112369;REFB=-0.0117564;REVB=-0.0112086;RO=22;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130827;STB=0.564472;STBP=0.353;TYPE=del;VARB=0.00785991;OID=.;OPOS=94752858;OREF=TAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:29:51:28:50:22:18:10:17:5:99:22:18:11:17:5 chr8 94794620 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00304943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.831;QD=10.8236;RBI=0.020755;REFB=-0.027768;REVB=-0.0205298;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208428;STB=0.62421;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0362907;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:9:14:5:7:9:14 chr8 94808165 . A G 288.67 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0146788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9513;QD=16.0374;RBI=0.041536;REFB=-0.0260134;REVB=-0.0388558;RO=39;SAF=8;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236364;STB=0.642761;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0348328;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:24:8:18:21:24:8:19:21 chr8 94935937 . T C 786.59 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.993;QD=55.1995;RBI=0.0255688;REFB=-0.08036;REVB=0.0214149;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000307284;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:27:29:0:0:27:29:0:1 chr8 94936532 . G C 1102.05 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902546;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.711;QD=60.3863;RBI=0.0135621;REFB=0;REVB=0.0101228;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49803e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr8 95143172 . T G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0204103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.492;QD=25.711;RBI=0.0262479;REFB=-0.0103022;REVB=0.0165036;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803709;STB=0.517215;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0111355;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:5:8:3:2:5:8:4:2 chr8 95143186 . C G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0702;QD=51.1739;RBI=0.0682579;REFB=0;REVB=0.0561285;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122159;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr8 95158259 . G A 512.91 PASS AF=0.426471;AO=52;DP=130;FAO=58;FDP=136;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0359433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1724;QD=15.0857;RBI=0.036278;REFB=-0.0169509;REVB=0.00491676;RO=66;SAF=33;SAR=19;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2121;STB=0.607086;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0275518;OID=.;OPOS=95158259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:136:66:78:52:58:0.426471:19:33:28:38:20:38:37:41 chr8 95158382 . C T 404.0 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00372254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.995;QD=19.47;RBI=0.0309936;REFB=-0.0101161;REVB=0.0307693;RO=42;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140995;STB=0.578233;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0118365;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:22:19:26:16:22:19:26:16 chr8 95161102 . G A 401.31 PASS AF=0.56338;AO=39;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00806544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.477;QD=22.609;RBI=0.00844051;REFB=-0.00781885;REVB=-0.00248813;RO=30;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120117;STB=0.565681;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0047893;OID=.;OPOS=95161102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:31:39:40:0.56338:24:15:16:14:24:16:17:14 chr8 95186382 . G A 422.7 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=0.00646944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.256;QD=14.9628;RBI=0.0169035;REFB=-0.00719371;REVB=0.0156165;RO=64;SAF=29;SAR=19;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908393;STB=0.554176;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00592452;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:65:48:48:0.424779:19:29:44:20:19:29:45:20 chr8 95188850 . T C 2775.49 PASS AF=0.973118;AO=181;DP=186;FAO=181;FDP=186;FR=.;FRO=5;FSAF=101;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0101251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.871;QD=59.6881;RBI=0.0192928;REFB=-0.105151;REVB=0.0164224;RO=3;SAF=101;SAR=80;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00706154;STB=0.501144;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00137259;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:186:186:3:5:181:181:0.973118:80:101:1:2:80:101:3:2 chr8 95403881 . T A 47.16 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=109;FAO=13;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=95;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=-0.0440197;FXX=0.00917347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.831;QD=1.74664;RBI=0.0459735;REFB=-0.0215952;REVB=-0.01326;RO=76;SAF=1;SAR=12;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501454;STB=0.856463;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.118319;OID=.;OPOS=95403881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:109:108:76:95:13:13:0.12037:12:1:30:46:12:1:35:60 chr8 95403883 . AG GT 52.38 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=66;FWDB=0.0517264;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=79.289;QD=1.8379;RBI=0.0517584;REFB=-0.000748961;REVB=-0.00181821;RO=92;SAF=1;SAR=12;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457999;STB=0.846389;STBP=0.038;TYPE=mnp;VARB=0.0568181;OID=.;OPOS=95403883;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:114:114:92:101:13:13:0.114035:12:1:33:59:12:1:35:66 chr8 95419698 . A G 650.03 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.00184051;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.955;QD=21.8496;RBI=0.00319095;REFB=-0.0169997;REVB=0.00260666;RO=53;SAF=35;SAR=29;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128166;STB=0.567997;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0145996;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:53:55:64:64:0.537815:29:35:37:16:29:35:38:17 chr8 95523359 . TTA T,TAA 63.11 PASS AF=0.216667,0;AO=9,6;DP=64;FAO=13,0;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.0292408,-0.064278;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.65,20.6962;QD=4.20749;RBI=0.0486345,0.143965;REFB=-0.0344881,-0.0200324;REVB=0.0388625,0.128819;RO=43;SAF=6,6;SAR=3,0;SRF=34;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.191709,0.548572;STB=0.547868,0.5;STBP=0.772,1;TYPE=del,snp;VARB=0.128776,0;OID=.,.;OPOS=95523360,95523360;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216667,0:9,6:64:13,0:60:47:10,0:3,0:34:13:63:43:6,6:3,0:34:9 chr8 95541302 . A G 64.49 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0609007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3077;QD=10.319;RBI=0.0610715;REFB=-0.0414205;REVB=0.00456299;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426521;STB=0.756057;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0785042;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:1:8:9:6:1:8:10:6 chr8 95541371 . T A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0181732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.256;QD=18.3006;RBI=0.051413;REFB=-0.0348174;REVB=0.048094;RO=23;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18705;STB=0.607477;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0358764;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:4:16:15:8:4:16:15:8 chr8 95547119 . T G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.0211171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.942;QD=9.47556;RBI=0.0211171;REFB=-0.0104297;REVB=0;RO=21;SAF=10;SAR=0;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229292;OID=.;OPOS=95547119;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:0:10:21:0:0:10:21:0 chr8 95559092 . T C 208.62 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00845927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.773;QD=18.141;RBI=0.017586;REFB=-0.0119304;REVB=-0.0154178;RO=25;SAF=14;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283269;STB=0.516114;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0186929;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:7:14:16:9:7:14:16:9 chr8 95668231 . C T 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0278163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.611;QD=13.2295;RBI=0.0436748;REFB=0.00015016;REVB=-0.0336711;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222996;STB=0.634305;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00114447;OID=.;OPOS=95668231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:6:11:23:5:6:11:24:5 chr8 95668315 . G T 295.67 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0328621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.0621;QD=20.3912;RBI=0.0712022;REFB=0.00439279;REVB=0.0631652;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625902;STB=0.54164;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00153974;OID=.;OPOS=95668315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:13:18:17:9:13:18:18:9 chr8 95680229 . C T 417.12 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0676372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0049;QD=17.2009;RBI=0.072703;REFB=0.00810933;REVB=-0.0266635;RO=53;SAF=18;SAR=25;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217218;STB=0.616061;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.013553;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:53:54:43:43:0.443299:25:18:34:19:25:18:34:20 chr8 95690579 . T C 482.98 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00648949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.596;QD=14.6357;RBI=0.0206172;REFB=-0.0187543;REVB=-0.0195692;RO=78;SAF=22;SAR=32;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177449;STB=0.599851;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0320631;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:54:54:0.409091:32:22:45:33:32:22:45:33 chr8 95719387 . A T 291.43 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=95;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00940105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1044;QD=12.2708;RBI=0.0361334;REFB=-0.0180293;REVB=-0.034889;RO=61;SAF=23;SAR=11;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142372;STB=0.582228;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0227064;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:61:61:34:34:0.357895:11:23:34:27:11:23:34:27 chr8 95877787 . T C 409.15 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00923356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.637;QD=14.4833;RBI=0.0139126;REFB=-0.0181492;REVB=-0.0104068;RO=62;SAF=18;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121261;STB=0.552251;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0263957;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:62:66:47:47:0.415929:29:18:31:31:29:18:31:35 chr8 95888307 . C T 232.61 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.049506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0738;QD=14.7687;RBI=0.0654491;REFB=-0.00207687;REVB=-0.0428105;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197516;STB=0.589409;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000567697;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:36:27:27:0.428571:14:13:22:10:14:13:23:13 chr8 95918288 . C T 321.83 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00969513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.692;QD=22.195;RBI=0.0179429;REFB=-0.0353835;REVB=0.0150981;RO=22;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595373;STB=0.546639;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0199728;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:25:32:33:0.568966:11:21:16:6:11:22:19:6 chr8 95938422 . C A 901.28 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00742666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.09;QD=56.33;RBI=0.0140858;REFB=-0.105385;REVB=0.0119689;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.508194;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00220361;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:1:0:33:30:1:0 chr8 95942244 . G A 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.69;QD=59.4997;RBI=0.0635093;REFB=0;REVB=0.0444539;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31612e-06;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chr8 95951916 . GTGAC G 540.72 PASS AF=0.515152;AO=50;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0147127;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.249;QD=21.8473;RBI=0.0187088;REFB=-0.0158567;REVB=0.0115567;RO=45;SAF=30;SAR=20;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197955;STB=0.512815;STBP=0.825;TYPE=del;VARB=0.0146398;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:50:100:51:99:48:30:21:27:21:99:45:30:20:26:19 chr8 96053782 . GCTC GC,GCT 1016.22 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=59,9;DP=69;FAO=62,8;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38,5;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554729,0.00520053;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=249.302,237.443;QD=58.0696;RBI=0.0431891,0.0454104;REFB=0,0;REVB=0.0428314,0.0451116;RO=0;SAF=37,6;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000431335,-0.00111605;OID=.,.;OPOS=96053783,96053785;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.885714,0.114286:59,9:69:62,8:70:0:38,5:24,3:0:0:37:0:37,6:22,3:0:0 chr8 97243720 . G A 445.66 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0209505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0859;QD=12.5538;RBI=0.0211802;REFB=-0.0256108;REVB=-0.00311121;RO=89;SAF=31;SAR=21;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893807;STB=0.547745;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0381322;OID=.;OPOS=97243720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:90:52:52:0.366197:21:31:46:43:21:31:47:43 chr8 97605800 . C T 534.75 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0166664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.529;QD=18.7632;RBI=0.019345;REFB=-0.0429703;REVB=-0.00982136;RO=58;SAF=29;SAR=27;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153114;STB=0.508472;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0382805;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:27:29:31:27:27:29:31:27 chr8 97614661 . T A 427.04 PASS AF=0.708333;AO=33;DP=47;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0208428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.488;QD=35.5863;RBI=0.0214864;REFB=0.00928932;REVB=-0.00521932;RO=13;SAF=18;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835981;STB=0.538155;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00504719;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:14:33:34:0.708333:15:18:5:8:15:19:6:8 chr8 97847358 . G T 2010.82 PASS AF=0.985185;AO=129;DP=131;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.038339;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.2682;QD=59.58;RBI=0.0404929;REFB=-0.101135;REVB=-0.0130305;RO=2;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163803;STB=0.508473;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00433048;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:135:2:2:129:133:0.985185:57:72:0:2:58:75:0:2 chr8 98289986 . C T 3436.33 PASS AF=0.991031;AO=220;DP=225;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0384198;FXX=0.0132737;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.047;QD=61.6382;RBI=0.0575057;REFB=-0.139906;REVB=0.0427881;RO=2;SAF=122;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962326;STB=0.50505;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000862522;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:225:223:2:2:220:221:0.991031:98:122:0:2:98:123:0:2 chr8 98731349 . GAAAAAG GAAAAG,GAAAAGA,GGAAAAG 44.33 PASS AF=0.177778,0.0888889,0;AO=9,6,5;DP=48;FAO=8,4,0;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6,4,0;FSAR=2,0,0;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0126852,-0.0748456,0.0983871;FXX=0.062487;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=11.0701,35.1027,22.6077;QD=3.94079;RBI=0.147542,0.0846479,0.0994005;REFB=-0.107856,-0.0125257,-0.0662189;REVB=-0.146995,-0.0395398,-0.0141581;RO=24;SAF=6,6,1;SAR=3,0,4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0529808,0.666659,-0.476343;STB=0.700771,0.997173,0.5;STBP=0.267,0.029,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.150004,0.0632813,0;OID=.,.,.;OPOS=98731350,98731354,98731350;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,G;OMAPALT=GAAAAG,GAAAAGA,GGAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778,0.0888889,0:9,6,5:48:8,4,0:45:33:6,4,0:2,0,0:17:16:23:24:6,6,1:3,0,4:15:9 chr8 98787994 . A G 318.81 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0160006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1134;QD=26.5674;RBI=0.0253421;REFB=-0.0192884;REVB=-0.0196521;RO=20;SAF=3;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415939;STB=0.735086;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0108463;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:25:3:9:11:25:3:9:11 chr8 98788033 . G C 133.76 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0393721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6317;QD=25.4787;RBI=0.0483602;REFB=0.0417383;REVB=0.028081;RO=7;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319044;STB=0.683876;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0150259;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:13:1:2:5:13:1:2:5 chr8 98827530 . AGA AAA,TTT 74.97 PASS AF=0.4,0;AO=4,3;DP=26;FAO=10,0;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0243146,-0.00467801;FXX=0.0384468;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=246.295,87.1541;QD=11.995;RBI=0.0254401,0.0287542;REFB=-0.0172584,-0.0103533;REVB=0.00748327,-0.0283711;RO=14;SAF=2,3;SAR=2,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.338044,0.736641;STB=0.747625,0.5;STBP=0.068,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.04596,0;OID=.,.;OPOS=98827531,98827530;OREF=G,AGA;OALT=A,TTT;OMAPALT=AAA,TTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:25:14:15:4,3:10,0:0.4,0:2,0:2,3:3:11:3,0:7,0:4:11 chr8 98943446 . T C 924.8 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190578;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8215;QD=58.7172;RBI=0.0432808;REFB=0;REVB=-0.0388591;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529786;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:45:18:0:0:45:18:0:0 chr8 98954012 . T C 734.32 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2213;QD=56.4862;RBI=0.0679595;REFB=0;REVB=0.0675039;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721082;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:15:36:0:0:16:36:0:0 chr8 98991220 . T TG 427.11 PASS AF=1;AO=7;DP=56;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449923;FXX=0.43388;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.473;QD=56.9483;RBI=0.0483839;REFB=0;REVB=0.0177958;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000203603;OID=.;OPOS=98991221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:56:30:30:0:19:11:0:0:3:45:4:3:23:22 chr8 98991221 . A G 149.84 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00828702;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=113.411;QD=10.8973;RBI=0.00834279;REFB=-0.0343291;REVB=0.000963036;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723444;STB=0.533945;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0351143;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:18:17:8:11:19:17 chr8 98991223 . A G 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.000303779;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=286.18;QD=12.8693;RBI=0.00630267;REFB=-0.0079316;REVB=0.00629535;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105122;STB=0.560575;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0119614;OID=.;OPOS=98991223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:19:14:11:10:19:14 chr8 99030280 . T C 579.05 PASS AF=0.483871;AO=58;DP=122;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00507831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.881;QD=18.679;RBI=0.0355195;REFB=-0.01695;REVB=0.0351546;RO=64;SAF=37;SAR=21;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206861;STB=0.610529;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0123309;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:64:64:58:60:0.483871:21:37:27:37:22:38:27:37 chr8 99044528 . C T 248.1 PASS AF=0.467742;AO=23;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0541998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.393;QD=16.0063;RBI=0.0541998;REFB=0.00708473;REVB=-4.49047e-05;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374865;STB=0.557939;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00587477;OID=.;OPOS=99044528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:33:23:29:0.467742:8:15:16:10:11:18:17:16 chr8 99045978 . A C 140.49 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00461996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.0943;QD=13.0687;RBI=0.0157158;REFB=0.0246117;REVB=0.0150214;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204178;STB=0.511931;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0213275;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:19:8:5:11:19:8 chr8 99205612 . C T 714.83 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0211825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.779;QD=20.8709;RBI=0.0221381;REFB=-0.00524019;REVB=0.0064343;RO=66;SAF=40;SAR=30;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313664;STB=0.520337;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00497689;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:66:67:70:70:0.510949:30:40:40:26:30:40:41:26 chr8 99208244 . G T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0136386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.335;QD=20.5432;RBI=0.0209317;REFB=-0.0248192;REVB=-0.0158784;RO=25;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11204;STB=0.563298;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0210922;OID=.;OPOS=99208244;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:7:17:15:10:7:17:15:10 chr8 99441904 . G T 280.65 PASS AF=0.349515;AO=35;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=-0.0087292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.803;QD=10.899;RBI=0.0123387;REFB=-0.00605644;REVB=-0.0087203;RO=67;SAF=25;SAR=10;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240767;STB=0.528899;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00935239;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:67:35:36:0.349515:10:25:49:18:11:25:49:18 chr8 99444366 . C A 398.8 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00687867;FXX=0.0540492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.249;QD=15.1924;RBI=0.00933953;REFB=-0.00585283;REVB=-0.00631749;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808925;STB=0.550825;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000934732;OID=.;OPOS=99444366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:105:58:60:44:45:0.428571:20:24:27:31:20:25:28:32 chr8 100133706 . T G 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.101;QD=59.8382;RBI=0.0112465;REFB=0;REVB=0.000419654;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59401e-05;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr8 100975001 . C CG 492.85 PASS AF=1;AO=4;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178078;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=174.719;QD=56.3257;RBI=0.0195325;REFB=0;REVB=-0.00802522;RO=30;SAF=4;SAR=0;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.33656e-05;OID=.;OPOS=100975002;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:35:35:35:0:20:15:0:0:4:30:4:0:16:14 chr8 100975002 . A G 401.08 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000312591;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.802;QD=47.1862;RBI=0.0315725;REFB=-0.0857285;REVB=0.0315709;RO=4;SAF=16;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103249;STB=0.555519;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000960967;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:14:16:4:0:14:16:4:0 chr8 101011612 . G A 220.52 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0282719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9834;QD=14.2271;RBI=0.0432242;REFB=0.0103784;REVB=-0.0326961;RO=35;SAF=21;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238398;STB=0.631994;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00601687;OID=.;OPOS=101011612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:26:26:0.419355:5:21:22:13:5:21:23:13 chr8 101153024 . G A 1381.23 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125089;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.281;QD=62.7833;RBI=0.0332913;REFB=0;REVB=-0.0308519;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276283;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:31:57:0:0:31:57:0:0 chr8 101252680 . T C 322.37 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00630406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8684;QD=25.2839;RBI=0.0246325;REFB=-0.0244431;REVB=0.0238122;RO=18;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267291;STB=0.510198;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.011337;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:20:30:31:0.607843:9:21:12:6:10:21:14:6 chr8 101253184 . G A 276.85 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00875678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.459;QD=15.8201;RBI=0.014965;REFB=-0.00891898;REVB=-0.0121355;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.611576;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0117221;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:35:39:31:31:0.442857:10:21:18:17:10:21:19:20 chr8 101540153 . A G 261.6 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0169623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7382;QD=19.0253;RBI=0.0502065;REFB=-0.00516601;REVB=0.0472544;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064394;STB=0.535853;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00652182;OID=.;OPOS=101540153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:7:20:19:9:7:20 chr8 101586133 . T C 233.87 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00461445;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.167;QD=12.4731;RBI=0.0189816;REFB=0.00190261;REVB=0.0184121;RO=47;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214503;STB=0.623789;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00382709;OID=.;OPOS=101586133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:47:47:28:28:0.373333:19:9:24:23:19:9:24:23 chr8 101718965 . G A 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.026808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.293;QD=2.15519;RBI=0.0344259;REFB=0.00261356;REVB=-0.0215981;RO=56;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447834;STB=0.844054;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0367479;OID=.;OPOS=101718965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:56:56:7:7:0.111111:1:6:27:29:1:6:27:29 chr8 101718968 . C T 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0400471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7521;QD=2.21946;RBI=0.0566372;REFB=-0.00120327;REVB=-0.04005;RO=55;SAF=6;SAR=1;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442301;STB=0.839566;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00504625;OID=.;OPOS=101718968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:1:6:27:28:1:6:27:28 chr8 101721705 . G T 32.22 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=151;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.050478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.348;QD=0.853449;RBI=0.0519468;REFB=-0.00574;REVB=0.0122656;RO=138;SAF=1;SAR=10;SRF=71;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472183;STB=0.900372;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0235639;OID=.;OPOS=101721705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:151:151:138:140:11:11:0.0728477:10:1:71:67:10:1:71:69 chr8 101721709 . T A 33.21 PASS AF=0.0784314;AO=11;DP=153;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=69;FWDB=-0.0184846;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.749;QD=0.8682;RBI=0.0226155;REFB=-0.0016871;REVB=-0.01303;RO=139;SAF=1;SAR=10;SRF=69;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459239;STB=0.908693;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.15834;OID=.;OPOS=101721709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:153:153:139:141:11:12:0.0784314:10:1:69:70:11:1:72:69 chr8 101721727 . G A 66.71 PASS AF=0.107595;AO=17;DP=158;FAO=17;FDP=158;FR=.;FRO=141;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=0.0114381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.407;QD=1.68897;RBI=0.01149;REFB=-0.00471585;REVB=-0.00109121;RO=141;SAF=1;SAR=16;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583811;STB=0.934774;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0287963;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:158:158:141:141:17:17:0.107595:16:1:74:67:16:1:74:67 chr8 101721756 . A C 94.05 PASS AF=0.118557;AO=23;DP=194;FAO=23;FDP=194;FR=.;FRO=171;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=94;FSRR=77;FWDB=-0.019455;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.501;QD=1.93923;RBI=0.0208892;REFB=-0.0047811;REVB=-0.00760674;RO=168;SAF=6;SAR=17;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347748;STB=0.750669;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0259117;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:194:194:168:171:23:23:0.118557:17:6:91:77:17:6:94:77 chr8 101721812 . G A 200.84 PASS AF=0.15873;AO=40;DP=252;FAO=40;FDP=252;FR=.;FRO=212;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=120;FSRR=92;FWDB=-0.0167551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.597;QD=3.18797;RBI=0.044935;REFB=-0.00416026;REVB=0.0416944;RO=212;SAF=18;SAR=22;SRF=120;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148626;STB=0.596651;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0200576;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:212:212:40:40:0.15873:22:18:120:92:22:18:120:92 chr8 101721817 . T C 190.11 PASS AF=0.153543;AO=39;DP=254;FAO=39;FDP=254;FR=.;FRO=215;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=122;FSRR=93;FWDB=0.0628898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1904;QD=2.99388;RBI=0.0652918;REFB=0.00164844;REVB=-0.017547;RO=215;SAF=18;SAR=21;SRF=122;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135655;STB=0.588898;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0102433;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:215:215:39:39:0.153543:21:18:122:93:21:18:122:93 chr8 101721839 . C A 191.72 PASS AF=0.161702;AO=38;DP=239;FAO=38;FDP=235;FR=.;FRO=197;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=114;FSRR=83;FWDB=-0.0132002;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.962;QD=3.26334;RBI=0.0162481;REFB=-0.00420798;REVB=-0.00947386;RO=200;SAF=18;SAR=20;SRF=117;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143052;STB=0.587405;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0158013;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:235:200:197:38:38:0.161702:20:18:117:83:20:18:114:83 chr8 101721870 . G A 133.69 PASS AF=0.136986;AO=30;DP=219;FAO=30;FDP=219;FR=.;FRO=189;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=106;FSRR=83;FWDB=-0.00655133;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.007;QD=2.44189;RBI=0.0197194;REFB=-0.00344924;REVB=-0.0185993;RO=184;SAF=13;SAR=17;SRF=101;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146274;STB=0.608716;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0231226;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:184:189:30:30:0.136986:17:13:101:83:17:13:106:83 chr8 101721899 . C A 79.49 PASS AF=0.107692;AO=21;DP=195;FAO=21;FDP=195;FR=.;FRO=174;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=100;FSRR=74;FWDB=-0.0198044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5014;QD=1.63046;RBI=0.0435332;REFB=-0.00347261;REVB=-0.0387676;RO=170;SAF=14;SAR=7;SRF=98;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116237;STB=0.586871;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0330024;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:195:195:170:174:21:21:0.107692:7:14:98:72:7:14:100:74 chr8 101752155 . C T 213.3 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00689358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.858;QD=12.547;RBI=0.0894025;REFB=-0.0389172;REVB=-0.0891363;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187824;STB=0.633234;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0492448;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:38:42:26:26:0.382353:11:15:15:23:11:15:15:27 chr8 102209357 . A T 854.47 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.143;QD=56.0311;RBI=0.0272461;REFB=-0.162065;REVB=-0.0184934;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000467234;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:1:0 chr8 102504974 . C G 410.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.898;QD=56.6826;RBI=0.0493418;REFB=0;REVB=0.0174595;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.88071e-05;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr8 102859580 . C T 167.89 PASS AF=0.291139;AO=22;DP=78;FAO=23;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0396682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.362;QD=8.50097;RBI=0.0657252;REFB=-0.0411285;REVB=-0.0524046;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229564;STB=0.578056;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0915538;OID=.;OPOS=102859580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:56:22:23:0.291139:13:9:27:17:14:9:28:28 chr8 103137693 . T C 3811.08 PASS AF=0.980916;AO=243;DP=254;FAO=257;FDP=262;FR=.;FRO=5;FSAF=146;FSAR=111;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0366689;FXX=0.00757547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1552;QD=58.1845;RBI=0.0374671;REFB=-0.07215;REVB=0.0076924;RO=6;SAF=138;SAR=105;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202675;STB=0.508417;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00881507;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:254:262:6:5:243:257:0.980916:105:138:6:0:111:146:5:0 chr8 103572992 . C G 676.73 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0362089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9181;QD=56.3938;RBI=0.0420146;REFB=-0.0902598;REVB=0.0213107;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.514012;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00198042;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:0:3:45:45:0.9375:20:25:0:0:20:25:1:2 chr8 103573001 . C G 646.29 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0246269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.482;QD=48.7767;RBI=0.0337263;REFB=-0.0259706;REVB=0.023043;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.508882;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00182261;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:1:4:49:49:0.924528:19:30:1:0:19:30:2:2 chr8 103573006 . G A,C 688.94 PASS AF=0.921569,0.0784314;AO=45,4;DP=49;FAO=47,4;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,4;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170817,-0.026382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.141,81.8436;QD=54.0342;RBI=0.0185696,0.0264001;REFB=0,0;REVB=0.00728324,-0.000977957;RO=0;SAF=27,4;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00180142,0.205556;OID=.,.;OPOS=103573006,103573006;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:49:51:0:0:45,4:47,4:0.921569,0.0784314:18,0:27,4:0:0:20,0:27,4:0:0 chr8 103663912 . T G 176.88 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0219961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7605;QD=21.4399;RBI=0.0608993;REFB=0.00988386;REVB=0.0567882;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221291;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00205411;OID=.;OPOS=103663912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:6:9:6:12:6:9 chr8 104081226 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.157;QD=60.2046;RBI=0.0334178;REFB=0;REVB=0.0278353;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67883e-05;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr8 104082307 . C T 426.7 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0279641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.356;QD=19.1777;RBI=0.053551;REFB=-0.038126;REVB=-0.0456697;RO=45;SAF=29;SAR=14;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971225;STB=0.561474;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0381756;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:14:29:26:19:14:29:26:20 chr8 104312341 . A G 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00213638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.344;QD=13.0607;RBI=0.0276042;REFB=-0.00931971;REVB=0.0275214;RO=40;SAF=19;SAR=7;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007716;STB=0.504421;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0145071;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:7:19:29:11:7:19:29:11 chr8 104337096 . A G 438.93 PASS AF=0.4375;AO=50;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.0027764;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.564;QD=15.676;RBI=0.0140462;REFB=-0.0145661;REVB=-0.0137691;RO=62;SAF=24;SAR=26;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210836;STB=0.607943;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0174192;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:63:50:49:0.4375:26:24:43:19:25:24:43:20 chr8 104337367 . A C 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.023353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0513;QD=25.3154;RBI=0.0704331;REFB=-0.0263513;REVB=0.0664489;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627317;STB=0.534919;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0177203;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:6:7:9:11:6:7 chr8 104343686 . G A 341.95 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0524929;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.38;QD=15.3683;RBI=0.0530377;REFB=0.000864553;REVB=0.00758223;RO=48;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217864;STB=0.616129;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00131901;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:52:37:37:0.41573:11:26:24:24:11:26:27:25 chr8 104343822 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000743113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.053;QD=58.9612;RBI=0.0139312;REFB=0;REVB=-0.0139113;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75248e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr8 104394744 . T C 859.93 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=206;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=63;FWDB=0.0417557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7929;QD=16.6171;RBI=0.0491349;REFB=-0.0102826;REVB=0.0258978;RO=113;SAF=48;SAR=45;SRF=51;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640143;STB=0.537807;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0147024;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:113:114:93:93:0.449275:45:48:51:62:45:48:51:63 chr8 104411282 . T C 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0107652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.45;QD=22.7239;RBI=0.0110088;REFB=-0.0097246;REVB=-0.00230325;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178387;STB=0.5999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00684562;OID=.;OPOS=104411282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:10:6:12:8:10:6 chr8 104412388 . C A 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0349377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.019;QD=14.8587;RBI=0.0349591;REFB=-0.0207999;REVB=0.00122347;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223183;STB=0.625777;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0190088;OID=.;OPOS=104412388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:31:15:18:15:31:15 chr8 104427359 . A C 418.36 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.00917977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.751;QD=17.4316;RBI=0.0270754;REFB=-0.0425096;REVB=0.0254717;RO=53;SAF=27;SAR=16;SRF=42;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18438;STB=0.602248;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0198187;OID=.;OPOS=104427359;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:16:27:42:11:16:27:42:11 chr8 104427541 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0251124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.666;QD=18.3452;RBI=0.030307;REFB=-0.00799787;REVB=0.016967;RO=17;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329872;STB=0.681174;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00798274;OID=.;OPOS=104427541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:14:3:8:9:14:3:8:10 chr8 104427578 . T C 182.86 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0148111;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6034;QD=13.299;RBI=0.0189181;REFB=-0.0325305;REVB=-0.0117697;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162039;STB=0.599913;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.047478;OID=.;OPOS=104427578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:33:22:22:0.4:11:11:21:11:11:11:22:11 chr8 104432545 . A G 563.98 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=136;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=0.0431105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.349;QD=16.5877;RBI=0.0517713;REFB=0.0104864;REVB=0.0286661;RO=76;SAF=40;SAR=20;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244472;STB=0.513657;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0124056;OID=.;OPOS=104432545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:76:76:60:60:0.441176:20:40:49:27:20:40:49:27 chr8 104934028 . G A 623.76 PASS AF=0.496063;AO=62;DP=128;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00288863;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.787;QD=19.646;RBI=0.00457078;REFB=-0.00456604;REVB=0.0035423;RO=61;SAF=21;SAR=41;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130452;STB=0.579555;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00561275;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:61:64:62:63:0.496063:41:21:29:32:41:22:32:32 chr8 105105846 . C T 223.24 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0112621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.637;QD=10.5056;RBI=0.0124696;REFB=-0.00388973;REVB=-0.00535307;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15318;STB=0.599929;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0146093;OID=.;OPOS=105105846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:57:28:28:0.329412:16:12:31:24:16:12:33:24 chr8 105106882 . T G 234.92 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.027455;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.016;QD=21.8528;RBI=0.029675;REFB=-0.0200091;REVB=0.0112619;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189113;STB=0.510629;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0144213;OID=.;OPOS=105106882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:11:10:10:12:11:10 chr8 105261725 . G A 918.98 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9498;QD=58.3477;RBI=0.0207396;REFB=0;REVB=0.00537514;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132181;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:29:34:0:0 chr8 105263979 . C T 635.95 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476584;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.251;QD=62.0435;RBI=0.0515448;REFB=0;REVB=0.0196354;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99796e-05;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr8 106815994 . GGTTAT G 237.76 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00755274;FXX=0.14813;HRUN=2;LEN=5;MLLD=290.03;QD=13.7833;RBI=0.0507152;REFB=-0.00660897;REVB=0.0501497;RO=26;SAF=24;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233156;STB=0.612075;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.00515439;OID=.;OPOS=106815995;OREF=GTTAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.492754:32:80:34:69:35:25:9:19:16:99:26:24:8:13:13 chr8 107710044 . T A 1878.83 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=121;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429748;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1169;QD=60.6075;RBI=0.0454682;REFB=-0.00208941;REVB=0.0148499;RO=1;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703742;STB=0.503649;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00201439;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:124:1:1:120:123:0.991935:67:53:0:1:68:55:0:1 chr8 107764454 . GT G 699.35 PASS AF=1;AO=3;DP=4;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.881;QD=49.9535;RBI=0.110339;REFB=0;REVB=0.102223;RO=1;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00105203;OID=.;OPOS=107764455;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:4:56:56:0:38:18:0:0:4:1:2:1:1:0 chr8 107782065 . A G 754.51 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.492;QD=56.944;RBI=0.0627395;REFB=0;REVB=-0.000369591;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244488;OID=.;OPOS=107782065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr8 107782395 . G A 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5507;QD=62.6623;RBI=0.122948;REFB=0;REVB=0.0882253;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233447;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr8 108970367 . A G 1822.52 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.849;QD=61.2612;RBI=0.00165506;REFB=0;REVB=3.59631e-05;RO=0;SAF=77;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21058e-06;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:42:77:0:0:42:77:0:0 chr8 110254895 . C A 2338.58 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017945;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.102;QD=61.1394;RBI=0.0180179;REFB=0;REVB=-0.00161884;RO=0;SAF=81;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00272e-05;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:153:0:0:154:153:1:73:81:0:0:72:81:0:0 chr8 110255492 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT,GCAAAAA 38.72 PASS AF=0.5,0.0555556,0;AO=4,2,2;DP=21;FAO=9,1,0;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4,1,0;FSAR=5,0,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0279816,-0.0203154,-0.0262237;FXX=0.142789;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.61379,7.46401,26.046;QD=8.60482;RBI=0.087585,0.187739,0.0485884;REFB=-0.148279,-0.12069,-0.0301453;REVB=-0.0829949,0.186636,-0.0409042;RO=4;SAF=3,2,0;SAR=1,0,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.569412,-0.687939;STB=0.53326,0.991208,0.5;STBP=0.858,0.288,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0991419,0.0538436,0;OID=.,.,.;OPOS=110255493,110255498,110255492;OREF=A,A,CA;OALT=-,T,GC;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT,GCAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:21:18:4:8:4,2,2:9,1,0:0.5,0.0555556,0:1,0,2:3,2,0:3:1:5,0,0:4,1,0:3:5 chr8 110301997 . AT AC,GC 757.96 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500656,0.0406899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=101.608,20.5472;QD=56.1451;RBI=0.0515151,0.040695;REFB=0,0;REVB=-0.0121344,-0.000643751;RO=0;SAF=33,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-8.62909e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00364406,0.0748546;OID=.,.;OPOS=110301998,110301997;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:0:0:51,2:52,2:0.962963,0.037037:18,0:33,2:0:0:19,0:33,2:0:0 chr8 110302047 . T G 885.1 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0284041;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.925;QD=54.4677;RBI=0.0286874;REFB=0.033914;REVB=0.0040216;RO=2;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409966;STB=0.521732;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000394803;OID=.;OPOS=110302047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:2:2:62:63:0.969231:22:40:0:2:22:41:0:2 chr8 110412519 . G A 1354.71 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8699;QD=60.8858;RBI=0.0372092;REFB=-0.0519032;REVB=0.0195222;RO=1;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116675;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:89:1:0:86:89:1:47:39:0:1:50:39:0:0 chr8 110413762 . T C 1066.61 PASS AF=0.928571;AO=75;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0060849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.601;QD=50.7909;RBI=0.0674743;REFB=-0.128562;REVB=0.0671993;RO=5;SAF=54;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418216;STB=0.534901;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000850907;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:84:84:5:6:75:78:0.928571:21:54:5:0:21:57:2:4 chr8 110416813 . C T 1571.85 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400441;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.451;QD=64.157;RBI=0.044105;REFB=0;REVB=-0.0184856;RO=0;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165878;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:46:52:0:0:46:52:0:0 chr8 110420384 . T C 1435.05 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0101172;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.457;QD=55.1942;RBI=0.0607451;REFB=-0.0371715;REVB=0.0598966;RO=3;SAF=55;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651196;STB=0.507781;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00199529;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:105:104:3:4:100:100:0.961538:45:55:2:1:45:55:3:1 chr8 110420429 . A G 1271.88 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0956494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.162;QD=57.163;RBI=0.0957901;REFB=-0.0579807;REVB=-0.00519099;RO=3;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103784;STB=0.500264;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00784695;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:3:4:85:85:0.955056:43:42:1:2:43:42:2:2 chr8 110437384 . A G 820.15 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00691308;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.171;QD=57.5546;RBI=0.0191455;REFB=0;REVB=-0.0178538;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111367;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr8 110455321 . C A 1859.14 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0452;QD=61.459;RBI=0.0432576;REFB=0;REVB=0.0228096;RO=0;SAF=53;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238332;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:68:53:0:0:68:53:0:0 chr8 110460488 . G T 1520.0 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0128368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7206;QD=61.4141;RBI=0.0390033;REFB=-0.0967639;REVB=0.0368304;RO=2;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249424;STB=0.513155;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00854926;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:37:60:0:2:37:60:0:2 chr8 110465060 . G C 1453.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00985762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.95;QD=63.1953;RBI=0.0145425;REFB=0;REVB=-0.0106916;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3734e-05;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr8 110476993 . A G 885.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5734;QD=58.0521;RBI=0.0514194;REFB=0;REVB=0.0245943;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564113;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr8 110489620 . A T 350.29 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0326657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.67;QD=20.6054;RBI=0.0334748;REFB=-0.0510572;REVB=-0.0073155;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122987;STB=0.513086;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0424485;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:17:18:16:16:17:19:16:16 chr8 110491840 . C G 148.88 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0328612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1223;QD=10.8276;RBI=0.0531247;REFB=-0.0300916;REVB=-0.0417418;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905994;STB=0.540713;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0644791;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:23:12:8:11:23:13 chr8 110505886 . C T 352.35 PASS AF=0.545455;AO=32;DP=61;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00971097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.726;QD=21.3548;RBI=0.048349;REFB=-0.0282627;REVB=0.0473637;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184053;STB=0.56849;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0238941;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:29:30:32:36:0.545455:11:21:13:16:15:21:13:17 chr8 110534512 . G A 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0226752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.258;QD=14.2329;RBI=0.0243491;REFB=0.0105827;REVB=-0.00887193;RO=59;SAF=25;SAR=13;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00371484;STB=0.502111;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0134697;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:13:25:39:20:13:25:39:20 chr8 110535491 . A G 443.37 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0132152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.019;QD=20.153;RBI=0.0164614;REFB=-0.0332665;REVB=0.009815;RO=44;SAF=15;SAR=29;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210538;STB=0.616967;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0234405;OID=.;OPOS=110535491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:44:44:0.5:29:15:25:19:29:15:25:19 chr8 110539186 . G A 849.34 PASS AF=0.546053;AO=83;DP=152;FAO=83;FDP=152;FR=.;FRO=69;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0193008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.356;QD=22.351;RBI=0.0193159;REFB=-0.0249509;REVB=-0.000763594;RO=68;SAF=49;SAR=34;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360667;STB=0.52238;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0223041;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:68:69:83:83:0.546053:34:49:43:25:34:49:44:25 chr8 110542298 . C T 632.64 PASS AF=0.291803;AO=80;DP=299;FAO=89;FDP=305;FR=.;FRO=216;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=129;FSRR=87;FWDB=-0.0228008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6207;QD=8.29694;RBI=0.0255052;REFB=-0.00258278;REVB=0.0114297;RO=214;SAF=32;SAR=48;SRF=128;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241649;STB=0.634356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0122439;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:305:214:216:80:89:0.291803:48:32:128:86:53:36:129:87 chr8 110542337 . T C 735.65 PASS AF=0.312903;AO=96;DP=310;FAO=97;FDP=310;FR=.;FRO=213;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=117;FSRR=96;FWDB=-0.0126795;FXX=0.00321533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.053;QD=9.4922;RBI=0.0866242;REFB=-0.00417841;REVB=0.0856912;RO=213;SAF=48;SAR=48;SRF=117;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588841;STB=0.53738;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0108136;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:213:213:96:97:0.312903:48:48:117:96:49:48:117:96 chr8 110542343 . G GA 332.79 PASS AF=0.311688;AO=83;DP=311;FAO=96;FDP=308;FR=.;FRO=212;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=114;FSRR=98;FWDB=-0.0820801;FXX=0.00323614;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.455;QD=4.32191;RBI=0.200186;REFB=0.0107513;REVB=-0.182585;RO=222;SAF=41;SAR=42;SRF=121;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631637;STB=0.518823;STBP=0.669;TYPE=ins;VARB=-0.0619924;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.311688:83:311:96:308:212:49:47:114:98:99:222:41:42:121:101 chr8 110657514 . G A 726.45 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202712;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.899;QD=56.9765;RBI=0.0435099;REFB=0;REVB=0.0384993;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014397;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr8 111946844 . G C 617.21 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674351;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5236;QD=61.7214;RBI=0.0608249;REFB=0;REVB=0.06045;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129238;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr8 113241088 . T G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.924;QD=56.9383;RBI=0.0474639;REFB=0;REVB=0.0304433;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27035e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr8 113349812 . T C 502.44 PASS AF=0.443548;AO=52;DP=121;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00746373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.613;QD=16.2077;RBI=0.0153168;REFB=-0.00485088;REVB=0.0133753;RO=68;SAF=30;SAR=22;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151826;STB=0.571528;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0055553;OID=.;OPOS=113349812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:68:69:52:55:0.443548:22:30:29:39:24:31:30:39 chr8 113364696 . A G 315.49 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.109938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7312;QD=25.2394;RBI=0.162638;REFB=-0.0264954;REVB=0.119853;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530726;STB=0.529391;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0252358;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:14:8:12:16:14:8 chr8 113516207 . CTG ACT,CT,CTA 742.25 PASS AF=0,0.591837,0.408163;AO=3,22,23;DP=49;FAO=0,29,20;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,9;FSAR=0,15,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684317,-0.00442562,0.00145394;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=136.412,146.407,146.852;QD=60.5918;RBI=0.0126831,0.0177983,0.0242325;REFB=0,0,0;REVB=0.0106786,0.0172393,0.0241889;RO=0;SAF=1,8,14;SAR=2,14,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.84921e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.00446503,0.010202;OID=.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209;OREF=CTG,G,G;OALT=ACT,-,A;OMAPALT=ACT,CT,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:31:49:49:0:0:3,22,23:0,29,20:0,0.591837,0.408163:2,14,9:1,8,14:0:0:0,15,11:0,14,9:0:0 chr8 113655752 . T C 336.88 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0162476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7492;QD=13.3416;RBI=0.035367;REFB=-0.0131361;REVB=-0.0314141;RO=61;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927868;STB=0.557215;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.012058;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:61:62:39:39:0.386139:19:20:26:35:19:20:26:36 chr8 114186003 . T C 1381.34 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00885943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.302;QD=61.393;RBI=0.0343756;REFB=-0.107659;REVB=0.0332144;RO=0;SAF=66;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59293e-08;STB=0.503759;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000411047;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:0:1:88:89:0.988889:22:66:0:0:23:66:1:0 chr8 116423424 . T A,C 693.49 PASS AF=0.0555556,0.907407;AO=3,49;DP=54;FAO=3,49;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=0,29;FSAR=3,20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184597,0.021737;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=163.967,183.818;QD=51.3698;RBI=0.0191246,0.0280256;REFB=0.0448933,0.0326083;REVB=-0.004999,0.0176901;RO=2;SAF=0,29;SAR=3,20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.692188,0.00699852;STB=0.994603,0.503721;STBP=0.202,0.867;TYPE=snp,snp;VARB=0.144709,-0.00015548;OID=.,.;OPOS=116423424,116423424;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:2:2:3,49:3,49:0.0555556,0.907407:3,20:0,29:1:1:3,20:0,29:1:1 chr8 116423490 . A T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.791;QD=63.872;RBI=0.0388008;REFB=0;REVB=0.0376879;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113318;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 502.63 PASS AF=0.972222,0;AO=14,19;DP=37;FAO=35,0;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245283,-0.053589;FXX=0.0270197;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=189.898,182.433;QD=55.8481;RBI=0.0272304,0.0550847;REFB=-0.0546338,-0.115991;REVB=0.011826,0.012749;RO=2;SAF=3,14;SAR=11,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.224254,-0.0613239;STB=0.513506,0.5;STBP=0.515,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00129573,-0.00148787;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:36:2:1:14,19:35,0:0.972222,0:11,5:3,14:2:0:17,0:18,0:1:0 chr8 116424400 . T TA 50.76 PASS AF=0.394737;AO=7;DP=48;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.190838;FXX=0.0499875;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.98789;QD=5.34366;RBI=0.2198;REFB=-0.122841;REVB=-0.109055;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713233;STB=0.548322;STBP=0.659;TYPE=ins;VARB=0.105086;OID=.;OPOS=116424401;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:7:48:15:38:23:6:9:11:12:50:41:4:3:21:20 chr8 117035009 . C T 505.49 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0366429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.22;QD=17.7364;RBI=0.0418946;REFB=-0.0188058;REVB=-0.0203088;RO=58;SAF=25;SAR=29;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130605;STB=0.580345;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0229535;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:60:54:54:0.473684:29:25:35:23:29:25:37:23 chr8 117791733 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.313;QD=62.3509;RBI=0.0365673;REFB=0;REVB=0.0223981;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156568;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:9:33:0:0:9:34:0:0 chr8 117858389 . G A 1576.57 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585216;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.617;QD=60.0598;RBI=0.0184363;REFB=0;REVB=-0.0174828;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87025e-05;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:48:57:0:0:48:57:0:0 chr8 117887121 . GCCCCCCCCT GCCCCCCC,GCCCCCCCT 34.28 PASS AF=0.0384615,0.5;AO=4,8;DP=28;FAO=1,13;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2;FSAR=1,11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00136241,-0.0217621;FXX=0.0370233;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=112.803,7.12907;QD=5.27316;RBI=0.00274612,0.0926831;REFB=-0.00514077,-0.0103948;REVB=-0.00238433,0.090092;RO=7;SAF=0,1;SAR=4,7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.29599;STB=0.983447,0.51161;STBP=0.567,0.994;TYPE=del,del;VARB=-0.176403,0.0332722;OID=.,.;OPOS=117887129,117887122;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCCCC,GCCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0384615,0.5:4,8:28:1,13:26:12:0,2:1,11:2:10:32:7:0,1:4,7:0:7 chr8 118030465 . C G 363.48 PASS AF=0.704545;AO=28;DP=43;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0564296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.387;QD=33.0433;RBI=0.0646432;REFB=-0.0447254;REVB=0.0315346;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412219;STB=0.509548;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0177876;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:13:28:31:0.704545:9:19:8:5:11:20:8:5 chr8 118184783 . C T 786.9 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.357;QD=55.2211;RBI=0.0455533;REFB=0.0741802;REVB=0.0164778;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0003835;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr8 118819578 . C T 219.6 PASS AF=0.4;AO=23;DP=66;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0284735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.076;QD=12.5487;RBI=0.031819;REFB=-0.0167242;REVB=0.0142023;RO=40;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614628;STB=0.52159;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0199556;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:40:42:23:28:0.4:15:8:16:24:15:13:18:24 chr8 119391791 . T C 343.94 PASS AF=0.375;AO=42;DP=112;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0125013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3887;QD=12.2836;RBI=0.0380762;REFB=-0.00617061;REVB=0.0359655;RO=70;SAF=29;SAR=13;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933472;STB=0.553409;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0159252;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:70:70:42:42:0.375:13:29:43:27:13:29:43:27 chr8 119964052 . G C 1532.25 PASS AF=0.450276;AO=163;DP=363;FAO=163;FDP=362;FR=.;FRO=199;FSAF=99;FSAR=64;FSRF=113;FSRR=86;FWDB=-0.00535545;FXX=0.00275475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.889;QD=16.9309;RBI=0.00963484;REFB=-0.0098481;REVB=0.00800932;RO=195;SAF=99;SAR=64;SRF=112;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338178;STB=0.522553;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0127922;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:362:195:199:163:163:0.450276:64:99:112:83:64:99:113:86 chr8 120569877 . T G 421.06 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0297968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.89;QD=15.8889;RBI=0.0308396;REFB=-0.00827151;REVB=0.00795172;RO=59;SAF=26;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447093;STB=0.52503;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0139111;OID=.;OPOS=120569877;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:21:26:30:29:21:26:30:29 chr8 120596023 . A G 576.62 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.433;QD=60.6972;RBI=0.0267405;REFB=0;REVB=0.0238546;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23025e-05;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr8 120724209 . T C 423.98 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0338173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.382;QD=13.788;RBI=0.0350162;REFB=-0.0133559;REVB=0.00908423;RO=74;SAF=20;SAR=29;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846554;STB=0.547889;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0163186;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:74:49:49:0.398374:29:20:36:38:29:20:36:38 chr8 120790304 . T C 374.17 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.012481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.145;QD=18.0325;RBI=0.0136182;REFB=-0.0169414;REVB=0.00544804;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629614;STB=0.528076;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0198485;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:21:18:17:26:21:18:18:26 chr8 120803637 . C G 305.09 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00554325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.008;QD=15.0659;RBI=0.0307699;REFB=-0.0148568;REVB=-0.0302664;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628276;STB=0.535538;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0202821;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:16:18:22:25:16:18:22:25 chr8 120847078 . C G 180.94 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00431878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.885;QD=12.9245;RBI=0.0287037;REFB=-0.0252113;REVB=0.0283769;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25599;STB=0.635692;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0291221;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:34:22:22:0.392857:5:17:18:14:5:17:20:14 chr8 120847123 . C T 285.36 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0048948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.297;QD=15.4248;RBI=0.0122614;REFB=-0.028391;REVB=-0.011242;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170201;STB=0.588871;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0168028;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:14:18:16:25:14:18:17:25 chr8 120847188 . T C 510.42 PASS AF=0.505155;AO=48;DP=96;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0199962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.129;QD=21.0481;RBI=0.0199962;REFB=-0.0110929;REVB=-3.46354e-05;RO=48;SAF=25;SAR=23;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505261;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0130396;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:48:48:48:49:0.505155:23:25:25:23:24:25:25:23 chr8 120903471 . C CA 1942.28 PASS AF=0.992126;AO=120;DP=129;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0367614;FXX=0.0155027;HRUN=0;LEN=1;MLLD=208.731;QD=61.1741;RBI=0.0565147;REFB=-0.0509883;REVB=0.0429245;RO=2;SAF=65;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01439;STB=0.503597;STBP=0.519;TYPE=ins;VARB=0.000347736;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.992126:120:129:126:127:1:69:57:1:0:6:2:65:55:2:0 chr8 121013770 . A G 453.43 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00468487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.118;QD=25.1906;RBI=0.047221;REFB=-0.0215324;REVB=-0.046988;RO=28;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737218;STB=0.501991;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0189118;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:29:43:43:0.597222:18:25:16:12:18:25:17:12 chr8 121061879 . G A 537.91 PASS AF=0.464;AO=53;DP=121;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0398929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.615;QD=17.2131;RBI=0.0424614;REFB=-0.0254609;REVB=0.0145442;RO=66;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110788;STB=0.555659;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0362491;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:66:67:53:58:0.464:23:30:30:36:26:32:30:37 chr8 121210069 . T C 811.45 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308139;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4285;QD=54.097;RBI=0.0326557;REFB=-0.100957;REVB=0.0108121;RO=0;SAF=41;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511901;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00362206;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:58:58:0.966667:17:41:0:0:17:41:2:0 chr8 121215991 . T C 1466.55 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.92509e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.32;QD=63.0776;RBI=0.0097654;REFB=0;REVB=0.0097654;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3531e-05;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:40:52:0:0:40:53:0:0 chr8 121228679 . A C 2694.85 PASS AF=0.994318;AO=173;DP=176;FAO=175;FDP=176;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289566;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9438;QD=61.2467;RBI=0.107984;REFB=-0.0496485;REVB=0.104029;RO=2;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117494;STB=0.503067;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.000829861;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:176:2:1:173:175:0.994318:80:93:0:2:81:94:0:1 chr8 121256150 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4484;QD=58.4185;RBI=0.105728;REFB=0;REVB=-0.100703;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107196;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr8 121259862 . G A 2547.06 PASS AF=0.994048;AO=165;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133825;FXX=0.0175428;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.971;QD=60.6442;RBI=0.0322335;REFB=-0.0368635;REVB=0.0293242;RO=2;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121984;STB=0.503184;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=4.88743e-05;OID=.;OPOS=121259862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:169:168:2:1:165:167:0.994048:77:88:0:2:78:89:0:1 chr8 121383048 . T C 116.5 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.027856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3291;QD=11.6504;RBI=0.0379361;REFB=-0.0376209;REVB=-0.0257525;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367999;STB=0.521709;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0687504;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:5:21:11:3:5:21 chr8 121444346 . C T 404.58 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00777918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6959;QD=17.035;RBI=0.023477;REFB=-0.0044337;REVB=-0.0221507;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569633;STB=0.526303;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00625719;OID=.;OPOS=121444346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:21:21:23:29:21:21:24:29 chr8 121530190 . A G 354.22 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0238161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.582;QD=21.4679;RBI=0.027297;REFB=-0.00735958;REVB=0.0133386;RO=29;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475175;STB=0.533033;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00598891;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:17:19:17:12:17:19:18:12 chr8 122625466 . T C 406.98 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0248358;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.321;QD=17.3181;RBI=0.0248775;REFB=-0.0100641;REVB=-0.00143827;RO=52;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219329;STB=0.623018;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00591885;OID=.;OPOS=122625466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:52:42:42:0.446809:15:27:22:30:15:27:22:30 chr8 123964431 . G A 632.74 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0176408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.652;QD=48.6719;RBI=0.0256248;REFB=-0.0624814;REVB=0.0185858;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.549979;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000661906;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:0:4:48:48:0.923077:18:30:0:0:18:30:0:4 chr8 123964953 . C T 742.5 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00932139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.561;QD=53.0358;RBI=0.0188904;REFB=-0.122352;REVB=-0.0164304;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784626;STB=0.504165;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00155314;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:21:33:1:1:21:33:1:1 chr8 123985708 . A G 681.27 PASS AF=0.423729;AO=75;DP=177;FAO=75;FDP=177;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=-0.0109371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.712;QD=15.3959;RBI=0.0113253;REFB=-0.0162259;REVB=-0.0029395;RO=102;SAF=35;SAR=40;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214705;STB=0.619478;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0204239;OID=.;OPOS=123985708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:102:102:75:75:0.423729:40:35:69:33:40:35:69:33 chr8 124027628 . T C 436.39 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0765542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5095;QD=21.2874;RBI=0.0780745;REFB=-0.0269679;REVB=0.0153325;RO=39;SAF=19;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276765;STB=0.515284;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0158127;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:24:19:16:23:24:19:16:23 chr8 124138855 . G A 740.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.538;QD=56.982;RBI=0.046975;REFB=0;REVB=-0.006658;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51669e-05;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr8 124142489 . T C 1477.53 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.539;QD=62.2119;RBI=0.0541875;REFB=-0.0411982;REVB=0.0515441;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000232774;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:95:0:1:93:94:0.989474:53:40:0:0:54:40:0:1 chr8 124154697 . G T 256.47 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000615512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0091;QD=44.6027;RBI=0.0258432;REFB=0.00220836;REVB=-0.0258358;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00237199;OID=.;OPOS=124154697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:2:0:13:8:2:0 chr8 124206324 . G A 1690.74 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00771216;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.487;QD=57.3131;RBI=0.00823986;REFB=-0.143008;REVB=0.00290137;RO=1;SAF=61;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887525;STB=0.513511;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00200688;OID=.;OPOS=124206324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:118:1:3:114:115:0.974576:53:61:0:1:54:61:0:3 chr8 124267323 . G A 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0659524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5904;QD=21.1705;RBI=0.0660882;REFB=-0.0619912;REVB=-0.00423468;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0205298;OID=.;OPOS=124267323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr8 124440174 . A G 154.94 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.01729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.56;QD=22.9537;RBI=0.0386896;REFB=0.0156616;REVB=0.0346113;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232167;STB=0.629478;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0234481;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:9:2:8:8:9:2 chr8 124448736 . A G 332.65 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0258286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.297;QD=26.6118;RBI=0.0302102;REFB=-0.00593288;REVB=0.0156697;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114352;STB=0.563064;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00670438;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:14:7:14:15:14:7 chr8 124448804 . T A 267.02 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0178667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8915;QD=20.1526;RBI=0.0253595;REFB=0.00497913;REVB=-0.0179969;RO=25;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133537;STB=0.507437;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00602481;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:13:15:13:12:13:15:13:12 chr8 124449466 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0341254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.776;QD=11.0923;RBI=0.042956;REFB=-0.0164981;REVB=0.0260898;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0280985;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr8 124453543 . T A 334.56 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.036935;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=44.8618;QD=14.546;RBI=0.0374206;REFB=-0.0248763;REVB=0.0060088;RO=52;SAF=26;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102428;STB=0.569304;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0371915;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:55:37:37:0.402174:11:26:32:20:11:26:33:22 chr8 124525483 . C T 465.3 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0259384;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7094;QD=13.7866;RBI=0.0698729;REFB=0.00957226;REVB=0.06488;RO=83;SAF=14;SAR=39;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294539;STB=0.663765;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0112487;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:83:82:53:53:0.392593:39:14:43:40:39:14:42:40 chr8 124664130 . C T 920.3 PASS AF=0.905405;AO=67;DP=74;FAO=67;FDP=74;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0229958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5229;QD=49.7457;RBI=0.024227;REFB=-0.069255;REVB=-0.00762495;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.552223;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.01748;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:74:74:2:7:67:67:0.905405:37:30:2:0:37:30:7:0 chr8 124664167 . T C 1568.04 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.982;QD=64.0017;RBI=0.0489254;REFB=0;REVB=0.0481488;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21509e-05;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:50:47:0:0:51:47:0:0 chr8 124664792 . C T 1418.72 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018508;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.912;QD=63.0541;RBI=0.0188824;REFB=0;REVB=0.00374163;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08309e-05;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:45:44:0:0:46:44:0:0 chr8 124664873 . AT GC 1438.43 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162072;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.874;QD=63.2277;RBI=0.019569;REFB=0;REVB=0.010967;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.72879e-06;OID=.;OPOS=124664873;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr8 124696867 . C T 751.14 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0140506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.03;QD=18.8965;RBI=0.0232983;REFB=-0.0178813;REVB=-0.0185847;RO=81;SAF=46;SAR=32;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112464;STB=0.562056;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0202306;OID=.;OPOS=124696867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:81:81:78:78:0.490566:32:46:38:43:32:46:38:43 chr8 124749610 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3225;QD=57.5435;RBI=0.0482376;REFB=0;REVB=-0.0157071;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000406286;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr8 124824826 . G A 1339.65 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7455;QD=62.3091;RBI=0.0311106;REFB=0;REVB=0.030926;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126991;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:49:36:0:0:49:37:0:0 chr8 124826804 . G T 1574.22 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670157;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8742;QD=59.9703;RBI=0.073296;REFB=0;REVB=0.0296849;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13458e-05;OID=.;OPOS=124826804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:44:61:0:0:44:61:0:0 chr8 124987478 . T C 1541.98 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226706;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.683;QD=59.8827;RBI=0.0482798;REFB=0;REVB=0.0426261;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112865;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:47:55:0:0:47:56:0:0 chr8 124989830 . C T 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0334913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.222;QD=18.7846;RBI=0.038343;REFB=-0.00828526;REVB=0.0186686;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814091;STB=0.545344;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00420637;OID=.;OPOS=124989830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:17:16:19:14:17:16:19:14 chr8 125035698 . C A 170.45 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0205234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5732;QD=25.2515;RBI=0.0402611;REFB=-0.00918593;REVB=0.0346373;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138246;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00422609;OID=.;OPOS=125035698;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:4:6:13:4:4:6 chr8 125035788 . G C 385.0 PASS AF=0.967742;AO=13;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00234789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.899;QD=49.6778;RBI=0.0715939;REFB=0.0883497;REVB=0.0715554;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000100347;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:13:30:0.967742:3:10:1:0:19:11:1:0 chr8 125061895 . G A 2709.53 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480408;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.11;QD=62.2881;RBI=0.0481455;REFB=0;REVB=0.00317272;RO=0;SAF=89;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32945e-05;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:174:0:0:163:174:1:74:89:0:0:76:98:0:0 chr8 125072426 . T C 1089.19 PASS AF=1;AO=60;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.605;QD=59.6816;RBI=0.101112;REFB=0;REVB=0.0964649;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148564;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:60:73:1:18:42:0:0:25:48:0:0 chr8 125076589 . T G 1643.31 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0675616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.595;QD=57.1587;RBI=0.0829401;REFB=-0.090977;REVB=0.0481091;RO=2;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158207;STB=0.50366;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00137656;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:2:3:112:112:0.973913:59:53:0:2:59:53:1:2 chr8 125107201 . G A 1508.44 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.011006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.998;QD=57.4645;RBI=0.0115517;REFB=-0.125148;REVB=0.00350844;RO=1;SAF=67;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703016;STB=0.503145;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000163336;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:1:2:103:103:0.980952:36:67:1:0:36:67:1:1 chr8 125107207 . C T 1507.07 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8865;QD=57.9641;RBI=0.0307655;REFB=-0.0516319;REVB=-0.00881966;RO=1;SAF=65;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724311;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873964;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:103:104:1:0:100:104:1:35:65:1:0:37:67:0:0 chr8 125463250 . T C 1447.24 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014954;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.718;QD=57.3164;RBI=0.0171846;REFB=-0.0377269;REVB=0.00846681;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00095076;STB=0.500501;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=2.77965e-05;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:101:2:2:99:99:0.980198:52:47:1:1:52:47:1:1 chr8 125463544 . T C 721.35 PASS AF=0.560976;AO=69;DP=123;FAO=69;FDP=123;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0197911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.308;QD=23.4584;RBI=0.0198945;REFB=-0.0322567;REVB=0.00202635;RO=54;SAF=41;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771679;STB=0.542185;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0270182;OID=.;OPOS=125463544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:54:54:69:69:0.560976:28:41:27:27:28:41:27:27 chr8 125465042 . C T 186.7 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.028633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.768;QD=8.6838;RBI=0.0317723;REFB=-0.00169641;REVB=-0.0137706;RO=61;SAF=19;SAR=6;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437439;STB=0.759792;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0164438;OID=.;OPOS=125465042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:6:19:24:37:6:19:24:37 chr8 125487365 . GC CC,G 228.6 PASS AF=0.0576923,0.615385;AO=3,26;DP=49;FAO=3,32;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=3,27;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0431347,-0.0805877;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=1,1;MLLD=32.35,11.3928;QD=17.5845;RBI=0.157482,0.204241;REFB=0.0977691,-0.0850559;REVB=-0.151459,0.18767;RO=16;SAF=3,24;SAR=0,2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.305556;SSSB=0.63787,0.546147;STB=0.996349,0.683411;STBP=0.066,0.003;TYPE=snp,del;VARB=-0.00280497,0.0940299;OID=.,.;OPOS=125487365,125487366;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:49:52:16:17:3,26:3,32:0.0576923,0.615385:0,2:3,24:7:9:0,5:3,27:8:9 chr8 125498547 . C T 771.41 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981719;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.973;QD=57.1412;RBI=0.0309906;REFB=0;REVB=0.0293946;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4677e-05;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr8 125562029 . C T 525.62 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0138554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.87;QD=17.5206;RBI=0.014067;REFB=-0.00760694;REVB=-0.00243067;RO=64;SAF=37;SAR=19;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213127;STB=0.511853;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00936718;OID=.;OPOS=125562029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:19:37:41:23:19:37:41:23 chr8 125564642 . A T 188.27 PASS AF=0.475;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.050262;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.597;QD=18.8273;RBI=0.0511896;REFB=-0.00286934;REVB=0.00970101;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107664;STB=0.567503;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0027515;OID=.;OPOS=125564642;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:20:21:19:19:0.475:16:3:2:18:16:3:2:19 chr8 125565328 . T C 938.02 PASS AF=0.478049;AO=98;DP=205;FAO=98;FDP=205;FR=.;FRO=107;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=-0.00607091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.018;QD=18.3029;RBI=0.0334512;REFB=-0.0148587;REVB=0.0328957;RO=107;SAF=58;SAR=40;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338695;STB=0.518668;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.017608;OID=.;OPOS=125565328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:107:107:98:98:0.478049:40:58:67:40:40:58:67:40 chr8 125568162 . A G 171.51 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00329703;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.211;QD=14.2926;RBI=0.00501719;REFB=-0.02652;REVB=0.00378177;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682488;STB=0.505489;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0385803;OID=.;OPOS=125568162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:29:17:19:0.395833:9:8:16:14:9:10:15:14 chr8 125568175 . T C 162.6 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.025071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.413;QD=19.7085;RBI=0.0259498;REFB=-0.0179021;REVB=-0.00669614;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.011646;OID=.;OPOS=125568175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:9:7:8:9:9:7 chr8 125568623 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0329517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.663;QD=12.5629;RBI=0.0348059;REFB=-0.00792401;REVB=0.011209;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127505;STB=0.573844;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0133551;OID=.;OPOS=125568623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:15:7:15:20:15:7:15:20 chr8 125579973 . C T 420.59 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0291748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.964;QD=20.5168;RBI=0.0399514;REFB=-0.0257443;REVB=-0.0272937;RO=34;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149729;STB=0.618471;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0357847;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:40:42:42:0.512195:17:25:14:20:17:25:14:26 chr8 125579990 . C T 550.84 PASS AF=0.548387;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00444433;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8833;QD=23.6922;RBI=0.0164168;REFB=-0.0321461;REVB=-0.0158037;RO=42;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114289;STB=0.562636;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.017272;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:42:42:51:51:0.548387:27:24:14:28:27:24:14:28 chr8 125580075 . G C 491.75 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00183163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5704;QD=18.5566;RBI=0.0406033;REFB=-0.0361679;REVB=0.0405619;RO=54;SAF=18;SAR=34;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786757;STB=0.543665;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0377404;OID=.;OPOS=125580075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:34:18:23:31:34:18:23:31 chr8 125740204 . G A 984.96 PASS AF=0.579268;AO=94;DP=163;FAO=95;FDP=164;FR=.;FRO=69;FSAF=68;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0435227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9841;QD=24.0233;RBI=0.0691217;REFB=-0.0526747;REVB=0.053699;RO=68;SAF=67;SAR=27;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985536;STB=0.552834;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0377051;OID=.;OPOS=125740204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:68:69:94:95:0.579268:27:67:41:27:27:68:42:27 chr8 125989698 . C T 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0210295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.216;QD=10.1699;RBI=0.026651;REFB=-0.0129009;REVB=-0.0163717;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102813;STB=0.561688;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0241255;OID=.;OPOS=125989698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:8:14:6:5:8:14 chr8 126069060 . CT CC,C 52.52 PASS AF=0.037037,0.203704;AO=3,16;DP=53;FAO=2,11;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=2,10;FSAR=0,1;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.194837,-0.277015;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.4095,13.8773;QD=3.89032;RBI=0.195162,0.285318;REFB=-0.0265292,-0.0669146;REVB=-0.0112571,-0.0683303;RO=33;SAF=3,16;SAR=0,0;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.514847,0.792203;STB=0.993562,0.815612;STBP=0.211,0.057;TYPE=snp,del;VARB=0.116574,0.118455;OID=.,.;OPOS=126069061,126069061;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.203704:3,16:53:2,11:54:41:2,10:0,1:26:15:47:33:3,16:0,0:18:15 chr8 126283111 . G T 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00363386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.265;QD=20.0182;RBI=0.0194779;REFB=-0.0170558;REVB=0.0191359;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734303;STB=0.541619;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0154392;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:7:10:12:6:7:10 chr8 126448789 . G A 699.66 PASS AF=0.563025;AO=66;DP=118;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0163937;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3141;QD=23.518;RBI=0.0163938;REFB=0.00712621;REVB=3.50542e-05;RO=52;SAF=34;SAR=32;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655242;STB=0.532383;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00552939;OID=.;OPOS=126448789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:52:52:66:67:0.563025:32:34:31:21:32:35:31:21 chr8 127565184 . A G 1362.29 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0326894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.269;QD=61.2267;RBI=0.0327892;REFB=-0.106658;REVB=0.0025564;RO=1;SAF=52;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090258;STB=0.504761;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000572066;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:35:52:1:0:36:52:1:0 chr8 127683774 . G T 155.77 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0581783;FXX=0.0405351;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.726;QD=8.77591;RBI=0.0584581;REFB=-0.0150612;REVB=-0.00571269;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126025;STB=0.579759;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0187489;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:49:50:21:21:0.295775:9:12:33:16:9:12:34:16 chr8 127683850 . T C 265.77 PASS AF=0.324074;AO=35;DP=108;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.0518947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.952;QD=9.84319;RBI=0.0523812;REFB=-0.0290795;REVB=0.0071222;RO=73;SAF=17;SAR=18;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13586;STB=0.578764;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0399597;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:73:73:35:35:0.324074:18:17:44:29:18:17:44:29 chr8 128429262 . G C 70.23 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00935207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4325;QD=7.02253;RBI=0.0180217;REFB=-0.0186048;REVB=0.0154052;RO=28;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384241;STB=0.765398;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0887359;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:28:30:10:10:0.25:8:2:14:14:8:2:16:14 chr8 128429510 . G A 225.24 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.019812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.284;QD=20.4767;RBI=0.0203013;REFB=-0.0385809;REVB=-0.00443015;RO=21;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188688;STB=0.5999;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0161865;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:4:18:14:7:4:18:15:7 chr8 128429519 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00509792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.188;QD=23.598;RBI=0.015941;REFB=-0.0280387;REVB=0.0151038;RO=21;SAF=18;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578221;STB=0.503223;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0135396;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:7:18:15:6:7:18:15:6 chr8 128429660 . T C 270.75 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0238543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4419;QD=16.922;RBI=0.0239163;REFB=0.00246838;REVB=0.00172213;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756271;STB=0.542281;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.002292;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:9:21:26:8:9:21:26:8 chr8 128429721 . T C 195.76 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0663747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9967;QD=17.7967;RBI=0.0670361;REFB=-0.0223366;REVB=0.00939331;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448276;STB=0.533301;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0326203;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:6:14:17:6:6:14:18:6 chr8 128429732 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0144792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.452;QD=19.7021;RBI=0.0219287;REFB=0.00677128;REVB=-0.0164688;RO=16;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.545399;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.0030698;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:5:12:10:6:5:12:10:6 chr8 128430807 . C A 425.06 PASS AF=0.585714;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0361831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.169;QD=24.2892;RBI=0.0376001;REFB=-0.0471832;REVB=0.0102251;RO=29;SAF=17;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181614;STB=0.514279;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.024959;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:40:41:0.585714:23:17:13:16:24:17:13:16 chr8 128430872 . A AATG 121.67 PASS AF=0.451613;AO=11;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00321525;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=297.348;QD=15.6992;RBI=0.00740754;REFB=-0.00964714;REVB=0.00667337;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281499;STB=0.578829;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=0.00906173;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:11:32:14:31:17:4:10:7:10:99:18:4:7:7:11 chr8 128431694 . A G 410.53 PASS AF=0.477273;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.035796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.218;QD=18.6603;RBI=0.0360567;REFB=-0.027792;REVB=0.0043287;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226049;STB=0.629648;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0306619;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:46:41:42:0.477273:16:25:17:29:16:26:17:29 chr8 128432206 . C A 126.77 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=39;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.0103096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.681;QD=12.0729;RBI=0.0144674;REFB=-0.0263865;REVB=0.0101497;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325595;STB=0.599885;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0489967;OID=.;OPOS=128432206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:26:27:12:15:0.357143:9:3:2:24:12:3:3:24 chr8 129021179 . G A 213.26 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00217626;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.585;QD=12.1862;RBI=0.00438504;REFB=-0.00830517;REVB=-0.00380689;RO=41;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024204;STB=0.504421;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0182129;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:41:44:26:26:0.371429:12:14:23:18:12:14:24:20 chr8 129021180 . T A 36.2 PASS AF=0.109589;AO=7;DP=71;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00176002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=136.553;QD=1.98329;RBI=0.00314302;REFB=0.00182303;REVB=0.00260402;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284397;STB=0.578747;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00581047;OID=.;OPOS=129021180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:73:64:65:7:8:0.109589:3:4:35:29:3:5:35:30 chr8 129022785 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.668;QD=57.3855;RBI=0.0228245;REFB=0;REVB=0.00756984;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13498e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr8 129022815 . CGGT CAGA 227.94 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00141937;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=296.265;QD=16.5777;RBI=0.0294725;REFB=-0.0234269;REVB=0.0294383;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216381;STB=0.559952;STBP=0.426;TYPE=mnp;VARB=0.0200578;OID=.;OPOS=129022816;OREF=GGT;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:25:55:25:55:29:14:11:13:16:99:23:14:11:7:16 chr8 129162433 . G A 122.14 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.023453;FXX=0.0908816;HRUN=7;LEN=1;MLLD=168.979;QD=16.2855;RBI=0.0261171;REFB=-0.0177766;REVB=0.0114916;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0315466;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:30:10:16:13:14:0.466667:7:6:5:5:8:6:10:6 chr8 130760850 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.872;QD=63.2866;RBI=0.0419829;REFB=0;REVB=0.0122618;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139036;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr8 131353139 . T C 878.41 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0648408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3255;QD=54.9009;RBI=0.0674158;REFB=-0.103565;REVB=0.0184541;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348075;STB=0.502048;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00584906;OID=.;OPOS=131353139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:61:62:0.96875:27:34:1:1:27:35:1:1 chr8 131414205 . T A 309.44 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0464598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.082;QD=16.0749;RBI=0.0471068;REFB=-0.0195007;REVB=-0.00778048;RO=42;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452962;STB=0.526543;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0250474;OID=.;OPOS=131414205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:33:34:0.441558:15:18:21:21:15:19:22:21 chr8 131921956 . A G 2021.99 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.933;QD=62.215;RBI=0.0204671;REFB=0;REVB=0.00536782;RO=0;SAF=82;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.72837e-06;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:128:130:1:46:82:0:0:47:83:0:0 chr8 131922027 . T G 608.89 PASS AF=0.459854;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=137;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0283072;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3709;QD=17.7779;RBI=0.0521237;REFB=-0.0143913;REVB=-0.0437674;RO=73;SAF=36;SAR=26;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839661;STB=0.50346;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0196315;OID=.;OPOS=131922027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:73:74:62:63:0.459854:26:36:43:30:26:37:43:31 chr8 132002770 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000375235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.505;QD=16.4056;RBI=0.00916744;REFB=-0.0150765;REVB=-0.00915976;RO=37;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054744;STB=0.530786;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0138939;OID=.;OPOS=132002770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:15:16:17:20:15:16:17:20 chr8 132947786 . C T 291.44 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0188286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.665;QD=16.8948;RBI=0.0322318;REFB=-0.00697307;REVB=-0.0261605;RO=36;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21383;STB=0.611739;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00594914;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:14:18:12:24:14:18:13:24 chr8 132999936 . A G 421.29 PASS AF=0.422414;AO=47;DP=114;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0010566;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.383;QD=14.5271;RBI=0.050021;REFB=-0.0292826;REVB=0.0500098;RO=64;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749355;STB=0.564795;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0414009;OID=.;OPOS=132999936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:64:67:47:49:0.422414:23:24:28:36:23:26:28:39 chr8 133048593 . C T 128.36 PASS AF=0.271429;AO=20;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0158339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4466;QD=7.33458;RBI=0.0159106;REFB=-0.00600654;REVB=0.00156011;RO=45;SAF=16;SAR=4;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759394;STB=0.64847;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0375543;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:51:20:19:0.271429:4:16:34:11:3:16:36:15 chr8 133048619 . T C 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00452389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.064;QD=9.23668;RBI=0.0143779;REFB=-0.00482686;REVB=-0.0136477;RO=56;SAF=20;SAR=5;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164978;STB=0.609176;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00979179;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:5:20:39:17:5:20:39:18 chr8 133053309 . T C 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0304506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.324;QD=8.61244;RBI=0.0341375;REFB=-0.00694007;REVB=0.0154314;RO=47;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419103;STB=0.525015;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0108038;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:7:13:29:18:7:13:29:18 chr8 133053318 . T C 163.19 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00306487;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.552;QD=10.8793;RBI=0.0263686;REFB=0.00878516;REVB=-0.0261899;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924369;STB=0.554046;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0163525;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:8:13:21:18:8:13:21:18 chr8 133067315 . G A 151.42 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00620146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.491;QD=12.8864;RBI=0.00689952;REFB=-0.00715776;REVB=-0.00302411;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235885;STB=0.640658;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0135888;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:3:14:20:10:3:14:20:10 chr8 133089975 . A G 1367.42 PASS AF=0.942308;AO=97;DP=104;FAO=98;FDP=104;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0424203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1978;QD=52.5932;RBI=0.10683;REFB=-0.047008;REVB=-0.0980471;RO=5;SAF=40;SAR=57;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556747;STB=0.525146;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00307941;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:104:104:5:6:97:98:0.942308:57:40:5:0:58:40:5:1 chr8 133101818 . G A 329.79 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00423189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.106;QD=15.7044;RBI=0.0200459;REFB=-0.00991182;REVB=-0.0195941;RO=48;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705094;STB=0.503977;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0146002;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:17:19:25:23:17:19:25:23 chr8 133107830 . T C 385.16 PASS AF=0.412844;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0144618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.72;QD=14.1343;RBI=0.0159446;REFB=-0.0184119;REVB=0.00671462;RO=62;SAF=22;SAR=22;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134165;STB=0.588747;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0366712;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:44:45:0.412844:22:22:39:23:23:22:41:23 chr8 133112392 . G A 258.67 PASS AF=0.441176;AO=26;DP=63;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0314699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.992;QD=15.2158;RBI=0.0314845;REFB=-0.0127449;REVB=0.000960161;RO=37;SAF=6;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156478;STB=0.568027;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0150183;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:37:38:26:30:0.441176:20:6:13:24:22:8:14:24 chr8 133113531 . A T 301.72 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00959784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.517;QD=16.7621;RBI=0.0340672;REFB=-0.0302338;REVB=-0.0326872;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609479;STB=0.551151;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0276071;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:36:39:33:33:0.458333:19:14:13:23:19:14:13:26 chr8 133584558 . A G 518.85 PASS AF=0.470588;AO=37;DP=114;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0115732;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.41;QD=17.4405;RBI=0.0189648;REFB=-0.0277706;REVB=-0.0150241;RO=59;SAF=36;SAR=1;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.689384;STB=0.515076;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0256329;OID=.;OPOS=133584558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:59:63:37:56:0.470588:1:36:38:21:19:37:40:23 chr8 133590719 . C T 684.7 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=0.0203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1081;QD=18.5055;RBI=0.0253373;REFB=-0.0106202;REVB=0.0151621;RO=79;SAF=28;SAR=41;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981628;STB=0.554479;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.015318;OID=.;OPOS=133590719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:79:69:69:0.466216:41:28:40:39:41:28:40:39 chr8 133637659 . G A 218.91 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0183447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.856;QD=11.6749;RBI=0.0188017;REFB=-0.0159554;REVB=0.00412022;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103681;STB=0.559955;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0281021;OID=.;OPOS=133637659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:11:16:24:24:11:16:24:24 chr8 133673945 . C T 138.98 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.054068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5782;QD=12.0847;RBI=0.0545431;REFB=-0.0098502;REVB=-0.007183;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184817;STB=0.612783;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0350627;OID=.;OPOS=133673945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:4:12:25:4:4:12:26:4 chr8 133723166 . A G 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.624;QD=60.1634;RBI=0.00492723;REFB=0;REVB=-0.00200919;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61145e-06;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:45:63:0:0:45:63:0:0 chr8 133900252 . T G 282.98 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00401714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.706;QD=14.8938;RBI=0.00965024;REFB=-0.0153731;REVB=-0.00877438;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186757;STB=0.6052;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0186383;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:30:14:16:16:30:14 chr8 133900386 . T C 269.8 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0227322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.365;QD=23.9825;RBI=0.0271926;REFB=-0.0321508;REVB=0.0149226;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145316;STB=0.580583;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0329663;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:6:14:13:12:6:14 chr8 133909974 . A G 200.28 PASS AF=0.370968;AO=15;DP=63;FAO=23;FDP=62;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00652988;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5432;QD=12.9211;RBI=0.00670776;REFB=-0.0440786;REVB=0.0015345;RO=22;SAF=0;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.806265;STB=0.688007;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.110988;OID=.;OPOS=133909974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:22:34:15:23:0.370968:15:0:10:12:16:7:21:13 chr8 133984058 . C T 601.66 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.00491358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.151;QD=15.5266;RBI=0.019602;REFB=-0.0189272;REVB=-0.0189761;RO=86;SAF=37;SAR=30;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417699;STB=0.528885;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.027299;OID=.;OPOS=133984058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:88:67:67:0.432258:30:37:51:35:30:37:53:35 chr8 134237727 . C CG 59.66 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0488258;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.2638;QD=6.44979;RBI=0.0671052;REFB=-0.037937;REVB=-0.0460342;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145276;STB=0.522156;STBP=0.801;TYPE=ins;VARB=0.270603;OID=.;OPOS=134237728;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:16:38:16:37:21:9:7:11:10:59:20:8:8:13:7 chr8 134260948 . A G 701.83 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.067937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0254;QD=58.4854;RBI=0.11558;REFB=0.0270887;REVB=-0.0935058;RO=2;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521407;STB=0.527766;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00191038;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:17:29:0:2:17:29:0:2 chr8 134292516 . A G 638.86 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0461718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5731;QD=55.5526;RBI=0.0613971;REFB=-0.146984;REVB=0.0404694;RO=3;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107279;STB=0.505721;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.011582;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:3:3:43:43:0.934783:25:18:1:2:25:18:1:2 chr8 134474148 . C T 746.42 PASS AF=0.481481;AO=78;DP=163;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=49;FWDB=0.00734291;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.766;QD=18.4301;RBI=0.0214536;REFB=-0.0117484;REVB=-0.0201579;RO=84;SAF=45;SAR=33;SRF=35;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15016;STB=0.582917;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0122446;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:162:84:84:78:78:0.481481:33:45:35:49:33:45:35:49 chr8 134488007 . G A 379.11 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00519482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0135;QD=17.4303;RBI=0.0491289;REFB=-0.0405398;REVB=0.0488534;RO=47;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932036;STB=0.552212;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0718011;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:25:15:22:25:25:15:22:25 chr8 135612595 . A G 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00893002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.505;QD=11.5637;RBI=0.00896243;REFB=-0.0255177;REVB=0.000761482;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146953;STB=0.585671;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0456945;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:4:11:24:5:4:11:24:5 chr8 135614571 . C T 635.46 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=151;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0120089;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.283;QD=16.9455;RBI=0.0167609;REFB=-0.0225868;REVB=-0.0116924;RO=80;SAF=38;SAR=30;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454243;STB=0.53235;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0268079;OID=.;OPOS=135614571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:80:82:68:68:0.453333:30:38:41:39:30:38:41:41 chr8 135614705 . A G 265.21 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.100688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6772;QD=15.6006;RBI=0.1041;REFB=-0.00713472;REVB=-0.0264328;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143556;STB=0.581001;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00637314;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:17:13:22:16:17:13:22:16 chr8 135669909 . C T 373.18 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0305312;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.955;QD=17.5616;RBI=0.0353689;REFB=-0.0156088;REVB=0.0178551;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278178;STB=0.501557;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0131629;OID=.;OPOS=135669909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:46:39:39:0.458824:16:23:27:19:16:23:27:19 chr8 136659426 . G A 557.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.716;QD=60.2768;RBI=0.0345623;REFB=0;REVB=0.00404776;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26462e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr8 139143942 . A G 905.53 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.7587;QD=56.5957;RBI=0.0516492;REFB=0.0503778;REVB=0.0249051;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000238119;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:34:28:0:1:35:28:0:1 chr8 139144914 . G A 936.01 PASS AF=0.5625;AO=90;DP=160;FAO=90;FDP=160;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0122242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.652;QD=23.4004;RBI=0.0145799;REFB=-0.0572227;REVB=0.00794607;RO=70;SAF=51;SAR=39;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425354;STB=0.523182;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0314942;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:70:70:90:90:0.5625:39:51:36:34:39:51:36:34 chr8 139164192 . G A 1014.02 PASS AF=0.986111;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103695;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.757;QD=56.3343;RBI=0.0240904;REFB=-0.0262079;REVB=0.0217445;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000584726;OID=.;OPOS=139164192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:72:1:1:68:71:0.986111:34:34:1:0:37:34:1:0 chr8 139165068 . C T 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7151;QD=51.1672;RBI=0.0906035;REFB=0;REVB=0.0733052;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280912;OID=.;OPOS=139165068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:1:19:0:0:1:19:0:0 chr8 139165272 . TG CA 834.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392275;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.244;QD=57.5352;RBI=0.045399;REFB=0;REVB=0.0228534;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000131806;OID=.;OPOS=139165272;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:22:36:0:0 chr8 139165289 . T C 871.58 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158541;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.88;QD=58.1051;RBI=0.0396675;REFB=0;REVB=0.0363615;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263746;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr8 139626176 . C G 1572.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.017;QD=59.9227;RBI=0.0670577;REFB=0;REVB=-0.0452876;RO=0;SAF=63;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46544e-05;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:42:63:0:0:42:63:0:0 chr8 139647262 . A G 744.8 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.321;QD=56.2116;RBI=0.0255944;REFB=0;REVB=0.0243374;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57404e-05;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:49:53:1:28:21:0:0:31:22:0:0 chr8 139672671 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.223;QD=57.3857;RBI=0.0111854;REFB=0;REVB=0.0104984;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01704e-05;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr8 139691926 . G A 255.63 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0138824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8988;QD=29.2146;RBI=0.0342656;REFB=0.014389;REVB=-0.0313275;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160048;STB=0.592514;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0304593;OID=.;OPOS=139691926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:12:12:22:23:0.657143:11:11:3:9:11:12:3:9 chr8 139697478 . T C 1770.53 PASS AF=0.407867;AO=193;DP=479;FAO=197;FDP=483;FR=.;FRO=286;FSAF=95;FSAR=102;FSRF=150;FSRR=136;FWDB=0.0206583;FXX=0.00412363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8553;QD=14.6628;RBI=0.0228101;REFB=-0.0129724;REVB=-0.0096714;RO=264;SAF=91;SAR=102;SRF=130;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217785;STB=0.524997;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0234683;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:483:264:286:193:197:0.407867:102:91:130:134:102:95:150:136 chr8 139701209 . G T 480.07 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00351995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.362;QD=18.4642;RBI=0.0157404;REFB=-0.0224758;REVB=0.0153417;RO=50;SAF=19;SAR=32;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998243;STB=0.571844;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0254696;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:53:51:51:0.490385:32:19:24:26:32:19:27:26 chr8 139712323 . A G 1004.16 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685106;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.171;QD=59.0684;RBI=0.013229;REFB=0;REVB=-0.0113168;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100966;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:42:26:0:0 chr8 139736933 . C A 771.05 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.874;QD=55.0753;RBI=0.0457638;REFB=-0.155885;REVB=0.0198088;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00047847;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:29:26:0:0:29:26:1:0 chr8 139824057 . G A 229.37 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00112618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8373;QD=22.3775;RBI=0.00684928;REFB=-0.0203038;REVB=0.00675606;RO=19;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19846;STB=0.612078;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.027105;OID=.;OPOS=139824057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:5:17:11:8:5:17:11:8 chr8 139838912 . T C 569.85 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0186786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.371;QD=25.3265;RBI=0.0344618;REFB=-0.0168615;REVB=0.0289607;RO=38;SAF=31;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552746;STB=0.530251;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0111672;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:38:38:52:52:0.577778:21:31:20:18:21:31:20:18 chr8 140630990 . A G 318.45 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00795768;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.088;QD=22.3471;RBI=0.0102799;REFB=-0.0179741;REVB=-0.00650779;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203441;STB=0.511271;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0177067;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:24:24:30:30:0.526316:13:17:13:11:13:17:13:11 chr8 141310644 . G A 2121.52 PASS AF=1;AO=133;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270157;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.707;QD=62.3977;RBI=0.0270565;REFB=0;REVB=-0.00148569;RO=0;SAF=84;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82707e-06;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:133:136:1:49:84:0:0:49:87:0:0 chr8 141321351 . C T 351.06 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0068594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6662;QD=46.8087;RBI=0.0405501;REFB=-0.00376783;REVB=-0.0399658;RO=3;SAF=13;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958902;STB=0.551686;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.000109572;OID=.;OPOS=141321351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:14:13:3:0:14:13:3:0 chr8 141461062 . G A 333.88 PASS AF=0.45;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0631402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8812;QD=16.6941;RBI=0.0905928;REFB=-0.00567685;REVB=0.0649644;RO=43;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988515;STB=0.5402;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0101405;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:35:36:0.45:19:16:24:19:19:17:24:20 chr8 141461185 . A G 127.4 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00266512;FXX=0.0892698;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.42;QD=9.99238;RBI=0.0150071;REFB=-0.0143988;REVB=-0.0147686;RO=34;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294158;STB=0.620528;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.02306;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:34:35:15:16:0.313725:3:12:20:14:4:12:21:14 chr8 141461266 . A G 440.73 PASS AF=0.462963;AO=46;DP=104;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.026008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1951;QD=16.3235;RBI=0.0777996;REFB=-0.0520467;REVB=-0.0733237;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088604;STB=0.501483;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0655983;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:55:58:46:50:0.462963:23:23:27:28:26:24:28:30 chr8 141559358 . G A 1560.6 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00791507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.886;QD=57.7999;RBI=0.0177431;REFB=-0.0757328;REVB=0.0158798;RO=1;SAF=72;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065469;STB=0.503798;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=2.69629e-05;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:1:2:106:106:0.981481:34:72:1:0:34:72:1:1 chr8 141566311 . C T 2254.26 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.925;QD=63.5003;RBI=0.0413418;REFB=0;REVB=0.0223098;RO=0;SAF=71;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23847e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30733e-05;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:142:0:0:141:142:1:70:71:0:0:70:72:0:0 chr8 141568622 . G A 2385.43 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=162;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00917335;FXX=0.0308623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7084;QD=60.7754;RBI=0.0139857;REFB=-0.0855759;REVB=-0.010557;RO=0;SAF=74;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47681e-08;STB=0.50303;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000209937;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:157:0:1:156:156:0.993631:82:74:0:0:82:74:0:1 chr8 141679817 . T C 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0149993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.504;QD=11.0152;RBI=0.0219653;REFB=-0.0218187;REVB=-0.0160467;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803216;STB=0.547876;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0612127;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:14:14:8:6:14:14 chr8 141774282 . A C 175.72 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0862862;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0729;QD=12.1184;RBI=0.11628;REFB=0.00390895;REVB=0.0779476;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176268;STB=0.620586;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000773039;OID=.;OPOS=141774282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:36:20:22:0.37931:9:11:26:11:11:11:25:11 chr8 141780818 . T C 361.95 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00125635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0511;QD=17.8738;RBI=0.0304762;REFB=-0.00301493;REVB=0.0304503;RO=43;SAF=24;SAR=14;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689812;STB=0.538442;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00396393;OID=.;OPOS=141780818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:43:38:38:0.469136:14:24:30:13:14:24:30:13 chr8 141840645 . G A 199.76 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0669421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.571;QD=9.51217;RBI=0.0711381;REFB=-0.00768792;REVB=-0.0240705;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11622;STB=0.573714;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.026218;OID=.;OPOS=141840645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:58:26:26:0.309524:14:12:32:25:14:12:33:25 chr8 142146708 . T C 750.59 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000546285;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.68;QD=63.8803;RBI=0.0345008;REFB=0;REVB=0.0344965;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94886e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr8 142152442 . A G 649.98 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0205278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.605;QD=18.7045;RBI=0.0387061;REFB=-0.0207899;REVB=0.0328142;RO=72;SAF=42;SAR=24;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132984;STB=0.577784;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0212661;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:73:66:66:0.47482:24:42:36:36:24:42:36:37 chr8 142168337 . C T 458.31 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0112779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.845;QD=20.8321;RBI=0.0360025;REFB=-0.0191272;REVB=-0.0341905;RO=43;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385348;STB=0.521327;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0277817;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:19:26:23:20:19:26:23:20 chr8 142170884 . C T 1131.12 PASS AF=0.429577;AO=121;DP=282;FAO=122;FDP=284;FR=.;FRO=162;FSAF=68;FSAR=54;FSRF=81;FSRR=81;FWDB=0.0134598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.589;QD=15.9313;RBI=0.0301442;REFB=-0.0101862;REVB=0.0269723;RO=160;SAF=67;SAR=54;SRF=81;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488635;STB=0.53291;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0159484;OID=.;OPOS=142170884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:160:162:121:122:0.429577:54:67:81:79:54:68:81:81 chr8 142185580 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0131848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.966;QD=14.6165;RBI=0.0143185;REFB=-0.0138454;REVB=0.00558385;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05338;STB=0.530281;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.016416;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:14:14:17:21:14:14:17:21 chr8 142185718 . T C 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0899248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3214;QD=21.509;RBI=0.0910956;REFB=-0.000564453;REVB=0.0145581;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00154769;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:9:10:12:9:9:10 chr8 142200467 . G A 252.54 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0059226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.937;QD=12.6272;RBI=0.0127398;REFB=-0.0134445;REVB=-0.0112794;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225507;STB=0.512945;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0242937;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:29:21:12:18:29:21 chr8 142202856 . C T 199.95 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0263836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.765;QD=20.508;RBI=0.0277625;REFB=-0.0406458;REVB=-0.00864069;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385902;STB=0.510628;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0343106;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:12:8:8:10:12:8:8:11 chr8 142202884 . T C 227.54 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00175991;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.912;QD=18.2035;RBI=0.012602;REFB=-0.0178813;REVB=-0.0124785;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305781;STB=0.533305;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0141945;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:17:7:8:17:17:7:9:17 chr8 142204326 . C G 214.63 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.011037;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.739;QD=20.4413;RBI=0.0235459;REFB=-0.0194103;REVB=0.0207989;RO=22;SAF=18;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3009;STB=0.652006;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0186068;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:21:21:21:0.5:3:18:14:8:3:18:14:7 chr8 142218119 . G A 222.13 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0199929;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5635;QD=17.087;RBI=0.0556901;REFB=-0.0153926;REVB=0.0519776;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341303;STB=0.696355;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0109421;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:24:25:0.480769:8:16:8:19:8:17:8:19 chr8 142221361 . C G 101.08 PASS AF=0.238806;AO=14;DP=65;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00799866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.168;QD=6.03465;RBI=0.0104066;REFB=-0.00573516;REVB=-0.00665722;RO=51;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124541;STB=0.569745;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.021101;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:51:51:14:16:0.238806:8:6:27:24:9:7:27:24 chr8 142222374 . A G 736.79 PASS AF=0.408163;AO=80;DP=200;FAO=80;FDP=196;FR=.;FRO=116;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.0460854;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5899;QD=15.0364;RBI=0.0577307;REFB=-0.0243182;REVB=-0.0347703;RO=114;SAF=36;SAR=44;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250176;STB=0.514385;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0319767;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:114:116:80:80:0.408163:44:36:54:60:44:36:55:61 chr8 142222445 . T C 845.08 PASS AF=0.408696;AO=94;DP=232;FAO=94;FDP=230;FR=.;FRO=136;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=75;FWDB=-0.00923598;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5883;QD=14.697;RBI=0.00929136;REFB=-0.00823069;REVB=-0.00101296;RO=134;SAF=40;SAR=54;SRF=61;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317155;STB=0.513847;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.011393;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:134:136:94:94:0.408696:54:40:61:73:54:40:61:75 chr8 142225990 . G A 310.1 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00223459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7724;QD=13.782;RBI=0.124443;REFB=0.00217781;REVB=0.124423;RO=55;SAF=23;SAR=12;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126428;STB=0.572251;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00113875;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:35:35:0.388889:12:23:30:25:12:23:30:25 chr8 142228149 . G A 799.88 PASS AF=0.433498;AO=88;DP=203;FAO=88;FDP=203;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=54;FSRR=61;FWDB=-0.0213671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.284;QD=15.7611;RBI=0.0218207;REFB=-0.0189206;REVB=-0.00442566;RO=114;SAF=46;SAR=42;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049687;STB=0.530089;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0213178;OID=.;OPOS=142228149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:114:115:88:88:0.433498:42:46:54:60:42:46:54:61 chr8 142228686 . G A 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00409033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.486;QD=17.6719;RBI=0.028895;REFB=-0.0235383;REVB=0.028604;RO=32;SAF=25;SAR=5;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164548;STB=0.593152;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0259632;OID=.;OPOS=142228686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:5:25:23:9:5:25:23:9 chr8 142228809 . T C 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0353008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2814;QD=18.4381;RBI=0.0353098;REFB=-0.0322826;REVB=-0.000800591;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126931;STB=0.570685;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0253789;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:13:16:20:9:13:16:20:9 chr8 142229834 . G A 1813.76 PASS AF=0.495913;AO=182;DP=368;FAO=182;FDP=367;FR=.;FRO=185;FSAF=68;FSAR=114;FSRF=86;FSRR=99;FWDB=0.0179113;FXX=0.00541991;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.069;QD=19.7685;RBI=0.0287418;REFB=-0.0228796;REVB=0.0224784;RO=184;SAF=68;SAR=114;SRF=85;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844296;STB=0.547935;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0194347;OID=.;OPOS=142229834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:367:184:185:182:182:0.495913:114:68:85:99:114:68:86:99 chr8 142229891 . A G 1430.08 PASS AF=0.474359;AO=148;DP=309;FAO=148;FDP=312;FR=.;FRO=164;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=83;FSRR=81;FWDB=0.000136554;FXX=0.00319479;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.784;QD=18.3344;RBI=0.0268317;REFB=-0.0282829;REVB=-0.0268314;RO=161;SAF=71;SAR=77;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339031;STB=0.513865;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0337974;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:312:161:164:148:148:0.474359:77:71:83:78:77:71:83:81 chr8 142266691 . A C 2152.07 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.994;QD=62.8341;RBI=0.0406036;REFB=0;REVB=0.0386852;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65263e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:137:0:0:126:137:1:58:68:0:0:68:69:0:0 chr8 142367335 . T C 131.97 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0601851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1249;QD=7.65032;RBI=0.113218;REFB=-0.00831517;REVB=-0.0958958;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296993;STB=0.509944;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0168175;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:10:9:22:27:10:9:23:27 chr8 142367400 . G A 329.82 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0139219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.331;QD=15.7059;RBI=0.0211701;REFB=-0.0229604;REVB=0.0159484;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353654;STB=0.519936;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0296791;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:19:17:21:27:19:17:21:27 chr8 142367559 . G A 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00820549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.364;QD=16.7271;RBI=0.0504237;REFB=-0.0238333;REVB=0.0497516;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119416;STB=0.568183;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0294183;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:13:6:7:9:13:6 chr8 142441642 . A G 250.95 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0240185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.742;QD=19.6822;RBI=0.0258048;REFB=-0.0287389;REVB=-0.00943401;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213372;STB=0.617682;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0284579;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:3:22:18:8:3:22 chr8 142446937 . C T 1467.29 PASS AF=0.508834;AO=144;DP=283;FAO=144;FDP=283;FR=.;FRO=139;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0177321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.562;QD=20.7391;RBI=0.0233559;REFB=-0.0156261;REVB=0.015201;RO=139;SAF=83;SAR=61;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270803;STB=0.51483;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0158914;OID=.;OPOS=142446937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:139:139:144:144:0.508834:61:83:76:63:61:83:76:63 chr8 142459814 . C T 2901.97 PASS AF=0.954774;AO=190;DP=199;FAO=190;FDP=199;FR=.;FRO=9;FSAF=88;FSAR=102;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0401102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.649;QD=58.331;RBI=0.0408931;REFB=-0.121435;REVB=0.00796388;RO=7;SAF=88;SAR=102;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363775;STB=0.514275;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00101275;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:199:199:7:9:190:190:0.954774:102:88:7:0:102:88:7:2 chr8 142476529 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0124331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.986;QD=15.7818;RBI=0.0199139;REFB=-0.00740879;REVB=0.0155557;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978835;STB=0.555508;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0152685;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:11:18:12:11:11:18 chr8 142481169 . C T 493.14 PASS AF=0.5;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00743019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.764;QD=18.9671;RBI=0.00743756;REFB=-0.0189698;REVB=-0.000330944;RO=52;SAF=30;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116413;STB=0.568036;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0156573;OID=.;OPOS=142481169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:51:52:0.5:21:30:24:28:21:31:24:28 chr8 142488837 . G A 365.09 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.024807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.47;QD=16.0479;RBI=0.02928;REFB=-0.0105527;REVB=0.015554;RO=51;SAF=19;SAR=20;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365192;STB=0.525679;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0151346;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:20:19:23:28:20:19:23:29 chr8 142490079 . G A 1789.09 PASS AF=0.991736;AO=87;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=80;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087335;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.102;QD=59.1433;RBI=0.0226141;REFB=0;REVB=0.0208596;RO=1;SAF=64;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140463;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:0:87:120:0.991736:23:64:0:1:40:80:0:0 chr8 142490080 . T A 116.27 PASS AF=0.174603;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=30;FWDB=-0.00571486;FXX=0.0078734;HRUN=7;LEN=1;MLLD=81.6942;QD=3.69117;RBI=0.0129668;REFB=-0.00608596;REVB=0.0116395;RO=104;SAF=8;SAR=14;SRF=74;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424611;STB=0.765131;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00974128;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:104:104:22:22:0.174603:14:8:74:30:14:8:74:30 chr8 142490120 . G T 1445.1 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845309;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0627;QD=60.8465;RBI=0.0420022;REFB=-0.134278;REVB=0.0411428;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372217;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:95:0:0:90:95:1:35:55:0:0:37:58:0:0 chr8 142500345 . C T 521.09 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0382228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2344;QD=26.0545;RBI=0.0382861;REFB=0.0189636;REVB=0.00219957;RO=32;SAF=19;SAR=29;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123864;STB=0.567696;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0104211;OID=.;OPOS=142500345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:29:19:18:14:29:19:18:14 chr8 142505038 . T C 1372.03 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0219271;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.164;QD=60.3091;RBI=0.031023;REFB=-0.0669437;REVB=0.021946;RO=2;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019738;STB=0.510414;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000346353;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:2:2:89:89:0.978022:47:42:0:2:47:42:0:2 chr8 142505578 . C A 542.3 PASS AF=0.395062;AO=63;DP=161;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0754406;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4393;QD=13.3902;RBI=0.0756722;REFB=-0.00599835;REVB=0.00591608;RO=97;SAF=43;SAR=20;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222137;STB=0.631835;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00631157;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:97:98:63:64:0.395062:20:43:47:50:20:44:47:51 chr8 142506461 . A G 516.15 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0177455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.61;QD=22.4412;RBI=0.019141;REFB=-0.0166994;REVB=-0.00717462;RO=42;SAF=26;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0050787;STB=0.507607;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0146967;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:43:48:49:0.532609:22:26:23:19:22:27:23:20 chr8 142517222 . A G 83.38 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00152029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9202;QD=9.80993;RBI=0.0889515;REFB=0.00892177;REVB=-0.0889385;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0116949;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:11:12:4:7:11:12 chr8 142517227 . C T 71.88 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.004686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9653;QD=8.21478;RBI=0.061178;REFB=0.0120436;REVB=-0.0609983;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937713;STB=0.558022;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0186623;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:13:12:4:6:13:12 chr8 143425406 . C T 489.49 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=0.0128605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.049;QD=15.5394;RBI=0.0289552;REFB=-0.0205486;REVB=0.0259425;RO=72;SAF=27;SAR=27;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11346;STB=0.563469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0200712;OID=.;OPOS=143425406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:72:72:54:54:0.428571:27:27:44:28:27:27:44:28 chr8 143425720 . T C 308.1 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0676013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.943;QD=15.7998;RBI=0.0687921;REFB=-0.0247808;REVB=-0.0127441;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120384;STB=0.567966;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0312414;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:13:21:22:22:13:21:22:22 chr8 143427178 . C G 367.8 PASS AF=0.418367;AO=33;DP=89;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0316753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.905;QD=15.0124;RBI=0.0388855;REFB=-0.0192349;REVB=0.0225556;RO=51;SAF=27;SAR=6;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198876;STB=0.621879;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0263551;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:98:51:57:33:41:0.418367:6:27:35:16:9:32:35:22 chr8 143436034 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0213238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.312;QD=15.1563;RBI=0.0215352;REFB=-0.00747008;REVB=-0.00301008;RO=32;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40991;STB=0.731008;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0182511;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:8:17:8:24:8:17:8:24 chr8 143603418 . G C 2289.03 PASS AF=0.957055;AO=155;DP=163;FAO=156;FDP=163;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0681542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8828;QD=56.1726;RBI=0.0685318;REFB=-0.0117805;REVB=0.00718439;RO=7;SAF=85;SAR=70;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217159;STB=0.511497;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00281641;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:163:163:7:7:155:156:0.957055:70:85:2:5:70:86:2:5 chr8 143623459 . G T 1217.95 PASS AF=0.495868;AO=116;DP=239;FAO=120;FDP=242;FR=.;FRO=122;FSAF=87;FSAR=33;FSRF=82;FSRR=40;FWDB=0.0289679;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.924;QD=20.1314;RBI=0.028968;REFB=-0.0299279;REVB=-6.15013e-05;RO=120;SAF=83;SAR=33;SRF=82;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358847;STB=0.532439;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0309064;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:242:120:122:116:120:0.495868:33:83:82:38:33:87:82:40 chr8 143695144 . G A 3364.86 PASS AF=0.986425;AO=218;DP=223;FAO=218;FDP=221;FR=.;FRO=3;FSAF=123;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0597098;FXX=0.0133923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.347;QD=60.9024;RBI=0.0886989;REFB=-0.165821;REVB=0.0655914;RO=0;SAF=123;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62581e-08;STB=0.506024;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000534365;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:223:221:0:3:218:218:0.986425:95:123:0:0:95:123:3:0 chr8 143695678 . A G 88.05 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.292;QD=39.1322;RBI=0.0931563;REFB=0;REVB=-0.0256897;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491261;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr8 143695681 . G C 73.33 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.267256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.312;QD=36.666;RBI=0.268162;REFB=0;REVB=-0.022025;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246178;OID=.;OPOS=143695681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:1:0:7:8:1:4:3:1:0:4:4:0:0 chr8 143746050 . C T 385.22 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0206774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.609;QD=13.8817;RBI=0.026264;REFB=-0.0267333;REVB=0.0161939;RO=64;SAF=23;SAR=22;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699751;STB=0.529469;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0424826;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:66:45:45:0.405405:22:23:37:27:22:23:37:29 chr8 143746069 . T C 342.23 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0171222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.115;QD=12.9144;RBI=0.017366;REFB=-0.00322329;REVB=-0.00289922;RO=63;SAF=21;SAR=20;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804905;STB=0.535038;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00309991;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:65:41:41:0.386792:20:21:37:26:20:21:37:28 chr8 143746087 . CCA C 1060.49 PASS AF=0.931373;AO=93;DP=99;FAO=95;FDP=102;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00994801;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=2;MLLD=309.829;QD=41.5878;RBI=0.0106816;REFB=-0.0190536;REVB=0.00389011;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.507461;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.000851204;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931373:93:99:95:102:7:51:44:3:4:6:0:51:42:0:0 chr8 143746416 . A G 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00327111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.238;QD=16.8758;RBI=0.0382776;REFB=-0.0278778;REVB=-0.0381376;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0253017;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:8:8:8:7:8:9 chr8 143746701 . A G 415.81 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.041428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.455;QD=16.9719;RBI=0.0414409;REFB=-0.0135827;REVB=-0.00103648;RO=54;SAF=29;SAR=14;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145897;STB=0.577888;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0298376;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:55:43:43:0.438776:14:29:29:25:14:29:30:25 chr8 143747271 . C G 998.82 PASS AF=0.452586;AO=105;DP=233;FAO=105;FDP=232;FR=.;FRO=127;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=79;FSRR=48;FWDB=-0.0160015;FXX=0.00429166;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7117;QD=17.2211;RBI=0.0334832;REFB=-0.00773592;REVB=-0.0294121;RO=128;SAF=68;SAR=37;SRF=79;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032654;STB=0.515195;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00847683;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:128:127:105:105:0.452586:37:68:79:49:37:68:79:48 chr8 143808951 . C T 126.92 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0170667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.907;QD=19.5259;RBI=0.0188395;REFB=-0.0285515;REVB=-0.00797834;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0294981;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:5:7:9:5:5:7 chr8 143833850 . G A 1689.89 PASS AF=0.525478;AO=165;DP=315;FAO=165;FDP=314;FR=.;FRO=149;FSAF=38;FSAR=127;FSRF=26;FSRR=123;FWDB=0.00456025;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0375;QD=21.5272;RBI=0.04226;REFB=-0.0404875;REVB=0.0420132;RO=146;SAF=38;SAR=127;SRF=26;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660901;STB=0.538911;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0384144;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:146:149:165:165:0.525478:127:38:26:120:127:38:26:123 chr8 143833856 . C T 1284.14 PASS AF=0.452381;AO=133;DP=295;FAO=133;FDP=294;FR=.;FRO=161;FSAF=36;FSAR=97;FSRF=25;FSRR=136;FWDB=0.0479092;FXX=0.00338972;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.949;QD=17.4713;RBI=0.0492916;REFB=-0.0210689;REVB=0.0115921;RO=160;SAF=36;SAR=97;SRF=25;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155741;STB=0.586357;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0280856;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:294:160:161:133:133:0.452381:97:36:25:135:97:36:25:136 chr8 143845950 . A G 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0137244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.313;QD=16.4539;RBI=0.0151192;REFB=0.0023471;REVB=-0.00634262;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207346;OID=.;OPOS=143845950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr8 143845953 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0308468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.356;QD=18.7682;RBI=0.0323804;REFB=-0.128152;REVB=0.00984713;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0256506;OID=.;OPOS=143845953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr8 143867905 . C T 278.98 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0329307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.091;QD=21.8805;RBI=0.0329505;REFB=-0.0273319;REVB=-0.00114339;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957823;STB=0.542342;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0286329;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:16:11:12:11:16:12:12:11 chr8 143922620 . C T 1767.37 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.917;QD=60.9438;RBI=0.0188012;REFB=0;REVB=-0.0143245;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5535e-06;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr8 143956693 . G A 33.34 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0141167;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8809;QD=3.03123;RBI=0.0224741;REFB=-0.00920263;REVB=-0.0174872;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352273;STB=0.757966;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0206224;OID=.;OPOS=143956693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:44:37:38:6:6:0.136364:1:5:21:16:1:5:22:16 chr8 143957163 . C G 769.17 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.915;QD=56.9757;RBI=0.0392987;REFB=0;REVB=0.0226255;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163338;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr8 143959187 . CG C,CT 855.29 PASS AF=0.109375,0.875;AO=14,48;DP=65;FAO=7,56;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=7,38;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00435295,0.0175437;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.2781,102.457;QD=53.4557;RBI=0.051592,0.076059;REFB=0.15235,0.0385033;REVB=0.051408,0.074008;RO=1;SAF=8,37;SAR=6,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0698108,0.0408476;STB=0.997454,0.513509;STBP=0.048,0.26;TYPE=del,snp;VARB=0.0118622,-0.000159708;OID=.,.;OPOS=143959188,143959188;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109375,0.875:14,48:65:7,56:64:1:7,38:0,18:0:1:36:1:8,37:6,11:0:1 chr8 143959250 . T C 1362.49 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6942;QD=61.2355;RBI=0.0342294;REFB=0.0133085;REVB=-0.0290432;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000275078;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:43:45:1:0:43:45:1:0 chr8 143961005 . T C 659.35 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.023;QD=61.3347;RBI=0.0214988;REFB=0;REVB=0.0206448;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40519e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:13:30:0:0 chr8 143961102 . C T 610.41 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00054804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.392;QD=56.7821;RBI=0.00574846;REFB=-0.109271;REVB=-0.00572228;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.508152;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00139658;OID=.;OPOS=143961102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:27:14:1:0:27:14:1:1 chr8 143994041 . C T 2179.73 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=151;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00339805;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.191;QD=58.5163;RBI=0.0247987;REFB=-0.0452935;REVB=-0.0245648;RO=2;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123494;STB=0.502947;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.000363734;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:149:2:3:146:146:0.979866:76:70:0:2:76:70:1:2 chr8 143994702 . G T 727.37 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.314;QD=63.2493;RBI=0.0674101;REFB=0;REVB=0.0519263;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354159;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr8 144099678 . G A 2561.94 PASS AF=0.994048;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.135;QD=60.9986;RBI=0.110719;REFB=-0.122388;REVB=0.0985509;RO=0;SAF=78;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04195e-08;STB=0.503184;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000736914;OID=.;OPOS=144099678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:0:1:167:167:0.994048:89:78:0:0:89:78:1:0 chr8 144102747 . C T 1544.87 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225903;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.923;QD=59.9949;RBI=0.080451;REFB=0;REVB=0.0772142;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03213e-05;OID=.;OPOS=144102747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:48:54:0:0:48:55:0:0 chr8 144124609 . T C,G 409.0 PASS AF=0.903226,0.0645161;AO=27,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266665,0.0291625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.785,76.8041;QD=52.7737;RBI=0.0333047,0.0602622;REFB=-0.144354,-0.0684851;REVB=-0.0199524,-0.0527359;RO=1;SAF=18,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0488676,0.697199;STB=0.523792,0.993266;STBP=0.268,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00623419,0.0772995;OID=.,.;OPOS=144124609,144124609;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:31:1:1:27,2:28,2:0.903226,0.0645161:9,0:18,2:0:1:10,0:18,2:0:1 chr8 144295154 . C T 193.84 PASS AF=0.575758;AO=12;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00741648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.925;QD=23.4952;RBI=0.070831;REFB=-0.0308422;REVB=0.0704417;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.61474;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0340464;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:12:19:0.575758:8:4:8:5:13:6:8:6 chr8 144295782 . G T 442.65 PASS AF=0.386364;AO=50;DP=131;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.091768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2448;QD=13.4135;RBI=0.126194;REFB=-0.0083282;REVB=0.0866232;RO=81;SAF=37;SAR=13;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327065;STB=0.674347;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0153979;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:81:81:50:51:0.386364:13:37:37:44:14:37:37:44 chr8 144332012 . T C 1026.1 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5584;QD=59.4841;RBI=0.0233974;REFB=0;REVB=-0.0128241;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155283;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:31:38:0:0 chr8 144332082 . T C 790.42 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053891;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.854;QD=64.5236;RBI=0.0599534;REFB=0;REVB=0.0262711;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521681;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr8 144333315 . G A 2571.13 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0361685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.011;QD=60.4972;RBI=0.0371717;REFB=-0.0895812;REVB=0.00857744;RO=1;SAF=100;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473574;STB=0.50495;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000492778;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:1:2:168:168:0.988235:68:100:1:0:68:100:2:0 chr8 144333434 . G A 1599.94 PASS AF=0.973451;AO=108;DP=114;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.104505;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.923;QD=56.6351;RBI=0.111281;REFB=-0.201324;REVB=0.038238;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840107;STB=0.512603;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00114194;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:113:1:3:108:110:0.973451:52:56:1:0:52:58:3:0 chr8 144351632 . A G 1520.47 PASS AF=1;AO=78;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.285;QD=63.3528;RBI=0.0431976;REFB=0;REVB=0.0403631;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169085;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:78:96:1:34:44:0:0:48:48:0:0 chr8 144357213 . G C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.373;QD=62.0191;RBI=0.0208178;REFB=0;REVB=0.00283989;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65617e-05;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:10:32:0:0:10:32:0:0 chr8 144358381 . G A 108.84 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0606486;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=127.287;QD=36.2814;RBI=0.220628;REFB=-0.00137664;REVB=0.212128;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00426229;OID=.;OPOS=144358381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr8 144378184 . C G 278.74 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.57;QD=48.4772;RBI=0.0644366;REFB=0.0614853;REVB=0.061827;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341449;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00255179;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:20:22:0.956522:7:13:1:0:9:13:0:1 chr8 144378868 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9677;QD=45.8049;RBI=0.111828;REFB=0;REVB=0.102438;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532743;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 144391924 . CT TC 239.83 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346642;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.625;QD=50.4896;RBI=0.0713512;REFB=0;REVB=-0.0623649;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000304713;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 144391930 . G A,C 225.32 PASS AF=0.85,0.1;AO=17,2;DP=20;FAO=17,2;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0438968,-0.0706817;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.432,57.088;QD=45.0647;RBI=0.0439458,0.0747325;REFB=-0.174817,-0.171663;REVB=-0.00207427,-0.0242701;RO=1;SAF=10,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0609958,0;STB=0.533294,0.5;STBP=0.314,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00657316,0.0052914;OID=.,.;OPOS=144391930,144391930;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:20:20:1:1:17,2:17,2:0.85,0.1:7,2:10,0:0:1:7,2:10,0:0:1 chr8 144392368 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.681;QD=33.4285;RBI=0.0945223;REFB=0;REVB=0.0639194;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285491;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr8 144409934 . C A 4865.64 PASS AF=0.966667;AO=319;DP=330;FAO=319;FDP=330;FR=.;FRO=11;FSAF=178;FSAR=141;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0181381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.06;QD=58.9774;RBI=0.0205164;REFB=-0.0407236;REVB=0.00958821;RO=11;SAF=178;SAR=141;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109139;STB=0.505727;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00202144;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:330:330:11:11:319:319:0.966667:141:178:8:3:141:178:8:3 chr8 144409938 . A AG,G 4799.8 PASS AF=1,0;AO=278,13;DP=328;FAO=316,0;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=175,0;FSAR=141,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178422,0.0629422;FXX=0.00628911;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=27.9305,6.37398;QD=60.757;RBI=0.0393492,0.0663982;REFB=0,0;REVB=-0.0350715,-0.0211424;RO=24;SAF=143,11;SAR=135,2;SRF=23;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0672674,-0.305365;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000406276,-0.0987076;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:328:316:24:0:278,13:316,0:1,0:135,2:143,11:23:1:141,0:175,0:0:0 chr8 144522387 . GA TT 196.62 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0695322;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.787;QD=23.8329;RBI=0.0699335;REFB=-0.09044;REVB=0.0074819;RO=13;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152631;STB=0.695653;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.0379737;OID=.;OPOS=144522387;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:13:14:17:19:0.575758:3:14:9:4:2:17:9:5 chr8 144620183 . T C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.593;QD=58.4171;RBI=0.0532389;REFB=0;REVB=0.0505122;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173489;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr8 144623574 . T C 1425.94 PASS AF=0.447761;AO=149;DP=334;FAO=150;FDP=335;FR=.;FRO=185;FSAF=63;FSAR=87;FSRF=75;FSRR=110;FWDB=-0.0266045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.873;QD=17.0262;RBI=0.0323527;REFB=-0.0123414;REVB=-0.0184093;RO=182;SAF=62;SAR=87;SRF=75;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411395;STB=0.508292;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0120502;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:335:182:185:149:150:0.447761:87:62:75:107:87:63:75:110 chr8 144642178 . T C 1523.8 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251233;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.44;QD=59.1769;RBI=0.0349522;REFB=0;REVB=0.0242998;RO=0;SAF=15;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10395e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175351;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:0:0:100:103:1:85:15:0:0:86:17:0:0 chr8 144642596 . T C 357.48 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0579;QD=54.9974;RBI=0.0693298;REFB=0;REVB=-0.0420109;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287563;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr8 144642626 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.062;QD=59.4338;RBI=0.0539841;REFB=0;REVB=-0.0514717;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153273;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr8 144643603 . G A 838.68 PASS AF=0.521739;AO=84;DP=161;FAO=84;FDP=161;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.017343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.18;QD=20.8367;RBI=0.0190195;REFB=-0.0148779;REVB=-0.0078078;RO=77;SAF=40;SAR=44;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161659;STB=0.588457;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0188308;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:77:77:84:84:0.521739:44:40:51:26:44:40:51:26 chr8 144649625 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.124;QD=37.4885;RBI=0.104774;REFB=0;REVB=0.0962473;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122576;OID=.;OPOS=144649625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr8 144649968 . C T 2734.62 PASS AF=1;AO=176;DP=179;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301598;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9418;QD=61.7994;RBI=0.0898888;REFB=-0.0534849;REVB=0.0846781;RO=1;SAF=105;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461126;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:179:177:1:0:176:177:1:71:105:0:1:72:105:0:0 chr8 144654249 . G A 766.57 PASS AF=0.510345;AO=74;DP=145;FAO=74;FDP=145;FR=.;FRO=71;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.019523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.498;QD=21.1469;RBI=0.0196445;REFB=-0.0248435;REVB=-0.00218135;RO=69;SAF=46;SAR=28;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150567;STB=0.513758;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0207685;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:69:71:74:74:0.510345:28:46:44:25:28:46:46:25 chr8 144654255 . A G 2197.72 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.928;QD=63.2437;RBI=0.0466617;REFB=0;REVB=-0.0434721;RO=0;SAF=87;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3622e-05;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:52:87:0:0:52:87:0:0 chr8 144654594 . G T 290.43 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0166527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9823;QD=16.8365;RBI=0.0352816;REFB=-0.0267369;REVB=-0.0311043;RO=36;SAF=24;SAR=8;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357408;STB=0.524737;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0620519;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:8:24:28:8:8:24:29:8 chr8 144654693 . G C 523.5 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00354847;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.658;QD=16.1077;RBI=0.0180615;REFB=-0.0306959;REVB=0.0177095;RO=65;SAF=38;SAR=19;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551807;STB=0.522719;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0290701;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:130:65:73:57:57:0.438462:19:38:43:22:19:38:46:27 chr8 144658711 . G A 1958.18 PASS AF=0.992308;AO=127;DP=128;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.07006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4482;QD=60.2516;RBI=0.0873382;REFB=0.00479628;REVB=0.0521494;RO=1;SAF=57;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674044;STB=0.503546;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000808129;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:130:1:1:127:129:0.992308:70:57:0:1:70:59:0:1 chr8 144662353 . G A 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00854454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.005;QD=14.0545;RBI=0.0108846;REFB=-0.0290011;REVB=0.00674276;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361047;STB=0.706193;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0359939;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:18:7:22:13:18:7:22:13 chr8 144671244 . C A 343.4 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0307512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.914;QD=13.8749;RBI=0.0401684;REFB=-0.0319142;REVB=0.0258431;RO=59;SAF=12;SAR=26;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14453;STB=0.584729;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.042939;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:61:38:38:0.383838:26:12:26:33:26:12:27:34 chr8 144671685 . G C 537.59 PASS AF=0.846154;AO=43;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0243466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.065;QD=41.3534;RBI=0.0245039;REFB=-0.0252873;REVB=-0.00277196;RO=7;SAF=39;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428111;STB=0.722099;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00314791;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:7:8:43:44:0.846154:4:39:0:7:5:39:0:8 chr8 144671922 . G A 85.17 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000239568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3782;QD=11.3554;RBI=0.00197619;REFB=-0.0346719;REVB=-0.00196162;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0460938;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:6:5:8:10:6:5:9:10 chr8 144681777 . G T 1203.76 PASS AF=0.525862;AO=103;DP=225;FAO=122;FDP=232;FR=.;FRO=110;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.0579156;FXX=0.00429166;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.5661;QD=20.7544;RBI=0.0924655;REFB=-0.0539525;REVB=0.0720809;RO=81;SAF=49;SAR=54;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942644;STB=0.569794;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0400885;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:232:81:110:103:122:0.525862:54:49:48:33:69:53:64:46 chr8 144682311 . G C 1592.93 PASS AF=0.463889;AO=167;DP=360;FAO=167;FDP=360;FR=.;FRO=193;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=117;FSRR=76;FWDB=-0.0250248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.496;QD=17.6993;RBI=0.0252916;REFB=-0.0188263;REVB=-0.00366358;RO=192;SAF=77;SAR=90;SRF=117;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14313;STB=0.577334;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0202586;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:360:360:192:193:167:167:0.463889:90:77:117:75:90:77:117:76 chr8 144688736 . C G 551.34 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00581486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.908;QD=24.2348;RBI=0.0143405;REFB=-0.0250632;REVB=-0.0131087;RO=40;SAF=30;SAR=21;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943676;STB=0.551611;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0179314;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:51:51:0.56044:21:30:28:12:21:30:28:12 chr8 144689146 . C T 1628.33 PASS AF=0.474719;AO=168;DP=345;FAO=169;FDP=356;FR=.;FRO=187;FSAF=99;FSAR=70;FSRF=118;FSRR=69;FWDB=-0.00470528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.62;QD=18.2958;RBI=0.053252;REFB=-0.0178252;REVB=0.0530437;RO=176;SAF=99;SAR=69;SRF=107;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180414;STB=0.524677;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0218423;OID=.;OPOS=144689146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:356:176:187:168:169:0.474719:69:99:107:69:70:99:118:69 chr8 144732363 . T C 958.4 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0246207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4765;QD=57.2179;RBI=0.0592802;REFB=-0.109303;REVB=0.0539255;RO=1;SAF=33;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141028;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00149804;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:33:33:1:0:33:33:1:0 chr8 144732418 . A G 838.49 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.733;QD=55.8992;RBI=0.0429261;REFB=-0.167182;REVB=0.00260372;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00130342;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr8 144732450 . G A 251.62 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0367398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.553;QD=20.5401;RBI=0.0368089;REFB=0.0121383;REVB=0.00225332;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155862;STB=0.508765;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00972461;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:10:15:14:10:10:15 chr8 144734383 . G A 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000564779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.325;QD=14.0884;RBI=0.00724173;REFB=-0.0182913;REVB=-0.00721968;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957667;STB=0.556415;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0219808;OID=.;OPOS=144734383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:5:9:8:3:5:9 chr8 144735977 . T C 703.34 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735612;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.554;QD=55.1642;RBI=0.0750962;REFB=-0.0654074;REVB=0.0151059;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097021;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:51:1:0:50:51:1:26:24:0:1:27:24:0:0 chr8 144776109 . A G 743.91 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.005;QD=61.9926;RBI=0.0086222;REFB=0;REVB=0.00831986;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00739461;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr8 144800384 . G A 366.26 PASS AF=0.42;AO=39;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.00106664;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.611;QD=14.6505;RBI=0.0174858;REFB=-0.0177765;REVB=0.0174532;RO=56;SAF=18;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215522;STB=0.527711;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0233512;OID=.;OPOS=144800384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:58:39:42:0.42:21:18:27:29:23:19:29:29 chr8 144801243 . C T 769.55 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000133468;FXX=0.0145975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.174;QD=22.8014;RBI=0.0102017;REFB=-0.0119751;REVB=0.0102009;RO=59;SAF=38;SAR=35;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375868;STB=0.524238;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0096156;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:59:62:73:73:0.540741:35:38:28:31:35:38:29:33 chr8 144802735 . AG CC 531.53 PASS AF=0.410853;AO=54;DP=128;FAO=53;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=24;FWDB=0.00847401;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.788;QD=16.4817;RBI=0.0160578;REFB=-0.0263803;REVB=0.0136398;RO=69;SAF=38;SAR=16;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601168;STB=0.527055;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.0372366;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:54:53:0.410853:16:38:45:24:16:37:46:24 chr8 144808747 . G A 93.36 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0268509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.47;QD=11.6704;RBI=0.0296879;REFB=-0.0055285;REVB=0.0126648;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21057;STB=0.642602;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.014805;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:32:20:20:11:12:0.375:3:8:11:9:3:9:11:9 chr8 144811338 . C G 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.765;QD=61.2107;RBI=0.0328864;REFB=0;REVB=-0.0203867;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26015e-06;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:22:57:0:0:22:57:0:0 chr8 144822037 . G T 1767.29 PASS AF=0.55814;AO=165;DP=289;FAO=168;FDP=301;FR=.;FRO=133;FSAF=97;FSAR=71;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=0.00712966;FXX=0.0098681;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.69;QD=23.4856;RBI=0.0156441;REFB=-0.0295534;REVB=0.013925;RO=122;SAF=95;SAR=70;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.502692;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0220884;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:301:122:133:165:168:0.55814:70:95:66:56:71:97:76:57 chr8 144885580 . A G 4939.6 PASS AF=0.990991;AO=301;DP=306;FAO=330;FDP=333;FR=.;FRO=3;FSAF=196;FSAR=134;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0486699;FXX=0.00299392;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7242;QD=59.3345;RBI=0.0501925;REFB=0.0474337;REVB=-0.0122692;RO=3;SAF=181;SAR=120;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128277;STB=0.500679;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00312568;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:306:333:3:3:301:330:0.990991:120:181:2:1:134:196:2:1 chr8 144889172 . A G 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.679;QD=59.9374;RBI=0.0419586;REFB=0;REVB=0.0102217;RO=0;SAF=37;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78361e-05;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:64:37:0:0:64:37:0:0 chr8 144890873 . A T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.073;QD=61.331;RBI=0.0295542;REFB=0;REVB=0.0295542;RO=0;SAF=0;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44654e-05;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:40:0:0:0:40:0:0:0 chr8 144894496 . G A 1668.86 PASS AF=0.974138;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0284559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.861;QD=57.547;RBI=0.0286938;REFB=-0.0706002;REVB=0.00368753;RO=3;SAF=52;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265993;STB=0.513511;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000520255;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:116:3:3:111:113:0.974138:59:52:3:0:59:54:3:0 chr8 144895553 . G A 739.61 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0804786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.619;QD=50.1431;RBI=0.0823597;REFB=-0.0973044;REVB=-0.0175018;RO=3;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532678;STB=0.520117;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0285344;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:59:59:3:4:55:55:0.932203:25:30:0:3:25:30:1:3 chr8 144904690 . A G 698.94 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00145381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4376;QD=54.8185;RBI=0.00987998;REFB=-0.028505;REVB=0.00977243;RO=1;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149453;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00631667;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:31:19:0:1:31:19:0:1 chr8 144940222 . A C 1947.7 PASS AF=0.534884;AO=183;DP=339;FAO=184;FDP=344;FR=.;FRO=160;FSAF=35;FSAR=149;FSRF=77;FSRR=83;FWDB=-0.00847304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.951;QD=22.6477;RBI=0.0193929;REFB=-0.0336074;REVB=-0.017444;RO=156;SAF=34;SAR=149;SRF=74;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312816;STB=0.672665;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.021369;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:344:156:160:183:184:0.534884:149:34:74:82:149:35:77:83 chr8 144940230 . G C 2503.6 PASS AF=0.576142;AO=227;DP=394;FAO=227;FDP=394;FR=.;FRO=167;FSAF=65;FSAR=162;FSRF=75;FSRR=92;FWDB=-0.0104618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.55;QD=25.4173;RBI=0.0376123;REFB=-0.0332927;REVB=0.036128;RO=167;SAF=65;SAR=162;SRF=75;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144934;STB=0.578712;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0287597;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:167:167:227:227:0.576142:162:65:75:92:162:65:75:92 chr8 144940290 . C G 253.73 PASS AF=0.114943;AO=70;DP=610;FAO=70;FDP=609;FR=.;FRO=539;FSAF=22;FSAR=48;FSRF=214;FSRR=325;FWDB=0.00573734;FXX=0.00163932;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.667;QD=1.66651;RBI=0.0301305;REFB=-0.00298723;REVB=-0.0295792;RO=528;SAF=22;SAR=48;SRF=214;SRR=314;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123251;STB=0.579888;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0307385;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:610:609:528:539:70:70:0.114943:48:22:214:314:48:22:214:325 chr8 144940300 . G A 5493.47 PASS AF=0.728926;AO=442;DP=607;FAO=441;FDP=605;FR=.;FRO=164;FSAF=169;FSAR=272;FSRF=73;FSRR=91;FWDB=0.0217996;FXX=0.00329484;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.779;QD=36.3205;RBI=0.0220644;REFB=-0.020823;REVB=0.00340806;RO=164;SAF=169;SAR=273;SRF=73;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334979;STB=0.517601;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00746743;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:607:605:164:164:442:441:0.728926:273:169:73:91:272:169:73:91 chr8 144940331 . C T 1001.91 PASS AF=0.256944;AO=148;DP=576;FAO=148;FDP=576;FR=.;FRO=428;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=163;FSRR=265;FWDB=0.000519272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.878;QD=6.95769;RBI=0.00785361;REFB=-0.0110769;REVB=0.00783642;RO=417;SAF=64;SAR=84;SRF=156;SRR=261;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755012;STB=0.53946;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.030243;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:576:576:417:428:148:148:0.256944:84:64:156:261:84:64:163:265 chr8 144941181 . G C 399.85 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0190791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.457;QD=20.5054;RBI=0.0190846;REFB=-0.0148531;REVB=0.000457844;RO=36;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104142;STB=0.507439;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0190259;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:37:40:41:0.525641:14:26:23:13:15:26:24:13 chr8 144990528 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00941977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.698;QD=15.6252;RBI=0.014054;REFB=-0.0470354;REVB=-0.0104299;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0535728;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:10:13:10:7:10:13 chr8 144991176 . T C 254.28 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00727517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.407;QD=22.1111;RBI=0.0255381;REFB=-0.0239743;REVB=-0.0244799;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133945;STB=0.578248;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0199707;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:23:25:0.543478:7:16:11:9:7:18:12:9 chr8 144992103 . T C 1007.34 PASS AF=0.481481;AO=103;DP=215;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.0153909;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.329;QD=18.6545;RBI=0.0153918;REFB=-0.0150374;REVB=0.000164975;RO=111;SAF=60;SAR=43;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144276;STB=0.508053;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0135082;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:111:112:103:104:0.481481:43:60:63:48:43:61:64:48 chr8 144992361 . T C 285.77 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0549054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.922;QD=13.139;RBI=0.0550453;REFB=-0.0163559;REVB=-0.00392179;RO=54;SAF=24;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207716;STB=0.619642;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0346675;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:9:24:30:24:9:24:30:24 chr8 144992862 . A G 256.86 PASS AF=0.383721;AO=26;DP=79;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00511717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.19;QD=11.947;RBI=0.00533343;REFB=-0.0226829;REVB=0.00150333;RO=53;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127618;STB=0.506116;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0407406;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:53:53:26:33:0.383721:11:15:30:23:14:19:30:23 chr8 144993377 . A G 578.27 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0715465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4429;QD=20.2901;RBI=0.0742227;REFB=-0.00350519;REVB=0.0197512;RO=55;SAF=41;SAR=18;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160569;STB=0.588742;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00299119;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:18:41:29:26:18:41:29:26 chr8 144995388 . T C 46.82 PASS AF=0.0692042;AO=20;DP=288;FAO=20;FDP=289;FR=.;FRO=269;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=149;FSRR=120;FWDB=-0.0580507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.626;QD=0.648094;RBI=0.0649032;REFB=-0.000279363;REVB=-0.0290266;RO=267;SAF=18;SAR=2;SRF=148;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414743;STB=0.867574;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00554749;OID=.;OPOS=144995388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:288:289:267:269:20:20:0.0692042:2:18:148:119:2:18:149:120 chr8 144995494 . C T 897.01 PASS AF=0.469072;AO=91;DP=194;FAO=91;FDP=194;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.0575004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.163;QD=18.495;RBI=0.057581;REFB=-0.0217958;REVB=-0.00304465;RO=102;SAF=38;SAR=53;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610113;STB=0.536577;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0161333;OID=.;OPOS=144995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:102:103:91:91:0.469072:53:38:49:53:53:38:50:53 chr8 144995736 . G A 648.42 PASS AF=0.537815;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0182596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.873;QD=21.7957;RBI=0.0407285;REFB=-0.0240639;REVB=0.036406;RO=55;SAF=38;SAR=26;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021436;STB=0.511751;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0207051;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:55:55:64:64:0.537815:26:38:34:21:26:38:34:21 chr8 144996029 . A G 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00154158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2022;QD=18.2417;RBI=0.0053214;REFB=-0.0146777;REVB=-0.00509322;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111715;STB=0.564411;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0109523;OID=.;OPOS=144996029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:8:4:3:10:8:4 chr8 144996408 . T G 490.37 PASS AF=0.442623;AO=52;DP=120;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.0081999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.078;QD=16.0778;RBI=0.0190526;REFB=-0.0515866;REVB=-0.0171978;RO=66;SAF=26;SAR=26;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909965;STB=0.551162;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0572124;OID=.;OPOS=144996408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:66:68:52:54:0.442623:26:26:27:39:26:28:29:39 chr8 144997656 . C T 66.79 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.174034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.099;QD=12.7227;RBI=0.174256;REFB=-0.00179167;REVB=-0.00879151;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197653;STB=0.615159;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00529878;OID=.;OPOS=144997656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:2:10:6:3:2:10 chr8 144997927 . G A 395.17 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0251673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2111;QD=34.3628;RBI=0.116376;REFB=-0.0426053;REVB=0.113622;RO=14;SAF=24;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261782;STB=0.514277;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0108656;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:8:24:10:4:8:24:10:4 chr8 144999417 . C T 259.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0929004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2007;QD=18.8764;RBI=0.0929329;REFB=-0.0369875;REVB=-0.00245685;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161216;STB=0.599927;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0317319;OID=.;OPOS=144999417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:18:10:14:12:18:10:15:12 chr8 144999621 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0561389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.812;QD=11.2584;RBI=0.0572738;REFB=-0.064292;REVB=-0.0113452;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538457;STB=0.817487;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0423052;OID=.;OPOS=144999621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:10:2:6:2:10:2 chr8 144999642 . A C 55.04 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.158608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9694;QD=9.57185;RBI=0.160272;REFB=-0.015869;REVB=-0.0230352;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409692;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0251834;OID=.;OPOS=144999642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:9:5:6:2:10:5 chr8 144999684 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00298218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.506;QD=11.9526;RBI=0.0394881;REFB=-0.0113972;REVB=-0.0393753;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20901;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0285823;OID=.;OPOS=144999684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:5:3:6:4:5:3:6:5 chr8 145001031 . T C 988.87 PASS AF=0.497537;AO=101;DP=203;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0374836;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.618;QD=19.4851;RBI=0.0377852;REFB=-0.0112936;REVB=0.00476463;RO=101;SAF=58;SAR=43;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547521;STB=0.527841;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0136576;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:101:102:101:101:0.497537:43:58:52:49:43:58:53:49 chr8 145001509 . T C 291.25 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0151391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0921;QD=16.8841;RBI=0.0271424;REFB=-0.0114671;REVB=0.0225282;RO=37;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578915;STB=0.532447;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00720751;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:18:14:14:23:18:14:14:23 chr8 145001784 . A G 77.4 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0255086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.25;QD=11.908;RBI=0.127248;REFB=-0.023274;REVB=-0.124665;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655979;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0499638;OID=.;OPOS=145001784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:26:12:16:10:10:0.384615:4:6:8:4:4:6:11:5 chr8 145066886 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.532;QD=57.1058;RBI=0.0335708;REFB=0;REVB=-0.00218877;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163984;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:26:28:0:0:26:29:0:0 chr8 145107795 . G A 1901.91 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000910684;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.994;QD=60.8612;RBI=0.0190136;REFB=-0.000440433;REVB=0.0189918;RO=1;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785291;STB=0.504132;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=5.3955e-05;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:60:64:0:1:60:64:0:1 chr8 145112198 . TGGGCT TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT 1167.6 PASS AF=0.186441,0.779661,0.0338983,0;AO=13,23,5,13;DP=116;FAO=22,92,4,0;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=19,66,0,0;FSAR=3,26,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418519,0.727429,0.332685,-0.0381731;FXX=0;HRUN=3,3,3,0;LEN=2,1,3,1;MLLD=98.6504,12.9243,8.32395,105.206;QD=39.5797;RBI=0.06739,0.729752,0.332856,0.0617829;REFB=-0.0482085,-0.0329026,-0.0171436,-0.0236068;REVB=-0.0528188,0.058181,0.0106869,-0.0485792;RO=55;SAF=11,5,0,13;SAR=2,18,5,0;SRF=51;SRR=4;SSEN=0,0.641975,0,0;SSEP=0,0.386139,0,0;SSSB=-0.249327,-0.715245,-0.82524,0.639337;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,ins;VARB=0.0748075,0.0951202,-0.0234217,0;OID=.,.,.,.;OPOS=145112201,145112199,145112201,145112203;OREF=GC,G,GCT,-;OALT=CG,-,CTG,G;OMAPALT=TGGCGT,TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.186441,0.779661,0.0338983,0:13,23,5,13:116:22,92,4,0:118:0:19,66,0,0:3,26,4,0:0:0:96:55:11,5,0,13:2,18,5,0:51:4 chr8 145135311 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 66.79 PASS AF=0.516129,0;AO=12,4;DP=31;FAO=16,0;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0161744,-0.140964;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.1839,31.754;QD=8.618;RBI=0.126493,0.146065;REFB=-0.112605,-0.0256313;REVB=0.125454,0.0382663;RO=13;SAF=6,4;SAR=6,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.103751,0.713165;STB=0.578216,0.5;STBP=0.381,1;TYPE=del,snp;VARB=0.130195,0.0267222;OID=.,.;OPOS=145135312,145135316;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129,0:12,4:31:16,0:31:15:9,0:7,0:6:9:65:13:6,4:6,0:5:8 chr8 145150832 . A G 526.39 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205742;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.652;QD=60.1592;RBI=0.0456127;REFB=0;REVB=0.040709;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258387;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr8 145160646 . T C,G 1093.3 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=71,3;DP=74;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867879,0.00400538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=281.011,233.9;QD=59.0971;RBI=0.00904528,0.00522649;REFB=0,0;REVB=0.00254867,-0.00335755;RO=0;SAF=41,0;SAR=30,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21646e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00161826,0.0555442;OID=.,.;OPOS=145160646,145160646;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:74:74:0:0:71,3:70,4:0.945946,0.0540541:30,3:41,0:0:0:29,4:41,0:0:0 chr8 145161823 . G A 230.24 PASS AF=0.884615;AO=18;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0224924;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.442;QD=35.4214;RBI=0.108747;REFB=-0.1339;REVB=0.106396;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578877;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00634546;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:26:26:0:3:18:23:0.884615:10:8:0:0:15:8:3:0 chr8 145161896 . T C 856.02 PASS AF=0.915493;AO=58;DP=66;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0678566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7196;QD=48.2265;RBI=0.0681008;REFB=-0.170294;REVB=-0.00576128;RO=5;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149294;STB=0.501953;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0227817;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:66:71:5:6:58:65:0.915493:29:29:2:3:31:34:3:3 chr8 145163414 . C G 2189.34 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2967;QD=62.5527;RBI=0.0421105;REFB=0;REVB=0.0376707;RO=1;SAF=110;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294204;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:140:140:1:0:139:140:1:29:110:0:1:30:110:0:0 chr8 145163647 . T C 137.7 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0420927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.45;QD=39.3431;RBI=0.0433392;REFB=-0.152915;REVB=0.0103194;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00466146;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:6:7:0:0:6:7:0:1 chr8 145164847 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.08;QD=61.6764;RBI=0.0726643;REFB=0;REVB=-0.0726522;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109046;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr8 145166134 . C G 451.28 PASS AF=0.473684;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.038547;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.94;QD=19.0012;RBI=0.0418205;REFB=-0.0111881;REVB=0.01622;RO=52;SAF=21;SAR=23;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716569;STB=0.535395;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0142149;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:50:44:45:0.473684:23:21:21:31:24:21:20:30 chr8 145168611 . A G 962.5 PASS AF=0.76699;AO=76;DP=105;FAO=79;FDP=103;FR=.;FRO=24;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=24;FWDB=0.0192889;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.028;QD=37.3785;RBI=0.0286018;REFB=-0.0308639;REVB=0.0211187;RO=0;SAF=59;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18109e-08;STB=0.699946;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00158271;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:0:24:76:79:0.76699:17:59:0:0:18:61:0:24 chr8 145170440 . A C,G 1893.8 PASS AF=0.952,0.048;AO=113,11;DP=125;FAO=119,6;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=64,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160527,-0.0430873;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.309,18.886;QD=60.6015;RBI=0.00329923,0.0582388;REFB=0,0;REVB=0.00288236,-0.0391821;RO=0;SAF=49,5;SAR=64,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.34554e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000316917,0.159043;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:125:125:0:0:113,11:119,6:0.952,0.048:64,6:49,5:0:0:64,6:55,0:0:0 chr8 145170704 . A T 825.51 PASS AF=0.983333;AO=55;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0887096;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3991;QD=55.0339;RBI=0.0894904;REFB=-0.047892;REVB=-0.0117963;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0014612;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:55:59:0.983333:28:27:1:0:28:31:1:0 chr8 145223288 . C T 781.77 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915182;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4655;QD=63.8176;RBI=0.0918712;REFB=0;REVB=0.00804585;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725433;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr8 145578296 . A G 2476.47 PASS AF=0.982036;AO=162;DP=165;FAO=164;FDP=167;FR=.;FRO=3;FSAF=139;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00627513;FXX=0.00595203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.186;QD=59.3166;RBI=0.0284323;REFB=-0.0421098;REVB=0.0277312;RO=3;SAF=138;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345756;STB=0.517439;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000164676;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:165:167:3:3:162:164:0.982036:24:138:1:2:25:139:1:2 chr8 145583369 . C T 776.18 PASS AF=0.455556;AO=81;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.0221768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.014;QD=17.2484;RBI=0.0259782;REFB=-0.0115499;REVB=0.0135298;RO=98;SAF=46;SAR=35;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169097;STB=0.512276;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=145583369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:98:98:81:82:0.455556:35:46:54:44:35:47:54:44 chr8 145597771 . A T 817.44 PASS AF=0.401747;AO=92;DP=230;FAO=92;FDP=229;FR=.;FRO=137;FSAF=64;FSAR=28;FSRF=97;FSRR=40;FWDB=0.021121;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.593;QD=14.2785;RBI=0.0464358;REFB=-0.0289418;REVB=-0.0413544;RO=134;SAF=64;SAR=28;SRF=96;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262817;STB=0.508802;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0408105;OID=.;OPOS=145597771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:134:137:92:92:0.401747:28:64:96:38:28:64:97:40 chr8 145603114 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.488;QD=57.7123;RBI=0.0239355;REFB=0;REVB=-0.0141956;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73467e-06;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr8 145618597 . G A 409.9 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0580546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.752;QD=45.5443;RBI=0.059552;REFB=-0.178619;REVB=0.0132704;RO=5;SAF=10;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185053;STB=0.599933;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00278151;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:36:5:5:31:31:0.861111:21:10:5:0:21:10:5:0 chr8 145623963 . G A 1249.02 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846294;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.338;QD=61.6801;RBI=0.104214;REFB=0;REVB=0.0608138;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218783;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr8 145625538 . C G 54.22 PASS AF=0.636364;AO=8;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00283532;FXX=0.0832639;HRUN=18;LEN=1;MLLD=322.665;QD=19.7167;RBI=0.00937153;REFB=-0.0228265;REVB=0.00893233;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00992911;OID=.;OPOS=145625538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:11:4:4:8:7:0.636364:5:3:1:3:4:3:1:3 chr8 145640411 . A G 1338.35 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.77;QD=62.249;RBI=0.016922;REFB=0;REVB=0.00849634;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25672e-06;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr8 145661320 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.166;QD=56.9569;RBI=0.0457698;REFB=0;REVB=0.00389036;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27265e-05;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr8 145661675 . G A 488.69 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8795;QD=55.8499;RBI=0.224657;REFB=0;REVB=0.218094;RO=2;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00661395;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:2:0:32:35:1:11:21:0:2:14:21:0:0 chr8 145665516 . T C 753.35 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00104208;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.32;QD=61.4981;RBI=0.0060653;REFB=-0.143783;REVB=-0.00597511;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000847532;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:0:1 chr8 145689915 . G A 2655.07 PASS AF=0.982955;AO=173;DP=177;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0480846;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.617;QD=60.3425;RBI=0.0749596;REFB=-0.0871399;REVB=0.057505;RO=2;SAF=76;SAR=97;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123594;STB=0.509676;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000575308;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:177:176:2:3:173:173:0.982955:97:76:2:0:97:76:3:0 chr8 145690308 . C T 2374.84 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=149;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.269;QD=63.329;RBI=0.0361467;REFB=-0.0706927;REVB=0.0299534;RO=1;SAF=90;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525567;STB=0.502732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000118473;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:150:1:1:148:149:0.993333:58:90:1:0:58:91:1:0 chr8 145690348 . G A 1910.31 PASS AF=0.913907;AO=138;DP=152;FAO=138;FDP=151;FR=.;FRO=13;FSAF=101;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.012312;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7735;QD=50.6043;RBI=0.0127398;REFB=-0.0449466;REVB=0.0032738;RO=14;SAF=101;SAR=37;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108655;STB=0.55229;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0291887;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:152:151:14:13:138:138:0.913907:37:101:3:11:37:101:3:10 chr8 145690396 . A C 2579.34 PASS AF=0.988372;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0599451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8469;QD=59.9846;RBI=0.0621107;REFB=0.0311826;REVB=-0.0162583;RO=0;SAF=110;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25433e-08;STB=0.504504;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000277077;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:172:0:2:169:170:0.988372:59:110:0:0:60:110:2:0 chr8 145692385 . C T 818.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4997;QD=57.42;RBI=0.0843547;REFB=0;REVB=0.0570127;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000690313;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:25:32:0:0 chr8 145693720 . A G 5290.9 PASS AF=1;AO=335;DP=335;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=225;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735789;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.854;QD=63.3641;RBI=0.02853;REFB=0.0329404;REVB=0.0275649;RO=0;SAF=226;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142737;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:335:334:0:0:335:334:1:109:226:0:0:109:225:0:0 chr8 145693776 . C T 1359.51 PASS AF=0.505576;AO=132;DP=257;FAO=136;FDP=269;FR=.;FRO=133;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=90;FSRR=43;FWDB=0.0511224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.057;QD=20.2157;RBI=0.0519978;REFB=-0.0364474;REVB=-0.00950136;RO=125;SAF=77;SAR=55;SRF=87;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105237;STB=0.542288;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0398404;OID=.;OPOS=145693776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:269:125:133:132:136:0.505576:55:77:87:38:55:81:90:43 chr8 145723419 . T G 1702.91 PASS AF=1;AO=84;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121842;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5482;QD=59.2316;RBI=0.128135;REFB=0;REVB=0.0396634;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00610342;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:115:0:0:84:115:1:44:40:0:0:62:53:0:0 chr8 145724275 . T C 2101.57 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9515;QD=62.7335;RBI=0.0255529;REFB=0;REVB=0.0190153;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75487e-06;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:57:76:0:0:58:76:0:0 chr8 145729727 . C A 3261.65 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.157;QD=61.2516;RBI=0.0716811;REFB=0;REVB=0.0712769;RO=0;SAF=73;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119363;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:192:213:0:0:190:213:1:117:73:0:0:139:74:0:0 chr8 145735163 . A AG 47.72 PASS AF=0.28;AO=10;DP=53;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.047097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.869;QD=3.81743;RBI=0.108855;REFB=-0.0456369;REVB=-0.0981386;RO=42;SAF=10;SAR=0;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678273;STB=0.628361;STBP=0.36;TYPE=ins;VARB=0.100811;OID=.;OPOS=145735164;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:10:53:14:50:36:12:2:27:9:47:42:10:0:29:13 chr8 145737636 . A G 1522.74 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00385643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2879;QD=58.567;RBI=0.0495368;REFB=-0.0193607;REVB=-0.0493864;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811065;STB=0.504201;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00024472;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:1:1:102:103:0.990385:44:58:1:0:44:59:1:0 chr8 145737816 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00151375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.971;QD=18.4273;RBI=0.0250154;REFB=-0.0548483;REVB=0.0249696;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189786;STB=0.605986;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0425763;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:10:18:12:16:10:18 chr8 145738767 . CG C 1014.38 PASS AF=1;AO=93;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236937;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.937;QD=39.7795;RBI=0.136525;REFB=0;REVB=-0.134453;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00112808;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:102:102:102:0:42:60:0:0:21:0:38:55:0:0 chr8 145739024 . C T 386.42 PASS AF=0.389831;AO=47;DP=119;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0240182;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.1;QD=13.0991;RBI=0.0241703;REFB=-0.0209755;REVB=0.00270737;RO=70;SAF=13;SAR=34;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835804;STB=0.573678;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0274287;OID=.;OPOS=145739024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:70:72:47:46:0.389831:34:13:24:46:34:12:26:46 chr8 145741702 . C G 996.01 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=68;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0712486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.328;QD=56.1131;RBI=0.0713192;REFB=-0.206526;REVB=0.00317275;RO=1;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129446;STB=0.500613;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00105766;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:71:1:2:66:69:0.971831:36:30:0:1:36:33:1:1 chr8 145741765 . G A 1213.02 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.197;QD=59.9023;RBI=0.0314344;REFB=-0.092549;REVB=0.010112;RO=1;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193156;STB=0.510202;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=1.94993e-06;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:24:56:0:1:24:56:0:1 chr8 145742514 . A G 7103.16 PASS AF=1;AO=450;DP=451;FAO=451;FDP=451;FR=.;FRO=0;FSAF=215;FSAR=236;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130421;FXX=0.00221234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.772;QD=62.9992;RBI=0.01352;REFB=0;REVB=0.00356312;RO=0;SAF=215;SAR=235;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8993e-05;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:451:451:0:0:450:451:1:235:215:0:0:236:215:0:0 chr8 145742879 . T C 711.36 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00328871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6617;QD=52.6934;RBI=0.0384035;REFB=-0.0289835;REVB=-0.0382625;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.505358;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0121652;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:52:52:0.962963:33:19:1:0:33:19:1:1 chr8 145745182 . T C 2713.59 PASS AF=1;AO=168;DP=168;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.589;QD=62.0248;RBI=0.026727;REFB=0;REVB=0.0159333;RO=0;SAF=99;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67275e-06;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:175:0:0:168:175:1:69:99:0:0:74:101:0:0 chr8 145747920 . T G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.729;QD=58.5878;RBI=0.0525619;REFB=0;REVB=0.0289967;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116808;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr8 145754734 . CTA ACT,CT 40.53 PASS AF=0.0413223,0.0702479;AO=13,62;DP=250;FAO=10,17;FDP=242;FR=.;FRO=215;FSAF=0,7;FSAR=10,10;FSRF=109;FSRR=106;FWDB=-0.0161638,0.101652;FXX=0.0319987;HRUN=1,6;LEN=3,1;MLLD=123.007,10.0986;QD=0.669893;RBI=0.0573119,0.193059;REFB=-0.00652023,-0.1137;REVB=-0.0549853,-0.164129;RO=155;SAF=0,16;SAR=13,46;SRF=88;SRR=67;SSEN=0,0.733333;SSEP=0,0;SSSB=-0.617536,-0.384043;STB=0.998971,0.588132;STBP=0.001,0.476;TYPE=mnp,del;VARB=0.165573,0.1335;OID=.,.;OPOS=145754734,145754736;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:250:242:155:215:13,62:10,17:0.0413223,0.0702479:13,46:0,16:88:67:10,10:0,7:109:106 chr8 145755229 . GC G,GG 287.23 PASS AF=0.854167,0.145833;AO=8,11;DP=47;FAO=41,7;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=30,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150204,-0.028511;FXX=0.039992;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=7.8593,7.07904;QD=23.9356;RBI=0.192396,0.0956866;REFB=0.0243805,0.032819;REVB=0.12023,0.0913403;RO=4;SAF=4,0;SAR=4,11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.326531,0;SSSB=0.144485,-0.805891;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00713977,0.00083806;OID=.,.;OPOS=145755230,145755230;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.854167,0.145833:8,11:47:41,7:48:0:11,0:30,7:0:0:15:4:4,0:4,11:1:3 chr8 145772564 . C T 1335.02 PASS AF=0.423529;AO=144;DP=342;FAO=144;FDP=340;FR=.;FRO=196;FSAF=90;FSAR=54;FSRF=109;FSRR=87;FWDB=-0.0150852;FXX=0.00584778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.036;QD=15.7062;RBI=0.015119;REFB=-0.00492099;REVB=0.00101059;RO=195;SAF=90;SAR=54;SRF=108;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766827;STB=0.541469;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00668571;OID=.;OPOS=145772564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:340:195:196:144:144:0.423529:54:90:108:87:54:90:109:87 chr8 145947776 . G A 89.24 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0579471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.866;QD=27.4572;RBI=0.0597553;REFB=-0.00436395;REVB=0.0145887;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671366;STB=0.545359;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00114317;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:7:2:1:2:8:2:1:2 chr8 145999616 . CTTT C 236.96 PASS AF=0.378378;AO=39;DP=114;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0128797;FXX=0.0347796;HRUN=3;LEN=3;MLLD=150.38;QD=8.53893;RBI=0.0144051;REFB=0.00801386;REVB=-0.00645127;RO=68;SAF=24;SAR=15;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145204;STB=0.514505;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=-0.0142396;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:39:114:42:111:69:24:18:41:28:99:68:24:15:41:27 chr8 146010776 . T C 490.52 PASS AF=0.48;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00380915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.286;QD=19.621;RBI=0.0179457;REFB=-0.0190009;REVB=0.0175368;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00394736;STB=0.512653;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0196496;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:51:52:47:48:0.48:21:26:28:23:21:27:28:24 chr8 146010817 . C A 1228.61 PASS AF=0.885417;AO=84;DP=98;FAO=85;FDP=96;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00581305;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.378;QD=51.1923;RBI=0.00947957;REFB=-0.0742956;REVB=-0.00748803;RO=10;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109659;STB=0.563204;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00367324;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:98:96:10:11:84:85:0.885417:38:46:0:10:38:47:0:11 chr8 146033347 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.758;QD=42.1826;RBI=0.00744664;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358496;OID=.;OPOS=146033347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr8 146045868 . T C 295.6 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0238606;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.589;QD=12.8522;RBI=0.0270251;REFB=-0.011467;REVB=0.0126898;RO=56;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126551;STB=0.563304;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0161968;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:58:34:34:0.369565:12:22:30:26:12:22:32:26 chr8 146067054 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-3.62542e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.926;QD=16.4059;RBI=0.0141634;REFB=-0.0315816;REVB=-0.0141634;RO=37;SAF=7;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339974;STB=0.692914;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0359015;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:24:7:20:17:24:7:20:17 chr8 146068322 . C T 273.94 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0114902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.449;QD=15.2188;RBI=0.0226671;REFB=-0.00318716;REVB=-0.0195389;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142536;STB=0.580593;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0048711;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:13:18:18:23:13:18:18:23 chr8 146068594 . T C 787.24 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023535;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.717;QD=57.2541;RBI=0.0819152;REFB=0;REVB=0.0784614;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402446;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr8 146076708 . C T 616.53 PASS AF=0.447552;AO=63;DP=137;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.00424202;FXX=0.0337815;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.1071;QD=17.2457;RBI=0.00424874;REFB=-0.0102096;REVB=-0.000238788;RO=74;SAF=33;SAR=30;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313402;STB=0.507244;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00772946;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:143:74:79:63:64:0.447552:30:33:39:35:30:34:43:36 chr8 146115367 . A G 947.73 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2849;QD=56.5808;RBI=0.0514394;REFB=0;REVB=0.0407544;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353746;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:67:0:0:58:67:1:27:31:0:0:29:38:0:0 chr8 146156247 . C A 436.75 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00375439;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.761;QD=18.585;RBI=0.0153732;REFB=-0.0241181;REVB=-0.0149077;RO=49;SAF=31;SAR=13;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996753;STB=0.5517;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0325714;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:50:44:44:0.468085:13:31:30:19:13:31:31:19 chr8 146156921 . A C 96.72 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00384722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4656;QD=24.1799;RBI=0.0581833;REFB=-0.0228935;REVB=0.058056;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671499;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00538387;OID=.;OPOS=146156921;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:10:11:0.6875:3:7:3:2:4:7:3:2 chr8 146157339 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0179826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.352;QD=24.3281;RBI=0.0424383;REFB=-0.00538081;REVB=-0.03844;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216951;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00134745;OID=.;OPOS=146157339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:2:0:4:3:2:0 chr8 146171437 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0214477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.338;QD=18.0876;RBI=0.0394322;REFB=-0.0211399;REVB=-0.0330893;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199663;STB=0.606332;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0262502;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:25:26:0.490566:9:16:11:15:10:16:11:16 chr8 146229161 . T A,G 959.94 PASS AF=0.914286,0.0571429;AO=64,3;DP=68;FAO=64,4;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=41,0;FSAR=23,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151842,0.00493764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.772,180.544;QD=54.8536;RBI=0.0172002,0.00539437;REFB=0.0304116,0.00280996;REVB=-0.00808001,-0.00217232;RO=1;SAF=41,0;SAR=23,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0113822,-0.727144;STB=0.504614,0.995773;STBP=0.775,0.167;TYPE=snp,snp;VARB=-4.36064e-05,0.149912;OID=.,.;OPOS=146229161,146229161;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:68:70:1:2:64,3:64,4:0.914286,0.0571429:23,3:41,0:1:0:23,4:41,0:1:1 chr9 14889 . A G 127.01 PASS AF=0.16;AO=23;DP=150;FAO=24;FDP=150;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0237451;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8896;QD=3.38696;RBI=0.0430251;REFB=-0.00472449;REVB=-0.0358794;RO=125;SAF=9;SAR=14;SRF=63;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144011;STB=0.570254;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.02153;OID=.;OPOS=14889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:125:126:23:24:0.16:14:9:63:62:14:10:63:63 chr9 117934 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.023357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.921;QD=13.631;RBI=0.0339436;REFB=-0.0273459;REVB=-0.0246296;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153362;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0204083;OID=.;OPOS=117934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:2:7:5:3:2:7 chr9 118173 . C CGG,G 969.02 PASS AF=0.119403,0.880597;AO=7,61;DP=70;FAO=8,59;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=7,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514375,0.0226652;FXX=0.042851;HRUN=2,4;LEN=2,1;MLLD=18.5075,237.677;QD=57.8519;RBI=0.0514418,0.0579357;REFB=0,0;REVB=-0.000667883,0.0533182;RO=2;SAF=0,37;SAR=7,24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782089,0.00667491;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0388039,0.00128074;OID=.,.;OPOS=118174,118173;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:70:67:2:0:7,61:8,59:0.119403,0.880597:7,24:0,37:1:1:7,22:1,37:0:0 chr9 163985 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0201076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.289;QD=9.85797;RBI=0.0239896;REFB=-0.0253835;REVB=0.0130839;RO=29;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455574;STB=0.788893;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0377595;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:12:1:9:20:12:1:9:20 chr9 215269 . A C 1098.3 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.837;QD=60.1806;RBI=0.0485989;REFB=0;REVB=0.0484225;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06478e-05;OID=.;OPOS=215269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr9 215534 . C T 1555.45 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000376872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.561;QD=59.825;RBI=0.00480474;REFB=0;REVB=-0.00478994;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79598e-06;OID=.;OPOS=215534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:52:51:0:0:52:52:0:0 chr9 215791 . G T 132.66 PASS AF=0.130802;AO=31;DP=237;FAO=31;FDP=237;FR=.;FRO=206;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=122;FSRR=84;FWDB=-0.030725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.793;QD=2.23893;RBI=0.0372242;REFB=-0.00358869;REVB=-0.0210146;RO=206;SAF=19;SAR=12;SRF=122;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272714;STB=0.518759;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0279501;OID=.;OPOS=215791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:206:206:31:31:0.130802:12:19:122:84:12:19:122:84 chr9 271638 . C T 271.26 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0775926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0631;QD=14.6624;RBI=0.0776045;REFB=-0.00133495;REVB=-0.00135962;RO=42;SAF=8;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357445;STB=0.709479;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000834645;OID=.;OPOS=271638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:23:8:25:17:23:8:26:17 chr9 286593 . C A 1767.38 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2326;QD=60.9442;RBI=0.059093;REFB=0;REVB=-0.023616;RO=0;SAF=50;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327777;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:66:50:0:0:66:50:0:0 chr9 370244 . A G 164.42 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0799708;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.1178;QD=9.00944;RBI=0.139801;REFB=-0.0174448;REVB=-0.114669;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182926;STB=0.610531;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0298793;OID=.;OPOS=370244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:51:22:22:0.30137:9:13:17:23:9:13:22:29 chr9 377111 . G C 509.66 PASS AF=0.430769;AO=54;DP=127;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.000423295;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.854;QD=15.6818;RBI=0.0292261;REFB=-0.0268401;REVB=-0.0292231;RO=71;SAF=27;SAR=27;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714095;STB=0.517851;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0309808;OID=.;OPOS=377111;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:71:74:54:56:0.430769:27:27:35:36:27:29:36:38 chr9 390512 . C T 683.55 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=149;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0058568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.886;QD=18.3503;RBI=0.0225086;REFB=-0.0050133;REVB=-0.0217332;RO=79;SAF=39;SAR=30;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327006;STB=0.515075;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0058401;OID=.;OPOS=390512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:79:80:69:69:0.463087:30:39:42:37:30:39:43:37 chr9 421032 . C G 950.73 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0298523;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.24;QD=51.3905;RBI=0.0326784;REFB=0.0169379;REVB=-0.0132936;RO=6;SAF=25;SAR=43;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333514;STB=0.517682;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00302096;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:74:6:6:68:68:0.918919:43:25:1:5:43:25:1:5 chr9 429719 . T C 1182.58 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0197587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6087;QD=58.3988;RBI=0.0238511;REFB=-0.129086;REVB=0.0133593;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278207;STB=0.514282;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00294278;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:81:2:2:78:79:0.975309:33:45:0:2:34:45:0:2 chr9 433978 . A G 1643.49 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00228905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.805;QD=59.2249;RBI=0.00235059;REFB=0.0107013;REVB=-0.000534359;RO=1;SAF=55;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855347;STB=0.504504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-7.64514e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:55:55:0:1:55:55:0:1 chr9 441952 . G A 1199.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.593;QD=60.727;RBI=0.0272619;REFB=0;REVB=0.0256189;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42773e-05;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr9 676954 . T C 335.73 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00491463;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.201;QD=16.5793;RBI=0.0262096;REFB=-0.0214888;REVB=0.0257447;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103091;STB=0.548361;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0228015;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:45:36:36:0.444444:21:15:15:32:21:15:15:30 chr9 712060 . G C 355.13 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0540636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.305;QD=18.9402;RBI=0.0598305;REFB=-0.0175649;REVB=0.0256284;RO=37;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100306;STB=0.56344;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0259142;OID=.;OPOS=712060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:37:37:0.493333:14:23:19:18:14:23:19:19 chr9 712599 . C T 169.73 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.018037;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.163;QD=16.1644;RBI=0.0185609;REFB=-0.0146769;REVB=-0.00437872;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166409;STB=0.595136;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.031906;OID=.;OPOS=712599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:8:16:9:9:8:16 chr9 742342 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5521;QD=55.6454;RBI=0.0783429;REFB=0;REVB=0.0645559;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349965;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr9 841971 . T A 96.14 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0764076;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.74;QD=9.61382;RBI=0.0785264;REFB=-0.0206895;REVB=-0.0181184;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743733;STB=0.545377;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0562972;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:41:40:28:28:12:12:0.3:8:4:11:17:8:4:11:17 chr9 969044 . A G 1804.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.388;QD=61.157;RBI=0.025249;REFB=0;REVB=0.00266059;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28111e-05;OID=.;OPOS=969044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr9 990653 . G T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0156809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.029;QD=20.872;RBI=0.015689;REFB=-0.0343333;REVB=0.000505419;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261587;STB=0.648496;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.033405;OID=.;OPOS=990653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:10:10:16:5:10:10 chr9 991114 . A G 419.38 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.035666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.65;QD=20.2112;RBI=0.0358793;REFB=0.0180829;REVB=0.00390629;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325938;STB=0.518064;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0113376;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:21:21:22:19:21:21:22:19 chr9 1001922 . C G 254.38 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0397363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4766;QD=13.0452;RBI=0.0400903;REFB=-0.01931;REVB=-0.00531589;RO=47;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22919;STB=0.624284;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.040379;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:12:18:18:29:12:18:19:29 chr9 1056728 . G C 824.74 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.289;QD=54.9826;RBI=0.0842407;REFB=-0.0617075;REVB=0.00862201;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353297;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:0:58:60:1:36:22:1:0:36:24:0:0 chr9 2191309 . C G 83.06 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00197415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.493;QD=9.493;RBI=0.0148811;REFB=-0.000486365;REVB=-0.0147495;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20057;STB=0.61155;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0042492;OID=.;OPOS=2191309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:3:8:13:10:3:8:14:10 chr9 2717922 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.781;QD=61.3364;RBI=0.0460326;REFB=0;REVB=0.0268085;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106925;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr9 2718534 . C G 320.17 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.012219;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9201;QD=18.2954;RBI=0.0145596;REFB=-0.00355365;REVB=0.00791696;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486554;STB=0.52713;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00629473;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:13:23:20:14:13:23 chr9 2811505 . G A 536.48 PASS AF=0.495575;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0114365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.292;QD=18.9903;RBI=0.0307776;REFB=-0.0299344;REVB=-0.0285739;RO=56;SAF=23;SAR=33;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505374;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0309347;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:56:57:56:56:0.495575:33:23:23:33:33:23:24:33 chr9 2828765 . C G 304.81 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0358725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.077;QD=26.5052;RBI=0.0358739;REFB=-0.0197328;REVB=0.00031532;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108051;STB=0.568832;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0121473;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:13:14:12:6:13:14:13:6 chr9 4118208 . A G 66.64 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575578;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.356;QD=38.082;RBI=0.114818;REFB=0;REVB=-0.114673;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239303;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 4286321 . G A 118.18 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0276276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.933;QD=5.02893;RBI=0.0323009;REFB=-0.00376209;REVB=-0.0167352;RO=75;SAF=12;SAR=7;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934386;STB=0.559377;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0161666;OID=.;OPOS=4286321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:75:19:19:0.202128:7:12:42:33:7:12:42:33 chr9 4386423 . A G 389.91 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0207076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1286;QD=16.4173;RBI=0.0783688;REFB=-0.0172464;REVB=0.0755835;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520942;STB=0.52434;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0161285;OID=.;OPOS=4386423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:18:23:27:26:18:23:28:26 chr9 4576680 . T C 477.75 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0160202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.699;QD=22.2209;RBI=0.0859466;REFB=-0.0197253;REVB=0.0844403;RO=39;SAF=27;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195522;STB=0.505721;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.017556;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:40:46:46:0.534884:19:27:22:17:19:27:23:17 chr9 4585388 . G C 1090.8 PASS AF=0.526829;AO=108;DP=205;FAO=108;FDP=205;FR=.;FRO=97;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=0.0213329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.159;QD=21.284;RBI=0.0247306;REFB=-0.0175514;REVB=0.0125104;RO=97;SAF=54;SAR=54;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312194;STB=0.51707;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0148606;OID=.;OPOS=4585388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:97:97:108:108:0.526829:54:54:52:45:54:54:52:45 chr9 4627871 . A G 50.97 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.826;QD=29.1245;RBI=0.107219;REFB=-0.114251;REVB=0.01284;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686404;OID=.;OPOS=4627871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:1:0:6:7:1:4:2:1:0:4:3:0:0 chr9 4629169 . CT AA,CTAAAA 134.37 PASS AF=0.0952381,0.571429;AO=2,8;DP=26;FAO=2,12;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=1,5;FSAR=1,7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0368103,-0.0529559;FXX=0.159936;HRUN=3,1;LEN=2,4;MLLD=75.592,50.4748;QD=25.5933;RBI=0.0389077,0.0696543;REFB=0.00957852,-0.00664935;REVB=0.012602,0.0452482;RO=14;SAF=1,3;SAR=1,5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431702,-0.478584;STB=0.775849,0.657869;STBP=0.74,0.102;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0034772,0.00750422;OID=.,.;OPOS=4629169,4629171;OREF=CT,-;OALT=AA,AAAA;OMAPALT=AA,CTAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:26:21:14:7:2,8:2,12:0.0952381,0.571429:1,5:1,3:12:2:1,7:1,5:6:1 chr9 4635343 . G A 388.98 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0446969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.876;QD=18.746;RBI=0.0465718;REFB=-0.0179213;REVB=-0.0130812;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00221214;STB=0.507894;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0158571;OID=.;OPOS=4635343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:22:18:19:23:22:18:20:23 chr9 4664749 . C T 74.17 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0385271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1631;QD=10.231;RBI=0.126052;REFB=-0.0302397;REVB=-0.12002;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0475387;OID=.;OPOS=4664749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:10:10:0.344828:5:5:9:9:5:5:9:10 chr9 4664836 . A T 223.23 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00736584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.695;QD=16.5357;RBI=0.00736951;REFB=0.00120759;REVB=0.000232712;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111127;STB=0.55551;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00158158;OID=.;OPOS=4664836;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:8:17:16:12:8:17:17:12 chr9 4664852 . A G 299.76 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0224914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.697;QD=17.8963;RBI=0.0646636;REFB=-0.0035007;REVB=0.0606261;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118715;STB=0.562079;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00242698;OID=.;OPOS=4664852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:32:33:0.492537:9:23:20:13:10:23:20:14 chr9 4685008 . C T 151.44 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0127304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2041;QD=10.0958;RBI=0.0163755;REFB=0.00296274;REVB=-0.0103002;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568372;STB=0.533411;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00762696;OID=.;OPOS=4685008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:11:9:20:20:11:9:20:20 chr9 4706214 . C T 1135.01 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.281;QD=60.5339;RBI=0.00912186;REFB=0;REVB=-0.00529501;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35131e-06;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr9 4711357 . CA C 285.5 PASS AF=0.52439;AO=39;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0446416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.5432;QD=13.9269;RBI=0.052535;REFB=-0.0236207;REVB=-0.0276957;RO=39;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701122;STB=0.527765;STBP=0.594;TYPE=del;VARB=0.0210175;OID=.;OPOS=4711358;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439:39:82:43:82:39:24:19:24:15:99:39:21:18:24:15 chr9 4711440 . T A 242.12 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0102249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6937;QD=13.0877;RBI=0.0102374;REFB=-0.00722977;REVB=-0.000505131;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124693;STB=0.560704;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00830069;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:43:45:29:29:0.391892:9:20:25:18:9:20:27:18 chr9 4860300 . A G 517.88 PASS AF=0.410072;AO=57;DP=139;FAO=57;FDP=139;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=55;FSRR=27;FWDB=0.0254903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8744;QD=14.903;RBI=0.0447148;REFB=-0.0207032;REVB=0.0367377;RO=80;SAF=37;SAR=20;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153501;STB=0.514105;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0470864;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:82:57:57:0.410072:20:37:53:27:20:37:55:27 chr9 5050706 . C T 507.58 PASS AF=0.470085;AO=54;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0251455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9341;QD=17.3532;RBI=0.0839048;REFB=-0.0159259;REVB=-0.0800482;RO=58;SAF=44;SAR=10;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263026;STB=0.657945;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00922943;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:58:62:54:55:0.470085:10:44:35:23:11:44:35:27 chr9 5081780 . G A 288.86 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=95;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.011852;FXX=0.0520779;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.5345;QD=12.6972;RBI=0.0359959;REFB=-0.00497168;REVB=-0.0339887;RO=58;SAF=20;SAR=13;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229024;STB=0.513168;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00777879;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:91:58:58:33:33:0.362637:13:20:34:24:13:20:34:24 chr9 5092466 . G A 313.04 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0353839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.818;QD=14.7315;RBI=0.0413514;REFB=-0.0039245;REVB=-0.021399;RO=50;SAF=15;SAR=18;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173786;STB=0.594884;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00349403;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:50:33:35:0.411765:18:15:31:19:19:16:31:19 chr9 5094034 . G A 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00131312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.813;QD=8.43591;RBI=0.0024276;REFB=-0.00854887;REVB=-0.0020418;RO=41;SAF=13;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185397;STB=0.61276;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0225089;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:4:13:26:15:4:13:26:15 chr9 5095095 . A C 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00706815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.044;QD=18.4267;RBI=0.0500499;REFB=-0.00899588;REVB=0.0495483;RO=28;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726188;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:7:21:21:7:7:21:21:7 chr9 5095167 . A C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.000701157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.427;QD=17.3777;RBI=0.00886801;REFB=-0.00329488;REVB=-0.00884025;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00374022;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr9 5095191 . T A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00626573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.279;QD=9.7563;RBI=0.00786973;REFB=-0.0268533;REVB=-0.00476166;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0342132;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr9 5096433 . A G 307.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0023262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.633;QD=15.5555;RBI=0.0585694;REFB=-0.00173533;REVB=0.0585231;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112084;STB=0.506325;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00254865;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:17:17:23:22:17:17:23:22 chr9 5098223 . T C 395.94 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0207599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.46;QD=25.9633;RBI=0.0464547;REFB=-0.00352126;REVB=-0.0415579;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169888;STB=0.592766;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00184342;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:17:21:7:16:17:21:7:16 chr9 5109472 . G C 386.57 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0360119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.992;QD=18.1915;RBI=0.0360146;REFB=0.000785684;REVB=-0.000437043;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915628;STB=0.550995;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00160903;OID=.;OPOS=5109472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:16:29:22:18:16:29 chr9 5231712 . T A 63.94 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000995747;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4291;QD=19.6744;RBI=0.0165792;REFB=0.00455912;REVB=0.0165492;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47997;STB=0.777112;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00160911;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:5:0:6:2:5:0 chr9 5557672 . T C 2203.45 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=146;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00535783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9525;QD=60.3686;RBI=0.05207;REFB=-0.0846457;REVB=-0.0517936;RO=2;SAF=79;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118847;STB=0.509201;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00646061;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:146:146:2:3:142:143:0.979452:63:79:2:0:63:80:3:0 chr9 5732483 . T C 1510.57 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197832;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.981;QD=59.8247;RBI=0.15017;REFB=0;REVB=0.148862;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241991;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:47:53:0:0:48:53:0:0 chr9 5774225 . T G 692.36 PASS AF=0.465409;AO=74;DP=159;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0304617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.903;QD=17.4179;RBI=0.0371415;REFB=-0.0189149;REVB=0.0212502;RO=85;SAF=35;SAR=39;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204242;STB=0.51132;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0235619;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:85:85:74:74:0.465409:39:35:42:43:39:35:42:43 chr9 5909152 . T G 270.55 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0380813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9629;QD=14.4292;RBI=0.0396837;REFB=-0.00211961;REVB=-0.0111631;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131813;STB=0.507484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00352334;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:25:19:13:18:25:19 chr9 5920527 . C T 577.79 PASS AF=0.48;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0153109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.155;QD=18.4893;RBI=0.0160666;REFB=0.0054143;REVB=-0.00486953;RO=64;SAF=30;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728623;STB=0.543985;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00695979;OID=.;OPOS=5920527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:64:65:60:60:0.48:30:30:27:37:30:30:27:38 chr9 5968416 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00557935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.304;QD=18.2489;RBI=0.0126758;REFB=-0.0180856;REVB=0.0113819;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0292745;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:7:5:6:7:7:5 chr9 5969249 . A G 423.92 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0107283;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.603;QD=20.9342;RBI=0.0169524;REFB=-0.0295829;REVB=0.0131259;RO=39;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599298;STB=0.533119;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0221449;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:19:23:24:15:19:23:24:15 chr9 6007767 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0129642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.797;QD=15.2935;RBI=0.0139596;REFB=-0.0182428;REVB=-0.00517692;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232701;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0219646;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:6:9:9:9:0.5:7:2:3:3:7:2:6:3 chr9 6012734 . A C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0186752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.275;QD=19.1803;RBI=0.021367;REFB=0.00244034;REVB=-0.0103821;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400481;STB=0.732918;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00521378;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:2:11:5:6:2:11:5:6 chr9 6015011 . T C 750.99 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=145;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=59;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=0.00791879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.121;QD=20.717;RBI=0.0520055;REFB=0.00225598;REVB=0.0513991;RO=72;SAF=59;SAR=14;SRF=49;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163528;STB=0.590771;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00193328;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:72:72:73:73:0.503448:14:59:49:23:14:59:49:23 chr9 6328947 . T C 420.87 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000733963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.029;QD=54.3053;RBI=0.0238533;REFB=-0.148988;REVB=0.023842;RO=1;SAF=5;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844048;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00117393;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:1:30:30:0.967742:25:5:1:0:25:5:1:0 chr9 6329888 . A G 856.95 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109919;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2357;QD=56.1935;RBI=0.112475;REFB=-0.115666;REVB=0.0238396;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000644577;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr9 6330915 . G A 785.01 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.436;QD=64.0826;RBI=0.0148186;REFB=0;REVB=-0.0129002;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.761e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr9 6984172 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00432809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.845;QD=14.6502;RBI=0.00573181;REFB=-0.00188924;REVB=-0.00375784;RO=31;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293751;STB=0.516764;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00327934;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:9:14:18:13:9:14:18:13 chr9 7046901 . C G 371.63 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00289568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.702;QD=22.8695;RBI=0.00858169;REFB=-0.021353;REVB=-0.0080784;RO=28;SAF=23;SAR=14;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285941;STB=0.65706;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0271538;OID=.;OPOS=7046901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:14:23:7:21:14:23:7:21 chr9 7046917 . A G 251.75 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00998116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6793;QD=14.809;RBI=0.0682107;REFB=0.00891097;REVB=0.0674765;RO=39;SAF=8;SAR=21;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329183;STB=0.6873;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0106176;OID=.;OPOS=7046917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:21:8:23:16:21:8:23:16 chr9 7076463 . G A 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.056;QD=59.4156;RBI=0.0152844;REFB=0;REVB=0.0137359;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37825e-05;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr9 7103816 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.491;QD=59.9374;RBI=0.0163736;REFB=0;REVB=0.0151259;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12629e-06;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr9 7174673 . G A 548.69 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=139;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.0175445;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.058;QD=15.904;RBI=0.0189648;REFB=-0.00111089;REVB=-0.00720109;RO=78;SAF=35;SAR=24;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023487;STB=0.50855;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00171413;OID=.;OPOS=7174673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:78:79:59:59:0.427536:24:35:48:30:24:35:48:31 chr9 7798435 . C T 724.51 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.17;QD=56.8243;RBI=0.0135192;REFB=0;REVB=-0.00649327;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90932e-06;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:11:40:0:0:11:40:0:0 chr9 7798518 . G C 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7455;QD=60.0752;RBI=0.10296;REFB=0;REVB=0.0939603;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498128;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr9 7799606 . C A 833.22 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.964;QD=57.4632;RBI=0.020031;REFB=0;REVB=0.0199935;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88072e-05;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:25:33:0:0 chr9 7799653 . G T 1090.15 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0579586;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.299;QD=57.3765;RBI=0.0606159;REFB=-0.167293;REVB=0.0177509;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779436;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:37:37:0:0:37:37:1:1 chr9 8389364 . C G 893.99 PASS AF=0.520958;AO=87;DP=169;FAO=87;FDP=167;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.0146812;FXX=0.0118336;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.05;QD=21.4129;RBI=0.021193;REFB=-0.037027;REVB=0.0152841;RO=60;SAF=43;SAR=44;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431961;STB=0.536201;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0251946;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:60:77:87:87:0.520958:44:43:30:30:44:43:44:33 chr9 8465598 . A G 1158.67 PASS AF=0.688406;AO=93;DP=141;FAO=95;FDP=138;FR=.;FRO=43;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0400137;FXX=0.0349626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.5;QD=33.5845;RBI=0.0401375;REFB=0.00585183;REVB=-0.00314942;RO=48;SAF=46;SAR=47;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560263;STB=0.50923;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00238709;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:138:48:43:93:95:0.688406:47:46:28:20:47:48:23:20 chr9 8486482 . T C 417.2 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0386519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.307;QD=15.4519;RBI=0.0391757;REFB=-0.00161546;REVB=-0.00638515;RO=59;SAF=27;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494227;STB=0.519223;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00273181;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:61:47:47:0.435185:20:27:31:28:20:27:33:28 chr9 8518143 . T C 715.68 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0284161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.438;QD=19.3427;RBI=0.0296792;REFB=-0.0295476;REVB=-0.00856628;RO=71;SAF=36;SAR=35;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255704;STB=0.52676;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0230069;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:71:77:71:71:0.47973:35:36:38:33:35:36:43:34 chr9 8518395 . G A 647.48 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0291565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.602;QD=16.187;RBI=0.0326917;REFB=-0.0347761;REVB=-0.0147867;RO=88;SAF=44;SAR=27;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099436;STB=0.552688;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0412635;OID=.;OPOS=8518395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:89:71:71:0.44375:27:44:46:42:27:44:47:42 chr9 8528506 . A G 179.26 PASS AF=0.62069;AO=14;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0395595;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.3129;QD=24.7252;RBI=0.0960315;REFB=-0.0176658;REVB=-0.0875048;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146136;STB=0.603067;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00988492;OID=.;OPOS=8528506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:29:29:7:11:14:18:0.62069:9:5:1:6:10:8:2:9 chr9 8888193 . T A 286.46 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0305332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.366;QD=24.3799;RBI=0.030681;REFB=-0.0266066;REVB=0.00300785;RO=21;SAF=20;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31045;STB=0.674012;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0218008;OID=.;OPOS=8888193;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:6:20:9:12:6:20:9:12 chr9 12764879 . C T 2118.71 PASS AF=0.979021;AO=136;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.039177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.141;QD=59.2647;RBI=0.0458462;REFB=-0.150305;REVB=-0.0238126;RO=5;SAF=63;SAR=73;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925341;STB=0.503053;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000522759;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:143:143:5:3:136:140:0.979021:73:63:3:2:73:67:1:2 chr9 12775889 . A G 340.39 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652795;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4366;QD=54.4627;RBI=0.0728382;REFB=0;REVB=-0.0323108;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112656;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr9 12821998 . T A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00920093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.298;QD=11.8291;RBI=0.0380795;REFB=-0.0132329;REVB=0.0369512;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216945;STB=0.631311;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.017706;OID=.;OPOS=12821998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:2:9:12:6:2:9:12:6 chr9 13105959 . T G 1070.02 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758376;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4558;QD=60.283;RBI=0.0946493;REFB=0;REVB=0.0566318;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011431;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr9 13112116 . A G 2204.59 PASS AF=0.972789;AO=142;DP=148;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0252554;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.426;QD=59.9889;RBI=0.0382016;REFB=-0.134988;REVB=-0.0286623;RO=4;SAF=57;SAR=85;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032199;STB=0.516664;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00536963;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:147:4:4:142:143:0.972789:85:57:4:0:85:58:4:0 chr9 13150531 . T C 710.26 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00816147;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.823;QD=21.8541;RBI=0.012381;REFB=-0.0117198;REVB=0.00931016;RO=60;SAF=43;SAR=26;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00587864;STB=0.500119;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128394;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:60:61:69:69:0.530769:26:43:37:23:26:43:38:23 chr9 13176312 . C T 712.08 PASS AF=0.5;AO=69;DP=141;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=-0.00427307;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.387;QD=20.3453;RBI=0.00983481;REFB=-0.00983571;REVB=-0.00885801;RO=70;SAF=34;SAR=35;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163162;STB=0.58569;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00792489;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:70:70:69:70:0.5:35:34:47:23:35:35:47:23 chr9 14087769 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.286;QD=57.6721;RBI=0.0507184;REFB=0;REVB=0.0504345;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315336;OID=.;OPOS=14087769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr9 14618856 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00746067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.98;QD=19.4662;RBI=0.0515361;REFB=-0.0354242;REVB=-0.0509932;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303003;STB=0.672105;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0137825;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:10:14:6:16:10:14 chr9 14737506 . T G 1283.38 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2042;QD=61.8494;RBI=0.0755906;REFB=0;REVB=-0.0234185;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619825;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr9 14775853 . A G 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.04;QD=63.6136;RBI=0.0399901;REFB=0;REVB=0.000592962;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39395e-05;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr9 14801769 . C T 555.18 PASS AF=0.538462;AO=56;DP=104;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0753961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0178;QD=21.353;RBI=0.120232;REFB=-0.0194503;REVB=-0.0936547;RO=47;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464473;STB=0.531239;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0233267;OID=.;OPOS=14801769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:48:56:56:0.538462:34:22:21:26:34:22:22:26 chr9 14846036 . C G 329.7 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00392387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.639;QD=18.3167;RBI=0.0167769;REFB=-0.00935383;REVB=0.0163116;RO=37;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845221;STB=0.547236;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0110604;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:13:22:20:17:13:22:20:17 chr9 14859356 . T C 355.11 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0458836;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1117;QD=16.1412;RBI=0.0473205;REFB=0.000768703;REVB=-0.0115725;RO=50;SAF=26;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254124;STB=0.643487;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00202147;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:50:38:38:0.431818:12:26:22:28:12:26:22:28 chr9 15188106 . T C 1508.98 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771016;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.801;QD=59.7615;RBI=0.028308;REFB=0;REVB=0.0272378;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44339e-05;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr9 15591372 . T A 287.53 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.020995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.691;QD=25.0022;RBI=0.0360244;REFB=-0.0348103;REVB=0.0292741;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909265;STB=0.505047;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0240731;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:11:9:12:14:11:9 chr9 15744683 . G A 528.77 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00525893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6175;QD=22.5007;RBI=0.00764647;REFB=-0.00461943;REVB=0.00555086;RO=43;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265808;STB=0.519992;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00611381;OID=.;OPOS=15744683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:44:50:50:0.531915:26:24:22:21:26:24:23:21 chr9 15784631 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0138153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.209;QD=19.3862;RBI=0.0152175;REFB=-0.0231531;REVB=0.00638033;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180259;STB=0.510194;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0271452;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:8:12:13:8:8:12:13:8 chr9 15922137 . A G 924.24 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.627;QD=56.8761;RBI=0.0740125;REFB=-0.0783163;REVB=0.0674784;RO=1;SAF=43;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108591;STB=0.505745;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000295208;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:21:43:1:0:21:43:1:0 chr9 16410956 . G C 100.06 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00374473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.661;QD=13.3411;RBI=0.0264856;REFB=-0.0384409;REVB=0.0262196;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0465555;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:16:17:11:13:0.433333:8:3:10:6:9:4:11:6 chr9 16411463 . G T 234.32 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.102764;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6379;QD=15.1174;RBI=0.111046;REFB=-0.016615;REVB=-0.042081;RO=36;SAF=7;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342733;STB=0.701599;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0189882;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:35:27:27:0.435484:20:7:21:15:20:7:21:14 chr9 16417431 . G A 1895.43 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8241;QD=61.6399;RBI=0.0238951;REFB=0;REVB=-0.0236651;RO=0;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84821e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:50:73:0:0:50:73:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 191.36 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0209097;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=10;MLLD=304.027;QD=15.9462;RBI=0.0215077;REFB=-0.0166965;REVB=-0.00503644;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146065;STB=0.602764;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.0159298;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:26:49:26:48:22:16:10:18:4:99:19:16:10:15:4 chr9 16685539 . T C 247.85 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4068;QD=49.5691;RBI=0.0583536;REFB=0;REVB=0.0331781;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385816;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:7:13:0:0 chr9 17001122 . C A 1343.49 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7973;QD=61.0676;RBI=0.0240675;REFB=-0.00653172;REVB=-0.00653017;RO=1;SAF=64;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734725;STB=0.503875;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000201149;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:87:87:0.988636:23:64:1:0:23:64:1:0 chr9 17001200 . C A 1821.38 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.584;QD=61.2228;RBI=0.0349395;REFB=0;REVB=0.0141606;RO=0;SAF=87;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36531e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:32:87:0:0:32:87:0:0 chr9 17001216 . A C 1698.58 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324165;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.235;QD=60.6636;RBI=0.0363363;REFB=0;REVB=0.0164165;RO=0;SAF=83;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100884;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:29:83:0:0:29:83:0:0 chr9 17053994 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0223013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.196;QD=16.9928;RBI=0.0491417;REFB=-0.00532373;REVB=-0.0437899;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149368;STB=0.584031;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00592055;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:11:16:13:17:11:16:13:17 chr9 17054142 . A G 411.93 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00959677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8847;QD=21.3987;RBI=0.0200179;REFB=-0.00672485;REVB=-0.0175675;RO=36;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637884;STB=0.535194;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0119137;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:22:19:14:22:22:19:14:22 chr9 17273731 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0102649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.206;QD=12.637;RBI=0.0127787;REFB=0.00660823;REVB=0.00761107;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137569;STB=0.580526;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00983008;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:14:7:6:7:14:7 chr9 17273754 . A C 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0021827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.555;QD=11.8806;RBI=0.00511849;REFB=-0.000956154;REVB=0.00462977;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234359;STB=0.620104;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0017893;OID=.;OPOS=17273754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:7:8:20:7:7:8:20:8 chr9 17342383 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.67;QD=58.9624;RBI=0.0326074;REFB=0;REVB=-0.0325461;RO=0;SAF=51;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19308e-05;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:15:51:0:0:15:51:0:0 chr9 17394536 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.172;QD=51.1818;RBI=0.0394714;REFB=0;REVB=-0.0218205;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662431;OID=.;OPOS=17394536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr9 17394996 . T C 1044.03 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00769583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.5;QD=59.6587;RBI=0.0410034;REFB=0;REVB=0.0402747;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90509e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr9 17409366 . G A 964.61 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00626078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.724;QD=55.9195;RBI=0.00902722;REFB=-0.0409921;REVB=0.00650334;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230419;STB=0.512191;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0026933;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:27:40:2:0:27:40:2:0 chr9 18504916 . T A 956.71 PASS AF=1;AO=50;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.68;QD=58.8746;RBI=0.0211507;REFB=0;REVB=0.0197459;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34003e-05;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:50:65:1:25:25:0:0:30:35:0:0 chr9 18504917 . G A 61.62 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0493181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9881;QD=3.79174;RBI=0.0496137;REFB=-0.00291558;REVB=0.00540703;RO=54;SAF=10;SAR=1;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580594;STB=0.89476;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00244845;OID=.;OPOS=18504917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:1:10:25:29:1:10:25:29 chr9 18651156 . C T 851.13 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2948;QD=57.7039;RBI=0.0493012;REFB=0;REVB=0.0403968;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51421e-05;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr9 18651282 . A G 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.971;QD=60.2023;RBI=0.0715448;REFB=0;REVB=0.0619696;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242453;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr9 18775810 . C A 1592.72 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0471354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.952;QD=57.9169;RBI=0.0508598;REFB=-0.0762691;REVB=0.0191045;RO=1;SAF=58;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811401;STB=0.508473;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000560403;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:50:58:1:0:50:58:2:0 chr9 18776840 . A C 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.967;QD=58.7811;RBI=0.00419983;REFB=0;REVB=0.00171106;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65993e-06;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr9 18777196 . A C 482.99 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0247224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.367;QD=20.9994;RBI=0.0255595;REFB=-0.0279418;REVB=-0.00648781;RO=45;SAF=31;SAR=16;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986197;STB=0.554648;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0243279;OID=.;OPOS=18777196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:16:31:25:20:16:31:25:20 chr9 18777368 . T C 1042.5 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.642;QD=59.5714;RBI=0.06025;REFB=0;REVB=-0.0500369;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81386e-05;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:23:46:0:0:23:47:0:0 chr9 18777422 . G A 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=14;FWDB=-0.0125451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.546;QD=16.5946;RBI=0.0313488;REFB=-0.00502345;REVB=0.0287292;RO=55;SAF=25;SAR=17;SRF=41;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163894;STB=0.591419;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00683018;OID=.;OPOS=18777422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:17:25:41:14:17:25:41:14 chr9 18950787 . G A 607.6 PASS AF=0.38674;AO=70;DP=181;FAO=70;FDP=181;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=78;FSRR=33;FWDB=-0.0223241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2143;QD=13.4277;RBI=0.0223394;REFB=-0.00196578;REVB=0.000825699;RO=96;SAF=37;SAR=33;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167298;STB=0.608436;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00466642;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:96:111:70:70:0.38674:33:37:66:30:33:37:78:33 chr9 18950788 . C A 38.44 PASS AF=0.0810811;AO=15;DP=170;FAO=15;FDP=185;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=102;FSRR=68;FWDB=-0.0721548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.93;QD=0.831027;RBI=0.0875516;REFB=-0.00731228;REVB=-0.049588;RO=155;SAF=13;SAR=2;SRF=90;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375547;STB=0.797791;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.146114;OID=.;OPOS=18950788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:170:185:155:170:15:15:0.0810811:2:13:90:65:2:13:102:68 chr9 18950895 . T C 555.95 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0126266;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.735;QD=16.9754;RBI=0.0134628;REFB=-0.019117;REVB=0.00467076;RO=71;SAF=19;SAR=40;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231068;STB=0.633001;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0194712;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:71:72:59:59:0.450382:40:19:39:32:40:19:40:32 chr9 19056147 . T TA 166.73 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0187723;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1896;QD=9.01226;RBI=0.100485;REFB=-0.0140569;REVB=-0.0987157;RO=48;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029252;STB=0.515443;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=0.0157434;OID=.;OPOS=19056148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391892:29:78:29:74:45:18:11:29:16:99:48:18:11:31:17 chr9 19063108 . T C 409.28 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00685388;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.826;QD=20.2112;RBI=0.0186184;REFB=-0.00612008;REVB=0.0173109;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220049;STB=0.518353;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00592519;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:21:20:20:19:21:20:21:19 chr9 19076673 . G C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0104683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.403;QD=12.3289;RBI=0.0120122;REFB=0.00334206;REVB=0.0058913;RO=17;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375057;STB=0.731174;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00545426;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:1:10:12:5:1:10:12:5 chr9 19087154 . T C 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0943607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7462;QD=25.6495;RBI=0.094407;REFB=0.00539038;REVB=-0.00295546;RO=18;SAF=21;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385379;STB=0.716873;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00663442;OID=.;OPOS=19087154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:4:21:8:10:4:21:8:10 chr9 19126281 . C T 363.02 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0118602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.629;QD=17.2868;RBI=0.0245674;REFB=-0.0155818;REVB=0.0215149;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858375;STB=0.580034;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0142547;OID=.;OPOS=19126281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:45:37:38:0.452381:19:18:21:15:20:18:28:17 chr9 19434980 . C T 798.19 PASS AF=0.488095;AO=82;DP=170;FAO=82;FDP=168;FR=.;FRO=86;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0485227;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.893;QD=19.0046;RBI=0.0509697;REFB=-0.0122604;REVB=0.0156033;RO=85;SAF=54;SAR=28;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236439;STB=0.510738;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.014506;OID=.;OPOS=19434980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:85:86:82:82:0.488095:28:54:54:31:28:54:55:31 chr9 19461193 . G T 721.48 PASS AF=0.401015;AO=79;DP=199;FAO=79;FDP=197;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.00551472;FXX=0.0149993;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9807;QD=14.6493;RBI=0.0636728;REFB=-0.00141091;REVB=-0.0634335;RO=120;SAF=34;SAR=45;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00588802;STB=0.509261;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0013541;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:120:118:79:79:0.401015:45:34:51:69:45:34:49:69 chr9 19492914 . GGTGGTCTACCA G,GGTGGTTTACCA 264.61 PASS AF=0.369048,0.0119048;AO=29,6;DP=94;FAO=31,1;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=21,1;FSAR=10,0;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0190663,0.00223054;FXX=0.0666593;HRUN=2,1;LEN=11,1;MLLD=260.339,157.938;QD=12.6002;RBI=0.0324595,0.039734;REFB=-0.0116177,-0.00407145;REVB=-0.0262697,-0.0396714;RO=45;SAF=19,4;SAR=10,2;SRF=31;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403206,-0.0296391;STB=0.503104,0.986757;STBP=0.977,0.5;TYPE=del,snp;VARB=0.0209492,0.0312162;OID=.,.;OPOS=19492915,19492920;OREF=GTGGTCTACCA,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GGTGGTTTACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369048,0.0119048:29,6:94:31,1:84:52:21,1:10,0:35:17:99:45:19,4:10,2:31:14 chr9 19576949 . T G 2078.39 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=136;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403511;FXX=0.0218962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.728;QD=62.0415;RBI=0.0566506;REFB=-0.0894721;REVB=0.0397628;RO=1;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785553;STB=0.503999;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000120994;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:134:1:1:131:133:0.992537:60:71:0:1:62:71:0:1 chr9 19622268 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3767;QD=55.654;RBI=0.0350147;REFB=0;REVB=0.0276218;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501827;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr9 19786217 . G A 526.7 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.07096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7879;QD=56.94;RBI=0.11654;REFB=0.00368819;REVB=-0.0924462;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00361456;OID=.;OPOS=19786217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:21:15:0:0:21:15:0:1 chr9 20418323 . T C 171.21 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00313723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.017;QD=12.4518;RBI=0.0195526;REFB=-0.00946226;REVB=-0.0192992;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404701;STB=0.741297;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0151204;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:5:15:13:21:5:16:13:21 chr9 20866974 . C G 1587.39 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0966;QD=64.1371;RBI=0.0207937;REFB=0;REVB=-0.00329305;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109111;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr9 20953049 . A G 326.27 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0642681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.696;QD=19.4788;RBI=0.0648972;REFB=-0.0152415;REVB=-0.00901459;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305084;STB=0.679142;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0214369;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:32:34:35:0.522388:11:23:11:22:11:24:10:22 chr9 20988426 . A G 1072.39 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00104177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.561;QD=57.1943;RBI=0.00137796;REFB=-0.184495;REVB=0.00090194;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.50129;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-8.76203e-05;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:33:40:0:1:33:40:1:1 chr9 21029330 . T C 231.45 PASS AF=0.564103;AO=18;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0308411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.208;QD=23.7387;RBI=0.0455788;REFB=-0.027272;REVB=0.0335597;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586403;STB=0.518851;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0193203;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:18:22:0.564103:10:8:7:9:12:10:7:10 chr9 21077716 . G A 284.21 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0243699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1997;QD=23.6841;RBI=0.0269168;REFB=-0.0212074;REVB=-0.011429;RO=22;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270765;STB=0.655506;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0261941;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:8:17:8:14:8:18:8:14 chr9 21141810 . G A 717.73 PASS AF=0.643564;AO=65;DP=102;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00465976;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.123;QD=28.4251;RBI=0.0107885;REFB=-0.0105591;REVB=0.00973028;RO=35;SAF=26;SAR=39;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094198;STB=0.556434;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00386041;OID=.;OPOS=21141810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:35:36:65:65:0.643564:39:26:19:16:39:26:20:16 chr9 21142014 . GA AG,G 165.12 PASS AF=0,0.56383;AO=4,44;DP=94;FAO=0,53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=0,31;FSAR=0,22;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00808574,0.0804764;FXX=0.0309246;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=106.468,7.40409;QD=7.02636;RBI=0.208391,0.225105;REFB=-0.0166995,-0.176628;REVB=-0.208234,-0.210228;RO=36;SAF=0,26;SAR=4,18;SRF=27;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.702286,-0.138843;STB=0.5,0.522274;STBP=1,0.628;TYPE=mnp,del;VARB=-0.013803,0.162343;OID=.,.;OPOS=21142014,21142015;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:94:36:41:4,44:0,53:0,0.56383:4,18:0,26:27:9:0,22:0,31:26:15 chr9 21166077 . T C 252.63 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0213174;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.926;QD=19.0664;RBI=0.0213452;REFB=-0.0147423;REVB=-0.00108894;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101816;STB=0.546688;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0147384;OID=.;OPOS=21166077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:26:27:27:0.509434:13:14:10:15:13:14:11:15 chr9 21166185 . C G 158.81 PASS AF=0.19708;AO=27;DP=137;FAO=27;FDP=137;FR=.;FRO=110;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.016154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3144;QD=4.63676;RBI=0.0242748;REFB=-0.00742958;REVB=-0.0181194;RO=110;SAF=17;SAR=10;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988406;STB=0.562488;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0264802;OID=.;OPOS=21166185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:110:110:27:27:0.19708:10:17:61:49:10:17:61:49 chr9 21187121 . T A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00702009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.168;QD=19.0006;RBI=0.00884924;REFB=-0.0182436;REVB=0.00538771;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205826;STB=0.616307;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0147859;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:12:5:9:8:12:5 chr9 21187311 . C T 1200.36 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0158214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.46;QD=58.5544;RBI=0.0247382;REFB=-0.136641;REVB=0.0190174;RO=2;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024902;STB=0.513155;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00565694;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:37:43:0:2:37:43:0:2 chr9 21201703 . T C 683.48 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.00144143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2535;QD=19.9556;RBI=0.00688506;REFB=-0.00380851;REVB=0.00673248;RO=69;SAF=41;SAR=27;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474923;STB=0.526165;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00403275;OID=.;OPOS=21201703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:68:68:0.49635:27:41:45:24:27:41:45:24 chr9 21206763 . G T 314.87 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00292402;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7789;QD=14.6449;RBI=0.0121241;REFB=-0.0223774;REVB=-0.0117663;RO=51;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958844;STB=0.55095;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0441136;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:34:35:0.406977:19:15:18:33:19:16:19:32 chr9 21207000 . C G 330.46 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.651;QD=50.8393;RBI=0.016842;REFB=-0.119649;REVB=0.000689412;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000641176;OID=.;OPOS=21207000;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:8:17:0:0:8:17:1:0 chr9 21207005 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.627;QD=55.0962;RBI=0.0606249;REFB=0;REVB=0.0567819;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188145;OID=.;OPOS=21207005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr9 21207031 . T C 321.78 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.147;QD=53.6305;RBI=0.0371053;REFB=0;REVB=0.0337274;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024049;OID=.;OPOS=21207031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:6:16:0:0:8:16:0:0 chr9 21207037 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.611;QD=57.2024;RBI=0.0470816;REFB=0;REVB=0.0246156;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317548;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr9 21227622 . A C 658.74 PASS AF=1;AO=35;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292037;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6637;QD=61.2782;RBI=0.0564953;REFB=0;REVB=0.0483618;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019199;OID=.;OPOS=21227622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:43:0:0:35:43:1:19:16:0:0:23:20:0:0 chr9 21227623 . T C 32.93 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0222757;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.7045;QD=2.99337;RBI=0.0478001;REFB=-0.0202864;REVB=0.0422923;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433097;STB=0.819216;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0331426;OID=.;OPOS=21227623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:5:1:20:18:5:1:20:18 chr9 21227651 . A G 358.53 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.202;QD=55.1583;RBI=0.065274;REFB=0;REVB=0.0176487;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49433e-05;OID=.;OPOS=21227651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr9 21227942 . G T 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.335;QD=63.8859;RBI=0.0400909;REFB=0;REVB=0.0166924;RO=0;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325176;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:39:58:0:0:39:58:0:0 chr9 21228040 . C G 673.18 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000130423;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.713;QD=62.6216;RBI=0.0293323;REFB=0;REVB=0.029332;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38509e-05;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr9 21228182 . GC TG 1585.97 PASS AF=1;AO=95;DP=103;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374739;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.582;QD=56.6418;RBI=0.0957894;REFB=0;REVB=0.088155;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.7617e-05;OID=.;OPOS=21228182;OREF=GC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:112:0:0:95:112:1:40:55:0:0:51:61:0:0 chr9 21304803 . G A 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00485412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.844;QD=17.9199;RBI=0.0162992;REFB=-0.0181722;REVB=0.0155596;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525676;STB=0.502939;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0209173;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:14:20:19:13:14:20 chr9 21409901 . G A 320.19 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0185324;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.786;QD=15.4309;RBI=0.0197525;REFB=-0.00945144;REVB=-0.00683458;RO=48;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149536;STB=0.584368;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0146804;OID=.;OPOS=21409901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:16:19:19:29:16:19:19:29 chr9 21410117 . ATTCT A,ATTAT 557.33 PASS AF=0.405229,0.0392157;AO=51,6;DP=145;FAO=62,6;FDP=153;FR=.;FRO=85;FSAF=47,3;FSAR=15,3;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.00324858,-0.0205962;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=243.158,62.0649;QD=14.5708;RBI=0.00402492,0.0552441;REFB=-0.0131736,-0.0270682;REVB=0.00237628,-0.0512612;RO=76;SAF=40,3;SAR=11,3;SRF=39;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.330256,-0.0138935;STB=0.651902,0.527381;STBP=0.003,0.918;TYPE=del,snp;VARB=0.0150718,0.0124109;OID=.,.;OPOS=21410118,21410120;OREF=TTCT,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,ATTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405229,0.0392157:51,6:145:62,6:153:85:47,3:15,3:45:40:99:76:40,3:11,3:39:37 chr9 21481556 . T G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0139358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.388;QD=17.2891;RBI=0.0196103;REFB=-0.0147294;REVB=-0.013797;RO=33;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205062;STB=0.615306;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0188265;OID=.;OPOS=21481556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:10:20:15:18:10:20:15:18 chr9 21482089 . G A 330.11 PASS AF=0.522388;AO=23;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00744327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.897;QD=19.7078;RBI=0.0182211;REFB=-0.00353717;REVB=0.0166315;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115074;STB=0.5636;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00841204;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:32:23:35:0.522388:10:13:12:15:14:21:15:17 chr9 21482181 . C G 581.05 PASS AF=0.415094;AO=65;DP=162;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.00702402;FXX=0.0185174;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.951;QD=14.6177;RBI=0.0219829;REFB=-0.0151732;REVB=-0.0208306;RO=87;SAF=36;SAR=29;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729218;STB=0.545041;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0268174;OID=.;OPOS=21482181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:159:87:93:65:66:0.415094:29:36:42:45:29:37:45:48 chr9 21482238 . AAAT A 395.95 PASS AF=0.42953;AO=60;DP=151;FAO=64;FDP=149;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.00357592;FXX=0.0628891;HRUN=3;LEN=3;MLLD=244.954;QD=10.6296;RBI=0.00656487;REFB=-0.023021;REVB=0.00550548;RO=74;SAF=34;SAR=26;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106378;STB=0.53458;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.0256472;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42953:60:151:64:149:85:34:30:40:45:99:74:34:26:34:40 chr9 21699392 . C T 161.8 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0267176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9936;QD=28.1387;RBI=0.058597;REFB=0.0030299;REVB=-0.0521515;RO=7;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110844;STB=0.561719;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00416653;OID=.;OPOS=21699392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:10:6:4:3:10:6:4:3 chr9 21699406 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000599789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9615;QD=56.7028;RBI=0.0470544;REFB=0;REVB=0.0470505;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659081;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr9 21699444 . C T 636.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000537849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0857;QD=59.216;RBI=0.016228;REFB=-0.119817;REVB=-0.0162191;RO=1;SAF=32;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144473;STB=0.507689;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00355973;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:10:32:1:0:10:32:1:0 chr9 21816758 . G A 823.02 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175232;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.195;QD=55.7981;RBI=0.0242918;REFB=-0.105754;REVB=0.0168236;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000492585;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:31:27:1:0 chr9 21968159 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00975151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2893;QD=12.9747;RBI=0.085223;REFB=0.00144008;REVB=0.0846632;RO=18;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212119;STB=0.628316;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-9.57957e-05;OID=.;OPOS=21968159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:1:11:15:3:1:11:15:3 chr9 21968199 . C G 987.86 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.571;QD=58.9767;RBI=0.0336367;REFB=0;REVB=-0.0290385;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034299;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr9 22029445 . G A 1305.12 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.526;QD=60.7034;RBI=0.0240102;REFB=-0.00094562;REVB=-0.0212095;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=5.04423e-06;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:86:0:1:84:85:0.988372:42:42:0:0:42:43:0:1 chr9 22447655 . T A 345.75 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00530314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=19.4791;RBI=0.0111908;REFB=-0.0281347;REVB=-0.0098545;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368673;STB=0.520493;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0382985;OID=.;OPOS=22447655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:20:16:17:18:20:16:17:18 chr9 23691890 . TAAAAAT ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA 34.53 PASS AF=0.0217391,0.152174,0.0652174;AO=2,8,4;DP=46;FAO=1,7,3;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2,3;FSAR=1,5,0;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0189861,0.0986798,-0.0308144;FXX=0.0212721;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=30.922,8.83201,21.7512;QD=3.0027;RBI=0.0456575,0.0992297,0.0343744;REFB=-0.0643193,-0.119425,-0.0893102;REVB=-0.0415227,-0.0104319,-0.0152339;RO=27;SAF=0,1,4;SAR=2,7,0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.448702,-0.454425,0.638932;STB=0.989645,0.673247,0.99651;STBP=0.462,0.352,0.071;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0557909,0.0403735,0.189241;OID=.,.,.;OPOS=23691890,23691891,23691895;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TA;OMAPALT=ATAAAAT,TAAAAT,TAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:46:46:27:35:2,8,4:1,7,3:0.0217391,0.152174,0.0652174:2,7,0:0,1,4:12:15:1,5,0:0,2,3:17:18 chr9 24545513 . G A 910.68 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00871147;FXX=0.0294074;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.787;QD=55.1929;RBI=0.0293184;REFB=0.0137709;REVB=0.0279942;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000620061;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:1:1:27:37:1:1 chr9 24905556 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.985;QD=57.0316;RBI=0.0247643;REFB=-0.110933;REVB=-0.00174806;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.510201;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000406997;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:24:41:0:0:24:41:0:1 chr9 24905678 . C A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0106398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.936;QD=26.4613;RBI=0.011101;REFB=-0.0172037;REVB=-0.00316671;RO=18;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277839;STB=0.653728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00955644;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:17:9:13:5:17:9:13:5 chr9 25677953 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.162;QD=39.2067;RBI=0.0471251;REFB=0;REVB=0.0415568;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653069;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 25678640 . T A 986.29 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.137048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.867;QD=56.3592;RBI=0.142943;REFB=-0.100509;REVB=0.0406259;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00143101;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:2:68:68:0.971429:34:34:0:0:34:34:2:0 chr9 26116150 . G T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.758;QD=58.1392;RBI=0.0502831;REFB=0;REVB=0.0455758;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124838;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr9 26892654 . G A 1176.35 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344346;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.622;QD=59.5618;RBI=0.0863891;REFB=-0.0049414;REVB=0.0792297;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.505493;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000265338;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:1:0:33:45:1:0 chr9 26895808 . A G 997.41 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00767668;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.818;QD=57.821;RBI=0.0288739;REFB=-0.0303132;REVB=-0.0278347;RO=1;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160186;STB=0.508472;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=4.30115e-05;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:29:39:0:1:29:39:0:1 chr9 26978168 . ATA ATG,GAT 1720.59 PASS AF=0.888889,0.0598291;AO=95,7;DP=119;FAO=104,7;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60,0;FSAR=44,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129763,0.0115654;FXX=0.0168053;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=161.676,162.004;QD=58.8236;RBI=0.0253412,0.0146541;REFB=0,0;REVB=0.0217667,0.0089991;RO=0;SAF=60,0;SAR=35,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00389259,-0.0143444;OID=.,.;OPOS=26978170,26978168;OREF=A,ATA;OALT=G,GAT;OMAPALT=ATG,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:119:117:0:0:95,7:104,7:0.888889,0.0598291:35,7:60,0:0:0:44,7:60,0:0:0 chr9 26978259 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.986;QD=59.8288;RBI=0.0265653;REFB=0;REVB=0.0263858;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48974e-05;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:61:42:0:0:61:42:0:0 chr9 27183463 . A C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.187;QD=57.3857;RBI=0.0125295;REFB=0;REVB=0.0115999;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63684e-06;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:18:39:0:0:18:39:0:0 chr9 27220066 . G A 438.52 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.036666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6183;QD=19.2754;RBI=0.0376467;REFB=0.0102265;REVB=0.0085367;RO=46;SAF=14;SAR=30;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236092;STB=0.6269;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0106197;OID=.;OPOS=27220066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:47:44:44:0.483516:30:14:26:20:30:14:26:21 chr9 27296705 . A G 94.14 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.035512;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.984;QD=9.41433;RBI=0.03589;REFB=-0.0148192;REVB=0.00519523;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547617;STB=0.832778;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0327116;OID=.;OPOS=27296705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:40:28:28:12:12:0.3:2:10:10:18:2:10:10:18 chr9 27328886 . C A 538.84 PASS AF=0.397516;AO=59;DP=157;FAO=64;FDP=161;FR=.;FRO=97;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.00829654;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.914;QD=13.3874;RBI=0.00832352;REFB=-0.0123924;REVB=0.00066966;RO=92;SAF=25;SAR=34;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174939;STB=0.571241;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0199391;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:92:97:59:64:0.397516:34:25:54:38:34:30:57:40 chr9 27328964 . C T 3101.53 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033231;FXX=0.0146334;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.235;QD=61.4164;RBI=0.0332395;REFB=-0.0162774;REVB=0.000750365;RO=0;SAF=98;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21115e-05;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:204:202:0:0:201:202:1:103:98:0:0:103:99:0:0 chr9 27378301 . A G 37.23 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0404425;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.912;QD=6.76867;RBI=0.0476301;REFB=0.0128201;REVB=0.02516;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192221;STB=0.624574;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.023775;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:8:8:4:2:8:8 chr9 27524731 . A G 817.38 PASS AF=0.923077;AO=59;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00481973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.269;QD=50.3005;RBI=0.0760842;REFB=-0.190216;REVB=0.0759314;RO=2;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157582;STB=0.521844;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00507213;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:65:65:2:5:59:60:0.923077:31:28:1:1:31:29:1:4 chr9 32069857 . T G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0291;QD=57.2;RBI=0.125022;REFB=0;REVB=-0.0944425;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260653;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr9 32425910 . A G 869.05 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=192;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=73;FSRR=30;FWDB=0.011475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5725;QD=18.1051;RBI=0.0184265;REFB=-0.0206946;REVB=0.0144174;RO=103;SAF=44;SAR=45;SRF=73;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208211;STB=0.614687;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0240567;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:103:103:89:89:0.463542:45:44:73:30:45:44:73:30 chr9 32436014 . A G 182.23 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=12;FWDB=0.0260734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.662;QD=9.71875;RBI=0.028649;REFB=-0.00852732;REVB=-0.0118721;RO=49;SAF=15;SAR=9;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1688;STB=0.606661;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0196014;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:51:24:24:0.32:9:15:37:12:9:15:39:12 chr9 32450187 . T C 313.15 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.011273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.13;QD=30.5514;RBI=0.0282055;REFB=-0.029293;REVB=0.0258547;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165348;STB=0.518505;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0142522;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:14:14:26:27:0.658537:8:18:10:4:9:18:10:4 chr9 32459450 . T G 357.87 PASS AF=0.39;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0165701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.34;QD=14.3147;RBI=0.024743;REFB=-0.00967012;REVB=0.0183751;RO=60;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102471;STB=0.562628;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0220367;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:60:61:39:39:0.39:20:19:35:25:20:19:36:25 chr9 32485280 . A G 54.29 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00138176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.881;QD=8.68675;RBI=0.00195658;REFB=-0.00375421;REVB=-0.00138526;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623041;STB=0.882566;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0156682;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:7:1:12:5:7:1:12:5 chr9 32487521 . T C 536.81 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.035703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.823;QD=16.0242;RBI=0.0388657;REFB=-0.00229903;REVB=0.015357;RO=76;SAF=37;SAR=21;SRF=51;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368012;STB=0.520556;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00265086;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:21:37:51:25:21:37:51:25 chr9 32492529 . G A 297.18 PASS AF=0.445946;AO=31;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0350652;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.998;QD=16.0637;RBI=0.0367308;REFB=-0.0174913;REVB=-0.0109355;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257515;STB=0.649179;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0305757;OID=.;OPOS=32492529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:31:33:0.445946:10:21:17:23:10:23:18:23 chr9 32498291 . A G 735.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.563;QD=62.6292;RBI=0.0237354;REFB=0;REVB=0.0211813;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372917;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:20:24:0:0:21:26:0:0 chr9 32526146 . G A 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0136652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.936;QD=21.7392;RBI=0.0390309;REFB=-0.0217449;REVB=0.0365606;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228745;STB=0.629501;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0179428;OID=.;OPOS=32526146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:5:17:11:9:5:17:11:9 chr9 32568024 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0403481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.606;QD=15.2589;RBI=0.0409894;REFB=-0.00932005;REVB=0.00722237;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00711686;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr9 32568168 . A T 248.21 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00914449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.023;QD=16.2757;RBI=0.00983161;REFB=-0.0115785;REVB=0.00361093;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379273;STB=0.521395;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0117446;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:13:20:18:10:13:20 chr9 32630472 . T C 785.35 PASS AF=0.515924;AO=70;DP=158;FAO=81;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.00576257;FXX=0.0125778;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.044;QD=20.0089;RBI=0.00911093;REFB=-0.0205226;REVB=-0.00705704;RO=58;SAF=50;SAR=20;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106413;STB=0.567517;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.014335;OID=.;OPOS=32630472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:58:76:70:81:0.515924:20:50:35:23:25:56:43:33 chr9 32631369 . C T 1341.39 PASS AF=0.519531;AO=133;DP=256;FAO=133;FDP=256;FR=.;FRO=123;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=69;FSRR=54;FWDB=-0.00432168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3033;QD=20.9593;RBI=0.0194098;REFB=0.00194637;REVB=-0.0189225;RO=121;SAF=65;SAR=68;SRF=68;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638126;STB=0.534674;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00189643;OID=.;OPOS=32631369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:121:123:133:133:0.519531:68:65:68:53:68:65:69:54 chr9 32785399 . C T 2382.19 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194738;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.567;QD=61.0819;RBI=0.0464695;REFB=0;REVB=-0.0464286;RO=0;SAF=90;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88654e-05;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:65:90:0:0:66:90:0:0 chr9 32785888 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.359;QD=56.7066;RBI=0.0334501;REFB=0;REVB=0.0220095;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47163e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr9 32786553 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.54;QD=60.6096;RBI=0.0333794;REFB=0;REVB=0.019755;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191095;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr9 32786586 . G T 537.37 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.353;QD=56.5649;RBI=0.0288973;REFB=0.0774568;REVB=0.0171575;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00107336;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:0:1:36:37:0.973684:15:21:0:0:15:22:1:0 chr9 32820257 . C T 1328.77 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757577;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.777;QD=62.5306;RBI=0.0196872;REFB=0;REVB=-0.0181712;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011206;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr9 33026572 . T C 403.93 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0282676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9578;QD=19.4664;RBI=0.0306127;REFB=-0.0137103;REVB=-0.0117507;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138339;STB=0.507689;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0133728;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:16:25:25:17:16:25:25:17 chr9 33062128 . G A 507.75 PASS AF=0.703125;AO=45;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0659207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.801;QD=31.7341;RBI=0.0663463;REFB=-0.0180298;REVB=0.00750345;RO=19;SAF=22;SAR=23;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124443;STB=0.567218;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0096585;OID=.;OPOS=33062128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:45:45:0.703125:23:22:5:14:23:22:5:14 chr9 33240225 . G A 1462.57 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387463;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.414;QD=62.237;RBI=0.0487862;REFB=0.033668;REVB=0.029645;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114219;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-6.75701e-05;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:92:93:0.989362:51:41:1:0:51:42:1:0 chr9 33352826 . C A,CAAA 738.79 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,43;DP=49;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883174,-0.0208802;FXX=0.040808;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=32.8823,191.433;QD=62.8759;RBI=0.0884571,0.0339706;REFB=0,0;REVB=-0.00496903,0.0267959;RO=3;SAF=1,20;SAR=1,23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.142842,-0.0247089;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0191429,-0.000363956;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:47:3:0:2,43:2,45:0.0425532,0.957447:1,23:1,20:2:1:1,24:1,21:0:0 chr9 33385241 . C A 808.54 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1319;QD=55.7614;RBI=0.100153;REFB=-0.0755338;REVB=-0.00240997;RO=1;SAF=22;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345024;OID=.;OPOS=33385241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:35:22:1:0:35:23:0:0 chr9 33395196 . A G 340.63 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.774;QD=54.5005;RBI=0.0183919;REFB=0;REVB=-0.0118003;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170891;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr9 33442952 . G A 361.53 PASS AF=0.463415;AO=39;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0387389;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7779;QD=17.6358;RBI=0.0401158;REFB=0.00118052;REVB=0.0104202;RO=44;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121675;STB=0.514131;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00132305;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:39:38:0.463415:19:20:22:22:18:20:22:22 chr9 33466219 . A C 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00954886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.192;QD=22.3224;RBI=0.0271741;REFB=-0.0126454;REVB=-0.0254412;RO=23;SAF=22;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190053;STB=0.605722;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0116775;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:8:22:12:11:8:22:12:11 chr9 33524684 . G A 993.48 PASS AF=1;AO=53;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.428;QD=59.312;RBI=0.057691;REFB=0;REVB=0.0491002;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540411;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:53:67:1:28:25:0:0:33:34:0:0 chr9 33566234 . C T 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0520861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.747;QD=11.7808;RBI=0.052091;REFB=-0.0184296;REVB=-0.000708699;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733401;STB=0.543079;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0407142;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:11:5:8:23:11:5:8:23 chr9 33568789 . T G 460.33 PASS AF=0.494949;AO=48;DP=103;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0093205;FXX=0.0480723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.309;QD=18.5991;RBI=0.0161952;REFB=-0.00599195;REVB=0.0132443;RO=46;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152135;STB=0.568154;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00815772;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:46:50:48:49:0.494949:18:30:21:25:19:30:24:26 chr9 33572347 . T C 227.39 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=74;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00947646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6818;QD=11.8124;RBI=0.0303192;REFB=-0.00209774;REVB=0.0288002;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617242;STB=0.531013;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00452318;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:47:49:27:28:0.363636:17:10:15:32:17:11:17:32 chr9 33618358 . A G 1973.65 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00613247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.812;QD=61.1986;RBI=0.0061838;REFB=-0.0028368;REVB=0.00079507;RO=1;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798567;STB=0.504201;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=7.97131e-06;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:129:1:1:126:128:0.992248:59:67:0:1:59:69:0:1 chr9 33618460 . A T 994.35 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.815;QD=57.6437;RBI=0.0633557;REFB=-0.0534207;REVB=0.0358883;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000324194;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:37:31:0:0:37:31:1:0 chr9 33618497 . G A 788.14 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580123;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7406;QD=64.3382;RBI=0.0621034;REFB=0;REVB=-0.0221677;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253692;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr9 33624694 . G A 714.33 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.000792409;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8473;QD=22.3228;RBI=0.0471224;REFB=0.00427967;REVB=-0.0471157;RO=60;SAF=28;SAR=41;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813789;STB=0.540335;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0105128;OID=.;OPOS=33624694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:60:59:69:69:0.539062:41:28:30:30:41:28:29:30 chr9 33625185 . C T 2025.54 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.985;QD=62.3243;RBI=0.037459;REFB=0;REVB=0.0068525;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62159e-05;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:130:0:0:123:130:1:55:68:0:0:55:75:0:0 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 78.19 PASS AF=0.218182;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00926127;FXX=0.0833194;HRUN=1;LEN=12;MLLD=293.631;QD=5.68627;RBI=0.00926622;REFB=-0.0011999;REVB=-0.000302999;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480381;STB=0.847396;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.00110935;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.218182:11:59:12:55:43:2:10:27:16:78:35:2:9:20:15 chr9 33662389 . A G 316.01 PASS AF=0.372549;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.00803856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8621;QD=12.3924;RBI=0.0218709;REFB=-0.0106275;REVB=0.0203401;RO=64;SAF=21;SAR=16;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193831;STB=0.600561;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0185611;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:64:37:38:0.372549:16:21:25:39:17:21:25:39 chr9 33675629 . A C 951.91 PASS AF=0.5;AO=94;DP=188;FAO=94;FDP=188;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00595655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=323.243;QD=20.2533;RBI=0.00698228;REFB=-6.292e-05;REVB=-0.00364304;RO=93;SAF=54;SAR=40;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423139;STB=0.50543;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=5.80056e-05;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:93:94:94:94:0.5:40:54:53:40:40:54:53:41 chr9 33676094 . C G 1370.83 PASS AF=0.544304;AO=129;DP=237;FAO=129;FDP=237;FR=.;FRO=108;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.0144266;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.9;QD=23.1363;RBI=0.0213949;REFB=-0.0160309;REVB=0.0157992;RO=107;SAF=68;SAR=61;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124679;STB=0.508766;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.014325;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:107:108:129:129:0.544304:61:68:58:49:61:68:59:49 chr9 33794797 . TGA T 55.51 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0472684;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.435;QD=3.52471;RBI=0.0830663;REFB=-0.0219251;REVB=-0.068306;RO=50;SAF=9;SAR=1;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508981;STB=0.854699;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.0619401;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15873:10:65:10:63:53:9:1:29:24:55:50:9:1:27:23 chr9 33794809 . G A 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0544876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3105;QD=3.79127;RBI=0.0580438;REFB=0.0196351;REVB=0.0200048;RO=54;SAF=10;SAR=1;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543766;STB=0.875852;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0221683;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:1:10:28:26:1:10:28:26 chr9 33794812 . G T 60.65 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=65;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0231261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.556;QD=3.67603;RBI=0.0282004;REFB=-0.00644134;REVB=-0.0161383;RO=55;SAF=9;SAR=1;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525916;STB=0.879732;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.071259;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:65:66:55:55:10:11:0.166667:1:9:28:27:1:10:28:27 chr9 33796672 . TG CA 45.98 PASS AF=0.0780488;AO=16;DP=205;FAO=16;FDP=205;FR=.;FRO=189;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=110;FSRR=79;FWDB=0.000374696;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=240.38;QD=0.897139;RBI=0.0171578;REFB=-3.76349e-05;REVB=-0.0171537;RO=185;SAF=11;SAR=5;SRF=108;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124614;STB=0.604181;STBP=0.399;TYPE=mnp;VARB=0.00105284;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:205:205:185:189:16:16:0.0780488:5:11:108:77:5:11:110:79 chr9 33796777 . A G 48.97 PASS AF=0.0794393;AO=17;DP=214;FAO=17;FDP=214;FR=.;FRO=197;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=101;FSRR=96;FWDB=-0.0419299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.737;QD=0.915243;RBI=0.0520861;REFB=-0.00102395;REVB=-0.0309005;RO=195;SAF=9;SAR=8;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130821;STB=0.5154;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0226989;OID=.;OPOS=33796777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:214:214:195:197:17:17:0.0794393:8:9:101:94:8:9:101:96 chr9 33796785 . C G 46.08 PASS AF=0.0788177;AO=14;DP=202;FAO=16;FDP=203;FR=.;FRO=187;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=96;FSRR=91;FWDB=0.0338877;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.011;QD=0.908054;RBI=0.0348701;REFB=-0.00556932;REVB=-0.00821852;RO=188;SAF=8;SAR=6;SRF=97;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604678;STB=0.5123;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0574448;OID=.;OPOS=33796785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:202:203:188:187:14:16:0.0788177:6:8:97:91:8:8:96:91 chr9 33796799 . A T 76.67 PASS AF=0.115152;AO=19;DP=164;FAO=19;FDP=165;FR=.;FRO=146;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.0128789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.648;QD=1.85877;RBI=0.0129854;REFB=-0.00411158;REVB=0.00165986;RO=144;SAF=11;SAR=8;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131187;STB=0.599389;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0377251;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:164:165:144:146:19:19:0.115152:8:11:68:76:8:11:68:78 chr9 33797951 . A C 33.09 PASS AF=0.0857143;AO=8;DP=105;FAO=9;FDP=105;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=25;FWDB=-0.068739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.587;QD=1.26069;RBI=0.0791062;REFB=-0.00451762;REVB=-0.0391502;RO=96;SAF=2;SAR=6;SRF=71;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50737;STB=0.888094;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0369867;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:105:105:96:96:8:9:0.0857143:6:2:71:25:7:2:71:25 chr9 33797962 . A G 41.46 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=99;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=25;FWDB=-0.0553625;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.756;QD=1.6924;RBI=0.0553625;REFB=-0.00867171;REVB=-3.46594e-05;RO=88;SAF=3;SAR=7;SRF=63;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466258;STB=0.827451;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0555271;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:98:88:88:10:10:0.102041:7:3:63:25:7:3:63:25 chr9 33797987 . G T 43.04 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0354306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.816;QD=1.87145;RBI=0.036822;REFB=-0.00418066;REVB=-0.0100267;RO=79;SAF=5;SAR=5;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145881;STB=0.597638;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0391627;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:79:82:10:10:0.108696:5:5:49:30:5:5:50:32 chr9 33797999 . A G 39.22 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0317665;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4721;QD=1.89035;RBI=0.0338219;REFB=-0.00299399;REVB=0.0116108;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612244;STB=0.547841;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0266203;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:84:83:71:74:9:9:0.108434:4:5:43:28:4:5:45:29 chr9 33798016 . CA CG,TG 843.6 PASS AF=0.846154,0.107692;AO=52,7;DP=67;FAO=55,7;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31,3;FSAR=24,4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0160431,0.000260185;FXX=0.0298463;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=95.5085,119.019;QD=51.9136;RBI=0.0278758,0.012484;REFB=-0.0223828,-0.0298891;REVB=0.0227965,0.0124813;RO=3;SAF=29,3;SAR=23,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0575594,0.2378;STB=0.529401,0.636015;STBP=0.09,0.305;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000106368,0.0569862;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:67:65:3:3:52,7:55,7:0.846154,0.107692:23,4:29,3:0:3:24,4:31,3:0:3 chr9 33798037 . T C 37.4 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.015821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.136;QD=2.13726;RBI=0.035682;REFB=-0.00391303;REVB=-0.0319828;RO=62;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381769;STB=0.5285;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0356486;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:4:4:33:29:4:4:33:29 chr9 33798042 . G C 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0213112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.273;QD=1.88969;RBI=0.0351625;REFB=-0.00332769;REVB=0.0279684;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893888;STB=0.573154;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0404911;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:66:67:8:8:0.106667:4:4:38:28:4:4:39:28 chr9 33798075 . T C 71.48 PASS AF=0.171053;AO=13;DP=76;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0236663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.31;QD=3.76193;RBI=0.0314659;REFB=-0.00335356;REVB=-0.0207366;RO=63;SAF=5;SAR=8;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267908;STB=0.675577;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0132076;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:63:63:13:13:0.171053:8:5:38:25:8:5:38:25 chr9 33798596 . T C 96.64 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0038241;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.253;QD=4.89305;RBI=0.0594429;REFB=-0.00280981;REVB=-0.0593198;RO=62;SAF=13;SAR=3;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354094;STB=0.725944;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0120869;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:80:79:62:63:16:16:0.202532:3:13:35:27:3:13:36:27 chr9 33917490 . TTA T,TAA 104.07 PASS AF=0.5,0;AO=6,6;DP=39;FAO=15,0;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.154181,-0.127751;FXX=0.0624805;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=18.2788,12.2158;QD=13.8756;RBI=0.271665,0.130963;REFB=-0.0526668,0.0909257;REVB=0.223674,-0.0288282;RO=21;SAF=1,5;SAR=5,1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.310274,0.518252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0369015,0;OID=.,.;OPOS=33917491,33917491;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:6,6:39:15,0:30:15:4,0:11,0:4:11:97:21:1,5:5,1:8:13 chr9 33919485 . A G 579.32 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.000686447;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3164;QD=16.6712;RBI=0.0030392;REFB=-0.00806753;REVB=0.00296066;RO=77;SAF=36;SAR=25;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136237;STB=0.579656;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0107358;OID=.;OPOS=33919485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:78:61:61:0.438849:25:36:35:42:25:36:35:43 chr9 33927899 . G A 1708.09 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0148008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.254;QD=57.9013;RBI=0.044106;REFB=-0.176569;REVB=0.0415485;RO=2;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160915;STB=0.512603;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00142693;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:118:118:2:3:115:115:0.974576:58:57:0:2:58:57:0:3 chr9 33935736 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0141586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.227;QD=18.8956;RBI=0.0254363;REFB=-0.0130114;REVB=0.0211314;RO=44;SAF=31;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347788;STB=0.694793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0198125;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:10:31:18:26:10:31:18:26 chr9 33971740 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0113051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.46;QD=12.0244;RBI=0.0197034;REFB=0.002867;REVB=-0.0161375;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573752;STB=0.851397;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.004495;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:1:11:10:10:1:11:10:10 chr9 34017106 . C T 677.13 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150217;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.973;QD=60.1896;RBI=0.0175749;REFB=-0.155876;REVB=-0.00912291;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00103418;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr9 34088022 . G GAAAGA 145.11 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206978;FXX=0;HRUN=0;LEN=5;MLLD=319.777;QD=44.6493;RBI=0.0207703;REFB=0;REVB=0.00173337;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.67144e-05;OID=.;OPOS=34088023;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:13:13:13:0:6:7:0:0:4:0:5:7:0:0 chr9 34206206 . G A 528.85 PASS AF=0.52381;AO=51;DP=101;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00821425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.993;QD=20.1465;RBI=0.013415;REFB=-0.0107169;REVB=-0.010606;RO=50;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266778;STB=0.505196;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00952525;OID=.;OPOS=34206206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:50:50:51:55:0.52381:26:25:26:24:27:28:26:24 chr9 34251943 . G C 320.2 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=-0.0736275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1105;QD=27.2506;RBI=0.0909518;REFB=-0.00570184;REVB=-0.0533968;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314365;STB=0.671256;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00143232;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:13:15:18:1:13:15:18:1 chr9 34251952 . G T 91.83 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0251081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1672;QD=8.16272;RBI=0.0891448;REFB=-0.0177489;REVB=-0.0855359;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402297;STB=0.785225;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0373516;OID=.;OPOS=34251952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:45:33:32:11:13:0.288889:2:9:17:16:2:11:16:16 chr9 34252466 . GCTAA G 998.52 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165077;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=4;MLLD=307.279;QD=58.7362;RBI=0.0257141;REFB=0;REVB=0.0197158;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.48099e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:72:68:68:0:36:32:0:0:5:0:32:30:0:0 chr9 34256347 . C T 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0214912;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.369;QD=8.22841;RBI=0.0248028;REFB=-0.00722122;REVB=-0.0123818;RO=36;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254477;STB=0.659075;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0222125;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:3:10:21:15:3:10:21:15 chr9 34257095 . G A 443.33 PASS AF=0.597222;AO=41;DP=70;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00692217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.697;QD=24.6293;RBI=0.0161818;REFB=-0.00891495;REVB=0.0146265;RO=29;SAF=11;SAR=30;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287685;STB=0.648463;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00871099;OID=.;OPOS=34257095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:29:29:41:43:0.597222:30:11:18:11:31:12:18:11 chr9 34310927 . T C,G 1537.19 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=94,4;DP=98;FAO=94,4;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52,4;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161686,-0.000309579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.512,182.598;QD=62.7424;RBI=0.0578749,0.00251254;REFB=0,0;REVB=0.0555705,0.0024934;RO=0;SAF=52,4;SAR=42,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00201086,0.0772824;OID=.,.;OPOS=34310927,34310927;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:98:98:0:0:94,4:94,4:0.959184,0.0408163:42,0:52,4:0:0:42,0:52,4:0:0 chr9 34311195 . G C 194.2 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.0127902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.702;QD=7.39803;RBI=0.0162583;REFB=-0.00755292;REVB=0.0100371;RO=77;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378872;STB=0.522662;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0200744;OID=.;OPOS=34311195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:77:28:28:0.266667:17:11:28:49:17:11:28:49 chr9 34370020 . T A 280.93 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.156052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8542;QD=43.22;RBI=0.196632;REFB=-0.250455;REVB=0.119633;RO=4;SAF=16;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813029;STB=0.51072;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0362757;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:26:26:4:3:22:23:0.884615:6:16:3:1:6:17:2:1 chr9 34372783 . G C 1400.8 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.706;QD=61.5736;RBI=0.0559562;REFB=-0.0705321;REVB=0.0514432;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.505375;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000129233;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:44:46:0:0:44:46:1:0 chr9 34372873 . C G 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.9;QD=58.5958;RBI=0.0113261;REFB=0;REVB=0.0102367;RO=0;SAF=50;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26385e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:14:50:0:0:14:50:0:0 chr9 34372931 . T A 582.14 PASS AF=0.465649;AO=59;DP=129;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.00921979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.626;QD=17.7752;RBI=0.0243136;REFB=-0.023376;REVB=-0.0224977;RO=70;SAF=34;SAR=25;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331496;STB=0.507846;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0262194;OID=.;OPOS=34372931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:70:70:59:61:0.465649:25:34:38:32:27:34:38:32 chr9 34379692 . C T 353.65 PASS AF=0.373913;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.013373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4405;QD=12.301;RBI=0.0197316;REFB=-0.01544;REVB=0.0145087;RO=72;SAF=19;SAR=24;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336288;STB=0.519175;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0255526;OID=.;OPOS=34379692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:72:43:43:0.373913:24:19:34:38:24:19:34:38 chr9 34379720 . G A 383.27 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0797913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1518;QD=14.6007;RBI=0.0903984;REFB=-0.00139594;REVB=0.0424878;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797861;STB=0.548998;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00230224;OID=.;OPOS=34379720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:23:21:24:36:23:21:24:37 chr9 34382726 . A G 769.12 PASS AF=0.461111;AO=80;DP=175;FAO=83;FDP=180;FR=.;FRO=97;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.00980472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8495;QD=17.0916;RBI=0.0515192;REFB=-0.0291399;REVB=-0.0505776;RO=93;SAF=39;SAR=41;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069121;STB=0.50235;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0365184;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:93:97:80:83:0.461111:41:39:46:47:44:39:46:51 chr9 34397545 . A G 370.84 PASS AF=0.306748;AO=50;DP=163;FAO=50;FDP=163;FR=.;FRO=113;FSAF=42;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=28;FWDB=-0.0377435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7784;QD=9.10042;RBI=0.0470432;REFB=-0.00323186;REVB=-0.0280802;RO=113;SAF=42;SAR=8;SRF=85;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165915;STB=0.598058;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00926062;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:113:113:50:50:0.306748:8:42:85:28:8:42:85:28 chr9 34399170 . G A 190.56 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0962319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4887;QD=15.2451;RBI=0.120699;REFB=-0.0081024;REVB=0.0728543;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533689;STB=0.523341;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.017161;OID=.;OPOS=34399170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:6:14:19:10:6:14:20:10 chr9 34500821 . G A 281.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00847438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.942;QD=19.4065;RBI=0.0159279;REFB=-0.0203867;REVB=0.0134864;RO=28;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116572;STB=0.506489;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0185467;OID=.;OPOS=34500821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:20:10:9:19:20:10:9:19 chr9 34521148 . G A 991.96 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268455;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.15;QD=57.5049;RBI=0.0416726;REFB=-0.0509297;REVB=0.0318736;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281644;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:65:69:1:34:31:0:0:35:34:0:0 chr9 34622389 . A C 226.19 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.046377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3704;QD=17.0707;RBI=0.0868264;REFB=-0.01303;REVB=-0.073403;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496955;STB=0.770127;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130277;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:26:28:24:25:0.471698:6:18:5:21:7:18:5:23 chr9 34627983 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0399614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.16;QD=15.5715;RBI=0.0400234;REFB=-0.0276331;REVB=0.00222737;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359136;STB=0.709289;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0366891;OID=.;OPOS=34627983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:4:8:3:8:4:8 chr9 34658652 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0222601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.97;QD=22.3221;RBI=0.0237661;REFB=-0.0204175;REVB=0.00832576;RO=22;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782804;STB=0.55381;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.014696;OID=.;OPOS=34658652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:18:12:11:11:18:12:12:11 chr9 34723744 . C A 283.6 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00095606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0686;QD=23.1514;RBI=0.0254558;REFB=-0.0116683;REVB=0.0254379;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118234;STB=0.512649;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0195525;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:23:26:26:0.530612:14:12:10:11:14:12:10:13 chr9 34723935 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0111768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.531;QD=12.0508;RBI=0.0243842;REFB=0.00472999;REVB=-0.0216718;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.611305;STB=0.868688;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00296523;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:1:8:4:9:1:8:4:9 chr9 34724241 . C A 384.47 PASS AF=0.493976;AO=36;DP=79;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00297292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.138;QD=18.5286;RBI=0.0207563;REFB=-0.0150742;REVB=0.0205423;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145265;STB=0.546044;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0255492;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:41:42:36:41:0.493976:11:25:29:12:14:27:31:11 chr9 34725047 . C T 370.88 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0105693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.402;QD=13.2455;RBI=0.0145978;REFB=-0.00260726;REVB=0.0100691;RO=67;SAF=28;SAR=16;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125785;STB=0.567536;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00399905;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:68:44:44:0.392857:16:28:35:32:16:28:36:32 chr9 34725069 . T A 61.36 PASS AF=0.126214;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=103;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0268061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5407;QD=2.38296;RBI=0.0341329;REFB=-0.00173851;REVB=-0.0211302;RO=89;SAF=9;SAR=4;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168898;STB=0.617038;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0245788;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:103:89:90:13:13:0.126214:4:9:50:39:4:9:51:39 chr9 34726671 . G A 529.23 PASS AF=0.53;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0089429;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.901;QD=21.1691;RBI=0.0364706;REFB=-0.0108061;REVB=0.0353572;RO=46;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715754;STB=0.543554;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0106023;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:46:47:53:53:0.53:24:29:29:17:24:29:30:17 chr9 34834494 . C T 433.21 PASS AF=0.3;AO=57;DP=190;FAO=57;FDP=190;FR=.;FRO=133;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=63;FWDB=0.00264424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.587;QD=9.12014;RBI=0.0500989;REFB=-0.0129589;REVB=-0.0500291;RO=133;SAF=34;SAR=23;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857212;STB=0.55002;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0272559;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:133:133:57:57:0.3:23:34:70:63:23:34:70:63 chr9 34834880 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.29;QD=39.2068;RBI=0.0598861;REFB=0;REVB=0.0526011;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403796;OID=.;OPOS=34834880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr9 34835264 . A G 293.7 PASS AF=0.265432;AO=43;DP=162;FAO=43;FDP=162;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=57;FSRR=62;FWDB=-0.0325138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.038;QD=7.25186;RBI=0.0348883;REFB=-0.00648701;REVB=-0.0126509;RO=119;SAF=19;SAR=24;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461374;STB=0.52746;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0190714;OID=.;OPOS=34835264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:119:119:43:43:0.265432:24:19:57:62:24:19:57:62 chr9 34835273 . A C 284.26 PASS AF=0.266234;AO=41;DP=154;FAO=41;FDP=154;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00699833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.952;QD=7.38333;RBI=0.00822489;REFB=-0.00676135;REVB=0.00432114;RO=98;SAF=19;SAR=22;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547233;STB=0.523632;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0235541;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:98:113:41:41:0.266234:22:19:41:57:22:19:56:57 chr9 34835861 . C G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.754;QD=62.0196;RBI=0.0128389;REFB=0;REVB=0.0127674;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92163e-05;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr9 34978431 . G A 1575.84 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00945279;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.072;QD=58.91;RBI=0.0114435;REFB=0.115272;REVB=0.00644967;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784487;STB=0.504131;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.00017168;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:1:1:106:106:0.990654:46:60:1:0:46:60:1:0 chr9 35107858 . C T 453.59 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.637;QD=54.9804;RBI=0.0286547;REFB=-0.0656699;REVB=-0.00214901;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000135855;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:15:17:0:0:15:17:0:1 chr9 35397703 . GA G 51.25 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0175723;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.961;QD=4.65879;RBI=0.240254;REFB=-0.0409881;REVB=-0.239611;RO=29;SAF=2;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497398;STB=0.817708;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0346715;OID=.;OPOS=35397704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:13:45:15:44:29:2:13:16:13:51:29:2:11:16:13 chr9 35546735 . A G 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.127;QD=64.1526;RBI=0.00732194;REFB=0;REVB=0.00638978;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77577e-05;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chr9 35562549 . G A 292.26 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0300747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.92;QD=27.8339;RBI=0.0301118;REFB=-0.063618;REVB=-0.00149446;RO=16;SAF=20;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30972;STB=0.672125;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0281123;OID=.;OPOS=35562549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:6:20:6:10:6:20:6:10 chr9 35606884 . G A 547.85 PASS AF=0.42446;AO=59;DP=140;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00679719;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.216;QD=15.7654;RBI=0.00896669;REFB=-0.00288428;REVB=0.00584806;RO=78;SAF=30;SAR=29;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442263;STB=0.509514;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00362363;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:78:80:59:59:0.42446:29:30:40:38:29:30:42:38 chr9 35660990 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.517;QD=64.1507;RBI=0.00435286;REFB=0;REVB=0.00395642;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92172e-06;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:17:31:0:0:18:31:0:0 chr9 35663228 . G C 877.25 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367805;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4254;QD=56.597;RBI=0.107425;REFB=-0.119197;REVB=0.100932;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132943;STB=0.506847;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00204183;OID=.;OPOS=35663228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:35:25:0:1:36:25:0:1 chr9 35674053 . G A 769.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.146;QD=55.9421;RBI=0.0296956;REFB=0;REVB=0.0154513;RO=1;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174343;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:30:24:1:0:30:25:0:0 chr9 35704150 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0758232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.203;QD=12.8612;RBI=0.0776224;REFB=-0.00858568;REVB=0.0166154;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00425198;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:3:5:5:2:3:5 chr9 35753170 . C A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0261525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.935;QD=7.81291;RBI=0.0269974;REFB=-0.00659983;REVB=-0.00670116;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206904;STB=0.625734;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0187872;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:17:23:6:9:17:23 chr9 35841783 . G A 962.75 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0740168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.994;QD=53.4862;RBI=0.0821825;REFB=-0.159948;REVB=0.0357138;RO=4;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118587;STB=0.506282;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.005815;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:44:24:1:3:44:24:1:3 chr9 35957355 . G A 385.1 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00376903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.457;QD=17.9115;RBI=0.00575242;REFB=-0.023953;REVB=0.00434566;RO=46;SAF=34;SAR=6;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232626;STB=0.631895;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.027729;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:6:34:32:14:6:34:32:14 chr9 35957669 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0376205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.263;QD=17.6173;RBI=0.0469328;REFB=-0.0191826;REVB=-0.0280604;RO=27;SAF=22;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596917;STB=0.845799;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0486505;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:2:22:12:15:2:22:12:15 chr9 35958047 . T C 310.72 PASS AF=0.55;AO=30;DP=57;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0176279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.158;QD=20.7148;RBI=0.0178532;REFB=-0.0403567;REVB=-0.00282717;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165882;STB=0.58818;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0348559;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:27:27:30:33:0.55:10:20:13:14:11:22:13:14 chr9 36066899 . T C 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0136717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.159;QD=23.1586;RBI=0.0220605;REFB=-0.00802935;REVB=0.0173133;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312499;STB=0.517231;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00494079;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:14:18:12:11:14:18:12:11 chr9 36085307 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00434333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.136;QD=20.5465;RBI=0.0739351;REFB=-0.0266844;REVB=-0.0738074;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120584;STB=0.56784;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0412593;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:13:9:12:10:13:9 chr9 36087876 . G A 608.65 PASS AF=0.492063;AO=57;DP=121;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0555239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.072;QD=19.3222;RBI=0.0599835;REFB=-0.0451755;REVB=0.0226964;RO=64;SAF=39;SAR=18;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303919;STB=0.521899;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0415934;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:126:64:64:57:62:0.492063:18:39:42:22:19:43:42:22 chr9 36141817 . ATTTTT ATTTTA,ATTTTC,ATT,ATTT 346.83 PASS AF=0.0392157,0.156863,0.568627,0.235294;AO=2,3,8,15;DP=53;FAO=2,8,29,12;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,20,11;FSAR=2,8,9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207904,0.00127329,0.046769,0.0777004;FXX=0.0555453;HRUN=14,14,14,14;LEN=1,1,3,2;MLLD=181.514,172.036,9.30554,6.38102;QD=27.2026;RBI=0.0966586,0.132168,0.240866,0.445263;REFB=-0.0154064,-0.0157782,-0.0793445,-0.0894976;REVB=-0.0966362,-0.132162,-0.236281,-0.438431;RO=2;SAF=0,0,7,15;SAR=2,3,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.74993,-0.110633,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,snp,del,del;VARB=0.0868238,0.106212,0.070971,-0.209081;OID=.,.,.,.;OPOS=36141822,36141822,36141818,36141818;OREF=T,T,TTT,TT;OALT=A,C,-,-;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTC,ATT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0392157,0.156863,0.568627,0.235294:2,3,8,15:53:2,8,29,12:51:0:0,0,20,11:2,8,9,1:0:0:48:2:0,0,7,15:2,3,1,0:2:0 chr9 36265475 . A G 240.44 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0206737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.735;QD=12.1741;RBI=0.0282126;REFB=-0.0183427;REVB=-0.0191976;RO=50;SAF=5;SAR=24;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455366;STB=0.765501;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0255848;OID=.;OPOS=36265475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:24:5:27:23:24:5:27:23 chr9 36674842 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.932;QD=62.9826;RBI=0.0560993;REFB=0;REVB=-0.0559758;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356014;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr9 36840623 . G A 305.94 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0953436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.39;QD=20.396;RBI=0.0997948;REFB=-0.0285619;REVB=0.0294721;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332554;STB=0.506892;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0316564;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:21:10:10:18:21:11:10:18 chr9 37429814 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.559;QD=50.134;RBI=0.0399857;REFB=0.0531541;REVB=0.02362;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000599802;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:16:8:0:1:16:8:0:1 chr9 37441808 . A G 754.95 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.946;QD=56.9772;RBI=0.0530041;REFB=0;REVB=0.00460578;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252694;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:35:18:0:0 chr9 37492367 . C T 510.64 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.0110846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.314;QD=18.4015;RBI=0.045;REFB=0.000212716;REVB=-0.0436135;RO=57;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892043;STB=0.549307;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000291073;OID=.;OPOS=37492367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:23:31:38:19:23:31:38:19 chr9 37492679 . G T 624.63 PASS AF=0.474074;AO=63;DP=134;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0111444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.516;QD=18.5077;RBI=0.0119819;REFB=-0.0205571;REVB=-0.00440104;RO=71;SAF=34;SAR=29;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044722;STB=0.520161;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0222046;OID=.;OPOS=37492679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:71:71:63:64:0.474074:29:34:35:36:30:34:35:36 chr9 37493588 . C T 303.19 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.001333;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.096;QD=12.25;RBI=0.015916;REFB=-0.010401;REVB=-0.0158601;RO=62;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922852;STB=0.541378;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0211663;OID=.;OPOS=37493588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:64:35:35:0.353535:17:18:37:25:17:18:37:27 chr9 37500895 . T C 259.25 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0272785;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4137;QD=14.0132;RBI=0.0279661;REFB=-0.00937365;REVB=0.00616314;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134288;STB=0.570982;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0128983;OID=.;OPOS=37500895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:44:30:30:0.405405:13:17:31:14:13:17:30:14 chr9 37501844 . G A 251.38 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0161182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.327;QD=20.5205;RBI=0.016229;REFB=-0.00691037;REVB=0.00189346;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919354;STB=0.55156;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00729056;OID=.;OPOS=37501844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:17:8:10:14:17:8 chr9 37503087 . G A 535.76 PASS AF=0.495652;AO=53;DP=113;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.019746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8523;QD=18.6351;RBI=0.0413891;REFB=-0.00193705;REVB=0.0363752;RO=58;SAF=34;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105631;STB=0.541507;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00244461;OID=.;OPOS=37503087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:58:58:53:57:0.495652:19:34:31:27:22:35:31:27 chr9 37503124 . G A 1453.96 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8568;QD=63.2157;RBI=0.0762771;REFB=0;REVB=0.00206509;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396821;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:38:49:0:0:38:54:0:0 chr9 37537557 . G A 77.63 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0921143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1829;QD=14.1142;RBI=0.0973337;REFB=-0.0223604;REVB=-0.0314453;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680073;STB=0.899199;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.035293;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:2:10:1:9:2:10 chr9 37661858 . C A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0139038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.386;QD=23.1237;RBI=0.0190847;REFB=-0.00285214;REVB=0.0130733;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430482;STB=0.523794;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00249806;OID=.;OPOS=37661858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:12:10:12:18:12:10 chr9 37692654 . A C 566.51 PASS AF=0.483607;AO=58;DP=121;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=21;FWDB=-0.00724413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.703;QD=18.5742;RBI=0.0175038;REFB=-0.00310953;REVB=0.0159344;RO=62;SAF=34;SAR=24;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733175;STB=0.548483;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00373001;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:62:63:58:59:0.483607:24:34:41:21:25:34:42:21 chr9 37707441 . G A 331.98 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.012708;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.389;QD=18.4433;RBI=0.0227893;REFB=-0.021522;REVB=-0.0189171;RO=37;SAF=27;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115474;STB=0.564814;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0240665;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:8:27:25:12:8:27:25:12 chr9 37729786 . C T 725.57 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.024295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.09;QD=18.4858;RBI=0.0343617;REFB=-0.00556198;REVB=-0.0242998;RO=81;SAF=38;SAR=38;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519103;STB=0.528655;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00638374;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:81:76:76:0.484076:38:38:45:36:38:38:45:36 chr9 37974743 . T C 1951.02 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.178;QD=61.9371;RBI=0.0120111;REFB=0;REVB=0.0114728;RO=0;SAF=71;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62912e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:54:71:0:0:55:71:0:0 chr9 38395928 . C T 655.11 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00271807;FXX=0.0476153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.25;QD=21.8369;RBI=0.00606698;REFB=0.0010903;REVB=0.00542405;RO=51;SAF=41;SAR=23;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12698;STB=0.576815;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000748142;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:120:51:56:64:64:0.533333:23:41:25:26:23:41:27:29 chr9 38395940 . T C 1583.79 PASS AF=0.981651;AO=86;DP=124;FAO=107;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0789807;FXX=0.120958;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1566;QD=58.1207;RBI=0.10237;REFB=-0.1185;REVB=0.0651288;RO=0;SAF=66;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94995e-08;STB=0.512498;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00553203;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:124:109:0:2:86:107:0.981651:20:66:0:0:39:68:0:2 chr9 38396002 . C T 533.68 PASS AF=0.514019;AO=54;DP=106;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0399623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1447;QD=19.9505;RBI=0.0399673;REFB=-0.0310624;REVB=0.000629678;RO=50;SAF=27;SAR=27;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872828;STB=0.551753;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0301371;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:50:52:54:55:0.514019:27:27:30:20:27:28:32:20 chr9 38396065 . G T 390.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0165103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6861;QD=19.0432;RBI=0.0709595;REFB=-0.0113114;REVB=0.0690121;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153829;STB=0.585413;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0114707;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:15:27:19:21:15:27 chr9 38396502 . G A 1080.48 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9511;QD=60.0268;RBI=0.0129238;REFB=0;REVB=0.00718246;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57278e-05;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr9 38397355 . G C 255.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.912;QD=51.0855;RBI=0.101305;REFB=0;REVB=0.1009;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522813;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr9 38397915 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.083322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.44;QD=10.8236;RBI=0.085074;REFB=-0.006335;REVB=-0.0171767;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576772;STB=0.824976;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0319781;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:1:22:5:7:1:22 chr9 38398150 . G C 532.86 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=14;FWDB=0.00191589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.832;QD=19.7354;RBI=0.0229924;REFB=-0.0144088;REVB=0.0229124;RO=53;SAF=31;SAR=24;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15988;STB=0.587793;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.010897;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:24:31:39:14:24:31:39:14 chr9 38528531 . T C 1206.4 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=3.55796e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.543;QD=57.4478;RBI=0.0350667;REFB=-0.028313;REVB=0.0350667;RO=3;SAF=47;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292658;STB=0.51546;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0025687;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:34:47:3:0:34:47:3:0 chr9 38588602 . T C 203.33 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00439795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.763;QD=14.2685;RBI=0.00928507;REFB=-0.0241774;REVB=0.00817744;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531483;STB=0.522369;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0472096;OID=.;OPOS=38588602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:15:17:14:10:15:18 chr9 38595886 . T C 425.93 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=0.00110854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8455;QD=16.8687;RBI=0.00128411;REFB=-0.0351541;REVB=0.000648138;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195151;STB=0.602717;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0243371;OID=.;OPOS=38595886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:45:46:0.455446:19:26:42:13:19:27:42:13 chr9 38603140 . A AT 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0243532;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=286.498;QD=7.07585;RBI=0.0246495;REFB=-0.00217209;REVB=0.00381088;RO=54;SAF=5;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322993;STB=0.697669;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=0.00641561;OID=.;OPOS=38603141;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274:19:73:19:73:54:5:14:28:26:99:54:5:14:28:26 chr9 39103743 . C T 474.07 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0141427;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.736;QD=20.6117;RBI=0.0228732;REFB=-0.0057018;REVB=0.0179769;RO=46;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00581039;OID=.;OPOS=39103743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:17:29:29:17:17:29:29:17 chr9 39118196 . C A 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0968;QD=53.2734;RBI=0.0946506;REFB=0;REVB=0.0685808;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334891;OID=.;OPOS=39118196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr9 39118205 . G T 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.378;QD=53.9059;RBI=0.0383462;REFB=0;REVB=-0.0341844;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114179;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr9 39118207 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4938;QD=53.9081;RBI=0.0225942;REFB=0;REVB=-0.0206001;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719357;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr9 39287976 . C T 503.74 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.202527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.964;QD=50.3741;RBI=0.203205;REFB=0.00029481;REVB=-0.0165812;RO=4;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644708;STB=0.534464;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00110057;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:36:36:0.9:27:9:0:4:27:9:0:4 chr9 40503085 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.895;QD=60.9779;RBI=0.0124172;REFB=0;REVB=0.00801194;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16434e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr9 40784182 . TA T,TG 886.39 PASS AF=0.031746,0.952381;AO=11,51;DP=63;FAO=2,60;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=1,32;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0705671,0.0728035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.191,176.236;QD=56.2784;RBI=0.0724605,0.0747541;REFB=-0.0335552,-0.0633794;REVB=0.0164565,0.0169656;RO=1;SAF=9,23;SAR=2,28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177567,0.0165215;STB=0.665164,0.508769;STBP=0.662,0.328;TYPE=del,snp;VARB=0.00591242,0.000408577;OID=.,.;OPOS=40784183,40784183;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.031746,0.952381:11,51:63:2,60:63:1:1,32:1,28:0:1:4:1:9,23:2,28:0:1 chr9 43685298 . G T 164.92 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0118045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0707;QD=9.70117;RBI=0.0295015;REFB=-0.00740867;REVB=-0.0270369;RO=46;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110631;STB=0.564461;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0179479;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:15:7:11:35:15:7:11:35 chr9 43685357 . C A 227.48 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.0233467;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.577;QD=17.8413;RBI=0.0237972;REFB=-0.00713204;REVB=0.00460825;RO=25;SAF=2;SAR=22;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184113;STB=0.538429;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00645731;OID=.;OPOS=43685357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:26:24:25:0.490196:22:2:4:21:22:3:4:22 chr9 43709732 . G A 52.28 PASS AF=0.160714;AO=8;DP=58;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00158198;FXX=0.0508388;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.144;QD=3.73402;RBI=0.0114485;REFB=-0.00188008;REVB=-0.0113386;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160255;STB=0.641724;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0105318;OID=.;OPOS=43709732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:58:56:46:47:8:9:0.160714:4:4:29:17:5:4:29:18 chr9 43818062 . T A 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00565277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.969;QD=53.9358;RBI=0.0205594;REFB=-0.156538;REVB=0.019767;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.001135;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:0:1:9:21:0:1 chr9 43822686 . C A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0702795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.106;QD=19.6458;RBI=0.0703435;REFB=-0.024785;REVB=0.00299958;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0184363;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:4:4:4:7:4:4 chr9 43822704 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0459807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.587;QD=19.6461;RBI=0.0506906;REFB=0.00439921;REVB=0.0213379;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.000640246;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:4:4:4:7:4:4 chr9 43822762 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0388112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.566;QD=13.9591;RBI=0.0401887;REFB=0.00983063;REVB=-0.0104318;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0100759;OID=.;OPOS=43822762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr9 66457019 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0331704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.195;QD=6.929;RBI=0.0331836;REFB=-0.0135988;REVB=-0.00093628;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800118;STB=0.551548;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0208322;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:9:6:2:4:9:6 chr9 66457027 . T A 45.97 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0203552;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.454;QD=7.99551;RBI=0.0457372;REFB=-0.00543935;REVB=-0.040958;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112483;STB=0.571216;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0600234;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:10:6:2:5:10:6 chr9 66457051 . G C 35.2 PASS AF=0.148148;AO=4;DP=30;FAO=4;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0723462;FXX=0.0999667;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7708;QD=5.21451;RBI=0.0791112;REFB=-0.00583012;REVB=0.0320094;RO=21;SAF=2;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254429;STB=0.679218;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0474443;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:30:27:21:21:4:4:0.148148:2:2:15:6:2:2:15:6 chr9 66457127 . G A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.023834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.628;QD=3.33867;RBI=0.0363;REFB=0.000656304;REVB=-0.0273794;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541173;STB=0.538337;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00888176;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:24:10:2:4:24:10 chr9 66457253 . A C 41.0 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0067195;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.354;QD=11.7153;RBI=0.0128016;REFB=-0.0253687;REVB=0.0108963;RO=7;SAF=4;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668993;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0407665;OID=.;OPOS=66457253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:14:7:8:4:6:0.428571:0:4:5:2:2:4:6:2 chr9 66457440 . A G 56.52 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=21;FWDB=0.00716009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.616;QD=2.3799;RBI=0.0136704;REFB=-0.00715747;REVB=0.0116453;RO=80;SAF=2;SAR=10;SRF=61;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645394;STB=0.911191;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0339971;OID=.;OPOS=66457440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:80:83:12:12:0.126316:10:2:61:19:10:2:62:21 chr9 66457451 . T C 106.14 PASS AF=0.18;AO=18;DP=98;FAO=18;FDP=100;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=-0.0374137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5679;QD=4.24565;RBI=0.038448;REFB=0.00304442;REVB=-0.00885822;RO=80;SAF=3;SAR=15;SRF=57;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624291;STB=0.886271;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00443807;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:80:82:18:18:0.18:15:3:57:23:15:3:58:24 chr9 66457460 . G A 53.97 PASS AF=0.116505;AO=12;DP=103;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=61;FSRR=30;FWDB=-0.0121713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.118;QD=2.09588;RBI=0.0209126;REFB=-0.00466623;REVB=-0.0170058;RO=91;SAF=1;SAR=11;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644754;STB=0.942687;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0506065;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:103:103:91:91:12:12:0.116505:11:1:61:30:11:1:61:30 chr9 66457465 . T G 201.67 PASS AF=0.277228;AO=29;DP=102;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=0.00207824;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.709;QD=7.9868;RBI=0.0151947;REFB=-0.00446057;REVB=-0.0150519;RO=72;SAF=11;SAR=18;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335362;STB=0.716456;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0187568;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:72:73:29:28:0.277228:18:11:48:24:18:10:49:24 chr9 66457480 . G A 113.8 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0296333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0198;QD=4.21475;RBI=0.0919423;REFB=-0.000590312;REVB=0.0870359;RO=88;SAF=6;SAR=14;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323579;STB=0.707515;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00615315;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:88:20:20:0.185185:14:6:49:39:14:6:49:39 chr9 66457498 . G T 55.2 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0225962;FXX=0.0872947;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.382;QD=1.9201;RBI=0.0646776;REFB=-0.00762098;REVB=-0.060602;RO=79;SAF=1;SAR=12;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.648915;STB=0.913295;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.068146;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:125:115:79:102:13:13:0.113043:12:1:50:29:12:1:53:49 chr9 66457549 . A T 35.65 PASS AF=0.0754717;AO=12;DP=169;FAO=12;FDP=159;FR=.;FRO=147;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0323781;FXX=0.0591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.103;QD=0.896938;RBI=0.0529066;REFB=-0.00172551;REVB=-0.0418421;RO=143;SAF=4;SAR=8;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146313;STB=0.617191;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0357433;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:169:159:143:147:12:12:0.0754717:8:4:66:77:8:4:67:80 chr9 66457562 . C T 47.73 PASS AF=0.0828025;AO=11;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=142;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.0154859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.507;QD=1.21611;RBI=0.0383386;REFB=-0.00730449;REVB=-0.0350718;RO=114;SAF=5;SAR=6;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119604;STB=0.529544;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0578986;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:157:157:114:142:11:13:0.0828025:6:5:53:61:7:6:61:81 chr9 66457585 . G T 52.98 PASS AF=0.101449;AO=14;DP=138;FAO=14;FDP=138;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=-0.0285414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.275;QD=1.53577;RBI=0.0285494;REFB=-0.00326395;REVB=0.000672511;RO=123;SAF=10;SAR=4;SRF=51;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348494;STB=0.759021;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0281899;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:138:123:124:14:14:0.101449:4:10:51:72:4:10:51:73 chr9 66457588 . T C 96.59 PASS AF=0.144928;AO=20;DP=137;FAO=20;FDP=138;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0288825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.006;QD=2.79977;RBI=0.0294948;REFB=-0.00260507;REVB=-0.00597887;RO=113;SAF=8;SAR=12;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08858;STB=0.542983;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.016147;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:137:138:113:118:20:20:0.144928:12:8:53:60:12:8:53:65 chr9 66457594 . AG GA,GG 1096.99 PASS AF=0,0.737705;AO=5,81;DP=119;FAO=0,90;FDP=122;FR=.;FRO=32;FSAF=0,35;FSAR=0,55;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0389412,-0.0121486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=59.9723,244.402;QD=35.9667;RBI=0.0824051,0.0355607;REFB=0.0211637,-0.0334133;REVB=-0.0726235,0.0334212;RO=32;SAF=0,35;SAR=5,46;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663451,-0.0693636;STB=0.5,0.546894;STBP=1,0.092;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0126485;OID=.,.;OPOS=66457594,66457594;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:119:122:32:32:5,81:0,90:0,0.737705:5,46:0,35:18:14:0,55:0,35:18:14 chr9 66457628 . G A 41.17 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.0876098;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3906;QD=1.71543;RBI=0.0882187;REFB=-0.00910812;REVB=-0.0103473;RO=83;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108199;STB=0.583171;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0970335;OID=.;OPOS=66457628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:95:96:83:86:10:10:0.104167:5:5:34:49:5:5:35:51 chr9 66457653 . G A 74.37 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.04233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.527;QD=3.3423;RBI=0.0489258;REFB=-0.00515468;REVB=-0.0245338;RO=75;SAF=4;SAR=10;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140279;STB=0.595525;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0266311;OID=.;OPOS=66457653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:75:75:14:14:0.157303:10:4:29:46:10:4:29:46 chr9 66458150 . C T 101.33 PASS AF=0.130435;AO=22;DP=181;FAO=24;FDP=184;FR=.;FRO=160;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=81;FSRR=79;FWDB=-0.0271831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.432;QD=2.20278;RBI=0.0329973;REFB=-0.00573237;REVB=-0.0187055;RO=153;SAF=16;SAR=6;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271827;STB=0.641946;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0379407;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:184:153:160:22:24:0.130435:6:16:79:74:8:16:81:79 chr9 66458154 . A AC 79.25 PASS AF=0.180328;AO=34;DP=191;FAO=33;FDP=183;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=0.0290514;FXX=0.0418826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6148;QD=1.7322;RBI=0.029203;REFB=-0.000295655;REVB=0.00297195;RO=152;SAF=16;SAR=18;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071473;STB=0.59428;STBP=0.275;TYPE=ins;VARB=-0.00647736;OID=.;OPOS=66458155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:34:191:33:183:150:14:19:81:69:79:152:16:18:80:72 chr9 66458182 . AA AG,GG 90.45 PASS AF=0.0788177,0.044335;AO=16,9;DP=204;FAO=16,9;FDP=203;FR=.;FRO=178;FSAF=7,1;FSAR=9,8;FSRF=91;FSRR=87;FWDB=0.0636775,0.000455675;FXX=0.00490172;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=55.858,235.547;QD=1.78221;RBI=0.0657341,0.017689;REFB=0.0013985,-0.0019495;REVB=0.0163138,-0.0176832;RO=175;SAF=7,1;SAR=9,8;SRF=90;SRR=85;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0881845,-0.381234;STB=0.567483,0.884814;STBP=0.563,0.027;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0114918,0.0194629;OID=.,.;OPOS=66458183,66458182;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:204:203:175:178:16,9:16,9:0.0788177,0.044335:9,8:7,1:90:85:9,8:7,1:91:87 chr9 66458195 . TC GA,GC 284.81 PASS AF=0.0552764,0.180905;AO=11,36;DP=200;FAO=11,36;FDP=199;FR=.;FRO=152;FSAF=5,15;FSAR=6,21;FSRF=77;FSRR=75;FWDB=-0.0299512,-0.0225455;FXX=0.00499975;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=153.731,69.4273;QD=5.72482;RBI=0.029952,0.0230479;REFB=-0.00102277,-0.00741552;REVB=0.000211237,-0.00478593;RO=146;SAF=5,15;SAR=6,21;SRF=73;SRR=73;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0490818,-0.107238;STB=0.548407,0.572913;STBP=0.778,0.341;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0224789,0.0186371;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:200:199:146:152:11,36:11,36:0.0552764,0.180905:6,21:5,15:73:73:6,21:5,15:77:75 chr9 66458231 . GCC GC,GCG 864.01 PASS AF=0.646154,0.0230769;AO=69,8;DP=138;FAO=84,3;FDP=130;FR=.;FRO=43;FSAF=44,1;FSAR=40,2;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00136156,0.0328131;FXX=0.121613;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.9397,16.4932;QD=26.5848;RBI=0.0324658,0.0543242;REFB=-0.0856671,-0.0622417;REVB=-0.0324372,-0.0432945;RO=42;SAF=37,1;SAR=32,7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0585243,-0.451402;STB=0.52773,0.605338;STBP=0.392,0.715;TYPE=del,snp;VARB=0.0414606,0.032393;OID=.,.;OPOS=66458232,66458233;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.646154,0.0230769:69,8:138:84,3:130:43:44,1:40,2:19:24:99:42:37,1:32,7:19:23 chr9 66458240 . G A 37.46 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=145;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.027223;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.299;QD=1.04044;RBI=0.0286092;REFB=-0.00412149;REVB=-0.00879754;RO=122;SAF=7;SAR=5;SRF=48;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217889;STB=0.642628;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0513041;OID=.;OPOS=66458240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:145:144:122:132:12:12:0.0833333:5:7:48:74:5:7:56:76 chr9 66499220 . C T 212.04 PASS AF=0.285714;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=98;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0136631;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.055;QD=8.65467;RBI=0.019471;REFB=0.00460363;REVB=0.0138722;RO=69;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168171;STB=0.505121;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0129354;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:69:70:28:28:0.285714:15:13:33:36:15:13:33:37 chr9 66499690 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0258091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.331;QD=6.57359;RBI=0.0274178;REFB=0.00318598;REVB=-0.00925334;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442109;STB=0.774851;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0212234;OID=.;OPOS=66499690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:5:1:8:7:5:1:8:8 chr9 68415338 . A C 115.47 PASS AF=0.150327;AO=23;DP=153;FAO=23;FDP=153;FR=.;FRO=130;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=86;FWDB=-0.048441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2831;QD=3.01892;RBI=0.0571689;REFB=0.000802454;REVB=0.0303604;RO=130;SAF=6;SAR=17;SRF=44;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116515;STB=0.578947;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00242952;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:130:130:23:23:0.150327:17:6:44:86:17:6:44:86 chr9 68415366 . A T 33.69 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=58;FWDB=0.0147651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.019;QD=1.3084;RBI=0.0172581;REFB=-0.0045789;REVB=-0.00893492;RO=89;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383135;STB=0.816849;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0391202;OID=.;OPOS=68415366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:100:103:89:94:9:9:0.0873786:8:1:35:54:8:1:36:58 chr9 68415386 . G A 195.54 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00981713;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0795;QD=9.77682;RBI=0.0284809;REFB=-0.0210894;REVB=-0.0267355;RO=57;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409199;STB=0.519803;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0588279;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:57:55:25:25:0.3125:17:8:20:37:17:8:19:36 chr9 68415387 . GA AT,GT 441.14 PASS AF=0.0649351,0.506494;AO=5,39;DP=77;FAO=5,39;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=1,15;FSAR=4,24;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0558227,-0.0449132;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=86.9396,162.087;QD=22.9161;RBI=0.0560542,0.0464578;REFB=-0.00544982,-0.0206008;REVB=-0.00508816,0.0118797;RO=33;SAF=1,15;SAR=4,24;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.19078,0.0455327;STB=0.647991,0.525101;STBP=0.609,0.679;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0490835,0.0171426;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:77:33:33:5,39:5,39:0.0649351,0.506494:4,24:1,15:11:22:4,24:1,15:11:22 chr9 69002294 . C T 69.59 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0425783;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.042;QD=5.92287;RBI=0.0427808;REFB=-0.0104153;REVB=-0.0041581;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993311;STB=0.563514;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0249395;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:25:12:4:6:25:12 chr9 69002304 . C A 80.85 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0133912;FXX=0.0701631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9781;QD=6.10216;RBI=0.0205652;REFB=-0.00854865;REVB=-0.0156078;RO=41;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436912;STB=0.50703;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.014882;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:57:53:41:41:12:12:0.226415:4:8:26:15:4:8:27:14 chr9 69002317 . T C 113.92 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0205996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.518;QD=6.90439;RBI=0.0263095;REFB=-0.0131277;REVB=-0.016366;RO=48;SAF=10;SAR=7;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100674;STB=0.566779;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0420048;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:7:10:32:16:7:10:33:16 chr9 71396746 . A G 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0137746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.506;QD=12.6368;RBI=0.0157067;REFB=-0.00608807;REVB=-0.00754725;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164083;STB=0.596268;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0108578;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:13:8:7:6:13:8 chr9 71397734 . A G 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.018358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.271;QD=13.9471;RBI=0.0248061;REFB=-0.000960703;REVB=-0.0166831;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101589;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00222078;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:15:12:6:11:15:12 chr9 71397747 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0734218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.418;QD=7.46497;RBI=0.0735626;REFB=0.00316263;REVB=0.00454906;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220682;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00474049;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:8:9:5:2:8:9 chr9 71628207 . G C 200.37 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00105844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.732;QD=13.5846;RBI=0.00989462;REFB=-0.0117272;REVB=0.00983785;RO=35;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20116;STB=0.590758;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0152538;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:23:24:0.40678:6:17:20:15:7:17:20:15 chr9 71841018 . A G 490.94 PASS AF=0.5;AO=51;DP=102;FAO=51;FDP=102;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0291234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.69;QD=19.2527;RBI=0.0294804;REFB=-0.0142398;REVB=0.00457413;RO=51;SAF=26;SAR=25;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885061;STB=0.548925;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0119855;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:51:51:51:51:0.5:25:26:21:30:25:26:21:30 chr9 71843023 . C A 184.01 PASS AF=0.366197;AO=19;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0870374;FXX=0.013887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.0446;QD=10.3668;RBI=0.0879503;REFB=-0.0520766;REVB=-0.012639;RO=33;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121719;STB=0.539444;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0830085;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:33:45:19:26:0.366197:9:10:17:16:12:14:27:18 chr9 71851893 . GC CG,G 153.32 PASS AF=0,0.474359;AO=5,35;DP=77;FAO=0,37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=0,17;FSAR=0,20;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=-0.0624408,-0.179236;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=61.4195,11.1673;QD=7.86265;RBI=0.218921,0.194313;REFB=-0.0213707,-0.159145;REVB=-0.209827,-0.0750453;RO=28;SAF=0,20;SAR=5,15;SRF=24;SRR=4;SSEN=0,0.209302;SSEP=0,0;SSSB=-0.800581,-0.246193;STB=0.5,0.67742;STBP=1,0.01;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.125126;OID=.,.;OPOS=71851893,71851894;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:77:78:28:41:5,35:0,37:0,0.474359:5,15:0,20:24:4:0,20:0,17:33:8 chr9 71862975 . C T 559.69 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00943802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.119;QD=19.1347;RBI=0.0178534;REFB=-0.0135753;REVB=0.0151548;RO=59;SAF=36;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584443;STB=0.532336;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0139994;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:22:36:33:26:22:36:33:26 chr9 71862987 . G A 549.67 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00864469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.189;QD=19.2866;RBI=0.00886373;REFB=-0.00511166;REVB=-0.00195832;RO=57;SAF=35;SAR=22;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818966;STB=0.545294;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00508306;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:22:35:30:27:22:35:30:27 chr9 71986315 . T C 527.29 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0195647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.362;QD=27.3915;RBI=0.0195822;REFB=-0.0357381;REVB=0.000827557;RO=29;SAF=31;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334915;STB=0.518223;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0141597;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:29:48:48:0.623377:17:31:20:9:17:31:20:9 chr9 72071197 . T A 337.88 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.00707677;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3372;QD=12.2867;RBI=0.0289664;REFB=-0.011603;REVB=0.0280887;RO=67;SAF=24;SAR=17;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642068;STB=0.53418;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0398056;OID=.;OPOS=72071197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:69:41:41:0.372727:17:24:43:24:17:24:44:25 chr9 72131577 . A C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0329829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.977;QD=11.4912;RBI=0.0378224;REFB=-0.0055442;REVB=0.0185111;RO=32;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108509;STB=0.564434;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00762902;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:10:6:15:17:10:6:15:17 chr9 72373624 . A G 2385.83 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.247;QD=61.1751;RBI=0.0235397;REFB=0;REVB=0.014302;RO=0;SAF=66;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.55173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17158e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:90:66:0:0:90:66:0:0 chr9 72741312 . G A 815.63 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.396;QD=57.2372;RBI=0.0599754;REFB=0;REVB=0.0516127;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527935;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr9 72833310 . T C 541.97 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0185113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8736;QD=19.708;RBI=0.0280291;REFB=-0.0107401;REVB=-0.0210466;RO=53;SAF=28;SAR=28;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749068;STB=0.536351;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00804088;OID=.;OPOS=72833310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:54:56:56:0.509091:28:28:31:22:28:28:31:23 chr9 72841360 . A T 664.53 PASS AF=0.934783;AO=37;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00744941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.2557;QD=57.7857;RBI=0.0481032;REFB=-0.080967;REVB=0.0475229;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0187517;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:37:43:0.934783:19:18:0:1:22:21:0:1 chr9 72897434 . G A 1343.09 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310169;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6582;QD=62.4695;RBI=0.0326633;REFB=0;REVB=-0.0102396;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021833;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr9 73150873 . T G 52.77 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0266618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6067;QD=7.03606;RBI=0.0533658;REFB=-0.0130237;REVB=0.0462283;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306466;STB=0.695912;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0684741;OID=.;OPOS=73150873;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:11:11:6:2:11:11 chr9 73150918 . C T 101.79 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00357401;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.427;QD=5.81675;RBI=0.0169403;REFB=-0.00984003;REVB=0.016559;RO=55;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101569;STB=0.557072;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0253844;OID=.;OPOS=73150918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:55:54:16:16:0.228571:8:8:23:32:8:8:23:31 chr9 73150984 . C T 960.38 PASS AF=0.651163;AO=80;DP=127;FAO=84;FDP=129;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0100243;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5291;QD=29.7792;RBI=0.0246982;REFB=0.00804164;REVB=0.0225724;RO=45;SAF=32;SAR=48;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075755;STB=0.5335;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00338435;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:45:45:80:84:0.651163:48:32:23:22:49:35:23:22 chr9 73151715 . C T 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.226;QD=59.6735;RBI=0.0127678;REFB=0;REVB=-0.00881454;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39026e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr9 73151970 . C T 357.91 PASS AF=0.383929;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=112;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0091231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.933;QD=12.7823;RBI=0.0156412;REFB=-0.0047528;REVB=-0.012705;RO=69;SAF=26;SAR=17;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184033;STB=0.604602;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00788065;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:69:69:43:43:0.383929:17:26:30:39:17:26:30:39 chr9 73461337 . T A 1717.19 PASS AF=1;AO=109;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.891;QD=60.2522;RBI=0.0826933;REFB=0;REVB=0.0410901;RO=0;SAF=71;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459072;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:109:114:1:38:71:0:0:38:76:0:0 chr9 74305098 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.0210583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.905;QD=12.5695;RBI=0.0214478;REFB=-0.00490661;REVB=0.00406928;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548269;STB=0.811273;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00966766;OID=.;OPOS=74305098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:23:3:10:5:23:3 chr9 74834384 . C T 152.2 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00690149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.87;QD=10.6806;RBI=0.00815979;REFB=-0.00977138;REVB=-0.00435335;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123201;STB=0.597597;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0146851;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:37:19:19:0.333333:7:12:15:14:7:12:18:19 chr9 74846104 . A G 422.71 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00249994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.143;QD=14.9631;RBI=0.007557;REFB=-0.00653398;REVB=-0.00713152;RO=65;SAF=27;SAR=21;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392399;STB=0.522025;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00616712;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:21:27:39:26:21:27:39:26 chr9 74969864 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0414071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0888;QD=17.4275;RBI=0.0474785;REFB=-0.00350404;REVB=0.0232306;RO=23;SAF=16;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160026;STB=0.592485;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00713192;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:3:16:17:6:3:16:17:6 chr9 74975136 . T C 1255.19 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0458331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4919;QD=59.0676;RBI=0.05263;REFB=-0.168431;REVB=0.0258698;RO=2;SAF=45;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189174;STB=0.500999;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00875327;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:38:45:1:1:38:45:1:1 chr9 74979391 . G C 244.72 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0106157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.768;QD=13.4093;RBI=0.0255369;REFB=-0.0204255;REVB=0.0232259;RO=44;SAF=16;SAR=12;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097327;STB=0.566267;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0329211;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:28:29:0.39726:12:16:29:15:13:16:29:15 chr9 75303653 . C T 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0220025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.47;QD=22.9822;RBI=0.0232614;REFB=-0.0171473;REVB=0.00754856;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325547;STB=0.536557;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0137581;OID=.;OPOS=75303653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:22:25:25:0.531915:11:14:12:8:11:14:14:8 chr9 75315438 . G A 268.89 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=46;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0071655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.525;QD=21.9498;RBI=0.0331993;REFB=-0.0332767;REVB=0.0324168;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769398;STB=0.531123;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0321531;OID=.;OPOS=75315438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:24:24:22:25:0.510204:11:11:10:14:13:12:10:14 chr9 77257346 . G A 217.5 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00987332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.49;QD=11.4475;RBI=0.0255704;REFB=0.00333285;REVB=0.0235873;RO=49;SAF=16;SAR=11;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203758;STB=0.617674;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00514266;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:11:16:20:29:11:16:20:29 chr9 77376647 . T C 544.57 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.000207105;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.699;QD=18.4601;RBI=0.00215322;REFB=-0.013842;REVB=-0.00214324;RO=60;SAF=37;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174385;STB=0.593062;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0182135;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:61:57:57:0.483051:20:37:28:32:20:37:29:32 chr9 77377410 . C T 294.43 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0169413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.878;QD=17.578;RBI=0.0264333;REFB=0.00520523;REVB=-0.0202906;RO=34;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153991;STB=0.584363;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00537673;OID=.;OPOS=77377410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:34:35:31:32:0.477612:14:17:13:21:14:18:14:21 chr9 77391060 . T C 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00888015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.802;QD=26.4613;RBI=0.0138913;REFB=-0.0304242;REVB=-0.0106823;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161208;STB=0.508922;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0206987;OID=.;OPOS=77391060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:10:8:11:15:10:8 chr9 77397519 . T C 471.16 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.00835943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.749;QD=14.4973;RBI=0.023973;REFB=-0.00689437;REVB=0.0224683;RO=77;SAF=24;SAR=29;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177914;STB=0.599963;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0182687;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:77:53:53:0.407692:29:24:48:29:29:24:48:29 chr9 77407636 . C T 684.17 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.000995051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.445;QD=23.3903;RBI=0.0162438;REFB=-0.00317571;REVB=-0.0162133;RO=51;SAF=40;SAR=26;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310256;STB=0.516958;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00264907;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:51:66:66:0.564103:26:40:29:22:26:40:29:22 chr9 77415000 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.816;QD=54.5175;RBI=0.0352684;REFB=0;REVB=9.05825e-05;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313312;OID=.;OPOS=77415000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr9 77415284 . A C 1778.39 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=120;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00237817;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.991;QD=59.2797;RBI=0.00371734;REFB=-0.095203;REVB=0.00285708;RO=2;SAF=73;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128333;STB=0.506666;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000140187;OID=.;OPOS=77415284;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:120:2:2:117:118:0.983333:44:73:2:0:44:74:2:0 chr9 77416972 . C T 333.15 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0541346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3964;QD=12.1144;RBI=0.0551766;REFB=0.00299263;REVB=0.0106725;RO=69;SAF=23;SAR=18;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047346;STB=0.502701;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00629909;OID=.;OPOS=77416972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:18:23:39:30:18:23:39:30 chr9 77472604 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.000835122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.907;QD=16.8229;RBI=0.00771382;REFB=-0.00936338;REVB=0.00766848;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00613727;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr9 77563087 . C T 791.34 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516314;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.393;QD=64.5995;RBI=0.0657725;REFB=0;REVB=-0.0407458;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86556e-05;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr9 77684690 . A C 927.54 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0465369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3553;QD=53.7703;RBI=0.0755736;REFB=-0.0707001;REVB=0.0595456;RO=4;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554684;STB=0.521733;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00947805;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:4:3:65:66:0.956522:32:33:0:4:33:33:0:3 chr9 78790153 . A G 203.63 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0620966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6383;QD=38.7875;RBI=0.0730192;REFB=-0.0182619;REVB=0.0384164;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.551665;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0318905;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:21:1:3:18:18:0.857143:12:6:0:1:12:6:2:1 chr9 78790157 . G C 71.8 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.14458;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.29;QD=15.1168;RBI=0.145147;REFB=-0.00211766;REVB=0.0128277;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0169541;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr9 78790162 . G C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000389155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.113;QD=12.0517;RBI=0.00586475;REFB=-0.0211877;REVB=0.00585182;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343366;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0422283;OID=.;OPOS=78790162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:7:6:7:2:7:6 chr9 78790167 . G C 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.048014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.535;QD=32.6184;RBI=0.0538297;REFB=-0.0552582;REVB=0.024337;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134333;STB=0.574368;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0127059;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:9:6:3:1:9:6:3:1 chr9 78790172 . G C 108.7 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0172336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.017;QD=24.1553;RBI=0.0465117;REFB=-0.0867307;REVB=0.0432011;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263925;STB=0.655971;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0356301;OID=.;OPOS=78790172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:8:3:4:2:9:3:4:2 chr9 78790177 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.104708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.821;QD=18.8865;RBI=0.105492;REFB=-0.0413731;REVB=0.0128352;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0119029;OID=.;OPOS=78790177;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr9 78790182 . G C 40.32 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0105233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.295;QD=14.6613;RBI=0.0219606;REFB=-0.00420176;REVB=0.0192751;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00442522;OID=.;OPOS=78790182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr9 78790187 . G C 73.14 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354446;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.274;QD=32.5055;RBI=0.0484051;REFB=0.0165411;REVB=0.0329657;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00456903;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:1:0:5:3:1:0 chr9 78910241 . A C 956.55 PASS AF=0.422131;AO=102;DP=242;FAO=103;FDP=244;FR=.;FRO=141;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=71;FSRR=70;FWDB=-0.00858916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.487;QD=15.6812;RBI=0.0170075;REFB=-0.0147631;REVB=-0.0146793;RO=139;SAF=59;SAR=43;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707799;STB=0.546193;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0203165;OID=.;OPOS=78910241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:244:139:141:102:103:0.422131:43:59:71:68:43:60:71:70 chr9 78910273 . G A 1040.68 PASS AF=0.441406;AO=113;DP=256;FAO=113;FDP=256;FR=.;FRO=143;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=0.00744493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8373;QD=16.2606;RBI=0.00949064;REFB=-0.0114943;REVB=-0.00588603;RO=143;SAF=66;SAR=47;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089108;STB=0.549491;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0164968;OID=.;OPOS=78910273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:143:143:113:113:0.441406:47:66:71:72:47:66:71:72 chr9 78938197 . G C 375.92 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0911493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8754;QD=21.1788;RBI=0.143372;REFB=-0.0393091;REVB=0.110668;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103228;STB=0.557123;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0380248;OID=.;OPOS=78938197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:15:23:16:17:15:23:16:17 chr9 79009106 . A C 657.57 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0635324;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.535;QD=50.5825;RBI=0.0640124;REFB=-0.0667839;REVB=0.0078237;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335887;STB=0.506749;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000371681;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:52:2:3:49:49:0.942308:27:22:0:2:27:22:1:2 chr9 79118661 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00563879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.525;QD=21.2269;RBI=0.0169284;REFB=-0.0254424;REVB=-0.0159616;RO=24;SAF=17;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301065;STB=0.666137;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0206451;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:12:17:5:19:12:17:5:19 chr9 79119752 . C T 85.71 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0295999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.837;QD=11.8223;RBI=0.0348997;REFB=-0.00623866;REVB=-0.0184888;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240468;STB=0.612712;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0157316;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:18:18:10:11:0.37931:5:5:5:13:6:5:5:13 chr9 79120475 . A T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00984384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.796;QD=21.2648;RBI=0.00986095;REFB=-0.00572836;REVB=0.000580762;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936166;STB=0.552579;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00694306;OID=.;OPOS=79120475;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:11:7:10:10:11:7 chr9 79121085 . G T 2152.18 PASS AF=0.979021;AO=137;DP=140;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0444667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2752;QD=60.2007;RBI=0.0492073;REFB=-0.00514919;REVB=0.0210729;RO=3;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220963;STB=0.511449;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000895569;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:143:3:3:137:140:0.979021:63:74:0:3:64:76:0:3 chr9 79121906 . C T 199.93 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.035438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6998;QD=13.5546;RBI=0.0621091;REFB=-0.000529737;REVB=-0.0510067;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175177;STB=0.599919;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000540682;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:13:22:11:13:13:22 chr9 79186750 . G T 312.05 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000883495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.223;QD=43.0418;RBI=0.0302475;REFB=-0.0312616;REVB=0.0302346;RO=4;SAF=21;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142888;STB=0.577913;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00549285;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:4:4:25:25:0.862069:4:21:2:2:4:21:2:2 chr9 79186765 . C G 343.02 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0498542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.369;QD=37.0835;RBI=0.0511481;REFB=-0.0335631;REVB=0.0114318;RO=9;SAF=23;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108342;STB=0.559225;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00989777;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:9:9:28:28:0.756757:5:23:6:3:5:23:6:3 chr9 79186781 . T C 570.43 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0175327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3882;QD=50.705;RBI=0.0563127;REFB=-0.00524816;REVB=-0.0535138;RO=5;SAF=32;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229001;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:8:32:4:1:8:32:4:1 chr9 79186787 . C T 62.57 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00893772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.533;QD=4.55068;RBI=0.0248061;REFB=-0.00692529;REVB=-0.02314;RO=44;SAF=8;SAR=2;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879161;STB=0.553079;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0347592;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:2:8:33:11:2:8:34:11 chr9 79186820 . A C 891.27 PASS AF=0.848101;AO=67;DP=79;FAO=67;FDP=79;FR=.;FRO=12;FSAF=53;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00424066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9808;QD=45.1276;RBI=0.0478235;REFB=0.00883278;REVB=-0.0476351;RO=11;SAF=53;SAR=14;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924354;STB=0.562016;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00311074;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:11:12:67:67:0.848101:14:53:6:5:14:53:6:6 chr9 79186886 . C G 112.35 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0324397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5069;QD=14.9798;RBI=0.035043;REFB=-0.0468525;REVB=0.0132545;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957353;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0166329;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:7:6:9:7:8:6:9:7 chr9 79186890 . T G 87.42 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0110549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.274;QD=13.449;RBI=0.043836;REFB=-0.0011059;REVB=0.0424192;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.507029;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00197666;OID=.;OPOS=79186890;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:15:15:9:11:0.423077:4:5:8:7:5:6:8:7 chr9 79186905 . GT CC,CT 67.68 PASS AF=0.291667,0.125;AO=7,4;DP=24;FAO=7,3;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5,1;FSAR=2,2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0199512,0.0436202;FXX=0.039984;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.112,78.0249;QD=11.2793;RBI=0.0237359,0.0536874;REFB=-0.00582157,-0.0359941;REVB=0.0128585,0.0312988;RO=13;SAF=6,1;SAR=1,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.473679,-0.252798;STB=0.65172,0.639054;STBP=0.374,0.646;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0594354,0.019502;OID=.,.;OPOS=79186905,79186905;OREF=GT,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:24:13:14:7,4:7,3:0.291667,0.125:1,3:6,1:6:7:2,2:5,1:7:7 chr9 79186910 . A C 92.44 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0365183;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.26;QD=15.4069;RBI=0.058661;REFB=-0.0300135;REVB=0.0459078;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239425;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0277396;OID=.;OPOS=79186910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:24:24:13:13:10:11:0.458333:3:7:6:7:4:7:6:7 chr9 79318367 . T C 636.85 PASS AF=0.507937;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=126;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00883612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.485;QD=20.2176;RBI=0.0127556;REFB=-0.015237;REVB=0.00919941;RO=62;SAF=32;SAR=32;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139145;OID=.;OPOS=79318367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:62:64:64:0.507937:32:32:31:31:32:32:31:31 chr9 79318471 . C T 1373.38 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00933009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.2;QD=61.039;RBI=0.0183042;REFB=0.0293373;REVB=-0.0157478;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-7.23238e-05;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:87:89:0.988889:43:44:0:1:44:45:0:1 chr9 79318677 . T C 1981.37 PASS AF=0.97037;AO=131;DP=135;FAO=131;FDP=135;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0171604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0003;QD=58.7073;RBI=0.0744087;REFB=-0.0885493;REVB=0.0724029;RO=4;SAF=79;SAR=52;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604807;STB=0.503184;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00213627;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:135:135:4:4:131:131:0.97037:52:79:2:2:52:79:2:2 chr9 79318921 . A G 585.75 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407955;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6096;QD=60.0768;RBI=0.0681556;REFB=0;REVB=0.0680334;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494429;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:37:39:1:11:26:0:0:13:26:0:0 chr9 79318998 . A G 433.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497636;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3746;QD=57.8468;RBI=0.0844069;REFB=0;REVB=0.0681771;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329375;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr9 79320640 . C T 1167.54 PASS AF=1;AO=69;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.499;QD=60.6516;RBI=0.0249718;REFB=0;REVB=0.0249107;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26699e-05;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:69:77:1:35:34:0:0:43:34:0:0 chr9 79321276 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2575;QD=62.0193;RBI=0.0809001;REFB=0;REVB=0.0701594;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301772;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr9 79321871 . C T 1313.63 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0254412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.689;QD=59.7103;RBI=0.0431862;REFB=-0.135044;REVB=0.0348969;RO=1;SAF=61;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018571;STB=0.519226;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000393819;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:1:2:86:86:0.977273:25:61:0:1:25:61:0:2 chr9 79322068 . G T 760.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0482418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8325;QD=56.3179;RBI=0.0778515;REFB=0;REVB=-0.061103;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117322;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:28:24:0:0:28:26:0:0 chr9 79322674 . A G 1480.52 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0638995;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0253;QD=62.3376;RBI=0.0795479;REFB=-0.102938;REVB=0.0473784;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0012007;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:93:94:0.989474:56:37:0:0:57:37:0:1 chr9 79322720 . A G 923.04 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0411453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.253;QD=56.8025;RBI=0.0411458;REFB=-0.0555508;REVB=-0.000200184;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.511624;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=7.03646e-05;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:43:21:0:0:43:21:1:0 chr9 79324135 . A ATGACTGTTGCAG 114.96 PASS AF=0.358974;AO=11;DP=49;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.078811;FXX=0.20404;HRUN=1;LEN=12;MLLD=220.663;QD=11.7907;RBI=0.0789544;REFB=-0.022073;REVB=0.00475683;RO=36;SAF=0;SAR=11;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.8227;STB=0.79381;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0269796;OID=.;OPOS=79324136;OREF=-;OALT=TGACTGTTGCAG;OMAPALT=ATGACTGTTGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:11:49:14:39:25:3:11:17:8:99:36:0:11:28:8 chr9 79324179 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.156;QD=45.8046;RBI=0.0720253;REFB=0;REVB=0.0302803;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246328;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr9 79324741 . T C 1368.72 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3539;QD=60.1636;RBI=0.068217;REFB=-0.0737077;REVB=0.0659273;RO=1;SAF=45;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104146;STB=0.510636;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00139423;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:91:1:2:88:89:0.978022:43:45:1:0:43:46:2:0 chr9 79325558 . G C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6156;QD=57.5441;RBI=0.0511436;REFB=0;REVB=-0.0464665;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431191;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr9 79325615 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0968;QD=62.35;RBI=0.0492092;REFB=0;REVB=-0.0140898;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075017;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr9 79325762 . C T 386.67 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.0157432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.45;QD=20.9013;RBI=0.0522689;REFB=-0.00636632;REVB=-0.0498416;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148912;STB=0.576857;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00944938;OID=.;OPOS=79325762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:35:39:39:0.527027:16:23:25:8:16:23:26:9 chr9 79471995 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.038906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.529;QD=21.9446;RBI=0.0455467;REFB=-0.0336034;REVB=-0.0236818;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252867;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:9:3:4:12:9:3 chr9 79836131 . A G 343.17 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0039636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5668;QD=18.804;RBI=0.0340305;REFB=-0.00686569;REVB=-0.0337989;RO=37;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242705;STB=0.635437;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00630834;OID=.;OPOS=79836131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:12:24:15:22:12:24:15:22 chr9 79930225 . G A 192.96 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0408478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3943;QD=12.0601;RBI=0.0441598;REFB=-0.00849639;REVB=0.0167794;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267158;STB=0.65372;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0359823;OID=.;OPOS=79930225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:25:15:15:9:25:15 chr9 79932585 . G A 926.31 PASS AF=0.45;AO=99;DP=219;FAO=99;FDP=220;FR=.;FRO=121;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=77;FSRR=44;FWDB=-0.0242298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.74;QD=16.842;RBI=0.0246887;REFB=-0.0135764;REVB=0.00473811;RO=118;SAF=56;SAR=43;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062027;STB=0.539979;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0199439;OID=.;OPOS=79932585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:118:121:99:99:0.45:43:56:74:44:43:56:77:44 chr9 79936426 . C T 437.51 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00588936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.609;QD=14.2278;RBI=0.0179825;REFB=-0.00776105;REVB=-0.0169907;RO=72;SAF=32;SAR=18;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324545;STB=0.523667;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0100287;OID=.;OPOS=79936426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:72:73:50:50:0.406504:18:32:44:28:18:32:44:29 chr9 79986057 . A G 212.05 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00187101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1803;QD=16.6316;RBI=0.0344084;REFB=-0.0443538;REVB=0.0343575;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534818;STB=0.543822;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0522524;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:9:13:18:10:10:13:18:10 chr9 80250143 . C T 167.83 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0306321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.243;QD=23.1486;RBI=0.0382732;REFB=-0.0317285;REVB=0.0229458;RO=12;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517827;STB=0.806231;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0195258;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:15:1:5:7:16:1:5:7 chr9 80335438 . A C 217.38 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0540271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.3806;QD=13.5865;RBI=0.0560795;REFB=-0.0135634;REVB=0.0150327;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417449;STB=0.515613;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0332873;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:13:13:17:20:13:13:18:20 chr9 80430620 . C T 460.86 PASS AF=0.522727;AO=44;DP=86;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0158345;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.625;QD=20.9482;RBI=0.0191852;REFB=-0.021186;REVB=-0.0108324;RO=41;SAF=30;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00111472;STB=0.509046;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0202296;OID=.;OPOS=80430620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:41:42:44:46:0.522727:14:30:28:13:15:31:29:13 chr9 80912115 . G C 902.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7222;QD=58.2137;RBI=0.0831759;REFB=0;REVB=-0.083161;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043426;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:21:41:0:0 chr9 80919756 . T G 259.46 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0132098;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.653;QD=14.0247;RBI=0.0137384;REFB=-0.0241916;REVB=-0.00377398;RO=45;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222818;STB=0.620609;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0292105;OID=.;OPOS=80919756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:44:30:30:0.405405:11:19:19:26:11:19:19:25 chr9 82187750 . A G 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.49;QD=61.4671;RBI=0.00864863;REFB=0;REVB=-0.00188708;RO=0;SAF=65;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37008e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:56:65:0:0:56:65:0:0 chr9 82341457 . GAAAA G 50.0 PASS AO=50;DP=98;LEN=4;RO=48;SAF=38;SAR=43;SRF=13;SRR=4;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=82341458;OREF=AAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:98:48:50:43:38:13:4 chr9 83179630 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00519388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6857;QD=13.4056;RBI=0.0154323;REFB=0.0132987;REVB=-0.0145321;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214091;STB=0.624159;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0206778;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:5:18:21:13:5:18:21:13 chr9 83179857 . C T 454.21 PASS AF=0.45045;AO=51;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0199215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.688;QD=16.3677;RBI=0.028504;REFB=-0.025425;REVB=-0.0203866;RO=60;SAF=24;SAR=27;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141056;STB=0.569248;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0276281;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:61:51:50:0.45045:27:24:37:23:26:24:37:24 chr9 84267147 . T C 1305.2 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00506938;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1218;QD=62.1523;RBI=0.0203798;REFB=0;REVB=0.0197392;RO=0;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08925e-05;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:26:58:0:0:26:58:0:0 chr9 84268878 . A G 125.16 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00086459;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.339;QD=8.94025;RBI=0.00363467;REFB=-0.000578855;REVB=-0.00353035;RO=36;SAF=14;SAR=3;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208388;STB=0.650962;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000420707;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:39:17:17:0.303571:3:14:25:11:3:14:26:13 chr9 84530366 . A G 914.97 PASS AF=0.666667;AO=80;DP=120;FAO=80;FDP=120;FR=.;FRO=40;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00944089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5365;QD=30.499;RBI=0.0119179;REFB=0.0193833;REVB=-0.00727362;RO=39;SAF=45;SAR=35;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328304;STB=0.512736;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0137468;OID=.;OPOS=84530366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:39:40:80:80:0.666667:35:45:24:15:35:45:24:16 chr9 84530412 . A C 990.58 PASS AF=0.641791;AO=84;DP=132;FAO=86;FDP=134;FR=.;FRO=48;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0100341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7609;QD=29.5694;RBI=0.0101954;REFB=0.00619813;REVB=-0.00180658;RO=48;SAF=48;SAR=36;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345485;STB=0.517784;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00353676;OID=.;OPOS=84530412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:48:48:84:86:0.641791:36:48:25:23:37:49:25:23 chr9 84607758 . T A 1246.02 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.611;QD=61.5319;RBI=0.0604763;REFB=0;REVB=0.0335454;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78621e-05;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr9 84609057 . C T 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0118019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.135;QD=22.7215;RBI=0.124772;REFB=-0.0029538;REVB=-0.124212;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177868;STB=0.590732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00161433;OID=.;OPOS=84609057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:10:21:10:12:10:21:11:12 chr9 84609913 . C T 369.85 PASS AF=0.648148;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00212573;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.455;QD=27.3961;RBI=0.00218557;REFB=-0.0169125;REVB=0.000507909;RO=20;SAF=14;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946266;STB=0.553161;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.014;OID=.;OPOS=84609913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:19:34:35:0.648148:20:14:11:9:20:15:11:8 chr9 85627408 . G A 280.68 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00905033;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.548;QD=11.4565;RBI=0.0101242;REFB=-0.0022655;REVB=-0.00453783;RO=57;SAF=21;SAR=13;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044216;STB=0.537431;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00601929;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:57:64:34:34:0.346939:13:21:33:24:13:21:36:28 chr9 86278817 . C A 1548.4 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.412;QD=63.8515;RBI=0.0417387;REFB=0;REVB=-0.00230129;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133667;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:35:60:0:0:35:62:0:0 chr9 86284178 . C A 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.879;QD=59.8557;RBI=0.0234484;REFB=0;REVB=0.0234224;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33157e-05;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:21:49:0:0:21:50:0:0 chr9 86327898 . C T 1425.32 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0113198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.281;QD=60.652;RBI=0.0185185;REFB=-0.0327493;REVB=0.014656;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242914;STB=0.512818;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000162829;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:91:92:0.978723:53:38:2:0:54:38:2:0 chr9 86474167 . T C 631.42 PASS AF=0.492308;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00684173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.818;QD=19.4283;RBI=0.0257382;REFB=-0.0115262;REVB=0.0248122;RO=65;SAF=41;SAR=23;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248017;STB=0.510635;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0127153;OID=.;OPOS=86474167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:65:66:64:64:0.492308:23:41:40:25:23:41:41:25 chr9 86607917 . C G 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.827;QD=54.6369;RBI=0.0370242;REFB=0.00210681;REVB=0.0241328;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=6.60788e-05;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:30:21:0:0:30:21:0:1 chr9 86617265 . A G 1163.05 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.923;QD=59.6437;RBI=0.0220801;REFB=-0.0656563;REVB=0.0114281;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313053;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:0:0:77:78:1:37:40:0:0:38:40:0:0 chr9 86618233 . C A,T 740.95 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=43,6;DP=49;FAO=48,8;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=23,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479625,0.0530961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.9072,32.3395;QD=52.9253;RBI=0.0544699,0.0531191;REFB=0,0;REVB=0.0258182,0.00156526;RO=0;SAF=23,0;SAR=20,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00406485,0.0223783;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:49:56:0:0:43,6:48,8:0.857143,0.142857:20,6:23,0:0:0:23,8:25,0:0:0 chr9 86895771 . G A 328.73 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0259612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.284;QD=13.1491;RBI=0.0305961;REFB=-0.0130535;REVB=-0.0161906;RO=63;SAF=20;SAR=17;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359946;STB=0.520596;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.024607;OID=.;OPOS=86895771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:63:37:37:0.37:17:20:32:31:17:20:32:31 chr9 86907537 . C A 347.79 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.104478;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3876;QD=16.5612;RBI=0.113554;REFB=-0.0114978;REVB=-0.0444848;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15177;STB=0.590744;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0119995;OID=.;OPOS=86907537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:46:47:37:37:0.440476:21:16:27:19:21:16:28:19 chr9 86920236 . T C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0058782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.44;QD=11.8156;RBI=0.0223831;REFB=-0.00375977;REVB=-0.0215975;RO=41;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123038;STB=0.571367;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00493964;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:16:8:18:23:16:8:18:23 chr9 88257903 . T A 37.66 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=50;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.123311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.7931;QD=2.8972;RBI=0.124698;REFB=-0.000656601;REVB=0.018548;RO=38;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783699;STB=0.934355;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.00909606;OID=.;OPOS=88257903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:50:52:38:44:12:8:0.153846:1:11:5:33:1:7:10:34 chr9 88636887 . G A 696.59 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713765;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1474;QD=54.6341;RBI=0.0813063;REFB=-0.03924;REVB=0.0389373;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00228988;OID=.;OPOS=88636887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:0:1 chr9 88651370 . T C 2200.5 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0722944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.854;QD=62.4256;RBI=0.0749519;REFB=0.0814839;REVB=0.0197815;RO=1;SAF=78;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605708;STB=0.503184;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000160568;OID=.;OPOS=88651370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:62:78:1:0:62:78:1:0 chr9 88692336 . C T 505.58 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00231606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.08;QD=19.8266;RBI=0.0322492;REFB=0.0171785;REVB=-0.0321659;RO=49;SAF=25;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795682;STB=0.548514;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.011648;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:27:25:28:21:27:25:29:21 chr9 88694179 . G T 161.47 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0256724;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.03;QD=11.9607;RBI=0.0265307;REFB=-0.0433054;REVB=0.00669368;RO=33;SAF=9;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261909;STB=0.639867;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0583279;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:34:20:20:0.37037:11:9:23:10:11:9:23:11 chr9 89772284 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.631;QD=53.2771;RBI=0.0238788;REFB=0;REVB=0.0235263;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46049e-05;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 90321583 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0932743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.504;QD=21.2648;RBI=0.0933737;REFB=-0.00203514;REVB=-0.00430817;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225777;STB=0.64934;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0039559;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:20:20:0.526316:8:12:5:11:8:12:5:13 chr9 90322023 . G A 458.77 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0022741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.317;QD=23.5265;RBI=0.0200576;REFB=-0.000331287;REVB=-0.0199283;RO=33;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622613;STB=0.511608;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000316401;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:17:27:20:13:17:27:20:14 chr9 90343779 . TA CA,TC 710.4 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,38;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357223,0.0400916;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=25.7657,66.9236;QD=61.7735;RBI=0.0428978,0.0491974;REFB=0,0;REVB=0.0237517,0.028514;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0862791,0.00201867;OID=.,.;OPOS=90343779,90343780;OREF=T,A;OALT=C,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:2,38:2,44:0.0434783,0.956522:0,23:2,15:0:0:0,23:2,21:0:0 chr9 90388539 . T A 287.01 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0437089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.935;QD=15.5142;RBI=0.0449573;REFB=-0.0155109;REVB=0.0105213;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190072;STB=0.517755;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0224035;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:32:32:0.432432:17:15:20:21:17:15:21:21 chr9 90500405 . A C 1704.07 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.937;QD=60.3211;RBI=0.0494339;REFB=0;REVB=0.0153711;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46886e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:113:0:0:107:113:1:47:60:0:0:47:66:0:0 chr9 90501280 . G A 563.3 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=-0.0015589;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.239;QD=17.7416;RBI=0.0044753;REFB=-0.00423108;REVB=-0.00419501;RO=67;SAF=12;SAR=47;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901763;STB=0.55843;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00450882;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:47:12:18:49:47:12:19:49 chr9 90501448 . C A 2901.25 PASS AF=0.994792;AO=171;DP=172;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.805;QD=60.4426;RBI=0.0896072;REFB=-0.105328;REVB=0.079449;RO=0;SAF=98;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00109295;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:172:192:0:1:171:191:0.994792:73:98:0:0:81:110:1:0 chr9 90502458 . T A 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9887;QD=57.8747;RBI=0.0340943;REFB=0;REVB=-0.0303872;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454382;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr9 90503734 . C T 192.1 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0112735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4765;QD=23.2844;RBI=0.0284669;REFB=0.0220957;REVB=-0.0261395;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.51117;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0231566;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:9:10:7:6:9:10:7:7 chr9 90535970 . T C 44.67 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0636903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.631;QD=9.40426;RBI=0.0637233;REFB=-0.00567076;REVB=-0.00205083;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434685;STB=0.759899;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0198032;OID=.;OPOS=90535970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:11:12:6:6:0.315789:5:1:6:5:5:1:6:6 chr9 90536919 . C T 482.4 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0115388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.187;QD=23.248;RBI=0.0290588;REFB=-0.0213988;REVB=0.0266697;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120718;STB=0.566237;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.019002;OID=.;OPOS=90536919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:23:23:24:13:23:23:24:13 chr9 90537509 . A G 251.97 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0123622;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1623;QD=26.5229;RBI=0.0126659;REFB=-0.00652187;REVB=0.00275716;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138345;STB=0.576854;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0103725;OID=.;OPOS=90537509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:8:7:15:8:8:7 chr9 90582224 . G A 694.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.812;QD=61.7347;RBI=0.031229;REFB=0;REVB=0.0191166;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170652;OID=.;OPOS=90582224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr9 90744786 . T A 235.05 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0147699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.315;QD=18.8036;RBI=0.027384;REFB=0.00171337;REVB=0.0230593;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.518309;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00207075;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:22:23:0.46:11:11:11:15:12:11:12:15 chr9 90746125 . G T 753.85 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.635;QD=61.5385;RBI=0.0662184;REFB=-0.134137;REVB=0.0648813;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000558531;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:1:0 chr9 90746326 . C T 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00855678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.716;QD=36.3421;RBI=0.0113001;REFB=-0.0346887;REVB=0.00738069;RO=5;SAF=4;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276821;STB=0.652891;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00972688;OID=.;OPOS=90746326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:16:4:4:1:16:4:4:1 chr9 90746922 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.648;QD=39.3179;RBI=0.0190638;REFB=0.0655641;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187073;OID=.;OPOS=90746922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:0:13:0:0:0:13:1:0 chr9 90747023 . C T 492.71 PASS AF=0.550562;AO=44;DP=87;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.007305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.558;QD=22.144;RBI=0.0265001;REFB=-0.0411445;REVB=-0.0254734;RO=39;SAF=28;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109648;STB=0.542039;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0241769;OID=.;OPOS=90747023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:39:40:44:49:0.550562:16:28:20:19:20:29:20:20 chr9 90747137 . C G 57.09 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0293262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.72;QD=6.52421;RBI=0.0613304;REFB=-0.0450624;REVB=-0.0538646;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.512792;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.124046;OID=.;OPOS=90747137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:34:35:26:26:8:9:0.257143:5:3:12:14:5:4:12:14 chr9 90747509 . G C 196.85 PASS AF=0.347222;AO=22;DP=69;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0108136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.414;QD=10.9361;RBI=0.0356173;REFB=-0.0251967;REVB=0.0339361;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195508;STB=0.535686;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0469155;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:47:47:22:25:0.347222:9:13:27:20:12:13:27:20 chr9 90749692 . C T 37.36 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0248378;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.417;QD=8.30283;RBI=0.0266202;REFB=-0.0155958;REVB=-0.00957708;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189489;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0426667;OID=.;OPOS=90749692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:19:18:14:12:5:6:0.333333:2:3:6:8:2:4:6:6 chr9 91652414 . A T 829.71 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.543;QD=57.2212;RBI=0.0626778;REFB=0;REVB=0.0151687;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124779;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:22:36:0:0 chr9 91656963 . T C 1018.04 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.454;QD=56.5576;RBI=0.0230232;REFB=0.0399244;REVB=0.0145075;RO=2;SAF=44;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210027;STB=0.510866;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=3.7703e-05;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:72:2:2:69:70:0.972222:25:44:2:0:25:45:2:0 chr9 91974047 . AG A 209.56 PASS AF=0.432099;AO=32;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0990253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2984;QD=10.3484;RBI=0.113854;REFB=0.00472672;REVB=-0.056184;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870365;STB=0.550509;STBP=0.457;TYPE=del;VARB=-0.0101999;OID=.;OPOS=91974048;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432099:32:81:35:81:46:19:16:29:17:99:45:18:14:29:16 chr9 93641151 . T C 2112.94 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517066;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.182;QD=62.1452;RBI=0.051721;REFB=-0.0815605;REVB=-0.00122235;RO=1;SAF=44;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106798;STB=0.505494;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000207201;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:1:1:134:135:0.992647:90:44:1:0:90:45:1:0 chr9 94172975 . C T 381.82 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00129967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.169;QD=19.8347;RBI=0.00506008;REFB=-0.0289829;REVB=-0.00489032;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589486;STB=0.532694;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0223689;OID=.;OPOS=94172975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:19:20:22:16:19:20:22:16 chr9 94456643 . G C 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.51;QD=59.8543;RBI=0.018365;REFB=0;REVB=0.0165779;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95059e-05;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr9 94456702 . ATTT AATT,ATT,ATTA 702.85 PASS AF=0,0.0535714,0.946429;AO=6,10,30;DP=56;FAO=0,3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,29;FSAR=0,2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101134,0.0657356,0.104129;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=6.27676,17.1129,22.48;QD=50.2036;RBI=0.0964937,0.114283,0.11119;REFB=0,0,0;REVB=-0.0964884,0.0934855,-0.038991;RO=1;SAF=0,10,15;SAR=6,0,15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.782178,0,-0.0300657;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0588368,0.0560178,0.0184794;OID=.,.,.;OPOS=94456703,94456703,94456705;OREF=T,T,T;OALT=A,-,A;OMAPALT=AATT,ATT,ATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0535714,0.946429:6,10,30:56:0,3,53:56:0:0,1,29:0,2,24:0:0:9:1:0,10,15:6,0,15:1:0 chr9 94456714 . C T 755.09 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.559;QD=55.9323;RBI=0.0117981;REFB=0;REVB=0.00157036;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.98679e-05;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:20:25:0:0:27:27:0:0 chr9 94486321 . C G,T 617.96 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576649,0.0232642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.1468,147.32;QD=60.2889;RBI=0.034119,0.0470361;REFB=0,0;REVB=0.0336282,0.0408799;RO=0;SAF=2,33;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.198536,-0.00155797;OID=.,.;OPOS=94486321,94486321;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,6:2,33:0:0:0,6:2,33:0:0 chr9 94486688 . G A 650.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.123;QD=61.9371;RBI=0.0438634;REFB=0;REVB=0.0402616;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247019;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:21:21:0:0 chr9 94495608 . T C 320.55 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5644;QD=53.4252;RBI=0.132731;REFB=0;REVB=0.0606394;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326581;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:7:13:0:0:9:15:0:0 chr9 94518328 . C T 179.09 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00578865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.676;QD=8.95424;RBI=0.0408646;REFB=-0.00235606;REVB=-0.0404525;RO=56;SAF=15;SAR=9;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170616;STB=0.601181;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00697796;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:9:15:27:29:9:15:27:29 chr9 95219248 . A G 1324.66 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0517368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2523;QD=60.9038;RBI=0.052373;REFB=-0.0712782;REVB=0.00813824;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129782;STB=0.506848;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000455295;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:50:36:1:0:50:36:1:0 chr9 95219597 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.094;QD=63.2867;RBI=0.0576436;REFB=0;REVB=-0.0548442;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161641;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 239.48 PASS AF=0.4,0.6;AO=4,10;DP=17;FAO=8,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777191,0.0310992;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=117.94,111.717;QD=47.8957;RBI=0.0127116,0.0437555;REFB=0,0;REVB=-0.0100589,0.0307796;RO=0;SAF=2,5;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0808938,0.00213648;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:4,10:17:8,12:20:0:4,5:4,7:0:0:50:0:2,5:2,5:0:0 chr9 95284982 . T G 1572.92 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464085;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.434;QD=59.9209;RBI=0.0466046;REFB=0;REVB=-0.00427088;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136274;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:52:52:0:0:52:53:0:0 chr9 95380726 . G A 598.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268444;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.665;QD=61.3899;RBI=0.0317591;REFB=0;REVB=0.0169712;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153496;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 95400370 . G A 598.61 PASS AF=0.504132;AO=43;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0105037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.108;QD=19.7888;RBI=0.0337059;REFB=-0.015089;REVB=0.0320275;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419761;STB=0.513344;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00817265;OID=.;OPOS=95400370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:43:60:43:61:0.504132:23:20:22:21:26:35:36:24 chr9 95475352 . G A 55.0 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0120351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1253;QD=9.56559;RBI=0.0429752;REFB=-0.00422086;REVB=-0.0412556;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43557;STB=0.765308;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00619446;OID=.;OPOS=95475352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:2:6:5:10:2:6:5:10 chr9 95738781 . C A 445.55 PASS AF=0.368794;AO=52;DP=141;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0367826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.617;QD=12.6397;RBI=0.0395148;REFB=-0.0178959;REVB=-0.0144382;RO=89;SAF=30;SAR=22;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548672;STB=0.531255;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0351907;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:89:89:52:52:0.368794:22:30:47:42:22:30:47:42 chr9 95768448 . G A 535.34 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0174029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.578;QD=20.9938;RBI=0.0193327;REFB=-0.00900144;REVB=-0.00841986;RO=47;SAF=20;SAR=34;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113955;STB=0.512756;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00857232;OID=.;OPOS=95768448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:48:54:54:0.529412:34:20:18:29:34:20:19:29 chr9 95780465 . A G 2072.91 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.353;QD=62.343;RBI=0.0529319;REFB=0;REVB=0.0522172;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6302e-05;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:131:133:1:61:70:0:0:62:71:0:0 chr9 95782667 . C T 466.55 PASS AF=0.485149;AO=48;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0194505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.071;QD=18.4773;RBI=0.0392685;REFB=-0.00787488;REVB=0.034113;RO=51;SAF=36;SAR=12;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216897;STB=0.605279;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00694307;OID=.;OPOS=95782667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:52:48:49:0.485149:12:36:28:23:13:36:29:23 chr9 95795227 . A G 302.74 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0166473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.913;QD=17.0559;RBI=0.0198735;REFB=0.000597684;REVB=-0.0108545;RO=38;SAF=7;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272857;STB=0.654671;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000384782;OID=.;OPOS=95795227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:26:7:17:21:26:7:17:21 chr9 95797999 . C T 262.28 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00160555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.209;QD=14.9876;RBI=0.0097419;REFB=-0.0196806;REVB=0.00960868;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431759;STB=0.530101;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0374603;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:40:30:30:0.428571:12:18:25:14:12:18:26:14 chr9 95887320 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.464;QD=60.2299;RBI=0.0860962;REFB=0;REVB=0.027691;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570087;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr9 96015256 . C T 1210.34 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.517;QD=60.5172;RBI=0.168195;REFB=0;REVB=0.0097902;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243419;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:78:80:1:46:32:1:0:46:34:0:0 chr9 96021312 . G A 1352.68 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0843618;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.489;QD=61.4853;RBI=0.0889608;REFB=-0.083219;REVB=0.0282331;RO=1;SAF=13;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350504;STB=0.518514;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00060502;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:88:1:1:87:87:0.988636:74:13:1:0:74:13:1:0 chr9 96021423 . C T 259.74 PASS AF=0.793103;AO=18;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0105032;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=144.317;QD=35.8257;RBI=0.0190716;REFB=-0.088502;REVB=0.0159188;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952002;STB=0.536393;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0157098;OID=.;OPOS=96021423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:30:29:5:5:18:23:0.793103:14:4:2:3:14:9:1:4 chr9 96051521 . A G 544.9 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.623;QD=58.9079;RBI=0.0252498;REFB=0;REVB=-0.01364;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000568582;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr9 96097746 . C CT 440.91 PASS AF=1;AO=7;DP=65;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147519;FXX=0.338409;HRUN=0;LEN=1;MLLD=188.617;QD=41.0146;RBI=0.0149823;REFB=0;REVB=-0.00261716;RO=57;SAF=0;SAR=7;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589574;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00555693;OID=.;OPOS=96097747;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:65:43:43:0:2:41:0:0:3:57:0:7:22:35 chr9 96097747 . C G,T 914.35 PASS AF=0.106061,0.878788;AO=7,58;DP=66;FAO=7,58;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=0,23;FSAR=7,35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253717,0.0160778;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.8327,242.382;QD=55.415;RBI=0.0619789,0.0415758;REFB=-0.00433449,-0.0748905;REVB=0.0565479,0.0383412;RO=0;SAF=0,23;SAR=7,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.50704;STBP=1,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=0.0794942,0.000103158;OID=.,.;OPOS=96097747,96097747;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:66:66:0:1:7,58:7,58:0.106061,0.878788:7,35:0,23:0:0:7,35:0,23:0:1 chr9 96209943 . T C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0201872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.048;QD=13.4159;RBI=0.0203784;REFB=-0.0194753;REVB=0.00278472;RO=37;SAF=19;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233966;STB=0.635142;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0399472;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:6:19:21:16:6:19:21:16 chr9 96214928 . G A 90.45 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00867537;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.154;QD=13.4004;RBI=0.0331204;REFB=-0.0142623;REVB=0.031964;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185652;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0188051;OID=.;OPOS=96214928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:9:7:3:8:9:7 chr9 96238578 . C T 139.61 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0250133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.805;QD=7.64958;RBI=0.0354358;REFB=-0.0126066;REVB=-0.0251005;RO=52;SAF=10;SAR=10;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230754;STB=0.520527;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0326317;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:53:20:20:0.273973:10:10:27:25:10:10:28:25 chr9 96328303 . T C 694.12 PASS AF=0.465839;AO=74;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=0.0666151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2634;QD=17.2452;RBI=0.0793818;REFB=-0.0156373;REVB=0.0431729;RO=86;SAF=36;SAR=38;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170618;STB=0.590292;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0235567;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:74:75:0.465839:38:36:57:29:38:37:57:29 chr9 96714491 . C G 160.52 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0514589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5485;QD=12.5899;RBI=0.0527774;REFB=-0.021744;REVB=-0.0117232;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276145;STB=0.64051;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0972192;OID=.;OPOS=96714491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:12:7:19:11:12:7:19:13 chr9 96715376 . GG CC,GC 41.36 PASS AF=0.222222,0.222222;AO=4,4;DP=18;FAO=4,4;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4,4;FSAR=0,0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.012111,0.0240621;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=52.3829,29.1747;QD=9.19185;RBI=0.012111,0.0240621;REFB=-0.0544112,-0.104394;REVB=0,0;RO=10;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0695891,0.176007;OID=.,.;OPOS=96715376,96715377;OREF=GG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:18:18:10:10:4,4:4,4:0.222222,0.222222:0,0:4,4:10:0:0,0:4,4:10:0 chr9 96715379 . C G 54.87 PASS AF=0.35;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.0125058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.066;QD=10.9735;RBI=0.0125058;REFB=-0.022692;REVB=0;RO=12;SAF=5;SAR=0;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0892034;OID=.;OPOS=96715379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:20:20:12:12:5:7:0.35:0:5:12:0:0:7:12:0 chr9 97055310 . C T 304.72 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0418684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0515;QD=27.0861;RBI=0.0464629;REFB=-0.0316469;REVB=-0.0201456;RO=17;SAF=24;SAR=3;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101558;STB=0.561603;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0204649;OID=.;OPOS=97055310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:3:24:16:1:3:24:17:1 chr9 97055376 . G A 300.84 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00193679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.757;QD=14.1571;RBI=0.0474253;REFB=-0.0241344;REVB=0.0473857;RO=50;SAF=18;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322465;STB=0.511815;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0361557;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:16:18:28:22:16:18:28:23 chr9 97062981 . C T 86.88 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.113675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5067;QD=12.8707;RBI=0.113698;REFB=0.0158389;REVB=0.0023347;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.013537;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:6:10:9:2:6:10 chr9 97080923 . G T 43.95 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0226743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0281;QD=5.17034;RBI=0.0292122;REFB=-0.0124419;REVB=0.0184183;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34273;STB=0.737045;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0302154;OID=.;OPOS=97080923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:34:26:27:7:7:0.205882:2:5:11:15:2:5:11:16 chr9 97080926 . TCTTGGA T 44.11 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00827815;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=6;MLLD=305.969;QD=5.18991;RBI=0.0144481;REFB=-0.00747035;REVB=0.0118415;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305167;STB=0.689102;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0333043;OID=.;OPOS=97080927;OREF=CTTGGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:7:36:7:34:27:5:2:13:14:44:24:5:2:11:13 chr9 97080944 . GAGA G 420.16 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285015;FXX=0.243178;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.913;QD=60.0221;RBI=0.0301281;REFB=0;REVB=-0.00976584;RO=8;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.94969e-05;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:36:28:28:0:13:15:0:0:3:8:12:13:5:3 chr9 97080948 . A G 78.74 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0244276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.259;QD=7.87437;RBI=0.0420529;REFB=-0.00511394;REVB=-0.0342307;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204136;STB=0.545372;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0971572;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:39:40:29:29:10:11:0.275:5:5:15:14:6:5:15:14 chr9 97080953 . A C 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0172993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.872;QD=6.31102;RBI=0.0572238;REFB=-0.00685725;REVB=-0.0545463;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355449;STB=0.522682;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0197904;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:5:5:16:18:5:5:16:18 chr9 97081010 . T G 59.77 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0528757;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.07;QD=4.87947;RBI=0.054585;REFB=-0.0116326;REVB=-0.013553;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523832;STB=0.545353;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0268713;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:49:39:40:9:9:0.183673:4:5:20:19:4:5:20:20 chr9 97081252 . G C 112.27 PASS AF=0.265625;AO=15;DP=62;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000559031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.859;QD=7.01691;RBI=0.0163466;REFB=-0.0115112;REVB=0.0163371;RO=46;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103951;STB=0.556352;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0377026;OID=.;OPOS=97081252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:46:47:15:17:0.265625:10:5:19:27:11:6:20:27 chr9 97081263 . G C 112.93 PASS AF=0.257576;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0193119;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.19;QD=6.84436;RBI=0.0215922;REFB=-0.00821696;REVB=-0.00965776;RO=46;SAF=5;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184241;STB=0.559251;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0533459;OID=.;OPOS=97081263;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:46:49:16:17:0.257576:11:5:21:25:11:6:21:28 chr9 97082699 . G A 294.49 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0080097;FXX=0.0465062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.411;QD=14.3653;RBI=0.00979136;REFB=-0.0128124;REVB=-0.00563165;RO=49;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170299;STB=0.509689;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0214294;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:49:49:33:33:0.402439:24:9:14:35:24:9:14:35 chr9 97087857 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0393588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.036;QD=27.5921;RBI=0.0974279;REFB=-0.043703;REVB=0.0891239;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109637;STB=0.561697;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0127697;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:3:10:3:2:3:10:3:2 chr9 97191543 . AAT A,ATT 45.9 PASS AF=0.289474,0;AO=6,12;DP=49;FAO=11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0172725,-0.161541;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.1653,15.7429;QD=4.8319;RBI=0.085289,0.184132;REFB=-0.0560538,0.00493708;REVB=0.0835217,0.0883689;RO=28;SAF=5,12;SAR=1,0;SRF=11;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.508686,0.799997;STB=0.784067,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,snp;VARB=0.178602,0;OID=.,.;OPOS=97191544,97191544;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474,0:6,12:49:11,0:38:27:9,0:2,0:12:15:46:28:5,12:1,0:11:17 chr9 97222891 . CC TG 206.05 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00656678;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=2;MLLD=189.757;QD=14.7175;RBI=0.0288057;REFB=-0.00789546;REVB=-0.0280472;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112142;STB=0.564048;STBP=0.413;TYPE=mnp;VARB=0.017434;OID=.;OPOS=97222891;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:14:18:16:8:14:18 chr9 97349666 . C G 452.49 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00972444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.123;QD=27.0146;RBI=0.0110225;REFB=-0.0348755;REVB=0.00518948;RO=16;SAF=16;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114509;STB=0.553456;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0114765;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:16:19:32:33:0.492537:16:16:5:11:16:17:7:12 chr9 97365720 . T C 1064.9 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.638;QD=59.1612;RBI=0.0367297;REFB=0;REVB=0.0347851;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73671e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:65:72:1:25:40:0:0:27:45:0:0 chr9 97369149 . C T 1487.59 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7669;QD=58.9145;RBI=0.0468149;REFB=0;REVB=-0.00120278;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3058e-05;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:59:41:0:0:60:41:0:0 chr9 97369151 . G A 591.95 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0217905;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.953;QD=23.6781;RBI=0.0229047;REFB=-0.0109614;REVB=0.00705681;RO=43;SAF=21;SAR=36;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796859;STB=0.543631;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00268632;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:36:21:20:23:36:21:20:23 chr9 97766488 . G A 287.1 PASS AF=0.31405;AO=37;DP=120;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00395608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6322;QD=9.4909;RBI=0.00490184;REFB=-0.0197122;REVB=-0.00289438;RO=83;SAF=19;SAR=18;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658153;STB=0.52891;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0248276;OID=.;OPOS=97766488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:83:83:37:38:0.31405:18:19:38:45:19:19:38:45 chr9 97768286 . T C 352.83 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00489337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.791;QD=15.8575;RBI=0.0269143;REFB=-0.0024607;REVB=0.0264657;RO=50;SAF=11;SAR=27;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209155;STB=0.625011;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0044705;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:27:11:24:26:27:11:25:26 chr9 97849090 . A G 295.59 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0311265;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.79;QD=17.6474;RBI=0.0313615;REFB=-0.021102;REVB=-0.00383222;RO=35;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910268;STB=0.551115;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0278715;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:10:22:21:14:10:22:21:14 chr9 98206781 . ACGCACGCACG A 95.07 PASS AF=0.342105;AO=10;DP=36;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0475837;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=10;MLLD=253.813;QD=10.0073;RBI=0.048941;REFB=-0.0408802;REVB=-0.0114461;RO=23;SAF=10;SAR=0;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.766609;STB=0.684625;STBP=0.125;TYPE=del;VARB=0.0613604;OID=.;OPOS=98206782;OREF=CGCACGCACG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:10:36:13:38:25:10:3:13:12:95:23:10:0:12:11 chr9 98211572 . T A 225.75 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0277767;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.649;QD=19.2126;RBI=0.0309634;REFB=-0.0328184;REVB=-0.0136816;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639505;STB=0.57911;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0342105;OID=.;OPOS=98211572;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:25:22:22:0.468085:6:16:14:7:6:16:15:10 chr9 98218474 . G GC 559.21 PASS AF=1;AO=51;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.7824;QD=31.5048;RBI=0.0430115;REFB=0;REVB=-0.0330682;RO=19;SAF=27;SAR=24;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281038;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00244618;OID=.;OPOS=98218475;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:72:71:71:0:37:34:0:0:12:19:27:24:9:10 chr9 98231084 . T C 388.8 PASS AF=0.409091;AO=43;DP=110;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00039496;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.626;QD=14.1383;RBI=0.00222368;REFB=-0.00840037;REVB=0.00218832;RO=65;SAF=31;SAR=12;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164073;STB=0.56814;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0135865;OID=.;OPOS=98231084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:65:65:43:45:0.409091:12:31:38:27:14:31:38:27 chr9 98238379 . A G 483.91 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.00935911;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.121;QD=15.997;RBI=0.00947617;REFB=-0.00727649;REVB=0.00148493;RO=66;SAF=42;SAR=11;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310927;STB=0.685637;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00618681;OID=.;OPOS=98238379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:66:68:53:53:0.438017:11:42:35:31:11:42:35:33 chr9 98239147 . A G 213.97 PASS AF=0.371429;AO=22;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0161903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7583;QD=12.227;RBI=0.180583;REFB=-0.0233085;REVB=-0.179856;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22533;STB=0.631651;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0542778;OID=.;OPOS=98239147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:44:22:26:0.371429:12:10:21:10:15:11:28:16 chr9 98270535 . C G 235.11 PASS AF=0.489362;AO=17;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0182773;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=207.875;QD=20.0097;RBI=0.0194683;REFB=-0.0150075;REVB=-0.00670481;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289803;STB=0.617882;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0197414;OID=.;OPOS=98270535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:24:17:23:0.489362:9:8:2:13:12:11:6:18 chr9 98638288 . A G 453.52 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=133;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00521306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.311;QD=13.538;RBI=0.00522329;REFB=-0.0190554;REVB=-0.000326662;RO=80;SAF=35;SAR=17;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167788;STB=0.596432;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0233332;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:80:82:52:52:0.38806:17:35:42:38:17:35:43:39 chr9 98638306 . C T 836.88 PASS AF=0.545455;AO=78;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00696349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.551;QD=23.4092;RBI=0.00768136;REFB=-0.0174585;REVB=0.00324239;RO=65;SAF=39;SAR=39;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703624;STB=0.538452;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0164295;OID=.;OPOS=98638306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:65:78:78:0.545455:39:39:38:27:39:39:38:27 chr9 98729382 . A C 1434.28 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.734;QD=63.0455;RBI=0.073085;REFB=0;REVB=0.00146953;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199696;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr9 99525909 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0301485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.009;QD=17.542;RBI=0.0306407;REFB=-0.0218866;REVB=0.00546982;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212664;STB=0.622055;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0204636;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:7:9:5:10:7:9 chr9 99537071 . T C 433.43 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00497439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2088;QD=17.1654;RBI=0.0273562;REFB=-0.0131137;REVB=0.0269001;RO=54;SAF=34;SAR=12;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107049;STB=0.563608;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0249391;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:54:46:47:0.465347:12:34:35:19:12:35:35:19 chr9 99538365 . G A 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0128285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.229;QD=21.6111;RBI=0.0168656;REFB=-0.0186376;REVB=-0.0109488;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229244;STB=0.629514;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0290257;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:6:18:12:11:6:18:12:11 chr9 99581811 . C T 150.89 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00434412;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.284;QD=9.89421;RBI=0.0263059;REFB=-0.0120159;REVB=-0.0259448;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.509082;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0268731;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:9:11:22:19:9:11:22:19 chr9 99581916 . C G 64.2 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00794099;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.452;QD=5.35007;RBI=0.0132085;REFB=0.000571703;REVB=-0.0105549;RO=39;SAF=8;SAR=1;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405738;STB=0.783548;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00124544;OID=.;OPOS=99581916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:49:48:39:39:9:9:0.1875:1:8:25:14:1:8:25:14 chr9 99691351 . T G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0209464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.15;QD=2.70713;RBI=0.0209466;REFB=0.00550835;REVB=9.67703e-05;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297693;STB=0.731879;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.112012;OID=.;OPOS=99691351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:16:26:5:1:16:26 chr9 99694397 . C G 136.83 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00649636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.357;QD=18.2444;RBI=0.103254;REFB=-0.0145005;REVB=0.103049;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34729;STB=0.706139;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0353171;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:10:4:10:5:11:4:10:5 chr9 99697686 . T C 594.65 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00535236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.143;QD=22.2299;RBI=0.0101645;REFB=-0.0145326;REVB=0.0086411;RO=48;SAF=31;SAR=28;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821747;STB=0.544975;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0100791;OID=.;OPOS=99697686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:28:31:30:18:28:31:30:18 chr9 100071728 . G A 593.55 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0687213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9841;QD=22.1887;RBI=0.0691402;REFB=0.00106714;REVB=0.00759915;RO=45;SAF=32;SAR=27;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198769;STB=0.592934;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00105557;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:48:59:59:0.551402:27:32:13:32:27:32:16:32 chr9 100074446 . C T 279.46 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0430181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.551;QD=19.9613;RBI=0.0433168;REFB=-0.0336165;REVB=-0.00507802;RO=26;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332005;STB=0.504234;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0370706;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:21:8:8:18:21:9:8:18 chr9 100087345 . A G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0540238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9169;QD=17.3767;RBI=0.05749;REFB=-0.00760228;REVB=-0.0196603;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00381256;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:7:3:4:7:7:3 chr9 100105735 . T C 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0239322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.565;QD=21.5365;RBI=0.0254622;REFB=-0.0243148;REVB=0.00869341;RO=37;SAF=31;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23948;STB=0.633016;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0197418;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:11:31:18:19:11:31:18:19 chr9 100122291 . T C 506.99 PASS AF=0.477876;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0294833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4313;QD=17.9465;RBI=0.0313404;REFB=-0.0152066;REVB=-0.0106281;RO=58;SAF=23;SAR=31;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212542;STB=0.516833;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0157102;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:59:54:54:0.477876:31:23:26:32:31:23:27:32 chr9 100139161 . A G 123.83 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0416367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2065;QD=17.0797;RBI=0.0418029;REFB=0.0310307;REVB=0.00372434;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193613;STB=0.511095;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0301925;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:3:12:11:3:3:12 chr9 100365086 . A G 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00802008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.069;QD=14.6981;RBI=0.0130574;REFB=-0.0242452;REVB=0.010304;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236307;STB=0.636773;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0354739;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:9:14:6:10:9:14 chr9 100367810 . G A 740.25 PASS AF=0.4625;AO=53;DP=160;FAO=74;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0372945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.586;QD=18.5063;RBI=0.048973;REFB=-0.0322039;REVB=0.0317407;RO=67;SAF=35;SAR=18;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843026;STB=0.516457;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0122531;OID=.;OPOS=100367810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:67:72:53:74:0.4625:18:35:39:28:28:46:47:25 chr9 100367813 . A G 685.71 PASS AF=0.441176;AO=75;DP=170;FAO=75;FDP=170;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.012711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.892;QD=16.1344;RBI=0.0127218;REFB=-0.0106032;REVB=0.000522933;RO=95;SAF=47;SAR=28;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721256;STB=0.540219;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0162523;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:95:95:75:75:0.441176:28:47:53:42:28:47:53:42 chr9 100380093 . T C 330.6 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00129776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.448;QD=23.6144;RBI=0.0136717;REFB=0.00560026;REVB=0.0136099;RO=23;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181112;STB=0.599938;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00690402;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:22:11:13:10:22:11:13:10 chr9 100388197 . C T 595.98 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.00963914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.866;QD=17.7905;RBI=0.00984462;REFB=0.00286901;REVB=-0.00200088;RO=72;SAF=41;SAR=21;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136638;STB=0.576112;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00364721;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:21:41:38:34:21:41:38:34 chr9 100420976 . G A 341.73 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0304378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6085;QD=15.8946;RBI=0.0314774;REFB=-0.00794264;REVB=-0.00802264;RO=48;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217316;STB=0.616111;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0115779;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:36:37:0.430233:12:24:22:26:13:24:22:27 chr9 100616583 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4727;QD=55.0953;RBI=0.0154771;REFB=0;REVB=0.00269478;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177244;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 100617375 . T C 2864.99 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.344;QD=62.9667;RBI=0.0236215;REFB=0;REVB=0.0221803;RO=0;SAF=108;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94141e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:179:182:1:71:108:0:0:74:108:0:0 chr9 100617479 . G T 402.45 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0555132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.593;QD=18.9387;RBI=0.0583647;REFB=-0.0217254;REVB=0.0180201;RO=44;SAF=30;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25908;STB=0.645086;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0161464;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:11:30:21:23:11:30:21:23 chr9 100617583 . T C 443.07 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0150201;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.761;QD=24.9617;RBI=0.039244;REFB=-0.00247789;REVB=0.0362559;RO=29;SAF=26;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287785;STB=0.515752;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00167123;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:16:26:19:10:16:26:19:10 chr9 100617879 . T C 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00385948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.971;QD=18.4948;RBI=0.0332835;REFB=-0.0214275;REVB=-0.033059;RO=30;SAF=24;SAR=6;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232876;STB=0.631482;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0271369;OID=.;OPOS=100617879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:6:24:18:12:6:24:18:12 chr9 100672338 . C T 125.59 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00830661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.93;QD=10.6888;RBI=0.0161673;REFB=-0.00449978;REVB=-0.0138702;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26261;STB=0.656932;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00817632;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:14:18:5:10:14:18 chr9 100675777 . C T 461.02 PASS AF=0.677419;AO=41;DP=61;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0274644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.766;QD=29.7433;RBI=0.0277692;REFB=-0.0394909;REVB=0.00410298;RO=20;SAF=10;SAR=31;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824893;STB=0.535491;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0150051;OID=.;OPOS=100675777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:20:20:41:42:0.677419:31:10:7:13:31:11:7:13 chr9 100684719 . A C 230.5 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.000411159;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.695;QD=14.1848;RBI=0.0804056;REFB=-0.0043993;REVB=-0.0804045;RO=37;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661947;STB=0.547044;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00593937;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:10:17:21:16:10:17:21:17 chr9 100684757 . A G 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0130169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.804;QD=18.9018;RBI=0.0437558;REFB=-0.0174284;REVB=-0.0417747;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108399;STB=0.560462;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0172053;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:13:21:17:17:13:21:17:17 chr9 100823084 . T C 640.26 PASS AF=0.516129;AO=60;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00392422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.024;QD=20.6535;RBI=0.00491792;REFB=-0.00636801;REVB=0.0029642;RO=59;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982678;STB=0.53124;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00644602;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:60:64:0.516129:34:26:32:27:34:30:32:28 chr9 100823135 . G C 696.17 PASS AF=0.471338;AO=73;DP=156;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.0187544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3306;QD=17.7367;RBI=0.0284152;REFB=-0.0182277;REVB=0.0213471;RO=83;SAF=37;SAR=36;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138679;STB=0.579597;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0150693;OID=.;OPOS=100823135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:83:83:73:74:0.471338:36:37:54:29:37:37:54:29 chr9 100843417 . A G 1190.66 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.439;QD=61.0594;RBI=0.0651909;REFB=0;REVB=0.0650122;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559988;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:66:78:1:28:38:0:0:40:38:0:0 chr9 100854765 . C G 204.15 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0272927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1653;QD=12.5631;RBI=0.0403555;REFB=0.00916093;REVB=0.0297267;RO=39;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316063;STB=0.503825;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0124682;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:18:7:10:29:18:7:11:29 chr9 100991430 . C A 443.56 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00397154;FXX=0.0265463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.169;QD=16.1295;RBI=0.00462766;REFB=-0.0265876;REVB=0.00237533;RO=61;SAF=18;SAR=31;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175277;STB=0.598143;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0322476;OID=.;OPOS=100991430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:61:61:49:49:0.445455:31:18:33:28:31:18:33:28 chr9 100995721 . A G 568.42 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=15;FWDB=-0.00671096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.689;QD=18.7907;RBI=0.0447008;REFB=-0.0154246;REVB=-0.0441942;RO=60;SAF=38;SAR=21;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127591;STB=0.566106;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0228899;OID=.;OPOS=100995721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:60:62:59:59:0.487603:21:38:46:14:21:38:47:15 chr9 100995758 . G T 883.8 PASS AF=0.558621;AO=81;DP=146;FAO=81;FDP=145;FR=.;FRO=64;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0119624;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.164;QD=24.3807;RBI=0.0365256;REFB=-0.0120523;REVB=-0.0345111;RO=64;SAF=52;SAR=29;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.506878;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00628264;OID=.;OPOS=100995758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:64:64:81:81:0.558621:29:52:42:22:29:52:42:22 chr9 101533220 . C T 344.85 PASS AF=0.431818;AO=36;DP=83;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0130791;FXX=0.0222198;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.082;QD=15.6751;RBI=0.0139152;REFB=-0.0220205;REVB=0.00475083;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519221;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0281767;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:45:50:36:38:0.431818:20:16:20:25:20:18:22:28 chr9 101546372 . G A 1071.42 PASS AF=0.520408;AO=101;DP=198;FAO=102;FDP=196;FR=.;FRO=94;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.00198851;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.327;QD=21.8656;RBI=0.00555967;REFB=0.00169009;REVB=-0.00519189;RO=93;SAF=64;SAR=37;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590029;STB=0.526799;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.00151371;OID=.;OPOS=101546372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:93:94:101:102:0.520408:37:64:53:40:38:64:54:40 chr9 101611335 . G C 307.41 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0225462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1632;QD=13.2218;RBI=0.0834171;REFB=0.0101458;REVB=-0.0803124;RO=58;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116873;STB=0.566629;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.021492;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:18:17:22:36:18:17:22:36 chr9 101611545 . A G 538.26 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.0256521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.233;QD=19.2237;RBI=0.0307769;REFB=-0.029997;REVB=-0.0170055;RO=56;SAF=24;SAR=32;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254265;STB=0.639952;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0529427;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:32:24:40:16:32:24:40:16 chr9 101748234 . G A 358.84 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00506322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.419;QD=25.1819;RBI=0.0219552;REFB=-0.0160645;REVB=-0.0213634;RO=22;SAF=16;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772369;STB=0.547257;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0114882;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:22:22:34:35:0.614035:18:16:8:14:18:17:8:14 chr9 101748356 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0561331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.73;QD=21.842;RBI=0.0591678;REFB=0.00766932;REVB=-0.0187058;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00178012;OID=.;OPOS=101748356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:0:2:4:2:0:2 chr9 101765841 . C T 200.78 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0123921;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.508;QD=19.588;RBI=0.0129239;REFB=-0.0162068;REVB=-0.00366926;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509425;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0167035;OID=.;OPOS=101765841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:7:13:13:7:7:14 chr9 101778265 . G T 1043.47 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0279908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6498;QD=55.6515;RBI=0.0355762;REFB=-0.0512268;REVB=-0.0219586;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0153915;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:2:3:72:72:0.96:36:36:1:1:36:36:1:2 chr9 101796881 . A T 35.91 PASS AF=0.12069;AO=5;DP=50;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.0552795;FXX=0.0333278;HRUN=28;LEN=1;MLLD=135.119;QD=2.47644;RBI=0.0558522;REFB=0.00179153;REVB=-0.00797764;RO=39;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512053;STB=0.609815;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0290062;OID=.;OPOS=101796881;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:50:58:39:51:5:7:0.12069:4:1:9:30:6:1:11:40 chr9 101796891 . A G 38.38 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=43;FWDB=-0.0390465;FXX=0.0181785;HRUN=28;LEN=1;MLLD=160.313;QD=2.8429;RBI=0.039962;REFB=-0.00255702;REVB=-0.00850508;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218727;STB=0.619976;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0109193;OID=.;OPOS=101796891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:46:47:6:7:0.12963:5:1:4:42:6:1:4:43 chr9 101822220 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00580207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.433;QD=10.2124;RBI=0.00616192;REFB=-0.00177947;REVB=-0.00207491;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209815;STB=0.628145;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00374604;OID=.;OPOS=101822220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:13:10:28:17:13:10:29:17 chr9 101831995 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.000263347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0848;QD=11.1978;RBI=0.0210274;REFB=-0.00783737;REVB=-0.0210258;RO=22;SAF=11;SAR=1;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324713;STB=0.701702;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0106649;OID=.;OPOS=101831995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:1:11:17:5:1:11:17:5 chr9 101832262 . A AG 109.23 PASS AF=0.423729;AO=7;DP=69;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0915048;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9052;QD=7.40526;RBI=0.242003;REFB=-0.065309;REVB=0.224036;RO=61;SAF=5;SAR=2;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2075;STB=0.616137;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=0.114036;OID=.;OPOS=101832263;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:7:69:25:59:34:16:9:15:19:99:61:5:2:33:28 chr9 101890227 . C T 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00187027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.157;QD=11.9168;RBI=0.010002;REFB=0.00462514;REVB=-0.00982562;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274108;STB=0.659193;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00751595;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:37:22:22:0.372881:7:15:15:20:7:15:16:21 chr9 101890980 . A G 560.83 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00411786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.268;QD=16.1389;RBI=0.00770282;REFB=-0.0158634;REVB=0.00650974;RO=79;SAF=46;SAR=14;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263317;STB=0.648565;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0206926;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:79:60:60:0.431655:14:46:43:36:14:46:43:36 chr9 101947879 . ATGT A 221.42 PASS AF=0.350649;AO=28;DP=79;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.010677;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=279.305;QD=11.5025;RBI=0.0114085;REFB=-0.00378719;REVB=-0.0040195;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074136;STB=0.574658;STBP=0.311;TYPE=del;VARB=0.0052784;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.350649:28:79:27:77:50:15:12:22:28:99:45:15:13:21:24 chr9 102046316 . G C 397.44 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0202259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.914;QD=20.6461;RBI=0.0845458;REFB=-0.0259898;REVB=0.0820908;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565539;STB=0.536584;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0296925;OID=.;OPOS=102046316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:37:40:40:0.519481:17:23:23:13:17:23:24:13 chr9 102068058 . A G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0356117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.306;QD=23.8192;RBI=0.0478804;REFB=-0.0234612;REVB=-0.0320052;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129455;STB=0.572451;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0179395;OID=.;OPOS=102068058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:9:8:7:15:9:8 chr9 102068770 . T C 602.93 PASS AF=0.460432;AO=63;DP=139;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0341942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.295;QD=17.3505;RBI=0.0371433;REFB=-0.0338925;REVB=-0.0145047;RO=75;SAF=40;SAR=23;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363612;STB=0.514281;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.053201;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:75:63:64:0.460432:23:40:45:30:24:40:45:30 chr9 102068832 . G A 3411.61 PASS AF=0.969697;AO=222;DP=229;FAO=224;FDP=231;FR=.;FRO=7;FSAF=128;FSAR=96;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0825943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.611;QD=59.0754;RBI=0.111269;REFB=-0.0892551;REVB=0.0745592;RO=5;SAF=128;SAR=94;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182448;STB=0.504424;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00679367;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:229:231:5:7:222:224:0.969697:94:128:5:0:96:128:5:2 chr9 102713580 . G A 800.63 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00599327;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.403;QD=55.2155;RBI=0.0127623;REFB=-0.187561;REVB=-0.0112675;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00175246;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:58:0:1:56:57:0.982759:30:26:0:0:30:27:0:1 chr9 102732237 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.195;QD=56.7064;RBI=0.0680037;REFB=0;REVB=0.0179243;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287823;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr9 102736844 . A G 324.5 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00683311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.993;QD=19.6663;RBI=0.0081374;REFB=-0.00777146;REVB=-0.00441881;RO=32;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211265;STB=0.617216;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0108506;OID=.;OPOS=102736844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:14:20:11:21:14:20:11:21 chr9 103046642 . CA C,CG 33.9 PASS AF=0.1,0.035;AO=44,14;DP=204;FAO=20,7;FDP=200;FR=.;FRO=173;FSAF=6,0;FSAR=14,7;FSRF=106;FSRR=67;FWDB=-0.0727804,-0.0220229;FXX=0.0338148;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.5825,144.69;QD=0.678092;RBI=0.117923,0.0434743;REFB=-0.125492,-0.00902525;REVB=-0.0927839,-0.0374835;RO=119;SAF=16,0;SAR=28,14;SRF=89;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.448835,-0.755146;STB=0.763148,0.998828;STBP=0.016,0;TYPE=del,snp;VARB=0.161682,0.162273;OID=.,.;OPOS=103046643,103046643;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1,0.035:44,14:204:20,7:200:173:6,0:14,7:106:67:17:119:16,0:28,14:89:30 chr9 103054951 . T C 226.53 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00971892;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.575;QD=26.6501;RBI=0.0321008;REFB=-0.00343167;REVB=0.0305942;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229482;STB=0.599906;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00252474;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:13:20:21:0.617647:12:8:10:4:12:9:9:4 chr9 103060386 . T G 554.39 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0266724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.327;QD=18.4796;RBI=0.036827;REFB=-0.013022;REVB=0.0253931;RO=62;SAF=26;SAR=32;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120766;STB=0.506688;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0144974;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:62:62:58:58:0.483333:32:26:27:35:32:26:27:35 chr9 103064530 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00866319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.123;QD=23.5283;RBI=0.00867235;REFB=-0.0215053;REVB=-0.000398513;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956088;STB=0.553141;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0139861;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:12:3:6:14:12:3 chr9 104133628 . C T 496.75 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.191;QD=56.7713;RBI=0.107995;REFB=0;REVB=0.107933;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244538;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:31:35:1:15:16:0:0:19:16:0:0 chr9 104324545 . G A 242.23 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0184756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.383;QD=9.40693;RBI=0.020484;REFB=-0.00156228;REVB=-0.00884572;RO=70;SAF=19;SAR=13;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944719;STB=0.550862;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00491459;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:70:71:32:32:0.31068:13:19:36:34:13:19:37:34 chr9 104333264 . C T 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00223307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.509;QD=14.4061;RBI=0.0148865;REFB=-0.0127618;REVB=-0.0147181;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272366;STB=0.510198;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.017911;OID=.;OPOS=104333264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:12:20:27:18:12:20:28:18 chr9 104449063 . C T 1695.74 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014023;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.025;QD=58.9822;RBI=0.0272952;REFB=-0.137662;REVB=0.0234177;RO=0;SAF=71;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.03664e-08;STB=0.505746;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00078759;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:113:114:0.991304:42:71:0:0:43:71:0:1 chr9 104499575 . T C 729.53 PASS AF=0.493506;AO=75;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.034818;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0566;QD=18.9487;RBI=0.0520823;REFB=-0.012248;REVB=-0.0387333;RO=77;SAF=33;SAR=42;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228308;STB=0.512471;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0121718;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:78:75:76:0.493506:42:33:32:45:42:34:33:45 chr9 105018910 . A C 518.14 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.88;QD=54.5408;RBI=0.0667244;REFB=-0.0254047;REVB=0.0613104;RO=2;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000906107;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:36:36:0.947368:19:17:1:1:19:17:1:1 chr9 105340650 . C A 379.42 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0250026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.891;QD=19.2113;RBI=0.02519;REFB=-0.0174026;REVB=0.00306751;RO=40;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18803;STB=0.604986;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0200578;OID=.;OPOS=105340650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:27:12:20:20:27:12:20:20 chr9 105340677 . G A 392.14 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000255266;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.685;QD=18.8984;RBI=0.0163368;REFB=0.00898338;REVB=0.0163348;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134656;STB=0.575183;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0034888;OID=.;OPOS=105340677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:26:14:21:22:26:14:21:22 chr9 105405415 . G A 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000957958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.338;QD=13.0875;RBI=0.0305778;REFB=-0.0115859;REVB=-0.0305628;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222638;STB=0.596423;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0221163;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:27:16:16:0.372093:9:7:14:7:9:7:16:11 chr9 105767653 . GA G 31.3 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.100399;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=12.1635;QD=7.82438;RBI=0.145921;REFB=-0.0159683;REVB=0.105892;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.0532769;OID=.;OPOS=105767654;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:16:7:16:9:2:5:3:6:31:9:2:4:3:6 chr9 105780618 . G A 2434.5 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.787;QD=61.2452;RBI=0.103968;REFB=0;REVB=0.0422588;RO=0;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44084e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512495;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:159:0:0:157:159:1:84:73:0:0:86:73:0:0 chr9 106896809 . G A 1004.76 PASS AF=0.383838;AO=114;DP=297;FAO=114;FDP=297;FR=.;FRO=183;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=90;FSRR=93;FWDB=0.0113632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.862;QD=13.5322;RBI=0.0208408;REFB=0.0027899;REVB=-0.0174704;RO=183;SAF=65;SAR=49;SRF=90;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862904;STB=0.54858;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00343176;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:183:183:114:114:0.383838:49:65:90:93:49:65:90:93 chr9 107266596 . T C 480.05 PASS AF=0.528736;AO=41;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00850485;FXX=0.0113623;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.057;QD=22.0712;RBI=0.0110947;REFB=-0.0184953;REVB=-0.00712466;RO=29;SAF=29;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760623;STB=0.546054;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0150692;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:41:41:46:0.528736:12:29:18:11:14:32:25:16 chr9 107266774 . C G 419.61 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0161226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.632;QD=20.222;RBI=0.0265256;REFB=-0.0401722;REVB=-0.0210635;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218567;STB=0.624655;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0324001;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:41:42:0.506024:16:25:15:26:16:26:15:26 chr9 107266844 . A G 374.48 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=79;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00831297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.743;QD=18.7239;RBI=0.0114606;REFB=-0.0146992;REVB=-0.0078892;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101059;STB=0.562469;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0165308;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:41:38:39:0.4875:21:17:14:27:21:18:14:27 chr9 107266943 . G A 294.2 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0271885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0386;QD=17.5642;RBI=0.03042;REFB=0.00589924;REVB=-0.0136441;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119102;STB=0.566434;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0117239;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:11:24:18:14:11:24 chr9 107267304 . C T 555.54 PASS AF=0.480315;AO=55;DP=126;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0287428;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6075;QD=17.4973;RBI=0.0287607;REFB=-0.051681;REVB=-0.00101515;RO=65;SAF=32;SAR=23;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125465;STB=0.507714;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0561922;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:66:55:61:0.480315:23:32:37:28:25:36:38:28 chr9 107331504 . C A 1213.83 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.685;QD=59.9423;RBI=0.0232502;REFB=-0.0853712;REVB=-0.0181486;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000151001;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:30:50:1:0:30:50:1:0 chr9 107360922 . A G 2027.08 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1614;QD=62.3716;RBI=0.0211817;REFB=0;REVB=0.00275029;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27963e-05;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr9 107361312 . T C 851.75 PASS AF=0.968254;AO=41;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0477514;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.028;QD=54.0794;RBI=0.0479;REFB=-0.112581;REVB=-0.0037695;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.518512;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0039431;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:0:2:41:61:0.968254:34:7:0:0:35:26:2:0 chr9 107361439 . G C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.242;QD=58.0605;RBI=0.0347244;REFB=0;REVB=-0.0233466;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55e-06;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr9 107361449 . T A,C 733.22 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=2,50;DP=52;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210825,0.0276289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=287.707,235.931;QD=56.4012;RBI=0.0250061,0.0315032;REFB=0,0;REVB=0.0134474,0.015136;RO=0;SAF=0,25;SAR=2,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000396717,-0.00434173;OID=.,.;OPOS=107361449,107361449;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:52:0:0:2,50:51,1:0.980769,0.0192308:2,25:0,25:0:0:27,0:24,1:0:0 chr9 107361451 . GC AG 757.2 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937033;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.295;QD=58.2462;RBI=0.182306;REFB=0;REVB=0.156382;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000429526;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:49:52:1:25:24:0:0:27:25:0:0 chr9 107361460 . G A 746.49 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9807;QD=59.7195;RBI=0.127766;REFB=0;REVB=0.0233442;RO=3;SAF=22;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00749731;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:3:0:47:50:1:25:22:3:0:25:25:0:0 chr9 107361490 . A T 489.19 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.485;QD=57.5514;RBI=0.0503738;REFB=0;REVB=0.0377459;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406656;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:18:15:1:0:18:16:0:0 chr9 107361642 . G A 1265.14 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.192;QD=61.7142;RBI=0.0268117;REFB=0;REVB=0.0262787;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47554e-05;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:41:35:0:0:44:38:0:0 chr9 107367132 . G A 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1511;QD=60.5467;RBI=0.0177779;REFB=0;REVB=-0.0106141;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132427;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr9 107379895 . G T 617.76 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243799;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1356;QD=61.7764;RBI=0.0373495;REFB=0;REVB=0.0282949;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118349;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr9 107380396 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.096;QD=60.2305;RBI=0.0583355;REFB=0;REVB=0.0522165;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013263;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr9 107456763 . T C 715.22 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0218582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.483;QD=60.8698;RBI=0.0232689;REFB=-0.124778;REVB=0.0079788;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.521729;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000353275;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:11:35:0:0:11:35:0:1 chr9 107457275 . A C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.858;QD=60.5473;RBI=0.0301549;REFB=0;REVB=0.0113248;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74577e-05;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr9 107457532 . C T 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00914696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5696;QD=60.6022;RBI=0.055675;REFB=0;REVB=-0.0549185;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000912864;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr9 107457759 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6187;QD=62.0218;RBI=0.0335004;REFB=0;REVB=-0.0248518;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608322;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr9 107510145 . G C 256.37 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0328972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4469;QD=22.7885;RBI=0.0333224;REFB=0.0288085;REVB=0.00530598;RO=20;SAF=3;SAR=21;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191956;STB=0.602054;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0241833;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:21:3:5:15:21:3:5:16 chr9 107515214 . G A 430.71 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00671459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.69;QD=15.9522;RBI=0.018693;REFB=-0.019481;REVB=-0.0174454;RO=60;SAF=32;SAR=16;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184732;STB=0.510341;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0221156;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:16:32:39:21:16:32:39:21 chr9 107531152 . G C 580.57 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00331821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.32;QD=24.9708;RBI=0.0273466;REFB=-0.0116187;REVB=-0.0271446;RO=40;SAF=21;SAR=31;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175462;STB=0.590083;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0126997;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:52:53:0.569892:31:21:25:15:31:22:25:15 chr9 107533175 . C G 579.58 PASS AF=0.504202;AO=58;DP=117;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.01138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.86;QD=19.4816;RBI=0.0234738;REFB=-0.030785;REVB=-0.0205309;RO=59;SAF=32;SAR=26;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226976;STB=0.521438;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0331032;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:59:59:58:60:0.504202:26:32:34:25:28:32:34:25 chr9 107543696 . TAAC T 49.82 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00209167;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=329;QD=7.11721;RBI=0.0425026;REFB=-0.000409354;REVB=-0.0424511;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.589974;STBP=0.544;TYPE=del;VARB=0.000778445;OID=.;OPOS=107543697;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:28:9:28:19:5:4:13:6:49:19:5:4:13:6 chr9 107562804 . T C 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=339.211;QD=56.8272;RBI=0.013171;REFB=-0.0367786;REVB=0.00723637;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185161;STB=0.509801;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.38817e-05;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:1:0:39:25:1:0 chr9 107568705 . C T 657.99 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.041757;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.739;QD=19.6415;RBI=0.043053;REFB=-0.0109588;REVB=-0.010484;RO=66;SAF=40;SAR=26;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192267;STB=0.598881;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.027692;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:66:68:66:66:0.492537:26:40:26:40:26:40:28:40 chr9 108152199 . G A 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.066;QD=58.9879;RBI=0.0364975;REFB=-0.0520827;REVB=0.00328;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000156125;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:40:35:0:1:40:35:0:1 chr9 108398331 . T G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2831;QD=58.7802;RBI=0.0421654;REFB=0;REVB=0.0413299;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435866;OID=.;OPOS=108398331;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr9 108425267 . C T 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.677;QD=57.3798;RBI=0.0291245;REFB=0;REVB=0.0290849;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05574e-05;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr9 108536426 . ATTTTTC AATTTTC,ATTTTC,ATTTTCT 441.81 PASS AF=0,1,0;AO=2,30,2;DP=34;FAO=0,34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132384,0.069113,0.00388008;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=7.5279,19.6773,7.23784;QD=51.9781;RBI=0.0320513,0.103885,0.0577392;REFB=0,0,0;REVB=-0.0291895,-0.0775596,-0.0576086;RO=0;SAF=1,12,1;SAR=1,18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.000152705,0;OID=.,.,.;OPOS=108536427,108536427,108536431;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=AATTTTC,ATTTTC,ATTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,30,2:34:0,34,0:34:0:0,14,0:0,20,0:0:0:4:0:1,12,1:1,18,1:0:0 chr9 109689859 . T C 387.86 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00800667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.468;QD=18.4695;RBI=0.0240483;REFB=-0.0211333;REVB=0.0226763;RO=43;SAF=26;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907965;STB=0.558051;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0281779;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:14:26:24:19:14:26:24:20 chr9 109691676 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0105239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.439;QD=10.1677;RBI=0.0600999;REFB=-0.0283077;REVB=-0.0591713;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159505;STB=0.532104;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0526053;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:33:20:22:11:11:0.333333:4:7:13:7:4:7:13:9 chr9 110084328 . C T 680.4 PASS AF=0.614583;AO=57;DP=97;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0121957;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.043;QD=28.3501;RBI=0.0224386;REFB=-0.022185;REVB=0.018835;RO=38;SAF=37;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140639;STB=0.508909;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0130925;OID=.;OPOS=110084328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:38:37:57:59:0.614583:20:37:24:14:22:37:24:13 chr9 110425506 . A T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00987438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.941;QD=22.9086;RBI=0.0164728;REFB=-0.0171799;REVB=-0.0131852;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343021;STB=0.69065;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0212338;OID=.;OPOS=110425506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:3:14:8:13:3:14 chr9 111617650 . G A 734.11 PASS AF=0.590164;AO=58;DP=122;FAO=72;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0185214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4985;QD=24.069;RBI=0.139336;REFB=-0.0283849;REVB=0.1381;RO=50;SAF=37;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694923;STB=0.515858;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0214148;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:50:50:58:72:0.590164:21:37:28:22:33:39:29:21 chr9 111618163 . G A 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00153214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.258;QD=15.4094;RBI=0.016105;REFB=-0.000845538;REVB=0.0160319;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197534;STB=0.61143;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000706118;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:22:12:15:12:22:12 chr9 111618309 . T C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0632615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8598;QD=23.7574;RBI=0.0652668;REFB=-0.011342;REVB=-0.0160545;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186611;STB=0.615041;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00482488;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:26:26:0.541667:17:9:12:9:17:9:13:9 chr9 111618602 . A G 785.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6046;QD=64.1428;RBI=0.0488557;REFB=0;REVB=-0.037916;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37749e-05;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr9 111618796 . C T 282.35 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0189123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.195;QD=14.6675;RBI=0.0189616;REFB=-0.0182817;REVB=0.00136759;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114465;STB=0.506489;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0233321;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:22:23:16:16:22:23 chr9 111618926 . A G 358.98 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.00709036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=14.8034;RBI=0.0273364;REFB=-0.0265382;REVB=-0.0264008;RO=58;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237967;STB=0.513477;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.040123;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:22:17:24:34:22:17:24:34 chr9 111625913 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.23;QD=60.3762;RBI=0.0424992;REFB=0;REVB=0.0308014;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001543;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr9 111653574 . C G 586.2 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=132;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0223176;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7079;QD=17.8991;RBI=0.0292191;REFB=0.00434547;REVB=-0.0188595;RO=69;SAF=33;SAR=28;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233838;STB=0.508703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00489455;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:69:70:61:61:0.465649:28:33:39:30:28:33:39:31 chr9 111727670 . C G 216.4 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000360962;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.626;QD=18.8171;RBI=0.0191554;REFB=-0.0219995;REVB=-0.019152;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.50199;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0270386;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:21:22:0.478261:10:11:13:10:10:12:13:11 chr9 111754288 . T C 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.473;QD=59.5372;RBI=0.0258856;REFB=-0.045357;REVB=0.0142211;RO=1;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010637;STB=0.505617;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000887502;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:44:34:0:1:44:34:0:1 chr9 111755008 . C T 308.41 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.013687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.835;QD=18.4125;RBI=0.0381541;REFB=-0.0392208;REVB=-0.0356146;RO=34;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820044;STB=0.545895;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.038732;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:10:23:21:13:10:23:21:13 chr9 111781779 . T C 2008.15 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.125;QD=62.2681;RBI=0.0337469;REFB=0;REVB=0.0322848;RO=0;SAF=75;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79122e-05;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:54:75:0:0:54:75:0:0 chr9 111782670 . G A 289.28 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3389;QD=52.5966;RBI=0.152997;REFB=0;REVB=0.0539361;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235759;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr9 111868885 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.362;QD=53.9112;RBI=0.0221966;REFB=0;REVB=-0.00818521;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62033e-05;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr9 111881856 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.107;QD=50.4131;RBI=0.0769954;REFB=0;REVB=0.0678035;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773654;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr9 111881927 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.26;QD=55.0968;RBI=0.0380571;REFB=0;REVB=0.0360603;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305699;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr9 111945049 . T G 588.07 PASS AF=0.416149;AO=66;DP=160;FAO=67;FDP=161;FR=.;FRO=94;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0325822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8666;QD=14.6105;RBI=0.0381319;REFB=-0.0113663;REVB=0.0198102;RO=94;SAF=32;SAR=34;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381171;STB=0.51677;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0155714;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:94:94:66:67:0.416149:34:32:49:45:34:33:49:45 chr9 112069477 . T A 194.34 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000610861;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.166;QD=22.2098;RBI=0.00110802;REFB=-0.0112426;REVB=0.000924425;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349617;STB=0.696224;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00604348;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:12:4:13:6:12:4 chr9 112087048 . G T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0877633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9729;QD=13.3349;RBI=0.0883234;REFB=-0.012235;REVB=-0.00993102;RO=23;SAF=2;SAR=13;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00654237;STB=0.541608;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.035531;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:13:2:3:20:13:2:4:20 chr9 112219474 . C G 142.55 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00778548;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.33;QD=9.34778;RBI=0.0136388;REFB=-0.0203281;REVB=-0.0111984;RO=40;SAF=13;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225775;STB=0.662969;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0395479;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:40:42:17:19:0.311475:4:13:24:16:4:15:25:17 chr9 112629397 . G A 101.71 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=52;FAO=12;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0104676;FXX=0.113611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.599;QD=10.4323;RBI=0.0220801;REFB=0.000593325;REVB=-0.0194412;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310055;STB=0.759067;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000352347;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:39:23:27:17:12:0.307692:8:9:5:18:3:9:10:17 chr9 112629858 . A G 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00642301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.565;QD=19.4209;RBI=0.0220868;REFB=-0.0223859;REVB=0.0211322;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915988;STB=0.551087;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0181159;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:17:12:14:13:17:12:14:13 chr9 112710511 . CAAAAT CAAAT,CAAATA,CCAAAT 81.48 PASS AF=0.34,0.02,0;AO=8,3,6;DP=49;FAO=17,1,0;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5,1,0;FSAR=12,0,0;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.19179,-0.0608673,0.100135;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=11.6094,20.0894,19.8078;QD=6.51801;RBI=0.2181,0.145409,0.104352;REFB=-0.0134106,-0.00150366,-0.0223452;REVB=-0.103846,-0.132057,0.0293665;RO=24;SAF=2,2,1;SAR=6,1,5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.265732,0.220637,-0.385824;STB=0.661458,0.989304,0.5;STBP=0.119,0.469,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0380867,-0.0201029,0.0602524;OID=.,.,.;OPOS=112710512,112710515,112710512;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,C;OMAPALT=CAAAT,CAAATA,CCAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34,0.02,0:8,3,6:49:17,1,0:50:32:5,1,0:12,0,0:17:15:77:24:2,2,1:6,1,5:11:13 chr9 112713075 . C CA 173.18 PASS AF=0.8;AO=21;DP=36;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.215847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.2993;QD=19.7916;RBI=0.239033;REFB=-0.0106969;REVB=-0.102698;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184174;STB=0.507182;STBP=0.915;TYPE=ins;VARB=0.00401547;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:21:36:28:35:7:15:13:4:3:16:11:9:12:8:3 chr9 112852637 . A G 423.65 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.015022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3457;QD=21.1825;RBI=0.01507;REFB=-0.0139253;REVB=-0.00120136;RO=38;SAF=26;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257812;STB=0.642286;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0184943;OID=.;OPOS=112852637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:16:26:12:26:16:26:12:26 chr9 112852717 . C T 299.37 PASS AF=0.44;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0411926;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4882;QD=15.9662;RBI=0.0419441;REFB=0.000162382;REVB=-0.00790416;RO=41;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00252396;STB=0.529394;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.000545338;OID=.;OPOS=112852717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:32:33:0.44:21:11:14:27:22:11:16:26 chr9 112899361 . A C 675.9 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0140098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.722;QD=49.1562;RBI=0.0496286;REFB=-0.0311757;REVB=0.0476102;RO=4;SAF=34;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128698;STB=0.506847;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0015712;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:55:55:4:4:51:51:0.927273:17:34:3:1:17:34:3:1 chr9 112900341 . G GGAAGCT 229.97 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000859339;FXX=0;HRUN=2;LEN=6;MLLD=246.056;QD=24.2078;RBI=0.0467949;REFB=-0.0394157;REVB=0.046787;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111098;STB=0.571004;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.0166281;OID=.;OPOS=112900342;OREF=-;OALT=GAAGCT;OMAPALT=GGAAGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:21:38:22:38:16:13:9:12:4:99:16:13:8:12:4 chr9 112900480 . GGGCCCCCCC GCCCCCC,GGCCCCAGCC,GGGCCCCCC,GGGCCCCCCG 175.11 PASS AF=0.0217391,0.0434783,0.804348,0;AO=6,2,12,2;DP=51;FAO=1,2,37,0;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=0,2,27,0;FSAR=1,0,10,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0472446,-0.0414506,-0.00836849,-0.0377186;FXX=0.09802;HRUN=5,5,7,7;LEN=3,6,1,1;MLLD=21.8804,141.321,7.77904,130.761;QD=15.2272;RBI=0.503499,0.0824596,0.192256,0.0697903;REFB=0.133918,0.0205202,-0.055593,0.0099699;REVB=-0.501277,-0.0712841,0.192073,-0.0587196;RO=12;SAF=0,2,11,2;SAR=6,0,1,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.354167,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.774871,0.505787,0.405775,0.505787;STB=0.98873,0.993777,0.539149,0.5;STBP=0.485,0.22,0.246,1;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=-0.108851,0.0757394,0.0563461,-0.0839762;OID=.,.,.,.;OPOS=112900481,112900482,112900483,112900489;OREF=GGC,GCCCCC,C,C;OALT=-,CCCCAG,-,G;OMAPALT=GCCCCCC,GGCCCCAGCC,GGGCCCCCC,GGGCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0217391,0.0434783,0.804348,0:6,2,12,2:51:1,2,37,0:46:6:0,2,27,0:1,0,10,0:3:3:22:12:0,2,11,2:6,0,1,0:8:4 chr9 112900785 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6912;QD=52.6118;RBI=0.0960638;REFB=0;REVB=0.0582492;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373698;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr9 112931646 . G A 893.74 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7079;QD=57.6607;RBI=0.0841989;REFB=0;REVB=0.081743;RO=0;SAF=49;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011772;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:11:49:0:0:11:51:0:0 chr9 112932329 . G A 1322.15 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014054;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.738;QD=62.2187;RBI=0.0346179;REFB=0;REVB=0.0316367;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282606;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:82:85:1:32:50:0:0:34:51:0:0 chr9 112932540 . GTTTTTTA GTTTTT,GTTTTTA 32.81 PASS AF=0.206897,0.137931;AO=4,7;DP=35;FAO=6,4;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5,3;FSAR=1,1;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0207078,-0.0681843;FXX=0.147016;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=15.0877,8.4326;QD=4.52503;RBI=0.211813,0.253907;REFB=-0.0104964,-0.0525843;REVB=0.210798,0.244581;RO=12;SAF=4,6;SAR=0,1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.371429,0.371429;SSSB=0.592071,-0.143714;STB=0.594323,0.68897;STBP=0.822,0.817;TYPE=del,del;VARB=0.0821111,0.074831;OID=.,.;OPOS=112932546,112932541;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897,0.137931:4,7:35:6,4:29:19:5,3:1,1:17:2:16:12:4,6:0,1:11:1 chr9 112960852 . C T 632.82 PASS AF=0.496124;AO=64;DP=129;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.00134605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.301;QD=19.6222;RBI=0.0140176;REFB=-0.00357042;REVB=-0.0139528;RO=63;SAF=32;SAR=32;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214186;STB=0.511624;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00526985;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:65:64:64:0.496124:32:32:30:33:32:32:31:34 chr9 112960858 . T C 1880.36 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6418;QD=60.6566;RBI=0.0325189;REFB=-0.086414;REVB=-0.0031087;RO=0;SAF=61;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.55703e-08;STB=0.504064;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000712161;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:0:1:123:123:0.991935:62:61:0:0:62:61:1:0 chr9 112960869 . A G 1751.74 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=59.8887;RBI=0.0171939;REFB=-0.137307;REVB=-0.0138368;RO=1;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784965;STB=0.504132;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000392169;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:60:56:0:1:60:56:0:1 chr9 112963504 . A G 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.896;QD=64.2848;RBI=0.00382827;REFB=0;REVB=0.00348405;RO=0;SAF=66;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01139e-06;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:34:66:0:0:34:66:0:0 chr9 112963702 . G A 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0113461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.314;QD=19.3389;RBI=0.0139928;REFB=-0.00991401;REVB=-0.00818915;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115843;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:7:11:11:7:7:11 chr9 113006420 . A G 1158.6 PASS AF=1;AO=51;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167504;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2747;QD=59.4156;RBI=0.084512;REFB=0;REVB=0.0828354;RO=2;SAF=43;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050899;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:2:0:51:78:1:8:43:2:0:15:63:0:0 chr9 113006421 . T G 214.64 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=10;FWDB=-0.0242092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.61;QD=10.4701;RBI=0.0880907;REFB=-0.0626917;REVB=0.0846988;RO=53;SAF=20;SAR=7;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112222;STB=0.572278;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00707525;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:55:27:27:0.329268:7:20:43:10:7:20:45:10 chr9 113132221 . G A 1600.98 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0036956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9915;QD=64.0392;RBI=0.00997932;REFB=0;REVB=-0.00926981;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61455e-05;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:40:59:0:0:41:59:0:0 chr9 113192655 . T A,G 1234.23 PASS AF=0.0609756,0.939024;AO=5,77;DP=82;FAO=5,77;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=4,45;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156536,-0.021603;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.9186,150.626;QD=60.2062;RBI=0.0172921,0.0251372;REFB=0,0;REVB=0.00734731,0.0128527;RO=0;SAF=4,45;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.140082,-0.00172729;OID=.,.;OPOS=113192655,113192655;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:82:82:0:0:5,77:5,77:0.0609756,0.939024:1,32:4,45:0:0:1,32:4,45:0:0 chr9 113220820 . C T 1472.33 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000739857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.719;QD=63.3261;RBI=0.0341807;REFB=0;REVB=0.0341726;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126101;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr9 113233720 . G A 2059.13 PASS AF=0.978102;AO=134;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0100985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.489;QD=60.1205;RBI=0.0146447;REFB=-0.0218298;REVB=0.010606;RO=3;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243568;STB=0.512819;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000800924;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:134:134:0.978102:57:77:0:3:57:77:0:3 chr9 113245903 . G A 897.59 PASS AF=0.539877;AO=88;DP=162;FAO=88;FDP=163;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.00113546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.025;QD=22.0267;RBI=0.0350594;REFB=-0.0148596;REVB=-0.035041;RO=74;SAF=37;SAR=51;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134507;STB=0.570534;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0158371;OID=.;OPOS=113245903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:74:75:88:88:0.539877:51:37:43:31:51:37:43:32 chr9 113275227 . C T 472.96 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.004278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.646;QD=17.5172;RBI=0.0274515;REFB=0.0117421;REVB=0.0271161;RO=57;SAF=24;SAR=27;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036276;STB=0.520167;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.00829978;OID=.;OPOS=113275227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:27:24:29:28:27:24:29:28 chr9 113457726 . G A 458.38 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0920995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7559;QD=14.1039;RBI=0.122455;REFB=-0.0198783;REVB=-0.0807031;RO=75;SAF=28;SAR=25;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895091;STB=0.541237;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0292151;OID=.;OPOS=113457726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:75:77:53:53:0.407692:25:28:46:29:25:28:46:31 chr9 113636353 . T G 369.83 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.021;QD=52.8331;RBI=0.0442753;REFB=-0.113852;REVB=0.002557;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515652;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr9 113636379 . C T 221.96 PASS AF=0.6;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00293454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9658;QD=25.3668;RBI=0.014729;REFB=-0.00243613;REVB=0.0144337;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211967;STB=0.605965;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00183404;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:20:21:0.6:10:10:11:3:10:11:11:3 chr9 113636393 . TTA AAA,T,TAA 56.52 PASS AF=0,0.5,0;AO=4,5,2;DP=30;FAO=0,12,0;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=0,6,0;FSAR=0,6,0;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0272991,-0.117062,-0.0542645;FXX=0.249922;HRUN=7,7,7;LEN=2,2,1;MLLD=21.1033,16.1565,7.76062;QD=9.41928;RBI=0.0969163,0.119775,0.172003;REFB=-0.0438283,0.156916,-0.0899978;REVB=0.0929921,-0.0253504,0.163219;RO=15;SAF=4,3,2;SAR=0,2,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.681029,0.149998,0.554201;STB=0.5,0.583198,0.5;STBP=1,0.471,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.22485,0;OID=.,.,.;OPOS=113636393,113636394,113636394;OREF=TT,TA,T;OALT=AA,-,A;OMAPALT=AAA,T,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:58:30:24:15:12:4,5,2:0,12,0:0,0.5,0:0,2,0:4,3,2:7:8:0,6,0:0,6,0:4:8 chr9 113636486 . G C 88.64 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0865725;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.905;QD=12.2262;RBI=0.0966931;REFB=-0.0160631;REVB=-0.0430669;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0230329;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:8:9:7:4:8:10 chr9 113637854 . G A 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0203444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.74;QD=14.1394;RBI=0.0285427;REFB=-0.0331205;REVB=0.0200197;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.557438;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.025823;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:5:9:10:9:5:9:11:9 chr9 114089882 . C T 438.37 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00945085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.698;QD=27.3983;RBI=0.0109643;REFB=0.00253209;REVB=-0.00555849;RO=22;SAF=25;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15934;STB=0.579559;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.000943551;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:23:41:41:0.640625:16:25:8:14:16:25:9:14 chr9 114090279 . A G 303.65 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0699161;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6273;QD=31.9634;RBI=0.0761386;REFB=-0.0285532;REVB=0.0301467;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133424;STB=0.576864;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0099239;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:12:12:25:26:0.684211:11:14:4:8:11:15:4:8 chr9 114125854 . T A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0258452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.619;QD=16.4258;RBI=0.0261954;REFB=-0.0343984;REVB=0.00426891;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.545372;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0286461;OID=.;OPOS=114125854;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:5:6:5:6:5:6 chr9 114146832 . C T 251.65 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00781412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.658;QD=12.2758;RBI=0.0298812;REFB=-0.00941761;REVB=-0.0288414;RO=52;SAF=14;SAR=16;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204977;STB=0.617288;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0174828;OID=.;OPOS=114146832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:16:14:34:18:16:14:34:18 chr9 114174384 . C T 571.68 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00450122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.142;QD=25.6933;RBI=0.0167896;REFB=-0.00979424;REVB=-0.016175;RO=36;SAF=30;SAR=22;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998715;STB=0.560359;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00725994;OID=.;OPOS=114174384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:36:37:52:52:0.58427:22:30:16:20:22:30:16:21 chr9 114174415 . T C 952.67 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569519;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.558;QD=57.7376;RBI=0.059197;REFB=0;REVB=0.0589224;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147287;OID=.;OPOS=114174415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr9 114182353 . C T 318.33 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00630228;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.274;QD=15.3413;RBI=0.0237968;REFB=-0.000925799;REVB=-0.0229471;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128662;STB=0.573079;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0010918;OID=.;OPOS=114182353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:10:25:29:19:10:25:29:19 chr9 114184477 . C T 295.56 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000331373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3298;QD=22.3067;RBI=0.00938048;REFB=0.00282627;REVB=-0.00937463;RO=23;SAF=22;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223027;STB=0.628132;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00378707;OID=.;OPOS=114184477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:23:23:29:30:0.566038:7:22:12:11:7:23:12:11 chr9 114190337 . G A 659.98 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00505176;FXX=0.0173898;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1371;QD=23.3621;RBI=0.0203341;REFB=-0.0241751;REVB=-0.0196966;RO=50;SAF=39;SAR=25;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122029;STB=0.537015;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0156944;OID=.;OPOS=114190337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:50:49:64:64:0.566372:25:39:23:27:26:38:25:24 chr9 114195587 . G A 398.99 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0192497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8797;QD=18.3442;RBI=0.0243866;REFB=-0.0279722;REVB=-0.0149718;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226049;STB=0.625982;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0168457;OID=.;OPOS=114195587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:16:25:17:29:16:25:17:29 chr9 114326505 . T G 642.36 PASS AF=0.438272;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=162;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.0559355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6693;QD=15.8607;RBI=0.0607384;REFB=-0.0113709;REVB=0.0236722;RO=89;SAF=38;SAR=33;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183964;STB=0.516732;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0177699;OID=.;OPOS=114326505;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:89:91:71:71:0.438272:33:38:46:43:33:38:46:45 chr9 114359624 . C A 1735.54 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.439;QD=59.846;RBI=0.0238811;REFB=-0.137625;REVB=-0.0215565;RO=1;SAF=71;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664169;STB=0.503448;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000434408;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:116:1:1:114:115:0.991379:43:71:1:0:43:72:1:0 chr9 114366094 . G C 1177.26 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.761;QD=60.3725;RBI=0.00520516;REFB=0;REVB=-0.00389784;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24695e-05;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr9 114371322 . T A 421.38 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0661441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4021;QD=18.1238;RBI=0.117882;REFB=-0.0178603;REVB=0.0975768;RO=50;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853938;STB=0.547621;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0227446;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:22:21:20:30:22:21:20:30 chr9 114371493 . C T 569.2 PASS AF=0.619048;AO=49;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00141466;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6268;QD=27.1048;RBI=0.0255477;REFB=-0.00794938;REVB=-0.0255085;RO=28;SAF=24;SAR=25;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545388;STB=0.50733;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0109237;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:28:32:49:52:0.619048:25:24:16:12:27:25:16:16 chr9 114411945 . G T 295.4 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0218616;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.778;QD=16.4113;RBI=0.0222304;REFB=-0.0256051;REVB=0.00403265;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255629;STB=0.647638;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0179603;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:22:38:30:32:0.444444:17:13:17:5:19:13:26:12 chr9 114454580 . A G 2061.55 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.844;QD=62.4714;RBI=0.01818;REFB=0;REVB=0.00244635;RO=0;SAF=62;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37626e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:70:62:0:0:70:62:0:0 chr9 114462322 . A G 518.31 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0526049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.443;QD=22.7827;RBI=0.0526552;REFB=-0.0206705;REVB=0.00230085;RO=41;SAF=35;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320112;STB=0.681742;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0316587;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:14:35:14:27:14:35:14:28 chr9 114464487 . T C 271.6 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00713576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.537;QD=14.681;RBI=0.0156223;REFB=-0.0175997;REVB=0.0138974;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176172;STB=0.599935;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0280522;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:19:24:12:19:19:24 chr9 114484837 . G T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0241009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.723;QD=13.0369;RBI=0.0264511;REFB=-0.00451497;REVB=-0.0108999;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341795;STB=0.519978;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0122991;OID=.;OPOS=114484837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:17:15:9:9:17:15 chr9 114490308 . T C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00147154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.105;QD=17.9399;RBI=0.0158126;REFB=-0.00200855;REVB=0.0157439;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847374;STB=0.548335;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00179414;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:12:10:7:12:12:10 chr9 114687061 . C T 334.14 PASS AF=0.385246;AO=34;DP=109;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0204756;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.405;QD=10.9553;RBI=0.0210574;REFB=-0.0177233;REVB=-0.00491566;RO=61;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013048;STB=0.553169;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0245949;OID=.;OPOS=114687061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:122:61:75:34:47:0.385246:21:13:24:37:21:26:35:40 chr9 114687062 . A T 44.66 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.0586876;FXX=0.00799936;HRUN=6;LEN=1;MLLD=100.262;QD=1.44076;RBI=0.0610091;REFB=-0.0193396;REVB=0.0166697;RO=100;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60973;STB=0.920783;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0517283;OID=.;OPOS=114687062;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:112:124:100:112:12:12:0.0967742:1:11:37:63:1:11:49:63 chr9 114803286 . C T 224.29 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00775453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3556;QD=13.0023;RBI=0.0528341;REFB=0.00263986;REVB=-0.0522619;RO=42;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261661;STB=0.649572;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00613141;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:10:17:16:26:10:17:16:26 chr9 114980967 . T C 670.44 PASS AF=0.961538;AO=35;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0824876;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.582;QD=51.5719;RBI=0.0932395;REFB=0.199434;REVB=-0.0434672;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5294;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00740192;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:0:2:35:50:0.961538:9:26:0:0:16:34:0:2 chr9 114981237 . ATTTTTTTTTTC ATTTTTTTTC,ATTTTTTTTTC,ATTTTTTTTTCT 135.39 PASS AF=0,0.742857,0.257143;AO=5,11,3;DP=34;FAO=0,26,9;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,8;FSAR=0,11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138251,0.231273,0.043839;FXX=0.0277701;HRUN=10,10,10;LEN=2,1,2;MLLD=6.99408,5.06349,11.5865;QD=15.4727;RBI=0.225251,0.412277,0.195456;REFB=0.0349427,0.0267348,-0.0240692;REVB=-0.177833,-0.341299,-0.190476;RO=6;SAF=0,7,3;SAR=5,4,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.819749,-0.26877,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0851769,0.0402128,-0.0842948;OID=.,.,.;OPOS=114981238,114981238,114981247;OREF=TT,T,TC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=ATTTTTTTTC,ATTTTTTTTTC,ATTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.742857,0.257143:5,11,3:34:0,26,9:35:0:0,15,8:0,11,1:0:0:30:6:0,7,3:5,4,0:6:0 chr9 114982463 . T C 768.91 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2528;QD=55.9203;RBI=0.0625345;REFB=0;REVB=-0.0038243;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281267;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:51:55:1:16:35:0:0:20:35:0:0 chr9 114982549 . C T 727.68 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.29;QD=63.2763;RBI=0.0178739;REFB=0;REVB=0.0119004;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34357e-05;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr9 115034899 . A T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.285;QD=60.2307;RBI=0.0241158;REFB=0;REVB=0.0149445;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56697e-06;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr9 115095743 . T C 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.728;QD=59.8493;RBI=0.0209031;REFB=0;REVB=0.0205382;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79468e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr9 115567184 . T C 1207.45 PASS AF=0.964286;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0670234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6378;QD=57.4977;RBI=0.0803692;REFB=-0.143366;REVB=0.0443517;RO=3;SAF=51;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270364;STB=0.514015;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:80:81:0.964286:29:51:3:0:29:52:3:0 chr9 115580008 . G C 1030.77 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160286;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.899;QD=59.755;RBI=0.0190081;REFB=0;REVB=-0.0102172;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24871e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:70:69:1:26:44:0:0:26:43:0:0 chr9 115600848 . T C,G 1489.81 PASS AF=0.950495,0.049505;AO=97,4;DP=101;FAO=96,5;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013485,-0.0005446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.766,70.5352;QD=59.0023;RBI=0.0127895,0.0786056;REFB=0,0;REVB=-0.0127182,0.0786037;RO=0;SAF=49,4;SAR=48,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0010492,0.0614681;OID=.,.;OPOS=115600848,115600848;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:101:101:0:0:97,4:96,5:0.950495,0.049505:48,0:49,4:0:0:47,1:49,4:0:0 chr9 115617061 . T C 1282.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3596;QD=61.7984;RBI=0.0353326;REFB=0;REVB=-0.00447616;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67415e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:83:0:0:80:83:1:31:49:0:0:32:51:0:0 chr9 115632969 . A G 2311.72 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.574;QD=60.8348;RBI=0.0260869;REFB=0;REVB=0.0255449;RO=0;SAF=70;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97207e-05;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:152:0:0:149:152:1:79:70:0:0:80:72:0:0 chr9 115635641 . C G 423.96 PASS AF=0.395161;AO=48;DP=125;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0169823;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.45;QD=13.6761;RBI=0.0169885;REFB=-0.0072537;REVB=-0.000457964;RO=75;SAF=33;SAR=15;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259882;STB=0.651099;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0200989;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:75:75:48:49:0.395161:15:33:34:41:15:34:34:41 chr9 115652881 . G T 290.11 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0742434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.376;QD=46.4169;RBI=0.0913849;REFB=-0.0535533;REVB=0.0532833;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538428;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0011061;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:0:2:23:23:0.92:11:12:0:0:11:12:2:0 chr9 115925104 . C T 3294.51 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000897506;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.516;QD=61.8687;RBI=0.0455042;REFB=-0.0988021;REVB=-0.0454953;RO=0;SAF=128;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102188;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:214:213:0:0:213:213:1:85:128:0:0:85:128:0:0 chr9 115925801 . CAAAAAAAT CAAAAAA,CAAAAAAT,CAAAAAATT 235.35 PASS AF=0.603448,0,0;AO=17,12,5;DP=69;FAO=35,0,0;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.143184,-0.076393,0.0661;FXX=0.0333278;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=17.3476,8.80985,11.924;QD=16.2309;RBI=0.150586,0.0958574,0.125879;REFB=-0.0994341,-0.0717218,0.0163612;REVB=0.0466293,-0.057903,-0.107128;RO=20;SAF=13,5,4;SAR=4,7,1;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.479907,0.189795,0.579149;STB=0.669766,0.5,0.5;STBP=0.002,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0736569,0.0901014,0;OID=.,.,.;OPOS=115925808,115925802,115925808;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAAA,CAAAAAAT,CAAAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.603448,0,0:17,12,5:69:35,0,0:58:23:20,0,0:15,0,0:3:20:99:20:13,5,4:4,7,1:5:15 chr9 115926197 . TG T 1566.69 PASS AF=1;AO=124;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.0771;QD=48.5795;RBI=0.170342;REFB=0;REVB=-0.15743;RO=0;SAF=86;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00200706;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:129:129:129:0:88:41:0:0:28:0:86:38:0:0 chr9 115928275 . T C 923.25 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.857;QD=56.8156;RBI=0.0313669;REFB=-0.00911589;REVB=0.0262643;RO=1;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242055;STB=0.512816;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000237722;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:19:45:0:1:19:45:0:1 chr9 115931692 . A G 492.28 PASS AF=0.489796;AO=49;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0236027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9062;QD=20.0929;RBI=0.0860826;REFB=0.0148822;REVB=-0.0827836;RO=49;SAF=22;SAR=27;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132763;STB=0.582432;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0260752;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:49:48:0.489796:27:22:15:34:26:22:15:35 chr9 115950156 . G A 353.66 PASS AF=0.403846;AO=41;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.00802761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.279;QD=13.6021;RBI=0.0137005;REFB=-0.0206125;REVB=-0.0111022;RO=50;SAF=22;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152721;STB=0.622687;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0269091;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:50:62:41:42:0.403846:19:22:19:31:19:23:21:41 chr9 115950706 . A C 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00806402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.431;QD=19.0784;RBI=0.0128645;REFB=-0.0194937;REVB=-0.0100233;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171112;STB=0.586154;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0201649;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:17:15:20:10:17:15:20:11 chr9 115983540 . G A 1455.13 PASS AF=0.523985;AO=138;DP=267;FAO=142;FDP=271;FR=.;FRO=129;FSAF=109;FSAR=33;FSRF=80;FSRR=49;FWDB=0.0127875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.76;QD=21.4779;RBI=0.0280911;REFB=0.000726474;REVB=0.0250118;RO=129;SAF=106;SAR=32;SRF=80;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164622;STB=0.588982;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000546749;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:271:129:129:138:142:0.523985:32:106:80:49:33:109:80:49 chr9 115985499 . G C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.535;QD=58.9627;RBI=0.00587814;REFB=0;REVB=0.00387591;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60597e-07;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:23:43:0:0:23:43:0:0 chr9 116044994 . CTAAA ACTAA,CTAAG 41.56 PASS AF=0,0.233333;AO=2,6;DP=30;FAO=0,7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00499011,-0.0153184;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=33.3489,284.603;QD=5.54153;RBI=0.0334107,0.015496;REFB=0.0315173,0.00178668;REVB=-0.0330359,-0.00233964;RO=17;SAF=2,2;SAR=0,4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.516333,-0.225245;STB=0.5,0.666222;STBP=1,0.389;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00389498;OID=.,.;OPOS=116044994,116044998;OREF=CTA,A;OALT=ACT,G;OMAPALT=ACTAA,CTAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:30:30:17:23:2,6:0,7:0,0.233333:0,4:2,2:9:8:0,4:0,3:15:8 chr9 116122954 . A G 182.33 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000170764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.884;QD=11.5764;RBI=0.0344174;REFB=-0.0234085;REVB=-0.0344169;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989888;STB=0.55735;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.038523;OID=.;OPOS=116122954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:13:10:21:19:13:10:21:19 chr9 116122968 . G A 186.18 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00600334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.694;QD=12.4122;RBI=0.0472762;REFB=-0.0060079;REVB=0.0468934;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492534;STB=0.52836;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0430896;OID=.;OPOS=116122968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:21:16:11:12:21:16 chr9 116132334 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0368432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.092;QD=17.4544;RBI=0.0488375;REFB=0.0190709;REVB=0.0320575;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127993;STB=0.571753;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0162947;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:11:18:13:14:11:18 chr9 116136198 . C T 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0158622;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=285.799;QD=45.3102;RBI=0.0500933;REFB=-0.0134065;REVB=0.0475156;RO=2;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183661;STB=0.588707;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00024931;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:2:3:25:25:0.892857:4:21:0:2:4:21:1:2 chr9 116152891 . A G 178.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0276232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.796;QD=22.337;RBI=0.0448654;REFB=-0.0205563;REVB=-0.0353534;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322033;STB=0.518096;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0260758;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:7:11:8:6:7:11:8:6 chr9 116152940 . G A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0014947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.147;QD=21.612;RBI=0.0121666;REFB=-0.00491035;REVB=0.0120745;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666255;STB=0.509083;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00411002;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:10:14:13:9:10:14:13:10 chr9 116153900 . A G 886.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.142;QD=58.1154;RBI=0.0315227;REFB=0;REVB=0.0179459;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32619e-05;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:31:28:0:0:32:29:0:0 chr9 116356373 . G C 1219.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9555;QD=60.9725;RBI=0.0514721;REFB=0;REVB=-0.0104445;RO=0;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122478;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:55:25:0:0:55:25:0:0 chr9 116356516 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.826;QD=53.2707;RBI=0.11911;REFB=0;REVB=-0.0170558;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000973765;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr9 116356528 . GC G,GG 171.68 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,12;DP=14;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371533,0.0371954;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.403,268.619;QD=45.781;RBI=0.119933,0.119647;REFB=0,0;REVB=0.114034,0.113718;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0267503,0.0054697;OID=.,.;OPOS=116356529,116356529;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:2,12:14:1,14:15:0:0,2:1,12:0:0:4:0:0,2:2,10:0:0 chr9 116764283 . C T 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00454058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.561;QD=13.7412;RBI=0.0144877;REFB=-0.0166798;REVB=0.0137578;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545428;STB=0.531079;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0222006;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:20:23:14:15:20:23 chr9 116770776 . C T 213.28 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0170233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.146;QD=13.7602;RBI=0.0182132;REFB=-0.00753403;REVB=-0.00647521;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103786;STB=0.564056;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0135363;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:36:24:26:0.419355:9:15:23:9:9:17:27:9 chr9 116770785 . G A 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0365284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.914;QD=11.2669;RBI=0.0383582;REFB=-0.022915;REVB=-0.011706;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371148;STB=0.521717;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0241391;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:4:16:28:8:4:16:28:8 chr9 116791128 . G A 401.56 PASS AF=0.350365;AO=48;DP=135;FAO=48;FDP=137;FR=.;FRO=89;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.00288076;FXX=0.021427;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.401;QD=11.7243;RBI=0.00848747;REFB=0.00889951;REVB=0.00798363;RO=87;SAF=21;SAR=27;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899995;STB=0.544436;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0137318;OID=.;OPOS=116791128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:87:89:48:48:0.350365:27:21:45:42:27:21:45:44 chr9 116813001 . T C 355.56 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0691514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.113;QD=18.0028;RBI=0.0716978;REFB=-0.0607465;REVB=-0.0189383;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10328;STB=0.562085;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0622592;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:39:41:37:38:0.481013:23:14:19:20:23:15:21:20 chr9 116930194 . A G 804.94 PASS AF=0.391813;AO=66;DP=171;FAO=67;FDP=171;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=0.0250835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.672;QD=18.8289;RBI=0.0256294;REFB=-0.0297576;REVB=0.00526186;RO=82;SAF=28;SAR=38;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194911;STB=0.603025;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.011063;OID=.;OPOS=116930194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:82:82:66:67:0.391813:38:28:51:31:38:29:51:31 chr9 116930196 . A G 47.87 PASS AF=0.113095;AO=23;DP=159;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=81;FSRR=68;FWDB=-0.0511724;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.2392;QD=1.13968;RBI=0.0560418;REFB=-0.0438016;REVB=-0.0228487;RO=136;SAF=20;SAR=3;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481155;STB=0.795736;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.247796;OID=.;OPOS=116930196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:159:168:136:149:23:19:0.113095:3:20:71:65:3:16:81:68 chr9 116931099 . G A 149.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465538;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2678;QD=45.8833;RBI=0.0801305;REFB=0;REVB=0.06522;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257798;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr9 116931445 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0255435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.036;QD=8.81147;RBI=0.0258944;REFB=-0.0125929;REVB=-0.00424847;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.545308;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0282172;OID=.;OPOS=116931445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:3:8:4:2:3:8 chr9 116958216 . C T 527.05 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=57;FSRR=29;FWDB=0.00540869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.465;QD=14.6404;RBI=0.0360049;REFB=-0.0170836;REVB=-0.0355964;RO=86;SAF=40;SAR=18;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327457;STB=0.518471;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0222054;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:86:86:58:58:0.402778:18:40:57:29:18:40:57:29 chr9 116973273 . C T 638.12 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.130027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1987;QD=22.004;RBI=0.131437;REFB=-0.0223829;REVB=0.0192014;RO=50;SAF=23;SAR=40;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971902;STB=0.542242;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.027836;OID=.;OPOS=116973273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:53:63:63:0.543103:40:23:24:26:40:23:24:29 chr9 116980052 . C T 373.04 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0601513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9475;QD=17.7637;RBI=0.0619504;REFB=-0.0218532;REVB=0.014821;RO=46;SAF=24;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217592;STB=0.529397;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0248357;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:45:38:39:0.464286:14:24:30:16:15:24:30:15 chr9 116980089 . T C 343.13 PASS AF=0.493151;AO=32;DP=69;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0125799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.698;QD=18.8015;RBI=0.0125962;REFB=-0.013802;REVB=0.000640802;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000836016;STB=0.52399;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0165038;OID=.;OPOS=116980089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:37:37:32:36:0.493151:13:19:22:15:13:23:22:15 chr9 117002517 . C T 757.02 PASS AF=0.414286;AO=85;DP=207;FAO=87;FDP=210;FR=.;FRO=123;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=65;FSRR=58;FWDB=0.0269633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.651;QD=14.4194;RBI=0.0271787;REFB=-0.00136339;REVB=0.00341487;RO=122;SAF=49;SAR=36;SRF=64;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553286;STB=0.53444;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00169409;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:210:122:123:85:87:0.414286:36:49:64:58:36:51:65:58 chr9 117033022 . T C 489.78 PASS AF=0.48;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0189857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1106;QD=19.5911;RBI=0.051132;REFB=0.0127336;REVB=-0.0474766;RO=52;SAF=28;SAR=20;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253687;STB=0.640466;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0188753;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:52:48:48:0.48:20:28:16:36:20:28:16:36 chr9 117044538 . G T 530.2 PASS AF=0.44697;AO=49;DP=125;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=20;FWDB=-0.00599381;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.046;QD=16.0667;RBI=0.00702932;REFB=-0.053847;REVB=0.00367227;RO=73;SAF=24;SAR=25;SRF=52;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236308;STB=0.629115;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0717248;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:132:73:73:49:59:0.44697:25:24:52:21:30:29:53:20 chr9 117044751 . T C 893.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.197;QD=57.6645;RBI=0.00634381;REFB=0;REVB=-0.000632181;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93132e-06;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr9 117050998 . G A 463.33 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0149847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9118;QD=22.0634;RBI=0.046536;REFB=-0.0344469;REVB=0.0440574;RO=39;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149542;STB=0.582243;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0273152;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:22:23:13:26:22:23:13:26 chr9 117051020 . A G 309.33 PASS AF=0.435897;AO=32;DP=76;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.011128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.132;QD=15.863;RBI=0.0219095;REFB=-0.0184251;REVB=0.0188731;RO=41;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186118;STB=0.637597;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0199547;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:41:44:32:34:0.435897:22:10:20:21:24:10:23:21 chr9 117051586 . C G 289.6 PASS AF=0.357798;AO=34;DP=104;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0120867;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4823;QD=10.6276;RBI=0.0413009;REFB=-0.0048923;REVB=-0.0394927;RO=65;SAF=27;SAR=7;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451517;STB=0.662493;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0169281;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:65:70:34:39:0.357798:7:27:27:38:13:26:29:41 chr9 117064345 . G A 193.16 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00104245;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.76;QD=15.7683;RBI=0.0450498;REFB=-0.012648;REVB=-0.0450377;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061486;STB=0.535177;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0130062;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:5:15:23:6:5:15:23:6 chr9 117071744 . A G 200.48 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0259597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7465;QD=15.1304;RBI=0.0648822;REFB=-0.00398351;REVB=-0.0594626;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087676;STB=0.549875;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00696606;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:17:13:12:11:17:13 chr9 117085526 . G A 654.71 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417476;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.844;QD=62.3529;RBI=0.0558218;REFB=0;REVB=-0.0370568;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48264e-05;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr9 117085635 . T C 705.98 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186706;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.6371;QD=42.1482;RBI=0.229541;REFB=-0.11773;REVB=0.133529;RO=11;SAF=14;SAR=30;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158728;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:67:11:0:44:67:1:30:14:11:0:34:33:0:0 chr9 117103973 . A G 430.38 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=107;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00359317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.928;QD=15.94;RBI=0.0275403;REFB=-0.0306027;REVB=-0.0273049;RO=60;SAF=32;SAR=15;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207471;STB=0.620046;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0316215;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:60:60:47:48:0.444444:15:32:29:31:15:33:29:31 chr9 117110046 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0110609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.36;QD=16.7281;RBI=0.016637;REFB=-0.0163154;REVB=-0.0124276;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0204397;OID=.;OPOS=117110046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:10:9:7:9:10:9 chr9 117122202 . C T 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.108;QD=63.6141;RBI=0.0123632;REFB=0;REVB=0.0122052;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38959e-05;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr9 117124731 . G A 741.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0875;QD=63.0656;RBI=0.0849858;REFB=0;REVB=0.0712306;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110385;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr9 117138278 . C T 202.54 PASS AF=0.8;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.128101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2858;QD=40.5078;RBI=0.128164;REFB=0.0114747;REVB=0.00398897;RO=2;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608629;STB=0.531212;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.016623;OID=.;OPOS=117138278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:21:20:2:2:15:16:0.8:14:1:0:2:15:1:0:2 chr9 117166246 . A G 519.21 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00534568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.727;QD=22.8224;RBI=0.0742556;REFB=-0.0214026;REVB=-0.074063;RO=38;SAF=17;SAR=32;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107111;STB=0.540524;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0191559;OID=.;OPOS=117166246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:42:49:49:0.538462:32:17:18:20:32:17:18:24 chr9 117166338 . G C 541.52 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0544086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.272;QD=51.5729;RBI=0.0761759;REFB=-0.0572712;REVB=0.0533149;RO=3;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055049;STB=0.512189;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000740879;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:42:42:3:4:38:38:0.904762:24:14:0:3:24:14:1:3 chr9 117169033 . A G 458.44 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=129;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0139651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4455;QD=14.2151;RBI=0.0369756;REFB=-0.011725;REVB=-0.0342369;RO=77;SAF=22;SAR=30;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102547;STB=0.557866;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0192643;OID=.;OPOS=117169033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:77:52:52:0.403101:30:22:40:37:30:22:40:37 chr9 117186677 . A G 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.893;QD=60.5456;RBI=0.039955;REFB=0;REVB=0.03508;RO=0;SAF=70;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37451e-05;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:42:70:0:0:42:70:0:0 chr9 117188566 . C G,T 2408.61 PASS AF=0.0484848,0.945455;AO=8,154;DP=164;FAO=8,156;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=7,93;FSAR=1,63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00269396,-0.00378201;FXX=0.0236672;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.0099,202.261;QD=58.3906;RBI=0.00284568,0.0166521;REFB=-0.184848,-0.109886;REVB=-0.000916776,0.0162169;RO=0;SAF=7,92;SAR=1,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,3.698e-08;STB=0.533253,0.502673;STBP=0.649,0.528;TYPE=snp,snp;VARB=0.170522,0.000249352;OID=.,.;OPOS=117188566,117188566;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:164:165:0:1:8,154:8,156:0.0484848,0.945455:1,62:7,92:0:0:1,63:7,93:1:0 chr9 117377843 . G C 696.45 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.519;QD=60.5612;RBI=0.0445278;REFB=-0.127287;REVB=0.0406493;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000775704;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:26:19:0:0:26:19:0:1 chr9 117428960 . T C 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0069394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1249;QD=12.413;RBI=0.013372;REFB=-0.0262311;REVB=-0.0114304;RO=36;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159133;STB=0.603965;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0534783;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:6:17:22:14:6:17:22:15 chr9 117430611 . A T 149.72 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.0209342;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.637;QD=5.54534;RBI=0.0342598;REFB=-0.0102143;REVB=-0.0271199;RO=82;SAF=19;SAR=5;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515779;STB=0.809168;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0223754;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:82:84:24:24:0.222222:5:19:30:52:5:19:32:52 chr9 117433685 . C T 897.7 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.0299335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4669;QD=19.7296;RBI=0.0996258;REFB=-0.00367738;REVB=-0.0950226;RO=91;SAF=56;SAR=34;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897275;STB=0.55262;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00280588;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:91:92:90:90:0.494505:34:56:48:43:34:56:48:44 chr9 117552885 . T C 2147.79 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.98;QD=62.7092;RBI=0.0460952;REFB=0;REVB=0.00182676;RO=0;SAF=90;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08526e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185992;OID=.;OPOS=117552885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:136:137:1:46:90:0:0:47:90:0:0 chr9 117553158 . A T 557.09 PASS AF=0.569892;AO=34;DP=92;FAO=53;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0267109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.2166;QD=23.9609;RBI=0.113698;REFB=-0.0547988;REVB=0.110516;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873224;STB=0.540393;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0677667;OID=.;OPOS=117553158;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:32:36:34:53:0.569892:19:15:11:21:37:16:14:22 chr9 117553222 . G T 260.54 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0602272;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.1615;QD=23.6857;RBI=0.061827;REFB=0.0368222;REVB=0.0139738;RO=20;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192293;STB=0.608012;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0242816;OID=.;OPOS=117553222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:18:6:9:11:18:6:9:11 chr9 117553249 . T C 613.1 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6207;QD=61.3095;RBI=0.0797152;REFB=0;REVB=0.0203225;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042426;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr9 117553883 . G A 281.03 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00617667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3001;QD=17.0323;RBI=0.0379118;REFB=-0.0176976;REVB=-0.0374052;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112333;STB=0.576388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0316956;OID=.;OPOS=117553883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:35:31:31:0.469697:15:16:13:20:15:16:13:22 chr9 117554069 . A G 474.55 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.00177942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.329;QD=16.2238;RBI=0.00474156;REFB=-0.0289008;REVB=0.004395;RO=65;SAF=15;SAR=37;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174201;STB=0.597831;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0365169;OID=.;OPOS=117554069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:37:15:29:36:37:15:29:36 chr9 117668142 . C T 607.63 PASS AF=0.437908;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=0.00252997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.792;QD=15.8857;RBI=0.0101439;REFB=-0.00970302;REVB=0.00982334;RO=86;SAF=44;SAR=23;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00618907;STB=0.503453;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0125699;OID=.;OPOS=117668142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:86:86:67:67:0.437908:23:44:56:30:23:44:56:30 chr9 117791664 . C T 385.83 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00287152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.713;QD=15.5892;RBI=0.00503238;REFB=-0.0144102;REVB=0.0041327;RO=57;SAF=28;SAR=13;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135948;STB=0.57293;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0189839;OID=.;OPOS=117791664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:13:28:32:25:13:28:33:25 chr9 117792583 . C G 1578.16 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499713;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2;QD=60.1204;RBI=0.0507614;REFB=0;REVB=-0.00892106;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259697;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:103:105:1:42:61:0:0:42:63:0:0 chr9 117797597 . T C 153.92 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00252162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.182;QD=9.47186;RBI=0.0209655;REFB=-0.0115292;REVB=-0.0208133;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15023;STB=0.593965;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0230294;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:44:20:21:0.323077:6:14:25:18:6:15:26:18 chr9 117808785 . T A 585.84 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=21;FWDB=0.00315691;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.758;QD=16.2732;RBI=0.0285029;REFB=-0.0077538;REVB=0.0283276;RO=81;SAF=52;SAR=10;SRF=60;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159364;STB=0.587861;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00911004;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:81:82:62:62:0.430556:10:52:60:21:10:52:61:21 chr9 117835931 . G A 377.67 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=-0.00243098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.459;QD=12.9119;RBI=0.0201347;REFB=-0.0159099;REVB=0.0199874;RO=70;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211537;STB=0.617342;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0215324;OID=.;OPOS=117835931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:70:72:45:45:0.384615:22:23:22:48:22:23:23:49 chr9 117846570 . C T 1571.66 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.463;QD=59.8728;RBI=0.0439487;REFB=0;REVB=0.0207789;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48732e-05;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:35:66:0:0:37:68:0:0 chr9 117848197 . C T 52.14 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0288916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.428;QD=7.44832;RBI=0.0818069;REFB=-0.0183833;REVB=-0.0765353;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273982;STB=0.659573;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0468592;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:28:19:20:8:8:0.285714:2:6:10:9:2:6:11:9 chr9 117848394 . T C 912.97 PASS AF=1;AO=55;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.473;QD=57.9664;RBI=0.059451;REFB=0;REVB=0.032253;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129772;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:55:63:1:31:24:0:0:33:30:0:0 chr9 118163563 . C T 802.21 PASS AF=0.535211;AO=75;DP=140;FAO=76;FDP=142;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0482477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0759;QD=22.5975;RBI=0.0557818;REFB=-0.0199232;REVB=0.0279957;RO=65;SAF=28;SAR=47;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091301;STB=0.549642;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0199407;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:65:66:75:76:0.535211:47:28:31:34:47:29:32:34 chr9 119106881 . C A 1665.96 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0962811;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=59.4987;RBI=0.0995408;REFB=0.0538855;REVB=0.0252649;RO=1;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106673;STB=0.505617;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=8.0209e-05;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:111:111:0.991071:44:67:0:1:44:67:0:1 chr9 119158814 . T C 1192.81 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.534;QD=60.3956;RBI=0.0411017;REFB=0;REVB=0.039767;RO=0;SAF=54;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010718;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:20:54:0:0:25:54:0:0 chr9 119159966 . T C 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0481273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7932;QD=18.0726;RBI=0.0490388;REFB=0.0114071;REVB=-0.009411;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156743;STB=0.508766;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0132148;OID=.;OPOS=119159966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:15:16:16:14:15:16 chr9 119162545 . C A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.231;QD=63.8719;RBI=0.00728759;REFB=0;REVB=0.00167286;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05819e-05;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr9 119163989 . A G 949.04 PASS AF=0.398524;AO=108;DP=273;FAO=108;FDP=271;FR=.;FRO=163;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=97;FSRR=66;FWDB=0.0481255;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3756;QD=14.0079;RBI=0.067276;REFB=-0.0321349;REVB=0.0470105;RO=162;SAF=71;SAR=37;SRF=97;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067857;STB=0.540535;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0409505;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:271:162:163:108:108:0.398524:37:71:97:65:37:71:97:66 chr9 119199820 . C G 1519.63 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.099606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6171;QD=61.3993;RBI=0.10014;REFB=-0.0321951;REVB=-0.010325;RO=2;SAF=52;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138925;STB=0.500733;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00279666;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:45:52:1:1:45:52:1:1 chr9 119462112 . C T 717.56 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0414171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.848;QD=54.1552;RBI=0.04367;REFB=-0.0264849;REVB=0.0138452;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00172684;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:51:52:0.981132:25:26:0:0:25:27:0:1 chr9 119463189 . T C 273.9 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0493285;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8954;QD=24.3467;RBI=0.0536388;REFB=-0.028191;REVB=0.021067;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157922;STB=0.587411;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0158203;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:15:5:11:14:15:5 chr9 119495697 . T C 2144.36 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194686;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.726;QD=63.0696;RBI=0.0157932;REFB=0;REVB=0.0156727;RO=0;SAF=83;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39806e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:53:83:0:0:53:83:0:0 chr9 119738452 . C T 224.33 PASS AF=0.341176;AO=27;DP=83;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0160602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5261;QD=10.5565;RBI=0.0173581;REFB=-0.011597;REVB=0.00658586;RO=53;SAF=15;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312556;STB=0.534178;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0223507;OID=.;OPOS=119738452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:53:56:27:29:0.341176:12:15:28:25:13:16:28:28 chr9 119770480 . C T 1056.95 PASS AF=0.497674;AO=107;DP=216;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.00758125;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.003;QD=19.6641;RBI=0.0105245;REFB=-0.000716075;REVB=0.00729998;RO=105;SAF=62;SAR=45;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596555;STB=0.526395;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.000540479;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:105:108:107:107:0.497674:45:62:54:51:45:62:57:51 chr9 120039299 . T C 1749.39 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.587;QD=60.8484;RBI=0.00555743;REFB=0;REVB=0.000236118;RO=0;SAF=68;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8261e-06;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:46:68:0:0:47:68:0:0 chr9 120039324 . GCTGAT G 762.84 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=106;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0127821;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=5;MLLD=295.579;QD=29.9153;RBI=0.0171564;REFB=-0.0154083;REVB=0.0114438;RO=34;SAF=38;SAR=30;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370065;STB=0.519971;STBP=0.586;TYPE=del;VARB=0.00773487;OID=.;OPOS=120039325;OREF=CTGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:68:106:68:102:34:38:30:21:13:99:34:38:30:21:13 chr9 120039469 . C T 743.66 PASS AF=0.583333;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00751044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.978;QD=24.7888;RBI=0.010382;REFB=-0.00678851;REVB=0.00716792;RO=50;SAF=37;SAR=33;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101642;STB=0.555273;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00635766;OID=.;OPOS=120039469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:50:70:70:0.583333:33:37:33:17:33:37:33:17 chr9 120053776 . T C 1672.11 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.113;QD=60.2564;RBI=0.0261998;REFB=0;REVB=0.0222353;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13481e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:59:50:0:0:61:50:0:0 chr9 120470358 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.558;QD=61.6839;RBI=0.0224999;REFB=0;REVB=0.00373615;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115199;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr9 122001000 . G A 1621.38 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.746;QD=59.5001;RBI=0.0224442;REFB=0;REVB=0.0178195;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61479e-05;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:104:109:1:52:52:0:0:53:56:0:0 chr9 123170733 . C G 407.48 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0949895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4468;QD=44.0514;RBI=0.128005;REFB=-0.161265;REVB=0.0858037;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103316;STB=0.52446;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0127657;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:37:37:4:6:31:31:0.837838:15:16:4:0:15:16:4:2 chr9 123291036 . C G 1227.14 PASS AF=1;AO=70;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219959;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.089;QD=59.8605;RBI=0.0717602;REFB=0;REVB=0.068306;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063283;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:70:82:1:30:40:0:0:38:44:0:0 chr9 123291037 . A G 38.68 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0425617;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3375;QD=1.88683;RBI=0.042706;REFB=-0.0269984;REVB=0.00350851;RO=72;SAF=3;SAR=7;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319619;STB=0.729414;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0696921;OID=.;OPOS=123291037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:82:72:72:10:10:0.121951:7:3:41:31:7:3:41:31 chr9 123342259 . C A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.923;QD=60.5463;RBI=0.0451613;REFB=0;REVB=0.0129283;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2265e-05;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr9 123342275 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.349;QD=59.3211;RBI=0.0317767;REFB=0;REVB=-0.026656;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96885e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr9 123618971 . A G 111.82 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00249685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.075;QD=6.48257;RBI=0.0321626;REFB=0.000255309;REVB=0.0320655;RO=52;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100264;STB=0.506166;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.000987544;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:10:7:21:31:10:7:21:31 chr9 123632045 . A G 352.21 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0286284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6787;QD=18.2967;RBI=0.0305818;REFB=-0.0135189;REVB=-0.0107545;RO=39;SAF=27;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124248;STB=0.579163;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0108032;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:10:27:24:15:10:27:24:16 chr9 123671520 . G A 207.72 PASS AF=0.625;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0522627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.64;QD=25.9649;RBI=0.0551156;REFB=-0.0375578;REVB=0.0175025;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290777;STB=0.531219;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0179627;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:32:11:12:20:20:0.625:10:10:6:5:10:10:7:5 chr9 123731408 . G A 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0149369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.886;QD=19.3149;RBI=0.0192193;REFB=-0.00901663;REVB=0.0120943;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331744;STB=0.501844;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0082845;OID=.;OPOS=123731408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:18:29:27:17:18:29 chr9 123782299 . G A 642.06 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0169884;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.464;QD=22.5286;RBI=0.01844;REFB=-0.0146515;REVB=-0.0071713;RO=51;SAF=38;SAR=25;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208225;STB=0.511393;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0118083;OID=.;OPOS=123782299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:25:38:32:19:25:38:32:19 chr9 123783934 . T C 442.24 PASS AF=0.5;AO=40;DP=85;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0016883;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.555;QD=20.1018;RBI=0.00184331;REFB=-0.0192427;REVB=0.000739896;RO=45;SAF=9;SAR=31;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291223;STB=0.615329;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0178277;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:45:44:40:44:0.5:31:9:22:23:32:12:21:23 chr9 123850770 . G A 1218.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.074;QD=60.9386;RBI=0.00802421;REFB=0;REVB=0.00283445;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68689e-06;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:39:40:0:0:39:41:0:0 chr9 123929770 . C T 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0304943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5701;QD=14.4102;RBI=0.0329912;REFB=-0.014287;REVB=-0.0125904;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576627;STB=0.533297;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0209304;OID=.;OPOS=123929770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:20:8:6:12:20:8 chr9 124043867 . C T 969.84 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.013896;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.505;QD=56.2223;RBI=0.222373;REFB=-0.1706;REVB=0.221939;RO=2;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428858;STB=0.52272;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00262396;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:69:2:2:66:67:0.971014:21:45:0:2:21:46:0:2 chr9 124044995 . CG GT,TG 735.66 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=56;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178302,0.0173375;FXX=0.0714158;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=217.525,158.089;QD=56.5895;RBI=0.00663548,0.0184051;REFB=0,0;REVB=0.00639143,0.00617715;RO=0;SAF=0,33;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.56458e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0206035,0.00329882;OID=.,.;OPOS=124044995,124044995;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:56:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:2,17:0,33:0:0:2,17:0,33:0:0 chr9 124046722 . C T 434.36 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0082444;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.893;QD=54.2952;RBI=0.0243626;REFB=0.0630039;REVB=0.0229252;RO=1;SAF=8;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547702;STB=0.529392;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000585555;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:23:8:1:0:23:8:1:0 chr9 124046830 . CT CC,C 351.64 PASS AF=0.185185,0.814815;AO=4,22;DP=26;FAO=5,22;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=4,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403757,0.0435238;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.8561,24.2143;QD=52.0951;RBI=0.0537744,0.116301;REFB=0,0;REVB=0.0355175,-0.10785;RO=0;SAF=1,8;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0519428,-0.00397483;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.814815:4,22:26:5,22:27:0:1,8:4,14:0:0:22:0:1,8:3,14:0:0 chr9 124047246 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.773;QD=43.486;RBI=0.0354578;REFB=0;REVB=0.0303998;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205616;OID=.;OPOS=124047246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr9 124083614 . C T 472.74 PASS AF=0.485437;AO=48;DP=104;FAO=50;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0242958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.089;QD=18.3587;RBI=0.0273535;REFB=0.00294589;REVB=0.0125671;RO=30;SAF=21;SAR=27;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680029;STB=0.620881;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00194587;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:30:53:48:50:0.485437:27:21:16:14:27:23:37:16 chr9 124218133 . C T 457.79 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00725086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.343;QD=17.7781;RBI=0.0072923;REFB=0.005234;REVB=0.0007763;RO=54;SAF=21;SAR=28;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254735;STB=0.501416;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00741552;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:28:21:23:31:28:21:23:31 chr9 124241369 . T G 260.63 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00278932;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.675;QD=11.9827;RBI=0.0165014;REFB=-0.0100007;REVB=0.016264;RO=56;SAF=20;SAR=11;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243435;STB=0.514047;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0175599;OID=.;OPOS=124241369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:56:56:31:31:0.356322:11:20:35:21:11:20:35:21 chr9 124256817 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00364636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.575;QD=11.104;RBI=0.00582259;REFB=0.00108915;REVB=-0.00453946;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092698;STB=0.555409;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00493299;OID=.;OPOS=124256817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:9:1:1:6:9:1 chr9 124256975 . G T 588.35 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00438254;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.213;QD=21.3944;RBI=0.0345428;REFB=-0.0030675;REVB=-0.0342637;RO=51;SAF=32;SAR=27;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223738;STB=0.512282;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0021001;OID=.;OPOS=124256975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:51:51:59:59:0.536364:27:32:29:22:27:32:29:22 chr9 124547496 . G A 642.46 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00565508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4753;QD=61.1862;RBI=0.028359;REFB=0;REVB=-0.0277895;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458904;OID=.;OPOS=124547496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:16:25:1:0:16:26:0:0 chr9 124794020 . G T 377.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-7.02428e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2989;QD=26.9977;RBI=0.0331702;REFB=-0.00626985;REVB=-0.0331702;RO=20;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508311;STB=0.527762;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00468844;OID=.;OPOS=124794020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:19:17:11:9:19:17:11:9 chr9 124967010 . C G 30.4 PASS AF=0.0751445;AO=16;DP=175;FAO=13;FDP=173;FR=.;FRO=160;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=114;FSRR=46;FWDB=-0.0482354;FXX=0.0114279;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.911;QD=0.702854;RBI=0.157952;REFB=-0.00328959;REVB=-0.150407;RO=149;SAF=13;SAR=3;SRF=105;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16862;STB=0.816763;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.20922;OID=.;OPOS=124967010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:175:173:149:160:16:13:0.0751445:3:13:105:44:1:12:114:46 chr9 125133479 . T C 1609.19 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421575;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.816;QD=58.516;RBI=0.0421809;REFB=-0.189793;REVB=0.00140753;RO=0;SAF=28;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67953e-08;STB=0.50877;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00105906;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:108:109:0.990909:80:28:0:0:81:28:1:0 chr9 125152522 . G A 659.99 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00916105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7904;QD=23.3626;RBI=0.0772104;REFB=-0.00275866;REVB=0.076665;RO=49;SAF=29;SAR=35;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196996;STB=0.51076;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00239394;OID=.;OPOS=125152522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:35:29:21:28:35:29:21:28 chr9 125239253 . T C 141.41 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00336839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.991;QD=21.7551;RBI=0.0395602;REFB=-0.0281696;REVB=-0.0394165;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259226;STB=0.668272;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.012525;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:10:11:15:15:0.576923:4:11:4:6:4:11:4:7 chr9 125289521 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0484232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.897;QD=21.3531;RBI=0.0484526;REFB=0.00890066;REVB=-0.00168714;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00888299;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:3:6:7:6:3:6 chr9 125315542 . C T 285.68 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=69;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0166835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.45;QD=15.871;RBI=0.0173786;REFB=-0.0143834;REVB=0.004866;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430236;STB=0.561032;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0170987;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:40:40:29:32:0.444444:9:20:29:11:12:20:29:11 chr9 125315557 . T C 1280.06 PASS AF=0.988506;AO=81;DP=82;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8473;QD=58.8531;RBI=0.0440881;REFB=-0.0451123;REVB=0.0332227;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.507935;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00489195;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:87:0:1:81:86:0.988506:31:50:0:0:31:55:0:1 chr9 125315778 . G C 1060.68 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8897;QD=58.9269;RBI=0.047716;REFB=0;REVB=0.046363;RO=1;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249146;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:23:48:0:1:24:48:0:0 chr9 125316033 . T C 583.11 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0118807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.051;QD=54.2426;RBI=0.02369;REFB=-0.0641677;REVB=0.0204956;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302498;STB=0.523798;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00086479;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:30:10:0:2:30:10:0:3 chr9 125316042 . T C 590.82 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0257768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.358;QD=56.2686;RBI=0.0283622;REFB=0.00146595;REVB=0.0118309;RO=2;SAF=9;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293063;STB=0.515617;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000106379;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:31:9:0:2:31:9:0:2 chr9 125316179 . T G 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8777;QD=62.6545;RBI=0.0651918;REFB=0;REVB=0.0457025;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674998;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr9 125316350 . C T 1892.95 PASS AF=0.992;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00322007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7492;QD=60.5744;RBI=0.0333295;REFB=-0.0301489;REVB=-0.0331735;RO=1;SAF=54;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871627;STB=0.504424;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000307194;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:122:124:0.992:68:54:1:0:68:56:1:0 chr9 125316455 . C T 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0866821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.16;QD=14.2693;RBI=0.0934308;REFB=-0.0160798;REVB=-0.0348646;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.626398;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0239025;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:8:16:15:17:8:16:15:18 chr9 125330125 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7303;QD=54.5152;RBI=0.0353133;REFB=0;REVB=-0.03278;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458273;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 125330325 . C G 107.4 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0204356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.311;QD=12.6355;RBI=0.0716241;REFB=-0.0238572;REVB=-0.0686469;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0162897;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:9:12:4:9:9:12 chr9 125330678 . T G 2494.99 PASS AF=0.993902;AO=161;DP=162;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.964;QD=60.8534;RBI=0.0429084;REFB=-0.0756072;REVB=0.0415839;RO=1;SAF=73;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537667;STB=0.502762;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000336566;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:162:164:1:1:161:163:0.993902:88:73:0:1:90:73:0:1 chr9 125330739 . G A 2494.35 PASS AF=0.993902;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00349482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9432;QD=60.8378;RBI=0.0213415;REFB=0.0671122;REVB=0.0210534;RO=1;SAF=69;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508934;STB=0.502645;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000311603;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:164:1:1:162:163:0.993902:93:69:0:1:94:69:0:1 chr9 125377087 . A G 175.16 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=-0.0183315;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9827;QD=8.44142;RBI=0.0193562;REFB=-0.0221103;REVB=-0.00621441;RO=58;SAF=17;SAR=7;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756171;STB=0.548634;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0730632;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:58:59:24:24:0.289157:7:17:44:14:7:17:45:14 chr9 125377505 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00376969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.55;QD=12.0244;RBI=0.0259171;REFB=0.000969247;REVB=0.0256414;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306435;STB=0.666389;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00138347;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:4:8:7:12:4:8:8:12 chr9 125390874 . A C 270.93 PASS AF=0.424658;AO=29;DP=71;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0185435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.564;QD=14.8455;RBI=0.0191781;REFB=-0.0152549;REVB=0.00489269;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283737;STB=0.671292;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0194652;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:42:29:31:0.424658:10:19:16:26:10:21:16:26 chr9 125391026 . A C 344.52 PASS AF=0.564516;AO=33;DP=60;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.000850986;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.907;QD=22.2268;RBI=0.0567048;REFB=-0.0289073;REVB=0.0566985;RO=27;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523076;STB=0.530595;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0221617;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:27:33:35:0.564516:13:20:18:9:14:21:18:9 chr9 125391127 . C T 97.02 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0578723;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8519;QD=11.7596;RBI=0.087155;REFB=-0.0158624;REVB=-0.0651675;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127763;STB=0.575634;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00777779;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:13:8:6:6:13:8 chr9 125391241 . G A 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00179496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.72;QD=24.1262;RBI=0.0232981;REFB=-0.0202487;REVB=-0.0232289;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192334;STB=0.608161;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0248583;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:5:12:5:6:5:12:5:6 chr9 125391369 . A G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0018077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5496;QD=14.9762;RBI=0.0309172;REFB=-0.0262035;REVB=-0.0308643;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0356965;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr9 125391677 . T C 226.07 PASS AF=0.471698;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0114924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.872;QD=17.062;RBI=0.0341144;REFB=-0.0314871;REVB=0.0321203;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10733;STB=0.569222;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0361284;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:24:25:0.471698:11:13:12:16:11:14:12:16 chr9 125424507 . A C 297.49 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0215579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7745;QD=18.3072;RBI=0.0250173;REFB=-0.0102631;REVB=0.0126934;RO=31;SAF=24;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147168;STB=0.571381;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00632308;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:31:33:32:32:0.492308:8:24:19:12:8:24:21:12 chr9 125486968 . G A 1983.84 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0019509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.742;QD=59.6644;RBI=0.0227895;REFB=-0.0342871;REVB=0.0227059;RO=3;SAF=24;SAR=106;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105062;STB=0.505531;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000404974;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:3:3:130:130:0.977444:106:24:1:2:106:24:1:2 chr9 125512193 . C A 1331.1 PASS AF=1;AO=77;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4815;QD=60.5043;RBI=0.265026;REFB=-0.0568502;REVB=0.0762324;RO=2;SAF=28;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00451012;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:88:2:0:77:88:1:49:28:2:0:49:39:0:0 chr9 125512575 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.898;QD=56.191;RBI=0.0296465;REFB=0;REVB=0.0152509;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137263;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:14:10:0:0:14:14:0:0 chr9 125512770 . T C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.223;QD=62.0171;RBI=0.0221768;REFB=0;REVB=0.0190129;RO=0;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19221e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:38:4:0:0:38:4:0:0 chr9 125512788 . G A 760.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6695;QD=63.3737;RBI=0.146339;REFB=0;REVB=0.0771502;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308771;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:37:7:0:0:41:7:0:0 chr9 125512795 . G C 783.47 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.037;QD=56.9796;RBI=0.129315;REFB=0;REVB=-0.0234965;RO=0;SAF=9;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249983;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:45:9:0:0:46:9:0:0 chr9 125512826 . G A 1164.13 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0609;QD=59.6987;RBI=0.0597809;REFB=-0.058567;REVB=0.0113449;RO=1;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192247;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:1:0:77:78:1:56:21:0:1:57:21:0:0 chr9 125524836 . A G 817.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0987;QD=57.3725;RBI=0.017776;REFB=0;REVB=0.0126343;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145973;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr9 125582173 . C T 1262.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1722;QD=61.5744;RBI=0.0372188;REFB=0;REVB=0.00556944;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100865;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr9 125637471 . A T 953.89 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000679395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.681;QD=58.7006;RBI=0.0124111;REFB=0;REVB=0.0123925;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91252e-05;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr9 125637648 . T C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6617;QD=57.1957;RBI=0.0398073;REFB=0;REVB=0.0369613;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042743;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr9 125652757 . G A 236.53 PASS AF=0.45;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00146018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.78;QD=15.7685;RBI=0.0460938;REFB=-0.0134775;REVB=-0.0460707;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465727;STB=0.551686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0131565;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:26:27:0.45:13:13:14:17:13:14:14:19 chr9 125866070 . G C 652.63 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.019029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.479;QD=28.3753;RBI=0.0237666;REFB=-0.0198101;REVB=0.014239;RO=35;SAF=27;SAR=30;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683124;STB=0.53713;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00845348;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:57:57:0.619565:30:27:20:15:30:27:20:15 chr9 125920376 . G A 250.92 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0408212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7081;QD=26.4122;RBI=0.0566207;REFB=0.0118371;REVB=-0.0392369;RO=14;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125165;STB=0.557326;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00531951;OID=.;OPOS=125920376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:9:14:6:8:9:14:7:8 chr9 126028395 . C G 1251.6 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.317;QD=60.318;RBI=0.0290658;REFB=-0.162698;REVB=0.0263388;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145681;STB=0.50769;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000571073;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:1:1:82:82:0.987952:32:50:0:1:32:50:0:1 chr9 126125318 . C A 2871.86 PASS AF=0.994595;AO=182;DP=183;FAO=184;FDP=185;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.46;QD=62.0943;RBI=0.0711637;REFB=-0.0139373;REVB=0.0697265;RO=1;SAF=106;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622319;STB=0.503268;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=8.02694e-05;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:185:1:1:182:184:0.994595:76:106:0:1:76:108:0:1 chr9 126132919 . G A 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0116683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6725;QD=18.1183;RBI=0.0312032;REFB=-0.0378596;REVB=0.0289394;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745873;STB=0.558498;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0294332;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:20:18:18:0.473684:14:4:3:15:14:4:3:17 chr9 126133497 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0227619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.519;QD=19.9759;RBI=0.0450457;REFB=-0.0168246;REVB=0.0388717;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127636;STB=0.571363;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0201246;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:17:3:5:15:17:3 chr9 126133547 . T C 323.11 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069504;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.616;QD=53.8513;RBI=0.106136;REFB=0;REVB=0.0802126;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182191;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr9 126136247 . A G 214.89 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.081358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4774;QD=13.0238;RBI=0.0924481;REFB=-0.0109075;REVB=-0.0439036;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959163;STB=0.50549;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0140482;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:8:18:28:12:8:18:28:12 chr9 126795407 . C CA 45.24 PASS AF=0.548387;AO=13;DP=40;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.175553;FXX=0.0882094;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.9715;QD=5.8368;RBI=0.176733;REFB=-0.140773;REVB=0.0203886;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143377;STB=0.608899;STBP=0.203;TYPE=ins;VARB=0.124144;OID=.;OPOS=126795408;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:13:40:17:31:14:9:8:4:10:43:24:6:7:8:16 chr9 127101924 . C T 1928.07 PASS AF=0.892617;AO=133;DP=148;FAO=133;FDP=149;FR=.;FRO=16;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00300054;FXX=0.00666622;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.547;QD=51.7604;RBI=0.0758308;REFB=0.0326078;REVB=-0.0757714;RO=13;SAF=74;SAR=59;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422584;STB=0.526365;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00881136;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:148:149:13:16:133:133:0.892617:59:74:4:9:59:74:5:11 chr9 127113660 . A G 977.5 PASS AF=0.589744;AO=90;DP=154;FAO=92;FDP=156;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00525867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.427;QD=25.064;RBI=0.0111693;REFB=-0.00132013;REVB=0.00985397;RO=62;SAF=45;SAR=45;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10918;STB=0.551271;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00114574;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:62:64:90:92:0.589744:45:45:22:40:46:46:24:40 chr9 127113732 . C T 369.45 PASS AF=0.36;AO=45;DP=125;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0241202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.813;QD=11.8222;RBI=0.0241625;REFB=-0.0224939;REVB=-0.00142976;RO=79;SAF=19;SAR=26;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236626;STB=0.518108;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0148349;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:79:80:45:45:0.36:26:19:35:44:26:19:36:44 chr9 127216839 . C T 612.04 PASS AF=0.371134;AO=71;DP=194;FAO=72;FDP=194;FR=.;FRO=122;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=55;FWDB=0.0346813;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.663;QD=12.6194;RBI=0.0478753;REFB=0.00751049;REVB=0.0330038;RO=119;SAF=34;SAR=37;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650867;STB=0.539594;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0152428;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:119:122:71:72:0.371134:37:34:64:55:37:35:67:55 chr9 127220392 . G C 295.3 PASS AF=0.428571;AO=31;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0642799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0946;QD=15.34;RBI=0.0642943;REFB=-0.0198975;REVB=0.00135993;RO=45;SAF=22;SAR=9;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528186;STB=0.546979;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0249228;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:44:31:33:0.428571:9:22:30:15:9:24:29:15 chr9 127220938 . G C 481.27 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.00674425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8259;QD=15.9097;RBI=0.0230291;REFB=-0.0228028;REVB=0.0220195;RO=68;SAF=26;SAR=27;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645278;STB=0.536069;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0365536;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:27:26:29:39:27:26:29:39 chr9 127220952 . T C 671.49 PASS AF=0.555556;AO=63;DP=115;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00226144;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.262;QD=22.9567;RBI=0.00483915;REFB=-0.0112671;REVB=0.00427823;RO=50;SAF=27;SAR=36;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745559;STB=0.538203;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00872315;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:50:52:63:65:0.555556:36:27:26:24:38:27:26:26 chr9 127228596 . A G 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.012762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.042;QD=22.3221;RBI=0.0709978;REFB=-0.0121022;REVB=-0.0698413;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771863;STB=0.542685;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00571369;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:10:13:14:16:10:13 chr9 127230891 . G A 699.03 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00768029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.123;QD=20.4096;RBI=0.00820802;REFB=-0.0278711;REVB=-0.00289564;RO=68;SAF=21;SAR=48;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241546;STB=0.633517;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0384379;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:68:69:69:0.50365:48:21:38:30:48:21:38:30 chr9 127231774 . C G 214.29 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0106925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3628;QD=20.9059;RBI=0.0107357;REFB=-0.0237354;REVB=-0.000961696;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144726;STB=0.569911;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0140263;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:20:21:21:0.512195:8:13:14:4:8:13:15:5 chr9 127369679 . C T 729.15 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0739904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.381;QD=57.1881;RBI=0.0740105;REFB=0;REVB=-0.00172403;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014432;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:24:27:0:0 chr9 127563364 . G A 573.21 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.556;QD=55.9228;RBI=0.0511694;REFB=-0.130044;REVB=0.0369507;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176923;STB=0.518509;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00201522;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:13:26:1:0:13:26:2:0 chr9 127566378 . A C,G 1090.33 PASS AF=0.0675676,0.932432;AO=3,71;DP=74;FAO=5,69;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=4,56;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788003,-0.0110648;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.3735,147.145;QD=58.9368;RBI=0.00951889,0.0923248;REFB=0,0;REVB=0.00533989,-0.0916593;RO=0;SAF=2,58;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0567446,-0.00698709;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:74:74:0:0:3,71:5,69:0.0675676,0.932432:1,13:2,58:0:0:1,13:4,56:0:0 chr9 127616537 . A G 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00693686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.945;QD=57.8236;RBI=0.0140662;REFB=0.0432599;REVB=-0.0122367;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00717475;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr9 127618776 . A G 751.54 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7349;QD=62.6286;RBI=0.0841338;REFB=0;REVB=0.082807;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105728;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:18:30:0:0 chr9 127618839 . C G 893.9 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.483;QD=56.7557;RBI=0.0325929;REFB=0;REVB=-0.0178072;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151046;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:61:63:1:30:31:1:0:30:33:0:0 chr9 127643456 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000264787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.211;QD=63.8694;RBI=0.0406141;REFB=0;REVB=-0.0406132;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156015;OID=.;OPOS=127643456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr9 127651470 . C T 50.64 PASS AF=0.0952381;AO=14;DP=145;FAO=14;FDP=147;FR=.;FRO=133;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=76;FSRR=57;FWDB=-0.0633355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.56;QD=1.37806;RBI=0.0784115;REFB=-0.0186946;REVB=-0.0462275;RO=131;SAF=2;SAR=12;SRF=76;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500023;STB=0.871003;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.169032;OID=.;OPOS=127651470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:145:147:131:133:14:14:0.0952381:12:2:76:55:12:2:76:57 chr9 127661645 . G A 1629.65 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8216;QD=59.8037;RBI=0.0759961;REFB=0;REVB=0.0237031;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523106;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:50:57:0:0:50:59:0:0 chr9 127674200 . A C 1320.9 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.044;QD=62.1599;RBI=0.0613306;REFB=0;REVB=0.00480637;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115792;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr9 127818276 . C T 343.2 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0903118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1619;QD=24.0844;RBI=0.0903911;REFB=0.0100736;REVB=-0.00378617;RO=21;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00103233;STB=0.522149;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00849611;OID=.;OPOS=127818276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:23:34:34:0.596491:13:21:13:8:13:21:13:10 chr9 127951863 . G A 189.99 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00727304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3608;QD=15.1992;RBI=0.00892177;REFB=0.000443579;REVB=-0.0051673;RO=30;SAF=18;SAR=2;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323495;STB=0.692071;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0012621;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:2:18:22:8:2:18:22:8 chr9 127962916 . G A 241.06 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0406163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.43;QD=21.4277;RBI=0.0415815;REFB=-0.0210044;REVB=0.00890713;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336773;STB=0.642332;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.027067;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:19:22:23:23:0.511111:11:12:2:17:11:12:5:17 chr9 127996046 . A G 471.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00495572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.048;QD=20.9712;RBI=0.00495708;REFB=-0.0202534;REVB=0.000116143;RO=44;SAF=34;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197368;STB=0.609815;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0186093;OID=.;OPOS=127996046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:12:34:24:20:12:34:24:20 chr9 128074807 . T C 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5193;QD=56.931;RBI=0.0332371;REFB=0;REVB=-0.00226546;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394895;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr9 128246786 . G A 304.78 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.00739987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.805;QD=11.501;RBI=0.0250682;REFB=-0.00905326;REVB=-0.0239511;RO=68;SAF=22;SAR=16;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969376;STB=0.555412;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0189271;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:68:68:38:38:0.358491:16:22:45:23:16:22:45:23 chr9 129102840 . G A 736.31 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0586516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.924;QD=61.3592;RBI=0.0681304;REFB=-0.143209;REVB=0.0346662;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000678532;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:48:0:1:47:47:0.979167:28:19:0:0:28:19:1:0 chr9 129143435 . A G 694.01 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183437;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.311;QD=55.5205;RBI=0.0360835;REFB=0;REVB=0.031073;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229021;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:18:30:0:0:18:32:0:0 chr9 129265715 . C G 2034.75 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239447;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7636;QD=61.6592;RBI=0.074378;REFB=-0.0653383;REVB=0.0704183;RO=0;SAF=85;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505376;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000977656;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:132:0:1:131:131:0.992424:46:85:0:0:46:85:0:1 chr9 129453229 . A G 687.2 PASS AF=0.472603;AO=69;DP=146;FAO=69;FDP=146;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00966249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.68;QD=18.8274;RBI=0.0144404;REFB=-0.0466341;REVB=-0.0107313;RO=77;SAF=37;SAR=32;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033788;STB=0.518706;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0518688;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:77:77:69:69:0.472603:32:37:44:33:32:37:44:33 chr9 129455587 . G C 38.13 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0644543;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.293;QD=8.02785;RBI=0.0672631;REFB=-0.0173069;REVB=0.0192342;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.519934;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0344308;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:14:13:6:6:0.315789:4:2:5:9:4:2:4:9 chr9 129595667 . C T 271.98 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0538038;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5617;QD=13.4309;RBI=0.0561764;REFB=0.0110451;REVB=-0.0161538;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546321;STB=0.52446;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0152954;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:45:49:31:32:0.395062:14:17:27:18:15:17:28:21 chr9 129595895 . T C 798.94 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.73;QD=57.067;RBI=0.0271941;REFB=0;REVB=0.0108807;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73306e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:21:33:0:0:23:33:0:0 chr9 129597065 . C T 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0552452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.986;QD=23.2369;RBI=0.0648995;REFB=0.0015958;REVB=-0.0340574;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.55876;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00267832;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:9:4:8:10:9:4 chr9 129598644 . TAAAT TT,TTAAG 288.48 PASS AF=0.423077,0;AO=32,3;DP=83;FAO=33,0;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=11,0;FSAR=22,0;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0158317,0.0573126;FXX=0.0249969;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=266.647,73.1054;QD=14.7937;RBI=0.0159834,0.060385;REFB=-0.00509602,0.00340723;REVB=0.00219661,0.0190162;RO=42;SAF=11,0;SAR=21,3;SRF=15;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0148189,-0.442056;STB=0.528284,0.5;STBP=0.701,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00722598,0;OID=.,.;OPOS=129598645,129598645;OREF=AAA,AAAT;OALT=-,TAAG;OMAPALT=TT,TTAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077,0:32,3:83:33,0:78:45:11,0:22,0:17:28:99:42:11,0:21,3:15:27 chr9 129599706 . A G 218.62 PASS AF=0.5;AO=20;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0094413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.932;QD=19.8742;RBI=0.0116237;REFB=-0.0157151;REVB=-0.00678021;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129649;STB=0.579634;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.017159;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:22:20:22:0.5:14:6:9:12:16:6:9:13 chr9 129600117 . CTTTTTTTTTTTTTTTTA CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTTAA 78.76 PASS AF=0,0.125,0.4375,0.375;AO=2,2,2,2;DP=16;FAO=0,2,7,6;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,2,7,6;FSAR=0,0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.197373,-0.211771,-0.31449,-0.278054;FXX=0.157812;HRUN=16,16,16,16;LEN=4,3,2,1;MLLD=20.6958,6.59285,5.12044,17.1886;QD=19.6895;RBI=0.325398,0.338945,0.370232,0.296472;REFB=0.170243,0.171741,0.228039,0.138426;REVB=-0.258704,-0.264645,-0.195366,-0.102868;RO=0;SAF=2,2,2,2;SAR=0,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,0.168183,0.0737973,-0.309795;OID=.,.,.,.;OPOS=129600131,129600118,129600118,129600133;OREF=TTTA,TTT,TT,T;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0.125,0.4375,0.375:2,2,2,2:16:0,2,7,6:16:1:0,2,7,6:0,0,0,0:1:0:22:0:2,2,2,2:0,0,0,0:0:0 chr9 129643296 . G T 230.28 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.033119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5738;QD=46.0563;RBI=0.0696861;REFB=0.00906317;REVB=-0.0613131;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102827;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00594056;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:2:1:18:19:0.95:8:10:1:1:9:10:1:0 chr9 129645251 . C T 1681.81 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00562497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.471;QD=59.0108;RBI=0.0273703;REFB=0.0644863;REVB=0.0267861;RO=1;SAF=66;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714006;STB=0.503703;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=1.88639e-05;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:112:113:0.991228:46:66:1:0:46:67:1:0 chr9 129646763 . GTTTTTTTTTTTA AGTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTG 2029.21 PASS AF=0.0616438,0.938356;AO=6,43;DP=152;FAO=9,137;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=3,56;FSAR=6,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219989,0.0326361;FXX=0.0580608;HRUN=1,3;LEN=13,1;MLLD=163.308,172.737;QD=55.5948;RBI=0.0337895,0.0429182;REFB=0,0;REVB=0.0256473,0.0278722;RO=0;SAF=1,22;SAR=5,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00212912,0.00285852;OID=.,.;OPOS=129646763,129646775;OREF=GTTTTTTTTTTTA,A;OALT=AGTTTTTTTTTTG,G;OMAPALT=AGTTTTTTTTTTG,GTTTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:152:146:0:0:6,43:9,137:0.0616438,0.938356:5,21:1,22:0:0:6,81:3,56:0:0 chr9 129752239 . C T 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00286788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.847;QD=57.6344;RBI=0.0237254;REFB=-0.131799;REVB=0.0235515;RO=1;SAF=51;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917929;STB=0.504853;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000896036;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:17:51:1:0:17:51:1:0 chr9 129831658 . T TA 1214.04 PASS AF=1;AO=15;DP=114;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582767;FXX=0.0373797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.087;QD=47.147;RBI=0.0742504;REFB=0;REVB=-0.0460102;RO=98;SAF=7;SAR=8;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0033464;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:114:103:103:0:58:45:0:0:22:98:7:8:54:44 chr9 129831659 . T A 1151.26 PASS AF=0.798246;AO=91;DP=114;FAO=91;FDP=114;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.000808574;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=226.668;QD=40.3952;RBI=0.0146733;REFB=-0.0716219;REVB=0.014651;RO=23;SAF=52;SAR=39;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688578;STB=0.536701;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000603833;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:23:23:91:91:0.798246:39:52:9:14:39:52:9:14 chr9 130242166 . A G 1745.78 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0227119;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3818;QD=59.1789;RBI=0.030338;REFB=-0.00944456;REVB=0.0201138;RO=1;SAF=60;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078492;STB=0.504131;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00058922;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:115:117:0.991525:55:60:1:0:57:60:1:0 chr9 130259618 . A C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0059389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0152;QD=58.5968;RBI=0.0448018;REFB=0;REVB=-0.0444064;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446438;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr9 130341253 . A G 172.72 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00546515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.962;QD=27.6345;RBI=0.00562835;REFB=0.00616779;REVB=-0.00134553;RO=8;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688444;STB=0.538414;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00345585;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:14:3:2:6:14:3:2:6 chr9 130494957 . T C 2847.2 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0712322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.032;QD=62.2338;RBI=0.0818396;REFB=-0.062066;REVB=0.0402951;RO=1;SAF=94;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544095;STB=0.502857;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000447231;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:183:1:1:181:182:0.994536:87:94:0:1:87:95:0:1 chr9 130500976 . CT CTC,TC 104.09 PASS AF=0.185185,0.037037;AO=19,14;DP=148;FAO=25,5;FDP=135;FR=.;FRO=105;FSAF=20,4;FSAR=5,1;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=-0.02614,-0.0189644;FXX=0.0559401;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=14.1211,26.7635;QD=3.08411;RBI=0.0417808,0.058633;REFB=-0.0573373,-0.015362;REVB=-0.0325935,-0.0554813;RO=111;SAF=15,11;SAR=4,3;SRF=51;SRR=60;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419033,0.394552;STB=0.809425,0.841578;STBP=0.003,0.185;TYPE=ins,mnp;VARB=0.164588,0.12801;OID=.,.;OPOS=130500978,130500976;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:148:135:111:105:19,14:25,5:0.185185,0.037037:4,3:15,11:51:60:5,1:20,4:43:62 chr9 130536717 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.681;QD=64.4154;RBI=0.0407498;REFB=0;REVB=0.0275955;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67091e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr9 130630639 . A G 2028.06 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.64;QD=62.4017;RBI=0.0787758;REFB=0;REVB=0.0778662;RO=0;SAF=76;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85438e-05;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:51:76:0:0:54:76:0:0 chr9 130647583 . T C 2008.25 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5998;QD=62.2713;RBI=0.0854928;REFB=0;REVB=-0.0775785;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173821;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr9 130648680 . G A 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.927;QD=61.3331;RBI=0.0232213;REFB=0;REVB=0.0223012;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28007e-05;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr9 130670310 . A G 191.33 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.783;QD=47.8322;RBI=0.0137436;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08695e-05;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:0:15:0:0:0:16:0:0 chr9 130690412 . G C 1126.74 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00154996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.415;QD=57.7815;RBI=0.027903;REFB=-0.138665;REVB=0.0278599;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520828;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000313992;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:0:2:76:76:0.974359:53:23:0:0:53:23:2:0 chr9 130698029 . G C 1121.08 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000274323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.578;QD=59.004;RBI=0.0515485;REFB=-0.0894255;REVB=-0.0515477;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000302399;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:24:50:0:0:24:51:1:0 chr9 130698043 . A G 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.85;QD=60.5426;RBI=0.0543915;REFB=0;REVB=0.0426362;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183731;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:25:50:0:0:25:50:0:0 chr9 130703789 . G A 1605.76 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4545;QD=60.0283;RBI=0.111986;REFB=0;REVB=0.111324;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277133;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:103:107:1:51:52:0:0:54:53:0:0 chr9 130703852 . A AAAC 382.0 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=41;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00596968;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=259.916;QD=42.4439;RBI=0.014245;REFB=0.0299739;REVB=0.0129338;RO=16;SAF=4;SAR=21;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515972;STB=0.636267;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=-0.00144094;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:25:41:30:36:6:8:22:6:0:32:16:4:21:13:3 chr9 130705220 . C T 304.38 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0394139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2614;QD=15.6092;RBI=0.0824984;REFB=-0.0222507;REVB=0.0724743;RO=44;SAF=25;SAR=9;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926335;STB=0.552454;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0363373;OID=.;OPOS=130705220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:9:25:29:15:9:25:29:15 chr9 130707081 . A G 2058.92 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00531744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.074;QD=59.6789;RBI=0.0168434;REFB=-0.20896;REVB=-0.015982;RO=2;SAF=65;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144001;STB=0.507462;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0012613;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:2:2:135:136:0.985507:70:65:2:0:70:66:2:0 chr9 130829039 . A G 837.68 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285336;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1427;QD=57.7711;RBI=0.0357931;REFB=0;REVB=-0.0216097;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247553;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr9 130860866 . T C 1380.9 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197955;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.798;QD=62.7683;RBI=0.0376542;REFB=0;REVB=0.0320309;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33107e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr9 130864676 . T C 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7642;QD=63.277;RBI=0.0791544;REFB=0;REVB=0.029733;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301061;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr9 130869499 . A T 1513.09 PASS AF=1;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371514;FXX=0.0504999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7106;QD=64.3867;RBI=0.0553915;REFB=0;REVB=0.0410852;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581008;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:94:0:0:93:94:1:43:50:0:0:43:51:0:0 chr9 130883511 . C T 3300.23 PASS AF=1;AO=211;DP=214;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020317;FXX=0.0138882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.179;QD=61.9762;RBI=0.0262043;REFB=-0.0797652;REVB=0.0165493;RO=1;SAF=108;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28822e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:214:213:1:0:211:213:1:103:108:1:0:105:108:0:0 chr9 130942789 . C T 692.51 PASS AF=0.568966;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0209585;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.417;QD=23.8798;RBI=0.0216362;REFB=-0.01755;REVB=-0.00537267;RO=49;SAF=20;SAR=46;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223374;STB=0.627116;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107966;OID=.;OPOS=130942789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:49:50:66:66:0.568966:46:20:28:21:46:20:29:21 chr9 130965795 . C A 929.38 PASS AF=0.571429;AO=84;DP=147;FAO=84;FDP=147;FR=.;FRO=63;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=14;FWDB=0.0311871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.774;QD=25.2892;RBI=0.0311885;REFB=-0.0195049;REVB=-0.000304196;RO=60;SAF=54;SAR=30;SRF=46;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107108;STB=0.565298;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0119518;OID=.;OPOS=130965795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:60:63:84:84:0.571429:30:54:46:14:30:54:49:14 chr9 130984755 . C T 1153.07 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.443;QD=60.6877;RBI=0.0294678;REFB=0;REVB=0.0284222;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05348e-05;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr9 131085373 . G C 1090.2 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.947;QD=59.7372;RBI=0.0415724;REFB=0;REVB=0.00980235;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18558e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:52:20:0:0:52:21:0:0 chr9 131235321 . A G 348.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0782687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.46;QD=53.6004;RBI=0.0818324;REFB=0;REVB=0.0238863;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05297e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:18:6:0:0:20:6:0:0 chr9 131346218 . A C 1574.24 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.509;QD=63.6055;RBI=0.0496599;REFB=0;REVB=0.0148886;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43537e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:49:46:0:0:52:47:0:0 chr9 131353800 . G A 386.8 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=0.0143842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.245;QD=15.7877;RBI=0.0275045;REFB=-0.0102795;REVB=0.0234433;RO=57;SAF=20;SAR=21;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220748;STB=0.623705;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00929419;OID=.;OPOS=131353800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:21:20:40:17:21:20:40:17 chr9 131375701 . A G 1283.19 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000784151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.408;QD=61.8404;RBI=0.0172973;REFB=0;REVB=0.0172795;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54715e-05;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:43:40:0:0:43:40:0:0 chr9 131390472 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.453;QD=53.9107;RBI=0.0417742;REFB=0;REVB=0.0415411;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8251e-05;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr9 131397395 . C T 2933.28 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622683;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.604;QD=63.4222;RBI=0.0755635;REFB=0;REVB=0.0428077;RO=0;SAF=108;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163723;OID=.;OPOS=131397395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:185:0:0:184:185:1:76:108:0:0:76:109:0:0 chr9 131465167 . A G 802.53 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0710027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6617;QD=55.3468;RBI=0.103631;REFB=-0.0158925;REVB=-0.0754854;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00113559;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr9 131479023 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.466;QD=59.5018;RBI=0.0408385;REFB=0;REVB=0.0253459;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54782e-05;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr9 131483741 . G A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0161262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.274;QD=12.9139;RBI=0.0179592;REFB=-0.0102599;REVB=-0.00790437;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115418;STB=0.56601;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0200819;OID=.;OPOS=131483741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:13:24:13:11:13:24 chr9 131483749 . T A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.251;QD=56.9558;RBI=0.0263716;REFB=0;REVB=0.00117226;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86398e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr9 131492850 . T C 807.03 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.459;QD=64.5622;RBI=0.0488419;REFB=0;REVB=0.0150116;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1273e-05;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:45:50:1:25:20:0:0:28:22:0:0 chr9 131570274 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00283741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.273;QD=12.7387;RBI=0.00698046;REFB=-0.0352028;REVB=-0.00637777;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.047244;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr9 131583071 . C A 332.44 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0104604;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.472;QD=18.2158;RBI=0.0109012;REFB=-0.00816414;REVB=0.00306867;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993407;STB=0.547499;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0160651;OID=.;OPOS=131583071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:34:35:0.479452:17:17:23:15:17:18:23:15 chr9 131585069 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0825192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.739;QD=62.3486;RBI=0.0833976;REFB=0;REVB=-0.012072;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024491;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr9 131588652 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6256;QD=58.1388;RBI=0.0290365;REFB=0;REVB=-0.0196372;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713638;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 131670457 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0100576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.154;QD=16.7842;RBI=0.0229446;REFB=-0.00735371;REVB=0.0206228;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176609;STB=0.599052;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00670288;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:13:16:12:21:13:16:12:21 chr9 131670919 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.739;QD=63.2815;RBI=0.0288105;REFB=0;REVB=0.0106476;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477401;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr9 131765796 . G T 710.46 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=1.77741e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4543;QD=23.6821;RBI=0.00444056;REFB=-0.00928287;REVB=-0.00444053;RO=52;SAF=27;SAR=41;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527575;STB=0.528823;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00704708;OID=.;OPOS=131765796;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:68:68:0.566667:41:27:24:28:41:27:24:28 chr9 131767668 . A C 319.87 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0749598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4845;QD=23.6938;RBI=0.0909412;REFB=-0.0582837;REVB=-0.0514911;RO=19;SAF=16;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178684;STB=0.503369;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.023864;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:19:21:32:33:0.611111:16:16:9:10:17:16:10:11 chr9 131804785 . T C 645.62 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0115527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.509;QD=23.058;RBI=0.0193298;REFB=-0.0412084;REVB=0.0154976;RO=48;SAF=24;SAR=39;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468171;STB=0.531074;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0282205;OID=.;OPOS=131804785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:49:63:63:0.5625:39:24:21:27:39:24:22:27 chr9 131846957 . T C 868.3 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.686;QD=57.8867;RBI=0.0561405;REFB=0;REVB=0.0462166;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108464;OID=.;OPOS=131846957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr9 131860901 . G T 1179.98 PASS AF=0.876289;AO=82;DP=95;FAO=85;FDP=97;FR=.;FRO=12;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0161638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.921;QD=48.6588;RBI=0.0256734;REFB=-0.184745;REVB=0.0199463;RO=10;SAF=51;SAR=31;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110374;STB=0.568738;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00236919;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:95:97:10:12:82:85:0.876289:31:51:1:9:32:53:1:11 chr9 132377900 . C T 201.44 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00622704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5212;QD=10.0718;RBI=0.0205133;REFB=-0.0363911;REVB=-0.0195454;RO=54;SAF=20;SAR=6;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28125;STB=0.666528;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0770716;OID=.;OPOS=132377900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:6:20:30:24:6:20:30:24 chr9 132400480 . G A 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0122494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.594;QD=16.0657;RBI=0.0139503;REFB=-0.0281268;REVB=0.00667545;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202691;STB=0.615266;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0278154;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:18:6:8:10:18:6 chr9 132402908 . C G 1836.01 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00312712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7872;QD=60.1971;RBI=0.0323441;REFB=-0.0796592;REVB=-0.0321926;RO=1;SAF=76;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106728;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00225373;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:44:76:0:1:44:77:0:1 chr9 132573536 . G T 293.93 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0404467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9054;QD=12.642;RBI=0.0580868;REFB=-0.0385017;REVB=-0.041691;RO=58;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018957;STB=0.51612;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0591807;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:58:59:34:34:0.365591:17:17:30:28:17:17:31:28 chr9 132585058 . G A 786.91 PASS AF=0.371542;AO=94;DP=254;FAO=94;FDP=253;FR=.;FRO=159;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=0.0240796;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.437;QD=12.4413;RBI=0.0318304;REFB=-0.0183859;REVB=-0.020817;RO=157;SAF=53;SAR=41;SRF=75;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955553;STB=0.550162;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0350504;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:253:157:159:94:94:0.371542:41:53:75:82:41:53:77:82 chr9 132591372 . T G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0199608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1512;QD=10.8234;RBI=0.0199811;REFB=0.00199048;REVB=-0.000898418;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301664;STB=0.685447;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0181908;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:17:5:6:6:18:5 chr9 132591425 . C T 157.16 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0478143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5008;QD=16.5426;RBI=0.0525199;REFB=-0.0271684;REVB=0.0217285;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151227;STB=0.572358;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.03386;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:16:5:6:11:16:5 chr9 132591509 . A G 170.31 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0109634;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9203;QD=16.22;RBI=0.0160958;REFB=-0.0537938;REVB=0.0117847;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.610988;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0445197;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:14:10:11:7:14:10 chr9 132596000 . CAAAAAAAAA CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAG 106.66 PASS AF=0.210526,0.421053,0.210526;AO=4,6,4;DP=19;FAO=4,8,4;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=1,3,2;FSAR=3,5,2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.011309,-0.00779681,0.00771869;FXX=0.049975;HRUN=10,10,10;LEN=1,2,1;MLLD=6.05726,11.8446,229.462;QD=22.454;RBI=0.0521906,0.0362336,0.010057;REFB=0.0731622,0.0415638,0.00862982;REVB=0.0509506,0.0353848,-0.00644712;RO=2;SAF=1,3,2;SAR=3,3,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.161039,0,0;STB=0.545217,0.512165,0.571077;STBP=0.984,0.975,0.794;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0516009,0.00710836,0.0182154;OID=.,.,.;OPOS=132596001,132596001,132596009;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.210526,0.421053,0.210526:4,6,4:19:4,8,4:19:3:1,3,2:3,5,2:1:2:29:2:1,3,2:3,3,2:1:1 chr9 132597021 . C T 3164.4 PASS AF=0.517766;AO=306;DP=591;FAO=306;FDP=591;FR=.;FRO=285;FSAF=154;FSAR=152;FSRF=99;FSRR=186;FWDB=-0.0499334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1174;QD=21.4172;RBI=0.0702042;REFB=-0.0382414;REVB=-0.0493486;RO=282;SAF=154;SAR=152;SRF=98;SRR=184;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137167;STB=0.575105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0339391;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:591:591:282:285:306:306:0.517766:152:154:98:184:152:154:99:186 chr9 132618578 . T C 899.08 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.159;QD=58.0054;RBI=0.0704798;REFB=0;REVB=0.0174904;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17176e-05;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:57:62:1:36:21:0:0:36:26:0:0 chr9 132620364 . T C 982.72 PASS AF=1;AO=51;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.103;QD=57.807;RBI=0.0245759;REFB=0;REVB=0.0187902;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31348e-05;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:51:68:1:34:17:0:0:36:32:0:0 chr9 132623293 . C T 262.91 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0460073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3953;QD=47.8013;RBI=0.0509079;REFB=-0.083765;REVB=0.0217932;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00290246;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr9 132623868 . T C 1245.77 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3114;QD=61.5194;RBI=0.0023197;REFB=0;REVB=0.000304677;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93958e-06;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr9 132630664 . TGACGAC TGAC,TGACCAG 243.96 PASS AF=1,0;AO=18,4;DP=23;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268546,-0.0158957;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=284.737,105.918;QD=51.3591;RBI=0.0402451,0.0387145;REFB=0,0;REVB=0.0299749,-0.0353007;RO=0;SAF=6,1;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000238206,0;OID=.,.;OPOS=132630665,132630668;OREF=GAC,GAC;OALT=-,CAG;OMAPALT=TGAC,TGACCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:18,4:23:19,0:19:0:6,0:13,0:0:0:4:0:6,1:12,3:0:0 chr9 132631680 . T C,G 934.64 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=61,4;DP=65;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40,4;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000530629,-0.0259261;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.365,13.8594;QD=57.5165;RBI=0.0174108,0.0312112;REFB=0,0;REVB=0.0174027,-0.0173775;RO=0;SAF=40,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00507247,0.185469;OID=.,.;OPOS=132631680,132631680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:65:65:0:0:61,4:61,4:0.938462,0.0615385:21,0:40,4:0:0:21,0:40,4:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 519.68 PASS AF=0.138889,0.861111;AO=5,30;DP=35;FAO=5,31;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4,12;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158187,0.00894589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.6964,71.6997;QD=57.7416;RBI=0.0232539,0.0107045;REFB=0,0;REVB=0.0170444,0.00587846;RO=0;SAF=5,11;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.116477,0.0104426;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.138889,0.861111:5,30:35:5,31:36:0:4,12:1,19:0:0:15:0:5,11:0,19:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 521.22 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=30,6;DP=36;FAO=30,6;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11,5;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911972,-0.0552446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=172.945,138.007;QD=57.9136;RBI=0.0319424,0.0597736;REFB=0,0;REVB=0.0306129,0.0228236;RO=0;SAF=11,5;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-3.46872e-06,0.0743998;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:36:36:0:0:30,6:30,6:0.833333,0.166667:19,1:11,5:0:0:19,1:11,5:0:0 chr9 132637712 . G A 183.56 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0210414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.257;QD=11.8426;RBI=0.021211;REFB=-0.00509931;REVB=0.00267702;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184262;STB=0.606842;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0103327;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:20:19:15:8:20:19 chr9 132649662 . A G,T 1194.76 PASS AF=0.891566,0.0963855;AO=72,8;DP=83;FAO=74,8;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40,8;FSAR=34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00464925,-0.00715518;FXX=0.0348797;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.309,142.643;QD=57.579;RBI=0.0655754,0.0705895;REFB=-0.115656,-0.0954504;REVB=0.0654104,0.070226;RO=1;SAF=38,8;SAR=34,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0122839,0;STB=0.506171,0.5;STBP=0.527,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00410498,0.0206683;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:83:83:1:1:72,8:74,8:0.891566,0.0963855:34,0:38,8:1:0:34,0:40,8:1:0 chr9 132662786 . C T 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.09644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.923;QD=14.1395;RBI=0.10303;REFB=-0.0311598;REVB=0.036255;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067199;STB=0.557438;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0467332;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:5:9:11:8:5:9:11:9 chr9 132686186 . A G 1579.18 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622212;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174;QD=60.1591;RBI=0.0103866;REFB=0;REVB=0.00831669;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63297e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr9 132872686 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3426;QD=64.4148;RBI=0.0112001;REFB=0;REVB=0.0111299;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100669;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1516.04 PASS AF=0.838235;AO=101;DP=138;FAO=114;FDP=136;FR=.;FRO=22;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0101264;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=3;MLLD=201.715;QD=44.5893;RBI=0.0552416;REFB=-0.104294;REVB=0.0543056;RO=24;SAF=53;SAR=48;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818772;STB=0.552799;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0144812;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.838235:101:138:114:136:22:56:58:18:4:99:24:53:48:18:6 chr9 132904650 . C T 771.08 PASS AF=0.576;AO=71;DP=118;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.00254506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.429;QD=24.6745;RBI=0.00527076;REFB=-0.00871355;REVB=-0.00461558;RO=47;SAF=36;SAR=35;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191033;STB=0.618953;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00645072;OID=.;OPOS=132904650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:125:47:53:71:72:0.576:35:36:36:11:35:37:42:11 chr9 133048501 . G A 784.44 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.311;QD=57.0502;RBI=0.0308838;REFB=0;REVB=-0.0175426;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00715e-05;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr9 133284310 . G A 249.28 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0559891;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7025;QD=24.9284;RBI=0.0592666;REFB=-0.00761585;REVB=-0.0194357;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390491;STB=0.52172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00938378;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:11:12:8:9:11:12:8:9 chr9 133294244 . G A 269.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0638668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.389;QD=18.9141;RBI=0.0700964;REFB=-0.0427402;REVB=0.0288882;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309158;STB=0.508469;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0214073;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:14:15:13:14:14:15:14:14 chr9 133346920 . A G 2974.67 PASS AF=1;AO=182;DP=185;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.954;QD=62.9559;RBI=0.0595249;REFB=0;REVB=0.00243345;RO=0;SAF=68;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53723e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:189:0:0:182:189:1:114:68:0:0:115:74:0:0 chr9 133553993 . C T 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00698611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.036;QD=16.6333;RBI=0.0477689;REFB=-0.024046;REVB=-0.0472553;RO=41;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358627;STB=0.557169;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0242777;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:41:46:37:37:0.445783:14:23:24:17:14:23:24:22 chr9 133558282 . A G 1417.56 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0339795;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.474;QD=59.6869;RBI=0.0362914;REFB=-0.0774871;REVB=0.0127461;RO=3;SAF=51;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133583;STB=0.507051;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000824519;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:95:3:3:92:92:0.968421:41:51:1:2:41:51:1:2 chr9 133710804 . T C 1029.93 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00514675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.38;QD=58.0242;RBI=0.0195542;REFB=0.13795;REVB=0.0188647;RO=0;SAF=54;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3e-08;STB=0.504586;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000422625;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:16:54:0:0:16:54:1:0 chr9 133710819 . T TC 1544.23 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553527;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.8613;QD=57.1935;RBI=0.0564488;REFB=0;REVB=0.0110703;RO=0;SAF=69;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000614594;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:109:108:108:0:71:37:0:0:9:0:69:36:0:0 chr9 133760635 . A G 423.04 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0117331;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.982;QD=23.5023;RBI=0.0124757;REFB=-0.0316892;REVB=-0.00424013;RO=28;SAF=17;SAR=24;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721641;STB=0.526748;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0271302;OID=.;OPOS=133760635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:31:41:41:0.569444:24:17:9:19:24:17:11:20 chr9 133761001 . A G 218.2 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00264911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.038;QD=16.7848;RBI=0.00705589;REFB=-0.0194913;REVB=-0.00653971;RO=28;SAF=20;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523494;STB=0.798345;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0199164;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:4:20:9:19:4:20:9:19 chr9 133787225 . A G 705.64 PASS AF=0.45509;AO=74;DP=167;FAO=76;FDP=167;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=54;FWDB=-0.00782401;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.149;QD=16.9016;RBI=0.00785923;REFB=-0.0345306;REVB=0.000743221;RO=85;SAF=33;SAR=41;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801667;STB=0.529704;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0273291;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:85:91:74:76:0.45509:41:33:31:54:41:35:37:54 chr9 133884810 . CG C 61.84 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.152194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1972;QD=13.0194;RBI=0.158242;REFB=-0.127315;REVB=-0.0433305;RO=8;SAF=10;SAR=0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.781897;STB=0.651838;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.115957;OID=.;OPOS=133884811;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:10:19:11:19:8:10:1:6:2:39:8:10:0:6:2 chr9 133884820 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.416;QD=57.6798;RBI=0.0342236;REFB=0;REVB=-0.0336233;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345623;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr9 133911598 . A G 1535.17 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580461;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.514;QD=63.9655;RBI=0.00827837;REFB=0;REVB=0.00590237;RO=0;SAF=36;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17861e-05;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:60:36:0:0:60:36:0:0 chr9 133911706 . C T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0107486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.121;QD=15.6454;RBI=0.010767;REFB=-0.0365226;REVB=-0.000629417;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180916;STB=0.602208;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0484576;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:22:7:9:13:22:7 chr9 133914293 . G A 308.89 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00818832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.9;QD=13.5778;RBI=0.0198022;REFB=-0.00432455;REVB=0.0180299;RO=56;SAF=26;SAR=9;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108288;STB=0.562125;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00686757;OID=.;OPOS=133914293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:56:35:35:0.384615:9:26:37:19:9:26:37:19 chr9 133914321 . C T 553.36 PASS AF=0.56044;AO=50;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0293953;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3225;QD=24.3233;RBI=0.0328732;REFB=-0.0108822;REVB=-0.014716;RO=40;SAF=38;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891462;STB=0.551761;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00829945;OID=.;OPOS=133914321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:40:50:51:0.56044:12:38:27:13:12:39:27:13 chr9 133936571 . C G 316.54 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0261073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4348;QD=15.2549;RBI=0.0392997;REFB=0.00776756;REVB=-0.0293747;RO=47;SAF=25;SAR=10;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899743;STB=0.546531;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.01945;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:10:25:30:17:10:25:31:17 chr9 133946909 . G A 419.3 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0271458;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.11;QD=15.6748;RBI=0.027517;REFB=-0.00340368;REVB=-0.00450489;RO=59;SAF=29;SAR=18;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12739;STB=0.576438;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00570193;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:47:47:0.439252:18:29:29:30:18:29:29:31 chr9 133946915 . C G 467.04 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0069283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.903;QD=16.8304;RBI=0.0193088;REFB=-0.0171234;REVB=-0.018023;RO=60;SAF=30;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10279;STB=0.557319;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0213963;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:21:30:29:31:21:30:29:31 chr9 133948049 . A G 1793.13 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.571;QD=60.7841;RBI=0.0544648;REFB=0;REVB=0.0506944;RO=0;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96262e-05;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:55:57:0:0:60:58:0:0 chr9 133951230 . C T 541.72 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=119;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0338462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.9835;QD=18.2092;RBI=0.0357137;REFB=-0.0247995;REVB=0.0113976;RO=62;SAF=40;SAR=17;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219452;STB=0.622177;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0240003;OID=.;OPOS=133951230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:62:57:57:0.478992:17:40:30:32:17:40:30:32 chr9 133986980 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.05;QD=62.3509;RBI=0.016368;REFB=0;REVB=-0.00450242;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93535e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr9 133987060 . G A 619.97 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00881706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.493;QD=59.0445;RBI=0.0239124;REFB=-0.1779;REVB=0.0222275;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00075037;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:13:28:0:0:13:28:0:1 chr9 134020092 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0464226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.42;QD=13.2111;RBI=0.053142;REFB=-0.0339997;REVB=-0.0258652;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775117;STB=0.533849;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0442918;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:5:9:12:9:5:9:13:9 chr9 134021630 . A G 255.54 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.116;QD=51.1076;RBI=0.21498;REFB=0;REVB=0.0314719;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703937;OID=.;OPOS=134021630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr9 134133539 . G T 1157.05 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.952;QD=60.1067;RBI=0.0408059;REFB=0;REVB=-0.0086579;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166037;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:71:77:1:32:39:0:0:33:44:0:0 chr9 134136515 . A G 2259.71 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035968;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.29;QD=63.6538;RBI=0.0545086;REFB=0;REVB=-0.0409571;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68423e-06;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:66:76:0:0:66:76:0:0 chr9 134136677 . A G 908.88 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324166;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.126;QD=58.6374;RBI=0.0349689;REFB=0;REVB=-0.0131145;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18199e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr9 134165474 . G A 32.63 PASS AF=0.178571;AO=5;DP=29;FAO=5;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0770785;FXX=0.0344709;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.2509;QD=4.66129;RBI=0.143474;REFB=-0.072771;REVB=0.121012;RO=14;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327935;STB=0.580321;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.102967;OID=.;OPOS=134165474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:29:28:14:20:5:5:0.178571:3:2:6:8:3:2:10:10 chr9 134165497 . C T 73.74 PASS AF=0.235294;AO=9;DP=50;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0203797;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.42;QD=5.78355;RBI=0.0533233;REFB=-0.0228215;REVB=-0.0492752;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290513;STB=0.58319;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0673222;OID=.;OPOS=134165497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:50:51:38:39:9:12:0.235294:5:4:16:22:8:4:17:22 chr9 134183379 . C T 706.5 PASS AF=0.423913;AO=77;DP=183;FAO=78;FDP=184;FR=.;FRO=106;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0182852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5017;QD=15.3587;RBI=0.0426546;REFB=-0.0230184;REVB=0.0385366;RO=104;SAF=50;SAR=27;SRF=53;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149519;STB=0.586953;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0483697;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:104:106:77:78:0.423913:27:50:53:51:27:51:54:52 chr9 134183503 . T C 754.11 PASS AF=0.428571;AO=81;DP=189;FAO=81;FDP=189;FR=.;FRO=108;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0589481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.749;QD=15.9599;RBI=0.0620878;REFB=-0.0446915;REVB=0.0194942;RO=108;SAF=33;SAR=48;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114918;STB=0.564168;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0517832;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:108:108:81:81:0.428571:48:33:56:52:48:33:56:52 chr9 134346315 . T C 769.73 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3601;QD=57.0168;RBI=0.00991557;REFB=0;REVB=-0.00580272;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24368e-05;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr9 134350323 . C G 513.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471576;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.351;QD=58.6461;RBI=0.0623895;REFB=0;REVB=0.0408487;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116117;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr9 134350458 . C T 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00469179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.641;QD=54.883;RBI=0.0541506;REFB=-0.00147431;REVB=0.053947;RO=1;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000118866;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:23:31:0:1:23:31:0:1 chr9 134350647 . T C 979.36 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098436;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.264;QD=59.3553;RBI=0.0160191;REFB=0;REVB=0.0126379;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80128e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:29:36:0:0:29:37:0:0 chr9 134351065 . G T 445.97 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.127608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.4353;QD=48.2128;RBI=0.128376;REFB=-0.124041;REVB=0.0140186;RO=1;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405767;STB=0.519988;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.024857;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:37:1:4:33:33:0.891892:11:22:0:1:11:22:2:2 chr9 134351343 . C T 301.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0463431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1003;QD=25.1478;RBI=0.0631746;REFB=-0.0153101;REVB=0.0429342;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417622;STB=0.502317;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0133731;OID=.;OPOS=134351343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:10:11:14:13:10:11 chr9 134351660 . G A 258.97 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00066736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.229;QD=24.0904;RBI=0.02106;REFB=-0.0328883;REVB=0.0210495;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208682;STB=0.511618;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0263165;OID=.;OPOS=134351660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:10:9:12:12:10:9 chr9 134373770 . G C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5918;QD=60.6063;RBI=0.0714157;REFB=0;REVB=-0.0435426;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156931;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr9 134385436 . A G 1244.37 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.016;QD=61.4505;RBI=0.0135805;REFB=0;REVB=0.00435728;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4785e-05;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:34:46:0:0:35:46:0:0 chr9 134386744 . T C 920.39 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.412;QD=58.4376;RBI=0.0357208;REFB=0;REVB=0.0356412;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19388e-05;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:38:25:0:0 chr9 134387488 . T C 777.27 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5235;QD=63.4505;RBI=0.0438212;REFB=0;REVB=0.0386411;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212717;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr9 134401335 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.118;QD=60.6099;RBI=0.0148732;REFB=0;REVB=-0.00382806;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12481e-05;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr9 134406071 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=60.9779;RBI=0.0106896;REFB=0;REVB=0.00225346;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16701e-05;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr9 134453976 . G A 222.65 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00292155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.901;QD=14.8434;RBI=0.13084;REFB=-0.0169029;REVB=0.130807;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059742;STB=0.54542;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0178997;OID=.;OPOS=134453976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:11:14:21:13:12:14:21:13 chr9 134600816 . G A 107.3 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.665;QD=22.5901;RBI=0.02595;REFB=-0.0142505;REVB=-0.0238538;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067621;STB=0.538396;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0169114;OID=.;OPOS=134600816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:4:3:4:8:4:3 chr9 134658234 . G A 244.84 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00168351;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.714;QD=15.3026;RBI=0.00342797;REFB=-0.00958901;REVB=0.0029861;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167792;STB=0.588725;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0130604;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:37:36:28:28:0.4375:16:12:10:27:16:12:10:26 chr9 135102254 . C T 1459.55 PASS AF=0.555556;AO=138;DP=250;FAO=140;FDP=252;FR=.;FRO=112;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0138021;FXX=0.00787371;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.024;QD=23.1674;RBI=0.0359801;REFB=-0.0303789;REVB=-0.0332276;RO=112;SAF=80;SAR=58;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369142;STB=0.522713;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0237385;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:252:112:112:138:140:0.555556:58:80:60:52:58:82:60:52 chr9 135105922 . CTGGGGCA CTGGGCA,CTGGGCAG,CTGGGCGA,TCGGGCGA 170.36 PASS AF=0.465753,0,0.0547945,0.0410959;AO=10,5,3,5;DP=73;FAO=34,0,4,3;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=30,0,4,3;FSAR=4,0,0,0;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0720654,0.0270725,-0.08232,-0.0607741;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,3,2,7;MLLD=9.44065,17.0238,60.0047,117.105;QD=9.33459;RBI=0.0851402,0.0330975,0.0838593,0.0712024;REFB=-0.137405,-0.0719946,-0.0210709,-0.00766908;REVB=0.0453369,-0.01904,-0.0159934,-0.0370983;RO=29;SAF=6,5,3,5;SAR=4,0,0,0;SRF=6;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.310185,0,0,0;SSSB=0.45135,0.768326,0.704539,0.768326;STB=0.846549,0.5,0.998335,0.997909;STBP=0,1,0.001,0.005;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.163983,0.102158,0.0695412,0.186519;OID=.,.,.,.;OPOS=135105924,135105927,135105927,135105922;OREF=G,GCA,GC,CTGGGGC;OALT=-,CAG,CG,TCGGGCG;OMAPALT=CTGGGCA,CTGGGCAG,CTGGGCGA,TCGGGCGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:32:10,5,3,5:34,0,4,3:0.465753,0,0.0547945,0.0410959:4,0,0,0:6,5,3,5:6:23:4,0,0,0:30,0,4,3:8:24 chr9 135105964 . A G 1280.69 PASS AF=1;AO=77;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494192;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5737;QD=61.7198;RBI=0.0531627;REFB=0;REVB=-0.0195963;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53281e-07;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:77:83:1:41:36:0:0:41:42:0:0 chr9 135114365 . G A 564.7 PASS AF=0.508772;AO=57;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0114089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.009;QD=19.8141;RBI=0.0114114;REFB=-0.00842936;REVB=0.000239203;RO=55;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262153;STB=0.501559;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00872714;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:56:57:58:0.508772:24:33:32:23:24:34:33:23 chr9 135139826 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0245243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.881;QD=11.1041;RBI=0.0391008;REFB=-0.0112475;REVB=-0.0304538;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0100659;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:7:3:2:5:7:3 chr9 135172412 . A G 443.72 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00110645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.536;QD=17.7489;RBI=0.0102735;REFB=0.003801;REVB=-0.0102137;RO=55;SAF=27;SAR=18;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108865;STB=0.560948;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00472149;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:18:27:27:28:18:27:27:28 chr9 135173685 . T C 359.38 PASS AF=0.6;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0240777;FXX=0.0322529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.202;QD=23.9589;RBI=0.0292147;REFB=-0.0185762;REVB=-0.0165458;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1289;STB=0.562465;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.01278;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:22:24:34:36:0.6:20:14:13:9:22:14:13:11 chr9 135202829 . T C 128.0 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0126321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.216;QD=20.4794;RBI=0.0234168;REFB=0.00416937;REVB=0.0197174;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339143;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200776;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:10:11:14:14:0.56:5:9:6:4:5:9:7:4 chr9 135203231 . C T 342.25 PASS AF=0.394231;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0116031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2445;QD=13.1636;RBI=0.0118167;REFB=-0.00199632;REVB=0.00223656;RO=53;SAF=16;SAR=24;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933821;STB=0.528216;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00614223;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:63:40:41:0.394231:24:16:26:27:24:17:29:34 chr9 135203409 . A C 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00538839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.44;QD=16.6329;RBI=0.00632794;REFB=-0.0331941;REVB=-0.00331785;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101858;STB=0.510972;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0418442;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:16:21:26:19:16:21:27:19 chr9 135203838 . G A 213.84 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0160609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.255;QD=10.6922;RBI=0.0169274;REFB=-0.0183755;REVB=0.00534636;RO=53;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116605;STB=0.567817;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0292116;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:53:27:27:0.3375:15:12:29:24:15:12:29:24 chr9 135206460 . A G 176.21 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0342658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.321;QD=20.7305;RBI=0.0342884;REFB=-0.0169812;REVB=-0.00124371;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068284;STB=0.53842;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0117868;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:7:11:11:5:7:11:11:5 chr9 135263573 . G T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2925;QD=60.9774;RBI=0.0347182;REFB=0;REVB=0.0113954;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189671;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 135273607 . C G 779.11 PASS AF=0.540146;AO=74;DP=137;FAO=74;FDP=137;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0135696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.264;QD=22.7478;RBI=0.0152893;REFB=0.000658219;REVB=-0.0070447;RO=63;SAF=46;SAR=28;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016388;STB=0.508975;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.000593509;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:63:63:74:74:0.540146:28:46:38:25:28:46:38:25 chr9 135277301 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0255723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.651;QD=14.3343;RBI=0.0286511;REFB=-0.0482308;REVB=-0.0129208;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0460072;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:6:3:3:6:7:3 chr9 135277341 . C A 108.9 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0693081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.453;QD=24.2003;RBI=0.0696327;REFB=-0.00553135;REVB=-0.00671614;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198498;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00367835;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:18:5:6:12:12:0.666667:7:5:4:1:7:5:4:2 chr9 135285840 . C T 443.51 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.052459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4406;QD=20.3912;RBI=0.0575828;REFB=-0.0128814;REVB=-0.0237451;RO=42;SAF=24;SAR=20;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659708;STB=0.529648;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0128486;OID=.;OPOS=135285840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:20:24:26:16:20:24:26:17 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=104;DP=99;LEN=76;RO=0;SAF=51;SAR=35;SRF=12;SRR=1;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:99:0:104:35:51:12:1 chr9 135297013 . T TTCTC 119.78 PASS AF=1;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.333111;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.245;QD=47.9125;RBI=0.00546174;REFB=0;REVB=0.00546174;RO=70;SAF=0;SAR=10;SRF=63;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.84112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.7856e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:80:10:10:0:0:10:0:0:3:70:0:10:63:7 chr9 135297016 . T G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.363;QD=22.6785;RBI=0.0255491;REFB=0.0128439;REVB=-0.0255491;RO=5;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117205;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:10:0:0:5:10:0:0:5 chr9 135297019 . TC T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.009;QD=37.4885;RBI=0.0239897;REFB=0;REVB=-0.0239897;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000223984;OID=.;OPOS=135297020;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:0:8:0:0:4:0:0:8:0:0 chr9 135297022 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=367.626;QD=37.4885;RBI=0.0153114;REFB=0;REVB=0.0153114;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80879e-05;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr9 135297024 . T TGACA 58.15 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.249688;HRUN=0;LEN=4;MLLD=284.982;QD=38.7679;RBI=0.0159184;REFB=0;REVB=-0.0159184;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000214763;OID=.;OPOS=135297025;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=TGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:6:6:0:0:6:0:0:3:2:0:6:0:2 chr9 135297030 . T A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.901;QD=26.0262;RBI=0.00309803;REFB=-0.0343406;REVB=-0.00309803;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212108;OID=.;OPOS=135297030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr9 135374764 . G A 1420.27 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=97;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0279631;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.254;QD=59.8007;RBI=0.0331841;REFB=-0.0166495;REVB=0.0178675;RO=3;SAF=43;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115567;STB=0.505606;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000147517;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:95:3:3:90:92:0.968421:47:43:2:1:47:45:2:1 chr9 135374898 . T C 2819.35 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4752;QD=62.6522;RBI=0.0382985;REFB=0;REVB=-0.0310437;RO=0;SAF=106;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012438;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:180:0:0:179:180:1:73:106:0:0:73:107:0:0 chr9 135448320 . C A 1464.67 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00809861;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.458;QD=58.0067;RBI=0.0111517;REFB=-0.0931578;REVB=-0.00766641;RO=1;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854702;STB=0.504424;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=3.51937e-05;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:44:55:1:0:44:56:1:0 chr9 135470414 . T C 3040.91 PASS AF=1;AO=197;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634843;FXX=0.0197035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.098;QD=61.1238;RBI=0.00636537;REFB=-0.11021;REVB=-0.000464002;RO=0;SAF=111;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67446e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:199:0:0:197:199:1:86:111:0:0:88:111:0:0 chr9 135554566 . G A 1123.09 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0147035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8509;QD=56.8655;RBI=0.01692;REFB=-0.104137;REVB=0.00837211;RO=2;SAF=42;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0120353;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:2:2:76:77:0.974684:34:42:2:0:35:42:2:0 chr9 135763816 . C T 212.95 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0134198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.707;QD=10.9204;RBI=0.0136113;REFB=-0.0179585;REVB=-0.00227493;RO=51;SAF=8;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280422;STB=0.64337;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0301082;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:51:51:26:27:0.346154:18:8:28:23:18:9:28:23 chr9 135782221 . T C 166.97 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0301741;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1535;QD=14.519;RBI=0.0890148;REFB=-0.0131756;REVB=0.0837446;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182115;STB=0.60594;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0245145;OID=.;OPOS=135782221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:14:14:12:6:14:14 chr9 135786904 . A G 497.22 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0147695;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.315;QD=23.3985;RBI=0.0162757;REFB=-0.00784684;REVB=0.00683799;RO=38;SAF=31;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482814;STB=0.526564;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00631914;OID=.;OPOS=135786904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:16:31:23:15:16:31:23:15 chr9 135821099 . C T 420.42 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0562972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.898;QD=16.4871;RBI=0.0565062;REFB=-0.0339134;REVB=0.0048552;RO=55;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110541;STB=0.555484;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0377458;OID=.;OPOS=135821099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:25:21:19:36:25:21:20:36 chr9 135929847 . C T 202.45 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00110513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2805;QD=21.8869;RBI=0.0356736;REFB=-0.0284886;REVB=0.0356564;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467226;STB=0.526289;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0329493;OID=.;OPOS=135929847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:15:5:5:12:15:5:5:12 chr9 135930735 . T C 165.07 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442967;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.054;QD=47.1627;RBI=0.0703202;REFB=0;REVB=0.0546144;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011209;OID=.;OPOS=135930735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr9 135942653 . C G 60.1 PASS AF=0.128;AO=20;DP=126;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=43;FWDB=-0.0266306;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1164;QD=1.92314;RBI=0.0487316;REFB=-0.00636308;REVB=-0.0408116;RO=96;SAF=1;SAR=19;SRF=65;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729566;STB=0.944917;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.155347;OID=.;OPOS=135942653;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:126:125:96:109:20:16:0.128:19:1:65:31:15:1:66:43 chr9 135946532 . C T 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0273007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.372;QD=18.9951;RBI=0.0273065;REFB=-0.0103996;REVB=0.00056504;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0114006;OID=.;OPOS=135946532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:8:9:8:9:8:9 chr9 135957068 . C T 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0110389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.812;QD=1.10953;RBI=0.0129071;REFB=-0.00905204;REVB=0.00668842;RO=103;SAF=4;SAR=5;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563868;STB=0.546616;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0508537;OID=.;OPOS=135957068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:5:4:51:52:5:4:51:52 chr9 135957105 . C A 49.81 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=57;FWDB=-0.00459111;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.086;QD=1.55645;RBI=0.00609565;REFB=-0.000215479;REVB=0.00400983;RO=117;SAF=7;SAR=6;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030477;STB=0.530639;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00130004;OID=.;OPOS=135957105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:128:117:115:13:13:0.101562:6:7:60:57:6:7:58:57 chr9 135957117 . G T 577.91 PASS AF=0.5;AO=59;DP=121;FAO=60;FDP=120;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0043044;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.583;QD=19.2636;RBI=0.00950609;REFB=-0.026096;REVB=-0.00847572;RO=59;SAF=28;SAR=31;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153683;STB=0.508358;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0231562;OID=.;OPOS=135957117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:59:60:59:60:0.5:31:28:29:30:32:28:29:31 chr9 135957227 . G C 321.31 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0601958;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1704;QD=18.6268;RBI=0.0736628;REFB=-0.00951641;REVB=-0.0424579;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116399;STB=0.50649;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00744205;OID=.;OPOS=135957227;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:15:20:19:15:15:20 chr9 135961787 . A G 329.75 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0963119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5811;QD=18.3193;RBI=0.0965142;REFB=0.0029527;REVB=-0.00624506;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088478;STB=0.541378;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00333962;OID=.;OPOS=135961787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:35:35:0.486111:18:17:14:22:18:17:15:22 chr9 135961796 . C T 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0556387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9958;QD=17.7451;RBI=0.0605509;REFB=-0.0136045;REVB=0.0238903;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650987;STB=0.536557;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0168779;OID=.;OPOS=135961796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:9:18:15:10:9:18 chr9 135961809 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00786263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.227;QD=17.6896;RBI=0.0178792;REFB=-0.0066668;REVB=-0.0160576;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083006;STB=0.547126;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0087877;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:9:17:12:9:9:17 chr9 135968511 . C CTG 1411.76 PASS AF=0.944444;AO=96;DP=112;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0285279;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=2;MLLD=291.434;QD=52.2872;RBI=0.0295982;REFB=-0.0613095;REVB=0.00788773;RO=8;SAF=47;SAR=49;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378648;STB=0.518515;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.00269658;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:96:112:102:108:6:51:51:5:1:16:8:47:49:6:2 chr9 135973678 . C T 196.54 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0485333;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8866;QD=18.7179;RBI=0.049698;REFB=-0.0340425;REVB=0.0106962;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.573387;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.015398;OID=.;OPOS=135973678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:22:20:20:0.47619:11:9:13:7:11:9:13:9 chr9 135974079 . G C 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.156;QD=60.7129;RBI=0.043424;REFB=0;REVB=0.00133294;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59631e-05;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr9 135974100 . G A 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.028982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.461;QD=14.9472;RBI=0.0308785;REFB=-0.00751449;REVB=0.0106549;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101328;STB=0.552059;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0108192;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:10:21:24:17:10:21:25:17 chr9 135976976 . C T 360.12 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0118826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5085;QD=15.005;RBI=0.0193915;REFB=0.0113744;REVB=0.0153243;RO=57;SAF=22;SAR=17;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920899;STB=0.551983;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0243621;OID=.;OPOS=135976976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:17:22:37:20:17:22:37:20 chr9 135982088 . A C 732.38 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0134905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.063;QD=23.4362;RBI=0.0134926;REFB=-0.0338146;REVB=0.000235135;RO=54;SAF=35;SAR=35;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295387;STB=0.519994;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0249644;OID=.;OPOS=135982088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:55:70:70:0.56:35:35:29:25:35:35:30:25 chr9 135983504 . T C 884.78 PASS AF=0.554839;AO=86;DP=155;FAO=86;FDP=155;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.00995179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.072;QD=22.833;RBI=0.0115592;REFB=-0.0325444;REVB=0.00588012;RO=67;SAF=50;SAR=36;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000572838;STB=0.507378;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0272547;OID=.;OPOS=135983504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:67:69:86:86:0.554839:36:50:39:28:36:50:39:30 chr9 136004699 . G A 1002.56 PASS AF=0.521505;AO=97;DP=186;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.00339914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.791;QD=21.5605;RBI=0.00807535;REFB=-0.00905674;REVB=0.00732511;RO=89;SAF=52;SAR=45;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168598;STB=0.509235;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00784964;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:89:89:97:97:0.521505:45:52:46:43:45:52:46:43 chr9 136031346 . A G 371.56 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0188632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.852;QD=20.0844;RBI=0.0391023;REFB=-0.02724;REVB=0.0342516;RO=36;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621703;STB=0.53927;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0211381;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:24:13:15:21:25:13:15:21 chr9 136037742 . G A 714.89 PASS AF=0.581197;AO=66;DP=113;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0146852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6379;QD=24.4406;RBI=0.0384039;REFB=-0.0608784;REVB=0.0354852;RO=47;SAF=36;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223785;STB=0.511548;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0560187;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:47:49:66:68:0.581197:30:36:27:20:31:37:28:21 chr9 136083580 . T G 618.65 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=120;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0383123;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.07;QD=20.7951;RBI=0.0426151;REFB=0.00125228;REVB=0.0186606;RO=56;SAF=37;SAR=25;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19086;STB=0.608813;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00126494;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:56:57:62:62:0.521008:25:37:21:35:25:37:21:36 chr9 136131289 . C T 493.4 PASS AF=0.597403;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00949033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.964;QD=25.6309;RBI=0.0200828;REFB=-0.0182182;REVB=-0.017699;RO=29;SAF=30;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150885;STB=0.571397;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0108356;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:31:46:46:0.597403:16:30:13:16:16:30:15:16 chr9 136131347 . G A 478.45 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=86;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0100441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.946;QD=21.5033;RBI=0.0234169;REFB=0.0103239;REVB=0.0211534;RO=40;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333333;STB=0.500248;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00498545;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:40:42:46:47:0.52809:19:27:25:15:19:28:25:17 chr9 136131437 . C T 404.15 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0573639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6225;QD=19.4773;RBI=0.0618681;REFB=0.0106152;REVB=0.0231744;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154977;STB=0.578475;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00916234;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:20:21:28:13:20:21:28:14 chr9 136131472 . A T 222.86 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0248084;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.107;QD=14.6137;RBI=0.032364;REFB=-0.0154321;REVB=-0.020784;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923944;STB=0.55239;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0263479;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:22:13:12:14:22:13 chr9 136131651 . G A 692.48 PASS AF=0.446429;AO=75;DP=168;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.0355236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.097;QD=16.4875;RBI=0.0355408;REFB=-0.00773574;REVB=-0.00110475;RO=93;SAF=54;SAR=21;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168928;STB=0.594451;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0109124;OID=.;OPOS=136131651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:93:93:75:75:0.446429:21:54:53:40:21:54:53:40 chr9 136132873 . T C 745.23 PASS AF=0.521739;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00118819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.406;QD=21.6009;RBI=0.0114942;REFB=-0.030971;REVB=0.0114326;RO=65;SAF=46;SAR=26;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500026;STB=0.52452;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0231621;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:66:72:72:0.521739:26:46:38:27:26:46:39:27 chr9 136132908 . T TC 485.27 PASS AF=0.5;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0156029;FXX=0.0188661;HRUN=0;LEN=1;MLLD=208.436;QD=18.6641;RBI=0.0166975;REFB=0.000331602;REVB=0.0059461;RO=60;SAF=31;SAR=21;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045629;STB=0.539319;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=-0.000444163;OID=.;OPOS=136132909;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:52:113:52:104:52:31:21:27:25:99:60:31:21:33:27 chr9 136133506 . A G 218.01 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00692561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.896;QD=15.5719;RBI=0.00717355;REFB=0.000288828;REVB=0.00186966;RO=31;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121167;STB=0.568994;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000331212;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:7:18:19:12:7:18:19:12 chr9 136135237 . AT GC 275.69 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00409383;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.649;QD=17.5039;RBI=0.0292892;REFB=-0.000671586;REVB=-0.0290017;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103235;STB=0.572584;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=0.00052053;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:31:33:30:30:0.47619:16:14:18:13:16:14:20:13 chr9 136136770 . A C 123.49 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0638144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9794;QD=16.4652;RBI=0.0878141;REFB=0.0317734;REVB=-0.0603244;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123893;STB=0.571326;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0344366;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:9:7:8:6:9:7 chr9 136177993 . G A 307.26 PASS AF=0.31746;AO=40;DP=127;FAO=40;FDP=126;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.012699;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.483;QD=9.75429;RBI=0.0145197;REFB=-0.014079;REVB=0.00703964;RO=84;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258337;STB=0.642672;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0224907;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:84:86:40:40:0.31746:14:26:36:48:14:26:38:48 chr9 136199466 . G A 1269.63 PASS AF=0.447458;AO=131;DP=298;FAO=132;FDP=295;FR=.;FRO=163;FSAF=94;FSAR=38;FSRF=107;FSRR=56;FWDB=0.00967717;FXX=0.0100668;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.375;QD=17.2153;RBI=0.0160707;REFB=-0.0357341;REVB=-0.0128304;RO=163;SAF=94;SAR=37;SRF=107;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725693;STB=0.536355;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0393962;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:295:163:163:131:132:0.447458:37:94:107:56:38:94:107:56 chr9 136199503 . G A 1316.06 PASS AF=0.480287;AO=134;DP=279;FAO=134;FDP=279;FR=.;FRO=145;FSAF=92;FSAR=42;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=-0.00310077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7287;QD=18.8682;RBI=0.00661771;REFB=-0.0452474;REVB=-0.00584631;RO=143;SAF=92;SAR=42;SRF=88;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075049;STB=0.546429;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0660004;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:143:145:134:134:0.480287:42:92:88:55:42:92:88:57 chr9 136227260 . A G 770.25 PASS AF=0.513889;AO=64;DP=134;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0103782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.69;QD=21.3959;RBI=0.0466992;REFB=-0.0581011;REVB=0.0455314;RO=69;SAF=32;SAR=32;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.514702;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0572121;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:144:69:70:64:74:0.513889:32:32:31:38:39:35:31:39 chr9 136229833 . C G 641.5 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=28;FWDB=0.095158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0287;QD=16.5549;RBI=0.13294;REFB=-0.0379684;REVB=0.0928335;RO=85;SAF=31;SAR=39;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221871;STB=0.622947;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0483077;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:39:31:57:28:39:31:57:28 chr9 136237783 . C A 448.09 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00273106;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.536;QD=23.5836;RBI=0.00912169;REFB=-0.0333885;REVB=0.00870325;RO=32;SAF=29;SAR=14;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398833;STB=0.526603;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.027155;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:32:33:43:43:0.565789:14:29:23:9:14:29:24:9 chr9 136268038 . C T 635.43 PASS AF=0.4;AO=72;DP=179;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.00716484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6065;QD=14.1206;RBI=0.00717106;REFB=-0.0292856;REVB=0.000298657;RO=107;SAF=37;SAR=35;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039596;STB=0.519433;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0476249;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:107:108:72:72:0.4:35:37:51:56:35:37:52:56 chr9 136268084 . A G 725.91 PASS AF=0.487952;AO=70;DP=159;FAO=81;FDP=166;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=-0.000400133;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.2575;QD=17.4918;RBI=0.0153995;REFB=-0.0420347;REVB=-0.0153943;RO=63;SAF=32;SAR=38;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387904;STB=0.518839;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0446281;OID=.;OPOS=136268084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:166:63:85:70:81:0.487952:38:32:26:37:43:38:43:42 chr9 136277480 . A G 360.08 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0201275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.997;QD=15.0034;RBI=0.0257038;REFB=-0.01188;REVB=-0.0159865;RO=57;SAF=28;SAR=11;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201527;STB=0.614775;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0245067;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:11:28:31:26:11:28:31:26 chr9 136291063 . C T 1659.53 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0115517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.294;QD=56.7361;RBI=0.0325593;REFB=-0.116595;REVB=0.0304413;RO=3;SAF=87;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516856;STB=0.535708;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000273091;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:3:4:113:113:0.965812:26:87:0:3:26:87:0:4 chr9 136295290 . A C 1803.33 PASS AF=0.976378;AO=114;DP=117;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0445905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.3595;QD=56.7979;RBI=0.0765205;REFB=-0.0664866;REVB=0.0621858;RO=3;SAF=52;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060262;STB=0.503005;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00211053;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:127:3:3:114:124:0.976378:62:52:1:2:67:57:1:2 chr9 136302030 . G A 603.72 PASS AF=0.45;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.021181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.896;QD=17.2492;RBI=0.0355644;REFB=-0.0358088;REVB=0.0285691;RO=75;SAF=39;SAR=24;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196165;STB=0.512541;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0454431;OID=.;OPOS=136302030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:75:77:63:63:0.45:24:39:45:30:24:39:46:31 chr9 136304497 . A G 974.53 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.936;QD=57.3251;RBI=0.0323208;REFB=0;REVB=0.00557678;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300636;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:63:68:1:32:31:0:0:33:35:0:0 chr9 136308542 . C T 2468.38 PASS AF=1;AO=158;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687754;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9661;QD=60.9477;RBI=0.0687952;REFB=0;REVB=0.00165375;RO=0;SAF=87;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543387;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:158:162:1:71:87:0:0:71:91:0:0 chr9 136328657 . T C 1116.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0885611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.171;QD=60.3685;RBI=0.0956223;REFB=0;REVB=0.0360633;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130707;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr9 136340200 . T G 1553.96 PASS AF=1;AO=92;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.55;QD=58.6401;RBI=0.0844977;REFB=0;REVB=0.0753967;RO=3;SAF=58;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469243;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:3:0:92:106:1:34:58:2:1:42:64:0:0 chr9 136379890 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.606;QD=59.1425;RBI=0.0326959;REFB=0;REVB=-0.00890088;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01751e-05;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:53:14:0:0:53:14:0:0 chr9 136412170 . C T 509.79 PASS AF=0.482143;AO=55;DP=113;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.000788326;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.008;QD=18.2069;RBI=0.0230083;REFB=-0.0196272;REVB=0.0229948;RO=57;SAF=26;SAR=29;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974059;STB=0.545198;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0272647;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:57:58:55:54:0.482143:29:26:33:24:28:26:33:25 chr9 136412236 . A T 564.2 PASS AF=0.504348;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0405093;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.117;QD=19.6245;RBI=0.0405108;REFB=-0.0111698;REVB=-0.000339941;RO=57;SAF=25;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12675;STB=0.564571;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00841528;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:57:58:0.504348:32:25:33:24:32:26:33:24 chr9 136412255 . A C 533.17 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00864133;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.417;QD=19.5659;RBI=0.0135997;REFB=0.00481334;REVB=0.0105014;RO=54;SAF=22;SAR=33;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140697;STB=0.577749;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00456531;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:54:54:55:55:0.504587:33:22:30:24:33:22:30:24 chr9 136419629 . G A 2620.5 PASS AF=0.972527;AO=172;DP=180;FAO=177;FDP=182;FR=.;FRO=5;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0371977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.317;QD=57.5935;RBI=0.0504031;REFB=-0.177381;REVB=0.0340118;RO=7;SAF=89;SAR=83;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172369;STB=0.503294;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00140085;OID=.;OPOS=136419629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:180:182:7:5:172:177:0.972527:83:89:2:5:85:92:2:3 chr9 136505114 . A G 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00663775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6196;QD=17.3751;RBI=0.0979045;REFB=0.00607193;REVB=-0.0976793;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.705559;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0114842;OID=.;OPOS=136505114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:1:9:5:6:1:9 chr9 136507473 . G A 453.9 PASS AF=0.358974;AO=56;DP=157;FAO=56;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.00997873;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1173;QD=11.6384;RBI=0.00999846;REFB=-0.0179422;REVB=0.000627733;RO=99;SAF=33;SAR=23;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386912;STB=0.519251;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0351139;OID=.;OPOS=136507473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:99:100:56:56:0.358974:23:33:55:44:23:33:56:44 chr9 136508640 . G A 605.7 PASS AF=0.456522;AO=64;DP=138;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=52;FSRR=23;FWDB=-0.0193017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.211;QD=17.5566;RBI=0.0232522;REFB=-0.0233919;REVB=0.0129657;RO=73;SAF=32;SAR=32;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191545;STB=0.609002;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0405621;OID=.;OPOS=136508640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:75:64:63:0.456522:32:32:51:22:32:31:52:23 chr9 136518097 . A G 2595.29 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.293;QD=61.0656;RBI=0.0131714;REFB=0;REVB=0.00827999;RO=0;SAF=79;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19849e-06;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:170:0:0:164:170:1:85:79:0:0:89:81:0:0 chr9 136536679 . G A 1751.58 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.943;QD=59.8832;RBI=0.0880369;REFB=-0.121407;REVB=0.0867574;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.504853;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000707626;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:117:0:1:114:116:0.991453:50:64:0:0:51:65:0:1 chr9 136536793 . C G 2127.0 PASS AF=0.942675;AO=148;DP=157;FAO=148;FDP=157;FR=.;FRO=9;FSAF=93;FSAR=55;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00543413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.9057;QD=54.191;RBI=0.00543614;REFB=-0.158221;REVB=0.000147923;RO=1;SAF=93;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856863;STB=0.517938;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00590233;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:157:157:1:9:148:148:0.942675:55:93:0:1:55:93:3:6 chr9 136555629 . T C 356.17 PASS AF=0.553846;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0435081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.179;QD=21.9183;RBI=0.0446472;REFB=-0.0247835;REVB=0.0100208;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144877;STB=0.58457;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0162964;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:29:35:36:0.553846:17:18:20:9:18:18:20:9 chr9 136559460 . C T 254.23 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0322674;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.765;QD=19.1871;RBI=0.0323082;REFB=-0.00637328;REVB=-0.00162302;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290058;STB=0.662666;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00439519;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:19:8:16:10:19:8:16:10 chr9 136573412 . G A 1248.67 PASS AF=0.528384;AO=120;DP=228;FAO=121;FDP=229;FR=.;FRO=108;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0136098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.74;QD=21.8108;RBI=0.0258384;REFB=-0.0323683;REVB=0.0219635;RO=108;SAF=71;SAR=49;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104788;STB=0.554638;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0199861;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:108:108:120:121:0.528384:49:71:51:57:50:71:51:57 chr9 136573460 . G A 1489.8 PASS AF=0.547893;AO=143;DP=261;FAO=143;FDP=261;FR=.;FRO=118;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=50;FSRR=68;FWDB=0.0058148;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.341;QD=22.8322;RBI=0.00675838;REFB=-0.0227612;REVB=-0.00344438;RO=118;SAF=83;SAR=60;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130512;STB=0.57105;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0144377;OID=.;OPOS=136573460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:118:118:143:143:0.547893:60:83:50:68:60:83:50:68 chr9 136599146 . C T 2279.72 PASS AF=0.450943;AO=239;DP=532;FAO=239;FDP=530;FR=.;FRO=291;FSAF=174;FSAR=65;FSRF=160;FSRR=131;FWDB=0.0188222;FXX=0.00375933;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5121;QD=17.2055;RBI=0.0478179;REFB=-0.00912184;REVB=0.0439577;RO=288;SAF=174;SAR=65;SRF=158;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200494;STB=0.61102;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117275;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:532:530:288:291:239:239:0.450943:65:174:158:130:65:174:160:131 chr9 136627122 . GGCC G,GC,GGC,GGGC 206.97 PASS AF=0.0344828,0.862069,0,0;AO=5,8,5,3;DP=31;FAO=1,25,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=1,12,0,0;FSAR=0,13,0,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.169667,-0.152647,-0.498766,-0.32803;FXX=0;HRUN=7,7,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=13.7208,14.2055,8.81046,5.47085;QD=28.547;RBI=0.233394,0.271294,0.59023,0.350097;REFB=-0.0209263,-0.0588573,0.0250345,0.0964595;REVB=0.160269,0.224274,0.315602,0.122328;RO=5;SAF=5,3,1,0;SAR=0,5,4,3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.305263,0;SSSB=0.812479,0.293689,0.331615,0;STB=0.994936,0.551683,0.5,0.5;STBP=0.102,0.147,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0158565,-0.0325003,0.0256083,0;OID=.,.,.,.;OPOS=136627123,136627123,136627124,136627124;OREF=GCC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GC,GGC,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.862069,0,0:5,8,5,3:31:1,25,0,0:29:3:1,12,0,0:0,13,0,0:0:3:15:5:5,3,1,0:0,5,4,3:0:5 chr9 136628770 . T C 1876.54 PASS AF=1;AO=98;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.553;QD=61.5258;RBI=0.051289;REFB=0;REVB=0.0498983;RO=0;SAF=41;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86644e-05;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:98:122:1:57:41:0:0:66:56:0:0 chr9 136628771 . G C 112.9 PASS AF=0.173554;AO=21;DP=122;FAO=21;FDP=121;FR=.;FRO=100;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.00865388;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=82.8339;QD=3.73214;RBI=0.0404369;REFB=-0.0478892;REVB=0.0395;RO=100;SAF=14;SAR=7;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307986;STB=0.698741;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0141519;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:100:100:21:21:0.173554:7:14:42:58:7:14:42:58 chr9 136898627 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.873;QD=57.5417;RBI=0.0765582;REFB=0;REVB=0.00383193;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232012;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr9 136907005 . G A 1038.55 PASS AF=1;AO=58;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=91.7288;QD=56.907;RBI=0.0842733;REFB=0;REVB=0.0326894;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473442;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:58:73:1:33:25:0:0:35:38:0:0 chr9 136913355 . T C 1463.86 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332071;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.405;QD=62.9618;RBI=0.0358707;REFB=0;REVB=-0.0135645;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32343e-05;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:93:0:0:91:93:1:45:46:0:0:45:48:0:0 chr9 137271318 . C A 615.92 PASS AF=0.460432;AO=61;DP=133;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.0214612;FXX=0.0141834;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.7895;QD=17.7242;RBI=0.0237165;REFB=-0.0132299;REVB=0.010094;RO=70;SAF=26;SAR=35;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152959;STB=0.58327;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0131403;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:139:70:75:61:64:0.460432:35:26:41:29:38:26:42:33 chr9 137293761 . G A 120.17 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266319;FXX=0.0832639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.91;QD=43.6996;RBI=0.176071;REFB=0;REVB=-0.174045;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991483;OID=.;OPOS=137293761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr9 137330560 . C T 1684.4 PASS AF=1;AO=91;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.554;QD=60.6993;RBI=0.115417;REFB=0;REVB=0.0274533;RO=0;SAF=13;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93079e-05;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:91:111:1:78:13:0:0:79:32:0:0 chr9 137332311 . T G 3605.58 PASS AF=1;AO=229;DP=230;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.007705;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.963;QD=62.9796;RBI=0.0584955;REFB=0;REVB=0.0579858;RO=0;SAF=121;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16861e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:230:229:0:0:229:229:1:108:121:0:0:108:121:0:0 chr9 137619195 . C T 508.3 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0131716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.018;QD=20.7469;RBI=0.0284343;REFB=-0.0170902;REVB=0.0251996;RO=49;SAF=27;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186655;STB=0.510329;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0183894;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:22:27:28:21:22:27:28:21 chr9 137630587 . T C 207.59 PASS AF=0.3;AO=27;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0659903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8659;QD=9.22604;RBI=0.0748401;REFB=-0.00187765;REVB=0.0353033;RO=61;SAF=10;SAR=17;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201793;STB=0.629534;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00664074;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:61:63:27:27:0.3:17:10:33:28:17:10:35:28 chr9 137686906 . C T 1840.7 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.618;QD=61.3567;RBI=0.0258628;REFB=0;REVB=-0.0137344;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46636e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:45:75:0:0:45:75:0:0 chr9 137690318 . A G,T 959.51 PASS AF=0.1,0.885714;AO=7,58;DP=65;FAO=7,62;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=6,16;FSAR=1,46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182642,0.0585561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.0378,61.8752;QD=54.8294;RBI=0.0410762,0.0943848;REFB=-0.0760125,-0.08626;REVB=0.0367923,0.0740248;RO=0;SAF=7,15;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538356,0.515147;STBP=0.653,0.159;TYPE=snp,snp;VARB=0.0297905,0.00701127;OID=.,.;OPOS=137690318,137690318;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:65:70:0:1:7,58:7,62:0.1,0.885714:0,43:7,15:0:0:1,46:6,16:1:0 chr9 137708934 . T G 319.82 PASS AF=0.532258;AO=26;DP=64;FAO=33;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00732571;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.288;QD=20.6332;RBI=0.024433;REFB=-0.00150874;REVB=-0.0233089;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179962;STB=0.524287;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00190489;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:29:29:26:33:0.532258:14:12:19:10:13:20:19:10 chr9 137711997 . G C 471.04 PASS AF=0.5625;AO=46;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0294895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9316;QD=23.5519;RBI=0.0379289;REFB=-0.0234374;REVB=-0.0238532;RO=33;SAF=30;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110668;STB=0.559949;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0173554;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:33:35:46:45:0.5625:16:30:17:16:16:29:18:17 chr9 137775139 . A G 1466.81 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0376964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5634;QD=61.1173;RBI=0.0622808;REFB=0.0426073;REVB=-0.049577;RO=1;SAF=59;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796946;STB=0.504201;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00103293;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:35:59:1:0:36:59:1:0 chr9 137775155 . T C 1323.57 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183924;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.223;QD=62.2854;RBI=0.0293299;REFB=0;REVB=-0.0228465;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86845e-05;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr9 137777132 . G A 275.86 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0502328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4064;QD=16.2268;RBI=0.0515564;REFB=-0.0409915;REVB=-0.011607;RO=35;SAF=22;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884875;STB=0.522019;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0405149;OID=.;OPOS=137777132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:35:37:30:31:0.455882:8:22:23:12:9:22:25:12 chr9 137801014 . G A 375.1 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00976289;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.262;QD=23.4435;RBI=0.0183013;REFB=-0.0451555;REVB=0.0154798;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651473;STB=0.54519;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0337853;OID=.;OPOS=137801014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:27:37:37:0.578125:23:14:12:14:23:14:13:14 chr9 137801314 . A G 298.85 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0130907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.834;QD=16.1538;RBI=0.0172166;REFB=-0.021518;REVB=0.0111824;RO=40;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200469;STB=0.518507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0246656;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:15:18:21:19:15:18:21:20 chr9 137801800 . T C 625.81 PASS AF=0.474074;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0263588;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4337;QD=18.5425;RBI=0.0263596;REFB=-0.00117373;REVB=-0.000204838;RO=71;SAF=29;SAR=35;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015828;STB=0.508769;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00143224;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:71:71:64:64:0.474074:35:29:31:40:35:29:31:40 chr9 137804360 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0149931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0561;QD=17.9546;RBI=0.108552;REFB=-0.0110917;REVB=-0.107511;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20463;STB=0.615255;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00748816;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:14:3:6:10:14:3 chr9 137804910 . C A 103.15 PASS AF=0.325;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0646613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0987;QD=10.3154;RBI=0.0647473;REFB=-0.0162298;REVB=-0.00333648;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688201;STB=0.51161;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0729446;OID=.;OPOS=137804910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:27:13:13:0.325:7:6:10:15:7:6:12:15 chr9 137968919 . G A,GAA 2305.73 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=9,137;DP=158;FAO=7,147;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=1,62;FSAR=6,85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000491863,0.0172313;FXX=0.0064512;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=32.4034,275.289;QD=59.8891;RBI=0.0912217,0.0404743;REFB=0,0;REVB=0.0912203,0.036623;RO=2;SAF=3,54;SAR=6,83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0586432,-0.00302868;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0985886,0.000255312;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:158:154:2:0:9,137:7,147:0.0454545,0.954545:6,83:3,54:1:1:6,85:1,62:0:0 chr9 137978552 . A G 1829.08 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9665;QD=60.9695;RBI=0.0136666;REFB=0;REVB=-0.00591731;RO=0;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227033;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:118:120:1:49:69:0:0:49:71:0:0 chr9 137982127 . T C 2578.04 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.609;QD=61.7494;RBI=0.0522462;REFB=0;REVB=0.0504818;RO=0;SAF=86;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75963e-05;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:167:0:0:161:167:1:75:86:0:0:79:88:0:0 chr9 138236027 . GCCCA GCCA,GCCCG 1153.48 PASS AF=0.337662,0.402597;AO=49,61;DP=155;FAO=52,62;FDP=154;FR=.;FRO=40;FSAF=50,31;FSAR=2,31;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0442221,-0.0231343;FXX=0.0064512;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=17.8959,137.738;QD=29.9604;RBI=0.0632752,0.0301298;REFB=-0.155259,-0.0379058;REVB=-0.0452566,-0.0193031;RO=40;SAF=47,31;SAR=2,30;SRF=8;SRR=32;SSEN=0.306818,0;SSEP=0,0;SSSB=0.778228,0.224431;STB=0.935917,0.617611;STBP=0,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.0273318,0.0288894;OID=.,.;OPOS=138236028,138236031;OREF=C,A;OALT=-,G;OMAPALT=GCCA,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.337662,0.402597:49,61:155:52,62:154:40:50,31:2,31:8:32:99:40:47,31:2,30:8:32 chr9 138236212 . T G 675.3 PASS AF=0.470199;AO=68;DP=147;FAO=71;FDP=151;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.00386909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.287;QD=17.8888;RBI=0.0131952;REFB=-0.00326578;REVB=0.0126152;RO=75;SAF=34;SAR=34;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694908;STB=0.543409;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00355378;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:75:80:68:71:0.470199:34:34:43:32:36:35:46:34 chr9 138376649 . T C 1888.72 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6197;QD=61.4219;RBI=0.0574294;REFB=0;REVB=0.0574108;RO=0;SAF=77;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243881;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:123:0:0:119:123:1:42:77:0:0:43:80:0:0 chr9 138376972 . A G 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0108371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.775;QD=31.8551;RBI=0.0480098;REFB=-0.0306182;REVB=-0.0467707;RO=12;SAF=21;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109175;STB=0.559398;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0171504;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:5:21:11:1:5:21:11:1 chr9 138377657 . T C 2082.01 PASS AF=1;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180701;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=63.0911;RBI=0.0663114;REFB=0;REVB=0.0638018;RO=0;SAF=68;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191299;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:132:0:0:132:132:1:64:68:0:0:64:68:0:0 chr9 138377853 . A G 1554.45 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.142;QD=59.7867;RBI=0.0309734;REFB=0;REVB=0.0293622;RO=0;SAF=63;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27906e-05;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:96:104:0:0:96:104:1:33:63:0:0:41:63:0:0 chr9 138377915 . G A 354.27 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0195267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5566;QD=21.4707;RBI=0.020608;REFB=-0.021849;REVB=0.00658759;RO=30;SAF=20;SAR=16;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151395;STB=0.583289;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0139871;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:16:20:22:8:16:20:22:8 chr9 138378856 . A G 1683.27 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0404044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.902;QD=58.5486;RBI=0.0469771;REFB=-0.10453;REVB=-0.0239653;RO=1;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887467;STB=0.500541;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000760751;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:113:113:0.982609:53:60:0:1:53:60:1:1 chr9 138379002 . T G 1000.7 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.143;QD=57.1829;RBI=0.0495682;REFB=0;REVB=0.0366729;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615944;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:64:70:1:23:41:0:0:24:46:0:0 chr9 138379059 . G T 530.97 PASS AF=0.475;AO=55;DP=115;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.023985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.574;QD=17.6991;RBI=0.0635505;REFB=-0.0359383;REVB=0.0588505;RO=58;SAF=34;SAR=21;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143964;STB=0.502779;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0465819;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:58:63:55:57:0.475:21:34:35:23:22:35:39:24 chr9 138391299 . T A 313.97 PASS AF=0.448718;AO=31;DP=75;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00873903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.065;QD=16.101;RBI=0.0103206;REFB=-0.0104927;REVB=-0.00549044;RO=41;SAF=24;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177533;STB=0.590854;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0243601;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:41:43:31:35:0.448718:7:24:26:15:9:26:26:17 chr9 138394124 . C T 277.66 PASS AF=0.581395;AO=20;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0442648;FXX=0.0444346;HRUN=6;LEN=1;MLLD=152.402;QD=25.829;RBI=0.0442993;REFB=-0.0144154;REVB=-0.00174967;RO=11;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554345;STB=0.504851;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0115793;OID=.;OPOS=138394124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:11:18:20:25:0.581395:7:13:8:3:10:15:11:7 chr9 138395122 . G A 455.53 PASS AF=0.451327;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00184343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.602;QD=16.1248;RBI=0.0255808;REFB=-0.00829409;REVB=-0.0255143;RO=58;SAF=32;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172324;STB=0.601246;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0131675;OID=.;OPOS=138395122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:58:62:50:51:0.451327:18:32:27:31:18:33:29:33 chr9 138440525 . C G 1638.47 PASS AF=0.92;AO=115;DP=125;FAO=115;FDP=125;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0472112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.206;QD=52.4311;RBI=0.064684;REFB=-0.0507714;REVB=0.0442168;RO=7;SAF=60;SAR=55;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522445;STB=0.530393;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00184391;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:125:7:10:115:115:0.92:55:60:7:0:55:60:9:1 chr9 138440527 . T C 1747.54 PASS AF=0.952;AO=118;DP=124;FAO=119;FDP=125;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0222761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.508;QD=55.9213;RBI=0.0261057;REFB=-0.0862282;REVB=0.0136118;RO=6;SAF=62;SAR=56;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437716;STB=0.522723;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00132785;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:124:125:6:6:118:119:0.952:56:62:6:0:56:63:6:0 chr9 138440641 . T C 1624.17 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.439;QD=60.1544;RBI=0.0375325;REFB=0;REVB=0.00916338;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5404e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:46:62:0:0:46:62:0:0 chr9 138518010 . A G 1897.96 PASS AF=0.992;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.34;QD=60.7347;RBI=0.0193512;REFB=-0.0520854;REVB=0.00849717;RO=1;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959622;STB=0.504854;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000877708;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:122:124:0.992:49:73:0:1:51:73:0:1 chr9 138523332 . C A 798.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.635;QD=57.0231;RBI=0.0291757;REFB=0;REVB=0.0290481;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08081e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:20:32:0:0:24:32:0:0 chr9 138586198 . G A 793.46 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00376309;FXX=0.0322529;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.81;QD=52.8975;RBI=0.0342353;REFB=-0.0734047;REVB=0.0340279;RO=2;SAF=32;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285591;STB=0.515146;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000398962;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:56:58:0.966667:24:32:2:0:26:32:2:0 chr9 138586966 . GC AA 3028.59 PASS AF=1;AO=188;DP=196;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492923;FXX=0.0306107;HRUN=4;LEN=2;MLLD=152.847;QD=63.7599;RBI=0.0533061;REFB=0;REVB=0.0202933;RO=0;SAF=106;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.52818e-06;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:196:190:0:0:188:190:1:82:106:0:0:82:108:0:0 chr9 138589474 . C T 406.82 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00249419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.704;QD=17.4976;RBI=0.00299999;REFB=-0.00783733;REVB=0.00166702;RO=51;SAF=17;SAR=25;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160771;STB=0.590003;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0104062;OID=.;OPOS=138589474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:25:17:29:22:25:17:29:22 chr9 138590928 . C T 1156.29 PASS AF=0.920455;AO=61;DP=87;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0327052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.829;QD=52.5587;RBI=0.0366471;REFB=-0.0496097;REVB=0.0165342;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513093;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00131773;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:87:88:0:7:61:81:0.920455:21:40:0:0:22:59:6:1 chr9 138591266 . A G 2443.31 PASS AF=1;AO=132;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=88;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.882;QD=61.0828;RBI=0.0358616;REFB=0;REVB=-0.0156499;RO=0;SAF=66;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292722;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:160:0:0:132:160:1:66:66:0:0:72:88:0:0 chr9 138662273 . G A 1359.98 PASS AF=0.480702;AO=136;DP=282;FAO=137;FDP=285;FR=.;FRO=148;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=89;FSRR=59;FWDB=0.00747872;FXX=0.0069684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.492;QD=19.0874;RBI=0.0108379;REFB=-0.0252316;REVB=-0.0078441;RO=145;SAF=67;SAR=69;SRF=86;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942085;STB=0.554478;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0303348;OID=.;OPOS=138662273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:285:145:148:136:137:0.480702:69:67:86:59:69:68:89:59 chr9 138669261 . G A 436.02 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0404839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.315;QD=23.8915;RBI=0.0454867;REFB=-0.0111937;REVB=0.0207387;RO=31;SAF=23;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354738;STB=0.513454;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0143412;OID=.;OPOS=138669261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:31:41:42:0.575342:18:23:16:15:19:23:16:15 chr9 138687306 . C A,CA 64.67 PASS AF=0.00757576,0.219697;AO=17,17;DP=137;FAO=1,29;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=1,12;FSAR=0,17;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=0.00519377,-0.170409;FXX=0.0364937;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=197.912,9.1715;QD=1.95976;RBI=0.0151406,0.17046;REFB=-0.000134185,-0.0808378;REVB=-0.014222,0.00416688;RO=99;SAF=11,10;SAR=6,7;SRF=53;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144035,0.0673533;STB=0.988792,0.619066;STBP=0.488,0.16;TYPE=snp,ins;VARB=0.0164163,0.0923299;OID=.,.;OPOS=138687306,138687307;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:137:132:99:102:17,17:1,29:0.00757576,0.219697:6,7:11,10:53:46:0,17:1,12:58:44 chr9 138687319 . G A,GA 318.04 PASS AF=0,0.530488;AO=19,29;DP=166;FAO=0,87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=0,45;FSAR=0,42;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00487004,0.0678946;FXX=0.029584;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=213.239,9.53579;QD=7.7571;RBI=0.0165379,0.0809571;REFB=-0.0121139,-0.160193;REVB=-0.0158046,-0.0440951;RO=116;SAF=13,11;SAR=6,18;SRF=70;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.109978,-0.280127;STB=0.5,0.543909;STBP=1,0.236;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.137592;OID=.,.;OPOS=138687319,138687320;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:166:164:116:77:19,29:0,87:0,0.530488:6,18:13,11:70:46:0,42:0,45:47:30 chr9 138714620 . G A 271.56 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0650544;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4082;QD=23.1111;RBI=0.0950982;REFB=-0.0173039;REVB=0.0693656;RO=21;SAF=19;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187023;STB=0.597401;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0317742;OID=.;OPOS=138714620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:6:19:12:9:6:19:13:9 chr9 138836941 . GCCT G 287.35 PASS AF=0.427273;AO=39;DP=99;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0101619;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=3;MLLD=247.844;QD=10.4492;RBI=0.0130024;REFB=-0.0281569;REVB=-0.0081115;RO=53;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=27;SSEN=0.4;SSEP=0;SSSB=0.0489969;STB=0.564085;STBP=0.3;TYPE=del;VARB=0.0392901;OID=.;OPOS=138836942;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427273:39:99:47:110:63:29:18:32:31:99:53:21:18:26:27 chr9 138838140 . T C 1044.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.886;QD=59.6763;RBI=0.0132589;REFB=0;REVB=0.00945156;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35356e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:24:46:0:0:24:46:0:0 chr9 138898893 . C G 2338.14 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806692;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.269;QD=64.0587;RBI=0.0237381;REFB=0;REVB=0.0223253;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10371e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:146:0:0:146:146:1:61:85:0:0:61:85:0:0 chr9 138903635 . G A 689.68 PASS AF=0.601852;AO=65;DP=109;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0562171;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8574;QD=25.5437;RBI=0.0574867;REFB=-0.0538819;REVB=0.012015;RO=43;SAF=22;SAR=43;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151599;STB=0.58263;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0275009;OID=.;OPOS=138903635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:43:43:65:65:0.601852:43:22:23:20:43:22:23:20 chr9 138903671 . A G 118.18 PASS AF=0.290323;AO=15;DP=59;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00460386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.946;QD=7.62481;RBI=0.0305931;REFB=-0.012304;REVB=-0.0302447;RO=44;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344544;STB=0.709141;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0378289;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:44:44:15:18:0.290323:7:8:11:33:8:10:11:33 chr9 138905136 . C T 1043.27 PASS AF=0.5;AO=106;DP=212;FAO=106;FDP=212;FR=.;FRO=106;FSAF=65;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=0.00870748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3667;QD=19.6844;RBI=0.0162205;REFB=-0.0229522;REVB=0.0136852;RO=105;SAF=65;SAR=41;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747965;STB=0.54385;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.02529;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:105:106:106:106:0.5:41:65:56:49:41:65:56:50 chr9 139142710 . G A 298.71 PASS AF=0.96;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.574;QD=47.7939;RBI=0.0331443;REFB=-0.0212065;REVB=0.0300788;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.529387;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00063156;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:25:1:1:22:24:0.96:7:15:0:1:8:16:0:1 chr9 139142808 . T C 1024.57 PASS AF=0.924051;AO=68;DP=74;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0486749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7766;QD=51.8769;RBI=0.105643;REFB=-0.0541076;REVB=0.0937611;RO=6;SAF=36;SAR=32;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300054;STB=0.515295;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00599427;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:74:79:6:6:68:73:0.924051:32:36:2:4:34:39:2:4 chr9 139235526 . C A 757.51 PASS AF=0.540741;AO=72;DP=134;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.015554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.108;QD=22.4446;RBI=0.030169;REFB=-0.0321535;REVB=0.0258504;RO=61;SAF=23;SAR=49;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236596;STB=0.512459;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0275854;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:61:62:72:73:0.540741:49:23:21:40:50:23:21:41 chr9 139235606 . G C 176.7 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0211556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.915;QD=14.1363;RBI=0.0211717;REFB=-0.0312769;REVB=0.000824486;RO=31;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924894;STB=0.553788;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0456666;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:7:12:17:14:7:12:17:14 chr9 139252495 . G A 5873.01 PASS AF=0.992167;AO=376;DP=391;FAO=380;FDP=383;FR=.;FRO=3;FSAF=201;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0460435;FXX=0.0448867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.536;QD=61.337;RBI=0.0826273;REFB=-0.121566;REVB=0.0686096;RO=2;SAF=198;SAR=178;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533128;STB=0.504155;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000296832;OID=.;OPOS=139252495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:391:383:2:3:376:380:0.992167:178:198:0:2:179:201:0:3 chr9 139256468 . C G 1211.22 PASS AF=0.434211;AO=132;DP=305;FAO=132;FDP=304;FR=.;FRO=172;FSAF=87;FSAR=45;FSRF=90;FSRR=82;FWDB=0.00815089;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.556;QD=15.9371;RBI=0.0084029;REFB=-0.013245;REVB=0.0020425;RO=171;SAF=87;SAR=45;SRF=90;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142204;STB=0.581086;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0170368;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:171:172:132:132:0.434211:45:87:90:81:45:87:90:82 chr9 139256541 . C T 1775.21 PASS AF=0.483444;AO=112;DP=314;FAO=146;FDP=302;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=76;FSRR=16;FWDB=0.00916363;FXX=0.0258056;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.906;QD=23.5127;RBI=0.0107636;REFB=-0.0259037;REVB=0.00564647;RO=73;SAF=73;SAR=39;SRF=61;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156063;STB=0.602221;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0241324;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:302:73:92:112:146:0.483444:39:73:61:12:62:84:76:16 chr9 139273402 . C T 806.25 PASS AF=0.934426;AO=55;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00525901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.412;QD=52.8687;RBI=0.0326456;REFB=-0.0138031;REVB=0.0322192;RO=3;SAF=35;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315679;STB=0.504778;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000539313;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:3:2:55:57:0.934426:20:35:1:2:21:36:1:1 chr9 139343718 . TCTG TTG,TTGT,TTTG 787.78 PASS AF=0.175439,0.0175439,0.807018;AO=11,7,34;DP=55;FAO=10,1,46;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1,18;FSAR=2,0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909668,0.0784495,0.075106;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=187.036,148.122,192.42;QD=55.2827;RBI=0.0909686,0.0792607,0.075106;REFB=0,0,0;REVB=0.000571441,-0.0113106,4.32723e-05;RO=0;SAF=8,6,9;SAR=3,1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0102531,0.00545961,0.0109388;OID=.,.,.;OPOS=139343719,139343719,139343719;OREF=C,CTG,C;OALT=-,TGT,T;OMAPALT=TTG,TTGT,TTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.175439,0.0175439,0.807018:11,7,34:55:10,1,46:57:0:8,1,18:2,0,28:0:0:23:0:8,6,9:3,1,25:0:0 chr9 139389432 . C T 1255.59 PASS AF=0.895238;AO=92;DP=103;FAO=94;FDP=105;FR=.;FRO=11;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0567576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.688;QD=47.8321;RBI=0.0654957;REFB=-0.157881;REVB=0.0326843;RO=8;SAF=62;SAR=30;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911192;STB=0.525113;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00501589;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:103:105:8:11:92:94:0.895238:30:62:1:7:31:63:5:6 chr9 139391636 . G A 4573.33 PASS AF=1;AO=287;DP=289;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832103;FXX=0.00692018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.966;QD=63.7398;RBI=0.0334299;REFB=0;REVB=0.0323778;RO=0;SAF=160;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14656e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:289:287:0:0:287:287:1:127:160:0:0:127:160:0:0 chr9 139397707 . G A 1293.6 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0554637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.912;QD=59.4758;RBI=0.0790203;REFB=-0.0972942;REVB=0.0562848;RO=2;SAF=56;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823195;STB=0.504049;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000528469;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:28:56:1:1:29:56:1:1 chr9 139407932 . A G 1572.47 PASS AF=1;AO=104;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207409;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0259;QD=59.3384;RBI=0.0236866;REFB=0;REVB=0.01144;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575848;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:104:106:1:64:40:0:0:66:40:0:0 chr9 139418260 . A G 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00619755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.161;QD=12.8699;RBI=0.0278339;REFB=-0.0176477;REVB=-0.0271351;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258984;STB=0.649856;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0145669;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:33:21:21:0.388889:7:14:12:17:7:14:14:19 chr9 139510820 . G A 313.4 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.00470002;FXX=0.0833246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.695;QD=14.2453;RBI=0.00881862;REFB=-0.0291223;REVB=-0.00746176;RO=46;SAF=23;SAR=12;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691763;STB=0.527844;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0320356;OID=.;OPOS=139510820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:88:46:53:35:35:0.397727:12:23:33:13:12:23:37:16 chr9 139510938 . T C 192.9 PASS AF=0.454545;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000844783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.518;QD=17.5359;RBI=0.0157235;REFB=-0.0218876;REVB=-0.0157008;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829087;STB=0.572326;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0366302;OID=.;OPOS=139510938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:18:20:0.454545:9:9:14:10:11:9:14:10 chr9 139616742 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.722;QD=62.6691;RBI=0.0477711;REFB=0;REVB=-0.0133043;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40452e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr9 139634495 . G A 457.88 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.011787;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.471;QD=22.8942;RBI=0.011798;REFB=-0.020892;REVB=-0.000511579;RO=36;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165138;STB=0.590868;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0131757;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:36:44:44:0.55:18:26:14:22:18:26:14:22 chr9 139635430 . C T 225.1 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00181842;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.288;QD=12.5057;RBI=0.0113841;REFB=-0.00478566;REVB=0.011238;RO=43;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651603;STB=0.558122;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00623256;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:43:45:27:27:0.375:19:8:15:28:19:8:17:28 chr9 139649580 . G A 482.36 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0883471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7321;QD=18.2024;RBI=0.0901717;REFB=-0.00798272;REVB=0.0180479;RO=54;SAF=35;SAR=16;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965261;STB=0.54511;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0154693;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:16:35:32:22:17:35:32:22 chr9 139649612 . C A 595.52 PASS AF=0.488;AO=61;DP=125;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0063763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.019;QD=19.0565;RBI=0.00934276;REFB=-0.0259466;REVB=-0.00682861;RO=62;SAF=35;SAR=26;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086177;STB=0.514014;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0269586;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:62:64:61:61:0.488:26:35:35:27:26:35:35:29 chr9 139650060 . C A 577.89 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00943975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7716;QD=24.8553;RBI=0.0317957;REFB=0.00515292;REVB=0.0303621;RO=39;SAF=26;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082333;STB=0.549798;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0034346;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:27:26:15:24:27:26:15:25 chr9 139652329 . G C 618.38 PASS AF=0.392265;AO=71;DP=181;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.00712418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.569;QD=13.6657;RBI=0.00933741;REFB=-0.0170216;REVB=0.00603601;RO=107;SAF=32;SAR=39;SRF=44;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428327;STB=0.514417;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0261456;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:107:110:71:71:0.392265:39:32:44:63:39:32:47:63 chr9 139652338 . C G 916.72 PASS AF=0.535714;AO=88;DP=168;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=3.65949e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8237;QD=21.8266;RBI=0.0039167;REFB=-0.000631924;REVB=-0.00391653;RO=77;SAF=32;SAR=56;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126423;STB=0.570186;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00128243;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:77:78:88:90:0.535714:56:32:39:38:58:32:39:39 chr9 139656670 . T C 2995.51 PASS AF=0.98995;AO=195;DP=202;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=119;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.019155;FXX=0.0245086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.354;QD=60.2112;RBI=0.0518196;REFB=-0.00491033;REVB=0.0481493;RO=1;SAF=118;SAR=77;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061447;STB=0.501093;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000259699;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:202:199:1:2:195:197:0.98995:77:118:0:1:78:119:1:1 chr9 139656706 . A C 3637.12 PASS AF=1;AO=228;DP=229;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.252;QD=61.9085;RBI=0.00854324;REFB=0;REVB=-0.00382019;RO=0;SAF=139;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082778;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:229:235:0:0:228:235:1:89:139:0:0:91:144:0:0 chr9 139657834 . G C 1549.52 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00354389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.095;QD=54.3692;RBI=0.0472271;REFB=-0.0329518;REVB=0.0470939;RO=6;SAF=64;SAR=44;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042444;STB=0.522384;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00355272;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:114:114:6:6:108:108:0.947368:44:64:6:0:44:64:6:0 chr9 139690840 . G A 1301.6 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=61.9812;RBI=0.0475503;REFB=0;REVB=0.0428114;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57894e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:24:60:0:0:24:60:0:0 chr9 139693596 . T C 2653.72 PASS AF=0.462585;AO=273;DP=585;FAO=272;FDP=588;FR=.;FRO=316;FSAF=142;FSAR=130;FSRF=193;FSRR=123;FWDB=-0.0157622;FXX=0.0134226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.105;QD=18.0525;RBI=0.0207732;REFB=-0.0201023;REVB=-0.0135307;RO=297;SAF=143;SAR=130;SRF=176;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657096;STB=0.547961;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0231726;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:585:588:297:316:273:272:0.462585:130:143:176:121:130:142:193:123 chr9 139694521 . T G 1399.02 PASS AF=0.485149;AO=140;DP=296;FAO=147;FDP=303;FR=.;FRO=156;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=89;FSRR=67;FWDB=-0.0221946;FXX=0.00655716;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9756;QD=18.469;RBI=0.0242796;REFB=-0.0222735;REVB=-0.00984363;RO=155;SAF=76;SAR=64;SRF=88;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239736;STB=0.524152;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0298495;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:303:155:156:140:147:0.485149:64:76:88:67:70:77:89:67 chr9 139694569 . A C 762.88 PASS AF=0.45;AO=80;DP=176;FAO=81;FDP=180;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0424124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3559;QD=16.9528;RBI=0.042829;REFB=-0.0197979;REVB=-0.00595974;RO=96;SAF=34;SAR=46;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114996;STB=0.563906;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0246754;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:96:99:80:81:0.45:46:34:52:44:47:34:53:46 chr9 139700605 . T C 1145.53 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8866;QD=60.2909;RBI=0.0269092;REFB=0;REVB=0.0204276;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03901e-05;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:74:76:1:42:32:0:0:42:34:0:0 chr9 139701108 . A C 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8967;QD=60.5875;RBI=0.160654;REFB=0;REVB=0.00188025;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204717;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 139726239 . A G 1492.02 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.124745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.544;QD=62.1675;RBI=0.124954;REFB=0.101774;REVB=-0.00721895;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000644282;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0017339;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:2:1:93:95:0.989583:45:48:1:1:46:49:1:0 chr9 139732331 . G C 3270.05 PASS AF=0.990698;AO=210;DP=215;FAO=213;FDP=215;FR=.;FRO=2;FSAF=142;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253931;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6529;QD=60.8381;RBI=0.0258563;REFB=-0.0944794;REVB=-0.00487228;RO=1;SAF=140;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339078;STB=0.503496;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000514045;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:215:215:1:2:210:213:0.990698:70:140:1:0:71:142:2:0 chr9 139733700 . G A 374.04 PASS AF=0.52;AO=38;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00427687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.267;QD=19.9489;RBI=0.0230911;REFB=-0.0287472;REVB=-0.0226915;RO=36;SAF=32;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388946;STB=0.695539;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.036335;OID=.;OPOS=139733700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:38:39:0.52:6:32:18:18:7:32:18:18 chr9 139739643 . T C 918.24 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.009;QD=58.301;RBI=0.0526235;REFB=0;REVB=0.0117351;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13329e-05;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:58:63:1:24:34:0:0:25:38:0:0 chr9 139749067 . C T 1403.48 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.374;QD=62.3767;RBI=0.104998;REFB=0;REVB=0.000446304;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283319;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:89:90:1:43:46:1:0:43:47:0:0 chr9 139752899 . T G 809.72 PASS AF=1;AO=27;DP=45;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.316;QD=55.8428;RBI=0.137838;REFB=0;REVB=0.0229565;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0071911;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:45:58:0:0:27:58:1:21:6:0:0:26:32:0:0 chr9 139818368 . C T 321.88 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00490347;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.366;QD=16.0937;RBI=0.0116617;REFB=-0.0103629;REVB=0.0105807;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272531;STB=0.654968;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0120636;OID=.;OPOS=139818368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:45:35:35:0.4375:15:20:12:30:15:20:13:32 chr9 139839783 . CT C,CC 702.86 PASS AF=0.490566,0.00628931;AO=63,7;DP=154;FAO=78,1;FDP=159;FR=.;FRO=80;FSAF=40,1;FSAR=38,0;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.0027375,-0.000445168;FXX=0.0124216;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.8,119.731;QD=17.6821;RBI=0.00319447,0.00185421;REFB=-0.0133387,-0.0129817;REVB=0.00164642,0.00179998;RO=78;SAF=30,5;SAR=33,2;SRF=43;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0744293,0.18687;STB=0.518851,0.989121;STBP=0.664,0.487;TYPE=del,snp;VARB=0.0112648,0.0138212;OID=.,.;OPOS=139839784,139839784;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490566,0.00628931:63,7:154:78,1:159:80:40,1:38,0:44:36:99:78:30,5:33,2:43:35 chr9 139839904 . T G 769.98 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395624;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2054;QD=64.1647;RBI=0.04037;REFB=0;REVB=0.00803445;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146135;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr9 139840543 . A G 832.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2053;QD=57.4092;RBI=0.0555979;REFB=0;REVB=-0.0171748;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200244;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:17:40:0:0:18:40:0:0 chr9 139848688 . C T 3392.76 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390936;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.289;QD=61.9682;RBI=0.0201627;REFB=-0.118252;REVB=0.01978;RO=1;SAF=123;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246581;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:217:219:1:0:215:219:1:92:123:1:0:94:125:0:0 chr9 139872048 . A G 4764.29 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.495;QD=62.4825;RBI=0.0311047;REFB=0;REVB=-0.0100464;RO=0;SAF=204;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12475e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3791e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:101:204:0:0:101:204:0:0 chr9 139878317 . C T 952.33 PASS AF=0.971014;AO=64;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.128887;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9837;QD=55.2076;RBI=0.131497;REFB=-0.127016;REVB=0.0260679;RO=3;SAF=32;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140786;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00691029;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:3:2:64:67:0.971014:32:32:2:1:32:35:1:1 chr9 139878828 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.769;QD=62.0188;RBI=0.0124746;REFB=0;REVB=0.00870491;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91412e-07;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr9 139888275 . G C 31.06 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0612455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.181;QD=2.10552;RBI=0.0978793;REFB=-0.00279285;REVB=-0.0763502;RO=50;SAF=1;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509867;STB=0.862495;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.110317;OID=.;OPOS=139888275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:59:59:50:51:8:8:0.135593:7:1:27:23:7:1:27:24 chr9 139888277 . C G 36.89 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.155795;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7263;QD=2.78432;RBI=0.162039;REFB=-0.031157;REVB=0.0445455;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428857;STB=0.851853;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.179648;OID=.;OPOS=139888277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:53:53:38:45:8:8:0.150943:7:1:16:22:7:1:23:22 chr9 139902214 . A G 2510.99 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4566;QD=61.6193;RBI=0.0297983;REFB=0;REVB=-0.0297061;RO=0;SAF=90;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19257e-05;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:73:90:0:0:73:90:0:0 chr9 139904037 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.604;QD=57.3855;RBI=0.0294341;REFB=0;REVB=0.00939097;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88002e-05;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr9 139906359 . G A 1425.73 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209712;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.099;QD=60.6694;RBI=0.0711324;REFB=-0.151026;REVB=0.0679708;RO=2;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193392;STB=0.509998;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00361455;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:2:2:91:92:0.978723:48:43:0:2:49:43:0:2 chr9 139912484 . A G 576.5 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.395;QD=60.6844;RBI=0.0357029;REFB=0;REVB=0.017224;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194147;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:11:25:0:0:12:26:0:0 chr9 139913239 . T G 3622.31 PASS AF=1;AO=222;DP=223;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352442;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.844;QD=62.7241;RBI=0.0435457;REFB=-0.0773633;REVB=0.0255748;RO=1;SAF=116;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00447403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99072e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:223:231:1:0:222:231:1:106:116:0:1:112:119:0:0 chr9 139923265 . A G 1684.55 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.737;QD=60.1624;RBI=0.0510598;REFB=0;REVB=0.0398393;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68048e-05;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:112:0:0:106:112:1:47:59:0:0:50:62:0:0 chr9 139926402 . T C 765.04 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0164386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7188;QD=51.8671;RBI=0.026797;REFB=0.0602509;REVB=-0.0211626;RO=3;SAF=19;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000635693;STB=0.500337;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0130154;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:37:19:1:2:37:19:1:2 chr9 139937795 . T C 2027.12 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.161;QD=62.3731;RBI=0.0434662;REFB=0;REVB=0.0379516;RO=0;SAF=42;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63304e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:88:42:0:0:88:42:0:0 chr9 139937799 . G A 2008.27 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.587;QD=62.2718;RBI=0.0486249;REFB=0;REVB=-0.0154661;RO=0;SAF=42;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09085e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:87:42:0:0:87:42:0:0 chr9 139943429 . G A 465.97 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411705;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.177;QD=56.4815;RBI=0.126652;REFB=0;REVB=0.119774;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129053;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:31:33:1:10:21:0:0:12:21:0:0 chr9 139943549 . G A 989.86 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0398743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.839;QD=54.9922;RBI=0.0471593;REFB=-0.115979;REVB=0.0251802;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011966;STB=0.509801;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000691735;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:72:1:3:68:69:0.958333:39:29:0:1:39:30:2:1 chr9 139973820 . C T 3388.51 PASS AF=0.99095;AO=219;DP=221;FAO=219;FDP=221;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0884144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6104;QD=61.3306;RBI=0.090949;REFB=-0.0320211;REVB=-0.0213217;RO=2;SAF=3;SAR=216;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043914;STB=0.502304;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.000383303;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:221:221:2:2:219:219:0.99095:216:3:0:2:216:3:0:2 chr9 139981627 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.276;QD=62.3445;RBI=0.0152642;REFB=0;REVB=0.0120284;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106009;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr9 139996641 . C A 38.99 PASS AF=0.6;AO=4;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0705208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6015;QD=15.5959;RBI=0.0826382;REFB=-0.0732707;REVB=0.0430802;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397043;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.110043;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:4:4:4:6:0.6:1:3:1:3:2:4:1:3 chr9 140000675 . C T 993.42 PASS AF=0.462222;AO=104;DP=225;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.00248785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.99;QD=17.6607;RBI=0.00900386;REFB=-0.0453974;REVB=0.00865333;RO=121;SAF=54;SAR=50;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175022;STB=0.509678;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0562933;OID=.;OPOS=140000675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:121:121:104:104:0.462222:50:54:65:56:50:54:65:56 chr9 140002220 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.866;QD=43.4861;RBI=0.0438014;REFB=0;REVB=0.0413873;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158736;OID=.;OPOS=140002220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr9 140002989 . T C 2056.76 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6788;QD=61.8575;RBI=0.0734394;REFB=0;REVB=0.0704932;RO=0;SAF=97;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634457;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:130:133:1:33:97:0:0:35:98:0:0 chr9 140003427 . A G 1152.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.067;QD=60.6547;RBI=0.0211236;REFB=0;REVB=0.0107652;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74449e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr9 140006202 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.802;QD=58.5868;RBI=0.0494546;REFB=0;REVB=0.0257353;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475131;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr9 140006425 . C G 657.27 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0490153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.419;QD=50.5596;RBI=0.0501866;REFB=-0.0719058;REVB=0.0107793;RO=3;SAF=16;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000837936;STB=0.500446;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00436194;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:33:16:1:2:33:16:1:2 chr9 140008750 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8882;QD=45.806;RBI=0.110884;REFB=0;REVB=0.0703576;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622537;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr9 140056456 . G A 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00337115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.623;QD=2.25341;RBI=0.0185862;REFB=-0.00445683;REVB=-0.0182779;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312244;STB=0.738201;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0432976;OID=.;OPOS=140056456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:30:29:6:2:31:29 chr9 140120396 . C T 336.52 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6274;QD=48.0737;RBI=0.211934;REFB=0;REVB=0.0463867;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00596868;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:28:1:0:23:28:1:15:8:1:0:17:11:0:0 chr9 140123132 . C G 431.23 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00643308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6103;QD=22.9987;RBI=0.0835065;REFB=-0.019273;REVB=-0.0832583;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516367;STB=0.522524;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0182237;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:17:25:17:15:17:25:18:15 chr9 140123345 . C T 1007.84 PASS AF=0.527174;AO=97;DP=184;FAO=97;FDP=184;FR=.;FRO=87;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.0127173;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.808;QD=21.9095;RBI=0.0210407;REFB=-0.0219571;REVB=0.0167625;RO=87;SAF=53;SAR=44;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247472;STB=0.513538;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0155697;OID=.;OPOS=140123345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:87:87:97:97:0.527174:44:53:50:37:44:53:50:37 chr9 140128085 . T C 594.8 PASS AF=0.516949;AO=59;DP=115;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0353867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0483;QD=20.1627;RBI=0.036678;REFB=-0.0221597;REVB=-0.00964682;RO=55;SAF=41;SAR=18;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412982;STB=0.501833;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0170833;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:55:57:59:61:0.516949:18:41:38:17:18:43:40:17 chr9 140130606 . A T 2310.7 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161727;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3566;QD=60.8079;RBI=0.020642;REFB=0;REVB=-0.0128272;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161475;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:152:0:0:151:152:1:70:81:0:0:71:81:0:0 chr9 140139757 . G A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4878;QD=61.6773;RBI=0.111149;REFB=0;REVB=0.109318;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138986;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr9 140147152 . C G 565.51 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0366409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6657;QD=22.1767;RBI=0.0787989;REFB=-0.0453925;REVB=0.0697618;RO=46;SAF=41;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197168;STB=0.608707;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0385658;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:46:46:56:56:0.54902:15:41:24:22:15:41:24:22 chr9 140147273 . C T 698.9 PASS AF=0.487342;AO=67;DP=146;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00477894;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.107;QD=17.6936;RBI=0.0206921;REFB=-0.0348976;REVB=0.0201326;RO=78;SAF=25;SAR=42;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764607;STB=0.54071;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0350724;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:158:78:81:67:77:0.487342:42:25:35:43:45:32:40:41 chr9 140167022 . G A 433.67 PASS AF=0.436364;AO=39;DP=118;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00791575;FXX=0.0677909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.444;QD=15.7697;RBI=0.00816155;REFB=-0.0140911;REVB=0.00198794;RO=48;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0016018;STB=0.518174;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00992879;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:110:48:62:39:48:0.436364:22:17:21:27:24:24:33:29 chr9 140176294 . G T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00918055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.718;QD=11.2611;RBI=0.026984;REFB=-0.0065238;REVB=-0.0253742;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412582;STB=0.524557;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0138952;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:19:11:5:10:19:11 chr9 140177040 . A T 1540.03 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0431862;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6514;QD=58.6678;RBI=0.0618753;REFB=0.0086764;REVB=-0.0443115;RO=1;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903847;STB=0.504761;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000596329;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:105:1:1:104:104:0.990476:52:52:0:1:52:52:0:1 chr9 140243844 . C T 1084.38 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0695398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.033;QD=58.6154;RBI=0.0695768;REFB=-0.0795138;REVB=-0.00227044;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000768331;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:31:41:1:0:32:41:1:0 chr9 140247143 . T G 1972.41 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00571588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0262;QD=61.1601;RBI=0.0610796;REFB=-0.0307433;REVB=-0.0608115;RO=1;SAF=92;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133813;STB=0.507041;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=8.3049e-06;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:127:128:0.992248:35:92:0:1:35:93:0:1 chr9 140249116 . G GC 73.66 PASS AF=0.327586;AO=18;DP=62;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0164383;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7986;QD=5.08018;RBI=0.0480241;REFB=-0.0607022;REVB=-0.0451231;RO=43;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432973;STB=0.777686;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.100063;OID=.;OPOS=140249117;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327586:18:62:19:58:39:16:3:19:20:73:43:15:3:22:21 chr9 140250817 . C CT 973.26 PASS AF=1;AO=19;DP=145;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027017;FXX=0.164274;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.825;QD=33.2738;RBI=0.0270478;REFB=0;REVB=-0.0012907;RO=126;SAF=18;SAR=1;SRF=77;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00434892;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:145:117:117:0:89:28:0:0:8:126:18:1:77:49 chr9 140250818 . C G,T 2135.04 PASS AF=0.128571,0.871429;AO=19,121;DP=140;FAO=18,122;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=18,72;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442369,-0.0373028;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.7817,124.201;QD=61.0011;RBI=0.0500081,0.0510048;REFB=0,0;REVB=-0.0233218,0.0347849;RO=0;SAF=18,72;SAR=1,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0891249,-0.00162601;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:140:140:0:0:19,121:18,122:0.128571,0.871429:1,49:18,72:0:0:0,50:18,72:0:0 chr9 140262426 . C T 454.85 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0949223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.492;QD=55.133;RBI=0.0976759;REFB=-0.113715;REVB=0.0230293;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00197975;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr9 140330976 . T C 2124.16 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02215;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.146;QD=62.9381;RBI=0.0678066;REFB=0;REVB=-0.0640868;RO=0;SAF=82;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.9693e-05;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:135:135:1:53:82:0:0:53:82:0:0 chr9 140332478 . A G 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.507;QD=60.2042;RBI=0.0294169;REFB=0;REVB=0.0241227;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66072e-05;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr9 140356422 . G C 599.78 PASS AF=0.473282;AO=62;DP=131;FAO=62;FDP=131;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.000413528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.567;QD=18.3137;RBI=0.00802111;REFB=-0.0374629;REVB=-0.00801044;RO=68;SAF=38;SAR=24;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216917;STB=0.616482;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0524973;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:68:69:62:62:0.473282:24:38:26:42:24:38:27:42 chr9 140357972 . A G 1320.65 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8048;QD=62.1484;RBI=0.061548;REFB=0;REVB=-0.0179969;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201814;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:45:38:0:0:47:38:0:0 chr9 140374861 . A G 1343.02 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269723;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.336;QD=62.466;RBI=0.0297226;REFB=0;REVB=0.0124871;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265374;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr9 140435087 . G A 363.51 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0780013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.4476;QD=22.0311;RBI=0.117915;REFB=-0.024389;REVB=0.0884288;RO=26;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879968;STB=0.571028;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0223742;OID=.;OPOS=140435087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:28:37:38:0.575758:24:13:12:14:25:13:14:14 chr9 140509583 . A AC 47.04 PASS AF=0.232558;AO=29;DP=93;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0129926;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.0193;QD=2.18809;RBI=0.0643707;REFB=-0.0149476;REVB=-0.0630459;RO=64;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151388;STB=0.763951;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.181222;OID=.;OPOS=140509584;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558:29:93:20:86:66:14:6:22:44:47:64:16:13:27:37 chr9 140611140 . G A 268.11 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0372889;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6387;QD=18.4905;RBI=0.0372894;REFB=-0.0271507;REVB=0.000204068;RO=29;SAF=21;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321998;STB=0.680669;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0268625;OID=.;OPOS=140611140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:8:21:11:18:8:21:11:18 chr9 140707914 . T TC 67.96 PASS AF=0.210526;AO=17;DP=59;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0681435;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.781;QD=4.76916;RBI=0.0682812;REFB=-0.00620549;REVB=-0.00433482;RO=42;SAF=16;SAR=1;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.673493;STB=0.888162;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.13408;OID=.;OPOS=140707915;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:17:59:12:57:45:11:1:22:23:67:42:16:1:19:23 chr9 140730419 . G T 50.13 PASS AF=0.103448;AO=5;DP=55;FAO=6;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0355657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.433;QD=3.45737;RBI=0.0908626;REFB=-0.0950101;REVB=0.0836128;RO=46;SAF=5;SAR=0;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640147;STB=0.864818;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.238447;OID=.;OPOS=140730419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:55:58:46:49:5:6:0.103448:0:5:18:28:1:5:19:30 chr9 140730423 . T G 38.54 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0205849;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=19.5518;QD=2.65814;RBI=0.104669;REFB=-0.00166907;REVB=0.102625;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131311;STB=0.702009;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0162908;OID=.;OPOS=140730423;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:58:29:50:8:8:0.137931:3:5:15:14:3:5:19:31 chr9 140777306 . C G 401.07 PASS AF=0.360902;AO=47;DP=132;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.0636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0032;QD=12.0622;RBI=0.0649527;REFB=-0.0055708;REVB=-0.013187;RO=83;SAF=24;SAR=23;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724012;STB=0.541336;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00750427;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:83:85:47:48:0.360902:23:24:37:46:24:24:37:48 chr9 141008876 . C T 298.72 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0316299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.17;QD=21.3374;RBI=0.0316827;REFB=-0.00277778;REVB=-0.00182852;RO=25;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714693;STB=0.545425;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00323027;OID=.;OPOS=141008876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:13:17:12:13:13:18:12:13 chr9 141016262 . T G 971.67 PASS AF=0.534091;AO=94;DP=177;FAO=94;FDP=176;FR=.;FRO=82;FSAF=69;FSAR=25;FSRF=59;FSRR=23;FWDB=0.00448258;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7352;QD=22.0835;RBI=0.0050728;REFB=-0.00530605;REVB=0.00237483;RO=82;SAF=69;SAR=25;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157134;STB=0.508598;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00600615;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:82:82:94:94:0.534091:25:69:59:23:25:69:59:23 chr9 141069521 . T C 143.22 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0186229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.083;QD=8.67969;RBI=0.0211358;REFB=-0.0146559;REVB=-0.00999551;RO=46;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290679;STB=0.514584;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0443552;OID=.;OPOS=141069521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:46:46:19:20:0.30303:14:5:13:33:14:6:13:33 chr9 141069563 . A G 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00732226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.304;QD=9.82917;RBI=0.00735725;REFB=-0.00730877;REVB=0.000716691;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175282;STB=0.607907;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0145704;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:7:19:10:2:7:19 chr9 141070125 . C T 193.9 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0231097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.135;QD=16.5023;RBI=0.0233817;REFB=-0.0235257;REVB=-0.00355567;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188157;STB=0.578984;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.02885;OID=.;OPOS=141070125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:27:20:20:0.425532:7:13:11:13:7:13:14:13 chr9 141070283 . T C 178.69 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0671459;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.506;QD=14.5871;RBI=0.0671485;REFB=-0.00148928;REVB=-0.000598332;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.548755;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00188125;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:16:14:11:8:15:15 chr9 141071438 . A G 426.39 PASS AF=0.274775;AO=61;DP=222;FAO=61;FDP=222;FR=.;FRO=161;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=101;FWDB=0.0338558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.498;QD=7.68263;RBI=0.0385074;REFB=-0.0108863;REVB=-0.0183468;RO=159;SAF=33;SAR=28;SRF=60;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199454;STB=0.620426;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.03407;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:159:161:61:61:0.274775:28:33:60:99:28:33:60:101 chr9 141071475 . C G 505.48 PASS AF=0.296943;AO=68;DP=230;FAO=68;FDP=229;FR=.;FRO=161;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=104;FWDB=0.0163796;FXX=0.00434764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4081;QD=8.82925;RBI=0.0219076;REFB=0.0225171;REVB=-0.0145483;RO=162;SAF=37;SAR=31;SRF=58;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22289;STB=0.631522;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0596784;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:229:162:161:68:68:0.296943:31:37:58:104:31:37:57:104 chr9 141071552 . C T 157.27 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=53;FWDB=0.0338779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.252;QD=6.35442;RBI=0.0367947;REFB=-0.00374584;REVB=0.0143573;RO=76;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225712;STB=0.636579;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0164818;OID=.;OPOS=141071552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:12:11:23:53:12:11:23:53 chr9 141107536 . G GGCA 43.16 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=52;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0247314;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=176.76;QD=5.07784;RBI=0.0477867;REFB=-0.0260341;REVB=-0.0408892;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129069;STB=0.571225;STBP=0.734;TYPE=ins;VARB=0.150225;OID=.;OPOS=141107537;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882:6:52:7:34:27:4:3:13:14:43:45:3:3:22:23 chr10 294953 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1201;QD=57.6781;RBI=0.155436;REFB=0;REVB=0.145562;RO=0;SAF=29;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408556;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:2:29:0:0:2:29:0:0 chr10 429977 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0124203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.23;QD=17.2461;RBI=0.0233989;REFB=-0.0137167;REVB=-0.0198304;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132289;STB=0.608589;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.018914;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:20:21:0.4375:7:13:13:12:7:14:13:14 chr10 445061 . C T 569.19 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0444377;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0554;QD=58.3788;RBI=0.0831848;REFB=0.0848541;REVB=0.0703207;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000207814;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:12:26:1:0:12:26:1:0 chr10 459940 . G A 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0347879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.814;QD=24.4884;RBI=0.0378714;REFB=-0.0333217;REVB=0.014968;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713466;STB=0.503975;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0214542;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:7:8:11:10:7:8 chr10 696237 . G A 427.33 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0227842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.595;QD=14.2442;RBI=0.0255428;REFB=-0.0268872;REVB=-0.0115462;RO=71;SAF=23;SAR=26;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247756;STB=0.513968;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0419712;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:26:23:35:36:26:23:35:36 chr10 696868 . AC A 348.77 PASS AF=0.396648;AO=72;DP=177;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.0484179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.5492;QD=7.79374;RBI=0.0683686;REFB=0.0159976;REVB=0.0482698;RO=102;SAF=38;SAR=34;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326422;STB=0.534889;STBP=0.441;TYPE=del;VARB=-0.0180523;OID=.;OPOS=696869;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396648:72:177:71:179:108:36:35:61:47:99:102:38:34:57:45 chr10 1018585 . T G 1209.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.909;QD=61.2338;RBI=0.0274849;REFB=0;REVB=-0.0123076;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21802e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:32:46:0:0:32:47:0:0 chr10 1046712 . G A 1942.95 PASS AF=0.977444;AO=128;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0174557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.795;QD=58.4346;RBI=0.104078;REFB=-0.0503149;REVB=0.102603;RO=2;SAF=77;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309468;STB=0.506033;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0025135;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:133:2:3:128:130:0.977444:51:77:1:1:53:77:1:2 chr10 1081882 . T C 537.48 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00969719;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.699;QD=17.4792;RBI=0.0121302;REFB=0.00302725;REVB=-0.00728745;RO=67;SAF=38;SAR=19;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13384;STB=0.578007;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0047359;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:66:57:57:0.463415:19:38:36:31:19:38:35:31 chr10 1089616 . T C 1208.34 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0072903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.497;QD=61.1816;RBI=0.0120124;REFB=0;REVB=-0.00954723;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16038e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:27:52:0:0:27:52:0:0 chr10 1142208 . T C 1106.4 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598241;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.452;QD=59.0079;RBI=0.063427;REFB=-0.0488453;REVB=0.0210729;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.50704;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000621035;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:39:35:0:0:39:35:1:0 chr10 1175894 . A G 412.84 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0370336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1628;QD=17.9496;RBI=0.0603069;REFB=-0.0186403;REVB=0.0475965;RO=49;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461205;STB=0.542808;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0219415;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:49:49:42:43:0.467391:20:22:28:21:21:22:29:20 chr10 1175939 . C T 380.81 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0137067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.294;QD=19.5285;RBI=0.0183871;REFB=-0.0152893;REVB=0.0122562;RO=39;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716581;STB=0.539857;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.016277;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:15:24:21:18:15:24:21:18 chr10 1230968 . C T 4661.31 PASS AF=0.983974;AO=304;DP=312;FAO=307;FDP=312;FR=.;FRO=5;FSAF=155;FSAR=152;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.151208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.599;QD=59.7604;RBI=0.152545;REFB=-0.229666;REVB=0.0201461;RO=8;SAF=152;SAR=152;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183267;STB=0.50473;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00179778;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:312:312:8:5:304:307:0.983974:152:152:7:1:152:155:4:1 chr10 3143643 . A C 726.95 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710618;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.428;QD=57.0153;RBI=0.0342962;REFB=0;REVB=0.033552;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162349;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr10 3150898 . C T 415.36 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00340013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.686;QD=19.3189;RBI=0.00462759;REFB=-0.0116743;REVB=-0.00313906;RO=44;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147532;STB=0.58192;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0100181;OID=.;OPOS=3150898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:23:19:27:17:23:19:27:17 chr10 3155353 . C T 720.16 PASS AF=0.510791;AO=69;DP=136;FAO=71;FDP=139;FR=.;FRO=68;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0138032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7488;QD=20.724;RBI=0.0181772;REFB=-0.00838645;REVB=0.0118272;RO=67;SAF=39;SAR=30;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290723;STB=0.512393;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00551873;OID=.;OPOS=3155353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:67:68:69:71:0.510791:30:39:40:27:31:40:40:28 chr10 3155620 . A G 840.69 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0141918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3806;QD=22.4183;RBI=0.0543013;REFB=0.00358664;REVB=-0.052414;RO=70;SAF=41;SAR=38;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698033;STB=0.534477;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00308843;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:70:71:79:79:0.526667:38:41:42:28:38:41:42:29 chr10 3155698 . C T 369.65 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00170122;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.19;QD=16.8021;RBI=0.0291322;REFB=-0.0160765;REVB=0.0290825;RO=48;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261949;STB=0.630431;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0113529;OID=.;OPOS=3155698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:38:39:0.443182:13:25:19:29:14:25:20:29 chr10 3172105 . TG GT 32.73 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0139985;FXX=0.0545355;HRUN=1;LEN=2;MLLD=92.146;QD=2.51753;RBI=0.118813;REFB=-0.0021843;REVB=-0.117985;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.670056;STB=0.890107;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.0857084;OID=.;OPOS=3172105;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:54:52:32:45:7:7:0.134615:6:1:25:7:6:1:29:16 chr10 3172121 . C T 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.013301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.068;QD=19.7636;RBI=0.0189903;REFB=-0.013538;REVB=-0.0135542;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293971;STB=0.655542;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0325061;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:13:22:9:23:13:22:10:23 chr10 3178815 . G C 306.88 PASS AF=0.421687;AO=26;DP=75;FAO=35;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00105201;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.711;QD=14.7892;RBI=0.0191866;REFB=-0.0377874;REVB=-0.0191577;RO=32;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143575;STB=0.500693;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0420188;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:32:48:26:35:0.421687:15:11:14:18:16:19:26:22 chr10 3179703 . C T 854.93 PASS AF=0.560284;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0212581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.379;QD=24.2534;RBI=0.0452475;REFB=-0.0515767;REVB=0.0399429;RO=62;SAF=49;SAR=30;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752412;STB=0.504104;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0150173;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:62:79:79:0.560284:30:49:39:23:30:49:39:23 chr10 3179708 . A G 869.35 PASS AF=0.56338;AO=80;DP=142;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0163154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.078;QD=24.4887;RBI=0.0182936;REFB=-0.0328057;REVB=-0.00827433;RO=62;SAF=50;SAR=30;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102976;STB=0.505617;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0223073;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:62:62:80:80:0.56338:30:50:38:24:30:50:38:24 chr10 3180227 . T C 1831.47 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00813153;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4132;QD=60.5444;RBI=0.00814741;REFB=0.100211;REVB=0.000508408;RO=1;SAF=70;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673805;STB=0.503546;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00305043;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:121:1:1:120:120:0.991736:50:70:1:0:50:70:1:0 chr10 3180316 . T C 212.75 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0678267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.458;QD=11.1971;RBI=0.0747657;REFB=-0.019078;REVB=0.0314556;RO=49;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124519;STB=0.552341;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0329384;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:49:26:27:0.355263:18:8:20:29:18:9:20:29 chr10 3181003 . A G 919.74 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.166;QD=58.3964;RBI=0.0153332;REFB=0;REVB=0.0150844;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44707e-05;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr10 3181107 . G A 650.93 PASS AF=0.449367;AO=71;DP=158;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.00513333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8141;QD=16.4792;RBI=0.0390962;REFB=0.01163;REVB=0.0387577;RO=87;SAF=32;SAR=39;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546711;STB=0.530414;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.0125886;OID=.;OPOS=3181107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:87:87:71:71:0.449367:39:32:44:43:39:32:44:43 chr10 3189380 . C T 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000480645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.659;QD=61.213;RBI=0.0352073;REFB=0;REVB=-0.0352041;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51545e-05;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr10 3190265 . A G 174.19 PASS AF=0.366667;AO=23;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0250725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1995;QD=11.6129;RBI=0.0486159;REFB=-0.032254;REVB=0.0416519;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120336;STB=0.589984;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0831895;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:38:23:22:0.366667:13:10:11:23:12:10:12:26 chr10 3193557 . TAAAAAAGAAACAA T 64.66 PASS AF=0.323529;AO=14;DP=37;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.02064;FXX=0.128172;HRUN=6;LEN=13;MLLD=289.992;QD=7.60699;RBI=0.0208108;REFB=-0.00624238;REVB=0.00266108;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=0.123893;STB=0.513489;STBP=0.911;TYPE=del;VARB=0.00847139;OID=.;OPOS=3193558;OREF=AAAAAAGAAACAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:14:37:11:34:23:5:6:10:13:64:16:8:6:7:9 chr10 3197856 . C G 184.44 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0244025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.462;QD=10.1064;RBI=0.0258971;REFB=-0.00985397;REVB=0.00867056;RO=49;SAF=11;SAR=13;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152108;STB=0.588829;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0136005;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:13:11:29:20:13:11:29:20 chr10 3200292 . G A 346.28 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.000125217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.473;QD=16.8918;RBI=0.00959884;REFB=-0.0105178;REVB=-0.00959802;RO=44;SAF=25;SAR=12;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666145;STB=0.545826;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00888675;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:45:37:37:0.45122:12:25:27:17:12:25:27:18 chr10 3202065 . T C 739.41 PASS AF=0.493671;AO=71;DP=152;FAO=78;FDP=158;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0171669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.951;QD=18.7193;RBI=0.0473623;REFB=-0.0192769;REVB=0.0441417;RO=79;SAF=44;SAR=27;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110872;STB=0.539824;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0205737;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:158:79:80:71:78:0.493671:27:44:40:39:32:46:41:39 chr10 3206027 . A G 421.22 PASS AF=0.404959;AO=48;DP=120;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0151027;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.606;QD=13.9247;RBI=0.0265662;REFB=-0.0163294;REVB=0.0218556;RO=72;SAF=23;SAR=25;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738647;STB=0.510462;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.023883;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:72:72:48:49:0.404959:25:23:34:38:25:24:34:38 chr10 3208557 . A G 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0154326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.661;QD=19.9932;RBI=0.0239312;REFB=-0.0348237;REVB=0.0182904;RO=22;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806656;STB=0.534382;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0232085;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:10:12:10:12:10:12:11:12 chr10 3214369 . A G 871.14 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293853;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.29;QD=58.0761;RBI=0.0395796;REFB=0;REVB=0.026515;RO=0;SAF=13;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166774;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:47:13:0:0:47:13:0:0 chr10 3821327 . A T 302.01 PASS AF=0.464789;AO=31;DP=69;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0043776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.169;QD=17.0144;RBI=0.00448862;REFB=-0.0151273;REVB=-0.000992158;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779334;STB=0.555521;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0148;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:38:31:33:0.464789:10:21:23:15:10:23:23:15 chr10 3823894 . G A 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000409056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.486;QD=17.423;RBI=0.00348081;REFB=-0.000878323;REVB=-0.0034567;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765486;STB=0.529393;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00129274;OID=.;OPOS=3823894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:34:31:31:0.476923:12:19:17:15:12:19:19:15 chr10 5019959 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00819926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.097;QD=61.5111;RBI=0.00824156;REFB=-0.0664399;REVB=0.000833964;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00114232;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:1:0:21:27:1:0 chr10 5032239 . A AG 204.45 PASS AF=1;AO=7;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310786;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6332;QD=48.1058;RBI=0.0607468;REFB=0;REVB=0.0521948;RO=11;SAF=0;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.784969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145529;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:18:17:17:0:6:11:0:0:4:11:0:7:7:4 chr10 5032240 . G GGA 34.4 PASS AF=0.466667;AO=3;DP=18;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0827018;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=2;MLLD=23.3306;QD=9.17221;RBI=0.0827041;REFB=-0.0822581;REVB=-0.000621097;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736641;STB=0.832591;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=0.291641;OID=.;OPOS=5032241;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:3:18:7:15:8:5:2:0:8:34:14:3:0:3:11 chr10 5032241 . A G 38.4 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0978751;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=29.8328;QD=8.53414;RBI=0.165662;REFB=-0.0359904;REVB=0.133657;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0902295;OID=.;OPOS=5032241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:4:7:4:3:4:7 chr10 5046957 . A T 240.48 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0363666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.044;QD=43.7234;RBI=0.0375616;REFB=-0.184757;REVB=0.00939913;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766752;STB=0.541626;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00340475;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:9:11:2:0:9:11:2:0 chr10 5120157 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.472;QD=51.1846;RBI=0.0342547;REFB=0;REVB=0.0190729;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165454;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 5136651 . C G 783.08 PASS AF=0.517241;AO=75;DP=145;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00714512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.287;QD=21.6021;RBI=0.00719311;REFB=-0.0120951;REVB=-0.000829472;RO=70;SAF=49;SAR=26;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902838;STB=0.549681;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0132463;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:70:75:75:0.517241:26:49:39:31:26:49:39:31 chr10 5139685 . G A 433.64 PASS AF=0.630769;AO=37;DP=62;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0118306;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.455;QD=26.6855;RBI=0.0224498;REFB=-0.0190451;REVB=-0.0190796;RO=24;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502304;STB=0.528911;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0115237;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:24:24:37:41:0.630769:19:18:10:14:19:22:11:13 chr10 5149701 . AGG AGA,AG 455.22 PASS AF=0.4,0.338462;AO=24,20;DP=66;FAO=26,22;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=19,22;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.021758,-0.149866;FXX=0.0151492;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=175.873,18.6153;QD=28.0134;RBI=0.023211,0.155985;REFB=-0.0145697,-0.00819498;REVB=0.00808313,0.0432642;RO=14;SAF=17,20;SAR=7,0;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.447038;SSSB=0.416608,0.874193;STB=0.739641,0.99944;STBP=0.001,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0168458,0.0393878;OID=.,.;OPOS=5149703,5149702;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.338462:24,20:66:26,22:65:17:19,22:7,0:2:15:99:14:17,20:7,0:1:13 chr10 5197881 . A G 347.09 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=0;FWDB=0.0152609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.73;QD=27.7669;RBI=0.0174139;REFB=-0.0287714;REVB=0.0083873;RO=19;SAF=27;SAR=3;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24149;STB=0.635066;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0197882;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:3:27:19:0:3:27:20:0 chr10 5199934 . G C 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0262457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.961;QD=4.55444;RBI=0.0363486;REFB=0.00149049;REVB=0.0251472;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282511;STB=0.686083;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00506391;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:20:10:4:3:20:10 chr10 5202060 . C T 105.47 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0233187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8655;QD=8.11329;RBI=0.0522619;REFB=0.0208417;REVB=0.0467712;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916863;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0682038;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:6:8:22:16:6:8:22:16 chr10 5202104 . C T 802.31 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8553;QD=64.1844;RBI=0.0850855;REFB=0;REVB=-0.0496865;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141998;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr10 5202145 . T A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0131219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.6079;QD=3.37601;RBI=0.0159754;REFB=-0.00773506;REVB=-0.00911203;RO=41;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351051;STB=0.74645;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.031696;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:2:5:17:24:2:5:17:24 chr10 5203748 . A G 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0551714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4829;QD=14.3991;RBI=0.055187;REFB=0.0146482;REVB=0.00131223;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197864;STB=0.528433;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0215199;OID=.;OPOS=5203748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:13:12:16:16:13:12:18:16 chr10 5242164 . A G 547.3 PASS AF=0.406452;AO=63;DP=158;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0118282;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.566;QD=14.1239;RBI=0.0118989;REFB=-0.0160157;REVB=-0.00129559;RO=95;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183102;STB=0.593842;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0275421;OID=.;OPOS=5242164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:155:95:92:63:63:0.406452:25:38:41:54:25:38:41:51 chr10 5246584 . C A 315.32 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.072217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.839;QD=17.5178;RBI=0.0723014;REFB=-0.0159806;REVB=-0.00349239;RO=38;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18159;STB=0.601567;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0136263;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:20:14:23:15:20:14:23:15 chr10 5247784 . C G 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0419689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.145;QD=13.7529;RBI=0.0419689;REFB=-0.0217275;REVB=-1.37174e-05;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20977;STB=0.620545;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0203635;OID=.;OPOS=5247784;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:5:18:9:6:5:18 chr10 5255025 . A AG,G 890.27 PASS AF=0.277778,0.652778;AO=14,42;DP=72;FAO=20,47;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=20,26;FSAR=0,21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00923595,0.00568532;FXX=0.0136968;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=237.816,161.313;QD=49.4592;RBI=0.0187697,0.0715727;REFB=-0.0359497,-0.0752736;REVB=-0.0163401,-0.0713465;RO=10;SAF=14,25;SAR=0,17;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.811415,-0.0392213;STB=0.999018,0.524116;STBP=0.102,0.281;TYPE=ins,snp;VARB=0.0189401,0.0396078;OID=.,.;OPOS=5255026,5255025;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:91:72:72:10:5:14,42:20,47:0.277778,0.652778:0,17:14,25:7:3:0,21:20,26:4:1 chr10 5260682 . C G 422.65 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0146009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.995;QD=20.1262;RBI=0.0168346;REFB=-0.0285733;REVB=0.00837956;RO=39;SAF=25;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417398;STB=0.515145;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0199016;OID=.;OPOS=5260682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:41:42:43:0.511905:17:25:25:14:17:26:26:15 chr10 5415954 . A G 390.82 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00217024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.303;QD=16.6308;RBI=0.00479074;REFB=-0.0182961;REVB=-0.00427098;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167841;STB=0.599534;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0290751;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:16:25:23:29:16:25:23:30 chr10 5435823 . T C 277.21 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00252445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1872;QD=26.401;RBI=0.0445305;REFB=0.00864189;REVB=0.0444588;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171012;STB=0.594835;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00462863;OID=.;OPOS=5435823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:7:10:9:16:7:10 chr10 5435918 . G A 326.97 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0311736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3457;QD=17.916;RBI=0.0318882;REFB=-0.0144383;REVB=0.00671265;RO=38;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671454;STB=0.537528;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0145744;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:15:20:19:19:15:20:19:19 chr10 5436259 . CA C,CG 1378.62 PASS AF=0.011236,0.988764;AO=15,74;DP=89;FAO=1,88;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=1,58;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504782,0.0728277;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.176,195.454;QD=61.9604;RBI=0.0543067,0.0747428;REFB=0,0;REVB=0.0200292,0.0168112;RO=0;SAF=15,44;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.93382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0235399,0.00189995;OID=.,.;OPOS=5436260,5436260;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.011236,0.988764:15,74:89:1,88:89:0:1,58:0,30:0:0:3:0:15,44:0,30:0:0 chr10 5437365 . A G 919.17 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.146;QD=58.3598;RBI=0.0425383;REFB=0;REVB=-0.0318867;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9291e-06;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr10 5446794 . C T 806.77 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9288;QD=56.6154;RBI=0.0323974;REFB=0;REVB=0.00957646;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875034;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:19:37:0:0:19:38:0:0 chr10 5471200 . C T 553.45 PASS AF=0.410959;AO=60;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0215351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5384;QD=15.1629;RBI=0.0219914;REFB=0.00295787;REVB=0.00445627;RO=84;SAF=32;SAR=28;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993295;STB=0.505956;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00446395;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:84:86:60:60:0.410959:28:32:44:40:28:32:45:41 chr10 5495218 . T C 1028.44 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00553061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.672;QD=57.9405;RBI=0.0726405;REFB=-0.0579955;REVB=0.0724296;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000134328;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:0:1:68:70:0.985915:22:46:0:0:24:46:0:1 chr10 5498223 . T C 463.68 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0502242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3471;QD=30.405;RBI=0.0609138;REFB=0.00687874;REVB=0.0344676;RO=19;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220881;STB=0.619895;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00327546;OID=.;OPOS=5498223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:27:15:14:5:27:15:14:5 chr10 5498693 . A G 265.3 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00653419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5008;QD=17.9862;RBI=0.00695851;REFB=-0.0124911;REVB=-0.00239272;RO=30;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109416;STB=0.561278;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0264156;OID=.;OPOS=5498693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:12:17:14:16:12:17:14:16 chr10 5498752 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00207462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6667;QD=16.8241;RBI=0.00738512;REFB=-0.00392954;REVB=0.00708774;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119288;STB=0.506816;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00549515;OID=.;OPOS=5498752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:13:15:11:10:13:15 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 1225.89 PASS AF=0.988636,0,0;AO=55,51,8;DP=159;FAO=87,0,0;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34,0,0;FSAR=53,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00373929,-0.000703107,-0.00434478;FXX=0.169795;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=134.037,129.99,122.276;QD=55.7222;RBI=0.182455,0.106832,0.0954445;REFB=-0.10349,-0.0739092,-0.0734614;REVB=0.182416,0.106829,0.0953456;RO=21;SAF=20,29,5;SAR=35,22,3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00956606,0.101735,0.275046;STB=0.507245,0.5,0.5;STBP=0.286,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00204901,-0.0657062,0;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:88:21:1:55,51,8:87,0,0:0.988636,0,0:35,22,3:20,29,5:8:13:53,0,0:34,0,0:1:0 chr10 5499787 . T C 1285.66 PASS AF=0.485185;AO=131;DP=271;FAO=131;FDP=270;FR=.;FRO=139;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=57;FSRR=82;FWDB=0.0174705;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4662;QD=19.0468;RBI=0.0546158;REFB=0.00647799;REVB=0.0517462;RO=139;SAF=63;SAR=68;SRF=57;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666466;STB=0.536621;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00762363;OID=.;OPOS=5499787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:139:139:131:131:0.485185:68:63:57:82:68:63:57:82 chr10 5567366 . G A 2400.02 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0776;QD=60.7599;RBI=0.0311053;REFB=0;REVB=0.0283314;RO=1;SAF=90;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230798;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:158:1:0:157:158:1:67:90:1:0:67:91:0:0 chr10 5567695 . G A 2307.87 PASS AF=0.99359;AO=150;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0558728;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.801;QD=59.1762;RBI=0.0612177;REFB=-0.0868;REVB=0.0250168;RO=0;SAF=101;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502439;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000313375;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:0:1:150:155:0.99359:49:101:0:0:53:102:1:0 chr10 5567967 . G T 1928.39 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0303238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.81;QD=59.335;RBI=0.0460539;REFB=-0.0612238;REVB=0.0346617;RO=3;SAF=63;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747808;STB=0.503936;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000549394;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:3:3:127:127:0.976923:64:63:2:1:64:63:2:1 chr10 5673528 . G A 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00314801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.671;QD=19.9754;RBI=0.00825249;REFB=-0.00205448;REVB=0.00762847;RO=39;SAF=12;SAR=28;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347051;STB=0.519278;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00184775;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:28:12:13:26:28:12:13:26 chr10 5781628 . T G 362.12 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.0236992;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1592;QD=18.1059;RBI=0.0513642;REFB=0.00614269;REVB=-0.04557;RO=43;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302584;STB=0.674658;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.011067;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:42:38:38:0.475:23:15:31:12:23:15:31:11 chr10 5781967 . A C 294.12 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0671262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3899;QD=34.602;RBI=0.112753;REFB=0.0231257;REVB=0.0905944;RO=9;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339046;STB=0.518504;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00523344;OID=.;OPOS=5781967;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:10:15:6:3:10:15:6:3 chr10 5781969 . A T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0171551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.906;QD=7.03207;RBI=0.0232848;REFB=-0.00716875;REVB=0.0157444;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065631;STB=0.541572;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0283418;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:16:10:3:6:16:10 chr10 5788608 . G C 211.91 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00140012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.014;QD=27.3432;RBI=0.0173635;REFB=-0.0617778;REVB=-0.017307;RO=10;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134292;STB=0.595645;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0304293;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:10:11:20:20:0.645161:6:14:5:5:6:14:5:6 chr10 5788833 . C G 119.98 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0325248;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.382;QD=12.9712;RBI=0.0730013;REFB=-0.0020691;REVB=-0.0653555;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468;STB=0.76836;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00587714;OID=.;OPOS=5788833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:4:19:5:9:4:19 chr10 5790420 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.943;QD=49.5984;RBI=0.0218742;REFB=0;REVB=0.00919706;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92773e-05;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 5804531 . G A 512.05 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0116635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.067;QD=19.6941;RBI=0.0198933;REFB=-0.0187956;REVB=0.0161153;RO=51;SAF=19;SAR=34;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068733;STB=0.538002;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0132779;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:34:19:22:29:34:19:22:29 chr10 5804949 . G A 271.29 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.000789884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.417;QD=23.5903;RBI=0.0131315;REFB=-0.0137079;REVB=-0.0131078;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175062;STB=0.584709;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0207596;OID=.;OPOS=5804949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:13:12:14:6:13:12:14:7 chr10 5853817 . G C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0291263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.254;QD=17.8396;RBI=0.0291498;REFB=-0.00935119;REVB=-0.00116956;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.535663;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00337819;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:8:6:7:7:8:6 chr10 5895755 . GC TA 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0183866;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.603;QD=19.1095;RBI=0.0195119;REFB=-0.0163054;REVB=0.00653037;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360566;STB=0.688969;STBP=0.016;TYPE=mnp;VARB=0.0126876;OID=.;OPOS=5895755;OREF=GC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:16:11:21:4:16:11:21:5 chr10 5920121 . T C 376.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.647;QD=55.77;RBI=0.0449521;REFB=0;REVB=0.0418445;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160539;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:6:19:0:0:8:19:0:0 chr10 5925971 . C A 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.958;QD=62.9796;RBI=0.0290976;REFB=0;REVB=0.0163941;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162067;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 5926034 . T C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0120591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.82;QD=17.9395;RBI=0.012624;REFB=-0.00658382;REVB=0.00373425;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248086;STB=0.514124;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00744718;OID=.;OPOS=5926034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:11:11:9:10:11:11 chr10 5929962 . G C 568.52 PASS AF=0.454545;AO=61;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0359956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9008;QD=17.228;RBI=0.0388941;REFB=0.00214338;REVB=0.0147333;RO=71;SAF=41;SAR=20;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113835;STB=0.557357;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00252795;OID=.;OPOS=5929962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:71:72:61:60:0.454545:20:41:40:31:20:40:41:31 chr10 5979117 . T C 397.42 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=52;FSRR=24;FWDB=-0.0603737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.027;QD=12.9244;RBI=0.0617617;REFB=-0.0209352;REVB=-0.0130202;RO=74;SAF=26;SAR=21;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13641;STB=0.583299;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0327787;OID=.;OPOS=5979117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:76:47:47:0.382114:21:26:50:24:21:26:52:24 chr10 6001696 . C T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0058439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=344.748;QD=55.0096;RBI=0.0246693;REFB=0.00675374;REVB=0.0239671;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=1.76567e-05;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr10 6002368 . T G 1821.4 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0672531;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9501;QD=61.2236;RBI=0.0723191;REFB=0;REVB=0.0265907;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512608;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:50:68:0:0:51:68:0:0 chr10 6008172 . C T 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0146682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.256;QD=16.1345;RBI=0.019705;REFB=-0.0184559;REVB=0.013158;RO=62;SAF=26;SAR=24;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131259;STB=0.573229;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0219161;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:24:26:24:38:24:26:24:38 chr10 6191733 . G A 537.9 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0384953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9587;QD=26.8949;RBI=0.0436115;REFB=-0.00521203;REVB=-0.0204958;RO=31;SAF=18;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086708;STB=0.547332;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00321735;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:31:18:15:16:31:18:15:16 chr10 6191735 . T C 1191.09 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.923;QD=61.0814;RBI=0.0369286;REFB=0;REVB=0.0258061;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46954e-06;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:47:31:0:0 chr10 6287695 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.328;QD=40.7624;RBI=0.0546758;REFB=0;REVB=0.015826;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251861;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr10 6392848 . G A 225.58 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0142333;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.661;QD=19.6152;RBI=0.0204453;REFB=0.00423865;REVB=0.0146773;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142154;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0035392;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:13:9:14:11:13:9:14:10 chr10 6393009 . A G 244.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0186216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5369;QD=23.2621;RBI=0.0191502;REFB=0.00250537;REVB=-0.00446814;RO=19;SAF=17;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198254;STB=0.611408;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00170039;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:6:17:10:9:6:17:10:9 chr10 6393260 . C G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0214364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.208;QD=10.7535;RBI=0.0234764;REFB=0.000307379;REVB=-0.00957195;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871439;STB=0.551921;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00139403;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:10:16:7:6:10:16 chr10 6393706 . ACAGG A 111.84 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0059281;FXX=0.153787;HRUN=1;LEN=4;MLLD=200.547;QD=20.3352;RBI=0.0129947;REFB=-0.0626812;REVB=0.0115637;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186247;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=0.0393062;OID=.;OPOS=6393707;OREF=CAGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:12:24:12:22:10:5:7:6:4:82:9:5:7:6:3 chr10 6504253 . A C 133.77 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00756196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.681;QD=25.479;RBI=0.0290247;REFB=-0.0155685;REVB=-0.0280223;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00197242;OID=.;OPOS=6504253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:4:3:5:9:4:3 chr10 7285632 . A G 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00826767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0064;QD=10.4714;RBI=0.0181615;REFB=-0.0103276;REVB=0.0161705;RO=35;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334673;STB=0.695443;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0171596;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:10:7:25:10:10:7:25:10 chr10 7528721 . A C 597.74 PASS AF=0.434483;AO=63;DP=145;FAO=63;FDP=145;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0496375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.182;QD=16.4894;RBI=0.0559088;REFB=-0.0321239;REVB=0.0257276;RO=81;SAF=24;SAR=39;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141181;STB=0.575815;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0404431;OID=.;OPOS=7528721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:81:82:63:63:0.434483:39:24:42:39:39:24:42:40 chr10 7528738 . G A 547.27 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0219827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6961;QD=15.9788;RBI=0.0220531;REFB=-0.0295531;REVB=0.00176049;RO=77;SAF=20;SAR=39;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202079;STB=0.617111;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0250849;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:78:59:59:0.430657:39:20:41:36:39:20:42:36 chr10 7605067 . C T 257.41 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.00646549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.664;QD=13.7284;RBI=0.0553331;REFB=-0.00702465;REVB=0.0549541;RO=44;SAF=17;SAR=13;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256162;STB=0.648079;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.013873;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:13:17:35:9:13:17:36:9 chr10 7605077 . TC GT,T 1126.4 PASS AF=0,1;AO=3,70;DP=76;FAO=0,76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,53;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138648,0.0300121;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=3.97205,30.5117;QD=59.2843;RBI=0.0417008,0.104921;REFB=0,0;REVB=-0.0393284,-0.100537;RO=0;SAF=3,49;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.213368;SSEP=0,0;SSSB=0,5.0379e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.00109429;OID=.,.;OPOS=7605077,7605078;OREF=TC,C;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:76:76:0:0:3,70:0,76:0,1:0,21:3,49:0:0:0,23:0,53:0:0 chr10 7605101 . A G 1361.0 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9374;QD=61.1686;RBI=0.046835;REFB=-0.0847107;REVB=-0.0332574;RO=1;SAF=60;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783281;STB=0.504064;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000978364;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:87:88:0.988764:27:60:1:0:27:61:1:0 chr10 7618501 . A G 1901.46 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168454;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.299;QD=61.836;RBI=0.0171396;REFB=0;REVB=-0.00316199;RO=0;SAF=83;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166985;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:40:83:0:0:40:83:0:0 chr10 7618686 . T G 736.0 PASS AF=0.981481;AO=43;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.577;QD=54.5185;RBI=0.0622467;REFB=0.00226674;REVB=0.0396927;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00286335;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:43:53:0.981481:20:23:1:0:23:30:1:0 chr10 7679393 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0176241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2708;QD=16.2714;RBI=0.0185701;REFB=0.00288533;REVB=0.0058516;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198855;STB=0.614306;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0036358;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:11:7:9:6:11:7 chr10 7763661 . A G 1492.49 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.284;QD=58.529;RBI=0.0309914;REFB=-0.125133;REVB=-0.00907926;RO=1;SAF=61;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771465;STB=0.504064;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000272474;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:40:61:1:0:40:61:1:0 chr10 7780646 . C G 758.2 PASS AF=0.536765;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.354;QD=22.3001;RBI=0.0168649;REFB=0.00142087;REVB=0.0144537;RO=62;SAF=32;SAR=41;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244692;STB=0.504607;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.000686377;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:62:63:73:73:0.536765:41:32:27:35:41:32:27:36 chr10 7797902 . AC ACAACT,ACT,CT 692.57 PASS AF=0.8125,0.125,0.0416667;AO=39,6,2;DP=48;FAO=39,6,2;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24,6,2;FSAR=15,0,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00582294,-0.0152823,-0.0120711;FXX=0;HRUN=2,0,2;LEN=4,1,2;MLLD=238.772,95.2088,100.875;QD=57.7138;RBI=0.00632762,0.0155173,0.016322;REFB=-0.052411,-0.0539057,-0.0538738;REVB=0.00247631,0.00269025,0.0109862;RO=1;SAF=24,6,2;SAR=15,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0302234,0.782178,0.697199;STB=0.516121,0.997093,0.993266;STBP=0.289,0.066,0.227;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.000503909,-0.00256238,0.0500803;OID=.,.,.;OPOS=7797904,7797904,7797902;OREF=-,-,AC;OALT=AACT,T,CT;OMAPALT=ACAACT,ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:48:48:1:1:39,6,2:39,6,2:0.8125,0.125,0.0416667:15,0,0:24,6,2:0:1:15,0,0:24,6,2:0:1 chr10 7797903 . C CAACT 50.0 PASS AO=31;DP=89;LEN=4;RO=58;SAF=30;SAR=15;SRF=23;SRR=21;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:89:58:31:15:30:23:21 chr10 7808086 . T C 676.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0100344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2088;QD=60.1613;RBI=0.0219813;REFB=-0.155295;REVB=0.0195573;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00508926;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:17:27:0:0:17:27:0:1 chr10 8006798 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.00913215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.736;QD=16.1151;RBI=0.0209901;REFB=-0.00660718;REVB=0.0188995;RO=27;SAF=17;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374798;STB=0.534219;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00898734;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:7:17:20:7:7:17:22:7 chr10 8007559 . GT CC,GC 351.43 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=12,14;DP=27;FAO=12,14;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=10,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328932,0.0221359;FXX=0.0370233;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=75.5038,72.4558;QD=54.0663;RBI=0.0563739,0.0388701;REFB=0,0;REVB=0.0457827,0.0319514;RO=0;SAF=2,6;SAR=10,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00561238,0.00728361;OID=.,.;OPOS=8007559,8007560;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:27:26:0:0:12,14:12,14:0.461538,0.538462:10,8:2,6:0:0:10,8:2,6:0:0 chr10 8116079 . C T 1306.1 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=60.7488;RBI=0.0127934;REFB=-0.0613196;REVB=0.00324293;RO=1;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011696;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0001867;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:40:45:0:1:40:45:0:1 chr10 11299735 . A T 289.48 PASS AF=0.375;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0178438;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.775;QD=13.1583;RBI=0.017931;REFB=-0.0100027;REVB=-0.00176583;RO=58;SAF=27;SAR=5;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297371;STB=0.66564;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0171807;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:58:55:32:33:0.375:5:27:38:20:6:27:34:21 chr10 11356160 . C T 655.27 PASS AF=0.503817;AO=65;DP=130;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00925228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.954;QD=20.0082;RBI=0.00925588;REFB=0.0139913;REVB=-0.000258051;RO=61;SAF=33;SAR=32;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129311;STB=0.564866;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00816508;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:61:65:65:66:0.503817:32:33:22:39:33:33:24:41 chr10 11373418 . A ATC 790.6 PASS AF=0.67619;AO=68;DP=109;FAO=71;FDP=105;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00969536;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.092;QD=30.118;RBI=0.0212329;REFB=-0.0115852;REVB=-0.0188901;RO=36;SAF=26;SAR=42;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335273;STB=0.504634;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=0.00475343;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.67619:68:109:71:105:34:26:45:12:22:99:36:26:42:12:24 chr10 11373420 . G C 136.93 PASS AF=0.22;AO=22;DP=111;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.014498;FXX=0.0990902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4081;QD=5.47703;RBI=0.0316369;REFB=-0.013186;REVB=-0.0281194;RO=78;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662686;STB=0.540994;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.019862;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:100:78:78:22:22:0.22:13:9:28:50:13:9:28:50 chr10 11504313 . C T 742.47 PASS AF=0.964286;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0355283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8513;QD=53.0336;RBI=0.0398124;REFB=0.00709086;REVB=-0.0179657;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324593;STB=0.516661;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000614395;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:52:54:0.964286:24:28:2:0:25:29:2:0 chr10 11504752 . T C 287.56 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0110064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4696;QD=15.9754;RBI=0.0781716;REFB=-0.0135744;REVB=0.0773929;RO=40;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160347;STB=0.590849;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0242588;OID=.;OPOS=11504752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:23:9:17:23:23:9:17:23 chr10 11505051 . GCCCT GCCT,GCCTC,GGCCT 308.38 PASS AF=1,0,0;AO=20,2,2;DP=27;FAO=26,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0,0;FSAR=19,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464759,-0.0602246,-0.0990464;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=19.003,6.15437,4.73888;QD=47.4426;RBI=0.214234,0.111772,0.142223;REFB=0,0,0;REVB=0.209132,0.0941597,0.102064;RO=3;SAF=5,0,2;SAR=15,2,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0.356912,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0837163,0,0.74993;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00802777,0,0;OID=.,.,.;OPOS=11505052,11505054,11505052;OREF=C,CT,C;OALT=-,TC,G;OMAPALT=GCCT,GCCTC,GGCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:20,2,2:27:26,0,0:26:0:7,0,0:19,0,0:0:0:4:3:5,0,2:15,2,0:0:3 chr10 11789382 . G A 713.1 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1448;QD=54.8541;RBI=0.027399;REFB=-0.123667;REVB=0.0166436;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333777;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:0:51:52:1:16:35:0:0:17:35:0:0 chr10 11789405 . G A 817.16 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5388;QD=57.3446;RBI=0.0258325;REFB=0;REVB=0.00625843;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113175;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr10 11797436 . T C 851.07 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3959;QD=57.6997;RBI=0.0940509;REFB=0;REVB=-0.0933854;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000581289;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr10 11797467 . G A 1061.13 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.398;QD=59.7822;RBI=0.065772;REFB=0;REVB=0.0655508;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120951;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr10 11912431 . C T 811.19 PASS AF=0.441026;AO=85;DP=194;FAO=86;FDP=195;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.0171073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.4699;QD=16.6397;RBI=0.0189395;REFB=-0.0178703;REVB=0.0081268;RO=104;SAF=46;SAR=39;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409173;STB=0.516974;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0336152;OID=.;OPOS=11912431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:104:109:85:86:0.441026:39:46:52:52:40:46:55:54 chr10 11913907 . A T 475.35 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0238929;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9094;QD=16.8265;RBI=0.0497615;REFB=-0.0432953;REVB=-0.0436501;RO=58;SAF=36;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162763;STB=0.598188;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0327283;OID=.;OPOS=11913907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:58:61:52:52:0.460177:16:36:31:27:16:36:32:29 chr10 12071397 . G A 743.39 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00466184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.648;QD=29.7358;RBI=0.00582609;REFB=0.00325391;REVB=0.00349436;RO=36;SAF=25;SAR=38;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217015;STB=0.622128;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00182563;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:36:37:63:63:0.63:38:25:26:10:38:25:27:10 chr10 12111090 . T C 2058.55 PASS AF=0.985294;AO=132;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0196907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6579;QD=60.5457;RBI=0.041092;REFB=-0.0190405;REVB=0.036067;RO=2;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143982;STB=0.507575;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00195992;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:132:134:0.985294:65:67:0:2:65:69:0:2 chr10 12131081 . T G 355.12 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=6;FWDB=-0.030892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.718;QD=18.9398;RBI=0.0331618;REFB=-0.00611599;REVB=0.0120576;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327612;STB=0.68908;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00477288;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:38:37:37:0.493333:20:17:30:6:20:17:32:6 chr10 12143105 . C G 414.57 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00279342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.919;QD=15.9452;RBI=0.0299597;REFB=-0.00253161;REVB=-0.0298292;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1031;STB=0.567279;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00254552;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:57:58:45:46:0.442308:22:23:35:22:23:23:36:22 chr10 12148259 . A C 985.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.25;QD=58.8552;RBI=0.0251197;REFB=0;REVB=0.0070737;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35647e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:26:38:0:0:27:40:0:0 chr10 12148286 . T C 1153.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.2559;QD=60.7145;RBI=0.056045;REFB=0;REVB=0.0437577;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252796;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr10 12149939 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.213;QD=60.2306;RBI=0.0166241;REFB=0;REVB=0.0117064;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64776e-07;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr10 12191933 . C T 423.18 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00119465;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.752;QD=18.2013;RBI=0.00654165;REFB=-0.00535659;REVB=-0.00643165;RO=48;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871631;STB=0.50625;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00671161;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:50:43:43:0.462366:22:21:23:25:22:21:25:25 chr10 12209752 . T C 323.67 PASS AF=0.4;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.127284;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.31;QD=14.3853;RBI=0.12747;REFB=-0.0184628;REVB=0.0068957;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783118;STB=0.54442;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0235736;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:54:54:36:36:0.4:18:18:23:31:18:18:23:31 chr10 12212186 . T A 243.61 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00328475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.755;QD=17.4004;RBI=0.00542279;REFB=-0.0113601;REVB=-0.00431475;RO=29;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327205;STB=0.688449;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00902322;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:18:8:19:10:19:8:19:10 chr10 12238325 . TGGGAG TGGGA,TG 160.28 PASS AF=0.0238095,0.52381;AO=4,14;DP=38;FAO=1,22;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=1,19;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0189246,-0.00463923;FXX=0.0454442;HRUN=5,3;LEN=1,4;MLLD=7.14908,176.513;QD=15.2651;RBI=0.422209,0.135173;REFB=-0.103736,-0.0228315;REVB=-0.421785,-0.135094;RO=8;SAF=1,14;SAR=3,0;SRF=7;SRR=1;SSEN=0.414179,0.377643;SSEP=0,0;SSSB=-0.575744,0.806114;STB=0.990167,0.745959;STBP=0.482,0.01;TYPE=del,del;VARB=0.0423198,0.0130318;OID=.,.;OPOS=12238330,12238326;OREF=G,GGGA;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGA,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0238095,0.52381:4,14:38:1,22:42:19:1,19:0,3:9:10:99:8:1,14:3,0:7:1 chr10 12292344 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0165017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.462;QD=13.5796;RBI=0.0192842;REFB=-0.00814736;REVB=0.0099786;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145054;STB=0.584318;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00951635;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:17:11:9:8:17:11 chr10 12292454 . A G 262.25 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0278217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3165;QD=17.1968;RBI=0.0287798;REFB=-0.01587;REVB=-0.007364;RO=23;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209453;STB=0.573514;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0100985;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:61:23:32:29:29:0.47541:22:7:6:17:20:9:14:18 chr10 12867598 . C G 226.36 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0891737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6919;QD=17.0836;RBI=0.091484;REFB=0.00974836;REVB=-0.0204297;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184807;STB=0.60358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0157207;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:8:20:13:12:8:20 chr10 12940455 . A G 1161.46 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885383;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.899;QD=60.3357;RBI=0.00983175;REFB=0;REVB=0.0042747;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4492e-05;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:77:0:0:68:77:1:45:23:0:0:45:32:0:0 chr10 13151224 . G A 148.57 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.00278171;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.569;QD=17.4791;RBI=0.0119138;REFB=-0.00584446;REVB=0.0115845;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36734;STB=0.705668;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00258013;OID=.;OPOS=13151224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:2:16:8:8:2:16 chr10 13158262 . C T 485.34 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.868;QD=58.8289;RBI=0.0585158;REFB=0;REVB=0.0560649;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512166;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:13:12:0:0:19:14:0:0 chr10 13166076 . A G 483.3 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0479895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.895;QD=50.8732;RBI=0.0519882;REFB=-0.0325353;REVB=-0.0199945;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466996;STB=0.536565;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00102888;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:36:38:2:3:34:35:0.921053:19:15:0:2:19:16:0:3 chr10 13206233 . A T 1506.66 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.68;QD=63.4385;RBI=0.0538855;REFB=0;REVB=0.0226149;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26738e-05;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:48:46:0:0:49:46:0:0 chr10 13230950 . C T 199.31 PASS AF=0.367647;AO=22;DP=65;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.015939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.09;QD=11.7243;RBI=0.0239804;REFB=-0.0280893;REVB=0.0179167;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645838;STB=0.545418;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0491866;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:43:43:22:25:0.367647:10:12:21:22:11:14:21:22 chr10 13275553 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.087;QD=60.2302;RBI=0.0255551;REFB=0;REVB=0.0237487;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56473e-05;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 13337588 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.554;QD=58.2395;RBI=0.0283345;REFB=0;REVB=0.00623162;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98828e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr10 13375906 . T C 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.208;QD=61.8526;RBI=0.0097039;REFB=0;REVB=-0.00959665;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30081e-05;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr10 13481427 . T A 817.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.117;QD=57.3738;RBI=0.0256989;REFB=0;REVB=0.0186087;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140365;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr10 13494594 . T C 2240.9 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.566;QD=62.6826;RBI=0.0157596;REFB=-0.0826375;REVB=0.0151892;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150452;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:143:0:0:142:143:1:67:75:0:0:67:76:0:0 chr10 13633835 . A G 1668.99 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5122;QD=60.1437;RBI=0.0910699;REFB=0;REVB=-0.055536;RO=0;SAF=81;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22968e-05;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:29:81:0:0:29:82:0:0 chr10 13685766 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.179;QD=53.9112;RBI=0.0361625;REFB=0;REVB=0.0217665;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013361;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr10 13687890 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0414542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.474;QD=16.2713;RBI=0.0415684;REFB=-0.00464171;REVB=-0.00307962;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.524966;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00207609;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:6:9:10:8:6:9:10:8 chr10 13769842 . A G 1503.07 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134652;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.477;QD=58.3716;RBI=0.0299615;REFB=0;REVB=0.0267653;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288444;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:103:0:0:97:103:1:48:49:0:0:49:54:0:0 chr10 14425204 . T A 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00386877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2669;QD=14.5319;RBI=0.0265813;REFB=0.00101489;REVB=0.0262982;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180162;STB=0.602725;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000617364;OID=.;OPOS=14425204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:9:20:21:19:9:20:21:19 chr10 14425221 . G C 397.62 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.010606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.721;QD=23.0504;RBI=0.0172107;REFB=-0.0178772;REVB=-0.0135544;RO=29;SAF=22;SAR=17;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726455;STB=0.53083;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0203181;OID=.;OPOS=14425221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:29:30:39:39:0.565217:17:22:19:10:17:22:19:11 chr10 14705494 . G C 214.99 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0344517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6733;QD=18.2966;RBI=0.0494389;REFB=-0.016099;REVB=0.0354582;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264895;STB=0.641242;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0239382;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:24:25:21:22:0.468085:13:8:16:8:13:9:17:8 chr10 15008493 . A C 949.14 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0272568;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.204;QD=51.305;RBI=0.0368763;REFB=-0.0804328;REVB=0.024838;RO=4;SAF=39;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078678;STB=0.506081;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00119183;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:74:74:4:6:68:68:0.918919:29:39:2:2:29:39:3:3 chr10 15057374 . G A 569.23 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=-0.0172612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.522;QD=21.6849;RBI=0.0187685;REFB=0.00176045;REVB=-0.00736928;RO=48;SAF=34;SAR=23;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118039;STB=0.564546;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00162234;OID=.;OPOS=15057374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:48:48:57:57:0.542857:23:34:35:13:23:34:35:13 chr10 15058964 . C T 273.18 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0247447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.176;QD=14.9686;RBI=0.0630688;REFB=-0.0358183;REVB=-0.0580118;RO=41;SAF=20;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383743;STB=0.530786;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0449855;OID=.;OPOS=15058964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:11:20:25:16:11:20:25:17 chr10 15106441 . A G 1728.33 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0083341;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.314;QD=58.095;RBI=0.0250022;REFB=-0.0354533;REVB=0.0235723;RO=3;SAF=67;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437118;STB=0.502302;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.000103269;OID=.;OPOS=15106441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:3:3:116:116:0.97479:49:67:2:1:49:67:2:1 chr10 15255292 . G A 833.14 PASS AF=0.421525;AO=91;DP=221;FAO=94;FDP=223;FR=.;FRO=129;FSAF=65;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=0.0542449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0983;QD=14.9443;RBI=0.0697773;REFB=-0.0151933;REVB=0.0438902;RO=129;SAF=63;SAR=28;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186053;STB=0.607079;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0209069;OID=.;OPOS=15255292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:223:129:129:91:94:0.421525:28:63:68:61:29:65:67:62 chr10 15573050 . A G 2447.83 PASS AF=0.993865;AO=161;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.051425;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.344;QD=60.0695;RBI=0.0823684;REFB=-0.162674;REVB=0.064343;RO=2;SAF=114;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585962;STB=0.505262;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00103076;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:163:2:1:161:162:0.993865:47:114:1:1:47:115:0:1 chr10 15713667 . C G 332.85 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.067;QD=53.2554;RBI=0.0199406;REFB=0;REVB=0.017777;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000513356;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:22:25:1:7:15:0:0:8:17:0:0 chr10 16547058 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.297;QD=60.0751;RBI=0.0178292;REFB=0;REVB=0.00748453;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21795e-05;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:51:56:0:0:51:56:0:0 chr10 16556204 . C CAT 174.56 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0155672;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.037;QD=19.95;RBI=0.0436677;REFB=-0.0149641;REVB=-0.0407986;RO=21;SAF=16;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640146;STB=0.806316;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0148413;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:17:38:18:35:17:16:2:7:10:99:21:16:1:10:11 chr10 16562600 . G A 819.45 PASS AF=0.529032;AO=81;DP=154;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0403129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.887;QD=21.147;RBI=0.0426159;REFB=-0.0100302;REVB=0.0138199;RO=72;SAF=40;SAR=41;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102328;STB=0.554825;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00722247;OID=.;OPOS=16562600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:72:73:81:82:0.529032:41:40:27:45:41:41:28:45 chr10 16796919 . C A 366.64 PASS AF=0.411765;AO=41;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0175363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.365;QD=14.378;RBI=0.0211766;REFB=-0.0144803;REVB=0.0118713;RO=60;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477694;STB=0.519599;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0170682;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:41:42:0.411765:20:21:28:32:21:21:28:32 chr10 16882518 . T C 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0132809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.315;QD=8.89831;RBI=0.0139219;REFB=-0.00691638;REVB=-0.00417581;RO=48;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31353;STB=0.68554;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0121811;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:7:14:19:29:7:14:19:29 chr10 16943371 . G C 767.34 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278546;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.206;QD=63.9452;RBI=0.0360712;REFB=0;REVB=0.0229184;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90631e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:32:16:0:0 chr10 16967401 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.405;QD=57.0007;RBI=0.0328911;REFB=0;REVB=-0.0281641;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157545;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr10 17024503 . G A 1733.53 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.128;QD=59.7768;RBI=0.0367559;REFB=-0.0201426;REVB=-0.0230182;RO=1;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111716;STB=0.505881;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=4.23472e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:42:73:0:1:42:73:0:1 chr10 17024615 . A T 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.529;QD=59.6743;RBI=0.0441158;REFB=0;REVB=0.00274183;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010054;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr10 17113563 . C T 496.82 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00529896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7848;QD=16.5608;RBI=0.0240162;REFB=-0.0133103;REVB=-0.0234244;RO=66;SAF=32;SAR=22;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475997;STB=0.526572;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0159674;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:22:32:36:30:22:32:36:30 chr10 17146590 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0112755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.09;QD=14.6539;RBI=0.0143364;REFB=-0.0487419;REVB=-0.00885422;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.687096;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0215017;OID=.;OPOS=17146590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:7:1:4:4:7:1 chr10 17147521 . G T 288.07 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0528346;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2602;QD=10.5714;RBI=0.0920743;REFB=0.000865669;REVB=-0.0754068;RO=69;SAF=16;SAR=21;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193206;STB=0.501263;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00573693;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:69:72:37:37:0.33945:21:16:31:38:21:16:31:41 chr10 17152994 . G A 429.29 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0110158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.319;QD=19.7376;RBI=0.0162066;REFB=-0.0104717;REVB=-0.0118872;RO=44;SAF=30;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641518;STB=0.535697;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0125306;OID=.;OPOS=17152994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:44:44:43:43:0.494253:13:30:28:16:13:30:28:16 chr10 17156151 . A G 967.62 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.74;QD=58.6436;RBI=0.0196499;REFB=0;REVB=0.0135879;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94514e-07;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:23:42:0:0:23:43:0:0 chr10 17210822 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.243;QD=55.6561;RBI=0.0470574;REFB=0;REVB=0.0462576;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214323;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr10 17243638 . G C 403.72 PASS AF=0.525641;AO=34;DP=72;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0364217;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.202;QD=20.7037;RBI=0.0365656;REFB=-0.0299068;REVB=0.00324075;RO=37;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998571;STB=0.546626;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0247761;OID=.;OPOS=17243638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:37:37:34:41:0.525641:21:13:18:19:26:15:17:20 chr10 17256340 . T A 39.54 PASS AF=0.0940171;AO=12;DP=113;FAO=11;FDP=117;FR=.;FRO=106;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=33;FWDB=0.0656619;FXX=0.0168053;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.6165;QD=1.35192;RBI=0.0656933;REFB=-0.0107147;REVB=-0.00203346;RO=101;SAF=1;SAR=11;SRF=72;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663195;STB=0.944465;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.092242;OID=.;OPOS=17256340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:113:117:101:106:12:11:0.0940171:11:1:72:29:10:1:73:33 chr10 17256343 . TTA T,TTT 381.27 PASS AF=0.652778,0;AO=31,25;DP=127;FAO=47,0;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=42,0;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0652261,-0.150085;FXX=0.181798;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=18.3034,10.4303;QD=21.1815;RBI=0.0936134,0.167276;REFB=-0.185485,0.0618955;REVB=-0.0671494,-0.0738644;RO=52;SAF=31,2;SAR=0,23;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.841224,-0.557282;STB=0.688427,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103876,0;OID=.,.;OPOS=17256344,17256345;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652778,0:31,25:127:47,0:72:25:42,0:5,0:15:10:99:52:31,2:0,23:22:30 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 996.98 PASS AF=0.224,0.768;AO=29,47;DP=125;FAO=28,96;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=0,44;FSAR=28,52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452858,0.862303;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=220.272,10.9669;QD=31.9034;RBI=0.0453886,0.863815;REFB=-0.018308,-0.0385034;REVB=-0.0030528,0.0510859;RO=43;SAF=0,4;SAR=29,43;SRF=37;SRR=6;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.879707,-0.719532;STB=0.5,0.504761;STBP=1,0.524;TYPE=snp,del;VARB=0.0443965,-0.000437663;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.224,0.768:29,47:125:28,96:125:1:0,44:28,52:0:1:99:43:0,4:29,43:37:6 chr10 17432607 . A G 304.37 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0148013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4671;QD=14.8475;RBI=0.0165999;REFB=-0.00464499;REVB=0.00751524;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145285;STB=0.589232;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0069463;OID=.;OPOS=17432607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:22:12:23:24:22:12:24:24 chr10 17891586 . G A 536.1 PASS AF=0.54;AO=42;DP=92;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0158845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.918;QD=21.4438;RBI=0.0315304;REFB=-0.0446994;REVB=0.0272369;RO=46;SAF=12;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136126;STB=0.530292;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0234195;OID=.;OPOS=17891586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:100:46:46:42:54:0.54:30:12:19:27:35:19:19:27 chr10 17891705 . A G 42.63 PASS AF=0.0916031;AO=12;DP=131;FAO=12;FDP=131;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=0.0007723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.148;QD=1.3016;RBI=0.0308163;REFB=0.00171955;REVB=0.0308066;RO=119;SAF=4;SAR=8;SRF=44;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461089;STB=0.536251;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0173153;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:131:131:119:119:12:12:0.0916031:8:4:44:75:8:4:44:75 chr10 17891731 . T C 64.49 PASS AF=0.120968;AO=15;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.0424186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2125;QD=2.08019;RBI=0.042895;REFB=0.000419021;REVB=0.00637537;RO=108;SAF=7;SAR=8;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507535;STB=0.531412;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.00396636;OID=.;OPOS=17891731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:108:109:15:15:0.120968:8:7:46:62:8:7:47:62 chr10 18138639 . A G 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0573197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3472;QD=37.89;RBI=0.0582312;REFB=0.0317328;REVB=0.0102628;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0189157;OID=.;OPOS=18138639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:0:1:8:4:0:1 chr10 18242304 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.756;QD=58.1343;RBI=0.030048;REFB=0;REVB=0.00656385;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014892;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr10 18242311 . A G 109.15 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0208473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0153;QD=14.0839;RBI=0.118246;REFB=-0.0248544;REVB=-0.116394;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0293853;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr10 18254606 . C A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00590775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.967;QD=22.3968;RBI=0.0105601;REFB=-0.0070863;REVB=-0.00875293;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270484;STB=0.515139;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00651657;OID=.;OPOS=18254606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:8:15:17:8:8:15 chr10 18266989 . G A 526.2 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000927369;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.394;QD=60.1372;RBI=0.0130627;REFB=0;REVB=0.0130298;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390042;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 18828371 . C T 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00131564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.666;QD=13.9953;RBI=0.0112451;REFB=-0.00492121;REVB=-0.0111679;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964286;STB=0.502452;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00768736;OID=.;OPOS=18828371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:16:13:18:23:16:13:19:23 chr10 18829981 . A ATGTT 819.48 PASS AF=0.851351;AO=59;DP=76;FAO=63;FDP=74;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0107129;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.085;QD=44.2964;RBI=0.010832;REFB=-0.0446706;REVB=0.00160167;RO=12;SAF=22;SAR=37;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096666;STB=0.536617;STBP=0.139;TYPE=ins;VARB=0.00438088;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851351:59:76:63:74:11:25:38:7:4:57:12:22:37:8:4 chr10 18965160 . G A 320.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0250126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.148;QD=16.0036;RBI=0.0252716;REFB=-0.0210591;REVB=-0.00360833;RO=45;SAF=25;SAR=10;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130267;STB=0.573726;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0250112;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:10:25:27:18:10:25:27:18 chr10 18965960 . G T 940.72 PASS AF=0.480392;AO=97;DP=203;FAO=98;FDP=204;FR=.;FRO=106;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0285017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5646;QD=18.4454;RBI=0.0286805;REFB=0.000401296;REVB=-0.00319788;RO=106;SAF=68;SAR=29;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196526;STB=0.603703;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000620065;OID=.;OPOS=18965960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:106:106:97:98:0.480392:29:68:54:52:30:68:54:52 chr10 19492832 . A C 788.52 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0902519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.88;QD=55.335;RBI=0.090921;REFB=-0.149306;REVB=0.01101;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00071534;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:30:26:0:0:30:26:1:0 chr10 19498278 . G A 1277.51 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.693;QD=61.5667;RBI=0.018439;REFB=0;REVB=0.0114488;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91388e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:40:43:0:0 chr10 19620407 . A C 923.46 PASS AF=0.462264;AO=98;DP=212;FAO=98;FDP=212;FR=.;FRO=114;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0210267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6606;QD=17.4237;RBI=0.0572714;REFB=-0.00279438;REVB=0.0532718;RO=113;SAF=56;SAR=42;SRF=57;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655087;STB=0.534053;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00340109;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:113:114:98:98:0.462264:42:56:57:56:42:56:58:56 chr10 19620439 . A G 956.71 PASS AF=0.467593;AO=100;DP=215;FAO=101;FDP=216;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.00276695;FXX=0.00460808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.761;QD=17.7168;RBI=0.0245823;REFB=-0.00378242;REVB=0.0244261;RO=110;SAF=53;SAR=47;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198915;STB=0.501608;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00444824;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:216:110:115:100:101:0.467593:47:53:56:54:48:53:60:55 chr10 19636869 . G T 350.12 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0255578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.988;QD=28.0099;RBI=0.0401872;REFB=-0.0246436;REVB=-0.031013;RO=20;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16834;STB=0.592532;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0195293;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:14:16:6:14:14:16:6:14 chr10 19641035 . T C 543.28 PASS AF=0.483051;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=118;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00687426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.179;QD=18.4163;RBI=0.0188093;REFB=-0.0164392;REVB=-0.0175081;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705885;STB=0.534747;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0232092;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:60:61:57:57:0.483051:27:30:27:33:27:30:28:33 chr10 19641163 . A T 694.25 PASS AF=0.526718;AO=63;DP=125;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0441905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.254;QD=21.1985;RBI=0.0468033;REFB=-0.0399077;REVB=0.0154191;RO=62;SAF=35;SAR=28;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00816767;STB=0.514484;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0346687;OID=.;OPOS=19641163;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:131:62:62:63:69:0.526718:28:35:35:27:28:41:35:27 chr10 19678286 . C T 1265.45 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.383;QD=61.7295;RBI=0.0414687;REFB=0;REVB=-0.0136055;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70463e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:51:30:0:0:52:30:0:0 chr10 19678449 . A G 272.1 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=-0.023899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.357;QD=9.71781;RBI=0.0263872;REFB=-0.000421943;REVB=-0.0111857;RO=75;SAF=25;SAR=11;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258141;STB=0.646914;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00113605;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:76:36:36:0.321429:11:25:36:39:11:25:37:39 chr10 19678497 . G A 1216.21 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00752408;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.675;QD=60.0599;RBI=0.0184846;REFB=-0.0610984;REVB=0.016884;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0003406;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:34:46:0:0:34:46:1:0 chr10 19778056 . G A 784.62 PASS AF=0.524476;AO=73;DP=140;FAO=75;FDP=143;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.0331788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.373;QD=21.9473;RBI=0.0386348;REFB=0.00416556;REVB=0.0197942;RO=66;SAF=18;SAR=55;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110799;STB=0.558944;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00347287;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:143:66:68:73:75:0.524476:55:18:23:43:56:19:24:44 chr10 19778072 . A G 1541.94 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000799421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.355;QD=57.6427;RBI=0.00947617;REFB=-0.0122377;REVB=0.00944239;RO=1;SAF=34;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137507;STB=0.513886;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=4.57809e-06;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:70:34:1:0:70:35:2:0 chr10 19780543 . C T 187.64 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00567694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.571;QD=12.7213;RBI=0.0104742;REFB=-0.00216013;REVB=-0.00880234;RO=36;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127155;STB=0.573645;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00517729;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:17:6:13:23:17:6:13:23 chr10 19884264 . G A 259.0 PASS AF=0.308943;AO=22;DP=116;FAO=38;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0382458;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.776;QD=8.42284;RBI=0.0426354;REFB=-0.0164928;REVB=-0.0188425;RO=53;SAF=6;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232874;STB=0.558446;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.04281;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:123:53:85:22:38:0.308943:16:6:24:29:17:21:54:31 chr10 19887292 . T G 462.37 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0128803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.356;QD=19.0667;RBI=0.0452349;REFB=-0.0291384;REVB=0.0433624;RO=51;SAF=30;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103354;STB=0.557648;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0269865;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:16:30:28:23:16:30:28:23 chr10 19896830 . C A 697.11 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0086213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.503;QD=52.6123;RBI=0.0110137;REFB=-0.211248;REVB=-0.00685379;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51785;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00178967;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:0:2:51:51:0.962264:27:24:0:0:27:24:0:2 chr10 20357183 . A G 274.75 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0173448;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.823;QD=19.625;RBI=0.0260602;REFB=0.0113091;REVB=0.0194497;RO=27;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154846;STB=0.586406;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00470206;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:11:18:12:15:11:18:12:15 chr10 20534333 . A G 429.48 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00591476;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0397;QD=19.5218;RBI=0.0300169;REFB=0.00165558;REVB=0.0294284;RO=45;SAF=12;SAR=31;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253004;STB=0.64131;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00176089;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:31:12:24:21:31:12:24:21 chr10 21071191 . G C 538.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.344;QD=59.808;RBI=0.0133886;REFB=0;REVB=0.0124128;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88468e-05;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr10 21074344 . A G 1524.5 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281161;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.561;QD=59.7842;RBI=0.097411;REFB=0;REVB=0.0932652;RO=0;SAF=64;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420788;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:38:64:0:0:38:64:0:0 chr10 21074455 . T C 1957.66 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800356;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.653;QD=62.1479;RBI=0.0224407;REFB=0;REVB=0.0209649;RO=0;SAF=86;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.11213e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111444;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:126:126:1:40:86:0:0:40:86:0:0 chr10 21414892 . C G 340.76 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.013816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.599;QD=15.6673;RBI=0.0557322;REFB=-0.0195846;REVB=-0.0539925;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819487;STB=0.54622;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0214728;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:17:20:23:27:17:20:23:27 chr10 21806832 . A C 271.91 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0169347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.206;QD=12.5018;RBI=0.0218135;REFB=-0.0124191;REVB=0.0137494;RO=55;SAF=19;SAR=13;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492073;STB=0.528199;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0251823;OID=.;OPOS=21806832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:13:19:35:20:13:19:35:20 chr10 21806993 . CGTTTTTTTA CGTTTTTA,CGTTTTTT,CGTTTTTTA,CGTTTTTTAA,TACGTTTTTT 257.46 PASS AF=0,0.704545,0.0227273,0,0;AO=5,8,10,2,3;DP=49;FAO=0,31,1,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=0,16,0,0,0;FSAR=0,15,1,0,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0947449,0.146229,-0.178138,-0.350889,-0.00720986;FXX=0.0222173;HRUN=7,7,7,7,1;LEN=2,2,1,1,10;MLLD=13.9006,17.4118,9.75311,8.44819,165.269;QD=23.4053;RBI=0.141694,0.215591,0.271643,0.353198,0.0072241;REFB=0.0900931,0.0415441,0.173884,0.141286,0.0162529;REVB=0.105359,0.158419,0.205077,0.0403181,0.000453334;RO=8;SAF=5,1,8,2,0;SAR=0,7,2,0,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.732891,-0.427785,0.283851,0.590874,-0.660908;STB=0.5,0.518785,0.990896,0.5,0.5;STBP=1,0.715,0.272,1,1;TYPE=del,del,del,snp,mnp;VARB=0,0.0232625,0.0389914,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=21806995,21807001,21806995,21807001,21806993;OREF=TT,TA,T,T,CGTTTTTTTA;OALT=-,-,-,A,TACGTTTTTT;OMAPALT=CGTTTTTA,CGTTTTTT,CGTTTTTTA,CGTTTTTTAA,TACGTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:49:44:8:12:5,8,10,2,3:0,31,1,0,0:0,0.704545,0.0227273,0,0:0,7,2,0,3:5,1,8,2,0:4:4:0,15,1,0,0:0,16,0,0,0:7:5 chr10 21827796 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00127949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.258;QD=20.2458;RBI=0.00786591;REFB=-0.00992577;REVB=0.00776115;RO=33;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750722;STB=0.541539;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.010397;OID=.;OPOS=21827796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:15:21:22:11:15:21:22:11 chr10 21950592 . A G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00582174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4324;QD=22.1884;RBI=0.00634528;REFB=0.0115951;REVB=0.00252386;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104819;STB=0.558767;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0137878;OID=.;OPOS=21950592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:9:12:8:10:9:12:8:10 chr10 22222097 . C CG 49.34 PASS AF=0.176471;AO=10;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.011372;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.7153;QD=3.86958;RBI=0.0605954;REFB=-0.0162357;REVB=-0.0595188;RO=40;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563567;STB=0.867049;STBP=0.028;TYPE=ins;VARB=0.140704;OID=.;OPOS=22222098;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:10:50:9:51:42:8:1:20:22:49:40:9:1:19:21 chr10 22498749 . A T 2062.73 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.513;QD=62.5071;RBI=0.0332088;REFB=0;REVB=0.00693237;RO=0;SAF=87;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016192;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:43:87:0:0:43:89:0:0 chr10 22825596 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.577;QD=44.6898;RBI=0.00742562;REFB=0;REVB=-0.00108321;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161269;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr10 22839628 . T C 385.93 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00010495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.558;QD=14.8435;RBI=0.0106112;REFB=-0.0111542;REVB=-0.0106106;RO=60;SAF=28;SAR=16;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127069;STB=0.571655;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0185316;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:44:44:0.423077:16:28:31:29:16:28:31:29 chr10 23297252 . G A 848.96 PASS AF=0.347973;AO=101;DP=294;FAO=103;FDP=296;FR=.;FRO=193;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=65;FSRR=128;FWDB=0.00792329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8044;QD=11.4725;RBI=0.025972;REFB=-0.0109405;REVB=0.0247339;RO=175;SAF=30;SAR=71;SRF=62;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739138;STB=0.527145;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0236026;OID=.;OPOS=23297252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:296:175:193:101:103:0.347973:71:30:62:113:72:31:65:128 chr10 23482634 . GT G,GC 114.0 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=3,7;DP=10;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310397,0.021107;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=229.628,226.523;QD=41.4555;RBI=0.0408668,0.0222108;REFB=0,0;REVB=0.0265826,0.00691482;RO=0;SAF=2,2;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00270115,-0.0110764;OID=.,.;OPOS=23482635,23482635;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.818182,0.181818:3,7:10:9,2:11:0:3,2:6,0:0:0:9:0:2,2:1,5:0:0 chr10 23482777 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0482539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.812;QD=8.69052;RBI=0.0604042;REFB=0.0123153;REVB=0.036335;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00690571;OID=.;OPOS=23482777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr10 23482991 . AGAT A 298.58 PASS AF=0.330508;AO=37;DP=122;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00410928;FXX=0.0559955;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.522;QD=10.1212;RBI=0.0275802;REFB=-0.0191885;REVB=-0.0272723;RO=62;SAF=27;SAR=10;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237909;STB=0.635688;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0298574;OID=.;OPOS=23482992;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330508:37:122:39:118:79:28:11:42:37:99:62:27:10:33:29 chr10 23556110 . A G 260.42 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00886874;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=108.388;QD=14.4676;RBI=0.0487404;REFB=-0.0415556;REVB=0.0479268;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694935;STB=0.541639;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0487064;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:42:26:30:0.416667:14:12:10:16:15:15:18:24 chr10 23633566 . C A 913.4 PASS AF=0.5;AO=91;DP=182;FAO=91;FDP=182;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0186767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.842;QD=20.0747;RBI=0.0224974;REFB=-0.0328938;REVB=0.0125425;RO=89;SAF=48;SAR=43;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924762;STB=0.544294;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0300918;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:89:91:91:91:0.5:43:48:56:33:43:48:56:35 chr10 24564653 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00918239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.563;QD=7.12545;RBI=0.0131549;REFB=-0.00155556;REVB=0.00941999;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302949;STB=0.699328;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00349401;OID=.;OPOS=24564653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:1:6:12:6:1:6:12:6 chr10 24721946 . A C 202.01 PASS AF=0.555556;AO=21;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0256838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7783;QD=22.4457;RBI=0.059075;REFB=-0.0565602;REVB=0.0531996;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519436;STB=0.522324;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0168502;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:21:20:0.555556:12:9:7:7:11:9:8:8 chr10 24762465 . A G 194.27 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0621845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.015;QD=24.2837;RBI=0.0624058;REFB=0.0118826;REVB=-0.0052502;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683169;STB=0.503813;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00163525;OID=.;OPOS=24762465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:4:9:13:6:4:9 chr10 24832885 . C T 508.65 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.154;QD=56.5169;RBI=0.0476762;REFB=-0.131384;REVB=0.0449753;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00112267;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:0:1:15:20:0:1 chr10 24833137 . C T 743.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.075;QD=63.305;RBI=0.0807903;REFB=0;REVB=0.0146961;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497677;OID=.;OPOS=24833137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:25:19:0:0:25:22:0:0 chr10 24873152 . TA AA,T 77.72 PASS AF=0,1;AO=6,2;DP=10;FAO=0,8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574806,0.183542;FXX=0.110988;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.642,141.329;QD=38.8611;RBI=0.0693359,0.200504;REFB=0,0;REVB=0.0387744,0.0807089;RO=2;SAF=5,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.418591,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0,0.00262167;OID=.,.;OPOS=24873152,24873153;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:10:8:2:0:6,2:0,8:0,1:1,2:5,0:0:2:0,4:0,4:0:0 chr10 24873369 . C G 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0203479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.338;QD=11.1099;RBI=0.0245004;REFB=-0.00410033;REVB=0.0136466;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101413;STB=0.558775;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00665522;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:26:18:12:12:26:18 chr10 24879281 . A G 1073.88 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.942;QD=59.6603;RBI=0.0210178;REFB=0;REVB=0.0105626;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03401e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:30:39:0:0:32:40:0:0 chr10 24908686 . T C 282.99 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0270392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3401;QD=14.8941;RBI=0.0270922;REFB=-0.029575;REVB=0.00169342;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210394;STB=0.618351;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0364336;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:31:13:16:16:31:13 chr10 24929141 . G A 3098.28 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278967;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.894;QD=61.3521;RBI=0.0344692;REFB=-0.014184;REVB=0.0202461;RO=1;SAF=88;SAR=114;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00416003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91991e-05;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:203:202:1:0:202:202:1:114:88:0:1:114:88:0:0 chr10 25312689 . A G 337.36 PASS AF=0.583333;AO=31;DP=57;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00766778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5444;QD=22.4907;RBI=0.0319923;REFB=-0.0441257;REVB=0.0310599;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106162;STB=0.56094;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0251665;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:25:25:31:35:0.583333:20:11:12:13:23:12:12:13 chr10 25313818 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.023037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1862;QD=16.9305;RBI=0.023466;REFB=-0.0156394;REVB=-0.0044667;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352618;STB=0.702376;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0116712;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:3:9:4:8:3:9 chr10 25314637 . G C 545.17 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0202688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.194;QD=17.0365;RBI=0.0234872;REFB=-0.019301;REVB=-0.0118669;RO=69;SAF=41;SAR=17;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328931;STB=0.687022;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136481;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:70:58:58:0.453125:17:41:26:43:17:41:26:44 chr10 25861632 . C T 490.0 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00271858;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4311;QD=15.3126;RBI=0.0315272;REFB=-0.0284261;REVB=-0.0314097;RO=73;SAF=31;SAR=23;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125154;STB=0.566391;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0330246;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:74:54:54:0.421875:23:31:33:40:23:31:34:40 chr10 25891100 . A T 609.92 PASS AF=0.393258;AO=70;DP=176;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.03009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2144;QD=13.7061;RBI=0.0315246;REFB=-0.0407883;REVB=0.00940151;RO=106;SAF=36;SAR=34;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490686;STB=0.511233;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0640011;OID=.;OPOS=25891100;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:106:108:70:70:0.393258:34:36:55:51:35:35:56:52 chr10 26102829 . G A 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00339551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.019;QD=25.8982;RBI=0.00339687;REFB=-0.03784;REVB=-9.62986e-05;RO=21;SAF=7;SAR=21;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12501;STB=0.569568;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0314018;OID=.;OPOS=26102829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:21:7:8:13:21:7:8:13 chr10 26355992 . A G 625.74 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.04557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.772;QD=52.1452;RBI=0.0467991;REFB=-0.0387658;REVB=-0.0106552;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504423;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00135303;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:0:5:43:43:0.895833:24:19:0:0:24:19:2:3 chr10 26357748 . G A 469.11 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526292;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.858;QD=58.6391;RBI=0.0114133;REFB=0;REVB=-0.0101274;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31922e-05;OID=.;OPOS=26357748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr10 26463130 . C A 779.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000986593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.301;QD=63.6405;RBI=0.00777443;REFB=0;REVB=0.00771157;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6109e-05;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr10 26482157 . A G 182.47 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00124142;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.767;QD=17.3778;RBI=0.00771358;REFB=0.000632227;REVB=-0.00761303;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412743;STB=0.737438;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00156215;OID=.;OPOS=26482157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:14:9:15:4:14:9 chr10 26991067 . CG C,CT 249.47 PASS AF=1,0;AO=19,3;DP=23;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562181,-0.0568243;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.1543,7.1591;QD=49.8931;RBI=0.0576675,0.0600063;REFB=0,0;REVB=0.0128475,-0.0192809;RO=0;SAF=8,0;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00231518,0;OID=.,.;OPOS=26991068,26991068;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,3:23:20,0:20:0:9,0:11,0:0:0:4:0:8,0:11,3:0:0 chr10 26991136 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00659164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.761;QD=20.8976;RBI=0.0191622;REFB=-0.00968965;REVB=0.0179928;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348619;STB=0.699532;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0218637;OID=.;OPOS=26991136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:0:4:3:5:0:4 chr10 27303605 . A T 338.4 PASS AF=0.480519;AO=34;DP=72;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00684321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3628;QD=17.5794;RBI=0.0273046;REFB=-0.0860412;REVB=0.0264332;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594784;STB=0.538778;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0668418;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:38:40:34:37:0.480519:14:20:20:18:14:23:22:18 chr10 27317778 . T C 122.31 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00828605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.008;QD=8.43524;RBI=0.0157777;REFB=-0.00356814;REVB=0.0134267;RO=41;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297234;STB=0.677728;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0098344;OID=.;OPOS=27317778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:6:11:16:25:6:11:16:25 chr10 27317840 . C T 96.22 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00539681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0027;QD=6.87288;RBI=0.0288511;REFB=-0.033299;REVB=-0.0283418;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158836;STB=0.605911;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0571125;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:41:42:14:14:0.25:6:8:18:23:6:8:18:24 chr10 27377283 . A T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0158433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.337;QD=14.2419;RBI=0.0165865;REFB=-0.0205115;REVB=0.00490925;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255701;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00906126;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:10:11:17:14:10:12:17:14 chr10 27381349 . T C 262.45 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0164098;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.858;QD=19.0875;RBI=0.0303007;REFB=-0.018145;REVB=0.0254726;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811688;STB=0.545421;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00830426;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:27:27:28:28:0.509091:10:18:15:12:10:18:15:12 chr10 27389197 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.48;QD=60.9774;RBI=0.0233046;REFB=0;REVB=0.0194966;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79087e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr10 27400861 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0416;QD=59.839;RBI=0.0681678;REFB=0;REVB=-0.0430278;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135376;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr10 27434483 . G A 434.04 PASS AF=0.46875;AO=41;DP=94;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0336588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.937;QD=18.0852;RBI=0.0340704;REFB=-0.00222177;REVB=-0.00527981;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1522;STB=0.589918;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00217133;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:51:41:45:0.46875:17:24:22:29:18:27:22:29 chr10 27437964 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0110013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.312;QD=10.4293;RBI=0.0137369;REFB=-0.0162138;REVB=0.00822652;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389175;STB=0.735557;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0338771;OID=.;OPOS=27437964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:11:3:16:14:11:3:16:14 chr10 27442121 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00817832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.14;QD=12.2128;RBI=0.0133354;REFB=-0.0148664;REVB=0.0105332;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158812;STB=0.570619;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0235923;OID=.;OPOS=27442121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:22:13:13:0.371429:4:9:11:9:4:9:13:9 chr10 27443083 . A T 56.01 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0108904;FXX=0.105208;HRUN=8;LEN=1;MLLD=287.565;QD=13.1786;RBI=0.0162986;REFB=-0.0204692;REVB=-0.0121262;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213092;STB=0.726563;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0239945;OID=.;OPOS=27443083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:18:17:7:8:4:6:0.352941:2:2:5:2:4:2:6:2 chr10 27456159 . G A 318.01 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0604065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2469;QD=23.1279;RBI=0.0754929;REFB=-0.0205393;REVB=-0.0452795;RO=22;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122379;STB=0.559962;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0149005;OID=.;OPOS=27456159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:11:21:11:11:11:21:12:11 chr10 27459670 . C T 272.51 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0391045;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.971;QD=23.1925;RBI=0.0411606;REFB=-0.0185036;REVB=-0.0128466;RO=22;SAF=18;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564858;STB=0.531429;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0151976;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:7:18:17:5:7:18:17:5 chr10 27475444 . T C 249.68 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.000440365;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.193;QD=14.906;RBI=0.0177958;REFB=-0.0151224;REVB=0.0177904;RO=38;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910743;STB=0.54249;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0217674;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:28:29:0.432836:12:16:25:13:12:17:25:13 chr10 27475693 . T C 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000841086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.249;QD=10.9519;RBI=0.00230615;REFB=-0.0112806;REVB=0.0021473;RO=46;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209541;STB=0.616278;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.021191;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:8:17:23:23:8:17:24:23 chr10 27508758 . T C 337.69 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.033815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7578;QD=15.1769;RBI=0.0341164;REFB=-0.0265427;REVB=0.00452501;RO=51;SAF=20;SAR=17;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111433;STB=0.5558;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0376621;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:52:37:37:0.41573:17:20:33:18:17:20:33:19 chr10 27538942 . T C 263.86 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.040719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5084;QD=12.8712;RBI=0.0423993;REFB=-0.0138962;REVB=0.0118182;RO=51;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104681;STB=0.569576;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.026544;OID=.;OPOS=27538942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:30:31:0.378049:14:16:32:19:15:16:32:19 chr10 27624494 . G A 566.71 PASS AF=0.483871;AO=57;DP=121;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00853224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2148;QD=18.281;RBI=0.0626189;REFB=-0.015487;REVB=0.0620349;RO=64;SAF=28;SAR=29;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142243;STB=0.589085;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0248722;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:64:64:57:60:0.483871:29:28:41:23:32:28:41:23 chr10 27687225 . A G 524.88 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0015685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.682;QD=24.1322;RBI=0.0183082;REFB=-0.00865691;REVB=0.0182409;RO=38;SAF=30;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390696;STB=0.52489;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00620036;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:38:48:49:0.563218:18:30:22:16:18:31:22:16 chr10 27687775 . T C 1179.87 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.181;QD=58.2652;RBI=0.0187403;REFB=-0.0981342;REVB=0.00732951;RO=2;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337752;STB=0.517853;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00523276;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:27:52:0:2:27:52:0:2 chr10 27687965 . A G 182.06 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.118817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.331;QD=16.5505;RBI=0.119145;REFB=-0.0177652;REVB=0.00884318;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117513;STB=0.512302;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0206144;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:11:7:10:15:11:8:10:15 chr10 27687994 . A G 84.95 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0287061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.968;QD=11.7176;RBI=0.0292499;REFB=-0.00438589;REVB=0.00561376;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0255635;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:8:9:5:6:9:9 chr10 27692279 . A G 424.17 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0108962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.096;QD=15.149;RBI=0.0120669;REFB=-0.0193479;REVB=0.00518497;RO=64;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321501;STB=0.518051;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0201847;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:21:27:34:30:21:27:34:30 chr10 27702624 . G T 106.58 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0114978;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.792;QD=11.2188;RBI=0.0126187;REFB=-0.0204141;REVB=0.0051992;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289633;STB=0.684625;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0289616;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:26:25:13:13:0.342105:3:10:14:12:3:10:13:12 chr10 27794104 . T G 437.26 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00298697;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.257;QD=23.9594;RBI=0.0108486;REFB=0.00798493;REVB=0.0104293;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141149;STB=0.571395;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00619806;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:31:42:42:0.575342:22:20:21:11:22:20:20:11 chr10 28101455 . C A 240.19 PASS AF=0.3;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00158567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4934;QD=8.73434;RBI=0.0267241;REFB=-0.00328086;REVB=-0.026677;RO=77;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248622;STB=0.645199;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00821541;OID=.;OPOS=28101455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:77:77:33:33:0.3:14:19:28:49:14:19:28:49 chr10 28378758 . T C 1105.61 PASS AF=0.962963;AO=76;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00236347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.85;QD=54.5978;RBI=0.00607981;REFB=-0.20713;REVB=0.00560162;RO=5;SAF=38;SAR=38;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582972;STB=0.518068;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00076793;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:81:81:5:3:76:78:0.962963:38:38:5:0:38:40:3:0 chr10 28731618 . T C 417.64 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=0.0225816;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.716;QD=19.4251;RBI=0.0426463;REFB=-0.035151;REVB=0.036177;RO=44;SAF=22;SAR=20;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256203;STB=0.641109;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0447692;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:20:22:35:9:20:22:35:9 chr10 28909298 . TGTT CTGT,TGT,TGTA 679.23 PASS AF=0,0.978723,0;AO=2,42,2;DP=47;FAO=0,46,0;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21,0;FSAR=0,25,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259955,-0.00819495,-0.061488;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,1;MLLD=7.7294,24.6054,5.35317;QD=57.8067;RBI=0.0795064,0.0760495,0.08185;REFB=0.0956137,0.082649,0.129778;REVB=-0.0751365,-0.0756067,-0.0540246;RO=1;SAF=0,21,0;SAR=2,21,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.0218287,-0.697199;STB=0.5,0.511623,0.5;STBP=1,0.313,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.00655491,0;OID=.,.,.;OPOS=28909298,28909300,28909301;OREF=TGT,T,T;OALT=CTG,-,A;OMAPALT=CTGT,TGT,TGTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:47:47:1:1:2,42,2:0,46,0:0,0.978723,0:2,21,2:0,21,0:1:0:0,25,0:0,21,0:1:0 chr10 28970487 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0190001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.153;QD=15.1969;RBI=0.0502409;REFB=-0.0181742;REVB=-0.0465096;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331196;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0280143;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:7:11:9:5:7:11 chr10 28971525 . CTTTT CTTT,CTTTA 218.84 PASS AF=1,0;AO=14,6;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.252875,-0.235368;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.8884,4.56968;QD=36.4733;RBI=0.29562,0.240132;REFB=0,0;REVB=0.153119,0.0475932;RO=0;SAF=10,3;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00635144,0.0616109;OID=.,.;OPOS=28971526,28971529;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,6:24:24,0:24:0:15,0:9,0:0:0:3:0:10,3:4,3:0:0 chr10 29136228 . C G 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00401056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1673;QD=12.8955;RBI=0.0246423;REFB=-0.00773773;REVB=0.0243137;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258883;STB=0.664848;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0143407;OID=.;OPOS=29136228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:9:8:20:8:9:8:22:8 chr10 29163413 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0231381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.911;QD=18.6449;RBI=0.028981;REFB=0.00587031;REVB=-0.0174507;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279836;STB=0.65946;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00485929;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:9:4:9:5:9:4 chr10 29578084 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8241;QD=58.0574;RBI=0.0381607;REFB=0;REVB=-0.036265;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186237;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:1:0:59:61:1:26:33:1:0:27:34:0:0 chr10 29599972 . G A 1449.76 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0106525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.605;QD=57.4162;RBI=0.0106569;REFB=-0.160818;REVB=-0.000305865;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939136;STB=0.509432;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000592035;OID=.;OPOS=29599972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:101:1:2:97:99:0.980198:47:50:1:0:47:52:2:0 chr10 29606197 . C G 797.66 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0222035;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.959;QD=49.8537;RBI=0.0230282;REFB=-0.0415641;REVB=-0.00610779;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.54097;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00316529;OID=.;OPOS=29606197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:64:64:1:5:59:59:0.921875:31:28:1:0:31:28:5:0 chr10 29606270 . A T 807.0 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.726;QD=56.6312;RBI=0.018141;REFB=0;REVB=0.0179819;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91359e-05;OID=.;OPOS=29606270;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:55:57:1:31:24:0:0:31:26:0:0 chr10 29783908 . A G 111.03 PASS AF=0.169355;AO=22;DP=125;FAO=21;FDP=124;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=55;FWDB=0.0341224;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.123;QD=3.58161;RBI=0.0398705;REFB=0.00118887;REVB=-0.0206233;RO=102;SAF=9;SAR=13;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792486;STB=0.531438;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00383801;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:102:103:22:21:0.169355:13:9:48:54:12:9:48:55 chr10 29784072 . G C 820.3 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000629831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.926;QD=55.6133;RBI=0.0580395;REFB=-0.141055;REVB=0.058036;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000620825;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:36:22:0:1:36:22:0:1 chr10 29784114 . T C 815.85 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.187;QD=57.2526;RBI=0.0473412;REFB=0;REVB=0.00464149;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102844;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr10 29822032 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.144;QD=62.9789;RBI=0.109004;REFB=0;REVB=-0.101733;RO=0;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000376187;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:5:40:0:0:5:40:0:0 chr10 30000844 . T G 723.05 PASS AF=0.533835;AO=68;DP=128;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0128558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.627;QD=21.7458;RBI=0.0637773;REFB=-0.00976732;REVB=0.0624681;RO=60;SAF=36;SAR=32;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320082;STB=0.519282;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00948873;OID=.;OPOS=30000844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:60:62:68:71:0.533835:32:36:34:26:35:36:34:28 chr10 30728101 . T C 501.34 PASS AF=0.51;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00755049;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7804;QD=20.0536;RBI=0.0552806;REFB=-0.00541729;REVB=0.0547626;RO=46;SAF=20;SAR=31;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380893;STB=0.528827;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00562777;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:49:51:51:0.51:31:20:20:26:31:20:22:27 chr10 30728250 . A G 668.92 PASS AF=0.5;AO=67;DP=133;FAO=67;FDP=134;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00641064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.554;QD=19.9678;RBI=0.00714652;REFB=-0.0240116;REVB=0.00315855;RO=66;SAF=25;SAR=42;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223731;STB=0.619821;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0161699;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:66:67:67:67:0.5:42:25:41:25:42:25:41:26 chr10 30918549 . G C 643.51 PASS AF=0.492537;AO=63;DP=132;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=0.00194552;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.031;QD=19.2092;RBI=0.0119599;REFB=-0.0102641;REVB=-0.0118006;RO=68;SAF=30;SAR=33;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228026;STB=0.611908;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00786506;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:68:68:63:66:0.492537:33:30:49:19:33:33:49:19 chr10 30918597 . T C 192.16 PASS AF=0.264151;AO=28;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0115333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3772;QD=7.25118;RBI=0.0235111;REFB=0.0202918;REVB=-0.020488;RO=78;SAF=10;SAR=18;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252469;STB=0.651367;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0549117;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:78:78:28:28:0.264151:18:10:44:34:18:10:44:34 chr10 30989188 . G C 1048.5 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740189;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.095;QD=59.9142;RBI=0.0741488;REFB=0;REVB=0.00438755;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60437e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:45:24:0:0:45:25:0:0 chr10 30993404 . G A 330.79 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0700981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7168;QD=15.9415;RBI=0.0784783;REFB=-0.00164824;REVB=0.0352859;RO=47;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952985;STB=0.553722;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00312297;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:21:15:24:23:21:15:24:23 chr10 30993448 . G A 478.06 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0247757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.146;QD=19.7138;RBI=0.0253986;REFB=-0.0243479;REVB=-0.00559061;RO=49;SAF=19;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117508;STB=0.570639;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0354797;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:50:47:47:0.484536:28:19:26:23:28:19:27:23 chr10 31001494 . A C 348.81 PASS AF=0.514286;AO=25;DP=71;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0184665;FXX=0.0140825;HRUN=7;LEN=1;MLLD=93.9933;QD=19.9319;RBI=0.0189268;REFB=-0.0153341;REVB=0.00414867;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238815;STB=0.610104;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0211492;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:21:34:25:36:0.514286:9:16:14:7:9:27:19:15 chr10 32045045 . A C 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0291636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.786;QD=16.1065;RBI=0.0320161;REFB=-0.0226581;REVB=0.0132103;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276089;STB=0.658497;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0349151;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:8:14:6:11:8:14 chr10 32103251 . C A 70.32 PASS AF=0.125984;AO=16;DP=127;FAO=16;FDP=127;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=61;FSRR=50;FWDB=0.00720596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.578;QD=2.21481;RBI=0.00951243;REFB=-0.00286699;REVB=-0.00620971;RO=110;SAF=13;SAR=3;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349882;STB=0.755964;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0172801;OID=.;OPOS=32103251;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:127:127:110:111:16:16:0.125984:3:13:61:49:3:13:61:50 chr10 32345710 . G A 2879.94 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653595;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4825;QD=62.9494;RBI=0.0247714;REFB=0;REVB=-0.0238936;RO=0;SAF=95;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104576;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:183:0:0:183:183:1:88:95:0:0:88:95:0:0 chr10 32635834 . GT AT,G 591.82 PASS AF=0.637931,0.241379;AO=33,13;DP=54;FAO=37,14;FDP=58;FR=.;FRO=7;FSAF=18,0;FSAR=19,14;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0269023,-0.123464;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=113.35,17.8819;QD=40.8154;RBI=0.0469869,0.167041;REFB=-0.0482626,-0.0827729;REVB=-0.0385231,-0.112514;RO=6;SAF=16,1;SAR=17,12;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.146732,-0.652727;STB=0.581352,0.999046;STBP=0.03,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0171268,0.031116;OID=.,.;OPOS=32635834,32635835;OREF=G,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:54:58:6:7:33,13:37,14:0.637931,0.241379:17,12:16,1:6:0:19,14:18,0:7:0 chr10 32751965 . T C 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0102032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.061;QD=12.5642;RBI=0.0622225;REFB=-0.0131583;REVB=0.0613802;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271854;STB=0.654547;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0255489;OID=.;OPOS=32751965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:15:13:33:13:15:13:33:13 chr10 32974969 . A G 423.82 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0720651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9555;QD=52.9778;RBI=0.0874315;REFB=-0.0581154;REVB=0.0495065;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00455475;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:30:31:0.96875:7:23:0:0:7:24:1:0 chr10 33018351 . G A,C 1666.51 PASS AF=0.0267857,0.973214;AO=5,107;DP=112;FAO=3,109;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=3,55;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156139,0.00795559;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.006,236.656;QD=59.518;RBI=0.0156251,0.00871639;REFB=0,0;REVB=-0.000593561,0.00356146;RO=0;SAF=5,53;SAR=0,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.66183e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0956391,-0.00129227;OID=.,.;OPOS=33018351,33018351;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:112:112:0:0:5,107:3,109:0.0267857,0.973214:0,54:5,53:0:0:0,54:3,55:0:0 chr10 33123824 . G C 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.299;QD=57.3935;RBI=0.0239879;REFB=0.00552678;REVB=0.0054779;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=3.60024e-05;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:1:0 chr10 33143396 . G A 855.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477035;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2854;QD=57.9767;RBI=0.0507032;REFB=0;REVB=-0.0171812;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222855;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr10 33190285 . G A 30.32 PASS AF=0.113208;AO=5;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0342042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.272;QD=2.28851;RBI=0.0668737;REFB=-0.00844786;REVB=-0.0574645;RO=46;SAF=2;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205775;STB=0.706654;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0813108;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:52:53:46:47:5:6:0.113208:3:2:27:19:4:2:27:20 chr10 33190567 . C A 78.67 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00976138;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.909;QD=8.99056;RBI=0.00997286;REFB=-0.00571665;REVB=0.00204286;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295147;STB=0.639731;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0106918;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:34:35:24:24:10:11:0.314286:2:8:14:10:3:8:13:11 chr10 33209266 . G T 413.7 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.00263068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.069;QD=16.384;RBI=0.0282939;REFB=-0.0064528;REVB=-0.0281713;RO=56;SAF=26;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168269;STB=0.50413;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00717472;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:18:26:34:22:18:27:34:22 chr10 33211227 . T G 243.96 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0183766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5759;QD=13.011;RBI=0.0874424;REFB=-0.0116077;REVB=0.0854896;RO=46;SAF=12;SAR=17;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339069;STB=0.691914;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190762;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:17:12:34:12:17:12:34:12 chr10 33214802 . A G 283.83 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0158148;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6736;QD=17.739;RBI=0.0167374;REFB=-0.018023;REVB=-0.00548012;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330593;STB=0.518507;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0335218;OID=.;OPOS=33214802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:33:31:31:0.484375:18:13:15:18:18:13:15:18 chr10 33217110 . G A 374.36 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0131816;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.138;QD=20.5131;RBI=0.0353324;REFB=-0.0424472;REVB=-0.0327814;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618152;STB=0.534229;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0397075;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:20:15:19:19:20:15 chr10 33468014 . T C 167.58 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0223837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.011;QD=15.589;RBI=0.0419985;REFB=-0.0107939;REVB=0.0355366;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404499;STB=0.734531;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0162276;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:14:4:15:10:14:4:15:10 chr10 33468456 . C T 372.98 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0536969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4737;QD=20.4373;RBI=0.0606062;REFB=0.00330433;REVB=0.0281025;RO=34;SAF=8;SAR=30;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449115;STB=0.755584;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00208284;OID=.;OPOS=33468456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:30:8:24:10:30:8:25:10 chr10 33469181 . A G 173.71 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.007827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.16;QD=12.8675;RBI=0.0194765;REFB=-0.0262017;REVB=-0.0178346;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24347;STB=0.618934;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0369571;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:7:13:14:19:8:13:14:19 chr10 33552695 . CA CG,TG 1453.6 PASS AF=0.425743,0.574257;AO=43,60;DP=103;FAO=43,58;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=25,27;FSAR=18,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321059,-0.0105556;FXX=0.0194156;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=59.5247,296.449;QD=57.5683;RBI=0.0439333,0.011153;REFB=0,0;REVB=0.0299891,-0.00360141;RO=0;SAF=25,29;SAR=18,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.65211e-08,-5.73709e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0140897,0.00109718;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:103:101:0:0:43,60:43,58:0.425743,0.574257:18,31:25,29:0:0:18,31:25,27:0:0 chr10 33577361 . G A 672.16 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0544782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1146;QD=24.8946;RBI=0.0580829;REFB=-0.00856652;REVB=-0.0201432;RO=44;SAF=31;SAR=33;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965188;STB=0.552524;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00423143;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:44:44:64:64:0.592593:33:31:27:17:33:31:27:17 chr10 33623251 . G A 75.8 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00412991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7292;QD=12.1274;RBI=0.101757;REFB=-0.0196614;REVB=0.101673;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.567444;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0413773;OID=.;OPOS=33623251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:2:13:8:2:2:13 chr10 34688287 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6634;QD=57.7081;RBI=0.0360161;REFB=0;REVB=-0.0336465;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015608;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr10 35302705 . C T 118.33 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0319072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.242;QD=12.7921;RBI=0.0325513;REFB=-0.0155253;REVB=0.00644331;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434355;STB=0.756702;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0282711;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:9:14:3:11:9:14 chr10 35321414 . C T 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00985335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.382;QD=11.8415;RBI=0.0270406;REFB=-0.00278744;REVB=-0.0251814;RO=39;SAF=18;SAR=5;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280484;STB=0.664273;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00414379;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:5:18:22:17:5:18:22:17 chr10 35338699 . G A 189.91 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00418125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.493;QD=11.338;RBI=0.007461;REFB=-0.00126439;REVB=-0.0061793;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034487;STB=0.513822;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00217326;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:9:15:25:17:9:15:26:17 chr10 35362977 . A G 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0327877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.285;QD=11.7411;RBI=0.0572817;REFB=-0.00994811;REVB=-0.0469698;RO=36;SAF=18;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445383;STB=0.76404;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.025427;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:3:18:19:17:3:18:19:17 chr10 35426755 . A G 494.39 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0314545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.571;QD=20.5995;RBI=0.0315868;REFB=-0.00866257;REVB=0.00288817;RO=48;SAF=23;SAR=25;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112559;STB=0.562258;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00932801;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:25:23:29:19:25:23:29:19 chr10 35464778 . C T 426.88 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000557148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.243;QD=21.8915;RBI=0.00348405;REFB=-0.00177601;REVB=-0.00343921;RO=35;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871606;STB=0.555957;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0013515;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:15:27:19:16:15:27:19:17 chr10 35464839 . T TA 328.35 PASS AF=0.504587;AO=27;DP=111;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=0.0813979;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7452;QD=12.0494;RBI=0.0826244;REFB=-0.00374177;REVB=-0.0141836;RO=81;SAF=7;SAR=20;SRF=63;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582179;STB=0.534871;STBP=0.522;TYPE=ins;VARB=-0.000907945;OID=.;OPOS=35464840;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504587:27:111:55:109:54:33:22:36:18:99:81:7:20:63:18 chr10 35772402 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0174667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.455;QD=13.9483;RBI=0.0310241;REFB=-0.0341678;REVB=-0.02564;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263919;STB=0.652569;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0401425;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:18:9:10:7:18:9 chr10 35896957 . G A 59.84 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00125577;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.952;QD=14.0809;RBI=0.0239145;REFB=-0.0102825;REVB=0.0238815;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0124308;OID=.;OPOS=35896957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:4:5:3:5:4:5 chr10 35897233 . GC CG,G 31.57 PASS AF=0.12,0.16;AO=3,3;DP=26;FAO=3,4;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=3,2;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0708382,0.0715413;FXX=0.0384468;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=21.9841,9.76299;QD=5.05141;RBI=0.114127,0.170734;REFB=-0.0245251,-0.0321686;REVB=0.0894816,0.155022;RO=13;SAF=0,3;SAR=3,0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844812,0;STB=0.998726,0.862775;STBP=0.002,0.569;TYPE=mnp,del;VARB=0.088086,0.0487915;OID=.,.;OPOS=35897233,35897234;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:26:25:13:18:3,3:3,4:0.12,0.16:3,0:0,3:13:0:3,2:0,2:17:1 chr10 35929131 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0137981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.227;QD=14.7986;RBI=0.0309095;REFB=-0.00303619;REVB=0.0276588;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363201;STB=0.709789;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00316061;OID=.;OPOS=35929131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:3:10:4:7:3:10 chr10 36723415 . C A 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0222167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.046;QD=9.23643;RBI=0.0416145;REFB=0.00133538;REVB=-0.0351878;RO=54;SAF=12;SAR=13;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216922;STB=0.616561;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00333431;OID=.;OPOS=36723415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:57:25:25:0.304878:13:12:36:18:13:12:37:20 chr10 36727643 . A C 232.22 PASS AF=0.235294;AO=34;DP=146;FAO=36;FDP=153;FR=.;FRO=117;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=0.0350205;FXX=0.00649309;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.5586;QD=6.07109;RBI=0.0454092;REFB=-0.0108871;REVB=0.0289061;RO=112;SAF=23;SAR=11;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129646;STB=0.581115;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0311902;OID=.;OPOS=36727643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:153:112:117:34:36:0.235294:11:23:65:47:11:25:70:47 chr10 36812362 . C T 2220.78 PASS AF=0.974026;AO=149;DP=154;FAO=150;FDP=154;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0143665;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5603;QD=57.6826;RBI=0.0176861;REFB=-0.00122946;REVB=-0.0103151;RO=4;SAF=91;SAR=58;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187657;STB=0.509902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=5.29538e-07;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:154:154:4:4:149:150:0.974026:58:91:1:3:58:92:1:3 chr10 37447358 . T G 415.03 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00531145;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.935;QD=16.7689;RBI=0.0185292;REFB=-0.0108808;REVB=0.0177517;RO=56;SAF=17;SAR=26;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3131;STB=0.674786;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0151265;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:56:43:43:0.434343:26:17:40:16:26:17:40:16 chr10 37488689 . G C 609.61 PASS AF=0.488372;AO=62;DP=127;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0258229;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.241;QD=18.9028;RBI=0.02636;REFB=-0.0306074;REVB=0.00529406;RO=64;SAF=24;SAR=38;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162799;STB=0.593089;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0225299;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:64:66:62:63:0.488372:38:24:36:28:39:24:37:29 chr10 37505141 . G A 164.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0618649;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.464;QD=12.3852;RBI=0.0650535;REFB=-0.0225347;REVB=-0.0201169;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723132;STB=0.542125;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0267267;OID=.;OPOS=37505141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:23:10:5:15:23:10 chr10 37505192 . C T 279.6 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0067284;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.007;QD=15.5335;RBI=0.0071245;REFB=-0.0183232;REVB=0.00234245;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295054;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247211;OID=.;OPOS=37505192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:40:31:32:0.444444:12:19:25:14:12:20:25:15 chr10 37508450 . A C 300.4 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0539264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.721;QD=30.81;RBI=0.0550527;REFB=0.00250213;REVB=0.0110791;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142421;STB=0.578252;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00111148;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:10:16:5:8:10:16:5:8 chr10 37890955 . G A 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00341419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.671;QD=10.1403;RBI=0.0203644;REFB=-0.00639823;REVB=-0.0200762;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214241;STB=0.629409;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00924957;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:12:13:4:8:12:13 chr10 37891465 . G T 144.04 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0556794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3172;QD=15.1622;RBI=0.0802477;REFB=0.0261264;REVB=0.0577884;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.571343;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0588596;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:15:7:7:9:15:7 chr10 37891576 . G A 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00472324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1606;QD=12.8336;RBI=0.049817;REFB=0.00562048;REVB=0.0495925;RO=48;SAF=22;SAR=8;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184259;STB=0.601491;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00804462;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:30:30:0.379747:8:22:28:20:8:22:29:20 chr10 38344700 . C G 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0165702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.518;QD=14.903;RBI=0.026529;REFB=0.00200858;REVB=-0.0207176;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907633;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00318479;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:18:16:12:14:18:16 chr10 38407162 . GAAAACCTT GAAAAC,GAAACCTT 98.02 PASS AF=0.369565,0;AO=15,6;DP=47;FAO=17,0;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=12,0;FSAR=5,0;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0178142,-0.201191;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=3,1;MLLD=202.812,16.9918;QD=8.52305;RBI=0.0214649,0.221668;REFB=-0.0159596,-0.0489249;REVB=-0.0119748,0.0930526;RO=23;SAF=11,5;SAR=4,1;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.407642;SSSB=-0.00771969,0.164016;STB=0.569956,0.5;STBP=0.575,1;TYPE=del,del;VARB=0.0161319,0.0359445;OID=.,.;OPOS=38407168,38407163;OREF=CTT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAC,GAAACCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565,0:15,6:47:17,0:46:29:12,0:5,0:23:6:97:23:11,5:4,1:17:6 chr10 38407519 . A G 208.75 PASS AF=0.75;AO=16;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0159813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.408;QD=34.7922;RBI=0.0374466;REFB=-0.0171872;REVB=0.0338651;RO=5;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114293;STB=0.502535;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00544746;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:24:5:5:16:18:0.75:10:6:2:3:11:7:2:3 chr10 38645403 . T C 515.9 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.00383338;FXX=0.00757518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.252;QD=15.7527;RBI=0.0314773;REFB=-0.024902;REVB=-0.031243;RO=75;SAF=33;SAR=23;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2053;STB=0.614866;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0351633;OID=.;OPOS=38645403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:75:75:56:56:0.427481:23:33:29:46:23:33:29:46 chr10 38672144 . A C 533.07 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0208094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6412;QD=23.1771;RBI=0.0209369;REFB=-0.00910364;REVB=-0.00230643;RO=42;SAF=34;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237184;STB=0.630715;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00863358;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:16:34:17:25:16:34:17:25 chr10 38740000 . T C 175.62 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.105186;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8747;QD=18.9854;RBI=0.105221;REFB=0.0107813;REVB=0.0027128;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172565;STB=0.568786;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0109927;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:19:18:18:0.486486:8:10:6:11:8:10:8:11 chr10 38740029 . C T 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0355979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.18;QD=19.5217;RBI=0.0382304;REFB=-0.0213568;REVB=-0.0139409;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135393;STB=0.576816;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0189809;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:4:8:7:7:4:8 chr10 38740050 . C T 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00778013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.568;QD=16.4242;RBI=0.0239716;REFB=0.0200653;REVB=0.0226739;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0130216;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:3:8:6:5:3:8 chr10 38740353 . T C 167.45 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0850687;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0994;QD=6.50306;RBI=0.0871967;REFB=-0.00287817;REVB=-0.0191461;RO=77;SAF=17;SAR=8;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127694;STB=0.584172;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0159366;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:77:78:25:25:0.242718:8:17:45:32:8:17:45:33 chr10 38740382 . T C 277.23 PASS AF=0.313559;AO=37;DP=118;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0128255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.92;QD=9.39754;RBI=0.0316228;REFB=-0.0160621;REVB=-0.0289052;RO=77;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14814;STB=0.578104;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0329781;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:81:37:37:0.313559:15:22:36:41:15:22:39:42 chr10 38740546 . G T 340.51 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00532985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.705;QD=20.9542;RBI=0.00881143;REFB=-0.0461348;REVB=-0.00701669;RO=29;SAF=10;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993969;STB=0.510863;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0365063;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:25:10:8:21:25:10:8:22 chr10 38740590 . A G 174.72 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.068086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5614;QD=21.1782;RBI=0.0733917;REFB=-0.000342557;REVB=-0.0273976;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259151;STB=0.649862;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00101861;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:12:5:1:14:12:6:1:14 chr10 42965636 . C T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0100792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5099;QD=13.4161;RBI=0.0305612;REFB=-0.00128866;REVB=-0.0288513;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09529;STB=0.554334;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00469002;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:13:24:14:11:13:24 chr10 43089965 . G A 1235.99 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.026;QD=61.0367;RBI=0.032338;REFB=0;REVB=-0.0156552;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294766;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:33:47:0:0:34:47:0:0 chr10 43281089 . T C 1190.61 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.457;QD=61.0571;RBI=0.043873;REFB=0;REVB=0.0120839;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.89294e-05;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:40:38:0:0 chr10 43289407 . G A 500.85 PASS AF=0.51;AO=50;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0106525;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.199;QD=20.034;RBI=0.0127654;REFB=-0.0112284;REVB=-0.00703429;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010392;STB=0.501399;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0123949;OID=.;OPOS=43289407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:49:49:50:51:0.51:22:28:28:21:22:29:28:21 chr10 43312807 . C T 713.98 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=138;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.00927064;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.111;QD=20.846;RBI=0.0107448;REFB=-0.0202005;REVB=0.00543202;RO=64;SAF=28;SAR=42;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371252;STB=0.506096;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0205056;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:64:67:70:70:0.510949:42:28:23:41:42:28:26:41 chr10 43595968 . A G 2218.92 PASS AF=0.992958;AO=138;DP=139;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.044701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7751;QD=62.5046;RBI=0.0596402;REFB=-0.00797263;REVB=0.0394814;RO=1;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748681;STB=0.503936;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000226495;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:142:1:1:138:141:0.992958:63:75:0:1:63:78:0:1 chr10 43606687 . A G 1118.87 PASS AF=0.418919;AO=120;DP=292;FAO=124;FDP=296;FR=.;FRO=172;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=86;FSRR=86;FWDB=-0.00399682;FXX=0.0358295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.134;QD=15.1199;RBI=0.00505479;REFB=-0.00590181;REVB=-0.00309456;RO=166;SAF=52;SAR=68;SRF=80;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510852;STB=0.528223;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00889089;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:296:166:172:120:124:0.418919:68:52:80:86:68:56:86:86 chr10 43606856 . G A 379.35 PASS AF=0.425743;AO=38;DP=105;FAO=43;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0159232;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.148;QD=15.0236;RBI=0.0173014;REFB=-0.0266561;REVB=-0.00676697;RO=46;SAF=23;SAR=15;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714934;STB=0.507311;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0423973;OID=.;OPOS=43606856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:46:58:38:43:0.425743:15:23:31:15:18:25:33:25 chr10 43613843 . G T 1028.15 PASS AF=0.475556;AO=91;DP=210;FAO=107;FDP=225;FR=.;FRO=118;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0521964;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.116;QD=18.2783;RBI=0.0526872;REFB=-0.0516026;REVB=0.00717461;RO=118;SAF=33;SAR=58;SRF=54;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100789;STB=0.515305;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0556019;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:225:118:118:91:107:0.475556:58:33:54:64:62:45:53:65 chr10 43690189 . G A 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.032902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.385;QD=59.6659;RBI=0.03574;REFB=0.0198105;REVB=0.0139572;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-5.41256e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:50:64:0:0:50:64:0:1 chr10 43691691 . C T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0403455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5018;QD=9.53606;RBI=0.0499321;REFB=0.005446;REVB=-0.0294187;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286964;STB=0.675744;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0117735;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:14:13:3:9:14:13 chr10 43837352 . A G,T 583.27 PASS AF=0.95,0.05;AO=36,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632634,-0.00708395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.408,197.373;QD=58.3265;RBI=0.0253699,0.0144485;REFB=0,0;REVB=0.0245685,0.0125928;RO=1;SAF=23,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0346393,0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00386128,0.0148711;OID=.,.;OPOS=43837352,43837352;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:40:1:0:36,2:38,2:0.95,0.05:13,0:23,2:0:1:15,0:23,2:0:0 chr10 43978087 . A G 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4369;QD=57.8224;RBI=0.0274638;REFB=-0.127208;REVB=0.0108735;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00625026;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:1:0:17:21:1:0 chr10 44052903 . A C 691.53 PASS AF=1;AO=29;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.784;QD=53.1947;RBI=0.0875695;REFB=0;REVB=0.0178619;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386384;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:29:52:1:20:9:0:0:21:31:0:0 chr10 44053013 . G C 804.4 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.816;QD=64.3523;RBI=0.0181585;REFB=0;REVB=-0.000437897;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12623e-05;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr10 44053585 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.402;QD=59.8394;RBI=0.0387396;REFB=0;REVB=-0.00247927;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41462e-05;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr10 44285777 . T C 1098.25 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00143603;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0425;QD=58.5735;RBI=0.00600631;REFB=-0.0550778;REVB=0.00583211;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.512817;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=2.09753e-05;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:73:74:0.986667:18:55:0:0:19:55:0:1 chr10 44788299 . C CT 114.76 PASS AF=1;AO=4;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.053;QD=41.731;RBI=0.0637879;REFB=0;REVB=0.0637879;RO=8;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000430323;OID=.;OPOS=44788300;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:12:11:11:0:0:11:0:0:4:8:0:4:0:8 chr10 44788300 . C T 42.01 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=31;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8739;QD=4.42192;RBI=0.0924453;REFB=-0.0713577;REVB=0.0924453;RO=31;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0432769;OID=.;OPOS=44788300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:31:31:7:7:0.184211:7:0:0:31:7:0:0:31 chr10 44788758 . G A 618.44 PASS AF=0.463768;AO=60;DP=136;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00310867;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.267;QD=17.9258;RBI=0.0612742;REFB=-0.00201409;REVB=0.0611953;RO=74;SAF=28;SAR=32;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112962;STB=0.559999;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00451211;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:74:74:60:64:0.463768:32:28:43:31:34:30:43:31 chr10 44793299 . C T 295.63 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00879347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.791;QD=17.9171;RBI=0.00882437;REFB=-0.0321251;REVB=-0.00073785;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308086;STB=0.517231;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0194275;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:18:14:16:18:18:14:16:18 chr10 45430462 . C T 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0136017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.822;QD=22.5292;RBI=0.0169503;REFB=-0.0256745;REVB=-0.0101146;RO=31;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355198;STB=0.702176;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0236986;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:32:40:40:0.555556:29:11:22:9:29:11:23:9 chr10 45467099 . C T 933.05 PASS AF=0.57931;AO=84;DP=145;FAO=84;FDP=145;FR=.;FRO=61;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0159411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.124;QD=25.7394;RBI=0.0167806;REFB=-0.0214332;REVB=-0.00524137;RO=60;SAF=47;SAR=37;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185534;STB=0.513113;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0186649;OID=.;OPOS=45467099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:60:61:84:84:0.57931:37:47:35:25:37:47:36:25 chr10 45478092 . A G 284.95 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0461972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.118;QD=20.3534;RBI=0.0492999;REFB=-0.00818115;REVB=-0.0172134;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157159;STB=0.593161;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00745576;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:26:26:29:30:0.535714:16:13:7:19:16:14:7:19 chr10 45479434 . G A 489.57 PASS AF=0.457627;AO=53;DP=117;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=14;FWDB=-0.0326955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.399;QD=16.5958;RBI=0.0334665;REFB=-0.0387964;REVB=0.00714207;RO=64;SAF=39;SAR=14;SRF=50;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592487;STB=0.529401;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0399313;OID=.;OPOS=45479434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:64:53:54:0.457627:14:39:50:14:14:40:50:14 chr10 45496120 . A T 471.75 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0156759;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.1329;QD=17.6353;RBI=0.0757914;REFB=-0.0307718;REVB=0.0741525;RO=49;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628121;STB=0.54204;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0301658;OID=.;OPOS=45496120;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:49:55:52:52:0.485981:26:26:21:28:26:26:23:32 chr10 45499799 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0229914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0236;QD=19.646;RBI=0.0413117;REFB=0.0255037;REVB=0.0343228;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458767;STB=0.765433;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0119985;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:2:9:2:6:2:9:2:6 chr10 45499897 . A AAAAATT,AAAATT 68.56 PASS AF=0.368421,0.105263;AO=5,4;DP=27;FAO=7,2;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=2,2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0110167,-0.018501;FXX=0.049975;HRUN=6,6;LEN=6,5;MLLD=301.557,301.904;QD=14.433;RBI=0.030701,0.0342073;REFB=-0.0166922,-0.0184627;REVB=-0.0286563,-0.0287724;RO=17;SAF=3,2;SAR=2,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0819252,-0.0333506;STB=0.689101,0.993382;STBP=0.26,0.295;TYPE=ins,ins;VARB=0.0248035,0.0123311;OID=.,.;OPOS=45499898,45499898;OREF=-,-;OALT=AAAATT,AAATT;OMAPALT=AAAAATT,AAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.105263:5,4:27:7,2:19:10:5,0:2,2:4:6:38:17:3,2:2,2:9:8 chr10 45499974 . A G 72.92 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-4.73267e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6185;QD=20.8354;RBI=0.0318539;REFB=-0.00507843;REVB=0.0318538;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00472967;OID=.;OPOS=45499974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:2:3:3:6:2:3 chr10 45500221 . A G 577.37 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0422991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.146;QD=26.8542;RBI=0.0431492;REFB=-0.0245555;REVB=0.00852315;RO=33;SAF=30;SAR=22;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000850341;STB=0.50731;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0181447;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:34:52:52:0.604651:22:30:19:14:22:30:19:15 chr10 45878050 . G A 261.81 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0192883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2235;QD=15.4005;RBI=0.0317392;REFB=-0.000979201;REVB=-0.025206;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143156;STB=0.597871;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000262285;OID=.;OPOS=45878050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:38:29:30:0.441176:10:19:18:17:10:20:19:19 chr10 45953767 . A G 571.03 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=130;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.00108975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.321;QD=17.5702;RBI=0.0253342;REFB=-0.0168091;REVB=0.0253107;RO=69;SAF=28;SAR=32;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163701;STB=0.58653;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0128986;OID=.;OPOS=45953767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:69:70:60:60:0.461538:32:28:44:25:32:28:44:26 chr10 46923700 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0277336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.607;QD=10.0339;RBI=0.0289041;REFB=0.0148171;REVB=0.00814211;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0175551;OID=.;OPOS=46923700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr10 46965727 . G A 169.51 PASS AF=0.25;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0303896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.645;QD=7.0627;RBI=0.0485163;REFB=-0.0137888;REVB=-0.0378194;RO=72;SAF=12;SAR=12;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172711;STB=0.604084;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0665341;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:72:72:24:24:0.25:12:12:46:26:12:12:46:26 chr10 46967483 . T C 129.96 PASS AF=0.135135;AO=30;DP=220;FAO=30;FDP=222;FR=.;FRO=192;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=107;FSRR=85;FWDB=-0.027503;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.952;QD=2.34166;RBI=0.0423079;REFB=-0.0071196;REVB=-0.0321487;RO=187;SAF=18;SAR=12;SRF=106;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432812;STB=0.537867;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0585878;OID=.;OPOS=46967483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:187:192:30:30:0.135135:12:18:106:81:12:18:107:85 chr10 46967672 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.016302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.861;QD=18.498;RBI=0.0296871;REFB=-0.0140952;REVB=0.0248106;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835679;STB=0.536959;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00894943;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:14:13:15:11:14:13:15:12 chr10 46970792 . G C 101.91 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0174115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.26;QD=8.86146;RBI=0.02016;REFB=-0.018519;REVB=0.010162;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299549;STB=0.692012;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0379291;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:9:4:18:14:9:4:19:14 chr10 46998894 . G A 605.71 PASS AF=0.512195;AO=59;DP=125;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00508161;FXX=0.046508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9367;QD=19.6979;RBI=0.0952792;REFB=-0.0382522;REVB=0.0951436;RO=54;SAF=32;SAR=27;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126716;STB=0.563988;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0414606;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:54:60:59:63:0.512195:27:32:37:17:28:35:41:19 chr10 46998995 . C G 702.48 PASS AF=0.483871;AO=72;DP=153;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0210788;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.211;QD=18.1285;RBI=0.0414304;REFB=-0.0541274;REVB=0.0356674;RO=79;SAF=36;SAR=36;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041898;STB=0.536073;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.042697;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:79:80:72:75:0.483871:36:36:36:43:36:39:36:44 chr10 46998999 . G A 745.44 PASS AF=0.496774;AO=77;DP=155;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0743406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7242;QD=19.2373;RBI=0.0756476;REFB=-0.00882041;REVB=0.0140014;RO=77;SAF=36;SAR=41;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589506;STB=0.529246;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0179454;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:77:78:77:77:0.496774:41:36:41:36:41:36:41:37 chr10 46999019 . G A 540.75 PASS AF=0.464;AO=56;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0040073;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8124;QD=17.3039;RBI=0.0370541;REFB=-0.0383533;REVB=0.0368368;RO=67;SAF=32;SAR=24;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338488;STB=0.507792;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0349556;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:67:67:56:58:0.464:24:32:36:31:26:32:36:31 chr10 46999030 . C T 587.95 PASS AF=0.508475;AO=59;DP=117;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00779085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.948;QD=19.9304;RBI=0.0278996;REFB=-0.0501843;REVB=0.0267898;RO=57;SAF=35;SAR=24;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609282;STB=0.524487;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0462686;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:58:59:60:0.508475:24:35:30:27:25:35:31:27 chr10 46999151 . T C 326.04 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0174313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.511;QD=17.3886;RBI=0.0238523;REFB=-0.0101853;REVB=-0.0162813;RO=40;SAF=28;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293986;STB=0.666561;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00983366;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:7:28:22:18:7:28:22:18 chr10 46999178 . A C 436.63 PASS AF=0.544304;AO=39;DP=74;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=4;FWDB=0.00902593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.605;QD=22.1079;RBI=0.00903036;REFB=-0.0187743;REVB=-0.000282624;RO=34;SAF=23;SAR=16;SRF=31;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301354;STB=0.643545;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0140632;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:34:36:39:43:0.544304:16:23:31:3:17:26:32:4 chr10 46999189 . CA CG,TG 1089.58 PASS AF=0.613333,0.386667;AO=46,29;DP=75;FAO=46,29;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29,26;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140947,0.0334513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.0666,137.296;QD=58.1107;RBI=0.0222338,0.0361335;REFB=0,0;REVB=-0.0171954,-0.0136617;RO=0;SAF=29,26;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00769716,0.0426793;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:75:0:0:46,29:46,29:0.613333,0.386667:17,3:29,26:0:0:17,3:29,26:0:0 chr10 46999198 . G T 267.48 PASS AF=0.392405;AO=29;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.020124;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.322;QD=13.5434;RBI=0.0395607;REFB=-0.0247351;REVB=-0.0340598;RO=46;SAF=26;SAR=3;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459609;STB=0.771434;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0347047;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:46:48:29:31:0.392405:3:26:28:18:3:28:30:18 chr10 46999465 . A G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0144177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.635;QD=2.99307;RBI=0.0169973;REFB=-0.00548322;REVB=-0.0090022;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315362;STB=0.739835;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0271235;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:5:1:15:23:5:1:15:23 chr10 46999484 . G T 487.96 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0316479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=310.782;QD=45.3917;RBI=0.0316908;REFB=-0.0444211;REVB=-0.00164934;RO=7;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331123;STB=0.517798;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00767204;OID=.;OPOS=46999484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:22:14:2:5:22:14:2:5 chr10 46999577 . G T 155.56 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0594514;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.271;QD=31.112;RBI=0.195952;REFB=-0.0413319;REVB=0.186716;RO=5;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168538;STB=0.59988;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.014645;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:20:5:5:15:15:0.75:4:11:5:0:5:10:5:0 chr10 46999596 . G A 332.95 PASS AF=0.777778;AO=25;DP=34;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0739031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9695;QD=36.9941;RBI=0.0837159;REFB=-0.0134848;REVB=0.0393279;RO=9;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177034;STB=0.576874;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0076202;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:36:9:8:25:28:0.777778:6:19:9:0:6:22:8:0 chr10 46999604 . A G 604.2 PASS AF=0.930233;AO=35;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125591;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.412;QD=56.205;RBI=0.108044;REFB=-0.0117163;REVB=0.107312;RO=2;SAF=30;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301787;STB=0.515617;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000414396;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:35:40:0.930233:5:30:2:0:9:31:2:0 chr10 46999732 . G A 1726.47 PASS AF=0.611765;AO=156;DP=255;FAO=156;FDP=255;FR=.;FRO=99;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.00873027;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.19;QD=27.0818;RBI=0.0344194;REFB=-0.0255225;REVB=0.0332938;RO=93;SAF=79;SAR=77;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440401;STB=0.523016;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0163046;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:93:99:156:156:0.611765:77:79:53:40:77:79:56:43 chr10 46999747 . T C 753.0 PASS AF=0.349624;AO=93;DP=259;FAO=93;FDP=266;FR=.;FRO=173;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=85;FSRR=88;FWDB=-0.0186678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0446;QD=11.3232;RBI=0.0401996;REFB=-0.0285451;REVB=-0.0356022;RO=166;SAF=47;SAR=46;SRF=79;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332684;STB=0.509133;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0425573;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:266:166:173:93:93:0.349624:46:47:79:87:46:47:85:88 chr10 46999922 . G T 442.99 PASS AF=0.719298;AO=36;DP=53;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00649451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.828;QD=31.0868;RBI=0.0576931;REFB=-0.0365921;REVB=0.0573264;RO=17;SAF=9;SAR=27;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194923;STB=0.607787;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0118236;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:17:16:36:41:0.719298:27:9:9:8:31:10:9:7 chr10 47000004 . T C 919.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8935;QD=58.3924;RBI=0.015429;REFB=0;REVB=-0.0149578;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92115e-05;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr10 47000071 . G A 669.17 PASS AF=0.630435;AO=58;DP=92;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00508565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.54;QD=29.0945;RBI=0.03212;REFB=-0.0119833;REVB=-0.0317148;RO=34;SAF=33;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675331;STB=0.536674;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00931484;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:34:58:58:0.630435:25:33:16:18:25:33:16:18 chr10 47000079 . T C 271.6 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00810624;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.18;QD=11.6818;RBI=0.019475;REFB=-0.0166827;REVB=-0.0177078;RO=60;SAF=14;SAR=18;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126646;STB=0.547254;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0286729;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:32:32:0.344086:18:14:33:27:17:15:33:28 chr10 47000146 . C T 349.69 PASS AF=0.4;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0165231;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.867;QD=21.5196;RBI=0.0235749;REFB=-0.0768332;REVB=-0.0168155;RO=16;SAF=7;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370705;STB=0.514275;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0643854;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:16:22:24:26:0.4:17:7:4:12:17:9:7:15 chr10 47000188 . A G 618.82 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5684;QD=60.3729;RBI=0.0874702;REFB=0;REVB=-0.0873517;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000868454;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:38:41:1:26:12:0:0:27:14:0:0 chr10 47000239 . C T 217.62 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0105217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.096;QD=16.7401;RBI=0.0181219;REFB=-0.0269549;REVB=0.0147545;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137635;STB=0.569248;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0313053;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:9:15:13:14:9:15:14:14 chr10 47000321 . G A 379.17 PASS AF=0.318471;AO=49;DP=157;FAO=50;FDP=157;FR=.;FRO=107;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=-0.000709008;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.262;QD=9.66045;RBI=0.0383697;REFB=-0.0034971;REVB=0.0383631;RO=104;SAF=26;SAR=23;SRF=64;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100841;STB=0.572867;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00900325;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:104:107:49:50:0.318471:23:26:64:40:24:26:67:40 chr10 47000366 . C G 508.32 PASS AF=0.323232;AO=62;DP=198;FAO=64;FDP=198;FR=.;FRO=134;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=88;FSRR=46;FWDB=-0.0089038;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9012;QD=10.2692;RBI=0.0271647;REFB=-0.0124799;REVB=0.0256641;RO=131;SAF=35;SAR=27;SRF=85;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.565821;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0225174;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:131:134:62:64:0.323232:27:35:85:46:28:36:88:46 chr10 47000374 . T C 576.48 PASS AF=0.336406;AO=73;DP=217;FAO=73;FDP=217;FR=.;FRO=144;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=100;FSRR=44;FWDB=-0.00933964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.132;QD=10.6264;RBI=0.0177193;REFB=-0.00198996;REVB=-0.0150581;RO=142;SAF=43;SAR=30;SRF=99;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133129;STB=0.574124;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00313626;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:142:144:73:73:0.336406:30:43:99:43:30:43:100:44 chr10 47000381 . T C 3505.37 PASS AF=1;AO=223;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0566;QD=62.596;RBI=0.0313578;REFB=0;REVB=0.0273988;RO=0;SAF=147;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18555e-05;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:224:224:0:0:223:224:1:76:147:0:0:77:147:0:0 chr10 47000426 . T C 3911.09 PASS AF=1;AO=236;DP=237;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1167;QD=63.3375;RBI=0.0388392;REFB=0;REVB=0.00922047;RO=0;SAF=136;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89786e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:237:247:0:0:236:247:1:100:136:0:0:102:145:0:0 chr10 47000487 . G A 409.54 PASS AF=0.278846;AO=58;DP=205;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=90;FSRR=60;FWDB=-0.00601815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.92;QD=7.8757;RBI=0.00985407;REFB=-0.0112632;REVB=0.00780285;RO=147;SAF=32;SAR=26;SRF=87;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498676;STB=0.535437;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0249693;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:208:147:150:58:58:0.278846:26:32:87:60:26:32:90:60 chr10 47000547 . G T 285.08 PASS AF=0.28777;AO=37;DP=138;FAO=40;FDP=139;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=0.00637441;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.048;QD=8.20374;RBI=0.00660572;REFB=0.00253242;REVB=-0.00173276;RO=98;SAF=20;SAR=17;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381756;STB=0.521379;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00609656;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:98:99:37:40:0.28777:17:20:56:42:17:23:54:45 chr10 47000728 . T C 1063.21 PASS AF=0.548913;AO=80;DP=185;FAO=101;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=83;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00508139;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.957;QD=23.1134;RBI=0.0201998;REFB=-0.0334554;REVB=0.0195502;RO=83;SAF=41;SAR=39;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028228;STB=0.512013;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.033112;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:83:83:80:101:0.548913:39:41:40:43:55:46:40:43 chr10 47000863 . A G 2476.98 PASS AF=1;AO=157;DP=159;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339304;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.008;QD=61.16;RBI=0.0399114;REFB=0;REVB=0.0210155;RO=0;SAF=81;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55684e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:162:0:0:157:162:1:76:81:0:0:77:85:0:0 chr10 47000873 . T A,G 2553.61 PASS AF=0.459302,0.540698;AO=79,90;DP=170;FAO=79,93;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=47,43;FSAR=32,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636558,-0.0117056;FXX=0.00578001;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.0835,190.365;QD=59.3863;RBI=0.00760033,0.0139242;REFB=0,0;REVB=-0.00415264,0.00754063;RO=0;SAF=47,43;SAR=32,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.45895e-08,-5.16558e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00982127,0.0192226;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:170:172:0:0:79,90:79,93:0.459302,0.540698:32,47:47,43:0:0:32,50:47,43:0:0 chr10 47000898 . C T 798.53 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=159;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0174208;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.973;QD=20.2159;RBI=0.0318153;REFB=-0.022504;REVB=-0.0266219;RO=77;SAF=42;SAR=39;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355244;STB=0.519506;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0192216;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:77:77:81:81:0.512658:39:42:43:34:39:42:43:34 chr10 47001032 . G A 214.71 PASS AF=0.318681;AO=28;DP=90;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00588885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.888;QD=9.43791;RBI=0.0295941;REFB=-0.0181202;REVB=-0.0290023;RO=61;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161533;STB=0.583725;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0555136;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:62:28:29:0.318681:10:18:31:30:11:18:31:31 chr10 47001098 . C T 342.38 PASS AF=0.38;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0114202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.696;QD=13.6951;RBI=0.0400916;REFB=-0.0194248;REVB=-0.0384306;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389709;STB=0.515513;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0275764;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:61:62:38:38:0.38:15:23:39:22:15:23:39:23 chr10 47001371 . C G 2406.64 PASS AF=1;AO=146;DP=155;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.252;QD=60.9276;RBI=0.0382461;REFB=0;REVB=0.0306297;RO=0;SAF=84;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90917e-05;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:158:0:0:146:158:1:62:84:0:0:67:91:0:0 chr10 47001409 . G A 785.74 PASS AF=0.430769;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=195;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=58;FWDB=0.0177487;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.506;QD=16.1177;RBI=0.0226298;REFB=-0.015668;REVB=0.0140388;RO=111;SAF=54;SAR=30;SRF=53;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173315;STB=0.589382;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.010023;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:111:111:84:84:0.430769:30:54:53:58:31:53:53:58 chr10 47001485 . A T 709.31 PASS AF=0.398058;AO=82;DP=208;FAO=82;FDP=206;FR=.;FRO=124;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=-0.0120379;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.687;QD=13.773;RBI=0.0143309;REFB=-0.00706195;REVB=-0.00777585;RO=124;SAF=41;SAR=41;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691363;STB=0.538826;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0187395;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:206:124:124:82:82:0.398058:41:41:70:54:41:41:70:54 chr10 47001504 . G T 637.28 PASS AF=0.373737;AO=65;DP=189;FAO=74;FDP=198;FR=.;FRO=124;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0447239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.077;QD=12.8743;RBI=0.0451489;REFB=-0.0129915;REVB=0.0061804;RO=123;SAF=23;SAR=42;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167299;STB=0.537562;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0177772;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:198:123:124:65:74:0.373737:42:23:61:62:42:32:61:63 chr10 47001543 . C T 560.28 PASS AF=0.344828;AO=70;DP=203;FAO=70;FDP=203;FR=.;FRO=133;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.022438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3024;QD=11.04;RBI=0.0273805;REFB=-0.0058267;REVB=-0.0156915;RO=132;SAF=34;SAR=36;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027032;STB=0.512824;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0129587;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:132:133:70:70:0.344828:36:34:61:71:36:34:62:71 chr10 47001786 . A C 240.32 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.0118413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.831;QD=10.0133;RBI=0.012406;REFB=-0.00862295;REVB=-0.00370034;RO=66;SAF=20;SAR=10;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198133;STB=0.51162;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0215939;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:10:20:43:23:10:20:43:23 chr10 47001954 . C T 298.33 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0109036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.118;QD=11.474;RBI=0.0331103;REFB=-0.0231006;REVB=-0.0312635;RO=63;SAF=27;SAR=10;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103537;STB=0.588327;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0463535;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:63:67:37:37:0.355769:10:27:41:22:10:27:41:26 chr10 47001984 . G A 1130.83 PASS AF=0.91954;AO=79;DP=87;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0294153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.053;QD=51.9923;RBI=0.0488543;REFB=-0.141296;REVB=0.0390062;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516894;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00383922;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:87:87:0:7:79:80:0.91954:25:54:0:0:26:54:6:1 chr10 47002079 . T C 495.82 PASS AF=0.38961;AO=51;DP=148;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=-0.0148196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9169;QD=12.8785;RBI=0.0257002;REFB=-0.0237936;REVB=0.0209971;RO=90;SAF=24;SAR=27;SRF=58;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193417;STB=0.610742;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0436554;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:154:90:94:51:60:0.38961:27:24:58:32:34:26:58:36 chr10 47002118 . T A 1078.93 PASS AF=0.558011;AO=98;DP=185;FAO=101;FDP=181;FR=.;FRO=80;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0129172;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=23.8439;RBI=0.0395535;REFB=-0.0205448;REVB=0.0373848;RO=70;SAF=63;SAR=35;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925798;STB=0.583042;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.017861;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:181:70:80:98:101:0.558011:35:63:37:33:36:65:37:43 chr10 47002127 . T C 2771.09 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118754;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.578;QD=61.9239;RBI=0.0308674;REFB=0;REVB=0.0284916;RO=0;SAF=96;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22764e-06;OID=.;OPOS=47002127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:179:0:0:174:179:1:78:96:0:0:79:100:0:0 chr10 47002135 . A G 775.17 PASS AF=0.448087;AO=81;DP=177;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=39;FWDB=-0.0113755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.518;QD=16.9435;RBI=0.085059;REFB=-0.0151776;REVB=-0.0842949;RO=96;SAF=40;SAR=41;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118078;STB=0.562826;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0219162;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:183:96:101:81:82:0.448087:41:40:59:37:41:41:62:39 chr10 47002501 . T A 118.6 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=16;FWDB=-0.0173096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.558;QD=5.10084;RBI=0.0293463;REFB=-0.00217117;REVB=0.0236978;RO=74;SAF=11;SAR=8;SRF=58;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289327;STB=0.676316;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0177343;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:74:74:19:19:0.204301:8:11:58:16:8:11:58:16 chr10 47002529 . C G 194.63 PASS AF=0.23622;AO=30;DP=127;FAO=30;FDP=127;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=-0.00582442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.172;QD=6.12992;RBI=0.0565273;REFB=-0.00759046;REVB=0.0562264;RO=97;SAF=24;SAR=6;SRF=62;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250832;STB=0.655885;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0220593;OID=.;OPOS=47002529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:97:97:30:30:0.23622:6:24:62:35:6:24:62:35 chr10 47002542 . C A 2148.08 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=96;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00554663;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.308;QD=62.2632;RBI=0.0108863;REFB=-0.156233;REVB=0.00936728;RO=1;SAF=96;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00492672;STB=0.50259;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000321516;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:136:137:0.992754:40:96:1:0:41:96:1:0 chr10 47002606 . G A 195.12 PASS AF=0.197674;AO=34;DP=172;FAO=34;FDP=172;FR=.;FRO=138;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=-0.0501952;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8116;QD=4.5377;RBI=0.0576975;REFB=-0.00716639;REVB=-0.0284507;RO=138;SAF=19;SAR=15;SRF=82;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463156;STB=0.528964;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0304084;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:138:138:34:34:0.197674:15:19:82:56:15:19:82:56 chr10 47002617 . T C 185.4 PASS AF=0.19186;AO=33;DP=172;FAO=33;FDP=172;FR=.;FRO=139;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=83;FSRR=56;FWDB=-0.0203222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8361;QD=4.31151;RBI=0.0219944;REFB=-0.00356443;REVB=-0.00841213;RO=138;SAF=18;SAR=15;SRF=82;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635855;STB=0.542402;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0131932;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:138:139:33:33:0.19186:15:18:82:56:15:18:83:56 chr10 47002724 . G A 257.22 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0524105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0971;QD=10.0869;RBI=0.054182;REFB=-0.00801668;REVB=-0.0137416;RO=68;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050707;STB=0.524107;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0284636;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:68:69:33:33:0.323529:17:16:30:38:17:16:31:38 chr10 47002757 . A G 1232.73 PASS AF=1;AO=73;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4653;QD=59.4089;RBI=0.024072;REFB=0;REVB=0.0202037;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159896;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:73:83:1:42:31:0:0:46:37:0:0 chr10 47002792 . T C 159.96 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.094237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9991;QD=7.35433;RBI=0.0945156;REFB=-0.00377775;REVB=0.00725132;RO=64;SAF=3;SAR=20;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502724;STB=0.810182;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0164755;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:20:3:31:33:20:3:31:33 chr10 47002911 . A AC,C 806.41 PASS AF=1,0;AO=19,5;DP=117;FAO=112,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=62,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050867,-0.104599;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=9.73464,17.5765;QD=28.8003;RBI=0.143264,0.145892;REFB=0,0;REVB=-0.13393,-0.101703;RO=92;SAF=1,4;SAR=18,1;SRF=50;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.659485,0.247935;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00940134,0;OID=.,.;OPOS=47002912,47002911;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:112:92:0:19,5:112,0:1,0:18,1:1,4:50:42:62,0:50,0:0:0 chr10 47002917 . T C 1318.59 PASS AF=0.877193;AO=92;DP=107;FAO=100;FDP=114;FR=.;FRO=14;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0505594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6745;QD=46.2665;RBI=0.0613949;REFB=-0.0803159;REVB=-0.0348293;RO=15;SAF=43;SAR=49;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713083;STB=0.543851;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00940872;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:107:114:15:14:92:100:0.877193:49:43:3:12:50:50:2:12 chr10 47002937 . A G 343.59 PASS AF=0.358333;AO=42;DP=118;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0179209;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0583;QD=11.4529;RBI=0.0458017;REFB=0.00885612;REVB=-0.0421501;RO=76;SAF=16;SAR=26;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179302;STB=0.59661;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0149314;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:76:77:42:43:0.358333:26:16:41:35:26:17:42:35 chr10 47002942 . C G 399.19 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0773771;FXX=0.0159987;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0318;QD=12.9819;RBI=0.0773897;REFB=0.0216685;REVB=-0.00139646;RO=77;SAF=19;SAR=28;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154621;STB=0.583906;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0329592;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:77:76:47:47:0.382114:28:19:42:35:28:19:41:35 chr10 47003115 . C T 368.16 PASS AF=0.319444;AO=34;DP=142;FAO=46;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=98;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0764577;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7071;QD=10.2267;RBI=0.0817511;REFB=-0.0149417;REVB=-0.0289391;RO=73;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272104;STB=0.554546;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.028281;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:73:98:34:46:0.319444:18:16:18:55:27:19:33:65 chr10 47003177 . A G 430.79 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.00142633;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.25;QD=14.6029;RBI=0.0286;REFB=-0.0201686;REVB=0.0285644;RO=69;SAF=18;SAR=31;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384931;STB=0.531001;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0229323;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:69:69:49:49:0.415254:31:18:23:46:31:18:22:47 chr10 47003215 . T C 342.15 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00587611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.054;QD=12.9113;RBI=0.0066132;REFB=-0.0123592;REVB=-0.0030341;RO=65;SAF=18;SAR=23;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041229;STB=0.523444;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0202589;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:65:65:41:41:0.386792:23:18:31:34:23:18:31:34 chr10 47003229 . C G 210.28 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.00571029;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.985;QD=9.45074;RBI=0.005799;REFB=9.9871e-05;REVB=0.00101043;RO=62;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145568;STB=0.508585;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.0005287;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:62:62:27:27:0.303371:16:11:26:36:16:11:26:36 chr10 47003250 . C T 144.87 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0207346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.99;QD=7.06695;RBI=0.0207351;REFB=-0.00991023;REVB=0.000150332;RO=58;SAF=9;SAR=12;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107814;STB=0.571361;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0365735;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:58:61:21:21:0.256098:12:9:30:28:12:9:32:29 chr10 47003615 . C T 462.4 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.00619975;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.246;QD=16.0836;RBI=0.0271372;REFB=-0.0189081;REVB=-0.0264195;RO=62;SAF=22;SAR=29;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146224;STB=0.581348;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0204267;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:64:51:51:0.443478:29:22:36:26:29:22:37:27 chr10 47003896 . C T 241.95 PASS AF=0.315315;AO=31;DP=111;FAO=35;FDP=111;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.0135767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.347;QD=8.71906;RBI=0.0137228;REFB=-0.00593799;REVB=0.00199681;RO=60;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772217;STB=0.533314;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00782073;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:76:31:35:0.315315:21:10:19:41:21:14:34:42 chr10 47004068 . T C 201.45 PASS AF=0.27;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=100;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00548014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8915;QD=8.05798;RBI=0.0360719;REFB=-0.0073338;REVB=-0.0356532;RO=72;SAF=21;SAR=6;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207046;STB=0.632769;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0185179;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:72:73:27:27:0.27:6:21:46:26:6:21:46:27 chr10 47004182 . G A 996.77 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.3664;QD=58.6338;RBI=0.0256027;REFB=0;REVB=0.0242595;RO=1;SAF=49;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133676;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:67:68:1:18:49:1:0:18:50:0:0 chr10 47004217 . T C 211.24 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00557595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.612;QD=12.0707;RBI=0.0114988;REFB=-0.00692439;REVB=0.0100564;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243939;STB=0.65;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0123917;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:26:26:0.371429:14:12:29:13:14:12:31:13 chr10 47004355 . C CA 427.11 PASS AF=0.440367;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0098971;FXX=0.00909008;HRUN=0;LEN=1;MLLD=257.189;QD=15.6737;RBI=0.0106035;REFB=-0.0110004;REVB=0.0038055;RO=63;SAF=15;SAR=32;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202393;STB=0.625097;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.0115845;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440367:47:113:48:109:61:15:33:32:29:99:63:15:32:32:31 chr10 47004362 . C T 436.37 PASS AF=0.4375;AO=47;DP=111;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0267393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.402;QD=15.5846;RBI=0.0429397;REFB=-0.00802947;REVB=0.033598;RO=63;SAF=15;SAR=32;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217943;STB=0.629575;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00844934;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:63:63:47:49:0.4375:32:15:33:30:34:15:33:30 chr10 47004463 . G A 402.15 PASS AF=0.452632;AO=37;DP=91;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=0.1065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.139;QD=16.9327;RBI=0.1065;REFB=-0.00970768;REVB=0.000230718;RO=50;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133595;STB=0.548681;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.012774;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:50:52:37:43:0.452632:27:10:13:37:29:14:13:39 chr10 47004633 . CA TG 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.00960135;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.096;QD=6.43997;RBI=0.0283813;REFB=-0.00581661;REVB=-0.0267079;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118014;STB=0.572528;STBP=0.624;TYPE=mnp;VARB=0.018456;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:12:32:9:5:12:32 chr10 47004702 . A G 112.57 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0184855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5973;QD=9.18968;RBI=0.0190687;REFB=0.00484816;REVB=0.00467995;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16674;STB=0.601013;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0128167;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:15:20:6:8:15:20 chr10 47004971 . A G 417.36 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0147818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.215;QD=18.1462;RBI=0.0153151;REFB=-0.0107365;REVB=0.00400647;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864479;STB=0.559817;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00972367;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:48:49:42:43:0.467391:28:14:20:28:29:14:21:28 chr10 47004994 . A G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0304188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.355;QD=14.2307;RBI=0.0395948;REFB=-0.0145791;REVB=-0.0253465;RO=36;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465618;STB=0.526442;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0165951;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:17:9:11:25:17:9:11:25 chr10 47005224 . C T 101.45 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0150918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.043;QD=16.9088;RBI=0.0294077;REFB=-0.0533952;REVB=-0.0252398;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.543407;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0372449;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:9:12:12:12:0.5:7:5:4:5:7:5:4:8 chr10 47005267 . C T 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00397212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.531;QD=13.617;RBI=0.0483632;REFB=-0.00313248;REVB=-0.0481998;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066033;STB=0.530464;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00452925;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:26:26:0.40625:11:15:19:18:11:15:20:18 chr10 47005466 . C T 2088.52 PASS AF=0.645161;AO=180;DP=279;FAO=180;FDP=279;FR=.;FRO=99;FSAF=121;FSAR=59;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=0.0178333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.505;QD=29.9429;RBI=0.0183248;REFB=-0.015246;REVB=-0.00421544;RO=97;SAF=121;SAR=59;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167045;STB=0.506275;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00842215;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:97:99:180:180:0.645161:59:121:63:34:59:121:65:34 chr10 47005504 . T C 760.36 PASS AF=0.297935;AO=101;DP=336;FAO=101;FDP=339;FR=.;FRO=238;FSAF=74;FSAR=27;FSRF=170;FSRR=68;FWDB=-0.00914333;FXX=0.00294109;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.22;QD=8.97178;RBI=0.0104062;REFB=-0.0117494;REVB=0.00496885;RO=235;SAF=74;SAR=27;SRF=167;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332478;STB=0.516225;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0276243;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:339:235:238:101:101:0.297935:27:74:167:68:27:74:170:68 chr10 47005575 . C T 2328.76 PASS AF=0.664452;AO=197;DP=301;FAO=200;FDP=301;FR=.;FRO=101;FSAF=119;FSAR=81;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=-0.0109697;FXX=0.0098681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.549;QD=30.947;RBI=0.0130994;REFB=-0.0148305;REVB=0.00715963;RO=99;SAF=116;SAR=81;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308064;STB=0.517014;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00648886;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:99:101:197:200:0.664452:81:116:63:36:81:119:65:36 chr10 47086915 . C T 1035.51 PASS AF=0.34127;AO=126;DP=378;FAO=129;FDP=378;FR=.;FRO=249;FSAF=91;FSAR=38;FSRF=161;FSRR=88;FWDB=-0.0224319;FXX=0.00526302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.792;QD=10.9578;RBI=0.02246;REFB=-0.0121407;REVB=-0.00112403;RO=249;SAF=89;SAR=37;SRF=161;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802895;STB=0.544903;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0299034;OID=.;OPOS=47086915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:378:249:249:126:129:0.34127:37:89:161:88:38:91:161:88 chr10 47086978 . G A 961.61 PASS AF=0.330623;AO=122;DP=369;FAO=122;FDP=369;FR=.;FRO=247;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=153;FSRR=94;FWDB=-0.0160442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.18;QD=10.4239;RBI=0.016045;REFB=-0.009817;REVB=-0.000161971;RO=246;SAF=78;SAR=44;SRF=152;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269329;STB=0.514332;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.018305;OID=.;OPOS=47086978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:246:247:122:122:0.330623:44:78:152:94:44:78:153:94 chr10 47087474 . C T 2525.01 PASS AF=0.976608;AO=168;DP=171;FAO=167;FDP=171;FR=.;FRO=4;FSAF=99;FSAR=68;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00470882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4744;QD=59.0646;RBI=0.0109353;REFB=0.0240651;REVB=0.00986955;RO=3;SAF=100;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.5099;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=4.16433e-05;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:171:171:3:4:168:167:0.976608:68:100:3:0:68:99:4:0 chr10 47087501 . C T 595.18 PASS AF=0.407186;AO=68;DP=167;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0487174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6418;QD=14.2559;RBI=0.0494403;REFB=-0.0104909;REVB=0.00842385;RO=99;SAF=44;SAR=24;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123446;STB=0.569506;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0190114;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:99:99:68:68:0.407186:24:44:53:46:24:44:53:46 chr10 47087608 . TG CA,CG 2475.91 PASS AF=0.112426,0.881657;AO=19,145;DP=167;FAO=19,149;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=11,90;FSAR=8,59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222807,0.0157437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=62.6991,133.916;QD=58.6015;RBI=0.0862563,0.119581;REFB=-0.157708,-0.100165;REVB=0.083329,0.118541;RO=2;SAF=11,89;SAR=8,56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.101867,0.0166782;STB=0.529381,0.504201;STBP=0.288,0.29;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0317651,0.00270231;OID=.,.;OPOS=47087608,47087608;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:167:169:2:1:19,145:19,149:0.112426,0.881657:8,56:11,89:0:2:8,59:11,90:0:1 chr10 47087680 . C T 2136.33 PASS AF=0.987013;AO=141;DP=149;FAO=152;FDP=154;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0623416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1572;QD=55.489;RBI=0.099203;REFB=-0.172258;REVB=0.0771671;RO=5;SAF=86;SAR=55;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000678648;STB=0.508063;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00908847;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:149:154:5:2:141:152:0.987013:55:86:3:2:61:91:0:2 chr10 47087731 . C T 1345.41 PASS AF=0.829268;AO=100;DP=123;FAO=102;FDP=123;FR=.;FRO=21;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=0.102468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8431;QD=43.7532;RBI=0.10295;REFB=-0.16648;REVB=0.00995185;RO=21;SAF=45;SAR=55;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162937;STB=0.58333;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.019267;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:123:123:21:21:100:102:0.829268:55:45:20:1:55:47:20:1 chr10 47087830 . G A 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.596;QD=61.0491;RBI=0.0413156;REFB=0;REVB=-0.00353674;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74465e-05;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr10 47151642 . C T 42.55 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0301775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0987;QD=18.9105;RBI=0.0504142;REFB=-0.0909412;REVB=0.0403845;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0108519;OID=.;OPOS=47151642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:9:2:3:6:6:0.666667:3:3:1:1:3:3:1:2 chr10 47416908 . A G 8772.03 PASS AF=0.719674;AO=699;DP=979;FAO=706;FDP=981;FR=.;FRO=275;FSAF=506;FSAR=200;FSRF=137;FSRR=138;FWDB=-0.0165406;FXX=0.00203457;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.363;QD=35.7677;RBI=0.0947473;REFB=-0.0100602;REVB=0.0932924;RO=261;SAF=503;SAR=196;SRF=135;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12063;STB=0.570799;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00255366;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:979:981:261:275:699:706:0.719674:196:503:135:126:200:506:137:138 chr10 47747159 . G C 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.711;QD=42.7089;RBI=0.0383119;REFB=-0.056903;REVB=0.0172543;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00608734;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:1:1:8:11:1:1 chr10 47756065 . C T 64.15 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00168261;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.805;QD=8.55318;RBI=0.0137401;REFB=-0.00415673;REVB=0.0136367;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317645;STB=0.695229;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00707661;OID=.;OPOS=47756065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:21:21:9:9:0.3:3:6:8:13:3:6:8:13 chr10 47769358 . G A 94.19 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000712818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.19;QD=34.2502;RBI=0.0179994;REFB=-0.0602878;REVB=-0.0179852;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0366669;OID=.;OPOS=47769358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:1:0:3:7:1:0 chr10 47911590 . GT AG 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133407;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.684;QD=45.8068;RBI=0.0167579;REFB=0;REVB=-0.0101416;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.92135e-06;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr10 48370595 . G A 1481.79 PASS AF=0.885246;AO=110;DP=122;FAO=108;FDP=122;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0487614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5729;QD=48.5833;RBI=0.0913586;REFB=-0.0780411;REVB=0.0772575;RO=5;SAF=43;SAR=67;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180182;STB=0.502742;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00678142;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:122:122:5:14:110:108:0.885246:67:43:3:2:67:41:5:9 chr10 48371277 . C T 121.97 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.050306;FXX=0.0175408;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9469;QD=8.71199;RBI=0.0523832;REFB=-0.0186853;REVB=0.014605;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231173;STB=0.599886;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0234219;OID=.;OPOS=48371277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:34:39:17:17:0.303571:8:9:11:23:8:9:15:24 chr10 48373123 . G A 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0264969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5615;QD=12.1794;RBI=0.0296813;REFB=-0.000224392;REVB=-0.013375;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252639;STB=0.652721;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00076527;OID=.;OPOS=48373123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:9:6:2:8:9:6 chr10 48373576 . T C 176.21 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00519324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.866;QD=20.7304;RBI=0.0100904;REFB=-0.0155994;REVB=0.00865134;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38952;STB=0.717174;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0219734;OID=.;OPOS=48373576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:14:2:11:7:14:2 chr10 48373663 . C T 68.41 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0362928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.111;QD=5.70055;RBI=0.0367417;REFB=-0.0296009;REVB=-0.00572601;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468116;STB=0.514676;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0868908;OID=.;OPOS=48373663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:36:38:10:10:0.208333:7:3:12:24:7:3:12:26 chr10 48390041 . C T 520.25 PASS AF=0.451613;AO=53;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00302301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.218;QD=16.7822;RBI=0.0201523;REFB=-0.0201296;REVB=0.0199243;RO=68;SAF=30;SAR=23;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736517;STB=0.502914;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0185356;OID=.;OPOS=48390041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:53:56:0.451613:23:30:38:30:25:31:38:30 chr10 48902395 . T C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0071146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.531;QD=19.1085;RBI=0.0117356;REFB=-0.030313;REVB=-0.00933315;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.533262;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0172484;OID=.;OPOS=48902395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:5:1:2:7:5:1 chr10 49659553 . GCCCCA GCCCAT 546.23 PASS AF=1;AO=3;DP=71;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.281703;FXX=0.371376;HRUN=4;LEN=2;MLLD=42.9469;QD=49.6572;RBI=0.281774;REFB=0;REVB=-0.00631983;RO=28;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00567387;OID=.;OPOS=49659557;OREF=CA;OALT=AT;OMAPALT=GCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:71:44:44:0:30:14:0:0:3:28:3:0:18:10 chr10 49659559 . C T 863.48 PASS AF=0.888889;AO=60;DP=70;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0602259;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.555;QD=47.9709;RBI=0.0783536;REFB=-0.134211;REVB=0.0501211;RO=8;SAF=44;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637087;STB=0.535703;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00177594;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:70:72:8:8:60:64:0.888889:16:44:4:4:16:48:4:4 chr10 49659637 . T C 708.33 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.164;QD=62.9628;RBI=0.060074;REFB=0;REVB=-0.0453249;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28336e-05;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr10 49667795 . T C 1482.78 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231041;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.458;QD=59.9104;RBI=0.0325407;REFB=0;REVB=0.0229151;RO=0;SAF=59;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41905e-05;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:99:0:0:99:99:1:40:59:0:0:40:59:0:0 chr10 49687800 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.513;QD=51.1846;RBI=0.0431541;REFB=0;REVB=-0.0055722;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102836;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 49860258 . A G 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00499905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.963;QD=20.4359;RBI=0.0052302;REFB=-0.00288411;REVB=-0.00153769;RO=25;SAF=22;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138504;STB=0.501519;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310634;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:8:22:18:7:8:22:19:7 chr10 49933974 . T C 629.15 PASS AF=0.460993;AO=60;DP=139;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.0192087;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.673;QD=17.8483;RBI=0.0415432;REFB=-0.0195981;REVB=-0.0368356;RO=78;SAF=33;SAR=27;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178737;STB=0.61525;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0277517;OID=.;OPOS=49933974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:78:76:60:65:0.460993:27:33:29:49:27:38:28:48 chr10 49998780 . G A 281.13 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.00522699;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.586;QD=14.2344;RBI=0.0415182;REFB=-0.0134796;REVB=0.0411879;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912862;STB=0.530812;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0264377;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:47:32:32:0.405063:11:21:33:12:11:21:33:14 chr10 49998824 . C T 654.39 PASS AF=0.58;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=100;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0149685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4487;QD=26.1756;RBI=0.0191923;REFB=-0.00858676;REVB=0.0120119;RO=42;SAF=38;SAR=20;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104393;STB=0.505701;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00711165;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:42:58:58:0.58:20:38:27:15:20:38:27:15 chr10 50004372 . C T 866.44 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0358652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4054;QD=24.2359;RBI=0.0746421;REFB=-0.00735897;REVB=-0.065461;RO=63;SAF=57;SAR=23;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157186;STB=0.586096;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00511753;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:23:57:34:29:23:57:34:29 chr10 50013402 . T C 1341.19 PASS AF=0.977778;AO=82;DP=83;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0532681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.844;QD=59.6083;RBI=0.0532882;REFB=0.0128908;REVB=-0.00146126;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509802;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000231235;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:90:0:2:82:88:0.977778:37:45:0:0:38:50:2:0 chr10 50025396 . G A 984.54 PASS AF=0.985507;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0404464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.905;QD=57.0749;RBI=0.0542516;REFB=-0.159642;REVB=0.0361569;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00046576;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:65:68:0.985507:33:32:0:0:33:35:0:1 chr10 50038800 . A G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0261159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.043;QD=60.5101;RBI=0.0429055;REFB=0.0963037;REVB=0.0340418;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284632;STB=0.515145;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00065663;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:0:1:16:29:0:1 chr10 50083111 . T C 1410.04 PASS AF=0.94898;AO=93;DP=98;FAO=93;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0439303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.8359;QD=57.5525;RBI=0.0441568;REFB=-0.0450776;REVB=-0.00446671;RO=5;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478064;STB=0.525247;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00249918;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:98:98:5:5:93:93:0.94898:47:46:0:5:47:46:0:5 chr10 50109902 . G A 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9442;QD=63.8651;RBI=0.0671685;REFB=0;REVB=-0.0138748;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387304;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr10 50121784 . T C 1723.5 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121242;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0416;QD=60.4737;RBI=0.097049;REFB=0;REVB=0.0962887;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765905;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:112:114:1:49:63:0:0:49:65:0:0 chr10 50122181 . C A 1135.19 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0134;QD=60.5436;RBI=0.0206358;REFB=0;REVB=0.00335339;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15311e-05;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr10 50227785 . T C 1643.52 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.985;QD=59.226;RBI=0.0559658;REFB=-0.0469569;REVB=0.0313508;RO=1;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736047;STB=0.503875;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000243685;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:64:46:0:1:64:46:0:1 chr10 50374819 . T C 158.39 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0208011;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8411;QD=15.8393;RBI=0.0444959;REFB=-0.0370203;REVB=0.0393345;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283506;STB=0.646886;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.053918;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:16:17:0.425:5:11:9:13:6:11:9:14 chr10 50531549 . G T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00839647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.701;QD=14.1947;RBI=0.0565639;REFB=-0.00660001;REVB=0.0559373;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.014556;OID=.;OPOS=50531549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:10:12:8:7:10:12 chr10 50531604 . T C 334.78 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.43;QD=53.5644;RBI=0.0204722;REFB=0;REVB=0.00691904;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02679e-05;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr10 50531606 . C A 36.22 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0238772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.591;QD=6.2996;RBI=0.0238839;REFB=-0.0261452;REVB=0.000564062;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571796;STB=0.608351;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0565199;OID=.;OPOS=50531606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:23:17:17:5:6:0.26087:2:3:11:6:3:3:11:6 chr10 50531972 . A C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0453293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.673;QD=22.5995;RBI=0.0510703;REFB=-0.0501417;REVB=-0.023525;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128376;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.036643;OID=.;OPOS=50531972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:11:9:10:13:11:9 chr10 50532683 . T C 230.09 PASS AF=0.95;AO=20;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8524;QD=46.0174;RBI=0.0236892;REFB=-0.0402221;REVB=-0.0191748;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0218074;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:20:19:0.95:12:8:0:0:12:7:1:0 chr10 50532746 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00840056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.041;QD=20.8378;RBI=0.0183641;REFB=0.0105434;REVB=-0.0163301;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275108;STB=0.659987;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00858868;OID=.;OPOS=50532746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:2:7:2:3:2:7:2:3 chr10 50533617 . T C 362.15 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155188;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5867;QD=55.7151;RBI=0.044477;REFB=0;REVB=0.0416817;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704761;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:22:26:1:15:7:0:0:17:9:0:0 chr10 50534862 . T C 775.94 PASS AF=0.532374;AO=73;DP=139;FAO=74;FDP=139;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00918297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.923;QD=22.3292;RBI=0.0181487;REFB=-0.0277535;REVB=0.015654;RO=64;SAF=30;SAR=43;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179628;STB=0.510119;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0264446;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:64:65:73:74:0.532374:43:30:25:39:44:30:25:40 chr10 50535186 . C T 517.3 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=0.0709052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.536;QD=25.2343;RBI=0.0713113;REFB=-0.0463452;REVB=0.00759977;RO=34;SAF=6;SAR=42;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675156;STB=0.53675;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0313222;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:34:48:48:0.585366:42:6:3:31:42:6:3:31 chr10 50678231 . ATTTTTTG ATTTTT,ATTTTTAG,ATTTTTG 50.29 PASS AF=0,0,0.276923;AO=12,4,13;DP=66;FAO=0,0,18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,6;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.106128,-0.0445043,-0.121077;FXX=0.0151492;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=51.1975,207.896,8.26061;QD=3.09467;RBI=0.109281,0.0454693,0.192037;REFB=-0.0122818,-0.00156301,-0.16815;REVB=0.0260585,0.00931821,0.149058;RO=29;SAF=12,0,11;SAR=0,4,2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0.491525,0,0.491525;SSSB=0.767932,-0.62967,0.409448;STB=0.5,0.5,0.505741;STBP=1,1,0.963;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0536004,0.158385;OID=.,.,.;OPOS=50678237,50678237,50678232;OREF=TG,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTAG,ATTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.276923:12,4,13:66:0,0,18:65:47:0,0,12:0,0,6:31:16:51:29:12,0,11:0,4,2:16:13 chr10 50683438 . T C 1344.45 PASS AF=0.517375;AO=134;DP=258;FAO=134;FDP=259;FR=.;FRO=125;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.0239292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6277;QD=20.7637;RBI=0.0317532;REFB=-0.00787929;REVB=0.0208725;RO=120;SAF=83;SAR=51;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142115;STB=0.576615;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00587899;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:120:125:134:134:0.517375:51:83:55:65:51:83:58:67 chr10 50723684 . G A 1143.11 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000661787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.677;QD=59.3823;RBI=0.00487196;REFB=0;REVB=-0.0048268;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190499;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:39:34:0:0:39:38:0:0 chr10 50724016 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.956;QD=60.2046;RBI=0.00639477;REFB=0;REVB=0.00551415;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63899e-06;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr10 50732280 . C T 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0234286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.491;QD=17.3259;RBI=0.0341808;REFB=-0.02992;REVB=0.0248883;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106481;STB=0.506077;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0368596;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:16:9:7:13:16:9 chr10 50740600 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0227716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.275;QD=16.0718;RBI=0.024905;REFB=-0.00723111;REVB=-0.0100853;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251657;STB=0.640434;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00756411;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:27:8:14:15:27:8 chr10 50740876 . G C 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0355273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.721;QD=27.2773;RBI=0.0388978;REFB=-0.0224759;REVB=0.0158384;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0116918;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:10:9:14:14:10:9 chr10 50819182 . T C 509.81 PASS AF=0.482456;AO=51;DP=110;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=15;FWDB=0.00538916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.439;QD=17.8881;RBI=0.0492992;REFB=-0.0490752;REVB=0.0490037;RO=59;SAF=40;SAR=11;SRF=44;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528515;STB=0.50021;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0422303;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:114:59:59:51:55:0.482456:11:40:44:15:14:41:44:15 chr10 50820345 . C A 1525.63 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.383;QD=59.8287;RBI=0.0505467;REFB=0;REVB=0.0172622;RO=0;SAF=65;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44065e-05;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:37:65:0:0:37:65:0:0 chr10 50820424 . G T 164.92 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0145623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6622;QD=13.7435;RBI=0.073415;REFB=-0.00679777;REVB=0.0719562;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00253709;STB=0.508711;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.012662;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:13:5:8:21:13:5:8:22 chr10 50820693 . G T 433.08 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00932047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.708;QD=18.0448;RBI=0.0164085;REFB=-0.0290354;REVB=0.0135043;RO=51;SAF=23;SAR=20;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910721;STB=0.561041;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0265141;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:43:44:0.458333:20:23:32:19:21:23:33:19 chr10 50822376 . C G 119.13 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.059418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.766;QD=34.0363;RBI=0.0622995;REFB=-0.0259704;REVB=-0.0187277;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128043;STB=0.571312;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00326583;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:14:2:2:11:12:0.857143:6:5:0:2:6:6:0:2 chr10 50835789 . G A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.00306899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8531;QD=3.99825;RBI=0.00330999;REFB=-0.00767299;REVB=0.00123989;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677496;STB=0.539506;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0294456;OID=.;OPOS=50835789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:59:60:13:13:0.178082:9:4:21:38:9:4:21:39 chr10 50856652 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.25;QD=57.1043;RBI=0.0148366;REFB=0;REVB=0.0146255;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76475e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr10 50863147 . T C 507.58 PASS AF=0.462185;AO=54;DP=118;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=48;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0183894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.862;QD=17.0614;RBI=0.0537148;REFB=-0.00973253;REVB=-0.0504689;RO=63;SAF=47;SAR=7;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332517;STB=0.697926;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0102733;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:64:54:55:0.462185:7:47:41:22:7:48:41:23 chr10 50872912 . C T 193.83 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0413824;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1642;QD=12.1146;RBI=0.0431586;REFB=0.00710535;REVB=0.0122538;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957342;STB=0.561745;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.0108115;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:41:40:24:24:0.375:8:16:24:17:8:16:23:17 chr10 50901938 . C T 333.58 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0321369;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.233;QD=12.8301;RBI=0.0331547;REFB=-0.00406317;REVB=0.00815208;RO=67;SAF=15;SAR=24;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309505;STB=0.668932;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0142724;OID=.;OPOS=50901938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:67:64:39:40:0.384615:24:15:45:22:25:15:42:22 chr10 50916484 . A G 442.19 PASS AF=0.544304;AO=44;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000589088;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.148;QD=22.3895;RBI=0.0231366;REFB=-0.0157162;REVB=0.0231291;RO=36;SAF=30;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397428;STB=0.518191;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0107221;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:36:44:43:0.544304:14:30:23:13:14:29:23:13 chr10 50916542 . C T 515.35 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00574746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.723;QD=22.1654;RBI=0.0176915;REFB=-0.00285586;REVB=-0.0167319;RO=44;SAF=29;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408216;STB=0.522513;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0027967;OID=.;OPOS=50916542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:44:49:49:0.526882:20:29:24:20:20:29:24:20 chr10 50960209 . G A 146.72 PASS AF=0.361702;AO=13;DP=43;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00188808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.981;QD=12.4865;RBI=0.0371528;REFB=-0.0146503;REVB=0.0371048;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593855;STB=0.575825;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0254621;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:30:30:13:17:0.361702:7:6:14:16:11:6:14:16 chr10 51465552 . A T 556.9 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.251;QD=60.2055;RBI=0.0129951;REFB=0;REVB=0.0111459;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76926e-06;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr10 51549545 . G T 1539.38 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.239;QD=62.8317;RBI=0.010679;REFB=0;REVB=0.0074593;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180137;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:98:0:0:90:98:1:48:42:0:0:52:46:0:0 chr10 51568378 . T G 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0050086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.303;QD=18.2082;RBI=0.00585988;REFB=-0.0151278;REVB=0.00304174;RO=53;SAF=28;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379971;STB=0.521232;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.019157;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:17:28:31:22:17:28:31:22 chr10 51623147 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.067954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0238;QD=10.1733;RBI=0.0853399;REFB=0.0119224;REVB=-0.0516251;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46249;STB=0.764161;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0144322;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:9:0:2:4:9:0 chr10 51631812 . A G 95.2 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0897947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0399;QD=34.6182;RBI=0.130619;REFB=-0.051475;REVB=0.0948589;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0187175;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr10 51748684 . G A 946.9 PASS AF=0.970588;AO=39;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00973739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.53;QD=55.7002;RBI=0.0249001;REFB=-0.0740032;REVB=0.0229172;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.512817;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00102187;OID=.;OPOS=51748684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:39:66:0.970588:16:23:0:0:28:38:2:0 chr10 51827763 . A G 260.84 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00711104;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.205;QD=14.0993;RBI=0.0101289;REFB=-0.0171294;REVB=-0.00721297;RO=44;SAF=26;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472499;STB=0.733148;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0172558;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:29:30:0.405405:3:26:26:18:4:26:26:18 chr10 51827934 . G A 456.48 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0326077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3285;QD=18.259;RBI=0.0345055;REFB=-0.0297854;REVB=0.0112859;RO=54;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574443;STB=0.532096;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0248874;OID=.;OPOS=51827934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:29:17:23:31:29:17:23:31 chr10 52002980 . T G 339.96 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00840896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.589;QD=19.1524;RBI=0.0110113;REFB=-0.0143949;REVB=-0.00710906;RO=34;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192666;STB=0.604288;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0105352;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:35:36:0.507042:19:16:23:11:19:17:24:11 chr10 52005153 . A G 334.87 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0296666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.361;QD=14.4031;RBI=0.0317725;REFB=-0.0388698;REVB=-0.0113747;RO=56;SAF=25;SAR=12;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179478;STB=0.510199;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0577873;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:12:25:37:19:12:25:37:19 chr10 52573698 . G A 877.88 PASS AF=0.456853;AO=89;DP=196;FAO=90;FDP=197;FR=.;FRO=107;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.020865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.022;QD=17.825;RBI=0.0211003;REFB=-0.00727419;REVB=-0.00314231;RO=106;SAF=50;SAR=39;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238744;STB=0.50741;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00802315;OID=.;OPOS=52573698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:106:107:89:90:0.456853:39:50:57:49:40:50:58:49 chr10 54074757 . A G 569.46 PASS AF=0.438849;AO=60;DP=138;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0297496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.493;QD=16.3873;RBI=0.0312756;REFB=-0.0266757;REVB=-0.00964988;RO=77;SAF=27;SAR=33;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351291;STB=0.511139;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0269108;OID=.;OPOS=54074757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:77:78:60:61:0.438849:33:27:32:45:34:27:33:45 chr10 54405572 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.54;QD=52.6132;RBI=0.0402217;REFB=0;REVB=-0.0240606;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36602e-05;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr10 54528266 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0234419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.791;QD=17.4015;RBI=0.0235326;REFB=-0.0199979;REVB=0.00206354;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27476;STB=0.658287;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0155307;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:8:5:9:4:8:5 chr10 55568972 . T G 476.44 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0241816;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.622;QD=16.5719;RBI=0.0350864;REFB=-0.033505;REVB=0.0254226;RO=60;SAF=14;SAR=38;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244944;STB=0.652239;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0505054;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:60:63:52:52:0.452174:38:14:30:30:38:14:33:30 chr10 55582905 . G T 443.8 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.016903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.686;QD=17.7521;RBI=0.0169562;REFB=-0.0125441;REVB=0.00134211;RO=55;SAF=15;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180677;STB=0.601352;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.015429;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:30:15:28:27:30:15:28:27 chr10 55949151 . G A 111.47 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00573728;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6216;QD=8.41261;RBI=0.0822602;REFB=-0.00234469;REVB=-0.0820599;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142056;STB=0.586548;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00296128;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:38:38:15:15:0.283019:10:5:17:21:10:5:17:21 chr10 55955444 . T G 193.88 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00232826;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.239;QD=13.8482;RBI=0.0964784;REFB=-0.00781071;REVB=0.0964503;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175462;STB=0.599595;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.011313;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:24:9:10:13:24:9 chr10 55955485 . A G 531.71 PASS AF=0.549451;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0210793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0488;QD=23.3718;RBI=0.0990595;REFB=-0.00411721;REVB=0.0967907;RO=42;SAF=38;SAR=11;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233339;STB=0.608927;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00494974;OID=.;OPOS=55955485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:41:49:50:0.549451:11:38:23:19:12:38:23:18 chr10 55955610 . C T 430.81 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00260516;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.602;QD=20.2734;RBI=0.0155026;REFB=-0.0192726;REVB=0.0152822;RO=41;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177584;STB=0.602297;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0240652;OID=.;OPOS=55955610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:20:23:30:11:20:23:31:11 chr10 56288120 . T C 123.47 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0211613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.135;QD=17.0297;RBI=0.0512484;REFB=0.00227665;REVB=-0.0466754;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797661;STB=0.512178;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00265679;OID=.;OPOS=56288120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:4:10:11:3:4:10:11:4 chr10 56335031 . A G 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0846;QD=61.6743;RBI=0.00304808;REFB=0;REVB=0.00120725;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19682e-05;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr10 56335067 . A G 965.77 PASS AF=0.896104;AO=60;DP=78;FAO=69;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.000336102;FXX=0.0128189;HRUN=11;LEN=1;MLLD=228.209;QD=50.17;RBI=0.00505678;REFB=-0.153714;REVB=0.0050456;RO=8;SAF=38;SAR=22;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585092;STB=0.535344;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00492696;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:78:77:8:7:60:69:0.896104:22:38:7:1:23:46:7:0 chr10 56345303 . T C 281.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.2;QD=51.1828;RBI=0.0521006;REFB=0;REVB=0.000650185;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953075;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr10 56345335 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0401;QD=49.5939;RBI=0.0848066;REFB=0;REVB=-0.00266345;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265048;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 57358667 . G A 775.35 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00779004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.361;QD=53.4723;RBI=0.0109173;REFB=-0.0726255;REVB=0.0076487;RO=2;SAF=36;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.513509;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00258611;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:20:36:2:0:20:36:2:0 chr10 57359697 . C T 828.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000938262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.55;QD=57.1517;RBI=0.025209;REFB=0;REVB=-0.0251916;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676051;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:21:37:0:0 chr10 57359819 . T C 767.94 PASS AF=1;AO=49;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0878;QD=56.8842;RBI=0.0531682;REFB=0;REVB=0.00231256;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550247;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:49:54:1:24:25:0:0:25:29:0:0 chr10 58118630 . T C 913.33 PASS AF=0.970149;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0561215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7197;QD=54.5269;RBI=0.0570747;REFB=-0.127609;REVB=-0.0103876;RO=2;SAF=30;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304354;STB=0.514701;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00198489;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:67:2:2:62:65:0.970149:32:30:2:0:32:33:2:0 chr10 58120988 . C A 347.91 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.0537398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.307;QD=12.6512;RBI=0.0563161;REFB=-0.0282251;REVB=-0.0168388;RO=68;SAF=31;SAR=11;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633928;STB=0.536198;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0343368;OID=.;OPOS=58120988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:68:42:42:0.381818:11:31:47:21:11:31:47:21 chr10 59956041 . C T 191.6 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=82;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0250019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4482;QD=9.23363;RBI=0.0607551;REFB=-0.0192856;REVB=-0.0553723;RO=57;SAF=10;SAR=15;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149271;STB=0.598055;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0423346;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:57:57:25:26:0.313253:15:10:30:27:16:10:30:27 chr10 60573753 . G T 1897.89 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.546;QD=61.72;RBI=0.0698749;REFB=0;REVB=0.0677344;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37741e-05;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:123:0:0:118:123:1:53:65:0:0:58:65:0:0 chr10 60577393 . T C 1418.93 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0521163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2566;QD=55.104;RBI=0.0856002;REFB=-0.071695;REVB=0.0679065;RO=4;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498336;STB=0.52631;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00258754;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:103:103:4:4:99:99:0.961165:36:63:0:4:36:63:0:4 chr10 60588553 . T C 1548.19 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.993;QD=63.8429;RBI=0.00917193;REFB=0;REVB=-0.00911212;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50882e-06;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:45:52:0:0 chr10 61005244 . G C 1044.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5331;QD=59.6784;RBI=0.024268;REFB=0;REVB=0.0134421;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028545;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:27:43:0:0 chr10 61122268 . T TTA 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567514;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.487;QD=59.8394;RBI=0.0657333;REFB=0;REVB=0.0331685;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00036539;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:36:36:36:0:24:12:0:0:4:0:24:12:0:0 chr10 61414011 . G T 1332.31 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00582031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.45;QD=61.2557;RBI=0.0415423;REFB=0;REVB=0.0411325;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5397e-05;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:39:44:0:0:41:46:0:0 chr10 61549657 . AT A 699.74 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6276;QD=45.8844;RBI=0.14051;REFB=0;REVB=0.089255;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00400691;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:61:61:61:0:29:32:0:0:13:0:29:31:0:0 chr10 61551428 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0781;QD=59.4242;RBI=0.0234493;REFB=0;REVB=0.00563358;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28031e-05;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr10 61552692 . G T 756.81 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170537;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.928;QD=61.7801;RBI=0.0171236;REFB=-0.095;REVB=0.0015462;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000366166;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:0:1 chr10 61552774 . C T 492.96 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00281428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0644;QD=56.3385;RBI=0.0323133;REFB=-0.183876;REVB=-0.0321905;RO=1;SAF=32;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143922;STB=0.507688;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00735628;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:1:34:34:0.971429:2:32:1:0:2:32:1:0 chr10 61665886 . C A 1715.53 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.27;QD=59.6707;RBI=0.0576686;REFB=-0.0516921;REVB=0.0414235;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174418;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:115:0:0:111:115:1:55:56:0:0:57:58:0:0 chr10 61719232 . A AT 962.69 PASS AF=1;AO=102;DP=113;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.7144;QD=34.6914;RBI=0.128509;REFB=0;REVB=-0.123875;RO=9;SAF=60;SAR=42;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000468787;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:113:111:111:0:67:44:0:0:21:9:60:42:8:1 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 857.98 PASS AF=0,1,0;AO=12,57,4;DP=79;FAO=0,76,0;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,60,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.22909,-0.102956,0.128291;FXX=0.0256377;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=6.84819,15.3227,4.94205;QD=45.1566;RBI=0.283553,0.21946,0.132628;REFB=-0.0163059,-0.0266271,-0.0301368;REVB=-0.167094,-0.193812,-0.0336416;RO=2;SAF=5,9,1;SAR=7,48,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.11262,0.0192484,0.210252;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.00535978,0.0496725;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,57,4:79:0,76,0:76:0:0,16,0:0,60,0:0:0:4:2:5,9,1:7,48,3:0:2 chr10 62060128 . A G 589.77 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.021372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=328.225;QD=24.0721;RBI=0.021542;REFB=-0.0161955;REVB=0.0027008;RO=44;SAF=33;SAR=21;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272513;STB=0.649167;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0160779;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:44:54:54:0.55102:21:33:12:32:21:33:12:32 chr10 63172694 . A G 420.43 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0305847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0114;QD=16.4876;RBI=0.033795;REFB=0.00743453;REVB=-0.0143763;RO=56;SAF=22;SAR=24;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178502;STB=0.59945;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0158267;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:24:22:37:19:24:22:37:19 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 1464.19 PASS AF=0.273381,0.589928,0.0791367;AO=38,40,11;DP=150;FAO=38,82,11;FDP=139;FR=.;FRO=8;FSAF=38,46,11;FSAR=0,36,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00890118,0.0343739,-0.0305408;FXX=0.0544181;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=147.473,150.403,220.691;QD=42.1351;RBI=0.0129823,0.0352538,0.0363901;REFB=-0.0132286,-0.0103517,-0.00100941;REVB=-0.00945042,-0.00782713,-0.0197863;RO=19;SAF=33,12,11;SAR=5,28,0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.291462,-0.180614,0.777772;STB=0.999553,0.538955,0.99885;STBP=0,0.026,0;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0437914,0.00323592,0.05064;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:150:139:19:8:38,40,11:38,82,11:0.273381,0.589928,0.0791367:5,28,0:33,12,11:11:8:0,36,0:38,46,11:1:7 chr10 63520698 . T C 1661.72 PASS AF=0.965812;AO=113;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00767115;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.858;QD=56.8108;RBI=0.0159801;REFB=-0.0708189;REVB=0.0140185;RO=1;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114393;STB=0.505056;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000474832;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:1:4:113:113:0.965812:41:72:0:1:41:72:2:2 chr10 63958112 . T C 427.95 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0410661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9342;QD=51.8727;RBI=0.0421551;REFB=-0.142001;REVB=0.00951998;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0045626;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:2:0:16:15:2:0 chr10 63995983 . C T 1523.31 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.476;QD=59.7375;RBI=0.043492;REFB=0;REVB=-0.038994;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05711e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:53:49:0:0 chr10 64000878 . T G 312.89 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4396;QD=50.0626;RBI=0.0512614;REFB=-0.0907784;REVB=0.0498874;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0236424;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:0:1:9:15:0:1 chr10 64110037 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0306502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1528;QD=12.7301;RBI=0.0407891;REFB=0.00232834;REVB=0.0269132;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001364;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:8:4:3:6:8:4 chr10 64159333 . G T 82.5 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0379542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2257;QD=19.412;RBI=0.0380599;REFB=-0.0587146;REVB=-0.00283449;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109864;STB=0.581939;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0486965;OID=.;OPOS=64159333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:6:7:10:10:0.588235:3:7:5:1:3:7:6:1 chr10 64415184 . A G 1591.89 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063589;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.038;QD=60.0713;RBI=0.0660807;REFB=0;REVB=0.0179752;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03141e-05;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr10 64564892 . G T 93.45 PASS AF=0.48;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0219975;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.881;QD=14.9528;RBI=0.0564623;REFB=-0.0574262;REVB=-0.0520009;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461553;STB=0.732834;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0327621;OID=.;OPOS=64564892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:23:25:8:13:10:12:0.48:1:9:4:4:1:11:9:4 chr10 64564934 . C G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00182146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.969;QD=21.227;RBI=0.00447739;REFB=-0.0359501;REVB=0.00409015;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179392;STB=0.509947;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0301625;OID=.;OPOS=64564934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:9:20:17:7:9:20:17:7 chr10 64566572 . T C 251.34 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0267219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.264;QD=17.04;RBI=0.0271322;REFB=-0.0150634;REVB=-0.00470066;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114103;STB=0.563062;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0128648;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:27:28:0.474576:15:12:17:13:16:12:17:14 chr10 64567364 . C T 1279.12 PASS AF=0.57971;AO=120;DP=207;FAO=120;FDP=207;FR=.;FRO=87;FSAF=59;FSAR=61;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.0176979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3;QD=24.7173;RBI=0.0231719;REFB=-0.00552541;REVB=-0.0149574;RO=86;SAF=59;SAR=61;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131613;STB=0.573379;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0039906;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:86:87:120:120:0.57971:61:59:57:29:61:59:58:29 chr10 64567938 . C T 166.71 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0361564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.806;QD=10.7557;RBI=0.0381667;REFB=-0.00712308;REVB=0.0122233;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11471;STB=0.559293;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0114743;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:20:22:0.354839:12:8:20:20:13:9:20:20 chr10 64572037 . ATT A,AT 438.48 PASS AF=0,1;AO=10,56;DP=76;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579809,-0.110586;FXX=0.0131562;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.0435,8.2922;QD=23.3857;RBI=0.109942,0.214847;REFB=0,0;REVB=0.0934108,0.184201;RO=9;SAF=7,31;SAR=3,25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304629,0.0574268;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00221018;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,56:76:0,75:75:0:0,41:0,34:0:0:8:9:7,31:3,25:3:6 chr10 64573771 . C T 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274146;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.336;QD=59.4596;RBI=0.0274146;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=34;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20974e-05;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:0:34:0:0:0:34:0:0 chr10 64869942 . A G 165.71 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0323965;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0362;QD=13.8088;RBI=0.0512985;REFB=-0.00837937;REVB=0.0397744;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429843;STB=0.514003;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0205711;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:18:18:0.375:8:10:16:15:8:10:16:14 chr10 64914016 . T TA 148.02 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.104872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.341;QD=14.8023;RBI=0.167779;REFB=-0.00896726;REVB=-0.130964;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904798;STB=0.55097;STBP=0.547;TYPE=ins;VARB=-0.00434824;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:40:20:40:20:11:9:13:7:99:20:11:9:13:7 chr10 64914518 . CATA C 322.3 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00366621;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.561;QD=16.3188;RBI=0.00528381;REFB=-0.0211615;REVB=0.00380493;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116599;STB=0.584855;STBP=0.198;TYPE=del;VARB=0.0252732;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038:33:80:35:79:44:24:11:24:20:99:43:22:11:24:19 chr10 64927823 . C G 226.2 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0389762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.233;QD=17.0713;RBI=0.0417193;REFB=-0.0474452;REVB=-0.014878;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422594;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0356144;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:18:10:10:15:18:10 chr10 64945364 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.281;QD=55.6549;RBI=0.0445275;REFB=0;REVB=-0.0355798;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350548;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 64967445 . A T 961.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3795;QD=58.2758;RBI=0.0419369;REFB=0;REVB=0.0329464;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714611;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:28:36:0:0:30:36:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 43.97 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0808285;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=193.989;QD=6.28121;RBI=0.0815346;REFB=-0.0256224;REVB=-0.0107071;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113243;STB=0.536739;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.063081;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:28:7:28:21:3:4:8:13:43:18:3:4:6:12 chr10 64974380 . G C 130.25 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0296213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3697;QD=13.71;RBI=0.0296792;REFB=-0.0164642;REVB=-0.00185316;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221375;STB=0.642664;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00972397;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:9:5:13:10:10:5:13:10 chr10 64974537 . A T 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00223259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.732;QD=19.666;RBI=0.00677141;REFB=-0.0297433;REVB=-0.00639278;RO=31;SAF=23;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119401;STB=0.576062;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.041239;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:11:23:17:14:11:23:17:15 chr10 68040325 . C T 103.01 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00372009;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.876;QD=15.2603;RBI=0.0134488;REFB=-0.00645321;REVB=-0.012924;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170123;STB=0.588073;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00668899;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:13:12:0.444444:2:11:11:4:2:10:11:4 chr10 68526088 . A G 600.21 PASS AF=0.561905;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=105;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0159534;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8476;QD=22.8652;RBI=0.0295865;REFB=-0.0478387;REVB=0.0249169;RO=46;SAF=37;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439175;STB=0.526854;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0403944;OID=.;OPOS=68526088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:46:46:58:59:0.561905:21:37:27:19:21:38:27:19 chr10 68685928 . G GC 172.19 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771415;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.724;QD=40.5141;RBI=0.0771429;REFB=0;REVB=-0.000468105;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00130746;OID=.;OPOS=68685929;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:17:17:0:17:0:0:0:3:18:2:0:16:2 chr10 68685929 . G C 192.96 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.174;QD=40.6239;RBI=0.0936242;REFB=-0.148459;REVB=-0.0905269;RO=2;SAF=15;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573138;STB=0.531215;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00248444;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:2:15:2:0:2:15:2:0 chr10 69571336 . G A 185.62 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.103009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9146;QD=14.5586;RBI=0.107263;REFB=-0.0617144;REVB=-0.0299071;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.611009;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0774372;OID=.;OPOS=69571336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:30:20:21:0.411765:10:10:11:10:11:10:20:10 chr10 69666598 . T C 713.56 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0164251;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.397;QD=25.4844;RBI=0.0210383;REFB=0.000829912;REVB=0.0131464;RO=44;SAF=39;SAR=28;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608047;STB=0.52902;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00139759;OID=.;OPOS=69666598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:44:45:67:67:0.598214:28:39:22:22:28:39:23:22 chr10 69773841 . G A 1766.8 PASS AF=0.945312;AO=120;DP=128;FAO=121;FDP=128;FR=.;FRO=7;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0533568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1798;QD=55.2124;RBI=0.0600558;REFB=-0.135931;REVB=-0.0275635;RO=6;SAF=71;SAR=49;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070192;STB=0.500865;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00583013;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:128:128:6:7:120:121:0.945312:49:71:4:2:50:71:4:3 chr10 69934258 . C G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0264853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.908;QD=16.9316;RBI=0.0286882;REFB=-0.00982289;REVB=0.0110246;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.568059;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00669242;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:3:9:10:2:3:9 chr10 69948844 . T C 1899.7 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200943;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.239;QD=61.779;RBI=0.0134348;REFB=0;REVB=-0.0132837;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98267e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:122:123:1:59:63:0:0:59:64:0:0 chr10 69991853 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00480695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.929;QD=13.2053;RBI=0.00480695;REFB=-0.0284767;REVB=0;RO=6;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112526;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:0:6:6:0:0:6:6:0 chr10 70044031 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0941099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7731;QD=11.8303;RBI=0.0946942;REFB=0.024687;REVB=0.010503;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162248;STB=0.596102;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0245221;OID=.;OPOS=70044031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:7:11:5:6:7:11 chr10 70051802 . TGGGGGGA TGGGGGAG 1269.81 PASS AF=1;AO=4;DP=96;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388416;FXX=0.0227247;HRUN=6;LEN=2;MLLD=192.957;QD=59.0608;RBI=0.0811079;REFB=0;REVB=-0.0712027;RO=45;SAF=3;SAR=1;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000194584;OID=.;OPOS=70051808;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=TGGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:96:86:86:0:46:40:0:0:7:45:3:1:30:15 chr10 70051810 . A G 817.87 PASS AF=0.694737;AO=67;DP=97;FAO=66;FDP=95;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00155583;FXX=0.0206164;HRUN=8;LEN=1;MLLD=221.811;QD=34.4367;RBI=0.00754928;REFB=0.0121544;REVB=-0.00738722;RO=29;SAF=35;SAR=32;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222461;STB=0.509889;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00226777;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:29:29:67:66:0.694737:32:35:14:15:32:34:14:15 chr10 70051811 . A G 63.67 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=98;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.01042;FXX=0.0101;HRUN=8;LEN=1;MLLD=103.526;QD=2.59869;RBI=0.0104561;REFB=-0.00149283;REVB=-0.000868789;RO=85;SAF=5;SAR=8;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16424;STB=0.615207;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0024596;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:98:98:85:85:13:13:0.132653:8:5:44:41:8:5:44:41 chr10 70051928 . A G 1558.5 PASS AF=1;AO=74;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274305;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.344;QD=59.9422;RBI=0.0470053;REFB=0;REVB=0.0381715;RO=0;SAF=55;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4515e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:74:104:1:19:55:0:0:49:55:0:0 chr10 70102936 . T A 1108.93 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3435;QD=58.365;RBI=0.132532;REFB=-0.0425311;REVB=0.0329252;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.505616;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0121357;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:73:75:0.986842:42:31:0:1:44:31:0:1 chr10 70103272 . G C 613.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7246;QD=61.3209;RBI=0.0253966;REFB=0;REVB=0.0222139;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2606e-05;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr10 70105560 . G A 678.06 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0668615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1323;QD=60.2723;RBI=0.0696567;REFB=-0.171029;REVB=-0.0195343;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.517233;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00263596;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:30:14:1:0:30:14:1:0 chr10 70221267 . T C 274.69 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0252139;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9691;QD=19.9774;RBI=0.0256251;REFB=-0.00581228;REVB=0.00457255;RO=26;SAF=19;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715428;STB=0.539891;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00968696;OID=.;OPOS=70221267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:26:29:29:0.527273:10:19:15:11:10:19:15:11 chr10 70225504 . G T 443.14 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=118;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0832777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1651;QD=15.0218;RBI=0.0837931;REFB=0.010769;REVB=0.00927885;RO=68;SAF=30;SAR=20;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119164;STB=0.566983;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0158227;OID=.;OPOS=70225504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:68:50:50:0.423729:20:30:33:35:20:30:33:35 chr10 70230336 . A C 158.67 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0146412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.613;QD=15.1115;RBI=0.0735758;REFB=-0.00989391;REVB=0.0721043;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201057;STB=0.526283;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0288523;OID=.;OPOS=70230336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:8:16:0.380952:5:3:9:14:10:6:10:14 chr10 70405010 . A G 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00277848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.166;QD=13.9113;RBI=0.0180753;REFB=-0.00962711;REVB=-0.0178605;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189527;STB=0.609646;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.015875;OID=.;OPOS=70405010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:17:14:6:15:17:14 chr10 70405855 . A G 239.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6022;QD=50.3944;RBI=0.110369;REFB=0;REVB=0.0960142;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188277;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 70446380 . G C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0120784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.062;QD=18.3009;RBI=0.0277779;REFB=-0.00658929;REVB=0.0250145;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259733;STB=0.63985;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00656094;OID=.;OPOS=70446380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:5:15:11:11:5:15:12:11 chr10 70495544 . T C 301.46 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000398651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9189;QD=25.1213;RBI=0.0185602;REFB=-0.011454;REVB=0.0185559;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124756;STB=0.569326;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0199803;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:11:10:17:10:11:10 chr10 70502288 . G A 244.38 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0275499;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.903;QD=12.8619;RBI=0.028946;REFB=-0.0270353;REVB=-0.00888081;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033038;STB=0.543366;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0365647;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:47:29:29:0.381579:11:18:26:18:11:18:26:21 chr10 70534744 . A C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0221645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2914;QD=16.8228;RBI=0.0439433;REFB=-0.00713044;REVB=0.037944;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394184;STB=0.72672;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00986184;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:0:5:3:4:0:5 chr10 70641860 . T C 809.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0342885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8436;QD=53.9742;RBI=0.0377534;REFB=-0.188162;REVB=0.0157994;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.518512;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00299902;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:0:2:58:58:0.966667:32:26:0:0:32:26:2:0 chr10 70673289 . C T 450.07 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0296881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.043;QD=19.1519;RBI=0.0297084;REFB=-3.60168e-05;REVB=-0.00109737;RO=49;SAF=27;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190615;STB=0.505797;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-1.01609e-05;OID=.;OPOS=70673289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:44:45:0.478723:17:27:31:18:17:28:31:18 chr10 70696713 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.927;QD=60.204;RBI=0.013612;REFB=0;REVB=0.0128076;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04625e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr10 70700944 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0950612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0456;QD=51.1832;RBI=0.106306;REFB=0;REVB=0.0475859;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136939;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr10 70748703 . GCCCGG GCCCG,GCCG,GCCGGC,GCCGG 933.69 PASS AF=0.915789,0.0105263,0.0736842,0;AO=26,14,6,18;DP=96;FAO=87,1,7,0;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52,1,7,0;FSAR=35,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.65008,0.101142,-0.055016,-0.455712;FXX=0.0104156;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,2,3,1;MLLD=13.3114,10.1604,153.654,14.6225;QD=39.3133;RBI=0.65216,0.155941,0.112629,0.538423;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0520408,-0.118693,-0.0982781,-0.28675;RO=22;SAF=1,9,6,17;SAR=25,5,0,1;SRF=20;SRR=2;SSEN=0.257812,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.800182,-0.34845,0.611913,0.136613;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del;VARB=0.0408739,-0.13876,0.094283,0;OID=.,.,.,.;OPOS=70748707,70748706,70748706,70748704;OREF=G,CG,CGG,C;OALT=-,-,GGC,-;OMAPALT=GCCCG,GCCG,GCCGGC,GCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.915789,0.0105263,0.0736842,0:26,14,6,18:96:87,1,7,0:95:0:52,1,7,0:35,0,0,0:0:0:23:22:1,9,6,17:25,5,0,1:20:2 chr10 70748784 . G A 294.8 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=0.0330589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.33;QD=15.118;RBI=0.0369929;REFB=-0.00448195;REVB=0.0166007;RO=44;SAF=22;SAR=11;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127318;STB=0.575715;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0083986;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:11:22:34:10:11:22:35:10 chr10 70856852 . G A 1492.3 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.68;QD=58.5214;RBI=0.0457326;REFB=0.0518615;REVB=0.0409409;RO=1;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010426;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000259387;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:45:56:0:1:45:56:0:1 chr10 70992664 . C T 632.3 PASS AF=0.639535;AO=54;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0305773;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.749;QD=29.4092;RBI=0.0312717;REFB=-0.000976258;REVB=-0.00655369;RO=31;SAF=32;SAR=22;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829085;STB=0.541857;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000267757;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:54:55:0.639535:22:32:22:9:22:33:22:9 chr10 71018660 . T C 1197.87 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00123237;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.641;QD=59.8934;RBI=0.0189548;REFB=0.000919489;REVB=0.0189147;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.506665;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=2.60525e-05;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:42:37:1:0:42:37:1:0 chr10 71026510 . C A 1354.71 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8639;QD=61.5776;RBI=0.0470091;REFB=0;REVB=0.0329156;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307922;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:88:0:0:83:88:1:30:53:0:0:32:56:0:0 chr10 71055459 . T C 166.43 PASS AF=0.761905;AO=9;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0214325;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=97.4237;QD=31.7017;RBI=0.0214466;REFB=0.00537306;REVB=-0.00077731;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545399;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00335138;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:0:5:9:16:0.761905:3:6:0:0:6:10:4:1 chr10 71060610 . A G 519.74 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5384;QD=59.3988;RBI=0.044083;REFB=0;REVB=0.0439793;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346997;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr10 71060621 . C T 192.29 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0204095;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.158;QD=21.9762;RBI=0.020971;REFB=0.00582389;REVB=0.00482032;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.533298;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0038097;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:7:9:12:7:7:9 chr10 71060634 . G A 471.76 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0349441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.36;QD=55.5006;RBI=0.0349449;REFB=-0.0332184;REVB=0.000232565;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00250164;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr10 71098295 . T A 303.51 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00292776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.589;QD=16.406;RBI=0.00580188;REFB=-0.00886539;REVB=0.00500899;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404553;STB=0.522677;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0167079;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:16:24:19:15:16:24 chr10 71103597 . C G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.826;QD=58.5866;RBI=0.0314399;REFB=0;REVB=0.0122555;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189919;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr10 71142420 . G A 1054.59 PASS AF=1;AO=41;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8746;QD=60.2622;RBI=0.18476;REFB=0;REVB=0.0588951;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211711;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:41:70:1:14:27:0:0:14:56:0:0 chr10 71168685 . A T 855.71 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177328;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.105;QD=58.0145;RBI=0.0630266;REFB=0;REVB=0.0604806;RO=0;SAF=45;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211577;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:14:45:0:0:14:45:0:0 chr10 71176012 . A G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0189634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.799;QD=10.6987;RBI=0.045777;REFB=-0.0233384;REVB=-0.0416644;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521333;STB=0.531208;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.04097;OID=.;OPOS=71176012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:5:10:20:12:5:10:20:12 chr10 71332204 . A G 391.53 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00187349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.395;QD=19.3347;RBI=0.00830835;REFB=-0.00564629;REVB=-0.00809436;RO=40;SAF=16;SAR=24;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13626;STB=0.569965;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0054203;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:24:16:22:18:24:16:22:19 chr10 71390392 . C T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.98;QD=57.1031;RBI=0.0533869;REFB=0;REVB=-0.037551;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47867e-06;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr10 71392557 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.358;QD=57.6803;RBI=0.0358911;REFB=0;REVB=-0.0109462;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45688e-05;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr10 71392692 . T C 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.967;QD=62.161;RBI=0.0626132;REFB=0;REVB=0.042295;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09286e-06;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:36:49:0:0:36:49:0:0 chr10 71562437 . G A 215.43 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.000229936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.408;QD=13.0565;RBI=0.00339861;REFB=-0.012251;REVB=-0.00339082;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630533;STB=0.51514;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0320811;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:37:40:25:26:0.393939:13:12:20:17:13:13:21:19 chr10 71582192 . C G 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0228481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.848;QD=23.7578;RBI=0.0499892;REFB=-0.021188;REVB=-0.0444621;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749087;STB=0.528124;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0188218;OID=.;OPOS=71582192;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:11:15:14:7:11:15:14:8 chr10 71620403 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0166849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.11;QD=14.0975;RBI=0.0175406;REFB=-0.0194739;REVB=-0.0054116;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180976;STB=0.604249;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0269832;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:14:4:5:8:14:4 chr10 71620436 . A AC 43.57 PASS AF=0.314286;AO=12;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00573771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.5902;QD=4.97916;RBI=0.175867;REFB=-0.060016;REVB=-0.175773;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266686;STB=0.614779;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.0865582;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:12:35:11:35:24:6:5:17:7:43:23:6:6:17:6 chr10 71620482 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.011486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.135;QD=11.3691;RBI=0.0249027;REFB=-0.0106344;REVB=-0.0220956;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020408;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0187406;OID=.;OPOS=71620482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:10:9:5:6:10:9 chr10 71637832 . A G 460.5 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0104904;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.007;QD=20.932;RBI=0.0119938;REFB=-0.012545;REVB=-0.00581393;RO=40;SAF=19;SAR=26;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638924;STB=0.537157;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.01083;OID=.;OPOS=71637832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:40:43:45:45:0.511364:26:19:14:26:26:19:15:28 chr10 71657272 . A G 1116.08 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0232518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.248;QD=56.5104;RBI=0.0246809;REFB=-0.0659106;REVB=-0.0082763;RO=3;SAF=48;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286589;STB=0.515148;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000303563;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:3:3:76:76:0.962025:28:48:3:0:28:48:3:0 chr10 71658512 . G A 1068.91 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632756;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.442;QD=59.3839;RBI=0.0108939;REFB=0;REVB=0.00886783;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482999;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:48:22:0:0:49:23:0:0 chr10 71678058 . C G 577.13 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=14;FWDB=-0.0245893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5728;QD=16.8504;RBI=0.0899594;REFB=0.0179655;REVB=-0.0865335;RO=76;SAF=45;SAR=16;SRF=62;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10672;STB=0.559094;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0172927;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:76:76:61:61:0.445255:16:45:62:14:16:45:62:14 chr10 71876382 . C T 1055.84 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0316943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.203;QD=57.0724;RBI=0.035744;REFB=-0.0125203;REVB=0.0165259;RO=2;SAF=59;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157635;STB=0.508331;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000355778;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:2:2:72:72:0.972973:13:59:2:0:13:59:2:0 chr10 72014779 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=15;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0299669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.391;QD=21.0069;RBI=0.0482937;REFB=-0.0202789;REVB=0.0378717;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374094;STB=0.707523;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0225371;OID=.;OPOS=72014779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:15:19:0.527778:9:6:12:2:13:6:13:4 chr10 72015573 . T G 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00921918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155;QD=14.8342;RBI=0.0173653;REFB=-0.0216527;REVB=0.014716;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360802;STB=0.704524;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0289988;OID=.;OPOS=72015573;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:22:8:14:8:22:8 chr10 72043389 . T G 719.34 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.844;QD=54.2897;RBI=0.0261436;REFB=0;REVB=0.00161069;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810562;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:27:22:0:0:29:24:0:0 chr10 72179746 . C T 559.7 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515522;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.651;QD=60.5077;RBI=0.066431;REFB=0;REVB=0.0418982;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307187;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:22:15:0:0 chr10 72181460 . G T 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4954;QD=58.5553;RBI=0.0545741;REFB=0;REVB=-0.0120156;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119845;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr10 72195438 . GT CG,GC 433.88 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=2,15;DP=33;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=2,20;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211017,-0.00690562;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=43.1082,58.604;QD=52.5913;RBI=0.0219316,0.00752777;REFB=-0.0468877,-0.0434046;REVB=-0.00597612,0.00299661;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.523793;STBP=0.227,0.274;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0341356,0.00187222;OID=.,.;OPOS=72195438,72195439;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:1:2,15:2,30:0.0606061,0.909091:0,10:2,5:0:0:0,10:2,20:0:1 chr10 72289701 . G A 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00573575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.585;QD=17.0279;RBI=0.021782;REFB=-0.0159544;REVB=0.0210133;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381931;STB=0.723463;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0159991;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:11:7:17:4:11:7:18:4 chr10 72307101 . C T 283.3 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0203049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.996;QD=15.3134;RBI=0.0233563;REFB=-0.0333599;REVB=-0.0115423;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255304;STB=0.510863;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0399452;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:20:11:15:27:20:12:15:27 chr10 72307172 . G C 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0148364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.679;QD=21.0085;RBI=0.0168573;REFB=-0.0191534;REVB=0.00800323;RO=17;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215217;STB=0.6225;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.015183;OID=.;OPOS=72307172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:15:4:7:10:15:4:7:10 chr10 72324143 . A G 2050.36 PASS AF=0.886228;AO=143;DP=167;FAO=148;FDP=167;FR=.;FRO=19;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00281766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4133;QD=49.1105;RBI=0.00398458;REFB=0.00180737;REVB=0.00281739;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.512075;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00153726;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:167:167:0:19:143:148:0.886228:67:76:0:0:70:78:8:11 chr10 72324145 . A G 34.06 PASS AF=0.0828402;AO=19;DP=169;FAO=14;FDP=169;FR=.;FRO=155;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.0840869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6584;QD=0.806059;RBI=0.0929145;REFB=-0.0257317;REVB=-0.0395286;RO=150;SAF=8;SAR=11;SRF=79;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129153;STB=0.795097;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.236511;OID=.;OPOS=72324145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:169:169:150:155:19:14:0.0828402:11:8:79:71:11:3:84:71 chr10 72358577 . G A 470.11 PASS AF=0.448276;AO=50;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0207924;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1636;QD=16.2106;RBI=0.029339;REFB=-0.0139524;REVB=0.0206991;RO=64;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199394;STB=0.607149;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0255998;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:64:50:52:0.448276:19:31:27:37:20:32:27:37 chr10 72500761 . CCT C,CC,CCC 840.08 PASS AF=0.2,0.261538,0.538462;AO=16,10,36;DP=65;FAO=13,17,35;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=13,15,7;FSAR=0,2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759458,0.103461,0.0867413;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=142.698,152.563,160.748;QD=51.6975;RBI=0.0761149,0.104454,0.0888533;REFB=0,0,0;REVB=-0.00507068,-0.0143711,-0.0192574;RO=0;SAF=16,10,7;SAR=0,0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.168124,-0.00840638,-0.00152357;OID=.,.,.;OPOS=72500762,72500763,72500763;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.2,0.261538,0.538462:16,10,36:65:13,17,35:65:0:13,15,7:0,2,28:0:0:59:0:16,10,7:0,0,29:0:0 chr10 72500863 . C G 1451.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.075;QD=63.107;RBI=0.0531258;REFB=0;REVB=0.019576;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52332e-05;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr10 72503344 . G A 2503.87 PASS AF=0.977011;AO=165;DP=172;FAO=170;FDP=174;FR=.;FRO=4;FSAF=128;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.015887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.11;QD=57.5601;RBI=0.0699557;REFB=-0.173256;REVB=0.0681278;RO=6;SAF=125;SAR=40;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821589;STB=0.500091;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.000186284;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:172:174:6:4:165:170:0.977011:40:125:4:2:42:128:3:1 chr10 72517830 . G A 152.39 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0581265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4921;QD=15.6296;RBI=0.0646308;REFB=-0.0307517;REVB=0.0282568;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629161;STB=0.550399;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0538113;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:9:7:11:11:10:7:11:11 chr10 72517837 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0122778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.49;QD=23.0884;RBI=0.0178794;REFB=-0.0259341;REVB=-0.0129973;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027646;OID=.;OPOS=72517837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:9:9:11:11:9:9 chr10 72517958 . C T 107.89 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0202654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5338;QD=5.75418;RBI=0.0754559;REFB=0.00405621;REVB=-0.0726837;RO=58;SAF=5;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224227;STB=0.640896;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0169007;OID=.;OPOS=72517958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:12:5:27:31:12:5:27:31 chr10 72518009 . A G 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0255148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2219;QD=14.7647;RBI=0.0287525;REFB=0.00459182;REVB=-0.0132553;RO=33;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632707;STB=0.53585;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.00698907;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:16:9:10:23:16:9:10:23 chr10 72520660 . T C 309.17 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00659308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.36;QD=16.4889;RBI=0.0729154;REFB=-0.0316171;REVB=-0.0726168;RO=40;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139841;STB=0.585606;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0402214;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:41:34:34:0.453333:13:21:19:21:13:21:19:22 chr10 72532037 . C T 614.58 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0469351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.433;QD=21.9494;RBI=0.0487283;REFB=-0.0124555;REVB=-0.0130975;RO=51;SAF=36;SAR=25;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679932;STB=0.537301;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0113917;OID=.;OPOS=72532037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:25:36:26:25:25:36:26:25 chr10 72535007 . C T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.999;QD=57.3931;RBI=0.0390026;REFB=-0.0974322;REVB=-0.028888;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00973911;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:1:0:16:21:1:0 chr10 72619205 . C T 2390.49 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429948;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.292;QD=64.1742;RBI=0.0550749;REFB=0;REVB=0.0344193;RO=0;SAF=54;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56844e-05;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:143:149:0:0:142:149:1:88:54:0:0:92:57:0:0 chr10 73044580 . G A 819.35 PASS AF=0.50303;AO=83;DP=153;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00160495;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.07;QD=19.8631;RBI=0.0380181;REFB=-0.0152833;REVB=-0.0379842;RO=69;SAF=44;SAR=39;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102598;STB=0.52764;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0146341;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:165:69:82:83:83:0.50303:39:44:45:24:39:44:48:34 chr10 73046617 . A G 337.16 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0289301;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.095;QD=22.4775;RBI=0.0290719;REFB=-0.0264856;REVB=-0.00286764;RO=25;SAF=13;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463053;STB=0.535693;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.020774;OID=.;OPOS=73046617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:21:13:11:14:21:13:12:14 chr10 73046625 . C T 287.66 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0210523;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.176;QD=20.5468;RBI=0.0226708;REFB=-0.0341967;REVB=0.0084122;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968325;STB=0.564059;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0437008;OID=.;OPOS=73046625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:24:26:29:30:0.535714:20:9:10:14:20:10:12:14 chr10 73051388 . T C 794.26 PASS AF=0.469274;AO=80;DP=183;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=34;FWDB=-0.0137831;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.864;QD=17.7487;RBI=0.022315;REFB=-0.0189143;REVB=0.0175495;RO=90;SAF=42;SAR=38;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126402;STB=0.575401;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0331156;OID=.;OPOS=73051388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:179:90:95:80:84:0.469274:38:42:59:31:42:42:61:34 chr10 73082563 . A G 561.12 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=106;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=0.0108282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.387;QD=20.7821;RBI=0.0387308;REFB=-0.0187875;REVB=0.0371864;RO=50;SAF=15;SAR=41;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309694;STB=0.517235;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0171408;OID=.;OPOS=73082563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:50:51:56:57:0.527778:41:15:12:38:42:15:12:39 chr10 73104056 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.93;QD=62.3507;RBI=0.0526047;REFB=0;REVB=0.012142;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254107;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr10 73111408 . C T 607.63 PASS AF=0.484615;AO=61;DP=128;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.0365031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5216;QD=18.6963;RBI=0.0393991;REFB=0.0111874;REVB=0.0148261;RO=67;SAF=29;SAR=32;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114492;STB=0.553994;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0107355;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:67:67:61:63:0.484615:32:29:40:27:32:31:40:27 chr10 73111423 . G T 593.51 PASS AF=0.459259;AO=62;DP=135;FAO=62;FDP=135;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0111317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.305;QD=17.5854;RBI=0.0149139;REFB=-0.00403945;REVB=0.00992521;RO=73;SAF=36;SAR=26;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593252;STB=0.532999;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00432224;OID=.;OPOS=73111423;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:73:73:62:62:0.459259:26:36:38:35:26:36:38:35 chr10 73111433 . G C 642.5 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0724515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8868;QD=17.7242;RBI=0.0725168;REFB=0.0118177;REVB=0.00307806;RO=78;SAF=37;SAR=29;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594467;STB=0.529787;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0151958;OID=.;OPOS=73111433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:78:79:66:66:0.455172:29:37:39:39:29:37:40:39 chr10 73115941 . TG CA 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154181;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.45;QD=60.5473;RBI=0.0158859;REFB=0;REVB=0.00382671;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.48445e-05;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr10 73121913 . A G 1208.76 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117222;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.944;QD=61.2033;RBI=0.117272;REFB=0;REVB=0.00342668;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282075;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:73:79:1:28:45:0:0:29:50:0:0 chr10 73121945 . T C 368.51 PASS AF=0.448276;AO=31;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.033299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.198;QD=16.943;RBI=0.0337795;REFB=-0.0061771;REVB=0.00567679;RO=38;SAF=27;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296943;STB=0.542146;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00760516;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:48:31:39:0.448276:4:27:26:12:12:27:30:18 chr10 73270906 . T C 1440.82 PASS AF=0.971154;AO=99;DP=103;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0129031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.83;QD=55.416;RBI=0.0233117;REFB=-0.0355433;REVB=0.019415;RO=3;SAF=61;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227554;STB=0.511809;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=4.59932e-05;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:104:3:3:99:101:0.971154:38:61:3:0:39:62:3:0 chr10 73270981 . T TA 702.9 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242149;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=100.032;QD=59.8216;RBI=0.0357617;REFB=0;REVB=-0.0263162;RO=44;SAF=4;SAR=1;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000371944;OID=.;OPOS=73270982;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:47:47:0:33:14:0:0:4:44:4:1:30:14 chr10 73270982 . G A 623.4 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.074087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.737;QD=51.9501;RBI=0.0774679;REFB=-0.14229;REVB=-0.0226363;RO=5;SAF=29;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281712;STB=0.515043;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00718815;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:14:29:4:1:14:29:4:1 chr10 73434906 . G A 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0377871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.117;QD=11.015;RBI=0.0383792;REFB=-0.00474089;REVB=-0.00671536;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312663;STB=0.685175;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0158522;OID=.;OPOS=73434906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:10:18:5:9:10:18 chr10 73455201 . T C 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0813464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.775;QD=12.9207;RBI=0.0817775;REFB=-0.00315559;REVB=-0.0083856;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025645;STB=0.512184;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00432105;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:34:22:22:0.392857:8:14:19:12:8:14:21:13 chr10 73455273 . T C 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0414003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.655;QD=12.2289;RBI=0.0424263;REFB=0.0130198;REVB=0.00927385;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211277;STB=0.62343;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0253133;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:5:17:22:14:5:17:22:14 chr10 73472868 . C G 409.26 PASS AF=0.387097;AO=26;DP=92;FAO=36;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.000580663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.833;QD=17.6024;RBI=0.035054;REFB=-0.020309;REVB=0.0350492;RO=47;SAF=23;SAR=3;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42891;STB=0.582042;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0241381;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:50:26:36:0.387097:3:23:29:18:10:26:30:20 chr10 73472882 . C T 426.7 PASS AF=0.451923;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00929063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.332;QD=16.4116;RBI=0.0133745;REFB=-0.0145153;REVB=0.00962095;RO=57;SAF=28;SAR=19;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187011;STB=0.510443;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0108231;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:57:47:47:0.451923:19:28:35:22:19:28:35:22 chr10 73492079 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3588;QD=58.9608;RBI=0.0532883;REFB=0;REVB=-0.0119775;RO=0;SAF=52;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248152;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:14:52:0:0:14:52:0:0 chr10 73501556 . G A 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814551;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9864;QD=57.7365;RBI=0.0854916;REFB=0;REVB=0.0259592;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728727;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr10 73520632 . A C 1407.6 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3158;QD=61.1999;RBI=0.0931388;REFB=-0.0765779;REVB=0.0923115;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00153613;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:90:91:0.98913:49:41:0:0:50:41:1:0 chr10 73521578 . G A 286.55 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00212529;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.122;QD=15.0813;RBI=0.00671324;REFB=-0.0205164;REVB=0.00636795;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697201;STB=0.539449;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0293746;OID=.;OPOS=73521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:19:25:16:16:19:25 chr10 73533177 . A G 456.92 PASS AF=0.46;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.0215452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.242;QD=18.2766;RBI=0.0215583;REFB=-0.0114427;REVB=-0.000750154;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217158;STB=0.623236;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.015526;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:54:45:46:0.46:20:25:17:35:20:26:18:36 chr10 73537614 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.026326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.041;QD=14.9039;RBI=0.032696;REFB=-0.00996737;REVB=-0.01939;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914881;STB=0.56052;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0158129;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:11:15:16:17:11:15:16:18 chr10 73544093 . C G 407.47 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00750292;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.74;QD=17.3389;RBI=0.0126017;REFB=-0.0355322;REVB=-0.0101246;RO=53;SAF=28;SAR=14;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107706;STB=0.55382;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0316548;OID=.;OPOS=73544093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:52:42:42:0.446809:14:28:30:23:14:28:30:22 chr10 73550117 . C G 353.89 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0085529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.642;QD=18.6256;RBI=0.00876061;REFB=-0.0119784;REVB=0.00189636;RO=38;SAF=22;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147123;STB=0.51612;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0114927;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:38:39:37:37:0.486842:15:22:22:16:15:22:22:17 chr10 73576307 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0225113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.206;QD=10.3903;RBI=0.0349218;REFB=-0.0203973;REVB=0.0266978;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0366542;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr10 73585526 . A G 409.16 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00985647;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.124;QD=23.3806;RBI=0.0226263;REFB=-0.0199361;REVB=0.0203666;RO=29;SAF=36;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349765;STB=0.710396;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0159664;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:30:40:40:0.571429:4:36:19:10:4:36:19:11 chr10 73819046 . T C 253.22 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0146452;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.948;QD=21.5502;RBI=0.0235221;REFB=-0.000898781;REVB=0.0184068;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741;STB=0.534217;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00247151;OID=.;OPOS=73819046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:6:18:15:7:6:18:16:7 chr10 73822343 . T C 257.74 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00899869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.877;QD=18.4102;RBI=0.0197982;REFB=-0.019866;REVB=-0.017635;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145171;OID=.;OPOS=73822343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:8:20:20:8:8:20:20:8 chr10 74093652 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00605069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.615;QD=17.5879;RBI=0.0111281;REFB=-0.00697899;REVB=0.00933931;RO=28;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51148;STB=0.792824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182743;OID=.;OPOS=74093652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:4:18:9:19:4:18:9:19 chr10 74237247 . C CT 237.35 PASS AF=0.414634;AO=52;DP=125;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.0139121;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.6217;QD=7.71881;RBI=0.134167;REFB=-0.0556532;REVB=-0.133444;RO=69;SAF=21;SAR=31;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262777;STB=0.630835;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0439634;OID=.;OPOS=74237248;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:52:125:51:123:72:21:30:46:26:99:69:21:31:46:23 chr10 74937720 . C T 372.19 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.0179516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8081;QD=12.2029;RBI=0.075038;REFB=0.00314233;REVB=-0.0728591;RO=77;SAF=24;SAR=21;SRF=24;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243475;STB=0.637873;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00648992;OID=.;OPOS=74937720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:77:77:45:45:0.368852:21:24:24:53:21:24:24:53 chr10 75451768 . A G 40.1 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=57;FWDB=-0.0101366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.34;QD=2.00484;RBI=0.0102603;REFB=-0.00228279;REVB=-0.00158781;RO=71;SAF=1;SAR=8;SRF=14;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187499;STB=0.648257;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0172507;OID=.;OPOS=75451768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:71:71:9:9:0.1125:8:1:14:57:8:1:14:57 chr10 75526198 . C T 767.42 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=153;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00220423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.684;QD=20.0632;RBI=0.0221415;REFB=-0.0058698;REVB=0.0220315;RO=75;SAF=42;SAR=36;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165328;STB=0.509089;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00618584;OID=.;OPOS=75526198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:75:78:78:0.509804:36:42:39:36:36:42:39:36 chr10 75533448 . A G 289.86 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0270086;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5517;QD=16.3303;RBI=0.106444;REFB=0.000330969;REVB=-0.102961;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129192;STB=0.573157;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0022113;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:39:32:32:0.450704:19:13:20:17:19:13:21:18 chr10 75673879 . C T 303.21 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.114203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2108;QD=20.9111;RBI=0.118261;REFB=-0.0105296;REVB=0.030714;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569432;STB=0.536562;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00658932;OID=.;OPOS=75673879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:26:31:32:0.551724:10:21:16:10:10:22:16:10 chr10 75879820 . TAA CTA,TA,TAT 67.32 PASS AF=0.037037,0.314815,0.037037;AO=2,14,2;DP=55;FAO=2,17,2;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=0,9,0;FSAR=2,8,2;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=0.0955666,0.156958,0.0114831;FXX=0.0181785;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=23.8102,6.64294,200.388;QD=4.98652;RBI=0.0956659,0.276694,0.114967;REFB=-0.0538948,-0.108803,-0.0096252;REVB=0.00435819,-0.227868,-0.114392;RO=27;SAF=1,8,0;SAR=1,6,2;SRF=24;SRR=3;SSEN=0,0.324324,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.483257,-0.398274,-0.734551;STB=0.998285,0.737653,0.998285;STBP=0.007,0.061,0.007;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0959278,0.10556,0.268692;OID=.,.,.;OPOS=75879820,75879821,75879822;OREF=TA,A,A;OALT=CT,-,T;OMAPALT=CTA,TA,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:55:54:27:33:2,14,2:2,17,2:0.037037,0.314815,0.037037:1,6,2:1,8,0:24:3:2,8,2:0,9,0:29:4 chr10 76790612 . TG T 248.07 PASS AF=0.935484;AO=24;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0921956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3804;QD=32.0096;RBI=0.263787;REFB=-0.081749;REVB=0.247151;RO=4;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0643035;STB=0.527759;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.0183763;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.935484:24:31:29:31:2:17:12:2:0:6:4:17:7:2:2 chr10 76854564 . C T 462.78 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00611246;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.47;QD=17.3001;RBI=0.00811002;REFB=-0.00883409;REVB=0.00533012;RO=57;SAF=15;SAR=35;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230274;STB=0.628689;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00891054;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:57:57:50:50:0.46729:35:15:30:27:35:15:30:27 chr10 76855412 . G A 409.13 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00871403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.322;QD=17.9839;RBI=0.0116373;REFB=-0.0136592;REVB=0.00771317;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107807;STB=0.560316;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0134514;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:26:16:24:25:26:16:24:25 chr10 76861680 . T C 586.1 PASS AF=0.526786;AO=59;DP=112;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00377847;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6693;QD=20.9321;RBI=0.0207707;REFB=-0.00388861;REVB=-0.0204242;RO=52;SAF=26;SAR=33;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179878;STB=0.514831;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00569578;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:53:59:59:0.526786:33:26:24:28:33:26:25:28 chr10 76867899 . T C 211.23 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=78;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0452587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7274;QD=10.4313;RBI=0.0510306;REFB=-0.0147382;REVB=0.0235748;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227347;STB=0.645057;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0378257;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:54:54:23:27:0.333333:10:13:20:34:11:16:20:34 chr10 76995102 . G T 663.23 PASS AF=0.531746;AO=51;DP=129;FAO=67;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0034819;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.294;QD=21.055;RBI=0.0306821;REFB=-0.0237535;REVB=0.0304839;RO=61;SAF=14;SAR=37;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135112;STB=0.513569;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0207266;OID=.;OPOS=76995102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:61:59:51:67:0.531746:37:14:24:37:39:28:23:36 chr10 76995103 . A T 69.97 PASS AF=0.125;AO=14;DP=122;FAO=16;FDP=128;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=75;FWDB=-0.0150972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.683;QD=2.18661;RBI=0.023944;REFB=-0.0109509;REVB=-0.0185846;RO=107;SAF=12;SAR=2;SRF=33;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604885;STB=0.91313;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=76995103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:122:128:107:112:14:16:0.125:2:12:33:74:2:14:37:75 chr10 78629795 . C G,T 740.7 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,4;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400091,0.00214227;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.486,135.706;QD=55.9018;RBI=0.0334114,0.0316922;REFB=0,0;REVB=0.033171,0.0316197;RO=0;SAF=26,0;SAR=23,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000154846,0.0182616;OID=.,.;OPOS=78629795,78629795;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:53:53:0:0:49,4:50,3:0.943396,0.0566038:23,4:26,0:0:0:24,3:26,0:0:0 chr10 78636112 . T C 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0295614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7073;QD=25.3127;RBI=0.0296749;REFB=0.00252819;REVB=-0.00259319;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823354;STB=0.504583;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00111314;OID=.;OPOS=78636112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:6:7:11:9:6:7 chr10 78944590 . G A 406.17 PASS AF=0.66;AO=31;DP=48;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0137893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.581;QD=32.4939;RBI=0.0862232;REFB=-0.028546;REVB=0.0851134;RO=17;SAF=22;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132239;STB=0.550693;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00905635;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:17:17:31:33:0.66:9:22:9:8:11:22:9:8 chr10 79253630 . G T 330.61 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0955367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.648;QD=23.6149;RBI=0.0982291;REFB=-0.00562507;REVB=-0.0228404;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148867;STB=0.508192;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0108674;OID=.;OPOS=79253630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:10:13:18:15:10:13 chr10 79397245 . GGAAGAAGAAGAA GGAAGAAGAA,GGAAGAAGAAGAG 243.46 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=19,6;DP=64;FAO=21,6;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17,0;FSAR=4,6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0123869,-0.0274412;FXX=0.129011;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=164.477,47.8746;QD=18.0341;RBI=0.0328979,0.0528977;REFB=-0.0883351,-0.0508921;REVB=-0.0304769,-0.0452232;RO=28;SAF=15,0;SAR=4,6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.23493,-0.720288;STB=0.61207,0.998487;STBP=0.227,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.0895411,0.0169428;OID=.,.;OPOS=79397246,79397257;OREF=GAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=GGAAGAAGAA,GGAAGAAGAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.111111:19,6:64:21,6:54:27:17,0:4,6:18:9:99:28:15,0:4,6:17:11 chr10 79550544 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0778044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0039;QD=13.4416;RBI=0.0941978;REFB=-0.0189199;REVB=-0.0531009;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367135;STB=0.719518;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0176196;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:7:6:8:2:7:6 chr10 79553803 . C T 569.89 PASS AF=0.62963;AO=51;DP=81;FAO=51;FDP=81;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0165215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.249;QD=28.1429;RBI=0.0238363;REFB=-0.0462533;REVB=0.0171817;RO=30;SAF=24;SAR=27;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13295;STB=0.572226;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0221993;OID=.;OPOS=79553803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:30:51:51:0.62963:27:24:20:10:27:24:20:10 chr10 79579222 . G A 115.6 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00804906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.819;QD=11.0094;RBI=0.00848598;REFB=-0.00558916;REVB=-0.00268783;RO=28;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107278;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:4:10:20:8:4:10:20:8 chr10 79584178 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.302;QD=58.1414;RBI=0.0867043;REFB=0;REVB=0.0517223;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585437;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr10 79606441 . A C 403.55 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00810991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.758;QD=19.4484;RBI=0.00813878;REFB=0.000929025;REVB=-0.000684918;RO=42;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319335;STB=0.517726;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00110425;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:16:25:27:15:16:25:27:15 chr10 79616502 . C T 494.83 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=134;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00732144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9676;QD=14.7712;RBI=0.0443277;REFB=-0.00387671;REVB=-0.0437189;RO=78;SAF=32;SAR=23;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325079;STB=0.522549;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00649805;OID=.;OPOS=79616502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:79:55:55:0.410448:23:32:43:35:23:32:43:36 chr10 79616605 . T C 2038.04 PASS AF=0.992481;AO=128;DP=129;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0336521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.174;QD=61.2945;RBI=0.035575;REFB=0.0744469;REVB=0.0115375;RO=1;SAF=74;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637893;STB=0.503225;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000497111;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:133:1:1:128:132:0.992481:54:74:1:0:55:77:1:0 chr10 79628875 . A G 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0165782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.511;QD=20.5967;RBI=0.0166459;REFB=-0.0184182;REVB=0.00149999;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018852;STB=0.510628;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0157864;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:11:8:8:12:11:8 chr10 79760818 . A G 226.08 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0112782;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.453;QD=12.9189;RBI=0.0119202;REFB=-0.0258385;REVB=0.00385921;RO=43;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322712;STB=0.518505;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0382278;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:43:43:27:27:0.385714:13:14:21:22:13:14:21:22 chr10 79762028 . G A 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0276574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.395;QD=18.6163;RBI=0.0283367;REFB=-0.00645164;REVB=-0.00616741;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515955;STB=0.502875;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00949112;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:18:23:25:20:18:23:25:20 chr10 79793688 . C T 177.54 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00864588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2737;QD=12.2438;RBI=0.00938735;REFB=-0.00970249;REVB=-0.00365664;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14418;STB=0.583861;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0109618;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:16:6:14:22:16:6:14:22 chr10 80310465 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.701;QD=49.398;RBI=0.0157783;REFB=0.00873325;REVB=-0.00613091;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000170656;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr10 80310636 . G A 3139.04 PASS AF=1;AO=200;DP=200;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.826;QD=61.5499;RBI=0.0148944;REFB=0;REVB=-0.0121492;RO=0;SAF=102;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.23452e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2919e-05;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:204:0:0:200:204:1:98:102:0:0:99:105:0:0 chr10 81053475 . G A 758.99 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0323401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.451;QD=53.2622;RBI=0.0325721;REFB=-0.122649;REVB=0.00388079;RO=2;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427822;STB=0.522719;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00098571;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:21:33:0:2:21:34:0:2 chr10 81145701 . G C 693.81 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00786078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5585;QD=56.6377;RBI=0.0805559;REFB=-0.0547922;REVB=-0.0801714;RO=3;SAF=41;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214477;STB=0.615327;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0160516;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:5:41:0:3:5:41:0:3 chr10 81270253 . A G 112.68 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0359487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.47;QD=16.6929;RBI=0.0396121;REFB=0.0137643;REVB=0.0166375;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402954;STB=0.773642;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.030345;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:1:12:9:4:1:12:9:5 chr10 81270319 . T A 190.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00969629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.416;QD=19.0721;RBI=0.0194926;REFB=-0.0168945;REVB=-0.0169099;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308996;STB=0.642704;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0241451;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:19:20:0.5:4:15:10:10:5:15:10:10 chr10 81272881 . A G 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0441472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1359;QD=15.5685;RBI=0.0554876;REFB=-0.0141192;REVB=-0.0336139;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275208;STB=0.662823;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0159804;OID=.;OPOS=81272881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:7:5:2:9:7:5 chr10 81273505 . A G 50.39 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0989698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.819;QD=16.7957;RBI=0.099145;REFB=-0.0726662;REVB=0.00589187;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.54533;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0223007;OID=.;OPOS=81273505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:4:1:2:5:4:1 chr10 81273519 . A G 30.94 PASS AF=0.3;AO=3;DP=11;FAO=3;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0375165;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=163.136;QD=12.3752;RBI=0.0375216;REFB=-0.0543353;REVB=0.000615281;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167835;STB=0.545144;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0228763;OID=.;OPOS=81273519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:10:6:5:3:3:0.3:2:1:3:3:2:1:2:3 chr10 81319423 . C T 1116.46 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.637;QD=60.3492;RBI=0.129297;REFB=0;REVB=0.0225426;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314961;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr10 81319483 . A G 866.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.346;QD=56.8336;RBI=0.0450444;REFB=0;REVB=0.0256702;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73557e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr10 81371637 . T C 32.8 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0125149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.362;QD=2.91555;RBI=0.0495249;REFB=-0.00803244;REVB=-0.0479176;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577094;STB=0.881275;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0688655;OID=.;OPOS=81371637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:37:39:6:6:0.133333:1:5:11:26:1:5:13:26 chr10 81373674 . T C 540.65 PASS AF=0.504425;AO=56;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00328767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6881;QD=19.138;RBI=0.0281996;REFB=-0.000889234;REVB=0.0280073;RO=56;SAF=18;SAR=38;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106129;STB=0.561706;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000888744;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:56:56:56:57:0.504425:38:18:24:32:39:18:24:32 chr10 81701722 . T C 398.05 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0763973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1116;QD=18.0934;RBI=0.0763973;REFB=-0.0147493;REVB=-0.000116557;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440157;STB=0.556147;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0130739;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:47:41:41:0.465909:20:21:23:18:20:21:29:18 chr10 81706324 . A G 214.63 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0263502;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.106;QD=14.802;RBI=0.026523;REFB=-0.013643;REVB=0.0030226;RO=33;SAF=5;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268477;STB=0.660727;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.012322;OID=.;OPOS=81706324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:24:25:0.431034:19:5:14:19:20:5:14:19 chr10 81841692 . G T 903.08 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.178;QD=58.2634;RBI=0.0562205;REFB=0;REVB=0.0412801;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73243e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr10 81915136 . T C 1267.24 PASS AF=0.976744;AO=81;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00077315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7552;QD=58.9414;RBI=0.0792452;REFB=-0.0516311;REVB=0.0792414;RO=2;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375452;STB=0.501992;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00542796;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:86:2:2:81:84:0.976744:47:34:1:1:49:35:1:1 chr10 81917708 . A G 740.81 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465147;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.865;QD=56.9856;RBI=0.0470352;REFB=0;REVB=-0.00697812;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9106e-05;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr10 81926702 . G A 3308.11 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.85;QD=62.1241;RBI=0.0147863;REFB=0;REVB=0.0145151;RO=0;SAF=137;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24804e-06;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:213:0:0:212:213:1:75:137:0:0:76:137:0:0 chr10 82012599 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.426;QD=37.4885;RBI=0.131244;REFB=0;REVB=0.0156793;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014101;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr10 82012748 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3289;QD=42.1742;RBI=0.0907334;REFB=0;REVB=-0.0051618;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358411;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr10 82012954 . A G 823.96 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474804;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.034;QD=57.8218;RBI=0.048043;REFB=0;REVB=0.00733064;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414469;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr10 82012967 . G T 739.73 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.744;QD=56.9025;RBI=0.0526314;REFB=0;REVB=0.00636111;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134104;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr10 82013119 . G A 1477.63 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211861;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.758;QD=57.3837;RBI=0.0278814;REFB=-0.0902193;REVB=0.0181253;RO=1;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114303;STB=0.501892;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00129331;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:41:60:0:1:41:60:1:1 chr10 82034842 . A G 1415.14 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7286;QD=62.8953;RBI=0.0917577;REFB=0;REVB=0.0633457;RO=0;SAF=48;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000719835;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:40:48:0:0:42:48:0:0 chr10 82034854 . T C 1193.08 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176649;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.739;QD=61.1834;RBI=0.0461138;REFB=0;REVB=0.0425962;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39335e-05;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr10 82040052 . A G 1097.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2533;QD=60.153;RBI=0.0373665;REFB=0;REVB=0.0241073;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230912;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr10 82095968 . T G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.083;QD=62.022;RBI=0.0132236;REFB=0;REVB=0.00783015;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92148e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr10 82192713 . T A 430.97 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572552;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.356;QD=57.4627;RBI=0.0824146;REFB=0;REVB=0.0592791;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610912;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:15:15:0:0 chr10 82363340 . C A 673.07 PASS AF=0.377358;AO=80;DP=213;FAO=80;FDP=212;FR=.;FRO=132;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=68;FSRR=64;FWDB=0.0103335;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.526;QD=12.6995;RBI=0.0243723;REFB=-0.021168;REVB=-0.0220732;RO=132;SAF=45;SAR=35;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052557;STB=0.529719;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0357925;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:212:132:132:80:80:0.377358:35:45:68:64:35:45:68:64 chr10 82363404 . A G 667.41 PASS AF=0.388601;AO=75;DP=194;FAO=75;FDP=193;FR=.;FRO=118;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=72;FSRR=46;FWDB=-0.0248463;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1778;QD=13.8323;RBI=0.0274757;REFB=-0.0190442;REVB=-0.0117292;RO=114;SAF=48;SAR=27;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298861;STB=0.519568;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0315934;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:114:118:75:75:0.388601:27:48:70:44:27:48:72:46 chr10 82369195 . C T 323.87 PASS AF=0.4;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0210026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.2989;QD=14.3943;RBI=0.024183;REFB=-0.0157667;REVB=0.0119879;RO=52;SAF=22;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576611;STB=0.523123;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0300312;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:52:54:36:36:0.4:14:22:29:23:14:22:31:23 chr10 84745256 . C T 650.88 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2646;QD=61.9887;RBI=0.0779521;REFB=0;REVB=0.0322415;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149666;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr10 85960395 . A G 715.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5587;QD=56.1074;RBI=0.0738385;REFB=0;REVB=0.0721198;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231667;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:23:25:0:0:25:26:0:0 chr10 85972043 . A G 684.63 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0283105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8107;QD=50.7135;RBI=0.0307828;REFB=-0.0183042;REVB=-0.012087;RO=3;SAF=49;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168262;STB=0.59032;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0114493;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:2:49:2:1:2:49:2:1 chr10 85974236 . T C 1555.17 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367198;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.21;QD=59.2447;RBI=0.0369001;REFB=0;REVB=0.00364328;RO=0;SAF=63;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377959;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:40:63:0:0:40:65:0:0 chr10 85978939 . G A 1212.78 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4866;QD=59.8904;RBI=0.0177732;REFB=-0.0453351;REVB=-0.0141982;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000405262;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:40:40:0:1:40:40:0:1 chr10 85978991 . C T 360.9 PASS AF=0.469136;AO=36;DP=78;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0374032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.09;QD=17.8224;RBI=0.0395301;REFB=-0.0410387;REVB=-0.0127917;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396746;STB=0.511282;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0465168;OID=.;OPOS=85978991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:42:43:36:38:0.469136:22:14:18:24:22:16:19:24 chr10 85981801 . T G 305.02 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.66;QD=53.0474;RBI=0.0646241;REFB=0;REVB=0.0181498;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101973;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:17:4:0:0:19:4:0:0 chr10 85981842 . A G 47.69 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00370528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.195;QD=11.9224;RBI=0.0592364;REFB=-0.0111465;REVB=-0.0591204;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.781686;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00393689;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:4:5:1:6:4:5 chr10 85981889 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0276543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.161;QD=14.0964;RBI=0.0541521;REFB=-0.057939;REVB=-0.0465585;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268832;STB=0.689811;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0346186;OID=.;OPOS=85981889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:12:14:11:11:0.44:4:7:4:8:4:7:4:10 chr10 85984254 . GAAAAAG GAAAAG,GAAAAGA 33.5 PASS AF=0.177083,0.0416667;AO=40,5;DP=102;FAO=17,4;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=13,4;FSAR=4,0;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0802459,-0.0214875;FXX=0.039996;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.96364,96.0037;QD=1.39565;RBI=0.16422,0.0465786;REFB=-0.135168,-0.0193227;REVB=-0.143279,-0.0413262;RO=50;SAF=21,5;SAR=19,0;SRF=17;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.182337,0.654448;STB=0.815049,0.998106;STBP=0.006,0.006;TYPE=del,mnp;VARB=0.183267,0.165277;OID=.,.;OPOS=85984255,85984259;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAG,GAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177083,0.0416667:40,5:102:17,4:96:75:13,4:4,0:26:49:24:50:21,5:19,0:17:33 chr10 85984323 . G A 291.19 PASS AF=0.393258;AO=33;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00586745;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8316;QD=13.0874;RBI=0.0778522;REFB=-0.027188;REVB=-0.0776308;RO=55;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686343;STB=0.565039;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.035628;OID=.;OPOS=85984323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:55:54:33:35:0.393258:19:14:20:35:19:16:19:35 chr10 85984423 . C T 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00180028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.299;QD=19.9928;RBI=0.0034444;REFB=-0.0185352;REVB=0.00293648;RO=46;SAF=29;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136937;STB=0.576124;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0176805;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:16:29:23:23:16:29:23:23 chr10 85984444 . T G 606.15 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0329023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2306;QD=24.4908;RBI=0.0582648;REFB=-0.0419237;REVB=-0.0480855;RO=39;SAF=35;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137361;STB=0.563195;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0233368;OID=.;OPOS=85984444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:39:44:55:55:0.555556:20:35:18:21:20:35:22:22 chr10 85984723 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00879727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.739;QD=15.3052;RBI=0.00898088;REFB=-0.00942765;REVB=0.00180672;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028557;STB=0.51615;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0100586;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:13:17:21:18:13:17:21:18 chr10 85992390 . G T 166.48 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0737372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.2789;QD=15.4861;RBI=0.146976;REFB=-0.0430443;REVB=0.127141;RO=24;SAF=14;SAR=4;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848091;STB=0.519063;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0619237;OID=.;OPOS=85992390;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:4:14:20:4:4:14:20:5 chr10 85992478 . T C 445.22 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.105;QD=57.4474;RBI=0.0560659;REFB=0;REVB=0.0453097;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65189e-05;OID=.;OPOS=85992478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:10:21:0:0 chr10 85992511 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1657;QD=58.5847;RBI=0.0570181;REFB=0;REVB=0.024628;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000440353;OID=.;OPOS=85992511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr10 85993836 . A G 771.53 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012093;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.62;QD=64.2939;RBI=0.0122037;REFB=0;REVB=0.00164013;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155568;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr10 85993910 . G A 1023.42 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6967;QD=59.3289;RBI=0.0843849;REFB=0;REVB=0.0801757;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251314;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr10 85997250 . G A 536.64 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0343274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.928;QD=45.6712;RBI=0.0429434;REFB=-0.0124754;REVB=0.0258024;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.58269;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00167113;OID=.;OPOS=85997250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:0:8:39:39:0.829787:12:27:0:0:12:27:2:6 chr10 86004873 . TG CA,CG,GG 726.74 PASS AF=0.0212766,0.957447,0.0212766;AO=2,44,2;DP=48;FAO=1,45,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26,1;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727019,0.0408125,0.00263418;FXX=0.020829;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=130.881,108.863,75.124;QD=61.85;RBI=0.0753184,0.0452557,0.0459457;REFB=0,0,0;REVB=-0.0196799,-0.0195555,-0.0458701;RO=0;SAF=2,25,2;SAR=0,19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=-0.00113477,-0.0059222,0.0796781;OID=.,.,.;OPOS=86004873,86004873,86004873;OREF=TG,T,T;OALT=CA,C,G;OMAPALT=CA,CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:47:0:0:2,44,2:1,45,1:0.0212766,0.957447,0.0212766:0,19,0:2,25,2:0:0:0,19,0:1,26,1:0:0 chr10 86012713 . C T 1339.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.5;QD=62.3131;RBI=0.0135024;REFB=0;REVB=0.00904365;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5214e-06;OID=.;OPOS=86012713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:43:43:0:0 chr10 86017740 . C T 455.26 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.018908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4889;QD=17.8532;RBI=0.0820696;REFB=0.00118973;REVB=0.0798618;RO=53;SAF=34;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932535;STB=0.555532;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000404111;OID=.;OPOS=86017740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:53:53:48:49:0.480392:14:34:33:20:14:35:33:20 chr10 86274871 . C T 2658.86 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.362;QD=62.1954;RBI=0.0236672;REFB=0;REVB=0.0222163;RO=0;SAF=74;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18201e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:0:0:169:171:1:95:74:0:0:97:74:0:0 chr10 87359676 . T A 319.52 PASS AF=0.966667;AO=20;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.4832;QD=42.6028;RBI=0.278851;REFB=-0.210501;REVB=0.278851;RO=10;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0303516;OID=.;OPOS=87359676;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:10:1:20:29:0.966667:20:0:0:10:29:0:0:1 chr10 87359826 . A G 435.94 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00414711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.997;QD=54.492;RBI=0.025259;REFB=-0.136438;REVB=0.0249162;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00108697;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr10 87361961 . G A 115.17 PASS AF=0.571429;AO=10;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0191386;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.807;QD=21.9367;RBI=0.0243956;REFB=-0.0494216;REVB=0.0151281;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123877;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0266658;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:22:21:7:8:10:12:0.571429:6:4:4:3:7:5:5:3 chr10 87898729 . G A 410.08 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00632003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.32;QD=14.516;RBI=0.0125587;REFB=-0.0158216;REVB=0.0108525;RO=58;SAF=19;SAR=28;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790251;STB=0.582856;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.022119;OID=.;OPOS=87898729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:66:47:47:0.415929:28:19:28:30:28:19:36:30 chr10 88126072 . G A 249.46 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00896928;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.967;QD=24.9458;RBI=0.0761128;REFB=-0.0183289;REVB=0.0755825;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128396;STB=0.578881;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0133811;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:10:12:12:5:11:12:12:5 chr10 88281283 . G T 44.15 PASS AF=0.166667;AO=5;DP=30;FAO=5;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0933557;FXX=0.0322477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=29.9486;QD=5.88686;RBI=0.16303;REFB=-0.0837901;REVB=0.133654;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585687;STB=0.868361;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.128045;OID=.;OPOS=88281283;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:30:30:17:19:5:5:0.166667:4:1:13:4:4:1:14:5 chr10 88422116 . C T 2510.71 PASS AF=0.939227;AO=170;DP=181;FAO=170;FDP=181;FR=.;FRO=11;FSAF=72;FSAR=98;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.044563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.473;QD=55.4853;RBI=0.0516251;REFB=-0.160244;REVB=0.0260632;RO=2;SAF=72;SAR=98;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173247;STB=0.50941;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00203713;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:181:181:2:11:170:170:0.939227:98:72:1:1:98:72:3:8 chr10 88505700 . T G 330.53 PASS AF=0.5;AO=27;DP=65;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00582465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.741;QD=18.3628;RBI=0.00602099;REFB=-0.0240463;REVB=0.00152506;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373917;STB=0.527762;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0230441;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:72:36:36:27:36:0.5:14:13:16:20:17:19:17:19 chr10 88683890 . T A 38.61 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.042122;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.479;QD=4.98186;RBI=0.0549706;REFB=-0.0195551;REVB=0.0353201;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237622;STB=0.676903;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0813745;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:33:31:20:25:6:6:0.193548:3:3:14:6:3:3:18:7 chr10 88702350 . G C 538.46 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6287;QD=59.8283;RBI=0.0964917;REFB=0;REVB=0.0457923;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121626;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:22:14:0:0 chr10 88702390 . G A 50.97 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0102;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.812;QD=14.5639;RBI=0.0102578;REFB=-0.00192282;REVB=-0.00108672;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.620296;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00579502;OID=.;OPOS=88702390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:7:7:0.5:6:1:2:5:6:1:2:5 chr10 88717140 . T A 2358.92 PASS AF=0.987342;AO=153;DP=157;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0064081;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7441;QD=59.7194;RBI=0.0757288;REFB=-0.126406;REVB=0.0754571;RO=1;SAF=116;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012681;STB=0.512194;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00143439;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:158:1:2:153:156:0.987342:37:116:0:1:40:116:0:2 chr10 88717154 . C T 582.88 PASS AF=0.393064;AO=66;DP=174;FAO=68;FDP=173;FR=.;FRO=105;FSAF=51;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.00201303;FXX=0.0114279;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.871;QD=13.4771;RBI=0.00662918;REFB=-0.0110018;REVB=0.00631614;RO=93;SAF=51;SAR=15;SRF=59;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180854;STB=0.614299;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0218914;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:93:105:66:68:0.393064:15:51:59:34:17:51:62:43 chr10 88719789 . C G 356.02 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0281275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4691;QD=16.559;RBI=0.032395;REFB=0.0143698;REVB=-0.016071;RO=48;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317999;STB=0.51787;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0248597;OID=.;OPOS=88719789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:17:21:25:23:17:21:25:23 chr10 88722398 . A T 315.53 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00964504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.625;QD=24.2715;RBI=0.0108121;REFB=-0.0174373;REVB=-0.00488625;RO=21;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133689;STB=0.573501;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00897724;OID=.;OPOS=88722398;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:16:15:14:7:16:15:14:7 chr10 88730106 . C T 97.48 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.096048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0324;QD=13.4461;RBI=0.124076;REFB=-0.00505925;REVB=0.0785476;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285657;STB=0.632553;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0163422;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:17:17:11:12:0.413793:7:4:11:6:7:5:11:6 chr10 88730177 . A G 107.36 PASS AF=0.393939;AO=8;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0973267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.833;QD=13.0127;RBI=0.098098;REFB=-0.0443961;REVB=0.0122774;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398056;STB=0.801576;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0728042;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:8:13:0.393939:6:2:12:8:11:2:12:8 chr10 88730312 . T C 249.84 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0241788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2055;QD=19.9873;RBI=0.0254998;REFB=-0.0452616;REVB=-0.00810103;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0464787;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:26:23:24:0.48:11:12:14:10:12:12:14:12 chr10 88768253 . A G 295.64 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0122551;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8512;QD=19.7091;RBI=0.0334858;REFB=-0.0193804;REVB=0.0311626;RO=29;SAF=25;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144945;STB=0.581339;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0110467;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:6:25:20:9:6:25:20:9 chr10 88768657 . C T 247.16 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0131067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1039;QD=13.3599;RBI=0.0228716;REFB=-0.00404099;REVB=-0.0187437;RO=45;SAF=9;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154582;STB=0.588769;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00478251;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:20:9:20:25:20:9:20:25 chr10 88782084 . A G 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0333128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1782;QD=23.2331;RBI=0.0382755;REFB=-0.0128556;REVB=-0.0188487;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423907;STB=0.523783;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00903221;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:8:5:6:12:8:5 chr10 88782111 . C T 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0370558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9879;QD=11.6323;RBI=0.043416;REFB=-0.0364619;REVB=-0.0226234;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998889;STB=0.523762;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0291307;OID=.;OPOS=88782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:14:16:10:10:0.384615:4:6:7:7:4:6:9:7 chr10 88782151 . C T 38.16 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00728325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.144;QD=10.1756;RBI=0.0220807;REFB=-0.0401146;REVB=-0.0208449;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0501066;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:5:4:2:4:5:4 chr10 88820789 . T C 502.21 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.105207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3092;QD=27.5184;RBI=0.105454;REFB=-0.00976172;REVB=-0.00721387;RO=26;SAF=29;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106783;STB=0.514895;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00788832;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:26:27:46:46:0.630137:17:29:16:10:17:29:16:11 chr10 88939898 . C T 530.46 PASS AF=0.44186;AO=55;DP=128;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0217797;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1777;QD=16.4482;RBI=0.0317348;REFB=-0.0294092;REVB=-0.0230812;RO=72;SAF=19;SAR=36;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134915;STB=0.56025;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0243305;OID=.;OPOS=88939898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:72:72:55:57:0.44186:36:19:34:38:36:21:34:38 chr10 88939962 . T C 304.15 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0126202;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.599;QD=12.4142;RBI=0.0145816;REFB=-0.0179119;REVB=-0.00730421;RO=63;SAF=8;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261571;STB=0.652079;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0428293;OID=.;OPOS=88939962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:63:63:35:35:0.357143:27:8:27:36:27:8:27:36 chr10 88988115 . G A 231.78 PASS AF=0.383562;AO=24;DP=70;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00653839;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.335;QD=12.7;RBI=0.0102091;REFB=-0.0395181;REVB=-0.00784061;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972548;STB=0.588979;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0724619;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:43:45:24:28:0.383562:13:11:16:27:14:14:16:29 chr10 88992641 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.027;QD=48.7373;RBI=0.0498218;REFB=0;REVB=0.0266044;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297917;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr10 89267957 . C T 2038.16 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=132;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.262;QD=61.2981;RBI=0.0190954;REFB=-0.0597276;REVB=-0.000272758;RO=1;SAF=72;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655568;STB=0.503448;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=7.79653e-05;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:133:1:1:131:132:0.992481:59:72:1:0:60:72:1:0 chr10 89420789 . A G 312.42 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0625622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.525;QD=12.1327;RBI=0.0637262;REFB=-0.0197812;REVB=-0.0121245;RO=65;SAF=17;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835601;STB=0.547801;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0280901;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:21:17:34:31:21:17:34:31 chr10 89463480 . G A 393.16 PASS AF=0.445652;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0431395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.667;QD=17.0939;RBI=0.0463155;REFB=-0.0269623;REVB=0.0168555;RO=51;SAF=26;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244929;STB=0.518919;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.024801;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:51:51:40:41:0.445652:14:26:32:19:14:27:32:19 chr10 89473818 . CAA ACA,CA,CAC 31.41 PASS AF=0.0375,0.0875,0.0375;AO=3,16,3;DP=80;FAO=3,7,3;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=0,2,0;FSAR=3,5,3;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=-0.0298856,-0.0911518,-0.0190591;FXX=0.0243873;HRUN=1,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=69.9696,14.0718,154.142;QD=1.57054;RBI=0.0324375,0.113894,0.0629567;REFB=-0.0263331,-0.116728,-0.0207673;REVB=-0.0126111,-0.0682875,-0.0600024;RO=55;SAF=0,4,0;SAR=3,12,3;SRF=46;SRR=9;SSEN=0,0.327335,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.678347,-0.642359,-0.678347;STB=0.997911,0.838189,0.997911;STBP=0.007,0.111,0.007;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0630505,0.0484871,0.115986;OID=.,.,.;OPOS=89473818,89473819,89473820;OREF=CA,A,A;OALT=AC,-,C;OMAPALT=ACA,CA,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:80:80:55:67:3,16,3:3,7,3:0.0375,0.0875,0.0375:3,12,3:0,4,0:46:9:3,5,3:0,2,0:48:19 chr10 89624218 . C G 319.66 PASS AF=0.313253;AO=22;DP=81;FAO=26;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0266891;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.736;QD=15.4055;RBI=0.0267768;REFB=-0.0449113;REVB=0.00216545;RO=43;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170435;STB=0.633696;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0358454;OID=.;OPOS=89624218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:43:43:22:26:0.313253:8:14:21:22:8:18:21:22 chr10 89720907 . T G 2773.97 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4439;QD=61.9881;RBI=0.0549672;REFB=-0.123571;REVB=-9.91067e-05;RO=1;SAF=76;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464461;STB=0.502439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000880104;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:179:1:1:178:178:0.994413:102:76:0:1:102:76:0:1 chr10 89725861 . C T 35.8 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0434315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.792;QD=1.93529;RBI=0.0573211;REFB=-0.0025395;REVB=-0.0374088;RO=66;SAF=2;SAR=6;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402154;STB=0.796785;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0340069;OID=.;OPOS=89725861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:6:2:40:26:6:2:40:26 chr10 89726861 . T G 41.73 PASS AF=0.129032;AO=7;DP=66;FAO=8;FDP=62;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0824589;FXX=0.0746157;HRUN=9;LEN=1;MLLD=20.0933;QD=2.69214;RBI=0.102158;REFB=-0.00185903;REVB=0.0603059;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10735;STB=0.521686;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.0212187;OID=.;OPOS=89726861;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:66:62:32:54:7:8:0.129032:3:4:21:11:3:5:35:19 chr10 90345429 . G A 980.43 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701693;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3578;QD=59.4201;RBI=0.0850389;REFB=0;REVB=0.0480404;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249403;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr10 90356598 . A G 1026.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544439;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7032;QD=59.5069;RBI=0.0603569;REFB=0;REVB=-0.026054;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93454e-05;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:49:20:0:0:49:20:0:0 chr10 90425327 . T C 287.45 PASS AF=0.346154;AO=36;DP=104;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0192383;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.714;QD=11.0559;RBI=0.019659;REFB=-0.00706301;REVB=-0.00404501;RO=67;SAF=30;SAR=6;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38981;STB=0.733979;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0208567;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:68:36:36:0.346154:6:30:37:30:6:30:37:31 chr10 90429652 . A G 617.34 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0130646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.495;QD=26.8407;RBI=0.0136014;REFB=-0.00897831;REVB=0.00378352;RO=37;SAF=25;SAR=30;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122779;STB=0.566905;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00585395;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:37:55:55:0.597826:30:25:23:14:30:25:23:14 chr10 90438207 . A G 324.48 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0228026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.912;QD=16.8562;RBI=0.0329273;REFB=-0.01475;REVB=0.023754;RO=41;SAF=10;SAR=25;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300668;STB=0.675572;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0146514;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:42:35:35:0.454545:25:10:24:17:25:10:25:17 chr10 90490921 . G A 254.21 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00708875;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.851;QD=15.1764;RBI=0.0108815;REFB=-0.00723164;REVB=-0.00825565;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175274;STB=0.599306;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00759086;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:18:11:21:17:18:11:21:17 chr10 90503075 . T C 467.73 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0101579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.164;QD=20.1172;RBI=0.010346;REFB=0.00322904;REVB=0.00196385;RO=47;SAF=31;SAR=15;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269658;STB=0.649767;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0037069;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:15:31:18:29:15:31:18:29 chr10 90512306 . G C 307.61 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0236501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5908;QD=17.3298;RBI=0.0310506;REFB=-0.00962832;REVB=0.0201199;RO=37;SAF=25;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21211;STB=0.623921;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0180906;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:8:25:21:16:8:26:21:16 chr10 90524237 . T C 267.32 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=64;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00143443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.364;QD=16.2011;RBI=0.023083;REFB=-0.0152015;REVB=0.0230383;RO=36;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14709;STB=0.549417;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0203895;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:36:36:28:30:0.454545:20:8:15:21:20:10:15:21 chr10 90530660 . C A 436.47 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.103323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3573;QD=18.773;RBI=0.107567;REFB=0.0126626;REVB=-0.0299153;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191098;STB=0.606366;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0160704;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:26:18:30:19:26:18:30:19 chr10 90534893 . C T 242.76 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0795801;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.803;QD=17.036;RBI=0.0811426;REFB=-0.00689754;REVB=-0.0158471;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124969;STB=0.570417;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00711871;OID=.;OPOS=90534893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:15:15:17:10:15:15 chr10 90562705 . T A 534.43 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0267247;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.331;QD=19.9789;RBI=0.0273774;REFB=0.00549759;REVB=0.00594277;RO=51;SAF=39;SAR=16;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138512;STB=0.58295;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.0064389;OID=.;OPOS=90562705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:52:55:55:0.514019:16:39:29:22:16:39:29:23 chr10 90771829 . T C 477.79 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0412184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2037;QD=51.6526;RBI=0.0488232;REFB=-0.0732901;REVB=0.0261677;RO=2;SAF=16;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.529395;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00648891;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:2:2:33:35:0.945946:17:16:2:0:19:16:2:0 chr10 90823093 . G GT 35.82 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.123815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5845;QD=6.51226;RBI=0.133689;REFB=-0.0452144;REVB=-0.0504263;RO=15;SAF=0;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.786004;STB=0.877043;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.0603058;OID=.;OPOS=90823094;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182:6:22:7:22:15:1:6:11:4:35:15:0:6:11:4 chr10 90966437 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0268419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.925;QD=18.9661;RBI=0.0308172;REFB=-0.0174353;REVB=-0.0151398;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563503;STB=0.531886;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0136253;OID=.;OPOS=90966437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:11:14:11:11:11:14 chr10 90966546 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.037;QD=56.7058;RBI=0.0761705;REFB=0;REVB=0.0404752;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119867;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:7:22:0:0:7:22:0:0 chr10 90966996 . C G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0091;QD=61.6827;RBI=0.0353175;REFB=0;REVB=-0.00583831;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030599;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr10 91007360 . T G 278.25 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00218758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.139;QD=16.3677;RBI=0.0235544;REFB=-0.0102478;REVB=-0.0234526;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19707;STB=0.591663;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0148073;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:30:31:0.455882:17:13:23:13:17:14:23:14 chr10 91066460 . T A 757.66 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161994;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.32;QD=57.1818;RBI=0.0182857;REFB=0;REVB=0.00848216;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74519e-05;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr10 91066769 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.181;QD=57.1062;RBI=0.013024;REFB=0;REVB=-0.00798126;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53142e-06;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr10 91067595 . C G 1995.16 PASS AF=1;AO=116;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.269;QD=61.8655;RBI=0.025423;REFB=0;REVB=0.0101363;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374613;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:116:129:1:59:57:0:0:63:66:0:0 chr10 91099630 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0110308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.606;QD=20.1601;RBI=0.037691;REFB=-0.00450438;REVB=-0.0360408;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00232034;OID=.;OPOS=91099630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:5:9:9:7:5:9 chr10 91099943 . C G 768.44 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.398;QD=56.9212;RBI=0.0630312;REFB=0;REVB=0.0598584;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231909;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:22:32:0:0 chr10 91100068 . C A 162.57 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0149512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.179;QD=16.6736;RBI=0.0150093;REFB=-0.0119331;REVB=0.00131982;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187863;STB=0.589647;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0171854;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:7:14:9:9:7:14 chr10 91143529 . T A 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.631;QD=61.5325;RBI=0.0272869;REFB=0;REVB=0.0255451;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13438e-05;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr10 91162497 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220961;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.142;QD=56.1916;RBI=0.00635271;REFB=0;REVB=0.00595605;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20927e-06;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr10 91162677 . C T 221.82 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.000532137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.65;QD=18.485;RBI=0.017367;REFB=-0.0133434;REVB=-0.0173588;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098829;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.009633;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:12:10:14:11:12:10:14:12 chr10 91172555 . AAG A,AA 132.78 PASS AF=0,0.46875;AO=4,10;DP=32;FAO=0,15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5;FSAR=0,10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0215999,0.0222314;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=233.253,243.024;QD=16.5971;RBI=0.021755,0.0258338;REFB=-0.0129726,-0.00995476;REVB=0.00259366,0.0131585;RO=16;SAF=2,3;SAR=2,7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.217976;STB=0.5,0.608547;STBP=1,0.269;TYPE=del,del;VARB=0,0.0126652;OID=.,.;OPOS=91172556,91172557;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.46875:4,10:32:0,15:32:17:0,5:0,10:9:8:99:16:2,3:2,7:8:8 chr10 91178000 . C T 532.3 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0055568;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.556;QD=57.5462;RBI=0.027898;REFB=-0.199044;REVB=-0.027339;RO=1;SAF=27;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170248;STB=0.509086;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00186784;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:9:27:1:0:9:27:1:0 chr10 91222287 . A C 408.57 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0245426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6496;QD=17.9592;RBI=0.0307471;REFB=-0.00129721;REVB=-0.0185216;RO=48;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.522282;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00166957;OID=.;OPOS=91222287;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:49:42:42:0.461538:18:24:26:22:18:24:26:23 chr10 91343845 . A T 555.64 PASS AF=0.537736;AO=55;DP=104;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0579947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.29;QD=20.9674;RBI=0.0580419;REFB=-0.0089052;REVB=-0.00233983;RO=49;SAF=18;SAR=37;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761924;STB=0.537917;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0085107;OID=.;OPOS=91343845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:49:49:55:57:0.537736:37:18:20:29:38:19:20:29 chr10 91352966 . G A 2091.25 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0585407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3784;QD=61.0585;RBI=0.059798;REFB=-0.122273;REVB=0.0121978;RO=2;SAF=79;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258482;STB=0.501399;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00156925;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:137:2:2:134:135:0.985401:55:79:1:1:55:80:1:1 chr10 91404448 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0478096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.654;QD=8.25479;RBI=0.0514368;REFB=-0.0217414;REVB=0.0189734;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0350132;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:8:4:5:1:8:4 chr10 91470834 . A C 83.11 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0795145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8848;QD=9.49862;RBI=0.0977047;REFB=-0.0187066;REVB=0.0567772;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133345;STB=0.581662;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0463263;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:3:8:15:9:3:8:15:9 chr10 91484780 . G A 249.19 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=102;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00791273;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.359;QD=9.86896;RBI=0.00970651;REFB=-0.0122227;REVB=-0.00562184;RO=69;SAF=20;SAR=12;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379243;STB=0.522179;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0281703;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:69:69:32:32:0.316832:12:20:41:28:12:20:41:28 chr10 91497902 . C CTAAAAG 186.42 PASS AF=0.233871;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=124;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0134576;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=6;MLLD=258.327;QD=6.01368;RBI=0.0166114;REFB=-0.0133041;REVB=-0.00973814;RO=97;SAF=11;SAR=18;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.589768;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=0.0406474;OID=.;OPOS=91497903;OREF=-;OALT=TAAAAG;OMAPALT=CTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233871:29:128:29:124:95:11:18:47:48:99:97:11:18:49:48 chr10 91498127 . T C 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0418148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2005;QD=23.0009;RBI=0.0418246;REFB=-0.00229155;REVB=-0.000905626;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19557;STB=0.608618;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00321156;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:20:9:12:10:20:9:12:10 chr10 91498254 . A G 190.18 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0278851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.529;QD=21.7343;RBI=0.0405723;REFB=-0.00538562;REVB=0.0294708;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0196011;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:8:8:11:8:8:8 chr10 91498318 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0728098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.075;QD=9.44384;RBI=0.0848189;REFB=-0.013153;REVB=0.0435085;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.019981;OID=.;OPOS=91498318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:4:2:4:5:4:2:4:6 chr10 91503660 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0204456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.968;QD=14.0791;RBI=0.0205285;REFB=-0.00614165;REVB=-0.00184217;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350398;STB=0.535655;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0104123;OID=.;OPOS=91503660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:8:12:0.428571:2:6:7:9:6:6:7:9 chr10 91738556 . C A 1208.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9493;QD=61.2112;RBI=0.0466227;REFB=0;REVB=-0.0464258;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318923;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:33:45:0:1:34:45:0:0 chr10 91923501 . G A 1811.01 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00272178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.031;QD=60.367;RBI=0.0158572;REFB=-0.0247947;REVB=0.0156218;RO=2;SAF=58;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158253;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156827;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:120:2:0:117:120:1:59:58:0:2:62:58:0:0 chr10 92456074 . C T 198.55 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00688162;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.81;QD=9.12887;RBI=0.0284075;REFB=-0.0111735;REVB=-0.0275614;RO=60;SAF=16;SAR=10;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596773;STB=0.542092;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0219938;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:61:26:26:0.298851:10:16:34:26:10:16:34:27 chr10 92456132 . T C 424.05 PASS AF=0.398374;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=123;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.00845847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.921;QD=13.7902;RBI=0.0113429;REFB=-0.0209394;REVB=-0.00755743;RO=72;SAF=29;SAR=20;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211331;STB=0.510165;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0290185;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:72:74:49:49:0.398374:20:29:44:28:20:29:45:29 chr10 92503619 . T C 265.33 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00598487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.776;QD=17.9887;RBI=0.0467302;REFB=-0.0245526;REVB=0.0463454;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048118;STB=0.526421;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0271459;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:28:29:0.491525:15:13:15:14:16:13:15:15 chr10 93608142 . G A 257.35 PASS AF=0.4;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0116948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.379;QD=13.7251;RBI=0.0121165;REFB=0.00538644;REVB=-0.0031686;RO=44;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175591;STB=0.606312;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00961749;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:45:30:30:0.4:12:18:19:25:12:18:19:26 chr10 93667635 . C T 701.48 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.152;QD=52.9416;RBI=0.0472305;REFB=-0.0818236;REVB=0.00626413;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00242522;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:53:1:1:51:52:0.981132:19:32:0:1:20:32:0:1 chr10 93841227 . A G 1046.44 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.228;QD=59.7964;RBI=0.149973;REFB=0;REVB=0.0240758;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339136;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:65:70:1:42:23:0:0:42:28:0:0 chr10 93999850 . A G 115.76 PASS AF=0.358974;AO=8;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00667126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.342;QD=11.873;RBI=0.0662727;REFB=-0.0206075;REVB=0.065936;RO=24;SAF=8;SAR=0;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.722324;STB=0.529369;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0397428;OID=.;OPOS=93999850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:24:25:8:14:0.358974:0:8:14:10:5:9:15:10 chr10 94264625 . C T 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0262704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.886;QD=15.643;RBI=0.0282016;REFB=-0.0247797;REVB=-0.0102565;RO=29;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300043;STB=0.673972;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.03297;OID=.;OPOS=94264625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:5:15:14:15:5:15:14:15 chr10 94594565 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0517263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2844;QD=14.9039;RBI=0.0542435;REFB=-0.0203651;REVB=0.0163322;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801886;STB=0.54542;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0156757;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:21:13:12:14:21:13 chr10 94695617 . C T 746.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.292;QD=63.5679;RBI=0.0738133;REFB=0;REVB=0.0706684;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110614;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr10 94822686 . C T 1041.81 PASS AF=0.606667;AO=91;DP=150;FAO=91;FDP=150;FR=.;FRO=59;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.000491832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9809;QD=27.7817;RBI=0.0047825;REFB=-0.0305974;REVB=0.00475714;RO=58;SAF=51;SAR=40;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809101;STB=0.540627;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0220083;OID=.;OPOS=94822686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:58:59:91:91:0.606667:40:51:26:32:40:51:27:32 chr10 95072906 . T C 2107.52 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00935591;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.936;QD=62.9109;RBI=0.0148078;REFB=0;REVB=0.0114776;RO=0;SAF=62;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262322;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:72:62:0:0:72:62:0:0 chr10 95093618 . G C 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00125251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.022;QD=6.57183;RBI=0.0252163;REFB=-0.00942212;REVB=-0.0251852;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301558;STB=0.692552;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0264472;OID=.;OPOS=95093618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:3:8:18:19:3:8:18:19 chr10 95168634 . A G 661.67 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00779176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.467;QD=24.9686;RBI=0.0090788;REFB=-0.0309484;REVB=-0.00465973;RO=41;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102905;STB=0.555007;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.027779;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:41:43:63:63:0.59434:32:31:26:15:32:31:27:16 chr10 95237963 . A G 2197.03 PASS AF=0.961538;AO=150;DP=156;FAO=150;FDP=156;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00195423;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2138;QD=56.3341;RBI=0.00345723;REFB=-0.0337287;REVB=0.00285191;RO=4;SAF=39;SAR=111;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152731;STB=0.503268;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0101733;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:156:156:4:6:150:150:0.961538:111:39:2:2:110:40:2:4 chr10 95259979 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.901;QD=53.2772;RBI=0.0197204;REFB=0;REVB=0.0127119;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441693;OID=.;OPOS=95259979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr10 95262981 . A G 851.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9708;QD=57.7101;RBI=0.127331;REFB=0;REVB=0.105432;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167368;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr10 95279506 . A T 384.71 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00168498;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.952;QD=22.9674;RBI=0.011257;REFB=-0.000627102;REVB=0.0111302;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167911;STB=0.596102;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00049841;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:29:37:38:0.567164:23:14:17:12:24:14:17:12 chr10 95279653 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4227;QD=61.336;RBI=0.0444086;REFB=0;REVB=0.0438851;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446658;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr10 95326676 . C T 217.52 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0180013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.224;QD=22.8963;RBI=0.0765046;REFB=-0.0632991;REVB=0.0743566;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212621;STB=0.618934;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0378629;OID=.;OPOS=95326676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:6:11:8:13:6:11 chr10 95431667 . AA TG 74.04 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=61;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00122846;FXX=0.393378;HRUN=4;LEN=2;MLLD=282.084;QD=8.00436;RBI=0.00741239;REFB=-0.00767008;REVB=0.00730989;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150496;STB=0.637243;STBP=0.405;TYPE=mnp;VARB=0.0352917;OID=.;OPOS=95431667;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:61:37:27:29:7:8:0.216216:4:3:15:12:5:3:16:13 chr10 95459817 . C T 441.46 PASS AF=0.351351;AO=51;DP=147;FAO=52;FDP=148;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0169285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8142;QD=11.9313;RBI=0.0313599;REFB=-0.0177467;REVB=-0.0263983;RO=95;SAF=27;SAR=24;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988916;STB=0.546144;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0245004;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:95:96:51:52:0.351351:24:27:42:53:25:27:43:53 chr10 95552653 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8278;QD=59.4278;RBI=0.0165132;REFB=0;REVB=0.0161931;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143491;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr10 95791613 . T C 238.14 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00422274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.436;QD=20.2674;RBI=0.0347451;REFB=-0.0203928;REVB=0.0344876;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135128;STB=0.575753;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0227109;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:17:7:10:13:17:7 chr10 95791763 . G A 308.64 PASS AF=0.37;AO=35;DP=98;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0177521;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.623;QD=12.3455;RBI=0.0217478;REFB=-0.00929664;REVB=-0.0125631;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181062;STB=0.592928;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0143275;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:62:63:35:37:0.37:22:13:33:29:23:14:33:30 chr10 96039591 . A AC 33.54 PASS AF=0.280702;AO=11;DP=77;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0939498;FXX=0.219148;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.3323;QD=2.35391;RBI=0.189524;REFB=-0.0336805;REVB=0.164599;RO=61;SAF=11;SAR=0;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735022;STB=0.599867;STBP=0.369;TYPE=ins;VARB=0.0020626;OID=.;OPOS=96039592;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702:11:77:16:57:41:4:12:15:26:33:61:11:0:24:37 chr10 96039597 . G C 335.09 PASS AF=0.480519;AO=29;DP=69;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00641264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.315;QD=17.407;RBI=0.0192028;REFB=-0.0228357;REVB=0.0181004;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274757;STB=0.548315;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0350767;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:77:40:40:29:37:0.480519:13:16:21:19:21:16:21:19 chr10 96106240 . G C 143.36 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00637669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.285;QD=14.704;RBI=0.0273124;REFB=-0.0216106;REVB=-0.0265576;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283506;STB=0.676153;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0156083;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:11:5:13:9:11:5:14:9 chr10 96122543 . A G 300.47 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.021787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3538;QD=19.0775;RBI=0.0226383;REFB=-0.002039;REVB=0.00614977;RO=31;SAF=20;SAR=12;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501445;STB=0.52788;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00210067;OID=.;OPOS=96122543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:12:20:21:10:12:20:21:10 chr10 96163039 . C G 191.01 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7463;QD=47.7527;RBI=0.0262996;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998796;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:0:14:0:0:0:16:0:0 chr10 96295165 . A G 314.64 PASS AF=0.312977;AO=41;DP=131;FAO=41;FDP=131;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=-0.0128626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6274;QD=9.60737;RBI=0.0145216;REFB=-0.00196577;REVB=-0.00674014;RO=90;SAF=16;SAR=25;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791475;STB=0.546163;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00389213;OID=.;OPOS=96295165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:90:90:41:41:0.312977:25:16:41:49:25:16:41:49 chr10 96305729 . T C 1248.5 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0729396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.4804;QD=59.4525;RBI=0.0746066;REFB=0.108335;REVB=0.0156831;RO=1;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137227;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000342044;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:34:47:0:1:35:48:0:1 chr10 96313960 . A C 694.15 PASS AF=0.557377;AO=67;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0168181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.499;QD=22.759;RBI=0.0242987;REFB=-0.0148802;REVB=0.0175378;RO=55;SAF=19;SAR=48;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127628;STB=0.575158;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0110403;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:55:54:67:68:0.557377:48:19:23:32:49:19:23:31 chr10 96336832 . A G 282.19 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0731774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3044;QD=22.5749;RBI=0.0820922;REFB=-0.00812874;REVB=0.0372047;RO=22;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27607;STB=0.653728;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00775561;OID=.;OPOS=96336832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:24:26:26:0.52:17:9:15:7:17:9:16:8 chr10 96352263 . GA AG,G 223.36 PASS AF=0,0.694915;AO=7,28;DP=60;FAO=0,41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=0,17;FSAR=0,24;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0711376,0.155692;FXX=0.0166639;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=11.9702,9.72491;QD=15.1428;RBI=0.115781,0.172681;REFB=-0.00943404,-0.136141;REVB=-0.0913489,0.0746919;RO=22;SAF=2,13;SAR=5,15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158836,0.0441759;STB=0.5,0.508109;STBP=1,0.847;TYPE=mnp,del;VARB=0.0609681,0.10814;OID=.,.;OPOS=96352263,96352264;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:54:60:59:22:18:7,28:0,41:0,0.694915:5,15:2,13:9:13:0,24:0,17:7:11 chr10 96447562 . T A 699.85 PASS AF=0.410526;AO=76;DP=188;FAO=78;FDP=190;FR=.;FRO=112;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=42;FWDB=0.0272163;FXX=0.00523533;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5356;QD=14.7336;RBI=0.0715858;REFB=-0.017044;REVB=0.0662103;RO=111;SAF=43;SAR=33;SRF=69;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607102;STB=0.536833;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0294714;OID=.;OPOS=96447562;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:111:112:76:78:0.410526:33:43:69:42:34:44:70:42 chr10 96522561 . T C 478.16 PASS AF=0.704918;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0520658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1137;QD=31.3547;RBI=0.0527981;REFB=-0.00596197;REVB=0.00876326;RO=18;SAF=24;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225066;STB=0.50903;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00294791;OID=.;OPOS=96522561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:42:43:0.704918:18:24:11:7:18:25:11:7 chr10 96540410 . G A 242.25 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0365618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6258;QD=14.9074;RBI=0.0406382;REFB=-0.00525007;REVB=-0.0177397;RO=37;SAF=20;SAR=8;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476098;STB=0.767458;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00983222;OID=.;OPOS=96540410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:8:20:8:29:8:20:8:29 chr10 96609775 . A C 433.21 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.00388102;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.629;QD=14.9383;RBI=0.0169141;REFB=-0.00186527;REVB=0.0164628;RO=67;SAF=26;SAR=23;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.008477;STB=0.504763;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00279906;OID=.;OPOS=96609775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:67:67:49:49:0.422414:23:26:35:32:23:26:35:32 chr10 96827178 . T C 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0209934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.563;QD=13.739;RBI=0.021639;REFB=-0.0204888;REVB=0.00524638;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645749;STB=0.537004;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0266314;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:11:11:18:14:11:11:18:14 chr10 97072040 . A G 362.4 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0148166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.252;QD=32.9455;RBI=0.015521;REFB=-0.0251867;REVB=-0.00462271;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162616;STB=0.599933;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00671738;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:18:12:9:4:18:12:10:4 chr10 97106165 . T C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9561;QD=57.1049;RBI=0.0448727;REFB=0;REVB=0.0445691;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239298;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr10 97116219 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0175205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2069;QD=19.1799;RBI=0.0186088;REFB=0.0107341;REVB=0.00627075;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202754;STB=0.616252;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00452658;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:5:6:4:9:5:6 chr10 97127462 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00322747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.398;QD=56.7066;RBI=0.0133356;REFB=0;REVB=-0.0129392;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95483e-05;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr10 97141523 . G A 772.06 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192808;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.454;QD=57.1893;RBI=0.00242934;REFB=0;REVB=-0.0014779;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219706;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr10 97174164 . A G 326.35 PASS AF=0.418605;AO=31;DP=81;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0262932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.584;QD=15.1789;RBI=0.0406765;REFB=-0.0431487;REVB=0.0310361;RO=50;SAF=16;SAR=15;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910047;STB=0.573867;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0580022;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:50:50:31:36:0.418605:15:16:30:20:19:17:30:20 chr10 97192324 . A G 2460.6 PASS AF=0.987805;AO=163;DP=164;FAO=162;FDP=164;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0355945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4876;QD=60.0146;RBI=0.0356849;REFB=-0.0214871;REVB=0.00253861;RO=1;SAF=87;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622013;STB=0.500378;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00073896;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:164:164:1:2:163:162:0.987805:76:87:0:1:76:86:1:1 chr10 97380926 . G A 287.92 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0107009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.54;QD=18.5755;RBI=0.0633816;REFB=-0.00715434;REVB=0.0624718;RO=31;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294849;STB=0.516461;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0084231;OID=.;OPOS=97380926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:13:18:17:14:13:18:17:14 chr10 97447373 . A T 2641.34 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316156;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.954;QD=61.4266;RBI=0.083092;REFB=-0.0499179;REVB=0.0768422;RO=0;SAF=102;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000173084;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:172:0:1:171:171:0.994186:69:102:0:0:69:102:0:1 chr10 97698370 . C T 1224.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.399;QD=61.2153;RBI=0.0375838;REFB=0;REVB=0.0062701;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68188e-05;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:41:35:0:0:41:39:0:0 chr10 97817650 . G T 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.865;QD=62.4654;RBI=0.0609233;REFB=0;REVB=0.0604892;RO=0;SAF=63;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23977e-05;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:24:63:0:0:24:63:0:0 chr10 97872580 . C T 229.26 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0197424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5206;QD=29.5816;RBI=0.0258358;REFB=-0.0215694;REVB=-0.0166651;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.542817;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0151802;OID=.;OPOS=97872580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:3:7:12:9:3:7 chr10 97920062 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.345;QD=57.2377;RBI=0.0109893;REFB=0;REVB=0.010896;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43876e-06;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr10 97920099 . T TC 787.58 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.2094;QD=46.3281;RBI=0.170073;REFB=0;REVB=0.160633;RO=2;SAF=42;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00366967;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:69:68:68:0:43:25:0:0:15:2:42:25:2:0 chr10 98078127 . C T 1314.57 PASS AF=1;AO=79;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1503;QD=57.7832;RBI=0.0649088;REFB=-0.109112;REVB=0.0616767;RO=4;SAF=56;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352868;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:91:4:0:79:91:1:23:56:0:4:29:62:0:0 chr10 98078239 . A G 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.22;QD=57.7098;RBI=0.0761108;REFB=0;REVB=0.0738261;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894642;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr10 98287261 . G C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0138358;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.116;QD=13.0913;RBI=0.0176058;REFB=-0.0174012;REVB=-0.0108873;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927383;STB=0.540999;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0202594;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:5:8:10:9:5:8:11:9 chr10 98287792 . G T 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00688403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.209;QD=23.2354;RBI=0.114599;REFB=-0.0114667;REVB=-0.114392;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895612;STB=0.549947;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00866808;OID=.;OPOS=98287792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:10:3:6:12:10:3 chr10 98319495 . TAAAAAAAA TAAAAAAAT,TAAAAAATT,TAAAAA 183.76 PASS AF=0.419355,0.0645161,0.387097;AO=4,3,7;DP=32;FAO=13,2,12;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=4,1,10;FSAR=9,1,2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.105298,-0.057783,-0.163638;FXX=0.0312402;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,3;MLLD=8.94695,11.5892,14.8804;QD=23.711;RBI=0.204027,0.108194,0.179942;REFB=-0.0771366,-0.0465736,-0.0380329;REVB=0.174755,0.0914712,0.0748455;RO=3;SAF=0,2,7;SAR=4,1,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.483116,0.812474;STB=0.590782,0.831449,0.74953;STBP=0.301,0.746,0.004;TYPE=snp,mnp,del;VARB=-0.0415808,0.0945048,0.0808328;OID=.,.,.;OPOS=98319503,98319502,98319496;OREF=A,AA,AAA;OALT=T,TT,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAATT,TAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.419355,0.0645161,0.387097:4,3,7:32:13,2,12:31:4:4,1,10:9,1,2:0:4:64:3:0,2,7:4,1,0:0:3 chr10 98353421 . A G 400.15 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00774101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1166;QD=18.6118;RBI=0.00910497;REFB=-0.00856986;REVB=0.00479346;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126007;STB=0.570102;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00534563;OID=.;OPOS=98353421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:28:17:21:20:28:17 chr10 98354373 . T C 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0652661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0688;QD=15.6533;RBI=0.074782;REFB=0.0024877;REVB=-0.036506;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07572;STB=0.542862;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00682942;OID=.;OPOS=98354373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:16:16:11:15:16:16 chr10 98369536 . A G 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00393222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.619;QD=11.0154;RBI=0.0415403;REFB=0.00316427;REVB=-0.0413538;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799514;STB=0.547552;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0164151;OID=.;OPOS=98369536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:12:16:7:7:12:16 chr10 98380137 . T C 536.43 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0162148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.226;QD=23.8414;RBI=0.0182557;REFB=-0.0124103;REVB=-0.00838769;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447009;STB=0.524522;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0107442;OID=.;OPOS=98380137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:26:24:17:23:26:24:17:23 chr10 98380277 . C T 208.33 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.000330562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.336;QD=11.4154;RBI=0.00426954;REFB=-0.00258669;REVB=0.00425672;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15437;STB=0.588975;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0199569;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:17:30:13:13:17:30 chr10 98386558 . G A 1792.87 PASS AF=0.983471;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.022496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5619;QD=59.2686;RBI=0.0435161;REFB=-0.146651;REVB=-0.0372502;RO=1;SAF=75;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629163;STB=0.506578;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00239276;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:1:2:119:119:0.983471:44:75:1:0:44:75:2:0 chr10 98741293 . A G 323.03 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0106358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.046;QD=25.3355;RBI=0.012507;REFB=-0.0196754;REVB=0.00658053;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116052;STB=0.500638;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127859;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:14:17:11:9:14:17:11:9 chr10 98742021 . C T 167.31 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=0.0332211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8092;QD=11.7413;RBI=0.0450195;REFB=-0.018658;REVB=0.0303829;RO=36;SAF=16;SAR=5;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068569;STB=0.539532;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0373706;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:5:16:29:7:5:16:29:7 chr10 98742605 . C T 254.28 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0122289;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.365;QD=21.6409;RBI=0.0392017;REFB=-0.0244318;REVB=-0.0372454;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11088;STB=0.573132;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0438797;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:23:24:24:0.510638:11:13:10:14:11:13:9:14 chr10 98808866 . C G 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153286;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.243;QD=58.2605;RBI=0.015416;REFB=0;REVB=-0.00163907;RO=0;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18114e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:45:16:0:0:45:16:0:0 chr10 98819317 . A G 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.966;QD=58.5872;RBI=0.0892585;REFB=0;REVB=0.0026507;RO=0;SAF=18;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25497e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:46:18:0:0:46:18:0:0 chr10 98901433 . C T 2389.27 PASS AF=0.884211;AO=168;DP=190;FAO=168;FDP=190;FR=.;FRO=22;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00789841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2959;QD=50.3003;RBI=0.0182082;REFB=-0.0314061;REVB=-0.0164059;RO=22;SAF=92;SAR=76;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602561;STB=0.531803;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00377679;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:190:190:22:22:168:168:0.884211:76:92:18:4:76:92:18:4 chr10 98901438 . T C 428.7 PASS AF=0.28934;AO=57;DP=197;FAO=57;FDP=197;FR=.;FRO=140;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=-0.0194812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.961;QD=8.70455;RBI=0.0221627;REFB=-0.0107338;REVB=-0.0105673;RO=138;SAF=37;SAR=20;SRF=78;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106906;STB=0.568779;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0524748;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:138:140:57:57:0.28934:20:37:78:60:20:37:78:62 chr10 98901454 . G A 81.27 PASS AF=0.105263;AO=22;DP=208;FAO=22;FDP=209;FR=.;FRO=187;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=107;FSRR=80;FWDB=-0.0208802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.838;QD=1.55541;RBI=0.0539962;REFB=-0.0107194;REVB=-0.0497956;RO=185;SAF=18;SAR=4;SRF=106;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331881;STB=0.75124;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0892236;OID=.;OPOS=98901454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:208:209:185:187:22:22:0.105263:4:18:106:79:4:18:107:80 chr10 98901463 . TG CA 47.83 PASS AF=0.0779817;AO=17;DP=219;FAO=17;FDP=218;FR=.;FRO=201;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=112;FSRR=89;FWDB=-0.0165794;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.075;QD=0.877526;RBI=0.0511305;REFB=-0.00643171;REVB=-0.0483679;RO=201;SAF=11;SAR=6;SRF=112;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104666;STB=0.585987;STBP=0.47;TYPE=mnp;VARB=0.0940563;OID=.;OPOS=98901463;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:219:218:201:201:17:17:0.0779817:6:11:112:89:6:11:112:89 chr10 98901468 . T C 47.58 PASS AF=0.0779817;AO=17;DP=218;FAO=17;FDP=218;FR=.;FRO=201;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=111;FSRR=90;FWDB=-0.0288175;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.196;QD=0.872983;RBI=0.0368955;REFB=-0.00253357;REVB=-0.0230398;RO=200;SAF=10;SAR=7;SRF=110;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439768;STB=0.533807;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0553224;OID=.;OPOS=98901468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:218:218:200:201:17:17:0.0779817:7:10:110:90:7:10:111:90 chr10 98901470 . T C 59.65 PASS AF=0.087156;AO=19;DP=218;FAO=19;FDP=218;FR=.;FRO=199;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=119;FSRR=80;FWDB=-0.0252515;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.594;QD=1.09457;RBI=0.0550261;REFB=-0.00378245;REVB=0.04889;RO=199;SAF=2;SAR=17;SRF=119;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546935;STB=0.913421;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0590866;OID=.;OPOS=98901470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:218:218:199:199:19:19:0.087156:17:2:119:80:17:2:119:80 chr10 98901472 . C T 190.48 PASS AF=0.167421;AO=37;DP=221;FAO=37;FDP=221;FR=.;FRO=184;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=74;FWDB=-0.0897864;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.079;QD=3.44767;RBI=0.114514;REFB=-0.0291271;REVB=-0.0710757;RO=178;SAF=13;SAR=24;SRF=109;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32712;STB=0.69843;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.094021;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:178:184:37:37:0.167421:24:13:109:69:24:13:110:74 chr10 98901475 . T C 56.87 PASS AF=0.0852018;AO=19;DP=223;FAO=19;FDP=223;FR=.;FRO=204;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=122;FSRR=82;FWDB=-0.000503233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.883;QD=1.02007;RBI=0.0314229;REFB=-0.00383215;REVB=0.0314189;RO=201;SAF=3;SAR=16;SRF=121;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49261;STB=0.871484;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0987512;OID=.;OPOS=98901475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:223:223:201:204:19:19:0.0852018:16:3:121:80:16:3:122:82 chr10 98901487 . CT TC,TT 35.06 PASS AF=0,0.062201;AO=27,9;DP=228;FAO=0,13;FDP=209;FR=.;FRO=196;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=117;FSRR=79;FWDB=-0.109421,-0.112583;FXX=0.0833297;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=74.8557,74.8437;QD=0.670988;RBI=0.117034,0.146608;REFB=-0.00810037,-0.0145889;REVB=-0.0415199,-0.0939087;RO=187;SAF=7,7;SAR=20,2;SRF=111;SRR=76;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.406887,0.182823;STB=0.5,0.555555;STBP=1,0.71;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.173985;OID=.,.;OPOS=98901487,98901487;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:228:209:187:196:27,9:0,13:0,0.062201:20,2:7,7:111:76:0,6:0,7:117:79 chr10 98901493 . T C 145.2 PASS AF=0.142222;AO=32;DP=225;FAO=32;FDP=225;FR=.;FRO=193;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=111;FSRR=82;FWDB=-0.0400889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0008;QD=2.58134;RBI=0.0509588;REFB=-0.00694143;REVB=-0.0314592;RO=193;SAF=8;SAR=24;SRF=111;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40626;STB=0.770894;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.052222;OID=.;OPOS=98901493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:193:193:32:32:0.142222:24:8:111:82:24:8:111:82 chr10 98901498 . C T 77.2 PASS AF=0.101382;AO=23;DP=216;FAO=22;FDP=217;FR=.;FRO=195;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=94;FSRR=101;FWDB=-0.0930361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.228;QD=1.42308;RBI=0.120664;REFB=-0.00177167;REVB=-0.0768386;RO=187;SAF=17;SAR=6;SRF=94;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296178;STB=0.764288;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0536486;OID=.;OPOS=98901498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:216:217:187:195:23:22:0.101382:6:17:94:93:5:17:94:101 chr10 98901503 . C T 69.61 PASS AF=0.0950226;AO=21;DP=222;FAO=21;FDP=221;FR=.;FRO=200;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=99;FSRR=101;FWDB=-0.0574401;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8299;QD=1.25995;RBI=0.0794127;REFB=-0.00570788;REVB=-0.0548363;RO=199;SAF=16;SAR=5;SRF=99;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320968;STB=0.746568;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0485092;OID=.;OPOS=98901503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:222:221:199:200:21:21:0.0950226:5:16:99:100:5:16:99:101 chr10 98901514 . G A 202.87 PASS AF=0.184615;AO=36;DP=195;FAO=36;FDP=195;FR=.;FRO=159;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=84;FSRR=75;FWDB=-0.0428104;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.502;QD=4.16149;RBI=0.0434471;REFB=-0.00866921;REVB=0.00741091;RO=157;SAF=9;SAR=27;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358109;STB=0.732152;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0294123;OID=.;OPOS=98901514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:157:159:36:36:0.184615:27:9:82:75:27:9:84:75 chr10 98901528 . C T 210.0 PASS AF=0.201117;AO=36;DP=178;FAO=36;FDP=179;FR=.;FRO=143;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0841315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.232;QD=4.6928;RBI=0.11054;REFB=-0.0166314;REVB=-0.0717012;RO=137;SAF=9;SAR=27;SRF=67;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321702;STB=0.698392;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0493617;OID=.;OPOS=98901528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:137:143:36:36:0.201117:27:9:67:70:27:9:69:74 chr10 99006083 . G A 318.84 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.002136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.636;QD=26.5699;RBI=0.00326558;REFB=0.000582936;REVB=-0.00247013;RO=20;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057561;STB=0.531892;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00053822;OID=.;OPOS=99006083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:8:20:13:7:8:20:13:7 chr10 99019177 . A G 1418.83 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116549;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.238;QD=63.0592;RBI=0.0267321;REFB=0;REVB=0.0240576;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.25144e-06;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:46:44:0:0:46:44:0:0 chr10 99080246 . CT C 1332.7 PASS AF=1;AO=120;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5465;QD=38.6291;RBI=0.138226;REFB=0;REVB=0.115928;RO=1;SAF=76;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00201728;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:137:138:138:0:79:59:0:0:27:1:76:44:1:0 chr10 99080871 . G T 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0117997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0128;QD=6.10398;RBI=0.0445384;REFB=-0.0161753;REVB=0.0429469;RO=26;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554661;STB=0.860597;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0402444;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:1:7:11:15:1:7:11:15 chr10 99080981 . G T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0201372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2734;QD=12.0156;RBI=0.125431;REFB=-0.0207945;REVB=-0.123804;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210115;STB=0.624638;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0331652;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:6:1:2:4:6:1 chr10 99092540 . G A 184.81 PASS AF=0.642857;AO=19;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0134221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7038;QD=26.4015;RBI=0.0373716;REFB=-0.0348392;REVB=-0.0348781;RO=9;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384913;STB=0.790817;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0181229;OID=.;OPOS=99092540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:19:18:0.642857:16:3:6:3:16:2:7:3 chr10 99125949 . C T 584.37 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.023917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.941;QD=16.2324;RBI=0.0263627;REFB=-0.0141126;REVB=-0.0110893;RO=81;SAF=41;SAR=21;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754137;STB=0.539461;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0190661;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:81:82:62:62:0.430556:21:41:48:33:21:41:49:33 chr10 99129230 . T C 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00957727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.254;QD=17.9385;RBI=0.0166896;REFB=-0.0191282;REVB=-0.0136681;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210695;STB=0.620028;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0191173;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:9:13:7:12:9:13 chr10 99160965 . A G 903.03 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00160213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5696;QD=52.3497;RBI=0.0361229;REFB=-0.0361657;REVB=0.0360874;RO=4;SAF=33;SAR=32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538886;STB=0.528563;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0190832;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:32:33:4:0:32:33:4:0 chr10 99205686 . A G 434.89 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00122407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.566;QD=20.9585;RBI=0.00896728;REFB=-0.0197464;REVB=0.00888334;RO=39;SAF=13;SAR=30;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258972;STB=0.649811;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0122732;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:30:13:23:16:30:13:24:16 chr10 99220707 . C T 754.78 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0607653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5824;QD=61.6146;RBI=0.0751486;REFB=-0.149809;REVB=0.0442142;RO=1;SAF=37;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125485;STB=0.506664;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00671958;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:49:1:1:48:48:0.979592:11:37:1:0:11:37:1:0 chr10 99225846 . C T 100.75 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.012393;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4312;QD=13.4328;RBI=0.0132722;REFB=-0.0282222;REVB=-0.00475051;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0401224;OID=.;OPOS=99225846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:18:12:12:0.4:6:6:12:6:6:6:12:6 chr10 99240758 . G C 2137.88 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.347;QD=62.8787;RBI=0.0306002;REFB=0;REVB=0.0234812;RO=0;SAF=74;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86015e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:136:0:0:135:136:1:61:74:0:0:61:75:0:0 chr10 99337572 . G A 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.145;QD=63.1915;RBI=0.0406643;REFB=0;REVB=0.0375245;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024756;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr10 99350017 . G C 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0552991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3657;QD=8.11371;RBI=0.0553835;REFB=-0.03054;REVB=-0.0030556;RO=37;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158042;STB=0.609591;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0824966;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:4:10:22:15:4:10:22:16 chr10 99350128 . A G 207.55 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0352341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1175;QD=15.0946;RBI=0.0361389;REFB=-0.00806551;REVB=-0.00803585;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716874;STB=0.540673;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00769037;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:19:12:11:13:19:12 chr10 99371344 . C A 840.68 PASS AF=0.475138;AO=86;DP=182;FAO=86;FDP=181;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0180132;FXX=0.0054942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.396;QD=18.5786;RBI=0.0187876;REFB=-0.0231568;REVB=0.00533843;RO=89;SAF=49;SAR=37;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180246;STB=0.517534;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0218838;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:89:95:86:86:0.475138:37:49:49:40:37:49:51:44 chr10 99410790 . T C 240.32 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0226264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4821;QD=14.3475;RBI=0.0328618;REFB=-0.00153797;REVB=0.0238316;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573038;STB=0.541134;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0025523;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:39:27:28:0.41791:16:11:18:21:17:11:18:21 chr10 99416680 . C T 409.12 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00208444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.965;QD=17.9833;RBI=0.00956562;REFB=-0.00118234;REVB=-0.00933574;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104993;STB=0.563872;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00129734;OID=.;OPOS=99416680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:19:23:21:27:19:23:21:28 chr10 99434760 . C T 147.94 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00825319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.438;QD=17.9315;RBI=0.00850342;REFB=-0.00170415;REVB=0.00204771;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349675;STB=0.519975;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00255838;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:7:10:10:6:7:10 chr10 99439541 . G C 225.12 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0364574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6408;QD=15.2621;RBI=0.073643;REFB=0.0234897;REVB=0.0639855;RO=32;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140587;STB=0.593982;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0272809;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:20:6:11:21:20:6:12:21 chr10 99473729 . C G 97.33 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000747161;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.505;QD=12.5585;RBI=0.0336181;REFB=-0.0141002;REVB=0.0336098;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126689;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0224492;OID=.;OPOS=99473729;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:31:21:19:11:12:0.387097:4:7:11:10:5:7:11:8 chr10 99498234 . G A 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00422379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8021;QD=15.1558;RBI=0.0224772;REFB=0.0089836;REVB=-0.0220768;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913967;STB=0.559275;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0117689;OID=.;OPOS=99498234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:12:13:19:12:12:13:20:12 chr10 99504630 . G T 172.64 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0248763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8335;QD=18.6638;RBI=0.0305475;REFB=0.00812813;REVB=-0.0177291;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314421;STB=0.678375;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0086197;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:13:6:12:6:13:6 chr10 99969568 . A G 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00639804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.345;QD=17.422;RBI=0.0339203;REFB=-0.020557;REVB=0.0333115;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253151;STB=0.642721;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0393758;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:18:5:9:10:18:5 chr10 99991408 . A G 1558.34 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0532447;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.803;QD=62.9632;RBI=0.0555635;REFB=-0.0897256;REVB=0.0158841;RO=1;SAF=59;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123166;STB=0.506328;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000500389;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:99:99:1:1:97:98:0.989899:38:59:0:1:39:59:0:1 chr10 100017453 . T G 197.65 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0354164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.582;QD=22.5883;RBI=0.040729;REFB=-0.00872052;REVB=-0.0201129;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468823;STB=0.514271;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00847429;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:10:9:8:7:10:10:8:7 chr10 100018844 . G A 386.71 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.025404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0577;QD=20.9032;RBI=0.0255773;REFB=-0.0175045;REVB=-0.00297218;RO=35;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16301;STB=0.590428;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0172673;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:13:26:17:18:13:26:17:18 chr10 100020880 . C T 1118.22 PASS AF=0.502242;AO=112;DP=223;FAO=112;FDP=223;FR=.;FRO=111;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=48;FWDB=0.0134288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9641;QD=20.0578;RBI=0.0163203;REFB=-0.0218083;REVB=0.0092747;RO=110;SAF=64;SAR=48;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717439;STB=0.50196;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0206164;OID=.;OPOS=100020880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:110:111:112:112:0.502242:48:64:62:48:48:64:63:48 chr10 100148176 . A G 329.46 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0105662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0881;QD=19.967;RBI=0.0117323;REFB=-0.0222697;REVB=-0.00509939;RO=30;SAF=13;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157938;STB=0.585057;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.023806;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:34:35:0.530303:21:13:17:13:22:13:17:14 chr10 100167396 . G A 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00445437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.635;QD=11.2158;RBI=0.00798684;REFB=-0.00664255;REVB=0.00662934;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480421;STB=0.54051;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00876013;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:48:26:26:0.351351:13:13:21:25:13:13:21:27 chr10 100179851 . T C 399.31 PASS AF=0.461538;AO=39;DP=89;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00443842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.353;QD=17.5522;RBI=0.00813868;REFB=-0.0112375;REVB=-0.00682191;RO=44;SAF=18;SAR=21;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100944;STB=0.560411;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0102988;OID=.;OPOS=100179851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:44:49:39:42:0.461538:21:18:25:19:21:21:30:19 chr10 100183570 . G C 268.11 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.000341977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.094;QD=16.2491;RBI=0.00539065;REFB=-0.0209075;REVB=-0.00537979;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144717;STB=0.581435;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0200643;OID=.;OPOS=100183570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:15:21:13:17:15:21 chr10 100193694 . G GC 30.94 PASS AF=0.168675;AO=24;DP=84;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.127821;FXX=0.0119033;HRUN=0;LEN=1;MLLD=77.9386;QD=1.4911;RBI=0.127842;REFB=-0.00818718;REVB=-0.00232668;RO=56;SAF=19;SAR=5;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361256;STB=0.707281;STBP=0.108;TYPE=ins;VARB=-0.0355181;OID=.;OPOS=100193695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168675:24:84:14:83:69:11:3:39:30:30:56:19:5:29:27 chr10 100219314 . G A 1513.89 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435819;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.585;QD=63.7427;RBI=0.0537039;REFB=0;REVB=0.0313804;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130939;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr10 100219374 . T A 1308.97 PASS AF=1;AO=71;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131647;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.056;QD=61.5984;RBI=0.0402939;REFB=0;REVB=0.0380827;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150619;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:71:85:1:29:42:0:0:39:46:0:0 chr10 101090428 . T G 339.21 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0500527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0315;QD=20.5582;RBI=0.054362;REFB=0.00547741;REVB=-0.0212121;RO=31;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723797;STB=0.533314;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00756222;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:16:18:19:12:16:19:19:12 chr10 101156981 . T G 287.61 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0134508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5532;QD=15.9784;RBI=0.0257035;REFB=-0.0190331;REVB=-0.0219031;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049292;STB=0.52776;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0237353;OID=.;OPOS=101156981;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:18:22:16:16:18:22 chr10 101293035 . C A 328.19 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0431869;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.397;QD=14.9179;RBI=0.0553792;REFB=-0.0227092;REVB=-0.0346663;RO=52;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889288;STB=0.55035;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0299764;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:52:52:36:36:0.409091:17:19:23:29:17:19:23:29 chr10 101295863 . A G 299.29 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00297577;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.503;QD=23.0225;RBI=0.0097843;REFB=-0.0156345;REVB=0.0093208;RO=21;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664379;STB=0.522332;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0141697;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:22:30:30:0.576923:11:19:15:6:11:19:15:7 chr10 101445591 . A C 403.26 PASS AF=0.466667;AO=41;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0146958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.932;QD=17.9228;RBI=0.0184889;REFB=0.000120902;REVB=-0.0112194;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211481;STB=0.622128;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000135604;OID=.;OPOS=101445591;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:48:48:41:42:0.466667:15:26:20:28:15:27:20:28 chr10 101451259 . T C 332.92 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0255376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6193;QD=16.4405;RBI=0.0566276;REFB=-0.0266254;REVB=0.0505422;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563851;STB=0.503169;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0220634;OID=.;OPOS=101451259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:15:21:26:19:15:21:26:19 chr10 101473218 . A G 220.4 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0897671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1947;QD=24.4886;RBI=0.0930362;REFB=-0.0131656;REVB=0.0244459;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547944;STB=0.530583;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0128993;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:9:6:7:14:9:6 chr10 101542578 . C T 207.81 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0172907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.004;QD=17.6859;RBI=0.0422963;REFB=-0.00121412;REVB=-0.0386006;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20908;STB=0.618366;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00106072;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:18:8:11:10:18:8 chr10 101544447 . A T 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.056;QD=60.3495;RBI=0.0334017;REFB=0;REVB=0.00175983;RO=0;SAF=70;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90573e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:40:70:0:0:40:70:0:0 chr10 101604207 . C T 268.91 PASS AF=0.402597;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.0618078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0194;QD=13.9693;RBI=0.0647119;REFB=0.0131374;REVB=-0.0191685;RO=45;SAF=18;SAR=12;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17911;STB=0.582368;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0170601;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:45:46:30:31:0.402597:12:18:34:11:12:19:34:12 chr10 101639616 . C T 634.67 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00344335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.382;QD=23.079;RBI=0.019206;REFB=-0.0240755;REVB=0.0188948;RO=45;SAF=39;SAR=23;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127734;STB=0.51775;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0202743;OID=.;OPOS=101639616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:45:48:62:62:0.563636:23:39:29:16:23:39:32:16 chr10 101639796 . G A 670.91 PASS AF=0.496296;AO=66;DP=134;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=0.0140208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.581;QD=19.8789;RBI=0.031034;REFB=-0.0296441;REVB=0.0276862;RO=60;SAF=32;SAR=34;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186043;STB=0.621826;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0209307;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:60:68:66:67:0.496296:34:32:42:18:34:33:50:18 chr10 101639877 . A C 604.88 PASS AF=0.550459;AO=59;DP=108;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00271172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.268;QD=22.1975;RBI=0.0137952;REFB=-0.00113754;REVB=0.013526;RO=49;SAF=35;SAR=24;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088018;STB=0.544733;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00088532;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:49:49:59:60:0.550459:24:35:34:15:24:36:34:15 chr10 101645498 . T C 277.9 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00188557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.414;QD=13.8951;RBI=0.00433279;REFB=-0.00562314;REVB=0.00390098;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122676;STB=0.569578;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00864009;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:15:17:31:17:15:17:31:17 chr10 101690050 . C T 264.06 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00164251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.936;QD=26.4064;RBI=0.0101231;REFB=-0.0303299;REVB=0.00998897;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886948;STB=0.518503;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0176613;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:16:24:24:0.6:8:16:7:6:8:16:10:6 chr10 101690096 . C T 133.92 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0129026;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.729;QD=10.3016;RBI=0.0791429;REFB=-0.00803379;REVB=-0.0780841;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153889;STB=0.590262;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0219268;OID=.;OPOS=101690096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:25:10:7:10:25:10 chr10 101716484 . G A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0180836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.359;QD=20.4553;RBI=0.0183192;REFB=-0.0267725;REVB=-0.00292823;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227543;STB=0.62979;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0172692;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:4:13:8:7:4:13:8:7 chr10 101823396 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0219321;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.744;QD=21.0649;RBI=0.0242353;REFB=-0.00313483;REVB=-0.0103117;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132241;STB=0.573713;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00280384;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:5:19:16:8:5:19 chr10 101937969 . A G 60.67 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0252018;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=226.557;QD=13.482;RBI=0.0318529;REFB=-0.00809972;REVB=0.0194801;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477139;STB=0.615099;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0193687;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:18:18:6:8:5:7:0.388889:4:1:1:5:5:2:1:7 chr10 101977883 . C T 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0267395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6285;QD=15.7733;RBI=0.0268253;REFB=-0.0109349;REVB=0.00214345;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120938;STB=0.568216;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00710633;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:14:13:20:13:14:13:20:13 chr10 102006681 . C T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0110895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.046;QD=14.3997;RBI=0.0703415;REFB=-0.0187854;REVB=-0.0694618;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954085;STB=0.50543;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0240017;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:12:13:18:16:12:13:18:16 chr10 102222957 . G C 426.41 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0938255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5316;QD=19.1646;RBI=0.0949754;REFB=-0.0192252;REVB=0.0147344;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526307;STB=0.529275;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0200665;OID=.;OPOS=102222957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:20:23:22:24:20:23:22:24 chr10 102247408 . C A 383.28 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00450885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.345;QD=14.601;RBI=0.025962;REFB=-0.015253;REVB=-0.0255675;RO=60;SAF=29;SAR=15;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835871;STB=0.543305;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0192931;OID=.;OPOS=102247408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:61:44:44:0.419048:15:29:35:25:15:29:36:25 chr10 102247526 . G C 966.91 PASS AF=0.52809;AO=94;DP=178;FAO=94;FDP=178;FR=.;FRO=84;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=-0.0281326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.28;QD=21.7283;RBI=0.0310054;REFB=-0.02238;REVB=0.0130342;RO=84;SAF=54;SAR=40;SRF=51;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289586;STB=0.51584;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0210404;OID=.;OPOS=102247526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:84:84:94:94:0.52809:40:54:51:33:40:54:51:33 chr10 102265183 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0638964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.96;QD=19.0178;RBI=0.0643965;REFB=-0.0277123;REVB=0.00801019;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.52171;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.022065;OID=.;OPOS=102265183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:9:6:5:9:9:6:5:9 chr10 102265815 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0584529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3834;QD=10.075;RBI=0.0881292;REFB=0.00397366;REVB=0.0659546;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103271;STB=0.562351;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00233646;OID=.;OPOS=102265815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:4:10:5:3:4:10 chr10 102265847 . A C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0282354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.672;QD=15.6491;RBI=0.0290285;REFB=0.00719174;REVB=0.00673923;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325678;STB=0.675546;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00908362;OID=.;OPOS=102265847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:7:13:5:11:8:13 chr10 102267277 . T TA 79.23 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0197698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.3374;QD=8.1262;RBI=0.1419;REFB=0.00228017;REVB=0.140516;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441991;STB=0.761598;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.00500016;OID=.;OPOS=102267278;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:15:39:15:39:24:5:10:19:5:79:23:5:10:18:5 chr10 102269085 . C A 222.52 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0273123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.574;QD=15.086;RBI=0.0276492;REFB=-0.0194187;REVB=0.00430329;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073364;STB=0.538229;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.025089;OID=.;OPOS=102269085;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:25:26:0.440678:13:12:13:19:14:12:13:20 chr10 102269206 . A G 228.28 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00145352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.878;QD=21.7411;RBI=0.00797629;REFB=-0.00610906;REVB=0.00784273;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108993;STB=0.547576;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00622322;OID=.;OPOS=102269206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:11:11:7:12:11:11:8:12 chr10 102506070 . G C 5840.56 PASS AF=0.976501;AO=276;DP=386;FAO=374;FDP=383;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=172;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.248829;FXX=0.0103357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7794;QD=60.998;RBI=0.254264;REFB=-0.0484205;REVB=-0.0522936;RO=3;SAF=80;SAR=196;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724173;STB=0.503685;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00257078;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:386:383:3:3:276:374:0.976501:196:80:0:3:202:172:0:3 chr10 102509480 . GT G 70.12 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0660545;FXX=0.0410903;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.23579;QD=4.00699;RBI=0.207275;REFB=-0.138036;REVB=0.196468;RO=35;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216741;STB=0.551692;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=0.159116;OID=.;OPOS=102509481;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:31:73:32:70:38:19:13:19:19:70:35:21:10:16:19 chr10 102734778 . C G 1415.34 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.537;QD=62.9041;RBI=0.0436158;REFB=0;REVB=-0.0435034;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60949e-05;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:28:61:0:0:28:62:0:0 chr10 102745062 . G T 1609.61 PASS AF=0.949153;AO=111;DP=119;FAO=112;FDP=118;FR=.;FRO=6;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00535359;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7222;QD=54.563;RBI=0.0061396;REFB=-0.153933;REVB=-0.00300562;RO=2;SAF=71;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00508045;STB=0.510608;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00267019;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:119:118:2:6:111:112:0.949153:40:71:1:1:40:72:5:1 chr10 102746503 . C T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.175;QD=63.2863;RBI=0.0286908;REFB=0;REVB=0.0259387;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15953e-05;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr10 102750623 . T C 1388.69 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.078107;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.599;QD=61.7195;RBI=0.0854551;REFB=-0.0310904;REVB=0.034668;RO=1;SAF=29;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783432;STB=0.504131;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000509634;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:60:29:0:1:60:29:0:1 chr10 102750783 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.344;QD=56.7064;RBI=0.0797747;REFB=0;REVB=0.0456753;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236102;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr10 102766574 . A G 836.86 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0449573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5177;QD=55.7909;RBI=0.044984;REFB=-0.0410885;REVB=0.0015501;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145176;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000281972;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:1:0:27:32:1:0 chr10 102766616 . TG T,TT 65.95 PASS AF=0.526316,0.105263;AO=8,2;DP=18;FAO=10,2;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2,2;FSAR=8,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0729009,0.166469;FXX=0.049975;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.2369,18.9754;QD=13.8832;RBI=0.112739,0.19149;REFB=-0.179533,-0.109853;REVB=-0.0859978,0.0946398;RO=7;SAF=2,2;SAR=6,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.122922,0.732272;STB=0.538388,0.996662;STBP=0.817,0.042;TYPE=del,snp;VARB=0.119938,0.0413132;OID=.,.;OPOS=102766617,102766617;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0.105263:8,2:18:10,2:19:7:2,2:8,0:1:6:32:7:2,2:6,0:1:6 chr10 102770082 . T G 4483.97 PASS AF=0.996667;AO=256;DP=273;FAO=299;FDP=300;FR=.;FRO=1;FSAF=171;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.057848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0508;QD=59.7863;RBI=0.081607;REFB=-0.0383235;REVB=0.0575614;RO=6;SAF=138;SAR=118;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560453;STB=0.501458;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00449192;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:273:300:6:1:256:299:0.996667:118:138:4:2:128:171:1:0 chr10 102770327 . A G 747.02 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.097;QD=63.5758;RBI=0.097245;REFB=0;REVB=-0.0958435;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414727;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr10 102925957 . A G 226.68 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0472627;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.27;QD=25.9068;RBI=0.062038;REFB=-0.0238798;REVB=0.0401865;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078217;STB=0.536049;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0157249;OID=.;OPOS=102925957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:6:14:11:3:6:15:11:3 chr10 103124606 . A G 8853.19 PASS AF=0.901325;AO=611;DP=682;FAO=612;FDP=679;FR=.;FRO=67;FSAF=186;FSAR=426;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00737662;FXX=0.00585643;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.776;QD=52.1543;RBI=0.00745133;REFB=-0.0108469;REVB=-0.00105252;RO=71;SAF=186;SAR=425;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620989;STB=0.534932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00025726;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:682:679:71:67:611:612:0.901325:425:186:41:30:426:186:41:26 chr10 103124647 . A G 8966.04 PASS AF=0.895863;AO=624;DP=700;FAO=628;FDP=701;FR=.;FRO=73;FSAF=193;FSAR=435;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00593918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8865;QD=51.1614;RBI=0.0122647;REFB=-0.0367357;REVB=0.0107308;RO=73;SAF=192;SAR=432;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609327;STB=0.531969;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0036006;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:700:701:73:73:624:628:0.895863:432:192:42:31:435:193:42:31 chr10 103124696 . T C 6759.16 PASS AF=0.876838;AO=468;DP=537;FAO=477;FDP=544;FR=.;FRO=67;FSAF=169;FSAR=308;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0305391;FXX=0.00366294;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.991;QD=49.6997;RBI=0.0307746;REFB=-0.0285602;REVB=0.00380028;RO=67;SAF=169;SAR=299;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410199;STB=0.522328;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00257587;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:537:544:67:67:468:477:0.876838:299:169:35:32:308:169:35:32 chr10 103124715 . A G 5462.21 PASS AF=0.865934;AO=371;DP=432;FAO=394;FDP=455;FR=.;FRO=61;FSAF=156;FSAR=238;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0582102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.262;QD=48.0194;RBI=0.0605594;REFB=-0.0567522;REVB=0.0167036;RO=61;SAF=134;SAR=237;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467105;STB=0.517893;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00609822;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:455:61:61:371:394:0.865934:237:134:32:29:238:156:32:29 chr10 103124726 . A G 4372.32 PASS AF=0.859079;AO=311;DP=363;FAO=317;FDP=369;FR=.;FRO=52;FSAF=130;FSAR=187;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0543747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.9;QD=47.3964;RBI=0.0624662;REFB=-0.0238553;REVB=0.0307477;RO=52;SAF=124;SAR=187;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392028;STB=0.518568;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00161437;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:369:52:52:311:317:0.859079:187:124:28:24:187:130:28:24 chr10 103124736 . C T 3121.1 PASS AF=0.816901;AO=230;DP=282;FAO=232;FDP=284;FR=.;FRO=52;FSAF=95;FSAR=137;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00340959;FXX=0.0104526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.961;QD=43.9591;RBI=0.00423971;REFB=-0.0129582;REVB=-0.00251989;RO=52;SAF=94;SAR=136;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463004;STB=0.5242;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00441855;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:284:52:52:230:232:0.816901:136:94:28:24:137:95:28:24 chr10 103124746 . G A 1994.33 PASS AF=0.761905;AO=158;DP=209;FAO=160;FDP=210;FR=.;FRO=50;FSAF=74;FSAR=86;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0311985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0979;QD=37.9873;RBI=0.0323534;REFB=-0.0271628;REVB=0.00856709;RO=51;SAF=72;SAR=86;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339247;STB=0.513738;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00699307;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:210:51:50:158:160:0.761905:86:72:27:24:86:74:26:24 chr10 103827737 . T G 316.97 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0230451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.219;QD=17.8574;RBI=0.0287906;REFB=0.00490675;REVB=0.0172574;RO=37;SAF=11;SAR=23;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282663;STB=0.51578;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00568864;OID=.;OPOS=103827737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:23:11:11:26:23:11:11:26 chr10 103904763 . TCC TC,T,TTC 335.6 PASS AF=1,0,0;AO=31,5,5;DP=49;FAO=54,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020075,-0.00119428,0.0285013;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.00954,8.56629,11.1895;QD=24.8593;RBI=0.0420785,0.0188045,0.197999;REFB=-0.00094182,-0.00117285,-0.0317172;REVB=0.0420305,0.0187666,0.195937;RO=7;SAF=24,2,5;SAR=7,3,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0414955,-0.413035,0.683376;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00381363,0,0;OID=.,.,.;OPOS=103904764,103904764,103904764;OREF=C,CC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=TC,T,TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:31,5,5:49:54,0,0:54:0:38,0,0:16,0,0:0:0:4:7:24,2,5:7,3,0:6:1 chr10 103908217 . T C 290.27 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00861502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9943;QD=19.3515;RBI=0.022364;REFB=-0.00869122;REVB=-0.0206381;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332423;STB=0.533959;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00535703;OID=.;OPOS=103908217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:30:31:0.516667:14:16:16:12:15:16:17:12 chr10 103991381 . G A 1694.53 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7882;QD=59.9834;RBI=0.0968785;REFB=0;REVB=0.0932607;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530305;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:49:63:0:0:50:63:0:0 chr10 104136469 . T C 1221.82 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00338913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.058;QD=58.883;RBI=0.040812;REFB=-0.0388613;REVB=0.0406711;RO=2;SAF=52;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00702818;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000321943;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:29:52:1:1:30:52:1:0 chr10 104159195 . C CG 137.43 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788575;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.36;QD=39.2646;RBI=0.0805665;REFB=0;REVB=0.0165061;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000668137;OID=.;OPOS=104159196;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:14:14:0:8:6:0:0:4:12:2:0:6:6 chr10 104159196 . A G 159.65 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.663;QD=45.6146;RBI=0.0288914;REFB=0;REVB=-0.00503477;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130132;OID=.;OPOS=104159196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr10 104160434 . A G 1218.02 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105963;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.241;QD=61.672;RBI=0.0118522;REFB=0;REVB=-0.00530974;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156446;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:79:0:0:79:79:1:30:49:0:0:30:49:0:0 chr10 104174895 . G A 430.57 PASS AF=0.45283;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0688841;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.299;QD=16.248;RBI=0.0788472;REFB=-0.0303632;REVB=0.0383648;RO=59;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315925;STB=0.516949;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0358736;OID=.;OPOS=104174895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:58:47:48:0.45283:24:23:27:32:25:23:26:32 chr10 104176202 . G C 56.43 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.218735;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.0288;QD=8.0612;RBI=0.225444;REFB=-0.0214955;REVB=-0.0545879;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.839853;STB=0.924397;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.129754;OID=.;OPOS=104176202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:28:17:19:8:9:0.321429:0:8:2:15:1:8:3:16 chr10 104214048 . A T 923.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.945;QD=56.8228;RBI=0.0567847;REFB=-0.00118888;REVB=0.0144569;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111145;STB=0.505881;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000346049;OID=.;OPOS=104214048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:42:22:0:1:42:22:0:1 chr10 104230437 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000885968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.057;QD=39.2067;RBI=0.0120441;REFB=0;REVB=0.0120115;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150315;OID=.;OPOS=104230437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr10 104230745 . T A 485.85 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0129653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.132;QD=23.9927;RBI=0.0215581;REFB=-0.0518981;REVB=0.0172236;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105769;STB=0.557853;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0468563;OID=.;OPOS=104230745;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:46:46:0.567901:19:27:25:10:19:27:25:10 chr10 104236457 . C T 801.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8571;QD=57.2291;RBI=0.0275626;REFB=0;REVB=0.0233497;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64978e-05;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr10 104386934 . T C 1570.39 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.131;QD=58.7062;RBI=0.0429807;REFB=-0.153605;REVB=-6.15405e-06;RO=1;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887078;STB=0.504672;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00408703;OID=.;OPOS=104386934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:53:53:0:1:53:53:0:1 chr10 104389932 . T G 2197.66 PASS AF=1;AO=120;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.558;QD=63.2421;RBI=0.0659941;REFB=0;REVB=0.0326382;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113651;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:120:139:1:59:61:0:0:64:75:0:0 chr10 104435746 . C T 1105.34 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436793;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.779;QD=60.5666;RBI=0.0438419;REFB=0;REVB=-0.00377212;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26001e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr10 104436641 . C T 994.09 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.367;QD=57.6284;RBI=0.0220432;REFB=-0.0470218;REVB=0.00930424;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000430177;OID=.;OPOS=104436641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:68:68:0.985507:47:21:0:0:47:21:1:0 chr10 104572963 . T C 76.52 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0195404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.533;QD=25.5071;RBI=0.145335;REFB=0.0286581;REVB=0.144016;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578792;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0396567;OID=.;OPOS=104572963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:0:8:3:0:1:8:3:0 chr10 104573017 . G T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0204639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.573;QD=22.5346;RBI=0.0731892;REFB=-0.0237478;REVB=0.0702701;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665413;STB=0.537152;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0231325;OID=.;OPOS=104573017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:12:3:5:14:12:3 chr10 104574329 . A T 207.51 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0511112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.366;QD=15.0913;RBI=0.0551278;REFB=0.00265322;REVB=-0.0206571;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.581326;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00319869;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:15:9:15:15:15:9:16:15 chr10 104574562 . T G 54.71 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0180587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.312;QD=8.75382;RBI=0.0199891;REFB=-0.0210214;REVB=-0.00857017;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0208135;OID=.;OPOS=104574562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:17:17:7:8:0.32:3:4:7:10:3:5:7:10 chr10 104575870 . A G 335.99 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0151565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.916;QD=22.3995;RBI=0.0332044;REFB=-0.0360836;REVB=0.0295434;RO=26;SAF=30;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452815;STB=0.714133;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0225697;OID=.;OPOS=104575870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:33:34:0.566667:3:30:15:11:4:30:15:11 chr10 104596924 . C A 787.31 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0145699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.631;QD=20.7188;RBI=0.0194266;REFB=-0.0142274;REVB=-0.0128496;RO=72;SAF=44;SAR=35;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859029;STB=0.543925;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0165147;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:73:79:79:0.519737:35:44:33:39:35:44:34:39 chr10 104596981 . G A 819.96 PASS AF=0.488372;AO=84;DP=172;FAO=84;FDP=172;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0109345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3139;QD=19.0687;RBI=0.0110396;REFB=0.00231695;REVB=0.0015196;RO=86;SAF=46;SAR=38;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225217;STB=0.518648;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.00172091;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:86:88:84:84:0.488372:38:46:45:41:38:46:45:43 chr10 104628234 . T C 799.23 PASS AF=0.506173;AO=77;DP=158;FAO=82;FDP=162;FR=.;FRO=80;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=0.0083153;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6465;QD=19.734;RBI=0.00832075;REFB=-0.00945767;REVB=-0.000301273;RO=80;SAF=54;SAR=23;SRF=51;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680379;STB=0.518339;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0107178;OID=.;OPOS=104628234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:162:80:80:77:82:0.506173:23:54:51:29:27:55:51:29 chr10 104661484 . T C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.00879631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=336.508;QD=14.6688;RBI=0.0138967;REFB=-0.00486298;REVB=0.0107585;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289469;STB=0.66314;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00529343;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:8:24:11:13:8:24 chr10 104814162 . T C 1974.12 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100106;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2464;QD=62.1769;RBI=0.0549097;REFB=0;REVB=0.0539895;RO=0;SAF=65;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022272;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:62:65:0:0:62:65:0:0 chr10 104835919 . C T 1553.08 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0167448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.32;QD=56.9936;RBI=0.0422543;REFB=-0.17586;REVB=0.0387948;RO=1;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939754;STB=0.50877;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00139153;OID=.;OPOS=104835919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:2:106:107:0.981651:50:56:0:1:51:56:2:0 chr10 104849468 . G A 1971.68 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.842;QD=62.1002;RBI=0.0555319;REFB=0;REVB=0.0464881;RO=0;SAF=93;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65379e-05;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:32:93:0:0:33:94:0:0 chr10 104851301 . G T 1620.35 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019727;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.839;QD=60.0129;RBI=0.0206395;REFB=0;REVB=-0.020545;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023492;OID=.;OPOS=104851301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:51:57:0:0 chr10 105049105 . C G 1203.6 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.225;QD=59.4369;RBI=0.042395;REFB=0;REVB=0.0137098;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231108;OID=.;OPOS=105049105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:81:0:0:77:81:1:49:28:0:0:49:32:0:0 chr10 105049789 . G A 210.35 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00993112;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.504;QD=17.902;RBI=0.0176644;REFB=-0.00402372;REVB=-0.0146084;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531828;STB=0.53953;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00545744;OID=.;OPOS=105049789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:26:21:21:0.446809:15:6:5:16:15:6:9:17 chr10 105154089 . A G 1514.63 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7765;QD=62.459;RBI=0.0347883;REFB=-0.0700064;REVB=-0.0226506;RO=1;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010422;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00073915;OID=.;OPOS=105154089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:1:1:96:96:0.989691:45:51:0:1:45:51:0:1 chr10 105160212 . C A,CA 64.73 PASS AF=0,0.340426;AO=3,11;DP=45;FAO=0,16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=0,6;FSAR=0,10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00428892,0.0178751;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=257.589,9.87195;QD=5.50878;RBI=0.0108454,0.127583;REFB=0.000684578,-0.0400643;REVB=0.00996128,0.126325;RO=29;SAF=1,4;SAR=2,7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157297,-0.143044;STB=0.5,0.530687;STBP=1,0.772;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0746236;OID=.,.;OPOS=105160212,105160213;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:45:47:29:31:3,11:0,16:0,0.340426:2,7:1,4:14:15:0,10:0,6:13:18 chr10 105194086 . C T 357.42 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00720654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.043;QD=49.299;RBI=0.00975589;REFB=-0.146174;REVB=-0.00657595;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.541636;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00495586;OID=.;OPOS=105194086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:16:11:1:0:16:11:2:0 chr10 105205302 . A C 1044.53 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2081;QD=58.8467;RBI=0.161026;REFB=0;REVB=0.124962;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305362;OID=.;OPOS=105205302;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:64:71:1:22:42:0:0:26:45:0:0 chr10 105215016 . A G 871.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314912;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.647;QD=58.0816;RBI=0.0314943;REFB=0;REVB=0.000436627;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474515;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr10 105217976 . C T 328.76 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0443843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.379;QD=15.4712;RBI=0.0451161;REFB=-0.00746969;REVB=-0.00809271;RO=49;SAF=29;SAR=7;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185246;STB=0.605748;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00916892;OID=.;OPOS=105217976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:7:29:33:16:7:29:33:16 chr10 105218058 . CGGGGGCA CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA,GCGGGGCA 66.31 PASS AF=0.367347,0.0408163,0,0;AO=11,4,4,3;DP=49;FAO=18,2,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9,2,0,0;FSAR=9,0,0,0;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0470136,-0.0489124,-0.0259949,-0.0278679;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,3,2,2;MLLD=10.8796,21.5091,52.4911,150.38;QD=5.41319;RBI=0.092661,0.0688202,0.132986,0.105685;REFB=-0.116375,-0.0873973,-0.00128593,-0.00807869;REVB=0.0798485,0.0484127,-0.130421,-0.101944;RO=22;SAF=9,4,0,0;SAR=2,0,4,3;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.078467,0.55889,-0.747246,-0.710835;STB=0.616898,0.992985,0.5,0.5;STBP=0.222,0.344,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.144156,0.155528,0.0624963,0;OID=.,.,.,.;OPOS=105218059,105218063,105218063,105218058;OREF=G,GCA,GC,CG;OALT=-,CAG,CG,GC;OMAPALT=CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA,GCGGGGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:49:22:29:11,4,4,3:18,2,0,0:0.367347,0.0408163,0,0:2,0,4,3:9,4,0,0:17:5:9,0,0,0:9,2,0,0:20:9 chr10 105218252 . A G 2383.67 PASS AF=1;AO=129;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.654;QD=61.1197;RBI=0.0431356;REFB=0;REVB=0.00707381;RO=0;SAF=67;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9652e-05;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:129:156:1:62:67:0:0:62:94:0:0 chr10 105218359 . T C 1540.91 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0923;QD=59.8411;RBI=0.0460823;REFB=0;REVB=0.0417305;RO=0;SAF=67;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35459e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:35:67:0:0:36:67:0:0 chr10 105233110 . C T 1435.77 PASS AF=0.990291;AO=97;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00142666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7841;QD=55.7581;RBI=0.237986;REFB=0.0145816;REVB=0.237982;RO=4;SAF=68;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610402;STB=0.503649;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000779357;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:103:4:1:97:102:0.990291:29:68:0:4:34:68:1:0 chr10 105344756 . T C 188.16 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.5961;QD=47.0407;RBI=0.074795;REFB=0;REVB=-0.0454026;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426;OID=.;OPOS=105344756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:8:8:0:0 chr10 105361816 . T G 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.299;QD=47.8003;RBI=0.0302584;REFB=0;REVB=-0.0297782;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201682;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 105362209 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6735;QD=62.3467;RBI=0.0362141;REFB=0;REVB=-0.0261933;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67878e-06;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr10 105372696 . G A 577.59 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0179368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2814;QD=24.3197;RBI=0.0187543;REFB=-0.0396562;REVB=0.00547669;RO=41;SAF=21;SAR=32;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880721;STB=0.540719;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0278669;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:32:21:12:29:32:21:13:29 chr10 105657316 . G C 672.33 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.014;QD=52.7319;RBI=0.0578516;REFB=-0.169185;REVB=0.0552276;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408602;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00117612;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:22:26:0:2:22:27:0:2 chr10 105659826 . T C 1881.85 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724286;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.258;QD=61.7001;RBI=0.0833515;REFB=0;REVB=0.0412501;RO=0;SAF=71;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230306;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:51:71:0:0:51:71:0:0 chr10 105796819 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5653;QD=56.9555;RBI=0.0581671;REFB=0;REVB=-0.0560966;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000466314;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr10 105798872 . T C 1859.14 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.775;QD=61.4593;RBI=0.0472992;REFB=0;REVB=0.035187;RO=0;SAF=71;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91843e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05602e-06;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:50:71:0:0:50:71:0:0 chr10 105799216 . G T 2287.22 PASS AF=0.987179;AO=146;DP=151;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.289;QD=58.6466;RBI=0.0663504;REFB=-0.0342848;REVB=-0.0626887;RO=5;SAF=99;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00881545;STB=0.502937;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00305045;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:151:156:5:2:146:154:0.987179:47:99:4:1:47:107:1:1 chr10 105801253 . G A 1043.94 PASS AF=1;AO=44;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994886;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4159;QD=58.8138;RBI=0.14424;REFB=0;REVB=0.104437;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279912;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:0:0:44:71:1:31:13:0:0:31:40:0:0 chr10 105805497 . C T 1857.6 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2881;QD=61.4084;RBI=0.0209594;REFB=0;REVB=-0.00641677;RO=0;SAF=57;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5929e-05;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:63:57:0:0:64:57:0:0 chr10 105810400 . T C 1431.68 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00522132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.674;QD=56.1443;RBI=0.0294837;REFB=0.014257;REVB=0.0290177;RO=3;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713781;STB=0.503596;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.000398755;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:102:3:3:98:99:0.970588:45:53:2:1:45:54:2:1 chr10 105816916 . C T 2102.6 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5394;QD=62.7642;RBI=0.0181731;REFB=0;REVB=0.00930088;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76586e-05;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:63:71:0:0:63:71:0:0 chr10 105819956 . G A 2142.93 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00134614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.791;QD=62.114;RBI=0.0199716;REFB=-0.102577;REVB=-0.0199262;RO=1;SAF=67;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704294;STB=0.503703;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000381362;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:138:1:1:137:137:0.992754:70:67:1:0:70:67:1:0 chr10 105824333 . G A 924.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385841;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4915;QD=58.713;RBI=0.00470848;REFB=0;REVB=-0.0026986;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000862323;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr10 106159126 . G T 395.46 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0225163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.062;QD=30.4202;RBI=0.0421783;REFB=-0.046519;REVB=0.0356654;RO=16;SAF=26;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661895;STB=0.536062;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0251794;OID=.;OPOS=106159126;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:36:36:0.692308:10:26:10:6:10:26:10:6 chr10 108338917 . T C 545.19 PASS AF=0.409722;AO=59;DP=147;FAO=59;FDP=144;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=61;FSRR=24;FWDB=-0.00108573;FXX=0.0204068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.808;QD=15.1443;RBI=0.0206119;REFB=-0.00757831;REVB=0.0205833;RO=85;SAF=35;SAR=24;SRF=61;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140063;STB=0.578288;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0104364;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:144:85:85:59:59:0.409722:24:35:61:24:24:35:61:24 chr10 108380213 . G A 1099.7 PASS AF=0.634615;AO=99;DP=157;FAO=99;FDP=156;FR=.;FRO=57;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0183897;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.343;QD=28.1975;RBI=0.0241193;REFB=0.00202825;REVB=0.0156064;RO=57;SAF=47;SAR=52;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105845;STB=0.557107;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000990789;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:57:57:99:99:0.634615:52:47:36:21:52:47:36:21 chr10 111893124 . AG CT 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0192929;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.877;QD=7.27376;RBI=0.0255479;REFB=-0.00841816;REVB=-0.0167476;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724969;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=mnp;VARB=0.0308412;OID=.;OPOS=111893124;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:17:16:6:5:17:16 chr10 112044841 . TTAAAACAAAACAAAAC TAAAACAAAAC,TTAAAACAAAACA,TTAAAACAAAAC 98.58 PASS AF=0,0.0357143,0.5;AO=3,2,8;DP=15;FAO=0,1,14;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,1,8;FSAR=0,0,6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0125377,0.0126346,0.0274027;FXX=0;HRUN=3,4,4;LEN=6,4,5;MLLD=175.46,184.549,184.534;QD=14.0835;RBI=0.0234178,0.0208916,0.032042;REFB=-0.033872,-0.0227868,-0.0252291;REVB=0.0197788,0.0166381,0.0166067;RO=0;SAF=3,2,2;SAR=0,0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.986032,0.560356;STBP=1,0.508,0.579;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.011156,0.0194606;OID=.,.,.;OPOS=112044842,112044854,112044843;OREF=TAAAAC,AAAC,AAAAC;OALT=-,-,-;OMAPALT=TAAAACAAAAC,TTAAAACAAAACA,TTAAAACAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0357143,0.5:3,2,8:15:0,1,14:28:13:0,1,8:0,0,6:9:4:87:0:3,2,2:0,0,6:0:0 chr10 112266771 . C T 970.37 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0376963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7831;QD=52.4524;RBI=0.0611821;REFB=-0.147405;REVB=0.0481896;RO=1;SAF=17;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02699;STB=0.513777;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0343559;OID=.;OPOS=112266771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:74:1:5:69:69:0.932432:52:17:1:0:52:17:2:3 chr10 112266822 . GC AT 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255065;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.389;QD=56.9838;RBI=0.0291355;REFB=0;REVB=0.0140818;RO=0;SAF=2;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000171744;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:50:2:0:0:50:2:0:0 chr10 112271241 . GGTT G 178.51 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.010626;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.016;QD=9.27317;RBI=0.0116245;REFB=-0.0219934;REVB=0.00471334;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740286;STB=0.602574;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.0268311;OID=.;OPOS=112271242;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38961:30:73:30:77:47:11:19:25:22:99:34:11:19:15:19 chr10 112361870 . A G 1731.95 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5373;QD=60.7701;RBI=0.0943902;REFB=0;REVB=0.0288747;RO=0;SAF=62;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305125;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:51:62:0:0:51:63:0:0 chr10 112402492 . G T 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.155;QD=62.6146;RBI=0.0236399;REFB=0;REVB=-0.00741061;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67314e-05;OID=.;OPOS=112402492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr10 112572458 . G C 835.53 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011774;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0288;QD=55.7019;RBI=0.0415206;REFB=-0.112652;REVB=0.0398162;RO=1;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254817;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00166529;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:18:40:0:1:19:40:0:1 chr10 112595719 . G C 1120.94 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.712;QD=58.9971;RBI=0.107883;REFB=0;REVB=0.106755;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127538;OID=.;OPOS=112595719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:73:76:1:26:47:0:0:28:48:0:0 chr10 112641053 . A G 924.87 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.037265;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.748;QD=54.4044;RBI=0.0508567;REFB=-0.0821785;REVB=0.0346081;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.519628;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00115365;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:68:0:3:65:65:0.955882:19:46:0:0:19:46:1:2 chr10 112658060 . G A 310.13 PASS AF=0.507692;AO=30;DP=63;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0024336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.913;QD=19.0851;RBI=0.0176039;REFB=-0.0216967;REVB=0.0174349;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594865;STB=0.537792;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0251803;OID=.;OPOS=112658060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:32:30:33:0.507692:14:16:15:17:15:18:15:17 chr10 112838892 . C A 252.71 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0142551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.196;QD=18.3789;RBI=0.0190979;REFB=-0.0474218;REVB=0.0127092;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12463;STB=0.569569;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0370033;OID=.;OPOS=112838892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:26:26:0.472727:10:16:20:7:10:16:20:7 chr10 112839579 . A G 506.63 PASS AF=0.54;AO=27;DP=104;FAO=54;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00250227;FXX=0.0291234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3976;QD=20.2653;RBI=0.00469999;REFB=-0.0212482;REVB=0.00397852;RO=28;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121899;STB=0.592739;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0156468;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:28:46:27:54:0.54:17:10:7:21:16:38:24:22 chr10 112840171 . A G 777.7 PASS AF=0.476471;AO=81;DP=170;FAO=81;FDP=170;FR=.;FRO=89;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.00756812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.583;QD=18.2989;RBI=0.01328;REFB=0.00049326;REVB=-0.0109125;RO=89;SAF=48;SAR=33;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587425;STB=0.532412;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00045762;OID=.;OPOS=112840171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:89:81:81:0.476471:33:48:58:31:33:48:58:31 chr10 113912997 . A C 226.97 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0241438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.507;QD=21.1136;RBI=0.0294278;REFB=0.00246221;REVB=-0.0168248;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343544;STB=0.711154;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00414367;OID=.;OPOS=113912997;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:21:22:22:0.511628:7:15:5:14:7:15:5:16 chr10 113913193 . T C 306.11 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0204154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8902;QD=15.3056;RBI=0.0287126;REFB=0.00763596;REVB=0.0201897;RO=45;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108619;STB=0.513587;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0110466;OID=.;OPOS=113913193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:20:14:19:26:20:14:20:26 chr10 113913222 . T C 1383.81 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.427;QD=62.1935;RBI=0.0329934;REFB=0;REVB=0.0282709;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015667;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:47:40:0:0:48:41:0:0 chr10 113914366 . C A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0785596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9882;QD=24.4119;RBI=0.0871398;REFB=0.00948717;REVB=-0.037706;RO=5;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195527;STB=0.608529;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0114481;OID=.;OPOS=113914366;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:2:9:5:0:2:9:5:0 chr10 113917085 . T A 1434.26 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.277;QD=63.0444;RBI=0.0133452;REFB=0;REVB=0.00790587;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8839e-05;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:36:55:0:0:36:55:0:0 chr10 113920465 . G A 775.62 PASS AF=0.448087;AO=82;DP=183;FAO=82;FDP=183;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=0.0127686;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2708;QD=16.9534;RBI=0.0389812;REFB=-0.0271704;REVB=0.0368306;RO=96;SAF=43;SAR=39;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372555;STB=0.533164;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0310064;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:96:101:82:82:0.448087:39:43:54:42:39:43:59:42 chr10 113928093 . CT CC,C 43.99 PASS AF=0.0888889,0.133333;AO=4,6;DP=46;FAO=4,6;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4,5;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-8.62357e-05,-0.00993857;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.3085,18.7124;QD=3.90986;RBI=0.0934202,0.0765568;REFB=-0.0153726,-0.0431811;REVB=0.0934202,0.075909;RO=34;SAF=4,5;SAR=0,1;SRF=13;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0.405229;SSSB=0.639879,0.512098;STB=0.997827,0.863556;STBP=0.009,0.096;TYPE=snp,del;VARB=0.0905517,0.0684661;OID=.,.;OPOS=113928094,113928094;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0888889,0.133333:4,6:46:4,6:45:35:4,5:0,1:13:22:22:34:4,5:0,1:13:21 chr10 113935379 . T C 141.09 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0751555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0108;QD=13.4367;RBI=0.077099;REFB=0.0074636;REVB=0.0172021;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.555485;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00885082;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:14:12:6:10:14:12 chr10 113940329 . T C 1429.52 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.706;QD=62.8361;RBI=0.0526603;REFB=0;REVB=0.0276466;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149386;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:38:52:0:0:39:52:0:0 chr10 114053546 . C G 2433.18 PASS AF=0.948276;AO=165;DP=174;FAO=165;FDP=174;FR=.;FRO=9;FSAF=80;FSAR=85;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0183866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6783;QD=55.9351;RBI=0.0441642;REFB=-0.0358949;REVB=0.0401548;RO=6;SAF=80;SAR=85;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101158;STB=0.502092;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00161383;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:174:174:6:9:165:165:0.948276:85:80:3:3:85:80:4:5 chr10 114059330 . TCTCTGTTTTC T 97.99 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.01013;FXX=0.113611;HRUN=1;LEN=10;MLLD=347.023;QD=10.0507;RBI=0.0105059;REFB=-0.00636422;REVB=-0.00278514;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294148;STB=0.651902;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.0158677;OID=.;OPOS=114059331;OREF=CTCTGTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:12:41:12:39:27:3:9:12:15:97:22:3:9:11:11 chr10 114186624 . G A 1358.38 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8989;QD=62.4542;RBI=0.0129797;REFB=0;REVB=0.00775898;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19301e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr10 114831434 . A T 140.31 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0315962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.669;QD=7.79523;RBI=0.0332113;REFB=-0.00278372;REVB=0.0102308;RO=50;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248221;STB=0.651007;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00688891;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:52:20:20:0.277778:14:6:25:25:14:6:26:26 chr10 114925369 . C A 254.7 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.009097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4879;QD=14.3495;RBI=0.0246145;REFB=-0.00505646;REVB=-0.0228718;RO=41;SAF=5;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184362;STB=0.575945;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00781242;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:41:29:30:0.422535:24:5:12:29:24:6:12:29 chr10 114925997 . TA T,TT 37.69 PASS AF=0.0842697,0.0393258;AO=37,14;DP=187;FAO=15,7;FDP=178;FR=.;FRO=156;FSAF=5,1;FSAR=10,6;FSRF=62;FSRR=94;FWDB=-0.0110474,0.00416834;FXX=0.0531887;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.30071,22.2233;QD=0.847064;RBI=0.138818,0.0612498;REFB=-0.0737818,-0.0462827;REVB=-0.138377,-0.0611078;RO=112;SAF=11,1;SAR=26,13;SRF=51;SRR=61;SSEN=0.34252,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210038,-0.523669;STB=0.562939,0.789858;STBP=0.649,0.177;TYPE=del,snp;VARB=0.0435318,-0.0175675;OID=.,.;OPOS=114925998,114925998;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0842697,0.0393258:37,14:187:15,7:178:156:5,1:10,6:62:94:20:112:11,1:26,13:51:61 chr10 115332413 . C T 175.05 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0183877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.46;QD=20.0055;RBI=0.0250694;REFB=-0.0226023;REVB=-0.0170401;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433655;STB=0.746381;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.03508;OID=.;OPOS=115332413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:4:14:5:12:4:14:5:12 chr10 115334124 . C T 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0753386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4965;QD=14.4728;RBI=0.0839842;REFB=-0.00727496;REVB=-0.0371139;RO=41;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516735;STB=0.53806;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0136326;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:11:19:24:17:11:19:24:18 chr10 115370254 . A G 1090.37 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.853;QD=57.3878;RBI=0.0188773;REFB=0.0511353;REVB=-0.00885809;RO=2;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242466;STB=0.512817;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00266531;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:38:36:0:2:38:36:0:2 chr10 115370274 . T C 1044.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9477;QD=59.6593;RBI=0.00301449;REFB=0;REVB=1.78269e-05;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66697e-05;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr10 115375528 . C A 539.21 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=136;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.0136374;FXX=0.0647435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.505;QD=16.5911;RBI=0.0148867;REFB=-0.0406552;REVB=0.00596958;RO=65;SAF=38;SAR=19;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800052;STB=0.511624;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.048046;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:130:65:73:57:57:0.438462:19:38:48:17:19:38:50:23 chr10 115393929 . G A 1829.01 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275296;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.572;QD=60.4632;RBI=0.0328152;REFB=-0.126149;REVB=-0.0178595;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000323414;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:53:67:0:0:53:67:0:1 chr10 115405615 . T C 1171.12 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.605;QD=60.8373;RBI=0.0418964;REFB=0;REVB=-0.0238426;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26808e-05;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:34:42:0:0:35:42:0:0 chr10 115405664 . C T 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.854;QD=59.3224;RBI=0.03098;REFB=0;REVB=-0.0122535;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55535e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr10 115410234 . T C 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0131417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.576;QD=18.0813;RBI=0.0369423;REFB=0.0028407;REVB=0.0345257;RO=46;SAF=25;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648471;STB=0.531288;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00257189;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:16:25:25:21:16:25:26:21 chr10 115411614 . A G 704.66 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542886;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5892;QD=56.3727;RBI=0.0542891;REFB=0;REVB=-0.000239862;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626227;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:19:31:0:0 chr10 115417289 . G A 1523.51 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303949;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.702;QD=62.1843;RBI=0.0303952;REFB=0.0418728;REVB=0.000134885;RO=1;SAF=53;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00204944;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:95:97:0.989796:42:53:1:0:44:53:1:0 chr10 115439530 . G C 1475.33 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1101;QD=62.1192;RBI=0.0557336;REFB=0.0270121;REVB=-0.0534947;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000672884;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:94:94:0.989474:42:52:0:0:42:52:1:0 chr10 115439569 . C T 1724.84 PASS AF=0.944444;AO=116;DP=123;FAO=119;FDP=126;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0278754;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.083;QD=54.7569;RBI=0.0440147;REFB=-0.0993432;REVB=0.0340626;RO=6;SAF=67;SAR=49;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232453;STB=0.509124;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00268379;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:123:126:6:7:116:119:0.944444:49:67:2:4:49:70:3:4 chr10 115489152 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.866;QD=57;RBI=0.0176603;REFB=0;REVB=-0.00914831;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73772e-05;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr10 115489167 . G A 798.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000802112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.289;QD=57.0102;RBI=0.0227826;REFB=0;REVB=0.0227685;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213552;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:34:22:0:0 chr10 115525175 . T C 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00882454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.901;QD=17.4231;RBI=0.018394;REFB=-0.0181695;REVB=0.0161389;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179383;STB=0.600135;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0175655;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:23:11:16:15:23:11 chr10 115535599 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0136843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.379;QD=13.5338;RBI=0.0137901;REFB=-0.0253766;REVB=0.00170517;RO=51;SAF=21;SAR=12;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353009;STB=0.524575;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0397699;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:12:21:34:17:12:21:35:17 chr10 115540411 . T C 278.82 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0380401;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.765;QD=16.1637;RBI=0.0398833;REFB=-0.0149068;REVB=-0.0119844;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458979;STB=0.526743;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.018614;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:30:31:0.449275:16:14:19:18:17:14:19:19 chr10 115609831 . TA T,TT 61.32 PASS AF=0.275862,0;AO=13,6;DP=80;FAO=24,0;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=15,0;FSAR=9,0;FSRF=51;FSRR=12;FWDB=-0.0455124,-0.0112184;FXX=0.0113623;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.22967,11.9488;QD=2.81923;RBI=0.0589855,0.0335996;REFB=-0.0333975,-0.0311459;REVB=0.0375221,-0.0316715;RO=44;SAF=6,5;SAR=7,1;SRF=34;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.384509,0.109077;STB=0.653358,0.5;STBP=0.148,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0236432,0.0104099;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0:13,6:80:24,0:87:63:15,0:9,0:51:12:56:44:6,5:7,1:34:10 chr10 115609915 . C G,T 1251.25 PASS AF=0.964706,0.0235294;AO=78,5;DP=85;FAO=82,2;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=44,2;FSAR=38,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175969,-0.119198;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=127.108,9.54407;QD=58.8822;RBI=0.0281303,0.158992;REFB=-0.0413118,-0.0317874;REVB=0.0219468,-0.105216;RO=1;SAF=44,1;SAR=34,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.010637,-0.277405;STB=0.505617,0.5;STBP=0.505,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00389567,0.181604;OID=.,.;OPOS=115609915,115609915;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:85:85:1:1:78,5:82,2:0.964706,0.0235294:34,4:44,1:1:0:38,0:44,2:1:0 chr10 115668149 . A G 487.35 PASS AF=0.5;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00443122;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6988;QD=20.306;RBI=0.00859929;REFB=0.00466819;REVB=0.00736967;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106271;STB=0.552198;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00701822;OID=.;OPOS=115668149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:48:48:47:48:0.5:27:20:26:22:27:21:26:22 chr10 115675025 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7582;QD=56.7059;RBI=0.0719979;REFB=0;REVB=-0.0262282;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143771;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr10 115805056 . G C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.12;QD=48.7317;RBI=0.0381995;REFB=0;REVB=0.00120295;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153028;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr10 116032519 . A G 494.7 PASS AF=0.621622;AO=45;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0579592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3662;QD=26.7404;RBI=0.0846634;REFB=0.00384618;REVB=-0.061714;RO=28;SAF=26;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805706;STB=0.547059;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00366895;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:45:46:0.621622:19:26:13:15:19:27:13:15 chr10 116032548 . G T 599.89 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0247038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8189;QD=26.0823;RBI=0.0629387;REFB=-0.0243065;REVB=-0.0578878;RO=38;SAF=30;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423058;STB=0.523106;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0183859;OID=.;OPOS=116032548;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:24:30:19:19:24:30:19:19 chr10 116060387 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000789977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.142;QD=62.022;RBI=0.0080706;REFB=0;REVB=0.00803184;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60692e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr10 116073696 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.58;QD=64.021;RBI=0.00453934;REFB=0;REVB=0.00344203;RO=0;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4142e-06;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:33:65:0:0:33:65:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 1256.67 PASS AF=1;AO=78;DP=88;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014387;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=163.486;QD=61.3008;RBI=0.0227634;REFB=0;REVB=-0.0176405;RO=6;SAF=30;SAR=48;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.71994e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:88:82:82:0:33:49:0:0:7:6:30:48:5:1 chr10 116183647 . G A 412.14 PASS AF=0.408696;AO=46;DP=118;FAO=47;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.00101931;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.145;QD=14.3353;RBI=0.00109244;REFB=-0.00617443;REVB=-0.000392992;RO=51;SAF=29;SAR=17;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169376;STB=0.505625;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0070672;OID=.;OPOS=116183647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:115:51:68:46:47:0.408696:17:29:33:18:17:30:44:24 chr10 116193082 . T C 201.85 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0366688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.743;QD=21.2476;RBI=0.0396575;REFB=-0.0182288;REVB=0.0151035;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317611;STB=0.676762;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0220678;OID=.;OPOS=116193082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:11:9:15:3:11:9:15:3 chr10 116245085 . G A 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0548115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1932;QD=8.68293;RBI=0.0635697;REFB=-0.00893585;REVB=-0.0321994;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292508;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0343267;OID=.;OPOS=116245085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:6:11:3:5:6:11 chr10 116307504 . A G 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00802484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.914;QD=19.8666;RBI=0.0204987;REFB=-0.0206712;REVB=0.0188626;RO=32;SAF=27;SAR=9;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361688;STB=0.529396;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0210251;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:34:36:36:0.514286:9:27:25:7:9:27:27:7 chr10 116335246 . G A 500.2 PASS AF=0.45082;AO=50;DP=117;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00752433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.128;QD=16.3999;RBI=0.0158144;REFB=-0.0305532;REVB=0.0139097;RO=67;SAF=24;SAR=26;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280258;STB=0.500894;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0468886;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:67:67:50:55:0.45082:26:24:34:33:27:28:34:33 chr10 116621887 . A C 69.93 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0291725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9995;QD=6.66;RBI=0.0584967;REFB=-0.00993791;REVB=0.0507034;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151132;STB=0.595055;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0351383;OID=.;OPOS=116621887;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:20:12:5:5:20:12 chr10 116702443 . AG GA 35.33 PASS AF=0.0684932;AO=9;DP=73;FAO=5;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0549491;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=51.5055;QD=1.93581;RBI=0.0943807;REFB=-0.00431721;REVB=-0.0767354;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678822;STB=0.753634;STBP=0.308;TYPE=mnp;VARB=0.163144;OID=.;OPOS=116702443;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:52:64:9:5:0.0684932:4:5:26:26:1:4:35:29 chr10 116931101 . C CTT,T 340.79 PASS AF=0.72,0.28;AO=16,8;DP=31;FAO=18,7;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=8,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408579,-0.033667;FXX=0.107105;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.398,250.268;QD=54.5256;RBI=0.0505838,0.03373;REFB=0,0;REVB=-0.0298219,0.0020607;RO=6;SAF=9,2;SAR=7,6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0524228,-0.325838;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0199558,0.00909129;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:47:31:25:6:0:16,8:18,7:0.72,0.28:7,6:9,2:4:2:8,6:10,1:0:0 chr10 117075175 . G A 1134.97 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.771;QD=60.5319;RBI=0.0482402;REFB=0;REVB=0.0258444;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34783e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:29:46:0:0:29:46:0:0 chr10 117226713 . T C 195.06 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0138815;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.602;QD=12.3849;RBI=0.0325112;REFB=-0.0220795;REVB=0.0293987;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211478;STB=0.512185;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.038411;OID=.;OPOS=117226713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:22:17:10:14:22:17 chr10 117228794 . A G 662.01 PASS AF=0.358744;AO=79;DP=222;FAO=80;FDP=223;FR=.;FRO=143;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=-0.0106277;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.548;QD=11.8746;RBI=0.0127064;REFB=-0.00587829;REVB=-0.00696444;RO=142;SAF=30;SAR=49;SRF=69;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122801;STB=0.562362;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0108818;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:142:143:79:80:0.358744:49:30:69:73:49:31:69:74 chr10 117823739 . A G 1127.55 PASS AF=0.97561;AO=73;DP=77;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.779;QD=55.0026;RBI=0.0203325;REFB=-0.0988446;REVB=0.012103;RO=3;SAF=50;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157727;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000981674;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:82:3:2:73:80:0.97561:23:50:2:1:30:50:2:0 chr10 117884950 . G A 1500.03 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516513;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.466;QD=60.001;RBI=0.0383082;REFB=0;REVB=0.0379584;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.574e-05;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:56:43:0:0:57:43:0:0 chr10 118231360 . G A 1273.45 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00267462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8935;QD=59.9271;RBI=0.0374925;REFB=-0.0901227;REVB=0.037397;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106419;STB=0.505375;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000561188;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:82:84:0.988235:38:44:1:0:38:46:1:0 chr10 118231362 . TA T,TG 1247.48 PASS AF=0.202381,0.797619;AO=17,60;DP=84;FAO=17,67;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=16,31;FSAR=1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770293,-0.00949573;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.711,238.566;QD=59.4038;RBI=0.0195396,0.0133955;REFB=0,0;REVB=0.0179572,0.00944826;RO=0;SAF=17,24;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.9695e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0160394,0.00621964;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.202381,0.797619:17,60:84:17,67:84:0:16,31:1,36:0:0:45:0:17,24:0,36:0:0 chr10 118236610 . T A 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00857671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.159;QD=49.3067;RBI=0.0166879;REFB=-0.0733936;REVB=0.0143152;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00133657;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:15:12:1:0:15:12:1:1 chr10 118363642 . T C 2884.48 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.04;QD=63.0488;RBI=0.0408704;REFB=0;REVB=0.0341282;RO=0;SAF=98;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101731;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:85:98:0:0:85:98:0:0 chr10 118364967 . G C 1325.35 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000778052;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.968;QD=62.3695;RBI=0.0248613;REFB=0;REVB=0.0248492;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52224e-05;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:36:49:0:0 chr10 118380511 . A G 393.43 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.355;QD=56.2038;RBI=0.0365605;REFB=0;REVB=0.0300575;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135031;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:11:17:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1662.42 PASS AF=1,0;AO=109,6;DP=126;FAO=123,0;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67,0;FSAR=56,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170989,0.0697286;FXX=0.00806387;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=22.4163,7.22503;QD=54.0626;RBI=0.193563,0.0761989;REFB=-0.0161378,-0.0515787;REVB=0.0907161,0.0307278;RO=9;SAF=63,1;SAR=46,5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00331628,-0.426681;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00438596,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:126:123:9:0:109,6:123,0:1,0:46,5:63,1:5:4:56,0:67,0:0:0 chr10 118387282 . A G 323.1 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.033218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.643;QD=28.0957;RBI=0.0334488;REFB=-0.0171439;REVB=0.00392275;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351826;STB=0.682792;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00805866;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:15:15:21:22:0.478261:9:12:15:0:9:13:15:0 chr10 118397884 . A G 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0172374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2086;QD=13.3117;RBI=0.0292893;REFB=-0.00561791;REVB=-0.0236798;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192285;STB=0.610636;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00839997;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:18:15:14:8:18:15 chr10 118397894 . A G 167.23 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0159399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.84;QD=11.7351;RBI=0.0164387;REFB=-0.0129626;REVB=0.0040187;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.610632;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0239752;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:13:8:20:16:13:8:20:16 chr10 118397971 . A G 150.09 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0033938;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.115;QD=9.84226;RBI=0.013298;REFB=-3.63441e-05;REVB=-0.0128577;RO=41;SAF=5;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304075;STB=0.690065;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=2.07455e-06;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:41:19:20:0.327869:14:5:21:20:15:5:21:20 chr10 118404620 . A G 335.99 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0241096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.747;QD=19.7643;RBI=0.0242;REFB=-0.00823464;REVB=0.00208899;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758146;STB=0.542144;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0104018;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:17:16:14:21:17:16 chr10 118616110 . C T 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0212111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.695;QD=20.8718;RBI=0.0252759;REFB=-0.0324906;REVB=0.0137464;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25625;STB=0.652923;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0255264;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:9:12:5:14:9:12:5:15 chr10 118635605 . C G 224.85 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0153386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.061;QD=19.9868;RBI=0.0714744;REFB=-0.0065994;REVB=0.0698092;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680091;STB=0.538426;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00690514;OID=.;OPOS=118635605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:8:14:13:10:8:14:13:10 chr10 118890573 . T C 225.38 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00575604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6706;QD=16.3912;RBI=0.0258907;REFB=-0.00426294;REVB=-0.0252427;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521126;STB=0.538431;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00867976;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:29:25:26:0.472727:17:8:10:17:17:9:12:17 chr10 119013632 . C T 333.43 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0116543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7548;QD=24.2498;RBI=0.021851;REFB=-0.0350252;REVB=-0.0184835;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332166;STB=0.518261;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0229482;OID=.;OPOS=119013632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:11:11:15:18:11:11 chr10 119026566 . T C 393.82 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.024555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.978;QD=14.8612;RBI=0.0341048;REFB=-0.00750984;REVB=0.0236684;RO=58;SAF=13;SAR=32;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104522;STB=0.548191;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00969301;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:61:45:45:0.424528:32:13:22:36:32:13:22:39 chr10 119133968 . G C 1152.45 PASS AF=0.477366;AO=116;DP=243;FAO=116;FDP=243;FR=.;FRO=127;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=70;FWDB=0.0007539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.084;QD=18.9704;RBI=0.0164379;REFB=-0.0054976;REVB=-0.0164206;RO=126;SAF=63;SAR=53;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931171;STB=0.549215;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00586431;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:126:127:116:116:0.477366:53:63:56:70:53:63:57:70 chr10 119134058 . T C 1073.06 PASS AF=0.502304;AO=109;DP=215;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.051727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7753;QD=19.7799;RBI=0.072906;REFB=0.0108252;REVB=-0.0513771;RO=105;SAF=70;SAR=39;SRF=47;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178565;STB=0.596452;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0229276;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:105:108:109:109:0.502304:39:70:47:58:39:70:49:59 chr10 119768551 . C T 218.1 PASS AF=0.297872;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=94;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=16;FWDB=-0.0157628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.598;QD=9.28064;RBI=0.0173962;REFB=-0.0135494;REVB=0.00735945;RO=63;SAF=18;SAR=10;SRF=48;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162868;STB=0.592274;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0305027;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:63:66:28:28:0.297872:10:18:48:15:10:18:50:16 chr10 120069611 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.183;QD=55.0986;RBI=0.00624459;REFB=0;REVB=-0.00121825;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20016e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:7:16:0:0:7:19:0:0 chr10 120070427 . G T 181.01 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0497183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.026;QD=42.5913;RBI=0.0498562;REFB=0.00119699;REVB=0.00370576;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000501334;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:15:16:0.941176:10:5:0:1:10:6:0:1 chr10 120353910 . T C 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.265;QD=62.9686;RBI=0.0373478;REFB=0;REVB=0.0302335;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172415;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr10 120354223 . G C 105.88 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0373864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.216;QD=11.446;RBI=0.0380251;REFB=-0.027204;REVB=0.00693984;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195695;STB=0.602352;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0289677;OID=.;OPOS=120354223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:24:13:13:0.351351:8:5:12:9:8:5:13:11 chr10 120791060 . A C 239.56 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.124;QD=50.4345;RBI=0.0546124;REFB=0;REVB=0.0254691;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630602;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:9:8:0:0:11:8:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T,TCGATAGC 498.15 PASS AF=1,0;AO=31,2;DP=34;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224725,-0.036206;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=7,6;MLLD=318.489,104.29;QD=58.6059;RBI=0.0235207,0.040825;REFB=0,0;REVB=-0.0069432,-0.0188628;RO=0;SAF=17,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-3.81113e-05,0;OID=.,.;OPOS=120791779,120791779;OREF=AAATACC,AAATAC;OALT=-,CGATAG;OMAPALT=T,TCGATAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,2:34:34,0:34:0:17,0:17,0:0:0:4:0:17,0:14,2:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 817.09 PASS AF=0.861111;AO=62;DP=72;FAO=62;FDP=72;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0112891;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=331.728;QD=45.394;RBI=0.0122859;REFB=-0.0199994;REVB=0.00484773;RO=10;SAF=27;SAR=35;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170574;STB=0.509088;STBP=0.709;TYPE=ins;VARB=0.00195003;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.861111:62:72:62:72:10:27:35:5:5:50:10:27:35:5:5 chr10 120792684 . A G 802.41 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.01;QD=64.1931;RBI=0.0839173;REFB=0;REVB=0.0785412;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205261;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:28:19:0:0:31:19:0:0 chr10 120792703 . C A 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.247;QD=56.4168;RBI=0.0220269;REFB=-0.120947;REVB=-0.00597081;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000393021;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:35:27:0:0:35:27:0:1 chr10 120820528 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8939;QD=47.82;RBI=0.0536583;REFB=0;REVB=0.0197094;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610407;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr10 120828969 . A G 740.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.007;QD=56.9827;RBI=0.0696085;REFB=0;REVB=0.0424261;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279593;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr10 120896027 . G A 1459.26 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3253;QD=61.4425;RBI=0.017563;REFB=0;REVB=-0.00887468;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011872;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:95:0:0:89:95:1:54:35:0:0:57:38:0:0 chr10 120909785 . C T 1231.94 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00462614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.306;QD=60.0944;RBI=0.00768567;REFB=-0.169086;REVB=0.00613746;RO=1;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122979;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000197955;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:43:38:1:0:43:38:1:0 chr10 120909794 . CTGGGGCT CGTGGGCT,CTGGGACT,CTGGGCT,CTGGGCTG,GCTGGGCT 407.47 PASS AF=0,0,0.92,0,0.02;AO=3,2,26,3,4;DP=52;FAO=0,0,46,0,1;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,10,0,0;FSAR=0,0,36,0,1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000351019,-0.0590244,0.231573,0.140202,0.0406711;FXX=0.019604;HRUN=1,4,4,4,1;LEN=2,1,1,3,3;MLLD=107.558,28.3993,12.9818,8.98683,7.15258;QD=32.5979;RBI=0.134737,0.0645636,0.232,0.189724,0.10631;REFB=0.0638755,-0.00548385,-0.00949446,-0.122595,-0.0849644;REVB=-0.134736,-0.0261643,0.0140565,-0.127822,-0.0982231;RO=8;SAF=0,2,4,0,0;SAR=3,0,22,3,4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.694555,0.55315,-0.298019,-0.694555,-0.730747;STB=0.5,0.5,0.519992,0.5,0.5;STBP=1,1,0.39,1,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp,mnp;VARB=0,0,0.0598793,0.0316255,-0.184155;OID=.,.,.,.,.;OPOS=120909795,120909799,120909796,120909799,120909794;OREF=TG,G,G,GCT,CTG;OALT=GT,A,-,CTG,GCT;OMAPALT=CGTGGGCT,CTGGGACT,CTGGGCT,CTGGGCTG,GCTGGGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:11:52:50:8:3:3,2,26,3,4:0,0,46,0,1:0,0,0.92,0,0.02:3,0,22,3,4:0,2,4,0,0:5:3:0,0,36,0,1:0,0,10,0,0:0:3 chr10 120917445 . G A 839.74 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.078;QD=55.9825;RBI=0.0517258;REFB=-0.114264;REVB=0.0516991;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955219;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:0:0:58:60:1:25:33:0:0:25:35:0:0 chr10 120919246 . T C 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4595;QD=60.9677;RBI=0.0164435;REFB=0;REVB=0.00896118;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130011;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr10 120920588 . T C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0142;QD=63.2857;RBI=0.0292012;REFB=0;REVB=0.0291608;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003909;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 120933324 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.06;QD=49.5983;RBI=0.0446112;REFB=0;REVB=-0.0232465;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00063585;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr10 121196335 . G A 538.83 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=14;FWDB=-0.0173475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.302;QD=20.5269;RBI=0.0225242;REFB=-0.00249343;REVB=0.0143667;RO=50;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140668;STB=0.577145;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00214713;OID=.;OPOS=121196335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:24:31:36:14:24:31:36:14 chr10 121432157 . G A 409.04 PASS AF=0.384;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.00703558;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.2;QD=13.0891;RBI=0.01296;REFB=-0.00234013;REVB=-0.010884;RO=78;SAF=16;SAR=32;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147802;STB=0.587533;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00631918;OID=.;OPOS=121432157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:78:77:48:48:0.384:32:16:36:42:32:16:36:41 chr10 121436068 . T G 212.44 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0165416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.538;QD=14.6507;RBI=0.0197886;REFB=-0.0162636;REVB=-0.0108611;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189783;STB=0.59992;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0175478;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:33:33:23:25:0.431034:14:9:19:14:15:10:19:14 chr10 121436286 . C T 108.25 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0395271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7392;QD=13.5311;RBI=0.104517;REFB=-0.022925;REVB=0.0967547;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0623449;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:8:11:7:6:8:11 chr10 121436362 . A G 337.91 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0225058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.275;QD=28.7586;RBI=0.0225065;REFB=-0.014324;REVB=0.000176425;RO=18;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179217;STB=0.509857;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00925977;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:17:12:7:11:17:12:7:11 chr10 121527997 . C T 284.94 PASS AF=0.484375;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0156088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.343;QD=17.8087;RBI=0.0159266;REFB=-0.0261528;REVB=0.00316561;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394184;STB=0.501525;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0193707;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:33:33:29:31:0.484375:12:17:18:15:14:17:18:15 chr10 121579040 . T C 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0140141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.794;QD=18.9417;RBI=0.0209631;REFB=-0.00637819;REVB=-0.0155903;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605873;STB=0.533669;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00718996;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:22:15:13:25:22:15:13:25 chr10 121586827 . A G 50.82 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0392328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.16;QD=5.21225;RBI=0.0510641;REFB=-0.0277034;REVB=-0.0326853;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461395;STB=0.588012;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0761717;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:30:31:7:8:0.205128:3:4:16:14:3:5:16:15 chr10 121588537 . A G 243.3 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0268821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.434;QD=12.8051;RBI=0.0336563;REFB=-0.0199489;REVB=0.0202509;RO=46;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855695;STB=0.556661;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0381335;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:47:29:29:0.381579:11:18:25:21:11:18:25:22 chr10 121588554 . T A 240.77 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0299688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3694;QD=12.3473;RBI=0.0382284;REFB=-0.00561443;REVB=0.0237335;RO=46;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556072;STB=0.53898;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0114905;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:49:29:29:0.371795:13:16:23:23:13:16:24:25 chr10 121589402 . T G 334.39 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0208197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9942;QD=19.3848;RBI=0.0507326;REFB=-0.00294724;REVB=0.0462638;RO=34;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840998;STB=0.536097;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00531243;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:34:34:35:0.507246:12:22:19:15:13:22:19:15 chr10 121602732 . C T 307.88 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0555101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2537;QD=10.9958;RBI=0.128574;REFB=0.00352382;REVB=-0.115974;RO=73;SAF=28;SAR=11;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449846;STB=0.525953;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00932215;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:73:39:39:0.348214:11:28:50:23:11:28:50:23 chr10 121618382 . T A 115.97 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.04384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2058;QD=11.3142;RBI=0.0822483;REFB=-0.0242916;REVB=-0.0695904;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342794;STB=0.703931;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0736892;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:11:16:4:10:11:16 chr10 121671651 . T C 887.8 PASS AF=0.52071;AO=83;DP=164;FAO=88;FDP=169;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.00673519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.984;QD=21.0131;RBI=0.051792;REFB=-0.0401355;REVB=0.0513522;RO=81;SAF=47;SAR=36;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109592;STB=0.542905;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0311314;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:81:81:83:88:0.52071:36:47:36:45:41:47:36:45 chr10 121679013 . A G 1700.27 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00731814;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.01;QD=59.6587;RBI=0.0119671;REFB=-0.0625494;REVB=0.0094687;RO=1;SAF=64;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736174;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=6.41462e-05;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:49:64:1:0:49:64:1:0 chr10 121685559 . G A 109.89 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00191032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.946;QD=7.32566;RBI=0.0203934;REFB=-0.0162677;REVB=-0.0203037;RO=44;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409638;STB=0.749688;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0273439;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:4:12:18:26:4:12:18:26 chr10 121693246 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00470115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.672;QD=14.047;RBI=0.00983064;REFB=-0.0202642;REVB=0.0086337;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163357;STB=0.595575;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0341803;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:12:17:13:5:12:17 chr10 122216862 . C T 1093.16 PASS AF=0.46063;AO=116;DP=253;FAO=117;FDP=254;FR=.;FRO=137;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=86;FSRR=51;FWDB=0.0134008;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.212;QD=17.2151;RBI=0.0225756;REFB=-0.0219625;REVB=-0.018168;RO=136;SAF=48;SAR=68;SRF=86;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211321;STB=0.606963;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0332411;OID=.;OPOS=122216862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:136:137:116:117:0.46063:68:48:86:50:67:50:86:51 chr10 122263113 . G T 236.21 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0216899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5753;QD=17.497;RBI=0.0454047;REFB=-0.0118911;REVB=-0.039889;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386212;STB=0.521722;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00930823;OID=.;OPOS=122263113;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:13:15:15:11:13:15 chr10 122358342 . G C 1399.09 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599495;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4172;QD=62.8803;RBI=0.0887496;REFB=0;REVB=0.0654412;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345195;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:49:40:0:0 chr10 122358463 . G A 1598.76 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0291852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.489;QD=58.1368;RBI=0.0399995;REFB=-0.198862;REVB=0.0273529;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939877;STB=0.50495;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000601902;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:110:110:1:1:108:109:0.990909:58:50:1:0:59:50:1:0 chr10 122358657 . A AGTGT,T 213.01 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=19;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196393,0.00658098;FXX=0.105208;HRUN=0,3;LEN=4,1;MLLD=214.805,58.9686;QD=50.1206;RBI=0.0292068,0.00671926;REFB=0,0;REVB=0.0216178,-0.00135614;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0012764,0.0190711;OID=.,.;OPOS=122358658,122358657;OREF=-,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=AGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:19:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:2,12:0,3:0:0:2,12:0,3:0:0 chr10 122359344 . C T 1572.47 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.24;QD=62.899;RBI=0.0345704;REFB=-0.114198;REVB=0.0309866;RO=1;SAF=45;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104245;STB=0.505493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000394997;OID=.;OPOS=122359344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:54:45:1:0:54:45:1:0 chr10 123239112 . G A 1201.07 PASS AF=0.613636;AO=107;DP=175;FAO=108;FDP=176;FR=.;FRO=68;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0195258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.563;QD=27.2971;RBI=0.0197427;REFB=-0.0126431;REVB=0.00291877;RO=68;SAF=65;SAR=42;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254029;STB=0.511361;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00970364;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:68:68:107:108:0.613636:42:65:39:29:43:65:39:29 chr10 123277571 . A C 33.59 PASS AF=0.117647;AO=7;DP=73;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=0.0880218;FXX=0.0810701;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.2155;QD=1.9759;RBI=0.0936185;REFB=-0.0605167;REVB=0.0318841;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=35;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707888;STB=0.939571;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.125685;OID=.;OPOS=123277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:73:68:42:57:7:8:0.117647:6:1:35:7:7:1:44:13 chr10 123298158 . T C 3611.32 PASS AF=1;AO=225;DP=227;FAO=229;FDP=229;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.375;QD=63.0797;RBI=0.0248988;REFB=0;REVB=0.0215037;RO=0;SAF=114;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46425e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:227:229:0:0:225:229:1:111:114:0:0:115:114:0:0 chr10 123549691 . T G 149.06 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.011999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.096;QD=18.632;RBI=0.0146562;REFB=0.00933072;REVB=0.00841598;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574449;STB=0.532745;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00947636;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:9:7:6:10:9:7 chr10 123596254 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9257;QD=47.8157;RBI=0.0742971;REFB=0;REVB=0.052082;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036011;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr10 123673339 . T C 736.86 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.183;QD=54.5824;RBI=0.15353;REFB=0;REVB=0.152321;RO=2;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552345;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:2:0:48:54:1:25:23:0:2:31:23:0:0 chr10 123719928 . C T 109.22 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.021841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.266;QD=14.0935;RBI=0.0218532;REFB=-0.024921;REVB=-0.000729133;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.642659;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0187571;OID=.;OPOS=123719928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:7:5:4:14:7:6:4:14 chr10 123810060 . G A 43.54 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0143739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6898;QD=6.45032;RBI=0.0144517;REFB=-0.00666659;REVB=-0.00149786;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20437;STB=0.599733;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0130861;OID=.;OPOS=123810060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:5:14:4:3:6:14 chr10 123842825 . C G 73.95 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.000280171;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.83;QD=9.8595;RBI=0.0132704;REFB=-0.012049;REVB=-0.0132675;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191078;STB=0.646805;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0117096;OID=.;OPOS=123842825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:17:20:10:10:0.333333:4:6:13:4:4:6:16:4 chr10 123845322 . T C 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.932;QD=59.8505;RBI=0.035207;REFB=0;REVB=-0.0325106;RO=0;SAF=63;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33749e-05;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:8:63:0:0:8:63:0:0 chr10 123846490 . C T 830.19 PASS AF=0.464481;AO=85;DP=191;FAO=85;FDP=183;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=32;FSRR=66;FWDB=0.0208435;FXX=0.0418826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.222;QD=18.1463;RBI=0.0209343;REFB=-0.00714828;REVB=-0.00194826;RO=96;SAF=25;SAR=60;SRF=31;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327086;STB=0.520543;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00709188;OID=.;OPOS=123846490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:183:96:98:85:85:0.464481:60:25:31:65:60:25:32:66 chr10 123848113 . G A 262.93 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00185183;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.535;QD=14.6072;RBI=0.00975479;REFB=-0.00689291;REVB=0.00957741;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277008;STB=0.628484;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00815954;OID=.;OPOS=123848113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:42:29:30:0.416667:9:20:17:23:10:20:19:23 chr10 123976391 . C A 1470.87 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=106;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0713514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3382;QD=54.986;RBI=0.0713801;REFB=-0.215196;REVB=-0.00202482;RO=4;SAF=62;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010691;STB=0.505787;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00398011;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:106:107:4:4:102:103:0.962617:40:62:3:1:41:62:3:1 chr10 123996976 . G A 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.157;QD=60.0281;RBI=0.0264497;REFB=0;REVB=0.0110885;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101304;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr10 124001539 . G C 834.73 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00642084;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.9519;QD=52.9985;RBI=0.0303798;REFB=-0.126929;REVB=0.0296935;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538448;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00743692;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:63:0:3:59:60:0.952381:17:42:0:0:18:42:0:3 chr10 124013604 . C A 1899.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222861;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.621;QD=61.7672;RBI=0.0242103;REFB=0;REVB=0.00945883;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39944e-05;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:53:70:0:0:53:70:0:0 chr10 124089036 . G A 1419.71 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.892;QD=61.7267;RBI=0.0454171;REFB=-0.0730338;REVB=0.0176174;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000116281;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:56:35:0:0:56:35:0:1 chr10 124089075 . G A 442.47 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0170533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2955;QD=22.6908;RBI=0.0421314;REFB=-0.0340641;REVB=0.0385258;RO=35;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957052;STB=0.552607;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0276389;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:22:21:13:22:22:21:13:22 chr10 124096035 . T C 80.88 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0183522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.895;QD=17.9733;RBI=0.018786;REFB=-0.0398123;REVB=0.00401357;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.571292;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0285468;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:7:8:9:10:0.555556:4:5:5:2:4:6:6:2 chr10 124096041 . T C 116.23 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00804297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.023;QD=20.2135;RBI=0.0116293;REFB=-0.0541628;REVB=0.0083995;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0160338;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:7:3:6:7:7:3 chr10 124096061 . A C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00711058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.75;QD=23.6751;RBI=0.0297921;REFB=-0.0232217;REVB=-0.0289311;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280932;STB=0.65642;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0178894;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:12:4:13:8:12:4 chr10 124183732 . T C 3495.37 PASS AF=1;AO=223;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150587;FXX=0.00884917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3566;QD=62.4173;RBI=0.035389;REFB=-0.0879912;REVB=-0.0320252;RO=0;SAF=114;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404362;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:224:224:0:0:223:224:1:109:114:0:0:110:114:0:0 chr10 124189197 . A G 943.14 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356014;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8055;QD=58.0391;RBI=0.0466099;REFB=0;REVB=0.0300836;RO=0;SAF=54;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993028;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:10:54:0:0:11:54:0:0 chr10 124214448 . G T 380.72 PASS AF=0.444444;AO=38;DP=88;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00552982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.735;QD=16.9207;RBI=0.0309134;REFB=-0.0169383;REVB=-0.0304148;RO=49;SAF=23;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137533;STB=0.567533;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0158686;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:50:38:40:0.444444:15:23:23:26:16:24:24:26 chr10 124271528 . C T 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00913991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1031;QD=28.7654;RBI=0.0370955;REFB=-0.018771;REVB=-0.0359519;RO=23;SAF=12;SAR=32;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179666;STB=0.598084;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0117667;OID=.;OPOS=124271528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:32:12:12:11:32:12:12:11 chr10 124329672 . TC CT 753.59 PASS AF=1;AO=64;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128615;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.121;QD=44.9903;RBI=0.137531;REFB=0;REVB=0.0487121;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.81945e-05;OID=.;OPOS=124329672;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:67:0:0:64:67:1:36:28:0:0:38:29:0:0 chr10 124329710 . C A 1066.62 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0159427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.943;QD=58.4449;RBI=0.0163833;REFB=-0.0967848;REVB=-0.00377389;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00017581;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:42:30:0:1:42:30:0:1 chr10 124329746 . A T 696.12 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0189817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.909;QD=56.8259;RBI=0.0250731;REFB=-0.0300327;REVB=0.0163815;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269969;STB=0.514382;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00146896;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:26:20:2:1:26:20:2:1 chr10 124330427 . C T 1472.45 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0653789;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8968;QD=61.3519;RBI=0.0928081;REFB=-0.155242;REVB=-0.0658707;RO=2;SAF=60;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155419;STB=0.504064;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0024823;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:2:1:94:95:0.989583:34:60:2:0:34:61:1:0 chr10 124331867 . C T 2535.64 PASS AF=0.988095;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=168;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00160373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.999;QD=60.3723;RBI=0.00331746;REFB=-0.127139;REVB=-0.00290407;RO=1;SAF=94;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665539;STB=0.506944;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-7.75389e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:167:168:1:2:165:166:0.988095:71:94:0:1:71:95:0:2 chr10 124339332 . T C 2195.74 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289953;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.631;QD=63.1866;RBI=0.0289974;REFB=0;REVB=-0.000347552;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111483;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:139:0:0:138:139:1:70:68:0:0:70:69:0:0 chr10 124339378 . A G 226.32 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=0.00680405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.851;QD=7.18478;RBI=0.0274954;REFB=-0.00134239;REVB=0.0266403;RO=93;SAF=20;SAR=13;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09937;STB=0.55961;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00386049;OID=.;OPOS=124339378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:93:93:33:33:0.261905:13:20:49:44:13:20:49:44 chr10 124402677 . A G 474.74 PASS AF=0.490196;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0118443;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5963;QD=18.6171;RBI=0.0409751;REFB=-0.0335375;REVB=-0.0392259;RO=49;SAF=31;SAR=18;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773686;STB=0.53421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0551301;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:49:52:49:50:0.490196:18:31:27:22:18:32:30:22 chr10 124585833 . T C 1432.28 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.054;QD=61.6035;RBI=0.0454526;REFB=0;REVB=0.0453661;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834382;OID=.;OPOS=124585833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:93:0:0:84:93:1:47:37:0:0:53:40:0:0 chr10 124610027 . G A 1712.6 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5538;QD=60.0914;RBI=0.0409469;REFB=0;REVB=-0.0405053;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001802;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:61:53:0:0 chr10 124648150 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0016;QD=50.4134;RBI=0.087488;REFB=0;REVB=0.0863513;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204693;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 124742792 . G A 323.46 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00908316;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.412;QD=14.0633;RBI=0.0123036;REFB=-0.01658;REVB=-0.00829912;RO=50;SAF=29;SAR=7;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994232;STB=0.5938;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0194226;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:56:36:36:0.391304:7:29:37:13:7:29:39:17 chr10 124742895 . G C 328.99 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=115;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=23;FWDB=0.00311039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.321;QD=11.443;RBI=0.0250404;REFB=-0.0107055;REVB=-0.0248465;RO=74;SAF=35;SAR=6;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278302;STB=0.662873;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0179928;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:74:41:41:0.356522:6:35:51:23:6:35:51:23 chr10 124800853 . C T 420.89 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0278955;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.387;QD=17.7215;RBI=0.029532;REFB=-0.00183473;REVB=-0.00969422;RO=52;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341897;STB=0.519127;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00277004;OID=.;OPOS=124800853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:52:52:43:43:0.452632:23:20:26:26:23:20:26:26 chr10 124816515 . C G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7866;QD=63.5814;RBI=0.0654393;REFB=0;REVB=0.0478979;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00113e-05;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 125426412 . A G 359.54 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0358165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.132;QD=12.9565;RBI=0.0402155;REFB=-0.0139978;REVB=-0.0182884;RO=67;SAF=31;SAR=12;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200839;STB=0.611213;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0256991;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:68:43:43:0.387387:12:31:37:30:12:31:38:30 chr10 125426565 . G C 1824.78 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00104994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.188;QD=60.3232;RBI=0.019093;REFB=-0.0315603;REVB=0.0190641;RO=1;SAF=61;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772376;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000461829;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:59:61:1:0:59:61:1:0 chr10 125449015 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.986;QD=57.3854;RBI=0.0501816;REFB=0;REVB=0.0265195;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12778e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr10 125450857 . C G 789.91 PASS AF=1;AO=47;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.17;QD=56.4224;RBI=0.107435;REFB=0;REVB=0.0387713;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435742;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:47:56:1:28:19:0:0:28:28:0:0 chr10 125506302 . T C 549.68 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327181;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.938;QD=59.4244;RBI=0.0362652;REFB=-0.0276539;REVB=0.0361173;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436438;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:37:0:0:37:37:1:6:31:0:0:6:31:0:0 chr10 125521533 . G A 485.89 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00329763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.57;QD=21.3577;RBI=0.0440969;REFB=-0.00473474;REVB=0.0439734;RO=44;SAF=35;SAR=12;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181844;STB=0.601062;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00308503;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:12:35:25:19:12:35:25:19 chr10 125521590 . G A 246.72 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00506235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.8;QD=24.6719;RBI=0.00939491;REFB=-0.00609776;REVB=0.00791435;RO=16;SAF=19;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316978;STB=0.695581;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0074169;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:4:19:8:8:4:19:8:9 chr10 125528048 . G A 3593.28 PASS AF=1;AO=225;DP=234;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171882;FXX=0.0379731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.433;QD=63.0399;RBI=0.0182598;REFB=0.00394616;REVB=-0.00616341;RO=0;SAF=117;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35401e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061961;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:234:228:0:0:225:228:1:108:117:0:0:108:120:0:0 chr10 126089434 . G A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0119963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.971;QD=16.6609;RBI=0.0231139;REFB=-0.0152852;REVB=-0.0197571;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565116;STB=0.510018;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0266933;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:11:17:19:12:11:17:20:12 chr10 126172863 . A G 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.674;QD=59.4976;RBI=0.0520766;REFB=0;REVB=-0.000468296;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113505;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr10 126517989 . G A 1135.22 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3351;QD=60.5452;RBI=0.0172708;REFB=0;REVB=0.0155552;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.525e-05;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr10 126670356 . G A 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0345063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3089;QD=19.0162;RBI=0.0597008;REFB=-0.0137279;REVB=-0.0487186;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364097;STB=0.711991;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.01062;OID=.;OPOS=126670356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:6:8:13:2:6:8 chr10 126674093 . T C 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000813863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.019;QD=12.2161;RBI=0.0590954;REFB=-0.0126821;REVB=0.0590898;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274957;STB=0.666455;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0110313;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:27:15:15:0.357143:6:9:8:16:6:9:9:18 chr10 126674227 . C CT 1073.71 PASS AF=1;AO=108;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207386;FXX=0.0149243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.9043;QD=32.5368;RBI=0.104505;REFB=0;REVB=-0.104484;RO=17;SAF=63;SAR=45;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000454613;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:134:132:132:0:72:60:0:0:22:17:63:45:7:10 chr10 126674876 . A G 230.41 PASS AF=0.581818;AO=18;DP=41;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0926216;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5106;QD=16.757;RBI=0.194919;REFB=-0.11239;REVB=0.171507;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422672;STB=0.532626;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.142614;OID=.;OPOS=126674876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:55:20:23:18:32:0.581818:15:3:11:9:15:17:14:9 chr10 126675759 . A AAGAT 296.15 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0179507;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=4;MLLD=287.603;QD=12.7377;RBI=0.0242172;REFB=-0.0262268;REVB=-0.0162556;RO=65;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00721553;STB=0.519073;STBP=0.804;TYPE=ins;VARB=0.0419985;OID=.;OPOS=126675760;OREF=-;OALT=AGAT;OMAPALT=AAGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365591:34:101:34:93:59:18:16:33:26:99:65:18:16:34:31 chr10 126677239 . GAAGAA G 108.51 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00933257;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=5;MLLD=239.761;QD=13.1532;RBI=0.0107801;REFB=-0.0138962;REVB=0.00539573;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=del;VARB=0.0169589;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:15:33:16:33:17:10:6:11:6:99:15:10:5:10:5 chr10 126677266 . A T 45.23 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00203943;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.6396;QD=3.47939;RBI=0.141442;REFB=-0.0230047;REVB=-0.141427;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294719;STB=0.779907;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0651676;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:52:52:31:44:7:7:0.134615:1:6:21:10:1:6:26:18 chr10 126677308 . A T 32.26 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0151579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.139;QD=1.92575;RBI=0.0744846;REFB=-0.00412778;REVB=-0.0729259;RO=56;SAF=5;SAR=2;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115857;STB=0.612868;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0277521;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:63:67:56:60:7:7:0.104478:2:5:35:21:2:5:36:24 chr10 126677323 . A T 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0105491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.551;QD=3.19944;RBI=0.0108764;REFB=-0.00664342;REVB=-0.00264777;RO=60;SAF=8;SAR=3;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132295;STB=0.600962;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0320441;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:60:61:11:11:0.152778:3:8:38:22:3:8:38:23 chr10 126677363 . T C 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.012634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.5486;QD=3.19964;RBI=0.022886;REFB=-0.00106694;REVB=0.0190828;RO=60;SAF=8;SAR=3;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173925;STB=0.615163;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0124014;OID=.;OPOS=126677363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:60:61:11:11:0.152778:3:8:36:24:3:8:37:24 chr10 126677367 . T G 50.9 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0076142;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.824;QD=2.86786;RBI=0.00783041;REFB=-0.004747;REVB=-0.00182739;RO=61;SAF=8;SAR=2;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273831;STB=0.697549;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0402974;OID=.;OPOS=126677367;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:71:61:61:10:10:0.140845:2:8:37:24:2:8:37:24 chr10 126677391 . A C 42.56 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00593327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6709;QD=2.83714;RBI=0.0692663;REFB=-0.00538726;REVB=0.0690117;RO=52;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124087;STB=0.508906;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0415928;OID=.;OPOS=126677391;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:3:5:33:19:3:5:33:19 chr10 126677420 . T C 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00695207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.276;QD=3.54599;RBI=0.0114427;REFB=-0.00150055;REVB=0.0090887;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258908;STB=0.679574;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.010884;OID=.;OPOS=126677420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:38:39:7:7:0.152174:3:4:29:9:3:4:30:9 chr10 126677425 . G T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0556902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6487;QD=3.33876;RBI=0.0758087;REFB=-0.0234406;REVB=-0.051435;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377047;STB=0.749375;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.10678;OID=.;OPOS=126677425;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:3:3:27:7:3:3:27:7 chr10 126683087 . T C 39.45 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=142;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=85;FSRR=46;FWDB=0.00860056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.67;QD=1.10359;RBI=0.0154572;REFB=-0.0066593;REVB=0.0128435;RO=130;SAF=8;SAR=4;SRF=85;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162517;STB=0.518104;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.042383;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:142:143:130:131:12:12:0.0839161:4:8:85:45:4:8:85:46 chr10 126683123 . A C 42.67 PASS AF=0.0923077;AO=12;DP=130;FAO=12;FDP=130;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=79;FSRR=39;FWDB=-0.0332999;FXX=0.0298485;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5544;QD=1.31281;RBI=0.0387789;REFB=-0.00643623;REVB=-0.0198726;RO=118;SAF=8;SAR=4;SRF=81;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263781;STB=0.502885;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.059817;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:130:130:118:118:12:12:0.0923077:4:8:81:37:4:8:79:39 chr10 126683151 . C T 48.88 PASS AF=0.100775;AO=10;DP=127;FAO=13;FDP=129;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=40;FWDB=-0.00411768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2964;QD=1.51572;RBI=0.0212928;REFB=0.000392543;REVB=-0.0208909;RO=116;SAF=5;SAR=5;SRF=76;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178483;STB=0.607162;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00259796;OID=.;OPOS=126683151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:127:129:116:116:10:13:0.100775:5:5:76:40:6:7:76:40 chr10 126683162 . C T 38.87 PASS AF=0.0887097;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=75;FSRR=38;FWDB=-0.00320871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.719;QD=1.25386;RBI=0.00623545;REFB=-0.00606608;REVB=-0.0053465;RO=113;SAF=7;SAR=4;SRF=75;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034682;STB=0.527282;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0473143;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:113:113:11:11:0.0887097:4:7:75:38:4:7:75:38 chr10 126691605 . C A 30.13 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.00904095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.509;QD=1.04804;RBI=0.025733;REFB=-0.000550817;REVB=-0.0240925;RO=99;SAF=4;SAR=5;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124164;STB=0.618792;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.017687;OID=.;OPOS=126691605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:115:99:106:9:9:0.0782609:5:4:55:44:5:4:61:45 chr10 126691631 . T A 30.82 PASS AF=0.079646;AO=9;DP=113;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=0.015428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.96;QD=1.09081;RBI=0.0155582;REFB=-0.000834239;REVB=-0.00200845;RO=102;SAF=4;SAR=5;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105217;STB=0.585749;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0123248;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:113:113:102:104:9:9:0.079646:5:4:55:47:5:4:56:48 chr10 126691634 . T A 31.31 PASS AF=0.0810811;AO=9;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0298613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.748;QD=1.12826;RBI=0.0353133;REFB=-0.00785932;REVB=-0.0188501;RO=102;SAF=4;SAR=5;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943748;STB=0.577518;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0557798;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:111:102:102:9:9:0.0810811:5:4:54:48:5:4:54:48 chr10 126714714 . G C 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0154358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.894;QD=27.235;RBI=0.0230508;REFB=-0.0197659;REVB=0.0171194;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432106;STB=0.50239;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0110695;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:6:8:13:10:6:8 chr10 126714966 . A G 202.03 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.029557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0749;QD=21.2667;RBI=0.0782388;REFB=-0.000615455;REVB=-0.072441;RO=15;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527548;STB=0.51784;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00162586;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:18:20:20:0.526316:5:15:12:3:5:15:14:4 chr10 126715154 . A G 584.99 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0618325;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.764;QD=25.161;RBI=0.0673619;REFB=-0.0400612;REVB=-0.0267277;RO=41;SAF=35;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441652;STB=0.516772;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0277158;OID=.;OPOS=126715154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:41:40:53:53:0.569892:18:35:25:16:18:35:25:15 chr10 126715242 . GGC G,GG 51.01 PASS AF=0,0.441176;AO=4,10;DP=34;FAO=0,15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=0,9;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00963683,0.108267;FXX=0;HRUN=3,7;LEN=2,1;MLLD=17.4523,8.157;QD=6.0016;RBI=0.293198,0.1995;REFB=0.0391054,-0.0240446;REVB=-0.293039,-0.167567;RO=12;SAF=1,6;SAR=3,4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.205016,0.170018;STB=0.5,0.599867;STBP=1,0.316;TYPE=del,del;VARB=0,0.0230471;OID=.,.;OPOS=126715243,126715244;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.441176:4,10:34:0,15:34:19:0,9:0,6:8:11:49:12:1,6:3,4:5:7 chr10 126715375 . C T 301.76 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0146688;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.054;QD=21.1758;RBI=0.0225142;REFB=0.024898;REVB=0.0170797;RO=21;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138153;STB=0.564063;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0239536;OID=.;OPOS=126715375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:21:26:31:31:0.54386:11:20:17:4:11:20:20:6 chr10 126715629 . C T 833.27 PASS AF=0.539474;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=152;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.035859;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9861;QD=21.928;RBI=0.0794329;REFB=-0.0212194;REVB=0.0708782;RO=70;SAF=45;SAR=37;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315055;STB=0.517226;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0225689;OID=.;OPOS=126715629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:70:82:82:0.539474:37:45:41:29:37:45:41:29 chr10 126721441 . C A 217.0 PASS AF=0.583333;AO=16;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0235006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.776;QD=24.1116;RBI=0.0235127;REFB=-0.0256821;REVB=-0.00075647;RO=15;SAF=1;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4105;STB=0.548338;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0236624;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:16:21:0.583333:15:1:4:11:17:4:4:11 chr10 126727602 . T A 88.85 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=97;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=-0.00193404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.424;QD=3.66394;RBI=0.0187766;REFB=0.00426887;REVB=0.0186767;RO=81;SAF=4;SAR=12;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206057;STB=0.638867;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0115917;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:97:97:81:81:16:16:0.164948:12:4:32:49:12:4:32:49 chr10 126727604 . T C 98.51 PASS AF=0.178947;AO=16;DP=94;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.0237683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8532;QD=4.14781;RBI=0.0245178;REFB=-0.00790687;REVB=-0.00601577;RO=77;SAF=4;SAR=12;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183418;STB=0.644131;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.045518;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:94:95:77:78:16:17:0.178947:12:4:29:48:13:4:30:48 chr10 126727630 . T G 50.79 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.006417;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.864;QD=2.82149;RBI=0.0117956;REFB=-0.00110551;REVB=0.00989742;RO=62;SAF=3;SAR=7;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933199;STB=0.506566;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0068209;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:77:72:62:62:10:10:0.138889:7:3:19:43:7:3:19:43 chr10 127445408 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1997;QD=35.5759;RBI=0.17131;REFB=0;REVB=-0.160152;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0168877;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr10 127462525 . A G 612.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6645;QD=61.2716;RBI=0.0474121;REFB=0;REVB=-0.0439149;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247385;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 127579210 . T C 240.6 PASS AF=0.220339;AO=39;DP=177;FAO=39;FDP=177;FR=.;FRO=138;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=0.0138643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9255;QD=5.43727;RBI=0.0376851;REFB=-0.00141196;REVB=0.0350421;RO=138;SAF=26;SAR=13;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154373;STB=0.595188;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00618011;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:138:138:39:39:0.220339:13:26:76:62:13:26:76:62 chr10 127579238 . G T 407.83 PASS AF=0.308571;AO=54;DP=175;FAO=54;FDP=175;FR=.;FRO=121;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.00814264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.598;QD=9.32188;RBI=0.0218607;REFB=-0.00883891;REVB=-0.0202877;RO=121;SAF=31;SAR=23;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540408;STB=0.503139;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0195822;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:121:121:54:54:0.308571:23:31:70:51:23:31:70:51 chr10 127585179 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0391293;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.234;QD=23.4;RBI=0.0392257;REFB=-0.0377364;REVB=-0.00274846;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0078394;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr10 127724778 . A G 642.03 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.01;QD=61.1457;RBI=0.0762404;REFB=0;REVB=0.0750753;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14798e-05;OID=.;OPOS=127724778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:10:29:0:0:12:30:0:0 chr10 127730728 . C T 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00322485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.054;QD=18.6338;RBI=0.00400592;REFB=-0.012432;REVB=-0.0023765;RO=56;SAF=25;SAR=29;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652117;STB=0.536066;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0125255;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:29:25:22:34:29:25:22:34 chr10 127834139 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000909143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.889;QD=52.6132;RBI=0.00819823;REFB=0;REVB=0.00814767;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77513e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr10 128019025 . C G 298.31 PASS AF=0.357143;AO=34;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.00668414;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2338;QD=12.1757;RBI=0.0151398;REFB=-0.017171;REVB=0.0135843;RO=63;SAF=18;SAR=16;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657951;STB=0.528909;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0383853;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:63:34:35:0.357143:16:18:37:26:16:19:37:26 chr10 128114325 . G A 752.74 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860543;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.715;QD=56.8105;RBI=0.0609317;REFB=0;REVB=-0.060321;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148308;OID=.;OPOS=128114325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:49:53:1:27:22:0:0:28:25:0:0 chr10 128150015 . G C 294.02 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0352495;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5491;QD=17.5534;RBI=0.0443966;REFB=-0.0810143;REVB=0.0269912;RO=35;SAF=23;SAR=8;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334223;STB=0.524256;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0770155;OID=.;OPOS=128150015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:8:23:25:10:8:24:25:10 chr10 128202435 . T C 1398.42 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.012037;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.6531;QD=57.6666;RBI=0.0906565;REFB=-0.25741;REVB=0.0898538;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524747;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00751647;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:97:97:0:5:92:92:0.948454:48:44:0:0:48:44:0:5 chr10 128926013 . A G 2332.28 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.814;QD=60.9747;RBI=0.0280834;REFB=0;REVB=0.0214365;RO=0;SAF=92;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51211e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:153:0:0:150:153:1:58:92:0:0:60:93:0:0 chr10 129216658 . T C 373.69 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0218003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.24;QD=13.5888;RBI=0.0289506;REFB=-0.0246373;REVB=-0.0190495;RO=66;SAF=28;SAR=16;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678246;STB=0.538444;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.036505;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:44:44:0.4:16:28:38:28:16:28:38:28 chr10 129242515 . G A 346.29 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00923159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.24;QD=18.4688;RBI=0.00924987;REFB=-0.0228569;REVB=0.00058122;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159727;STB=0.586506;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0233227;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:36:37:0.493333:17:19:13:24:17:20:14:24 chr10 129249662 . G A 1048.03 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0405835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.55;QD=58.224;RBI=0.0581296;REFB=-0.206132;REVB=0.0416177;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.50769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00412793;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:32:39:0:1:32:39:0:1 chr10 129249676 . C T 241.5 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0211494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.258;QD=12.3845;RBI=0.0364194;REFB=-0.0191008;REVB=0.0296492;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159977;STB=0.51336;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0329027;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:49:29:29:0.371795:13:16:26:21:13:16:26:23 chr10 129249693 . G A 320.5 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00192264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.563;QD=16.2277;RBI=0.031182;REFB=-0.020586;REVB=0.0311227;RO=42;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652261;STB=0.542791;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0384729;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:42:44:34:35:0.443038:16:18:25:17:17:18:26:18 chr10 129249701 . C G 1142.23 PASS AF=0.963415;AO=75;DP=78;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0295559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6967;QD=55.7188;RBI=0.0618896;REFB=-0.132224;REVB=0.0543762;RO=3;SAF=47;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311033;STB=0.502725;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0224084;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:82:3:3:75:79:0.963415:28:47:2:1:32:47:2:1 chr10 129249925 . T C 505.2 PASS AF=0.382166;AO=59;DP=156;FAO=60;FDP=157;FR=.;FRO=97;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=67;FSRR=30;FWDB=0.00898285;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.643;QD=12.8714;RBI=0.00991771;REFB=-0.0312162;REVB=0.0042035;RO=96;SAF=43;SAR=16;SRF=67;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416947;STB=0.519397;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0117167;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:96:97:59:60:0.382166:16:43:67:29:17:43:67:30 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 303.12 PASS AF=0.888889,0;AO=20,4;DP=31;FAO=24,0;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=11,0;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.013141,0.00460132;FXX=0.205822;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=252.993,30.0415;QD=44.9073;RBI=0.0173858,0.0334264;REFB=-0.0845411,-0.00814634;REVB=0.0113833,-0.0331082;RO=3;SAF=10,4;SAR=10,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119771,0;STB=0.55995,0.5;STBP=0.116,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00851554,0;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:27:3:3:20,4:24,0:0.888889,0:10,0:10,4:3:0:13,0:11,0:3:0 chr10 129534679 . T C 2508.4 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.479;QD=61.5559;RBI=0.055639;REFB=0;REVB=0.0539871;RO=0;SAF=106;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80232e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:151:163:0:0:151:163:1:45:106:0:0:56:107:0:0 chr10 129534739 . C G 2968.45 PASS AF=0.979798;AO=192;DP=198;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=109;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.033109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7858;QD=59.9686;RBI=0.0367602;REFB=0.000584708;REVB=-0.015972;RO=3;SAF=109;SAR=83;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295408;STB=0.503863;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-7.20886e-05;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:198:198:3:4:192:194:0.979798:83:109:2:1:85:109:3:1 chr10 129534864 . A C 2105.99 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454916;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.139;QD=62.8653;RBI=0.0463888;REFB=0;REVB=0.00907933;RO=0;SAF=61;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67246e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:72:61:0:0:72:62:0:0 chr10 129763277 . C T 352.76 PASS AF=0.401961;AO=36;DP=100;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00324509;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.698;QD=13.8336;RBI=0.00324522;REFB=0.00101011;REVB=-2.95079e-05;RO=62;SAF=12;SAR=24;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241806;STB=0.638819;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00148229;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:62:61:36:41:0.401961:24:12:34:28:28:13:33:28 chr10 129839193 . C T 408.75 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00417714;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.904;QD=19.6986;RBI=0.0156553;REFB=-0.0342083;REVB=0.0150877;RO=43;SAF=29;SAR=12;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196647;STB=0.614585;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.016236;OID=.;OPOS=129839193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:42:41:41:0.493976:12:29:22:21:12:29:21:21 chr10 129845902 . G A 319.34 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.00545157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.92;QD=13.4459;RBI=0.07085;REFB=-0.0176953;REVB=0.0706399;RO=58;SAF=17;SAR=19;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178385;STB=0.60574;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0228306;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:19:17:37:21:19:17:38:21 chr10 129845903 . C T 647.34 PASS AF=0.6;AO=55;DP=96;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0219743;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.863;QD=27.2563;RBI=0.0232413;REFB=-0.0407385;REVB=-0.00756867;RO=36;SAF=35;SAR=20;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123787;STB=0.584105;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0385799;OID=.;OPOS=129845903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:36:38:55:57:0.6:20:35:17:19:20:37:17:21 chr10 129847897 . C T 410.33 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=0.0386056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.9;QD=13.4535;RBI=0.0404927;REFB=-0.0179056;REVB=-0.0122173;RO=72;SAF=23;SAR=25;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12665;STB=0.569827;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0369435;OID=.;OPOS=129847897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:74:48:48:0.393443:25:23:26:46:25:23:27:47 chr10 129854414 . A T 158.57 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0205689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.659;QD=25.3703;RBI=0.0283218;REFB=-0.0168675;REVB=-0.019469;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00560122;OID=.;OPOS=129854414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:4:5:8:8:4:5 chr10 129859992 . T C 493.58 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000136691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.547;QD=20.3538;RBI=0.00736166;REFB=-0.0100435;REVB=0.00736039;RO=49;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465024;STB=0.525762;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0100178;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:24:24:27:22:24:24:27:22 chr10 129866449 . C G 152.91 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0915167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9629;QD=10.367;RBI=0.101228;REFB=0.0179664;REVB=0.0432635;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166358;STB=0.596767;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0302135;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:9:11:27:12:9:11:27:12 chr10 129871690 . A G 190.27 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00511529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.928;QD=15.2215;RBI=0.0263424;REFB=-0.00338354;REVB=-0.025841;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124427;STB=0.559941;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00824783;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:10:10:18:11:10:10:18:12 chr10 129882401 . C T 453.36 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=4;FWDB=-0.0203272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3385;QD=20.3757;RBI=0.0457001;REFB=-0.00625462;REVB=-0.0409305;RO=43;SAF=40;SAR=5;SRF=40;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101271;STB=0.526305;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0148386;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:44:45:45:0.505618:5:40:40:3:5:40:40:4 chr10 129883370 . A G 867.61 PASS AF=0.412017;AO=96;DP=233;FAO=96;FDP=233;FR=.;FRO=137;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=0.0312367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2287;QD=14.8946;RBI=0.0334498;REFB=-0.00707292;REVB=0.0119647;RO=133;SAF=61;SAR=35;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457971;STB=0.527606;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00866821;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:133:137:96:96:0.412017:35:61:79:54:35:61:81:56 chr10 129883933 . C T 186.99 PASS AF=0.342857;AO=25;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0105896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.381;QD=10.6851;RBI=0.0220151;REFB=0.000811724;REVB=-0.0193009;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361746;STB=0.555508;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00116617;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:46:25:24:0.342857:15:10:19:25:15:9:21:25 chr10 129903592 . G A 375.37 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.00110294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.38;QD=13.7749;RBI=0.0139351;REFB=-0.0166061;REVB=-0.0138914;RO=65;SAF=28;SAR=16;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911628;STB=0.55164;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0274998;OID=.;OPOS=129903592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:16:28:36:29:16:28:36:29 chr10 129903802 . A G 164.23 PASS AF=0.35;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00531452;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.565;QD=10.9488;RBI=0.00535211;REFB=-0.0140748;REVB=-0.000633142;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543356;STB=0.509545;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0231896;OID=.;OPOS=129903802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:39:20:21:0.35:11:9:17:17:11:10:18:21 chr10 129904560 . C T 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0230304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.055;QD=21.9432;RBI=0.0283026;REFB=0.000312293;REVB=-0.016451;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047897;STB=0.526993;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.000790773;OID=.;OPOS=129904560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:6:6:7:9:6:6 chr10 129906903 . C T 840.99 PASS AF=0.525;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=160;FR=.;FRO=76;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00362709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.873;QD=21.0247;RBI=0.00371216;REFB=-0.00505938;REVB=0.000790172;RO=75;SAF=51;SAR=33;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420913;STB=0.520403;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00501843;OID=.;OPOS=129906903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:75:76:84:84:0.525:33:51:42:33:33:51:43:33 chr10 129917560 . T C 401.34 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0243265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9701;QD=21.694;RBI=0.0406554;REFB=-0.0203761;REVB=0.0325743;RO=34;SAF=20;SAR=20;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980093;STB=0.554027;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0104789;OID=.;OPOS=129917560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:20:20:21:13:20:20:21:13 chr10 131761693 . T G 1083.22 PASS AF=0.466387;AO=111;DP=239;FAO=111;FDP=238;FR=.;FRO=127;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=-0.0142752;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7165;QD=18.2054;RBI=0.0213607;REFB=-0.0180289;REVB=0.0158903;RO=127;SAF=65;SAR=46;SRF=54;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154927;STB=0.58557;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0316241;OID=.;OPOS=131761693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:127:127:111:111:0.466387:46:65:54:73:46:65:54:73 chr10 132303374 . G C 752.16 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432031;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.88;QD=64.0139;RBI=0.0452194;REFB=0;REVB=0.0133525;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245299;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr10 132891254 . G A 307.37 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.008965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.71;QD=18.0805;RBI=0.0090791;REFB=-0.0281791;REVB=0.00143491;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18024;STB=0.590008;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0315339;OID=.;OPOS=132891254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:35:32:33:0.485294:19:13:21:14:19:14:21:14 chr10 133918420 . G A 924.52 PASS AF=0.412955;AO=98;DP=242;FAO=102;FDP=247;FR=.;FRO=145;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=83;FWDB=0.00524152;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.16;QD=14.9719;RBI=0.0142975;REFB=-0.0156276;REVB=0.0133021;RO=144;SAF=46;SAR=52;SRF=61;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489947;STB=0.531117;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0278308;OID=.;OPOS=133918420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:247:144:145:98:102:0.412955:52:46:61:83:53:49:62:83 chr10 133948634 . T C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.267;QD=57.8842;RBI=0.0224722;REFB=0;REVB=0.0224161;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99514e-05;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr10 133950642 . T C 569.08 PASS AF=0.513274;AO=58;DP=113;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00539417;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.149;QD=20.1443;RBI=0.0146231;REFB=-0.00949801;REVB=-0.0135919;RO=54;SAF=29;SAR=29;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162078;STB=0.504423;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0084459;OID=.;OPOS=133950642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:54:55:58:58:0.513274:29:29:26:28:29:29:27:28 chr10 133954011 . C T 1148.77 PASS AF=0.502203;AO=113;DP=228;FAO=114;FDP=227;FR=.;FRO=113;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=74;FSRR=39;FWDB=0.00364523;FXX=0.0130429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.407;QD=20.2427;RBI=0.00526396;REFB=-0.0231621;REVB=-0.00379758;RO=111;SAF=62;SAR=51;SRF=73;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100639;STB=0.552018;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0209921;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:111:113:113:114:0.502203:51:62:73:38:51:63:74:39 chr10 133955427 . A G 859.2 PASS AF=0.59542;AO=77;DP=131;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.0166703;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.477;QD=26.2351;RBI=0.0179408;REFB=-0.0129939;REVB=0.00663133;RO=52;SAF=51;SAR=26;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414511;STB=0.52325;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00765236;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:52:53:77:78:0.59542:26:51:37:15:26:52:38:15 chr10 133961494 . C T 429.67 PASS AF=0.415254;AO=48;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0659565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.831;QD=14.5651;RBI=0.0674075;REFB=-0.016794;REVB=0.0139108;RO=68;SAF=26;SAR=22;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104306;STB=0.547444;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0280946;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:48:49:0.415254:22:26:30:38:23:26:31:38 chr10 133963466 . A G 3098.51 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683529;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5685;QD=63.8867;RBI=0.0188042;REFB=0;REVB=-0.0175178;RO=0;SAF=97;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64378e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:194:0:0:194:194:1:97:97:0:0:97:97:0:0 chr10 133981682 . G A 1261.7 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0896;QD=60.0809;RBI=0.0446414;REFB=-0.00793495;REVB=0.0160335;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133364;STB=0.506665;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000277601;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:84:1:1:81:83:0.988095:35:46:0:1:37:46:0:1 chr10 134013990 . G A 208.5 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.881;QD=41.7006;RBI=0.0507852;REFB=-0.150383;REVB=-0.0207326;RO=2;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226414;STB=0.624843;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00410505;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:15:3:2:0:15:3:2:0 chr10 134017295 . A G 1185.95 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.429;QD=60.0482;RBI=0.0454023;REFB=0;REVB=0.036724;RO=0;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355916;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:72:79:1:14:58:0:0:15:64:0:0 chr10 134017388 . C G 653.27 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=176;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=0.0123386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.015;QD=14.7632;RBI=0.0129419;REFB=-0.0336988;REVB=-0.00390514;RO=99;SAF=39;SAR=34;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116033;STB=0.519564;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0414599;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:99:104:73:73:0.412429:34:39:54:45:34:39:59:45 chr10 134018834 . C T 1234.84 PASS AF=0.470588;AO=128;DP=272;FAO=128;FDP=272;FR=.;FRO=144;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.00428189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.739;QD=18.1594;RBI=0.00482248;REFB=-0.0190098;REVB=0.00221849;RO=144;SAF=74;SAR=54;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035638;STB=0.51966;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0179065;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:144:144:128:128:0.470588:54:74:78:66:54:74:78:66 chr10 134036193 . A G 823.52 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418546;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4096;QD=57.7906;RBI=0.061376;REFB=0;REVB=-0.0612331;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577113;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr10 134062574 . G A 2915.55 PASS AF=0.974227;AO=188;DP=194;FAO=189;FDP=194;FR=.;FRO=5;FSAF=88;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0383883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.35;QD=60.1144;RBI=0.0566485;REFB=-0.100595;REVB=0.041658;RO=3;SAF=87;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612803;STB=0.503478;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00147685;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:194:194:3:5:188:189:0.974227:101:87:2:1:101:88:3:2 chr10 134143942 . C T 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0220743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.463;QD=5.08311;RBI=0.0386306;REFB=-0.0086408;REVB=-0.0317025;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260673;STB=0.663681;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0503071;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:8:6:34:19:8:6:34:19 chr10 134143985 . GC TT 59.3 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00850904;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.889;QD=3.43759;RBI=0.0269124;REFB=-0.00174719;REVB=-0.0255318;RO=56;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144124;STB=0.609182;STBP=0.457;TYPE=mnp;VARB=0.0113262;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:69:56:58:11:11:0.15942:6:5:32:24:6:5:34:24 chr10 134144005 . T C 62.29 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.019137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.939;QD=3.893;RBI=0.0516026;REFB=-0.00643137;REVB=0.047923;RO=53;SAF=4;SAR=7;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24772;STB=0.664511;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0480734;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:7:4:30:23:7:4:30:23 chr10 134145136 . A G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0462371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1963;QD=10.8095;RBI=0.0619551;REFB=-0.0168944;REVB=-0.0412379;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119335;STB=0.569984;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0393555;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:17:19:8:11:17:19 chr10 134145138 . C G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0153525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8421;QD=10.8096;RBI=0.0196436;REFB=-0.00800817;REVB=-0.0122544;RO=36;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119335;STB=0.569984;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0234294;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:8:11:17:19:8:11:17:19 chr10 134145166 . T C 153.54 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0110625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6269;QD=14.283;RBI=0.0245204;REFB=-0.0198038;REVB=-0.0218831;RO=25;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127887;STB=0.57609;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0207282;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:16:17:0.395349:9:7:8:17:9:8:9:17 chr10 134145293 . G T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0575013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.339;QD=26.0483;RBI=0.0712428;REFB=-0.0289391;REVB=0.0420611;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00675323;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr10 134145336 . G T 101.79 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0143503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9517;QD=29.0837;RBI=0.0201342;REFB=-0.0857207;REVB=0.0141228;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158276;STB=0.588086;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00874061;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:0:3:7:4:0:3 chr10 134161633 . A G 956.54 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450033;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.015;QD=57.107;RBI=0.00864536;REFB=-0.112155;REVB=0.00738169;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178244;STB=0.509431;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000110134;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:40:26:1:0:40:26:1:0 chr10 134165111 . A G 312.87 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0252191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3031;QD=14.3848;RBI=0.034178;REFB=-0.0132354;REVB=-0.023068;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=40;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274197;STB=0.653767;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0183201;OID=.;OPOS=134165111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:17:18:40:12:17:18:40:12 chr10 134218269 . C T 437.96 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00726339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.869;QD=21.6278;RBI=0.00848628;REFB=-0.00930177;REVB=0.00438863;RO=38;SAF=10;SAR=33;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120385;STB=0.566808;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00903079;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:33:10:13:25:33:10:13:25 chr10 134218296 . C G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.059061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.377;QD=16.4267;RBI=0.0602905;REFB=-0.00628697;REVB=-0.012114;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126176;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:1:10:10:1:1:10 chr10 134459388 . A G 961.67 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1354;QD=56.5688;RBI=0.0616247;REFB=-0.0647057;REVB=-0.0276372;RO=2;SAF=43;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214693;STB=0.505616;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00193248;OID=.;OPOS=134459388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:2:1:66:67:0.985294:23:43:2:0:23:44:1:0 chr10 134598628 . A G 1290.68 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000869677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.575;QD=61.461;RBI=0.00388613;REFB=0;REVB=-0.00378757;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82556e-05;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:50:33:0:0:50:34:0:0 chr10 134622408 . T C 412.45 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=60;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0254209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.927;QD=27.0457;RBI=0.0458886;REFB=-0.0290883;REVB=0.0382039;RO=22;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260586;STB=0.509849;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.017736;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:22:22:38:39:0.639344:21:17:9:13:22:17:9:13 chr10 134623959 . T C 448.7 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0321133;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.714;QD=18.5031;RBI=0.0329437;REFB=-0.0111866;REVB=-0.00735036;RO=53;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121339;STB=0.572707;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0120688;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:53:52:45:45:0.463918:19:26:24:29:19:26:23:29 chr10 134624225 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0121189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.256;QD=17.5645;RBI=0.0392645;REFB=-0.0176163;REVB=0.0373475;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108763;STB=0.506088;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0209849;OID=.;OPOS=134624225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:17:15:16:19:17:15:16:19 chr10 134624504 . C T 1110.75 PASS AF=0.491228;AO=112;DP=228;FAO=112;FDP=228;FR=.;FRO=116;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=0.0228595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.002;QD=19.4868;RBI=0.0245406;REFB=-0.0132409;REVB=-0.00892652;RO=116;SAF=46;SAR=66;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678812;STB=0.53735;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0120802;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:116:116:112:112:0.491228:66:46:56:60:66:46:56:60 chr10 134646988 . C T 306.22 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00941577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.964;QD=15.505;RBI=0.023727;REFB=-0.014697;REVB=-0.0217788;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109523;STB=0.573291;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0152328;OID=.;OPOS=134646988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:45:34:34:0.43038:18:16:25:18:18:16:27:18 chr10 134682855 . C T 264.65 PASS AF=0.441176;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0256346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.212;QD=15.5675;RBI=0.0257531;REFB=-0.037803;REVB=-0.00246752;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110168;STB=0.532136;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0500048;OID=.;OPOS=134682855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:38:38:28:30:0.441176:19:9:16:22:19:11:16:22 chr10 134722022 . A G 196.23 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0431793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.981;QD=10.7524;RBI=0.0604283;REFB=-0.0214601;REVB=-0.0422744;RO=48;SAF=10;SAR=15;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403413;STB=0.73041;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0679676;OID=.;OPOS=134722022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:15:10:37:11:15:10:37:11 chr10 134735672 . A G 835.06 PASS AF=0.457895;AO=86;DP=190;FAO=87;FDP=190;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=0.00540378;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.44;QD=17.5803;RBI=0.00912695;REFB=-0.0128918;REVB=-0.00735529;RO=100;SAF=47;SAR=39;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329142;STB=0.512505;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0160994;OID=.;OPOS=134735672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:100:103:86:87:0.457895:39:47:58:42:40:47:58:45 chr10 134736026 . G A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00916936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.213;QD=9.93984;RBI=0.0121003;REFB=-0.0143476;REVB=0.00789558;RO=45;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899707;STB=0.552798;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0219019;OID=.;OPOS=134736026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:10:12:21:24:10:12:21:24 chr10 134736052 . G T 204.5 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0179387;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.495;QD=10.6232;RBI=0.0355723;REFB=-0.0198609;REVB=0.0307179;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111415;STB=0.506489;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0498344;OID=.;OPOS=134736052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:51:51:26:26:0.337662:13:13:25:26:13:13:25:26 chr10 134736076 . T G 248.71 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00746182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.638;QD=11.7039;RBI=0.0322905;REFB=-0.00624141;REVB=-0.0314166;RO=53;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474164;STB=0.527454;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00565679;OID=.;OPOS=134736076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:55:30:30:0.352941:14:16:26:27:14:16:27:28 chr10 134738232 . A G 1116.97 PASS AF=0.468;AO=116;DP=250;FAO=117;FDP=250;FR=.;FRO=133;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.0196365;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.443;QD=17.8715;RBI=0.0210577;REFB=-0.0242737;REVB=-0.00760481;RO=133;SAF=64;SAR=52;SRF=77;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267028;STB=0.512633;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0247111;OID=.;OPOS=134738232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:133:133:116:117:0.468:52:64:77:56:52:65:77:56 chr10 134748331 . C T 475.72 PASS AF=0.430894;AO=52;DP=122;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00223803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.538;QD=15.4706;RBI=0.00395766;REFB=-0.0120738;REVB=-0.00326409;RO=70;SAF=21;SAR=31;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997907;STB=0.54891;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0167898;OID=.;OPOS=134748331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:70:70:52:53:0.430894:31:21:35:35:31:22:35:35 chr10 134756013 . T C 98.96 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00755893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.218;QD=14.66;RBI=0.0132396;REFB=-0.0783854;REVB=0.0108697;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.592443;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0784812;OID=.;OPOS=134756013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:27:15:15:11:12:0.444444:6:5:5:10:6:6:5:10 chr10 134777790 . G A 1441.34 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000195878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.882;QD=58.8303;RBI=0.0260808;REFB=-0.117488;REVB=0.0260801;RO=0;SAF=15;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512343;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000482085;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:0:4:94:94:0.959184:79:15:0:0:79:15:0:4 chr10 134884516 . G A 1199.97 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.036;QD=60.7578;RBI=0.0428929;REFB=0;REVB=0.0425821;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205144;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:42:36:0:0:43:36:0:0 chr10 134884546 . A G 1506.37 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780553;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.914;QD=63.4259;RBI=0.0952444;REFB=0;REVB=0.054579;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284732;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:40:55:0:0:40:55:0:0 chr10 134884595 . G A 2179.72 PASS AF=0.972414;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0332701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.89;QD=60.1302;RBI=0.0461709;REFB=-0.0956077;REVB=0.0320133;RO=4;SAF=84;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187391;STB=0.509862;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000417304;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:4:4:141:141:0.972414:57:84:1:3:57:84:1:3 chr10 134884610 . C G 2468.84 PASS AF=0.97619;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00482218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7643;QD=58.7819;RBI=0.0405334;REFB=0.0222726;REVB=0.0402455;RO=3;SAF=103;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136566;STB=0.509523;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00154851;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:167:168:3:4:164:164:0.97619:61:103:3:0:61:103:4:0 chr10 134886618 . G C 746.01 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.36;QD=56.3024;RBI=0.0368891;REFB=0;REVB=0.0350684;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05757e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr10 134902396 . C G 563.59 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4095;QD=57.8043;RBI=0.0631432;REFB=0.0214423;REVB=-0.0593293;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000589293;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr10 134902398 . C T 561.95 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280843;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.195;QD=60.7518;RBI=0.079869;REFB=0;REVB=0.0747685;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353463;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 134942166 . A G 964.44 PASS AF=0.403704;AO=109;DP=272;FAO=109;FDP=270;FR=.;FRO=161;FSAF=60;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=87;FWDB=-0.00561354;FXX=0.00735267;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.237;QD=14.2879;RBI=0.0873123;REFB=-0.026479;REVB=-0.0871317;RO=161;SAF=60;SAR=49;SRF=74;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966439;STB=0.554112;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0240848;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:270:161:161:109:109:0.403704:49:60:74:87:49:60:74:87 chr10 134942340 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.818;QD=11.0924;RBI=0.00977124;REFB=-0.0119979;REVB=-0.00977124;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164576;OID=.;OPOS=134942340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr10 134942832 . G A 243.77 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0220798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.4354;QD=15.2358;RBI=0.0695536;REFB=-0.0120355;REVB=-0.0659559;RO=36;SAF=23;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407699;STB=0.733856;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0262852;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:5:23:17:19:5:23:17:19 chr10 134999602 . G C 1884.94 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3307;QD=61.299;RBI=0.0314629;REFB=0;REVB=0.0289047;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278767;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:73:49:0:0:73:50:0:0 chr10 135051543 . T C 136.7 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=66;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00567552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.226;QD=7.81139;RBI=0.0115828;REFB=-0.0179301;REVB=-0.010097;RO=47;SAF=14;SAR=2;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394399;STB=0.594727;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.042338;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:47:50:16:20:0.285714:2:14:30:17:5:15:32:18 chr10 135051562 . A G 1054.93 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5302;QD=59.4326;RBI=0.0739678;REFB=0;REVB=0.0709931;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313833;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:64:71:1:26:38:0:0:33:38:0:0 chr10 135061112 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.259;QD=59.4344;RBI=0.0523873;REFB=0;REVB=0.0454818;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238148;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 135076596 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.762;QD=61.3363;RBI=0.0505372;REFB=0;REVB=0.0483695;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026031;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr10 135082346 . A G 1660.88 PASS AF=0.991071;AO=108;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.911;QD=59.317;RBI=0.0541244;REFB=-0.0643433;REVB=-0.0131897;RO=3;SAF=57;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999444;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000714186;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:3:1:108:111:0.991071:51:57:1:2:53:58:1:0 chr10 135084232 . C CAGA 2271.55 PASS AF=0.934524;AO=151;DP=172;FAO=157;FDP=168;FR=.;FRO=11;FSAF=54;FSAR=103;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00134059;FXX=0.0399977;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.606;QD=54.0846;RBI=0.0318466;REFB=-0.0902985;REVB=0.0318184;RO=13;SAF=51;SAR=100;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950146;STB=0.546212;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00625872;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934524:151:172:157:168:11:54:103:11:0:28:13:51:100:12:1 chr10 135084322 . A G 2737.21 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6468;QD=61.8578;RBI=0.107476;REFB=-0.120813;REVB=-0.0248695;RO=1;SAF=80;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635565;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:177:177:1:0:176:177:1:96:80:0:1:97:80:0:0 chr10 135085321 . C T 853.87 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.729;QD=55.9913;RBI=0.0496275;REFB=-0.0957043;REVB=-0.0330349;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000500474;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:27:33:0:0:27:33:1:0 chr10 135085426 . A G 1260.18 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355141;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.546;QD=61.4722;RBI=0.0367939;REFB=0;REVB=0.00961989;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41737e-05;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:38:43:0:0:39:43:0:0 chr10 135085754 . G A 3175.27 PASS AF=0.981395;AO=206;DP=216;FAO=211;FDP=215;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=161;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0140414;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.824;QD=59.0747;RBI=0.022081;REFB=-0.110966;REVB=0.0170415;RO=1;SAF=49;SAR=157;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962078;STB=0.519229;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000125924;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:216:215:1:4:206:211:0.981395:157:49:1:0:161:50:4:0 chr10 135086380 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.876;QD=42.1813;RBI=0.0485624;REFB=0;REVB=0.0020151;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247364;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr10 135087521 . G A 811.85 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.777;QD=56.9718;RBI=0.0256323;REFB=0;REVB=-0.000625813;RO=0;SAF=44;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49818e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:11:44:0:0:12:45:0:0 chr10 135089035 . A G 2635.52 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.903;QD=62.0123;RBI=0.0473581;REFB=0;REVB=0.0227341;RO=0;SAF=74;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00435e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130587;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:169:170:1:95:74:0:0:95:75:0:0 chr10 135097434 . A G 1043.92 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.948;QD=59.6527;RBI=0.0254443;REFB=0;REVB=-0.0011511;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20534e-05;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr10 135098672 . G A 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.303;QD=63.048;RBI=0.0702631;REFB=0;REVB=0.0691505;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155258;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr10 135098830 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.67;QD=60.8836;RBI=0.00435948;REFB=0;REVB=-0.00361434;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27375e-06;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr10 135098845 . C T 1153.01 PASS AF=1;AO=65;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119022;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.609;QD=59.8964;RBI=0.106654;REFB=0;REVB=0.105988;RO=0;SAF=50;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384086;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:65:77:1:15:50:0:0:24:53:0:0 chr10 135160950 . C T 504.19 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5005;QD=56.0209;RBI=0.14902;REFB=-0.0149642;REVB=0.145925;RO=1;SAF=5;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846392;STB=0.538438;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00358023;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:36:1:1:34:35:0.972222:29:5:1:0:29:6:1:0 chr10 135165790 . A G 870.99 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370955;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.683;QD=58.0658;RBI=0.0847738;REFB=0;REVB=-0.0762268;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.18592e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr10 135180430 . A G 2331.41 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.348;QD=63.8743;RBI=0.0262077;REFB=0;REVB=-0.019817;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04503e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:70:76:0:0:70:76:0:0 chr10 135184126 . G A 2164.98 PASS AF=0.965986;AO=141;DP=148;FAO=142;FDP=147;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0351534;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.553;QD=58.9109;RBI=0.0499766;REFB=-0.0404322;REVB=0.0355232;RO=5;SAF=84;SAR=57;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000287372;STB=0.507355;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00178273;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:148:147:5:5:141:142:0.965986:57:84:3:2:58:84:4:1 chr10 135186806 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0316;QD=59.4336;RBI=0.0971081;REFB=0;REVB=-0.0216992;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000763453;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr10 135204950 . C G 1419.33 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.832;QD=61.7098;RBI=0.0581821;REFB=0.0823008;REVB=0.0306387;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000153313;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:44:46:1:0:45:46:1:0 chr10 135205009 . C G 1763.96 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0473267;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.715;QD=59.2926;RBI=0.0475137;REFB=-0.0299593;REVB=-0.00421113;RO=2;SAF=71;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357;STB=0.50188;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000355241;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:121:119:2:2:117:117:0.983193:46:71:1:1:46:71:1:1 chr10 135233541 . A G 2432.19 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=164;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=108;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00183589;FXX=0.0421661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.433;QD=61.1871;RBI=0.00504783;REFB=0.00737238;REVB=0.00470214;RO=0;SAF=108;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90761e-08;STB=0.502304;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000840771;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:159:0:1:158:158:0.993711:50:108:0:0:50:108:1:0 chr10 135269982 . C T 170.25 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000987202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.96;QD=17.0251;RBI=0.00146342;REFB=-0.0200982;REVB=-0.00108029;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788839;STB=0.51469;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0223038;OID=.;OPOS=135269982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:8:13:11:7:8:14 chr10 135270837 . TC T 155.63 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=61;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0258526;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.4689;QD=10.5515;RBI=0.0326394;REFB=0.0502721;REVB=0.0199242;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996706;STB=0.559283;STBP=0.364;TYPE=del;VARB=-0.0206198;OID=.;OPOS=135270838;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.508475:28:61:30:59:29:15:15:18:11:99:26:14:14:16:10 chr10 135271789 . C T 2205.91 PASS AF=0.986842;AO=147;DP=153;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0142374;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.275;QD=58.0504;RBI=0.0191624;REFB=-0.158033;REVB=0.0128255;RO=3;SAF=78;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179377;STB=0.506097;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000652405;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:152:3:2:147:150:0.986842:69:78:3:0:69:81:2:0 chr10 135278193 . A G 576.2 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000600975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1993;QD=60.6528;RBI=0.00597803;REFB=0;REVB=0.00594775;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17346e-05;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr10 135278244 . CTGGGGTGTGGGGT CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA 303.96 PASS AF=0.689655,0.206897;AO=17,3;DP=29;FAO=20,6;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=15,2;FSAR=5,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00521197,-0.0264251;FXX=0.0644953;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=178.593,89.4819;QD=41.9261;RBI=0.0706833,0.031177;REFB=-0.0795744,-0.0559983;REVB=0.0704909,-0.0165445;RO=1;SAF=13,2;SAR=4,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0339667,-0.163246;STB=0.545411,0.713603;STBP=0.38,0.124;TYPE=del,snp;VARB=0.026008,0.00704934;OID=.,.;OPOS=135278245,135278257;OREF=TGGGGTG,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.689655,0.206897:17,3:29:20,6:29:3:15,2:5,4:3:0:35:1:13,2:4,1:1:0 chr10 135279810 . T G 717.28 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356097;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.948;QD=63.7581;RBI=0.0506177;REFB=0;REVB=0.0359736;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160081;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr10 135280765 . C T 1367.86 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0158804;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.464;QD=61.4768;RBI=0.028588;REFB=-0.139261;REVB=0.0237715;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000615777;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:0:1:88:88:0.988764:34:54:0:0:34:54:1:0 chr10 135347397 . T C 1310.02 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0061;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0596;QD=60.9313;RBI=0.00817129;REFB=-0.168923;REVB=-0.00543692;RO=1;SAF=60;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185691;STB=0.509802;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00158126;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:86:1:1:85:85:0.988372:25:60:0:1:25:60:0:1 chr10 135351362 . T C 196.08 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0337899;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.566;QD=14.2602;RBI=0.0347233;REFB=0.00124117;REVB=-0.00799649;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106098;STB=0.560458;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00169005;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:20:12:11:12:20:12 chr10 135368163 . A G 175.53 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00546169;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.088;QD=13.2477;RBI=0.00617916;REFB=-0.00136703;REVB=-0.00288997;RO=30;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302204;STB=0.691506;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00208526;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:19:20:0.377358:6:13:12:18:6:14:12:19 chr10 135368590 . T C 536.07 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0299553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.886;QD=26.4726;RBI=0.0299824;REFB=-0.00805728;REVB=0.00127301;RO=31;SAF=24;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027162;STB=0.520678;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00396998;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:32:49:49:0.604938:25:24:14:17:25:24:14:18 chr10 135369532 . T C 339.95 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0448185;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2631;QD=15.2787;RBI=0.0510719;REFB=-0.00513406;REVB=-0.0244875;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108854;STB=0.55035;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00568113;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:14:23:27:25:14:23:28:24 chr10 135370343 . G A 410.67 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0115609;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1799;QD=23.4667;RBI=0.0172794;REFB=-0.0294412;REVB=0.0128423;RO=30;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696249;STB=0.538324;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0407023;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:30:40:40:0.571429:26:14:13:17:26:14:13:17 chr10 135370633 . C T 219.75 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0547311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8688;QD=26.6364;RBI=0.0554055;REFB=-0.0774191;REVB=0.00861809;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184174;STB=0.615277;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0491778;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:21:21:0.636364:12:9:8:3:12:9:9:3 chr10 135370639 . C A 224.38 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0566318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4661;QD=27.1972;RBI=0.0571535;REFB=-0.0527054;REVB=0.00770469;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208149;STB=0.615277;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0285621;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:20:21:0.636364:12:8:8:3:12:9:9:3 chr10 135372870 . C G 378.52 PASS AF=0.434783;AO=41;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00580652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.617;QD=16.4575;RBI=0.0284289;REFB=-0.0125311;REVB=-0.0278296;RO=50;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116159;STB=0.561766;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0140777;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:41:40:0.434783:15:26:26:24:15:25:27:25 chr10 135373591 . C T 287.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-7.34142e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.304;QD=25.0341;RBI=0.000711924;REFB=-0.00721895;REVB=0.000708128;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312066;STB=0.686147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00445959;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:14:12:16:2:14:12:18:2 chr10 135381425 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0306906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.235;QD=14.6535;RBI=0.0454652;REFB=0.00842101;REVB=-0.0335436;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42622;STB=0.77699;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00489827;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:4:0:4:2:5:0 chr10 135381443 . C T 67.83 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0456725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0779;QD=16.9585;RBI=0.053901;REFB=-0.0697777;REVB=0.0286241;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26538;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0398223;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:7:7:8:9:0.5625:5:3:5:2:5:4:5:2 chr10 135381623 . T C 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0446409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.498;QD=18.6403;RBI=0.0673472;REFB=-0.024677;REVB=-0.0504265;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613533;STB=0.527247;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0356119;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:24:21:21:0.466667:8:13:15:7:8:13:16:8 chr10 135381766 . C T 155.74 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.03031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.849;QD=22.2491;RBI=0.0494473;REFB=-0.00773048;REVB=0.0390684;RO=11;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864743;STB=0.538411;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0028989;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:28:28:11:12:16:16:0.571429:14:2:2:9:14:2:2:10 chr10 135381927 . T G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0140844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.754;QD=19.0005;RBI=0.0308777;REFB=-0.00150365;REVB=-0.0274784;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339574;STB=0.694412;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000815298;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:7:10:4:13:7:10 chr10 135438888 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.517;QD=45.8056;RBI=0.130327;REFB=0;REVB=0.0328521;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686338;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr10 135438929 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.72;QD=48.7371;RBI=0.0134815;REFB=0;REVB=0.0123779;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74692e-05;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 135438951 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=364.338;QD=49.5992;RBI=0.0577227;REFB=0;REVB=0.0325755;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285584;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 135438955 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.682;QD=49.5992;RBI=0.0578993;REFB=0;REVB=0.00326812;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273471;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr10 135438967 . C T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.108818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.699;QD=44.0916;RBI=0.110442;REFB=-0.0510988;REVB=0.0188656;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000350634;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:11:6:0:0:11:6:1:0 chr10 135438977 . G A 221.15 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.093;QD=49.1448;RBI=0.0618696;REFB=0;REVB=0.055178;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497878;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr10 135440203 . A T 400.67 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0149822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.465;QD=42.1752;RBI=0.0192227;REFB=-0.0420958;REVB=0.0120435;RO=7;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211091;STB=0.614448;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00851275;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:9:22:1:6:9:22:1:6 chr11 193722 . A G 165.81 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0307007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1927;QD=11.4348;RBI=0.030705;REFB=-0.0412757;REVB=0.000515265;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170788;STB=0.624892;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0441894;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:35:37:20:21:0.362069:8:12:26:9:9:12:28:9 chr11 193863 . T C 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.012;QD=62.314;RBI=0.0317347;REFB=0;REVB=0.0279186;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82674e-05;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr11 193865 . T G 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0137859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3464;QD=17.2367;RBI=0.0168326;REFB=0.00171816;REVB=-0.00965836;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243639;STB=0.520479;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00217707;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:16:23:26:20:16:23:26:21 chr11 194441 . C T 255.69 PASS AF=0.336957;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00639028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.55;QD=11.1171;RBI=0.0297501;REFB=-0.0124132;REVB=0.0290557;RO=60;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337592;STB=0.674357;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0226622;OID=.;OPOS=194441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:61:30:31:0.336957:10:20:22:38:11:20:23:38 chr11 197337 . G A,C 1111.88 PASS AF=0.878049,0.0731707;AO=73,5;DP=82;FAO=72,6;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=38,6;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0100023,0.00358057;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=189.117,19.4514;QD=54.2382;RBI=0.0202133,0.0375271;REFB=-0.0511004,-0.103295;REVB=0.0175651,0.0373559;RO=2;SAF=38,5;SAR=35,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0262606,0.78221;STB=0.52777,0.997995;STBP=0.08,0.001;TYPE=snp,snp;VARB=0.00116637,0.0892511;OID=.,.;OPOS=197337,197337;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:82:82:2:4:73,5:72,6:0.878049,0.0731707:35,0:38,5:0:2:34,0:38,6:0:4 chr11 198469 . G A 511.15 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00515427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.594;QD=19.6596;RBI=0.0244191;REFB=-0.0245542;REVB=0.0238689;RO=51;SAF=32;SAR=21;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120066;STB=0.566346;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0212274;OID=.;OPOS=198469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:21:32:24:27:21:32:24:27 chr11 223796 . A G 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0155086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.114;QD=15.1939;RBI=0.0160782;REFB=-0.00220027;REVB=-0.0042418;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0038835;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:11:7:12:14:11:7:12:14 chr11 223823 . G A 75.57 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0080289;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.421;QD=10.4236;RBI=0.0117286;REFB=0.0123022;REVB=0.0085497;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398055;STB=0.77351;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.02679;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:18:19:10:10:0.344828:9:1:6:12:9:1:7:12 chr11 223832 . C A 75.23 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0761146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.03;QD=11.1453;RBI=0.0768823;REFB=-0.00972191;REVB=0.0108375;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369404;STB=0.758388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0307984;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:10:10:0.37037:9:1:5:11:9:1:6:11 chr11 236091 . G A 629.02 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=141;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00535027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.143;QD=17.8445;RBI=0.0156432;REFB=-0.0103237;REVB=-0.0146998;RO=76;SAF=44;SAR=21;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209132;STB=0.511624;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0133365;OID=.;OPOS=236091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:76:76:65:65:0.460993:21:44:50:26:21:44:50:26 chr11 237087 . A G 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.047;QD=60.2546;RBI=0.0470202;REFB=0;REVB=-0.0310924;RO=0;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79859e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34879e-06;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:40:69:0:0:40:69:0:0 chr11 244106 . A G 695.47 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4831;QD=54.547;RBI=0.0106376;REFB=-0.0535284;REVB=0.00306309;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.50943;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0158879;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:1:1:48:50:0.980392:24:24:0:1:26:24:0:1 chr11 244108 . A G 708.94 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=329.154;QD=55.603;RBI=0.0211471;REFB=0;REVB=0.0202804;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63932e-05;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:26:24:0:1:27:24:0:0 chr11 244115 . G A 740.01 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.553;QD=56.924;RBI=0.0356503;REFB=0;REVB=0.035607;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120309;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:50:52:1:26:24:0:0:27:25:0:0 chr11 244129 . C T 739.95 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5108;QD=62.974;RBI=0.0126815;REFB=0;REVB=-0.00115293;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48062e-05;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr11 244141 . G A 553.97 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.898;QD=55.3968;RBI=0.0101954;REFB=-0.0296887;REVB=-0.000831927;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756614;STB=0.504041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0039348;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:22:16:1:1:22:16:1:1 chr11 244167 . C T 489.86 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0790316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.847;QD=55.984;RBI=0.0794954;REFB=-0.0235024;REVB=0.0085752;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-5.80033e-05;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chr11 244171 . T C 445.59 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0305022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.587;QD=52.422;RBI=0.0334194;REFB=-0.114799;REVB=0.0136553;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000779807;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:16:15:0:1:17:15:1:1 chr11 244197 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.6;QD=53.9112;RBI=0.0250977;REFB=0;REVB=-0.00610759;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46218e-05;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 244414 . C T 848.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3284;QD=57.4979;RBI=0.0569642;REFB=0;REVB=-0.0273951;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534965;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 786.19 PASS AF=0,1;AO=9,36;DP=57;FAO=0,57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383086,0.0415532;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=198.614,346.04;QD=55.1715;RBI=0.0417796,0.046335;REFB=0,0;REVB=0.016673,0.0205003;RO=0;SAF=0,24;SAR=9,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,6.38109e-05;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,36:57:0,57:57:0:0,28:0,29:0:0:4:0:0,24:9,12:0:0 chr11 280221 . A C 81.21 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.096383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.568;QD=12.9932;RBI=0.0976592;REFB=-0.00640156;REVB=-0.0157365;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402376;STB=0.662926;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0274284;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:25:25:13:14:10:11:0.44:8:2:0:13:8:3:1:13 chr11 280816 . AT TC 518.0 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00863593;FXX=0.0265463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.426;QD=18.8362;RBI=0.0587433;REFB=-0.0189069;REVB=-0.0581051;RO=53;SAF=30;SAR=23;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124138;STB=0.564292;STBP=0.221;TYPE=mnp;VARB=0.0235581;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:56:53:54:0.490909:23:30:37:16:24:30:38:18 chr11 299408 . GCCCCCA GCCCCAG,GCCGCCA 294.3 PASS AF=0,0.442857;AO=3,26;DP=68;FAO=0,31;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=0,17;FSAR=0,14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.163256,-0.0485949;FXX=0.0277739;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=18.4126,238.532;QD=16.8168;RBI=0.178685,0.0580778;REFB=-0.100657,-0.022676;REVB=-0.0726334,-0.0318052;RO=16;SAF=3,12;SAR=0,14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.745916,0.194507;STB=0.5,0.524675;STBP=1,0.704;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0251152;OID=.,.;OPOS=299413,299411;OREF=CA,C;OALT=AG,G;OMAPALT=GCCCCAG,GCCGCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.442857:3,26:68:0,31:70:32:0,17:0,14:16:16:99:16:3,12:0,14:3:13 chr11 308290 . T C 1104.86 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754658;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1069;QD=60.5404;RBI=0.0758537;REFB=0;REVB=-0.00766156;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342654;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:29:43:0:0:30:43:0:0 chr11 308314 . T C 803.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164943;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7934;QD=57.4105;RBI=0.0182362;REFB=0;REVB=0.00777802;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167849;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr11 308362 . T TC 514.8 PASS AF=1;AO=6;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990436;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.877;QD=45.7602;RBI=0.099398;REFB=0;REVB=-0.00838609;RO=36;SAF=0;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.633373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00148258;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:45:45:45:0:16:29:0:0:4:36:0:6:15:21 chr11 308363 . G C 699.05 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.051;QD=59.4937;RBI=0.0113256;REFB=0.147182;REVB=0.0010899;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000939478;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:28:17:1:0:29:17:1:0 chr11 308426 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7929;QD=57.2003;RBI=0.0698074;REFB=0;REVB=-0.0626459;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171146;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr11 309127 . A G 1377.67 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.858;QD=62.6214;RBI=0.0513322;REFB=0;REVB=0.0164106;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104564;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:33:54:0:0:33:55:0:0 chr11 314207 . C G 1547.67 PASS AF=0.989899;AO=88;DP=93;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2988;QD=62.5322;RBI=0.0613949;REFB=0.00140445;REVB=0.0439366;RO=4;SAF=52;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772439;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000349722;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:99:4:1:88:98:0.989899:36:52:2:2:42:56:0:1 chr11 320772 . A G 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0245147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.48;QD=18.9973;RBI=0.0388755;REFB=-0.0038019;REVB=-0.0301717;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158938;STB=0.588551;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00265077;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:13:18:12:18:13:18:12:18 chr11 372157 . C T 418.01 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0670198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5372;QD=19.905;RBI=0.0682469;REFB=-0.0315929;REVB=-0.0128832;RO=42;SAF=24;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441341;STB=0.524464;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0409959;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:18:24:26:16:18:24:26:16 chr11 372700 . G C 335.86 PASS AF=0.566667;AO=28;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0222383;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=254.041;QD=22.3903;RBI=0.0222884;REFB=-0.00919869;REVB=-0.0014936;RO=16;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827236;STB=0.583287;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.009055;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:26:28:34:0.566667:14:14:6:10:20:14:6:20 chr11 379598 . A G 127.94 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0195116;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.99;QD=11.6304;RBI=0.0342211;REFB=-0.0152872;REVB=-0.0281138;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31539;STB=0.686323;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0429315;OID=.;OPOS=379598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:18:11:10:5:18:11 chr11 396915 . C T 161.03 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00120154;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.478;QD=17.8926;RBI=0.0111762;REFB=-0.0149991;REVB=0.0111114;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825894;STB=0.554393;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0338368;OID=.;OPOS=396915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:19:17:17:0.472222:9:8:6:10:9:8:7:12 chr11 400109 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.262;QD=58.7814;RBI=0.0449462;REFB=0;REVB=0.0310074;RO=0;SAF=8;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.67081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182873;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:57:8:0:0:57:8:0:0 chr11 403764 . C T 627.3 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0164943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.592;QD=18.8662;RBI=0.0346967;REFB=-0.022502;REVB=-0.0305254;RO=66;SAF=32;SAR=32;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417742;STB=0.526308;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0304616;OID=.;OPOS=403764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:66:69:64:64:0.481203:32:32:30:36:32:32:31:38 chr11 404468 . G A 409.09 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0467554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6395;QD=15.5844;RBI=0.0699283;REFB=-0.0355741;REVB=0.051999;RO=58;SAF=13;SAR=33;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234875;STB=0.63769;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0604861;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:59:46:46:0.438095:33:13:29:29:33:13:30:29 chr11 406043 . G A 2959.52 PASS AF=1;AO=151;DP=190;FAO=188;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=123;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398181;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.66;QD=62.9685;RBI=0.0409846;REFB=0;REVB=-0.00970824;RO=0;SAF=92;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219239;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:188:0:0:151:188:1:59:92:0:0:65:123:0:0 chr11 406954 . G A 177.8 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0129972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.578;QD=21.551;RBI=0.0206516;REFB=-0.0080467;REVB=-0.0160487;RO=15;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412924;STB=0.740438;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00572875;OID=.;OPOS=406954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:3:14:6:9:3:15:6:9 chr11 428385 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5816;QD=57.3849;RBI=0.0397693;REFB=0;REVB=0.0389168;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209326;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr11 428489 . T C 574.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.607;QD=60.4889;RBI=0.0271857;REFB=0;REVB=0.00877747;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125271;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr11 429659 . C T 394.55 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0015561;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3615;QD=13.262;RBI=0.0277084;REFB=-0.0123777;REVB=0.0276647;RO=66;SAF=26;SAR=20;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527604;STB=0.536067;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0153985;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:66:73:46:46:0.386555:20:26:34:32:20:26:37:36 chr11 431834 . A G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.604;QD=56.9987;RBI=0.0223195;REFB=0;REVB=0.0170872;RO=0;SAF=3;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67436e-06;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:51:3:0:0:51:3:0:0 chr11 433387 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.802;QD=62.6146;RBI=0.0188793;REFB=0;REVB=0.0183459;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89064e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr11 490036 . G A 686.97 PASS AF=0.45679;AO=74;DP=162;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0283765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.744;QD=16.9623;RBI=0.028524;REFB=-0.0267971;REVB=-0.00289669;RO=88;SAF=32;SAR=42;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331801;STB=0.518426;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0286803;OID=.;OPOS=490036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:88:88:74:74:0.45679:42:32:41:47:42:32:41:47 chr11 502722 . C T 142.98 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.00493636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8271;QD=10.791;RBI=0.0121355;REFB=0.00263048;REVB=0.0110861;RO=35;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183025;STB=0.605955;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00396356;OID=.;OPOS=502722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:12:6:7:28:12:6:7:28 chr11 549959 . C T 1163.62 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.694;QD=60.4476;RBI=0.0543336;REFB=0;REVB=0.031685;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143628;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:35:42:0:0 chr11 551665 . GCCCCCA GCCCCAC 44.78 PASS AF=0.0685358;AO=24;DP=325;FAO=22;FDP=321;FR=.,HEALED;FRO=299;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=167;FSRR=132;FWDB=-0.049598;FXX=0.0123073;HRUN=5;LEN=2;MLLD=114.827;QD=0.55798;RBI=0.054708;REFB=-0.00433367;REVB=-0.0230868;RO=241;SAF=22;SAR=2;SRF=133;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481118;STB=0.936477;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.126278;OID=.;OPOS=551670;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0685358:24:325:22:321:299:21:1:167:132:43:241:22:2:133:108 chr11 551753 . G A 3841.47 PASS AF=0.969925;AO=248;DP=270;FAO=258;FDP=266;FR=.;FRO=8;FSAF=127;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0200725;FXX=0.022058;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.609;QD=57.7665;RBI=0.0716236;REFB=-0.186891;REVB=0.0687535;RO=9;SAF=125;SAR=123;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187888;STB=0.507289;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000590328;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:270:266:9:8:248:258:0.969925:123:125:2:7:131:127:2:6 chr11 554166 . C G 2005.42 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9106;QD=62.1835;RBI=0.047345;REFB=0;REVB=-0.0234464;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08815e-05;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:56:72:0:0:56:73:0:0 chr11 554214 . G C 1645.21 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719492;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8113;QD=60.3747;RBI=0.073184;REFB=0;REVB=0.0133866;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382055;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr11 556521 . C G 1285.09 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0769006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7294;QD=57.1153;RBI=0.107127;REFB=0.0682236;REVB=-0.0745816;RO=4;SAF=52;SAR=34;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918429;STB=0.504853;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.018444;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:90:90:4:4:86:86:0.955556:34:52:2:2:34:52:2:2 chr11 556857 . G C 1990.98 PASS AF=0.992308;AO=130;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0449735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.042;QD=61.2608;RBI=0.0777107;REFB=-0.0977044;REVB=0.0633746;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00150472;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:0:1:130:129:0.992308:58:72:0:0:57:72:0:1 chr11 557989 . C T 1032.11 PASS AF=0.5;AO=105;DP=210;FAO=105;FDP=210;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=0.0545027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9349;QD=19.6593;RBI=0.0550785;REFB=-0.0251013;REVB=0.00794305;RO=105;SAF=59;SAR=46;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354019;STB=0.519434;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0268785;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:105:105:105:105:0.5:46:59:63:42:46:59:63:42 chr11 558884 . C G,T 722.1 PASS AF=0.06,0.9;AO=3,45;DP=50;FAO=3,45;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=3,22;FSAR=0,23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00965616,0.0500374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.6332,108.75;QD=57.7679;RBI=0.0179446,0.0537796;REFB=-0.180451,-0.085179;REVB=0.0151251,0.0197105;RO=2;SAF=3,22;SAR=0,23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692188,-0.000888191;STB=0.994603,0.500473;STBP=0.221,0.87;TYPE=snp,snp;VARB=0.150776,0.0024352;OID=.,.;OPOS=558884,558884;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:2:2:3,45:3,45:0.06,0.9:0,23:3,22:1:1:0,23:3,22:1:1 chr11 559016 . C T 310.54 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765586;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8661;QD=54.0071;RBI=0.0875125;REFB=0;REVB=-0.0423936;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233063;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr11 562168 . A G 809.07 PASS AF=0.503067;AO=82;DP=166;FAO=82;FDP=163;FR=.;FRO=81;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=-0.0438851;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.538;QD=19.8545;RBI=0.0567688;REFB=-0.0180001;REVB=-0.0360111;RO=81;SAF=33;SAR=49;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421244;STB=0.523146;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0165479;OID=.;OPOS=562168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:163:81:81:82:82:0.503067:49:33:29:52:49:33:29:52 chr11 562219 . C G 407.81 PASS AF=0.438095;AO=44;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0646403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3826;QD=15.5355;RBI=0.0652528;REFB=0.0144646;REVB=-0.00891934;RO=60;SAF=15;SAR=29;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135986;STB=0.565265;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.0165279;OID=.;OPOS=562219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:59:44:46:0.438095:29:15:28:32:30:16:27:32 chr11 562421 . G A 840.18 PASS AF=0.52795;AO=83;DP=156;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00510224;FXX=0.0182916;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.019;QD=20.874;RBI=0.0340179;REFB=-0.0196089;REVB=-0.033633;RO=69;SAF=48;SAR=35;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233901;STB=0.50052;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0167859;OID=.;OPOS=562421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:161:69:76:83:85:0.52795:35:48:38:31:37:48:43:33 chr11 563257 . G A 321.79 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=47;FWDB=-0.0117391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.541;QD=13.9907;RBI=0.0156702;REFB=-0.00531346;REVB=-0.0103802;RO=56;SAF=11;SAR=25;SRF=9;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201618;STB=0.612948;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00806203;OID=.;OPOS=563257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:25:11:9:47:25:11:9:47 chr11 563649 . C T 246.92 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.105359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.217;QD=16.1917;RBI=0.107903;REFB=-0.0210911;REVB=0.0232891;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164153;STB=0.59227;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0400693;OID=.;OPOS=563649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:12:21:13:15:12:21 chr11 607140 . C T 39.83 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0234531;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.68;QD=3.12387;RBI=0.0239176;REFB=-0.00687194;REVB=0.00469084;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339885;STB=0.533236;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0520579;OID=.;OPOS=607140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:51:42:44:7:7:0.137255:2:5:29:13:2:5:30:14 chr11 608017 . T TC 89.01 PASS AF=0.323077;AO=14;DP=73;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=8;FWDB=-0.0262123;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6302;QD=5.47774;RBI=0.0335909;REFB=0.00403646;REVB=0.0210062;RO=58;SAF=13;SAR=1;SRF=48;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29283;STB=0.762366;STBP=0.081;TYPE=ins;VARB=-0.0112035;OID=.;OPOS=608018;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323077:14:73:21:65:44:20:1:36:8:89:58:13:1:48:10 chr11 610277 . T C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0153111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3726;QD=19.6924;RBI=0.015745;REFB=-0.0120086;REVB=0.00367056;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269776;STB=0.64504;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0121966;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:6:20:12:12:6:20:13:12 chr11 611693 . G A 712.27 PASS AF=0.486842;AO=73;DP=152;FAO=74;FDP=152;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00658266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.441;QD=18.744;RBI=0.0086889;REFB=-0.0141994;REVB=0.00567147;RO=78;SAF=31;SAR=42;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831153;STB=0.548693;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0176091;OID=.;OPOS=611693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:78:78:73:74:0.486842:42:31:40:38:43:31:40:38 chr11 614864 . C T 446.8 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.0256759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.755;QD=16.7029;RBI=0.0256821;REFB=-0.0270942;REVB=-0.000565172;RO=56;SAF=38;SAR=11;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796947;STB=0.538284;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0270881;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:58:49:49:0.457944:11:38:40:16:11:38:42:16 chr11 616970 . A T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.335;QD=64.4154;RBI=0.0315573;REFB=0;REVB=0.0288399;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7402e-05;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr11 617537 . C T 730.44 PASS AF=0.475309;AO=77;DP=162;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.0602505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3611;QD=18.0357;RBI=0.0608234;REFB=-0.0159406;REVB=0.00832876;RO=85;SAF=41;SAR=36;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420655;STB=0.52325;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0177953;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:85:85:77:77:0.475309:36:41:49:36:36:41:49:36 chr11 617967 . C G 1659.88 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0765484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.756;QD=59.2815;RBI=0.0765507;REFB=-0.119763;REVB=-0.000586476;RO=1;SAF=67;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703386;STB=0.503703;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000318302;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:1:1:111:111:0.991071:44:67:1:0:44:67:1:0 chr11 618770 . GT TG 40.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00428362;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=48.7917;QD=4.62655;RBI=0.048193;REFB=-0.0192352;REVB=-0.0480023;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229073;STB=0.612587;STBP=0.578;TYPE=mnp;VARB=0.061098;OID=.;OPOS=618770;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:35:35:24:28:7:7:0.2:4:3:15:9:4:3:16:12 chr11 618998 . G A 277.49 PASS AF=0.6;AO=20;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.157857;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.2308;QD=24.6657;RBI=0.160164;REFB=-0.0481953;REVB=0.0270886;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145252;STB=0.571374;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0346555;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:6:18:20:27:0.6:16:4:0:6:18:9:9:9 chr11 619789 . T G 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.012518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.139;QD=17.398;RBI=0.0193691;REFB=-0.0129502;REVB=0.0147804;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.622446;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0239212;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:7:6:9:4:7:6 chr11 704583 . A G 109.0 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0539049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0388;QD=13.6249;RBI=0.0556416;REFB=-0.0511722;REVB=0.013793;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.636147;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0774765;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:19:12:13:0.40625:9:3:6:9:9:4:10:9 chr11 704604 . GAC GA,GC 100.49 PASS AF=0.08,0.48;AO=3,12;DP=25;FAO=2,12;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1,4;FSAR=1,8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0333157,-0.0121827;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=19.4323,140.835;QD=16.0777;RBI=0.161741,0.0145168;REFB=-0.0215899,-0.00756342;REVB=-0.158272,0.00789415;RO=7;SAF=1,4;SAR=2,8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102358,-0.067621;STB=0.538081,0.605879;STBP=0.895,0.336;TYPE=del,del;VARB=0.0225018,0.00718852;OID=.,.;OPOS=704606,704605;OREF=C,A;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.08,0.48:3,12:25:2,12:25:11:1,4:1,8:6:5:86:7:1,4:2,8:3:4 chr11 709401 . A G 272.23 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0315945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5531;QD=24.1982;RBI=0.0625588;REFB=0.0022765;REVB=-0.0539944;RO=20;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271839;STB=0.515139;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00373306;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:17:8:7:13:17:8:7:13 chr11 720197 . C T 458.92 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0635449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.14;QD=18.3568;RBI=0.0644359;REFB=-0.0189679;REVB=-0.0106787;RO=54;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0302999;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:23:23:27:27:23:23:27:27 chr11 721877 . G C 421.74 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0138326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.34;QD=18.1393;RBI=0.0168266;REFB=-0.0200162;REVB=0.00958082;RO=50;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153059;STB=0.50077;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0252432;OID=.;OPOS=721877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:50:50:42:43:0.462366:17:25:29:21:18:25:29:21 chr11 726178 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5122;QD=33.4276;RBI=0.117391;REFB=0;REVB=0.0979;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310884;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 793588 . G A 872.45 PASS AF=0.530864;AO=86;DP=157;FAO=86;FDP=162;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0196899;FXX=0.0181807;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.5011;QD=21.542;RBI=0.027215;REFB=-0.0217822;REVB=0.0187874;RO=71;SAF=32;SAR=54;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801714;STB=0.549689;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.015166;OID=.;OPOS=793588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:71:76:86:86:0.530864:54:32:33:38:54:32:36:40 chr11 801644 . A T 111.22 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.152963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.53;QD=19.3433;RBI=0.152987;REFB=-0.0240793;REVB=0.0027292;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0342183;OID=.;OPOS=801644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:12:13:0.565217:7:5:3:6:7:6:3:7 chr11 823809 . C G 665.13 PASS AF=0.580357;AO=64;DP=111;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.00817733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9503;QD=23.7547;RBI=0.0297175;REFB=0.00947921;REVB=-0.0285702;RO=45;SAF=49;SAR=15;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333657;STB=0.538021;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00736231;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:45:47:64:65:0.580357:15:49:33:12:15:50:33:14 chr11 823861 . C CG 64.41 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0160645;FXX=0.048539;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.493;QD=2.62894;RBI=0.0847232;REFB=-0.00043197;REVB=-0.0831862;RO=78;SAF=22;SAR=1;SRF=50;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.606395;STB=0.807354;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0287016;OID=.;OPOS=823862;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234694:23:105:23:98:75:21:2:49:26:64:78:22:1:50:28 chr11 824789 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0334098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.794;QD=16.1987;RBI=0.117066;REFB=-0.0252048;REVB=-0.112198;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0189769;OID=.;OPOS=824789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr11 824987 . CTGCA C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0264979;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=219.759;QD=9.76019;RBI=0.0477364;REFB=-0.0273958;REVB=-0.0397067;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=del;VARB=0.0469721;OID=.;OPOS=824988;OREF=TGCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:7:18:7:19:12:5:2:6:6:46:11:5:2:6:5 chr11 828916 . G A 2287.83 PASS AF=0.993506;AO=152;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.881;QD=59.4241;RBI=0.0313682;REFB=-0.148233;REVB=0.0105274;RO=1;SAF=73;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00647174;STB=0.503401;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000531815;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:154:154:1:1:152:153:0.993506:79:73:1:0:80:73:1:0 chr11 829539 . A G 3401.98 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.186;QD=62.4216;RBI=0.0108249;REFB=0;REVB=0.00578908;RO=0;SAF=103;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15832e-06;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:218:218:0:0:217:218:1:114:103:0:0:114:104:0:0 chr11 830030 . GC CG,G 36.27 PASS AF=0.0571429,0.257143;AO=2,10;DP=35;FAO=2,9;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=0,4;FSAR=2,5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0795344,-0.183349;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=32.7356,12.5929;QD=4.14473;RBI=0.0992486,0.183409;REFB=-0.0264716,-0.100326;REVB=0.059368,0.00468628;RO=20;SAF=0,6;SAR=2,4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.531429,0.0563151;STB=0.995795,0.628863;STBP=0.096,0.404;TYPE=mnp,del;VARB=0.00581807,0.105569;OID=.,.;OPOS=830030,830031;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:35:35:20:24:2,10:2,9:0.0571429,0.257143:2,4:0,6:11:9:2,5:0,4:15:9 chr11 830487 . C T 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0700866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.2;QD=57.3904;RBI=0.0790401;REFB=-0.0403172;REVB=0.0365406;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000665799;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:28:9:0:0:28:9:0:1 chr11 830670 . G T 1272.37 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785246;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.434;QD=62.8329;RBI=0.08966;REFB=0;REVB=0.0432758;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755501;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:33:46:0:0:33:48:0:0 chr11 831122 . C T 1758.41 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.776;QD=60.6348;RBI=0.0378031;REFB=0;REVB=0.0333799;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20618e-05;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:109:116:1:49:60:0:0:51:65:0:0 chr11 837582 . G A 2607.87 PASS AF=0.988372;AO=170;DP=172;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0224154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.577;QD=60.6482;RBI=0.0360741;REFB=-0.160484;REVB=0.0282647;RO=0;SAF=82;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85428e-08;STB=0.506023;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00147588;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:172:0:2:170:170:0.988372:88:82:0:0:88:82:2:0 chr11 840477 . A G 785.62 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.556;QD=64.132;RBI=0.0361687;REFB=0;REVB=0.0139102;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79219e-05;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 862652 . T C 1335.7 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.012106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5482;QD=60.0315;RBI=0.0829916;REFB=-0.00924116;REVB=-0.0821039;RO=2;SAF=61;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152819;STB=0.503999;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000639899;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:89:2:1:87:88:0.988764:26:61:2:0:26:62:1:0 chr11 870446 . G A 1400.47 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288447;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.881;QD=62.9424;RBI=0.0466672;REFB=0;REVB=0.0366853;RO=0;SAF=73;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.4678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75073e-05;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:16:73:0:0:16:73:0:0 chr11 900929 . C G 586.88 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.263;QD=60.1928;RBI=0.0287974;REFB=0;REVB=-0.0111137;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405194;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr11 903070 . G C 958.82 PASS AF=0.985075;AO=67;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000200611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.08;QD=57.243;RBI=0.0439714;REFB=0.00495823;REVB=0.0439709;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000122386;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:67:66:0.985075:33:34:0:0:33:33:1:0 chr11 993907 . C G 341.83 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0233843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.263;QD=15.8993;RBI=0.0603112;REFB=-0.0402558;REVB=-0.0555933;RO=49;SAF=26;SAR=11;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248832;STB=0.640827;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.057846;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:11:26:23:26:11:26:23:26 chr11 1013815 . C G 30.56 PASS AF=0.145455;AO=9;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=8;FWDB=-0.0248805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1245;QD=2.22228;RBI=0.040171;REFB=-0.0136886;REVB=-0.0315385;RO=42;SAF=1;SAR=8;SRF=36;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.75542;STB=0.948488;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.233699;OID=.;OPOS=1013815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:42:47:9:8:0.145455:8:1:36:6:7:1:39:8 chr11 1016588 . G C 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0249924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.389;QD=3.22847;RBI=0.0314311;REFB=-0.0161594;REVB=0.0190602;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319622;STB=0.719841;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0429023;OID=.;OPOS=1016588;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:31:17:5:3:31:17 chr11 1016594 . A G 81.09 PASS AF=0.213115;AO=15;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0261694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.163;QD=5.31751;RBI=0.115427;REFB=-0.00743006;REVB=-0.112421;RO=43;SAF=3;SAR=12;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582595;STB=0.807161;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0823393;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:43:48:15:13:0.213115:12:3:31:12:10:3:31:17 chr11 1016604 . ACT GAC,GGC 205.35 PASS AF=0.0526316,0.302632;AO=3,22;DP=76;FAO=4,23;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=1,5;FSAR=3,18;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0074699,-0.0176402;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=97.1744,109.071;QD=10.808;RBI=0.00800416,0.0279464;REFB=-0.00355503,0.000835323;REVB=0.00287527,-0.0216754;RO=47;SAF=1,5;SAR=2,17;SRF=30;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.280433,-0.47172;STB=0.807319,0.772765;STBP=0.303,0.005;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0591361,-0.00179483;OID=.,.;OPOS=1016604,1016604;OREF=ACT,ACT;OALT=GAC,GGC;OMAPALT=GAC,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:76:76:47:49:3,22:4,23:0.0526316,0.302632:2,17:1,5:30:17:3,18:1,5:30:19 chr11 1016614 . G T 318.63 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0215776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6158;QD=12.1383;RBI=0.0350267;REFB=0.00176128;REVB=-0.0275912;RO=66;SAF=13;SAR=26;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174322;STB=0.599947;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00532977;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:66:66:39:39:0.371429:26:13:32:34:26:13:32:34 chr11 1016618 . G C 324.84 PASS AF=0.344538;AO=41;DP=119;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.000446727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.35;QD=10.919;RBI=0.00361685;REFB=-0.0192315;REVB=-0.00358916;RO=77;SAF=13;SAR=28;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151831;STB=0.584327;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0319127;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:78:41:41:0.344538:28:13:34:43:28:13:34:44 chr11 1016665 . C T 204.97 PASS AF=0.204678;AO=35;DP=171;FAO=35;FDP=171;FR=.;FRO=136;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=80;FWDB=-0.0361915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.781;QD=4.79457;RBI=0.0549725;REFB=-0.00904847;REVB=-0.0413782;RO=135;SAF=7;SAR=28;SRF=56;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318115;STB=0.699874;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0532616;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:135:136:35:35:0.204678:28:7:56:79:28:7:56:80 chr11 1016704 . C A 92.2 PASS AF=0.124294;AO=22;DP=171;FAO=22;FDP=177;FR=.;FRO=155;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0309934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1515;QD=2.0836;RBI=0.0513322;REFB=-0.00964087;REVB=-0.0409195;RO=148;SAF=6;SAR=16;SRF=70;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26099;STB=0.677356;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0729071;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:171:177:148:155:22:22:0.124294:16:6:70:78:16:6:72:83 chr11 1016713 . T C 116.06 PASS AF=0.143678;AO=25;DP=174;FAO=25;FDP=174;FR=.;FRO=149;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=0.0298453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.933;QD=2.66808;RBI=0.0309313;REFB=-0.0160473;REVB=-0.00812433;RO=147;SAF=12;SAR=13;SRF=69;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135174;STB=0.514511;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0744484;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:147:149:25:25:0.143678:13:12:69:78:13:12:69:80 chr11 1016722 . T G 72.96 PASS AF=0.112994;AO=18;DP=176;FAO=20;FDP=177;FR=.;FRO=157;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=0.000621496;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.914;QD=1.6489;RBI=0.0187396;REFB=-0.00929092;REVB=-0.0187293;RO=154;SAF=14;SAR=4;SRF=68;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400157;STB=0.716139;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0550513;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:176:177:154:157:18:20:0.112994:4:14:68:86:6:14:71:86 chr11 1016724 . A G 202.91 PASS AF=0.198864;AO=35;DP=177;FAO=35;FDP=176;FR=.;FRO=141;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=-0.0221451;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.577;QD=4.61152;RBI=0.0292435;REFB=-0.0203672;REVB=-0.0190992;RO=140;SAF=18;SAR=17;SRF=65;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639259;STB=0.536944;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0567153;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:140:141:35:35:0.198864:17:18:65:75:17:18:66:75 chr11 1016776 . C G 575.85 PASS AF=0.445255;AO=61;DP=178;FAO=61;FDP=137;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.020177;FXX=0.230324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.037;QD=16.8131;RBI=0.0364169;REFB=-0.0270612;REVB=-0.0303164;RO=73;SAF=36;SAR=25;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127583;STB=0.506414;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0389151;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:137:73:76:61:61:0.445255:25:36:44:29:25:36:44:32 chr11 1016795 . C G 40.15 PASS AF=0.0769231;AO=14;DP=183;FAO=14;FDP=182;FR=.;FRO=168;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=108;FSRR=60;FWDB=-0.0359822;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.691;QD=0.882513;RBI=0.0664824;REFB=-0.00557368;REVB=-0.0559034;RO=161;SAF=9;SAR=5;SRF=105;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0865059;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:183:182:161:168:14:14:0.0769231:5:9:105:56:5:9:108:60 chr11 1016810 . G T 43.33 PASS AF=0.0818713;AO=14;DP=171;FAO=14;FDP=171;FR=.;FRO=157;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=121;FSRR=36;FWDB=-0.0248598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.956;QD=1.01347;RBI=0.0516082;REFB=-0.005714;REVB=-0.0452261;RO=151;SAF=6;SAR=8;SRF=121;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455348;STB=0.79345;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0731357;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:171:171:151:157:14:14:0.0818713:8:6:121:30:8:6:121:36 chr11 1016825 . G A 130.96 PASS AF=0.128631;AO=31;DP=240;FAO=31;FDP=241;FR=.;FRO=210;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=127;FSRR=83;FWDB=-0.00554323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.038;QD=2.17359;RBI=0.0215141;REFB=-0.00624218;REVB=-0.0207877;RO=209;SAF=11;SAR=20;SRF=127;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311534;STB=0.708838;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0752938;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:209:210:31:31:0.128631:20:11:127:82:20:11:127:83 chr11 1016834 . G A 349.38 PASS AF=0.226337;AO=55;DP=242;FAO=55;FDP=243;FR=.;FRO=188;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=92;FWDB=0.0329188;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2222;QD=5.75118;RBI=0.0384653;REFB=-0.0136359;REVB=0.0198981;RO=166;SAF=41;SAR=14;SRF=94;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249482;STB=0.693732;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0651733;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:166:188:55:55:0.226337:14:41:94:72:14:41:96:92 chr11 1016869 . AG CA,TG 770.11 PASS AF=0.0758294,0.350711;AO=16,73;DP=224;FAO=16,74;FDP=211;FR=.;FRO=121;FSAF=9,48;FSAR=7,26;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=0.000465779,0.010584;FXX=0.0580331;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=154.759,113.205;QD=14.5993;RBI=0.0169861,0.0346064;REFB=-0.0162521,-0.0213956;REVB=-0.0169797,-0.0329482;RO=117;SAF=9,48;SAR=7,25;SRF=69;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0343759,0.0795433;STB=0.506955,0.55171;STBP=0.964,0.283;TYPE=mnp,snp;VARB=0.05459,0.0315209;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:224:211:117:121:16,73:16,74:0.0758294,0.350711:7,25:9,48:69:48:7,26:9,48:69:52 chr11 1016889 . GG AA,GA 619.9 PASS AF=0.0693642,0.352601;AO=12,61;DP=169;FAO=12,61;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=5,33;FSAR=7,28;FSRF=78;FSRR=22;FWDB=-0.0039867,-0.00913511;FXX=0.0114279;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=164.272,194.895;QD=14.333;RBI=0.0174335,0.0213172;REFB=-0.0233937,-0.0300665;REVB=-0.0169715,-0.0192607;RO=94;SAF=5,33;SAR=7,28;SRF=77;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.502724,-0.314771;STB=0.79992,0.653171;STBP=0.072,0.014;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0296501,0.0429372;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:169:173:94:100:12,61:12,61:0.0693642,0.352601:7,28:5,33:77:17:7,28:5,33:78:22 chr11 1016894 . G A 159.7 PASS AF=0.186747;AO=28;DP=160;FAO=31;FDP=166;FR=.;FRO=135;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=85;FSRR=50;FWDB=-0.0324327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.66;QD=3.84817;RBI=0.0348247;REFB=-0.00869306;REVB=-0.012684;RO=131;SAF=25;SAR=3;SRF=81;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455353;STB=0.813794;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.09502;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:166:131:135:28:31:0.186747:3:25:81:50:3:28:85:50 chr11 1016910 . G A 51.51 PASS AF=0.1;AO=14;DP=140;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=90;FSRR=36;FWDB=0.00907207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.342;QD=1.47166;RBI=0.00907776;REFB=-0.00666005;REVB=0.00032125;RO=125;SAF=12;SAR=2;SRF=89;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241454;STB=0.690589;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0322113;OID=.;OPOS=1016910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:140:140:125:126:14:14:0.1:2:12:89:36:2:12:90:36 chr11 1016914 . G T 460.04 PASS AF=0.395522;AO=51;DP=134;FAO=53;FDP=134;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=15;FWDB=-0.00289116;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5768;QD=13.7327;RBI=0.0493036;REFB=-0.0149422;REVB=0.0492188;RO=82;SAF=34;SAR=17;SRF=66;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182769;STB=0.600798;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0197558;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:82:81:51:53:0.395522:17:34:66:16:17:36:66:15 chr11 1016919 . C T 36.06 PASS AF=0.0827068;AO=11;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=93;FSRR=29;FWDB=-0.048694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4039;QD=1.08454;RBI=0.0744266;REFB=-0.00345596;REVB=-0.0562869;RO=121;SAF=9;SAR=2;SRF=92;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957342;STB=0.577487;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0502048;OID=.;OPOS=1016919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:121:122:11:11:0.0827068:2:9:92:29:2:9:93:29 chr11 1016928 . C G 1220.94 PASS AF=0.786885;AO=96;DP=122;FAO=96;FDP=122;FR=.;FRO=26;FSAF=71;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0136245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.215;QD=40.0307;RBI=0.0265759;REFB=-0.0523197;REVB=0.0228178;RO=26;SAF=71;SAR=25;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456213;STB=0.502432;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.014948;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:26:26:96:96:0.786885:25:71:19:7:25:71:19:7 chr11 1016933 . C T 410.37 PASS AF=0.390244;AO=48;DP=123;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=21;FWDB=-0.0109928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.143;QD=13.3452;RBI=0.0130302;REFB=-0.0362437;REVB=-0.0069959;RO=74;SAF=34;SAR=14;SRF=53;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102735;STB=0.508667;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0539404;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:74:75:48:48:0.390244:14:34:53:21:14:34:54:21 chr11 1016957 . T G 122.66 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0411877;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.822;QD=5.84111;RBI=0.0424127;REFB=-0.0162756;REVB=-0.0101199;RO=64;SAF=9;SAR=10;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246684;STB=0.643424;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0340012;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:64:65:19:19:0.22619:10:9:43:21:10:9:43:22 chr11 1016959 . T C 75.32 PASS AF=0.170732;AO=13;DP=83;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0279952;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.383;QD=3.67392;RBI=0.0284949;REFB=-0.00276904;REVB=0.0053133;RO=69;SAF=6;SAR=7;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20142;STB=0.652854;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0231426;OID=.;OPOS=1016959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:83:82:69:68:13:14:0.170732:7:6:43:26:8:6:42:26 chr11 1016960 . G T 76.69 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0252122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3168;QD=3.69572;RBI=0.0269082;REFB=-0.00027627;REVB=0.00940191;RO=69;SAF=8;SAR=6;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106176;STB=0.507032;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00178421;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:6:8:40:29:6:8:40:29 chr11 1016963 . G T 95.83 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0175982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.815;QD=4.79127;RBI=0.0355809;REFB=-0.0085843;REVB=-0.0309242;RO=63;SAF=9;SAR=7;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522634;STB=0.538414;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0264806;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:63:64:16:16:0.2:7:9:38:25:7:9:39:25 chr11 1016976 . TGT GGA 34.4 PASS AF=0.0588235;AO=3;DP=85;FAO=5;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0227679;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=3;MLLD=135.785;QD=1.61872;RBI=0.0245799;REFB=-0.00486563;REVB=-0.00926251;RO=70;SAF=2;SAR=1;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134865;STB=0.802719;STBP=0.22;TYPE=mnp;VARB=0.0248922;OID=.;OPOS=1016976;OREF=TGT;OALT=GGA;OMAPALT=GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:85:85:70:76:3:5:0.0588235:1:2:35:35:1:4:36:40 chr11 1017023 . G A 174.05 PASS AF=0.167513;AO=33;DP=198;FAO=33;FDP=197;FR=.;FRO=164;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=128;FWDB=-0.0024452;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.675;QD=3.53402;RBI=0.0502438;REFB=-0.0142973;REVB=-0.0501842;RO=162;SAF=5;SAR=28;SRF=36;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148525;STB=0.595371;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0615888;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:162:164:33:33:0.167513:28:5:36:126:28:5:36:128 chr11 1017029 . T G 1077.68 PASS AF=0.52451;AO=107;DP=207;FAO=107;FDP=204;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=87;FSRF=21;FSRR=76;FWDB=-0.00153484;FXX=0.0144921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5132;QD=21.131;RBI=0.0304673;REFB=-0.036692;REVB=-0.0304287;RO=97;SAF=19;SAR=88;SRF=20;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412289;STB=0.52248;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0415501;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:204:97:97:107:107:0.52451:88:19:20:77:87:20:21:76 chr11 1017036 . G A 238.64 PASS AF=0.211823;AO=38;DP=203;FAO=43;FDP=203;FR=.,HEALED;FRO=160;FSAF=6;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=127;FWDB=0.0445362;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9522;QD=4.70237;RBI=0.0450194;REFB=-0.0286911;REVB=-0.00657826;RO=123;SAF=6;SAR=32;SRF=32;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197003;STB=0.594512;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0807542;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:123:160:38:43:0.211823:32:6:32:91:37:6:33:127 chr11 1017041 . GT TG 157.51 PASS AF=0.152778;AO=33;DP=218;FAO=33;FDP=216;FR=.;FRO=183;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=148;FWDB=-0.0264188;FXX=0.00917389;HRUN=2;LEN=2;MLLD=141.054;QD=2.91686;RBI=0.0504787;REFB=-0.00225984;REVB=-0.0430133;RO=179;SAF=5;SAR=28;SRF=34;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086558;STB=0.559961;STBP=0.565;TYPE=mnp;VARB=0.039682;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:179:183:33:33:0.152778:28:5:34:145:28:5:35:148 chr11 1017045 . G T 244.57 PASS AF=0.197248;AO=43;DP=217;FAO=43;FDP=218;FR=.;FRO=175;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=139;FWDB=-0.00690405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.631;QD=4.48758;RBI=0.0469098;REFB=-0.0149164;REVB=-0.0463989;RO=173;SAF=5;SAR=38;SRF=36;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217535;STB=0.637666;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0591439;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:173:175:43:43:0.197248:38:5:36:137:38:5:36:139 chr11 1017069 . G A 272.99 PASS AF=0.189189;AO=49;DP=259;FAO=49;FDP=259;FR=.;FRO=210;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=171;FWDB=-0.0298934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0576;QD=4.21609;RBI=0.0396869;REFB=-0.00557806;REVB=-0.0261043;RO=209;SAF=18;SAR=31;SRF=39;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284794;STB=0.672902;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0237615;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:209:210:49:49:0.189189:31:18:39:170:31:18:39:171 chr11 1017084 . G A 610.25 PASS AF=0.294964;AO=80;DP=275;FAO=82;FDP=278;FR=.;FRO=196;FSAF=13;FSAR=69;FSRF=57;FSRR=139;FWDB=-0.000874374;FXX=0.0106758;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.59;QD=8.7806;RBI=0.0214392;REFB=-0.0128663;REVB=-0.0214214;RO=189;SAF=13;SAR=67;SRF=57;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243731;STB=0.641054;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0311856;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:278:189:196:80:82:0.294964:67:13:57:132:69:13:57:139 chr11 1017110 . C T 506.44 PASS AF=0.277397;AO=72;DP=279;FAO=81;FDP=292;FR=.;FRO=211;FSAF=20;FSAR=61;FSRF=53;FSRR=158;FWDB=-0.0214114;FXX=0.00341285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.121;QD=6.93759;RBI=0.0219941;REFB=-0.0283861;REVB=-0.00502886;RO=203;SAF=20;SAR=52;SRF=53;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263368;STB=0.504131;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0735063;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:292:203:211:72:81:0.277397:52:20:53:150:61:20:53:158 chr11 1017112 . GT AC,CC,GC 886.52 PASS AF=0.0551471,0.235294,0.121324;AO=17,66,46;DP=290;FAO=15,64,33;FDP=272;FR=.;FRO=160;FSAF=5,20,12;FSAR=10,44,21;FSRF=34;FSRR=126;FWDB=0.0165183,0.00953608,0.0246631;FXX=0.0620668;HRUN=2,2,1;LEN=2,2,1;MLLD=138.271,125.262,97.1025;QD=13.0371;RBI=0.017451,0.0226023,0.0264862;REFB=-0.0179651,-0.0257988,-0.0293073;REVB=0.00562897,0.0204921,0.00965652;RO=147;SAF=6,21,12;SAR=11,45,34;SRF=31;SRR=116;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.216065,0.159016,0.0865981;STB=0.635361,0.588618,0.646079;STBP=0.365,0.159,0.131;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0178101,0.0687594,0.0219156;OID=.,.,.;OPOS=1017112,1017112,1017113;OREF=GT,GT,T;OALT=AC,CC,C;OMAPALT=AC,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:290:272:147:160:17,66,46:15,64,33:0.0551471,0.235294,0.121324:11,45,34:6,21,12:31:116:10,44,21:5,20,12:34:126 chr11 1017135 . G A 109.81 PASS AF=0.10061;AO=33;DP=330;FAO=33;FDP=328;FR=.;FRO=295;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=228;FWDB=-0.00438162;FXX=0.00606042;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.049;QD=1.33908;RBI=0.0213311;REFB=-0.00133574;REVB=-0.0208762;RO=294;SAF=12;SAR=21;SRF=66;SRR=228;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208036;STB=0.642922;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0220977;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:328:294:295:33:33:0.10061:21:12:66:228:21:12:67:228 chr11 1017154 . T G 93.52 PASS AF=0.095082;AO=29;DP=306;FAO=29;FDP=305;FR=.;FRO=276;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=216;FWDB=-0.0178297;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.513;QD=1.22655;RBI=0.0377115;REFB=-0.00326882;REVB=-0.0332304;RO=271;SAF=10;SAR=19;SRF=59;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193706;STB=0.638506;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0503785;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:306:305:271:276:29:29:0.095082:19:10:59:212:19:10:60:216 chr11 1017158 . G T 93.48 PASS AF=0.0953947;AO=29;DP=300;FAO=29;FDP=304;FR=.;FRO=275;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=213;FWDB=-0.0254686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4415;QD=1.23001;RBI=0.0279504;REFB=-0.00727143;REVB=0.011514;RO=271;SAF=10;SAR=19;SRF=62;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17437;STB=0.62899;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0777937;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:300:304:271:275:29:29:0.0953947:19:10:62:209:19:10:62:213 chr11 1017161 . C T 35.93 PASS AF=0.0604027;AO=18;DP=297;FAO=18;FDP=298;FR=.;FRO=280;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=214;FWDB=-0.0488307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.246;QD=0.482264;RBI=0.0677804;REFB=-0.00279441;REVB=-0.0470079;RO=268;SAF=7;SAR=11;SRF=64;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192482;STB=0.662171;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0651574;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:297:298:268:280:18:18:0.0604027:11:7:64:204:11:7:66:214 chr11 1017173 . G A 1032.89 PASS AF=0.419118;AO=113;DP=273;FAO=114;FDP=272;FR=.;FRO=158;FSAF=30;FSAR=84;FSRF=40;FSRR=118;FWDB=0.00604898;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.44;QD=15.1896;RBI=0.00756081;REFB=-0.0341193;REVB=-0.00453605;RO=157;SAF=29;SAR=84;SRF=40;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025443;STB=0.507536;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0423965;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:157:158:113:114:0.419118:84:29:40:117:84:30:40:118 chr11 1017183 . G T 282.81 PASS AF=0.196078;AO=50;DP=256;FAO=50;FDP=255;FR=.;FRO=205;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=148;FWDB=0.0455405;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0974;QD=4.43627;RBI=0.0479681;REFB=-0.00447307;REVB=-0.0150664;RO=205;SAF=14;SAR=36;SRF=57;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031232;STB=0.501948;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0227604;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:205:205:50:50:0.196078:36:14:57:148:36:14:57:148 chr11 1017220 . T C 1318.0 PASS AF=0.632432;AO=117;DP=185;FAO=117;FDP=185;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=72;FSRF=15;FSRR=53;FWDB=0.0350478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.528;QD=28.4973;RBI=0.0352486;REFB=-0.0515081;REVB=-0.00375695;RO=68;SAF=45;SAR=72;SRF=15;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12204;STB=0.5656;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0644079;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:68:68:117:117:0.632432:72:45:15:53:72:45:15:53 chr11 1017231 . A G 1132.87 PASS AF=0.627329;AO=88;DP=169;FAO=101;FDP=161;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=46;FWDB=0.0114766;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.658;QD=28.1458;RBI=0.016372;REFB=-0.0484115;REVB=0.0116761;RO=60;SAF=42;SAR=46;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184919;STB=0.580554;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0389117;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:161:60:58:88:101:0.627329:46:42:14:46:59:42:12:46 chr11 1017239 . CG TA 1111.33 PASS AF=0.641026;AO=98;DP=163;FAO=100;FDP=156;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.025611;FXX=0.0429422;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.388;QD=28.4956;RBI=0.0259071;REFB=-0.0380727;REVB=-0.00390624;RO=53;SAF=39;SAR=59;SRF=10;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147341;STB=0.574544;STBP=0.028;TYPE=mnp;VARB=0.0179947;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:156:53:56:98:100:0.641026:59:39:10:43:59:41:12:44 chr11 1017302 . G C 52.72 PASS AF=0.114286;AO=12;DP=105;FAO=12;FDP=105;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.0439619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5922;QD=2.00852;RBI=0.0583787;REFB=-0.0109368;REVB=0.0384113;RO=93;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165454;STB=0.618861;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0526512;OID=.;OPOS=1017302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:105:105:93:93:12:12:0.114286:6:6:34:59:6:6:34:59 chr11 1017307 . G A 48.81 PASS AF=0.11828;AO=10;DP=94;FAO=11;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.023947;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.981;QD=2.09939;RBI=0.0907301;REFB=-0.0137378;REVB=-0.0875128;RO=61;SAF=1;SAR=9;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56461;STB=0.877607;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.140383;OID=.;OPOS=1017307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:94:93:61:82:10:11:0.11828:9:1:34:27:10:1:38:44 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 629.96 PASS AF=0,0.869048,0.130952;AO=14,15,9;DP=84;FAO=0,73,11;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,7;FSAR=0,40,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.353587,0.750344,0.0693457;FXX=0.0344788;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=15.4699,9.19211,181.093;QD=29.998;RBI=0.427882,0.750911,0.100752;REFB=0.0337879,-0.00115104,0.000346526;REVB=-0.240955,-0.0291804,-0.0730897;RO=36;SAF=0,1,6;SAR=14,14,3;SRF=32;SRR=4;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.863635,-0.80349,-0.3798;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0623906,0.0290318;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.869048,0.130952:14,15,9:84:0,73,11:84:0:0,33,7:0,40,4:0:0:53:36:0,1,6:14,14,3:32:4 chr11 1017325 . A C 243.83 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=55;FWDB=0.0262328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7853;QD=9.11526;RBI=0.0333928;REFB=-0.0247246;REVB=-0.020662;RO=74;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426924;STB=0.745498;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0406767;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:12:21:19:55:12:21:19:55 chr11 1017337 . TC CA 43.85 PASS AF=0.0944882;AO=12;DP=127;FAO=12;FDP=127;FR=.;FRO=115;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=78;FWDB=-0.00508565;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.923;QD=1.38119;RBI=0.0441512;REFB=-0.00211649;REVB=-0.0438573;RO=113;SAF=8;SAR=4;SRF=36;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39516;STB=0.784293;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.030912;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:127:127:113:115:12:12:0.0944882:4:8:36:77:4:8:37:78 chr11 1017381 . G C 156.72 PASS AF=0.23;AO=23;DP=100;FAO=23;FDP=100;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.00455962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.149;QD=6.26878;RBI=0.00818077;REFB=-0.00465571;REVB=-0.00679227;RO=77;SAF=16;SAR=7;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244494;STB=0.651448;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0244325;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:77:23:23:0.23:7:16:39:38:7:16:39:38 chr11 1017384 . G C 155.5 PASS AF=0.234694;AO=23;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=33;FWDB=0.00771812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.501;QD=6.34672;RBI=0.0126381;REFB=-0.0134887;REVB=-0.0100077;RO=74;SAF=16;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187635;STB=0.611753;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0320393;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:75:23:23:0.234694:7:16:41:33:7:16:42:33 chr11 1017392 . A C 34.18 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=-0.0215661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.259;QD=1.35366;RBI=0.0389489;REFB=-0.00295159;REVB=-0.0324333;RO=90;SAF=8;SAR=1;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395939;STB=0.83337;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0234854;OID=.;OPOS=1017392;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:90:92:9:9:0.0891089:1:8:53:37:1:8:54:38 chr11 1017421 . G T 113.25 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=91;FAO=20;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0154;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7556;QD=5.0335;RBI=0.167773;REFB=-0.0306389;REVB=-0.167065;RO=49;SAF=10;SAR=4;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212527;STB=0.563046;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0715474;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:49:68:14:20:0.222222:4:10:41:8:8:12:46:22 chr11 1017440 . C T 114.47 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=-0.0120404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.917;QD=2.97315;RBI=0.0485592;REFB=-0.0151352;REVB=-0.0470427;RO=127;SAF=5;SAR=18;SRF=56;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311597;STB=0.713456;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0738743;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:127:131:23:23:0.149351:18:5:56:71:18:5:58:73 chr11 1017443 . C G 128.05 PASS AF=0.171233;AO=22;DP=156;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.0156902;FXX=0.0759446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9451;QD=3.50827;RBI=0.0588952;REFB=-0.0121878;REVB=-0.0567667;RO=119;SAF=10;SAR=12;SRF=48;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066358;STB=0.569482;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0733501;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:146:119:121:22:25:0.171233:12:10:48:71:13:12:48:73 chr11 1017575 . C T 57.48 PASS AF=0.0878049;AO=18;DP=205;FAO=18;FDP=205;FR=.;FRO=187;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=129;FWDB=-0.0270613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.213;QD=1.12149;RBI=0.0376123;REFB=-0.00264961;REVB=-0.0261222;RO=187;SAF=2;SAR=16;SRF=58;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317469;STB=0.767637;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0270877;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:205:205:187:187:18:18:0.0878049:16:2:58:129:16:2:58:129 chr11 1017691 . C G 171.39 PASS AF=0.218978;AO=28;DP=131;FAO=30;FDP=137;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=71;FWDB=-0.0783233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.182;QD=5.00413;RBI=0.0938656;REFB=-0.0284922;REVB=-0.0517321;RO=98;SAF=7;SAR=21;SRF=35;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1601;STB=0.600414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.107604;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:98:107:28:30:0.218978:21:7:35:63:23:7:36:71 chr11 1017710 . G T 57.15 PASS AF=0.0899471;AO=15;DP=190;FAO=17;FDP=189;FR=.;FRO=172;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=132;FWDB=-0.0319756;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.98;QD=1.20943;RBI=0.0345529;REFB=-0.0119515;REVB=-0.0130943;RO=173;SAF=4;SAR=11;SRF=39;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639144;STB=0.503468;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0752584;OID=.;OPOS=1017710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:190:189:173:172:15:17:0.0899471:11:4:39:134:13:4:40:132 chr11 1017746 . T G 559.02 PASS AF=0.321429;AO=72;DP=225;FAO=72;FDP=224;FR=.;FRO=152;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=107;FWDB=-0.0185929;FXX=0.00444425;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6653;QD=9.98247;RBI=0.0290027;REFB=-0.00967011;REVB=-0.022259;RO=144;SAF=21;SAR=51;SRF=43;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971108;STB=0.50359;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0253417;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:144:152:72:72:0.321429:51:21:43:101:51:21:45:107 chr11 1017767 . G C 294.14 PASS AF=0.199219;AO=50;DP=255;FAO=51;FDP=256;FR=.;FRO=205;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=155;FWDB=0.0190481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.01;QD=4.59595;RBI=0.0244204;REFB=-0.0114671;REVB=-0.0152815;RO=202;SAF=23;SAR=27;SRF=50;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291536;STB=0.686084;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0509813;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:202:205:50:51:0.199219:27:23:50:152:27:24:50:155 chr11 1017773 . G A 200.73 PASS AF=0.159696;AO=41;DP=262;FAO=42;FDP=263;FR=.;FRO=221;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=153;FWDB=0.00877711;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3735;QD=3.05298;RBI=0.0119604;REFB=-0.010619;REVB=0.00812483;RO=219;SAF=8;SAR=33;SRF=68;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194024;STB=0.633263;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0686899;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:263:219:221:41:42:0.159696:33:8:68:151:34:8:68:153 chr11 1017783 . A G 1288.34 PASS AF=0.478261;AO=131;DP=273;FAO=132;FDP=276;FR=.;FRO=144;FSAF=46;FSAR=86;FSRF=42;FSRR=102;FWDB=-0.00951537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.099;QD=18.6716;RBI=0.0316917;REFB=-0.0230798;REVB=-0.0302295;RO=140;SAF=45;SAR=86;SRF=41;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538121;STB=0.533296;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0222521;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:276:140:144:131:132:0.478261:86:45:41:99:86:46:42:102 chr11 1017789 . A C 133.46 PASS AF=0.119718;AO=33;DP=279;FAO=34;FDP=284;FR=.;FRO=250;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=89;FSRR=161;FWDB=-0.013082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.628;QD=1.87968;RBI=0.0226305;REFB=-0.00272946;REVB=-0.0184662;RO=238;SAF=8;SAR=25;SRF=85;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168279;STB=0.627594;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.025641;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:284:238:250:33:34:0.119718:25:8:85:153:26:8:89:161 chr11 1017793 . T G 111.82 PASS AF=0.108014;AO=31;DP=284;FAO=31;FDP=287;FR=.;FRO=256;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=96;FSRR=160;FWDB=0.0202946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5906;QD=1.55842;RBI=0.0202993;REFB=0.00352577;REVB=-0.00043772;RO=253;SAF=1;SAR=30;SRF=96;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561339;STB=0.938346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0299795;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:287:253:256:31:31:0.108014:30:1:96:157:30:1:96:160 chr11 1017797 . C G 86.76 PASS AF=0.101399;AO=15;DP=275;FAO=29;FDP=286;FR=.;FRO=257;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=98;FSRR=159;FWDB=-0.0307144;FXX=0.0137926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.758;QD=1.21348;RBI=0.0346848;REFB=-0.0101166;REVB=-0.016114;RO=255;SAF=2;SAR=13;SRF=99;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294872;STB=0.878585;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.101695;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:275:286:255:257:15:29:0.101399:13:2:99:156:27:2:98:159 chr11 1017833 . C T 124.49 PASS AF=0.113793;AO=30;DP=290;FAO=33;FDP=290;FR=.;FRO=257;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=185;FWDB=-0.0235814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.02;QD=1.71704;RBI=0.0607867;REFB=-0.00974735;REVB=-0.0560262;RO=252;SAF=11;SAR=19;SRF=72;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1141;STB=0.554928;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.081042;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:252:257:30:33:0.113793:19:11:72:180:22:11:72:185 chr11 1017834 . G A 97.73 PASS AF=0.100346;AO=26;DP=286;FAO=29;FDP=289;FR=.;FRO=260;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=180;FWDB=-0.0324039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.865;QD=1.35271;RBI=0.0331249;REFB=-0.00665621;REVB=0.0068735;RO=260;SAF=3;SAR=23;SRF=80;SRR=180;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313518;STB=0.777141;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0625464;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:286:289:260:260:26:29:0.100346:23:3:80:180:26:3:80:180 chr11 1017844 . TC CG,TG 813.71 PASS AF=0.0693431,0.306569;AO=14,59;DP=281;FAO=19,84;FDP=274;FR=.;FRO=171;FSAF=6,12;FSAR=13,72;FSRF=62;FSRR=109;FWDB=-0.0411403,-0.0857705;FXX=0.0249101;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.52,158.516;QD=11.8789;RBI=0.0412013,0.086448;REFB=-0.0224459,-0.0372816;REVB=0.00224236,-0.0108019;RO=136;SAF=4,10;SAR=10,49;SRF=47;SRR=89;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0802833,-0.285215;STB=0.546979,0.710341;STBP=0.689,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0469263,0.0485085;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:281:274:136:171:14,59:19,84:0.0693431,0.306569:10,49:4,10:47:89:13,72:6,12:62:109 chr11 1017858 . A G 796.79 PASS AF=0.333333;AO=102;DP=301;FAO=101;FDP=303;FR=.;FRO=202;FSAF=18;FSAR=83;FSRF=74;FSRR=128;FWDB=-0.0425506;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.517;QD=10.5188;RBI=0.0643294;REFB=-0.0359636;REVB=-0.0482465;RO=189;SAF=18;SAR=84;SRF=70;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292698;STB=0.667795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0722399;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:303:189:202:102:101:0.333333:84:18:70:119:83:18:74:128 chr11 1017883 . C A 178.35 PASS AF=0.142857;AO=39;DP=273;FAO=39;FDP=273;FR=.;FRO=234;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=83;FSRR=151;FWDB=-0.0386445;FXX=0.0421038;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7028;QD=2.61325;RBI=0.0417432;REFB=-0.0123804;REVB=-0.0157828;RO=222;SAF=9;SAR=30;SRF=82;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208201;STB=0.628773;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.058326;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:222:234:39:39:0.142857:30:9:82:140:30:9:83:151 chr11 1017891 . GCAT GCGT,GTGC,TGAT 250.02 PASS AF=0.0783582,0.0522388,0.0708955;AO=20,14,19;DP=274;FAO=21,14,19;FDP=268;FR=.;FRO=214;FSAF=5,1,3;FSAR=16,13,16;FSRF=89;FSRR=125;FWDB=-0.00704727,-0.00885368,-0.00393623;FXX=0.021897;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=108.756,153.764,95.373;QD=3.7317;RBI=0.063456,0.0463654,0.0518666;REFB=-0.0118204,-0.00936351,-0.0189037;REVB=-0.0630635,-0.0455122,-0.051717;RO=200;SAF=4,1,3;SAR=16,13,16;SRF=83;SRR=117;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.28085,-0.418559,-0.336846;STB=0.680667,0.893839,0.776456;STBP=0.106,0.008,0.022;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0839908,0.0944612,0.0931229;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CAT,GC;OALT=G,TGC,TG;OMAPALT=GCGT,GTGC,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:274:268:200:214:20,14,19:21,14,19:0.0783582,0.0522388,0.0708955:16,13,16:4,1,3:83:117:16,13,16:5,1,3:89:125 chr11 1017899 . A T 33.93 PASS AF=0.0622711;AO=16;DP=273;FAO=17;FDP=273;FR=.;FRO=256;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=99;FSRR=157;FWDB=-0.0219542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.511;QD=0.49712;RBI=0.0358424;REFB=-0.00416132;REVB=-0.0283318;RO=238;SAF=3;SAR=13;SRF=96;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253223;STB=0.735393;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0510947;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:273:273:238:256:16:17:0.0622711:13:3:96:142:14:3:99:157 chr11 1017900 . G T 66.66 PASS AF=0.0845588;AO=22;DP=256;FAO=23;FDP=272;FR=.;FRO=249;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=97;FSRR=152;FWDB=-0.016813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.53;QD=0.980315;RBI=0.0444821;REFB=-0.00482136;REVB=-0.0411823;RO=234;SAF=5;SAR=17;SRF=96;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234588;STB=0.68337;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0444898;OID=.;OPOS=1017900;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:256:272:234:249:22:23:0.0845588:17:5:96:138:18:5:97:152 chr11 1017921 . C T 67.1 PASS AF=0.0917031;AO=20;DP=232;FAO=21;FDP=229;FR=.;FRO=208;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=79;FSRR=129;FWDB=-0.0388137;FXX=0.0337538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3328;QD=1.17213;RBI=0.0401501;REFB=-0.0114685;REVB=-0.0102728;RO=204;SAF=5;SAR=15;SRF=75;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157295;STB=0.649436;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0445846;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:232:229:204:208:20:21:0.0917031:15:5:75:129:16:5:79:129 chr11 1017935 . A G 270.74 PASS AF=0.224599;AO=43;DP=195;FAO=42;FDP=187;FR=.;FRO=145;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=66;FSRR=79;FWDB=-0.0669592;FXX=0.0410235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4445;QD=5.79115;RBI=0.0826603;REFB=-0.0104529;REVB=-0.0484685;RO=140;SAF=11;SAR=32;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250519;STB=0.686523;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0237977;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:187:140:145:43:42:0.224599:32:11:61:79:32:10:66:79 chr11 1017981 . T A 34.26 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=13;FWDB=-0.0285551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1938;QD=2.28367;RBI=0.0465288;REFB=-0.00377015;REVB=-0.036736;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184676;STB=0.645672;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0506933;OID=.;OPOS=1017981;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:60:53:53:7:7:0.116667:1:6:40:13:1:6:40:13 chr11 1017988 . G T 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=4;FWDB=-0.0105803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.709;QD=3.22836;RBI=0.0115125;REFB=-0.00602775;REVB=0.00453828;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=44;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665498;STB=0.896488;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0325204;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:44:4:5:3:44:4 chr11 1018024 . CC CA,GA 243.62 PASS AF=0.377778,0.155556;AO=16,7;DP=45;FAO=17,7;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15,4;FSAR=2,3;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.046006,-0.0336416;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=91.0689,201.566;QD=21.6548;RBI=0.0521641,0.0680194;REFB=0.00964283,0.00855719;REVB=-0.0245876,-0.0591176;RO=21;SAF=14,4;SAR=2,3;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128783,-0.311075;STB=0.584305,0.691863;STBP=0.532,0.341;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0374307,0.0435991;OID=.,.;OPOS=1018025,1018024;OREF=C,CC;OALT=A,GA;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:16,7:17,7:0.377778,0.155556:2,3:14,4:17:4:2,3:15,4:17:4 chr11 1018031 . G A 209.62 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0243158;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.959;QD=18.6333;RBI=0.026185;REFB=-0.0221963;REVB=-0.00971579;RO=23;SAF=18;SAR=1;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419128;STB=0.759152;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0365733;OID=.;OPOS=1018031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:19:21:0.466667:1:18:18:5:1:20:18:5 chr11 1018042 . A G 49.53 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.0585416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6361;QD=4.40273;RBI=0.0876909;REFB=-0.0065816;REVB=-0.0652884;RO=37;SAF=7;SAR=1;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912305;STB=0.563046;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0199118;OID=.;OPOS=1018042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:1:7:31:6:1:7:31:6 chr11 1018048 . A G 56.31 PASS AF=0.204545;AO=7;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.00551579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1631;QD=5.11912;RBI=0.00555883;REFB=-0.0331645;REVB=0.000690425;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101835;STB=0.601431;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0955232;OID=.;OPOS=1018048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:43:44:34:35:7:9:0.204545:1:6:29:5:2:7:30:5 chr11 1018262 . GT CG 47.8 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.040851;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.016;QD=21.2434;RBI=0.053595;REFB=-0.0703062;REVB=0.0346933;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0163403;OID=.;OPOS=1018262;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:11:9:2:3:5:6:0.666667:3:2:0:2:4:2:1:2 chr11 1018295 . T C 193.62 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00778597;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.762;QD=18.4404;RBI=0.00840875;REFB=-0.038577;REVB=0.00317583;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516853;STB=0.553344;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.023018;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:22:19:20:0.47619:11:8:10:11:12:8:11:11 chr11 1018314 . G A 50.23 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.155;QD=4.78378;RBI=0.0272808;REFB=-0.0103238;REVB=-0.0270972;RO=32;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31426;STB=0.691801;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0694157;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:42:32:34:8:8:0.190476:6:2:16:16:6:2:16:18 chr11 1018316 . G A 50.97 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00851409;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.828;QD=4.85398;RBI=0.0213096;REFB=-0.00170213;REVB=-0.0195348;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827322;STB=0.555415;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00880222;OID=.;OPOS=1018316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:15:19:5:3:15:19 chr11 1018355 . A G 69.67 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0176407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.054;QD=6.48091;RBI=0.0573309;REFB=-0.0222262;REVB=-0.0545494;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176605;STB=0.502757;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0803325;OID=.;OPOS=1018355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:32:33:10:10:0.232558:7:3:10:22:7:3:10:23 chr11 1018374 . T A 37.94 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=42;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.000613439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3357;QD=3.44868;RBI=0.0275131;REFB=-0.0162763;REVB=-0.0275063;RO=36;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184809;STB=0.666112;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0549441;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:42:44:36:37:6:7:0.159091:5:1:10:26:6:1:10:27 chr11 1018385 . T A 72.05 PASS AF=0.211538;AO=8;DP=49;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0019986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.892;QD=5.54245;RBI=0.00220302;REFB=-0.0191531;REVB=0.000926763;RO=40;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306915;STB=0.76861;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0712312;OID=.;OPOS=1018385;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:49:52:40:41:8:11:0.211538:7:1:12:28:10:1:12:29 chr11 1018419 . G A 57.73 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=60;FWDB=-0.00788851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.297;QD=2.53747;RBI=0.0189304;REFB=-0.0061218;REVB=-0.0172085;RO=79;SAF=1;SAR=11;SRF=19;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334547;STB=0.755465;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0623072;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:11:1:19:60:11:1:19:60 chr11 1018456 . G A 110.35 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=-0.0658109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.571;QD=6.21701;RBI=0.0670427;REFB=-0.0123831;REVB=-0.0127923;RO=52;SAF=2;SAR=15;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274943;STB=0.685451;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0384648;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:54:17:17:0.239437:15:2:13:39:15:2:14:40 chr11 1018462 . C T 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.0294001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.368;QD=4.17458;RBI=0.0397694;REFB=-0.0179816;REVB=-0.0267814;RO=53;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163987;STB=0.609594;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0694876;OID=.;OPOS=1018462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:53:54:12:12:0.181818:8:4:12:41:8:4:12:42 chr11 1018483 . C G 79.57 PASS AF=0.268293;AO=17;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0732855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2577;QD=7.76295;RBI=0.249769;REFB=-0.0566244;REVB=-0.238775;RO=23;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312778;STB=0.558507;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.121263;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:41:23:30:17:11:0.268293:15:2:7:16:9:2:7:23 chr11 1018496 . G T 88.94 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.015574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.965;QD=9.12245;RBI=0.0832503;REFB=-0.0555899;REVB=-0.0817806;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0992704;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:38:39:13:25:9:10:0.25641:8:1:5:8:8:2:5:20 chr11 1018523 . A G 48.23 PASS AF=0.16;AO=9;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.113753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.2492;QD=3.8582;RBI=0.1455;REFB=0.00271619;REVB=-0.0907212;RO=41;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236513;STB=0.635967;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.0263102;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:9:8:0.16:8:1:9:32:7:1:9:33 chr11 1019375 . C T 722.69 PASS AF=0.489655;AO=69;DP=146;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=45;FWDB=0.0013099;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.874;QD=19.9363;RBI=0.0168689;REFB=-0.0237519;REVB=0.016818;RO=74;SAF=27;SAR=42;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000576962;STB=0.506265;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0273314;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:74:74:69:71:0.489655:42:27:29:45:44:27:29:45 chr11 1026392 . GC CG,GCG 170.5 PASS AF=0.00434783,0.265217;AO=17,59;DP=234;FAO=1,61;FDP=230;FR=.;FRO=168;FSAF=1,48;FSAR=0,13;FSRF=94;FSRR=74;FWDB=-0.092014,-0.0440226;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=22.5468,15.0083;QD=2.96521;RBI=0.134943,0.0756785;REFB=-0.0106422,-0.0365512;REVB=-0.0987069,-0.0615568;RO=149;SAF=12,44;SAR=5,15;SRF=85;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.172589,0.240116;STB=0.989006,0.693388;STBP=0.487,0.001;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0545346,0.1024;OID=.,.;OPOS=1026392,1026394;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:234:230:149:168:17,59:1,61:0.00434783,0.265217:5,15:12,44:85:64:0,13:1,48:94:74 chr11 1075747 . T C 588.87 PASS AF=0.41358;AO=66;DP=161;FAO=67;FDP=162;FR=.;FRO=95;FSAF=49;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=-0.0172584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.695;QD=14.5401;RBI=0.0221001;REFB=-0.0118285;REVB=-0.0138045;RO=91;SAF=48;SAR=18;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239648;STB=0.651706;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0187719;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:91:95:66:67:0.41358:18:48:47:44:18:49:47:48 chr11 1080576 . G A 1274.6 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.20882e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.102;QD=60.6952;RBI=0.0214555;REFB=-0.0687237;REVB=0.0214555;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342148;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:84:0:0:82:84:1:40:42:0:0:41:43:0:0 chr11 1081074 . T C,G 969.47 PASS AF=0.940299,0.0597015;AO=63,4;DP=67;FAO=63,4;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=28,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828902,0.00848109;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.357,150.289;QD=57.8786;RBI=0.0220512,0.0124769;REFB=0,0;REVB=0.020434,-0.00915115;RO=0;SAF=35,0;SAR=28,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00321094,0.0647061;OID=.,.;OPOS=1081074,1081074;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:67:67:0:0:63,4:63,4:0.940299,0.0597015:28,4:35,0:0:0:28,4:35,0:0:0 chr11 1081112 . G C 900.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1749;QD=58.1171;RBI=0.02871;REFB=0;REVB=-0.0182383;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40455e-05;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 1081151 . T C,G 700.21 PASS AF=0.891304,0.108696;AO=43,3;DP=46;FAO=41,5;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521281,-0.0426601;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.0675,218.09;QD=60.888;RBI=0.0557284,0.0519983;REFB=0,0;REVB=-0.0197056,-0.0297312;RO=0;SAF=20,2;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00792474,0.111932;OID=.,.;OPOS=1081151,1081151;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:46:46:0:0:43,3:41,5:0.891304,0.108696:23,1:20,2:0:0:21,3:20,2:0:0 chr11 1081757 . G C 1026.37 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.927;QD=59.4999;RBI=0.0350965;REFB=0;REVB=0.0196699;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40256e-05;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:28:41:0:0:28:41:0:0 chr11 1083293 . T C,G 1190.97 PASS AF=0.974684,0.0253165;AO=75,3;DP=78;FAO=77,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038252,-0.105983;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.9815,68.7244;QD=60.3024;RBI=0.0449816,0.11208;REFB=0,0;REVB=-0.023667,-0.036463;RO=0;SAF=41,1;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00271475,0.0547867;OID=.,.;OPOS=1083293,1083293;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:78:79:0:0:75,3:77,2:0.974684,0.0253165:34,2:41,1:0:0:36,1:41,1:0:0 chr11 1084821 . T C 2788.49 PASS AF=0.983425;AO=171;DP=179;FAO=178;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=106;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.743;QD=61.6241;RBI=0.0419613;REFB=0;REVB=0.0364806;RO=0;SAF=103;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181408;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:179:181:0:0:171:178:0.983425:68:103:0:0:72:106:0:0 chr11 1087972 . C T 681.63 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0670314;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.144;QD=52.433;RBI=0.0708056;REFB=-0.0700086;REVB=0.0228083;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00307223;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:0:1:48:51:0.980769:21:27:0:0:24:27:0:1 chr11 1093710 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.512;QD=45.8057;RBI=0.0382652;REFB=0;REVB=0.000384579;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319365;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 1094690 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.646;QD=51.1846;RBI=0.0393221;REFB=0;REVB=0.00746386;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025033;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 1094748 . A AC 276.92 PASS AF=0.972222;AO=5;DP=38;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.196612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2086;QD=30.7684;RBI=0.197542;REFB=-0.063465;REVB=-0.0191528;RO=33;SAF=0;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665245;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.0184524;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.972222:5:38:35:36:1:18:17:1:0:3:33:0:5:19:14 chr11 1094753 . A C 566.57 PASS AF=1;AO=26;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1537;QD=58.1102;RBI=0.149588;REFB=0;REVB=0.143381;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118713;OID=.;OPOS=1094753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:26:39:1:10:16:0:0:17:22:0:0 chr11 1096494 . T C 2329.69 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3725;QD=63.8271;RBI=0.0300315;REFB=0;REVB=0.00811568;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98252e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:146:0:0:138:146:1:60:78:0:0:64:82:0:0 chr11 1101649 . T C 1361.8 PASS AF=0.989011;AO=83;DP=88;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3382;QD=59.8595;RBI=0.0592749;REFB=-0.070504;REVB=0.0427253;RO=3;SAF=42;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106079;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00426095;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:91:3:1:83:90:0.989011:41:42:2:1:42:48:1:0 chr11 1151695 . C T 539.32 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=146;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=46;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=30;FWDB=0.0135394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.329;QD=14.776;RBI=0.0304453;REFB=-0.0118337;REVB=0.0272691;RO=87;SAF=46;SAR=13;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169534;STB=0.596287;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0150633;OID=.;OPOS=1151695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:87:59:59:0.40411:13:46:57:30:13:46:57:30 chr11 1158073 . T C 2952.47 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=192;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00738711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.145;QD=61.5098;RBI=0.017959;REFB=-0.0604724;REVB=0.0163694;RO=2;SAF=100;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000582238;STB=0.502157;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000188103;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:192:192:2:3:189:189:0.984375:89:100:1:1:89:100:2:1 chr11 1161315 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1021;QD=57.1026;RBI=0.0299869;REFB=0;REVB=0.0259144;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151631;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr11 1212877 . A G 268.6 PASS AF=0.255034;AO=38;DP=148;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=40;FWDB=-0.0120356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.1;QD=7.21068;RBI=0.0120531;REFB=-0.0167721;REVB=0.000648917;RO=108;SAF=20;SAR=18;SRF=70;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153632;STB=0.585375;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0415248;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:108:111:38:38:0.255034:18:20:70:38:18:20:71:40 chr11 1212878 . C G 73.61 PASS AF=0.115385;AO=18;DP=155;FAO=18;FDP=156;FR=.;FRO=138;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=0.027985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6767;QD=1.88737;RBI=0.0315281;REFB=-0.00621326;REVB=0.014521;RO=137;SAF=9;SAR=9;SRF=82;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122366;STB=0.583243;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0239869;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:155:156:137:138:18:18:0.115385:9:9:82:55:9:9:82:56 chr11 1212887 . C T 30.76 PASS AF=0.0700637;AO=11;DP=158;FAO=11;FDP=157;FR=.;FRO=146;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=-0.0058119;FXX=0.0125778;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.641;QD=0.783739;RBI=0.0308947;REFB=-0.00734586;REVB=-0.0303431;RO=144;SAF=9;SAR=2;SRF=82;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292103;STB=0.755397;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0742337;OID=.;OPOS=1212887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:158:157:144:146:11:11:0.0700637:2:9:82:62:2:9:84:62 chr11 1212921 . C T 171.82 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0038665;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.964;QD=6.67267;RBI=0.0119978;REFB=-0.00673151;REVB=-0.0113577;RO=75;SAF=19;SAR=7;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305288;STB=0.67789;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0513798;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:75:77:26:26:0.252427:7:19:37:38:7:19:39:38 chr11 1212954 . C A 57.53 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0430165;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.084;QD=3.54048;RBI=0.0430835;REFB=-0.014097;REVB=0.00240134;RO=55;SAF=2;SAR=8;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508679;STB=0.840292;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0987658;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:66:65:55:55:10:10:0.153846:8:2:35:20:8:2:35:20 chr11 1213017 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0393221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.401;QD=5.44247;RBI=0.0394334;REFB=-0.00643446;REVB=-0.00296026;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176379;STB=0.615021;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0166592;OID=.;OPOS=1213017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:13:7:3:3:13:7 chr11 1213023 . G C 82.31 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0508044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4928;QD=9.97749;RBI=0.0536921;REFB=-0.0494583;REVB=-0.017371;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229478;STB=0.619356;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0805997;OID=.;OPOS=1213023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:14:7:6:5:14:8 chr11 1213039 . C T 45.33 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0102285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5174;QD=3.4213;RBI=0.0401775;REFB=-0.01563;REVB=-0.0388537;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312355;STB=0.727571;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.100261;OID=.;OPOS=1213039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:52:53:44:45:8:8:0.150943:2:6:22:22:2:6:22:23 chr11 1213047 . T C 81.84 PASS AF=0.232143;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0942992;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.576;QD=5.84593;RBI=0.102602;REFB=-0.0138456;REVB=-0.0404319;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286693;STB=0.664635;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0603355;OID=.;OPOS=1213047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:55:56:38:43:12:13:0.232143:7:5:25:13:8:5:26:17 chr11 1213118 . C G 33.72 PASS AF=0.0714286;AO=4;DP=51;FAO=4;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0578428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9279;QD=2.40884;RBI=0.0581336;REFB=-0.00837583;REVB=-0.0058075;RO=43;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120665;STB=0.571053;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00984613;OID=.;OPOS=1213118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:56:43:48:4:4:0.0714286:3:1:15:28:3:1:15:33 chr11 1213125 . G A 82.14 PASS AF=0.222222;AO=13;DP=52;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0238887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.574;QD=6.08466;RBI=0.0955063;REFB=-0.0180618;REVB=-0.0924705;RO=36;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222123;STB=0.579405;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0914234;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:52:54:36:42:13:12:0.222222:10:3:14:22:9:3:14:28 chr11 1213135 . C T 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0933423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4314;QD=2.66915;RBI=0.0959817;REFB=-0.000802013;REVB=0.0223539;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161624;STB=0.613382;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0133418;OID=.;OPOS=1213135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:14:40:5:3:14:40 chr11 1213174 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=38;FWDB=0.0117678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.778;QD=7.78053;RBI=0.0122419;REFB=-0.0190813;REVB=0.00337371;RO=41;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163631;STB=0.610667;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.027944;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:44:17:17:0.278689:13:4:6:35:13:4:6:38 chr11 1213177 . C T 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=38;FWDB=-0.0166992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.122;QD=9.40165;RBI=0.0255224;REFB=-0.0130672;REVB=-0.019301;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344035;STB=0.695758;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0245194;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:13:7:5:38:13:7:5:38 chr11 1213204 . C G 222.01 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.0027868;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.153;QD=12.165;RBI=0.00857103;REFB=-0.00864432;REVB=-0.00810533;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315897;STB=0.682685;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.011463;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:14:13:9:36:14:13:9:37 chr11 1220760 . T C 787.75 PASS AF=0.452128;AO=77;DP=180;FAO=85;FDP=188;FR=.;FRO=103;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=-0.00190606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8247;QD=16.7607;RBI=0.0261859;REFB=-0.0577273;REVB=0.0261165;RO=103;SAF=52;SAR=25;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932622;STB=0.537834;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.06987;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:188:103:103:77:85:0.452128:25:52:61:42:30:55:60:43 chr11 1220796 . T C 569.21 PASS AF=0.374302;AO=67;DP=180;FAO=67;FDP=179;FR=.;FRO=112;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.00132539;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.947;QD=12.7198;RBI=0.00945218;REFB=-0.0205666;REVB=-0.00935879;RO=111;SAF=45;SAR=22;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113014;STB=0.561972;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0463041;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:111:112:67:67:0.374302:22:45:64:47:22:45:65:47 chr11 1246941 . A G 126.41 PASS AF=0.279412;AO=16;DP=65;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.000382468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.337;QD=7.43559;RBI=0.0155328;REFB=-0.0107223;REVB=0.0155281;RO=47;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121487;STB=0.572802;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0298798;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:47:49:16:19:0.279412:5:11:28:19:6:13:29:20 chr11 1247458 . C T 803.23 PASS AF=0.376984;AO=95;DP=254;FAO=95;FDP=252;FR=.;FRO=157;FSAF=29;FSAR=66;FSRF=49;FSRR=108;FWDB=0.00836186;FXX=0.00787371;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6958;QD=12.7497;RBI=0.0507063;REFB=-0.0212084;REVB=0.0500121;RO=143;SAF=29;SAR=66;SRF=47;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291259;STB=0.505002;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0356644;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:252:143:157:95:95:0.376984:66:29:47:96:66:29:49:108 chr11 1250488 . C T 1881.27 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.153;QD=60.6862;RBI=0.0490401;REFB=-0.123226;REVB=0.0273633;RO=1;SAF=48;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979446;STB=0.505154;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000521118;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:124:1:1:123:123:0.991935:75:48:1:0:75:48:1:0 chr11 1252708 . G C 1505.97 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110337;FXX=0.0204061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.323;QD=62.7486;RBI=0.0192175;REFB=-0.114677;REVB=0.0157344;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416968;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:96:1:0:95:96:1:43:52:0:1:44:52:0:0 chr11 1253942 . T C 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.481;QD=61.5307;RBI=0.0437286;REFB=0;REVB=0.0131662;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001341;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr11 1253969 . A G 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0113527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.666;QD=4.00159;RBI=0.0119268;REFB=-0.00549013;REVB=-0.00365592;RO=52;SAF=6;SAR=5;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325912;STB=0.5217;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0230977;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:52:52:11:11:0.174603:5:6:27:25:5:6:27:25 chr11 1253976 . A G 53.26 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0467502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.676;QD=3.80418;RBI=0.0606616;REFB=-0.0106411;REVB=-0.0386555;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206908;STB=0.633843;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0481962;OID=.;OPOS=1253976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:3:6:23:23:3:6:24:23 chr11 1253980 . A G 53.88 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0754548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.394;QD=3.91881;RBI=0.111096;REFB=-0.0149133;REVB=-0.0815413;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219686;STB=0.641655;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.108594;OID=.;OPOS=1253980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:55:45:46:9:9:0.163636:3:6:22:23:3:6:23:23 chr11 1255773 . C T 3219.64 PASS AF=0.990566;AO=210;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0780034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.735;QD=60.7479;RBI=0.0789983;REFB=-0.0757437;REVB=0.0124976;RO=2;SAF=88;SAR=122;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00774495;STB=0.504065;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000375368;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:2:2:210:210:0.990566:122:88:0:2:122:88:0:2 chr11 1258217 . T G 52.28 PASS AF=0.0931677;AO=15;DP=161;FAO=15;FDP=161;FR=.;FRO=146;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=87;FSRR=59;FWDB=-0.0235715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.546;QD=1.2988;RBI=0.034542;REFB=-0.00407519;REVB=-0.0252495;RO=146;SAF=8;SAR=7;SRF=87;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750006;STB=0.557343;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0524266;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:161:161:146:146:15:15:0.0931677:7:8:87:59:7:8:87:59 chr11 1258226 . C T 67.04 PASS AF=0.104651;AO=18;DP=172;FAO=18;FDP=172;FR=.;FRO=154;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=94;FSRR=60;FWDB=-0.00838237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.437;QD=1.55903;RBI=0.0247805;REFB=-0.00377186;REVB=-0.0233197;RO=152;SAF=12;SAR=6;SRF=93;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715612;STB=0.55456;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0266376;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:172:172:152:154:18:18:0.104651:6:12:93:59:6:12:94:60 chr11 1258240 . CA TG 83.8 PASS AF=0.116022;AO=21;DP=181;FAO=21;FDP=181;FR=.;FRO=160;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=97;FSRR=63;FWDB=-0.0348742;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.819;QD=1.852;RBI=0.039;REFB=-0.00810923;REVB=-0.0174582;RO=160;SAF=14;SAR=7;SRF=97;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801227;STB=0.557713;STBP=0.607;TYPE=mnp;VARB=0.0704755;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:181:181:160:160:21:21:0.116022:7:14:97:63:7:14:97:63 chr11 1258283 . G A 90.13 PASS AF=0.126506;AO=21;DP=166;FAO=21;FDP=166;FR=.;FRO=145;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=64;FWDB=-0.0225496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.302;QD=2.17183;RBI=0.027708;REFB=-0.00609066;REVB=-0.0161013;RO=145;SAF=14;SAR=7;SRF=81;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140681;STB=0.599059;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0453308;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:166:166:145:145:21:21:0.126506:7:14:81:64:7:14:81:64 chr11 1258286 . C T 72.67 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=80;FSRR=61;FWDB=-0.0114605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.184;QD=1.8281;RBI=0.0341417;REFB=-0.00674045;REVB=-0.0321607;RO=140;SAF=12;SAR=6;SRF=79;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131142;STB=0.592814;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.061206;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:159:159:140:141:18:18:0.113208:6:12:79:61:6:12:80:61 chr11 1258295 . A G 81.82 PASS AF=0.121795;AO=19;DP=158;FAO=19;FDP=156;FR=.;FRO=137;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=61;FWDB=-0.014787;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.596;QD=2.09786;RBI=0.0225452;REFB=-0.00645088;REVB=-0.0170184;RO=131;SAF=13;SAR=6;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147137;STB=0.619799;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0314419;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:158:156:131:137:19:19:0.121795:6:13:75:56:6:13:76:61 chr11 1264823 . T C 88.62 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.966;QD=39.3857;RBI=0.14032;REFB=0;REVB=0.0253966;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171601;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:5:9:1:4:1:0:0:4:5:0:0 chr11 1265013 . CA AC,CAC 40.53 PASS AF=0.0555556,0.388889;AO=2,4;DP=23;FAO=1,7;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1,6;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0303849,0.226498;FXX=0.0526039;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=22.789,13.4638;QD=9.00707;RBI=0.0700627,0.23092;REFB=-0.0276534,-0.0305458;REVB=0.0631312,0.0449735;RO=16;SAF=2,4;SAR=0,0;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.510523,0.648636;STB=0.992788,0.841088;STBP=0.247,0.038;TYPE=mnp,ins;VARB=0.109646,0.0176207;OID=.,.;OPOS=1265013,1265015;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:23:18:16:10:2,4:1,7:0.0555556,0.388889:0,0:2,4:9:7:0,1:1,6:3:7 chr11 1267325 . T C 109.02 PASS AF=0.916667;AO=12;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3766;QD=36.3406;RBI=0.0607137;REFB=0.12879;REVB=-0.0474857;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0218379;OID=.;OPOS=1267325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:12:11:0.916667:2:10:0:0:2:9:1:0 chr11 1267562 . C T 109.66 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.142;QD=39.8772;RBI=0.124006;REFB=0;REVB=0.0334182;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100363;OID=.;OPOS=1267562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:7:2:0:0:9:2:0:0 chr11 1268513 . G C 461.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.571;QD=57.7435;RBI=0.0827954;REFB=0;REVB=-0.0220049;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205762;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:21:8:0:0:21:11:0:0 chr11 1268608 . A G 308.38 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.155;QD=53.6317;RBI=0.105781;REFB=0;REVB=-0.0168774;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332242;OID=.;OPOS=1268608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:19:23:1:17:2:0:0:16:7:0:0 chr11 1269834 . C CA 70.88 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037894;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.146;QD=28.3536;RBI=0.0567779;REFB=0;REVB=0.0422821;RO=11;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00277479;OID=.;OPOS=1269835;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:10:10:0:5:5:0:0:3:11:2:0:6:5 chr11 1269835 . G A,C 100.3 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971196,0.0142408;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.9,132.988;QD=40.1194;RBI=0.0108764,0.0161906;REFB=0,0;REVB=0.00489623,-0.007703;RO=0;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00391525,0.0088694;OID=.,.;OPOS=1269835,1269835;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:5,0:3,2:0:0:5,0:3,2:0:0 chr11 1271321 . C G 45.37 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0791706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0779;QD=25.9252;RBI=0.155652;REFB=-0.00890635;REVB=-0.134013;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00270987;OID=.;OPOS=1271321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr11 1272226 . A C 239.87 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.33;QD=50.498;RBI=0.136326;REFB=0;REVB=0.0148236;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128798;OID=.;OPOS=1272226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:15:19:1:14:1:0:0:14:5:0:0 chr11 1272858 . C T 180.13 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0830577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.159;QD=40.0278;RBI=0.0831292;REFB=-0.147976;REVB=0.00344582;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394328;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00373127;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:17:18:2:1:15:17:0.944444:5:10:1:1:5:12:0:1 chr11 1276776 . G A 167.72 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=80;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=56;FWDB=0.115496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.926;QD=8.3862;RBI=0.115843;REFB=-0.00837131;REVB=-0.00896611;RO=57;SAF=2;SAR=21;SRF=1;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374999;STB=0.709565;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.018068;OID=.;OPOS=1276776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:57:23:23:0.2875:21:2:1:56:21:2:1:56 chr11 1282941 . T TC 91.72 PASS AF=0.4;AO=14;DP=50;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.115696;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.8223;QD=8.15247;RBI=0.121692;REFB=-0.0286436;REVB=-0.0377281;RO=31;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561037;STB=0.874562;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0158889;OID=.;OPOS=1282942;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:14:50:18:45:27:16:2:8:19:91:31:12:2:12:19 chr11 1477639 . C CG 35.61 PASS AF=0.258824;AO=26;DP=87;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.124478;FXX=0.0116266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.98913;QD=1.67592;RBI=0.131861;REFB=-0.0706564;REVB=-0.0435063;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324865;STB=0.550442;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.0678791;OID=.;OPOS=1477640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258824:26:87:22:85:63:13:9:33:30:35:53:13:13:28:25 chr11 1501670 . G C 934.41 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3042;QD=58.4004;RBI=0.0459501;REFB=0;REVB=0.045112;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375779;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:25:35:0:0:29:35:0:0 chr11 1502097 . A G 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.929;QD=64.0191;RBI=0.0301345;REFB=0;REVB=-0.021296;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17192e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr11 1507731 . A G 614.23 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.853;QD=61.423;RBI=0.020508;REFB=0;REVB=0.0105662;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24508e-05;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr11 1628965 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0616457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.049;QD=22.3981;RBI=0.0634561;REFB=-0.0350833;REVB=0.0150495;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280213;STB=0.515681;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0286869;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:8:11:12:10:8:11 chr11 1628992 . G A 158.15 PASS AF=0.64;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0902266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.982;QD=25.3034;RBI=0.0914895;REFB=-0.0196481;REVB=0.0151487;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995014;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0107585;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:25:8:9:15:16:0.64:9:6:2:6:9:7:3:6 chr11 1651228 . C G 34.93 PASS AF=0.5;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0286114;FXX=0.166528;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.895;QD=13.9723;RBI=0.101044;REFB=-0.00904441;REVB=0.0969088;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539327;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0203372;OID=.;OPOS=1651228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:10:7:5:4:5:0.5:2:2:7:0:3:2:5:0 chr11 1651643 . C T 50.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0325618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.799;QD=16.8156;RBI=0.0746532;REFB=0.00370039;REVB=-0.0671776;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00570674;OID=.;OPOS=1651643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr11 1651830 . G T 228.97 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0245958;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.744;QD=21.2991;RBI=0.054514;REFB=-0.0482515;REVB=0.04865;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0571563;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:9:12:12:10:9:12 chr11 1651917 . C T 188.93 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0910874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5166;QD=20.9922;RBI=0.111738;REFB=0.0313372;REVB=0.0647179;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102254;STB=0.557463;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0256017;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:6:11:10:9:6:11 chr11 1853107 . C T 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00534396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.152;QD=15.2898;RBI=0.00563289;REFB=-0.035886;REVB=-0.00178088;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0379332;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr11 1855854 . G C 752.14 PASS AF=0.366534;AO=88;DP=246;FAO=92;FDP=251;FR=.;FRO=159;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=40;FSRR=119;FWDB=-0.0307577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.509;QD=11.9863;RBI=0.0335738;REFB=-0.0346604;REVB=0.0134597;RO=146;SAF=23;SAR=65;SRF=39;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819469;STB=0.52476;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.055356;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:251:146:159:88:92:0.366534:65:23:39:107:66:26:40:119 chr11 1857173 . T C 1076.17 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202373;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.341;QD=58.9684;RBI=0.0218627;REFB=0;REVB=0.00827219;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71027e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:73:0:0:67:73:1:40:27:0:0:40:33:0:0 chr11 1858251 . CAAAAA CAAAAC,CAAAA 51.5 PASS AF=0.0810811,0.27027;AO=3,7;DP=37;FAO=3,10;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=0,1;FSAR=3,9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0485264,0.00363644;FXX=0.0263089;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=114.543,12.6052;QD=5.56778;RBI=0.061458,0.0279537;REFB=-0.02181,-0.0528254;REVB=-0.0377131,0.0277161;RO=20;SAF=0,0;SAR=3,7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.613473,-0.74688;STB=0.996315,0.847017;STBP=0.062,0.022;TYPE=snp,del;VARB=0.133321,0.0683497;OID=.,.;OPOS=1858256,1858252;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAAAC,CAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0810811,0.27027:3,7:37:3,10:37:24:0,1:3,9:12:12:36:20:0,0:3,7:11:9 chr11 1858262 . C T 110.5 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0418742;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.008;QD=12.2774;RBI=0.0445826;REFB=-0.0209806;REVB=0.0153023;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887244;STB=0.533849;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0171129;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:12:14:0.388889:8:4:9:13:9:5:9:13 chr11 1861760 . T C 1618.07 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.392;QD=59.9286;RBI=0.0485457;REFB=0;REVB=0.0454001;RO=0;SAF=59;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122468;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:47:59:0:0:47:61:0:0 chr11 1887806 . T A 256.22 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00686303;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.22;QD=19.7089;RBI=0.0126806;REFB=-0.0136623;REVB=-0.0106629;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148968;STB=0.575285;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0184206;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:24:25:27:27:0.519231:18:9:12:12:18:9:12:13 chr11 1890990 . G A 187.83 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.089878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.962;QD=20.3062;RBI=0.0898859;REFB=-0.0566258;REVB=0.00119618;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304836;STB=0.67223;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.012562;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:12:6:13:6:12:6 chr11 1911115 . T C 211.1 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293687;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.384;QD=49.671;RBI=0.0621924;REFB=0;REVB=0.0548213;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849104;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr11 1974029 . G A 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.012852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.94;QD=17.1584;RBI=0.0142634;REFB=-0.025099;REVB=-0.00618638;RO=44;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217443;STB=0.512188;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0289652;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:16:21:24:20:16:21:24:20 chr11 1993975 . C A 1562.72 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697406;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.513;QD=60.1045;RBI=0.0777047;REFB=0;REVB=0.0342676;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279223;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:104:0:0:97:104:1:57:40:0:0:57:47:0:0 chr11 2016619 . A G 75.15 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.00864127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.1;QD=11.1337;RBI=0.0296275;REFB=-0.0352007;REVB=-0.0283393;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370567;STB=0.711042;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0559708;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:16:1:3:7:16:1 chr11 2016659 . T C 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0057159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.585;QD=16.929;RBI=0.067973;REFB=-0.00467236;REVB=-0.0677322;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221412;STB=0.624826;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00336139;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:11:1:3:9:11:1 chr11 2016662 . T C 107.46 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00373541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.441;QD=17.1935;RBI=0.0306138;REFB=-0.0375494;REVB=0.0303851;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221412;STB=0.611504;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0300808;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:3:9:11:1:3:10:11:1 chr11 2016908 . G A 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00782963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.097;QD=25.2854;RBI=0.0476568;REFB=-0.0315133;REVB=0.0470092;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162565;STB=0.58996;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0187899;OID=.;OPOS=2016908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:8:1:5:11:8:1 chr11 2016924 . A G 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0475242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2255;QD=9.91173;RBI=0.0516702;REFB=-0.0278663;REVB=-0.0202798;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32543;STB=0.705323;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0511514;OID=.;OPOS=2016924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:12:5:1:8:12:5 chr11 2017017 . A C 212.24 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00408255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7745;QD=12.3035;RBI=0.0220086;REFB=-0.00260447;REVB=-0.0216266;RO=41;SAF=23;SAR=3;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377335;STB=0.714607;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00203965;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:43:26:26:0.376812:3:23:27:14:3:23:29:14 chr11 2017110 . C G 765.11 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=178;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=0.0163025;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9059;QD=17.2905;RBI=0.0521204;REFB=-0.00163241;REVB=-0.0495052;RO=95;SAF=48;SAR=33;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314203;STB=0.50065;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00163722;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:95:96:81:81:0.457627:33:48:56:39:33:48:57:39 chr11 2017439 . C G 429.16 PASS AF=0.412281;AO=33;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0504651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2723;QD=15.0583;RBI=0.0504666;REFB=-0.0291058;REVB=0.000392861;RO=59;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190721;STB=0.559662;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0653754;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:63:33:47:0.412281:15:18:22:37:25:22:23:40 chr11 2018336 . A T 403.95 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=18;FWDB=0.0140957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.522;QD=13.8101;RBI=0.0280415;REFB=-0.0252308;REVB=-0.0242413;RO=68;SAF=38;SAR=9;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113174;STB=0.558797;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0376909;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:70:47:47:0.401709:9:38:50:18:9:38:52:18 chr11 2018853 . G A 1207.67 PASS AF=0.531818;AO=117;DP=223;FAO=117;FDP=220;FR=.;FRO=103;FSAF=74;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.00604027;FXX=0.0134523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.361;QD=21.9577;RBI=0.0221289;REFB=-0.0514279;REVB=0.0212886;RO=99;SAF=74;SAR=43;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111282;STB=0.557553;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0391532;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:220:99:103:117:117:0.531818:43:74:50:49:43:74:53:50 chr11 2167543 . T G 282.79 PASS AF=0.595238;AO=23;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000486985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.365;QD=26.9321;RBI=0.0042546;REFB=-0.055452;REVB=0.00422664;RO=10;SAF=12;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670433;STB=0.536369;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0169479;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:10:17:23:25:0.595238:11:12:4:6:11:14:8:9 chr11 2167618 . A G 249.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0169218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7865;QD=21.2704;RBI=0.0422778;REFB=-0.0286976;REVB=-0.0387435;RO=23;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266369;STB=0.650468;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0130169;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:6:18:11:12:6:18:11:12 chr11 2168375 . G C 166.87 PASS AF=0.463415;AO=16;DP=38;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0484358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4158;QD=16.2798;RBI=0.0528764;REFB=-0.0300636;REVB=0.0212104;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290181;STB=0.562594;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0190812;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:22:22:16:19:0.463415:9:7:9:13:9:10:9:13 chr11 2169014 . A G 46.64 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0251379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.122;QD=10.9752;RBI=0.04566;REFB=0.00210605;REVB=-0.0381172;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00928092;OID=.;OPOS=2169014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr11 2181060 . T G 385.17 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.264;QD=55.0238;RBI=0.135428;REFB=0;REVB=0.134964;RO=8;SAF=24;SAR=1;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711398;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355626;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:28:8:0:25:28:1:1:24:0:8:2:26:0:0 chr11 2189828 . TGGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC 225.84 PASS AF=0,0,0.928571,0;AO=4,4,12,5;DP=28;FAO=0,0,26,0;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,11,0;FSAR=0,0,15,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0728691,0.096918,0.0821717,0.173854;FXX=0;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,2,1;MLLD=12.8498,9.13938,17.2467,9.55979;QD=32.2635;RBI=0.0931812,0.264087,0.131373,0.503101;REFB=-0.0717826,-0.0719844,-0.0871397,-0.0948022;REVB=-0.0580761,-0.245661,0.102503,-0.472108;RO=2;SAF=0,0,10,0;SAR=4,4,2,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0.326531,0.326531,0.326531,0.326531;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.767801,-0.767801,-0.0821516,-0.78221;STB=0.5,0.5,0.505614,0.5;STBP=1,1,0.879,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0424348,0,-0.00504998,0.117191;OID=.,.,.,.;OPOS=2189832,2189829,2189833,2189829;OREF=GGC,GG,GC,G;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.928571,0:4,4,12,5:28:0,0,26,0:28:2:0,0,11,0:0,0,15,0:1:1:4:2:0,0,10,0:4,4,2,5:2:0 chr11 2190951 . C T 1171.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4255;QD=60.8684;RBI=0.0618244;REFB=0;REVB=0.0208442;RO=0;SAF=17;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223559;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:60:17:0:0:60:17:0:0 chr11 2291980 . T TC 70.94 PASS AF=0.260274;AO=20;DP=77;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0354462;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.4303;QD=3.88701;RBI=0.0404458;REFB=-0.00420697;REVB=-0.019479;RO=56;SAF=1;SAR=19;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612723;STB=0.878542;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0817225;OID=.;OPOS=2291981;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.260274:20:77:19:73:54:1:18:20:34:70:56:1:19:22:34 chr11 2337218 . G A 778.77 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0707603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.211;QD=51.0668;RBI=0.085878;REFB=-0.197962;REVB=0.0486622;RO=4;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388123;STB=0.510829;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00351881;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:61:4:3:57:58:0.95082:25:32:1:3:26:32:1:2 chr11 2424684 . A C 1204.05 PASS AF=1;AO=42;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.676;QD=61.7463;RBI=0.126825;REFB=0;REVB=0.121422;RO=0;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055154;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:42:78:1:10:32:0:0:41:37:0:0 chr11 2427290 . GA G,GC 1451.47 PASS AF=0.149533,0.850467;AO=34,63;DP=107;FAO=16,91;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=13,48;FSAR=3,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199704,0.00776945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.3251,34.6528;QD=54.2604;RBI=0.0804855,0.158723;REFB=0,0;REVB=-0.0804607,-0.158533;RO=0;SAF=31,26;SAR=3,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0223209,0.0208507;OID=.,.;OPOS=2427291,2427291;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.149533,0.850467:34,63:107:16,91:107:0:13,48:3,43:0:0:19:0:31,26:3,37:0:0 chr11 2432964 . T C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00217729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.49;QD=21.2932;RBI=0.0154806;REFB=-0.0296079;REVB=0.0153267;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527657;STB=0.542338;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.02912;OID=.;OPOS=2432964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:9:16:14:10:9:16:14:11 chr11 2435945 . C CG 205.51 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861943;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.9701;QD=43.2646;RBI=0.0915261;REFB=0;REVB=0.0307825;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000859442;OID=.;OPOS=2435946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:17:2:0:0:4:17:2:0:15:2 chr11 2435946 . A G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.277;QD=45.1009;RBI=0.041609;REFB=-0.0940532;REVB=0.0210432;RO=1;SAF=16;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278586;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00282841;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:2:16:1:0:2:16:1:0 chr11 2435956 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.767;QD=50.4133;RBI=0.100319;REFB=0;REVB=0.0631118;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167605;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr11 2439542 . A G 1168.18 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187849;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.079;QD=60.6846;RBI=0.0265231;REFB=0;REVB=-0.0264565;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207851;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:39:37:0:0:39:38:0:0 chr11 2439767 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.124;QD=62.3501;RBI=0.017547;REFB=0;REVB=0.012945;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19798e-05;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr11 2797237 . G A 444.75 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0161782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.661;QD=16.4721;RBI=0.0194385;REFB=-0.0240845;REVB=0.010776;RO=59;SAF=27;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584129;STB=0.532612;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.030216;OID=.;OPOS=2797237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:22:27:29:30:22:27:29:30 chr11 2870108 . A G 1422.6 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210796;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.621;QD=61.8522;RBI=0.0229776;REFB=-0.0189418;REVB=0.00914444;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-2.21798e-05;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:0:1:91:91:0.98913:40:51:0:0:40:51:0:1 chr11 2904845 . CT CC,C 42.73 PASS AF=0.4,0.4;AO=4,2;DP=12;FAO=4,4;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2,2;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.040909,0.00826415;FXX=0.166528;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=25.5824,5.29448;QD=17.094;RBI=0.262232,0.142076;REFB=0.0469275,0.0295472;REVB=0.259021,0.141836;RO=0;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0228338,0.030878;OID=.,.;OPOS=2904846,2904846;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.4:4,2:12:4,4:10:2:2,2:2,2:1:1:18:0:2,2:2,0:0:0 chr11 2920666 . C T 671.88 PASS AF=0.409836;AO=75;DP=183;FAO=75;FDP=183;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=74;FSRR=34;FWDB=-0.00456345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1323;QD=14.6859;RBI=0.0120018;REFB=-0.0206844;REVB=-0.0111004;RO=107;SAF=39;SAR=36;SRF=73;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172559;STB=0.598386;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0283565;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:107:108:75:75:0.409836:36:39:73:34:36:39:74:34 chr11 2924610 . G A 386.3 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.000879772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.823;QD=15.7674;RBI=0.00125015;REFB=-0.00999592;REVB=-0.000888187;RO=56;SAF=18;SAR=23;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224265;STB=0.630076;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0142279;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:23:18:37:19:23:18:38:19 chr11 2929552 . A G 128.1 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0710044;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.836;QD=10.6752;RBI=0.0710645;REFB=-0.0122966;REVB=0.00292199;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046367;STB=0.578837;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0184238;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:33:15:15:0.3125:11:4:9:21:11:4:12:21 chr11 2999507 . G T 353.12 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0169279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.992;QD=26.1566;RBI=0.0169479;REFB=-0.0401843;REVB=-0.000824107;RO=18;SAF=16;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052131;STB=0.507654;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0214798;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:18:20:34:34:0.62963:18:16:7:11:18:16:9:11 chr11 3000395 . C T 191.86 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.011805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9148;QD=15.0481;RBI=0.0118802;REFB=-0.0152136;REVB=-0.00133472;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509692;STB=0.509795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0298251;OID=.;OPOS=3000395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:29:20:22:0.431373:11:9:14:14:11:11:14:15 chr11 3026622 . A G 260.38 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0308046;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3592;QD=23.6711;RBI=0.0476967;REFB=-0.0345992;REVB=-0.0364151;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253217;STB=0.645947;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0133854;OID=.;OPOS=3026622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:20:23:24:0.545455:9:14:6:14:9:15:6:14 chr11 3028140 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0250232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.395;QD=19.3861;RBI=0.0250333;REFB=-0.0131789;REVB=-0.000711986;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00847001;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:9:12:10:10:9:12 chr11 3061780 . C T 506.82 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=112;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0079649;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8187;QD=18.2636;RBI=0.0329748;REFB=0.00391299;REVB=0.0319984;RO=54;SAF=23;SAR=30;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144152;STB=0.587206;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00489089;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:54:57:53:54:0.486486:30:23:32:22:31:23:34:23 chr11 3078536 . C G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00951119;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.052;QD=22.3416;RBI=0.0318677;REFB=-0.0136962;REVB=-0.0304153;RO=14;SAF=15;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391869;STB=0.723401;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00986457;OID=.;OPOS=3078536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:3:15:6:8:3:15:6:8 chr11 3109403 . A G 719.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.116;QD=56.4417;RBI=0.0405836;REFB=0;REVB=-0.0398773;RO=0;SAF=39;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25835e-05;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:11:39:0:0:11:40:0:0 chr11 3109408 . C T 697.7 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.959;QD=54.7218;RBI=0.0440041;REFB=0.0820803;REVB=0.0420678;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000352655;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:13:37:0:0:13:37:1:0 chr11 3150391 . C T 134.21 PASS AF=0.421053;AO=14;DP=35;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0241942;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.466;QD=14.1269;RBI=0.0513886;REFB=-0.0186955;REVB=-0.0453369;RO=18;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338916;STB=0.609229;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0745964;OID=.;OPOS=3150391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:22:14:16:0.421053:2:12:11:7:4:12:13:9 chr11 3243346 . C T 99.19 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0592155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1302;QD=14.6942;RBI=0.0832051;REFB=0.000462831;REVB=0.0584517;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485423;STB=0.799466;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000844002;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:10:2:9:5:10:2:10:5 chr11 3243367 . G T 72.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00668098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.379;QD=14.571;RBI=0.0179548;REFB=-0.0172464;REVB=-0.0166656;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260141;STB=0.599808;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0107079;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:20:20:7:10:7:10:0.5:3:4:6:1:5:5:7:3 chr11 3243427 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00814026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.778;QD=24.1271;RBI=0.0142465;REFB=-0.0118073;REVB=0.0116919;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758887;STB=0.54255;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00472495;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:5:6:11:6:5:6 chr11 3243638 . A G 225.77 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0168323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.033;QD=12.371;RBI=0.0171952;REFB=-0.0115571;REVB=-0.00351396;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176666;STB=0.609798;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.01798;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:45:27:28:0.383562:13:14:16:29:13:15:16:29 chr11 3243665 . C T 191.98 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.029655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.529;QD=11.8142;RBI=0.0310306;REFB=-0.000344666;REVB=-0.00913646;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186773;STB=0.607012;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.000500368;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:12:29:13:11:12:29 chr11 3243673 . G C 192.55 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00585858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1249;QD=12.034;RBI=0.0449571;REFB=-0.014775;REVB=0.0445737;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176866;STB=0.601254;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0322964;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:13:11:12:28:13:11:12:28 chr11 3243909 . G A 47.3 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00238373;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=166.23;QD=11.1295;RBI=0.048247;REFB=0.00336392;REVB=-0.048188;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642184;STB=0.555409;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00417999;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:1:6:8:1:1:6:9:1 chr11 3244005 . TC T 1258.68 PASS AF=1;AO=101;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122684;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.8311;QD=42.6672;RBI=0.14703;REFB=0;REVB=-0.0810342;RO=8;SAF=51;SAR=50;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000853041;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:112:118:118:0:66:52:0:0:23:8:51:50:8:0 chr11 3249984 . C T 369.46 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0154229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.618;QD=16.9866;RBI=0.0309757;REFB=-0.0202881;REVB=-0.0268631;RO=48;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156337;STB=0.587768;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0271626;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:24:15:26:22:24:15:26:22 chr11 3361087 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.152;QD=56.1863;RBI=0.0343404;REFB=0;REVB=0.0302332;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241469;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr11 3436492 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.599;QD=49.5989;RBI=0.0737629;REFB=0;REVB=0.0300194;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438333;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 3659993 . G T 359.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00328727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.729;QD=19.9718;RBI=0.0192967;REFB=-0.0120301;REVB=-0.0190146;RO=35;SAF=25;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125769;STB=0.569993;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0165312;OID=.;OPOS=3659993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:12:25:19:16:12:25:19:16 chr11 3661140 . T C 628.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.668;QD=61.3524;RBI=0.0478009;REFB=0;REVB=0.0466637;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61195e-05;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:18:21:0:0:20:21:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 217.77 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00982864;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.609;QD=36.2951;RBI=0.0122853;REFB=-0.0321075;REVB=-0.00737066;RO=5;SAF=3;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251899;STB=0.639832;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.00456073;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:19:26:19:24:5:3:16:3:2:29:5:3:16:3:2 chr11 3681519 . T C 155.02 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.00819198;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.169;QD=13.4796;RBI=0.0109031;REFB=-0.0202433;REVB=-0.00719507;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139301;STB=0.580557;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0395244;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:22:7:6:11:22:7 chr11 3838910 . G C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.262;QD=44.6852;RBI=0.182376;REFB=0;REVB=0.138732;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498209;OID=.;OPOS=3838910;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 3838953 . T C 115.93 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.21;QD=42.1546;RBI=0.0825562;REFB=0;REVB=0.0647591;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955876;OID=.;OPOS=3838953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:8:3:0:0 chr11 4103524 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00924411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4309;QD=16.1153;RBI=0.0553232;REFB=0.0156314;REVB=0.0545454;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443193;STB=0.50251;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0198562;OID=.;OPOS=4103524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:18:11:9:15:18:11 chr11 4141132 . C A 229.42 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00981154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.619;QD=14.1181;RBI=0.0150693;REFB=-0.00413853;REVB=0.0114375;RO=38;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142571;STB=0.58157;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00663874;OID=.;OPOS=4141132;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:8:19:22:16:8:19:22:16 chr11 4159457 . A G 537.98 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0523638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0449;QD=24.1788;RBI=0.072634;REFB=-0.0354927;REVB=0.0503362;RO=38;SAF=22;SAR=28;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129885;STB=0.576514;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0342604;OID=.;OPOS=4159457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:39:50:50:0.561798:28:22:23:15:28:22:24:15 chr11 4159466 . G A 526.68 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00563263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.18;QD=24.4969;RBI=0.0136258;REFB=-0.020583;REVB=-0.0124071;RO=37;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155772;STB=0.585262;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0154993;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:37:49:49:0.569767:27:22:24:13:27:22:24:13 chr11 4388905 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.000451384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.478;QD=18.4438;RBI=0.00948082;REFB=-0.00552358;REVB=0.00947007;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355197;STB=0.707439;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00266828;OID=.;OPOS=4388905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:2:9:4:5:2:9:4:5 chr11 4389404 . AG A 201.62 PASS AF=0.6;AO=24;DP=43;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0754981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.0283;QD=17.9219;RBI=0.0755162;REFB=-0.0337205;REVB=0.00165367;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997102;STB=0.55399;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0189243;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:24:43:27:45:18:10:17:9:9:98:18:9:15:9:9 chr11 4510285 . A G 779.66 PASS AF=0.532895;AO=58;DP=153;FAO=81;FDP=152;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=71;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0159533;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.308;QD=20.5174;RBI=0.0289126;REFB=-0.026739;REVB=0.0241128;RO=52;SAF=35;SAR=23;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250842;STB=0.560031;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0405129;OID=.;OPOS=4510285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:52:71:58:81:0.532895:23:35:16:36:32:49:34:37 chr11 4510587 . C T 108.51 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0103862;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.607;QD=13.5638;RBI=0.0166928;REFB=-0.0209109;REVB=-0.0130682;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418597;STB=0.742768;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0442878;OID=.;OPOS=4510587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:5:14:4:9:5:14 chr11 4566711 . C T 738.33 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00900034;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.664;QD=22.2053;RBI=0.0186762;REFB=-0.0168872;REVB=-0.0163644;RO=62;SAF=41;SAR=30;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391006;STB=0.521443;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0149431;OID=.;OPOS=4566711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:62:62:71:71:0.533835:30:41:33:29:30:41:33:29 chr11 4567335 . C G 62.79 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00497721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4792;QD=8.66096;RBI=0.0641068;REFB=-0.0313182;REVB=0.0639133;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.60583;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0706907;OID=.;OPOS=4567335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:29:19:20:8:9:0.310345:4:4:11:8:5:4:12:8 chr11 4592708 . C CAG 421.34 PASS AF=0.364964;AO=49;DP=138;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00237019;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.555;QD=12.3017;RBI=0.0270836;REFB=0.00631258;REVB=-0.0269797;RO=87;SAF=30;SAR=19;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568805;STB=0.524087;STBP=0.661;TYPE=ins;VARB=-0.0106508;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.364964:49:138:50:137:87:30:20:49:38:99:87:30:19:49:38 chr11 4608542 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0395108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.877;QD=13.8995;RBI=0.0396498;REFB=-0.00740093;REVB=-0.00331729;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838594;STB=0.557987;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0119362;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:9:15:18:15:9:15:18:16 chr11 4615234 . A G 132.35 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00161757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.887;QD=14.706;RBI=0.039623;REFB=-0.0205051;REVB=0.03959;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14059;STB=0.565135;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0259163;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:5:9:16:5:5:10:16:5 chr11 4615390 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1491;QD=58.9617;RBI=0.0323698;REFB=0;REVB=0.0249497;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8449e-05;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr11 4615508 . C G 95.81 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0105265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8576;QD=3.75728;RBI=0.0152582;REFB=-0.00660641;REVB=-0.0110456;RO=84;SAF=14;SAR=3;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410425;STB=0.772437;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0322487;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:84:85:17:17:0.166667:3:14:44:40:3:14:45:40 chr11 4703165 . C A 1083.81 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0858608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0422;QD=58.5843;RBI=0.0883925;REFB=-0.0948946;REVB=-0.0210037;RO=1;SAF=64;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628676;STB=0.533324;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00302039;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:74:1:1:71:73:0.986486:7:64:0:1:7:66:0:1 chr11 4730985 . C T 317.12 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0432209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2081;QD=17.8659;RBI=0.0587821;REFB=-0.0227889;REVB=-0.0398408;RO=37;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127065;STB=0.576498;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0200029;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:37:33:34:0.478873:11:22:20:17:11:23:20:17 chr11 4731180 . G A 384.8 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0219731;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2389;QD=14.6592;RBI=0.0517801;REFB=-0.0278062;REVB=-0.0468867;RO=59;SAF=27;SAR=17;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705145;STB=0.526085;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0299169;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:61:44:44:0.419048:17:27:40:19:17:27:40:21 chr11 4731468 . G A 347.67 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0132368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8917;QD=19.8666;RBI=0.0159681;REFB=-0.0169912;REVB=-0.00893126;RO=33;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851916;STB=0.556669;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0104454;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:12:24:19:14:12:24:19:15 chr11 4731583 . C T 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0518138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.322;QD=18.6056;RBI=0.0518411;REFB=-0.00851534;REVB=-0.00168093;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208817;STB=0.504778;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0142497;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:21:18:18:23:21:18:19:23 chr11 4731633 . G T 269.46 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00281176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.806;QD=15.1807;RBI=0.00402055;REFB=-0.0151314;REVB=-0.00287382;RO=40;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129678;STB=0.572978;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0174744;OID=.;OPOS=4731633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:40:29:31:0.43662:16:13:13:27:17:14:13:27 chr11 4791111 . T C 58.81 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0227023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8995;QD=14.7026;RBI=0.022716;REFB=-0.0190659;REVB=0.000788722;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639024;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256282;OID=.;OPOS=4791111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:3:4:4:4:4:4:4:4 chr11 4945196 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0614;QD=55.6559;RBI=0.0312278;REFB=0;REVB=0.00220891;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554293;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr11 4964753 . A G 1989.66 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.139;QD=62.1769;RBI=0.0108116;REFB=0;REVB=-0.00051335;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27637e-06;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr11 4965301 . G T 954.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4814;QD=58.7312;RBI=0.0406781;REFB=0;REVB=-0.0320651;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68046e-05;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr11 4967468 . G A 1242.2 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0129724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.142;QD=56.4638;RBI=0.0461164;REFB=-0.259461;REVB=0.0442543;RO=5;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072647;STB=0.530296;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00237161;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:88:5:4:83:84:0.954545:30:53:0:5:31:53:0:4 chr11 4968198 . C A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5561;QD=35.5687;RBI=0.163481;REFB=0;REVB=-0.163469;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0131184;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr11 5020416 . A G 430.6 PASS AF=0.449541;AO=41;DP=103;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0637564;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.023;QD=15.8019;RBI=0.0641346;REFB=-0.00543319;REVB=0.00695432;RO=59;SAF=22;SAR=19;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647149;STB=0.572271;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00949189;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:59:60:41:49:0.449541:19:22:28:31:19:30:29:31 chr11 5067984 . A G 601.91 PASS AF=0.512605;AO=60;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00133229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.425;QD=20.2324;RBI=0.00513385;REFB=-0.0103602;REVB=-0.00495797;RO=58;SAF=37;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284839;STB=0.518878;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0104364;OID=.;OPOS=5067984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:60:61:0.512605:23:37:34:24:23:38:34:24 chr11 5068137 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00503182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4589;QD=11.6671;RBI=0.00608437;REFB=-0.00468416;REVB=0.00342058;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317972;STB=0.687242;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0138314;OID=.;OPOS=5068137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:17:9:9:5:17:9 chr11 5068297 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0374236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8858;QD=20.8709;RBI=0.078652;REFB=-0.0356766;REVB=-0.0691781;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156464;STB=0.587081;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0305602;OID=.;OPOS=5068297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:17:3:6:15:17:3 chr11 5068431 . G A 192.86 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00928374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9135;QD=14.835;RBI=0.0735485;REFB=0.00400321;REVB=-0.0729602;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122984;STB=0.561986;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00714829;OID=.;OPOS=5068431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:15:14:8:14:16:14 chr11 5068661 . AC GT 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0124389;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.46;QD=14.3343;RBI=0.0170683;REFB=-0.0323041;REVB=-0.0116877;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=mnp;VARB=0.031571;OID=.;OPOS=5068661;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr11 5079946 . C T 799.47 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.023;QD=63.9572;RBI=0.0131317;REFB=0;REVB=0.00663576;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20815e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr11 5080068 . G A 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0367441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5795;QD=12.4799;RBI=0.0573943;REFB=-0.0170489;REVB=-0.0440906;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.017931;OID=.;OPOS=5080068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:11:8:4:8:11:8 chr11 5080337 . T C 231.46 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.046747;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2501;QD=22.5817;RBI=0.0795953;REFB=-0.0352129;REVB=-0.0644215;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468796;STB=0.526291;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0403111;OID=.;OPOS=5080337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:12:7:7:15:12:7 chr11 5141902 . T C 180.09 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000229689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.888;QD=23.2368;RBI=0.0576352;REFB=-0.00669791;REVB=0.0576347;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144203;STB=0.580558;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00575142;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:9:4:9:9:9:4 chr11 5141980 . A G 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0040118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.194;QD=19.761;RBI=0.0152867;REFB=-0.032262;REVB=-0.0147509;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519923;STB=0.529386;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0550459;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:10:15:15:8:10:15 chr11 5142134 . C T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0102282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.694;QD=32.3683;RBI=0.0201351;REFB=-0.0128008;REVB=0.0173437;RO=3;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159262;STB=0.588105;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00335727;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:7:6:0:3:7:6:0:3 chr11 5142270 . T G 229.33 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.030597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.284;QD=22.3733;RBI=0.0574033;REFB=-0.00698723;REVB=0.0485692;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.512184;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00730336;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:11:10:10:9:11:11:10:9 chr11 5142549 . T C 327.72 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00769653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.141;QD=15.243;RBI=0.00781577;REFB=-0.0179114;REVB=0.00136005;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106264;STB=0.571944;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.026817;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:50:36:36:0.418605:15:21:23:25:15:21:23:27 chr11 5172786 . A G 715.02 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000353374;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.299;QD=57.2013;RBI=0.0374868;REFB=0;REVB=0.0374851;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127871;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:38:50:1:21:17:0:0:31:19:0:0 chr11 5221645 . C A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00720055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.67;QD=13.4592;RBI=0.00999196;REFB=-0.00492302;REVB=-0.00692758;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135342;STB=0.579168;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00526129;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:13:13:10:6:13:13 chr11 5221825 . G A 39.06 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00352304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.236;QD=12.0183;RBI=0.00915065;REFB=-0.0064716;REVB=-0.00844527;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00607731;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr11 5248243 . A G 373.6 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0191334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.555;QD=23.3501;RBI=0.0199718;REFB=-0.000500144;REVB=0.00572591;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150588;STB=0.575717;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000483353;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:36:37:0.578125:19:17:18:9:19:18:18:9 chr11 5269583 . GTGA AGAG 1070.83 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274724;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=4;MLLD=307.5;QD=59.4906;RBI=0.0320789;REFB=0;REVB=0.0165627;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000156985;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:70:72:1:31:39:0:0:33:39:0:0 chr11 5322520 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0134756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.444;QD=22.3979;RBI=0.0602541;REFB=-0.0151768;REVB=-0.0587279;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594771;STB=0.533303;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00970447;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:9:10:10:12:9:10 chr11 5322737 . A G 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0336086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.215;QD=23.2632;RBI=0.0457609;REFB=-0.0263439;REVB=-0.0310568;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208614;STB=0.61592;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0297788;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:14:5:12:11:14:5 chr11 5322776 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0451678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4821;QD=17.0997;RBI=0.0505601;REFB=0.00391473;REVB=-0.0227198;RO=15;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56069;STB=0.829284;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00462535;OID=.;OPOS=5322776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:2:11:4:11:2:12:4:11 chr11 5323071 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.864;QD=61.6832;RBI=0.012285;REFB=0;REVB=-0.00148981;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75922e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr11 5443442 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.684;QD=61.6822;RBI=0.0572281;REFB=0;REVB=0.050942;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019175;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr11 5443700 . C T 880.87 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.021;QD=55.0546;RBI=0.0178063;REFB=-0.140864;REVB=-0.000592416;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207783;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:64:1:0:60:64:1:32:28:1:0:33:31:0:0 chr11 5443739 . T C 832.98 PASS AF=0.925373;AO=61;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0372113;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.241;QD=49.73;RBI=0.0555383;REFB=-0.10167;REVB=0.0412289;RO=4;SAF=25;SAR=36;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404323;STB=0.528884;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00165863;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:4:5:61:62:0.925373:36:25:3:1:36:26:4:1 chr11 5443867 . C T 428.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8307;QD=57.1567;RBI=0.0387166;REFB=0;REVB=-0.0295058;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.94532e-05;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr11 5443887 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.232;QD=53.9111;RBI=0.0735536;REFB=0;REVB=0.0735453;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477563;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 5443893 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320335;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7867;QD=53.9632;RBI=0.0330489;REFB=0;REVB=0.00812925;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573484;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr11 5443963 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2988;QD=34.665;RBI=0.0259925;REFB=-0.045843;REVB=0.0239359;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0388259;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:1:0 chr11 5443969 . A C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4361;QD=45.7995;RBI=0.0637458;REFB=0;REVB=-0.0513503;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00351128;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 5444061 . G A 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.96;QD=62.6513;RBI=0.0317952;REFB=0;REVB=0.0279498;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198559;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr11 5444136 . C T 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00510606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8107;QD=59.9957;RBI=0.0105489;REFB=0;REVB=-0.00923082;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.40161e-05;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:49:57:0:0:49:57:0:0 chr11 5444353 . T C 554.06 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8787;QD=55.406;RBI=0.0540394;REFB=-0.0199105;REVB=0.0522433;RO=3;SAF=14;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090314;STB=0.531233;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00529004;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:3:2:37:38:0.95:23:14:3:0:23:15:2:0 chr11 5462085 . G A 428.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.204;QD=57.183;RBI=0.0234679;REFB=0;REVB=0.0148995;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107592;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 5462105 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.557;QD=55.6508;RBI=0.025642;REFB=0;REVB=0.0217951;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164652;OID=.;OPOS=5462105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 5462255 . C A,G 953.17 PASS AF=0.0434783,0.942029;AO=3,61;DP=65;FAO=3,65;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=3,36;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00326148,-0.011467;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.242,91.6828;QD=55.2561;RBI=0.0174147,0.0278086;REFB=0.0291441,-0.035347;REVB=0.0171066,0.0253343;RO=1;SAF=3,36;SAR=0,25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0185059;STB=0.994936,0.508472;STBP=0.122,0.305;TYPE=snp,snp;VARB=0.0432143,0.00584136;OID=.,.;OPOS=5462255,5462255;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:69:1:1:3,61:3,65:0.0434783,0.942029:0,25:3,36:0:1:0,29:3,36:0:1 chr11 5462374 . C T 870.58 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00987257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2987;QD=56.1665;RBI=0.0585848;REFB=-0.0959186;REVB=0.057747;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00205054;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:21:40:1:0:21:40:1:0 chr11 5462702 . G A 214.75 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0242356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.417;QD=45.2109;RBI=0.0243711;REFB=-0.169827;REVB=0.00256615;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00192133;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:1:0:13:5:1:0 chr11 5475118 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.043;QD=56.9993;RBI=0.0673193;REFB=0;REVB=0.0310123;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390176;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr11 5510284 . A G 1335.11 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619762;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.697;QD=62.0982;RBI=0.0627936;REFB=0;REVB=0.0100993;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356835;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:33:51:0:0:33:53:0:0 chr11 5510341 . C T 2319.4 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268937;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.519;QD=63.1128;RBI=0.0329439;REFB=-0.0825626;REVB=0.0190271;RO=1;SAF=88;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0081288;STB=0.504273;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=8.09099e-05;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:58:88:0:1:58:88:0:1 chr11 5510423 . ATCT A 1987.22 PASS AF=1;AO=108;DP=121;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504183;FXX=0.0845011;HRUN=1;LEN=3;MLLD=188.172;QD=61.1452;RBI=0.0520362;REFB=0;REVB=0.012875;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.68973e-05;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:108:121:130:130:0:70:60:0:0:11:0:57:51:0:0 chr11 5510497 . T C 1587.72 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8505;QD=64.1504;RBI=0.057443;REFB=0;REVB=0.0289577;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295152;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:39:60:0:0:39:60:0:0 chr11 5510626 . T C 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.01;QD=61.5361;RBI=0.051089;REFB=0;REVB=0.0394995;RO=1;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57655e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:1:0:80:81:1:26:54:0:1:27:54:0:0 chr11 5510928 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.83516e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6062;QD=55.0931;RBI=0.00401309;REFB=0;REVB=-0.00401211;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01968e-05;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr11 5529865 . G A 323.71 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.156;QD=47.9568;RBI=0.0134095;REFB=-0.184469;REVB=0.00156041;RO=2;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515236;STB=0.527756;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00166783;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:8:17:2:0:8:17:2:0 chr11 5536415 . C T 353.87 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.015109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.523;QD=16.0849;RBI=0.0163319;REFB=-0.0174787;REVB=0.00620081;RO=50;SAF=19;SAR=19;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202916;STB=0.61358;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0192403;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:19:19:35:15:19:19:35:15 chr11 5536537 . A C 1710.32 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.104988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6338;QD=57.9768;RBI=0.107167;REFB=0.0131661;REVB=-0.0215;RO=4;SAF=73;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976845;STB=0.502526;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00105319;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:4:2:114:116:0.983051:41:73:2:2:42:74:1:1 chr11 5536848 . G A 607.51 PASS AF=0.426667;AO=64;DP=150;FAO=64;FDP=150;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.0405689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.677;QD=16.2003;RBI=0.0407513;REFB=0.00407058;REVB=0.00385196;RO=86;SAF=33;SAR=31;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158669;STB=0.588526;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00681004;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:86:64:64:0.426667:31:33:31:55:31:33:31:55 chr11 5536852 . A G 891.44 PASS AF=0.566667;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=150;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00364316;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.468;QD=23.7716;RBI=0.0195168;REFB=-0.0156485;REVB=0.0191737;RO=64;SAF=31;SAR=54;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987189;STB=0.564506;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0158489;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:64:65:85:85:0.566667:54:31:31:33:54:31:33:32 chr11 5537045 . T G 286.14 PASS AF=0.590909;AO=23;DP=41;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0136022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.871;QD=26.0123;RBI=0.0138526;REFB=-0.00684425;REVB=-0.00262189;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115198;STB=0.58327;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00561214;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:18:18:23:26:0.590909:12:11:6:12:12:14:6:12 chr11 5537161 . A G 415.09 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00110005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.127;QD=21.5633;RBI=0.0209597;REFB=-0.00553158;REVB=0.0209308;RO=36;SAF=30;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121299;STB=0.567288;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0042013;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:11:30:22:14:11:30:22:14 chr11 5537780 . C A 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0217451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.821;QD=8.39993;RBI=0.0524181;REFB=-0.000390107;REVB=-0.0476949;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147874;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00289621;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:19:21:9:9:0.3:5:4:11:8:5:4:11:10 chr11 5565906 . A G 412.87 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00544124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.409;QD=24.2864;RBI=0.0472283;REFB=-0.0106658;REVB=0.0469138;RO=28;SAF=23;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570099;STB=0.531281;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00913346;OID=.;OPOS=5565906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:17:23:14:14:17:23:14:14 chr11 5566030 . A G 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.673;QD=55.6452;RBI=0.0533112;REFB=0;REVB=0.0274838;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225606;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 5566365 . T C 1283.27 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015019;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.501;QD=61.8442;RBI=0.105043;REFB=0;REVB=0.103964;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477239;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr11 5602275 . A G 490.08 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0078674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.455;QD=56.0092;RBI=0.074138;REFB=0.0972428;REVB=0.0737193;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00290752;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:11:23:1:0:11:23:1:0 chr11 5602438 . T A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.378;QD=62.0203;RBI=0.0392225;REFB=0;REVB=0.0307313;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339673;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr11 5602605 . G A,C 639.05 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=40,2;DP=43;FAO=39,3;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27,3;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146779,0.00214405;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.484,124.154;QD=60.8615;RBI=0.0209088,0.0117958;REFB=0,0;REVB=0.0148908,-0.0115993;RO=0;SAF=28,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000760398,0.0583865;OID=.,.;OPOS=5602605,5602605;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:42:0:0:40,2:39,3:0.928571,0.0714286:12,0:28,2:0:0:12,0:27,3:0:0 chr11 5602615 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3346;QD=60.2266;RBI=0.135878;REFB=0;REVB=-0.0176883;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175972;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr11 5602679 . T C 723.18 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.205;QD=56.7199;RBI=0.0620888;REFB=0;REVB=0.0324808;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958617;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:24:27:0:0 chr11 5602790 . A G 1713.03 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.799;QD=60.6381;RBI=0.0197883;REFB=0;REVB=0.0117073;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26574e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:48:64:0:0:49:64:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1677.46 PASS AF=0.123967,0.842975;AO=18,102;DP=121;FAO=15,102;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=13,61;FSAR=2,41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0229633,0.0294382;FXX=0.0241916;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.017,207.194;QD=55.4531;RBI=0.0338439,0.0360716;REFB=-0.00702597,0.000384234;REVB=0.0248616,0.0208458;RO=0;SAF=16,58;SAR=2,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.566586,0.51587;STBP=0.644,0.118;TYPE=del,snp;VARB=0.0088963,-9.48239e-05;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.123967,0.842975:18,102:121:15,102:121:4:13,61:2,41:4:0:39:0:16,58:2,44:0:0 chr11 5602968 . G A 1575.14 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146569;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.371;QD=60.0051;RBI=0.0342199;REFB=0;REVB=0.0309221;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70504e-05;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:40:65:0:0:40:65:0:0 chr11 5625847 . A G 791.89 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0463481;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.274;QD=53.6874;RBI=0.0479124;REFB=-0.0199155;REVB=-0.012143;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000560599;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000123985;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:1:1:28:29:1:1 chr11 5629607 . G A 2642.71 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280209;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.386;QD=62.1814;RBI=0.0387721;REFB=0;REVB=0.0267975;RO=0;SAF=91;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04152e-07;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:170:0:0:168:170:1:77:91:0:0:78:92:0:0 chr11 5632212 . G A 3437.79 PASS AF=0.961538;AO=223;DP=232;FAO=225;FDP=234;FR=.;FRO=9;FSAF=112;FSAR=113;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.015642;FXX=0.0290444;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.155;QD=58.7657;RBI=0.0308222;REFB=-0.0573462;REVB=0.0265582;RO=9;SAF=111;SAR=112;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206709;STB=0.510767;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000303775;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:232:234:9:9:223:225:0.961538:112:111:7:2:113:112:7:2 chr11 5664831 . C A 326.27 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0126649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.141;QD=15.3537;RBI=0.0126669;REFB=-0.0106206;REVB=-0.000224306;RO=49;SAF=18;SAR=17;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230984;STB=0.635224;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0159724;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:49:35:36:0.423529:17:18:36:13:18:18:36:13 chr11 5688940 . C T 158.82 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0141322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2869;QD=21.176;RBI=0.0405179;REFB=-0.00653398;REVB=0.0379734;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.562427;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00788589;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:8:8:8:5:9:8:8:5 chr11 5691191 . C T 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00148811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7565;QD=27.153;RBI=0.026935;REFB=-0.0331952;REVB=-0.0268939;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147485;STB=0.581978;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00593283;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:5:1:6:8:5:1 chr11 5691214 . A C 130.65 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0112081;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.278;QD=22.721;RBI=0.0206114;REFB=-0.026555;REVB=0.0172976;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250533;STB=0.674468;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0130317;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:7:9:14:14:0.608696:8:6:6:1:8:6:8:1 chr11 5700340 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0048614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.771;QD=12.8732;RBI=0.0174065;REFB=-0.0151744;REVB=0.0167138;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290778;STB=0.671443;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0184401;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:15:4:14:18:15:4:14:18 chr11 5701281 . G A 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00735156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.358;QD=14.7424;RBI=0.0245665;REFB=-0.00839428;REVB=-0.0234407;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153997;STB=0.578852;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0136338;OID=.;OPOS=5701281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:11:6:12:12:11:6:12:13 chr11 5701409 . G C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0565858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8903;QD=18.767;RBI=0.0639073;REFB=0.03173;REVB=-0.0297018;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0276705;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:0:3:3:3:0:3 chr11 5717762 . T C 279.82 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00654874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.633;QD=14.1683;RBI=0.0317754;REFB=-0.00206914;REVB=-0.0310933;RO=45;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306531;STB=0.661838;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00296026;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:47:32:32:0.405063:11:21:16:29:11:21:18:29 chr11 5718517 . G A 728.43 PASS AF=0.427027;AO=79;DP=186;FAO=79;FDP=185;FR=.;FRO=106;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=-0.0373217;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9238;QD=15.7498;RBI=0.0727576;REFB=-0.00656216;REVB=-0.062456;RO=105;SAF=50;SAR=29;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861803;STB=0.540335;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00943178;OID=.;OPOS=5718517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:105:106:79:79:0.427027:29:50:58:47:29:50:60:46 chr11 5719667 . T C 289.33 PASS AF=0.574468;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00218602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.65;QD=24.6237;RBI=0.0409166;REFB=-0.00126953;REVB=0.0408582;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569105;STB=0.534784;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00311282;OID=.;OPOS=5719667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:25:27:0.574468:11:14:12:7:13:14:12:8 chr11 5719750 . G C 650.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.213;QD=61.9239;RBI=0.0757606;REFB=0;REVB=0.0695187;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332752;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr11 5758062 . T C 329.65 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0636395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.738;QD=15.6974;RBI=0.0636876;REFB=-0.00126814;REVB=-0.00247511;RO=48;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314277;STB=0.677068;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00371328;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:12:24:17:31:12:24:17:31 chr11 5758118 . A C 446.16 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00193675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.497;QD=23.4819;RBI=0.00568906;REFB=-0.0190626;REVB=-0.00534924;RO=33;SAF=23;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745203;STB=0.545099;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0145476;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:33:42:43:0.565789:19:23:15:18:19:24:15:18 chr11 5776287 . C T 2689.02 PASS AF=0.988701;AO=174;DP=176;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00796562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.394;QD=60.7687;RBI=0.0175085;REFB=-0.120315;REVB=0.0155915;RO=1;SAF=107;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705138;STB=0.501399;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=5.64606e-05;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:176:177:1:2:174:175:0.988701:67:107:0:1:67:108:1:1 chr11 5776470 . T G 719.68 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1052;QD=62.581;RBI=0.0813808;REFB=0;REVB=0.0400164;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804643;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr11 5776595 . T G 116.29 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0097801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.6297;QD=12.5717;RBI=0.0172738;REFB=-0.0252603;REVB=0.0142384;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288888;STB=0.648455;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.044171;OID=.;OPOS=5776595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:17:5:7:7:17:6 chr11 5776623 . A T 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.011;QD=56.0142;RBI=0.0424538;REFB=-0.124323;REVB=0.0331032;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00109424;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:10:24:0:0:10:24:1:0 chr11 5799468 . C T 155.65 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0484827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.115;QD=11.118;RBI=0.0576179;REFB=-0.0026298;REVB=-0.0311329;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293772;STB=0.532226;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00636359;OID=.;OPOS=5799468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:19:20:0.357143:9:10:18:18:9:11:18:18 chr11 5809230 . G A 537.43 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0173613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.717;QD=16.0426;RBI=0.0200465;REFB=-0.0209852;REVB=-0.0100223;RO=76;SAF=33;SAR=25;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103325;STB=0.505778;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0312769;OID=.;OPOS=5809230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:76:58:58:0.432836:25:33:44:32:25:33:44:32 chr11 5809308 . A T 1152.98 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0213108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8677;QD=56.9374;RBI=0.0224467;REFB=-0.0795679;REVB=-0.00705014;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976018;STB=0.515148;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00154248;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:1:3:78:78:0.962963:30:48:1:0:30:48:3:0 chr11 5809548 . G A 1243.99 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124846;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.997;QD=60.6824;RBI=0.0599547;REFB=-0.0175139;REVB=0.0586404;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095665;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.76548e-05;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:1:0:32:49:1:0 chr11 5809811 . G T 401.4 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0481257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5536;QD=18.8896;RBI=0.0861045;REFB=0.0134401;REVB=0.0713996;RO=41;SAF=25;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679939;STB=0.546345;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0143816;OID=.;OPOS=5809811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:44:41:41:0.482353:16:25:22:19:16:25:23:21 chr11 5809990 . G A 142.62 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0254242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8085;QD=22.8194;RBI=0.026525;REFB=0.00710712;REVB=0.00756227;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324202;STB=0.68336;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0036013;OID=.;OPOS=5809990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:7:3:11:4:7:3 chr11 5841856 . C T 352.34 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0558622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.874;QD=18.3033;RBI=0.0584936;REFB=0.0106629;REVB=0.0173469;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541705;STB=0.530175;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0100946;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:15:22:26:14:15:22:26:14 chr11 5842092 . TCCCC ATCCC,TCCC,TCCCCA 43.33 PASS AF=0,0,0.159091;AO=2,7,7;DP=43;FAO=0,0,7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,1;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0232869,-0.154874,-0.0111519;FXX=0;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=32.0897,13.6621,214.341;QD=3.93927;RBI=0.0921942,0.276,0.0409389;REFB=-0.0284819,-0.0440598,-0.00665337;REVB=-0.0892048,-0.228452,-0.0393907;RO=24;SAF=0,4,6;SAR=2,3,1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.425926,0;SSSB=-0.525765,-0.0143824,0.39289;STB=0.5,0.5,0.819151;STBP=1,1,0.107;TYPE=mnp,del,ins;VARB=0,0.0999507,0.0358253;OID=.,.,.;OPOS=5842092,5842093,5842097;OREF=TC,C,-;OALT=AT,-,A;OMAPALT=ATCCC,TCCC,TCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:41:43:44:24:37:2,7,7:0,0,7:0,0,0.159091:2,3,1:0,4,6:14:10:0,0,1:0,0,6:19:18 chr11 5842310 . T G 217.66 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0217815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.061;QD=16.743;RBI=0.0232332;REFB=-0.0197519;REVB=-0.00808371;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514274;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0166223;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:8:16:18:9:8:16:18:10 chr11 5842356 . A G 198.53 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00406589;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.266;QD=18.4678;RBI=0.0251765;REFB=-0.00894286;REVB=0.024846;RO=23;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263141;STB=0.616314;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0162274;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:19:20:0.465116:4:15:13:10:5:15:13:10 chr11 5862532 . A C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0331565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.266;QD=28.7629;RBI=0.047765;REFB=-0.0269431;REVB=0.0343822;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821641;STB=0.545407;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0102404;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:6:3:9:10:6:3 chr11 5862653 . T C 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00946139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.645;QD=22.9891;RBI=0.010669;REFB=-0.00865282;REVB=0.00493049;RO=32;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1847;STB=0.60172;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00613464;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:26:15:19:13:26:15:19:13 chr11 5862731 . A G 411.33 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0023457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.259;QD=21.0936;RBI=0.074597;REFB=0.00317599;REVB=-0.0745601;RO=37;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108874;STB=0.560223;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00380605;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:24:17:20:17:24:17:20:17 chr11 5862780 . T C 292.77 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.128194;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3164;QD=19.5178;RBI=0.128613;REFB=0.00590222;REVB=0.0103736;RO=28;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988581;STB=0.564314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00778768;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:19:12:14:14:19:12:15:14 chr11 5862845 . A G 98.5 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0135304;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.973;QD=12.7102;RBI=0.0214255;REFB=-0.00363477;REVB=-0.0166126;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256991;STB=0.651918;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00529768;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:11:8:8:4:11:8 chr11 5862937 . C A 294.47 PASS AF=0.604651;AO=24;DP=41;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0334859;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.654;QD=27.3927;RBI=0.0341326;REFB=-0.0264768;REVB=-0.00661279;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659176;STB=0.543445;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0207123;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:17:17:24:26:0.604651:12:12:10:7:12:14:11:6 chr11 5862984 . G C 274.73 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0116424;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.995;QD=17.4432;RBI=0.014527;REFB=-0.0129307;REVB=0.00868852;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778746;STB=0.545424;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00510867;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:33:30:30:0.47619:18:12:15:16:18:12:16:17 chr11 5863013 . T C 254.25 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00561418;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.907;QD=15.1791;RBI=0.00969623;REFB=-0.0263485;REVB=0.00790557;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172735;STB=0.509777;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0285889;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:19:19:14:15:19:19 chr11 5863113 . G A 316.78 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0288617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.137;QD=12.9299;RBI=0.0358941;REFB=-0.00554256;REVB=-0.0213399;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145665;STB=0.513091;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0140723;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:62:36:36:0.367347:19:17:28:33:19:17:28:34 chr11 5906048 . G A 184.91 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00903482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4722;QD=14.5029;RBI=0.0109758;REFB=-0.0244297;REVB=0.00623212;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070966;STB=0.552073;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.038287;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:20:21:0.411765:8:12:16:14:8:13:16:14 chr11 5906073 . G T 181.02 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0161757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.298;QD=16.4565;RBI=0.0226842;REFB=-0.00731685;REVB=-0.0159034;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497194;STB=0.519064;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.018562;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:7:12:14:10:7:12:15:10 chr11 5906192 . A C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0117992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3795;QD=15.2623;RBI=0.0275594;REFB=0.00322777;REVB=-0.0249058;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339338;STB=0.692062;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.000671277;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:2:14:7:6:2:14 chr11 5906205 . G A 145.46 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0069136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6791;QD=18.7694;RBI=0.0265351;REFB=-0.0289448;REVB=0.0256186;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339805;STB=0.670391;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0235226;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:15:16:0.516129:6:9:3:12:7:9:3:12 chr11 5968728 . T C 429.15 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0335809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3215;QD=15.7485;RBI=0.0355984;REFB=-0.0172233;REVB=-0.0118139;RO=60;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067172;STB=0.542618;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0300874;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:60:61:48:48:0.440367:20:28:31:29:20:28:31:30 chr11 5969185 . A G 397.79 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=0.0354658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3832;QD=18.0814;RBI=0.0363932;REFB=-0.000967981;REVB=0.00816338;RO=47;SAF=28;SAR=13;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12164;STB=0.567464;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000688412;OID=.;OPOS=5969185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:13:28:37:10:13:28:37:10 chr11 5989293 . G A 369.41 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0121382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0962;QD=22.3887;RBI=0.0265442;REFB=-0.0156417;REVB=0.0236064;RO=29;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100784;STB=0.555526;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0126513;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:20:17:17:12:20:17:17:12 chr11 5989415 . C A,T 925.66 PASS AF=0.469697,0.530303;AO=29,35;DP=64;FAO=31,35;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21,19;FSAR=10,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151418,0.00836086;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.6578,229.708;QD=56.1008;RBI=0.0219566,0.00908354;REFB=0,0;REVB=0.0159003,0.00355059;RO=0;SAF=20,19;SAR=9,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0323766,0.0256624;OID=.,.;OPOS=5989415,5989415;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:66:0:0:29,35:31,35:0.469697,0.530303:9,16:20,19:0:0:10,16:21,19:0:0 chr11 6007272 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.593;QD=57.202;RBI=0.0422504;REFB=0;REVB=0.0374606;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102346;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 6007613 . T G 1328.32 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231602;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.548;QD=61.0723;RBI=0.0292381;REFB=0.029088;REVB=-0.0178457;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126324;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-7.77406e-05;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:0:1:37:49:0:1 chr11 6007680 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.445;QD=58.2396;RBI=0.0238696;REFB=0;REVB=0.0162491;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105933;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr11 6007743 . A G 502.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9341;QD=59.0819;RBI=0.0591672;REFB=0;REVB=0.0130615;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112459;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr11 6007899 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0388925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3318;QD=15.8817;RBI=0.0475091;REFB=-0.040037;REVB=-0.0272853;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219246;OID=.;OPOS=6007899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:6:4:4:6:6:4 chr11 6129837 . C T 791.94 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3547;QD=53.6909;RBI=0.0291398;REFB=-0.115976;REVB=-0.0189149;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336561;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00369882;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:1:57:58:0.983051:30:27:2:0:30:28:1:0 chr11 6173364 . T A 711.94 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318153;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9861;QD=63.2836;RBI=0.0558793;REFB=0;REVB=-0.0557887;RO=1;SAF=30;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140433;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:1:0:44:45:1:14:30:1:0:14:31:0:0 chr11 6221169 . A G 1154.62 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451996;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.478;QD=59.9804;RBI=0.0475915;REFB=0;REVB=0.0148976;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114598;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:1:0:76:77:1:33:43:0:1:34:43:0:0 chr11 6221214 . T A 1353.46 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0236442;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6652;QD=59.4927;RBI=0.0400869;REFB=-0.0991648;REVB=0.0323715;RO=2;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220262;STB=0.511625;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00269082;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:87:89:0.978022:42:45:0:2:42:47:0:2 chr11 6231731 . C T 731.51 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.801;QD=56.2701;RBI=0.0594764;REFB=0;REVB=-0.0154193;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150637;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr11 6232189 . G C 59.69 PASS AF=0.171053;AO=12;DP=77;FAO=13;FDP=76;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0437467;FXX=0.0617208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7932;QD=3.14142;RBI=0.0595357;REFB=-0.0101009;REVB=-0.0403822;RO=61;SAF=10;SAR=2;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22077;STB=0.820212;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0248482;OID=.;OPOS=6232189;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:77:76:61:63:12:13:0.171053:2:10:43:18:1:12:43:20 chr11 6243804 . A G 1320.18 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2008;QD=62.1259;RBI=0.0508284;REFB=0;REVB=0.0153775;RO=0;SAF=77;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32706e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:8:77:0:0:8:77:0:0 chr11 6340525 . A T 211.54 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0217029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9264;QD=19.6784;RBI=0.0264814;REFB=-0.0091874;REVB=0.0151741;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104038;STB=0.558567;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00835736;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:7:15:12:9:7:15 chr11 6340706 . A G 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0195212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.734;QD=14.3841;RBI=0.0196139;REFB=-0.026835;REVB=-0.0019047;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00822316;STB=0.511325;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0369234;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:50:34:34:0.404762:15:19:27:22:15:19:27:23 chr11 6341684 . C G 82.69 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0556803;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4326;QD=33.075;RBI=0.0993862;REFB=-0.178363;REVB=0.0823245;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0311164;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:0:1 chr11 6411935 . T C 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.54;QD=60.2012;RBI=0.0262018;REFB=0;REVB=0.0226238;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103383;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr11 6549779 . A C 902.57 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.274;QD=58.2304;RBI=0.0241331;REFB=0;REVB=0.0127901;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83868e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr11 6549995 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.162;QD=61.3325;RBI=0.0213843;REFB=0;REVB=0.00645577;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13721e-05;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 6550004 . A G 374.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.403;QD=55.4225;RBI=0.0348317;REFB=0;REVB=0.00980439;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331157;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr11 6550309 . G A 1018.45 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.814;QD=56.5804;RBI=0.0158147;REFB=-0.155532;REVB=0.00555579;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00044151;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:70:70:0.972222:34:36:0:0:34:36:0:2 chr11 6555365 . A G 447.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9711;QD=57.7019;RBI=0.158299;REFB=0;REVB=0.0115297;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187456;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTGCA 464.6 PASS AF=0.0943396,0.679245;AO=5,33;DP=54;FAO=5,36;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=5,25;FSAR=0,11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0185356,-0.00805493;FXX=0.0535619;HRUN=2,1;LEN=2,12;MLLD=100.953,275.352;QD=35.0643;RBI=0.0192843,0.0275442;REFB=-0.0144561,-0.0205895;REVB=-0.0053212,-0.0263401;RO=12;SAF=5,23;SAR=0,10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666427,-0.031273;STB=0.996702,0.516566;STBP=0.142,0.734;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0307686,0.00328859;OID=.,.;OPOS=6567894,6567896;OREF=GC,-;OALT=CA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:54:53:12:12:5,33:5,36:0.0943396,0.679245:0,10:5,23:9:3:0,11:5,25:9:3 chr11 6567895 . C CTGCCCTACTGCA 50.0 PASS AO=38;DP=77;LEN=12;RO=39;SAF=27;SAR=16;SRF=18;SRR=16;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=6567896;OREF=-;OALT=TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:77:39:38:16:27:18:16 chr11 6579106 . C A 149.96 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0188328;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8469;QD=19.3499;RBI=0.0358671;REFB=-0.0144057;REVB=-0.0305249;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164179;STB=0.578413;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0303817;OID=.;OPOS=6579106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:6:10:6:8:6:10:7:8 chr11 6585007 . G A 221.44 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0175828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3356;QD=18.4533;RBI=0.022206;REFB=-0.00651469;REVB=0.0135628;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699397;STB=0.549954;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00437473;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:9:12:13:13:9:13:13:13 chr11 6588228 . G A 442.78 PASS AF=0.389313;AO=51;DP=131;FAO=51;FDP=131;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00275336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.202;QD=13.52;RBI=0.0149495;REFB=-0.0022227;REVB=-0.0146938;RO=80;SAF=29;SAR=22;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203994;STB=0.511553;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00347864;OID=.;OPOS=6588228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:80:80:51:51:0.389313:22:29:44:36:22:29:44:36 chr11 6622714 . G A 1038.17 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278573;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5677;QD=59.3241;RBI=0.0466342;REFB=0;REVB=0.0373995;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423316;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:30:40:0:0 chr11 6623372 . C G 253.56 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00198534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.295;QD=18.1112;RBI=0.049752;REFB=-0.008772;REVB=0.0497124;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210748;STB=0.623341;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00501006;OID=.;OPOS=6623372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:14:13:20:8:15:13:20:8 chr11 6630028 . TC CT,T 1415.37 PASS AF=0,0.986395;AO=13,119;DP=151;FAO=0,145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=0,94;FSAR=0,51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.123188,0.0236834;FXX=0.0264883;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=10.1614,13.3634;QD=38.5134;RBI=0.127417,0.0237072;REFB=0.122197,0.0759096;REVB=-0.0325531,-0.00106225;RO=8;SAF=13,70;SAR=0,49;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=0.799125,-0.0355821;STB=0.5,0.505262;STBP=1,0.308;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00517228;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:151:147:8:2:13,119:0,145:0,0.986395:0,49:13,70:7:1:0,51:0,94:2:0 chr11 6634149 . C T 1590.57 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.564;QD=60.0216;RBI=0.0105731;REFB=0;REVB=-0.000640115;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77981e-06;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:44:61:0:0:45:61:0:0 chr11 6634189 . G A 382.56 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0137757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.44;QD=13.5418;RBI=0.0160994;REFB=-0.0081763;REVB=-0.00833199;RO=68;SAF=30;SAR=15;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169488;STB=0.596229;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0202043;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:15:30:35:33:15:30:35:33 chr11 6636106 . T A 158.07 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0370723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7955;QD=9.87931;RBI=0.0543903;REFB=-0.0041055;REVB=-0.0397988;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138239;STB=0.558226;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00592681;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:43:20:21:0.328125:13:7:20:23:13:8:20:23 chr11 6638506 . A T 324.2 PASS AF=0.373832;AO=38;DP=109;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=14;FWDB=0.00161285;FXX=0.0272702;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.746;QD=12.1197;RBI=0.00274012;REFB=-0.014974;REVB=-0.00221517;RO=60;SAF=22;SAR=16;SRF=48;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258908;STB=0.657185;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0353877;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:60:67:38:40:0.373832:16:22:48:12:18:22:53:14 chr11 6648424 . G A 306.9 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0143866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.15;QD=27.28;RBI=0.0314864;REFB=-0.0529257;REVB=0.0280075;RO=18;SAF=22;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156793;STB=0.587308;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0328256;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:5:22:12:6:5:22:12:6 chr11 6648573 . T C 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00715375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.215;QD=15.6184;RBI=0.0217615;REFB=-0.00554199;REVB=-0.0205521;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155977;STB=0.589645;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.017232;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:10:15:8:10:10:15 chr11 6652618 . C T 464.91 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0100362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.218;QD=22.1385;RBI=0.0133705;REFB=-0.006942;REVB=0.00883437;RO=39;SAF=29;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313729;STB=0.501729;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00651631;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:16:29:25:14:16:29:25:14 chr11 6655433 . G A 504.83 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0106971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0993;QD=16.1546;RBI=0.0107398;REFB=-0.0123777;REVB=-0.000956271;RO=70;SAF=33;SAR=22;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442401;STB=0.524743;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0176641;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:22:33:39:31:22:33:39:31 chr11 6735869 . A G 315.67 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.000215128;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2516;QD=17.2972;RBI=0.0131643;REFB=0.00346517;REVB=-0.0131626;RO=39;SAF=14;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730374;STB=0.540959;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00456589;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:20:14:19:20:20:14:19:20 chr11 6736745 . G A 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00712522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6225;QD=22.9743;RBI=0.0117502;REFB=-0.0175605;REVB=-0.0093433;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655864;STB=0.536557;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0107577;OID=.;OPOS=6736745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:11:14:14:8:11:14:14:8 chr11 6737138 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00733865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.22;QD=16.1158;RBI=0.0107919;REFB=-0.0155845;REVB=-0.00791258;RO=29;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185096;STB=0.605173;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.016756;OID=.;OPOS=6737138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:16:8:15:14:16:8:15:14 chr11 6737258 . C T 318.75 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0467512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7146;QD=20.9017;RBI=0.0622152;REFB=-0.00496549;REVB=-0.0410495;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337403;STB=0.518694;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00161599;OID=.;OPOS=6737258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:19:14:13:15:19:14:13:15 chr11 6737893 . C T 64.54 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00704483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.737;QD=12.2927;RBI=0.00830751;REFB=-0.0117974;REVB=-0.00440284;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0182783;OID=.;OPOS=6737893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:12:12:6:7:0.333333:2:4:8:4:3:4:8:4 chr11 6737927 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00170986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.118;QD=16.9414;RBI=0.0771071;REFB=-0.0272345;REVB=-0.0770881;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972164;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.021507;OID=.;OPOS=6737927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:8:11:11:12:8:11:12:12 chr11 6738291 . C T 178.41 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0448542;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7974;QD=14.2728;RBI=0.0658792;REFB=-0.00213763;REVB=-0.0482511;RO=29;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111447;STB=0.584179;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00607357;OID=.;OPOS=6738291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:30:20:20:0.4:16:4:8:21:16:4:9:21 chr11 6738728 . T C 71.31 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0251897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8205;QD=7.70968;RBI=0.033191;REFB=0.0177533;REVB=-0.021613;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533681;STB=0.533266;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0749652;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:15:12:4:6:15:12 chr11 6738952 . G T 359.52 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0275715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.56;QD=17.326;RBI=0.0279168;REFB=-0.00983888;REVB=-0.00437715;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619007;STB=0.534673;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0134038;OID=.;OPOS=6738952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:22:23:17:21:22:23 chr11 6739551 . T C 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.083161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.614;QD=14.0778;RBI=0.0872753;REFB=-0.0119897;REVB=0.0264804;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225663;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00953028;OID=.;OPOS=6739551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:8:4:8:6:8:4:10:6 chr11 6739809 . C T 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00481588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6497;QD=15.6508;RBI=0.0254792;REFB=0.0178894;REVB=-0.02502;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260042;STB=0.647524;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0206414;OID=.;OPOS=6739809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:17:4:7:9:17:4 chr11 6739814 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0028745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.379;QD=15.1663;RBI=0.0194451;REFB=-0.0154493;REVB=-0.0192314;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219017;STB=0.624851;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0133074;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:16:4:6:9:16:4 chr11 6739841 . G A 120.11 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00630695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1724;QD=14.1308;RBI=0.0384373;REFB=-0.0255119;REVB=0.0379163;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24913;STB=0.642677;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0211902;OID=.;OPOS=6739841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:16:4:6:8:16:4 chr11 6740136 . G A 238.18 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0174483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5209;QD=20.2706;RBI=0.0390977;REFB=0.000924096;REVB=-0.0349884;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00107376;OID=.;OPOS=6740136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:14:10:11:12:14:10 chr11 6740206 . C T 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00161445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.172;QD=16.1738;RBI=0.0265791;REFB=-0.0469274;REVB=-0.02653;RO=20;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.624826;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0255875;OID=.;OPOS=6740206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:3:13:13:7:3:13:13:7 chr11 6740285 . G A 166.27 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00181014;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.787;QD=14.1508;RBI=0.0468195;REFB=-2.40178e-05;REVB=-0.0467845;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202815;STB=0.616898;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000220172;OID=.;OPOS=6740285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:20:9:9:9:20:9 chr11 6740462 . G C 93.13 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0177816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.164;QD=9.80355;RBI=0.0178179;REFB=-0.0134585;REVB=0.00113597;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203785;STB=0.605096;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0477137;OID=.;OPOS=6740462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:6:6:8:17:6:6:9:17 chr11 6741108 . G C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0215661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0041;QD=15.1968;RBI=0.0223055;REFB=-0.0177843;REVB=-0.00569564;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224506;STB=0.630871;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0229813;OID=.;OPOS=6741108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:9:9:4:10:9:9 chr11 6789294 . G C 550.13 PASS AF=0.52;AO=49;DP=97;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00416424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.54;QD=22.0053;RBI=0.0120019;REFB=-0.00238117;REVB=0.0112563;RO=48;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119836;STB=0.549099;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00200246;OID=.;OPOS=6789294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:48:48:49:52:0.52:27:22:28:20:27:25:28:20 chr11 6790106 . T C 2513.2 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9958;QD=61.2976;RBI=0.0270171;REFB=0;REVB=0.0219376;RO=0;SAF=85;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173113;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:164:0:0:162:164:1:77:85:0:0:79:85:0:0 chr11 6806496 . T C 434.83 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0176886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.111;QD=15.257;RBI=0.0176916;REFB=-0.0146243;REVB=0.000326556;RO=65;SAF=19;SAR=30;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454513;STB=0.525521;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0194922;OID=.;OPOS=6806496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:30:19:28:37:30:19:28:37 chr11 6806827 . G T 112.93 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0638002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2834;QD=9.41041;RBI=0.071281;REFB=0.0174571;REVB=0.0317887;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102698;STB=0.562409;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.0420451;OID=.;OPOS=6806827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:9:5:15:19:9:5:15:19 chr11 6807163 . C G,T 1262.43 PASS AF=0.505882,0.494118;AO=42,41;DP=83;FAO=43,42;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=17,15;FSAR=26,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700284,-0.0093464;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.735,83.0753;QD=59.4085;RBI=0.0186452,0.0127084;REFB=0,0;REVB=0.0172801,-0.00861101;RO=0;SAF=17,15;SAR=25,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.98888e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00916976,0.000520352;OID=.,.;OPOS=6807163,6807163;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:83:85:0:0:42,41:43,42:0.505882,0.494118:25,26:17,15:0:0:26,27:17,15:0:0 chr11 6807243 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.941;QD=53.9112;RBI=0.0258013;REFB=0;REVB=0.00607583;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15771e-05;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr11 6816778 . A G 526.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.987;QD=58.5544;RBI=0.028102;REFB=0;REVB=0.0275894;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681209;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr11 6891113 . A G 506.67 PASS AF=0.404412;AO=55;DP=146;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00682994;FXX=0.0684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.898;QD=14.902;RBI=0.0249988;REFB=-0.0226294;REVB=0.0240477;RO=75;SAF=23;SAR=32;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507099;STB=0.552896;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0418125;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:136:75:81:55:55:0.404412:32:23:35:40:32:23:41:40 chr11 6891385 . G A 398.94 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0107155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.28;QD=20.997;RBI=0.0163968;REFB=-0.0120123;REVB=-0.012411;RO=36;SAF=31;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177883;STB=0.599106;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00992315;OID=.;OPOS=6891385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:9:31:22:14:9:31:22:14 chr11 6891528 . C G 126.71 PASS AF=0.310345;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0207951;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5534;QD=8.73844;RBI=0.0250925;REFB=-0.00430687;REVB=0.0140427;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226857;STB=0.655017;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.023493;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:17:18:0.310345:8:9:28:11:9:9:29:11 chr11 6891605 . A G 225.42 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0220561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0928;QD=13.4579;RBI=0.0313751;REFB=-0.0480707;REVB=0.0223142;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189526;STB=0.510824;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0628017;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:11:16:23:17:11:16:23:17 chr11 6891758 . A C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00692679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.69;QD=16.8839;RBI=0.0313323;REFB=-0.0252776;REVB=0.030557;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188518;STB=0.608547;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0189696;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:5:10:8:9:5:10:8:9 chr11 6913244 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.949;QD=51.9157;RBI=0.0577397;REFB=0;REVB=-0.0406668;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07304e-06;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 6942476 . C A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00973439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7994;QD=14.1391;RBI=0.0312745;REFB=-0.0328351;REVB=-0.029721;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786832;STB=0.504581;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0252519;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:13:7:5:9:13:7 chr11 6942628 . A C 335.08 PASS AF=0.45;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0046676;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.582;QD=16.7541;RBI=0.00588879;REFB=-0.0239069;REVB=-0.00359045;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048784;STB=0.533879;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0302601;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:44:35:36:0.45:20:15:21:23:21:15:21:23 chr11 6942726 . G C 339.85 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.110477;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2454;QD=17.6546;RBI=0.111287;REFB=-0.00643446;REVB=0.0134022;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480934;STB=0.526867;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0129709;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:22:14:14:27:22:14:14:27 chr11 6942952 . T C 238.37 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0087194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.15;QD=14.0216;RBI=0.0166524;REFB=-0.00749467;REVB=0.0141871;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155507;STB=0.588174;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0124987;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:14:14:26:14:14:14:26:14 chr11 6943254 . C T 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0455039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2069;QD=19.9751;RBI=0.0497115;REFB=-0.011628;REVB=-0.0200156;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159687;STB=0.574927;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00789325;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:13:6:10:10:13:7 chr11 6953858 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0739936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7358;QD=15.3785;RBI=0.0740671;REFB=-0.00217064;REVB=-0.00329804;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00533646;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:5:9:7:5:5:9 chr11 6977175 . G C 651.16 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2789;QD=62.0148;RBI=0.0123827;REFB=0;REVB=0.00726581;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00711e-05;OID=.;OPOS=6977175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:36:42:1:7:29:0:0:13:29:0:0 chr11 6977334 . A G 55.89 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0011868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.128;QD=10.6458;RBI=0.0135903;REFB=-0.0264898;REVB=-0.0135384;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638284;STB=0.88413;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0236401;OID=.;OPOS=6977334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:10:3:7:1:10:3 chr11 7022038 . A G 484.87 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0241797;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5221;QD=20.8547;RBI=0.0241929;REFB=0.000707043;REVB=-0.000800062;RO=47;SAF=24;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770422;STB=0.548603;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.000497733;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:46:47:47:0.505376:23:24:28:19:23:24:28:18 chr11 7022160 . A G 1267.57 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.621;QD=60.3604;RBI=0.0530279;REFB=-0.123574;REVB=0.0479688;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000494081;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:84:0:1:82:83:0.988095:45:37:0:0:46:37:1:0 chr11 7022531 . A T 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.848;QD=58.4135;RBI=0.0249834;REFB=0;REVB=0.0231125;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28786e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr11 7022717 . T C 710.77 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00593831;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.55;QD=54.6747;RBI=0.0266494;REFB=-0.129177;REVB=0.0259793;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000291634;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:1:0 chr11 7059960 . A C 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.48;QD=57.7051;RBI=0.038356;REFB=0;REVB=0.0212409;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168552;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr11 7063755 . C T 1798.99 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0190104;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.293;QD=59.9663;RBI=0.0193106;REFB=-0.106837;REVB=-0.00339191;RO=1;SAF=66;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714242;STB=0.503759;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=8.30647e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:118:119:0.991667:52:66:1:0:53:66:1:0 chr11 7071031 . G A 702.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105073;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2846;QD=62.4548;RBI=0.105545;REFB=0;REVB=-0.00996211;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045384;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr11 7079038 . G A 1927.46 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.229;QD=60.7075;RBI=0.0553871;REFB=-0.0267892;REVB=-0.0030687;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-1.56674e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:127:0:1:124:126:0.992126:58:66:0:0:59:67:1:0 chr11 7273437 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.024564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.435;QD=18.9979;RBI=0.0258106;REFB=-0.0477854;REVB=-0.0079244;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29949;STB=0.665881;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0265288;OID=.;OPOS=7273437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:23:7:18:13:23:7 chr11 7324475 . T C 769.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.652;QD=57.029;RBI=0.0769803;REFB=0;REVB=0.0138661;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140133;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:26:28:0:0 chr11 7509566 . A T 228.87 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0376537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.351;QD=16.061;RBI=0.0379082;REFB=-0.0241679;REVB=0.00438571;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357113;STB=0.520151;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0347078;OID=.;OPOS=7509566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:15:11:12:19:15:11:12:19 chr11 7619518 . T C 1808.58 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344095;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.162;QD=61.3079;RBI=0.0492608;REFB=0;REVB=0.0491405;RO=0;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95875e-06;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:53:65:0:0:53:65:0:0 chr11 7619549 . G A 553.69 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0732911;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.281;QD=24.3381;RBI=0.073378;REFB=-0.0242421;REVB=-0.00356939;RO=40;SAF=29;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464043;STB=0.525421;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0138531;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:40:40:51:51:0.56044:22:29:25:15:22:29:25:15 chr11 7662732 . C T 441.5 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5163;QD=55.1873;RBI=0.0714008;REFB=-0.0964078;REVB=0.00665751;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044198;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:31:32:1:12:19:1:0:12:20:0:0 chr11 7670440 . A G 1843.18 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0350669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.137;QD=60.4323;RBI=0.0396281;REFB=-0.0519853;REVB=0.0184579;RO=0;SAF=61;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74056e-08;STB=0.504064;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000315272;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:0:1:121:121:0.991803:60:61:0:0:60:61:1:0 chr11 7673015 . G A 2271.78 PASS AF=0.993377;AO=143;DP=144;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.154;QD=60.1795;RBI=0.0354491;REFB=0.00497067;REVB=0.0318395;RO=1;SAF=88;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085671;STB=0.504201;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=1.19323e-05;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:151:1:1:143:150:0.993377:55:88:0:1:59:91:0:1 chr11 7686602 . G GTGTT 810.39 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152064;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=333.965;QD=54.9419;RBI=0.0165427;REFB=-0.095929;REVB=-0.00651352;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145081;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=ins;VARB=-0.000112772;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983051:56:59:58:59:1:33:25:1:0:4:1:32:24:1:0 chr11 7686674 . T C 1287.86 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523851;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8344;QD=62.0655;RBI=0.0528905;REFB=0;REVB=0.00729413;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053448;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr11 7687146 . G A 808.64 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0128176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.096;QD=53.9096;RBI=0.0128597;REFB=-0.0345789;REVB=0.00104086;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.529401;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-8.23819e-06;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:58:58:0.966667:42:16:1:0:42:16:2:0 chr11 7687715 . T C 1643.51 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00266964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.862;QD=59.2256;RBI=0.0145371;REFB=0.0613691;REVB=0.0142898;RO=1;SAF=65;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724815;STB=0.503816;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00012227;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:45:65:1:0:45:65:1:0 chr11 7710877 . C T 376.76 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00850213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.357;QD=18.6055;RBI=0.0198493;REFB=-0.018515;REVB=-0.0179363;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028338;STB=0.515781;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0201454;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:16:23:26:16:16:23:26:16 chr11 7711207 . T C 363.97 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0220141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.775;QD=15.8249;RBI=0.0221541;REFB=-0.0130105;REVB=0.00248628;RO=53;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127094;STB=0.571393;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.031634;OID=.;OPOS=7711207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:21:18:18:35:21:18:18:35 chr11 7712471 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00420496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.926;QD=10.2124;RBI=0.00420506;REFB=-0.0101475;REVB=2.96476e-05;RO=46;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201916;STB=0.618452;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.023518;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:8:15:22:24:8:15:22:24 chr11 7712523 . G A 428.88 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0272628;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.633;QD=21.4439;RBI=0.0284874;REFB=-0.0278363;REVB=0.00826246;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00334004;STB=0.506552;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0110435;OID=.;OPOS=7712523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:37:37:42:43:0.5375:18:24:21:16:18:25:21:16 chr11 7712561 . T A 285.05 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0180547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5595;QD=15.4079;RBI=0.0487381;REFB=0.00230715;REVB=0.0452706;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00959134;STB=0.513058;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00174435;OID=.;OPOS=7712561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:13:18:24:18:13:19:24:18 chr11 7716855 . T A 2556.55 PASS AF=0.982456;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=131;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0354666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1056;QD=59.8024;RBI=0.0895876;REFB=-0.0127498;REVB=-0.0822683;RO=3;SAF=131;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107734;STB=0.50566;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00120932;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:171:171:3:3:168:168:0.982456:37:131:3:0:37:131:3:0 chr11 7717219 . A T 115.78 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0043191;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=253.307;QD=30.8736;RBI=0.00886851;REFB=-0.0280092;REVB=-0.0077457;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52112;STB=0.799358;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000435176;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:3:3:12:12:0.8:1:11:0:3:1:11:0:3 chr11 7721870 . G A 2503.47 PASS AF=0.965318;AO=167;DP=173;FAO=167;FDP=173;FR=.;FRO=6;FSAF=103;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0663653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5577;QD=57.8837;RBI=0.0910957;REFB=-0.127584;REVB=0.0624025;RO=5;SAF=102;SAR=65;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012217;STB=0.510346;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00495064;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:173:173:5:6:167:167:0.965318:65:102:2:3:64:103:2:4 chr11 7721974 . C T 466.01 PASS AF=0.398496;AO=51;DP=131;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0404008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.035;QD=14.0154;RBI=0.0411634;REFB=-0.0222749;REVB=0.00788643;RO=79;SAF=26;SAR=25;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371021;STB=0.505552;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0310486;OID=.;OPOS=7721974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:79:80:51:53:0.398496:25:26:43:36:25:28:43:37 chr11 7727872 . T C 260.36 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0016962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.421;QD=12.1099;RBI=0.00737247;REFB=-0.00549799;REVB=0.0071747;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108573;STB=0.562413;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00860922;OID=.;OPOS=7727872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:55:31:31:0.360465:15:16:23:32:15:16:23:32 chr11 7727886 . C T 575.39 PASS AF=0.597701;AO=49;DP=86;FAO=52;FDP=87;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00159069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.708;QD=26.4546;RBI=0.00611823;REFB=-0.00312838;REVB=-0.00590783;RO=35;SAF=19;SAR=30;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120549;STB=0.556781;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00384216;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:35:49:52:0.597701:30:19:19:16:31:21:19:16 chr11 7749695 . C T 446.78 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0253207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.753;QD=16.7023;RBI=0.0290302;REFB=-0.0148884;REVB=-0.0141992;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364144;STB=0.520317;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0190996;OID=.;OPOS=7749695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:28:21:27:31:28:21:27:31 chr11 7847208 . T C 167.46 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00128635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3179;QD=10.1491;RBI=0.0147863;REFB=0.00522105;REVB=0.0147302;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358752;STB=0.716362;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00668147;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:44:22:22:0.333333:13:9:31:11:13:9:33:11 chr11 7871011 . A G 652.65 PASS AF=0.571429;AO=61;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.042468;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4805;QD=23.309;RBI=0.0471316;REFB=-0.0162839;REVB=0.0204416;RO=42;SAF=39;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726615;STB=0.537371;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0278718;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:42:48:61:64:0.571429:22:39:23:19:24:40:26:22 chr11 7949350 . A G 2181.1 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.083;QD=62.3171;RBI=0.0131403;REFB=0.0168804;REVB=0.00409862;RO=1;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760679;STB=0.503999;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-2.5031e-05;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:62:77:0:1:62:77:0:1 chr11 7949791 . A C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0440368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2564;QD=17.6414;RBI=0.0493779;REFB=0.0333183;REVB=0.0223369;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041038;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0217697;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:5:2:3:6:5:2 chr11 7949860 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00971683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.424;QD=17.7321;RBI=0.0194899;REFB=0.00240355;REVB=-0.0168949;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34437;STB=0.699733;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00189695;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:3:14:10:9:3:14:10:9 chr11 7950024 . A G 97.79 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0832109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8982;QD=13.4886;RBI=0.100116;REFB=-0.0206303;REVB=0.0556706;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24777;STB=0.646796;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0339915;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:8:9:9:3:8:9 chr11 7961130 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00937598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.414;QD=25.2443;RBI=0.0115975;REFB=-0.0157307;REVB=-0.00682582;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158147;STB=0.508766;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0149195;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:9:13:16:12:9:13 chr11 8014479 . C T 148.1 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00980645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.148;QD=17.9515;RBI=0.0201687;REFB=-0.0101708;REVB=0.0176242;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396309;STB=0.725004;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00708166;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:13:4:11:5:13:4 chr11 8123499 . G A 601.65 PASS AF=0.627907;AO=54;DP=85;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00559814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.893;QD=27.9836;RBI=0.0203653;REFB=-0.0239568;REVB=0.0195808;RO=31;SAF=36;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161395;STB=0.517235;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0113201;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:31:32:54:54:0.627907:18:36:20:11:18:36:20:12 chr11 8127495 . T C 815.36 PASS AF=0.632479;AO=69;DP=117;FAO=74;FDP=117;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.000908759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4429;QD=27.8756;RBI=0.00120299;REFB=0.0363182;REVB=-0.000788248;RO=31;SAF=30;SAR=39;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00983604;STB=0.521733;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0206055;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:31:43:69:74:0.632479:39:30:14:17:44:30:15:28 chr11 8159892 . G T 489.96 PASS AF=0.395683;AO=54;DP=138;FAO=55;FDP=139;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00157058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=14.0996;RBI=0.0379777;REFB=-0.00321438;REVB=-0.0379452;RO=84;SAF=26;SAR=28;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838572;STB=0.55229;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00554512;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:84:84:54:55:0.395683:28:26:47:37:29:26:47:37 chr11 8174966 . G A 293.38 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0550608;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.158;QD=20.9553;RBI=0.0563846;REFB=0.00214945;REVB=-0.0121463;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156365;STB=0.52701;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00884316;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:24:24:27:32:0.571429:13:14:12:12:14:18:12:12 chr11 8251921 . G C 478.71 PASS AF=0.379085;AO=57;DP=153;FAO=58;FDP=153;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.0378432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.835;QD=12.5153;RBI=0.0378661;REFB=-0.0284245;REVB=-0.00131638;RO=94;SAF=21;SAR=36;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124903;STB=0.560388;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0499678;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:94:95:57:58:0.379085:36:21:45:49:36:22:45:50 chr11 8435077 . CA TC 290.66 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00841499;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=138.882;QD=11.3984;RBI=0.0116628;REFB=-0.00820058;REVB=-0.00807514;RO=66;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209225;STB=0.620527;STBP=0.079;TYPE=mnp;VARB=0.0171699;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:66:66:36:36:0.352941:23:13:36:30:23:13:36:30 chr11 8486310 . C A 612.52 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00616903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.607;QD=24.0205;RBI=0.00668943;REFB=-0.0507564;REVB=0.0025868;RO=43;SAF=28;SAR=31;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286257;STB=0.51563;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0429817;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:31:28:22:21:31:28:22:21 chr11 8646670 . T G 540.07 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0100039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6634;QD=22.0437;RBI=0.0901213;REFB=-0.0104351;REVB=-0.0895643;RO=47;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547379;STB=0.530176;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00879869;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:26:25:26:21:26:25:26:21 chr11 8646763 . G C 233.5 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0129753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.897;QD=25.9447;RBI=0.0173793;REFB=-0.0407535;REVB=0.011562;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862618;STB=0.538427;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.021806;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:21:22:0.611111:11:10:5:9:12:10:5:9 chr11 8671369 . C T 710.58 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=98;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.038762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3929;QD=29.0031;RBI=0.0388923;REFB=-0.0135341;REVB=-0.00318156;RO=37;SAF=24;SAR=37;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141562;STB=0.576924;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0135157;OID=.;OPOS=8671369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:37:37:61:61:0.622449:37:24:22:15:37:24:22:15 chr11 8693405 . G A,T 1177.9 PASS AF=0.560976,0.426829;AO=46,35;DP=82;FAO=46,35;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=23,22;FSAR=23,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157555,-0.0127784;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.153,110.853;QD=57.4584;RBI=0.0323907,0.0146155;REFB=0.0518384,0.0261522;REVB=-0.0283005,-0.00709408;RO=1;SAF=23,22;SAR=23,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0200022,0.0346204;STB=0.510634,0.518508;STBP=0.517,0.263;TYPE=snp,snp;VARB=0.00977008,0.0129274;OID=.,.;OPOS=8693405,8693405;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:82:82:1:1:46,35:46,35:0.560976,0.426829:23,13:23,22:0:1:23,13:23,22:0:1 chr11 8717003 . C T 347.66 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0282492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.418;QD=19.8663;RBI=0.0498696;REFB=-0.0235794;REVB=-0.041097;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185087;STB=0.602201;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0241454;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:25:9:17:19:25:9 chr11 8747665 . CAAA CAA,CAAT 92.7 PASS AF=0.298701,0.0519481;AO=36,4;DP=77;FAO=23,4;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=20,0;FSAR=3,4;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=-0.149077,-0.0475672;FXX=0.0253133;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=10.1606,87.1767;QD=4.81545;RBI=0.153147,0.0704042;REFB=-0.247501,-0.0288647;REVB=-0.0350721,-0.0519049;RO=34;SAF=32,0;SAR=4,4;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.218613,-0.715682;STB=0.61258,0.998613;STBP=0.319,0;TYPE=del,snp;VARB=0.175591,0.083833;OID=.,.;OPOS=8747666,8747668;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAA,CAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.298701,0.0519481:36,4:77:23,4:77:50:20,0:3,4:39:11:77:34:32,0:4,4:26:8 chr11 8751640 . G C 172.95 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0320335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.437;QD=18.697;RBI=0.0979715;REFB=-0.0291237;REVB=0.0925866;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119896;STB=0.567828;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0545072;OID=.;OPOS=8751640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:8:10:13:6:8:10:13:6 chr11 8751889 . C G 119.5 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0175995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.75;QD=13.6567;RBI=0.0535115;REFB=-0.0152808;REVB=0.0505345;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101877;STB=0.55924;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0228409;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:7:14:8:6:7:14 chr11 8788168 . A T 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00854323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.471;QD=16.0921;RBI=0.00928377;REFB=-0.00729869;REVB=-0.0036334;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238597;STB=0.619681;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00645708;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:38:31:31:0.449275:19:12:23:13:19:12:23:15 chr11 8788225 . A C 224.76 PASS AF=0.397059;AO=20;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00672402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.003;QD=13.2212;RBI=0.0263028;REFB=-0.0170339;REVB=0.0254288;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084005;STB=0.597863;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0282594;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:41:20:27:0.397059:12:8:18:20:18:9:20:21 chr11 8797709 . A G 80.34 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.181786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1792;QD=32.1351;RBI=0.21071;REFB=-0.0212379;REVB=-0.106548;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00800926;OID=.;OPOS=8797709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:1:1:8:9:0.9:1:7:0:1:1:8:0:1 chr11 8797711 . A G 82.04 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.218765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3648;QD=32.8148;RBI=0.221582;REFB=-0.0620143;REVB=0.0352218;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0205848;OID=.;OPOS=8797711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:0:1:1:8:0:1 chr11 8866808 . C G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00908839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2018;QD=14.6977;RBI=0.027793;REFB=-0.00893963;REVB=-0.026265;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357947;STB=0.705283;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0109225;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:17:6:10:6:17:6 chr11 8942999 . G A 1989.53 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1059;QD=62.1727;RBI=0.0293763;REFB=0;REVB=0.000127488;RO=0;SAF=67;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01593e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:127:128:1:60:67:0:0:60:68:0:0 chr11 8947021 . A G 348.23 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0407854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3363;QD=40.968;RBI=0.0456665;REFB=0.00877373;REVB=-0.0205422;RO=4;SAF=7;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204733;STB=0.589218;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0161445;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:4:6:28:28:0.823529:21:7:4:0:21:7:4:2 chr11 8947283 . G C 887.79 PASS AF=0.941176;AO=65;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0104785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1657;QD=52.2228;RBI=0.0866261;REFB=-0.204646;REVB=0.08599;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277691;STB=0.514701;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0109261;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:68:68:2:4:65:64:0.941176:33:32:0:2:32:32:1:3 chr11 8947586 . C G 174.97 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0801546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.293;QD=21.2083;RBI=0.0819724;REFB=-0.0600834;REVB=-0.0171675;RO=14;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272761;STB=0.603324;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0304933;OID=.;OPOS=8947586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:15:17:18:0.545455:14:3:6:8:14:4:6:9 chr11 8948680 . A T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.664;QD=62.4646;RBI=0.00560987;REFB=0;REVB=-0.00504162;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58851e-05;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:51:36:0:0:51:36:0:0 chr11 8959511 . T G 567.12 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0074714;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.742;QD=58.1665;RBI=0.00771801;REFB=-0.00681613;REVB=-0.0019354;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=3.68224e-05;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:1:0 chr11 8959545 . C A 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.748;QD=63.8653;RBI=0.00352722;REFB=0;REVB=0.00189016;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20954e-05;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 8968878 . GAGGACAT G 179.56 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400878;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=7;MLLD=309.437;QD=47.8832;RBI=0.00457464;REFB=0;REVB=0.00220387;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.78157e-06;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:15:15:15:0:11:4:0:0:4:0:9:4:0:0 chr11 8969309 . T C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00669645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6214;QD=11.4253;RBI=0.0417765;REFB=-0.0135765;REVB=0.0412363;RO=37;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302306;STB=0.677535;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.019099;OID=.;OPOS=8969309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:16:5:18:19:16:5:18:19 chr11 8977830 . A G 195.66 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00099496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.288;QD=17.7868;RBI=0.0126254;REFB=-0.00868073;REVB=0.0125861;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00777702;OID=.;OPOS=8977830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:14:10:10:10:14:10 chr11 9005036 . T A 1603.8 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200;QD=59.9551;RBI=0.0208698;REFB=0;REVB=-0.00459951;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01942e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:39:67:0:0:39:68:0:0 chr11 9052423 . A C 1042.19 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.153;QD=58.7151;RBI=0.174132;REFB=0;REVB=0.0332753;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257577;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:42:29:0:0 chr11 9225486 . C G 380.2 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0241144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.486;QD=14.9099;RBI=0.0293863;REFB=-0.0202776;REVB=-0.0167943;RO=59;SAF=20;SAR=23;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773252;STB=0.504354;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0313256;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:23:20:27:32:23:20:27:32 chr11 9228785 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0730987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0009;QD=24.2035;RBI=0.077898;REFB=-0.0249287;REVB=-0.0269199;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240114;STB=0.633196;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0177847;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:2:10:9:9:2:10 chr11 9305051 . T C 398.2 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0801547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8077;QD=20.9578;RBI=0.0892066;REFB=-0.0176473;REVB=0.039154;RO=36;SAF=30;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196382;STB=0.609316;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0205502;OID=.;OPOS=9305051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:10:30:20:16:10:30:20:16 chr11 9316937 . G A 1401.84 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.323;QD=61.6193;RBI=0.0458547;REFB=0;REVB=0.0147858;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615397;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:91:0:0:83:91:1:50:33:0:0:50:41:0:0 chr11 9406349 . T C 2284.53 PASS AF=0.993421;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=152;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.709;QD=60.1193;RBI=0.0381446;REFB=0.159391;REVB=0.0178418;RO=1;SAF=69;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058363;STB=0.503067;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-8.50809e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:152:1:1:150:151:0.993421:81:69:0:1:81:70:0:1 chr11 9450377 . T G 797.17 PASS AF=0.551471;AO=69;DP=136;FAO=75;FDP=136;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0103058;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.219;QD=23.4461;RBI=0.0118762;REFB=-0.0163505;REVB=0.00590203;RO=50;SAF=34;SAR=35;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826233;STB=0.558042;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0106074;OID=.;OPOS=9450377;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:50:61:69:75:0.551471:35:34:30:20:38:37:38:23 chr11 9537904 . G C 783.22 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.378;QD=55.9444;RBI=0.0388822;REFB=0;REVB=0.0196525;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105462;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr11 9769483 . C T 274.24 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0344161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7294;QD=17.983;RBI=0.0585877;REFB=-0.0275517;REVB=-0.0474136;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194277;STB=0.60795;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0165674;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:8:23:16:14:8:23 chr11 10529822 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0164449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.882;QD=3.88744;RBI=0.0291351;REFB=-0.00659367;REVB=-0.0240503;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.627018;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0474313;OID=.;OPOS=10529822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:15:14:2:4:15:14 chr11 10533952 . T C 458.93 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.02384;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.581;QD=23.5348;RBI=0.0543515;REFB=-0.005298;REVB=0.0488441;RO=33;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00311514;OID=.;OPOS=10533952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:20:24:18:15:20:24:19:15 chr11 10536298 . T C 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0058353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.31;QD=19.7023;RBI=0.0143079;REFB=-0.0211048;REVB=0.0130639;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0221365;OID=.;OPOS=10536298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:10:6:9:8:10:6 chr11 10597081 . G A 831.1 PASS AF=0.589147;AO=75;DP=131;FAO=76;FDP=129;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0289823;FXX=0.0373106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=25.7704;RBI=0.0296489;REFB=-0.0376303;REVB=-0.00625144;RO=45;SAF=39;SAR=36;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924749;STB=0.517026;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0298314;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:45:53:75:76:0.589147:36:39:24:21:37:39:25:28 chr11 10647702 . G A 853.44 PASS AF=0.409483;AO=93;DP=230;FAO=95;FDP=232;FR=.;FRO=137;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=73;FSRR=64;FWDB=-0.0200933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.713;QD=14.7145;RBI=0.0208864;REFB=-0.0193789;REVB=0.00570087;RO=137;SAF=57;SAR=36;SRF=73;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875198;STB=0.547211;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0282349;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:232:137:137:93:95:0.409483:36:57:73:64:37:58:73:64 chr11 10649501 . A AG,G 39.03 PASS AF=0.241379,0.0344828;AO=7,2;DP=32;FAO=7,1;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0188176,-0.00498675;FXX=0.0644953;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.1088,134.043;QD=5.38358;RBI=0.083278,0.0320677;REFB=-0.0320495,-0.00203319;REVB=0.0811241,-0.0316776;RO=21;SAF=7,0;SAR=0,2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.726576,-0.514114;STB=0.794232,0.990169;STBP=0.105,0.464;TYPE=ins,snp;VARB=0.0335657,0.0596645;OID=.,.;OPOS=10649502,10649501;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:29:21:21:7,2:7,1:0.241379,0.0344828:0,2:7,0:11:10:1,1:6,0:11:10 chr11 10650329 . C T 179.42 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0477108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8024;QD=19.397;RBI=0.0647356;REFB=-0.00662568;REVB=-0.0437536;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522875;STB=0.518499;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00330554;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:7:11:12:6:7:12:12:6 chr11 10655609 . C T 1606.93 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.087;QD=64.2772;RBI=0.0497164;REFB=0;REVB=-0.0152319;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67629e-05;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:45:54:0:0:45:55:0:0 chr11 10673739 . T C,G 5459.18 PASS AF=0.891365,0.108635;AO=313,39;DP=353;FAO=320,39;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=147,39;FSAR=173,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219563,-0.0218366;FXX=0.0027777;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.908,83.9161;QD=60.8265;RBI=0.0168893,0.0309429;REFB=0,0;REVB=0.0167459,-0.0219232;RO=0;SAF=146,39;SAR=167,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.97257e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00292439,0.0540717;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:353:359:0:0:313,39:320,39:0.891365,0.108635:167,0:146,39:0:0:173,0:147,39:0:0 chr11 10715124 . T C 1171.57 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.692;QD=60.8607;RBI=0.0543398;REFB=0;REVB=0.0450317;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12122e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr11 10786142 . C T 1679.92 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417035;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2331;QD=60.5377;RBI=0.041724;REFB=0;REVB=-0.00130803;RO=0;SAF=81;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212159;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:29:81:0:0:29:82:0:0 chr11 10822350 . C T 2775.04 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972584;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.663;QD=62.7127;RBI=0.0141615;REFB=0;REVB=0.0102935;RO=0;SAF=95;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.42574e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50005e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:177:0:0:177:177:1:82:95:0:0:82:95:0:0 chr11 10823079 . T C 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0172229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.076;QD=12.5668;RBI=0.0415803;REFB=-0.0089928;REVB=0.0378457;RO=26;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1026;STB=0.5607;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00886086;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:4:11:17:9:4:11:17:9 chr11 10828361 . C A 251.16 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0374125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.809;QD=12.7169;RBI=0.0523552;REFB=-0.020715;REVB=-0.0366247;RO=48;SAF=19;SAR=10;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011168;STB=0.509428;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0352343;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:48:49:29:30:0.379747:10:19:31:17:10:20:32:17 chr11 11292700 . G C 457.16 PASS AF=0.428571;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=119;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=20;FWDB=0.00763789;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.052;QD=15.3666;RBI=0.0224686;REFB=-0.0129957;REVB=0.0211305;RO=68;SAF=28;SAR=23;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165159;STB=0.592107;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0138241;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:68:51:51:0.428571:23:28:48:20:23:28:48:20 chr11 11373508 . T C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7658;QD=62.3426;RBI=0.0326058;REFB=0;REVB=0.00716273;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039966;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 11373587 . A G 1445.97 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.653;QD=62.8683;RBI=0.0350161;REFB=0;REVB=0.0142973;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45984e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:44:46:0:0:44:48:0:0 chr11 11373635 . C T 1751.55 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.905;QD=59.8822;RBI=0.0182142;REFB=-0.0288698;REVB=0.0101034;RO=1;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102117;STB=0.505375;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000251311;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:46:70:0:1:46:70:0:1 chr11 11373808 . T G 1728.95 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.158;QD=60.6648;RBI=0.0250748;REFB=0;REVB=-0.0194051;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67401e-06;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:55:58:0:0:55:59:0:0 chr11 11373925 . A C 1882.68 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0246562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9212;QD=59.7677;RBI=0.0396487;REFB=-0.0121216;REVB=-0.0310498;RO=1;SAF=71;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664527;STB=0.501176;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-9.47286e-05;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:1:2:124:124:0.984127:53:71:1:0:53:71:1:1 chr11 11373960 . C T 2087.07 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00195883;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.604;QD=62.7691;RBI=0.0249775;REFB=0;REVB=-0.0249005;RO=0;SAF=74;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53779e-05;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:59:74:0:0:59:74:0:0 chr11 11374016 . T A 2027.25 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.922;QD=62.3768;RBI=0.0383444;REFB=0;REVB=-0.024264;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91246e-06;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:68:62:0:0:68:62:0:0 chr11 11374269 . A G 2267.37 PASS AF=0.986928;AO=151;DP=153;FAO=151;FDP=153;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0607582;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.803;QD=59.2775;RBI=0.0635427;REFB=-0.0667055;REVB=0.0186043;RO=1;SAF=96;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856947;STB=0.501914;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000268912;OID=.;OPOS=11374269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:153:153:1:2:151:151:0.986928:55:96:0:1:55:96:1:1 chr11 11374283 . T G 2320.01 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0281979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.41;QD=62.2821;RBI=0.0296293;REFB=-0.0546097;REVB=-0.00909813;RO=2;SAF=96;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430501;STB=0.502263;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.000589338;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:51:96:1:1:51:96:1:1 chr11 11913585 . G T 1688.78 PASS AF=0.974359;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0195802;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=314.973;QD=57.736;RBI=0.0221318;REFB=-0.0434824;REVB=-0.0103167;RO=3;SAF=52;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060262;STB=0.503175;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.000222042;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:117:117:3:3:114:114:0.974359:62:52:1:2:62:52:1:2 chr11 11976628 . G A 1733.43 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1741;QD=59.7736;RBI=0.0484954;REFB=-0.137313;REVB=-0.0338466;RO=1;SAF=74;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114406;STB=0.506023;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00323614;OID=.;OPOS=11976628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:41:74:0:1:41:74:0:1 chr11 11977573 . T C 379.05 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=0.00701019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.49;QD=16.4804;RBI=0.00861219;REFB=-0.0131249;REVB=-0.0050027;RO=50;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20661;STB=0.603726;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.01898;OID=.;OPOS=11977573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:50:52:39:40:0.434783:16:23:39:11:16:24:40:12 chr11 11978815 . T TGA 651.25 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=152;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.00872069;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.38;QD=17.1382;RBI=0.0160998;REFB=-0.026064;REVB=0.0135334;RO=82;SAF=37;SAR=33;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159478;STB=0.508852;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=0.0294335;OID=.;OPOS=11978816;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460526:70:152:70:152:82:37:33:42:40:99:82:37:33:42:40 chr11 11986061 . T C 1206.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.536;QD=61.0817;RBI=0.0492152;REFB=0;REVB=0.00358037;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72602e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:79:0:0:71:79:1:32:39:0:0:35:44:0:0 chr11 12225945 . GT G,GG 1756.23 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=27,90;DP=119;FAO=12,105;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=2,46;FSAR=10,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440557,0.0443108;FXX=0.0249979;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=290.684,307.294;QD=60.042;RBI=0.0601746,0.0589451;REFB=0,0;REVB=0.0409889,0.0388725;RO=0;SAF=12,36;SAR=15,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0197128,4.21349e-06;OID=.,.;OPOS=12225946,12225946;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:27,90:119:12,105:117:0:2,46:10,59:0:0:24:0:12,36:15,54:0:0 chr11 12229655 . T G 3505.25 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320378;FXX=0.0132153;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.97;QD=62.5938;RBI=0.0322971;REFB=-0.110877;REVB=-0.00408387;RO=0;SAF=111;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106196;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:227:224:0:0:224:224:1:113:111:0:0:113:111:0:0 chr11 12246233 . G C 596.75 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00418092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0318;QD=16.3492;RBI=0.00510021;REFB=-0.0194978;REVB=0.00292097;RO=81;SAF=37;SAR=26;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11983;STB=0.573933;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.014007;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:81:83:63:63:0.431507:26:37:38:43:26:37:38:45 chr11 12285090 . C T 249.64 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00128331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.781;QD=14.9038;RBI=0.015098;REFB=-0.0295433;REVB=0.0150433;RO=36;SAF=19;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159894;STB=0.584866;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0408338;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:36:38:28:29:0.432836:9:19:19:17:9:20:21:17 chr11 12315186 . G A 1383.55 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397953;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.094;QD=62.8884;RBI=0.0432571;REFB=0;REVB=-0.0169563;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63881e-05;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:49:39:0:0 chr11 12315407 . G C 478.52 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9;QD=56.2968;RBI=0.0751962;REFB=-0.0208037;REVB=0.0709;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563243;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:10:24:0:0 chr11 12315716 . C T 183.17 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.209;QD=40.7044;RBI=0.0501235;REFB=-0.17741;REVB=0.00871118;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.555487;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00285589;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:18:0:1:16:17:0.944444:3:13:0:0:4:13:0:1 chr11 12315848 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8292;QD=51.1844;RBI=0.0431037;REFB=0;REVB=-0.0309925;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87628e-05;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 12315891 . G A 298.01 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.807;QD=51.8272;RBI=0.053149;REFB=0;REVB=0.0355909;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927793;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:9:13:0:0:9:14:0:0 chr11 12315915 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.437;QD=53.9112;RBI=0.050206;REFB=0;REVB=-0.0462157;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73166e-05;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 12550368 . TATA T 658.02 PASS AF=0.45;AO=68;DP=158;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0140259;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.522;QD=16.4506;RBI=0.0153613;REFB=-0.020065;REVB=-0.00626467;RO=84;SAF=25;SAR=43;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170107;STB=0.580963;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.0206797;OID=.;OPOS=12550369;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:68:158:72:160:88:28:44:47:41:99:84:25:43:45:39 chr11 12903443 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000368355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.953;QD=64.4138;RBI=0.0237357;REFB=0;REVB=0.0237328;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49768e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr11 13031708 . A G 792.17 PASS AF=0.380753;AO=91;DP=239;FAO=91;FDP=239;FR=.;FRO=148;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=99;FSRR=49;FWDB=-0.0119179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.418;QD=13.258;RBI=0.0136685;REFB=-0.0112261;REVB=0.00669267;RO=148;SAF=56;SAR=35;SRF=99;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632345;STB=0.535583;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0185893;OID=.;OPOS=13031708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:148:148:91:91:0.380753:35:56:99:49:35:56:99:49 chr11 13398129 . T A 2308.09 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.242;QD=63.6714;RBI=0.0693796;REFB=0;REVB=0.0692637;RO=0;SAF=105;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34435e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:145:0:0:139:145:1:34:105:0:0:39:106:0:0 chr11 13441126 . A G 567.11 PASS AF=0.48;AO=58;DP=124;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0222741;FXX=0.0384586;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.741;QD=18.1476;RBI=0.0265291;REFB=-0.0351921;REVB=-0.0144103;RO=63;SAF=29;SAR=29;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372716;STB=0.519373;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0241849;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:63:65:58:60:0.48:29:29:34:29:29:31:36:29 chr11 13443250 . C T 690.88 PASS AF=0.648352;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00737842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.233;QD=30.3685;RBI=0.0303427;REFB=-0.0285962;REVB=-0.0294319;RO=32;SAF=32;SAR=27;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681104;STB=0.5369;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0144761;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:32:32:59:59:0.648352:27:32:14:18:27:32:14:18 chr11 13929046 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.52;QD=49.5992;RBI=0.0243192;REFB=0;REVB=0.00349362;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73798e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 14101493 . G C,GC 1114.46 PASS AF=0.0481928,0.951807;AO=6,70;DP=85;FAO=4,79;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=4,54;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274956,0.0320861;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.729,23.1225;QD=53.7088;RBI=0.0302854,0.096253;REFB=0,0;REVB=0.0126963,0.0907476;RO=7;SAF=4,48;SAR=2,22;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.210115,-0.0345543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0214678,0.0100084;OID=.,.;OPOS=14101493,14101494;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:85:83:7:0:6,70:4,79:0.0481928,0.951807:2,22:4,48:6:1:0,25:4,54:0:0 chr11 14276113 . G A 211.95 PASS AF=0.216049;AO=35;DP=162;FAO=35;FDP=162;FR=.;FRO=127;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=88;FSRR=39;FWDB=-0.00245011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.524;QD=5.23327;RBI=0.0254064;REFB=-0.000892842;REVB=-0.0252879;RO=127;SAF=20;SAR=15;SRF=88;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164182;STB=0.599947;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00346706;OID=.;OPOS=14276113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:127:127:35:35:0.216049:15:20:88:39:15:20:88:39 chr11 14632570 . A C 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00114638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.162;QD=18.7955;RBI=0.0494149;REFB=-0.0189067;REVB=0.0494016;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307392;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0257909;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:14:13:11:12:14:13 chr11 14810762 . A G 283.47 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.019173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.799;QD=15.3227;RBI=0.0206708;REFB=-0.00261474;REVB=0.00772511;RO=41;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108197;STB=0.57513;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00427921;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:18:13:13:28:18:14:13:29 chr11 14913575 . G A 1360.12 PASS AF=0.426934;AO=148;DP=349;FAO=149;FDP=349;FR=.;FRO=200;FSAF=92;FSAR=57;FSRF=111;FSRR=89;FWDB=0.0093349;FXX=0.00569784;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.159;QD=15.5887;RBI=0.0219416;REFB=-0.0111378;REVB=0.0198568;RO=200;SAF=92;SAR=56;SRF=111;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716492;STB=0.53721;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0172668;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:349:200:200:148:149:0.426934:56:92:111:89:57:92:111:89 chr11 14991539 . T C 3272.75 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000656015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8336;QD=62.0426;RBI=0.0277655;REFB=0;REVB=-0.0277577;RO=0;SAF=135;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99645e-05;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:211:211:0:0:211:211:1:76:135:0:0:76:135:0:0 chr11 15199957 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6413;QD=57.1052;RBI=0.0954113;REFB=0;REVB=-0.00897299;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920783;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:25:30:0:0 chr11 15992264 . T C 257.42 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0371943;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.597;QD=13.5483;RBI=0.0729272;REFB=-0.0201062;REVB=0.0627293;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139375;STB=0.579493;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0244491;OID=.;OPOS=15992264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:13:17:20:26:13:17:20:26 chr11 16133413 . A G 551.14 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00156158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.555;QD=26.885;RBI=0.033251;REFB=-0.0684304;REVB=0.0332143;RO=31;SAF=25;SAR=25;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793474;STB=0.548761;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0404202;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:50:50:0.609756:25:25:19:12:25:25:20:12 chr11 16863907 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00927636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.782;QD=15.0636;RBI=0.0145091;REFB=-0.0252356;REVB=0.0111562;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983069;STB=0.546185;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0367925;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:13:14:21:13:13:14:21:14 chr11 17035718 . A G 145.36 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2146;QD=44.7261;RBI=0.0401657;REFB=0;REVB=-0.00193914;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553092;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:5:8:0:0 chr11 17172133 . T C 422.7 PASS AF=0.424779;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0452412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.172;QD=14.9629;RBI=0.0454942;REFB=-0.0227603;REVB=0.00479132;RO=65;SAF=20;SAR=28;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201635;STB=0.613092;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0230339;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:48:48:0.424779:28:20:40:25:28:20:40:25 chr11 17191019 . A G 231.17 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0199916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3376;QD=17.7823;RBI=0.035476;REFB=-0.00128683;REVB=-0.0293067;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297034;STB=0.674563;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-1.23955e-05;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:25:25:0.480769:16:9:18:8:16:9:19:8 chr11 17333663 . G A 399.79 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00235405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6759;QD=53.3049;RBI=0.0231189;REFB=-0.168825;REVB=0.0229987;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00609276;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr11 17339127 . T C 740.3 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00740939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.896;QD=54.8372;RBI=0.0331135;REFB=-0.164362;REVB=0.0322739;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00051261;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:0:1 chr11 17352477 . TACA T 439.65 PASS AF=1;AO=23;DP=39;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542494;FXX=0.179441;HRUN=1;LEN=3;MLLD=334.076;QD=54.9568;RBI=0.0542555;REFB=0;REVB=0.000815794;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000123277;OID=.;OPOS=17352478;OREF=ACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:39:32:32:0:21:11:0:0:3:0:12:11:0:0 chr11 17408251 . G A 555.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.099;QD=60.0435;RBI=0.231228;REFB=0;REVB=0.229832;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460284;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr11 17408404 . C T 1312.02 PASS AF=0.914286;AO=96;DP=105;FAO=96;FDP=105;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0308253;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.503;QD=49.9817;RBI=0.0308279;REFB=-0.033296;REVB=0.000402778;RO=9;SAF=44;SAR=52;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386604;STB=0.520445;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00149388;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:105:105:9:9:96:96:0.914286:52:44:2:7:52:44:2:7 chr11 17408405 . G T 32.65 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=0.0119935;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8961;QD=1.22051;RBI=0.0661516;REFB=-0.0219512;REVB=-0.0650552;RO=98;SAF=2;SAR=7;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269646;STB=0.724694;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0720428;OID=.;OPOS=17408405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:107:98:98:9:9:0.0841121:7:2:44:54:7:2:44:54 chr11 17408630 . C T 1528.0 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735559;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.791;QD=59.9217;RBI=0.00755966;REFB=0;REVB=0.00174465;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77477e-05;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:58:44:0:0:58:44:0:0 chr11 17409069 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.249;QD=53.9112;RBI=0.0303695;REFB=0;REVB=-0.00658841;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52957e-05;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 17409572 . T C,G 1188.47 PASS AF=0.95,0.05;AO=73,5;DP=79;FAO=76,4;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368442,-0.086692;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=197.853,9.3314;QD=59.4235;RBI=0.0645359,0.0867026;REFB=0,0;REVB=0.0529848,0.00135653;RO=0;SAF=39,4;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.96262e-05,0.187245;OID=.,.;OPOS=17409572,17409572;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:79:80:0:0:73,5:76,4:0.95,0.05:34,1:39,4:0:0:34,2:42,2:0:0 chr11 17417035 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00894278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.507;QD=20.4561;RBI=0.0155108;REFB=-0.0270107;REVB=-0.0126733;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420242;STB=0.523781;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0241166;OID=.;OPOS=17417035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:9:6:6:11:9:6 chr11 17418477 . C A 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3994;QD=61.5342;RBI=0.012438;REFB=0;REVB=0.00800429;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119621;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr11 17522638 . G A 362.25 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0140576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3229;QD=16.4658;RBI=0.0151102;REFB=-0.0193026;REVB=0.00554115;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149662;STB=0.569401;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0319242;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:38:39:0.443182:20:18:30:18:20:19:30:19 chr11 17542439 . T C 458.31 PASS AF=0.4375;AO=45;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00232633;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.78;QD=14.322;RBI=0.0375123;REFB=-0.00343699;REVB=0.0374401;RO=67;SAF=31;SAR=14;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909218;STB=0.504617;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00969489;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:67:72:45:56:0.4375:14:31:41:26:23:33:43:29 chr11 17593709 . T C 605.56 PASS AF=0.384615;AO=69;DP=181;FAO=70;FDP=182;FR=.;FRO=112;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=57;FWDB=-0.00922101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.409;QD=13.3091;RBI=0.023057;REFB=-0.0186579;REVB=-0.0211329;RO=112;SAF=30;SAR=39;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620489;STB=0.538816;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.029364;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:112:112:69:70:0.384615:39:30:55:57:40:30:55:57 chr11 17596313 . G A 811.88 PASS AF=0.550725;AO=74;DP=137;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0139876;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8037;QD=23.5328;RBI=0.0145433;REFB=-0.0151035;REVB=-0.00398204;RO=62;SAF=42;SAR=32;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029819;STB=0.521362;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00904041;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:62:62:74:76:0.550725:32:42:33:29:32:44:33:29 chr11 17600033 . G A 1133.2 PASS AF=0.497817;AO=111;DP=224;FAO=114;FDP=229;FR=.;FRO=115;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=74;FSRR=41;FWDB=0.0220843;FXX=0.00434764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4582;QD=19.7939;RBI=0.0399185;REFB=-0.0178288;REVB=0.0332531;RO=106;SAF=54;SAR=57;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12953;STB=0.57204;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0205431;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:229:106:115:111:114:0.497817:57:54:67:39:57:57:74:41 chr11 17627613 . G C 1116.89 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.897;QD=59.5674;RBI=0.0443318;REFB=0;REVB=0.0376575;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99759e-05;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:75:0:0:70:75:1:29:41:0:0:33:42:0:0 chr11 17631751 . C T 366.76 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0727332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.4419;QD=19.0524;RBI=0.0882827;REFB=0.0147349;REVB=0.0500371;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571391;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00959386;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:39:36:38:0.493506:18:18:13:13:20:18:24:15 chr11 17632651 . C T 477.37 PASS AF=0.481132;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=106;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0129485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6337;QD=18.0139;RBI=0.0173061;REFB=-0.00851317;REVB=0.011482;RO=54;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147644;STB=0.586085;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0127461;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:55:51:51:0.481132:23:28:21:33:23:28:21:34 chr11 17656686 . C T 380.7 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0366914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4019;QD=16.9202;RBI=0.0577587;REFB=0.00313592;REVB=0.0446072;RO=49;SAF=14;SAR=26;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239658;STB=0.639751;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00281491;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:50:40:40:0.444444:26:14:29:20:26:14:30:20 chr11 17663444 . C T 601.06 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=130;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.000250721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.068;QD=18.4942;RBI=0.0106321;REFB=-0.0312618;REVB=0.0106292;RO=68;SAF=30;SAR=32;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126005;STB=0.569711;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0234786;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:68:68:62:62:0.476923:32:30:42:26:32:30:42:26 chr11 17663742 . G C 872.58 PASS AF=0.556291;AO=84;DP=151;FAO=84;FDP=151;FR=.;FRO=67;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=19;FWDB=0.0373393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.707;QD=23.1148;RBI=0.0416867;REFB=-0.0532515;REVB=-0.0185355;RO=67;SAF=61;SAR=23;SRF=48;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993728;STB=0.505424;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0469327;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:67:67:84:84:0.556291:23:61:48:19:23:61:48:19 chr11 17795089 . G A 344.55 PASS AF=0.469136;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0342759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9381;QD=17.015;RBI=0.035336;REFB=-0.013582;REVB=0.00859025;RO=42;SAF=27;SAR=9;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151072;STB=0.513722;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0399643;OID=.;OPOS=17795089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:43:36:38:0.469136:9:27:31:11:9:29:32:11 chr11 17948311 . T C 288.87 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00931565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.113;QD=21.0084;RBI=0.0160483;REFB=0.0108053;REVB=-0.0130677;RO=25;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516315;STB=0.528716;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00893779;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:7:23:18:7:7:23:18:7 chr11 17981047 . C T 317.12 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00378369;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.79;QD=15.1009;RBI=0.0270038;REFB=-0.0110166;REVB=-0.0267374;RO=49;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297586;STB=0.516829;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0254543;OID=.;OPOS=17981047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:49:49:35:35:0.416667:19:16:21:28:19:16:21:28 chr11 18041193 . AAGT A 68.11 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00577564;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=128.099;QD=10.0902;RBI=0.0464604;REFB=-0.0170963;REVB=-0.0461;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246768;STB=0.646777;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0183327;OID=.;OPOS=18041194;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:11:27:11:27:16:8:3:8:8:68:16:8:3:8:8 chr11 18159169 . A G 1573.4 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.485;QD=59.939;RBI=0.0475397;REFB=0;REVB=-0.0367848;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27515e-06;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:44:60:0:0:44:61:0:0 chr11 18159254 . A G 1708.41 PASS AF=0.991379;AO=112;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143588;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.309;QD=58.9105;RBI=0.0248666;REFB=0.0101869;REVB=-0.0203021;RO=1;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088742;STB=0.504504;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000102934;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:112:115:0.991379:53:59:0:1:55:60:0:1 chr11 18194944 . T A 1231.33 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00372998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.38;QD=60.0648;RBI=0.027267;REFB=-0.0869575;REVB=0.0270106;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000444912;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:35:46:0:1:35:46:0:1 chr11 18195051 . T C 1324.38 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0419202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.818;QD=60.8912;RBI=0.0479375;REFB=-0.0190189;REVB=0.023253;RO=1;SAF=49;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957159;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=3.57358e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:37:49:1:0:37:49:1:0 chr11 18210580 . C T 1282.3 PASS AF=0.990291;AO=87;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0649631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6849;QD=49.7979;RBI=0.216972;REFB=-0.1615;REVB=0.207018;RO=6;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708728;STB=0.504853;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0138417;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:101:103:6:1:87:102:0.990291:37:50:0:6:51:51:0:1 chr11 18210739 . G C 637.34 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.000264031;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.495;QD=16.9958;RBI=0.00770883;REFB=-0.0176401;REVB=-0.0077043;RO=81;SAF=35;SAR=33;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324907;STB=0.521358;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0221728;OID=.;OPOS=18210739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:81:82:68:68:0.453333:33:35:39:42:33:35:39:43 chr11 18231749 . T G 166.26 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0261263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5689;QD=15.1145;RBI=0.0315007;REFB=-0.0264795;REVB=0.0175986;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129868;STB=0.559521;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0370691;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:17:8:8:10:17:9 chr11 18253176 . C T 173.81 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0202121;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.979;QD=18.2958;RBI=0.0247251;REFB=-0.00943857;REVB=-0.0142408;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19497;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00985199;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:12:8:11:7:12:8 chr11 18267027 . C T 1786.93 PASS AF=0.975806;AO=117;DP=121;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00795152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3063;QD=57.643;RBI=0.0222069;REFB=-0.204192;REVB=0.0207345;RO=3;SAF=63;SAR=54;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220758;STB=0.502958;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0037579;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:124:3:3:117:121:0.975806:54:63:3:0:55:66:2:1 chr11 18267463 . A G 280.27 PASS AF=0.574074;AO=28;DP=55;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0294454;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1037;QD=20.7611;RBI=0.033864;REFB=-0.0985665;REVB=-0.0167254;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180952;STB=0.583282;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0583146;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:22:23:28:31:0.574074:14:14:16:6:14:17:17:6 chr11 18267471 . A G 182.17 PASS AF=0.4;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0165189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.415;QD=13.2487;RBI=0.0208937;REFB=-0.0149808;REVB=-0.0127935;RO=33;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163835;STB=0.603674;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0284087;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:33:21:22:0.4:6:15:19:14:6:16:19:14 chr11 18267478 . G A 275.88 PASS AF=0.54;AO=25;DP=53;FAO=27;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0548697;FXX=0.0565931;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8132;QD=22.0704;RBI=0.0551817;REFB=0.000492347;REVB=-0.00585917;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099446;STB=0.55624;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00224836;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:19:21:25:27:0.54:11:14:13:6:11:16:15:6 chr11 18290859 . C T 123.1 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0791532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.587;QD=37.8763;RBI=0.0791962;REFB=-0.0353064;REVB=-0.00261107;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00132252;OID=.;OPOS=18290859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr11 18290874 . T C 101.92 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.247;QD=40.7688;RBI=0.275592;REFB=0;REVB=0.27369;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690071;OID=.;OPOS=18290874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:1:0:9:10:1:2:7:0:1:3:7:0:0 chr11 18290880 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.681;QD=40.7629;RBI=0.0207676;REFB=0;REVB=0.014341;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73531e-06;OID=.;OPOS=18290880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 18291321 . T C 2481.48 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.674;QD=61.2711;RBI=0.0156529;REFB=0;REVB=0.00861207;RO=0;SAF=85;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47918e-05;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:161:162:1:76:85:0:0:76:86:0:0 chr11 18327684 . G T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.00426629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.327;QD=20.3167;RBI=0.00618979;REFB=-0.00888078;REVB=0.00448468;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160055;STB=0.589388;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00919106;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:13:6:3:15:13:6:3:15 chr11 18388128 . G C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0127928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0369;QD=16.8723;RBI=0.0164083;REFB=-0.00696073;REVB=-0.0102751;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152564;STB=0.586872;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0183754;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:9:17:10:10:9:17 chr11 18422487 . C A 2010.12 PASS AF=1;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275263;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.314;QD=62.3293;RBI=0.0309519;REFB=0;REVB=0.0141534;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113924;OID=.;OPOS=18422487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:127:129:1:61:66:0:0:61:68:0:0 chr11 18424451 . C T 1785.84 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.871;QD=61.0545;RBI=0.021862;REFB=0;REVB=0.00575614;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36637e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:61:56:0:0:61:56:0:0 chr11 18424487 . A G 1761.38 PASS AF=0.975207;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0103234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0151;QD=58.2273;RBI=0.0123611;REFB=0.00128325;REVB=-0.00679891;RO=3;SAF=53;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551176;STB=0.502903;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.000193297;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:118:118:0.975207:65:53:1:2:65:53:1:2 chr11 18467821 . T C 1555.62 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352996;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.069;QD=64.1494;RBI=0.0456598;REFB=0;REVB=0.0289613;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.294e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr11 18487305 . C G 785.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.029;QD=64.1422;RBI=0.0230412;REFB=0;REVB=0.0174392;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95966e-06;OID=.;OPOS=18487305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr11 18633971 . G A 1525.89 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199154;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.379;QD=59.8386;RBI=0.0212216;REFB=0;REVB=0.00733026;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13446e-05;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:101:102:1:35:66:0:0:35:67:0:0 chr11 18735396 . G T 358.24 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.025;QD=55.1143;RBI=0.0407827;REFB=0;REVB=0.023572;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174632;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr11 18735465 . G A 225.3 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0438963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.042;QD=10.9902;RBI=0.0440359;REFB=-0.00568464;REVB=0.00350332;RO=54;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105168;STB=0.560933;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00992054;OID=.;OPOS=18735465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:14:14:22:32:14:14:22:32 chr11 18735947 . T C 659.02 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.96;QD=61.3041;RBI=0.0650588;REFB=0;REVB=0.0407686;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722491;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr11 18737095 . C T 1656.34 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.718;QD=59.6878;RBI=0.0497993;REFB=0;REVB=0.0224482;RO=0;SAF=51;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046189;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:111:0:0:106:111:1:55:51:0:0:56:55:0:0 chr11 18738281 . C T 715.76 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171665;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.879;QD=57.2605;RBI=0.0328731;REFB=0;REVB=-0.0280349;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236125;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 18751041 . C T 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0133613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.447;QD=16.1648;RBI=0.0306;REFB=-0.0190155;REVB=0.0275288;RO=41;SAF=23;SAR=10;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195499;STB=0.61055;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.022033;OID=.;OPOS=18751041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:10:23:21:20:10:23:21:20 chr11 18764026 . G C 340.01 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0119766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.757;QD=29.566;RBI=0.0380619;REFB=-0.0316956;REVB=0.0361285;RO=17;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128161;STB=0.507037;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0138944;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:9:20:12:5:9:20:12:5 chr11 18955744 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.144;QD=47.8214;RBI=0.0408033;REFB=0;REVB=-0.0154378;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332558;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr11 18956196 . C T 616.91 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0141373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7157;QD=17.501;RBI=0.0513884;REFB=-0.0139481;REVB=0.0494055;RO=77;SAF=29;SAR=35;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128345;STB=0.571343;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0274816;OID=.;OPOS=18956196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:35:29:45:32:35:29:45:32 chr11 19077755 . A C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0210987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.185;QD=19.3436;RBI=0.0324998;REFB=-0.0165091;REVB=-0.0247201;RO=18;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820689;STB=0.54682;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0114415;OID=.;OPOS=19077755;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:3:15:14:4:3:15:14:4 chr11 19077765 . T C 171.22 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0151315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.471;QD=17.5615;RBI=0.038345;REFB=-0.0177371;REVB=-0.0352332;RO=20;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834077;STB=0.592476;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0151071;OID=.;OPOS=19077765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:2:16:17:3:2:16:17:4 chr11 19077904 . T G 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0245063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6198;QD=18.2496;RBI=0.025344;REFB=-0.0807632;REVB=0.00646196;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298867;STB=0.663976;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0480846;OID=.;OPOS=19077904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:2:13:9:5:2:13:10:5 chr11 19167850 . A G 1587.45 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9022;QD=64.1394;RBI=0.0362966;REFB=0;REVB=0.0187093;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.19352e-05;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr11 19245854 . T C 1718.31 PASS AF=0.982906;AO=113;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00780102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.66;QD=58.7457;RBI=0.0415113;REFB=-0.0478788;REVB=0.0407717;RO=2;SAF=56;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000146096;STB=0.500074;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000234301;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:113:115:0.982906:57:56:1:1:58:57:1:1 chr11 19251289 . C G 273.57 PASS AF=0.43662;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0052102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.726;QD=15.4126;RBI=0.00732477;REFB=-0.0205987;REVB=0.00514841;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123204;STB=0.552908;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.030924;OID=.;OPOS=19251289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:40:29:31:0.43662:17:12:12:28:19:12:12:28 chr11 19263369 . CCTTTTTT CCTTTTTC,CCTTTT,CCTTTTT,TCCTTTTT,TTTTTCTT 574.74 PASS AF=0.344444,0.655556,0,0,0;AO=7,12,10,5,4;DP=90;FAO=31,59,0,0,0;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=0,57,0,0,0;FSAR=31,2,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178929,0.0272467,0.0536609,0.0239501,0.00224802;FXX=0.1089;HRUN=15,15,15,2,2;LEN=1,2,1,3,6;MLLD=150.838,6.00989,3.6187,9.90865,43.3523;QD=25.5441;RBI=0.0268591,0.157445,0.306931,0.0306871,0.0115551;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.0267994,0.155069,0.302203,0.0191857,-0.0113343;RO=3;SAF=0,12,10,5,0;SAR=7,0,0,0,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.812474,0,0,0,-0.782218;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp,mnp;VARB=0.0255344,-0.0370392,0.319456,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=19263376,19263371,19263371,19263369,19263369;OREF=T,TT,T,CCT,CCTTTT;OALT=C,-,-,TCC,TTTTTC;OMAPALT=CCTTTTTC,CCTTTT,CCTTTTT,TCCTTTTT,TTTTTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:90:90:3:0:7,12,10,5,4:31,59,0,0,0:0.344444,0.655556,0,0,0:7,0,0,0,4:0,12,10,5,0:3:0:31,2,0,0,0:0,57,0,0,0:0:0 chr11 19612775 . C T 1025.46 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3442;QD=59.4468;RBI=0.0353871;REFB=0;REVB=-0.013019;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36833e-05;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr11 19799525 . CCG C,CC 688.27 PASS AF=0.020979,0.468531;AO=24,49;DP=152;FAO=3,67;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=3,34;FSAR=0,33;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0562995,0.00345457;FXX=0.0337815;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=93.0406,94.5618;QD=19.2524;RBI=0.0569868,0.00416402;REFB=-0.0157663,-0.0142687;REVB=-0.00882399,-0.00232488;RO=77;SAF=22,15;SAR=2,34;SRF=41;SRR=36;SSEN=0.4,0;SSEP=0.492063,0;SSSB=0.582864,-0.254087;STB=0.996425,0.506824;STBP=0.095,0.881;TYPE=del,del;VARB=0.0385861,0.0157294;OID=.,.;OPOS=19799526,19799527;OREF=CG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.020979,0.468531:24,49:152:3,67:143:73:3,34:0,33:38:35:99:77:22,15:2,34:41:36 chr11 19854088 . G A 2366.93 PASS AF=1;AO=154;DP=156;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00515691;FXX=0.00628891;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3745;QD=59.9223;RBI=0.00537885;REFB=0;REVB=0.00152915;RO=1;SAF=87;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102153;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:158:1:0:154:158:1:67:87:0:1:71:87:0:0 chr11 19901632 . G A 330.47 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0247262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4124;QD=16.5233;RBI=0.0823566;REFB=-0.0494615;REVB=-0.0785571;RO=42;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015972;STB=0.511621;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0364039;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:22:14:17:25:22:14:18:26 chr11 19955194 . G C 321.8 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0230152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.565;QD=23.8367;RBI=0.039888;REFB=-0.0201114;REVB=0.0325783;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243664;STB=0.62196;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0105055;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:10:21:8:14:11:21:8:14 chr11 19955500 . A G 364.03 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.00470289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.549;QD=18.432;RBI=0.00535702;REFB=-0.00819443;REVB=0.00256524;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108143;STB=0.556299;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0101384;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:41:38:38:0.481013:16:22:27:12:16:22:28:13 chr11 19970501 . T C 232.25 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00708494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0999;QD=23.8209;RBI=0.00769664;REFB=-0.0142234;REVB=0.00300697;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593334;STB=0.511617;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0088677;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:5:16:12:5:6:16:12:5 chr11 19970558 . T C 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.538;QD=56.9302;RBI=0.0158002;REFB=0;REVB=-0.0135049;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17257e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr11 19970579 . C G,T 1490.82 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=4,89;DP=93;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=4,55;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123939,-0.000253271;FXX=0.029997;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.464,116.957;QD=61.4771;RBI=0.0682964,0.01441;REFB=0,0;REVB=-0.0682851,-0.0144078;RO=0;SAF=4,53;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.47001e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107777,0.00178028;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:93:97:0:0:4,89:4,93:0.0412371,0.958763:0,36:4,53:0:0:0,38:4,55:0:0 chr11 20044696 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0223951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.488;QD=8.24621;RBI=0.0225598;REFB=-0.00559047;REVB=-0.00272154;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258431;STB=0.516084;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0173;OID=.;OPOS=20044696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:11:4:2:5:11:4 chr11 20065673 . G T 447.37 PASS AF=0.573333;AO=41;DP=73;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00811212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.575;QD=23.8599;RBI=0.0413842;REFB=-0.0150598;REVB=0.0405813;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247503;STB=0.646342;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00579475;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:31:32:41:43:0.573333:16:25:9:22:16:27:9:23 chr11 20067064 . C T 1138.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310502;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.831;QD=60.72;RBI=0.0486418;REFB=0;REVB=0.037442;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137647;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:44:31:0:0:44:31:0:0 chr11 20089725 . T C 692.69 PASS AF=0.477124;AO=72;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00817339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6357;QD=18.1096;RBI=0.0112835;REFB=-0.0129437;REVB=0.00777903;RO=80;SAF=38;SAR=34;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331885;STB=0.514869;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0107217;OID=.;OPOS=20089725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:80:72:73:0.477124:34:38:45:35:34:39:45:35 chr11 20089944 . T C 447.63 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0105125;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.521;QD=20.5808;RBI=0.0114563;REFB=-0.0163896;REVB=0.00455363;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133299;STB=0.573771;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0155835;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:20:24:17:26:20:24:17:26 chr11 20099112 . A T 1231.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888113;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.227;QD=61.5699;RBI=0.0107839;REFB=0;REVB=0.00611708;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84994e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr11 20099541 . C T 538.45 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.386;QD=59.8272;RBI=0.0744138;REFB=0;REVB=0.0204888;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697271;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:5:30:0:0:5:31:0:0 chr11 20101704 . C T 2026.9 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.723;QD=62.3662;RBI=0.0674829;REFB=0;REVB=0.0619688;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32556e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:71:59:0:0:71:59:0:0 chr11 20101744 . C A 1594.76 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00866366;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6745;QD=59.0652;RBI=0.0582871;REFB=-0.0744513;REVB=-0.0576396;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000607042;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:1:1:105:107:0.990741:61:44:0:1:61:46:0:1 chr11 20104669 . G A 349.24 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0395522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.558;QD=20.2459;RBI=0.0397688;REFB=0.00802679;REVB=0.00414466;RO=33;SAF=25;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168172;STB=0.593613;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0136239;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:11:25:17:16:11:25:17:16 chr11 20112417 . A C 320.12 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=8;FWDB=0.000180063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.143;QD=16.0059;RBI=0.0126889;REFB=-0.0139838;REVB=0.0126877;RO=45;SAF=26;SAR=9;SRF=37;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110815;STB=0.56191;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0146863;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:9:26:37:8:9:26:37:8 chr11 20112492 . G A 487.07 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00546685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.368;QD=27.0593;RBI=0.00552712;REFB=-0.0232055;REVB=0.000813969;RO=27;SAF=32;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122399;STB=0.566943;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.01236;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:13:32:15:12:13:32:15:12 chr11 20117232 . T C 2314.59 PASS AF=0.987179;AO=155;DP=155;FAO=154;FDP=156;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.782;QD=59.3484;RBI=0.037087;REFB=-0.140365;REVB=0.0315557;RO=0;SAF=87;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507352;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000398903;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:156:0:2:155:154:0.987179:68:87:0:0:67:87:0:2 chr11 20124914 . A C 1361.15 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866341;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.03;QD=62.5818;RBI=0.017378;REFB=0;REVB=0.0150645;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45025e-05;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr11 20139937 . C T 607.46 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.029456;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.144;QD=44.1788;RBI=0.0368384;REFB=-0.0748571;REVB=0.0221227;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.529889;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00188554;OID=.;OPOS=20139937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:55:55:1:7:48:48:0.872727:25:23:0:1:25:23:5:2 chr11 20140020 . C A 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0285356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8539;QD=22.0081;RBI=0.029078;REFB=0.00692162;REVB=-0.00559004;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180396;STB=0.509949;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00507638;OID=.;OPOS=20140020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:20:18:14:17:20:18:14:17 chr11 20140387 . A G 1594.0 PASS AF=0.990826;AO=104;DP=106;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.24;QD=58.4956;RBI=0.0228835;REFB=-0.0833248;REVB=-0.018772;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114328;STB=0.505881;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000445945;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:109:1:1:104:108:0.990826:41:63:0:1:42:66:0:1 chr11 20140471 . A G 1470.63 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0633564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1899;QD=60.0256;RBI=0.0636105;REFB=-0.101045;REVB=-0.00568017;RO=3;SAF=58;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00308038;STB=0.501484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00227832;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:98:3:3:94:95:0.969388:36:58:2:1:36:59:2:1 chr11 20142377 . GTCAC G 762.48 PASS AF=1;AO=51;DP=58;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000136157;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.978;QD=57.5457;RBI=0.00652461;REFB=0;REVB=-0.00652319;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.56305e-05;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:58:53:53:0:18:35:0:0:4:0:16:35:0:0 chr11 20142448 . T C 677.05 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0169001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5763;QD=56.4205;RBI=0.031187;REFB=-0.126706;REVB=-0.0262109;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503369;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00808987;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:0:3:45:45:0.9375:32:13:0:0:32:13:1:2 chr11 20178717 . G T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00715282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8778;QD=11.3326;RBI=0.0116631;REFB=-0.0132;REVB=0.00921225;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787773;STB=0.535161;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0115885;OID=.;OPOS=20178717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:6:8:13:13:6:8:14:13 chr11 20515454 . TTA T,TT,TTT 217.26 PASS AF=0.5375,0.0125,0;AO=10,23,16;DP=93;FAO=43,1,0;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=23,0,0;FSAR=20,1,0;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.289416,-0.111962,-0.399542;FXX=0.0243873;HRUN=7,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=15.5125,9.2057,10.2221;QD=10.8631;RBI=0.293494,0.124688,0.414133;REFB=-0.0808601,-0.11217,-0.0416884;REVB=0.0487532,-0.0548774,-0.108962;RO=38;SAF=2,18,2;SAR=8,5,14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0.491525,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.309954,0.413824,-0.447651;STB=0.566206,0.987848,0.5;STBP=0.195,0.495,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.170107,0.0106147,0;OID=.,.,.;OPOS=20515455,20515456,20515456;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5375,0.0125,0:10,23,16:93:43,1,0:80:36:23,0,0:20,1,0:14:22:99:38:2,18,2:8,5,14:16:22 chr11 20529886 . G A 1750.31 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00879088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.454;QD=59.8395;RBI=0.036009;REFB=-0.0694091;REVB=-0.0349195;RO=1;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871341;STB=0.504586;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000124124;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:54:62:0:1:54:62:0:1 chr11 20623023 . C T 792.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.599;QD=55.6082;RBI=0.0921298;REFB=0;REVB=0.0740592;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001271;OID=.;OPOS=20623023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:1:0:52:57:1:23:29:0:1:26:31:0:0 chr11 20623042 . T C 961.86 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388369;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.844;QD=57.4244;RBI=0.0403974;REFB=-0.118944;REVB=0.0111196;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000283864;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:24:42:0:1:24:42:0:1 chr11 20623156 . C G 944.5 PASS AF=0.985507;AO=61;DP=62;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1623;QD=54.7535;RBI=0.126206;REFB=-0.0967548;REVB=0.124531;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0148354;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:69:1:1:61:68:0.985507:25:36:0:1:31:37:0:1 chr11 20629164 . G A 363.0 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0640524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.174;QD=15.6129;RBI=0.0667231;REFB=0.00241336;REVB=-0.0186884;RO=53;SAF=19;SAR=20;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157505;STB=0.593034;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00524551;OID=.;OPOS=20629164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:54:39:39:0.419355:20:19:34:19:20:19:35:19 chr11 20639400 . A G,T 1346.1 PASS AF=0.933333,0.0555556;AO=82,7;DP=90;FAO=84,5;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49,5;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00334904,-0.127949;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.7916,103.908;QD=59.8265;RBI=0.0189963,0.131024;REFB=-0.0965366,-0.099479;REVB=-0.0186988,-0.0282153;RO=0;SAF=47,7;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.16565e-08,0;STB=0.507041,0.996613;STBP=0.285,0.062;TYPE=snp,snp;VARB=0.00161716,0.22068;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:90:90:0:1:82,7:84,5:0.933333,0.0555556:35,0:47,7:0:0:35,0:49,5:0:1 chr11 20673867 . G A 2547.74 PASS AF=0.994152;AO=162;DP=168;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572977;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.898;QD=59.5962;RBI=0.0573065;REFB=-0.0965268;REVB=0.00100279;RO=2;SAF=88;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106907;STB=0.502645;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00164404;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:168:171:2:1:162:170:0.994152:74:88:2:0:76:94:1:0 chr11 20805286 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.377;QD=62.6711;RBI=0.0191082;REFB=0;REVB=-0.0188546;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68676e-05;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr11 21305927 . T C 1767.6 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.747;QD=60.9518;RBI=0.0390477;REFB=0;REVB=0.0242467;RO=0;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30594e-05;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:65:51:0:0:65:51:0:0 chr11 21581805 . C T 1445.49 PASS AF=0.970297;AO=83;DP=95;FAO=98;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5741;QD=57.2472;RBI=0.0563403;REFB=0;REVB=0.0402287;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.064177;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:101:0:0:83:98:0.970297:42:41:0:0:48:50:0:0 chr11 22242729 . T C 492.65 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0726026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.375;QD=17.4388;RBI=0.0733913;REFB=-0.00362118;REVB=0.0107305;RO=60;SAF=30;SAR=23;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951829;STB=0.552929;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00468779;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:23:30:28:32:23:30:28:32 chr11 22696451 . A G 1401.12 PASS AF=1;AO=78;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289563;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.546;QD=62.272;RBI=0.0528523;REFB=0;REVB=0.0527729;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120428;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:78:90:1:27:51:0:0:36:54:0:0 chr11 22709973 . C A 2315.55 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2621;QD=63.0083;RBI=0.0452478;REFB=0.139505;REVB=-0.0299418;RO=1;SAF=91;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856805;STB=0.504504;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000663742;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:55:91:0:1:55:91:0:1 chr11 22834189 . C T 333.62 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0159435;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.298;QD=12.8317;RBI=0.095196;REFB=-0.00218143;REVB=-0.0938514;RO=64;SAF=28;SAR=12;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12811;STB=0.573238;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00365686;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:64:64:40:40:0.384615:12:28:38:26:12:28:38:26 chr11 22881002 . C T 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.178;QD=57.2341;RBI=0.0163831;REFB=-0.0359512;REVB=0.00552807;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.50769;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=7.36738e-05;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:32:34:0:1:32:34:0:1 chr11 24784862 . A T 2387.62 PASS AF=0.993671;AO=154;DP=155;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.698;QD=60.4462;RBI=0.0682091;REFB=0.049813;REVB=0.0431086;RO=1;SAF=88;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537552;STB=0.502732;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000139357;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:155:158:1:1:154:157:0.993671:66:88:1:0:66:91:1:0 chr11 25098938 . G C 1957.96 PASS AF=1;AO=114;DP=120;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0557;QD=61.6682;RBI=0.121504;REFB=0;REVB=-0.0353092;RO=0;SAF=26;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190461;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:120:127:0:0:114:127:1:88:26:0:0:88:39:0:0 chr11 26481611 . G A 426.75 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.916;QD=56.9001;RBI=0.0432477;REFB=0;REVB=0.0307591;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147365;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr11 26568966 . A G 1852.04 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00641878;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4321;QD=59.7431;RBI=0.0065449;REFB=-0.0900807;REVB=0.00127867;RO=2;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121788;STB=0.506409;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000948764;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:2:2:122:122:0.983871:77:45:0:2:77:45:0:2 chr11 26621117 . A C 568.99 PASS AF=0.42069;AO=61;DP=145;FAO=61;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.00589417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.064;QD=15.6962;RBI=0.0135782;REFB=-0.0175814;REVB=-0.0122322;RO=84;SAF=30;SAR=31;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453503;STB=0.525415;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0236874;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:84:84:61:61:0.42069:31:30:45:39:31:30:45:39 chr11 26677947 . C T 575.74 PASS AF=0.531532;AO=57;DP=110;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0165873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4804;QD=20.7473;RBI=0.0279686;REFB=0.0133573;REVB=-0.022519;RO=49;SAF=39;SAR=18;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140558;STB=0.571549;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00765273;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:49:52:57:59:0.531532:18:39:26:23:18:41:29:23 chr11 26692733 . T C 1098.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6389;QD=60.1903;RBI=0.0269053;REFB=0;REVB=-0.0168824;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299119;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:43:30:0:0:43:30:0:0 chr11 26692742 . G A 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.098;QD=59.3223;RBI=0.0332534;REFB=0;REVB=-0.0290104;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141825;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr11 26702664 . C T 1320.93 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5982;QD=62.1615;RBI=0.0338168;REFB=0;REVB=-0.0337518;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174338;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:28:57:0:0:28:57:0:0 chr11 27017607 . C G 356.46 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=15;FWDB=0.0135223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.037;QD=14.2584;RBI=0.0140405;REFB=-0.0138931;REVB=0.00377943;RO=61;SAF=27;SAR=12;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809391;STB=0.545772;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0241199;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:12:27:46:15:12:27:46:15 chr11 27018019 . G A 277.3 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00158696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.131;QD=26.409;RBI=0.0970011;REFB=0.00281308;REVB=-0.0969881;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158483;STB=0.588161;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00161757;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:7:18:9:8:7:18:9:8 chr11 27018202 . T C 182.83 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0321029;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1805;QD=14.3399;RBI=0.0840336;REFB=-0.00956244;REVB=0.0776599;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287219;STB=0.664082;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0122276;OID=.;OPOS=27018202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:20:10:13:8:20:10 chr11 27018626 . G A 504.67 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00511984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.169;QD=22.4296;RBI=0.0147876;REFB=-0.0111227;REVB=0.013873;RO=41;SAF=28;SAR=20;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200727;STB=0.615337;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00663364;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:20:28:14:27:20:28:14:28 chr11 27077118 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00027824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.833;QD=63.6147;RBI=0.00209614;REFB=0;REVB=0.0020776;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56244e-06;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:38:57:0:0:38:57:0:0 chr11 27390089 . T C 1316.64 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.789;QD=59.1746;RBI=0.0432521;REFB=-0.0793841;REVB=0.0320766;RO=1;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107886;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:89:1:0:82:89:1:32:50:0:1:39:50:0:0 chr11 27679662 . T C 1151.41 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.207;QD=60.6007;RBI=0.0659192;REFB=0;REVB=0.0604731;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113961;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:30:46:0:0 chr11 27679916 . C T 288.36 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.000287212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.933;QD=11.1985;RBI=0.0119697;REFB=-0.00936737;REVB=-0.0119662;RO=64;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447712;STB=0.541103;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0158739;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:67:36:36:0.349515:16:20:33:31:16:20:33:34 chr11 28057957 . T C 529.74 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00741871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7615;QD=18.1109;RBI=0.0491329;REFB=-0.015411;REVB=0.0485696;RO=61;SAF=31;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119493;STB=0.506627;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0283738;OID=.;OPOS=28057957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:61:61:56:56:0.478632:25:31:33:28:25:31:33:28 chr11 28098605 . T C 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0127477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.191;QD=16.2788;RBI=0.0279904;REFB=-0.00898294;REVB=-0.024919;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546039;STB=0.530784;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00987643;OID=.;OPOS=28098605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:17:16:12:16:17:16 chr11 28110151 . T C 151.9 PASS AF=0.278481;AO=20;DP=75;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00386556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3307;QD=7.69099;RBI=0.0169504;REFB=-0.00625368;REVB=-0.0165037;RO=52;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196795;STB=0.621052;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0190336;OID=.;OPOS=28110151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:52:57:20:22:0.278481:9:11:20:32:9:13:24:33 chr11 28119403 . T C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00531556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.664;QD=11.4257;RBI=0.0282321;REFB=-0.00169443;REVB=0.0277272;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122761;STB=0.571361;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00229077;OID=.;OPOS=28119403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:17:20:9:12:17:20 chr11 28134974 . C A 184.35 PASS AF=0.228346;AO=28;DP=126;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00834688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.25;QD=5.80631;RBI=0.0093016;REFB=-0.00504035;REVB=0.0041048;RO=98;SAF=13;SAR=15;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707057;STB=0.555578;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0147358;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:98:98:28:29:0.228346:15:13:51:47:16:13:51:47 chr11 30255185 . C T 1198.3 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123179;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.186;QD=61.4514;RBI=0.0331892;REFB=0;REVB=0.0308187;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04663e-05;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:24:54:0:0:24:54:0:0 chr11 30432220 . A T 715.06 PASS AF=0.395238;AO=83;DP=210;FAO=83;FDP=210;FR=.;FRO=127;FSAF=56;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=50;FWDB=-0.0915015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1786;QD=13.6201;RBI=0.119259;REFB=-0.00690417;REVB=0.0764861;RO=126;SAF=56;SAR=27;SRF=76;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842372;STB=0.545604;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0131353;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:126:127:83:83:0.395238:27:56:76:50:27:56:77:50 chr11 30965855 . A T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0139956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.912;QD=15.1659;RBI=0.0696802;REFB=-0.00556481;REVB=-0.0682602;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087676;STB=0.549875;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00932557;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:11:12:13:17:11:12:13:17 chr11 30974115 . C A 521.39 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0200399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8383;QD=20.8555;RBI=0.0758128;REFB=0.0327024;REVB=-0.0731162;RO=50;SAF=28;SAR=22;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183783;STB=0.510167;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0463652;OID=.;OPOS=30974115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:22:28:29:21:22:28:29:21 chr11 31458730 . T G,TG 364.8 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=24,3;DP=28;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593261,-0.00327997;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=80.3323,32.302;QD=54.0444;RBI=0.0792466,0.0170282;REFB=0,0;REVB=0.05254,0.0167094;RO=1;SAF=10,0;SAR=14,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440956,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00319239,0.0287505;OID=.,.;OPOS=31458730,31458731;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:28:27:1:0:24,3:26,1:0.962963,0.037037:14,3:10,0:1:0:16,1:10,0:0:0 chr11 31838128 . G A 475.98 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00461194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.935;QD=27.5928;RBI=0.0197481;REFB=-0.0479703;REVB=0.019202;RO=25;SAF=23;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284339;STB=0.515484;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0193869;OID=.;OPOS=31838128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:21:23:12:13:21:23:12:13 chr11 32124579 . C T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00653956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.063;QD=11.7418;RBI=0.00695484;REFB=-0.00621126;REVB=0.00236727;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175642;STB=0.510194;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0105077;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:9:12:20:16:9:12:20:16 chr11 32124978 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0156976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5277;QD=11.1851;RBI=0.0161244;REFB=-0.00694644;REVB=0.00368547;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134807;STB=0.578864;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0136143;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:19:16:11:8:19:16 chr11 32125961 . C T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00574121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.726;QD=8.10357;RBI=0.0160069;REFB=0.00677986;REVB=-0.0149418;RO=50;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833772;STB=0.54995;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0146391;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:9:11:24:26:9:11:24:26 chr11 32722315 . A AT 896.11 PASS AF=1;AO=16;DP=133;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23394;FXX=0.0479962;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.5478;QD=30.1214;RBI=0.235808;REFB=0.0436605;REVB=0.0296261;RO=109;SAF=12;SAR=4;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00929991;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:133:119:119:0:73:46:0:0:14:109:12:4:64:45 chr11 32722320 . A T 902.55 PASS AF=0.697674;AO=76;DP=115;FAO=90;FDP=129;FR=.;FRO=39;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=0.0220311;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.7509;QD=27.986;RBI=0.0750629;REFB=-0.115703;REVB=0.0717571;RO=39;SAF=41;SAR=35;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181122;STB=0.601779;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0353165;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:129:39:39:76:90:0.697674:35:41:32:7:44:46:33:6 chr11 32954344 . G A 1171.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.06;QD=60.8822;RBI=0.0315697;REFB=0;REVB=0.0139125;RO=0;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06241e-05;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:54:23:0:0:54:23:0:0 chr11 32956244 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9843;QD=57.6785;RBI=0.0555294;REFB=0;REVB=0.0255359;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125642;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr11 32956620 . A G 888.53 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.312;QD=56.4143;RBI=0.0292255;REFB=0.0577742;REVB=0.0106681;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000128472;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:1:0 chr11 33054958 . A G 120.04 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.062976;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3858;QD=8.0027;RBI=0.063076;REFB=0.0137558;REVB=0.00354982;RO=43;SAF=11;SAR=6;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534421;STB=0.503222;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0369906;OID=.;OPOS=33054958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:43:43:17:17:0.283333:6:11:28:15:6:11:28:15 chr11 33076191 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.743;QD=59.5008;RBI=0.0159306;REFB=0;REVB=0.00975506;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54487e-05;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr11 33106616 . C T 613.58 PASS AF=0.435897;AO=68;DP=157;FAO=68;FDP=156;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=0.022164;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=15.7328;RBI=0.036005;REFB=-0.0105033;REVB=-0.0283746;RO=87;SAF=34;SAR=34;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752335;STB=0.544859;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0109249;OID=.;OPOS=33106616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:156:87:88:68:68:0.435897:34:34:37:50:34:34:37:51 chr11 33129997 . C T 477.84 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.00847259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.898;QD=18.2036;RBI=0.0321491;REFB=-0.00656484;REVB=-0.0310126;RO=54;SAF=18;SAR=33;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22506;STB=0.62495;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00880671;OID=.;OPOS=33129997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:33:18:32:22:33:18:32:22 chr11 33564123 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.352;QD=56.9372;RBI=0.0328131;REFB=0;REVB=0.0325747;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44641e-05;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr11 33565593 . C T 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.543;QD=64.411;RBI=0.0137694;REFB=0;REVB=0.00713504;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97382e-05;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr11 33581306 . G A 1506.15 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4981;QD=59.6495;RBI=0.0167566;REFB=0;REVB=-0.0136476;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03544e-05;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:99:101:1:48:51:0:0:50:51:0:0 chr11 33604885 . C T 363.4 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=8;FWDB=-0.0133652;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2122;QD=17.9454;RBI=0.0199898;REFB=-0.0177953;REVB=0.0148649;RO=43;SAF=26;SAR=12;SRF=35;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152819;STB=0.584624;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0199773;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:43:43:38:38:0.469136:12:26:35:8:12:26:35:8 chr11 33604960 . C T 291.38 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=77;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0559376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.459;QD=14.9425;RBI=0.0561498;REFB=-0.0162056;REVB=0.00487687;RO=44;SAF=25;SAR=7;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106131;STB=0.561516;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0217642;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:45:32:33:0.423077:7:25:31:13:7:26:32:13 chr11 33631423 . G A 203.3 PASS AF=0.390625;AO=21;DP=60;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00465935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.832;QD=12.7061;RBI=0.0172314;REFB=-0.0216632;REVB=0.0165895;RO=39;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924369;STB=0.513264;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0378975;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:39:39:21:25:0.390625:8:13:21:18:11:14:21:18 chr11 33640104 . A C 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.098;QD=63.8683;RBI=0.030338;REFB=0;REVB=0.011957;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116841;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:10:38:0:0:10:38:0:0 chr11 33667333 . A G 410.86 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0184709;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.095;QD=26.0863;RBI=0.0222979;REFB=-0.0268219;REVB=-0.0124908;RO=23;SAF=19;SAR=20;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124873;STB=0.558794;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00864153;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:23:24:39:39:0.619048:20:19:7:16:20:19:8:16 chr11 33680371 . C T 612.25 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0604584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.337;QD=26.0534;RBI=0.060577;REFB=-0.0229778;REVB=-0.00378904;RO=39;SAF=23;SAR=32;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111567;STB=0.560944;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.014363;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:32:23:22:17:32:23:22:17 chr11 33775982 . A G 256.04 PASS AF=0.568182;AO=18;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.085494;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.157;QD=23.2761;RBI=0.0924172;REFB=-0.0501029;REVB=-0.0350959;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308902;STB=0.509426;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.010474;OID=.;OPOS=33775982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:11:19:18:25:0.568182:9:9:6:5:10:15:11:8 chr11 33881016 . T C 718.19 PASS AF=1;AO=34;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.187;QD=55.2452;RBI=0.146209;REFB=0;REVB=0.0576044;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238452;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:34:52:1:25:9:0:0:25:27:0:0 chr11 34122369 . G T 1736.61 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00413869;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.739;QD=59.8832;RBI=0.00443163;REFB=0.040593;REVB=0.00158447;RO=1;SAF=59;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798107;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000434854;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:1:1:115:115:0.991379:56:59:1:0:56:59:1:0 chr11 34152939 . T C 1381.03 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169273;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.533;QD=62.0686;RBI=0.0970463;REFB=0;REVB=0.0955587;RO=1;SAF=51;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00920187;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129054;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:1:0:88:89:1:37:51:1:0:37:52:0:0 chr11 34154641 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.984;QD=57.2023;RBI=0.0296764;REFB=0;REVB=0.0287593;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014306;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 34482908 . C T 385.88 PASS AF=0.52;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0792758;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.181;QD=20.5802;RBI=0.0792829;REFB=-0.0186357;REVB=-0.00106194;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378004;STB=0.50826;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0187414;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:36:39:39:0.52:21:18:16:19:21:18:16:20 chr11 34501596 . A G 423.74 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0191136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.1;QD=21.1868;RBI=0.020207;REFB=-0.0247479;REVB=0.00655696;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452261;STB=0.524988;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0184607;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:21:21:21:17:21:21:21:17 chr11 34643955 . G A 727.16 PASS AF=0.514493;AO=69;DP=133;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.033837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.835;QD=21.077;RBI=0.0339996;REFB=-0.0174264;REVB=-0.00332121;RO=60;SAF=45;SAR=24;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020305;STB=0.542135;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.019306;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:60:67:69:71:0.514493:24:45:39:21:24:47:39:28 chr11 34668143 . C T 567.75 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=135;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.031254;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.193;QD=16.9479;RBI=0.0316584;REFB=-0.0155293;REVB=-0.00504389;RO=75;SAF=27;SAR=33;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433624;STB=0.520263;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0189356;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:75:74:60:60:0.447761:33:27:37:38:33:27:36:38 chr11 34680634 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00121436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.468;QD=54.8831;RBI=0.00475649;REFB=-0.11579;REVB=-0.00459886;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000819306;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:28:26:0:1:28:26:0:1 chr11 34680853 . G T 488.15 PASS AF=0.575;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00698608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.819;QD=24.4076;RBI=0.0114118;REFB=-0.0302832;REVB=0.0090235;RO=34;SAF=20;SAR=25;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049633;STB=0.522793;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0218343;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:45:46:0.575:25:20:13:21:26:20:13:21 chr11 34909926 . T G 546.37 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00448698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.105;QD=18.8402;RBI=0.0124993;REFB=0.000924166;REVB=0.0116662;RO=59;SAF=32;SAR=25;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619166;STB=0.534209;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000915243;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:25:32:37:22:25:32:37:22 chr11 34910397 . C T 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0188201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.738;QD=15.3045;RBI=0.0191425;REFB=-0.00819589;REVB=0.00349852;RO=36;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488379;STB=0.517498;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0120695;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:39:30:30:0.434783:14:16:21:15:14:16:22:17 chr11 34918375 . A G 195.11 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00843437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.597;QD=14.1895;RBI=0.013579;REFB=-0.00846192;REVB=0.010642;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625972;STB=0.527844;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00989776;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:14:9:14:17:14:9:14:18 chr11 34937813 . G A 452.33 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0200328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.963;QD=14.8304;RBI=0.0201412;REFB=-0.0181974;REVB=0.0020868;RO=69;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.567004;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0262211;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:71:51:51:0.418033:25:26:28:41:25:26:28:43 chr11 34937931 . G A 213.98 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0612678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.955;QD=20.8757;RBI=0.0664807;REFB=-0.00966154;REVB=0.0258059;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664426;STB=0.537348;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0110347;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:8:12:11:10:8:12 chr11 34938265 . C T 476.77 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.00287732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.655;QD=16.7287;RBI=0.00741318;REFB=-0.0159423;REVB=-0.006832;RO=62;SAF=33;SAR=19;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00585923;STB=0.503267;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0213714;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:19:33:39:23:19:33:39:23 chr11 34963416 . T C 579.38 PASS AF=0.504274;AO=57;DP=116;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.00188524;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.233;QD=19.808;RBI=0.00204439;REFB=-0.0180774;REVB=0.000790819;RO=53;SAF=22;SAR=35;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19119;STB=0.613644;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0262047;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:53:58:57:59:0.504274:35:22:32:21:35:24:37:21 chr11 34991727 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00131341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0445;QD=20.1558;RBI=0.0182904;REFB=0.0126623;REVB=0.0182432;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123743;STB=0.547136;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00652915;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:25:28:28:0.528302:14:14:8:15:14:14:10:15 chr11 34999745 . C G 301.08 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0117927;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2275;QD=18.5282;RBI=0.0183935;REFB=-0.0106411;REVB=-0.0141157;RO=33;SAF=25;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338021;STB=0.690478;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0129681;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:7:25:15:18:7:25:15:18 chr11 35017205 . G T 253.6 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0115983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.79;QD=17.4896;RBI=0.0269981;REFB=-0.0215895;REVB=-0.0243799;RO=30;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941356;STB=0.552788;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0149177;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:15:13:17:13:15:13:17:13 chr11 35017363 . C A 92.19 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0192926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.832;QD=18.4384;RBI=0.0233459;REFB=-0.0441527;REVB=-0.0131463;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0382943;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:3:6:7:4:3:6 chr11 35226155 . A G 1227.47 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.092;QD=61.3733;RBI=0.0525434;REFB=0;REVB=0.0164828;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93222e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:50:29:0:0:50:30:0:0 chr11 35229673 . T A,C 1433.67 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=4,88;DP=92;FAO=2,90;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,49;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572604,0.0100658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.336,113.357;QD=62.3334;RBI=0.0397386,0.0371533;REFB=0,0;REVB=-0.0393239,0.0357638;RO=0;SAF=2,48;SAR=2,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.43431e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.150987,-0.00277452;OID=.,.;OPOS=35229673,35229673;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:92:92:0:0:4,88:2,90:0.0217391,0.978261:2,40:2,48:0:0:1,41:1,49:0:0 chr11 35274829 . A G 3760.5 PASS AF=1;AO=237;DP=240;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700569;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.404;QD=63.2017;RBI=0.155981;REFB=0.00327713;REVB=0.139363;RO=1;SAF=131;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175456;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:240:238:1:0:237:238:1:106:131:1:0:107:131:0:0 chr11 36293048 . G A 768.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.958;QD=56.9138;RBI=0.011449;REFB=0;REVB=0.00276085;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76442e-05;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr11 36422792 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.521;QD=53.2771;RBI=0.0274178;REFB=0;REVB=0.00804439;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50639e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 36472800 . A G 479.99 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0378135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5192;QD=17.1424;RBI=0.0455196;REFB=-0.0151434;REVB=-0.0253411;RO=60;SAF=37;SAR=15;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875628;STB=0.548898;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0184135;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:15:37:38:22:15:37:38:22 chr11 36484208 . T C 1553.89 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.36;QD=63.4241;RBI=0.0493021;REFB=0;REVB=0.0418916;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90014e-05;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:40:56:0:0:41:57:0:0 chr11 36595600 . A G 67.0 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0747657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6195;QD=13.4004;RBI=0.0783243;REFB=-0.0464738;REVB=-0.0233406;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0484304;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr11 36597313 . A G 362.51 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00759425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3574;QD=27.885;RBI=0.0233745;REFB=-0.0130266;REVB=0.0221064;RO=18;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141039;STB=0.576879;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0139517;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:17:17:5:13:17:17:5:13 chr11 36601170 . G A 281.16 PASS AF=0.318966;AO=37;DP=116;FAO=37;FDP=116;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0304283;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.78;QD=9.69504;RBI=0.0307509;REFB=-0.00492463;REVB=-0.00444286;RO=77;SAF=23;SAR=14;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106607;STB=0.554454;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0291523;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:79:37:37:0.318966:14:23:41:36:14:23:43:36 chr11 40137543 . T C 503.75 PASS AF=0.402878;AO=56;DP=139;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.025655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.771;QD=14.4964;RBI=0.0256919;REFB=-0.0188052;REVB=0.00137623;RO=83;SAF=25;SAR=31;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633553;STB=0.535711;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0263122;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:83:83:56:56:0.402878:31:25:42:41:31:25:42:41 chr11 41144553 . C T 919.69 PASS AF=0.457944;AO=98;DP=214;FAO=98;FDP=214;FR=.;FRO=116;FSAF=59;FSAR=39;FSRF=65;FSRR=51;FWDB=-0.0756081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8611;QD=17.1904;RBI=0.0759965;REFB=-0.0199773;REVB=0.00767392;RO=115;SAF=59;SAR=39;SRF=64;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458095;STB=0.523354;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0241583;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:115:116:98:98:0.457944:39:59:64:51:39:59:65:51 chr11 43349348 . T C 161.49 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0828187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.84;QD=10.5898;RBI=0.08294;REFB=-0.0035121;REVB=-0.00448358;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163177;STB=0.595259;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.004684;OID=.;OPOS=43349348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:12:9:23:17:12:9:23:17 chr11 43876698 . C T 467.23 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0264012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0827;QD=23.3613;RBI=0.0300012;REFB=-0.000805705;REVB=-0.0142496;RO=35;SAF=29;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131872;STB=0.572557;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000800956;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:16:29:17:18:16:29:17:18 chr11 43905517 . G T 483.97 PASS AF=0.445378;AO=52;DP=118;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0173413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.271;QD=16.2678;RBI=0.0449913;REFB=-0.0111165;REVB=-0.041515;RO=63;SAF=35;SAR=17;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246142;STB=0.645315;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0104099;OID=.;OPOS=43905517;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:63:66:52:53:0.445378:17:35:27:36:17:36:28:38 chr11 43911365 . T C 719.49 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00569504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.588;QD=54.3011;RBI=0.0337312;REFB=0.0338582;REVB=0.033247;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165215;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000485023;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:23:28:1:0:24:28:1:0 chr11 43940644 . G T 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00890685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.221;QD=20.9595;RBI=0.00923457;REFB=-0.017352;REVB=0.00243829;RO=40;SAF=25;SAR=18;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24153;STB=0.6332;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0151659;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:18:25:12:28:18:25:12:28 chr11 43946967 . A G 1965.44 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570616;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2235;QD=61.9037;RBI=0.0259956;REFB=0;REVB=-0.0253616;RO=0;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144207;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:61:65:0:0:62:65:0:0 chr11 43947990 . T C 544.9 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5806;QD=57.3583;RBI=0.0451054;REFB=-0.00101268;REVB=0.0386472;RO=1;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.529395;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00114387;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:8:29:0:1:8:29:0:1 chr11 43963905 . G C 233.24 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0304061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3487;QD=32.1712;RBI=0.0514691;REFB=0.00440535;REVB=0.0415276;RO=8;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308348;STB=0.669935;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00584493;OID=.;OPOS=43963905;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:15:6:7:1:15:6:7:1 chr11 44080210 . T C 1649.92 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.668;QD=59.9971;RBI=0.0520775;REFB=0;REVB=0.0401003;RO=0;SAF=36;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121943;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:73:36:0:0:73:37:0:0 chr11 44092880 . C T 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0118461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.869;QD=18.0551;RBI=0.0130617;REFB=-0.0133084;REVB=0.00550253;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784862;STB=0.543802;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.014481;OID=.;OPOS=44092880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:21:14:16:17:21:14 chr11 44096237 . T TA 442.03 PASS AF=0.973684;AO=7;DP=43;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.125099;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.9195;QD=46.5297;RBI=0.125215;REFB=-0.078569;REVB=0.00537936;RO=36;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480713;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.00270391;OID=.;OPOS=44096238;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.973684:7:43:37:38:1:18:19:1:0:4:36:6:1:17:19 chr11 44096238 . G A 438.48 PASS AF=0.820513;AO=30;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0405292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4722;QD=44.9726;RBI=0.0428826;REFB=-0.045638;REVB=-0.0140109;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464387;STB=0.538982;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0276417;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:3:4:30:32:0.820513:18:12:2:1:19:13:3:1 chr11 44104981 . C T 460.55 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.024668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.921;QD=23.9247;RBI=0.0247679;REFB=-0.0210236;REVB=-0.00222264;RO=30;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107573;STB=0.562138;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0185186;OID=.;OPOS=44104981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:33:44:44:0.571429:21:23:20:10:21:23:22:11 chr11 44297054 . T C 3056.77 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.166;QD=63.6827;RBI=0.025961;REFB=0;REVB=0.0147498;RO=0;SAF=114;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.523e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:192:192:0:0:192:192:1:78:114:0:0:78:114:0:0 chr11 44331309 . G A 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8038;QD=48.7245;RBI=0.147848;REFB=0;REVB=0.144525;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549387;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr11 44331509 . C G 1243.75 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157535;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.274;QD=59.9395;RBI=0.0219845;REFB=-0.0721873;REVB=0.0153345;RO=1;SAF=27;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172104;STB=0.508473;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000181721;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:83:1:1:80:82:0.987952:53:27:1:0:53:29:1:0 chr11 44636833 . G A 899.55 PASS AF=0.466019;AO=93;DP=202;FAO=96;FDP=206;FR=.;FRO=110;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=0.00923762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.824;QD=17.4671;RBI=0.018027;REFB=-0.0222754;REVB=0.0154802;RO=109;SAF=42;SAR=51;SRF=46;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292132;STB=0.527195;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0217087;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:206:109:110:93:96:0.466019:51:42:46:63:51:45:46:64 chr11 44636839 . C T 1095.13 PASS AF=0.536946;AO=108;DP=203;FAO=109;FDP=203;FR=.;FRO=94;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=0.0139364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.5;QD=21.5788;RBI=0.0247774;REFB=-0.0144274;REVB=-0.0204865;RO=88;SAF=48;SAR=60;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366861;STB=0.512977;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00589444;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:88:94:108:109:0.536946:60:48:43:45:61:48:44:50 chr11 44640268 . A G 172.81 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0218195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.538;QD=9.46895;RBI=0.0601687;REFB=-0.0177253;REVB=-0.056073;RO=48;SAF=14;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079155;STB=0.561989;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0347075;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:50:23:23:0.315068:9:14:26:22:9:14:26:24 chr11 44640640 . C G 1164.09 PASS AF=0.47561;AO=117;DP=246;FAO=117;FDP=246;FR=.;FRO=129;FSAF=77;FSAR=40;FSRF=85;FSRR=44;FWDB=0.000703223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.092;QD=18.9283;RBI=0.00977739;REFB=-0.0153922;REVB=-0.00975207;RO=129;SAF=77;SAR=40;SRF=85;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000840577;STB=0.500463;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0152149;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:129:129:117:117:0.47561:40:77:85:44:40:77:85:44 chr11 44924950 . GC G,GG 3241.06 PASS AF=0.976636,0.0233645;AO=202,11;DP=216;FAO=209,5;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=96,1;FSAR=113,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452095,0.0313819;FXX=0.00925883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.006,116.996;QD=60.5805;RBI=0.0452096,0.0314572;REFB=0,0;REVB=-8.41228e-05,-0.00217437;RO=0;SAF=93,3;SAR=109,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.17608e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000511983,-0.00104721;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.976636,0.0233645:202,11:216:209,5:214:0:96,1:113,4:0:0:3:0:93,3:109,8:0:0 chr11 44940828 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.484;QD=58.9623;RBI=0.021477;REFB=0;REVB=0.0164067;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21847e-05;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr11 45670395 . C T 178.8 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0192023;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.278;QD=14.5956;RBI=0.0339759;REFB=-0.00922657;REVB=-0.0280292;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596891;STB=0.534485;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0106292;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:8:11:19:11:8:11:19:11 chr11 45672261 . A G 276.5 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00165468;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.812;QD=21.2695;RBI=0.0550741;REFB=-0.0342229;REVB=-0.0550492;RO=23;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172925;STB=0.600786;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0324996;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:28:29:0.557692:19:9:12:11:20:9:12:11 chr11 45793218 . G C 1729.8 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0148671;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0292;QD=57.1834;RBI=0.0949315;REFB=-0.195047;REVB=0.0937601;RO=4;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332896;STB=0.517541;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00730035;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:121:121:4:4:117:117:0.966942:55:62:0:4:55:62:0:4 chr11 45848271 . A G 42.77 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.0206419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.904;QD=1.51404;RBI=0.0310203;REFB=-0.00246504;REVB=-0.0231553;RO=102;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158443;STB=0.512173;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0222295;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:102:102:11:11:0.0973451:5:6:57:45:5:6:57:45 chr11 45848275 . T C 43.52 PASS AF=0.0990991;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=111;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.00327875;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.626;QD=1.56846;RBI=0.0220918;REFB=4.87206e-05;REVB=0.0218471;RO=99;SAF=6;SAR=5;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012023;STB=0.504942;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00026692;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:111:99:100:11:11:0.0990991:5:6:55:44:5:6:54:46 chr11 45935384 . A G 400.33 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00870404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.077;QD=16.1749;RBI=0.055795;REFB=-0.00192375;REVB=-0.0551119;RO=54;SAF=18;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217245;STB=0.50588;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00291655;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:57:42:42:0.424242:24:18:22:32:24:18:25:32 chr11 45937267 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.212;QD=53.9111;RBI=0.0660351;REFB=0;REVB=0.0441429;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539948;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr11 45949534 . C T 303.81 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=71;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0695684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9218;QD=15.5799;RBI=0.0743433;REFB=-0.0159896;REVB=0.0262138;RO=41;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870082;STB=0.568144;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0262962;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:41:42:30:36:0.461538:15:15:17:24:16:20:18:24 chr11 45975130 . C T 1531.23 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0068128;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.526;QD=63.1434;RBI=0.0428397;REFB=0;REVB=0.0422945;RO=0;SAF=31;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018186;OID=.;OPOS=45975130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:64:31:0:0:65:32:0:0 chr11 46342081 . TGGGGT TGGGT,TGGGTG 1272.0 PASS AF=1,0;AO=92,4;DP=102;FAO=101,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49,0;FSAR=52,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.171116,-0.141201;FXX=0.00980296;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=18.8529,5.3354;QD=50.3761;RBI=0.174919,0.142424;REFB=0,0;REVB=0.0362802,-0.0186233;RO=0;SAF=43,3;SAR=49,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00181886,0;OID=.,.;OPOS=46342082,46342085;OREF=G,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=TGGGT,TGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:92,4:102:101,0:101:0:49,0:52,0:0:0:8:0:43,3:49,1:0:0 chr11 46401517 . A G 270.09 PASS AF=0.188462;AO=50;DP=261;FAO=49;FDP=260;FR=.;FRO=211;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=102;FSRR=109;FWDB=-0.00713148;FXX=0.00383127;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.137;QD=4.15528;RBI=0.00745848;REFB=-0.00852948;REVB=-0.00218424;RO=209;SAF=26;SAR=24;SRF=100;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535033;STB=0.521723;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0253473;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:260:209:211:50:49:0.188462:24:26:100:109:24:25:102:109 chr11 46702920 . T C 1896.5 PASS AF=0.954887;AO=126;DP=132;FAO=127;FDP=133;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.005254;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.605;QD=57.0376;RBI=0.00610859;REFB=-0.118611;REVB=-0.00311614;RO=2;SAF=65;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153222;STB=0.508052;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000658628;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:132:133:2:6:126:127:0.954887:61:65:0:2:62:65:2:4 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 263.73 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311669;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=12;MLLD=370.181;QD=52.7458;RBI=0.032663;REFB=0;REVB=-0.00977206;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.16079e-05;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:20:20:0:4:16:0:0:4:0:4:16:0:0 chr11 46745003 . C T 1336.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.754;QD=60.0512;RBI=0.0450434;REFB=0;REVB=0.0437109;RO=0;SAF=59;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299529;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:89:0:0:84:89:1:25:59:0:0:30:59:0:0 chr11 46801502 . T C 279.32 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00664892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.778;QD=48.577;RBI=0.0172702;REFB=-0.086319;REVB=-0.015939;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00187202;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:0:1 chr11 46879990 . T C 657.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1496;QD=61.1239;RBI=0.0732311;REFB=0;REVB=0.0654121;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400373;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr11 46890197 . G A 364.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.176;QD=53.9727;RBI=0.240856;REFB=0;REVB=0.240694;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958503;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:7:17:0:0:10:17:0:0 chr11 46897446 . G A 2886.31 PASS AF=1;AO=184;DP=188;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025263;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.384;QD=62.4068;RBI=0.0315763;REFB=-0.0221803;REVB=0.0189432;RO=2;SAF=93;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15734e-05;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:188:185:2:0:184:185:1:91:93:0:2:92:93:0:0 chr11 46914583 . T C 688.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.648;QD=62.5496;RBI=0.0829212;REFB=0;REVB=0.00672825;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000971984;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr11 46914598 . A G 730.7 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144666;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6394;QD=63.5387;RBI=0.0166155;REFB=0;REVB=0.00817249;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195398;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 46969616 . T C 1132.1 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.64;QD=60.3787;RBI=0.0652018;REFB=0;REVB=0.0599327;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115139;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr11 47188314 . T C 1228.38 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.054;QD=61.4189;RBI=0.0680712;REFB=0;REVB=0.00889603;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58292e-05;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:75:80:1:26:49:0:0:26:54:0:0 chr11 47194286 . T C 592.63 PASS AF=0.512821;AO=59;DP=118;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0276153;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.361;QD=20.2609;RBI=0.0290598;REFB=-0.00632211;REVB=0.00904813;RO=58;SAF=33;SAR=26;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381295;STB=0.528488;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00617027;OID=.;OPOS=47194286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:58:57:59:60:0.512821:26:33:30:28:26:34:29:28 chr11 47196982 . C T 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.354;QD=57.371;RBI=0.017552;REFB=0;REVB=0.0143202;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18566e-05;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 47238522 . T C 1177.78 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657114;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.94;QD=60.3988;RBI=0.0908373;REFB=0;REVB=0.062717;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635005;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:42:33:0:0:44:34:0:0 chr11 47266808 . T G 1366.65 PASS AF=0.978261;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0253235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.887;QD=59.4194;RBI=0.0551038;REFB=0.0424864;REVB=0.0489403;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508063;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.000774951;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:92:0:2:89:90:0.978261:28:61:0:0:29:61:2:0 chr11 47269159 . T C 1959.74 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0300317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.324;QD=60.2997;RBI=0.0479291;REFB=0.0315924;REVB=0.0373536;RO=1;SAF=58;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812287;STB=0.500727;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00111513;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:1:2:128:128:0.984615:70:58:1:0:70:58:1:1 chr11 47270255 . C T 1850.78 PASS AF=0.915493;AO=127;DP=142;FAO=130;FDP=142;FR=.;FRO=12;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.019136;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.298;QD=52.1346;RBI=0.0827862;REFB=-0.146345;REVB=-0.0805442;RO=15;SAF=60;SAR=67;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786652;STB=0.529439;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00427557;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:142:142:15:12:127:130:0.915493:67:60:13:2:67:63:10:2 chr11 47282024 . C T 1108.1 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283343;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9761;QD=59.0986;RBI=0.0301963;REFB=-0.0722622;REVB=0.0104396;RO=1;SAF=59;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795257;STB=0.504201;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000895805;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:15:59:1:0:15:59:1:0 chr11 47282893 . C A 65.21 PASS AF=0.152672;AO=9;DP=133;FAO=20;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=109;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0964303;FXX=0.0150365;HRUN=7;LEN=1;MLLD=18.9175;QD=1.99105;RBI=0.197672;REFB=-0.0385982;REVB=0.172555;RO=57;SAF=9;SAR=0;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715777;STB=0.876514;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0655688;OID=.;OPOS=47282893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:131:57:109:9:20:0.152672:0:9:22:35:2:18:54:55 chr11 47306585 . G A 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0953;QD=59.8546;RBI=0.0360567;REFB=0;REVB=-0.0359408;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125995;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr11 47331116 . T C 977.53 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00771187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.633;QD=57.502;RBI=0.00914725;REFB=-0.177042;REVB=0.00491928;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000984499;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr11 47346145 . G A 1378.64 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.101;QD=62.6654;RBI=0.0607002;REFB=0;REVB=0.0430681;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175723;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:44:42:0:0:46:42:0:0 chr11 47354787 . C T 678.43 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00375943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.684;QD=24.2295;RBI=0.00595884;REFB=-0.0150559;REVB=0.00462325;RO=47;SAF=38;SAR=27;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428932;STB=0.523368;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0124736;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:27:38:30:17:27:38:30:17 chr11 47364762 . A C,G 1354.8 PASS AF=0.123596,0.876404;AO=13,74;DP=89;FAO=11,78;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=5,54;FSAR=6,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448013,0.0140758;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.864,121.824;QD=60.8897;RBI=0.0322575,0.0247951;REFB=0,0;REVB=-0.0319449,0.0204125;RO=0;SAF=7,50;SAR=6,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0820904,-0.00172866;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:89:89:0:0:13,74:11,78:0.123596,0.876404:6,24:7,50:0:0:6,24:5,54:0:0 chr11 47364773 . T TC 38.58 PASS AF=0.170455;AO=24;DP=92;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.00593504;FXX=0.0222198;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.8229;QD=1.75372;RBI=0.0213605;REFB=-0.00525074;REVB=-0.0205195;RO=66;SAF=19;SAR=5;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253274;STB=0.6739;STBP=0.169;TYPE=ins;VARB=0.17242;OID=.;OPOS=47364774;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170455:24:92:15:88:73:12:3:46:27:38:66:19:5:41:25 chr11 47364776 . GCCCCCCA GCCCCCAC 53.05 PASS AF=0.168831;AO=10;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=57;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0133676;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=14.0407;QD=2.75599;RBI=0.0975574;REFB=-0.136155;REVB=0.0966373;RO=38;SAF=10;SAR=0;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.770527;STB=0.899315;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.112884;OID=.;OPOS=47364782;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.168831:10:77:13:77:57:12:1:28:29:29:38:10:0:14:24 chr11 47380340 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.5884;QD=42.1825;RBI=0.096783;REFB=0;REVB=0.0918065;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585408;OID=.;OPOS=47380340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr11 47431728 . A G 1091.43 PASS AF=0.987179;AO=69;DP=72;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.67;QD=55.9708;RBI=0.0703774;REFB=-0.0308217;REVB=0.0686322;RO=3;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172492;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00467605;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:78:3:1:69:77:0.987179:31:38:1:2:34:43:1:0 chr11 47434986 . G A 614.98 PASS AF=0.473684;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.00966631;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.323;QD=18.4956;RBI=0.0519162;REFB=-0.0233016;REVB=0.0510083;RO=70;SAF=18;SAR=45;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124479;STB=0.569284;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0393629;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:70:70:63:63:0.473684:45:18:28:42:45:18:28:42 chr11 47460306 . A G 286.13 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0880974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9909;QD=18.1668;RBI=0.0936249;REFB=0.00262758;REVB=-0.0316934;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180816;STB=0.606641;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00479954;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:32:31:31:0.492063:23:8:13:17:23:8:14:18 chr11 47469439 . A G 784.01 PASS AF=0.453552;AO=79;DP=180;FAO=83;FDP=183;FR=.;FRO=100;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0211242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.835;QD=17.1368;RBI=0.0216172;REFB=-0.0215472;REVB=-0.00459041;RO=100;SAF=45;SAR=34;SRF=52;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050361;STB=0.532328;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0309577;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:183:100:100:79:83:0.453552:34:45:52:48:35:48:52:48 chr11 47579119 . A T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.272;QD=57.2377;RBI=0.041374;REFB=0;REVB=0.019484;RO=0;SAF=10;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8515e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:46:10:0:0:46:10:0:0 chr11 47593945 . A C 1226.53 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614165;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.851;QD=61.3264;RBI=0.0662784;REFB=0;REVB=0.0659932;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73887e-05;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:79:80:1:48:31:0:0:49:31:0:0 chr11 47609867 . G A 1605.17 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0291211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3177;QD=56.3218;RBI=0.0543476;REFB=0.0250426;REVB=0.0458871;RO=3;SAF=63;SAR=47;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220669;STB=0.506365;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00101992;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:3:4:110:110:0.964912:47:63:3:0:47:63:3:1 chr11 47681370 . T G 108.81 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00566812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.702;QD=24.1798;RBI=0.0805462;REFB=-0.0197045;REVB=0.0803466;RO=5;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180625;STB=0.615225;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00968328;OID=.;OPOS=47681370;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:2:10:5:0:2:10:6:0 chr11 47701528 . C A 344.73 PASS AF=0.5625;AO=34;DP=62;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00244336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.392;QD=21.5454;RBI=0.0175564;REFB=-0.0150468;REVB=-0.0173855;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345065;STB=0.507038;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00510143;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:28:28:34:36:0.5625:18:16:12:16:20:16:12:16 chr11 47748509 . T C 1120.4 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164433;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2247;QD=60.5619;RBI=0.0364585;REFB=0;REVB=0.0325399;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118146;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:72:74:1:32:40:0:0:34:40:0:0 chr11 47826090 . A C 182.66 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0149487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.56;QD=13.2844;RBI=0.01495;REFB=-0.0161919;REVB=0.000195742;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273599;STB=0.657527;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0259203;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:14:19:7:15:14:19 chr11 47834592 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.599;QD=54.5172;RBI=0.041586;REFB=0;REVB=0.0220374;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304809;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 47857253 . T C 245.1 PASS AF=0.483333;AO=25;DP=58;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00255635;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1052;QD=16.3399;RBI=0.0414409;REFB=-0.0422185;REVB=0.041362;RO=27;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170964;STB=0.562615;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0191836;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:31:25:29:0.483333:18:7:12:15:20:9:13:18 chr11 47869855 . C T 1138.59 PASS AF=0.447619;AO=83;DP=214;FAO=94;FDP=210;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=12;FSRR=69;FWDB=0.0797966;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.712;QD=21.6874;RBI=0.0798029;REFB=-0.0553568;REVB=0.00100006;RO=67;SAF=41;SAR=42;SRF=11;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272886;STB=0.655283;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0631022;OID=.;OPOS=47869855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:210:67:81:83:94:0.447619:42:41:11:56:49:45:12:69 chr11 48118347 . T TA 200.25 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.146347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4608;QD=13.5763;RBI=0.149624;REFB=0.0350545;REVB=-0.0311466;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215618;STB=0.631737;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=-0.0456409;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:27:59:29:59:30:19:10:12:18:99:30:17:10:12:18 chr11 48145166 . G A 455.52 PASS AF=0.475728;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0112949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.63;QD=17.69;RBI=0.0341996;REFB=-0.028797;REVB=-0.0322806;RO=53;SAF=29;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554319;STB=0.530851;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0401476;OID=.;OPOS=48145166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:54:48:49:0.475728:19:29:29:24:19:30:30:24 chr11 48145375 . A C 401.13 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0642495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4185;QD=18.8768;RBI=0.157911;REFB=0.0293404;REVB=0.14425;RO=44;SAF=14;SAR=27;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368986;STB=0.704513;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0290239;OID=.;OPOS=48145375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:27:14:33:11:27:14:33:11 chr11 48146622 . G A 932.68 PASS AF=0.574194;AO=89;DP=155;FAO=89;FDP=155;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0130211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.477;QD=24.0693;RBI=0.0214358;REFB=-0.00813999;REVB=-0.0170277;RO=65;SAF=47;SAR=42;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390136;STB=0.500945;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00618483;OID=.;OPOS=48146622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:65:66:89:89:0.574194:42:47:34:31:42:47:35:31 chr11 48190383 . A T 1617.8 PASS AF=0.982143;AO=101;DP=103;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.012455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.679;QD=57.7787;RBI=0.0169519;REFB=-0.0431713;REVB=0.0114996;RO=1;SAF=53;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886767;STB=0.508473;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000503832;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:103:112:1:2:101:110:0.982143:48:53:1:0:52:58:2:0 chr11 48190527 . T C 774.72 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4635;QD=63.2426;RBI=0.113739;REFB=0;REVB=0.113593;RO=1;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140733;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:17:31:0:1:18:31:0:0 chr11 48238421 . T G 2101.64 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.401;QD=62.7356;RBI=0.0755397;REFB=0;REVB=0.0218199;RO=0;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012706;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:57:76:0:0:57:77:0:0 chr11 48238549 . G A 701.82 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.068457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.66;QD=18.1116;RBI=0.0685058;REFB=-0.0326284;REVB=0.00258396;RO=80;SAF=34;SAR=40;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850012;STB=0.550126;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0322914;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:81:74:74:0.477419:40:34:44:36:40:34:45:36 chr11 48238880 . C T 371.96 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00242614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.149;QD=25.6527;RBI=0.0205272;REFB=-0.0133356;REVB=-0.0203833;RO=22;SAF=25;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148093;STB=0.581348;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00780106;OID=.;OPOS=48238880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:11:25:11:11:11:25:11:11 chr11 48239182 . C A 105.58 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0195844;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.417;QD=10.5578;RBI=0.0412028;REFB=-0.00528639;REVB=-0.0362509;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114311;STB=0.562406;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0143628;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:6:7:16:9:6:7:17:10 chr11 48266736 . C G 480.63 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0165324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1682;QD=20.237;RBI=0.0441945;REFB=-0.0149109;REVB=0.0409857;RO=48;SAF=28;SAR=19;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479148;STB=0.526527;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0187533;OID=.;OPOS=48266736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:19:28:31:17:19:28:31:17 chr11 48285842 . A G 1285.71 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190849;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.295;QD=61.9618;RBI=0.0522675;REFB=0;REVB=0.0486586;RO=0;SAF=55;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39686e-05;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:23:55:0:0:28:55:0:0 chr11 48285856 . C T 137.99 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0516835;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9192;QD=8.49151;RBI=0.0542881;REFB=-0.0013298;REVB=-0.0166136;RO=39;SAF=13;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868666;STB=0.575139;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0129984;OID=.;OPOS=48285856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:39:46:19:19:0.292308:6:13:24:15:6:13:27:19 chr11 48285906 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00142727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.349;QD=15.2556;RBI=0.00886771;REFB=-0.00273547;REVB=0.0087521;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694126;STB=0.53996;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00347022;OID=.;OPOS=48285906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:17:13:10:10:17:13 chr11 48285981 . CCTT C 122.9 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0058627;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.933;QD=10.0324;RBI=0.0201046;REFB=-0.0174216;REVB=-0.0192308;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427661;STB=0.52617;STBP=0.795;TYPE=del;VARB=0.0242249;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:18:48:20:49:29:13:7:20:9:99:23:11:7:15:8 chr11 48286231 . T A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0218638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.697;QD=14.6538;RBI=0.0218672;REFB=0.0140538;REVB=-0.000385053;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128818;STB=0.576719;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.0172553;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:5:3:2:6:5:3 chr11 48328644 . C T 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00680151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.57;QD=11.2143;RBI=0.0103258;REFB=-0.00451524;REVB=-0.00776923;RO=33;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289995;STB=0.673926;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00834561;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:12:4:16:17:12:4:16:17 chr11 48346513 . T C 38.15 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.0143808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.544;QD=1.77463;RBI=0.0205516;REFB=-0.00916543;REVB=0.0146819;RO=76;SAF=6;SAR=3;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269379;STB=0.696545;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0463638;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:76:77:9:9:0.104651:3:6:33:43:3:6:34:43 chr11 48346535 . G C 34.43 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.132976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6059;QD=1.39116;RBI=0.134862;REFB=-0.00543105;REVB=-0.0224792;RO=87;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244384;STB=0.667053;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0515624;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:96:99:87:90:9:9:0.0909091:4:5:30:57:4:5:33:57 chr11 48346541 . A T 56.2 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0197368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.417;QD=2.34161;RBI=0.0267335;REFB=-0.000118866;REVB=-0.0180316;RO=81;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2733;STB=0.680929;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000454436;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:81:84:12:12:0.125:5:7:29:52:5:7:31:53 chr11 48346547 . C T 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.0124705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.032;QD=2.21406;RBI=0.0355833;REFB=-0.00323172;REVB=-0.0333265;RO=91;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148058;STB=0.607237;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0127085;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:104:107:91:94:13:13:0.121495:6:7:38:53:6:7:39:55 chr11 48346551 . C A 108.56 PASS AF=0.175439;AO=20;DP=116;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00256567;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.56;QD=3.80896;RBI=0.0318665;REFB=-0.00794151;REVB=-0.031763;RO=94;SAF=12;SAR=8;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218797;STB=0.641241;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.045112;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:94:94:20:20:0.175439:8:12:40:54:8:12:40:54 chr11 48346579 . C A 142.4 PASS AF=0.183099;AO=24;DP=140;FAO=26;FDP=142;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.0103895;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.537;QD=4.01128;RBI=0.0162465;REFB=-0.0114946;REVB=-0.0124903;RO=114;SAF=15;SAR=9;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171614;STB=0.640874;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0631563;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:114:116:24:26:0.183099:9:15:56:58:9:17:56:60 chr11 48346588 . A C 183.47 PASS AF=0.198758;AO=32;DP=161;FAO=32;FDP=161;FR=.;FRO=129;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.0122401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.13;QD=4.55826;RBI=0.019895;REFB=-0.0151289;REVB=-0.015684;RO=129;SAF=19;SAR=13;SRF=67;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960923;STB=0.560324;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0471281;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:129:129:32:32:0.198758:13:19:67:62:13:19:67:62 chr11 48346604 . T G 259.1 PASS AF=0.23494;AO=36;DP=166;FAO=39;FDP=166;FR=.,HEALED;FRO=125;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.00378092;FXX=0.0119041;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.733;QD=6.24341;RBI=0.0275921;REFB=-0.0069208;REVB=-0.0273318;RO=96;SAF=22;SAR=14;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891009;STB=0.547768;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0235398;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:96:125:36:39:0.23494:14:22:58:38:16:23:66:59 chr11 48346615 . G A 272.98 PASS AF=0.223958;AO=43;DP=192;FAO=43;FDP=192;FR=.;FRO=149;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=79;FSRR=70;FWDB=-0.00690061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9041;QD=5.68711;RBI=0.0110303;REFB=0.00206842;REVB=-0.00860519;RO=146;SAF=25;SAR=18;SRF=76;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779117;STB=0.540256;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0084941;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:146:149:43:43:0.223958:18:25:76:70:18:25:79:70 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 163.22 PASS AF=0.226601;AO=43;DP=207;FAO=46;FDP=203;FR=.;FRO=157;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=95;FSRR=62;FWDB=-0.0155455;FXX=0.00490172;HRUN=5;LEN=9;MLLD=304.489;QD=3.21617;RBI=0.0303237;REFB=-0.003802;REVB=-0.0260359;RO=147;SAF=25;SAR=18;SRF=87;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136491;STB=0.514533;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=0.0143211;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.226601:43:207:46:203:157:27:19:95:62:99:147:25:18:87:60 chr11 48346681 . G A 345.58 PASS AF=0.24424;AO=53;DP=217;FAO=53;FDP=217;FR=.;FRO=164;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=96;FSRR=68;FWDB=0.0176598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.942;QD=6.37013;RBI=0.0263328;REFB=-0.00538813;REVB=-0.0195333;RO=164;SAF=33;SAR=20;SRF=96;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490779;STB=0.529529;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00906437;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:164:164:53:53:0.24424:20:33:96:68:20:33:96:68 chr11 48346729 . G C 143.37 PASS AF=0.166667;AO=26;DP=167;FAO=28;FDP=168;FR=.;FRO=140;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=89;FSRR=51;FWDB=-0.0132713;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.857;QD=3.41351;RBI=0.0227859;REFB=-0.0042234;REVB=-0.0185221;RO=139;SAF=10;SAR=16;SRF=90;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326987;STB=0.667657;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0228691;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:139:140:26:28:0.166667:16:10:90:49:16:12:89:51 chr11 48346791 . C T 138.04 PASS AF=0.195122;AO=22;DP=122;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.00355848;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.758;QD=4.48916;RBI=0.004009;REFB=-0.0077382;REVB=-0.00184643;RO=96;SAF=12;SAR=10;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761761;STB=0.510481;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0314816;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:96:99:22:24:0.195122:10:12:58:38:10:14:59:40 chr11 48346822 . A C 204.29 PASS AF=0.244094;AO=31;DP=127;FAO=31;FDP=127;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.00403239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.643;QD=6.43428;RBI=0.0235364;REFB=0.00112485;REVB=0.0231884;RO=93;SAF=16;SAR=15;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671038;STB=0.535146;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00334345;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:93:96:31:31:0.244094:15:16:53:40:15:16:54:42 chr11 48346843 . C T 202.74 PASS AF=0.273585;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=106;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0185182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.662;QD=7.65058;RBI=0.0234043;REFB=-0.0130604;REVB=-0.0143123;RO=75;SAF=16;SAR=13;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596446;STB=0.524108;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0290125;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:75:77:29:29:0.273585:13:16:45:30:13:16:45:32 chr11 48346916 . G C 308.28 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=18;FWDB=-0.0329635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8167;QD=11.0099;RBI=0.0377983;REFB=-0.019451;REVB=-0.0184964;RO=72;SAF=24;SAR=15;SRF=54;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169225;STB=0.599346;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.031911;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:73:39:39:0.348214:15:24:54:18:15:24:55:18 chr11 48346924 . T C 350.6 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=58;FSRR=17;FWDB=0.0106377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7924;QD=11.8849;RBI=0.0265791;REFB=0.0120595;REVB=0.0243575;RO=74;SAF=28;SAR=15;SRF=57;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154309;STB=0.59008;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.019592;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:74:75:43:43:0.364407:15:28:57:17:15:28:58:17 chr11 48346932 . G A 426.79 PASS AF=0.37594;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=22;FWDB=0.00443867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.011;QD=12.8357;RBI=0.00472186;REFB=-0.00603551;REVB=0.00161063;RO=82;SAF=33;SAR=17;SRF=60;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09067;STB=0.553879;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00937428;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:83:50:50:0.37594:17:33:60:22:17:33:61:22 chr11 48346961 . AA TG 433.92 PASS AF=0.361702;AO=51;DP=141;FAO=51;FDP=141;FR=.;FRO=90;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=-0.00344234;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=231.508;QD=12.3099;RBI=0.00574202;REFB=-0.0116977;REVB=-0.00459577;RO=90;SAF=34;SAR=17;SRF=61;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140618;STB=0.508018;STBP=0.912;TYPE=mnp;VARB=0.020744;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:90:90:51:51:0.361702:17:34:61:29:17:34:61:29 chr11 48346999 . T G 430.04 PASS AF=0.344595;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=148;FR=.;FRO=97;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=33;FWDB=0.0443102;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6447;QD=11.6228;RBI=0.0445515;REFB=-0.00951097;REVB=0.00463049;RO=99;SAF=38;SAR=13;SRF=64;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136498;STB=0.568612;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0164894;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:99:97:51:51:0.344595:13:38:64:35:13:38:64:33 chr11 48347014 . G A 408.31 PASS AF=0.35;AO=49;DP=140;FAO=49;FDP=140;FR=.;FRO=91;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.0974676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.473;QD=11.6661;RBI=0.09748;REFB=-0.00423129;REVB=0.00155461;RO=90;SAF=33;SAR=16;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774282;STB=0.541663;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0348767;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:90:91:49:49:0.35:16:33:55:35:16:33:56:35 chr11 48347023 . C T 459.33 PASS AF=0.367347;AO=50;DP=143;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=0.0136312;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.462;QD=12.4986;RBI=0.0139088;REFB=-0.0180776;REVB=-0.00276528;RO=91;SAF=33;SAR=17;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548161;STB=0.54364;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0351505;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:91:93:50:54:0.367347:17:33:56:35:17:37:58:35 chr11 48347067 . C T 499.77 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0112841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.399;QD=13.8825;RBI=0.0201985;REFB=-0.0290385;REVB=-0.0167525;RO=86;SAF=33;SAR=23;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170816;STB=0.508219;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0427905;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:86:88:56:56:0.388889:23:33:52:34:23:33:53:35 chr11 48347100 . C T 351.24 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0435172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.518;QD=12.1118;RBI=0.0440799;REFB=-0.00782695;REVB=-0.00702046;RO=72;SAF=21;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012769;STB=0.511622;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.025583;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:72:73:43:43:0.37069:22:21:36:36:22:21:37:36 chr11 48347124 . A G 301.77 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.063989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0807;QD=11.834;RBI=0.0929413;REFB=-0.0248137;REVB=-0.0674054;RO=61;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366003;STB=0.508542;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0403036;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:61:65:37:37:0.362745:20:17:26:35:20:17:29:36 chr11 48347130 . C G 295.37 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.030027;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0999;QD=12.3073;RBI=0.0339266;REFB=-0.0215485;REVB=-0.0157922;RO=60;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229861;STB=0.522798;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.03802;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:60:62:34:34:0.354167:18:16:27:33:18:16:27:35 chr11 48347140 . T C 797.11 PASS AF=0.702128;AO=64;DP=93;FAO=66;FDP=94;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.078183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.502;QD=33.9195;RBI=0.0782233;REFB=-0.0165339;REVB=0.00250929;RO=29;SAF=31;SAR=33;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101169;STB=0.563811;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00691274;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:29:28:64:66:0.702128:33:31:9:20:33:33:8:20 chr11 48347142 . C T 280.06 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0546349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.443;QD=11.9176;RBI=0.0591552;REFB=-0.00841863;REVB=-0.0226795;RO=60;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239761;STB=0.51858;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0187708;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:60:61:32:33:0.351064:18:14:25:35:18:15:26:35 chr11 48347144 . T C 293.79 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0175026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.286;QD=12.6359;RBI=0.024513;REFB=-0.0189933;REVB=0.0171624;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740961;STB=0.529919;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0308589;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:59:34:34:0.365591:18:16:23:34:18:16:25:34 chr11 48347267 . T C 208.83 PASS AF=0.275229;AO=30;DP=109;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0111697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.023;QD=7.66343;RBI=0.01289;REFB=-0.000591061;REVB=0.00643353;RO=79;SAF=16;SAR=14;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174927;STB=0.510422;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0036892;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:79:30:30:0.275229:14:16:41:38:14:16:41:38 chr11 48347306 . G T 231.26 PASS AF=0.272727;AO=32;DP=123;FAO=33;FDP=121;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00662631;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.057;QD=7.64507;RBI=0.00886887;REFB=-0.00753951;REVB=-0.00589482;RO=88;SAF=19;SAR=13;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744562;STB=0.54524;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0205948;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:88:88:32:33:0.272727:13:19:47:41:13:20:48:40 chr11 48347342 . G A 125.2 PASS AF=0.198113;AO=21;DP=106;FAO=21;FDP=106;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0859243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.531;QD=4.72464;RBI=0.0930781;REFB=-0.00624656;REVB=-0.0357847;RO=84;SAF=13;SAR=8;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927341;STB=0.564112;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.03672;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:84:85:21:21:0.198113:8:13:46:38:8:13:46:39 chr11 48347346 . A T 117.67 PASS AF=0.190476;AO=21;DP=106;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0187894;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.802;QD=4.48281;RBI=0.0500491;REFB=-0.0112508;REVB=-0.0463883;RO=83;SAF=13;SAR=8;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843387;STB=0.548589;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0580431;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:83:85:21:20:0.190476:8:13:46:37:8:12:46:39 chr11 48347358 . C T 83.62 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=97;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.0104012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7575;QD=3.27934;RBI=0.0124918;REFB=-0.00925824;REVB=0.00691802;RO=82;SAF=5;SAR=8;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00946921;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:97:102:82:85:13:17:0.166667:8:5:43:39:8:9:45:40 chr11 48347363 . C T 88.26 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0155606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.129;QD=3.56614;RBI=0.0210636;REFB=-0.00460231;REVB=-0.0141966;RO=82;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461066;STB=0.525221;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0267858;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:99:82:83:16:16:0.161616:8:8:44:38:8:8:44:39 chr11 48347392 . T C 84.8 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0110142;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.847;QD=4.98807;RBI=0.0230471;REFB=-0.0150803;REVB=0.0202449;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270117;STB=0.517217;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0501825;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:69:68:54:54:14:14:0.205882:6:8:32:22:6:8:32:22 chr11 48347419 . A G 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0294772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.974;QD=6.17948;RBI=0.0457064;REFB=0.00277333;REVB=0.0349308;RO=51;SAF=11;SAR=5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819939;STB=0.551082;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00253953;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:5:11:32:19:5:11:32:19 chr11 48347492 . G A 95.63 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0206305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0733;QD=11.5919;RBI=0.0255263;REFB=0.00930803;REVB=-0.0150323;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149667;STB=0.588097;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0262371;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:15:6:5:7:15:6 chr11 48347498 . A T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0242291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.756;QD=12.4824;RBI=0.0268869;REFB=-0.0118415;REVB=-0.0116556;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233862;STB=0.635637;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0186468;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:15:4:5:7:15:4 chr11 48366958 . T G 174.13 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.00236394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.399;QD=6.6334;RBI=0.0177035;REFB=-0.00356634;REVB=0.017545;RO=71;SAF=12;SAR=14;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123695;STB=0.599345;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00572969;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:79:26:26:0.247619:14:12:40:31:14:12:47:32 chr11 48366971 . GG CA 215.9 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=95;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=0.000410705;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=315.825;QD=8.99599;RBI=0.00154661;REFB=-0.00618586;REVB=0.00149108;RO=67;SAF=13;SAR=15;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157459;STB=0.587088;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=0.0133004;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:67:68:28:28:0.291667:15:13:40:27:15:13:40:28 chr11 48367050 . T TAG 81.41 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00737715;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.209;QD=5.33818;RBI=0.0248242;REFB=-0.0229981;REVB=-0.0237027;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093191;STB=0.559493;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.0809248;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213115:13:61:13:61:48:8:5:26:22:81:48:8:5:26:22 chr11 48367073 . A C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00812433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.832;QD=24.2461;RBI=0.00840419;REFB=-0.0144442;REVB=-0.00215071;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193815;STB=0.608197;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0112965;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:8:17:9:11:8:17:9:11 chr11 48367097 . A G 41.65 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.000191901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.627;QD=4.16506;RBI=0.0167966;REFB=-0.0178545;REVB=0.0167955;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316367;STB=0.521677;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0718623;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:18:15:3:4:18:15 chr11 48367190 . A T 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0167458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.543;QD=4.92229;RBI=0.0183674;REFB=-0.00512028;REVB=-0.00754571;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194237;STB=0.512165;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0208564;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:31:33:8:8:0.195122:4:4:16:15:4:4:17:16 chr11 48367195 . C T 42.31 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00189021;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.263;QD=4.1275;RBI=0.0336848;REFB=-0.000935368;REVB=-0.0336317;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861214;STB=0.559271;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0195545;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:41:34:34:7:7:0.170732:4:3:17:17:4:3:17:17 chr11 48367249 . C T 94.58 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0030015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.597;QD=7.88202;RBI=0.00455648;REFB=-0.00127286;REVB=-0.0034282;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171003;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00199139;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:47:48:35:35:12:13:0.270833:6:6:17:18:6:7:17:18 chr11 48367252 . G A 99.62 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.064932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7388;QD=8.30153;RBI=0.0812903;REFB=0.00229446;REVB=0.0489076;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117186;STB=0.538402;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0061857;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:35:35:12:13:0.270833:5:7:17:18:6:7:17:18 chr11 48367311 . T C 186.7 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00600532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5981;QD=8.68347;RBI=0.035559;REFB=-0.00304172;REVB=0.0350482;RO=59;SAF=16;SAR=9;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100005;STB=0.561353;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0058378;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:61:25:25:0.290698:9:16:33:26:9:16:34:27 chr11 48367363 . C T 192.56 PASS AF=0.268041;AO=25;DP=95;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00415408;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3145;QD=7.94054;RBI=0.00790006;REFB=-0.0285597;REVB=0.00671972;RO=70;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108194;STB=0.571827;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0753611;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:70:71:25:26:0.268041:11:14:33:37:11:15:34:37 chr11 48367387 . C T 147.33 PASS AF=0.258427;AO=20;DP=86;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0817342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1777;QD=6.62173;RBI=0.0821709;REFB=-0.0239157;REVB=0.00846024;RO=66;SAF=11;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995508;STB=0.57067;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0947178;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:66:66:20:23:0.258427:9:11:31:35:10:13:31:35 chr11 48367419 . G A 136.37 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0287854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.007;QD=6.99321;RBI=0.0332173;REFB=-0.0047156;REVB=-0.0165768;RO=57;SAF=11;SAR=9;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928686;STB=0.54995;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0209441;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:58:20:20:0.25641:9:11:27:30:9:11:28:30 chr11 48367424 . C G 127.2 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0346346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.687;QD=6.69483;RBI=0.0347226;REFB=-0.00158505;REVB=-0.00247018;RO=57;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429891;STB=0.526288;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00723262;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:9:10:28:29:9:10:28:29 chr11 48367455 . G A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0170504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.798;QD=5.74822;RBI=0.0193111;REFB=-0.0072536;REVB=-0.00906666;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1135;STB=0.571327;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0245047;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:8:6:25:23:8:6:25:23 chr11 48367469 . TG CA 81.58 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.029082;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.478;QD=6.04279;RBI=0.0500551;REFB=-0.0297189;REVB=-0.04074;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221806;STB=0.632686;STBP=0.326;TYPE=mnp;VARB=0.0742063;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:41:42:12:12:0.222222:8:4:21:20:8:4:21:21 chr11 48367474 . A G 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0426207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.159;QD=6.30284;RBI=0.0429937;REFB=-0.00431705;REVB=0.00565148;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193749;STB=0.623166;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00990207;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:8:4:20:21:8:4:20:21 chr11 48367499 . A G 52.34 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0322216;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.557;QD=5.23434;RBI=0.0433356;REFB=-0.00708295;REVB=-0.0289783;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755954;STB=0.549876;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0323929;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:14:18:4:4:14:18 chr11 48373748 . C G 83.0 PASS AF=0.197183;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0137611;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2884;QD=4.67586;RBI=0.0317762;REFB=-0.0205739;REVB=-0.0286419;RO=54;SAF=6;SAR=8;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246619;STB=0.65861;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0333882;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:71:71:54:57:14:14:0.197183:8:6:34:20:8:6:36:21 chr11 48373770 . T A 81.77 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00812417;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.113;QD=4.48067;RBI=0.0115212;REFB=-0.00151968;REVB=0.00816925;RO=59;SAF=6;SAR=8;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286404;STB=0.68158;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.014431;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:74:73:59:59:14:14:0.191781:8:6:39:20:8:6:39:20 chr11 48373797 . C T 85.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.00510127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.713;QD=4.11579;RBI=0.0353415;REFB=0.00089922;REVB=-0.0349714;RO=68;SAF=9;SAR=6;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628658;STB=0.540763;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00815624;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:68:68:15:15:0.180723:6:9:44:24:6:9:44:24 chr11 48373805 . G A 87.18 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0664096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9593;QD=4.4141;RBI=0.0666397;REFB=-0.00657314;REVB=-0.00553297;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437149;STB=0.523333;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0256658;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:79:79:63:64:15:15:0.189873:5:10:40:23:5:10:41:23 chr11 48373815 . A G 104.67 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=0.0350612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3202;QD=5.16899;RBI=0.0606122;REFB=0.00256557;REVB=0.0494424;RO=64;SAF=12;SAR=5;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00413984;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00651223;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:64:64:17:17:0.209877:5:12:45:19:5:12:45:19 chr11 48373817 . C T 104.53 PASS AF=0.209877;AO=17;DP=81;FAO=17;FDP=81;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=19;FWDB=-0.00709076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.555;QD=5.16184;RBI=0.0488852;REFB=-0.00420606;REVB=-0.0483682;RO=61;SAF=13;SAR=4;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957509;STB=0.56301;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0152919;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:64:17:17:0.209877:4:13:43:18:4:13:45:19 chr11 48373827 . G A 113.16 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=-0.0245669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.653;QD=5.45333;RBI=0.0353178;REFB=-0.00364609;REVB=-0.0253736;RO=65;SAF=15;SAR=3;SRF=48;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176723;STB=0.613356;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00709621;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:3:15:48:17:3:15:48:17 chr11 48373885 . A G 332.54 PASS AF=0.33871;AO=42;DP=124;FAO=42;FDP=124;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=0.00990878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.431;QD=10.7272;RBI=0.0134622;REFB=-0.0117362;REVB=-0.00911299;RO=82;SAF=22;SAR=20;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07111;STB=0.540939;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0257843;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:82:82:42:42:0.33871:20:22:48:34:20:22:48:34 chr11 48373900 . A G 312.48 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.000919762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1399;QD=10.5035;RBI=0.0111003;REFB=0.000789138;REVB=0.0110621;RO=78;SAF=21;SAR=19;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04504;STB=0.521306;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00142502;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:78:79:40:40:0.336134:19:21:44:34:19:21:44:35 chr11 48373936 . A G 343.97 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0482536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6;QD=13.1034;RBI=0.0677569;REFB=-0.00188406;REVB=0.0475667;RO=64;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111108;STB=0.506308;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00355214;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:64:41:41:0.390476:22:19:29:35:22:19:29:35 chr11 48373946 . C A 192.26 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0298256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.987;QD=7.53948;RBI=0.0431966;REFB=-0.0118159;REVB=-0.0312471;RO=74;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133279;STB=0.584354;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0263867;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:75:27:27:0.264706:12:15:33:41:12:15:33:42 chr11 48373976 . T G 293.46 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0197591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.837;QD=14.8588;RBI=0.0355183;REFB=-0.0237402;REVB=-0.0295148;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113398;STB=0.564181;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0427622;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:15:18:20:26:15:18:20:26 chr11 48373986 . A G 278.03 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0814312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.336;QD=15.0285;RBI=0.0824543;REFB=-0.0059062;REVB=0.0129484;RO=41;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109819;STB=0.558045;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00525101;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:14:17:18:23:15:17:18:24 chr11 48374000 . C CT 61.84 PASS AF=0.370968;AO=19;DP=66;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00860068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.798;QD=3.98984;RBI=0.207366;REFB=-0.0173218;REVB=0.207187;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268918;STB=0.657874;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0163119;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.370968:19:66:23:62:39:13:10:12:27:61:41:11:8:14:27 chr11 48387098 . A C 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=7;FWDB=0.00494343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.728;QD=6.64713;RBI=0.0114025;REFB=-0.000159095;REVB=-0.0102752;RO=43;SAF=13;SAR=1;SRF=36;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275478;STB=0.679415;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000405974;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:1:13:36:7:1:13:36:7 chr11 48387107 . T C 83.22 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=-0.0148255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.641;QD=5.64218;RBI=0.0343708;REFB=-0.00225287;REVB=-0.031009;RO=46;SAF=12;SAR=1;SRF=38;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274699;STB=0.68319;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0293369;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:1:12:38:8:1:12:38:8 chr11 48387115 . G A 76.96 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=0.00642131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.941;QD=5.30744;RBI=0.0525111;REFB=-0.0129681;REVB=-0.052117;RO=45;SAF=11;SAR=1;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295864;STB=0.695791;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0466738;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:58:45:46:12:12:0.206897:1:11:36:9:1:11:37:9 chr11 48387118 . G A 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.0328661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8936;QD=5.82201;RBI=0.0451068;REFB=-0.00569997;REVB=-0.0308941;RO=45;SAF=12;SAR=1;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320141;STB=0.713863;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0476849;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:1:12:36:9:1:12:36:9 chr11 48387275 . T C 69.75 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=27;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0051943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.821;QD=9.62095;RBI=0.0982826;REFB=-0.0143021;REVB=0.0981453;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472346;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0676616;OID=.;OPOS=48387275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:27:29:19:19:8:10:0.344828:1:7:10:9:3:7:10:9 chr11 48387335 . C A 109.24 PASS AF=0.27451;AO=15;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00630212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216;QD=8.56752;RBI=0.00980593;REFB=-0.00672949;REVB=0.00751263;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334901;STB=0.673683;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0161583;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:15:14:0.27451:6:9:11:25:6:8:12:25 chr11 48387370 . A G 147.02 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0202889;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8498;QD=9.4851;RBI=0.0204929;REFB=-0.00313674;REVB=0.00288484;RO=41;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565459;STB=0.805694;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132091;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:42:19:20:0.322581:4:15:11:30:5:15:11:31 chr11 48387424 . G T 209.72 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0048869;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.144;QD=9.53259;RBI=0.00656402;REFB=-0.0085832;REVB=-0.0043823;RO=56;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425658;STB=0.757398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0135621;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:56:61:27:27:0.306818:8:19:18:38:8:19:19:42 chr11 48387490 . G A 183.67 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.00271479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.374;QD=8.07355;RBI=0.0411364;REFB=-0.00653037;REVB=-0.0410467;RO=66;SAF=17;SAR=8;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403818;STB=0.738952;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0220527;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:8:17:22:44:8:17:22:44 chr11 48387506 . A G 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.00602254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3861;QD=6.46273;RBI=0.0119806;REFB=-0.00110847;REVB=-0.0103568;RO=55;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300885;STB=0.675645;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00603646;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:59:19:19:0.24359:8:11:18:37:8:11:20:39 chr11 48387526 . G T 85.38 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0118837;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.983;QD=5.0973;RBI=0.0119199;REFB=-0.00645772;REVB=0.00092714;RO=53;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342254;STB=0.714582;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.012536;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:68:67:53:53:14:14:0.208955:5:9:19:34:5:9:19:34 chr11 48387535 . T C 62.97 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0396224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7166;QD=3.998;RBI=0.0675652;REFB=0.0011578;REVB=0.0547276;RO=51;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385288;STB=0.739451;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00384485;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:51:52:11:11:0.174603:4:7:16:35:4:7:17:35 chr11 48387540 . G T 64.41 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0382114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.377;QD=4.2237;RBI=0.0396938;REFB=-0.0128805;REVB=0.0107466;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253675;STB=0.664448;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0237495;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:5:6:17:33:5:6:17:33 chr11 48387580 . G T 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.088904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0331;QD=4.46131;RBI=0.102231;REFB=-0.00239835;REVB=0.0504711;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393309;STB=0.759236;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00577045;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:8:17:2:4:8:17 chr11 48387582 . C T 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0460792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2742;QD=4.63034;RBI=0.0588437;REFB=-0.026493;REVB=-0.0365962;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422343;STB=0.774727;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0653301;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:7:17:2:4:7:17 chr11 48387584 . A T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0516909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4708;QD=4.62979;RBI=0.0585727;REFB=-0.0106399;REVB=-0.0275464;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422343;STB=0.774727;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0494599;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:7:17:2:4:7:17 chr11 48387591 . A G 34.85 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0351841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.893;QD=4.80635;RBI=0.0812228;REFB=-0.010619;REVB=-0.0732067;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407763;STB=0.765185;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0306594;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:7:16:2:4:7:16 chr11 48387757 . A C 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000950421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.78;QD=4.15608;RBI=0.0207841;REFB=-0.00450176;REVB=-0.0207624;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0287563;OID=.;OPOS=48387757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:18:9:2:4:18:9 chr11 48387780 . C T 34.61 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00262629;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.243;QD=3.46129;RBI=0.0230779;REFB=0.0073752;REVB=0.0229279;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148934;STB=0.596161;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0288998;OID=.;OPOS=48387780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:40:40:33:34:6:6:0.15:2:4:18:15:2:4:19:15 chr11 48387789 . C G 39.74 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00209863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.434;QD=3.11704;RBI=0.00912052;REFB=-0.00202098;REVB=-0.00887579;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239054;STB=0.517193;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00905951;OID=.;OPOS=48387789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:3:4:26:18:3:4:26:18 chr11 48387825 . T G 49.4 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=0.0540627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.184;QD=2.10225;RBI=0.0866429;REFB=-0.00257544;REVB=-0.0677068;RO=82;SAF=7;SAR=4;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194049;STB=0.64589;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0613632;OID=.;OPOS=48387825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:94:82:83:11:11:0.117021:4:7:39:43:4:7:39:44 chr11 48387833 . T C 48.27 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.060181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.072;QD=1.97006;RBI=0.065431;REFB=-0.001217;REVB=-0.02568;RO=87;SAF=7;SAR=4;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197519;STB=0.645493;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0421272;OID=.;OPOS=48387833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:98:87:87:11:11:0.112245:4:7:41:46:4:7:41:46 chr11 48387850 . G T 60.75 PASS AF=0.119658;AO=14;DP=116;FAO=14;FDP=117;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.0174127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.014;QD=2.07703;RBI=0.0344326;REFB=-0.00726089;REVB=-0.0297053;RO=101;SAF=10;SAR=4;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283436;STB=0.70341;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0340891;OID=.;OPOS=48387850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:116:117:101:103:14:14:0.119658:4:10:49:52:4:10:50:53 chr11 48387890 . T C 72.72 PASS AF=0.119718;AO=16;DP=142;FAO=17;FDP=142;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.0196448;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.221;QD=2.04852;RBI=0.0239791;REFB=-0.00500757;REVB=-0.0137506;RO=125;SAF=12;SAR=4;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256798;STB=0.643624;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.035326;OID=.;OPOS=48387890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:142:125:125:16:17:0.119718:4:12:69:56:5:12:69:56 chr11 48387894 . C T 44.12 PASS AF=0.0896552;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=145;FR=.;FRO=132;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=-0.0703363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6121;QD=1.21702;RBI=0.0816672;REFB=-0.0227223;REVB=-0.041501;RO=132;SAF=8;SAR=5;SRF=75;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563771;STB=0.544388;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0319763;OID=.;OPOS=48387894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:145:145:132:132:13:13:0.0896552:5:8:75:57:5:8:75:57 chr11 48387900 . G A 38.57 PASS AF=0.0816327;AO=11;DP=147;FAO=12;FDP=147;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=0.0265999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7816;QD=1.04963;RBI=0.0579306;REFB=-0.00482133;REVB=-0.0514626;RO=135;SAF=6;SAR=5;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195522;STB=0.519087;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0177587;OID=.;OPOS=48387900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:147:147:135:135:11:12:0.0816327:5:6:76:59:5:7:76:59 chr11 48387919 . G A 63.02 PASS AF=0.105263;AO=14;DP=149;FAO=16;FDP=152;FR=.;FRO=136;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=74;FSRR=62;FWDB=-0.0257086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.002;QD=1.65841;RBI=0.0257216;REFB=-0.0012382;REVB=0.000819343;RO=134;SAF=10;SAR=4;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207575;STB=0.634078;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00406009;OID=.;OPOS=48387919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:152:134:136:14:16:0.105263:4:10:73:61:5:11:74:62 chr11 48387930 . T C 59.63 PASS AF=0.100629;AO=16;DP=159;FAO=16;FDP=159;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.0161877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.265;QD=1.5;RBI=0.0195732;REFB=-0.00040474;REVB=0.0110031;RO=143;SAF=10;SAR=6;SRF=77;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105553;STB=0.579609;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00220597;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:159:159:143:143:16:16:0.100629:6:10:77:66:6:10:77:66 chr11 48387946 . G T 77.94 PASS AF=0.121622;AO=18;DP=147;FAO=18;FDP=148;FR=.;FRO=130;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=62;FWDB=-0.00240135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.332;QD=2.10651;RBI=0.00929424;REFB=-0.0041927;REVB=-0.00897866;RO=121;SAF=13;SAR=5;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241116;STB=0.682392;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.014429;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:147:148:121:130:18:18:0.121622:5:13:65:56:5:13:68:62 chr11 48387960 . T C 100.76 PASS AF=0.14;AO=21;DP=150;FAO=21;FDP=150;FR=.;FRO=129;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=0.0297204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2398;QD=2.68698;RBI=0.0303224;REFB=-0.000592342;REVB=0.00601237;RO=126;SAF=16;SAR=5;SRF=64;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33287;STB=0.726077;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00313877;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:126:129:21:21:0.14:5:16:64:62:5:16:66:63 chr11 48387978 . T A 81.71 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=65;FSRR=53;FWDB=-0.0116982;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.464;QD=2.40315;RBI=0.0183578;REFB=-0.00522983;REVB=-0.0141478;RO=118;SAF=13;SAR=5;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226153;STB=0.658906;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0452217;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:118:118:18:18:0.132353:5:13:65:53:5:13:65:53 chr11 48387983 . T C 92.59 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=0.00983762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.738;QD=2.91618;RBI=0.0114826;REFB=-0.00367448;REVB=-0.0059221;RO=108;SAF=14;SAR=5;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212207;STB=0.644999;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0930716;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:108:108:19:19:0.149606:5:14:63:45:5:14:63:45 chr11 48997107 . G A 447.89 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0156615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7007;QD=23.8876;RBI=0.0505545;REFB=-0.0474375;REVB=-0.0480674;RO=30;SAF=25;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160718;STB=0.587831;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0291882;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:32:43:43:0.573333:18:25:11:19:18:25:12:20 chr11 48997334 . T G 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0160004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.631;QD=14.6966;RBI=0.022549;REFB=-0.0239689;REVB=-0.0158886;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.54507;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0405599;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:12:18:11:10:12:18 chr11 48998688 . A G 315.47 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00631609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.153;QD=25.2375;RBI=0.00927462;REFB=-0.0224735;REVB=0.00679157;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506133;STB=0.528086;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0183542;OID=.;OPOS=48998688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:11:17:12:10:11:17:12:10 chr11 49000423 . C G 298.35 PASS AF=0.345455;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0296086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.707;QD=10.8492;RBI=0.0298962;REFB=-0.0106272;REVB=0.00413698;RO=71;SAF=19;SAR=19;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796544;STB=0.509086;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.010473;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:72:38:38:0.345455:19:19:36:35:19:19:37:35 chr11 49000522 . C T 217.67 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.069326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4657;QD=13.6043;RBI=0.069338;REFB=0.00586215;REVB=-0.00129088;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13148;STB=0.562453;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00287927;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:25:26:0.40625:12:13:15:23:13:13:15:23 chr11 49059362 . C A 900.61 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.00822563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6287;QD=25.0168;RBI=0.0369594;REFB=-0.0218325;REVB=-0.0360324;RO=61;SAF=38;SAR=44;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187757;STB=0.598164;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0187138;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:61:62:82:82:0.569444:44:38:43:18:44:38:43:19 chr11 49075605 . G A 462.17 PASS AF=0.529412;AO=44;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0326899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.544;QD=21.749;RBI=0.0327456;REFB=-0.00725405;REVB=0.00190926;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888286;STB=0.543562;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00881093;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:40:44:45:0.529412:23:21:15:25:24:21:15:25 chr11 49076898 . T G 231.49 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0120814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.159;QD=12.3463;RBI=0.028612;REFB=0.0127969;REVB=0.0259362;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359349;STB=0.52063;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0147195;OID=.;OPOS=49076898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:17:11:17:30:17:11:17:30 chr11 49079350 . A G 534.2 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=89;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0259785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2667;QD=23.7421;RBI=0.0312198;REFB=0.00785963;REVB=-0.0173144;RO=40;SAF=27;SAR=22;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123137;STB=0.570894;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00772831;OID=.;OPOS=49079350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:40:49:50:0.555556:22:27:16:24:22:28:16:24 chr11 49080565 . A C 359.69 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00456021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.021;QD=22.8377;RBI=0.0112419;REFB=0.00515427;REVB=0.0102755;RO=25;SAF=26;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23131;STB=0.630991;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00221311;OID=.;OPOS=49080565;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:27:36:36:0.571429:10:26:11:14:10:26:12:15 chr11 49172981 . GAC G 166.49 PASS AF=0.566667;AO=13;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0101956;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.49;QD=22.1982;RBI=0.0254824;REFB=-0.142793;REVB=-0.0233539;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203205;STB=0.581398;STBP=0.342;TYPE=del;VARB=0.075906;OID=.;OPOS=49172982;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:13:31:17:30:13:12:5:7:6:99:9:8:5:3:6 chr11 49196490 . T C 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00318631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.371;QD=15.3798;RBI=0.00410232;REFB=-0.0149213;REVB=0.00258389;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270556;STB=0.656002;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0148164;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:10:4:7:5:10:4 chr11 49207315 . A G 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.000733126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.713;QD=6.47711;RBI=0.0177369;REFB=-0.00894306;REVB=-0.0177218;RO=52;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303486;STB=0.687276;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.024407;OID=.;OPOS=49207315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:12:5:28:24:12:5:28:24 chr11 49221885 . T A 454.61 PASS AF=0.38806;AO=52;DP=135;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=0.00119739;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.417;QD=13.5703;RBI=0.0239029;REFB=-0.0175188;REVB=-0.0238729;RO=82;SAF=38;SAR=14;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19303;STB=0.610047;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0322618;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:82:82:52:52:0.38806:14:38:47:35:14:38:47:35 chr11 49227620 . A G 432.15 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.0467243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.019;QD=17.8204;RBI=0.0567439;REFB=-0.00647044;REVB=0.0321979;RO=53;SAF=18;SAR=26;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224536;STB=0.625291;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0108304;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:26:18:34:19:26:18:34:19 chr11 49598178 . G A 640.0 PASS AF=0.512;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0376124;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.794;QD=20.48;RBI=0.0377988;REFB=-0.0206242;REVB=-0.00374953;RO=59;SAF=37;SAR=27;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910646;STB=0.558472;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0242621;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:59:61:64:64:0.512:27:37:28:31:27:37:28:33 chr11 49598207 . T C 560.81 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00340912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2349;QD=21.7789;RBI=0.0332208;REFB=-0.036131;REVB=-0.0330455;RO=47;SAF=30;SAR=26;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914049;STB=0.550155;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0304955;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:47:56:56:0.543689:26:30:20:27:26:30:20:27 chr11 49598209 . T C 1525.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.799;QD=59.8299;RBI=0.0365444;REFB=0;REVB=-0.0175865;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6778e-05;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr11 49830142 . G T 2309.93 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.069;QD=63.7221;RBI=0.0318379;REFB=0;REVB=0.0117774;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54363e-05;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:145:0:0:140:145:1:67:73:0:0:67:78:0:0 chr11 49973979 . C T 394.73 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0317905;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6635;QD=22.2383;RBI=0.0456607;REFB=-0.00808453;REVB=0.032776;RO=32;SAF=34;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185896;STB=0.603765;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00646392;OID=.;OPOS=49973979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:32:39:39:0.549296:5:34:24:8:5:34:24:8 chr11 49974371 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.882;QD=59.6787;RBI=0.0286413;REFB=0;REVB=-0.0276182;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85261e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr11 49974931 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.431;QD=55.0982;RBI=0.100539;REFB=0;REVB=0.0946388;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554057;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr11 50003191 . C A 560.57 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.021622;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7316;QD=19.0023;RBI=0.0228993;REFB=0.00529867;REVB=-0.00754086;RO=56;SAF=29;SAR=29;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159007;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00517798;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:56:60:58:58:0.491525:29:29:29:27:29:29:30:30 chr11 51411510 . C T 1221.15 PASS AF=0.543689;AO=95;DP=212;FAO=112;FDP=206;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0275394;FXX=0.0283006;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.339;QD=23.7117;RBI=0.0275484;REFB=-0.0178216;REVB=-0.00070121;RO=86;SAF=51;SAR=44;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170823;STB=0.502538;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0149074;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:206:86:88:95:112:0.543689:44:51:46:40:49:63:49:39 chr11 51412379 . T C 203.02 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0402889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.339;QD=12.3043;RBI=0.0603178;REFB=-0.0268537;REVB=-0.0448891;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619774;STB=0.519984;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0506634;OID=.;OPOS=51412379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:41:25:25:0.378788:13:12:21:18:13:12:21:20 chr11 51515460 . C T 129.18 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0342522;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7621;QD=6.88983;RBI=0.0466097;REFB=-0.00758014;REVB=0.0316108;RO=57;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299342;STB=0.701036;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0210546;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:57:56:18:19:0.253333:6:12:24:33:6:13:23:33 chr11 51515640 . A G 157.74 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.02243;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.786;QD=7.98662;RBI=0.0245562;REFB=-0.00461028;REVB=0.00999519;RO=57;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462467;STB=0.776893;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0243465;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:57:57:22:22:0.278481:5:17:22:35:5:17:22:35 chr11 51515912 . C T 455.79 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00451315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1763;QD=20.485;RBI=0.094538;REFB=-0.0481451;REVB=-0.0944302;RO=42;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371902;STB=0.518263;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0412793;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:44:45:45:0.505618:19:26:26:16:19:26:27:17 chr11 51516000 . C T 234.72 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0243143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4571;QD=15.913;RBI=0.025811;REFB=-0.0198793;REVB=0.00866153;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13588;STB=0.58432;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0291274;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:11:15:14:18:11:16:14:18 chr11 51516036 . G A 182.84 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0321466;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.14;QD=16.6218;RBI=0.0367997;REFB=-0.0161613;REVB=0.0179113;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285815;STB=0.664058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0218891;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:6:13:10:15:6:13:10:15 chr11 55111238 . C A 307.18 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0598602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.05;QD=15.5535;RBI=0.0600114;REFB=-0.0153957;REVB=-0.00425652;RO=45;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197657;STB=0.611585;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.015096;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:21:13:26:19:21:13:26:19 chr11 55111584 . A T 404.16 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0188364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.623;QD=19.2455;RBI=0.0196094;REFB=-0.00635917;REVB=0.00545145;RO=42;SAF=27;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151459;STB=0.591195;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00783481;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:42:43:41:41:0.488095:14:27:21:21:14:27:21:22 chr11 55135435 . C T 912.65 PASS AF=0.627907;AO=81;DP=129;FAO=81;FDP=129;FR=.;FRO=48;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00498064;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.42;QD=28.2991;RBI=0.0214461;REFB=-0.00963072;REVB=-0.0208597;RO=48;SAF=46;SAR=35;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108275;STB=0.505858;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00588415;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:48:48:81:81:0.627907:35:46:28:20:35:46:28:20 chr11 55259387 . C T 466.0 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00761762;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3776;QD=16.3507;RBI=0.0543047;REFB=-0.0149385;REVB=-0.0537678;RO=63;SAF=30;SAR=21;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188286;STB=0.605087;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0144694;OID=.;OPOS=55259387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:63:63:51:51:0.447368:21:30:25:38:21:30:25:38 chr11 55322211 . A G 607.02 PASS AF=0.525862;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=116;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00242627;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.954;QD=20.9316;RBI=0.0106832;REFB=-0.00755935;REVB=0.010404;RO=55;SAF=33;SAR=28;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197032;STB=0.510829;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00664888;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:55:61:61:0.525862:28:33:31:24:28:33:31:24 chr11 55322222 . T G 125.39 PASS AF=0.183486;AO=20;DP=114;FAO=20;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0911708;FXX=0.0438558;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.376;QD=4.60154;RBI=0.0912025;REFB=-0.0241147;REVB=0.00240367;RO=49;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309354;STB=0.550409;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.042008;OID=.;OPOS=55322222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:109:49:89:20:20:0.183486:10:10:12:37:10:10:50:39 chr11 55322298 . C T 505.52 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00328418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3898;QD=19.8242;RBI=0.0364194;REFB=-0.0408967;REVB=-0.036271;RO=50;SAF=32;SAR=20;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051187;STB=0.528291;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0299578;OID=.;OPOS=55322298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:52:52:0.509804:20:32:28:22:20:32:28:22 chr11 55322638 . C T 446.15 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0224753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5481;QD=23.4815;RBI=0.0242394;REFB=-0.0204325;REVB=-0.00907796;RO=32;SAF=28;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435803;STB=0.507439;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0136704;OID=.;OPOS=55322638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:15:28:21:11:15:28:22:11 chr11 55339652 . C T 378.41 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0492315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3586;QD=14.2796;RBI=0.063239;REFB=0.0079081;REVB=-0.0396917;RO=61;SAF=35;SAR=9;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345302;STB=0.693501;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0107014;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:44:44:0.415094:9:35:31:30:9:35:32:30 chr11 55339798 . C T 419.43 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=0.000886914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5627;QD=17.8479;RBI=0.0128663;REFB=-0.012235;REVB=-0.0128357;RO=50;SAF=34;SAR=9;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700411;STB=0.535799;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0166184;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:9:34:37:13:9:34:38:13 chr11 55339829 . A G 1353.34 PASS AF=0.9375;AO=89;DP=97;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.015012;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.171;QD=56.3891;RBI=0.0225641;REFB=0.00837508;REVB=0.0168457;RO=5;SAF=68;SAR=21;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335805;STB=0.505858;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.000221165;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:97:96:5:6:89:90:0.9375:21:68:5:0:21:69:5:1 chr11 55340379 . T C 469.8 PASS AF=0.485437;AO=49;DP=102;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0201736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1433;QD=18.2447;RBI=0.0295107;REFB=-0.000410377;REVB=0.0215386;RO=53;SAF=30;SAR=19;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063012;STB=0.539006;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000569664;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:53:53:49:50:0.485437:19:30:29:24:19:31:29:24 chr11 55406022 . C G 643.87 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.261;QD=61.3211;RBI=0.0418468;REFB=0;REVB=0.0309061;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323695;OID=.;OPOS=55406022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr11 55418693 . T C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00200015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.21;QD=54.481;RBI=0.0165117;REFB=-0.07607;REVB=0.0163901;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0032035;OID=.;OPOS=55418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr11 55433040 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0064416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.108;QD=21.5108;RBI=0.0129241;REFB=-0.00904193;REVB=-0.0112044;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812719;STB=0.545413;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00722662;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:15:4:6:15:15:4 chr11 55541098 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1814;QD=64.414;RBI=0.0414144;REFB=0;REVB=-0.0318706;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576349;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr11 55541807 . T C 104.75 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0198417;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2899;QD=9.97614;RBI=0.032539;REFB=0.0120157;REVB=0.0257894;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243733;STB=0.649101;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00828783;OID=.;OPOS=55541807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:29:29:13:13:0.309524:3:10:17:12:3:10:17:12 chr11 55563336 . A T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00844651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.508;QD=14.7015;RBI=0.0101075;REFB=-0.00714473;REVB=0.00555142;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.509538;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00690604;OID=.;OPOS=55563336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:6:9:7:5:6:9 chr11 55563563 . C A 365.56 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=0.0557152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4421;QD=12.6055;RBI=0.0601976;REFB=0.000404439;REVB=-0.0227938;RO=72;SAF=28;SAR=16;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194707;STB=0.511068;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000582523;OID=.;OPOS=55563563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:16:28:47:25:16:28:47:25 chr11 55563776 . T G 1158.22 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655385;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.157;QD=60.959;RBI=0.0698681;REFB=0;REVB=0.0242127;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108572;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr11 55587117 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.112;QD=52.6131;RBI=0.0935911;REFB=0;REVB=-0.0322497;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865399;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 55587511 . A G 1512.56 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0239315;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.455;QD=61.1135;RBI=0.026215;REFB=-0.015034;REVB=0.010701;RO=2;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169311;STB=0.508927;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000491573;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:96:97:0.979798:55:41:0:2:55:42:0:2 chr11 55587914 . A G 290.79 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0179163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.18;QD=26.4357;RBI=0.0186648;REFB=-0.0357267;REVB=-0.00523238;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854351;STB=0.547135;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0142631;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:16:10:5:13:16:10:5:13 chr11 55606302 . G T 1270.38 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143895;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.82;QD=61.2232;RBI=0.0198323;REFB=0;REVB=0.0136478;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90479e-05;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:31:50:0:0:31:52:0:0 chr11 55606818 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.415;QD=57.2025;RBI=0.0868988;REFB=0;REVB=0.0851303;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373933;OID=.;OPOS=55606818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:5:25:0:0:5:25:0:0 chr11 55652963 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.992;QD=47.8224;RBI=0.0226163;REFB=0;REVB=0.00501555;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375312;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 55652971 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.488;QD=48.7372;RBI=0.00835849;REFB=0;REVB=0.00809059;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05866e-05;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 55653164 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.352;QD=52.6128;RBI=0.0522832;REFB=0;REVB=0.0369868;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92467e-07;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 55656483 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.564;QD=53.2772;RBI=0.050684;REFB=0;REVB=0.0343815;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59092e-05;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 55681494 . G A 501.79 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.809;QD=59.0341;RBI=0.0284667;REFB=0;REVB=0.0208863;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12887e-05;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr11 55681999 . G A 178.21 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0110141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.06;QD=20.9662;RBI=0.0128651;REFB=-0.0140712;REVB=0.00664829;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277238;STB=0.64522;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0117118;OID=.;OPOS=55681999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:13:5:9:6:13:5:9:7 chr11 55746891 . G A 2757.9 PASS AF=0.988889;AO=176;DP=180;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000546632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0794;QD=61.2866;RBI=0.0303055;REFB=-0.00207081;REVB=-0.0303006;RO=1;SAF=72;SAR=104;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00455547;STB=0.504716;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-5.9534e-05;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:180:180:1:2:176:178:0.988889:104:72:0:1:105:73:0:2 chr11 55761221 . C T 801.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0929;QD=57.2263;RBI=0.0408347;REFB=0;REVB=0.0401928;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392671;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 55761738 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.033;QD=61.684;RBI=0.00583703;REFB=0;REVB=0.00251429;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06267e-06;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr11 55798152 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.048;QD=56.4871;RBI=0.0114821;REFB=-0.101101;REVB=-0.00122451;RO=1;SAF=28;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164193;STB=0.508767;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00148193;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:7:28:1:0:7:28:1:0 chr11 55872876 . C T 1700.12 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.046;QD=60.1811;RBI=0.0467943;REFB=0;REVB=0.00717339;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21415e-05;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:54:58:0:0:55:58:0:0 chr11 55873024 . A G 1560.52 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109812;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.821;QD=60.0198;RBI=0.0220249;REFB=0;REVB=-0.0190921;RO=0;SAF=63;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05495e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495263;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:41:63:0:0:41:63:0:0 chr11 55873368 . G A 695.73 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0064887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4628;QD=60.4984;RBI=0.0365678;REFB=0.031505;REVB=0.0359875;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00043923;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:26:18:1:0:27:18:1:0 chr11 55890257 . C T 2184.84 PASS AF=0.955414;AO=150;DP=157;FAO=150;FDP=157;FR=.;FRO=7;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00853194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6664;QD=55.6648;RBI=0.01857;REFB=-0.00496585;REVB=-0.0164939;RO=7;SAF=83;SAR=67;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106733;STB=0.505619;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.51207e-05;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:157:157:7:7:150:150:0.955414:67:83:3:4:67:83:3:4 chr11 56000403 . C G 1011.71 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167237;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5999;QD=59.5121;RBI=0.0270736;REFB=0;REVB=0.0212909;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03332e-06;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr11 56000600 . G T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0199129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.54;QD=13.3355;RBI=0.0203268;REFB=-0.00657062;REVB=-0.00408093;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644946;STB=0.847337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0263277;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:24:9:15:0.384615:1:8:6:14:2:13:8:16 chr11 56020049 . T C 243.7 PASS AF=0.352941;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0109116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.22;QD=11.4682;RBI=0.0129171;REFB=-0.0149572;REVB=0.00691295;RO=54;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331786;STB=0.52292;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0261616;OID=.;OPOS=56020049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:29:30:0.352941:18:11:22:32:19:11:22:33 chr11 56043604 . A G 1732.47 PASS AF=1;AO=103;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.869;QD=60.7883;RBI=0.0432031;REFB=0;REVB=-0.0141304;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87823e-05;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:103:114:1:56:47:0:0:57:57:0:0 chr11 56043702 . G C 632.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.72;QD=61.6697;RBI=0.0321416;REFB=0;REVB=0.0293627;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113081;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr11 56058197 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000907958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.705;QD=62.1623;RBI=0.045904;REFB=0;REVB=0.045895;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81446e-05;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr11 56086147 . T G 537.78 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128168;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7754;QD=59.7537;RBI=0.128591;REFB=0;REVB=0.0104186;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138875;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr11 56113516 . T C 770.71 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.385;QD=53.1527;RBI=0.151373;REFB=-0.11345;REVB=0.150213;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00287689;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:54:57:0.982759:19:35:0:1:21:36:0:1 chr11 56113575 . A G 1514.79 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.715;QD=62.4656;RBI=0.0452275;REFB=-0.130467;REVB=0.0452019;RO=1;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012002;STB=0.506328;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000388735;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:97:1:1:94:96:0.989691:39:55:0:1:39:57:0:1 chr11 56113593 . C A 1555.74 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00661278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.21;QD=58.7073;RBI=0.0253164;REFB=-0.149226;REVB=0.0244375;RO=1;SAF=63;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747338;STB=0.503936;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=1.97664e-05;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:1:1:104:105:0.990566:41:63:1:0:42:63:1:0 chr11 56127746 . A G 647.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.401;QD=61.6733;RBI=0.019452;REFB=0;REVB=0.0172186;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133238;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:21:19:0:0:22:20:0:0 chr11 56128524 . C T 651.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.212;QD=62.0147;RBI=0.017264;REFB=0;REVB=0.0164849;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108218;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:14:27:0:0:14:28:0:0 chr11 56143156 . C T 1508.08 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0245954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.857;QD=57.4508;RBI=0.0329814;REFB=-0.024888;REVB=0.0219736;RO=2;SAF=58;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160771;STB=0.508473;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000491172;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:105:2:2:101:103:0.980952:43:58:2:0:45:58:2:0 chr11 56143158 . A G 1522.55 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0706633;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.991;QD=58.5595;RBI=0.0776122;REFB=-0.0706451;REVB=0.032099;RO=1;SAF=58;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811129;STB=0.504273;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000760808;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:45:58:1:0:45:58:1:0 chr11 56143592 . C T 1091.39 PASS AF=0.816327;AO=80;DP=98;FAO=80;FDP=98;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0323663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.491;QD=44.5465;RBI=0.0323931;REFB=-0.047608;REVB=-0.00131765;RO=18;SAF=38;SAR=42;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659984;STB=0.535159;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00732308;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:18:18:80:80:0.816327:42:38:12:6:42:38:12:6 chr11 56143690 . C A 224.33 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0228252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.861;QD=13.1956;RBI=0.0233958;REFB=-0.00706397;REVB=-0.00513556;RO=39;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187972;STB=0.606639;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0218131;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:41:27:27:0.397059:16:11:23:16:16:11:24:17 chr11 56143696 . C T 163.2 PASS AF=0.370968;AO=21;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00939679;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.61;QD=10.5288;RBI=0.0408233;REFB=-0.0331257;REVB=0.0397271;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122302;STB=0.580935;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.135277;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:21:23:0.370968:12:9:21:18:13:10:22:17 chr11 56143716 . TG CA 69.57 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00225427;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=222.723;QD=4.28122;RBI=0.00669895;REFB=-0.00597536;REVB=-0.00630827;RO=53;SAF=3;SAR=9;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332374;STB=0.719621;STBP=0.125;TYPE=mnp;VARB=0.0339129;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:53:53:12:12:0.184615:9:3:27:26:9:3:27:26 chr11 56143723 . T C 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0144004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.045;QD=3.69417;RBI=0.025753;REFB=-0.00729482;REVB=-0.0213505;RO=55;SAF=3;SAR=8;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299112;STB=0.702173;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0354234;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:8:3:28:27:8:3:28:27 chr11 56143725 . C G 47.41 PASS AF=0.140625;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=64;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0107119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.994;QD=2.96292;RBI=0.031354;REFB=0.000550342;REVB=-0.0294674;RO=54;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226427;STB=0.65229;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00893785;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:64:54:55:9:9:0.140625:6:3:28:26:6:3:28:27 chr11 56143729 . CC TG 46.73 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=65;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0128464;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=268.444;QD=2.87553;RBI=0.0245046;REFB=-0.00588775;REVB=-0.0208674;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235984;STB=0.659437;STBP=0.353;TYPE=mnp;VARB=0.0386816;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:65:65:55:56:9:9:0.138462:6:3:29:26:6:3:29:27 chr11 56184888 . G A 1868.34 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.822;QD=61.2571;RBI=0.0109186;REFB=0;REVB=0.00309197;RO=0;SAF=59;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1139e-08;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:61:59:0:0:63:59:0:0 chr11 56185345 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.054;QD=52.6108;RBI=0.0570158;REFB=0;REVB=0.0566372;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423335;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 56258664 . GA G 41.2 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0501155;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.45378;QD=6.86733;RBI=0.0870354;REFB=-0.119946;REVB=0.071159;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302688;STB=0.666389;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.112678;OID=.;OPOS=56258665;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:12:24:13:24:11:10:3:5:6:40:10:9:3:4:6 chr11 56294338 . G A 1419.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00864378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.762;QD=61.7119;RBI=0.0593928;REFB=-0.0267582;REVB=0.0587605;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000221103;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:0:1:42:49:0:1 chr11 56309889 . G A 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00401593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.541;QD=14.6982;RBI=0.0151827;REFB=-0.0207025;REVB=-0.0146419;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039234;STB=0.508938;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0315539;OID=.;OPOS=56309889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:8:13:19:10:8:13:19:11 chr11 56310222 . C T 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.734;QD=58.1226;RBI=0.0286703;REFB=0;REVB=0.0246524;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59755e-05;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 56344993 . C A 1075.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.704;QD=59.7756;RBI=0.0379319;REFB=0;REVB=0.0378215;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45125e-05;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:72:0:0:65:72:1:35:30:0:0:41:31:0:0 chr11 56380134 . C G 1244.73 PASS AF=1;AO=71;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000499342;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.993;QD=61.4681;RBI=0.042786;REFB=0;REVB=0.042783;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434974;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:71:81:1:23:48:0:0:32:49:0:0 chr11 56431216 . C T 1194.59 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.788;QD=59.7293;RBI=0.044833;REFB=-0.164883;REVB=0.0427;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.505493;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000533145;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:34:45:0:0:34:45:1:0 chr11 56467881 . T C 494.57 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.00601211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4009;QD=14.8742;RBI=0.0158394;REFB=0.0143835;REVB=0.014654;RO=78;SAF=33;SAR=22;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926228;STB=0.552128;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0198949;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:78:78:55:55:0.413534:22:33:40:38:22:33:40:38 chr11 56467926 . A G 482.91 PASS AF=0.357143;AO=59;DP=167;FAO=60;FDP=168;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=-0.0429471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5833;QD=11.4979;RBI=0.0440426;REFB=-0.00908684;REVB=-0.00976216;RO=108;SAF=34;SAR=25;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819854;STB=0.510936;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0173508;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:108:108:59:60:0.357143:25:34:63:45:26:34:63:45 chr11 56467945 . G T 615.13 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=192;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.0159088;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.01;QD=12.8823;RBI=0.0247739;REFB=-0.00988206;REVB=-0.018991;RO=116;SAF=37;SAR=34;SRF=64;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336823;STB=0.533996;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0234477;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:116:120:71:71:0.371728:34:37:64:52:34:37:69:51 chr11 56468020 . TG CA 420.32 PASS AF=0.331288;AO=54;DP=164;FAO=54;FDP=163;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=-0.0403016;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.014;QD=10.3146;RBI=0.0487284;REFB=-0.0167792;REVB=-0.0273904;RO=106;SAF=24;SAR=30;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107378;STB=0.564602;STBP=0.255;TYPE=mnp;VARB=0.0440897;OID=.;OPOS=56468020;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:106:109:54:54:0.331288:30:24:57:49:30:24:59:50 chr11 56468044 . T G 1871.69 PASS AF=0.961538;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=130;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0149623;FXX=0.00763301;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.341;QD=57.5905;RBI=0.0199271;REFB=-0.134476;REVB=-0.0131612;RO=2;SAF=48;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193822;STB=0.516776;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000620386;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:130:130:2:5:125:125:0.961538:77:48:2:0:77:48:4:1 chr11 56468047 . AC GT 2019.62 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272319;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.629;QD=62.1422;RBI=0.0307818;REFB=0;REVB=-0.0143506;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.09061e-06;OID=.;OPOS=56468047;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:130:0:0:129:130:1:77:52:0:0:77:53:0:0 chr11 56468111 . C T 418.8 PASS AF=0.376923;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=56;FWDB=-0.00089824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.785;QD=12.886;RBI=0.0070045;REFB=-0.014348;REVB=-0.00694667;RO=80;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236652;STB=0.636452;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0286943;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:80:81:49:49:0.376923:23:26:25:55:23:26:25:56 chr11 56468198 . A G 396.67 PASS AF=0.40708;AO=47;DP=113;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0356392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.219;QD=14.0415;RBI=0.0605573;REFB=-0.0208445;REVB=-0.0489595;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110326;STB=0.504423;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0307225;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:67:47:46:0.40708:23:24:33:33:23:23:34:33 chr11 56468200 . C T 375.09 PASS AF=0.40367;AO=46;DP=110;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0152107;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9134;QD=13.7649;RBI=0.0189192;REFB=0.00631664;REVB=-0.0112504;RO=64;SAF=25;SAR=21;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611468;STB=0.518139;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0136149;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:64:65:46:44:0.40367:21:25:31:33:21:23:32:33 chr11 56468202 . G A 414.19 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.00513764;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.329;QD=15.0616;RBI=0.00808232;REFB=-0.030152;REVB=0.00623927;RO=63;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625369;STB=0.535131;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0429521;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:63:63:47:47:0.427273:21:26:31:32:21:26:31:32 chr11 56468212 . G A 486.98 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.000522954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.292;QD=15.218;RBI=0.0369324;REFB=-0.0103777;REVB=0.0369287;RO=74;SAF=32;SAR=22;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13782;STB=0.577387;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00558257;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:74:74:54:54:0.421875:22:32:34:40:22:32:34:40 chr11 56468259 . C T 817.42 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=134;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00101563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.822;QD=24.4007;RBI=0.0109296;REFB=-0.0504594;REVB=0.0108823;RO=50;SAF=34;SAR=42;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533311;STB=0.559984;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0189755;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:50:58:76:76:0.567164:42:34:26:24:42:34:34:24 chr11 56468368 . C T 509.98 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00258893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.285;QD=15.3376;RBI=0.0481042;REFB=-0.0089469;REVB=-0.0480345;RO=77;SAF=31;SAR=25;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115302;STB=0.56467;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0119521;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:25:31:34:43:25:31:34:43 chr11 56468403 . G A 319.52 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0501494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9279;QD=12.1722;RBI=0.0502263;REFB=-0.0100294;REVB=-0.00277777;RO=65;SAF=23;SAR=16;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909746;STB=0.547594;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0171376;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:66:39:39:0.371429:16:23:33:32:16:23:34:32 chr11 56468416 . G A 236.32 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0826428;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2594;QD=9.35918;RBI=0.08652;REFB=-0.0269027;REVB=0.0256102;RO=70;SAF=22;SAR=9;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244406;STB=0.644317;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0707022;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:70:70:31:31:0.306931:9:22:36:34:9:22:36:34 chr11 56468440 . G T 142.9 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0526134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4487;QD=6.72473;RBI=0.0530497;REFB=-0.00273958;REVB=0.00679002;RO=64;SAF=15;SAR=6;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291992;STB=0.679267;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0189456;OID=.;OPOS=56468440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:64:64:21:21:0.247059:6:15:31:33:6:15:31:33 chr11 56468448 . AA GT 117.51 PASS AF=0.228916;AO=18;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00231288;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=135.119;QD=5.66315;RBI=0.0038794;REFB=-0.00162161;REVB=0.00311454;RO=64;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193721;STB=0.635256;STBP=0.184;TYPE=mnp;VARB=0.00723611;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:18:19:0.228916:6:12:33:31:6:13:33:31 chr11 56468452 . A C 145.01 PASS AF=0.259259;AO=21;DP=81;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0117988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1292;QD=7.16092;RBI=0.0242526;REFB=-0.0109363;REVB=0.021189;RO=60;SAF=15;SAR=6;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254212;STB=0.655276;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0274395;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:60:60:21:21:0.259259:6:15:31:29:6:15:31:29 chr11 56468493 . A G 329.34 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0094487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9823;QD=13.3068;RBI=0.00976565;REFB=-0.0141201;REVB=-0.00246779;RO=59;SAF=27;SAR=10;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891023;STB=0.539978;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0244392;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:62:37:37:0.373737:10:27:39:20:10:27:42:20 chr11 56468554 . A C 613.11 PASS AF=0.4;AO=70;DP=175;FAO=70;FDP=175;FR=.;FRO=105;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=34;FWDB=-0.0481396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9143;QD=14.0138;RBI=0.0585948;REFB=-0.00229501;REVB=-0.0334056;RO=104;SAF=45;SAR=25;SRF=70;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354233;STB=0.522046;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00306147;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:104:105:70:70:0.4:25:45:70:34:25:45:71:34 chr11 56468560 . TA CG 663.91 PASS AF=0.411111;AO=74;DP=179;FAO=74;FDP=180;FR=.;FRO=106;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=35;FWDB=0.015431;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.801;QD=14.7534;RBI=0.0226099;REFB=-0.0168945;REVB=-0.0165255;RO=101;SAF=49;SAR=25;SRF=67;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138947;STB=0.505049;STBP=0.926;TYPE=mnp;VARB=0.0262104;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:101:106:74:74:0.411111:25:49:67:34:25:49:71:35 chr11 56468637 . C T 662.68 PASS AF=0.355263;AO=80;DP=227;FAO=81;FDP=228;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=97;FSRR=50;FWDB=-0.0266681;FXX=0.00869527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=11.626;RBI=0.0303311;REFB=-0.0247288;REVB=0.0144495;RO=145;SAF=50;SAR=30;SRF=96;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454421;STB=0.521122;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0455753;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:228:145:147:80:81:0.355263:30:50:96:49:30:51:97:50 chr11 56468646 . C T 547.39 PASS AF=0.324201;AO=71;DP=219;FAO=71;FDP=219;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=95;FSRR=53;FWDB=-0.0317986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.776;QD=9.998;RBI=0.032408;REFB=-0.00890236;REVB=0.00625553;RO=144;SAF=46;SAR=25;SRF=94;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00626202;STB=0.504427;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.019918;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:144:148:71:71:0.324201:25:46:94:50:25:46:95:53 chr11 56468694 . C T 313.2 PASS AF=0.284768;AO=42;DP=150;FAO=43;FDP=151;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.0215102;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.68;QD=8.29676;RBI=0.0331023;REFB=-0.00697344;REVB=-0.0251609;RO=106;SAF=22;SAR=20;SRF=62;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748066;STB=0.54476;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0107816;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:106:108:42:43:0.284768:20:22:62:44:21:22:62:46 chr11 56468699 . T A 241.42 PASS AF=0.251799;AO=35;DP=139;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=0.00160091;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9259;QD=6.94738;RBI=0.00746638;REFB=-0.00348552;REVB=-0.00729273;RO=103;SAF=14;SAR=21;SRF=57;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189533;STB=0.617077;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00590557;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:103:104:35:35:0.251799:21:14:57:46:21:14:58:46 chr11 56468704 . T C 204.77 PASS AF=0.244094;AO=31;DP=127;FAO=31;FDP=127;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=-0.0273384;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2728;QD=6.44941;RBI=0.0322333;REFB=-0.0165362;REVB=0.0170762;RO=95;SAF=14;SAR=17;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105875;STB=0.56777;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0440683;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:95:96:31:31:0.244094:17:14:51:44:17:14:52:44 chr11 56468720 . T C 181.72 PASS AF=0.254717;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=106;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0251287;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.17;QD=6.85738;RBI=0.025137;REFB=-0.00973124;REVB=0.000644273;RO=79;SAF=13;SAR=14;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618139;STB=0.537307;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0340216;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:79:79:27:27:0.254717:14:13:42:37:14:13:42:37 chr11 56508525 . A G 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.772;QD=56.9532;RBI=0.0832405;REFB=0;REVB=0.0688638;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214588;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr11 56510672 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.75;QD=35.5759;RBI=0.0278551;REFB=0;REVB=-0.0119803;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112221;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr11 56756399 . G T 807.01 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00258282;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.393;QD=55.6557;RBI=0.0192145;REFB=0.0169976;REVB=0.0190401;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000678273;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:23:34:0:1:23:34:0:1 chr11 56756664 . G A 1454.94 PASS AF=0.989247;AO=82;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8482;QD=62.5781;RBI=0.034603;REFB=0;REVB=-0.0222034;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00261742;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:92:93:0:0:82:92:0.989247:40:42:0:0:40:52:0:0 chr11 56956516 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0522;QD=61.375;RBI=0.0162836;REFB=0;REVB=-0.000447176;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74053e-05;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:25:54:0:0:26:54:0:0 chr11 57004344 . G T 543.1 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.57;QD=60.3441;RBI=0.0824099;REFB=0;REVB=0.0648592;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324067;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:28:36:1:11:17:0:0:18:18:0:0 chr11 57081197 . G C 1086.73 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8271;QD=57.959;RBI=0.178062;REFB=0;REVB=0.175996;RO=2;SAF=55;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106932;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:75:2:0:72:75:1:17:55:0:2:19:56:0:0 chr11 57137371 . G A 1246.38 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.474;QD=60.0664;RBI=0.0656258;REFB=-0.0905335;REVB=0.062318;RO=1;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150302;STB=0.507935;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000245472;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:31:51:0:1:31:51:0:1 chr11 57137424 . C T 1252.46 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0776;QD=60.3594;RBI=0.135618;REFB=0;REVB=0.0215007;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122888;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:81:83:1:36:45:0:0:37:46:0:0 chr11 57147016 . A G 2008.41 PASS AF=1;AO=126;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.273;QD=62.2763;RBI=0.0131405;REFB=0;REVB=0.0112126;RO=0;SAF=77;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60734e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:126:129:1:49:77:0:0:49:80:0:0 chr11 57148175 . A G 1961.52 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270744;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8353;QD=61.7802;RBI=0.0272139;REFB=0;REVB=-0.00275193;RO=0;SAF=52;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31647e-05;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:126:127:1:74:52:0:0:74:53:0:0 chr11 57155001 . G A 2872.27 PASS AF=0.994565;AO=183;DP=185;FAO=183;FDP=184;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219663;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.454;QD=62.4407;RBI=0.0247952;REFB=-0.132776;REVB=0.0115013;RO=0;SAF=99;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502512;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000175349;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:185:184:0:1:183:183:0.994565:84:99:0:0:84:99:1:0 chr11 57155288 . T C 4044.06 PASS AF=1;AO=258;DP=260;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221954;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.699;QD=62.4565;RBI=0.0408165;REFB=0;REVB=0.0342542;RO=0;SAF=139;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46246e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:260:259:0:0:258:259:1:119:139:0:0:119:140:0:0 chr11 57157405 . A G 312.94 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2904;QD=50.0704;RBI=0.0388983;REFB=-0.0422393;REVB=-0.0267302;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00632744;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr11 57313469 . C G 3156.21 PASS AF=0.942387;AO=216;DP=243;FAO=229;FDP=243;FR=.;FRO=14;FSAF=127;FSAR=102;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00402201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.0452;QD=51.954;RBI=0.0748047;REFB=-0.169501;REVB=0.0746965;RO=24;SAF=121;SAR=95;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275253;STB=0.511483;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.017585;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:243:243:24:14:216:229:0.942387:95:121:10:14:102:127:5:9 chr11 57353983 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.778;QD=55.6561;RBI=0.0112735;REFB=0;REVB=0.00929239;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86221e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr11 57463500 . T C 867.8 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3355;QD=57.8532;RBI=0.0522516;REFB=0;REVB=0.0194137;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295754;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr11 57468129 . T C 1734.37 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467023;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0493;QD=60.855;RBI=0.0578694;REFB=0;REVB=0.0341725;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155967;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:55:59:0:0:55:59:0:0 chr11 57509429 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.751;QD=35.5759;RBI=0.0340424;REFB=0;REVB=6.04137e-05;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369458;OID=.;OPOS=57509429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 57509690 . G A 538.47 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0109456;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.032;QD=21.3256;RBI=0.0134813;REFB=-0.0226906;REVB=0.00787003;RO=47;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964889;STB=0.553016;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0158721;OID=.;OPOS=57509690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:47:47:54:54:0.534653:28:26:28:19:28:26:28:19 chr11 57571232 . C T 943.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001428;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.73;QD=58.9401;RBI=0.0563939;REFB=0;REVB=-0.0563758;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153158;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr11 57798723 . A G 253.04 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0213441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.015;QD=15.1069;RBI=0.0242497;REFB=-0.0139648;REVB=0.0115098;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172735;STB=0.509777;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0233355;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:19:19:14:15:19:19 chr11 57947264 . C G 998.08 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292956;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.793;QD=57.8596;RBI=0.033554;REFB=-0.139072;REVB=0.0163597;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000265833;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:0:1:68:68:0.985507:26:42:0:0:26:42:1:0 chr11 57948952 . G A 350.4 PASS AF=0.962963;AO=27;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266715;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.798;QD=51.9108;RBI=0.0391011;REFB=-0.101449;REVB=0.0285924;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000972804;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:27:26:0.962963:13:14:0:1:12:14:0:1 chr11 57958775 . C T 461.35 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00791106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.405;QD=18.8308;RBI=0.0205895;REFB=-0.0209626;REVB=-0.0190091;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105719;STB=0.558958;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0180482;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:28:18:26:26:28:18:26:26 chr11 57958972 . C A 194.63 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.054172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1229;QD=17.3008;RBI=0.0690592;REFB=-0.00514974;REVB=-0.0428319;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.5333;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00348677;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:14:11:10:10:14:11 chr11 57970980 . AC GT 635.75 PASS AF=0.512195;AO=61;DP=124;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.000327793;FXX=0.046508;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.899;QD=20.6749;RBI=0.0127031;REFB=-0.0225683;REVB=-0.0126989;RO=58;SAF=19;SAR=42;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163964;STB=0.58737;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.0363865;OID=.;OPOS=57970980;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:58:60:61:63:0.512195:42:19:28:30:43:20:29:31 chr11 57971195 . G A 141.74 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0035782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.049;QD=11.1164;RBI=0.0127858;REFB=-0.0144031;REVB=0.0122749;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881603;STB=0.519607;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0235303;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:34:16:17:0.333333:7:9:16:17:8:9:17:17 chr11 57971201 . G A 788.93 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127447;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.14;QD=64.4023;RBI=0.0146508;REFB=0;REVB=0.00722612;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.80033e-05;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr11 57971478 . A G 457.54 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00598095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.053;QD=20.5637;RBI=0.00737567;REFB=-0.0148659;REVB=0.0043161;RO=42;SAF=22;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030482;STB=0.527932;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0240664;OID=.;OPOS=57971478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:44:45:45:0.505618:23:22:22:20:23:22:24:20 chr11 57982229 . A G 857.85 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.372;QD=55.3452;RBI=0.0461703;REFB=-0.124258;REVB=0.0311534;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000450555;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:29:31:0:0:30:31:1:0 chr11 57982584 . T C 725.68 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0417408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.348;QD=52.7766;RBI=0.0434949;REFB=-0.200461;REVB=-0.0122274;RO=2;SAF=21;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427715;STB=0.522719;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0073364;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:32:21:2:0:32:21:2:0 chr11 57982620 . A G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.786;QD=58.0574;RBI=0.0300359;REFB=0;REVB=0.0241635;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010534;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr11 57982726 . G T 811.7 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360961;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.09;QD=56.9612;RBI=0.0401745;REFB=0;REVB=0.017637;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439626;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:35:22:0:0 chr11 57982763 . A G 582.95 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3401;QD=58.2945;RBI=0.0417414;REFB=-0.0328249;REVB=0.0203975;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00286245;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:19:19:0:1:19:20:0:1 chr11 57982832 . T A 417.83 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0943911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4123;QD=53.914;RBI=0.114031;REFB=-0.180174;REVB=0.0639797;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0193958;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:1:0:11:19:1:0 chr11 57982896 . G T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.163;QD=57.2363;RBI=0.0396713;REFB=0;REVB=-0.010626;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25199e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 57983194 . A G 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0537185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.843;QD=18.1523;RBI=0.0537698;REFB=-0.0105999;REVB=-0.00234771;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168346;STB=0.519732;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00961063;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:11:10:11:13:11:10:11:14 chr11 57996312 . C G 1352.67 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.396;QD=62.1916;RBI=0.0173247;REFB=0;REVB=-0.000949619;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010338;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:87:0:0:80:87:1:41:39:0:0:42:45:0:0 chr11 58034543 . C T 1122.92 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00885191;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.385;QD=59.1012;RBI=0.01089;REFB=-0.140344;REVB=0.0063431;RO=1;SAF=48;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975526;STB=0.505153;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000509769;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:1:1:74:75:0.986842:26:48:1:0:27:48:1:0 chr11 58123152 . T C 1030.67 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.699;QD=58.0659;RBI=0.0418723;REFB=-0.168622;REVB=0.0347982;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0006567;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:0:1:41:29:0:1 chr11 58125620 . T C 1212.97 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00553736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.014;QD=59.8998;RBI=0.0228834;REFB=-0.136968;REVB=0.0222033;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-8.54818e-05;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:26:54:0:0:26:54:1:0 chr11 58126305 . A T 505.8 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0178112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.553;QD=45.982;RBI=0.0184878;REFB=-0.0152886;REVB=-0.00495575;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.540591;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00139424;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:0:7:37:37:0.840909:14:23:0:0:14:23:6:1 chr11 58207204 . A G 1151.8 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.532;QD=58.3189;RBI=0.0559218;REFB=-0.158476;REVB=0.0397334;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.507245;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000867622;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:76:78:0.987342:33:43:0:0:34:44:0:1 chr11 58318619 . C G 683.27 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.018432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.186;QD=47.9485;RBI=0.0187974;REFB=-0.129135;REVB=-0.0036885;RO=3;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575594;STB=0.531556;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00160561;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:3:5:52:52:0.912281:23:29:0:3:23:29:1:4 chr11 58478084 . T C 2039.74 PASS AF=0.977941;AO=133;DP=136;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00184739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5589;QD=59.9924;RBI=0.00959013;REFB=-0.0182124;REVB=0.00941051;RO=2;SAF=60;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0013892;STB=0.504795;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00101157;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:136:2:3:133:133:0.977941:73:60:1:1:73:60:2:1 chr11 58894067 . A G 248.55 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0210513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5963;QD=25.4927;RBI=0.103211;REFB=-0.00442606;REVB=0.101042;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784222;STB=0.545416;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00619028;OID=.;OPOS=58894067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:16:22:23:0.589744:8:14:11:4:8:15:12:4 chr11 58894253 . T C 486.12 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0167401;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.343;QD=17.8394;RBI=0.0212547;REFB=-0.0212373;REVB=0.0130969;RO=55;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161058;STB=0.588202;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.019915;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:55:57:52:52:0.477064:24:28:20:35:24:28:21:36 chr11 58919813 . A G 71.88 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0129096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.884;QD=7.37235;RBI=0.060644;REFB=-0.0220058;REVB=0.059254;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33956;STB=0.710243;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0380093;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:39:27:29:10:10:0.25641:3:7:11:16:3:7:12:17 chr11 58940178 . GC G 152.82 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847541;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3532;QD=35.9586;RBI=0.103494;REFB=0;REVB=-0.0593954;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00331389;OID=.;OPOS=58940179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:17:17:17:0:12:5:0:0:3:1:10:4:1:0 chr11 58940278 . G T 136.75 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0177328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5367;QD=18.2339;RBI=0.0183269;REFB=-0.00448788;REVB=0.00462839;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216345;STB=0.62148;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00387949;OID=.;OPOS=58940278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:2:13:10:5:2:13 chr11 58949881 . G A 852.71 PASS AF=0.52795;AO=83;DP=159;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0127675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.86;QD=21.1854;RBI=0.0156365;REFB=-0.0334054;REVB=0.00902716;RO=76;SAF=57;SAR=26;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545307;STB=0.527092;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0260535;OID=.;OPOS=58949881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:76:76:83:85:0.52795:26:57:48:28:27:58:48:28 chr11 58973982 . GTA G 501.76 PASS AF=0.5875;AO=36;DP=83;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0795662;FXX=0.0908988;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.989;QD=25.088;RBI=0.0867379;REFB=-0.07549;REVB=0.0345352;RO=34;SAF=6;SAR=30;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534671;STB=0.755032;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0195829;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5875:36:83:47:80:33:8:39:23:10:99:34:6:30:25:9 chr11 58978940 . C T 676.16 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0115019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4239;QD=23.9349;RBI=0.0269709;REFB=-0.0156406;REVB=0.0243954;RO=48;SAF=40;SAR=25;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596371;STB=0.532568;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0117253;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:48:65:65:0.575221:25:40:26:22:25:40:26:22 chr11 58982071 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.022603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.973;QD=21.531;RBI=0.0279252;REFB=-0.0289018;REVB=-0.0163988;RO=30;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160339;STB=0.578565;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0233305;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:17:20:22:8:17:20:22:9 chr11 59058590 . C G 364.03 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00112604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.881;QD=13.4826;RBI=0.021768;REFB=-0.0046554;REVB=0.0217389;RO=65;SAF=26;SAR=17;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466949;STB=0.526399;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00754945;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:43:43:0.398148:17:26:42:23:17:26:42:23 chr11 59132798 . G C 990.55 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3568;QD=59.1375;RBI=0.0326158;REFB=0;REVB=0.0113032;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170961;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr11 59132882 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.855;QD=58.5878;RBI=0.0456952;REFB=0;REVB=0.0344651;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151082;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 59210950 . GT G,TG 60.95 PASS AF=0.369863,0;AO=25,4;DP=71;FAO=27,0;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17,0;FSAR=10,0;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0405676,-0.0099093;FXX=0;HRUN=8,1;LEN=1,2;MLLD=6.90463,71.9034;QD=3.33956;RBI=0.12797,0.149404;REFB=-0.0977665,-0.0075604;REVB=-0.12137,-0.149075;RO=34;SAF=19,0;SAR=6,4;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00655313,-0.715682;STB=0.51534,0.5;STBP=0.856,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.104936,-0.00373151;OID=.,.;OPOS=59210951,59210950;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:71:73:34:46:25,4:27,0:0.369863,0:6,4:19,0:26:8:10,0:17,0:30:16 chr11 59211187 . CG CA,TA 733.28 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=47,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817953,-0.0127977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=49.2516,170.938;QD=55.3416;RBI=0.0827763,0.051334;REFB=0,0;REVB=-0.0127057,-0.0497132;RO=0;SAF=32,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00388079,0.07352;OID=.,.;OPOS=59211188,59211187;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:47,2:51,2:0.962264,0.0377358:15,0:32,2:0:0:17,0:34,2:0:0 chr11 59211265 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.592;QD=51.9129;RBI=0.0346063;REFB=0;REVB=0.0342031;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418897;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr11 59224720 . A G 1807.54 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086563;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.676;QD=61.2725;RBI=0.0867174;REFB=0;REVB=-0.00517219;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04774e-05;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr11 59271637 . T C 386.88 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.0056162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.736;QD=15.7909;RBI=0.0379106;REFB=-0.0187317;REVB=0.0374922;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228655;STB=0.63152;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0336256;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:56:57:41:41:0.418367:20:21:41:15:20:21:42:15 chr11 59318118 . C T 640.41 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=0.00338626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.079;QD=17.426;RBI=0.00752474;REFB=-0.0020386;REVB=-0.00671975;RO=81;SAF=36;SAR=30;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097475;STB=0.55414;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00119529;OID=.;OPOS=59318118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:81:81:66:66:0.44898:30:36:52:29:30:36:52:29 chr11 59323951 . G A 2676.47 PASS AF=0.983051;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=105;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.011478;FXX=0.0111726;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.058;QD=60.4852;RBI=0.0134092;REFB=-0.00626791;REVB=-0.00693264;RO=3;SAF=104;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135305;STB=0.507041;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=6.90281e-06;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:176:177:3:3:173:174:0.983051:69:104:3:0:69:105:3:0 chr11 59362554 . CT C 57.78 PASS AF=0.44;AO=19;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.118998;FXX=0.0384541;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.01776;QD=4.62215;RBI=0.120875;REFB=-0.0437215;REVB=-0.0212187;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.446429;SSSB=-0.117542;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=del;VARB=0.034764;OID=.;OPOS=59362555;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:19:50:22:50:28:13:9:15:13:57:22:8:11:12:10 chr11 59480951 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.582;QD=62.6711;RBI=0.0112753;REFB=0;REVB=-0.00861692;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.07844e-06;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr11 59603364 . G A 483.1 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=13;FWDB=-0.00974857;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1979;QD=14.6393;RBI=0.00976011;REFB=-0.00389342;REVB=-0.000474466;RO=78;SAF=32;SAR=22;SRF=65;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281309;STB=0.655759;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0041447;OID=.;OPOS=59603364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:78:78:54:54:0.409091:22:32:65:13:22:32:65:13 chr11 59814173 . G A 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.065;QD=60.5459;RBI=0.0111235;REFB=0;REVB=-0.00938962;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18878e-05;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr11 59946302 . C T 658.66 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017391;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.893;QD=62.7296;RBI=0.0217794;REFB=0;REVB=0.0131108;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717246;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:32:42:1:16:16:0:0:16:26:0:0 chr11 59947252 . C T 1480.9 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.774;QD=62.3539;RBI=0.00863059;REFB=-0.092039;REVB=0.00317825;RO=1;SAF=57;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140305;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:95:1:0:94:95:1:37:57:1:0:37:58:0:0 chr11 60050125 . A G 256.4 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00524733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.52;QD=13.4947;RBI=0.0641307;REFB=-0.0130982;REVB=-0.0639157;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092297;STB=0.552597;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0163445;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:15:15:19:27:15:15:19:27 chr11 60073597 . C T 2353.09 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.030137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8128;QD=63.1703;RBI=0.0501631;REFB=-0.118655;REVB=0.0401011;RO=0;SAF=87;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000882474;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:149:149:0:1:148:148:0.993289:61:87:0:0:61:87:0:1 chr11 60102384 . A G 588.15 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0212048;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.511;QD=22.6213;RBI=0.0215009;REFB=-0.00245229;REVB=-0.00355588;RO=46;SAF=37;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00653772;STB=0.50358;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0018442;OID=.;OPOS=60102384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:46:46:58:58:0.557692:21:37:29:17:21:37:29:17 chr11 60102396 . A G 594.17 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=106;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0348386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7028;QD=22.2118;RBI=0.0632301;REFB=-0.0289865;REVB=0.0527666;RO=48;SAF=35;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186734;STB=0.507012;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0332212;OID=.;OPOS=60102396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:48:48:58:59:0.551402:23:35:30:18:23:36:30:18 chr11 60102507 . G T 490.78 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0294101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3272;QD=22.3082;RBI=0.0304583;REFB=-0.00502056;REVB=0.00792179;RO=38;SAF=34;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136324;STB=0.587148;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00687863;OID=.;OPOS=60102507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:41:47:47:0.534091:13:34:22:16:13:34:23:18 chr11 60103096 . A C 260.46 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0380092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7632;QD=14.4697;RBI=0.0380223;REFB=-0.0134654;REVB=0.000996762;RO=42;SAF=22;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189678;STB=0.608434;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0170513;OID=.;OPOS=60103096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:8:22:24:18:8:22:24:18 chr11 60103112 . T C 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0109215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.848;QD=15.5678;RBI=0.0229665;REFB=-0.000335425;REVB=0.0202035;RO=35;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128293;STB=0.572862;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000811952;OID=.;OPOS=60103112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:8:20:21:14:8:20:21:14 chr11 60152563 . T A 301.06 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=119;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.000321637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.682;QD=10.1195;RBI=0.0275543;REFB=-0.0110781;REVB=0.0275524;RO=80;SAF=16;SAR=23;SRF=52;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272722;STB=0.657066;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0332811;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:80:80:39:39:0.327731:23:16:52:28:23:16:52:28 chr11 60152584 . G A 367.06 PASS AF=0.319444;AO=46;DP=144;FAO=46;FDP=144;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=0.0180657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5372;QD=10.1962;RBI=0.019212;REFB=0.000608265;REVB=-0.00653694;RO=98;SAF=20;SAR=26;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194379;STB=0.612355;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00107331;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:98:98:46:46:0.319444:26:20:59:39:26:20:59:39 chr11 60157107 . T G 193.88 PASS AF=0.375;AO=19;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00324835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.676;QD=12.1174;RBI=0.0135765;REFB=-0.0109039;REVB=-0.0131821;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650009;STB=0.545416;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0211515;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:40:19:24:0.375:11:8:12:21:16:8:16:24 chr11 60157166 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0312394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.284;QD=17.4276;RBI=0.0325637;REFB=-0.0243968;REVB=-0.00919196;RO=23;SAF=2;SAR=17;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601759;STB=0.534553;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.025245;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:17:2:3:20:17:2:3:20 chr11 60165352 . ATT A 276.75 PASS AF=0.37037;AO=47;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=0.00274064;FXX=0.0287749;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.796;QD=8.20006;RBI=0.0170795;REFB=-0.00907803;REVB=-0.0168582;RO=79;SAF=25;SAR=22;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418278;STB=0.530704;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.0178544;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:47:135:50:135:85:27:23:50:35:99:79:25:22:45:34 chr11 60172087 . C T 112.33 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00121372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.064;QD=13.6156;RBI=0.00241873;REFB=-0.0189507;REVB=-0.00209216;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449392;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0185291;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:19:12:14:0.424242:4:8:12:5:5:9:13:6 chr11 60182970 . A T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00152541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.064;QD=13.8995;RBI=0.0045545;REFB=-0.0089111;REVB=-0.00429146;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364856;STB=0.520816;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00927444;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:13:21:14:10:13:21 chr11 60184191 . G A 117.28 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000330306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.576;QD=21.3242;RBI=0.012379;REFB=-0.0187762;REVB=-0.0123746;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379544;STB=0.719234;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0141016;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:2:11:4:5:2:11:4:5 chr11 60198328 . C T 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0585885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6444;QD=14.2587;RBI=0.0599937;REFB=0.0192059;REVB=0.0129087;RO=38;SAF=23;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179558;STB=0.58809;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0276621;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:41:29:29:0.414286:6:23:25:13:6:23:28:13 chr11 60230531 . C T 340.44 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0486515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4971;QD=20.9499;RBI=0.0548625;REFB=-0.0276183;REVB=-0.025356;RO=30;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156217;STB=0.586159;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.025275;OID=.;OPOS=60230531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:18:17:9:21:18:17:9:21 chr11 60264947 . C T 986.48 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236815;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2473;QD=55.5764;RBI=0.0862639;REFB=-0.112034;REVB=0.0829497;RO=2;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377629;STB=0.504186;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00175884;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:68:69:0.971831:24:44:0:2:25:44:1:1 chr11 60265002 . C T 572.19 PASS AF=0.611765;AO=49;DP=89;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.000538325;FXX=0.0555494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.015;QD=26.9264;RBI=0.0340099;REFB=0.00755844;REVB=-0.0340056;RO=31;SAF=33;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727804;STB=0.551;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00440982;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:85:31:33:49:52:0.611765:16:33:18:13:16:36:19:14 chr11 60285575 . A G,T 2136.19 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=130,8;DP=138;FAO=130,8;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=81,5;FSAR=49,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183676,0.00368895;FXX=0.0142847;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=272.403,177.777;QD=61.9186;RBI=0.00418567,0.0037874;REFB=0,0;REVB=0.00376114,-0.000857964;RO=0;SAF=81,5;SAR=49,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000518725,0.0219379;OID=.,.;OPOS=60285575,60285575;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:138:138:0:0:130,8:130,8:0.942029,0.057971:49,3:81,5:0:0:49,3:81,5:0:0 chr11 60291413 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.403;QD=57.2374;RBI=0.024201;REFB=0;REVB=-0.0079193;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147584;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr11 60504436 . T C 181.17 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0144859;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=182.916;QD=18.1166;RBI=0.0152173;REFB=-0.0190634;REVB=-0.00466094;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788358;STB=0.581725;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00992356;OID=.;OPOS=60504436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:18:18:0.45:7:11:10:9:6:12:11:10 chr11 60531264 . A G 311.0 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0142209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.882;QD=13.9776;RBI=0.0272573;REFB=-0.0164471;REVB=-0.0232535;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321183;STB=0.518299;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0269604;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:12:23:34:20:12:23:34:20 chr11 60559805 . A G 220.24 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0164678;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.521;QD=16.0171;RBI=0.0164958;REFB=-0.0308826;REVB=0.000960319;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768025;STB=0.555511;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0407509;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:30:25:25:0.454545:15:10:13:14:15:10:15:15 chr11 60610065 . G A 231.31 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0281221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.073;QD=10.1676;RBI=0.028881;REFB=0.000420232;REVB=0.00657733;RO=62;SAF=3;SAR=26;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486121;STB=0.793645;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000772628;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:26:3:25:37:26:3:25:37 chr11 60620585 . A G 687.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.036;QD=62.5347;RBI=0.0712646;REFB=0;REVB=-0.0693582;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117191;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr11 60620590 . C G 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1172;QD=57.1036;RBI=0.0906325;REFB=0;REVB=-0.0905021;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000883095;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:18:37:0:0:18:37:0:0 chr11 60635091 . T C 391.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9703;QD=55.8837;RBI=0.0116777;REFB=0;REVB=-0.00493554;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178848;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr11 60638461 . C T 538.71 PASS AF=0.446154;AO=54;DP=125;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00324509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.606;QD=16.5756;RBI=0.00334746;REFB=-0.0109506;REVB=-0.000821546;RO=70;SAF=28;SAR=26;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186873;STB=0.521082;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0146184;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:70:72:54:58:0.446154:26:28:35:35:26:32:37:35 chr11 60638470 . A G 1810.97 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.036;QD=60.8729;RBI=0.0259878;REFB=0;REVB=-0.0148007;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07675e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:116:119:1:58:58:0:0:58:61:0:0 chr11 60666341 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000931008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.662;QD=11.0866;RBI=0.010891;REFB=-0.0116823;REVB=-0.0108512;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204309;STB=0.512176;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0236323;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:12:13:7:6:12:13 chr11 60673868 . T C 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0784156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.952;QD=15.1662;RBI=0.0790879;REFB=-0.0139;REVB=0.0102903;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328775;STB=0.686066;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0139035;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:17:3:7:8:17:3 chr11 60689445 . T C 1300.86 PASS AF=0.977778;AO=76;DP=79;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.103441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.162;QD=57.8158;RBI=0.104661;REFB=-0.149446;REVB=-0.0159354;RO=1;SAF=10;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00711762;STB=0.522722;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0112581;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:90:1:2:76:88:0.977778:66:10:0:1:67:21:2:0 chr11 60695301 . C A 2715.66 PASS AF=0.977901;AO=177;DP=182;FAO=177;FDP=181;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=106;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0397046;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.615;QD=60.0146;RBI=0.0533816;REFB=-0.0285868;REVB=0.0356811;RO=4;SAF=71;SAR=106;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662315;STB=0.50348;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000354491;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:182:181:4:4:177:177:0.977901:106:71:1:3:106:71:1:3 chr11 60698054 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00663808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.448;QD=18.3001;RBI=0.0269622;REFB=-0.0236944;REVB=-0.0261323;RO=23;SAF=2;SAR=18;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296259;STB=0.672686;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0298689;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:18:2:6:17:18:2:6:17 chr11 60699230 . G A 521.87 PASS AF=0.422222;AO=57;DP=134;FAO=57;FDP=135;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00164258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4734;QD=15.4629;RBI=0.0230256;REFB=-0.0123297;REVB=0.0229669;RO=77;SAF=27;SAR=30;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702279;STB=0.500391;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158268;OID=.;OPOS=60699230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:77:78:57:57:0.422222:30:27:37:40:30:27:37:41 chr11 60701136 . C G 429.37 PASS AF=0.418803;AO=42;DP=120;FAO=49;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0103817;FXX=0.0409802;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.475;QD=14.6793;RBI=0.0135367;REFB=-0.0357013;REVB=-0.00868692;RO=45;SAF=29;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717353;STB=0.521877;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0459594;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:45:67:42:49:0.418803:13:29:28:17:18:31:40:27 chr11 60703777 . G A 157.02 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.000447107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.635;QD=9.66278;RBI=0.0200113;REFB=-0.00965017;REVB=-0.0200063;RO=44;SAF=17;SAR=4;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199379;STB=0.619307;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0341821;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:4:17:30:14:4:17:30:14 chr11 60704213 . C T 1111.0 PASS AF=0.534314;AO=109;DP=204;FAO=109;FDP=204;FR=.;FRO=95;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.0272849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9017;QD=21.7843;RBI=0.0272865;REFB=-0.0177582;REVB=0.000291908;RO=92;SAF=62;SAR=47;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399879;STB=0.529909;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0131946;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:92:95:109:109:0.534314:47:62:48:44:47:62:48:47 chr11 60705454 . A G 1330.25 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312187;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.891;QD=61.8723;RBI=0.0340556;REFB=0;REVB=0.013608;RO=1;SAF=47;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101805;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:1:0:85:86:1:38:47:1:0:38:48:0:0 chr11 60892606 . A C,G 740.81 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902995,0.101316;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.59,49.2616;QD=55.9103;RBI=0.0168644,0.104326;REFB=0,0;REVB=-0.0142432,0.0248786;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00484576,0.00590755;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:0,26:2,25:0:0:0,26:2,25:0:0 chr11 60893235 . C T 1030.93 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04597;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.685;QD=59.7639;RBI=0.0461142;REFB=0;REVB=-0.00364457;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23592e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:34:33:0:0:34:35:0:0 chr11 60899767 . A G 1434.25 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8421;QD=63.0441;RBI=0.0408523;REFB=0;REVB=0.0226014;RO=0;SAF=75;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77938e-05;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:16:75:0:0:16:75:0:0 chr11 61106892 . G C 1007.4 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0741;QD=59.2588;RBI=0.0641177;REFB=0;REVB=0.0102554;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580597;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:29:37:0:0:31:37:0:0 chr11 61108974 . G A 657.25 PASS AF=0.938776;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4948;QD=53.6531;RBI=0.108635;REFB=-0.228751;REVB=0.107419;RO=3;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625072;STB=0.5102;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0150169;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:49:49:3:3:44:46:0.938776:21:23:0:3:23:23:1:2 chr11 61112802 . C T 1304.85 PASS AF=0.977273;AO=81;DP=84;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0359534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2261;QD=59.3112;RBI=0.0549241;REFB=-0.00325384;REVB=0.0415211;RO=2;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249049;STB=0.512192;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000349381;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:88:2:2:81:86:0.977273:37:44:0:2:40:46:0:2 chr11 61165280 . G A 1592.94 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101358;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.912;QD=60.1109;RBI=0.0371102;REFB=0;REVB=-0.0356992;RO=0;SAF=76;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149824;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:30:76:0:0:30:76:0:0 chr11 61165731 . C CA 256.02 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181876;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=313.194;QD=51.2032;RBI=0.0181893;REFB=0;REVB=-0.000246469;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.95564e-05;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:11:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr11 61165741 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.486;QD=51.1846;RBI=0.0255682;REFB=0;REVB=0.0229969;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103172;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 61166306 . G A 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000878386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.679;QD=48.626;RBI=0.0323884;REFB=0.138646;REVB=0.0323765;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513501;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00377105;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:18:4:0:0:18:4:0:1 chr11 61179285 . G A 1956.81 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.214;QD=61.6319;RBI=0.0398389;REFB=0;REVB=0.0395468;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435522;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:57:69:0:0:58:69:0:0 chr11 61204361 . A C 1617.58 PASS AF=0.982301;AO=101;DP=104;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.8778;QD=57.2594;RBI=0.0695607;REFB=-0.0671152;REVB=0.0676996;RO=3;SAF=54;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110545;STB=0.500399;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00146786;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:104:113:3:2:101:111:0.982301:47:54:1:2:53:58:1:1 chr11 61249383 . C A 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.98;QD=63.4751;RBI=0.0362148;REFB=0;REVB=0.0176213;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61339e-05;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr11 61277031 . C T 207.35 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.687;QD=48.7878;RBI=0.10543;REFB=0;REVB=0.0504621;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170377;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr11 61277300 . CCG C,CGG 151.62 PASS AF=0.408163,0;AO=17,8;DP=65;FAO=20,0;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=18,0;FSAR=2,0;FSRF=28;FSRR=1;FWDB=0.0440046,-0.106208;FXX=0.039208;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.2469,14.1949;QD=12.3771;RBI=0.0497267,0.110822;REFB=-0.102335,0.025642;REVB=-0.023159,0.0316451;RO=28;SAF=15,8;SAR=2,0;SRF=28;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.441448,0;STB=0.630036,0.5;STBP=0.431,1;TYPE=del,snp;VARB=0.132636,0;OID=.,.;OPOS=61277301,61277301;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163,0:17,8:65:20,0:49:29:18,0:2,0:28:1:99:28:15,8:2,0:28:0 chr11 61277698 . A G 1544.31 PASS AF=1;AO=95;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178552;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.276;QD=64.346;RBI=0.020355;REFB=0;REVB=0.00977335;RO=0;SAF=66;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.81649e-05;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:95:96:1:29:66:0:0:30:66:0:0 chr11 61277775 . A G 1828.2 PASS AF=1;AO=116;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111397;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.279;QD=60.94;RBI=0.0112644;REFB=0;REVB=-0.00167172;RO=0;SAF=76;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35179e-06;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:116:120:1:40:76:0:0:40:80:0:0 chr11 61277885 . G A 1874.74 PASS AF=0.954545;AO=126;DP=132;FAO=126;FDP=132;FR=.;FRO=6;FSAF=89;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0106638;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.059;QD=56.8104;RBI=0.0284285;REFB=-0.036428;REVB=0.0263527;RO=5;SAF=89;SAR=37;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924673;STB=0.511199;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000111778;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:132:132:5:6:126:126:0.954545:37:89:3:2:37:89:3:3 chr11 61278245 . ATG ACG,GAC 1142.42 PASS AF=0.961538,0.025641;AO=73,3;DP=78;FAO=75,2;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48,0;FSAR=27,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0121202,0.0102707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=68.5095,126.384;QD=58.5858;RBI=0.0164352,0.0486803;REFB=-0.0434804,-0.0355517;REVB=-0.0111003,-0.0475845;RO=1;SAF=47,0;SAR=26,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00995914,-0.727144;STB=0.505153,0.993266;STBP=0.539,0.232;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000621589,0.10618;OID=.,.;OPOS=61278246,61278245;OREF=T,ATG;OALT=C,GAC;OMAPALT=ACG,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:78:78:1:1:73,3:75,2:0.961538,0.025641:26,3:47,0:1:0:27,2:48,0:1:0 chr11 61487690 . G A 2046.64 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0092;QD=62.4927;RBI=0.044121;REFB=0;REVB=-0.0146293;RO=0;SAF=70;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13469e-05;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:60:70:0:0:61:70:0:0 chr11 61505168 . G A 2064.71 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.356;QD=62.5671;RBI=0.04273;REFB=0;REVB=0.0359539;RO=0;SAF=59;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55108e-05;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:72:59:0:0:72:60:0:0 chr11 61534872 . A C 1882.91 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9262;QD=60.7391;RBI=0.0269376;REFB=0;REVB=0.0231024;RO=0;SAF=81;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159045;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:124:0:0:115:124:1:34:81:0:0:34:90:0:0 chr11 61551356 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.667;QD=58.9592;RBI=0.0462765;REFB=0;REVB=0.0151422;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239664;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:39:27:0:0 chr11 61564299 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.777;QD=44.6898;RBI=0.0616257;REFB=0;REVB=0.00261292;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189883;OID=.;OPOS=61564299;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr11 61582708 . T C 592.01 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7321;QD=60.7193;RBI=0.101724;REFB=0;REVB=-0.10163;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153851;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr11 61593816 . C T 1341.62 PASS AF=0.967742;AO=87;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.069244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0281;QD=57.704;RBI=0.0797547;REFB=-0.235658;REVB=0.0395736;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502242;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00604541;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:0:3:87:90:0.967742:36:51:0:0:36:54:2:1 chr11 61633174 . C T 403.4 PASS AF=0.358209;AO=48;DP=135;FAO=48;FDP=134;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0125797;FXX=0.0147048;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.027;QD=12.0418;RBI=0.0144316;REFB=-0.00494124;REVB=0.00707261;RO=83;SAF=28;SAR=20;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100052;STB=0.553997;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.008015;OID=.;OPOS=61633174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:83:86:48:48:0.358209:20:28:41:42:20:28:43:43 chr11 61658800 . C T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0311532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.414;QD=21.0114;RBI=0.0321548;REFB=-0.0174011;REVB=0.00796319;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205596;OID=.;OPOS=61658800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr11 61669946 . G A 729.15 PASS AF=0.579832;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.014159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.158;QD=24.5091;RBI=0.0146198;REFB=-0.00570498;REVB=0.0036417;RO=49;SAF=54;SAR=15;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187545;STB=0.599969;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00360878;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:49:50:69:69:0.579832:15:54:29:20:15:54:30:20 chr11 61672235 . T C 256.32 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0513248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5996;QD=13.4906;RBI=0.0571544;REFB=0.00330014;REVB=-0.0251475;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481017;STB=0.527464;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00595021;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:13:17:24:22:13:17:24:22 chr11 61672265 . T C 183.54 PASS AF=0.370968;AO=24;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00725881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.536;QD=11.8415;RBI=0.0115576;REFB=-0.010729;REVB=-0.00899373;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280329;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0181453;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:24:23:0.370968:12:12:18:20:11:12:18:21 chr11 61719387 . T C 696.48 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0769016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.341;QD=60.5636;RBI=0.0785632;REFB=-0.145929;REVB=0.016072;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00586982;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:46:45:0.978261:32:14:0:0:32:13:1:0 chr11 61722645 . C A 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.338;QD=57.2343;RBI=0.0226314;REFB=0;REVB=0.0167913;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011285;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr11 61730234 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00278829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.462;QD=55.0954;RBI=0.0228031;REFB=0;REVB=0.0226319;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106026;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 61730555 . G A 309.94 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00816234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.475;QD=18.7845;RBI=0.00817718;REFB=-0.00360645;REVB=-0.00049241;RO=33;SAF=24;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239153;STB=0.63406;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00189373;OID=.;OPOS=61730555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:9:24:16:17:9:24:16:17 chr11 61735059 . A C 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00504632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.096;QD=8.90113;RBI=0.00846648;REFB=-0.0102223;REVB=-0.00679823;RO=41;SAF=17;SAR=1;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540018;STB=0.840475;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0192492;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:1:17:28:13:1:17:28:13 chr11 61735080 . G T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0199235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4466;QD=9.14898;RBI=0.0441004;REFB=0.0150671;REVB=0.0393434;RO=40;SAF=17;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566149;STB=0.855174;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0275362;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:1:17:26:14:1:17:26:14 chr11 61906374 . T C 292.73 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0696933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6836;QD=27.2307;RBI=0.0777099;REFB=0.0171275;REVB=-0.0343755;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631289;STB=0.534857;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0095791;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:13:13:7:10:13:13:7:10 chr11 61914260 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0997262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.91;QD=18.744;RBI=0.101108;REFB=-0.052652;REVB=-0.0166585;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0435719;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr11 62105611 . C T 305.54 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=-0.0129313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.791;QD=10.7206;RBI=0.0245096;REFB=-0.00641629;REVB=-0.0208207;RO=75;SAF=16;SAR=23;SRF=49;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271997;STB=0.655913;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0130139;OID=.;OPOS=62105611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:23:16:49:26:23:16:49:26 chr11 62156674 . C T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0289812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.169;QD=18.5413;RBI=0.0370714;REFB=-0.000725969;REVB=-0.0231166;RO=35;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121616;STB=0.567529;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000721541;OID=.;OPOS=62156674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:14:20:25:10:14:20:25:10 chr11 62236219 . T C 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0305352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.86;QD=17.5398;RBI=0.0319911;REFB=-0.000712942;REVB=-0.00954111;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348757;STB=0.519973;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000315713;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:9:7:6:9:9:7 chr11 62286070 . G A 231.19 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00795956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.194;QD=16.5133;RBI=0.015897;REFB=-0.00291796;REVB=0.0137608;RO=30;SAF=20;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311487;STB=0.649226;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00105361;OID=.;OPOS=62286070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:5:20:16:14:6:20:16:14 chr11 62291300 . T C 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0036213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.924;QD=18.0872;RBI=0.0105791;REFB=-0.00981137;REVB=-0.00994002;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120468;STB=0.567633;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00939304;OID=.;OPOS=62291300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:11:15:12:15:11:15:12:15 chr11 62292882 . G T 1209.64 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1159;QD=59.7354;RBI=0.0419647;REFB=0.0595472;REVB=-0.0380902;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.505049;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00132875;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:31:49:0:0:31:49:1:0 chr11 62293822 . C T 474.83 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0120566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.555;QD=18.9934;RBI=0.0152713;REFB=-0.0202281;REVB=-0.00937293;RO=51;SAF=36;SAR=10;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992422;STB=0.559973;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0241286;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:53:46:47:0.47:10:36:36:15:11:36:36:17 chr11 62294991 . A G 843.09 PASS AF=0.565217;AO=78;DP=138;FAO=78;FDP=138;FR=.;FRO=60;FSAF=61;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=0.0117467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.547;QD=24.4374;RBI=0.0117468;REFB=-0.0136385;REVB=-3.94915e-05;RO=58;SAF=61;SAR=17;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636886;STB=0.530008;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0110748;OID=.;OPOS=62294991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:58:60:78:78:0.565217:17:61:42:16:17:61:44:16 chr11 62381106 . G C 281.74 PASS AF=0.96;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.064128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3727;QD=45.0781;RBI=0.142851;REFB=0.0225241;REVB=0.127648;RO=2;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575947;STB=0.51281;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00406491;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:2:1:20:24:0.96:5:15:2:0:5:19:1:0 chr11 62383715 . G C 347.96 PASS AF=1;AO=5;DP=33;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462962;FXX=0.151469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.4942;QD=49.7092;RBI=0.028588;REFB=0;REVB=0.0282106;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00930467;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:28:0:0:5:28:1:1:4:0:0:16:12:0:0 chr11 62383718 . A C 112.37 PASS AF=0.485714;AO=7;DP=25;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00278203;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=152.031;QD=12.8423;RBI=0.00460566;REFB=-0.0465149;REVB=0.00367048;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633268;STB=0.693647;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0249016;OID=.;OPOS=62383718;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:35:18:18:7:17:0.485714:5:2:6:12:5:12:6:12 chr11 62406496 . G GT 59.77 PASS AF=0.209302;AO=16;DP=89;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0778387;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3719;QD=2.78011;RBI=0.0803066;REFB=-0.0214003;REVB=0.0197559;RO=71;SAF=6;SAR=10;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150131;STB=0.623859;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0924396;OID=.;OPOS=62406497;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:16:89:18:86:68:6:12:33:35:59:71:6:10:35:36 chr11 62430659 . T A 1328.35 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399282;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.23;QD=61.7839;RBI=0.0423052;REFB=0;REVB=-0.013981;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42257e-05;OID=.;OPOS=62430659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:85:86:1:32:53:0:0:32:54:0:0 chr11 62437335 . A G 426.02 PASS AF=0.517647;AO=37;DP=78;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0089314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9883;QD=20.0478;RBI=0.131801;REFB=-0.0143909;REVB=0.131498;RO=40;SAF=21;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792335;STB=0.575272;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.02706;OID=.;OPOS=62437335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:85:40:41:37:44:0.517647:16:21:26:14:23:21:26:15 chr11 62439569 . G A 2421.95 PASS AF=0.97006;AO=162;DP=167;FAO=162;FDP=167;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0377211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.775;QD=58.0109;RBI=0.0612097;REFB=-0.1867;REVB=0.0482052;RO=3;SAF=96;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265445;STB=0.505957;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0027964;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:167:167:3:5:162:162:0.97006:66:96:2:1:66:96:2:3 chr11 62458782 . GCCCCCCCA GCCCCCCA,GCCCCCCAC 164.4 PASS AF=0.823529,0;AO=14,7;DP=36;FAO=28,0;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=15,0;FSAR=13,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0914927,-0.166678;FXX=0.0555401;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.99093,11.2429;QD=19.3411;RBI=0.179614,0.230479;REFB=-0.0162231,-0.0304366;REVB=0.154565,-0.159182;RO=8;SAF=10,2;SAR=4,5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.15589,-0.206125;STB=0.506325,0.5;STBP=0.916,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0639793,-0.00211921;OID=.,.;OPOS=62458783,62458789;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCCCCA,GCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0:14,7:36:28,0:34:6:15,0:13,0:3:3:22:8:10,2:4,5:4:4 chr11 62554232 . T C 278.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0272251;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0038;QD=18.5591;RBI=0.0280495;REFB=-0.0108683;REVB=-0.00675023;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165103;STB=0.599055;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0123098;OID=.;OPOS=62554232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:30:30:30:0.5:14:16:10:19:14:16:10:20 chr11 62563353 . G A 638.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.125;QD=60.8541;RBI=0.0206154;REFB=0;REVB=0.00845012;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704678;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr11 62564731 . G A 899.24 PASS AF=0.793103;AO=69;DP=87;FAO=69;FDP=87;FR=.;FRO=18;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.049287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2232;QD=41.3442;RBI=0.0581263;REFB=-0.0128614;REVB=-0.0308133;RO=18;SAF=50;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127183;STB=0.568161;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00190685;OID=.;OPOS=62564731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:18:18:69:69:0.793103:19:50:8:10:19:50:8:10 chr11 62609112 . A G 1502.15 PASS AF=0.613636;AO=135;DP=220;FAO=135;FDP=220;FR=.;FRO=85;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0152324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8719;QD=27.3118;RBI=0.0464006;REFB=-0.000629767;REVB=-0.043829;RO=85;SAF=72;SAR=63;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281734;STB=0.501521;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000369786;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:85:85:135:135:0.613636:63:72:45:40:63:72:45:40 chr11 62609171 . TATT CTGC 3419.28 PASS AF=0.795796;AO=250;DP=350;FAO=265;FDP=333;FR=.;FRO=68;FSAF=142;FSAR=123;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.000524868;FXX=0.0539757;HRUN=1;LEN=4;MLLD=215.419;QD=41.0725;RBI=0.0414915;REFB=-0.0394515;REVB=0.0414882;RO=68;SAF=135;SAR=115;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280867;STB=0.513369;STBP=0.361;TYPE=mnp;VARB=0.00917492;OID=.;OPOS=62609171;OREF=TATT;OALT=CTGC;OMAPALT=CTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:333:68:68:250:265:0.795796:115:135:32:36:123:142:32:36 chr11 62621359 . A T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=6;FWDB=-0.0269828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.511;QD=15.0637;RBI=0.0272359;REFB=-0.00255632;REVB=-0.00370398;RO=35;SAF=7;SAR=20;SRF=29;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531971;STB=0.798026;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00201038;OID=.;OPOS=62621359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:20:7:29:6:20:7:29:6 chr11 62782278 . C T 579.0 PASS AF=0.504274;AO=57;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.00576516;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.121;QD=19.7949;RBI=0.00736397;REFB=-0.0237824;REVB=0.0045816;RO=55;SAF=30;SAR=27;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176277;STB=0.589396;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0166352;OID=.;OPOS=62782278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:58:57:59:0.504274:27:30:18:37:29:30:19:39 chr11 62847453 . T C 326.68 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0407341;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1082;QD=17.4227;RBI=0.0449257;REFB=-0.0150238;REVB=0.0189486;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24304;STB=0.627558;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0163746;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:40:35:35:0.466667:19:16:28:11:19:16:28:12 chr11 62848487 . A C 352.61 PASS AF=0.469136;AO=35;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000951812;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.124;QD=17.413;RBI=0.0217488;REFB=-0.0130779;REVB=0.0217279;RO=44;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048784;STB=0.507808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0129499;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:43:35:38:0.469136:15:20:23:21:18:20:22:21 chr11 62863518 . A G 277.01 PASS AF=0.435897;AO=29;DP=71;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0117187;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.432;QD=14.2058;RBI=0.0120434;REFB=-0.0490993;REVB=-0.00277775;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658703;STB=0.573415;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0176809;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:78:42:44:29:34:0.435897:12:17:22:20:12:22:23:21 chr11 62886319 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0282;QD=48.7369;RBI=0.0820193;REFB=0;REVB=0.0368976;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104061;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr11 62902172 . A C 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.766;QD=54.8818;RBI=0.0250901;REFB=-0.0702429;REVB=0.0135756;RO=1;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000536707;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:18:36:0:1:18:36:0:1 chr11 62910849 . T C 1641.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.44;QD=60.255;RBI=0.0187361;REFB=0;REVB=0.00926269;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.461e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:55:54:0:0:55:54:0:0 chr11 62911079 . G C 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.895;QD=60.2032;RBI=0.0283031;REFB=0;REVB=0.0177879;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138136;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr11 62931484 . T C 2121.14 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.786;QD=62.3864;RBI=0.0570437;REFB=0;REVB=0.0482807;RO=0;SAF=64;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183882;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:70:64:0:0:72:64:0:0 chr11 62951221 . C G 1146.04 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.072068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5146;QD=58.7712;RBI=0.0720755;REFB=-0.20055;REVB=-0.00104007;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010633;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00381958;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:75:77:0.987179:31:44:1:0:32:45:1:0 chr11 62984868 . T C 765.2 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0458542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4806;QD=51.8782;RBI=0.113311;REFB=0.00472987;REVB=0.103618;RO=3;SAF=30;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119145;STB=0.506697;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00175887;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:59:3:3:55:56:0.949153:25:30:2:1:26:30:2:1 chr11 62985544 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9506;QD=59.0177;RBI=0.0289641;REFB=0;REVB=0.0159552;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486459;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr11 63072226 . C A 664.36 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=139;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=-0.00399991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8925;QD=19.1184;RBI=0.0114108;REFB=-0.00548056;REVB=0.0106868;RO=72;SAF=32;SAR=35;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136655;STB=0.575368;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00545427;OID=.;OPOS=63072226;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:72:67:67:0.482014:35:32:24:48:35:32:24:48 chr11 63129876 . T G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.154;QD=56.956;RBI=0.0221731;REFB=0;REVB=-0.0171076;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57633e-06;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr11 63258416 . T C 1307.07 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00499056;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.307;QD=62.2413;RBI=0.00509968;REFB=0;REVB=0.00104934;RO=0;SAF=63;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050903;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:21:63:0:0:21:63:0:0 chr11 63313644 . T C 1609.76 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777436;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.972;QD=60.1781;RBI=0.0538436;REFB=0;REVB=0.0532794;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121552;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr11 63413962 . AAAAT A 1173.73 PASS AF=0.971154;AO=95;DP=106;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0514589;FXX=0.0370336;HRUN=4;LEN=4;MLLD=277.553;QD=45.1436;RBI=0.054455;REFB=-0.0428006;REVB=0.0178139;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501319;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=0.000903478;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971154:95:106:101:104:3:63:38:2:1:7:0:60:35:0:0 chr11 63487386 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.079;QD=62.6654;RBI=0.019575;REFB=0;REVB=0.0185144;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56052e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr11 63585804 . C A 107.96 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0288002;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.941;QD=11.3643;RBI=0.0292935;REFB=-0.00372905;REVB=-0.00535305;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27994;STB=0.691086;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00392941;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:24:25:13:13:0.342105:11:2:8:16:11:2:9:16 chr11 63661820 . C T 1222.04 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.186;QD=61.102;RBI=0.0275625;REFB=0;REVB=-0.00505451;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29076e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:80:0:0:76:80:1:40:36:0:0:40:40:0:0 chr11 63673603 . CTG C 167.82 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135049;FXX=0.176367;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.905;QD=47.9478;RBI=0.143456;REFB=0;REVB=0.0483903;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00135256;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:15:14:14:0:8:6:0:0:3:0:8:5:0:0 chr11 63681513 . T C 1354.3 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8506;QD=62.2668;RBI=0.02585;REFB=0;REVB=-0.0140229;RO=0;SAF=80;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245929;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:7:80:0:0:7:80:0:0 chr11 63723647 . A G 316.58 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00469068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.697;QD=12.4151;RBI=0.0324332;REFB=-0.00660322;REVB=-0.0320922;RO=64;SAF=23;SAR=15;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117315;STB=0.567121;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0171178;OID=.;OPOS=63723647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:64:64:38:38:0.372549:15:23:32:32:15:23:32:32 chr11 63883985 . T C 777.4 PASS AF=0.536232;AO=73;DP=137;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0391882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.649;QD=22.5332;RBI=0.0392031;REFB=0.000573551;REVB=-0.00108111;RO=58;SAF=49;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148072;STB=0.579902;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00073156;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:58:64:73:74:0.536232:24:49:29:29:24:50:33:31 chr11 63884027 . C T 604.95 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0180453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.687;QD=24.4425;RBI=0.0448096;REFB=-0.00828974;REVB=0.0410154;RO=44;SAF=34;SAR=21;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801558;STB=0.543984;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0055689;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:21:34:23:21:21:34:23:21 chr11 63884453 . C T 1114.69 PASS AF=0.497778;AO=112;DP=226;FAO=112;FDP=225;FR=.;FRO=113;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=68;FSRR=45;FWDB=0.0284266;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5703;QD=19.8168;RBI=0.0287805;REFB=-0.0176057;REVB=0.00449939;RO=113;SAF=54;SAR=58;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109141;STB=0.559888;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0170531;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:113:113:112:112:0.497778:58:54:68:45:58:54:68:45 chr11 63884474 . C T 936.37 PASS AF=0.472362;AO=88;DP=193;FAO=94;FDP=199;FR=.;FRO=105;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=0.0354426;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2906;QD=18.8215;RBI=0.043662;REFB=-0.0445187;REVB=0.0254989;RO=104;SAF=42;SAR=46;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784747;STB=0.554987;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0564162;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:199:104:105:88:94:0.472362:46:42:58:46:51:43:59:46 chr11 63885632 . A G 757.75 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0459;QD=61.8573;RBI=0.129561;REFB=-0.0780147;REVB=0.0931881;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341249;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:49:0:0:48:49:1:12:36:0:0:13:36:0:0 chr11 63885704 . C T 132.45 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0514855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6566;QD=15.1367;RBI=0.0658342;REFB=-0.0646213;REVB=0.0410291;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161375;STB=0.592478;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.07545;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:15:5:6:9:15:5 chr11 63886539 . C T 489.48 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0499188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9975;QD=15.5389;RBI=0.0507955;REFB=-0.0278794;REVB=0.00939679;RO=67;SAF=31;SAR=23;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220477;STB=0.505416;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0344755;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:67:72:54:54:0.428571:23:31:37:30:23:31:42:30 chr11 63988045 . G A 715.37 PASS AF=0.571429;AO=68;DP=119;FAO=68;FDP=119;FR=.;FRO=51;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0134208;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.76;QD=24.046;RBI=0.0170611;REFB=-0.0236176;REVB=0.0105339;RO=49;SAF=50;SAR=18;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776901;STB=0.556206;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0193992;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:49:51:68:68:0.571429:18:50:32:17:18:50:32:19 chr11 63994351 . C G 37.14 PASS AF=0.0892857;AO=11;DP=112;FAO=10;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=99;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.10222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5434;QD=1.32652;RBI=0.120913;REFB=-0.0135535;REVB=-0.0645844;RO=92;SAF=9;SAR=2;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381231;STB=0.758344;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.150842;OID=.;OPOS=63994351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:112:112:92:99:11:10:0.0892857:2:9:47:45:2:8:53:46 chr11 63994692 . T C 1695.28 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.144;QD=60.5458;RBI=0.0629236;REFB=0;REVB=0.0103098;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09233e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr11 63994696 . T C 1592.98 PASS AF=1;AO=87;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.216681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.609;QD=58.4579;RBI=0.217718;REFB=0;REVB=0.0212285;RO=0;SAF=24;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287615;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:87:109:1:63:24:0:0:64:45:0:0 chr11 63997329 . A G 2351.5 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.136;QD=61.0778;RBI=0.00932225;REFB=0;REVB=-0.00819112;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67118e-06;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:70:84:0:0:70:84:0:0 chr11 63997338 . T C 2478.95 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107954;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.213;QD=61.5887;RBI=0.0511022;REFB=0;REVB=0.0499489;RO=0;SAF=85;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97577e-05;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:158:161:0:0:157:161:1:72:85:0:0:73:88:0:0 chr11 64004643 . C G 118.92 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00910066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=13.2128;RBI=0.00981628;REFB=-0.0191095;REVB=-0.0036793;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076809;STB=0.545386;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0252647;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:18:4:2:12:18:4 chr11 64004692 . C T 196.61 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0282315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4216;QD=20.6961;RBI=0.0506049;REFB=-0.00536767;REVB=-0.0419981;RO=17;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159169;STB=0.58814;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0032223;OID=.;OPOS=64004692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:18:19:20:0.526316:4:15:11:6:4:16:12:6 chr11 64011441 . T C 1287.31 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0954814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.994;QD=60.5791;RBI=0.0964145;REFB=-0.0704831;REVB=0.0133812;RO=1;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114132;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000353414;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:41:43:0:1:41:43:0:1 chr11 64012225 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.445;QD=56.7066;RBI=0.071189;REFB=0;REVB=0.0461222;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682109;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 64014017 . C G 52.23 PASS AF=0.0925926;AO=14;DP=163;FAO=15;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=-0.0336791;FXX=0.00613459;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.505;QD=1.28967;RBI=0.0557474;REFB=-0.0100162;REVB=-0.044424;RO=124;SAF=11;SAR=3;SRF=54;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409301;STB=0.822286;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0685719;OID=.;OPOS=64014017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:163:162:124:147:14:15:0.0925926:3:11:54:70:3:12:63:84 chr11 64022459 . A G 2987.34 PASS AF=1;AO=138;DP=175;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.265;QD=63.224;RBI=0.0468527;REFB=0;REVB=0.0453218;RO=0;SAF=68;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59932e-06;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:175:189:0:0:138:189:1:70:68:0:0:90:99:0:0 chr11 64023971 . G A 639.76 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0527055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.599;QD=15.5093;RBI=0.0527066;REFB=-0.0109345;REVB=-0.000341025;RO=94;SAF=38;SAR=33;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142657;STB=0.507967;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0119994;OID=.;OPOS=64023971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:94:94:71:71:0.430303:33:38:49:45:33:38:49:45 chr11 64026144 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=-0.0843112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.301;QD=18.1526;RBI=0.0844617;REFB=0.0167308;REVB=-0.00503969;RO=25;SAF=3;SAR=18;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464909;STB=0.526292;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0238755;OID=.;OPOS=64026144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:18:3:3:22:18:3:3:22 chr11 64026685 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0291235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.574;QD=24.2459;RBI=0.0343838;REFB=-0.0382956;REVB=-0.0182775;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505855;STB=0.542338;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0312991;OID=.;OPOS=64026685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:9:16:11:8:9:16:11:9 chr11 64034911 . G A 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0128229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.794;QD=22.7947;RBI=0.0130499;REFB=-0.0240357;REVB=0.00242336;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480836;STB=0.536555;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0149151;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:13:11:8:12:13:11:8:13 chr11 64037437 . A T 123.46 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0253063;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3009;QD=9.14546;RBI=0.0333754;REFB=-0.0174663;REVB=0.0217603;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505075;STB=0.514524;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0238286;OID=.;OPOS=64037437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:36:37:16:17:0.314815:6:10:21:15:7:10:21:16 chr11 64083252 . T C 31.83 PASS AF=0.0818182;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=110;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.0491886;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.134;QD=1.15755;RBI=0.0505394;REFB=-0.00280525;REVB=-0.0116066;RO=92;SAF=5;SAR=4;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174424;STB=0.599782;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0420465;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:110:92:101:9:9:0.0818182:4:5:37:55:4:5:45:56 chr11 64083269 . G A 62.23 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.000438805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9474;QD=2.46447;RBI=0.0204428;REFB=-0.0100135;REVB=0.020438;RO=78;SAF=7;SAR=6;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636441;STB=0.55311;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0574128;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:101:101:78:88:13:13:0.128713:6:7:38:40:6:7:42:46 chr11 64083276 . A T 66.29 PASS AF=0.147727;AO=10;DP=86;FAO=13;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0206806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6268;QD=3.01308;RBI=0.0683763;REFB=-0.0195246;REVB=-0.0651739;RO=57;SAF=6;SAR=4;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410327;STB=0.513348;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0408591;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:86:88:57:74:10:13:0.147727:4:6:36:21:6:7:41:33 chr11 64083290 . G A 80.31 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0305153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0326;QD=4.28311;RBI=0.0305161;REFB=-0.00638817;REVB=-0.000222178;RO=61;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299088;STB=0.501943;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.033391;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:6:8:35:26:6:8:35:26 chr11 64083293 . G T 73.48 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.00165212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.233;QD=4.08247;RBI=0.0134319;REFB=-0.00620885;REVB=0.01333;RO=59;SAF=8;SAR=5;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288975;STB=0.518986;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0360965;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:59:59:13:13:0.180556:5:8:35:24:5:8:35:24 chr11 64083295 . CGGG C 49.69 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0242939;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=3;MLLD=232.876;QD=3.20609;RBI=0.0342004;REFB=-0.0209729;REVB=-0.0240722;RO=49;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=20;SSEN=0.426471;SSEP=0;SSSB=0.0304229;STB=0.51945;STBP=0.886;TYPE=del;VARB=0.0587955;OID=.;OPOS=64083296;OREF=GGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209677:13:63:13:62:49:8:5:29:20:49:49:8:5:29:20 chr11 64083300 . G A 79.46 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0180767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.553;QD=5.04517;RBI=0.0461126;REFB=-0.0187931;REVB=-0.0424217;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199764;STB=0.512801;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0545232;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:5:8:30:20:5:8:30:20 chr11 64083318 . G A 107.67 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0433937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.385;QD=6.94672;RBI=0.0501998;REFB=-0.00439363;REVB=-0.025239;RO=44;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430379;STB=0.512804;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0307706;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:46:16:16:0.258065:6:10:26:18:6:10:28:18 chr11 64083320 . T C 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00430425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.753;QD=7.98213;RBI=0.0388714;REFB=-0.0199324;REVB=-0.0386324;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116285;STB=0.507033;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0201253;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:6:10:26:15:6:10:26:15 chr11 64083328 . C T 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0296304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8165;QD=7.54518;RBI=0.0543494;REFB=0.0281931;REVB=0.045562;RO=41;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429149;STB=0.52628;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0734586;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:5:10:26:15:5:10:26:15 chr11 64083331 . C T 95.97 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00559509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.135;QD=6.85519;RBI=0.0164328;REFB=-0.000989905;REVB=-0.0154509;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115505;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:40:42:14:14:0.25:5:9:25:15:5:9:27:15 chr11 64084113 . A G 1822.4 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.016;QD=61.2572;RBI=0.0204842;REFB=0;REVB=0.0147187;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4861e-07;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:62:57:0:0:62:57:0:0 chr11 64085785 . A G 1788.62 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213497;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8544;QD=60.1217;RBI=0.0225182;REFB=-0.0831167;REVB=0.00715943;RO=1;SAF=59;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079824;STB=0.504201;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000428116;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:59:59:1:0:59:59:1:0 chr11 64108203 . T A 91.0 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=115;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=-0.0156511;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.54;QD=3.16526;RBI=0.0312921;REFB=-0.0104133;REVB=0.0270969;RO=97;SAF=11;SAR=7;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210026;STB=0.639504;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0468039;OID=.;OPOS=64108203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:115:115:97:97:18:18:0.156522:7:11:43:54:7:11:43:54 chr11 64111928 . T C 149.59 PASS AF=0.318182;AO=17;DP=62;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0147676;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.994;QD=9.0662;RBI=0.0261325;REFB=-0.0128109;REVB=0.0215598;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243421;STB=0.701067;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0312529;OID=.;OPOS=64111928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:35:45:17:21:0.318182:9:8:24:11:13:8:31:14 chr11 64116843 . A C 584.11 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8056;QD=59.9088;RBI=0.16791;REFB=0;REVB=-0.0224172;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177469;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:35:39:1:17:18:0:0:19:20:0:0 chr11 64137007 . A G 721.39 PASS AF=0.526316;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00826709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.272;QD=21.6959;RBI=0.0228547;REFB=-0.0320701;REVB=0.0213071;RO=61;SAF=47;SAR=23;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119562;STB=0.575134;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.023423;OID=.;OPOS=64137007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:61:63:70:70:0.526316:23:47:33:28:23:47:33:30 chr11 64367325 . A G 3024.74 PASS AF=1;AO=172;DP=201;FAO=194;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=111;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6539;QD=62.3658;RBI=0.0310153;REFB=0;REVB=0.0132592;RO=0;SAF=89;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166488;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:201:194:0:0:172:194:1:83:89:0:0:83:111:0:0 chr11 64367862 . T C 536.0 PASS AF=0.452555;AO=49;DP=125;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=49;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=13;FWDB=0.0367767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5694;QD=15.6496;RBI=0.0453146;REFB=-0.0543316;REVB=-0.0264742;RO=76;SAF=37;SAR=12;SRF=63;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115311;STB=0.531091;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0814759;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:137:76:75:49:62:0.452555:12:37:63:13:13:49:62:13 chr11 64415767 . G A 571.44 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=87;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000401275;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4985;QD=26.5788;RBI=0.00324264;REFB=-0.0513004;REVB=0.00321771;RO=32;SAF=30;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018721;STB=0.527103;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.019105;OID=.;OPOS=64415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:32:34:51:52:0.604651:21:30:18:14:21:31:18:16 chr11 64453268 . G A 712.29 PASS AF=0.473333;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=150;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0179478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.793;QD=18.9945;RBI=0.0180683;REFB=-0.0557159;REVB=0.0020836;RO=68;SAF=34;SAR=37;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864156;STB=0.518932;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0381327;OID=.;OPOS=64453268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:150:68:79:71:71:0.473333:37:34:26:42:37:34:35:44 chr11 64496357 . G T 781.56 PASS AF=0.517241;AO=74;DP=143;FAO=75;FDP=145;FR=.;FRO=70;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0112442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.71;QD=21.5603;RBI=0.058089;REFB=-0.0305933;REVB=0.0569904;RO=69;SAF=47;SAR=27;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383047;STB=0.527983;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0221078;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:69:70:74:75:0.517241:27:47:41:28:27:48:41:29 chr11 64507680 . A C 763.8 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3403;QD=63.6496;RBI=0.0442422;REFB=0;REVB=0.0384706;RO=0;SAF=44;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599656;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:3:44:0:0:3:45:0:0 chr11 64511050 . G C 582.98 PASS AF=0.472868;AO=61;DP=129;FAO=61;FDP=129;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0337128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.243;QD=18.0769;RBI=0.0369318;REFB=-0.0610697;REVB=-0.0150799;RO=68;SAF=25;SAR=36;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729707;STB=0.540499;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0469372;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:68:68:61:61:0.472868:36:25:33:35:36:25:33:35 chr11 64519062 . T C 395.08 PASS AF=0.660714;AO=35;DP=54;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0612244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8107;QD=28.2196;RBI=0.0761809;REFB=-0.0434411;REVB=0.0453332;RO=19;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194784;STB=0.522809;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0171339;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:19:19:35:37:0.660714:12:23:13:6:14:23:13:6 chr11 64543927 . G GT 385.28 PASS AF=0.504348;AO=55;DP=114;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0868953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.6475;QD=13.4009;RBI=0.0959496;REFB=0.0166817;REVB=0.0406881;RO=55;SAF=29;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329182;STB=0.521417;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=-0.0176987;OID=.;OPOS=64543928;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504348:55:114:58:115:57:32:26:29:28:99:55:29:26:27:28 chr11 64559898 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.696;QD=47.8224;RBI=0.0543502;REFB=0;REVB=0.0209638;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001805;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 64572018 . T C 262.51 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0913391;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9475;QD=12.0695;RBI=0.0929739;REFB=-0.0351939;REVB=0.017358;RO=54;SAF=17;SAR=14;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287381;STB=0.512437;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0577565;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:55:31:32:0.367816:14:17:31:23:14:18:32:23 chr11 64572557 . A G 937.24 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.991;QD=58.5777;RBI=0.0306137;REFB=0;REVB=0.0209913;RO=0;SAF=49;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109127;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:15:49:0:0:15:49:0:0 chr11 64591948 . AG A 187.89 PASS AF=0.634146;AO=24;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.14526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3269;QD=18.3303;RBI=0.208638;REFB=-0.0165957;REVB=0.149764;RO=17;SAF=24;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.856685;STB=0.88926;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0455897;OID=.;OPOS=64591949;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.634146:24:41:26:41:15:25:1:6:9:62:17:24:0:7:10 chr11 64597201 . G A 90.67 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.10258;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.208;QD=13.9493;RBI=0.108063;REFB=-0.0178304;REVB=0.0339834;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105065;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0273945;OID=.;OPOS=64597201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:8:7:4:7:8:7 chr11 64597205 . G T 351.64 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168703;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7367;QD=56.2631;RBI=0.108044;REFB=0;REVB=0.106719;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484612;OID=.;OPOS=64597205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 64601933 . T C 785.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0600332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.028;QD=64.1423;RBI=0.0600377;REFB=0;REVB=0.000736686;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174318;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr11 64606236 . CT C 705.05 PASS AF=1;AO=82;DP=111;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763108;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.41209;QD=23.5016;RBI=0.254937;REFB=-0.041907;REVB=0.243248;RO=14;SAF=80;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.345238;SSSB=0.474437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.015248;OID=.;OPOS=64606237;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:111:120:120:0:93:27:0:0:12:14:80:2:9:5 chr11 64621856 . A G 613.59 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.783;QD=61.3588;RBI=0.0843129;REFB=0;REVB=0.0599432;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298129;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr11 64622869 . G C 755.82 PASS AF=0.536765;AO=71;DP=134;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0302037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.105;QD=22.23;RBI=0.0347951;REFB=-0.00870589;REVB=-0.0172752;RO=60;SAF=50;SAR=21;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129587;STB=0.56664;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00544664;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:60:63:71:73:0.536765:21:50:34:26:21:52:37:26 chr11 64645871 . A G 681.96 PASS AF=0.621053;AO=59;DP=95;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0161487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.406;QD=28.7141;RBI=0.0169541;REFB=-0.0319016;REVB=-0.00516364;RO=36;SAF=30;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252741;STB=0.513731;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0162183;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:36:36:59:59:0.621053:29:30:17:19:29:30:17:19 chr11 64656757 . G A 248.93 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0277293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3022;QD=12.9314;RBI=0.0384068;REFB=-0.0231988;REVB=0.0265738;RO=47;SAF=23;SAR=6;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328799;STB=0.664886;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0528088;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:47:29:30:0.38961:6:23:25:22:7:23:25:22 chr11 64677293 . G C 420.29 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0659265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3437;QD=49.4456;RBI=0.0667475;REFB=-0.0305249;REVB=0.0104371;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024758;STB=0.513299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0196356;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:15:16:2:1:15:16:2:1 chr11 64680600 . A AG 54.08 PASS AF=0.354167;AO=14;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0152809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.7157;QD=4.50667;RBI=0.0219892;REFB=-0.0860889;REVB=-0.015812;RO=34;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304218;STB=0.73653;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.108386;OID=.;OPOS=64680601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354167:14:49:17:48:31:14:3:16:15:54:34:11:3:19:15 chr11 64680819 . G A 484.85 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0321753;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.898;QD=16.0281;RBI=0.0464907;REFB=-0.0309819;REVB=0.0335579;RO=65;SAF=32;SAR=21;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200436;STB=0.60768;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.031729;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:65:68:53:53:0.438017:21:32:26:39:21:32:28:40 chr11 64695360 . G A 433.09 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00878631;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.902;QD=17.1522;RBI=0.0399516;REFB=-0.0219356;REVB=-0.0389735;RO=53;SAF=19;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129368;STB=0.571641;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0283454;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:46:47:0.465347:27:19:29:24:28:19:29:25 chr11 64808647 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.327;QD=35.5759;RBI=0.0363988;REFB=0;REVB=0.0310165;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010644;OID=.;OPOS=64808647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 64820695 . T G 1116.08 PASS AF=0.470833;AO=113;DP=240;FAO=113;FDP=240;FR=.;FRO=127;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=75;FSRR=52;FWDB=0.00121578;FXX=0.0123452;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.529;QD=18.6013;RBI=0.0445005;REFB=-0.0250449;REVB=-0.0444839;RO=125;SAF=64;SAR=49;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327748;STB=0.513067;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0247214;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:125:127:113:113:0.470833:49:64:75:50:49:64:75:52 chr11 64822185 . A AC 39.59 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=43;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0657223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.484;QD=3.77019;RBI=0.107825;REFB=-0.0400612;REVB=-0.0854801;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616882;STB=0.595085;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.0383274;OID=.;OPOS=64822186;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:13:43:12:42:30:6:6:11:19:39:27:6:7:11:16 chr11 64851453 . CTTA CT,CTA 104.52 PASS AF=0,0.416667;AO=6,13;DP=48;FAO=0,20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=0,10;FSAR=0,10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0509239,-0.0548593;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=107.853,23.0691;QD=8.71035;RBI=0.0566834,0.0785181;REFB=0.0300698,0.00184627;REVB=-0.0248949,-0.0561743;RO=28;SAF=6,4;SAR=0,9;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.636504,-0.40587;STB=0.5,0.604067;STBP=1,0.254;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00757586;OID=.,.;OPOS=64851455,64851454;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.416667:6,13:48:0,20:48:28:0,10:0,10:19:9:99:28:6,4:0,9:19:9 chr11 64852421 . T C 564.01 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0365467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5208;QD=24.2585;RBI=0.0410594;REFB=-0.0119806;REVB=-0.0187139;RO=38;SAF=21;SAR=31;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960773;STB=0.548654;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00834636;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:38:41:52:52:0.55914:31:21:20:18:31:21:21:20 chr11 64856499 . C CG 206.0 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832947;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.022;QD=31.6915;RBI=0.0979635;REFB=0;REVB=0.0515638;RO=24;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.669239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253844;OID=.;OPOS=64856500;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:26:26:0:10:16:0:0:3:24:3:0:7:17 chr11 64856500 . A G,T 348.73 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=23,3;DP=26;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336072,0.058951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.7266,15.4077;QD=53.6506;RBI=0.0337035,0.0589655;REFB=0,0;REVB=-0.00254521,-0.00130529;RO=0;SAF=7,3;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00548746,0.08632;OID=.,.;OPOS=64856500,64856500;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:26:0:0:23,3:23,3:0.884615,0.115385:16,0:7,3:0:0:16,0:7,3:0:0 chr11 64863880 . CGGGG CGGG,CGGGC 269.88 PASS AF=0.5,0.24;AO=22,12;DP=50;FAO=25,12;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=2,11;FSAR=23,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.162179,0.173622;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.6153,15.6997;QD=21.5906;RBI=0.179895,0.177307;REFB=-0.0868836,-0.129399;REVB=-0.0778475,0.0359638;RO=13;SAF=0,11;SAR=22,1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.843744,0.605986;STB=0.682985,0.87927;STBP=0.046,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.0499671,0.069828;OID=.,.;OPOS=64863881,64863884;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.24:22,12:50:25,12:50:13:2,11:23,1:4:9:87:13:0,11:22,1:5:8 chr11 64878661 . T C 1331.68 PASS AF=0.957447;AO=82;DP=89;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0891336;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4159;QD=56.6671;RBI=0.0941593;REFB=-0.115594;REVB=0.0303508;RO=5;SAF=23;SAR=59;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924786;STB=0.531243;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.016674;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:94:5:4:82:90:0.957447:59:23:5:0:60:30:4:0 chr11 64884052 . G A 587.37 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=120;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0170124;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.717;QD=19.7433;RBI=0.0182392;REFB=-0.0307836;REVB=-0.00657614;RO=58;SAF=36;SAR=24;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908923;STB=0.554776;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0285884;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:58:59:60:60:0.504202:24:36:29:29:24:36:29:30 chr11 64892092 . A AC 108.31 PASS AF=0.307692;AO=25;DP=81;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=-0.0487394;FXX=0.0126566;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.9436;QD=5.55452;RBI=0.083088;REFB=-0.0128648;REVB=-0.067291;RO=55;SAF=22;SAR=3;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.655988;STB=0.885494;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.139712;OID=.;OPOS=64892093;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:25:81:24:78:54:21:3:16:38:99:55:22:3:17:38 chr11 64895202 . A G 382.21 PASS AF=0.298246;AO=57;DP=179;FAO=51;FDP=171;FR=.;FRO=120;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=90;FSRR=30;FWDB=-0.0319073;FXX=0.0552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.52;QD=8.94058;RBI=0.0357471;REFB=-0.0102584;REVB=-0.0161176;RO=122;SAF=36;SAR=21;SRF=92;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16457;STB=0.634466;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0336078;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:171:122:120:57:51:0.298246:21:36:92:30:22:29:90:30 chr11 64948277 . A C 723.3 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.00108371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.334;QD=18.3114;RBI=0.00324753;REFB=0.00968997;REVB=-0.00306137;RO=82;SAF=49;SAR=27;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00164572;STB=0.500909;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0104613;OID=.;OPOS=64948277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:82:82:76:76:0.481013:27:49:53:29:27:49:53:29 chr11 64950970 . C T 378.77 PASS AF=0.596774;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0779698;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.317;QD=24.437;RBI=0.0804451;REFB=-0.0296166;REVB=0.0198023;RO=26;SAF=14;SAR=22;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116356;STB=0.547044;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0155161;OID=.;OPOS=64950970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:25:36:37:0.596774:22:14:14:12:22:15:13:12 chr11 64981472 . G A 431.78 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0587113;FXX=0.0245881;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.693;QD=14.5135;RBI=0.0587249;REFB=-0.0208842;REVB=-0.00126072;RO=69;SAF=22;SAR=27;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164742;STB=0.596292;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0204005;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:69:70:49:49:0.411765:27:22:42:27:27:22:43:27 chr11 64981522 . C A 379.49 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0106747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.655;QD=21.9993;RBI=0.054764;REFB=-0.0362261;REVB=0.0537136;RO=31;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200201;STB=0.610658;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0321156;OID=.;OPOS=64981522;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:25:13:18:13:25:13:18:13 chr11 64981587 . G A 430.17 PASS AF=0.494253;AO=37;DP=81;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0255582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.125;QD=19.7779;RBI=0.0257532;REFB=-0.01954;REVB=0.00316334;RO=42;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837038;STB=0.564486;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0234408;OID=.;OPOS=64981587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:42:44:37:43:0.494253:20:17:23:19:25:18:24:20 chr11 64981837 . C T 358.42 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00564648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.044;QD=17.0675;RBI=0.0070107;REFB=-0.0320143;REVB=0.00415538;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681261;STB=0.502511;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0377037;OID=.;OPOS=64981837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:18:20:24:21:18:20:24:22 chr11 64990041 . G C 226.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0550606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.111;QD=21.0374;RBI=0.05562;REFB=-0.0328594;REVB=0.00786797;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120482;STB=0.579545;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0341175;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:13:9:11:9:13:9:12:9 chr11 65000719 . C T 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00508803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.671;QD=18.6742;RBI=0.0176072;REFB=-0.0133726;REVB=0.0168561;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344597;STB=0.692648;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0158869;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:23:9:21:11:23:9:21:11 chr11 65004301 . G T 675.02 PASS AF=0.532258;AO=66;DP=123;FAO=66;FDP=124;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00282882;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6446;QD=21.7747;RBI=0.0261816;REFB=-0.0459598;REVB=0.0260283;RO=57;SAF=26;SAR=40;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157563;STB=0.575198;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0458319;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:57:58:66:66:0.532258:40:26:33:24:39:27:33:25 chr11 65064690 . G A 238.27 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0357572;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.438;QD=16.1539;RBI=0.0667455;REFB=-0.0469474;REVB=-0.0563594;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618881;STB=0.555514;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0450843;OID=.;OPOS=65064690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:32:27:27:0.457627:10:17:17:13:10:17:17:15 chr11 65089792 . G C 620.55 PASS AF=0.955556;AO=41;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0377017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.994;QD=55.1597;RBI=0.0849072;REFB=-0.0877221;REVB=0.0760777;RO=3;SAF=28;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047667;STB=0.516659;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00965258;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:3:2:41:43:0.955556:13:28:3:0:14:29:2:0 chr11 65120391 . T C 571.1 PASS AF=0.53;AO=44;DP=103;FAO=53;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00998332;FXX=0.0291234;HRUN=10;LEN=1;MLLD=225.902;QD=22.8441;RBI=0.0110754;REFB=-0.0311452;REVB=0.00479567;RO=20;SAF=21;SAR=23;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419175;STB=0.527053;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00889307;OID=.;OPOS=65120391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:20:32:44:53:0.53:23:21:11:9:27:26:18:14 chr11 65124992 . A T 587.49 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0130881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.554;QD=22.5957;RBI=0.0234275;REFB=-0.0195334;REVB=-0.0194306;RO=46;SAF=34;SAR=24;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882799;STB=0.54837;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0135702;OID=.;OPOS=65124992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:46:58:58:0.557692:24:34:22:24:24:34:22:24 chr11 65144075 . T C 971.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.24;QD=57.9731;RBI=0.0364108;REFB=0;REVB=0.0100102;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10836e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:45:19:0:0:45:22:0:0 chr11 65144138 . TG T 240.97 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0813264;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.5079;QD=37.0717;RBI=0.114853;REFB=-0.0186646;REVB=-0.0811004;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.508475;SSSB=-0.0487199;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=del;VARB=0.00129148;OID=.;OPOS=65144139;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:24:25:25:26:1:10:15:1:0:4:1:9:15:1:0 chr11 65168281 . C T 1148.1 PASS AF=0.540404;AO=104;DP=195;FAO=107;FDP=198;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.00695975;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.694;QD=23.194;RBI=0.00946199;REFB=-0.0228523;REVB=-0.00641024;RO=89;SAF=62;SAR=42;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684801;STB=0.537915;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0173151;OID=.;OPOS=65168281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:89:91:104:107:0.540404:42:62:46:43:42:65:48:43 chr11 65180883 . A G,T 1512.5 PASS AF=0.938144,0.0618557;AO=92,5;DP=97;FAO=91,6;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=43,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617283,-0.0914193;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.749,68.728;QD=62.3713;RBI=0.061731,0.0921376;REFB=0,0;REVB=0.000573356,-0.0114825;RO=0;SAF=48,0;SAR=44,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00239353,0.0309258;OID=.,.;OPOS=65180883,65180883;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:97:97:0:0:92,5:91,6:0.938144,0.0618557:44,5:48,0:0:0:43,6:48,0:0:0 chr11 65211940 . C A 702.44 PASS AF=0.534351;AO=65;DP=123;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.055027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5492;QD=21.4487;RBI=0.0671092;REFB=-0.0347607;REVB=0.0384146;RO=58;SAF=48;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121938;STB=0.558358;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0270093;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:58:61:65:70:0.534351:17:48:36:22:20:50:37:24 chr11 65211979 . G A 629.76 PASS AF=0.44586;AO=68;DP=156;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0656836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4451;QD=16.045;RBI=0.118989;REFB=-0.0195216;REVB=0.0992174;RO=88;SAF=35;SAR=33;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100568;STB=0.559194;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0192946;OID=.;OPOS=65211979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:88:87:68:70:0.44586:33:35:54:34:34:36:54:33 chr11 65222952 . T C 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00185901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.58;QD=58.8006;RBI=0.0242489;REFB=0.00641678;REVB=0.0241776;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=1.51703e-05;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr11 65307852 . G A 331.45 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0101584;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.723;QD=15.5978;RBI=0.0193119;REFB=-0.0210505;REVB=-0.0164242;RO=48;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784461;STB=0.541154;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0325853;OID=.;OPOS=65307852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:49:35:36:0.423529:17:18:21:27:18:18:21:28 chr11 65347636 . G C 1338.9 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7104;QD=60.1752;RBI=0.148618;REFB=-0.12748;REVB=0.148469;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00651158;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:0:0:87:89:1:33:54:0:0:35:54:0:0 chr11 65349063 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0173698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=351.166;QD=21.1692;RBI=0.0208803;REFB=-0.00752397;REVB=-0.0115877;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00345861;OID=.;OPOS=65349063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr11 65349849 . A T 179.78 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854516;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7208;QD=47.9421;RBI=0.0993795;REFB=0;REVB=0.0990114;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413759;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr11 65359257 . C G 409.6 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.83;QD=45.5107;RBI=0.0257734;REFB=-0.0388849;REVB=0.0257734;RO=3;SAF=0;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383022;OID=.;OPOS=65359257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:3:5:31:31:0.861111:31:0:0:3:31:0:0:5 chr11 65380916 . G A 1133.51 PASS AF=0.472222;AO=118;DP=251;FAO=119;FDP=252;FR=.;FRO=133;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=91;FSRR=42;FWDB=0.00395235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9806;QD=17.9923;RBI=0.014281;REFB=-0.0308999;REVB=-0.0137232;RO=128;SAF=71;SAR=47;SRF=88;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864011;STB=0.544523;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0441381;OID=.;OPOS=65380916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:252:128:133:118:119:0.472222:47:71:88:40:47:72:91:42 chr11 65383896 . G C 2724.37 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376578;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1238;QD=62.6292;RBI=0.0462404;REFB=0;REVB=-0.0268341;RO=0;SAF=125;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248703;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:174:0:0:175:174:1:50:125:0:0:49:125:0:0 chr11 65384727 . C T 601.66 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.0105568;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.626;QD=15.5266;RBI=0.0108107;REFB=-0.0063963;REVB=0.0023293;RO=86;SAF=36;SAR=31;SRF=36;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119154;STB=0.572392;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0100651;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:88:67:67:0.432258:31:36:36:50:31:36:36:52 chr11 65385606 . A G 2061.03 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.684;QD=62.4554;RBI=0.0311272;REFB=0;REVB=-0.0293054;RO=0;SAF=62;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75844e-05;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:132:0:0:130:132:1:68:62:0:0:69:63:0:0 chr11 65387012 . C T 583.23 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=137;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=-0.002477;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.588;QD=17.2808;RBI=0.0278363;REFB=-0.041818;REVB=0.0277259;RO=74;SAF=37;SAR=24;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101887;STB=0.556522;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0431233;OID=.;OPOS=65387012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:74:74:61:61:0.451852:24:37:52:22:24:37:52:22 chr11 65387378 . T A 402.46 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=123;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.019759;FXX=0.0487765;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4779;QD=13.7593;RBI=0.0261992;REFB=-0.00172484;REVB=0.017204;RO=69;SAF=29;SAR=17;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588796;STB=0.520749;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00504156;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:117:69:71:46:46:0.393162:17:29:47:22:17:29:47:24 chr11 65408708 . G T 246.89 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.014398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.166;QD=15.9281;RBI=0.0513287;REFB=-0.0303024;REVB=0.0492679;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127345;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.028789;OID=.;OPOS=65408708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:27:28:0.451613:12:15:14:19:12:16:15:19 chr11 65408937 . C T 293.12 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0161523;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1382;QD=13.3238;RBI=0.0557995;REFB=-0.00801216;REVB=-0.0534106;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779833;STB=0.55197;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0144131;OID=.;OPOS=65408937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:52:54:33:34:0.386364:16:17:23:29:16:18:24:30 chr11 65421977 . G C 35.2 PASS AF=0.171429;AO=5;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0140715;FXX=0.0277701;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.7907;QD=4.02249;RBI=0.0182652;REFB=-0.0459745;REVB=0.0116452;RO=21;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833325;STB=0.617277;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.159659;OID=.;OPOS=65421977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:36:35:21:28:5:6:0.171429:3:2:7:14:3:3:10:18 chr11 65423082 . G A 2041.55 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837329;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4283;QD=61.4;RBI=0.0304804;REFB=-0.016994;REVB=-0.0293077;RO=2;SAF=69;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101691;STB=0.503546;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000166347;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:2:1:129:132:0.992481:60:69:1:1:62:70:1:0 chr11 65423198 . C CG 43.99 PASS AF=0.150685;AO=10;DP=77;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.14408;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.5084;QD=2.41059;RBI=0.15297;REFB=-0.000805815;REVB=-0.0513886;RO=64;SAF=10;SAR=0;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694651;STB=0.906054;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=-0.0394934;OID=.;OPOS=65423199;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150685:10:77:11:73:62:10:1:27:35:43:64:10:0:29:35 chr11 65429235 . GT TG 331.35 PASS AF=0.177215;AO=29;DP=162;FAO=28;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.0154499;FXX=0.0186324;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.4942;QD=8.38863;RBI=0.048218;REFB=-0.000795157;REVB=0.0456757;RO=105;SAF=28;SAR=1;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.690688;STB=0.944063;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.128531;OID=.;OPOS=65429235;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:105:104:29:28:0.177215:1:28:55:50:1:27:54:50 chr11 65563501 . TTA T,TT,TTT 191.48 PASS AF=0.0153846,0.369231,0;AO=7,10,9;DP=69;FAO=1,24,0;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=1,18,0;FSAR=0,6,0;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00365025,0.00252264,0.00164424;FXX=0.0298463;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=294.291,298.142,298.573;QD=11.7832;RBI=0.0162953,0.017668,0.0170927;REFB=-0.00301048,-0.00309722,-0.00354554;REVB=0.0158811,0.017487,0.0170135;RO=41;SAF=4,9,7;SAR=3,1,2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0.482828,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0421978,0.519586,0.318095;STB=0.989479,0.657754,0.5;STBP=0.479,0.065,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00788688,0.00499895,0.0218361;OID=.,.,.;OPOS=65563502,65563503,65563503;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0153846,0.369231,0:7,10,9:69:1,24,0:65:40:1,18,0:0,6,0:21:19:99:41:4,9,7:3,1,2:22:19 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC,AGGGGTG,CAGGGGT 615.75 PASS AF=0.961538,0.0192308,0.0192308,0;AO=32,9,2,5;DP=50;FAO=50,1,1,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1,1,0;FSAR=16,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591308,-0.128962,0.0892981,-0.0180048;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,2,2,2;MLLD=17.6739,89.0164,6.60682,6.21566;QD=47.3651;RBI=0.114232,0.129972,0.120025,0.0585485;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.097737,-0.0161677,-0.0801991,-0.0557113;RO=1;SAF=18,9,1,5;SAR=14,0,1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.0252339,0,-0.25849,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.00333949,-0.0602785,-0.0395292,0;OID=.,.,.,.;OPOS=65617114,65617118,65617118,65617113;OREF=G,GT,GT,AG;OALT=-,TC,TG,CA;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC,AGGGGTG,CAGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:4:50:52:1:0:32,9,2,5:50,1,1,0:0.961538,0.0192308,0.0192308,0:14,0,1,0:18,9,1,5:1:0:16,0,0,0:34,1,1,0:0:0 chr11 65636053 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.611;QD=60.2307;RBI=0.0255728;REFB=0;REVB=0.0156107;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106162;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 65649774 . A G 940.97 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.215;QD=57.0284;RBI=0.0165552;REFB=-0.135265;REVB=0.00597055;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.000927519;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:32:33:0:0:32:33:0:1 chr11 65649984 . T C 285.69 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00400763;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.549;QD=17.5811;RBI=0.0139287;REFB=-0.0298725;REVB=0.0133397;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270675;STB=0.522374;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.026045;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:15:16:18:15:15:16:19:15 chr11 65655393 . G C 363.18 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0196843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.897;QD=18.1591;RBI=0.019699;REFB=-0.0074577;REVB=-0.000758769;RO=42;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03003;STB=0.51677;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00905458;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:22:16:19:23:22:16:19:23 chr11 65658699 . GGC G,GG 40.5 PASS AF=0.0588235,0.470588;AO=3,3;DP=17;FAO=1,8;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,5;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.259481,-0.278444;FXX=0.0555247;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=12.8836,8.29518;QD=9.52926;RBI=0.268508,0.288232;REFB=-0.0745531,-0.17363;REVB=-0.069036,0.074478;RO=8;SAF=2,1;SAR=1,2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.59375,0;SSEP=0,0.311111;SSSB=0.667828,0.563404;STB=0.5,0.785151;STBP=1,0.049;TYPE=del,del;VARB=-0.0336188,0.13602;OID=.,.;OPOS=65658700,65658701;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.470588:3,3:17:1,8:17:8:0,5:1,3:0:8:26:8:2,1:1,2:0:8 chr11 65664346 . T C 219.79 PASS AF=0.36;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0345588;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.229;QD=11.7221;RBI=0.0368574;REFB=-0.0245279;REVB=-0.0128123;RO=48;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387131;STB=0.522371;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0354114;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:48:27:27:0.36:15:12:23:25:15:12:23:25 chr11 65684929 . C T 1168.32 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314876;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=322.06;QD=58.4161;RBI=0.0316613;REFB=-0.195265;REVB=-0.00331156;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000318056;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:36:42:1:0:36:43:1:0 chr11 65685225 . T C 1007.8 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0029596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.773;QD=59.2822;RBI=0.0280412;REFB=0;REVB=-0.0278846;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46304e-05;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr11 65713207 . T C 1007.98 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3874;QD=59.2931;RBI=0.0481875;REFB=0;REVB=-0.0226403;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285331;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr11 65727301 . A G 188.86 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0145501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.594;QD=11.1092;RBI=0.0422441;REFB=-0.00571799;REVB=-0.0396593;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146839;STB=0.585088;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0108846;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:13:11:26:18:13:11:26:18 chr11 65732651 . G A 625.37 PASS AF=0.504;AO=62;DP=124;FAO=63;FDP=125;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=0.0294363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.511;QD=20.012;RBI=0.0317718;REFB=-0.0462335;REVB=0.0119561;RO=59;SAF=35;SAR=27;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119731;STB=0.571407;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0407073;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:59:62:62:63:0.504:27:35:41:18:27:36:44:18 chr11 65733393 . C T 675.11 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0129535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.988;QD=20.4577;RBI=0.0149735;REFB=-0.00860716;REVB=-0.00751084;RO=62;SAF=35;SAR=32;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145944;STB=0.567548;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00802436;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:62:65:67:67:0.507576:32:35:22:40:32:35:25:40 chr11 65765866 . C G 497.07 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0388367;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.1409;QD=23.3914;RBI=0.0388435;REFB=-0.0169281;REVB=0.000727205;RO=37;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726808;STB=0.544976;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0125013;OID=.;OPOS=65765866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:38:47:47:0.552941:22:25:23:14:22:25:24:14 chr11 65788072 . C T 313.72 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.807;QD=52.2863;RBI=0.0573722;REFB=0;REVB=0.0493364;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599581;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr11 65790527 . G T 401.41 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0335252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.893;QD=18.8899;RBI=0.0366918;REFB=-0.0146689;REVB=0.0149115;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234833;STB=0.623172;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0166463;OID=.;OPOS=65790527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:44:41:41:0.482353:19:22:12:31:19:22:13:31 chr11 65793454 . C T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0170115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.638;QD=16.0334;RBI=0.0194277;REFB=0.000498464;REVB=0.00938311;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348165;STB=0.709497;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00114714;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:11:9:21:5:11:9:23:5 chr11 65809875 . C A 1424.29 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211477;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.574;QD=59.97;RBI=0.0212201;REFB=-0.134883;REVB=0.00175132;RO=3;SAF=33;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191724;STB=0.503044;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000877208;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:3:2:91:93:0.978947:58:33:1:2:59:34:1:1 chr11 65810209 . C T 306.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.577;QD=53.309;RBI=0.0902277;REFB=0;REVB=0.0134256;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750848;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:15:8:0:0 chr11 65810749 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.453;QD=62.348;RBI=0.0664981;REFB=0;REVB=0.0503821;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018906;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 65819899 . T TGCC 558.19 PASS AF=0.457364;AO=50;DP=140;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.0604183;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=114.227;QD=17.3083;RBI=0.0742402;REFB=-0.0489443;REVB=-0.0431421;RO=85;SAF=39;SAR=11;SRF=58;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141705;STB=0.58206;STBP=0.133;TYPE=ins;VARB=0.0646682;OID=.;OPOS=65819900;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=TGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457364:50:140:59:129:70:45:14:45:25:99:85:39:11:58:27 chr11 65820673 . A G 944.66 PASS AF=0.473684;AO=98;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=0.00239062;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.049;QD=18.0797;RBI=0.0143083;REFB=-0.0338056;REVB=0.0141072;RO=110;SAF=48;SAR=50;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184717;STB=0.512758;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.038437;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:110:110:98:99:0.473684:50:48:56:54:51:48:56:54 chr11 65868310 . T A 786.62 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720205;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.049;QD=57.2084;RBI=0.0698721;REFB=0;REVB=-0.0694999;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000858646;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr11 65985000 . A C 1029.11 PASS AF=1;AO=53;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.4864;QD=56.3897;RBI=0.0199373;REFB=0;REVB=-0.0195457;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05765e-05;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:53:73:1:16:37:1:0:30:43:0:0 chr11 66010633 . T C 900.01 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.169;QD=58.0651;RBI=0.0111574;REFB=0;REVB=-0.00907763;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42186e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:57:62:1:21:36:0:0:24:38:0:0 chr11 66035286 . CA C,CT 1268.86 PASS AF=1,0;AO=80,3;DP=83;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022782,0.0146388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.4707,38.9132;QD=61.1497;RBI=0.114686,0.0647002;REFB=0,0;REVB=-0.112401,-0.0630224;RO=0;SAF=43,2;SAR=37,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000259273,0;OID=.,.;OPOS=66035287,66035287;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:80,3:83:83,0:83:0:45,0:38,0:0:0:7:0:43,2:37,1:0:0 chr11 66052308 . T G,TG 65.24 PASS AF=0.00833333,0.166667;AO=12,14;DP=124;FAO=1,20;FDP=120;FR=.;FRO=99;FSAF=1,15;FSAR=0,5;FSRF=76;FSRR=23;FWDB=-0.0490276,-0.127824;FXX=0.00826378;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.026,17.6281;QD=2.17463;RBI=0.0560196,0.144293;REFB=0.00171086,-0.0629848;REVB=-0.0271013,-0.0669436;RO=97;SAF=12,12;SAR=0,2;SRF=71;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.577382,0.227479;STB=0.985042,0.51998;STBP=0.546,0.833;TYPE=snp,ins;VARB=0.126754,0.106282;OID=.,.;OPOS=66052308,66052309;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:124:120:97:99:12,14:1,20:0.00833333,0.166667:0,2:12,12:71:26:0,5:1,15:76:23 chr11 66055040 . A AC 64.47 PASS AF=0.327273;AO=15;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0834188;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.897;QD=4.68837;RBI=0.08342;REFB=-0.00953153;REVB=0.000440142;RO=41;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427153;STB=0.808102;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=-0.036564;OID=.;OPOS=66055041;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:15:56:18:55:37:2:16:17:20:64:41:2:13:17:24 chr11 66083129 . T C 158.64 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.021882;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.309;QD=15.8638;RBI=0.0232929;REFB=-0.0327444;REVB=0.00798347;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0536124;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:7:10:13:10:7:10:13:10 chr11 66083170 . TGAG T 184.15 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.00619026;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=3;MLLD=275.294;QD=17.9657;RBI=0.0567;REFB=-0.0109268;REVB=0.056361;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264916;STB=0.621249;STBP=0.252;TYPE=del;VARB=0.0152;OID=.;OPOS=66083171;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:17:43:19:41:22:13:6:19:3:99:18:11:6:16:2 chr11 66083781 . CG AC,CA 292.0 PASS AF=0,0.444444;AO=3,28;DP=73;FAO=0,32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=0,24;FSAR=0,8;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0540903,-0.026271;FXX=0.0270234;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=142.67,152.788;QD=16.2224;RBI=0.0640081,0.0368288;REFB=0.00143232,-0.0227587;REVB=0.0342239,0.0258109;RO=39;SAF=3,20;SAR=0,8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463457,0.116341;STB=0.5,0.599933;STBP=1,0.181;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0332058;OID=.,.;OPOS=66083781,66083782;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:73:72:39:40:3,28:0,32:0,0.444444:0,8:3,20:24:15:0,8:0,24:24:16 chr11 66099987 . C T 803.7 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.086;QD=55.4277;RBI=0.0460096;REFB=-0.124655;REVB=0.0446945;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=8.52221e-05;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:55:57:0.982759:27:28:1:0:27:30:1:0 chr11 66100152 . T C 1718.6 PASS AF=1;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896036;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.008;QD=60.8355;RBI=0.0937395;REFB=0;REVB=0.0933102;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572003;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:63:50:0:0 chr11 66105194 . G A 468.98 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00561363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.456;QD=20.3904;RBI=0.0435027;REFB=-0.0259686;REVB=0.043139;RO=43;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319329;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232612;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:46:46:46:0.5:22:24:24:19:22:24:24:22 chr11 66106171 . G T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0436153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3857;QD=10.9401;RBI=0.0440248;REFB=0.0110786;REVB=0.00599075;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291707;STB=0.670465;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0307731;OID=.;OPOS=66106171;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:16:4:5:6:16:4 chr11 66107674 . A G 837.1 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142322;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.241;QD=57.7313;RBI=0.0166783;REFB=0;REVB=0.00869539;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83274e-05;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr11 66108268 . C T 1149.76 PASS AF=0.429066;AO=123;DP=289;FAO=124;FDP=289;FR=.;FRO=165;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=85;FSRR=80;FWDB=0.0255483;FXX=0.00344816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.46;QD=15.9136;RBI=0.0255772;REFB=-0.0294271;REVB=-0.001216;RO=157;SAF=54;SAR=69;SRF=84;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971373;STB=0.541018;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0258245;OID=.;OPOS=66108268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:157:165:123:124:0.429066:69:54:84:73:69:55:85:80 chr11 66131147 . TCC CTG,TCT 320.59 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,15;DP=25;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00177769,-0.00609341;FXX=0.039984;HRUN=3,2;LEN=3,1;MLLD=87.3262,108.223;QD=53.4314;RBI=0.0380122,0.0600942;REFB=0,0;REVB=-0.0379706,-0.0597844;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0224399,-0.00265872;OID=.,.;OPOS=66131147,66131149;OREF=TCC,C;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:24:0:0:2,15:2,22:0.0833333,0.916667:0,10:2,5:0:0:0,10:2,12:0:0 chr11 66161072 . C T 738.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0877245;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.469;QD=61.5194;RBI=0.0888162;REFB=-0.0962356;REVB=0.0138827;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.508768;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00105071;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:48:1:1:47:47:0.979167:19:28:1:0:19:28:1:0 chr11 66206169 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0152025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.313;QD=17.3779;RBI=0.0181111;REFB=-0.0423643;REVB=-0.00984363;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243156;STB=0.642565;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0331957;OID=.;OPOS=66206169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:4:6:9:2:4:6 chr11 66243357 . CGGGGC CGGG,CGGGC,CGGGG 46.46 PASS AF=0.171717,0,0.030303;AO=14,11,27;DP=99;FAO=17,0,3;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=7,0,3;FSAR=10,0,0;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.244784,0.0639876,-0.544264;FXX=0;HRUN=4,4,5;LEN=2,1,1;MLLD=20.1921,10.7793,11.2108;QD=1.87715;RBI=0.278336,0.273487,0.544313;REFB=-0.0552649,-0.0444903,-0.0648751;REVB=-0.132484,-0.265896,-0.00733216;RO=37;SAF=2,1,23;SAR=12,10,4;SRF=11;SRR=26;SSEN=0.509542,0.509542,0;SSEP=0,0,0.305556;SSSB=-0.273627,-0.400751,0.586651;STB=0.526285,0.5,0.996927;STBP=0.839,1,0.053;TYPE=del,del,del;VARB=0.175572,0,0.0774567;OID=.,.,.;OPOS=66243361,66243358,66243362;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171717,0,0.030303:14,11,27:99:17,0,3:99:79:7,0,3:10,0,0:35:44:29:37:2,1,23:12,10,4:11:26 chr11 66272142 . A G 257.12 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.000593288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.383;QD=16.0702;RBI=0.00937137;REFB=-0.00749508;REVB=0.00935257;RO=35;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670122;STB=0.537871;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00934074;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:9:20:22:13:9:20:22:13 chr11 66327673 . G A 482.02 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=0.00881926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9967;QD=20.5113;RBI=0.0147266;REFB=0.00727062;REVB=0.0117938;RO=47;SAF=23;SAR=24;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21127;STB=0.616447;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0097801;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:24:23:34:13:24:23:34:13 chr11 66328095 . T C 255.42 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0112845;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.84;QD=15.2492;RBI=0.0386855;REFB=-0.0219625;REVB=-0.0370031;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139351;STB=0.578893;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0218291;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:38:38:29:29:0.432836:17:12:21:17:17:12:21:17 chr11 66328719 . T C 546.25 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0243448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.218;QD=20.2314;RBI=0.0602884;REFB=-0.0333717;REVB=0.0551545;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857025;STB=0.547159;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0326029;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:27:29:32:20:27:29:32:20 chr11 66329732 . A G 183.78 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.026848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.386;QD=10.9721;RBI=0.0281807;REFB=-0.0206033;REVB=0.0085634;RO=42;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194578;STB=0.604852;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0544934;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:43:24:24:0.358209:14:10:25:17:14:10:25:18 chr11 66331458 . A G 808.95 PASS AF=0.6875;AO=66;DP=96;FAO=66;FDP=96;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00635839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5885;QD=33.7061;RBI=0.0501403;REFB=0.0235612;REVB=-0.0497355;RO=29;SAF=32;SAR=34;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796583;STB=0.547514;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0138916;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:29:30:66:66:0.6875:34:32:10:19:34:32:10:20 chr11 66333598 . C T 115.66 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0233703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6722;QD=7.84166;RBI=0.0538458;REFB=-0.000940043;REVB=-0.0485098;RO=42;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424027;STB=0.752572;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00207783;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:12:5:28:14:12:5:28:14 chr11 66335548 . A G 262.38 PASS AF=0.360465;AO=27;DP=82;FAO=31;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00830469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.643;QD=12.2039;RBI=0.00830864;REFB=-0.0288376;REVB=-0.000255994;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230113;STB=0.590003;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0390974;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:36:55:27:31:0.360465:16:11:23:13:20:11:27:28 chr11 66358126 . C T 634.32 PASS AF=0.44898;AO=65;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0366573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.883;QD=17.2604;RBI=0.0372848;REFB=-0.0283387;REVB=-0.0068119;RO=80;SAF=37;SAR=28;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318763;STB=0.525118;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.033138;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:81:65:66:0.44898:28:37:43:37:28:38:43:38 chr11 66472274 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.766;QD=53.2768;RBI=0.0419669;REFB=0;REVB=0.0404078;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134976;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 66610645 . G C 668.37 PASS AF=0.467105;AO=68;DP=151;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=0.015223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.298;QD=17.5887;RBI=0.0163795;REFB=-0.031197;REVB=-0.00604541;RO=81;SAF=36;SAR=32;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136341;STB=0.563939;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0309305;OID=.;OPOS=66610645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:81:81:68:71:0.467105:32:36:54:27:32:39:54:27 chr11 66626234 . T C 1031.92 PASS AF=0.445783;AO=90;DP=247;FAO=111;FDP=249;FR=.;FRO=138;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.0117633;FXX=0.0119043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.891;QD=16.577;RBI=0.0197501;REFB=-0.0276068;REVB=0.0158647;RO=120;SAF=59;SAR=31;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705766;STB=0.508456;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0284492;OID=.;OPOS=66626234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:249:120:138:90:111:0.445783:31:59:71:49:49:62:75:63 chr11 66834252 . C T 335.83 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00381191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.472;QD=14.6011;RBI=0.00576603;REFB=-0.00532932;REVB=0.00432625;RO=55;SAF=24;SAR=13;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189829;STB=0.607902;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00888901;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:13:24:26:29:13:24:26:29 chr11 66837965 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.887;QD=56.9998;RBI=0.0482329;REFB=0;REVB=0.0477227;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113859;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr11 66995603 . T C 396.6 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00422747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.787;QD=17.8245;RBI=0.00794861;REFB=-0.00128836;REVB=0.00673119;RO=48;SAF=26;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947552;STB=0.505298;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00149453;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:15:26:30:18:15:26:30:18 chr11 67017698 . C G 36.13 PASS AF=0.25;AO=6;DP=34;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.100209;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.8227;QD=4.0143;RBI=0.101149;REFB=-0.01186;REVB=-0.0137577;RO=28;SAF=6;SAR=0;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675809;STB=0.834964;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.103082;OID=.;OPOS=67017698;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:34:36:28:27:6:9:0.25:0:6:15:13:1:8:14:13 chr11 67021929 . GC AA 270.43 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00191166;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.033;QD=16.6419;RBI=0.00348492;REFB=-0.003441;REVB=-0.0029138;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041025;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=mnp;VARB=0.00353109;OID=.;OPOS=67021929;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:19:16:15:15:19:16 chr11 67068859 . T C 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0551609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.236;QD=61.2383;RBI=0.0667869;REFB=-0.137991;REVB=0.0376532;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.507691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000602304;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:32:56:0:1:32:56:0:1 chr11 67071584 . C G 2270.66 PASS AF=0.95679;AO=156;DP=162;FAO=155;FDP=162;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=94;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0411306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8281;QD=56.0657;RBI=0.0459779;REFB=-0.108502;REVB=-0.0205485;RO=6;SAF=61;SAR=95;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03243;STB=0.514426;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00361728;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:162:162:6:7:156:155:0.95679:95:61:5:1:94:61:5:2 chr11 67075131 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.787;QD=58.2395;RBI=0.0548006;REFB=0;REVB=0.0335871;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010297;OID=.;OPOS=67075131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr11 67130122 . A G 853.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023723;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.895;QD=57.8865;RBI=0.0367002;REFB=0;REVB=0.0280022;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45205e-05;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:27:32:0:0 chr11 67160961 . A G 1171.9 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.366;QD=60.878;RBI=0.0301795;REFB=0;REVB=-0.0162683;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.888e-05;OID=.;OPOS=67160961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:26:50:0:0:26:51:0:0 chr11 67164791 . T C 75.07 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.08;QD=37.5336;RBI=0.0324972;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207393;OID=.;OPOS=67164791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:0:7:0:0:0:8:0:0 chr11 67166310 . G A 406.72 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0221647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.194;QD=18.6997;RBI=0.0253881;REFB=-0.0128279;REVB=-0.0123808;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016046;STB=0.503354;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0248205;OID=.;OPOS=67166310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:41:42:0.482759:18:23:26:19:18:24:26:19 chr11 67171736 . C T 1433.09 PASS AF=0.919643;AO=103;DP=112;FAO=103;FDP=112;FR=.;FRO=9;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.000552378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6458;QD=51.1818;RBI=0.0349768;REFB=-0.00426058;REVB=-0.0349724;RO=9;SAF=60;SAR=43;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066043;STB=0.534877;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00427986;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:9:9:103:103:0.919643:43:60:9:0:43:60:9:0 chr11 67176898 . A G 1080.83 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.241;QD=60.046;RBI=0.0521271;REFB=0;REVB=0.0480319;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4325e-05;OID=.;OPOS=67176898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr11 67177278 . G A 1309.34 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00878593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.561;QD=57.5532;RBI=0.0336972;REFB=0.00981099;REVB=0.0325316;RO=4;SAF=48;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252967;STB=0.513366;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00036451;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:91:4:4:87:87:0.956044:39:48:1:3:39:48:1:3 chr11 67191449 . T C 2143.96 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351626;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.832;QD=63.0576;RBI=0.0406411;REFB=0;REVB=0.0203786;RO=0;SAF=97;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11648e-05;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:39:97:0:0:39:97:0:0 chr11 67191859 . G A 242.21 PASS AF=0.611111;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0198123;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.885;QD=26.9124;RBI=0.0319817;REFB=-0.0352693;REVB=0.0251059;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489782;STB=0.53984;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0183185;OID=.;OPOS=67191859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:14:14:20:22:0.611111:14:6:5:9:16:6:5:9 chr11 67192555 . G A 1396.36 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.838;QD=62.7579;RBI=0.0571075;REFB=0;REVB=0.0516431;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141585;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:43:46:0:0 chr11 67200819 . C T 374.5 PASS AF=0.534247;AO=36;DP=70;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0568731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.424;QD=20.5208;RBI=0.104731;REFB=-0.0363932;REVB=0.0879435;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.557325;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0366923;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:34:34:36:39:0.534247:22:14:19:15:22:17:19:15 chr11 67202156 . C T 101.62 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00188673;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.729;QD=16.9366;RBI=0.0236465;REFB=-0.0127937;REVB=0.0235711;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551328;STB=0.845443;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0157609;OID=.;OPOS=67202156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:11:1:6:5:11:1:7:5 chr11 67257556 . C T 197.25 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0192534;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.522;QD=12.9345;RBI=0.0594539;REFB=-0.0297406;REVB=-0.0562501;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136269;STB=0.581326;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0385758;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:37:24:24:0.393443:8:16:19:16:8:16:20:17 chr11 67257823 . C A 1107.79 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0617838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3304;QD=57.5476;RBI=0.0825248;REFB=-0.0634801;REVB=-0.0547092;RO=2;SAF=43;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214946;STB=0.511361;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0106218;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:74:75:0.974026:31:43:2:0:32:43:2:0 chr11 67258390 . CA C,CG 827.22 PASS AF=0.118644,0.881356;AO=9,50;DP=59;FAO=7,52;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=5,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213737,-0.00359706;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.7436,96.9174;QD=56.0828;RBI=0.0365609,0.0548069;REFB=0,0;REVB=0.0364983,0.0546887;RO=0;SAF=2,26;SAR=7,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0657202,0.00134765;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.118644,0.881356:9,50:59:7,52:59:0:2,26:5,26:0:0:20:0:2,26:7,24:0:0 chr11 67263767 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.252;QD=59.8386;RBI=0.0341161;REFB=0;REVB=0.0306088;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52845e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr11 67288594 . C T 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0164015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.927;QD=13.9454;RBI=0.0190439;REFB=-0.0190568;REVB=0.00967781;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865162;STB=0.544558;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0294946;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:48:32:32:0.4:19:13:22:23:19:13:23:25 chr11 67351585 . C G 479.85 PASS AF=0.547619;AO=45;DP=83;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0228277;FXX=0.0561735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3604;QD=22.8501;RBI=0.0247958;REFB=-0.0384163;REVB=0.00968148;RO=38;SAF=43;SAR=2;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467041;STB=0.704803;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.035937;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:38:38:45:46:0.547619:2:43:29:9:3:43:29:9 chr11 67412771 . G C 81.13 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.103308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.339;QD=18.0291;RBI=0.103315;REFB=0.0208479;REVB=0.0012153;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00762678;OID=.;OPOS=67412771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:7:10:0.555556:5:2:5:2:7:3:6:2 chr11 67430762 . T C 1399.98 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143388;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.16;QD=62.9203;RBI=0.0199834;REFB=0;REVB=0.013919;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39739e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:33:56:0:0:33:56:0:0 chr11 67432804 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.267;QD=58.2393;RBI=0.0309607;REFB=0;REVB=0.0130906;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68574e-05;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 67432854 . T C 1052.66 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00653531;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.076;QD=58.481;RBI=0.0347348;REFB=-0.135899;REVB=0.0341144;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00228025;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:35:36:0:1:35:36:0:1 chr11 67433869 . C T 359.44 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.271425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=53.25;RBI=0.276509;REFB=0;REVB=0.0527829;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228963;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:12:15:0:0 chr11 67434416 . C A 633.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.328;QD=61.8238;RBI=0.0663227;REFB=0;REVB=0.0663148;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36881e-05;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:12:26:0:0:15:26:0:0 chr11 67564197 . T C 741.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.136;QD=57.0047;RBI=0.0491676;REFB=0;REVB=0.0265444;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458122;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:29:21:0:0:31:21:0:0 chr11 67564238 . C T 616.58 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151198;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.85;QD=61.6575;RBI=0.0239796;REFB=0;REVB=0.0186121;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.02866e-05;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 67564241 . C T 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2545;QD=61.6794;RBI=0.180299;REFB=0;REVB=0.0223171;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133076;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 67572698 . G T 368.13 PASS AF=0.903226;AO=21;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0218845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.919;QD=47.5003;RBI=0.0454287;REFB=0.125727;REVB=0.03981;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551687;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00190939;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:0:3:21:28:0.903226:9:12:0:0:15:13:3:0 chr11 67663113 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.982;QD=33.4285;RBI=0.0571186;REFB=0;REVB=0.0533659;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133434;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 67663116 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.063;QD=33.4285;RBI=0.011585;REFB=0;REVB=0.0113096;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049337;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 1421.93 PASS AF=0.989691,0.0103093;AO=80,6;DP=97;FAO=96,1;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54,1;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724213,0.0221628;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.8721,4.15076;QD=58.6362;RBI=0.116832,0.06153;REFB=0,0;REVB=0.0916786,-0.0573999;RO=9;SAF=51,1;SAR=29,5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0615649,-0.228861;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.001954,0.0103316;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:9:0:80,6:96,1:0.989691,0.0103093:29,5:51,1:3:6:42,0:54,1:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 1459.95 PASS AF=1,0;AO=87,8;DP=98;FAO=96,0;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227551,-0.128728;FXX=0.0103082;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=25.9501,4.53666;QD=60.8314;RBI=0.0572586,0.157326;REFB=0,0;REVB=0.0525429,-0.0904463;RO=2;SAF=34,3;SAR=53,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00487526,-0.0459355;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000412696,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:2:0:87,8:96,0:1,0:53,5:34,3:1:1:58,0:38,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 1604.73 PASS AF=1;AO=130;DP=143;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0727161;FXX=0.0289834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3226;QD=47.9022;RBI=0.090117;REFB=0;REVB=0.05323;RO=10;SAF=41;SAR=89;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000134226;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:130:143:134:134:0:42:92:0:0:29:10:41:89:4:6 chr11 67795378 . G GC 226.47 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8745;QD=41.176;RBI=0.0900617;REFB=0;REVB=0.0733306;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00167475;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:22:22:0:14:8:0:0:4:2:14:6:0:2 chr11 67803215 . G A 1048.23 PASS AF=0.504762;AO=106;DP=210;FAO=106;FDP=210;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.00953576;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.719;QD=19.9663;RBI=0.0102883;REFB=-0.0357969;REVB=0.00386249;RO=103;SAF=49;SAR=57;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583263;STB=0.534054;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0431295;OID=.;OPOS=67803215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:103:104:106:106:0.504762:57:49:41:62:57:49:41:63 chr11 67814979 . G C 2131.77 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9853;QD=62.2413;RBI=0.0337308;REFB=0;REVB=-0.0229555;RO=0;SAF=77;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257344;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:137:0:0:134:137:1:57:77:0:0:57:80:0:0 chr11 67957518 . A T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.114;QD=63.2859;RBI=0.0476209;REFB=0;REVB=0.0234488;RO=0;SAF=10;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209595;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:36:10:0:0:36:10:0:0 chr11 68030015 . C T 61.61 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0397507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.971;QD=18.958;RBI=0.0397507;REFB=-0.0879146;REVB=0;RO=4;SAF=7;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0407579;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:7:8:0.615385:0:7:4:0:0:8:5:0 chr11 68030173 . C A 304.12 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0242679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.741;QD=17.378;RBI=0.0254016;REFB=0.00391987;REVB=-0.00750413;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103353;STB=0.557824;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00397295;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:15:22:16:17:15:22 chr11 68171013 . T C 2324.53 PASS AF=0.910112;AO=161;DP=178;FAO=162;FDP=178;FR=.;FRO=16;FSAF=96;FSAR=66;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0260508;FXX=0.00558628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.757;QD=52.2366;RBI=0.0260816;REFB=0.019827;REVB=0.00126725;RO=11;SAF=95;SAR=66;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05071;STB=0.5201;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000178528;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:178:178:11:16:161:162:0.910112:66:95:2:9:66:96:6:10 chr11 68192690 . G A 1471.39 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.255;QD=63.2857;RBI=0.0311484;REFB=0;REVB=0.0127599;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48731e-05;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr11 68338491 . CTT C,CT,TCT 71.05 PASS AF=0.56,0.2,0.16;AO=9,3,3;DP=27;FAO=14,5,4;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11,4,3;FSAR=3,1,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0618339,-0.136674,-0.160853;FXX=0.137883;HRUN=13,13,1;LEN=2,1,2;MLLD=7.60186,3.08218,14.6971;QD=11.3686;RBI=0.0648166,0.15879,0.207625;REFB=0.0369621,0.163102,0.144127;REVB=-0.0194362,-0.0808379,-0.131279;RO=3;SAF=6,3,3;SAR=3,0,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.664835,0.664835;STB=0.54161,0.59965,0.624469;STBP=0.62,0.693,0.679;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.155909,0.0801246,-0.785313;OID=.,.,.;OPOS=68338492,68338492,68338491;OREF=TT,T,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=C,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:18:27:25:3:2:9,3,3:14,5,4:0.56,0.2,0.16:3,0,0:6,3,3:2:1:3,1,1:11,4,3:2:0 chr11 68549340 . A G 1454.15 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0247826;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.083;QD=60.5894;RBI=0.0343636;REFB=-0.0751459;REVB=0.0238051;RO=2;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201648;STB=0.510414;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000580093;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:93:94:0.979167:46:47:0:2:47:47:0:2 chr11 68552321 . G A 124.04 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0389944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8651;QD=7.51735;RBI=0.0469465;REFB=-0.00299326;REVB=-0.0261421;RO=44;SAF=14;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356371;STB=0.720327;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0164904;OID=.;OPOS=68552321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:44:48:18:18:0.272727:4:14:22:22:4:14:24:24 chr11 68671477 . T C 291.07 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0265323;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.646;QD=22.8289;RBI=0.0287524;REFB=-0.0598018;REVB=0.0110787;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129312;STB=0.57138;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0409225;OID=.;OPOS=68671477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:15:7:14:15:15:7 chr11 68678962 . T C 569.14 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0102194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.382;QD=21.6814;RBI=0.0129472;REFB=-0.0113941;REVB=0.00794955;RO=47;SAF=40;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802044;STB=0.54665;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0142267;OID=.;OPOS=68678962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:57:58:0.552381:17:40:29:18:17:41:29:18 chr11 68705674 . C A 263.5 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0169842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4092;QD=19.5187;RBI=0.0192661;REFB=-0.00303061;REVB=0.009095;RO=25;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143077;STB=0.571185;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0016151;OID=.;OPOS=68705674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:11:17:11:14:11:17:12:14 chr11 68748003 . T C 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0455183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.293;QD=21.3614;RBI=0.0458104;REFB=-0.0490146;REVB=0.0051652;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129228;STB=0.571299;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0310745;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:22:13:21:19:22:13 chr11 68777183 . G T 119.8 PASS AF=0.35;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0620532;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2169;QD=11.9804;RBI=0.0722758;REFB=0.0144674;REVB=0.0370566;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.599863;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00906279;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:24:26:14:14:0.35:7:7:15:9:7:7:17:9 chr11 68822739 . T C 1597.76 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.527;QD=63.9102;RBI=0.0820939;REFB=0;REVB=0.0803189;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492443;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:88:100:1:35:53:0:0:41:59:0:0 chr11 68834968 . T C 270.14 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0442629;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.95;QD=18.9568;RBI=0.0452213;REFB=-0.0217965;REVB=0.00926092;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453435;STB=0.525322;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0246301;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:13:15:17:12:13:15 chr11 68840452 . A G 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00189145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.872;QD=22.1426;RBI=0.0394492;REFB=-0.0162596;REVB=-0.0394038;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139639;STB=0.577805;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0145601;OID=.;OPOS=68840452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:11:2:5:12:11:2 chr11 69063136 . C T 390.34 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0116395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5936;QD=19.0408;RBI=0.0524776;REFB=0.00127989;REVB=0.0511705;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108315;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:20:20:20:21:20:20:21:21 chr11 69063393 . T C 291.39 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0391907;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.408;QD=16.6508;RBI=0.0392341;REFB=-0.0115615;REVB=0.00184441;RO=36;SAF=20;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684735;STB=0.55552;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0142663;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:38:32:32:0.457143:12:20:20:16:12:20:20:18 chr11 69063510 . G A 237.57 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00200549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.245;QD=16.1065;RBI=0.0411089;REFB=-0.0391181;REVB=0.04106;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375774;STB=0.530281;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0339502;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:12:14:16:16:12:15:16:16 chr11 69063728 . G C 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0152234;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=234.811;QD=15.0641;RBI=0.020899;REFB=-0.00938036;REVB=-0.0143184;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174371;STB=0.598954;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0148853;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:10:17:16:19:10:17:16:19 chr11 69462910 . G A 1368.6 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00371127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.832;QD=60.1583;RBI=0.00654981;REFB=-0.0232299;REVB=-0.00539689;RO=2;SAF=38;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00310598;STB=0.501639;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000395645;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:51:38:1:1:51:38:1:1 chr11 70007311 . A G 276.21 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0234373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4959;QD=15.7836;RBI=0.0242799;REFB=0.00311076;REVB=0.00634068;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927711;STB=0.54459;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00381644;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:31:31:0.442857:16:15:22:16:16:15:22:17 chr11 70007392 . A G 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00169791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.2;QD=19.1823;RBI=0.00531231;REFB=-0.0296956;REVB=-0.00503366;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129394;STB=0.571889;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0317278;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:22:19:26:17:22:19:26:17 chr11 70016247 . T TG 294.72 PASS AF=0.45614;AO=60;DP=178;FAO=78;FDP=171;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=0.0883565;FXX=0.00581362;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.4422;QD=6.89403;RBI=0.146987;REFB=-0.0390433;REVB=0.117466;RO=111;SAF=35;SAR=25;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802382;STB=0.5576;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.0474946;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:60:178:78:171:93:37:41:54:39:99:111:35:25:57:54 chr11 70118489 . G A 59.94 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0288228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.548;QD=5.84765;RBI=0.0447343;REFB=-0.0135442;REVB=-0.0342112;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167433;STB=0.60652;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0473663;OID=.;OPOS=70118489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:32:32:9:9:0.219512:5:4:10:22:5:4:10:22 chr11 70229171 . G A 539.83 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00575405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.321;QD=24.5379;RBI=0.0170484;REFB=-0.0205144;REVB=-0.016048;RO=38;SAF=24;SAR=26;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109519;STB=0.559903;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0105637;OID=.;OPOS=70229171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:26:24:13:25:26:24:13:25 chr11 71146577 . G A 394.21 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.139671;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.509;QD=24.6383;RBI=0.14252;REFB=-0.0215827;REVB=0.0283546;RO=26;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113513;STB=0.562013;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0135549;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:26:26:38:38:0.59375:14:24:20:6:14:24:20:6 chr11 71146691 . A G 486.36 PASS AF=0.446281;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0630834;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.62;QD=16.0779;RBI=0.0633038;REFB=-0.014619;REVB=-0.0052778;RO=67;SAF=36;SAR=17;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746192;STB=0.545406;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0182771;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:67:67:53:54:0.446281:17:36:41:26:17:37:41:26 chr11 71146952 . G A 314.35 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00725329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.536;QD=17.2248;RBI=0.0174612;REFB=-0.0130321;REVB=0.0158834;RO=39;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108945;STB=0.561188;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.012814;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:12:22:21:18:12:22:21:18 chr11 71152461 . A G 1159.5 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255786;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.044;QD=61.0262;RBI=0.0121396;REFB=0;REVB=0.011867;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119754;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 71155153 . A G 2549.33 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00969431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.768;QD=61.0617;RBI=0.0154247;REFB=0.0347799;REVB=0.0119976;RO=1;SAF=86;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550177;STB=0.50289;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000298953;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:167:167:1:1:166:166:0.994012:80:86:1:0:80:86:1:0 chr11 71155171 . C T 2264.75 PASS AF=1;AO=140;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.471;QD=61.2095;RBI=0.0672033;REFB=-0.0817699;REVB=0.0361041;RO=3;SAF=66;SAR=74;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106171;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:148:3:0:140:148:1:74:66:3:0:75:73:0:0 chr11 71169547 . G C 2159.54 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8136;QD=63.0522;RBI=0.0351639;REFB=0;REVB=-0.0347332;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110504;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:59:78:0:0:59:78:0:0 chr11 71183474 . C T 1240.47 PASS AF=0.987952;AO=78;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5718;QD=59.7818;RBI=0.0724242;REFB=0.0489165;REVB=0.071654;RO=4;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429697;STB=0.506848;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00331022;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:4:1:78:82:0.987952:42:36:0:4:46:36:1:0 chr11 71183477 . C T 1277.52 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0303073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2928;QD=56.7785;RBI=0.0376643;REFB=0.022482;REVB=0.0223623;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51685;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00159965;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:87:90:0:3:86:87:0.966667:45:41:0:0:43:44:0:3 chr11 71184678 . A C 4045.04 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675313;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.112;QD=62.4716;RBI=0.0799066;REFB=0;REVB=0.0427151;RO=0;SAF=120;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.08839e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27887e-05;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:259:0:0:259:259:1:139:120:0:0:139:120:0:0 chr11 71185479 . T C,G 1656.92 PASS AF=0.964602,0.0265487;AO=106,6;DP=113;FAO=109,3;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=57,2;FSAR=52,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341258,-0.0176118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.121,228.73;QD=58.652;RBI=0.0696267,0.0199535;REFB=0.020606,-0.0847015;REVB=0.0606903,0.00937907;RO=1;SAF=57,2;SAR=49,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00825396,-0.171372;STB=0.504347,0.59939;STBP=0.482,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000419369,0.126643;OID=.,.;OPOS=71185479,71185479;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:113:113:1:1:106,6:109,3:0.964602,0.0265487:49,4:57,2:1:0:52,1:57,2:1:0 chr11 71185518 . T C 2235.76 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.073;QD=62.1046;RBI=0.0299558;REFB=0.0254867;REVB=0.022245;RO=1;SAF=74;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694149;STB=0.503355;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=3.85271e-05;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:144:1:1:142:143:0.993056:68:74:0:1:69:74:1:0 chr11 71189436 . T C 1286.98 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00478143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.268;QD=60.5639;RBI=0.00721155;REFB=0.017073;REVB=0.00539855;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-1.99395e-05;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:83:84:0.988235:49:34:0:0:50:34:1:0 chr11 71249152 . C T 43.67 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.140133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.582;QD=21.8362;RBI=0.140567;REFB=-0.0482049;REVB=0.0110364;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0225835;OID=.;OPOS=71249152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr11 71249386 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8188;QD=48.7368;RBI=0.0581855;REFB=0;REVB=-0.0502631;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136952;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 71260243 . T C 878.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.019;QD=57.5898;RBI=0.0236894;REFB=0;REVB=-0.0171686;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10373e-05;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr11 71260296 . G A 742.08 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3006;QD=56.006;RBI=0.0977;REFB=0;REVB=-0.066372;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114596;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:17:35:1:0:17:36:0:0 chr11 71276632 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.944;QD=49.5985;RBI=0.051078;REFB=0;REVB=0.0341178;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394712;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 71277531 . T C 802.41 PASS AF=0.427136;AO=85;DP=200;FAO=85;FDP=199;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=24;FSRF=77;FSRR=37;FWDB=0.0471385;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7625;QD=16.1288;RBI=0.0500497;REFB=-0.0281847;REVB=0.0168206;RO=115;SAF=61;SAR=24;SRF=78;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487511;STB=0.52907;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0359303;OID=.;OPOS=71277531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:199:115:114:85:85:0.427136:24:61:78:37:24:61:77:37 chr11 71277598 . A C 2255.09 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.399;QD=63.5238;RBI=0.028042;REFB=0;REVB=0.0275717;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64414e-05;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:66:76:0:0:66:76:0:0 chr11 71277647 . CCGCT C 684.85 PASS AF=0.983607;AO=47;DP=67;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0615228;FXX=0.128553;HRUN=2;LEN=4;MLLD=293.453;QD=44.9083;RBI=0.0637023;REFB=-0.0462452;REVB=0.0165205;RO=0;SAF=9;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.000779413;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983607:47:67:60:61:1:18:42:0:1:6:0:9:38:0:0 chr11 71279936 . A C 265.92 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.000575375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7628;QD=11.8187;RBI=0.0582577;REFB=-0.0248018;REVB=-0.0582549;RO=56;SAF=11;SAR=21;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159414;STB=0.582429;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0509053;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:56:58:32:32:0.355556:21:11:27:29:21:11:27:31 chr11 71318195 . G A 198.55 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.129718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2073;QD=44.1222;RBI=0.131135;REFB=-0.191387;REVB=0.0192263;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00817302;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:1:0 chr11 71498591 . C G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0380347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7172;QD=9.47503;RBI=0.077394;REFB=0.0184032;REVB=-0.0674032;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430323;STB=0.526262;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.039568;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:14:7:3:7:14:7 chr11 71498601 . G T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00847696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.889;QD=10.5406;RBI=0.0431274;REFB=-0.00360698;REVB=0.0422861;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362148;STB=0.5217;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00785897;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:14:7:4:7:14:7 chr11 71498648 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0358547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.843;QD=11.0867;RBI=0.0628446;REFB=-0.0395595;REVB=-0.0516129;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653752;STB=0.539109;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0714274;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:16:9:4:9:16:9 chr11 71498671 . G C 92.14 PASS AF=0.342857;AO=9;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0289079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.168;QD=10.5308;RBI=0.035918;REFB=-0.0356415;REVB=0.0213174;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123874;STB=0.571306;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.064191;OID=.;OPOS=71498671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:35:23:23:9:12:0.342857:3:6:13:10:4:8:13:10 chr11 71544269 . C T 343.46 PASS AF=0.474359;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.049791;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5315;QD=17.6133;RBI=0.0526688;REFB=-0.0353787;REVB=0.0171715;RO=41;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142378;STB=0.569591;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0779214;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:36:37:0.474359:22:14:22:19:22:15:22:19 chr11 71548465 . A G 327.78 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0933103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7926;QD=11.3026;RBI=0.10024;REFB=-0.0102296;REVB=-0.036624;RO=75;SAF=25;SAR=16;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103246;STB=0.559351;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0352231;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:75:75:41:41:0.353448:16:25:39:36:16:25:39:36 chr11 71548492 . C T 308.87 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0274321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0606;QD=10.0446;RBI=0.0398184;REFB=-0.00153148;REVB=-0.0288615;RO=83;SAF=26;SAR=14;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172468;STB=0.600285;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00600564;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:14:26:42:41:14:26:42:41 chr11 71548520 . A T 267.9 PASS AF=0.310345;AO=36;DP=116;FAO=36;FDP=116;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.00114156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.187;QD=9.23784;RBI=0.00660046;REFB=-0.00201672;REVB=-0.00650099;RO=79;SAF=23;SAR=13;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174245;STB=0.606385;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00373347;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:79:80:36:36:0.310345:13:23:39:40:13:23:39:41 chr11 71548544 . A G 228.02 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0112951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.044;QD=9.50101;RBI=0.0187883;REFB=-0.00693416;REVB=-0.0150141;RO=66;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189839;STB=0.616126;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0479245;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:66:67:29:29:0.302083:12:17:28:38:12:17:28:39 chr11 71707489 . T C 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0175156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.324;QD=13.287;RBI=0.0238223;REFB=-0.00778076;REVB=-0.0161463;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719517;STB=0.549243;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00954106;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:41:27:27:0.397059:11:16:21:19:11:16:21:20 chr11 71708013 . G A 182.36 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00821921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.924;QD=17.3673;RBI=0.0127548;REFB=-0.0055888;REVB=0.0097534;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00686575;STB=0.505612;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0064655;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:14:4:5:18:15:4:5:18 chr11 71714526 . G C 427.18 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.000204332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.38;QD=14.2394;RBI=0.0498802;REFB=-0.0251709;REVB=0.0498797;RO=70;SAF=18;SAR=31;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228406;STB=0.632599;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0201445;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:70:71:49:49:0.408333:31:18:41:29:31:18:42:29 chr11 71805824 . CTTAAA CTAAA,CTAAAT,CTTAA 959.66 PASS AF=0.906667,0.0933333,0;AO=16,7,8;DP=75;FAO=68,7,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29,7,0;FSAR=39,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101237,-0.080353,-0.244808;FXX=0;HRUN=2,2,4;LEN=1,4,1;MLLD=17.7721,143.998,14.3307;QD=51.1818;RBI=0.909421,0.0813241,0.331955;REFB=0,0,0;REVB=0.909365,-0.0125302,-0.224195;RO=26;SAF=16,7,0;SAR=0,0,8;SRF=0;SRR=26;SSEN=0,0,0.377451;SSEP=0,0,0;SSSB=0.886028,0.878437,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0211026,0.155267,0;OID=.,.,.;OPOS=71805825,71805826,71805827;OREF=T,TAAA,A;OALT=-,AAAT,-;OMAPALT=CTAAA,CTAAAT,CTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.906667,0.0933333,0:16,7,8:75:68,7,0:75:0:29,7,0:39,0,0:0:0:12:26:16,7,0:0,0,8:0:26 chr11 71816044 . G C 500.9 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.104609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1142;QD=17.1248;RBI=0.126136;REFB=-0.00184571;REVB=-0.0704787;RO=62;SAF=21;SAR=33;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169913;STB=0.59057;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000356394;OID=.;OPOS=71816044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:54:54:0.461538:33:21:35:27:33:21:35:28 chr11 71820350 . C T 414.18 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=11;FWDB=0.00195444;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.213;QD=15.9299;RBI=0.019525;REFB=-0.00848428;REVB=-0.0194269;RO=57;SAF=38;SAR=8;SRF=46;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031964;STB=0.514972;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0094371;OID=.;OPOS=71820350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:57:58:46:46:0.442308:8:38:46:11:8:38:47:11 chr11 71821236 . A G 488.1 PASS AF=0.522222;AO=40;DP=83;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0205067;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.044;QD=21.6935;RBI=0.0205143;REFB=-0.0586099;REVB=0.000560274;RO=43;SAF=34;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390038;STB=0.735052;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0577366;OID=.;OPOS=71821236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:90:43:43:40:47:0.522222:6:34:23:20:6:41:23:20 chr11 72281818 . A G 223.43 PASS AF=0.280702;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=114;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=-0.0197134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.077;QD=7.83953;RBI=0.020947;REFB=-0.00815402;REVB=-0.00708228;RO=82;SAF=20;SAR=12;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110693;STB=0.565179;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0378564;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:82:32:32:0.280702:12:20:58:24:12:20:58:24 chr11 72281884 . C T 377.23 PASS AF=0.319728;AO=47;DP=147;FAO=47;FDP=147;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=67;FSRR=33;FWDB=0.0247666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.777;QD=10.2649;RBI=0.0266011;REFB=-0.0140052;REVB=-0.00970745;RO=99;SAF=27;SAR=20;SRF=66;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113067;STB=0.567777;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0303283;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:99:100:47:47:0.319728:20:27:66:33:20:27:67:33 chr11 72281941 . A G 852.07 PASS AF=0.708333;AO=68;DP=96;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0324864;FXX=0.0204061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.701;QD=35.503;RBI=0.0327569;REFB=-0.0130766;REVB=0.00420075;RO=27;SAF=43;SAR=25;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00154715;STB=0.507872;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00684576;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:27:28:68:68:0.708333:25:43:17:10:25:43:17:11 chr11 72287350 . A G 329.77 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.872;QD=50.734;RBI=0.0686365;REFB=-0.140406;REVB=0.0686365;RO=1;SAF=0;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147728;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:24:0:0:1:25:0:0:1 chr11 72288599 . G A 583.5 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.00283963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.143;QD=16.0965;RBI=0.0229809;REFB=-0.0163673;REVB=0.0228048;RO=83;SAF=33;SAR=29;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161506;STB=0.590168;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0184007;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:29:33:31:52:29:33:31:52 chr11 72290629 . G A 79.44 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0109999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.411;QD=15.8883;RBI=0.022344;REFB=-0.0157686;REVB=0.0194489;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0190579;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:9:10:0.5:7:2:4:6:8:2:4:6 chr11 72291927 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.564;QD=59.834;RBI=0.0208968;REFB=0;REVB=0.0195284;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49711e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr11 72293602 . A G 1491.55 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.798;QD=63.4702;RBI=0.0578407;REFB=0;REVB=0.0463676;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232872;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr11 72295502 . T C 1907.82 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849192;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.156;QD=61.5427;RBI=0.024611;REFB=0;REVB=-0.0230996;RO=0;SAF=66;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19894e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:122:124:1:56:66:0:0:56:68:0:0 chr11 72295906 . A G 717.88 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507947;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.012;QD=59.8233;RBI=0.0560786;REFB=0;REVB=0.0237634;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206742;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:1:0:45:48:1:25:20:1:0:25:23:0:0 chr11 72363759 . G A 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0396314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.493;QD=24.0642;RBI=0.0396565;REFB=-0.00355793;REVB=-0.00141107;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27282;STB=0.653269;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00272924;OID=.;OPOS=72363759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:7:3:11:5:7:3 chr11 72368986 . T G 182.42 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00466224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.911;QD=17.373;RBI=0.0294207;REFB=-0.00771744;REVB=-0.029049;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079722;STB=0.545407;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0207283;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:14:9:9:10:14:9 chr11 72396990 . G A 95.76 PASS AF=0.541667;AO=10;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0286896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.383;QD=15.9594;RBI=0.0288682;REFB=-0.0335554;REVB=-0.00320585;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.519055;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0361993;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:24:24:9:11:10:13:0.541667:6:4:2:7:9:4:3:8 chr11 72408055 . G C 413.69 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0116693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.165;QD=18.804;RBI=0.0117784;REFB=-0.0309578;REVB=0.00159965;RO=46;SAF=26;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942029;STB=0.552547;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.024963;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:16:26:24:22:16:26:24:22 chr11 72408657 . C T 465.79 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0278054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.979;QD=16.6355;RBI=0.0280024;REFB=0.00850015;REVB=0.00331602;RO=61;SAF=28;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087867;STB=0.549;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00865245;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:23:28:28:33:23:28:28:33 chr11 72532569 . G T 1006.53 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0403548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8348;QD=55.1521;RBI=0.0411803;REFB=-0.0202481;REVB=0.00820454;RO=1;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103923;STB=0.501066;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00109479;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:1:3:70:70:0.958904:25:45:1:0:25:45:2:1 chr11 72532621 . T G 951.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.582;QD=58.5625;RBI=0.0305712;REFB=0;REVB=0.00446713;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18391e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:22:42:0:0:23:42:0:0 chr11 72532708 . C T 807.3 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0151319;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.323;QD=51.2568;RBI=0.0190059;REFB=-0.11821;REVB=0.0115;RO=1;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230041;STB=0.506327;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000708418;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:63:63:1:4:59:59:0.936508:20:39:0:1:20:39:3:1 chr11 72945341 . C T 3084.27 PASS AF=0.980769;AO=205;DP=208;FAO=204;FDP=208;FR=.;FRO=4;FSAF=101;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00928987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4459;QD=59.3129;RBI=0.0102078;REFB=-0.0421017;REVB=-0.00423057;RO=2;SAF=101;SAR=104;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907128;STB=0.509523;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00082821;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:208:208:2:4:205:204:0.980769:104:101:0:2:103:101:0:4 chr11 72946020 . C T 727.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.301;QD=63.2481;RBI=0.063484;REFB=0;REVB=0.0209349;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162807;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr11 72946140 . G C 90.17 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0309457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0388;QD=16.3945;RBI=0.0681005;REFB=-0.0577485;REVB=-0.0606634;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181234;STB=0.603602;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0515509;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:9:2:4:7:9:2 chr11 72946204 . C T 95.71 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00354579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.031;QD=11.9643;RBI=0.00372058;REFB=-0.0198451;REVB=0.00112697;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32414;STB=0.6997;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0325297;OID=.;OPOS=72946204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:19:20:12:12:0.375:7:5:14:5:7:5:15:5 chr11 72947242 . G A 610.05 PASS AF=0.440789;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0202889;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.733;QD=16.0538;RBI=0.0265641;REFB=-0.00524607;REVB=0.0171467;RO=81;SAF=30;SAR=37;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077803;STB=0.527149;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00511507;OID=.;OPOS=72947242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:81:85:67:67:0.440789:37:30:30:51:37:30:34:51 chr11 73022117 . C T 635.6 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0377424;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.148;QD=16.9493;RBI=0.0381957;REFB=-0.0140026;REVB=-0.00586693;RO=80;SAF=31;SAR=37;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00648583;STB=0.510845;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0175374;OID=.;OPOS=73022117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:80:82:68:68:0.453333:37:31:37:43:37:31:39:43 chr11 73387057 . TTAAGTA T 191.48 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0201001;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=6;MLLD=229.133;QD=17.0205;RBI=0.0219265;REFB=-0.0326487;REVB=0.00876106;RO=19;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195444;STB=0.592749;STBP=0.208;TYPE=del;VARB=0.0176709;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:24:46:26:45:19:17:9:16:3:99:19:15:9:16:3 chr11 73390772 . GAA G,GAG 187.97 PASS AF=0.391304,0.0652174;AO=14,4;DP=43;FAO=18,3;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12,2;FSAR=6,1;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0133131,-0.0267746;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=40.2553,268.437;QD=16.3456;RBI=0.0481834,0.0698796;REFB=-0.025996,0.0053864;REVB=-0.0463077,-0.0645467;RO=23;SAF=11,3;SAR=3,1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.276642,0.226378;STB=0.590061,0.633239;STBP=0.322,0.68;TYPE=del,snp;VARB=0.0369799,0.0225959;OID=.,.;OPOS=73390773,73390774;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304,0.0652174:14,4:43:18,3:46:25:12,2:6,1:13:12:99:23:11,3:3,1:13:10 chr11 73441772 . A C 576.82 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00803248;FXX=0.0238039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.895;QD=56.2755;RBI=0.0409711;REFB=-0.0747444;REVB=0.040176;RO=2;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594803;STB=0.503175;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00178955;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:2:2:39:39:0.95122:17:22:1:1:17:22:1:1 chr11 73543621 . T C 269.52 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000549035;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.818;QD=28.3701;RBI=0.00790082;REFB=-0.0171789;REVB=0.00788172;RO=14;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193045;STB=0.60746;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0152315;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:19:5:6:8:19:5:6:8 chr11 73611349 . G C 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.000179897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.376;QD=14.61;RBI=0.019254;REFB=-0.00403145;REVB=0.0192532;RO=56;SAF=20;SAR=18;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102465;STB=0.552459;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00532345;OID=.;OPOS=73611349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:57:38:38:0.4:18:20:24:32:18:20:25:32 chr11 73670645 . T C 719.5 PASS AF=0.489655;AO=71;DP=145;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0261968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.785;QD=19.8484;RBI=0.030422;REFB=-0.0144399;REVB=-0.0154669;RO=73;SAF=29;SAR=42;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665282;STB=0.540583;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0111336;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:73:74:71:71:0.489655:42:29:35:38:42:29:36:38 chr11 73689104 . G A 671.83 PASS AF=0.592593;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0766299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8328;QD=24.8827;RBI=0.0811064;REFB=0.00178249;REVB=0.0265727;RO=43;SAF=37;SAR=27;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110382;STB=0.553663;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000356126;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:43:44:64:64:0.592593:27:37:31:12:27:37:31:13 chr11 73715542 . G A 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.873;QD=56.0071;RBI=0.0462883;REFB=-0.0987303;REVB=0.0432984;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000473966;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:25:35:0:1:25:35:0:1 chr11 73717254 . A G 369.21 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0333803;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.361;QD=18.9339;RBI=0.0336785;REFB=-0.0227121;REVB=-0.0044722;RO=39;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135309;STB=0.58248;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0245627;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:38:38:0.487179:14:24:19:20:14:24:19:21 chr11 73785326 . T C 1369.02 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.573;QD=60.8452;RBI=0.0427407;REFB=-0.00576127;REVB=0.0344675;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506171;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000160466;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:90:1:1:87:89:0.988889:38:49:0:1:40:49:0:1 chr11 73796917 . C T 421.22 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0366035;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.447;QD=23.0807;RBI=0.0367953;REFB=-0.0168266;REVB=0.00375209;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186901;STB=0.510283;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0149016;OID=.;OPOS=73796917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:32:32:41:41:0.561644:24:17:14:18:24:17:14:18 chr11 73806443 . C T 258.53 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0136908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.025;QD=16.4143;RBI=0.0489899;REFB=-0.0253502;REVB=-0.0470379;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634834;STB=0.543829;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0346202;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:16:13:17:16:16:13:18:16 chr11 73825503 . T C 565.57 PASS AF=0.414013;AO=64;DP=156;FAO=65;FDP=157;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=-0.00269621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.161;QD=14.4093;RBI=0.00715402;REFB=-0.005214;REVB=0.00662649;RO=92;SAF=32;SAR=32;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228229;STB=0.508233;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00792396;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:92:92:64:65:0.414013:32:32:48:44:32:33:48:44 chr11 74043707 . AGT AAT,AT,ATA 869.31 PASS AF=0.983607,0,0.0163934;AO=41,17,3;DP=62;FAO=60,0,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0,0;FSAR=29,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105334,-0.00401961,-0.0131169;FXX=0.0161264;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=137.198,129.387,112.41;QD=57.0038;RBI=0.108511,0.0261238,0.0272157;REFB=0,0,0;REVB=0.0260623,0.0258127,0.0238461;RO=0;SAF=20,10,1;SAR=21,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.02085e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.00266773,0,-0.0384813;OID=.,.,.;OPOS=74043708,74043708,74043708;OREF=G,G,GT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AAT,AT,ATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.983607,0,0.0163934:41,17,3:62:60,0,1:61:0:31,0,0:29,0,1:0:0:3:0:20,10,1:21,7,2:0:0 chr11 74046975 . C T 1558.68 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00137777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.591;QD=62.3471;RBI=0.00983744;REFB=0.0893121;REVB=-0.00974048;RO=1;SAF=70;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672866;STB=0.503545;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000958183;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:28:70:1:0:29:70:1:0 chr11 74049569 . A G 2043.29 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2928;QD=62.3904;RBI=0.0215305;REFB=0;REVB=0.0203365;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70677e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:68:63:0:0:68:63:0:0 chr11 74053547 . C T 1387.55 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00526047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.621;QD=60.3282;RBI=0.00526048;REFB=0.0485579;REVB=8.81173e-06;RO=2;SAF=41;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225564;STB=0.511902;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-6.08155e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:49:41:2:0:49:41:2:0 chr11 74167409 . T C 157.32 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0267629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8398;QD=12.1012;RBI=0.035124;REFB=0.00718672;REVB=0.0227474;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143568;STB=0.583415;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00955508;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:20:13:10:9:20:13 chr11 74203308 . T A 454.7 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0129358;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1612;QD=19.3491;RBI=0.0284156;REFB=-0.00896299;REVB=-0.0253005;RO=48;SAF=30;SAR=15;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215674;STB=0.507933;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0175804;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:48:49:45:45:0.478723:15:30:31:17:15:30:32:17 chr11 74204269 . T G 1000.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122;QD=58.8607;RBI=0.0592913;REFB=0;REVB=0.0585109;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420536;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:43:25:0:0 chr11 74208029 . C T 473.26 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0617243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.119;QD=14.7894;RBI=0.0654179;REFB=-0.00301194;REVB=-0.0216707;RO=73;SAF=22;SAR=31;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109583;STB=0.569624;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00362627;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:73:75:53:53:0.414062:31:22:38:35:31:22:40:35 chr11 74208214 . G A 108.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0211273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.38;QD=14.5167;RBI=0.0212314;REFB=-0.0169999;REVB=-0.0020995;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0389969;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:9:8:5:8:9:8 chr11 74208592 . G T 247.2 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0133041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8648;QD=17.9785;RBI=0.063208;REFB=-0.0236467;REVB=0.061792;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273466;STB=0.658418;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0216676;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:9:17:10:18:9:18:10:18 chr11 74278090 . C T 813.98 PASS AF=0.436893;AO=89;DP=204;FAO=90;FDP=206;FR=.;FRO=116;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=63;FSRR=53;FWDB=-0.00820134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.024;QD=15.8055;RBI=0.0254756;REFB=-0.01702;REVB=-0.0241194;RO=114;SAF=50;SAR=39;SRF=62;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183342;STB=0.507087;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0256453;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:206:114:116:89:90:0.436893:39:50:62:52:40:50:63:53 chr11 74396330 . C T 295.67 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00968316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.029;QD=17.9195;RBI=0.0225243;REFB=-0.00175784;REVB=-0.0203366;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109697;STB=0.561283;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00263673;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:14:20:15:17:14:20 chr11 74408740 . C T 125.34 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0357434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2565;QD=10.6671;RBI=0.0490936;REFB=-0.0170145;REVB=-0.033654;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798792;STB=0.547762;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0304768;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:17:15:6:9:17:15 chr11 74413872 . A G 549.31 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=0.034919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8798;QD=17.7197;RBI=0.0886942;REFB=0.0126325;REVB=-0.0815311;RO=65;SAF=36;SAR=22;SRF=47;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106872;STB=0.562023;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0172748;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:66:58:58:0.467742:22:36:47:18:22:36:48:18 chr11 74419357 . C T 1095.27 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000171639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3067;QD=56.1677;RBI=0.00509648;REFB=-0.0345897;REVB=0.00509359;RO=3;SAF=49;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254573;STB=0.513469;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00374712;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:75:75:0.961538:26:49:1:2:26:49:1:2 chr11 74419378 . C T 343.29 PASS AF=0.45;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0349634;FXX=0.0697593;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1874;QD=17.1644;RBI=0.0696926;REFB=-0.031257;REVB=-0.0602879;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449012;STB=0.530286;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0413638;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:80:43:44:36:36:0.45:15:21:27:16:15:21:28:16 chr11 74546905 . G A 211.06 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00752968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.79;QD=18.761;RBI=0.0228408;REFB=-0.0217655;REVB=0.021564;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190258;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0221377;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:24:24:19:21:0.466667:6:13:12:12:8:13:12:12 chr11 74553024 . GA G,GG 30.18 PASS AF=0.25,0.0833333;AO=7,3;DP=38;FAO=9,3;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7,3;FSAR=2,0;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0147095,-0.0267593;FXX=0.0526177;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.17578,18.2493;QD=3.35306;RBI=0.141761,0.156424;REFB=-0.0796276,-0.0552818;REVB=0.140996,0.154118;RO=22;SAF=7,3;SAR=0,0;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.707717,0.551392;STB=0.636033,0.995583;STBP=0.406,0.122;TYPE=del,snp;VARB=0.103361,0.0686199;OID=.,.;OPOS=74553025,74553025;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.0833333:7,3:38:9,3:36:24:7,3:2,0:15:9:19:22:7,3:0,0:13:9 chr11 74553074 . C T 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.969;QD=60.7147;RBI=0.065062;REFB=0;REVB=-0.0530718;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.96537e-05;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:31:45:0:0:31:45:0:0 chr11 74559446 . G C 198.29 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00808143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3342;QD=13.2195;RBI=0.0388818;REFB=-0.0249075;REVB=0.0380327;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872913;STB=0.549959;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0389914;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:21:15:12:12:21:15 chr11 74559481 . C T 185.17 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00459581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.45;QD=18.0654;RBI=0.0524089;REFB=-0.0504622;REVB=0.052207;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106282;STB=0.586645;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0315518;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:17:19:0.463415:8:9:14:8:10:9:14:8 chr11 74563071 . G A 397.2 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=93;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00241078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=16.902;RBI=0.00590027;REFB=-0.00125873;REVB=0.00538529;RO=52;SAF=15;SAR=26;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265644;STB=0.652496;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00195778;OID=.;OPOS=74563071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:52:52:41:42:0.446809:26:15:33:19:27:15:33:19 chr11 74563077 . G A 386.66 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00716679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.47;QD=15.9446;RBI=0.0121626;REFB=-0.00690177;REVB=-0.00982684;RO=55;SAF=15;SAR=26;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289537;STB=0.657662;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0230215;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:26:15:36:19:26:15:36:20 chr11 74705696 . T C 337.23 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0385657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.724;QD=34.5875;RBI=0.0412266;REFB=-0.0588197;REVB=-0.0145711;RO=10;SAF=10;SAR=18;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223674;STB=0.501991;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0256694;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:10:11:28:28:0.717949:18:10:4:6:18:10:4:7 chr11 74862391 . A G 268.71 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2191;QD=51.1829;RBI=0.0585771;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529674;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:0:19:0:0:0:21:0:0 chr11 74904362 . T C 2315.82 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=147;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0195145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=63.0154;RBI=0.0467877;REFB=-0.102971;REVB=0.0425238;RO=1;SAF=84;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562843;STB=0.502958;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000102892;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:147:1:1:146:146:0.993197:62:84:1:0:62:84:1:0 chr11 74907582 . C T 1389.92 PASS AF=0.492908;AO=131;DP=277;FAO=139;FDP=282;FR=.;FRO=143;FSAF=81;FSAR=58;FSRF=86;FSRR=57;FWDB=0.0166372;FXX=0.0105259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.698;QD=19.7152;RBI=0.0275919;REFB=-0.0116781;REVB=0.0220117;RO=145;SAF=76;SAR=55;SRF=87;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194963;STB=0.509761;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0110124;OID=.;OPOS=74907582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:282:145:143:131:139:0.492908:55:76:87:58:58:81:86:57 chr11 74977067 . C T 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0222055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.194;QD=16.9803;RBI=0.0239139;REFB=-0.00279362;REVB=-0.00887647;RO=28;SAF=19;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16906;STB=0.607912;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00230727;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:7:19:16:12:7:19:16:13 chr11 74977087 . GGCC GC,GGC,GG,GGGC 313.15 PASS AF=0,0.863636,0.136364,0;AO=7,15,10,6;DP=53;FAO=0,38,6,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,4,0;FSAR=0,19,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430129,-0.190327,-0.101877,-0.149316;FXX=0.0434688;HRUN=4,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=8.0522,10.8224,12.5869,4.91247;QD=28.4685;RBI=0.346388,0.290792,0.156367,0.18665;REFB=0.0146601,-0.0680913,-0.05829,-0.109005;REVB=-0.343707,-0.219854,-0.118625,0.111996;RO=4;SAF=0,8,7,2;SAR=7,7,3,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.30137,0.30137,0;SSSB=-0.799165,-0.0833399,-0.0303873,-0.279564;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0,-0.00602324,-0.0775817,0;OID=.,.,.,.;OPOS=74977088,74977089,74977089,74977089;OREF=GC,C,CC,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GC,GGC,GG,GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.863636,0.136364,0:7,15,10,6:53:0,38,6,0:44:0:0,19,4,0:0,19,2,0:0:0:17:4:0,8,7,2:7,7,3,4:3:1 chr11 74995350 . C T 791.82 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00807418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9799;QD=53.683;RBI=0.0295458;REFB=-0.126884;REVB=-0.0284211;RO=2;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362396;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00336539;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:25:32:0:2:25:32:0:2 chr11 75145952 . A G 962.71 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.874;QD=58.3461;RBI=0.0405743;REFB=0;REVB=0.0270589;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44999e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:66:0:0:59:66:1:17:42:0:0:18:48:0:0 chr11 75150434 . AG A 69.07 PASS AF=0.705882;AO=2;DP=18;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0196019;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.7826;QD=16.2506;RBI=0.100312;REFB=-0.0288643;REVB=0.098378;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.407407;SSEP=0;SSSB=-0.64233;STB=0.67534;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0484609;OID=.;OPOS=75150435;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:2:18:12:17:5:2:10:3:2:25:5:0:2:3:2 chr11 75152243 . C T 731.76 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135464;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.971;QD=63.6315;RBI=0.0236429;REFB=0;REVB=0.0193773;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146518;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr11 75160575 . G A 1256.81 PASS AF=0.494208;AO=128;DP=259;FAO=128;FDP=259;FR=.;FRO=131;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0153231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.759;QD=19.4101;RBI=0.0491866;REFB=-0.00996204;REVB=0.0467389;RO=131;SAF=64;SAR=64;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038673;STB=0.521232;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0138823;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:131:131:128:128:0.494208:64:64:71:60:64:64:71:60 chr11 75277628 . A G 999.04 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.554;QD=58.7668;RBI=0.0331332;REFB=0;REVB=0.0311021;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37768e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:40:22:0:0:44:24:0:0 chr11 75277992 . C T 516.38 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0142812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.2;QD=19.1253;RBI=0.0172959;REFB=-0.0127572;REVB=-0.00975679;RO=53;SAF=27;SAR=27;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042293;STB=0.518512;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0144877;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:54:54:54:0.5:27:27:29:24:27:27:29:25 chr11 75852448 . C T 1244.21 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.683;QD=61.4424;RBI=0.0142065;REFB=0;REVB=-0.00401709;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2862e-05;OID=.;OPOS=75852448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:36:43:0:0:38:43:0:0 chr11 75905800 . G A 46.39 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.132713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.223;QD=9.76643;RBI=0.133067;REFB=0.00219691;REVB=0.00970278;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369272;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0054364;OID=.;OPOS=75905800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:5:7:6:1:5:7 chr11 76115231 . G A 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0102212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.701;QD=9.09988;RBI=0.0269857;REFB=-0.00801146;REVB=0.0249751;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11244;STB=0.567763;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0168918;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:2:7:16:3:2:7:16:3 chr11 76207633 . G A 526.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.616;QD=58.5369;RBI=0.016887;REFB=0;REVB=0.00849463;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810737;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr11 76262353 . ATTTTTA ATTTT,ATTTTA 101.71 PASS AF=0.5,0.0333333;AO=7,6;DP=35;FAO=15,1;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8,1;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.12135,0.0797154;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.576,10.9909;QD=13.5606;RBI=0.233691,0.0960209;REFB=-0.0555453,-0.090381;REVB=-0.199714,-0.05353;RO=15;SAF=3,6;SAR=4,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.398639,0.671101;STB=0.518494,0.988232;STBP=0.874,0.506;TYPE=del,del;VARB=0.0532172,0.0524739;OID=.,.;OPOS=76262358,76262354;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTT,ATTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0333333:7,6:35:15,1:30:14:8,1:7,0:8:6:69:15:3,6:4,0:12:3 chr11 76368553 . A G 1302.41 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0586891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5618;QD=58.5355;RBI=0.0676971;REFB=-0.0666008;REVB=0.0337414;RO=2;SAF=28;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852024;STB=0.500297;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00624262;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:89:2:3:86:86:0.966292:58:28:1:1:58:28:1:2 chr11 76368639 . A C 1610.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000718479;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.484;QD=60.1976;RBI=0.0154075;REFB=0;REVB=0.0153908;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157929;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr11 76370792 . A G 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.686;QD=61.2132;RBI=0.024081;REFB=0;REVB=0.0150867;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88696e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:37:41:0:0:38:41:0:0 chr11 76372052 . A G 766.9 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000693574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4264;QD=56.8072;RBI=0.096498;REFB=0;REVB=-0.0964955;RO=0;SAF=45;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052782;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:9:45:0:0:9:45:0:0 chr11 76372418 . T C 555.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7347;QD=60.0625;RBI=0.0850773;REFB=0;REVB=0.0844324;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151237;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr11 76400254 . T C 881.36 PASS AF=0.511628;AO=86;DP=170;FAO=88;FDP=172;FR=.;FRO=84;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0347235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4078;QD=20.4966;RBI=0.0355999;REFB=-0.0159342;REVB=-0.00785071;RO=84;SAF=38;SAR=48;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116328;STB=0.568166;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0152167;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:84:84:86:88:0.511628:48:38:48:36:50:38:48:36 chr11 76405613 . C T 458.51 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0309994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.234;QD=15.6756;RBI=0.0309995;REFB=-0.00278181;REVB=6.30524e-05;RO=66;SAF=28;SAR=23;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189896;STB=0.510634;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00401586;OID=.;OPOS=76405613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:23:28:35:31:23:28:35:31 chr11 76415209 . G A 425.02 PASS AF=0.567568;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.106543;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6461;QD=22.9742;RBI=0.124699;REFB=-0.0567131;REVB=0.0647954;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053846;STB=0.510304;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0351651;OID=.;OPOS=76415209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:32:41:42:0.567568:22:19:16:14:22:20:16:16 chr11 76418737 . A G 570.19 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.117028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4492;QD=51.835;RBI=0.121238;REFB=-0.00816129;REVB=-0.0316704;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136071;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:2:4:40:40:0.909091:20:20:1:1:20:20:2:2 chr11 76427674 . G C 340.58 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000475123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.606;QD=23.4881;RBI=0.027574;REFB=-0.03418;REVB=0.0275699;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053422;STB=0.529394;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.022431;OID=.;OPOS=76427674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:34:34:0.586207:16:18:11:13:16:18:11:13 chr11 76427823 . T C 367.36 PASS AF=0.596774;AO=28;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.000714854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7645;QD=23.7005;RBI=0.0507154;REFB=-0.0440798;REVB=0.0507103;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871115;STB=0.513506;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0193143;OID=.;OPOS=76427823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:25:28:37:0.596774:11:17:11:11:18:19:12:13 chr11 76430546 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000168656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.825;QD=11.954;RBI=0.0246421;REFB=-0.0568043;REVB=0.0246415;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0335884;OID=.;OPOS=76430546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr11 76430585 . C T 177.01 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0167512;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0182;QD=13.359;RBI=0.0438629;REFB=-0.0407455;REVB=0.0405383;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797329;STB=0.5045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.029677;OID=.;OPOS=76430585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:10:11:16:15:10:11:17:15 chr11 76430597 . A G 212.53 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0184378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.745;QD=13.494;RBI=0.0206043;REFB=-0.0163231;REVB=-0.00919701;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417449;STB=0.523791;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0237316;OID=.;OPOS=76430597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:17:20:13:13:17:20 chr11 76507282 . C T 166.13 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0331428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.708;QD=22.1501;RBI=0.0338747;REFB=-0.025695;REVB=0.00700367;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386739;STB=0.521714;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0219625;OID=.;OPOS=76507282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:9:4:6:11:9:4 chr11 76507403 . G A 1016.32 PASS AF=0.492891;AO=104;DP=212;FAO=104;FDP=211;FR=.;FRO=107;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.0135464;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.705;QD=19.2666;RBI=0.0181051;REFB=-0.00919385;REVB=-0.012012;RO=107;SAF=68;SAR=36;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082743;STB=0.545588;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00984692;OID=.;OPOS=76507403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:107:107:104:104:0.492891:36:68:61:46:36:68:61:46 chr11 76507582 . G A 964.32 PASS AF=0.502646;AO=95;DP=189;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=0.0327093;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.872;QD=20.4088;RBI=0.0406729;REFB=-0.0292047;REVB=0.024174;RO=93;SAF=58;SAR=37;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480489;STB=0.529582;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0275743;OID=.;OPOS=76507582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:93:94:95:95:0.502646:37:58:52:41:37:58:52:42 chr11 76507692 . T A,C 3422.61 PASS AF=0.956522,0.0304348;AO=214,9;DP=226;FAO=220,7;FDP=230;FR=.;FRO=3;FSAF=101,7;FSAR=119,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0454365,0.00644216;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.4784,103.903;QD=59.5236;RBI=0.0454929,0.0127337;REFB=-0.0298559,-0.0181892;REVB=-0.00226437,-0.0109839;RO=3;SAF=97,9;SAR=117,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0120572,0.826066;STB=0.506223,0.997992;STBP=0.114,0.004;TYPE=snp,snp;VARB=0.00869074,0.0586846;OID=.,.;OPOS=76507692,76507692;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:226:230:3:3:214,9:220,7:0.956522,0.0304348:117,0:97,9:0:3:119,0:101,7:0:3 chr11 76508314 . A G 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00113753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.851;QD=16.6325;RBI=0.0187725;REFB=-0.0257769;REVB=-0.018738;RO=46;SAF=26;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25552;STB=0.644104;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0221311;OID=.;OPOS=76508314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:11:26:21:25:11:26:21:25 chr11 76508569 . GG CC 1326.19 PASS AF=0.470383;AO=135;DP=279;FAO=135;FDP=287;FR=.;FRO=152;FSAF=84;FSAR=51;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=-0.0420553;FXX=0.00692018;HRUN=3;LEN=2;MLLD=105.016;QD=18.4835;RBI=0.0574947;REFB=0.00191437;REVB=-0.0392045;RO=141;SAF=84;SAR=51;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146227;STB=0.570055;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=-0.00210661;OID=.;OPOS=76508569;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:287:141:152:135:135:0.470383:51:84:66:75:51:84:75:77 chr11 76637651 . G A 306.63 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0324438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1189;QD=10.8541;RBI=0.0334717;REFB=-0.00478901;REVB=0.00823118;RO=74;SAF=17;SAR=22;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19384;STB=0.611329;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0100518;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:39:39:0.345133:22:17:45:29:22:17:45:29 chr11 76637680 . G A 288.87 PASS AF=0.357798;AO=29;DP=100;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.075942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.058;QD=10.6009;RBI=0.0759917;REFB=0.00180033;REVB=0.00274887;RO=70;SAF=9;SAR=20;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372204;STB=0.621811;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000956028;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:109:70:70:29:39:0.357798:20:9:44:26:22:17:44:26 chr11 76687399 . A C 1319.63 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0116451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.18;QD=58.6503;RBI=0.018333;REFB=-0.0264647;REVB=0.0141594;RO=3;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038891;STB=0.520543;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000459104;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:87:87:0.966667:35:52:0:3:35:52:0:3 chr11 76701606 . G A 765.52 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.824;QD=56.7055;RBI=0.00349505;REFB=0;REVB=-0.00242906;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13288e-06;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr11 76709795 . G A 141.58 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.01773;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.625;QD=12.8707;RBI=0.0199575;REFB=-0.0134492;REVB=-0.00916251;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207467;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:28:16:16:0.363636:8:8:13:13:8:8:14:14 chr11 76732308 . G A 992.24 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3011;QD=58.3668;RBI=0.0273081;REFB=0;REVB=-0.0267778;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376641;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:43:23:0:0:43:25:0:0 chr11 76732949 . T C 357.58 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0745541;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.1914;QD=49.3218;RBI=0.0796434;REFB=-0.107238;REVB=0.0280135;RO=2;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00795738;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:10:17:0:2:10:17:0:2 chr11 76733024 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.861;QD=50.4135;RBI=0.0272192;REFB=0;REVB=0.0134389;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127533;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 76751166 . G A 395.39 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00145029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6023;QD=34.3818;RBI=0.0454218;REFB=-0.0172254;REVB=0.0453986;RO=14;SAF=22;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115725;STB=0.563212;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00839132;OID=.;OPOS=76751166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:10:22:7:7:10:22:7:7 chr11 76751541 . CT C,GC 706.05 PASS AF=1,0;AO=48,2;DP=51;FAO=51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404424,-0.014164;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=29.8309,22.4019;QD=55.3766;RBI=0.133396,0.214888;REFB=0,0;REVB=-0.127117,-0.214421;RO=0;SAF=34,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0036837,0;OID=.,.;OPOS=76751542,76751541;OREF=T,CT;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:48,2:51,0:1,0:14,2:34,0:0:0:17,0:34,0:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 1605.91 PASS AF=0.955357,0.0357143;AO=104,6;DP=113;FAO=107,4;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=72,4;FSAR=35,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00218698,-0.00188752;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=268.338,249.853;QD=57.3538;RBI=0.0442594,0.0776049;REFB=-0.00861799,-0.0121197;REVB=-0.0442053,-0.0775819;RO=1;SAF=72,4;SAR=32,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00654592,-0.0962265;STB=0.503448,0.5;STBP=0.6,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00138214,0.0405232;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.955357,0.0357143:104,6:113:107,4:112:1:72,4:35,0:1:0:9:1:72,4:32,2:1:0 chr11 76751603 . CT C 1795.73 PASS AF=1;AO=145;DP=154;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578904;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3234;QD=47.256;RBI=0.0875701;REFB=0;REVB=-0.0657056;RO=0;SAF=98;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000906021;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:145:154:152:152:0:104:48:0:0:33:0:98:47:0:0 chr11 76796077 . G A 467.17 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00908314;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.784;QD=16.5369;RBI=0.0093662;REFB=-0.0189227;REVB=0.00228521;RO=58;SAF=26;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1082;STB=0.558342;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.020843;OID=.;OPOS=76796077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:62:51:51:0.451327:25:26:23:35:25:26:25:37 chr11 76799004 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.17;QD=59.3209;RBI=0.0335755;REFB=0;REVB=0.0334456;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90489e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr11 76827360 . A G 701.84 PASS AF=0.449704;AO=75;DP=168;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=0.017004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.327;QD=16.6115;RBI=0.0665835;REFB=-0.047215;REVB=-0.0643756;RO=93;SAF=32;SAR=43;SRF=34;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628363;STB=0.531605;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0409402;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:93:93:75:76:0.449704:43:32:34:59:44:32:34:59 chr11 76836864 . G A 1102.44 PASS AF=0.458824;AO=116;DP=252;FAO=117;FDP=255;FR=.;FRO=138;FSAF=52;FSAR=65;FSRF=75;FSRR=63;FWDB=-0.002133;FXX=0.0116275;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.361;QD=17.2932;RBI=0.0028803;REFB=-0.0163756;REVB=-0.00193557;RO=131;SAF=52;SAR=64;SRF=71;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900817;STB=0.553609;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.018713;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:255:131:138:116:117:0.458824:64:52:71:60:65:52:75:63 chr11 76853783 . T C 358.05 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00156693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.464;QD=16.8494;RBI=0.00230667;REFB=-0.0308685;REVB=-0.00169276;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102242;STB=0.576431;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0317001;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:47:38:38:0.447059:19:19:16:25:19:19:17:30 chr11 76917220 . A G 287.09 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00542333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9803;QD=15.9493;RBI=0.0149303;REFB=-0.00572032;REVB=0.0139105;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156431;STB=0.586154;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00748538;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:40:32:32:0.444444:17:15:24:14:17:15:25:15 chr11 76928149 . A G 2806.32 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.973;QD=62.3627;RBI=0.014855;REFB=0;REVB=0.0121271;RO=1;SAF=78;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55619e-06;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:180:1:0:179:180:1:101:78:1:0:101:79:0:0 chr11 76954788 . T TA 94.17 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0156755;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8377;QD=5.79532;RBI=0.0684655;REFB=-0.0337053;REVB=-0.0666468;RO=49;SAF=8;SAR=8;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163197;STB=0.632249;STBP=0.177;TYPE=ins;VARB=0.0674701;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:16:66:20:65:45:9:11:29:16:94:49:8:8:31:18 chr11 76954812 . T C 143.93 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00115402;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2864;QD=8.46663;RBI=0.0480662;REFB=-0.00236489;REVB=0.0480524;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204979;STB=0.621622;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00666875;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:11:9:30:18:11:9:30:18 chr11 76954833 . G A 196.25 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0407654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.795;QD=10.7534;RBI=0.0423894;REFB=-0.0126786;REVB=-0.0116209;RO=48;SAF=11;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206654;STB=0.619777;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0185391;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:14:11:30:18:14:11:30:18 chr11 77033699 . A G 213.84 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0142549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7147;QD=17.1073;RBI=0.0173336;REFB=0.00189737;REVB=0.00986166;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264576;STB=0.524669;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.000866186;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:21:22:0.44:7:14:18:10:7:15:18:10 chr11 77301341 . G A 411.65 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0308136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5387;QD=18.5012;RBI=0.0354873;REFB=-0.0237983;REVB=0.0176032;RO=46;SAF=13;SAR=29;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170969;STB=0.591102;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0250479;OID=.;OPOS=77301341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:46:47:42:42:0.47191:29:13:22:24:29:13:22:25 chr11 77378388 . T C 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0114732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.205;QD=16.1548;RBI=0.0178052;REFB=-0.0127363;REVB=0.0136158;RO=32;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178028;STB=0.510043;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0176217;OID=.;OPOS=77378388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:14:13:16:16:14:13:16:16 chr11 77378505 . A G 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0257312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9772;QD=14.0771;RBI=0.0356566;REFB=-0.0146983;REVB=0.0246839;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.599828;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0251114;OID=.;OPOS=77378505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:8:8:8:4:8:8 chr11 77402734 . C A 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.020559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.564;QD=25.0397;RBI=0.0225025;REFB=-0.0321429;REVB=-0.00914822;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302;STB=0.516766;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0236043;OID=.;OPOS=77402734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:10:10:12:14:10:10 chr11 77409568 . T C 265.29 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0601746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.592;QD=15.6054;RBI=0.0628866;REFB=-0.00062568;REVB=0.0182689;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13651;STB=0.576947;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000696694;OID=.;OPOS=77409568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:15:23:14:16:15:23 chr11 77504709 . C T 205.78 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0318652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1972;QD=14.6989;RBI=0.0319029;REFB=0.00504038;REVB=-0.0015499;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850273;STB=0.548299;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00760171;OID=.;OPOS=77504709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:11:13:20:12:11:13:20:12 chr11 77553638 . T C 171.85 PASS AF=0.354839;AO=16;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00741029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.051;QD=11.0874;RBI=0.0144015;REFB=-0.0241131;REVB=-0.0123487;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204977;STB=0.564458;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0676762;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:28:40:16:22:0.354839:6:10:17:11:11:11:24:16 chr11 77583266 . G A 332.1 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0218819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4028;QD=18.977;RBI=0.0717653;REFB=-0.00320048;REVB=0.068348;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259118;STB=0.514419;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00462474;OID=.;OPOS=77583266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:16:19:20:15:16:19:20:15 chr11 77597486 . C T 359.65 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0165895;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.77;QD=17.1261;RBI=0.0181024;REFB=-0.0251964;REVB=-0.00724465;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975174;STB=0.545431;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0380312;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:46:37:38:0.452381:18:19:27:17:18:20:28:18 chr11 77597567 . C T 108.49 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00827253;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.687;QD=12.764;RBI=0.0190291;REFB=-0.00323156;REVB=-0.0171369;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188234;STB=0.611472;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0039562;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:11:10:4:9:11:10 chr11 77597794 . G C 84.05 PASS AF=0.25;AO=10;DP=47;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00586767;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.403;QD=7.00452;RBI=0.0173851;REFB=-0.0132439;REVB=-0.016365;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706445;STB=0.567049;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0582381;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:47:48:35:36:10:12:0.25:4:6:19:16:4:8:21:15 chr11 77614592 . C T 34.68 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=105;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=-0.0184005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.9;QD=1.28429;RBI=0.0230877;REFB=-0.00522305;REVB=-0.0139451;RO=95;SAF=5;SAR=4;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516723;STB=0.547265;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0274588;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:105:108:95:99:9:9:0.0833333:4:5:57:38:4:5:60:39 chr11 77629132 . A AT 324.63 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3506;QD=41.8881;RBI=0.0185294;REFB=0;REVB=-0.0154032;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00171938;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:31:31:0:12:19:0:0:6:0:12:18:0:0 chr11 77734209 . T C 508.18 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0148674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.082;QD=20.7419;RBI=0.0570155;REFB=-0.0134913;REVB=-0.0550429;RO=49;SAF=29;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191534;STB=0.510597;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00759406;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:20:29:30:19:20:29:30:19 chr11 77790653 . T C 3150.14 PASS AF=0.990385;AO=206;DP=208;FAO=206;FDP=208;FR=.;FRO=2;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0209615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6104;QD=60.5796;RBI=0.0271772;REFB=-0.0817376;REVB=-0.0172978;RO=2;SAF=107;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095248;STB=0.505;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00143404;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:208:2:2:206:206:0.990385:99:107:0:2:99:107:0:2 chr11 77909014 . G A 295.77 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00608691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.235;QD=22.3222;RBI=0.00610264;REFB=-0.00112911;REVB=0.000437874;RO=23;SAF=23;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297055;STB=0.665582;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000364559;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:7:23:10:13:7:23:10:13 chr11 77920563 . G T 228.07 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0126186;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.953;QD=17.5441;RBI=0.0180888;REFB=-0.0123588;REVB=0.0129606;RO=27;SAF=18;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170964;STB=0.596777;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.017142;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:7:18:15:12:7:18:15:12 chr11 77920863 . C A 445.33 PASS AF=0.767857;AO=26;DP=56;FAO=43;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0462042;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.2464;QD=31.8093;RBI=0.195263;REFB=0.137469;REVB=0.189718;RO=5;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112668;STB=0.540431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.024726;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:56:56:5:13:26:43:0.767857:15:11:4:1:24:19:8:5 chr11 77920930 . A G 298.28 PASS AF=0.604651;AO=24;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0353885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.247;QD=27.7467;RBI=0.036721;REFB=-0.0341347;REVB=-0.0098023;RO=14;SAF=18;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311625;STB=0.541838;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0183349;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:16:24:26:0.604651:6:18:10:4:6:20:11:5 chr11 77921527 . G C 1025.25 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.37;QD=59.4351;RBI=0.0147035;REFB=0;REVB=0.00968941;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38695e-05;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 208.56 PASS AF=0.30303,0.257576;AO=19,17;DP=67;FAO=20,17;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=9,16;FSAR=11,1;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.00210881,0.0143818;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=284.794,13.0601;QD=12.6402;RBI=0.00997325,0.0165278;REFB=-0.0306154,-0.135518;REVB=0.00974775,-0.00814444;RO=28;SAF=8,15;SAR=11,2;SRF=5;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=0.274382,0.700679;STB=0.671495,0.949631;STBP=0.086,0;TYPE=ins,del;VARB=0.0322861,0.0761951;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303,0.257576:19,17:67:20,17:66:29:9,16:11,1:5:24:99:28:8,15:11,2:5:23 chr11 77930138 . T C 295.17 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0107258;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.336;QD=17.6223;RBI=0.0189042;REFB=-0.0255262;REVB=-0.0155668;RO=35;SAF=20;SAR=12;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615771;STB=0.534392;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.036439;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:35:32:32:0.477612:12:20:24:11:12:20:24:11 chr11 77930345 . T C 480.63 PASS AF=0.484536;AO=48;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0223797;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.973;QD=19.8198;RBI=0.0291365;REFB=-0.0219967;REVB=-0.018657;RO=50;SAF=23;SAR=25;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184029;STB=0.597862;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0179727;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:48:47:0.484536:25:23:34:16:24:23:34:16 chr11 77936166 . A G 256.21 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-8.3393e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.609;QD=22.7744;RBI=0.0665319;REFB=-0.01464;REVB=0.0665318;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170618;STB=0.595793;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0182537;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:10:11:17:7:10:11 chr11 77937800 . G A 327.75 PASS AF=0.346939;AO=27;DP=96;FAO=34;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0284266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.831;QD=13.3774;RBI=0.0289045;REFB=-0.0111313;REVB=-0.00523443;RO=58;SAF=7;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369409;STB=0.617578;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0156922;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:58:58:27:34:0.346939:20:7:33:25:21:13:33:25 chr11 78277277 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0169567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.643;QD=10.0236;RBI=0.0293303;REFB=-0.0165504;REVB=-0.0239319;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480702;STB=0.528424;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0330476;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:19:18:8:10:19:18 chr11 78279790 . T G 255.47 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0201124;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.57;QD=15.4828;RBI=0.0201717;REFB=0.00312689;REVB=0.00154558;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707285;STB=0.539909;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00412657;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:16:13:14:23:16:13:14:23 chr11 81264998 . G T 871.63 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778945;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.981;QD=58.1084;RBI=0.0210156;REFB=0;REVB=0.0195187;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141904;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr11 82443672 . C G 277.26 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000938793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6801;QD=16.3092;RBI=0.0129746;REFB=-0.00175747;REVB=-0.0129406;RO=36;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992344;STB=0.548356;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00276159;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:14:17:16:20:14:17:17:20 chr11 82443750 . CGGGGGGCA CGGGAGGCA,CGGGGGCA,CGGGGGCAG 348.24 PASS AF=0.560976,0.341463,0;AO=16,6,2;DP=41;FAO=23,14,0;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=15,8,0;FSAR=8,6,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0327902,0.0970199,0.0657036;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,3;MLLD=149.184,7.2438,14.9639;QD=33.9741;RBI=0.0398626,0.243882,0.152932;REFB=-0.0428385,-0.11144,-0.129484;REVB=0.0226678,0.223753,-0.138099;RO=5;SAF=11,5,1;SAR=5,1,1;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0.481481,0;SSEP=0,0.647059,0;SSSB=0.300597,0.601011,0.576642;STB=0.599911,0.624826,0.5;STBP=0.037,0.075,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0214247,0.0740995,0;OID=.,.,.;OPOS=82443754,82443751,82443756;OREF=G,G,GCA;OALT=A,-,CAG;OMAPALT=CGGGAGGCA,CGGGGGCA,CGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.560976,0.341463,0:16,6,2:41:23,14,0:41:4:15,8,0:8,6,0:0:4:83:5:11,5,1:5,1,1:0:5 chr11 82443817 . G A 383.25 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0835223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3409;QD=22.8805;RBI=0.0835531;REFB=-0.0164944;REVB=0.00226818;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142089;STB=0.578085;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0164559;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:10:19:18:20:10:19 chr11 82444712 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG 67.7 PASS AF=0,0.515152;AO=6,10;DP=33;FAO=0,17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=0,11;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.032108,0.0330622;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=151.084,11.8912;QD=8.20632;RBI=0.0333642,0.100338;REFB=0.000804607,-0.0287322;REVB=0.00906907,0.0947347;RO=16;SAF=2,8;SAR=4,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.444666,0.0754431;STB=0.5,0.556388;STBP=1,0.555;TYPE=del,del;VARB=0,0.0644751;OID=.,.;OPOS=82444717,82444713;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.515152:6,10:33:0,17:33:16:0,11:0,6:12:4:68:16:2,8:4,2:12:4 chr11 82535963 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0204745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.84;QD=20.4363;RBI=0.0692105;REFB=-0.0228081;REVB=-0.0661127;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241217;STB=0.633715;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.013011;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:12:18:8:18:12:18:8:18 chr11 82973004 . C T 126.71 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.017514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.495;QD=11.2627;RBI=0.017969;REFB=0.0104895;REVB=0.0040179;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292433;STB=0.672196;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0132989;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:20:10:9:6:20:10 chr11 82996986 . A C 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0186518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.825;QD=20.0948;RBI=0.0186689;REFB=-0.0212797;REVB=0.000799529;RO=40;SAF=10;SAR=31;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238938;STB=0.633475;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0195196;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:31:10:19:21:31:10:19:21 chr11 85195025 . A C 3365.23 PASS AF=0.934156;AO=225;DP=242;FAO=227;FDP=243;FR=.;FRO=16;FSAF=69;FSAR=158;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0253228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.789;QD=55.3947;RBI=0.0439694;REFB=0.0449799;REVB=-0.0359452;RO=16;SAF=69;SAR=156;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000865092;STB=0.500664;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.00303986;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:242:243:16:16:225:227:0.934156:156:69:5:11:158:69:5:11 chr11 85195075 . T C 3931.25 PASS AF=0.93007;AO=266;DP=286;FAO=266;FDP=286;FR=.;FRO=20;FSAF=84;FSAR=182;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00196878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.052;QD=54.9825;RBI=0.0046305;REFB=-0.0193352;REVB=0.00419112;RO=19;SAF=84;SAR=182;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501279;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00116558;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:286:286:19:20:266:266:0.93007:182:84:6:13:182:84:6:14 chr11 85195154 . A T 3013.26 PASS AF=0.953488;AO=201;DP=211;FAO=205;FDP=215;FR=.;FRO=10;FSAF=83;FSAR=122;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0530755;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.491;QD=56.0606;RBI=0.0841909;REFB=-0.0925165;REVB=0.0653537;RO=10;SAF=81;SAR=120;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183772;STB=0.509382;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00522332;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:211:215:10:10:201:205:0.953488:120:81:6:4:122:83:6:4 chr11 85195185 . T C 1542.92 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=113;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0132262;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.097;QD=55.1042;RBI=0.0198186;REFB=-0.00656713;REVB=0.0147595;RO=4;SAF=46;SAR=60;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463077;STB=0.50727;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0004098;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:112:4:5:106:107:0.955357:60:46:2:2:60:47:3:2 chr11 85195190 . CA GG 1192.57 PASS AF=0.952941;AO=74;DP=78;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00310268;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.887;QD=56.1209;RBI=0.0408237;REFB=-0.0587003;REVB=0.0407056;RO=4;SAF=34;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282586;STB=0.515175;STBP=0.241;TYPE=mnp;VARB=0.00164637;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:85:4:4:74:81:0.952941:40:34:3:1:46:35:3:1 chr11 85195226 . T C 420.69 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0159922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.019;QD=49.4927;RBI=0.0199317;REFB=-0.0243749;REVB=0.0118963;RO=3;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145355;STB=0.507807;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00254298;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:13:18:2:1:13:18:2:1 chr11 85393897 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.04917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2521;QD=12.3941;RBI=0.0569478;REFB=-0.00790619;REVB=0.028729;RO=24;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300359;STB=0.681514;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0150672;OID=.;OPOS=85393897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:2:12:16:8:2:12:16:8 chr11 85397190 . A G 653.96 PASS AF=0.444444;AO=72;DP=160;FAO=72;FDP=162;FR=.;FRO=90;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0177602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3525;QD=16.1471;RBI=0.0191203;REFB=-0.0159255;REVB=-0.00708262;RO=86;SAF=31;SAR=41;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113791;STB=0.551175;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0189796;OID=.;OPOS=85397190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:86:90:72:72:0.444444:41:31:47:39:41:31:47:43 chr11 85435730 . C T 1237.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873482;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.788;QD=60.3583;RBI=0.0537322;REFB=-0.108779;REVB=-0.0530174;RO=0;SAF=30;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40248e-08;STB=0.508195;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000562707;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:51:30:0:0:51:30:1:0 chr11 85436352 . G A 1997.81 PASS AF=1;AO=127;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239499;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.265;QD=61.4712;RBI=0.00884241;REFB=0;REVB=0.00851189;RO=0;SAF=68;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330168;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:127:130:1:59:68:0:0:60:70:0:0 chr11 85436394 . T C 1677.38 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00227089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.739;QD=60.4461;RBI=0.0322335;REFB=0;REVB=0.0321534;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22307e-06;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:49:62:0:0:49:62:0:0 chr11 85436500 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.859;QD=61.332;RBI=0.0237263;REFB=0;REVB=0.0224701;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40517e-05;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr11 85436699 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.611;QD=63.7508;RBI=0.0680098;REFB=0;REVB=0.064962;RO=0;SAF=64;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0114e-05;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:32:64:0:0:32:64:0:0 chr11 85436868 . G C 973.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.328;QD=58.1393;RBI=0.0342088;REFB=0;REVB=0.00866754;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280846;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:31:33:0:0:33:34:0:0 chr11 85437896 . A C,G 683.72 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,41;DP=43;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218082,0.0259484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.595,64.652;QD=59.4542;RBI=0.0242649,0.0743404;REFB=0,0;REVB=-0.010639,0.0696648;RO=0;SAF=2,25;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.1719e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0361851,-0.00678805;OID=.,.;OPOS=85437896,85437896;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:43:46:0:0:2,41:2,44:0.0434783,0.956522:0,16:2,25:0:0:0,19:2,25:0:0 chr11 85447611 . T C 1472.32 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8517;QD=63.3256;RBI=0.0487037;REFB=0;REVB=0.00651194;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218048;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr11 85456703 . T C 1539.49 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1571;QD=58.6473;RBI=0.0293713;REFB=-0.0482708;REVB=-0.0169254;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939623;STB=0.50495;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000643565;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:50:54:0:1:50:54:0:1 chr11 85565409 . G A 297.94 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0152182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.771;QD=13.6983;RBI=0.0383778;REFB=-0.0126555;REVB=0.0352315;RO=53;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149093;STB=0.560074;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0231877;OID=.;OPOS=85565409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:53:53:32:34:0.390805:20:12:27:26:20:14:27:26 chr11 85669593 . TAAAAAAAG AAAAAATGA,TAAAAAAG,TAAAAATGA,TTAAAAAAG 99.8 PASS AF=0,0.344828,0.137931,0.206897;AO=2,4,2,6;DP=29;FAO=0,10,4,6;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=0,4,4,2;FSAR=0,6,0,4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.322266,-0.0286147,-0.117991,0.259565;FXX=0.147016;HRUN=8,7,7,7;LEN=9,1,3,1;MLLD=104.093,7.46945,108.216,8.57967;QD=13.7657;RBI=0.322555,0.0552708,0.118878,0.261006;REFB=-0.0222426,-0.163265,-0.023934,-0.10464;REVB=0.0136481,0.047287,0.0144965,0.0273886;RO=6;SAF=2,0,2,0;SAR=0,4,0,6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.794076,0,0.794076,0;STB=0.5,0.650903,0.998075,0.66622;STBP=1,0.234,0.001,0.4;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0.0530804,0.106715,0.0276492,0.0145622;OID=.,.,.,.;OPOS=85669593,85669594,85669599,85669594;OREF=TAAAAAAAG,A,AAG,A;OALT=AAAAAATGA,-,TGA,T;OMAPALT=AAAAAATGA,TAAAAAAG,TAAAAATGA,TTAAAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:29:29:6:9:2,4,2,6:0,10,4,6:0,0.344828,0.137931,0.206897:0,4,0,6:2,0,2,0:0:6:0,6,0,4:0,4,4,2:1:8 chr11 85692181 . A C 1568.47 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6962;QD=64.0192;RBI=0.0299138;REFB=0;REVB=0.00377999;RO=0;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152357;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:38:60:0:0:38:60:0:0 chr11 85718641 . T C 2306.52 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.080071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3816;QD=58.0256;RBI=0.0839974;REFB=0.0252797;REVB=0.0253812;RO=4;SAF=70;SAR=85;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143854;STB=0.507565;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00024231;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:4:4:155:155:0.974843:85:70:3:1:85:70:3:1 chr11 85725937 . C T 1266.45 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.363;QD=61.7778;RBI=0.078183;REFB=0;REVB=0.0720093;RO=0;SAF=56;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149143;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:21:56:0:0:23:59:0:0 chr11 85968623 . C T 335.65 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0248947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0446;QD=20.0385;RBI=0.0354097;REFB=-0.0089348;REVB=-0.0251813;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747984;STB=0.534463;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00870897;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:15:20:15:16:15:20:16:16 chr11 86098680 . T C 1451.8 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0110229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2187;QD=59.868;RBI=0.0547364;REFB=-0.0926017;REVB=0.053615;RO=3;SAF=34;SAR=60;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180116;STB=0.50095;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0149602;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:60:34:1:2:60:34:1:2 chr11 86267633 . C T 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0138995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.402;QD=16.0407;RBI=0.0147748;REFB=-0.0134607;REVB=0.00500979;RO=61;SAF=23;SAR=26;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431019;STB=0.524084;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.015115;OID=.;OPOS=86267633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:26:23:26:35:26:23:26:35 chr11 86267714 . C A 534.8 PASS AF=0.459677;AO=57;DP=124;FAO=57;FDP=124;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00786763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.185;QD=17.2517;RBI=0.0254601;REFB=-0.00258901;REVB=-0.024214;RO=67;SAF=27;SAR=30;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107135;STB=0.50596;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.002863;OID=.;OPOS=86267714;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:67:57:57:0.459677:30:27:31:36:30:27:31:36 chr11 86520445 . C T 150.41 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0267108;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.241;QD=11.1415;RBI=0.0290835;REFB=-0.0121631;REVB=-0.011506;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28632;STB=0.667805;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0237735;OID=.;OPOS=86520445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:20:15:13:6:20:15 chr11 86520632 . G A 369.56 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0221327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.068;QD=13.0816;RBI=0.0221401;REFB=-0.00940713;REVB=-0.000572932;RO=68;SAF=28;SAR=16;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255119;STB=0.640386;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0175463;OID=.;OPOS=86520632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:68:69:44:44:0.389381:16:28:27:41:16:28:28:41 chr11 86520752 . G A 166.45 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.015373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.362;QD=14.7956;RBI=0.0165758;REFB=-0.0169792;REVB=-0.00619891;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961317;STB=0.555495;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0260578;OID=.;OPOS=86520752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:9:9:11:16:9:9:11:16 chr11 86660886 . G A 2368.75 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.299;QD=61.129;RBI=0.0154535;REFB=0;REVB=-0.0116677;RO=0;SAF=92;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68055e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:63:92:0:0:63:92:0:0 chr11 87908448 . A G 935.37 PASS AF=0.538462;AO=92;DP=170;FAO=91;FDP=169;FR=.;FRO=78;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0130493;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.077;QD=22.1389;RBI=0.0399683;REFB=0.00890529;REVB=-0.037778;RO=78;SAF=58;SAR=34;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586983;STB=0.524079;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00906237;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:78:78:92:91:0.538462:34:58:44:34:34:57:45:33 chr11 88045583 . A G 1320.31 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3041;QD=62.1323;RBI=0.00460215;REFB=0;REVB=0.000120014;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44994e-05;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:55:30:0:0:55:30:0:0 chr11 88645129 . T A 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.013912;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=294.205;QD=15.6038;RBI=0.0139326;REFB=-0.0130639;REVB=0.00075774;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192067;STB=0.510841;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0161326;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:16:14:17:21:16:14:17:21 chr11 88645211 . G A 233.67 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0825608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.023;QD=24.5964;RBI=0.085551;REFB=-0.0180719;REVB=-0.0224207;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815793;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0164612;OID=.;OPOS=88645211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:7:9:10:12:7:9 chr11 89060002 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0029307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.491;QD=15.2296;RBI=0.0120599;REFB=-0.0251426;REVB=-0.0116984;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182115;STB=0.615987;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0371364;OID=.;OPOS=89060002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:18:19:0.404255:6:12:14:14:6:13:14:14 chr11 89133449 . C T 1845.81 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013914;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.457;QD=61.5272;RBI=0.0168382;REFB=0;REVB=-0.00948287;RO=0;SAF=68;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67747e-05;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:52:68:0:0:52:68:0:0 chr11 89224101 . G T 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0105462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.929;QD=7.24281;RBI=0.0109122;REFB=-0.00519067;REVB=0.00280226;RO=56;SAF=10;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869423;STB=0.55258;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.019504;OID=.;OPOS=89224101;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:10:10:32:24:10:10:32:24 chr11 89224131 . T TCTC 102.61 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0383491;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=3;MLLD=250.648;QD=7.07682;RBI=0.0399769;REFB=-0.0224908;REVB=0.0112914;RO=52;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303239;STB=0.518494;STBP=0.899;TYPE=ins;VARB=0.0602974;OID=.;OPOS=89224132;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258621:15:67:15:58:43:8:7:24:19:99:52:8:7:29:23 chr11 89774448 . G A 50.41 PASS AF=0.0898876;AO=14;DP=176;FAO=16;FDP=178;FR=.;FRO=162;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=77;FWDB=0.0101308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7227;QD=1.13271;RBI=0.0408725;REFB=-0.00226066;REVB=0.039597;RO=162;SAF=9;SAR=5;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135328;STB=0.53461;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0266431;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:176:178:162:162:14:16:0.0898876:5:9:85:77:7:9:85:77 chr11 89774540 . C A 225.02 PASS AF=0.197917;AO=38;DP=196;FAO=38;FDP=192;FR=.;FRO=154;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=94;FSRR=60;FWDB=-0.0190453;FXX=0.0204071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6656;QD=4.68792;RBI=0.0426837;REFB=0.0157346;REVB=-0.0381992;RO=157;SAF=27;SAR=11;SRF=98;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124579;STB=0.59016;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0621017;OID=.;OPOS=89774540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:192:157:154:38:38:0.197917:11:27:98:59:11:27:94:60 chr11 89935586 . G T 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.829;QD=61.5341;RBI=0.018795;REFB=0;REVB=-0.0146817;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.65211e-06;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr11 89939448 . G A 279.38 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0665224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3435;QD=48.5878;RBI=0.0818073;REFB=0.00991212;REVB=-0.0476151;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0158377;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:0:1:14:8:0:1 chr11 91545212 . C G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6871;QD=58.5851;RBI=0.0675129;REFB=0;REVB=0.0674817;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127898;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr11 92087959 . G A 455.35 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00227483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.012;QD=18.0336;RBI=0.00244244;REFB=-0.00899467;REVB=-0.00088918;RO=53;SAF=27;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339199;STB=0.501886;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00917605;OID=.;OPOS=92087959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:21:27:30:23:21:27:30:23 chr11 92088177 . C T 318.41 PASS AF=0.548387;AO=29;DP=58;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00534518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.279;QD=20.5423;RBI=0.00792747;REFB=-0.0130316;REVB=-0.00585439;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453995;STB=0.552161;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00915545;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:28:28:29:34:0.548387:11:18:16:12:11:23:16:12 chr11 92507319 . C T 425.47 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00298306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.444;QD=18.9098;RBI=0.00660152;REFB=-0.0478273;REVB=0.00588909;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603155;STB=0.530817;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0419462;OID=.;OPOS=92507319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:47:43:43:0.477778:25:18:16:29:25:18:17:30 chr11 92531356 . A G 609.6 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.899;QD=60.9595;RBI=0.0146313;REFB=0;REVB=0.00662703;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225371;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr11 92532677 . T C 306.12 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5171;QD=53.2375;RBI=0.0619698;REFB=0;REVB=0.0329977;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230036;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr11 92534442 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.55;QD=59.0182;RBI=0.0446357;REFB=0;REVB=-0.00144866;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37968e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr11 92534952 . G A 71.13 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0569234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2977;QD=5.1729;RBI=0.104211;REFB=-0.00520668;REVB=-0.0872905;RO=44;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337837;STB=0.719597;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0322182;OID=.;OPOS=92534952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:44:44:11:11:0.2:8:3:24:20:8:3:24:20 chr11 92590448 . A G 2094.83 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012085;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.98;QD=62.5321;RBI=0.0391121;REFB=0;REVB=0.0371983;RO=0;SAF=76;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017938;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:131:134:1:55:76:0:0:57:77:0:0 chr11 92625944 . G T 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.01;QD=62.1623;RBI=0.0194203;REFB=0;REVB=0.00335567;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37281e-05;OID=.;OPOS=92625944;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr11 92627848 . A G 1804.16 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.201;QD=61.1581;RBI=0.0281819;REFB=0;REVB=0.00725653;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05883e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:55:63:0:0:55:63:0:0 chr11 92629305 . C T 1422.52 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366596;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0525;QD=61.8485;RBI=0.0570173;REFB=-0.00687358;REVB=-0.0436697;RO=1;SAF=37;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126372;STB=0.506665;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000364931;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:90:91:0.98913:53:37:1:0:54:37:1:0 chr11 92629599 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6936;QD=35.5751;RBI=0.0439983;REFB=0;REVB=-0.0220762;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330889;OID=.;OPOS=92629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:5:2:0:0 chr11 92718127 . G C 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0159715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.337;QD=17.5447;RBI=0.0162148;REFB=-0.0226011;REVB=0.00279864;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.601846;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00624609;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:7:9:11:4:7:9 chr11 93141580 . C A 288.39 PASS AF=0.566038;AO=23;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0195361;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.445;QD=21.7654;RBI=0.0281767;REFB=-0.000801976;REVB=-0.0203044;RO=22;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189373;STB=0.53486;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.011914;OID=.;OPOS=93141580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:23:23:30:0.566038:12:11:11:11:12:18:12:11 chr11 93211736 . T C 394.35 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00315102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.199;QD=17.9252;RBI=0.0438184;REFB=-0.00726302;REVB=0.043705;RO=46;SAF=29;SAR=12;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611432;STB=0.530011;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00574174;OID=.;OPOS=93211736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:12:29:30:16:12:29:31:16 chr11 93211764 . A G 1509.48 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5392;QD=63.5572;RBI=0.0855408;REFB=0;REVB=0.0618434;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746105;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:32:63:0:0:32:63:0:0 chr11 93212254 . C T 1153.3 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.985;QD=60.7002;RBI=0.0274268;REFB=0;REVB=0.012304;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7625e-05;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:24:52:0:0:24:52:0:0 chr11 93402096 . C A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.98772e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.826;QD=55.0954;RBI=0.00890511;REFB=0;REVB=-0.00890502;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46686e-05;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 93408831 . G A 826.82 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297275;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.291;QD=56.0557;RBI=0.0309677;REFB=-0.157146;REVB=-0.00867601;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000368543;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:1:1:57:58:0.983051:33:24:0:1:34:24:0:1 chr11 93425159 . C A 2658.94 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000168454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0579;QD=62.1975;RBI=0.0213072;REFB=0;REVB=0.0213065;RO=0;SAF=104;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91846e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:67:104:0:0:67:104:0:0 chr11 93462607 . A T 1491.57 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1423;QD=58.4931;RBI=0.0273837;REFB=-0.150956;REVB=0.0244592;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.503999;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0016608;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:62:39:0:0:62:39:0:1 chr11 93463726 . T TAG 364.15 PASS AF=0.536232;AO=35;DP=73;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00833427;FXX=0.028165;HRUN=0;LEN=2;MLLD=238.422;QD=21.1103;RBI=0.0211066;REFB=-0.0168086;REVB=0.0193915;RO=34;SAF=34;SAR=1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694547;STB=0.816431;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.00997275;OID=.;OPOS=93463727;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536232:35:73:37:69:32:35:2:20:12:99:34:34:1:20:14 chr11 93464175 . A C 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.00665364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.659;QD=12.4017;RBI=0.109695;REFB=-0.0159102;REVB=0.109493;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36848;STB=0.710894;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0386507;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:24:5:8:8:24:5 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 2267.82 PASS AF=0.0419162,0.91018;AO=7,144;DP=170;FAO=7,152;FDP=167;FR=.;FRO=8;FSAF=7,98;FSAR=0,54;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00688932,-0.00253641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=85.7813,194.501;QD=54.3191;RBI=0.0175899,0.00837216;REFB=-0.0620868,-0.0868801;REVB=0.0161847,0.0079787;RO=11;SAF=7,90;SAR=0,54;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.702518,-0.0412543;STB=0.5,0.519605;STBP=1,0.041;TYPE=snp,ins;VARB=0.0239268,0.0042816;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:170:167:11:8:7,144:7,152:0.0419162,0.91018:0,54:7,90:10:1:0,54:7,98:8:0 chr11 93517873 . GCGA GGA,GGAG,GGGA 794.62 PASS AF=0.0350877,0,0.964912;AO=7,4,40;DP=57;FAO=2,0,55;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,21;FSAR=2,0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193081,0.0235216,0.139225;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=183.18,68.3102,195.238;QD=55.7626;RBI=0.196009,0.0250458,0.142253;REFB=0,0,0;REVB=0.0337566,0.00860401,0.0291923;RO=0;SAF=4,4,8;SAR=3,0,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.0187407,0,0.00331581;OID=.,.,.;OPOS=93517874,93517874,93517874;OREF=C,CGA,C;OALT=-,GAG,G;OMAPALT=GGA,GGAG,GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0350877,0,0.964912:7,4,40:57:2,0,55:57:0:0,0,21:2,0,34:0:0:6:0:4,4,8:3,0,32:0:0 chr11 93517886 . G C 739.33 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.142182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4449;QD=54.7654;RBI=0.142469;REFB=-0.127811;REVB=0.00902392;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00151086;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:32:21:0:0:32:21:0:1 chr11 93797619 . A G 932.95 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141422;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0999;QD=55.6983;RBI=0.0840809;REFB=-0.0153164;REVB=0.082883;RO=2;SAF=22;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987156;STB=0.505364;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000865725;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:42:22:1:1:43:22:1:1 chr11 93845511 . A G 1548.32 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.757;QD=63.8485;RBI=0.0785785;REFB=0;REVB=0.0564913;RO=0;SAF=49;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60774e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:48:49:0:0:48:49:0:0 chr11 93862493 . A C 604.97 PASS AF=0.45;AO=63;DP=141;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=-0.0561614;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9246;QD=17.2849;RBI=0.0600332;REFB=0.0207649;REVB=-0.0212104;RO=78;SAF=42;SAR=21;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028974;STB=0.521732;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0263263;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:78:77:63:63:0.45:21:42:54:24:21:42:54:23 chr11 93913036 . A G 504.83 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0189884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.122;QD=16.1545;RBI=0.0239153;REFB=-0.0143806;REVB=-0.014539;RO=70;SAF=26;SAR=29;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734809;STB=0.541017;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0173976;OID=.;OPOS=93913036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:70:55:55:0.44:29:26:28:42:29:26:28:42 chr11 94231257 . C G 584.35 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0258187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.44;QD=54.3582;RBI=0.0290944;REFB=-0.080713;REVB=0.0134119;RO=3;SAF=21;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185633;STB=0.509913;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00198271;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:43:3:3:40:40:0.930233:19:21:2:1:19:21:2:1 chr11 94231847 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.565;QD=56.9566;RBI=0.0125982;REFB=0;REVB=-0.0111368;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0432e-05;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr11 94245740 . A G 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.155;QD=55.0418;RBI=0.0436918;REFB=-0.165161;REVB=0.0150077;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00386178;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:1:0 chr11 94261255 . C G 2237.9 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234185;FXX=0.0197355;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.117;QD=60.0778;RBI=0.0342052;REFB=-0.0975896;REVB=0.0249313;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638408;STB=0.503355;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0001112;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:149:1:1:148:148:0.993289:74:74:1:0:74:74:1:0 chr11 94279112 . C T 634.49 PASS AF=0.496124;AO=63;DP=128;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0106051;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.843;QD=19.674;RBI=0.0106142;REFB=-0.0120931;REVB=-0.000440657;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848251;STB=0.542656;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0113465;OID=.;OPOS=94279112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:65:63:64:0.496124:32:31:26:39:33:31:26:39 chr11 94282014 . G A 812.3 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.008;QD=57.0037;RBI=0.0208952;REFB=0;REVB=0.0208329;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208207;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:21:34:0:0:21:36:0:0 chr11 94320237 . T C 672.03 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.071189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.828;QD=52.7081;RBI=0.0776829;REFB=-0.117801;REVB=0.0310927;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000758898;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:22:27:0:0:22:27:0:2 chr11 94322352 . AG TA 866.17 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182762;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.053;QD=57.7443;RBI=0.026722;REFB=0;REVB=0.0194948;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000115223;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr11 94326765 . G C 1171.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1659;QD=60.8552;RBI=0.026551;REFB=0;REVB=-0.00857181;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269438;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr11 94337220 . C T 1073.5 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.22;QD=59.6391;RBI=0.0331159;REFB=0;REVB=-0.00622316;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219249;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:31:41:0:0 chr11 94533373 . C T 1350.79 PASS AF=0.505618;AO=135;DP=269;FAO=135;FDP=267;FR=.;FRO=132;FSAF=87;FSAR=48;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.00258739;FXX=0.00743467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.16;QD=20.2366;RBI=0.00629512;REFB=-0.00545303;REVB=0.00573881;RO=125;SAF=87;SAR=48;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494673;STB=0.532342;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00544648;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:267:125:132:135:135:0.505618:48:87:74:51:48:87:77:55 chr11 94602414 . C T 568.54 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0545509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.791;QD=43.7342;RBI=0.0569199;REFB=-0.158094;REVB=0.0162502;RO=7;SAF=27;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444711;STB=0.523799;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00188676;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:52:52:7:7:45:45:0.865385:18:27:3:4:18:27:3:4 chr11 94699507 . A AT,T 1704.28 PASS AF=0.991525,0.00847458;AO=104,7;DP=118;FAO=117,1;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=53,1;FSAR=64,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126089,-0.0116506;FXX=0.00840265;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=27.033,271.674;QD=57.7722;RBI=0.11226,0.0194755;REFB=0,0;REVB=0.11155,-0.0156064;RO=6;SAF=43,7;SAR=61,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00854823,0.793444;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000908122,0.0219975;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:6:0:104,7:117,1:0.991525,0.00847458:61,0:43,7:2:4:64,0:53,1:0:0 chr11 94731759 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.281;QD=59.4343;RBI=0.0585314;REFB=0;REVB=0.0581443;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389831;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr11 94758838 . C T 534.66 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0199325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.426;QD=23.5013;RBI=0.0222481;REFB=-0.00575498;REVB=-0.00988292;RO=41;SAF=32;SAR=18;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282447;STB=0.654991;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00430126;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:41:50:50:0.549451:18:32:12:29:18:32:12:29 chr11 94759726 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0700908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6172;QD=18.8206;RBI=0.103716;REFB=-0.0218375;REVB=-0.0764477;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.545379;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00654755;OID=.;OPOS=94759726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:6:6:4:6:6:6:4:6 chr11 94800902 . G GC 1299.75 PASS AF=1;AO=104;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.189;QD=47.2635;RBI=0.112533;REFB=0;REVB=0.00641895;RO=3;SAF=67;SAR=37;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0019113;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:110:110:110:0:69:41:0:0:24:3:67:37:1:2 chr11 94802776 . G C 324.77 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0151182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.255;QD=17.0929;RBI=0.0158686;REFB=-0.0162831;REVB=0.00482206;RO=41;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923093;STB=0.551669;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0136103;OID=.;OPOS=94802776;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:17:18:25:16:17:18:25:16 chr11 94861862 . A G 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00474849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.419;QD=15.2293;RBI=0.00866142;REFB=-0.00959173;REVB=0.00724376;RO=28;SAF=2;SAR=17;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475607;STB=0.782529;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0176164;OID=.;OPOS=94861862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:17:2:12:16:17:2:12:16 chr11 96116444 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00153222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.979;QD=21.6304;RBI=0.0129253;REFB=-0.0180604;REVB=0.0128342;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404142;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0156485;OID=.;OPOS=96116444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:16:14:10:14:16:14:10:14 chr11 97716872 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.896;QD=49.5992;RBI=0.0897599;REFB=0;REVB=0.0522046;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515139;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 98991112 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.194;QD=60.7161;RBI=0.0157124;REFB=0;REVB=0.0074894;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46309e-05;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr11 99690286 . T G 229.55 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0169878;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.105;QD=11.7718;RBI=0.0170627;REFB=-0.00239888;REVB=-0.0015973;RO=50;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170157;STB=0.606664;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00643243;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:27:28:0.358974:10:17:24:26:10:18:24:26 chr11 99690376 . C T 252.77 PASS AF=0.322917;AO=30;DP=95;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.000992468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5199;QD=10.5321;RBI=0.0248949;REFB=-0.0158077;REVB=-0.0248751;RO=65;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196734;STB=0.622664;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0192532;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:65:30:31:0.322917:12:18:28:37:12:19:28:37 chr11 99690428 . T G 86.86 PASS AF=0.194805;AO=13;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0215691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0554;QD=4.5124;RBI=0.0820131;REFB=-0.000822059;REVB=-0.079126;RO=62;SAF=9;SAR=4;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207789;STB=0.555481;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00618883;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:77:77:62:62:13:15:0.194805:4:9:33:29:6:9:33:29 chr11 100226883 . T A 318.65 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.00232854;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.628;QD=12.746;RBI=0.00659432;REFB=-0.0247545;REVB=0.00616952;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=46;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177185;STB=0.59206;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0365072;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:61:62:38:38:0.38:15:23:46:15:15:23:46:16 chr11 100814570 . A G 1643.32 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012547;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.512;QD=60.3055;RBI=0.00672501;REFB=0;REVB=0.00660692;RO=0;SAF=36;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229193;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:73:36:0:0:74:35:0:0 chr11 100846936 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000146669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.567;QD=56.1909;RBI=0.00593611;REFB=0;REVB=0.0059343;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02634e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr11 100847050 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.873;QD=56.1895;RBI=0.0224027;REFB=0;REVB=0.00148213;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56329e-05;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr11 100847069 . G A 286.77 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0843;QD=52.1408;RBI=0.042668;REFB=0;REVB=-0.0113318;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286728;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr11 100863096 . A G 1067.55 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.535;QD=56.1868;RBI=0.024893;REFB=-0.0156846;REVB=0.0226078;RO=3;SAF=56;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104212;STB=0.509938;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-7.85299e-05;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:3:2:73:74:0.973684:17:56:2:1:17:57:1:1 chr11 100863152 . TC T,TT 321.99 PASS AF=0.455696,0.0506329;AO=31,5;DP=80;FAO=36,4;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=28,1;FSAR=8,3;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0416716,0.0205399;FXX=0.0246883;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.1755,23.8093;QD=16.3032;RBI=0.0445952,0.0311064;REFB=0.0494633,0.0424246;REVB=-0.015881,0.0233606;RO=39;SAF=27,1;SAR=4,4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.257306,-0.542314;STB=0.542832,0.860038;STBP=0.557,0.313;TYPE=del,snp;VARB=-0.0563241,0.00789339;OID=.,.;OPOS=100863153,100863153;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455696,0.0506329:31,5:80:36,4:79:39:28,1:8,3:28:11:99:39:27,1:4,4:28:11 chr11 100863354 . C A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00897313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5739;QD=55.0451;RBI=0.0185966;REFB=-0.117307;REVB=0.0162885;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00158527;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr11 100864367 . G A 1608.3 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.002;QD=59.0201;RBI=0.0239024;REFB=-0.106156;REVB=0.0179501;RO=1;SAF=56;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840107;STB=0.504424;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000397203;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:52:56:1:0:52:56:1:0 chr11 100909991 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00282255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.756;QD=15.7381;RBI=0.017848;REFB=-0.00278549;REVB=0.0176234;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379962;STB=0.502144;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00593609;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:20:16:13:16:20:16 chr11 100921665 . C A 1252.33 PASS AF=0.481618;AO=117;DP=258;FAO=131;FDP=272;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.000134808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.2;QD=18.4166;RBI=0.0115444;REFB=-0.0209842;REVB=0.0115436;RO=141;SAF=49;SAR=68;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705844;STB=0.549013;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0237617;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:272:141:141:117:131:0.481618:68:49:69:72:79:52:69:72 chr11 101771248 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.427;QD=63.5816;RBI=0.0183074;REFB=0;REVB=0.0181312;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37468e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 101826949 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00170084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.683;QD=10.1733;RBI=0.0394585;REFB=-0.0184173;REVB=-0.0394218;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0338883;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr11 101832478 . G T 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8518;QD=42.1707;RBI=0.119953;REFB=0;REVB=-0.0134976;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0080194;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 101833644 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.917;QD=57.1061;RBI=0.0197767;REFB=0;REVB=0.0188667;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40383e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr11 101857758 . G A 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7209;QD=53.9014;RBI=0.0192277;REFB=0;REVB=0.00686322;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229138;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr11 102201848 . G A 286.41 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00470299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.656;QD=15.6938;RBI=0.00672229;REFB=-0.00094968;REVB=-0.00480324;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509085;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00114305;OID=.;OPOS=102201848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:25:15:12:20:25:16 chr11 102398593 . C T 1945.26 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.441;QD=60.7895;RBI=0.0300334;REFB=0;REVB=-0.0200588;RO=0;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283689;OID=.;OPOS=102398593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:128:0:0:123:128:1:50:73:0:0:52:76:0:0 chr11 102477377 . G T 291.45 PASS AF=0.5;AO=28;DP=61;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0362203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6304;QD=18.2157;RBI=0.116544;REFB=-0.057118;REVB=0.110773;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229465;STB=0.608252;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0965573;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:31:32:28:32:0.5:16:12:21:10:17:15:22:10 chr11 102477395 . A G 275.33 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0225617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.835;QD=18.0541;RBI=0.0245048;REFB=-0.00800626;REVB=-0.00956315;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132255;STB=0.573864;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00493944;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:19:12:16:14:19:12 chr11 102495998 . T G 186.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0395881;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6826;QD=18.6797;RBI=0.0511216;REFB=0.0176301;REVB=-0.0323449;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955612;STB=0.554319;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0451846;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:11:8:11:10:11:8:11:10 chr11 102562700 . C T 297.02 PASS AF=0.342342;AO=38;DP=110;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0454735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.676;QD=10.7034;RBI=0.0472579;REFB=-0.00876859;REVB=-0.0128634;RO=72;SAF=13;SAR=25;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154316;STB=0.594303;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0177932;OID=.;OPOS=102562700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:72:73:38:38:0.342342:25:13:34:38:25:13:35:38 chr11 102563739 . C T 1508.79 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00805849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9524;QD=60.3515;RBI=0.00805887;REFB=0.0479235;REVB=7.87426e-05;RO=3;SAF=46;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109644;STB=0.505784;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-2.21105e-05;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:100:3:3:97:97:0.97:51:46:2:1:51:46:2:1 chr11 102567207 . T A 775.21 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9602;QD=53.4625;RBI=0.0858701;REFB=-0.0463457;REVB=0.0849697;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351986;STB=0.501867;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00126763;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:25:31:1:1:25:31:1:1 chr11 102573569 . C A 451.61 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0176012;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.72;QD=17.204;RBI=0.020206;REFB=-0.00941388;REVB=0.00992385;RO=56;SAF=24;SAR=25;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781055;STB=0.543461;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00977008;OID=.;OPOS=102573569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:56:56:49:49:0.466667:25:24:32:24:25:24:32:24 chr11 102576358 . T C 242.47 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0174513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.548;QD=10.429;RBI=0.0473919;REFB=-0.00607719;REVB=0.0440619;RO=63;SAF=18;SAR=12;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108281;STB=0.563276;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00964963;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:12:18:32:31:12:18:32:31 chr11 102576375 . G A 1491.44 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0329;QD=63.4656;RBI=0.107739;REFB=0;REVB=-0.105661;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050013;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr11 102593248 . T C 802.7 PASS AF=0.554745;AO=63;DP=135;FAO=76;FDP=137;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0234759;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2836;QD=23.4365;RBI=0.02422;REFB=0.0172873;REVB=-0.00595738;RO=49;SAF=36;SAR=27;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520217;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0121137;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:49:61:63:76:0.554745:27:36:28:21:32:44:38:23 chr11 102595492 . G A 303.94 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0106369;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.007;QD=31.9938;RBI=0.0210571;REFB=-0.0214778;REVB=-0.018173;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087154;STB=0.540952;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0115934;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:42:38:12:12:25:26:0.684211:13:12:4:8:14:12:4:8 chr11 102650246 . G A 404.89 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=0.00298104;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=377.906;QD=15.8781;RBI=0.00452721;REFB=-0.0047424;REVB=-0.00340721;RO=56;SAF=26;SAR=19;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162035;STB=0.593711;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00638177;OID=.;OPOS=102650246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:56:57:45:45:0.441176:19:26:41:15:19:26:42:15 chr11 102666316 . T C 340.57 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0479617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.896;QD=29.6145;RBI=0.060963;REFB=-0.0035031;REVB=0.0376319;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029278;STB=0.521457;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0027803;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:12:16:9:8:12:17:9:8 chr11 102709425 . A G 484.6 PASS AF=0.567901;AO=44;DP=79;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.047182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.602;QD=23.9309;RBI=0.0505453;REFB=-0.0364468;REVB=0.0181298;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898817;STB=0.537329;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0238636;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:35:35:44:46:0.567901:25:19:19:16:25:21:19:16 chr11 102713465 . A G 387.55 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0119886;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.099;QD=15.6588;RBI=0.0126561;REFB=-0.0100737;REVB=0.00405583;RO=57;SAF=24;SAR=17;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068053;STB=0.500507;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162287;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:17:24:33:24:17:24:34:24 chr11 102713620 . T C 227.54 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0146333;FXX=0.0483793;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.8119;QD=15.4262;RBI=0.0195926;REFB=0.00187778;REVB=0.0130283;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349534;STB=0.523143;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0022638;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:33:26:26:0.440678:10:16:18:13:10:16:19:14 chr11 102736642 . T C 229.75 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0490789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0829;QD=9.0989;RBI=0.0492017;REFB=-0.0136884;REVB=-0.00347435;RO=71;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192887;STB=0.614481;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0166395;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:71:71:30:30:0.29703:9:21:39:32:9:21:39:32 chr11 102738795 . G T 807.32 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8462;QD=56.6541;RBI=0.0559702;REFB=0;REVB=-0.0557203;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471081;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:54:57:1:36:18:0:0:39:18:0:0 chr11 103029516 . A G 889.25 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0589404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.873;QD=56.46;RBI=0.068865;REFB=-0.148167;REVB=0.0356148;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.506327;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000577004;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:23:39:0:0:23:39:1:0 chr11 103047007 . C A 2200.48 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0801462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4712;QD=62.425;RBI=0.134419;REFB=0.0139281;REVB=-0.107913;RO=0;SAF=73;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.000864494;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:67:73:0:0:67:73:1:0 chr11 103057048 . A G 2102.51 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.835;QD=62.2964;RBI=0.0123797;REFB=0;REVB=-0.00625353;RO=0;SAF=74;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1685e-05;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:130:135:1:56:74:0:0:59:76:0:0 chr11 103058126 . C T 1245.9 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.91;QD=61.5258;RBI=0.0197432;REFB=0;REVB=0.0190146;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48777e-05;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr11 103082590 . G A 2961.5 PASS AF=1;AO=185;DP=186;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106196;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.785;QD=63.3475;RBI=0.0107196;REFB=0;REVB=-0.00146083;RO=0;SAF=74;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06386e-05;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:187:0:0:185:187:1:111:74:0:0:112:75:0:0 chr11 103158278 . C T 355.44 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0271105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.199;QD=19.2128;RBI=0.0404917;REFB=-0.0193176;REVB=-0.0300765;RO=37;SAF=23;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686818;STB=0.528315;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0198863;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:13:23:21:16:14:23:21:16 chr11 103229027 . T C 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0324919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1962;QD=17.3234;RBI=0.0390882;REFB=-0.00101308;REVB=0.0217294;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671446;STB=0.538422;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00162884;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:16:9:6:14:16:9 chr11 103274940 . A T 265.63 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00300824;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.627;QD=15.3987;RBI=0.0275886;REFB=-0.0339418;REVB=0.0274241;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0407639;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:39:30:30:0.434783:10:20:26:14:10:20:26:13 chr11 103275034 . G T 234.64 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0545668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9511;QD=14.4392;RBI=0.0651107;REFB=-0.0235351;REVB=-0.0355228;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500632;STB=0.538434;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0138477;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:13:14:21:16:14:14:21:16 chr11 103277984 . G T 114.68 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0934099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3289;QD=7.05718;RBI=0.0960959;REFB=-0.00313147;REVB=0.0225612;RO=48;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157076;STB=0.596146;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00730788;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:6:11:25:23:6:11:25:23 chr11 103278048 . G C 101.66 PASS AF=0.253968;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00583114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.89;QD=6.4548;RBI=0.0164799;REFB=-0.0108555;REVB=-0.0154138;RO=47;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135856;STB=0.60228;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0327831;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:47:47:15:16:0.253968:9:6:24:23:10:6:24:23 chr11 103278083 . C G 159.58 PASS AF=0.375;AO=14;DP=44;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00700235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.207;QD=13.2982;RBI=0.0168419;REFB=-0.0123496;REVB=0.0153172;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201963;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0200492;OID=.;OPOS=103278083;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:48:28:30:14:18:0.375:9:5:15:13:11:7:17:13 chr11 103278129 . C CTCTA 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0137982;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=320.521;QD=5.5756;RBI=0.0174023;REFB=-0.00462791;REVB=0.0106042;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655922;STB=0.542737;STBP=0.868;TYPE=ins;VARB=0.0166705;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:7:31:7:31:24:3:4:9:15:43:24:3:4:9:15 chr11 103279098 . C T 548.55 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0569484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7973;QD=20.5066;RBI=0.0736789;REFB=-0.041234;REVB=-0.0467489;RO=51;SAF=27;SAR=29;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147231;STB=0.580812;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.018678;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:51:51:56:56:0.523364:29:27:16:35:29:27:16:35 chr11 103778154 . C T 1966.49 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.46;QD=61.9368;RBI=0.0196445;REFB=0;REVB=0.012969;RO=0;SAF=61;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02636e-05;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:124:127:1:63:61:0:0:65:62:0:0 chr11 103780455 . A G 1344.03 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.131652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4185;QD=61.0925;RBI=0.149118;REFB=-0.075452;REVB=0.0700278;RO=1;SAF=50;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093831;STB=0.504949;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00190022;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:37:50:1:0:37:50:1:0 chr11 103908735 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00357383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.478;QD=15.7843;RBI=0.00962904;REFB=-0.0306623;REVB=-0.00894126;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.61275;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0301584;OID=.;OPOS=103908735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:12:5:7:7:12:5 chr11 103908968 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00311495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.421;QD=21.511;RBI=0.00712142;REFB=-0.0162269;REVB=0.00640404;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165817;STB=0.602317;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0150126;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:11:10:5:13:11:10:5:14 chr11 103909897 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0525866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.824;QD=10.1418;RBI=0.0534605;REFB=-0.00649199;REVB=-0.0096264;RO=25;SAF=11;SAR=1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441981;STB=0.778928;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0227928;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:1:11:17:8:1:11:17:8 chr11 104758035 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0673;QD=61.3345;RBI=0.0424613;REFB=0;REVB=-0.0415288;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000527685;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr11 104761100 . T C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.202;QD=53.362;RBI=0.0298609;REFB=0.00124864;REVB=0.0270512;RO=1;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=8.24743e-05;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:10:19:1:0:10:19:1:0 chr11 104761206 . C T 728.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1599;QD=57.1658;RBI=0.057765;REFB=0;REVB=-0.0565388;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769696;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:12:39:0:0:12:39:0:0 chr11 104763117 . G A 1101.4 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599942;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.712;QD=60.3504;RBI=0.0295823;REFB=0;REVB=0.0289676;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89593e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr11 104763716 . A G 1116.57 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0260942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.468;QD=56.5354;RBI=0.0261742;REFB=-0.0914094;REVB=-0.00204491;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.504863;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.000281423;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:79:1:3:76:76:0.962025:41:35:0:1:41:35:1:2 chr11 104768000 . G A 575.21 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00631332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7146;QD=57.5211;RBI=0.0339734;REFB=-0.0298722;REVB=0.0333816;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00231791;OID=.;OPOS=104768000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:40:1:1:38:39:0.975:20:18:0:1:21:18:0:1 chr11 104768098 . T C 976.4 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.056;QD=57.4355;RBI=0.0781888;REFB=-0.135229;REVB=0.0744994;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000944518;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr11 104819327 . T C 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000185073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.963;QD=61.0491;RBI=0.00445831;REFB=0;REVB=0.00445446;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51721e-06;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr11 104839222 . A G 804.71 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.386;QD=55.4975;RBI=0.00913381;REFB=-0.185437;REVB=-0.00876292;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000551108;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:24:33:0:0:24:33:1:0 chr11 104869708 . G C 1235.15 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00626055;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.988;QD=58.1245;RBI=0.0307031;REFB=-0.0613207;REVB=0.0300581;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.515786;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000981147;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:85:0:3:82:82:0.964706:36:46:0:0:36:46:3:0 chr11 104874009 . GATT GATG,GAT,TGAT 34.28 PASS AF=0,0.357143,0;AO=2,4,3;DP=29;FAO=0,10,0;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=0,5,0;FSAR=0,5,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0021698,0.107509,0.00340456;FXX=0.096743;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,3;MLLD=96.2807,7.2188,14.1698;QD=4.89712;RBI=0.124204,0.173768,0.0734219;REFB=0.000254023,-0.0162342,-0.0233834;REVB=-0.124185,-0.136518,-0.0733429;RO=13;SAF=0,2,3;SAR=2,2,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.513867,0.128996,0.671217;STB=0.5,0.571289,0.5;STBP=1,0.581,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.119267,-0.0311278,0;OID=.,.,.;OPOS=104874012,104874011,104874009;OREF=T,T,GAT;OALT=G,-,TGA;OMAPALT=GATG,GAT,TGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:29:28:13:18:2,4,3:0,10,0:0,0.357143,0:2,2,0:0,2,3:5:8:0,5,0:0,5,0:7:11 chr11 105223502 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9675;QD=57.3849;RBI=0.0861706;REFB=0;REVB=-0.0857167;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619918;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr11 105850472 . A C 31.59 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=58;FAO=6;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.175308;FXX=0.0689536;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.7787;QD=2.34001;RBI=0.194001;REFB=-0.0350378;REVB=0.0830866;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236656;STB=0.555373;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.182296;OID=.;OPOS=105850472;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:58:54:26:48:8:6:0.111111:3:5:11:15:3:3:27:21 chr11 105878844 . C T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.263;QD=61.3308;RBI=0.0107374;REFB=0;REVB=-0.007473;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.2023e-05;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr11 105969249 . TGTTTTTTTT ATGTTTTTTT,TGTTTTTTTA,TGTTTTTTTTA,TGTTTTTT,TGTTTTTTT 234.52 PASS AF=0,0.378378,0.0810811,0.243243,0.108108;AO=2,8,5,4,4;DP=38;FAO=0,14,3,9,4;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=0,10,3,2,4;FSAR=0,4,0,7,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0904603,-0.0207514,-0.0242062,-0.0496375,-0.0983435;FXX=0.0512689;HRUN=1,12,1,12,12;LEN=3,1,1,2,1;MLLD=13.134,154.749,151.449,9.17093,5.46444;QD=25.3533;RBI=0.118499,0.0512923,0.0510131,0.108731,0.152984;REFB=-0.0514142,-0.0132854,-0.0106991,-0.0628021,-0.0782748;REVB=-0.0765433,-0.0469072,-0.0449043,-0.0967395,-0.117187;RO=2;SAF=2,5,5,2,4;SAR=0,3,0,2,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-0.14689,0,-0.277405,0;STB=0.5,0.5,0.994663,0.730799,0.995896;STBP=1,1,0.25,0.065,0.177;TYPE=mnp,snp,ins,del,del;VARB=-0.0397594,0.028189,0.0210812,0.00973842,-0.123969;OID=.,.,.,.,.;OPOS=105969249,105969258,105969259,105969251,105969251;OREF=TGT,T,-,TT,T;OALT=ATG,A,A,-,-;OMAPALT=ATGTTTTTTT,TGTTTTTTTA,TGTTTTTTTTA,TGTTTTTT,TGTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:33:38:37:2:7:2,8,5,4,4:0,14,3,9,4:0,0.378378,0.0810811,0.243243,0.108108:0,3,0,2,0:2,5,5,2,4:2:0:0,4,0,7,0:0,10,3,2,4:5:2 chr11 107197640 . T C 543.06 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0115691;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.06;QD=19.7476;RBI=0.0356406;REFB=-0.00903818;REVB=0.0337107;RO=54;SAF=35;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131042;STB=0.572404;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.010486;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:54:54:56:56:0.509091:21:35:26:28:21:35:26:28 chr11 107286943 . C T 80.67 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00899157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.868;QD=8.49162;RBI=0.111251;REFB=0.000771119;REVB=-0.110887;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973186;STB=0.559889;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00167022;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:15:12:4:7:15:12 chr11 107299623 . A C 768.37 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.0329781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4747;QD=21.3435;RBI=0.0362014;REFB=-0.00890207;REVB=-0.0149326;RO=70;SAF=40;SAR=34;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147994;STB=0.508132;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00399332;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:70:74:74:0.513889:34:40:39:31:34:40:39:31 chr11 107328544 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0433322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.687;QD=15.1962;RBI=0.044413;REFB=-0.0253377;REVB=-0.00973806;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320474;STB=0.681643;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0295057;OID=.;OPOS=107328544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:5:21:9:9:5:21 chr11 107420530 . A G 335.58 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0337224;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.454;QD=16.7788;RBI=0.0369061;REFB=-0.0136327;REVB=0.0149952;RO=44;SAF=19;SAR=17;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153384;STB=0.585749;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0159583;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:44:44:36:36:0.45:17:19:30:14:17:19:30:14 chr11 107462522 . G C 186.32 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0251532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.044;QD=12.4213;RBI=0.0422486;REFB=-0.0326374;REVB=-0.033945;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283124;STB=0.551678;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.05315;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:37:22:23:0.383333:6:16:19:8:7:16:23:14 chr11 107463159 . A G 743.49 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=0.00911283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.956;QD=21.3953;RBI=0.0235132;REFB=-0.0249166;REVB=0.0216755;RO=67;SAF=33;SAR=39;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121205;STB=0.566549;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0257779;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:39:33:40:27:39:33:40:27 chr11 107535758 . G A 67.18 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0208844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.657;QD=19.1954;RBI=0.0973692;REFB=-0.0272678;REVB=-0.0951032;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0171894;OID=.;OPOS=107535758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:8:8:0.571429:6:2:2:2:6:2:2:3 chr11 107578721 . C G 241.74 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0653203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.967;QD=16.9644;RBI=0.0661093;REFB=-0.0056477;REVB=-0.0101827;RO=30;SAF=22;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38526;STB=0.719445;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0101079;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:5:22:14:16:5:22:14:16 chr11 107799426 . C A 286.96 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.000401039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.005;QD=13.5042;RBI=0.00918535;REFB=-0.0205257;REVB=0.00917659;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108267;STB=0.509267;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0467253;OID=.;OPOS=107799426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:52:32:33:0.388235:16:16:25:24:16:17:26:26 chr11 108043988 . C T 1114.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.36;QD=60.2563;RBI=0.0144891;REFB=0;REVB=0.00206809;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86251e-05;OID=.;OPOS=108043988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:31:43:0:0 chr11 108055962 . A C 479.01 PASS AF=0.397059;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=136;FR=.;FRO=82;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0166635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.295;QD=14.0884;RBI=0.0168178;REFB=-0.0108573;REVB=0.00227316;RO=82;SAF=25;SAR=29;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135588;STB=0.507656;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0154971;OID=.;OPOS=108055962;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:82:54:54:0.397059:29:25:39:43:29:25:39:43 chr11 108093208 . A T 1552.41 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150168;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.524;QD=64.0167;RBI=0.0301094;REFB=0;REVB=0.0260973;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70885e-05;OID=.;OPOS=108093208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr11 108183167 . A G 669.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0249777;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.404;QD=58.1744;RBI=0.0447752;REFB=-0.0997266;REVB=0.0371609;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184224;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00437865;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:1:2:44:44:0.956522:19:25:1:0:19:25:1:1 chr11 108345514 . AG AGA,GA 1464.04 PASS AF=0.941748,0.0485437;AO=92,6;DP=103;FAO=97,5;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=66,5;FSAR=31,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022152,0.0285759;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=189.045,160.666;QD=56.8559;RBI=0.0260504,0.0304973;REFB=-0.0938001,-0.110305;REVB=0.0137081,0.0106536;RO=2;SAF=63,5;SAR=29,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0148115,-0.144764;STB=0.503759,0.5;STBP=0.6,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00239214,0.0158798;OID=.,.;OPOS=108345516,108345514;OREF=-,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:103:103:2:1:92,6:97,5:0.941748,0.0485437:29,1:63,5:2:0:31,0:66,5:1:0 chr11 108380335 . T C 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.751;QD=54.8096;RBI=0.0240913;REFB=-0.0504281;REVB=-0.00645473;RO=2;SAF=36;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255073;STB=0.513509;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00177549;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:26:36:2:0:26:36:2:0 chr11 108381247 . C T 442.93 PASS AF=0.466019;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=103;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00903099;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.374;QD=17.201;RBI=0.0134224;REFB=-0.0128931;REVB=-0.00992982;RO=55;SAF=29;SAR=19;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930763;STB=0.551902;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0166656;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:55:55:48:48:0.466019:19:29:28:27:19:29:28:27 chr11 108384207 . C T 127.21 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00139493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.806;QD=11.5648;RBI=0.00478228;REFB=-0.0126659;REVB=-0.00457432;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313878;STB=0.683981;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0260941;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:20:9:9:6:20:9 chr11 108409784 . T A 501.0 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.000922157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.867;QD=21.7827;RBI=0.00241985;REFB=-0.0251694;REVB=0.00223725;RO=44;SAF=19;SAR=29;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111857;STB=0.561782;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0171909;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:29:19:23:21:29:19:23:21 chr11 109963902 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC 86.41 PASS AF=0.441176,0;AO=11,2;DP=34;FAO=15,0;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13,0;FSAR=2,0;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.085006,-0.092101;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.23,190.032;QD=10.1664;RBI=0.176411,0.0922309;REFB=-0.0943662,-0.0039583;REVB=0.154579,-0.00489347;RO=16;SAF=11,2;SAR=0,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.84125,0.69647;STB=0.836425,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.135816,0;OID=.,.;OPOS=109963903,109963906;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0:11,2:34:15,0:34:19:13,0:2,0:6:13:87:16:11,2:0,0:3:13 chr11 110451885 . A G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00600459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.125;QD=21.7452;RBI=0.00885974;REFB=-0.00496132;REVB=0.00651458;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115419;STB=0.564886;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0036391;OID=.;OPOS=110451885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:7:9:8:11:7:9 chr11 110910870 . C G 62.16 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00437651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.449;QD=7.53395;RBI=0.0517439;REFB=-0.00471169;REVB=-0.0515585;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561578;STB=0.820895;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0361685;OID=.;OPOS=110910870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:22:24:9:9:0.272727:6:3:19:3:6:3:20:4 chr11 110910932 . C G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0173698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.957;QD=9.53619;RBI=0.0175817;REFB=-0.0147116;REVB=0.00272169;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325408;STB=0.692034;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0521006;OID=.;OPOS=110910932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:21:6:6:6:21:6 chr11 111164651 . T C 464.42 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00875422;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.111;QD=16.1539;RBI=0.0115482;REFB=-0.0144896;REVB=-0.00753156;RO=63;SAF=33;SAR=18;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306124;STB=0.674305;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0135119;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:63:64:51:51:0.443478:18:33:21:42:18:33:21:43 chr11 111167557 . A C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0330525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.342;QD=9.0922;RBI=0.0331153;REFB=-0.0133453;REVB=0.00203858;RO=32;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481082;STB=0.529366;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0306141;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:4:9:21:11:4:9:21:11 chr11 111167776 . C G 267.52 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0136561;FXX=0.0638162;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.254;QD=24.3198;RBI=0.0225458;REFB=-0.00810107;REVB=-0.0179395;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897435;STB=0.549959;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00803433;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:13:11:7:13:13:11:7:13 chr11 111167792 . T G 293.32 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00764911;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.086;QD=26.0726;RBI=0.00881364;REFB=-0.066539;REVB=0.00437852;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535076;STB=0.534169;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.04963;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:17:9:6:11:17:9:8:11 chr11 111168767 . C T 404.14 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0115461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.36;QD=19.4768;RBI=0.0295243;REFB=-0.0108775;REVB=-0.027173;RO=42;SAF=18;SAR=23;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341738;STB=0.518993;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00847045;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:23:18:20:22:23:18:20:22 chr11 111325007 . C T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0255133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.869;QD=16.8965;RBI=0.0348186;REFB=0.0115801;REVB=0.023694;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.588044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0147656;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:3:6:8:2:3:6 chr11 111327213 . G A 376.12 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.694;QD=55.7218;RBI=0.115005;REFB=0;REVB=0.00410977;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114356;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:23:27:1:13:10:0:0:14:13:0:0 chr11 111368047 . G T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.031;QD=62.0064;RBI=0.0329857;REFB=0;REVB=-0.0204619;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.82617e-05;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr11 111420364 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.931;QD=59.5017;RBI=0.0475431;REFB=0;REVB=0.042866;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104101;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 763.49 PASS AF=0.9;AO=68;DP=80;FAO=72;FDP=80;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0232872;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=3;MLLD=276.4;QD=38.1746;RBI=0.0234677;REFB=-0.0597147;REVB=0.00290487;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541655;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.00526813;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:68:80:72:80:8:44:28:8:0:14:0:43:25:0:0 chr11 111553893 . T C 453.9 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.757;QD=55.0186;RBI=0.0548587;REFB=-0.160199;REVB=0.0458008;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00168521;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr11 111692182 . G A 350.13 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0466176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2622;QD=28.0107;RBI=0.0466227;REFB=-0.0136074;REVB=0.000688976;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120955;STB=0.566622;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00554681;OID=.;OPOS=111692182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:12:8:17:13:12:8 chr11 111724133 . C T 111.33 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0427415;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0355;QD=13.9159;RBI=0.0591246;REFB=-0.00109277;REVB=-0.0408519;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567282;STB=0.844402;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00275521;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:1:12:10:9:1:12:10:9 chr11 111747297 . A G 438.35 PASS AF=0.372263;AO=51;DP=137;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0480471;FXX=0.00724585;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.4308;QD=12.7986;RBI=0.0493884;REFB=0.0124624;REVB=-0.0114321;RO=86;SAF=24;SAR=27;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681102;STB=0.503874;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0216686;OID=.;OPOS=111747297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:86:86:51:51:0.372263:27:24:41:45:27:24:41:45 chr11 111749349 . A T 1431.57 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=62.2423;RBI=0.0332468;REFB=0;REVB=0.0103294;RO=1;SAF=54;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28911e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:1:0:90:92:1:36:54:1:0:37:55:0:0 chr11 111754574 . A C 112.14 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0186068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2454;QD=16.6129;RBI=0.0902417;REFB=0.0490048;REVB=0.0883026;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0515945;OID=.;OPOS=111754574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:8:6:5:8:8:6 chr11 111781047 . A C 226.32 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00621456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.996;QD=13.5115;RBI=0.00876997;REFB=-0.0129649;REVB=0.00618802;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212529;STB=0.505614;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00683547;OID=.;OPOS=111781047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:40:26:27:0.402985:8:18:27:13:9:18:27:13 chr11 111795085 . C G 117.54 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.091911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2395;QD=26.1202;RBI=0.092258;REFB=-0.0271001;REVB=0.00799441;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385364;STB=0.529366;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0221853;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:12:13:0.722222:4:8:3:2:4:9:3:2 chr11 111848531 . C T 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0282011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9982;QD=14.6855;RBI=0.032047;REFB=-0.0121365;REVB=0.0152219;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165414;STB=0.593997;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0170535;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:20:11:22:21:20:11:22:21 chr11 111853106 . G GC 651.71 PASS AF=1;AO=61;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.5226;QD=40.7316;RBI=0.096273;REFB=-0.0558168;REVB=0.0350501;RO=4;SAF=30;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000950528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00511521;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:66:64:64:0:30:34:0:0:10:4:30:31:2:2 chr11 111896324 . C T 419.44 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00485982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.954;QD=20.2139;RBI=0.00487579;REFB=-0.0180713;REVB=-0.000394268;RO=41;SAF=32;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191084;STB=0.606687;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:10:32:24:17:10:32:24:17 chr11 111908162 . T C 301.98 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0123505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4055;QD=14.3802;RBI=0.0142677;REFB=-0.00909787;REVB=-0.00714364;RO=50;SAF=11;SAR=23;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272858;STB=0.655178;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00612668;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:23:11:29:21:23:11:29:21 chr11 111916647 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0648405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3089;QD=12.5459;RBI=0.0714305;REFB=-0.0106692;REVB=-0.0299672;RO=42;SAF=20;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2239;STB=0.630028;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0171275;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:6:20:25:17:6:20:25:17 chr11 111953919 . GATTAT GATTA,GAT,GATT 511.34 PASS AF=0.545455,0.38961,0.0649351;AO=21,11,16;DP=77;FAO=42,30,5;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21,15,4;FSAR=21,15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207102,-0.0121199,-0.0126991;FXX=0.0253133;HRUN=9,2,1;LEN=1,3,2;MLLD=3.94577,205.31,207.613;QD=26.5629;RBI=0.0948046,0.0154383,0.0135303;REFB=0.0700384,-0.0143204,-0.0168757;REVB=0.0925148,0.00956292,0.00466924;RO=9;SAF=12,5,12;SAR=9,6,4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.129629,0.0967735,0.295738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0946631,-0.00996908,0.0181463;OID=.,.,.;OPOS=111953924,111953920,111953922;OREF=T,ATT,TA;OALT=-,-,-;OMAPALT=GATTA,GAT,GATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.545455,0.38961,0.0649351:21,11,16:77:42,30,5:77:0:21,15,4:21,15,1:0:0:99:9:12,5,12:9,6,4:3:6 chr11 111956989 . C A 1663.47 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00947371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.659;QD=59.4095;RBI=0.0575297;REFB=0.0238049;REVB=0.0567443;RO=0;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000111769;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:112:0:1:110:111:0.991071:42:68:0:0:43:68:0:1 chr11 112065434 . T C 1116.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.069;QD=60.3541;RBI=0.0159355;REFB=0;REVB=0.0153617;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76815e-05;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:36:36:0:0:36:38:0:0 chr11 112088499 . A C 2395.65 PASS AF=0.99375;AO=157;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8216;QD=59.8913;RBI=0.169357;REFB=-0.0217105;REVB=0.168357;RO=2;SAF=106;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182877;STB=0.504761;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00111967;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:159:160:2:1:157:159:0.99375:51:106:0:2:52:107:0:1 chr11 112123095 . A G 413.07 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0252181;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0991;QD=21.4579;RBI=0.0852765;REFB=-0.0073714;REVB=-0.0814625;RO=34;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223741;STB=0.540521;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00545841;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:34:36:41:41:0.532468:17:24:19:15:17:24:18:18 chr11 112223299 . G A 732.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.13;QD=56.3822;RBI=0.017736;REFB=0;REVB=0.00797438;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240275;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:24:26:0:0:25:27:0:0 chr11 112832339 . GC G 237.18 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492204;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7485;QD=45.1769;RBI=0.0812622;REFB=0;REVB=-0.0646598;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00630837;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:21:21:0:14:7:0:0:4:0:12:6:0:0 chr11 112832353 . T C 276.31 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258978;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.586;QD=52.6295;RBI=0.0277362;REFB=0;REVB=0.00992966;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212094;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr11 112832358 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.413;QD=47.8146;RBI=0.030511;REFB=-0.0156228;REVB=0.0156684;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000664319;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:1:0:7:14:1:0 chr11 113103996 . T G 1880.76 PASS AF=0.896104;AO=138;DP=154;FAO=138;FDP=154;FR=.;FRO=16;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.00513046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4542;QD=48.851;RBI=0.00539315;REFB=-0.0804607;REVB=0.00166266;RO=16;SAF=72;SAR=66;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901312;STB=0.547599;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0443956;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:154:154:16:16:138:138:0.896104:66:72:1:15:66:72:1:15 chr11 113111501 . T C 242.31 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0638584;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.7024;QD=21.5388;RBI=0.0680502;REFB=0.0340979;REVB=-0.0235146;RO=22;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904116;STB=0.551133;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0690293;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:22:22:23:23:0.511111:20:3:4:18:20:3:4:18 chr11 113113515 . G A 397.44 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0198768;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.64;QD=20.3813;RBI=0.0388947;REFB=-0.0142231;REVB=-0.0334321;RO=38;SAF=22;SAR=18;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121088;STB=0.566897;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0134636;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:38:38:40:40:0.512821:18:22:26:12:18:22:26:12 chr11 113200709 . G A 2320.09 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0182451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.175;QD=62.2844;RBI=0.0182886;REFB=0.0401292;REVB=-0.00126185;RO=2;SAF=62;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00198057;STB=0.500978;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-3.48106e-05;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:146:147:0.986577:84:62:1:1:84:63:1:1 chr11 113212553 . T C 1529.93 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.199;QD=63.7472;RBI=0.0285055;REFB=0;REVB=0.0160927;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40287e-05;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:36:60:0:0:36:60:0:0 chr11 113264272 . T C 2299.67 PASS AF=1;AO=142;DP=145;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125166;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.067;QD=62.5761;RBI=0.0688639;REFB=0;REVB=0.0677169;RO=1;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157968;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:147:1:0:142:147:1:71:71:0:1:74:73:0:0 chr11 113264470 . A C 753.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0060575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.193;QD=61.5122;RBI=0.0223687;REFB=-0.078494;REVB=0.0215329;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.000271675;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr11 113270369 . G A 732.94 PASS AF=0.461538;AO=77;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=30;FWDB=0.0159784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.533;QD=17.3478;RBI=0.0180049;REFB=-0.0199992;REVB=-0.00829873;RO=90;SAF=47;SAR=30;SRF=60;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584139;STB=0.538687;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0229132;OID=.;OPOS=113270369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:90:91:77:78:0.461538:30:47:60:30:31:47:61:30 chr11 113270374 . C T 2645.13 PASS AF=0.982955;AO=165;DP=170;FAO=173;FDP=176;FR=.;FRO=3;FSAF=112;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0240718;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.318;QD=60.1165;RBI=0.130314;REFB=-0.126143;REVB=0.128072;RO=4;SAF=110;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209403;STB=0.505842;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000621412;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:170:176:4:3:165:173:0.982955:55:110:1:3:61:112:1:2 chr11 113561025 . G A 1180.32 PASS AF=0.558974;AO=109;DP=195;FAO=109;FDP=195;FR=.;FRO=86;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00132261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9814;QD=24.2117;RBI=0.0468642;REFB=0.00674026;REVB=-0.0468455;RO=85;SAF=65;SAR=44;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102793;STB=0.558728;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00550261;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:85:86:109:109:0.558974:44:65:40:45:44:65:40:46 chr11 113561054 . A G 1145.58 PASS AF=0.537688;AO=107;DP=199;FAO=107;FDP=199;FR=.;FRO=92;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0142471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.347;QD=23.0268;RBI=0.0158684;REFB=-0.0214421;REVB=-0.0069875;RO=92;SAF=61;SAR=46;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114775;STB=0.562677;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0121764;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:92:92:107:107:0.537688:46:61:40:52:46:61:40:52 chr11 113561057 . A G 1049.31 PASS AF=0.515306;AO=102;DP=196;FAO=101;FDP=196;FR=.;FRO=95;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.0153769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9651;QD=21.4146;RBI=0.0395343;REFB=-0.00472808;REVB=-0.0364213;RO=92;SAF=59;SAR=43;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124857;STB=0.574195;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00454426;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:92:95:102:101:0.515306:43:59:40:52:42:59:41:54 chr11 113570405 . T C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00477783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.066;QD=24.2041;RBI=0.0224333;REFB=-0.0458311;REVB=-0.0219186;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175824;STB=0.597461;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0146491;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:2:10:11:7:2:10 chr11 113576932 . A G 239.26 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0214512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.149;QD=14.7238;RBI=0.0228758;REFB=-0.0362079;REVB=0.00794664;RO=36;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219515;STB=0.624906;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0488194;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:37:27:28:0.430769:19:8:18:18:20:8:18:19 chr11 113670052 . T A 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.488;QD=58.2347;RBI=0.0441671;REFB=0;REVB=0.0413021;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77226e-05;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr11 113679119 . C T 622.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7281;QD=60.7244;RBI=0.0811527;REFB=0;REVB=0.0811452;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337211;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr11 113803104 . G A 299.89 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.000143159;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0336;QD=16.2105;RBI=0.0197494;REFB=-0.000492891;REVB=-0.0197488;RO=39;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224934;STB=0.515142;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.000554883;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:41:33:33:0.445946:17:16:19:20:17:16:21:20 chr11 113848273 . A T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.139;QD=50.4111;RBI=0.111782;REFB=0;REVB=-0.0468518;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00433823;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 114393652 . C T 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.173;QD=63.1949;RBI=0.0262888;REFB=0;REVB=0.0188083;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38711e-05;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr11 114401577 . T C 1223.74 PASS AF=0.987952;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.207;QD=58.9755;RBI=0.0195488;REFB=-0.132789;REVB=0.0159621;RO=0;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000471013;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:80:82:0.987952:50:30:0:0:50:32:0:1 chr11 114421857 . T C 75.69 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0160056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.202;QD=5.82198;RBI=0.0324953;REFB=-0.00476827;REVB=0.0282801;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154811;STB=0.599815;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0283018;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:7:4:20:21:7:4:20:21 chr11 114421861 . G A 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0340431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4614;QD=6.06119;RBI=0.0395909;REFB=-0.00090966;REVB=0.0202115;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168924;STB=0.608496;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00249789;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:7:4:20:20:7:4:20:20 chr11 114421895 . G A 59.9 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00913934;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=5.44585;RBI=0.00914679;REFB=0.00236687;REVB=0.000369193;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123349;STB=0.510181;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00254741;OID=.;OPOS=114421895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:33:35:9:9:0.204545:5:4:15:18:5:4:16:19 chr11 114421909 . T C 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0457945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2324;QD=4.55438;RBI=0.0588202;REFB=-0.000364782;REVB=0.0369145;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264104;STB=0.679471;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0117664;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:15:15:5:2:15:15 chr11 114421912 . A G 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0365925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.957;QD=4.55555;RBI=0.0486318;REFB=0.00236551;REVB=0.0320318;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264104;STB=0.679471;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00510575;OID=.;OPOS=114421912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:5:2:15:15:5:2:15:15 chr11 114441943 . G A 806.63 PASS AF=0.837838;AO=60;DP=73;FAO=62;FDP=74;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00787056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3224;QD=43.6017;RBI=0.00817871;REFB=-0.0929632;REVB=-0.00222387;RO=0;SAF=14;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.600604;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00581215;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:73:74:0:12:60:62:0.837838:46:14:0:0:47:15:9:3 chr11 114442103 . A G 390.6 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.325;QD=55.7994;RBI=0.0252167;REFB=0;REVB=0.003412;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125283;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:12:13:0:0:15:13:0:0 chr11 114569054 . A G 1518.47 PASS AF=0.990566;AO=96;DP=100;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0607837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5326;QD=57.3007;RBI=0.0646436;REFB=-0.0596275;REVB=0.0220031;RO=1;SAF=55;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854504;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00112586;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:106:1:1:96:105:0.990566:41:55:1:0:49:56:1:0 chr11 114576626 . A T 225.57 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0202012;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.9673;QD=13.2688;RBI=0.0574179;REFB=-0.0107444;REVB=0.0537468;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265375;STB=0.643138;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0183819;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:41:27:27:0.397059:17:10:24:14:17:10:25:16 chr11 115044850 . C A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.0121814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.48;QD=21.5079;RBI=0.0857833;REFB=-0.0105116;REVB=0.084914;RO=15;SAF=16;SAR=1;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292203;STB=0.652937;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00863211;OID=.;OPOS=115044850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:1:16:15:0:1:17:15:0 chr11 116633825 . C T 264.61 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00848914;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.132;QD=17.6403;RBI=0.0143811;REFB=-0.00358245;REVB=-0.0116082;RO=29;SAF=24;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25829;STB=0.654774;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00341848;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:31:29:29:0.483333:5:24:18:11:5:24:19:12 chr11 116661826 . T C 741.19 PASS AF=0.489933;AO=66;DP=142;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.00318013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.125;QD=19.8977;RBI=0.00373272;REFB=-0.021797;REVB=-0.00195449;RO=72;SAF=33;SAR=33;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197212;STB=0.583941;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0198671;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:149:72:76:66:73:0.489933:33:33:51:21:36:37:51:25 chr11 116662579 . C T 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0198629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.035;QD=18.7854;RBI=0.0279783;REFB=-0.00603818;REVB=-0.0197041;RO=32;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131995;STB=0.567859;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00828161;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:33:33:0.5:23:10:14:18:23:10:14:19 chr11 116701535 . T C 193.91 PASS AF=0.434783;AO=15;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0131677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.017;QD=16.862;RBI=0.018303;REFB=-0.0536688;REVB=0.0127127;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.689101;STB=0.715685;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0382889;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:15:20:0.434783:14:1:16:9:15:5:16:10 chr11 116728842 . G A 412.31 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0184209;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7;QD=14.341;RBI=0.0286197;REFB=-0.00224359;REVB=0.0219033;RO=66;SAF=26;SAR=21;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117709;STB=0.566747;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00368065;OID=.;OPOS=116728842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:66:67:47:48:0.417391:21:26:29:37:21:27:30:37 chr11 116729013 . T C 223.99 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00347733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.273;QD=10.6663;RBI=0.0602713;REFB=-0.0388141;REVB=-0.0601709;RO=56;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409288;STB=0.523833;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0670855;OID=.;OPOS=116729013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:13:15:28:28:13:15:28:28 chr11 116729196 . T C 278.06 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0264567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.758;QD=19.8614;RBI=0.0299861;REFB=-0.0339314;REVB=-0.0141142;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261428;STB=0.538436;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0295315;OID=.;OPOS=116729196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:26:29:30:0.535714:13:16:14:10:14:16:16:10 chr11 117042377 . G A 1511.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.339;QD=59.8596;RBI=0.0458916;REFB=0;REVB=0.0208812;RO=0;SAF=59;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110359;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:101:0:0:98:101:1:39:59:0:0:39:62:0:0 chr11 117052757 . G T 118.88 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00719398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.5226;QD=22.6431;RBI=0.0232386;REFB=-0.0620352;REVB=0.0220971;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243242;STB=0.608533;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0040506;OID=.;OPOS=117052757;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:7:6:6:1:7:6:6:2 chr11 117077034 . A G 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0414253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.342;QD=18.3162;RBI=0.0414444;REFB=-0.0130785;REVB=-0.00125813;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964281;STB=0.553838;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0141149;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:16:23:21:22:16:23:21:22 chr11 117099025 . A G 387.1 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0347594;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4664;QD=18.6552;RBI=0.0483788;REFB=0.00434178;REVB=0.0336495;RO=41;SAF=29;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122835;STB=0.573003;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.00119362;OID=.;OPOS=117099025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:41:43:40:40:0.481928:11:29:25:16:11:29:26:17 chr11 117156552 . T C 769.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0109;QD=56.9696;RBI=0.0320412;REFB=0;REVB=0.00952754;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105546;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr11 117160347 . A G 948.24 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397853;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.164;QD=56.6112;RBI=0.0398264;REFB=-0.136902;REVB=0.001808;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185194;STB=0.509801;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000692439;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:65:66:0.985075:25:40:0:1:25:41:0:1 chr11 117163824 . C G 1305.5 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258464;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8897;QD=62.1667;RBI=0.0515972;REFB=0;REVB=0.0446569;RO=0;SAF=60;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042464;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:24:60:0:0:24:60:0:0 chr11 117252489 . T C 1325.33 PASS AF=0.418006;AO=110;DP=313;FAO=130;FDP=311;FR=.,HEALED;FRO=167;FSAF=87;FSAR=43;FSRF=109;FSRR=58;FWDB=0.00560736;FXX=0.012698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.043;QD=17.0461;RBI=0.0180876;REFB=-0.0156411;REVB=-0.0171965;RO=166;SAF=72;SAR=38;SRF=109;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247018;STB=0.510425;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0260803;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:311:166:167:110:130:0.418006:38:72:109:57:43:87:109:58 chr11 117267884 . A G 953.51 PASS AF=0.550898;AO=91;DP=166;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=67;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.01766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9357;QD=22.8385;RBI=0.0333919;REFB=-0.0263559;REVB=-0.0283398;RO=75;SAF=67;SAR=24;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204863;STB=0.606625;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0176302;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:75:75:91:92:0.550898:24:67:39:36:25:67:39:36 chr11 117282800 . G T 134.51 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0516007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.065;QD=8.27765;RBI=0.0589946;REFB=-0.0164531;REVB=0.028596;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22661;STB=0.624875;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0577761;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:10:9:30:15:10:9:30:16 chr11 117304196 . C T 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0433457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1796;QD=10.9399;RBI=0.0438374;REFB=-0.0147764;REVB=-0.00654779;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.035699;OID=.;OPOS=117304196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:10:10:6:5:10:10 chr11 117335722 . T C 552.2 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0233645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5015;QD=23.2507;RBI=0.0404449;REFB=-0.0441348;REVB=0.0330135;RO=43;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108459;STB=0.510897;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0240709;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:43:51:52:0.547368:29:22:18:25:29:23:18:25 chr11 117391966 . G A 486.67 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00245301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.621;QD=16.6383;RBI=0.0704279;REFB=-0.0239425;REVB=0.0703852;RO=63;SAF=28;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198796;STB=0.515498;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0260248;OID=.;OPOS=117391966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:64:53:53:0.452991:25:28:32:31:25:28:32:32 chr11 117403235 . G T 1152.82 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.09;QD=59.8868;RBI=0.0594417;REFB=0;REVB=-0.0025769;RO=0;SAF=16;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35156e-05;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:0:0:71:77:1:55:16:0:0:58:19:0:0 chr11 117693255 . T C 1951.48 PASS AF=0.992188;AO=123;DP=123;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00229634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.001;QD=60.9837;RBI=0.0242099;REFB=0.000361096;REVB=0.0241007;RO=0;SAF=69;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=5.78317e-06;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:128:0:1:123:127:0.992188:54:69:0:0:55:72:0:1 chr11 117693371 . G T 192.96 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00664113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.4;QD=13.7828;RBI=0.0113222;REFB=-0.0263702;REVB=0.00916991;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249013;STB=0.62951;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0455485;OID=.;OPOS=117693371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:33:23:23:0.410714:17:6:15:16:17:6:15:18 chr11 117698762 . G A 300.12 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0125915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.458;QD=16.4448;RBI=0.013032;REFB=0.0272396;REVB=-0.00335955;RO=40;SAF=24;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288387;STB=0.662998;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.035794;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:9:24:18:22:9:24:18:22 chr11 117774146 . C G 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00529716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.127;QD=22.8673;RBI=0.00843208;REFB=-0.00396853;REVB=-0.00656049;RO=28;SAF=18;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942379;STB=0.551839;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00351594;OID=.;OPOS=117774146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:19:18:17:11:19:18:17:11 chr11 117774291 . A C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2819;QD=62.349;RBI=0.0584011;REFB=0;REVB=-0.0054707;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000690723;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 117781435 . A G 945.73 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.163;QD=58.1985;RBI=0.059164;REFB=0;REVB=0.032342;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110326;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:20:41:0:0:21:44:0:0 chr11 117789242 . C G 576.15 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0253265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7219;QD=16.7;RBI=0.0395363;REFB=0.000676184;REVB=-0.0303594;RO=76;SAF=33;SAR=28;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151177;STB=0.504779;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00122129;OID=.;OPOS=117789242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:77:61:61:0.442029:28:33:41:35:28:33:41:36 chr11 117864047 . A G 318.54 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0334331;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.319;QD=20.5507;RBI=0.0629563;REFB=-0.0646501;REVB=0.0533454;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731707;STB=0.558846;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0623243;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:27:29:33:33:0.532258:20:13:13:14:20:13:15:14 chr11 117864113 . G A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0127494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.284;QD=23.5979;RBI=0.0184042;REFB=0.00200027;REVB=0.0132728;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494126;STB=0.527509;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00159496;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:13:8:11:14:13:8 chr11 117864846 . A G 378.88 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0153041;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6627;QD=22.6199;RBI=0.0229274;REFB=-0.0394578;REVB=-0.0170719;RO=27;SAF=24;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463813;STB=0.536404;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0371346;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:27:29:37:38:0.567164:13:24:16:11:14:24:16:13 chr11 117869670 . A G 574.23 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.143;QD=60.4454;RBI=0.0183771;REFB=0;REVB=0.0183765;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02789e-05;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr11 117896135 . C T 1376.49 PASS AF=0.380952;AO=161;DP=418;FAO=160;FDP=420;FR=.;FRO=260;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=154;FSRR=106;FWDB=-0.00785922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.122;QD=13.1094;RBI=0.00787694;REFB=-0.00869528;REVB=-0.000528065;RO=257;SAF=79;SAR=82;SRF=152;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110256;STB=0.564703;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0145381;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:420:257:260:161:160:0.380952:82:79:152:105:82:78:154:106 chr11 117896521 . T A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0326507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.49;QD=18.8206;RBI=0.032652;REFB=0.0131159;REVB=0.00029447;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22735;STB=0.631344;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0225793;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:5:5:3:9:5:5 chr11 117965530 . A G 196.68 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00335727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5902;QD=18.2955;RBI=0.0609908;REFB=-0.0334476;REVB=0.0608983;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102402;STB=0.558082;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0398174;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:14:9:10:10:14:9 chr11 117965595 . C T 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0351424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.567;QD=16.7183;RBI=0.0408718;REFB=-0.0166236;REVB=-0.020869;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0107005;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:9:10:7:9:9:10 chr11 117982495 . T G 908.55 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.268;QD=57.6857;RBI=0.0355017;REFB=0;REVB=0.0317415;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67064e-05;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:27:34:0:0:27:36:0:0 chr11 117988082 . T C 331.02 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-8.66787e-05;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.982;QD=13.1098;RBI=0.0112777;REFB=0.00705888;REVB=0.0112774;RO=62;SAF=21;SAR=18;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283452;STB=0.516121;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0106675;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:62:62:39:39:0.386139:18:21:35:27:18:21:35:27 chr11 118068752 . T C 572.83 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.00342666;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.619;QD=17.7621;RBI=0.00734685;REFB=-0.0216734;REVB=0.00649878;RO=62;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153243;STB=0.535988;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0283658;OID=.;OPOS=118068752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:62:69:60:60:0.465116:29:31:31:31:29:31:31:38 chr11 118074337 . A G 167.88 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0129358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0829;QD=15.6172;RBI=0.0198659;REFB=-0.0305889;REVB=-0.015077;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0425478;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr11 118083664 . A G 357.02 PASS AF=0.352;AO=44;DP=125;FAO=44;FDP=125;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00200874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2496;QD=11.4246;RBI=0.00757373;REFB=-0.00559602;REVB=0.00730249;RO=81;SAF=24;SAR=20;SRF=51;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970941;STB=0.555531;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0103109;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:81:44:44:0.352:20:24:51:30:20:24:51:30 chr11 118107805 . A G 536.05 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00963207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.822;QD=20.2283;RBI=0.0105505;REFB=-0.0243926;REVB=0.00430543;RO=51;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140989;STB=0.507769;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.023496;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:25:30:27:24:25:30:27:24 chr11 118110977 . T C 447.81 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.0470739;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9215;QD=14.1042;RBI=0.0533203;REFB=0.00135156;REVB=-0.0250419;RO=76;SAF=32;SAR=19;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232305;STB=0.631073;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00172809;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:76:76:51:51:0.401575:19:32:31:45:19:32:31:45 chr11 118178007 . C T 122.14 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.187534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.394;QD=20.3567;RBI=0.187605;REFB=-0.00820522;REVB=-0.00516125;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0127844;OID=.;OPOS=118178007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr11 118179197 . A G 813.89 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.617;QD=57.1148;RBI=0.0581576;REFB=0;REVB=-0.000256888;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111383;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr11 118182829 . T A 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00339329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=4.81027;RBI=0.0127243;REFB=0.00343842;REVB=-0.0122635;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152984;STB=0.610783;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.0116551;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:2:4:17:5:2:4:18:5 chr11 118185140 . T C 138.35 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00586567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8832;QD=11.7745;RBI=0.0324466;REFB=0.00385508;REVB=-0.031912;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945386;STB=0.574377;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00527259;OID=.;OPOS=118185140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:16:16:0.340426:8:8:17:12:8:8:19:12 chr11 118221350 . G T 1538.57 PASS AF=1;AO=6;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.9;QD=59.1757;RBI=0.114086;REFB=0;REVB=0.0985991;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209614;OID=.;OPOS=118221350;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:6:104:1:0:6:0:0:50:54:0:0 chr11 118393396 . A G 533.37 PASS AF=0.414286;AO=58;DP=142;FAO=58;FDP=140;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=0.00181982;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7657;QD=15.239;RBI=0.0143695;REFB=-0.0103243;REVB=0.0142538;RO=82;SAF=34;SAR=24;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655524;STB=0.536748;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0104361;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:140:82:82:58:58:0.414286:24:34:53:29:24:34:53:29 chr11 118404804 . G A 184.99 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0759937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5936;QD=18.499;RBI=0.0870656;REFB=-0.0323769;REVB=-0.0424897;RO=20;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671228;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0312503;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:10:9:8:12:10:9:9:12 chr11 118405068 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.455;QD=49.3979;RBI=0.0132615;REFB=0.0351806;REVB=-0.00498619;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0018393;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr11 118405305 . G A 321.08 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0855076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.327;QD=33.7982;RBI=0.0913436;REFB=-0.0071477;REVB=0.0321262;RO=11;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257063;STB=0.514046;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00233927;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:16:11:5:6:16:11:5:6 chr11 118405835 . G A 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0742984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.069;QD=14.4101;RBI=0.0744978;REFB=-0.00632197;REVB=0.00544652;RO=26;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339264;STB=0.738136;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00573402;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:28:18:18:0.391304:16:2:8:18:16:2:10:18 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C 164.8 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0326363;FXX=0;HRUN=1;LEN=8;MLLD=293.039;QD=21.2651;RBI=0.0343106;REFB=-0.0217048;REVB=0.0105873;RO=16;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111988;STB=0.526996;STBP=0.836;TYPE=del;VARB=0.0155432;OID=.;OPOS=118406329;OREF=AGTGTGGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:16:34:17:31:14:3:14:2:12:99:16:2:14:3:13 chr11 118430519 . C T 92.14 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0748202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.961;QD=8.98932;RBI=0.0844479;REFB=-0.0112115;REVB=-0.0391584;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774054;STB=0.547246;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.021601;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:14:15:7:5:14:15 chr11 118471423 . T C 332.45 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0537444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8014;QD=11.8733;RBI=0.0544897;REFB=0.0238969;REVB=0.00898124;RO=71;SAF=27;SAR=14;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469286;STB=0.526879;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0403009;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:14:27:44:27:14:27:44:27 chr11 118472354 . C A 610.55 PASS AF=0.432432;AO=64;DP=148;FAO=64;FDP=148;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0293163;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1273;QD=16.5014;RBI=0.0457746;REFB=-0.0414744;REVB=0.0351549;RO=83;SAF=40;SAR=24;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992934;STB=0.559422;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0526029;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:83:84:64:64:0.432432:24:40:44:39:24:40:44:40 chr11 118505676 . GT G 2273.47 PASS AF=1;AO=146;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.171;QD=60.2244;RBI=0.109561;REFB=0;REVB=-0.107466;RO=0;SAF=97;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.43438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000102354;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:151:151:151:0:99:52:0:0:13:0:97:49:0:0 chr11 118509668 . A G 1434.39 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8217;QD=63.05;RBI=0.0272114;REFB=0;REVB=-0.0126075;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181955;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:39:52:0:0:39:52:0:0 chr11 118509676 . G A 327.56 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.018045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.144;QD=14.3984;RBI=0.0186956;REFB=-0.0184521;REVB=-0.00488902;RO=53;SAF=21;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785197;STB=0.54598;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.024323;OID=.;OPOS=118509676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:36:37:0.406593:15:21:27:26:15:22:28:26 chr11 118512363 . G A 305.9 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00819631;FXX=0.0365809;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3567;QD=15.4887;RBI=0.0685256;REFB=-0.0205437;REVB=-0.0680337;RO=41;SAF=24;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256171;STB=0.641999;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0263039;OID=.;OPOS=118512363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:41:45:33:34:0.43038:9:24:20:21:9:25:23:22 chr11 118516453 . C T 284.61 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0917124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.471;QD=13.3936;RBI=0.0917586;REFB=-0.0102551;REVB=-0.00291252;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753135;STB=0.551251;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0169683;OID=.;OPOS=118516453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:52:52:32:33:0.388235:15:17:24:28:15:18:24:28 chr11 118518751 . G A 292.5 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00188865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.33;QD=14.6251;RBI=0.0192566;REFB=-0.0251714;REVB=0.0191638;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990999;STB=0.560583;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0339402;OID=.;OPOS=118518751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:13:20:32:14:13:20:33:14 chr11 118529017 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.202;QD=54.5169;RBI=0.108187;REFB=0;REVB=0.106494;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959022;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 118529044 . C CG 230.19 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00300078;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.434;QD=40.0324;RBI=0.0186509;REFB=-0.00985263;REVB=-0.0184079;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709089;STB=0.518502;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=0.000367525;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:21:24:22:23:1:13:9:1:0:4:2:12:9:2:0 chr11 118529069 . G C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3026;QD=60.2216;RBI=0.135174;REFB=0;REVB=0.131481;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166701;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 118529078 . GC CC,CT 95.38 PASS AF=0.324324,0;AO=12,21;DP=37;FAO=12,0;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0196068,-0.00963471;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=44.8764,102.063;QD=10.3109;RBI=0.0223566,0.0303163;REFB=-0.0187393,-0.00605173;REVB=0.0107421,-0.0287445;RO=0;SAF=6,15;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.594443,0.5;STBP=0.421,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0402079,0;OID=.,.;OPOS=118529078,118529078;OREF=G,GC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:37:0:25:12,21:12,0:0.324324,0:6,6:6,15:0:0:6,0:6,0:16:9 chr11 118529703 . G A 120.84 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0044119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.111;QD=14.6474;RBI=0.00570134;REFB=-0.00633415;REVB=-0.00361115;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355609;STB=0.691985;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0124731;OID=.;OPOS=118529703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:19:14:14:0.424242:2:12:10:7:2:12:12:7 chr11 118532345 . C T 164.36 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.0207921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.503;QD=13.6966;RBI=0.0243336;REFB=-0.0214181;REVB=-0.0126418;RO=28;SAF=15;SAR=3;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833958;STB=0.535673;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.022304;OID=.;OPOS=118532345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:3:15:22:6:3:15:24:6 chr11 118532376 . A G 91.04 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00983104;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.185;QD=8.27629;RBI=0.183152;REFB=-0.0288523;REVB=-0.182888;RO=32;SAF=11;SAR=1;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272313;STB=0.675076;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0701545;OID=.;OPOS=118532376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:44:32:32:12:12:0.272727:1:11:26:6:1:11:26:6 chr11 118620859 . AAAAT A 170.79 PASS AF=0.636364;AO=16;DP=31;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.017586;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=4;MLLD=332.242;QD=20.7017;RBI=0.0219316;REFB=-0.0179393;REVB=0.0131045;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383112;STB=0.595651;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.0090126;OID=.;OPOS=118620860;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:16:31:21:33:12:7:14:7:5:60:11:3:13:7:4 chr11 118621825 . G GT 659.48 PASS AF=1;AO=68;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.2337;QD=35.6475;RBI=0.156559;REFB=0;REVB=0.156209;RO=4;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00311771;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:73:74:74:0:30:44:0:0:14:4:29:39:0:4 chr11 118622744 . G A 614.28 PASS AF=0.86;AO=49;DP=50;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0326023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7549;QD=49.142;RBI=0.0331778;REFB=-0.00236505;REVB=0.00615274;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.553822;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00108783;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:0:7:49:43:0.86:14:35:0:0:14:29:7:0 chr11 118744706 . A AAAG 43.29 PASS AF=0.857143;AO=2;DP=11;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=82.3963;QD=24.7376;RBI=0.0869691;REFB=-0.226388;REVB=0.0869691;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0391859;OID=.;OPOS=118744707;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:2:11:6:7:1:0:6:0:1:4:9:0:2:0:9 chr11 118757191 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499425;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.244;QD=55.0987;RBI=0.00499938;REFB=0;REVB=0.000226283;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60375e-06;OID=.;OPOS=118757191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:2:24:0:0:2:24:0:0 chr11 118757201 . C G 445.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.442;QD=57.4821;RBI=0.0341343;REFB=0;REVB=0.0338228;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41177e-05;OID=.;OPOS=118757201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr11 118757219 . C G 131.33 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0102352;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5237;QD=13.47;RBI=0.0728689;REFB=-0.00672196;REVB=-0.0721465;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131556;STB=0.606996;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0101845;OID=.;OPOS=118757219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:24:15:15:0.384615:5:10:12:10:5:10:12:12 chr11 118898435 . AC A 1171.06 PASS AF=1;AO=101;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.535;QD=44.1911;RBI=0.129837;REFB=-0.0569395;REVB=0.121378;RO=4;SAF=71;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00426894;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:106:106:106:0:73:33:0:0:15:4:71:30:1:3 chr11 118919206 . T C 919.37 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3052;QD=58.3724;RBI=0.0272584;REFB=0;REVB=0.0267881;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143191;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:23:40:0:0 chr11 118925341 . G A 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0162948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.378;QD=25.4021;RBI=0.0168173;REFB=-0.0203093;REVB=0.00415933;RO=20;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477749;STB=0.518508;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00938581;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:13:21:11:9:13:21:12:9 chr11 118927013 . T C,TC 772.59 PASS AF=0,1;AO=3,55;DP=68;FAO=0,66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290669,0.181322;FXX=0.0294074;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=231.06,19.0721;QD=46.8238;RBI=0.0352215,0.194493;REFB=0.0172353,-0.0482943;REVB=-0.0198915,0.0703548;RO=9;SAF=2,28;SAR=1,27;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.145032,-0.0709423;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0105299,0.0148852;OID=.,.;OPOS=118927013,118927014;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:68:66:9:0:3,55:0,66:0,1:1,27:2,28:7:2:0,28:0,38:0:0 chr11 118940957 . C G 220.9 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00740035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.211;QD=18.033;RBI=0.0117571;REFB=-0.00700355;REVB=-0.00913581;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223682;STB=0.627976;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0111182;OID=.;OPOS=118940957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:14:13:6:16:14:13 chr11 118947634 . C T 287.4 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0172439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.455;QD=38.3194;RBI=0.0286326;REFB=-0.026252;REVB=-0.0228576;RO=6;SAF=18;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245716;STB=0.634495;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0047503;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:6:18:1:5:6:18:1:5 chr11 118949331 . C T 331.98 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0141016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5065;QD=16.1943;RBI=0.0223674;REFB=-0.0167528;REVB=-0.0173622;RO=46;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986782;STB=0.555525;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0171862;OID=.;OPOS=118949331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:20:16:25:21:20:16:25:21 chr11 118952173 . A G 68.03 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0011547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2865;QD=14.3212;RBI=0.0239475;REFB=0.0108159;REVB=0.0239196;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650008;STB=0.538374;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0109963;OID=.;OPOS=118952173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:6:4:3:6:6:4 chr11 118967758 . T C 1291.01 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135829;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.682;QD=62.2172;RBI=0.0148378;REFB=0;REVB=0.0059721;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267916;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr11 118984422 . C T 334.61 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00419572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.612;QD=17.3825;RBI=0.00423077;REFB=-0.0314169;REVB=0.000543446;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470743;STB=0.53245;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0317238;OID=.;OPOS=118984422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:41:36:36:0.467532:18:18:18:22:18:18:18:23 chr11 119005088 . C T 728.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4754;QD=57.1489;RBI=0.0534287;REFB=0;REVB=0.0508311;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047811;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 119005132 . C T 328.83 PASS AF=0.866667;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.108106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.065;QD=43.844;RBI=0.110831;REFB=-0.102828;REVB=0.0244274;RO=4;SAF=5;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110189;STB=0.561019;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00184165;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:25:26:0.866667:20:5:2:2:21:5:2:2 chr11 119043656 . C T 1526.27 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00886421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.768;QD=55.5008;RBI=0.00967587;REFB=-0.121497;REVB=-0.00387922;RO=3;SAF=75;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233498;STB=0.519768;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000566115;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:3:4:106:106:0.963636:31:75:1:2:31:75:1:3 chr11 119052826 . C A 7092.81 PASS AF=1;AO=448;DP=448;FAO=450;FDP=450;FR=.;FRO=0;FSAF=279;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0895973;FXX=0.015317;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4929;QD=63.0472;RBI=0.117747;REFB=0;REVB=0.0763977;RO=0;SAF=277;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371217;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:448:450:0:0:448:450:1:171:277:0:0:171:279:0:0 chr11 119054488 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0224122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.305;QD=19.5011;RBI=0.0385267;REFB=-0.0211308;REVB=0.0313368;RO=35;SAF=29;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2118;STB=0.618924;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0186037;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:7:29:22:13:7:29:22:13 chr11 119059404 . G A 546.88 PASS AF=0.931818;AO=29;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0407943;FXX=0.0434688;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.946;QD=49.7165;RBI=0.0446184;REFB=0.00916606;REVB=0.0180728;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564482;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00373497;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:44:44:0:3:29:41:0.931818:3:26:0:0:6:35:1:2 chr11 119060963 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00572754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.004;QD=16.8228;RBI=0.00728888;REFB=-0.0306868;REVB=-0.00450811;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0202431;OID=.;OPOS=119060963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:2:3:3:4:2:3 chr11 119063908 . C T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0477496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.329;QD=16.5339;RBI=0.0523681;REFB=-0.039032;REVB=0.0215034;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276419;STB=0.667368;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0512157;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:7:15:7:11:7:16 chr11 119065709 . G C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9604;QD=64.4103;RBI=0.0208395;REFB=0;REVB=-0.0166648;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67017e-05;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr11 119177651 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAA,GAAAAAAC 423.12 PASS AF=0.263158,0.210526,0.526316;AO=13,8,17;DP=58;FAO=15,12,30;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,17;FSAR=13,5,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533754,-0.0204966,-0.0203347;FXX=0.0172384;HRUN=13,13,13;LEN=1,2,1;MLLD=3.22423,6.20078,253.327;QD=29.6926;RBI=0.0533812,0.020511,0.0206254;REFB=-0.159768,-0.12361,-0.0300439;REVB=0.000786265,0.00076904,-0.00345054;RO=3;SAF=3,3,9;SAR=10,5,8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118166,0.203264,0.143999;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.029763,0.0526418,0.0126091;OID=.,.,.;OPOS=119177652,119177652,119177658;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAA,GAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.263158,0.210526,0.526316:13,8,17:58:15,12,30:57:0:2,7,17:13,5,13:0:0:63:3:3,3,9:10,5,8:0:3 chr11 119206779 . G C 196.9 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00704143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.266;QD=12.9114;RBI=0.0716963;REFB=-0.0150458;REVB=0.0713497;RO=36;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073806;STB=0.532477;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0204959;OID=.;OPOS=119206779;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:37:24:24:0.393443:13:11:14:22:13:11:15:22 chr11 119207227 . A G 220.84 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0194459;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3621;QD=16.0612;RBI=0.0243406;REFB=-0.0273782;REVB=-0.0146396;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140899;STB=0.583148;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.026022;OID=.;OPOS=119207227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:30:24:25:0.454545:11:13:11:17:12:13:11:19 chr11 119216231 . A G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00963055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.271;QD=13.0313;RBI=0.0127854;REFB=-0.0120044;REVB=-0.00840946;RO=42;SAF=21;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208784;STB=0.62087;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0116199;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:6:21:26:16:6:21:26:16 chr11 119229964 . G A 929.48 PASS AF=0.552147;AO=90;DP=163;FAO=90;FDP=163;FR=.;FRO=73;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00349081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.055;QD=22.8092;RBI=0.00357378;REFB=-0.0230238;REVB=0.000765632;RO=73;SAF=56;SAR=34;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636641;STB=0.53477;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0193479;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:73:73:90:90:0.552147:34:56:40:33:34:56:40:33 chr11 119243612 . T C 403.03 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00074011;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4099;QD=18.9662;RBI=0.0487005;REFB=-0.0445001;REVB=-0.0486949;RO=44;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194546;STB=0.600293;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0369147;OID=.;OPOS=119243612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:40:41:0.482353:22:18:29:15:22:19:29:15 chr11 119244095 . C T 372.36 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0133096;FXX=0.0689576;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.584;QD=18.3879;RBI=0.0180481;REFB=-0.00350113;REVB=-0.0121897;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100939;STB=0.514049;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0106677;OID=.;OPOS=119244095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:81:39:43:38:38:0.469136:16:22:23:16:16:22:26:17 chr11 119251578 . T C 218.65 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0699397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3659;QD=16.8192;RBI=0.0733675;REFB=-0.0412734;REVB=-0.0221636;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564863;STB=0.541632;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0408428;OID=.;OPOS=119251578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:28:24:24:0.461538:13:11:14:13:13:11:15:13 chr11 119252199 . T G 5624.28 PASS AF=1;AO=359;DP=360;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297744;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.386;QD=62.6661;RBI=0.0650108;REFB=-0.0489629;REVB=0.0577918;RO=1;SAF=203;SAR=156;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47472e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:360:359:1:0:359:359:1:156:203:1:0:156:203:0:0 chr11 119290034 . G C 366.22 PASS AF=0.875;AO=29;DP=33;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0057645;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.328;QD=45.778;RBI=0.02679;REFB=0.0732646;REVB=0.0261625;RO=1;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843371;STB=0.642742;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000713653;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:32:1:4:29:28:0.875:5:24:0:1:5:23:0:4 chr11 119510644 . A C 4583.69 PASS AF=0.990066;AO=298;DP=302;FAO=299;FDP=302;FR=.;FRO=3;FSAF=182;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00538934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6392;QD=60.7111;RBI=0.0281664;REFB=-0.193501;REVB=0.027646;RO=3;SAF=182;SAR=116;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121719;STB=0.502867;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00239839;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:302:302:3:3:298:299:0.990066:116:182:0:3:117:182:1:2 chr11 119879425 . T C 1011.87 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00703558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.513;QD=57.8214;RBI=0.08262;REFB=-0.0366458;REVB=0.0823199;RO=1;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995181;STB=0.505153;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00167444;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:47:21:0:1:48:21:0:1 chr11 119993897 . CCT C 499.86 PASS AF=0.85;AO=45;DP=61;FAO=51;FDP=60;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.046182;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.725;QD=33.3237;RBI=0.0569656;REFB=-0.0947526;REVB=0.0333511;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.59996;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.00815363;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.85:45:61:51:60:9:18:33:9:0:27:0:14:31:0:0 chr11 119999191 . A G 1880.47 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0575082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.791;QD=60.6603;RBI=0.0575102;REFB=-0.069691;REVB=0.000482903;RO=1;SAF=78;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605252;STB=0.503184;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000359832;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:45:78:1:0:45:78:1:0 chr11 120042082 . G A 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00102479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.162;QD=20.8118;RBI=0.0235684;REFB=-0.0212713;REVB=-0.0235461;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229903;STB=0.629102;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0300698;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:9:14:8:15:9:14:8:15 chr11 120042087 . T C 272.76 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0168993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1509;QD=24.245;RBI=0.0258355;REFB=-0.00273201;REVB=0.0195419;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198771;STB=0.610531;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00351651;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:7:13:10:15:7:13 chr11 120099658 . A G 841.75 PASS AF=0.455497;AO=86;DP=191;FAO=87;FDP=191;FR=.;FRO=104;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.005466;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.102;QD=17.6283;RBI=0.123622;REFB=-0.00981893;REVB=-0.123501;RO=102;SAF=43;SAR=43;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959379;STB=0.513595;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0125478;OID=.;OPOS=120099658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:102:104:86:87:0.455497:43:43:52:50:44:43:54:50 chr11 120099679 . G A 998.9 PASS AF=0.470588;AO=104;DP=221;FAO=104;FDP=221;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.0119636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.39;QD=18.0797;RBI=0.013364;REFB=-0.0264899;REVB=-0.0059557;RO=117;SAF=51;SAR=53;SRF=62;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037883;STB=0.520914;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0328835;OID=.;OPOS=120099679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:117:117:104:104:0.470588:53:51:62:55:53:51:62:55 chr11 120099791 . C T 699.46 PASS AF=0.414894;AO=75;DP=185;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=46;FWDB=0.0220909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.668;QD=14.8821;RBI=0.0585919;REFB=-0.00876669;REVB=0.0542679;RO=110;SAF=40;SAR=35;SRF=64;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518111;STB=0.525613;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0139331;OID=.;OPOS=120099791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:188:110:110:75:78:0.414894:35:40:64:46:36:42:64:46 chr11 120100597 . G A 225.88 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0255445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.51;QD=13.2869;RBI=0.0272984;REFB=-0.0144332;REVB=0.00962692;RO=41;SAF=20;SAR=7;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122982;STB=0.507037;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0143548;OID=.;OPOS=120100597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:7:20:30:11:7:20:30:11 chr11 120111041 . G C 192.43 PASS AF=0.487179;AO=14;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0198297;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.632;QD=19.7362;RBI=0.0714464;REFB=-0.00994389;REVB=0.0686394;RO=12;SAF=14;SAR=0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.795081;STB=0.606608;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0168569;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:12:19:14:19:0.487179:0:14:10:2:1:18:17:2 chr11 120175749 . A G 1897.52 PASS AF=1;AO=108;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145107;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.829;QD=61.2102;RBI=0.0321035;REFB=0;REVB=-0.028637;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52501e-05;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:108:124:1:43:65:0:0:59:65:0:0 chr11 120198093 . G A 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0240085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.591;QD=15.3758;RBI=0.0266513;REFB=-0.00981089;REVB=-0.0115707;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225663;STB=0.631355;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0317198;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:8:6:8:4:8:6 chr11 120292570 . T A 1313.95 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.585;QD=61.8331;RBI=0.0478194;REFB=0;REVB=0.0291553;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90029e-05;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:85:0:0:80:85:1:44:36:0:0:44:41:0:0 chr11 120312499 . A G 178.52 PASS AF=0.421053;AO=19;DP=53;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0474309;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.18;QD=12.5275;RBI=0.0553248;REFB=-0.0292604;REVB=0.0284807;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119125;STB=0.515406;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0466443;OID=.;OPOS=120312499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:32:33:19:24:0.421053:8:11:15:17:13:11:16:17 chr11 120355230 . A G 261.4 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00509005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9143;QD=12.4478;RBI=0.00539079;REFB=-0.00895834;REVB=0.00177538;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00847128;STB=0.509428;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0175271;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:53:31:31:0.369048:18:13:21:30:18:13:23:30 chr11 120745874 . C T 449.7 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0055054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.051;QD=18.9347;RBI=0.0151418;REFB=-0.00907091;REVB=-0.0141055;RO=49;SAF=26;SAR=19;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102159;STB=0.562266;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0109364;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:50:45:45:0.473684:19:26:23:26:19:26:23:27 chr11 120776001 . G A 1070.83 PASS AF=0.986111;AO=48;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252572;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.088;QD=59.4908;RBI=0.112544;REFB=-0.0436235;REVB=0.109674;RO=0;SAF=39;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000147949;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:0:1:48:71:0.986111:9:39:0:0:31:40:0:1 chr11 120827609 . A G 1037.23 PASS AF=0.973684;AO=71;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.106209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7637;QD=54.5913;RBI=0.109599;REFB=-0.127396;REVB=-0.0270469;RO=5;SAF=38;SAR=33;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331201;STB=0.501438;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0165039;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:5:2:71:74:0.973684:33:38:4:1:33:41:1:1 chr11 120973358 . C CT,T 78.02 PASS AF=0.446809,0;AO=11,5;DP=48;FAO=21,0;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.171566,-0.0117033;FXX=0.020829;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=8.6341,269.186;QD=6.64006;RBI=0.179827,0.0118594;REFB=-0.146619,-0.000999786;REVB=-0.0538793,0.00191821;RO=31;SAF=2,1;SAR=9,4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585234,-0.543887;STB=0.648564,0.5;STBP=0.077,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.197895,0.0596033;OID=.,.;OPOS=120973359,120973358;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:47:31:26:11,5:21,0:0.446809,0:9,4:2,1:22:9:13,0:8,0:17:9 chr11 120996292 . A G 596.36 PASS AF=0.526316;AO=60;DP=114;FAO=60;FDP=114;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0113002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.174;QD=20.925;RBI=0.0122899;REFB=-0.0200346;REVB=-0.00483191;RO=54;SAF=33;SAR=27;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535249;STB=0.529402;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0159613;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:54:54:60:60:0.526316:27:33:33:21:27:33:33:21 chr11 120998942 . C T 857.07 PASS AF=0.533333;AO=80;DP=150;FAO=80;FDP=150;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.0280503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.428;QD=22.8553;RBI=0.0280681;REFB=-0.0156781;REVB=-0.00100102;RO=69;SAF=38;SAR=42;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953065;STB=0.501671;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0120798;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:69:70:80:80:0.533333:42:38:32:37:42:38:33:37 chr11 121000784 . T C 495.43 PASS AF=0.605263;AO=45;DP=75;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0215088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1443;QD=26.0752;RBI=0.042669;REFB=-0.0193125;REVB=-0.0368513;RO=30;SAF=28;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165071;STB=0.592833;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0125592;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:30:30:45:46:0.605263:17:28:12:18:17:29:12:18 chr11 121032978 . G A 482.92 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.291;QD=58.5359;RBI=0.012436;REFB=0;REVB=-0.0102309;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98736e-06;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr11 121367626 . T C 802.59 PASS AF=0.596774;AO=74;DP=124;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00273182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.086;QD=25.8899;RBI=0.0759519;REFB=-0.03338;REVB=-0.0759028;RO=50;SAF=48;SAR=26;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231245;STB=0.512574;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0154223;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:50:74:74:0.596774:26:48:31:19:26:48:31:19 chr11 121403229 . T C 1895.99 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.849;QD=61.6583;RBI=0.035042;REFB=0;REVB=-0.0144736;RO=0;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40341e-05;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:55:68:0:0:55:68:0:0 chr11 121437819 . C G 838.5 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859275;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.818;QD=57.8276;RBI=0.0207946;REFB=0;REVB=0.0189362;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120245;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:30:28:0:0 chr11 121448090 . T G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00741115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.13;QD=15.7383;RBI=0.00812678;REFB=-0.00935611;REVB=0.00333457;RO=36;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112246;STB=0.563087;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00908304;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:12:17:25:11:12:17:25:11 chr11 121461593 . G C 341.24 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.103155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5642;QD=15.8715;RBI=0.108003;REFB=-0.00594474;REVB=0.0319956;RO=49;SAF=15;SAR=22;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207474;STB=0.61676;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00745857;OID=.;OPOS=121461593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:22:15:30:19:22:15:30:19 chr11 121475922 . T A 254.36 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0176938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.353;QD=15.4158;RBI=0.0178774;REFB=-0.0433557;REVB=0.00255533;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160017;STB=0.590844;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0357823;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:20:9:17:20:20:9:17:20 chr11 121491782 . G A 1624.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00659149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.192;QD=60.1571;RBI=0.00997167;REFB=0;REVB=-0.00748241;RO=0;SAF=61;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36037e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:47:61:0:0:47:61:0:0 chr11 122022927 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00735839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.725;QD=13.5516;RBI=0.088666;REFB=-0.0282289;REVB=-0.0883601;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18861;STB=0.607754;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0304477;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:14:21:10:14:14:21 chr11 122322268 . A C 532.2 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0445566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.071;QD=25.6483;RBI=0.0513498;REFB=0.00114125;REVB=0.0255248;RO=33;SAF=17;SAR=32;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141335;STB=0.580835;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000100496;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:34:49:49:0.590361:32:17:6:27:32:17:6:28 chr11 122430682 . C A 236.5 PASS AF=0.4;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00931896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.59;QD=13.5142;RBI=0.026314;REFB=-0.0208856;REVB=-0.0246086;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041077;STB=0.514634;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0224197;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:28:28:0.4:12:16:25:16:12:16:25:17 chr11 122449920 . A C 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0463348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1787;QD=13.954;RBI=0.0464229;REFB=-0.0444574;REVB=-0.00285797;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.594352;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0275008;OID=.;OPOS=122449920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:1:5:5:2:1:6 chr11 122665437 . A G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0102654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.024;QD=17.5989;RBI=0.0113086;REFB=-0.0236707;REVB=-0.00474417;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314597;STB=0.517582;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.027927;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:15:23:28:16:15:23:28:16 chr11 122681254 . T C 128.51 PASS AF=0.56;AO=9;DP=21;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0121955;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.804;QD=20.562;RBI=0.0125965;REFB=-0.0408536;REVB=0.00315313;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495786;STB=0.629034;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0202363;OID=.;OPOS=122681254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:21:25:12:11:9:14:0.56:7:2:9:3:8:6:8:3 chr11 122684355 . G C 83.94 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0434554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.416;QD=15.9877;RBI=0.123038;REFB=-0.0685137;REVB=0.115108;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0703561;OID=.;OPOS=122684355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:19:21:9:10:10:11:0.52381:6:4:6:3:7:4:6:4 chr11 122738261 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.366;QD=56.7066;RBI=0.0535299;REFB=0;REVB=0.0391893;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178588;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr11 122742428 . T G 224.54 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0876425;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=97.6293;QD=42.7694;RBI=0.0880291;REFB=-0.172545;REVB=0.00824075;RO=2;SAF=14;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613239;STB=0.533299;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0102412;OID=.;OPOS=122742428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:21:21:2:2:19:19:0.904762:5:14:2:0:5:14:2:0 chr11 122928622 . A G 48.59 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00825321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.605;QD=14.9496;RBI=0.0102679;REFB=0.00653935;REVB=0.0061086;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.791225;STB=0.83222;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0128828;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:13:6:6:5:6:0.461538:5:0:5:1:5:1:5:1 chr11 122929624 . A G 446.76 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.0141967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.797;QD=16.7011;RBI=0.0151645;REFB=-0.0166174;REVB=0.00533039;RO=58;SAF=21;SAR=28;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700149;STB=0.539068;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0173335;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:28:21:29:29:28:21:29:29 chr11 123598941 . T C 505.52 PASS AF=0.408759;AO=56;DP=137;FAO=56;FDP=137;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00527906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.207;QD=14.7596;RBI=0.01289;REFB=-0.00972729;REVB=-0.0117594;RO=81;SAF=29;SAR=27;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658499;STB=0.537019;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0182088;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:81:81:56:56:0.408759:27:29:47:34:27:29:47:34 chr11 123600475 . A G 664.33 PASS AF=0.546218;AO=65;DP=119;FAO=65;FDP=119;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.00911963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3122;QD=22.3303;RBI=0.0265391;REFB=-0.0115513;REVB=0.024923;RO=54;SAF=29;SAR=36;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136087;STB=0.574495;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00980497;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:54:65:65:0.546218:36:29:33:21:36:29:33:21 chr11 123676413 . G A 273.78 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0213999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7677;QD=19.9109;RBI=0.0217458;REFB=-0.0129;REVB=-0.00386316;RO=25;SAF=6;SAR=22;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201341;STB=0.584313;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0120482;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:28:29:0.527273:22:6:10:15:22:7:10:16 chr11 123753937 . A G 1135.25 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.738;QD=60.5467;RBI=0.025204;REFB=0;REVB=0.022226;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148598;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr11 123754844 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.887;QD=56.9345;RBI=0.044934;REFB=0;REVB=0.0391069;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148042;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr11 123777497 . G A 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.599;QD=57.6704;RBI=0.0636793;REFB=0;REVB=0.0225758;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005295;OID=.;OPOS=123777497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr11 123777536 . G A 763.45 PASS AF=0.965517;AO=53;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0751129;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2812;QD=52.652;RBI=0.0780481;REFB=-0.0290474;REVB=0.0212027;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303767;STB=0.514701;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00232641;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:53:56:0.965517:23:30:2:0:23:33:2:0 chr11 123777986 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.345;QD=57.7124;RBI=0.0529541;REFB=0;REVB=0.00569446;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69941e-05;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr11 123778031 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.474;QD=62.3507;RBI=0.0228193;REFB=0;REVB=0.0161423;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58935e-08;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:31:11:0:0:32:11:0:0 chr11 123778173 . T G 151.09 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7687;QD=40.2912;RBI=0.124004;REFB=-0.152087;REVB=0.0634797;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363094;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0151423;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:15:1:1:13:14:0.933333:12:1:0:1:12:2:0:1 chr11 123811013 . G A 373.07 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0162851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.127;QD=20.442;RBI=0.0222524;REFB=-0.0249403;REVB=0.0151647;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041785;STB=0.521728;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0224336;OID=.;OPOS=123811013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:35:38:38:0.520548:18:20:19:14:18:20:20:15 chr11 123811344 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1071;QD=47.8223;RBI=0.0738327;REFB=0;REVB=-0.0384834;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00342521;OID=.;OPOS=123811344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 123813795 . T C 143.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00064615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.804;QD=15.1571;RBI=0.00105273;REFB=-0.0480565;REVB=-0.0008311;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194315;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0486918;OID=.;OPOS=123813795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:6:10:9:12:6:10:9:13 chr11 123814261 . G A 312.86 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0252214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.262;QD=14.3845;RBI=0.0283552;REFB=0.0023901;REVB=0.0129575;RO=51;SAF=17;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865545;STB=0.542926;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00412053;OID=.;OPOS=123814261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:52:35:35:0.402299:18:17:29:22:18:17:29:23 chr11 123814356 . G A 369.38 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0608629;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7143;QD=18.9425;RBI=0.0707472;REFB=-0.00837297;REVB=-0.0360676;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.512814;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00664565;OID=.;OPOS=123814356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:40:38:38:0.487179:19:19:19:20:19:19:19:21 chr11 123814478 . A G 137.85 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0720972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.999;QD=11.4873;RBI=0.0721038;REFB=-0.00747222;REVB=-0.000975072;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134171;OID=.;OPOS=123814478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:9:7:14:18:9:7:14:18 chr11 123814555 . C A 35.34 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0372214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.529;QD=5.4371;RBI=0.0613973;REFB=0.0119284;REVB=-0.0488283;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0373412;OID=.;OPOS=123814555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:9:11:4:2:9:11 chr11 123847473 . A G 350.1 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0307996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8837;QD=22.9575;RBI=0.0474405;REFB=-0.0124322;REVB=0.036083;RO=25;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275905;STB=0.642124;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00742205;OID=.;OPOS=123847473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:20:15:20:5:20:15:20:6 chr11 123848121 . T C 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0322187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3384;QD=11.016;RBI=0.0637888;REFB=0.00982774;REVB=0.0550542;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.011478;OID=.;OPOS=123848121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr11 123848212 . C T 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0143311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.962;QD=18.9494;RBI=0.0470884;REFB=-0.0070547;REVB=-0.0448546;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162654;STB=0.509084;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.006501;OID=.;OPOS=123848212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:14:13:14:14:14:13 chr11 123886307 . CA CG,TG 1696.4 PASS AF=0.508621,0.491379;AO=58,58;DP=117;FAO=59,57;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=28,26;FSAR=31,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185345,-0.00225047;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=58.0922,65.1186;QD=58.4966;RBI=0.0419789,0.0361127;REFB=0,0;REVB=0.0376656,0.0360425;RO=0;SAF=28,26;SAR=30,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.09576e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0176645,-0.00775771;OID=.,.;OPOS=123886308,123886307;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:117:116:0:0:58,58:59,57:0.508621,0.491379:30,32:28,26:0:0:31,31:28,26:0:0 chr11 123886466 . C T 42.58 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.015265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.332;QD=5.00916;RBI=0.017031;REFB=-0.0088684;REVB=0.00755203;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107181;STB=0.571225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0333104;OID=.;OPOS=123886466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:14:13:4:3:14:13 chr11 123886681 . A G 1016.08 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0229499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4121;QD=54.191;RBI=0.0248418;REFB=-0.0208279;REVB=0.00950892;RO=4;SAF=46;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162306;STB=0.508597;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00133428;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:4:4:71:71:0.946667:25:46:2:2:25:46:2:2 chr11 123886717 . G A 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0652305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.311;QD=4.91546;RBI=0.0653282;REFB=-0.00708122;REVB=-0.00357106;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170729;STB=0.59985;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0203175;OID=.;OPOS=123886717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:50:51:13:13:0.203125:7:6:30:20:7:6:30:21 chr11 123886822 . C T 456.27 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0116138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.878;QD=17.8928;RBI=0.0183994;REFB=-0.0246797;REVB=-0.0142709;RO=53;SAF=32;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838668;STB=0.538147;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0382725;OID=.;OPOS=123886822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:53:48:49:0.480392:16:32:31:22:17:32:31:22 chr11 123886865 . T A 1558.24 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775954;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9645;QD=59.9325;RBI=0.104344;REFB=0;REVB=0.0697616;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754533;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:35:69:0:0:35:69:0:0 chr11 123886984 . A G 1414.16 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.996;QD=62.8517;RBI=0.045187;REFB=0;REVB=-0.044972;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68575e-05;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:34:55:0:0:34:56:0:0 chr11 123887164 . A C 585.15 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03324;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.598;QD=58.5147;RBI=0.0420109;REFB=-0.134172;REVB=-0.0256909;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00133529;OID=.;OPOS=123887164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:18:21:1:0:18:21:1:0 chr11 123887184 . T G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.128;QD=58.1402;RBI=0.0436133;REFB=0;REVB=0.0338626;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245629;OID=.;OPOS=123887184;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr11 123893745 . C T 717.66 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0198075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6575;QD=18.7624;RBI=0.0200135;REFB=-0.00960938;REVB=0.00286388;RO=78;SAF=41;SAR=34;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195535;STB=0.510789;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0111348;OID=.;OPOS=123893745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:78:78:75:75:0.490196:34:41:41:37:34:41:41:37 chr11 123893904 . C T 54.33 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00531368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0524;QD=8.69357;RBI=0.0105622;REFB=-0.0103734;REVB=0.00912829;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162757;STB=0.59976;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0232307;OID=.;OPOS=123893904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:11:6:4:4:11:6 chr11 123894119 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00272088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.139;QD=14.7986;RBI=0.0304089;REFB=-0.00899613;REVB=-0.0302869;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443837;STB=0.762192;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00959778;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:5:8:2:9:5:8 chr11 123894136 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.071;QD=57.194;RBI=0.0558327;REFB=0;REVB=-0.0512721;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139305;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr11 123894234 . A G 456.05 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=85;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0166449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.079;QD=20.9678;RBI=0.0212992;REFB=-0.0179709;REVB=-0.0132893;RO=41;SAF=23;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980034;STB=0.563786;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0113927;OID=.;OPOS=123894234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:41:42:44:45:0.517241:21:23:26:15:22:23:27:15 chr11 123894246 . A G 425.63 PASS AF=0.460784;AO=46;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.00493022;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3396;QD=16.6914;RBI=0.0216164;REFB=-0.00734834;REVB=-0.0210467;RO=52;SAF=23;SAR=23;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110041;STB=0.569259;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00867026;OID=.;OPOS=123894246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:55:46:47:0.460784:23:23:32:20:24:23:34:21 chr11 123894317 . G T 424.25 PASS AF=0.45283;AO=42;DP=102;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00571496;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.388;QD=16.0094;RBI=0.0101232;REFB=-0.0064949;REVB=0.00835577;RO=58;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136162;STB=0.501968;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00860605;OID=.;OPOS=123894317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:58:58:42:48:0.45283:23:19:27:31:25:23:28:30 chr11 123894329 . C G 372.22 PASS AF=0.413462;AO=41;DP=102;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0141528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.835;QD=14.3162;RBI=0.0171184;REFB=-0.0120023;REVB=-0.00963009;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733897;STB=0.540401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0150901;OID=.;OPOS=123894329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:61:61:41:43:0.413462:20:21:27:34:21:22:27:34 chr11 123894402 . A G 226.81 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00337127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.068;QD=13.3415;RBI=0.0839882;REFB=-0.0274331;REVB=0.0839205;RO=40;SAF=12;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099968;STB=0.556921;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0676078;OID=.;OPOS=123894402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:16:12:21:19:16:12:21:19 chr11 123894556 . A G 120.37 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00281429;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.349;QD=21.8863;RBI=0.0431942;REFB=0.0119666;REVB=-0.0431025;RO=6;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284443;STB=0.67316;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00553495;OID=.;OPOS=123894556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:6:9:13:13:0.590909:2:11:3:3:2:11:5:4 chr11 123900694 . A G 387.64 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0153914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.279;QD=15.9852;RBI=0.0247059;REFB=-0.00835577;REVB=-0.0193258;RO=55;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177141;STB=0.59489;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0110387;OID=.;OPOS=123900694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:16:25:24:31:16:25:25:31 chr11 123900916 . C T 460.46 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0363456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8059;QD=23.9202;RBI=0.0373087;REFB=-0.0162725;REVB=-0.00842268;RO=32;SAF=23;SAR=21;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177103;STB=0.601747;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0152469;OID=.;OPOS=123900916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:21:23:24:8:21:23:25:8 chr11 123909099 . G T 764.09 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=134;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00559263;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.862;QD=23.3309;RBI=0.00648537;REFB=-0.023831;REVB=0.00328368;RO=53;SAF=27;SAR=45;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784178;STB=0.523132;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0190693;OID=.;OPOS=123909099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:131:53:59:72:72:0.549618:45:27:25:28:45:27:25:34 chr11 123909627 . T C 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.742;QD=47.8791;RBI=0.0227329;REFB=-0.0432479;REVB=-0.0170636;RO=2;SAF=22;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111345;STB=0.560457;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00661398;OID=.;OPOS=123909627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:3:22:1:1:3:22:1:1 chr11 123909637 . G T 142.19 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00874725;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.182;QD=17.7743;RBI=0.0969174;REFB=-0.0290622;REVB=-0.0965218;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241663;STB=0.554844;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0141769;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:8:16:13:15:0.46875:2:11:8:0:4:11:13:3 chr11 123909695 . G C 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00810833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.325;QD=54.6519;RBI=0.0746497;REFB=-0.152933;REVB=0.0742081;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00102641;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:29:23:0:0:29:23:0:1 chr11 124006972 . G T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0128142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.882;QD=17.0593;RBI=0.0165724;REFB=-0.0329891;REVB=0.0105092;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107452;STB=0.560002;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0395404;OID=.;OPOS=124006972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:13:20:27:11:13:20:27:11 chr11 124006993 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0496997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2644;QD=16.4079;RBI=0.0554828;REFB=-0.00382611;REVB=0.0246633;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180526;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00717346;OID=.;OPOS=124006993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:19:10:11:10:19:10 chr11 124015994 . C T 1476.11 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512825;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.235;QD=63.4888;RBI=0.0516719;REFB=0;REVB=-0.00633194;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117613;OID=.;OPOS=124015994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr11 124056377 . T C 1509.16 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3951;QD=63.5434;RBI=0.028461;REFB=0;REVB=0.0243716;RO=0;SAF=60;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167531;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:35:60:0:0:35:60:0:0 chr11 124056566 . G A 284.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0729603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6077;QD=23.2437;RBI=0.0850208;REFB=-0.0597353;REVB=0.0436501;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101251;STB=0.546715;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0488735;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:11:15:10:12:11:15:11:12 chr11 124056581 . A G 177.49 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0036508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.19;QD=14.489;RBI=0.0120189;REFB=0.000309685;REVB=0.011451;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136499;STB=0.588772;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.000312447;OID=.;OPOS=124056581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:11:8:16:13:11:8:17:13 chr11 124056731 . AT A,AC,AG 579.47 PASS AF=0,0.025641,0.974359;AO=9,2,27;DP=40;FAO=0,1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,26;FSAR=0,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434812,0.0257946,0.0475634;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=64.9529,50.7574,76.8759;QD=59.4332;RBI=0.0464047,0.031031,0.065185;REFB=0,0,0;REVB=0.0162104,0.0172498,0.0445737;RO=1;SAF=8,2,16;SAR=1,0,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0524171,0,-0.0281787;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0683131,0.0372983,0.00782208;OID=.,.,.;OPOS=124056732,124056732,124056732;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=A,AC,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.025641,0.974359:9,2,27:40:0,1,38:39:0:0,1,26:0,0,12:0:0:4:1:8,2,16:1,0,11:1:0 chr11 124056787 . G A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.313;QD=58.1421;RBI=0.058894;REFB=0;REVB=-0.0537232;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190542;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr11 124095494 . C T 720.19 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=54;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=31;FWDB=0.00323924;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.712;QD=16.9457;RBI=0.00485833;REFB=-0.0197167;REVB=-0.00362087;RO=93;SAF=54;SAR=23;SRF=62;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399117;STB=0.5222;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0221651;OID=.;OPOS=124095494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:77:77:0.452941:23:54:62:31:23:54:62:31 chr11 124121199 . G C 650.21 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00367392;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.391;QD=18.5774;RBI=0.0104733;REFB=-0.00746174;REVB=0.00980782;RO=72;SAF=45;SAR=21;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129511;STB=0.573631;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00680134;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:74:66:66:0.471429:21:45:40:32:21:45:41:33 chr11 124134743 . G A 35.86 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0121568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2109;QD=6.5195;RBI=0.063721;REFB=-0.0802742;REVB=-0.0625506;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.108875;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr11 124135009 . G A 221.28 PASS AF=0.381579;AO=26;DP=73;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0339873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0353;QD=11.6461;RBI=0.0353579;REFB=-0.011947;REVB=-0.00974909;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156639;STB=0.502405;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0131558;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:44:47:26:29:0.381579:11:15:26:18:11:18:29:18 chr11 124135438 . G A 328.51 PASS AF=0.486111;AO=36;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0170527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1648;QD=18.2506;RBI=0.0463218;REFB=-0.0133009;REVB=-0.0430687;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142768;STB=0.51612;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0233688;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:37:36:35:0.486111:20:16:15:20:20:15:17:20 chr11 124135481 . C T 346.05 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0182578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.494;QD=19.4958;RBI=0.042651;REFB=-0.0314495;REVB=0.0385456;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108324;STB=0.506021;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0327756;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:21:15:15:20:21:15:15:20 chr11 124179835 . C T 740.07 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00169944;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6526;QD=22.2579;RBI=0.00180817;REFB=-0.00487448;REVB=0.000617577;RO=60;SAF=39;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288445;STB=0.507173;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0050663;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:60:62:71:71:0.533835:32:39:35:25:32:39:35:27 chr11 124180082 . A G 158.52 PASS AF=0.64;AO=14;DP=23;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00507918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.039;QD=25.3634;RBI=0.0207395;REFB=-0.0422519;REVB=0.0201079;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682412;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0219166;OID=.;OPOS=124180082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:25:9:9:14:16:0.64:8:6:3:6:9:7:3:6 chr11 124180282 . A C 315.54 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0223733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.389;QD=24.2724;RBI=0.0311595;REFB=0.00670184;REVB=-0.0216875;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833344;STB=0.520697;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00225776;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:9:22:14:6:9:22:14:7 chr11 124189306 . G A 492.18 PASS AF=0.505155;AO=39;DP=90;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0470186;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.0948;QD=20.2959;RBI=0.0525581;REFB=-0.0385862;REVB=0.0234863;RO=35;SAF=30;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25727;STB=0.62394;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0211203;OID=.;OPOS=124189306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:97:35:48:39:49:0.505155:9:30:18:17:15:34:22:26 chr11 124189729 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00495332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.464;QD=25.4947;RBI=0.0365656;REFB=0.0138107;REVB=0.0362285;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00537774;OID=.;OPOS=124189729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:4:3:7:7:4:3 chr11 124190137 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0408421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.752;QD=19.5232;RBI=0.0414549;REFB=-0.0225533;REVB=0.00710172;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135393;STB=0.576816;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0217432;OID=.;OPOS=124190137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:4:8:7:7:4:8 chr11 124266912 . A G 698.71 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0866735;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3716;QD=54.8008;RBI=0.0950387;REFB=-0.192557;REVB=0.038988;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00386591;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:51:0:1:50:50:0.980392:23:27:0:0:23:27:1:0 chr11 124267177 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.788;QD=33.4284;RBI=0.00467845;REFB=0;REVB=-0.00329486;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54649e-07;OID=.;OPOS=124267177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 124293857 . A C 435.92 PASS AF=0.630769;AO=40;DP=64;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00173911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.986;QD=26.8256;RBI=0.0181124;REFB=-0.0189278;REVB=0.0180288;RO=22;SAF=24;SAR=16;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12058;STB=0.57279;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0136066;OID=.;OPOS=124293857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:22:24:40:41:0.630769:16:24:17:5:16:25:19:5 chr11 124294703 . T C 88.33 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.631;QD=39.2582;RBI=0.0600233;REFB=0;REVB=0.0594797;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402384;OID=.;OPOS=124294703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:0:8:0:0:1:8:0:0 chr11 124310622 . A G 386.48 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0163765;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.977;QD=35.9513;RBI=0.0166909;REFB=-0.00737355;REVB=-0.00322432;RO=12;SAF=11;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342158;STB=0.518626;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00346767;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:12:12:31:31:0.72093:20:11:5:7:20:11:5:7 chr11 124440362 . C G 183.0 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00673818;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.152;QD=14.3525;RBI=0.00924093;REFB=-0.0330286;REVB=0.0063239;RO=30;SAF=4;SAR=17;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340783;STB=0.698419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0342914;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:17:4:14:16:17:4:14:16 chr11 124440617 . C T 1140.02 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.543;QD=60.0008;RBI=0.0177042;REFB=0;REVB=0.00115602;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81521e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:28:43:0:0:31:45:0:0 chr11 124742365 . G A 575.92 PASS AF=0.553398;AO=57;DP=103;FAO=57;FDP=103;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0208564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6789;QD=22.3657;RBI=0.0684584;REFB=-0.00975006;REVB=0.0652041;RO=46;SAF=29;SAR=28;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460538;STB=0.52523;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0106922;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:46:57:57:0.553398:28:29:26:20:28:29:26:20 chr11 124747837 . G A 546.52 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=-0.0148329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.525;QD=19.0094;RBI=0.0148686;REFB=-0.00749084;REVB=0.00102946;RO=58;SAF=29;SAR=28;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230462;STB=0.626568;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.013847;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:28:29:44:14:28:29:44:14 chr11 124750447 . CCGGAGT C 95.07 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.01228;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=6;MLLD=252.545;QD=15.8451;RBI=0.0123327;REFB=-0.0243465;REVB=-0.00113826;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.575046;STBP=0.459;TYPE=del;VARB=0.0203609;OID=.;OPOS=124750448;OREF=CGGAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:12:24:13:24:11:5:8:6:5:74:8:4:8:4:4 chr11 124766128 . A G 2340.08 PASS AF=1;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261203;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.706;QD=61.1786;RBI=0.0263357;REFB=0;REVB=-0.00336162;RO=0;SAF=76;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52184e-05;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:153:0:0:152:153:1:76:76:0:0:77:76:0:0 chr11 124767067 . T C 216.11 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.000399804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3528;QD=22.1646;RBI=0.0166584;REFB=-0.0240049;REVB=-0.0166536;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723453;STB=0.540502;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00606024;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:11:7:10:11:11:7 chr11 124767125 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0245598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.424;QD=21.0142;RBI=0.0248322;REFB=-0.00970726;REVB=0.00366747;RO=13;SAF=15;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438348;STB=0.757144;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00945587;OID=.;OPOS=124767125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:1:15:9:4:1:15:9:4 chr11 124789755 . T C 1608.18 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00517678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.436;QD=59.0156;RBI=0.0150106;REFB=-0.0143211;REVB=0.0140897;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114358;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000292307;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:1:0:67:41:1:0 chr11 124793682 . T C 957.8 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125395;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.624;QD=58.9418;RBI=0.0368629;REFB=0;REVB=0.0346646;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0558e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:26:39:0:0 chr11 124951311 . T C 288.51 PASS AF=0.344828;AO=14;DP=89;FAO=30;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0137568;FXX=0.0224694;HRUN=9;LEN=1;MLLD=246.189;QD=13.2649;RBI=0.0153301;REFB=-0.0135699;REVB=0.00676487;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167272;STB=0.503432;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00571496;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:26:43:14:30:0.344828:4:10:15:11:11:19:27:16 chr11 124955032 . T C 236.51 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0166142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9514;QD=15.7671;RBI=0.0347118;REFB=-0.0313899;REVB=0.0304775;RO=33;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199556;STB=0.51127;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0399805;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:12:15:19:14:12:15:19:14 chr11 124972208 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.116;QD=57.884;RBI=0.0256746;REFB=0;REVB=0.023464;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00082e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr11 124972518 . A G 1166.78 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0899;QD=59.0776;RBI=0.124174;REFB=0;REVB=0.12376;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360337;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:1:0:76:79:1:29:47:0:1:32:47:0:0 chr11 124972522 . T C 1144.04 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368534;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.224;QD=59.4305;RBI=0.0626508;REFB=0;REVB=0.0625423;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411819;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:27:45:0:0:32:45:0:0 chr11 125128968 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0165398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.595;QD=14.0443;RBI=0.0165436;REFB=-0.0165995;REVB=-0.000352262;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168572;STB=0.596341;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0274094;OID=.;OPOS=125128968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:19:9:19:21:19:9:19:21 chr11 125301587 . T C 1479.12 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207239;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.267;QD=63.6183;RBI=0.0338388;REFB=0;REVB=-0.0267504;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20007e-06;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:36:57:0:0:36:57:0:0 chr11 125443429 . T C 379.59 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00935859;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.806;QD=21.6909;RBI=0.0253302;REFB=-0.0162862;REVB=0.023538;RO=32;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476334;STB=0.526302;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.011933;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:32:38:38:0.542857:18:20:15:17:18:20:15:17 chr11 125443473 . A C 268.73 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0410364;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2585;QD=21.9375;RBI=0.0512811;REFB=-0.000885839;REVB=0.0307534;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189832;STB=0.51063;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000513687;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:11:13:13:12:11:13 chr11 125452300 . A AC 579.72 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1768;QD=35.6748;RBI=0.0594843;REFB=0;REVB=0.00155171;RO=5;SAF=30;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000317747;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:66:65:65:0:35:30:0:0:11:5:30:28:3:2 chr11 125452313 . A G 258.14 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0368737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.575;QD=16.3898;RBI=0.051948;REFB=-0.0147765;REVB=-0.0365913;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259925;STB=0.654518;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0293261;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:9:20:14:19:9:20:14:20 chr11 125479363 . G A 430.89 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0120519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.754;QD=17.5873;RBI=0.0120667;REFB=-0.00924233;REVB=-0.000598735;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834613;STB=0.504671;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0108666;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:54:54:44:44:0.44898:20:24:29:25:20:24:29:25 chr11 125479496 . C T 704.54 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00421458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.383;QD=24.5056;RBI=0.0242826;REFB=-0.022958;REVB=-0.0239141;RO=48;SAF=42;SAR=25;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155966;STB=0.508496;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0174501;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:48:67:67:0.582609:25:42:31:17:25:42:31:17 chr11 125525195 . A G 2027.22 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100254;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.072;QD=61.431;RBI=0.0137244;REFB=0.068027;REVB=-0.00937288;RO=0;SAF=72;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503448;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000447382;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:0:1:130:131:0.992424:58:72:0:0:59:72:1:0 chr11 125617610 . A G 312.99 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0148477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.49;QD=21.9643;RBI=0.0175379;REFB=-0.0104143;REVB=-0.00933409;RO=25;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873465;STB=0.553812;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.013192;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:14:17:11:14:14:18:11:14 chr11 125648503 . G A 871.33 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254058;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.027;QD=58.0887;RBI=0.0255329;REFB=0;REVB=-0.00254473;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279545;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr11 125707761 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.512;QD=63.5829;RBI=0.0590178;REFB=0;REVB=0.0507052;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234076;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr11 125708198 . C T 562.08 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.138;QD=59.1667;RBI=0.0302629;REFB=0;REVB=0.0100797;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143321;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:13:22:0:0:15:23:0:0 chr11 125763746 . C G 2303.99 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647915;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3222;QD=61.0328;RBI=0.119249;REFB=0;REVB=0.100111;RO=0;SAF=81;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047673;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:70:81:0:0:70:81:0:0 chr11 125766044 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.023;QD=62.3506;RBI=0.0313984;REFB=0;REVB=-0.000289213;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16648e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 125766173 . A C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.294;QD=58.5993;RBI=0.0594416;REFB=0;REVB=0.0291158;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155758;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr11 125769354 . T C 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00454166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.467;QD=23.8984;RBI=0.00847751;REFB=-0.00875519;REVB=-0.00715832;RO=24;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101573;STB=0.513259;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00486448;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:19:17:11:13:19:17:11:14 chr11 125770425 . A C 333.83 PASS AF=0.393617;AO=37;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.00827731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.734;QD=14.2055;RBI=0.0090468;REFB=-0.0216657;REVB=-0.00365113;RO=56;SAF=26;SAR=11;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2988;STB=0.675228;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0474024;OID=.;OPOS=125770425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:37:37:0.393617:11:26:24:32:11:26:24:33 chr11 125788678 . T C 3531.34 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.332;QD=62.7794;RBI=0.0316893;REFB=0;REVB=0.0259809;RO=0;SAF=116;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21125e-06;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:224:225:1:108:116:0:0:109:116:0:0 chr11 125810714 . T C 103.92 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0367777;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.306;QD=17.3205;RBI=0.0559697;REFB=-0.0188949;REVB=0.0421902;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188543;OID=.;OPOS=125810714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:8:4:4:8:8:4 chr11 125810721 . G A 113.99 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0412572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3704;QD=18.2385;RBI=0.0501153;REFB=-0.000905461;REVB=0.0284497;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248839;STB=0.514264;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00389344;OID=.;OPOS=125810721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:8:4:4:9:8:4 chr11 125812875 . G A 538.22 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.00363857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.954;QD=19.2222;RBI=0.0702427;REFB=0.00935431;REVB=0.0701484;RO=56;SAF=28;SAR=28;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17835;STB=0.598181;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00748349;OID=.;OPOS=125812875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:28:28:39:17:28:28:39:17 chr11 125813527 . G A 340.56 PASS AF=0.435294;AO=34;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.003786;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.693;QD=16.0264;RBI=0.0100642;REFB=-0.0150129;REVB=0.00932493;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146139;STB=0.554539;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.017518;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:48:48:34:37:0.435294:19:15:28:20:19:18:28:20 chr11 125825708 . A G 206.76 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00143143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.791;QD=17.5966;RBI=0.00322751;REFB=0.00945014;REVB=-0.00289271;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12584;STB=0.592274;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0141785;OID=.;OPOS=125825708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:20:21:0.446809:12:8:7:18:12:9:7:19 chr11 125830697 . T C 487.69 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0564279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4412;QD=21.675;RBI=0.0575849;REFB=-0.0107741;REVB=-0.0114857;RO=43;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176033;STB=0.509716;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00990671;OID=.;OPOS=125830697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:25:22:21:22:25:22:21:22 chr11 125830970 . A T 1301.76 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.723;QD=61.9884;RBI=0.0134089;REFB=0;REVB=-0.00981037;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.6918e-07;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:52:31:0:0:53:31:0:0 chr11 125831701 . G A 515.11 PASS AF=0.526882;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00118859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5997;QD=22.1551;RBI=0.0271318;REFB=-0.00212308;REVB=0.0271057;RO=43;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164512;STB=0.583412;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00233082;OID=.;OPOS=125831701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:44:49:49:0.526882:23:26:31:12:23:26:31:13 chr11 125848261 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.659;QD=57.2025;RBI=0.0291474;REFB=0;REVB=-0.0243883;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96598e-05;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 125871735 . C T 767.4 PASS AF=0.509804;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=153;FR=.;FRO=75;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.00125028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.761;QD=20.0628;RBI=0.00522036;REFB=0.00173269;REVB=0.00506843;RO=73;SAF=47;SAR=31;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145829;STB=0.574027;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00146331;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:73:75:78:78:0.509804:31:47:32:41:31:47:34:41 chr11 125875757 . A AG 65.28 PASS AF=0.279412;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0312624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9423;QD=3.83976;RBI=0.0328082;REFB=-0.0633241;REVB=0.00995197;RO=50;SAF=16;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.588384;STB=0.869883;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.136909;OID=.;OPOS=125875758;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.279412:18:68:19:68:49:17:2:21:28:65:50:16:2:22:28 chr11 125891269 . C T 418.46 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00436926;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.47;QD=14.3064;RBI=0.0131761;REFB=0.00183426;REVB=-0.0124306;RO=69;SAF=27;SAR=21;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430265;STB=0.524262;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00216542;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:69:48:48:0.410256:21:27:36:33:21:27:36:33 chr11 126045822 . T C 238.72 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0911589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6743;QD=14.0422;RBI=0.0959352;REFB=0.00451884;REVB=-0.0298935;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219683;STB=0.613658;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00517801;OID=.;OPOS=126045822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:10:29:15:13:11:29 chr11 126045830 . C G 375.66 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00115808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.886;QD=23.8515;RBI=0.00178204;REFB=-0.00277789;REVB=-0.00135444;RO=26;SAF=10;SAR=27;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195905;STB=0.608165;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00893134;OID=.;OPOS=126045830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:27:10:13:13:27:10:13:13 chr11 126045882 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00796944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=318.661;QD=16.4266;RBI=0.0101707;REFB=-0.0197234;REVB=-0.00631915;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391744;STB=0.726859;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0193109;OID=.;OPOS=126045882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:3:8:3:8:3:8 chr11 126081403 . T C 325.09 PASS AF=0.38;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0165892;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.038;QD=13.0036;RBI=0.0165901;REFB=-0.00460409;REVB=-0.00017326;RO=60;SAF=28;SAR=10;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371901;STB=0.712778;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00484933;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:60:62:38:38:0.38:10:28:24:36:10:28:25:37 chr11 126133641 . G A 92.17 PASS AF=0.375;AO=10;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0225517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.601;QD=11.5211;RBI=0.0378722;REFB=-0.0155941;REVB=0.0304257;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0271616;OID=.;OPOS=126133641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:32:20:20:10:12:0.375:5:5:9:11:6:6:9:11 chr11 126139100 . T C 1592.06 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177799;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.401;QD=60.0779;RBI=0.0501766;REFB=0;REVB=0.0469208;RO=0;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74218e-05;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:48:57:0:0:49:57:0:0 chr11 126139313 . T A 1026.8 PASS AF=0.9125;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0341685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.134;QD=51.34;RBI=0.0387828;REFB=-0.19389;REVB=-0.0183472;RO=7;SAF=39;SAR=33;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533309;STB=0.541165;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0179344;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:80:80:7:7:72:73:0.9125:33:39:6:1:34:39:7:0 chr11 126162607 . G A 304.17 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0623179;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5898;QD=17.1362;RBI=0.0962137;REFB=0.00623345;REVB=0.0733045;RO=38;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780716;STB=0.543833;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00349693;OID=.;OPOS=126162607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:38:33:33:0.464789:13:20:20:18:13:20:20:18 chr11 126162843 . C T 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0334861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.922;QD=15.2605;RBI=0.0339659;REFB=-0.0168018;REVB=-0.00568889;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0199721;OID=.;OPOS=126162843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:8:7:6:7:9:7 chr11 126162862 . C T 204.94 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0338406;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2028;QD=22.156;RBI=0.059722;REFB=-0.0508982;REVB=0.049209;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422861;STB=0.509527;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0669454;OID=.;OPOS=126162862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:17:20:20:0.540541:9:11:9:9:9:11:9:8 chr11 126163612 . T G 541.11 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0702584;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6341;QD=17.8881;RBI=0.0893725;REFB=0.0229912;REVB=-0.0552377;RO=64;SAF=28;SAR=29;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156365;STB=0.586529;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0272137;OID=.;OPOS=126163612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:64:64:57:57:0.471074:29:28:21:43:29:28:21:43 chr11 126176578 . G A 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.517;QD=62.4647;RBI=0.0248306;REFB=0;REVB=-0.0164729;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56253e-06;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr11 126201403 . T C 167.24 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0187086;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2669;QD=11.736;RBI=0.0462898;REFB=0.0155242;REVB=0.0423407;RO=36;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043265;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0569247;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:36:21:21:0.368421:11:10:17:19:11:10:17:19 chr11 126277994 . C T 156.43 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0274664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.585;QD=14.5519;RBI=0.0584675;REFB=-0.0204771;REVB=0.0516144;RO=21;SAF=1;SAR=17;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.756628;STB=0.946349;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.16109;OID=.;OPOS=126277994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:25:18:18:0.418605:17:1:17:4:17:1:21:4 chr11 126294817 . G A 770.89 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674378;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.592;QD=64.2407;RBI=0.0329911;REFB=0;REVB=0.0322945;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55108e-05;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr11 126310299 . T C 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0602982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0749;QD=8.63967;RBI=0.0745734;REFB=-0.011657;REVB=-0.0438785;RO=33;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283135;STB=0.682884;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0227092;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:4:9:15:18:4:9:15:19 chr11 126870418 . C T 1077.06 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234267;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.132;QD=59.0167;RBI=0.0285755;REFB=-0.12392;REVB=0.016363;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620692;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:41:32:0:0 chr11 128333503 . T C 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0185517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.469;QD=9.599;RBI=0.0190125;REFB=0.0121678;REVB=-0.00416018;RO=37;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20819;STB=0.623513;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0417616;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:7:10:15:22:7:10:15:22 chr11 128675292 . T A 501.34 PASS AF=0.429688;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=128;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.0151183;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.201;QD=15.667;RBI=0.0154971;REFB=-0.0179052;REVB=-0.00340562;RO=73;SAF=34;SAR=21;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165678;STB=0.509284;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0265481;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:73:73:55:55:0.429688:21:34:44:29:21:34:44:29 chr11 128781339 . T C 1660.82 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232151;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.317;QD=60.3936;RBI=0.0321952;REFB=0;REVB=0.0223067;RO=0;SAF=54;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59583e-05;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:55:54:0:0:55:55:0:0 chr11 128781978 . T G 1080.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4804;QD=60.0162;RBI=0.0598266;REFB=0;REVB=0.0354616;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681688;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:36:36:0:0:36:36:0:0 chr11 128782002 . T C 1434.25 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.356;QD=63.0439;RBI=0.0352181;REFB=0;REVB=0.0195289;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94894e-05;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr11 128782012 . C G 1533.96 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.161;QD=62.6108;RBI=0.0299205;REFB=-0.129747;REVB=-0.0136582;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000649015;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:45:52:1:0:45:52:1:0 chr11 128787554 . C T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0655382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5384;QD=40.6373;RBI=0.0734361;REFB=-0.0523807;REVB=-0.0331301;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00505417;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr11 128805548 . G A 494.93 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0149435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.469;QD=20.6219;RBI=0.014958;REFB=-0.00244628;REVB=-0.000658902;RO=46;SAF=26;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405345;STB=0.531621;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0019476;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:48:48:48:0.5:22:26:27:19:22:26:29:19 chr11 128805557 . T C 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00875167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.751;QD=22.7198;RBI=0.0456583;REFB=-0.0218133;REVB=0.0448117;RO=44;SAF=29;SAR=23;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475927;STB=0.524391;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0139592;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:44:46:52:52:0.530612:23:29:27:17:23:29:28:18 chr11 128842873 . T C 506.48 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0022731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=355.331;QD=28.5341;RBI=0.00677686;REFB=-0.0234973;REVB=0.00638427;RO=25;SAF=28;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137106;STB=0.574594;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0102424;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:18:28:10:15:18:28:10:15 chr11 128868239 . T C 318.98 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0115198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.087;QD=15.752;RBI=0.026342;REFB=0.000551042;REVB=-0.0236895;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170096;STB=0.601341;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00136163;OID=.;OPOS=128868239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:46:35:35:0.432099:20:15:27:18:20:15:28:18 chr11 129072915 . C G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0197233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5349;QD=16.4168;RBI=0.0363146;REFB=0.031352;REVB=0.0304917;RO=16;SAF=12;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.59984;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0331577;OID=.;OPOS=129072915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:2:12:12:4:2:12:12:4 chr11 129321066 . C T 107.49 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0288224;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.051;QD=8.43069;RBI=0.0314934;REFB=-0.00933333;REVB=-0.0126928;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205575;STB=0.599867;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0281425;OID=.;OPOS=129321066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:37:14:14:0.27451:6:8:25:9:6:8:26:11 chr11 129321818 . T G 195.36 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020317;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.51;QD=48.8404;RBI=0.0319396;REFB=0;REVB=0.0246446;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09017e-05;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:4:12:0:0 chr11 129743721 . C T 335.83 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00276533;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.79;QD=19.7548;RBI=0.0355225;REFB=-0.0153567;REVB=-0.0354147;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184244;STB=0.60195;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0152248;OID=.;OPOS=129743721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:18:17:23:10:18:17:23:10 chr11 129754644 . A G 239.51 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0046091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.992;QD=19.5515;RBI=0.023427;REFB=-0.00409721;REVB=0.0229691;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17861;STB=0.615288;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0214437;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:25:25:22:24:0.489796:9:13:10:15:9:15:10:15 chr11 129758327 . G A 268.92 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00793427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.57;QD=16.549;RBI=0.04271;REFB=-0.00795595;REVB=-0.0419666;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784597;STB=0.550232;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0100704;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:30:30:0.461538:13:17:22:12:13:17:23:12 chr11 129784456 . G A 412.81 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0125937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.565;QD=15.8774;RBI=0.0147215;REFB=-0.0106279;REVB=-0.00762363;RO=58;SAF=34;SAR=12;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615529;STB=0.534576;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0139335;OID=.;OPOS=129784456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:12:34:40:18:12:34:40:18 chr11 129784656 . C T 122.16 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00368692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.214;QD=18.7933;RBI=0.0141143;REFB=0.00229118;REVB=-0.0136242;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00901209;OID=.;OPOS=129784656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:12:12:0.461538:10:2:2:10:10:2:2:10 chr11 129785594 . G A 260.72 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0131215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.587;QD=18.9612;RBI=0.0241231;REFB=-0.0173729;REVB=0.0202423;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652929;STB=0.544715;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0172784;OID=.;OPOS=129785594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:27:27:28:0.509091:12:15:12:13:13:15:12:15 chr11 129794950 . T C 1556.46 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6758;QD=59.8637;RBI=0.0357748;REFB=0;REVB=0.0287858;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183498;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chr11 129801043 . C T 2567.08 PASS AF=0.994048;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0482829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1163;QD=61.1209;RBI=0.0494563;REFB=-0.0805777;REVB=-0.010709;RO=0;SAF=89;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08121e-08;STB=0.503225;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000179527;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:168:0:1:166:167:0.994048:77:89:0:0:77:90:0:1 chr11 129817221 . A G 2589.21 PASS AF=0.988304;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0418107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.579;QD=60.5663;RBI=0.045968;REFB=-0.14525;REVB=0.0191029;RO=2;SAF=99;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951706;STB=0.504999;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00561627;OID=.;OPOS=129817221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:171:2:2:169:169:0.988304:70:99:2:0:70:99:2:0 chr11 129830796 . C T 611.97 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7452;QD=58.2832;RBI=0.102988;REFB=0;REVB=0.0366764;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253111;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:40:42:1:18:22:0:1:20:22:0:0 chr11 130066334 . A AT 268.7 PASS AF=1;AO=5;DP=44;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112973;FXX=0.116252;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.1438;QD=28.2837;RBI=0.0226458;REFB=0;REVB=0.0196266;RO=38;SAF=4;SAR=1;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00102777;OID=.;OPOS=130066335;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:44:38:38:0:25:13:0:0:3:38:4:1:22:16 chr11 130066335 . C G,T 639.09 PASS AF=0.0930233,0.906977;AO=5,37;DP=42;FAO=4,39;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452933,0.007867;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.6118,89.4713;QD=59.4504;RBI=0.0622859,0.0147878;REFB=0,0;REVB=-0.0427556,0.0125215;RO=0;SAF=4,21;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.7558e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151629,0.00149471;OID=.,.;OPOS=130066335,130066335;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:42:43:0:0:5,37:4,39:0.0930233,0.906977:1,16:4,21:0:0:0,18:4,21:0:0 chr11 130271678 . T G 385.13 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0186409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.506;QD=23.3414;RBI=0.0272883;REFB=-0.0293235;REVB=0.019929;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049223;STB=0.527013;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0238889;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:13:25:20:8:13:25:20:8 chr11 130319224 . T TG 109.43 PASS AF=0.295775;AO=43;DP=145;FAO=42;FDP=142;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.053872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.8635;QD=3.0825;RBI=0.0544989;REFB=-0.0963616;REVB=0.00824222;RO=100;SAF=19;SAR=24;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187362;STB=0.532688;STBP=0.654;TYPE=ins;VARB=0.133991;OID=.;OPOS=130319225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295775:43:145:42:142:100:22:20:57:43:99:100:19:24:60:40 chr11 130339312 . T C 61.52 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0215298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.935;QD=7.03057;RBI=0.0223475;REFB=-0.00722423;REVB=-0.00598997;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199261;STB=0.624732;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0375029;OID=.;OPOS=130339312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:10:16:4:5:10:16 chr11 130340962 . A G 666.63 PASS AF=0.485507;AO=67;DP=138;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=0.00283034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.557;QD=19.3225;RBI=0.0113421;REFB=-0.0326019;REVB=0.0109833;RO=71;SAF=32;SAR=35;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404922;STB=0.522381;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0313651;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:71:71:67:67:0.485507:35:32:37:34:35:32:37:34 chr11 130750642 . A C 350.58 PASS AF=0.4;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.000583352;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.302;QD=14.023;RBI=0.00565602;REFB=-0.00907356;REVB=0.00562586;RO=60;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443424;STB=0.525113;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0142538;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:60:60:40:40:0.4:21:19:26:34:21:19:26:34 chr11 130775688 . C T 480.33 PASS AF=0.48;AO=45;DP=98;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00188387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.988;QD=19.2132;RBI=0.021377;REFB=-0.0392149;REVB=0.0212938;RO=52;SAF=26;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056588;STB=0.52767;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0376352;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:52:52:45:48:0.48:19:26:33:19:20:28:33:19 chr11 130775782 . C T 523.97 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0022822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.186;QD=21.1706;RBI=0.032645;REFB=-0.0133419;REVB=0.0325651;RO=48;SAF=32;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147319;STB=0.57715;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0111584;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:50:50:0.505051:18:32:23:25:18:32:24:25 chr11 130776524 . T C 256.44 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00607943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.145;QD=22.7943;RBI=0.0201522;REFB=-0.0389388;REVB=-0.0192133;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469798;STB=0.536555;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0391443;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:13:10:8:13:13:11:8:13 chr11 130776613 . A G 318.36 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00236226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.503;QD=23.1536;RBI=0.00278936;REFB=0.0107674;REVB=0.00148333;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592342;STB=0.532626;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0132934;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:9:14:17:15:9:14 chr11 130780015 . C T 280.51 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.016745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.051;QD=11.0002;RBI=0.0354002;REFB=-0.00538715;REVB=0.0311894;RO=66;SAF=11;SAR=24;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267867;STB=0.650806;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00876913;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:67:35:35:0.343137:24:11:36:30:24:11:36:31 chr11 130780225 . C A 879.83 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0628683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7914;QD=51.7548;RBI=0.0645937;REFB=-0.11833;REVB=-0.0148295;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.525633;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00490138;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:68:68:0:4:63:64:0.941176:27:36:0:0:27:37:4:0 chr11 130784754 . C G 138.56 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00662328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.107;QD=19.7943;RBI=0.0990173;REFB=0.0023427;REVB=0.0987955;RO=13;SAF=14;SAR=0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.797328;STB=0.699656;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000636139;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:14:15:0.535714:0:14:10:3:1:14:10:3 chr11 130784971 . C G 284.54 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0444555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2238;QD=23.7116;RBI=0.0650664;REFB=-0.028464;REVB=0.0475115;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373912;STB=0.520817;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0164509;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:12:10:13:13:12:10 chr11 131531000 . T C 2957.94 PASS AF=1;AO=165;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=100;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.312;QD=62.9348;RBI=0.0221271;REFB=0;REVB=0.00381353;RO=0;SAF=84;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77905e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:165:188:1:81:84:0:0:88:100:0:0 chr11 131531015 . T G 3278.56 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225458;FXX=0.00934536;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.32;QD=61.8596;RBI=0.0316729;REFB=-0.0957312;REVB=-0.0222454;RO=0;SAF=113;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54611e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:213:212:0:0:212:212:1:99:113:0:0:99:113:0:0 chr11 131531223 . A G 1330.92 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0167316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3253;QD=59.8164;RBI=0.0185481;REFB=-0.0307554;REVB=-0.00800529;RO=2;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222504;STB=0.501174;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0094187;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:48:39:1:1:48:39:1:1 chr11 131531564 . A T 2091.13 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00581028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.364;QD=61.0549;RBI=0.0204682;REFB=0.140585;REVB=-0.0196262;RO=2;SAF=73;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113796;STB=0.500599;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000703486;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:135:135:0.985401:62:73:1:1:62:73:1:1 chr11 131531720 . C T 726.84 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842136;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.7;QD=57.0069;RBI=0.0131244;REFB=0;REVB=-0.0100663;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2528e-06;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr11 132177633 . A C,G 1675.74 PASS AF=0.929825,0.0701754;AO=103,10;DP=114;FAO=106,8;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59,7;FSAR=47,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00994671,-0.00911679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=328.256,290.932;QD=58.798;RBI=0.0117482,0.0116401;REFB=0,0;REVB=0.00625175,0.00723716;RO=0;SAF=57,9;SAR=46,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99381e-08,3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00135047,0.0185741;OID=.,.;OPOS=132177633,132177633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:114:114:0:0:103,10:106,8:0.929825,0.0701754:46,1:57,9:0:0:47,1:59,7:0:0 chr11 132289761 . G A 711.82 PASS AF=0.493056;AO=70;DP=142;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=0.0622708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1899;QD=19.7728;RBI=0.06249;REFB=-0.00724462;REVB=0.00522924;RO=72;SAF=43;SAR=27;SRF=51;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936012;STB=0.550384;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00741061;OID=.;OPOS=132289761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:72:73:70:71:0.493056:27:43:51:21:28:43:51:22 chr11 133714522 . G A 1023.43 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155164;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8835;QD=59.3295;RBI=0.157738;REFB=0;REVB=0.0283781;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449703;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:65:69:1:31:34:0:0:31:38:0:0 chr11 133815980 . GC G,GG 718.7 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=11,35;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409507,0.0376552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.786,235.791;QD=62.4957;RBI=0.079194,0.0688128;REFB=0,0;REVB=0.0677844,0.0575959;RO=0;SAF=5,18;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0564045,0.00154809;OID=.,.;OPOS=133815981,133815981;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:11,35:46:1,45:46:0:1,22:0,23:0:0:5:0:5,18:6,17:0:0 chr11 134018656 . T C 2147.91 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7861;QD=61.8103;RBI=0.0388502;REFB=-0.0828312;REVB=0.033194;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.503401;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000428707;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:0:1:138:138:0.992806:65:73:0:0:65:73:1:0 chr11 134047243 . T C 711.97 PASS AF=0.414894;AO=78;DP=188;FAO=78;FDP=188;FR=.;FRO=110;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.0195249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2856;QD=15.1482;RBI=0.0199473;REFB=0.0124592;REVB=-0.00408328;RO=109;SAF=51;SAR=27;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161683;STB=0.588438;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0258851;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:109:110:78:78:0.414894:27:51:55:54:27:51:56:54 chr11 134151975 . G C 1944.79 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.682;QD=61.7394;RBI=0.0425477;REFB=0;REVB=0.039582;RO=0;SAF=62;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07878e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017468;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:126:0:0:117:126:1:55:62:0:0:63:63:0:0 chr11 134158745 . A G 138.88 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.000361156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.556;QD=12.0769;RBI=0.00553735;REFB=-0.0257807;REVB=0.00552556;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407926;STB=0.514688;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0317627;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:30:16:16:0.347826:12:4:6:21:12:4:7:23 chr11 134182375 . G A 1521.19 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.913;QD=61.4623;RBI=0.084901;REFB=-0.152899;REVB=0.082325;RO=2;SAF=44;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179218;STB=0.500945;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000696033;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:53:44:1:1:53:44:1:1 chr11 134188542 . T C 595.88 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.00370016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8813;QD=17.7876;RBI=0.00867742;REFB=-0.00401575;REVB=0.00784897;RO=71;SAF=21;SAR=41;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296565;STB=0.661238;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00491701;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:71:72:62:62:0.462687:41:21:46:25:41:21:46:26 chr11 134208765 . T C 321.75 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.012203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.95;QD=23.8335;RBI=0.0140752;REFB=0.00400196;REVB=0.00701421;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133935;STB=0.580937;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00277004;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:22:32:32:0.592593:15:17:15:6:15:17:16:6 chr11 134208908 . T C 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0405321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9412;QD=17.1529;RBI=0.0450738;REFB=-0.00627535;REVB=0.019718;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267137;STB=0.652002;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00587924;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:14:6:10:7:14:6 chr11 134249321 . T C 2008.62 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.116;QD=61.3319;RBI=0.108422;REFB=0;REVB=0.108115;RO=0;SAF=83;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583338;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:118:131:0:0:118:131:1:35:83:0:0:48:83:0:0 chr12 90902 . C T 906.02 PASS AF=0.497268;AO=91;DP=183;FAO=91;FDP=183;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.0284636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.255;QD=19.8038;RBI=0.032242;REFB=-0.0369431;REVB=-0.0151449;RO=91;SAF=53;SAR=38;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130317;STB=0.569052;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0447925;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:91:92:91:91:0.497268:38:53:40:51:38:53:41:51 chr12 90914 . C T 807.48 PASS AF=0.48538;AO=81;DP=171;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0153233;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.496;QD=18.8883;RBI=0.0293786;REFB=-0.0219136;REVB=0.0250658;RO=85;SAF=38;SAR=43;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110221;STB=0.567805;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0353372;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:85:88:81:83:0.48538:43:38:50:35:44:39:53:35 chr12 92119 . T C 111.35 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.04164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.478;QD=7.18416;RBI=0.109843;REFB=-0.0105227;REVB=-0.101645;RO=45;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387603;STB=0.703612;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0451448;OID=.;OPOS=92119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:16:17:0.274194:5:11:16:29:6:11:16:29 chr12 92920 . C G 35.75 PASS AF=0.0797101;AO=11;DP=138;FAO=11;FDP=138;FR=.;FRO=127;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=0.0566953;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5677;QD=1.03631;RBI=0.0829669;REFB=-0.00522743;REVB=-0.0605735;RO=126;SAF=4;SAR=7;SRF=68;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195956;STB=0.662486;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0457046;OID=.;OPOS=92920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:138:138:126:127:11:11:0.0797101:7:4:68:58:7:4:69:58 chr12 92991 . C G 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0345119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6872;QD=16.4064;RBI=0.0415811;REFB=0.028546;REVB=0.0231931;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207223;STB=0.617656;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0174313;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:8:21:11:10:8:21 chr12 235022 . C T 563.8 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.461;QD=57.8254;RBI=0.0356043;REFB=-0.0923649;REVB=0.02472;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000388969;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:0:1:11:27:0:1 chr12 248202 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.239;QD=40.7629;RBI=0.0157551;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66634e-05;OID=.;OPOS=248202;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr12 274647 . T C 704.94 PASS AF=0.518797;AO=69;DP=133;FAO=69;FDP=133;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.00311288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.412;QD=21.2012;RBI=0.00505256;REFB=-0.0133905;REVB=-0.00397974;RO=63;SAF=45;SAR=24;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461342;STB=0.522381;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0130762;OID=.;OPOS=274647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:63:64:69:69:0.518797:24:45:38:25:24:45:39:25 chr12 280349 . C A 1262.88 PASS AF=0.442953;AO=131;DP=297;FAO=132;FDP=298;FR=.;FRO=166;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=87;FSRR=79;FWDB=0.0330751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5051;QD=16.9514;RBI=0.0573222;REFB=0.00657422;REVB=0.0468175;RO=166;SAF=78;SAR=53;SRF=87;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733629;STB=0.537953;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0076637;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:298:166:166:131:132:0.442953:53:78:87:79:54:78:87:79 chr12 284057 . GT G,GC 457.84 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=5,25;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976591,0.0844796;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.2174,71.7971;QD=57.2296;RBI=0.108796,0.0965733;REFB=0,0;REVB=-0.0479501,-0.0467932;RO=0;SAF=4,4;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0118034,0.00125302;OID=.,.;OPOS=284058,284058;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:5,25:32:1,31:32:0:0,10:1,21:0:0:4:0:4,4:1,21:0:0 chr12 311949 . A G 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5591;QD=58.0483;RBI=0.0937699;REFB=0;REVB=-0.061997;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87606e-05;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr12 368953 . T C 211.25 PASS AF=0.36;AO=26;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=-0.0395919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.201;QD=11.2669;RBI=0.0479537;REFB=-0.0172599;REVB=0.0270562;RO=48;SAF=14;SAR=12;SRF=40;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350567;STB=0.704695;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0192712;OID=.;OPOS=368953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:26:27:0.36:12:14:40:8:13:14:40:8 chr12 393489 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTTT 341.18 PASS AF=0.192308,0.384615,0.384615,0.0384615;AO=7,13,11,2;DP=57;FAO=10,20,20,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,14,0;FSAR=8,13,6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515358,0.0914173,0.0649694,0.00223305;FXX=0.10343;HRUN=12,12,12,2;LEN=2,1,1,3;MLLD=7.77811,6.67369,10.9391,157.504;QD=26.2443;RBI=0.13823,0.201719,0.154898,0.0364055;REFB=0.187038,0.178413,0.197794,0.0149469;REVB=0.128264,0.179815,0.140614,0.036337;RO=7;SAF=3,5,9,0;SAR=4,8,2,2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.125462,0.0660951,0.41657,-0.539624;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0586106,-0.00775119,0.00158933,0.0694728;OID=.,.,.,.;OPOS=393490,393490,393501,393489;OREF=TT,T,T,CTT;OALT=-,-,A,TTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TTCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:67:57:52:7:0:7,13,11,2:10,20,20,2:0.192308,0.384615,0.384615,0.0384615:4,8,2,2:3,5,9,0:2:5:8,13,6,2:2,7,14,0:0:0 chr12 463248 . G C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0173523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.096;QD=16.6608;RBI=0.032772;REFB=-0.0295516;REVB=0.0278011;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976889;STB=0.554984;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0223153;OID=.;OPOS=463248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:17:15:16:12:17:15 chr12 496439 . A T 683.02 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00681652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.173;QD=52.5401;RBI=0.00835128;REFB=-0.106444;REVB=0.00482483;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.51428;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-2.82166e-05;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:1:2:49:50:0.961538:34:15:0:1:34:16:0:2 chr12 520947 . A C 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00817184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.536;QD=12.0461;RBI=0.00827822;REFB=-0.0182799;REVB=0.00132287;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857863;STB=0.549264;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0264283;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:34:19:13:17:34:19 chr12 547683 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00532126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.937;QD=14.0784;RBI=0.0533653;REFB=-0.0130226;REVB=-0.0530993;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394229;STB=0.734849;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0273252;OID=.;OPOS=547683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:8:8:10:2:8:8 chr12 657404 . G A 372.92 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.000348041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.441;QD=15.2213;RBI=0.00698549;REFB=-0.0168812;REVB=0.00697682;RO=54;SAF=21;SAR=19;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006621;STB=0.515873;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0326028;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:54:58:40:40:0.408163:19:21:28:26:19:21:32:26 chr12 661656 . A G 141.3 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0122497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4836;QD=13.457;RBI=0.0153502;REFB=0.00459576;REVB=-0.00925064;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781197;STB=0.545399;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00917743;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:18:8:6:10:18:8 chr12 662448 . T C 2385.95 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.565;QD=61.1783;RBI=0.0584531;REFB=0;REVB=0.0249039;RO=0;SAF=80;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32487e-05;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:76:80:0:0:76:80:0:0 chr12 662838 . T C 110.92 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00912716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.752;QD=18.4864;RBI=0.0136395;REFB=-0.0112359;REVB=0.0101356;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783488;STB=0.575046;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0085893;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:24:11:11:11:13:0.541667:6:5:6:5:8:5:6:5 chr12 862989 . T C 1676.75 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4495;QD=60.4236;RBI=0.0805593;REFB=0;REVB=-0.0525187;RO=0;SAF=79;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000624195;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:32:79:0:0:32:79:0:0 chr12 939302 . A G 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.303;QD=63.2819;RBI=0.0835086;REFB=0;REVB=0.0211625;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294423;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr12 974404 . T C 83.86 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0329157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.668;QD=10.1652;RBI=0.040366;REFB=-0.00817342;REVB=-0.0233659;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340994;STB=0.703356;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0169424;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:7:15:4:7:7:15 chr12 987482 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7988;QD=53.2768;RBI=0.0399544;REFB=0;REVB=-0.00680924;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438891;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr12 988894 . G A 190.08 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0252362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.486;QD=25.3434;RBI=0.0486856;REFB=-0.0647713;REVB=0.0416344;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126934;STB=0.583241;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0290581;OID=.;OPOS=988894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:11:11:17:19:0.633333:5:12:6:5:5:14:6:5 chr12 990911 . GA CG,GC 1279.85 PASS AF=0.0235294,0.976471;AO=3,72;DP=85;FAO=2,83;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=2,53;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175983,0.00791818;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=94.9012,132.193;QD=60.2281;RBI=0.0222535,0.0572524;REFB=0,0;REVB=0.0136205,-0.0567022;RO=0;SAF=3,46;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0413684,0.00785002;OID=.,.;OPOS=990911,990912;OREF=GA,A;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:85:85:0:0:3,72:2,83:0.0235294,0.976471:0,26:3,46:0:0:0,30:2,53:0:0 chr12 993930 . C T 317.64 PASS AF=0.540984;AO=31;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0176718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3354;QD=20.8288;RBI=0.0178272;REFB=-0.0152335;REVB=0.00234857;RO=27;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203265;STB=0.628664;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00791273;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:31:33:0.540984:19:12:17:10:21:12:18:10 chr12 994358 . G A 77.9 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.077206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7352;QD=14.1628;RBI=0.082182;REFB=-0.00149755;REVB=0.0281623;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405291;STB=0.736388;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.000145484;OID=.;OPOS=994358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:3:9:3:7:3:9 chr12 994487 . G C 888.58 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608267;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.453;QD=58.2678;RBI=0.0131267;REFB=0;REVB=0.0116323;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169393;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr12 998365 . G T 105.29 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0272198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9413;QD=10.7984;RBI=0.0601792;REFB=-0.0229084;REVB=0.0536714;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305305;STB=0.696688;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0354119;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:26:26:12:13:0.333333:7:5:18:8:8:5:18:8 chr12 1017197 . C T 470.25 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.606;QD=56.9994;RBI=0.0129247;REFB=0;REVB=7.64507e-05;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075199;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:18:15:0:0 chr12 1020506 . C CACTA 549.19 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=94;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0137762;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=4;MLLD=182.659;QD=23.6211;RBI=0.0187194;REFB=-0.0138339;REVB=0.0126742;RO=42;SAF=32;SAR=17;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311099;STB=0.5238;STBP=0.671;TYPE=ins;VARB=0.00939553;OID=.;OPOS=1020507;OREF=-;OALT=ACTA;OMAPALT=CACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:49:94:51:93:42:34:17:26:16:99:42:32:17:26:16 chr12 1741870 . G A 538.31 PASS AF=0.376471;AO=64;DP=170;FAO=64;FDP=170;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.00500707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.218;QD=12.6662;RBI=0.00581088;REFB=-0.00690787;REVB=0.00294883;RO=106;SAF=37;SAR=27;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158101;STB=0.589533;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0142146;OID=.;OPOS=1741870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:106:106:64:64:0.376471:27:37:46:60:27:37:46:60 chr12 1902766 . T G 734.43 PASS AF=0.441341;AO=78;DP=179;FAO=79;FDP=179;FR=.;FRO=100;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00068173;FXX=0.00555525;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.01;QD=16.4119;RBI=0.0160903;REFB=-0.00802906;REVB=-0.0160758;RO=96;SAF=46;SAR=32;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100568;STB=0.552066;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0102133;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:96:100:78:79:0.441341:32:46:47:49:33:46:49:51 chr12 1955786 . G A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0114763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.372;QD=6.5952;RBI=0.0119408;REFB=-0.0190365;REVB=0.00329789;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108157;STB=0.56871;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0418089;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:4:5:13:15:4:5:13:15 chr12 1965369 . G A 550.61 PASS AF=0.528302;AO=55;DP=105;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0831865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.098;QD=20.7776;RBI=0.0831968;REFB=-0.0290827;REVB=0.00130814;RO=50;SAF=19;SAR=36;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19131;STB=0.608002;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0255395;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:50:50:55:56:0.528302:36:19:28:22:37:19:28:22 chr12 1995403 . T C 2139.51 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000678994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.417;QD=62.9268;RBI=0.046283;REFB=0;REVB=0.046278;RO=0;SAF=79;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36647e-05;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:57:79:0:0:57:79:0:0 chr12 2062323 . T TTGC 466.52 PASS AF=0.769231;AO=32;DP=61;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0442722;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=3;MLLD=163.384;QD=35.8859;RBI=0.0952764;REFB=-0.174656;REVB=0.0843656;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246091;STB=0.586915;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0453355;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.769231:32:61:40:52:12:22:18:11:1:83:29:15:17:22:7 chr12 2788879 . G A 375.34 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00887663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.341;QD=17.4575;RBI=0.0122352;REFB=-0.0119356;REVB=0.0084205;RO=45;SAF=31;SAR=8;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323277;STB=0.681717;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.017383;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:39:40:0.465116:8:31:23:22:8:32:24:22 chr12 2791130 . C T 483.43 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0259714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.158;QD=20.7927;RBI=0.0262405;REFB=-0.0168138;REVB=0.0037487;RO=45;SAF=23;SAR=24;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192337;STB=0.516004;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00982066;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:24:23:23:22:24:23:24:22 chr12 2791132 . A G 515.83 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0296677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.893;QD=21.9502;RBI=0.0313191;REFB=-0.0120407;REVB=-0.0100358;RO=43;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209575;STB=0.509356;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0135308;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:45:49:49:0.521277:24:25:23:20:23:26:23:22 chr12 2791205 . A G 1216.36 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0335532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.375;QD=56.5751;RBI=0.0343907;REFB=-0.0300134;REVB=0.0075433;RO=4;SAF=39;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241625;STB=0.512774;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000434383;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:43:39:3:1:43:39:3:1 chr12 2797823 . AC A 101.21 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0336547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2179;QD=7.10264;RBI=0.0337104;REFB=-0.0824241;REVB=-0.0019373;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227972;STB=0.554915;STBP=0.554;TYPE=del;VARB=0.115297;OID=.;OPOS=2797824;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45614:25:57:26:57:31:7:19:6:25:99:27:6:19:6:21 chr12 2944024 . G C 435.24 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00498261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.411;QD=18.7201;RBI=0.0158126;REFB=-0.0149085;REVB=0.015007;RO=49;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747252;STB=0.535698;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0179192;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:43:44:0.473118:20:23:30:19:20:24:30:19 chr12 2968169 . A G 79.74 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0186299;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.876;QD=14.4979;RBI=0.0274532;REFB=-0.0144804;REVB=-0.0201646;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506153;STB=0.806938;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0200386;OID=.;OPOS=2968169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:1:9:6:6:1:9:6:6 chr12 2968458 . T C 739.77 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0706554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3781;QD=56.9057;RBI=0.0715799;REFB=0;REVB=-0.0114674;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000903202;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr12 2996174 . A G 1677.25 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.594;QD=60.4414;RBI=0.0398773;REFB=0;REVB=0.0391101;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51722e-05;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr12 2997397 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000588005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.368;QD=62.3504;RBI=0.0122864;REFB=0;REVB=0.0122724;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94381e-05;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr12 3310439 . C T 1415.17 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.23;QD=62.8963;RBI=0.0627209;REFB=0;REVB=0.0299272;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143246;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:75:90:1:39:36:0:0:44:46:0:0 chr12 3393419 . C T 1216.42 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0168989;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.135;QD=56.5775;RBI=0.0305139;REFB=0.0296555;REVB=0.0254072;RO=4;SAF=43;SAR=39;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420356;STB=0.522217;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.000258886;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:86:4:4:82:82:0.953488:39:43:4:0:39:43:4:0 chr12 3409149 . G A 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0122781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.214;QD=9.21741;RBI=0.0409933;REFB=0.00510157;REVB=0.0391114;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316021;STB=0.684712;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0128649;OID=.;OPOS=3409149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:37:16:16:0.301887:10:6:23:12:10:6:24:13 chr12 3409211 . G A 207.81 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0632843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9081;QD=13.407;RBI=0.0632852;REFB=-0.0246573;REVB=0.000341456;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125032;STB=0.571183;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0207697;OID=.;OPOS=3409211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:25:12:11:14:25:12 chr12 3409277 . C T 1090.52 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00340609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.015;QD=57.3956;RBI=0.0912775;REFB=-0.0510641;REVB=0.0912139;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.501073;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.000595652;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:34:40:1:0:34:40:1:1 chr12 3724583 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0407773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.338;QD=15.738;RBI=0.0408108;REFB=-0.000657007;REVB=-0.00165461;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185334;STB=0.604337;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00115192;OID=.;OPOS=3724583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:13:16:13:23:13:16:13:23 chr12 3749874 . T C 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00392187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.971;QD=15.9728;RBI=0.0039429;REFB=-0.0157449;REVB=-0.000406711;RO=58;SAF=30;SAR=12;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305343;STB=0.517233;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0260349;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:12:30:40:18:12:30:40:18 chr12 4411093 . TCTTTTTT CTTTTTTT,TCTTTTTTT,TCTTTTTTTG,TTTTTTTT 161.16 PASS AF=0.0126582,0.670886,0,0;AO=8,15,9,5;DP=77;FAO=1,53,0,0;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=1,35,0,0;FSAR=0,18,0,0;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0296225,-0.0574585,0.0195092,-0.0151499;FXX=0.0124984;HRUN=11,6,6,1;LEN=2,1,2,1;MLLD=7.99275,6.62656,14.1885,252.976;QD=8.16006;RBI=0.0468084,0.0575562,0.0480505,0.0151788;REFB=-0.122971,-0.145707,-0.0517501,0.000718967;REVB=-0.0362427,0.00335125,-0.0439118,-0.000935882;RO=27;SAF=7,12,3,4;SAR=1,3,6,1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.258158,0.0933261,-0.455694,0.0965722;STB=0.985753,0.521589,0.5,0.5;STBP=0.508,0.629,1,1;TYPE=mnp,ins,ins,snp;VARB=0.16822,0.102672,0,0.0740181;OID=.,.,.,.;OPOS=4411093,4411095,4411101,4411094;OREF=TC,-,-,C;OALT=CT,T,TG,T;OMAPALT=CTTTTTTT,TCTTTTTTT,TCTTTTTTTG,TTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:77:79:27:25:8,15,9,5:1,53,0,0:0.0126582,0.670886,0,0:1,3,6,1:7,12,3,4:20:7:0,18,0,0:1,35,0,0:18:7 chr12 4414126 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.762;QD=37.4885;RBI=0.0174205;REFB=0;REVB=0.0174205;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576303;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 4553332 . A G 1309.66 PASS AF=0.956044;AO=87;DP=91;FAO=87;FDP=91;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0379979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5614;QD=57.5677;RBI=0.0681815;REFB=0.0273953;REVB=0.0566116;RO=4;SAF=60;SAR=27;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182852;STB=0.509664;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00355767;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:91:91:4:4:87:87:0.956044:27:60:2:2:27:60:2:2 chr12 4553383 . A G 851.28 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.856;QD=57.7137;RBI=0.0379867;REFB=0;REVB=0.021968;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63759e-05;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:27:30:0:0:27:32:0:0 chr12 4554548 . G C 1676.57 PASS AF=1;AO=100;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3103;QD=59.8775;RBI=0.100545;REFB=0;REVB=0.0813162;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936744;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:100:112:1:51:49:0:0:54:58:0:0 chr12 4600322 . CAGAG C 446.99 PASS AF=0.5375;AO=42;DP=82;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00716113;FXX=0.0476134;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.227;QD=22.3496;RBI=0.0132994;REFB=-0.00269283;REVB=-0.0112068;RO=37;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102536;STB=0.548365;STBP=0.373;TYPE=del;VARB=0.00188116;OID=.;OPOS=4600323;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5375:42:82:43:80:37:26:17:26:11:99:37:26:16:27:10 chr12 4705317 . C T 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6025;QD=57.1711;RBI=0.043617;REFB=0;REVB=0.033029;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46952e-05;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:11:40:0:0:11:40:0:0 chr12 4735737 . A G 2333.38 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00875594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0719;QD=63.0642;RBI=0.072166;REFB=-0.0408265;REVB=-0.0716328;RO=1;SAF=85;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760906;STB=0.503999;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=2.5758e-05;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:1:1:147:147:0.993243:62:85:0:1:62:85:0:1 chr12 4736495 . C T 1322.84 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.72792e-05;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.614;QD=62.2513;RBI=0.0118437;REFB=0;REVB=0.0118435;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32839e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:40:43:0:0:42:43:0:0 chr12 4736631 . A G 1904.41 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7804;QD=61.4325;RBI=0.0127761;REFB=0;REVB=0.00578931;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000898996;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:79:44:0:0:80:44:0:0 chr12 4736676 . A AC 696.28 PASS AF=1;AO=12;DP=107;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107854;FXX=0.12263;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.4437;QD=29.9475;RBI=0.120603;REFB=0;REVB=0.053968;RO=89;SAF=0;SAR=12;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00564973;OID=.;OPOS=4736677;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:107:93:93:0:32:61:0:0:6:89:0:12:39:50 chr12 4736677 . G C,T 1506.88 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=88,12;DP=100;FAO=93,12;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=50,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374621,-0.00766426;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.5987,115.98;QD=57.4049;RBI=0.0428423,0.0218489;REFB=0,0;REVB=0.0207859,-0.0204606;RO=0;SAF=39,0;SAR=49,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000517861,0.131853;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:100:105:0:0:88,12:93,12:0.885714,0.114286:49,12:39,0:0:0:50,12:43,0:0:0 chr12 4736690 . A G 1445.06 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.018808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5274;QD=57.8026;RBI=0.0235137;REFB=-0.103355;REVB=0.0141122;RO=5;SAF=41;SAR=54;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224169;STB=0.511836;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00722037;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:5:5:95:95:0.95:54:41:1:4:54:41:1:4 chr12 4737318 . A G 327.8 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144736;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.902;QD=54.6338;RBI=0.0147197;REFB=0;REVB=-0.00268047;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02328e-05;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr12 4737459 . C T 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.739;QD=54.6381;RBI=0.0277274;REFB=-0.105296;REVB=0.00502152;RO=1;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324419;STB=0.517235;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000542734;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:14:37:0:1:14:37:0:1 chr12 4737715 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.418;QD=59.1429;RBI=0.0612604;REFB=0;REVB=0.0185004;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48717e-05;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 4763555 . C T 715.62 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=154;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=-0.039161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3565;QD=18.4677;RBI=0.0393856;REFB=-0.0174516;REVB=-0.00420032;RO=79;SAF=50;SAR=25;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852479;STB=0.544589;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0186944;OID=.;OPOS=4763555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:79:80:75:75:0.483871:25:50:46:33:25:50:47:33 chr12 4830000 . T G 1396.35 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.13;QD=62.7575;RBI=0.0230789;REFB=0;REVB=0.00256162;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56581e-05;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:42:46:0:0:43:46:0:0 chr12 4835882 . T G 1175.87 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00358051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.165;QD=59.5378;RBI=0.0275584;REFB=-0.11869;REVB=0.0273248;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111359;STB=0.505746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000314104;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:42:35:0:1:43:35:0:1 chr12 4873163 . G T 2766.7 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7218;QD=61.8257;RBI=0.0451982;REFB=0;REVB=-0.00169305;RO=0;SAF=100;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126828;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:179:0:0:172:179:1:72:100:0:0:74:105:0:0 chr12 4881766 . C T 1236.03 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0639224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1764;QD=58.8583;RBI=0.0672949;REFB=0.00187607;REVB=0.0210367;RO=2;SAF=25;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363804;STB=0.519226;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000389842;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:57:25:2:0:57:25:2:0 chr12 4921228 . T C 560.97 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0601013;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.159;QD=19.1783;RBI=0.0609252;REFB=-0.0179288;REVB=0.00998595;RO=59;SAF=44;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235808;STB=0.633753;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0169531;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:57:58:0.495726:13:44:33:26:13:45:33:26 chr12 4921301 . T C 156.02 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0203607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.776;QD=11.1444;RBI=0.0218612;REFB=-0.0151664;REVB=-0.00795936;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263003;STB=0.633672;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0290915;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:8:12:12:22:8:12:14:22 chr12 4921689 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0322031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0931;QD=10.4726;RBI=0.0417751;REFB=-0.0184204;REVB=-0.0266105;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363668;STB=0.713877;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0335915;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:36:23:24:12:12:0.333333:2:10:13:10:2:10:14:10 chr12 4922030 . C G 568.19 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0150092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.741;QD=20.2926;RBI=0.0208218;REFB=-0.0311982;REVB=-0.0144316;RO=54;SAF=35;SAR=23;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124683;STB=0.568726;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0275858;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:23:35:25:29:23:35:25:29 chr12 4922734 . A G 326.9 PASS AF=0.5;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.000695773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.594;QD=18.68;RBI=0.00139462;REFB=-0.0148286;REVB=-0.00120867;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143794;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:35:33:35:0.5:19:14:16:21:20:15:15:20 chr12 4923049 . T C 306.73 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0429039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7491;QD=18.3122;RBI=0.0510422;REFB=0.00569415;REVB=0.0276507;RO=34;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776922;STB=0.543451;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00614218;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:22:11:14:20:22:11:14:20 chr12 4923697 . G T 531.96 PASS AF=0.406452;AO=53;DP=146;FAO=63;FDP=155;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=0.00203825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.489;QD=13.728;RBI=0.00694433;REFB=-0.011094;REVB=0.00663847;RO=92;SAF=30;SAR=23;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487531;STB=0.550727;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0137807;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:155:92:92:53:63:0.406452:23:30:56:36:30:33:56:36 chr12 5021228 . T C 415.55 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=0.038307;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0305;QD=16.622;RBI=0.0400747;REFB=-0.0287046;REVB=0.0117708;RO=55;SAF=26;SAR=19;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215244;STB=0.619224;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0394351;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:19:26:43:12:19:26:43:12 chr12 5021294 . CA C 66.67 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.18437;FXX=0.0952154;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.97265;QD=7.01784;RBI=0.185151;REFB=-0.155408;REVB=0.0169967;RO=15;SAF=17;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434807;STB=0.662164;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.141674;OID=.;OPOS=5021295;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552632:20:42:21:38:17:17:4:9:8:61:15:17:3:6:9 chr12 5021348 . G C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0471462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.352;QD=24.4133;RBI=0.0484294;REFB=-0.0227267;REVB=0.0110743;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0110158;OID=.;OPOS=5021348;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr12 5021984 . T A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.949;QD=61.6804;RBI=0.0174831;REFB=0;REVB=0.0147117;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81888e-05;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr12 5022041 . G A 78.19 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0605034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8461;QD=17.3762;RBI=0.060508;REFB=-0.00702961;REVB=0.000743506;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.599822;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00293221;OID=.;OPOS=5022041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:8:8:10:0.555556:6:2:2:7:7:3:1:7 chr12 5022438 . C T 386.36 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0174418;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.864;QD=23.066;RBI=0.0213079;REFB=-0.0104644;REVB=-0.0122397;RO=31;SAF=19;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823327;STB=0.537294;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00555232;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:29:37:38:0.567164:18:19:19:12:19:19:17:12 chr12 5023713 . T C 199.45 PASS AF=0.40678;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0105655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.517;QD=13.5219;RBI=0.0825362;REFB=0.0123187;REVB=0.0818571;RO=35;SAF=19;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211825;STB=0.63013;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.0110778;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:35:23:24:0.40678:4:19:24:11:4:20:24:11 chr12 5023959 . A T 357.05 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0232531;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9633;QD=26.9472;RBI=0.0276885;REFB=-0.0239148;REVB=-0.0150315;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194006;STB=0.605478;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0133989;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:19:19:34:34:0.641509:15:19:16:3:15:19:16:3 chr12 5025094 . T C 585.8 PASS AF=0.595506;AO=51;DP=87;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=43;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=2;FWDB=-0.00164728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.288;QD=26.3279;RBI=0.0467673;REFB=-0.00661409;REVB=0.0467382;RO=36;SAF=42;SAR=9;SRF=34;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179385;STB=0.598724;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00569105;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:36:36:51:53:0.595506:9:42:34:2:10:43:34:2 chr12 5026471 . C T 106.3 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0906286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4061;QD=11.811;RBI=0.108492;REFB=-0.00567391;REVB=0.0596405;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494294;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00867844;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:8:15:9:4:8:15 chr12 5154461 . GT CG,GC 1316.67 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=4,66;DP=87;FAO=4,82;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,58;FSAR=4,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00099935,-0.00782645;FXX=0.0114929;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=37.7198,67.7815;QD=61.2406;RBI=0.0157854,0.0186272;REFB=0,0;REVB=0.0157537,0.0169032;RO=0;SAF=0,44;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.156492,-0.000528802;OID=.,.;OPOS=5154461,5154462;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:87:86:0:0:4,66:4,82:0.0465116,0.953488:4,22:0,44:0:0:4,24:0,58:0:0 chr12 5155663 . A T 561.17 PASS AF=0.375;AO=66;DP=178;FAO=66;FDP=176;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=-0.0570547;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.597;QD=12.7538;RBI=0.0574876;REFB=-0.0166834;REVB=0.00704145;RO=107;SAF=35;SAR=31;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231932;STB=0.520957;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0220871;OID=.;OPOS=5155663;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:176:107:110:66:66:0.375:31:35:59:48:31:35:62:48 chr12 5674754 . G A 157.66 PASS AF=0.36;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0095083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.709;QD=12.613;RBI=0.0276871;REFB=-0.0224187;REVB=-0.0260032;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319677;STB=0.70565;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0642286;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:32:17:18:0.36:5:12:13:18:5:13:13:19 chr12 5685137 . C CG 86.5 PASS AF=0.19403;AO=31;DP=141;FAO=26;FDP=134;FR=.;FRO=108;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=72;FWDB=0.0269354;FXX=0.0359686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.3501;QD=2.5822;RBI=0.0882394;REFB=-0.00965602;REVB=-0.0840279;RO=106;SAF=29;SAR=2;SRF=34;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734191;STB=0.936404;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0680766;OID=.;OPOS=5685138;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19403:31:141:26:134:108:24:2:36:72:86:106:29:2:34:72 chr12 6030302 . T C 119.96 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00631816;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.114;QD=12.6277;RBI=0.0485462;REFB=-0.0131427;REVB=0.0481333;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365795;STB=0.719154;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0223055;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:18:5:8:6:19:5 chr12 6030405 . A G 396.22 PASS AF=0.443396;AO=44;DP=104;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0166534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0169;QD=14.9516;RBI=0.0473623;REFB=-0.0283484;REVB=-0.044338;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240576;STB=0.515341;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0239171;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:58:59:44:47:0.443396:20:24:33:25:22:25:33:26 chr12 6030437 . A G 425.33 PASS AF=0.401639;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=122;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.000184974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.174;QD=13.9453;RBI=0.0289072;REFB=-0.00710756;REVB=-0.0289066;RO=72;SAF=27;SAR=22;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196782;STB=0.506429;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00951578;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:73:49:49:0.401639:22:27:41:31:22:27:41:32 chr12 6054395 . A G 884.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.994;QD=57.9828;RBI=0.0325738;REFB=0;REVB=0.0287608;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91566e-05;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:46:13:0:0:48:13:0:0 chr12 6061069 . T G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00305858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.599;QD=19.2749;RBI=0.00398755;REFB=-0.00399993;REVB=-0.00255844;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185968;STB=0.612116;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00359477;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:18:7:11:12:19:7 chr12 6091000 . A G 546.64 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=0.00611023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2214;QD=13.4145;RBI=0.0237398;REFB=-0.0153346;REVB=-0.02294;RO=99;SAF=38;SAR=26;SRF=57;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199787;STB=0.511275;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0214255;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:99:99:64:64:0.392638:26:38:57:42:26:38:57:42 chr12 6105387 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00473744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7559;QD=23.0081;RBI=0.0306657;REFB=-0.000552991;REVB=-0.0302975;RO=24;SAF=9;SAR=24;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565419;STB=0.531231;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=9.24972e-06;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:24:9:8:16:24:9:8:16 chr12 6127535 . T G 78.98 PASS AF=0.136364;AO=15;DP=128;FAO=18;FDP=132;FR=.;FRO=114;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=-0.00817225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.749;QD=2.39323;RBI=0.0188547;REFB=-0.00816558;REVB=-0.0169916;RO=113;SAF=11;SAR=4;SRF=52;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332755;STB=0.679802;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0504678;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:128:132:113:114:15:18:0.136364:4:11:52:61:6:12:52:62 chr12 6127943 . A G 499.95 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.187;QD=55.5495;RBI=0.0167167;REFB=-0.0627267;REVB=0.0043391;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00150082;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:14:20:0:1:15:20:0:1 chr12 6128443 . T C,G 711.38 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,3;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360949,-0.0418389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.4476,147.651;QD=61.8594;RBI=0.0129148,0.0419727;REFB=0,0;REVB=-0.0124002,0.00334876;RO=0;SAF=16,2;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0048946,0.201988;OID=.,.;OPOS=6128443,6128443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:46:0:0:43,3:44,2:0.956522,0.0434783:27,1:16,2:0:0:27,1:17,1:0:0 chr12 6143984 . T C 1255.59 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.432;QD=61.2481;RBI=0.0108228;REFB=0;REVB=0.00262074;RO=0;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39996e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:82:0:0:79:82:1:30:49:0:0:30:52:0:0 chr12 6172202 . T C 3131.77 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285698;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.955;QD=63.9137;RBI=0.041288;REFB=0;REVB=0.0298071;RO=0;SAF=94;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58409e-05;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:196:0:0:192:196:1:98:94:0:0:98:98:0:0 chr12 6174414 . T G 652.75 PASS AF=0.60396;AO=60;DP=99;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00818673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.865;QD=25.8514;RBI=0.0401039;REFB=-0.032461;REVB=0.0392594;RO=38;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138351;STB=0.500163;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185509;OID=.;OPOS=6174414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:38:40:60:61:0.60396:28:32:21:17:29:32:21:19 chr12 6174423 . T A 709.37 PASS AF=0.616162;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=99;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00389562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.487;QD=28.6615;RBI=0.0872143;REFB=-0.00282996;REVB=-0.0871272;RO=38;SAF=31;SAR=30;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128022;STB=0.506956;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.000977071;OID=.;OPOS=6174423;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:38:38:61:61:0.616162:30:31:20:18:30:31:20:18 chr12 6204902 . CA C 204.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0140575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0658;QD=17.0734;RBI=0.0332082;REFB=-0.00580355;REVB=-0.0300861;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.530092;STBP=0.733;TYPE=del;VARB=0.00977677;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:21:48:21:48:27:12:9:14:13:99:27:12:9:14:13 chr12 6344600 . C A 602.02 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00853027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.425;QD=24.324;RBI=0.011065;REFB=-0.00627161;REVB=-0.00704756;RO=44;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50404;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00457059;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:44:54:55:0.555556:27:27:22:22:28:27:22:22 chr12 6421495 . G A 469.26 PASS AF=0.331461;AO=59;DP=180;FAO=59;FDP=178;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.0252463;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.564;QD=10.5453;RBI=0.0254516;REFB=-0.000615078;REVB=-0.00322593;RO=119;SAF=32;SAR=27;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347043;STB=0.51997;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00103264;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:178:119:119:59:59:0.331461:27:32:61:58:27:32:61:58 chr12 6427052 . C T 604.38 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.0235061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6526;QD=19.1868;RBI=0.0549696;REFB=-0.0248844;REVB=0.0496902;RO=62;SAF=31;SAR=31;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190707;STB=0.603143;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0261473;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:62:64:62:62:0.492063:31:31:18:44:31:31:19:45 chr12 6428116 . T G 506.78 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0351529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.656;QD=20.476;RBI=0.0453417;REFB=-0.00637116;REVB=-0.0286382;RO=50;SAF=26;SAR=23;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100935;STB=0.555811;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00710886;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:23:26:32:18:23:26:32:18 chr12 6439470 . A G 1043.1 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191855;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.144;QD=58.7664;RBI=0.0335313;REFB=0;REVB=0.0275003;RO=1;SAF=23;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93303e-05;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:1:0:70:71:1:47:23:1:0:47:24:0:0 chr12 6442346 . A G 600.82 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1514;QD=58.6166;RBI=0.0139509;REFB=-0.104171;REVB=0.00806875;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00300163;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:1:0:21:19:1:0 chr12 6457062 . T C 1857.1 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8028;QD=61.3917;RBI=0.0856985;REFB=0;REVB=-0.0130819;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214416;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:45:75:0:0:46:75:0:0 chr12 6464581 . C T 131.58 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0108026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.752;QD=14.6196;RBI=0.0149096;REFB=-0.0180138;REVB=0.0102762;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148733;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0347019;OID=.;OPOS=6464581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:9:11:6:9:10:11 chr12 6484709 . T C 1513.27 PASS AF=0.989899;AO=53;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.971;QD=61.1422;RBI=0.112258;REFB=0;REVB=-0.0047152;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195811;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:0:53:98:0.989899:36:17:0:0:36:62:0:0 chr12 6495275 . C A 694.46 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0623946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.279;QD=51.4414;RBI=0.0642799;REFB=-0.0980625;REVB=0.0154538;RO=3;SAF=21;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626402;STB=0.521731;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00149984;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:3:2:51:52:0.962963:30:21:3:0:30:22:2:0 chr12 6500105 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.276;QD=49.599;RBI=0.0408622;REFB=0;REVB=0.0136598;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387357;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 6560473 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.14;QD=59.4356;RBI=0.00833481;REFB=0;REVB=0.00260781;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6091e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr12 6562285 . C T 570.45 PASS AF=0.590909;AO=51;DP=87;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00731227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.049;QD=25.9293;RBI=0.0192323;REFB=-0.0291865;REVB=-0.017788;RO=33;SAF=33;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551642;STB=0.522338;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0202173;OID=.;OPOS=6562285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:33:36:51:52:0.590909:18:33:19:14:19:33:21:15 chr12 6562293 . C T 504.59 PASS AF=0.533333;AO=47;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0148978;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.33;QD=22.4264;RBI=0.0377141;REFB=-0.0324539;REVB=-0.034647;RO=42;SAF=30;SAR=17;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422932;STB=0.501516;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0296487;OID=.;OPOS=6562293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:47:48:0.533333:17:30:27:15:17:31:27:15 chr12 6562753 . A G 422.35 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0277968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0402;QD=20.8567;RBI=0.035003;REFB=0.00809427;REVB=0.0212732;RO=32;SAF=17;SAR=25;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100993;STB=0.601125;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00742083;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:32:39:42:42:0.518519:25:17:17:15:25:17:24:15 chr12 6562810 . A G 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0380869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.127;QD=22.396;RBI=0.0468331;REFB=0.0046111;REVB=-0.027253;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811175;STB=0.545264;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0174672;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:15:8:11:14:15:8 chr12 6562823 . C T 240.47 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0599365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.395;QD=21.375;RBI=0.0618963;REFB=0.00100621;REVB=-0.0154521;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100633;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.000713305;OID=.;OPOS=6562823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:14:8:11:12:14:8 chr12 6562836 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00316365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.887;QD=16.2717;RBI=0.0154824;REFB=-0.00500407;REVB=0.0151557;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136089;STB=0.578836;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00493517;OID=.;OPOS=6562836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:4:11:11:7:4:11:11:7 chr12 6572048 . A G 159.78 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0297186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3232;QD=10.3084;RBI=0.0332317;REFB=-0.0219256;REVB=-0.014871;RO=38;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143067;STB=0.620948;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.027914;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:41:21:21:0.33871:16:5:13:25:16:5:16:25 chr12 6573146 . T C 354.35 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.037822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7637;QD=13.8959;RBI=0.0695512;REFB=0.0077796;REVB=-0.0583684;RO=58;SAF=27;SAR=14;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1711;STB=0.584256;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00884571;OID=.;OPOS=6573146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:61:41:41:0.401961:14:27:29:29:14:27:32:29 chr12 6575044 . G T 400.25 PASS AF=0.588235;AO=37;DP=65;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.019655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7388;QD=23.5443;RBI=0.0270591;REFB=-0.0199207;REVB=0.0185978;RO=28;SAF=29;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240669;STB=0.641143;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0346356;OID=.;OPOS=6575044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:28:28:37:40:0.588235:8:29:15:13:8:32:15:13 chr12 6619280 . T C 282.86 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00647935;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.979;QD=17.1432;RBI=0.0110495;REFB=-0.0128515;REVB=0.00895045;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207757;STB=0.624199;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0179728;OID=.;OPOS=6619280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:35:31:31:0.469697:18:13:23:13:18:13:23:12 chr12 6619284 . C G 354.07 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0144589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.657;QD=21.459;RBI=0.018844;REFB=-0.00236372;REVB=-0.0120846;RO=30;SAF=23;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173099;STB=0.595801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00667748;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:13:23:13:17:13:23:13:17 chr12 6631169 . C A 119.51 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0120082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7676;QD=16.4847;RBI=0.0195204;REFB=-0.013168;REVB=0.0153899;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0075351;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:7:6:7:8:8:6:7:8 chr12 6637845 . T C 151.35 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0220361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.881;QD=12.6128;RBI=0.0264572;REFB=-0.00104009;REVB=-0.0146422;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114474;STB=0.567821;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000317082;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:31:17:17:0.354167:7:10:14:15:7:10:15:16 chr12 6638116 . C T 428.79 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.00274709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.598;QD=17.1517;RBI=0.00291327;REFB=-0.00498813;REVB=-0.000969883;RO=56;SAF=25;SAR=19;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114683;STB=0.564062;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00862501;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:19:25:38:18:19:25:38:18 chr12 6639088 . A G 1912.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0392;QD=61.707;RBI=0.0535879;REFB=0;REVB=0.0418386;RO=0;SAF=60;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115341;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:124:0:0:120:124:1:60:60:0:0:64:60:0:0 chr12 6660665 . A G 408.15 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00957196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1074;QD=13.3818;RBI=0.0511355;REFB=-3.84896e-05;REVB=0.0502316;RO=73;SAF=22;SAR=26;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138708;STB=0.574018;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-4.7037e-05;OID=.;OPOS=6660665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:73:74:48:48:0.393443:26:22:43:30:26:22:43:31 chr12 6690909 . C T 319.01 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0025944;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.981;QD=12.1526;RBI=0.012378;REFB=0.00316164;REVB=-0.012103;RO=64;SAF=11;SAR=28;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11706;STB=0.590734;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00495868;OID=.;OPOS=6690909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:64:66:39:39:0.371429:28:11:24:40:28:11:27:39 chr12 6711147 . C A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0162911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.541;QD=8.81074;RBI=0.0211853;REFB=-0.0644727;REVB=0.0135431;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0829111;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr12 6729956 . G A 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00199627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.872;QD=25.6498;RBI=0.0211911;REFB=-0.0648759;REVB=-0.0210968;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152177;STB=0.584546;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0417535;OID=.;OPOS=6729956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:10:8:16:9:10:8 chr12 6747295 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.00345951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.233;QD=20.8714;RBI=0.0952672;REFB=-0.00617123;REVB=-0.0952044;RO=20;SAF=19;SAR=2;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118225;STB=0.50666;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231207;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:2:19:18:2:2:19:18:2 chr12 6804193 . TTG T,TT 70.63 PASS AF=0.48,0;AO=9,5;DP=26;FAO=12,0;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11,0;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.21948,0.202581;FXX=0.0384468;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=24.823,11.7666;QD=11.3012;RBI=0.221389,0.267711;REFB=-0.128346,-0.121123;REVB=-0.0290063,-0.175015;RO=11;SAF=9,2;SAR=0,3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0.307692;SSEP=0,0;SSSB=0.760545,-0.339486;STB=0.775876,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=del,del;VARB=0.167155,0.0334573;OID=.,.;OPOS=6804194,6804195;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0:9,5:26:12,0:25:13:11,0:1,0:8:5:68:11:9,2:0,3:8:3 chr12 6835068 . A G 264.62 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0721347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.888;QD=13.2311;RBI=0.0866515;REFB=-0.0210668;REVB=0.0480113;RO=47;SAF=11;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254575;STB=0.656425;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0420505;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:49:31:31:0.3875:20:11:28:19:20:11:30:19 chr12 6835081 . G A 319.65 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0147523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.218;QD=18.5305;RBI=0.0162855;REFB=-0.0368912;REVB=0.00689834;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160377;STB=0.596842;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0278254;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:21:13:19:15:21:13:20:15 chr12 6836852 . A G 725.92 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0652291;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0672;QD=56.9347;RBI=0.0661666;REFB=0;REVB=0.0110988;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052193;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:14:36:0:0:14:37:0:0 chr12 6836913 . G T 319.41 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00219425;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.73;QD=25.0519;RBI=0.0122659;REFB=-0.00557097;REVB=-0.0120681;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354961;STB=0.519488;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00375837;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:20:31:31:0.607843:9:22:15:5:9:22:15:5 chr12 6839913 . C T 85.58 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.118002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6448;QD=11.8037;RBI=0.118347;REFB=-0.0175268;REVB=0.009029;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153343;STB=0.589597;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0496821;OID=.;OPOS=6839913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:3:15:8:3:3:15 chr12 6840209 . G A 122.33 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.042967;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6915;QD=14.8282;RBI=0.0441675;REFB=-0.0113715;REVB=-0.0102279;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.570033;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0288676;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:10:9:5:9:10:9 chr12 6858126 . G A 3159.85 PASS AF=1;AO=198;DP=200;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091362;FXX=0.0099995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.354;QD=63.8353;RBI=0.0160669;REFB=0.12368;REVB=-0.0132165;RO=1;SAF=72;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239454;OID=.;OPOS=6858126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:200:198:1:0:198:198:1:126:72:1:0:126:72:0:0 chr12 6859347 . C T 32.73 PASS AF=0.0806452;AO=10;DP=124;FAO=10;FDP=124;FR=.;FRO=114;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=72;FWDB=0.0782358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6306;QD=1.05584;RBI=0.0858046;REFB=-0.00161104;REVB=0.0352362;RO=114;SAF=3;SAR=7;SRF=42;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846093;STB=0.570506;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.039709;OID=.;OPOS=6859347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:124:124:114:114:10:10:0.0806452:7:3:42:72:7:3:42:72 chr12 6887020 . T C 1728.36 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.102;QD=60.1168;RBI=0.0556368;REFB=0;REVB=0.0421145;RO=0;SAF=67;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73754e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:115:0:0:112:115:1:45:67:0:0:47:68:0:0 chr12 6926363 . T C 261.21 PASS AF=0.5;AO=22;DP=67;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00249122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.029;QD=14.9261;RBI=0.0553332;REFB=-0.111208;REVB=-0.0552771;RO=22;SAF=2;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379309;STB=0.514514;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.119686;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:22:35:22:35:0.5:20:2:7:15:20:15:16:19 chr12 6928075 . T C 203.93 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.032428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.534;QD=13.3723;RBI=0.0361224;REFB=-0.0296627;REVB=0.015914;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189976;STB=0.616927;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0268733;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:36:24:25:0.409836:15:9:19:15:16:9:20:16 chr12 6928586 . CA AG 1343.21 PASS AF=0.960396;AO=94;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.125667;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=40.7433;QD=53.1962;RBI=0.12588;REFB=-0.0859943;REVB=-0.00732013;RO=5;SAF=49;SAR=45;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754298;STB=0.501436;STBP=0.906;TYPE=mnp;VARB=0.00784805;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:5:4:94:97:0.960396:45:49:3:2:45:52:2:2 chr12 6939850 . A G 473.85 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0588709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.8032;QD=18.9538;RBI=0.0597009;REFB=-0.0025093;REVB=-0.00992051;RO=53;SAF=26;SAR=21;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954979;STB=0.553169;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00480482;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:53:53:47:47:0.47:21:26:24:29:21:26:24:29 chr12 6941021 . G A 150.78 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00465821;FXX=0.0555401;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.504;QD=17.7392;RBI=0.0116911;REFB=-0.00468024;REVB=-0.010723;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00528378;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:8:10:7:9:8:10 chr12 6942823 . A G 1195.96 PASS AF=1;AO=52;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.214;QD=59.7981;RBI=0.0585117;REFB=0;REVB=0.0104833;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16048e-06;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:52:80:1:16:36:0:0:22:58:0:0 chr12 6946247 . G T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.019383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.835;QD=20.017;RBI=0.0554509;REFB=-0.0381742;REVB=0.0519529;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304364;STB=0.673863;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0503417;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:9:8:14:4:9:8 chr12 6948528 . T C 191.35 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0325428;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.937;QD=20.142;RBI=0.0491596;REFB=-0.0303758;REVB=-0.0368461;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163049;STB=0.604287;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0287081;OID=.;OPOS=6948528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:8:11:7:11:8:11:7:12 chr12 6950930 . AT A 277.18 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0208543;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.735;QD=13.5208;RBI=0.0209333;REFB=0.0476288;REVB=-0.00181687;RO=37;SAF=21;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11932;STB=0.559736;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=-0.0301955;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54878:44:83:45:82:37:22:23:23:14:99:37:21:23:23:14 chr12 6954875 . C T 470.52 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0109828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.029;QD=20.6822;RBI=0.0302894;REFB=-0.0219844;REVB=0.028228;RO=42;SAF=18;SAR=28;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312441;STB=0.504503;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0228811;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:45:46:46:0.505495:28:18:15:27:28:18:18:27 chr12 6965194 . A G 513.97 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=156;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.0112955;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.819;QD=13.35;RBI=0.0128672;REFB=-0.0169059;REVB=0.00616267;RO=92;SAF=18;SAR=42;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374224;STB=0.710727;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.038896;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:92:94:60:60:0.38961:42:18:60:32:42:18:61:33 chr12 7022085 . T A 425.55 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0487528;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.678;QD=18.7055;RBI=0.0508299;REFB=-0.0214867;REVB=-0.0143818;RO=47;SAF=14;SAR=29;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811281;STB=0.552665;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0293874;OID=.;OPOS=7022085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:29:14:19:28:29:14:20:28 chr12 7023123 . A G 539.31 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.0226881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4439;QD=22.0126;RBI=0.026083;REFB=-0.00611342;REVB=0.0128675;RO=46;SAF=29;SAR=22;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742053;STB=0.544987;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00673989;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:47:51:51:0.520408:22:29:30:16:22:29:31:16 chr12 7043722 . CAAA AACA,CAA,CAAC 261.24 PASS AF=0,0.787234,0.212766;AO=4,7,3;DP=43;FAO=0,37,10;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,8,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432327,0.859141,0.0494687;FXX=0;HRUN=2,6,6;LEN=3,1,1;MLLD=212.597,5.95921,210.285;QD=22.2328;RBI=0.0664161,0.859965,0.0605335;REFB=0,0,0;REVB=-0.0504186,0.0376377,-0.0348877;RO=23;SAF=0,5,0;SAR=4,2,3;SRF=23;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.870872,-0.621614,-0.869309;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.115237,0.179513;OID=.,.,.;OPOS=7043722,7043723,7043725;OREF=CAA,A,A;OALT=AAC,-,C;OMAPALT=AACA,CAA,CAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:56:43:47:23:0:4,7,3:0,37,10:0,0.787234,0.212766:4,2,3:0,5,0:23:0:0,8,10:0,29,0:0:0 chr12 7055860 . T C 280.26 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.015323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.151;QD=16.732;RBI=0.0263178;REFB=-0.0285021;REVB=-0.021397;RO=34;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315782;STB=0.508665;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0316386;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:36:30:31:0.462687:16:14:17:17:16:15:18:18 chr12 7065635 . T C 810.33 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0792904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.741;QD=54.9379;RBI=0.0883517;REFB=-0.0129713;REVB=0.0389752;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00106868;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:32:25:1:0:32:26:1:0 chr12 7079215 . T G 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.775;QD=57.8816;RBI=0.0125661;REFB=0;REVB=0.00725163;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1978e-06;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr12 7080212 . T C 605.4 PASS AF=0.954545;AO=39;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000472224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.342;QD=55.0367;RBI=0.0954416;REFB=0.000327585;REVB=0.0954404;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360381;STB=0.517233;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000576513;OID=.;OPOS=7080212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:39:42:0.954545:25:14:0:2:28:14:0:2 chr12 7090742 . G A 292.5 PASS AF=0.44;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00538832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.035;QD=15.6002;RBI=0.00863286;REFB=-0.0258512;REVB=0.0067448;RO=38;SAF=29;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529071;STB=0.793474;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0301163;OID=.;OPOS=7090742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:42:32:33:0.44:3:29:20:18:4:29:20:22 chr12 7241055 . A G 571.85 PASS AF=0.419355;AO=64;DP=155;FAO=65;FDP=155;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=0.00905295;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.422;QD=14.7574;RBI=0.019896;REFB=-0.00963652;REVB=-0.017717;RO=91;SAF=37;SAR=27;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04026;STB=0.522645;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0058648;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:91:90:64:65:0.419355:27:37:56:35:27:38:56:34 chr12 7241570 . C T 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0424953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.151;QD=13.5521;RBI=0.0425045;REFB=-0.0159715;REVB=-0.000883121;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728923;STB=0.533211;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0167635;OID=.;OPOS=7241570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:16:18:11:13:17:18 chr12 7242204 . C T 547.4 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=114;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0329867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2871;QD=19.04;RBI=0.112186;REFB=0.0263051;REVB=0.107226;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884217;STB=0.539292;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0265116;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:57:58:56:57:0.495652:30:26:32:25:30:27:32:26 chr12 7242299 . G A 856.63 PASS AF=0.488764;AO=84;DP=176;FAO=87;FDP=178;FR=.;FRO=91;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=43;FWDB=0.0215495;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.088;QD=19.2501;RBI=0.0228567;REFB=-0.012111;REVB=-0.00761897;RO=91;SAF=50;SAR=34;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652513;STB=0.543037;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0179005;OID=.;OPOS=7242299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:91:91:84:87:0.488764:34:50:48:43:34:53:48:43 chr12 7281303 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0159203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.429;QD=12.5664;RBI=0.021538;REFB=-0.0115183;REVB=-0.0145063;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102523;STB=0.558576;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0181988;OID=.;OPOS=7281303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:9:16:29:11:9:16:29:11 chr12 7281317 . C T 849.92 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0279953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2506;QD=50.7413;RBI=0.0495439;REFB=-0.100733;REVB=-0.0408762;RO=5;SAF=45;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131853;STB=0.506997;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00653312;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:5:5:62:62:0.925373:17:45:4:1:17:45:4:1 chr12 7463241 . A T 510.21 PASS AF=0.329843;AO=62;DP=191;FAO=63;FDP=191;FR=.;FRO=128;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.00101536;FXX=0.0154631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.592;QD=10.6849;RBI=0.0020108;REFB=-0.00252421;REVB=-0.00173562;RO=123;SAF=39;SAR=23;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129338;STB=0.566766;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00580406;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:123:128:62:63:0.329843:23:39:64:59:23:40:69:59 chr12 7548996 . C G 91.26 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0276553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6038;QD=17.3837;RBI=0.0723543;REFB=0.00130551;REVB=0.0668605;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358864;STB=0.707579;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00263163;OID=.;OPOS=7548996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:7:3:8:3:7:3 chr12 7549009 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0198139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.902;QD=18.4439;RBI=0.0313508;REFB=-0.0183922;REVB=0.0242957;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394734;STB=0.726859;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0108669;OID=.;OPOS=7549009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:7:2:8:3:7:2 chr12 7551022 . A T 657.96 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.216;QD=59.8147;RBI=0.0249962;REFB=-0.18157;REVB=0.00021287;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000563943;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:13:30:1:0:13:30:1:0 chr12 7551050 . A C 743.15 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0130042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.144;QD=59.4516;RBI=0.0312373;REFB=-0.020954;REVB=0.0284018;RO=2;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187886;STB=0.509996;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000442425;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:14:34:1:1:14:34:1:1 chr12 7585971 . A G 239.86 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00611806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.299;QD=14.3198;RBI=0.0570224;REFB=-0.0100587;REVB=0.0566932;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779225;STB=0.504345;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0264088;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:16:12:16:22:16:12:17:22 chr12 7637795 . A G 389.12 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00822743;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.5;QD=17.8906;RBI=0.00823061;REFB=-0.0124341;REVB=-0.000228727;RO=44;SAF=33;SAR=7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316054;STB=0.702013;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0141069;OID=.;OPOS=7637795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:44:47:40:40:0.45977:7:33:25:19:7:33:25:22 chr12 7649484 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00411154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8432;QD=13.7268;RBI=0.0182555;REFB=-0.00810053;REVB=0.0177865;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465323;STB=0.502657;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0204068;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:11:14:20:16:11:14:20:16 chr12 7772997 . G A 1527.25 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288219;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.691;QD=59.8922;RBI=0.0308687;REFB=0;REVB=0.0110534;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87119e-05;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr12 7773058 . C A 1569.02 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598509;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.657;QD=59.7722;RBI=0.0586679;REFB=0;REVB=0.0583618;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57422e-05;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:100:105:1:51:49:0:0:56:49:0:0 chr12 7773096 . T C 1171.64 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5113;QD=60.8644;RBI=0.0944384;REFB=0;REVB=0.0324075;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466821;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr12 7805236 . C G 443.89 PASS AF=0.589041;AO=41;DP=71;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0203769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4488;QD=24.3228;RBI=0.0602942;REFB=-0.0331884;REVB=-0.0567466;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836129;STB=0.545671;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0234384;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:30:30:41:43:0.589041:18:23:20:10:19:24:20:10 chr12 7867847 . G C 563.17 PASS AF=0.438849;AO=59;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=0.00418416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.534;QD=16.2063;RBI=0.113584;REFB=-0.00405183;REVB=0.113507;RO=76;SAF=33;SAR=26;SRF=53;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14439;STB=0.579239;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00536606;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:78:59:61:0.438849:26:33:53:23:28:33:53:25 chr12 7894056 . G A 260.81 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=-0.0671714;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6881;QD=14.291;RBI=0.0702437;REFB=-0.00378417;REVB=-0.020547;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363213;STB=0.698519;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0046375;OID=.;OPOS=7894056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:43:30:30:0.410959:15:15:7:37:15:15:7:36 chr12 7923119 . GA G 34.25 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.14049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5881;QD=5.70832;RBI=0.143695;REFB=-0.0372198;REVB=-0.0301793;RO=18;SAF=0;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.79477;STB=0.89264;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.10001;OID=.;OPOS=7923120;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:6:24:7:24:17:1:6:13:4:34:18:0:6:14:4 chr12 7967071 . G A 306.12 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00103754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2264;QD=47.0958;RBI=0.116316;REFB=-0.0270531;REVB=-0.116311;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264929;STB=0.519068;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0100548;OID=.;OPOS=7967071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:17:7:0:1:17:7:1:1 chr12 7967095 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00357096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.73;QD=7.32283;RBI=0.05773;REFB=-0.00809071;REVB=-0.0576194;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275858;STB=0.681124;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0422582;OID=.;OPOS=7967095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:5:9:5:1:5:9 chr12 8037075 . C A 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0513425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0683;QD=19.7603;RBI=0.0745117;REFB=-0.0180188;REVB=-0.0539994;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207728;STB=0.624673;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0167687;OID=.;OPOS=8037075;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:12:11:17:7:12:11:18:7 chr12 8043688 . G C 1128.59 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.040372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.041;QD=57.1437;RBI=0.0447998;REFB=-0.159482;REVB=0.0194197;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.514702;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.000616632;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:76:77:0.974684:43:33:1:0:44:33:2:0 chr12 8074192 . G A 437.43 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00457393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.921;QD=24.302;RBI=0.00707847;REFB=-0.035927;REVB=0.00540222;RO=30;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111865;STB=0.561316;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0278069;OID=.;OPOS=8074192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:23:19:18:12:23:19:18:12 chr12 8082367 . T C 48.74 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=50;FWDB=-0.00534991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.366;QD=1.48813;RBI=0.00911499;REFB=0.00538255;REVB=0.00737981;RO=118;SAF=2;SAR=11;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486004;STB=0.862699;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.011907;OID=.;OPOS=8082367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:131:118:118:13:13:0.0992366:11:2:68:50:11:2:68:50 chr12 8083895 . AC A 34.45 PASS AF=0.344828;AO=11;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.174087;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9605;QD=4.75131;RBI=0.227201;REFB=-0.0819356;REVB=-0.145992;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358948;STB=0.788143;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0891764;OID=.;OPOS=8083896;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:11:30:10:29:19:8:2:7:12:34:14:8:3:5:9 chr12 8192590 . G C 220.4 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0131553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8786;QD=9.90572;RBI=0.0494759;REFB=-0.0140551;REVB=-0.0476949;RO=61;SAF=14;SAR=14;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202754;STB=0.617898;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0299443;OID=.;OPOS=8192590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:14:14:41:20:14:14:41:20 chr12 8208083 . TAAAA ATTAA,TAAA,TAATT,TTAAA 508.18 PASS AF=0.854167,0,0.0416667,0.0416667;AO=2,6,2,9;DP=43;FAO=41,0,2,2;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=11,0,2,0;FSAR=30,0,0,2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0294494,-0.74336,-0.0515005,-0.224693;FXX=0.020404;HRUN=1,13,13,13;LEN=3,1,2,1;MLLD=37.5808,4.14537,146.9,12.9713;QD=42.3486;RBI=0.251905,0.904171,0.0655419,0.486379;REFB=-0.0950294,-0.0605217,-0.0253327,-0.156622;REVB=0.250178,0.514724,0.0405394,0.431366;RO=4;SAF=0,0,2,0;SAR=2,6,0,9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0.767801,0;STB=0.523798,0.5,0.995982,0.5;STBP=0.367,1,0.062,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.0375389,0.253941,0.0495643,0.0128107;OID=.,.,.,.;OPOS=8208083,8208084,8208086,8208084;OREF=TAA,A,AA,A;OALT=ATT,-,TT,T;OMAPALT=ATTAA,TAAA,TAATT,TTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:43:48:4:3:2,6,2,9:41,0,2,2:0.854167,0,0.0416667,0.0416667:2,6,0,9:0,0,2,0:0:4:30,0,0,2:11,0,2,0:0:3 chr12 8249050 . C G 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4216;QD=63.278;RBI=0.157962;REFB=0;REVB=0.0157201;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171373;OID=.;OPOS=8249050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr12 8329652 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9043;QD=42.1819;RBI=0.0378111;REFB=0;REVB=-0.00438784;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166057;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr12 8329676 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.352;QD=33.4285;RBI=0.00512449;REFB=0;REVB=-0.0037494;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54793e-06;OID=.;OPOS=8329676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 8329700 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.576;QD=43.4859;RBI=0.0452225;REFB=0;REVB=-0.0447421;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294172;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 8329833 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.687;QD=43.4861;RBI=0.0780167;REFB=0;REVB=-0.0777242;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00411104;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr12 8374770 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8195;QD=51.1786;RBI=0.086727;REFB=0;REVB=0.0754911;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165772;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 8374781 . C CACG 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592946;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=322.704;QD=51.1846;RBI=0.0601915;REFB=0;REVB=0.0103523;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00019302;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:8:12:0:0:4:0:8:12:0:0 chr12 8376110 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.191;QD=62.9829;RBI=0.0245896;REFB=0;REVB=0.0222109;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69381e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr12 8543143 . T A 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.765;QD=37.4809;RBI=0.0120282;REFB=0;REVB=-0.0101301;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144214;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr12 8637403 . G T 947.02 PASS AF=0.513812;AO=91;DP=180;FAO=93;FDP=181;FR=.;FRO=88;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=-0.0106727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.251;QD=20.9285;RBI=0.0151165;REFB=-0.0354419;REVB=0.0107052;RO=87;SAF=42;SAR=49;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429409;STB=0.526146;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0281312;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:87:88:91:93:0.513812:49:42:36:51:50:43:36:52 chr12 8693333 . G A 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0164308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0026;QD=8.68961;RBI=0.0518399;REFB=-0.00770209;REVB=0.0491671;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.639677;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0088694;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:8:8:0.32:4:4:4:11:4:4:5:12 chr12 8757481 . G A 531.59 PASS AF=0.397436;AO=62;DP=156;FAO=62;FDP=156;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.014782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1577;QD=13.6305;RBI=0.0288092;REFB=-0.00688646;REVB=0.0247277;RO=93;SAF=27;SAR=35;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862117;STB=0.545496;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00811987;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:93:94:62:62:0.397436:35:27:48:45:35:27:48:46 chr12 8808006 . T C 263.53 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0021712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.439;QD=47.9141;RBI=0.0264744;REFB=-0.162516;REVB=0.0263852;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00142818;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr12 8926011 . T C 2542.92 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.49;QD=61.6464;RBI=0.0586777;REFB=0;REVB=0.0574215;RO=0;SAF=82;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20821e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:165:0:0:162:165:1:80:82:0:0:81:84:0:0 chr12 8975901 . C T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.199;QD=56.2119;RBI=0.0480679;REFB=-0.143814;REVB=0.0181026;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00318245;OID=.;OPOS=8975901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr12 9004512 . G A 990.3 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.398;QD=59.1227;RBI=0.0469607;REFB=0;REVB=-0.00415035;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121548;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr12 9004892 . C A 802.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.128;QD=64.1839;RBI=0.0346287;REFB=0;REVB=0.0342507;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101479;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:31:19:0:0 chr12 9010671 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0290452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.01;QD=10.0751;RBI=0.0792085;REFB=-0.0159421;REVB=-0.073691;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226511;STB=0.636048;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0139935;OID=.;OPOS=9010671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:4:10:4:4:4:10 chr12 9013755 . C T 148.06 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00334269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.317;QD=9.40049;RBI=0.032423;REFB=-0.0059157;REVB=-0.0322502;RO=43;SAF=2;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501728;STB=0.806799;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0271888;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:18:2:18:25:18:2:18:25 chr12 9016573 . A G 1553.49 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00338655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.863;QD=62.7673;RBI=0.00407582;REFB=-0.164493;REVB=0.00226794;RO=1;SAF=52;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101995;STB=0.505375;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000756776;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:46:52:0:1:46:52:0:1 chr12 9020489 . A G 699.4 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295627;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.819;QD=60.817;RBI=0.0491425;REFB=0.0182852;REVB=0.0392559;RO=0;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545433;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-6.06762e-06;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:0:1:45:45:0.978261:5:40:0:0:5:40:0:1 chr12 9020912 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0310933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5854;QD=18.966;RBI=0.0311803;REFB=0.0235828;REVB=0.00232829;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209262;STB=0.617431;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0239754;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:19:6:10:12:19:6 chr12 9070366 . T A 1300.79 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.73;QD=59.8063;RBI=0.0306435;REFB=-0.139288;REVB=-0.00596453;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000520317;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:85:86:0.988506:32:53:0:0:33:53:1:0 chr12 9074259 . C T 695.73 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0603829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.626;QD=60.498;RBI=0.0633572;REFB=-0.0903664;REVB=-0.0191846;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000526157;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr12 9086898 . A G 554.33 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.00353814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.271;QD=15.2919;RBI=0.0120155;REFB=5.32879e-05;REVB=0.0114828;RO=83;SAF=32;SAR=28;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283188;STB=0.523013;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-3.03205e-05;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:85:60:60:0.413793:28:32:42:41:28:32:42:43 chr12 9093001 . G A 195.09 PASS AF=0.364865;AO=20;DP=68;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0190194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.9136;QD=10.5455;RBI=0.0193335;REFB=-0.0436259;REVB=-0.00347075;RO=48;SAF=19;SAR=1;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500094;STB=0.670239;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.109603;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:48:47:20:27:0.364865:1:19:36:12:3:24:35:12 chr12 9248233 . T C 1772.83 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1628;QD=60.6095;RBI=0.0112107;REFB=0;REVB=-0.00130262;RO=0;SAF=70;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43558e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:47:70:0:0:47:70:0:0 chr12 9305473 . T C 2105.59 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=8.02535e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.508;QD=61.9292;RBI=0.0303022;REFB=-0.0495788;REVB=0.0303021;RO=1;SAF=69;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683955;STB=0.503546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00039918;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:134:135:0.992647:65:69:1:0:65:70:1:0 chr12 9307373 . T G 2063.43 PASS AF=0.953642;AO=141;DP=150;FAO=144;FDP=151;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0309596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7447;QD=54.6605;RBI=0.0860297;REFB=0.0528383;REVB=0.0802659;RO=7;SAF=66;SAR=75;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00931115;STB=0.50461;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00262044;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:150:151:7:7:141:144:0.953642:75:66:4:3:76:68:4:3 chr12 9312951 . G A 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0122934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.252;QD=16.5326;RBI=0.0180332;REFB=-0.0196391;REVB=-0.0131935;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110702;STB=0.555524;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0199578;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:18:24:16:19:19:24 chr12 9315209 . A G 500.75 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.000381379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.29;QD=21.7715;RBI=0.0122252;REFB=0.00270727;REVB=0.0122192;RO=44;SAF=37;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193455;STB=0.607539;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00221295;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:48:48:0.521739:11:37:26:18:11:37:26:18 chr12 9316773 . T C 302.11 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.0630134;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5076;QD=12.458;RBI=0.0847307;REFB=-0.0147364;REVB=-0.0566446;RO=61;SAF=15;SAR=20;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971469;STB=0.548753;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0305285;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:62:35:35:0.360825:20:15:21:40:20:15:22:40 chr12 9317784 . A G 483.98 PASS AF=0.485981;AO=50;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0592126;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0425;QD=18.0926;RBI=0.0795303;REFB=-0.0355656;REVB=0.0530938;RO=55;SAF=25;SAR=25;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771588;STB=0.551791;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0399573;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:55:50:52:0.485981:25:25:32:23:27:25:32:23 chr12 9317885 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0186592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.666;QD=15.419;RBI=0.0205217;REFB=-0.0174691;REVB=-0.00854252;RO=42;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108261;STB=0.560939;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0269599;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:18:14:14:28:18:14:14:28 chr12 9345273 . A G 893.14 PASS AF=1;AO=31;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7654;QD=55.8209;RBI=0.0814384;REFB=0;REVB=0.0813631;RO=0;SAF=28;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354676;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:31:64:1:3:28:0:0:35:29:0:0 chr12 9346792 . G C 282.35 PASS AF=0.352941;AO=41;DP=121;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.0198445;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.2082;QD=9.49075;RBI=0.0198567;REFB=-0.0746706;REVB=-0.000694615;RO=72;SAF=25;SAR=16;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124137;STB=0.574793;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.165919;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:72:77:41:42:0.352941:16:25:36:36:17:25:37:40 chr12 9439294 . T C 631.17 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0274045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.184;QD=21.039;RBI=0.029753;REFB=-0.0105039;REVB=0.011586;RO=56;SAF=35;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325569;STB=0.514014;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00856686;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:57:63:63:0.525:28:35:29:27:28:35:30:27 chr12 9447484 . C T 36.72 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0014717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.276;QD=1.61428;RBI=0.00979767;REFB=-0.00510769;REVB=0.00968651;RO=81;SAF=4;SAR=5;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043331;STB=0.539128;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0146553;OID=.;OPOS=9447484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:91:91:81:82:9:9:0.0989011:5:4:39:42:5:4:40:42 chr12 9447488 . C T 34.16 PASS AF=0.103448;AO=9;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=0.0290695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.69;QD=1.57057;RBI=0.0318441;REFB=-0.00175717;REVB=-0.0130004;RO=78;SAF=4;SAR=5;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050252;STB=0.538376;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0418892;OID=.;OPOS=9447488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:87:87:78:78:9:9:0.103448:5:4:38:40:5:4:38:40 chr12 9572819 . C T 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.839;QD=36.3452;RBI=0.0808475;REFB=0.000234264;REVB=-0.0674607;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00053373;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:0:1:5:6:0:1 chr12 9573130 . C T 1070.84 PASS AF=0.727273;AO=88;DP=121;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0309114;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.516;QD=35.3996;RBI=0.0470385;REFB=-0.0440632;REVB=0.0354557;RO=33;SAF=53;SAR=35;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092576;STB=0.549633;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0125198;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:33:33:88:88:0.727273:35:53:14:19:35:53:14:19 chr12 9573223 . C A 119.37 PASS AF=0.17037;AO=22;DP=134;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=-0.030437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.318;QD=3.53696;RBI=0.0335527;REFB=-0.00282834;REVB=-0.01412;RO=112;SAF=7;SAR=15;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416067;STB=0.743462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0295426;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:112:112:22:23:0.17037:15:7:74:38:15:8:74:38 chr12 9573224 . C T 1221.41 PASS AF=0.736842;AO=98;DP=133;FAO=98;FDP=133;FR=.;FRO=35;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0295925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.306;QD=36.734;RBI=0.0394274;REFB=-0.0235741;REVB=0.0260539;RO=35;SAF=68;SAR=30;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186915;STB=0.600245;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00687076;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:35:35:98:98:0.736842:30:68:12:23:30:68:12:23 chr12 9574002 . C T 1552.65 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.844;QD=64.0268;RBI=0.0297436;REFB=0;REVB=0.0211278;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55762e-05;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:97:0:0:89:97:1:33:56:0:0:37:60:0:0 chr12 9574042 . C A 1278.17 PASS AF=0.930693;AO=91;DP=101;FAO=94;FDP=101;FR=.;FRO=7;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0246927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.212;QD=50.6207;RBI=0.0446949;REFB=-0.0778725;REVB=0.0372546;RO=7;SAF=56;SAR=35;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347954;STB=0.518939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00677095;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:101:101:7:7:91:94:0.930693:35:56:6:1:38:56:6:1 chr12 9578197 . A T 764.44 PASS AF=0.920635;AO=56;DP=64;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.038772;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3578;QD=48.5358;RBI=0.0390632;REFB=-0.0229571;REVB=0.00476056;RO=6;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762656;STB=0.532457;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00903955;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:64:63:6:5:56:58:0.920635:34:22:0:6:36:22:0:5 chr12 9578358 . A C 165.01 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0384383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.952;QD=14.0435;RBI=0.0392786;REFB=0.00284872;REVB=0.0080811;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128473;STB=0.574387;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0045138;OID=.;OPOS=9578358;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:18:11:9:9:18:11 chr12 9580395 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.362;QD=35.5759;RBI=0.0305194;REFB=0;REVB=-0.00367207;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303153;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 9583324 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.295;QD=42.1803;RBI=0.154291;REFB=0;REVB=0.147677;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489362;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr12 9585578 . C T 38.25 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0454016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.455;QD=10.1999;RBI=0.0585008;REFB=-0.0123642;REVB=-0.0368922;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622566;STB=0.881272;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.025955;OID=.;OPOS=9585578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:1:4:1:8:1:5:1:8 chr12 9597776 . G A 2512.69 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.652;QD=60.9136;RBI=0.0311913;REFB=-0.0950031;REVB=0.0288133;RO=1;SAF=75;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531702;STB=0.502793;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000110206;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:1:1:164:164:0.993939:89:75:0:1:89:75:0:1 chr12 9750669 . A G 1396.36 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.079;QD=62.7577;RBI=0.0337284;REFB=0;REVB=0.00417529;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92908e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr12 9833524 . C G 401.66 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.000182967;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.615;QD=16.2288;RBI=0.0112796;REFB=-0.00881554;REVB=0.0112781;RO=56;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485353;STB=0.522464;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.013232;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:56:57:42:42:0.424242:19:23:28:28:19:23:29:28 chr12 9833628 . C T 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0458495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.167;QD=17.7314;RBI=0.0459303;REFB=-0.0340928;REVB=0.00272214;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246942;STB=0.643972;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0259344;OID=.;OPOS=9833628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:15:2:5:14:15:2:5:14 chr12 9885707 . A ATAAGT 274.8 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0190982;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=289.862;QD=15.7029;RBI=0.0194457;REFB=-0.0107616;REVB=0.00365978;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32011;STB=0.68543;STBP=0.008;TYPE=ins;VARB=0.0162322;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442857:30:70:31:70:39:9:22:24:15:99:39:9:21:24:15 chr12 9905690 . A G 350.4 PASS AF=0.398058;AO=40;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.00143293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.214;QD=13.6078;RBI=0.0123419;REFB=-0.0120721;REVB=0.0122584;RO=62;SAF=23;SAR=17;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780101;STB=0.537531;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0255751;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:40:41:0.398058:17:23:40:22:17:24:40:22 chr12 9906143 . GTTTTT GTTTTA,GTTTT,TGTTTT 265.84 PASS AF=0,0.6,0.381818;AO=2,16,19;DP=55;FAO=0,33,21;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=0,21,0;FSAR=0,12,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111727,-0.34595,-0.137867;FXX=0.0350816;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=42.1856,5.51437,23.1216;QD=19.334;RBI=0.121914,0.362695,0.13849;REFB=-0.0156828,-0.131362,-0.0585952;REVB=-0.0487876,0.108931,0.0131253;RO=8;SAF=0,13,0;SAR=2,3,19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.461538,0;SSSB=-0.519945,0.393622,-0.836744;STB=0.5,0.519988,0.5;STBP=1,0.276,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.106894,-0.0227058;OID=.,.,.;OPOS=9906148,9906144,9906143;OREF=T,T,GT;OALT=A,-,TG;OMAPALT=GTTTTA,GTTTT,TGTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:55:55:8:1:2,16,19:0,33,21:0,0.6,0.381818:2,3,19:0,13,0:2:6:0,12,21:0,21,0:0:1 chr12 9994445 . GTGT G 873.28 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330543;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=3;MLLD=294.602;QD=58.2189;RBI=0.0444864;REFB=0;REVB=0.0297733;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.06623e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:63:60:60:0:31:29:0:0:5:0:30:29:0:0 chr12 10015177 . A G 246.89 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00365631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.876;QD=17.9557;RBI=0.00442551;REFB=-0.0166663;REVB=-0.00249331;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120034;STB=0.561009;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0146024;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:20:7:10:17:20:7:10:18 chr12 10041364 . G A 1337.91 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.672;QD=62.2285;RBI=0.0425787;REFB=0;REVB=-0.0420349;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.73384e-05;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr12 10046052 . C A 683.54 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=117;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.027812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.118;QD=23.3689;RBI=0.0278549;REFB=0.0435932;REVB=-0.00154588;RO=51;SAF=47;SAR=19;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113753;STB=0.562349;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0355049;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:51:51:66:66:0.564103:19:47:30:21:19:47:30:21 chr12 10069302 . C T 368.34 PASS AF=0.5;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0302689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.414;QD=19.3861;RBI=0.0453516;REFB=-0.0219068;REVB=-0.0337722;RO=37;SAF=31;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262649;STB=0.643312;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0275868;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:38:38:0.5:7:31:22:15:7:31:23:15 chr12 10136672 . G A 1320.3 PASS AF=1;AO=66;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.812;QD=60.7037;RBI=0.00418904;REFB=0;REVB=0.00383618;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363932;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:66:87:1:41:25:0:0:60:27:0:0 chr12 10137557 . A C 262.78 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00943175;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=191.538;QD=40.4279;RBI=0.0211053;REFB=0.00406139;REVB=-0.0188806;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070384;STB=0.507036;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000106259;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:2:4:22:22:0.846154:10:12:1:1:10:12:2:2 chr12 10149406 . T C 312.14 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0277645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7897;QD=17.1033;RBI=0.0501785;REFB=-0.00425486;REVB=-0.0417973;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594784;STB=0.527167;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00649667;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:34:34:0.465753:14:20:20:18:14:20:21:18 chr12 10149851 . C T 1534.01 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00288644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.02;QD=62.6129;RBI=0.00566951;REFB=-0.0602287;REVB=-0.00487974;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903379;STB=0.504761;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000115964;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:45:52:1:0:45:52:1:0 chr12 10150974 . A G 409.04 PASS AF=0.619048;AO=30;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0278244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.279;QD=25.9711;RBI=0.0492812;REFB=-0.0625502;REVB=0.0406749;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207666;STB=0.588189;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.033615;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:30:39:0.619048:10:20:10:14:14:25:10:14 chr12 10151642 . T C 1688.84 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0135708;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.745;QD=58.7424;RBI=0.0795623;REFB=-0.0840632;REVB=0.0783964;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510868;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000814527;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:115:0:2:112:113:0.982609:44:68:0:0:45:68:0:2 chr12 10163375 . C A 122.39 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0645017;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8793;QD=14.835;RBI=0.0842873;REFB=-0.00667298;REVB=-0.0542574;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00902123;OID=.;OPOS=10163375;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr12 10163379 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0263412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.263;QD=15.7004;RBI=0.0264644;REFB=-0.00157283;REVB=0.0025509;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00257688;OID=.;OPOS=10163379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:10:9:7:8:10:9 chr12 10165469 . A G 2049.77 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569293;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.435;QD=62.5884;RBI=0.078683;REFB=0;REVB=0.0784767;RO=0;SAF=59;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124518;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:71:59:0:0:72:59:0:0 chr12 10167277 . G C 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.993;QD=60.5875;RBI=0.025885;REFB=0;REVB=0.00886473;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102594;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr12 10215654 . C G 315.45 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0319321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8196;QD=31.5453;RBI=0.0346496;REFB=-0.023682;REVB=0.0134513;RO=13;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255407;STB=0.518505;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0120059;OID=.;OPOS=10215654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:13:26:27:0.675:9:17:8:5:9:18:8:5 chr12 10236797 . A G 940.88 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.108;QD=57.0229;RBI=0.0219837;REFB=0.0321955;REVB=-0.0175839;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000424935;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:1:0:27:38:1:0 chr12 10236824 . C T 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.381;QD=57.436;RBI=0.0155581;REFB=-0.096385;REVB=-0.00557669;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=1.36091e-05;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:29:38:0:0:29:38:1:0 chr12 10236921 . G T 541.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6997;QD=58.5127;RBI=0.00777431;REFB=0;REVB=-0.00225749;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258316;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:17:20:0:0 chr12 10236942 . C G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00959366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.817;QD=41.868;RBI=0.0251918;REFB=-0.181172;REVB=0.0232935;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00315528;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr12 10237014 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.171;QD=35.5758;RBI=0.0730934;REFB=0;REVB=-0.0194371;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140978;OID=.;OPOS=10237014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 10251445 . C G 1101.53 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9469;QD=58.7483;RBI=0.0424597;REFB=0.0835444;REVB=-0.0230105;RO=1;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119765;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00902185;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:39:35:0:1:39:35:0:1 chr12 10271055 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.241;QD=61.6828;RBI=0.0380999;REFB=0;REVB=0.0324438;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59446e-05;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:24:15:0:0:24:17:0:0 chr12 10279702 . C T 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0492504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.351;QD=25.3654;RBI=0.0500179;REFB=-0.0303316;REVB=-0.00872817;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138639;STB=0.576852;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.024473;OID=.;OPOS=10279702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:4:10:11:10:4:10 chr12 10366088 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.365;QD=50.4132;RBI=0.0580917;REFB=0;REVB=-0.00773247;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027985;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr12 10367240 . CT C 819.59 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302769;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0272;QD=47.5126;RBI=0.0250941;REFB=0;REVB=-0.0249108;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000550798;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:70:69:69:0:28:41:0:0:15:0:27:41:0:0 chr12 10462052 . T G 1109.51 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.14499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.24;QD=58.3955;RBI=0.150871;REFB=-0.0437402;REVB=0.0417111;RO=1;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129601;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00153053;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:38:36:1:0:39:36:1:0 chr12 10467533 . T A 280.73 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0163413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.93;QD=28.0728;RBI=0.0278335;REFB=-0.0371371;REVB=-0.0225315;RO=15;SAF=16;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291878;STB=0.516116;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0197522;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:9:16:9:6:9:16:9:6 chr12 10525740 . C T 1695.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.475;QD=60.5443;RBI=0.0576265;REFB=0;REVB=-0.054788;RO=0;SAF=64;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62147e-05;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:48:64:0:0:48:64:0:0 chr12 10532111 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.47;QD=52.6132;RBI=0.0646369;REFB=0;REVB=0.018474;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187961;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr12 10532326 . T C 715.14 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00933359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.023;QD=57.2111;RBI=0.0120873;REFB=-0.00315728;REVB=0.00768025;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391497;STB=0.510634;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000238497;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:2:3:47:47:0.94:23:24:0:2:23:24:1:2 chr12 10560957 . T C 1000.21 PASS AF=0.971831;AO=57;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.671;QD=56.3496;RBI=0.0231671;REFB=-0.0223425;REVB=-0.00500329;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522721;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00025638;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:71:0:2:57:69:0.971831:18:39:0:0:21:48:0:2 chr12 10562025 . C T 1539.93 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.88;QD=61.5973;RBI=0.024803;REFB=-0.0520746;REVB=0.0108216;RO=2;SAF=56;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276428;STB=0.501457;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000696075;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:42:56:1:1:42:56:1:1 chr12 10562089 . A C,T 2140.47 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=132,6;DP=138;FAO=132,6;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63,2;FSAR=69,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265604,-0.00472727;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.593,65.3386;QD=62.0427;RBI=0.0265619,0.0430814;REFB=0,0;REVB=-0.000283672,-0.0428213;RO=0;SAF=63,2;SAR=69,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000389854,0.0440548;OID=.,.;OPOS=10562089,10562089;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:138:138:0:0:132,6:132,6:0.956522,0.0434783:69,4:63,2:0:0:69,4:63,2:0:0 chr12 10570965 . C G 1597.66 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471298;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1622;QD=59.7257;RBI=0.04721;REFB=0;REVB=-0.0027508;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896151;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:39:67:0:0:40:67:0:0 chr12 10571042 . A G 1664.88 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0446748;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7874;QD=59.46;RBI=0.0953609;REFB=-0.102603;REVB=0.0842488;RO=1;SAF=60;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784736;STB=0.504131;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00116276;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:1:1:111:111:0.991071:51:60:1:0:51:60:1:0 chr12 10571091 . T G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.433;QD=61.2126;RBI=0.0326083;REFB=0;REVB=-0.0167502;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38826e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr12 10571106 . G C 1029.68 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.04172e-05;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.768;QD=59.6916;RBI=0.0252314;REFB=0;REVB=0.0252312;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100434;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr12 10572982 . A G 1861.89 PASS AF=0.99187;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0727441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4123;QD=60.5494;RBI=0.081966;REFB=-0.095026;REVB=0.037772;RO=1;SAF=70;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940532;STB=0.50495;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000947713;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:1:1:120:122:0.99187:50:70:0:1:50:72:0:1 chr12 10573094 . CA GG 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732988;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=330.912;QD=57.0008;RBI=0.008985;REFB=0;REVB=0.00519645;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.00248e-05;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr12 10587111 . A G 10584.1 PASS AF=1;AO=690;DP=713;FAO=692;FDP=692;FR=.;FRO=0;FSAF=394;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288046;FXX=0.0308119;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.564;QD=61.1797;RBI=0.00326562;REFB=-0.0540593;REVB=-0.0015386;RO=20;SAF=393;SAR=297;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166887;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21473e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:713:692:20:0:690:692:1:297:393:12:8:298:394:0:0 chr12 10587631 . C T 1311.3 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00130314;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.779;QD=60.9905;RBI=0.0344401;REFB=-0.0345134;REVB=0.0344155;RO=1;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885539;STB=0.504672;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000313316;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:53:32:0:1:53:32:0:1 chr12 10588530 . C G 538.65 PASS AF=0.398649;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=148;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.00282977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4298;QD=14.5581;RBI=0.0315805;REFB=0.00681032;REVB=0.0314534;RO=89;SAF=32;SAR=27;SRF=58;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119133;STB=0.56694;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0110245;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:89:89:59:59:0.398649:27:32:58:31:27:32:58:31 chr12 10588581 . T C 355.39 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0135315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.233;QD=12.4698;RBI=0.016735;REFB=-0.0180054;REVB=0.00984685;RO=70;SAF=27;SAR=16;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172789;STB=0.594471;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0182893;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:71:43:43:0.377193:16:27:33:37:16:27:34:37 chr12 10603669 . G GC 1971.38 PASS AF=1;AO=14;DP=137;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10952;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.029;QD=59.7387;RBI=0.110187;REFB=0;REVB=0.0121082;RO=115;SAF=0;SAR=14;SRF=76;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.718396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.01151e-05;OID=.;OPOS=10603670;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:137:132:132:0:78:54:0:0:11:115:0:14:76:39 chr12 10603670 . T C 1593.92 PASS AF=0.893939;AO=111;DP=125;FAO=118;FDP=132;FR=.;FRO=14;FSAF=79;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0128511;FXX=0.00751823;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.804;QD=48.3007;RBI=0.0287402;REFB=-0.100882;REVB=0.0257069;RO=14;SAF=72;SAR=39;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143577;STB=0.576074;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00160692;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:125:132:14:14:111:118:0.893939:39:72:0:14:39:79:0:14 chr12 10659438 . T C 2685.05 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.295;QD=61.7253;RBI=0.0355167;REFB=-0.0604074;REVB=0.0350762;RO=0;SAF=86;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20972e-05;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:173:174:0:0:172:174:1:86:86:0:0:87:87:0:0 chr12 10659964 . C G 1461.31 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.61;QD=62.8519;RBI=0.0300905;REFB=0;REVB=0.0292821;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06824e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:55:37:0:0:56:37:0:0 chr12 10675250 . G C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7587;QD=64.1519;RBI=0.0492266;REFB=0;REVB=-0.0176658;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052207;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr12 10763205 . T C 162.48 PASS AF=0.882353;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0531724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.734;QD=38.2296;RBI=0.0541033;REFB=-0.176133;REVB=0.00999277;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164511;STB=0.503932;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00208391;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:17:2:2:14:15:0.882353:6:8:1:1:7:8:1:1 chr12 10763236 . G C 353.76 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0435684;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3233;QD=52.4085;RBI=0.0445583;REFB=0.0796822;REVB=0.00933997;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00290329;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr12 10782115 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.515;QD=59.0187;RBI=0.00465475;REFB=0;REVB=0.00147649;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08579e-05;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 10854625 . G A 462.59 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0105703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.958;QD=19.0759;RBI=0.0108587;REFB=-0.0321649;REVB=-0.0024861;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106392;STB=0.558759;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0320772;OID=.;OPOS=10854625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:51:46:46:0.474227:25:21:28:21:25:21:29:22 chr12 10856219 . C T 176.52 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0587063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9966;QD=14.1219;RBI=0.0588047;REFB=-0.00345969;REVB=-0.00340021;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925911;STB=0.553434;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00410874;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:12:7:9:22:12:7:9:22 chr12 10871667 . A G 1505.32 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375744;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.75;QD=61.4416;RBI=0.188583;REFB=-0.137677;REVB=0.184802;RO=3;SAF=62;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202855;STB=0.503999;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00718656;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:98:3:1:95:97:0.989796:33:62:1:2:35:62:1:0 chr12 10875488 . T C 208.43 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.633;QD=46.3186;RBI=0.0320539;REFB=0;REVB=0.0136291;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00804644;OID=.;OPOS=10875488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:13:3:0:0:15:3:0:0 chr12 10875525 . G A 38.78 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.886;QD=17.2357;RBI=0.0287659;REFB=-0.0367193;REVB=0.0287659;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023775;OID=.;OPOS=10875525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:8:9:3:3:5:6:0.666667:5:0:0:3:6:0:0:3 chr12 10958658 . T C 1214.91 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.636;QD=59.9953;RBI=0.066785;REFB=-0.0988062;REVB=0.0645278;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010884;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00026849;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:37:43:1:0:37:43:1:0 chr12 10958845 . GAAAAAAAAG GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA 68.23 PASS AF=0.6,0;AO=11,3;DP=30;FAO=18,0;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11,0;FSAR=7,0;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.191807,0.0414927;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.61036,18.9003;QD=9.09741;RBI=0.248679,0.154774;REFB=-0.158742,-0.0998258;REVB=0.158276,-0.149108;RO=14;SAF=9,0;SAR=2,3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0498728,-0.736641;STB=0.559936,0.5;STBP=0.453,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.140183,0;OID=.,.;OPOS=10958846,10958853;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAAG,GAAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:11,3:30:18,0:30:12:11,0:7,0:9:3:36:14:9,0:2,3:11:3 chr12 10959031 . C T 1516.24 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776511;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.877;QD=63.8418;RBI=0.00937546;REFB=0;REVB=0.00525378;RO=0;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135193;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:42:53:0:0:42:53:0:0 chr12 10962115 . A G 686.93 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.100121;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5908;QD=51.8437;RBI=0.100213;REFB=-0.0109527;REVB=0.00428414;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.502856;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00455632;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:48:49:0.924528:28:20:1:0:28:21:1:1 chr12 10978402 . G A 233.92 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.978;QD=49.2456;RBI=0.0254532;REFB=0;REVB=0.0224934;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027569;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr12 10999708 . T C 1414.92 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.688;QD=62.8855;RBI=0.104426;REFB=0;REVB=0.104106;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113529;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:27:63:0:0:27:63:0:0 chr12 10999780 . C G,T 1665.96 PASS AF=0.0353982,0.964602;AO=4,107;DP=111;FAO=4,109;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=4,92;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055859,0.00387326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=39.7559,81.651;QD=58.9721;RBI=0.00633196,0.00862125;REFB=0,0;REVB=-0.00298185,-0.00770219;RO=0;SAF=4,90;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000781288,0.00240391;OID=.,.;OPOS=10999780,10999780;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:111:113:0:0:4,107:4,109:0.0353982,0.964602:0,17:4,90:0:0:0,17:4,92:0:0 chr12 11001963 . ATTTTTTTA AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAC 154.82 PASS AF=0.117647,0.0588235,0.558824,0.0588235;AO=5,4,13,2;DP=36;FAO=4,2,19,2;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=4,1,9,2;FSAR=0,1,10,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.104884,-0.067682,-0.128716,0.0279437;FXX=0.0555401;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,2;MLLD=17.0344,12.2225,9.46636,17.6755;QD=18.2139;RBI=0.128273,0.0968958,0.173596,0.0378296;REFB=0.00395131,-0.0138016,-0.0149871,-0.0457245;REVB=0.073846,-0.0693393,-0.11648,-0.0254995;RO=7;SAF=4,2,6,2;SAR=1,2,7,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.112423,-0.213092,-0.155931,0.539624;STB=0.995896,0.665187,0.564449,0.992254;STBP=0.177,0.743,0.29,0.347;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.086792,-0.0239039,-0.0241182,-0.107136;OID=.,.,.,.;OPOS=11001964,11001964,11001964,11001970;OREF=T,TT,T,TA;OALT=A,-,-,AC;OMAPALT=AATTTTTTA,ATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.117647,0.0588235,0.558824,0.0588235:5,4,13,2:36:4,2,19,2:34:7:4,1,9,2:0,1,10,0:5:2:31:7:4,2,6,2:1,2,7,0:5:2 chr12 11061122 . T C 778.05 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.063519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.757;QD=54.5999;RBI=0.0730684;REFB=-0.148081;REVB=0.0361154;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140721;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00214456;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:22:33:1:0:22:34:1:0 chr12 11083356 . A G 339.1 PASS AF=0.209559;AO=57;DP=272;FAO=57;FDP=272;FR=.;FRO=215;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=98;FSRR=117;FWDB=-0.0304837;FXX=0.00366287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5975;QD=4.98668;RBI=0.037121;REFB=0.000251558;REVB=0.021183;RO=215;SAF=19;SAR=38;SRF=98;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16406;STB=0.601506;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0017708;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:215:215:57:57:0.209559:38:19:98:117:38:19:98:117 chr12 11083677 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.085;QD=62.3496;RBI=0.0416117;REFB=0;REVB=0.0163239;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193873;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr12 11091432 . C T 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.748;QD=53.9082;RBI=0.0427147;REFB=0;REVB=0.0385069;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64369e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr12 11138683 . C T 1309.43 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105083;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.632;QD=60.9036;RBI=0.0337402;REFB=-0.127159;REVB=0.0320621;RO=1;SAF=65;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230923;STB=0.512192;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000964285;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:20:65:0:1:20:65:0:1 chr12 11138852 . C T 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.244;QD=60.3492;RBI=0.0489715;REFB=0;REVB=-0.018403;RO=0;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00288e-05;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:57:53:0:0:57:53:0:0 chr12 11149711 . C A 1363.08 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028771;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.877;QD=62.6703;RBI=0.0374418;REFB=0;REVB=-0.0239608;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145635;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr12 11149720 . A G 1457.65 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00836702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.239;QD=62.0279;RBI=0.00950632;REFB=-0.0487302;REVB=0.00451256;RO=1;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093882;STB=0.504949;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-2.36497e-05;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:50:43:0:1:50:43:0:1 chr12 11149769 . T C 1628.98 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00775028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.789;QD=59.2357;RBI=0.0530951;REFB=-0.0344377;REVB=0.0525264;RO=0;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.73491e-08;STB=0.503936;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000549412;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:108:110:0:1:107:109:0.990909:61:46:0:0:63:46:0:1 chr12 11150032 . TG T,TT 762.17 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=17,40;DP=57;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438378,0.0381186;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.264,209.972;QD=56.4568;RBI=0.045763,0.0431377;REFB=0,0;REVB=0.0131339,0.0201949;RO=0;SAF=9,23;SAR=8,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,-6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0340181,0.000818133;OID=.,.;OPOS=11150033,11150033;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:17,40:57:2,52:54:0:1,31:1,21:0:0:5:0:9,23:8,17:0:0 chr12 11150046 . G T 671.25 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00251349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8582;QD=52.6467;RBI=0.0308334;REFB=-0.0411247;REVB=-0.0307308;RO=2;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469715;STB=0.5238;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00896729;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:48:49:0.960784:19:29:0:2:20:29:0:2 chr12 11150054 . C T 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00367736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.993;QD=18.7938;RBI=0.00492581;REFB=-0.0340532;REVB=0.0032773;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110123;STB=0.558619;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0327763;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:27:23:23:0.46:11:12:16:9:11:12:17:10 chr12 11150214 . G A 593.77 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5501;QD=60.8994;RBI=0.0536112;REFB=0;REVB=-0.0457948;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79962e-05;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr12 11150319 . T C 223.15 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.978;QD=49.5877;RBI=0.048493;REFB=0;REVB=0.040118;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700611;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr12 11174302 . A G 53.71 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.000313424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.433;QD=2.65222;RBI=0.00389505;REFB=-0.00624281;REVB=-0.00388242;RO=70;SAF=1;SAR=10;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62199;STB=0.925225;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.035116;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:81:70:70:11:11:0.135802:10:1:44:26:10:1:44:26 chr12 11174327 . C T 58.12 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.00149707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.426;QD=2.61215;RBI=0.00708576;REFB=-0.00504702;REVB=0.00692581;RO=77;SAF=2;SAR=10;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512406;STB=0.853536;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.031077;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:77:77:12:12:0.134831:10:2:46:31:10:2:46:31 chr12 11174372 . C G 49.43 PASS AF=0.117021;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=94;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0138879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5564;QD=2.10326;RBI=0.0781638;REFB=-0.00509752;REVB=-0.0769201;RO=82;SAF=2;SAR=9;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50465;STB=0.858075;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.024631;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:94:82:83:11:11:0.117021:9:2:51:31:9:2:52:31 chr12 11174380 . C T 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.00528736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.937;QD=1.55655;RBI=0.0275982;REFB=-0.000505771;REVB=-0.0270869;RO=82;SAF=2;SAR=7;SRF=53;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465594;STB=0.834488;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00726786;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:93:82:84:9:9:0.0967742:7:2:53:29:7:2:53:31 chr12 11174390 . G A 31.25 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.00742754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.554;QD=1.42055;RBI=0.0345766;REFB=0.000182019;REVB=-0.0337694;RO=80;SAF=2;SAR=6;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395721;STB=0.804575;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00643025;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:6:2:49:31:6:2:49:31 chr12 11174416 . A G 31.08 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.0531827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7066;QD=1.397;RBI=0.0705846;REFB=6.76226e-05;REVB=0.0464089;RO=81;SAF=3;SAR=5;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229404;STB=0.680767;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00706259;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:5:3:47:34:5:3:47:34 chr12 11174753 . G A 65.03 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00808247;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.805;QD=8.39116;RBI=0.0276877;REFB=-0.00912279;REVB=-0.0264818;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079382;STB=0.588573;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0199886;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:32:31:23:22:8:9:0.290323:2:6:16:7:2:7:15:7 chr12 11183042 . C G 34.15 PASS AF=0.0600707;AO=17;DP=283;FAO=17;FDP=283;FR=.;FRO=266;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=158;FSRR=108;FWDB=0.0220344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1508;QD=0.482628;RBI=0.0296731;REFB=0.00184417;REVB=-0.019874;RO=266;SAF=5;SAR=12;SRF=158;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304877;STB=0.764971;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0276839;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:283:283:266:266:17:17:0.0600707:12:5:158:108:12:5:158:108 chr12 11183451 . A T 496.81 PASS AF=0.45;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0487006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4229;QD=16.5602;RBI=0.0557246;REFB=-0.0374835;REVB=-0.0270829;RO=65;SAF=28;SAR=25;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100638;STB=0.504657;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0275205;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:65:66:53:54:0.45:25:28:35:30:25:29:36:30 chr12 11183576 . T C 30.99 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.000296278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2671;QD=1.39296;RBI=0.0211603;REFB=-0.00524368;REVB=0.0211582;RO=79;SAF=5;SAR=3;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358271;STB=0.519239;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0264697;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:89:89:79:81:8:8:0.0898876:3:5:47:32:3:5:49:32 chr12 11183642 . A G 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00336021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8811;QD=5.17436;RBI=0.0420606;REFB=-0.00238176;REVB=0.0419261;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00864037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169003;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:42:44:11:11:0.2:4:7:27:15:4:7:28:16 chr12 11183676 . C T 68.43 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0213514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5481;QD=5.70245;RBI=0.0276661;REFB=-0.0145584;REVB=-0.0175936;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937291;STB=0.561194;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0486209;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:3:7:24:14:3:7:24:14 chr12 11183697 . C A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0399781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1289;QD=4.16593;RBI=0.0579689;REFB=-0.001367;REVB=-0.0419779;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423311;STB=0.799042;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0041603;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:18:15:1:6:18:15 chr12 11244166 . G C 1491.5 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0612922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.923;QD=57.3653;RBI=0.0614767;REFB=0.00892326;REVB=0.00475951;RO=2;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225766;STB=0.511902;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-5.75673e-05;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:104:2:2:101:102:0.980769:41:60:0:2:41:61:0:2 chr12 11244194 . T C 1422.37 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018876;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.978;QD=61.8421;RBI=0.0188893;REFB=-0.0230087;REVB=-0.000708835;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011421;STB=0.506023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000424621;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:41:50:0:1:41:50:0:1 chr12 11244725 . C G 773.95 PASS AF=0.98;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0440708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.631;QD=61.9157;RBI=0.0560869;REFB=-0.017505;REVB=0.0346915;RO=1;SAF=32;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144729;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000731068;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:47:49:0.98:15:32:1:0:17:32:1:0 chr12 11338613 . CA GG 624.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668989;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.466;QD=60.9334;RBI=0.0135699;REFB=0;REVB=0.0118063;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.005098;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr12 11338781 . C A 1373.72 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4598;QD=61.0542;RBI=0.0625083;REFB=0;REVB=-0.0202666;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702567;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:1:0:89:90:1:50:39:0:1:51:39:0:0 chr12 11338957 . A G 159.06 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0805;QD=45.4444;RBI=0.122697;REFB=0;REVB=0.115192;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00686489;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr12 11338983 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=378.642;QD=39.2068;RBI=0.0366089;REFB=0;REVB=0.0168434;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154738;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr12 11339020 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=388.813;QD=33.4285;RBI=0.0213242;REFB=0;REVB=0.0213242;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193517;OID=.;OPOS=11339020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr12 11418954 . A G 994.22 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.424;QD=58.4838;RBI=0.0407437;REFB=0;REVB=0.0401588;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171746;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:26:41:0:0:27:41:0:0 chr12 11462275 . A G 696.91 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0016244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=309.882;QD=60.6005;RBI=0.0249262;REFB=-0.184491;REVB=0.0248732;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000330572;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr12 11506211 . A C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.422;QD=37.4863;RBI=0.0162475;REFB=0;REVB=0.0162475;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228185;OID=.;OPOS=11506211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 12044393 . T TTA 456.28 PASS AF=0.37931;AO=48;DP=190;FAO=55;FDP=145;FR=.;FRO=90;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.00202417;FXX=0.0397325;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.425;QD=12.5871;RBI=0.0404553;REFB=-0.0358555;REVB=-0.0404047;RO=135;SAF=31;SAR=17;SRF=60;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249285;STB=0.603268;STBP=0.061;TYPE=ins;VARB=0.0309692;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:48:190:55:145:90:33:22:39:51:99:135:31:17:60:75 chr12 12044404 . T TA 480.97 PASS AF=0.420792;AO=73;DP=201;FAO=85;FDP=202;FR=.;FRO=117;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=82;FSRR=35;FWDB=-0.0178309;FXX=0.00492587;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.508;QD=9.52422;RBI=0.0317358;REFB=-0.0160107;REVB=0.026253;RO=123;SAF=34;SAR=39;SRF=81;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212037;STB=0.650314;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0342794;OID=.;OPOS=12044405;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.420792:73:201:85:202:117:37:48:82:35:99:123:34:39:81:42 chr12 12045264 . G T 767.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.859;QD=63.983;RBI=0.0768991;REFB=0;REVB=0.0320246;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190289;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:35:11:0:0:37:11:0:0 chr12 12048234 . C A 47.17 PASS AF=0.160714;AO=11;DP=59;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=42;FWDB=0.0435444;FXX=0.0819538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.902;QD=3.36945;RBI=0.0435969;REFB=-0.00412118;REVB=0.00213859;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349605;STB=0.890632;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0416719;OID=.;OPOS=12048234;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:59:56:41:47:11:9:0.160714:6:5:8:33:3:6:5:42 chr12 12230938 . C G 184.98 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00365947;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8388;QD=18.0466;RBI=0.0215307;REFB=-0.0313581;REVB=0.0212174;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560012;STB=0.529381;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0179479;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:18:19:0.463415:7:11:14:7:7:12:15:7 chr12 12240199 . C T 607.67 PASS AF=0.512397;AO=60;DP=119;FAO=62;FDP=121;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00598525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.771;QD=20.0883;RBI=0.00823424;REFB=-0.01714;REVB=-0.00565504;RO=59;SAF=31;SAR=29;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231435;STB=0.512816;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0135338;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:59:59:60:62:0.512397:29:31:32:27:30:32:32:27 chr12 12247793 . A T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00190045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.19;QD=18.498;RBI=0.0088669;REFB=-0.0177953;REVB=0.00866084;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181858;OID=.;OPOS=12247793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:17:10:10:16:17:10:10:17 chr12 12301898 . C T 774.48 PASS AF=1;AO=42;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4321;QD=55.3197;RBI=0.0610104;REFB=0;REVB=0.0360694;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180229;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:42:56:1:22:20:0:0:26:30:0:0 chr12 12483275 . G A 342.4 PASS AF=0.430233;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0221585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5882;QD=15.9255;RBI=0.0708558;REFB=0.0157167;REVB=0.0673019;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312669;STB=0.679708;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0202454;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:49:36:37:0.430233:23:13:33:16:24:13:33:16 chr12 12483318 . C T 398.6 PASS AF=0.418182;AO=44;DP=108;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.000731219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.844;QD=14.4946;RBI=0.00208592;REFB=-0.00920487;REVB=-0.00195356;RO=64;SAF=15;SAR=29;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22076;STB=0.618379;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0160901;OID=.;OPOS=12483318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:64:64:44:46:0.418182:29:15:35:29:30:16:35:29 chr12 12483713 . A G 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0390707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5436;QD=19.6673;RBI=0.039785;REFB=0.012823;REVB=-0.00750505;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317661;STB=0.67811;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0118144;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:15:4:11:8:15:4 chr12 12483764 . C T 87.03 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0427194;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4446;QD=19.3402;RBI=0.0683525;REFB=-0.0448146;REVB=0.0533584;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484872;STB=0.782062;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0083394;OID=.;OPOS=12483764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:18:18:7:7:10:11:0.611111:8:2:6:1:9:2:6:1 chr12 12509865 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0267731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.212;QD=12.7823;RBI=0.0267746;REFB=-0.0147586;REVB=-0.000283026;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202882;STB=0.621953;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0210198;OID=.;OPOS=12509865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:9:5:2:8:9:5 chr12 12510003 . G A 613.63 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00437838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.231;QD=18.5948;RBI=0.0221209;REFB=-0.00725254;REVB=-0.0216832;RO=69;SAF=50;SAR=13;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224832;STB=0.625738;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00899724;OID=.;OPOS=12510003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:69:69:63:63:0.477273:13:50:42:27:13:50:42:27 chr12 12514203 . C G 234.34 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0223664;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.973;QD=24.0353;RBI=0.0288507;REFB=-0.0387443;REVB=-0.0182237;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022094;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0396091;OID=.;OPOS=12514203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:9:13:9:7:9:13:10:7 chr12 12814818 . C T 1288.63 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.835;QD=59.9361;RBI=0.0310479;REFB=-0.094999;REVB=-0.0102829;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000236281;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:82:85:0.988372:38:44:0:1:38:47:0:1 chr12 12871099 . T G 558.98 PASS AF=0.41958;AO=59;DP=141;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.00370278;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7165;QD=15.6357;RBI=0.0472765;REFB=-0.0312481;REVB=-0.0471312;RO=82;SAF=32;SAR=27;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440318;STB=0.525642;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0410791;OID=.;OPOS=12871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:82:83:59:60:0.41958:27:32:41:41:27:33:42:41 chr12 12879254 . T G 708.0 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3503;QD=62.9331;RBI=0.0641746;REFB=0;REVB=-0.0141368;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630427;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 12941884 . C T 1457.52 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0041676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.379;QD=62.0219;RBI=0.0195348;REFB=-0.0208034;REVB=-0.0190851;RO=1;SAF=53;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117049;STB=0.506172;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=1.24627e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:40:53:0:1:40:53:0:1 chr12 12967127 . C T 540.0 PASS AF=0.406897;AO=57;DP=142;FAO=59;FDP=145;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=0.0330674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.556;QD=14.8966;RBI=0.0338762;REFB=0.000852927;REVB=-0.00735822;RO=85;SAF=32;SAR=25;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841981;STB=0.549081;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00092963;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:85:86:57:59:0.406897:25:32:41:44:26:33:41:45 chr12 13028653 . A G 697.85 PASS AF=1;AO=35;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.506;QD=62.0309;RBI=0.0430526;REFB=0;REVB=-0.00980014;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481706;OID=.;OPOS=13028653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:35:45:1:25:10:0:0:25:20:0:0 chr12 13061294 . C G,T 400.82 PASS AF=0.0625,0.875;AO=2,28;DP=32;FAO=2,28;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=2,16;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0240491,0.00544497;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.1876,258.433;QD=50.1027;RBI=0.0258208,0.0267576;REFB=-0.13399,-0.0461917;REVB=-0.00939972,0.0261977;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.992443,0.504851;STBP=0.312,0.882;TYPE=snp,snp;VARB=0.116691,-0.000107964;OID=.,.;OPOS=13061294,13061294;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:32:32:0:2:2,28:2,28:0.0625,0.875:0,12:2,16:0:0:0,12:2,16:1:1 chr12 13102605 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0187535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.667;QD=17.3208;RBI=0.0205181;REFB=-0.0215732;REVB=0.00832468;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0189639;OID=.;OPOS=13102605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:10:8:9:7:10:8 chr12 13208552 . C T 213.53 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00973237;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2254;QD=12.941;RBI=0.0635399;REFB=-0.0321148;REVB=-0.0627901;RO=40;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227202;STB=0.63813;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0334622;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:25:26:0.393939:7:18:21:19:7:19:21:19 chr12 13214537 . A G 386.63 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00600203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.785;QD=15.3121;RBI=0.00827732;REFB=-0.0169511;REVB=-0.00569996;RO=58;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111896;STB=0.562818;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0271913;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:21:22:36:22:21:22:36:22 chr12 13221606 . T C 1098.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.284;QD=60.1886;RBI=0.0114794;REFB=0;REVB=0.011322;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31843e-05;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr12 13527882 . G A 810.15 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.379;QD=64.8117;RBI=0.0529601;REFB=0;REVB=0.014864;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287625;OID=.;OPOS=13527882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:50:0:0:43:50:1:14:29:0:0:12:38:0:0 chr12 13593879 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.707;QD=62.3499;RBI=0.0588343;REFB=0;REVB=0.0174137;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56243e-05;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr12 13715954 . G A 428.98 PASS AF=0.621212;AO=37;DP=62;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0154163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.727;QD=25.9985;RBI=0.062963;REFB=-0.026047;REVB=0.0610465;RO=25;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171247;STB=0.605213;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0100374;OID=.;OPOS=13715954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:25:25:37:41:0.621212:19:18:18:7:23:18:18:7 chr12 13836561 . T A 103.46 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0104445;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.086;QD=9.19666;RBI=0.089458;REFB=-0.0164341;REVB=0.0888462;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156308;STB=0.59984;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0274979;OID=.;OPOS=13836561;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:32:13:13:0.288889:4:9:17:13:4:9:18:14 chr12 14018777 . G C 1051.1 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.126016;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.9478;QD=58.3946;RBI=0.127293;REFB=0.030018;REVB=0.0179877;RO=1;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171877;STB=0.509088;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000357146;OID=.;OPOS=14018777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:27:43:0:1:27:44:0:1 chr12 14019128 . C T 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00357039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.89;QD=27.2642;RBI=0.00357648;REFB=-0.0245474;REVB=0.000208699;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563967;STB=0.531222;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.010936;OID=.;OPOS=14019128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:7:6:12:10:7:6 chr12 14278844 . G A 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00337988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.535;QD=26.3714;RBI=0.0113499;REFB=-0.0173503;REVB=-0.0108349;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11984;STB=0.566335;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.011873;OID=.;OPOS=14278844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:11:13:6:10:11:13:6:10 chr12 14577892 . A T 89.77 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00625832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4669;QD=7.48116;RBI=0.0805941;REFB=0.0139062;REVB=0.0803507;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173231;STB=0.60851;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.0378176;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:17:19:8:4:17:19 chr12 14587301 . A G 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00547581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.839;QD=16.993;RBI=0.00569429;REFB=-0.0189619;REVB=0.0015622;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.527253;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0195309;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:16:14:14:13:16:14 chr12 14656768 . G C 336.63 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00556848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8275;QD=17.2628;RBI=0.0410371;REFB=0.00506547;REVB=0.0406576;RO=42;SAF=24;SAR=11;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537921;STB=0.502511;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=-0.00500512;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:35:36:0.461538:11:24:29:13:11:25:29:13 chr12 14688644 . C T 1551.67 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260796;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.618;QD=63.9865;RBI=0.0443512;REFB=0;REVB=-0.0358731;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322675;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr12 14794062 . G A 1505.64 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5502;QD=57.3578;RBI=0.0169441;REFB=-0.00817773;REVB=-0.00641832;RO=2;SAF=47;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159066;STB=0.500838;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000751319;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:103:103:0.980952:56:47:1:1:56:47:1:1 chr12 14827463 . AATC A 1343.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103626;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=359.395;QD=49.3174;RBI=0.0129535;REFB=0;REVB=0.00777237;RO=0;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.75345e-06;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:109:109:109:109:0:67:42:0:0:24:0:67:42:0:0 chr12 14829893 . A C 5567.73 PASS AF=0.988981;AO=357;DP=362;FAO=359;FDP=363;FR=.;FRO=4;FSAF=194;FSAR=165;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0562201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8574;QD=61.3525;RBI=0.0729875;REFB=-0.0723818;REVB=0.0465453;RO=5;SAF=193;SAR=164;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902734;STB=0.503219;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000768485;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:362:363:5:4:357:359:0.988981:164:193:1:4:165:194:1:3 chr12 14926504 . A G 1250.01 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000627397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.933;QD=60.2413;RBI=0.00614166;REFB=-0.0106816;REVB=0.00610954;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=5.37726e-05;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:0:1:43:39:0:1 chr12 14929872 . A G 1079.15 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.271;QD=59.1317;RBI=0.057055;REFB=0;REVB=0.0221587;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378854;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:71:73:1:37:34:0:1:39:34:0:0 chr12 14930299 . TAAGC T 494.58 PASS AF=0.489933;AO=72;DP=149;FAO=73;FDP=149;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=0.00709504;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=283.195;QD=13.2774;RBI=0.0155548;REFB=-0.0116097;REVB=-0.0138424;RO=73;SAF=39;SAR=33;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184008;STB=0.5092;STBP=0.847;TYPE=del;VARB=0.0115553;OID=.;OPOS=14930300;OREF=AAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489933:72:149:73:149:76:40:33:43:33:99:73:39:33:41:32 chr12 15081897 . A C 1279.27 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.419;QD=58.8169;RBI=0.102978;REFB=-0.0180005;REVB=-0.0981341;RO=2;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00158067;STB=0.500678;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00041898;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:2:2:84:85:0.977011:45:39:1:1:45:40:1:1 chr12 15095558 . C G 333.7 PASS AF=0.45;AO=34;DP=78;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0137567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.733;QD=16.6847;RBI=0.0172582;REFB=-0.018891;REVB=0.0104211;RO=44;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227324;STB=0.502784;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0246368;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:44:34:36:0.45:17:17:23:21:17:19:23:21 chr12 15103605 . A G 1713.77 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7915;QD=60.6645;RBI=0.0776017;REFB=0;REVB=0.0182975;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309016;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:63:49:0:0:63:50:0:0 chr12 15134353 . A G 381.1 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00626481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8546;QD=18.1476;RBI=0.0160296;REFB=-0.0173597;REVB=-0.0147547;RO=44;SAF=30;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200536;STB=0.612616;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0388015;OID=.;OPOS=15134353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:10:30:25:19:10:30:25:19 chr12 15733669 . G A 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0730277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.9834;QD=19.4074;RBI=0.073367;REFB=-0.0128581;REVB=0.00704828;RO=28;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883627;STB=0.549263;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0113296;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:12:18:14:14:12:18:14:14 chr12 16189694 . T A 551.04 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0138484;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.782;QD=17.22;RBI=0.0140637;REFB=-0.00253713;REVB=-0.00245135;RO=68;SAF=30;SAR=29;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485786;STB=0.530618;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00272952;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:68:69:59:59:0.460938:29:30:38:30:29:30:39:30 chr12 16347308 . G A 552.87 PASS AF=0.380117;AO=65;DP=171;FAO=65;FDP=171;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=38;FWDB=-0.0221814;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9474;QD=12.9326;RBI=0.0402322;REFB=-0.00613614;REVB=-0.0335651;RO=104;SAF=46;SAR=19;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800447;STB=0.547604;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00806365;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:104:106:65:65:0.380117:19:46:67:37:19:46:68:38 chr12 16369828 . A T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.834;QD=63.8708;RBI=0.0152048;REFB=0;REVB=0.0150054;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24447e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr12 16377510 . A G 302.77 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0106775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.333;QD=17.0572;RBI=0.0316643;REFB=-0.0157978;REVB=0.0298097;RO=37;SAF=9;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29588;STB=0.661054;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0280612;OID=.;OPOS=16377510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:24:9:21:16:24:9:21:17 chr12 16397677 . G A 2098.4 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.695;QD=62.1748;RBI=0.00536708;REFB=0;REVB=-0.00500114;RO=0;SAF=51;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58733e-05;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:133:135:1:82:51:0:0:84:51:0:0 chr12 16397734 . C A 494.45 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0616907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0313;QD=20.6019;RBI=0.062175;REFB=0.00695016;REVB=-0.00774569;RO=48;SAF=10;SAR=37;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212922;STB=0.604528;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00603643;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:37:10:19:29:37:11:19:29 chr12 16430284 . G A 796.26 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.089;QD=63.7008;RBI=0.0134661;REFB=0;REVB=0.00949138;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168936;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:20:28:0:0:20:30:0:0 chr12 18649057 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0115628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.15;QD=23.2632;RBI=0.0117307;REFB=-0.0110673;REVB=-0.00197778;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551678;STB=0.530759;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0118999;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:10:13:12:7:10:13:12:7 chr12 19329493 . T C 544.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.693;QD=58.8613;RBI=0.0729523;REFB=0;REVB=0.0170693;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717644;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:25:10:0:0:27:10:0:0 chr12 19423103 . A G 203.83 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00759022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0773;QD=14.3041;RBI=0.0221628;REFB=-0.0251221;REVB=0.0208225;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176723;STB=0.608606;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0451155;OID=.;OPOS=19423103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:14:10:19:13:14:10:20:13 chr12 19456605 . C T 281.03 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0230456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.392;QD=35.1292;RBI=0.0362702;REFB=-0.093069;REVB=0.0280076;RO=8;SAF=17;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451017;STB=0.52467;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0196869;OID=.;OPOS=19456605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:32:8:8:24:24:0.75:7:17:5:3:7:17:5:3 chr12 19522649 . T G 347.91 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0215525;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.2;QD=16.7667;RBI=0.0238493;REFB=-0.0186844;REVB=0.0102117;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012164;STB=0.51379;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0158913;OID=.;OPOS=19522649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:46:46:36:37:0.445783:16:20:25:21:17:20:26:20 chr12 19671796 . A G 169.11 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.0180732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.057;QD=12.0795;RBI=0.018093;REFB=-0.0274468;REVB=0.000847452;RO=35;SAF=16;SAR=5;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589355;STB=0.533949;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0392186;OID=.;OPOS=19671796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:5:16:28:7:5:16:28:7 chr12 19877449 . A G 3966.4 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.344;QD=62.218;RBI=0.0204582;REFB=0;REVB=0.0105755;RO=0;SAF=138;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87812e-06;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:255:0:0:254:255:1:116:138:0:0:116:139:0:0 chr12 20522252 . G A 282.27 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.023199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3589;QD=22.5814;RBI=0.0586494;REFB=-0.00554221;REVB=0.0538661;RO=24;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221425;STB=0.624466;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0070162;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:7:19:12:12:7:19:12:12 chr12 20704503 . CG CC,C 1434.57 PASS AF=0,0.659664;AO=30,125;DP=241;FAO=0,157;FDP=238;FR=.;FRO=81;FSAF=0,32;FSAR=0,125;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.124712,-0.00692269;FXX=0.0124476;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=14.813,15.9432;QD=24.1104;RBI=0.133249,0.0308535;REFB=-0.0194219,-0.0901707;REVB=0.0469288,-0.0300668;RO=82;SAF=29,1;SAR=1,124;SRF=52;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.657166,-0.852029;STB=0.5,0.676532;STBP=1,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0919343,0.0480597;OID=.,.;OPOS=20704504,20704504;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.659664:30,125:241:0,157:238:81:0,32:0,125:51:30:99:82:29,1:1,124:52:30 chr12 20704509 . T G 1303.66 PASS AF=0.56422;AO=123;DP=218;FAO=123;FDP=218;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=101;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0465595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.557;QD=23.9203;RBI=0.0494361;REFB=-0.0207315;REVB=-0.0166175;RO=95;SAF=22;SAR=101;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420517;STB=0.730731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0421839;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:95:95:123:123:0.56422:101:22:59:36:101:22:59:36 chr12 20766544 . C G 544.32 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=84;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=0.00415155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.613;QD=25.6152;RBI=0.0383853;REFB=-0.0254028;REVB=0.0381601;RO=26;SAF=18;SAR=1;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779031;STB=0.66859;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0237803;OID=.;OPOS=20766544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:26:35:19:50:0.588235:1:18:25:1:31:19:28:7 chr12 20766559 . C T 919.19 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.189;QD=58.361;RBI=0.042179;REFB=0;REVB=-0.00719251;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96439e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr12 20903757 . T C 396.33 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0150818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.798;QD=20.3244;RBI=0.0245495;REFB=-0.0511455;REVB=-0.0193705;RO=37;SAF=28;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152876;STB=0.579958;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0349818;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:40:40:0.512821:12:28:20:17:12:28:21:17 chr12 20905250 . C T 367.21 PASS AF=0.4;AO=42;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=16;FWDB=0.00262961;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.787;QD=13.353;RBI=0.00455245;REFB=-0.00308443;REVB=-0.00371617;RO=67;SAF=25;SAR=17;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177464;STB=0.59496;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00510531;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:67:66:42:44:0.4:17:25:50:17:17:27:50:16 chr12 21011480 . T G 1396.45 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.004;QD=62.7619;RBI=0.0395131;REFB=0;REVB=0.0341309;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12373e-05;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:49:40:0:0 chr12 21011813 . C T 1323.61 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0637898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1537;QD=60.8557;RBI=0.0700551;REFB=0.0920779;REVB=-0.0289583;RO=2;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026295;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00301493;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:2:1:84:86:0.988506:35:49:0:2:37:49:1:0 chr12 21013948 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.626;QD=58.5877;RBI=0.0585933;REFB=0;REVB=-0.0453256;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145524;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr12 21015760 . G A 1754.46 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0151932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5182;QD=58.9733;RBI=0.0206992;REFB=-0.0224731;REVB=0.0140579;RO=0;SAF=62;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13529e-08;STB=0.507811;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=8.95433e-05;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:119:0:2:116:117:0.983193:54:62:0:0:54:63:2:0 chr12 21036411 . A G 1556.83 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.358;QD=58.7484;RBI=0.0373645;REFB=-0.117412;REVB=0.021751;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000693653;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:0:1:105:105:0.990566:49:56:0:0:49:56:1:0 chr12 21054369 . G A 1882.65 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367896;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.51;QD=61.2245;RBI=0.044283;REFB=0;REVB=0.0246476;RO=1;SAF=67;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65877e-05;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:1:0:122:123:1:55:67:0:1:56:67:0:0 chr12 21054918 . T C 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.466;QD=59.3195;RBI=0.0506431;REFB=0;REVB=0.0490901;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147172;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr12 21176135 . T C 2229.46 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0435132;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3218;QD=61.9295;RBI=0.167295;REFB=-0.0528063;REVB=0.161537;RO=2;SAF=82;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222723;STB=0.502994;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000868613;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:145:144:2:1:141:143:0.993056:59:82:1:1:60:83:1:0 chr12 21201663 . G A 770.01 PASS AF=0.339286;AO=95;DP=280;FAO=95;FDP=280;FR=.;FRO=185;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=114;FSRR=71;FWDB=-0.00372531;FXX=0.0106003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.965;QD=11.0001;RBI=0.033846;REFB=-0.0194697;REVB=0.0336404;RO=183;SAF=52;SAR=43;SRF=113;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824979;STB=0.546294;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.038603;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:183:185:95:95:0.339286:43:52:113:70:43:52:114:71 chr12 21329738 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0534265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1533;QD=15.9166;RBI=0.0895682;REFB=-0.0343667;REVB=0.0718893;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0421713;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr12 21331599 . T C 466.69 PASS AF=0.36;AO=54;DP=150;FAO=54;FDP=150;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0066881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.494;QD=12.4451;RBI=0.0376693;REFB=-0.0103839;REVB=0.0370708;RO=95;SAF=28;SAR=26;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560462;STB=0.53494;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0176871;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:95:96:54:54:0.36:26:28:54:41:26:28:55:41 chr12 21422486 . A G 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0113473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6823;QD=22.8673;RBI=0.0387892;REFB=-0.0119537;REVB=0.0370923;RO=28;SAF=23;SAR=14;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142369;STB=0.577942;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0101518;OID=.;OPOS=21422486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:14:23:22:6:14:23:22:6 chr12 21526651 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0525528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.483;QD=17.0324;RBI=0.0525536;REFB=-0.0101622;REVB=-0.000280566;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470828;STB=0.526996;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0130148;OID=.;OPOS=21526651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:15:7:5:13:15:7 chr12 21609773 . A G 226.39 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0784814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6002;QD=17.086;RBI=0.0891485;REFB=-0.0473369;REVB=0.0422863;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854765;STB=0.548154;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0507935;OID=.;OPOS=21609773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:12:13:12:16:12:13:12:16 chr12 21622051 . A C 336.18 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00382794;FXX=0.03571;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.959;QD=16.6017;RBI=0.0100522;REFB=-0.00758783;REVB=0.00929479;RO=45;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16454;STB=0.581317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00698987;OID=.;OPOS=21622051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:45:45:35:36:0.444444:13:22:21:24:14:22:21:24 chr12 21623179 . T C 84.57 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0032582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9199;QD=10.9127;RBI=0.0506351;REFB=-0.0212743;REVB=-0.0505302;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159505;STB=0.509537;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0235021;OID=.;OPOS=21623179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:13:7:4:7:13:7 chr12 21623969 . A G 161.94 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0101337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.459;QD=13.2192;RBI=0.0163191;REFB=-0.0106615;REVB=0.0127915;RO=30;SAF=3;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377906;STB=0.743496;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0406808;OID=.;OPOS=21623969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:31:17:18:0.367347:14:3:14:16:15:3:15:16 chr12 21624406 . A G 445.9 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0122036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6497;QD=20.7394;RBI=0.0128133;REFB=-0.0313668;REVB=-0.0039053;RO=39;SAF=17;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482367;STB=0.502789;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0343193;OID=.;OPOS=21624406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:42:44:44:0.511628:27:17:13:26:27:17:16:26 chr12 21654831 . G T 813.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.196;QD=57.0664;RBI=0.0511679;REFB=0;REVB=0.0295783;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72415e-05;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:54:57:1:38:16:0:0:39:18:0:0 chr12 21712574 . C T 787.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4154;QD=56.2819;RBI=0.0533538;REFB=0;REVB=-0.0510726;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314575;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:18:37:0:0:18:38:0:0 chr12 21713402 . T C 1319.16 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.322;QD=62.0783;RBI=0.0288895;REFB=0;REVB=-0.00767332;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53258e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:40:45:0:0 chr12 21797029 . A G 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.682;QD=61.3093;RBI=0.0665178;REFB=0;REVB=0.0516238;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346554;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr12 21799951 . CTG C,CTA 110.61 PASS AF=0.358974,0;AO=11,2;DP=41;FAO=14,0;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9,0;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0362062,-0.0656264;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=171.248,105.054;QD=11.3449;RBI=0.0488222,0.0748774;REFB=-0.0138572,-0.0172236;REVB=-0.0327524,-0.0360527;RO=25;SAF=6,1;SAR=5,1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0744983,0.0185236;STB=0.606587,0.5;STBP=0.352,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0183053,0;OID=.,.;OPOS=21799952,21799953;OREF=TG,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974,0:11,2:41:14,0:39:25:9,0:5,0:12:13:99:25:6,1:5,1:12:13 chr12 22017422 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.82;QD=50.4134;RBI=0.0779274;REFB=0;REVB=0.0248173;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932758;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 22063115 . A G 1524.1 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.908;QD=63.5042;RBI=0.068787;REFB=0;REVB=0.064019;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8318e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:96:0:0:92:96:1:53:39:0:0:55:41:0:0 chr12 22213786 . C T 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00525169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.57;QD=20.7231;RBI=0.0148;REFB=-0.000999071;REVB=-0.0138369;RO=33;SAF=22;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120414;STB=0.566708;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000693853;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:33:37:37:0.528571:15:22:15:18:15:22:15:18 chr12 22348500 . A G 758.1 PASS AF=0.553846;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0305165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.402;QD=23.326;RBI=0.0305729;REFB=-0.0195499;REVB=-0.00185592;RO=58;SAF=49;SAR=23;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853636;STB=0.546758;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0162144;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:58:72:72:0.553846:23:49:34:24:23:49:34:24 chr12 22354921 . A G 399.76 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.48;QD=53.3018;RBI=0.0207278;REFB=-0.159431;REVB=0.0133292;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00408384;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr12 22478425 . A G 1378.08 PASS AF=0.95098;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.021652;FXX=0.0285687;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.31;QD=54.0422;RBI=0.0221614;REFB=-0.0723415;REVB=-0.00472454;RO=1;SAF=55;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854568;STB=0.501647;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000359739;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:102:1:5:97:97:0.95098:42:55:1:0:42:55:3:2 chr12 22814036 . A G 1387.01 PASS AF=1;AO=75;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5657;QD=63.0461;RBI=0.164944;REFB=0;REVB=0.159984;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134256;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:75:88:1:28:47:0:0:40:48:0:0 chr12 23915547 . GA AA,AG 44.67 PASS AF=0,0.166667;AO=2,5;DP=35;FAO=0,6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=0,3;FSAR=0,3;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00237708,0.00970253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=139.57,33.6897;QD=4.9633;RBI=0.0207804,0.1064;REFB=-0.0126394,-0.147489;REVB=-0.020644,0.105957;RO=22;SAF=0,2;SAR=2,3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.498236,-0.11704;STB=0.5,0.610759;STBP=1,0.62;TYPE=snp,mnp;VARB=0,-0.00332836;OID=.,.;OPOS=23915547,23915547;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:35:36:22:30:2,5:0,6:0,0.166667:2,3:0,2:11:11:0,3:0,3:11:19 chr12 24859899 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0095598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.446;QD=18.4582;RBI=0.00979705;REFB=-0.0207716;REVB=0.00214299;RO=41;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170813;STB=0.594889;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0265368;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:19:19:13:28:19:19:13:28 chr12 24964383 . T C 710.56 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00699044;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.509;QD=54.6587;RBI=0.0277705;REFB=-0.0509043;REVB=0.0268763;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00275956;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:1:0:29:22:1:0 chr12 24964523 . C T 728.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5757;QD=57.1592;RBI=0.0254565;REFB=0;REVB=-0.0250427;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246631;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr12 24967846 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00762825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.602;QD=11.1978;RBI=0.024145;REFB=-0.00366645;REVB=0.0229083;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160135;STB=0.612053;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00461529;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:11:10:4:8:11:11 chr12 24968131 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.99;QD=51.1845;RBI=0.0118415;REFB=0;REVB=0.00422456;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13913e-05;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 24968150 . A C 273.03 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0028838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.428;QD=45.5046;RBI=0.0667239;REFB=-0.116462;REVB=0.0666616;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000873124;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:14:8:0:2:14:8:0:2 chr12 24970707 . TG T,TA 1012.37 PASS AF=0.0144928,0.985507;AO=8,59;DP=69;FAO=1,68;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236007,0.0240925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.787,73.74;QD=58.6883;RBI=0.0241318,0.0344349;REFB=0,0;REVB=-0.00503511,-0.024603;RO=0;SAF=3,38;SAR=5,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,3.22967e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.126289,-0.000448037;OID=.,.;OPOS=24970708,24970708;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0144928,0.985507:8,59:69:1,68:69:0:0,41:1,27:0:0:3:0:3,38:5,21:0:0 chr12 24970709 . T A 51.8 PASS AF=0.144928;AO=8;DP=67;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=0.0018777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.4415;QD=3.00273;RBI=0.0294793;REFB=-0.0465362;REVB=0.0294195;RO=59;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313183;STB=0.773094;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0218108;OID=.;OPOS=24970709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:67:69:59:59:8:10:0.144928:5:3:38:21:7:3:38:21 chr12 25002738 . C G 428.82 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.0301587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.656;QD=14.4141;RBI=0.0350874;REFB=-0.0244004;REVB=0.0179326;RO=68;SAF=28;SAR=21;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179083;STB=0.587906;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0342362;OID=.;OPOS=25002738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:68:70:49:49:0.411765:21:28:50:18:21:28:50:20 chr12 25148755 . C G 1542.58 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00951642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.705;QD=56.6083;RBI=0.021101;REFB=-0.110864;REVB=0.0188332;RO=1;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120121;STB=0.50129;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000761414;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:109:1:3:105:106:0.972477:39:66:0:1:40:66:2:1 chr12 25242595 . C G 1255.55 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1245;QD=61.2461;RBI=0.0360358;REFB=0;REVB=0.0258995;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570572;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:0:78:81:0.987805:33:45:0:0:33:48:0:0 chr12 25243115 . G C 216.18 PASS AF=0.564103;AO=20;DP=37;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00720316;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.211;QD=22.1718;RBI=0.0141084;REFB=-0.0175691;REVB=-0.012131;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483382;STB=0.562446;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0149812;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:16:17:20:22:0.564103:14:6:4:12:14:8:4:13 chr12 25311489 . G T 89.14 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0238801;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.754;QD=7.92386;RBI=0.0472427;REFB=-0.0123405;REVB=-0.0407629;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439633;STB=0.528254;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0443496;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:46:45:25:33:11:12:0.266667:4:7:15:10:5:7:18:15 chr12 25343516 . C T 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00232799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2156;QD=7.46393;RBI=0.0680128;REFB=-0.0302928;REVB=-0.0679729;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248764;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0654546;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:5:2:8:8:5:2:9:8 chr12 25357574 . CAA C 192.05 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0130188;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.471;QD=12.3906;RBI=0.0149729;REFB=-0.00421853;REVB=0.00739581;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16153;STB=0.596268;STBP=0.186;TYPE=del;VARB=0.00448315;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.467742:29:63:29:62:33:16:13:24:9:99:32:16:13:23:9 chr12 25357628 . TA T 176.97 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.013475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7612;QD=22.1206;RBI=0.0203387;REFB=-0.0113789;REVB=0.0152344;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292706;STB=0.646105;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=0.00309894;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:17:32:18:32:14:8:10:11:3:99:14:7:10:11:3 chr12 25361091 . T C 1524.87 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.414;QD=57.5423;RBI=0.0571692;REFB=0.0472835;REVB=0.0560262;RO=2;SAF=68;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263379;STB=0.513511;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000104533;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:103:104:0.981132:35:68:0:2:36:68:0:2 chr12 25361142 . A G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0251029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.658;QD=17.3788;RBI=0.0259456;REFB=-0.00114921;REVB=0.00655908;RO=37;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179545;STB=0.599943;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00108606;OID=.;OPOS=25361142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:15:18:27:10:15:18:27:10 chr12 25362217 . A G 376.81 PASS AF=0.425532;AO=39;DP=93;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0326654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.396;QD=16.0344;RBI=0.0330625;REFB=-0.0141582;REVB=-0.00510869;RO=53;SAF=17;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369647;STB=0.53285;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0204545;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:53:54:39:40:0.425532:22:17:25:28:23:17:26:28 chr12 25362465 . G A 345.82 PASS AF=0.925926;AO=19;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.289;QD=51.2334;RBI=0.0404003;REFB=-0.0719468;REVB=0.0379492;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.513503;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00226224;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:1:1:19:25:0.925926:3:16:1:0:7:18:1:0 chr12 25362552 . A C 287.9 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.00388661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.535;QD=25.0345;RBI=0.0429294;REFB=0.00534779;REVB=-0.0427531;RO=20;SAF=21;SAR=5;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127573;STB=0.570127;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00445122;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:5:21:18:2:5:21:18:2 chr12 25362777 . A G 84.41 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00944164;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.423;QD=17.7709;RBI=0.0127736;REFB=-0.00944596;REVB=-0.00860353;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0136655;OID=.;OPOS=25362777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:6:3:4:6:6:3 chr12 25368462 . C T 1108.55 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.2;QD=57.5872;RBI=0.0267908;REFB=-0.0478455;REVB=0.0174995;RO=2;SAF=46;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201268;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00105064;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:29:46:2:0:29:46:2:0 chr12 25671759 . T A 1540.51 PASS AF=0.981982;AO=99;DP=102;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0362326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6605;QD=55.5139;RBI=0.113068;REFB=-0.144973;REVB=0.107106;RO=2;SAF=60;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155481;STB=0.507935;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0122733;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:111:2:2:99:109:0.981982:39:60:2:0:47:62:2:0 chr12 26217567 . T C 79.04 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0124877;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.28;QD=13.7455;RBI=0.0167238;REFB=0.017003;REVB=0.0111239;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0299938;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:7:6:4:6:7:6 chr12 26491475 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.122;QD=55.5197;RBI=0.0229312;REFB=-0.042406;REVB=0.0221881;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000267154;OID=.;OPOS=26491475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr12 26784850 . G A 463.83 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0399934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.468;QD=19.3263;RBI=0.0599695;REFB=-0.0424753;REVB=0.0446864;RO=50;SAF=32;SAR=14;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597911;STB=0.533319;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.042855;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:14:32:32:18:14:32:32:18 chr12 26809316 . G A 463.32 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0393253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.39;QD=19.1062;RBI=0.0435029;REFB=-0.000837927;REVB=0.0186016;RO=50;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126024;STB=0.565693;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000667995;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:50:51:46:46:0.474227:17:29:25:25:17:29:26:25 chr12 26810777 . T C 1521.94 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106673;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.547;QD=59.6841;RBI=0.0498542;REFB=0;REVB=0.0486996;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46158e-05;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr12 26810816 . T G 350.75 PASS AF=0.39;AO=38;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0223109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2275;QD=14.0299;RBI=0.0654929;REFB=0.00176148;REVB=0.0615755;RO=61;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176177;STB=0.589698;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00275093;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:38:39:0.39:15:23:27:34:16:23:27:34 chr12 26834804 . T TACTC 1427.66 PASS AF=0.970588;AO=97;DP=105;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0205368;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=4;MLLD=318.245;QD=55.9866;RBI=0.051046;REFB=-0.0245842;REVB=0.0467326;RO=3;SAF=64;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021711;STB=0.511276;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=0.000439896;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.970588:97:105:99:102:3:65:34:3:0:6:3:64:33:3:0 chr12 26868322 . T C 284.93 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00206849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.803;QD=12.9512;RBI=0.00384679;REFB=-0.00345563;REVB=0.00324333;RO=55;SAF=16;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661644;STB=0.503788;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00705494;OID=.;OPOS=26868322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:33:33:0.375:17:16:27:28:17:16:27:28 chr12 26943170 . A T 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00755194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.245;QD=17.0629;RBI=0.00927373;REFB=-0.0148672;REVB=-0.00538241;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823848;STB=0.546308;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0164062;OID=.;OPOS=26943170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:15:16:12:16:15:16 chr12 27064232 . C T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.464;QD=61.8526;RBI=0.0235897;REFB=0;REVB=0.0181024;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61895e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr12 27175640 . A G 1334.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1162;QD=62.056;RBI=0.0998307;REFB=0;REVB=-0.0687037;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586775;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr12 27470866 . G A 635.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000742891;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.342;QD=62.0382;RBI=0.00865842;REFB=0;REVB=-0.00862649;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79864e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:12:29:0:0 chr12 27627805 . G A 372.33 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.027213;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.459;QD=19.8573;RBI=0.0340459;REFB=-0.0234191;REVB=-0.0204591;RO=37;SAF=24;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292398;STB=0.661985;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0277999;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:37:38:38:0.506667:14:24:11:26:14:24:11:26 chr12 27641473 . G A 212.94 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0478395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.896;QD=21.294;RBI=0.0557414;REFB=-0.0373654;REVB=0.0286093;RO=19;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138362;STB=0.578234;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0330485;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:5:16:12:7:5:16:12:7 chr12 27648710 . C T 169.11 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00106787;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.429;QD=10.4068;RBI=0.0363795;REFB=-0.0126241;REVB=-0.0363638;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145144;STB=0.584541;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.022351;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:43:22:22:0.338462:11:11:16:27:11:11:16:27 chr12 27648786 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0029952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4484;QD=9.56959;RBI=0.0345183;REFB=-0.0235219;REVB=0.0343881;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106688;STB=0.565057;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0600397;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:6:9:4:4:6:9 chr12 27788021 . G A 313.26 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0447038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0536;QD=36.8541;RBI=0.0629387;REFB=-0.00879242;REVB=-0.044304;RO=8;SAF=11;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213503;STB=0.511619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000377017;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:15:11:3:5:15:11:3:5 chr12 27800746 . G T 1749.16 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4151;QD=60.8403;RBI=0.0570048;REFB=0;REVB=0.0487365;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419173;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:58:57:0:0:58:57:0:0 chr12 27832952 . GGCCCC GCCC,GGCCC,GGCCCT 241.14 PASS AF=0.742857,0,0.0857143;AO=9,6,2;DP=35;FAO=26,0,3;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=19,0,0;FSAR=7,0,3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0972348,-0.164841,-0.0509147;FXX=0.0277701;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=17.743,10.0179,165.778;QD=27.5587;RBI=0.263576,0.428373,0.0568171;REFB=-0.0944113,-0.0382906,0.0232711;REVB=0.244985,0.395387,0.0252166;RO=11;SAF=9,6,0;SAR=0,0,2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0.509542,0.410959,0;SSEP=0,0.552632,0;SSSB=0.794108,0.75317,-0.552517;STB=0.524981,0.5,0.997035;STBP=0.689,1,0.02;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0908711,0.0412461,-0.000478229;OID=.,.,.;OPOS=27832953,27832954,27832957;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GCCC,GGCCC,GGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.742857,0,0.0857143:9,6,2:35:26,0,3:35:6:19,0,0:7,0,3:5:1:32:11:9,6,0:0,0,2:5:6 chr12 27849795 . CA TG 402.52 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094289;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=2;MLLD=216.209;QD=57.5034;RBI=0.0116926;REFB=0;REVB=0.0069146;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.49549e-05;OID=.;OPOS=27849795;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 27867706 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.556;QD=60.6099;RBI=0.0244653;REFB=0;REVB=-0.0150391;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06824e-05;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr12 27915718 . A T 905.59 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0636917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.145;QD=56.5991;RBI=0.0649191;REFB=-0.107244;REVB=0.0125639;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000286675;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:40:23:0:0:40:23:1:0 chr12 27959201 . G A 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00563496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.836;QD=17.7534;RBI=0.00973362;REFB=-0.0233787;REVB=0.00793666;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768025;STB=0.543272;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.028399;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:13:14:15:10:13:14 chr12 28122893 . A G 395.33 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00421758;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.892;QD=15.0602;RBI=0.00786853;REFB=-0.00873951;REVB=0.00664273;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159484;STB=0.589247;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0139324;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:60:45:45:0.428571:23:22:20:40:23:22:20:40 chr12 28457618 . A C 1936.12 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.44;QD=60.98;RBI=0.0468818;REFB=-0.0295919;REVB=0.0180517;RO=1;SAF=75;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629386;STB=0.503311;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000257546;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:51:75:1:0:51:75:1:0 chr12 28605426 . G A 1129.11 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161907;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.081;QD=60.2194;RBI=0.0167802;REFB=0;REVB=0.00440867;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89454e-05;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:76:75:1:30:46:0:0:30:45:0:0 chr12 28658350 . C T 1553.01 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00211038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.536;QD=62.748;RBI=0.0104002;REFB=-0.0699419;REVB=-0.0101838;RO=1;SAF=62;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758961;STB=0.503999;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000113818;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:36:62:1:0:36:62:1:0 chr12 29604392 . C G 540.3 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0167495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.594;QD=27.3571;RBI=0.0254747;REFB=-0.0220167;REVB=-0.0191941;RO=30;SAF=29;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466174;STB=0.521969;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0132305;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:30:30:48:49:0.620253:19:29:20:10:19:30:20:10 chr12 29614709 . A G 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0135852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.145;QD=17.4219;RBI=0.0155285;REFB=-0.0152057;REVB=0.00752167;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178344;STB=0.509994;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0310552;OID=.;OPOS=29614709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:17:14:16:18:17:14:16:18 chr12 29617550 . G A 463.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00958588;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.483;QD=16.2708;RBI=0.0186458;REFB=-0.01722;REVB=0.015993;RO=64;SAF=28;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489792;STB=0.522813;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0191278;OID=.;OPOS=29617550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:63:51:51:0.447368:23:28:32:32:23:28:32:31 chr12 29626045 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAA 47.9 PASS AF=0.36,0;AO=5,3;DP=25;FAO=9,0;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.033728,-0.187973;FXX=0;HRUN=2,9;LEN=1,1;MLLD=20.4524,5.60428;QD=7.66464;RBI=0.0539418,0.265467;REFB=-0.0178315,0.0538298;REVB=-0.0420969,0.187454;RO=9;SAF=0,3;SAR=5,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.739778,0.640421;STB=0.71749,0.5;STBP=0.117,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0144709,0;OID=.,.;OPOS=29626055,29626046;OREF=-,A;OALT=T,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0:5,3:25:9,0:25:16:3,0:6,0:11:5:47:9:0,3:5,0:5:4 chr12 29628016 . G A 506.41 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0744606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.114;QD=23.0187;RBI=0.0744646;REFB=-0.00952531;REVB=0.000777848;RO=39;SAF=28;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584842;STB=0.527016;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00784154;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:40:48:48:0.545455:20:28:20:19:20:28:21:19 chr12 29630081 . G A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0458525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2237;QD=16.5354;RBI=0.0525488;REFB=-0.00659503;REVB=0.0256694;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253998;STB=0.645175;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00670934;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:11:7:15:8:11:7:15:8 chr12 29639186 . T C 320.55 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0176326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.451;QD=16.652;RBI=0.0274486;REFB=-0.0283366;REVB=0.0210361;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018603;STB=0.510442;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0328286;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:19:16:20:22:19:16:20:22 chr12 29639877 . G C 295.75 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0455929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.284;QD=20.3966;RBI=0.0460379;REFB=-0.0173717;REVB=-0.00638541;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09098;STB=0.550467;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0148264;OID=.;OPOS=29639877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:11:16:15:16:11:16 chr12 29648364 . G A 400.93 PASS AF=0.429907;AO=43;DP=104;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.022937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7998;QD=14.9881;RBI=0.0311318;REFB=0.00628902;REVB=0.0210496;RO=61;SAF=20;SAR=23;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129422;STB=0.575725;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00375656;OID=.;OPOS=29648364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:61:61:43:46:0.429907:23:20:36:25:25:21:36:25 chr12 29653884 . T TAG 761.17 PASS AF=0.335689;AO=93;DP=290;FAO=95;FDP=283;FR=.;FRO=188;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=88;FSRR=100;FWDB=0.00469227;FXX=0.0104891;HRUN=3;LEN=2;MLLD=275.49;QD=10.7586;RBI=0.0163964;REFB=-0.012103;REVB=-0.0157107;RO=184;SAF=42;SAR=51;SRF=83;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000616487;STB=0.510336;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=0.0227367;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.335689:93:290:95:283:188:43:52:88:100:99:184:42:51:83:101 chr12 30841387 . G GT 37.48 PASS AF=0.119266;AO=14;DP=117;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=73;FWDB=0.0098269;FXX=0.0267833;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.6056;QD=1.3755;RBI=0.0125249;REFB=-0.00197728;REVB=0.00776567;RO=99;SAF=12;SAR=2;SRF=26;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645707;STB=0.923408;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.129078;OID=.;OPOS=30841388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119266:14:117:13:109:96:11:2:23:73:37:99:12:2:26:73 chr12 30881713 . T C 661.2 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00651112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.936;QD=24.951;RBI=0.0207301;REFB=-0.0134407;REVB=0.019681;RO=43;SAF=35;SAR=28;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728182;STB=0.539602;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00760253;OID=.;OPOS=30881713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:43:43:63:63:0.59434:28:35:28:15:28:35:28:15 chr12 31107131 . A G 325.83 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0210739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.717;QD=17.6123;RBI=0.0228179;REFB=-0.00931354;REVB=0.00874909;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702882;STB=0.533314;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00942717;OID=.;OPOS=31107131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:21:14:18:20:21:14:18:21 chr12 31107955 . G A 669.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.89;QD=62.2463;RBI=0.0323621;REFB=0;REVB=0.0208217;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32973e-05;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr12 31135478 . T C 2870.07 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301206;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8203;QD=63.0785;RBI=0.0773778;REFB=0;REVB=-0.0712746;RO=0;SAF=105;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48102e-05;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:182:0:0:181:182:1:76:105:0:0:76:106:0:0 chr12 31135579 . T C 608.21 PASS AF=0.391061;AO=70;DP=180;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=-0.0784243;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.533;QD=13.5913;RBI=0.080534;REFB=-0.0260786;REVB=-0.0183125;RO=109;SAF=28;SAR=42;SRF=49;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549755;STB=0.531026;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0444842;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:109:109:70:70:0.391061:42:28:49:60:42:28:49:60 chr12 31237700 . G A 721.2 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346349;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.101;QD=62.7133;RBI=0.062871;REFB=0;REVB=0.0524709;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390326;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:21:25:0:0 chr12 31240862 . A T 905.91 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1786;QD=56.6192;RBI=0.0661245;REFB=-0.176156;REVB=0.0635582;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00887442;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr12 31240925 . A G 1695.06 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000369643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.812;QD=60.5377;RBI=0.0749589;REFB=0;REVB=0.074958;RO=0;SAF=48;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018606;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:64:48:0:0:64:48:0:0 chr12 31242399 . T C 2293.36 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.254;QD=63.7043;RBI=0.0158481;REFB=0;REVB=-0.000326346;RO=0;SAF=68;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33732e-05;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:75:68:0:0:76:68:0:0 chr12 31244748 . G A 190.82 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0108786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9283;QD=11.5649;RBI=0.0137827;REFB=-0.022811;REVB=-0.00846278;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881695;STB=0.551138;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0411038;OID=.;OPOS=31244748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:23:19:9:15:23:19 chr12 31247682 . T C 63.33 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0229467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.556;QD=2.58484;RBI=0.0231612;REFB=-0.00537638;REVB=-0.00314463;RO=83;SAF=10;SAR=3;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38515;STB=0.775977;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0287972;OID=.;OPOS=31247682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:98:83:85:13:13:0.132653:3:10:38:45:3:10:38:47 chr12 31249861 . C G 1090.07 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.115547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3529;QD=57.3722;RBI=0.130259;REFB=-0.0902426;REVB=0.0601345;RO=2;SAF=57;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163109;STB=0.508618;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00314294;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:17:57:2:0:17:57:2:0 chr12 31253995 . C T 1109.68 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.47;QD=58.4044;RBI=0.0556531;REFB=-0.121099;REVB=0.00795174;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185371;STB=0.509088;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0019362;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:71:75:0.986842:46:25:1:0:48:27:1:0 chr12 31255262 . G GA 741.31 PASS AF=1;AO=7;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17202;FXX=0.0333278;HRUN=0;LEN=1;MLLD=169.1;QD=51.1248;RBI=0.17492;REFB=0;REVB=-0.0317193;RO=52;SAF=0;SAR=7;SRF=9;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.35729e-05;OID=.;OPOS=31255263;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:60:58:58:0:9:49:0:0:4:52:0:7:9:43 chr12 31255263 . G A 660.96 PASS AF=0.866667;AO=51;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0842771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.257;QD=44.0638;RBI=0.0997936;REFB=-0.068404;REVB=0.0534427;RO=8;SAF=8;SAR=43;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079982;STB=0.542538;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00368518;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:60:60:8:8:51:52:0.866667:43:8:0:8:43:9:0:8 chr12 31256905 . T C 819.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517341;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.685;QD=57.5131;RBI=0.0595512;REFB=0;REVB=0.0294945;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51682e-05;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr12 31267744 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.201;QD=60.9786;RBI=0.036319;REFB=0;REVB=0.00578038;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81976e-05;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 31282765 . A T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.916;QD=39.318;RBI=0.011229;REFB=-0.0210368;REVB=0.00456807;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000795768;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:0:1:10:3:0:1 chr12 31282784 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.088;QD=47.8222;RBI=0.0775514;REFB=0;REVB=0.0646178;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121066;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr12 31283446 . T G 129.75 PASS AF=0.320755;AO=15;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0082099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.745;QD=9.79227;RBI=0.0958066;REFB=-0.0279693;REVB=0.0954541;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129562;STB=0.552366;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0583206;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:36:36:15:17:0.320755:4:11:23:13:5:12:23:13 chr12 31285214 . A G 117.01 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0248215;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3883;QD=9.17737;RBI=0.0320724;REFB=-0.0011704;REVB=0.0203109;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376595;STB=0.724719;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00401908;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:24:12:10:5:24:12 chr12 31291163 . G A 701.15 PASS AF=0.486111;AO=68;DP=142;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00617048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.028;QD=19.4765;RBI=0.00618661;REFB=-0.0120737;REVB=-0.000446407;RO=73;SAF=44;SAR=24;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310312;STB=0.519994;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0133645;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:73:74:68:70:0.486111:24:44:45:28:24:46:46:28 chr12 31297871 . G C 281.72 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0203063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5924;QD=14.6347;RBI=0.0438046;REFB=-0.0227383;REVB=0.0388136;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631637;STB=0.535752;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0331333;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:18:14:17:28:18:14:17:28 chr12 31300891 . C A 529.61 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.000202018;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.444;QD=17.6535;RBI=0.0197146;REFB=-0.0171625;REVB=-0.0197136;RO=65;SAF=29;SAR=27;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109846;STB=0.565845;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0221235;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:65:64:56:56:0.466667:27:29:41:24:27:29:41:23 chr12 31303173 . G A 113.57 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0475227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.051;QD=9.66561;RBI=0.0480635;REFB=-0.00443148;REVB=-0.0071892;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779517;STB=0.607946;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00892098;OID=.;OPOS=31303173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:29:33:14:14:0.297872:10:4:10:19:10:4:14:19 chr12 31604928 . G C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00990884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.907;QD=15.2681;RBI=0.0106065;REFB=-0.012916;REVB=0.00378312;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121005;STB=0.568575;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0207838;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:11:15:15:18:11:15:15:18 chr12 31605044 . G T 243.59 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00552959;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.315;QD=17.3991;RBI=0.0467656;REFB=-0.0196821;REVB=-0.0464375;RO=27;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135128;STB=0.613407;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0176386;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:29:25:27:0.482143:7:18:16:11:7:20:16:13 chr12 31648826 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00349578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.526;QD=5.71702;RBI=0.00378863;REFB=-0.0098959;REVB=0.00146055;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262625;STB=0.666296;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0345878;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:4:4:8:20:4:4:8:20 chr12 31659332 . A T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00647658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8597;QD=19.9051;RBI=0.0129394;REFB=0.00389267;REVB=0.0112019;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198942;STB=0.511055;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00332197;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:14:17:16:12:14:17:16:12 chr12 31944475 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.025618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.124;QD=9.49161;RBI=0.0473605;REFB=-0.0065687;REVB=-0.0398339;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333098;STB=0.705928;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0169136;OID=.;OPOS=31944475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:9:9:2:7:9:9 chr12 31944894 . C T 431.04 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00432955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5883;QD=15.9643;RBI=0.0185388;REFB=-0.0114202;REVB=-0.0180261;RO=60;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00833818;STB=0.504664;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0135518;OID=.;OPOS=31944894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:22:26:33:27:22:26:33:27 chr12 31944985 . T G 542.3 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00658783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.292;QD=15.1692;RBI=0.0113245;REFB=-0.0139349;REVB=0.00921109;RO=80;SAF=35;SAR=24;SRF=46;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192988;STB=0.501228;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0199949;OID=.;OPOS=31944985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:80:84:59:59:0.412587:24:35:46:34:24:35:50:34 chr12 32134240 . C T 290.48 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=-0.0115175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1616;QD=14.1696;RBI=0.0163788;REFB=0.0165692;REVB=-0.0116452;RO=48;SAF=24;SAR=9;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891139;STB=0.53755;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0268861;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:49:33:33:0.402439:9:24:38:10:9:24:38:11 chr12 32134638 . T C 62.7 PASS AF=0.45;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0326215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.729;QD=12.5409;RBI=0.0345041;REFB=-0.0190488;REVB=-0.0112414;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.709231;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0206894;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:20:20:11:11:8:9:0.45:5:3:8:3:6:3:8:3 chr12 32134943 . A G 184.52 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00735034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.886;QD=35.1475;RBI=0.0242239;REFB=-0.0283027;REVB=0.0230818;RO=4;SAF=2;SAR=15;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100199;STB=0.555485;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00160363;OID=.;OPOS=32134943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:15:2:1:3:15:2:1:3 chr12 32135441 . T C 97.94 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0094616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.442;QD=13.5095;RBI=0.0128651;REFB=-0.0210071;REVB=0.00871712;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.613822;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0229484;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:17:17:11:12:0.413793:2:9:12:5:2:10:12:5 chr12 32137447 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0139829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.087;QD=8.73785;RBI=0.0342603;REFB=-0.00416608;REVB=-0.031277;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00628668;STB=0.503867;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00903661;OID=.;OPOS=32137447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:11:9:4:5:11:9 chr12 32137512 . C G 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00511339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.828;QD=15.574;RBI=0.0103482;REFB=-0.0143915;REVB=-0.00899658;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146645;STB=0.501638;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0172408;OID=.;OPOS=32137512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:8:17:20:10:8:17:21:10 chr12 32261239 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.605;QD=43.4862;RBI=0.0140346;REFB=0;REVB=0.010726;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140972;OID=.;OPOS=32261239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 32261252 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.912;QD=46.848;RBI=0.0142943;REFB=0;REVB=-0.00577519;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08573e-05;OID=.;OPOS=32261252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr12 32261419 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00454893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.75;QD=56.7024;RBI=0.0234378;REFB=0;REVB=-0.0229921;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179696;OID=.;OPOS=32261419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr12 32261435 . A G 383.06 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0131999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.942;QD=52.8364;RBI=0.0537687;REFB=-0.128676;REVB=0.0521233;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489106;STB=0.526297;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00132485;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:0:1:9:19:0:1 chr12 32481093 . G C 357.13 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00781707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.78;QD=26.9533;RBI=0.0154231;REFB=-0.0180729;REVB=0.0132954;RO=19;SAF=19;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19191;STB=0.604769;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.004777;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:15:19:5:14:15:19:5:14 chr12 32490764 . G A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0392854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.036;QD=26.5138;RBI=0.0459447;REFB=-0.021056;REVB=-0.0238238;RO=19;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187528;STB=0.60416;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0195493;OID=.;OPOS=32490764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:19:8:10:9:19:8:10:9 chr12 32552769 . C G 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00757948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.833;QD=17.7985;RBI=0.0167864;REFB=-0.0245064;REVB=-0.0149778;RO=23;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221978;STB=0.617524;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0228622;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:6:14:11:12:6:14:12:12 chr12 32687352 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00785279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=382.308;QD=21.3532;RBI=0.00887937;REFB=-0.00947898;REVB=-0.0041445;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00623994;OID=.;OPOS=32687352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:3:6:8:5:3:6 chr12 32735175 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0288636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0386;QD=19.6463;RBI=0.0328322;REFB=-0.0246965;REVB=-0.0156476;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194374;STB=0.611445;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0459548;OID=.;OPOS=32735175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:3:5:4:7:3:5 chr12 32764184 . G A 180.88 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0332329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0385;QD=12.9201;RBI=0.0837365;REFB=-0.00304793;REVB=-0.0768595;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21751;STB=0.624888;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00270753;OID=.;OPOS=32764184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:9:13:13:21:9:13:13:21 chr12 32777362 . G A 314.4 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00653813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.168;QD=17.2273;RBI=0.0346647;REFB=-0.0453609;REVB=-0.0340425;RO=39;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223805;STB=0.626009;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0504861;OID=.;OPOS=32777362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:10:24:19:20:10:24:19:20 chr12 32943927 . C T 170.32 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=69;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0176278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.844;QD=9.73266;RBI=0.0176281;REFB=-0.00463778;REVB=-0.000102218;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517996;STB=0.565161;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0103683;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:47:22:23:0.328571:12:10:22:22:13:10:25:22 chr12 38710819 . C T 761.52 PASS AF=0.490683;AO=79;DP=161;FAO=79;FDP=161;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0417607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6341;QD=18.9197;RBI=0.0536789;REFB=0.0122817;REVB=0.0337264;RO=81;SAF=34;SAR=45;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159588;STB=0.590787;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0130178;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:82:79:79:0.490683:45:34:49:32:45:34:50:32 chr12 38712142 . C G 3124.86 PASS AF=1;AO=194;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104448;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.849;QD=64.0996;RBI=0.0140883;REFB=0;REVB=0.00945448;RO=0;SAF=103;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01324e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:195:0:0:194:195:1:91:103:0:0:91:104:0:0 chr12 39745622 . CTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTGT 44.77 PASS AF=0.285714,0.0571429;AO=10,3;DP=35;FAO=10,2;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5,2;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000531605,-0.0671773;FXX=0.0277701;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.41514,48.5089;QD=5.11675;RBI=0.0610935,0.109491;REFB=-0.185335,-0.0504735;REVB=0.0610912,-0.0864606;RO=19;SAF=6,2;SAR=4,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.192793,0.262973;STB=0.515121,0.994448;STBP=0.936,0.169;TYPE=del,mnp;VARB=0.182616,0.00624593;OID=.,.;OPOS=39745623,39745629;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.0571429:10,3:35:10,2:35:23:5,2:5,0:12:11:38:19:6,2:4,1:8:11 chr12 40152900 . G A 1309.31 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153683;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.661;QD=60.8979;RBI=0.0798367;REFB=-0.0962145;REVB=0.0783436;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000369257;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:0:1:83:85:0.988372:45:38:0:0:46:39:0:1 chr12 40619082 . G A 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.804;QD=58.6002;RBI=0.0098084;REFB=0;REVB=-0.00952368;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81713e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:28:36:0:0 chr12 40657700 . C G 271.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0246298;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.461;QD=23.1473;RBI=0.0286481;REFB=-0.00966284;REVB=-0.0146318;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559217;STB=0.546276;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00942279;OID=.;OPOS=40657700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:21:22:25:25:0.531915:8:17:13:8:8:17:13:9 chr12 40688695 . T C 403.74 PASS AF=0.369231;AO=48;DP=130;FAO=48;FDP=130;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=0.0323525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.248;QD=12.4228;RBI=0.0330847;REFB=-0.00720205;REVB=0.00692213;RO=82;SAF=23;SAR=25;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174775;STB=0.509957;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0113336;OID=.;OPOS=40688695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:82:82:48:48:0.369231:25:23:38:44:25:23:38:44 chr12 40702911 . G A 680.41 PASS AF=0.391753;AO=76;DP=195;FAO=76;FDP=194;FR=.;FRO=118;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=67;FSRR=51;FWDB=-0.00786363;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.075;QD=14.0291;RBI=0.0123185;REFB=-0.0042784;REVB=0.00948205;RO=114;SAF=34;SAR=42;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112124;STB=0.572914;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00627422;OID=.;OPOS=40702911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:194:114:118:76:76:0.391753:42:34:63:51:42:34:67:51 chr12 40702987 . G A 663.59 PASS AF=0.464052;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=30;FWDB=0.0587521;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2946;QD=17.3487;RBI=0.0667701;REFB=0.0066535;REVB=0.0317244;RO=83;SAF=30;SAR=40;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202988;STB=0.604707;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00630048;OID=.;OPOS=40702987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:83:82:70:71:0.464052:40:30:53:30:40:31:52:30 chr12 40713834 . C A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0148313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.65;QD=9.67079;RBI=0.015272;REFB=-0.0167641;REVB=-0.00364262;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181906;STB=0.596038;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0292549;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:8:8:23:12:8:8:23:13 chr12 40713873 . A G 306.56 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0360157;FXX=0.0588149;HRUN=8;LEN=1;MLLD=319.003;QD=19.1599;RBI=0.0366774;REFB=-0.0103927;REVB=0.0069356;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187394;STB=0.670332;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00606247;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:19:32:31:31:0.484375:21:10:11:8:21:10:21:11 chr12 40716260 . T C 401.04 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0759221;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7386;QD=15.5744;RBI=0.0868719;REFB=-0.00353961;REVB=0.0422205;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897033;STB=0.55467;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00595223;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:57:58:45:45:0.436893:22:23:24:33:22:23:24:34 chr12 40758652 . T C 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00647026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.263;QD=10.2121;RBI=0.0104837;REFB=-0.00501912;REVB=0.00824883;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115163;STB=0.561443;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00898813;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:45:46:23:23:0.333333:8:15:25:20:8:15:26:20 chr12 40820208 . G A 197.68 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.037301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.539;QD=18.827;RBI=0.0373833;REFB=-0.0095354;REVB=0.00247966;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0115899;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:12:10:8:12:12:10 chr12 40821176 . G A 1442.81 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00741701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6193;QD=60.7497;RBI=0.0367769;REFB=-0.00468493;REVB=-0.0360212;RO=2;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296019;STB=0.515622;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000239473;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:31:62:0:2:31:62:0:2 chr12 40821839 . C T 633.48 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0591172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.57;QD=17.4753;RBI=0.0595564;REFB=-0.0198439;REVB=-0.00721953;RO=76;SAF=20;SAR=46;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860141;STB=0.562539;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0172111;OID=.;OPOS=40821839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:79:66:66:0.455172:46:20:29:47:46:20:32:47 chr12 40827579 . C T 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0116455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2802;QD=16.8233;RBI=0.0173641;REFB=0.0254349;REVB=-0.0128799;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417047;STB=0.513606;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0546271;OID=.;OPOS=40827579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:13:14:10:11:14:14 chr12 40832126 . C T 299.83 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00839998;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.98;QD=20.6779;RBI=0.0110747;REFB=-0.000635115;REVB=0.00721728;RO=27;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785905;STB=0.543782;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00250196;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:23:8:9:18:23:8:9:18 chr12 40832161 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0320418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.453;QD=19.3862;RBI=0.0320577;REFB=-0.0154455;REVB=0.00100902;RO=21;SAF=1;SAR=19;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448358;STB=0.764735;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0163518;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:19:1:5:16:19:1:5:16 chr12 40834376 . C G 218.47 PASS AF=0.355263;AO=26;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0116071;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.316;QD=11.4985;RBI=0.0123336;REFB=-0.020637;REVB=-0.00417048;RO=48;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155331;STB=0.579764;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0306401;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:49:26:27:0.355263:11:15:21:27:11:16:23:26 chr12 40834955 . C A 1052.34 PASS AF=0.520619;AO=99;DP=196;FAO=101;FDP=194;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.012072;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.411;QD=21.6978;RBI=0.013536;REFB=-0.0308497;REVB=-0.00612286;RO=93;SAF=47;SAR=52;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839175;STB=0.540555;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0331884;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:93:93:99:101:0.520619:52:47:53:40:52:49:53:40 chr12 40835734 . C G 575.04 PASS AF=0.465116;AO=59;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=0.020171;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8845;QD=17.8305;RBI=0.0263701;REFB=-0.0223498;REVB=-0.0169857;RO=69;SAF=30;SAR=29;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125833;STB=0.565061;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0205036;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:69:59:60:0.465116:29:30:44:25:29:31:44:25 chr12 40837149 . G A 148.29 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0769386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6508;QD=7.8049;RBI=0.0776712;REFB=-0.0112747;REVB=-0.0106426;RO=55;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955271;STB=0.505742;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0293508;OID=.;OPOS=40837149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:12:9:24:31:12:9:24:31 chr12 40838216 . T C 696.97 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0582166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.814;QD=22.303;RBI=0.0797929;REFB=-0.0521735;REVB=0.0545686;RO=56;SAF=30;SAR=38;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136456;STB=0.570603;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0660524;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:57:68:68:0.544:38:30:34:22:38:30:34:23 chr12 40840325 . T C 623.47 PASS AF=0.463768;AO=64;DP=138;FAO=64;FDP=138;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.0232683;FXX=0.0142847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9665;QD=18.0716;RBI=0.0242525;REFB=0.00919563;REVB=0.00683861;RO=73;SAF=21;SAR=43;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730067;STB=0.545508;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0114633;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:74:64:64:0.463768:43:21:29:44:43:21:30:44 chr12 40857943 . A C 622.25 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0102549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.897;QD=48.8037;RBI=0.0312683;REFB=0.00924256;REVB=0.0295388;RO=4;SAF=18;SAR=29;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093702;STB=0.549978;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0011173;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:4:4:47:47:0.921569:29:18:4:0:29:18:4:0 chr12 41337435 . C T 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.75;QD=59.5005;RBI=0.062272;REFB=0;REVB=-0.0622543;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143622;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:39:30:0:0 chr12 41463775 . TC CT,T 110.65 PASS AF=0,0.660377;AO=4,23;DP=53;FAO=0,35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=0,32;FSAR=0,3;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.126953,-0.0658222;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=72.8315,8.87895;QD=8.35102;RBI=0.127432,0.181613;REFB=-0.00479769,-0.14493;REVB=0.011044,0.169265;RO=19;SAF=4,22;SAR=0,1;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.783911,0.769283;STB=0.5,0.845573;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.126432;OID=.,.;OPOS=41463775,41463776;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:53:53:19:18:4,23:0,35:0,0.660377:0,1:4,22:3:16:0,3:0,32:3:15 chr12 41900463 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.020892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.082;QD=18.49;RBI=0.0215582;REFB=-0.0237024;REVB=0.00531798;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.541629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0183339;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:11:15:11:11:11:15 chr12 41967677 . G A 283.3 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0165602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.574;QD=12.591;RBI=0.0485814;REFB=-0.00586299;REVB=-0.0456718;RO=56;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21321;STB=0.613242;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0068189;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:56:57:33:33:0.366667:18:15:15:41:18:15:16:41 chr12 42475984 . T A 67.31 PASS AF=0.45;AO=10;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0102855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1139;QD=13.4618;RBI=0.0387737;REFB=-0.00205233;REVB=-0.0373846;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230767;STB=0.666369;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00384336;OID=.;OPOS=42475984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:10:9:0.45:3:7:9:1:3:6:10:1 chr12 42476798 . T C 188.97 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0701272;FXX=0.0181785;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.5824;QD=13.9977;RBI=0.0912987;REFB=-0.0167575;REVB=-0.0584605;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885636;STB=0.561985;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00835352;OID=.;OPOS=42476798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:31:20:21:0.388889:10:10:12:8:11:10:18:13 chr12 42512830 . T A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00284478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.711;QD=3.88751;RBI=0.0189752;REFB=0.00140231;REVB=-0.0187607;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593294;STB=0.541525;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00593804;OID=.;OPOS=42512830;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:18:11:2:4:18:11 chr12 42512844 . A C 33.62 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00552302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1686;QD=3.53871;RBI=0.0233974;REFB=0.0169699;REVB=0.0227362;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137895;STB=0.509771;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0782283;OID=.;OPOS=42512844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:21:11:2:4:21:11 chr12 42554042 . T TA 51.41 PASS AF=0.4;AO=11;DP=39;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0602375;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.95445;QD=5.87539;RBI=0.0640278;REFB=-0.124652;REVB=-0.0217027;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.596186;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.16461;OID=.;OPOS=42554043;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:39:14:35:21:10:4:12:9:51:26:8:3:16:10 chr12 42839836 . A C 1469.9 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0275;QD=57.643;RBI=0.0229406;REFB=-0.0713178;REVB=0.0188608;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109034;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00687295;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:99:101:0.990196:43:56:0:1:45:56:0:1 chr12 42853520 . A G 726.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.092;QD=63.2115;RBI=0.00766876;REFB=0;REVB=0.00743657;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18894e-06;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr12 43860526 . A G 917.88 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.528;QD=57.3676;RBI=0.0287527;REFB=0;REVB=0.00688901;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252804;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:50:64:1:20:30:0:0:23:41:0:0 chr12 45269284 . C T 258.54 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0078262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9728;QD=16.4153;RBI=0.00886424;REFB=-0.00275265;REVB=0.00416237;RO=34;SAF=22;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253052;STB=0.643659;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00474856;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:7:22:18:16:7:22:18:16 chr12 45307633 . T C 651.39 PASS AF=0.460526;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=152;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00281473;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.238;QD=17.1418;RBI=0.00644361;REFB=-0.0165282;REVB=0.00579632;RO=81;SAF=32;SAR=38;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713087;STB=0.542845;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0172169;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:81:82:70:70:0.460526:38:32:43:38:38:32:44:38 chr12 45410075 . A G 1932.76 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100442;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.872;QD=61.8485;RBI=0.0258437;REFB=0;REVB=0.0238119;RO=0;SAF=80;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224232;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:44:80:0:0:44:81:0:0 chr12 45417666 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.426;QD=55.656;RBI=0.0279837;REFB=0;REVB=0.0246515;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48132e-05;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr12 45610426 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.010909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.329;QD=16.0718;RBI=0.0142168;REFB=-0.00651365;REVB=0.00911646;RO=35;SAF=23;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175557;STB=0.599925;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00592827;OID=.;OPOS=45610426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:6:23:23:12:6:23:23:12 chr12 45610529 . C A 743.93 PASS AF=0.409091;AO=81;DP=198;FAO=81;FDP=198;FR=.;FRO=117;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=0.0133976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2853;QD=15.0288;RBI=0.0414067;REFB=-0.0095389;REVB=0.0391793;RO=115;SAF=51;SAR=30;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893325;STB=0.556061;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0141235;OID=.;OPOS=45610529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:115:117:81:81:0.409091:30:51:63:52:30:51:63:54 chr12 45824840 . A T 585.22 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0138992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6984;QD=21.0889;RBI=0.027977;REFB=0.00757688;REVB=0.0242802;RO=52;SAF=30;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891168;STB=0.548931;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00635561;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:29:30:21:31:29:30:21:31 chr12 45825730 . C G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0169447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.98;QD=25.5724;RBI=0.0265356;REFB=-0.00226523;REVB=-0.020421;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351449;STB=0.519491;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00149867;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:10:7:11:13:10:7 chr12 46121310 . TG T 62.48 PASS AF=0.309091;AO=15;DP=57;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0696305;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.2475;QD=4.54402;RBI=0.140524;REFB=-0.0218422;REVB=-0.12206;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580286;STB=0.807391;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.0154463;OID=.;OPOS=46121311;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091:15:57:17:55:38:5:12:30:8:62:37:4:11:30:7 chr12 46321514 . A T 535.46 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.375;QD=56.3637;RBI=0.034868;REFB=-0.138128;REVB=0.00618579;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000704849;OID=.;OPOS=46321514;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:1:0:15:22:1:0 chr12 46322449 . C T 913.19 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00503422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.121;QD=56.1962;RBI=0.0199051;REFB=-0.0814098;REVB=0.019258;RO=1;SAF=52;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899696;STB=0.50476;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000734165;OID=.;OPOS=46322449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:63:64:0.984615:11:52:1:0:12:52:1:0 chr12 46367939 . G T 557.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.143;QD=60.2731;RBI=0.0238128;REFB=0;REVB=0.0153213;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48633e-05;OID=.;OPOS=46367939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr12 46577071 . G A 1660.48 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.732;QD=59.3028;RBI=0.0199517;REFB=-0.113856;REVB=0.00967918;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784736;STB=0.504131;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000441256;OID=.;OPOS=46577071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:60:51:0:1:60:51:0:1 chr12 46589988 . C T 375.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8211;QD=55.634;RBI=0.0260235;REFB=0;REVB=0.0250977;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344351;OID=.;OPOS=46589988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr12 46758494 . A G 408.5 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.423;QD=56.3444;RBI=0.0583298;REFB=0;REVB=0.0361359;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111922;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:24:29:1:12:12:0:0:16:13:0:0 chr12 46759017 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.184;QD=58.1421;RBI=0.0105365;REFB=0;REVB=-0.00828943;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6244e-05;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr12 46761127 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.627;QD=45.8068;RBI=0.0135853;REFB=0;REVB=0.00292415;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2306e-05;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr12 47168898 . G A 1369.75 PASS AF=0.933333;AO=98;DP=105;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0222607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.272;QD=52.181;RBI=0.0295414;REFB=-0.0427128;REVB=0.0194206;RO=5;SAF=52;SAR=46;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434478;STB=0.521905;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00143252;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:105:105:5:7:98:98:0.933333:46:52:5:0:46:52:6:1 chr12 47186770 . C T 738.64 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00195182;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.728;QD=51.8345;RBI=0.0227421;REFB=-0.195465;REVB=-0.0226582;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00166188;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:57:0:3:54:54:0.947368:27:27:0:0:27:27:2:1 chr12 47470223 . T A,TTACTA 272.43 PASS AF=0.0615385,0.415385;AO=4,26;DP=68;FAO=4,27;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=2,12;FSAR=2,15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0103518,-0.012348;FXX=0.0151492;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=233.408,277.296;QD=16.7648;RBI=0.0104195,0.012543;REFB=-0.00293568,-0.0049488;REVB=-0.00118614,0.00220301;RO=37;SAF=2,11;SAR=2,15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0737362,-0.148428;STB=0.526185,0.54741;STBP=0.897,0.5;TYPE=snp,ins;VARB=0.0119286,0.00732367;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:65:37:34:4,26:4,27:0.0615385,0.415385:2,15:2,11:21:16:2,15:2,12:18:16 chr12 47581629 . T C 1859.35 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.301;QD=60.9623;RBI=0.058781;REFB=0;REVB=0.0416453;RO=0;SAF=59;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71677e-05;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:122:0:0:114:122:1:55:59:0:0:60:62:0:0 chr12 47581639 . T G 461.03 PASS AF=0.378378;AO=49;DP=146;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.00780488;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.346;QD=12.4602;RBI=0.0259363;REFB=0.00352023;REVB=0.0247341;RO=88;SAF=27;SAR=22;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702128;STB=0.502416;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.00415069;OID=.;OPOS=47581639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:88:92:49:56:0.378378:22:27:43:45:29:27:44:48 chr12 47740069 . C A 2168.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.61;QD=62.8429;RBI=0.0604287;REFB=0;REVB=0.0567456;RO=0;SAF=85;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76901e-05;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:131:138:0:0:131:138:1:46:85:0:0:52:86:0:0 chr12 48134695 . T C 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5364;QD=56.952;RBI=0.0205489;REFB=0;REVB=-0.00772587;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162719;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 48144925 . T C 1616.85 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.839;QD=59.8835;RBI=0.049887;REFB=0;REVB=0.0321829;RO=0;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30007e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:100:108:1:33:67:0:0:34:74:0:0 chr12 48151822 . C G 1157.13 PASS AF=0.535545;AO=113;DP=213;FAO=113;FDP=211;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.135173;FXX=0.00938923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5375;QD=21.9362;RBI=0.135271;REFB=-0.00539003;REVB=0.00515888;RO=100;SAF=43;SAR=70;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884295;STB=0.542864;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00601848;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:100:98:113:113:0.535545:70:43:48:52:70:43:46:52 chr12 48237735 . CA C,CG 65.05 PASS AF=0.191489,0.0212766;AO=6,3;DP=47;FAO=9,1;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7,1;FSAR=2,0;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0056131,0.00439728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.805,191.274;QD=5.53609;RBI=0.0941085,0.10727;REFB=0.00155783,0.00133885;REVB=-0.093941,-0.10718;RO=34;SAF=5,3;SAR=1,0;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.335764,0.494208;STB=0.691845,0.988665;STBP=0.253,0.467;TYPE=del,snp;VARB=-0.0160441,0.0362724;OID=.,.;OPOS=48237736,48237736;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489,0.0212766:6,3:47:9,1:47:37:7,1:2,0:21:16:44:34:5,3:1,0:20:14 chr12 48238757 . A G 246.37 PASS AF=0.48;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00566119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.474;QD=19.7099;RBI=0.0408575;REFB=-0.0265585;REVB=-0.0404634;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111201;STB=0.559393;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0286211;OID=.;OPOS=48238757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:26:23:24:0.48:9:14:18:7:10:14:18:8 chr12 48272895 . A G 425.71 PASS AF=0.432432;AO=48;DP=111;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.00123648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.94;QD=15.3407;RBI=0.00881342;REFB=-0.0121133;REVB=-0.00872626;RO=62;SAF=28;SAR=20;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648377;STB=0.53989;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0165161;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:63:48:48:0.432432:20:28:40:22:20:28:41:22 chr12 48373798 . G C 302.67 PASS AF=0.391304;AO=33;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.0932808;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.5933;QD=13.1597;RBI=0.101421;REFB=-0.00267953;REVB=0.0398107;RO=43;SAF=29;SAR=4;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173406;STB=0.581346;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0017088;OID=.;OPOS=48373798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:56:33:36:0.391304:4:29:34:9:6:30:42:14 chr12 48375568 . A G 902.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.059;QD=58.228;RBI=0.0222386;REFB=0;REVB=0.00834728;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71625e-05;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr12 48375965 . C T 382.75 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.783;QD=52.7927;RBI=0.0809022;REFB=-0.12582;REVB=0.0592914;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00273009;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:19:8:1:0:19:9:1:0 chr12 48376291 . G A 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6276;QD=54.5125;RBI=0.117555;REFB=0;REVB=0.116957;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137777;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr12 48380682 . G A 430.71 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=119;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0110604;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.961;QD=14.6005;RBI=0.0156601;REFB=-0.0172429;REVB=-0.0110862;RO=70;SAF=28;SAR=21;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148663;STB=0.587916;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0269884;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:70:69:49:49:0.415254:21:28:30:40:21:28:29:40 chr12 48389643 . A C 591.38 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0704071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4867;QD=56.3216;RBI=0.0707204;REFB=-0.0593348;REVB=0.00664875;RO=2;SAF=12;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020432;STB=0.51123;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0135281;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:27:12:1:1:28:12:1:1 chr12 48391416 . G T 453.61 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=116;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0263082;FXX=0.0341851;HRUN=6;LEN=1;MLLD=102.249;QD=16.0569;RBI=0.0266268;REFB=-6.60012e-05;REVB=-0.00410653;RO=58;SAF=33;SAR=18;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273293;STB=0.529663;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000669419;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:58:62:51:51:0.451327:18:33:36:22:18:33:37:25 chr12 48398080 . T A,G 1345.95 PASS AF=0.885417,0.0833333;AO=81,7;DP=92;FAO=85,8;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=36,0;FSAR=49,8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0053036,-0.0187412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.8621,46.2229;QD=56.0813;RBI=0.0674261,0.0485381;REFB=-0.114882,-0.121875;REVB=0.0672171,-0.0447741;RO=0;SAF=34,0;SAR=47,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.25769e-08,0;STB=0.514848,0.5;STBP=0.16,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0053754,0.305555;OID=.,.;OPOS=48398080,48398080;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:92:96:0:3:81,7:85,8:0.885417,0.0833333:47,7:34,0:0:0:49,8:36,0:0:3 chr12 48413875 . G A 773.16 PASS AF=0.548872;AO=74;DP=131;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.0121439;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.42;QD=23.2529;RBI=0.0591879;REFB=-0.00996082;REVB=-0.0579287;RO=57;SAF=35;SAR=39;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139871;STB=0.589919;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.013391;OID=.;OPOS=48413875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:57:60:74:73:0.548872:39:35:37:20:39:34:40:20 chr12 48413944 . C T 493.3 PASS AF=0.546512;AO=48;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.058576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6776;QD=22.944;RBI=0.0636025;REFB=-0.0611332;REVB=-0.0247815;RO=37;SAF=16;SAR=32;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214381;STB=0.616472;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0424294;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:37:39:48:47:0.546512:32:16:22:15:31:16:23:16 chr12 48413950 . A C 398.39 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0229108;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5017;QD=21.2476;RBI=0.0786695;REFB=-0.0323405;REVB=0.0752595;RO=35;SAF=8;SAR=31;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423984;STB=0.719245;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0394351;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:39:40:0.533333:31:8:23:12:31:9:23:12 chr12 48438140 . CAT CATAC,C 355.6 PASS AF=0.518519,0.481481;AO=12,10;DP=28;FAO=14,13;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8,6;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328256,-0.0209048;FXX=0.0999667;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=87.1915,101.585;QD=52.6821;RBI=0.174743,0.114131;REFB=0,0;REVB=0.171632,0.1122;RO=0;SAF=6,4;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0246304,0.0570633;OID=.,.;OPOS=48438143,48438141;OREF=-,AT;OALT=AC,-;OMAPALT=CATAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.518519,0.481481:12,10:28:14,13:27:0:8,6:6,7:0:0:99:0:6,4:6,6:0:0 chr12 48477422 . A G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00816271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.456;QD=19.3866;RBI=0.0112068;REFB=0.00387891;REVB=-0.00767877;RO=34;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17187;STB=0.595799;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00383101;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:12:23:16:18:12:23:16:18 chr12 48512285 . C A 1213.26 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000355548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.077;QD=60.6629;RBI=0.0131084;REFB=0;REVB=0.0131036;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234552;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:69:80:1:32:37:0:0:39:41:0:0 chr12 48512331 . C T 296.59 PASS AF=0.44;AO=29;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.015205;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.258;QD=15.8183;RBI=0.0464245;REFB=-0.0457335;REVB=-0.0438639;RO=31;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128955;STB=0.507635;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0603473;OID=.;OPOS=48512331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:31:42:29:33:0.44:18:11:16:15:20:13:16:26 chr12 48525793 . T C 74.97 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0976208;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.5094;QD=10.3413;RBI=0.170917;REFB=-0.141692;REVB=-0.140296;RO=12;SAF=0;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.833573;STB=0.875286;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.113955;OID=.;OPOS=48525793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:29:12:15:9:10:0.344828:9:0:10:2:9:1:10:5 chr12 48525861 . A G 193.84 PASS AF=0.461538;AO=14;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00971302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.523;QD=19.8813;RBI=0.00972035;REFB=-0.00889647;REVB=0.000377447;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472339;STB=0.678375;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0125597;OID=.;OPOS=48525861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:14:18:0.461538:3:11:6:13:6:12:6:13 chr12 48526712 . G A 402.66 PASS AF=0.533333;AO=39;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00790519;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.923;QD=21.4752;RBI=0.0479842;REFB=0.0011917;REVB=0.0473285;RO=36;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113081;STB=0.575721;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00113824;OID=.;OPOS=48526712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:35:39:40:0.533333:18:21:24:12:19:21:24:11 chr12 48527186 . C T 654.9 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0198964;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.291;QD=23.1823;RBI=0.0257872;REFB=-0.0272784;REVB=-0.0164047;RO=49;SAF=39;SAR=25;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480358;STB=0.526262;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.020732;OID=.;OPOS=48527186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:49:64:64:0.566372:25:39:27:22:25:39:27:22 chr12 48541757 . A G 183.96 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0128623;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.487;QD=24.5279;RBI=0.0341599;REFB=-0.0286672;REVB=0.0316459;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422746;STB=0.523596;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0134289;OID=.;OPOS=48541757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:11:7:4:8:11:7:4:8 chr12 48578325 . A C 677.12 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00315101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.118;QD=60.1887;RBI=0.0877526;REFB=-0.158771;REVB=0.087696;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00109086;OID=.;OPOS=48578325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:1:1:43:44:0.977778:23:20:0:1:24:20:0:1 chr12 48578442 . C T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0103137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8229;QD=22.5343;RBI=0.0115337;REFB=-0.00225484;REVB=-0.00516272;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152824;STB=0.584206;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00273135;OID=.;OPOS=48578442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:15:17:8:16:15:17:8:16 chr12 48578809 . T C 961.96 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.304;QD=58.3007;RBI=0.0119358;REFB=0;REVB=0.0103266;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43329e-05;OID=.;OPOS=48578809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:37:28:0:0:37:29:0:0 chr12 48596241 . A G 328.92 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.00710079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.021;QD=12.8988;RBI=0.0210709;REFB=-0.0137237;REVB=-0.0198384;RO=62;SAF=23;SAR=16;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626718;STB=0.529119;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0228402;OID=.;OPOS=48596241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:63:39:39:0.382353:16:23:40:22:16:23:40:23 chr12 48596875 . C CA 470.98 PASS AF=0.490446;AO=74;DP=162;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=0.00709238;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3579;QD=11.9995;RBI=0.0311325;REFB=-0.0455746;REVB=0.0303138;RO=83;SAF=43;SAR=31;SRF=59;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130755;STB=0.548274;STBP=0.274;TYPE=ins;VARB=0.045772;OID=.;OPOS=48596876;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490446:74:162:77:157:80:45:32:54:26:99:83:43:31:59:24 chr12 48597053 . A G 243.93 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0131072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.533;QD=18.7636;RBI=0.0436642;REFB=-0.0180224;REVB=0.0416505;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212409;STB=0.618097;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0258138;OID=.;OPOS=48597053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:12:14:20:6:12:14:20:6 chr12 48723595 . G A 263.52 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00182005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.134;QD=19.5197;RBI=0.0269729;REFB=-0.062422;REVB=0.0269114;RO=26;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663996;STB=0.537011;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0678905;OID=.;OPOS=48723595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:14:14:11:15:14:14:11:15 chr12 48723784 . C T 851.17 PASS AF=0.446154;AO=65;DP=195;FAO=87;FDP=195;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0931746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8577;QD=17.4598;RBI=0.149442;REFB=-0.0440077;REVB=0.116839;RO=105;SAF=38;SAR=27;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778034;STB=0.544092;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0555378;OID=.;OPOS=48723784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:105:108:65:87:0.446154:27:38:54:51:48:39:57:51 chr12 48866585 . A C 280.79 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.000816067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.566;QD=14.3993;RBI=0.000909836;REFB=-0.00570137;REVB=-0.000402288;RO=46;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999068;STB=0.556674;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0112076;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:15:17:20:26:15:17:20:26 chr12 48866792 . C T 229.45 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.022863;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.984;QD=16.1015;RBI=0.0256446;REFB=-0.00604679;REVB=-0.011616;RO=32;SAF=18;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138838;STB=0.58573;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00777962;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:32:31:26:26:0.45614:8:18:18:14:8:18:17:14 chr12 48879951 . T G 280.92 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0069091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.852;QD=14.4061;RBI=0.0164081;REFB=-0.00626016;REVB=0.0148826;RO=46;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961588;STB=0.554422;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00947418;OID=.;OPOS=48879951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:14:18:30:16:14:18:30:16 chr12 48888594 . C T 56.08 PASS AF=0.380952;AO=2;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.215258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.0549;QD=10.6811;RBI=0.289082;REFB=-0.0280533;REVB=0.192957;RO=12;SAF=1;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275016;STB=0.685717;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.07702;OID=.;OPOS=48888594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:21:21:12:13:2:8:0.380952:1:1:9:3:1:7:9:4 chr12 48888689 . C G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0308266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.593;QD=19.6966;RBI=0.0316227;REFB=0.00021876;REVB=0.00705075;RO=21;SAF=18;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397841;STB=0.721973;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00017951;OID=.;OPOS=48888689;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:3:18:11:10:3:18:12:10 chr12 48919556 . A G 1305.51 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637649;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.163;QD=62.1672;RBI=0.0704238;REFB=0;REVB=0.0298924;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253963;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:45:39:0:0:45:39:0:0 chr12 48919659 . TG CA,CG 131.82 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=7,5;DP=13;FAO=7,5;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152798,-0.00783493;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.789,137.54;QD=43.9412;RBI=0.019294,0.0335633;REFB=0,0;REVB=0.0117808,0.032636;RO=0;SAF=3,2;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0167434,0.0072324;OID=.,.;OPOS=48919659,48919659;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:13:12:0:0:7,5:7,5:0.583333,0.416667:4,3:3,2:0:0:4,3:3,2:0:0 chr12 48919796 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.83;QD=56.1849;RBI=0.0046046;REFB=0;REVB=0.000193464;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25906e-05;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr12 48920006 . G A 610.0 PASS AF=0.6;AO=54;DP=91;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0344263;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9612;QD=27.1111;RBI=0.043511;REFB=-0.0690269;REVB=-0.026609;RO=36;SAF=43;SAR=11;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158507;STB=0.586996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.042518;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:36:36:54:54:0.6:11:43:23:13:11:43:23:13 chr12 48954040 . A G 308.26 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0333813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.562;QD=15.8082;RBI=0.0362821;REFB=-0.0144723;REVB=-0.0142156;RO=44;SAF=28;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305087;STB=0.674582;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.028471;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:6:28:26:18:6:28:26:18 chr12 48954225 . G C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0266978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0195;QD=19.2745;RBI=0.0267912;REFB=-0.0154076;REVB=0.00223505;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923585;STB=0.552167;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.01346;OID=.;OPOS=48954225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:11:15:11:12:11:15 chr12 49048738 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=319.814;QD=62.9829;RBI=0.0121919;REFB=0;REVB=0.010599;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74838e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr12 49075811 . T G 791.94 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323968;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.8;QD=57.5954;RBI=0.0358088;REFB=0;REVB=0.0152551;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569598;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:12:43:0:0:12:43:0:0 chr12 49086963 . G A 1073.92 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.076;QD=58.0498;RBI=0.037419;REFB=-0.096507;REVB=0.00295223;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000523603;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:38:34:0:1:38:35:0:1 chr12 49177113 . T G 1149.01 PASS AF=0.506667;AO=114;DP=225;FAO=114;FDP=225;FR=.;FRO=111;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=66;FSRR=45;FWDB=-0.00320715;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.311;QD=20.4268;RBI=0.00780002;REFB=-0.0251311;REVB=-0.00711017;RO=110;SAF=49;SAR=65;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143959;STB=0.58102;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0209438;OID=.;OPOS=49177113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:110:111:114:114:0.506667:65:49:65:45:65:49:66:45 chr12 49221622 . G A 301.0 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0171732;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.483;QD=18.5228;RBI=0.0198702;REFB=-0.0294658;REVB=-0.00999517;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370496;STB=0.5407;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0336294;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:36:33:32:32:0.492308:13:19:20:16:13:19:17:16 chr12 49222217 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0256731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.682;QD=10.6345;RBI=0.0269518;REFB=-0.0090204;REVB=0.00820328;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442988;STB=0.776954;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.023253;OID=.;OPOS=49222217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:6:7:7:1:6:7 chr12 49230035 . T G 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0687744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.176;QD=21.7387;RBI=0.0690135;REFB=0.00725972;REVB=0.00574013;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300532;STB=0.666532;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00770392;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:3:17:11:11:3:17 chr12 49237782 . C T 793.76 PASS AF=0.456522;AO=76;DP=177;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.0415989;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.131;QD=17.2557;RBI=0.041659;REFB=-0.0247954;REVB=-0.00223685;RO=101;SAF=28;SAR=48;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824931;STB=0.518514;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0280677;OID=.;OPOS=49237782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:184:101:100:76:84:0.456522:48:28:45:56:49:35:45:55 chr12 49254905 . C A 70.46 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0124692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4916;QD=7.04605;RBI=0.0361416;REFB=-0.000780718;REVB=-0.0339224;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169718;STB=0.574853;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00178778;OID=.;OPOS=49254905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:28:30:10:10:0.25:5:5:18:10:5:5:18:12 chr12 49255798 . G C 359.13 PASS AF=0.348837;AO=44;DP=129;FAO=45;FDP=129;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.000756561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5422;QD=11.1359;RBI=0.0428474;REFB=-0.0323512;REVB=-0.0428407;RO=84;SAF=25;SAR=19;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105119;STB=0.551701;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0516069;OID=.;OPOS=49255798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:84:84:44:45:0.348837:19:25:40:44:20:25:40:44 chr12 49308284 . A G 315.56 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0247617;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.651;QD=14.6773;RBI=0.0508611;REFB=0.00864475;REVB=-0.0444264;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249464;STB=0.633675;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.0119873;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:51:35:35:0.406977:19:16:35:15:19:16:35:16 chr12 49312593 . A G 473.01 PASS AF=0.414062;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=128;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.03162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3896;QD=14.7815;RBI=0.0682558;REFB=0.010123;REVB=0.0604899;RO=75;SAF=16;SAR=37;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29092;STB=0.664068;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.015479;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:75:53:53:0.414062:37:16:43:32:37:16:43:32 chr12 49314862 . C A 450.42 PASS AF=0.418033;AO=50;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.0161467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3737;QD=14.7679;RBI=0.0593396;REFB=-0.00819213;REVB=-0.0571005;RO=71;SAF=35;SAR=15;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270427;STB=0.66325;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0154773;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:71:71:50:51:0.418033:15:35:32:39:15:36:31:40 chr12 49314994 . A G 224.6 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00609413;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.86;QD=27.2246;RBI=0.0771365;REFB=-0.019325;REVB=0.0768954;RO=11;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866655;STB=0.567506;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00780183;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:11:12:20:21:0.636364:8:12:8:3:9:12:9:3 chr12 49332092 . G A 239.65 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0034659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6985;QD=11.5493;RBI=0.0315037;REFB=-0.00647228;REVB=0.0313124;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175093;STB=0.62645;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0187293;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:54:28:29:0.349398:17:11:26:21:17:12:33:21 chr12 49332366 . C T 84.3 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0246008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.669;QD=10.5379;RBI=0.055743;REFB=-0.0133866;REVB=-0.0500208;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288232;STB=0.674367;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.083287;OID=.;OPOS=49332366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:10:11:3:8:10:11 chr12 49332451 . T A,TGA 59.75 PASS AF=0,0.272727;AO=2,5;DP=35;FAO=0,9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0817033,-0.0122532;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=39.1537,155.533;QD=7.24258;RBI=0.105302,0.0704253;REFB=-0.0353311,-0.0392282;REVB=-0.0664305,0.0693511;RO=28;SAF=0,4;SAR=2,1;SRF=23;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666658,-0.0408616;STB=0.5,0.713914;STBP=1,0.242;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.064004;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:35:33:28:24:2,5:0,9:0,0.272727:2,1:0,4:23:5:0,4:0,5:20:4 chr12 49334762 . G C 1128.21 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.638;QD=60.1709;RBI=0.0172323;REFB=0;REVB=-0.0137661;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21738e-06;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:38:33:0:0:40:35:0:0 chr12 49359587 . T G 597.25 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.029912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.235;QD=17.9623;RBI=0.0300376;REFB=-0.0241156;REVB=0.00274369;RO=71;SAF=30;SAR=32;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319604;STB=0.517739;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0309632;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:32:30:32:39:32:30:32:39 chr12 49359989 . G A 386.64 PASS AF=0.666667;AO=31;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0251287;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.249;QD=32.2201;RBI=0.0288331;REFB=-0.0377826;REVB=0.0141385;RO=16;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483845;STB=0.521263;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0173762;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:31:32:0.666667:14:17:10:6:14:18:10:6 chr12 49390677 . T C 900.05 PASS AF=0.457143;AO=95;DP=211;FAO=96;FDP=210;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0130235;FXX=0.00943352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.25;QD=17.1438;RBI=0.0160266;REFB=-0.00943705;REVB=0.00934028;RO=115;SAF=56;SAR=39;SRF=58;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085303;STB=0.54696;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0108836;OID=.;OPOS=49390677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:115:114:95:96:0.457143:39:56:58:57:39:57:58:56 chr12 49391196 . TC CT,T 339.1 PASS AF=0.106164,0.260274;AO=33,86;DP=276;FAO=31,76;FDP=292;FR=.;FRO=185;FSAF=0,24;FSAR=31,52;FSRF=137;FSRR=48;FWDB=-0.00651657,0.00046931;FXX=0.0201336;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=112.547,9.07257;QD=4.64515;RBI=0.0177272,0.000501916;REFB=-0.0176206,-0.150339;REVB=-0.016486,0.000177954;RO=140;SAF=0,37;SAR=33,49;SRF=111;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.841352,-0.387359;STB=0.999764,0.777137;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.12872,0.143775;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:276:292:140:185:33,86:31,76:0.106164,0.260274:33,49:0,37:111:29:31,52:0,24:137:48 chr12 49425978 . T C 219.21 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=88;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0110933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.534;QD=9.96429;RBI=0.0173335;REFB=-0.0110519;REVB=0.0133187;RO=58;SAF=15;SAR=13;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589528;STB=0.521261;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0181058;OID=.;OPOS=49425978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:60:28:28:0.318182:13:15:34:24:13:15:34:26 chr12 49427652 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00266932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.396;QD=28.6827;RBI=0.0442263;REFB=-0.00880746;REVB=-0.0441456;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429214;STB=0.749315;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0014117;OID=.;OPOS=49427652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:0:2:1:8:0:2 chr12 49431094 . T C 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00241024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4862;QD=17.2646;RBI=0.00970391;REFB=-0.0188285;REVB=0.00939982;RO=42;SAF=27;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100223;STB=0.556419;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0253005;OID=.;OPOS=49431094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:9:27:28:14:9:27:28:14 chr12 49434074 . C A 161.71 PASS AF=0.478261;AO=15;DP=40;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0868412;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.0439;QD=14.0617;RBI=0.0875507;REFB=-0.0810016;REVB=-0.0111235;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187601;STB=0.515138;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0742291;OID=.;OPOS=49434074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:46:25:24:15:22:0.478261:6:9:19:6:6:16:18:6 chr12 49444545 . G A 257.81 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.186623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.417;QD=18.4152;RBI=0.186902;REFB=-0.0363463;REVB=-0.0101959;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0491819;OID=.;OPOS=49444545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:22:6:6:22:22:6:6:22 chr12 49494962 . A G 506.55 PASS AF=0.61039;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0556537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1488;QD=26.3145;RBI=0.0709782;REFB=0.00513289;REVB=0.0440518;RO=30;SAF=29;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203066;STB=0.610817;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0018747;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:30:47:47:0.61039:18:29:10:20:18:29:10:20 chr12 49500398 . G A 1715.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00538448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.845;QD=59.666;RBI=0.00775929;REFB=-0.159949;REVB=0.00558694;RO=0;SAF=78;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73698e-08;STB=0.503184;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000888771;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:36:78:0:0:36:78:1:0 chr12 49500509 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.513;QD=60.0309;RBI=0.021274;REFB=0;REVB=0.0118113;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56312e-05;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:20:52:0:0:20:52:0:0 chr12 49522578 . T C 484.24 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.021;QD=58.6957;RBI=0.171623;REFB=0;REVB=0.171564;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590952;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:29:33:1:15:14:0:0:19:14:0:0 chr12 49522605 . C T 738.42 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1601;QD=56.8018;RBI=0.04556;REFB=0;REVB=0.0455427;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295304;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:31:19:0:0:32:20:0:0 chr12 49579696 . C G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.778;QD=59.8559;RBI=0.0561738;REFB=0;REVB=0.0502235;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36517e-05;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr12 49580180 . T C 1711.43 PASS AF=0.95122;AO=117;DP=123;FAO=117;FDP=123;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0597313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2997;QD=55.6562;RBI=0.0660352;REFB=-0.222543;REVB=-0.028157;RO=6;SAF=58;SAR=59;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312225;STB=0.516462;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00841127;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:123:6:6:117:117:0.95122:59:58:5:1:59:58:5:1 chr12 49580339 . A AC 44.95 PASS AF=0.175;AO=16;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0470795;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.9129;QD=2.24733;RBI=0.0698759;REFB=-0.0139183;REVB=-0.051635;RO=64;SAF=1;SAR=15;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.660834;STB=0.917305;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0901029;OID=.;OPOS=49580340;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175:16:80:14:80:66:1:13:36:30:44:64:1:15:36:28 chr12 49667103 . A T 1434.4 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.552;QD=63.0507;RBI=0.0340418;REFB=0;REVB=0.0105005;RO=0;SAF=28;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29145e-05;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:63:28:0:0:63:28:0:0 chr12 49724313 . G T 33.81 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0308835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5775;QD=6.14809;RBI=0.0999585;REFB=-0.0619238;REVB=0.0950679;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784305;STB=0.615062;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.275474;OID=.;OPOS=49724313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:22:14:15:6:7:0.318182:3:3:8:6:4:3:9:6 chr12 49949710 . A AC 47.04 PASS AF=0.151163;AO=15;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=51;FWDB=-0.0269053;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.514;QD=2.18809;RBI=0.0431081;REFB=-0.00238721;REVB=-0.033681;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199363;STB=0.748838;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=0.161083;OID=.;OPOS=49949711;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151163:15:86:13:86:73:8:5:22:51:47:70:7:8:22:48 chr12 50025221 . TG CT,T 40.41 PASS AF=0.16129,0.16129;AO=5,7;DP=32;FAO=5,5;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4,3;FSAR=1,2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0497186,-0.169828;FXX=0.0312402;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=35.358,12.6947;QD=5.214;RBI=0.0505368,0.182244;REFB=-0.0244854,-0.100619;REVB=-0.00905729,0.066115;RO=17;SAF=4,4;SAR=1,3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.416667;SSSB=0.393051,0.112877;STB=0.773053,0.599601;STBP=0.238,0.691;TYPE=mnp,del;VARB=0.249831,0.109391;OID=.,.;OPOS=50025221,50025222;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:32:31:17:21:5,7:5,5:0.16129,0.16129:1,3:4,4:8:9:1,2:4,3:10:11 chr12 50185334 . A G 574.33 PASS AF=0.975;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.816;QD=57.4328;RBI=0.0298311;REFB=-0.0244151;REVB=0.02331;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00182699;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:0:1:38:39:0.975:14:24:0:0:15:24:1:0 chr12 50189602 . A G 1554.95 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847081;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.487;QD=64.1218;RBI=0.084719;REFB=0;REVB=-0.0013582;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11009e-05;OID=.;OPOS=50189602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:97:0:0:90:97:1:66:24:0:0:66:31:0:0 chr12 50189807 . C A 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8668;QD=58.999;RBI=0.024322;REFB=0;REVB=0.0229824;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242204;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr12 50189834 . T G 498.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.58;QD=58.5945;RBI=0.0496959;REFB=0;REVB=0.0358964;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47753e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:7:25:0:0:8:26:0:0 chr12 50190653 . C T 676.57 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.961;QD=60.1399;RBI=0.0277919;REFB=-0.146676;REVB=0.00892896;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000865492;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:23:20:0:0:23:21:0:1 chr12 50190667 . A T 804.96 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026507;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.281;QD=57.4973;RBI=0.0290614;REFB=0;REVB=0.0119139;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182257;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr12 50232169 . A T 296.08 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00928705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.454;QD=49.3468;RBI=0.0433595;REFB=-0.0584112;REVB=0.0423533;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000624946;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:24:0:1:22:23:0.958333:8:14:0:0:9:14:1:0 chr12 50263148 . G A 1362.58 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0476603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.06;QD=61.2393;RBI=0.0515639;REFB=-0.107326;REVB=0.0196806;RO=1;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150395;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000513369;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:31:57:0:1:31:57:0:1 chr12 50348078 . T C 266.78 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0227487;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.121;QD=13.339;RBI=0.0271052;REFB=-0.027596;REVB=-0.0147374;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109121;STB=0.556061;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0497681;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:49:31:31:0.3875:18:13:26:24:18:13:25:24 chr12 50352393 . G C 110.67 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0495174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7717;QD=15.2653;RBI=0.051361;REFB=-0.0205192;REVB=-0.0136376;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.513348;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0385201;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:8:7:6:7:9:7 chr12 50367306 . T TG 52.29 PASS AF=0.315789;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0646725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6495;QD=5.50421;RBI=0.0648458;REFB=-0.0460694;REVB=-0.00473668;RO=28;SAF=10;SAR=0;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.798976;STB=0.832778;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0954733;OID=.;OPOS=50367307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:10:38:12:38:26:10:2:9:17:52:28:10:0:9:19 chr12 50452708 . C G 2351.17 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=156;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.466;QD=60.2865;RBI=0.0471916;REFB=-0.0722504;REVB=0.0284259;RO=1;SAF=87;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054371;STB=0.502857;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=7.9106e-05;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:156:1:1:155:155:0.99359:68:87:1:0:68:87:1:0 chr12 50476158 . G T 3322.83 PASS AF=0.9819;AO=217;DP=221;FAO=217;FDP=221;FR=.;FRO=4;FSAF=121;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0170528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.521;QD=60.1416;RBI=0.0179608;REFB=-0.0453477;REVB=-0.00563848;RO=4;SAF=121;SAR=96;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672746;STB=0.503532;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000197749;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:221:221:4:4:217:217:0.9819:96:121:3:1:96:121:3:1 chr12 50523947 . A G 893.74 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0556305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4494;QD=54.9991;RBI=0.0583789;REFB=-0.00347826;REVB=0.0177016;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00307986;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:0:2:32:31:0:2 chr12 50523964 . T C 770.56 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.681;QD=55.0399;RBI=0.0920263;REFB=-0.114489;REVB=0.0146392;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000972654;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:1:0:33:22:1:0 chr12 50526814 . G A 591.66 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.944;QD=60.6831;RBI=0.0483409;REFB=0;REVB=0.0393864;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104602;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:18:18:0:0:18:21:0:0 chr12 50537815 . A G 1453.23 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.771;QD=63.1841;RBI=0.0305312;REFB=0;REVB=0.0275761;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87389e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:35:56:0:0:36:56:0:0 chr12 50650057 . T C 249.66 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.034749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.853;QD=18.4937;RBI=0.0370945;REFB=-0.0342451;REVB=0.0129811;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675974;STB=0.537787;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0330665;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:10:17:15:12:10:17 chr12 50744119 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.389;QD=57.1774;RBI=0.0249844;REFB=0;REVB=0.0235923;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92107e-05;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr12 50744171 . T C 972.35 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367185;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3263;QD=58.9302;RBI=0.0455649;REFB=0;REVB=0.0269799;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24632e-05;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr12 50744753 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.955;QD=59.8394;RBI=0.00670154;REFB=0;REVB=0.0060652;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1985e-06;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr12 50749221 . G C 710.2 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3726;QD=54.6311;RBI=0.0685631;REFB=-0.0978626;REVB=-0.0374477;RO=2;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148715;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0283317;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:2:1:50:51:0.980769:16:34:1:1:17:34:1:0 chr12 50749227 . T G 714.37 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0223309;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.057;QD=57.1492;RBI=0.0224424;REFB=-0.136032;REVB=0.00223459;RO=2;SAF=33;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183761;STB=0.525885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.000803974;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:47:47:0.94:14:33:1:1:14:33:1:2 chr12 50749554 . G T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00759551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.663;QD=15.6035;RBI=0.031839;REFB=-0.0179912;REVB=-0.0309198;RO=38;SAF=16;SAR=14;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125348;STB=0.570531;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0255503;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:14:16:25:13:14:16:25:13 chr12 50754563 . T G 351.19 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00199353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.23;QD=46.8253;RBI=0.0329877;REFB=-0.0984887;REVB=0.0329274;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.540511;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00241246;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:1:3:27:27:0.9:10:17:1:0:10:17:3:0 chr12 50821671 . A G 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00833057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.323;QD=18.3453;RBI=0.0100351;REFB=-0.0117615;REVB=-0.00559503;RO=46;SAF=28;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559867;STB=0.531294;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.014409;OID=.;OPOS=50821671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:13:28:29:17:13:28:29:17 chr12 50824275 . C G 311.55 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0619563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8843;QD=19.1722;RBI=0.0619567;REFB=-0.021693;REVB=-0.000208633;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972274;STB=0.554219;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0199078;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:12:21:17:15:12:21:17:15 chr12 50870145 . G A 3932.2 PASS AF=0.988417;AO=254;DP=258;FAO=256;FDP=259;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=131;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0311429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.116;QD=60.729;RBI=0.0311473;REFB=-0.0793845;REVB=0.000523904;RO=3;SAF=124;SAR=130;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397313;STB=0.502067;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00124299;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:258:259:3:3:254:256:0.988417:130:124:2:1:131:125:2:1 chr12 50882355 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0649247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.841;QD=28.9922;RBI=0.0653677;REFB=-0.0034474;REVB=0.00759702;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858314;STB=0.547287;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0013619;OID=.;OPOS=50882355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:6:8:11:14:6:8 chr12 51089734 . T A 194.87 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00443335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.506;QD=14.1721;RBI=0.00450332;REFB=-0.00240563;REVB=0.000790764;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830272;STB=0.535684;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00423317;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:13:10:11:20:13:10:12:20 chr12 51112586 . T C 532.03 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=103;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0139012;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.849;QD=20.6613;RBI=0.072279;REFB=-0.0174725;REVB=0.0709296;RO=49;SAF=34;SAR=20;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243576;STB=0.634097;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00720053;OID=.;OPOS=51112586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:49:54:54:0.524272:20:34:17:32:20:34:17:32 chr12 51135275 . T C 968.6 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129358;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9265;QD=56.1508;RBI=0.0600494;REFB=-0.141575;REVB=0.0586395;RO=2;SAF=44;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948345;STB=0.50502;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00519335;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:69:2:2:67:67:0.971014:23:44:1:1:23:44:1:1 chr12 51141883 . A G 342.96 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0126161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.515;QD=16.3316;RBI=0.0151625;REFB=-0.0212773;REVB=-0.00841053;RO=46;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638747;STB=0.528386;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.021854;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:47:37:37:0.440476:21:16:17:29:21:16:18:29 chr12 51203371 . C T 76.58 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0334554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.962;QD=12.7628;RBI=0.0580879;REFB=-0.0159639;REVB=-0.0474862;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235856;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0157883;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:5:9:4:6:5:9 chr12 51213765 . T C 125.75 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0136097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0337;QD=11.1773;RBI=0.0346132;REFB=-0.0126446;REVB=-0.0318253;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438412;STB=0.545393;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0240034;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:6:8:16:14:6:9:16:14 chr12 51235317 . A G,T 756.34 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=46,3;DP=49;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402539,-0.0222866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.6908,115.717;QD=61.7422;RBI=0.00410915,0.0703153;REFB=0,0;REVB=0.00082541,-0.06669;RO=0;SAF=27,0;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000366929,0.193481;OID=.,.;OPOS=51235317,51235317;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:49:49:0:0:46,3:46,3:0.938776,0.0612245:19,3:27,0:0:0:19,3:27,0:0:0 chr12 51236802 . T C 223.99 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0220307;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3082;QD=33.183;RBI=0.0220779;REFB=-0.0737377;REVB=-0.00144329;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574354;STB=0.531567;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0248276;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:7:7:20:20:0.740741:11:9:4:3:11:9:4:3 chr12 51333796 . C CA 89.62 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0273625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.0165;QD=6.07623;RBI=0.104133;REFB=0.00503971;REVB=-0.100474;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136775;STB=0.508465;STBP=0.95;TYPE=ins;VARB=-0.0169942;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:61:18:59:41:9:9:20:21:89:43:9:9:21:22 chr12 51354803 . C T 635.36 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0230531;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0453;QD=16.9428;RBI=0.0470121;REFB=-0.011545;REVB=-0.0409719;RO=82;SAF=36;SAR=32;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767579;STB=0.542666;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0130623;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:32:36:37:45:32:36:37:45 chr12 51399148 . C A 277.36 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.000854177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.931;QD=18.491;RBI=0.0416218;REFB=-0.000994121;REVB=-0.041613;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236769;STB=0.631496;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000407731;OID=.;OPOS=51399148;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:22:8:16:14:22:8 chr12 51402905 . T G 1072.81 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254965;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.913;QD=60.4403;RBI=0.0957812;REFB=0;REVB=0.0923254;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181256;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:31:40:0:0:31:40:0:0 chr12 51442285 . G A 153.97 PASS AF=0.551724;AO=12;DP=32;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0301364;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.045;QD=21.2372;RBI=0.0373384;REFB=-0.0226396;REVB=0.0220444;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113119;STB=0.545398;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0320295;OID=.;OPOS=51442285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:14:13:12:16:0.551724:7:5:6:8:7:9:6:7 chr12 51442944 . G A 3020.95 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349974;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.857;QD=63.5989;RBI=0.0536235;REFB=0;REVB=0.0406284;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47846e-05;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:190:0:0:190:190:1:97:93:0:0:97:93:0:0 chr12 51518787 . C G 311.09 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0115664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.454;QD=18.5727;RBI=0.0205873;REFB=-0.0198223;REVB=0.017031;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266848;STB=0.653927;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0226118;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:34:33:33:0.492537:14:19:9:24:14:19:9:25 chr12 51636259 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.374;QD=59.8559;RBI=0.0433586;REFB=0;REVB=0.00692256;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09184e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr12 51639899 . A G 288.85 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0816629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.692;QD=16.2732;RBI=0.0816959;REFB=0.00596951;REVB=0.0023212;RO=38;SAF=6;SAR=26;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406494;STB=0.738173;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00530007;OID=.;OPOS=51639899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:26:6:21:17:26:6:22:17 chr12 51681903 . T C 2388.7 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103601;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.114;QD=59.7175;RBI=0.0143507;REFB=-0.0918327;REVB=0.00993028;RO=2;SAF=83;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113253;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077753;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:160:2:0:158:160:1:75:83:2:0:75:85:0:0 chr12 51685831 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00334893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.758;QD=55.0097;RBI=0.0127231;REFB=-0.104818;REVB=0.0122745;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0023234;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:1:0:22:10:1:0 chr12 51722311 . C T 422.06 PASS AF=0.408333;AO=48;DP=119;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=22;FWDB=-0.0121499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.98;QD=14.0687;RBI=0.0375193;REFB=-0.014157;REVB=-0.0354976;RO=71;SAF=25;SAR=23;SRF=49;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181716;STB=0.595818;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0182287;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:71:71:48:49:0.408333:23:25:49:22:23:26:49:22 chr12 51733734 . G A 363.23 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=132;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=-0.0405822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6809;QD=11.0069;RBI=0.0503084;REFB=-0.0315823;REVB=-0.0297326;RO=84;SAF=32;SAR=13;SRF=53;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104474;STB=0.568308;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0695317;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:84:87:45:45:0.340909:13:32:53:31:13:32:54:33 chr12 51737607 . G A 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0199903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.377;QD=13.4435;RBI=0.0265127;REFB=-0.00295784;REVB=-0.0174159;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569313;STB=0.548295;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00268163;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:9:3:3:7:10:3 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 746.79 PASS AF=0.125,0.875;AO=6,41;DP=50;FAO=6,42;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=4,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176842,0.0254198;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=208.829,96.9385;QD=62.2321;RBI=0.0388686,0.0254292;REFB=0,0;REVB=-0.0346127,-0.00068884;RO=0;SAF=2,26;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0522678,0.00503688;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:6,41:50:6,42:48:0:2,27:4,15:0:0:33:0:2,26:4,15:0:0 chr12 51740409 . TA GG 37.95 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0257386;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.169;QD=2.76014;RBI=0.0258487;REFB=-0.00085101;REVB=0.00238243;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264802;STB=0.666223;STBP=0.372;TYPE=mnp;VARB=0.00485652;OID=.;OPOS=51740409;OREF=TA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:46:48:7:7:0.127273:4:3:30:16:4:3:30:18 chr12 51773557 . G A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00985664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.767;QD=22.9154;RBI=0.0413364;REFB=0.0463355;REVB=-0.0401441;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0240129;OID=.;OPOS=51773557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:2:2:3:6:2:2 chr12 51901390 . A G 297.74 PASS AF=0.345455;AO=40;DP=110;FAO=38;FDP=110;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.00225549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7088;QD=10.8269;RBI=0.0306888;REFB=-0.0118406;REVB=-0.0306058;RO=68;SAF=14;SAR=26;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106056;STB=0.608902;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0479183;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:72:40:38:0.345455:26:14:30:38:26:12:34:38 chr12 51902249 . C T 328.66 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0698463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9596;QD=15.4663;RBI=0.0775286;REFB=-0.00114013;REVB=-0.0336478;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802843;STB=0.545311;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000152165;OID=.;OPOS=51902249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:17:19:22:27:17:19:22:27 chr12 52080965 . C T 804.49 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258153;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.766;QD=57.4636;RBI=0.026614;REFB=0;REVB=0.00647139;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92555e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr12 52184271 . T C 323.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.699;QD=53.8725;RBI=0.0194055;REFB=0;REVB=0.0124545;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39526e-05;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 52200417 . A C 60.29 PASS AF=0.176471;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0980086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5542;QD=3.54638;RBI=0.0995772;REFB=-0.0902715;REVB=0.0176049;RO=52;SAF=0;SAR=11;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.777765;STB=0.928563;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0572945;OID=.;OPOS=52200417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:68:52:56:11:12:0.176471:11:0:36:16:11:1:36:20 chr12 52200742 . C A 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0572;QD=50.3964;RBI=0.0331613;REFB=0;REVB=-0.0327008;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118997;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr12 52204246 . T C 1249.46 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041036;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.311;QD=61.7018;RBI=0.0131694;REFB=0;REVB=0.0125137;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0836e-06;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr12 52211942 . G A,C 784.93 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,3;DP=50;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321414,-0.00667738;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.949,126.836;QD=62.7941;RBI=0.0358861,0.019963;REFB=0,0;REVB=-0.0159607,-0.0188131;RO=0;SAF=23,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00020423,0.0254143;OID=.,.;OPOS=52211942,52211942;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:50:50:0:0:47,3:47,3:0.94,0.06:24,1:23,2:0:0:24,1:23,2:0:0 chr12 52215102 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.025;QD=43.4849;RBI=0.0160226;REFB=0;REVB=0.0108942;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139631;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr12 52282060 . C T 358.02 PASS AF=0.4;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0268672;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1015;QD=13.6389;RBI=0.0269037;REFB=-0.0256329;REVB=-0.00140128;RO=59;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203417;STB=0.630956;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0363234;OID=.;OPOS=52282060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:63:42:42:0.4:18:24:22:37:18:24:22:41 chr12 52282083 . T C 549.21 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0531285;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.812;QD=23.3706;RBI=0.0531605;REFB=-0.025123;REVB=0.00184476;RO=38;SAF=17;SAR=34;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117534;STB=0.586431;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0168608;OID=.;OPOS=52282083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:38:43:51:51:0.542553:34:17:18:20:34:17:22:21 chr12 52282873 . A T 295.76 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00898549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.751;QD=20.397;RBI=0.0167155;REFB=-0.0248253;REVB=-0.014095;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239431;STB=0.632304;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0124289;OID=.;OPOS=52282873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:20:7:17:14:20:7 chr12 52284233 . T C 552.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.432;QD=59.7502;RBI=0.0186073;REFB=0;REVB=-0.0182605;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100971;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr12 52284668 . C A 619.95 PASS AF=0.47482;AO=61;DP=134;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.106167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0692;QD=17.8402;RBI=0.111018;REFB=-0.0235158;REVB=0.0324587;RO=73;SAF=30;SAR=31;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255181;STB=0.525172;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0351277;OID=.;OPOS=52284668;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:139:73:73:61:66:0.47482:31:30:34:39:33:33:33:40 chr12 52312864 . A AC,G 81.26 PASS AF=0.276923,0.0461538;AO=17,3;DP=70;FAO=18,3;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=13,3;FSAR=5,0;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0371259,0.0149095;FXX=0.0151492;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.1481,163.187;QD=5.00081;RBI=0.227332,0.0237157;REFB=-0.0241976,-0.00578129;REVB=0.22428,-0.0184429;RO=44;SAF=13,3;SAR=4,0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.265606,0.461998;STB=0.652332,0.996334;STBP=0.147,0.093;TYPE=ins,snp;VARB=0.016224,0.0118813;OID=.,.;OPOS=52312865,52312864;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:65:44:44:17,3:18,3:0.276923,0.0461538:4,0:13,3:25:19:5,0:13,3:23:21 chr12 52471159 . C T 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0417033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.801;QD=57.8331;RBI=0.0421361;REFB=-0.136215;REVB=0.0060237;RO=1;SAF=17;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02699;STB=0.514282;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00117837;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:52:17:1:0:52:17:1:0 chr12 52564449 . C T 254.98 PASS AF=0.47619;AO=25;DP=58;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0605846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6631;QD=16.1892;RBI=0.112929;REFB=-0.0347542;REVB=0.0953015;RO=33;SAF=21;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135611;STB=0.53331;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0440188;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:33:33:25:30:0.47619:4:21:25:8:6:24:25:8 chr12 52565322 . G T 724.1 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0098306;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.359;QD=52.6619;RBI=0.031753;REFB=-0.0155857;REVB=0.0301929;RO=2;SAF=49;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188465;STB=0.509996;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=4.99028e-05;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:4:49:2:0:4:49:2:0 chr12 52566047 . G A 66.33 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00303101;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.785;QD=12.6343;RBI=0.0519357;REFB=-0.0103916;REVB=0.0518472;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119998;STB=0.548286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0165407;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:8:9:0.428571:2:6:10:2:2:7:10:2 chr12 52585570 . C T 792.16 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197405;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.505;QD=55.5903;RBI=0.0211021;REFB=-0.15556;REVB=-0.0074572;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973879;OID=.;OPOS=52585570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:57:0:0:56:57:1:22:34:0:0:22:35:0:0 chr12 52602013 . C T 2825.12 PASS AF=0.97861;AO=183;DP=187;FAO=183;FDP=187;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0257975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.09;QD=60.4305;RBI=0.0354202;REFB=-0.0322932;REVB=0.024271;RO=3;SAF=90;SAR=93;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156028;STB=0.510868;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000364354;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:187:187:3:4:183:183:0.97861:93:90:3:0:93:90:4:0 chr12 52631313 . A G 436.18 PASS AF=0.429825;AO=50;DP=116;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0435198;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0314;QD=15.3045;RBI=0.0439753;REFB=-0.0269157;REVB=0.0063133;RO=65;SAF=38;SAR=12;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194363;STB=0.606511;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0382485;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:65:65:50:49:0.429825:12:38:39:26:12:37:39:26 chr12 52639251 . T TG 46.96 PASS AF=0.112;AO=21;DP=126;FAO=14;FDP=125;FR=.;FRO=111;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=-0.00978959;FXX=0.00793588;HRUN=0;LEN=1;MLLD=99.0314;QD=1.50264;RBI=0.0222512;REFB=-0.00247456;REVB=-0.019982;RO=103;SAF=14;SAR=7;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299718;STB=0.742459;STBP=0.058;TYPE=ins;VARB=0.108773;OID=.;OPOS=52639252;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.112:21:126:14:125:111:10:4:48:63:46:103:14:7:44:59 chr12 52639302 . G C 417.84 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0649597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2326;QD=15.6201;RBI=0.0650541;REFB=-0.0167002;REVB=0.00350315;RO=59;SAF=26;SAR=20;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190994;STB=0.62392;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0289722;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:46:47:0.439252:20:26:22:37:20:27:21:39 chr12 52642518 . G A 476.85 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0138472;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0736;QD=21.1935;RBI=0.0341326;REFB=0.0132545;REVB=0.0311976;RO=44;SAF=28;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577823;STB=0.531986;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0121823;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:44:44:46:46:0.511111:18:28:24:20:18:28:24:20 chr12 52649887 . T C 367.23 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0583184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.182;QD=19.0767;RBI=0.0583302;REFB=0.00196061;REVB=0.00117702;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744879;STB=0.536004;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00196839;OID=.;OPOS=52649887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:24:14:17:21:24:14:17:22 chr12 52660812 . G A 1769.15 PASS AF=0.991525;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.457;QD=59.9711;RBI=0.0673002;REFB=-0.210978;REVB=0.062348;RO=0;SAF=36;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6903e-08;STB=0.503105;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00362701;OID=.;OPOS=52660812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:118:0:1:115:117:0.991525:79:36:0:0:80:37:0:1 chr12 52661192 . A G 1061.33 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0663;QD=59.7933;RBI=0.0911394;REFB=0;REVB=-0.0529751;RO=0;SAF=58;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000855875;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:12:58:0:0:12:59:0:0 chr12 52661196 . G A 1012.8 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9493;QD=57.8744;RBI=0.0896906;REFB=-0.162931;REVB=0.0787216;RO=1;SAF=56;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836864;STB=0.504423;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00301776;OID=.;OPOS=52661196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:13:56:1:0:13:56:1:0 chr12 52661209 . T C 1026.32 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1657;QD=59.497;RBI=0.0336382;REFB=0;REVB=0.00756322;RO=0;SAF=53;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90886e-05;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:16:53:0:0:16:53:0:0 chr12 52661302 . C A 773.22 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8352;QD=63.12;RBI=0.118662;REFB=0;REVB=0.110358;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193719;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:14:32:0:0:16:33:0:0 chr12 52679937 . C G 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.203;QD=58.5772;RBI=0.0468852;REFB=0;REVB=0.0330942;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346204;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 52681416 . T C 1476.03 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0131618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.832;QD=57.3215;RBI=0.0459867;REFB=-0.0455378;REVB=0.0440629;RO=2;SAF=46;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201774;STB=0.510636;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000838939;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:55:46:2:0:55:46:2:0 chr12 52681437 . A G 1917.62 PASS AF=0.992063;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.057;QD=60.8768;RBI=0.0656484;REFB=-0.097129;REVB=0.0488476;RO=1;SAF=52;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904904;STB=0.504672;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000879187;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:124:125:0.992063:72:52:1:0:72:53:1:0 chr12 52681925 . A C 1387.52 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388092;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.219;QD=63.0691;RBI=0.0435614;REFB=0;REVB=0.0197849;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121149;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr12 52695754 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3301;QD=53.9105;RBI=0.23211;REFB=0;REVB=0.0405244;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443563;OID=.;OPOS=52695754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr12 52695787 . C T 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.232;QD=47.805;RBI=0.0307441;REFB=0;REVB=0.0237504;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141661;OID=.;OPOS=52695787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr12 52699548 . T C 81.36 PASS AF=0.104167;AO=16;DP=232;FAO=25;FDP=240;FR=.;FRO=215;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=84;FSRR=131;FWDB=-0.0371433;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.765;QD=1.35598;RBI=0.0690483;REFB=-0.0112018;REVB=-0.0582069;RO=211;SAF=13;SAR=3;SRF=82;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442817;STB=0.614864;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.110067;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:232:240:211:215:16:25:0.104167:3:13:82:129:12:13:84:131 chr12 52708420 . G A 2188.4 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354888;FXX=0.0212751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.77;QD=63.432;RBI=0.0286465;REFB=0;REVB=0.0284259;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16463e-05;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:71:67:0:0:71:67:0:0 chr12 52708565 . A G 757.03 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213948;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.768;QD=56.076;RBI=0.0602143;REFB=0;REVB=0.0562852;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198503;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:51:54:1:18:33:0:0:21:33:0:0 chr12 52709880 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9875;QD=56.9568;RBI=0.0226383;REFB=0;REVB=0.0222553;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135115;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 52709883 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6284;QD=57.1748;RBI=0.114424;REFB=0;REVB=-0.0436917;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171685;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr12 52710309 . G A 2976.36 PASS AF=1;AO=185;DP=188;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619726;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.564;QD=63.3267;RBI=0.0681453;REFB=0;REVB=0.0283405;RO=0;SAF=74;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58589e-05;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:188:0:0:185:188:1:111:74:0:0:112:76:0:0 chr12 52710715 . G A 2409.89 PASS AF=0.981595;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=163;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0132982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7999;QD=59.1383;RBI=0.0287815;REFB=-0.0883439;REVB=-0.0255252;RO=2;SAF=87;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108115;STB=0.508474;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000953756;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:163:163:2:3:160:160:0.981595:73:87:2:0:73:87:3:0 chr12 52710721 . G C 2472.69 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9851;QD=61.4334;RBI=0.0617128;REFB=0;REVB=-0.0603523;RO=1;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656263;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20948e-05;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:1:0:160:161:1:72:88:0:1:73:88:0:0 chr12 52711549 . G A 1324.68 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0189661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.992;QD=58.8746;RBI=0.10201;REFB=-0.170797;REVB=0.100231;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521122;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00211788;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:0:3:87:87:0.966667:34:53:0:0:34:53:0:3 chr12 52713088 . G A 1290.69 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0294863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.588;QD=57.3641;RBI=0.0324155;REFB=0.071309;REVB=-0.0134658;RO=4;SAF=56;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366742;STB=0.519388;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00139937;OID=.;OPOS=52713088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:90:4:4:86:86:0.955556:30:56:1:3:30:56:1:3 chr12 52753861 . C T 1526.81 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322829;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4742;QD=59.875;RBI=0.0447202;REFB=0;REVB=0.0309469;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024426;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr12 52772094 . G A 38.28 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=73;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.015989;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1786;QD=2.12692;RBI=0.0556239;REFB=-0.00644016;REVB=0.0532763;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0519854;OID=.;OPOS=52772094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:73:72:62:64:9:8:0.111111:5:4:23:39:5:3:24:40 chr12 52773702 . G A 380.1 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0468484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.275;QD=15.6741;RBI=0.0691335;REFB=-0.0279066;REVB=-0.0508397;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00951768;STB=0.510848;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0363373;OID=.;OPOS=52773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:22:19:26:29:22:19:27:29 chr12 52774158 . G A 325.98 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0085017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8556;QD=25.5674;RBI=0.0600358;REFB=-0.0832823;REVB=-0.0594307;RO=18;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120234;STB=0.536562;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.025477;OID=.;OPOS=52774158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:20:31:31:0.607843:12:19:14:4:12:19:14:6 chr12 52774235 . A G 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.841;QD=58.7767;RBI=0.0402308;REFB=0;REVB=0.0204493;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307626;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr12 52774305 . A G 203.34 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00649383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.219;QD=14.2696;RBI=0.0174463;REFB=-0.00478104;REVB=-0.0161927;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162079;STB=0.574718;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0113684;OID=.;OPOS=52774305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:14:10:18:13:14:10:18:15 chr12 52777439 . A G 621.89 PASS AF=0.565657;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0631645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3328;QD=25.127;RBI=0.0631808;REFB=0.0156323;REVB=-0.0014344;RO=43;SAF=30;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102552;STB=0.5098;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0111301;OID=.;OPOS=52777439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:43:55:56:0.565657:25:30:24:19:26:30:24:19 chr12 52777502 . A G 1549.05 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000140821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.949;QD=63.8782;RBI=0.0104312;REFB=0;REVB=-0.0104303;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.41641e-06;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr12 52777513 . T C 494.26 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0255961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.595;QD=20.5942;RBI=0.0313984;REFB=0.000940165;REVB=0.0181853;RO=47;SAF=28;SAR=19;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12322;STB=0.576893;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00102759;OID=.;OPOS=52777513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:47:48:47:48:0.5:19:28:34:13:20:28:35:13 chr12 52777578 . C T 203.38 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0112489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.024;QD=10.2975;RBI=0.0131612;REFB=-0.00896314;REVB=0.00683237;RO=53;SAF=12;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140917;STB=0.582143;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0273185;OID=.;OPOS=52777578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:14:12:31:22:14:12:31:22 chr12 52777580 . A C 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0144511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.69;QD=11.734;RBI=0.0149654;REFB=-0.0130171;REVB=-0.00388961;RO=50;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127885;STB=0.573718;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0394288;OID=.;OPOS=52777580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:15:13:29:21:15:13:29:21 chr12 52778947 . A G 422.3 PASS AF=0.451923;AO=45;DP=102;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=7;FWDB=0.0247876;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.024;QD=16.2424;RBI=0.0459321;REFB=-0.00374546;REVB=0.0386696;RO=57;SAF=39;SAR=6;SRF=50;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231838;STB=0.54894;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00614063;OID=.;OPOS=52778947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:57:57:45:47:0.451923:6:39:50:7:8:39:50:7 chr12 52779244 . A G 457.87 PASS AF=0.495238;AO=42;DP=96;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00763904;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.832;QD=17.4428;RBI=0.08007;REFB=-0.00650887;REVB=0.0797047;RO=51;SAF=28;SAR=14;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217982;STB=0.572253;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0158679;OID=.;OPOS=52779244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:105:51:53:42:52:0.495238:14:28:35:16:24:28:36:17 chr12 52789509 . T C 684.73 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.902;QD=62.2484;RBI=0.0602127;REFB=0;REVB=-0.0467664;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68313e-06;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr12 52789597 . A G 432.37 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0148073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.699;QD=48.041;RBI=0.0156326;REFB=-0.0777035;REVB=0.00501222;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.521263;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000880515;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:2:4:32:32:0.888889:18:14:0:2:18:14:1:3 chr12 52789605 . T A 471.87 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.09;QD=55.5143;RBI=0.0198799;REFB=0.0487354;REVB=0.012878;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00230396;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:34:33:0.970588:19:15:0:0:19:14:1:0 chr12 52818377 . C T 509.85 PASS AF=0.38961;AO=60;DP=154;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0256409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.048;QD=13.2429;RBI=0.0325324;REFB=-0.00863056;REVB=0.0200225;RO=92;SAF=36;SAR=24;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972682;STB=0.555537;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0161843;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:92:94:60:60:0.38961:24:36:47:45:24:36:48:46 chr12 52822258 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.233;QD=58.4197;RBI=0.0569487;REFB=0;REVB=0.0105469;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130968;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr12 52824352 . G A 666.43 PASS AF=0.434524;AO=73;DP=169;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=68;FWDB=0.0034952;FXX=0.011764;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.526;QD=15.8673;RBI=0.0227003;REFB=-0.022609;REVB=0.0224296;RO=95;SAF=38;SAR=35;SRF=27;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238824;STB=0.632378;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0201911;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:95:95:73:73:0.434524:35:38:27:68:35:38:27:68 chr12 52825363 . G A 876.98 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00114238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.735;QD=54.8112;RBI=0.0304725;REFB=-0.111384;REVB=-0.0304511;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.512496;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00120862;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:62:62:0.96875:39:23:0:1:39:23:0:2 chr12 52827740 . G C 771.83 PASS AF=0.513158;AO=78;DP=152;FAO=78;FDP=152;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0181402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.24;QD=20.3112;RBI=0.0190752;REFB=-0.010777;REVB=0.00589879;RO=72;SAF=39;SAR=39;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850783;STB=0.552618;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00745183;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:72:74:78:78:0.513158:39:39:43:29:39:39:45:29 chr12 52827818 . T C 1297.29 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.886;QD=61.7756;RBI=0.0305095;REFB=0;REVB=0.00176038;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23917e-05;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:45:35:0:0:46:38:0:0 chr12 52841765 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.399;QD=59.1431;RBI=0.0209225;REFB=0;REVB=-0.0162194;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48502e-06;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr12 52842736 . T C 207.88 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.596;QD=48.913;RBI=0.0897024;REFB=0;REVB=0.0518798;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149997;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:14:17:1:9:5:0:0:11:6:0:0 chr12 52843581 . A G 69.99 PASS AF=0.104396;AO=19;DP=182;FAO=19;FDP=182;FR=.;FRO=163;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=81;FWDB=0.0074659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.26;QD=1.53835;RBI=0.0401741;REFB=-0.00106007;REVB=-0.0394743;RO=163;SAF=7;SAR=12;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163794;STB=0.621163;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00934479;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:182:182:163:163:19:19:0.104396:12:7:82:81:12:7:82:81 chr12 52843779 . T C 304.43 PASS AF=0.244681;AO=40;DP=186;FAO=46;FDP=188;FR=.;FRO=142;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=81;FSRR=61;FWDB=-0.000761823;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.986;QD=6.47715;RBI=0.0223684;REFB=-0.0167913;REVB=0.0223554;RO=142;SAF=22;SAR=18;SRF=81;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263343;STB=0.529934;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0411604;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:188:142:142:40:46:0.244681:18:22:81:61:18:28:81:61 chr12 52843783 . T C 53.29 PASS AF=0.0957447;AO=18;DP=186;FAO=18;FDP=188;FR=.;FRO=170;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=97;FSRR=73;FWDB=-0.0412948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4405;QD=1.13393;RBI=0.0923349;REFB=-0.0129645;REVB=-0.0825862;RO=168;SAF=13;SAR=5;SRF=96;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191366;STB=0.648165;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.130576;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:186:188:168:170:18:18:0.0957447:5:13:96:72:5:13:97:73 chr12 52844265 . T C 587.83 PASS AF=0.411043;AO=66;DP=161;FAO=67;FDP=163;FR=.;FRO=96;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.00196806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.725;QD=14.4253;RBI=0.00245216;REFB=-0.0215975;REVB=-0.00146281;RO=95;SAF=26;SAR=40;SRF=54;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18353;STB=0.599934;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.034439;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:95:96:66:67:0.411043:40:26:54:41:40:27:55:41 chr12 52845435 . C T 136.19 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=24;FWDB=-0.0163046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.109;QD=5.50274;RBI=0.0175995;REFB=-0.00124259;REVB=0.00662576;RO=77;SAF=15;SAR=6;SRF=53;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389887;STB=0.520813;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00553933;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:78:21:21:0.212121:6:15:53:24:6:15:54:24 chr12 52845801 . T C 701.29 PASS AF=0.94;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0152741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6103;QD=56.1035;RBI=0.0159005;REFB=-0.0226648;REVB=0.00441882;RO=3;SAF=29;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461894;STB=0.52458;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00306516;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:50:3:3:46:47:0.94:17:29:3:0:18:29:3:0 chr12 52863038 . G A 344.65 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00168827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.263;QD=21.8828;RBI=0.0495204;REFB=-0.0292102;REVB=0.0494916;RO=27;SAF=22;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000894641;STB=0.510139;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0243405;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:28:35:35:0.555556:13:22:17:10:13:22:17:11 chr12 52863213 . C T 593.95 PASS AF=0.421384;AO=68;DP=160;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.00369144;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.206;QD=14.9422;RBI=0.0224575;REFB=-0.0285673;REVB=-0.0221521;RO=92;SAF=34;SAR=34;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446959;STB=0.520851;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0251961;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:92:92:68:67:0.421384:34:34:50:42:33:34:50:42 chr12 52863564 . C T 211.9 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00206925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.803;QD=16.6196;RBI=0.0613566;REFB=-0.0256591;REVB=0.0613217;RO=28;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210389;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0259267;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:12:11:14:14:12:11:14:14 chr12 52863621 . T G 670.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.799;QD=62.3473;RBI=0.0207458;REFB=0;REVB=-0.00577095;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37321e-05;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr12 52865443 . T C 205.95 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0362587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6492;QD=16.8121;RBI=0.0412424;REFB=-0.0141465;REVB=-0.019653;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013457;STB=0.507685;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0163291;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:7:14:19:9:7:14:19:9 chr12 52884735 . A G 494.69 PASS AF=0.428571;AO=53;DP=126;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.014813;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.79;QD=15.7044;RBI=0.0293775;REFB=-0.00866109;REVB=0.0253696;RO=71;SAF=24;SAR=29;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140918;STB=0.576243;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0145719;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:72:53:54:0.428571:29:24:42:29:29:25:43:29 chr12 52885316 . A G 92.47 PASS AF=0.148438;AO=19;DP=128;FAO=19;FDP=128;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=72;FSRR=37;FWDB=-0.0167396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2144;QD=2.88963;RBI=0.0564588;REFB=0.000527237;REVB=-0.0539202;RO=109;SAF=7;SAR=12;SRF=72;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357523;STB=0.734095;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00563683;OID=.;OPOS=52885316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:128:128:109:109:19:19:0.148438:12:7:72:37:12:7:72:37 chr12 52885339 . CC TT 71.19 PASS AF=0.116438;AO=17;DP=146;FAO=17;FDP=146;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=88;FSRR=41;FWDB=0.0119573;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.341;QD=1.95029;RBI=0.0177444;REFB=-0.00137236;REVB=-0.0131106;RO=129;SAF=5;SAR=12;SRF=88;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451649;STB=0.807809;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.014356;OID=.;OPOS=52885339;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:146:146:129:129:17:17:0.116438:12:5:88:41:12:5:88:41 chr12 52885344 . G C 67.2 PASS AF=0.10828;AO=17;DP=157;FAO=17;FDP=157;FR=.;FRO=140;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=90;FSRR=50;FWDB=-0.0145648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.33;QD=1.71204;RBI=0.051525;REFB=0.000384822;REVB=-0.0494236;RO=140;SAF=5;SAR=12;SRF=90;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40552;STB=0.785911;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00682653;OID=.;OPOS=52885344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:157:157:140:140:17:17:0.10828:12:5:90:50:12:5:90:50 chr12 52885350 . T C 65.75 PASS AF=0.10625;AO=17;DP=160;FAO=17;FDP=160;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=94;FSRR=49;FWDB=0.004134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.652;QD=1.64378;RBI=0.0162426;REFB=-0.000588279;REVB=-0.0157077;RO=142;SAF=5;SAR=12;SRF=93;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417566;STB=0.795415;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00281321;OID=.;OPOS=52885350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:160:160:142:143:17:17:0.10625:12:5:93:49:12:5:94:49 chr12 52885374 . G C 43.46 PASS AF=0.0823529;AO=14;DP=170;FAO=14;FDP=170;FR=.;FRO=156;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=57;FWDB=-0.0447099;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0712;QD=1.02263;RBI=0.0447634;REFB=-0.00427021;REVB=0.00218914;RO=155;SAF=2;SAR=12;SRF=99;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527756;STB=0.897295;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0098625;OID=.;OPOS=52885374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:170:170:155:156:14:14:0.0823529:12:2:99:56:12:2:99:57 chr12 52885377 . A G 48.74 PASS AF=0.0872093;AO=15;DP=172;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=56;FWDB=-0.0142695;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.658;QD=1.13346;RBI=0.0314868;REFB=0.000305692;REVB=-0.0280678;RO=155;SAF=4;SAR=11;SRF=101;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425965;STB=0.811308;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00967387;OID=.;OPOS=52885377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:172:172:155:157:15:15:0.0872093:11:4:101:54:11:4:101:56 chr12 52885381 . C T 52.94 PASS AF=0.0903955;AO=16;DP=177;FAO=16;FDP=177;FR=.;FRO=161;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=105;FSRR=56;FWDB=-0.018477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=1.19644;RBI=0.0186829;REFB=-0.00435457;REVB=-0.00276577;RO=160;SAF=4;SAR=12;SRF=105;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450647;STB=0.827501;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0242101;OID=.;OPOS=52885381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:177:177:160:161:16:16:0.0903955:12:4:105:55:12:4:105:56 chr12 52886478 . T C 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.00248463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.933;QD=11.6945;RBI=0.0371906;REFB=-0.0298821;REVB=-0.0371075;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103924;STB=0.574258;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0474287;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:62:67:38:38:0.361905:16:22:30:32:16:22:31:36 chr12 52886490 . A G 1918.49 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.36;QD=60.9043;RBI=0.0549279;REFB=0;REVB=0.0486894;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203192;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:126:0:0:123:126:1:56:67:0:0:56:70:0:0 chr12 52886911 . T C 258.84 PASS AF=0.352273;AO=30;DP=87;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00684973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.177;QD=11.7652;RBI=0.0397009;REFB=-0.0163877;REVB=-0.0391055;RO=56;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323977;STB=0.665597;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0245184;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:57:30:31:0.352273:10:20:21:35:11:20:22:35 chr12 52912906 . G T 376.47 PASS AF=0.42268;AO=37;DP=94;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.050445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5993;QD=15.5247;RBI=0.0621431;REFB=-0.00350113;REVB=-0.0362914;RO=56;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619485;STB=0.517337;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00649011;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:56:56:37:41:0.42268:20:17:29:27:21:20:29:27 chr12 52912909 . G T 361.71 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00212271;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.673;QD=15.0713;RBI=0.0299874;REFB=-0.00525732;REVB=0.0299122;RO=55;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180178;STB=0.512814;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00630707;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:55:57:38:39:0.40625:18:20:28:27:19:20:28:29 chr12 52938364 . T C 1557.17 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.137;QD=59.8913;RBI=0.02947;REFB=0;REVB=0.0201265;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64501e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:52:49:0:0:55:49:0:0 chr12 52938497 . A C 255.71 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7458;QD=51.1419;RBI=0.142228;REFB=0;REVB=-0.031;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153644;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:10:10:0:0 chr12 52939407 . AGAGG AG,AGAGA,ATAAG 625.04 PASS AF=0.767442,0.162791,0.0697674;AO=31,5,3;DP=40;FAO=33,7,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1,3;FSAR=21,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189706,-0.003379,-0.0450472;FXX=0;HRUN=1,2,1;LEN=3,1,3;MLLD=203.036,25.9891,102.335;QD=58.1436;RBI=0.0372246,0.0281299,0.052971;REFB=0,0,0;REVB=0.0320279,-0.0279262,0.0278688;RO=0;SAF=11,1,3;SAR=20,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00412804,0.00106148,0.0418843;OID=.,.,.;OPOS=52939408,52939411,52939408;OREF=GAG,G,GAG;OALT=-,A,TAA;OMAPALT=AG,AGAGA,ATAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.767442,0.162791,0.0697674:31,5,3:40:33,7,3:43:0:12,1,3:21,6,0:0:0:43:0:11,1,3:20,4,0:0:0 chr12 52943144 . G A 1255.89 PASS AF=1;AO=80;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6793;QD=56.4447;RBI=0.200312;REFB=0;REVB=0.0252466;RO=9;SAF=33;SAR=47;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195739;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:9:0:80:89:1:47:33:9:0:47:42:0:0 chr12 52965173 . T G 431.02 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00455669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.536;QD=17.5926;RBI=0.0153071;REFB=-0.00431383;REVB=-0.0146131;RO=52;SAF=30;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111479;STB=0.565143;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0034137;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:44:44:0.44898:14:30:30:22:14:30:31:23 chr12 52965722 . T C 293.65 PASS AF=0.428571;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00350005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.336;QD=15.2545;RBI=0.0141031;REFB=-0.0276731;REVB=-0.0136619;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047492;STB=0.517617;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0328929;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:44:32:33:0.428571:19:13:19:23:19:14:20:24 chr12 52965761 . C T 1306.0 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.668;QD=60.7442;RBI=0.0418059;REFB=-0.0285142;REVB=0.0361715;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000999983;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:0:1:85:85:0.988372:44:41:0:0:44:41:1:0 chr12 52965782 . T C 341.77 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.063786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7845;QD=15.8963;RBI=0.0966707;REFB=-0.00548561;REVB=-0.07264;RO=49;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254492;STB=0.64318;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00484997;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:23:14:31:18:23:14:31:18 chr12 52966390 . A T 324.48 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000510883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.248;QD=19.6654;RBI=0.0237803;REFB=-0.0196164;REVB=0.0237748;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516512;STB=0.528708;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0194599;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:16:16:19:15:16:16 chr12 52966428 . G C 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0107833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.923;QD=17.9428;RBI=0.0129938;REFB=-0.00591514;REVB=0.00724979;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836955;STB=0.546942;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00527297;OID=.;OPOS=52966428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:14:15:17:11:14:15 chr12 52985293 . A G 394.22 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0316038;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3309;QD=12.8203;RBI=0.0732233;REFB=-0.0132751;REVB=-0.0660519;RO=75;SAF=28;SAR=19;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112207;STB=0.559974;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0183304;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:19:28:37:38:19:28:38:38 chr12 52986187 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0110518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.713;QD=14.4116;RBI=0.0185337;REFB=-0.00966803;REVB=0.0148781;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787827;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0142735;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:9:9:11:15:9:9:13:15 chr12 52992812 . T C 244.5 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0127128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0939;QD=9.14004;RBI=0.0202402;REFB=-0.00274908;REVB=0.0157496;RO=74;SAF=21;SAR=12;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851019;STB=0.549969;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00649905;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:74:74:33:33:0.308411:12:21:42:32:12:21:42:32 chr12 52994955 . G A 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0190662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.612;QD=22.5981;RBI=0.0265044;REFB=-0.00818632;REVB=0.0184109;RO=20;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928144;STB=0.551681;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00622006;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:8:15:15:5:8:15:15:5 chr12 53003082 . C T 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0145169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.932;QD=18.4984;RBI=0.0252343;REFB=-0.00515777;REVB=-0.0206404;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721968;STB=0.54051;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00472289;OID=.;OPOS=53003082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:9:18:16:11:9:18:16:11 chr12 53008372 . C T 458.98 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.00573415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.281;QD=18.3592;RBI=0.0155894;REFB=0.00855121;REVB=-0.0144965;RO=54;SAF=26;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813953;STB=0.545435;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.00975528;OID=.;OPOS=53008372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:20:26:26:28:20:26:26:28 chr12 53011955 . G A 730.23 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=139;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.00128485;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.159;QD=21.1662;RBI=0.0161827;REFB=0.00194003;REVB=0.0161317;RO=65;SAF=36;SAR=35;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810691;STB=0.550998;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00201863;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:65:67:71:71:0.514493:35:36:39:26:35:36:41:26 chr12 53045615 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0157896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.776;QD=8.69805;RBI=0.0288727;REFB=-0.0106512;REVB=-0.0241727;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.693879;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00288445;OID=.;OPOS=53045615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:6:8:2:5:6:8 chr12 53045626 . T C 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.466;QD=51.9112;RBI=0.0107805;REFB=0;REVB=0.00573616;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0786e-05;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr12 53069014 . T C 309.56 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0403776;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0217;QD=16.081;RBI=0.0404271;REFB=-0.022375;REVB=-0.00199841;RO=42;SAF=27;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293873;STB=0.662784;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0465045;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:42:43:34:34:0.441558:7:27:23:19:7:27:24:19 chr12 53070121 . T G 953.79 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9646;QD=58.6947;RBI=0.0602569;REFB=0;REVB=-0.0415134;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01534e-05;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr12 53070145 . G A 248.63 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0369933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0719;QD=15.0682;RBI=0.0374971;REFB=-0.0138755;REVB=-0.0061265;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037685;STB=0.51308;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0213329;OID=.;OPOS=53070145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:14:15:20:16:14:15:20:17 chr12 53085089 . T C 501.8 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=59.035;RBI=0.0273311;REFB=0;REVB=-0.000932122;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97476e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:25:9:0:0 chr12 53086645 . G A 465.31 PASS AF=0.472727;AO=49;DP=109;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0278443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.255;QD=16.9205;RBI=0.0472183;REFB=-0.0379864;REVB=0.0381347;RO=58;SAF=29;SAR=20;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073804;STB=0.531903;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0459636;OID=.;OPOS=53086645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:58:58:49:52:0.472727:20:29:30:28:22:30:30:28 chr12 53088484 . C T 437.92 PASS AF=0.47;AO=45;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0104333;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6626;QD=17.5167;RBI=0.0212443;REFB=-0.0252543;REVB=-0.0185059;RO=52;SAF=29;SAR=16;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144036;STB=0.571018;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0281016;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:53:45:47:0.47:16:29:26:26:17:30:27:26 chr12 53090190 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0127972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4942;QD=16.4437;RBI=0.0828312;REFB=-0.0253095;REVB=-0.0818367;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156462;STB=0.589653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0323679;OID=.;OPOS=53090190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:15:12:12:8:15:12 chr12 53091566 . C A 561.9 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00703806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.709;QD=16.287;RBI=0.0109134;REFB=-0.0176665;REVB=-0.00834069;RO=78;SAF=41;SAR=19;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033917;STB=0.518981;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.030896;OID=.;OPOS=53091566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:78:78:60:60:0.434783:19:41:51:27:19:41:51:27 chr12 53096913 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.664;QD=42.1826;RBI=0.00115846;REFB=0;REVB=0.00115846;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71041e-06;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr12 53162773 . A G 726.61 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5387;QD=63.1838;RBI=0.0862868;REFB=0;REVB=-0.0183856;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072969;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:21:25:0:0 chr12 53164848 . G A 890.74 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0084469;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.812;QD=53.9843;RBI=0.0111616;REFB=-0.0941015;REVB=-0.00729597;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230263;STB=0.518067;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0027078;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:23:40:2:0:23:40:3:0 chr12 53165940 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.057;QD=57.5449;RBI=0.0349521;REFB=0;REVB=-0.00273649;RO=0;SAF=46;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66608e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147518;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:12:46:0:0:12:46:0:0 chr12 53186088 . G C 400.76 PASS AF=0.506173;AO=37;DP=84;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0153607;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.907;QD=19.7908;RBI=0.0241956;REFB=-0.0137235;REVB=-0.0186943;RO=40;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822794;STB=0.567015;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0120681;OID=.;OPOS=53186088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:40:40:37:41:0.506173:18:19:17:23:18:23:17:23 chr12 53186122 . G A 782.18 PASS AF=0.966102;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0564579;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.006;QD=53.029;RBI=0.0579615;REFB=-0.121166;REVB=0.0131164;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.520826;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00144461;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:59:0:2:54:57:0.966102:21:33:0:0:23:34:0:2 chr12 53204614 . C G,T 953.05 PASS AF=0.0434783,0.942029;AO=3,62;DP=67;FAO=3,65;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=2,27;FSAR=1,38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00318658,0.0250693;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.869,157.627;QD=55.2495;RBI=0.00430087,0.0360148;REFB=-0.152106,-0.0877092;REVB=-0.00288847,0.0258571;RO=0;SAF=2,27;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.46408e-08;STB=0.59939,0.509088;STBP=0.681,0.319;TYPE=snp,snp;VARB=0.11843,0.000599044;OID=.,.;OPOS=53204614,53204614;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:67:69:0:1:3,62:3,65:0.0434783,0.942029:1,35:2,27:0:0:1,38:2,27:1:0 chr12 53217701 . C A 205.85 PASS AF=0.42;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0258745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.08;QD=16.4681;RBI=0.0265085;REFB=-0.000820566;REVB=0.00576276;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258145;STB=0.65593;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000996056;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:29:20:21:0.42:12:8:19:10:13:8:19:10 chr12 53227803 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0077885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8608;QD=22.3409;RBI=0.0623037;REFB=-0.00254208;REVB=-0.061815;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899025;STB=0.505045;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00116359;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:3:11:14:4:3:11 chr12 53242440 . A G 285.08 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0040686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7458;QD=12.8126;RBI=0.0175014;REFB=-0.0398227;REVB=-0.0170219;RO=52;SAF=20;SAR=13;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110847;STB=0.534062;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0446319;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:56:33:33:0.370787:13:20:31:21:13:20:31:25 chr12 53294381 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.203;QD=55.0986;RBI=0.0241717;REFB=0;REVB=0.00319831;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115396;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr12 53343460 . CA AC,CAC 569.95 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=5,45;DP=62;FAO=2,60;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,36;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608667,0.0808896;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=9.78332,12.9063;QD=36.771;RBI=0.0629216,0.116226;REFB=0,0;REVB=-0.0159494,-0.0834585;RO=8;SAF=5,23;SAR=0,22;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.138521;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0354514,0.00748049;OID=.,.;OPOS=53343460,53343462;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:62:62:8:0:5,45:2,60:0.0322581,0.967742:0,22:5,23:8:0:0,24:2,36:0:0 chr12 53433089 . C A 2073.04 PASS AF=0.971223;AO=135;DP=140;FAO=135;FDP=139;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00753703;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.009;QD=59.6558;RBI=0.0562837;REFB=-0.179029;REVB=0.0557768;RO=3;SAF=53;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170715;STB=0.504309;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00143402;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:139:3:4:135:135:0.971223:82:53:0:3:82:53:1:3 chr12 53433486 . C T 756.08 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271673;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.012;QD=57.0628;RBI=0.0273544;REFB=0;REVB=0.0031939;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71142e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr12 53451849 . G C 309.62 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0262654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.71;QD=21.3532;RBI=0.0265482;REFB=-0.0193273;REVB=-0.00386447;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354459;STB=0.520595;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0149179;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:31:32:0.551724:16:15:11:14:17:15:11:15 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 198.87 PASS AF=0.390805;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-5.01153e-05;FXX=0.0744602;HRUN=2;LEN=11;MLLD=307.468;QD=9.14353;RBI=0.00166554;REFB=-0.0195997;REVB=0.00166478;RO=32;SAF=30;SAR=2;SRF=27;SRR=5;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=0.259254;STB=0.691108;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.0324035;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:32:83:34:87:53:30:4:37:16:99:32:30:2:27:5 chr12 53453413 . C CG 58.45 PASS AF=0.143345;AO=51;DP=335;FAO=42;FDP=293;FR=.;FRO=251;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=111;FSRR=140;FWDB=-0.018186;FXX=0.036183;HRUN=0;LEN=1;MLLD=131.009;QD=0.797929;RBI=0.0384916;REFB=-0.00126636;REVB=-0.0339245;RO=274;SAF=42;SAR=9;SRF=138;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437603;STB=0.878606;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.105519;OID=.;OPOS=53453414;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.143345:51:335:42:293:251:37:5:111:140:58:274:42:9:138:136 chr12 53453456 . C T 1155.91 PASS AF=0.477551;AO=114;DP=243;FAO=117;FDP=245;FR=.;FRO=128;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=-0.00736579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.785;QD=18.872;RBI=0.00737836;REFB=-0.0265293;REVB=-0.00043067;RO=124;SAF=57;SAR=57;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228761;STB=0.510393;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0268436;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:124:128:114:117:0.477551:57:57:65:59:59:58:66:62 chr12 53456619 . C T 124.69 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0378698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0946;QD=21.6845;RBI=0.0686735;REFB=-0.00336989;REVB=-0.0572882;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845065;STB=0.522355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00843177;OID=.;OPOS=53456619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:23:7:9:13:14:0.608696:4:9:4:3:4:10:6:3 chr12 53457618 . C T 354.67 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0953798;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.894;QD=16.1214;RBI=0.0953945;REFB=-0.003741;REVB=0.00167379;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533279;STB=0.530032;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00511551;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:50:50:38:38:0.431818:21:17:25:25:21:17:25:25 chr12 53458391 . G A 716.03 PASS AF=0.447674;AO=77;DP=172;FAO=77;FDP=172;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=0.00693587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.581;QD=16.6518;RBI=0.00704236;REFB=-0.00463614;REVB=-0.00122007;RO=94;SAF=39;SAR=38;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080052;STB=0.541329;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00695886;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:94:95:77:77:0.447674:38:39:40:54:38:39:41:54 chr12 53458589 . C T 87.54 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0114115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.151;QD=15.9162;RBI=0.059705;REFB=-0.01999;REVB=0.0586043;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55037;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0318017;OID=.;OPOS=53458589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:21:22:10:11:10:11:0.5:3:7:7:3:4:7:8:3 chr12 53459101 . G A 450.06 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0174899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.621;QD=14.5181;RBI=0.0348703;REFB=-0.0164663;REVB=0.0301669;RO=72;SAF=29;SAR=22;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030475;STB=0.512285;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0222065;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:73:51:51:0.41129:22:29:43:29:22:29:43:30 chr12 53509339 . GC TT 400.82 PASS AF=0.512195;AO=35;DP=74;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0266728;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.649;QD=19.552;RBI=0.0561406;REFB=-0.0383485;REVB=0.0493997;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296891;STB=0.596265;STBP=0.085;TYPE=mnp;VARB=0.0344102;OID=.;OPOS=53509339;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:82:39:40:35:42:0.512195:22:13:27:12:22:20:27:13 chr12 53509933 . C T 510.07 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00307131;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.659;QD=15.2261;RBI=0.00308327;REFB=-0.0215632;REVB=-0.000271406;RO=76;SAF=31;SAR=25;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821316;STB=0.546166;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0292739;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:76:78:56:56:0.41791:25:31:36:40:25:31:37:41 chr12 53551724 . A G 465.86 PASS AF=0.427419;AO=50;DP=122;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0400965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.312;QD=15.0276;RBI=0.0401272;REFB=-0.00390428;REVB=-0.0015687;RO=70;SAF=23;SAR=27;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188156;STB=0.58176;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00493555;OID=.;OPOS=53551724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:124:70:71:50:53:0.427419:27:23:45:25:27:26:45:26 chr12 53586633 . G A 405.38 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.053676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6732;QD=25.3365;RBI=0.0587221;REFB=-0.0261403;REVB=0.0238154;RO=24;SAF=18;SAR=21;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113481;STB=0.569343;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0184344;OID=.;OPOS=53586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:25:39:39:0.609375:21:18:15:9:21:18:16:9 chr12 53604768 . A G 74.7 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00282112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.359;QD=15.7259;RBI=0.0105525;REFB=-0.00971574;REVB=-0.0101684;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521695;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0203969;OID=.;OPOS=53604768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:5:4:4:5:6:4:4:5 chr12 53647373 . T C 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00572014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.124;QD=12.7981;RBI=0.0584005;REFB=-0.00882992;REVB=-0.0581197;RO=41;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781992;STB=0.544971;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0114418;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:9:17:24:17:9:17:24:17 chr12 53662624 . C A 1181.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240001;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.517;QD=59.8379;RBI=0.0266727;REFB=-0.13105;REVB=0.0116375;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976018;STB=0.505153;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000320091;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:30:48:1:0:30:48:1:0 chr12 53670545 . C A 495.36 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=105;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.00571271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.859;QD=18.5183;RBI=0.0206297;REFB=-0.000568795;REVB=-0.019823;RO=53;SAF=37;SAR=15;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552126;STB=0.541249;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00110505;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:53:54:52:53:0.495327:15:37:35:18:15:38:35:19 chr12 53671005 . G A 205.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0177137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2012;QD=17.1567;RBI=0.020849;REFB=-0.0320145;REVB=0.0109958;RO=27;SAF=18;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.666481;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0412752;OID=.;OPOS=53671005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:3:18:18:9:3:18:18:9 chr12 53681883 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.838;QD=60.9781;RBI=0.00489119;REFB=0;REVB=-0.000899639;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42411e-05;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr12 53682326 . G A 1036.66 PASS AF=0.507614;AO=100;DP=197;FAO=100;FDP=197;FR=.;FRO=97;FSAF=71;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.0693626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0914;QD=21.0489;RBI=0.0927702;REFB=-0.00689846;REVB=0.0616047;RO=85;SAF=71;SAR=29;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394729;STB=0.563413;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00495295;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:85:97:100:100:0.507614:29:71:57:28:29:71:58:39 chr12 53682457 . G A 996.37 PASS AF=0.580247;AO=94;DP=161;FAO=94;FDP=162;FR=.;FRO=68;FSAF=78;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.000345601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.885;QD=24.6018;RBI=0.0226824;REFB=-0.00901074;REVB=0.0226798;RO=67;SAF=78;SAR=16;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21352;STB=0.622877;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00756281;OID=.;OPOS=53682457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:67:68:94:94:0.580247:16:78:43:24:16:78:43:25 chr12 53682986 . C T 409.08 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0118595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.416;QD=23.3758;RBI=0.0120402;REFB=-0.0398697;REVB=0.00207794;RO=30;SAF=29;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055326;STB=0.530472;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0220695;OID=.;OPOS=53682986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:11:29:20:10:11:29:20:10 chr12 53686703 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2062;QD=61.6777;RBI=0.12425;REFB=0;REVB=0.109274;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134946;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr12 53693532 . AA GC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257815;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.675;QD=47.8224;RBI=0.0292686;REFB=0;REVB=0.0138553;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000266789;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr12 53700848 . C T 2193.18 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=138;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2537;QD=62.2179;RBI=0.0345307;REFB=-0.0979597;REVB=0.0214732;RO=0;SAF=90;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.97766e-08;STB=0.502762;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000612057;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:138:141:0:1:137:140:0.992908:47:90:0:0:50:90:1:0 chr12 53700860 . A G 2317.66 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00477141;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.71;QD=63.0657;RBI=0.0717578;REFB=0.0447004;REVB=0.071599;RO=1;SAF=94;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503296;STB=0.502645;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-8.52671e-06;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:52:94:1:0:52:94:1:0 chr12 53703021 . G A 838.04 PASS AF=0.911765;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0525228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2975;QD=49.2967;RBI=0.0549308;REFB=-0.123444;REVB=-0.0160857;RO=5;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07473;STB=0.532248;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0125476;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:68:68:5:6:62:62:0.911765:29:33:0:5:29:33:1:5 chr12 53709191 . C A 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00687812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.124;QD=9.59902;RBI=0.0114377;REFB=-0.0130729;REVB=0.00913852;RO=37;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173819;STB=0.604188;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0284038;OID=.;OPOS=53709191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:12:5:16:21:12:5:16:21 chr12 53722098 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.786;QD=57.0002;RBI=0.0424704;REFB=0;REVB=-0.0400612;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76854e-05;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr12 53722128 . G A 624.24 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.201295;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.252;QD=59.4517;RBI=0.212014;REFB=-0.0991034;REVB=0.0665609;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0160823;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:23:18:0:1:23:18:0:1 chr12 53777171 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0222753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.258;QD=16.5275;RBI=0.0229274;REFB=-0.0220104;REVB=0.00542936;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136082;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0251389;OID=.;OPOS=53777171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:10:15:17:12:10:15:17:12 chr12 53807907 . CAG C 208.03 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.01288;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.753;QD=14.104;RBI=0.0141855;REFB=-0.00350815;REVB=-0.00594421;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318667;STB=0.655509;STBP=0.046;TYPE=del;VARB=0.00420109;OID=.;OPOS=53807908;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:24:61:25:59:34:10:15:23:11:99:33:9:15:23:10 chr12 54067544 . A G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0576;QD=51.1751;RBI=0.0517667;REFB=0;REVB=0.0389296;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143512;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr12 54109733 . A G 2894.79 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172182;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2274;QD=62.9302;RBI=0.0480753;REFB=0;REVB=-0.0448861;RO=0;SAF=100;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05406e-05;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:185:184:0:0:183:184:1:83:100:0:0:83:101:0:0 chr12 54340077 . G A 2045.82 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.247;QD=62.4678;RBI=0.00373902;REFB=0;REVB=-0.000274529;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14158e-06;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:52:78:0:0:52:79:0:0 chr12 54367061 . T G 1405.3 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.341;QD=62.458;RBI=0.0359865;REFB=0;REVB=0.0195618;RO=0;SAF=65;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001411;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:24:65:0:0:25:65:0:0 chr12 54369663 . AC ACTA,TA 32.97 PASS AF=0.133333,0.0666667;AO=4,2;DP=31;FAO=4,2;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3,2;FSAR=1,0;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.00929823,-0.00821383;FXX=0.0322477;HRUN=2,1;LEN=2,2;MLLD=266.647,134.036;QD=4.39607;RBI=0.00994881,0.00914986;REFB=-0.0045661,-0.00263877;REVB=0.00353863,-0.00403149;RO=25;SAF=3,2;SAR=1,0;SRF=4;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.619354,0.69213;STB=0.915574,0.998075;STBP=0.442,0.006;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0288562,0.00218199;OID=.,.;OPOS=54369665,54369663;OREF=-,AC;OALT=TA,TA;OMAPALT=ACTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:31:30:25:24:4,2:4,2:0.133333,0.0666667:1,0:3,2:4:21:1,0:3,2:3:21 chr12 54369666 . TT GG,TTGCCCCACTACTTTAGGGG 289.84 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,11;DP=35;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000898703,0.032129;FXX=0.399886;HRUN=2,1;LEN=2,18;MLLD=158.414,349.61;QD=55.2068;RBI=0.009299,0.0432953;REFB=0,0;REVB=0.00925547,0.0290209;RO=6;SAF=3,0;SAR=0,11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804025,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0335056,0.00556126;OID=.,.;OPOS=54369666,54369668;OREF=TT,-;OALT=GG,GCCCCACTACTTTAGGGG;OMAPALT=GG,TTGCCCCACTACTTTAGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:35:21:6:0:3,11:3,18:0.142857,0.857143:0,11:3,0:0:6:0,15:3,3:0:0 chr12 54385599 . C T 1415.35 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.125;QD=62.9042;RBI=0.0278471;REFB=0;REVB=0.0271115;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37356e-05;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:56:34:0:0:56:34:0:0 chr12 54496166 . G T 414.49 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0185335;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.492;QD=21.2558;RBI=0.0250701;REFB=-0.00299047;REVB=-0.0168826;RO=37;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772525;STB=0.542635;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00317864;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:37:37:41:41:0.525641:18:23:24:13:18:23:24:13 chr12 54496219 . A G 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0313856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.942;QD=17.5646;RBI=0.031623;REFB=-0.00327376;REVB=0.00386698;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119102;STB=0.566434;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00305739;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:14:18:24:11:14:18:24:11 chr12 54799450 . A G 779.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121632;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.446;QD=63.6346;RBI=0.018527;REFB=0;REVB=0.0139752;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543954;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:20:29:0:0 chr12 54905815 . C G 992.51 PASS AF=0.946667;AO=67;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.13396;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.422;QD=52.9341;RBI=0.134268;REFB=-0.157793;REVB=0.00909643;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022494;STB=0.521271;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00183284;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:2:4:67:71:0.946667:26:41:2:0:26:45:4:0 chr12 54911426 . C T 330.17 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=82;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.006974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4447;QD=15.7222;RBI=0.01537;REFB=-0.0314202;REVB=-0.0136967;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328269;STB=0.519989;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.030714;OID=.;OPOS=54911426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:48:35:36:0.428571:19:16:23:24:20:16:23:25 chr12 54970454 . T C 361.17 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=-0.0357773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2379;QD=12.0389;RBI=0.0513694;REFB=-0.0335263;REVB=-0.0368619;RO=74;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594836;STB=0.524989;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0362076;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:76:44:44:0.366667:22:22:33:41:22:22:35:41 chr12 54972992 . T C 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0418258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3363;QD=14.6645;RBI=0.0869185;REFB=-0.00323285;REVB=-0.0761934;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30926;STB=0.683919;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00486127;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:13:2:7:14:13:2:7:14 chr12 54973623 . T C 1264.59 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.798;QD=61.6871;RBI=0.0242454;REFB=0;REVB=-0.0136417;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70964e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr12 54974667 . C G 1024.7 PASS AF=0.449153;AO=106;DP=238;FAO=106;FDP=236;FR=.;FRO=130;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=88;FSRR=42;FWDB=-0.00167275;FXX=0.020746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.709;QD=17.3679;RBI=0.0458484;REFB=-0.00499025;REVB=0.0458178;RO=119;SAF=64;SAR=42;SRF=79;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611022;STB=0.542849;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00675952;OID=.;OPOS=54974667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:236:119:130:106:106:0.449153:42:64:79:40:42:64:88:42 chr12 54975837 . T C 2636.4 PASS AF=0.931937;AO=177;DP=189;FAO=178;FDP=191;FR=.;FRO=13;FSAF=52;FSAR=126;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0623873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4797;QD=55.2127;RBI=0.0655238;REFB=-0.108657;REVB=-0.0200298;RO=10;SAF=52;SAR=125;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368615;STB=0.532047;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0070242;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:189:191:10:13:177:178:0.931937:125:52:6:4:126:52:9:4 chr12 55248357 . G T 573.28 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0949531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.05;QD=22.7042;RBI=0.0955376;REFB=-0.0233835;REVB=0.0105515;RO=42;SAF=30;SAR=26;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936749;STB=0.508894;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0184947;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:42:45:56:56:0.554455:26:30:22:20:26:30:25:20 chr12 55250612 . A G 1218.84 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.113;QD=58.7394;RBI=0.0254724;REFB=-0.029593;REVB=0.0177848;RO=2;SAF=47;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019722;STB=0.510414;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00225156;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:34:47:2:0:34:47:2:0 chr12 55344024 . G A 1825.7 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242934;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6533;QD=61.3681;RBI=0.0694744;REFB=0;REVB=0.0650886;RO=0;SAF=80;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304712;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:39:80:0:0:39:80:0:0 chr12 55344133 . C G 2612.33 PASS AF=0.982759;AO=171;DP=174;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0174008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.213;QD=60.0535;RBI=0.0188813;REFB=-0.0217652;REVB=-0.00732911;RO=3;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016692;STB=0.508771;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00106114;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:174:174:3:3:171:171:0.982759:84:87:0:3:84:87:0:3 chr12 55355033 . C T 2007.63 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.951;QD=62.252;RBI=0.0513657;REFB=0;REVB=-0.0213377;RO=0;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316309;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:53:76:0:0:53:76:0:0 chr12 55368245 . G A 3668.34 PASS AF=0.979253;AO=236;DP=241;FAO=236;FDP=241;FR=.;FRO=5;FSAF=147;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0363274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.353;QD=60.8854;RBI=0.0403095;REFB=0.00185558;REVB=0.0174692;RO=2;SAF=147;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209349;STB=0.503918;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=1.76417e-05;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:241:241:2:5:236:236:0.979253:89:147:1:1:89:147:4:1 chr12 55421114 . T C 228.96 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0231777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4741;QD=23.4827;RBI=0.0622009;REFB=-0.0790784;REVB=0.0577213;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137421;STB=0.518851;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0438172;OID=.;OPOS=55421114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:9:12:10:7:10:12:10:7 chr12 55421250 . C T 437.73 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0412402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.689;QD=24.3185;RBI=0.0452042;REFB=-0.0115833;REVB=0.018511;RO=29;SAF=24;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117709;STB=0.571395;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00750478;OID=.;OPOS=55421250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:30:42:42:0.583333:18:24:12:17:18:24:12:18 chr12 55421299 . C A 348.87 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0275628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7252;QD=22.8768;RBI=0.0484667;REFB=0.0197315;REVB=-0.0398662;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432985;STB=0.506088;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.01619;OID=.;OPOS=55421299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:26:35:35:0.57377:18:17:12:13:18:17:13:13 chr12 55688267 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00401234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.497;QD=18.6412;RBI=0.0267759;REFB=-0.00114507;REVB=-0.0264736;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607617;STB=0.534196;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00128901;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:15:11:9:16:15:11 chr12 55714772 . G A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0122572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.383;QD=17.7303;RBI=0.0162411;REFB=0.00378818;REVB=-0.0106553;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350876;STB=0.519977;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00448255;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:5:14:12:5:5:14 chr12 55714876 . C G 248.66 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.015146;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2943;QD=16.0427;RBI=0.0241643;REFB=-0.00910452;REVB=0.0188284;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983468;STB=0.555516;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0117447;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:16:18:12:16:16:18 chr12 55715119 . G A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0072129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.158;QD=7.86317;RBI=0.0126283;REFB=-0.00748119;REVB=-0.0103657;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897825;STB=0.521703;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0208011;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:11:12:0.26087:6:5:18:16:6:6:18:16 chr12 55725746 . A T 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00943017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.819;QD=14.6053;RBI=0.00944628;REFB=-0.0172212;REVB=0.000551459;RO=49;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296384;STB=0.516812;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0225246;OID=.;OPOS=55725746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:15:19:26:23:15:19:26:23 chr12 55794976 . A G 379.66 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00680099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.523;QD=22.0092;RBI=0.0264839;REFB=-0.0269032;REVB=0.0255958;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706899;STB=0.534395;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0174953;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:31:38:38:0.550725:15:23:20:9:15:23:21:10 chr12 55805864 . T A 752.63 PASS AF=0.490566;AO=77;DP=160;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0153648;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.039;QD=18.934;RBI=0.0154255;REFB=-0.00807468;REVB=-0.00136702;RO=81;SAF=32;SAR=45;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965794;STB=0.555831;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00804327;OID=.;OPOS=55805864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:81:81:77:78:0.490566:45:32:42:39:46:32:42:39 chr12 55806238 . A G 594.65 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0114993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.363;QD=22.2298;RBI=0.0234749;REFB=-0.0290215;REVB=-0.0204655;RO=48;SAF=37;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124769;STB=0.568463;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0274349;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:22:37:23:25:22:37:23:25 chr12 55806437 . T C 353.07 PASS AF=0.338462;AO=43;DP=129;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0124521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.834;QD=10.8636;RBI=0.0199759;REFB=-0.0026386;REVB=0.0156199;RO=86;SAF=23;SAR=20;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173479;STB=0.591342;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0042431;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:86:86:43:44:0.338462:20:23:33:53:21:23:33:53 chr12 55806558 . A G 307.72 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0115328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7897;QD=16.4118;RBI=0.014926;REFB=-0.0320931;REVB=0.00947516;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456975;STB=0.525676;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0298797;OID=.;OPOS=55806558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:20:21:19:15:20:21 chr12 55806629 . G C 234.81 PASS AF=0.365854;AO=28;DP=79;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.062398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4764;QD=11.454;RBI=0.0651725;REFB=0.0133493;REVB=-0.0188133;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116039;STB=0.578554;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0381565;OID=.;OPOS=55806629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:51:52:28:30:0.365854:15:13:29:22:17:13:29:23 chr12 55807493 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00103129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.512;QD=17.6173;RBI=0.00829179;REFB=-0.0274231;REVB=0.0082274;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204813;STB=0.615667;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0255609;OID=.;OPOS=55807493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:16:11:15:9:16:11 chr12 55808469 . C G 1662.92 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6398;QD=59.9249;RBI=0.0496898;REFB=0;REVB=-0.0411723;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591662;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:57:51:0:0:60:51:0:0 chr12 55820121 . C T 1188.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8948;QD=60.9637;RBI=0.0343974;REFB=0;REVB=-0.00215589;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289554;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:1:0:76:78:1:35:41:0:1:36:42:0:0 chr12 55863224 . C G 368.48 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0487387;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6903;QD=21.6751;RBI=0.0603367;REFB=-0.0151609;REVB=-0.0355677;RO=31;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168076;STB=0.593029;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00902662;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:31:37:37:0.544118:24:13:17:14:24:13:17:14 chr12 55863381 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6808;QD=44.6894;RBI=0.0578419;REFB=0;REVB=-0.0547661;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00340532;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr12 55863537 . C T 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00156361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.953;QD=12.7307;RBI=0.0327362;REFB=-0.00988765;REVB=-0.0326988;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0216012;OID=.;OPOS=55863537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:4:5:8:3:4:5:8:4 chr12 55886294 . G A 179.72 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0542241;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0504;QD=21.1432;RBI=0.0614984;REFB=-0.0106466;REVB=-0.0290137;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247756;STB=0.625723;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00841743;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:14:16:18:18:0.529412:8:10:12:2:8:10:13:3 chr12 55886379 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0233739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.483;QD=10.1407;RBI=0.023374;REFB=0.00255633;REVB=7.93416e-05;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.526275;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00475829;OID=.;OPOS=55886379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:14:14:7:6:14:14 chr12 55886486 . G GA 312.09 PASS AF=0.581081;AO=8;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00331028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.3877;QD=16.8698;RBI=0.0482183;REFB=0.0136165;REVB=-0.0481046;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322347;STB=0.56815;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=-0.0120495;OID=.;OPOS=55886487;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581081:8:74:43:74:31:18:25:18:13:99:65:2:6:34:31 chr12 55886489 . T A 336.84 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0161513;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.1435;QD=17.4983;RBI=0.0283457;REFB=-0.0390642;REVB=0.0232941;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647005;STB=0.536212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0762998;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:20:16:21:20:20:16:21:20 chr12 55945119 . A G 809.94 PASS AF=1;AO=42;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.232;QD=64.7954;RBI=0.0790027;REFB=0;REVB=0.0530188;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269277;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:42:50:1:24:18:0:0:24:26:0:0 chr12 55945258 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00252767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.39;QD=11.9536;RBI=0.0107237;REFB=-0.00414397;REVB=0.0104215;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32983;STB=0.695742;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00313662;OID=.;OPOS=55945258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:3:8:3:5:3:8 chr12 55945856 . A G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0343695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.195;QD=9.85808;RBI=0.0347801;REFB=-0.0233579;REVB=-0.00532849;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180958;STB=0.608534;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0368088;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:18:11:7:6:18:11 chr12 56030938 . C T 373.79 PASS AF=0.4;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0415855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.573;QD=13.5924;RBI=0.0421519;REFB=-0.0116851;REVB=-0.00688684;RO=64;SAF=16;SAR=28;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194862;STB=0.601977;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0135119;OID=.;OPOS=56030938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:66:44:44:0.4:28:16:35:29:28:16:35:31 chr12 56031273 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0279632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.348;QD=14.1953;RBI=0.0283871;REFB=0.016349;REVB=-0.0048877;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803326;STB=0.5467;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0212544;OID=.;OPOS=56031273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:12:10:8:7:12:10 chr12 56031611 . A G 79.24 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00937556;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9425;QD=39.6183;RBI=0.0902089;REFB=0;REVB=-0.0897203;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00710156;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr12 56089357 . C T 1809.97 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983702;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.415;QD=61.3549;RBI=0.0986795;REFB=0;REVB=0.00780587;RO=0;SAF=62;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10984e-05;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:56:62:0:0:56:62:0:0 chr12 56115585 . C T 256.98 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00593219;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.867;QD=17.4223;RBI=0.00799066;REFB=-0.0183574;REVB=-0.00535348;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327601;STB=0.522372;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0191207;OID=.;OPOS=56115585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:31:28:28:0.474576:12:16:17:11:12:16:19:12 chr12 56236531 . A G 3120.19 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8516;QD=63.6774;RBI=0.086384;REFB=0;REVB=0.0702047;RO=0;SAF=143;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017332;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:184:196:0:0:184:196:1:41:143:0:0:44:152:0:0 chr12 56295733 . TA T,TG 253.26 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,17;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582792,0.051311;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.834,149.64;QD=50.6511;RBI=0.0590626,0.0746224;REFB=0,0;REVB=0.00958778,0.0541819;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0193305,0.00133052;OID=.,.;OPOS=56295734,56295734;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,17:20:1,19:20:0:1,4:0,15:0:0:4:0:1,4:2,13:0:0 chr12 56330572 . G A 2062.07 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=137;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175519;FXX=0.0145975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.832;QD=61.0983;RBI=0.051263;REFB=-0.0941629;REVB=0.0481646;RO=0;SAF=48;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000370936;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:135:0:1:132:134:0.992593:84:48:0:0:86:48:1:0 chr12 56335107 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.645;QD=57.2377;RBI=0.0185104;REFB=0;REVB=0.014053;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84201e-05;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr12 56348028 . G A 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.125;QD=61.8111;RBI=0.0561266;REFB=-0.117652;REVB=-0.0119736;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000540433;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:27:22:0:0:27:22:1:0 chr12 56351346 . G A 446.77 PASS AF=0.55;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00176446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.585;QD=22.3383;RBI=0.0191391;REFB=-0.00621814;REVB=-0.0190576;RO=36;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106995;STB=0.562471;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00741659;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:36:43:44:0.55:14:29:20:16:14:30:20:16 chr12 56374695 . G A 1439.81 PASS AF=0.508961;AO=141;DP=279;FAO=142;FDP=279;FR=.;FRO=137;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0225203;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3829;QD=20.6424;RBI=0.0228999;REFB=-0.0144764;REVB=0.0041526;RO=136;SAF=71;SAR=70;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363969;STB=0.51971;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0155275;OID=.;OPOS=56374695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:136:137:141:142:0.508961:70:71:74:62:71:71:74:63 chr12 56388479 . A G 77.73 PASS AF=0.100746;AO=27;DP=280;FAO=27;FDP=268;FR=.,HEALED;FRO=241;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=124;FSRR=117;FWDB=-0.0507428;FXX=0.0428556;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.2833;QD=1.16014;RBI=0.0591561;REFB=-0.0256587;REVB=-0.0304076;RO=161;SAF=14;SAR=13;SRF=70;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106487;STB=0.503594;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.170187;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:280:268:161:241:27:27:0.100746:13:14:70:91:13:14:124:117 chr12 56398454 . G C,T 1130.02 PASS AF=0.432099,0.54321;AO=35,44;DP=81;FAO=35,44;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=22,30;FSAR=13,14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0541484,-0.0102385;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.0883,207.865;QD=55.8036;RBI=0.0944936,0.0259977;REFB=0.0218063,-0.0503855;REVB=-0.0774402,0.0238967;RO=2;SAF=22,30;SAR=13,14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0138465,0.0169789;STB=0.507409,0.509046;STBP=0.769,0.532;TYPE=snp,snp;VARB=0.00816179,0.0129823;OID=.,.;OPOS=56398454,56398454;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:81:81:2:2:35,44:35,44:0.432099,0.54321:13,14:22,30:1:1:13,14:22,30:1:1 chr12 56420725 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 431.18 PASS AF=0.759494,0.0379747;AO=34,4;DP=81;FAO=60,3;FDP=79;FR=.;FRO=16;FSAF=36,3;FSAR=24,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0410949,-0.0278731;FXX=0.0246883;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.6496,112.836;QD=21.8321;RBI=0.0528781,0.0546315;REFB=-0.0715947,0.0254586;REVB=-0.0332761,-0.046986;RO=20;SAF=20,4;SAR=14,0;SRF=12;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00822328,0.617381;STB=0.508194,0.99581;STBP=0.784,0.107;TYPE=del,mnp;VARB=0.0702026,0.107881;OID=.,.;OPOS=56420726,56420730;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.759494,0.0379747:34,4:81:60,3:79:16:36,3:24,0:9:7:59:20:20,4:14,0:12:8 chr12 56435929 . C G 167.64 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0718671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0636;QD=16.7643;RBI=0.07276;REFB=-0.0295608;REVB=0.0113636;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251204;STB=0.643905;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0440512;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:9:13:6:12:9:13 chr12 56494991 . G A 284.29 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0198425;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5822;QD=15.1623;RBI=0.0543839;REFB=-0.0203695;REVB=0.0506348;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163212;STB=0.586614;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0307265;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:43:32:32:0.426667:16:16:15:29:16:16:15:28 chr12 56496751 . GGAA GA,G,GGA,GG 253.04 PASS AF=1,0,0,0;AO=7,4,4,3;DP=29;FAO=28,0,0,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0,0;FSAR=18,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102263,0.0653128,-0.00399102,-0.00277001;FXX=0.0344709;HRUN=4,4,12,12;LEN=2,3,1,2;MLLD=15.0755,13.0168,5.86699,7.34122;QD=36.1484;RBI=0.119712,0.0817287,0.153487,0.0694746;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0622361,-0.0491306,-0.153435,-0.0694194;RO=3;SAF=0,0,4,2;SAR=7,4,0,1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.812474,-0.782218,0,-0.352427;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.00894556,-0.182834,-0.0378918,0;OID=.,.,.,.;OPOS=56496752,56496752,56496753,56496753;OREF=GA,GAA,A,AA;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GA,G,GGA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0,0:7,4,4,3:29:28,0,0,0:28:0:10,0,0,0:18,0,0,0:0:0:5:3:0,0,4,2:7,4,0,1:3:0 chr12 56565183 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0306442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.053;QD=16.4203;RBI=0.0306989;REFB=-0.00792123;REVB=-0.00183179;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153793;STB=0.585901;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00616211;OID=.;OPOS=56565183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:11:18:26:8:11:18:26:8 chr12 56584231 . GTTTT GTGGT,GTTTG,GTT,GTTT 400.56 PASS AF=0.0428571,0.285714,0.671429,0;AO=3,4,10,5;DP=43;FAO=3,20,47,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22,0;FSAR=3,20,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017852,0.0195429,0.203556,0.391945;FXX=0.0277739;HRUN=14,14,14,14;LEN=2,1,2,1;MLLD=143.543,151.366,5.58825,2.97966;QD=22.8892;RBI=0.300715,0.22372,0.919851,1.80302;REFB=0.033546,0.036342,0.092177,0.0590105;REVB=-0.300184,-0.222864,-0.897046,-1.7599;RO=2;SAF=0,0,10,5;SAR=3,4,0,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74993,-0.767801,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0.213513,0.205644,-0.267522,0;OID=.,.,.,.;OPOS=56584233,56584235,56584232,56584232;OREF=TT,T,TT,T;OALT=GG,G,-,-;OMAPALT=GTGGT,GTTTG,GTT,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0428571,0.285714,0.671429,0:3,4,10,5:43:3,20,47,0:70:0:0,0,22,0:3,20,25,0:0:0:99:2:0,0,10,5:3,4,0,0:2:0 chr12 56634827 . A C 145.41 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0139725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.029;QD=16.157;RBI=0.0206313;REFB=-0.0145647;REVB=-0.0151795;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175982;STB=0.589544;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0338348;OID=.;OPOS=56634827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:20:9:16:0.444444:2:7:11:6:9:7:12:8 chr12 56636347 . C CGA 39.2 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.030438;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=2;MLLD=117.566;QD=2.17769;RBI=0.0413336;REFB=-0.00577062;REVB=-0.0279642;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708447;STB=0.514669;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.173981;OID=.;OPOS=56636348;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:8:73:8:72:64:3:5:25:39:39:56:3:5:18:38 chr12 56647911 . G C 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3556;QD=58.7757;RBI=0.0688814;REFB=0;REVB=0.0307066;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198947;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr12 56649601 . A G 3107.52 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.162;QD=61.5351;RBI=0.0735009;REFB=0;REVB=0.047474;RO=0;SAF=94;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73651e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:193:202:0:0:193:202:1:99:94:0:0:103:99:0:0 chr12 56722060 . T G 944.55 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0542436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4729;QD=56.391;RBI=0.0797583;REFB=-0.115042;REVB=0.0584724;RO=1;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010861;STB=0.505745;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00151571;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:43:22:0:1:43:23:0:1 chr12 56815922 . C T 1269.16 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.145;QD=60.4363;RBI=0.0150228;REFB=-0.170325;REVB=-0.00410928;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000684133;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:84:0:1:83:83:0.988095:36:47:0:0:36:47:1:0 chr12 56822378 . T A 594.43 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0193;QD=60.9676;RBI=0.0786956;REFB=0;REVB=0.0734933;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143887;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr12 56825311 . C T 508.44 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00523002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.77;QD=56.4934;RBI=0.0069283;REFB=-0.148194;REVB=-0.00454403;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00185501;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:19:16:0:0:19:16:1:0 chr12 56827618 . C T 187.4 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00653745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.782;QD=16.2955;RBI=0.00830755;REFB=-0.0249351;REVB=-0.00512613;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285815;STB=0.681232;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0505238;OID=.;OPOS=56827618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:26:19:20:0.434783:6:13:10:15:6:14:10:16 chr12 56862886 . T C 787.85 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192218;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.914;QD=57.2983;RBI=0.0505323;REFB=0;REVB=-0.0467337;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129981;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr12 56956213 . T C 937.44 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.909;QD=58.5902;RBI=0.00998567;REFB=0;REVB=0.00241385;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22473e-05;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr12 56989729 . GTT G,GT 190.84 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=8,23;DP=36;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145809,-0.273494;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.26259,6.96729;QD=20.6308;RBI=0.147083,0.275507;REFB=0,0;REVB=-0.0193162,-0.0332473;RO=3;SAF=4,10;SAR=4,13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239249,0.0955253;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0525777,-0.0373028;OID=.,.;OPOS=56989730,56989730;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:8,23:36:1,36:37:0:1,15:0,21:0:0:5:3:4,10:4,13:0:3 chr12 57039080 . C T 217.47 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0226015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.388;QD=11.9164;RBI=0.0226055;REFB=-0.0186714;REVB=-0.000424349;RO=45;SAF=8;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175852;STB=0.596338;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0445711;OID=.;OPOS=57039080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:19:8:20:25:19:8:20:26 chr12 57106660 . A T 976.46 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0414503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6576;QD=57.4386;RBI=0.0475681;REFB=-0.0901219;REVB=-0.0233367;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000400772;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:30:37:0:0:30:37:0:1 chr12 57108203 . A G 1715.23 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2841;QD=59.6601;RBI=0.0411487;REFB=-0.0277451;REVB=-0.0220143;RO=1;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094022;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000298368;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:1:1:114:114:0.991304:50:64:0:1:50:64:0:1 chr12 57109792 . A G 278.09 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530887;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.15;QD=52.9697;RBI=0.0533775;REFB=0;REVB=-0.00554499;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301765;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:6:15:0:0 chr12 57109931 . A T 156.19 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.666;QD=44.6257;RBI=0.0982037;REFB=0;REVB=0.0466834;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834958;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr12 57112637 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.296;QD=33.4285;RBI=0.165574;REFB=0;REVB=0.161183;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444961;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr12 57113567 . G T 365.85 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0351336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6769;QD=21.5208;RBI=0.0534258;REFB=-0.00378587;REVB=-0.0402486;RO=30;SAF=29;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191723;STB=0.6016;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00312562;OID=.;OPOS=57113567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:8:29:18:12:8:29:19:12 chr12 57114100 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149087;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.752;QD=46.0586;RBI=0.0158408;REFB=-0.120049;REVB=-0.00535363;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00136631;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr12 57114307 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.02;QD=56.7058;RBI=0.046186;REFB=0;REVB=-0.0280536;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129758;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr12 57133140 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4084;QD=49.599;RBI=0.0513205;REFB=0;REVB=-0.0369154;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226591;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr12 57137828 . T A 857.11 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236608;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.381;QD=58.1094;RBI=0.0305775;REFB=0;REVB=0.0193687;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73789e-05;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr12 57255195 . T C 299.01 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.000485316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.13;QD=16.1625;RBI=0.0488964;REFB=-0.00951262;REVB=0.048894;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194192;STB=0.502145;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0113183;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:20:13:15:25:20:13:16:25 chr12 57346751 . AC A 67.08 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0640897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.4816;QD=5.70911;RBI=0.0721177;REFB=0.0063286;REVB=-0.0330677;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0.560669;SSSB=-0.121034;STB=0.573677;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=0.00467704;OID=.;OPOS=57346752;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340426:16:47:16:47:31:6:10:15:16:67:29:6:10:14:15 chr12 57489648 . C T 604.69 PASS AF=0.484375;AO=63;DP=128;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0103842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.951;QD=18.8965;RBI=0.0875595;REFB=-0.02062;REVB=-0.0869416;RO=65;SAF=27;SAR=36;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184375;STB=0.59497;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0257113;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:66:63:62:0.484375:36:27:41:24:35:27:41:25 chr12 57548466 . C T 1368.72 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179626;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.479;QD=61.5156;RBI=0.0225896;REFB=-0.138064;REVB=0.013698;RO=1;SAF=55;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258238;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:89:1:0:88:89:1:33:55:1:0:33:56:0:0 chr12 57567762 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.126;QD=63.279;RBI=0.0695298;REFB=0;REVB=0.0637688;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358979;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr12 57588433 . G A 3449.15 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829748;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.932;QD=62.1468;RBI=0.0185472;REFB=-0.0523087;REVB=0.0165876;RO=1;SAF=117;SAR=104;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59123e-05;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:223:222:1:0:221:222:1:104:117:1:0:104:118:0:0 chr12 57589659 . C T 1653.2 PASS AF=0.991736;AO=111;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.150653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1264;QD=54.6511;RBI=0.151886;REFB=-0.171083;REVB=0.0193107;RO=8;SAF=68;SAR=43;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185121;STB=0.505494;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00322667;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:8:1:111:120:0.991736:43:68:6:2:45:75:0:1 chr12 57589784 . A C 597.63 PASS AF=0.895833;AO=39;DP=45;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0746521;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5484;QD=49.8025;RBI=0.0746858;REFB=-0.0112119;REVB=0.00224418;RO=6;SAF=15;SAR=24;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114366;STB=0.53747;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00737433;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:48:6:5:39:43:0.895833:24:15:5:1:24:19:4:1 chr12 57590797 . C T 4247.72 PASS AF=1;AO=270;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397296;FXX=0.00732574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.956;QD=62.6969;RBI=0.0635261;REFB=-0.0449799;REVB=0.0495693;RO=1;SAF=174;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00494053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07216e-05;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:272:271:1:0:270:271:1:96:174:0:1:97:174:0:0 chr12 57590869 . T C 5563.43 PASS AF=1;AO=354;DP=354;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=209;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.498;QD=62.5104;RBI=0.0242241;REFB=0;REVB=0.000417537;RO=0;SAF=209;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60172e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:354:356:0:0:354:356:1:145:209:0:0:147:209:0:0 chr12 57619209 . C G 74.85 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.373;QD=37.4249;RBI=0.0214863;REFB=0;REVB=0.00641434;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239322;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr12 57619362 . G A 1659.57 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.269;QD=60.3481;RBI=0.039562;REFB=0;REVB=0.0130281;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9056e-05;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:59:51:0:0:59:51:0:0 chr12 57627074 . G T 950.29 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.046;QD=57.5933;RBI=0.12757;REFB=0;REVB=0.0311497;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327077;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:33:29:0:0:33:33:0:0 chr12 57873042 . T C 1567.67 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.763;QD=59.7208;RBI=0.031523;REFB=0;REVB=0.0140282;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69568e-05;OID=.;OPOS=57873042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:57:44:0:0:57:48:0:0 chr12 57911160 . G A 1507.86 PASS AF=1;AO=94;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284678;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8525;QD=61.5455;RBI=0.0414619;REFB=-0.0917002;REVB=0.0301443;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010945;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:0:0:94:98:1:43:51:0:0:45:53:0:0 chr12 57927805 . TGGGGGGGT CTGGGGGGT,TGGGGGGT,TGGGGGGTC 39.66 PASS AF=0,0.212963,0;AO=5,27,5;DP=114;FAO=0,23,0;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=0,19,0;FSAR=0,4,0;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0619249,-0.0676264,-0.0706984;FXX=0.0442439;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=20.7924,7.38616,15.3271;QD=1.46901;RBI=0.0711806,0.0831646,0.0825462;REFB=-0.0571505,-0.161379,-0.0986917;REVB=-0.0350996,-0.0484047,0.0426099;RO=59;SAF=2,19,4;SAR=3,8,1;SRF=40;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.29581,0.0353509,0.159221;STB=0.5,0.71205,0.5;STBP=1,0.026,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.147994,0.0881107;OID=.,.,.;OPOS=57927805,57927806,57927812;OREF=TG,G,GT;OALT=CT,-,TC;OMAPALT=CTGGGGGGT,TGGGGGGT,TGGGGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:114:108:59:85:5,27,5:0,23,0:0,0.212963,0:3,8,1:2,19,4:40:19:0,4,0:0,19,0:52:33 chr12 57958313 . A G 1337.56 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.802;QD=62.2119;RBI=0.0491065;REFB=0;REVB=0.0295128;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06316e-05;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:38:46:0:0:40:46:0:0 chr12 57977003 . C T 272.31 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0240867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.837;QD=17.2892;RBI=0.0241849;REFB=0.000681008;REVB=0.00217769;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271641;STB=0.515244;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00103494;OID=.;OPOS=57977003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:13:20:19:11:13:20 chr12 57977040 . C A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0499505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.617;QD=8.89951;RBI=0.0500832;REFB=-0.0170596;REVB=0.00364456;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315181;STB=0.68869;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0258304;OID=.;OPOS=57977040;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:7:19:5:6:7:19 chr12 57994679 . C G 557.04 PASS AF=0.413793;AO=60;DP=147;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0198608;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.256;QD=15.3667;RBI=0.0198939;REFB=-0.017117;REVB=0.00114667;RO=86;SAF=22;SAR=38;SRF=33;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191181;STB=0.506165;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0244454;OID=.;OPOS=57994679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:86:85:60:60:0.413793:38:22:33:53:38:22:32:53 chr12 57994743 . T G 2365.32 PASS AF=0.993631;AO=154;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00530648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9742;QD=60.263;RBI=0.0353354;REFB=0.107383;REVB=-0.0349347;RO=1;SAF=62;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514309;STB=0.502702;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000755033;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:154:156:0.993631:92:62:0:1:92:64:0:1 chr12 57995089 . T C 694.05 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018077;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.506;QD=63.0957;RBI=0.053657;REFB=0;REVB=0.0505203;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43299e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr12 57995889 . T C 443.85 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=130;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00888032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.088;QD=13.6568;RBI=0.0194244;REFB=-0.0281487;REVB=0.0172756;RO=78;SAF=24;SAR=27;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373336;STB=0.516827;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0420528;OID=.;OPOS=57995889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:78:79:51:51:0.392308:27:24:34:44:27:24:35:44 chr12 58005682 . G A 77.78 PASS AF=0.785714;AO=5;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0147159;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=74.7382;QD=22.2229;RBI=0.0690217;REFB=-0.0413359;REVB=-0.0674347;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.62473;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0473179;OID=.;OPOS=58005682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:14:14:3:3:5:11:0.785714:1:4:2:1:1:10:2:1 chr12 58009372 . G A 667.54 PASS AF=0.41573;AO=73;DP=177;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=0.0103474;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.839;QD=15.001;RBI=0.0188979;REFB=-0.016569;REVB=0.0158134;RO=95;SAF=35;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272707;STB=0.520226;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0220438;OID=.;OPOS=58009372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:95:104:73:74:0.41573:38:35:43:52:38:36:47:57 chr12 58010163 . A G 601.0 PASS AF=0.476923;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=130;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0234992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.116;QD=18.4922;RBI=0.0345477;REFB=-0.0206829;REVB=-0.0253245;RO=67;SAF=33;SAR=29;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147356;STB=0.576473;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.021178;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:67:68:62:62:0.476923:29:33:46:21:29:33:46:22 chr12 58015494 . G A 377.89 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0727451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3341;QD=18.8944;RBI=0.0735974;REFB=-0.0200257;REVB=0.0111678;RO=41;SAF=31;SAR=8;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447531;STB=0.750728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0215974;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:8:31:14:27:8:31:14:27 chr12 58019472 . T G 689.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0654186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8615;QD=62.6467;RBI=0.113842;REFB=0;REVB=-0.0931683;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00203882;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr12 58020360 . A G 55.38 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.011626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7202;QD=10.0693;RBI=0.0439397;REFB=-0.0229081;REVB=-0.0423738;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355928;STB=0.615126;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0254104;OID=.;OPOS=58020360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:12:14:8:8:0.363636:5:3:1:11:5:3:3:11 chr12 58023981 . C A 393.14 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0707368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8358;QD=14.0408;RBI=0.0798593;REFB=-0.0124716;REVB=-0.0370651;RO=65;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139252;STB=0.503886;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0255156;OID=.;OPOS=58023981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:66:46:46:0.410714:22:24:34:31:22:24:34:32 chr12 58025813 . G C 119.42 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.039442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.493;QD=16.4722;RBI=0.0397405;REFB=-0.016052;REVB=-0.0048615;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266204;STB=0.65599;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0182163;OID=.;OPOS=58025813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:5:10:12:2:5:10 chr12 58025980 . C T 95.72 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0103471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8702;QD=11.9648;RBI=0.0408226;REFB=-0.0013493;REVB=-0.0394895;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061901;STB=0.511608;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00990843;OID=.;OPOS=58025980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:18:20:12:12:0.375:4:8:11:7:4:8:13:7 chr12 58026001 . G A 302.75 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000659329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1628;QD=20.5251;RBI=0.0277145;REFB=-0.0563627;REVB=-0.0277067;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177406;STB=0.603031;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0454394;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:31:32:0.542373:9:22:14:13:9:23:14:13 chr12 58026021 . A G 450.57 PASS AF=0.53012;AO=42;DP=81;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.019775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.166;QD=21.714;RBI=0.0252133;REFB=-0.0416996;REVB=0.0156416;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172462;STB=0.568164;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0255582;OID=.;OPOS=58026021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:39:42:44:0.53012:21:21:26:11:21:23:26:13 chr12 58112189 . A G 167.17 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00688652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.282;QD=15.1973;RBI=0.0227862;REFB=-0.0115116;REVB=-0.0217206;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177953;STB=0.603057;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0151615;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:13:13:12:6:13:13 chr12 58114653 . TG T 88.06 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0338446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7212;QD=9.26948;RBI=0.119965;REFB=-0.00729602;REVB=0.115091;RO=18;SAF=16;SAR=0;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.790161;STB=0.592903;STBP=0.601;TYPE=del;VARB=0.019446;OID=.;OPOS=58114654;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:16:37:18:38:20:17:1:18:2:87:18:16:0:15:3 chr12 58174306 . T C,G 1193.65 PASS AF=0.925,0.075;AO=74,6;DP=80;FAO=74,6;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35,5;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867299,0.00423398;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.003,145.185;QD=59.6825;RBI=0.00941569,0.0248806;REFB=0,0;REVB=-0.00366531,-0.0245177;RO=0;SAF=35,5;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.80413e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00709851,0.0409838;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:80:80:0:0:74,6:74,6:0.925,0.075:39,1:35,5:0:0:39,1:35,5:0:0 chr12 58176614 . T C 850.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3864;QD=57.6387;RBI=0.0837511;REFB=0;REVB=-0.0510024;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00121574;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr12 58177437 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7309;QD=42.1823;RBI=0.031221;REFB=0;REVB=-0.0143741;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206387;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 58204283 . T C 1389.58 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0992158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.5617;QD=62.4528;RBI=0.0999142;REFB=0;REVB=0.0117927;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024124;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:34:53:0:0:36:53:0:0 chr12 58209421 . TGGAA T 97.44 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0420809;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=224.084;QD=11.1365;RBI=0.0662856;REFB=-0.0192635;REVB=-0.0512149;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.54161;STBP=0.74;TYPE=del;VARB=0.0326654;OID=.;OPOS=58209422;OREF=GGAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:15:35:15:35:20:10:5:12:8:97:17:10:5:10:7 chr12 58335515 . GGC G,GG,GGG 202.86 PASS AF=0.5,0,0;AO=23,12,2;DP=56;FAO=25,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=19,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=-0.12471,-0.27692,-0.153715;FXX=0.019604;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=19.0039,9.36755,14.8056;QD=16.2285;RBI=0.176705,0.323006,0.162225;REFB=-0.187706,-0.239091,-0.0547293;REVB=0.125187,0.166278,0.0518522;RO=17;SAF=19,12,2;SAR=4,0,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0.594203,0,0;SSEP=0,0.509542,0;SSSB=0.141826,0.775735,0.456158;STB=0.62368,0.5,0.5;STBP=0.221,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.133969,0.083249,0;OID=.,.,.;OPOS=58335516,58335517,58335517;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0,0:23,12,2:56:25,0,0:50:25:19,0,0:6,0,0:23:2:99:17:19,12,2:4,0,0:12:5 chr12 58335626 . A T 1914.99 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.731;QD=61.7737;RBI=0.0537844;REFB=0;REVB=0.0521068;RO=0;SAF=90;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55829e-05;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:34:90:0:0:34:90:0:0 chr12 58350631 . C T 1530.32 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9927;QD=59.4298;RBI=0.0321096;REFB=0;REVB=-0.00344047;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325441;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:54:49:0:0 chr12 59197107 . G A 234.9 PASS AF=0.451613;AO=25;DP=60;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=5;FWDB=-0.0128;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5025;QD=15.1548;RBI=0.0451185;REFB=0.02572;REVB=0.0432647;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240698;STB=0.679226;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0182437;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:29:34:25:28:0.451613:10:15:24:5:13:15:29:5 chr12 59313248 . G A 226.44 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00464219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.396;QD=12.4078;RBI=0.0053223;REFB=-0.00481403;REVB=-0.00260327;RO=44;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167057;STB=0.610698;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00838519;OID=.;OPOS=59313248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:45:27:28:0.383562:10:17:21:23:10:18:21:24 chr12 59313936 . T G 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0215755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.151;QD=19.8463;RBI=0.0363339;REFB=-0.0603386;REVB=-0.0292345;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983209;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.057151;OID=.;OPOS=59313936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:3:10:10:5:3:10 chr12 60127590 . A T 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0254024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.281;QD=14.4118;RBI=0.032966;REFB=-0.0192839;REVB=-0.0210114;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246517;STB=0.631434;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0277462;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:7:11:10:17:7:11:11:17 chr12 60173356 . A T 292.38 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.118651;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.605;QD=25.9892;RBI=0.119908;REFB=0.0145863;REVB=0.0173196;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962503;STB=0.547034;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.0108039;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:19:26:26:0.577778:15:11:5:12:15:11:6:13 chr12 60735645 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.747;QD=59.323;RBI=0.0437758;REFB=0;REVB=0.0386587;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40667e-05;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr12 62114671 . T C 337.2 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00829655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2115;QD=22.8608;RBI=0.0394044;REFB=-0.0303449;REVB=0.0385211;RO=25;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000917176;STB=0.500505;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186509;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:15:19:14:11:15:19:14:11 chr12 63359168 . G A 430.17 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00155446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.066;QD=16.3875;RBI=0.0127809;REFB=-0.010759;REVB=-0.012686;RO=55;SAF=27;SAR=21;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727564;STB=0.528612;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0127349;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:57:48:48:0.457143:21:27:35:20:21:27:35:22 chr12 63359409 . C A 168.17 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0167053;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.605;QD=15.2886;RBI=0.128555;REFB=-0.0130738;REVB=-0.127465;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.510193;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0219187;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:10:8:12:13:10:8:12:14 chr12 63544209 . A G 1802.29 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1133;QD=61.0947;RBI=0.0739156;REFB=0;REVB=0.0448925;RO=0;SAF=51;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91619e-05;OID=.;OPOS=63544209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:67:51:0:0:67:51:0:0 chr12 64062023 . A C 165.58 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0378859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.902;QD=9.73986;RBI=0.0379085;REFB=-0.0123598;REVB=-0.00130928;RO=44;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332311;STB=0.510195;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0258355;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:46:22:22:0.323529:16:6:11:33:16:6:12:34 chr12 64062052 . G A 215.18 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0175431;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.789;QD=10.2467;RBI=0.0186498;REFB=-0.0160636;REVB=-0.00632883;RO=55;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104738;STB=0.564054;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0209211;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:55:57:27:27:0.321429:18:9:23:32:18:9:24:33 chr12 64062065 . T C 261.78 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0257723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5172;QD=12.4658;RBI=0.0347531;REFB=-0.0188056;REVB=-0.0233145;RO=53;SAF=11;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917244;STB=0.552811;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.034329;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:20:11:23:30:20:11:23:30 chr12 64062132 . G A 281.81 PASS AF=0.366667;AO=32;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.0124972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.204;QD=12.5247;RBI=0.0125379;REFB=-0.0113708;REVB=-0.00100913;RO=57;SAF=21;SAR=11;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160679;OID=.;OPOS=64062132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:57:57:32:33:0.366667:11:21:38:19:11:22:38:19 chr12 64472803 . A T 1543.73 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160597;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.052;QD=59.9508;RBI=0.0163305;REFB=0;REVB=-0.00296191;RO=0;SAF=61;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172439;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:42:61:0:0:42:61:0:0 chr12 64519806 . T C 447.89 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.00785384;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.987;QD=16.7434;RBI=0.0114067;REFB=-0.00362495;REVB=0.00827228;RO=58;SAF=28;SAR=21;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843642;STB=0.546943;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00459487;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:58:58:49:49:0.457944:21:28:38:20:21:28:38:20 chr12 64587633 . C A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.263;QD=58.4193;RBI=0.0197117;REFB=0;REVB=-0.018034;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10853e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr12 64609562 . C T 1029.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223196;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.636;QD=59.6891;RBI=0.0363009;REFB=0;REVB=0.0286285;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73443e-05;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr12 64669090 . C A 1066.41 PASS AF=0.422383;AO=117;DP=277;FAO=117;FDP=277;FR=.;FRO=160;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=86;FSRR=74;FWDB=-0.0454623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.476;QD=15.3994;RBI=0.111239;REFB=0.0262097;REVB=-0.101525;RO=153;SAF=55;SAR=62;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471646;STB=0.538891;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.036671;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:153:160:117:117:0.422383:62:55:79:74:62:55:86:74 chr12 64712511 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.594;QD=58.2394;RBI=0.0350456;REFB=0;REVB=0.0109838;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67955e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00663263;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.868;QD=15.2296;RBI=0.0138612;REFB=-0.0140791;REVB=0.0121713;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948502;STB=0.5544;STBP=0.592;TYPE=ins;VARB=0.022535;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.404255:19:47:19:47:28:12:7:20:8:99:28:12:7:20:8 chr12 64749600 . A G 753.68 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00375074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.847;QD=56.8812;RBI=0.0401325;REFB=0;REVB=0.0399568;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135368;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr12 64838922 . G T 125.81 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0102358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.379;QD=18.6389;RBI=0.0116737;REFB=-0.0206973;REVB=-0.00561286;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100943;STB=0.545393;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0190098;OID=.;OPOS=64838922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:13:13:14:0.518519:10:3:2:11:11:3:2:11 chr12 64875787 . T A 284.81 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0314675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6101;QD=23.7338;RBI=0.0434345;REFB=-0.0405573;REVB=0.0299392;RO=21;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655371;STB=0.524253;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0342258;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:12:14:13:8:12:14:13:9 chr12 64895830 . GTA G 221.46 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0107812;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=306.281;QD=16.4041;RBI=0.0108491;REFB=-0.00519847;REVB=0.00121138;RO=32;SAF=22;SAR=1;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548588;STB=0.723041;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.00488616;OID=.;OPOS=64895831;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462963:23:58:25:54:29:23:2:21:8:99:32:22:1:23:9 chr12 65108160 . G C 371.98 PASS AF=0.481481;AO=37;DP=79;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0142494;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.284;QD=18.3693;RBI=0.014561;REFB=-0.0143194;REVB=0.00299615;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458145;STB=0.522376;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0149059;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:42:37:39:0.481481:22:15:19:23:23:16:19:23 chr12 65146532 . C T 402.07 PASS AF=0.45;AO=44;DP=101;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0569352;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3085;QD=16.0829;RBI=0.0691773;REFB=-0.00412759;REVB=-0.0392923;RO=53;SAF=20;SAR=24;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181219;STB=0.592552;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00920393;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:53:55:44:45:0.45:24:20:34:19:24:21:35:20 chr12 65150485 . C T 316.53 PASS AF=0.372549;AO=39;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0573932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0426;QD=12.4131;RBI=0.0573977;REFB=0.0012207;REVB=0.000725532;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119235;STB=0.519598;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00292803;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:39:38:0.372549:20:19:30:33:19:19:30:34 chr12 65332873 . TG T,TA,TT 285.0 PASS AF=0.909091,0.0909091,0;AO=7,11,4;DP=22;FAO=20,2,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,0;FSAR=17,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115568,0.115568,0.116937;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=156.892,153.855,133.272;QD=51.8185;RBI=0.115871,0.117841,0.117016;REFB=0,0,0;REVB=-0.00837288,-0.0230344,-0.004278;RO=0;SAF=0,2,1;SAR=7,9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.000963011,0.0223854,0;OID=.,.,.;OPOS=65332874,65332874,65332874;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.909091,0.0909091,0:7,11,4:22:20,2,0:22:0:3,0,0:17,2,0:0:0:9:0:0,2,1:7,9,3:0:0 chr12 65514266 . T C 1044.15 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.103955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1981;QD=55.6878;RBI=0.127031;REFB=-0.15633;REVB=0.0730082;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236348;STB=0.505038;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00589779;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:2:3:72:72:0.96:33:39:2:0:33:39:2:1 chr12 65563754 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0102583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.999;QD=17.6436;RBI=0.0316352;REFB=-0.00251222;REVB=0.0299258;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.599799;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00138392;OID=.;OPOS=65563754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:6:1:3:6:6:1 chr12 65857555 . T A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.51;QD=57.1048;RBI=0.0432344;REFB=0;REVB=0.040872;RO=0;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193416;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:17:38:0:0:17:38:0:0 chr12 66358347 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0287346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2141;QD=19.1822;RBI=0.0287395;REFB=0.0037133;REVB=0.000531178;RO=43;SAF=16;SAR=25;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257935;STB=0.643156;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00205522;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:25:16:29:14:25:16:29:14 chr12 66359752 . C A 939.59 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.465;QD=57.8211;RBI=0.022365;REFB=0;REVB=0.0114049;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107124;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:27:38:0:0 chr12 66532493 . A G 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0278983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.841;QD=15.8127;RBI=0.0312037;REFB=-0.0335231;REVB=0.0139769;RO=44;SAF=22;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218257;STB=0.623204;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0451135;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:12:22:19:25:12:22:19:25 chr12 66546100 . A G 416.56 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00258787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.454;QD=53.7496;RBI=0.0376928;REFB=0.0826339;REVB=-0.0376039;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000487654;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr12 66605228 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00520029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.737;QD=11.1259;RBI=0.0359739;REFB=-0.0297868;REVB=-0.035596;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100356;STB=0.55937;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0661756;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:7:10:17:17:7:10:17:17 chr12 66698895 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.149619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.016;QD=8.81063;RBI=0.149631;REFB=-0.0191033;REVB=0.00195488;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0586544;OID=.;OPOS=66698895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:4:7:4:2:4:7 chr12 66700273 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00209679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.024;QD=5.00556;RBI=0.0304556;REFB=-0.0049987;REVB=-0.0303833;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533155;STB=0.535596;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0268029;OID=.;OPOS=66700273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:12:10:3:3:12:10 chr12 66715790 . C T 193.52 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0125736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0739;QD=14.6051;RBI=0.0937027;REFB=-0.038255;REVB=-0.0928553;RO=28;SAF=18;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460627;STB=0.756868;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0405472;OID=.;OPOS=66715790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:22:23:0.433962:4:18:11:17:4:19:13:17 chr12 66717784 . T A 385.37 PASS AF=0.393162;AO=43;DP=119;FAO=46;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0022928;FXX=0.0168053;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.03;QD=13.1749;RBI=0.0222926;REFB=-0.0195082;REVB=-0.0221743;RO=59;SAF=29;SAR=14;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162426;STB=0.608215;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0268412;OID=.;OPOS=66717784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:59:71:43:46:0.393162:14:29:31:28:16:30:34:37 chr12 66717910 . G T 384.36 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0456368;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3589;QD=17.4708;RBI=0.0502476;REFB=-0.00211495;REVB=-0.0210263;RO=48;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831485;STB=0.504654;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00261702;OID=.;OPOS=66717910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:48:48:40:40:0.454545:17:23:28:20:17:23:28:20 chr12 66725160 . C T 327.41 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00424783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.361;QD=17.698;RBI=0.00640541;REFB=-0.0139153;REVB=-0.0047943;RO=39;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884101;STB=0.549528;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.010467;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:13:22:21:18:13:22:21:18 chr12 66725202 . C T 272.99 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00163513;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.598;QD=14.3681;RBI=0.0888038;REFB=-0.0253232;REVB=0.0887887;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010909;STB=0.511803;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0315401;OID=.;OPOS=66725202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:44:45:31:31:0.407895:13:18:26:18:13:18:27:18 chr12 66731864 . C A 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0231169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.431;QD=12.5797;RBI=0.0231459;REFB=-0.0198395;REVB=0.00115775;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776268;STB=0.567821;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0343576;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:31:17:17:0.354167:10:7:14:15:10:7:16:15 chr12 66739539 . A G 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0162821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.12;QD=16.5611;RBI=0.0323096;REFB=-0.0014921;REVB=0.027907;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158744;STB=0.589288;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0032872;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:15:12:19:12:15:12:19:12 chr12 66773075 . C T 559.75 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0020384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.755;QD=15.993;RBI=0.00361497;REFB=-0.0128036;REVB=0.00298546;RO=74;SAF=35;SAR=25;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160095;STB=0.533887;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0198173;OID=.;OPOS=66773075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:80:60:60:0.428571:25:35:42:32:25:35:42:38 chr12 66786091 . G C 323.45 PASS AF=1;AO=10;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2399;QD=53.9086;RBI=0.01228;REFB=0;REVB=0.0035273;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148391;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:10:24:1:9:1:0:0:9:15:0:0 chr12 66814487 . C A 442.91 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0143887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.726;QD=16.2537;RBI=0.0210033;REFB=-0.000699354;REVB=0.0153005;RO=60;SAF=20;SAR=29;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140353;STB=0.57844;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00122745;OID=.;OPOS=66814487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:29:20:33:27:29:20:33:27 chr12 68052047 . AAT A,AAA 63.73 PASS AF=0.444444,0;AO=7,4;DP=33;FAO=12,0;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0414409,-0.066384;FXX=0;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=18.5242,14.4345;QD=9.44107;RBI=0.150934,0.106316;REFB=-0.114485,-0.0452641;REVB=0.145133,-0.0830443;RO=19;SAF=3,0;SAR=4,4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111678,-0.661408;STB=0.578812,0.5;STBP=0.482,1;TYPE=del,snp;VARB=0.162853,0;OID=.,.;OPOS=68052048,68052049;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0:7,4:33:12,0:27:15:4,0:8,0:7:8:64:19:3,0:4,4:10:9 chr12 68052178 . G T 293.37 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0021415;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.763;QD=19.8897;RBI=0.0187563;REFB=-0.0254422;REVB=0.0186337;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129905;STB=0.572322;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0171245;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:31:31:0.525424:13:18:11:15:13:18:12:16 chr12 68708761 . C T 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00390473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.195;QD=21.8147;RBI=0.0126588;REFB=-0.0470275;REVB=0.0120415;RO=34;SAF=30;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138837;STB=0.572045;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0298764;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:34:35:41:41:0.539474:11:30:20:14:11:30:21:14 chr12 68720335 . C T 70.2 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0197848;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8167;QD=13.3711;RBI=0.0243812;REFB=0.00190062;REVB=-0.0142478;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00477446;OID=.;OPOS=68720335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:10:2:2:7:10:2 chr12 68720627 . G A 946.11 PASS AF=0.489691;AO=92;DP=192;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0103478;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.012;QD=19.5074;RBI=0.0119221;REFB=-0.0207587;REVB=-0.00592119;RO=95;SAF=42;SAR=50;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837795;STB=0.54707;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.020417;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:194:95:99:92:95:0.489691:50:42:52:43:51:44:55:44 chr12 68724951 . G T 309.16 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.00682277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.538;QD=11.141;RBI=0.0157437;REFB=-0.00366612;REVB=0.0141885;RO=72;SAF=29;SAR=10;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158419;STB=0.591787;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00678356;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:72:39:39:0.351351:10:29:45:27:10:29:45:27 chr12 69042495 . A G 447.97 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0544088;FXX=0.0706999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7984;QD=19.4768;RBI=0.0562568;REFB=-0.000738246;REVB=-0.0143005;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315587;STB=0.520824;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000217575;OID=.;OPOS=69042495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:92:55:48:44:44:0.478261:21:23:27:28:21:23:27:21 chr12 69082805 . G A 365.77 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0056126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8318;QD=21.5158;RBI=0.0145795;REFB=0.0108123;REVB=-0.0134559;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058812;STB=0.511176;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00787706;OID=.;OPOS=69082805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:20:17:14:16:20:17:15:16 chr12 69115698 . G A 663.65 PASS AF=0.464052;AO=73;DP=153;FAO=71;FDP=153;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0444003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2193;QD=17.3502;RBI=0.0921326;REFB=-0.00465002;REVB=-0.0807281;RO=80;SAF=29;SAR=44;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633911;STB=0.552812;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00561272;OID=.;OPOS=69115698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:80:82:73:71:0.464052:44:29:37:43:44:27:39:43 chr12 69186904 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0189959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.424;QD=16.4174;RBI=0.0199761;REFB=-0.00354779;REVB=-0.00618071;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00160603;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr12 69187427 . T A 790.25 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00484692;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.854;QD=64.5104;RBI=0.0106275;REFB=0;REVB=0.00945785;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02315e-05;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr12 69187585 . G GA 738.86 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495026;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=89.1289;QD=46.9118;RBI=0.0268554;REFB=0;REVB=-0.0263952;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000180363;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:63:63:0:31:32:0:0:13:2:29:32:2:0 chr12 69265578 . A G 579.15 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0150975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.769;QD=21.6504;RBI=0.0182254;REFB=-0.0392276;REVB=0.0102093;RO=49;SAF=24;SAR=34;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985052;STB=0.554088;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.023168;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:34:24:26:23:34:24:26:23 chr12 69645864 . A G 58.49 PASS AF=0.615385;AO=4;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0198771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.48;QD=17.9975;RBI=0.078665;REFB=-0.0327926;REVB=-0.0761123;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0223165;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:4:5:4:8:0.615385:2:2:2:2:3:5:3:2 chr12 69646914 . G A 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0167723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.512;QD=18.7105;RBI=0.0234933;REFB=-0.0108817;REVB=0.0164506;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.629483;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0106758;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:11:8:12:6:11:8 chr12 69794856 . G A 944.84 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9901;QD=55.5789;RBI=0.0326206;REFB=-0.0339545;REVB=0.0261567;RO=2;SAF=35;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262331;STB=0.513885;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0126671;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:31:35:2:0:31:35:2:0 chr12 69971500 . C T 70.93 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0213448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.162;QD=18.915;RBI=0.022756;REFB=-0.0166153;REVB=0.00788904;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00921417;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:5:3:3:3:5:4:3:3 chr12 69971713 . C T 434.79 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.0189283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.882;QD=16.4072;RBI=0.0192092;REFB=-0.019386;REVB=0.00327299;RO=57;SAF=29;SAR=19;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120892;STB=0.560212;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0241162;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:19:29:41:16:19:29:41:17 chr12 69972381 . G A 311.55 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8413;QD=51.9242;RBI=0.0206772;REFB=0;REVB=-0.00975238;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080685;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr12 69986788 . A G 444.87 PASS AF=0.558442;AO=41;DP=75;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0329067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.9;QD=23.1101;RBI=0.034733;REFB=-0.0142507;REVB=0.0111145;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106613;STB=0.567017;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0123605;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:34:34:41:43:0.558442:20:21:13:21:20:23:13:21 chr12 70064295 . C T 320.94 PASS AF=0.375;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00802497;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.441;QD=13.3726;RBI=0.0191341;REFB=-0.0142158;REVB=-0.0173699;RO=60;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244069;STB=0.513946;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0237365;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:60:60:36:36:0.375:17:19:33:27:17:19:33:27 chr12 70091432 . T C 803.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244607;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.676;QD=57.4134;RBI=0.0509599;REFB=0;REVB=0.0447055;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115403;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr12 70209475 . A C 215.6 PASS AF=0.5;AO=9;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0179065;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=249.375;QD=20.533;RBI=0.0180068;REFB=-0.00564125;REVB=-0.00189724;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252808;STB=0.525523;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00473215;OID=.;OPOS=70209475;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:4:21:9:21:0.5:5:4:0:4:13:8:7:14 chr12 70273159 . C G 286.0 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0146828;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.794;QD=22.0001;RBI=0.0148724;REFB=-0.0196398;REVB=0.00236719;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12136;STB=0.56272;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.01199;OID=.;OPOS=70273159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:23:29:29:0.557692:19:10:10:10:19:10:11:12 chr12 70273985 . T G 1166.77 PASS AF=0.460674;AO=123;DP=268;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=0.0244399;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4598;QD=17.4797;RBI=0.0457838;REFB=-0.018017;REVB=0.0387149;RO=144;SAF=66;SAR=57;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182761;STB=0.50101;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0215982;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:144:144:123:123:0.460674:57:66:77:67:57:66:77:67 chr12 70321449 . TC T,TT 548.94 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=5,31;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297835,0.0245082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=311.702,323.354;QD=59.3447;RBI=0.0345705,0.0303782;REFB=0,0;REVB=0.0175517,0.0179494;RO=1;SAF=1,16;SAR=4,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0951258,0.0300873;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0431653,0.000329046;OID=.,.;OPOS=70321450,70321450;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:5,31:37:1,36:37:0:0,17:1,19:0:0:4:1:1,16:4,15:0:1 chr12 70330087 . A G 990.79 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.979;QD=59.1517;RBI=0.0301264;REFB=0;REVB=0.0104611;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59436e-05;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:32:32:0:0:33:34:0:0 chr12 70351684 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.694;QD=52.6132;RBI=0.0149329;REFB=0;REVB=0.00144929;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96999e-05;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr12 70352021 . C T 1132.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.95;QD=60.4146;RBI=0.0252882;REFB=0;REVB=-0.0181694;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12001e-07;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:31:43:0:0:32:43:0:0 chr12 70912510 . C T 913.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.988;QD=57.1005;RBI=0.0401988;REFB=0;REVB=0.0357141;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372563;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:30:32:0:0:30:34:0:0 chr12 70928616 . G A 188.8 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.04281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.003;QD=11.1056;RBI=0.0446912;REFB=-0.00454165;REVB=-0.0128299;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205888;STB=0.625501;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0092321;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:10:14:17:26:10:14:17:27 chr12 70928724 . A G 990.76 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.965;QD=59.1497;RBI=0.0246767;REFB=0;REVB=0.00817438;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17645e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:37:30:0:0 chr12 70965764 . G A 300.13 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00298762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.37;QD=13.9594;RBI=0.00393395;REFB=0.00197159;REVB=0.00255932;RO=51;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45321e-08;STB=0.504948;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00306623;OID=.;OPOS=70965764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:14:20:30:21:14:20:31:21 chr12 70989977 . T C 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0103516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.531;QD=12.8341;RBI=0.0105569;REFB=-0.013039;REVB=-0.00207139;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340518;STB=0.501694;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0217912;OID=.;OPOS=70989977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:49:30:30:0.379747:14:16:26:20:14:16:26:23 chr12 71002865 . T A 473.9 PASS AF=0.448276;AO=51;DP=115;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.000110978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.047;QD=16.3414;RBI=0.0148949;REFB=-0.00781057;REVB=-0.0148945;RO=64;SAF=34;SAR=17;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288118;STB=0.520052;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00802087;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:64:64:51:52:0.448276:17:34:41:23:17:35:41:23 chr12 71002893 . C T 643.85 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=144;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0390454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8595;QD=17.8846;RBI=0.0443233;REFB=-0.00808634;REVB=0.0209763;RO=78;SAF=45;SAR=21;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586666;STB=0.53266;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0110307;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:78:78:66:66:0.458333:21:45:49:29:21:45:49:29 chr12 71029733 . C T 1262.22 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0263368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0629;QD=58.033;RBI=0.0457266;REFB=-0.0148613;REVB=0.0373804;RO=3;SAF=46;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784722;STB=0.504145;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00169757;OID=.;OPOS=71029733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:84:84:0.965517:38:46:2:1:38:46:2:1 chr12 71054946 . C A 1328.72 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019983;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2165;QD=62.528;RBI=0.0240419;REFB=0;REVB=-0.0133676;RO=0;SAF=39;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81358e-06;OID=.;OPOS=71054946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:45:39:0:0:46:39:0:0 chr12 71139664 . T C 1507.79 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=103;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.942;QD=56.8978;RBI=0.0642582;REFB=0.0802527;REVB=0.0623849;RO=1;SAF=52;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903723;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-7.10023e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:106:1:1:102:105:0.990566:50:52:1:0:53:52:1:0 chr12 71526593 . G A 236.26 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0837459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9576;QD=17.501;RBI=0.0855683;REFB=-0.00537516;REVB=-0.0175655;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123968;STB=0.579648;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00346564;OID=.;OPOS=71526593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:10:16:13:14:10:16:13:15 chr12 71960208 . G A 729.61 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824967;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.577;QD=57.2247;RBI=0.0165832;REFB=0;REVB=-0.0143856;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94424e-06;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr12 71960686 . A G 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0230396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4353;QD=18.71;RBI=0.0234964;REFB=-0.0146882;REVB=0.00461057;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791356;STB=0.5447;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0172266;OID=.;OPOS=71960686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:4:15:13:5:4:15 chr12 72003547 . T A 1084.46 PASS AF=0.502304;AO=109;DP=220;FAO=109;FDP=217;FR=.;FRO=108;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00177409;FXX=0.0136357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7272;QD=19.9901;RBI=0.0188749;REFB=0.000689674;REVB=0.0187913;RO=111;SAF=67;SAR=42;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112078;STB=0.553998;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.000716698;OID=.;OPOS=72003547;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:217:111:108:109:109:0.502304:42:67:55:56:42:67:55:53 chr12 72013832 . A G 318.43 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.064921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.502;QD=23.1587;RBI=0.0683964;REFB=-0.0251231;REVB=0.0215254;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160599;STB=0.588182;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0257537;OID=.;OPOS=72013832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:17:15:6:17:17:15:6:17 chr12 72033252 . TAGTC T 502.48 PASS AF=0.4;AO=55;DP=144;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0213757;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.232;QD=14.3565;RBI=0.0216404;REFB=-0.0196129;REVB=0.00337441;RO=81;SAF=24;SAR=31;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176779;STB=0.602438;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0271662;OID=.;OPOS=72033253;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:55:144:56:140:84:25:31:52:32:99:81:24:31:49:32 chr12 72071045 . A G 289.17 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0105057;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.559;QD=13.936;RBI=0.010694;REFB=-0.00593209;REVB=-0.0019976;RO=50;SAF=24;SAR=8;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368664;STB=0.692362;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00995143;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:50:32:33:0.39759:8:24:21:29:9:24:21:29 chr12 72307616 . A G 298.73 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0113055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2858;QD=23.8987;RBI=0.020538;REFB=0.0152495;REVB=-0.0171463;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147912;STB=0.582031;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00977379;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:13:14:16:7:13:14:16:7 chr12 72372862 . A G 248.22 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0224138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.159;QD=16.2767;RBI=0.0225851;REFB=-0.0126167;REVB=-0.00277671;RO=32;SAF=7;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110389;STB=0.556659;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0200269;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:21:7:11:21:21:7:11:22 chr12 72416235 . A T 580.54 PASS AF=0.483871;AO=60;DP=125;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0132726;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.96;QD=18.7272;RBI=0.0134086;REFB=-0.00909395;REVB=0.00190472;RO=65;SAF=35;SAR=25;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100734;STB=0.551613;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00845599;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:65:64:60:60:0.483871:25:35:31:34:25:35:31:33 chr12 73058186 . G A 2102.2 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.234;QD=62.7523;RBI=0.0188315;REFB=0;REVB=-0.0163996;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86631e-06;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr12 74932159 . G C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.585;QD=57.5452;RBI=0.0167653;REFB=0;REVB=0.0116582;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14482e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr12 74932327 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00816566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.661;QD=50.1343;RBI=0.0180272;REFB=-0.0766751;REVB=0.0160718;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000257206;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr12 74932565 . T C 1016.88 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00385246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6182;QD=56.4931;RBI=0.0197561;REFB=-0.127674;REVB=-0.0193769;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.513885;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00358512;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:70:70:0.972222:35:35:1:0:35:35:2:0 chr12 74933166 . G A 1235.23 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0204955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.755;QD=56.7924;RBI=0.0275965;REFB=-0.0736563;REVB=0.0184797;RO=4;SAF=43;SAR=40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04204;STB=0.522217;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00470451;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:87:87:4:4:83:83:0.954023:40:43:4:0:40:43:4:0 chr12 74934634 . G A 730.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.966;QD=56.2191;RBI=0.0467075;REFB=0;REVB=0.0440988;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130921;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr12 74934637 . T C 709.89 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.503;QD=54.6067;RBI=0.0250612;REFB=-0.139;REVB=0.0201402;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000526662;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 445.21 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=25,6;DP=39;FAO=26,4;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000191214,0.0825655;FXX=0.23071;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=202.545,106.796;QD=59.361;RBI=0.0300375,0.0899976;REFB=0,0;REVB=0.0300369,-0.0358121;RO=0;SAF=12,0;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00247783,0.12578;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:25,6:39:26,4:30:0:13,0:13,4:0:0:24:0:12,0:13,6:0:0 chr12 74934945 . AG AA,A 104.43 PASS AF=0.178571,0.642857;AO=6,8;DP=26;FAO=5,18;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=2,12;FSAR=3,6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.109177,0.103229;FXX=0.0344709;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=16.7744,7.46915;QD=14.9189;RBI=0.112908,0.105061;REFB=-0.105025,-0.122849;REVB=0.0287819,-0.0195325;RO=9;SAF=3,5;SAR=3,3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0539613,0.0645053;STB=0.5,0.562429;STBP=1,0.252;TYPE=snp,del;VARB=0.0417536,0.0660499;OID=.,.;OPOS=74934946,74934946;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.178571,0.642857:6,8:26:5,18:28:5:2,12:3,6:2:3:16:9:3,5:3,3:5:4 chr12 75715330 . C A 327.92 PASS AF=0.365217;AO=32;DP=105;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.00929414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.642;QD=11.4059;RBI=0.0191549;REFB=-0.0153882;REVB=-0.016749;RO=69;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233582;STB=0.654674;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0203871;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:115:69:73:32:42:0.365217:13:19:27:42:15:27:29:44 chr12 75824460 . T C 221.75 PASS AF=0.375;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0347854;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.843;QD=12.3196;RBI=0.0347901;REFB=-0.00529609;REVB=-0.000572718;RO=44;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278905;STB=0.666543;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0156979;OID=.;OPOS=75824460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:45:27:27:0.375:9:18:18:26:9:18:18:27 chr12 75893381 . CAA C 400.21 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=77;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0071738;FXX=0.0519413;HRUN=3;LEN=2;MLLD=38.0364;QD=21.9293;RBI=0.0148679;REFB=-0.0400746;REVB=-0.0130227;RO=23;SAF=25;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850376;STB=0.552303;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.0225754;OID=.;OPOS=75893382;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.643836:47:77:47:73:26:25:22:10:16:99:23:25:22:9:14 chr12 75893388 . T A 1132.99 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101799;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.922;QD=60.426;RBI=0.0528272;REFB=0;REVB=0.0518371;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266279;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:38:37:0:0 chr12 75893399 . T G 383.47 PASS AF=0.6;AO=36;DP=62;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0234087;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.337;QD=23.5983;RBI=0.0235328;REFB=-0.0199923;REVB=-0.0024138;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464602;STB=0.541118;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0104948;OID=.;OPOS=75893399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:26:26:36:39:0.6:20:16:10:16:20:19:10:16 chr12 75893404 . C A 839.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430138;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8099;QD=57.8794;RBI=0.0298345;REFB=0;REVB=-0.0295228;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426774;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr12 75893486 . A G 211.97 PASS AF=0.703704;AO=2;DP=28;FAO=19;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0417141;FXX=0.0357015;HRUN=13;LEN=1;MLLD=272.175;QD=31.4035;RBI=0.0697178;REFB=-0.0619435;REVB=-0.0558615;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.721984;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0304993;OID=.;OPOS=75893486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:28:27:0:8:2:19:0.703704:1:1:0:0:5:14:0:8 chr12 75900588 . A G 559.34 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.00645272;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.215;QD=18.9608;RBI=0.013384;REFB=-0.00274651;REVB=0.0117258;RO=60;SAF=27;SAR=31;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138281;STB=0.576383;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00262436;OID=.;OPOS=75900588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:60:58:58:0.491525:31:27:37:23:31:27:37:23 chr12 76351726 . C G 205.1 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0583738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5516;QD=15.7772;RBI=0.0703071;REFB=0.0104136;REVB=0.0391866;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286693;STB=0.662181;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00757665;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:20:9:14:9:20:9 chr12 76424937 . TTGC CTGT,GTGT,T 442.1 PASS AF=0.216667,0,0.733333;AO=16,2,29;DP=54;FAO=13,0,44;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=11,0,29;FSAR=2,0,15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0464778,-0.0525411,0.0706048;FXX=0.0476115;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,3;MLLD=200.095,100.45,69.9564;QD=29.4731;RBI=0.0913546,0.0627548,0.097877;REFB=-0.0857168,-0.00321818,-0.175558;REVB=0.0786477,0.0343162,0.0677854;RO=0;SAF=14,0,17;SAR=2,2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,6.0947e-08;STB=0.646798,0.5,0.522789;STBP=0.059,1,0.268;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.1083,0,0.0341784;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424937,76424938;OREF=TTGC,TTGC,TGC;OALT=CTGT,GTGT,-;OMAPALT=CTGT,GTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:86:54:60:0:3:16,2,29:13,0,44:0.216667,0,0.733333:2,2,12:14,0,17:0:0:2,0,15:11,0,29:1:2 chr12 76426110 . GGA G 641.63 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0534341;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=2;MLLD=239.939;QD=39.4849;RBI=0.0557126;REFB=-0.0615244;REVB=0.0157699;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513085;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=0.010788;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907692:59:61:59:65:6:28:31:2:4:10:0:28:31:0:0 chr12 76426877 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00726321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.296;QD=16.1989;RBI=0.0245143;REFB=-0.0215957;REVB=-0.0234136;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0358208;OID=.;OPOS=76426877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr12 76427547 . C CTTAAT 226.34 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473065;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=5;MLLD=259.588;QD=50.2972;RBI=0.0146992;REFB=0;REVB=-0.0139172;RO=4;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.11713e-05;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:22:18:18:0:14:4:0:0:4:4:12:3:3:1 chr12 76449900 . T C 381.08 PASS AF=0.9375;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0847748;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.8807;QD=47.6347;RBI=0.085392;REFB=-0.061677;REVB=0.0102483;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737355;STB=0.527759;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00613325;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:30:32:3:2:27:30:0.9375:17:10:1:2:17:13:0:2 chr12 76453966 . G A 1083.84 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000405267;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9452;QD=60.2136;RBI=0.0271124;REFB=0;REVB=-0.0271093;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165578;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:32:39:0:0:33:39:0:0 chr12 76709606 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.08;QD=58.9627;RBI=0.00465442;REFB=0;REVB=0.00332319;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66512e-08;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr12 76709610 . T C 999.15 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148486;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.985;QD=59.6507;RBI=0.0148733;REFB=0;REVB=0.000856128;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701336;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr12 76740220 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00671405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.609;QD=18.9997;RBI=0.0210697;REFB=-0.0158932;REVB=-0.0199713;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162184;OID=.;OPOS=76740220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr12 76746595 . AAT AA,A 75.88 PASS AF=0,0.464286;AO=3,5;DP=27;FAO=0,13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.244372,0.257607;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.4613,21.1866;QD=10.8393;RBI=0.24438,0.259474;REFB=-0.0351676,-0.0901178;REVB=-0.0020427,0.0310667;RO=12;SAF=2,4;SAR=1,1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.187242;STB=0.5,0.646799;STBP=1,0.232;TYPE=del,del;VARB=0,0.12167;OID=.,.;OPOS=76746597,76746596;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.464286:3,5:27:0,13:28:15:0,11:0,2:10:5:73:12:2,4:1,1:8:4 chr12 77256681 . T G 807.67 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2557;QD=55.7017;RBI=0.0723117;REFB=-0.0638678;REVB=0.0717249;RO=1;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341059;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:58:1:0:57:58:1:16:41:0:1:17:41:0:0 chr12 77417509 . G T 521.13 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0403141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.974;QD=26.0564;RBI=0.0420902;REFB=-0.0170248;REVB=-0.012098;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942406;STB=0.546493;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00587288;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:32:48:48:0.6:22:26:19:9:22:26:21:11 chr12 77449790 . A G 2027.2 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.715;QD=62.3755;RBI=0.0137836;REFB=0;REVB=0.012926;RO=0;SAF=74;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00335e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:56:74:0:0:56:74:0:0 chr12 78225374 . A G 917.21 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4414;QD=58.2357;RBI=0.069765;REFB=0;REVB=-0.0619829;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178485;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr12 78334194 . A G 551.85 PASS AF=0.410596;AO=59;DP=148;FAO=62;FDP=151;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=0.117245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.681;QD=14.6185;RBI=0.12023;REFB=-0.00981915;REVB=0.0266265;RO=89;SAF=38;SAR=21;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187608;STB=0.615279;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.019454;OID=.;OPOS=78334194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:89:89:59:62:0.410596:21:38:42:47:21:41:42:47 chr12 78598891 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.08;QD=56.9569;RBI=0.0248374;REFB=0;REVB=-0.00844983;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28062e-05;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 79611374 . C T 429.91 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0240711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2281;QD=17.3703;RBI=0.0446882;REFB=0.00199122;REVB=0.0376512;RO=55;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141811;STB=0.579525;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00206657;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:17:27:26:29:17:27:26:29 chr12 79685913 . C A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0112694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.692;QD=12.7368;RBI=0.0249448;REFB=-0.00974897;REVB=-0.0222541;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111959;STB=0.556889;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0235876;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:16:11:5:11:17:11 chr12 80014907 . A C,T 1140.99 PASS AF=0.564103,0.435897;AO=44,34;DP=78;FAO=44,34;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17,21;FSAR=27,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160452,-0.00401497;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=180.64,218.205;QD=58.5123;RBI=0.0232222,0.0103805;REFB=0,0;REVB=0.0167876,0.00957259;RO=0;SAF=17,21;SAR=27,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.54734e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00415993,0.00279325;OID=.,.;OPOS=80014907,80014907;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:78:78:0:0:44,34:44,34:0.564103,0.435897:27,13:17,21:0:0:27,13:17,21:0:0 chr12 80190650 . C G 562.53 PASS AF=0.42;AO=63;DP=152;FAO=63;FDP=150;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0179618;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3464;QD=15.0008;RBI=0.033509;REFB=-0.0108442;REVB=-0.0282883;RO=86;SAF=30;SAR=33;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842801;STB=0.543712;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0149192;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:150:86:87:63:63:0.42:33:30:48:38:33:30:48:39 chr12 80655832 . A T 106.03 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0179178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.984;QD=11.4623;RBI=0.0195819;REFB=-0.00451801;REVB=0.00789966;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493669;STB=0.738748;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.011893;OID=.;OPOS=80655832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:10:2:14:10:10:3:14:10 chr12 80712420 . G A 1471.24 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.73;QD=63.2791;RBI=0.0203738;REFB=0;REVB=0.0183187;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99317e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:38:54:0:0:39:54:0:0 chr12 80735771 . T C 715.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193918;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.975;QD=57.2403;RBI=0.0328666;REFB=0;REVB=0.0265362;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52241e-05;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr12 80737521 . C T 1505.73 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.347;QD=58.475;RBI=0.0160719;REFB=-0.0863531;REVB=0.00324126;RO=1;SAF=58;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811065;STB=0.504273;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000141978;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:44:58:1:0:44:58:1:0 chr12 80747242 . A G 903.87 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740214;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.336;QD=58.3141;RBI=0.074889;REFB=0;REVB=0.011367;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060381;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr12 80752660 . A G 726.85 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323556;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6376;QD=57.008;RBI=0.0323876;REFB=0;REVB=-0.00144083;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28383e-05;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr12 80761430 . G A 843.07 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.417;QD=57.1574;RBI=0.025783;REFB=0;REVB=0.0147867;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127797;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:40:17:0:0:41:18:0:0 chr12 80761465 . G A 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3743;QD=64.4003;RBI=0.0520432;REFB=0;REVB=-0.0255362;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488959;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr12 80765800 . A G 740.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.933;QD=56.9394;RBI=0.0203374;REFB=0;REVB=0.0180493;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68922e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr12 80771813 . G A 972.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.603;QD=58.9506;RBI=0.00296208;REFB=0;REVB=0.00269018;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15154e-06;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr12 80816492 . C T 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00220439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3591;QD=58.24;RBI=0.0332882;REFB=-0.0701626;REVB=-0.0332151;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00204945;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:25:14:0:0:25:14:1:0 chr12 80818876 . A G 1926.38 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0524767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2026;QD=59.2732;RBI=0.0555453;REFB=-0.159667;REVB=-0.0182066;RO=2;SAF=62;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150798;STB=0.50012;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00364407;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:130:130:2:2:127:128:0.984615:65:62:2:0:65:63:1:1 chr12 80889829 . T A 432.24 PASS AF=0.475248;AO=46;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.00900703;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.51;QD=17.1185;RBI=0.00905956;REFB=-0.0223874;REVB=-0.000974146;RO=53;SAF=29;SAR=17;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311519;STB=0.508379;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0362436;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:46:48:0.475248:17:29:35:18:17:31:35:18 chr12 80899901 . C A 209.42 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00662983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.255;QD=19.9449;RBI=0.00695631;REFB=-0.0151888;REVB=-0.0021061;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117232;STB=0.599902;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.011359;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:18:21:19:21:0.5:7:12:9:9:7:14:10:11 chr12 80900397 . C G 278.28 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0154147;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7376;QD=15.6777;RBI=0.0566943;REFB=-0.0112042;REVB=-0.0545585;RO=40;SAF=17;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979804;STB=0.555318;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0110944;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:40:40:31:31:0.43662:14:17:18:22:14:17:18:22 chr12 80935345 . T C 454.32 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.00199986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.88;QD=17.4738;RBI=0.0379481;REFB=-0.00417826;REVB=0.0378954;RO=55;SAF=24;SAR=25;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17381;STB=0.596364;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00332491;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:25:24:37:18:25:24:37:18 chr12 80936082 . C T 301.5 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0220423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.711;QD=16.7498;RBI=0.0244259;REFB=-0.00413049;REVB=0.0105244;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25471;STB=0.649033;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00529232;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:21:12:24:14:21:12:25:14 chr12 81064176 . T C 371.27 PASS AF=0.493827;AO=36;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0149565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.468;QD=18.3341;RBI=0.0346151;REFB=-0.00965683;REVB=-0.0312172;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908404;STB=0.508193;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00915828;OID=.;OPOS=81064176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:41:36:40:0.493827:11:25:25:16:15:25:25:16 chr12 81329536 . A C 1168.91 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.207;QD=58.4454;RBI=0.121952;REFB=-0.058181;REVB=0.100357;RO=2;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385173;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:2:0:78:80:1:34:44:0:2:36:44:0:0 chr12 81627238 . C T 283.7 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0161723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4543;QD=23.1593;RBI=0.0418094;REFB=-0.050989;REVB=-0.0385549;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128245;STB=0.571375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0350394;OID=.;OPOS=81627238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:8:15:13:13:8:15 chr12 81769581 . C T 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0651944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7203;QD=12.5457;RBI=0.0674712;REFB=-0.00727599;REVB=-0.0173799;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990658;STB=0.50569;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0119146;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:12:14:23:19:12:14:23:19 chr12 81833745 . G T 331.42 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00299645;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.314;QD=18.4125;RBI=0.00683474;REFB=-0.00580059;REVB=0.00614288;RO=37;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255893;STB=0.514278;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0052804;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:18:17:19:18:18:17:19:18 chr12 82617454 . T G 493.08 PASS AF=0.439024;AO=53;DP=122;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00855953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.797;QD=16.035;RBI=0.034783;REFB=-0.0276072;REVB=0.0337134;RO=69;SAF=35;SAR=18;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724012;STB=0.544362;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0340528;OID=.;OPOS=82617454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:69:69:53:54:0.439024:18:35:41:28:18:36:41:28 chr12 82783668 . C T 769.31 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.522;QD=56.9862;RBI=0.0273867;REFB=0;REVB=-0.0169146;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40902e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr12 82792787 . C A 409.6 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.268;QD=56.497;RBI=0.0226561;REFB=0;REVB=0.0161605;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686638;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr12 83415719 . G C 230.88 PASS AF=0.55;AO=18;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0242266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3801;QD=23.0878;RBI=0.0273623;REFB=-0.0062185;REVB=-0.0127189;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220895;STB=0.563922;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00546764;OID=.;OPOS=83415719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:18:18:22:0.55:4:14:9:7:8:14:9:9 chr12 88440676 . G C 496.35 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00319787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.352;QD=16.4084;RBI=0.00324267;REFB=-0.0251996;REVB=-0.000537178;RO=62;SAF=33;SAR=21;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139724;STB=0.583225;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.033844;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:62:67:54:54:0.446281:21:33:29:33:21:33:31:36 chr12 88500847 . T C 238.5 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.0298226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.4195;QD=9.73474;RBI=0.0400619;REFB=-0.0120286;REVB=0.0267502;RO=67;SAF=22;SAR=8;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127082;STB=0.582606;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0374796;OID=.;OPOS=88500847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:68:30:30:0.306122:8:22:43:24:8:22:43:25 chr12 88505078 . T C 545.1 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6692;QD=57.3791;RBI=0.0527218;REFB=-0.118932;REVB=0.0469301;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00576979;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:11:26:0:0:11:26:1:0 chr12 88508258 . T C 298.68 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00665721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.862;QD=23.8941;RBI=0.014982;REFB=-0.0257135;REVB=0.0134217;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195862;STB=0.60822;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0161218;OID=.;OPOS=88508258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:18:5:12:15:18:5 chr12 88547277 . T C 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.696;QD=56.0059;RBI=0.028875;REFB=-0.0956543;REVB=0.0153809;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00084542;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:21:39:0:1:21:39:0:1 chr12 89741904 . T A 190.71 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.00358473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2349;QD=9.53543;RBI=0.00386288;REFB=0.00672811;REVB=0.00143927;RO=54;SAF=20;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292779;STB=0.682764;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00682779;OID=.;OPOS=89741904;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:5:20:32:22:5:20:32:23 chr12 89743223 . G A 1869.87 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199312;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.218;QD=60.8088;RBI=0.0398325;REFB=-0.103133;REVB=0.0344874;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.503875;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00061743;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:123:123:0:1:121:122:0.99187:63:58:0:0:64:58:0:1 chr12 89744773 . A C 153.08 PASS AF=0.3;AO=22;DP=71;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0116527;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4022;QD=8.74747;RBI=0.0117803;REFB=-0.00867995;REVB=0.00172898;RO=48;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386166;STB=0.729118;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0426794;OID=.;OPOS=89744773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:48:49:22:21:0.3:5:17:22:26:5:16:22:27 chr12 89744826 . A G 159.34 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.034434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.617;QD=9.95849;RBI=0.0405696;REFB=-0.00442161;REVB=-0.0214521;RO=43;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364185;STB=0.714082;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0134427;OID=.;OPOS=89744826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:6:15:17:26:6:15:17:26 chr12 89853408 . GA AA,AT 347.6 PASS AF=0.506173,0;AO=32,4;DP=80;FAO=41,0;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22,0;FSAR=19,0;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00212318,-0.0591919;FXX=0.0121936;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=77.7266,161.277;QD=17.1652;RBI=0.00232772,0.0592176;REFB=-0.0218752,0.000942665;REVB=-0.000954142,0.001742;RO=39;SAF=13,4;SAR=19,0;SRF=21;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129929,0.555959;STB=0.506663,0.5;STBP=0.899,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0246881,0.0720597;OID=.,.;OPOS=89853408,89853408;OREF=G,GA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:32,4:41,0:0.506173,0:19,0:13,4:21:18:19,0:22,0:22:18 chr12 89917518 . A G 329.72 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0573959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3914;QD=20.9345;RBI=0.0592255;REFB=-0.0142191;REVB=-0.0146073;RO=29;SAF=25;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262623;STB=0.646238;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0179333;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:9:25:13:16:9:25:13:16 chr12 90028901 . T C 384.06 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.000606851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.359;QD=17.658;RBI=0.000959077;REFB=-0.00963946;REVB=0.000742671;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480367;STB=0.52685;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.011593;OID=.;OPOS=90028901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:20:27:21:19:20:27 chr12 90049367 . C T 225.77 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0124053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.497;QD=20.5244;RBI=0.0232859;REFB=-0.0479794;REVB=0.0197063;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186486;STB=0.612603;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0475166;OID=.;OPOS=90049367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:12:9:14:8:13:9:14:8 chr12 91340273 . G T 227.76 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00465107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.49;QD=13.8035;RBI=0.0240295;REFB=-0.0085126;REVB=-0.0235751;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.571209;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0217916;OID=.;OPOS=91340273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:19:20:17:10:19:20 chr12 91348589 . C T 102.49 PASS AF=0.139241;AO=22;DP=159;FAO=22;FDP=158;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.00788958;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.513;QD=2.59458;RBI=0.0151925;REFB=-0.00128548;REVB=-0.0129833;RO=135;SAF=12;SAR=10;SRF=79;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051071;STB=0.53735;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00921122;OID=.;OPOS=91348589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:135:136:22:22:0.139241:10:12:79:56:10:12:80:56 chr12 91348640 . G A 897.34 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=182;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=67;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=-0.0172429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7387;QD=19.7218;RBI=0.0276041;REFB=-0.00657923;REVB=0.0215562;RO=92;SAF=67;SAR=23;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213176;STB=0.618053;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00764272;OID=.;OPOS=91348640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:92:92:90:90:0.494505:23:67:50:42:23:67:50:42 chr12 91348786 . G T 1040.17 PASS AF=0.936709;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0310585;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.827;QD=52.6667;RBI=0.0310768;REFB=-0.229881;REVB=-0.00106769;RO=6;SAF=48;SAR=25;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555486;STB=0.524265;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00154801;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:79:79:6:5:73:74:0.936709:25:48:6:0:25:49:5:0 chr12 91449990 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.805;QD=53.9323;RBI=0.018458;REFB=0.078347;REVB=0.0154108;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00136058;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:0:1 chr12 92818786 . A G 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00254707;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.249;QD=10.0755;RBI=0.0604937;REFB=-0.00539886;REVB=-0.0604401;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173784;STB=0.608385;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0124175;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:11:3:1:7:11:3 chr12 92819139 . A C 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0609728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7295;QD=29.3724;RBI=0.0943679;REFB=-0.0701847;REVB=0.0720252;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530245;STB=0.529377;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0308842;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:8:9:3:4:8:9:3:4 chr12 92819466 . C T 559.69 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00595031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.384;QD=28.7022;RBI=0.00731848;REFB=0.00583324;REVB=-0.00426075;RO=27;SAF=31;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682234;STB=0.531606;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00208494;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:28:50:50:0.641026:19:31:14:13:19:31:15:13 chr12 93102295 . G A 1441.65 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0254584;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.315;QD=62.0065;RBI=0.0285811;REFB=0.0606085;REVB=-0.0129903;RO=1;SAF=61;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770909;STB=0.504064;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000475487;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:1:1:92:92:0.989247:31:61:1:0:31:61:1:0 chr12 93147907 . A T 2236.11 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.487;QD=63.4358;RBI=0.0518942;REFB=0;REVB=0.0402388;RO=0;SAF=84;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115918;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:56:84:0:0:56:85:0:0 chr12 93150102 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.448;QD=54.5166;RBI=0.0196448;REFB=0;REVB=0.016263;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184811;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 93155535 . G A 1206.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.639;QD=61.1083;RBI=0.0234305;REFB=0;REVB=0.0221188;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8845e-05;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr12 93166538 . A G 1343.64 PASS AF=0.869565;AO=100;DP=115;FAO=100;FDP=115;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00674394;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.098;QD=46.7354;RBI=0.0209159;REFB=-0.202353;REVB=0.0197988;RO=11;SAF=32;SAR=68;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102796;STB=0.540721;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00198351;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:115:115:11:15:100:100:0.869565:68:32:9:2:68:32:9:6 chr12 93196422 . T G 368.73 PASS AF=0.783784;AO=31;DP=39;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00525014;FXX=0.0512689;HRUN=9;LEN=1;MLLD=249.343;QD=39.8625;RBI=0.0219882;REFB=-0.0298386;REVB=0.0213522;RO=8;SAF=20;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831958;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450519;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:37:8:8:31:29:0.783784:11:20:5:3:11:18:5:3 chr12 93202801 . C T 1861.79 PASS AF=1;AO=102;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201539;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.355;QD=61.0424;RBI=0.0480579;REFB=0;REVB=0.0436277;RO=1;SAF=68;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286504;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:1:0:102:122:1:34:68:0:1:52:70:0:0 chr12 93692934 . G A 601.49 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.624;QD=58.6824;RBI=0.0155443;REFB=-0.126048;REVB=0.00101293;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000467646;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:0:1 chr12 93803699 . T A 241.52 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00331286;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.101;QD=12.2287;RBI=0.00416738;REFB=-0.00874629;REVB=0.00252824;RO=50;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132957;STB=0.576763;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0188526;OID=.;OPOS=93803699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:50:50:29:29:0.367089:19:10:23:27:19:10:23:27 chr12 93967035 . A G 495.75 PASS AF=0.356725;AO=59;DP=170;FAO=61;FDP=171;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.000976843;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.143;QD=11.5965;RBI=0.021801;REFB=-0.013435;REVB=0.0217791;RO=111;SAF=25;SAR=34;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113054;STB=0.570191;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0208194;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:111:110:59:61:0.356725:34:25:58:53:36:25:57:53 chr12 93967755 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00814142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.791;QD=21.7426;RBI=0.0406698;REFB=-0.0170877;REVB=0.0398466;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00713958;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr12 93968197 . T C 189.17 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0317722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.903;QD=13.0461;RBI=0.0340672;REFB=-0.0195684;REVB=0.0122923;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560058;STB=0.521454;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0298402;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:10:13:21:13:10:13:21:14 chr12 93968256 . G A 239.38 PASS AF=0.491525;AO=23;DP=55;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00273297;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.391;QD=16.2293;RBI=0.00360914;REFB=-0.0143886;REVB=-0.00235728;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259367;STB=0.609683;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0160858;OID=.;OPOS=93968256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:30:30:23:29:0.491525:13:10:21:9:15:14:21:9 chr12 93968258 . T A 34.47 PASS AF=0.126984;AO=9;DP=56;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0580489;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.0895;QD=2.18846;RBI=0.107918;REFB=-0.00548207;REVB=-0.0909763;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291368;STB=0.539319;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0619974;OID=.;OPOS=93968258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:63:47:55:9:8:0.126984:4:5:25:22:3:5:32:23 chr12 93968288 . C A 235.68 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00373792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.133;QD=19.2392;RBI=0.00769395;REFB=-0.00451211;REVB=-0.00672494;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162328;STB=0.591322;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00606538;OID=.;OPOS=93968288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:18:8:11:12:18:8 chr12 93968353 . C CT,T 195.41 PASS AF=0.431373,0;AO=17,5;DP=52;FAO=22,0;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9,0;FSAR=13,0;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0267109,-0.0413115;FXX=0.0192271;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=75.3657,76.0418;QD=15.3266;RBI=0.0406492,0.0461484;REFB=-0.0152965,-0.00784722;REVB=0.0306412,0.0205678;RO=30;SAF=9,0;SAR=8,5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114873,-0.697069;STB=0.618941,0.5;STBP=0.15,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0147315,0;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:29:17,5:22,0:0.431373,0:8,5:9,0:19:11:13,0:9,0:18:11 chr12 94132186 . T A 302.76 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00574012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.314;QD=17.057;RBI=0.0185842;REFB=-0.0223284;REVB=-0.0176755;RO=37;SAF=27;SAR=6;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192343;STB=0.604408;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0182277;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:38:33:33:0.464789:6:27:25:12:6:27:26:12 chr12 94243853 . C T 456.93 PASS AF=0.475728;AO=42;DP=96;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00598136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.58;QD=17.7446;RBI=0.0327714;REFB=-0.0485745;REVB=0.032221;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478733;STB=0.505349;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0312284;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:54:54:42:49:0.475728:19:23:27:27:24:25:27:27 chr12 94543506 . C T 1851.9 PASS AF=1;AO=102;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8171;QD=61.2197;RBI=0.224315;REFB=0;REVB=0.0314659;RO=1;SAF=45;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104268;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160143;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:1:0:102:121:1:57:45:1:0:61:60:0:0 chr12 94645255 . A G 2281.01 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979269;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.371;QD=63.8044;RBI=0.0107011;REFB=0;REVB=-0.0043146;RO=0;SAF=88;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13342e-06;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:143:0:0:143:143:1:55:88:0:0:55:88:0:0 chr12 94671743 . G C 1142.04 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0628221;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.403;QD=59.3268;RBI=0.0657512;REFB=0.0299116;REVB=0.0194062;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00168645;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:1:0:43:33:1:0 chr12 94673277 . G A 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0163997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.762;QD=18.0092;RBI=0.0167923;REFB=-0.00276497;REVB=-0.00360989;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517645;STB=0.502856;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00278339;OID=.;OPOS=94673277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:21:14:15:22:21:14:15:23 chr12 94673509 . GCC G,GC 214.71 PASS AF=0,1;AO=3,18;DP=23;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657998,-0.122387;FXX=0.0434594;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=7.99845,14.8793;QD=39.0383;RBI=0.108499,0.196362;REFB=0,0;REVB=-0.0862696,-0.153556;RO=0;SAF=1,10;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.365854,0.365854;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0150618;OID=.,.;OPOS=94673510,94673510;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,18:23:0,22:22:0:0,11:0,11:0:0:4:0:1,10:2,8:0:0 chr12 94769758 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.937;QD=59.3221;RBI=0.0109614;REFB=0;REVB=-0.00753586;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51174e-07;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr12 94772742 . C T 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0722156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.254;QD=14.7897;RBI=0.0738462;REFB=-0.0219479;REVB=-0.0154327;RO=27;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266302;STB=0.654992;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.022021;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:13:5:14:13:13:5:14:13 chr12 94909268 . C T 59.01 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00025608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.851;QD=9.83512;RBI=0.0749083;REFB=-0.0239885;REVB=-0.0749079;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0269774;OID=.;OPOS=94909268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:24:24:14:15:8:9:0.375:4:4:6:8:4:5:6:9 chr12 94909304 . A G 358.82 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.947;QD=55.2035;RBI=0.0969524;REFB=0;REVB=0.0537753;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800551;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:21:3:0:0:21:5:0:0 chr12 94955644 . G T 215.31 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0162486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.354;QD=8.87864;RBI=0.0284971;REFB=-0.00295357;REVB=-0.0234109;RO=67;SAF=7;SAR=21;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245289;STB=0.658838;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00677448;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:69:28:28:0.28866:21:7:29:38:21:7:31:38 chr12 95470600 . A ATCTT,T 1337.61 PASS AF=1,0;AO=69,4;DP=105;FAO=87,0;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=51,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272176,-0.0155209;FXX=0.0645092;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=183.903,70.7918;QD=61.4995;RBI=0.0491496,0.0155226;REFB=0,0;REVB=0.0409253,-0.000229827;RO=13;SAF=27,4;SAR=42,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.045446,0.670429;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=6.59895e-05,0;OID=.,.;OPOS=95470601,95470600;OREF=-,A;OALT=TCTT,T;OMAPALT=ATCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:105:87:13:0:69,4:87,0:1,0:42,0:27,4:7:6:51,0:36,0:0:0 chr12 95475220 . A G 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0221927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.522;QD=13.2306;RBI=0.0222163;REFB=-0.00590694;REVB=-0.00102334;RO=28;SAF=14;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433635;STB=0.749674;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0184239;OID=.;OPOS=95475220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:3:14:13:15:3:14:14:15 chr12 95478353 . C T 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0483955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.573;QD=21.1274;RBI=0.048841;REFB=0.0029579;REVB=-0.00658189;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311738;STB=0.668138;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00127078;OID=.;OPOS=95478353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:17:5:11:9:17:5:11:10 chr12 95604074 . T C 394.11 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.02083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2055;QD=14.4626;RBI=0.0230317;REFB=0.0101108;REVB=0.0098269;RO=60;SAF=31;SAR=14;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100551;STB=0.560117;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0123639;OID=.;OPOS=95604074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:109:60:63:45:46:0.422018:14:31:36:24:14:32:38:25 chr12 95604290 . T C 158.57 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00506574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.44;QD=8.23752;RBI=0.0170054;REFB=-0.00390414;REVB=0.0162333;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249046;STB=0.654067;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00638555;OID=.;OPOS=95604290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:55:22:22:0.285714:8:14:23:31:8:14:23:32 chr12 95637234 . C T 142.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0747494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2358;QD=15.0518;RBI=0.0755057;REFB=-0.0241622;REVB=0.0106598;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241158;STB=0.638544;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0458899;OID=.;OPOS=95637234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:15:7:9:7:15:7 chr12 95681554 . C T 427.42 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0450488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.016;QD=21.9187;RBI=0.0450583;REFB=-0.00356976;REVB=0.000924928;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495357;STB=0.514699;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00289907;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:36:41:42:0.538462:21:20:15:20:22:20:16:20 chr12 95694394 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0383233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.593;QD=56.0115;RBI=0.0383387;REFB=-0.0893753;REVB=-0.00108668;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000384446;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:1:0:22:12:1:0 chr12 95695804 . C A 97.31 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0236123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.305;QD=12.9742;RBI=0.0241254;REFB=-0.0380336;REVB=0.0049492;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697097;STB=0.517213;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0333839;OID=.;OPOS=95695804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:11:12:0.4:6:5:7:11:7:5:7:11 chr12 95774672 . C G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0283738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.357;QD=22.6785;RBI=0.028386;REFB=-0.0244227;REVB=0.000832184;RO=5;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00847569;OID=.;OPOS=95774672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:7:3:2:3:7:3:2:3 chr12 95906603 . C A 504.08 PASS AF=0.5;AO=48;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0153429;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.232;QD=20.5747;RBI=0.0297826;REFB=-0.000427692;REVB=-0.0255265;RO=46;SAF=34;SAR=14;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080103;STB=0.547925;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000250272;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:49:48:49:0.5:14:34:29:17:14:35:31:18 chr12 95927762 . T C 470.05 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=17;FWDB=0.054613;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9005;QD=15.7998;RBI=0.0558029;REFB=-0.0187829;REVB=0.0114626;RO=67;SAF=22;SAR=30;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317368;STB=0.676205;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0192538;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:67:67:52:52:0.436975:30:22:50:17:30:22:50:17 chr12 96052721 . G A 263.35 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00346593;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.739;QD=16.9902;RBI=0.0119299;REFB=-0.020362;REVB=0.0114153;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555995;STB=0.531229;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0233309;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:19:14:14:15:19:14 chr12 96260947 . A G 817.42 PASS AF=0.967742;AO=56;DP=58;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0189004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.9915;QD=52.7367;RBI=0.0254717;REFB=0.030665;REVB=0.0170758;RO=2;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254762;STB=0.512191;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00241471;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:62:2:2:56:60:0.967742:36:20:0:2:40:20:0:2 chr12 96284650 . A G 746.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.805;QD=63.544;RBI=0.00758367;REFB=0;REVB=-0.00252321;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66949e-05;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr12 96288860 . T C 794.81 PASS AF=0.435233;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=193;FR=.;FRO=109;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.0407134;FXX=0.00515437;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.611;QD=16.4728;RBI=0.0462823;REFB=-0.0123074;REVB=0.0220107;RO=109;SAF=34;SAR=50;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148371;STB=0.582673;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0116642;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:109:109:84:84:0.435233:50:34:60:49:50:34:60:49 chr12 96374563 . T C 874.47 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=74;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00535444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.887;QD=47.2685;RBI=0.0109285;REFB=-0.0254521;REVB=0.00952686;RO=8;SAF=23;SAR=42;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599137;STB=0.526402;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00103918;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:74:74:8:9:65:65:0.878378:42:23:5:3:42:23:5:4 chr12 96374614 . C T 613.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.111;QD=61.3142;RBI=0.0251828;REFB=0;REVB=0.0149396;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30809e-05;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:26:12:0:0:28:12:0:0 chr12 96641016 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00296434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.261;QD=14.6492;RBI=0.0181507;REFB=-0.00436429;REVB=-0.017907;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299292;STB=0.672041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00653081;OID=.;OPOS=96641016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:14:5:8:6:14:5 chr12 96821251 . A T 1324.46 PASS AF=0.988506;AO=87;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7441;QD=60.8945;RBI=0.0512003;REFB=0.00250682;REVB=0.048946;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000241287;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:87:86:0.988506:46:41:0:0:46:40:1:0 chr12 96958292 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0146845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=376.829;QD=16.0341;RBI=0.0170653;REFB=-0.00619534;REVB=0.00869436;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121791;STB=0.570104;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00877215;OID=.;OPOS=96958292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:15:13:7:13:15:13 chr12 96992494 . C T 232.03 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0122257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.622;QD=14.7319;RBI=0.0204923;REFB=0.00934161;REVB=0.0164458;RO=35;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423253;STB=0.735595;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00705418;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:26:27:0.428571:8:18:9:26:8:19:10:26 chr12 97020673 . T C 508.65 PASS AF=0.482143;AO=54;DP=112;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=0.0356403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.513;QD=18.1661;RBI=0.0421631;REFB=-0.00156476;REVB=0.0225277;RO=58;SAF=37;SAR=17;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237463;STB=0.513153;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00197462;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:58:54:54:0.482143:17:37:41:17:17:37:41:17 chr12 97023937 . A C 206.48 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0796787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8614;QD=13.1097;RBI=0.172493;REFB=0.0189316;REVB=0.152987;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349259;STB=0.519984;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0267296;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:10:15:24:14:10:15:24:14 chr12 97023939 . A T 360.11 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0246233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.782;QD=22.8638;RBI=0.0286513;REFB=-0.0145038;REVB=0.014649;RO=26;SAF=24;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746814;STB=0.551695;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00960753;OID=.;OPOS=97023939;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:12:24:15:11:12:24:15:12 chr12 97024355 . A C 389.3 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0703898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.089;QD=24.331;RBI=0.0811026;REFB=-0.0429581;REVB=0.0402853;RO=24;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294542;STB=0.531234;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0296615;OID=.;OPOS=97024355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:26:38:38:0.59375:19:19:11:13:19:19:11:15 chr12 97098549 . T C 593.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.641;QD=60.8801;RBI=0.0424355;REFB=0;REVB=-0.000914516;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639395;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:1:0:38:39:1:19:19:1:0:19:20:0:0 chr12 97102578 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4834;QD=46.8469;RBI=0.0311055;REFB=0;REVB=0.0296536;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012933;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr12 97114231 . G A 245.01 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0619356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0153;QD=20.852;RBI=0.0666518;REFB=0.0189401;REVB=0.024626;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038631;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0136792;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:11:12:11:12:12:12:11:12 chr12 97136218 . T C 367.54 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0176924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0803;QD=21.9427;RBI=0.0889617;REFB=-0.0253868;REVB=0.0871847;RO=29;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106785;STB=0.550697;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0319923;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:30:37:37:0.552239:19:18:18:11:19:18:18:12 chr12 97136239 . G A 1239.93 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.23;QD=61.2312;RBI=0.0198872;REFB=0;REVB=0.019751;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18555e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:32:47:0:0:34:47:0:0 chr12 97254620 . G A 2173.68 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214;QD=62.1051;RBI=0.0426927;REFB=-0.124093;REVB=0.0278108;RO=1;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725827;STB=0.503816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000226222;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:138:139:0.992857:65:73:0:1:65:74:0:1 chr12 98332904 . TCA T 423.18 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151126;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.888;QD=56.4242;RBI=0.0163189;REFB=0;REVB=0.00615743;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.67392e-05;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:29:30:30:0:21:9:0:0:4:0:20:7:0:0 chr12 98897267 . C T 1026.17 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199779;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1553;QD=57.8125;RBI=0.0212594;REFB=0.0170819;REVB=0.0072695;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000699118;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:0:1:69:70:0.985915:35:34:0:0:36:34:0:1 chr12 99007623 . C T 371.35 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00399922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3031;QD=17.6833;RBI=0.0820687;REFB=-0.0293934;REVB=-0.0819712;RO=45;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150458;STB=0.584289;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0482359;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:14:25:22:23:14:25:22:23 chr12 99477625 . T C 397.24 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0617988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9886;QD=20.6358;RBI=0.0722101;REFB=-0.0217756;REVB=-0.0373525;RO=36;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430237;STB=0.517638;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0186529;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:40:40:0.519481:18:22:18:18:18:22:19:18 chr12 99640428 . T C 1625.87 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.704;QD=59.1226;RBI=0.0248307;REFB=-0.0145565;REVB=0.0176676;RO=0;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84033e-08;STB=0.503545;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=3.38201e-05;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:0:1:109:109:0.990909:39:70:0:0:39:70:1:0 chr12 99640557 . T C 1549.85 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.12;QD=59.6096;RBI=0.0617714;REFB=0;REVB=0.0169662;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45235e-05;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:48:53:0:0:49:55:0:0 chr12 100893636 . C T 309.37 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=18;FWDB=-0.0417644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7502;QD=11.8986;RBI=0.0949352;REFB=0.00788031;REVB=-0.0852551;RO=66;SAF=21;SAR=17;SRF=48;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202284;STB=0.614724;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0201024;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:17:21:48:18:17:21:48:18 chr12 101017445 . T C 1496.5 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.603;QD=57.0096;RBI=0.0900083;REFB=-0.0104226;REVB=0.0791046;RO=2;SAF=60;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332019;STB=0.505881;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000126844;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:105:105:2:1:102:104:0.990476:42:60:1:1:42:62:0:1 chr12 101018014 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0125765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.313;QD=10.1403;RBI=0.0157379;REFB=0.0122557;REVB=-0.0094611;RO=28;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130915;STB=0.579579;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0298342;OID=.;OPOS=101018014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:3:10:19:9:3:10:19:9 chr12 101520689 . A G 448.72 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0116574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1252;QD=21.3677;RBI=0.011732;REFB=-0.00202687;REVB=0.0013214;RO=38;SAF=23;SAR=21;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252146;STB=0.524989;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00192638;OID=.;OPOS=101520689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:44:44:0.52381:21:23:21:17:21:23:23:17 chr12 101522078 . C G 258.46 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0147036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.574;QD=13.9708;RBI=0.0279788;REFB=-0.00985947;REVB=-0.0238038;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129206;STB=0.573428;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00805944;OID=.;OPOS=101522078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:16:14:26:18:16:14:26:18 chr12 101552075 . G A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0499;QD=58.4193;RBI=0.0595556;REFB=0;REVB=0.00980934;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446848;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:20:43:0:0:20:43:0:0 chr12 101560328 . C A 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00487898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.822;QD=21.4742;RBI=0.0118093;REFB=-0.0083114;REVB=-0.0107543;RO=25;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238825;STB=0.631854;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00593961;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:18:13:18:7:18:13:18:7 chr12 101561940 . A T 73.45 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.013229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.658;QD=9.47691;RBI=0.0405098;REFB=-0.0275354;REVB=0.0382888;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110149;STB=0.580488;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0284911;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:20:21:10:10:0.322581:5:5:12:8:5:5:13:8 chr12 101587518 . C T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00900564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.373;QD=14.047;RBI=0.0115388;REFB=-0.0113887;REVB=-0.00721396;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916266;STB=0.553133;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0219266;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:17:12:9:9:17:12 chr12 101683929 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0137285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.627;QD=12.7914;RBI=0.0143098;REFB=-0.00917067;REVB=-0.00403726;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.59987;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0119925;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:18:5:5:9:18:5 chr12 101732670 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00285449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.199;QD=21.8416;RBI=0.0130009;REFB=-0.0771311;REVB=0.0126837;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418591;STB=0.749058;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0370467;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:0:2:1:5:0:2 chr12 101750814 . T A 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.752;QD=59.4973;RBI=0.00464265;REFB=0;REVB=0.00341791;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.50069e-06;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr12 101755809 . T C 409.15 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00332226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.753;QD=23.3798;RBI=0.0137827;REFB=-0.0206496;REVB=0.0133763;RO=30;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14898;STB=0.582048;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0198201;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:30:40:40:0.571429:26:14:16:14:26:14:16:14 chr12 101866174 . C A 946.72 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4986;QD=55.6895;RBI=0.0285918;REFB=-0.119688;REVB=-0.025444;RO=2;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816261;STB=0.504321;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00201321;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:24:42:1:1:24:42:1:1 chr12 102064118 . T C 1153.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1127;QD=60.7017;RBI=0.0487019;REFB=0;REVB=-0.0214299;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514429;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr12 102069077 . A G 241.21 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.000481902;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.235;QD=16.635;RBI=0.00107723;REFB=-0.00974079;REVB=-0.000963425;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27702;STB=0.641502;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00584316;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:31:26:27:0.465517:10:16:10:21:11:16:10:21 chr12 102079418 . G A 1419.69 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288999;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.801;QD=63.0975;RBI=0.0603673;REFB=0;REVB=0.053;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027651;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chr12 102108345 . T C 664.72 PASS AF=0.453333;AO=50;DP=147;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.0247519;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=47.7134;QD=17.7259;RBI=0.0439238;REFB=-0.0237498;REVB=-0.0362856;RO=49;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010392;STB=0.55687;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0232075;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:49:82:50:68:0.453333:28:22:21:28:37:31:29:53 chr12 102117589 . C T 1338.12 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.149;QD=62.2382;RBI=0.0181881;REFB=0;REVB=0.00939571;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15496e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:46:39:0:0:46:40:0:0 chr12 102158191 . G A 538.5 PASS AF=0.488095;AO=36;DP=87;FAO=41;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00860575;FXX=0.0344788;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.323;QD=25.6427;RBI=0.0275038;REFB=-0.0204726;REVB=0.0261227;RO=23;SAF=25;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167481;STB=0.551861;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0171017;OID=.;OPOS=102158191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:23:24:36:41:0.488095:11:25:11:12:15:26:12:12 chr12 102158763 . T C 563.85 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.476;QD=59.3531;RBI=0.0523489;REFB=0;REVB=0.0433254;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914777;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr12 102173654 . T C 1065.78 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067433;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.326;QD=60.0439;RBI=0.0832818;REFB=0;REVB=0.0488738;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927891;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr12 102279115 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0398004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6456;QD=16.5273;RBI=0.101662;REFB=-0.0239796;REVB=-0.0935471;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264413;STB=0.647984;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0233823;OID=.;OPOS=102279115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:22:7:13:12:22:7 chr12 102279193 . G A 759.08 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0284;QD=56.2284;RBI=0.0138217;REFB=0;REVB=0.00750078;RO=0;SAF=43;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658298;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:10:43:0:0:11:43:0:0 chr12 102315359 . G T 210.96 PASS AF=0.253968;AO=17;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00436686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.36;QD=13.3942;RBI=0.010592;REFB=-0.00178991;REVB=-0.00964995;RO=36;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607851;STB=0.559514;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0156421;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:62:63:36:37:17:16:0.253968:11:6:11:25:10:6:11:26 chr12 102321186 . CTTT CTTTC,C,CT 467.71 PASS AF=0.164179,0.835821,0;AO=8,21,14;DP=67;FAO=11,56,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=2,47,0;FSAR=9,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151335,0.196603,0.293968;FXX=0.0694348;HRUN=0,15,15;LEN=1,3,2;MLLD=242.401,10.3521,7.4977;QD=27.923;RBI=0.210782,0.302603,0.391006;REFB=0,0,0;REVB=-0.210238,-0.230034,-0.257814;RO=3;SAF=1,18,14;SAR=7,3,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.510243,-0.0709996,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,del,del;VARB=0.0417034,0.00702318,0;OID=.,.,.;OPOS=102321190,102321187,102321187;OREF=-,TTT,TT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTTTC,C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.164179,0.835821,0:8,21,14:67:11,56,0:67:0:2,47,0:9,9,0:0:0:48:3:1,18,14:7,3,0:3:0 chr12 102321583 . C T 350.84 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0401189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5134;QD=20.6376;RBI=0.0629072;REFB=-0.0373612;REVB=-0.048454;RO=32;SAF=12;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149961;STB=0.583286;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0421092;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:24:12:16:16:24:12:16:16 chr12 102455729 . G A 538.16 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0284823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.087;QD=24.1868;RBI=0.0287564;REFB=-0.00326832;REVB=0.00396076;RO=38;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637739;STB=0.539452;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00190852;OID=.;OPOS=102455729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:21:29:25:13:21:29:26:13 chr12 102517699 . T C 446.42 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00825567;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.136;QD=25.1507;RBI=0.118609;REFB=-0.0100078;REVB=0.118321;RO=27;SAF=24;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115706;STB=0.522438;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00990035;OID=.;OPOS=102517699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:29:42:42:0.591549:18:24:15:12:18:24:15:14 chr12 102517804 . G A 429.06 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0242119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.714;QD=35.7552;RBI=0.024324;REFB=-0.0483964;REVB=-0.00233223;RO=14;SAF=22;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838953;STB=0.545664;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0202931;OID=.;OPOS=102517804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:34:34:0.708333:12:22:7:7:12:22:7:7 chr12 102545563 . A G 171.66 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00272956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.522;QD=12.4842;RBI=0.00851496;REFB=-0.0123541;REVB=0.00806561;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198342;STB=0.589656;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0130567;OID=.;OPOS=102545563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:14:6:16:18:14:7:16:18 chr12 102611196 . AC A 98.64 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0199471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6373;QD=7.89146;RBI=0.0979967;REFB=-0.00924746;REVB=0.0959451;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504849;STBP=0.969;TYPE=del;VARB=0.0144325;OID=.;OPOS=102611197;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:18:49:19:50:31:13:6:21:10:98:30:12:6:20:10 chr12 102611371 . T G 208.74 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0646285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2269;QD=18.1514;RBI=0.0674729;REFB=-0.0121114;REVB=0.0193843;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.634023;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0163957;OID=.;OPOS=102611371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:17:8:12:9:17:8 chr12 103237468 . G C 990.55 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.715;QD=59.1376;RBI=0.0198282;REFB=0;REVB=-0.0197372;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63309e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:30:36:0:0:31:36:0:0 chr12 103246700 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.113;QD=62.0218;RBI=0.093528;REFB=0;REVB=0.0682161;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249864;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr12 103558235 . G A 270.05 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0487327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.418;QD=22.9826;RBI=0.0491313;REFB=-0.00628191;REVB=-0.00624585;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00455063;OID=.;OPOS=103558235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:13:12:11:11:13:12:11:11 chr12 103670917 . A G 789.16 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0721087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.421;QD=55.3794;RBI=0.072131;REFB=-0.127769;REVB=-0.00179454;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000626686;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:33:23:0:0:33:23:1:0 chr12 103696182 . T G 148.85 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0113871;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.52;QD=10.8255;RBI=0.029847;REFB=-0.00860689;REVB=-0.0275894;RO=36;SAF=16;SAR=3;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242858;STB=0.645358;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0170492;OID=.;OPOS=103696182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:3:16:25:11:3:16:25:11 chr12 103872172 . T G 252.6 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00376484;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.908;QD=17.1255;RBI=0.0758371;REFB=-0.0194151;REVB=0.0757436;RO=31;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682148;STB=0.546308;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0218649;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:15:12:16:15:16:12:16:15 chr12 104048454 . C A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0281296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.671;QD=18.6371;RBI=0.0281315;REFB=-0.0127954;REVB=-0.000327503;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134029;STB=0.576821;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0105976;OID=.;OPOS=104048454;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:6:10:12:4:6:10 chr12 104067812 . C T 727.74 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0496882;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.919;QD=59.4071;RBI=0.0500816;REFB=-0.0755579;REVB=-0.00626462;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.51785;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000496969;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:49:1:2:47:47:0.959184:20:27:1:0:20:27:2:0 chr12 104086631 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.277;QD=57.1771;RBI=0.0474278;REFB=0;REVB=0.00825622;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60737e-05;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr12 104092996 . T C 402.28 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.0509883;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0743;QD=13.2985;RBI=0.0531795;REFB=-0.0143716;REVB=-0.0151083;RO=71;SAF=31;SAR=16;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623071;STB=0.525413;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0253423;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:74:47:47:0.38843:16:31:43:28:16:31:46:28 chr12 104100617 . C T 3842.35 PASS AF=0.984375;AO=252;DP=256;FAO=252;FDP=256;FR=.;FRO=4;FSAF=145;FSAR=107;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0455263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8705;QD=60.0367;RBI=0.0457685;REFB=-0.17326;REVB=-0.00470248;RO=3;SAF=145;SAR=107;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00554953;STB=0.505194;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00073203;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:256:256:3:4:252:252:0.984375:107:145:1:2:107:145:1:3 chr12 104153004 . C G 267.54 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00399066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.45;QD=13.7201;RBI=0.0106122;REFB=-0.00528783;REVB=-0.0098333;RO=46;SAF=23;SAR=7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202792;STB=0.617837;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0103968;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:30:31:0.397436:7:23:28:18:7:24:29:18 chr12 104170991 . G A 645.72 PASS AF=0.468085;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=141;FR=.;FRO=75;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0236887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4312;QD=18.3182;RBI=0.0549408;REFB=-0.0114243;REVB=0.0495716;RO=72;SAF=44;SAR=22;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291018;STB=0.523553;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0259821;OID=.;OPOS=104170991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:72:75:66:66:0.468085:22:44:46:26:22:44:47:28 chr12 104171742 . C T 464.76 PASS AF=0.542169;AO=42;DP=80;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00241459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6813;QD=22.3983;RBI=0.0673404;REFB=-0.049192;REVB=0.0672971;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047619;STB=0.531102;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0381913;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:38:38:42:45:0.542169:20:22:22:16:22:23:22:16 chr12 104186946 . G T 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0718472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.018;QD=16.065;RBI=0.0776183;REFB=-0.0199847;REVB=-0.0293697;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475568;STB=0.527243;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0207388;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:17:7:6:12:17:7 chr12 104187707 . G A 349.1 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.00944483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8736;QD=20.535;RBI=0.0112097;REFB=-0.0456699;REVB=0.00603762;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246057;STB=0.62897;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0243479;OID=.;OPOS=104187707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:32:35:36:0.529412:13:22:28:4:13:23:28:4 chr12 104208868 . C T 341.32 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00292313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.554;QD=21.0041;RBI=0.00693123;REFB=-0.0153588;REVB=0.00628468;RO=30;SAF=10;SAR=24;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190369;STB=0.592538;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0125655;OID=.;OPOS=104208868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:24:10:15:15:24:11:15:15 chr12 104235308 . C G 600.22 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=48;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=3;FWDB=0.0353404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.909;QD=26.0967;RBI=0.035343;REFB=-0.0724785;REVB=0.000426552;RO=38;SAF=47;SAR=6;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693304;STB=0.535471;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0481834;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:53:54:0.586957:6:47:35:3:6:48:35:3 chr12 104254932 . G A 1319.9 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8915;QD=62.1131;RBI=0.0825631;REFB=0;REVB=-0.0790678;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166389;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr12 104309383 . C T 368.4 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.00757423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2149;QD=16.9379;RBI=0.0447671;REFB=-0.0112948;REVB=-0.0441217;RO=46;SAF=32;SAR=7;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202715;STB=0.607359;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0243756;OID=.;OPOS=104309383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:48:39:39:0.448276:7:32:31:15:7:32:33:15 chr12 104309428 . G C 409.75 PASS AF=0.45;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.00911385;FXX=0.0384578;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.257;QD=16.3899;RBI=0.0131204;REFB=-0.0213035;REVB=-0.00943829;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800955;STB=0.519076;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0103929;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:56:55:45:45:0.45:17:28:39:17:17:28:36:19 chr12 104325459 . G C 670.67 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00736464;FXX=0.0153834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3486;QD=20.9583;RBI=0.0533467;REFB=0.0405275;REVB=0.0528359;RO=62;SAF=33;SAR=33;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0344781;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:62:66:66:0.515625:33:33:31:31:33:33:31:31 chr12 104327979 . C T 504.01 PASS AF=0.495327;AO=52;DP=107;FAO=53;FDP=107;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0248731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.936;QD=18.8413;RBI=0.0249326;REFB=-0.00368644;REVB=0.00172088;RO=54;SAF=19;SAR=33;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22695;STB=0.628462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00322834;OID=.;OPOS=104327979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:54:54:52:53:0.495327:33:19:33:21:34:19:33:21 chr12 104341187 . TGAA T 36.3 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00374118;FXX=0.159936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.999;QD=6.91359;RBI=0.0265953;REFB=-0.0190052;REVB=0.0263309;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571796;STB=0.551548;STBP=0.765;TYPE=del;VARB=0.046099;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:5:24:6:21:15:4:2:9:6:36:17:3:2:11:6 chr12 104359779 . C T 164.45 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0200694;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.033;QD=11.1493;RBI=0.0291538;REFB=-0.0348009;REVB=-0.0211462;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325981;STB=0.688304;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0295011;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:38:38:21:21:0.355932:8:13:12:26:8:13:12:26 chr12 104366815 . G A 207.22 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00282562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9751;QD=24.3785;RBI=0.0494235;REFB=-0.0315948;REVB=-0.0493426;RO=14;SAF=19;SAR=1;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761687;STB=0.54281;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0211881;OID=.;OPOS=104366815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:1:19:13:1:1:19:13:1 chr12 104380734 . G A 186.1 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00200385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.558;QD=10.4845;RBI=0.0192544;REFB=-0.0174424;REVB=-0.0191498;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120585;STB=0.507036;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0259615;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:12:12:24:23:12:12:24:23 chr12 104413413 . C T 130.02 PASS AF=0.175182;AO=23;DP=135;FAO=24;FDP=137;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=63;FSRR=50;FWDB=-0.0509175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.56;QD=3.79622;RBI=0.0509275;REFB=-0.00508627;REVB=-0.00101165;RO=111;SAF=10;SAR=13;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145476;STB=0.614828;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0140789;OID=.;OPOS=104413413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:111:113:23:24:0.175182:13:10:61:50:14:10:63:50 chr12 104413436 . C T 2208.09 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.531;QD=63.0882;RBI=0.0340628;REFB=0;REVB=0.0262464;RO=0;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35403e-05;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:63:75:0:0:64:76:0:0 chr12 104492191 . TTAAAAAT TAAAAT,TTAAAAT,TTAAAATA,TTTAAAAT 199.21 PASS AF=0.518519,0,0,0;AO=10,8,3,4;DP=58;FAO=28,0,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=9,0,0,0;FSAR=19,0,0,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0502447,0.120442,-0.100448,0.0729117;FXX=0.0526223;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=23.3758,11.7046,17.3339,15.0086;QD=14.7563;RBI=0.132764,0.159712,0.142865,0.0733953;REFB=-0.057607,-0.0686078,-0.0451964,-0.0131785;REVB=0.122889,0.104888,0.10159,-0.00841155;RO=23;SAF=4,0,3,0;SAR=6,8,0,4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.186603,-0.758797,0.555009,-0.658352;STB=0.662081,0.5,0.5,0.5;STBP=0.017,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.0718941,0.00347416,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=104492192,104492193,104492197,104492193;OREF=TA,A,AT,A;OALT=-,-,TA,T;OMAPALT=TAAAAT,TTAAAAT,TTAAAATA,TTTAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0,0,0:10,8,3,4:58:28,0,0,0:54:26:9,0,0,0:19,0,0,0:17:9:99:23:4,0,3,0:6,8,0,4:13:10 chr12 104512832 . G A 129.32 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0379219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8774;QD=13.2635;RBI=0.0440522;REFB=0.0102973;REVB=-0.0224171;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350945;STB=0.520521;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0349235;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:12:12:8:7:12:12 chr12 104512918 . T G 164.55 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00575757;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.047;QD=28.618;RBI=0.0295374;REFB=-0.0173565;REVB=-0.0289708;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496334;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072692;OID=.;OPOS=104512918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:4:3:7:9:4:3 chr12 104645363 . G A 772.85 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0177061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.654;QD=50.6785;RBI=0.0329476;REFB=0.0130187;REVB=0.0277855;RO=4;SAF=36;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173566;STB=0.509222;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.000758137;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:21:36:2:2:21:36:2:2 chr12 104645405 . T C 906.83 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441698;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.799;QD=58.5051;RBI=0.0579544;REFB=0;REVB=0.0375198;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309615;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr12 104698582 . A G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00561611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.477;QD=17.0333;RBI=0.0141932;REFB=-0.017411;REVB=0.0130348;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0206575;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:9:13:10:8:9:13 chr12 104709559 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0275531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.15;QD=15.2557;RBI=0.0388218;REFB=-0.012125;REVB=-0.0273489;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357916;STB=0.52064;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0219769;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:17:13:8:12:17:13 chr12 104985407 . T C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00274879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.925;QD=6.25128;RBI=0.00587478;REFB=-0.00083442;REVB=-0.00519203;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603731;STB=0.885005;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00167501;OID=.;OPOS=104985407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:5:1:12:4:5:1:13:4 chr12 104985443 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0318949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.253;QD=6.81315;RBI=0.035081;REFB=0.00115866;REVB=-0.014608;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483664;STB=0.799262;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.0132078;OID=.;OPOS=104985443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:14:5:5:2:14:5 chr12 105245665 . T C 770.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.124598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8261;QD=55.0417;RBI=0.127645;REFB=0.041109;REVB=0.0277256;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000300339;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:0:1:27:28:0:1 chr12 105380143 . G A 671.41 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277532;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.005;QD=62.4564;RBI=0.0339532;REFB=0;REVB=0.0195598;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281567;OID=.;OPOS=105380143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr12 105380152 . A C 723.18 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9905;QD=60.2651;RBI=0.0719279;REFB=-0.144468;REVB=-0.0307287;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00424533;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:27:19:0:0:27:20:1:0 chr12 105546172 . G A 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.035;QD=62.8644;RBI=0.0150629;REFB=0;REVB=-0.00133536;RO=0;SAF=77;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33186e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:58:77:0:0:58:77:0:0 chr12 105561664 . C T 595.08 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113752;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.014;QD=61.0337;RBI=0.0389377;REFB=0;REVB=0.038921;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213142;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr12 105567068 . T A 1014.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108641;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.287;QD=59.6607;RBI=0.0352386;REFB=0;REVB=-0.0352219;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243357;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr12 105567070 . T A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.179;QD=59.5007;RBI=0.0116817;REFB=0;REVB=0.00275586;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30563e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr12 105567087 . T TA 757.63 PASS AF=1;AO=9;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102511;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8973;QD=45.2317;RBI=0.154039;REFB=0;REVB=-0.114976;RO=61;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00264809;OID=.;OPOS=105567088;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:70:67:67:0:33:34:0:0:13:61:2:7:33:28 chr12 105567089 . T A 792.86 PASS AF=0.898551;AO=57;DP=66;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0146838;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.0011;QD=45.9627;RBI=0.0435251;REFB=-0.222195;REVB=0.0409735;RO=9;SAF=30;SAR=27;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776341;STB=0.523357;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0331493;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:66:69:9:7:57:62:0.898551:27:30:2:7:30:32:2:5 chr12 105568122 . G A 2848.76 PASS AF=0.994536;AO=181;DP=182;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=107;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502283;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5703;QD=62.268;RBI=0.0538547;REFB=0.117987;REVB=0.0194281;RO=0;SAF=106;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502325;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00026028;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:183:0:1:181:182:0.994536:75:106:0:0:75:107:1:0 chr12 105568176 . G A 2186.34 PASS AF=0.985915;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0384754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.121;QD=61.5871;RBI=0.0386388;REFB=-0.184624;REVB=-0.00354948;RO=2;SAF=69;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.70138e-05;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644559;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:142:142:2:2:139:140:0.985915:70:69:1:1:70:70:1:1 chr12 106460938 . G C 329.51 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0418116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.848;QD=18.0553;RBI=0.0461281;REFB=-0.022294;REVB=0.0194832;RO=38;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139572;STB=0.517232;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0253983;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:34:35:0.479452:13:21:24:14:14:21:24:14 chr12 106633569 . C T 424.55 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0541585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5891;QD=18.8688;RBI=0.0637674;REFB=-0.0309167;REVB=0.0336621;RO=47;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027019;STB=0.515048;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0339151;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:25:18:21:26:25:18:21:26 chr12 106647842 . C T 185.81 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0185641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5444;QD=17.285;RBI=0.0279853;REFB=-0.0188564;REVB=-0.0209416;RO=23;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379461;STB=0.732038;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0385476;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:23:18:20:0.465116:3:15:12:11:3:17:12:11 chr12 106704974 . G A 351.03 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0128867;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.228;QD=20.059;RBI=0.0154848;REFB=0.0014329;REVB=-0.00858548;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150047;STB=0.583287;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00279758;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:15:21:14:20:15:21:14:20 chr12 106838340 . T C 345.96 PASS AF=0.507042;AO=34;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0205945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.543;QD=19.4909;RBI=0.0234288;REFB=-0.0119768;REVB=0.0111704;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053856;STB=0.506326;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0129027;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:35:34:36:0.507042:14:20:18:16:16:20:19:16 chr12 106893863 . G T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.969;QD=64.4153;RBI=0.0663598;REFB=0;REVB=-0.000947777;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155826;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:12:38:0:0:12:38:0:0 chr12 106893930 . A T 688.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.419;QD=62.5628;RBI=0.0556398;REFB=0;REVB=0.0427804;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231596;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:15:29:0:0 chr12 106903321 . T C 301.75 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0232326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.603;QD=25.1458;RBI=0.0487704;REFB=-0.0156567;REVB=0.0428813;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120648;STB=0.567113;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.013823;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:10:11:18:9:10:11 chr12 106995136 . G C 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0197864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.708;QD=20.5626;RBI=0.0261122;REFB=-0.019339;REVB=0.0170396;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130618;STB=0.57247;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0202677;OID=.;OPOS=106995136;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:15:14:16:9:15:14:16:9 chr12 107090201 . T C 1514.58 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276208;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.383;QD=58.253;RBI=0.0306445;REFB=-0.00134415;REVB=0.0132731;RO=2;SAF=56;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166407;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000556516;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:2:1:101:103:0.990385:45:56:2:0:46:57:1:0 chr12 107395106 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.972;QD=60.6087;RBI=0.0286495;REFB=0;REVB=0.00812421;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230803;OID=.;OPOS=107395106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr12 107713696 . G A 432.27 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0060894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.693;QD=28.8176;RBI=0.0213269;REFB=-0.0473465;REVB=0.0204391;RO=20;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628931;STB=0.534229;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0326477;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:20:40:40:0.666667:16:24:10:10:16:24:10:10 chr12 108082253 . G A 1644.09 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275629;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.249;QD=60.3338;RBI=0.0277762;REFB=0;REVB=-0.00343564;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26632e-05;OID=.;OPOS=108082253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:63:46:0:0:63:46:0:0 chr12 108618630 . C T 782.57 PASS AF=0.471264;AO=80;DP=172;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0276934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.867;QD=17.9901;RBI=0.0299226;REFB=-0.0277864;REVB=0.0113329;RO=92;SAF=42;SAR=38;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034652;STB=0.512192;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0228486;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:92:92:80:82:0.471264:38:42:45:47:40:42:45:47 chr12 108918146 . C T 2113.28 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020013;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.524;QD=61.2546;RBI=0.0205046;REFB=-0.0180058;REVB=0.00446299;RO=1;SAF=86;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549615;STB=0.505746;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000132795;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:139:138:1:2:136:136:0.985507:50:86:1:0:50:86:2:0 chr12 108923950 . A G 380.38 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051052;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.636;QD=56.3518;RBI=0.0563847;REFB=0;REVB=0.0239361;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104987;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:11:16:0:0 chr12 108954823 . C T 799.81 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3474;QD=57.1292;RBI=0.0465533;REFB=0;REVB=0.0230915;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650018;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:26:30:0:0 chr12 108954862 . G C 240.22 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0320334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.229;QD=21.8378;RBI=0.0345976;REFB=-0.0175912;REVB=0.0130712;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206751;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221685;OID=.;OPOS=108954862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:11:11:11:10:11:12:11:10 chr12 108955106 . C CT 304.77 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.591;QD=40.6365;RBI=0.137012;REFB=0;REVB=0.0193728;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00387282;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:30:30:0:12:18:0:0:6:2:11:16:0:2 chr12 108955158 . T A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00529667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.535;QD=17.8277;RBI=0.0250925;REFB=-0.00639767;REVB=-0.0245271;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22735;STB=0.615179;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00928845;OID=.;OPOS=108955158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:9:3:5:5:9:3:5:6 chr12 108985785 . C T 138.26 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0119902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.488;QD=11.7665;RBI=0.0140502;REFB=-0.0155872;REVB=0.00732424;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158616;STB=0.593552;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0254728;OID=.;OPOS=108985785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:9:7:18:13:9:7:18:13 chr12 108986091 . G A 441.36 PASS AF=0.6;AO=42;DP=70;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0172948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.628;QD=25.2205;RBI=0.0279102;REFB=-0.0413655;REVB=-0.0219059;RO=28;SAF=31;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115763;STB=0.563605;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0241824;OID=.;OPOS=108986091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:28:42:42:0.6:11:31:17:11:11:31:17:11 chr12 109017059 . G A 121.02 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=104;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=8;FWDB=0.00524732;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4522;QD=4.74567;RBI=0.0738337;REFB=-0.0111132;REVB=0.073647;RO=82;SAF=13;SAR=7;SRF=74;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438832;STB=0.757299;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.04769;OID=.;OPOS=109017059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:82:82:20:20:0.196078:7:13:74:8:7:13:74:8 chr12 109017898 . C T 195.6 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00184484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.965;QD=12.6195;RBI=0.0385492;REFB=-0.0276447;REVB=-0.038505;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114959;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0346271;OID=.;OPOS=109017898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:38:24:24:0.387097:13:11:21:16:13:11:21:17 chr12 109182049 . T C 191.61 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0462737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.769;QD=15.6417;RBI=0.0479937;REFB=-0.0156948;REVB=-0.0127335;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0190668;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:16:13:8:12:16:13 chr12 109277492 . C A 238.9 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0254751;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.131;QD=16.1968;RBI=0.0314065;REFB=-0.023219;REVB=-0.0183681;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17218;STB=0.596944;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0245777;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:12:15:12:20:12:15:12:20 chr12 109511256 . T C 898.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.818;QD=57.94;RBI=0.0471541;REFB=0;REVB=0.0342258;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164393;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:27:31:0:0:27:35:0:0 chr12 109524149 . A G 185.66 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0388342;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.776;QD=12.5873;RBI=0.0444929;REFB=-0.0181207;REVB=0.0217147;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195275;STB=0.612608;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0374876;OID=.;OPOS=109524149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:19:17:15:8:19:17 chr12 109577735 . C T 403.21 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0223072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.157;QD=24.8127;RBI=0.0506797;REFB=-0.00950716;REVB=0.0455063;RO=26;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.587585;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00711603;OID=.;OPOS=109577735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:19:20:19:7:19:20:19:7 chr12 109617865 . T C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.0120585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.413;QD=15.5688;RBI=0.0154759;REFB=-0.0216243;REVB=-0.00970026;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145112;STB=0.581341;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.023645;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:10:18:27:8:10:18:27:8 chr12 109629457 . C T 532.87 PASS AF=0.357143;AO=66;DP=182;FAO=65;FDP=182;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=68;FSRR=49;FWDB=0.00391925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.995;QD=11.7115;RBI=0.0455521;REFB=-0.0074078;REVB=-0.0453832;RO=115;SAF=32;SAR=34;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109095;STB=0.557039;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0340182;OID=.;OPOS=109629457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:115:117:66:65:0.357143:34:32:67:48:33:32:68:49 chr12 109675029 . T C 413.04 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0121205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.423;QD=24.2964;RBI=0.0126223;REFB=-0.0283893;REVB=0.00352343;RO=28;SAF=13;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141124;STB=0.577614;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0204331;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:27:13:14:14:27:13:14:14 chr12 109692053 . C T 135.28 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=59;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00380669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7287;QD=8.87098;RBI=0.0119962;REFB=-0.0172729;REVB=-0.0113762;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22976;STB=0.599214;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0238956;OID=.;OPOS=109692053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:41:42:17:19:0.311475:10:7:25:16:10:9:26:16 chr12 109696838 . G A 496.94 PASS AF=0.378378;AO=55;DP=148;FAO=56;FDP=148;FR=.;FRO=92;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=0.00970724;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.829;QD=13.4307;RBI=0.0147139;REFB=-0.0205383;REVB=0.0110575;RO=91;SAF=37;SAR=18;SRF=58;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043259;STB=0.526049;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0335923;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:91:92:55:56:0.378378:18:37:58:33:18:38:59:33 chr12 109848567 . T C 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0090624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.372;QD=28.0477;RBI=0.00968451;REFB=-0.0360106;REVB=0.00341505;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096893;STB=0.553464;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0206201;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:9:7:15:11:9:7 chr12 109863856 . A G 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0119147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.984;QD=18.3009;RBI=0.0119801;REFB=-0.0154203;REVB=0.00125081;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.538423;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0164822;OID=.;OPOS=109863856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:12:11:11:9:12:11 chr12 109883374 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0095591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.285;QD=16.627;RBI=0.0153002;REFB=-0.00261513;REVB=0.0119465;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.59755;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00457076;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:8:5:7:6:8:5:8:6 chr12 109937534 . G A 309.48 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0176892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.857;QD=16.077;RBI=0.0181743;REFB=-0.0113285;REVB=0.00417103;RO=43;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606708;STB=0.534081;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0133352;OID=.;OPOS=109937534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:21:13:14:29:21:13:14:29 chr12 109971481 . C G 121.61 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0389447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.843;QD=15.2018;RBI=0.0390728;REFB=-0.0212887;REVB=0.00316076;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539195;STB=0.531206;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0302874;OID=.;OPOS=109971481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:8:10:7:7:8:10 chr12 109993942 . G T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0220911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.047;QD=22.3979;RBI=0.0229443;REFB=-0.0128217;REVB=0.00619865;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117455;STB=0.565553;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0105676;OID=.;OPOS=109993942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:6:13:12:10:6:13 chr12 109994870 . A T 175.39 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.000395449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.418;QD=15.2509;RBI=0.00610891;REFB=-0.0141061;REVB=-0.00609609;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765217;STB=0.535925;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0109287;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:18:19:0.413043:11:7:12:14:11:8:13:14 chr12 110011229 . GC TT 376.13 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0315859;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.139;QD=23.8812;RBI=0.0315957;REFB=-0.0230104;REVB=0.00078723;RO=26;SAF=4;SAR=32;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389151;STB=0.68529;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.0172715;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:26:36:37:0.587302:32:4:11:15:32:5:11:15 chr12 110226796 . A G 337.37 PASS AF=0.529412;AO=33;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00683578;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5914;QD=19.8451;RBI=0.0317741;REFB=-0.029904;REVB=-0.0310301;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145369;STB=0.56893;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0323706;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:32:33:36:0.529412:11:22:25:6:11:25:26:6 chr12 110240838 . T G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00489756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.483;QD=24.5994;RBI=0.00544309;REFB=-0.0282421;REVB=0.00237509;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260489;STB=0.643448;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0186677;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:12:10:2:14:12:10:2:14 chr12 110290073 . G A 199.44 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0248588;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.453;QD=18.5521;RBI=0.0252139;REFB=-0.00905848;REVB=0.0042168;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161077;STB=0.559943;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0136565;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:22:19:21:0.488372:7:12:7:9:9:12:10:12 chr12 110290309 . C T 273.27 PASS AF=0.324324;AO=35;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0328848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9619;QD=9.84759;RBI=0.0817188;REFB=-0.00525926;REVB=0.0748101;RO=76;SAF=19;SAR=16;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428721;STB=0.540069;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.010179;OID=.;OPOS=110290309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:76:75:35:36:0.324324:16:19:44:32:17:19:44:31 chr12 110304161 . C G 288.78 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0235139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4092;QD=16.2694;RBI=0.026042;REFB=0.00448631;REVB=0.0111929;RO=39;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167656;STB=0.509428;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0059867;OID=.;OPOS=110304161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:12:20:25:14:12:20:25:14 chr12 110304290 . A AC 66.77 PASS AF=0.5;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0140733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7868;QD=13.3544;RBI=0.0172017;REFB=0.0335207;REVB=-0.00989151;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.6996;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=-0.0209741;OID=.;OPOS=110304291;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:21:10:20:10:3:7:7:3:66:13:3:5:8:5 chr12 110341933 . A G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0348672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.457;QD=20.4547;RBI=0.0385082;REFB=-0.0403217;REVB=-0.016345;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420242;STB=0.523781;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0325489;OID=.;OPOS=110341933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:6:9:11:6:6:9 chr12 110368201 . G A 436.12 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.010641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.552;QD=22.3652;RBI=0.0118622;REFB=-0.00658291;REVB=0.00524234;RO=33;SAF=28;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161445;STB=0.577824;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00548163;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:35:43:43:0.551282:15:28:15:18:15:28:17:18 chr12 110371897 . G C 370.16 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0921259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6441;QD=30.2173;RBI=0.148581;REFB=-0.00481147;REVB=0.116573;RO=18;SAF=20;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640731;STB=0.535188;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00580608;OID=.;OPOS=110371897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:11:20:10:8:11:20:10:8 chr12 110383141 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0354925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.67;QD=20.7382;RBI=0.0357878;REFB=-0.0250845;REVB=0.00458785;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0206266;OID=.;OPOS=110383141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr12 110385079 . G T 321.16 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.016656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.524;QD=11.5733;RBI=0.0258993;REFB=-0.0288218;REVB=0.0198331;RO=61;SAF=24;SAR=16;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288665;STB=0.569308;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0421062;OID=.;OPOS=110385079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:71:40:40:0.36036:16:24:35:26:16:24:35:36 chr12 110386611 . G A 261.18 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0612211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7244;QD=12.291;RBI=0.0658468;REFB=-0.00663701;REVB=-0.0242441;RO=53;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735672;STB=0.501519;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00912546;OID=.;OPOS=110386611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:54:31:31:0.364706:15:16:27:26:15:16:28:26 chr12 110456175 . A G 351.63 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0101464;FXX=0.0468677;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.287;QD=23.0576;RBI=0.0209417;REFB=-0.0254729;REVB=0.0183195;RO=26;SAF=20;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218039;STB=0.611049;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0147766;OID=.;OPOS=110456175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:14:20:8:18:15:20:8:18 chr12 110474070 . T C 254.11 PASS AF=0.43662;AO=21;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.106318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2249;QD=14.3161;RBI=0.106933;REFB=-0.0454511;REVB=0.0114579;RO=40;SAF=8;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243135;STB=0.511229;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0376856;OID=.;OPOS=110474070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:21:31:0.43662:13:8:24:16:13:18:24:16 chr12 110841379 . G A 1316.31 PASS AF=0.505703;AO=131;DP=261;FAO=133;FDP=263;FR=.;FRO=130;FSAF=77;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=0.0102111;FXX=0.0149807;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.203;QD=20.0199;RBI=0.0114475;REFB=-0.0204775;REVB=0.00517478;RO=128;SAF=75;SAR=56;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051683;STB=0.502876;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0203444;OID=.;OPOS=110841379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:128:130:131:133:0.505703:56:75:74:54:56:77:76:54 chr12 110974890 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0147324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.804;QD=8.25458;RBI=0.0164537;REFB=-0.00235124;REVB=0.00732677;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223205;STB=0.635977;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00396109;OID=.;OPOS=110974890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:2:10:4:2:2:10 chr12 111747963 . C T 429.71 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=80;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00915721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9681;QD=20.9615;RBI=0.0228729;REFB=-0.013812;REVB=-0.0209599;RO=33;SAF=32;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00475681;STB=0.562608;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0150536;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:33:39:42:43:0.52439:10:32:25:8:10:33:26:13 chr12 111760251 . G C 480.94 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0431316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0205;QD=22.902;RBI=0.0709387;REFB=-0.0300971;REVB=-0.0563201;RO=38;SAF=31;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195423;STB=0.607795;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0244133;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:15:31:17:21:15:31:17:21 chr12 111785586 . T C 311.22 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00550159;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.343;QD=21.0995;RBI=0.0135921;REFB=-0.0349902;REVB=0.0124289;RO=25;SAF=25;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184495;STB=0.629051;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0329091;OID=.;OPOS=111785586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:25:27:32:32:0.542373:7:25:15:10:7:25:15:12 chr12 111786082 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3849;QD=51.9166;RBI=0.107313;REFB=0;REVB=0.107179;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210062;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 111786892 . T C 340.79 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.013783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.031;QD=15.6684;RBI=0.0189419;REFB=-0.0137854;REVB=0.0129932;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142396;STB=0.580204;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.020328;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:17:20:20:30:17:20:20:30 chr12 111798553 . A G 649.9 PASS AF=0.560345;AO=62;DP=110;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0172919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4881;QD=22.4103;RBI=0.0522472;REFB=-0.0607628;REVB=-0.0493027;RO=45;SAF=34;SAR=28;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801625;STB=0.543668;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0220666;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:45:51:62:65:0.560345:28:34:20:25:28:37:24:27 chr12 111884608 . T C 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.538;QD=61.6945;RBI=0.0106753;REFB=0;REVB=0.00510757;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79277e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr12 111886967 . T A 323.82 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00491198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.963;QD=14.3922;RBI=0.0137216;REFB=-0.0069445;REVB=0.0128123;RO=54;SAF=18;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106416;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:54:36:36:0.4:18:18:27:27:18:18:27:27 chr12 111993712 . C T 321.22 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0973745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9489;QD=16.2642;RBI=0.0988249;REFB=0.00125749;REVB=-0.0168692;RO=44;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309068;STB=0.517381;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00585312;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:17:18:24:20:17:18:24:20 chr12 112110489 . T C 306.36 PASS AF=0.559322;AO=29;DP=57;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0227031;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.381;QD=20.77;RBI=0.0407376;REFB=-0.0417753;REVB=0.0338249;RO=27;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154579;STB=0.583966;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0424087;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:26:29:33:0.559322:17:12:16:11:19:14:16:10 chr12 112191641 . G A 161.37 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0133267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.23;QD=18.9852;RBI=0.0840257;REFB=-0.0298232;REVB=0.0829621;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242698;STB=0.639167;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0246488;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:9:8:4:13:9:8 chr12 112194727 . C T 190.3 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0131929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.846;QD=30.4484;RBI=0.0331463;REFB=-0.029303;REVB=-0.0304076;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036174;STB=0.519978;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0151727;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:9:9:4:3:9:9:4:3 chr12 112241766 . G A 92.78 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00783657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.045;QD=10.603;RBI=0.0223571;REFB=0.00475302;REVB=0.0209387;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178993;STB=0.569262;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00762183;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:34:35:23:23:11:12:0.342857:4:7:11:12:5:7:11:12 chr12 112451397 . C G 257.6 PASS AF=0.418919;AO=28;DP=71;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00842891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5997;QD=13.9245;RBI=0.0280396;REFB=-0.0241824;REVB=0.0267428;RO=41;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387331;STB=0.698283;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.016738;OID=.;OPOS=112451397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:41:43:28:31:0.418919:7:21:16:25:9:22:16:27 chr12 112460147 . T G 218.08 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00571133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.718;QD=16.7756;RBI=0.0188871;REFB=-0.0122542;REVB=-0.0180028;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415392;STB=0.535685;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0123872;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:10:13:17:11:11:13:17:11 chr12 112460749 . A G 676.28 PASS AF=0.459119;AO=72;DP=160;FAO=73;FDP=159;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.000659199;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.71;QD=17.0134;RBI=0.0122423;REFB=-0.00839241;REVB=0.0122246;RO=85;SAF=34;SAR=38;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671749;STB=0.543612;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0102122;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:85:86:72:73:0.459119:38:34:46:39:39:34:47:39 chr12 112477055 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00357752;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.108;QD=18.3009;RBI=0.00751475;REFB=-0.0251114;REVB=-0.00660854;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108155;STB=0.561424;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0292141;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:10:13:9:11:10:13 chr12 112667675 . T G 157.99 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0267486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.518;QD=16.6302;RBI=0.0331412;REFB=-0.0196756;REVB=0.0195666;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.019044;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:12:9:9:8:12:9 chr12 112703732 . A C 302.29 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0024316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.768;QD=19.5022;RBI=0.00398424;REFB=-0.015007;REVB=-0.00315618;RO=30;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209889;STB=0.617372;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0161251;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:9:23:15:15:9:23:15:15 chr12 112704961 . A G 73.45 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0278973;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.496;QD=8.64176;RBI=0.0304985;REFB=-0.023467;REVB=-0.0123247;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511128;STB=0.558707;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.047272;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:34:22:24:10:10:0.294118:5:5:12:10:5:5:14:10 chr12 112705013 . C T 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0139384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9039;QD=14.6979;RBI=0.0146225;REFB=0.0205485;REVB=-0.00442032;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280785;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.027504;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:13:10:7:9:13:10 chr12 113313470 . C T 3865.86 PASS AF=0.980695;AO=254;DP=259;FAO=254;FDP=259;FR=.;FRO=5;FSAF=153;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0156001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4725;QD=59.7045;RBI=0.0654369;REFB=-0.0809845;REVB=0.0635502;RO=3;SAF=153;SAR=101;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149394;STB=0.500048;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0131839;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:259:259:3:5:254:254:0.980695:101:153:2:1:101:153:3:2 chr12 113319600 . C T 815.99 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173352;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3938;QD=54.3992;RBI=0.0209087;REFB=-0.0803789;REVB=-0.0116904;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507848;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:2:0:56:60:1:26:30:2:0:27:33:0:0 chr12 113325628 . TT CG,TC 1524.78 PASS AF=0.0377358,0.95283;AO=4,100;DP=106;FAO=4,101;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=4,35;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171008,-0.0274311;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=172.337,202.96;QD=57.5387;RBI=0.0252349,0.0323879;REFB=-0.0588589,-0.0248104;REVB=0.018557,0.0172196;RO=1;SAF=4,34;SAR=0,66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.00713424;STB=0.995941,0.503759;STBP=0.099,0.508;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0480587,-0.000244123;OID=.,.;OPOS=113325628,113325629;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:106:106:1:1:4,100:4,101:0.0377358,0.95283:0,66:4,34:0:1:0,66:4,35:0:1 chr12 113348870 . G A 463.34 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00856437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4361;QD=21.8044;RBI=0.0206915;REFB=-0.0121469;REVB=-0.0188359;RO=40;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144741;STB=0.579584;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00925122;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:40:45:45:0.529412:21:24:28:12:21:24:28:12 chr12 113357202 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0241356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.225;QD=8.73784;RBI=0.0366016;REFB=-0.00981726;REVB=-0.0275164;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278625;STB=0.711359;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0326524;OID=.;OPOS=113357202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:9:9:0.310345:2:7:10:8:2:7:10:10 chr12 113357209 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.01206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.608;QD=9.82168;RBI=0.0357051;REFB=-0.000603901;REVB=-0.0336067;RO=23;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38184;STB=0.735373;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=3.03937e-05;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:2:9:12:11:2:9:12:11 chr12 113357237 . G C 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0319103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2297;QD=12.9413;RBI=0.0555424;REFB=-0.0228357;REVB=-0.0454608;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493342;STB=0.795465;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.021375;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:2:13:12:13:2:13:12:13 chr12 113357442 . G A 460.55 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00393102;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.186;QD=23.9246;RBI=0.0289595;REFB=-0.0183336;REVB=0.0286915;RO=34;SAF=14;SAR=29;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12576;STB=0.552357;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0139625;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:33:43:44:0.571429:29:14:16:18:29:15:15:18 chr12 113369715 . TA T 344.83 PASS AF=0.424242;AO=40;DP=101;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0202149;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.622;QD=13.9326;RBI=0.0203041;REFB=-0.00833626;REVB=-0.00190133;RO=60;SAF=28;SAR=12;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137137;STB=0.598656;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.017502;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:40:101:42:99:57:30:12:32:25:99:60:28:12:35:25 chr12 113369759 . G C 362.15 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0256932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4421;QD=15.4104;RBI=0.0272876;REFB=-0.0166803;REVB=0.00919084;RO=55;SAF=29;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268824;STB=0.65299;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0293717;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:10:29:28:27:10:29:28:27 chr12 113376388 . G A 358.47 PASS AF=0.528571;AO=31;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0971171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7591;QD=20.484;RBI=0.146341;REFB=-0.0931339;REVB=0.109471;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314838;STB=0.578273;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0804566;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:33:31:37:0.528571:11:20:19:9:16:21:24:9 chr12 113376452 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0463139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.924;QD=11.8306;RBI=0.0469332;REFB=-0.0370018;REVB=0.00759951;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35761;STB=0.712982;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0583571;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:11:7:8:3:11:7 chr12 113386950 . T C 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.359;QD=61.0489;RBI=0.00978583;REFB=0;REVB=0.00965419;RO=0;SAF=17;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74696e-06;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:61:17:0:0:61:17:0:0 chr12 113398919 . G A 174.4 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00380627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.327;QD=13.415;RBI=0.0102834;REFB=-0.015;REVB=-0.00955309;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174744;STB=0.513953;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0497916;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:20:21:0.403846:9:11:16:14:9:12:17:14 chr12 113425154 . C G 160.36 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.845;QD=45.8168;RBI=0.0450703;REFB=0;REVB=0.00716931;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156859;OID=.;OPOS=113425154;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr12 113433184 . G C 94.87 PASS AF=0.154472;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=123;FR=.;FRO=104;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=52;FWDB=-0.0217526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.001;QD=3.08516;RBI=0.0274044;REFB=-0.00643298;REVB=-0.0166681;RO=104;SAF=10;SAR=9;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332927;STB=0.522237;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0363559;OID=.;OPOS=113433184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:123:123:104:104:19:19:0.154472:9:10:52:52:9:10:52:52 chr12 113435450 . A T 1844.54 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246864;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.821;QD=61.4846;RBI=0.043222;REFB=0;REVB=0.0354784;RO=0;SAF=72;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329748;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:48:72:0:0:48:72:0:0 chr12 113448288 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.624;QD=59.8559;RBI=0.00510599;REFB=0;REVB=0.00462593;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68051e-06;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr12 113553481 . C T 750.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555106;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.427;QD=63.8725;RBI=0.0623158;REFB=0;REVB=0.0283166;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267302;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr12 113603515 . AC CA 61.53 PASS AF=0.166667;AO=20;DP=93;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=-0.0396446;FXX=0.0322546;HRUN=4;LEN=2;MLLD=113.625;QD=2.73457;RBI=0.0397473;REFB=-0.00760127;REVB=-0.00285545;RO=65;SAF=19;SAR=1;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560478;STB=0.827187;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.166555;OID=.;OPOS=113603515;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:93:90:65:75:20:15:0.166667:1:19:44:21:1:14:53:22 chr12 113612562 . G A 313.22 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0360113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.885;QD=19.5762;RBI=0.0372916;REFB=-0.0234129;REVB=0.00968767;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985494;STB=0.561814;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0177887;OID=.;OPOS=113612562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:17:16:18:12:17:16:19:12 chr12 113640840 . T C 45.64 PASS AF=0.113636;AO=4;DP=42;FAO=5;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0132382;FXX=0.0222173;HRUN=10;LEN=1;MLLD=15.8301;QD=4.14953;RBI=0.178483;REFB=-0.0620529;REVB=0.177991;RO=17;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431019;STB=0.815983;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.12584;OID=.;OPOS=113640840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:44:17:31:4:5:0.113636:1:3:6:11:1:4:13:18 chr12 113737736 . AG A 169.11 PASS AF=0.741935;AO=19;DP=29;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00157114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9906;QD=21.8208;RBI=0.247536;REFB=-0.136774;REVB=0.247531;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.226804;SSSB=0.0117176;STB=0.516764;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.070468;OID=.;OPOS=113737737;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.741935:19:29:23:31:8:16:7:6:2:23:9:13:6:6:3 chr12 113796566 . A C 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000296934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.155;QD=63.8712;RBI=0.0212668;REFB=0;REVB=0.0212648;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65293e-05;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr12 114362483 . C T 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.667;QD=64.1539;RBI=0.010202;REFB=0;REVB=0.00919047;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48893e-05;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr12 114374887 . T C 509.24 PASS AF=0.454545;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=0.00136492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8784;QD=16.8344;RBI=0.0221987;REFB=-0.0281251;REVB=0.0221567;RO=66;SAF=28;SAR=27;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15716;STB=0.587323;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.032441;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:66:55:55:0.454545:27:28:23:43:27:28:23:43 chr12 114377835 . A G 493.86 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00112978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.865;QD=14.6328;RBI=0.0149407;REFB=-0.0136522;REVB=-0.014898;RO=79;SAF=27;SAR=28;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122194;STB=0.564493;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0165901;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:28:27:48:31:28:27:48:32 chr12 114377877 . T C 473.46 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=29;FWDB=-0.00270448;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.449;QD=14.3473;RBI=0.00706457;REFB=-0.00370319;REVB=0.00652641;RO=79;SAF=25;SAR=28;SRF=50;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170178;STB=0.59571;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00466018;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:79:79:53:53:0.401515:28:25:50:29:28:25:50:29 chr12 114377899 . G C 2116.11 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0256025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.231;QD=60.4604;RBI=0.0664799;REFB=0.00208521;REVB=0.0613522;RO=3;SAF=76;SAR=61;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461572;STB=0.502428;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-4.31807e-05;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:3:3:137:137:0.978571:61:76:2:1:61:76:2:1 chr12 114383651 . C T 704.14 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=134;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=-0.0061582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.467;QD=21.019;RBI=0.0175614;REFB=-0.00830464;REVB=-0.0164463;RO=64;SAF=35;SAR=34;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473586;STB=0.529607;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00733565;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:64:65:69:69:0.514925:34:35:29:35:34:35:29:36 chr12 114386572 . C T 220.09 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.000100612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.457;QD=16.0064;RBI=0.0277109;REFB=-0.0169447;REVB=-0.0277107;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171052;STB=0.596936;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0204672;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:14:16:9:16:14:16 chr12 114386639 . A G 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0171609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.771;QD=17.5737;RBI=0.017165;REFB=-0.00589434;REVB=0.00037419;RO=49;SAF=21;SAR=20;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577725;STB=0.532304;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0144547;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:20:21:28:21:20:21:28:21 chr12 114395651 . T C 583.45 PASS AF=0.466165;AO=60;DP=132;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0124518;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8993;QD=17.5473;RBI=0.043273;REFB=-0.0197816;REVB=0.0414428;RO=71;SAF=42;SAR=18;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891093;STB=0.544739;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0148645;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:71:71:60:62:0.466165:18:42:44:27:19:43:44:27 chr12 114793240 . C T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00181699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.155;QD=56.0107;RBI=0.00353496;REFB=-0.044378;REVB=0.00303225;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0026774;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr12 114793732 . C CG 80.14 PASS AF=0.405797;AO=17;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0514994;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.1523;QD=4.6458;RBI=0.0787109;REFB=-0.0592712;REVB=-0.0595249;RO=51;SAF=4;SAR=13;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291348;STB=0.701971;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.0755687;OID=.;OPOS=114793733;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405797:17:70:28:69:41:6:22:21:20:80:51:4:13:23:28 chr12 115108136 . T C 397.36 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135913;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.556;QD=56.7661;RBI=0.145766;REFB=0;REVB=0.0526836;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128904;OID=.;OPOS=115108136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:21:28:1:18:3:0:0:20:8:0:0 chr12 116155595 . G A 806.59 PASS AF=0.606557;AO=74;DP=122;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0219466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9658;QD=26.4455;RBI=0.0289459;REFB=-0.0158759;REVB=0.0188736;RO=47;SAF=30;SAR=44;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460647;STB=0.529751;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0219188;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:47:48:74:74:0.606557:44:30:22:25:44:30:23:25 chr12 116408538 . A G 580.78 PASS AF=0.522124;AO=58;DP=112;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00193999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.57;QD=20.5585;RBI=0.0113954;REFB=-0.0060018;REVB=0.011229;RO=54;SAF=24;SAR=34;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187871;STB=0.605934;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00504788;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:54:54:58:59:0.522124:34:24:34:20:35:24:34:20 chr12 116446445 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00253601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.652;QD=15.2376;RBI=0.0210538;REFB=0.0007728;REVB=-0.0209005;RO=36;SAF=11;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162587;STB=0.592069;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.000788222;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:17:11:20:16:17:11:20:16 chr12 116586414 . CTATA ATATA,C 304.19 PASS AF=0.0833333,0.638889;AO=2,14;DP=37;FAO=3,23;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10;FSAR=3,13;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.153369,0.0856278;FXX=0.162753;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=33.5215,90.7564;QD=33.7991;RBI=0.173663,0.19018;REFB=-0.0733666,-0.143711;REVB=0.0814658,0.169813;RO=2;SAF=0,3;SAR=2,11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.639851,-0.0900727;STB=0.997945,0.638128;STBP=0.004,0.025;TYPE=snp,del;VARB=0.120688,0.0678037;OID=.,.;OPOS=116586414,116586415;OREF=C,TATA;OALT=A,-;OMAPALT=ATATA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:75:37:36:2:10:2,14:3,23:0.0833333,0.638889:2,11:0,3:1:1:3,13:0,10:9:1 chr12 116866107 . ACCCCCCA ACCCCCA,ACCCCCC 43.87 PASS AF=0.25,0.25;AO=3,3;DP=17;FAO=4,4;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0;FSAR=4,4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-1.5302e-05,1.97158e-05;FXX=0.0587889;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.9932,233.919;QD=10.9669;RBI=0.00655164,0.00317379;REFB=-0.164769,-0.0155801;REVB=0.00655162,-0.00317373;RO=8;SAF=0,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=8;SSEN=0.461538,0;SSEP=0.645161,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.119253,0.00157672;OID=.,.;OPOS=116866108,116866114;OREF=C,A;OALT=-,-;OMAPALT=ACCCCCA,ACCCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.25:3,3:17:4,4:16:8:0,0:4,4:0:8:26:8:0,0:3,3:0:8 chr12 117014131 . G GA 78.06 PASS AF=0.426471;AO=27;DP=72;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.127937;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.37545;QD=4.59173;RBI=0.151147;REFB=-0.0547185;REVB=-0.0804824;RO=37;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208189;STB=0.570765;STBP=0.35;TYPE=ins;VARB=0.0574133;OID=.;OPOS=117014132;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426471:27:72:29:68:39:10:19:18:21:78:37:8:19:18:19 chr12 117187907 . T C 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.67;QD=37.4684;RBI=0.0706355;REFB=0;REVB=-0.0478076;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21373e-05;OID=.;OPOS=117187907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 117217141 . T C 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.487;QD=60.8797;RBI=0.0288399;REFB=0;REVB=0.0210842;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03703e-05;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr12 117289613 . G C 678.38 PASS AF=0.98;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255731;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.246;QD=54.2701;RBI=0.0606194;REFB=-0.123519;REVB=0.0549612;RO=2;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521739;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000662525;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:50:2:1:48:49:0.98:17:31:0:2:18:31:0:1 chr12 117290182 . T TTTCCCC 607.9 PASS AF=0.913043;AO=36;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00608467;FXX=0;HRUN=3;LEN=6;MLLD=243.328;QD=52.8604;RBI=0.00608875;REFB=-0.0801727;REVB=-0.000222892;RO=6;SAF=13;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856399;STB=0.533461;STBP=0.166;TYPE=ins;VARB=0.00518969;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:36:46:42:46:4:16:26:3:1:18:6:13:23:4:2 chr12 117383320 . G A 669.44 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3255;QD=62.2735;RBI=0.0422616;REFB=0;REVB=0.0221025;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577303;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr12 117465857 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.831;QD=59.9958;RBI=0.0224105;REFB=0;REVB=0.0221366;RO=0;SAF=70;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52495e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:36:70:0:0:36:70:0:0 chr12 117584066 . G A 485.74 PASS AF=0.48;AO=46;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0386479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.459;QD=19.4297;RBI=0.0386901;REFB=-0.0228413;REVB=0.00180526;RO=51;SAF=30;SAR=16;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151696;STB=0.503758;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0219897;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:52:46:48:0.48:16:30:34:17:16:32:35:17 chr12 117593391 . A G 1117.34 PASS AF=0.463415;AO=112;DP=244;FAO=114;FDP=246;FR=.;FRO=132;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=84;FSRR=48;FWDB=-0.0598929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.877;QD=18.1682;RBI=0.0599419;REFB=-0.0139408;REVB=0.00242401;RO=130;SAF=62;SAR=50;SRF=84;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921949;STB=0.541245;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.01594;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:246:130:132:112:114:0.463415:50:62:84:46:50:64:84:48 chr12 117669914 . G A 167.27 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0476484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.485;QD=11.7385;RBI=0.0518265;REFB=-0.017105;REVB=0.0203868;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048915;STB=0.528276;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0182827;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:15:6:9:27:15:6:9:27 chr12 117680488 . CTTTTT CTTTGA,CTTTT 61.48 PASS AF=0.0571429,0.185714;AO=4,20;DP=72;FAO=4,13;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=4,10;FSAR=0,3;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0617301,-0.0947433;FXX=0.0277739;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=182.308,9.65447;QD=3.51307;RBI=0.064481,0.105661;REFB=-0.00884463,-0.115953;REVB=-0.0186332,0.0467761;RO=38;SAF=4,16;SAR=0,4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.646542,0.511995;STB=0.997727,0.779393;STBP=0.022,0.035;TYPE=mnp,del;VARB=0.160078,0.0876743;OID=.,.;OPOS=117680492,117680489;OREF=TT,T;OALT=GA,-;OMAPALT=CTTTGA,CTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0571429,0.185714:4,20:72:4,13:70:53:4,10:0,3:22:31:41:38:4,16:0,4:13:25 chr12 117685270 . G A 1015.48 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00959282;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.299;QD=59.7338;RBI=0.0458333;REFB=0;REVB=0.0448182;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9295e-05;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr12 117693817 . G A 768.98 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6003;QD=61.5183;RBI=0.199109;REFB=0;REVB=0.0638556;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442553;OID=.;OPOS=117693817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:41:50:1:29:12:0:0:33:17:0:0 chr12 117890947 . T C 325.86 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00205964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.963;QD=14.8117;RBI=0.0147723;REFB=-0.017484;REVB=0.014628;RO=52;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889288;STB=0.55035;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0209211;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:17:19:23:29:17:19:23:29 chr12 117894232 . C A 531.72 PASS AF=0.42963;AO=54;DP=132;FAO=58;FDP=135;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0113517;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.714;QD=15.7548;RBI=0.0175452;REFB=-0.0071752;REVB=-0.013378;RO=78;SAF=35;SAR=19;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120775;STB=0.54457;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0107219;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:78:77:54:58:0.42963:19:35:42:36:22:36:42:35 chr12 118020115 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.037821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.993;QD=18.4985;RBI=0.038974;REFB=-0.0262447;REVB=0.00941;RO=27;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319443;STB=0.663408;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0177727;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:27:26:27:0.5:17:9:19:8:17:10:19:8 chr12 118199286 . C G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.441;QD=56.188;RBI=0.0387311;REFB=0;REVB=-0.00450363;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200774;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr12 118467553 . A G 276.74 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=77;FAO=32;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00159251;FXX=0.10713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.781;QD=14.7596;RBI=0.0167089;REFB=-0.00862559;REVB=-0.0166328;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270535;STB=0.654032;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0124507;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:34:43:30:32:0.426667:8:22:16:18:8:24:22:21 chr12 118506186 . A T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.014821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.651;QD=12.7984;RBI=0.0239121;REFB=-0.0180253;REVB=0.0187651;RO=41;SAF=18;SAR=8;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083194;STB=0.547451;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0275805;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:8:18:31:10:8:18:31:10 chr12 118506327 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT 68.42 PASS AF=0.352941,0.176471;AO=6,2;DP=15;FAO=6,3;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2,3;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0546875,0.157174;FXX=0.0555247;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=170.737,41.9786;QD=16.0988;RBI=0.061198,0.157225;REFB=-0.0352907,-0.00235631;REVB=0.0274675,-0.00398296;RO=6;SAF=2,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.372539,0.794076;STB=0.646649,0.997573;STBP=0.463,0.008;TYPE=del,snp;VARB=0.0565381,0.0982212;OID=.,.;OPOS=118506328,118506348;OREF=TCCTCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0.176471:6,2:15:6,3:17:8:2,3:4,0:1:7:45:6:2,2:4,0:0:6 chr12 118509191 . G A 227.22 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0445324;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.38;QD=18.1779;RBI=0.0512497;REFB=-0.0205805;REVB=-0.0253654;RO=24;SAF=19;SAR=4;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519592;STB=0.517312;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.02365;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:23:24:0.48:4:19:19:5:5:19:20:6 chr12 118520170 . G A 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0317582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.145;QD=14.8962;RBI=0.0414767;REFB=-0.00971433;REVB=0.0266784;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0124743;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:16:16:22:22:16:16:22:22 chr12 118673401 . C T 273.84 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0036805;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.023;QD=23.3055;RBI=0.0337192;REFB=-0.0105694;REVB=0.0335177;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470681;STB=0.526295;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0109399;OID=.;OPOS=118673401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:22:22:25:25:0.531915:10:15:12:10:10:15:12:10 chr12 118682751 . C T 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0123991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.618;QD=21.1302;RBI=0.034331;REFB=-0.0182202;REVB=0.0320138;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183632;STB=0.603353;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0141594;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:9:12:8:14:9:12 chr12 118827781 . G A 263.48 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0596053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7876;QD=17.8633;RBI=0.0656639;REFB=-0.0398483;REVB=-0.0275492;RO=27;SAF=25;SAR=3;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862739;STB=0.533957;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.037109;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:27:29:28:30:0.508475:3:25:23:4:5:25:23:6 chr12 118855405 . A G 1783.54 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.262;QD=60.9757;RBI=0.0333916;REFB=0;REVB=0.032484;RO=0;SAF=62;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73987e-06;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:115:117:1:53:62:0:0:54:63:0:0 chr12 119431750 . G T 754.61 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.164;QD=54.8805;RBI=0.0342347;REFB=0.274367;REVB=0.024158;RO=1;SAF=37;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000999244;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:17:37:1:0:17:37:1:0 chr12 119596765 . A G 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.021913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.266;QD=15.1649;RBI=0.0226715;REFB=-0.0216759;REVB=-0.00581554;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317485;STB=0.692071;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0159569;OID=.;OPOS=119596765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:6:9:5:14:6:9:5:15 chr12 119866533 . A G 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0174316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.321;QD=21.7388;RBI=0.0246178;REFB=-0.00965429;REVB=0.0173832;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0104132;OID=.;OPOS=119866533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:9:7:12:7:9:7 chr12 119871387 . A G 241.08 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0124249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.883;QD=14.6112;RBI=0.0147023;REFB=-0.028455;REVB=0.00786008;RO=37;SAF=18;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239271;STB=0.628728;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0292379;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:38:28:28:0.424242:10:18:15:22:10:18:16:22 chr12 120067561 . T C 412.69 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=-0.0295015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.199;QD=13.6425;RBI=0.0298255;REFB=-0.00153955;REVB=0.00438413;RO=72;SAF=26;SAR=22;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447561;STB=0.528908;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00217515;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:72:73:48:48:0.396694:22:26:42:30:22:26:43:30 chr12 120114421 . T C,TC 55.47 PASS AF=0,0.270833;AO=2,10;DP=47;FAO=0,13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=0,6;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.00682271,-0.0478524;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=187.145,79.0188;QD=4.62218;RBI=0.0123468,0.0607101;REFB=-0.0101559,-0.00468571;REVB=-0.0102905,-0.0373612;RO=35;SAF=0,4;SAR=2,6;SRF=6;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.325822,0.327633;STB=0.5,0.7422;STBP=1,0.122;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.133295;OID=.,.;OPOS=120114421,120114422;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:47:48:35:35:2,10:0,13:0,0.270833:2,6:0,4:6:29:0,7:0,6:5:30 chr12 120171995 . T C 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0496619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.648;QD=21.7448;RBI=0.0748873;REFB=-0.0028044;REVB=-0.0560518;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206658;STB=0.616329;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000171221;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:7:15:9:11:7:15:9:11 chr12 120189879 . A G 139.22 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0144816;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.676;QD=18.563;RBI=0.0151054;REFB=-0.0589638;REVB=0.00429605;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583331;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0336584;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:7:8:7:8:7:8:7:8 chr12 120189888 . T C 129.48 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0143842;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.831;QD=19.9194;RBI=0.043468;REFB=-0.0328834;REVB=0.0410191;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250716;STB=0.642653;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0272683;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:4:8:5:9:4:8 chr12 120575549 . A C 1785.72 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.258;QD=61.0501;RBI=0.0524018;REFB=0;REVB=0.0480429;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103943;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:60:57:0:0:60:57:0:0 chr12 120589064 . G C 1532.72 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0104653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0165;QD=55.7354;RBI=0.0193247;REFB=0.02014;REVB=-0.0162457;RO=2;SAF=48;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00167211;STB=0.507451;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00367215;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:110:110:2:4:106:106:0.963636:58:48:1:1:58:48:1:3 chr12 120589160 . A G 964.55 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0283938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.405;QD=55.916;RBI=0.0287302;REFB=-0.0180574;REVB=-0.00438384;RO=2;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325587;STB=0.517236;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000313063;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:28:39:0:2:28:39:0:2 chr12 120591143 . A G 1289.06 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412527;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.272;QD=62.1236;RBI=0.0429664;REFB=0;REVB=0.0120136;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51997e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chr12 120608031 . A G 994.78 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155033;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.422;QD=59.3898;RBI=0.0287291;REFB=0;REVB=-0.024187;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98334e-05;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr12 120636549 . C A 771.38 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0105142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4623;QD=61.7107;RBI=0.0264953;REFB=-0.0580762;REVB=-0.0243198;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00870174;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:24:25:0:0:24:25:0:1 chr12 120661977 . T C 537.67 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.961;QD=59.7406;RBI=0.0334832;REFB=0;REVB=0.0302037;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239869;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:11:25:0:0 chr12 120662505 . T C 349.19 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.108276;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6794;QD=13.5607;RBI=0.113444;REFB=-0.018593;REVB=-0.0338503;RO=58;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080291;STB=0.528242;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0267089;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:62:41:41:0.398058:16:25:31:27:16:25:35:27 chr12 120730913 . T C 237.67 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00147151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.242;QD=23.7672;RBI=0.0217895;REFB=1.63104e-05;REVB=0.0217398;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376235;STB=0.514273;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=3.37419e-05;OID=.;OPOS=120730913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:6:16:13:4:6:17:13:4 chr12 120730926 . C T 280.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0167441;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.02;QD=26.6989;RBI=0.0170197;REFB=0.00193495;REVB=-0.00305009;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053189;STB=0.529389;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.000419951;OID=.;OPOS=120730926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:12:5:9:16:12:5 chr12 120741382 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00162968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.081;QD=12.5696;RBI=0.0144845;REFB=-0.0148663;REVB=-0.0143926;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250898;STB=0.653152;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.026136;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:19:6:7:8:20:6 chr12 120750517 . A G 180.0 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.060289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5192;QD=11.0769;RBI=0.0725902;REFB=-0.00719517;REVB=-0.0404299;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263593;STB=0.602561;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0161092;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:9:14:15:26:10:13:17:25 chr12 120762837 . A G 354.19 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.000863847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.286;QD=13.8898;RBI=0.0325734;REFB=-0.0130002;REVB=-0.0325619;RO=60;SAF=25;SAR=16;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151713;STB=0.590886;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0269843;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:16:25:28:32:16:25:28:33 chr12 121017171 . A G 596.97 PASS AF=0.495935;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=123;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.0124919;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8518;QD=19.4138;RBI=0.0127749;REFB=-0.033805;REVB=-0.00267391;RO=59;SAF=31;SAR=30;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608166;STB=0.544712;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.041545;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:62:61:61:0.495935:30:31:34:25:30:31:37:25 chr12 121093629 . CGTGCGT C 39.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.020836;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=6;MLLD=158.947;QD=10.6089;RBI=0.0393898;REFB=-0.100584;REVB=-0.0334279;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=del;VARB=0.153604;OID=.;OPOS=121093630;OREF=GTGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:16:6:15:9:1:5:4:5:39:7:1:5:4:3 chr12 121131891 . C T 1153.33 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.905;QD=60.7016;RBI=0.0331822;REFB=0;REVB=-0.0291;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77959e-05;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr12 121174899 . T C 2011.76 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967955;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7956;QD=62.38;RBI=0.0338818;REFB=0;REVB=0.0324698;RO=0;SAF=68;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231043;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:61:68:0:0:61:68:0:0 chr12 121175984 . T C 296.67 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.916;QD=51.5948;RBI=0.0684818;REFB=0;REVB=0.0495527;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176449;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:14:9:0:0 chr12 121176083 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0135457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.459;QD=14.6498;RBI=0.0250434;REFB=-0.0139728;REVB=-0.0210638;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.570033;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0234801;OID=.;OPOS=121176083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:10:9:5:9:10:9 chr12 121176679 . C T 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.252;QD=58.7766;RBI=0.0381811;REFB=0;REVB=-0.0109002;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95306e-05;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr12 121202242 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.000573896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.094;QD=11.4397;RBI=0.00372299;REFB=-0.0223565;REVB=0.00367849;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304808;STB=0.689142;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0301557;OID=.;OPOS=121202242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:10:4:1:8:10:4 chr12 121221518 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0252122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.023;QD=11.6669;RBI=0.0750681;REFB=0.0295353;REVB=-0.0707076;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172576;STB=0.579336;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0637336;OID=.;OPOS=121221518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:26:14:14:0.35:4:10:20:4:4:10:21:5 chr12 121416771 . C CG 43.73 PASS AF=0.195122;AO=20;DP=86;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0217999;FXX=0.0238067;HRUN=0;LEN=1;MLLD=39.4621;QD=2.13312;RBI=0.0841581;REFB=-0.0149331;REVB=-0.0812856;RO=65;SAF=14;SAR=6;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155816;STB=0.753921;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=0.139498;OID=.;OPOS=121416772;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195122:20:86:16:82:66:13:3:35:31:43:65:14:6:38:27 chr12 121434630 . C CTCATTCAT 101.3 PASS AF=0.264151;AO=12;DP=55;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.029033;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=8;MLLD=269.222;QD=7.64492;RBI=0.0354273;REFB=-0.0132304;REVB=-0.0203021;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111782;STB=0.613064;STBP=0.389;TYPE=ins;VARB=0.0366967;OID=.;OPOS=121434631;OREF=-;OALT=TCATTCAT;OMAPALT=CTCATTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264151:12:55:14:53:39:11:3:26:13:99:40:9:3:27:13 chr12 121435475 . G A 96.5 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.000764225;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.901;QD=10.722;RBI=0.0328089;REFB=-0.0287679;REVB=-0.0328;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294148;STB=0.681497;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0296626;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:36:22:24:12:12:0.333333:3:9:11:11:3:9:12:12 chr12 121435587 . G T 234.06 PASS AF=0.435484;AO=21;DP=65;FAO=27;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0107855;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.585;QD=15.1005;RBI=0.0634896;REFB=-0.0139889;REVB=0.0625668;RO=36;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108126;STB=0.534581;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0269212;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:36:35:21:27:0.435484:9:12:17:19:13:14:16:19 chr12 121437221 . T C 361.23 PASS AF=0.343511;AO=44;DP=131;FAO=45;FDP=131;FR=.;FRO=86;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.0691583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1549;QD=11.0298;RBI=0.0691929;REFB=-0.0189499;REVB=-0.00218747;RO=82;SAF=27;SAR=17;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246867;STB=0.520399;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0376975;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:82:86:44:45:0.343511:17:27:52:30:17:28:56:30 chr12 121437382 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.355;QD=44.6898;RBI=0.0653907;REFB=0;REVB=0.0134568;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397625;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr12 121454257 . T A 342.24 PASS AF=0.445783;AO=35;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=0.0280822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7645;QD=16.4935;RBI=0.0699604;REFB=0.0113557;REVB=0.0640769;RO=46;SAF=28;SAR=7;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118511;STB=0.528739;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0109924;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:35:37:0.445783:7:28:33:13:9:28:33:13 chr12 121458400 . C T 177.59 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00166191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9536;QD=10.9286;RBI=0.0398245;REFB=-0.0122071;REVB=-0.0397898;RO=42;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235965;STB=0.646476;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0334097;OID=.;OPOS=121458400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:12:10:28:14:13:10:28:14 chr12 121471337 . G A 620.71 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00114115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.856;QD=21.2209;RBI=0.0375145;REFB=-0.0123836;REVB=0.0374971;RO=55;SAF=23;SAR=39;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042713;STB=0.523482;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0107951;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:39:23:23:32:39:23:23:32 chr12 121600253 . T C 598.95 PASS AF=0.630952;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=84;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0181245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3073;QD=28.5212;RBI=0.0182768;REFB=-0.0420423;REVB=-0.0023541;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924319;STB=0.550184;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0270015;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:31:31:53:53:0.630952:26:27:20:11:26:27:20:11 chr12 121605355 . G A 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00250659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.024;QD=24.2459;RBI=0.00485631;REFB=-0.0111465;REVB=-0.00415942;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420113;STB=0.523346;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00591233;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:13:7:10:15:13:7 chr12 121605373 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0341628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.953;QD=23.2632;RBI=0.0341921;REFB=-0.0128197;REVB=-0.00141522;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642457;STB=0.555508;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00481895;OID=.;OPOS=121605373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:19:23:23:0.547619:10:13:11:6:10:13:13:6 chr12 121615131 . C G 477.53 PASS AF=0.402985;AO=53;DP=134;FAO=54;FDP=134;FR=.;FRO=80;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.0182402;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.04;QD=14.2547;RBI=0.0575982;REFB=-0.0136075;REVB=0.0546337;RO=79;SAF=27;SAR=26;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639904;STB=0.54476;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.022241;OID=.;OPOS=121615131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:79:80:53:54:0.402985:26:27:45:34:27:27:46:34 chr12 121622239 . C T 335.96 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00653103;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.162;QD=26.3494;RBI=0.00821166;REFB=-0.00660807;REVB=0.00497765;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103131;STB=0.556386;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00448161;OID=.;OPOS=121622239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:19:32:32:0.627451:19:13:5:14:19:13:5:14 chr12 121622419 . G T 221.96 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0642629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9623;QD=14.5548;RBI=0.0709274;REFB=0.0162257;REVB=-0.0300164;RO=35;SAF=19;SAR=7;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895072;STB=0.551104;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0251925;OID=.;OPOS=121622419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:7:19:23:12:7:19:23:12 chr12 121622520 . A T 698.59 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.617;QD=54.7911;RBI=0.0262745;REFB=-0.0493193;REVB=0.0150954;RO=1;SAF=38;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01223;STB=0.506491;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000346584;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:12:38:1:0:12:38:1:0 chr12 121701681 . G A 278.01 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00523586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.569;QD=16.3536;RBI=0.0427289;REFB=-0.00154074;REVB=0.0424069;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657879;STB=0.537031;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00240393;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:13:18:19:18:13:18:19:18 chr12 121712077 . T A 350.72 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0143635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4521;QD=20.6306;RBI=0.0424705;REFB=-0.0203266;REVB=0.0399679;RO=30;SAF=22;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108947;STB=0.538441;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0256799;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:32:36:36:0.529412:14:22:22:8:14:22:22:10 chr12 121853164 . T C 464.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5176;QD=58.1029;RBI=0.121597;REFB=0;REVB=0.11814;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169458;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr12 121870922 . G A 745.53 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.962;QD=56.2664;RBI=0.225618;REFB=0;REVB=0.204548;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365108;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:44:53:1:18:26:0:0:25:28:0:0 chr12 121871006 . A C 591.68 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.012853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.362;QD=56.3503;RBI=0.0132277;REFB=-0.127047;REVB=-0.0031262;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0010515;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:0:2:40:40:0.952381:23:17:0:0:23:17:1:1 chr12 121878659 . C T 1682.96 PASS AF=0.991304;AO=108;DP=109;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.319;QD=58.5376;RBI=0.0194638;REFB=-0.109017;REVB=0.00877948;RO=0;SAF=40;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85373e-08;STB=0.503545;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0001506;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:115:0:1:108:114:0.991304:68:40:0:0:70:44:0:1 chr12 121880520 . G A 2182.63 PASS AF=0.97351;AO=147;DP=156;FAO=147;FDP=151;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0566248;FXX=0.0320492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.336;QD=57.8179;RBI=0.0925333;REFB=-0.0579959;REVB=0.073185;RO=2;SAF=98;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477801;STB=0.502487;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.000572695;OID=.;OPOS=121880520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:156:151:2:4:147:147:0.97351:49:98:1:1:49:98:3:1 chr12 121881848 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.814;QD=62.0211;RBI=0.0342533;REFB=0;REVB=-0.00369854;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86153e-05;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr12 122042844 . A G 332.39 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00461448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1426;QD=45.8467;RBI=0.0753512;REFB=-0.00567214;REVB=0.0752097;RO=3;SAF=19;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154663;STB=0.508355;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00222739;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:7:19:2:1:7:19:2:1 chr12 122090724 . A C 71.53 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0297462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.51;QD=8.94099;RBI=0.030078;REFB=-0.00437519;REVB=0.00445552;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329124;STB=0.718396;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0120759;OID=.;OPOS=122090724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:32:22:22:9:10:0.3125:5:4:4:18:5:5:4:18 chr12 122186268 . C T 639.13 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5337;QD=60.8699;RBI=0.0782354;REFB=0;REVB=0.0586841;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138713;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:17:22:0:0:17:25:0:0 chr12 122186317 . G A 555.23 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0729619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4799;QD=55.5226;RBI=0.0730084;REFB=-0.148631;REVB=-0.00260626;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00623242;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:0:2:38:38:0.95:19:19:0:0:19:19:2:0 chr12 122234089 . T A 1564.87 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5571;QD=58.4999;RBI=0.0174777;REFB=0;REVB=0.0172545;RO=0;SAF=68;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197443;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:102:107:1:34:68:0:0:35:72:0:0 chr12 122234191 . C A 1587.46 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.947;QD=64.1397;RBI=0.0358373;REFB=0;REVB=-0.0303219;RO=0;SAF=75;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.81264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143998;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:24:75:0:0:24:75:0:0 chr12 122235304 . GCCC GCCG,GCC 49.95 PASS AF=0.0217391,0.282609;AO=2,13;DP=47;FAO=1,13;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=1,8;FSAR=0,5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0480781,0.0466036;FXX=0.0212721;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=171.561,12.2351;QD=4.34371;RBI=0.0514801,0.0608204;REFB=-0.00410691,-0.101898;REVB=-0.0184036,-0.0390798;RO=29;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0.28169;SSEP=0,0;SSSB=0.414459,-0.180958;STB=0.988143,0.516104;STBP=0.474,0.921;TYPE=snp,del;VARB=0.132364,0.146662;OID=.,.;OPOS=122235307,122235305;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCG,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0217391,0.282609:2,13:47:1,13:46:32:1,8:0,5:19:13:48:29:2,6:0,7:18:11 chr12 122243905 . C T 1878.02 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.713;QD=61.5745;RBI=0.0582699;REFB=0;REVB=0.0152009;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52082e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:71:48:0:0:71:51:0:0 chr12 122248582 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=325.947;QD=63.583;RBI=0.0183872;REFB=0;REVB=0.0124409;RO=0;SAF=4;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2488e-07;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:43:4:0:0:43:4:0:0 chr12 122261456 . G A 3587.6 PASS AF=0.996016;AO=225;DP=228;FAO=250;FDP=251;FR=.;FRO=1;FSAF=127;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748097;FXX=0.00790483;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.903;QD=57.1729;RBI=0.0803117;REFB=-0.16706;REVB=0.0292143;RO=1;SAF=102;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046488;STB=0.502024;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00238603;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:228:251:1:1:225:250:0.996016:123:102:1:0:123:127:0:1 chr12 122261457 . G A 90.03 PASS AF=0.102767;AO=26;DP=253;FAO=26;FDP=253;FR=.;FRO=227;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=103;FSRR=124;FWDB=-0.0879503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7846;QD=1.42332;RBI=0.0888288;REFB=-0.0241051;REVB=0.0124624;RO=227;SAF=24;SAR=2;SRF=103;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572725;STB=0.922188;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.075133;OID=.;OPOS=122261457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:253:253:227:227:26:26:0.102767:2:24:103:124:2:24:103:124 chr12 122295335 . T C 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7252;QD=59.8492;RBI=0.0561695;REFB=0;REVB=0.0548171;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049768;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr12 122326805 . G A 264.84 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0160675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.889;QD=20.7718;RBI=0.0474813;REFB=0.00554475;REVB=0.0446801;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156665;STB=0.56632;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00391864;OID=.;OPOS=122326805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:26:27:0.529412:6:20:15:9:7:20:15:9 chr12 122326812 . T C 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0710422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1948;QD=56.9963;RBI=0.0751043;REFB=0;REVB=-0.0243651;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000961369;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr12 122353796 . A G 929.87 PASS AF=1;AO=43;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256879;FXX=0.0144907;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.495;QD=54.6985;RBI=0.142144;REFB=0;REVB=0.139804;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650614;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:1:0:43:68:1:18:25:0:1:25:43:0:0 chr12 122355716 . C T 766.55 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.06;QD=63.8796;RBI=0.0389655;REFB=0;REVB=0.0301427;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18643e-05;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr12 122369762 . C T 827.35 PASS AF=0.983607;AO=56;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8648;QD=54.2525;RBI=0.0314292;REFB=-0.101388;REVB=-0.0216421;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00389055;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:56:60:0.983607:24:32:0:0:24:36:1:0 chr12 122396395 . C T 1513.44 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128515;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.238;QD=59.9382;RBI=0.0132026;REFB=0;REVB=-0.00302485;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29433e-06;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:39:61:0:0:39:62:0:0 chr12 122405912 . G T 255.72 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0661446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7978;QD=15.7365;RBI=0.0873097;REFB=0.0272562;REVB=-0.0569902;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169154;STB=0.509548;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0364781;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:18:18:14:15:18:18 chr12 122413196 . T C 903.61 PASS AF=0.481481;AO=91;DP=189;FAO=91;FDP=189;FR=.;FRO=98;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.0120896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3858;QD=19.1241;RBI=0.016324;REFB=-0.0103096;REVB=0.0109688;RO=98;SAF=41;SAR=50;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848783;STB=0.546819;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.015185;OID=.;OPOS=122413196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:98:98:91:91:0.481481:50:41:53:45:50:41:53:45 chr12 122497001 . T C 343.91 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00960483;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.527;QD=13.1014;RBI=0.00960725;REFB=-0.0118416;REVB=0.000215689;RO=64;SAF=22;SAR=19;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791699;STB=0.544877;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0181654;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:64:64:41:41:0.390476:19:22:39:25:19:22:39:25 chr12 122617989 . A G 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0100911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.08;QD=19.999;RBI=0.0139504;REFB=-0.022442;REVB=0.00963248;RO=30;SAF=7;SAR=26;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1744;STB=0.597637;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0181634;OID=.;OPOS=122617989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:26:7:11:19:26:7:11:19 chr12 122618131 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.888;QD=9.19972;RBI=0.00906968;REFB=0.0065078;REVB=0.00906968;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00488249;OID=.;OPOS=122618131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:7:0:0:13:7:0:0:13 chr12 122623000 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.000949842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.765;QD=21.2649;RBI=0.0083144;REFB=-0.00259995;REVB=-0.00825997;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308989;STB=0.673405;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00176069;OID=.;OPOS=122623000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:13:5:13:7:13:5 chr12 122626842 . G A 1173.72 PASS AF=0.553846;AO=108;DP=198;FAO=108;FDP=195;FR=.;FRO=87;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.0143629;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6468;QD=24.0762;RBI=0.0461424;REFB=0.00230499;REVB=0.04385;RO=87;SAF=61;SAR=47;SRF=44;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488408;STB=0.526614;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00307746;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:195:87:87:108:108:0.553846:47:61:44:43:47:61:44:43 chr12 122628219 . T C 894.49 PASS AF=0.693694;AO=77;DP=112;FAO=77;FDP=111;FR=.;FRO=34;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0159791;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.177;QD=32.2339;RBI=0.0175705;REFB=0.00261784;REVB=-0.00730693;RO=34;SAF=41;SAR=36;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488854;STB=0.517188;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00133194;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:34:34:77:77:0.693694:36:41:21:13:36:41:20:14 chr12 122628516 . A T 470.98 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0582699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5475;QD=20.9324;RBI=0.073278;REFB=-0.0103017;REVB=-0.0444328;RO=43;SAF=23;SAR=23;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111959;STB=0.566638;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00840614;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:43:44:46:46:0.511111:23:23:27:16:23:23:28:16 chr12 122674032 . C T 865.9 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1151;QD=57.7269;RBI=0.0256281;REFB=0;REVB=0.00634754;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157318;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr12 122674758 . G A 1298.63 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00888399;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1976;QD=59.7071;RBI=0.0613812;REFB=-0.154217;REVB=0.0607348;RO=2;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255879;STB=0.51351;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00360515;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:87:2:2:85:85:0.977011:36:49:0:2:36:49:0:2 chr12 122689181 . C G 401.62 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0179694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2466;QD=21.7094;RBI=0.022796;REFB=-0.0328971;REVB=-0.0140272;RO=32;SAF=27;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017112;STB=0.50077;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0388029;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:34:40:40:0.540541:13:27:21:11:13:27:23:11 chr12 122691738 . C A 790.01 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544508;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.955;QD=55.4394;RBI=0.094898;REFB=-0.012266;REVB=0.0777222;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00079669;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:31:25:0:0:31:25:1:0 chr12 122812503 . G C 343.8 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135439;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.481;QD=55.0089;RBI=0.151523;REFB=0;REVB=-0.067937;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015642;OID=.;OPOS=122812503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:20:25:1:19:1:0:0:19:6:0:0 chr12 122989234 . GA G,GC 3050.96 PASS AF=0.0631068,0.936893;AO=28,173;DP=204;FAO=13,193;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=13,100;FSAR=0,93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267554,0.0226973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.5308,73.9311;QD=59.242;RBI=0.0419464,0.197538;REFB=0,0;REVB=0.0323056,0.19623;RO=2;SAF=11,99;SAR=17,74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0773479,-0.00951809;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0394597,0.00155841;OID=.,.;OPOS=122989235,122989235;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0631068,0.936893:28,173:204:13,193:206:0:13,100:0,93:0:0:24:2:11,99:17,74:2:0 chr12 123026606 . A G 53.48 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0527859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2743;QD=7.64013;RBI=0.0795755;REFB=-0.0280473;REVB=0.0595476;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792354;STB=0.519183;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0747018;OID=.;OPOS=123026606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:3:5:12:7:3:5:13:7 chr12 123087442 . A G 844.85 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.825;QD=56.323;RBI=0.0875429;REFB=0;REVB=0.00433623;RO=0;SAF=9;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270157;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:47:60:1:38:9:0:0:38:22:0:0 chr12 123200247 . G C 624.77 PASS AF=0.396648;AO=71;DP=179;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=0.00113238;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.988;QD=13.9614;RBI=0.0239151;REFB=-0.0102253;REVB=0.0238883;RO=107;SAF=51;SAR=20;SRF=55;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236731;STB=0.631757;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0109822;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:107:108:71:71:0.396648:20:51:55:52:20:51:56:52 chr12 123253852 . T C 33.78 PASS AF=0.103448;AO=7;DP=87;FAO=9;FDP=87;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=23;FWDB=-0.0304377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3646;QD=1.55328;RBI=0.134522;REFB=-0.00753322;REVB=0.131033;RO=80;SAF=6;SAR=1;SRF=55;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243155;STB=0.539737;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0439107;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:87:87:80:78:7:9:0.103448:1:6:55:25:3:6:55:23 chr12 123253856 . C CAT,T 1185.75 PASS AF=0.766667,0.166667;AO=69,15;DP=90;FAO=69,15;FDP=90;FR=.;FRO=6;FSAF=51,6;FSAR=18,9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0503597,-0.0510887;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.613,51.3862;QD=52.6999;RBI=0.069265,0.0834792;REFB=-0.122442,0.0723771;REVB=0.0475556,-0.0660206;RO=6;SAF=51,6;SAR=18,9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0456118,-0.0527419;STB=0.524222,0.529372;STBP=0.223,0.724;TYPE=ins,snp;VARB=0.0367548,0.0262615;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:80:90:90:6:6:69,15:69,15:0.766667,0.166667:18,9:51,6:3:3:18,9:51,6:3:3 chr12 123333065 . C T 1194.0 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.899;QD=59.6998;RBI=0.0489341;REFB=-0.078058;REVB=0.000528661;RO=1;SAF=21;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809358;STB=0.504272;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000652515;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:58:21:0:1:58:21:0:1 chr12 123339929 . G C 79.37 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=82;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.0296283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.745;QD=3.82512;RBI=0.0383913;REFB=-0.0108405;REVB=-0.0244143;RO=66;SAF=6;SAR=10;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407305;STB=0.746213;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.084092;OID=.;OPOS=123339929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:82:83:66:67:16:16:0.192771:10:6:47:19:10:6:47:20 chr12 123340453 . G GC 435.71 PASS AF=1;AO=31;DP=56;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5952;QD=39.6096;RBI=0.143582;REFB=0;REVB=0.136459;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00278569;OID=.;OPOS=123340454;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:56:44:44:0:25:19:0:0:9:23:17:14:9:14 chr12 123340455 . G C 40.99 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0288602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.994;QD=3.72643;RBI=0.0572108;REFB=0.0101094;REVB=0.049398;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00473216;STB=0.503302;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.045721;OID=.;OPOS=123340455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:37:37:7:7:0.159091:3:4:21:16:3:4:21:16 chr12 123345736 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.426;QD=60.6103;RBI=0.0418202;REFB=0;REVB=0.0398513;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112942;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 123345756 . G GC 214.6 PASS AF=1;AO=18;DP=29;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.277912;FXX=0.079968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.954;QD=37.3215;RBI=0.278036;REFB=0.0503766;REVB=-0.00830003;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0144481;OID=.;OPOS=123345757;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:29:23:23:0:8:15:0:0:3:9:4:14:3:6 chr12 123350154 . CCTTT C 338.83 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129236;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=133.742;QD=46.7353;RBI=0.0224009;REFB=0;REVB=-0.018297;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.96348e-05;OID=.;OPOS=123350155;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:10:19:0:0:6:0:10:18:0:0 chr12 123351684 . C CG 66.84 PASS AF=0.192308;AO=19;DP=80;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0520622;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.8231;QD=3.42752;RBI=0.0719501;REFB=-0.00929389;REVB=-0.0496623;RO=60;SAF=11;SAR=8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555522;STB=0.523778;STBP=0.854;TYPE=ins;VARB=0.266709;OID=.;OPOS=123351685;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192308:19:80:15:78:63:9:6:36:27:66:60:11:8:35:25 chr12 123351981 . C A 89.1 PASS AF=0.225806;AO=15;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=4;FWDB=-0.0114631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.766;QD=5.74816;RBI=0.0323798;REFB=-0.00735208;REVB=0.0302829;RO=47;SAF=14;SAR=1;SRF=43;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811022;STB=0.532737;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0523253;OID=.;OPOS=123351981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:47:48:15:14:0.225806:1:14:43:4:1:13:44:4 chr12 123460823 . A C,G 2608.73 PASS AF=0.0813953,0.918605;AO=17,154;DP=172;FAO=14,158;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=3,105;FSAR=11,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286738,0.0452979;FXX=0.022726;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.9534,139.359;QD=60.668;RBI=0.0287976,0.0852422;REFB=0,0;REVB=-0.00266732,0.0722103;RO=0;SAF=4,104;SAR=13,50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0982825,0.00315388;OID=.,.;OPOS=123460823,123460823;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:172:172:0:0:17,154:14,158:0.0813953,0.918605:13,50:4,104:0:0:11,53:3,105:0:0 chr12 123469647 . G T 1906.04 PASS AF=0.962406;AO=127;DP=134;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00295468;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.351;QD=57.3244;RBI=0.0255069;REFB=-0.0713782;REVB=0.0253352;RO=6;SAF=63;SAR=64;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288666;STB=0.511276;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000281874;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:134:133:6:5:127:128:0.962406:64:63:5:1:64:64:4:1 chr12 123645803 . G A 1734.47 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647702;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.705;QD=60.8585;RBI=0.0082588;REFB=0;REVB=0.00512406;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.12196e-07;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:56:58:0:0:56:58:0:0 chr12 123664514 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.535;QD=57.202;RBI=0.0524417;REFB=0;REVB=0.00946815;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155184;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 123665695 . A G 598.9 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0263451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.145;QD=46.9723;RBI=0.0466469;REFB=0.0141719;REVB=0.038495;RO=5;SAF=20;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104047;STB=0.555531;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0010191;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:51:51:5:5:46:46:0.901961:26:20:5:0:26:20:5:0 chr12 123746357 . C G 1098.39 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0670015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4553;QD=60.1859;RBI=0.0792916;REFB=0;REVB=-0.0424022;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000848429;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr12 123799974 . A G 671.93 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0565205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.562;QD=52.7005;RBI=0.060386;REFB=-0.124241;REVB=0.0212581;RO=2;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049451;STB=0.526305;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00175463;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:18:31:0:2:18:31:0:2 chr12 123810873 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.06661e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.818;QD=47.8224;RBI=0.001084;REFB=0;REVB=-0.00108169;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06867e-06;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 123879666 . A G 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0101242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.012;QD=6.58821;RBI=0.0114;REFB=-0.0025108;REVB=0.00524017;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216351;STB=0.634407;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0109339;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:27:13:6:6:27:13 chr12 123879668 . G C 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0260809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2823;QD=6.58816;RBI=0.0332079;REFB=-0.0118204;REVB=-0.0205561;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216351;STB=0.634407;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0122566;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:27:13:6:6:27:13 chr12 123879768 . AA CG 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0112897;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.544;QD=4.46121;RBI=0.0136829;REFB=-0.0015825;REVB=0.00773065;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132167;STB=0.590598;STBP=0.593;TYPE=mnp;VARB=0.00968856;OID=.;OPOS=123879768;OREF=AA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:14:11:2:4:14:11 chr12 123892095 . T C 143.6 PASS AF=0.193798;AO=25;DP=129;FAO=25;FDP=129;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0478647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.894;QD=4.45266;RBI=0.0482606;REFB=-0.00312008;REVB=0.00616952;RO=104;SAF=13;SAR=12;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235679;STB=0.514913;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0125894;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:104:104:25:25:0.193798:12:13:56:48:12:13:56:48 chr12 123892186 . T C 213.06 PASS AF=0.301075;AO=23;DP=89;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0184033;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.553;QD=9.16401;RBI=0.0236172;REFB=-0.00893167;REVB=-0.0148016;RO=65;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921964;STB=0.587094;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0222694;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:65:65:23:28:0.301075:11:12:29:36:12:16:29:36 chr12 123892235 . G A 58.94 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0461263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.844;QD=5.12563;RBI=0.0462265;REFB=-0.000709599;REVB=-0.00304228;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190404;STB=0.622865;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00537911;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:11:26:5:4:11:26 chr12 123892590 . C T 148.99 PASS AF=0.188406;AO=26;DP=138;FAO=26;FDP=138;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.0149588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.38;QD=4.31863;RBI=0.0306107;REFB=-0.00780671;REVB=-0.0267067;RO=110;SAF=9;SAR=17;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154608;STB=0.592262;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.034574;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:110:112:26:26:0.188406:17:9:51:59:17:9:51:61 chr12 123892824 . C T 154.6 PASS AF=0.9375;AO=11;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.018;QD=38.6511;RBI=0.0481699;REFB=-0.0954107;REVB=0.00686333;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00180736;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:11:15:0.9375:8:3:0:0:8:7:1:0 chr12 123893830 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.646;QD=61.3355;RBI=0.0244635;REFB=0;REVB=0.0194452;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.59843e-06;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr12 124008073 . A G 1308.58 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131909;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.6329;QD=62.3132;RBI=0.0438623;REFB=0;REVB=-0.0418318;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312701;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr12 124069213 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2156;QD=57.2004;RBI=0.0657315;REFB=0;REVB=-0.0484519;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173822;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr12 124090453 . A G 1541.41 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.753;QD=59.8606;RBI=0.0246663;REFB=0;REVB=-0.0178183;RO=0;SAF=37;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13523e-07;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:100:103:1:63:37:0:0:65:38:0:0 chr12 124104562 . C CA 39.63 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0338088;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.7411;QD=4.28447;RBI=0.0522565;REFB=0.00185292;REVB=-0.039846;RO=28;SAF=0;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710522;STB=0.825855;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=-0.0491106;OID=.;OPOS=124104563;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.216216:7:37:8:37:29:1:7:14:15:39:28:0:7:14:14 chr12 124144018 . C A 583.5 PASS AF=0.427586;AO=62;DP=145;FAO=62;FDP=145;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0417099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.429;QD=16.0965;RBI=0.0431985;REFB=-0.013666;REVB=-0.0112426;RO=83;SAF=30;SAR=32;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964299;STB=0.553911;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.015636;OID=.;OPOS=124144018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:83:83:62:62:0.427586:32:30:48:35:32:30:48:35 chr12 124209332 . T C 294.47 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.81;QD=51.2122;RBI=0.0338335;REFB=0;REVB=0.0102633;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291838;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr12 124210782 . T C 454.05 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.153;QD=55.0364;RBI=0.0620627;REFB=-0.145779;REVB=0.0449514;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509428;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00203035;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:6:26:0:0:6:26:1:0 chr12 124229429 . T C 1788.21 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00760667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.094;QD=60.108;RBI=0.0164969;REFB=-0.0226216;REVB=0.0146386;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.504347;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000125996;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:57:61:0:1:57:61:0:1 chr12 124243707 . T C 908.72 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.412;QD=57.6967;RBI=0.0244729;REFB=0;REVB=-0.000266934;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27797e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr12 124265687 . T C 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.769;QD=60.8781;RBI=0.0577362;REFB=0;REVB=0.0412399;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41296e-06;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr12 124267703 . T C 1884.97 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.453;QD=61.3;RBI=0.0221857;REFB=0;REVB=0.0112561;RO=0;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26301e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:66:56:0:0:66:57:0:0 chr12 124274474 . A G 2097.48 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953735;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.429;QD=62.6113;RBI=0.0209502;REFB=0;REVB=0.0186534;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152512;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:133:134:1:70:63:0:0:70:64:0:0 chr12 124821696 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.022;QD=33.4285;RBI=0.0213453;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341852;OID=.;OPOS=124821696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 124824721 . C CGCCGCTGCT,T 73.02 PASS AF=0.2,0.2;AO=5,5;DP=26;FAO=5,5;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4,5;FSAR=1,0;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0429384,-0.00929259;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=9,1;MLLD=220.201,79.7761;QD=11.6833;RBI=0.0530388,0.01462;REFB=-0.00256866,-0.0154764;REVB=-0.0311352,-0.0112868;RO=15;SAF=4,5;SAR=1,0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.393696,0.714275;STB=0.764838,0.997604;STBP=0.205,0.015;TYPE=ins,snp;VARB=0.0305666,0.0525959;OID=.,.;OPOS=124824722,124824721;OREF=-,C;OALT=GCCGCTGCT,T;OMAPALT=CGCCGCTGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:25:15:15:5,5:5,5:0.2,0.2:1,0:4,5:7:8:1,0:4,5:7:8 chr12 124826598 . T C 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0830895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.561;QD=13.1969;RBI=0.0830895;REFB=-0.0331102;REVB=0;RO=6;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422772;OID=.;OPOS=124826598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:0:6:6:0:0:6:6:0 chr12 124829234 . C T 1061.31 PASS AF=0.451613;AO=106;DP=246;FAO=112;FDP=248;FR=.;FRO=136;FSAF=64;FSAR=48;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=0.0115148;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.995;QD=17.1179;RBI=0.0145839;REFB=-0.0148148;REVB=0.00894983;RO=134;SAF=62;SAR=44;SRF=71;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563522;STB=0.527416;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0201224;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:134:136:106:112:0.451613:44:62:71:63:48:64:71:65 chr12 124829255 . A G 776.18 PASS AF=0.4375;AO=57;DP=194;FAO=84;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.02652;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.544;QD=16.1704;RBI=0.0265735;REFB=-0.0368889;REVB=0.00168529;RO=101;SAF=17;SAR=40;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168725;STB=0.551213;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0436701;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:101:108:57:84:0.4375:40:17:44:57:39:45:48:60 chr12 124856660 . T A 372.74 PASS AF=0.362903;AO=44;DP=123;FAO=45;FDP=124;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-5.20142e-05;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.472;QD=12.0239;RBI=0.033816;REFB=-0.0183789;REVB=0.033816;RO=78;SAF=21;SAR=23;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326264;STB=0.505019;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0264524;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:78:79:44:45:0.362903:23:21:37:41:23:22:38:41 chr12 124968349 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5644;QD=60.6099;RBI=0.0569089;REFB=0;REVB=0.021418;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027464;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr12 125262470 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0123545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.008;QD=9.41524;RBI=0.0892897;REFB=-0.00396641;REVB=0.0884309;RO=34;SAF=11;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304218;STB=0.687207;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00822807;OID=.;OPOS=125262470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:3:11:19:15:3:11:19:15 chr12 125270773 . A G 418.6 PASS AF=0.447917;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.00680748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.687;QD=17.4416;RBI=0.0256065;REFB=-0.031599;REVB=0.0246851;RO=53;SAF=23;SAR=19;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154253;STB=0.579754;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.035338;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:53:42:43:0.447917:19:23:37:16:19:24:37:16 chr12 125284748 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0179642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.02;QD=21.6129;RBI=0.0212938;REFB=-0.00782738;REVB=-0.0114329;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056906;STB=0.531888;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00724087;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:13:10:12:12:13:10 chr12 125298877 . G A 901.72 PASS AF=0.478947;AO=91;DP=189;FAO=91;FDP=190;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=0.00102267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.774;QD=18.9836;RBI=0.0234933;REFB=-0.00131618;REVB=0.0234711;RO=92;SAF=43;SAR=48;SRF=59;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15352;STB=0.564041;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00176615;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:92:99:91:91:0.478947:48:43:59:33:48:43:59:40 chr12 125324553 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.112;QD=39.2065;RBI=0.0242362;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292134;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr12 125324566 . G A 45.1 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0444168;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0276;QD=18.0417;RBI=0.0444168;REFB=-0.0939615;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0254431;OID=.;OPOS=125324566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:10:10:3:4:6:6:0.6:0:6:3:0:0:6:4:0 chr12 125386076 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.963;QD=59.4337;RBI=0.0541573;REFB=0;REVB=0.0523449;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385788;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 125396183 . A C 45.07 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0180014;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=194.578;QD=7.83817;RBI=0.0199622;REFB=-0.00443534;REVB=-0.00862774;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418932;STB=0.752361;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0124899;OID=.;OPOS=125396183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:3:13:3:4:3:13 chr12 125396185 . A C 44.54 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0320167;FXX=0;HRUN=20;LEN=1;MLLD=49.3593;QD=7.12603;RBI=0.0337187;REFB=-0.0223084;REVB=-0.0105775;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327529;STB=0.702782;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.050424;OID=.;OPOS=125396185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:5:13:3:4:5:13 chr12 125396377 . A G 197.44 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0197455;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.87;QD=14.6251;RBI=0.0245331;REFB=-0.00136939;REVB=-0.0145597;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158289;STB=0.509023;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0017966;OID=.;OPOS=125396377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:13:18:13:10:13:18 chr12 125397750 . A G 833.69 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4085;QD=57.496;RBI=0.0537693;REFB=0;REVB=-0.0531437;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000474066;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:18:39:0:0:18:40:0:0 chr12 125398319 . G A 313.18 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00305437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.007;QD=19.5735;RBI=0.0310044;REFB=-0.0111027;REVB=-0.0308536;RO=31;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230368;STB=0.512813;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0183772;OID=.;OPOS=125398319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:13:20:18:13:13:20:18:13 chr12 125398500 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0153102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.334;QD=15.3788;RBI=0.0153279;REFB=0.00948209;REVB=0.000737055;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202806;STB=0.616261;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0117748;OID=.;OPOS=125398500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:11:3:5:7:11:3 chr12 125398517 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00908037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.875;QD=15.197;RBI=0.0117692;REFB=-0.0165632;REVB=0.00748741;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195583;STB=0.613472;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0168153;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:5:9:8:10:5:9:8:10 chr12 125398723 . G T 100.0 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0401085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.288;QD=15.3839;RBI=0.0480598;REFB=-0.0738978;REVB=0.0264773;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.620056;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.046692;OID=.;OPOS=125398723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:5:7:5:8:5:7:5:9 chr12 125398731 . T C 114.97 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000677076;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.394;QD=17.6874;RBI=0.0181057;REFB=-0.0245235;REVB=-0.018093;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0266642;OID=.;OPOS=125398731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:13:13:13:0.5:6:7:5:9:6:7:4:9 chr12 125398733 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0330005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9692;QD=17.4005;RBI=0.0595728;REFB=-0.0120687;REVB=0.0495972;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.622446;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0130012;OID=.;OPOS=125398733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:7:6:9:4:7:6 chr12 125399068 . C T 455.11 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0710959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0135;QD=22.7557;RBI=0.0723701;REFB=-0.0287517;REVB=-0.0135209;RO=36;SAF=32;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231018;STB=0.627787;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0387455;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:12:32:17:19:12:32:17:19 chr12 125399171 . ACCC ACC,ACCA 1058.42 PASS AF=0.511628,0.0465116;AO=105,11;DP=217;FAO=110,10;FDP=215;FR=.;FRO=95;FSAF=75,5;FSAR=35,5;FSRF=61;FSRR=34;FWDB=0.0640998,0.0259031;FXX=0.00921617;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.1207,23.4345;QD=19.6915;RBI=0.0647599,0.0883526;REFB=-0.00522492,0.0121731;REVB=0.00922292,0.0844701;RO=89;SAF=72,7;SAR=33,4;SRF=58;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0327006,-0.0200333;STB=0.520882,0.628332;STBP=0.545,0.398;TYPE=del,snp;VARB=0.00377297,0.00472267;OID=.,.;OPOS=125399172,125399174;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.511628,0.0465116:105,11:217:110,10:215:95:75,5:35,5:61:34:99:89:72,7:33,4:58:31 chr12 125399286 . C T 619.56 PASS AF=0.405556;AO=58;DP=164;FAO=73;FDP=180;FR=.;FRO=107;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=0.0633324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6227;QD=13.7679;RBI=0.0742949;REFB=-0.0252983;REVB=0.0388426;RO=97;SAF=33;SAR=25;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327451;STB=0.538345;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0297993;OID=.;OPOS=125399286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:180:97:107:58:73:0.405556:25:33:58:39:34:39:64:43 chr12 125424502 . A G 144.79 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00151421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.858;QD=8.77484;RBI=0.0584824;REFB=-0.0110593;REVB=0.0584628;RO=46;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159392;STB=0.594502;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0117556;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:9:11:19:27:9:11:19:27 chr12 125424510 . T A 142.46 PASS AF=0.298507;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000429267;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.162;QD=8.505;RBI=0.0255625;REFB=-0.0130721;REVB=-0.0255589;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163537;STB=0.586581;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.027102;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:47:19:20:0.298507:9:10:19:17:9:11:20:27 chr12 125432618 . G A 205.89 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0542454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.922;QD=17.9033;RBI=0.0542468;REFB=-0.0115144;REVB=-0.000390591;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524828;STB=0.561234;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0192106;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:19:21:0.456522:12:7:8:17:12:9:8:17 chr12 125434580 . C T 1120.83 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.747;QD=58.9912;RBI=0.0665791;REFB=-0.0672447;REVB=0.0474101;RO=1;SAF=52;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901237;STB=0.504672;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000221037;OID=.;OPOS=125434580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:22:52:1:0:22:53:1:0 chr12 125434716 . G A 444.76 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00905967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.594;QD=20.4487;RBI=0.0231707;REFB=-0.0289574;REVB=-0.0213261;RO=43;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272905;STB=0.650598;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0261488;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:18:26:12:31:18:26:12:31 chr12 125437019 . T C 1190.32 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8899;QD=61.0419;RBI=0.0267972;REFB=0;REVB=0.0169329;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80424e-05;OID=.;OPOS=125437019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr12 125438516 . T C 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.408;QD=59.1402;RBI=0.0491426;REFB=0;REVB=-0.0275361;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38527e-05;OID=.;OPOS=125438516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr12 125438523 . C T 990.81 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.043;QD=59.1528;RBI=0.140642;REFB=0;REVB=0.132011;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418807;OID=.;OPOS=125438523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:32:35:0:0 chr12 125441347 . T C 273.32 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00791862;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7896;QD=19.5228;RBI=0.0304559;REFB=-0.0182363;REVB=-0.0294084;RO=27;SAF=20;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589706;STB=0.532936;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0162544;OID=.;OPOS=125441347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:27:27:29:29:0.517857:9:20:17:10:9:20:17:10 chr12 125441359 . T C 247.76 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0268813;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.728;QD=17.0872;RBI=0.0297759;REFB=-0.0160009;REVB=-0.0128063;RO=30;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507017;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0171337;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:27:28:0.482759:9:18:20:10:9:19:20:10 chr12 125448960 . C T 385.9 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.000567454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.787;QD=15.592;RBI=0.0135204;REFB=-0.0251216;REVB=-0.0135084;RO=58;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080291;STB=0.545386;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0394899;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:16:25:31:27:16:25:31:27 chr12 125451767 . G A 256.4 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0803162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.239;QD=18.6475;RBI=0.0827222;REFB=0.00442144;REVB=0.0198058;RO=26;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168803;STB=0.593336;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00823556;OID=.;OPOS=125451767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:27:28:0.509091:7:20:15:11:7:21:16:11 chr12 125467127 . C T 729.11 PASS AF=0.56;AO=69;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.00795035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.745;QD=23.3314;RBI=0.00802455;REFB=-0.00372919;REVB=-0.00108875;RO=55;SAF=46;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136313;STB=0.569121;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00678147;OID=.;OPOS=125467127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:55:55:69:70:0.56:23:46:28:27:24:46:28:27 chr12 125467158 . C T 614.59 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0217592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.531;QD=21.9496;RBI=0.0420543;REFB=-0.0237627;REVB=-0.0359876;RO=51;SAF=41;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144167;STB=0.579251;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017984;OID=.;OPOS=125467158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:51:51:61:61:0.544643:20:41:26:25:20:41:26:25 chr12 125562809 . G A 989.92 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00350657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.42;QD=53.509;RBI=0.0236673;REFB=-0.145477;REVB=0.023406;RO=4;SAF=47;SAR=22;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502831;STB=0.52677;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00105768;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:73:74:4:4:69:70:0.945946:22:47:1:3:22:48:1:3 chr12 125591727 . C T 350.36 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0221593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.446;QD=23.3571;RBI=0.0221773;REFB=-0.0105326;REVB=0.000893282;RO=25;SAF=23;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161167;STB=0.592538;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0106496;OID=.;OPOS=125591727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:25:34:35:0.583333:11:23:12:13:11:24:12:13 chr12 125834395 . T C 769.02 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5821;QD=56.9643;RBI=0.0399858;REFB=0;REVB=-0.0072374;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510276;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr12 126068417 . T C 2547.81 PASS AF=1;AO=163;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.783;QD=61.7651;RBI=0.029325;REFB=0;REVB=-0.000377105;RO=0;SAF=105;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09289e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:165:0:0:163:165:1:58:105:0:0:58:107:0:0 chr12 126137060 . C T 856.88 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155155;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9449;QD=58.0935;RBI=0.0369063;REFB=0;REVB=0.0334865;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046296;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr12 127067932 . A G 49.87 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0266884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1547;QD=15.3455;RBI=0.034325;REFB=-0.0589183;REVB=-0.0215854;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0476275;OID=.;OPOS=127067932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr12 127068865 . A G 378.91 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102567;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.892;QD=56.1352;RBI=0.0270771;REFB=0;REVB=0.0250593;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09732e-05;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr12 127068892 . C T 607.62 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.231;QD=60.7621;RBI=0.0698267;REFB=0;REVB=-0.067376;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302005;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:24:14:0:0:25:15:0:0 chr12 127497881 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00956652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.563;QD=17.3781;RBI=0.00973403;REFB=0.00710953;REVB=0.00179806;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00411886;OID=.;OPOS=127497881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:5:5:8:3:5:5 chr12 127650467 . G C 8389.75 PASS AF=0.966667;AO=548;DP=567;FAO=551;FDP=570;FR=.;FRO=19;FSAF=259;FSAR=292;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0238827;FXX=0.00175128;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5149;QD=58.8754;RBI=0.0255433;REFB=-0.0643396;REVB=0.00905958;RO=14;SAF=259;SAR=289;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130497;STB=0.5054;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00128075;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:567:570:14:19:548:551:0.966667:289:259:7:7:292:259:12:7 chr12 127650471 . AT GG 9363.84 PASS AF=1;AO=526;DP=612;FAO=604;FDP=604;FR=.;FRO=0;FSAF=306;FSAR=298;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487151;FXX=0.0130717;HRUN=1;LEN=2;MLLD=318.638;QD=62.0122;RBI=0.0502146;REFB=-0.0200808;REVB=0.0121799;RO=5;SAF=241;SAR=285;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00256725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00251454;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:612:604:5:0:526:604:1:285:241:3:2:298:306:0:0 chr12 127650538 . A G 18666.5 PASS AF=0.978793;AO=1200;DP=1227;FAO=1200;FDP=1226;FR=.;FRO=26;FSAF=501;FSAR=699;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0153085;FXX=0.000814989;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3536;QD=60.902;RBI=0.051204;REFB=-0.00939448;REVB=-0.0488621;RO=23;SAF=501;SAR=699;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865272;STB=0.505144;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000586488;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:1227:1226:23:26:1200:1200:0.978793:699:501:15:8:699:501:17:9 chr12 127650583 . T G 16333.8 PASS AF=0.985862;AO=1037;DP=1055;FAO=1046;FDP=1061;FR=.;FRO=15;FSAF=451;FSAR=595;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0586974;FXX=0.00281952;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7562;QD=61.5788;RBI=0.0635237;REFB=-0.00683465;REVB=0.0242874;RO=15;SAF=449;SAR=588;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278242;STB=0.501472;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000130494;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:1055:1061:15:15:1037:1046:0.985862:588:449:8:7:595:451:8:7 chr12 127650599 . A G 13283.8 PASS AF=1;AO=623;DP=855;FAO=842;FDP=842;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=363;FSAR=479;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709957;FXX=0.0105757;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.583;QD=63.1061;RBI=0.073864;REFB=-0.106153;REVB=0.0203836;RO=8;SAF=174;SAR=449;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617566;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:855:842:8:0:623:842:1:449:174:4:4:479:363:0:0 chr12 127650616 . G A 1168.24 PASS AF=0.244202;AO=177;DP=733;FAO=179;FDP=733;FR=.;FRO=554;FSAF=71;FSAR=108;FSRF=207;FSRR=347;FWDB=-0.00103293;FXX=0.00136238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9778;QD=6.37513;RBI=0.00900491;REFB=-0.00435008;REVB=0.00894548;RO=553;SAF=69;SAR=108;SRF=206;SRR=347;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232982;STB=0.518296;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0124508;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:733:733:553:554:177:179:0.244202:108:69:206:347:108:71:207:347 chr12 127650639 . A G 6535.29 PASS AF=0.969697;AO=250;DP=480;FAO=480;FDP=495;FR=.;FRO=15;FSAF=129;FSAR=351;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0413255;FXX=0.00201609;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.043;QD=52.8104;RBI=0.0588028;REFB=-0.0674916;REVB=0.0418327;RO=5;SAF=114;SAR=136;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054191;STB=0.515124;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00332503;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:480:495:5:15:250:480:0.969697:136:114:3:2:351:129:10:5 chr12 127650662 . T C 2170.6 PASS AF=0.979021;AO=134;DP=138;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=116;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0119838;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.442;QD=60.7161;RBI=0.0135046;REFB=-0.0480679;REVB=0.00622597;RO=2;SAF=22;SAR=112;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412629;STB=0.529407;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000652549;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:143:2:3:134:140:0.979021:112:22:2:0:116:24:3:0 chr12 127650669 . A G 1025.47 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=61;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.035238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.774;QD=55.4306;RBI=0.0357954;REFB=0.0115052;REVB=0.00629259;RO=3;SAF=10;SAR=61;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122623;STB=0.565197;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-9.2303e-05;OID=.;OPOS=127650669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:61:10:3:0:61:10:3:0 chr12 127650675 . G C 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00853327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.19;QD=46.0547;RBI=0.0120503;REFB=-0.0209526;REVB=-0.0085084;RO=1;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299996;STB=0.666442;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00185938;OID=.;OPOS=127650675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:18:1:1:0:18:1:1:0 chr12 127650883 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.744;QD=45.8068;RBI=0.0560782;REFB=0;REVB=0.0453881;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109748;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr12 127650890 . G C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.013045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.051;QD=39.318;RBI=0.0328975;REFB=0.0889374;REVB=0.0302005;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00125528;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:11:13:0.928571:1:10:0:0:1:12:1:0 chr12 128778703 . G A 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0785711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3846;QD=13.2239;RBI=0.0879068;REFB=-0.0105149;REVB=0.0394231;RO=36;SAF=19;SAR=5;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173077;STB=0.600281;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0119387;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:5:19:24:12:5:19:24:12 chr12 128899673 . A G 352.67 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0263294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8608;QD=18.3203;RBI=0.0655831;REFB=-0.0240966;REVB=-0.0600658;RO=40;SAF=14;SAR=23;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283114;STB=0.515781;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0232585;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:23:14:14:26:23:14:14:26 chr12 128900005 . G A 282.6 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0366837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.237;QD=28.9849;RBI=0.0368194;REFB=-0.0474178;REVB=0.00315923;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594869;STB=0.532761;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.019487;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:12:13:6:8:12:13:6:8 chr12 129181810 . A G 3024.01 PASS AF=0.989691;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0141514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.521;QD=62.3507;RBI=0.0274346;REFB=0.0462384;REVB=-0.0235031;RO=2;SAF=79;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175669;STB=0.500942;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000281831;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:194:2:2:191:192:0.989691:112:79:1:1:113:79:1:1 chr12 129181834 . A G 3240.37 PASS AF=0.99061;AO=210;DP=213;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=88;FSAR=123;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0255549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3767;QD=60.8521;RBI=0.0389397;REFB=-0.139539;REVB=0.0293811;RO=0;SAF=88;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94476e-08;STB=0.505617;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00109738;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:213:0:2:210:211:0.99061:122:88:0:0:123:88:2:0 chr12 129189941 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.044;QD=56.7066;RBI=0.0122866;REFB=0;REVB=0.00668781;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57899e-05;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr12 129190021 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6709;QD=54.5148;RBI=0.094455;REFB=0;REVB=0.0942137;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199141;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr12 129190474 . G A,C 2132.21 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=131,9;DP=143;FAO=132,11;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=89,1;FSAR=43,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747878,-0.00115856;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.804,140.446;QD=59.6422;RBI=0.0748425,0.00742695;REFB=-0.105096,-0.057786;REVB=-0.00286261,-0.00733603;RO=1;SAF=88,0;SAR=43,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00537088,-0.81244;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00372987,0.0373674;OID=.,.;OPOS=129190474,129190474;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:143:143:1:0:131,9:132,11:0.923077,0.0769231:43,9:88,0:1:0:43,10:89,1:0:0 chr12 129278864 . A G 223.36 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171142;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.0107;QD=42.5444;RBI=0.0407796;REFB=-0.0285692;REVB=-0.0370146;RO=2;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764328;STB=0.541624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00127552;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:21:2:2:18:19:0.904762:11:7:0:2:11:8:0:2 chr12 129293346 . C T 213.96 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00236624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.288;QD=20.8737;RBI=0.0119499;REFB=-0.0131705;REVB=0.0117132;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150015;STB=0.584217;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0198018;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:7:13:10:11:7:13 chr12 129298735 . C G 502.16 PASS AF=0.465517;AO=54;DP=115;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=0.0667813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.263;QD=17.3159;RBI=0.0668008;REFB=-0.030554;REVB=-0.00161594;RO=59;SAF=38;SAR=16;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924607;STB=0.503839;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0464531;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:62:54:54:0.465517:16:38:42:17:16:38:44:18 chr12 129298777 . G A 35.08 PASS AF=0.0866142;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=127;FR=.;FRO=116;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0219509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.468;QD=1.10488;RBI=0.0334062;REFB=-0.0145066;REVB=-0.025182;RO=112;SAF=5;SAR=6;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14467;STB=0.618436;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.155455;OID=.;OPOS=129298777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:127:127:112:116:11:11:0.0866142:6:5:65:47:6:5:68:48 chr12 129298779 . C T 152.2 PASS AF=0.2;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0561567;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8523;QD=4.68301;RBI=0.0566468;REFB=-0.0296458;REVB=0.00743572;RO=101;SAF=20;SAR=6;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322366;STB=0.709506;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.10836;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:101:104:26:26:0.2:6:20:54:47:6:20:55:49 chr12 129298819 . C T 216.5 PASS AF=0.275;AO=32;DP=120;FAO=33;FDP=120;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=-0.0655928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2995;QD=7.21653;RBI=0.0690193;REFB=-0.0288706;REVB=-0.0214767;RO=88;SAF=12;SAR=20;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13437e-08;STB=0.512188;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0603725;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:87:32:33:0.275:20:12:33:55:21:12:33:54 chr12 129348666 . C T 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0273899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.947;QD=8.40044;RBI=0.0287063;REFB=-0.0160459;REVB=0.00859323;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295649;STB=0.695229;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0446743;OID=.;OPOS=129348666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:6:3:12:8:6:3:13:8 chr12 129360498 . G A 797.59 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7083;QD=56.9708;RBI=0.110299;REFB=0;REVB=0.0928741;RO=0;SAF=45;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158607;OID=.;OPOS=129360498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:9:45:0:0:10:46:0:0 chr12 129559557 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0444436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.155;QD=11.5633;RBI=0.0453776;REFB=-0.00901474;REVB=-0.00915958;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421118;STB=0.752115;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0224669;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:12:3:16:13:12:3:16:13 chr12 130647709 . G C 5645.3 PASS AF=0.989101;AO=362;DP=366;FAO=363;FDP=367;FR=.;FRO=4;FSAF=196;FSAR=167;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0831961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.395;QD=61.5291;RBI=0.0947369;REFB=-0.158699;REVB=0.0453153;RO=4;SAF=196;SAR=166;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963668;STB=0.50505;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.000325409;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:366:367:4:4:362:363:0.989101:166:196:4:0:167:196:4:0 chr12 130649316 . CTTTTTTTTTTT CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT 626.01 PASS AF=0.256098,0.097561,0.646341;AO=5,6,11;DP=76;FAO=21,8,53;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7,28;FSAR=16,1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506865,-0.0820438,-0.128082;FXX=0;HRUN=13,13,13;LEN=1,1,2;MLLD=125.572,119.384,9.28919;QD=30.5371;RBI=0.108735,0.0972628,0.195687;REFB=0,0,0;REVB=-0.0961986,-0.0522385,-0.147947;RO=0;SAF=0,6,2;SAR=5,0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0437981,-0.0107347,0.00848207;OID=.,.,.;OPOS=130649319,130649327,130649317;OREF=T,T,TT;OALT=C,A,-;OMAPALT=CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.256098,0.097561,0.646341:5,6,11:76:21,8,53:82:0:5,7,28:16,1,25:0:0:99:0:0,6,2:5,0,9:0:0 chr12 130649543 . C G 1311.4 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.036071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.149;QD=59.609;RBI=0.0453017;REFB=-0.19325;REVB=0.0274067;RO=2;SAF=48;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01933;STB=0.510202;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00121557;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:2:2:86:86:0.977273:38:48:2:0:38:48:2:0 chr12 130650041 . G A 1384.05 PASS AF=0.951923;AO=98;DP=104;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0342821;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.586;QD=53.2328;RBI=0.0434903;REFB=-0.0859193;REVB=0.0267608;RO=4;SAF=39;SAR=59;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00789705;STB=0.510326;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000730597;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:104:104:4:5:98:99:0.951923:59:39:2:2:60:39:3:2 chr12 130912757 . C T 695.12 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00233957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9637;QD=60.4448;RBI=0.0209017;REFB=-0.115898;REVB=-0.0207704;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00119141;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr12 131275484 . G A 1246.03 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.627;QD=61.5325;RBI=0.0165431;REFB=0;REVB=-0.00262536;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39263e-05;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:36:44:0:0:37:44:0:0 chr12 131276448 . G T 1585.58 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.343;QD=64.0638;RBI=0.0233382;REFB=0;REVB=-0.0233054;RO=0;SAF=60;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09182e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:39:60:0:0:39:60:0:0 chr12 131299974 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.744;QD=58.0602;RBI=0.0451906;REFB=0;REVB=-0.00730481;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124392;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr12 131306314 . C G 1574.97 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450916;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3754;QD=59.9987;RBI=0.0549987;REFB=0;REVB=0.0314897;RO=0;SAF=66;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378293;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:39:66:0:0:39:66:0:0 chr12 131466562 . T C 1402.16 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00572452;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.364;QD=61.6332;RBI=0.0392261;REFB=-0.145719;REVB=0.0388061;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.507245;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=2.8045e-05;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:34:56:0:0:34:56:0:1 chr12 131590404 . G A 320.18 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.014411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.649;QD=13.6248;RBI=0.0217443;REFB=-0.0109478;REVB=-0.0162831;RO=58;SAF=19;SAR=17;SRF=41;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198235;STB=0.612186;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0197098;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:17:19:41:17:17:19:41:17 chr12 131620588 . A G 717.51 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00259524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3082;QD=24.3223;RBI=0.0111148;REFB=0.0028304;REVB=0.0108075;RO=49;SAF=40;SAR=29;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381316;STB=0.520775;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00357406;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:49:49:69:69:0.584746:29:40:26:23:29:40:26:23 chr12 131622735 . T C 257.14 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.012277;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.987;QD=20.9914;RBI=0.0294071;REFB=-0.0275201;REVB=-0.0267218;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101745;STB=0.565865;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0177885;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:24:23:26:26:0.530612:10:16:12:12:10:16:11:12 chr12 132237848 . T C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.256;QD=58.1372;RBI=0.0463357;REFB=0;REVB=0.0222317;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145748;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:30:2:0:0:30:2:0:0 chr12 132271113 . T C 2269.41 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282267;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.487;QD=63.4799;RBI=0.0287991;REFB=0;REVB=0.00571351;RO=0;SAF=76;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253993;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:142:143:1:66:76:0:0:66:77:0:0 chr12 132323250 . C G 1133.03 PASS AF=0.513393;AO=100;DP=208;FAO=115;FDP=224;FR=.;FRO=109;FSAF=72;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.0688239;FXX=0.00444425;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0973;QD=20.2328;RBI=0.143725;REFB=-0.061174;REVB=0.126176;RO=105;SAF=71;SAR=29;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18185;STB=0.552183;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0613284;OID=.;OPOS=132323250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:224:105:109:100:115:0.513393:29:71:56:49:43:72:57:52 chr12 132325239 . G A 932.11 PASS AF=0.532164;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=171;FR=.;FRO=80;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0150804;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.208;QD=21.8037;RBI=0.0313445;REFB=-0.0201495;REVB=0.0274784;RO=80;SAF=54;SAR=37;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169787;STB=0.509286;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0182937;OID=.;OPOS=132325239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:80:80:91:91:0.532164:37:54:49:31:37:54:49:31 chr12 132326298 . G A 825.1 PASS AF=0.532468;AO=82;DP=154;FAO=82;FDP=154;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0226203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.038;QD=21.4311;RBI=0.0273115;REFB=-0.0195049;REVB=0.0153048;RO=72;SAF=46;SAR=36;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405707;STB=0.52222;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0122293;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:72:72:82:82:0.532468:36:46:37:35:36:46:37:35 chr12 132402020 . T C 686.29 PASS AF=0.427778;AO=75;DP=171;FAO=77;FDP=180;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0354927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.769;QD=15.2508;RBI=0.0360655;REFB=-0.0159096;REVB=0.00640261;RO=95;SAF=38;SAR=37;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033085;STB=0.525019;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0310825;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:180:95:103:75:77:0.427778:37:38:45:50:37:40:49:54 chr12 132403161 . A G 1286.7 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476379;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.593;QD=62.0095;RBI=0.0480993;REFB=0;REVB=-0.00664587;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12093e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr12 132406666 . G C 1238.13 PASS AF=0.484733;AO=127;DP=263;FAO=127;FDP=262;FR=.;FRO=135;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=74;FSRR=61;FWDB=-0.0157172;FXX=0.00757547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.4;QD=18.9028;RBI=0.0479448;REFB=-0.0310943;REVB=-0.0452955;RO=132;SAF=65;SAR=62;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312476;STB=0.518747;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0456588;OID=.;OPOS=132406666;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:132:135:127:127:0.484733:62:65:72:60:62:65:74:61 chr12 132508389 . A G 234.43 PASS AF=0.337209;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.00902886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8221;QD=10.9037;RBI=0.0091845;REFB=-0.0232601;REVB=0.00168366;RO=57;SAF=14;SAR=15;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209654;STB=0.62094;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0251999;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:57:57:29:29:0.337209:15:14:38:19:15:14:38:19 chr12 132514288 . C G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0136599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.798;QD=18.1185;RBI=0.0162221;REFB=-0.0109553;REVB=-0.0087501;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138116;STB=0.57823;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00981691;OID=.;OPOS=132514288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:6:14:10:8:6:14 chr12 132626425 . G A 566.54 PASS AF=0.418301;AO=64;DP=153;FAO=64;FDP=153;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0103783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2481;QD=14.8115;RBI=0.0129868;REFB=-0.0110785;REVB=-0.00780687;RO=89;SAF=39;SAR=25;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132891;STB=0.574577;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0196355;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:89:89:64:64:0.418301:25:39:43:46:25:39:43:46 chr12 132626668 . T C 138.32 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0225585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.814;QD=8.92381;RBI=0.0278614;REFB=-0.00892377;REVB=0.0163515;RO=42;SAF=14;SAR=5;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241564;STB=0.638628;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0251365;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:5:14:23:19:5:14:24:19 chr12 132633146 . C T 320.61 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.017105;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.3792;QD=16.4416;RBI=0.0585075;REFB=0.000170768;REVB=0.0559512;RO=42;SAF=12;SAR=23;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269265;STB=0.645411;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000770497;OID=.;OPOS=132633146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:35:35:0.448718:23:12:26:16:23:12:26:17 chr12 132635521 . T C 146.08 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.000161234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.03;QD=16.2314;RBI=0.0615257;REFB=-0.000845859;REVB=0.0615254;RO=20;SAF=13;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343947;STB=0.535672;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00113897;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:2:13:17:3:3:13:17:3 chr12 132635581 . C T 245.01 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00176309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.8801;QD=23.9034;RBI=0.00362186;REFB=-0.0463609;REVB=0.00316377;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.553145;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.035478;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:18:22:23:0.560976:10:12:6:10:10:13:8:10 chr12 132682481 . T G 4041.9 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046516;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.858;QD=62.4231;RBI=0.0271725;REFB=0;REVB=0.0267714;RO=0;SAF=134;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17232e-05;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:255:259:0:0:255:259:1:121:134:0:0:123:136:0:0 chr12 132682484 . A G 4045.32 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771818;FXX=0.00766254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.685;QD=62.476;RBI=0.0822997;REFB=0;REVB=0.0285695;RO=0;SAF=134;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65496e-05;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:258:259:0:0:257:259:1:123:134:0:0:123:136:0:0 chr12 132688137 . A G 1272.52 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0341862;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.54;QD=60.5962;RBI=0.0341946;REFB=0.0498429;REVB=0.000757195;RO=1;SAF=48;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-9.67026e-05;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:35:48:1:0:35:48:1:0 chr12 132862976 . G A 412.86 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0224698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.874;QD=21.4472;RBI=0.0226431;REFB=-0.00340838;REVB=0.00279556;RO=34;SAF=23;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986373;STB=0.56733;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00235521;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:36:41:41:0.532468:18:23:15:19:18:23:15:21 chr12 133144077 . G T 371.2 PASS AF=0.486842;AO=33;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.111105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9762;QD=19.537;RBI=0.113711;REFB=-0.147073;REVB=-0.024206;RO=15;SAF=21;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177519;STB=0.538873;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0491021;OID=.;OPOS=133144077;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:15:36:33:37:0.486842:12:21:5:10:14:23:25:11 chr12 133181399 . T C 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.166;QD=60.8833;RBI=0.0241549;REFB=0;REVB=-0.00986578;RO=0;SAF=43;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54749e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:34:43:0:0:34:43:0:0 chr12 133182818 . G A 251.51 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0326818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.168;QD=17.0512;RBI=0.0605458;REFB=-0.0311002;REVB=0.0509676;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398586;STB=0.522372;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.032685;OID=.;OPOS=133182818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:19:12:12:16:19:12 chr12 133196596 . T C 508.86 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.405;QD=58.1558;RBI=0.0488055;REFB=0;REVB=0.0483593;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610719;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:16:16:0:0:17:18:0:0 chr12 133201947 . T C 834.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.482;QD=57.5395;RBI=0.0279576;REFB=0;REVB=0.0206697;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17374e-05;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr12 133202004 . C T 162.18 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0133919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.3;QD=12.013;RBI=0.0141321;REFB=-0.0163155;REVB=-0.00451383;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507968;STB=0.522066;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0243922;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:13:20:13:7:13:21 chr12 133208979 . T C 2178.68 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.259;QD=63.1502;RBI=0.0127518;REFB=0;REVB=0.0092016;RO=0;SAF=86;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70885e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23748e-05;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:52:86:0:0:52:86:0:0 chr12 133212582 . G A 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0141166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.75;QD=22.4371;RBI=0.0152343;REFB=-0.0111925;REVB=-0.00572756;RO=20;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00436034;STB=0.555521;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0103401;OID=.;OPOS=133212582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:25:33:33:0.568966:20:13:8:12:20:13:13:12 chr12 133219831 . T C 614.24 PASS AF=0.473684;AO=62;DP=133;FAO=63;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0241497;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.335;QD=18.4733;RBI=0.030302;REFB=-0.0312832;REVB=0.018303;RO=69;SAF=23;SAR=39;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105685;STB=0.558445;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0332591;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:69:70:62:63:0.473684:39:23:33:36:40:23:33:37 chr12 133236000 . C T 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00901469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.289;QD=15.8994;RBI=0.0124308;REFB=-0.0135149;REVB=-0.0085592;RO=49;SAF=24;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145597;STB=0.58225;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0179309;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:13:24:25:24:13:24:25:24 chr12 133253995 . G A 448.02 PASS AF=0.517647;AO=33;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00130737;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.609;QD=21.0831;RBI=0.0035853;REFB=-0.00711701;REVB=-0.00333843;RO=41;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291083;STB=0.539066;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0102019;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:41:41:33:44:0.517647:17:16:20:21:19:25:20:21 chr12 133272470 . G T 166.29 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0202854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5906;QD=14.7813;RBI=0.0239225;REFB=-0.0147574;REVB=-0.0126802;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617053;STB=0.535581;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0204852;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:18:9:7:11:18:9 chr12 133294333 . C T 840.7 PASS AF=0.438095;AO=92;DP=210;FAO=92;FDP=210;FR=.;FRO=118;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=80;FSRR=38;FWDB=0.0436037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7564;QD=16.0133;RBI=0.0474245;REFB=-0.0204145;REVB=-0.0186493;RO=117;SAF=48;SAR=44;SRF=79;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156552;STB=0.58861;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.036405;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:117:118:92:92:0.438095:44:48:79:38:44:48:80:38 chr12 133295353 . C T 725.61 PASS AF=0.503546;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=141;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=-0.0120101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.532;QD=20.5848;RBI=0.0272377;REFB=-0.0284005;REVB=0.0244469;RO=69;SAF=39;SAR=32;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.584063;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0259871;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:69:70:71:71:0.503546:32:39:49:20:32:39:50:20 chr12 133303973 . C G 145.93 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.062749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2309;QD=13.8979;RBI=0.0987472;REFB=-0.027649;REVB=0.0762467;RO=25;SAF=12;SAR=2;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365812;STB=0.517222;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0498936;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:25:25:14:17:0.404762:2:12:21:4:3:14:21:4 chr12 133306710 . C T 239.99 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00983385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8217;QD=16.5509;RBI=0.0583469;REFB=-0.0268309;REVB=0.0575122;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490181;STB=0.527645;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0495793;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:18:13:10:17:18:13 chr12 133318406 . G T 393.14 PASS AF=0.4;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0511808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3096;QD=13.6744;RBI=0.0623863;REFB=-0.00760078;REVB=-0.0356732;RO=69;SAF=24;SAR=22;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614334;STB=0.534728;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00959112;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:69:69:46:46:0.4:22:24:32:37:22:24:32:37 chr12 133331364 . G A 331.33 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0154864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.965;QD=11.7286;RBI=0.0157433;REFB=-0.00664808;REVB=-0.0028326;RO=72;SAF=30;SAR=11;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291921;STB=0.668127;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0124127;OID=.;OPOS=133331364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:11:30:35:37:11:30:35:37 chr12 133331537 . G A 607.58 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0182826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.949;QD=23.5954;RBI=0.0231367;REFB=-0.02658;REVB=-0.0141793;RO=44;SAF=22;SAR=37;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138455;STB=0.575752;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0233364;OID=.;OPOS=133331537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:44:44:59:59:0.572816:37:22:24:20:37:22:24:20 chr12 133363376 . G T 1218.35 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.572;QD=60.9175;RBI=0.0431347;REFB=0;REVB=-0.00236839;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77228e-05;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:32:45:0:0:33:47:0:0 chr12 133378440 . C T 476.2 PASS AF=0.385714;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0223801;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.109;QD=13.6058;RBI=0.0255776;REFB=0.00150244;REVB=0.0123832;RO=86;SAF=23;SAR=31;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477064;STB=0.502702;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00159519;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:86:86:54:54:0.385714:31:23:37:49:31:23:37:49 chr12 133384864 . G A 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0448419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.842;QD=31.6784;RBI=0.0482066;REFB=0.021909;REVB=0.017694;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117106;STB=0.564449;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00885321;OID=.;OPOS=133384864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:2:5:9:10:2:5 chr12 133393323 . C T 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00108564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.61;QD=15.0112;RBI=0.0247632;REFB=-0.00541191;REVB=0.0247394;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072234;STB=0.540775;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00721609;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:15:22:35:18:15:22:35:18 chr12 133411987 . G C 2141.67 PASS AF=0.972028;AO=139;DP=143;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0250961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.042;QD=59.907;RBI=0.0274108;REFB=-0.0311278;REVB=-0.0110244;RO=4;SAF=83;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535796;STB=0.50282;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000583121;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:143:143:4:4:139:139:0.972028:56:83:2:2:56:83:2:2 chr12 133417126 . C T 176.76 PASS AF=0.477273;AO=9;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0174269;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.845;QD=16.0689;RBI=0.0307196;REFB=-0.0103866;REVB=0.0252981;RO=6;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.798541;STB=0.749773;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00492811;OID=.;OPOS=133417126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:6:23:9:21:0.477273:0:9:3:3:6:15:5:18 chr12 133423695 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0061618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.611;QD=9.82173;RBI=0.0598967;REFB=-0.00442028;REVB=-0.059579;RO=23;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578504;STB=0.86016;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00541879;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:1:10:11:12:1:10:11:12 chr12 133433173 . T C 887.5 PASS AF=0.941176;AO=65;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0502755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6895;QD=52.2058;RBI=0.0557866;REFB=-0.126508;REVB=-0.0241769;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.524992;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00710156;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:68:68:0:4:65:64:0.941176:26:39:0:0:26:38:4:0 chr12 133435716 . T G 457.29 PASS AF=0.5;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00060461;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.4;QD=20.3241;RBI=0.00151602;REFB=-0.0218422;REVB=-0.00139024;RO=46;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.579469;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0196025;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:45:44:45:0.5:16:28:21:25:17:28:21:24 chr12 133587980 . C T 338.11 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00614308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.385;QD=22.9225;RBI=0.0418274;REFB=-0.00403318;REVB=-0.0413738;RO=25;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.563343;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00345448;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:14:20:11:14:14:20:11:14 chr12 133634450 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.8;QD=43.4825;RBI=0.0209085;REFB=0;REVB=0.00784647;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247448;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr12 133683261 . T C 180.05 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0214649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.388;QD=23.2325;RBI=0.0246925;REFB=-0.00705785;REVB=-0.0122057;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455938;STB=0.525519;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00294787;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:5:8:10:8:5:8 chr12 133683280 . A T 258.0 PASS AF=0.641026;AO=23;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0424732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.6095;QD=26.4617;RBI=0.0591952;REFB=-0.0751046;REVB=0.0412323;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833594;STB=0.544295;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0317915;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:23:25:0.641026:12:11:5:9:13:12:5:9 chr12 133683628 . A T 109.23 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0169487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.433;QD=14.0946;RBI=0.0642064;REFB=-0.00629253;REVB=-0.061929;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00970781;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:9:9:5:8:9:9 chr12 133683750 . C A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0105986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.552;QD=11.8306;RBI=0.0214412;REFB=-0.0137636;REVB=-0.0186385;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0208302;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr12 133697130 . CA GG 385.84 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0039058;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.461;QD=14.84;RBI=0.00633692;REFB=-0.0158573;REVB=-0.00499012;RO=58;SAF=30;SAR=14;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124434;STB=0.582348;STBP=0.167;TYPE=mnp;VARB=0.0236262;OID=.;OPOS=133697130;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:58:60:44:44:0.423077:14:30:33:25:14:30:33:27 chr12 133768553 . A T 407.96 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.014296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.868;QD=17.7376;RBI=0.0197687;REFB=-0.0153557;REVB=0.0136539;RO=50;SAF=26;SAR=16;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118543;STB=0.566387;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0202038;OID=.;OPOS=133768553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:16:26:25:25:16:26:25:25 chr12 133770096 . G A 466.98 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0152718;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.114;QD=21.9754;RBI=0.0194497;REFB=-0.0221584;REVB=-0.0120443;RO=39;SAF=25;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736272;STB=0.533319;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0153053;OID=.;OPOS=133770096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:20:25:25:14:20:25:25:15 chr12 133780851 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00807836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7187;QD=14.1698;RBI=0.011152;REFB=0.010256;REVB=0.00768806;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234457;STB=0.636111;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0177359;OID=.;OPOS=133780851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:3:9:5:5:3:9 chr12 133781231 . GAAAC GAAC,GAACT 585.55 PASS AF=1,0;AO=37,3;DP=43;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149069,0.0861311;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=19.998,5.93913;QD=54.4697;RBI=0.179453,0.0942441;REFB=0,0;REVB=0.0999105,0.0382541;RO=0;SAF=17,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00627527,0.0988149;OID=.,.;OPOS=133781232,133781234;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=GAAC,GAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:37,3:43:43,0:43:0:19,0:24,0:0:0:4:0:17,1:20,2:0:0 chr12 133781428 . A C 986.29 PASS AF=0.898734;AO=71;DP=79;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0289512;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.175;QD=49.9389;RBI=0.0336323;REFB=-0.156231;REVB=0.0171159;RO=6;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027607;STB=0.502142;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00439439;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:79:79:6:8:71:71:0.898734:34:37:2:4:34:37:4:4 chr12 133781605 . A G 940.67 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.491;QD=57.0102;RBI=0.0356613;REFB=-0.0405318;REVB=0.0294192;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00162227;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:1:0:29:36:1:0 chr12 133795960 . A G 368.01 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0225243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.821;QD=16.92;RBI=0.0239428;REFB=-0.0282633;REVB=-0.00811848;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00650378;STB=0.503648;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0315235;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:48:39:39:0.448276:23:16:20:28:23:16:20:28 chr12 133803551 . G C 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=-0.063807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6667;QD=7.48065;RBI=0.0874391;REFB=-0.00569909;REVB=0.0597853;RO=27;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294063;STB=0.679741;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0167729;OID=.;OPOS=133803551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:2:8:25:2:2:8:26:2 chr12 133808129 . C T 363.52 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0257771;FXX=0.0588149;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.346;QD=22.7199;RBI=0.0341523;REFB=-0.0232582;REVB=0.0224036;RO=26;SAF=23;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139921;STB=0.594421;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0129521;OID=.;OPOS=133808129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:26:28:36:36:0.5625:13:23:12:14:13:23:12:16 chr12 133810703 . G C 723.17 PASS AF=0.533835;AO=70;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0575232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4183;QD=21.7494;RBI=0.0622814;REFB=-0.0166404;REVB=0.0238759;RO=62;SAF=32;SAR=38;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132753;STB=0.582556;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0186613;OID=.;OPOS=133810703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:70:71:0.533835:38:32:38:24:39:32:39:23 chr13 19600126 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.463;QD=57.677;RBI=0.0249291;REFB=0;REVB=0.00896214;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67658e-05;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr13 19600200 . C T 327.49 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418571;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.924;QD=54.5819;RBI=0.0810796;REFB=0;REVB=-0.0694398;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381877;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr13 19600475 . C A 1562.3 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020015;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6144;QD=58.9548;RBI=0.0216598;REFB=-0.0940424;REVB=-0.00827931;RO=1;SAF=49;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958663;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158893;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:107:106:1:0:105:106:1:56:49:1:0:56:50:0:0 chr13 19753585 . GT G,TG 2099.28 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=48,9;DP=191;FAO=195,9;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=108,0;FSAR=87,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.931091,0.106274;FXX=0.00970827;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=13.3821,145.556;QD=41.1624;RBI=1.00047,0.107401;REFB=0,0;REVB=0.366084,-0.0155174;RO=126;SAF=5,0;SAR=43,9;SRF=99;SRR=27;SSEN=0.326923,0;SSEP=0.324136,0;SSSB=-0.742401,-0.708235;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0221968,0.0800743;OID=.,.;OPOS=19753586,19753585;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:191:204:126:0:48,9:195,9:0.955882,0.0441176:43,9:5,0:99:27:87,9:108,0:0:0 chr13 20000630 . T C 725.58 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432716;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.362;QD=61.7513;RBI=0.0473557;REFB=-0.149712;REVB=0.0192386;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00136356;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:0:1:22:24:0:1 chr13 20038584 . A G 860.09 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0376597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.575;QD=54.6091;RBI=0.0390921;REFB=-0.197065;REVB=0.0104851;RO=2;SAF=38;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241966;STB=0.512816;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000610093;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:23:38:2:0:23:38:2:0 chr13 20247226 . CGG CG,CGT 265.09 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=9,9;DP=20;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17,1;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0006191,-0.27256;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.3142,30.1737;QD=50.4934;RBI=0.182501,0.289231;REFB=0,0;REVB=-0.1825,0.0967757;RO=0;SAF=8,9;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0124925,-0.245352;OID=.,.;OPOS=20247227,20247228;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CG,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:9,9:20:20,1:21:0:17,1:3,0:0:0:8:0:8,9:1,0:0:0 chr13 20277413 . T C 200.43 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0643184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.939;QD=9.65946;RBI=0.0647772;REFB=-0.0255294;REVB=0.00769656;RO=55;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315891;STB=0.518058;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0558838;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:57:26:26:0.313253:13:13:29:26:13:13:30:27 chr13 20398669 . T C 823.03 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0723;QD=55.7985;RBI=0.163136;REFB=-0.118008;REVB=0.0715545;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00515153;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr13 20398742 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.077;QD=62.3491;RBI=0.0616033;REFB=0;REVB=-0.0553236;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053035;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr13 20716533 . G T 797.15 PASS AF=0.983607;AO=49;DP=53;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.178812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6352;QD=52.2723;RBI=0.206488;REFB=-0.137907;REVB=0.103264;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285083;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00894609;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:61:2:1:49:60:0.983607:32:17:0:2:39:21:0:1 chr13 21205192 . G A 1233.95 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.634;QD=60.9356;RBI=0.075497;REFB=0;REVB=0.0696499;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177546;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:77:81:1:30:47:0:0:30:51:0:0 chr13 21295920 . A G 351.91 PASS AF=0.352;AO=34;DP=120;FAO=44;FDP=125;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=26;FWDB=-0.0060287;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.971;QD=11.2612;RBI=0.0926627;REFB=-0.0590758;REVB=-0.0924664;RO=57;SAF=22;SAR=12;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389604;STB=0.538035;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0663456;OID=.;OPOS=21295920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:57:81:34:44:0.352:12:22:35:22:12:32:55:26 chr13 21356650 . T A 3873.39 PASS AF=1;AO=243;DP=245;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431739;FXX=0.00812975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7793;QD=63.4981;RBI=0.0320878;REFB=-0.0445029;REVB=-0.0317961;RO=1;SAF=132;SAR=111;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12702e-05;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:245:244:1:0:243:244:1:111:132:1:0:111:133:0:0 chr13 21383364 . T C 191.46 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0269814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.715;QD=22.5247;RBI=0.0272126;REFB=-0.0360177;REVB=0.00353989;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885021;STB=0.549438;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0363073;OID=.;OPOS=21383364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:11:4:7:12:11:4 chr13 21547317 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.611;QD=58.2395;RBI=0.0602971;REFB=0;REVB=0.0602778;RO=0;SAF=45;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125871;OID=.;OPOS=21547317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:17:45:0:0:17:45:0:0 chr13 21562832 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.02;QD=57.1775;RBI=0.019505;REFB=0;REVB=0.0159046;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30029e-05;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr13 21562948 . G A 414.36 PASS AF=0.891892;AO=31;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0402039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.254;QD=44.796;RBI=0.173704;REFB=-0.211287;REVB=0.168988;RO=5;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125543;STB=0.522375;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00951793;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:37:37:5:4:31:33:0.891892:16:15:0:5:18:15:1:3 chr13 21714920 . G A 671.05 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0214432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.469;QD=50.6455;RBI=0.039307;REFB=-0.0941986;REVB=0.0329428;RO=3;SAF=29;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947822;STB=0.505041;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000681204;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:21:29:2:1:21:29:2:1 chr13 21720956 . C T 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0781208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8461;QD=57.1021;RBI=0.0942033;REFB=0;REVB=-0.0526441;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135395;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr13 21729252 . T C 173.77 PASS AF=0.220472;AO=28;DP=126;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0149503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.602;QD=5.47313;RBI=0.0151383;REFB=-0.0109392;REVB=0.00237844;RO=98;SAF=17;SAR=11;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982959;STB=0.564996;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0345049;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:98:99:28:28:0.220472:11:17:52:46:11:17:52:47 chr13 21729267 . G A 188.92 PASS AF=0.243697;AO=29;DP=119;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=0.0125516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.443;QD=6.3502;RBI=0.0212818;REFB=0.00356373;REVB=-0.0171864;RO=89;SAF=18;SAR=11;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117751;STB=0.576117;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0101608;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:89:90:29:29:0.243697:11:18:47:42:11:18:47:43 chr13 21732094 . C T 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.696;QD=63.8859;RBI=0.0151922;REFB=0;REVB=-0.0150096;RO=0;SAF=41;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28991e-06;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:56:41:0:0:56:41:0:0 chr13 21742311 . C T 582.2 PASS AF=0.35468;AO=71;DP=202;FAO=72;FDP=203;FR=.;FRO=131;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=77;FSRR=54;FWDB=-0.0103511;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.04;QD=11.472;RBI=0.0427971;REFB=-0.023552;REVB=-0.0415264;RO=129;SAF=44;SAR=27;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363101;STB=0.515719;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0285646;OID=.;OPOS=21742311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:203:129:131:71:72:0.35468:27:44:76:53:28:44:77:54 chr13 21746600 . TG T 84.76 PASS AF=0.2;AO=16;DP=72;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0065684;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.948;QD=4.84333;RBI=0.0690101;REFB=-0.0164768;REVB=-0.0686968;RO=56;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121425;STB=0.642653;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0362726;OID=.;OPOS=21746601;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:16:72:14:70:56:9:5:26:30:84:56:9:7:26:30 chr13 21750538 . G A 194.26 PASS AF=0.182292;AO=35;DP=192;FAO=35;FDP=192;FR=.;FRO=157;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=121;FSRR=36;FWDB=-0.00808561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5453;QD=4.04708;RBI=0.0760921;REFB=-0.0103438;REVB=0.0756613;RO=153;SAF=23;SAR=12;SRF=120;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200764;STB=0.610114;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0477867;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:153:157:35:35:0.182292:12:23:120:33:12:23:121:36 chr13 21750630 . G A 142.11 PASS AF=0.102138;AO=43;DP=421;FAO=43;FDP=421;FR=.;FRO=378;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=252;FSRR=126;FWDB=-0.00362466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.283;QD=1.35019;RBI=0.0160556;REFB=-0.000579466;REVB=0.0156411;RO=378;SAF=33;SAR=10;SRF=252;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148731;STB=0.611555;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00471454;OID=.;OPOS=21750630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:421:378:378:43:43:0.102138:10:33:252:126:10:33:252:126 chr13 21751528 . A AC 373.65 PASS AF=0.985507;AO=40;DP=76;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0617991;FXX=0.0416609;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.22759;QD=21.6606;RBI=0.29854;REFB=-0.0677231;REVB=0.292074;RO=30;SAF=15;SAR=25;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122275;STB=0.511108;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.022517;OID=.;OPOS=21751529;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985507:40:76:68:69:1:22:46:1:0:4:30:15:25:7:23 chr13 21752154 . G A 981.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.032;QD=58.6061;RBI=0.0226257;REFB=0;REVB=-0.00591171;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25053e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:25:42:0:0 chr13 21949267 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00848001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.508;QD=13.9482;RBI=0.00883488;REFB=-0.00673079;REVB=0.00247881;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776002;STB=0.559251;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0161857;OID=.;OPOS=21949267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:15:11:6:11:15:12 chr13 22275394 . A G 1679.36 PASS AF=0.97479;AO=113;DP=118;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0363976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.447;QD=56.4491;RBI=0.061224;REFB=-0.103683;REVB=0.04923;RO=5;SAF=62;SAR=51;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367606;STB=0.511276;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000883279;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:118:119:5:3:113:116:0.97479:51:62:5:0:51:65:3:0 chr13 22275583 . G A 1227.36 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.058;QD=61.3679;RBI=0.00576604;REFB=0;REVB=0.00236862;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89313e-05;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr13 23251016 . CT C 47.92 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.176451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7415;QD=6.60983;RBI=0.176613;REFB=-0.0218359;REVB=-0.00755759;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522142;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=del;VARB=-0.00172321;OID=.;OPOS=23251017;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:11:29:12:29:17:7:5:10:7:47:17:7:4:10:7 chr13 23253313 . T C 1253.13 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460228;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.131;QD=61.8828;RBI=0.107557;REFB=0;REVB=0.0972133;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366644;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:81:81:1:29:52:0:0:29:52:0:0 chr13 23898509 . T C 2439.41 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.271;QD=60.6065;RBI=0.0504405;REFB=-0.0988455;REVB=0.0489726;RO=1;SAF=82;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606121;STB=0.503184;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00257559;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:78:82:0:1:78:82:0:1 chr13 23898664 . A G 1220.59 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0465871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210;QD=58.8238;RBI=0.047645;REFB=-0.182888;REVB=-0.00998431;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.51351;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0008087;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:0:2:81:81:0.975904:45:36:0:0:45:36:2:0 chr13 23905711 . A G 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4991;QD=56.0102;RBI=0.0653697;REFB=-0.098501;REVB=0.0619931;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00368025;OID=.;OPOS=23905711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:16:18:0:0:16:18:0:1 chr13 23907677 . C T 1549.1 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.833;QD=63.8804;RBI=0.00481859;REFB=0;REVB=-0.0029046;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1495e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr13 23907909 . A G 1410.21 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.725;QD=61.9871;RBI=0.0472102;REFB=0;REVB=0.0452964;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032821;OID=.;OPOS=23907909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:0:0:86:91:1:37:49:0:0:42:49:0:0 chr13 23909162 . A G 490.12 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00245849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.269;QD=56.0133;RBI=0.0243269;REFB=-0.126452;REVB=0.0242024;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621641;STB=0.533313;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000917547;OID=.;OPOS=23909162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:1:0:27:7:1:0 chr13 23911820 . A G 182.77 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5855;QD=43.0036;RBI=0.0677161;REFB=0.00268835;REVB=0.049634;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00328081;OID=.;OPOS=23911820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr13 24243200 . T C 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398082;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.754;QD=62.0393;RBI=0.0657811;REFB=0;REVB=0.0523685;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546518;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr13 24243204 . G A 561.25 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0555729;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2489;QD=60.6758;RBI=0.0556124;REFB=0;REVB=-0.0020933;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397424;OID=.;OPOS=24243204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:7:30:0:0:7:30:0:0 chr13 24411772 . T C 1542.02 PASS AF=0.990476;AO=97;DP=98;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.204;QD=58.7435;RBI=0.0642018;REFB=0.00867602;REVB=0.0632515;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958098;STB=0.50495;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-1.49798e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:105:1:1:97:104:0.990476:48:49:1:0:54:50:1:0 chr13 24465743 . A G 1181.15 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.9;QD=59.8051;RBI=0.0417335;REFB=0;REVB=0.00229819;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109913;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:41:36:0:0:41:38:0:0 chr13 24468711 . G C 468.75 PASS AF=0.238411;AO=71;DP=300;FAO=72;FDP=302;FR=.;FRO=230;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=142;FSRR=88;FWDB=-0.00499508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.695;QD=6.20866;RBI=0.0455792;REFB=-0.0124252;REVB=-0.0453047;RO=226;SAF=37;SAR=34;SRF=141;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131943;STB=0.568966;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0503424;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:226:230:71:72:0.238411:34:37:141:85:34:38:142:88 chr13 24468763 . T C 195.67 PASS AF=0.15625;AO=40;DP=256;FAO=40;FDP=256;FR=.;FRO=216;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=127;FSRR=89;FWDB=0.00232935;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.396;QD=3.05729;RBI=0.00829643;REFB=-0.00314137;REVB=-0.00796272;RO=209;SAF=23;SAR=17;SRF=125;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306524;STB=0.511221;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0161498;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:209:216:40:40:0.15625:17:23:125:84:17:23:127:89 chr13 24797913 . C T 240.96 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0100469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.041;QD=19.6705;RBI=0.0100473;REFB=0.000790992;REVB=9.60399e-05;RO=24;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729128;STB=0.563298;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000340607;OID=.;OPOS=24797913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:23:24:0.489796:7:16:15:9:7:17:15:10 chr13 24876752 . T C 117.17 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00702756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.574;QD=12.0176;RBI=0.00779919;REFB=-0.0289811;REVB=0.00338242;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031811;STB=0.51877;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0484989;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:15:10:6:8:15:10 chr13 24890157 . C T 882.6 PASS AF=0.601504;AO=76;DP=129;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.010077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.077;QD=26.5444;RBI=0.024233;REFB=-0.014069;REVB=-0.0220385;RO=53;SAF=36;SAR=40;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102285;STB=0.563894;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00827693;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:53:53:76:80:0.601504:40:36:18:35:40:40:18:35 chr13 24890228 . A C 826.46 PASS AF=0.535948;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=153;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0200614;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.22;QD=21.6068;RBI=0.0217184;REFB=-0.0024064;REVB=-0.00832033;RO=71;SAF=42;SAR=40;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163111;STB=0.508926;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00233113;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:71:71:82:82:0.535948:40:42:35:36:40:42:35:36 chr13 24895437 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.808;QD=52.6122;RBI=0.0831336;REFB=0;REVB=0.0822873;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306813;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr13 24895559 . A G 75.8 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0396693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6901;QD=5.22766;RBI=0.0398584;REFB=9.64292e-05;REVB=-0.0038779;RO=46;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283452;STB=0.681519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00120008;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:4:8:20:26:4:8:20:26 chr13 24895684 . A G 1385.13 PASS AF=0.926606;AO=100;DP=108;FAO=101;FDP=109;FR=.;FRO=8;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0227752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1896;QD=50.8305;RBI=0.0319684;REFB=-0.0673946;REVB=-0.0224336;RO=8;SAF=48;SAR=52;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378351;STB=0.51943;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00476447;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:108:109:8:8:100:101:0.926606:52:48:6:2:52:49:6:2 chr13 25008588 . A G 1757.7 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00144247;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.996;QD=61.1373;RBI=0.0116066;REFB=0;REVB=0.0115167;RO=0;SAF=73;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156214;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:115:0:0:115:115:1:42:73:0:0:42:73:0:0 chr13 25008630 . A G 2370.52 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.709;QD=64.0682;RBI=0.0416593;REFB=0;REVB=0.040011;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15311e-05;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:148:0:0:147:148:1:57:90:0:0:57:91:0:0 chr13 25008903 . G T 462.59 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0651259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.127;QD=52.8675;RBI=0.0719896;REFB=-0.0222286;REVB=0.0306778;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.541641;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000621886;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:22:11:1:0:22:11:2:0 chr13 25009099 . A C 1339.68 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4586;QD=62.3109;RBI=0.0596898;REFB=0;REVB=-0.0549504;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032515;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr13 25016762 . G A 127.61 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0189704;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.305;QD=4.90792;RBI=0.0239588;REFB=-0.0107852;REVB=-0.0146337;RO=83;SAF=7;SAR=14;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16367;STB=0.603925;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0343695;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:83:83:21:21:0.201923:14:7:38:45:14:7:38:45 chr13 25020863 . G A 1406.1 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.147;QD=62.4934;RBI=0.0199116;REFB=0;REVB=-0.00270981;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66907e-06;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:90:0:0:86:90:1:56:30:0:0:58:32:0:0 chr13 25021154 . C T 393.08 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9262;QD=56.1544;RBI=0.0519424;REFB=0;REVB=-0.0147655;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133153;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr13 25021200 . A C 554.03 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0224862;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.757;QD=54.0517;RBI=0.0258812;REFB=-0.196164;REVB=0.0128142;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.531898;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00196995;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:41:1:3:38:38:0.926829:16:22:1:0:16:22:3:0 chr13 25021211 . C T 696.33 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0143203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.564;QD=56.8429;RBI=0.0274936;REFB=-0.057399;REVB=0.0234697;RO=3;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686254;STB=0.536569;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0079847;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:19:27:0:3:19:27:0:3 chr13 25021245 . A G 689.3 PASS AF=0.857143;AO=52;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0183583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4953;QD=43.7649;RBI=0.0282157;REFB=-0.0845527;REVB=-0.0214266;RO=9;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1418;STB=0.569369;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00924885;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:9:9:52:54:0.857143:20:32:1:8:22:32:1:8 chr13 25021263 . T C 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0347372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.125;QD=3.43987;RBI=0.0422758;REFB=-0.00236372;REVB=0.0240951;RO=50;SAF=1;SAR=8;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594762;STB=0.903757;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0284443;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:8:1:31:19:8:1:31:19 chr13 25021323 . A G 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0193648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9879;QD=4.04952;RBI=0.0299709;REFB=-0.00429286;REVB=0.0228749;RO=34;SAF=1;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593897;STB=0.893436;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0279754;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:6:1:23:11:6:1:23:11 chr13 25027744 . A G 1899.17 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405139;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.741;QD=61.7617;RBI=0.00416366;REFB=0;REVB=0.000960394;RO=0;SAF=61;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65615e-05;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:61:61:0:0:61:62:0:0 chr13 25029218 . C T 267.32 PASS AF=0.315789;AO=37;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0281761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8604;QD=9.37969;RBI=0.101882;REFB=-0.0328644;REVB=-0.0979081;RO=76;SAF=18;SAR=19;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765788;STB=0.526301;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0731998;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:76:78:37:36:0.315789:19:18:42:34:18:18:42:36 chr13 25049676 . G A 871.81 PASS AF=0.567376;AO=80;DP=141;FAO=80;FDP=141;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0562512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7955;QD=24.7322;RBI=0.0567827;REFB=0.0121554;REVB=-0.00775101;RO=61;SAF=33;SAR=47;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191956;STB=0.604556;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00801665;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:61:61:80:80:0.567376:47:33:40:21:47:33:40:21 chr13 25052261 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.146;QD=57.0005;RBI=0.0584273;REFB=0;REVB=-0.0557058;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59847e-05;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr13 25075859 . C T 1836.0 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02648;FXX=0.0163921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.132;QD=61.2001;RBI=0.0355379;REFB=0;REVB=0.0237014;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155657;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:121:120:0:0:119:120:1:65:54:0:0:65:55:0:0 chr13 25265103 . A G 543.35 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00811466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.657;QD=22.6398;RBI=0.0187181;REFB=0.00281487;REVB=0.0168678;RO=45;SAF=31;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177635;STB=0.597828;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00227488;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:20:31:18:27:20:31:18:27 chr13 25265139 . T C 720.43 PASS AF=0.547619;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0302991;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.11;QD=22.8708;RBI=0.0781532;REFB=-0.00471602;REVB=-0.0720408;RO=57;SAF=35;SAR=34;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11468;STB=0.562683;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00308196;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:57:57:69:69:0.547619:34:35:21:36:34:35:21:36 chr13 25266932 . C A 117.46 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00978987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.86;QD=21.356;RBI=0.0107867;REFB=-0.0273456;REVB=-0.00452884;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.54231;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0114871;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:8:9:12:13:0.590909:4:8:6:2:4:9:7:2 chr13 25272870 . C T 707.64 PASS AF=0.478261;AO=74;DP=156;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.0666488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2;QD=17.5812;RBI=0.0720541;REFB=-0.0145096;REVB=-0.0273812;RO=81;SAF=41;SAR=33;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149413;STB=0.579104;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0205343;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:161:81:84:74:77:0.478261:33:41:32:49:35:42:33:51 chr13 25277795 . A G 137.89 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00900949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.048;QD=10.0284;RBI=0.00976901;REFB=-0.0201441;REVB=0.00377659;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452709;STB=0.52672;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0300777;OID=.;OPOS=25277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:8:10:22:15:8:10:22:15 chr13 25428002 . C A 223.22 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0765805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7725;QD=26.2612;RBI=0.105023;REFB=-0.0119152;REVB=0.0718692;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178844;STB=0.582096;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00707863;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:13:21:21:0.617647:11:10:9:3:11:10:9:4 chr13 25460428 . A G 497.63 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.0155835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.967;QD=23.6966;RBI=0.0157829;REFB=-0.0107607;REVB=-0.0025012;RO=36;SAF=29;SAR=18;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139946;STB=0.567137;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00464522;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:37:47:47:0.559524:18:29:28:8:18:29:28:9 chr13 25466955 . T C 662.36 PASS AF=0.475177;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=141;FR=.;FRO=74;FSAF=56;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=22;FWDB=0.00553933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.17;QD=18.7903;RBI=0.0103936;REFB=-0.0236083;REVB=-0.00879444;RO=74;SAF=56;SAR=11;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194046;STB=0.608659;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0251856;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:74:74:67:67:0.475177:11:56:52:22:11:56:52:22 chr13 25478083 . T C 360.66 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.00209372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1107;QD=15.1856;RBI=0.0336066;REFB=-0.018538;REVB=0.0335413;RO=56;SAF=25;SAR=14;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224668;STB=0.512693;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0322957;OID=.;OPOS=25478083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:14:25:37:19:14:25:37:19 chr13 25487103 . T C 690.27 PASS AF=0.584071;AO=65;DP=112;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0182756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.765;QD=24.4345;RBI=0.0337606;REFB=0.00172099;REVB=0.0283862;RO=46;SAF=33;SAR=32;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603666;STB=0.539811;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00132247;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:46:47:65:66:0.584071:32:33:27:19:33:33:28:19 chr13 25542441 . G A 525.97 PASS AF=0.60241;AO=44;DP=84;FAO=50;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0956435;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.126;QD=25.3478;RBI=0.099944;REFB=-0.0558647;REVB=-0.0290022;RO=20;SAF=11;SAR=33;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173124;STB=0.53315;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0302949;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:20:33:44:50:0.60241:33:11:10:10:38:12:10:23 chr13 25670877 . G A 32.67 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=172;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=0.00775584;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7634;QD=0.764179;RBI=0.0202086;REFB=0.0026924;REVB=0.018661;RO=160;SAF=8;SAR=4;SRF=82;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168461;STB=0.647972;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0145718;OID=.;OPOS=25670877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:172:171:160:159:12:12:0.0701754:4:8:82:78:4:8:81:78 chr13 25670907 . C A 34.92 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=76;FSRR=74;FWDB=0.000756337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.646;QD=0.862225;RBI=0.00302824;REFB=-0.00038353;REVB=0.00293226;RO=150;SAF=8;SAR=4;SRF=76;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.649748;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0055106;OID=.;OPOS=25670907;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:162:162:150:150:12:12:0.0740741:4:8:76:74:4:8:76:74 chr13 25670953 . G A 31.3 PASS AF=0.0709677;AO=11;DP=156;FAO=11;FDP=155;FR=.;FRO=144;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=86;FWDB=-0.00964246;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3347;QD=0.807869;RBI=0.0261409;REFB=-0.000728576;REVB=-0.0242975;RO=144;SAF=5;SAR=6;SRF=58;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575034;STB=0.548839;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0173021;OID=.;OPOS=25670953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:156:155:144:144:11:11:0.0709677:6:5:58:86:6:5:58:86 chr13 25671214 . T G 30.03 PASS AF=0.0691824;AO=10;DP=157;FAO=11;FDP=159;FR=.;FRO=148;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=82;FSRR=66;FWDB=0.0226987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2865;QD=0.755428;RBI=0.0659144;REFB=-0.00295371;REVB=-0.0618827;RO=147;SAF=8;SAR=2;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268287;STB=0.671207;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0308054;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:157:159:147:148:10:11:0.0691824:2:8:82:65:3:8:82:66 chr13 25671271 . A G 207.27 PASS AF=0.155797;AO=42;DP=276;FAO=43;FDP=276;FR=.;FRO=233;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=112;FSRR=121;FWDB=-0.0083632;FXX=0.00360998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.374;QD=3.00383;RBI=0.0266554;REFB=-0.00525954;REVB=-0.0253095;RO=233;SAF=24;SAR=18;SRF=112;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116605;STB=0.584879;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0329389;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:233:233:42:43:0.155797:18:24:112:121:18:25:112:121 chr13 25671274 . C T 215.81 PASS AF=0.15942;AO=41;DP=274;FAO=44;FDP=276;FR=.;FRO=232;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=111;FSRR=121;FWDB=0.000529354;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.176;QD=3.12771;RBI=0.0122199;REFB=-0.00126214;REVB=-0.0122085;RO=229;SAF=23;SAR=18;SRF=108;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1146;STB=0.594365;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00706788;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:276:229:232:41:44:0.15942:18:23:108:121:18:26:111:121 chr13 25671292 . C T 273.24 PASS AF=0.171429;AO=55;DP=315;FAO=54;FDP=315;FR=.;FRO=261;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=134;FSRR=127;FWDB=-0.0246296;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5908;QD=3.46975;RBI=0.097315;REFB=-0.00685655;REVB=-0.0941466;RO=259;SAF=29;SAR=26;SRF=133;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178386;STB=0.51962;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0513374;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:259:261:55:54:0.171429:26:29:133:126:25:29:134:127 chr13 25671310 . TTATGA T 128.81 PASS AF=0.165644;AO=52;DP=328;FAO=54;FDP=326;FR=.;FRO=272;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=148;FSRR=124;FWDB=7.7804e-05;FXX=0.00911826;HRUN=2;LEN=5;MLLD=328.235;QD=1.58049;RBI=0.0199162;REFB=-0.00816753;REVB=-0.0199161;RO=266;SAF=29;SAR=23;SRF=147;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662431;STB=0.525354;STBP=0.723;TYPE=del;VARB=0.0373979;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165644:52:328:54:326:272:31:23:148:124:99:266:29:23:147:119 chr13 25671320 . A G 282.73 PASS AF=0.167155;AO=56;DP=339;FAO=57;FDP=341;FR=.;FRO=284;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=153;FSRR=131;FWDB=-0.0135683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6413;QD=3.31653;RBI=0.041637;REFB=-0.0250385;REVB=-0.0393642;RO=283;SAF=31;SAR=25;SRF=153;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168918;STB=0.504299;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.110862;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:341:283:284:56:57:0.167155:25:31:153:130:26:31:153:131 chr13 25671332 . CA C 115.95 PASS AF=0.16875;AO=52;DP=323;FAO=54;FDP=320;FR=.;FRO=266;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=151;FSRR=115;FWDB=0.0370416;FXX=0.0153841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.9088;QD=1.44933;RBI=0.0667156;REFB=0.0195051;REVB=-0.0554877;RO=258;SAF=29;SAR=23;SRF=148;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020995;STB=0.505433;STBP=0.926;TYPE=del;VARB=-0.0838063;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16875:52:323:54:320:266:31:23:151:115:99:258:29:23:148:110 chr13 25671369 . G T 209.26 PASS AF=0.134986;AO=49;DP=365;FAO=49;FDP=363;FR=.;FRO=314;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=175;FSRR=139;FWDB=-0.0293928;FXX=0.0081965;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5648;QD=2.30592;RBI=0.0312553;REFB=0.00028618;REVB=-0.010628;RO=308;SAF=26;SAR=23;SRF=173;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401259;STB=0.52325;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00410843;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:363:308:314:49:49:0.134986:23:26:173:135:23:26:175:139 chr13 25671398 . C T 178.67 PASS AF=0.129909;AO=43;DP=325;FAO=43;FDP=331;FR=.;FRO=288;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=155;FSRR=133;FWDB=-0.0173622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.873;QD=2.15909;RBI=0.0190674;REFB=-0.00362081;REVB=-0.00788163;RO=282;SAF=20;SAR=23;SRF=155;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107396;STB=0.563302;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0242075;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:331:282:288:43:43:0.129909:23:20:155:127:23:20:155:133 chr13 25671429 . G T 65.05 PASS AF=0.0827338;AO=23;DP=278;FAO=23;FDP=278;FR=.;FRO=255;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=132;FSRR=123;FWDB=-0.00778715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.28;QD=0.935968;RBI=0.0170146;REFB=0.00191829;REVB=-0.0151281;RO=250;SAF=8;SAR=15;SRF=128;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19102;STB=0.655296;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0202626;OID=.;OPOS=25671429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:278:278:250:255:23:23:0.0827338:15:8:128:122:15:8:132:123 chr13 25672612 . T G 38.49 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00834953;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.122;QD=8.55283;RBI=0.0433186;REFB=-0.0211476;REVB=0.0425063;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.565012;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0361008;OID=.;OPOS=25672612;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:11:12:6:6:0.333333:2:4:9:2:2:4:9:3 chr13 25672792 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT 388.88 PASS AF=0.76087,0.23913;AO=11,7;DP=45;FAO=35,11;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12,11;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.257502,-0.0463566;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.2655,161.728;QD=33.8154;RBI=0.70899,0.062488;REFB=-0.0169266,-0.0606017;REVB=0.660575,0.0419024;RO=14;SAF=7,7;SAR=4,0;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.50656,0.842679;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0277278,0.0392883;OID=.,.;OPOS=25672793,25672797;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76087,0.23913:11,7:45:35,11:46:0:12,11:23,0:0:0:61:14:7,7:4,0:1:13 chr13 25743537 . A T 357.19 PASS AF=0.4;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0236757;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.883;QD=13.6074;RBI=0.0243011;REFB=-0.00643202;REVB=-0.00547792;RO=50;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972704;STB=0.552356;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0104474;OID=.;OPOS=25743537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:50:63:42:42:0.4:21:21:20:30:21:21:26:37 chr13 25822372 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00812279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.731;QD=11.2144;RBI=0.0090666;REFB=-0.00155014;REVB=-0.00402784;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258367;STB=0.656346;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00315072;OID=.;OPOS=25822372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:13:3:12:21:13:3:12:21 chr13 25823441 . C T 198.76 PASS AF=0.27451;AO=29;DP=104;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.00641136;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.669;QD=7.79452;RBI=0.0737223;REFB=-0.0215368;REVB=-0.073443;RO=73;SAF=16;SAR=13;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457698;STB=0.543171;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0603488;OID=.;OPOS=25823441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:73:74:29:28:0.27451:13:16:43:30:13:15:44:30 chr13 25823451 . A G 229.4 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=0.010231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4278;QD=8.65657;RBI=0.0191735;REFB=-0.0125138;REVB=0.0162158;RO=74;SAF=15;SAR=17;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180672;STB=0.60566;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0317748;OID=.;OPOS=25823451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:74:32:32:0.301887:17:15:46:28:17:15:46:28 chr13 25825889 . T C 867.85 PASS AF=0.589552;AO=79;DP=134;FAO=79;FDP=134;FR=.;FRO=55;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0255055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3988;QD=25.9061;RBI=0.0620687;REFB=0.0206863;REVB=0.0565861;RO=55;SAF=52;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105654;STB=0.557541;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0167852;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:55:55:79:79:0.589552:27:52:29:26:27:52:29:26 chr13 25831888 . T C 598.27 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0182902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3518;QD=22.5764;RBI=0.0401683;REFB=-0.0214414;REVB=-0.0357626;RO=41;SAF=34;SAR=25;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122441;STB=0.528392;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0184266;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:41:47:59:59:0.556604:25:34:30:11:25:34:30:17 chr13 25832831 . CTAAAAT C 51.86 PASS AF=0.275862;AO=6;DP=32;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0108657;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=6;MLLD=246.397;QD=7.15335;RBI=0.0334456;REFB=0.00273646;REVB=0.0316314;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37468;STB=0.702009;STBP=0.217;TYPE=del;VARB=-0.00516813;OID=.;OPOS=25832832;OREF=TAAAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:6:32:8:29:21:3:5:14:7:51:21:2:4:14:7 chr13 25876011 . G A 1697.2 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0764033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=59.5508;RBI=0.0783656;REFB=-0.0815085;REVB=0.0174272;RO=1;SAF=52;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090437;STB=0.504761;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000231217;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:113:113:0.991228:61:52:1:0:61:52:1:0 chr13 26043182 . A C 143.38 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0593472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.192;QD=6.82777;RBI=0.0603261;REFB=-0.00254595;REVB=-0.0108232;RO=63;SAF=15;SAR=6;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191603;STB=0.617859;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0127748;OID=.;OPOS=26043182;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:6:15:36:27:6:15:36:27 chr13 26148966 . C T 639.96 PASS AF=0.326531;AO=80;DP=245;FAO=80;FDP=245;FR=.;FRO=165;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=88;FSRR=77;FWDB=-0.0726641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5925;QD=10.4483;RBI=0.0862378;REFB=0.00714149;REVB=-0.0464423;RO=165;SAF=35;SAR=45;SRF=88;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112248;STB=0.564492;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0173652;OID=.;OPOS=26148966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:165:165:80:80:0.326531:45:35:88:77:45:35:88:77 chr13 26273385 . G C 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2526;QD=62.0069;RBI=0.0344374;REFB=0;REVB=-0.0247241;RO=0;SAF=56;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64461e-06;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:28:56:0:0:28:56:0:0 chr13 26501320 . G A 257.41 PASS AF=0.4;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.000739257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.049;QD=13.7287;RBI=0.0256613;REFB=-4.53461e-05;REVB=-0.0256507;RO=41;SAF=21;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155742;STB=0.621692;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-6.93094e-06;OID=.;OPOS=26501320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:41:45:30:30:0.4:9:21:23:18:9:21:23:22 chr13 26620777 . G A,C 1705.12 PASS AF=0.930435,0.0695652;AO=106,8;DP=115;FAO=107,8;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=64,0;FSAR=43,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104949,0.00502358;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.463,25.5748;QD=59.3084;RBI=0.0153716,0.048076;REFB=0,0;REVB=0.0112314,-0.0478128;RO=0;SAF=64,0;SAR=42,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-7.79622e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00102683,0.108425;OID=.,.;OPOS=26620777,26620777;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:115:115:0:0:106,8:107,8:0.930435,0.0695652:42,8:64,0:0:0:43,8:64,0:0:0 chr13 26620924 . G A 1613.94 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.048;QD=59.7756;RBI=0.0920969;REFB=0;REVB=0.0835963;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212315;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:108:0:0:102:108:1:58:44:0:0:62:46:0:0 chr13 26620978 . G T 1945.41 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4365;QD=61.2726;RBI=0.0996832;REFB=0;REVB=0.0629998;RO=1;SAF=58;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966868;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:127:1:0:123:127:1:65:58:1:0:68:59:0:0 chr13 28009851 . G A 565.86 PASS AF=0.565217;AO=52;DP=92;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.030592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5567;QD=24.6024;RBI=0.0310151;REFB=-0.0204389;REVB=0.00510529;RO=39;SAF=34;SAR=18;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543321;STB=0.525445;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0145416;OID=.;OPOS=28009851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:40:52:52:0.565217:18:34:23:16:18:34:24:16 chr13 28009920 . G C 1543.31 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088079;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.551;QD=64.3045;RBI=0.0125657;REFB=0;REVB=-0.00896204;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633572;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:40:56:0:0:40:56:0:0 chr13 28143229 . A G 716.74 PASS AF=0.534351;AO=69;DP=129;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0592535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9094;QD=21.885;RBI=0.0619934;REFB=-0.00301453;REVB=-0.0182263;RO=60;SAF=31;SAR=38;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136845;STB=0.514533;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00278958;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:60:61:69:70:0.534351:38:31:26:34:38:32:26:35 chr13 28536337 . TC TA,T 68.98 PASS AF=0,0.365854;AO=2,17;DP=41;FAO=0,15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=0,12;FSAR=0,3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0435586,-0.0752302;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=105.336,12.5724;QD=6.72932;RBI=0.0687635,0.130711;REFB=-0.0229233,-0.141098;REVB=-0.0532078,0.106892;RO=17;SAF=2,14;SAR=0,3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.540081,0.377521;STB=0.5,0.718781;STBP=1,0.061;TYPE=snp,del;VARB=0,0.1412;OID=.,.;OPOS=28536338,28536338;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.365854:2,17:41:0,15:41:26:0,12:0,3:13:13:69:17:2,14:0,3:8:9 chr13 28537242 . A C 971.81 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0194037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9585;QD=52.5303;RBI=0.0262404;REFB=-0.0119759;REVB=-0.017665;RO=5;SAF=44;SAR=25;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225383;STB=0.521733;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0107462;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:74:74:5:4:69:70:0.945946:25:44:4:1:26:44:4:0 chr13 28537317 . G A 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0600439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.676;QD=54.7433;RBI=0.0842406;REFB=-0.0928253;REVB=0.0590865;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000988437;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:26:27:0:0:26:27:0:1 chr13 28610183 . A G 911.87 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.602;QD=57.8964;RBI=0.0169058;REFB=0;REVB=0.00750534;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111732;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr13 28624294 . G A 2121.67 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.927;QD=62.8644;RBI=0.0279457;REFB=0;REVB=-0.0153378;RO=0;SAF=68;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80629e-05;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:67:68:0:0:67:68:0:0 chr13 28636084 . G A 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.271;QD=59.8657;RBI=0.0264733;REFB=0;REVB=0.0162244;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62627e-06;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:54:50:0:0:54:50:0:0 chr13 28636182 . C T 554.92 PASS AF=0.483333;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=120;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00160021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.478;QD=18.4974;RBI=0.00714162;REFB=-0.00721374;REVB=0.00696003;RO=61;SAF=28;SAR=30;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538698;STB=0.525551;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00780361;OID=.;OPOS=28636182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:61:62:58:58:0.483333:30:28:33:28:30:28:33:29 chr13 28835527 . T C,TC 2239.4 PASS AF=0.00645161,0.974194;AO=8,140;DP=160;FAO=1,151;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=1,92;FSAR=0,59;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0215852,0.0314598;FXX=0.031248;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=222.804,244.766;QD=57.7909;RBI=0.0238208,0.0337223;REFB=-0.111382,-0.0889527;REVB=-0.0100751,-0.0121438;RO=8;SAF=7,85;SAR=1,55;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194344,-0.0154161;STB=0.985111,0.501175;STBP=0.519,0.908;TYPE=snp,ins;VARB=0.0114581,0.00105777;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:160:155:8:3:8,140:1,151:0.00645161,0.974194:1,55:7,85:6:2:0,59:1,92:2:1 chr13 28869147 . G GGATATAAAC 196.67 PASS AF=0.375;AO=18;DP=73;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0150215;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=9;MLLD=276.287;QD=10.9262;RBI=0.0161866;REFB=-0.0119998;REVB=-0.00603011;RO=46;SAF=6;SAR=12;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345621;STB=0.601155;STBP=0.216;TYPE=ins;VARB=0.0239602;OID=.;OPOS=28869148;OREF=-;OALT=GATATAAAC;OMAPALT=GGATATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:18:73:27:72:45:13:14:29:16:99:46:6:12:29:17 chr13 28883061 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.784;QD=57.1773;RBI=0.0293472;REFB=0;REVB=0.0108128;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56614e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr13 28970917 . C T 130.08 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5238;QD=43.3592;RBI=0.0866664;REFB=0;REVB=0.0534471;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0006963;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr13 29275102 . T C 753.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322373;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.407;QD=56.8603;RBI=0.0326789;REFB=0;REVB=0.00535394;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65136e-05;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr13 29275129 . C T 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.618;QD=61.3289;RBI=0.0256985;REFB=0;REVB=0.0254444;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67381e-05;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr13 29599410 . C T 304.05 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0187274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.593;QD=14.8319;RBI=0.0258577;REFB=0.00346057;REVB=0.0178299;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395667;STB=0.522418;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=-0.00664398;OID=.;OPOS=29599410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:15:19:25:23:15:19:25:23 chr13 29600415 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0185631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.723;QD=14.5325;RBI=0.0322926;REFB=-0.00989026;REVB=0.0264239;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101083;STB=0.550572;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.010015;OID=.;OPOS=29600415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:12:17:19:20:12:17:20:20 chr13 29898768 . A C 167.19 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0101446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.951;QD=15.1989;RBI=0.0124191;REFB=-0.0102765;REVB=-0.00716383;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222065;STB=0.512806;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0117056;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:10:8:11:15:10:8:11:15 chr13 30003036 . AC A 598.17 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00104197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.299;QD=25.1862;RBI=0.090483;REFB=-0.00954159;REVB=0.090477;RO=36;SAF=31;SAR=27;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114377;STB=0.562023;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.0108429;OID=.;OPOS=30003037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.610526:58:96:58:95:37:30:28:25:12:99:36:31:27:25:11 chr13 30084173 . G A 1607.26 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.828;QD=64.2905;RBI=0.0216279;REFB=0;REVB=0.014158;RO=0;SAF=65;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69629e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:34:65:0:0:34:66:0:0 chr13 30087768 . C T 215.07 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0262239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5602;QD=13.0346;RBI=0.0623306;REFB=-0.0138768;REVB=-0.0565457;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281609;STB=0.509796;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0223728;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:10:16:23:16:10:16:24:16 chr13 30087778 . T A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.279;QD=59.3228;RBI=0.0275517;REFB=0;REVB=-0.00766528;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130258;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr13 30091714 . G A 3045.59 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.645;QD=63.4498;RBI=0.0231367;REFB=0;REVB=0.0158194;RO=0;SAF=124;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95437e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:191:192:0:0:191:192:1:67:124:0:0:68:124:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 3489.51 PASS AF=0.977876,0,0.0221239;AO=61,30,126;DP=226;FAO=221,0,5;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=99,0,5;FSAR=122,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129877,0.0722922,0.0635103;FXX=0.00877155;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=177.395,171.339,162.51;QD=61.7612;RBI=0.155682,0.116286,0.122561;REFB=0,0,0;REVB=-0.0858418,-0.0910842,-0.104822;RO=0;SAF=61,27,12;SAR=0,3,114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.84607e-08,3.84242e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000636192,0,0.0175365;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.977876,0,0.0221239:61,30,126:226:221,0,5:226:0:99,0,5:122,0,0:0:0:4:0:61,27,12:0,3,114:0:0 chr13 30107067 . G C 530.06 PASS AF=0.383234;AO=61;DP=166;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=69;FSRR=34;FWDB=-0.0270867;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.637;QD=12.6959;RBI=0.0277921;REFB=-0.00752839;REVB=0.00622152;RO=103;SAF=35;SAR=26;SRF=68;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996914;STB=0.568425;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0116932;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:103:103:61:64:0.383234:26:35:68:35:28:36:69:34 chr13 30339472 . C T 531.75 PASS AF=0.531915;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00131998;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3832;QD=22.6275;RBI=0.0790125;REFB=-0.0301508;REVB=-0.0790015;RO=44;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105052;STB=0.557922;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0124491;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:44:44:50:50:0.531915:19:31:22:22:19:31:22:22 chr13 30438728 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0262405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.889;QD=10.0752;RBI=0.0465924;REFB=-0.0289716;REVB=-0.0385005;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409692;STB=0.749375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0185625;OID=.;OPOS=30438728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:5:9:2:6:5:9 chr13 30781111 . C A 217.04 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.027817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.695;QD=13.3562;RBI=0.0282161;REFB=-0.0107217;REVB=-0.00472949;RO=37;SAF=2;SAR=24;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463163;STB=0.872409;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0149178;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:39:26:26:0.4:24:2:12:25:25:1:13:26 chr13 31036642 . C G 437.08 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0195725;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.946;QD=23.9494;RBI=0.0273167;REFB=-0.0249991;REVB=0.0190557;RO=29;SAF=29;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114816;STB=0.552355;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0184861;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:31:42:42:0.575342:13:29:16:13:13:29:18:13 chr13 31036681 . A G 888.85 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254125;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.219;QD=58.2852;RBI=0.025477;REFB=0;REVB=-0.00181212;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60503e-06;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:22:37:0:0:23:38:0:0 chr13 31287979 . G GTA 967.94 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=87;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091249;FXX=0.119984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.458;QD=58.6628;RBI=0.132008;REFB=-0.186241;REVB=0.0953925;RO=22;SAF=31;SAR=33;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939219;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.00340434;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.984848:64:87:65:66:1:32:33:0:1:3:22:31:33:15:7 chr13 31287981 . G A 93.96 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00763449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9959;QD=4.52808;RBI=0.0484771;REFB=-0.0148262;REVB=-0.0478722;RO=67;SAF=11;SAR=5;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266309;STB=0.671538;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0567684;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:83:83:67:67:16:16:0.192771:5:11:32:35:5:11:32:35 chr13 31531009 . G A 495.33 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0011255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5489;QD=26.0702;RBI=0.0370712;REFB=-0.0281771;REVB=0.0370542;RO=30;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111753;STB=0.560977;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0187958;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:24:22:19:11:24:22:19:11 chr13 31728703 . T C 169.22 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00324886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.813;QD=13.0171;RBI=0.00446018;REFB=-0.0148075;REVB=0.00305583;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10423;STB=0.576848;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0182206;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:10:10:18:12:10:10:20:12 chr13 31821240 . C T 1396.19 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5414;QD=62.75;RBI=0.082821;REFB=0;REVB=-0.0682391;RO=0;SAF=53;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05601e-05;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:36:53:0:0:36:53:0:0 chr13 31821992 . T C 1331.76 PASS AF=0.9375;AO=87;DP=93;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0320354;FXX=0.039996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.613;QD=55.4901;RBI=0.0487073;REFB=-0.1829;REVB=0.0366898;RO=6;SAF=51;SAR=36;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315964;STB=0.516394;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00196176;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:93:96:6:6:87:90:0.9375:36:51:2:4:37:53:2:4 chr13 31891746 . G A 1523.14 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00524962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6955;QD=58.5825;RBI=0.0564715;REFB=-0.059749;REVB=0.0562269;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000508616;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:57:45:0:0:57:46:0:1 chr13 32360547 . A G 1434.44 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.639;QD=63.0525;RBI=0.026178;REFB=0;REVB=-0.00630242;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13995e-05;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr13 32376718 . A G 1244.77 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9646;QD=61.4701;RBI=0.0611146;REFB=0;REVB=0.0198446;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051848;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr13 32660137 . T G 1525.09 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.107;QD=63.5454;RBI=0.0122647;REFB=0;REVB=0.0102895;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02785e-06;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:58:38:0:0 chr13 32676114 . A G 253.56 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000342594;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.691;QD=17.4868;RBI=0.023827;REFB=0.00445619;REVB=0.0238245;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270048;STB=0.515141;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.00469504;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:18:12:12:16:18:12 chr13 32832149 . T C 295.61 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0215216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.558;QD=15.3561;RBI=0.0534141;REFB=-0.00801012;REVB=0.0488865;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114537;STB=0.564667;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00674339;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:15:18:19:25:15:18:19:25 chr13 32863847 . C T 201.44 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0628678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.544;QD=12.7896;RBI=0.0646767;REFB=-0.0120943;REVB=0.0151893;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713577;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.023409;OID=.;OPOS=32863847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:24:25:0.396825:8:16:23:15:8:17:23:15 chr13 32885654 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1106;QD=57.6748;RBI=0.0422604;REFB=0;REVB=0.00692357;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363293;OID=.;OPOS=32885654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr13 32906729 . A C 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=13;FWDB=0.00484498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.528;QD=17.3697;RBI=0.0208462;REFB=-0.0248758;REVB=-0.0202753;RO=55;SAF=31;SAR=13;SRF=42;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730089;STB=0.540723;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0289845;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:13:31:42:13:13:31:42:13 chr13 32913055 . A G 2081.37 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0044211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2437;QD=61.2166;RBI=0.00528464;REFB=-0.088502;REVB=0.00289505;RO=0;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000354977;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:136:0:1:133:135:0.992647:69:64:0:0:69:66:0:1 chr13 32914277 . A G 259.13 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00968712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.998;QD=24.1046;RBI=0.0097957;REFB=-0.00757434;REVB=0.00145447;RO=16;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17357;STB=0.634806;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00368665;OID=.;OPOS=32914277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:19:24:24:0.55814:8:16:7:9:8:16:7:12 chr13 32915005 . G C 1395.82 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5783;QD=62.7333;RBI=0.0171334;REFB=0;REVB=-0.00248989;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111011;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr13 32929387 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1969;QD=48.7371;RBI=0.0684159;REFB=0;REVB=0.0667431;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173714;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr13 32976640 . TTTG T 409.85 PASS AF=0.495868;AO=56;DP=120;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0144359;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.979;QD=13.5487;RBI=0.0145471;REFB=-0.00600325;REVB=-0.00179599;RO=61;SAF=19;SAR=37;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296677;STB=0.6537;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.00317417;OID=.;OPOS=32976641;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495868:56:120:60:121:61:21:39:40:21:99:61:19:37:40:21 chr13 32976645 . T A 612.18 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00211515;FXX=0.0409802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.943;QD=20.9292;RBI=0.00697876;REFB=-0.00420834;REVB=0.00665051;RO=58;SAF=22;SAR=39;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259964;STB=0.627392;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00338199;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:117:58:56:61:61:0.521368:39:22:38:20:39:22:35:21 chr13 32976648 . G C 595.77 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=116;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0206104;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2378;QD=20.7224;RBI=0.0514948;REFB=0.00817805;REVB=-0.0471903;RO=53;SAF=21;SAR=39;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205049;STB=0.621748;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00687286;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:53:55:60:60:0.521739:39:21:31:22:39:21:33:22 chr13 33590851 . T C 1016.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00637749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.093;QD=58.9119;RBI=0.0142034;REFB=0;REVB=0.0126911;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247817;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:25:42:0:0:27:42:0:0 chr13 33634983 . C T 300.02 PASS AF=0.273885;AO=43;DP=157;FAO=43;FDP=157;FR=.;FRO=114;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=-0.0156459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.031;QD=7.64385;RBI=0.0164933;REFB=-0.00475327;REVB=0.00521868;RO=112;SAF=22;SAR=21;SRF=51;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687072;STB=0.53387;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00756563;OID=.;OPOS=33634983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:112:114:43:43:0.273885:21:22:51:61:21:22:53:61 chr13 33635463 . T C 1989.67 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.38;QD=62.1773;RBI=0.0520933;REFB=0;REVB=0.0491842;RO=0;SAF=50;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80585e-05;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:76:50:0:0:78:50:0:0 chr13 33635835 . T C 955.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.676;QD=58.7765;RBI=0.0670293;REFB=0;REVB=0.0281784;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260508;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:41:23:0:0:41:24:0:0 chr13 33678505 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.000356038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.086;QD=11.3359;RBI=0.0122754;REFB=-0.0119208;REVB=0.0122703;RO=43;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400047;STB=0.711582;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0268174;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:43:23:24:0.358209:8:15:12:31:9:15:12:31 chr13 33703656 . T C 1064.91 PASS AF=0.604938;AO=97;DP=161;FAO=98;FDP=162;FR=.;FRO=64;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.015441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.299;QD=26.2942;RBI=0.0154421;REFB=-0.0043684;REVB=0.000179317;RO=64;SAF=64;SAR=33;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772331;STB=0.54329;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00344396;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:64:64:97:98:0.604938:33:64:36:28:33:65:36:28 chr13 35745239 . G A 518.95 PASS AF=0.389262;AO=40;DP=148;FAO=58;FDP=149;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.00188458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.911;QD=13.9315;RBI=0.00975834;REFB=-0.0090031;REVB=0.00957463;RO=90;SAF=4;SAR=36;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613646;STB=0.615903;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0162087;OID=.;OPOS=35745239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:90:91:40:58:0.389262:36:4:50:40:37:21:50:41 chr13 36048509 . TTAAA T 131.2 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=71;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.015997;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=4;MLLD=235.83;QD=7.83283;RBI=0.0187733;REFB=-0.0247208;REVB=-0.00982498;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120083;STB=0.556212;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.0461062;OID=.;OPOS=36048510;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358209:23:71:24:67:43:11:13:16:27:99:43:11:12:16:27 chr13 36639771 . A C 962.64 PASS AF=0.932432;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.12447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3608;QD=52.0347;RBI=0.124567;REFB=-0.0920418;REVB=0.00492648;RO=5;SAF=35;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136668;STB=0.507244;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0389683;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:74:74:5:5:69:69:0.932432:34:35:2:3:34:35:2:3 chr13 36744910 . C T 458.93 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.062246;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.41;QD=20.626;RBI=0.0641434;REFB=-0.0188001;REVB=-0.0154859;RO=42;SAF=22;SAR=23;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720037;STB=0.539135;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0171943;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:42:44:45:45:0.505618:23:22:24:18:23:22:25:19 chr13 36801415 . C T 2205.08 PASS AF=0.986111;AO=141;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0231352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.346;QD=61.2523;RBI=0.0258731;REFB=-0.0610184;REVB=0.0115835;RO=3;SAF=77;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00481775;STB=0.500691;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000607775;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:144:3:2:141:142:0.986111:64:77:2:1:64:78:1:1 chr13 36828237 . T C 1549.58 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4858;QD=63.9001;RBI=0.184448;REFB=0;REVB=0.1399;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159567;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:43:53:0:0:44:53:0:0 chr13 36855375 . C T 977.51 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6648;QD=57.5008;RBI=0.0336462;REFB=-0.106015;REVB=-0.0307808;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00504661;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:2:0:66:68:1:32:34:1:1:33:35:0:0 chr13 36855405 . A G 740.37 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.509;QD=61.6973;RBI=0.0314596;REFB=-0.0727608;REVB=0.0312665;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032961;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr13 36857639 . T C 1377.32 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6886;QD=62.6055;RBI=0.0916839;REFB=0;REVB=0.075504;RO=0;SAF=46;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674106;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:42:46:0:0:42:46:0:0 chr13 36877978 . T C 298.77 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0128077;FXX=0.0344709;HRUN=7;LEN=1;MLLD=232.156;QD=42.6809;RBI=0.016548;REFB=0.039009;REVB=0.0104784;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.566613;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00157916;OID=.;OPOS=36877978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:0:4:24:24:0.857143:11:13:0:0:11:13:4:0 chr13 36886469 . T C 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.64;QD=58.4195;RBI=0.0875223;REFB=-0.0950499;REVB=0.0626938;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106287;STB=0.505616;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0014979;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:44:28:0:1:44:28:0:1 chr13 36939688 . C T 1818.76 PASS AF=0.97619;AO=121;DP=125;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0189647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2889;QD=57.7384;RBI=0.0271898;REFB=-0.0202557;REVB=-0.0194841;RO=3;SAF=64;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901007;STB=0.504457;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00222815;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:126:3:3:121:123:0.97619:57:64:1:2:59:64:1:2 chr13 36939758 . A G 2865.96 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.108;QD=62.9882;RBI=0.0266943;REFB=0;REVB=0.0241521;RO=0;SAF=98;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18646e-05;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:182:182:0:0:182:182:1:84:98:0:0:84:98:0:0 chr13 37269835 . G A 1767.51 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.416;QD=60.9485;RBI=0.0329341;REFB=0;REVB=0.00850844;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35145e-05;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr13 37271163 . C A 927.15 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324998;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2011;QD=58.8669;RBI=0.0388964;REFB=0;REVB=0.0213705;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257382;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:40:23:0:0:40:23:0:0 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 290.6 PASS AF=0,0.913043,0.0869565;AO=3,12,6;DP=26;FAO=0,21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5,1;FSAR=0,16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147793,0.145476,0.133439;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,3;MLLD=80.9795,82.1821,61.9563;QD=50.5395;RBI=0.0383138,0.153922,0.143545;REFB=0,0,0;REVB=-0.0353485,0.0502863,0.0529074;RO=0;SAF=2,2,1;SAR=1,10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.00535058,0.0608079;OID=.,.,.;OPOS=37271445,37271429,37271445;OREF=CAT,CA,CAT;OALT=-,-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACA,GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.913043,0.0869565:3,12,6:26:0,21,2:23:0:0,5,1:0,16,1:0:0:10:0:2,2,1:1,10,5:0:0 chr13 37372429 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9188;QD=58.5841;RBI=0.0952407;REFB=0;REVB=0.0950387;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160241;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:6:27:0:0:6:27:0:0 chr13 37453484 . A G 310.48 PASS AF=0.29927;AO=39;DP=135;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=29;FWDB=-0.0143524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.415;QD=9.06517;RBI=0.0179475;REFB=-0.0142414;REVB=-0.010776;RO=95;SAF=28;SAR=11;SRF=67;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186588;STB=0.51223;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0344475;OID=.;OPOS=37453484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:95:96:39:41:0.29927:11:28:67:28:13:28:67:29 chr13 37580139 . G A 448.15 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0238594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.061;QD=17.5746;RBI=0.0250233;REFB=-0.00525804;REVB=-0.00754277;RO=53;SAF=22;SAR=26;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412554;STB=0.51732;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00684808;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:26:22:22:31:26:22:23:31 chr13 37583831 . G A 124.05 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0696555;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0295;QD=8.70557;RBI=0.0699632;REFB=-0.0108722;REVB=-0.00655369;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176399;STB=0.596594;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0184431;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:40:17:17:0.298246:10:7:22:17:10:7:22:18 chr13 37600333 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 75.77 PASS AF=0.472222,0;AO=10,5;DP=36;FAO=17,0;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13,0;FSAR=4,0;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.214847,-0.271971;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.95264,81.8914;QD=8.41908;RBI=0.230109,0.271972;REFB=-0.106102,-0.0148796;REVB=0.0824065,-0.000692912;RO=18;SAF=7,5;SAR=3,0;SRF=1;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618946,0.841028;STB=0.835921,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.119748,0;OID=.,.;OPOS=37600334,37600338;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222,0:10,5:36:17,0:36:19:13,0:4,0:1:18:76:18:7,5:3,0:1:17 chr13 37625601 . T C 373.21 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9716;QD=55.2907;RBI=0.0340079;REFB=0;REVB=0.0290585;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239576;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr13 37678884 . C G 236.28 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0638178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9495;QD=11.2515;RBI=0.0687496;REFB=-0.00677242;REVB=0.0255693;RO=53;SAF=14;SAR=15;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219635;STB=0.635092;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0114976;OID=.;OPOS=37678884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:53:55:29:29:0.345238:15:14:36:17:15:14:38:17 chr13 37679268 . G T 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5779;QD=58.0565;RBI=0.0420616;REFB=0;REVB=0.0277616;RO=0;SAF=47;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261142;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:14:47:0:0:14:47:0:0 chr13 37679535 . G C 1862.61 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244599;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.422;QD=61.574;RBI=0.00262773;REFB=0;REVB=0.000960262;RO=0;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98981e-06;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:54:67:0:0:54:67:0:0 chr13 37679729 . C T 572.93 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223702;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3417;QD=58.7618;RBI=0.225707;REFB=0;REVB=0.0300177;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00426905;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:1:0:37:39:1:14:23:1:0:14:25:0:0 chr13 37679776 . G A 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.948;QD=54.5102;RBI=0.0198525;REFB=0;REVB=0.0120987;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39421e-05;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr13 38156557 . C T 86.99 PASS AF=0.125786;AO=20;DP=151;FAO=20;FDP=159;FR=.;FRO=139;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=80;FSRR=59;FWDB=-0.0907599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.772;QD=2.18837;RBI=0.0911902;REFB=-0.00128982;REVB=-0.00884828;RO=131;SAF=6;SAR=14;SRF=73;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318433;STB=0.733028;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0076512;OID=.;OPOS=38156557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:151:159:131:139:20:20:0.125786:14:6:73:58:14:6:80:59 chr13 38357471 . G A 271.69 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0260333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.388;QD=12.3493;RBI=0.0412734;REFB=-0.00952781;REVB=-0.0320275;RO=51;SAF=21;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14291;STB=0.591929;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0193845;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:56:32:32:0.363636:11:21:27:24:11:21:29:27 chr13 38924083 . A T 2772.99 PASS AF=1;AO=176;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000178718;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9178;QD=62.3143;RBI=0.00594786;REFB=-0.0561891;REVB=0.00594518;RO=0;SAF=105;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103375;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:178:178:0:0:176:178:1:71:105:0:0:71:107:0:0 chr13 38924263 . T C 2403.84 PASS AF=0.987952;AO=159;DP=162;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.01357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6746;QD=57.9239;RBI=0.0183405;REFB=-0.00134506;REVB=0.0123381;RO=3;SAF=111;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00131324;STB=0.502767;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00125532;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:162:166:3:2:159:164:0.987952:48:111:2:1:50:114:1:1 chr13 38932207 . TAT TTA,TTT 197.08 PASS AF=0.74359,0;AO=14,10;DP=137;FAO=29,0;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=15,0;FSAR=14,0;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0690777,-0.0150872;FXX=0.426408;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=17.2393,152.141;QD=20.2131;RBI=0.153944,0.12652;REFB=-0.0813058,-0.0021763;REVB=-0.137575,0.125617;RO=73;SAF=11,10;SAR=3,0;SRF=52;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121243,0.593661;STB=0.598865,0.5;STBP=0.056,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0626475,0;OID=.,.;OPOS=38932208,38932208;OREF=AT,A;OALT=TA,T;OMAPALT=TTA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74359,0:14,10:137:29,0:39:10:15,0:14,0:9:1:72:73:11,10:3,0:52:21 chr13 38932210 . T A 33.5 PASS AF=0.0758621;AO=11;DP=144;FAO=11;FDP=145;FR=.;FRO=134;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=114;FSRR=20;FWDB=-0.0134769;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=181.432;QD=0.924021;RBI=0.0617696;REFB=-0.00104374;REVB=0.0602814;RO=125;SAF=4;SAR=7;SRF=112;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647367;STB=0.884007;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0212323;OID=.;OPOS=38932210;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:145:125:134:11:11:0.0758621:7:4:112:13:7:4:114:20 chr13 39261567 . G GGCT,T 387.26 PASS AF=0.380165,0.00826446;AO=38,7;DP=154;FAO=46,1;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=32,1;FSAR=14,0;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.015882,-0.00772966;FXX=0.00819605;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=169.101,73.8883;QD=12.8018;RBI=0.0164476,0.0272782;REFB=-0.044915,-0.0169319;REVB=-0.00427628,-0.0261602;RO=108;SAF=28,5;SAR=10,2;SRF=44;SRR=64;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405283,0.302178;STB=0.628118,0.990059;STBP=0.046,0.497;TYPE=ins,snp;VARB=0.0774027,0.0471272;OID=.,.;OPOS=39261568,39261567;OREF=-,G;OALT=GCT,T;OMAPALT=GGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:121:108:74:38,7:46,1:0.380165,0.00826446:10,2:28,5:44:64:14,0:32,1:37:37 chr13 39262057 . G A 1803.97 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.128;QD=61.1516;RBI=0.0348239;REFB=0;REVB=0.0213495;RO=0;SAF=50;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33653e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:67:50:0:0:67:51:0:0 chr13 39262435 . C G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00216637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.132;QD=12.5629;RBI=0.00519848;REFB=-0.0115571;REVB=0.00472557;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456179;STB=0.526292;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.017284;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:11:11:16:19:11:11:16:19 chr13 39263713 . GT G,GC 998.35 PASS AF=0.228571,0.771429;AO=35,33;DP=70;FAO=16,54;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=12,23;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026755,0.0285964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.4701,95.8359;QD=57.0485;RBI=0.043667,0.0419104;REFB=0,0;REVB=0.0345105,0.0306387;RO=0;SAF=23,11;SAR=12,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00219138,0.0308602;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.228571,0.771429:35,33:70:16,54:70:0:12,23:4,31:0:0:25:0:23,11:12,22:0:0 chr13 39264690 . T C 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0118622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.365;QD=7.57985;RBI=0.0184741;REFB=-0.00915281;REVB=0.0141626;RO=60;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202233;STB=0.512184;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0185991;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:11:11:31:29:11:11:31:29 chr13 39266167 . T C 155.62 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00185428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9342;QD=15.1821;RBI=0.0276274;REFB=-0.0106749;REVB=-0.0275651;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2255;STB=0.628348;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0132911;OID=.;OPOS=39266167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:19:5:7:10:19:5 chr13 39266484 . G A 288.53 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0473973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.901;QD=13.7396;RBI=0.0474018;REFB=-0.0146623;REVB=0.000656129;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286491;STB=0.511271;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0118759;OID=.;OPOS=39266484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:51:33:33:0.392857:20:13:21:29:20:13:21:30 chr13 39430313 . A AT 1473.63 PASS AF=1;AO=20;DP=158;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621977;FXX=0.0812449;HRUN=0;LEN=1;MLLD=177.437;QD=40.0987;RBI=0.0738631;REFB=0;REVB=0.0398396;RO=138;SAF=1;SAR=19;SRF=100;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000843369;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:158:147:147:0:101:46:0:0:31:138:1:19:100:38 chr13 39430314 . C G,T 2338.56 PASS AF=0.13125,0.8625;AO=19,136;DP=158;FAO=21,138;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=0,100;FSAR=21,38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00140575,0.00336025;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=52.9251,230.708;QD=58.464;RBI=0.00715701,0.0166224;REFB=0.0202204,-0.00987106;REVB=-0.0070176,0.0162792;RO=1;SAF=0,100;SAR=19,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.85711,-0.00473069;STB=0.99907,0.502487;STBP=0.016,0.611;TYPE=snp,snp;VARB=0.0159126,0.000717403;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:93:158:160:1:1:19,136:21,138:0.13125,0.8625:19,36:0,100:1:0:21,38:0,100:1:0 chr13 39433606 . A G 277.0 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0463488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.286;QD=13.5122;RBI=0.0465326;REFB=-0.0150574;REVB=-0.00413185;RO=49;SAF=21;SAR=11;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223805;STB=0.633816;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0270406;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:32:32:0.390244:11:21:22:27:11:21:22:28 chr13 39455266 . G A 513.65 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0174783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.521;QD=24.4594;RBI=0.0270287;REFB=-0.0325234;REVB=-0.020617;RO=36;SAF=28;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152013;STB=0.583299;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0231445;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:36:36:48:48:0.571429:20:28:14:22:20:28:14:22 chr13 39540589 . TC T 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00165395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.519;QD=12.1101;RBI=0.00173621;REFB=-0.0132726;REVB=0.000528085;RO=55;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100298;STB=0.557786;STBP=0.44;TYPE=del;VARB=0.0203487;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360465:31:86:31:86:55:18:13:27:28:99:55:18:13:27:28 chr13 39586343 . G C 731.37 PASS AF=0.478261;AO=76;DP=160;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=-0.00109232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.272;QD=18.1707;RBI=0.035137;REFB=-0.0141428;REVB=0.03512;RO=84;SAF=49;SAR=27;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622378;STB=0.529404;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0139138;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:84:84:76:77:0.478261:27:49:49:35:28:49:49:35 chr13 39587865 . A C 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0117026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.519;QD=6.58768;RBI=0.0141521;REFB=-0.0188463;REVB=-0.00795815;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0542977;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:20:20:6:6:20:20 chr13 39587889 . T C 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000316168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.518;QD=5.47987;RBI=0.0442515;REFB=-0.0134367;REVB=-0.0442503;RO=47;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343598;STB=0.521817;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0493167;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:6:7:24:23:6:7:24:23 chr13 40229891 . G A 1438.52 PASS AF=1;AO=96;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7289;QD=53.7766;RBI=0.23659;REFB=-0.0615881;REVB=0.235173;RO=11;SAF=69;SAR=27;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455324;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:107:11:0:96:107:1:27:69:0:11:38:69:0:0 chr13 40229957 . T A 2011.71 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834213;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.203;QD=62.3786;RBI=0.0210701;REFB=0;REVB=0.0193483;RO=0;SAF=81;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05573e-05;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:129:129:1:48:81:0:0:48:81:0:0 chr13 40230229 . C T 2217.33 PASS AF=0.972789;AO=141;DP=146;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0442757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.497;QD=60.3356;RBI=0.044823;REFB=0.00208329;REVB=0.00698348;RO=4;SAF=78;SAR=63;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237561;STB=0.505441;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.000128845;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:147:4:4:141:143:0.972789:63:78:4:0:64:79:3:1 chr13 40230294 . T C 4012.62 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.224;QD=64.202;RBI=0.0515969;REFB=0;REVB=0.0485325;RO=0;SAF=137;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.5295e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4619e-05;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:250:250:0:0:249:250:1:112:137:0:0:112:138:0:0 chr13 40238175 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.078;QD=63.6149;RBI=0.0208872;REFB=0;REVB=0.0194841;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09436e-05;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:37:58:0:0:37:58:0:0 chr13 41515371 . C T 1199.55 PASS AF=0.506438;AO=118;DP=233;FAO=118;FDP=233;FR=.;FRO=115;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=79;FSRR=36;FWDB=-0.0310409;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.816;QD=20.5931;RBI=0.0674568;REFB=-0.0131361;REVB=-0.0598906;RO=115;SAF=72;SAR=46;SRF=79;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740962;STB=0.540538;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.012575;OID=.;OPOS=41515371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:115:115:118:118:0.506438:46:72:79:36:46:72:79:36 chr13 41634954 . G A 220.77 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00876316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.813;QD=12.0971;RBI=0.00876701;REFB=0.00165051;REVB=0.000259541;RO=46;SAF=15;SAR=12;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107118;STB=0.506168;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00263952;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:12:15:26:20:12:15:26:20 chr13 41657340 . C T 153.15 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00788042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.053;QD=13.9228;RBI=0.0117351;REFB=-0.0102709;REVB=-0.00869548;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263919;STB=0.652569;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0208466;OID=.;OPOS=41657340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:18:9:10:7:18:9 chr13 41705495 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.001;QD=57.1062;RBI=0.0447612;REFB=0;REVB=0.0362602;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108751;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr13 41706800 . A G 1113.29 PASS AF=0.925;AO=73;DP=79;FAO=74;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0156652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.214;QD=55.6644;RBI=0.0162798;REFB=-0.0212564;REVB=0.0044309;RO=2;SAF=49;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974457;STB=0.500196;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000622314;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:79:80:2:3:73:74:0.925:24:49:1:1:25:49:2:1 chr13 41834744 . C T 436.16 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0518351;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.988;QD=18.3644;RBI=0.0638771;REFB=-0.0238269;REVB=0.0373282;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460923;STB=0.536825;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.030572;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:53:51:44:44:0.463158:22:22:29:24:22:22:29:22 chr13 41902939 . T C 1018.05 PASS AF=0.972222;AO=55;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00637467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9613;QD=56.5584;RBI=0.0404445;REFB=-0.0924895;REVB=0.039939;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0115217;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:0:2:55:70:0.972222:30:25:0:0:32:38:2:0 chr13 42032572 . T C 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.786;QD=60.7471;RBI=0.0504115;REFB=0;REVB=0.016614;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11495e-05;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:58:56:0:0:58:56:0:0 chr13 42442546 . A G 401.52 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0215335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0486;QD=18.8953;RBI=0.043775;REFB=-0.00472174;REVB=0.0381125;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183976;STB=0.602346;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00789722;OID=.;OPOS=42442546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:17:24:17:27:17:24:17:27 chr13 42465713 . C T 70.42 PASS AF=0.196721;AO=11;DP=60;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00916933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.509;QD=4.61802;RBI=0.017903;REFB=0.000335713;REVB=-0.0153766;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219354;STB=0.668171;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00157905;OID=.;OPOS=42465713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:60:61:49:49:11:12:0.196721:5:6:18:31:5:7:18:31 chr13 42703682 . T C 140.33 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0101902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.548;QD=7.79592;RBI=0.010283;REFB=0.00716908;REVB=-0.00137829;RO=50;SAF=12;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967899;STB=0.57296;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0128405;OID=.;OPOS=42703682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:52:20:20:0.277778:8:12:26:24:8:12:26:26 chr13 42772717 . G T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.4;QD=61.3756;RBI=0.00176067;REFB=0;REVB=0.000469502;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.95908e-07;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr13 42793479 . G A 857.67 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3749;QD=57.1777;RBI=0.0820389;REFB=0;REVB=0.0813442;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114856;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:25:34:0:1:26:34:0:0 chr13 42803341 . T C 2782.25 PASS AF=0.994444;AO=178;DP=180;FAO=179;FDP=180;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9972;QD=61.8278;RBI=0.0410316;REFB=-0.0963287;REVB=0.0363039;RO=1;SAF=87;SAR=91;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00520283;STB=0.502702;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000555173;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:180:1:1:178:179:0.994444:91:87:0:1:92:87:0:1 chr13 43364660 . G A 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0455189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3128;QD=15.6441;RBI=0.052799;REFB=0.00536509;REVB=-0.0267536;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432514;STB=0.538886;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00742797;OID=.;OPOS=43364660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:10:18:15:7:11:18 chr13 43469157 . G A 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.769;QD=62.4645;RBI=0.0475182;REFB=0;REVB=-0.0331083;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71073e-06;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:35:52:0:0:35:52:0:0 chr13 43469211 . G A 1343.05 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640576;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.881;QD=62.4676;RBI=0.015115;REFB=0;REVB=-0.0136905;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29175e-05;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr13 43788158 . G A 1494.93 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228582;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.57;QD=63.6139;RBI=0.0228692;REFB=0;REVB=0.000709537;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1124e-05;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chr13 44457925 . A G 508.5 PASS AF=0.333333;AO=63;DP=189;FAO=63;FDP=189;FR=.;FRO=126;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=0.0354426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.789;QD=10.762;RBI=0.0355563;REFB=-0.0139922;REVB=-0.00284144;RO=125;SAF=31;SAR=32;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325252;STB=0.51588;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0267598;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:125:126:63:63:0.333333:32:31:58:67:32:31:59:67 chr13 45554013 . A G 347.13 PASS AF=0.378378;AO=34;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0220171;FXX=0.00892777;HRUN=7;LEN=1;MLLD=301.102;QD=12.5092;RBI=0.0220805;REFB=-0.0102429;REVB=0.0016717;RO=39;SAF=6;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388472;STB=0.779515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100907;OID=.;OPOS=45554013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:39:69:34:42:0.378378:28:6:20:19:35:7:39:30 chr13 45563531 . C G 1080.36 PASS AF=0.522843;AO=102;DP=197;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=53;FSRR=41;FWDB=0.00816364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.196;QD=21.9363;RBI=0.0457737;REFB=-0.00494748;REVB=-0.0450399;RO=94;SAF=43;SAR=59;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124943;STB=0.570114;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00566203;OID=.;OPOS=45563531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:94:94:102:103:0.522843:59:43:53:41:60:43:53:41 chr13 46067593 . G A 996.7 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0998558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.164;QD=56.1523;RBI=0.100746;REFB=0.0311451;REVB=0.0133672;RO=2;SAF=20;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134991;STB=0.507144;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00560178;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:49:20:1:1:49:20:1:1 chr13 46077381 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.781;QD=54.5177;RBI=0.0308304;REFB=0;REVB=0.0244201;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5124e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr13 46103935 . A G 1434.1 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0271196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.338;QD=55.1576;RBI=0.0955064;REFB=-0.213239;REVB=0.0915751;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.510391;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00284303;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:0:4:100:100:0.961538:48:52:0:0:48:52:1:3 chr13 46108853 . TG CA 1793.59 PASS AF=1;AO=116;DP=121;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346107;FXX=0.0330551;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.605;QD=61.3194;RBI=0.0155859;REFB=0;REVB=-0.0151968;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.84646e-05;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:117:0:0:116:117:1:58:58:0:0:58:59:0:0 chr13 46115731 . C A 1493.23 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7137;QD=62.2181;RBI=0.0326079;REFB=-0.173346;REVB=0.025437;RO=1;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824724;STB=0.504347;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00180166;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:57:38:0:1:57:38:0:1 chr13 46137837 . T C 3206.87 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740295;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.314;QD=61.9686;RBI=0.0581135;REFB=0;REVB=0.05764;RO=0;SAF=99;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01055e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:209:207:0:0:207:207:1:108:99:0:0:108:99:0:0 chr13 46170609 . C T 448.35 PASS AF=0.565789;AO=42;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0181516;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.846;QD=23.5975;RBI=0.02789;REFB=-0.0241096;REVB=0.0211747;RO=34;SAF=22;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526271;STB=0.517871;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0148611;OID=.;OPOS=46170609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:33:42:43:0.565789:20:22:20:14:20:23:19:14 chr13 46170726 . A G 35.88 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0650381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3733;QD=7.97284;RBI=0.065196;REFB=-0.0193584;REVB=0.00453524;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.122483;OID=.;OPOS=46170726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:3:8:4:2:3:9 chr13 46170737 . T C 39.94 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.176225;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.58;QD=13.3131;RBI=0.183498;REFB=-0.0825358;REVB=0.0511501;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392853;STB=0.687061;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.114185;OID=.;OPOS=46170737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:12:7:6:6:6:0.5:5:1:1:6:5:1:0:6 chr13 46288145 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.146901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1292;QD=8.69751;RBI=0.14691;REFB=-0.00231106;REVB=0.00160739;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00640184;OID=.;OPOS=46288145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr13 46357380 . CA AC,C 33.87 PASS AF=0.105263,0.263158;AO=2,5;DP=19;FAO=2,5;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1,4;FSAR=1,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0110852,0.141305;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=28.6668,12.0081;QD=7.13138;RBI=0.0522509,0.150189;REFB=-0.0409553,-0.0558668;REVB=-0.0510614,0.0508898;RO=12;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275016,0.0783381;STB=0.712541,0.551506;STBP=0.719,0.863;TYPE=mnp,del;VARB=0.0809898,0.079863;OID=.,.;OPOS=46357380,46357381;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:19:19:12:12:2,5:2,5:0.105263,0.263158:1,1:1,4:9:3:1,1:1,4:9:3 chr13 46541673 . T A 1058.98 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.418;QD=57.2421;RBI=0.0356736;REFB=-0.1876;REVB=0.0238146;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000309295;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:34:38:1:0:35:38:1:0 chr13 46549610 . TCC TC,TCCTCT 432.82 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=12,10;DP=49;FAO=40,6;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,6;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.442985,-0.0219229;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,3;MLLD=12.8632,91.7879;QD=37.6368;RBI=0.633133,0.0228897;REFB=0,0;REVB=0.452351,0.0065821;RO=22;SAF=7,10;SAR=5,0;SRF=15;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.112953,0.741029;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0585776,0.157483;OID=.,.;OPOS=46549611,46549613;OREF=C,-;OALT=-,TCT;OMAPALT=TC,TCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:12,10:49:40,6:46:0:28,6:12,0:0:0:32:22:7,10:5,0:15:7 chr13 46562935 . A G 1200.55 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.889;QD=59.2862;RBI=0.033557;REFB=-0.0367435;REVB=0.0199985;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.507461;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000169082;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:79:80:0.987654:32:47:0:0:33:47:0:1 chr13 46629944 . A G 1054.59 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0593837;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.948;QD=58.5882;RBI=0.0595961;REFB=0.00029808;REVB=-0.00502648;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137031;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000138658;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:1:1:70:71:0.986111:34:36:0:1:34:37:0:1 chr13 46638826 . G A 126.53 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0171556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.171;QD=6.57306;RBI=0.0172849;REFB=-0.00353222;REVB=0.00210983;RO=58;SAF=10;SAR=9;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745618;STB=0.545655;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00763471;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:9:10:27:31:9:10:27:31 chr13 46641481 . T C 1683.34 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250244;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.826;QD=59.5874;RBI=0.0265087;REFB=0;REVB=0.00874592;RO=0;SAF=71;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089226;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:110:113:1:39:71:0:0:41:72:0:0 chr13 46656669 . A G 2297.0 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345539;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.825;QD=63.8055;RBI=0.034747;REFB=0;REVB=0.0036584;RO=0;SAF=63;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.25873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99167e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:144:0:0:144:144:1:81:63:0:0:81:63:0:0 chr13 46700641 . TG T,TT 1499.38 PASS AF=0.106796,0.893204;AO=11,88;DP=101;FAO=11,92;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=6,52;FSAR=5,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319965,-0.00393956;FXX=0.0190458;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=270.103,284.68;QD=58.2284;RBI=0.0746584,0.0668116;REFB=0,0;REVB=0.0745898,0.0666953;RO=0;SAF=5,52;SAR=6,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.57365e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00170722,-8.20663e-06;OID=.,.;OPOS=46700642,46700642;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.106796,0.893204:11,88:101:11,92:103:0:6,52:5,40:0:0:24:0:5,52:6,36:0:0 chr13 46708291 . T C 1519.73 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.727;QD=62.6694;RBI=0.0172528;REFB=-0.0571779;REVB=0.0166561;RO=0;SAF=52;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21139e-05;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:97:97:0:0:96:97:1:44:52:0:0:45:52:0:0 chr13 46801970 . A G 355.99 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0130179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.393;QD=24.5511;RBI=0.0225033;REFB=-0.0373469;REVB=0.0183557;RO=23;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931199;STB=0.550992;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0121926;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:15:20:16:7:15:20:16:7 chr13 46802177 . A G 479.4 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00866529;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.483;QD=19.7689;RBI=0.0163646;REFB=-0.00929496;REVB=0.0138821;RO=50;SAF=30;SAR=17;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169498;STB=0.594286;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00889006;OID=.;OPOS=46802177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:50:50:47:47:0.484536:17:30:23:27:17:30:23:27 chr13 46948660 . A G 41.28 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.042723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.472;QD=2.66333;RBI=0.0432148;REFB=-0.013552;REVB=-0.00650076;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20825;STB=0.654133;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0651113;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:6:2:22:32:6:2:22:32 chr13 47260054 . T C 1365.4 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0161338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7091;QD=58.1022;RBI=0.0177354;REFB=-0.00408509;REVB=-0.00736497;RO=3;SAF=54;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424681;STB=0.506665;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00104611;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:93:94:3:4:90:90:0.957447:36:54:2:1:36:54:3:1 chr13 47273458 . G C 1309.2 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00994876;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.57;QD=60.193;RBI=0.0653726;REFB=0.00175657;REVB=0.0646111;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000745637;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:0:1:82:85:0.977011:36:46:0:0:38:47:0:1 chr13 47279454 . A G 1862.53 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592733;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.465;QD=61.5713;RBI=0.00718952;REFB=0;REVB=0.0040689;RO=0;SAF=71;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75239e-05;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:49:71:0:0:49:72:0:0 chr13 47308109 . A G 3051.63 PASS AF=0.98995;AO=193;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1025;QD=61.3393;RBI=0.0421454;REFB=-0.125439;REVB=0.038378;RO=0;SAF=96;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5437e-08;STB=0.500128;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000750747;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:199:199:0:2:193:197:0.98995:97:96:0:0:101:96:1:1 chr13 47315984 . T C 1158.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.795;QD=60.2067;RBI=0.0614162;REFB=0;REVB=-0.0139833;RO=0;SAF=21;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250706;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:53:21:0:0:53:24:0:0 chr13 47354101 . C T 610.05 PASS AF=0.62069;AO=53;DP=85;FAO=54;FDP=87;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0180977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7038;QD=28.0482;RBI=0.0367117;REFB=0.0120555;REVB=0.0319409;RO=32;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461808;STB=0.522689;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0072273;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:32:33:53:54:0.62069:30:23:16:16:31:23:16:17 chr13 47469940 . G A 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00709526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.515;QD=11.6943;RBI=0.00855837;REFB=-0.00598605;REVB=-0.00478571;RO=67;SAF=20;SAR=18;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122812;STB=0.507039;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00976833;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:18:20:36:31:18:20:36:31 chr13 47470824 . C T 769.08 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3938;QD=56.9687;RBI=0.0668914;REFB=0;REVB=0.0626569;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473698;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:33:18:0:0:36:18:0:0 chr13 48033224 . G A 748.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9842;QD=56.5002;RBI=0.0173752;REFB=0;REVB=0.0105546;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43376e-05;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:20:32:0:0:20:33:0:0 chr13 48547467 . A T 834.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3692;QD=57.5804;RBI=0.0754371;REFB=0;REVB=-0.00264201;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746278;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:16:40:0:0:16:42:0:0 chr13 49107241 . T C 712.14 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488007;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.855;QD=63.3009;RBI=0.0499384;REFB=0;REVB=0.0105989;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144876;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr13 49794650 . C A 811.73 PASS AF=0.447368;AO=85;DP=190;FAO=85;FDP=190;FR=.;FRO=105;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.00360286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.608;QD=17.089;RBI=0.00451622;REFB=-0.0211955;REVB=0.00272317;RO=104;SAF=37;SAR=48;SRF=59;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130567;STB=0.569857;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0227518;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:104:105:85:85:0.447368:48:37:59:45:48:37:59:46 chr13 49840024 . A G 1673.27 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.48;QD=59.7595;RBI=0.0316295;REFB=0;REVB=0.0311399;RO=3;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190113;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:3:0:108:112:1:45:63:0:3:49:63:0:0 chr13 49866869 . G C 522.47 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=151;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.00028848;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4214;QD=14.026;RBI=0.0149717;REFB=-0.010529;REVB=-0.0149689;RO=82;SAF=29;SAR=31;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142501;STB=0.593337;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0215285;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:149:82:89:60:60:0.402685:31:29:51:31:31:29:57:32 chr13 50008301 . A G 1400.14 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00239366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.937;QD=61.5445;RBI=0.012063;REFB=-0.0600176;REVB=0.0118232;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-8.9407e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:44:46:0:0:44:46:0:1 chr13 50050620 . A G 825.77 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320413;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9851;QD=55.0511;RBI=0.0864296;REFB=-0.0710246;REVB=0.080271;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00535093;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:60:1:0:57:60:1:29:28:1:0:30:30:0:0 chr13 50057097 . G A 651.07 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.722;QD=62.0063;RBI=0.077838;REFB=0;REVB=-0.0772911;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000876019;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr13 50057633 . A G 1583.33 PASS AF=0.545455;AO=149;DP=278;FAO=150;FDP=275;FR=.;FRO=125;FSAF=97;FSAR=53;FSRF=72;FSRR=53;FWDB=0.00613629;FXX=0.010791;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.364;QD=23.0303;RBI=0.0290258;REFB=-0.032329;REVB=0.0283697;RO=123;SAF=97;SAR=52;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587789;STB=0.534431;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.024476;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:275:123:125:149:150:0.545455:52:97:72:51:53:97:72:53 chr13 50080847 . A G 669.92 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.243;QD=62.3185;RBI=0.08732;REFB=0;REVB=0.0154524;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857364;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr13 50106550 . GA G 165.48 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197709;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2489;QD=44.1288;RBI=0.026806;REFB=0;REVB=-0.0181017;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000746573;OID=.;OPOS=50106551;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:7:7:0:0 chr13 50106584 . G A 191.38 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.794;QD=47.8448;RBI=0.0291398;REFB=0;REVB=0.00762408;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01629e-05;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr13 50123622 . G C 1566.96 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3143;QD=63.9574;RBI=0.0234257;REFB=0;REVB=0.00614078;RO=0;SAF=70;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61357e-05;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:28:70:0:0:28:70:0:0 chr13 50126382 . G A 191.47 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3574;QD=47.8683;RBI=0.0754422;REFB=0;REVB=0.0708789;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173825;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr13 50141345 . G A 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030504;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.099;QD=60.5553;RBI=0.034548;REFB=0;REVB=0.0162195;RO=0;SAF=17;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.40036e-05;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:57:17:0:0:57:17:0:0 chr13 50205025 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00898934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.87;QD=21.5108;RBI=0.00984408;REFB=-0.0344407;REVB=0.00401217;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831478;STB=0.546718;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0290851;OID=.;OPOS=50205025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:10:9:12:9:10:9 chr13 50205979 . GAAAAA AAAAAA,AGAAAA,GAAAA,GAAAAAC 344.89 PASS AF=0,0.0176991,0.318584,0.283186;AO=8,5,22,22;DP=116;FAO=0,2,36,32;FDP=113;FR=.;FRO=43;FSAF=0,2,21,17;FSAR=0,0,15,15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00139182,0.0798327,0.280436,-0.00259156;FXX=0.0423693;HRUN=1,1,10,0;LEN=1,2,1,1;MLLD=161.304,9.86666,4.69436,221.235;QD=12.2085;RBI=0.0116317,0.0827399,0.28047,0.0114958;REFB=0.00303376,-0.124147,-0.170684,-0.0130609;REVB=-0.0115481,0.02174,-0.00435472,-0.0111999;RO=36;SAF=8,5,11,11;SAR=0,0,11,11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.724135,0.647686,0.0596837,0.0596837;STB=0.5,0.99428,0.514031,0.515497;STBP=1,0.202,0.848,0.836;TYPE=snp,mnp,del,ins;VARB=0,0.0924141,0.165674,0.00369383;OID=.,.,.,.;OPOS=50205979,50205979,50205980,50205985;OREF=G,GA,A,-;OALT=A,AG,-,C;OMAPALT=AAAAAA,AGAAAA,GAAAA,GAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:99:116:113:36:43:8,5,22,22:0,2,36,32:0,0.0176991,0.318584,0.283186:0,0,11,11:8,5,11,11:16:20:0,0,15,15:0,2,21,17:24:19 chr13 50206328 . G C 340.12 PASS AF=0.335938;AO=41;DP=126;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0027047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.803;QD=10.6289;RBI=0.0259716;REFB=-0.0135731;REVB=0.0258304;RO=85;SAF=27;SAR=14;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296975;STB=0.505261;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0189126;OID=.;OPOS=50206328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:85:85:41:43:0.335938:14:27:54:31:16:27:54:31 chr13 50207133 . A G 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0249637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.208;QD=9.18375;RBI=0.0358527;REFB=-0.0161937;REVB=-0.0257338;RO=48;SAF=16;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257849;STB=0.661003;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.025279;OID=.;OPOS=50207133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:6:16:25:23:6:16:25:24 chr13 50273831 . T C 270.76 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0354591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7904;QD=16.9226;RBI=0.0394789;REFB=-0.00244634;REVB=0.017356;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523878;STB=0.529392;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00313534;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:14:16:20:14:14:16:20:14 chr13 50273970 . C T 204.22 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0334793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3141;QD=12.5673;RBI=0.0384617;REFB=-0.00290351;REVB=-0.0189325;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621123;STB=0.573563;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00523651;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:40:25:25:0.384615:9:16:21:15:9:16:21:19 chr13 50283819 . T C 511.64 PASS AF=0.466102;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0148683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.008;QD=17.3438;RBI=0.0149032;REFB=-0.0377015;REVB=0.00101938;RO=62;SAF=29;SAR=26;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476935;STB=0.506648;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0396247;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:63:55:55:0.466102:26:29:33:29:26:29:34:29 chr13 50296115 . C T 718.98 PASS AF=1;AO=43;DP=56;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.422;QD=56.3907;RBI=0.0364312;REFB=0;REVB=-0.0202532;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011352;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:51:0:0:43:51:1:14:29:0:0:15:36:0:0 chr13 50296116 . G T 74.72 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=58;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0367573;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.5887;QD=5.0657;RBI=0.0639034;REFB=-0.000920637;REVB=0.0522738;RO=47;SAF=9;SAR=2;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250496;STB=0.686666;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000382415;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:47:47:11:12:0.20339:2:9:31:16:2:10:31:16 chr13 50587718 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.163;QD=39.2066;RBI=0.0256389;REFB=0;REVB=0.0142693;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91812e-05;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr13 50588490 . T C 189.27 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00862262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0579;QD=30.2832;RBI=0.139019;REFB=-0.0982101;REVB=0.138752;RO=5;SAF=17;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210983;STB=0.596365;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0536224;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:25:25:5:7:18:18:0.72:1:17:4:1:1:17:6:1 chr13 50588492 . T C 374.43 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0527733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9611;QD=49.9245;RBI=0.0673477;REFB=-0.0576365;REVB=0.0418413;RO=2;SAF=26;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344825;STB=0.518506;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00523797;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:2:26:2:0:2:26:2:0 chr13 50588494 . T C 391.86 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.043818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7869;QD=50.562;RBI=0.0540583;REFB=-0.0417462;REVB=-0.0316588;RO=1;SAF=27;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016949;STB=0.517845;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00310682;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:2:27:1:0:2:27:2:0 chr13 50588496 . T C 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0601392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3782;QD=55.5157;RBI=0.0606339;REFB=-0.142266;REVB=0.00772948;RO=0;SAF=31;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05502e-08;STB=0.507932;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0081378;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:2:31:0:0:2:31:1:0 chr13 50590423 . G A,C 1038.81 PASS AF=0.027027,0.945946;AO=3,69;DP=74;FAO=2,70;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=2,51;FSAR=0,19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0169866,0.0641543;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.6958,96.3159;QD=56.1519;RBI=0.0386238,0.0720047;REFB=-0.0286359,-0.148597;REVB=0.034688,0.0326941;RO=2;SAF=3,50;SAR=0,19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0185343;STB=0.5,0.509613;STBP=1,0.406;TYPE=snp,snp;VARB=0.116322,0.00108546;OID=.,.;OPOS=50590423,50590423;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:74:74:2:2:3,69:2,70:0.027027,0.945946:0,19:3,50:2:0:0,19:2,51:2:0 chr13 50591480 . T C 546.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522623;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.122;QD=60.7475;RBI=0.0824109;REFB=0;REVB=0.082245;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344969;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr13 50656582 . T A 3012.95 PASS AF=1;AO=190;DP=192;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000657774;FXX=0.0155432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.909;QD=63.4306;RBI=0.0387304;REFB=-0.0541718;REVB=0.0387248;RO=0;SAF=93;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56973e-05;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:192:190:0:0:190:190:1:97:93:0:0:97:93:0:0 chr13 51387124 . A G 559.63 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0256375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5017;QD=19.1327;RBI=0.0279675;REFB=0.00194489;REVB=0.0111758;RO=59;SAF=39;SAR=18;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662099;STB=0.51665;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0014683;OID=.;OPOS=51387124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:57:58:0.495726:18:39:40:19:18:40:39:20 chr13 51417535 . G A 51.33 PASS AF=0.7;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.169075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.555;QD=20.5331;RBI=0.171361;REFB=0.00150285;REVB=0.0279005;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754681;STB=0.599677;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00218164;OID=.;OPOS=51417535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:6:7:0.7:6:0:1:2:6:1:1:2 chr13 51594741 . T G 613.22 PASS AF=0.545455;AO=44;DP=100;FAO=54;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00257939;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7012;QD=24.7763;RBI=0.0122112;REFB=-0.00679504;REVB=0.0119357;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124087;STB=0.539718;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0355565;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:34:40:44:54:0.545455:19:25:14:20:26:28:17:23 chr13 51603768 . T C 461.6 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0194163;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.001;QD=20.982;RBI=0.0195813;REFB=-0.0175045;REVB=0.00253671;RO=43;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211808;STB=0.521327;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0167963;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:43:45:0.511364:24:19:20:23:26:19:20:23 chr13 51918558 . G A 648.73 PASS AF=0.471429;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=140;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0112839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3557;QD=18.5351;RBI=0.0375247;REFB=-0.0122936;REVB=-0.0357879;RO=74;SAF=34;SAR=32;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144518;STB=0.50801;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0117442;OID=.;OPOS=51918558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:74:66:66:0.471429:32:34:37:37:32:34:37:37 chr13 51997199 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00523435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.36;QD=15.6192;RBI=0.00542491;REFB=0.00486006;REVB=-0.00142522;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00521323;OID=.;OPOS=51997199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:12:13:8:10:12:13 chr13 52440130 . A G 504.78 PASS AF=0.692308;AO=45;DP=65;FAO=45;FDP=65;FR=.;FRO=20;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00594869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.342;QD=31.0636;RBI=0.0350872;REFB=-0.00533138;REVB=-0.0345793;RO=20;SAF=34;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176264;STB=0.595948;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00208713;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:20:45:45:0.692308:11:34:10:10:11:34:10:10 chr13 52515354 . A G 708.26 PASS AF=0.493333;AO=53;DP=135;FAO=74;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0551788;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.896;QD=18.887;RBI=0.0563433;REFB=-0.0111906;REVB=0.0113957;RO=71;SAF=28;SAR=25;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933942;STB=0.544071;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0139311;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:150:71:75:53:74:0.493333:25:28:31:40:33:41:35:40 chr13 52515982 . A AAC 557.84 PASS AF=0.41958;AO=56;DP=153;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.00334064;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=2;MLLD=274.347;QD=15.6038;RBI=0.00601508;REFB=-0.0145625;REVB=-0.00500214;RO=96;SAF=27;SAR=29;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198304;STB=0.525642;STBP=0.594;TYPE=ins;VARB=0.0211489;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41958:56:153:60:143:83:27:33:41:42:99:96:27:29:48:48 chr13 52523808 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=2.20022e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.646;QD=13.6997;RBI=0.0118621;REFB=-0.0136694;REVB=-0.0118621;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179866;STB=0.604056;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0215125;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:20:10:9:9:20:10 chr13 52524488 . T C 151.09 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.05158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3293;QD=8.394;RBI=0.0646521;REFB=0.00483264;REVB=-0.0389794;RO=51;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.600224;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.0235668;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:51:21:21:0.291667:16:5:18:33:16:5:18:33 chr13 52544805 . C G 488.84 PASS AF=0.381579;AO=58;DP=153;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0238493;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6434;QD=12.8642;RBI=0.0294729;REFB=0.00911695;REVB=0.0173165;RO=93;SAF=32;SAR=26;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319369;STB=0.514255;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0151091;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:93:94:58:58:0.381579:26:32:54:39:26:32:54:40 chr13 52548140 . A C 439.16 PASS AF=0.34375;AO=54;DP=155;FAO=55;FDP=160;FR=.;FRO=105;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.01824;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6123;QD=10.9791;RBI=0.0602418;REFB=0.00724836;REVB=0.0574141;RO=94;SAF=40;SAR=14;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136507;STB=0.60899;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00669689;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:160:94:105:54:55:0.34375:14:40:60:34:15:40:61:44 chr13 52603194 . G T 561.85 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0178251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.865;QD=16.2855;RBI=0.0178544;REFB=-0.00441978;REVB=-0.00102193;RO=74;SAF=31;SAR=29;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640728;STB=0.541451;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00464233;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:74:78:60:60:0.434783:29:31:43:31:29:31:46:32 chr13 52603775 . C T 155.49 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0147129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5136;QD=15.1697;RBI=0.0275461;REFB=-0.0122594;REVB=-0.0232877;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30138;STB=0.690402;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0354171;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:16:17:0.414634:9:7:17:6:10:7:18:6 chr13 52605362 . T A 45.69 PASS AF=0.229167;AO=9;DP=44;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0503253;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.1503;QD=3.80738;RBI=0.0503422;REFB=-0.0810696;REVB=-0.00130332;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.714109;STB=0.942769;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.25578;OID=.;OPOS=52605362;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:44:48:34:37:9:11:0.229167:8:1:27:7:10:1:29:8 chr13 52605675 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00163621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.814;QD=11.4398;RBI=0.0368419;REFB=-0.0110438;REVB=-0.0368055;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.728627;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.012078;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:6:8:2:7:6:8 chr13 52607169 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0121469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.306;QD=17.0332;RBI=0.0210474;REFB=-0.0144986;REVB=0.0171885;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265659;STB=0.654566;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0174229;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:14:8:3:15:14:8 chr13 52971893 . G A 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00317005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.161;QD=18.1173;RBI=0.037071;REFB=0.0095907;REVB=0.0369352;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859637;STB=0.565962;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0226626;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:11:8:6:12:11:9 chr13 53035783 . T C 688.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.803;QD=62.5699;RBI=0.0351072;REFB=0;REVB=-0.0330931;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615939;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr13 53035925 . A G 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.758;QD=59.8282;RBI=0.0779659;REFB=0;REVB=0.0209714;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342132;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr13 53050479 . G A 354.92 PASS AF=0.346457;AO=44;DP=127;FAO=44;FDP=127;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.078431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4467;QD=11.1786;RBI=0.0907061;REFB=-0.0202187;REVB=-0.0455652;RO=83;SAF=24;SAR=20;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518177;STB=0.52974;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0320487;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:83:83:44:44:0.346457:20:24:49:34:20:24:49:34 chr13 53422553 . A G 507.55 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00216463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2319;QD=25.0644;RBI=0.0873291;REFB=-0.0512148;REVB=-0.0873023;RO=32;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627935;STB=0.52321;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0290663;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:32:33:47:48:0.592593:26:21:17:15:26:22:17:16 chr13 53608632 . C T 814.05 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016699;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.63;QD=56.1417;RBI=0.0174426;REFB=-0.0575912;REVB=-0.00503869;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305565;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:1:0:57:58:1:30:27:1:0:30:28:0:0 chr13 55748673 . T C 2384.91 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5126;QD=63.5976;RBI=0.106362;REFB=0;REVB=0.101033;RO=0;SAF=82;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298882;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:150:0:0:148:150:1:66:82:0:0:67:83:0:0 chr13 60324979 . G A 526.4 PASS AF=0.522936;AO=46;DP=99;FAO=57;FDP=109;FR=.;FRO=52;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0225822;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0163;QD=19.3172;RBI=0.0557817;REFB=-0.0402579;REVB=0.0510063;RO=52;SAF=35;SAR=11;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26491;STB=0.574585;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0344417;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:109:52:52:46:57:0.522936:11:35:27:25:20:37:26:26 chr13 60348377 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00323054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.197;QD=13.6309;RBI=0.075255;REFB=-0.0332849;REVB=-0.0751857;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0160161;OID=.;OPOS=60348377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:6:3:2:6:6:3 chr13 60385058 . C CTAT 96.78 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0111386;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.887;QD=10.1878;RBI=0.0222745;REFB=-0.017474;REVB=-0.0192895;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840597;STB=0.509787;STBP=0.971;TYPE=ins;VARB=0.0103994;OID=.;OPOS=60385059;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:12:42:12:38:26:8:4:17:9:96:30:8:4:18:12 chr13 61057936 . A G 433.8 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=0.0624197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.05;QD=13.8816;RBI=0.0653047;REFB=-0.00950798;REVB=-0.0191959;RO=74;SAF=30;SAR=20;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644538;STB=0.532881;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0148704;OID=.;OPOS=61057936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:20:30:40:34:20:30:41:34 chr13 61986918 . C A 684.88 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0274067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3889;QD=50.7322;RBI=0.0371493;REFB=0.025642;REVB=-0.0250788;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.545436;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0200956;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:0:3:51:51:0.944444:15:36:0:0:15:36:0:3 chr13 62232195 . A ATGATCCC 75.51 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0100785;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=313.921;QD=12.0818;RBI=0.0100786;REFB=-0.0130643;REVB=-4.51653e-05;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=ins;VARB=0.0199806;OID=.;OPOS=62232196;OREF=-;OALT=TGATCCC;OMAPALT=ATGATCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:9:25:10:25:15:5:5:6:9:75:15:4:5:6:9 chr13 64413891 . T A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0359917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.584;QD=10.0752;RBI=0.0558143;REFB=0.00305886;REVB=-0.0426596;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00435509;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr13 64415080 . AG A,GA,TA 132.71 PASS AF=0.209877,0.148148,0;AO=26,12,3;DP=79;FAO=17,12,0;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=16,12,0;FSAR=1,0,0;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.112076,-0.0293599,-0.012771;FXX=0.0121936;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,2;MLLD=8.36969,80.476,25.7609;QD=6.55376;RBI=0.142176,0.0369987,0.0776485;REFB=-0.173945,-0.0165347,-0.082284;REVB=0.0874817,-0.0225143,0.0765911;RO=35;SAF=23,12,3;SAR=3,0,0;SRF=20;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.449718,0.750346,0.496219;STB=0.874429,0.998855,0.5;STBP=0.006,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.188586,0.140649,0;OID=.,.,.;OPOS=64415081,64415080,64415080;OREF=G,AG,AG;OALT=-,GA,TA;OMAPALT=A,GA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:79:81:35:52:26,12,3:17,12,0:0.209877,0.148148,0:3,0,0:23,12,3:20:15:1,0,0:16,12,0:32:20 chr13 64415125 . AT AC,CA 35.71 PASS AF=0.0588235,0.0980392;AO=3,4;DP=52;FAO=3,5;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2,4;FSAR=1,1;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.01359,-0.0283566;FXX=0.0192271;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=135.083,86.8189;QD=2.80061;RBI=0.0542943,0.0469965;REFB=-0.00209516,-0.000914397;REVB=-0.052566,-0.0374777;RO=40;SAF=2,4;SAR=1,0;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00918415,0.503996;STB=0.516021,0.665928;STBP=0.955,0.558;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0613282,0.0486752;OID=.,.;OPOS=64415126,64415125;OREF=T,AT;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:52:51:40:43:3,4:3,5:0.0588235,0.0980392:1,0:2,4:27:13:1,1:2,4:28:15 chr13 67800935 . GTC ATC,CAT 1256.91 PASS AF=0.87963,0;AO=88,4;DP=109;FAO=95,0;FDP=108;FR=.;FRO=13;FSAF=54,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0.0111316,-0.0212055;FXX=0.00917347;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=109.92,74.2201;QD=46.5522;RBI=0.018309,0.0280424;REFB=-0.0967743,-0.0642394;REVB=-0.0145363,-0.0183495;RO=13;SAF=47,4;SAR=41,0;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128997,0.848349;STB=0.568407,0.5;STBP=0,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0127448,0;OID=.,.;OPOS=67800935,67800935;OREF=G,GTC;OALT=A,CAT;OMAPALT=ATC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:109:108:13:13:88,4:95,0:0.87963,0:41,0:47,4:0:13:41,0:54,0:0:13 chr13 67802339 . A T 2034.52 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.935;QD=60.7318;RBI=0.0221297;REFB=-0.0477086;REVB=0.0126047;RO=2;SAF=80;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314801;STB=0.501656;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.000399296;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:52:80:1:1:52:80:1:1 chr13 70681598 . T C 360.86 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00758396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.391;QD=15.0356;RBI=0.0140443;REFB=-0.0314321;REVB=-0.0118206;RO=55;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350259;STB=0.500846;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0276612;OID=.;OPOS=70681598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:55:57:38:39:0.40625:14:24:33:22:15:24:35:22 chr13 73280182 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.438;QD=61.336;RBI=0.0349898;REFB=0;REVB=0.0336792;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130839;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr13 73301655 . A C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.69;QD=58.4197;RBI=0.0255304;REFB=0;REVB=0.021561;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42463e-05;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:18:45:0:0:18:45:0:0 chr13 73301728 . T C 410.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0918;QD=56.557;RBI=0.029008;REFB=0;REVB=-0.0250764;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619469;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr13 73319171 . T C 273.84 PASS AF=0.303279;AO=37;DP=122;FAO=37;FDP=122;FR=.;FRO=85;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=32;FWDB=-0.0100378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.049;QD=8.97827;RBI=0.0291486;REFB=-0.0159743;REVB=-0.0273657;RO=83;SAF=15;SAR=22;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270655;STB=0.648665;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0559897;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:83:85:37:37:0.303279:22:15:53:30:22:15:53:32 chr13 73329358 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.191;QD=59.0161;RBI=0.00901439;REFB=0;REVB=0.00251873;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12215e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr13 73343039 . C T 698.74 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.235;QD=60.7599;RBI=0.0431335;REFB=-0.00635719;REVB=-0.0184373;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178422;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr13 73349359 . G C 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.475;QD=62.1618;RBI=0.0379742;REFB=0;REVB=0.0273521;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162934;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr13 73369642 . A G 1698.29 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289973;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1544;QD=60.6533;RBI=0.0547715;REFB=0;REVB=0.0464659;RO=0;SAF=46;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169061;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:66:46:0:0:66:46:0:0 chr13 73649915 . GC CG,G 447.29 PASS AF=0,0.6125;AO=5,41;DP=80;FAO=0,49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=0,47;FSAR=0,2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0649112,-0.0528185;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=20.5812,18.3624;QD=22.3643;RBI=0.14104,0.234831;REFB=0.0597049,-0.00843129;REVB=0.125215,0.228814;RO=32;SAF=5,41;SAR=0,0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.619554,0.860131;STB=0.5,0.84411;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0236401;OID=.,.;OPOS=73649915,73649916;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:80:80:32:31:5,41:0,49:0,0.6125:0,0:5,41:18:14:0,2:0,47:18:13 chr13 73650111 . AC A,AA 453.55 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=11,24;DP=35;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456561,0.045731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=311.02,315.026;QD=56.6934;RBI=0.064382,0.0631527;REFB=0,0;REVB=0.0453934,0.0435538;RO=0;SAF=6,16;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0174326,0.00112388;OID=.,.;OPOS=73650112,73650112;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:11,24:35:1,31:32:0:1,19:0,12:0:0:8:0:6,16:5,8:0:0 chr13 73650117 . G A 572.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.72;QD=60.2601;RBI=0.0265938;REFB=0;REVB=0.0136906;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02864e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr13 74863339 . C A,T 742.03 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737154,0.00498702;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=182.951,19.3297;QD=56.0027;RBI=0.0240221,0.0309668;REFB=0,0;REVB=-0.0228631,-0.0305626;RO=0;SAF=31,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.13361e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000224132,0.0723547;OID=.,.;OPOS=74863339,74863339;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:20,2:31,0:0:0:20,2:31,0:0:0 chr13 74988714 . C T 6850.94 PASS AF=0.928571;AO=468;DP=504;FAO=468;FDP=504;FR=.;FRO=36;FSAF=313;FSAR=155;FSRF=2;FSRR=34;FWDB=0.0342119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.041;QD=54.3726;RBI=0.0343094;REFB=-0.0903935;REVB=0.00258384;RO=3;SAF=313;SAR=155;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459669;STB=0.547839;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00223828;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:504:504:3:36:468:468:0.928571:155:313:1:2:155:313:2:34 chr13 75814018 . C T 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.294;QD=60.2141;RBI=0.0497361;REFB=0;REVB=0.0496704;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26618e-05;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr13 75814349 . A T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0336002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.395;QD=10.4293;RBI=0.0336003;REFB=-0.0125876;REVB=4.79334e-05;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06775;STB=0.554715;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.025419;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:9:5:12:17:9:5:13:17 chr13 75814384 . C T 378.85 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0360299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.116;QD=29.1426;RBI=0.0523782;REFB=-0.002493;REVB=-0.0380173;RO=17;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624883;STB=0.534084;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00117704;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:22:13:8:9:22:13:8:9 chr13 75876389 . G A 667.45 PASS AF=0.455696;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=26;FWDB=-0.0194059;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.984;QD=16.8976;RBI=0.030838;REFB=-0.00308352;REVB=0.0239665;RO=89;SAF=45;SAR=27;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052948;STB=0.543092;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00336669;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:158:89:86:72:72:0.455696:27:45:60:29:27:45:60:26 chr13 75884216 . C T 1072.6 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731167;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0908;QD=57.2051;RBI=0.074458;REFB=-0.0376974;REVB=-0.0140692;RO=0;SAF=16;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368735;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:75:0:0:70:75:1:54:16:0:0:54:21:0:0 chr13 75936519 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=347.462;QD=59.8394;RBI=0.0205568;REFB=0;REVB=0.0203172;RO=0;SAF=28;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14082e-05;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:8:28:0:0:8:28:0:0 chr13 76055820 . G C 900.33 PASS AF=0.587413;AO=79;DP=138;FAO=84;FDP=143;FR=.;FRO=59;FSAF=69;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=-0.0571684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.6434;QD=25.184;RBI=0.059322;REFB=0.0158533;REVB=-0.0158391;RO=59;SAF=64;SAR=15;SRF=48;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439179;STB=0.517065;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.011931;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:59:59:79:84:0.587413:15:64:48:11:15:69:47:12 chr13 76124151 . C T 1472.82 PASS AF=1;AO=99;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130422;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5286;QD=57.1969;RBI=0.142207;REFB=-0.0629747;REVB=-0.0566841;RO=3;SAF=39;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296761;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:104:103:3:0:99:103:1:60:39:3:0:60:43:0:0 chr13 76378459 . T C 2424.65 PASS AF=0.975758;AO=161;DP=167;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0217111;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.876;QD=58.7795;RBI=0.0343433;REFB=-0.122886;REVB=0.02661;RO=2;SAF=90;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132128;STB=0.50145;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00055317;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:167:165:2:4:161:161:0.975758:71:90:0:2:71:90:2:2 chr13 76709108 . G A 614.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.85;QD=61.445;RBI=0.0520211;REFB=0;REVB=0.0470847;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012527;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:10:28:0:0:12:28:0:0 chr13 76709223 . C A 1787.35 PASS AF=0.945736;AO=75;DP=129;FAO=122;FDP=129;FR=.;FRO=7;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0195429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5538;QD=55.4218;RBI=0.0272679;REFB=0.0142166;REVB=0.0190162;RO=2;SAF=71;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187419;STB=0.524287;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00299375;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:129:129:2:7:75:122:0.945736:4:71:0:2:51:71:1:6 chr13 77458008 . C G 490.29 PASS AF=0.589744;AO=45;DP=80;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.021013;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7599;QD=25.1432;RBI=0.0210142;REFB=0.0125492;REVB=-0.000223202;RO=31;SAF=24;SAR=21;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208724;STB=0.620718;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00602799;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:31:32:45:46:0.589744:21:24:25:6:22:24:26:6 chr13 77570078 . T G 571.67 PASS AF=0.58427;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00583217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.911;QD=25.6928;RBI=0.0256322;REFB=-0.0101973;REVB=0.0249599;RO=37;SAF=32;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591636;STB=0.532362;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00577552;OID=.;OPOS=77570078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:52:52:0.58427:20:32:20:17:20:32:20:17 chr13 77738664 . A G 555.62 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0281355;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.732;QD=27.4382;RBI=0.033201;REFB=-0.0151224;REVB=-0.0176267;RO=31;SAF=27;SAR=23;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168476;STB=0.509177;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00991464;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:31:31:50:50:0.617284:23:27:16:15:23:27:16:15 chr13 77751892 . C T 352.89 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.010025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.052;QD=15.8604;RBI=0.0132733;REFB=-0.0160721;REVB=-0.00869931;RO=50;SAF=20;SAR=18;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638574;STB=0.501778;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0307921;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:18:20:26:24:18:20:27:24 chr13 78146301 . C T 2172.12 PASS AF=0.979021;AO=140;DP=143;FAO=140;FDP=143;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0819724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5853;QD=60.7586;RBI=0.0837396;REFB=-0.0388962;REVB=-0.0171128;RO=2;SAF=68;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137771;STB=0.503798;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00287275;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:143:143:2:3:140:140:0.979021:72:68:2:0:72:68:2:1 chr13 78192207 . T C 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0163249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.824;QD=19.0165;RBI=0.0235223;REFB=0.000328048;REVB=0.016935;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298867;STB=0.6738;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=1.92448e-05;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:9:5:2:13:9:5 chr13 78216873 . A G 383.71 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.018824;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.575;QD=17.2452;RBI=0.0203619;REFB=-0.0109421;REVB=-0.00776284;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163107;STB=0.591346;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0188775;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:49:49:40:40:0.449438:17:23:20:29:17:23:20:29 chr13 78338016 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.74;QD=57;RBI=0.0548207;REFB=0;REVB=0.0198609;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155066;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr13 78475313 . T C 296.94 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00763367;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.094;QD=17.9962;RBI=0.0116408;REFB=0.000580203;REVB=0.00878839;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141225;STB=0.578998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000267164;OID=.;OPOS=78475313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:19:13:19:15:19:13:19:15 chr13 78477674 . A G 1342.95 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020195;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.665;QD=62.4628;RBI=0.0307229;REFB=0;REVB=-0.0231529;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36615e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr13 78521666 . C G 489.6 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0163577;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.957;QD=21.7599;RBI=0.0220783;REFB=-0.024795;REVB=-0.0148282;RO=42;SAF=24;SAR=23;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725818;STB=0.545005;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0197943;OID=.;OPOS=78521666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:43:47:47:0.522222:23:24:25:17:23:24:26:17 chr13 79174091 . T A 441.46 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00927583;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.297;QD=19.6205;RBI=0.021432;REFB=-0.00339663;REVB=-0.0193207;RO=46;SAF=25;SAR=19;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122697;STB=0.568151;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00281061;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:19:25:20:26:19:25:20:26 chr13 79188534 . T A 960.74 PASS AF=0.556886;AO=91;DP=165;FAO=93;FDP=167;FR=.;FRO=74;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00336263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.044;QD=23.0117;RBI=0.00569707;REFB=-0.0226292;REVB=0.00459884;RO=73;SAF=57;SAR=34;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670303;STB=0.532319;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0142541;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:73:74:91:93:0.556886:34:57:40:33:35:58:41:33 chr13 79194750 . TGA T 227.01 PASS AF=0.415385;AO=22;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00802771;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=288.559;QD=13.9696;RBI=0.0093148;REFB=-0.0116297;REVB=0.00472454;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225534;STB=0.51514;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.0151511;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385:22:67:27:65:38:17:10:23:15:99:36:13:9:22:14 chr13 79940811 . T C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0139955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.734;QD=14.1699;RBI=0.0319199;REFB=-0.00841532;REVB=-0.0286881;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00854085;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:7:5:4:6:7:5 chr13 80910786 . C A 945.24 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2953;QD=58.1688;RBI=0.0781828;REFB=0;REVB=-0.0704564;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189137;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr13 80910792 . T G 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0163369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.852;QD=21.3985;RBI=0.0170544;REFB=0.0126054;REVB=0.00489453;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140027;STB=0.577314;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00709852;OID=.;OPOS=80910792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:18:10:18:16:18:10 chr13 80910851 . A C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000894971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.729;QD=16.5276;RBI=0.00365462;REFB=-0.00325864;REVB=-0.00354334;RO=25;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269393;STB=0.647488;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00367063;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:29:25:25:0.462963:5:20:14:11:5:20:17:12 chr13 80911525 . G A 378.09 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00602694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.884;QD=18.9044;RBI=0.00904888;REFB=-0.0274172;REVB=-0.00674969;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230179;STB=0.512814;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0258293;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:19:20:20:21:19:20:20:21 chr13 86367009 . C A 890.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.628;QD=57.4394;RBI=0.0430519;REFB=0;REVB=0.0416155;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111632;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:62:0:0:55:62:1:30:25:0:0:34:28:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT 346.5 PASS AF=1,0;AO=25,3;DP=34;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722783,-0.148632;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=14.5805,6.58715;QD=41.9997;RBI=0.0811047,0.157283;REFB=-0.0686799,0.00143825;REVB=0.0367943,-0.051444;RO=2;SAF=17,2;SAR=8,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0280356,0.111102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000922393,0;OID=.,.;OPOS=86367974,86367978;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:25,3:34:33,0:33:0:22,0:11,0:0:0:3:2:17,2:8,1:1:1 chr13 86369120 . C T 805.08 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.692;QD=55.5228;RBI=0.0159942;REFB=0;REVB=0.0101348;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530382;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:28:25:0:0:28:30:0:0 chr13 88331241 . T TTGTA 250.04 PASS AF=0.84;AO=20;DP=26;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0343388;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=4;MLLD=306.523;QD=40.0058;RBI=0.0376003;REFB=-0.0236728;REVB=0.0153174;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620899;STB=0.529384;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=0.00521891;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:20:26:21:25:4:9:12:1:3:22:4:9:11:1:3 chr13 91434105 . G C 679.68 PASS AF=0.659091;AO=58;DP=88;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00692455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.428;QD=30.8945;RBI=0.01334;REFB=-0.0405465;REVB=0.011402;RO=30;SAF=40;SAR=18;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058105;STB=0.531386;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0162817;OID=.;OPOS=91434105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:30:30:58:58:0.659091:18:40:23:7:18:40:23:7 chr13 92345579 . C T 535.64 PASS AF=0.393333;AO=59;DP=150;FAO=59;FDP=150;FR=.;FRO=91;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0232124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.608;QD=14.2838;RBI=0.0763921;REFB=-0.0180045;REVB=-0.0727801;RO=90;SAF=35;SAR=24;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199332;STB=0.513999;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0245546;OID=.;OPOS=92345579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:91:59:59:0.393333:24:35:55:35:24:35:56:35 chr13 95097956 . C T 294.66 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0909272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5362;QD=17.5917;RBI=0.0909857;REFB=0.00532019;REVB=0.00326386;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161987;STB=0.596957;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00399192;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:35:31:32:0.477612:16:15:11:24:16:16:11:24 chr13 95672950 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.236;QD=58.0584;RBI=0.0317492;REFB=0;REVB=0.0199206;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4211e-05;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr13 95673135 . C T 670.2 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00999839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2081;QD=50.5808;RBI=0.0172728;REFB=0.0034518;REVB=-0.0140848;RO=3;SAF=28;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115312;STB=0.506132;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00126582;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:22:28:2:1:22:28:2:1 chr13 95673938 . TA T,TG 1635.59 PASS AF=0.219298,0.780702;AO=24,85;DP=112;FAO=25,89;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=5,42;FSAR=20,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189287,0.00628283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.471,120.692;QD=57.3891;RBI=0.0379045,0.0412448;REFB=0,0;REVB=0.0378572,0.0407634;RO=0;SAF=5,41;SAR=19,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0159913,-0.00377345;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.219298,0.780702:24,85:112:25,89:114:0:5,42:20,47:0:0:99:0:5,41:19,44:0:0 chr13 95858978 . T C 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0288498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.454;QD=10.1486;RBI=0.029034;REFB=-0.00866349;REVB=0.00326534;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229564;STB=0.634027;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00733678;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:27:17:13:9:27:17 chr13 95858996 . T C 136.41 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0153382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.321;QD=10.9127;RBI=0.0212089;REFB=-0.00379929;REVB=0.0146477;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231028;STB=0.65982;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00690784;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:15:16:0.32:7:8:24:9:8:8:25:9 chr13 95861804 . A G 314.16 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0188967;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.583;QD=14.2798;RBI=0.0189934;REFB=-0.0126035;REVB=-0.00191458;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554755;STB=0.531537;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0189697;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:19:16:27:26:19:16:27:26 chr13 96506664 . A G 720.24 PASS AF=0.489933;AO=57;DP=152;FAO=73;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.0324086;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.686;QD=19.3353;RBI=0.0324134;REFB=-0.0168277;REVB=0.000557318;RO=76;SAF=13;SAR=44;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374182;STB=0.60219;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0180257;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:149:76:74:57:73:0.489933:44:13:43:33:47:26:41:33 chr13 96540141 . T C 4183.45 PASS AF=0.968198;AO=273;DP=282;FAO=274;FDP=283;FR=.;FRO=9;FSAF=135;FSAR=139;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00287131;FXX=0.003521;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5414;QD=59.1301;RBI=0.0278668;REFB=-0.031109;REVB=0.0277185;RO=9;SAF=136;SAR=137;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00348873;STB=0.501999;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00417099;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:282:283:9:9:273:274:0.968198:137:136:5:4:139:135:5:4 chr13 96540143 . T C 4438.15 PASS AF=1;AO=279;DP=282;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783638;FXX=0.0139855;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.48;QD=62.9526;RBI=0.0610003;REFB=-0.0994588;REVB=0.0604949;RO=2;SAF=140;SAR=139;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100996;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:282:282:2:0:279:282:1:139:140:0:2:142:140:0:0 chr13 96540204 . T G 1472.6 PASS AF=0.47205;AO=151;DP=321;FAO=152;FDP=322;FR=.;FRO=170;FSAF=66;FSAR=86;FSRF=71;FSRR=99;FWDB=0.00501937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.983;QD=18.2931;RBI=0.0164477;REFB=-0.0206895;REVB=0.0156631;RO=170;SAF=65;SAR=86;SRF=71;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125875;STB=0.508918;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.025267;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:170:170:151:152:0.47205:86:65:71:99:86:66:71:99 chr13 96638636 . A C 1591.17 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.069;QD=58.9322;RBI=0.0561623;REFB=-0.114716;REVB=0.0147447;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000149948;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:54:53:0:0:54:53:1:0 chr13 96821982 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000938067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.067;QD=57.7124;RBI=0.0254675;REFB=0;REVB=0.0254502;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02541e-05;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr13 97484830 . A G 598.12 PASS AF=0.412121;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0110222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.289;QD=14.4998;RBI=0.0144218;REFB=-0.0118946;REVB=-0.00930041;RO=97;SAF=44;SAR=24;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099967;STB=0.55621;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0151361;OID=.;OPOS=97484830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:97:97:68:68:0.412121:24:44:54:43:24:44:54:43 chr13 97489434 . T A 390.2 PASS AF=0.416667;AO=45;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.011918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.24;QD=14.4519;RBI=0.0287575;REFB=-0.0353733;REVB=0.0261717;RO=62;SAF=25;SAR=20;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106867;STB=0.564653;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0560247;OID=.;OPOS=97489434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:63:45:45:0.416667:20:25:28:34:20:25:28:35 chr13 97489457 . G A 1549.09 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=63.8798;RBI=0.0231626;REFB=0;REVB=-0.0165836;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.65381e-07;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr13 97639414 . C T 452.19 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0121879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.984;QD=19.449;RBI=0.0173766;REFB=-0.00302215;REVB=-0.0123856;RO=47;SAF=25;SAR=20;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779214;STB=0.547656;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00273955;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:20:25:30:17:20:25:31:17 chr13 97639879 . GA G 354.31 PASS AF=0.41;AO=40;DP=105;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.00659227;FXX=0.0476145;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.102;QD=14.1723;RBI=0.0144749;REFB=-0.0175396;REVB=0.0128866;RO=64;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984875;STB=0.570768;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0274759;OID=.;OPOS=97639880;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41:40:105:41:100:59:23:18:26:33:99:64:23:17:31:33 chr13 98045158 . A G 597.48 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.000628339;FXX=0.0307669;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7031;QD=18.9677;RBI=0.000806287;REFB=-0.0132239;REVB=0.000505261;RO=65;SAF=39;SAR=22;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155892;STB=0.586437;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0237443;OID=.;OPOS=98045158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:126:65:65:61:61:0.484127:22:39:31:34:22:39:31:34 chr13 98086992 . T C 275.21 PASS AF=0.347368;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0845992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0495;QD=11.5877;RBI=0.210998;REFB=-0.0566618;REVB=-0.193296;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127471;STB=0.625771;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0982571;OID=.;OPOS=98086992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:36:62:33:33:0.347368:10:23:29:7:10:23:32:30 chr13 98645253 . A G 223.97 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0177423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.199;QD=10.6652;RBI=0.0210542;REFB=-0.00801961;REVB=0.0113354;RO=56;SAF=18;SAR=10;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086201;STB=0.550323;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0149516;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:10:18:32:24:10:18:32:24 chr13 98829176 . T C 1190.13 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.81;QD=61.0322;RBI=0.0383151;REFB=0;REVB=0.00123936;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57441e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr13 98896776 . C T 308.26 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0165183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.296;QD=15.8081;RBI=0.0247935;REFB=-0.0183045;REVB=-0.0184895;RO=44;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803146;STB=0.545427;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0427014;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:10:24:28:16:10:24:28:16 chr13 99088006 . G A 491.73 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0121037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2106;QD=17.5619;RBI=0.0154197;REFB=-0.0143436;REVB=0.00955338;RO=58;SAF=30;SAR=23;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136787;STB=0.51264;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0272433;OID=.;OPOS=99088006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:59:53:53:0.473214:23:30:32:26:23:30:32:27 chr13 99088113 . C T 252.65 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0203441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6023;QD=15.0836;RBI=0.0332472;REFB=-0.0218003;REVB=-0.0262962;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463095;STB=0.514513;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0272901;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:16:12:18:20:16:13:18:20 chr13 99100547 . T C 588.53 PASS AF=0.390805;AO=68;DP=175;FAO=68;FDP=174;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.00476518;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.351;QD=13.5295;RBI=0.0114135;REFB=0.00303463;REVB=-0.0103712;RO=106;SAF=23;SAR=45;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220676;STB=0.624746;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00595918;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:106:106:68:68:0.390805:45:23:57:49:45:23:57:49 chr13 99112680 . C T 497.94 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172106;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9988;QD=56.9071;RBI=0.0219973;REFB=0;REVB=0.0136995;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150187;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:35:1:0:33:35:1:10:23:0:1:11:24:0:0 chr13 99324248 . T C 166.2 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247223;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.652;QD=47.4857;RBI=0.0255041;REFB=0;REVB=0.00626639;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875911;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr13 99324524 . T C 448.82 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00972883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8244;QD=37.4017;RBI=0.0612623;REFB=-0.037608;REVB=0.0604849;RO=13;SAF=20;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224848;STB=0.512188;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00922513;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:13:13:35:35:0.729167:15:20:8:5:15:20:8:5 chr13 99376181 . C T 563.09 PASS AF=0.543689;AO=49;DP=96;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00329831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.827;QD=21.8676;RBI=0.0588555;REFB=-0.00556634;REVB=0.058763;RO=47;SAF=26;SAR=23;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773084;STB=0.569334;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00575221;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:47:47:49:56:0.543689:23:26:29:18:30:26:29:18 chr13 99447005 . T C 2437.12 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0388;QD=61.3113;RBI=0.0255708;REFB=0;REVB=0.0173366;RO=0;SAF=84;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2443e-06;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:158:159:1:74:84:0:0:75:84:0:0 chr13 99448441 . T A 739.2 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.511;QD=56.8617;RBI=0.0111924;REFB=0;REVB=0.00903598;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18853e-06;OID=.;OPOS=99448441;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr13 99457431 . T G 899.7 PASS AF=0.447005;AO=94;DP=214;FAO=97;FDP=217;FR=.;FRO=120;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=0.01915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.64;QD=16.5842;RBI=0.0194796;REFB=-0.00163803;REVB=0.00356817;RO=118;SAF=60;SAR=34;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143128;STB=0.586086;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0020348;OID=.;OPOS=99457431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:217:118:120:94:97:0.447005:34:60:59:59:34:63:60:60 chr13 99853443 . T G 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.102;QD=54.5081;RBI=0.0339976;REFB=0;REVB=-0.0307238;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181983;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr13 99907214 . T C 556.15 PASS AF=0.391566;AO=65;DP=166;FAO=65;FDP=166;FR=.;FRO=101;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0100819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.08;QD=13.4012;RBI=0.0176259;REFB=-0.00760187;REVB=-0.0144578;RO=101;SAF=33;SAR=32;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504976;STB=0.528475;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0123432;OID=.;OPOS=99907214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:101:65:65:0.391566:32:33:56:45:32:33:56:45 chr13 100004108 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00355428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.003;QD=51.9158;RBI=0.0153614;REFB=0;REVB=-0.0149446;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195569;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr13 100188585 . A T 118.48 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0314716;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.148;QD=11.2837;RBI=0.0323664;REFB=-0.00385167;REVB=-0.00755807;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180161;STB=0.617286;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0084687;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:28:14:14:0.333333:6:8:11:16:6:8:11:17 chr13 100436131 . CAT C 1737.03 PASS AF=1;AO=106;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412629;FXX=0.0645109;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.487;QD=59.8976;RBI=0.0435224;REFB=0;REVB=0.013841;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00118889;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:115:116:116:0:54:62:0:0:10:0:52:54:0:0 chr13 100518580 . A G 1958.75 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237259;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7115;QD=61.211;RBI=0.0347335;REFB=-0.0716488;REVB=-0.0253672;RO=1;SAF=63;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736724;STB=0.503875;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000807557;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:1:1:127:127:0.992188:64:63:0:1:64:63:0:1 chr13 100537232 . T C 1659.39 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.532;QD=60.3413;RBI=0.0329564;REFB=0;REVB=0.0115011;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44118e-05;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:46:63:0:0:46:64:0:0 chr13 100809580 . T C 34.86 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00829857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.074;QD=2.24925;RBI=0.0152139;REFB=-0.00409973;REVB=0.0127513;RO=53;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107244;STB=0.555397;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0488929;OID=.;OPOS=100809580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:62:53:55:6:7:0.112903:3:3:26:27:3:4:28:27 chr13 100945533 . G A 1788.27 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.378;QD=60.1101;RBI=0.0253271;REFB=-0.0412276;REVB=-0.0151617;RO=1;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693398;STB=0.503649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=5.62501e-06;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:68:50:0:1:68:50:0:1 chr13 100959431 . C CT,T 33.05 PASS AF=0.434783,0;AO=3,6;DP=23;FAO=10,0;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0366519,0.00954705;FXX=0.0416493;HRUN=7,1;LEN=1,1;MLLD=8.74471,283.03;QD=5.74776;RBI=0.113121,0.0124914;REFB=-0.0817786,-0.00268481;REVB=-0.107019,-0.00805531;RO=14;SAF=2,4;SAR=1,2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0611145,-0.0606052;STB=0.555448,0.5;STBP=0.665,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0577114,0;OID=.,.;OPOS=100959432,100959431;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:23:14:13:3,6:10,0:0.434783,0:1,2:2,4:10:4:4,0:6,0:9:4 chr13 101184775 . G T 94.64 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0028383;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.983;QD=10.2315;RBI=0.00315729;REFB=-0.0275661;REVB=-0.00138293;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116255;STB=0.570018;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0419781;OID=.;OPOS=101184775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:13:12:7:5:13:12 chr13 101287365 . T C 818.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.921;QD=57.4245;RBI=0.0166752;REFB=0;REVB=-0.00282798;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76081e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:30:25:0:0:31:26:0:0 chr13 101287404 . G A 959.97 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00734348;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.719;QD=55.6503;RBI=0.0304729;REFB=-0.0897717;REVB=0.0295749;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295115;STB=0.50746;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000371624;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:69:69:2:1:67:68:0.985507:31:36:0:2:33:35:0:1 chr13 101289969 . C T 1122.83 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=75;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00775526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.543;QD=56.852;RBI=0.0246029;REFB=-0.154571;REVB=0.0233486;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00141262;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:79:1:1:73:78:0.987342:39:34:1:0:44:34:1:0 chr13 101720300 . T G 290.79 PASS AF=0.29771;AO=39;DP=131;FAO=39;FDP=131;FR=.;FRO=92;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=38;FWDB=0.00682589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.104;QD=8.87916;RBI=0.00683687;REFB=-0.00513716;REVB=-0.00038743;RO=92;SAF=23;SAR=16;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344387;STB=0.50202;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00913389;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:92:39:39:0.29771:16:23:54:38:16:23:54:38 chr13 101736075 . A G 199.84 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0431691;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3488;QD=9.51607;RBI=0.145199;REFB=0.0149928;REVB=-0.138633;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090774;STB=0.553464;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0387873;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:58:58:26:26:0.309524:11:15:29:29:11:15:29:29 chr13 102366825 . A G 593.35 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=48;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=10;FWDB=-0.0449968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5986;QD=20.6382;RBI=0.0488351;REFB=0.00212156;REVB=-0.0189777;RO=55;SAF=48;SAR=12;SRF=45;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251367;STB=0.513808;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00225213;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:12:48:45:10:12:48:45:10 chr13 102431351 . G C 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.197;QD=58.6114;RBI=0.0190127;REFB=-0.0715018;REVB=-0.0033545;RO=1;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185398;STB=0.509801;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00036167;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:25:47:0:1:25:48:0:1 chr13 102568965 . G A 44.19 PASS AF=0.0952381;AO=12;DP=125;FAO=12;FDP=126;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=0.0129075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.917;QD=1.40272;RBI=0.0138483;REFB=-0.00272905;REVB=0.00501706;RO=113;SAF=9;SAR=3;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302532;STB=0.737501;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0359716;OID=.;OPOS=102568965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:125:126:113:114:12:12:0.0952381:3:9:56:57:3:9:56:58 chr13 103275386 . T C 359.49 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0433688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7927;QD=19.9714;RBI=0.0560989;REFB=-0.0176115;REVB=0.0355842;RO=35;SAF=22;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464953;STB=0.525815;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0138666;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:15:22:19:16:15:22:19:16 chr13 103339365 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00858126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.141;QD=17.9528;RBI=0.0126411;REFB=-0.00516377;REVB=-0.00928221;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306601;STB=0.508191;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00339886;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:12:14:16:12:12:15:16:12 chr13 103346806 . C G 512.11 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000337511;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.294;QD=56.9008;RBI=0.0186818;REFB=-0.148885;REVB=0.0186787;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646264;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:0:35:36:1:21:14:0:1:22:14:0:0 chr13 103384824 . G A 604.74 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016878;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.59;QD=58.9988;RBI=0.0169493;REFB=-0.0726112;REVB=0.00155337;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.529397;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00028763;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:39:40:0.97561:7:32:0:0:8:32:0:1 chr13 103385015 . A G 1734.39 PASS AF=0.991304;AO=98;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.57;QD=60.3266;RBI=0.0496018;REFB=0;REVB=0.0495437;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542673;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:0:98:114:0.991304:48:50:0:0:64:50:0:0 chr13 103385299 . A C 836.17 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00967594;FXX=0.0312451;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.736;QD=53.9462;RBI=0.00974453;REFB=-0.0963332;REVB=0.00115415;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00272259;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:62:2:2:60:60:0.967742:29:31:0:2:29:31:0:2 chr13 103385798 . T C 1108.75 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0251011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3429;QD=57.5975;RBI=0.0285124;REFB=-0.0717421;REVB=0.0135238;RO=2;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242466;STB=0.512497;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000698502;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:77:2:2:74:75:0.974026:38:36:0:2:39:36:0:2 chr13 103386116 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.635;QD=57.1061;RBI=0.0484992;REFB=0;REVB=0.0408864;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175598;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr13 103386283 . A G 2274.1 PASS AF=0.993377;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00608787;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.952;QD=60.2412;RBI=0.00984097;REFB=0.0156223;REVB=0.00773192;RO=1;SAF=74;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621765;STB=0.503268;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000156657;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:151:1:1:150:150:0.993377:76:74:0:1:76:74:0:1 chr13 103388220 . A G 824.46 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280341;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.377;QD=56.859;RBI=0.0333734;REFB=0;REVB=0.0181073;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497104;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:27:29:0:0:28:30:0:0 chr13 103388370 . C T 264.01 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=97;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=-0.0311713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3704;QD=10.8871;RBI=0.0475821;REFB=-0.0224828;REVB=0.03595;RO=60;SAF=21;SAR=11;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780366;STB=0.563437;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0351399;OID=.;OPOS=103388370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:65:32:32:0.329897:11:21:43:17:11:21:48:17 chr13 103391634 . C T 289.44 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0449451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9536;QD=25.7279;RBI=0.0969824;REFB=-0.0318978;REVB=-0.0859391;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031099;STB=0.517228;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0214288;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:8:11:14:12:8:11 chr13 103394716 . T C 284.75 PASS AF=0.444444;AO=31;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.00471436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.293;QD=15.8196;RBI=0.0431418;REFB=-0.0192995;REVB=0.0428834;RO=40;SAF=28;SAR=3;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304653;STB=0.628112;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0267945;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:31:32:0.444444:3:28:30:10:4:28:30:10 chr13 103395819 . C T 1507.23 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0221802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.736;QD=58.5333;RBI=0.0227759;REFB=0.0164857;REVB=-0.00517488;RO=1;SAF=42;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111623;STB=0.505881;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000369499;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:60:42:1:0:60:42:1:0 chr13 103396716 . C G 357.05 PASS AF=0.571429;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00814526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.371;QD=22.6697;RBI=0.0216637;REFB=-0.00618423;REVB=0.0200741;RO=26;SAF=23;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298642;STB=0.673588;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108664;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:35:36:0.571429:12:23:7:19:12:24:7:20 chr13 103397583 . C G 348.94 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.011293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.056;QD=13.5512;RBI=0.0324965;REFB=-0.00294697;REVB=0.0304711;RO=62;SAF=14;SAR=27;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348461;STB=0.696681;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00560834;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:27:14:42:20:27:14:42:20 chr13 103397937 . T G 143.33 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0185108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.855;QD=14.7003;RBI=0.0239316;REFB=-0.0158955;REVB=-0.0151681;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479118;STB=0.527883;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0200106;OID=.;OPOS=103397937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:18:5:3:13:18:5 chr13 103400083 . G A 334.42 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00552362;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2796;QD=16.5146;RBI=0.0106426;REFB=-0.0123204;REVB=-0.00909697;RO=45;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502916;STB=0.528286;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0142034;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:21:15:21:24:21:15:21:24 chr13 103400729 . G A 122.35 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.021335;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.146;QD=15.7867;RBI=0.022431;REFB=-0.00187088;REVB=0.0069259;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298506;STB=0.50561;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00147848;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:4:10:11:5:4:10:12:5 chr13 103402522 . C T 410.6 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00694533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.001;QD=17.8523;RBI=0.0288297;REFB=-0.0241337;REVB=-0.0279806;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327862;STB=0.512947;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0282835;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:22:20:25:24:22:20:25:25 chr13 103410782 . T C 202.78 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0325257;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.603;QD=20.7976;RBI=0.0571893;REFB=0.0060409;REVB=0.0470392;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205806;STB=0.615275;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00712769;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:14:5:10:10:14:5 chr13 103410914 . A T 371.64 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00634707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.006;QD=22.87;RBI=0.00654805;REFB=-0.015866;REVB=-0.00160988;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812519;STB=0.544746;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0188644;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:16:21:13:15:16:21:13:15 chr13 103527848 . A AC,C 677.08 PASS AF=1,0;AO=7,3;DP=61;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345545,0.0343374;FXX=0.0499917;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=133.188,122.746;QD=47.514;RBI=0.0500513,0.0515912;REFB=0,0;REVB=0.0362094,0.0385045;RO=50;SAF=7,1;SAR=0,2;SRF=23;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.662229,-0.117822;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000250307,-0.0237795;OID=.,.;OPOS=103527849,103527848;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:57:50:0:7,3:57,0:1,0:0,2:7,1:23:27:27,0:30,0:0:0 chr13 103527849 . G C 580.66 PASS AF=0.824561;AO=46;DP=60;FAO=47;FDP=57;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00798725;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.192;QD=40.7479;RBI=0.0167408;REFB=-0.018754;REVB=0.0147126;RO=7;SAF=21;SAR=25;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133614;STB=0.558011;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00893367;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:60:57:7:10:46:47:0.824561:25:21:7:0:25:22:8:2 chr13 103527930 . G C 795.22 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.536;QD=63.6176;RBI=0.0090635;REFB=0;REVB=0.0088096;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77259e-05;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:22:26:0:0:24:26:0:0 chr13 103528337 . G A 1347.21 PASS AF=0.9375;AO=90;DP=96;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0226646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.078;QD=56.1338;RBI=0.0243998;REFB=-0.0408016;REVB=0.0090369;RO=6;SAF=33;SAR=57;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256455;STB=0.513551;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00327832;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:96:6:6:90:90:0.9375:57:33:1:5:57:33:1:5 chr13 106119446 . G A 1473.79 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0709632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7337;QD=62.0545;RBI=0.104427;REFB=-0.135542;REVB=-0.0766108;RO=2;SAF=54;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330213;STB=0.504586;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00176767;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:95:2:1:93:94:0.989474:39:54:1:1:40:54:1:0 chr13 107144320 . G A 465.1 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00675821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.76;QD=19.5833;RBI=0.0120828;REFB=-0.0121376;REVB=-0.010016;RO=49;SAF=31;SAR=15;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103571;STB=0.557695;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0145636;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:49:49:46:46:0.484211:15:31:28:21:15:31:28:21 chr13 107145463 . G C 3386.61 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.913;QD=62.4259;RBI=0.0448753;REFB=0;REVB=0.00650541;RO=0;SAF=108;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41862e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:217:0:0:214:217:1:106:108:0:0:106:111:0:0 chr13 107821309 . ATTTTTTTTTT ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTA 270.52 PASS AF=0,0.920455,0.0795455;AO=11,32,6;DP=81;FAO=0,81,7;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49,4;FSAR=0,32,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793952,0.150826,0.077008;FXX=0.0329634;HRUN=10,10,10;LEN=2,1,1;MLLD=6.66232,4.79921,8.93531;QD=12.2963;RBI=0.148929,0.235756,0.14062;REFB=0.00668172,0.00423314,0.00721514;REVB=-0.126001,-0.181198,-0.117659;RO=19;SAF=4,23,4;SAR=7,9,2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.430247,-0.0613086,-0.176343;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00181948,0.0185125;OID=.,.,.;OPOS=107821310,107821310,107821319;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.920455,0.0795455:11,32,6:81:0,81,7:88:0:0,49,4:0,32,3:0:0:13:19:4,23,4:7,9,2:15:4 chr13 108863591 . G A 546.75 PASS AF=0.539216;AO=54;DP=101;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0139463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.661;QD=21.4412;RBI=0.0160593;REFB=-0.0290992;REVB=0.00796245;RO=41;SAF=21;SAR=33;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605264;STB=0.520389;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0196541;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:41:47:54:55:0.539216:33:21:13:28:34:21:16:31 chr13 108885972 . G T 270.44 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0021447;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.982;QD=18.9781;RBI=0.0137322;REFB=-0.0178017;REVB=-0.0135637;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778884;STB=0.543448;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0219611;OID=.;OPOS=108885972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:15:14:16:12:15:14:16:12 chr13 109518578 . T C 573.58 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=88;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0113276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.921;QD=26.0716;RBI=0.0276164;REFB=-0.00530624;REVB=0.0251863;RO=36;SAF=26;SAR=26;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104129;STB=0.556797;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00365331;OID=.;OPOS=109518578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:52:52:0.590909:26:26:23:13:26:26:23:13 chr13 109540827 . T C 38.87 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0129691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.149;QD=2.9337;RBI=0.0151253;REFB=-0.00583424;REVB=-0.00778319;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124483;STB=0.598651;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0375851;OID=.;OPOS=109540827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:45:46:7:7:0.132075:3:4:21:24:3:4:21:25 chr13 109661359 . C G 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.073;QD=55.8047;RBI=0.0293273;REFB=-0.0642261;REVB=-0.0178004;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000399365;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:1:0:29:30:1:0 chr13 109717928 . A G 273.84 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033698;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.664;QD=52.1604;RBI=0.0411731;REFB=0;REVB=0.0236574;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255951;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:21:0:0:22:21:1:15:7:0:0:14:7:0:0 chr13 109779906 . C T 436.63 PASS AF=0.426087;AO=44;DP=116;FAO=49;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.115516;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7117;QD=15.1873;RBI=0.211748;REFB=-0.0461089;REVB=-0.177464;RO=41;SAF=26;SAR=18;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13089;STB=0.554134;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0419233;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:41:65:44:49:0.426087:18:26:30:11:21:28:31:34 chr13 109793474 . T C 1226.78 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0912285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0482;QD=61.339;RBI=0.151921;REFB=0;REVB=-0.12148;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161588;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:32:47:1:0:32:48:0:0 chr13 109793720 . A C 2791.81 PASS AF=0.994413;AO=172;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0401645;FXX=0.0271724;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.214;QD=62.3868;RBI=0.0524916;REFB=-0.106521;REVB=0.0337962;RO=1;SAF=56;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842312;STB=0.504273;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000142642;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:179:179:1:1:172:178:0.994413:116:56:1:0:120:58:1:0 chr13 110408608 . C T 740.84 PASS AF=0.559055;AO=70;DP=126;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0281414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.134;QD=23.3334;RBI=0.0319556;REFB=-0.0213847;REVB=-0.0151401;RO=56;SAF=37;SAR=33;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496966;STB=0.530176;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0132578;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:56:56:70:71:0.559055:33:37:33:23:34:37:33:23 chr13 110435953 . A G 188.33 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0182734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.953;QD=14.2136;RBI=0.0607858;REFB=-0.00235457;REVB=-0.0579742;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030906;STB=0.506189;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00323617;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:31:22:22:0.415094:9:13:18:11:9:13:18:13 chr13 110436232 . G A 229.76 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.0522124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.498;QD=24.1851;RBI=0.0572016;REFB=-0.016153;REVB=0.0233642;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306092;STB=0.659888;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0107813;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:21:22:0.578947:16:5:0:16:17:5:0:16 chr13 110819586 . G A 1821.82 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010926;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.048;QD=60.7273;RBI=0.014917;REFB=0;REVB=0.0101557;RO=1;SAF=56;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010869;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:1:0:118:120:1:62:56:1:0:62:58:0:0 chr13 110839550 . T G 2725.25 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7081;QD=61.9375;RBI=0.078297;REFB=0;REVB=0.00158844;RO=0;SAF=88;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134812;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:161:176:0:0:160:176:1:72:88:0:0:74:102:0:0 chr13 110843985 . T C 1425.75 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.118;QD=60.6703;RBI=0.0328873;REFB=-0.142841;REVB=0.0196663;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511109;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000338653;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:0:2:92:92:0.978723:48:44:0:0:48:44:2:0 chr13 110857823 . C T 1491.72 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.171;QD=57.3739;RBI=0.0223515;REFB=-0.0431995;REVB=0.0185781;RO=2;SAF=38;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496562;STB=0.502617;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000391682;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:64:38:1:1:64:38:1:1 chr13 110857895 . A G 1306.59 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383353;FXX=0.0337041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.386;QD=60.7716;RBI=0.042427;REFB=-0.111799;REVB=0.0181783;RO=1;SAF=30;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155259;STB=0.508195;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00143635;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:84:85:0.988372:54:30:1:0:55:30:1:0 chr13 111077197 . G A 2682.85 PASS AF=0.962162;AO=173;DP=186;FAO=178;FDP=185;FR=.;FRO=7;FSAF=88;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00390211;FXX=0.0159566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.875;QD=58.0076;RBI=0.0212029;REFB=-0.11411;REVB=0.0208407;RO=4;SAF=87;SAR=86;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108727;STB=0.513305;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00147105;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:186:185:4:7:173:178:0.962162:86:87:1:3:90:88:1:6 chr13 111098226 . C T 432.89 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.00207504;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.949;QD=14.9272;RBI=0.00296642;REFB=-0.0303299;REVB=-0.00211987;RO=66;SAF=30;SAR=19;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101654;STB=0.561934;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0383033;OID=.;OPOS=111098226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:66:67:49:49:0.422414:19:30:34:32:19:30:34:33 chr13 111102042 . G A 522.64 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000984759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.826;QD=21.1169;RBI=0.00174897;REFB=-0.0111895;REVB=-0.00144538;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010392;STB=0.505745;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00997544;OID=.;OPOS=111102042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:22:28:28:21:22:28:28:21 chr13 111102126 . C T 277.66 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0113162;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.149;QD=20.5673;RBI=0.0154286;REFB=-0.0169809;REVB=0.0104875;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156755;STB=0.587565;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0133397;OID=.;OPOS=111102126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:21:8:11:14:21:8:11:14 chr13 111109157 . G A 855.61 PASS AF=0.626016;AO=76;DP=122;FAO=77;FDP=123;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0191298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.428;QD=27.8248;RBI=0.05305;REFB=-0.0325347;REVB=0.0494809;RO=46;SAF=33;SAR=43;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076507;STB=0.543314;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0307939;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:46:46:76:77:0.626016:43:33:25:21:44:33:25:21 chr13 111109190 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0144197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.407;QD=7.12411;RBI=0.0170366;REFB=-0.0169693;REVB=-0.00907298;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145634;STB=0.624812;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0745146;OID=.;OPOS=111109190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:38:41:14:14:0.254545:10:4:15:23:10:4:18:23 chr13 111109618 . G C 407.63 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.015136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2363;QD=28.6053;RBI=0.0427147;REFB=0.00740372;REVB=0.039943;RO=19;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163201;STB=0.508882;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00350693;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:17:21:11:8:17:21:11:8 chr13 111109859 . A G 735.73 PASS AF=0.56;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=0.0188816;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.996;QD=23.5434;RBI=0.020596;REFB=-0.0257139;REVB=0.00822692;RO=55;SAF=35;SAR=35;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732063;STB=0.503999;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00722557;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:55:55:70:70:0.56:35:35:28:27:35:35:28:27 chr13 111109882 . A G 487.49 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0266659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1369;QD=18.2239;RBI=0.0284041;REFB=-0.00175409;REVB=0.00978379;RO=54;SAF=25;SAR=26;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060554;STB=0.542503;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00273438;OID=.;OPOS=111109882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:54:55:51:52:0.485981:26:25:30:24:27:25:31:24 chr13 111111173 . G A 724.59 PASS AF=0.493421;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.00515076;FXX=0.0129862;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.249;QD=19.0682;RBI=0.00896838;REFB=-0.00945275;REVB=0.00734177;RO=76;SAF=36;SAR=39;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114102;STB=0.565793;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00958372;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:76:77:75:75:0.493421:39:36:46:30:39:36:47:30 chr13 111111235 . G A 682.51 PASS AF=0.51938;AO=67;DP=131;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0111042;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.653;QD=21.1629;RBI=0.0115936;REFB=-0.0356291;REVB=0.00333303;RO=64;SAF=31;SAR=36;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746733;STB=0.533447;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0295076;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:129:64:62:67:67:0.51938:36:31:35:29:36:31:33:29 chr13 111134858 . T C 424.71 PASS AF=0.408333;AO=48;DP=118;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.0128962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.623;QD=14.1571;RBI=0.0129506;REFB=-0.0197208;REVB=0.00118492;RO=70;SAF=41;SAR=7;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289292;STB=0.650723;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0276019;OID=.;OPOS=111134858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:70:71:48:49:0.408333:7:41:47:23:8:41:47:24 chr13 111145633 . C T 921.0 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4603;QD=54.9852;RBI=0.0806342;REFB=-0.0630488;REVB=0.0333128;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032014;OID=.;OPOS=111145633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:67:0:0:64:67:1:31:33:0:0:32:35:0:0 chr13 111154058 . T A 1637.69 PASS AF=1;AO=107;DP=113;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223463;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7416;QD=60.0987;RBI=0.0231762;REFB=0;REVB=-0.00614655;RO=0;SAF=66;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128905;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:109:0:0:107:109:1:41:66:0:0:43:66:0:0 chr13 111154061 . T C 1711.34 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.493;QD=60.5783;RBI=0.0366919;REFB=0;REVB=0.0240012;RO=0;SAF=68;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79702e-06;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:113:0:0:111:113:1:43:68:0:0:43:70:0:0 chr13 111155773 . T C,G 1368.3 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=82,7;DP=89;FAO=85,5;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46,4;FSAR=39,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017987,0.016756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.948,154.585;QD=60.8133;RBI=0.0191948,0.0173593;REFB=0,0;REVB=0.00670127,0.00453649;RO=0;SAF=44,5;SAR=38,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.11453e-08,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0012772,0.0839092;OID=.,.;OPOS=111155773,111155773;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:89:90:0:0:82,7:85,5:0.944444,0.0555556:38,2:44,5:0:0:39,1:46,4:0:0 chr13 111156499 . C T 3339.19 PASS AF=0.925197;AO=217;DP=236;FAO=235;FDP=254;FR=.;FRO=19;FSAF=133;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0466216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6612;QD=52.5857;RBI=0.0508448;REFB=0.00659644;REVB=-0.0202884;RO=19;SAF=118;SAR=99;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671365;STB=0.534747;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0117863;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:236:254:19:19:217:235:0.925197:99:118:2:17:102:133:2:17 chr13 111156500 . C G 37.78 PASS AF=0.0705882;AO=18;DP=255;FAO=18;FDP=255;FR=.;FRO=237;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=133;FSRR=104;FWDB=-0.0198636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.56;QD=0.592573;RBI=0.0289096;REFB=-0.00121338;REVB=-0.0210048;RO=237;SAF=1;SAR=17;SRF=133;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54232;STB=0.949086;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.177325;OID=.;OPOS=111156500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:255:255:237:237:18:18:0.0705882:17:1:133:104:17:1:133:104 chr13 111176393 . A G 1200.55 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.023709;FXX=0.0240935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.744;QD=59.2863;RBI=0.0302802;REFB=-0.118256;REVB=-0.0188355;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099656;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000360009;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:78:80:0.987654:31:47:1:0:33:47:1:0 chr13 111279817 . A G 392.61 PASS AF=0.379032;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=124;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.024254;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2588;QD=12.6649;RBI=0.0383647;REFB=-0.0139978;REVB=-0.0297253;RO=76;SAF=15;SAR=32;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233473;STB=0.629639;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0254807;OID=.;OPOS=111279817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:76:77:47:47:0.379032:32:15:40:36:32:15:40:37 chr13 111298392 . A G 233.05 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00807171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.828;QD=10.715;RBI=0.0125466;REFB=-0.0145741;REVB=0.00960545;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156158;STB=0.626;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0226897;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:58:24:29:0.333333:14:10:24:19:18:11:33:25 chr13 111315405 . G A 328.44 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.122672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6669;QD=43.7914;RBI=0.122676;REFB=0.0492522;REVB=-0.000929965;RO=4;SAF=17;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975607;STB=0.552593;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00716608;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:26:26:0.866667:9:17:4:0:9:17:4:0 chr13 111319754 . T C 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.59;QD=64.0214;RBI=0.029592;REFB=0;REVB=-0.0282447;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99223e-05;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr13 111365104 . A G 839.0 PASS AF=0.480663;AO=83;DP=178;FAO=87;FDP=181;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.0230559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7757;QD=18.5414;RBI=0.0234559;REFB=-0.0390919;REVB=0.00431351;RO=93;SAF=51;SAR=32;SRF=61;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042293;STB=0.533961;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0375737;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:181:93:94:83:87:0.480663:32:51:61:32:36:51:61:33 chr13 111368164 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.049;QD=50.4135;RBI=0.0513973;REFB=0;REVB=0.0494643;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568314;OID=.;OPOS=111368164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr13 111372392 . T A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.482;QD=40.7616;RBI=0.0597596;REFB=0;REVB=0.0530674;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085741;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr13 111373019 . G A 343.13 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.000461303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.07;QD=17.825;RBI=0.015217;REFB=-0.0195366;REVB=-0.0152101;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706374;STB=0.545876;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0147279;OID=.;OPOS=111373019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:18:18:23:17:19:18:23:17 chr13 111531885 . C A 998.06 PASS AF=1;AO=58;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.172;QD=57.8587;RBI=0.0234808;REFB=0;REVB=0.00584102;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350775;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:58:69:1:30:28:0:0:33:36:0:0 chr13 111532288 . G A 1062.96 PASS AF=0.636364;AO=91;DP=144;FAO=91;FDP=143;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=63;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00572189;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.564;QD=29.7332;RBI=0.00897754;REFB=-0.0187587;REVB=-0.00691782;RO=52;SAF=28;SAR=63;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142504;STB=0.57718;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0123973;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:52:52:91:91:0.636364:63:28:26:26:63:28:26:26 chr13 111563052 . C T 879.89 PASS AF=0.478495;AO=89;DP=188;FAO=89;FDP=186;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00291625;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.533;QD=18.9223;RBI=0.0171911;REFB=-0.0150582;REVB=-0.016942;RO=97;SAF=50;SAR=39;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488545;STB=0.502697;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.017515;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:186:97:97:89:89:0.478495:39:50:54:43:39:50:54:43 chr13 111806245 . A G 1243.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.407;QD=59.9138;RBI=0.0622862;REFB=0;REVB=0.0622422;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286895;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:83:0:0:77:83:1:35:42:0:0:36:47:0:0 chr13 111870037 . T C 1040.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218803;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.681;QD=60.332;RBI=0.0277477;REFB=0;REVB=0.0170643;RO=0;SAF=49;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274976;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:20:49:0:0:20:49:0:0 chr13 111980537 . C T 2715.04 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.549;QD=62.4147;RBI=0.0399197;REFB=0;REVB=0.0308279;RO=0;SAF=96;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69456e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:173:174:1:77:96:0:0:78:96:0:0 chr13 112725791 . G A 214.49 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0482454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6286;QD=15.0516;RBI=0.0530747;REFB=-0.00962407;REVB=-0.0221203;RO=31;SAF=19;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152603;STB=0.609428;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.024636;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:32:24:25:0.438596:5:19:21:10:5:20:21:11 chr13 113086775 . A G 328.6 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0865862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7904;QD=18.0055;RBI=0.0871875;REFB=-0.00910001;REVB=0.0102219;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784088;STB=0.543893;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0164613;OID=.;OPOS=113086775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:12:23:22:16:12:23:22:16 chr13 113473629 . G A 315.63 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0364133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0307;QD=17.5351;RBI=0.036531;REFB=-0.012493;REVB=-0.00292977;RO=38;SAF=24;SAR=10;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672669;STB=0.537504;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0151276;OID=.;OPOS=113473629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:10:24:29:9:10:24:29:9 chr13 113479820 . A G 2197.28 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2234;QD=63.2312;RBI=0.0107451;REFB=0;REVB=0.000949868;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.214e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:83:56:0:0:83:56:0:0 chr13 113508725 . G A 579.85 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0108741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5043;QD=17.1806;RBI=0.0330988;REFB=-0.00543473;REVB=-0.0312616;RO=74;SAF=29;SAR=32;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905137;STB=0.550371;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00646156;OID=.;OPOS=113508725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:74:74:61:61:0.451852:32:29:42:32:32:29:42:32 chr13 113508839 . G C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0532836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6067;QD=19.4397;RBI=0.053875;REFB=-0.0058623;REVB=0.00796067;RO=29;SAF=4;SAR=27;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338645;STB=0.69216;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0053419;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:27:4:11:18:27:4:11:18 chr13 113534907 . T C 1504.06 PASS AF=0.536496;AO=139;DP=267;FAO=147;FDP=274;FR=.;FRO=127;FSAF=52;FSAR=95;FSRF=46;FSRR=81;FWDB=-0.014006;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.065;QD=21.9572;RBI=0.0238054;REFB=-0.0225285;REVB=-0.0192492;RO=120;SAF=51;SAR=88;SRF=43;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785918;STB=0.504278;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0208453;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:274:120:127:139:147:0.536496:88:51:43:77:95:52:46:81 chr13 113540649 . G T 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00518457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.238;QD=19.0439;RBI=0.00825029;REFB=-0.00836646;REVB=-0.00641776;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284735;STB=0.653148;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00921092;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:27:13:26:15:27:13:26:16 chr13 113622956 . C A 97.05 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.109396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.718;QD=12.9403;RBI=0.115719;REFB=-0.0305817;REVB=-0.0377275;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490867;STB=0.792157;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0668322;OID=.;OPOS=113622956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:2:10:7:11:2:10:7:11 chr13 113656216 . C T 955.05 PASS AF=0.51087;AO=93;DP=183;FAO=94;FDP=184;FR=.;FRO=90;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.00689321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.554;QD=20.762;RBI=0.0130341;REFB=-0.0120027;REVB=-0.0110622;RO=89;SAF=47;SAR=46;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198037;STB=0.510636;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0107302;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:89:90:93:94:0.51087:46:47:43:46:46:48:44:46 chr13 113720476 . C T 144.65 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00959013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4251;QD=15.6382;RBI=0.0367874;REFB=0.00138142;REVB=-0.0355154;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.559365;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0030091;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:11:10:6:10:11:10 chr13 113728781 . G A 1260.75 PASS AF=0.456446;AO=131;DP=287;FAO=131;FDP=287;FR=.;FRO=156;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0215408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.082;QD=17.5714;RBI=0.0305025;REFB=-0.0283773;REVB=-0.0215962;RO=155;SAF=61;SAR=70;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179249;STB=0.508247;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0292851;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:155:156:131:131:0.456446:70:61:75:80:70:61:75:81 chr13 113747070 . A C 617.57 PASS AF=0.484615;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.047166;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.53;QD=19.002;RBI=0.0507915;REFB=-0.00689601;REVB=-0.0188453;RO=67;SAF=36;SAR=27;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244313;STB=0.505616;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00737314;OID=.;OPOS=113747070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:67:63:63:0.484615:27:36:40:27:27:36:39:28 chr13 113747124 . A G 1587.28 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.971;QD=64.1324;RBI=0.0243944;REFB=0;REVB=0.0234349;RO=0;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60145e-05;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:42:57:0:0:42:57:0:0 chr13 113747135 . T C 1457.26 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370247;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5558;QD=63.3589;RBI=0.0558175;REFB=0;REVB=0.0417705;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100641;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:37:54:0:0:38:54:0:0 chr13 113792754 . T C 767.58 PASS AF=0.892308;AO=57;DP=65;FAO=58;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00723761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.341;QD=47.2359;RBI=0.0221106;REFB=-0.0859568;REVB=0.0208925;RO=6;SAF=36;SAR=21;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563975;STB=0.524071;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00043186;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:6:7:57:58:0.892308:21:36:2:4:21:37:3:4 chr13 113801737 . C T 1624.37 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.474;QD=60.1619;RBI=0.0261833;REFB=0;REVB=0.0216364;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21429e-06;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr13 113812962 . G A 987.07 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.514;QD=57.2212;RBI=0.0833703;REFB=-0.106104;REVB=0.0806995;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000468411;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:67:68:0.985507:34:33:0:0:34:34:0:1 chr13 113818900 . A G 2125.3 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7564;QD=62.0526;RBI=0.0356247;REFB=-0.118881;REVB=-0.0101731;RO=0;SAF=77;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000705999;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:137:137:0:1:136:136:0.992701:59:77:0:0:59:77:0:1 chr13 113965176 . C A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00183369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.715;QD=47.8145;RBI=0.0150483;REFB=-0.0756527;REVB=0.0149361;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00244087;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:15:6:0:1:15:6:0:1 chr13 114078558 . A C 888.32 PASS AF=0.55414;AO=86;DP=156;FAO=87;FDP=157;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.00138167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.832;QD=22.6324;RBI=0.0733981;REFB=-0.00976391;REVB=-0.0733851;RO=69;SAF=43;SAR=43;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532158;STB=0.534379;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00916609;OID=.;OPOS=114078558;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:69:70:86:87:0.55414:43:43:39:30:44:43:40:30 chr13 114152755 . C T 462.72 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00590222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.041;QD=16.2357;RBI=0.0304483;REFB=-0.024164;REVB=-0.0298708;RO=59;SAF=24;SAR=27;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619647;STB=0.523355;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0241195;OID=.;OPOS=114152755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:63:51:51:0.447368:27:24:24:35:27:24:27:36 chr13 114154419 . G A 335.0 PASS AF=0.344262;AO=41;DP=128;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0133285;FXX=0.0542594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.749;QD=10.9834;RBI=0.0162707;REFB=-0.0114185;REVB=0.009332;RO=85;SAF=26;SAR=15;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12584;STB=0.587587;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0267149;OID=.;OPOS=114154419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:122:85:80:41:42:0.344262:15:26:45:40:16:26:39:41 chr13 114156093 . C T 424.06 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0111236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3956;QD=15.1448;RBI=0.0365345;REFB=0.00190116;REVB=0.0348;RO=63;SAF=30;SAR=18;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401806;STB=0.528157;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00228247;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:18:30:37:26:18:30:37:27 chr13 114175004 . C T 315.15 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0251834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.215;QD=12.6058;RBI=0.0264759;REFB=-0.0228462;REVB=0.00817126;RO=64;SAF=14;SAR=22;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125851;STB=0.572357;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0298813;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:64:36:36:0.36:22:14:32:32:22:14:32:32 chr13 114175032 . G A 309.44 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.00270971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.41;QD=11.9015;RBI=0.0340923;REFB=-0.0106536;REVB=0.0339845;RO=64;SAF=15;SAR=23;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184127;STB=0.605208;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0225635;OID=.;OPOS=114175032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:66:38:38:0.365385:23:15:36:28:23:15:37:29 chr13 114204175 . C T 469.05 PASS AF=0.5;AO=44;DP=89;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0466277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4333;QD=20.3933;RBI=0.0560793;REFB=-0.0125923;REVB=-0.0311568;RO=45;SAF=25;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0089183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151448;OID=.;OPOS=114204175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:45:46:44:46:0.5:19:25:26:19:19:27:27:19 chr13 114303764 . C T 310.42 PASS AF=0.354545;AO=38;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0304078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1141;QD=11.288;RBI=0.0312449;REFB=-0.00988185;REVB=-0.00718401;RO=70;SAF=14;SAR=24;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167293;STB=0.598035;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0169475;OID=.;OPOS=114303764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:71:38:39:0.354545:24:14:36:34:25:14:36:35 chr13 114309226 . G A 704.64 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00645286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.289;QD=18.6659;RBI=0.0329527;REFB=-0.0266442;REVB=-0.0323147;RO=77;SAF=54;SAR=18;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246306;STB=0.6364;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0353328;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:77:78:72:73:0.483444:18:54:40:37:18:55:41:37 chr13 114312354 . T G 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.647;QD=60.5439;RBI=0.0248614;REFB=0;REVB=0.0082305;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59607e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:34:41:0:0:34:41:0:0 chr13 114322289 . A G 719.61 PASS AF=0.623853;AO=59;DP=100;FAO=68;FDP=109;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00701143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.53;QD=26.4078;RBI=0.00782088;REFB=-0.0202802;REVB=-0.00346496;RO=39;SAF=44;SAR=15;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291754;STB=0.621935;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0102278;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:109:39:41:59:68:0.623853:15:44:15:24:22:46:15:26 chr13 114453616 . T C 59.53 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0424786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.162;QD=5.53746;RBI=0.0543579;REFB=-0.0206695;REVB=-0.0339168;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137913;STB=0.589547;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0714624;OID=.;OPOS=114453616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:15:19:4:5:15:19 chr13 114453619 . C G 59.21 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.154345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.824;QD=5.50818;RBI=0.175061;REFB=-0.0142981;REVB=-0.0826086;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157759;STB=0.589547;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0372508;OID=.;OPOS=114453619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:4:5:14:19:4:5:15:19 chr13 114453873 . G C 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00409061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.03;QD=12.0146;RBI=0.0642222;REFB=-0.0201052;REVB=0.0640917;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175454;STB=0.60105;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0366571;OID=.;OPOS=114453873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:9:11:24:10:9:11:24:10 chr13 114453912 . C T 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0114083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.436;QD=14.9204;RBI=0.0114679;REFB=-0.0180462;REVB=-0.0011671;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157073;STB=0.588814;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0264606;OID=.;OPOS=114453912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:23:14:15:13:23:14 chr13 114453966 . G C 216.26 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.054391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.996;QD=13.5163;RBI=0.0576565;REFB=-0.0394004;REVB=0.0191284;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150644;STB=0.579483;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0433843;OID=.;OPOS=114453966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:17:9:18:19:17:9:18:20 chr13 114453997 . CAT C,CGT 173.43 PASS AF=0.309091,0.0909091;AO=17,4;DP=57;FAO=17,5;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=4,2;FSAR=13,3;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0392553,-0.0638064;FXX=0.0517152;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=160.477,129.323;QD=12.6128;RBI=0.0441224,0.065457;REFB=-0.0129758,-0.0227519;REVB=0.0201448,-0.0146067;RO=33;SAF=4,1;SAR=13,3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277443,-0.237147;STB=0.665558,0.548192;STBP=0.116,0.943;TYPE=del,snp;VARB=0.0198384,0.12352;OID=.,.;OPOS=114453998,114453998;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309091,0.0909091:17,4:57:17,5:55:33:4,2:13,3:15:18:99:33:4,1:13,3:15:18 chr13 114507965 . C T 579.69 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=62;FWDB=-0.00142577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.302;QD=14.5834;RBI=0.00565668;REFB=-0.0139801;REVB=-0.00547405;RO=90;SAF=29;SAR=37;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11298;STB=0.563918;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0229989;OID=.;OPOS=114507965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:93:66:66:0.415094:37:29:30:60:37:29:31:62 chr13 114514771 . C A 303.47 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=130;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0116687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.115;QD=9.3374;RBI=0.031538;REFB=-0.0133412;REVB=-0.0292999;RO=88;SAF=28;SAR=12;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169331;STB=0.593172;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0292222;OID=.;OPOS=114514771;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:88:90:40:40:0.307692:12:28:50:38:12:28:52:38 chr13 114524944 . A G 1242.17 PASS AF=0.383598;AO=144;DP=377;FAO=145;FDP=378;FR=.;FRO=233;FSAF=90;FSAR=55;FSRF=124;FSRR=109;FWDB=0.00190291;FXX=0.00263845;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.552;QD=13.1446;RBI=0.0275838;REFB=-0.0211288;REVB=-0.0275181;RO=233;SAF=89;SAR=55;SRF=124;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972028;STB=0.556343;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0369523;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:378:233:233:144:145:0.383598:55:89:124:109:55:90:124:109 chr13 114623880 . G A 1247.43 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388175;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.971;QD=61.6016;RBI=0.0610398;REFB=0;REVB=0.0471068;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183129;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:35:45:0:0:35:46:0:0 chr13 114747187 . G C 263.33 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0665656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1053;QD=19.5059;RBI=0.0666573;REFB=0.000472971;REVB=0.00349572;RO=25;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237919;STB=0.627417;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00182176;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:22:6:11:14:22:6:11:15 chr13 114762198 . C T 670.74 PASS AF=0.555556;AO=64;DP=116;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0193667;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.695;QD=22.9313;RBI=0.0260591;REFB=-0.0098259;REVB=0.0174359;RO=52;SAF=29;SAR=35;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385559;STB=0.524079;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00819504;OID=.;OPOS=114762198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:52:52:64:65:0.555556:35:29:26:26:36:29:26:26 chr13 114780764 . A G 1752.69 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=115;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.408;QD=59.9209;RBI=0.038878;REFB=-0.0991808;REVB=-0.0333193;RO=1;SAF=48;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978979;STB=0.50495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000318039;OID=.;OPOS=114780764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:117:1:1:114:116:0.991453:66:48:1:0:66:50:1:0 chr13 115002305 . G A 641.78 PASS AF=0.520325;AO=64;DP=123;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00101953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5725;QD=20.871;RBI=0.0127742;REFB=0.00473274;REVB=-0.0127334;RO=59;SAF=44;SAR=20;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168425;STB=0.592929;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00511277;OID=.;OPOS=115002305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:59:59:64:64:0.520325:20:44:30:29:20:44:30:29 chr13 115004914 . C T 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0286368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.167;QD=27.277;RBI=0.0293428;REFB=-0.00274868;REVB=-0.0063982;RO=19;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127411;STB=0.507037;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00336325;OID=.;OPOS=115004914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:21:7:5:14:21:7:5:14 chr13 115004935 . T C 298.22 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0934302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4359;QD=29.8221;RBI=0.0943786;REFB=-0.0423696;REVB=-0.0133458;RO=14;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105599;STB=0.558328;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0201129;OID=.;OPOS=115004935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:20:6:5:9:20:6:5:9 chr13 115009384 . G A 619.69 PASS AF=0.496063;AO=61;DP=125;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0206381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.771;QD=19.5177;RBI=0.026999;REFB=-0.00902881;REVB=0.0174073;RO=63;SAF=36;SAR=25;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914083;STB=0.544656;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00881469;OID=.;OPOS=115009384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:63:64:61:63:0.496063:25:36:31:32:26:37:32:32 chr13 115010041 . A G 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000676984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.591;QD=18.2518;RBI=0.00475567;REFB=-0.0151492;REVB=-0.00470724;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191108;STB=0.610503;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0114386;OID=.;OPOS=115010041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:7:5:3:10:7:5 chr13 115030714 . T C 433.49 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0124749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.242;QD=23.4318;RBI=0.0265331;REFB=-0.0198399;REVB=0.0234176;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147866;STB=0.581043;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0171193;OID=.;OPOS=115030714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:21:21:10:22:21:21:10:22 chr13 115090019 . G A 237.58 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0103149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.536;QD=13.7725;RBI=0.0139992;REFB=0.00200661;REVB=-0.0094646;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191683;STB=0.608622;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00269275;OID=.;OPOS=115090019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:28:13:14:14:28:13 chr13 115090136 . T C 309.56 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.108515;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.391;QD=18.481;RBI=0.108954;REFB=-0.0322531;REVB=-0.00977678;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154797;STB=0.586539;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0239166;OID=.;OPOS=115090136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:34:33:33:0.492537:21:12:18:16:21:12:18:16 chr13 115090193 . G A 177.47 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00679099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.522;QD=21.5109;RBI=0.0106046;REFB=-0.0170176;REVB=-0.00814498;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112405;STB=0.506322;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0139717;OID=.;OPOS=115090193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:4:11:13:5:4:11 chr13 115090931 . C T 117.21 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0469157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.632;QD=12.0211;RBI=0.0470424;REFB=-0.00601526;REVB=0.00345037;RO=25;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443499;STB=0.526277;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.013925;OID=.;OPOS=115090931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:10:4:8:17:10:4:8:17 chr13 115091399 . T C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00391313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9503;QD=12.579;RBI=0.0344114;REFB=-0.0217805;REVB=0.0341881;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255817;STB=0.650978;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0407144;OID=.;OPOS=115091399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:16:15:12:5:16:15 chr14 20181502 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.000509338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9711;QD=5.19124;RBI=0.0996745;REFB=0.004697;REVB=-0.0996732;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153322;STB=0.599733;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0341507;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:18:8:3:4:18:8 chr14 20216298 . T C 1509.95 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264943;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9833;QD=58.6387;RBI=0.0942291;REFB=-0.0604192;REVB=0.0904277;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886635;STB=0.504586;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00520472;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:1:1:99:102:0.990291:46:53:1:0:48:54:1:0 chr14 20216426 . A C 61.74 PASS AF=0.148148;AO=10;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0153502;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.533;QD=3.04872;RBI=0.0154064;REFB=-0.00743219;REVB=0.00131503;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170037;STB=0.535274;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0417351;OID=.;OPOS=20216426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:10:12:0.148148:5:5:44:25:5:7:43:26 chr14 20295834 . T C 350.84 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=131;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00728132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.139;QD=10.6314;RBI=0.00863289;REFB=-0.00390726;REVB=-0.00463781;RO=87;SAF=31;SAR=13;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216765;STB=0.63002;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.010883;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:87:88:44:44:0.333333:13:31:46:41:13:31:46:42 chr14 20403909 . T C 859.34 PASS AF=0.75;AO=68;DP=91;FAO=69;FDP=92;FR=.;FRO=23;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0368642;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=173.171;QD=37.3626;RBI=0.0368763;REFB=-0.0261833;REVB=-0.000945872;RO=20;SAF=44;SAR=24;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110649;STB=0.557772;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.013204;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:20:23:68:69:0.75:24:44:8:12:24:45:10:13 chr14 20404736 . G A 334.98 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0117546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.57;QD=33.4977;RBI=0.0237045;REFB=-0.0881202;REVB=0.0205847;RO=11;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13028;STB=0.562453;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0153871;OID=.;OPOS=20404736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:40:40:11:12:28:28:0.7:21:7:5:6:21:7:5:7 chr14 20404767 . A G 233.32 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0223804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.077;QD=28.2806;RBI=0.0226782;REFB=-0.0236298;REVB=0.00366289;RO=11;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120634;STB=0.57136;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00981915;OID=.;OPOS=20404767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:33:11:11:21:22:0.666667:15:6:5:6:16:6:5:6 chr14 20443872 . C G 173.42 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00257618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.455;QD=18.7477;RBI=0.0041755;REFB=-0.0244324;REVB=0.00328605;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23473;STB=0.623744;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0242354;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:17:18:0.486486:11:6:11:7:11:7:12:7 chr14 20443943 . A G 120.18 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0311467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.535;QD=14.1389;RBI=0.0331176;REFB=0.00789274;REVB=0.0112543;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438384;STB=0.764827;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00787344;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:10:3:13:7:11:3:13:7 chr14 20444012 . A T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0981594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7447;QD=12.3288;RBI=0.098215;REFB=-0.000490443;REVB=-0.0033039;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634159;STB=0.881582;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00380874;OID=.;OPOS=20444012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:10:1:10:5:10:1:11:6 chr14 20444193 . A C 112.89 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=103;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0137966;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3518;QD=4.4271;RBI=0.0152591;REFB=-0.00340296;REVB=-0.0065189;RO=82;SAF=13;SAR=6;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293734;STB=0.692422;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0137864;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:82:83:19:19:0.186275:6:13:37:45:6:13:37:46 chr14 20444441 . C A 78.84 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00355786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.806;QD=10.1734;RBI=0.0212987;REFB=-0.026892;REVB=0.0209994;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21739;STB=0.592857;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0484652;OID=.;OPOS=20444441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:30:31:20:20:10:11:0.354839:6:4:12:8:6:5:12:8 chr14 20444490 . C T 142.72 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0104123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.507;QD=22.8347;RBI=0.0105997;REFB=-0.0130147;REVB=0.00198423;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00558939;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:4:6:9:6:4:6 chr14 20444588 . T C 76.28 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0256179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.857;QD=12.7135;RBI=0.0474825;REFB=-0.00388924;REVB=-0.0399789;RO=14;SAF=0;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.770693;STB=0.786787;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00371992;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:9:0:6:8:9:1:6:8 chr14 20444607 . C G 125.44 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0259013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9338;QD=18.5834;RBI=0.0410906;REFB=-0.0199327;REVB=-0.0318992;RO=13;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428521;STB=0.749583;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0608733;OID=.;OPOS=20444607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:12:2:7:6:12:2:7:6 chr14 20470737 . G A 793.51 PASS AF=0.759036;AO=63;DP=81;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00631623;FXX=0.0235266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.564;QD=38.2414;RBI=0.0267584;REFB=-0.00303687;REVB=0.0260022;RO=18;SAF=25;SAR=38;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677074;STB=0.525684;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0011047;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:18:20:63:63:0.759036:38:25:10:8:38:25:10:10 chr14 20470903 . T C 410.05 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00970005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.63;QD=26.4548;RBI=0.00993176;REFB=-0.0127338;REVB=0.00213283;RO=23;SAF=13;SAR=25;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219023;STB=0.610726;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00659606;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:38:39:0.629032:25:13:15:8:25:14:15:8 chr14 20482471 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.621;QD=35.5759;RBI=0.0240907;REFB=0;REVB=0.0216861;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112328;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 20482703 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0145188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.17;QD=13.4057;RBI=0.0227366;REFB=-0.013261;REVB=-0.0174974;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333515;STB=0.693337;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0163988;OID=.;OPOS=20482703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:5:18:17:17:5:18:17:17 chr14 20482919 . A C 207.94 PASS AF=0.431034;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0305642;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.337;QD=14.3406;RBI=0.0307179;REFB=-0.0211269;REVB=0.0030689;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519687;STB=0.52571;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0274349;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:23:25:0.431034:10:13:17:16:11:14:17:16 chr14 20502120 . C T 358.07 PASS AF=0.848485;AO=28;DP=33;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00568149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.225;QD=43.4018;RBI=0.0100394;REFB=-0.0531476;REVB=-0.00827704;RO=4;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425055;STB=0.535689;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00454268;OID=.;OPOS=20502120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:33:33:4:5:28:28:0.848485:16:12:1:3:16:12:1:4 chr14 20528207 . G A 49.72 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0158269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3258;QD=5.09946;RBI=0.0558919;REFB=-0.0166917;REVB=-0.0536043;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346103;STB=0.717507;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0749074;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:24:7:4:4:24:7 chr14 20528321 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0260734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.397;QD=16.417;RBI=0.0269305;REFB=-0.0133178;REVB=0.00674033;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0105577;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr14 20528359 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5582;QD=45.8068;RBI=0.0383725;REFB=0;REVB=-0.031392;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033082;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 96.0 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00888774;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=19;MLLD=594.618;QD=10.9717;RBI=0.00892115;REFB=-0.00538742;REVB=0.00077138;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185289;STB=0.609973;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=0.010636;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:12:36:12:35:23:9:3:14:9:96:20:9:3:12:8 chr14 20528505 . T A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00375856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.775;QD=14.047;RBI=0.0346072;REFB=-0.00995656;REVB=0.0344025;RO=29;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536154;STB=0.531215;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0299422;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:6:12:18:11:6:12:18:11 chr14 20528528 . G A 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00302692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.875;QD=13.9121;RBI=0.00378619;REFB=-0.0180628;REVB=-0.00227441;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189527;STB=0.609646;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0321999;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:17:14:6:15:17:14 chr14 20529019 . C T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0374703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.902;QD=9.26739;RBI=0.0376458;REFB=-0.000412975;REVB=0.00363022;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398299;STB=0.53445;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.000717831;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:46:21:21:0.313433:12:9:19:22:12:9:22:24 chr14 20529043 . C G 137.93 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0410377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4684;QD=8.89867;RBI=0.0637565;REFB=-0.00312615;REVB=0.0487934;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891088;STB=0.553135;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0102585;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:19:24:12:7:19:24 chr14 20586042 . G C 61.76 PASS AF=0.177419;AO=9;DP=60;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0234603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.233;QD=3.98474;RBI=0.0243103;REFB=-0.00429251;REVB=-0.0063723;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496433;STB=0.844718;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0197754;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:60:62:49:51:9:11:0.177419:7:2:32:17:9:2:32:19 chr14 20586432 . C T 212.42 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00835276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.433;QD=14.4016;RBI=0.0240855;REFB=-0.0199529;REVB=-0.0225908;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132132;STB=0.575282;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0118957;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:16:18:10:15:16:18 chr14 20665790 . T A 208.6 PASS AF=0.76;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0111438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.795;QD=33.3758;RBI=0.0200475;REFB=-0.0399922;REVB=-0.0166649;RO=6;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779026;STB=0.54267;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0134255;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:19:19:0.76:6:13:5:1:6:13:5:1 chr14 20665840 . G A 253.93 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0228294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3496;QD=29.0201;RBI=0.03116;REFB=-0.0695954;REVB=0.0212076;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804989;STB=0.537783;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0271966;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:12:12:22:23:0.657143:8:14:9:3:8:15:9:3 chr14 20665887 . G C 240.36 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00114035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7863;QD=28.2778;RBI=0.0107061;REFB=-0.0473016;REVB=-0.0106452;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.604306;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0192627;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:9:12:22:22:0.647059:10:12:7:2:10:12:10:2 chr14 20666175 . C CA 99.67 PASS AF=0.473118;AO=33;DP=97;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.244364;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.17794;QD=4.28679;RBI=0.291434;REFB=-0.110062;REVB=-0.158809;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284684;STB=0.580118;STBP=0.189;TYPE=ins;VARB=0.101585;OID=.;OPOS=20666176;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473118:33:97:44:93:49:25:19:35:14:99:49:16:17:37:12 chr14 20691888 . C A 327.98 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0421091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6132;QD=30.51;RBI=0.0429751;REFB=0.00792116;REVB=0.00858364;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217866;STB=0.524109;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.00257719;OID=.;OPOS=20691888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:15:13:7:7:15:13:8:7 chr14 20691962 . C G 346.07 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0451693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1164;QD=32.1929;RBI=0.0542419;REFB=-0.0893933;REVB=-0.0300319;RO=14;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746375;STB=0.540873;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0442754;OID=.;OPOS=20691962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:18:11:7:7:18:11:7:7 chr14 20697600 . T G 254.58 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.0317992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6856;QD=10.9498;RBI=0.0450065;REFB=-0.0151956;REVB=-0.0318496;RO=62;SAF=11;SAR=20;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308922;STB=0.678774;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0147363;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:62:62:31:31:0.333333:20:11:39:23:20:11:39:23 chr14 20698068 . G T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0467704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3908;QD=21.1669;RBI=0.0512185;REFB=0.0148965;REVB=0.0208773;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00921066;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:3:0:1:6:3:0 chr14 20698239 . T C 455.24 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00448029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.438;QD=28.4525;RBI=0.00721668;REFB=0.00102189;REVB=-0.00565751;RO=21;SAF=14;SAR=28;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324324;STB=0.511622;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.000575318;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:21:22:42:42:0.65625:28:14:8:13:28:14:8:14 chr14 20698298 . T G 404.62 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.109614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9508;QD=25.2888;RBI=0.110136;REFB=-0.00348288;REVB=-0.0107184;RO=25;SAF=11;SAR=28;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160244;STB=0.58808;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00392343;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:28:11:12:13:28:11:12:13 chr14 20711469 . C T 391.06 PASS AF=0.42;AO=40;DP=98;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0116959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.656;QD=15.6425;RBI=0.0121243;REFB=-0.0281308;REVB=0.00319449;RO=58;SAF=14;SAR=26;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332702;STB=0.529397;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.04009;OID=.;OPOS=20711469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:58:58:40:42:0.42:26:14:22:36:28:14:22:36 chr14 20764585 . A C 119.98 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0286558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2703;QD=9.4098;RBI=0.0483988;REFB=-0.0162354;REVB=-0.0390036;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104465;STB=0.563293;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0419616;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:15:21:10:5:15:21 chr14 20770036 . T C 948.98 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0165793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.077;QD=55.8226;RBI=0.03271;REFB=-0.189171;REVB=0.028197;RO=3;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021448;STB=0.517852;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00190695;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:3:2:65:66:0.970588:27:38:1:2:27:39:0:2 chr14 20784407 . C A 514.5 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0463038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2513;QD=27.4401;RBI=0.0497397;REFB=0.0118947;REVB=0.0181659;RO=28;SAF=31;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012693;STB=0.506915;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.00452854;OID=.;OPOS=20784407;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:16:31:18:10:16:31:18:10 chr14 20784718 . G T 141.26 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0491475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.141;QD=21.732;RBI=0.0492987;REFB=-0.0502722;REVB=-0.00385719;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232261;STB=0.631997;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0380833;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:6:5:11:4:6:5 chr14 20824181 . T C 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270013;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7192;QD=62.0391;RBI=0.0336625;REFB=0;REVB=0.0201021;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059779;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr14 20837701 . G C 544.28 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0219637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.335;QD=31.1016;RBI=0.0250802;REFB=-0.0245965;REVB=0.0121085;RO=22;SAF=18;SAR=30;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102464;STB=0.555532;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0110563;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:30:18:12:10:30:18:12:10 chr14 20841707 . C T 320.27 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00315937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.019;QD=27.2567;RBI=0.0382643;REFB=-0.0170193;REVB=-0.0381337;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0225775;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:14:14:9:9:14:14:10:9 chr14 20847202 . A G 312.65 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.045773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.382;QD=23.1593;RBI=0.0510622;REFB=-0.0378117;REVB=0.0226312;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219509;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:16:15:11:11:16:16:11:11 chr14 20850093 . C T 523.86 PASS AF=0.514286;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00536905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.634;QD=19.9565;RBI=0.0365827;REFB=-0.00955004;REVB=0.0361866;RO=50;SAF=32;SAR=21;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398457;STB=0.531273;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00674216;OID=.;OPOS=20850093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:51:53:54:0.514286:21:32:28:22:21:33:28:23 chr14 20852029 . A G 222.49 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0439145;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.982;QD=24.7205;RBI=0.0446445;REFB=-0.01031;REVB=-0.00804011;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.613921;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0089101;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:15:21:21:0.583333:6:15:8:8:6:15:7:8 chr14 20852770 . G T 409.71 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0116719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.4;QD=26.4328;RBI=0.0334382;REFB=-0.0378101;REVB=0.0313349;RO=23;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115839;STB=0.567118;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0218412;OID=.;OPOS=20852770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:23:38:39:0.629032:16:22:17:6:17:22:17:6 chr14 20852817 . G A 269.69 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0724219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5111;QD=24.5175;RBI=0.0752191;REFB=-0.0376379;REVB=0.0203221;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691082;STB=0.548408;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0740495;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:12:13:11:7:12:13:12:7 chr14 20854734 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.8;QD=57.8847;RBI=0.0147376;REFB=0;REVB=-0.00488406;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17885e-05;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr14 20863677 . C A 495.4 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0199724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.711;QD=26.0737;RBI=0.0247273;REFB=-0.00344569;REVB=-0.0145789;RO=30;SAF=25;SAR=21;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127249;STB=0.569446;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00183486;OID=.;OPOS=20863677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:30:46:46:0.605263:21:25:11:19:21:25:11:19 chr14 20897064 . C T 682.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.038;QD=62.0769;RBI=0.0386874;REFB=0;REVB=0.0278211;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250308;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr14 20897676 . T C 168.83 PASS AF=0.226891;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.000661145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.848;QD=5.67505;RBI=0.00227931;REFB=-0.0171125;REVB=0.00218132;RO=91;SAF=21;SAR=6;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387937;STB=0.743906;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0516842;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:92:27:27:0.226891:6:21:44:47:6:21:44:48 chr14 20898308 . C T 201.41 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.024401;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.18;QD=27.7805;RBI=0.0280925;REFB=-0.0444862;REVB=0.0139205;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201634;STB=0.611398;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0232011;OID=.;OPOS=20898308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:8:2:10:9:8:2 chr14 20916958 . T C 247.29 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0105581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.28;QD=19.3955;RBI=0.0115505;REFB=-0.022275;REVB=0.00468416;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129489;STB=0.570499;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0178728;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:25:25:26:0.509804:12:13:16:8:12:14:17:8 chr14 20920250 . T C 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.00796427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.177;QD=21.2262;RBI=0.0215036;REFB=-0.0242911;REVB=0.0199743;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242897;STB=0.634183;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0129205;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:6:18:13:16:6:18 chr14 20940515 . C T 536.39 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0258207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.169;QD=23.8394;RBI=0.0264742;REFB=-0.0108825;REVB=-0.00584623;RO=39;SAF=19;SAR=31;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169683;STB=0.58804;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0118857;OID=.;OPOS=20940515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:39:40:50:50:0.555556:31:19:23:16:31:19:23:17 chr14 20940606 . G A 820.71 PASS AF=0.637931;AO=74;DP=116;FAO=74;FDP=116;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00383205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.24;QD=28.3002;RBI=0.0422127;REFB=-0.00485182;REVB=-0.0420384;RO=42;SAF=33;SAR=41;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117804;STB=0.506372;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0031137;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:42:42:74:74:0.637931:41:33:18:24:41:33:18:24 chr14 20940626 . C T 881.19 PASS AF=0.65;AO=78;DP=120;FAO=78;FDP=120;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00724367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=356.414;QD=29.3731;RBI=0.00782625;REFB=0.0018651;REVB=0.00296302;RO=42;SAF=32;SAR=46;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122307;STB=0.506606;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.000915822;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:42:42:78:78:0.65:46:32:18:24:46:32:18:24 chr14 20942744 . A G 453.8 PASS AF=0.65625;AO=41;DP=63;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0108384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.439;QD=28.3623;RBI=0.0223019;REFB=-0.0163125;REVB=0.0194912;RO=21;SAF=27;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563802;STB=0.502426;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00819983;OID=.;OPOS=20942744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:22:41:42:0.65625:14:27:14:7:15:27:14:8 chr14 21024619 . A G 392.55 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.000895882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.762;QD=17.2549;RBI=0.0016169;REFB=-0.0218358;REVB=0.00134602;RO=50;SAF=35;SAR=5;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315072;STB=0.683437;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0563585;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:50:50:40:41:0.450549:5:35:34:16:5:36:34:16 chr14 21024786 . A G 733.79 PASS AF=0.525926;AO=71;DP=135;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00405988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.043;QD=21.7419;RBI=0.00487304;REFB=-0.0142473;REVB=-0.00269517;RO=64;SAF=34;SAR=37;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855627;STB=0.546937;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0115038;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:64:64:71:71:0.525926:37:34:37:27:37:34:37:27 chr14 21081996 . C T 1447.76 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0140365;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.474;QD=59.0923;RBI=0.0614799;REFB=-0.203623;REVB=0.0598561;RO=3;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319315;STB=0.512001;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00229263;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:98:98:3:4:94:94:0.959184:43:51:0:3:43:51:1:3 chr14 21099400 . G A 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.229;QD=58.7817;RBI=0.0412179;REFB=0;REVB=0.0223222;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45626e-05;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr14 21101155 . C T 708.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.157;QD=63.0066;RBI=0.0358817;REFB=0;REVB=0.019532;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29592e-05;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:9:35:0:0:10:35:0:0 chr14 21109141 . C T 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.574;QD=59.8283;RBI=0.0725286;REFB=0;REVB=0.0699916;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357233;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr14 21109170 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2064;QD=57.1773;RBI=0.00904034;REFB=0;REVB=-0.0089685;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.70025e-05;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr14 21149930 . T C 639.54 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=82;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0138308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.884;QD=31.1973;RBI=0.0158012;REFB=-0.00729513;REVB=-0.00764115;RO=27;SAF=36;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17933;STB=0.597199;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00696468;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:27:27:55:55:0.670732:19:36:10:17:19:36:10:17 chr14 21151483 . T G 2499.81 PASS AF=0.636364;AO=210;DP=334;FAO=217;FDP=341;FR=.;FRO=124;FSAF=115;FSAR=102;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=0.0650392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4406;QD=29.3233;RBI=0.0656165;REFB=-0.0420847;REVB=0.00868496;RO=124;SAF=110;SAR=100;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584407;STB=0.500841;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0270749;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:341:124:124:210:217:0.636364:100:110:66:58:102:115:66:58 chr14 21152167 . G C 354.48 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00250374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.107;QD=21.4836;RBI=0.031304;REFB=-0.00780392;REVB=0.0312037;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00671051;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:30:35:36:0.545455:17:18:15:14:18:18:15:15 chr14 21167576 . A T 64.75 PASS AF=0.177419;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0547234;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.457;QD=4.17748;RBI=0.0932199;REFB=-0.0111929;REVB=-0.0754672;RO=44;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298361;STB=0.527282;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0615166;OID=.;OPOS=21167576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:60:62:44:51:11:11:0.177419:4:7:27:17:4:7:34:17 chr14 21168055 . T C 329.39 PASS AF=0.377358;AO=41;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=-0.000564965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.328;QD=12.4299;RBI=0.00141339;REFB=-0.0135962;REVB=-0.00129556;RO=63;SAF=27;SAR=14;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915423;STB=0.516464;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0148625;OID=.;OPOS=21168055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:63:66:41:40:0.377358:14:27:41:22:13:27:43:23 chr14 21168084 . C T 222.9 PASS AF=0.329412;AO=29;DP=85;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0213051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5024;QD=10.4896;RBI=0.0289237;REFB=-0.0415215;REVB=-0.019562;RO=56;SAF=17;SAR=12;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133229;STB=0.591488;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0525889;OID=.;OPOS=21168084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:57:29:28:0.329412:12:17:39:17:12:16:40:17 chr14 21215997 . C T 414.91 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0398264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.879;QD=36.0792;RBI=0.0444454;REFB=-0.0418753;REVB=-0.0197295;RO=13;SAF=26;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143582;STB=0.507808;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0224211;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:7:26:10:3:7:26:10:3 chr14 21216499 . C T 785.87 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.821;QD=64.1527;RBI=0.0249794;REFB=0;REVB=0.0160982;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186515;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:21:21:0:0:28:21:0:0 chr14 21238318 . G A 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182595;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.035;QD=55.6947;RBI=0.0516281;REFB=0;REVB=0.0482913;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386185;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr14 21238798 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0324614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.656;QD=8.68723;RBI=0.0386962;REFB=-0.0108102;REVB=-0.021063;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355776;STB=0.712866;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0339961;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:12:5:24:16:12:5:24:16 chr14 21250124 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0531678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.933;QD=17.2298;RBI=0.0536134;REFB=-0.0242479;REVB=-0.00689786;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0210722;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr14 21250366 . T C 1487.93 PASS AF=0.979798;AO=92;DP=95;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0315951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.979;QD=60.1183;RBI=0.0759803;REFB=-0.0904832;REVB=0.0690997;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00113984;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:99:0:2:92:97:0.979798:43:49:0:0:48:49:0:2 chr14 21360215 . AC A,AG 805.14 PASS AF=0.789474,0.210526;AO=19,38;DP=57;FAO=45,12;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=19,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672898,-0.126444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.414,116.64;QD=56.5008;RBI=0.0751885,0.129574;REFB=0,0;REVB=-0.0335469,0.0283068;RO=0;SAF=0,26;SAR=19,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00118994,-0.00241609;OID=.,.;OPOS=21360216,21360216;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.789474,0.210526:19,38:57:45,12:57:0:26,0:19,12:0:0:75:0:0,26:19,12:0:0 chr14 21387994 . A G 570.58 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00182591;FXX=0.0109878;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.594;QD=25.3593;RBI=0.00942156;REFB=-0.00423309;REVB=-0.00924293;RO=37;SAF=27;SAR=25;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435334;STB=0.508123;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00256283;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:38:52:52:0.577778:25:27:19:18:25:27:19:19 chr14 21388266 . G C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0104541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.727;QD=19.1727;RBI=0.0276699;REFB=-0.0170815;REVB=-0.0256191;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167388;STB=0.5992;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0258608;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:17:16:21:10:17:16:22:10 chr14 21424365 . A G 202.75 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=12;FWDB=-0.00660553;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.594;QD=10.0124;RBI=0.00754179;REFB=-0.0142599;REVB=-0.00363945;RO=55;SAF=18;SAR=8;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130179;STB=0.575418;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0295615;OID=.;OPOS=21424365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:55:55:26:26:0.320988:8:18:43:12:8:18:43:12 chr14 21463050 . G C 139.84 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0489317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.69;QD=6.14674;RBI=0.0501514;REFB=-0.00745704;REVB=-0.0109935;RO=70;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182299;STB=0.511243;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0224751;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:70:21:21:0.230769:12:9:29:41:12:9:29:41 chr14 21467913 . T G 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.461;QD=59.32;RBI=0.0433248;REFB=0;REVB=0.0153332;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023304;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr14 21486137 . G C 981.87 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7028;QD=58.6191;RBI=0.0308602;REFB=0;REVB=-0.0261967;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320138;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:64:67:1:24:40:0:0:24:43:0:0 chr14 21486387 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0257379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.9;QD=15.839;RBI=0.0258435;REFB=0.0275757;REVB=-0.00233417;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0113754;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr14 21486590 . C T 306.42 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0076025;FXX=0.107676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.607;QD=21.1327;RBI=0.0101548;REFB=-0.0205153;REVB=-0.0067321;RO=24;SAF=6;SAR=25;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269671;STB=0.669835;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0193412;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:24:27:31:31:0.534483:25:6:11:13:25:6:13:14 chr14 21486671 . A G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.048014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.314;QD=13.6198;RBI=0.0480779;REFB=-0.0168174;REVB=0.00247716;RO=38;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107951;STB=0.561312;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0280227;OID=.;OPOS=21486671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:16:10:11:27:16:10:11:27 chr14 21500455 . T A 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0171827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.611;QD=8.12737;RBI=0.0191158;REFB=-0.00591743;REVB=-0.00837668;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113535;STB=0.570009;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0126587;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:16:13:6:5:16:13 chr14 21501151 . G T 438.62 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.010516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7947;QD=34.4012;RBI=0.0372032;REFB=-0.0383663;REVB=0.035686;RO=13;SAF=24;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083917;STB=0.54543;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0141908;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:13:13:38:38:0.745098:14:24:6:7:14:24:6:7 chr14 21501171 . C CG 82.56 PASS AF=0.269231;AO=15;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0352906;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.4709;QD=6.35069;RBI=0.0632693;REFB=-0.0105133;REVB=-0.0525127;RO=38;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389021;STB=0.814322;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.11891;OID=.;OPOS=21501172;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:15:53:14:52:38:12:2:18:20:82:38:12:3:19:19 chr14 21502345 . A G 253.86 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0456211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5442;QD=17.5076;RBI=0.0609979;REFB=-0.0365174;REVB=0.0404902;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127236;STB=0.571378;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0369389;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:17:13:16:12:17:13 chr14 21511458 . G C 124.81 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0107714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5982;QD=18.4907;RBI=0.0563692;REFB=-0.0187561;REVB=0.0553305;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129875;STB=0.56195;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0324469;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:3:11:8:4:3:11:9:4 chr14 21511497 . C T 160.5 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0189547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.162;QD=18.3434;RBI=0.0190513;REFB=-0.00691239;REVB=-0.0019161;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807695;STB=0.54602;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00823587;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:9:9:7:10:9:9 chr14 21512355 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9159;QD=26.0262;RBI=0.0337922;REFB=-0.0604403;REVB=0.0220952;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0151124;OID=.;OPOS=21512355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr14 21549893 . G C 501.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.237;QD=58.9995;RBI=0.1165;REFB=0;REVB=0.100028;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093292;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr14 21550473 . G GC 54.67 PASS AF=0.119403;AO=34;DP=203;FAO=24;FDP=201;FR=.;FRO=177;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=116;FWDB=-0.0201245;FXX=0.00985173;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.5889;QD=1.08795;RBI=0.0704717;REFB=-0.00796595;REVB=-0.0675372;RO=159;SAF=23;SAR=11;SRF=49;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448331;STB=0.82224;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.169753;OID=.;OPOS=21550474;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.119403:34:203:24:201:177:18:6:61:116:54:159:23:11:49:110 chr14 21551058 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.821;QD=57.177;RBI=0.0195584;REFB=0;REVB=0.0155126;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66531e-05;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr14 21551069 . T C 737.8 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241179;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.48;QD=61.483;RBI=0.0245416;REFB=-0.141123;REVB=0.0045404;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000713218;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:19:28:0:0:19:28:0:1 chr14 21556963 . A AT,T 636.44 PASS AF=1,0;AO=35,6;DP=46;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125014,0.0443892;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=20.3059,5.36273;QD=55.3429;RBI=0.175585,0.0673464;REFB=0,0;REVB=0.123294,0.0506472;RO=3;SAF=18,5;SAR=17,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.075665,0.502096;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00529582,0.0704315;OID=.,.;OPOS=21556964,21556963;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:3:0:35,6:46,0:1,0:17,1:18,5:0:3:23,0:23,0:0:0 chr14 21562560 . T C 714.8 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00166766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3481;QD=60.8341;RBI=0.029429;REFB=-0.0257986;REVB=-0.0293817;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000352867;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:0:1:21:25:0:1 chr14 21570273 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0268299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.342;QD=60.8526;RBI=0.029607;REFB=-0.0155683;REVB=-0.0125192;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00079655;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:21:24:0:1:21:25:0:1 chr14 21570614 . A C 1102.4 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033693;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.609;QD=60.4054;RBI=0.040819;REFB=0;REVB=0.0230429;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92194e-05;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:37:35:0:0:38:35:0:0 chr14 21623117 . C T 480.77 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00512781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=375.616;QD=25.6409;RBI=0.0126332;REFB=-0.0100199;REVB=0.0115457;RO=30;SAF=25;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058064;STB=0.531708;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00656205;OID=.;OPOS=21623117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:20:25:19:11:20:25:19:11 chr14 21623290 . T C 470.16 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0291575;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.32;QD=23.8057;RBI=0.0368284;REFB=-0.0175981;REVB=0.0224982;RO=33;SAF=29;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704825;STB=0.525986;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0136577;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:34:44:45:0.56962:15:29:19:14:16:29:20:14 chr14 21623489 . C T 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00700129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.95;QD=29.0286;RBI=0.0217735;REFB=0.00886954;REVB=0.0206172;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235917;STB=0.630113;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00257298;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:10:8:7:1:10:8:7:1 chr14 21623836 . G A 399.16 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0295774;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3005;QD=23.4797;RBI=0.0340294;REFB=-0.0560098;REVB=-0.0168278;RO=30;SAF=23;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187561;STB=0.516645;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0481954;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:29:39:39:0.573529:16:23:17:13:16:23:16:13 chr14 21756212 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0183252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.567;QD=7.27144;RBI=0.0205383;REFB=-0.00538514;REVB=0.00927413;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257135;STB=0.657229;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0199939;OID=.;OPOS=21756212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:19:6:4:5:19:6 chr14 21770730 . A G 943.5 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339772;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.501;QD=57.1819;RBI=0.0352616;REFB=-0.1003;REVB=0.00943021;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000437467;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:1:0:27:38:1:0 chr14 21778792 . T C 578.06 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494138;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.774;QD=60.8487;RBI=0.0796039;REFB=0;REVB=0.0624104;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301514;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr14 21829129 . C G 1368.67 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161626;FXX=0.0224694;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.074;QD=62.9276;RBI=0.0168742;REFB=0;REVB=0.00484846;RO=0;SAF=56;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131691;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:31:56:0:0:31:56:0:0 chr14 21831052 . T C 877.18 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0024625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.827;QD=54.8239;RBI=0.131303;REFB=-0.166955;REVB=0.13128;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514281;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00122024;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:0:2:62:62:0.96875:28:34:0:0:28:34:2:0 chr14 21871653 . C T 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5031;QD=57.7102;RBI=0.0392277;REFB=0;REVB=-0.031354;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86906e-05;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr14 21945415 . A G 464.66 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2608;QD=58.0823;RBI=0.0427247;REFB=0;REVB=-0.0296505;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49404e-05;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 21967438 . G A 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=329.185;QD=56.212;RBI=0.0285502;REFB=0.000407952;REVB=0.0233303;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=3.22686e-05;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:1:0:28:33:1:0 chr14 21967916 . A G 596.94 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.806;QD=59.6937;RBI=0.0435125;REFB=0;REVB=0.00569312;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012218;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:2:0:36:40:1:22:14:2:0:24:16:0:0 chr14 21991626 . C G 71.4 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00244353;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.863;QD=7.14005;RBI=0.00308668;REFB=-0.00471604;REVB=0.00188594;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849332;STB=0.553089;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0131641;OID=.;OPOS=21991626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:30:30:10:10:0.25:6:4:10:20:6:4:10:20 chr14 21993498 . G A 93.8 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0566435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3138;QD=10.1401;RBI=0.115822;REFB=-0.00308652;REVB=0.101027;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0080845;STB=0.543306;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0139819;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:26:25:11:12:0.324324:5:6:14:12:5:7:13:12 chr14 22038061 . GCCCCAT GCCCAGT,GCCCAT,GCCCCAGT,GCCCCATC,GCCCCTC 91.59 PASS AF=0,0.02,0.26,0.16,0;AO=2,7,7,6,2;DP=53;FAO=0,1,13,8,0;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,1,8,0;FSAR=0,1,12,0,0;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0464109,-0.0974885,-0.0290217,0.0460179,-0.0370999;FXX=0.0565931;HRUN=4,4,0,2,1;LEN=2,1,1,1,2;MLLD=41.2231,12.6736,35.3589,14.7205,147.769;QD=7.32753;RBI=0.0868533,0.168632,0.0440913,0.14159,0.0383921;REFB=-0.0519704,-0.116822,-0.0221305,-0.105157,-0.0166537;REVB=-0.0734134,-0.137596,-0.0331931,0.133903,-0.00987678;RO=16;SAF=1,3,0,6,2;SAR=1,4,7,0,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.3602,0.296486,-0.689623,0.806147,0.69647;STB=0.5,0.9872,0.814189,0.998751,0.5;STBP=1,0.476,0.028,0,1;TYPE=mnp,del,ins,ins,mnp;VARB=0,0.000114247,0.0576355,0.152654,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=22038065,22038062,22038067,22038068,22038066;OREF=CA,C,-,-,AT;OALT=AG,-,G,C,TC;OMAPALT=GCCCAGT,GCCCAT,GCCCCAGT,GCCCCATC,GCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.02,0.26,0.16,0:2,7,7,6,2:53:0,1,13,8,0:50:28:0,0,1,8,0:0,1,12,0,0:10:18:69:16:1,3,0,6,2:1,4,7,0,0:3:13 chr14 22038450 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2302;QD=59.0175;RBI=0.0667456;REFB=0;REVB=0.0274647;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510399;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr14 22038659 . T C 160.74 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=45.9261;RBI=0.205918;REFB=0;REVB=0.201367;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282391;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:2:10:0:0:4:10:0:0 chr14 22102374 . T C 256.24 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0135447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.921;QD=22.7769;RBI=0.0229949;REFB=-0.00064235;REVB=-0.0185825;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834341;STB=0.55551;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00049304;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:12:11:8:13:12:12:8:13 chr14 22102439 . C G 131.43 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00068364;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.972;QD=13.4795;RBI=0.00473339;REFB=-0.00365833;REVB=-0.00468376;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184235;STB=0.636186;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00673463;OID=.;OPOS=22102439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:24:14:15:0.384615:6:8:10:15:6:9:9:15 chr14 22102592 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0182447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.429;QD=14.0792;RBI=0.0182779;REFB=-0.0325327;REVB=-0.00110136;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0443754;OID=.;OPOS=22102592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr14 22102612 . T C 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0249533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9628;QD=14.0762;RBI=0.0759962;REFB=0.00498717;REVB=0.0717827;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208227;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0154931;OID=.;OPOS=22102612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:9:7:5:7:9:7 chr14 22133416 . A G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00382265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.261;QD=22.0719;RBI=0.032651;REFB=-0.000849258;REVB=-0.0324265;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318471;STB=0.674895;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000897655;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:18:13:20:4:18:13:20:4 chr14 22133648 . G A 573.9 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=68;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0188343;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.271;QD=34.2625;RBI=0.0409265;REFB=-0.000581115;REVB=0.0363352;RO=18;SAF=32;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165819;STB=0.589543;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000669727;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:18:18:49:49:0.731343:17:32:6:12:17:32:6:12 chr14 22133997 . A G 714.83 PASS AF=0.766234;AO=57;DP=75;FAO=59;FDP=77;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00428256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.17;QD=37.1341;RBI=0.0171699;REFB=-0.0101523;REVB=-0.0166273;RO=18;SAF=16;SAR=41;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193364;STB=0.592453;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00321188;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:18:18:57:59:0.766234:41:16:12:6:41:18:12:6 chr14 22204568 . G A 178.5 PASS AF=0.25;AO=27;DP=106;FAO=27;FDP=108;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=0.00130538;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.681;QD=6.61098;RBI=0.0430168;REFB=-0.0108248;REVB=-0.042997;RO=79;SAF=17;SAR=10;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184839;STB=0.612105;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0418254;OID=.;OPOS=22204568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:79:81:27:27:0.25:10:17:38:41:10:17:39:42 chr14 22236756 . G C 391.13 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0192771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3316;QD=22.3502;RBI=0.0654848;REFB=-0.00428715;REVB=0.0625832;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696035;STB=0.549974;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00589018;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:31:38:39:0.557143:21:17:17:15:22:17:17:14 chr14 22237070 . C T 594.15 PASS AF=0.757576;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00472796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.482;QD=36.009;RBI=0.0096992;REFB=-0.0324862;REVB=0.00846882;RO=16;SAF=27;SAR=23;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018109;STB=0.50974;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0100503;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:16:16:50:50:0.757576:23:27:8:8:23:27:8:8 chr14 22237127 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.267;QD=62.9829;RBI=0.0136744;REFB=0;REVB=0.0101199;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38773e-05;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr14 22309847 . T C 402.15 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0021532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.461;QD=29.7885;RBI=0.0285062;REFB=0.0100847;REVB=-0.0284247;RO=17;SAF=25;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128419;STB=0.569993;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00563468;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:12:25:8:9:12:25:8:9 chr14 22309948 . T C 399.71 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0577373;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3825;QD=40.9958;RBI=0.0580975;REFB=-0.0670503;REVB=0.00645903;RO=7;SAF=20;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785053;STB=0.531894;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00841944;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:40:39:7:8:31:31:0.794872:11:20:3:4:11:20:4:4 chr14 22314985 . T C 411.35 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.04125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.963;QD=21.0946;RBI=0.0413051;REFB=-0.00364084;REVB=-0.0021319;RO=36;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187377;STB=0.597436;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00395601;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:36:37:41:41:0.525641:16:25:14:22:16:25:15:22 chr14 22315212 . A G 612.31 PASS AF=0.56701;AO=53;DP=93;FAO=55;FDP=97;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0188607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.009;QD=25.2498;RBI=0.0198832;REFB=-0.0372778;REVB=-0.00629386;RO=40;SAF=36;SAR=17;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131467;STB=0.568789;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0296923;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:40:42:53:55:0.56701:17:36:21:19:17:38:23:19 chr14 22337393 . G A 1163.39 PASS AF=1;AO=60;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2137;QD=60.4359;RBI=0.172286;REFB=0;REVB=-0.0894444;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863056;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:60:77:1:33:27:0:0:34:43:0:0 chr14 22356491 . G T 913.64 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0287274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4635;QD=51.4728;RBI=0.0288042;REFB=-0.10696;REVB=0.00210263;RO=5;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747801;STB=0.53967;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0182959;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:5:5:66:66:0.929577:29:37:0:5:29:37:0:5 chr14 22356551 . T C 976.17 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6806;QD=56.5896;RBI=0.123182;REFB=-0.100181;REVB=0.122994;RO=2;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00526362;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:2:0:67:69:1:30:37:0:2:32:37:0:0 chr14 22362971 . A G 1300.29 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0274837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7082;QD=57.7906;RBI=0.0315612;REFB=-0.0296529;REVB=-0.0155163;RO=3;SAF=36;SAR=50;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378523;STB=0.519476;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0147142;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:90:90:3:3:86:87:0.966667:50:36:3:0:50:37:3:0 chr14 22386449 . C T 665.04 PASS AF=0.455696;AO=71;DP=157;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.00819845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.003;QD=16.8364;RBI=0.0123823;REFB=-0.00678991;REVB=-0.00927943;RO=80;SAF=39;SAR=32;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106711;STB=0.554196;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0065671;OID=.;OPOS=22386449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:80:86:71:72:0.455696:32:39:35:45:33:39:38:48 chr14 22392304 . G A 55.5 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00474952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6314;QD=2.9213;RBI=0.00959033;REFB=0.003545;REVB=-0.00833166;RO=65;SAF=6;SAR=5;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885321;STB=0.560868;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0535078;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:5:6:40:25:5:6:40:25 chr14 22392366 . C T 154.79 PASS AF=0.26506;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=17;FWDB=0.00283238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.813;QD=7.45974;RBI=0.00527891;REFB=-0.00612702;REVB=-0.00445471;RO=60;SAF=13;SAR=9;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165491;STB=0.602734;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0221881;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:60:61:22:22:0.26506:9:13:43:17:9:13:44:17 chr14 22392626 . A C 188.7 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0257049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0853;QD=7.32812;RBI=0.0264588;REFB=-0.0103469;REVB=-0.00627101;RO=75;SAF=15;SAR=12;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221044;STB=0.517531;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0280593;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:75:76:27:27:0.262136:12:15:43:32:12:15:44:32 chr14 22392703 . G C 167.73 PASS AF=0.244898;AO=23;DP=97;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0141888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.105;QD=6.84614;RBI=0.0141899;REFB=-0.0102265;REVB=0.000179275;RO=74;SAF=10;SAR=13;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131105;STB=0.561813;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0367512;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:74:74:23:24:0.244898:13:10:40:34:13:11:40:34 chr14 22509188 . T C 645.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00833823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8648;QD=60.0873;RBI=0.0288736;REFB=-0.0529473;REVB=-0.0276435;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138327;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr14 22555013 . T C 685.05 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00950794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.998;QD=48.0735;RBI=0.0264246;REFB=-0.0638884;REVB=-0.0246548;RO=3;SAF=32;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421349;STB=0.536218;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0119956;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:57:57:3:5:52:52:0.912281:20:32:3:0:20:32:5:0 chr14 22600863 . G A 477.71 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00207175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.741;QD=33.5232;RBI=0.0225127;REFB=-0.0111506;REVB=-0.0224171;RO=15;SAF=28;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138492;STB=0.574963;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00328875;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:14:28:6:9:14:28:6:9 chr14 22616547 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.396;QD=58.1378;RBI=0.0218087;REFB=0;REVB=0.0182045;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208792;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 22631678 . C T 753.15 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.931;QD=56.8413;RBI=0.0431833;REFB=0;REVB=0.0420121;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49305e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:15:36:0:0:16:37:0:0 chr14 22636784 . A C 513.86 PASS AF=0.860465;AO=38;DP=44;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0194349;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.589;QD=47.8013;RBI=0.0539818;REFB=-0.0231572;REVB=0.0503619;RO=4;SAF=23;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271099;STB=0.510466;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.000328619;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:43:4:6:38:37:0.860465:15:23:3:1:15:22:4:2 chr14 22636874 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5954;QD=44.689;RBI=0.084584;REFB=0;REVB=0.0583149;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00500623;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr14 22670458 . C T 1672.51 PASS AF=0.99115;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0013;QD=59.2041;RBI=0.0454773;REFB=0.0537094;REVB=0.0402179;RO=2;SAF=72;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243258;STB=0.506328;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000511798;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:2:1:110:112:0.99115:38:72:0:2:39:73:0:1 chr14 22670975 . G A 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.408;QD=45.7963;RBI=0.100864;REFB=0;REVB=-0.0443869;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180003;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr14 22671141 . C T 333.09 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0319658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.833;QD=39.1872;RBI=0.0332518;REFB=-0.0408649;REVB=-0.00915787;RO=7;SAF=21;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105451;STB=0.557477;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0108073;OID=.;OPOS=22671141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:6:21:4:3:6:21:4:3 chr14 22690209 . A C 801.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5159;QD=57.2262;RBI=0.0457995;REFB=0;REVB=-0.00602032;RO=0;SAF=45;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035323;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:10:45:0:0:11:45:0:0 chr14 22695084 . C T 365.55 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9107;QD=52.221;RBI=0.0865474;REFB=-0.0980106;REVB=0.0709954;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0127979;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:28:1:1:26:27:0.964286:13:13:1:0:13:14:1:0 chr14 22887459 . CG C 662.17 PASS AF=1;AO=59;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.6924;QD=41.3854;RBI=0.120509;REFB=-0.0194404;REVB=0.0412704;RO=3;SAF=28;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.0479072;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00756814;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:59:64:64:64:0:32:32:0:0:9:3:28:31:3:0 chr14 22891883 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.408;QD=62.0214;RBI=0.029775;REFB=0;REVB=0.0116028;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235881;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr14 22942890 . G T 1358.6 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.85258e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.991;QD=62.4643;RBI=0.0218693;REFB=0;REVB=0.0218693;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27234e-05;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr14 22947903 . C T 884.4 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018628;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.574;QD=57.9937;RBI=0.0229139;REFB=0;REVB=0.0133434;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52643e-05;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr14 22961854 . A G 398.5 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0296706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1062;QD=26.5669;RBI=0.0648517;REFB=0.00434081;REVB=-0.0576662;RO=22;SAF=22;SAR=16;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137015;STB=0.574548;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00396483;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:16:22:17:5:16:22:17:5 chr14 22964880 . A C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0380082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.275;QD=7.12506;RBI=0.0389517;REFB=-0.0172133;REVB=0.00852115;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0615559;OID=.;OPOS=22964880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:8:10:3:4:8:10 chr14 22972742 . G A 904.65 PASS AF=0.731959;AO=70;DP=97;FAO=71;FDP=97;FR=.;FRO=26;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00294513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.968;QD=37.305;RBI=0.0059961;REFB=-0.0129546;REVB=0.00522297;RO=26;SAF=39;SAR=31;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497528;STB=0.52845;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00592249;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:26:26:70:71:0.731959:31:39:17:9:32:39:17:9 chr14 22972783 . AC A 1051.81 PASS AF=1;AO=82;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028143;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0422;QD=47.2725;RBI=0.197333;REFB=0;REVB=-0.195316;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0028188;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:88:89:89:0:54:35:0:0:19:0:51:31:0:0 chr14 22972815 . C T 525.15 PASS AF=0.6;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0107956;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.414;QD=26.2574;RBI=0.0109349;REFB=-0.0117599;REVB=0.00174005;RO=32;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206819;STB=0.612455;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00740884;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:32:32:48:48:0.6:24:24:25:7:24:24:25:7 chr14 22975700 . T G 480.7 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0075654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.591;QD=20.2398;RBI=0.00862;REFB=-0.00834389;REVB=-0.00413149;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126021;STB=0.569627;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00868538;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:21:26:33:15:21:26:33:15 chr14 22978335 . C T 2360.97 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452848;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3955;QD=63.8099;RBI=0.0545401;REFB=0;REVB=0.0303959;RO=0;SAF=75;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1118e-05;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:147:148:1:72:75:0:0:72:76:0:0 chr14 22984586 . A C 355.03 PASS AF=0.373984;AO=42;DP=116;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00756322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.416;QD=11.5458;RBI=0.00946073;REFB=-0.0133709;REVB=0.00568359;RO=74;SAF=28;SAR=14;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249812;STB=0.60477;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0180177;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:123:74:77:42:46:0.373984:14:28:33:41:18:28:34:43 chr14 22988972 . G C 294.2 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0147091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.408;QD=15.4842;RBI=0.0147947;REFB=0.00297321;REVB=0.00158909;RO=43;SAF=22;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257088;STB=0.650488;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00447718;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:43:32:33:0.434211:10:22:19:24:10:23:19:24 chr14 22993278 . A AG 527.67 PASS AF=1;AO=47;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1749;QD=42.2133;RBI=0.084468;REFB=0;REVB=-0.08446;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00151738;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:51:50:50:0:26:24:0:0:9:2:25:22:2:0 chr14 22997524 . A G 1752.07 PASS AF=0.96;AO=114;DP=121;FAO=120;FDP=125;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0225852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7204;QD=56.0662;RBI=0.0294633;REFB=-0.0427723;REVB=-0.0189207;RO=5;SAF=66;SAR=48;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308027;STB=0.523805;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0245611;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:121:125:5:5:114:120:0.96:48:66:1:4:50:70:0:5 chr14 22998590 . AG A 865.76 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.9249;QD=48.0977;RBI=0.0597185;REFB=0;REVB=-0.0590036;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000806108;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:72:72:72:0:39:33:0:0:16:0:39:31:0:0 chr14 22998619 . AC A 686.91 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0509679;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.2602;QD=45.0435;RBI=0.0594937;REFB=0.0974547;REVB=-0.0306882;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=-0.00616592;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.983607:60:62:60:61:1:30:30:0:1:8:0:30:30:0:0 chr14 23000062 . T C 885.1 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.087;QD=58.0395;RBI=0.0662021;REFB=0;REVB=0.0224974;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278791;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 23025932 . A T 2016.66 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422965;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.408;QD=62.5322;RBI=0.043993;REFB=0;REVB=0.0120992;RO=0;SAF=54;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69541e-05;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:129:0:0:128:129:1:74:54:0:0:75:54:0:0 chr14 23044002 . G T 501.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.617;QD=58.9465;RBI=0.0179476;REFB=0;REVB=0.0158337;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25513e-05;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr14 23081223 . T C 628.87 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0497881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6497;QD=48.3745;RBI=0.0613821;REFB=-0.0186407;REVB=0.0359013;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.51178;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00995201;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:1:4:48:48:0.923077:29:19:1:0:29:19:1:3 chr14 23235808 . G A 198.27 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0185916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.294;QD=9.22175;RBI=0.0187283;REFB=-0.0153336;REVB=0.00225933;RO=60;SAF=18;SAR=8;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078475;STB=0.546522;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0316812;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:8:18:38:22:8:18:38:22 chr14 23236524 . C T 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.298;QD=55.6058;RBI=0.0345298;REFB=-0.156782;REVB=0.0274356;RO=1;SAF=44;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106029;STB=0.505616;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000383851;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:14:44:1:0:14:44:1:0 chr14 23240328 . T A 707.49 PASS AF=0.622449;AO=60;DP=97;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0158576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7535;QD=28.8771;RBI=0.0170173;REFB=-0.0310612;REVB=-0.00617469;RO=33;SAF=40;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513209;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0171285;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:33:37:60:61:0.622449:20:40:22:11:20:41:26:11 chr14 23240713 . T TAGC 224.84 PASS AF=0.583333;AO=22;DP=41;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0214163;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.161;QD=24.9818;RBI=0.0337643;REFB=-0.0369447;REVB=0.026103;RO=18;SAF=3;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313351;STB=0.631435;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=0.0233972;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:22:41:21:36:15:3:18:5:10:99:18:3:19:7:11 chr14 23242828 . T C 642.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299913;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1782;QD=61.1671;RBI=0.0547127;REFB=0;REVB=0.0457603;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199351;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr14 23248112 . A G 215.05 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0740569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.2765;QD=21.5053;RBI=0.0829405;REFB=-0.032754;REVB=0.0373457;RO=17;SAF=3;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367544;STB=0.719753;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0190972;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:18:3:8:9:18:3:9:10 chr14 23282110 . A G 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.694;QD=44.6066;RBI=0.0419381;REFB=0.0173521;REVB=0.0298039;RO=2;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038199;STB=0.502073;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000509234;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:11:10:1:1:11:10:1:1 chr14 23282449 . C T 307.82 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0034413;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.816;QD=22.3869;RBI=0.0111652;REFB=-0.0258616;REVB=0.0106217;RO=23;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215116;STB=0.619633;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.020546;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:29:29:0.527273:9:20:10:13:9:20:10:13 chr14 23299286 . T C 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.774;QD=57.7079;RBI=0.00258631;REFB=0;REVB=0.00197048;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06484e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr14 23303641 . A C 687.05 PASS AF=0.916667;AO=50;DP=57;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0431324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.775;QD=45.8034;RBI=0.0538234;REFB=-0.0348515;REVB=0.0321956;RO=5;SAF=34;SAR=16;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237432;STB=0.513509;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00171306;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:57:60:5:5:50:55:0.916667:16:34:4:1:19:36:4:1 chr14 23306048 . C T 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000106348;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=316.648;QD=53.3646;RBI=0.0213515;REFB=-0.0629887;REVB=0.0213512;RO=1;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190217;STB=0.510197;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.000152976;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:24:5:0:1:24:5:0:1 chr14 23321900 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.562;QD=59.0179;RBI=0.0413084;REFB=0;REVB=0.0268007;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205327;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr14 23346615 . GCCCCCCT GCCCCCTC 60.14 PASS AF=0.157895;AO=7;DP=78;FAO=12;FDP=76;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=62;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0255923;FXX=0.0256377;HRUN=6;LEN=2;MLLD=108.552;QD=3.1652;RBI=0.0278151;REFB=-0.00894307;REVB=-0.0108956;RO=45;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542926;STB=0.86079;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=0.0352091;OID=.;OPOS=23346621;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:7:78:12:76:62:10:2:23:39:50:45:6:1:17:28 chr14 23374435 . G A 1109.7 PASS AF=1;AO=51;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.695;QD=60.8053;RBI=0.0778558;REFB=0;REVB=0.0742519;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318118;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:51:73:1:25:26:0:0:47:26:0:0 chr14 23374862 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.615;QD=55.0986;RBI=0.0393133;REFB=0;REVB=-0.0205621;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51114e-05;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr14 23398371 . CT CTC,TC 53.9 PASS AF=0.116883,0.116883;AO=8,13;DP=78;FAO=9,9;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=2,0;FSAR=7,9;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.122021,-0.0679056;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=12.6893,21.551;QD=2.80016;RBI=0.168184,0.10381;REFB=-0.0698469,-0.0490882;REVB=-0.115743,-0.0785202;RO=54;SAF=2,3;SAR=6,10;SRF=30;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.3625,-0.406454;STB=0.787153,0.998857;STBP=0.097,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0899433,0.180553;OID=.,.;OPOS=23398373,23398371;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:78:77:54:59:8,13:9,9:0.116883,0.116883:6,10:2,3:30:24:7,9:2,0:33:26 chr14 23398902 . C T 976.99 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0531895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.808;QD=57.4699;RBI=0.0945557;REFB=-0.127325;REVB=0.0781771;RO=1;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000844008;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:28:38:1:0:29:38:1:0 chr14 23398990 . T G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.526;QD=59.1429;RBI=0.0105027;REFB=0;REVB=-0.00185051;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42653e-05;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr14 23426182 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=54.5144;RBI=0.145278;REFB=0;REVB=0.0376078;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731853;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr14 23450725 . G C 30.52 PASS AF=0.114754;AO=8;DP=62;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0669912;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0416;QD=2.00102;RBI=0.127935;REFB=-0.0178809;REVB=-0.108993;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301702;STB=0.618202;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0664624;OID=.;OPOS=23450725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:62:61:53:54:8:7:0.114754:5:3:20:33:5:2:22:32 chr14 23530622 . T C 300.07 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0483525;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.59;QD=18.7545;RBI=0.0483538;REFB=-0.0131955;REVB=0.000355873;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411278;STB=0.516086;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0106369;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:32:32:32:0.5:13:19:17:14:13:19:18:14 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 375.14 PASS AF=0.366337,0.0693069;AO=36,7;DP=102;FAO=37,7;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=21,2;FSAR=16,5;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0126511,-0.0405187;FXX=0.00980296;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=241.377,91.572;QD=14.8569;RBI=0.0162713,0.0409777;REFB=-0.0225069,-0.0131924;REVB=-0.0102326,-0.00611588;RO=57;SAF=20,2;SAR=16,5;SRF=36;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0838491,-0.386955;STB=0.539943,0.784397;STBP=0.543,0.157;TYPE=ins,snp;VARB=0.0309562,0.0569513;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:57:57:36,7:37,7:0.366337,0.0693069:16,5:20,2:36:21:16,5:21,2:36:21 chr14 23549319 . A G 609.67 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0242101;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.873;QD=29.7402;RBI=0.0277249;REFB=-0.0139111;REVB=-0.0135108;RO=31;SAF=27;SAR=26;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829773;STB=0.570222;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00689973;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:31:29:53:53:0.646341:26:27:12:19:26:27:9:20 chr14 23549379 . C G 1038.33 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.775;QD=59.3332;RBI=0.0512073;REFB=0;REVB=0.0510702;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59947e-05;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:70:0:0:63:70:1:35:28:0:0:41:29:0:0 chr14 23549785 . T C 326.17 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.019843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.31;QD=17.3955;RBI=0.0200404;REFB=-0.0463334;REVB=0.00280532;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168708;STB=0.542349;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.04207;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:40:27:35:0.466667:13:14:24:11:14:21:27:13 chr14 23567774 . T A 126.61 PASS AF=0.3;AO=16;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00630254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.647;QD=8.44094;RBI=0.0640152;REFB=-0.00728171;REVB=-0.0637042;RO=32;SAF=15;SAR=1;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476283;STB=0.728877;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0149441;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:42:16:18:0.3:1:15:23:9:3:15:24:18 chr14 23569106 . A G 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.546;QD=57.1997;RBI=0.0276142;REFB=-0.00149122;REVB=0.0209306;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158867;STB=0.508471;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00017099;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:14:28:1:1:14:28:1:1 chr14 23571671 . A T 753.72 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.591;QD=56.8845;RBI=0.0101648;REFB=0;REVB=-0.00494475;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68152e-06;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:33:20:0:0 chr14 23595721 . A G 201.39 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.011778;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9149;QD=15.7955;RBI=0.0273266;REFB=5.16029e-05;REVB=-0.0246581;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306992;STB=0.500894;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.000237656;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:28:22:23:0.45098:8:14:17:11:9:14:17:11 chr14 23598952 . A G 871.72 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.351;QD=56.2399;RBI=0.0281478;REFB=-0.119859;REVB=0.0261041;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000457823;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:31:29:0:0:32:29:1:0 chr14 23746269 . C G 299.24 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00443506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.349;QD=13.758;RBI=0.00898637;REFB=-0.0311063;REVB=-0.00781569;RO=53;SAF=22;SAR=12;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282639;STB=0.516119;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0484781;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:12:22:33:20:12:22:33:20 chr14 23777374 . A G 1415.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.905;QD=62.9075;RBI=0.0295839;REFB=0;REVB=0.0112797;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72667e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr14 23779877 . C A 195.39 PASS AF=0.418182;AO=15;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0207982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.092;QD=14.2099;RBI=0.0386649;REFB=-0.0178431;REVB=0.0325947;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113647;STB=0.691444;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0290379;OID=.;OPOS=23779877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:31:32:15:23:0.418182:4:11:25:6:12:11:26:6 chr14 23829041 . TG GT 98.28 PASS AF=0.237113;AO=15;DP=88;FAO=23;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0111367;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.2531;QD=4.05278;RBI=0.130048;REFB=-0.000594245;REVB=-0.12957;RO=45;SAF=2;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562416;STB=0.782221;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.0198617;OID=.;OPOS=23829041;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:88:97:45:74:15:23:0.237113:13:2:26:19:20:3:31:43 chr14 23861811 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00913638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.661;QD=6.57321;RBI=0.0258511;REFB=0.00255874;REVB=0.0241828;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0072502;OID=.;OPOS=23861811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr14 23866189 . G A 123.28 PASS AF=0.228916;AO=19;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0221569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.619;QD=5.94129;RBI=0.0222475;REFB=0.00332084;REVB=0.00200568;RO=64;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549937;STB=0.533946;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0124666;OID=.;OPOS=23866189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:64:64:19:19:0.228916:12:7:21:43:12:7:21:43 chr14 23944505 . G A 547.87 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0247555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.05;QD=34.7855;RBI=0.0490222;REFB=0.00377332;REVB=0.0423124;RO=16;SAF=30;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128977;STB=0.56959;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00072573;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:16:47:47:0.746032:17:30:6:10:17:30:6:10 chr14 23944514 . C A 566.87 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00399903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.506;QD=35.9917;RBI=0.00847905;REFB=-0.0368905;REVB=0.00747677;RO=15;SAF=31;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144032;STB=0.577607;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00963089;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:17:31:5:10:17:31:5:10 chr14 23947374 . G A 412.74 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.017812;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.593;QD=23.9272;RBI=0.017836;REFB=-0.0102937;REVB=0.000924385;RO=29;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156038;STB=0.585569;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0036472;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:29:29:40:40:0.57971:22:18:19:10:22:18:19:10 chr14 24004353 . A AC 45.27 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00454344;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.1442;QD=6.24377;RBI=0.095504;REFB=-0.0754123;REVB=-0.0953959;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=ins;VARB=0.176169;OID=.;OPOS=24004354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:12:30:11:29:18:7:4:8:10:45:17:7:5:8:9 chr14 24028906 . GGC G,GG 414.59 PASS AF=0,0.958333;AO=9,35;DP=73;FAO=0,69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=0,46;FSAR=0,23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.262273,0.235988;FXX=0.0136968;HRUN=4,5;LEN=2,1;MLLD=8.33055,10.7133;QD=23.0327;RBI=0.308333,0.279318;REFB=0.0280242,-0.101745;REVB=-0.162117,0.149427;RO=17;SAF=0,27;SAR=9,8;SRF=15;SRR=2;SSEN=0.466667,0;SSEP=0,0.30137;SSSB=-0.844781,-0.100444;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0289462,0.0388916;OID=.,.;OPOS=24028907,24028908;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.958333:9,35:73:0,69:72:3:0,46:0,23:2:1:4:17:0,27:9,8:15:2 chr14 24261219 . T C 935.6 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0241125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0237;QD=54.2378;RBI=0.0622119;REFB=-0.0525559;REVB=0.0573491;RO=3;SAF=39;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.518513;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0176321;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:27:39:3:0:27:39:3:0 chr14 24261273 . G C 866.77 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0464433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.683;QD=53.3399;RBI=0.0484627;REFB=-0.149739;REVB=0.0138437;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012264;STB=0.513509;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0030546;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:1:3:62:62:0.953846:24:38:1:0:24:38:1:2 chr14 24261275 . C T 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.252;QD=58.7778;RBI=0.0384329;REFB=0;REVB=-0.0344291;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45919e-05;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr14 24261340 . A G 518.27 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1165;QD=59.2313;RBI=0.117938;REFB=0;REVB=0.00022452;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192807;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr14 24458162 . G C 1197.59 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00642522;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6275;QD=59.8793;RBI=0.0501433;REFB=-0.105557;REVB=-0.0497299;RO=1;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160428;STB=0.508472;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000994459;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:29:50:0:1:29:50:0:1 chr14 24470138 . C T 104.2 PASS AF=0.165289;AO=20;DP=120;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.016927;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.033;QD=3.44452;RBI=0.0241655;REFB=-0.00493955;REVB=-0.0172468;RO=98;SAF=15;SAR=5;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360879;STB=0.74664;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.027508;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:98:101:20:20:0.165289:5:15:46:52:5:15:46:55 chr14 24505722 . C G 317.91 PASS AF=0.371134;AO=34;DP=95;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0123248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.41;QD=13.1095;RBI=0.0139011;REFB=-0.0156132;REVB=-0.00642948;RO=60;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203771;STB=0.60485;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0256119;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:60:61:34:36:0.371134:12:22:28:32:13:23:29:32 chr14 24507010 . C A 255.32 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.043327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7447;QD=13.2635;RBI=0.0646676;REFB=-0.0163761;REVB=-0.0480069;RO=47;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568123;STB=0.532446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0258178;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:15:15:21:26:15:15:21:26 chr14 24526206 . TG CG,T 107.87 PASS AF=0.470588,0.294118;AO=5,5;DP=18;FAO=8,5;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=7,5;FSAR=1,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0187717,0.0259391;FXX=0.0555247;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=148.769,13.959;QD=25.3815;RBI=0.0277634,0.197503;REFB=-0.0453468,-0.029923;REVB=0.0204555,-0.195793;RO=4;SAF=5,5;SAR=0,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.252469;SSEP=0,0.208773;SSSB=0.7737,0.7737;STB=0.776952,0.997326;STBP=0.03,0.012;TYPE=snp,del;VARB=0.0415908,-0.0431238;OID=.,.;OPOS=24526206,24526207;OREF=T,G;OALT=C,-;OMAPALT=CG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:18:17:4:4:5,5:8,5:0.470588,0.294118:0,0:5,5:1:3:1,0:7,5:1:3 chr14 24527220 . C T 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000139693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.169;QD=25.2764;RBI=0.00835906;REFB=-0.0222516;REVB=0.0083579;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263955;STB=0.514691;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0154732;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:8:4:7:12:8:4 chr14 24529209 . C T 239.53 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0293926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.416;QD=16.5191;RBI=0.030964;REFB=-0.0104739;REVB=0.00973882;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180839;STB=0.574044;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0134125;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:31:27:27:0.465517:8:19:14:13:8:19:18:13 chr14 24529260 . C T 306.76 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00571933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.285;QD=22.7226;RBI=0.031493;REFB=-0.0207226;REVB=0.0309693;RO=23;SAF=22;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126668;STB=0.570212;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0126626;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:9:22:13:10:9:22:13:10 chr14 24529890 . A G 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00994329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.872;QD=52.7679;RBI=0.0377884;REFB=0.129533;REVB=0.0364568;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.54542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00324041;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:23:5:1:0:23:5:1:0 chr14 24543808 . G C 287.57 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00692574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.222;QD=15.9762;RBI=0.0156194;REFB=-0.0176647;REVB=0.014;RO=40;SAF=24;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631268;STB=0.535691;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0232494;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:8:24:28:12:8:24:28:12 chr14 24545375 . C T 499.68 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9673;QD=58.7863;RBI=0.0539831;REFB=0;REVB=0.0489847;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668986;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr14 24551796 . A AC,C 78.4 PASS AF=0.134021,0.0824742;AO=15,10;DP=100;FAO=13,8;FDP=97;FR=.;FRO=76;FSAF=2,6;FSAR=11,2;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=-0.107713,-0.105872;FXX=0.010203;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=53.0878,63.0446;QD=3.23305;RBI=0.107721,0.106174;REFB=-0.0019631,0.00162071;REVB=0.00132865,-0.00800311;RO=75;SAF=2,7;SAR=13,3;SRF=31;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.421201,0.33627;STB=0.772254,0.78342;STBP=0.064,0.117;TYPE=ins,snp;VARB=0.108969,0.123517;OID=.,.;OPOS=24551797,24551796;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:100:97:75:76:15,10:13,8:0.134021,0.0824742:13,3:2,7:31:44:11,2:2,6:32:44 chr14 24567498 . A C 2329.78 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8971;QD=63.8297;RBI=0.0778877;REFB=0;REVB=-0.0764296;RO=0;SAF=86;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357016;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:145:146:1:59:86:0:0:60:86:0:0 chr14 24587639 . G A 1044.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.584;QD=59.6726;RBI=0.01921;REFB=0;REVB=0.000132648;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14087e-05;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr14 24587667 . C T 1382.51 PASS AF=0.988889;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.062;QD=61.4449;RBI=0.0395329;REFB=-0.110537;REVB=0.0137464;RO=1;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976886;STB=0.504853;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000193537;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:90:1:1:86:89:0.988889:38:48:1:0:38:51:1:0 chr14 24607541 . TCTC T 301.82 PASS AF=0.388889;AO=32;DP=93;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=0.0148352;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.199;QD=13.4142;RBI=0.0314045;REFB=-0.0238422;REVB=-0.0276795;RO=55;SAF=27;SAR=5;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225974;STB=0.609873;STBP=0.156;TYPE=del;VARB=0.0304363;OID=.;OPOS=24607542;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:32:93:35:90:55:29:6:39:16:99:55:27:5:39:16 chr14 24614361 . T G 1606.5 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.856;QD=64.2599;RBI=0.0573303;REFB=0;REVB=0.0550964;RO=0;SAF=63;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171627;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:36:63:0:0:37:63:0:0 chr14 24615435 . T C 1840.65 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.872;QD=61.3551;RBI=0.0189207;REFB=0;REVB=-0.00299672;RO=0;SAF=75;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71883e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:45:75:0:0:45:75:0:0 chr14 24617238 . C T 1194.98 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.784;QD=59.7491;RBI=0.0761839;REFB=-0.161755;REVB=0.0703525;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000646824;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:43:35:1:0:44:35:1:0 chr14 24624365 . G GC 37.82 PASS AF=0.243243;AO=10;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0419432;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.8076;QD=4.0888;RBI=0.0439059;REFB=-0.00878445;REVB=0.0129807;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896548;STB=0.512168;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=0.13926;OID=.;OPOS=24624366;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:10:37:9:37:28:5:4:16:12:37:26:5:5:15:11 chr14 24629744 . G A 884.32 PASS AF=0.622047;AO=79;DP=128;FAO=79;FDP=127;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00721705;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.668;QD=27.8527;RBI=0.0150382;REFB=-0.0118491;REVB=0.0131932;RO=47;SAF=35;SAR=44;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174438;STB=0.513788;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00583827;OID=.;OPOS=24629744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:47:48:79:79:0.622047:44:35:22:25:44:35:23:25 chr14 24641838 . C T 217.3 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394308;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.584;QD=48.2891;RBI=0.0600954;REFB=-0.0718504;REVB=0.0453505;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122159;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr14 24642348 . C T 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.074;QD=58.2346;RBI=0.0524108;REFB=0;REVB=0.044596;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191898;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr14 24646406 . G A,GGAA 550.88 PASS AF=0.0740741,0.796296;AO=4,41;DP=54;FAO=4,43;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=4,26;FSAR=0,17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0623716,0.00141001;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=61.3727,240.134;QD=40.806;RBI=0.0648747,0.0134241;REFB=-0.00967286,-0.0685984;REVB=0.0178467,0.0133498;RO=9;SAF=4,24;SAR=0,17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.711769,0.0481638;STB=0.997273,0.54578;STBP=0.019,0.152;TYPE=snp,ins;VARB=0.0563362,0.0121328;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:54:54:9:7:4,41:4,43:0.0740741,0.796296:0,17:4,24:4:5:0,17:4,26:2:5 chr14 24647814 . T C 955.35 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.291;QD=58.7908;RBI=0.0730728;REFB=0;REVB=0.0107873;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202735;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:25:37:0:0:25:40:0:0 chr14 24651192 . G GC 39.51 PASS AF=0.225352;AO=15;DP=73;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0445447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.4101;QD=2.22603;RBI=0.105559;REFB=-0.0603691;REVB=-0.0956995;RO=55;SAF=13;SAR=2;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337606;STB=0.732634;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=0.141875;OID=.;OPOS=24651193;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225352:15:73:16:71:55:14:2:37:18:39:55:13:2:37:18 chr14 24653965 . C T 623.82 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0984995;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8751;QD=59.4112;RBI=0.0986526;REFB=-0.181338;REVB=0.00549313;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00312049;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:1:0:28:13:1:0 chr14 24654489 . T C 1313.19 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390537;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.672;QD=61.0786;RBI=0.0395127;REFB=-0.0213758;REVB=-0.00600557;RO=1;SAF=43;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108899;STB=0.505746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000269562;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:1:1:85:85:0.988372:42:43:1:0:42:43:1:0 chr14 24657407 . T G 1430.3 PASS AF=1;AO=54;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.849;QD=63.5691;RBI=0.143376;REFB=0;REVB=0.129727;RO=0;SAF=48;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250735;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:54:90:1:6:48:0:0:35:55:0:0 chr14 24682767 . C T 800.95 PASS AF=0.666667;AO=65;DP=99;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0441374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6758;QD=32.3617;RBI=0.0634701;REFB=-0.0215018;REVB=0.0456108;RO=32;SAF=21;SAR=44;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976988;STB=0.550443;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00810186;OID=.;OPOS=24682767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:32:33:65:66:0.666667:44:21:15:17:45:21:15:18 chr14 24683266 . CA C 54.11 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0139674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.1885;QD=5.69576;RBI=0.135085;REFB=-0.000863651;REVB=-0.134361;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257528;STB=0.505145;STBP=0.997;TYPE=del;VARB=-0.0102329;OID=.;OPOS=24683267;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:38:11:38:27:7:4:17:10:54:26:7:4:16:10 chr14 24702789 . C T 631.04 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=93;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00687319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.103;QD=26.8527;RBI=0.00774748;REFB=-0.0154757;REVB=-0.00357528;RO=37;SAF=30;SAR=25;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164719;STB=0.517605;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0101512;OID=.;OPOS=24702789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:37:38:55:56:0.595745:25:30:21:16:26:30:22:16 chr14 24728326 . C T 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.000490676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.968;QD=7.78042;RBI=0.0140049;REFB=0.0045295;REVB=-0.0139963;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678116;STB=0.553691;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.011223;OID=.;OPOS=24728326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:44:17:17:0.278689:7:10:27:15:7:10:29:15 chr14 24729687 . C T 378.18 PASS AF=0.31875;AO=46;DP=156;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=34;FWDB=-0.0120891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.47;QD=9.45456;RBI=0.0128199;REFB=-0.0152672;REVB=0.00426665;RO=110;SAF=37;SAR=9;SRF=75;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197728;STB=0.587239;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0343558;OID=.;OPOS=24729687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:160:110:109:46:51:0.31875:9:37:75:35:11:40:75:34 chr14 24736027 . G A 644.1 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0190247;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8432;QD=56.0087;RBI=0.0330657;REFB=-0.184637;REVB=0.0270444;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00760793;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:46:0:3:43:43:0.934783:22:21:0:0:22:21:2:1 chr14 24736961 . T C 1472.57 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.965;QD=63.3363;RBI=0.0322003;REFB=0;REVB=-0.0239613;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77135e-06;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr14 24760764 . G A 96.15 PASS AF=0.2;AO=16;DP=81;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0247445;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.286;QD=4.80772;RBI=0.0265025;REFB=-0.00512892;REVB=-0.00949163;RO=63;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127396;STB=0.586849;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0141932;OID=.;OPOS=24760764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:81:80:63:64:16:16:0.2:9:7:34:29:9:7:35:29 chr14 24771256 . T C 3115.29 PASS AF=0.994924;AO=192;DP=194;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0219523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.235;QD=63.2547;RBI=0.0375231;REFB=-0.0748526;REVB=0.0304315;RO=1;SAF=100;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514818;STB=0.502645;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000121191;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:197:1:1:192:196:0.994924:92:100:0:1:94:102:0:1 chr14 24786292 . T TG 197.33 PASS AF=1;AO=6;DP=33;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060052;FXX=0.472091;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.0553;QD=41.5427;RBI=0.100738;REFB=0;REVB=-0.0808826;RO=27;SAF=0;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.673697;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0167058;OID=.;OPOS=24786293;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:33:19:19:0:0:19:0:0:3:27:0:6:12:15 chr14 24786293 . T C,G 416.54 PASS AF=0.166667,0.722222;AO=6,26;DP=36;FAO=6,26;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=0,11;FSAR=6,15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0139681,0.0346298;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=36.1968,169.566;QD=46.2825;RBI=0.0227897,0.048804;REFB=0.00551321,-0.0166285;REVB=0.0180074,0.034389;RO=4;SAF=0,11;SAR=6,15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812478,-0.142132;STB=0.997995,0.576864;STBP=0.002,0.055;TYPE=snp,snp;VARB=0.075844,0.00156889;OID=.,.;OPOS=24786293,24786293;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:36:36:4:4:6,26:6,26:0.166667,0.722222:6,15:0,11:4:0:6,15:0,11:4:0 chr14 24786976 . T C 715.05 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.769;QD=60.8553;RBI=0.0357548;REFB=-0.114969;REVB=0.0287954;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00122624;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr14 24793600 . G A 175.38 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.959;QD=46.7687;RBI=0.0508396;REFB=0;REVB=0.00611897;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242118;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr14 24795495 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000632588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.821;QD=44.6898;RBI=0.000670145;REFB=0;REVB=-0.000221195;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19536e-06;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr14 24802018 . G A 260.29 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0045024;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.833;QD=21.6908;RBI=0.0104421;REFB=-0.0113704;REVB=0.00942152;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688202;STB=0.572094;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0123614;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:18:22:26:26:0.541667:11:15:12:6:11:15:16:6 chr14 24805463 . G T 260.42 PASS AF=0.372093;AO=29;DP=82;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.083408;FXX=0.0227247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.8416;QD=12.1126;RBI=0.125946;REFB=-0.054606;REVB=0.0943684;RO=52;SAF=18;SAR=11;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396451;STB=0.531231;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0729321;OID=.;OPOS=24805463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:52:54:29:32:0.372093:11:18:34:18:14:18:33:21 chr14 24821299 . C T 273.86 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0348576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.146;QD=17.6686;RBI=0.0413454;REFB=0.00371788;REVB=-0.0222348;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129524;STB=0.502187;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00369472;OID=.;OPOS=24821299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:13:18:17:13:14:18 chr14 24838937 . C T 213.2 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00495726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.743;QD=10.4001;RBI=0.0287556;REFB=-0.0074041;REVB=0.0283251;RO=54;SAF=23;SAR=4;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347764;STB=0.703905;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00850109;OID=.;OPOS=24838937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:55:27:27:0.329268:4:23:34:20:4:23:35:20 chr14 24839165 . C T 884.45 PASS AF=0.721649;AO=70;DP=97;FAO=70;FDP=97;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0442518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2398;QD=36.4723;RBI=0.0801838;REFB=-0.0190821;REVB=-0.0668672;RO=26;SAF=40;SAR=30;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947615;STB=0.545981;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00654744;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:26:27:70:70:0.721649:30:40:10:16:30:40:11:16 chr14 24846757 . A G 248.08 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0126379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.081;QD=18.7228;RBI=0.0132061;REFB=-0.0304491;REVB=-0.00383199;RO=26;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775618;STB=0.527757;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0500061;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:8:18:16:10:9:18:16:10 chr14 24888335 . T C 908.38 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0556155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.153;QD=52.6595;RBI=0.056297;REFB=-0.0513066;REVB=-0.00873301;RO=3;SAF=16;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806948;STB=0.555538;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0233035;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:69:3:4:65:65:0.942029:49:16:3:0:49:16:4:0 chr14 24898558 . C T 1295.68 PASS AF=0.988095;AO=70;DP=86;FAO=83;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111831;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.957;QD=61.699;RBI=0.112669;REFB=0;REVB=-0.0137158;RO=2;SAF=31;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295251;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139364;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:84:2:0:70:83:0.988095:39:31:2:0:40:43:0:0 chr14 24901249 . A C 116.32 PASS AF=0.7;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.028662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.753;QD=23.263;RBI=0.0321667;REFB=-0.0193249;REVB=0.0146008;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119933;STB=0.52937;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00984851;OID=.;OPOS=24901249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:20:3:6:11:14:0.7:4:7:1:2:6:8:4:2 chr14 24901276 . G T 97.76 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0533987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.0002;QD=26.0683;RBI=0.145701;REFB=-0.235962;REVB=0.135563;RO=4;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172958;STB=0.529356;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0580233;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:14:15:4:4:10:11:0.733333:1:9:3:1:2:9:3:1 chr14 24906534 . G A 142.41 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0917383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7342;QD=8.76354;RBI=0.0917531;REFB=-0.0305573;REVB=-0.0016442;RO=45;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970091;STB=0.557546;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0536482;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:11:9:24:21:11:9:24:21 chr14 24907508 . C CA 218.29 PASS AF=0.329412;AO=55;DP=179;FAO=56;FDP=170;FR=.;FRO=114;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0367709;FXX=0.01734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1479;QD=5.13617;RBI=0.0459555;REFB=-0.0408259;REVB=-0.0275646;RO=121;SAF=34;SAR=21;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490493;STB=0.501084;STBP=0.987;TYPE=ins;VARB=0.0364045;OID=.;OPOS=24907509;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.329412:55:179:56:170:114:33:23:67:47:99:121:34:21:70:51 chr14 24907552 . C T 463.85 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.00332242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.894;QD=14.9627;RBI=0.0122843;REFB=-0.014699;REVB=-0.0118265;RO=72;SAF=30;SAR=22;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513937;STB=0.528835;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0193153;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:22:30:45:27:22:30:45:27 chr14 24907580 . G A 351.87 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0240344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7764;QD=15.6386;RBI=0.0242428;REFB=-0.00912655;REVB=0.00317237;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399807;STB=0.512538;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0193369;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:52:38:38:0.422222:16:22:27:23:16:22:29:23 chr14 24909362 . T C 410.18 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0177093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.705;QD=26.4634;RBI=0.0250629;REFB=-0.00196543;REVB=-0.017735;RO=22;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055512;STB=0.522377;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00114912;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:23:39:39:0.629032:21:18:12:10:21:18:12:11 chr14 24909475 . C G 165.75 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000695252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.088;QD=14.4131;RBI=0.0715358;REFB=-0.0141124;REVB=-0.0715325;RO=28;SAF=17;SAR=1;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56232;STB=0.841826;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0149149;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:1:17:18:10:1:17:18:10 chr14 24909628 . GCC GAC,G,GC 711.5 PASS AF=0.412371,0.278351,0.0824742;AO=31,16,17;DP=96;FAO=40,27,8;FDP=97;FR=.;FRO=22;FSAF=28,26,1;FSAR=12,1,7;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=0.00579769,-0.0372154,-0.0731601;FXX=0.029997;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=83.8937,15.7081,9.30955;QD=29.3402;RBI=0.00927418,0.12349,0.241998;REFB=-0.000583377,-0.0755409,-0.141948;REVB=-0.0072386,-0.117749,-0.230674;RO=9;SAF=26,16,1;SAR=5,0,16;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0.494118,0.494118;SSEP=0,0.470588,0.470588;SSSB=0.43215,0.867642,0.201077;STB=0.739016,0.957975,0.80522;STBP=0,0,0.863;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00333947,-0.0350314,0.205229;OID=.,.,.;OPOS=24909629,24909629,24909629;OREF=C,CC,C;OALT=A,-,-;OMAPALT=GAC,G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.412371,0.278351,0.0824742:31,16,17:96:40,27,8:97:22:28,26,1:12,1,7:0:22:99:9:26,16,1:5,0,16:0:9 chr14 24909731 . C T 481.8 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.09426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9009;QD=28.764;RBI=0.0963835;REFB=-0.00819812;REVB=-0.0201207;RO=23;SAF=11;SAR=33;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142746;STB=0.577944;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0075638;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:33:11:10:13:33:11:10:13 chr14 24910210 . C A 1062.7 PASS AF=0.634483;AO=91;DP=145;FAO=92;FDP=145;FR=.;FRO=53;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00437859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.234;QD=29.3158;RBI=0.00850648;REFB=-0.0186081;REVB=0.00729302;RO=52;SAF=53;SAR=38;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694306;STB=0.53587;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0130574;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:52:53:91:92:0.634483:38:53:25:27:38:54:26:27 chr14 24910973 . TT GA 525.92 PASS AF=0.71875;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0336955;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=117.152;QD=32.8697;RBI=0.056427;REFB=-0.0230997;REVB=0.0452617;RO=18;SAF=30;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543707;STB=0.529399;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.0154012;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:18:18:46:46:0.71875:16:30:10:8:16:30:10:8 chr14 24911452 . T C 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0622336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.357;QD=8.52514;RBI=0.062603;REFB=-0.00100133;REVB=0.00679055;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150398;STB=0.570948;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00465028;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:11:5:8:30:11:5:9:30 chr14 24970942 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1796;QD=53.9015;RBI=0.0453852;REFB=0;REVB=-0.0432085;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136757;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 24975435 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.951;QD=48.7373;RBI=0.00635511;REFB=0;REVB=-0.0054088;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80715e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr14 24976657 . G T 140.27 PASS AF=0.233333;AO=22;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0158296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.907;QD=6.23415;RBI=0.0814365;REFB=0.0182609;REVB=0.0798832;RO=66;SAF=15;SAR=7;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824056;STB=0.53655;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0684138;OID=.;OPOS=24976657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:66:69:22:21:0.233333:7:15:41:25:7:14:43:26 chr14 25102160 . C T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7206;QD=58.5971;RBI=0.060677;REFB=0;REVB=0.0531141;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192921;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr14 28102476 . CTA C 704.11 PASS AF=0.631068;AO=57;DP=107;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00657232;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=231.669;QD=27.3439;RBI=0.0171645;REFB=-0.0558639;REVB=-0.0158563;RO=37;SAF=35;SAR=22;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246306;STB=0.648325;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0247866;OID=.;OPOS=28102477;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631068:57:107:65:103:38:43:22:10:28:99:37:35:22:10:27 chr14 29247285 . CTTTTT CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT,TTTTCT 241.08 PASS AF=0.189189,0.216216,0.513514,0.0540541,0.027027;AO=2,5,5,9,3;DP=34;FAO=7,8,19,2,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,15,2,0;FSAR=7,5,4,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920767,0.0869956,0.124697,0.253707,0.00654992;FXX=0.0749813;HRUN=13,13,13,13,2;LEN=1,3,2,1,5;MLLD=160.593,9.29508,7.7223,3.55935,152.125;QD=26.0625;RBI=0.023948,0.103936,0.137433,0.365455,0.0246006;REFB=0.0173082,0.00393078,0.00438597,0.00368087,0.0185021;REVB=0.0221072,0.0568731,0.0577791,0.263041,0.0237127;RO=1;SAF=0,2,4,8,0;SAR=2,3,1,1,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.697199,-0.169284,-0.0951258,-0.0524171,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.119165,0.0613843,0.0420544,-0.117425,0.0843347;OID=.,.,.,.,.;OPOS=29247290,29247286,29247286,29247286,29247285;OREF=T,TTT,TT,T,CTTTT;OALT=C,-,-,-,TTTTC;OMAPALT=CTTTTC,CTT,CTTT,CTTTT,TTTTCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:45:34:37:1:0:2,5,5,9,3:7,8,19,2,1:0.189189,0.216216,0.513514,0.0540541,0.027027:2,3,1,1,3:0,2,4,8,0:1:0:7,5,4,0,1:0,3,15,2,0:0:0 chr14 29261304 . TAAAAA TAAAA,TAAAAAAAC 176.69 PASS AF=0.21875,0.5;AO=5,10;DP=34;FAO=7,16;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=3,9;FSAR=4,7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.072198,-0.0395718;FXX=0.0588062;HRUN=8,8;LEN=1,3;MLLD=5.2922,175.933;QD=22.0861;RBI=0.119639,0.0457354;REFB=-0.167903,-0.0369347;REVB=0.0953985,0.0229303;RO=8;SAF=3,6;SAR=2,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0987559,0.0784731;STB=0.509065,0.54266;STBP=0.959,0.631;TYPE=del,ins;VARB=-0.0125783,0.0275467;OID=.,.;OPOS=29261305,29261310;OREF=A,-;OALT=-,AAC;OMAPALT=TAAAA,TAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.21875,0.5:5,10:34:7,16:32:9:3,9:4,7:4:5:39:8:3,6:2,4:4:4 chr14 30045978 . C T 436.37 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00483985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.715;QD=21.2861;RBI=0.0050974;REFB=-0.0122904;REVB=-0.00159979;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111914;STB=0.561725;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00751401;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:22:21:14:25:22:21:14:25 chr14 30066929 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0456435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8165;QD=6.01598;RBI=0.0516296;REFB=0.00106166;REVB=0.0241306;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259708;STB=0.6696;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.000146967;OID=.;OPOS=30066929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:11:11:5:2:11:11 chr14 30125660 . A G 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0285109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4723;QD=10.4358;RBI=0.0285908;REFB=-0.0021138;REVB=-0.0021366;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616882;STB=0.536909;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00866095;OID=.;OPOS=30125660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:11:16:7:6:11:16 chr14 31099738 . A G 149.93 PASS AF=0.287671;AO=22;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0207936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2534;QD=8.21534;RBI=0.0209749;REFB=-0.00742363;REVB=0.0027518;RO=49;SAF=10;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159177;STB=0.617651;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0215701;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:52:22:21:0.287671:12:10:29:20:12:9:31:21 chr14 31355096 . C G 553.78 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=75;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00940728;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.079;QD=29.9341;RBI=0.00971241;REFB=-0.0124486;REVB=0.00241536;RO=25;SAF=24;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00610319;STB=0.50331;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00945643;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:25:25:49:49:0.662162:25:24:12:13:25:24:12:13 chr14 31359847 . T A 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.748;QD=56.9993;RBI=0.0768839;REFB=0;REVB=0.0358695;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508261;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr14 31420098 . C T 95.63 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.123066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1086;QD=5.88513;RBI=0.123075;REFB=-0.009129;REVB=-0.00151581;RO=48;SAF=12;SAR=3;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286584;STB=0.671501;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0355761;OID=.;OPOS=31420098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:48:50:15:15:0.230769:3:12:29:19:3:12:31:19 chr14 31578762 . C T 754.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.608;QD=62.8623;RBI=0.0390013;REFB=0;REVB=0.0206665;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432059;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:25:21:0:0:25:23:0:0 chr14 31582380 . A G 575.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9741;QD=60.5985;RBI=0.113512;REFB=0;REVB=0.0930887;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239233;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr14 31582526 . T C 2278.05 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287048;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.635;QD=63.7215;RBI=0.0400964;REFB=0;REVB=0.0279957;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43227e-05;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:69:74:0:0:69:74:0:0 chr14 31583173 . G A 467.19 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0392725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.234;QD=28.3145;RBI=0.0399666;REFB=-0.0291743;REVB=-0.00741602;RO=23;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759828;STB=0.541292;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0151786;OID=.;OPOS=31583173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:20:23:15:8:20:23:15:8 chr14 31598248 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0440088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0025;QD=21.9703;RBI=0.057541;REFB=-0.0253859;REVB=-0.0370701;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592807;STB=0.5333;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0182332;OID=.;OPOS=31598248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:9:8:8:12:9:8 chr14 31619392 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.66;QD=59.4351;RBI=0.0473966;REFB=0;REVB=0.00173942;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013197;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr14 31647241 . G A 1107.79 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2432;QD=59.8807;RBI=0.0696578;REFB=0;REVB=-0.069573;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276662;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:24:49:0:0:24:50:0:0 chr14 31763142 . T G 292.72 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00848902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.589;QD=27.2301;RBI=0.0112709;REFB=-0.0181235;REVB=0.0074142;RO=17;SAF=19;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120948;STB=0.56711;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0112089;OID=.;OPOS=31763142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:7:19:10:7:7:19:10:7 chr14 31819047 . C T 648.99 PASS AF=0.670588;AO=54;DP=82;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0213076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.509;QD=30.5405;RBI=0.031296;REFB=-0.00112238;REVB=-0.0229221;RO=28;SAF=38;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188151;STB=0.509052;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00113613;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:28:28:54:57:0.670588:16:38:19:9:17:40:19:9 chr14 31819913 . A G 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0225059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7151;QD=29.8273;RBI=0.0384712;REFB=0.0159872;REVB=0.0312013;RO=6;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642547;STB=0.535669;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0056377;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:10:6:3:3:10:6:3:3 chr14 31864485 . G C 758.86 PASS AF=0.64486;AO=69;DP=107;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0246495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.816;QD=28.3687;RBI=0.0289971;REFB=-0.0356429;REVB=0.015272;RO=38;SAF=47;SAR=22;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933422;STB=0.550601;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0192077;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:38:38:69:69:0.64486:22:47:21:17:22:47:21:17 chr14 31917203 . T C 149.14 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0504198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.392;QD=9.62213;RBI=0.0506974;REFB=-0.00123108;REVB=0.00529762;RO=42;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228607;STB=0.635043;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00475416;OID=.;OPOS=31917203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:7:13:19:23:7:13:19:23 chr14 31952257 . A G 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0031675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.543;QD=10.14;RBI=0.00327257;REFB=-0.00170516;REVB=0.000822588;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166153;STB=0.629409;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00482466;OID=.;OPOS=31952257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:23:25:12:12:0.324324:4:8:12:11:4:8:12:13 chr14 31952754 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0159924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.898;QD=7.12521;RBI=0.0179884;REFB=-0.0122744;REVB=0.00823555;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143116;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0556834;OID=.;OPOS=31952754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:10:8:4:3:10:8 chr14 32071665 . G A 651.74 PASS AF=0.596154;AO=62;DP=104;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0237608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.326;QD=25.0669;RBI=0.0289676;REFB=-0.0161866;REVB=-0.0165695;RO=40;SAF=27;SAR=35;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100947;STB=0.542397;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0100762;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:40:42:62:62:0.596154:35:27:12:28:35:27:14:28 chr14 32123347 . A C 45.34 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0897712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3256;QD=10.0755;RBI=0.0898561;REFB=-0.0266663;REVB=-0.00390635;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0439195;OID=.;OPOS=32123347;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:4:7:4:3:4:7 chr14 32414145 . C A 650.37 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.786;QD=61.9401;RBI=0.0686129;REFB=0;REVB=0.0489461;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300871;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr14 32419331 . C T 1026.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.006;QD=57.8354;RBI=0.0355587;REFB=0;REVB=0.0345212;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055534;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:34:33:0:0:34:37:0:0 chr14 33004949 . G A 170.9 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.020038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2902;QD=20.7148;RBI=0.0213346;REFB=-0.0526972;REVB=-0.00732402;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257989;STB=0.644995;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0474247;OID=.;OPOS=33004949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:16:16:0.484848:8:8:3:12:8:8:3:12 chr14 33046388 . A G 558.35 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0137003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.47;QD=51.9391;RBI=0.0138842;REFB=0.0514056;REVB=-0.00225284;RO=4;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813095;STB=0.543456;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000520073;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:21:18:0:4:21:18:0:4 chr14 33292743 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00289959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.209;QD=18.0506;RBI=0.0134668;REFB=-0.00105448;REVB=0.013151;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.597357;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000722033;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:4:4:7:3:4:4 chr14 33293122 . A G 145.38 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0120892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.511;QD=15.7166;RBI=0.0458726;REFB=-0.0287315;REVB=0.0442509;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.675483;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0137825;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:4:16:8:8:4:17 chr14 33293531 . T A 711.56 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00713322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9721;QD=31.6251;RBI=0.0255228;REFB=-0.0163441;REVB=-0.0245057;RO=30;SAF=40;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131785;STB=0.571404;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0138482;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:30:30:60:60:0.666667:20:40:14:16:20:40:14:16 chr14 33294042 . G A 301.13 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0954174;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0339;QD=23.1642;RBI=0.0955205;REFB=-0.0226308;REVB=0.00443771;RO=21;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524803;STB=0.536561;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0265125;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:21:22:30:30:0.576923:12:18:14:7:12:18:15:7 chr14 34047414 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0859675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.027;QD=33.4251;RBI=0.0879935;REFB=0;REVB=0.0187737;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00651579;OID=.;OPOS=34047414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr14 34393602 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.110126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6065;QD=36.348;RBI=0.139763;REFB=0.0590671;REVB=0.0860587;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00247285;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:9:2:0:0:9:2:0:1 chr14 34395148 . GA G,GG 676.06 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=41,3;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322798,0.0295296;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=307.612,291.055;QD=61.4599;RBI=0.0394932,0.0343227;REFB=0,0;REVB=0.0227536,0.0174943;RO=0;SAF=20,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000150795,-0.00434969;OID=.,.;OPOS=34395149,34395149;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:41,3:44:42,2:44:0:21,0:21,2:0:0:9:0:20,1:21,2:0:0 chr14 35062312 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.265;QD=60.6101;RBI=0.00950652;REFB=0;REVB=-0.00280056;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3155e-06;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr14 35099099 . A G 135.39 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0540427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1104;QD=9.671;RBI=0.0818906;REFB=-0.00405206;REVB=-0.0615261;RO=38;SAF=12;SAR=6;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132134;STB=0.577385;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0045544;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:6:12:29:9:6:12:29:9 chr14 35242828 . G A 318.48 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0268513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.019;QD=36.3974;RBI=0.044386;REFB=-0.0832616;REVB=0.0353429;RO=8;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135317;STB=0.568491;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0287617;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:8:8:26:27:0.771429:11:15:7:1:11:16:7:1 chr14 35591174 . T C 308.85 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0677883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8429;QD=11.1296;RBI=0.0850549;REFB=-0.0240735;REVB=-0.0513721;RO=72;SAF=28;SAR=11;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345801;STB=0.699236;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0357046;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:72:39:39:0.351351:11:28:30:42:11:28:30:42 chr14 35592538 . C G 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0305393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4616;QD=10.3662;RBI=0.039;REFB=0.00254273;REVB=0.024256;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193382;STB=0.612936;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00373361;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:13:9:25:18:13:9:25:18 chr14 36004075 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6443;QD=44.6858;RBI=0.028627;REFB=0;REVB=-0.0095511;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000852768;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr14 36004247 . C CG 78.09 PASS AF=0.238095;AO=24;DP=109;FAO=25;FDP=105;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=-0.0242101;FXX=0.0186898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.3624;QD=2.9748;RBI=0.0964656;REFB=-0.0110558;REVB=-0.0933781;RO=82;SAF=15;SAR=9;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259931;STB=0.649138;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.0794747;OID=.;OPOS=36004248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:24:109:25:105:80:15:10:32:48:78:82:15:9:34:48 chr14 36004822 . C G 413.49 PASS AF=0.761905;AO=22;DP=44;FAO=32;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.170653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.316;QD=39.3802;RBI=0.173229;REFB=-0.0516903;REVB=0.029764;RO=12;SAF=0;SAR=22;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.851469;STB=0.533907;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0203309;OID=.;OPOS=36004822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:42:12:10:22:32:0.761905:22:0:6:6:23:9:4:6 chr14 36789729 . T G 1010.46 PASS AF=0.986111;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0390618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.383;QD=56.1367;RBI=0.0392727;REFB=-0.139064;REVB=0.00406443;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.506022;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00083487;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:72:1:1:67:71:0.986111:29:38:1:0:30:41:1:0 chr14 36789775 . A T 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.261;QD=63.8506;RBI=0.0225201;REFB=0;REVB=-5.53224e-05;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69647e-05;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr14 36789795 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.097;QD=56.7038;RBI=0.0646309;REFB=0;REVB=-0.010955;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544637;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr14 36840650 . A T 1324.28 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631272;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.144;QD=62.3192;RBI=0.0167144;REFB=0;REVB=0.0154765;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39243e-06;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr14 37063123 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.144;QD=60.6102;RBI=0.0366594;REFB=0;REVB=0.0290754;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60034e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr14 37063294 . A G 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.669;QD=57.6304;RBI=0.0305317;REFB=0;REVB=0.0302917;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32237e-05;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr14 37135753 . G C 1375.74 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.589;QD=62.5334;RBI=0.0483447;REFB=0;REVB=0.0231125;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49162e-05;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:51:35:0:0:51:37:0:0 chr14 37180685 . T C 263.08 PASS AF=0.32;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0197158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.728;QD=10.5231;RBI=0.0259283;REFB=-0.00713211;REVB=-0.0168394;RO=67;SAF=11;SAR=21;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127126;STB=0.580212;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0202822;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:67:68:32:32:0.32:21:11:30:37:21:11:31:37 chr14 37203697 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00876932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1003;QD=7.79557;RBI=0.010106;REFB=0.00336912;REVB=-0.0050229;RO=51;SAF=12;SAR=8;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132244;STB=0.586505;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00803556;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:52:20:20:0.277778:8:12:25:26:8:12:25:27 chr14 37344229 . A AG 157.17 PASS AF=0.5;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00470721;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=185.034;QD=18.4904;RBI=0.0332076;REFB=-0.00190359;REVB=0.0328723;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545554;STB=0.805382;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.00475104;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:16:35:17:34:17:3:14:13:4:99:18:3:13:14:4 chr14 37641880 . C A 417.58 PASS AF=0.967742;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8638;QD=53.8814;RBI=0.121268;REFB=0.0294683;REVB=-0.0122858;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000511088;OID=.;OPOS=37641880;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:31:1:1:27:30:0.967742:13:14:0:1:13:17:0:1 chr14 37642592 . T G 119.39 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00398848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6572;QD=23.8779;RBI=0.100888;REFB=-0.0410209;REVB=0.100809;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681814;STB=0.538402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0162082;OID=.;OPOS=37642592;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:6:7:3:4:6:7:3:4 chr14 38061742 . C T 767.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.173;QD=63.9243;RBI=0.0838636;REFB=0;REVB=0.0809832;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267532;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr14 38218343 . A G 140.2 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00521961;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.71;QD=12.1912;RBI=0.0399055;REFB=-0.0138571;REVB=-0.0395627;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468114;STB=0.502759;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.031703;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:13:17:9:7:13:17 chr14 38260034 . T C 423.91 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0109826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.824;QD=16.7883;RBI=0.0109832;REFB=-0.027117;REVB=-0.000120082;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238908;STB=0.518799;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.028117;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:55:45:46:0.455446:21:24:28:27:21:25:28:27 chr14 38680648 . A G 137.59 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0336239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4183;QD=18.9776;RBI=0.0496086;REFB=-0.0473116;REVB=-0.0364752;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222303;STB=0.628834;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.044294;OID=.;OPOS=38680648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:2:13:10:4:2:13:10:4 chr14 38680740 . G A 174.43 PASS AF=0.367347;AO=14;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0174517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.821;QD=14.2392;RBI=0.0227053;REFB=-0.0420115;REVB=-0.0145247;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307492;STB=0.658932;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0417878;OID=.;OPOS=38680740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:26:14:18:0.367347:6:8:14:2:9:9:20:6 chr14 38681113 . G A 967.99 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0174601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.561;QD=49.6405;RBI=0.0187961;REFB=-0.0430229;REVB=0.00695978;RO=2;SAF=42;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219816;STB=0.543466;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00114718;OID=.;OPOS=38681113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:78:78:2:8:70:70:0.897436:28:42:2:0:28:42:8:0 chr14 38681269 . C T 784.74 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.403;QD=57.072;RBI=0.120047;REFB=0;REVB=0.0211786;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355784;OID=.;OPOS=38681269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:25:28:0:0:27:28:0:0 chr14 38725285 . G A 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0110858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.418;QD=31.8502;RBI=0.0494287;REFB=-0.026324;REVB=0.0481696;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650302;STB=0.535682;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0130489;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:6:3:10:12:6:3 chr14 39556185 . G C 159.09 PASS AF=0.218487;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=119;FR=.;FRO=93;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.107512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4733;QD=5.34751;RBI=0.108074;REFB=0.000585332;REVB=0.0110148;RO=93;SAF=16;SAR=10;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14037;STB=0.587088;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.000126195;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:93:93:26:26:0.218487:10:16:47:46:10:16:47:46 chr14 39618946 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0537157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.724;QD=4.62989;RBI=0.0649941;REFB=-0.0148773;REVB=-0.0365903;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.695018;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0396898;OID=.;OPOS=39618946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:14:10:4:2:14:10 chr14 39648629 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00772508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.476;QD=9.1886;RBI=0.0197551;REFB=0.00146552;REVB=-0.018182;RO=24;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313764;STB=0.704283;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00322286;OID=.;OPOS=39648629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:3:8:11:13:3:8:11:14 chr14 39650234 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.423;QD=40.7628;RBI=0.0772294;REFB=0;REVB=0.00813923;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422419;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr14 39650924 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0633656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.855;QD=18.4439;RBI=0.0636541;REFB=-0.0129446;REVB=0.00605378;RO=9;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58064;STB=0.84262;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0112637;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:10:1:6:3:10:1:6:3 chr14 39703324 . A G 1346.69 PASS AF=0.941176;AO=94;DP=102;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0145165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.678;QD=52.8114;RBI=0.0179758;REFB=-0.0447389;REVB=-0.0106018;RO=6;SAF=51;SAR=43;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525821;STB=0.52678;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000681263;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:102:102:6:6:94:96:0.941176:43:51:6:0:43:53:6:0 chr14 39716201 . A G 523.94 PASS AF=0.604938;AO=48;DP=81;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0458962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.078;QD=25.8734;RBI=0.0476201;REFB=-0.026143;REVB=0.0126968;RO=30;SAF=13;SAR=35;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361562;STB=0.688915;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0081635;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:32:48:49:0.604938:35:13:23:7:36:13:23:9 chr14 39722023 . G C 160.53 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.019158;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.934;QD=25.6841;RBI=0.0198007;REFB=-0.0272532;REVB=0.00500397;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256867;STB=0.643387;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0123727;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:9:9:16:16:0.64:6:10:2:7:6:10:2:7 chr14 39736680 . T C 468.89 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.313;QD=52.099;RBI=0.0308553;REFB=-0.0572243;REVB=0.0035995;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106312;STB=0.505048;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00826301;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:32:34:0.944444:13:19:1:1:14:20:1:1 chr14 39777676 . G C 662.75 PASS AF=0.334677;AO=83;DP=239;FAO=83;FDP=248;FR=.;FRO=165;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=83;FSRR=82;FWDB=-0.0946352;FXX=0.0119517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.409;QD=10.6895;RBI=0.0946612;REFB=-0.0306326;REVB=0.0022201;RO=150;SAF=39;SAR=44;SRF=70;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365106;STB=0.522072;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0567744;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:248:150:165:83:83:0.334677:44:39:70:80:44:39:83:82 chr14 39784012 . A G 62.58 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0198996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4669;QD=8.07532;RBI=0.0482507;REFB=-0.0159578;REVB=0.0439561;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116534;STB=0.50723;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0489252;OID=.;OPOS=39784012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:4:5:12:10:4:5:12:10 chr14 39784014 . A G 368.01 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0523998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.231;QD=47.4849;RBI=0.060718;REFB=-0.0142564;REVB=0.0306748;RO=3;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414745;STB=0.523348;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00156862;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:27:28:0.903226:12:15:1:2:12:16:1:2 chr14 39818028 . A G 491.63 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00873262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.179;QD=28.0933;RBI=0.035831;REFB=-0.0161856;REVB=0.0347505;RO=25;SAF=24;SAR=21;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440986;STB=0.523982;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00864667;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:21:24:15:10:21:24:15:10 chr14 39819734 . T G 1185.32 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511264;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.971;QD=60.7858;RBI=0.0618968;REFB=0;REVB=0.0348899;RO=1;SAF=44;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017622;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:1:0:77:78:1:33:44:1:0:33:45:0:0 chr14 39868646 . C A 464.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.327;QD=58.1092;RBI=0.0466376;REFB=0;REVB=0.0199345;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153536;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 42360633 . T C 1211.72 PASS AF=1;AO=66;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.12;QD=61.353;RBI=0.0901396;REFB=0;REVB=0.0899553;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96283e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:66:79:1:28:38:0:0:41:38:0:0 chr14 42998026 . T C 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6434;QD=58.5684;RBI=0.0456482;REFB=0;REVB=0.0164916;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580456;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr14 44974922 . A T 972.13 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.39;QD=58.9172;RBI=0.0142653;REFB=0;REVB=0.00619671;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10424e-05;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:22:43:0:0:22:44:0:0 chr14 44975510 . C T 260.92 PASS AF=0.851852;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000127539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.464;QD=38.6547;RBI=0.00129718;REFB=-0.0320726;REVB=-0.00129089;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552588;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00208739;OID=.;OPOS=44975510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:27:0:4:20:23:0.851852:15:5:0:0:17:6:0:4 chr14 45432870 . G C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0132008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0832;QD=9.8578;RBI=0.0364245;REFB=-0.00703643;REVB=-0.0339483;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00313347;STB=0.514683;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0135696;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:6:7:15:13:6:7:15:14 chr14 45433155 . C G 90.68 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0218618;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6537;QD=4.96865;RBI=0.030861;REFB=-0.00648348;REVB=0.0217822;RO=57;SAF=7;SAR=8;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204857;STB=0.634065;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0327177;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:57:58:15:15:0.205479:8:7:36:21:8:7:37:21 chr14 45515838 . A G 55.04 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0137464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.718;QD=9.57169;RBI=0.013851;REFB=-0.00441839;REVB=0.00169896;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00474621;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:6:8:3:5:7:8 chr14 45606287 . C T 265.38 PASS AF=0.33;AO=31;DP=98;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=-0.0113507;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7521;QD=10.6152;RBI=0.0719263;REFB=0.00331395;REVB=0.0710251;RO=67;SAF=22;SAR=9;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523799;STB=0.503757;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00415195;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:67:67:31:33:0.33:9:22:45:22:11:22:45:22 chr14 45650900 . A G 72.3 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.111183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.489;QD=8.50608;RBI=0.112357;REFB=-0.00296234;REVB=-0.0162018;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442781;STB=0.527341;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0277798;OID=.;OPOS=45650900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:8:16:7:3:8:16 chr14 45664721 . C G 197.42 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.00282704;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.152;QD=14.624;RBI=0.111489;REFB=-0.0110057;REVB=0.111453;RO=31;SAF=16;SAR=7;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234079;STB=0.630931;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0159291;OID=.;OPOS=45664721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:7:16:27:4:7:16:27:4 chr14 45665468 . C G 90.08 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00121717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.356;QD=7.666;RBI=0.0260888;REFB=0.000433363;REVB=-0.0260604;RO=35;SAF=5;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183812;STB=0.613848;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00130591;OID=.;OPOS=45665468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:7:5:20:15:7:5:20:15 chr14 45696037 . T G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0188459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.145;QD=4.81118;RBI=0.0305175;REFB=9.4777e-05;REVB=0.0240031;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.620311;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-3.71766e-05;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:8:15:3:3:8:15 chr14 45711594 . T C 226.81 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00142894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.353;QD=11.9373;RBI=0.0458262;REFB=-0.0228448;REVB=0.0458039;RO=47;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259061;STB=0.642755;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0267928;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:10:18:19:28:10:18:20:28 chr14 47309496 . G T 748.13 PASS AF=1;AO=34;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783254;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.32;QD=56.4622;RBI=0.00787898;REFB=0;REVB=0.000854198;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236229;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:34:53:1:18:16:0:0:27:26:0:0 chr14 47528470 . T C 590.85 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0251061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4391;QD=56.2717;RBI=0.0335618;REFB=-0.0200038;REVB=-0.0222728;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000339836;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:39:40:0.952381:19:20:1:0:19:21:1:1 chr14 47528540 . T C 378.98 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0140249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.273;QD=33.6875;RBI=0.0155161;REFB=-0.0144425;REVB=0.00663708;RO=14;SAF=13;SAR=18;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366678;STB=0.519987;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00545757;OID=.;OPOS=47528540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:18:13:5:9:18:13:5:9 chr14 47528551 . T A 113.78 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00998671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.782;QD=9.89364;RBI=0.0104591;REFB=-0.0190283;REVB=0.00310774;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264292;STB=0.515901;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0242268;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:13:19:8:6:13:19 chr14 50159994 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCG 109.98 PASS AF=0.727273,0.0909091;AO=9,6;DP=24;FAO=16,2;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=14,2;FSAR=2,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.10599,-0.131248;FXX=0.0434594;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.52382,26.5417;QD=19.9958;RBI=0.206909,0.131253;REFB=-0.116584,-0.0259017;REVB=0.1777,-0.00113357;RO=5;SAF=9,6;SAR=0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.793284,0.751961;STB=0.552561,0.991616;STBP=0.54,0.422;TYPE=del,mnp;VARB=0.0889804,0.154952;OID=.,.;OPOS=50159995,50160001;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273,0.0909091:9,6:24:16,2:22:4:14,2:2,0:3:1:10:5:9,6:0,0:3:2 chr14 50195679 . A G 1434.38 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.264;QD=63.0495;RBI=0.0171653;REFB=0;REVB=0.0151189;RO=0;SAF=59;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34043e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:31:59:0:0:31:60:0:0 chr14 50251369 . A G,T 764.95 PASS AF=0.890909,0.109091;AO=49,6;DP=55;FAO=49,6;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22,6;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344461,-0.0474133;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.983,141.871;QD=55.6324;RBI=0.0344551,0.0474621;REFB=0,0;REVB=-0.000786657,-0.00215193;RO=0;SAF=22,6;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000100447,0.149122;OID=.,.;OPOS=50251369,50251369;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:55:55:0:0:49,6:49,6:0.890909,0.109091:27,0:22,6:0:0:27,0:22,6:0:0 chr14 50298962 . T A 804.64 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.336;QD=64.3714;RBI=0.0156563;REFB=0;REVB=0.0102362;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55949e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr14 50320391 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.654;QD=43.486;RBI=0.114456;REFB=0;REVB=-0.109464;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470839;OID=.;OPOS=50320391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr14 50477643 . G C 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1592;QD=63.8652;RBI=0.0533561;REFB=0;REVB=-0.0524978;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291812;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr14 50535374 . C A 414.61 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0207374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.954;QD=27.6408;RBI=0.021686;REFB=-0.00312384;REVB=0.00634364;RO=20;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100859;STB=0.501354;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00189825;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:15:24:12:8:15:24:13:8 chr14 50575408 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0462089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3243;QD=11.5971;RBI=0.0463665;REFB=0.00793101;REVB=0.00382037;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.571317;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0163442;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:16:5:4:8:16:5 chr14 50575411 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.638;QD=58.5878;RBI=0.0283345;REFB=0;REVB=0.024042;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2802e-05;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr14 50583083 . G T 122.27 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00911146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6882;QD=16.865;RBI=0.0131531;REFB=-0.0865311;REVB=-0.00948602;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263617;STB=0.626683;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0205568;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:15:13:14:0.482759:5:8:4:9:5:9:6:9 chr14 50585248 . C T 337.66 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.000652778;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.355;QD=12.5058;RBI=0.0159194;REFB=-0.0111007;REVB=-0.015906;RO=66;SAF=27;SAR=14;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271013;STB=0.658459;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0186028;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:66:67:41:41:0.37963:14:27:27:39:14:27:27:40 chr14 50616878 . G A 597.08 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0173122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.702;QD=33.6384;RBI=0.0179836;REFB=-0.0441495;REVB=0.00486806;RO=20;SAF=22;SAR=29;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363111;STB=0.519589;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00922468;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:20:20:51:51:0.71831:29:22:10:10:29:22:10:10 chr14 50623657 . G A 1237.47 PASS AF=0.90099;AO=91;DP=101;FAO=91;FDP=101;FR=.;FRO=10;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0255157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9576;QD=49.0086;RBI=0.0407462;REFB=-0.0117795;REVB=-0.0317679;RO=10;SAF=54;SAR=37;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561713;STB=0.529759;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00100216;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:10:10:91:91:0.90099:37:54:3:7:37:54:3:7 chr14 50623669 . G A 65.46 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0853363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.328;QD=2.94189;RBI=0.097347;REFB=-0.00604755;REVB=-0.0468418;RO=76;SAF=4;SAR=9;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387443;STB=0.759376;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0533284;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:89:89:76:76:13:13:0.146067:9:4:48:28:9:4:48:28 chr14 50623679 . G A 737.33 PASS AF=0.72093;AO=61;DP=86;FAO=62;FDP=86;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.030996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3497;QD=34.2942;RBI=0.0310124;REFB=-0.0452354;REVB=-0.00100819;RO=25;SAF=41;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134703;STB=0.56072;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0200779;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:25:24:61:62:0.72093:20:41:11:14:21:41:11:13 chr14 50623683 . A G 647.93 PASS AF=0.691358;AO=55;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0106924;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5584;QD=31.9967;RBI=0.0230688;REFB=-0.0864676;REVB=0.0204411;RO=25;SAF=38;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134467;STB=0.566867;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0427989;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:25:55:56:0.691358:17:38:12:13:18:38:12:13 chr14 50704331 . C T 211.24 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410439;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.018;QD=49.7023;RBI=0.050345;REFB=0;REVB=-0.029155;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34755e-05;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr14 50713679 . T A,G 423.75 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=3,26;DP=29;FAO=4,27;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4,17;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807427,0.0223675;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.285,172.369;QD=54.6778;RBI=0.0837405,0.0784766;REFB=0,0;REVB=0.0833504,0.0752214;RO=0;SAF=3,17;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0654951,-0.0224276;OID=.,.;OPOS=50713679,50713679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:29:31:0:0:3,26:4,27:0.129032,0.870968:0,9:3,17:0:0:0,10:4,17:0:0 chr14 50769717 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00515061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3132;QD=18.4434;RBI=0.0261479;REFB=-0.0237857;REVB=0.0256356;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0210746;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr14 50778816 . A C 243.18 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0136446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.192;QD=22.6217;RBI=0.0183126;REFB=-0.0495268;REVB=-0.0122138;RO=17;SAF=17;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087908;STB=0.523056;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.036056;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:17:20:23:23:0.534884:6:17:14:3:6:17:14:6 chr14 50786004 . A G 227.84 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0633375;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.1025;QD=31.4266;RBI=0.0633736;REFB=-0.0548623;REVB=0.00214058;RO=5;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365233;STB=0.506573;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0139654;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:25:29:5:8:20:21:0.724138:10:10:3:2:11:10:4:4 chr14 50788213 . C T 275.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00845993;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.506;QD=20.0399;RBI=0.0506136;REFB=-0.00575577;REVB=-0.0499015;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742856;STB=0.541372;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00419191;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:13:13:12:17:13:13 chr14 50798743 . G A 127.46 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0102024;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.99;QD=18.2086;RBI=0.0397161;REFB=-0.0157847;REVB=-0.0383833;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0163209;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr14 50799126 . G C 409.13 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00270784;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5014;QD=28.711;RBI=0.0121517;REFB=-0.00429452;REVB=0.0118462;RO=19;SAF=21;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112556;STB=0.561258;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00283376;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:19:19:38:38:0.666667:17:21:7:12:17:21:7:12 chr14 50802727 . A C 176.2 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00663006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3616;QD=20.7295;RBI=0.00750129;REFB=-0.0193291;REVB=-0.0035088;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519842;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0123571;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:16:17:18:0.529412:8:9:7:8:8:10:7:9 chr14 50802840 . A G 181.48 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0190458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0079;QD=24.1972;RBI=0.0377568;REFB=-0.0241959;REVB=0.0326012;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143906;STB=0.580067;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0231756;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:3:9:10:8:3:9 chr14 50824839 . G A 376.04 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=38;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0371095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2627;QD=38.5679;RBI=0.0596227;REFB=0.0344945;REVB=0.0466664;RO=9;SAF=17;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628958;STB=0.528478;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00372416;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:39:9:9:29:30:0.769231:12:17:4:5:13:17:4:5 chr14 50844367 . G GA 175.62 PASS AF=0.443038;AO=19;DP=82;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.114678;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.7473;QD=8.89227;RBI=0.181574;REFB=-0.0820483;REVB=0.140777;RO=62;SAF=18;SAR=1;SRF=15;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.774743;STB=0.623327;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.136997;OID=.;OPOS=50844368;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.443038:19:82:35:79:44:19:16:14:30:99:62:18:1:15:47 chr14 50935150 . A G 855.18 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00926822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.873;QD=56.0772;RBI=0.0188387;REFB=-0.173531;REVB=0.0164011;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000665696;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:34:26:0:0:34:26:1:0 chr14 51057727 . G A 962.94 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.12;QD=57.4893;RBI=0.0625073;REFB=0;REVB=0.057955;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213131;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:33:29:0:0:38:29:0:0 chr14 51062281 . AT AA,A 46.66 PASS AF=0.0263158,0.342105;AO=3,8;DP=35;FAO=1,13;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=1,6;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0782407,0.0425819;FXX=0.0256345;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=19.2981,7.93535;QD=4.9118;RBI=0.115055,0.0563767;REFB=-0.0522194,-0.0675853;REVB=0.0843561,0.0369474;RO=18;SAF=3,3;SAR=0,5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.647452,-0.0163863;STB=0.992106,0.556876;STBP=0.236,0.603;TYPE=snp,del;VARB=0.0798708,0.0335788;OID=.,.;OPOS=51062282,51062282;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0263158,0.342105:3,8:35:1,13:38:24:1,6:0,7:9:15:41:18:3,3:0,5:7:11 chr14 51192659 . G A 2457.37 PASS AF=0.993827;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=162;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.441;QD=60.6757;RBI=0.0145538;REFB=-0.0779323;REVB=0.005092;RO=1;SAF=93;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704865;STB=0.503703;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=1.64929e-05;OID=.;OPOS=51192659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:162:1:1:160:161:0.993827:67:93:0:1:67:94:0:1 chr14 51204996 . C T 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4378;QD=58.2334;RBI=0.0237538;REFB=0;REVB=-0.00587683;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188596;OID=.;OPOS=51204996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr14 51223789 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0223729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.763;QD=7.52632;RBI=0.0326778;REFB=-0.00652531;REVB=-0.0238179;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.570314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0136781;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:11:13:4:5:11:13 chr14 51224374 . T G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00809144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.543;QD=10.7534;RBI=0.0206474;REFB=-0.00407489;REVB=0.0189958;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212865;STB=0.626273;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0111052;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:9:17:6:7:9:17 chr14 51224417 . G C 125.66 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0157184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8019;QD=10.6946;RBI=0.0164475;REFB=-0.00540938;REVB=-0.0048426;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252263;STB=0.649806;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0110815;OID=.;OPOS=51224417;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:12:20:6:9:12:20 chr14 51237701 . A G 506.44 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0358253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8407;QD=28.5316;RBI=0.0453023;REFB=-0.00723105;REVB=0.0277281;RO=25;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169389;STB=0.591946;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00297299;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:25:21:18:7:25:21:18:7 chr14 51239067 . C G 787.42 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204582;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.445;QD=57.2672;RBI=0.0206184;REFB=0;REVB=-0.0025653;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168611;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr14 51324884 . A G 475.1 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00612277;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.365;QD=35.1928;RBI=0.0260603;REFB=-0.0353609;REVB=0.0253308;RO=12;SAF=17;SAR=24;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366642;STB=0.511579;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0148648;OID=.;OPOS=51324884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:54:12:13:41:41:0.759259:24:17:6:6:24:17:6:7 chr14 51324893 . AAAGAGAGGA AAAGAGAGG,AAAGAGGA,AAGAGGA 139.86 PASS AF=0.2,0.65,0;AO=3,4,2;DP=20;FAO=4,13,0;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=2,9,0;FSAR=2,4,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0096853,0.0121263,0.00916835;FXX=0;HRUN=8,1,5;LEN=1,2,3;MLLD=3.44389,236.073,231.476;QD=27.9715;RBI=0.301877,0.0255223,0.0219474;REFB=-0.0703352,-0.0282991,-0.0271738;REVB=-0.301722,0.0224575,0.0199407;RO=3;SAF=1,4,1;SAR=2,0,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.255936,0.705357,-0.142842;STB=0.571077,0.505609,0.5;STBP=0.786,0.975,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0674922,0.0130355,0;OID=.,.,.;OPOS=51324902,51324895,51324894;OREF=A,AG,AAG;OALT=-,-,-;OMAPALT=AAAGAGAGG,AAAGAGGA,AAGAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.65,0:3,4,2:20:4,13,0:20:3:2,9,0:2,4,0:2:1:17:3:1,4,1:2,0,1:2:1 chr14 51370852 . C G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0115841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.982;QD=14.4116;RBI=0.0119137;REFB=-0.0211301;REVB=-0.00278318;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682035;STB=0.539638;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0221742;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:11:17:12:6:11:17 chr14 51446216 . T G 765.23 PASS AF=0.630631;AO=70;DP=112;FAO=70;FDP=111;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.0208314;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.675;QD=27.5759;RBI=0.0209128;REFB=-0.0151164;REVB=0.0018442;RO=41;SAF=34;SAR=36;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233724;STB=0.626053;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00375636;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:41:41:70:70:0.630631:36:34:34:7:36:34:34:7 chr14 51710861 . A G 1425.47 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0448923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.397;QD=60.6584;RBI=0.0524472;REFB=-0.122275;REVB=0.0271181;RO=1;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938747;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000920303;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:50:42:0:1:50:42:1:1 chr14 51722690 . T C 638.92 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.314;QD=59.4343;RBI=0.0514168;REFB=-0.17138;REVB=0.0312687;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00445958;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:19:23:0:0:19:23:0:1 chr14 52174876 . C T 166.43 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0445638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.691;QD=9.93628;RBI=0.0452946;REFB=-0.00423927;REVB=-0.00810379;RO=45;SAF=17;SAR=5;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209041;STB=0.624251;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0160194;OID=.;OPOS=52174876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:5:17:28:17:5:17:28:17 chr14 52182081 . T A 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00456017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.472;QD=25.1831;RBI=0.00513286;REFB=-0.0183564;REVB=0.00235608;RO=22;SAF=28;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198014;STB=0.609455;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0142162;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:7:28:13:9:7:28:13:9 chr14 52186966 . G A 848.0 PASS AF=0.747253;AO=66;DP=86;FAO=68;FDP=91;FR=.;FRO=23;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0154257;FXX=0.0319115;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.5615;QD=37.2746;RBI=0.0352626;REFB=-0.0412152;REVB=-0.0317096;RO=20;SAF=45;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876843;STB=0.54829;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0124725;OID=.;OPOS=52186966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:20:23:66:68:0.747253:21:45:10:10:21:47:12:11 chr14 52418655 . G A 256.27 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0205741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.68;QD=29.2881;RBI=0.0206754;REFB=-0.0174477;REVB=0.00204394;RO=11;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381048;STB=0.50485;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0101473;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:35:11:12:22:23:0.657143:5:17:8:3:6:17:9:3 chr14 52470889 . A G 65.37 PASS AF=0.238095;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00428255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.162;QD=6.2258;RBI=0.026581;REFB=-0.0115617;REVB=-0.0262337;RO=30;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348919;STB=0.687724;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0238067;OID=.;OPOS=52470889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:40:42:30:32:9:10:0.238095:3:6:11:19:4:6:11:21 chr14 52478315 . A G 85.82 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0084415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.196;QD=5.20145;RBI=0.00887053;REFB=-0.00205044;REVB=-0.0027253;RO=51;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348202;STB=0.726177;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0123517;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:51:52:14:14:0.212121:4:10:22:29:4:10:22:30 chr14 52496387 . C A 1191.5 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304378;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=311.592;QD=61.1025;RBI=0.0447852;REFB=0;REVB=0.0328521;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08674e-05;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr14 52496407 . C T 990.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.265;QD=59.1204;RBI=0.0427793;REFB=0;REVB=-0.00868481;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446532;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr14 52505517 . G A 102.67 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0331167;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.196;QD=4.77525;RBI=0.0367008;REFB=-0.0115398;REVB=-0.0158186;RO=65;SAF=7;SAR=10;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101537;STB=0.588132;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0539697;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:65:69:17:17:0.197674:10:7:32:33:10:7:36:33 chr14 52507429 . A G 3018.51 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.672;QD=63.5476;RBI=0.00960168;REFB=0;REVB=0.000699685;RO=0;SAF=102;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42195e-06;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:88:102:0:0:88:102:0:0 chr14 52509501 . T C 229.05 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0476366;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.681;QD=7.83092;RBI=0.0544353;REFB=-0.0323396;REVB=-0.026343;RO=77;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217193;STB=0.508103;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0826571;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:117:77:84:33:33:0.282051:20:13:29:48:20:13:34:50 chr14 52520368 . C T 163.85 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00720899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.956;QD=9.36273;RBI=0.0115912;REFB=-0.0187817;REVB=-0.00907675;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856802;STB=0.567505;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0351629;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:46:48:22:22:0.314286:8:14:26:20:8:14:26:22 chr14 52520853 . A G 1533.57 PASS AF=0.989796;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389772;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.909;QD=62.5945;RBI=0.0437849;REFB=-0.112132;REVB=0.0199473;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.505881;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000473429;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:1:1:93:97:0.989796:41:52:0:1:42:55:0:1 chr14 52535648 . G T 546.41 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00673613;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.657;QD=59.0711;RBI=0.0210847;REFB=-0.0450087;REVB=0.0199797;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42737e-05;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:15:22:0:0 chr14 52536512 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228329;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6536;QD=64.1658;RBI=0.0449169;REFB=0;REVB=0.0386805;RO=0;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123027;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:13:35:0:0:13:35:0:0 chr14 52735108 . C T 185.34 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=84;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0184238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.978;QD=8.72206;RBI=0.0262219;REFB=-0.0212222;REVB=-0.0186588;RO=60;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399368;STB=0.537564;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.050231;OID=.;OPOS=52735108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:60:24:25:0.294118:12:12:28:32:12:13:28:32 chr14 52736153 . TCTC T 121.55 PASS AF=0.257143;AO=17;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00475181;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.164;QD=6.94549;RBI=0.044679;REFB=-0.00985049;REVB=-0.0444256;RO=47;SAF=13;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26055;STB=0.647594;STBP=0.165;TYPE=del;VARB=0.0258562;OID=.;OPOS=52736154;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:17:70:18:70:52:13:5:28:24:99:47:13:4:27:20 chr14 52741950 . A G 176.68 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0224862;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.731;QD=13.3346;RBI=0.0225329;REFB=-0.000408437;REVB=0.00145024;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15687;STB=0.580569;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.000782238;OID=.;OPOS=52741950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:9:12:13:18:9:12:14:18 chr14 52906081 . T A,G 791.63 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=57;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163988,-0.00154607;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.394,150.947;QD=56.545;RBI=0.026199,0.0287303;REFB=0,0;REVB=0.020432,0.0286887;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0147457,-0.000973278;OID=.,.;OPOS=52906081,52906081;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,24:2,30:0:0:0,24:2,30:0:0 chr14 52907353 . C T 1153.57 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.126;QD=60.714;RBI=0.0225597;REFB=0;REVB=0.0138373;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76213e-05;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:34:41:0:0:34:42:0:0 chr14 52937255 . C T 356.09 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00120243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.346;QD=21.9131;RBI=0.0053351;REFB=-0.029789;REVB=-0.00519783;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696902;STB=0.53844;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0200215;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:12:17:18:18:12:17 chr14 53124807 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0057783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.599;QD=16.8987;RBI=0.00577912;REFB=-0.00913301;REVB=9.7653e-05;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00585939;OID=.;OPOS=53124807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr14 53345378 . G A 453.93 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00756153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.054;QD=55.0222;RBI=0.0143241;REFB=-0.159287;REVB=-0.0121656;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00257367;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:17:14:0:1:18:14:0:1 chr14 53394708 . T A 400.24 PASS AF=0.655172;AO=35;DP=56;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0116562;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=184.887;QD=27.6025;RBI=0.0120256;REFB=-0.0331115;REVB=-0.00295756;RO=14;SAF=23;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831207;STB=0.503017;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00168131;OID=.;OPOS=53394708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:14:20:35:38:0.655172:12:23:9:5:13:25:13:7 chr14 53417158 . G C 194.99 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=40;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0103419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.375;QD=18.1386;RBI=0.0163776;REFB=-0.0335891;REVB=0.0126992;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308395;STB=0.523905;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0372276;OID=.;OPOS=53417158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:21:23:17:20:0.465116:7:10:13:8:7:13:14:9 chr14 53513354 . T C 103.46 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00836252;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.421;QD=8.99644;RBI=0.0215652;REFB=-0.00180254;REVB=0.0198778;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422489;STB=0.767466;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00626597;OID=.;OPOS=53513354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:30:33:13:13:0.282609:8:5:23:7:8:5:26:7 chr14 53529669 . A T 737.57 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.527;QD=56.7358;RBI=0.00616392;REFB=0;REVB=0.00607701;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34354e-06;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:22:28:0:0:22:30:0:0 chr14 53619463 . G A 375.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.319;QD=55.5572;RBI=0.116155;REFB=0;REVB=0.112053;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159694;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 269.69 PASS AF=0.0357143,0.785714;AO=2,21;DP=28;FAO=1,22;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=1,12;FSAR=0,10;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0409183,-0.064759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=69.6788,183.477;QD=38.5274;RBI=0.0455359,0.0688287;REFB=-0.0278595,-0.136527;REVB=-0.0199803,0.0233165;RO=5;SAF=1,12;SAR=1,9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576642,-0.15845;STB=0.5,0.586132;STBP=1,0.086;TYPE=snp,ins;VARB=0.0466452,0.0184463;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:28:28:5:5:2,21:1,22:0.0357143,0.785714:1,9:1,12:5:0:0,10:1,12:5:0 chr14 53619544 . G A 1141.11 PASS AF=0.951807;AO=74;DP=77;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0388595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.414;QD=54.9931;RBI=0.0759208;REFB=-0.0201033;REVB=0.065222;RO=2;SAF=40;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230653;STB=0.52325;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00155084;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:83:2:4:74:79:0.951807:34:40:2:0:38:41:4:0 chr14 54875276 . C A 265.79 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0121408;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7801;QD=30.376;RBI=0.079778;REFB=-0.115649;REVB=-0.0788488;RO=11;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655012;STB=0.527423;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0221516;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:11:11:23:24:0.685714:13:10:6:5:13:11:6:5 chr14 54875514 . A G 124.09 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0846336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.052;QD=27.5755;RBI=0.0902073;REFB=0.0109677;REVB=0.0312171;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166735;STB=0.59308;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00327451;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:1:4:6:7:1:4 chr14 54903542 . T C 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0390957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.969;QD=15.1588;RBI=0.0404476;REFB=-0.0109713;REVB=0.0103698;RO=22;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255175;STB=0.65094;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0105625;OID=.;OPOS=54903542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:14:2:6:16:14:2:6:16 chr14 54996872 . G A 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0185366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.755;QD=3.83298;RBI=0.0200368;REFB=-0.00183644;REVB=-0.00760711;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217488;STB=0.648945;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00718472;OID=.;OPOS=54996872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:4:3:22:14:4:3:22:14 chr14 55255673 . C T 1028.18 PASS AF=0.647059;AO=88;DP=134;FAO=88;FDP=136;FR=.;FRO=48;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0393115;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.166;QD=30.2405;RBI=0.0396576;REFB=-0.064632;REVB=0.00522823;RO=44;SAF=43;SAR=45;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210937;STB=0.503344;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0337748;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:44:48:88:88:0.647059:45:43:23:21:45:43:23:25 chr14 55308770 . C A 1688.44 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0772859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8692;QD=59.2436;RBI=0.0806765;REFB=0.0569601;REVB=0.0231427;RO=1;SAF=71;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664088;STB=0.503496;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.000462567;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:114:1:1:112:113:0.991228:41:71:1:0:42:71:1:0 chr14 55458040 . A G 381.29 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=144;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0269058;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.15;QD=10.6655;RBI=0.0274966;REFB=-0.0154003;REVB=-0.0056696;RO=96;SAF=24;SAR=23;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361101;STB=0.527857;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.034734;OID=.;OPOS=55458040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:96:96:47:47:0.328671:23:24:52:44:23:24:53:43 chr14 55511365 . T TTTTC 98.28 PASS AF=0.2;AO=14;DP=96;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0207188;FXX=0.101112;HRUN=5;LEN=4;MLLD=225.291;QD=4.91424;RBI=0.0222649;REFB=-0.00446361;REVB=-0.00815202;RO=78;SAF=10;SAR=4;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200318;STB=0.606885;STBP=0.384;TYPE=ins;VARB=0.0187884;OID=.;OPOS=55511366;OREF=-;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:14:96:16:80:64:11:5:36:28:98:78:10:4:44:34 chr14 55511368 . C T 30.01 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0578575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9523;QD=1.29064;RBI=0.0742808;REFB=-0.000765071;REVB=-0.0465848;RO=85;SAF=6;SAR=2;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184676;STB=0.654133;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00143837;OID=.;OPOS=55511368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:85:85:8:8:0.0860215:2:6:51:34:2:6:51:34 chr14 55512273 . C A 79.4 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0354237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8611;QD=6.90398;RBI=0.0401287;REFB=-0.00625947;REVB=-0.0188541;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301092;STB=0.690999;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0208862;OID=.;OPOS=55512273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:8:3:18:17:8:3:18:17 chr14 55604935 . C A 447.5 PASS AF=0.431034;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0154916;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.65;QD=15.4311;RBI=0.0175476;REFB=-0.0201052;REVB=0.00824177;RO=65;SAF=30;SAR=20;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636651;STB=0.54062;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0267102;OID=.;OPOS=55604935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:65:66:50:50:0.431034:20:30:35:30:20:30:35:31 chr14 55605036 . A C 380.19 PASS AF=0.470588;AO=34;DP=79;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0352095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.39;QD=17.8911;RBI=0.0485353;REFB=-0.031508;REVB=-0.0334061;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620372;STB=0.554225;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0345982;OID=.;OPOS=55605036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:44:45:34:40:0.470588:18:16:18:26:19:21:19:26 chr14 55619311 . A G 65.29 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0101763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.685;QD=10.8822;RBI=0.0166262;REFB=-0.00799832;REVB=0.0131482;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521077;STB=0.826739;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.022438;OID=.;OPOS=55619311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:13:15:9:9:0.375:1:8:6:7:1:8:7:8 chr14 55818517 . T A 129.47 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00206458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3394;QD=10.569;RBI=0.020331;REFB=0.00184981;REVB=0.0202259;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389362;STB=0.741962;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000949281;OID=.;OPOS=55818517;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:33:33:15:16:0.326531:4:11:13:20:4:12:13:20 chr14 55818706 . T C 203.66 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00790551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.298;QD=12.5328;RBI=0.0110834;REFB=-0.00231631;REVB=-0.00776822;RO=40;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784908;STB=0.526294;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00340411;OID=.;OPOS=55818706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:40:24:25:0.384615:8:16:24:16:9:16:24:16 chr14 55819791 . G A 97.33 PASS AF=0.238095;AO=14;DP=62;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00437462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3974;QD=6.17961;RBI=0.00974078;REFB=0.000315924;REVB=0.00870319;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.556886;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.000818987;OID=.;OPOS=55819791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:62:63:48:48:14:15:0.238095:6:8:22:26:7:8:22:26 chr14 55834828 . T A,TAAA 108.49 PASS AF=0.105263,0.263158;AO=5,5;DP=41;FAO=4,10;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=1,6;FSAR=3,4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0146825,-0.030336;FXX=0.0499875;HRUN=1,3;LEN=1,3;MLLD=179.311,36.2665;QD=11.4196;RBI=0.021579,0.0441158;REFB=-0.00480795,-0.00135657;REVB=-0.0158138,-0.0320302;RO=28;SAF=2,3;SAR=3,2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.197753,0.0342436;STB=0.721079,0.571285;STBP=0.404,0.604;TYPE=snp,ins;VARB=0.00574153,-0.00252357;OID=.,.;OPOS=55834828,55834829;OREF=T,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:41:38:28:24:5,5:4,10:0.105263,0.263158:3,2:2,3:16:12:3,4:1,6:12:12 chr14 55835773 . A AAAT 125.13 PASS AF=0.253333;AO=15;DP=80;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.010967;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=3;MLLD=242.881;QD=6.67352;RBI=0.0222135;REFB=-0.013687;REVB=-0.0193174;RO=62;SAF=4;SAR=11;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370912;STB=0.649844;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.0356436;OID=.;OPOS=55835774;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253333:15:80:19:75:56:7:12:32:24:99:62:4:11:35:27 chr14 55864130 . A G 205.62 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.000613553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.576;QD=10.8223;RBI=0.00804507;REFB=-0.00697777;REVB=0.00802164;RO=50;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109964;STB=0.563975;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0174478;OID=.;OPOS=55864130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:11:15:24:26:11:15:24:26 chr14 55907172 . C G 1171.63 PASS AF=0.65;AO=103;DP=159;FAO=104;FDP=160;FR=.;FRO=56;FSAF=86;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0196958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1278;QD=29.2906;RBI=0.0446793;REFB=-0.0178791;REVB=-0.0401038;RO=55;SAF=86;SAR=17;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269857;STB=0.637117;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0189593;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:55:56:103:104:0.65:17:86:30:25:18:86:31:25 chr14 56958247 . C T 884.0 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0470803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1727;QD=53.5758;RBI=0.0565198;REFB=-0.00250284;REVB=-0.0312719;RO=3;SAF=23;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576953;STB=0.530602;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00107044;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:63:63:0.954545:40:23:3:0:40:23:3:0 chr14 57052511 . G T 649.59 PASS AF=0.507812;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.00599451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.11;QD=20.2997;RBI=0.0733611;REFB=-0.0210822;REVB=-0.0731157;RO=63;SAF=38;SAR=27;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139721;STB=0.576983;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0136714;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:63:63:65:65:0.507812:27:38:27:36:27:38:27:36 chr14 57099859 . G A 725.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00745686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8738;QD=63.0513;RBI=0.00926762;REFB=0;REVB=-0.00550309;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88695e-05;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:17:26:0:0:19:27:0:0 chr14 57101682 . A G 1578.17 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031543;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6051;QD=60.1209;RBI=0.0357904;REFB=0;REVB=0.0169113;RO=0;SAF=40;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219744;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:65:40:0:0:65:40:0:0 chr14 57102534 . G A 201.14 PASS AF=0.28125;AO=23;DP=91;FAO=27;FDP=96;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.0196535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.513;QD=8.38074;RBI=0.0205709;REFB=-0.00661562;REVB=0.00607463;RO=63;SAF=3;SAR=20;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390275;STB=0.613943;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0213821;OID=.;OPOS=57102534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:63:69:23:27:0.28125:20:3:23:40:21:6:24:45 chr14 57672715 . C T 376.14 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0287433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6564;QD=16.0058;RBI=0.0600892;REFB=-0.038571;REVB=-0.0527686;RO=52;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166776;STB=0.604786;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0327772;OID=.;OPOS=57672715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:15:25:24:28:15:25:24:30 chr14 57672871 . A G 124.93 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0229893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.341;QD=7.6877;RBI=0.0398582;REFB=0.00164129;REVB=0.0325602;RO=47;SAF=11;SAR=7;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00745547;STB=0.504499;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00423981;OID=.;OPOS=57672871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:7:11:29:18:7:11:29:18 chr14 57676330 . G T 131.41 PASS AF=0.229885;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=87;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0756796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5423;QD=6.04169;RBI=0.0769601;REFB=0.0293773;REVB=0.0139804;RO=66;SAF=14;SAR=6;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256526;STB=0.664914;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0989216;OID=.;OPOS=57676330;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:66:67:20:20:0.229885:6:14:33:33:6:14:33:34 chr14 57741550 . A G 91.35 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00479971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.999;QD=8.49721;RBI=0.0376859;REFB=-0.0175981;REVB=-0.037379;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0032414;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0323266;OID=.;OPOS=57741550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:18:13:5:7:18:13 chr14 57866623 . A G,T 995.2 PASS AF=0.916667,0.0555556;AO=66,4;DP=72;FAO=66,4;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=31,3;FSAR=35,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0220584,-0.0817743;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.772,20.9472;QD=55.2887;RBI=0.0220591,0.0869237;REFB=0.0120635,0.0633179;REVB=0.000184503,-0.0294735;RO=0;SAF=31,3;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.769e-08,4.86674e-08;STB=0.51562,0.624469;STBP=0.155,0.679;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00092035,0.13951;OID=.,.;OPOS=57866623,57866623;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:72:72:0:2:66,4:66,4:0.916667,0.0555556:35,1:31,3:0:0:35,1:31,3:2:0 chr14 57876265 . G A 1549.11 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2207;QD=63.8807;RBI=0.0494494;REFB=0;REVB=-0.0266967;RO=0;SAF=67;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397247;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:30:67:0:0:30:67:0:0 chr14 57938124 . C T 669.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7418;QD=62.3221;RBI=0.0319307;REFB=0;REVB=-0.0295782;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244685;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr14 57938260 . T C 601.22 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7923;QD=58.6552;RBI=0.034001;REFB=-0.157437;REVB=-0.00115755;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0040249;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:19:21:0:0:19:21:1:0 chr14 57945689 . G A 800.96 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.089003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6937;QD=57.2114;RBI=0.0911092;REFB=0;REVB=0.0194765;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284102;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr14 57948380 . T C 447.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.479;QD=57.6889;RBI=0.073489;REFB=0;REVB=0.0473109;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418138;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:20:11:0:0 chr14 57957664 . T A 1561.53 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.066;QD=58.9258;RBI=0.00603642;REFB=-0.06585;REVB=0.00473143;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30515e-05;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:106:0:0:105:106:1:43:62:0:0:44:62:0:0 chr14 58304280 . G A 1862.58 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00154435;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.95;QD=61.5728;RBI=0.0298444;REFB=0;REVB=0.0298044;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79118e-05;OID=.;OPOS=58304280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:66:55:0:0:66:55:0:0 chr14 58563694 . G C 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0919734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8837;QD=9.10668;RBI=0.0995312;REFB=-0.0301676;REVB=-0.0380442;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0498949;OID=.;OPOS=58563694;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr14 58605790 . G A 236.55 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00863076;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.323;QD=13.3269;RBI=0.010375;REFB=-0.00486539;REVB=-0.0057577;RO=43;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.568371;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00655487;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:43:28:28:0.394366:10:18:23:20:10:18:23:20 chr14 58605952 . G A 308.24 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0768409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.892;QD=28.0221;RBI=0.0874124;REFB=-0.0361954;REVB=-0.0416701;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115266;STB=0.563652;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0225276;OID=.;OPOS=58605952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:10:17:8:9:10:17:8:9 chr14 58831142 . A G 307.05 PASS AF=0.923077;AO=16;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0603002;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=304.939;QD=47.239;RBI=0.0608977;REFB=-0.202353;REVB=0.00851037;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535685;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000815184;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:26:0:2:16:24:0.923077:8:8:0:0:11:13:2:0 chr14 58839148 . GT G 64.68 PASS AF=0.430769;AO=26;DP=70;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0198848;FXX=0.0714184;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.93821;QD=3.98001;RBI=0.113708;REFB=-0.0630534;REVB=0.111956;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349534;STB=0.523358;STBP=0.773;TYPE=del;VARB=0.0562032;OID=.;OPOS=58839149;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430769:26:70:28:65:37:17:11:21:16:64:31:16:10:18:13 chr14 58839163 . CGTTTTTTTTA CGTTTTTTTA,CGTTTTTTTTAT,TCGTTTTTTTA 116.15 PASS AF=0.481481,0.166667,0;AO=14,7,2;DP=54;FAO=26,9,0;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=19,6,0;FSAR=7,3,0;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.293285,0.0619067,0.0832764;FXX=0;HRUN=8,5,1;LEN=1,1,3;MLLD=8.73478,12.6133,15.8384;QD=8.604;RBI=0.297885,0.0726918,0.0966639;REFB=-0.129978,-0.0924386,-0.0858403;REVB=-0.0521439,-0.0381006,-0.0490811;RO=19;SAF=8,2,2;SAR=6,5,0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.045221,-0.282546,0.505018;STB=0.643951,0.666296,0.5;STBP=0.036,0.261,1;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0571122,-0.0102175,0;OID=.,.,.;OPOS=58839165,58839174,58839163;OREF=T,-,CGT;OALT=-,T,TCG;OMAPALT=CGTTTTTTTA,CGTTTTTTTTAT,TCGTTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:54:19:19:14,7,2:26,9,0:0.481481,0.166667,0:6,5,0:8,2,2:10:9:7,3,0:19,6,0:8:11 chr14 58839339 . A C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0296464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.308;QD=54.013;RBI=0.0297456;REFB=0.00290913;REVB=0.00242703;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406472;STB=0.521727;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-1.29424e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:13:22:2:0:13:22:2:0 chr14 58896083 . T A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0161934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.447;QD=8.88594;RBI=0.0258658;REFB=-0.003832;REVB=0.0201696;RO=37;SAF=12;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374844;STB=0.7301;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0173377;OID=.;OPOS=58896083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:3:12:19:18:3:12:19:18 chr14 58917454 . G A 1153.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.409;QD=60.705;RBI=0.0397364;REFB=0;REVB=0.00561702;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128503;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr14 58937416 . T C 539.94 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0253969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.521;QD=27.3385;RBI=0.0260443;REFB=-0.0285554;REVB=-0.00577063;RO=30;SAF=16;SAR=32;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218625;STB=0.611743;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0169042;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:30:30:48:49:0.620253:32:16:19:11:32:17:19:11 chr14 58941425 . C T 70.7 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00835356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.456;QD=7.44159;RBI=0.0120703;REFB=0.000149242;REVB=-0.00871262;RO=28;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386521;STB=0.677058;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.000467971;OID=.;OPOS=58941425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:9:10:0.263158:7:2:15:13:7:3:15:13 chr14 58953746 . C G 849.22 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9047;QD=57.5741;RBI=0.0623774;REFB=0;REVB=-0.0325698;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021135;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:24:33:0:0:24:35:0:0 chr14 59006820 . T C 187.76 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0181883;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5812;QD=14.1705;RBI=0.038772;REFB=0.00269736;REVB=0.0342411;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509425;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00434298;OID=.;OPOS=59006820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:31:22:22:0.415094:11:11:15:15:11:11:15:16 chr14 59789727 . G A 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2956;QD=62.6589;RBI=0.130336;REFB=0;REVB=-0.0728373;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244971;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:14:30:0:0:14:30:0:0 chr14 59797235 . A G 639.13 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.025061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.567;QD=59.454;RBI=0.0324596;REFB=-0.135248;REVB=0.0206294;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000918799;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:1:0 chr14 59835972 . A C 101.56 PASS AF=0.833333;AO=13;DP=15;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0197068;FXX=0.199867;HRUN=7;LEN=1;MLLD=223.174;QD=33.8525;RBI=0.0199954;REFB=-0.0854189;REVB=-0.00338525;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.624739;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00120774;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:15:12:1:2:13:10:0.833333:8:5:1:0:7:3:2:0 chr14 60004844 . C T 313.92 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.731;QD=52.3206;RBI=0.0934798;REFB=0;REVB=0.0644352;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403553;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr14 60031996 . G A 1507.35 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00370477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.473;QD=58.5378;RBI=0.00855662;REFB=-0.0858315;REVB=0.007713;RO=1;SAF=57;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825169;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00010087;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:45:57:1:0:45:57:1:0 chr14 60043422 . A G 1804.12 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.67;QD=61.1567;RBI=0.0373764;REFB=0;REVB=0.000248304;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70703e-05;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:54:64:0:0:54:64:0:0 chr14 60063472 . A G 1575.19 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031646;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5136;QD=60.0072;RBI=0.0469749;REFB=0;REVB=0.0347156;RO=0;SAF=68;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93991e-05;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:105:0:0:105:105:1:37:68:0:0:37:68:0:0 chr14 60212633 . C T 439.66 PASS AF=0.583333;AO=38;DP=67;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00420876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.204;QD=24.4256;RBI=0.0343852;REFB=-0.00933447;REVB=0.0341266;RO=29;SAF=30;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175668;STB=0.568493;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00789304;OID=.;OPOS=60212633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:29:30:38:42:0.583333:8:30:18:11:10:32:19:11 chr14 60574539 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3591;QD=57.236;RBI=0.03623;REFB=0;REVB=-0.0107554;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04616e-05;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr14 60575240 . T C 521.21 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0203081;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5349;QD=54.8643;RBI=0.0534692;REFB=-0.0179137;REVB=0.0494625;RO=2;SAF=10;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084785;STB=0.545428;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0238674;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:2:2:36:36:0.947368:26:10:2:0:26:10:2:0 chr14 60575500 . A T 33.02 PASS AF=0.28;AO=3;DP=20;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0739007;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.1491;QD=5.28338;RBI=0.0743874;REFB=-0.112142;REVB=-0.00849517;RO=16;SAF=0;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594791;STB=0.737664;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0298262;OID=.;OPOS=60575500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:20:25:16:18:3:7:0.28:3:0:7:9:6:1:7:11 chr14 60575512 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0840473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.255;QD=7.62901;RBI=0.0920804;REFB=-0.0168644;REVB=-0.0376143;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.519183;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0385845;OID=.;OPOS=60575512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:7:13:5:3:7:13 chr14 60575869 . A G 1374.64 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.069;QD=62.4835;RBI=0.0393388;REFB=0;REVB=0.00791334;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50389e-05;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:41:46:0:0:41:47:0:0 chr14 60576241 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.766;QD=33.4285;RBI=0.0498274;REFB=0;REVB=-0.0021748;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980236;OID=.;OPOS=60576241;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 60576637 . A T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.369;QD=59.1432;RBI=0.0327187;REFB=0;REVB=0.0282328;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84596e-05;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr14 60576951 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.686;QD=60.23;RBI=0.0181532;REFB=0;REVB=0.0110645;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68431e-06;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr14 60581863 . G A 868.0 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.351;QD=57.8669;RBI=0.0122758;REFB=0;REVB=0.00320809;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07225e-06;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr14 60581935 . C T 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.577;QD=58.9619;RBI=0.012783;REFB=0;REVB=0.00226676;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67265e-05;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr14 60582053 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.467;QD=57.6733;RBI=0.0395952;REFB=0;REVB=0.0314745;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173178;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr14 60864583 . G T 1992.45 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.252;QD=61.3062;RBI=0.0318002;REFB=-0.0403112;REVB=0.0237693;RO=1;SAF=54;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629474;STB=0.503311;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000256174;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:75:54:0:1:75:54:0:1 chr14 60900113 . C T 1609.07 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00839299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.772;QD=59.0484;RBI=0.0150474;REFB=-0.120185;REVB=0.0124893;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.505375;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=5.63833e-05;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:108:108:0.990826:46:62:0:0:46:62:0:1 chr14 60903757 . G A 670.77 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.281;QD=62.3975;RBI=0.052813;REFB=0;REVB=-0.00672302;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240207;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr14 60923783 . C T 329.27 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0615443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7125;QD=21.9516;RBI=0.0662224;REFB=-0.0371519;REVB=-0.0244481;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13722;STB=0.57195;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.030945;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:14:19:10:15:14:20:11:15 chr14 60932752 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0524775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1962;QD=25.3611;RBI=0.0550804;REFB=-0.0543993;REVB=-0.0167319;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197586;STB=0.638513;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0204483;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:7:8:15:15:0.652174:11:4:4:3:11:4:5:3 chr14 61124940 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00149294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.492;QD=20.8994;RBI=0.00173336;REFB=-0.008001;REVB=-0.00088072;RO=24;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028651;STB=0.515912;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00939657;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:9:19:17:7:9:19:17:7 chr14 61176485 . T C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0394451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.007;QD=16.8975;RBI=0.0410456;REFB=-0.00553347;REVB=0.01135;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0236124;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr14 61177188 . G A 332.35 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00786673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.918;QD=32.4245;RBI=0.010889;REFB=-0.00583102;REVB=-0.00752889;RO=13;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895506;STB=0.549097;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00423198;OID=.;OPOS=61177188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:9:19:7:6:9:19:7:6 chr14 61445967 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.154;QD=61.3356;RBI=0.0551462;REFB=0;REVB=0.0545582;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283061;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr14 61449328 . T A 1605.54 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0303627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.824;QD=56.3348;RBI=0.0311974;REFB=-0.123141;REVB=0.00716811;RO=1;SAF=45;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724815;STB=0.512313;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000512259;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:1:4:110:110:0.964912:65:45:0:1:65:45:3:1 chr14 61509924 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.186;QD=56.9567;RBI=0.0268621;REFB=0;REVB=-0.00598431;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67883e-05;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr14 61747644 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.06767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5213;QD=40.7625;RBI=0.0834969;REFB=0;REVB=-0.0489132;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00459206;OID=.;OPOS=61747644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr14 61924239 . G A 333.59 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.033583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.569;QD=24.261;RBI=0.0479382;REFB=0.00020432;REVB=-0.034209;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208641;STB=0.61464;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000443543;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:20:13:15:7:20:13:15:7 chr14 61924241 . A C 318.4 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00601441;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.142;QD=23.1561;RBI=0.0274624;REFB=-0.00438409;REVB=0.0267958;RO=22;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20256;STB=0.602428;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00584739;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:22:23:32:32:0.581818:19:13:15:7:19:13:15:8 chr14 61997226 . C T 1735.12 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.185;QD=60.3522;RBI=0.014906;REFB=0;REVB=0.00941569;RO=0;SAF=73;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283483;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:40:73:0:0:41:74:0:0 chr14 62037421 . C T 462.91 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00737024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.372;QD=27.6363;RBI=0.00925982;REFB=-0.0172823;REVB=0.00560569;RO=24;SAF=26;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707431;STB=0.538553;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0146245;OID=.;OPOS=62037421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:17:26:12:12:17:26:12:12 chr14 62213848 . T C 1157.51 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.783;QD=59.3596;RBI=0.0371151;REFB=-0.0829107;REVB=0.0322438;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000285589;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:36:41:0:0:36:41:1:0 chr14 62229285 . T G 208.56 PASS AF=0.217105;AO=33;DP=151;FAO=33;FDP=152;FR=.;FRO=119;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=82;FSRR=37;FWDB=-0.0238743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.049;QD=5.48848;RBI=0.0239097;REFB=-0.00040708;REVB=-0.00130064;RO=117;SAF=14;SAR=19;SRF=80;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322616;STB=0.699278;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.001509;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:117:119:33:33:0.217105:19:14:80:37:19:14:82:37 chr14 62244837 . A G 98.31 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0349824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7936;QD=7.71059;RBI=0.0533275;REFB=-0.0109521;REVB=-0.0402499;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127949;STB=0.591958;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0276476;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:9:4:15:22:9:4:16:22 chr14 62462766 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.05;QD=60.2307;RBI=0.0467666;REFB=0;REVB=-0.0447318;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104857;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr14 62463129 . G T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0053638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.005;QD=21.0073;RBI=0.0371222;REFB=-0.00092453;REVB=0.0367326;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328729;STB=0.683438;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00212161;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:14:3:11:8:14:3 chr14 62463214 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.516;QD=45.8064;RBI=0.0141036;REFB=0;REVB=0.012797;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175131;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr14 63174616 . T C 1369.06 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.5314;QD=60.8469;RBI=0.0329478;REFB=-0.0416555;REVB=0.0103735;RO=1;SAF=59;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160582;STB=0.508473;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000766767;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:29:59:0:1:29:60:0:1 chr14 63174960 . C T 288.61 PASS AF=0.565217;AO=24;DP=44;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0453372;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.623;QD=25.0967;RBI=0.0454744;REFB=-0.0259215;REVB=0.00352948;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565085;STB=0.516002;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0161928;OID=.;OPOS=63174960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:20:24:26:0.565217:14:10:7:13:16:10:7:13 chr14 63758432 . A G 596.74 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=102;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00621666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.309;QD=23.4017;RBI=0.00880976;REFB=0.00737996;REVB=0.0062422;RO=44;SAF=30;SAR=28;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222986;STB=0.512191;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00400087;OID=.;OPOS=63758432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:44:58:58:0.568627:28:30:24:20:28:30:24:20 chr14 63779665 . T A 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0142583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.595;QD=9.21746;RBI=0.0144421;REFB=-0.0112286;REVB=-0.00229638;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245765;STB=0.522863;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0217151;OID=.;OPOS=63779665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:7:9:21:15:7:9:22:15 chr14 63784407 . A AG,G 974.8 PASS AF=0.987179,0.0128205;AO=54,17;DP=79;FAO=77,1;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322763,-0.0146218;FXX=0.0126566;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.4779,6.02866;QD=49.9896;RBI=0.17444,0.427007;REFB=0,0;REVB=-0.171428,-0.426757;RO=4;SAF=45,0;SAR=9,17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0191713,-0.852535;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000554375,-0.0651762;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:79:78:4:0:54,17:77,1:0.987179,0.0128205:9,17:45,0:3:1:27,0:50,1:0:0 chr14 63842235 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00405458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.193;QD=8.89958;RBI=0.00425902;REFB=-0.000326101;REVB=0.00130371;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649935;STB=0.530064;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00053952;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:8:3:8:17:8:3:8:18 chr14 64118045 . T C 684.36 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=134;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00783586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.502;QD=20.4286;RBI=0.00960052;REFB=-0.027451;REVB=-0.00554701;RO=66;SAF=40;SAR=28;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00246922;STB=0.50136;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0359474;OID=.;OPOS=64118045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:66:68:68:0.507463:28:40:39:27:28:40:39:27 chr14 64125909 . ATTTTTTTTA AATTTTTTTA,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT 75.01 PASS AF=0,0.430769,0.0153846;AO=10,15,3;DP=72;FAO=0,28,1;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=0,6,0;FSAR=0,22,1;FSRF=4;FSRR=32;FWDB=-0.00275657,-0.11439,-0.128551;FXX=0.0844951;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=20.3075,7.05515,20.559;QD=4.61574;RBI=0.023955,0.120559,0.13791;REFB=-0.0781412,-0.127003,-0.0531822;REVB=0.0237958,0.0380706,-0.0499375;RO=28;SAF=2,3,1;SAR=8,12,2;SRF=3;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.203363,0.184511,0.378046;STB=0.5,0.595529,0.982678;STBP=1,0.353,0.573;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.124374,-0.109937;OID=.,.,.;OPOS=64125910,64125910,64125917;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=AATTTTTTTA,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.430769,0.0153846:10,15,3:72:0,28,1:65:36:0,6,0:0,22,1:4:32:72:28:2,3,1:8,12,2:3:25 chr14 64491695 . T C 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.666;QD=58.0572;RBI=0.0137711;REFB=0;REVB=0.000647349;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26562e-05;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr14 64494278 . C T 1400.28 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.052;QD=62.2346;RBI=0.0313413;REFB=0;REVB=-0.0302922;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54995e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:88:90:1:36:52:0:0:37:53:0:0 chr14 64496749 . C T 890.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0832117;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.856;QD=58.3833;RBI=0.0832154;REFB=0;REVB=0.000784706;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01423e-05;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr14 64497930 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.779;QD=53.2678;RBI=0.00866185;REFB=0;REVB=0.00480915;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33623e-06;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr14 64498037 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.312;QD=56.1915;RBI=0.0424186;REFB=0;REVB=0.040244;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92873e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 64519035 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.589;QD=50.4122;RBI=0.093754;REFB=0;REVB=0.000288163;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098028;OID=.;OPOS=64519035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr14 64522674 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4102;QD=51.9164;RBI=0.0334579;REFB=0;REVB=0.0203953;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142409;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr14 64522843 . A G 885.31 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.582;QD=58.0531;RBI=0.100418;REFB=0;REVB=0.0944401;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789306;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:22:38:0:0:23:38:0:0 chr14 64551688 . C T 873.54 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208606;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.591;QD=58.2359;RBI=0.041006;REFB=0;REVB=-0.0353033;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9027e-06;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:28:32:0:0 chr14 64612845 . C T 125.51 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0238325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.158;QD=10.9135;RBI=0.0259312;REFB=-0.00490406;REVB=0.0102195;RO=29;SAF=12;SAR=2;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282178;STB=0.585243;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0105672;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:31:14:15:0.326087:2:12:20:9:3:12:22:9 chr14 64612858 . C A 103.75 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00528234;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.02;QD=9.43146;RBI=0.0504681;REFB=-0.0246614;REVB=-0.0501909;RO=31;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316189;STB=0.697208;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0394954;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:31:31:13:13:0.295455:2:11:20:11:2:11:20:11 chr14 64637147 . C A 161.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0336229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2835;QD=12.9553;RBI=0.0393742;REFB=-0.0310277;REVB=0.0204897;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501318;STB=0.529379;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0521136;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:20:12:6:12:20:12 chr14 64640665 . C G 562.72 PASS AF=0.316239;AO=71;DP=235;FAO=74;FDP=234;FR=.,HEALED;FRO=160;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=99;FSRR=61;FWDB=-0.103104;FXX=0.0126577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9047;QD=9.61909;RBI=0.105093;REFB=-0.00547579;REVB=-0.020346;RO=116;SAF=46;SAR=25;SRF=62;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130005;STB=0.522124;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00762776;OID=.;OPOS=64640665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:116:160:71:74:0.316239:25:46:62:54:26:48:99:61 chr14 64656855 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00632823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.744;QD=5.57548;RBI=0.00632905;REFB=-0.000392927;REVB=0.000102076;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230817;STB=0.64669;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00262366;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:18:6:3:4:18:6 chr14 64657684 . C A 334.25 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=15;FWDB=-0.0171268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.355;QD=12.8559;RBI=0.0182768;REFB=-0.0127818;REVB=-0.00638066;RO=64;SAF=28;SAR=12;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883525;STB=0.549976;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0178022;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:12:28:49:15:12:28:49:15 chr14 64855041 . T C 1474.87 PASS AF=0.743902;AO=112;DP=153;FAO=122;FDP=164;FR=.;FRO=42;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0213942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.444;QD=35.9724;RBI=0.0267692;REFB=-0.0207335;REVB=0.0160897;RO=40;SAF=65;SAR=47;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153001;STB=0.506551;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00807478;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:164:40:42:112:122:0.743902:47:65:22:18:55:67:22:20 chr14 64882380 . A G 456.44 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0347747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.136;QD=50.7158;RBI=0.0693884;REFB=-0.0376784;REVB=0.0600455;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161671;STB=0.51264;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00108511;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:16:17:1:1:16:17:2:1 chr14 64908845 . G A 1306.09 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.166;QD=60.7485;RBI=0.0185713;REFB=0.00609577;REVB=0.0134107;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885539;STB=0.504672;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-1.76124e-05;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:32:53:1:0:32:53:1:0 chr14 65008251 . C T 539.53 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394428;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.666;QD=59.9473;RBI=0.0394447;REFB=0;REVB=0.000384293;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318363;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr14 65016702 . T G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00715776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.522;QD=51.5087;RBI=0.0304823;REFB=-0.0355782;REVB=0.02963;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545418;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00181878;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:5:21:0:0:5:21:0:1 chr14 65031534 . C T 754.75 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.877;QD=54.8907;RBI=0.0250546;REFB=-0.0630711;REVB=0.0115658;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000216574;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:22:32:0:0:22:32:1:0 chr14 65216165 . G A 308.96 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00841415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.465;QD=13.5804;RBI=0.0523471;REFB=-0.0248709;REVB=0.0516664;RO=55;SAF=25;SAR=10;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236729;STB=0.631321;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0290069;OID=.;OPOS=65216165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:10:25:28:27:10:25:29:27 chr14 65219018 . TCC TC,TCT 629.33 PASS AF=0.877551,0.122449;AO=9,6;DP=49;FAO=43,6;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,6;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.397031,-0.0174823;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=17.0929,154.75;QD=51.3741;RBI=0.914311,0.09332;REFB=0,0;REVB=0.823609,0.0916678;RO=34;SAF=9,6;SAR=0,0;SRF=9;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.796444,0.754095;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.044818,0.103924;OID=.,.;OPOS=65219019,65219020;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.877551,0.122449:9,6:49:43,6:49:0:18,6:25,0:0:0:25:34:9,6:0,0:9:25 chr14 65241228 . A G 940.23 PASS AF=0.656;AO=82;DP=125;FAO=82;FDP=125;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0322675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3387;QD=30.0875;RBI=0.0341232;REFB=-0.0471705;REVB=-0.0110997;RO=43;SAF=49;SAR=33;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100921;STB=0.554483;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0165241;OID=.;OPOS=65241228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:43:43:82:82:0.656:33:49:19:24:33:49:19:24 chr14 65242044 . C T 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0557173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.69;QD=29.9649;RBI=0.0557188;REFB=-0.0310381;REVB=-0.000403859;RO=13;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185986;STB=0.601674;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0242027;OID=.;OPOS=65242044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:14:11:2:11:14:11:2:11 chr14 65245956 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00689411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.96;QD=14.9786;RBI=0.0449408;REFB=-0.0399752;REVB=-0.0444089;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0478463;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:7:4:3:7:7:4 chr14 65245962 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0118736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.911;QD=12.7299;RBI=0.045066;REFB=-0.0211656;REVB=-0.0434737;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225785;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0238639;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:7:5:2:7:7:5 chr14 65246623 . T C 131.6 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.0842954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2829;QD=10.5279;RBI=0.0844742;REFB=0.0130065;REVB=-0.00549404;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100265;STB=0.571347;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0296967;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:34:16:16:0.32:4:12:26:6:4:12:28:6 chr14 65253232 . T C 316.47 PASS AF=0.372549;AO=38;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=18;FWDB=-0.0857747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9687;QD=12.4106;RBI=0.0896584;REFB=-0.00653795;REVB=-0.0261024;RO=63;SAF=17;SAR=21;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304253;STB=0.666083;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00746295;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:38:38:0.372549:21:17:46:17:21:17:46:18 chr14 65260227 . T G 193.35 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00415216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.281;QD=16.4553;RBI=0.00415829;REFB=-0.010651;REVB=-0.000225782;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577641;STB=0.832615;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00713086;OID=.;OPOS=65260227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:17:3:19:8:17:3:19:8 chr14 65263300 . C T 177.12 PASS AF=0.289157;AO=25;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0090731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.466;QD=8.53564;RBI=0.0182999;REFB=-0.0159801;REVB=0.0158923;RO=57;SAF=11;SAR=14;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202746;STB=0.606666;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0347443;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:59:25:24:0.289157:14:11:35:22:13:11:36:23 chr14 65263347 . C T 213.54 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.00590962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.966;QD=8.54149;RBI=0.00655615;REFB=-0.00520481;REVB=0.00283892;RO=72;SAF=12;SAR=16;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185478;STB=0.610092;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00951529;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:72:72:28:28:0.28:16:12:42:30:16:12:42:30 chr14 65412748 . G C 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0270264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.636;QD=3.76498;RBI=0.0392795;REFB=-0.00558515;REVB=-0.0285036;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53669;STB=0.860961;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0311914;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:1:5:10:18:1:5:11:19 chr14 65417070 . C A 371.59 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0945455;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8005;QD=15.0137;RBI=0.101412;REFB=-0.0179425;REVB=0.0366822;RO=59;SAF=27;SAR=13;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20164;STB=0.614552;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0362227;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:59:40:40:0.40404:13:27:29:30:13:27:29:30 chr14 65419293 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0112458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1278;QD=9.09977;RBI=0.0240759;REFB=0.00477226;REVB=0.0212881;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323733;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00673198;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:12:7:6:3:12:7 chr14 65878807 . C T 74.59 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0303384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.622;QD=5.62967;RBI=0.0313878;REFB=-0.0282146;REVB=-0.00804858;RO=41;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534408;STB=0.833852;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0655068;OID=.;OPOS=65878807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:41:42:11:11:0.207547:9:2:26:15:9:2:26:16 chr14 66479652 . G T 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.0227362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.474;QD=8.79696;RBI=0.0232015;REFB=-0.00847089;REVB=0.00462315;RO=46;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310122;STB=0.5185;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0203133;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:16:4:10:36:16:4:10:36 chr14 66479768 . A C 271.19 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0110135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.931;QD=10.3309;RBI=0.013063;REFB=-0.0095913;REVB=0.0070246;RO=69;SAF=15;SAR=20;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172;STB=0.603715;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0202671;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:35:35:0.333333:20:15:40:29:20:15:41:29 chr14 66479771 . G A 279.21 PASS AF=0.336449;AO=35;DP=106;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0258624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8184;QD=10.4377;RBI=0.0300641;REFB=-0.0143776;REVB=0.0153293;RO=71;SAF=16;SAR=19;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138187;STB=0.587581;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0207234;OID=.;OPOS=66479771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:71:71:35:36:0.336449:19:16:41:30:20:16:41:30 chr14 67147816 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0389712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3651;QD=11.1306;RBI=0.0630337;REFB=0.00250558;REVB=0.0495428;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411477;STB=0.744218;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.000989675;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:5:12:3:7:5:12 chr14 67555760 . C T 55.24 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0526859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.4;QD=3.68299;RBI=0.0527122;REFB=-0.010619;REVB=-0.00166495;RO=50;SAF=0;SAR=9;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.738409;STB=0.915903;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0139933;OID=.;OPOS=67555760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:60:60:50:50:9:10:0.166667:9:0:32:18:9:1:32:18 chr14 67671701 . C T 45.41 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0283595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0738;QD=8.25569;RBI=0.0292271;REFB=-0.026408;REVB=0.00706813;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365691;STB=0.736049;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0522392;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:6:9:6:1:6:9 chr14 67769177 . A C 613.34 PASS AF=0.397727;AO=69;DP=174;FAO=70;FDP=176;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=0.0076209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.893;QD=13.9395;RBI=0.0222846;REFB=-0.0154738;REVB=-0.020941;RO=105;SAF=27;SAR=42;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414449;STB=0.524383;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0214112;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:105:106:69:70:0.397727:42:27:45:60:43:27:45:61 chr14 67800316 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.047;QD=62.3509;RBI=0.0328796;REFB=0;REVB=0.0160686;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75129e-05;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr14 67800815 . G A 422.73 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0132291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1365;QD=49.7334;RBI=0.0133226;REFB=-0.0971624;REVB=-0.00157565;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196407;STB=0.527761;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0180925;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:34:34:3:2:31:32:0.941176:14:17:2:1:15:17:2:0 chr14 67815761 . A G 349.07 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0228453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.841;QD=25.3869;RBI=0.0252316;REFB=-0.0240468;REVB=0.0107109;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18776;STB=0.592304;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0175593;OID=.;OPOS=67815761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:16:18:5:15:16:18:6:15 chr14 67850106 . A G 352.06 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0287742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2017;QD=28.7394;RBI=0.036098;REFB=0.0056928;REVB=0.0217971;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046919;STB=0.525785;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.000999563;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:12:7:13:17:12:7 chr14 67938818 . G A 236.78 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00104117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.966;QD=26.3091;RBI=0.00969651;REFB=-0.0215376;REVB=0.00964045;RO=14;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056125;STB=0.531221;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0155925;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:5:17:10:4:5:17:10:4 chr14 67939483 . T C 308.47 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0228814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5453;QD=31.6383;RBI=0.0343232;REFB=0.0123691;REVB=-0.0255837;RO=12;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246622;STB=0.513503;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0103383;OID=.;OPOS=67939483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:12:12:27:27:0.692308:8:19:8:4:8:19:8:4 chr14 68029118 . C A 565.87 PASS AF=0.720588;AO=47;DP=67;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0178469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.523;QD=33.2867;RBI=0.022004;REFB=-0.0161803;REVB=0.0128711;RO=17;SAF=26;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011825;STB=0.502145;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00587335;OID=.;OPOS=68029118;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:17:19:47:49:0.720588:21:26:9:8:21:28:11:8 chr14 68042574 . A G 304.45 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0186916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6903;QD=12.5544;RBI=0.026024;REFB=-0.0360201;REVB=0.0181072;RO=61;SAF=20;SAR=16;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387136;STB=0.522132;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0346082;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:16:20:36:25:16:20:36:25 chr14 68053149 . A G 174.94 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0297704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.46;QD=13.995;RBI=0.0316247;REFB=-0.0238812;REVB=-0.0106701;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434414;STB=0.749261;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0336688;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:6:13:8:23:6:13:8:23 chr14 68053802 . T C 393.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6332;QD=56.2165;RBI=0.0575777;REFB=0;REVB=-0.00137842;RO=0;SAF=22;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679525;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:5:22:0:0:5:23:0:0 chr14 68053977 . A C 1425.13 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9941;QD=60.6437;RBI=0.0253312;REFB=-0.0630645;REVB=-0.00392522;RO=2;SAF=45;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000438564;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00493751;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:47:45:1:1:47:45:1:1 chr14 68055613 . C G 131.13 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.00504883;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.113;QD=7.38763;RBI=0.00534415;REFB=-0.00197888;REVB=0.00175193;RO=50;SAF=17;SAR=2;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419538;STB=0.756106;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0153028;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:50:52:19:19:0.267606:2:17:33:17:2:17:35:17 chr14 68172894 . C T 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.015269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4269;QD=8.64009;RBI=0.01722;REFB=-0.00268594;REVB=-0.00796144;RO=34;SAF=3;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398765;STB=0.745373;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00683878;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:10:3:19:15:10:3:19:15 chr14 68213744 . G A 784.91 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.691;QD=57.0847;RBI=0.0359149;REFB=0;REVB=0.0240196;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200945;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr14 68213792 . A G 127.16 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0236223;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.16;QD=9.24774;RBI=0.0345516;REFB=-0.018283;REVB=0.0252152;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336457;STB=0.538416;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0504325;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:38:17:17:0.309091:9:8:18:18:9:8:20:18 chr14 68234539 . T C 996.43 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=74;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0430738;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.913;QD=55.3572;RBI=0.0512194;REFB=-0.0531769;REVB=0.0277143;RO=2;SAF=37;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248661;STB=0.519475;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000302249;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:72:2:3:69:69:0.958333:32:37:2:0:32:37:3:0 chr14 68249803 . A C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0284963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.924;QD=19.1804;RBI=0.0317772;REFB=-0.0221018;REVB=-0.0140623;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0146295;OID=.;OPOS=68249803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:5:8:6:4:5:8:6:5 chr14 68264867 . A G 160.39 PASS AF=1;AO=8;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.08704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.727;QD=45.8245;RBI=0.088498;REFB=0;REVB=0.015998;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212026;OID=.;OPOS=68264867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:8:14:1:6:2:0:0:8:6:0:0 chr14 68274558 . C G 682.06 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0104944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8826;QD=23.1207;RBI=0.0569502;REFB=-0.0231282;REVB=-0.0559749;RO=52;SAF=40;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00834271;STB=0.504561;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0233466;OID=.;OPOS=68274558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:52:66:66:0.559322:26:40:31:21:26:40:31:21 chr14 68616597 . G A 182.67 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0958845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2092;QD=42.982;RBI=0.116244;REFB=-0.0734408;REVB=-0.0657187;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000697792;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:0:1:7:9:0:1 chr14 68935789 . T C 1250.32 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352031;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4276;QD=61.7443;RBI=0.0642162;REFB=0;REVB=-0.0537073;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571187;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr14 69012355 . C G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.905;QD=57.3849;RBI=0.0305425;REFB=0;REVB=0.0168133;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78943e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr14 69259662 . C A 658.48 PASS AF=0.815385;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=65;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00990301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.402;QD=40.5218;RBI=0.0504436;REFB=-0.0635564;REVB=0.0494619;RO=11;SAF=27;SAR=26;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176327;STB=0.501742;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.011781;OID=.;OPOS=69259662;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:65:65:11:12:53:53:0.815385:26:27:5:6:26:27:6:6 chr14 69262441 . A G 1391.17 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00541696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.87;QD=55.0958;RBI=0.0587419;REFB=-0.00831122;REVB=-0.0584916;RO=4;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411797;STB=0.521735;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-1.02342e-05;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:4:4:97:97:0.960396:44:53:0:4:44:53:0:4 chr14 69263074 . G A 565.17 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0327212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9791;QD=53.8261;RBI=0.0373619;REFB=-0.0224726;REVB=-0.0180343;RO=3;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153967;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:26:13:1:2:26:13:1:2 chr14 69352230 . G A 381.31 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=125;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0525422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1674;QD=12.105;RBI=0.0849403;REFB=0.0101258;REVB=0.0667396;RO=79;SAF=20;SAR=26;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203279;STB=0.618997;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0172326;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:79:80:46:46:0.365079:26:20:49:30:26:20:50:30 chr14 69695792 . G A 617.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066624;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6837;QD=61.7111;RBI=0.0859034;REFB=0;REVB=0.0542277;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627735;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr14 69703158 . A G 2142.66 PASS AF=0.992754;AO=136;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0297231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.206;QD=62.1062;RBI=0.0304692;REFB=-0.0949566;REVB=-0.00670146;RO=1;SAF=64;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737013;STB=0.503816;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000186672;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:1:1:136:137:0.992754:72:64:1:0:72:65:1:0 chr14 69704553 . G T 1138.86 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0183357;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.44;QD=58.4032;RBI=0.0461188;REFB=-0.156829;REVB=0.0423173;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.511625;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00147152;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:78:0:2:76:76:0.974359:34:42:0:0:34:42:2:0 chr14 69799806 . C T 45.61 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0320236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5553;QD=8.68796;RBI=0.0364395;REFB=-0.000191912;REVB=0.0173876;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34615;STB=0.732681;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0057493;OID=.;OPOS=69799806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:8:5:5:2:9:5 chr14 69799892 . A G 37.23 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0163163;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.401;QD=6.76889;RBI=0.0185169;REFB=-0.00842495;REVB=0.00875534;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404914;STB=0.742119;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0170993;OID=.;OPOS=69799892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:17:16:6:6:0.272727:4:2:12:5:4:2:11:5 chr14 69820946 . C A 135.32 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.024825;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.114;QD=15.92;RBI=0.0263233;REFB=-0.0283064;REVB=-0.00875432;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243262;STB=0.629772;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.019741;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:19:15:15:0.441176:11:4:9:9:11:4:9:10 chr14 69922552 . T C 576.26 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0246521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.365;QD=26.8026;RBI=0.0413349;REFB=-0.0171894;REVB=0.033179;RO=34;SAF=21;SAR=30;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108839;STB=0.562079;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0121472;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:34:51:52:0.604651:30:21:19:15:31:21:19:15 chr14 70037611 . A T 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00500209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.058;QD=23.258;RBI=0.0118718;REFB=-0.000434649;REVB=0.0107665;RO=37;SAF=31;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161689;STB=0.589116;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000337741;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:15:31:18:19:15:31:18:19 chr14 70038786 . A G 322.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6595;QD=53.6775;RBI=0.158313;REFB=0;REVB=0.010717;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584092;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:19:4:0:0:19:5:0:0 chr14 70180778 . C G 555.04 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0204876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6736;QD=27.7518;RBI=0.020623;REFB=0.00031441;REVB=0.00235938;RO=30;SAF=28;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132804;STB=0.572254;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.000371452;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:22:28:11:19:22:28:11:19 chr14 70634087 . A G 1877.84 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.865;QD=61.5687;RBI=0.0890841;REFB=0;REVB=-0.0810515;RO=0;SAF=76;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61967e-05;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:46:76:0:0:46:76:0:0 chr14 70712880 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.633;QD=53.2772;RBI=0.0118842;REFB=0;REVB=-0.0103292;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61893e-05;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr14 70713586 . T G 381.07 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.000465247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.886;QD=16.9364;RBI=0.00750858;REFB=-0.0180004;REVB=0.00749416;RO=47;SAF=27;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368052;STB=0.538442;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0223545;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:50:39:40:0.444444:12:27:31:16:12:28:32:18 chr14 70713720 . AATC A 655.36 PASS AF=0.66087;AO=73;DP=118;FAO=76;FDP=115;FR=.;FRO=39;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0130309;FXX=0.0336106;HRUN=3;LEN=3;MLLD=330.94;QD=22.795;RBI=0.0154047;REFB=-0.0112509;REVB=-0.00821599;RO=40;SAF=48;SAR=25;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041188;STB=0.525256;STBP=0.467;TYPE=del;VARB=0.00598744;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.66087:73:118:76:115:39:50:26:23:16:99:40:48:25:24:16 chr14 70713858 . T C 217.76 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=91;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00757033;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.93;QD=9.0733;RBI=0.00840434;REFB=-0.0237997;REVB=0.00365007;RO=71;SAF=4;SAR=16;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511855;STB=0.621616;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0832416;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:96:71:68:20:28:0.291667:16:4:44:27:16:12:41:27 chr14 70827773 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9252;QD=61.5355;RBI=0.0313054;REFB=0;REVB=8.60863e-05;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232771;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr14 70839389 . A C 113.11 PASS AF=0.5;AO=10;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00270215;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=319.38;QD=17.4015;RBI=0.0173539;REFB=0.00664824;REVB=0.0171422;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505321;STB=0.551099;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00592313;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:8:13:10:13:0.5:1:9:7:1:3:10:9:4 chr14 70924249 . A G 709.3 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.266;QD=63.0485;RBI=0.050191;REFB=0;REVB=0.0500223;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9193e-05;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:19:26:0:0 chr14 70924501 . C G 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000148441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.027;QD=50.6202;RBI=0.01828;REFB=-0.00415134;REVB=-0.0182794;RO=2;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071485;STB=0.538435;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000498076;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:12:17:0:2:12:17:0:2 chr14 70924566 . CA GT 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0281126;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176.87;QD=6.25134;RBI=0.0307205;REFB=-0.000869559;REVB=-0.0123867;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.646563;STBP=0.422;TYPE=mnp;VARB=0.00278402;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:9:8:4:2:9:8 chr14 70924693 . T C 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00342792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.2;QD=3.8872;RBI=0.00946856;REFB=0.00131745;REVB=0.00882627;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249077;STB=0.656671;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.0042068;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:27:29:6:6:0.171429:3:3:19:8:3:3:20:9 chr14 70924955 . A C 577.25 PASS AF=0.604651;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0213496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4467;QD=26.8487;RBI=0.0304142;REFB=-0.030138;REVB=0.0216614;RO=34;SAF=15;SAR=37;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055372;STB=0.530243;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0189941;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:34:52:52:0.604651:37:15:12:22:37:15:12:22 chr14 70925257 . A G 145.15 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=44.6617;RBI=0.0230602;REFB=0;REVB=-0.0218156;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174251;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr14 71109153 . C G 464.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.136;QD=58.0152;RBI=0.0406853;REFB=0;REVB=0.0317415;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.65126e-05;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr14 71199452 . G A 132.32 PASS AF=0.32;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0123781;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.811;QD=10.5853;RBI=0.0157807;REFB=-0.00396354;REVB=-0.00978846;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207466;STB=0.630539;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00663;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:34:15:16:0.32:6:9:23:7:6:10:27:7 chr14 71204973 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00422991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.561;QD=12.3948;RBI=0.0214075;REFB=-0.0128403;REVB=-0.0209855;RO=24;SAF=13;SAR=1;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398047;STB=0.745441;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0271044;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:1:13:18:6:1:13:18:6 chr14 71374702 . G A 324.62 PASS AF=0.261111;AO=47;DP=181;FAO=47;FDP=180;FR=.;FRO=133;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=56;FWDB=0.0179974;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3919;QD=7.2138;RBI=0.0292664;REFB=0.000901619;REVB=0.0230784;RO=129;SAF=28;SAR=19;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182987;STB=0.512815;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00166738;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:129:133:47:47:0.261111:19:28:75:54:19:28:77:56 chr14 71444788 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00221606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.251;QD=13.9591;RBI=0.019797;REFB=-0.0016605;REVB=-0.0196725;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.620296;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00145831;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:5:2:1:6:5:2 chr14 71577480 . G A 85.71 PASS AF=0.22807;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0299256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.748;QD=6.015;RBI=0.0299671;REFB=0.00302425;REVB=-0.00157712;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839923;STB=0.523125;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0107522;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:56:57:44:44:12:13:0.22807:6:6:25:19:6:7:25:19 chr14 71915415 . T G,TGTG 304.57 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,21;DP=24;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461746,0.0205417;FXX=0.0416493;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=54.8725,220.726;QD=52.9683;RBI=0.0468346,0.0248798;REFB=0,0;REVB=0.00783488,0.0140371;RO=0;SAF=0,9;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00852828,0.00593889;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:24:23:0:0:3,21:1,22:0.0434783,0.956522:3,12:0,9:0:0:1,13:0,9:0:0 chr14 72055468 . A C 637.59 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859311;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.946;QD=62.2039;RBI=0.0571245;REFB=0;REVB=0.0564745;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376544;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 72117156 . T C 786.23 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0418;QD=54.2228;RBI=0.111736;REFB=0;REVB=0.107665;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312861;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:2:0:56:58:1:31:25:0:2:33:25:0:0 chr14 72945012 . T C 774.51 PASS AF=0.561538;AO=73;DP=130;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.000118055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.77;QD=23.831;RBI=0.0118229;REFB=-0.00718898;REVB=0.0118223;RO=57;SAF=39;SAR=34;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934588;STB=0.550946;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00662958;OID=.;OPOS=72945012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:57:57:73:73:0.561538:34:39:37:20:34:39:37:20 chr14 73014061 . T C 186.77 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0530465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5311;QD=19.66;RBI=0.0562506;REFB=-0.009634;REVB=-0.0187135;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288377;STB=0.660867;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00761736;OID=.;OPOS=73014061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:10:9:3:16:10:9:3:16 chr14 73079291 . G GA,GAA 254.37 PASS AF=0,1;AO=6,12;DP=25;FAO=0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.22994,0.128302;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=20.5378,28.797;QD=44.238;RBI=0.351688,0.188432;REFB=0,0;REVB=0.266106,0.138004;RO=6;SAF=2,5;SAR=4,7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275357,-0.147396;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0157686;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,12:25:0,23:23:0:0,10:0,13:0:0:5:6:2,5:4,7:4:2 chr14 73358945 . A C 1755.98 PASS AF=0.966942;AO=116;DP=122;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0321834;FXX=0.0620107;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.572;QD=58.049;RBI=0.0321887;REFB=-0.177112;REVB=-0.000588572;RO=1;SAF=65;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00922077;STB=0.501858;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000909513;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:122:121:1:4:116:117:0.966942:51:65:0:1:52:65:2:2 chr14 73360819 . T TTGTC 521.59 PASS AF=0.78;AO=38;DP=51;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.024928;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=264.529;QD=41.727;RBI=0.0298332;REFB=-0.00992856;REVB=0.0163895;RO=12;SAF=3;SAR=35;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518643;STB=0.791014;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00160155;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78:38:51:39:50:11:3:36:9:2:74:12:3:35:9:3 chr14 73404752 . G C 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00342451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.304;QD=10.9324;RBI=0.0353786;REFB=-0.00622797;REVB=-0.0352125;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26186;STB=0.679397;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00989061;OID=.;OPOS=73404752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:34:16:16:0.32:6:10:12:19:6:10:12:22 chr14 73422259 . C G 135.21 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=9.38021e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6603;QD=6.76027;RBI=0.0144586;REFB=-0.0344218;REVB=-0.0144582;RO=60;SAF=10;SAR=10;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102564;STB=0.562438;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0241854;OID=.;OPOS=73422259;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:10:10:35:25:10:10:35:25 chr14 73425462 . G A 208.75 PASS AF=0.625;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0042938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.2599;QD=26.0939;RBI=0.0543798;REFB=-0.0166299;REVB=0.0542101;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355744;STB=0.506487;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00513381;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:32:12:12:19:20:0.625:7:12:7:5:8:12:7:5 chr14 73429744 . GC CG,G 51.59 PASS AF=0,0.428571;AO=2,20;DP=43;FAO=0,18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=0,13;FSAR=0,5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.189362,-0.15679;FXX=0.0232504;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=71.6031,7.53557;QD=4.91332;RBI=0.19456,0.166209;REFB=-0.0163235,-0.194725;REVB=-0.0446715,-0.055157;RO=18;SAF=2,12;SAR=0,8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705868,0.353192;STB=0.5,0.75861;STBP=1,0.007;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.167851;OID=.,.;OPOS=73429744,73429745;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:43:42:18:24:2,20:0,18:0,0.428571:0,8:2,12:3:15:0,5:0,13:6:18 chr14 73440864 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.145;QD=60.6068;RBI=0.0139053;REFB=0;REVB=-0.0137532;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42796e-05;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chr14 73448583 . G A 109.75 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.012914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2669;QD=14.6327;RBI=0.0315963;REFB=-0.0186444;REVB=-0.0288368;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.57132;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0295479;OID=.;OPOS=73448583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:6:7:7:9:6:7:7:10 chr14 73459917 . C T 1610.22 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381194;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.522;QD=60.195;RBI=0.0472849;REFB=0;REVB=0.047131;RO=0;SAF=70;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7943e-05;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:37:70:0:0:37:70:0:0 chr14 73465003 . A G 441.72 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426336;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.629;QD=55.2152;RBI=0.0520259;REFB=-0.143767;REVB=0.0298174;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00233812;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:21:10:1:0:21:10:1:0 chr14 73716774 . G A 294.59 PASS AF=0.458333;AO=31;DP=70;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00705256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4811;QD=16.366;RBI=0.0198607;REFB=-0.0151084;REVB=-0.0185663;RO=39;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00258336;STB=0.505297;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0215061;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:39:31:33:0.458333:19:12:15:24:20:13:15:24 chr14 73727509 . T G 264.02 PASS AF=0.88;AO=18;DP=21;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00183357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.677;QD=42.2434;RBI=0.00389891;REFB=-0.03569;REVB=-0.00344086;RO=3;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294634;STB=0.509425;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00654706;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:25:3:3:18:22:0.88:10:8:1:2:13:9:1:2 chr14 73735366 . C T 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0281762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.717;QD=25.7158;RBI=0.0357556;REFB=-0.0129175;REVB=-0.0220128;RO=38;SAF=35;SAR=18;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130021;STB=0.571212;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0156047;OID=.;OPOS=73735366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:18:35:19:19:18:35:19:19 chr14 73957772 . A G 488.58 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0833053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0528;QD=55.8371;RBI=0.0870403;REFB=-0.08428;REVB=-0.0252239;RO=1;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0135632;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:8:26:0:1:8:26:0:1 chr14 73958375 . T C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00171897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.194;QD=61.8144;RBI=0.00449813;REFB=-0.0959764;REVB=0.00415672;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00189502;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr14 73958812 . T C 1029.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.876;QD=58.8105;RBI=0.0259335;REFB=0;REVB=-0.0177888;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6195e-06;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:64:70:1:25:39:0:0:26:44:0:0 chr14 73963383 . T C 740.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.454;QD=56.9398;RBI=0.0685791;REFB=0;REVB=0.052905;RO=0;SAF=37;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138726;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:14:37:0:0:15:37:0:0 chr14 73989859 . C T 260.12 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00869113;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.768;QD=14.2529;RBI=0.00908399;REFB=-0.01197;REVB=-0.00264256;RO=43;SAF=15;SAR=15;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843941;STB=0.547913;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0144238;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:15:15:25:18:15:15:25:18 chr14 74058832 . C T 160.51 PASS AF=0.485714;AO=13;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00679001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.392;QD=18.3439;RBI=0.0299095;REFB=-0.0197941;REVB=0.0291286;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228757;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0246926;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:13:17:0.485714:6:7:13:4:6:11:13:5 chr14 74060487 . G C 787.56 PASS AF=0.593496;AO=73;DP=123;FAO=73;FDP=123;FR=.;FRO=50;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0484823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4478;QD=25.6118;RBI=0.0532173;REFB=0.0119353;REVB=-0.0219443;RO=50;SAF=39;SAR=34;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106893;STB=0.505812;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0098663;OID=.;OPOS=74060487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:50:50:73:73:0.593496:34:39:26:24:34:39:26:24 chr14 74061968 . T C 650.96 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0269408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3953;QD=57.8631;RBI=0.0565506;REFB=-0.0353858;REVB=0.0497209;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00439918;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:45:1:1:43:44:0.977778:21:22:1:0:22:22:1:0 chr14 74083846 . C T 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0169476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.041;QD=14.4882;RBI=0.0354959;REFB=-0.0225176;REVB=-0.0311888;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366292;STB=0.702902;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0371036;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:30:19:19:0.387755:8:11:6:22:8:11:7:23 chr14 74168625 . G A 877.27 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142343;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.689;QD=56.5983;RBI=0.0142519;REFB=-0.075282;REVB=-0.000707571;RO=1;SAF=23;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020075;STB=0.510635;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00113046;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:37:23:1:0:38:23:1:0 chr14 74196686 . T C 1171.86 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.562;QD=60.8758;RBI=0.05548;REFB=0;REVB=0.0554309;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150516;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr14 74196792 . T C 644.89 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6689;QD=59.99;RBI=0.137594;REFB=0;REVB=-0.000646081;RO=0;SAF=2;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375745;OID=.;OPOS=74196792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:30:2:0:0:30:13:0:0 chr14 74196844 . T C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000111862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.238;QD=52.4084;RBI=0.00265727;REFB=-0.0361136;REVB=0.00265491;RO=2;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388905;STB=0.520821;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0038505;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:23:9:0:2:23:9:0:2 chr14 74196872 . G C 183.07 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0419197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.065;QD=25.2513;RBI=0.045438;REFB=-0.026377;REVB=0.0175314;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121811;STB=0.567497;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0153484;OID=.;OPOS=74196872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:12:6:2:9:12:6:2:9 chr14 74203789 . G A 168.89 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0284845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5117;QD=19.3015;RBI=0.0292322;REFB=0.00894036;REVB=0.00656927;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589725;STB=0.54281;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00386595;OID=.;OPOS=74203789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:15:17:17:18:0.514286:8:9:9:6:9:9:10:7 chr14 74205878 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0225922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5352;QD=15.2585;RBI=0.0297627;REFB=-0.00889787;REVB=-0.0193755;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293682;STB=0.666317;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0183997;OID=.;OPOS=74205878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:6:0:1:6:6:0 chr14 74206481 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7096;QD=60.6086;RBI=0.0509576;REFB=0;REVB=-0.050752;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720121;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr14 74340797 . A T 1120.29 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899874;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7942;QD=60.5561;RBI=0.044105;REFB=0;REVB=0.0431772;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132036;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr14 74404756 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422115;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.427;QD=60.2303;RBI=0.0423894;REFB=0;REVB=0.00387867;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104604;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr14 74425056 . C A 563.54 PASS AF=0.690141;AO=38;DP=73;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0615333;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.076;QD=31.7485;RBI=0.0623671;REFB=0.00787992;REVB=-0.0101638;RO=17;SAF=16;SAR=22;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624999;STB=0.503161;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00984821;OID=.;OPOS=74425056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:71:17:22:38:49:0.690141:22:16:9:8:25:24:11:11 chr14 74428000 . A T 110.3 PASS AF=0.28;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00637026;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.602;QD=8.82434;RBI=0.0160115;REFB=-0.00240294;REVB=-0.0146897;RO=35;SAF=11;SAR=2;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338549;STB=0.71963;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00556665;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:35:36:13:14:0.28:2:11:22:13:2:12:23:13 chr14 74428445 . G A 325.34 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00616717;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0822;QD=22.0572;RBI=0.0109399;REFB=-0.00955207;REVB=0.0090359;RO=26;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18422;STB=0.601208;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0122213;OID=.;OPOS=74428445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:15:18:20:6:15:18:20:6 chr14 74441684 . G A 184.98 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0430662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8379;QD=27.405;RBI=0.099304;REFB=0.0301179;REVB=-0.0894795;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347362;STB=0.519292;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.019619;OID=.;OPOS=74441684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:5:4:7:11:5:4 chr14 74489735 . G A 266.26 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0321625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.269;QD=11.211;RBI=0.035403;REFB=-0.0166895;REVB=-0.0147969;RO=63;SAF=16;SAR=16;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635529;STB=0.536819;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0284925;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:63:32:32:0.336842:16:16:35:28:16:16:35:28 chr14 74514674 . A T 1090.07 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.742;QD=57.3718;RBI=0.0209019;REFB=0.0271537;REVB=0.0102258;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00209966;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:76:0:2:74:74:0.973684:34:40:0:0:34:40:0:2 chr14 74523869 . A G 133.86 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00493999;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.365;QD=25.4978;RBI=0.0366481;REFB=-0.0078969;REVB=0.0363137;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213429;STB=0.618887;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0032817;OID=.;OPOS=74523869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:1:6:7:7:1:6 chr14 74523949 . G A 346.09 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.009448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0599;QD=24.7205;RBI=0.0504659;REFB=0.00722543;REVB=-0.0495736;RO=22;SAF=22;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110809;STB=0.560939;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00521965;OID=.;OPOS=74523949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:12:22:11:11:12:22:11:11 chr14 74539325 . C A 140.49 PASS AF=0.339623;AO=13;DP=47;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0591408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.846;QD=10.603;RBI=0.0591759;REFB=-0.0149654;REVB=-0.00203803;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780667;STB=0.655576;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0388198;OID=.;OPOS=74539325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:53:31:35:13:18:0.339623:8:5:10:21:8:10:11:24 chr14 74711991 . G A 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0475613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2984;QD=8.80819;RBI=0.0641182;REFB=0.0104635;REVB=0.0430008;RO=23;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498417;STB=0.817411;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0196452;OID=.;OPOS=74711991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:1:9:13:10:1:9:13:10 chr14 74726475 . G A 34.13 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00710043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.224;QD=4.13686;RBI=0.00711192;REFB=-0.0202182;REVB=0.00040419;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179959;STB=0.624574;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0570607;OID=.;OPOS=74726475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:14:13:2:4:14:13 chr14 74874345 . G A 823.77 PASS AF=0.764706;AO=65;DP=85;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.00955757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.695;QD=38.7654;RBI=0.0197558;REFB=-0.0434154;REVB=0.01729;RO=20;SAF=26;SAR=39;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197131;STB=0.605601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00941752;OID=.;OPOS=74874345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:20:20:65:65:0.764706:39:26:17:3:39:26:17:3 chr14 74876181 . T G 1861.47 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00570356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9088;QD=60.5356;RBI=0.00577735;REFB=-0.0222398;REVB=-0.000920414;RO=1;SAF=81;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582953;STB=0.503067;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.000878886;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:41:81:1:0:41:81:1:0 chr14 74943295 . T C 323.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1352;QD=53.8827;RBI=0.0756255;REFB=0;REVB=0.0538377;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96707e-06;OID=.;OPOS=74943295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:7:15:0:0:9:15:0:0 chr14 74971769 . C T 734.4 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.206;QD=61.2003;RBI=0.0243027;REFB=-0.0807697;REVB=0.00192994;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000418342;OID=.;OPOS=74971769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:18:29:0:0:18:29:1:0 chr14 74976452 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.894;QD=57.5451;RBI=0.0577094;REFB=0;REVB=-0.0423762;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71348e-05;OID=.;OPOS=74976452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr14 74991855 . A G 411.04 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.447;QD=56.6956;RBI=0.0652841;REFB=0;REVB=-0.0472438;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09109e-05;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr14 74992800 . A G 729.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.023;QD=57.1972;RBI=0.0229179;REFB=0;REVB=0.0193023;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61197e-05;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr14 75200854 . A G 255.55 PASS AF=0.657143;AO=21;DP=33;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0732027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0533;QD=29.2054;RBI=0.07488;REFB=-0.0457312;REVB=-0.0157602;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945353;STB=0.564301;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0213773;OID=.;OPOS=75200854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:35:12:12:21:23:0.657143:11:10:4:8:11:12:4:8 chr14 75279395 . T A 300.38 PASS AF=0.6;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0107972;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.746;QD=24.0301;RBI=0.0108756;REFB=-0.0215611;REVB=0.00130351;RO=20;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337157;STB=0.507458;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.015479;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:20:29:30:0.6:9:20:13:7:10:20:13:7 chr14 75359670 . G A 206.62 PASS AF=0.356164;AO=24;DP=71;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=0.0247486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.206;QD=11.3217;RBI=0.0253386;REFB=-0.0127723;REVB=-0.00543592;RO=47;SAF=3;SAR=21;SRF=8;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104942;STB=0.523543;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.019747;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:47:47:24:26:0.356164:21:3:8:39:21:5:8:39 chr14 75367807 . C T 522.34 PASS AF=0.364162;AO=64;DP=173;FAO=63;FDP=173;FR=.;FRO=110;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=58;FWDB=-0.0543731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9177;QD=12.0771;RBI=0.0882369;REFB=-0.0226879;REVB=-0.0694933;RO=107;SAF=41;SAR=23;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194448;STB=0.604895;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0365882;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:107:110:64:63:0.364162:23:41:50:57:23:40:52:58 chr14 75386576 . G A 692.04 PASS AF=0.74026;AO=57;DP=74;FAO=57;FDP=77;FR=.;FRO=20;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0182833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7099;QD=35.9503;RBI=0.0257056;REFB=-0.0629862;REVB=0.0180692;RO=17;SAF=42;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482678;STB=0.512191;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0220702;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:17:20:57:57:0.74026:15:42:11:6:15:42:14:6 chr14 75388183 . C T 355.48 PASS AF=0.8;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.01997;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.619;QD=40.6266;RBI=0.0200702;REFB=0.00057144;REVB=0.00200274;RO=7;SAF=11;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678635;STB=0.536815;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-3.006e-05;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:35:7:7:28:28:0.8:17:11:4:3:17:11:4:3 chr14 75412907 . C CG 421.69 PASS AF=1;AO=11;DP=97;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229399;FXX=0.473634;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5934;QD=33.7352;RBI=0.0241509;REFB=0;REVB=-0.00755145;RO=83;SAF=11;SAR=0;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688561;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00320598;OID=.;OPOS=75412908;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:97:50:50:0:41:9:0:0:9:83:11:0:35:48 chr14 75412908 . A C,G 1474.78 PASS AF=0.154639,0.845361;AO=14,83;DP=97;FAO=15,82;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=14,35;FSAR=1,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242672,0.013314;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.771,71.8397;QD=60.8155;RBI=0.0522193,0.0194555;REFB=0,0;REVB=-0.046238,-0.0141864;RO=0;SAF=14,35;SAR=0,48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.10069e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167249,0.00134815;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:97:97:0:0:14,83:15,82:0.154639,0.845361:0,48:14,35:0:0:1,47:14,35:0:0 chr14 75483812 . T C 899.55 PASS AF=0.684211;AO=78;DP=115;FAO=78;FDP=114;FR=.;FRO=36;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0554336;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.048;QD=31.5631;RBI=0.0561371;REFB=-0.0174982;REVB=0.00885975;RO=36;SAF=37;SAR=41;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150649;STB=0.50811;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00827184;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:36:36:78:78:0.684211:41:37:18:18:41:37:18:18 chr14 75513828 . G A 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.036582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5295;QD=18.1517;RBI=0.139687;REFB=0.00973048;REVB=-0.134812;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117994;STB=0.566947;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0160508;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:15:10:11:10:15:10 chr14 75513883 . T C 753.61 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.373;QD=61.5189;RBI=0.0289896;REFB=-0.146096;REVB=0.0154713;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00146796;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:1:0 chr14 75537381 . C T 397.1 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00236142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.098;QD=23.359;RBI=0.00240336;REFB=-0.0195152;REVB=-0.000447024;RO=28;SAF=25;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112286;STB=0.57038;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.011122;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:14:25:14:14:14:25:14:15 chr14 75538217 . G T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0646201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4508;QD=30.8203;RBI=0.0808478;REFB=0.0222648;REVB=-0.048586;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0112713;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:2:1:7:5:2:1 chr14 75574087 . C T 395.56 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0377919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.688;QD=34.3962;RBI=0.0378223;REFB=-0.0191825;REVB=0.00151516;RO=14;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103487;STB=0.556284;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0072295;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:15:17:10:4:15:17:10:4 chr14 75590822 . G A 369.21 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.038911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.95;QD=22.3761;RBI=0.0389746;REFB=-0.0409841;REVB=-0.00222655;RO=29;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109908;STB=0.552603;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0250994;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:29:36:37:0.560606:21:15:16:13:21:16:16:13 chr14 75590846 . A T 160.32 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0034792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.843;QD=10.3431;RBI=0.0134044;REFB=-0.0131448;REVB=-0.012945;RO=41;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176749;STB=0.603616;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.033449;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:8:13:19:22:8:13:19:22 chr14 75600697 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0362353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.209;QD=18.8199;RBI=0.0458259;REFB=-0.00898483;REVB=-0.0280539;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371805;STB=0.713914;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0172155;OID=.;OPOS=75600697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:3:7:3:9:3:7 chr14 75746690 . C T 517.54 PASS AF=0.737705;AO=45;DP=61;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0155062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0269;QD=33.9368;RBI=0.0313132;REFB=-0.027389;REVB=0.0272043;RO=16;SAF=22;SAR=23;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964058;STB=0.551977;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0181356;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:16:16:45:45:0.737705:23:22:11:5:23:22:11:5 chr14 75758885 . A G 491.94 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0197795;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4494;QD=30.746;RBI=0.0225285;REFB=-0.000181543;REVB=0.0107845;RO=20;SAF=32;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545221;STB=0.529603;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000249798;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:20:20:44:44:0.6875:12:32:13:7:12:32:13:7 chr14 75904660 . A G 990.51 PASS AF=0.488038;AO=102;DP=211;FAO=102;FDP=209;FR=.;FRO=107;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=0.000493609;FXX=0.00947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.094;QD=18.9571;RBI=0.102554;REFB=-0.0388086;REVB=-0.102553;RO=107;SAF=57;SAR=45;SRF=67;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641036;STB=0.535245;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0513178;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:107:107:102:102:0.488038:45:57:67:40:45:57:67:40 chr14 75936876 . TTTTTTTT CTTTTTTT,TTTTTTTC 43.2 PASS AF=0.72,0.16;AO=2,2;DP=25;FAO=18,4;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=18,0;FSAR=0,4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.045299,-0.0698343;FXX=0.137883;HRUN=17,17;LEN=1,1;MLLD=8.6132,112.311;QD=6.91194;RBI=0.045299,0.0698343;REFB=-0.89926,-0.491766;REVB=-4.11008e-14,-8.5644e-13;RO=1;SAF=2,0;SAR=0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.697199;STB=0.5,0.997134;STBP=1,0.016;TYPE=snp,snp;VARB=-0.115388,0.0452024;OID=.,.;OPOS=75936876,75936883;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CTTTTTTT,TTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:25:25:1:3:2,2:18,4:0.72,0.16:0,2:2,0:1:0:0,4:18,0:3:0 chr14 75937022 . G A 322.12 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0382715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.864;QD=28.0104;RBI=0.0383203;REFB=-0.00899141;REVB=0.00193449;RO=18;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036053;STB=0.519842;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00482174;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:9:19:13:5:9:19:13:5 chr14 76045362 . T C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0146852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.874;QD=23.2359;RBI=0.0146882;REFB=-0.0162107;REVB=-0.000297662;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705339;STB=0.539524;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.012293;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:10:8:7:6:10:8:7:6 chr14 76045691 . C T 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0160552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.367;QD=13.6992;RBI=0.0333676;REFB=-0.0022352;REVB=-0.0292511;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291625;STB=0.668739;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00265983;OID=.;OPOS=76045691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:10:20:7:11:10:20 chr14 76045858 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0214022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.719;QD=18.0498;RBI=0.0324998;REFB=0.00247835;REVB=0.0244578;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.6109;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00108712;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:6:2:5:5:6:2 chr14 76045963 . C G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0241941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7862;QD=18.6446;RBI=0.0246234;REFB=-0.0196954;REVB=-0.00457781;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21949;STB=0.624826;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0162335;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:9:4:8:6:9:4 chr14 76156609 . C T 687.22 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.384;QD=62.4742;RBI=0.0306815;REFB=0;REVB=0.0297834;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122997;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:22:16:0:0:22:22:0:0 chr14 76175565 . C A 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.419;QD=62.6662;RBI=0.0189716;REFB=0;REVB=-3.47136e-05;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1773e-05;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr14 76175594 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.133;QD=55.5196;RBI=0.018341;REFB=-0.0331224;REVB=0.00751093;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000273276;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:16:17:0:0:16:17:1:0 chr14 76224153 . T A 1154.07 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.877;QD=60.7404;RBI=0.0869923;REFB=0;REVB=0.086918;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165129;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:30:46:0:0 chr14 76368544 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000117352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.094;QD=59.4356;RBI=0.0316331;REFB=0;REVB=0.0316329;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103312;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr14 76619167 . A C 627.64 PASS AF=0.954545;AO=32;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00568142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.4745;QD=57.0581;RBI=0.00630189;REFB=-0.0281212;REVB=0.00272679;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505718;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000569447;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:0:2:32:42:0.954545:7:25:0:0:16:26:1:1 chr14 76662446 . C T 1137.41 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376497;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4009;QD=60.6618;RBI=0.0392718;REFB=0;REVB=-0.0111704;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106168;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:36:37:0:0:36:39:0:0 chr14 76905777 . C A 360.96 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0220173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.762;QD=15.1985;RBI=0.023823;REFB=-0.011719;REVB=-0.00909801;RO=56;SAF=21;SAR=18;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034676;STB=0.519598;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0160673;OID=.;OPOS=76905777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:18:21:32:24:18:21:32:24 chr14 76957887 . T C 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6372;QD=61.691;RBI=0.0190577;REFB=0;REVB=0.0188061;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110286;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr14 77246020 . G A 65.76 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0389213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.1727;QD=7.30634;RBI=0.0400638;REFB=-0.0382422;REVB=0.00949944;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174075;STB=0.63391;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.105074;OID=.;OPOS=77246020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:33:36:23:26:10:10:0.277778:6:4:6:17:6:4:6:20 chr14 77294876 . T C 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0100653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.366;QD=5.04474;RBI=0.058437;REFB=-0.0140061;REVB=0.0575636;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354924;STB=0.721917;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0299752;OID=.;OPOS=77294876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:5:8:16:34:5:8:16:34 chr14 77332367 . C T 1332.62 PASS AF=0.947368;AO=89;DP=96;FAO=90;FDP=95;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00251159;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.009;QD=56.1103;RBI=0.0389418;REFB=-0.0182427;REVB=0.0388607;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853976;STB=0.521363;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0010985;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:96:95:1:5:89:90:0.947368:55:34:0:1:56:34:0:5 chr14 77336521 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.676;QD=56.1902;RBI=0.0099936;REFB=0;REVB=0.00728917;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111367;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr14 77492891 . G A 1301.93 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.41;QD=61.9967;RBI=0.0366026;REFB=0;REVB=0.0234116;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22872e-05;OID=.;OPOS=77492891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:51:32:0:0:51:33:0:0 chr14 77494557 . C T 184.15 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00459892;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7775;QD=7.22158;RBI=0.0439582;REFB=-0.0124992;REVB=0.043717;RO=72;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24042;STB=0.647627;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0735074;OID=.;OPOS=77494557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:72:75:27:27:0.264706:10:17:31:41:10:17:32:43 chr14 77494682 . G A 1437.44 PASS AF=0.954128;AO=95;DP=98;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.077139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3669;QD=52.7501;RBI=0.09563;REFB=-0.136543;REVB=0.0565215;RO=2;SAF=41;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272441;STB=0.502405;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0345497;OID=.;OPOS=77494682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:98:109:2:5:95:104:0.954128:54:41:1:1:57:47:2:3 chr14 77697967 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.7;QD=58.4173;RBI=0.0344286;REFB=0;REVB=-0.0295958;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63597e-05;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr14 77703057 . A G 226.04 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.051;QD=47.5876;RBI=0.0331127;REFB=0;REVB=0.0276251;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999823;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:1:0:18:19:1:9:9:1:0:9:10:0:0 chr14 77723259 . G C 871.13 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.226;QD=56.2017;RBI=0.0237192;REFB=-0.136744;REVB=0.0202291;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000470532;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:28:33:0:0:28:33:1:0 chr14 77735581 . C G 179.07 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0517963;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6058;QD=12.35;RBI=0.0860682;REFB=-0.000118121;REVB=-0.0687377;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09384;STB=0.562443;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00286817;OID=.;OPOS=77735581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:35:36:22:22:0.37931:10:12:16:19:10:12:16:20 chr14 77745193 . A C 1343.87 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0046124;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.924;QD=62.5055;RBI=0.00948452;REFB=0;REVB=0.00828746;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36915e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr14 77746112 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0937937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.37;QD=11.8304;RBI=0.096655;REFB=3.9808e-05;REVB=-0.023344;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254927;STB=0.629404;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.003139;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:5:12:5:6:6:12 chr14 77746812 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0279246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.223;QD=21.6305;RBI=0.0303356;REFB=-0.0242121;REVB=0.0118519;RO=24;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107976;STB=0.559959;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0162248;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:10:20:13:11:10:20:13:11 chr14 77751925 . C T 1488.09 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5933;QD=63.3229;RBI=0.0443791;REFB=0;REVB=-0.0422974;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195277;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:53:36:0:0:55:39:0:0 chr14 77786863 . C A 166.62 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0357734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.19;QD=31.7373;RBI=0.0480503;REFB=-0.0399773;REVB=-0.0320795;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216229;STB=0.618907;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0166388;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:5:5:16:16:0.761905:8:8:0:5:8:8:0:5 chr14 77794283 . T C 1011.7 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0372297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1378;QD=57.8115;RBI=0.054836;REFB=-0.0108624;REVB=-0.0402609;RO=1;SAF=39;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000148282;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:30:39:1:0:30:39:1:0 chr14 77926011 . C T 834.12 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3284;QD=57.5257;RBI=0.102924;REFB=0;REVB=-0.0464166;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133311;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr14 77928525 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3108;QD=55.0441;RBI=0.0446959;REFB=-4.15985e-05;REVB=0.0322615;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000417272;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr14 77935520 . G A 1327.93 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616873;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.897;QD=61.0541;RBI=0.0624758;REFB=0.0646187;REVB=0.00989456;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000187964;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:0:1:86:86:0.988506:47:39:0:0:47:39:1:0 chr14 77951124 . C G,T 1070.16 PASS AF=0.0933333,0.893333;AO=8,67;DP=75;FAO=7,67;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=7,31;FSAR=0,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00404744,-0.0240503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.351,134.638;QD=57.075;RBI=0.0182978,0.0261475;REFB=0.0587202,0.0272518;REVB=-0.0178445,-0.0102602;RO=0;SAF=8,31;SAR=0,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.507934;STBP=1,0.294;TYPE=snp,snp;VARB=0.12579,3.70176e-05;OID=.,.;OPOS=77951124,77951124;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:75:75:0:1:8,67:7,67:0.0933333,0.893333:0,36:8,31:0:0:0,36:7,31:1:0 chr14 77976325 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.034;QD=52.613;RBI=0.0956498;REFB=0;REVB=0.095557;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415998;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 77987958 . C A 557.06 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0025063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.207;QD=51.8196;RBI=0.0265402;REFB=0.0143161;REVB=-0.0264215;RO=4;SAF=18;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934331;STB=0.549974;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00219425;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:21:18:4:0:21:18:4:0 chr14 78014103 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0315623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.168;QD=7.52632;RBI=0.0382336;REFB=-0.00456997;REVB=-0.0215785;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305426;STB=0.694188;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0104783;OID=.;OPOS=78014103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:2:7:13:11:2:7:13:11 chr14 78028803 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.323;QD=58.1418;RBI=0.0270704;REFB=0;REVB=-0.0269782;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114108;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr14 78174473 . A C 1194.11 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000313842;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9846;QD=61.2365;RBI=0.048534;REFB=0;REVB=-0.048533;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464844;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:47:31:0:0:47:31:0:0 chr14 78184566 . C A 453.37 PASS AF=0.597222;AO=42;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0150796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.294;QD=25.1871;RBI=0.0202781;REFB=-0.0256302;REVB=-0.0135575;RO=29;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149545;STB=0.512222;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0149603;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:29:42:43:0.597222:24:18:13:16:25:18:13:16 chr14 78197365 . C T 198.23 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0137692;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.377;QD=24.779;RBI=0.0170552;REFB=-0.0627592;REVB=-0.0100642;RO=15;SAF=16;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154466;STB=0.611375;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0343236;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:13:18:19:0.59375:2:16:12:3:2:17:10:3 chr14 78287414 . T C 283.44 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0378873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0363;QD=19.8902;RBI=0.0451036;REFB=-0.0392689;REVB=0.024472;RO=27;SAF=8;SAR=22;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431863;STB=0.73998;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0648501;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:22:8:21:6:22:8:21:6 chr14 78366967 . A G 38.08 PASS AF=0.4;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0440131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3203;QD=10.1547;RBI=0.0801477;REFB=-0.0575684;REVB=-0.0669813;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0765724;OID=.;OPOS=78366967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:8:9:6:6:0.4:4:2:5:3:4:2:5:4 chr14 79270093 . G A 230.45 PASS AF=0.293578;AO=32;DP=109;FAO=32;FDP=109;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0134112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.822;QD=8.45703;RBI=0.0223263;REFB=-0.0104958;REVB=-0.0178495;RO=74;SAF=14;SAR=18;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200536;STB=0.629009;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0236943;OID=.;OPOS=79270093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:77:32:32:0.293578:18:14:45:29:18:14:48:29 chr14 80963383 . A AGC,C 718.29 PASS AF=0.868852,0.0491803;AO=44,3;DP=74;FAO=53,3;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=38,2;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00294614,-0.0134859;FXX=0.102926;HRUN=0,4;LEN=2,1;MLLD=239.717,85.244;QD=47.1009;RBI=0.00907947,0.0136862;REFB=-0.0962339,-0.162342;REVB=-0.00858819,0.00233287;RO=17;SAF=34,2;SAR=10,1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.160674,0.153843;STB=0.5714,0.855601;STBP=0.006,0.451;TYPE=ins,snp;VARB=0.00276805,0.102356;OID=.,.;OPOS=80963384,80963383;OREF=-,A;OALT=GC,C;OMAPALT=AGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:74:61:17:5:44,3:53,3:0.868852,0.0491803:10,1:34,2:9:8:15,1:38,2:0:5 chr14 81251255 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000958391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.995;QD=16.1191;RBI=0.00309827;REFB=-0.021984;REVB=0.00294631;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103051;STB=0.559345;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0215082;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:9:4:5:7:9:4 chr14 81302655 . C T 477.7 PASS AF=0.592105;AO=44;DP=75;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0281182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1798;QD=25.1419;RBI=0.0290335;REFB=0.00249288;REVB=-0.00723269;RO=31;SAF=27;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124737;STB=0.571396;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00132918;OID=.;OPOS=81302655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:31:31:44:45:0.592105:17:27:14:17:17:28:14:17 chr14 81360958 . C T 64.32 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00215898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.764;QD=23.3899;RBI=0.0140748;REFB=-0.00165972;REVB=0.0139083;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185472;STB=0.608384;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00117888;OID=.;OPOS=81360958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:1:2:7:1:1:2 chr14 81562998 . T C 1118.31 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201943;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9637;QD=58.8584;RBI=0.0437719;REFB=0.0152175;REVB=0.0388351;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000447697;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:74:75:0.986842:31:43:0:0:32:43:0:1 chr14 81610583 . G C 55.97 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0433866;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3467;QD=9.32806;RBI=0.0445795;REFB=0.00558351;REVB=0.0102435;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847122;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0119041;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:5:11:6:2:5:11 chr14 81712638 . T G 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.051138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.474;QD=22.072;RBI=0.051177;REFB=0.012324;REVB=0.00199771;RO=24;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335188;STB=0.685196;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0107494;OID=.;OPOS=81712638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:10:21:6:18:10:21:6:18 chr14 81743718 . C T 181.27 PASS AF=0.6;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.000836799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.962;QD=24.1691;RBI=0.0337328;REFB=0.00591537;REVB=0.0337224;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29586;STB=0.666502;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.000890073;OID=.;OPOS=81743718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:12:12:17:18:0.6:9:8:1:11:9:9:1:11 chr14 81744736 . A G 374.38 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=61;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00809157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.881;QD=23.7699;RBI=0.0540765;REFB=-0.0618656;REVB=-0.0534677;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145489;STB=0.590117;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0419612;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:25:26:36:37:0.587302:19:17:7:18:19:18:7:19 chr14 86088056 . T C 525.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201652;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.261;QD=60.1016;RBI=0.0329748;REFB=0;REVB=-0.0260903;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63503e-05;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 86091415 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0276486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3958;QD=21.5097;RBI=0.0520664;REFB=0.0091906;REVB=-0.0441188;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.523787;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00836256;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:10:9:11:10:10:9 chr14 86093948 . AGGGGC AGGG,AGGGC,GAGGGC 108.9 PASS AF=0.136364,0.181818,0.0909091;AO=5,7,4;DP=45;FAO=6,8,4;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6,5,4;FSAR=0,3,0;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0181074,-0.11085,-0.00268896;FXX=0.0638162;HRUN=4,4,1;LEN=2,1,2;MLLD=164.756,17.0065,57.7158;QD=9.90026;RBI=0.0360129,0.160603,0.111736;REFB=-0.00264491,-0.0557238,-0.00545331;REVB=-0.0311296,-0.116213,-0.111703;RO=24;SAF=5,3,4;SAR=0,4,0;SRF=4;SRR=20;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.793534,0.355599,0.773578;STB=0.998854,0.799435,0.998501;STBP=0,0.081,0.003;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.152783,0.0966908,0.174925;OID=.,.,.;OPOS=86093952,86093949,86093948;OREF=GC,G,AG;OALT=-,-,GA;OMAPALT=AGGG,AGGGC,GAGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:45:44:24:26:5,7,4:6,8,4:0.136364,0.181818,0.0909091:0,4,0:5,3,4:4:20:0,3,0:6,5,4:5:21 chr14 88400353 . C T 171.93 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00775083;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6058;QD=23.714;RBI=0.0449785;REFB=-0.0431942;REVB=-0.0443057;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864865;STB=0.533859;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0286108;OID=.;OPOS=88400353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:29:9:12:15:17:0.586207:10:5:2:7:10:7:4:8 chr14 88400449 . TG CA 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00339314;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.843;QD=18.1185;RBI=0.0138041;REFB=-0.0169138;REVB=-0.0133806;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104911;STB=0.559813;STBP=0.477;TYPE=mnp;VARB=0.0140814;OID=.;OPOS=88400449;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:10:10:7:11:10:10 chr14 88401213 . T C 275.69 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0265568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1043;QD=25.6454;RBI=0.155606;REFB=-0.0415952;REVB=0.153323;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241161;STB=0.632671;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0365679;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:15:3:12:13:15:3 chr14 88407875 . T A 356.95 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.000173248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.396;QD=19.2944;RBI=0.009642;REFB=-0.028572;REVB=-0.00964044;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482359;STB=0.527312;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0313243;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:16:19:22:15:17:20:22:15 chr14 88407888 . A G 355.1 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0881395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9801;QD=18.9386;RBI=0.0909932;REFB=-0.00863609;REVB=0.0226097;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596448;STB=0.53317;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00846243;OID=.;OPOS=88407888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:17:20:23:15:17:20:23:15 chr14 88411947 . T C 704.2 PASS AF=0.582609;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=115;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00270724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1708;QD=24.4939;RBI=0.0331597;REFB=-0.0061602;REVB=0.033049;RO=48;SAF=40;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123523;STB=0.567356;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00681789;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:48:67:67:0.582609:27:40:21:27:27:40:21:27 chr14 88414211 . G A 261.07 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00184581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2951;QD=18.9866;RBI=0.0481125;REFB=-0.0167425;REVB=-0.0480771;RO=26;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235641;STB=0.624906;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0124796;OID=.;OPOS=88414211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:20:8:14:12:20:8:14:13 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 220.79 PASS AF=0.0454545,0.954545,0;AO=6,10,5;DP=22;FAO=1,21,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=1,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.36933,0.0510463,0.435337;FXX=0.0434594;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=11.9484,14.0317,9.22043;QD=40.1432;RBI=0.375162,0.181379,0.456823;REFB=0,0,0;REVB=-0.0658915,-0.174048,-0.13845;RO=0;SAF=6,0,2;SAR=0,10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.077052,-0.00609815,0.0592684;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545,0:6,10,5:22:1,21,0:22:0:0,8,0:1,13,0:0:0:9:0:6,0,2:0,10,3:0:0 chr14 88459795 . C T 190.66 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.023943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9745;QD=15.2529;RBI=0.0240996;REFB=-0.0090601;REVB=0.00274333;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227817;STB=0.631446;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0217893;OID=.;OPOS=88459795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:17:13:13:7:17:13 chr14 88477413 . C T 946.79 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0381279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7969;QD=55.6936;RBI=0.0591398;REFB=-0.0446065;REVB=-0.0452082;RO=1;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113841;STB=0.504321;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000795943;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:65:66:0.970588:41:24:0:1:42:24:1:1 chr14 88477882 . A C 509.23 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0243794;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.945;QD=34.5238;RBI=0.024998;REFB=-0.043275;REVB=0.00552646;RO=15;SAF=22;SAR=22;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047126;STB=0.525412;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.016663;OID=.;OPOS=88477882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:15:15:44:44:0.745763:22:22:9:6:22:22:9:6 chr14 88701528 . G A 343.26 PASS AF=0.34127;AO=43;DP=126;FAO=43;FDP=126;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0247819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.987;QD=10.8972;RBI=0.0248366;REFB=-0.0158965;REVB=0.00164739;RO=83;SAF=20;SAR=23;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101623;STB=0.558472;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0305824;OID=.;OPOS=88701528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:83:83:43:43:0.34127:23:20:46:37:23:20:46:37 chr14 88792816 . T G 239.74 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.000623233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.162;QD=11.9869;RBI=0.0140262;REFB=-0.013618;REVB=-0.0140123;RO=50;SAF=17;SAR=12;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618213;STB=0.540513;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0197616;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:12:17:32:18:12:17:33:18 chr14 88852279 . TG T,TT 810.36 PASS AF=0.984127,0.015873;AO=53,6;DP=64;FAO=62,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179368,0.036854;FXX=0.0454477;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.1483,7.31387;QD=51.4513;RBI=0.0381573,0.0585352;REFB=0,0;REVB=-0.0336786,-0.0454769;RO=0;SAF=38,2;SAR=15,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00228531,0.0233951;OID=.,.;OPOS=88852280,88852280;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984127,0.015873:53,6:64:62,1:63:0:41,1:21,0:0:0:4:0:38,2:15,4:0:0 chr14 89094243 . G C 55.95 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=6;FWDB=-0.0247211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8084;QD=4.22231;RBI=0.0321387;REFB=0.00778741;REVB=0.0205369;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=36;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163009;STB=0.616221;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0348793;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:42:44:9:9:0.169811:2:7:36:6:2:7:38:6 chr14 89154624 . T C 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00531908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.114;QD=21.9404;RBI=0.0112718;REFB=-0.0135097;REVB=0.0099379;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153092;STB=0.586841;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0387291;OID=.;OPOS=89154624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:7:5:4:12:7:5 chr14 89627942 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0698;QD=33.4277;RBI=0.137418;REFB=0;REVB=-0.0566071;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308788;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 89750819 . A G 315.01 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0125176;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.817;QD=26.809;RBI=0.0341999;REFB=-0.0274302;REVB=0.0318268;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071558;STB=0.527667;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0224294;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:19:27:28:0.595745:9:18:11:8:10:18:11:8 chr14 89867978 . T C 1302.08 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5608;QD=62.0037;RBI=0.0414101;REFB=0;REVB=0.014265;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194731;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:81:84:1:35:46:0:0:37:47:0:0 chr14 89884022 . A C 230.72 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0045786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.466;QD=17.7478;RBI=0.00510424;REFB=-0.010485;REVB=0.00225604;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466582;STB=0.526294;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0102887;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:16:11:9:16:16:11 chr14 90095445 . T C 197.99 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00436007;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.296;QD=21.9993;RBI=0.00622833;REFB=-0.00731459;REVB=0.00444769;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149652;STB=0.577271;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0110106;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:16:18:20:0.555556:10:8:10:6:11:9:10:6 chr14 90178913 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.713;QD=46.8476;RBI=0.0234208;REFB=0;REVB=0.0218553;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51913e-05;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr14 90178934 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0209663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.153;QD=11.9536;RBI=0.0350091;REFB=-0.00112325;REVB=-0.0280367;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.565062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00232646;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:8:3:3:5:8:3 chr14 90303383 . A G 387.08 PASS AF=0.649123;AO=32;DP=52;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00329992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.254;QD=27.1633;RBI=0.0375041;REFB=-0.0291582;REVB=0.0373586;RO=18;SAF=24;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267926;STB=0.597646;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00905556;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:18:20:32:37:0.649123:8:24:7:11:11:26:9:11 chr14 90303435 . T A 313.23 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0165767;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=337.485;QD=19.577;RBI=0.0191888;REFB=-0.00741237;REVB=0.00966558;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815281;STB=0.545426;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00662791;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:11:22:18:13:11:22:18:13 chr14 90303445 . T C 371.57 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00668915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.307;QD=22.8656;RBI=0.0195191;REFB=0.00177675;REVB=-0.0183371;RO=28;SAF=26;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145525;STB=0.58042;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0032397;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:11:26:15:13:11:26:15:13 chr14 90341494 . G A 267.85 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0160162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.361;QD=16.2333;RBI=0.0266856;REFB=-0.0180297;REVB=-0.0213448;RO=35;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154162;STB=0.593126;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0269969;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:16:14:22:13:16:14:23:13 chr14 90358176 . G A 303.45 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0819124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0143;QD=12.5135;RBI=0.0835199;REFB=-0.00752366;REVB=0.016307;RO=60;SAF=27;SAR=8;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424303;STB=0.736831;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0308692;OID=.;OPOS=90358176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:62:35:35:0.360825:8:27:24:36:8:27:26:36 chr14 90398907 . G A 281.78 PASS AF=0.299213;AO=37;DP=127;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0139461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.004;QD=8.8749;RBI=0.0237718;REFB=-0.00488146;REVB=0.019251;RO=89;SAF=23;SAR=14;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193852;STB=0.601441;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.010697;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:89:89:37:38:0.299213:14:23:41:48:15:23:41:48 chr14 90745422 . T C 1539.25 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116936;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.519;QD=58.085;RBI=0.0249616;REFB=-0.122069;REVB=0.0220531;RO=0;SAF=57;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000679428;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:104:105:0.990566:47:57:0:0:48:57:0:1 chr14 90767607 . C T 1735.13 PASS AF=0.991453;AO=110;DP=112;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00627463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5091;QD=59.3207;RBI=0.0328723;REFB=-0.120834;REVB=0.0322679;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825611;STB=0.504064;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00104959;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:112:117:1:1:110:116:0.991453:57:53:0:1:61:55:0:1 chr14 90865462 . C G 1020.43 PASS AF=0.985915;AO=68;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412067;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.612;QD=57.4892;RBI=0.0445231;REFB=-0.0280523;REVB=0.0168615;RO=0;SAF=23;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000972924;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:0:1:68:70:0.985915:45:23:0:0:47:23:0:1 chr14 90871478 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.00178925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.723;QD=12.4662;RBI=0.0106978;REFB=-0.0112619;REVB=0.0105471;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234152;STB=0.63393;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0194744;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:25:8:9:11:25:8 chr14 91123575 . T C 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2214;QD=55.628;RBI=0.0603283;REFB=0;REVB=-0.0587314;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574828;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr14 91161862 . C T 1563.02 PASS AF=0.340909;AO=193;DP=572;FAO=195;FDP=572;FR=.;FRO=377;FSAF=137;FSAR=58;FSRF=251;FSRR=126;FWDB=-0.0225721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.741;QD=10.9302;RBI=0.023289;REFB=-0.0152884;REVB=-0.00573373;RO=376;SAF=135;SAR=58;SRF=252;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396098;STB=0.528334;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0304373;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:572:572:376:377:193:195:0.340909:58:135:252:124:58:137:251:126 chr14 91165572 . G A 1568.4 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.55;QD=64.0162;RBI=0.0159932;REFB=0;REVB=0.000315137;RO=0;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77146e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:59:39:0:0:59:39:0:0 chr14 91316262 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5411;QD=23.2176;RBI=0.0586387;REFB=0.070699;REVB=0.0457463;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.66592;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=-0.0190092;OID=.;OPOS=91316262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:0:1:1:4:0:1 chr14 91316481 . A G 464.7 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0280337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3905;QD=27.7432;RBI=0.0525409;REFB=0.0149764;REVB=0.0444371;RO=24;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764841;STB=0.504165;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00755194;OID=.;OPOS=91316481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:21:22:12:12:21:22:12:12 chr14 91316521 . T C 483.84 PASS AF=0.666667;AO=43;DP=65;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.025487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.112;QD=29.3237;RBI=0.0255237;REFB=-0.0280753;REVB=0.0013687;RO=22;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210819;STB=0.507593;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0128544;OID=.;OPOS=91316521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:22:22:43:44:0.666667:21:22:12:10:21:23:12:10 chr14 91413794 . G A 669.45 PASS AF=0.59;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0276677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.712;QD=26.778;RBI=0.0533489;REFB=-0.0152903;REVB=0.0456136;RO=39;SAF=38;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818654;STB=0.536361;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0158025;OID=.;OPOS=91413794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:39:41:59:59:0.59:21:38:21:18:21:38:23:18 chr14 91671124 . G A 738.38 PASS AF=0.659574;AO=62;DP=94;FAO=62;FDP=94;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0839367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5043;QD=31.4203;RBI=0.122297;REFB=0.0190716;REVB=0.0889443;RO=31;SAF=25;SAR=37;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510761;STB=0.522961;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00705528;OID=.;OPOS=91671124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:31:32:62:62:0.659574:37:25:15:16:37:25:15:17 chr14 91700846 . G A 359.38 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0171621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.193;QD=22.8177;RBI=0.103445;REFB=-0.0425259;REVB=0.102011;RO=26;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168727;STB=0.585939;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0400673;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:23:13:15:11:23:13:15:12 chr14 91717214 . C T 1062.55 PASS AF=0.695312;AO=89;DP=128;FAO=89;FDP=128;FR=.;FRO=39;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0147642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.434;QD=33.2046;RBI=0.0210971;REFB=-0.00597943;REVB=0.0150701;RO=39;SAF=44;SAR=45;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331885;STB=0.517825;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00196396;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:39:39:89:89:0.695312:45:44:17:22:45:44:17:22 chr14 91766410 . C T 580.78 PASS AF=0.352041;AO=69;DP=196;FAO=69;FDP=196;FR=.;FRO=127;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.0138725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.312;QD=11.8526;RBI=0.0154564;REFB=-0.00514259;REVB=-0.00681573;RO=126;SAF=40;SAR=29;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126587;STB=0.569713;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0108686;OID=.;OPOS=91766410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:126:127:69:69:0.352041:29:40:59:67:29:40:60:67 chr14 91883129 . G A 412.24 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0651269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.075;QD=35.0838;RBI=0.0742488;REFB=-0.0277318;REVB=-0.0356563;RO=14;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197439;STB=0.510746;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0130032;OID=.;OPOS=91883129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:20:13:6:8:20:13:6:8 chr14 91883499 . G A 159.14 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0468846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.668;QD=10.1042;RBI=0.0493533;REFB=-0.0144981;REVB=-0.0154139;RO=39;SAF=4;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469946;STB=0.760927;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0598627;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:42:21:21:0.333333:17:4:23:16:17:4:23:19 chr14 92084004 . C A,G 675.73 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119688,0.057336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.9693,87.3531;QD=61.4297;RBI=0.0377774,0.0576402;REFB=0,0;REVB=-0.0358313,0.00591448;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0914459,-0.01138;OID=.,.;OPOS=92084004,92084004;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:0,26:2,16:0:0:0,26:2,16:0:0 chr14 92088016 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.208;QD=57.2371;RBI=0.0467041;REFB=0;REVB=-0.043188;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36307e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:18:37:1:0:18:38:0:0 chr14 92181404 . C CA 630.83 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133182;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.2826;QD=51.4966;RBI=0.140632;REFB=0;REVB=-0.0451648;RO=44;SAF=5;SAR=0;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00083967;OID=.;OPOS=92181405;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:49:49:0:36:13:0:0:4:44:5:0:31:13 chr14 92181405 . G A 644.42 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0417502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.547;QD=52.6059;RBI=0.0615629;REFB=0.00303836;REVB=-0.0452429;RO=5;SAF=31;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699852;STB=0.537297;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000138255;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:13:31:5:0:13:31:5:0 chr14 92249101 . T C 700.52 PASS AF=0.587719;AO=66;DP=113;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00511103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.859;QD=24.5796;RBI=0.0124053;REFB=-0.0322033;REVB=0.0113035;RO=47;SAF=20;SAR=46;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172946;STB=0.596279;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0182021;OID=.;OPOS=92249101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:47:47:66:67:0.587719:46:20:24:23:47:20:24:23 chr14 92249126 . G A 1271.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.63;QD=61.297;RBI=0.0233173;REFB=0;REVB=0.00996501;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88487e-05;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:83:0:0:75:83:1:51:24:0:0:56:27:0:0 chr14 92268615 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.619;QD=62.6708;RBI=0.0551499;REFB=0;REVB=0.0327647;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317075;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr14 92280037 . T C 52.15 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0064953;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.652;QD=5.48951;RBI=0.0270495;REFB=-3.19762e-05;REVB=0.026258;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383762;STB=0.749376;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00160435;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:40:38:28:30:8:8:0.210526:6:2:16:12:6:2:17:13 chr14 92344300 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4053;QD=42.1726;RBI=0.0694331;REFB=0;REVB=-0.00292709;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00356608;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr14 92347680 . A G 1008.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3402;QD=59.3175;RBI=0.0498797;REFB=0;REVB=-0.0234794;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360824;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr14 92537223 . G T 134.42 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0391317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3191;QD=8.14668;RBI=0.0411953;REFB=-0.0025865;REVB=0.0128749;RO=47;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081161;STB=0.548966;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0045736;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:47:19:19:0.287879:14:5:15:32:14:5:15:32 chr14 92537354 . C G 34.5 PASS AF=0.133333;AO=7;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0400322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.558;QD=3.06634;RBI=0.0417394;REFB=-0.0111195;REVB=-0.0118151;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111923;STB=0.524507;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0517706;OID=.;OPOS=92537354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:45:45:38:39:7:6:0.133333:5:2:14:24:4:2:14:25 chr14 92548785 . C T 100.76 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0852613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8766;QD=8.22572;RBI=0.086899;REFB=-0.00543086;REVB=-0.0167912;RO=35;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305977;STB=0.707783;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0235774;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:36:13:13:0.265306:11:2:12:23:11:2:13:23 chr14 92549586 . G A 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.032163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.972;QD=9.14294;RBI=0.0354818;REFB=-0.00525931;REVB=-0.0149832;RO=41;SAF=3;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39865;STB=0.750233;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0191038;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:16:3:18:23:16:3:19:23 chr14 92559678 . G C 135.75 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.000823335;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.841;QD=9.69607;RBI=0.0170997;REFB=-0.00156594;REVB=-0.0170798;RO=38;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905785;STB=0.553361;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00527152;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:38:18:18:0.321429:11:7:12:26:11:7:12:26 chr14 92588002 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.772;QD=48.7371;RBI=0.0749187;REFB=0;REVB=-0.0458253;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170475;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr14 92792255 . G A 953.55 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6099;QD=58.6799;RBI=0.0527412;REFB=0;REVB=0.00519025;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00037823;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr14 92909073 . T C 172.79 PASS AF=0.349206;AO=20;DP=65;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00294674;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.994;QD=10.9708;RBI=0.0195329;REFB=-0.00893258;REVB=0.0193093;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159625;STB=0.567505;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0148904;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:39:41:20:22:0.349206:7:13:20:19:8:14:22:19 chr14 92920371 . C T 944.6 PASS AF=0.604317;AO=84;DP=139;FAO=84;FDP=139;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00663757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.126;QD=27.1827;RBI=0.0240619;REFB=-0.013511;REVB=0.0231283;RO=54;SAF=40;SAR=44;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838604;STB=0.548861;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00983735;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:54:55:84:84:0.604317:44:40:32:22:44:40:33:22 chr14 92958522 . A C 113.87 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0154816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.997;QD=6.90111;RBI=0.0653782;REFB=-0.0149429;REVB=-0.0635187;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766216;STB=0.546708;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0342021;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:49:17:17:0.257576:8:9:29:20:8:9:29:20 chr14 93118038 . A G 1453.95 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714569;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.097;QD=63.2154;RBI=0.072172;REFB=0;REVB=0.010134;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129361;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:40:50:0:0:40:52:0:0 chr14 93118668 . C T 411.56 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.628;QD=56.7671;RBI=0.0508092;REFB=0;REVB=0.0449447;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281235;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:9:17:0:0:10:19:0:0 chr14 93119407 . C T 1030.17 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000733618;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.845;QD=59.7199;RBI=0.0429685;REFB=0;REVB=0.0429622;RO=0;SAF=24;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55603e-05;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:45:24:0:0:45:24:0:0 chr14 93178191 . A G 1558.47 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0513999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.934;QD=57.721;RBI=0.051451;REFB=-0.123126;REVB=0.00229343;RO=2;SAF=52;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000331662;STB=0.500175;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000142809;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:54:52:1:1:54:52:1:1 chr14 93180727 . A G 618.29 PASS AF=0.688312;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0621248;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2033;QD=32.1189;RBI=0.066615;REFB=0.00585549;REVB=0.0240432;RO=24;SAF=33;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980553;STB=0.553052;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00180801;OID=.;OPOS=93180727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:24:24:53:53:0.688312:20:33:11:13:20:33:11:13 chr14 93183718 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0192365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0456;QD=12.5628;RBI=0.0396887;REFB=0.00579241;REVB=-0.0347153;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153852;STB=0.588159;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00658413;OID=.;OPOS=93183718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:24:11:10:12:24:11 chr14 93185129 . C T 437.86 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00557838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.702;QD=21.6228;RBI=0.00953286;REFB=-0.0231703;REVB=0.00773027;RO=38;SAF=22;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573367;STB=0.531631;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0182032;OID=.;OPOS=93185129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:21:22:22:16:21:22:22:16 chr14 93199080 . C T 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00593159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.231;QD=8.2284;RBI=0.0189278;REFB=-0.00749398;REVB=0.0179744;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476853;STB=0.521705;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0178454;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:4:9:23:12:4:9:24:12 chr14 93276654 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0019098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.67;QD=55.0097;RBI=0.0197;REFB=0.0325715;REVB=-0.0196072;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00110451;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr14 93399101 . C T 733.93 PASS AF=0.645833;AO=61;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00410442;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.586;QD=30.5804;RBI=0.0178595;REFB=-0.00114229;REVB=-0.0173815;RO=31;SAF=42;SAR=19;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890296;STB=0.517623;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.000583789;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:31:34:61:62:0.645833:19:42:25:6:19:43:25:9 chr14 93401178 . A G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0992013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3704;QD=30.5927;RBI=0.0996931;REFB=-0.0370891;REVB=-0.00989027;RO=2;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24836;STB=0.642514;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00316484;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:1:9:1:1:1:9:1:1 chr14 93407062 . A G 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.769;QD=54.8779;RBI=0.0458933;REFB=-0.0279217;REVB=0.0411975;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145012;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00173314;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:1:0:22:32:1:0 chr14 93693831 . C T 353.77 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.000334084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9342;QD=18.6193;RBI=0.043531;REFB=-0.0191185;REVB=0.0435298;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167354;STB=0.59317;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0216458;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:21:16:24:15:21:16:24:15 chr14 93943998 . G A 203.38 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0118125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7924;QD=10.2975;RBI=0.0120074;REFB=-0.000612495;REVB=-0.00215447;RO=53;SAF=18;SAR=8;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661405;STB=0.538772;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000648386;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:8:18:34:19:8:18:34:19 chr14 93994954 . G A 748.09 PASS AF=0.653846;AO=67;DP=104;FAO=68;FDP=104;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0265876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3863;QD=28.7726;RBI=0.0278376;REFB=0.0430179;REVB=0.00824807;RO=36;SAF=32;SAR=35;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757529;STB=0.54312;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0159806;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:36:67:68:0.653846:35:32:13:23:35:33:13:23 chr14 94103602 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00218655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.89;QD=10.6679;RBI=0.00222866;REFB=-0.00440042;REVB=0.000431168;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382526;STB=0.728723;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0216541;OID=.;OPOS=94103602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:12:6:7:3:12:6 chr14 94391699 . G A 81.63 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0825962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0483;QD=8.37221;RBI=0.082712;REFB=0.000106671;REVB=0.00437561;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530436;STB=0.532651;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00311971;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:14:14:5:6:14:14 chr14 94405871 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220779;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.312;QD=28.538;RBI=0.0221633;REFB=-0.0500098;REVB=0.00194407;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0012191;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr14 94410275 . CA C 1182.29 PASS AF=1;AO=103;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422037;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3295;QD=42.605;RBI=0.0871439;REFB=0;REVB=-0.0762424;RO=2;SAF=57;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000256623;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:112:111:111:0:61:50:0:0:22:2:57:46:2:0 chr14 94417421 . G A 502.43 PASS AF=0.338798;AO=61;DP=182;FAO=62;FDP=183;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=65;FWDB=0.0074183;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.348;QD=10.9821;RBI=0.0327796;REFB=-0.0194415;REVB=-0.0319292;RO=119;SAF=34;SAR=27;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109563;STB=0.556476;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0379938;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:119:121:61:62:0.338798:27:34:55:64:28:34:56:65 chr14 94417541 . A G 732.07 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.923;QD=56.3133;RBI=0.0319307;REFB=0;REVB=-0.00720535;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139743;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:30:22:0:0 chr14 94417586 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000458982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.046;QD=7.04789;RBI=0.0422955;REFB=-0.0256593;REVB=0.042293;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146666;STB=0.592984;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0600183;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:11:11:3:5:11:11 chr14 94421446 . C G 851.06 PASS AF=0.698113;AO=73;DP=105;FAO=74;FDP=106;FR=.;FRO=32;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00460503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.15;QD=32.1153;RBI=0.00677645;REFB=-0.0297429;REVB=0.00497131;RO=32;SAF=36;SAR=37;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138216;STB=0.505358;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00991933;OID=.;OPOS=94421446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:32:32:73:74:0.698113:37:36:15:17:38:36:15:17 chr14 94467549 . C T 395.65 PASS AF=0.6;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00394653;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.68;QD=24.3479;RBI=0.0360077;REFB=-0.00822357;REVB=-0.0357907;RO=26;SAF=29;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170671;STB=0.580509;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00508674;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:38:39:0.6:9:29:15:11:10:29:15:11 chr14 94510964 . T C 204.15 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00934723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.469;QD=12.5631;RBI=0.0417865;REFB=-0.010866;REVB=0.0407277;RO=40;SAF=7;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301765;STB=0.674274;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0210997;OID=.;OPOS=94510964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:18:7:22:18:18:7:22:18 chr14 94524216 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.024502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.616;QD=17.0328;RBI=0.0338311;REFB=-0.0143167;REVB=0.023328;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369265;STB=0.7057;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0253674;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:20:2:8:10:20:2 chr14 94528723 . A G 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0115743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.777;QD=11.0822;RBI=0.0134031;REFB=-0.00674713;REVB=-0.00675876;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262207;STB=0.653704;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0120856;OID=.;OPOS=94528723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:6:17:22:20:6:17:22:20 chr14 94564035 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.081384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8547;QD=57.1765;RBI=0.0886011;REFB=0;REVB=0.0350257;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247444;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr14 94564039 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9446;QD=63.8715;RBI=0.00492899;REFB=0;REVB=0.000425405;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61734e-05;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr14 94564058 . G A 615.96 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.717;QD=60.0936;RBI=0.1895;REFB=0;REVB=0.176607;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376325;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:1:0:37:41:1:16:21:0:1:20:21:0:0 chr14 94582130 . T TGGCCATGGC 343.63 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0156262;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=9;MLLD=334.26;QD=49.09;RBI=0.032527;REFB=-0.030217;REVB=0.0285276;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.512039;STBP=0.765;TYPE=ins;VARB=-0.000488326;OID=.;OPOS=94582131;OREF=-;OALT=GGCCATGGC;OMAPALT=TGGCCATGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.928571:25:29:26:28:2:17:9:1:1:9:2:16:9:1:1 chr14 94582926 . C G 1410.13 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0618438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1483;QD=55.8466;RBI=0.0677166;REFB=-0.137677;REVB=0.0275841;RO=3;SAF=60;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00322925;STB=0.502428;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00233361;OID=.;OPOS=94582926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:3:2:98:99:0.980198:38:60:2:1:38:61:1:1 chr14 94756450 . T A 87.37 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0537928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.209;QD=5.4608;RBI=0.0625155;REFB=0.000621616;REVB=0.0318516;RO=50;SAF=9;SAR=5;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248821;STB=0.656857;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00225609;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:5:9:22:28:5:9:22:28 chr14 94756750 . T C 178.51 PASS AF=0.296296;AO=23;DP=80;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.00531559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.96;QD=8.81534;RBI=0.0101466;REFB=-0.0250248;REVB=-0.00864285;RO=57;SAF=17;SAR=6;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513968;STB=0.805485;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0381979;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:57:57:23:24:0.296296:6:17:16:41:6:18:16:41 chr14 94756794 . T C 155.95 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00478836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0203;QD=9.59672;RBI=0.0077968;REFB=-0.0155157;REVB=0.00615318;RO=43;SAF=16;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359755;STB=0.707532;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0229;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:44:21:21:0.323077:5:16:20:23:5:16:21:23 chr14 94776221 . A C 1596.25 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.156;QD=63.85;RBI=0.0144265;REFB=0;REVB=0.0143908;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82705e-05;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:49:50:0:0:49:51:0:0 chr14 94929541 . G A 205.43 PASS AF=0.246032;AO=31;DP=126;FAO=31;FDP=126;FR=.;FRO=95;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0494175;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.418;QD=6.52148;RBI=0.0522597;REFB=-0.00750893;REVB=-0.0169997;RO=92;SAF=16;SAR=15;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143508;STB=0.579548;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0334773;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:92:95:31:31:0.246032:15:16:58:34:15:16:59:36 chr14 94931105 . A G 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0189118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.8;QD=7.47117;RBI=0.025138;REFB=0.00511182;REVB=-0.0165609;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108081;STB=0.557416;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0110981;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:31:32:11:11:0.255814:7:4:14:17:7:4:14:18 chr14 94933473 . C A 130.45 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00817222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.274;QD=7.34913;RBI=0.00847735;REFB=-0.00635283;REVB=-0.00225397;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147584;STB=0.58901;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0204751;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:9:10:21:31:9:10:21:31 chr14 94933640 . A T 219.97 PASS AF=0.412698;AO=27;DP=64;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0149826;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.281;QD=13.9666;RBI=0.01954;REFB=-0.0115987;REVB=-0.0125433;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224411;STB=0.523791;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0153815;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:37:37:27:26:0.412698:14:13:17:20:13:13:17:20 chr14 94933695 . G A 149.6 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0423106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6475;QD=11.9679;RBI=0.0702799;REFB=0.0220514;REVB=0.0561166;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835601;STB=0.549238;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0384868;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:15:18:8:9:15:18 chr14 94935566 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00753897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.896;QD=13.7743;RBI=0.031834;REFB=-0.0244812;REVB=-0.0309285;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166197;STB=0.549951;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0175657;OID=.;OPOS=94935566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:31:20:20:0.392157:8:12:21:7:8:12:21:10 chr14 95033356 . C T 790.43 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.338;QD=56.4593;RBI=0.0277631;REFB=0;REVB=0.0107586;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48179e-05;OID=.;OPOS=95033356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:25:30:0:0:25:31:0:0 chr14 95053890 . G A 411.34 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0143635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.243;QD=21.0941;RBI=0.0161155;REFB=-0.0253672;REVB=-0.00730752;RO=37;SAF=13;SAR=27;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126049;STB=0.573733;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0160697;OID=.;OPOS=95053890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:40:41:0.525641:27:13:17:20:28:13:17:20 chr14 95054176 . T C 618.97 PASS AF=0.683544;AO=51;DP=78;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0301414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.756;QD=31.3404;RBI=0.0525781;REFB=-0.0261324;REVB=0.0430808;RO=25;SAF=24;SAR=27;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102589;STB=0.561775;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00905335;OID=.;OPOS=95054176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:25:25:51:54:0.683544:27:24:16:9:30:24:16:9 chr14 95080803 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0116931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.926;QD=15.8817;RBI=0.0186484;REFB=0.000497397;REVB=0.0145271;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190473;STB=0.613371;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000139138;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:8:2:1:9:8:2 chr14 95235358 . G A 1972.7 PASS AF=0.614035;AO=174;DP=285;FAO=175;FDP=285;FR=.;FRO=110;FSAF=92;FSAR=83;FSRF=62;FSRR=48;FWDB=0.016122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.212;QD=27.687;RBI=0.0169225;REFB=-0.0222696;REVB=0.00514315;RO=110;SAF=92;SAR=82;SRF=61;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186162;STB=0.514696;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0122865;OID=.;OPOS=95235358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:110:110:174:175:0.614035:82:92:61:49:83:92:62:48 chr14 95555205 . C T 1264.64 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000827445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8612;QD=61.6898;RBI=0.0247846;REFB=0;REVB=0.0247708;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163994;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:46:36:0:0 chr14 95660242 . A G 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00300435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.45;QD=4.23766;RBI=0.00658259;REFB=-0.00611438;REVB=0.005857;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487122;STB=0.50322;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240148;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:4:7:32:18:4:7:32:18 chr14 95884323 . G A 324.84 PASS AF=0.630435;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0992513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6727;QD=28.2466;RBI=0.100137;REFB=-0.0405124;REVB=0.0132864;RO=17;SAF=21;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17053;STB=0.55946;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0288103;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:27:29:0.630435:6:21:10:7:8:21:10:7 chr14 95903307 . TAGA T 96.54 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0112278;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=3;MLLD=212.61;QD=10.4367;RBI=0.0141456;REFB=-0.0145069;REVB=-0.00860431;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187185;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0415494;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:12:39:12:37:25:4:8:13:12:96:22:4:8:11:11 chr14 95906023 . G A 480.69 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.906;QD=54.936;RBI=0.0799774;REFB=0;REVB=0.063742;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769759;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:32:35:1:17:15:0:0:19:16:0:0 chr14 95934137 . A T 852.79 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0127892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.207;QD=25.6478;RBI=0.0337842;REFB=-0.0136979;REVB=-0.03127;RO=55;SAF=51;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881759;STB=0.548035;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00810127;OID=.;OPOS=95934137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:55:55:78:78:0.586466:27:51:30:25:27:51:30:25 chr14 95999820 . T C 179.78 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00419625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.494;QD=7.33814;RBI=0.0158259;REFB=-0.000602887;REVB=-0.0152595;RO=73;SAF=19;SAR=6;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224224;STB=0.637465;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00153396;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:73:73:25:25:0.255102:6:19:44:29:6:19:44:29 chr14 96131432 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3398;QD=63.8661;RBI=0.0335749;REFB=0;REVB=-0.0325318;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214509;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr14 96136794 . A G 109.85 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0473546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2678;QD=14.6465;RBI=0.0997436;REFB=0.0106156;REVB=0.0877857;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156249;STB=0.509077;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.00747567;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:12:5:4:9:12:5 chr14 96178688 . C T 801.03 PASS AF=0.703297;AO=55;DP=91;FAO=64;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0148492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.294;QD=35.21;RBI=0.0153732;REFB=-0.0130821;REVB=0.00397949;RO=26;SAF=23;SAR=32;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00298356;STB=0.522215;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00529062;OID=.;OPOS=96178688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:26:55:64:0.703297:32:23:11:15:32:32:11:15 chr14 96556914 . T C 1248.5 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957741;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.241;QD=61.6543;RBI=0.0468347;REFB=0;REVB=0.045845;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1621e-05;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr14 96557121 . T C 322.05 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7509;QD=53.6753;RBI=0.0335492;REFB=0;REVB=0.0108729;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377378;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr14 96558549 . G A 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0611615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.284;QD=15.2295;RBI=0.0651151;REFB=-0.0189772;REVB=0.0223437;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30281;STB=0.674758;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0266789;OID=.;OPOS=96558549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:17:11:13:6:17:11 chr14 96558595 . C T 271.98 PASS AF=0.625;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.017007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.915;QD=27.1975;RBI=0.081087;REFB=-0.0287825;REVB=-0.0792834;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04765;STB=0.544874;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0140941;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:24:25:0.625:12:12:6:8:12:13:6:9 chr14 96558694 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0135243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.172;QD=22.1886;RBI=0.0150212;REFB=-0.0330666;REVB=-0.00653672;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420569;STB=0.523538;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0300858;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:13:8:6:12:13:8:6:12 chr14 96558881 . C G 1121.56 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0067086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.262;QD=59.0295;RBI=0.0213829;REFB=-0.162947;REVB=0.0203033;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101759;STB=0.505375;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000533364;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:46:29:0:1:46:29:0:1 chr14 96559250 . C T 348.31 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=-0.0339921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.863;QD=27.865;RBI=0.0454667;REFB=-0.0039321;REVB=0.0301953;RO=20;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29952;STB=0.662796;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00154994;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:13:17:19:1:13:17:19:1 chr14 96559459 . C A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00275673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.586;QD=57.8335;RBI=0.00501519;REFB=-0.0340964;REVB=-0.00418958;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122785;STB=0.506492;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=6.77432e-05;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:31:38:1:0:31:38:1:0 chr14 96559732 . G C 740.91 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.195;QD=63.0561;RBI=0.0491185;REFB=0;REVB=0.0434422;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361922;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr14 96560083 . A T 1449.12 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00954519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.005;QD=57.3908;RBI=0.0182887;REFB=-0.0855344;REVB=0.0156002;RO=2;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211192;STB=0.501113;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-2.78045e-05;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:44:55:1:1:44:55:1:1 chr14 96671207 . GGGTGGGGACGGTGGGGAC GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC 908.73 PASS AF=0,1;AO=9,53;DP=83;FAO=0,75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256498,0.0342105;FXX=0.166648;HRUN=2,2;LEN=8,9;MLLD=223.212,235.523;QD=48.4657;RBI=0.0438086,0.0581406;REFB=0,0;REVB=0.0355145,0.0470104;RO=0;SAF=5,36;SAR=4,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.19417e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00390304,2.59913e-07;OID=.,.;OPOS=96671218,96671208;OREF=GTGGGGAC,GGTGGGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,53:83:0,75:75:0:0,46:0,29:0:0:16:0:5,36:4,17:0:0 chr14 96707457 . A G 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6835;QD=62.3438;RBI=0.0137958;REFB=0;REVB=-0.00154005;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152631;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr14 96708667 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.158;QD=59.4351;RBI=0.0213651;REFB=0;REVB=0.0206034;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122029;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 96709359 . A AC 282.6 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833918;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1333;QD=45.2167;RBI=0.0853564;REFB=0;REVB=0.0182077;RO=6;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00559763;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:32:25:25:0:11:14:0:0:5:6:11:14:3:3 chr14 96730142 . A G 1662.77 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189526;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.232;QD=60.4643;RBI=0.0206044;REFB=0;REVB=-0.00808338;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55185e-05;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chr14 96730718 . G A 1534.53 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0676936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7457;QD=58.4582;RBI=0.0734376;REFB=0.0250924;REVB=0.0284722;RO=1;SAF=62;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759185;STB=0.503875;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000266403;OID=.;OPOS=96730718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:102:104:0.990476:40:62:1:0:40:64:1:0 chr14 96771959 . A G 478.79 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0196091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.168;QD=25.1996;RBI=0.0231948;REFB=-0.0123412;REVB=0.0123887;RO=31;SAF=28;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106386;STB=0.558282;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00767149;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:17:28:15:16:17:28:15:16 chr14 96781912 . T C 688.41 PASS AF=0.641304;AO=59;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00513401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2512;QD=29.9309;RBI=0.00694707;REFB=-0.000302533;REVB=-0.00468014;RO=33;SAF=31;SAR=28;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.573106;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000288123;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:59:59:0.641304:28:31:24:9:28:31:24:9 chr14 96797724 . G A 691.49 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00678837;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.781;QD=32.9282;RBI=0.00759834;REFB=-0.0214617;REVB=0.00341361;RO=26;SAF=34;SAR=24;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635092;STB=0.534235;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00769588;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:26:26:58:58:0.690476:24:34:18:8:24:34:18:8 chr14 96829290 . G A 980.7 PASS AF=0.709402;AO=83;DP=117;FAO=83;FDP=117;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00357518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.335;QD=33.5283;RBI=0.0260478;REFB=-0.0282303;REVB=-0.0258012;RO=34;SAF=36;SAR=47;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131234;STB=0.570442;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0121473;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:34:34:83:83:0.709402:47:36:23:11:47:36:23:11 chr14 96851111 . C T 481.18 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000783863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.372;QD=31.5531;RBI=0.00448202;REFB=0.00685526;REVB=0.00441294;RO=18;SAF=24;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923826;STB=0.550015;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00493804;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:19:24:7:11:19:24:7:11 chr14 96887262 . GA G 38.58 PASS AF=0.4;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.232969;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.93699;QD=5.14405;RBI=0.237598;REFB=-0.126805;REVB=0.0466742;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.547619;SSSB=0.246768;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=del;VARB=0.09912;OID=.;OPOS=96887263;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:31:12:30:18:9:3:10:8:38:16:8:3:8:8 chr14 96917802 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0177638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.351;QD=26.4612;RBI=0.0195064;REFB=-0.0182446;REVB=-0.00805896;RO=18;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962419;STB=0.553151;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00987179;OID=.;OPOS=96917802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:14:12:6:12:14:12:6:12 chr14 96922752 . C G 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.195;QD=54.7401;RBI=0.0793163;REFB=-0.124294;REVB=0.0769468;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0017829;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:0:1:20:33:0:1 chr14 97321689 . C T 1320.86 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5789;QD=62.1582;RBI=0.0451889;REFB=0;REVB=-0.0374043;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319516;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr14 97410013 . T C 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00997681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.019;QD=22.3975;RBI=0.0113806;REFB=-0.0183261;REVB=0.00547559;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217652;STB=0.512184;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0167168;OID=.;OPOS=97410013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:10:9:11:11:10:9 chr14 98112541 . T G 404.67 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=0.0443502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.328;QD=12.5478;RBI=0.0449811;REFB=-0.011186;REVB=0.00750699;RO=81;SAF=22;SAR=26;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934172;STB=0.553169;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0158254;OID=.;OPOS=98112541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:81:48:48:0.372093:26:22:44:37:26:22:44:37 chr14 98435696 . T C 2213.45 PASS AF=1;AO=139;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622989;FXX=0.0273954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.66;QD=62.3508;RBI=0.0615323;REFB=-0.0229081;REVB=0.0612161;RO=1;SAF=81;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357419;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:143:142:1:0:139:142:1:58:81:0:1:61:81:0:0 chr14 98444369 . T C 890.04 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137778;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.115;QD=58.3633;RBI=0.022945;REFB=0;REVB=0.018348;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06119e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr14 98817896 . T C 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0118576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.066;QD=52.6959;RBI=0.0337642;REFB=-0.00634406;REVB=-0.0316136;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.516123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00136315;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:19:30:1:0:19:30:2:0 chr14 99636395 . T C 711.3 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=112;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0213984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.599;QD=25.4037;RBI=0.0214932;REFB=-0.005629;REVB=0.00201667;RO=45;SAF=22;SAR=45;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935837;STB=0.551005;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00388598;OID=.;OPOS=99636395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:45:45:67:67:0.598214:45:22:20:25:45:22:20:25 chr14 99876505 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.956;QD=49.5992;RBI=0.0694549;REFB=0;REVB=0.0694137;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167114;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr14 99969225 . G C 33.34 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.030378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1043;QD=3.70424;RBI=0.0757124;REFB=-0.031591;REVB=-0.0693509;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289615;STB=0.693895;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.145556;OID=.;OPOS=99969225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:8:22:3:3:8:22 chr14 100070030 . G A 158.46 PASS AF=0.328125;AO=19;DP=62;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0160778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.769;QD=9.90354;RBI=0.0673075;REFB=-0.0190993;REVB=0.0653591;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171394;STB=0.508189;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0458205;OID=.;OPOS=100070030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:43:43:19:21:0.328125:10:9:21:22:11:10:21:22 chr14 100141689 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.217;QD=61.6779;RBI=0.0722766;REFB=0;REVB=0.0716823;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314512;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 100189287 . C T 487.07 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0146128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.921;QD=27.0593;RBI=0.01572;REFB=-0.0084151;REVB=0.00579523;RO=27;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458216;STB=0.524974;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00531378;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:27:45:45:0.625:23:22:15:12:23:22:15:12 chr14 100375707 . C T 2021.01 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7947;QD=61.2427;RBI=0.0308218;REFB=-0.0514471;REVB=-0.0281596;RO=1;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072558;STB=0.503816;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00159137;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:132:1:1:130:131:0.992424:65:65:0:1:65:66:0:1 chr14 100380948 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=67;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.938;QD=60.5472;RBI=0.0450726;REFB=0;REVB=0.00735891;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41199e-05;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:67:75:1:36:31:0:0:39:36:0:0 chr14 100411737 . C A 98.72 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0271565;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.769;QD=7.74292;RBI=0.0271579;REFB=-0.00185379;REVB=0.000269087;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101604;STB=0.570447;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00321696;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:50:51:37:38:13:13:0.254902:6:7:23:14:6:7:24:14 chr14 100411767 . C T 149.48 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0544242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.963;QD=11.9587;RBI=0.0586046;REFB=-0.0229561;REVB=-0.0217372;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247229;STB=0.644996;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.065183;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:21:12:10:7:21:12 chr14 100411771 . T G 149.98 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.020645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.968;QD=12.2431;RBI=0.0267908;REFB=0.00621328;REVB=-0.0170743;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252381;STB=0.655563;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0107027;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:10:7:20:11:10:7:21:11 chr14 100411774 . G A 715.77 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.456;QD=62.2405;RBI=0.0219976;REFB=0;REVB=0.0119313;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34566e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:20:26:0:0 chr14 100607595 . C T 87.13 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0153114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1526;QD=6.22372;RBI=0.0386563;REFB=-0.0142275;REVB=-0.0354947;RO=43;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228708;STB=0.64447;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0565126;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:9:4:21:22:9:4:21:22 chr14 100615665 . T C 2146.57 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0015701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.223;QD=61.3305;RBI=0.0317918;REFB=-0.0639473;REVB=0.031753;RO=2;SAF=83;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169713;STB=0.508927;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00176256;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:55:83:0:2:55:83:0:2 chr14 100625902 . C T 1227.36 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4184;QD=61.3681;RBI=0.0609756;REFB=0;REVB=0.0591897;RO=0;SAF=23;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305889;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:57:23:0:0:57:23:0:0 chr14 100758502 . G A 939.99 PASS AF=0.65873;AO=79;DP=124;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0173593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.253;QD=29.8409;RBI=0.034217;REFB=-0.0114791;REVB=-0.0294865;RO=43;SAF=48;SAR=31;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335508;STB=0.511318;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00884556;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:43:43:79:83:0.65873:31:48:24:19:34:49:24:19 chr14 100759046 . C A 627.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.579;QD=59.7783;RBI=0.125793;REFB=0;REVB=0.00639695;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321294;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:18:20:0:0:18:24:0:0 chr14 100759277 . C T 1413.85 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0512669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.84;QD=59.5307;RBI=0.0611989;REFB=-0.0217034;REVB=0.0334216;RO=3;SAF=48;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112862;STB=0.505957;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000399891;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:92:92:0.968421:44:48:1:2:44:48:1:2 chr14 100792482 . C A 1555.15 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0444484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.83;QD=57.0698;RBI=0.0499959;REFB=-0.158265;REVB=0.0228895;RO=3;SAF=60;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512626;STB=0.501311;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000792046;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:3:2:105:107:0.981651:45:60:2:1:46:61:1:1 chr14 100795139 . G T 104.67 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00912884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.62;QD=10.2117;RBI=0.0327689;REFB=-0.0423645;REVB=0.0314716;RO=28;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410713;STB=0.702294;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0583071;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:28:28:12:13:0.317073:3:9:11:17:4:9:11:17 chr14 100808845 . G A 867.32 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0831871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.023;QD=55.9563;RBI=0.0901263;REFB=-0.0809473;REVB=0.0346794;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000545105;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:32:28:1:0:32:29:1:0 chr14 100832391 . T C 1120.8 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.633;QD=58.9897;RBI=0.0597503;REFB=-0.0910657;REVB=0.0317674;RO=1;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137127;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000858852;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:34:41:0:1:34:41:0:1 chr14 100847523 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2694;QD=59.8384;RBI=0.0258597;REFB=0;REVB=-0.0239884;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129589;OID=.;OPOS=100847523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr14 100847707 . A G 198.5 PASS AF=0.266055;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=109;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.000792808;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.319;QD=7.28424;RBI=0.0297235;REFB=-0.00121425;REVB=-0.0297129;RO=80;SAF=16;SAR=13;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329257;STB=0.519732;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0030398;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:80:80:29:29:0.266055:13:16:42:38:13:16:42:38 chr14 100847930 . A G 52.8 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0141815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.032;QD=3.15228;RBI=0.0212697;REFB=0.000669877;REVB=-0.015852;RO=55;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427809;STB=0.794586;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00713838;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:55:57:10:10:0.149254:2:8:25:30:2:8:26:31 chr14 100996312 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.222;QD=64.152;RBI=0.0218413;REFB=0;REVB=-0.0150643;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06953e-06;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr14 101005215 . T C 840.35 PASS AF=1;AO=44;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.348;QD=57.9553;RBI=0.0928838;REFB=0;REVB=0.0857141;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052314;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:44:58:1:27:17:0:0:40:18:0:0 chr14 101005236 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.113;QD=62.9816;RBI=0.022604;REFB=0;REVB=0.0130183;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87284e-05;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr14 101138230 . A C 83.74 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.053542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2435;QD=3.85002;RBI=0.0801158;REFB=0.000291664;REVB=0.0595969;RO=72;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940162;STB=0.56175;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00290222;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:7:8:33:39:7:8:33:39 chr14 101198417 . A G 1519.1 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00400062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.207;QD=63.2958;RBI=0.0306165;REFB=0;REVB=0.030354;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05777e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:41:52:0:0:41:55:0:0 chr14 101200645 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000189765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.27;QD=36.3499;RBI=0.0290864;REFB=-0.106552;REVB=0.0290858;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00236275;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr14 101302211 . G T 904.76 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.065;QD=57.4453;RBI=0.0576675;REFB=0;REVB=0.0481886;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221139;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:38:21:0:0:41:22:0:0 chr14 101347160 . C A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00076052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.637;QD=10.8227;RBI=0.00914352;REFB=-0.00987148;REVB=-0.00911184;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181833;STB=0.609973;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.02362;OID=.;OPOS=101347160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:9:14:9:3:9:14 chr14 101348584 . C G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0579781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7875;QD=11.6324;RBI=0.0699322;REFB=-0.0197064;REVB=0.0391032;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270173;STB=0.516097;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0375884;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:10:6:4:6:10:6 chr14 101349017 . A G 1805.99 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.489;QD=60.7054;RBI=0.0115187;REFB=0;REVB=0.00879102;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86238e-05;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:115:119:1:46:69:0:0:48:71:0:0 chr14 101350298 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8495;QD=57.1757;RBI=0.00663055;REFB=0;REVB=0.00529163;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14647e-05;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr14 101507727 . C T 166.32 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0304578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.327;QD=14.7842;RBI=0.0311032;REFB=-0.00252552;REVB=-0.00630332;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391007;STB=0.522588;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00258854;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:16:11:8:10:16:11 chr14 101512836 . A G 1749.96 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.205;QD=60.8683;RBI=0.0138923;REFB=0;REVB=0.00238483;RO=0;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9319e-05;OID=.;OPOS=101512836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:54:60:0:0:54:61:0:0 chr14 101522556 . T C 2212.53 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000426151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.333;QD=63.2151;RBI=0.0196081;REFB=0;REVB=-0.0196034;RO=0;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95793e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:138:140:1:63:75:0:0:63:77:0:0 chr14 102391577 . G C 1415.72 PASS AF=0.990291;AO=97;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0172703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8228;QD=54.9795;RBI=0.116921;REFB=-0.10301;REVB=0.115638;RO=6;SAF=47;SAR=50;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351268;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00977443;OID=.;OPOS=102391577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:6:1:97:102:0.990291:50:47:1:5:54:48:0:1 chr14 102463407 . A G 2658.59 PASS AF=0.961749;AO=176;DP=183;FAO=176;FDP=183;FR=.;FRO=7;FSAF=81;FSAR=95;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0265651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.909;QD=58.1112;RBI=0.0296373;REFB=-0.161869;REVB=-0.0131403;RO=1;SAF=81;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058407;STB=0.520708;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000760573;OID=.;OPOS=102463407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:183:183:1:7:176:176:0.961749:95:81:1:0:95:81:7:0 chr14 102481579 . C T 427.98 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00347719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.064;QD=19.4535;RBI=0.0359257;REFB=-0.017207;REVB=-0.035757;RO=45;SAF=29;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309795;STB=0.517233;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0166332;OID=.;OPOS=102481579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:14:29:29:16:14:29:29:16 chr14 102493761 . A G 1432.41 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.762;QD=62.2786;RBI=0.055667;REFB=0;REVB=0.0192397;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296167;OID=.;OPOS=102493761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:92:0:0:91:92:1:61:30:0:0:61:31:0:0 chr14 102514227 . T C 968.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.533;QD=57.8152;RBI=0.0756475;REFB=0;REVB=0.0380218;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016326;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:17:47:0:0:17:50:0:0 chr14 102676533 . A G 249.4 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00905101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.627;QD=33.2539;RBI=0.0134822;REFB=-0.0305367;REVB=0.00999247;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222222;STB=0.512184;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00533433;OID=.;OPOS=102676533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:12:10:4:4:12:10:4:4 chr14 102808655 . G C 230.88 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00617462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.207;QD=14.6588;RBI=0.00988943;REFB=-0.0366091;REVB=-0.00772495;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135573;STB=0.584843;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0353658;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:11:16:16:19:11:16:16:20 chr14 102814945 . G A 137.61 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00657552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.16;QD=7.24282;RBI=0.00670502;REFB=-0.00506744;REVB=0.00131143;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227116;STB=0.637792;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0173078;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:13:7:30:26:13:7:30:26 chr14 102894593 . G A 129.75 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.043575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7925;QD=9.61121;RBI=0.0508396;REFB=-0.0100181;REVB=0.0261894;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171747;STB=0.583241;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0225674;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:37:16:17:0.314815:9:7:11:26:10:7:11:26 chr14 102965367 . TCACCACACCACACCACACCA ACATCTCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT 365.41 PASS AF=0.0740741,0.814815,0.111111;AO=2,22,3;DP=27;FAO=2,22,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14,2;FSAR=0,8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305731,0.134283,0.171417;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=6,5,1;MLLD=304.579,90.5876,69.3747;QD=54.1355;RBI=0.0827164,0.154757,0.171643;REFB=0,0,0;REVB=0.0768589,0.0769268,-0.00881851;RO=0;SAF=2,14,2;SAR=0,8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0270483,0.0192566,0.058535;OID=.,.,.;OPOS=102965367,102965368,102965387;OREF=TCACCA,CACCA,A;OALT=ACATCT,-,T;OMAPALT=ACATCTCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCA,TCACCACACCACACCACACCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:31:27:27:0:0:2,22,3:2,22,3:0.0740741,0.814815,0.111111:0,8,1:2,14,2:0:0:0,8,1:2,14,2:0:0 chr14 102965435 . A G 1042.88 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.086;QD=59.5933;RBI=0.126934;REFB=0;REVB=0.126174;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475494;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr14 102965437 . A T 1029.64 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.553;QD=58.0077;RBI=0.0322169;REFB=-0.0423413;REVB=-0.0179352;RO=1;SAF=38;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122803;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000272766;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:32:38:1:0:32:38:1:0 chr14 103161736 . A AG,G 1048.77 PASS AF=1,0;AO=70,4;DP=79;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171167,-0.00609216;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.4732,4.26371;QD=56.69;RBI=0.0650457,0.156553;REFB=0,0;REVB=-0.0627532,-0.156435;RO=5;SAF=47,1;SAR=23,3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0476889,-0.590845;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000717105,0;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:74:5:0:70,4:74,0:1,0:23,3:47,1:5:0:26,0:48,0:0:0 chr14 103193028 . G A 1377.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9726;QD=62.6082;RBI=0.0213595;REFB=0;REVB=-0.015759;RO=0;SAF=58;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181915;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:30:58:0:0:30:58:0:0 chr14 103388999 . T C 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00247959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.197;QD=9.09232;RBI=0.00767202;REFB=-0.00566817;REVB=0.00726027;RO=31;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163141;STB=0.54314;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0202433;OID=.;OPOS=103388999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:2:11:26:5:2:11:26:6 chr14 103389003 . G C 104.15 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0188624;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.358;QD=9.46778;RBI=0.0449899;REFB=-0.00788292;REVB=-0.0408448;RO=31;SAF=11;SAR=2;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081395;STB=0.549918;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00428051;OID=.;OPOS=103389003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:2:11:25:6:2:11:25:6 chr14 103440473 . G C 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0325065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.99;QD=2.59106;RBI=0.035322;REFB=-0.0149926;REVB=-0.0138193;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181828;STB=0.632082;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0800972;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:3:5:26:29:3:5:26:29 chr14 103570354 . G T 204.75 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9536;QD=43.1044;RBI=0.0663717;REFB=-0.152813;REVB=0.0411114;RO=1;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129617;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0064638;OID=.;OPOS=103570354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:19:1:0:16:19:1:13:3:1:0:14:5:0:0 chr14 103576415 . A G 2385.08 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3851;QD=64.029;RBI=0.0724029;REFB=0;REVB=0.0592278;RO=0;SAF=66;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2932e-05;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:148:149:1:82:66:0:0:83:66:0:0 chr14 103576443 . TC CG 1966.56 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157133;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.146;QD=61.9389;RBI=0.0232286;REFB=0;REVB=0.0171072;RO=0;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0019686;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:124:127:1:70:54:0:0:72:55:0:0 chr14 103593950 . C G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.431;QD=58.5846;RBI=0.0219357;REFB=0;REVB=0.0194128;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18081e-05;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr14 103602278 . A G 716.91 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194451;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.196;QD=63.7253;RBI=0.0293093;REFB=0;REVB=0.02193;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032088;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr14 103807442 . T A 622.09 PASS AF=0.611111;AO=54;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0399317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9174;QD=27.6485;RBI=0.0909812;REFB=-0.0199834;REVB=-0.0817499;RO=35;SAF=25;SAR=29;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986735;STB=0.549357;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0110958;OID=.;OPOS=103807442;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:35:35:54:55:0.611111:29:25:21:14:29:26:21:14 chr14 103808153 . A G 148.29 PASS AF=0.226804;AO=21;DP=96;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.00515202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.756;QD=6.1149;RBI=0.0317034;REFB=-0.0289293;REVB=0.031282;RO=75;SAF=16;SAR=5;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216415;STB=0.600762;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0684603;OID=.;OPOS=103808153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:75:75:21:22:0.226804:5:16:46:29:6:16:46:29 chr14 103808199 . T TAAAC 575.45 PASS AF=0.742424;AO=43;DP=73;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0431856;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=4;MLLD=214.778;QD=34.8758;RBI=0.0438129;REFB=0.00140451;REVB=-0.00738779;RO=23;SAF=27;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167107;STB=0.524523;STBP=0.505;TYPE=ins;VARB=-0.000778696;OID=.;OPOS=103808200;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.742424:43:73:49:66:17:33:16:10:7:99:23:27:16:15:8 chr14 103808472 . C T 214.75 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00112934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9403;QD=37.3471;RBI=0.0155108;REFB=-0.00228388;REVB=-0.0154697;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166336;STB=0.590815;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00711294;OID=.;OPOS=103808472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:9:10:0:4:9:10:0:4 chr14 103852725 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.931;QD=60.5462;RBI=0.0225254;REFB=0;REVB=0.000875826;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13658e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:46:29:0:0:46:29:0:0 chr14 103934488 . T C 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288805;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.631;QD=62.0082;RBI=0.00322594;REFB=0;REVB=-0.00143731;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53138e-07;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr14 103986255 . C T 1625.39 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044833;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.917;QD=60.1995;RBI=0.0649525;REFB=0;REVB=0.0469982;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127161;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:39:67:0:0:39:69:0:0 chr14 103988180 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.436;QD=35.5752;RBI=0.121963;REFB=0;REVB=0.119444;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00740502;OID=.;OPOS=103988180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 103996396 . G A 1629.8 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0555113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.519;QD=58.2071;RBI=0.0590172;REFB=-0.15588;REVB=0.0200383;RO=1;SAF=51;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921748;STB=0.509614;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000508947;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:1:2:110:110:0.982143:59:51:1:0:59:51:2:0 chr14 104001517 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148687;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.526;QD=57.8832;RBI=0.0283379;REFB=0;REVB=0.0241238;RO=0;SAF=47;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56963e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99783e-05;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:12:47:0:0:12:48:0:0 chr14 104025893 . T C 307.65 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00368223;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.3724;QD=13.2324;RBI=0.0038733;REFB=0.00296948;REVB=0.00120151;RO=53;SAF=21;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251392;STB=0.508923;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00359191;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:58:35:35:0.376344:14:21:33:20:14:21:34:24 chr14 104028270 . T C 215.69 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.006073;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.795;QD=8.89453;RBI=0.0261096;REFB=-0.00163086;REVB=0.0253935;RO=67;SAF=23;SAR=5;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348081;STB=0.712682;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00429219;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:67:69:28:28:0.28866:5:23:39:28:5:23:40:29 chr14 104167075 . C T 401.89 PASS AF=0.373016;AO=45;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=24;FWDB=0.0915589;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3838;QD=12.7582;RBI=0.0944787;REFB=-0.0265408;REVB=-0.0233065;RO=73;SAF=29;SAR=16;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321793;STB=0.54017;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0210718;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:73:79:45:47:0.373016:16:29:49:24:17:30:55:24 chr14 104167545 . G A 106.46 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00561816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2765;QD=6.86812;RBI=0.0434891;REFB=-0.0141363;REVB=0.0431247;RO=42;SAF=12;SAR=4;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152594;STB=0.588118;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.029894;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:42:46:16:16:0.258065:4:12:27:15:4:12:30:16 chr14 104178186 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0226925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7094;QD=9.85691;RBI=0.0316792;REFB=-0.000350456;REVB=-0.0221048;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417373;STB=0.524566;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=3.24316e-05;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:22:19:10:10:22:19 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 298.83 PASS AF=1;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555579;FXX=0.0832986;HRUN=2;LEN=12;MLLD=424.511;QD=54.3326;RBI=0.0271485;REFB=0;REVB=0.0265739;RO=7;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000343901;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:31:22:22:0:17:5:0:0:4:7:17:5:7:0 chr14 104194196 . C G 3704.99 PASS AF=1;AO=234;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.104;QD=63.3332;RBI=0.0344118;REFB=0;REVB=0.0333844;RO=0;SAF=127;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94504e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:234:0:0:234:234:1:107:127:0:0:107:127:0:0 chr14 104199356 . C T 1175.76 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7409;QD=59.5324;RBI=0.0219799;REFB=-0.0499089;REVB=0.0025307;RO=1;SAF=55;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852763;STB=0.504347;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00076553;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:1:1:76:78:0.987342:21:55:1:0:21:57:1:0 chr14 104429453 . A G 1465.07 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00966207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.886;QD=61.6871;RBI=0.0594565;REFB=-0.0408533;REVB=0.0586662;RO=1;SAF=59;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796875;STB=0.504131;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000167107;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:93:94:0.989474:34:59:1:0:34:60:1:0 chr14 104465037 . T C 1496.71 PASS AF=0.945946;AO=105;DP=111;FAO=105;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0418271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3552;QD=53.9355;RBI=0.0811861;REFB=0.00864291;REVB=0.0695822;RO=6;SAF=54;SAR=51;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498614;STB=0.526311;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00527896;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:111:111:6:6:105:105:0.945946:51:54:6:0:51:54:6:0 chr14 104480201 . C A 809.64 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.192;QD=53.9762;RBI=0.0236111;REFB=-0.0962714;REVB=-0.0075281;RO=2;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217703;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00158751;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:2:2:58:58:0.966667:27:31:1:1:27:31:1:1 chr14 104559623 . T C 1824.59 PASS AF=0.991803;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.645;QD=59.8225;RBI=0.0576353;REFB=-0.0672552;REVB=0.0565031;RO=0;SAF=75;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00214372;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:0:1:119:121:0.991803:44:75:0:0:44:77:0:1 chr14 104641792 . C T 574.85 PASS AF=0.694444;AO=50;DP=72;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00799559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.513;QD=31.9362;RBI=0.00912117;REFB=-0.0164726;REVB=0.00438933;RO=22;SAF=39;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109868;STB=0.559642;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00595644;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:22:22:50:50:0.694444:11:39:14:8:11:39:14:8 chr14 104642341 . A G 938.92 PASS AF=0.643411;AO=82;DP=128;FAO=83;FDP=129;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00473406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.942;QD=29.1139;RBI=0.0101824;REFB=-0.0212486;REVB=0.00901497;RO=46;SAF=27;SAR=55;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356216;STB=0.517549;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0113513;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:46:46:82:83:0.643411:55:27:13:33:56:27:13:33 chr14 104643409 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0372598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.806;QD=15.259;RBI=0.0406651;REFB=0.00114961;REVB=-0.0162896;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00346604;OID=.;OPOS=104643409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr14 104643421 . T C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0302125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.822;QD=24.1899;RBI=0.0599359;REFB=-0.0161226;REVB=0.051764;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105799;STB=0.559897;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00954841;OID=.;OPOS=104643421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:3:3:4:8:3:3 chr14 104643721 . C A 406.81 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0362114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.28;QD=30.7029;RBI=0.0412164;REFB=-0.0333275;REVB=0.0196856;RO=16;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474593;STB=0.525759;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0169933;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:17:20:10:6:17:20:10:6 chr14 104643859 . A G 211.73 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00696644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.255;QD=19.6956;RBI=0.00999556;REFB=-0.0234344;REVB=0.00716798;RO=21;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119952;STB=0.562582;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0256753;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:20:21:0.488372:7:13:11:10:8:13:11:11 chr14 104644099 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0322246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3006;QD=24.0668;RBI=0.0327625;REFB=-0.0410268;REVB=-0.0059124;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140152;STB=0.578845;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0165561;OID=.;OPOS=104644099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:5:11:5:5:5:11:5:5 chr14 104646326 . A C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0119935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.997;QD=21.6121;RBI=0.0239166;REFB=-0.0360624;REVB=0.0206919;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056906;STB=0.531888;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0312062;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:10:13:12:12:10:13 chr14 104646448 . G A 327.62 PASS AF=0.418605;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0161333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.209;QD=15.2381;RBI=0.0795416;REFB=-0.0174558;REVB=0.0778883;RO=50;SAF=14;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847269;STB=0.537381;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0258106;OID=.;OPOS=104646448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:50:35:36:0.418605:21:14:24:26:21:15:24:26 chr14 104646771 . T C 501.55 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=72;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0276855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4748;QD=27.4822;RBI=0.0666894;REFB=-0.0392471;REVB=-0.0606711;RO=26;SAF=31;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139621;STB=0.51264;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0205909;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:26:27:46:46:0.630137:15:31:18:8:15:31:19:8 chr14 104647224 . C T 912.11 PASS AF=0.686957;AO=79;DP=115;FAO=79;FDP=115;FR=.;FRO=36;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0339185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7142;QD=31.7254;RBI=0.0463877;REFB=0.0179153;REVB=-0.0316441;RO=36;SAF=51;SAR=28;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122698;STB=0.566125;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00873494;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:36:36:79:79:0.686957:28:51:16:20:28:51:16:20 chr14 104710651 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0347573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1792;QD=22.831;RBI=0.0574553;REFB=0.0191101;REVB=-0.0457497;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324202;STB=0.68336;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0157333;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:3:7:4:11:3:7 chr14 105054102 . GC CG,G 39.24 PASS AF=0,0.253731;AO=4,17;DP=66;FAO=0,17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=0,11;FSAR=0,6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0363836,-0.029523;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=72.5665,7.32656;QD=2.34267;RBI=0.040279,0.0627626;REFB=-0.0105461,-0.140021;REVB=-0.0172808,0.0553853;RO=36;SAF=4,13;SAR=0,4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.617446,0.408246;STB=0.5,0.583081;STBP=1,0.438;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0166347,0.170603;OID=.,.;OPOS=105054102,105054103;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:66:67:36:50:4,17:0,17:0,0.253731:0,4:4,13:15:21:0,6:0,11:27:23 chr14 105058498 . A G 526.38 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.423;QD=56.906;RBI=0.0147882;REFB=0.143486;REVB=0.00534444;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00178032;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr14 105070791 . G T 263.22 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00174922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5983;QD=47.8588;RBI=0.0647463;REFB=-0.177085;REVB=0.0647226;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00974112;OID=.;OPOS=105070791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr14 105167807 . C T 1520.31 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0272327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.592;QD=61.4266;RBI=0.0314143;REFB=-0.0246052;REVB=0.0156601;RO=0;SAF=68;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30323e-08;STB=0.507245;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000131533;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:29:68:0:0:29:68:2:0 chr14 105177351 . CA C,CG 2263.93 PASS AF=0.922078,0.0779221;AO=133,20;DP=154;FAO=142,12;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=68,2;FSAR=74,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137849,0.00404122;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.0503,64.321;QD=58.8035;RBI=0.0128158,0.00518117;REFB=0,0;REVB=-0.0127415,-0.00324238;RO=0;SAF=66,4;SAR=67,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.75921e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000220065,-0.000976165;OID=.,.;OPOS=105177352,105177352;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.922078,0.0779221:133,20:154:142,12:154:0:68,2:74,10:0:0:14:0:66,4:67,16:0:0 chr14 105179194 . T C 2368.69 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.577;QD=61.1274;RBI=0.0359613;REFB=0;REVB=0.0340367;RO=0;SAF=97;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87828e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:155:155:1:58:97:0:0:58:97:0:0 chr14 105180565 . T C 1410.37 PASS AF=0.989247;AO=84;DP=85;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6005;QD=60.661;RBI=0.0357556;REFB=-0.160156;REVB=-0.0350556;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00173702;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:93:1:1:84:92:0.989247:39:45:0:1:39:53:0:1 chr14 105180706 . A C 935.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.363;QD=58.4437;RBI=0.0223081;REFB=0;REVB=-0.00831337;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94353e-06;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:37:27:0:0 chr14 105196230 . A C 257.75 PASS AF=0.741935;AO=17;DP=32;FAO=23;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0576369;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.13;QD=33.2579;RBI=0.114571;REFB=-0.0252046;REVB=0.0990174;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169637;STB=0.517031;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00531089;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:8:8:17:23:0.741935:9:8:4:4:13:10:4:4 chr14 105196235 . G A 237.38 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.022888;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.865;QD=26.3755;RBI=0.0469213;REFB=-0.0218546;REVB=0.0409603;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156396;STB=0.527753;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00888081;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:12:14:21:22:0.611111:11:10:6:6:11:11:6:8 chr14 105196365 . T C 1008.34 PASS AF=0.677165;AO=86;DP=126;FAO=86;FDP=127;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=68;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0131342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5278;QD=31.7588;RBI=0.0259723;REFB=-0.0102606;REVB=-0.0224066;RO=40;SAF=18;SAR=68;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965127;STB=0.549519;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00486693;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:40:41:86:86:0.677165:68:18:13:27:68:18:13:28 chr14 105211221 . C T 369.43 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0105702;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.68;QD=27.3648;RBI=0.03771;REFB=-0.00198262;REVB=0.0361983;RO=19;SAF=14;SAR=21;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182987;STB=0.599943;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0013805;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:19:19:35:35:0.648148:21:14:13:6:21:14:13:6 chr14 105213343 . A G 677.09 PASS AF=0.651685;AO=58;DP=89;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0760474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5819;QD=30.4308;RBI=0.0796246;REFB=-0.0237794;REVB=0.023598;RO=31;SAF=28;SAR=30;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124643;STB=0.567397;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0136515;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:31:31:58:58:0.651685:30:28:9:22:30:28:9:22 chr14 105220209 . G GA 1126.18 PASS AF=0.616667;AO=42;DP=197;FAO=111;FDP=180;FR=.;FRO=69;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0307684;FXX=0.0526288;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.491;QD=25.0263;RBI=0.0590411;REFB=0.0185549;REVB=-0.0503901;RO=153;SAF=26;SAR=16;SRF=61;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275857;STB=0.515149;STBP=0.595;TYPE=ins;VARB=-0.0145163;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.616667:42:197:111:180:69:51:60:29:40:99:153:26:16:61:92 chr14 105220210 . G A 638.5 PASS AF=0.378238;AO=73;DP=193;FAO=73;FDP=193;FR=.;FRO=120;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=59;FWDB=0.0254174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.298;QD=13.2332;RBI=0.0256592;REFB=-0.0336034;REVB=-0.00351443;RO=116;SAF=25;SAR=48;SRF=59;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186723;STB=0.606761;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0366013;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:116:120:73:73:0.378238:48:25:59:57:48:25:61:59 chr14 105222037 . C T 2290.76 PASS AF=0.709434;AO=188;DP=269;FAO=188;FDP=265;FR=.;FRO=77;FSAF=103;FSAR=85;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0190034;FXX=0.0148693;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.542;QD=34.5775;RBI=0.0222605;REFB=-0.0194905;REVB=0.0115932;RO=76;SAF=103;SAR=85;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975709;STB=0.503101;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00923745;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:265:76:77:188:188:0.709434:85:103:43:33:85:103:43:34 chr14 105239894 . C T 176.44 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0391492;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.502;QD=19.6048;RBI=0.0603186;REFB=-0.0225743;REVB=0.0458877;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251319;STB=0.639051;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00774193;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:1:17:14:4:1:17 chr14 105268228 . G A 99.53 PASS AF=0.270833;AO=11;DP=46;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00737326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2239;QD=8.29445;RBI=0.0699771;REFB=-0.0215771;REVB=-0.0695875;RO=35;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206015;STB=0.666389;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0771315;OID=.;OPOS=105268228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:35:35:11:13:0.270833:3:8:20:15:3:10:20:15 chr14 105269779 . T C 166.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0259981;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.327;QD=9.79748;RBI=0.0270372;REFB=-0.0133993;REVB=-0.00742326;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856802;STB=0.550515;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0292874;OID=.;OPOS=105269779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:46:46:22:22:0.323529:8:14:26:20:8:14:26:20 chr14 105270488 . GT G 94.3 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.707;QD=41.9133;RBI=0.0795067;REFB=0;REVB=0.0795067;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00103492;OID=.;OPOS=105270489;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:15:9:9:0:0:9:0:0:3:7:0:8:0:7 chr14 105393556 . G C 162.74 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00839019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2781;QD=11.2237;RBI=0.0120716;REFB=-0.0160755;REVB=-0.00867922;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184452;STB=0.606124;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0310995;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:9:12:27:10:9:12:27:10 chr14 105405599 . G C 579.84 PASS AF=0.662338;AO=51;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0119088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.083;QD=30.1215;RBI=0.0230553;REFB=-0.0145568;REVB=0.0197415;RO=25;SAF=27;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573205;STB=0.503066;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00731508;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:26:51:51:0.662338:24:27:13:12:24:27:14:12 chr14 105405942 . G A 418.21 PASS AF=0.606061;AO=37;DP=63;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0454962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.137;QD=25.3459;RBI=0.0458061;REFB=-0.0581058;REVB=0.00531882;RO=26;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212071;STB=0.597346;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0365493;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:26:26:37:40:0.606061:19:18:20:6:19:21:20:6 chr14 105406238 . A C 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0204213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.764;QD=35.463;RBI=0.0340808;REFB=-0.0312534;REVB=0.0272851;RO=9;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102935;STB=0.505614;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0108107;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:11:15:5:4:11:15:5:4 chr14 105407031 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00181111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.807;QD=24.0304;RBI=0.028794;REFB=-0.0343583;REVB=0.0287369;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0211177;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr14 105407208 . T C 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0286989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1097;QD=25.7291;RBI=0.0484169;REFB=-0.00329396;REVB=0.0389944;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718357;STB=0.539762;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00823824;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:12:14:12:7:12:14:12:7 chr14 105407798 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.000855601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.574;QD=10.8848;RBI=0.00174666;REFB=0.00576973;REVB=-0.00152275;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342;STB=0.520503;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0100844;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:12:3:2:7:12:3 chr14 105408030 . A G 442.11 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00560253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.911;QD=31.025;RBI=0.00820816;REFB=-0.0134529;REVB=-0.00599879;RO=17;SAF=30;SAR=10;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102943;STB=0.55553;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00626354;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:10:30:15:2:10:30:15:2 chr14 105408182 . T G 411.01 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0205458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.225;QD=29.3576;RBI=0.0228628;REFB=-0.0402012;REVB=0.0100289;RO=18;SAF=21;SAR=17;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161345;STB=0.587641;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0142183;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:17:21:5:13:17:21:5:13 chr14 105408315 . T C 639.2 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0202833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.464;QD=23.6739;RBI=0.0216975;REFB=-0.0080557;REVB=0.00770536;RO=45;SAF=38;SAR=24;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981505;STB=0.549522;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00411192;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:46:62:62:0.574074:24:38:22:23:24:38:23:23 chr14 105408811 . A G 330.92 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0453411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.513;QD=21.3498;RBI=0.0520136;REFB=-0.0223955;REVB=-0.0254871;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189709;STB=0.596719;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0130353;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:33:34:0.548387:17:16:20:8:17:17:20:8 chr14 105408827 . A C 392.54 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0646841;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2808;QD=21.8078;RBI=0.0779834;REFB=-0.0417143;REVB=0.0435589;RO=35;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994034;STB=0.57078;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0383811;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:35:33:39:39:0.541667:19:20:22:13:19:20:22:11 chr14 105408955 . A G 421.76 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0004432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.337;QD=26.3597;RBI=0.0812335;REFB=-0.0327212;REVB=-0.0812323;RO=24;SAF=28;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209451;STB=0.614805;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0123106;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:12:28:10:14:12:28:10:14 chr14 105409959 . G T 945.56 PASS AF=0.721739;AO=74;DP=106;FAO=83;FDP=115;FR=.;FRO=32;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=0.127838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8928;QD=32.8891;RBI=0.13298;REFB=-0.0587658;REVB=0.0366206;RO=32;SAF=42;SAR=32;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124643;STB=0.55009;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0252793;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:115:32:32:74:83:0.721739:32:42:25:7:32:51:25:7 chr14 105410183 . T C 382.72 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0101487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.377;QD=25.5149;RBI=0.0142125;REFB=-0.022293;REVB=0.00994981;RO=21;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182676;STB=0.601615;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.022477;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:23:37:37:0.616667:24:13:13:8:24:13:14:9 chr14 105410411 . C T 337.11 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0101001;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.157;QD=22.474;RBI=0.0101125;REFB=0.0015978;REVB=0.000499505;RO=26;SAF=24;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23743;STB=0.631498;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000909439;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:34:34:0.566667:10:24:11:15:10:24:11:15 chr14 105410775 . A G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0198043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.335;QD=17.0883;RBI=0.0301142;REFB=0.0085893;REVB=-0.022686;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147504;STB=0.508314;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0253272;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:13:15:13:12:13:15 chr14 105410827 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00436564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.425;QD=21.6129;RBI=0.00936946;REFB=-0.00803171;REVB=0.00829024;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546515;STB=0.53066;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00672949;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:12:11:10:14:12:11 chr14 105411700 . A G 501.47 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0296621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1547;QD=30.392;RBI=0.0363549;REFB=-0.0400269;REVB=-0.0210199;RO=21;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1574;STB=0.585247;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0251675;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:45:45:0.681818:20:25:6:15:20:25:6:15 chr14 105411781 . G A 673.14 PASS AF=0.727273;AO=55;DP=76;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0296468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4983;QD=34.9685;RBI=0.0490876;REFB=-0.0315907;REVB=0.0391237;RO=21;SAF=31;SAR=24;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406475;STB=0.50493;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0128757;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:21:21:55:56:0.727273:24:31:12:9:25:31:12:9 chr14 105412259 . GG CC 686.57 PASS AF=0.62766;AO=59;DP=90;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.034572;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=2;MLLD=87.7708;QD=29.2158;RBI=0.0387947;REFB=-0.0318689;REVB=0.0176014;RO=30;SAF=28;SAR=31;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257975;STB=0.514796;STBP=0.742;TYPE=mnp;VARB=0.0179426;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:30:35:59:59:0.62766:31:28:13:17:31:28:18:17 chr14 105412554 . T G 31.34 PASS AF=0.1875;AO=4;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00104512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.616;QD=3.91739;RBI=0.00402181;REFB=-0.00835902;REVB=-0.00388364;RO=22;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356888;STB=0.64063;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.025536;OID=.;OPOS=105412554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:32:22:26:4:6:0.1875:3:1:5:17:4:2:5:21 chr14 105412561 . C T 36.22 PASS AF=0.2;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0221049;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.505;QD=4.82937;RBI=0.0265472;REFB=0.00109209;REVB=-0.0147013;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364761;STB=0.732725;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0219112;OID=.;OPOS=105412561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:32:30:24:24:6:6:0.2:3:3:5:19:3:3:5:19 chr14 105413204 . G T 433.44 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0308432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.53;QD=20.6401;RBI=0.0398912;REFB=-0.00981031;REVB=0.0252983;RO=41;SAF=15;SAR=28;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00717153;STB=0.503969;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.010032;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:41:43:43:0.511905:28:15:14:27:28:15:14:27 chr14 105413223 . A G 556.6 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00722659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.353;QD=25.3;RBI=0.0142556;REFB=-0.0222698;REVB=-0.0122881;RO=35;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529824;STB=0.539068;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0122049;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:37:51:51:0.579545:27:24:14:21:27:24:14:23 chr14 105414238 . C A 395.24 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0143668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.727;QD=22.9122;RBI=0.0220443;REFB=-0.0233067;REVB=0.0167197;RO=28;SAF=26;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499383;STB=0.516121;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0178113;OID=.;OPOS=105414238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:30:39:39:0.565217:13:26:17:11:13:26:19:11 chr14 105414252 . C T 423.02 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0882556;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.447;QD=26.4389;RBI=0.128216;REFB=0.0340189;REVB=0.0930075;RO=16;SAF=24;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982057;STB=0.509279;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00801933;OID=.;OPOS=105414252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:16:22:39:39:0.609375:15:24:7:9:15:24:13:9 chr14 105414280 . T G 327.72 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0383141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7604;QD=22.9982;RBI=0.079304;REFB=-0.0481687;REVB=-0.0694346;RO=24;SAF=23;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196452;STB=0.608677;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0359006;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:10:23:11:13:10:23:11:13 chr14 105414629 . G A 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00378499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.905;QD=29.1431;RBI=0.0290676;REFB=-0.0119283;REVB=0.0288201;RO=17;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624883;STB=0.534084;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00558668;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:13:22:9:8:13:22:9:8 chr14 105414790 . A G 686.74 PASS AF=0.682353;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0317666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9532;QD=32.3169;RBI=0.0385981;REFB=0.00195711;REVB=-0.0219248;RO=27;SAF=28;SAR=30;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427837;STB=0.523106;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00139452;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:27:27:58:58:0.682353:30:28:15:12:30:28:15:12 chr14 105414810 . C G 722.18 PASS AF=0.697674;AO=60;DP=86;FAO=60;FDP=86;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0463387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.006;QD=33.5897;RBI=0.0599723;REFB=-0.0252399;REVB=0.038071;RO=26;SAF=34;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03783;STB=0.520401;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.011973;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:26:26:60:60:0.697674:26:34:13:13:26:34:13:13 chr14 105415413 . G A 38.31 PASS AF=0.0769231;AO=13;DP=169;FAO=13;FDP=169;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=67;FWDB=-0.0274099;FXX=0.00588201;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.527;QD=0.906773;RBI=0.0278932;REFB=-0.00429465;REVB=0.00516987;RO=156;SAF=8;SAR=5;SRF=89;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516022;STB=0.542817;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0639014;OID=.;OPOS=105415413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:169:169:156:156:13:13:0.0769231:5:8:89:67:5:8:89:67 chr14 105415422 . G A 1047.43 PASS AF=0.576471;AO=98;DP=170;FAO=98;FDP=170;FR=.;FRO=72;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.005266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.911;QD=24.6455;RBI=0.014283;REFB=-0.0272939;REVB=0.0132768;RO=72;SAF=58;SAR=40;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510956;STB=0.527786;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0207724;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:72:72:98:98:0.576471:40:58:38:34:40:58:38:34 chr14 105415431 . C G 104.47 PASS AF=0.137725;AO=23;DP=167;FAO=23;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=0.0142399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.416;QD=2.5022;RBI=0.0219174;REFB=0.000647908;REVB=-0.0166613;RO=143;SAF=11;SAR=12;SRF=86;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155927;STB=0.607662;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00709986;OID=.;OPOS=105415431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:143:144:23:23:0.137725:12:11:86:57:12:11:87:57 chr14 105415433 . T C 104.48 PASS AF=0.137725;AO=23;DP=168;FAO=23;FDP=167;FR=.;FRO=144;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=57;FWDB=-0.0144612;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.644;QD=2.50244;RBI=0.0273183;REFB=-0.00347725;REVB=-0.0231768;RO=142;SAF=12;SAR=11;SRF=85;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985089;STB=0.571593;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0217246;OID=.;OPOS=105415433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:142:144:23:23:0.137725:11:12:85:57:11:12:87:57 chr14 105415469 . T C 1355.17 PASS AF=0.722973;AO=107;DP=149;FAO=107;FDP=148;FR=.;FRO=41;FSAF=73;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0499967;FXX=0.00671096;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9854;QD=36.6263;RBI=0.0505162;REFB=0.00999151;REVB=-0.00722652;RO=41;SAF=73;SAR=34;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425048;STB=0.522768;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0065097;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:41:41:107:107:0.722973:34:73:25:16:34:73:25:16 chr14 105415497 . T C 290.89 PASS AF=0.29771;AO=39;DP=131;FAO=39;FDP=131;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=68;FSRR=24;FWDB=0.0101211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.453;QD=8.88225;RBI=0.0233873;REFB=-0.0078577;REVB=0.0210838;RO=92;SAF=24;SAR=15;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16525;STB=0.59581;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0244492;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:92:39:39:0.29771:15:24:68:24:15:24:68:24 chr14 105415577 . G A 254.34 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.0241176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9402;QD=13.0431;RBI=0.0509392;REFB=-0.00939591;REVB=0.044868;RO=47;SAF=22;SAR=8;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687122;STB=0.53486;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0242437;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:48:30:30:0.384615:8:22:32:15:8:22:33:15 chr14 105415587 . G A 174.72 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=68;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0191791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.274;QD=9.98408;RBI=0.0215094;REFB=-0.0106617;REVB=-0.00973748;RO=45;SAF=15;SAR=7;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935801;STB=0.50515;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0114957;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:45:47:22:23:0.328571:7:15:31:14:7:16:33:14 chr14 105415607 . C G 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0131884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.046;QD=7.1245;RBI=0.0135894;REFB=-0.0182629;REVB=-0.00327711;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195539;STB=0.606776;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0247479;OID=.;OPOS=105415607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:39:41:14:14:0.254545:4:10:22:17:4:10:24:17 chr14 105415608 . G C 208.89 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0214277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.748;QD=15.4729;RBI=0.0273669;REFB=-0.0564085;REVB=0.0170234;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168925;STB=0.570698;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0328883;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:22:24:0.444444:11:11:20:10:11:13:20:10 chr14 105415659 . G A 229.95 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000835924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1547;QD=22.4346;RBI=0.0335513;REFB=0.00124735;REVB=0.0335409;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423572;STB=0.533303;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000213496;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:11:10:10:9:12:10:10:9 chr14 105416010 . T C 328.01 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00361507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.863;QD=30.5125;RBI=0.0203328;REFB=-0.0139785;REVB=-0.0200089;RO=15;SAF=19;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145073;STB=0.579833;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00659974;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:9:19:7:8:9:19:7:8 chr14 105416087 . C T 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0398675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5855;QD=24.2677;RBI=0.0556648;REFB=-0.00910371;REVB=0.0388479;RO=20;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499894;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:22:33:33:0.6:21:12:6:14:21:12:8:14 chr14 105416220 . T A 372.07 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00621401;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.724;QD=30.3727;RBI=0.0324703;REFB=0.00145934;REVB=0.0318702;RO=18;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638307;STB=0.534984;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0013469;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:18:31:31:0.632653:15:16:11:7:15:16:11:7 chr14 105416230 . A G 346.12 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.125596;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6785;QD=24.2894;RBI=0.126189;REFB=-0.0377839;REVB=-0.0122179;RO=22;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1289;STB=0.562778;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0260229;OID=.;OPOS=105416230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:22:34:35:0.614035:20:14:13:9:20:15:13:9 chr14 105416685 . C G 682.22 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00615706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8634;QD=31.731;RBI=0.0796584;REFB=-0.00317637;REVB=-0.0794201;RO=28;SAF=24;SAR=34;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311439;STB=0.516839;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000924158;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:34:24:13:15:34:24:13:15 chr14 105416784 . A G 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0004479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1345;QD=22.3337;RBI=0.0145968;REFB=0.0075329;REVB=0.0145899;RO=36;SAF=15;SAR=28;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198862;STB=0.609748;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00924578;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:28:15:21:15:28:15:21:15 chr14 105416823 . G A 309.65 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0414978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5;QD=16.738;RBI=0.0435525;REFB=-0.0358329;REVB=0.0132191;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219598;STB=0.622573;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0242324;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:28:12:18:16:28:12 chr14 105416872 . T C 83.05 PASS AF=0.222222;AO=13;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0280589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0418;QD=6.1515;RBI=0.052919;REFB=-0.00909482;REVB=-0.0448678;RO=41;SAF=9;SAR=4;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096183;STB=0.512175;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0212498;OID=.;OPOS=105416872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:54:41:42:13:12:0.222222:4:9:31:10:3:9:31:11 chr14 105416958 . C CG 31.81 PASS AF=0.365385;AO=9;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0226721;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.5459;QD=2.44656;RBI=0.0655769;REFB=-0.0194017;REVB=-0.0615329;RO=44;SAF=8;SAR=1;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406355;STB=0.599474;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.0572502;OID=.;OPOS=105416959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:9:53:19:52:33:11:8:24:9:31:44:8:1:28:16 chr14 105416959 . A G 176.31 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0160673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2022;QD=13.3063;RBI=0.0853526;REFB=-0.00210989;REVB=-0.0838266;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.565756;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000184962;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:8:13:23:9:8:13:23:9 chr14 105416971 . T G 274.43 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00848591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.468;QD=19.9584;RBI=0.00886558;REFB=-0.0200618;REVB=0.00256667;RO=26;SAF=20;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712395;STB=0.539745;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0170596;OID=.;OPOS=105416971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:9:20:16:10:9:20:16:10 chr14 105417102 . T C 404.03 PASS AF=0.632353;AO=36;DP=61;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0313258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.376;QD=23.7666;RBI=0.0318681;REFB=-0.0275476;REVB=0.0058542;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.530712;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.015401;OID=.;OPOS=105417102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:68:25:25:36:43:0.632353:19:17:16:9:19:24:16:9 chr14 105417147 . A G 497.51 PASS AF=0.647887;AO=45;DP=70;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.00271544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.479;QD=28.0287;RBI=0.0111668;REFB=-0.0105033;REVB=0.0108316;RO=25;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194437;STB=0.600982;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00610256;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:25:45:46:0.647887:20:25:21:4:20:26:21:4 chr14 105417765 . AG CA 216.06 PASS AF=0.5;AO=27;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00901993;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.197;QD=14.404;RBI=0.0425935;REFB=-0.0407919;REVB=0.0416275;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329533;STB=0.516693;STBP=0.774;TYPE=mnp;VARB=0.0410353;OID=.;OPOS=105417765;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:27:30:0.5:13:14:14:15:14:16:15:15 chr14 105417768 . C A 274.43 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00150794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.131;QD=18.2953;RBI=0.00151135;REFB=-0.01648;REVB=0.000101401;RO=30;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298875;STB=0.516693;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0123899;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:14:16:15:15:14:16:15:15 chr14 105417774 . G A 274.35 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0108606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.511;QD=17.9898;RBI=0.0115959;REFB=-0.0167599;REVB=0.00406363;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445914;STB=0.508766;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00544082;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:14:16:14:15:14:16:16:15 chr14 105417837 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00544321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.788;QD=19.7623;RBI=0.0168104;REFB=-0.0295069;REVB=0.0159047;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305598;STB=0.517227;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0235664;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:16:9:9:14:16:9 chr14 105417894 . C G 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0353676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.11;QD=27.2645;RBI=0.035369;REFB=0.0087885;REVB=-0.000308428;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209;STB=0.614876;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00209191;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:11:2:10:12:11:2 chr14 105418194 . A G 451.41 PASS AF=0.614286;AO=42;DP=69;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0244162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.604;QD=25.7946;RBI=0.0287111;REFB=-0.00354423;REVB=-0.0151054;RO=27;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379331;STB=0.502658;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00201499;OID=.;OPOS=105418194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:27:27:42:43:0.614286:22:20:13:14:22:21:13:14 chr14 105418234 . GA AT 32.48 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=75;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0820855;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.415;QD=1.56538;RBI=0.0953968;REFB=-0.0051922;REVB=-0.0486058;RO=40;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153626;STB=0.578123;STBP=0.689;TYPE=mnp;VARB=0.0422905;OID=.;OPOS=105418234;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:83:83:40:75:8:8:0.0963855:4:4:15:25:4:4:44:31 chr14 105418260 . T A 34.29 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00289847;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.911;QD=1.75846;RBI=0.00580141;REFB=0.000134606;REVB=0.00502546;RO=70;SAF=4;SAR=4;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169992;STB=0.627906;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000978065;OID=.;OPOS=105418260;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:78:70:70:8:8:0.102564:4:4:45:25:4:4:45:25 chr14 105418264 . G A 541.18 PASS AF=0.690141;AO=46;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0029683;FXX=0.0533262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.015;QD=30.4888;RBI=0.00810179;REFB=-0.00849312;REVB=-0.00753845;RO=22;SAF=27;SAR=19;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087916;STB=0.538162;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00706928;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:22:46:49:0.690141:19:27:16:6:19:30:16:6 chr14 105418344 . T G 426.24 PASS AF=0.677966;AO=38;DP=57;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0175437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3624;QD=28.8977;RBI=0.0412068;REFB=-0.0183938;REVB=0.0372856;RO=19;SAF=23;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512141;STB=0.528557;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.019752;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:19:19:38:40:0.677966:15:23:13:6:16:24:13:6 chr14 105418391 . C T 321.26 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0368967;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.266;QD=27.3409;RBI=0.0463512;REFB=-0.0577819;REVB=0.0280546;RO=17;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534648;STB=0.524982;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0393218;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:17:19:28:28:0.595745:12:16:11:6:12:16:12:7 chr14 105418502 . G T 84.93 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00205156;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.954;QD=9.43684;RBI=0.00984772;REFB=-0.0104058;REVB=0.00963165;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744983;STB=0.545372;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.014232;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:38:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:12:13:5:6:12:13 chr14 105418504 . G T 171.07 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00543358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.887;QD=17.5452;RBI=0.0102187;REFB=-0.00341514;REVB=0.00865438;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224476;STB=0.512806;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00890633;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:10:11:9:9:10:11 chr14 105418521 . G C 152.94 PASS AF=0.382979;AO=12;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0308494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9218;QD=13.016;RBI=0.0426959;REFB=-0.0264942;REVB=0.0295171;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179546;STB=0.544974;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0257222;OID=.;OPOS=105418521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:12:18:0.382979:4:8:15:14:10:8:15:14 chr14 105418638 . A G 413.43 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=67;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0027946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.599;QD=24.3196;RBI=0.0288626;REFB=-0.0237372;REVB=0.028727;RO=28;SAF=33;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204094;STB=0.591878;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0158551;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:28:28:39:40:0.588235:6:33:19:9:7:33:19:9 chr14 105419234 . T C 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000203388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7437;QD=25.8113;RBI=0.0313821;REFB=0.0138789;REVB=-0.0313814;RO=25;SAF=29;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165227;STB=0.59074;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.012047;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:11:29:13:12:11:29:13:12 chr14 105419557 . G A 348.63 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0133962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.068;QD=33.2032;RBI=0.0145295;REFB=-0.00514421;REVB=0.0056257;RO=12;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674328;STB=0.52666;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00154139;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:12:13:29:29:0.690476:18:11:6:6:18:11:6:7 chr14 105419559 . A G 157.55 PASS AF=0.904762;AO=32;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0315743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4111;QD=15.005;RBI=0.285643;REFB=-0.0776163;REVB=0.283892;RO=10;SAF=13;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284629;STB=0.566631;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.230907;OID=.;OPOS=105419559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:42:42:10:4:32:38:0.904762:19:13:4:6:25:13:4:0 chr14 105419568 . A G 448.54 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0441542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.558;QD=42.718;RBI=0.0807687;REFB=-0.00435847;REVB=-0.0676313;RO=8;SAF=18;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983694;STB=0.553042;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00203104;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:8:8:34:34:0.809524:16:18:2:6:16:18:2:6 chr14 105420215 . T C 297.19 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0162322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.853;QD=18.2888;RBI=0.0245119;REFB=-0.0157039;REVB=0.0183671;RO=32;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507242;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.019908;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:17:15:15:17:17:15:15:18 chr14 105608921 . G GT,T 283.43 PASS AF=0.954545,0.030303;AO=37,5;DP=71;FAO=63,2;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=41,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.152994,0.00134085;FXX=0;HRUN=7,2;LEN=1,1;MLLD=6.61937,34.3632;QD=17.1774;RBI=0.155028,0.045789;REFB=0.13768,0.0613131;REVB=-0.0250308,-0.0457694;RO=21;SAF=19,5;SAR=18,0;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133937,0.624478;STB=0.511108,0.993266;STBP=0.271,0.227;TYPE=ins,snp;VARB=0.0362708,-0.0299167;OID=.,.;OPOS=105608922,105608921;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:71:66:21:1:37,5:63,2:0.954545,0.030303:18,0:19,5:15:6:22,0:41,2:0:1 chr14 105609335 . A G 676.74 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.375;QD=60.1548;RBI=0.0343664;REFB=0.0961992;REVB=-0.0311811;RO=1;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323574;STB=0.517233;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00113122;OID=.;OPOS=105609335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:14:29:0:1:14:30:0:1 chr14 105611282 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.627;QD=61.5362;RBI=0.0181975;REFB=0;REVB=0.0179847;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26485e-05;OID=.;OPOS=105611282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr14 105615648 . C T 1569.81 PASS AF=0.964286;AO=109;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0325051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.875;QD=56.0647;RBI=0.0349946;REFB=0.0179077;REVB=-0.012963;RO=3;SAF=49;SAR=60;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111338;STB=0.501667;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.000357983;OID=.;OPOS=105615648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:112:112:3:4:109:108:0.964286:60:49:2:1:59:49:2:2 chr14 105643619 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.091;QD=55.0987;RBI=0.0370251;REFB=0;REVB=0.0266274;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129933;OID=.;OPOS=105643619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr14 105643652 . A C 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8376;QD=47.8125;RBI=0.0897245;REFB=0;REVB=0.0797307;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297534;OID=.;OPOS=105643652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr14 105722726 . T C 191.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=38;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0224791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.07;QD=18.2341;RBI=0.0251422;REFB=-0.0446759;REVB=0.0112613;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302852;STB=0.645036;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0459114;OID=.;OPOS=105722726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:18:21:17:21:0.5:7:10:16:2:10:11:17:4 chr14 105916420 . C T 1272.34 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0250027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3491;QD=57.184;RBI=0.0544661;REFB=-0.0680023;REVB=0.0483882;RO=4;SAF=46;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257557;STB=0.513144;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00131752;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:89:4:4:84:85:0.955056:38:46:1:3:39:46:1:3 chr14 105930406 . G A 510.3 PASS AF=0.6;AO=46;DP=78;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0299515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.204;QD=25.5152;RBI=0.0312064;REFB=-0.0431058;REVB=-0.00876057;RO=31;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276536;STB=0.512734;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0310071;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:31:32:46:48:0.6:21:25:18:13:21:27:19:13 chr14 105935824 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.946;QD=62.6701;RBI=0.0498425;REFB=0;REVB=0.0379202;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306147;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr14 105953595 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.264;QD=49.5985;RBI=0.0709752;REFB=0;REVB=-0.0503346;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011252;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 105962234 . T C 1457.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306863;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.015;QD=63.3619;RBI=0.0334638;REFB=0;REVB=-0.0133484;RO=0;SAF=71;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52407e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:20:71:0:0:20:72:0:0 chr14 105962369 . A G 1381.32 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.201;QD=62.7873;RBI=0.00228121;REFB=0;REVB=-0.000310373;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10328e-06;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr14 105963700 . C T 103.35 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0114962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.355;QD=9.84274;RBI=0.0828227;REFB=-0.0353227;REVB=-0.0820209;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283427;STB=0.671373;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0699894;OID=.;OPOS=105963700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:16:13:9:4:16:13 chr14 105996341 . C G 79.87 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0202818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.787;QD=17.7489;RBI=0.0411711;REFB=-0.0370946;REVB=0.0358289;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.538383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0223215;OID=.;OPOS=105996341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:3:6:5:3:3:7:5:3 chr14 106053430 . A G 2008.42 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00314298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.686;QD=62.2765;RBI=0.0566412;REFB=0;REVB=-0.056554;RO=0;SAF=81;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.23037e-05;OID=.;OPOS=106053430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:48:81:0:0:48:81:0:0 chr14 106053559 . A G 190.99 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.265;QD=47.7486;RBI=0.0212695;REFB=0;REVB=0.0212121;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252269;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr14 106066454 . T C 2290.1 PASS AF=0.979866;AO=146;DP=150;FAO=146;FDP=149;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00897362;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.306;QD=61.4793;RBI=0.0284157;REFB=-0.0705928;REVB=0.0269615;RO=1;SAF=84;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562843;STB=0.504978;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000420797;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:150:149:1:3:146:146:0.979866:62:84:1:0:62:84:1:2 chr14 106090927 . G T 7599.38 PASS AF=1;AO=473;DP=473;FAO=478;FDP=478;FR=.;FRO=0;FSAF=276;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448231;FXX=0.00623688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.981;QD=63.5931;RBI=0.0448703;REFB=0;REVB=-0.00205608;RO=0;SAF=275;SAR=198;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30571e-07;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:473:478:0:0:473:478:1:198:275:0:0:202:276:0:0 chr14 106091555 . C T 308.69 PASS AF=0.447368;AO=25;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00848195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6349;QD=16.2469;RBI=0.0109862;REFB=-0.0136122;REVB=0.00698228;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161389;STB=0.607301;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.028671;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:42:25:34:0.447368:10:15:24:8:18:16:28:14 chr14 106091697 . T C 410.75 PASS AF=0.512821;AO=37;DP=87;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00638038;FXX=0.142841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3593;QD=21.0639;RBI=0.0306372;REFB=-0.0352959;REVB=0.0299654;RO=31;SAF=29;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212186;STB=0.613576;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0284218;OID=.;OPOS=106091697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:78:31:38:37:40:0.512821:8:29:18:13:10:30:21:17 chr14 106092152 . G A 365.95 PASS AF=0.187845;AO=67;DP=363;FAO=68;FDP=362;FR=.;FRO=294;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=164;FSRR=130;FWDB=-0.00954111;FXX=0.00549435;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.686;QD=4.04361;RBI=0.00985296;REFB=-0.0034444;REVB=-0.00245927;RO=290;SAF=42;SAR=25;SRF=160;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10034;STB=0.550203;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0137238;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:362:290:294:67:68:0.187845:25:42:160:130:26:42:164:130 chr14 106092215 . G A 398.01 PASS AF=0.277228;AO=55;DP=203;FAO=56;FDP=202;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=98;FWDB=0.041191;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1121;QD=7.88141;RBI=0.0647975;REFB=-0.0127755;REVB=0.0500202;RO=147;SAF=17;SAR=38;SRF=49;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343331;STB=0.521168;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0419242;OID=.;OPOS=106092215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:202:147:146:55:56:0.277228:38:17:49:98:39:17:48:98 chr14 106092347 . G A 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.00776759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.101;QD=11.0016;RBI=0.0182569;REFB=-0.0378142;REVB=0.0165221;RO=52;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108349;STB=0.553535;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0799302;OID=.;OPOS=106092347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:54:28:28:0.341463:20:8:11:41:20:8:12:42 chr14 106092383 . C G 349.43 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.0335756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3731;QD=17.6924;RBI=0.0340044;REFB=-0.0237717;REVB=0.00538305;RO=42;SAF=9;SAR=28;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667252;STB=0.503729;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0113866;OID=.;OPOS=106092383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:28:9:10:32:28:9:10:32 chr14 106109573 . T C 553.1 PASS AF=0.716418;AO=48;DP=67;FAO=48;FDP=67;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0420449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.79;QD=33.0208;RBI=0.0482293;REFB=-0.00533729;REVB=0.0236282;RO=19;SAF=38;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152113;STB=0.582586;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00353541;OID=.;OPOS=106109573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:19:19:48:48:0.716418:10:38:11:8:10:38:11:8 chr14 106109752 . A C 2315.47 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603389;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0987;QD=63.8752;RBI=0.0605739;REFB=0;REVB=0.00533074;RO=0;SAF=93;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235145;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:144:145:1:51:93:0:0:51:94:0:0 chr14 106110057 . G A 1554.35 PASS AF=0.368526;AO=182;DP=498;FAO=185;FDP=502;FR=.;FRO=317;FSAF=95;FSAR=90;FSRF=173;FSRR=144;FWDB=0.0236822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1831;QD=12.3853;RBI=0.0236977;REFB=-0.0149605;REVB=-0.000855905;RO=312;SAF=93;SAR=89;SRF=168;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308122;STB=0.520386;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0304021;OID=.;OPOS=106110057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:502:312:317:182:185:0.368526:89:93:168:144:90:95:173:144 chr14 106110137 . C T 352.81 PASS AF=0.210714;AO=59;DP=281;FAO=59;FDP=280;FR=.;FRO=221;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=115;FSRR=106;FWDB=0.00427714;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.025;QD=5.04015;RBI=0.0245896;REFB=-0.010004;REVB=0.0242148;RO=220;SAF=42;SAR=17;SRF=114;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259837;STB=0.659293;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0289001;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:220:221:59:59:0.210714:17:42:114:106:17:42:115:106 chr14 106110914 . G T 277.68 PASS AF=0.17377;AO=53;DP=306;FAO=53;FDP=305;FR=.;FRO=252;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=135;FSRR=117;FWDB=-0.00789012;FXX=0.00326787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.825;QD=3.64169;RBI=0.0320518;REFB=-0.0105646;REVB=-0.0310654;RO=250;SAF=23;SAR=30;SRF=134;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131567;STB=0.583641;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0457953;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:250:252:53:53:0.17377:30:23:134:116:30:23:135:117 chr14 106110966 . C T 1077.53 PASS AF=0.444444;AO=116;DP=264;FAO=116;FDP=261;FR=.;FRO=145;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=74;FSRR=71;FWDB=0.0444686;FXX=0.0113632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.67;QD=16.5139;RBI=0.0452448;REFB=-0.0236162;REVB=-0.00834488;RO=143;SAF=49;SAR=67;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953922;STB=0.549282;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0261222;OID=.;OPOS=106110966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:261:143:145:116:116:0.444444:67:49:74:69:67:49:74:71 chr14 106173790 . A G 1545.7 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8393;QD=59.45;RBI=0.0225081;REFB=0;REVB=0.00469294;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411307;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:61:42:0:0:61:43:0:0 chr14 106188230 . C A,T 719.59 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=2,44;DP=46;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896548,0.154443;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.4321,142.433;QD=62.5732;RBI=0.0897596,0.154628;REFB=0,0;REVB=-0.00433575,-0.00755406;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0630594,0.00343276;OID=.,.;OPOS=106188230,106188230;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:46:0:0:2,44:1,45:0.0217391,0.978261:1,19:1,25:0:0:1,19:0,26:0:0 chr14 106204113 . C T 2254.68 PASS AF=0.973154;AO=144;DP=148;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0291029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.024;QD=60.5283;RBI=0.0321667;REFB=-0.146713;REVB=0.0137011;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514284;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000285302;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:149:0:4:144:145:0.973154:67:77:0:0:68:77:0:4 chr14 106207843 . T C 2071.9 PASS AF=0.985294;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.447;QD=60.9382;RBI=0.0491896;REFB=-0.0471573;REVB=0.031864;RO=2;SAF=80;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281619;STB=0.501481;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0008306;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:136:2:2:134:134:0.985294:54:80:1:1:54:80:1:1 chr14 106209119 . T C 1467.95 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.205;QD=58.1368;RBI=0.0287029;REFB=0.0883224;REVB=0.00963694;RO=1;SAF=71;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166369;STB=0.508473;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000322521;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:28:71:0:1:29:71:0:1 chr14 106209340 . T C 1602.54 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932474;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.207;QD=59.908;RBI=0.0323366;REFB=0;REVB=0.0309629;RO=0;SAF=62;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75669e-05;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:45:62:0:0:45:62:0:0 chr14 106235762 . GCCCGC GCCCAT 72.12 PASS AF=0.0995025;AO=18;DP=203;FAO=20;FDP=201;FR=.,HEALED;FRO=181;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=99;FSRR=82;FWDB=-0.0190483;FXX=0.0147052;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.81;QD=1.43527;RBI=0.0203216;REFB=-0.00613344;REVB=-0.00708007;RO=142;SAF=7;SAR=11;SRF=67;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102935;STB=0.63052;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.0555035;OID=.;OPOS=106235766;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=GCCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0995025:18:203:20:201:181:8:12:99:82:71:142:7:11:67:75 chr14 106237624 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.699;QD=54.5173;RBI=0.0186795;REFB=0;REVB=0.0149359;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11225e-05;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr14 106237642 . T G 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159603;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.451;QD=53.3337;RBI=0.0160371;REFB=0;REVB=0.00156806;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9276e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr14 106303846 . C G,T 826.89 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=2,55;DP=57;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015193,0.0286929;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.75,114.617;QD=57.0266;RBI=0.0374606,0.0366122;REFB=0,0;REVB=-0.0342413,0.0227415;RO=0;SAF=1,32;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.49259e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0951682,0.000108177;OID=.,.;OPOS=106303846,106303846;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:57:58:0:0:2,55:1,57:0.0172414,0.982759:1,23:1,32:0:0:0,24:1,33:0:0 chr14 106307012 . C T 424.42 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0194635;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.29;QD=32.032;RBI=0.0196435;REFB=-0.0378637;REVB=0.00265322;RO=14;SAF=29;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239353;STB=0.642859;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00971856;OID=.;OPOS=106307012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:14:15:38:38:0.716981:9:29:5:9:9:29:5:10 chr14 106307418 . G A 492.46 PASS AF=0.257143;AO=72;DP=285;FAO=72;FDP=280;FR=.;FRO=208;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=116;FSRR=92;FWDB=-0.0144793;FXX=0.0175432;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.309;QD=7.03516;RBI=0.0177879;REFB=-0.00660158;REVB=0.0103326;RO=206;SAF=32;SAR=40;SRF=114;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135459;STB=0.583573;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0179274;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:280:206:208:72:72:0.257143:40:32:114:92:40:32:116:92 chr14 106321330 . G A 134.95 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.00238855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.722;QD=8.05653;RBI=0.0478218;REFB=-0.00932443;REVB=0.0477622;RO=48;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238885;STB=0.514373;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0271266;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:13:6:16:32:13:6:16:32 chr14 106321590 . C A 1626.63 PASS AF=0.965217;AO=111;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0179644;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.876;QD=56.5785;RBI=0.0381756;REFB=-0.0498024;REVB=0.0336846;RO=4;SAF=67;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242405;STB=0.512781;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000292411;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:115:115:4:4:111:111:0.965217:44:67:1:3:44:67:1:3 chr14 106321663 . T C 203.42 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00433616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.494;QD=8.38839;RBI=0.0249378;REFB=0.000296421;REVB=-0.024558;RO=70;SAF=19;SAR=8;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303679;STB=0.68161;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00114844;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:70:27:27:0.278351:8:19:32:38:8:19:32:38 chr14 106321913 . G A 152.62 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0328096;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.358;QD=19.0773;RBI=0.0503625;REFB=-0.0313392;REVB=0.0382087;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166872;STB=0.595118;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0332915;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:16:16:16:16:0.5:10:6:9:7:10:6:9:7 chr14 106324349 . C T 110.73 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0224761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.189;QD=17.7167;RBI=0.0279126;REFB=0.00465417;REVB=0.0165511;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.512801;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0057646;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:10:2:3:9:10:3:3:9 chr14 106329435 . T G 1141.78 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0399228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.64;QD=55.6965;RBI=0.0453912;REFB=-0.0931707;REVB=-0.0215993;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000606876;STB=0.511581;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00407904;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:82:2:4:78:78:0.95122:40:38:1:1:40:38:1:3 chr14 106329451 . GTA ACC 994.09 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101718;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.454;QD=57.6284;RBI=0.0198104;REFB=-0.0284204;REVB=0.0169997;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.511;TYPE=mnp;VARB=0.000466226;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:67:68:0.985507:36:31:0:1:36:32:0:1 chr14 106347371 . T A 3383.12 PASS AF=0.367459;AO=394;DP=1021;FAO=402;FDP=1094;FR=.;FRO=692;FSAF=175;FSAR=227;FSRF=305;FSRR=387;FWDB=-0.0455099;FXX=0.00364295;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8601;QD=12.3697;RBI=0.0460715;REFB=-0.0318897;REVB=0.0071715;RO=621;SAF=169;SAR=225;SRF=235;SRR=386;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569538;STB=0.503489;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0520329;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1021:1094:621:692:394:402:0.367459:225:169:235:386:227:175:305:387 chr14 106347420 . T C 2865.02 PASS AF=0.373602;AO=334;DP=894;FAO=334;FDP=894;FR=.;FRO=560;FSAF=144;FSAR=190;FSRF=241;FSRR=319;FWDB=-0.0177408;FXX=0.00223212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0266;QD=12.8189;RBI=0.036082;REFB=-0.0202022;REVB=0.0314193;RO=557;SAF=144;SAR=190;SRF=238;SRR=319;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00436822;STB=0.500498;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0347569;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:894:894:557:560:334:334:0.373602:190:144:238:319:190:144:241:319 chr14 106370603 . G C 1237.01 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.089996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5942;QD=58.905;RBI=0.0909993;REFB=0.0575314;REVB=0.0134751;RO=2;SAF=41;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0156712;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:41:41:1:1:41:41:1:1 chr14 106385332 . G C 2096.06 PASS AF=0.978417;AO=136;DP=139;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.020739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7251;QD=60.3181;RBI=0.0233985;REFB=-0.145464;REVB=0.0108344;RO=2;SAF=66;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141858;STB=0.511109;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00238527;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:139:2:3:136:136:0.978417:70:66:2:0:70:66:3:0 chr14 106478137 . C T 575.1 PASS AF=0.387283;AO=67;DP=173;FAO=67;FDP=173;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.014466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.17;QD=13.297;RBI=0.0515225;REFB=-0.0126746;REVB=0.04945;RO=106;SAF=32;SAR=35;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075354;STB=0.54253;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0213648;OID=.;OPOS=106478137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:106:106:67:67:0.387283:35:32:58:48:35:32:58:48 chr14 106478194 . C T 1049.78 PASS AF=0.403333;AO=120;DP=309;FAO=121;FDP=300;FR=.;FRO=179;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=101;FSRR=78;FWDB=0.0141535;FXX=0.0291253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8524;QD=13.997;RBI=0.0935804;REFB=-0.0396341;REVB=-0.0925038;RO=173;SAF=60;SAR=60;SRF=100;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825106;STB=0.535886;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0388537;OID=.;OPOS=106478194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:300:173:179:120:121:0.403333:60:60:100:73:60:61:101:78 chr14 106478311 . A ACCACTG 466.25 PASS AF=0.314136;AO=56;DP=194;FAO=60;FDP=191;FR=.;FRO=131;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0250618;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=6;MLLD=286.904;QD=9.76448;RBI=0.0257584;REFB=-0.013963;REVB=0.0059496;RO=133;SAF=27;SAR=29;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712649;STB=0.528786;STBP=0.578;TYPE=ins;VARB=0.0303888;OID=.;OPOS=106478312;OREF=-;OALT=CCACTG;OMAPALT=ACCACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314136:56:194:60:191:131:30:30:71:60:99:133:27:29:72:61 chr14 106478355 . CC GT 233.38 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0255124;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.782;QD=8.72452;RBI=0.0259075;REFB=-0.00711926;REVB=-0.00450761;RO=75;SAF=12;SAR=20;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159083;STB=0.593765;STBP=0.204;TYPE=mnp;VARB=0.0149772;OID=.;OPOS=106478355;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:20:12:38:37:20:12:38:37 chr14 106478513 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.942;QD=56.9569;RBI=0.0394747;REFB=0;REVB=0.0175335;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67437e-05;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr14 106494269 . T C 567.6 PASS AF=0.53;AO=52;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0511835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9686;QD=22.7041;RBI=0.0565623;REFB=-0.0326206;REVB=-0.0240737;RO=46;SAF=16;SAR=36;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158568;STB=0.585333;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.050466;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:46:47:52:53:0.53:36:16:22:24:36:17:23:24 chr14 106539280 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00283301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7918;QD=43.4861;RBI=0.0631867;REFB=0;REVB=-0.0631232;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243596;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr14 106552667 . A G 94.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.641;QD=37.6881;RBI=0.173394;REFB=0;REVB=0.030913;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010664;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr14 106573248 . C A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000436303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.2;QD=7.62906;RBI=0.00482266;REFB=0.000136052;REVB=0.00480288;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196171;STB=0.624665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.000274302;OID=.;OPOS=106573248;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:8:12:6:2:8:12 chr14 106573251 . G A 261.93 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0107054;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.405;QD=38.805;RBI=0.0294077;REFB=-0.043599;REVB=-0.0273899;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746254;STB=0.5406;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00599301;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:13:9:1:4:13:9:1:4 chr14 106573311 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00300676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.948;QD=21.6125;RBI=0.00342115;REFB=-0.0257269;REVB=-0.00163209;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279866;STB=0.657011;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0199624;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:15:8:16:8:15:8 chr14 106573354 . A G 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0439997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8883;QD=11.9714;RBI=0.0462571;REFB=-0.00210462;REVB=0.0142737;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183377;STB=0.628419;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0063164;OID=.;OPOS=106573354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:33:17:17:0.34:11:6:16:15:11:6:18:15 chr14 106573357 . GT TA 149.57 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.073215;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=49.8542;QD=11.9656;RBI=0.0839243;REFB=-0.0262827;REVB=-0.0410226;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200905;STB=0.628419;STBP=0.188;TYPE=mnp;VARB=0.0471627;OID=.;OPOS=106573357;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:11:6:17:15:11:6:18:15 chr14 106573364 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0247743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.089;QD=12.8731;RBI=0.0349194;REFB=-0.0292925;REVB=-0.0246089;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271155;STB=0.658058;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0270923;OID=.;OPOS=106573364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:18:14:13:6:18:14 chr14 106573662 . A G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0276919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7139;QD=13.367;RBI=0.0697394;REFB=-0.00174156;REVB=0.0640058;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.567496;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00634844;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:7:11:21:9:7:11:22:9 chr14 106586290 . C T 256.34 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00644478;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.154;QD=27.7126;RBI=0.00716265;REFB=-0.0189197;REVB=-0.00312545;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432106;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0137895;OID=.;OPOS=106586290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:23:23:0.621622:10:13:8:6:10:13:8:6 chr14 106667592 . G A 93.07 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0197139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.441;QD=9.54558;RBI=0.0433043;REFB=-0.0256459;REVB=0.0385567;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360431;STB=0.719621;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0251725;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:12:15:3:9:12:15 chr14 106667786 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0580197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.868;QD=9.91624;RBI=0.0591094;REFB=-0.00507498;REVB=0.0112977;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21557;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0149862;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:6:11:4:5:6:11 chr14 106780634 . G A 1992.56 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=130;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00536802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.914;QD=61.3097;RBI=0.0366069;REFB=-0.0576252;REVB=0.0362112;RO=1;SAF=61;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693782;STB=0.503649;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.72565e-05;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:130:1:1:129:129:0.992308:68:61:0:1:68:61:0:1 chr14 106780816 . CA C,CC 339.97 PASS AF=0.04,0.96;AO=5,21;DP=26;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107092,0.10934;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.168,185.164;QD=54.3943;RBI=0.107369,0.109525;REFB=0,0;REVB=0.00771213,0.00636021;RO=0;SAF=3,9;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0199943,0.00114982;OID=.,.;OPOS=106780817,106780817;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:5,21:26:1,24:25:0:0,11:1,13:0:0:6:0:3,9:2,12:0:0 chr14 106780956 . AG A 431.82 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.552;QD=47.9797;RBI=0.0442356;REFB=0;REVB=0.0161965;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00182426;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:36:36:36:0:8:28:0:0:8:0:8:26:0:0 chr14 106791119 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.739;QD=60.7158;RBI=0.0605749;REFB=0;REVB=0.00354326;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188053;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr14 106791200 . GC AG 705.02 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191678;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.643;QD=58.7517;RBI=0.0195831;REFB=0.0190267;REVB=0.00401123;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=mnp;VARB=-0.000572741;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:1:1:25:21:1:1 chr14 106866565 . C A 1525.46 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.58217e-05;FXX=0.0285687;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.039;QD=59.8219;RBI=0.0102231;REFB=0;REVB=0.010223;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118779;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr14 106877551 . A C 513.15 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4981;QD=55.4759;RBI=0.107556;REFB=-0.0251834;REVB=0.103444;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00105733;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:12:22:1:0:14:22:1:0 chr14 106926328 . A C 375.1 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00336523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3485;QD=27.2799;RBI=0.0384976;REFB=0.0192934;REVB=0.0383503;RO=19;SAF=8;SAR=27;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757682;STB=0.544419;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0100576;OID=.;OPOS=106926328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:19:35:36:0.654545:27:8:6:13:28:8:6:13 chr14 106926362 . C T 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-2.09621e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.692;QD=33.2006;RBI=0.00290636;REFB=-0.00513469;REVB=0.00290629;RO=13;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15442;STB=0.584805;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00199506;OID=.;OPOS=106926362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:22:7:6:7:22:7:6:7 chr14 106926388 . T C 294.11 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.03316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0899;QD=34.6012;RBI=0.0360747;REFB=-0.0280503;REVB=-0.0142054;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067278;STB=0.536812;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0295614;OID=.;OPOS=106926388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:17:8:4:5:17:8:4:5 chr14 106926456 . A C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0541679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0362;QD=11.0926;RBI=0.0822702;REFB=-0.020463;REVB=0.0619211;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0234922;OID=.;OPOS=106926456;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:3:2:4:1:4:2 chr14 106926649 . C A 139.95 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0582773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.745;QD=20.7336;RBI=0.0584576;REFB=0.00474384;REVB=0.00458854;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00278886;OID=.;OPOS=106926649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:8:4:6:9:8:4 chr14 106963101 . C T 588.47 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00990798;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.211;QD=22.6333;RBI=0.0165766;REFB=-0.00416109;REVB=0.0132897;RO=40;SAF=28;SAR=30;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245711;STB=0.530928;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00280389;OID=.;OPOS=106963101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:40:46:58:58:0.557692:30:28:18:22:30:28:19:27 chr14 106993845 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.658;QD=43.4858;RBI=0.178137;REFB=0;REVB=0.073355;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00610514;OID=.;OPOS=106993845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 106993886 . A G 260.47 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332359;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.726;QD=52.0948;RBI=0.0352835;REFB=0;REVB=0.011845;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306591;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 106993945 . T C 127.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00282483;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.259;QD=18.9438;RBI=0.0695368;REFB=-0.0379587;REVB=0.0694794;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0237654;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:6:7:8:6:6:7 chr14 106994009 . GCT TTC 206.34 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0304994;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.964;QD=25.0105;RBI=0.0334485;REFB=-0.0295633;REVB=0.0137327;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114146;STB=0.534919;STBP=0.668;TYPE=mnp;VARB=0.0219725;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:18:20:0.606061:11:7:7:6:11:9:7:6 chr14 106994015 . G A 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0251317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.299;QD=26.3116;RBI=0.0266628;REFB=-0.0915721;REVB=-0.00890531;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290777;STB=0.531219;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0170757;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:11:12:20:20:0.625:10:10:6:5:10:10:7:5 chr14 106994063 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0159095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.388;QD=28.4021;RBI=0.028802;REFB=-0.0100518;REVB=0.0240093;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575533;STB=0.531884;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00463372;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:6:15:7:4:6:15:7:4 chr14 107013129 . A C 275.62 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0781076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1702;QD=32.4258;RBI=0.084197;REFB=-0.0236833;REVB=0.0314377;RO=9;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222665;STB=0.644928;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00880413;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:9:10:24:24:0.705882:19:5:5:4:19:5:6:4 chr14 107034920 . C T 72.66 PASS AF=0.120567;AO=17;DP=141;FAO=17;FDP=141;FR=.;FRO=124;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=0.0054101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.466;QD=2.06113;RBI=0.00628614;REFB=-0.00234175;REVB=-0.003201;RO=123;SAF=7;SAR=10;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133887;STB=0.598388;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0232388;OID=.;OPOS=107034920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:141:141:123:124:17:17:0.120567:10:7:64:59:10:7:65:59 chr14 107034967 . T C 87.69 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0462694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8759;QD=4.49696;RBI=0.0468346;REFB=-0.00725706;REVB=-0.00725362;RO=63;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109515;STB=0.5701;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0305992;OID=.;OPOS=107034967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:7:8:39:24:7:8:39:24 chr14 107035020 . C T 96.17 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0643366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1222;QD=6.86908;RBI=0.0702661;REFB=0.00357568;REVB=0.0282511;RO=41;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425531;STB=0.536031;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00731335;OID=.;OPOS=107035020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:41:42:14:14:0.25:8:6:19:22:8:6:20:22 chr14 107048702 . G A 680.29 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251177;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.981;QD=60.4699;RBI=0.0261497;REFB=0.0776024;REVB=0.00727361;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000523826;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:1:0:22:22:1:0 chr14 107048749 . C G 652.45 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0409692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.79;QD=47.4508;RBI=0.0478143;REFB=-0.0550021;REVB=0.0246523;RO=5;SAF=28;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692867;STB=0.503691;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00469523;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:55:55:5:5:50:50:0.909091:22:28:3:2:22:28:3:2 chr14 107048885 . C T 95.01 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0522435;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.146;QD=10.2716;RBI=0.0522551;REFB=-0.0205808;REVB=-0.00110271;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216169;STB=0.627828;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0260276;OID=.;OPOS=107048885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:25:25:12:12:0.324324:5:7:19:6:5:7:19:6 chr14 107048929 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.731;QD=39.2067;RBI=0.0703202;REFB=0;REVB=-0.0429466;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161245;OID=.;OPOS=107048929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 107078567 . T C 227.75 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0110289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0322;QD=11.5319;RBI=0.0250149;REFB=-0.0316606;REVB=-0.0224523;RO=51;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508319;STB=0.529391;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0391695;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:15:13:26:25:15:13:26:25 chr14 107078790 . C T 234.21 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0176336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.616;QD=10.7685;RBI=0.0241313;REFB=-0.0248407;REVB=0.0164734;RO=56;SAF=15;SAR=14;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123465;STB=0.569331;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0489897;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:56:58:29:29:0.333333:14:15:35:21:14:15:36:22 chr14 107095326 . C T 1169.77 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.977;QD=60.7672;RBI=0.0479522;REFB=0;REVB=0.00806498;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144201;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr14 107113763 . A G 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00670298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.576;QD=5.19195;RBI=0.0203995;REFB=-0.0089787;REVB=0.0192668;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851674;STB=0.55636;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0187988;OID=.;OPOS=107113763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:13:13:3:4:13:13 chr14 107113780 . G A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0199295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.519;QD=6.31059;RBI=0.020632;REFB=-0.00194616;REVB=0.00533799;RO=34;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249127;STB=0.660047;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0136394;OID=.;OPOS=107113780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:3:7:17:17:3:7:17:17 chr14 107113785 . C T 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0491374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.388;QD=6.73532;RBI=0.0549025;REFB=-0.0131133;REVB=-0.0244907;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167378;STB=0.606103;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0751197;OID=.;OPOS=107113785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:4:7:18:18:4:7:18:18 chr14 107113846 . A T 247.69 PASS AF=0.375;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0234236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5328;QD=12.3844;RBI=0.0376028;REFB=-0.011082;REVB=-0.0294161;RO=49;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529386;STB=0.54722;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0232761;OID=.;OPOS=107113846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:50:29:30:0.375:17:12:18:31:17:13:18:32 chr14 107113851 . C T 291.85 PASS AF=0.4125;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0154764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.066;QD=14.5927;RBI=0.0155128;REFB=-0.0313243;REVB=-0.00106292;RO=47;SAF=9;SAR=23;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192322;STB=0.592626;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0354581;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:47:47:32:33:0.4125:23:9:21:26:23:10:21:26 chr14 107113855 . A G 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0167157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.178;QD=12.6275;RBI=0.0185768;REFB=-0.0152661;REVB=-0.00810465;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825343;STB=0.54722;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0164927;OID=.;OPOS=107113855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:17:13:18:32:17:13:18:32 chr14 107113858 . A G 251.44 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.00694645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.549;QD=12.4169;RBI=0.0220869;REFB=-0.021114;REVB=-0.0209661;RO=50;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597609;STB=0.539348;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0442303;OID=.;OPOS=107113858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:17:13:19:31:17:13:19:32 chr14 107113968 . C A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00988139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.87;QD=14.1389;RBI=0.0133229;REFB=-0.0362296;REVB=-0.00893637;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0441423;OID=.;OPOS=107113968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:8:12:5:9:8:12 chr14 107114009 . T C 95.67 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.133721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2777;QD=22.5108;RBI=0.137383;REFB=-0.091259;REVB=-0.0315106;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461225;STB=0.526267;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0198433;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:4:2:3:8:4:2 chr14 107114193 . A G 354.63 PASS AF=0.625;AO=29;DP=47;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0556169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.59;QD=29.5522;RBI=0.0657099;REFB=-0.00310886;REVB=0.0349936;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27346;STB=0.639253;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00169877;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:18:29:30:0.625:18:11:14:4:18:12:14:4 chr14 107131164 . A C 133.96 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0174201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.163;QD=16.2379;RBI=0.0491087;REFB=-0.0144399;REVB=0.0459152;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202191;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00817908;OID=.;OPOS=107131164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:5:10:11:6:5:10:12:6 chr14 107131410 . A G 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0769755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3491;QD=18.8177;RBI=0.0813635;REFB=0.0319302;REVB=0.0263589;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290625;STB=0.666389;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0206583;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:7:3:8:4:7:3 chr14 107170005 . T C 140.62 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0230875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.166;QD=9.37491;RBI=0.0237012;REFB=-0.010135;REVB=-0.00535846;RO=41;SAF=8;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214967;STB=0.626813;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0358431;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:11:8:25:16:11:8:25:16 chr14 107170055 . G A 567.54 PASS AF=0.710145;AO=50;DP=70;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0191165;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.904;QD=32.9007;RBI=0.0192848;REFB=-0.0155641;REVB=-0.00254157;RO=20;SAF=29;SAR=21;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431096;STB=0.527261;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00484875;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:20:20:50:49:0.710145:21:29:10:10:20:29:10:10 chr14 107170062 . A G 544.51 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=69;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0216523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6323;QD=31.5656;RBI=0.0292567;REFB=-0.0891544;REVB=-0.0196756;RO=21;SAF=27;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022039;STB=0.511922;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0360557;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:21:21:48:48:0.695652:21:27:11:10:21:27:11:10 chr14 107170077 . C T 574.89 PASS AF=0.786885;AO=48;DP=61;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.123405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2872;QD=37.6977;RBI=0.12495;REFB=-0.0540545;REVB=-0.0195842;RO=13;SAF=29;SAR=19;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583349;STB=0.531347;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0154685;OID=.;OPOS=107170077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:13:13:48:48:0.786885:19:29:6:7:19:29:6:7 chr14 107170128 . C T 495.86 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0190045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.296;QD=34.7975;RBI=0.0196183;REFB=-0.0122285;REVB=-0.00486887;RO=14;SAF=27;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272953;STB=0.514724;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00359376;OID=.;OPOS=107170128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:16:27:8:6:16:27:8:6 chr14 107170207 . C T 356.54 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0292663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0889;QD=36.568;RBI=0.0593164;REFB=0.000833639;REVB=0.0515938;RO=10;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559032;STB=0.530366;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=1.03784e-05;OID=.;OPOS=107170207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:12:17:7:3:12:17:7:3 chr14 107170219 . C G 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0157141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.592;QD=34.9991;RBI=0.0172021;REFB=-0.0363136;REVB=-0.00699848;RO=10;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377997;STB=0.520592;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0183296;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:10:17:7:3:10:17:7:3 chr14 107178832 . A G 1840.54 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9345;QD=60.3455;RBI=0.118766;REFB=-0.0870271;REVB=-0.116307;RO=1;SAF=75;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629233;STB=0.503311;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00202511;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:46:75:1:0:46:75:1:0 chr14 107178941 . T A 641.71 PASS AF=0.551724;AO=62;DP=113;FAO=64;FDP=116;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.037072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.194;QD=22.1281;RBI=0.0474372;REFB=-0.00206239;REVB=0.0295965;RO=50;SAF=26;SAR=36;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172234;STB=0.500552;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00204395;OID=.;OPOS=107178941;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:50:52:62:64:0.551724:36:26:22:28:37:27:22:30 chr14 107178965 . A C 604.12 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0262797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.707;QD=23.9255;RBI=0.0294148;REFB=-0.0256024;REVB=0.0132139;RO=42;SAF=21;SAR=37;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03513;STB=0.525674;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0147966;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:42:43:58:58:0.574257:37:21:17:25:37:21:18:25 chr14 107179013 . A G 366.76 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0343781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.05;QD=24.4508;RBI=0.0739529;REFB=0.00624059;REVB=0.0654766;RO=24;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181244;STB=0.599393;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00408874;OID=.;OPOS=107179013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:21:15:16:8:21:15:16:8 chr14 107179017 . A G 393.84 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00277689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.243;QD=25.4091;RBI=0.0135888;REFB=-0.0122191;REVB=-0.013302;RO=24;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154108;STB=0.584273;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0122512;OID=.;OPOS=107179017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:21:17:16:8:21:17:16:8 chr14 107179106 . C T 605.75 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0510491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8615;QD=27.2248;RBI=0.0510798;REFB=-0.0182966;REVB=0.001771;RO=34;SAF=23;SAR=31;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115525;STB=0.568545;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0163779;OID=.;OPOS=107179106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:35:54:54:0.606742:31:23:20:14:31:23:21:14 chr14 107211211 . G A 161.56 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0106997;FXX=0.0740466;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.466;QD=25.8491;RBI=0.0145694;REFB=0.00942193;REVB=0.0098886;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00361435;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:26:25:9:9:16:16:0.64:8:8:4:5:8:8:4:5 chr14 107283156 . AC CG,GC 279.81 PASS AF=0,0.442857;AO=3,28;DP=71;FAO=0,31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=0,23;FSAR=0,8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.00510413,0.00832497;FXX=0.0277739;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=208.748,185.635;QD=15.989;RBI=0.0698152,0.0425812;REFB=-0.0026608,-0.00437207;REVB=-0.0696284,-0.0417595;RO=37;SAF=0,23;SAR=3,5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621617,0.174798;STB=0.5,0.53486;STBP=1,0.653;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0195778;OID=.,.;OPOS=107283156,107283156;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:70:37:39:3,28:0,31:0,0.442857:3,5:0,23:26:11:0,8:0,23:27:12 chr14 107283160 . C T 267.33 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0174997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.155;QD=15.061;RBI=0.0329816;REFB=-0.008819;REVB=-0.0279561;RO=41;SAF=21;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490185;STB=0.539419;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.028208;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:40:30:31:0.43662:9:21:27:14:9:22:26:14 chr15 20170150 . C T 716.83 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173953;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.271;QD=61.007;RBI=0.0292057;REFB=-0.0779742;REVB=0.0234601;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0039529;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:28:18:0:0:28:18:0:1 chr15 20301105 . C T 1169.41 PASS AF=0.527523;AO=115;DP=218;FAO=115;FDP=218;FR=.;FRO=103;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=0.054483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1146;QD=21.4571;RBI=0.0544943;REFB=-0.0313369;REVB=0.00110761;RO=99;SAF=62;SAR=53;SRF=58;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400005;STB=0.529995;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0274692;OID=.;OPOS=20301105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:99:103:115:115:0.527523:53:62:58:41:53:62:62:41 chr15 20462585 . A G 158.07 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.0214854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.076;QD=6.51817;RBI=0.0216532;REFB=-0.00766165;REVB=-0.00269061;RO=73;SAF=11;SAR=12;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137319;STB=0.577989;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.029751;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:74:23:23:0.237113:12:11:43:30:12:11:43:31 chr15 20462603 . G T 341.42 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0237362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.862;QD=13.389;RBI=0.0359854;REFB=-0.000595404;REVB=0.0270471;RO=62;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191291;STB=0.510864;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000894609;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:18:22:33:29:18:22:33:29 chr15 20462613 . G C 84.33 PASS AF=0.15534;AO=16;DP=103;FAO=16;FDP=103;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.0131441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.669;QD=3.27484;RBI=0.0213197;REFB=-0.000526195;REVB=-0.0167857;RO=87;SAF=9;SAR=7;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572066;STB=0.538413;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00632201;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:103:103:87:87:16:16:0.15534:7:9:45:42:7:9:45:42 chr15 20476942 . C T 61.36 PASS AF=0.0873362;AO=20;DP=229;FAO=20;FDP=229;FR=.;FRO=209;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=148;FSRR=61;FWDB=-0.0424183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.093;QD=1.07173;RBI=0.107823;REFB=-0.00248417;REVB=-0.0991288;RO=209;SAF=12;SAR=8;SRF=148;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141662;STB=0.607113;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.028985;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:229:229:209:209:20:20:0.0873362:8:12:148:61:8:12:148:61 chr15 20588685 . A G 31.35 PASS AF=0.0655738;AO=11;DP=187;FAO=12;FDP=183;FR=.,HEALED;FRO=171;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=94;FSRR=77;FWDB=-0.0588683;FXX=0.0213892;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.0048;QD=0.685206;RBI=0.0651605;REFB=-0.00104108;REVB=-0.0279359;RO=129;SAF=11;SAR=0;SRF=75;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55498;STB=0.890241;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0319142;OID=.;OPOS=20588685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:187:183:129:171:11:12:0.0655738:0:11:75:54:1:11:94:77 chr15 20588705 . C A 760.53 PASS AF=0.478788;AO=78;DP=164;FAO=79;FDP=165;FR=.;FRO=86;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=0.0216725;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0641;QD=18.437;RBI=0.0500945;REFB=-0.0245015;REVB=-0.0451638;RO=81;SAF=42;SAR=36;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505441;STB=0.519995;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0244964;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:81:86:78:79:0.478788:36:42:48:33:37:42:49:37 chr15 20613928 . G A 48.72 PASS AF=0.0992366;AO=13;DP=131;FAO=13;FDP=131;FR=.;FRO=118;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0354782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7715;QD=1.48755;RBI=0.0387217;REFB=-0.00294762;REVB=-0.0155135;RO=118;SAF=3;SAR=10;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341852;STB=0.760593;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.033689;OID=.;OPOS=20613928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:131:131:118:118:13:13:0.0992366:10:3:61:57:10:3:61:57 chr15 20645751 . G A 50.14 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0149194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.28;QD=4.77542;RBI=0.0152915;REFB=-0.0115448;REVB=0.00335279;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496183;STB=0.839069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.054805;OID=.;OPOS=20645751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:7:1:17:17:7:1:17:17 chr15 20645827 . A G 126.77 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.0344961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.613;QD=8.04863;RBI=0.0359212;REFB=-0.00889213;REVB=-0.0100174;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235538;STB=0.634782;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0288833;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:45:18:18:0.285714:9:9:13:30:9:9:14:31 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=54;DP=286;LEN=4;RO=232;SAF=43;SAR=18;SRF=146;SRR=79;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:286:232:54:18:43:146:79 chr15 20874897 . A G 3224.52 PASS AF=0.674074;AO=273;DP=405;FAO=273;FDP=405;FR=.;FRO=132;FSAF=135;FSAR=138;FSRF=76;FSRR=56;FWDB=0.0310156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.755;QD=31.8471;RBI=0.0319571;REFB=-0.033927;REVB=-0.0076998;RO=131;SAF=135;SAR=138;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472564;STB=0.526468;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0164;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:405:131:132:273:273:0.674074:138:135:75:56:138:135:76:56 chr15 20874927 . T A 1990.73 PASS AF=0.537396;AO=181;DP=348;FAO=194;FDP=361;FR=.;FRO=167;FSAF=93;FSAR=101;FSRF=83;FSRR=84;FWDB=-0.00391869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.943;QD=22.0579;RBI=0.0181295;REFB=-0.010448;REVB=0.0177009;RO=166;SAF=91;SAR=90;SRF=82;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770054;STB=0.508161;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00967154;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:361:166:167:181:194:0.537396:90:91:82:84:101:93:83:84 chr15 20876452 . G A 198.16 PASS AF=0.177885;AO=37;DP=208;FAO=37;FDP=208;FR=.;FRO=171;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=78;FWDB=-0.0146076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2804;QD=3.81087;RBI=0.0307269;REFB=-0.0110265;REVB=-0.0270326;RO=171;SAF=23;SAR=14;SRF=93;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102623;STB=0.565739;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0654285;OID=.;OPOS=20876452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:171:171:37:37:0.177885:14:23:93:78:14:23:93:78 chr15 20876515 . A G 1956.78 PASS AF=0.7;AO=161;DP=230;FAO=161;FDP=230;FR=.;FRO=69;FSAF=89;FSAR=72;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0132559;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.146;QD=34.0309;RBI=0.0267566;REFB=-0.0316201;REVB=0.0232421;RO=69;SAF=89;SAR=72;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420566;STB=0.522502;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0137626;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:69:69:161:161:0.7:72:89:33:36:72:89:33:36 chr15 22016194 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00408976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.103;QD=13.2052;RBI=0.00994115;REFB=-0.0018195;REVB=-0.00906092;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00287642;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:2:4:5:1:2:4 chr15 22368855 . T C 265.72 PASS AF=0.199134;AO=46;DP=231;FAO=46;FDP=231;FR=.;FRO=185;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=98;FSRR=87;FWDB=-0.00287368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.708;QD=4.60127;RBI=0.00994323;REFB=-0.00596385;REVB=0.00951891;RO=185;SAF=24;SAR=22;SRF=98;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102978;STB=0.506412;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.025791;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:185:185:46:46:0.199134:22:24:98:87:22:24:98:87 chr15 22368862 . G A 533.41 PASS AF=0.327014;AO=69;DP=211;FAO=69;FDP=211;FR=.;FRO=142;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=74;FSRR=68;FWDB=0.0246003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6878;QD=10.112;RBI=0.0352292;REFB=-0.00662843;REVB=-0.0252175;RO=141;SAF=38;SAR=31;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304367;STB=0.520038;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0141936;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:141:142:69:69:0.327014:31:38:74:67:31:38:74:68 chr15 22368905 . G A 59.26 PASS AF=0.107914;AO=15;DP=139;FAO=15;FDP=139;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.0200117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.84;QD=1.70535;RBI=0.0220619;REFB=-0.00341576;REVB=-0.00928768;RO=124;SAF=10;SAR=5;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166503;STB=0.623594;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0351805;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:139:139:124:124:15:15:0.107914:5:10:66:58:5:10:66:58 chr15 22368957 . C T 191.28 PASS AF=0.225564;AO=30;DP=135;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=70;FSRR=33;FWDB=0.00328723;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.476;QD=5.7529;RBI=0.00396616;REFB=-0.0020689;REVB=-0.00221914;RO=103;SAF=10;SAR=20;SRF=70;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416758;STB=0.751023;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00725652;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:103:103:30:30:0.225564:20:10:70:33:20:10:70:33 chr15 22369132 . G A 65.8 PASS AF=0.123967;AO=15;DP=121;FAO=15;FDP=121;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=0.0113228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.309;QD=2.17517;RBI=0.01441;REFB=-0.00273215;REVB=-0.00891303;RO=106;SAF=8;SAR=7;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411177;STB=0.529178;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0218428;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:121:121:106:106:15:15:0.123967:7:8:53:53:7:8:53:53 chr15 22369179 . A T 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0311879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.564;QD=2.04802;RBI=0.0361334;REFB=-0.00416814;REVB=-0.0182466;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340979;STB=0.745537;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0465826;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:3:6:26:44:3:6:26:44 chr15 22369248 . T C 402.76 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00204422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.623;QD=19.179;RBI=0.0104407;REFB=-0.0116852;REVB=0.0102387;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473761;STB=0.526365;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0128748;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:23:20:17:24:23:20 chr15 22369343 . C T 509.36 PASS AF=0.303571;AO=68;DP=224;FAO=68;FDP=224;FR=.;FRO=156;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=80;FWDB=-0.00298967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1701;QD=9.0957;RBI=0.0139941;REFB=-0.00227052;REVB=-0.013671;RO=156;SAF=41;SAR=27;SRF=76;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139931;STB=0.581344;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00405966;OID=.;OPOS=22369343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:156:156:68:68:0.303571:27:41:76:80:27:41:76:80 chr15 22369373 . G A 138.05 PASS AF=0.133333;AO=26;DP=236;FAO=32;FDP=240;FR=.,HEALED;FRO=208;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=106;FSRR=102;FWDB=0.0083492;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.781;QD=2.30083;RBI=0.00912322;REFB=-0.00118099;REVB=-0.00367751;RO=168;SAF=17;SAR=9;SRF=96;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10898;STB=0.545996;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00520962;OID=.;OPOS=22369373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:240:168:208:26:32:0.133333:9:17:96:72:14:18:106:102 chr15 22382728 . C T 55.34 PASS AF=0.115044;AO=13;DP=115;FAO=13;FDP=113;FR=.;FRO=100;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=0.024747;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2512;QD=1.95911;RBI=0.0785151;REFB=-0.000882097;REVB=-0.0745131;RO=102;SAF=10;SAR=3;SRF=57;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273833;STB=0.695592;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00641432;OID=.;OPOS=22382728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:115:113:102:100:13:13:0.115044:3:10:57:45:3:10:57:43 chr15 22382739 . A G 1441.23 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0136016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.324;QD=58.8259;RBI=0.0155632;REFB=0.00249499;REVB=0.00756381;RO=2;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263196;STB=0.516348;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-4.46909e-06;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:2:4:94:94:0.959184:35:59:0:2:35:59:1:3 chr15 22382821 . G C 100.73 PASS AF=0.123711;AO=24;DP=194;FAO=24;FDP=194;FR=.;FRO=170;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=106;FSRR=64;FWDB=-0.0258549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.249;QD=2.07682;RBI=0.0264586;REFB=-0.00433605;REVB=-0.00561966;RO=170;SAF=17;SAR=7;SRF=106;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117863;STB=0.583583;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0280165;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:170:170:24:24:0.123711:7:17:106:64:7:17:106:64 chr15 22382828 . C A 106.11 PASS AF=0.121495;AO=26;DP=214;FAO=26;FDP=214;FR=.;FRO=188;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=117;FSRR=71;FWDB=0.00990422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.654;QD=1.98332;RBI=0.0293104;REFB=0.000916389;REVB=0.0275863;RO=188;SAF=18;SAR=8;SRF=117;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962505;STB=0.568291;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0110123;OID=.;OPOS=22382828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:188:188:26:26:0.121495:8:18:117:71:8:18:117:71 chr15 22383064 . C A 98.03 PASS AF=0.133333;AO=22;DP=168;FAO=22;FDP=165;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.00149857;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3152;QD=2.3766;RBI=0.0428531;REFB=-0.00504735;REVB=0.0428269;RO=141;SAF=11;SAR=11;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049179;STB=0.533303;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0381552;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:168:165:141:143:22:22:0.133333:11:11:76:65:11:11:77:66 chr15 22383066 . A G 376.34 PASS AF=0.3;AO=51;DP=170;FAO=51;FDP=170;FR=.;FRO=119;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=0.00406933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0813;QD=8.85498;RBI=0.0323455;REFB=-0.00906781;REVB=0.0320885;RO=119;SAF=26;SAR=25;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235378;STB=0.513733;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0207223;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:119:119:51:51:0.3:25:26:63:56:25:26:63:56 chr15 22383189 . G A 172.83 PASS AF=0.159817;AO=35;DP=219;FAO=35;FDP=219;FR=.;FRO=184;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=110;FSRR=74;FWDB=-0.017564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.631;QD=3.15672;RBI=0.0193755;REFB=-0.000713995;REVB=0.00818007;RO=184;SAF=18;SAR=17;SRF=110;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108466;STB=0.57049;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00426777;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:184:184:35:35:0.159817:17:18:110:74:17:18:110:74 chr15 22383482 . GA G 233.61 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0115917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.596;QD=12.8006;RBI=0.0122051;REFB=-0.00733427;REVB=-0.00382056;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124576;STB=0.567977;STBP=0.41;TYPE=del;VARB=0.0117402;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.383562:28:73:28:73:45:15:13:29:16:99:43:15:13:28:15 chr15 22413700 . A G 1701.36 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00795887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7913;QD=58.6676;RBI=0.0103118;REFB=-0.0502796;REVB=0.00655659;RO=2;SAF=62;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162209;STB=0.500917;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-6.66322e-05;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:2:2:113:114:0.982759:51:62:1:1:51:63:1:1 chr15 22413954 . C T 1344.12 PASS AF=0.458065;AO=142;DP=311;FAO=142;FDP=310;FR=.;FRO=168;FSAF=90;FSAR=52;FSRF=89;FSRR=79;FWDB=0.00616679;FXX=0.00321533;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.323;QD=17.3435;RBI=0.00619353;REFB=-0.0243372;REVB=-0.000574908;RO=167;SAF=90;SAR=52;SRF=89;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102894;STB=0.558812;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.024667;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:310:167:168:142:142:0.458065:52:90:89:78:52:90:89:79 chr15 22414005 . C T 1389.81 PASS AF=0.492908;AO=139;DP=282;FAO=139;FDP=282;FR=.;FRO=143;FSAF=88;FSAR=51;FSRF=82;FSRR=61;FWDB=-0.00577516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.915;QD=19.7135;RBI=0.00723952;REFB=-0.0140271;REVB=0.00436556;RO=143;SAF=88;SAR=51;SRF=82;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582292;STB=0.532004;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0191261;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:143:143:139:139:0.492908:51:88:82:61:51:88:82:61 chr15 22414190 . T C 707.61 PASS AF=0.48366;AO=74;DP=153;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0101468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4038;QD=18.4996;RBI=0.0271406;REFB=-0.00348585;REVB=0.0251725;RO=79;SAF=41;SAR=33;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211317;STB=0.511675;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00429349;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:79:74:74:0.48366:33:41:42:37:33:41:42:37 chr15 22440297 . A G 918.89 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.465;QD=58.3424;RBI=0.0786785;REFB=0;REVB=0.0753121;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024851;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:28:31:0:0:30:33:0:0 chr15 22440322 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.606;QD=59.5017;RBI=0.0393339;REFB=0;REVB=-0.018319;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36783e-05;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr15 22440816 . A G 785.98 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=169;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0128675;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.933;QD=18.8259;RBI=0.0199994;REFB=-0.0302649;REVB=-0.0153102;RO=85;SAF=32;SAR=49;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147941;STB=0.584704;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0423656;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:167:85:86:81:81:0.48503:49:32:47:38:49:32:48:38 chr15 22448406 . G A 62.94 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0113251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.431;QD=3.26971;RBI=0.0242411;REFB=-0.00220911;REVB=0.0214331;RO=65;SAF=3;SAR=9;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170944;STB=0.61811;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0219975;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:9:3:24:41:9:3:24:41 chr15 22448435 . C T 78.1 PASS AF=0.142857;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=-0.0121004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.886;QD=2.78933;RBI=0.0297337;REFB=-0.00224441;REVB=-0.0271601;RO=96;SAF=7;SAR=9;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536969;STB=0.536568;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0152015;OID=.;OPOS=22448435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:112:96:96:16:16:0.142857:9:7:38:58:9:7:38:58 chr15 22448456 . C T 722.48 PASS AF=0.490196;AO=75;DP=153;FAO=75;FDP=153;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.00535584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8879;QD=18.8884;RBI=0.0508678;REFB=-0.0158623;REVB=-0.0505851;RO=75;SAF=33;SAR=42;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246456;STB=0.515438;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0183621;OID=.;OPOS=22448456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:75:78:75:75:0.490196:42:33:31:44:42:33:32:46 chr15 22448752 . C T 143.77 PASS AF=0.16568;AO=28;DP=170;FAO=28;FDP=169;FR=.;FRO=141;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=0.0169072;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.995;QD=3.40274;RBI=0.0440284;REFB=-0.00374614;REVB=0.0406528;RO=141;SAF=16;SAR=12;SRF=68;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114057;STB=0.568479;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0138402;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:141:141:28:28:0.16568:12:16:68:73:12:16:69:72 chr15 22709918 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00741703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.73;QD=21.8421;RBI=0.0246487;REFB=-0.038611;REVB=-0.0235063;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144764;STB=0.583085;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00800454;OID=.;OPOS=22709918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:2:0:1:5:2:0 chr15 22840279 . G T 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00321835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.08;QD=5.78799;RBI=0.00661652;REFB=-0.0114211;REVB=-0.00578106;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588231;STB=0.538351;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0331895;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:11:12:4:3:11:12 chr15 22873784 . C T 107.27 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0304577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5971;QD=4.4233;RBI=0.0531627;REFB=-0.0124672;REVB=-0.0435729;RO=78;SAF=7;SAR=11;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028099;STB=0.524406;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0433301;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:11:7:32:46:11:7:33:46 chr15 22926229 . G A 1049.59 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0224072;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2701;QD=56.7347;RBI=0.0601178;REFB=-0.000606535;REVB=-0.0557859;RO=2;SAF=54;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168714;STB=0.508926;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000144489;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:2:2:72:72:0.972973:18:54:1:1:18:54:1:1 chr15 22960868 . G C 205.67 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0186285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.273;QD=31.6409;RBI=0.0200852;REFB=-0.0221138;REVB=0.00750945;RO=7;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12882;STB=0.575139;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00882442;OID=.;OPOS=22960868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:18:19:0.730769:6:12:3:4:6:13:3:4 chr15 23006364 . GA AG,G 76.48 PASS AF=0,0.653846;AO=2,9;DP=26;FAO=0,17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0511938,0.119129;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=48.8527,9.63202;QD=11.7656;RBI=0.0524719,0.156137;REFB=0.0182302,-0.0808547;REVB=-0.0115105,0.10093;RO=12;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0.326087;SSEP=0,0;SSSB=-0.630414,-0.315875;STB=0.5,0.529377;STBP=1,0.717;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.124205;OID=.,.;OPOS=23006364,23006365;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:26:26:12:9:2,9:0,17:0,0.653846:2,6:0,3:8:4:0,9:0,8:5:4 chr15 23052632 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.417;QD=58.0606;RBI=0.0375964;REFB=0;REVB=0.0125331;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46409e-05;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr15 23059394 . C T 695.9 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00146649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6445;QD=60.5126;RBI=0.0151104;REFB=-0.13597;REVB=0.015039;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00135218;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:22:22:0:1:22:23:0:1 chr15 23098401 . C T 611.18 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0242631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.743;QD=56.8542;RBI=0.0630769;REFB=0.0150854;REVB=0.0582237;RO=2;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155033;STB=0.571391;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=4.43143e-05;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:5:35:0:2:6:35:0:2 chr15 23098449 . C T 740.85 PASS AF=0.903226;AO=56;DP=62;FAO=56;FDP=62;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0217879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.245;QD=47.7965;RBI=0.0383369;REFB=-0.0203071;REVB=0.0315438;RO=4;SAF=49;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155759;STB=0.626813;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00163437;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:62:4:6:56:56:0.903226:7:49:1:3:7:49:1:5 chr15 23158337 . G GC 1039.99 PASS AF=1;AO=14;DP=117;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144853;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.1152;QD=37.4771;RBI=0.152493;REFB=0.0200186;REVB=-0.0476645;RO=102;SAF=13;SAR=1;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00291542;OID=.;OPOS=23158338;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:117:111:111:0:55:56:0:0:20:102:13:1:45:57 chr15 23158339 . G C 1277.17 PASS AF=0.867257;AO=96;DP=111;FAO=98;FDP=113;FR=.;FRO=15;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0307454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8925;QD=45.2094;RBI=0.0456381;REFB=-0.00256882;REVB=-0.0337277;RO=14;SAF=41;SAR=55;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137507;STB=0.558364;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000224585;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:111:113:14:15:96:98:0.867257:55:41:14:0:56:42:13:2 chr15 23259835 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.075;QD=51.1841;RBI=0.0237436;REFB=0;REVB=0.0135461;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189991;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr15 23261950 . A G 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0866;QD=59.4175;RBI=0.051716;REFB=-0.0249484;REVB=-0.00916791;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0119637;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:0:1:20:22:0:1 chr15 23326356 . G C 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00679813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.723;QD=14.1941;RBI=0.0130477;REFB=-0.00276829;REVB=0.0111368;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324221;STB=0.683819;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00446538;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:23:9:14:9:23:9 chr15 23445448 . A G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0666332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2792;QD=24.8028;RBI=0.0742057;REFB=0.0449679;REVB=0.0326574;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200612;STB=0.61513;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.013745;OID=.;OPOS=23445448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:2:2:8:2:2:2 chr15 23685004 . G GCAT 88.27 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0483947;FXX=0.142789;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.052;QD=19.6156;RBI=0.054254;REFB=-0.112659;REVB=0.0245244;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.592515;STB=0.799399;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0361364;OID=.;OPOS=23685005;OREF=-;OALT=CAT;OMAPALT=GCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:10:21:10:18:8:2:8:7:1:57:11:2:8:10:1 chr15 23686598 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7933;QD=44.6895;RBI=0.133574;REFB=0;REVB=-0.127481;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00695756;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr15 23686673 . G A,C 356.03 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=24,2;DP=26;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508984,-0.00708209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.6565,89.5182;QD=52.745;RBI=0.0962954,0.0167856;REFB=0,0;REVB=0.0817445,0.0152185;RO=0;SAF=20,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.83186e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00290752,0.262663;OID=.,.;OPOS=23686673,23686673;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:26:27:0:0:24,2:24,3:0.888889,0.111111:4,0:20,2:0:0:4,1:20,2:0:0 chr15 23687214 . C G 1328.27 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6688;QD=61.7802;RBI=0.0465177;REFB=0;REVB=-0.0406738;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98915e-05;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr15 23688944 . A G 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2413;QD=60.3748;RBI=0.00600544;REFB=0;REVB=0.00335267;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02377e-06;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr15 23690543 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.492;QD=33.4285;RBI=0.0239192;REFB=0;REVB=-0.0151203;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000615769;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr15 23889033 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.955;QD=55.6552;RBI=0.0335683;REFB=0;REVB=0.027816;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366222;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr15 24921771 . G C 78.67 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0235581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8807;QD=4.91711;RBI=0.0278273;REFB=0.00582016;REVB=-0.0148113;RO=51;SAF=2;SAR=11;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583134;STB=0.868546;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0325833;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:11:2:33:18:11:2:33:18 chr15 24922230 . C G 316.57 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0343233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.039;QD=38.3715;RBI=0.0358219;REFB=-0.0558337;REVB=0.0102526;RO=6;SAF=4;SAR=22;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108608;STB=0.549959;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0166931;OID=.;OPOS=24922230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:33:6:7:26:26:0.787879:22:4:2:4:22:4:2:5 chr15 24923335 . TTG T,TT 33.4 PASS AF=0,0.394737;AO=4,7;DP=37;FAO=0,15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00632174,0.0797236;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=2,1;MLLD=15.6834,7.95286;QD=3.51585;RBI=0.273553,0.240301;REFB=-0.0141272,-0.123092;REVB=-0.27348,-0.22669;RO=16;SAF=0,1;SAR=4,6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.514563;SSEP=0,0;SSSB=-0.666655,-0.455337;STB=0.5,0.548322;STBP=1,0.659;TYPE=del,del;VARB=0.0318903,0.109474;OID=.,.;OPOS=24923336,24923337;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.394737:4,7:37:0,15:38:23:0,6:0,9:11:12:32:16:0,1:4,6:8:8 chr15 24923390 . C T 329.58 PASS AF=0.7;AO=21;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0396228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7897;QD=32.9576;RBI=0.126129;REFB=-0.0124011;REVB=0.119744;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240533;STB=0.574948;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0188194;OID=.;OPOS=24923390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:21:28:0.7:8:13:3:9:14:14:3:9 chr15 24925133 . T G 127.59 PASS AF=0.8125;AO=9;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.151471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4856;QD=31.8965;RBI=0.167747;REFB=-0.0688857;REVB=0.0720808;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.524235;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0326954;OID=.;OPOS=24925133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:5:3:9:13:0.8125:4:5:1:4:7:6:1:2 chr15 25307562 . A G 1265.3 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.437;QD=61.722;RBI=0.0324278;REFB=0;REVB=0.0188687;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24268e-05;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:36:45:0:0:36:46:0:0 chr15 25423956 . C T 534.81 PASS AF=0.701493;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0349959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.795;QD=31.9289;RBI=0.0357732;REFB=-0.0418783;REVB=0.00741709;RO=20;SAF=29;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387187;STB=0.520949;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0167148;OID=.;OPOS=25423956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:20:47:47:0.701493:18:29:11:9:18:29:11:9 chr15 25425643 . C T 767.02 PASS AF=0.673684;AO=62;DP=96;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0463391;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.111;QD=32.2956;RBI=0.0470723;REFB=-0.0354878;REVB=0.00827612;RO=30;SAF=36;SAR=26;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00864845;STB=0.504671;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0145041;OID=.;OPOS=25425643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:30:31:62:64:0.673684:26:36:17:13:28:36:17:14 chr15 25429458 . A G 489.07 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0352323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6758;QD=27.947;RBI=0.0374384;REFB=-0.00709329;REVB=0.0126617;RO=25;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192389;STB=0.596109;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00872132;OID=.;OPOS=25429458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:25:44:45:0.642857:31:13:14:11:31:14:14:11 chr15 25434642 . C T 777.08 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00190701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.237;QD=35.7279;RBI=0.0306884;REFB=-0.0324034;REVB=-0.0306291;RO=24;SAF=38;SAR=25;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326995;STB=0.517588;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0137581;OID=.;OPOS=25434642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:24:24:63:63:0.724138:25:38:13:11:25:38:13:11 chr15 25438493 . A G 1165.7 PASS AF=0.638037;AO=104;DP=163;FAO=104;FDP=163;FR=.;FRO=59;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00126737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.447;QD=28.6062;RBI=0.00307404;REFB=-0.0586551;REVB=-0.00280062;RO=59;SAF=58;SAR=46;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110823;STB=0.500598;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0261888;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:59:59:104:104:0.638037:46:58:33:26:46:58:33:26 chr15 25926179 . C T 817.6 PASS AF=0.67;AO=67;DP=100;FAO=67;FDP=100;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00645886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.72;QD=32.7039;RBI=0.0170191;REFB=-0.0245057;REVB=0.0157459;RO=33;SAF=28;SAR=39;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973801;STB=0.552592;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0101559;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:33:33:67:67:0.67:39:28:19:14:39:28:19:14 chr15 25926186 . G A 720.1 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0118872;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.717;QD=30.32;RBI=0.0160944;REFB=-0.00276179;REVB=0.01085;RO=33;SAF=25;SAR=36;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128102;STB=0.564439;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00107237;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:33:34:61:61:0.642105:36:25:20:13:36:25:20:14 chr15 25953377 . C T 163.83 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00380465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.742;QD=9.36176;RBI=0.0144972;REFB=-0.00652498;REVB=-0.0139891;RO=48;SAF=17;SAR=5;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233054;STB=0.63936;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0166141;OID=.;OPOS=25953377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:5:17:29:19:5:17:29:19 chr15 25953419 . CT C 58.99 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.020202;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.15808;QD=4.81517;RBI=0.156328;REFB=-0.0736711;REVB=0.155018;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148439;STB=0.531887;STBP=0.691;TYPE=del;VARB=0.126574;OID=.;OPOS=25953420;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:20:49:23:49:26:12:11:12:14:58:23:11:9:9:14 chr15 25961964 . A G 1116.95 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.129;QD=60.3754;RBI=0.0261675;REFB=0;REVB=0.0241002;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55036e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:31:41:0:0:31:43:0:0 chr15 26063160 . CTTA C 84.41 PASS AF=0.221154;AO=22;DP=105;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-9.43708e-05;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=3;MLLD=218.44;QD=3.24653;RBI=0.0178843;REFB=-0.00300258;REVB=-0.017884;RO=80;SAF=12;SAR=10;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728641;STB=0.574581;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.0104144;OID=.;OPOS=26063161;OREF=TTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221154:22:105:23:104:81:13:10:38:43:84:80:12:10:39:41 chr15 26327462 . T G 296.81 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00727787;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.404;QD=23.7444;RBI=0.0147547;REFB=-0.015022;REVB=0.0128348;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129252;STB=0.57138;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00968108;OID=.;OPOS=26327462;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:13:16:8:13:13:16:8:13 chr15 26327466 . C T 318.85 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0132802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.768;QD=26.5705;RBI=0.0473523;REFB=-0.0185034;REVB=-0.0454519;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160028;STB=0.576869;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00882605;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:20:28:28:0.583333:13:15:6:13:13:15:7:13 chr15 27017536 . G A 1418.38 PASS AF=0.77305;AO=109;DP=141;FAO=109;FDP=141;FR=.;FRO=32;FSAF=76;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0161647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.741;QD=40.2377;RBI=0.0212065;REFB=-0.0351224;REVB=0.0137266;RO=32;SAF=76;SAR=33;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109639;STB=0.558566;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0108777;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:32:32:109:109:0.77305:33:76:15:17:33:76:15:17 chr15 27018797 . G A 418.05 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0144797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.807;QD=19.9069;RBI=0.0150823;REFB=-0.0228712;REVB=-0.00422074;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064762;STB=0.535901;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0234176;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:20:22:25:17:20:22:25:17 chr15 27128383 . A ACG 30.21 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0556252;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=2;MLLD=93.8783;QD=2.32378;RBI=0.0593035;REFB=-0.00908697;REVB=-0.0205606;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552386;STB=0.85975;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.220033;OID=.;OPOS=27128384;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134615:7:54:7:52:45:2:5:35:10:30:41:2:5:32:9 chr15 27182357 . T C 1103.7 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163708;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.074;QD=58.8641;RBI=0.0279527;REFB=-0.144287;REVB=0.0226573;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000381925;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:33:41:0:0:33:41:0:1 chr15 27216746 . C T 95.76 PASS AF=0.6875;AO=7;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0472997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2781;QD=23.9412;RBI=0.116556;REFB=-0.0436333;REVB=0.106527;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394184;STB=0.691974;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0152812;OID=.;OPOS=27216746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:7:11:0.6875:4:3:5:0:7:4:5:0 chr15 27516740 . GAGTC G 267.47 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00297097;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.94;QD=26.0948;RBI=0.0134348;REFB=-0.0287684;REVB=-0.0131022;RO=18;SAF=18;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223202;STB=0.638116;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.0200429;OID=.;OPOS=27516741;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:23:44:24:41:17:19:5:9:8:99:18:18:5:10:8 chr15 27772676 . C T 1104.5 PASS AF=0.691729;AO=92;DP=133;FAO=92;FDP=133;FR=.;FRO=41;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0150192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.921;QD=33.2182;RBI=0.0208214;REFB=-0.0187443;REVB=0.0144205;RO=39;SAF=62;SAR=30;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127346;STB=0.562419;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0112882;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:39:41:92:92:0.691729:30:62:18:21:30:62:20:21 chr15 28090173 . C T 1306.44 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.751;QD=60.7647;RBI=0.0408716;REFB=-0.167444;REVB=0.0213752;RO=1;SAF=56;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083854;STB=0.504424;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000442636;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:86:1:1:85:85:0.988372:29:56:1:0:29:56:1:0 chr15 28197037 . T C 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00188867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.436;QD=22.0718;RBI=0.00570521;REFB=-0.0252728;REVB=-0.00538353;RO=23;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013118;STB=0.515429;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.026252;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:31:31:0.563636:14:17:13:10:14:17:14:10 chr15 28231793 . T C,G 1281.84 PASS AF=0.952941,0.0470588;AO=80,4;DP=84;FAO=81,4;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=40,4;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104448,0.00432737;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.917,187.916;QD=60.3219;RBI=0.0238201,0.0242036;REFB=0,0;REVB=0.0214079,-0.0238136;RO=0;SAF=40,4;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00253801,-0.0115245;OID=.,.;OPOS=28231793,28231793;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:84:85:0:0:80,4:81,4:0.952941,0.0470588:40,0:40,4:0:0:41,0:40,4:0:0 chr15 28235773 . C T 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00172128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.096;QD=7.8106;RBI=0.00179827;REFB=-0.00869847;REVB=-0.000520581;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192964;STB=0.511616;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0229711;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:10:9:24:25:10:9:24:25 chr15 28259993 . C T 351.29 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0313482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.414;QD=18.0148;RBI=0.0317069;REFB=-0.0197677;REVB=-0.00475579;RO=41;SAF=20;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267692;STB=0.514954;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0195231;OID=.;OPOS=28259993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:17:20:21:20:17:20:21:20 chr15 28362459 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00120883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.919;QD=58.587;RBI=0.0115514;REFB=0;REVB=0.011488;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15836e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr15 28414665 . T C 1549.01 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3507;QD=63.8768;RBI=0.10385;REFB=0;REVB=0.0933766;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530592;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr15 28419587 . G A 409.47 PASS AF=0.278846;AO=58;DP=199;FAO=58;FDP=208;FR=.;FRO=150;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=77;FSRR=73;FWDB=-0.00701307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.54;QD=7.87437;RBI=0.0507289;REFB=-0.0162137;REVB=-0.0502418;RO=140;SAF=32;SAR=26;SRF=76;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108237;STB=0.527814;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0401309;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:208:140:150:58:58:0.278846:26:32:76:64:26:32:77:73 chr15 28419746 . G A 1084.46 PASS AF=0.566667;AO=100;DP=179;FAO=102;FDP=180;FR=.;FRO=78;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=0.0627041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.459;QD=24.0991;RBI=0.0633504;REFB=-0.0233372;REVB=0.00902583;RO=76;SAF=45;SAR=55;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503441;STB=0.522604;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0183367;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:76:78:100:102:0.566667:55:45:39:37:55:47:40:38 chr15 28422609 . C T 995.13 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177259;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.043;QD=58.5373;RBI=0.052381;REFB=0;REVB=0.0492906;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298775;OID=.;OPOS=28422609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:16:50:0:0:16:52:0:0 chr15 28447562 . A G 43.92 PASS AF=0.21875;AO=5;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.143732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5964;QD=5.49051;RBI=0.152155;REFB=0.0214749;REVB=-0.049924;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617536;STB=0.531822;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0944356;OID=.;OPOS=28447562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:20:25:5:7:0.21875:2:3:13:7:2:5:17:8 chr15 28517436 . T C 936.15 PASS AF=0.526012;AO=91;DP=176;FAO=91;FDP=173;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.04672;FXX=0.0225976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.773;QD=21.645;RBI=0.0476424;REFB=-0.0129571;REVB=-0.00932953;RO=78;SAF=40;SAR=51;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11589;STB=0.563272;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00723816;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:78:82:91:91:0.526012:51:40:45:33:51:40:47:35 chr15 28517454 . G T 180.02 PASS AF=0.180328;AO=33;DP=183;FAO=33;FDP=183;FR=.;FRO=150;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=81;FWDB=0.0050264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.247;QD=3.93483;RBI=0.0125623;REFB=-0.0048848;REVB=-0.0115129;RO=150;SAF=19;SAR=14;SRF=69;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147994;STB=0.59428;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0233086;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:150:150:33:33:0.180328:14:19:69:81:14:19:69:81 chr15 28953403 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.769;QD=33.4285;RBI=0.0203107;REFB=0;REVB=-0.00552436;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345729;OID=.;OPOS=28953403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr15 28953412 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9017;QD=33.4284;RBI=0.026223;REFB=0;REVB=0.0255013;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262656;OID=.;OPOS=28953412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr15 29347019 . T C 158.04 PASS AF=0.64;AO=17;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0260094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.431;QD=25.2871;RBI=0.0264177;REFB=-0.0503131;REVB=-0.00462654;RO=8;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554389;STB=0.559926;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0434814;OID=.;OPOS=29347019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:8:9:17:16:0.64:9:8:3:5:8:8:3:6 chr15 29394009 . C T 801.8 PASS AF=0.648649;AO=72;DP=111;FAO=72;FDP=111;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0124064;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.844;QD=28.8938;RBI=0.0124149;REFB=-0.0154353;REVB=-0.00046077;RO=39;SAF=34;SAR=38;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264199;STB=0.514282;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00878186;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:39:39:72:72:0.648649:38:34:20:19:38:34:20:19 chr15 29410238 . A G 296.75 PASS AF=0.285714;AO=40;DP=140;FAO=40;FDP=140;FR=.;FRO=100;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=63;FSRR=37;FWDB=-0.0180337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.392;QD=8.47864;RBI=0.0244587;REFB=-0.00747923;REVB=-0.0165231;RO=100;SAF=17;SAR=23;SRF=63;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244608;STB=0.643288;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0231059;OID=.;OPOS=29410238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:100:100:40:40:0.285714:23:17:63:37:23:17:63:37 chr15 29415560 . G A 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0311245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.06;QD=24.5996;RBI=0.0313059;REFB=-0.0478773;REVB=-0.00336513;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0334618;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:10:6:10:12:10:6 chr15 29415698 . A G 1277.13 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.093;QD=61.5486;RBI=0.0411232;REFB=0;REVB=0.0237622;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192936;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:39:43:0:0:39:44:0:0 chr15 29418520 . C T 389.37 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0525177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6352;QD=24.3354;RBI=0.0529991;REFB=-0.00191452;REVB=-0.00712732;RO=26;SAF=24;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101411;STB=0.555716;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00236455;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:14:24:13:13:14:24:13:13 chr15 29418573 . AT GC 327.04 PASS AF=0.62;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0051666;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=248.863;QD=26.1634;RBI=0.0182193;REFB=-0.0246746;REVB=0.0174714;RO=19;SAF=20;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491596;STB=0.527028;STBP=0.683;TYPE=mnp;VARB=0.014006;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:19:31:31:0.62:11:20:11:8:11:20:11:8 chr15 29443949 . A G 285.51 PASS AF=0.619048;AO=21;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0043772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8626;QD=27.1918;RBI=0.00830801;REFB=-0.0170804;REVB=-0.00706138;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141818;STB=0.615296;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00795536;OID=.;OPOS=29443949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:16:21:26:0.619048:10:11:5:10:10:16:5:11 chr15 30008856 . C A 976.79 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239616;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.564;QD=59.1997;RBI=0.0378894;REFB=0;REVB=0.0293504;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129462;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:34:31:0:0:35:31:0:0 chr15 30008889 . G A 1012.49 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.564;QD=57.8563;RBI=0.0376443;REFB=-0.100332;REVB=-0.0111065;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000510908;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:38:30:0:1:39:30:0:1 chr15 30515719 . A C 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0279318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.171;QD=8.1149;RBI=0.0313412;REFB=0.00665809;REVB=-0.0142157;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313834;STB=0.519203;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0218236;OID=.;OPOS=30515719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:7:7:18:20:7:7:18:20 chr15 30516461 . A C 824.89 PASS AF=0.831169;AO=56;DP=77;FAO=64;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0782464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.109;QD=42.8512;RBI=0.0821691;REFB=-0.0796554;REVB=0.0250849;RO=13;SAF=23;SAR=33;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663382;STB=0.54296;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0223204;OID=.;OPOS=30516461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:77:77:13:13:56:64:0.831169:33:23:3:10:33:31:3:10 chr15 30664453 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.361;QD=42.1826;RBI=0.0114753;REFB=0;REVB=0.00734275;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518089;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr15 31197564 . G A 201.12 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0794961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2764;QD=13.8702;RBI=0.0867001;REFB=-0.0261779;REVB=-0.0346017;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462107;STB=0.522708;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0330504;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:34:24:24:0.413793:15:9:13:18:15:9:14:20 chr15 31229420 . T C 261.02 PASS AF=0.260563;AO=37;DP=142;FAO=37;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=64;FSRR=41;FWDB=0.00996107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.044;QD=7.35278;RBI=0.0723792;REFB=-0.000126185;REVB=0.0716905;RO=105;SAF=19;SAR=18;SRF=64;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119687;STB=0.571282;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00166169;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:105:105:37:37:0.260563:18:19:64:41:18:19:64:41 chr15 31231190 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00746276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.59;QD=50.8366;RBI=0.0466814;REFB=-0.0259039;REVB=-0.046081;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0020651;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:1:0:11:14:1:0 chr15 31267123 . A T 531.77 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0668039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9411;QD=44.314;RBI=0.0748836;REFB=-0.0213467;REVB=0.0338349;RO=9;SAF=22;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765796;STB=0.541143;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0106746;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:9:9:39:39:0.8125:17:22:7:2:17:22:7:2 chr15 31267147 . C T 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0216613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.379;QD=4.55126;RBI=0.0269686;REFB=-0.00445969;REVB=-0.0160654;RO=45;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310867;STB=0.711399;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0222573;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:2:8:26:19:2:8:26:19 chr15 31294654 . C T 33.09 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0547398;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.98;QD=13.2378;RBI=0.0551134;REFB=0.00282809;REVB=-0.00640671;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0126943;OID=.;OPOS=31294654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr15 31330280 . A G 1928.69 PASS AF=1;AO=123;DP=127;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137078;FXX=0.0312476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.99;QD=62.2158;RBI=0.0209427;REFB=0;REVB=0.0158332;RO=0;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13122e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:124:0:0:123:124:1:56:67:0:0:57:67:0:0 chr15 31342744 . C T 1000.03 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0496449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.285;QD=56.34;RBI=0.0845665;REFB=-0.122622;REVB=-0.0684608;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286275;STB=0.515147;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000902766;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:37:32:2:0:37:32:2:0 chr15 31362351 . GC G,GT 588.37 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=10,29;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580559,0.0522181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.104,234.155;QD=60.3453;RBI=0.0581141,0.0532644;REFB=0,0;REVB=0.00259904,0.0105058;RO=0;SAF=7,17;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0227447,0.00131787;OID=.,.;OPOS=31362352,31362352;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:10,29:39:1,38:39:0:1,23:0,15:0:0:4:0:7,17:3,12:0:0 chr15 31362654 . G A 229.82 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0146223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.49;QD=22.4211;RBI=0.0172894;REFB=-0.0182562;REVB=0.00922574;RO=16;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240744;STB=0.630416;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0145057;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:19:22:22:0.536585:16:6:9:7:16:6:10:9 chr15 31369123 . A G 1190.29 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.662;QD=61.0404;RBI=0.0463669;REFB=0;REVB=0.0241307;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350567;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr15 31515856 . G A 82.15 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.164388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.7425;QD=19.3285;RBI=0.171327;REFB=-0.0779877;REVB=0.0482639;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089159;STB=0.551615;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0683449;OID=.;OPOS=31515856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:5:2:2:8:5:2 chr15 31941911 . T C 353.63 PASS AF=0.805556;AO=27;DP=34;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00525166;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.889;QD=39.2917;RBI=0.0456837;REFB=-0.0667814;REVB=0.0453809;RO=6;SAF=22;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103656;STB=0.536715;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0158015;OID=.;OPOS=31941911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:34:36:6:7:27:29:0.805556:5:22:5:1:5:24:5:2 chr15 31942001 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0125447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.785;QD=13.0148;RBI=0.0248259;REFB=-0.0172737;REVB=-0.0214233;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184477;STB=0.60636;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0270252;OID=.;OPOS=31942001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:20:12:11:9:20:12 chr15 32450704 . G A 707.75 PASS AF=0.74359;AO=58;DP=78;FAO=58;FDP=78;FR=.;FRO=20;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0317249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.892;QD=36.2949;RBI=0.040148;REFB=-0.0499101;REVB=0.0246048;RO=20;SAF=41;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396192;STB=0.502129;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0188445;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:20:58:58:0.74359:17:41:14:6:17:41:14:6 chr15 32450712 . A G 220.34 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.022904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8061;QD=12.591;RBI=0.0297756;REFB=-0.0174398;REVB=-0.0190261;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152047;STB=0.590848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0397247;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:9:18:33:9:9:18:34:9 chr15 32890282 . C T 51.37 PASS AF=0.155172;AO=8;DP=56;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0115734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.657;QD=3.54254;RBI=0.0175095;REFB=-0.000698266;REVB=-0.0131392;RO=48;SAF=1;SAR=7;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528823;STB=0.88102;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0109694;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:56:58:48:49:8:9:0.155172:7:1:27:21:8:1:27:22 chr15 33010412 . G A 220.42 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0354134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6033;QD=24.4908;RBI=0.0362123;REFB=-0.0252575;REVB=0.00756427;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034374;STB=0.503975;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00911913;OID=.;OPOS=33010412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:10:11:8:6:10:11:8:7 chr15 33010736 . G A 188.69 PASS AF=0.85;AO=15;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0388868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.523;QD=37.737;RBI=0.0426825;REFB=-0.0386609;REVB=0.017596;RO=3;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108364;STB=0.538876;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00641519;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:15:17:0.85:10:5:2:1:10:7:2:1 chr15 33023670 . C T 791.28 PASS AF=0.907692;AO=59;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0087636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9519;QD=48.6943;RBI=0.0211573;REFB=-0.0590816;REVB=0.019257;RO=6;SAF=28;SAR=31;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442282;STB=0.502352;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00519686;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:65:65:6:6:59:59:0.907692:31:28:3:3:31:28:3:3 chr15 33023685 . A C 1094.66 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3131;QD=59.9811;RBI=0.0507623;REFB=0;REVB=0.0309878;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826749;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:34:39:0:0 chr15 33023689 . C A 138.21 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0299207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4489;QD=7.37112;RBI=0.0589421;REFB=-0.00961499;REVB=-0.0507831;RO=55;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027704;STB=0.516762;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0292476;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:55:55:20:20:0.266667:9:11:29:26:9:11:29:26 chr15 33023951 . T C 651.79 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0531873;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.04;QD=57.9369;RBI=0.0613639;REFB=-0.154706;REVB=0.0306046;RO=2;SAF=24;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375223;STB=0.519991;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00372425;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:42:43:0.955556:18:24:2:0:19:24:2:0 chr15 33023985 . A G 293.14 PASS AF=0.757576;AO=21;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.129906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3135;QD=35.5322;RBI=0.1694;REFB=0.00370731;REVB=0.108724;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126996;STB=0.544976;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00439443;OID=.;OPOS=33023985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:33:33:6:8:21:25:0.757576:11:10:1:5:11:14:3:5 chr15 33024767 . A G 147.24 PASS AF=0.226804;AO=22;DP=97;FAO=22;FDP=97;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=34;FWDB=-0.0519265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.108;QD=6.07177;RBI=0.0519931;REFB=-0.0156067;REVB=-0.00263034;RO=75;SAF=9;SAR=13;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171199;STB=0.605683;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0475192;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:75:75:22:22:0.226804:13:9:41:34:13:9:41:34 chr15 33025627 . C T 390.77 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0105308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.849;QD=32.5643;RBI=0.016141;REFB=0.0114875;REVB=-0.0122326;RO=16;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411631;STB=0.522458;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00585049;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:12:20:11:5:12:20:11:5 chr15 33025979 . C T 152.11 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.149923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6616;QD=30.4216;RBI=0.177542;REFB=0.0179621;REVB=-0.0951007;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216717;STB=0.620525;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0154176;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:10:5:4:1:10:5:4:1 chr15 33026667 . A T 43.38 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.037492;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5072;QD=5.59726;RBI=0.0402247;REFB=-0.0164766;REVB=-0.0145732;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132954;STB=0.555396;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0610681;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:13:11:4:3:12:12 chr15 33091079 . A G 427.6 PASS AF=0.594203;AO=40;DP=68;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0154778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.4226;QD=24.7882;RBI=0.0167532;REFB=0.000929285;REVB=0.00641153;RO=28;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118616;STB=0.568387;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0004208;OID=.;OPOS=33091079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:28:40:41:0.594203:14:26:14:14:14:27:14:14 chr15 33191023 . A G 879.74 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419517;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3248;QD=56.7576;RBI=0.0513324;REFB=0;REVB=0.0295816;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058461;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:60:62:1:23:37:0:0:25:37:0:0 chr15 33261232 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.558;QD=35.5748;RBI=0.0386832;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520296;OID=.;OPOS=33261232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr15 33359574 . C A 929.64 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4847;QD=57.2088;RBI=0.0966407;REFB=-0.0866547;REVB=-0.00412771;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00693691;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:65:1:0:62:65:1:28:34:1:0:28:37:0:0 chr15 33446258 . G A 153.61 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0375303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.316;QD=7.22862;RBI=0.0377237;REFB=-0.0103428;REVB=0.00381529;RO=62;SAF=8;SAR=14;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111279;STB=0.562442;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.022036;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:63:22:22:0.258824:14:8:28:34:14:8:28:35 chr15 33446311 . G C 123.81 PASS AF=0.231707;AO=19;DP=82;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00147298;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.118;QD=6.03969;RBI=0.00743805;REFB=-0.00745907;REVB=0.00729074;RO=63;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446141;STB=0.50276;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0236286;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:63:63:19:19:0.231707:12:7:23:40:12:7:23:40 chr15 33872177 . C T 307.83 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0342002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1003;QD=23.2328;RBI=0.0370702;REFB=-0.00858638;REVB=0.014302;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782804;STB=0.53397;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00264132;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:30:31:0.584906:12:18:11:11:13:18:11:11 chr15 33916053 . G C 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0212256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.743;QD=26.5344;RBI=0.0231566;REFB=-0.0155286;REVB=0.00925758;RO=29;SAF=28;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668604;STB=0.536511;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0092376;OID=.;OPOS=33916053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:18:28:15:14:18:28:15:14 chr15 33954652 . C T 657.47 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0409937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.62;QD=50.5749;RBI=0.0432545;REFB=-0.0911307;REVB=0.0138011;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.52054;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00193871;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:0:3:49:49:0.942308:14:35:0:0:14:35:3:0 chr15 34014753 . T C 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4831;QD=58.7788;RBI=0.0245893;REFB=0;REVB=0.0109578;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239049;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr15 34014913 . C T 82.31 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0119372;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.2;QD=6.09734;RBI=0.0145634;REFB=-0.0142822;REVB=0.00834241;RO=42;SAF=10;SAR=2;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241201;STB=0.657595;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0446046;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:54:54:42:42:12:12:0.222222:2:10:29:13:2:10:29:13 chr15 34015013 . G A 264.96 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00973147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2415;QD=27.1758;RBI=0.00997369;REFB=-0.067068;REVB=0.0021847;RO=13;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292365;STB=0.519634;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0428849;OID=.;OPOS=34015013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:24:24:0.615385:10:14:7:6:10:14:8:7 chr15 34016274 . G A 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0336257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.226;QD=3.24568;RBI=0.0353996;REFB=-0.00149354;REVB=-0.0110656;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844363;STB=0.561194;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00923577;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:21:14:2:4:21:14 chr15 34032131 . G A 189.71 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0223352;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.512;QD=13.0837;RBI=0.0262855;REFB=-0.00225102;REVB=-0.0138589;RO=34;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515487;STB=0.519067;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00545726;OID=.;OPOS=34032131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:17:6:9:25:17:6:10:25 chr15 34113010 . C T 491.2 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0232896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3436;QD=28.0684;RBI=0.0233747;REFB=-0.0174978;REVB=-0.00199307;RO=25;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135197;STB=0.566919;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00468048;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:25:44:45:0.642857:28:16:14:11:28:17:14:11 chr15 34113536 . A G 188.78 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0222528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.985;QD=11.1045;RBI=0.0374818;REFB=-0.00872802;REVB=-0.0301612;RO=45;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140316;STB=0.55339;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0207232;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:44:23:24:0.352941:8:15:24:21:9:15:24:20 chr15 34134195 . A G 72.62 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.004063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.046;QD=5.37922;RBI=0.048033;REFB=0.00147448;REVB=0.0478609;RO=43;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111746;STB=0.507233;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00462569;OID=.;OPOS=34134195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:7:4:16:27:7:4:16:27 chr15 34158266 . A G 252.13 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.0180716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.78;QD=9.98535;RBI=0.0441547;REFB=-0.0111993;REVB=0.0402872;RO=69;SAF=21;SAR=11;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600988;STB=0.535189;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0273536;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:11:21:42:27:11:21:42:27 chr15 34158529 . G C 346.87 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0815534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1592;QD=33.8409;RBI=0.0877855;REFB=-0.0371353;REVB=-0.0324859;RO=12;SAF=17;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00158767;STB=0.500866;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168673;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:12:17:7:5:12:17:7:5 chr15 34168116 . C G 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0648091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6703;QD=17.3787;RBI=0.0900474;REFB=-0.0173848;REVB=0.0625165;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148008;STB=0.575712;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0212442;OID=.;OPOS=34168116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:19:14:21:15:19:14:21:16 chr15 34356988 . G A 1283.43 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000534208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.053;QD=61.8523;RBI=0.0412983;REFB=0;REVB=0.0412948;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72419e-05;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:27:55:0:0:28:55:0:0 chr15 34357259 . T A 710.29 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.161;QD=54.6377;RBI=0.0400479;REFB=-0.020889;REVB=0.0117678;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=8.74252e-05;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr15 34434105 . GTTTTTTTTTTTT GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,TGTTTTTTTTTTT 274.61 PASS AF=0,0.877193,0.122807,0;AO=13,13,4,2;DP=55;FAO=0,50,7,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,6,0;FSAR=0,17,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799785,0.173479,0.0388183,0.037758;FXX=0;HRUN=12,12,12,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=6.78964,5.82363,10.3447,11.1883;QD=19.2706;RBI=0.194333,0.271609,0.187351,0.18785;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.177113,-0.208989,-0.183285,-0.184017;RO=13;SAF=3,10,3,2;SAR=10,3,1,0;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.563028,-0.218067,-0.341385,0.430155;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.129874,0.013596,-0.0562911,0;OID=.,.,.,.;OPOS=34434106,34434106,34434117,34434105;OREF=TT,T,T,GT;OALT=-,-,A,TG;OMAPALT=GTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTT,GTTTTTTTTTTTA,TGTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:21:55:57:13:0:13,13,4,2:0,50,7,0:0,0.877193,0.122807,0:10,3,1,0:3,10,3,2:12:1:0,17,1,0:0,33,6,0:0:0 chr15 34517929 . T C 909.33 PASS AF=0.650407;AO=80;DP=123;FAO=80;FDP=123;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00148168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.259;QD=29.5716;RBI=0.0152194;REFB=-0.0162781;REVB=0.0151471;RO=42;SAF=44;SAR=36;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062458;STB=0.537888;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00889513;OID=.;OPOS=34517929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:42:43:80:80:0.650407:36:44:19:23:36:44:19:24 chr15 34522108 . ACT A 561.7 PASS AF=0.565217;AO=46;DP=97;FAO=52;FDP=92;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00703638;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.368;QD=24.4216;RBI=0.00771116;REFB=-0.033954;REVB=0.00315459;RO=34;SAF=13;SAR=33;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649819;STB=0.519031;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.0247886;OID=.;OPOS=34522109;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:46:97:52:92:40:15:37:13:27:99:34:13:33:12:22 chr15 34522935 . GAGAC G 616.49 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.018039;FXX=0.063823;HRUN=1;LEN=4;MLLD=245.741;QD=28.0223;RBI=0.0180663;REFB=-0.040811;REVB=-0.000993098;RO=31;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636489;STB=0.527017;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.0219707;OID=.;OPOS=34522936;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.613636:54:92:54:88:34:28:26:20:14:99:31:28:26:19:12 chr15 34522985 . C G 1624.23 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0983;QD=60.1568;RBI=0.075803;REFB=0;REVB=0.0603972;RO=0;SAF=56;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332159;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:52:56:0:0:52:56:0:0 chr15 34524995 . G T 1216.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.81;QD=60.074;RBI=0.0272291;REFB=0;REVB=0.0170428;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026454;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:45:29:0:0:47:34:0:0 chr15 34525035 . T C 99.01 PASS AF=0.219178;AO=15;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0286121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3387;QD=5.4251;RBI=0.0301073;REFB=-0.0134235;REVB=0.00937;RO=55;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975826;STB=0.595807;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0515884;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:57:15:16:0.219178:7:8:25:30:7:9:25:32 chr15 34528948 . G A 62.11 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00468591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6795;QD=3.88204;RBI=0.0525101;REFB=-0.00744496;REVB=0.0523006;RO=53;SAF=2;SAR=9;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507904;STB=0.835481;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0385035;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:9:2:32:21:9:2:32:21 chr15 34542872 . C G 306.56 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00744841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6534;QD=27.2495;RBI=0.0452389;REFB=0.0286082;REVB=-0.0446216;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268812;STB=0.51484;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.020472;OID=.;OPOS=34542872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:8:10:14:13:8:10 chr15 34544468 . C T 484.71 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0463971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1231;QD=32.314;RBI=0.0468455;REFB=-0.00427463;REVB=-0.00646643;RO=17;SAF=32;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643699;STB=0.53489;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00251615;OID=.;OPOS=34544468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:11:32:11:6:11:32:11:6 chr15 34551082 . G A 666.79 PASS AF=0.727273;AO=54;DP=75;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0119317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.92;QD=34.6387;RBI=0.0188816;REFB=-0.00459107;REVB=-0.0146339;RO=21;SAF=23;SAR=31;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100882;STB=0.547127;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00204515;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:21:21:54:56:0.727273:31:23:13:8:31:25:13:8 chr15 34635863 . G C 659.49 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00588351;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.317;QD=24.6537;RBI=0.00713619;REFB=-0.00115404;REVB=0.0040385;RO=44;SAF=26;SAR=37;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497471;STB=0.527121;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000343901;OID=.;OPOS=34635863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:44:44:63:63:0.588785:37:26:21:23:37:26:21:23 chr15 34638198 . A G 383.31 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00606646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.171;QD=22.884;RBI=0.00731091;REFB=-0.00946079;REVB=-0.00408013;RO=29;SAF=23;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711326;STB=0.539187;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00994699;OID=.;OPOS=34638198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:15:23:15:14:15:23:15:14 chr15 34640218 . C T 1206.8 PASS AF=0.942529;AO=82;DP=87;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0868011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.958;QD=55.4848;RBI=0.0959464;REFB=-0.150409;REVB=0.0408812;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.537304;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00192635;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:87:87:0:5:82:82:0.942529:31:51:0:0:31:51:0:5 chr15 34640377 . AT AC,CG 340.31 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=18,2;DP=24;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774112,-0.00315997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=91.6376,100.686;QD=52.3559;RBI=0.0188423,0.0040761;REFB=0,0;REVB=0.0171787,-0.00257472;RO=0;SAF=7,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00194313,0.0174602;OID=.,.;OPOS=34640378,34640377;OREF=T,AT;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:26:0:0:18,2:24,2:0.923077,0.0769231:11,1:7,1:0:0:14,1:10,1:0:0 chr15 34648935 . G T 53.63 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00998735;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.808;QD=7.15087;RBI=0.0248714;REFB=-0.0111571;REVB=-0.022778;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342166;STB=0.69958;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0186471;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:31:30:23:22:8:8:0.266667:4:4:5:18:4:4:5:17 chr15 34649631 . G A 273.3 PASS AF=0.324324;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=111;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=0.00126991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.338;QD=9.84874;RBI=0.0181183;REFB=-0.00298102;REVB=0.0180737;RO=75;SAF=18;SAR=18;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14782;STB=0.585539;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00713212;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:75:75:36:36:0.324324:18:18:47:28:18:18:47:28 chr15 34673722 . C T 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.00935194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.889;QD=25.9902;RBI=0.00937256;REFB=0.0110328;REVB=-0.000621397;RO=23;SAF=28;SAR=10;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416284;STB=0.522716;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00729898;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:10:28:18:5:10:28:18:5 chr15 35045276 . G A 126.6 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00414715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.61;QD=29.7874;RBI=0.0307071;REFB=-0.0668433;REVB=0.0304257;RO=3;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142717;STB=0.533929;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00819538;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:16:17:3:4:13:13:0.764706:8:5:0:3:8:5:1:3 chr15 35045312 . T A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0427165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.614;QD=21.5459;RBI=0.0484291;REFB=-0.0119977;REVB=-0.0228184;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110077;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00848558;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:9:5:5:5:9:5:5:5 chr15 35082141 . A G 674.88 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344659;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.189;QD=59.9889;RBI=0.0784758;REFB=-0.161204;REVB=0.0705022;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0017629;OID=.;OPOS=35082141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:0:1:20:24:0:1 chr15 35082225 . C T 538.25 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.992;QD=59.8059;RBI=0.0284733;REFB=0;REVB=0.0240645;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67419e-05;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr15 35149008 . C T 1104.42 PASS AF=0.858696;AO=78;DP=94;FAO=79;FDP=92;FR=.;FRO=13;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=7.05727e-05;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.652;QD=48.0182;RBI=0.00610532;REFB=0.011746;REVB=-0.00610491;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.573788;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00144035;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:94:92:0:13:78:79:0.858696:32:46:0:0:32:47:1:12 chr15 35230934 . A ATAGT,T 443.94 PASS AF=0.818182,0.151515;AO=26,7;DP=34;FAO=27,5;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12,4;FSAR=15,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245177,0.0152207;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=214.894,95.4342;QD=53.8109;RBI=0.0329566,0.0157647;REFB=-0.0739084,-0.117499;REVB=0.0220232,-0.00410565;RO=1;SAF=11,6;SAR=15,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0403563,-0.0674964;STB=0.519985,0.555346;STBP=0.324,0.649;TYPE=ins,snp;VARB=0.00230169,0.0145698;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:34:33:1:1:26,7:27,5:0.818182,0.151515:15,1:11,6:1:0:15,1:12,4:1:0 chr15 35256624 . C G 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.199;QD=56.9275;RBI=0.0277624;REFB=0;REVB=0.00739956;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12422e-05;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr15 35272234 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.14;QD=39.2067;RBI=0.0922668;REFB=0;REVB=0.00300495;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774109;OID=.;OPOS=35272234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr15 36946303 . C G 1692.21 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894208;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.671;QD=60.4361;RBI=0.0578475;REFB=0;REVB=0.0571522;RO=0;SAF=53;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31516e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:58:53:0:0:58:54:0:0 chr15 36983962 . T C 186.22 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00405915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.668;QD=12.4143;RBI=0.00536584;REFB=-0.00856441;REVB=-0.00350934;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132414;STB=0.576403;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0140755;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:14:9:19:18:14:9:19:18 chr15 37173267 . G A 504.55 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00639979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.05;QD=25.2276;RBI=0.0563019;REFB=-0.0220876;REVB=-0.055937;RO=32;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100374;STB=0.560484;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0179595;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:32:33:47:47:0.5875:24:23:20:12:24:23:21:12 chr15 38233869 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.115;QD=57.7124;RBI=0.012079;REFB=0;REVB=0.00822153;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.10368e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr15 38235521 . T A 654.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174282;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7916;QD=62.3387;RBI=0.107049;REFB=0;REVB=0.105621;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476821;OID=.;OPOS=38235521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr15 38243248 . G GT 72.7 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.125567;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.6216;QD=5.19276;RBI=0.180742;REFB=-0.106767;REVB=-0.130002;RO=31;SAF=21;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599111;STB=0.843187;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0700931;OID=.;OPOS=38243249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:23:57:23:56:33:21:2:16:17:72:31:21:2:14:17 chr15 38614525 . G A 1168.61 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.484;QD=60.7071;RBI=0.0176392;REFB=0;REVB=0.0112816;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1454e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:39:36:0:0:41:36:0:0 chr15 38643574 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.051;QD=56.9999;RBI=0.035752;REFB=0;REVB=0.0339704;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143505;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 38857631 . C G 799.55 PASS AF=0.744186;AO=64;DP=86;FAO=64;FDP=86;FR=.;FRO=22;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00291259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.004;QD=37.1881;RBI=0.00421907;REFB=-0.0354583;REVB=-0.00305244;RO=22;SAF=42;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124826;STB=0.567108;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0060278;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:22:22:64:64:0.744186:22:42:9:13:22:42:9:13 chr15 39545032 . T G 1731.12 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.683;QD=59.6937;RBI=0.0358673;REFB=-0.0238147;REVB=0.0171305;RO=0;SAF=56;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17651e-08;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=3.89466e-05;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:0:1:115:115:0.991379:59:56:0:0:59:56:0:1 chr15 39545148 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00253052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.428;QD=14.6658;RBI=0.0115143;REFB=-0.00275884;REVB=-0.0112327;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00207916;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:8:13:9:6:8:13 chr15 39545268 . G A 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5005;QD=61.3336;RBI=0.0235695;REFB=0;REVB=-0.0173629;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226912;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr15 39546114 . A G 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0111353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5385;QD=17.7995;RBI=0.0131587;REFB=-0.00921907;REVB=-0.00701116;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973723;STB=0.555499;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0445914;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:12:12:8:12:12:12 chr15 39879717 . G A 145.82 PASS AF=0.265823;AO=19;DP=77;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00243956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.167;QD=7.38305;RBI=0.00499837;REFB=-0.00708258;REVB=-0.0043626;RO=57;SAF=12;SAR=7;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537278;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.019207;OID=.;OPOS=39879717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:57:58:19:21:0.265823:7:12:36:21:9:12:36:22 chr15 39880358 . C T 336.2 PASS AF=0.35;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.00614459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.359;QD=11.2066;RBI=0.0196892;REFB=-0.00445673;REVB=-0.0187058;RO=77;SAF=21;SAR=21;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110009;STB=0.566635;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0151901;OID=.;OPOS=39880358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:77:78:42:42:0.35:21:21:46:31:21:21:47:31 chr15 39880822 . A G 418.3 PASS AF=0.347222;AO=50;DP=144;FAO=50;FDP=144;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=0.013738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2477;QD=11.6195;RBI=0.0139248;REFB=0.0024044;REVB=-0.00227335;RO=93;SAF=30;SAR=20;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144876;STB=0.5798;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00735498;OID=.;OPOS=39880822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:93:94:50:50:0.347222:20:30:44:49:20:30:45:49 chr15 39910052 . C G 213.95 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0681889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.924;QD=10.5652;RBI=0.0697742;REFB=0.020467;REVB=-0.014789;RO=54;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1278;STB=0.57453;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0454814;OID=.;OPOS=39910052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:11:16:26:28:11:16:26:28 chr15 39910404 . G A 106.9 PASS AF=0.27451;AO=12;DP=49;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0160562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.249;QD=8.38418;RBI=0.0228768;REFB=-0.0136333;REVB=-0.0162955;RO=37;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332083;STB=0.735204;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0281196;OID=.;OPOS=39910404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:37:37:12:14:0.27451:3:9:18:19:3:11:18:19 chr15 39910431 . A G 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0183117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.274;QD=9.53611;RBI=0.0183638;REFB=-0.00165877;REVB=-0.00138217;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396744;STB=0.739854;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00905512;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:25:27:12:12:0.307692:3:9:10:15:3:9:11:16 chr15 40215061 . A C 516.7 PASS AF=0.635135;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=74;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000210224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.529;QD=27.9296;RBI=0.00224676;REFB=-0.0288297;REVB=-0.00223691;RO=26;SAF=34;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140407;STB=0.586168;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00977795;OID=.;OPOS=40215061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:27:47:47:0.635135:13:34:14:12:13:34:14:13 chr15 40226495 . T C 1419.59 PASS AF=0.970297;AO=98;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0027103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.844;QD=56.2213;RBI=0.0133446;REFB=0.0145373;REVB=0.0130665;RO=3;SAF=60;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231231;STB=0.512193;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000298601;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:3:3:98:98:0.970297:38:60:3:0:38:60:3:0 chr15 40259848 . A C 132.77 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0106265;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.092;QD=9.15654;RBI=0.0141099;REFB=0.00429372;REVB=0.00928258;RO=40;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728722;STB=0.543429;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00975748;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:40:40:18:18:0.310345:11:7:18:22:11:7:18:22 chr15 40265799 . A G 94.71 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0216723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8266;QD=6.64634;RBI=0.0522379;REFB=0.0026333;REVB=-0.0475301;RO=43;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217896;STB=0.639115;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.0123342;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:12:2:11:32:12:2:11:32 chr15 40327290 . A G 4037.73 PASS AF=0.960432;AO=267;DP=279;FAO=267;FDP=278;FR=.;FRO=11;FSAF=150;FSAR=117;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0284139;FXX=0.0035841;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.864;QD=58.0969;RBI=0.0299521;REFB=-0.0630238;REVB=0.00947504;RO=9;SAF=150;SAR=117;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213559;STB=0.511581;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000164353;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:279:278:9:11:267:267:0.960432:117:150:2:7:117:150:3:8 chr15 40327301 . G A 4283.23 PASS AF=1;AO=270;DP=278;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250477;FXX=0.0285704;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4437;QD=62.9887;RBI=0.0494002;REFB=-0.0834843;REVB=-0.0425792;RO=1;SAF=142;SAR=128;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0037105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67912e-05;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:278:272:1:0:270:272:1:128:142:0:1:129:143:0:0 chr15 40328575 . G C 1268.61 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.768;QD=60.4099;RBI=0.0683049;REFB=0.0296339;REVB=0.0599535;RO=1;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123005;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-1.09619e-06;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:38:45:0:1:38:45:0:1 chr15 40330564 . C T 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8073;QD=62.01;RBI=0.0539907;REFB=0;REVB=-0.052876;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402036;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr15 40383347 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.75;QD=58.7812;RBI=0.0338815;REFB=0;REVB=0.0305349;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14326e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr15 40383779 . A C 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000656809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.918;QD=28.0796;RBI=0.00133493;REFB=-0.00495843;REVB=0.00116217;RO=15;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109146;STB=0.56039;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00281051;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:8:17:8:7:8:17:8:7 chr15 40426913 . C A 426.87 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0197489;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.243;QD=24.3924;RBI=0.0202491;REFB=-0.0154341;REVB=-0.00447314;RO=29;SAF=17;SAR=24;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276321;STB=0.515144;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0108137;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:29:29:41:41:0.585714:24:17:11:18:24:17:11:18 chr15 40477831 . G A 833.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00199571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3815;QD=57.4948;RBI=0.00286424;REFB=0;REVB=-0.00205451;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.27328e-07;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr15 40488851 . G A 343.36 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0160092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.124;QD=31.2142;RBI=0.0269266;REFB=-0.031968;REVB=0.0216505;RO=15;SAF=11;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140156;STB=0.576869;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0112138;OID=.;OPOS=40488851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:18:11:9:6:18:11:9:6 chr15 40558087 . G A 916.84 PASS AF=0.985507;AO=58;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0415441;FXX=0.028165;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.35;QD=53.15;RBI=0.082437;REFB=-0.139362;REVB=0.0712036;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00302602;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:58:68:0.985507:31:27:0:0:35:33:1:0 chr15 40573675 . G T 1627.93 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357092;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.66;QD=60.2938;RBI=0.0511667;REFB=0;REVB=0.0366453;RO=0;SAF=57;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114485;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:50:57:0:0:50:58:0:0 chr15 40573716 . A G 1695.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0937;QD=60.5445;RBI=0.0211165;REFB=0;REVB=-0.0120907;RO=0;SAF=59;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48967e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:53:59:0:0:53:59:0:0 chr15 40581543 . T C 1506.05 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.174;QD=59.6454;RBI=0.0445998;REFB=0;REVB=0.0398449;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087031;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04793e-05;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:1:0:98:101:1:44:54:1:0:45:56:0:0 chr15 40582797 . CTG C 105.5 PASS AF=0.178218;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=101;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0166568;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.655;QD=4.1783;RBI=0.0272332;REFB=-0.00700768;REVB=-0.0215453;RO=81;SAF=10;SAR=8;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625716;STB=0.540793;STBP=0.745;TYPE=del;VARB=0.0493521;OID=.;OPOS=40582798;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178218:18:101:18:101:83:10:8:42:41:99:81:10:8:41:40 chr15 40583876 . T G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5018;QD=62.0161;RBI=0.0625926;REFB=0;REVB=0.0514853;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749514;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr15 40589002 . A G 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.325;QD=62.1778;RBI=0.00582349;REFB=0;REVB=-0.00273657;RO=0;SAF=79;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16067e-06;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:49:79:0:0:49:79:0:0 chr15 40590134 . G A 1285.39 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00760277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.23;QD=60.4891;RBI=0.0412296;REFB=-0.110103;REVB=-0.0405225;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.505375;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000109166;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:82:84:0.988235:44:38:0:0:46:38:0:1 chr15 40633138 . A T 946.84 PASS AF=0.698276;AO=81;DP=116;FAO=81;FDP=116;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=-0.0440051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.18;QD=32.6498;RBI=0.0446374;REFB=-0.028029;REVB=0.00748674;RO=35;SAF=37;SAR=44;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181183;STB=0.597012;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0156077;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:35:35:81:81:0.698276:44:37:5:30:44:37:5:30 chr15 40655845 . C G 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.0327;QD=40.7372;RBI=0.113468;REFB=0;REVB=-0.0864838;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000805011;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr15 40655873 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000327961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1878;QD=45.8064;RBI=0.010041;REFB=0;REVB=0.0100357;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217752;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr15 40656141 . T C 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0300793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.003;QD=33.0925;RBI=0.0362334;REFB=-0.0188493;REVB=-0.0202014;RO=14;SAF=11;SAR=27;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193847;STB=0.605323;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00979541;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:27:11:9:5:27:11:9:5 chr15 40662501 . G A 709.53 PASS AF=0.702381;AO=59;DP=84;FAO=59;FDP=84;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0340313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.211;QD=33.7874;RBI=0.06409;REFB=-0.0881285;REVB=0.0543084;RO=25;SAF=22;SAR=37;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.556573;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0160836;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:25:25:59:59:0.702381:37:22:5:20:37:22:5:20 chr15 40710723 . G A 1056.15 PASS AF=0.684615;AO=87;DP=128;FAO=89;FDP=130;FR=.;FRO=41;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0351098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.029;QD=32.4968;RBI=0.0351206;REFB=-0.0211614;REVB=0.000869783;RO=40;SAF=49;SAR=38;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219594;STB=0.503978;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0174185;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:40:41:87:89:0.684615:38:49:24:16:38:51:24:17 chr15 40751555 . C A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9594;QD=57.1944;RBI=0.0511718;REFB=0;REVB=-0.0101771;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267832;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr15 40760444 . T A 105.91 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.063612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6658;QD=6.61912;RBI=0.0772101;REFB=0.0069438;REVB=0.0437598;RO=48;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205332;STB=0.624854;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.0183358;OID=.;OPOS=40760444;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:8:8:16:32:8:8:16:32 chr15 40764549 . G A 216.87 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=0.00241418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.177;QD=6.99578;RBI=0.00954838;REFB=-0.0137967;REVB=-0.00923815;RO=92;SAF=25;SAR=7;SRF=63;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153878;STB=0.593604;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0337922;OID=.;OPOS=40764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:92:92:32:32:0.258065:7:25:63:29:7:25:63:29 chr15 40849408 . C T 922.46 PASS AF=0.677966;AO=80;DP=118;FAO=80;FDP=118;FR=.;FRO=38;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=0.00570776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5015;QD=31.2697;RBI=0.0128351;REFB=0.00735959;REVB=-0.0114962;RO=37;SAF=51;SAR=29;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114237;STB=0.564294;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0033935;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:37:38:80:80:0.677966:29:51:30:7:29:51:31:7 chr15 40856989 . C T 145.36 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00180992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.282;QD=16.151;RBI=0.0370029;REFB=-0.00603946;REVB=0.0369586;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.699767;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00999496;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:20:16:16:0.444444:10:6:12:5:10:6:15:5 chr15 40866404 . T G 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0189326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.987;QD=29.5614;RBI=0.0331284;REFB=-0.0169052;REVB=-0.0271855;RO=17;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048899;STB=0.526898;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00846856;OID=.;OPOS=40866404;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:10:19:10:7:10:19:10:7 chr15 40886017 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0137496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.66;QD=11.3328;RBI=0.023217;REFB=-0.0097446;REVB=0.0187077;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0231536;OID=.;OPOS=40886017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:13:14:8:6:13:14 chr15 40886020 . C G 116.11 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0315219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9754;QD=11.3278;RBI=0.0508214;REFB=0.00104925;REVB=-0.0398645;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591477;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0022038;OID=.;OPOS=40886020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:13:14:8:6:13:14 chr15 40898643 . G C 100.66 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0379921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.702;QD=8.21744;RBI=0.0404813;REFB=-0.00427773;REVB=0.0139761;RO=36;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267661;STB=0.665335;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0279634;OID=.;OPOS=40898643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:4:9:17:19:4:9:17:19 chr15 40903684 . A G 443.98 PASS AF=0.323864;AO=57;DP=176;FAO=57;FDP=176;FR=.;FRO=119;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=63;FSRR=56;FWDB=-0.00110861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.417;QD=10.0904;RBI=0.00393011;REFB=-0.0101355;REVB=-0.00377051;RO=118;SAF=21;SAR=36;SRF=63;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195216;STB=0.61013;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.020298;OID=.;OPOS=40903684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:118:119:57:57:0.323864:36:21:63:55:36:21:63:56 chr15 40913840 . G T 280.82 PASS AF=0.339623;AO=37;DP=106;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.020153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.452;QD=10.597;RBI=0.0453042;REFB=0.0029175;REVB=-0.040575;RO=69;SAF=22;SAR=15;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100012;STB=0.546152;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00712176;OID=.;OPOS=40913840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:69:70:37:36:0.339623:15:22:35:34:15:21:36:34 chr15 40914177 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00753333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.025;QD=5.21548;RBI=0.00772096;REFB=-0.00718441;REVB=0.00169182;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197729;STB=0.629227;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0278815;OID=.;OPOS=40914177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:14:7:3:3:14:7 chr15 40914772 . C T 143.3 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.0262447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.857;QD=15.0841;RBI=0.036488;REFB=-0.0305977;REVB=0.0253493;RO=21;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966538;STB=0.596048;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0323048;OID=.;OPOS=40914772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:15:16:0.421053:3:12:18:3:4:12:19:3 chr15 40915045 . T G 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0202793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.994;QD=9.91483;RBI=0.0394722;REFB=-0.0254413;REVB=-0.0338645;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752546;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0596485;OID=.;OPOS=40915045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:6:10:5:4:7:10 chr15 40915894 . T C 208.69 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.00492979;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.458;QD=9.37915;RBI=0.0117691;REFB=-0.00233216;REVB=-0.0106869;RO=59;SAF=11;SAR=16;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195857;STB=0.62993;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00616647;OID=.;OPOS=40915894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:62:27:27:0.303371:16:11:34:25:16:11:37:25 chr15 41105926 . T G 624.59 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00195575;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.731;QD=55.5186;RBI=0.0114244;REFB=0.0275152;REVB=0.0112558;RO=3;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012166;STB=0.50649;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.000805373;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:45:3:3:42:42:0.933333:24:18:1:2:24:18:1:2 chr15 41148163 . C T 192.29 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0136943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2114;QD=23.3083;RBI=0.0656976;REFB=-0.00762997;REVB=0.0642545;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257695;STB=0.642721;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00308893;OID=.;OPOS=41148163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:12:2:9:10:12:2 chr15 41148199 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.13;QD=56.1914;RBI=0.0621347;REFB=0;REVB=0.0462023;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561457;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:13:15:0:0 chr15 41148250 . C T 93.82 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0589995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.424;QD=20.8479;RBI=0.0590871;REFB=-0.0587785;REVB=-0.0032165;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0330493;OID=.;OPOS=41148250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr15 41149161 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.095;QD=55.6561;RBI=0.00585793;REFB=0;REVB=-0.00232787;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01019e-06;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr15 41186990 . C T 2454.72 PASS AF=0.688963;AO=205;DP=300;FAO=206;FDP=299;FR=.;FRO=93;FSAF=110;FSAR=96;FSRF=57;FSRR=36;FWDB=-0.00535083;FXX=0.0066443;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.362;QD=32.839;RBI=0.00902402;REFB=-0.0305623;REVB=0.00726647;RO=93;SAF=109;SAR=96;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477236;STB=0.524742;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0123764;OID=.;OPOS=41186990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:299:93:93:205:206:0.688963:96:109:57:36:96:110:57:36 chr15 41190989 . A G 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0298453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0895;QD=21.1698;RBI=0.0298453;REFB=-0.0150226;REVB=0;RO=8;SAF=12;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126277;OID=.;OPOS=41190989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:0:12:8:0:0:12:8:0 chr15 41192558 . T C 484.24 PASS AF=0.642857;AO=44;DP=69;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0240434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.017;QD=27.6711;RBI=0.024739;REFB=-0.0254098;REVB=0.00582522;RO=25;SAF=26;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211636;STB=0.506491;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0135495;OID=.;OPOS=41192558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:25:25:44:45:0.642857:18:26:14:11:19:26:14:11 chr15 41271718 . C T 2493.41 PASS AF=0.987952;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0193724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.998;QD=60.0822;RBI=0.0311326;REFB=-0.119486;REVB=0.024371;RO=0;SAF=97;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29745e-08;STB=0.507575;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000714334;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:164:166:0:2:163:164:0.987952:66:97:0:0:65:99:0:2 chr15 41476209 . T C 794.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00492474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3874;QD=63.5757;RBI=0.0145222;REFB=0;REVB=0.0136616;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015243;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:30:19:0:0:30:20:0:0 chr15 41476465 . G A 405.21 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.017494;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.041;QD=27.4716;RBI=0.0192219;REFB=-0.0172038;REVB=-0.00796499;RO=21;SAF=23;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349956;STB=0.522715;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.010934;OID=.;OPOS=41476465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:21:21:37:38:0.644068:14:23:12:9:14:24:12:9 chr15 41483682 . A G 355.81 PASS AF=0.553846;AO=34;DP=63;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0063291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.282;QD=21.8962;RBI=0.0212755;REFB=-0.0196557;REVB=0.0203123;RO=27;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469725;STB=0.5251;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0164947;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:27:29:34:36:0.553846:12:22:16:11:13:23:17:12 chr15 41484287 . C A 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0021792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=380.234;QD=32.7487;RBI=0.0149149;REFB=-0.0202888;REVB=0.0147548;RO=15;SAF=19;SAR=12;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773236;STB=0.542142;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0108345;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:12:19:11:4:12:19:11:4 chr15 41484314 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0213648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.33;QD=27.2218;RBI=0.0320713;REFB=-0.00796362;REVB=-0.0239189;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109758;STB=0.560489;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00529356;OID=.;OPOS=41484314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:11:4:10:14:11:4 chr15 41509288 . T A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0145315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.062;QD=31.2415;RBI=0.0181506;REFB=-0.026274;REVB=0.0108757;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289969;STB=0.516106;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00387744;OID=.;OPOS=41509288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:2:2:8:6:2:2 chr15 41805237 . C T 449.38 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-8.68145e-05;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.639;QD=52.8687;RBI=0.0748161;REFB=0.00599134;REVB=-0.074816;RO=1;SAF=29;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132388;STB=0.563063;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-9.59938e-05;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:34:1:2:32:32:0.941176:3:29:0:1:3:29:1:1 chr15 41815516 . G C 1457.48 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189622;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.428;QD=63.3687;RBI=0.0330239;REFB=0;REVB=0.0270373;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91159e-05;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr15 41820200 . C T 732.53 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0210521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.761;QD=51.4058;RBI=0.0217743;REFB=-0.0144117;REVB=-0.00556109;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.526306;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000623048;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:1:3:54:54:0.947368:27:27:1:0:27:27:3:0 chr15 41991315 . A T 465.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9091;QD=58.1323;RBI=0.03208;REFB=0;REVB=0.0175583;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476398;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr15 42026764 . C T 1914.63 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.946;QD=61.7622;RBI=0.0344116;REFB=0;REVB=0.0276432;RO=0;SAF=67;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30989e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:124:0:0:121:124:1:54:67:0:0:56:68:0:0 chr15 42041712 . G A 338.83 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.652;QD=54.213;RBI=0.036431;REFB=0;REVB=0.0314288;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155337;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr15 42110452 . ATT A,AT 102.54 PASS AF=0,0.457143;AO=8,28;DP=70;FAO=0,32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=0,25;FSAR=0,7;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.14002,-0.258608;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.1575,9.99409;QD=5.85959;RBI=0.158857,0.295749;REFB=-0.041328,-0.0759862;REVB=0.0750335,0.143489;RO=33;SAF=8,24;SAR=0,4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.695841,0.374246;STB=0.5,0.552791;STBP=1,0.509;TYPE=del,del;VARB=0,0.0587007;OID=.,.;OPOS=42110453,42110453;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.457143:8,28:70:0,32:70:38:0,25:0,7:27:11:99:33:8,24:0,4:19:14 chr15 42111754 . G T 409.01 PASS AF=0.810811;AO=3;DP=36;FAO=30;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=30;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0967809;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=47.7315;QD=44.2167;RBI=0.0967809;REFB=-0.123915;REVB=0;RO=1;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0447254;OID=.;OPOS=42111754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:36:37:1:4:3:30:0.810811:0:3:1:0:0:30:4:0 chr15 42113045 . G A 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00862748;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.925;QD=7.51912;RBI=0.0142142;REFB=-0.0069019;REVB=-0.0112964;RO=48;SAF=4;SAR=14;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246705;STB=0.651638;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0182099;OID=.;OPOS=42113045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:14:4:19:29:14:4:19:29 chr15 42129083 . C T 1152.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.351;QD=60.6733;RBI=0.053644;REFB=0;REVB=0.0518572;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3509e-05;OID=.;OPOS=42129083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:27:48:0:0:28:48:0:0 chr15 42134097 . C T 660.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.612;QD=61.4731;RBI=0.0470916;REFB=0;REVB=0.0189832;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023867;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:30:12:0:0:31:12:0:0 chr15 42135988 . C T 4995.29 PASS AF=0.98773;AO=314;DP=330;FAO=322;FDP=326;FR=.;FRO=4;FSAF=197;FSAR=125;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0282584;FXX=0.029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.962;QD=61.292;RBI=0.0603943;REFB=-0.16651;REVB=0.0533754;RO=1;SAF=191;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249094;STB=0.501443;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.000719526;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:330:326:1:4:314:322:0.98773:123:191:1:0:125:197:2:2 chr15 42138321 . A C,G 333.84 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,23;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132903,0.00228615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.7743,178.05;QD=53.4138;RBI=0.032084,0.0156075;REFB=0,0;REVB=-0.0292019,0.0154392;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0236341,0.00279666;OID=.,.;OPOS=42138321,42138321;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:25:25:0:0:2,23:2,23:0.08,0.92:0,6:2,17:0:0:0,6:2,17:0:0 chr15 42139642 . C T 657.7 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.072406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.843;QD=50.5919;RBI=0.0824962;REFB=-0.190559;REVB=0.0395347;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303352;STB=0.501844;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00201251;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:52:1:3:49:49:0.942308:34:15:1:0:34:15:1:2 chr15 42149472 . T C 2304.17 PASS AF=0.986486;AO=146;DP=149;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157247;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.507;QD=62.2749;RBI=0.0269928;REFB=-0.0450829;REVB=0.0219396;RO=2;SAF=85;SAR=61;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110577;STB=0.505813;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00056686;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:148:2:2:146:146:0.986486:61:85:2:0:61:85:2:0 chr15 42149506 . G C 1504.85 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.020202;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.401;QD=61.4223;RBI=0.0220125;REFB=-0.0433956;REVB=0.00874258;RO=2;SAF=35;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564497;STB=0.502977;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000243139;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:61:35:1:1:61:35:1:1 chr15 42154738 . G A 507.07 PASS AF=0.300885;AO=68;DP=226;FAO=68;FDP=226;FR=.;FRO=158;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=124;FSRR=34;FWDB=0.0342082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4299;QD=8.97479;RBI=0.0414793;REFB=-0.00910951;REVB=0.0234591;RO=157;SAF=49;SAR=19;SRF=123;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099258;STB=0.558617;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0181204;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:157:158:68:68:0.300885:19:49:123:34:19:49:124:34 chr15 42166500 . C T 3240.27 PASS AF=1;AO=209;DP=210;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198265;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.95;QD=62.0148;RBI=0.0597072;REFB=0;REVB=0.0563192;RO=0;SAF=127;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37841e-05;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:210:209:0:0:209:209:1:82:127:0:0:82:127:0:0 chr15 42171537 . A G 4123.9 PASS AF=1;AO=264;DP=265;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215573;FXX=0.00375926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0637;QD=62.2475;RBI=0.0288895;REFB=0.0106911;REVB=0.0192325;RO=1;SAF=177;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63365e-06;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:265:265:1:0:264:265:1:87:177:0:1:87:178:0:0 chr15 42178155 . T C 2878.15 PASS AF=1;AO=183;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696865;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5936;QD=62.5685;RBI=0.0564202;REFB=-0.0185879;REVB=0.0559882;RO=0;SAF=129;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571926;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:185:184:0:0:183:184:1:54:129:0:0:55:129:0:0 chr15 42185482 . G A 109.72 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.000874937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.113;QD=6.09532;RBI=0.00522577;REFB=-0.0136075;REVB=0.00515201;RO=55;SAF=9;SAR=8;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881458;STB=0.554393;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0389404;OID=.;OPOS=42185482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:8:9:33:22:8:9:33:22 chr15 42187492 . T C 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0923003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.2;QD=7.86313;RBI=0.0923061;REFB=-0.00722496;REVB=-0.00103545;RO=34;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202385;STB=0.624796;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0283085;OID=.;OPOS=42187492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:5:7:14:20:5:7:14:20 chr15 42211486 . A G 260.16 PASS AF=0.243902;AO=40;DP=154;FAO=40;FDP=164;FR=.;FRO=124;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=51;FWDB=0.00332106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.46;QD=6.34536;RBI=0.169981;REFB=-0.0084342;REVB=-0.169949;RO=114;SAF=30;SAR=10;SRF=72;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173163;STB=0.639785;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0205931;OID=.;OPOS=42211486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:164:114:124:40:40:0.243902:10:30:72:42:10:30:73:51 chr15 42276688 . TG GT 53.49 PASS AF=0.13;AO=14;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=0.016293;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.086;QD=2.13963;RBI=0.0162935;REFB=-0.00310607;REVB=-0.000122444;RO=74;SAF=1;SAR=13;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705673;STB=0.946804;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.185533;OID=.;OPOS=42276688;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:100:100:74:87:14:13:0.13:13:1:52:22:12:1:59:28 chr15 42281719 . G A 139.41 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0671355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5019;QD=9.14129;RBI=0.073792;REFB=-0.0108476;REVB=0.030628;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736676;STB=0.566941;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0105114;OID=.;OPOS=42281719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:39:42:19:19:0.311475:10:9:21:18:10:9:24:18 chr15 42284974 . G A 157.06 PASS AF=0.267442;AO=21;DP=84;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0215256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.377;QD=7.30509;RBI=0.0324154;REFB=-0.0225886;REVB=-0.0242366;RO=63;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785121;STB=0.510113;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0453473;OID=.;OPOS=42284974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:63:63:21:23:0.267442:9:12:32:31:11:12:32:31 chr15 42287578 . G A 443.46 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0263576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.172;QD=25.708;RBI=0.0294984;REFB=-0.00493605;REVB=0.0132449;RO=27;SAF=26;SAR=16;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179649;STB=0.598279;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00681299;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:16:26:10:17:16:26:10:17 chr15 42287606 . T C 231.48 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00673813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.939;QD=12.3458;RBI=0.0222288;REFB=-0.00640525;REVB=-0.021183;RO=46;SAF=11;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253461;STB=0.638401;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00756298;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:47:28:28:0.373333:17:11:29:17:17:11:29:18 chr15 42297112 . GCCCC GCCC,GCCCG 153.1 PASS AF=0.325843,0.0561798;AO=29,5;DP=86;FAO=29,5;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=14,2;FSAR=15,3;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.181025,-0.0435802;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.2574,19.9145;QD=6.88092;RBI=0.181056,0.0453236;REFB=-0.0919962,-0.0164615;REVB=0.00337485,-0.0124498;RO=44;SAF=15,2;SAR=14,3;SRF=15;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185832,0.07137;STB=0.530457,0.534109;STBP=0.686,0.96;TYPE=del,snp;VARB=0.111228,-0.0299383;OID=.,.;OPOS=42297113,42297116;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325843,0.0561798:29,5:86:29,5:89:55:14,2:15,3:24:31:99:44:15,2:14,3:15:29 chr15 42302338 . A C 46.37 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0202405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.742;QD=7.72861;RBI=0.0203398;REFB=-0.0153086;REVB=-0.00200665;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182856;STB=0.711152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0328308;OID=.;OPOS=42302338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:24:24:12:17:7:7:0.291667:6:1:3:9:6:1:6:11 chr15 42342818 . G A 254.5 PASS AF=0.29661;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0272202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2518;QD=8.62709;RBI=0.0290972;REFB=-0.0163406;REVB=-0.0102816;RO=82;SAF=22;SAR=13;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141913;STB=0.588068;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0268341;OID=.;OPOS=42342818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:82:83:35:35:0.29661:13:22:42:40:13:22:42:41 chr15 42342824 . T G 203.22 PASS AF=0.267857;AO=29;DP=110;FAO=30;FDP=112;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0163849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.115;QD=7.25766;RBI=0.0212279;REFB=-0.0164146;REVB=-0.0134966;RO=79;SAF=19;SAR=10;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14141;STB=0.599931;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0494355;OID=.;OPOS=42342824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:79:82:29:30:0.267857:10:19:43:36:10:20:44:38 chr15 42375978 . C T 832.44 PASS AF=0.75;AO=66;DP=87;FAO=66;FDP=88;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0518287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9719;QD=37.8383;RBI=0.0557705;REFB=-0.0356639;REVB=-0.0205944;RO=19;SAF=28;SAR=38;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928469;STB=0.551166;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0381021;OID=.;OPOS=42375978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:19:22:66:66:0.75:38:28:4:15:38:28:5:17 chr15 42377744 . C G 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0116727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.051;QD=6.71703;RBI=0.0117024;REFB=-0.0194313;REVB=0.000832341;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179166;STB=0.611102;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0549244;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:25:16:7:6:25:16 chr15 42433802 . A G 182.95 PASS AF=0.280899;AO=23;DP=87;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0262117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.241;QD=8.22239;RBI=0.0511768;REFB=-0.0160087;REVB=-0.0439546;RO=64;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.500487;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0498071;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:64:64:23:25:0.280899:15:8:23:41:16:9:23:41 chr15 42434254 . G A 1186.77 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.295;QD=60.0898;RBI=0.00215598;REFB=0;REVB=0.0006166;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687686;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:35:42:0:0:35:44:0:0 chr15 42434837 . T C 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0218006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.22;QD=28.4022;RBI=0.0218368;REFB=-0.0301376;REVB=0.00125721;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160918;STB=0.589038;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0277849;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:4:7:8:13:4:7 chr15 42439376 . G A 719.4 PASS AF=0.612613;AO=67;DP=110;FAO=68;FDP=111;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00308749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.053;QD=25.9244;RBI=0.0585757;REFB=-0.0327892;REVB=0.0584943;RO=39;SAF=42;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133294;STB=0.569703;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.013804;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:39:43:67:68:0.612613:25:42:17:22:26:42:19:24 chr15 42442823 . G C 178.59 PASS AF=0.359375;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00136564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.248;QD=11.162;RBI=0.00585429;REFB=-0.00951236;REVB=-0.00569277;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252269;STB=0.655045;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0165113;OID=.;OPOS=42442823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:22:23:0.359375:12:10:28:13:13:10:28:13 chr15 42445554 . G T 71.06 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00503697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.635;QD=4.51183;RBI=0.0192763;REFB=0.00776771;REVB=-0.0186066;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121586;STB=0.507923;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0296469;OID=.;OPOS=42445554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:6:6:26:25:6:6:26:25 chr15 42503953 . GAA GA,G,GGA 83.04 PASS AF=0.85,0,0.15;AO=14,6,3;DP=39;FAO=34,0,6;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,2;FSAR=16,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.554003,-0.285725,-0.198244;FXX=0;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=3.6002,6.87031,20.0262;QD=8.30393;RBI=0.609263,0.302683,0.265763;REFB=0.0929873,0.0472303,0.0373787;REVB=0.253538,0.0998898,0.177001;RO=10;SAF=8,6,0;SAR=6,0,3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.12611,0.765611,-0.622111;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.163802,0.025928,-0.508892;OID=.,.,.;OPOS=42503954,42503954,42503954;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,G,GGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.85,0,0.15:14,6,3:39:34,0,6:40:0:18,0,2:16,0,4:0:0:24:10:8,6,0:6,0,3:4:6 chr15 42528523 . G A 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00640168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.096;QD=7.04937;RBI=0.0311068;REFB=0.00355129;REVB=-0.030441;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18748;STB=0.608469;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0116164;OID=.;OPOS=42528523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:3:7:16:13:3:7:17:13 chr15 42529739 . T C 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00147881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.221;QD=34.2037;RBI=0.00947234;REFB=-0.0322508;REVB=0.00935619;RO=8;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808163;STB=0.504421;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0126115;OID=.;OPOS=42529739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:9:14:5:3:9:14:5:3 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 264.25 PASS AF=0.047619,0.952381,0;AO=6,10,7;DP=27;FAO=1,20,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=1,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872116,0.121888,0.134307;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=294.091,298.096,292.781;QD=50.3339;RBI=0.0885303,0.122678,0.134885;REFB=0,0,0;REVB=0.0152237,0.013895,0.0124696;RO=3;SAF=2,1,3;SAR=4,9,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.209237,0.0505826;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0159556,0.000548247,-0.0247785;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381,0:6,10,7:27:1,20,0:21:0:0,7,0:1,13,0:0:0:7:3:2,1,3:4,9,4:1:2 chr15 42568547 . C G 872.13 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243774;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.594;QD=58.1421;RBI=0.0254489;REFB=0;REVB=0.00730686;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3583e-05;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr15 42570718 . A G 557.73 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.755;QD=60.2947;RBI=0.0531476;REFB=0;REVB=0.0305679;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211279;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr15 42575963 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.001;QD=64.15;RBI=0.0990962;REFB=0;REVB=0.086763;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194337;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr15 42579948 . T C 923.25 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0285673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=56.8153;RBI=0.0431834;REFB=-0.142442;REVB=0.0323839;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00110041;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:19:45:0:0:19:45:1:0 chr15 42681199 . G A 158.58 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0216967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.978;QD=8.2377;RBI=0.0225214;REFB=-0.000104245;REVB=-0.00603878;RO=52;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113933;STB=0.571365;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000520619;OID=.;OPOS=42681199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:52:55:22:22:0.285714:11:11:31:21:11:11:33:22 chr15 43531411 . G C 330.11 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0290841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.411;QD=31.4387;RBI=0.0449304;REFB=-0.0089612;REVB=0.0342469;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465775;STB=0.536057;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00751273;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:13:15:8:5:13:15:9:5 chr15 43545728 . G A 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0529995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.938;QD=31.4414;RBI=0.0631796;REFB=-0.0100444;REVB=0.0343908;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651438;STB=0.535689;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00532135;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:13:15:6:8:13:15:6:8 chr15 43658440 . GCCCT GCCT,GCCTC,GCCTG,TGCCT 63.98 PASS AF=0.361111,0,0.0555556,0;AO=7,2,2,2;DP=36;FAO=13,0,2,0;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8,0,0,0;FSAR=5,0,2,0;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.164849,-0.0684602,0.155522,0.091586;FXX=0;HRUN=3,3,3,1;LEN=1,2,2,2;MLLD=14.0268,104.695,22.0834,23.9225;QD=7.10864;RBI=0.17098,0.0705601,0.169545,0.091964;REFB=-0.176952,-0.0112317,-0.110816,-0.0697608;REVB=0.0453734,0.0170859,0.0675149,0.00832969;RO=19;SAF=4,2,0,1;SAR=3,0,2,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.364486,0,0,0;SSSB=-0.008787,0.485011,-0.550427,-0.0776352;STB=0.502389,0.5,0.995678,0.5;STBP=1,1,0.101,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp;VARB=0.127476,0,0.125363,0;OID=.,.,.,.;OPOS=43658441,43658443,43658443,43658440;OREF=C,CT,CT,GC;OALT=-,TC,TG,TG;OMAPALT=GCCT,GCCTC,GCCTG,TGCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:36:36:19:21:7,2,2,2:13,0,2,0:0.361111,0,0.0555556,0:3,0,2,1:4,2,0,1:11:8:5,0,2,0:8,0,0,0:13:8 chr15 43705467 . C A 1520.11 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0581775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.721;QD=61.4187;RBI=0.0670879;REFB=-0.0723911;REVB=0.0334091;RO=2;SAF=41;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225661;STB=0.511625;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000235033;OID=.;OPOS=43705467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:99:2:2:95:97:0.979798:54:41:2:0:55:42:2:0 chr15 44038899 . C T 1743.44 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0220763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.253;QD=58.1146;RBI=0.0329957;REFB=-0.0369475;REVB=0.0245226;RO=3;SAF=70;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130426;STB=0.50687;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.000300083;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:47:70:1:2:47:70:1:2 chr15 44061802 . C T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8418;QD=61.331;RBI=0.0180847;REFB=0;REVB=0.00785068;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29272e-05;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr15 44120559 . T G 1017.89 PASS AF=1;AO=48;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.68;QD=58.1651;RBI=0.148492;REFB=0;REVB=0.0572067;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509812;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:48:70:1:14:34:0:0:30:40:0:0 chr15 44120560 . C G 130.97 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.0188768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.6106;QD=7.48373;RBI=0.0388621;REFB=-0.0415202;REVB=0.0339696;RO=51;SAF=3;SAR=16;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634584;STB=0.876358;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0363096;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:16:3:37:14:16:3:37:14 chr15 44943757 . A G 1432.98 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0116091;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.776;QD=59.7077;RBI=0.0163185;REFB=-0.11104;REVB=0.0114684;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.508316;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000259723;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:0:3:93:93:0.96875:38:55:0:0:38:55:1:2 chr15 44966389 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4009;QD=58.5853;RBI=0.0477385;REFB=0;REVB=0.0374289;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47346e-05;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr15 45047134 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.382;QD=61.3364;RBI=0.00787261;REFB=0;REVB=0.00536478;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25544e-05;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr15 45047550 . C T 489.62 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188827;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.14;QD=59.3477;RBI=0.0358042;REFB=0;REVB=0.0304201;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236529;OID=.;OPOS=45047550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:1:0:33:33:1:17:16:0:1:17:16:0:0 chr15 45047573 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.022;QD=59.0178;RBI=0.0483431;REFB=0;REVB=-0.0163124;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96622e-05;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr15 45392075 . G A 1229.4 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928364;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8635;QD=60.711;RBI=0.109315;REFB=0;REVB=0.0577166;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098896;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:81:0:0:76:81:1:32:44:0:0:33:48:0:0 chr15 45400358 . C G 1115.78 PASS AF=1;AO=55;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327371;FXX=0.0263123;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.009;QD=60.3122;RBI=0.0528148;REFB=0;REVB=0.0414449;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98689e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:55:74:1:15:40:0:0:20:54:0:0 chr15 45404066 . G A 1916.94 PASS AF=0.841176;AO=143;DP=170;FAO=143;FDP=170;FR=.;FRO=27;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0405375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.905;QD=45.1044;RBI=0.0436339;REFB=-0.0654549;REVB=0.016144;RO=15;SAF=69;SAR=74;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268877;STB=0.506056;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00186148;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:15:27:143:143:0.841176:74:69:5:10:74:69:12:15 chr15 45408414 . C G 762.75 PASS AF=1;AO=25;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0152;QD=64.9145;RBI=0.2336;REFB=0;REVB=0.230235;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248693;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:25:47:1:6:19:0:0:27:20:0:0 chr15 45408933 . T C 1358.58 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.294;QD=62.4637;RBI=0.0288416;REFB=0;REVB=0.0248106;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92734e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr15 45442896 . T C 160.4 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00580483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.297;QD=6.8991;RBI=0.0301939;REFB=-0.00518739;REVB=-0.0296307;RO=68;SAF=11;SAR=12;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458545;STB=0.537562;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0137965;OID=.;OPOS=45442896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:68:70:23:23:0.247312:12:11:30:38:12:11:30:40 chr15 45457458 . G T 2639.0 PASS AF=0.957447;AO=175;DP=188;FAO=180;FDP=188;FR=.;FRO=8;FSAF=89;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0170781;FXX=0.00529073;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.875;QD=56.1488;RBI=0.105604;REFB=-0.127838;REVB=0.104214;RO=12;SAF=88;SAR=87;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105023;STB=0.510872;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0113108;OID=.;OPOS=45457458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:188:188:12:8:175:180:0.957447:87:88:5:7:91:89:6:2 chr15 45467523 . GGC G,GG 44.2 PASS AF=0.289474,0;AO=8,5;DP=38;FAO=11,0;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0636758,-0.188797;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.7745,10.1008;QD=4.65284;RBI=0.103282,0.199509;REFB=-0.0824124,-0.0798065;REVB=0.0813176,0.0644968;RO=19;SAF=6,2;SAR=2,3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0.555556,0.364532;SSEP=0,0.305263;SSSB=0.326369,-0.0862539;STB=0.801414,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,del;VARB=0.173917,0.0181299;OID=.,.;OPOS=45467524,45467525;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474,0:8,5:38:11,0:38:27:9,0:2,0:11:16:42:19:6,2:2,3:9:10 chr15 45467540 . C G 758.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.093;QD=63.1981;RBI=0.069967;REFB=0;REVB=0.026052;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131708;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:26:18:0:0:26:22:0:0 chr15 45491082 . G A 682.77 PASS AF=0.756757;AO=53;DP=72;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0279866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.225;QD=36.9065;RBI=0.118365;REFB=-0.0379934;REVB=0.115008;RO=19;SAF=33;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495331;STB=0.508446;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0104508;OID=.;OPOS=45491082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:19:18:53:56:0.756757:20:33:10:9:23:33:10:8 chr15 45653707 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.6;QD=51.1846;RBI=0.0610381;REFB=0;REVB=0.0536866;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197339;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr15 45654327 . A G 1246.55 PASS AF=0.934066;AO=84;DP=91;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=63;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0100123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5073;QD=54.7934;RBI=0.0584404;REFB=-0.0885586;REVB=-0.0575763;RO=6;SAF=62;SAR=22;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113102;STB=0.559985;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0171649;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:91:91:6:6:84:85:0.934066:22:62:0:6:22:63:0:6 chr15 45661678 . T A 2129.49 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0234631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.824;QD=61.2802;RBI=0.0306333;REFB=-0.0216909;REVB=0.0196948;RO=2;SAF=83;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319155;STB=0.501593;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000361479;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:139:2:2:136:137:0.985612:53:83:1:1:54:83:1:1 chr15 45694869 . CCG C 76.86 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0279885;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.8839;QD=20.4965;RBI=0.0819712;REFB=-0.0175815;REVB=0.077045;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.608468;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.0274287;OID=.;OPOS=45694870;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:16:10:15:5:7:3:2:3:26:8:5:2:3:5 chr15 45695695 . G A 2873.28 PASS AF=0.942584;AO=196;DP=209;FAO=197;FDP=209;FR=.;FRO=12;FSAF=105;FSAR=92;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0522226;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8648;QD=54.991;RBI=0.0815408;REFB=-0.0714823;REVB=0.0626235;RO=8;SAF=105;SAR=91;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160863;STB=0.501902;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00585768;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:209:209:8:12:196:197:0.942584:91:105:6:2:92:105:6:6 chr15 45779810 . G A 71.03 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=63;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00169266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=135.701;QD=4.50967;RBI=0.0174902;REFB=-0.00125314;REVB=0.0174081;RO=51;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198848;STB=0.630213;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00800459;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:63:63:51:51:12:12:0.190476:4:8:26:25:4:8:26:25 chr15 45781192 . G A 140.99 PASS AF=0.266667;AO=19;DP=76;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0448722;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9551;QD=7.51932;RBI=0.0538357;REFB=-0.00594002;REVB=0.0297452;RO=55;SAF=10;SAR=9;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090883;STB=0.573262;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0353825;OID=.;OPOS=45781192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:55:55:19:20:0.266667:9:10:33:22:10:10:33:22 chr15 48052595 . A C 405.8 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0102775;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.604;QD=13.8735;RBI=0.0118338;REFB=0.000625738;REVB=-0.00586631;RO=69;SAF=25;SAR=22;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868834;STB=0.544643;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000645209;OID=.;OPOS=48052595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:70:47:47:0.401709:22:25:31:38:22:25:32:38 chr15 48053229 . C A 302.44 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0632726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5643;QD=25.7397;RBI=0.0641471;REFB=-0.037282;REVB=-0.0105556;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105205;STB=0.503266;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0251196;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:11:16:11:8:11:16:12:8 chr15 48056219 . A G 217.94 PASS AF=0.287129;AO=28;DP=100;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0337857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4148;QD=8.63108;RBI=0.042737;REFB=0.00101341;REVB=-0.0261721;RO=71;SAF=12;SAR=16;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111725;STB=0.571673;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00190742;OID=.;OPOS=48056219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:71:72:28:29:0.287129:16:12:37:34:17:12:37:35 chr15 48058071 . G A 421.18 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0147915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.565;QD=33.0334;RBI=0.0211476;REFB=-0.048896;REVB=-0.015114;RO=14;SAF=25;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135054;STB=0.573354;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0253128;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:12:25:6:8:12:25:6:8 chr15 48063076 . T C 1478.32 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0128807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.89;QD=56.3171;RBI=0.0143376;REFB=-0.0270886;REVB=0.006297;RO=3;SAF=61;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227603;STB=0.511998;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000420312;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:41:61:3:0:41:61:3:0 chr15 48426484 . A G 427.09 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.537;QD=55.1081;RBI=0.0668919;REFB=0;REVB=0.0657449;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132497;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:18:13:0:0 chr15 48441554 . T C 189.28 PASS AF=0.259259;AO=28;DP=108;FAO=28;FDP=108;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.0014837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8058;QD=7.01024;RBI=0.0231248;REFB=-0.000787904;REVB=-0.0230772;RO=80;SAF=23;SAR=5;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319967;STB=0.696811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00255882;OID=.;OPOS=48441554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:80:80:28:28:0.259259:5:23:49:31:5:23:49:31 chr15 48443699 . T C 707.92 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0966;QD=54.4556;RBI=0.0130313;REFB=0.000197213;REVB=0.00722571;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-8.6584e-05;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr15 48460927 . C T 1688.07 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.73;QD=60.2881;RBI=0.0450061;REFB=0;REVB=-0.0197704;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101529;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:65:46:0:0:65:47:0:0 chr15 48495508 . C T 649.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.732;QD=61.8457;RBI=0.0607165;REFB=0;REVB=0.0200488;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215799;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:19:20:0:0:19:23:0:0 chr15 48527142 . ATTTTTTT ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTC 397.97 PASS AF=0,0.881579,0.118421;AO=8,18,9;DP=76;FAO=0,67,9;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30,8;FSAR=0,37,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896029,-0.151343,0.050353;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=7.70292,6.72834,8.67562;QD=20.946;RBI=0.368024,0.685214,0.29619;REFB=0.0308992,0.0297783,-0.014352;REVB=0.35695,0.668292,0.291879;RO=27;SAF=8,7,8;SAR=0,11,1;SRF=4;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.830766,0.288032,0.741442;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.093997,-0.017555,0.00964043;OID=.,.,.;OPOS=48527143,48527143,48527149;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.881579,0.118421:8,18,9:76:0,67,9:76:0:0,30,8:0,37,1:0:0:41:27:8,7,8:0,11,1:4:23 chr15 48539587 . T C 229.35 PASS AF=0.30303;AO=29;DP=100;FAO=30;FDP=99;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=0.00489114;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8116;QD=9.26685;RBI=0.00655895;REFB=0.00245789;REVB=-0.00436997;RO=68;SAF=16;SAR=13;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621;STB=0.553099;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00836113;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:68:69:29:30:0.30303:13:16:41:27:14:16:42:27 chr15 48580713 . T C 661.62 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.424;QD=61.5457;RBI=0.0502576;REFB=0;REVB=0.00512971;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170365;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr15 48595192 . G T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0738073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8662;QD=18.4431;RBI=0.0794359;REFB=-0.0152053;REVB=0.029369;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283331;STB=0.660123;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.013203;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:8:1:5:6:8:1 chr15 48701029 . C T 536.61 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.248;QD=59.623;RBI=0.0149329;REFB=0;REVB=0.0119265;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25165e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr15 48702457 . C A 1200.4 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0218087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.935;QD=58.5562;RBI=0.0249545;REFB=0.0357467;REVB=0.0121286;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145648;STB=0.515148;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000456857;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:48:32:1:0:48:32:2:0 chr15 48720156 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0766452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4722;QD=11.1046;RBI=0.0767506;REFB=-0.0276434;REVB=0.00402262;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.037738;OID=.;OPOS=48720156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr15 48779506 . T C 338.33 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00294475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.507;QD=12.5307;RBI=0.0284089;REFB=-0.0175417;REVB=-0.0282559;RO=64;SAF=20;SAR=21;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087895;STB=0.543457;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0202591;OID=.;OPOS=48779506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:67:41:41:0.37963:21:20:26:38:21:20:28:39 chr15 48807637 . C T 1695.16 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9408;QD=60.5415;RBI=0.0383871;REFB=0;REVB=0.0370799;RO=0;SAF=70;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209834;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:42:70:0:0:42:70:0:0 chr15 49118087 . C T 407.94 PASS AF=0.72;AO=35;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0109444;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.332;QD=32.6353;RBI=0.0337294;REFB=-0.0276456;REVB=-0.0319045;RO=14;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450614;STB=0.527762;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.010894;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:35:36:0.72:18:17:8:6:19:17:8:6 chr15 49127134 . G A 414.95 PASS AF=0.690909;AO=38;DP=55;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0733443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1557;QD=30.1779;RBI=0.0733767;REFB=-0.0572529;REVB=-0.00217731;RO=17;SAF=22;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00542341;STB=0.502945;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0193034;OID=.;OPOS=49127134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:17:38:38:0.690909:16:22:10:7:16:22:10:7 chr15 49282543 . T C 619.5 PASS AF=0.604396;AO=55;DP=91;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0112284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.01;QD=27.2307;RBI=0.0125502;REFB=-0.0164958;REVB=-0.00560638;RO=36;SAF=28;SAR=27;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135739;STB=0.507394;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0104422;OID=.;OPOS=49282543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:36:36:55:55:0.604396:27:28:19:17:27:28:19:17 chr15 49285001 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0339342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.801;QD=9.44485;RBI=0.034367;REFB=-0.00871949;REVB=0.00543688;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383856;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0116165;OID=.;OPOS=49285001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:7:3:2:4:7:3 chr15 49288160 . A G 711.84 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0128887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1042;QD=52.7292;RBI=0.0805586;REFB=-0.0946438;REVB=0.0795209;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.519992;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00373826;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:24:28:0:2:24:28:0:2 chr15 49325289 . A C 501.94 PASS AF=0.681818;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0168538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.276;QD=30.4203;RBI=0.0189338;REFB=-0.00777552;REVB=0.00862765;RO=21;SAF=28;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314158;STB=0.517038;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00295243;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:21:21:45:45:0.681818:17:28:12:9:17:28:12:9 chr15 49527865 . A G 455.74 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0288578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.192;QD=25.6753;RBI=0.0667534;REFB=-0.0605062;REVB=-0.0601934;RO=28;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596186;STB=0.532608;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0384123;OID=.;OPOS=49527865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:28:43:43:0.605634:25:18:14:14:25:18:14:14 chr15 49716845 . T C 203.37 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00926243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.787;QD=10.2974;RBI=0.0688145;REFB=-0.00684578;REVB=0.0681883;RO=53;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844665;STB=0.549492;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0236623;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:17:9:22:31:17:9:22:31 chr15 49717648 . G A 34.0 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.075931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3939;QD=3.88552;RBI=0.095183;REFB=-0.000971272;REVB=-0.0573959;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374255;STB=0.768239;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00158687;OID=.;OPOS=49717648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:16:13:1:5:16:13 chr15 50152583 . G T 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.945;QD=59.5014;RBI=0.0229906;REFB=0;REVB=-0.0173971;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77859e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:24:44:0:0:24:45:0:0 chr15 50226313 . G T 316.09 PASS AF=0.7;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0136606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4047;QD=31.6087;RBI=0.0665042;REFB=-0.0745877;REVB=0.0650861;RO=10;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535129;STB=0.558352;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0328065;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:39:40:10:12:28:28:0.7:17:11:5:5:17:11:7:5 chr15 50274641 . T G 622.76 PASS AF=0.675;AO=52;DP=78;FAO=54;FDP=80;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0282019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.052;QD=31.138;RBI=0.0382863;REFB=-0.0274679;REVB=0.0258939;RO=26;SAF=26;SAR=26;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236615;STB=0.506491;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0094047;OID=.;OPOS=50274641;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:26:26:52:54:0.675:26:26:14:12:26:28:14:12 chr15 50311135 . C A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.549;QD=57.1031;RBI=0.0337458;REFB=0;REVB=-0.0158017;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21678e-05;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr15 50311148 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000958029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.177;QD=55.4105;RBI=0.00940842;REFB=-0.0205818;REVB=-0.00935951;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=8.14083e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:1:0:24:33:1:0 chr15 50474766 . A C 435.89 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.806;QD=54.4862;RBI=0.0431179;REFB=-0.108708;REVB=0.033447;RO=1;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000908099;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:10:21:0:1:10:21:0:1 chr15 50646783 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6386;QD=35.5757;RBI=0.184648;REFB=0;REVB=0.0717622;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189739;OID=.;OPOS=50646783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 50773755 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.734;QD=58.0599;RBI=0.018797;REFB=0;REVB=-0.0108823;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19692e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr15 50853015 . G A 396.92 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00889153;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2688;QD=23.0098;RBI=0.00907293;REFB=0.0060974;REVB=-0.0018052;RO=28;SAF=25;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139486;STB=0.578662;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0061439;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:28:30:39:39:0.565217:14:25:13:15:14:25:14:16 chr15 50853054 . G A 298.53 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0711624;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.01;QD=15.5078;RBI=0.160865;REFB=-0.0187524;REVB=-0.144268;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17861;STB=0.525231;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0354187;OID=.;OPOS=50853054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:41:22:35:0.454545:13:9:15:10:17:18:23:18 chr15 50867082 . G A 377.09 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0475932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.436;QD=38.6756;RBI=0.0495255;REFB=-0.113584;REVB=-0.013699;RO=8;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708599;STB=0.555518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0182068;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:39:39:8:9:30:30:0.769231:20:10:4:4:20:10:5:4 chr15 50981098 . T C 338.51 PASS AF=0.627451;AO=31;DP=50;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.033634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.822;QD=26.5501;RBI=0.0453234;REFB=-0.0178968;REVB=0.0303803;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880534;STB=0.540978;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.015158;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:19:31:32:0.627451:17:14:11:8:17:15:11:8 chr15 51217361 . T C 1056.68 PASS AF=0.640845;AO=83;DP=137;FAO=91;FDP=142;FR=.;FRO=51;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00221098;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.081;QD=29.7656;RBI=0.00311851;REFB=-0.00290775;REVB=0.00219924;RO=52;SAF=52;SAR=31;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795994;STB=0.543725;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00167284;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:52:51:83:91:0.640845:31:52:27:25:34:57:26:25 chr15 51294832 . G A 555.5 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00511803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3607;QD=30.8611;RBI=0.0181072;REFB=-0.0195198;REVB=-0.0173688;RO=23;SAF=30;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289889;STB=0.515702;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0174521;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:19:30:13:10:19:30:13:10 chr15 51502844 . A C 1960.23 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0445855;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.781;QD=59.8543;RBI=0.13684;REFB=-0.198499;REVB=0.129373;RO=2;SAF=78;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00317289;STB=0.501669;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0032171;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:131:2:2:129:129:0.984733:51:78:1:1:51:78:1:1 chr15 51502986 . G A 2351.99 PASS AF=0.987342;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00187353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.377;QD=59.5441;RBI=0.0142304;REFB=-0.176731;REVB=0.0141065;RO=2;SAF=82;SAR=74;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011461;STB=0.506023;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00010743;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:158:158:2:2:156:156:0.987342:74:82:2:0:74:82:2:0 chr15 51503880 . AT A,AA 737.18 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=5,43;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141881,0.00517144;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.952,134.215;QD=61.4312;RBI=0.0163834,0.0672371;REFB=0,0;REVB=0.0081922,0.067038;RO=0;SAF=0,19;SAR=5,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0174277,0.00174667;OID=.,.;OPOS=51503881,51503881;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:5,43:48:1,47:48:0:0,19:1,28:0:0:5:0:0,19:5,24:0:0 chr15 51503897 . G A 629.25 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.059059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.533;QD=57.2045;RBI=0.0592149;REFB=0.0501558;REVB=-0.00429327;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.504482;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00264224;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:25:17:0:0:25:17:1:1 chr15 51529112 . T C 1733.39 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.288;QD=59.772;RBI=0.0406108;REFB=0.0515242;REVB=0.0353309;RO=1;SAF=68;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693286;STB=0.503649;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00244114;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:116:1:1:115:115:0.991379:47:68:1:0:47:68:1:0 chr15 51696856 . G A 202.63 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0366692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.909;QD=10.1316;RBI=0.036875;REFB=-0.0282238;REVB=-0.00389023;RO=54;SAF=11;SAR=15;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275732;STB=0.659996;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0397966;OID=.;OPOS=51696856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:15:11:36:18:15:11:36:18 chr15 51860757 . T TA 49.38 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0955436;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.70086;QD=10.9735;RBI=0.255657;REFB=-0.0926276;REVB=0.237132;RO=11;SAF=7;SAR=0;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74148;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=ins;VARB=0.130852;OID=.;OPOS=51860758;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:7:20:10:18:8:8:2:5:3:17:11:7:0:7:4 chr15 52521383 . C T 441.16 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.032447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.704;QD=27.5726;RBI=0.0326064;REFB=-0.00191422;REVB=-0.0032201;RO=22;SAF=25;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130801;STB=0.564171;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00048831;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:23:41:41:0.640625:16:25:9:13:16:25:10:13 chr15 52536592 . AGGGC AGGC,AGGGT 463.87 PASS AF=0.136364,0.727273;AO=7,30;DP=45;FAO=6,32;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=6,21;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.220566,-0.0159832;FXX=0.0222173;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=20.6022,106.978;QD=42.1695;RBI=0.223856,0.0160955;REFB=-0.0498526,-0.0193198;REVB=0.0382425,-0.00189757;RO=5;SAF=7,19;SAR=0,11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.469521,0;SSEP=0.435071,0;SSSB=0.826071,0.171392;STB=0.998053,0.581263;STBP=0.003,0.024;TYPE=del,snp;VARB=0.053978,0.0102763;OID=.,.;OPOS=52536593,52536596;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=AGGC,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136364,0.727273:7,30:45:6,32:44:6:6,21:0,11:1:5:32:5:7,19:0,11:0:5 chr15 52539673 . C T 80.29 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0424596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4443;QD=5.17998;RBI=0.0698601;REFB=-0.00107692;REVB=0.0554762;RO=48;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21774;STB=0.630343;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00436655;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:5:8:21:27:5:8:22:27 chr15 52556429 . A G 773.72 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164729;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1312;QD=64.4764;RBI=0.0291483;REFB=0;REVB=-0.0240472;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85106e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr15 52570093 . G A 189.1 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00957245;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.345;QD=28.0148;RBI=0.0403445;REFB=-0.0139549;REVB=-0.0391925;RO=9;SAF=15;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242251;STB=0.636192;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0079584;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:9:9:18:18:0.666667:3:15:5:4:3:15:5:4 chr15 52601033 . T C 933.28 PASS AF=0.742268;AO=54;DP=97;FAO=72;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0223593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.243;QD=38.4857;RBI=0.023577;REFB=-0.0413024;REVB=0.00747909;RO=25;SAF=24;SAR=30;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263454;STB=0.529946;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0142871;OID=.;OPOS=52601033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:25:25:54:72:0.742268:30:24:11:14:32:40:11:14 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 435.58 PASS AF=1;AO=22;DP=40;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230441;FXX=0.0908816;HRUN=3;LEN=9;MLLD=289.093;QD=58.0771;RBI=0.0444925;REFB=0;REVB=0.0444328;RO=9;SAF=4;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.25323e-05;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:40:30:30:0:4:26:0:0:3:9:4:18:5:4 chr15 52611451 . A G 365.16 PASS AF=0.267943;AO=56;DP=207;FAO=56;FDP=209;FR=.;FRO=153;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=97;FSRR=56;FWDB=-0.0374514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.104;QD=6.9887;RBI=0.042948;REFB=-0.0149767;REVB=-0.0210219;RO=151;SAF=37;SAR=19;SRF=96;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033827;STB=0.521511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0619219;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:151:153:56:56:0.267943:19:37:96:55:19:37:97:56 chr15 52643564 . G A 1201.2 PASS AF=0.654321;AO=105;DP=161;FAO=106;FDP=162;FR=.;FRO=56;FSAF=80;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.00592722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.449;QD=29.6591;RBI=0.0202436;REFB=-0.0059675;REVB=-0.0193565;RO=56;SAF=80;SAR=25;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562857;STB=0.526472;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00375977;OID=.;OPOS=52643564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:56:56:105:106:0.654321:25:80:39:17:26:80:39:17 chr15 52667552 . G A 1208.87 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.462;QD=61.2087;RBI=0.0135948;REFB=0;REVB=-0.00961607;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47338e-08;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:37:42:0:0 chr15 52689526 . T C 1062.15 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.619;QD=59.8394;RBI=0.0302704;REFB=0;REVB=-0.0198335;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35814e-05;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr15 52689631 . T G 1026.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9641;QD=59.4924;RBI=0.0526215;REFB=0;REVB=-0.0511226;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000353364;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr15 52901283 . TT CC 698.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468368;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=77.4094;QD=62.1259;RBI=0.0896392;REFB=0;REVB=0.0764297;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0004733;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:13:29:0:0:14:31:0:0 chr15 53907948 . G A 51.56 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00155122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7521;QD=6.0664;RBI=0.0792588;REFB=-0.00306665;REVB=-0.0792436;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261076;STB=0.651801;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0055892;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:15:10:5:3:15:11 chr15 53994493 . A G 126.39 PASS AF=0.203883;AO=19;DP=101;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.00733998;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.152;QD=4.90845;RBI=0.0409134;REFB=-0.0160303;REVB=-0.0402496;RO=82;SAF=8;SAR=11;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100196;STB=0.50925;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.060338;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:82:82:19:21:0.203883:11:8:41:41:11:10:40:42 chr15 54003091 . G A 381.16 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0268855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9557;QD=34.6511;RBI=0.0427909;REFB=0.0406525;REVB=0.0332901;RO=13;SAF=25;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148335;STB=0.581338;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.017606;OID=.;OPOS=54003091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:6:25:8:5:6:25:8:5 chr15 54008795 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3112;QD=56.9998;RBI=0.0715365;REFB=0;REVB=0.0631196;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103333;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr15 54008845 . T C 754.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3002;QD=56.9081;RBI=0.0415526;REFB=0;REVB=-0.00424616;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237337;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr15 54008889 . GA G 236.55 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0633689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7916;QD=23.0777;RBI=0.0634284;REFB=-0.0497886;REVB=0.0027472;RO=13;SAF=18;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240232;STB=0.631484;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0273254;OID=.;OPOS=54008890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.682927:28:41:28:41:13:18:10:3:10:71:13:18:10:3:10 chr15 54306925 . G A 957.44 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0640148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.332;QD=56.3197;RBI=0.0640318;REFB=-0.0288996;REVB=0.00147394;RO=1;SAF=49;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954688;STB=0.504949;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00195966;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:17:49:1:0:17:50:1:0 chr15 54624313 . T A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00153851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.675;QD=18.642;RBI=0.00174439;REFB=-0.00725743;REVB=0.000822128;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464258;STB=0.538425;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00720784;OID=.;OPOS=54624313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:12:9:11:12:12:9:12:12 chr15 54841874 . A G 462.09 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.02133;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.234;QD=40.1818;RBI=0.0391772;REFB=-0.0126377;REVB=0.0328616;RO=10;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118154;STB=0.572993;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0034228;OID=.;OPOS=54841874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:46:10:11:35:35:0.76087:18:17:2:8:18:17:2:9 chr15 55619796 . T C 905.87 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0089151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.837;QD=56.6167;RBI=0.0238984;REFB=0.0119005;REVB=0.0221733;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=4.68173e-06;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:37:26:0:0:37:26:1:0 chr15 55632859 . G T 928.91 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0388475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1508;QD=55.4572;RBI=0.0820564;REFB=-0.166025;REVB=-0.0722781;RO=2;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586349;STB=0.503105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00474256;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:26:39:1:1:26:39:1:1 chr15 55759193 . T C 291.74 PASS AF=0.827586;AO=25;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0458109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4262;QD=40.2406;RBI=0.0483107;REFB=-0.145631;REVB=-0.0153392;RO=4;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494164;STB=0.545152;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0307908;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:29:29:4:5:25:24:0.827586:11:14:3:1:11:13:4:1 chr15 56139153 . T C 543.59 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648284;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.257;QD=57.2196;RBI=0.190483;REFB=0;REVB=0.179112;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195099;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:34:38:1:11:23:0:0:12:26:0:0 chr15 56140995 . T A 525.32 PASS AF=0.71875;AO=45;DP=63;FAO=46;FDP=64;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.021733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.673;QD=32.8322;RBI=0.0233972;REFB=-0.0417326;REVB=0.00866642;RO=18;SAF=21;SAR=24;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131248;STB=0.567146;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0169205;OID=.;OPOS=56140995;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:18:18:45:46:0.71875:24:21:4:14:25:21:4:14 chr15 56152729 . T C 337.59 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00947001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.323;QD=20.1547;RBI=0.0345747;REFB=-0.00185192;REVB=-0.0332525;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122987;STB=0.506822;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00199324;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:17:18:16:16:17:18:16:16 chr15 56152872 . C T 921.35 PASS AF=0.695652;AO=79;DP=113;FAO=80;FDP=115;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00835299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4331;QD=32.0468;RBI=0.0440651;REFB=-0.0115891;REVB=-0.0432662;RO=33;SAF=34;SAR=45;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162053;STB=0.575279;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00491646;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:33:35:79:80:0.695652:45:34:24:9:45:35:24:11 chr15 56207811 . T G 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0172201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.837;QD=8.71556;RBI=0.0253456;REFB=-0.0121108;REVB=0.0185975;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891088;STB=0.562433;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0351422;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:12:7:19:24:12:7:20:24 chr15 56208535 . G A 54.05 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0427556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.347;QD=3.32608;RBI=0.0433231;REFB=-0.00467754;REVB=0.00698908;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220042;STB=0.652418;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.022768;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:55:55:10:10:0.153846:3:7:29:26:3:7:29:26 chr15 56258659 . A T 162.54 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000842213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.144;QD=10.8361;RBI=0.0181273;REFB=-0.0331008;REVB=-0.0181078;RO=39;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416435;STB=0.537154;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0661356;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:8:12:22:17:8:13:22:17 chr15 56322148 . C T 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0715;QD=50.3875;RBI=0.0792682;REFB=0;REVB=-0.0510508;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00274989;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr15 56322156 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7253;QD=49.5979;RBI=0.00690256;REFB=0;REVB=0.004141;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029311;OID=.;OPOS=56322156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr15 56383237 . G A 201.85 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00778483;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.675;QD=11.8737;RBI=0.00828678;REFB=-0.00918;REVB=0.00284026;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149593;STB=0.578393;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0122629;OID=.;OPOS=56383237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:43:24:25:0.367647:13:11:25:17:13:12:26:17 chr15 56386577 . T G 940.42 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.731;QD=57.8718;RBI=0.025123;REFB=0;REVB=0.00720504;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618886;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:31:34:0:0 chr15 56387931 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2416;QD=63.2789;RBI=0.0203518;REFB=0;REVB=0.0149394;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35813e-05;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr15 56721264 . G A 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.147;QD=57.6739;RBI=0.0326537;REFB=0;REVB=-0.00710205;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282793;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr15 56923713 . CG CA,TA 1119.02 PASS AF=0.881579,0.118421;AO=67,8;DP=76;FAO=67,9;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39,9;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195608,0.0214262;FXX=0.0129853;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=130.167,83.5467;QD=58.8958;RBI=0.0195928,0.0214267;REFB=0,0;REVB=-0.00111843,0.000141018;RO=0;SAF=39,8;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.74073e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00166503,0.0869637;OID=.,.;OPOS=56923714,56923713;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:76:76:0:0:67,8:67,9:0.881579,0.118421:28,0:39,8:0:0:28,0:39,9:0:0 chr15 56946980 . T G 490.19 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.015281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.774;QD=30.6367;RBI=0.0431338;REFB=-0.044231;REVB=0.0403363;RO=19;SAF=29;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110274;STB=0.55341;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0204441;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:20:44:44:0.6875:15:29:9:10:15:29:10:10 chr15 56959028 . C T 207.74 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0532866;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.181;QD=9.1313;RBI=0.0568078;REFB=-0.0145148;REVB=-0.0196891;RO=64;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236792;STB=0.62912;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0337984;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:11:16:25:39:11:16:26:38 chr15 56968865 . C T 235.93 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00354915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9805;QD=21.9466;RBI=0.037374;REFB=-0.0786311;REVB=0.0372051;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042422;STB=0.533304;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0610711;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:11:11:9:11:11:12:9:11 chr15 57213283 . A G 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0316084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.788;QD=36.4672;RBI=0.0386515;REFB=-0.0131424;REVB=-0.0222451;RO=6;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115373;STB=0.562858;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00197911;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:10:12:5:1:10:12:5:1 chr15 57731335 . A C 506.87 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.701;QD=56.3193;RBI=0.0688555;REFB=-0.181229;REVB=0.0619784;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00221739;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:12:23:0:0:12:23:0:1 chr15 57731573 . C T 370.15 PASS AF=0.731707;AO=29;DP=40;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0152047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.026;QD=36.1125;RBI=0.161151;REFB=-0.115752;REVB=0.160432;RO=11;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949105;STB=0.545424;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0479818;OID=.;OPOS=57731573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:40:41:11:11:29:30:0.731707:13:16:4:7:14:16:4:7 chr15 57731728 . A G,T 727.73 PASS AF=0.944444,0.037037;AO=51,2;DP=54;FAO=51,2;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27,1;FSAR=24,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360198,0.0181756;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.196,107.875;QD=53.9056;RBI=0.0438255,0.0340957;REFB=-0.0493937,0.04749;REVB=0.024965,0.0288473;RO=1;SAF=27,1;SAR=24,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0171217,-0.25849;STB=0.509087,0.665164;STBP=0.512,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.000943295,0.0355296;OID=.,.;OPOS=57731728,57731728;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:54:54:1:1:51,2:51,2:0.944444,0.037037:24,1:27,1:1:0:24,1:27,1:1:0 chr15 57835903 . T G 91.78 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0290806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.41;QD=8.74135;RBI=0.0295982;REFB=0.00886265;REVB=-0.00551129;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914955;STB=0.555467;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0213565;OID=.;OPOS=57835903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:4:8:22:8:4:8:22:8 chr15 57840127 . T C 241.3 PASS AF=0.283333;AO=34;DP=120;FAO=34;FDP=120;FR=.;FRO=86;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=-0.0121807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.513;QD=8.04319;RBI=0.0344654;REFB=-0.00702058;REVB=0.0322412;RO=86;SAF=20;SAR=14;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598939;STB=0.503544;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0145807;OID=.;OPOS=57840127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:86:86:34:34:0.283333:14:20:51:35:14:20:51:35 chr15 57918069 . A G 183.11 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0164604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.662;QD=7.96131;RBI=0.0224081;REFB=-0.000736345;REVB=-0.0152044;RO=66;SAF=7;SAR=18;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279492;STB=0.66407;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00197941;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:67:25:25:0.271739:18:7:33:33:18:7:33:34 chr15 57918090 . A G 1212.57 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1794;QD=59.8801;RBI=0.0291906;REFB=-0.0854172;REVB=0.0217479;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.505617;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0015972;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:44:36:0:0:44:36:0:1 chr15 57925836 . C T 406.61 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00874692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.182;QD=30.6872;RBI=0.0536588;REFB=-0.0335683;REVB=-0.0529411;RO=16;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126198;STB=0.568491;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0145142;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:17:20:5:11:17:20:5:11 chr15 57967219 . T C 1035.95 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000223326;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.504;QD=60.0548;RBI=0.0247322;REFB=0;REVB=0.0247312;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000906133;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:27:42:0:0 chr15 58444720 . A T 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.079;QD=60.4469;RBI=0.019386;REFB=0;REVB=0.0182605;RO=0;SAF=73;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90894e-06;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:38:73:0:0:38:73:0:0 chr15 58448405 . GTTTTTCA GTTTTCAT 34.33 PASS AF=0.111111;AO=4;DP=43;FAO=5;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0438907;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=3;MLLD=78.3407;QD=3.05127;RBI=0.050274;REFB=-0.0175417;REVB=-0.0245169;RO=24;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951266;STB=0.710184;STBP=0.398;TYPE=mnp;VARB=0.0192516;OID=.;OPOS=58448410;OREF=TCA;OALT=CAT;OMAPALT=GTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:4:43:5:45:37:4:1:22:15:24:24:2:2:14:10 chr15 58471368 . C T 1137.92 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.936;QD=60.689;RBI=0.0492385;REFB=0;REVB=0.0492165;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44872e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:75:0:0:68:75:1:31:37:0:0:36:39:0:0 chr15 58476281 . A G 796.97 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.156;QD=56.9262;RBI=0.024238;REFB=0;REVB=0.0193293;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06279e-05;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr15 58833993 . G A 1661.85 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4563;QD=59.3517;RBI=0.0374284;REFB=-0.117567;REVB=0.00951905;RO=1;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011169;STB=0.505881;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00180627;OID=.;OPOS=58833993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:1:1:111:111:0.991071:42:69:0:1:42:69:0:1 chr15 58837957 . A G 158.3 PASS AF=0.209302;AO=26;DP=127;FAO=27;FDP=129;FR=.;FRO=102;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.01735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9833;QD=4.9085;RBI=0.0178096;REFB=-0.00248348;REVB=-0.0040199;RO=98;SAF=12;SAR=14;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616316;STB=0.566961;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00707162;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:98:102:26:27:0.209302:14:12:50:48:15:12:54:48 chr15 58838010 . A G 1248.79 PASS AF=0.801653;AO=90;DP=122;FAO=97;FDP=121;FR=.;FRO=24;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00429363;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.096;QD=41.2823;RBI=0.0117374;REFB=-0.0200167;REVB=0.0109239;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536436;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0120194;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:0:24:90:97:0.801653:48:42:0:0:51:46:7:17 chr15 58853079 . C A 453.26 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00257363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.432;QD=54.9405;RBI=0.0984422;REFB=-0.196458;REVB=0.0984085;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.509798;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00127796;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:33:0:1:31:32:0.969697:6:25:0:0:7:25:1:0 chr15 58853109 . A G 347.6 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.501;QD=51.4961;RBI=0.159066;REFB=-0.0160361;REVB=0.158242;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000932291;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:11:15:0:0:11:15:0:1 chr15 58860963 . C A 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0127757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.284;QD=24.1271;RBI=0.0179069;REFB=0.00102176;REVB=0.0125475;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.519628;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.000794613;OID=.;OPOS=58860963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:4:7:10:7:4:7 chr15 58892410 . T C 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0111116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1265;QD=32.4306;RBI=0.0115407;REFB=0.000730003;REVB=-0.00311788;RO=10;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455517;STB=0.524979;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00079214;OID=.;OPOS=58892410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:10:14:5:5:10:14:5:5 chr15 58983318 . G C 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0148038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9356;QD=3.37588;RBI=0.0257814;REFB=0.00247215;REVB=-0.0211076;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21533;STB=0.650753;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0115748;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:16:25:3:4:16:25 chr15 58983425 . G C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.649;QD=60.0304;RBI=0.066006;REFB=0;REVB=-0.00203468;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82565e-05;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr15 58983588 . T A 1139.78 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4583;QD=59.2095;RBI=0.0263654;REFB=-0.180393;REVB=-0.0218937;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000306088;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:35:40:1:0:35:41:1:0 chr15 59147037 . A T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.841;QD=62.0196;RBI=0.0303058;REFB=0;REVB=0.0216725;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14447e-06;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr15 59147413 . T A 528.39 PASS AF=0.906977;AO=36;DP=41;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00106013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.86;QD=49.1529;RBI=0.0428759;REFB=-0.152909;REVB=0.0428628;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519265;STB=0.522091;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00327619;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:43:2:4:36:39:0.906977:17:19:0:2:20:19:1:3 chr15 59147800 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00774204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.949;QD=26.0488;RBI=0.0137028;REFB=-0.0240596;REVB=-0.0113061;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0112511;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr15 59347929 . C A 711.13 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.02252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1994;QD=31.6058;RBI=0.025367;REFB=0.0093558;REVB=0.0116762;RO=29;SAF=30;SAR=30;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031187;STB=0.511107;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00668745;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:30:60:60:0.666667:30:30:16:13:30:30:16:14 chr15 59368167 . G A 608.2 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0113385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.691;QD=30.41;RBI=0.0190863;REFB=-0.0198425;REVB=0.0153533;RO=27;SAF=30;SAR=23;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405647;STB=0.521962;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0062967;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:23:30:17:10:23:30:17:10 chr15 59409494 . T G 571.19 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=72;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00816615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.594;QD=31.2981;RBI=0.028465;REFB=0.00068298;REVB=0.0272685;RO=23;SAF=25;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121274;STB=0.56162;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.000336951;OID=.;OPOS=59409494;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:23:23:49:50:0.684932:24:25:7:16:25:25:7:16 chr15 59428868 . G C 321.16 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00742299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.491;QD=23.7897;RBI=0.0224544;REFB=-0.0319274;REVB=0.021192;RO=22;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525141;STB=0.528949;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0226362;OID=.;OPOS=59428868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:21:11:9:13:21:11:9:13 chr15 59499179 . G A 117.39 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0217837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.452;QD=4.47201;RBI=0.0225619;REFB=-0.0146637;REVB=-0.00587462;RO=85;SAF=9;SAR=11;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188577;STB=0.619603;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0668933;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:85:85:20:20:0.190476:11:9:51:34:11:9:51:34 chr15 59499228 . C T 105.79 PASS AF=0.169492;AO=20;DP=118;FAO=20;FDP=118;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.0345127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.492;QD=3.58618;RBI=0.0373105;REFB=0.00183602;REVB=0.0141757;RO=98;SAF=9;SAR=11;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230462;STB=0.648531;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0078486;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:98:98:20:20:0.169492:11:9:62:36:11:9:62:36 chr15 59499274 . C A 144.74 PASS AF=0.212389;AO=24;DP=113;FAO=24;FDP=113;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=34;FWDB=-0.0099529;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.798;QD=5.12346;RBI=0.010237;REFB=-0.00568798;REVB=0.00239494;RO=89;SAF=12;SAR=12;SRF=55;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149951;STB=0.592846;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.020413;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:89:89:24:24:0.212389:12:12:55:34:12:12:55:34 chr15 59500116 . T C 131.18 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00779972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.974;QD=7.49617;RBI=0.0261994;REFB=0.00182104;REVB=0.0250114;RO=51;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239671;STB=0.644625;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00514617;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:12:7:29:22:12:7:29:22 chr15 59500352 . T G 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0176399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278;QD=29.0556;RBI=0.0198595;REFB=-0.0183904;REVB=0.00912316;RO=17;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130012;STB=0.570709;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00808124;OID=.;OPOS=59500352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:15:19:13:4:15:19:13:4 chr15 59510189 . G A 1231.5 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00825057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.708;QD=60.0733;RBI=0.0276637;REFB=-0.138923;REVB=0.0264047;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00020992;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:40:41:1:0:40:41:1:0 chr15 59682428 . G A 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0287923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.719;QD=8.53602;RBI=0.0381985;REFB=-0.0104262;REVB=-0.0251023;RO=57;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534201;STB=0.50724;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0291264;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:57:59:24:24:0.289157:14:10:24:33:14:10:24:35 chr15 59682486 . G GT 32.05 PASS AF=0.1875;AO=10;DP=75;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0344617;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.599;QD=2.0034;RBI=0.0563595;REFB=0.00247384;REVB=-0.0445957;RO=61;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617637;STB=0.543407;STBP=0.795;TYPE=ins;VARB=-0.034016;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:10:75:12:64:52:5:7:19:33:32:61:3:7:21:40 chr15 59784493 . C T 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0130007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.942;QD=7.86441;RBI=0.0178276;REFB=-0.0153719;REVB=-0.0121986;RO=44;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151426;STB=0.522943;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.038595;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:46:18:18:0.28125:8:10:25:19:8:10:27:19 chr15 59911420 . CA CT,TT 1342.91 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=63,4;DP=89;FAO=84,4;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4;FSAR=39,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404855,0.0282697;FXX=0.0112347;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=104.362,66.71;QD=61.0414;RBI=0.0627375,0.0286468;REFB=0,0;REVB=0.0479262,0.00463247;RO=0;SAF=39,4;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.51964e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00272783,-0.0646684;OID=.,.;OPOS=59911421,59911420;OREF=A,CA;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:89:88:0:0:63,4:84,4:0.954545,0.0454545:24,0:39,4:0:0:39,0:45,4:0:0 chr15 59911970 . A C 2386.26 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2785;QD=64.0607;RBI=0.0222618;REFB=0;REVB=0.013109;RO=0;SAF=89;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82976e-05;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:149:0:0:147:149:1:58:89:0:0:59:90:0:0 chr15 59912625 . G A 747.99 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0076943;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.185;QD=62.3328;RBI=0.0687029;REFB=0;REVB=0.0682707;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169411;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:41:48:1:18:23:0:0:24:24:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 539.78 PASS AF=0.80597;AO=52;DP=64;FAO=54;FDP=67;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0385829;FXX=0.0821805;HRUN=3;LEN=5;MLLD=231.189;QD=32.2255;RBI=0.0552567;REFB=-0.034406;REVB=0.0395557;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504585;STBP=0.883;TYPE=del;VARB=0.00949171;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.80597:52:64:54:67:13:22:32:5:8:44:0:22:30:0:0 chr15 60678298 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.633;QD=49.5992;RBI=0.0431235;REFB=0;REVB=0.00380805;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02521e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr15 60690089 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5932;QD=35.5755;RBI=0.0713244;REFB=0;REVB=-0.0712984;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00297286;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 60715800 . T G 409.59 PASS AF=0.888889;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.042548;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=56.0531;QD=45.5099;RBI=0.165849;REFB=-0.0306783;REVB=0.160298;RO=3;SAF=18;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071485;STB=0.543452;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0248434;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:31:36:3:4:28:32:0.888889:10:18:3:0:11:21:4:0 chr15 60724118 . C G 607.69 PASS AF=0.97619;AO=22;DP=45;FAO=41;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140909;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.039;QD=57.8752;RBI=0.0240289;REFB=-0.0151971;REVB=0.0194636;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.50847;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00546699;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:42:1:1:22:41:0.97619:7:15:1:0:12:29:1:0 chr15 60734697 . A G 566.11 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.243;QD=59.5904;RBI=0.0261218;REFB=0;REVB=-7.50606e-05;RO=0;SAF=32;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111065;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:5:32:0:0:6:32:0:0 chr15 60789798 . G T 876.91 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0318344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6606;QD=54.8069;RBI=0.0324972;REFB=-0.0594289;REVB=-0.00653015;RO=2;SAF=38;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024201;STB=0.512816;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000940735;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:24:38:2:0:24:38:2:0 chr15 62202482 . C T 1216.24 PASS AF=0.424051;AO=131;DP=312;FAO=134;FDP=316;FR=.;FRO=182;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=127;FSRR=55;FWDB=0.014401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.583;QD=15.3954;RBI=0.0146745;REFB=0.00863055;REVB=-0.00282006;RO=168;SAF=62;SAR=69;SRF=115;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212684;STB=0.621721;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00776982;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:312:316:168:182:131:134:0.424051:69:62:115:53:69:65:127:55 chr15 62212781 . T C 188.78 PASS AF=0.214286;AO=25;DP=126;FAO=27;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0337449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.955;QD=5.99313;RBI=0.0388947;REFB=-0.0315526;REVB=-0.019341;RO=70;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414064;STB=0.633442;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0609616;OID=.;OPOS=62212781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:92:25:27:0.214286:9:16:20:50:10:17:42:50 chr15 62254989 . T C 276.55 PASS AF=0.306452;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.0429597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5192;QD=8.92098;RBI=0.101252;REFB=-0.0010963;REVB=0.0916862;RO=86;SAF=21;SAR=16;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162716;STB=0.576396;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00439571;OID=.;OPOS=62254989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:86:86:37:38:0.306452:16:21:37:49:17:21:38:48 chr15 62259637 . C T 704.59 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7109;QD=58.7159;RBI=0.0136632;REFB=-0.023185;REVB=-0.00834732;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.518511;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00505374;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:26:20:0:2:26:20:0:2 chr15 62299603 . T G 192.82 PASS AF=0.291139;AO=20;DP=80;FAO=23;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00716016;FXX=0.0124984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.4701;QD=9.76312;RBI=0.00716016;REFB=-0.00584827;REVB=2.2965e-06;RO=37;SAF=16;SAR=4;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309314;STB=0.647341;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0164399;OID=.;OPOS=62299603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:51:20:23:0.291139:4:16:21:16:5:18:31:20 chr15 62316035 . C T 158.34 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00256116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.122;QD=20.4306;RBI=0.0126526;REFB=-0.00315224;REVB=0.0123907;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211741;STB=0.510624;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00377168;OID=.;OPOS=62316035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:13:15:0.483871:3:10:11:3:3:12:11:3 chr15 62539781 . A G 731.69 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101446;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.265;QD=56.2842;RBI=0.0138876;REFB=0;REVB=-0.00948429;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629577;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:15:36:0:0:16:36:0:0 chr15 62990971 . C T 736.53 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0732718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2604;QD=52.6091;RBI=0.0802014;REFB=-0.143127;REVB=-0.0326116;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00630762;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:1:2:54:54:0.964286:28:26:1:0:28:26:2:0 chr15 63009804 . C T 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.728;QD=57.8818;RBI=0.081062;REFB=0;REVB=0.0553373;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374516;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr15 63047778 . C T 1513.78 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6183;QD=59.9516;RBI=0.0903969;REFB=0;REVB=0.0512406;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405154;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:46:54:0:0:46:55:0:0 chr15 63351840 . C A 556.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7469;QD=60.1956;RBI=0.0384884;REFB=0;REVB=-0.0378929;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479503;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr15 63433766 . G A 966.02 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0873;QD=58.5466;RBI=0.0488852;REFB=0;REVB=-0.0267338;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139152;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:29:34:0:0:30:36:0:0 chr15 63433785 . G A 266.49 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0114202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.806;QD=13.4933;RBI=0.0169929;REFB=-0.0191883;REVB=0.0125832;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108594;STB=0.561998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0260838;OID=.;OPOS=63433785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:13:18:23:25:13:18:23:25 chr15 63597857 . T G 340.08 PASS AF=0.307692;AO=44;DP=143;FAO=44;FDP=143;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.0268591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.1101;QD=9.5128;RBI=0.054002;REFB=-0.0090202;REVB=-0.0468487;RO=95;SAF=34;SAR=10;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289456;STB=0.686282;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0211186;OID=.;OPOS=63597857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:95:99:44:44:0.307692:10:34:53:42:10:34:53:46 chr15 64215375 . G C 763.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1998;QD=63.5952;RBI=0.0393533;REFB=0;REVB=-0.0391842;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300321;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr15 64385851 . T C 785.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7795;QD=64.1397;RBI=0.0362561;REFB=0;REVB=-0.00364563;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389282;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr15 64418397 . G A 514.31 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0247;QD=58.7783;RBI=0.0291738;REFB=0;REVB=0.0260056;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328363;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:30:35:1:23:7:0:0:26:9:0:0 chr15 64430607 . T C 230.19 PASS AF=0.95;AO=10;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.207;QD=46.0372;RBI=0.0582263;REFB=-0.063281;REVB=0.0571958;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00269008;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:10:19:0.95:6:4:0:0:14:5:1:0 chr15 64634884 . C A 323.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.38;QD=53.8588;RBI=0.121313;REFB=0;REVB=-0.0392173;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168158;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr15 64737225 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.967;QD=60.6102;RBI=0.0354626;REFB=0;REVB=0.0329442;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23526e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr15 64792532 . G T 1079.05 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.032;QD=59.9472;RBI=0.0312593;REFB=0;REVB=-0.030997;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29382e-05;OID=.;OPOS=64792532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr15 64792896 . G A 1446.96 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.473;QD=62.2347;RBI=0.0370063;REFB=0;REVB=0.0326516;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20992e-05;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:89:93:1:49:40:0:0:51:42:0:0 chr15 64793617 . A G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.874;QD=57.7116;RBI=0.0405277;REFB=0;REVB=0.0129815;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32516e-05;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr15 64915106 . C T 1186.95 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5936;QD=60.8691;RBI=0.0680563;REFB=0;REVB=0.0610545;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698359;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr15 64977358 . GTTTTTT GTTTTTA,GTTTTT 193.06 PASS AF=0.238095,0.333333;AO=11,14;DP=68;FAO=15,21;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=11,7;FSAR=4,14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0581479,-0.15895;FXX=0.0735186;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=191.915,8.22673;QD=12.2575;RBI=0.0607785,0.172474;REFB=-0.000774154,-0.0351733;REVB=-0.0176877,0.0669499;RO=25;SAF=7,3;SAR=4,11;SRF=5;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.471013,0.0234094;STB=0.801393,0.573705;STBP=0.015,0.443;TYPE=snp,del;VARB=0.0381877,-0.0629758;OID=.,.;OPOS=64977364,64977359;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.238095,0.333333:11,14:68:15,21:63:27:11,7:4,14:6:21:89:25:7,3:4,11:5:20 chr15 65032108 . ATTTTG ATTTG,ATTTTGT,TTTTTG 37.06 PASS AF=0,0.189189,0;AO=4,5,2;DP=37;FAO=0,7,0;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=0,5,0;FSAR=0,2,0;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.171217,-0.200944,-0.0158235;FXX=0;HRUN=4,0,1;LEN=1,1,1;MLLD=12.4357,20.7262,244.449;QD=4.00606;RBI=0.181685,0.206332,0.0158361;REFB=-0.0784736,-0.00985615,-0.00431642;REVB=-0.060778,-0.0468443,0.000631031;RO=20;SAF=1,3,0;SAR=3,2,2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.575634,-0.272514,-0.675245;STB=0.5,0.545321,0.5;STBP=1,0.854,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.0166311,-0.0284395,0;OID=.,.,.;OPOS=65032109,65032114,65032108;OREF=T,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=ATTTG,ATTTTGT,TTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:37:37:20:30:4,5,2:0,7,0:0,0.189189,0:3,2,2:1,3,0:16:4:0,2,0:0,5,0:20:10 chr15 65041622 . C A 310.62 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100219;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3915;QD=54.0213;RBI=0.0914721;REFB=0;REVB=0.0909214;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159704;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr15 65108479 . T C 694.51 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4064;QD=60.392;RBI=0.0300219;REFB=-0.0989721;REVB=0.0127259;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302851;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00609076;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:15:29:0:1:15:30:0:1 chr15 65153690 . G A 1117.77 PASS AF=1;AO=59;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.644;QD=60.42;RBI=0.0555819;REFB=0;REVB=0.051134;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149214;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:59:74:1:32:27:0:0:46:28:0:0 chr15 65157482 . C T 519.98 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.164;QD=59.4263;RBI=0.0691052;REFB=0;REVB=0.0525742;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277334;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:9:25:0:0:9:26:0:0 chr15 65159797 . T G 123.51 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3626;QD=38.0025;RBI=0.0961735;REFB=0.0421285;REVB=-0.0726707;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00652018;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:10:12:0.923077:10:0:0:1:10:2:0:1 chr15 65347405 . G A 982.65 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0226169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.739;QD=56.1515;RBI=0.041908;REFB=-0.0996419;REVB=0.0352811;RO=2;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004054;STB=0.502145;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000530391;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:39:29:1:1:39:29:1:1 chr15 65369951 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2398;QD=42.1824;RBI=0.0379271;REFB=0;REVB=-0.0362639;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00232583;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr15 65370353 . T C 2102.16 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1027;QD=62.7509;RBI=0.059009;REFB=0;REVB=0.0188569;RO=0;SAF=74;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209366;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:60:74:0:0:60:74:0:0 chr15 65449169 . C T 976.29 PASS AF=0.985294;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000459542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.335;QD=57.4291;RBI=0.0079543;REFB=0.0237119;REVB=-0.00794102;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000878288;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:68:67:0.985294:35:33:0:0:35:32:1:0 chr15 65489128 . C T 427.64 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0639297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.22;QD=51.835;RBI=0.0727108;REFB=-0.0920975;REVB=0.0346389;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.512187;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00135134;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:21:10:1:0:21:10:1:1 chr15 65489688 . T C 1438.09 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.638;QD=61.8533;RBI=0.0630467;REFB=0.0262029;REVB=-0.0620455;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977167;STB=0.504949;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00016583;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:89:92:0.989247:48:41:0:1:50:42:0:1 chr15 65490901 . T C 912.14 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.457;QD=55.2809;RBI=0.0276479;REFB=-0.0435357;REVB=-0.0251297;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000557342;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:1:1:27:37:1:1 chr15 65494212 . A G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3372;QD=59.0122;RBI=0.0490829;REFB=0;REVB=0.0435898;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376228;OID=.;OPOS=65494212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 65553246 . C T 1570.4 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126519;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=58.7065;RBI=0.0663391;REFB=-0.0576083;REVB=-0.0651214;RO=0;SAF=56;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000282236;OID=.;OPOS=65553246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:50:56:0:0:50:56:1:0 chr15 65621857 . T C 1064.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507418;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2188;QD=59.9684;RBI=0.0561059;REFB=0;REVB=0.0239404;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20473e-05;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:43:27:0:0:44:27:0:0 chr15 65667724 . A G 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.077;QD=58.2335;RBI=0.0351056;REFB=0;REVB=0.0126241;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124667;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr15 65676617 . T C 459.83 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.46;QD=57.4787;RBI=0.00889481;REFB=0;REVB=0.00827291;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6013e-06;OID=.;OPOS=65676617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:17:15:0:0 chr15 65676726 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.579;QD=55.097;RBI=0.0277517;REFB=0;REVB=0.00370903;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00691e-05;OID=.;OPOS=65676726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr15 65681239 . TG GT 57.84 PASS AF=0.171875;AO=13;DP=70;FAO=11;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0958894;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=2;MLLD=21.7006;QD=3.61514;RBI=0.158408;REFB=-0.00681666;REVB=-0.126089;RO=45;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643965;STB=0.948479;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.0490936;OID=.;OPOS=65681239;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:64:45:52:13:11:0.171875:2:11:12:33:1:10:12:40 chr15 65687536 . C T 441.01 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.00587402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.113;QD=13.2634;RBI=0.00605559;REFB=-0.0122906;REVB=-0.00147178;RO=77;SAF=18;SAR=33;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154974;STB=0.608298;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0217492;OID=.;OPOS=65687536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:77:82:51:51:0.383459:33:18:38:39:33:18:43:39 chr15 65689213 . G A 460.17 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0255642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.922;QD=26.6763;RBI=0.161955;REFB=-0.065769;REVB=0.159925;RO=20;SAF=32;SAR=11;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439635;STB=0.553049;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.012317;OID=.;OPOS=65689213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:26:43:43:0.623188:11:32:16:4:11:32:22:4 chr15 65748564 . ATTT AT,ATTA,ATT 401.37 PASS AF=0.0188679,0.113208,0.811321;AO=6,9,18;DP=54;FAO=1,6,43;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=1,6,28;FSAR=0,0,15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.110776,-0.0456427,-0.230507;FXX=0.0185151;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=12.3742,195.155,11.0133;QD=30.2919;RBI=0.463544,0.0859657,0.898502;REFB=0.0848349,0.0258563,0.123926;REVB=0.450113,0.0728481,0.868431;RO=18;SAF=6,9,18;SAR=0,0,0;SRF=3;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.811422,0.834938,0.864264;STB=0.5,0.5,0.525412;STBP=1,1,0.246;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0126027,0.102385,-0.0325618;OID=.,.,.;OPOS=65748565,65748567,65748565;OREF=TT,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=AT,ATTA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0188679,0.113208,0.811321:6,9,18:54:1,6,43:53:3:1,6,28:0,0,15:3:0:31:18:6,9,18:0,0,0:3:15 chr15 65916527 . A T 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.559;QD=59.8291;RBI=0.0195378;REFB=0;REVB=-0.00672866;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75706e-05;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:44:59:0:0:44:59:0:0 chr15 66011630 . A G 1366.94 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.628;QD=62.1336;RBI=0.0339611;REFB=0;REVB=0.0215715;RO=0;SAF=52;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95394e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:34:52:0:0:35:53:0:0 chr15 66023799 . G A,T 348.19 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=25;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000177228,0.0610081;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.773,59.2995;QD=53.5672;RBI=0.0299192,0.0836551;REFB=0,0;REVB=-0.0299187,-0.057238;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0302639,0.0137018;OID=.,.;OPOS=66023799,66023799;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:26:0:0:3,22:3,23:0.115385,0.884615:0,10:3,12:0:0:0,10:3,13:0:0 chr15 66191077 . A G 222.15 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0295185;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6808;QD=10.0977;RBI=0.0385522;REFB=-0.0120882;REVB=0.0247977;RO=60;SAF=15;SAR=13;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222347;STB=0.51302;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0345533;OID=.;OPOS=66191077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:60:60:28:28:0.318182:13:15:31:29:13:15:31:29 chr15 66257408 . T C 784.76 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.43;QD=57.0731;RBI=0.0633472;REFB=0;REVB=0.0394066;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29833e-05;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:36:19:0:0:36:19:0:0 chr15 66274690 . T C 427.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6413;QD=56.9951;RBI=0.0285208;REFB=0;REVB=0.0284622;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378077;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 66411441 . C T 344.48 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.00108449;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.613;QD=13.9182;RBI=0.0209909;REFB=-0.0111582;REVB=0.0209628;RO=57;SAF=21;SAR=17;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101921;STB=0.577432;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0170211;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:57:61:38:38:0.383838:17:21:26:31:17:21:26:35 chr15 66625161 . A G 220.46 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0164068;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.572;QD=16.0336;RBI=0.017432;REFB=-0.0268856;REVB=-0.00589011;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14441;STB=0.591168;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0220543;OID=.;OPOS=66625161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:30:25:25:0.454545:15:10:15:12:15:10:17:13 chr15 66625470 . G A 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0329879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.678;QD=4.41827;RBI=0.0481698;REFB=-0.016819;REVB=-0.0351017;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227745;STB=0.668791;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0744712;OID=.;OPOS=66625470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:30:31:7:7:0.184211:5:2:14:16:5:2:15:16 chr15 66640619 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.24;QD=52.6132;RBI=0.0186914;REFB=0;REVB=-0.00135622;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96852e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr15 66644521 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.164;QD=53.2772;RBI=0.02527;REFB=0;REVB=0.0134142;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014497;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr15 66782048 . C T 428.66 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0448498;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5569;QD=19.9374;RBI=0.0454951;REFB=0.00113219;REVB=0.00763517;RO=44;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230472;STB=0.523435;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00266925;OID=.;OPOS=66782048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:43:42:43:0.5:19:23:23:21:19:24:22:21 chr15 66832466 . A G 419.17 PASS AF=0.703704;AO=37;DP=53;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00319446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.467;QD=31.05;RBI=0.031517;REFB=-0.0294581;REVB=0.0313547;RO=15;SAF=23;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155986;STB=0.56927;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00847205;OID=.;OPOS=66832466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:15:16:37:38:0.703704:14:23:5:10:15:23:6:10 chr15 67234251 . A G 1594.09 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0321697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.446;QD=57.9668;RBI=0.0450099;REFB=-0.0587706;REVB=0.0314801;RO=1;SAF=60;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784589;STB=0.508195;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000635037;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:48:60:1:0:48:60:2:0 chr15 67457335 . A G 556.84 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00700795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.48;QD=30.9355;RBI=0.0153962;REFB=-0.00270316;REVB=0.0137088;RO=23;SAF=30;SAR=19;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525284;STB=0.528405;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00172972;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:19:30:16:7:19:30:16:7 chr15 67484297 . C T 231.27 PASS AF=0.315789;AO=27;DP=93;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0018445;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.249;QD=9.73784;RBI=0.00238132;REFB=-0.0108604;REVB=0.00150615;RO=61;SAF=11;SAR=16;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812844;STB=0.532446;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0212777;OID=.;OPOS=67484297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:61:65:27:30:0.315789:16:11:29:32:18:12:29:36 chr15 67486775 . T C 323.73 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00239768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.224;QD=34.9978;RBI=0.0336822;REFB=0.00644003;REVB=0.0335967;RO=10;SAF=17;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015656;STB=0.508541;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00184663;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:10:17:6:4:10:17:6:4 chr15 67486847 . T C 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0121681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.713;QD=33.2497;RBI=0.0124024;REFB=-0.00777129;REVB=-0.0023993;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607734;STB=0.533303;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00118391;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:11:11:5:3:11:11:5:3 chr15 67494304 . T G 370.76 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0060048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.526;QD=28.5199;RBI=0.00998923;REFB=-0.00492425;REVB=0.00798293;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222359;STB=0.60688;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00282635;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:16:17:34:35:0.673077:20:14:1:15:20:15:2:15 chr15 67528374 . T G 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0420897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4939;QD=8.7244;RBI=0.0879687;REFB=-0.000114145;REVB=0.077246;RO=48;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907187;STB=0.544262;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00344469;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:48:49:21:21:0.3:9:12:31:17:9:12:31:18 chr15 67547301 . C A 347.92 PASS AF=0.308219;AO=45;DP=140;FAO=45;FDP=146;FR=.;FRO=101;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=65;FSRR=36;FWDB=0.0193944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.6466;QD=9.53214;RBI=0.019396;REFB=-0.0175787;REVB=-0.00025425;RO=95;SAF=26;SAR=19;SRF=61;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784834;STB=0.547305;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0420832;OID=.;OPOS=67547301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:146:95:101:45:45:0.308219:19:26:61:34:19:26:65:36 chr15 67574440 . C G 124.14 PASS AF=0.3;AO=14;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0306509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.799;QD=9.93136;RBI=0.0308124;REFB=-0.00276888;REVB=-0.00315086;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25056;STB=0.61889;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00772936;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:14:15:0.3:5:9:15:20:6:9:15:20 chr15 67692502 . T C 1510.65 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.04;QD=63.6064;RBI=0.0275746;REFB=0;REVB=-0.0191871;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42486e-07;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr15 67768151 . G C 1496.13 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199118;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.59;QD=63.6653;RBI=0.0677235;REFB=0;REVB=0.0647302;RO=0;SAF=57;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46408e-05;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:37:57:0:0:37:57:0:0 chr15 67951150 . G T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0193389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.9;QD=7.32759;RBI=0.0584556;REFB=-0.00938451;REVB=-0.0551639;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374078;STB=0.736241;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0464275;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:12:9:6:2:12:9 chr15 68117300 . T A 1680.32 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501001;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.026;QD=60.5519;RBI=0.0514736;REFB=0;REVB=0.0118114;RO=0;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64517e-05;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:48:63:0:0:48:63:0:0 chr15 68483919 . GTAAC G 214.78 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0307105;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.969;QD=35.7964;RBI=0.0525105;REFB=-0.0310464;REVB=0.0425936;RO=5;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151063;STB=0.583241;STBP=0.185;TYPE=del;VARB=0.00728337;OID=.;OPOS=68483920;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:19:25:19:24:5:5:14:3:2:28:5:5:14:3:2 chr15 68583175 . T C 1533.78 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.304;QD=62.6034;RBI=0.0368929;REFB=-0.0468048;REVB=0.0248876;RO=1;SAF=66;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713089;STB=0.503759;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00136444;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:94:97:0.989796:28:66:1:0:31:66:1:0 chr15 68603625 . C T 1683.53 PASS AF=0.982609;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.044746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.666;QD=58.5577;RBI=0.0600363;REFB=-0.0739782;REVB=0.0400269;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.500697;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000292337;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:1:2:113:113:0.982609:52:61:0:1:52:61:1:1 chr15 68605169 . G A 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00829753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.519;QD=8.52685;RBI=0.00856772;REFB=-0.0124193;REVB=-0.00213467;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102703;STB=0.560924;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.030364;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:11:12:34:22:11:12:34:22 chr15 68609647 . G T 55.52 PASS AF=0.176471;AO=7;DP=49;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0190659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.171;QD=4.35468;RBI=0.0227548;REFB=-0.00916239;REVB=0.0124207;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059232;STB=0.553455;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0544905;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:49:51:42:42:7:9:0.176471:4:3:16:26:5:4:16:26 chr15 68612556 . T C 1930.92 PASS AF=0.992248;AO=120;DP=121;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.394;QD=59.8736;RBI=0.0419294;REFB=-0.109721;REVB=0.0367401;RO=1;SAF=73;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646316;STB=0.503355;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0020007;OID=.;OPOS=68612556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:121:129:1:1:120:128:0.992248:47:73:1:0:54:74:1:0 chr15 68624290 . G A,C 1436.84 PASS AF=0.940594,0.049505;AO=95,4;DP=100;FAO=95,5;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=40,5;FSAR=55,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0381884,-0.0793088;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.042,50.1644;QD=56.9047;RBI=0.0433725,0.0805233;REFB=-0.0931792,-0.0749841;REVB=0.0205626,0.0139326;RO=0;SAF=40,4;SAR=55,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506172,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000917781,-0.0537259;OID=.,.;OPOS=68624290,68624290;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:100:101:0:1:95,4:95,5:0.940594,0.049505:55,0:40,4:0:0:55,0:40,5:1:0 chr15 68624396 . A C 545.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.613;QD=58.9414;RBI=0.021993;REFB=0;REVB=0.0154245;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287252;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr15 68628143 . C T 1810.59 PASS AF=0.881579;AO=133;DP=152;FAO=134;FDP=152;FR=.;FRO=18;FSAF=64;FSAR=70;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.0630843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.943;QD=47.647;RBI=0.0647654;REFB=-0.173755;REVB=0.0146604;RO=5;SAF=63;SAR=70;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362356;STB=0.561635;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00411172;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:152:152:5:18:133:134:0.881579:70:63:5:0:70:64:18:0 chr15 68649587 . G A 1200.51 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.77;QD=58.5614;RBI=0.0212645;REFB=-0.10766;REVB=0.0165196;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242644;STB=0.512817;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00100551;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:42:38:2:0:42:38:2:0 chr15 69238272 . G T 121.28 PASS AF=0.340909;AO=11;DP=40;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0119836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.899;QD=11.0258;RBI=0.0288344;REFB=-0.0114441;REVB=0.0262263;RO=29;SAF=4;SAR=7;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514198;STB=0.762428;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00956127;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:29:29:11:15:0.340909:7:4:24:5:9:6:24:5 chr15 69238445 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0190558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.775;QD=11.0924;RBI=0.0252913;REFB=-0.0200535;REVB=0.0166291;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.021553;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:5:1:2:3:5:1 chr15 69325581 . C T 212.42 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.01747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6491;QD=10.2371;RBI=0.0174785;REFB=-0.0306478;REVB=-0.000545869;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145268;STB=0.584472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0621958;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:13:14:36:20:13:14:36:20 chr15 69327825 . C T 202.86 PASS AF=0.27551;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0132643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.172;QD=8.28015;RBI=0.0526762;REFB=-0.00681253;REVB=-0.0509788;RO=69;SAF=25;SAR=2;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517132;STB=0.818333;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0141929;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:71:27:27:0.27551:2:25:45:24:2:25:47:24 chr15 69328226 . C T 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0129727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1327;QD=13.0308;RBI=0.0132677;REFB=-0.0246423;REVB=-0.0027823;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148735;STB=0.584658;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0499498;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:29:13:12:15:29:13 chr15 69542968 . G A 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0213098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0845;QD=6.78787;RBI=0.0710596;REFB=-0.0143411;REVB=0.0677891;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127341;STB=0.580449;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.044067;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:4:4:9:14:4:4:9:14 chr15 69683945 . C G 990.37 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0423;QD=59.1267;RBI=0.0855042;REFB=0;REVB=-0.0576957;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06604e-05;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr15 69697756 . G A 789.28 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000449901;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.61;QD=64.4306;RBI=0.0348633;REFB=0;REVB=0.0348604;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5502e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr15 69728530 . A C 308.96 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.000121276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.886;QD=10.0474;RBI=0.0115366;REFB=-0.0167395;REVB=-0.0115359;RO=82;SAF=28;SAR=12;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295408;STB=0.668255;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0274892;OID=.;OPOS=69728530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:82:83:40:40:0.325203:12:28:37:45:12:28:38:45 chr15 69728949 . A G 2152.33 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.593;QD=62.8419;RBI=0.0102984;REFB=0;REVB=0.00947783;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97428e-06;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:71:64:0:0:71:66:0:0 chr15 69732736 . C T 958.6 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.944;QD=57.2297;RBI=0.0257066;REFB=0.00285271;REVB=0.0169771;RO=1;SAF=47;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994854;STB=0.505262;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-3.03205e-05;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:19:47:1:0:19:47:1:0 chr15 69740350 . A G 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4836;QD=57.8797;RBI=0.143742;REFB=0;REVB=0.0879276;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191041;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr15 69750313 . G C 100.26 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0354791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.723;QD=8.0204;RBI=0.0356932;REFB=-0.0112993;REVB=0.00390351;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220493;STB=0.638489;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.043952;OID=.;OPOS=69750313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:37:13:13:0.26:4:9:18:17:4:9:19:18 chr15 70341337 . A G 76.83 PASS AF=0.254902;AO=9;DP=47;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0214775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.3168;QD=6.02549;RBI=0.0364927;REFB=-0.00589839;REVB=0.0295031;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372059;STB=0.533929;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0390675;OID=.;OPOS=70341337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:47:51:37:38:9:13:0.254902:1:8:25:12:5:8:25:13 chr15 70345626 . C T 1251.26 PASS AF=0.647059;AO=110;DP=170;FAO=110;FDP=170;FR=.;FRO=60;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.023023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.788;QD=29.4414;RBI=0.0231015;REFB=-0.0214742;REVB=-0.00190318;RO=57;SAF=65;SAR=45;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09792;STB=0.544606;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00961542;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:57:60:110:110:0.647059:45:65:25:32:45:65:28:32 chr15 70346923 . C T 356.62 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0842135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8127;QD=36.5759;RBI=0.0845391;REFB=-0.0822014;REVB=-0.00741256;RO=10;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552007;STB=0.530015;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0300631;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:10:10:29:29:0.74359:15:14:6:4:15:14:6:4 chr15 70347362 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=44.6898;RBI=0.081393;REFB=0;REVB=0.0392002;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124575;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr15 70347816 . A AG 377.12 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325447;FXX=0.0689417;HRUN=0;LEN=1;MLLD=129.125;QD=55.87;RBI=0.0327355;REFB=0;REVB=0.00353;RO=3;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000855633;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:31:27:27:0:10:17:0:0:4:3:10:16:1:2 chr15 70347920 . T C 718.29 PASS AF=0.814286;AO=57;DP=70;FAO=57;FDP=70;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0099978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.508;QD=41.045;RBI=0.0635792;REFB=-0.0106946;REVB=-0.0627882;RO=13;SAF=27;SAR=30;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12882;STB=0.568838;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00481762;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:13:13:57:57:0.814286:30:27:11:2:30:27:11:2 chr15 70351788 . T C 1487.49 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.378;QD=63.2973;RBI=0.0345827;REFB=0;REVB=0.00522474;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54639e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:1:0:88:94:1:32:56:0:1:35:59:0:0 chr15 70366863 . T A 695.46 PASS AF=0.652174;AO=60;DP=92;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0178091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7635;QD=30.2375;RBI=0.0269872;REFB=-0.0249414;REVB=0.0202766;RO=31;SAF=38;SAR=22;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525884;STB=0.520498;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0185747;OID=.;OPOS=70366863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:31:32:60:60:0.652174:22:38:22:9:22:38:22:10 chr15 70371777 . C G 114.64 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.048089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1319;QD=10.1901;RBI=0.049429;REFB=0.0355259;REVB=-0.0114313;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230207;STB=0.644255;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0536495;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:21:9:7:7:22:9 chr15 70960068 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0353602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.495;QD=11.104;RBI=0.0356831;REFB=0.00314465;REVB=0.00478987;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00400808;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr15 70964274 . T G 286.66 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0136951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.659;QD=30.9901;RBI=0.0845326;REFB=0.0241322;REVB=0.0834159;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187631;STB=0.602542;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00730573;OID=.;OPOS=70964274;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:13:12:2:10:13:12:2:10 chr15 70991925 . G C 1802.05 PASS AF=1;AO=115;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142638;FXX=0.0325177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.44;QD=60.573;RBI=0.0142862;REFB=0;REVB=-0.000798814;RO=0;SAF=70;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98122e-05;OID=.;OPOS=70991925;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:115:119:1:45:70:0:0:45:74:0:0 chr15 70994283 . G A 253.78 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00956023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.034;QD=28.1974;RBI=0.014962;REFB=-0.0222953;REVB=-0.0115092;RO=12;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907561;STB=0.561991;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0181481;OID=.;OPOS=70994283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:13:23:23:0.638889:12:11:4:8:12:11:4:9 chr15 71046514 . C T 597.27 PASS AF=0.658228;AO=52;DP=80;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.048236;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.623;QD=30.2413;RBI=0.0594029;REFB=-0.00560289;REVB=0.0346698;RO=27;SAF=22;SAR=30;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220903;STB=0.619551;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00271465;OID=.;OPOS=71046514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:27:27:52:52:0.658228:30:22:21:6:30:22:21:6 chr15 71125093 . G A 325.72 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0512875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4767;QD=22.0824;RBI=0.0792006;REFB=-0.00457524;REVB=0.0603518;RO=26;SAF=24;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352014;STB=0.501944;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00373027;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:9:24:19:7:9:24:19:7 chr15 71125204 . A G 243.47 PASS AF=0.519231;AO=23;DP=50;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0359802;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.5101;QD=18.7286;RBI=0.0361256;REFB=-0.0340499;REVB=-0.00323754;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699872;STB=0.57754;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00624901;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:14:25:23:27:0.519231:15:8:5:9:19:8:11:14 chr15 71184278 . G T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8718;QD=56.9382;RBI=0.0231083;REFB=0;REVB=0.00628022;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260806;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr15 71184495 . A G 912.24 PASS AF=0.733333;AO=75;DP=105;FAO=77;FDP=105;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0258288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.305;QD=34.7518;RBI=0.0345648;REFB=-0.116265;REVB=-0.0229695;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624542;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00667867;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:0:28:75:77:0.733333:41:34:0:0:42:35:26:2 chr15 71403406 . T C 977.2 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.848;QD=56.6492;RBI=0.0267079;REFB=0.0987453;REVB=0.00215772;RO=2;SAF=43;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214693;STB=0.505493;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000389466;OID=.;OPOS=71403406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:2:1:66:68:0.985507:23:43:2:0:23:45:1:0 chr15 71953045 . G A 1176.05 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.412;QD=59.5469;RBI=0.0442113;REFB=-0.133603;REVB=0.0274853;RO=1;SAF=52;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017855;STB=0.509432;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000428152;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:26:52:0:1:26:52:0:1 chr15 72070075 . G A 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0242468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.27;QD=39.1879;RBI=0.0242677;REFB=0.0341967;REVB=0.00100669;RO=6;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883657;STB=0.547908;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00201254;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:15:10:1:5:15:10:1:5 chr15 72073003 . C T 155.38 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.00730511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.104;QD=7.57972;RBI=0.0146456;REFB=-0.00207704;REVB=0.0126937;RO=57;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00332101;STB=0.526291;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00458824;OID=.;OPOS=72073003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:60:22:22:0.268293:15:7:18:39:15:7:21:39 chr15 72105928 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC,GACCCCA 955.9 PASS AF=1,0,0;AO=60,4,3;DP=72;FAO=73,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0,0;FSAR=39,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321205,0.0344433,0.0114331;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=21.154,5.01833,5.24931;QD=52.3781;RBI=0.0859681,0.0562351,0.0131035;REFB=0,0,0;REVB=-0.0797421,-0.0444527,-0.00640206;RO=1;SAF=24,4,3;SAR=36,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0192565,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.000673395,0,0;OID=.,.,.;OPOS=72105929,72105933,72105928;OREF=C,CA,AC;OALT=-,AC,GA;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC,GACCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:1:0:60,4,3:73,0,0:1,0,0:36,0,0:24,4,3:1:0:39,0,0:34,0,0:0:0 chr15 72191073 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.734;QD=62.9825;RBI=0.0254096;REFB=0;REVB=0.00421024;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06066e-05;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr15 72191266 . C T 820.31 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4591;QD=55.6144;RBI=0.0666925;REFB=-0.129186;REVB=0.0534334;RO=1;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00251001;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:57:58:0.983051:19:38:0:1:19:39:0:1 chr15 72432583 . A G 750.64 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349835;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.492;QD=63.8845;RBI=0.0386855;REFB=0;REVB=-0.0165143;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17598e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr15 72433144 . A G 1102.99 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407746;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.285;QD=60.4378;RBI=0.0450856;REFB=0;REVB=0.0192391;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180626;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:39:32:0:0:39:34:0:0 chr15 72637795 . T C 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.969;QD=57.2302;RBI=0.0136798;REFB=0;REVB=-0.0109945;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.91852e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr15 72638892 . T C 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.874;QD=59.6794;RBI=0.0368578;REFB=0;REVB=0.0304392;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00974e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr15 72879653 . A ATTG,G 441.22 PASS AF=0.780488,0.0487805;AO=32,2;DP=43;FAO=32,2;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=15,1;FSAR=17,1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0108349,0.00209148;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=260.053,88.3105;QD=43.0462;RBI=0.0127962,0.029846;REFB=-0.00150044,0.0189697;REVB=0.00680797,0.0297727;RO=9;SAF=15,1;SAR=17,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00989908,0.0568293;STB=0.533097,0.665187;STBP=0.39,0.751;TYPE=ins,snp;VARB=0.000880734,-0.0111874;OID=.,.;OPOS=72879654,72879653;OREF=-,A;OALT=TTG,G;OMAPALT=ATTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:43:41:9:7:32,2:32,2:0.780488,0.0487805:17,1:15,1:4:5:17,1:15,1:2:5 chr15 72904208 . A G 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00196949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.085;QD=25.2757;RBI=0.0231497;REFB=-0.00385359;REVB=-0.0230658;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152827;STB=0.585274;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00309261;OID=.;OPOS=72904208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:5:7:7:12:5:7 chr15 72904212 . A G 272.32 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0521938;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.872;QD=29.4396;RBI=0.0563668;REFB=-0.0133969;REVB=-0.0212843;RO=12;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209115;STB=0.603685;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00555417;OID=.;OPOS=72904212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:8:16:4:8:8:16:5:8 chr15 72904223 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00894581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.17;QD=10.4385;RBI=0.0260745;REFB=-0.0159408;REVB=-0.0244919;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270736;STB=0.661413;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0238915;OID=.;OPOS=72904223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:17:10:8:5:17:10 chr15 72968522 . T C 706.08 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=73;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0283672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.86;QD=38.6893;RBI=0.0434341;REFB=-0.0684739;REVB=0.0328911;RO=16;SAF=28;SAR=29;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546523;STB=0.529288;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0149303;OID=.;OPOS=72968522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:16:16:57:57:0.780822:29:28:10:6:29:28:10:6 chr15 72987588 . G T 905.42 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.121853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.435;QD=56.5886;RBI=0.130706;REFB=0.0774561;REVB=-0.0472871;RO=1;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106114;STB=0.505493;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0138489;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:44:18:0:1:45:18:0:1 chr15 73002035 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000994378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.545;QD=57.1044;RBI=0.0149679;REFB=0;REVB=0.0149348;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8818e-05;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr15 73015118 . CT C 44.07 PASS AF=0.48;AO=7;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0617723;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.75901;QD=7.05057;RBI=0.231945;REFB=-0.104224;REVB=0.223568;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0.38;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.732834;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.13699;OID=.;OPOS=73015119;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:7:24:12:25:13:11:1:9:4:43:11:6:1:8:3 chr15 73023937 . T C 1399.66 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0296226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0646;QD=58.319;RBI=0.0531284;REFB=-0.0141211;REVB=0.0441036;RO=4;SAF=29;SAR=63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167685;STB=0.508857;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000707311;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:96:96:4:4:92:92:0.958333:63:29:2:2:63:29:2:2 chr15 73052840 . T C 536.01 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7165;QD=54.9757;RBI=0.0558526;REFB=-0.0502157;REVB=0.0479522;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467732;STB=0.524987;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00335109;OID=.;OPOS=73052840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:18:19:2:0:18:19:2:0 chr15 73052845 . A G 558.09 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.224;QD=57.2396;RBI=0.07129;REFB=0;REVB=0.010721;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767207;OID=.;OPOS=73052845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:37:39:1:18:19:1:0:18:21:0:0 chr15 73067234 . T C 625.71 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00203799;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.325;QD=59.5911;RBI=0.0681253;REFB=-0.0892676;REVB=0.0680948;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00129787;OID=.;OPOS=73067234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:0:1:40:41:0.97619:16:24:0:0:17:24:0:1 chr15 73545732 . T C 221.31 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00246092;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.843;QD=32.7867;RBI=0.055848;REFB=-0.0128971;REVB=0.0557938;RO=7;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295357;STB=0.664613;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00120791;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:27:27:7:7:20:20:0.740741:17:3:4:3:17:3:4:3 chr15 73595681 . CT CTT,TC 65.59 PASS AF=0.171233,0.0342466;AO=35,6;DP=150;FAO=25,5;FDP=146;FR=.;FRO=116;FSAF=12,0;FSAR=13,5;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=0.135764,-0.107851;FXX=0.0266649;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.54568,44.0046;QD=1.79697;RBI=0.138936,0.108626;REFB=-0.0772884,0.00861168;REVB=-0.0295196,-0.0129511;RO=87;SAF=11,0;SAR=24,6;SRF=37;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.144672,-0.497218;STB=0.57627,0.997498;STBP=0.405,0.044;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0443714,0.0374858;OID=.,.;OPOS=73595682,73595681;OREF=-,CT;OALT=T,TC;OMAPALT=CTT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:150:146:87:116:35,6:25,5:0.171233,0.0342466:24,6:11,0:37:50:13,5:12,0:45:71 chr15 73614114 . T C 342.45 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0269328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8983;QD=28.5376;RBI=0.0270333;REFB=-0.0121502;REVB=0.0023294;RO=18;SAF=10;SAR=18;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155383;STB=0.58505;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00494271;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:28:28:0.583333:18:10:3:15:18:10:3:15 chr15 73614708 . TGTG T 229.06 PASS AF=0.596154;AO=6;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0111091;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.173;QD=17.6198;RBI=0.0402768;REFB=-0.0384997;REVB=0.0387144;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127564;STB=0.606228;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=0.0462554;OID=.;OPOS=73614709;OREF=GTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596154:6:53:31:52:21:10:21:12:9:99:46:3:3:18:28 chr15 73994806 . C T 148.02 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=0.014103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.034;QD=9.70615;RBI=0.0210202;REFB=-0.012038;REVB=-0.0155869;RO=41;SAF=17;SAR=3;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444115;STB=0.526289;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0278492;OID=.;OPOS=73994806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:3:17:34:7:3:17:34:7 chr15 73994847 . C A 40.12 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0854208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3;QD=4.33709;RBI=0.0993353;REFB=-0.0142239;REVB=0.0507029;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0812669;OID=.;OPOS=73994847;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:37:37:29:30:7:7:0.189189:2:5:12:17:2:5:13:17 chr15 73995165 . A C 180.39 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00210698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8367;QD=16.0345;RBI=0.00928579;REFB=0.00595255;REVB=-0.00904359;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.574392;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00819949;OID=.;OPOS=73995165;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:26:19:19:0.422222:9:10:16:8:9:10:17:9 chr15 73995173 . C T 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00549724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.302;QD=16.4074;RBI=0.066567;REFB=-0.0104625;REVB=0.0663397;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1708;STB=0.597214;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0148359;OID=.;OPOS=73995173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:20:9:10:11:20:9 chr15 73996066 . G A 31.11 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.019158;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.877;QD=8.88723;RBI=0.0301327;REFB=0.000803385;REVB=0.0232583;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480172;STB=0.788601;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00914861;OID=.;OPOS=73996066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:14:9:9:5:5:0.357143:3:2:8:1:3:2:8:1 chr15 73996101 . G A 75.02 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0164458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.607;QD=11.1137;RBI=0.0164563;REFB=-0.0179207;REVB=0.000587301;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32826;STB=0.655473;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.030884;OID=.;OPOS=73996101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:14:2:4:6:14:3 chr15 74000729 . G C 248.7 PASS AF=0.243421;AO=37;DP=152;FAO=37;FDP=152;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=0.0249005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.068;QD=6.54475;RBI=0.0493811;REFB=-0.0151262;REVB=0.0426434;RO=115;SAF=25;SAR=12;SRF=67;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125113;STB=0.575994;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0296167;OID=.;OPOS=74000729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:115:115:37:37:0.243421:12:25:67:48:12:25:67:48 chr15 74001993 . T C 42.0 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0010621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.053;QD=5.99969;RBI=0.00168618;REFB=-0.00897264;REVB=-0.00130964;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196171;STB=0.624665;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0318204;OID=.;OPOS=74001993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:12:8:2:6:12:8 chr15 74003533 . G A 85.25 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0188307;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.525;QD=5.98264;RBI=0.0257407;REFB=-0.00746382;REVB=0.0175496;RO=44;SAF=10;SAR=3;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102473;STB=0.565265;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0224104;OID=.;OPOS=74003533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:58:57:44:44:13:13:0.22807:3:10:31:13:3:10:31:13 chr15 74032783 . A G 300.06 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0569396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5709;QD=30.7753;RBI=0.060617;REFB=-0.012298;REVB=0.020792;RO=13;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186861;STB=0.603091;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00242419;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:19:7:7:6:19:7:7:6 chr15 74244278 . C G 141.38 PASS AF=0.253012;AO=19;DP=81;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00962964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.383;QD=6.81343;RBI=0.0115878;REFB=-0.0260555;REVB=-0.00644572;RO=62;SAF=6;SAR=13;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543396;STB=0.559941;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0808442;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:62:62:19:21:0.253012:13:6:22:40:15:6:22:40 chr15 74244344 . C T 762.45 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163986;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.211;QD=55.4505;RBI=0.0170608;REFB=-0.0922772;REVB=0.00470708;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350623;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:33:22:0:0 chr15 74275676 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.283;QD=50.1338;RBI=0.0449127;REFB=-0.0521202;REVB=0.0328407;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00186462;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:1:0:10:14:1:0 chr15 74277795 . T C 3534.46 PASS AF=1;AO=225;DP=225;FAO=225;FDP=225;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.96;QD=62.8349;RBI=0.0256748;REFB=0;REVB=-0.00462093;RO=0;SAF=140;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99876e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:225:225:0:0:225:225:1:85:140:0:0:85:140:0:0 chr15 74328116 . A G 632.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5943;QD=61.6593;RBI=0.0806963;REFB=0;REVB=-0.0461506;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000904421;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr15 74328141 . G T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6671;QD=59.8366;RBI=0.0381636;REFB=0;REVB=-0.033032;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000842231;OID=.;OPOS=74328141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr15 74368293 . A G 1923.25 PASS AF=0.847953;AO=140;DP=173;FAO=145;FDP=171;FR=.;FRO=26;FSAF=57;FSAR=88;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00426385;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9913;QD=44.9884;RBI=0.0601223;REFB=0.00611858;REVB=-0.059971;RO=25;SAF=57;SAR=83;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909807;STB=0.546713;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000538856;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:171:25:26:140:145:0.847953:83:57:18:7:88:57:18:8 chr15 74368297 . C G 2148.56 PASS AF=0.857143;AO=154;DP=180;FAO=156;FDP=182;FR=.;FRO=26;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0132527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4281;QD=47.2212;RBI=0.0171917;REFB=0.002448;REVB=-0.0109508;RO=25;SAF=60;SAR=94;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897026;STB=0.544308;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000646643;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:182:25:26:154:156:0.857143:94:60:18:7:95:61:18:8 chr15 74467856 . G A 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00964754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.138;QD=7.26;RBI=0.0319306;REFB=-0.0130765;REVB=0.0304383;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27406;STB=0.666296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0226949;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:28:29:10:10:0.25641:2:8:17:11:2:8:18:11 chr15 74473739 . C T 415.46 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.00789666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.29;QD=27.6973;RBI=0.0109831;REFB=-0.042819;REVB=-0.00763357;RO=21;SAF=25;SAR=14;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159029;STB=0.586132;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0178092;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:14:25:18:3:14:25:18:3 chr15 74622533 . A G 317.18 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00722132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.068;QD=26.4317;RBI=0.0202413;REFB=-0.0167223;REVB=0.0189093;RO=18;SAF=21;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166004;STB=0.576865;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0268584;OID=.;OPOS=74622533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:20:28:28:0.583333:7:21:10:8:7:21:12:8 chr15 74622549 . G T 313.92 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0231555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.421;QD=23.2534;RBI=0.0232077;REFB=-0.00507361;REVB=-0.00155519;RO=21;SAF=22;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115915;STB=0.544242;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00169853;OID=.;OPOS=74622549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:21:22:31:32:0.592593:9:22:12:9:10:22:13:9 chr15 74622678 . G A 243.91 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00399685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.514;QD=25.6744;RBI=0.00979176;REFB=-0.0491577;REVB=0.0089389;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077413;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0259713;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:15:22:23:0.605263:11:11:5:8:12:11:7:8 chr15 74702778 . G A 75.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0217739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.104;QD=9.7338;RBI=0.0256163;REFB=-0.0191245;REVB=-0.0134942;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422003;STB=0.738674;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0602817;OID=.;OPOS=74702778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:31:20:21:10:10:0.322581:3:7:6:14:3:7:7:14 chr15 74703022 . G A 110.59 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.028737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5956;QD=15.2541;RBI=0.0353112;REFB=-0.0229455;REVB=-0.0205199;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441132;STB=0.756355;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0455048;OID=.;OPOS=74703022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:3:10:5:11:3:10:5:11 chr15 74703929 . T C 1553.33 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8146;QD=59.1743;RBI=0.0211115;REFB=0;REVB=0.0187522;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91753e-05;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:55:50:0:0 chr15 74706943 . G A 509.67 PASS AF=0.317536;AO=67;DP=211;FAO=67;FDP=211;FR=.;FRO=144;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=0.0588651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9888;QD=9.66205;RBI=0.062582;REFB=-0.00539903;REVB=0.0212463;RO=144;SAF=35;SAR=32;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228536;STB=0.513195;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0123947;OID=.;OPOS=74706943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:144:144:67:67:0.317536:32:35:78:66:32:35:78:66 chr15 74709975 . G A 633.16 PASS AF=0.914894;AO=42;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0357721;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.71;QD=53.886;RBI=0.0368011;REFB=-0.210712;REVB=0.00864144;RO=4;SAF=21;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406877;STB=0.520308;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00181707;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:47:47:4:4:42:43:0.914894:21:21:3:1:21:22:3:1 chr15 74710593 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249332;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.272;QD=54.9215;RBI=0.0423348;REFB=-0.147596;REVB=0.0342136;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033994;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr15 74749015 . A G 1157.61 PASS AF=0.9375;AO=66;DP=93;FAO=90;FDP=96;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.039444;FXX=0.0204061;HRUN=7;LEN=1;MLLD=129.674;QD=48.2336;RBI=0.0577576;REFB=-0.0521657;REVB=0.0421914;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509729;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00568975;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:93:96:0:6:66:90:0.9375:28:38:0:0:44:46:4:2 chr15 74836316 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.465;QD=46.9595;RBI=0.0380426;REFB=0.0419485;REVB=0.0078262;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.00219146;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:5:15:0:1:5:15:0:1 chr15 74888196 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9591;QD=51.1801;RBI=0.0523229;REFB=0;REVB=0.0220049;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113452;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr15 74889163 . C T 1549.59 PASS AF=1;AO=98;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6837;QD=59.032;RBI=0.0231149;REFB=0;REVB=0.0226129;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891066;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:98:105:1:43:55:0:0:47:58:0:0 chr15 75012985 . T C 122.53 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0191533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.306;QD=7.20788;RBI=0.0851066;REFB=-0.0203423;REVB=-0.0829234;RO=45;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855839;STB=0.583238;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0387725;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:45:50:18:18:0.264706:6:12:27:18:6:12:28:22 chr15 75013643 . G A 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00801528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.064;QD=7.86277;RBI=0.0106104;REFB=-0.000738866;REVB=0.00695246;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425222;STB=0.526272;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0028334;OID=.;OPOS=75013643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:7:5:13:21:7:5:13:21 chr15 75047426 . C T 363.98 PASS AF=0.697674;AO=27;DP=40;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.104844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2704;QD=33.8589;RBI=0.105768;REFB=-0.0900194;REVB=-0.0139475;RO=13;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279029;STB=0.627827;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0261279;OID=.;OPOS=75047426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:13:13:27:30:0.697674:15:12:12:1:15:15:12:1 chr15 75081078 . G A 441.62 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0149342;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.109;QD=24.5345;RBI=0.0162676;REFB=-0.0237527;REVB=-0.00645001;RO=28;SAF=28;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759667;STB=0.530597;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0248907;OID=.;OPOS=75081078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:30:42:42:0.583333:14:28:16:12:14:28:18:12 chr15 75091247 . C T 204.85 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00486684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.578;QD=10.6415;RBI=0.00543834;REFB=-0.00909762;REVB=0.00242682;RO=51;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991807;STB=0.557725;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0210638;OID=.;OPOS=75091247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:12:14:23:28:12:14:23:28 chr15 75091664 . G A 186.13 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0280744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.313;QD=7.15896;RBI=0.04381;REFB=-0.0132105;REVB=0.0336325;RO=77;SAF=12;SAR=15;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285995;STB=0.517229;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0434353;OID=.;OPOS=75091664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:15:12:36:41:15:12:36:41 chr15 75093103 . C G 372.77 PASS AF=0.649123;AO=18;DP=55;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0651428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1694;QD=26.1592;RBI=0.138961;REFB=-0.0388666;REVB=0.122746;RO=12;SAF=18;SAR=0;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.812871;STB=0.552644;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0112466;OID=.;OPOS=75093103;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:12:20:18:37:0.649123:0:18:11:1:6:31:15:5 chr15 75093900 . C CG 35.78 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=121;FAO=13;FDP=117;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=36;FWDB=-0.0467939;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.1205;QD=1.22308;RBI=0.160445;REFB=-0.0193988;REVB=-0.153469;RO=105;SAF=7;SAR=9;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26012;STB=0.726059;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.132389;OID=.;OPOS=75093901;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:16:121:13:117:104:5:8:68:36:35:105:7:9:68:37 chr15 75131661 . A G 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00641636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.154;QD=20.5444;RBI=0.0118502;REFB=-0.0140636;REVB=0.00996285;RO=22;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223447;STB=0.626606;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00660607;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:16:6:11:11:16:6:11:11 chr15 75132930 . A AG 38.99 PASS AF=0.19697;AO=18;DP=69;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00401315;FXX=0.0294074;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.73;QD=2.36276;RBI=0.0137142;REFB=-0.00484077;REVB=-0.0131139;RO=48;SAF=14;SAR=4;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246705;STB=0.655478;STBP=0.26;TYPE=ins;VARB=0.123798;OID=.;OPOS=75132931;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.19697:18:69:13:66:53:10:3:32:21:38:48:14:4:29:19 chr15 75336729 . A G 307.29 PASS AF=0.32;AO=40;DP=125;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=0.00182533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.678;QD=9.8332;RBI=0.0165584;REFB=-0.00791011;REVB=-0.0164575;RO=85;SAF=18;SAR=22;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187702;STB=0.608643;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0143782;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:85:40:40:0.32:22:18:52:33:22:18:52:33 chr15 75498548 . A G 1836.04 PASS AF=1;AO=115;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.993;QD=61.2014;RBI=0.0388803;REFB=0;REVB=0.0173578;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33259e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:115:120:1:61:54:0:0:62:58:0:0 chr15 75499602 . C A 417.63 PASS AF=0.645161;AO=39;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.02713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2419;QD=26.9437;RBI=0.0271641;REFB=-0.0500604;REVB=-0.00136115;RO=21;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134777;STB=0.559128;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0374227;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:21:22:39:40:0.645161:23:16:13:8:23:17:13:9 chr15 75499619 . T C 902.48 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.018;QD=58.2248;RBI=0.0154391;REFB=0;REVB=-0.0146301;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.3635e-05;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr15 75499861 . G A 435.65 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0024413;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5261;QD=26.4027;RBI=0.0201994;REFB=-0.0183816;REVB=0.0200514;RO=24;SAF=34;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205591;STB=0.627509;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00915477;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:24:25:41:41:0.621212:7:34:15:9:7:34:15:10 chr15 75503147 . G A 1362.55 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.222;QD=61.2382;RBI=0.0503451;REFB=-0.0436825;REVB=0.0241718;RO=1;SAF=53;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885804;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000744914;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:35:53:1:0:35:53:1:0 chr15 75650836 . G A 456.03 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0332457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.111;QD=31.4502;RBI=0.0337863;REFB=-0.0296717;REVB=0.00601943;RO=17;SAF=15;SAR=26;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156222;STB=0.584733;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00930522;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:17:17:41:41:0.706897:26:15:11:6:26:15:11:6 chr15 75932129 . G T 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0334537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.94;QD=4.20314;RBI=0.0356941;REFB=-0.00701815;REVB=0.0124467;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138;STB=0.594356;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0296403;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:39:39:8:8:0.170213:5:3:19:20:5:3:19:20 chr15 75970070 . C T 275.89 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0539226;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.074;QD=31.5304;RBI=0.0580883;REFB=-0.0269595;REVB=0.0216009;RO=11;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106837;STB=0.558853;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0181215;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:11:11:24:24:0.685714:7:17:6:5:7:17:6:5 chr15 75971505 . T C 177.73 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00837159;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.036;QD=19.7474;RBI=0.0189992;REFB=-0.0289003;REVB=-0.0170554;RO=19;SAF=15;SAR=3;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138673;STB=0.588127;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0287968;OID=.;OPOS=75971505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:19:18:18:18:0.5:3:15:14:5:3:15:13:5 chr15 75971676 . G T 639.79 PASS AF=0.557522;AO=62;DP=114;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0282896;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.826;QD=22.6476;RBI=0.0301109;REFB=-0.0324497;REVB=-0.0103132;RO=49;SAF=17;SAR=45;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904973;STB=0.514102;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0250972;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:50:62:63:0.557522:45:17:13:36:45:18:13:37 chr15 75972027 . A C 105.91 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.296;QD=19.2558;RBI=0.0225947;REFB=-0.0251914;REVB=0.0225947;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183672;OID=.;OPOS=75972027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:9:9:9:8:0.363636:9:0:0:9:8:0:0:9 chr15 75977139 . T C 1011.5 PASS AF=0.674419;AO=86;DP=128;FAO=87;FDP=129;FR=.;FRO=42;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=-0.0127473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3933;QD=31.3642;RBI=0.0272682;REFB=-0.0316438;REVB=0.0241052;RO=42;SAF=48;SAR=38;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143491;STB=0.578236;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0127146;OID=.;OPOS=75977139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:42:42:86:87:0.674419:38:48:33:9:39:48:33:9 chr15 75977920 . A G 1360.5 PASS AF=0.69697;AO=116;DP=165;FAO=115;FDP=165;FR=.;FRO=50;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0269087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0702;QD=32.9819;RBI=0.0269664;REFB=-0.0249936;REVB=0.00176346;RO=49;SAF=70;SAR=46;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509929;STB=0.502762;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00884987;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:49:50:116:115:0.69697:46:70:30:19:45:70:30:20 chr15 75979782 . G T 1158.05 PASS AF=0.656051;AO=102;DP=157;FAO=103;FDP=157;FR=.;FRO=54;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=9;FWDB=0.111707;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.156;QD=29.5044;RBI=0.118184;REFB=-0.0433485;REVB=0.0385886;RO=53;SAF=59;SAR=43;SRF=44;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169271;STB=0.591339;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0131736;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:53:54:102:103:0.656051:43:59:44:9:43:60:45:9 chr15 75980112 . A G 429.88 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.014242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.532;QD=17.3688;RBI=0.0169749;REFB=-0.00511121;REVB=0.00923645;RO=55;SAF=23;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040745;STB=0.522811;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00383673;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:21:23:31:24:21:23:31:24 chr15 75981507 . A G 445.63 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0207601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.078;QD=26.2136;RBI=0.0216587;REFB=-0.0245487;REVB=0.00617383;RO=21;SAF=17;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151999;STB=0.537231;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0142383;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:26:42:42:0.617647:25:17:8:13:25:17:13:13 chr15 75982072 . G A 525.14 PASS AF=0.232759;AO=80;DP=348;FAO=81;FDP=348;FR=.;FRO=267;FSAF=10;FSAR=71;FSRF=145;FSRR=122;FWDB=-0.0161645;FXX=0.00286525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5964;QD=6.03604;RBI=0.0305482;REFB=-0.00307165;REVB=0.025921;RO=267;SAF=10;SAR=70;SRF=145;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571832;STB=0.850699;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00454985;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:267:267:80:81:0.232759:70:10:145:122:71:10:145:122 chr15 75982428 . C T 90.75 PASS AF=0.785714;AO=6;DP=12;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0510155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.3727;QD=25.9274;RBI=0.168429;REFB=-0.0665892;REVB=0.160517;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.713847;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0540826;OID=.;OPOS=75982428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:14:1:3:6:11:0.785714:4:2:1:0:9:2:3:0 chr15 76030993 . A G 207.05 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0663676;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.264;QD=39.4371;RBI=0.0696457;REFB=-0.0644132;REVB=0.0211156;RO=3;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178888;STB=0.509793;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00682506;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:22:21:3:3:18:18:0.857143:13:5:1:2:13:5:1:2 chr15 76031008 . C T 256.46 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.199679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.823;QD=44.6021;RBI=0.221164;REFB=-0.00137308;REVB=0.0950898;RO=2;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00806657;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:14:7:0:2:14:7:0:2 chr15 76031200 . C T 69.68 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0189796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.26;QD=16.3943;RBI=0.0241813;REFB=-0.0184824;REVB=0.0149838;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0129301;OID=.;OPOS=76031200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr15 76067987 . A G 211.62 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.047631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1255;QD=35.2694;RBI=0.055408;REFB=-0.0159389;REVB=0.0283078;RO=5;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100709;STB=0.555494;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0134358;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:15:4:2:3:15:4:2:3 chr15 76073218 . C A 1079.37 PASS AF=0.638889;AO=92;DP=145;FAO=92;FDP=144;FR=.;FRO=52;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0158843;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.765;QD=29.9825;RBI=0.0308159;REFB=-0.025989;REVB=-0.0264067;RO=52;SAF=54;SAR=38;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161028;STB=0.586938;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0142528;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:52:52:92:92:0.638889:38:54:18:34:38:54:18:34 chr15 76074518 . T G 102.03 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0369501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.006;QD=11.3369;RBI=0.0534322;REFB=-0.0053642;REVB=0.0385965;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275197;STB=0.679313;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0158131;OID=.;OPOS=76074518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:9:3:11:12:10:3:11:12 chr15 76136768 . C T 476.83 PASS AF=0.294118;AO=58;DP=222;FAO=65;FDP=221;FR=.;FRO=156;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=68;FSRR=88;FWDB=-0.00992421;FXX=0.0045043;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.021;QD=8.63036;RBI=0.0100291;REFB=-0.00863851;REVB=-0.00144672;RO=120;SAF=17;SAR=41;SRF=45;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108905;STB=0.549198;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0196786;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:120:156:58:65:0.294118:41:17:45:75:41:24:68:88 chr15 76191802 . G A 1134.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.831;QD=60.522;RBI=0.0075905;REFB=0;REVB=0.00676754;RO=0;SAF=49;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8507e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:26:49:0:0:26:49:0:0 chr15 76496977 . G C 1823.06 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.712;QD=61.2793;RBI=0.0384223;REFB=0;REVB=-0.0236767;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81458e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:62:56:0:0:62:57:0:0 chr15 76497328 . T TTGA,TTTGA 108.55 PASS AF=0,0.590909;AO=3,10;DP=24;FAO=0,13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.00828292,-0.00866831;FXX=0.119952;HRUN=3,3;LEN=3,4;MLLD=155.099,160.671;QD=19.7354;RBI=0.0394832,0.0488388;REFB=-0.077898,-0.0708604;REVB=0.0386046,0.0480634;RO=11;SAF=2,10;SAR=1,0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.6271,0;STB=0.5,0.636202;STBP=1,0.695;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0283635;OID=.,.;OPOS=76497329,76497329;OREF=-,-;OALT=TGA,TTGA;OMAPALT=TTGA,TTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.590909:3,10:24:0,13:22:9:0,12:0,1:9:0:70:11:2,10:1,0:11:0 chr15 76630303 . T C 1185.31 PASS AF=0.5;AO=115;DP=241;FAO=116;FDP=232;FR=.;FRO=116;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=68;FSRR=48;FWDB=-0.0466668;FXX=0.0373429;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.145;QD=20.4365;RBI=0.0468054;REFB=-0.0218127;REVB=0.00360011;RO=109;SAF=50;SAR=65;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111016;STB=0.573035;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0236934;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:232:109:116:115:116:0.5:65:50:61:48:65:51:68:48 chr15 76630717 . C T 139.15 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00865579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.234;QD=12.1003;RBI=0.0100693;REFB=-0.0156719;REVB=-0.00514468;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221887;STB=0.644982;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0261548;OID=.;OPOS=76630717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:15:16:0.347826:9:6:18:12:10:6:18:12 chr15 76673921 . G A 826.2 PASS AF=0.619835;AO=75;DP=121;FAO=75;FDP=121;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.011201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.689;QD=27.3125;RBI=0.0142286;REFB=-0.0257989;REVB=-0.00877441;RO=46;SAF=37;SAR=38;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869902;STB=0.547107;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0162826;OID=.;OPOS=76673921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:46:46:75:75:0.619835:38:37:17:29:38:37:17:29 chr15 77021058 . C T 751.92 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00209115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8048;QD=31.3299;RBI=0.00215979;REFB=-0.0147803;REVB=0.000540183;RO=33;SAF=40;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800474;STB=0.543351;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00771629;OID=.;OPOS=77021058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:33:33:63:63:0.65625:23:40:17:16:23:40:17:16 chr15 77324880 . A G 696.84 PASS AF=0.613208;AO=59;DP=101;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0104041;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.458;QD=26.2958;RBI=0.0163329;REFB=-0.03098;REVB=0.0125904;RO=42;SAF=29;SAR=30;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115221;STB=0.581625;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0166424;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:106:42:41:59:65:0.613208:30:29:27:15:36:29:27:14 chr15 77344793 . T A 374.62 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0032396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.875;QD=20.8122;RBI=0.00437839;REFB=-0.0297686;REVB=-0.00294539;RO=34;SAF=29;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20977;STB=0.616955;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0221747;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:9:29:19:15:9:29:19:15 chr15 77907145 . G A 553.36 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=73;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.021523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7418;QD=29.5124;RBI=0.0256662;REFB=-0.0210437;REVB=0.0139826;RO=25;SAF=20;SAR=28;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635135;STB=0.534574;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00944292;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:25:25:48:50:0.666667:28:20:8:17:29:21:8:17 chr15 77907535 . C G 776.4 PASS AF=0.680851;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.0365073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.476;QD=33.0385;RBI=0.040048;REFB=-0.000929511;REVB=-0.0164639;RO=30;SAF=30;SAR=34;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161764;STB=0.587018;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000936225;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:30:30:64:64:0.680851:34:30:6:24:34:30:6:24 chr15 77907775 . T C 476.93 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00526696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.418;QD=27.6483;RBI=0.0154819;REFB=-0.0158429;REVB=0.0145585;RO=25;SAF=26;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750961;STB=0.540921;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00816485;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:18:26:12:13:18:26:12:13 chr15 77907784 . G A 539.44 PASS AF=0.676056;AO=47;DP=70;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0146711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.254;QD=30.391;RBI=0.0344055;REFB=-0.0297963;REVB=0.0311207;RO=22;SAF=27;SAR=20;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712942;STB=0.534592;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0139671;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:22:23:47:48:0.676056:20:27:10:12:20:28:11:12 chr15 78207625 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8633;QD=50.4039;RBI=0.0107866;REFB=0;REVB=0.00458313;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024299;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr15 78208880 . G A 556.8 PASS AF=0.680556;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0128255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6121;QD=30.9333;RBI=0.0726404;REFB=-0.0251202;REVB=0.0714992;RO=23;SAF=17;SAR=32;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829789;STB=0.544993;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0120365;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:23:49:49:0.680556:32:17:11:12:32:17:11:12 chr15 78209131 . T C 305.64 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9996;QD=53.1552;RBI=0.0290406;REFB=0;REVB=-0.00140852;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750921;OID=.;OPOS=78209131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr15 78209436 . C T 914.61 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854891;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.371;QD=56.2835;RBI=0.0119121;REFB=0.0249711;REVB=0.0082955;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.000226011;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:63:64:0.984615:31:32:0:1:31:33:0:1 chr15 78211345 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7446;QD=56.7064;RBI=0.0423091;REFB=0;REVB=-0.0413205;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547472;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr15 78276660 . A G 1061.68 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8741;QD=59.8132;RBI=0.00912589;REFB=0;REVB=-0.000723361;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70871e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:27:42:0:0:27:44:0:0 chr15 78317837 . C G 481.35 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0503304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.011;QD=31.5638;RBI=0.0504385;REFB=-0.09075;REVB=0.0033001;RO=17;SAF=17;SAR=26;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721649;STB=0.548415;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0170869;OID=.;OPOS=78317837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:18:43:43:0.704918:26:17:9:8:26:17:10:8 chr15 78403004 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.247;QD=57.8827;RBI=0.0882054;REFB=0;REVB=0.080431;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281652;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr15 78562942 . GCCCCAG GCCCACG,GCCCAG,GCCCAGC 60.49 PASS AF=0.015873,0.333333,0.015873;AO=3,19,5;DP=63;FAO=1,21,1;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=1,15,1;FSAR=0,6,0;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.120271,-0.186554,-0.175486;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,3;MLLD=143.428,10.7732,26.693;QD=3.84054;RBI=0.120799,0.19997,0.178481;REFB=-0.00732407,-0.160344,-0.0459019;REVB=-0.0112818,0.0720111,0.0325615;RO=32;SAF=3,14,5;SAR=0,5,0;SRF=8;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.667577,0.498345,0.742346;STB=0.99183,0.707348,0.99183;STBP=0.284,0.02,0.284;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.150818,0.187715,0.075299;OID=.,.,.;OPOS=78562946,78562943,78562946;OREF=CA,C,CAG;OALT=AC,-,AGC;OMAPALT=GCCCACG,GCCCAG,GCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.015873,0.333333,0.015873:3,19,5:63:1,21,1:63:40:1,15,1:0,6,0:16:24:56:32:3,14,5:0,5,0:8:24 chr15 78565478 . C T 1081.06 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00203415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.985;QD=60.0587;RBI=0.0279374;REFB=0;REVB=0.0278633;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88168e-05;OID=.;OPOS=78565478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:34:36:0:0:36:36:0:0 chr15 78587910 . A G 2161.26 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.268;QD=62.6452;RBI=0.0331213;REFB=0;REVB=0.0132053;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17289e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:138:0:0:135:138:1:77:58:0:0:78:60:0:0 chr15 78632830 . C G 1182.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5514;QD=60.6312;RBI=0.039094;REFB=0;REVB=0.0361168;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712347;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:29:47:0:0:30:48:0:0 chr15 78633595 . T G 723.54 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.291;QD=56.7481;RBI=0.0604448;REFB=0;REVB=0.0563972;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191807;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:51:0:0:45:51:1:20:25:0:0:26:25:0:0 chr15 78758677 . G C 1228.51 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272285;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.276;QD=61.4256;RBI=0.0281048;REFB=0;REVB=0.00696336;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30223e-05;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:35:45:0:0 chr15 78780104 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.152;QD=56.9994;RBI=0.0314509;REFB=0;REVB=0.00754414;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90587e-05;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr15 78789488 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239723;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.326;QD=60.6301;RBI=0.0275765;REFB=0;REVB=0.0136304;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07418e-05;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr15 78841220 . T C 140.36 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0206351;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.855;QD=29.5495;RBI=0.0239864;REFB=-0.0306311;REVB=0.0122287;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.566908;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00471994;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:19:5:5:14:14:0.736842:3:11:3:2:3:11:3:2 chr15 78885574 . T A 787.58 PASS AF=0.711111;AO=64;DP=90;FAO=64;FDP=90;FR=.;FRO=26;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00484424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.469;QD=35.0034;RBI=0.0138152;REFB=-0.00632813;REVB=0.012938;RO=26;SAF=31;SAR=33;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122734;STB=0.506604;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.001968;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:26:26:64:64:0.711111:33:31:12:14:33:31:12:14 chr15 78887709 . G GTCTC 773.75 PASS AF=0.715909;AO=62;DP=98;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0261299;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.912;QD=35.1705;RBI=0.0372481;REFB=-0.0299112;REVB=0.0265452;RO=33;SAF=27;SAR=35;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185674;STB=0.560241;STBP=0.068;TYPE=ins;VARB=0.0115368;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.715909:62:98:63:88:25:27:36:16:9:99:33:27:35:24:9 chr15 78893864 . C T 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.0114535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.297;QD=11.6943;RBI=0.0127622;REFB=-0.0151965;REVB=-0.00562956;RO=67;SAF=22;SAR=16;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905007;STB=0.551698;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0226811;OID=.;OPOS=78893864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:16:22:44:23:16:22:44:23 chr15 78911181 . T C 297.72 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.000261751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.73;QD=22.0532;RBI=0.0575851;REFB=-0.0200714;REVB=-0.0575845;RO=23;SAF=23;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156011;STB=0.569094;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0211973;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:30:31:0.574074:7:23:14:9:8:23:14:9 chr15 79054899 . GC G,GG 490.77 PASS AF=0.0882353,0.911765;AO=6,25;DP=34;FAO=3,31;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=3,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533128,0.109232;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.1663,40.8285;QD=57.7374;RBI=0.0689813,0.110149;REFB=0,0;REVB=0.0437741,0.0141765;RO=0;SAF=4,14;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.270739,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.045028,0.0174426;OID=.,.;OPOS=79054900,79054900;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0882353,0.911765:6,25:34:3,31:34:0:0,20:3,11:0:0:7:0:4,14:2,11:0:0 chr15 79058013 . C T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.99;QD=36.2775;RBI=0.00855897;REFB=0;REVB=0.00855897;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124335;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 79058090 . A G 50.26 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.145;QD=33.5094;RBI=0.118593;REFB=0;REVB=0.112253;RO=0;SAF=4;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467399;OID=.;OPOS=79058090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:0:4:0:0:1:5:0:0 chr15 79058445 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.105;QD=14.0442;RBI=0.05679;REFB=-0.0416174;REVB=0.05679;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688955;OID=.;OPOS=79058445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:5:0:0:4:5:0:0:4 chr15 79058572 . T G 317.75 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6552;QD=52.9587;RBI=0.0976728;REFB=0;REVB=0.0838389;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384657;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr15 79058923 . G A 739.71 PASS AF=0.932203;AO=54;DP=58;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0117434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.5697;QD=50.1499;RBI=0.0389731;REFB=-0.018025;REVB=0.0371618;RO=4;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133794;STB=0.566641;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000375699;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:59:4:4:54:55:0.932203:12:42:0:4:13:42:0:4 chr15 79066581 . G A 1744.03 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0296909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=58.1342;RBI=0.0422417;REFB=-0.158726;REVB=0.0300467;RO=1;SAF=60;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785011;STB=0.504488;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00129256;OID=.;OPOS=79066581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:1:3:117:117:0.975:57:60:1:0:57:60:1:2 chr15 79082108 . C T 1140.1 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.551;QD=60.0053;RBI=0.0627463;REFB=0;REVB=0.0581162;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280954;OID=.;OPOS=79082108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:34:40:0:0:34:42:0:0 chr15 79089007 . T C 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.909;QD=57.7109;RBI=0.0542413;REFB=0;REVB=0.0527899;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151614;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr15 79185877 . A G 93.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00348692;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.699;QD=17.7765;RBI=0.00837969;REFB=-0.0147859;REVB=0.00761975;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208353;STB=0.621126;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.013035;OID=.;OPOS=79185877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:3:8:5:5:3:8:5:5 chr15 79185898 . C A 156.25 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0225703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8736;QD=24.0381;RBI=0.0562756;REFB=-0.0213712;REVB=-0.0515512;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345548;STB=0.696153;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0108977;OID=.;OPOS=79185898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:3:13:4:6:3:13:4:6 chr15 79189580 . CTTC CTTTTC,TCTT,TTTC 259.24 PASS AF=0.304348,0.152174,0.173913;AO=7,3,10;DP=44;FAO=14,7,8;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9,4,6;FSAR=5,3,2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0370147,-0.00811502,-0.00117033;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,4,1;MLLD=25.6688,236.038,235.752;QD=22.5428;RBI=0.0773871,0.00960667,0.00998956;REFB=-0.0685159,-0.00987872,-0.0137116;REVB=0.0679609,0.00514146,0.00992077;RO=17;SAF=4,1,8;SAR=3,2,2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0192881,-0.273679,0.272686;STB=0.531973,0.51216,0.627564;STBP=0.761,0.995,0.454;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=-0.0262183,0.0315425,0.028249;OID=.,.,.;OPOS=79189581,79189580,79189580;OREF=-,CTTC,C;OALT=TT,TCTT,T;OMAPALT=CTTTTC,TCTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:17:17:7,3,10:14,7,8:0.304348,0.152174,0.173913:3,2,2:4,1,8:10:7:5,3,2:9,4,6:10:7 chr15 79215350 . TGGGGAC TCGGGAC,TGCGGGA,TGCGGGAC,TGGGAC 1076.63 PASS AF=0.376147,0.00917431,0,0.614679;AO=12,10,14,26;DP=118;FAO=41,1,0,67;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,50;FSAR=41,1,0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429419,-0.0107703,-0.00891951,0.53533;FXX=0.0603396;HRUN=4,4,0,4;LEN=1,5,1,1;MLLD=22.7607,124.899,125.538,11.6307;QD=39.5092;RBI=0.177749,0.0880529,0.0598844,0.615573;REFB=0,0,0,0;REVB=0.172484,-0.0873917,-0.0592165,0.303894;RO=39;SAF=2,0,0,21;SAR=10,10,14,5;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0,0,0.316832;SSEP=0,0,0,0.360215;SSSB=-0.578207,-0.778875,-0.810716,0.201171;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,mnp,ins,del;VARB=0.0232116,-0.149584,-0.208838,0.0748848;OID=.,.,.,.;OPOS=79215351,79215352,79215352,79215351;OREF=G,GGGAC,-,G;OALT=C,CGGGA,C,-;OMAPALT=TCGGGAC,TGCGGGA,TGCGGGAC,TGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.376147,0.00917431,0,0.614679:12,10,14,26:118:41,1,0,67:109:0:0,0,0,50:41,1,0,17:0:0:99:39:2,0,0,21:10,10,14,5:26:13 chr15 79217690 . G C 779.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4902;QD=63.657;RBI=0.0245;REFB=0;REVB=-0.0238336;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214217;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:15:34:0:0 chr15 79224747 . C T 782.66 PASS AF=0.656566;AO=65;DP=99;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0456075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.852;QD=31.6228;RBI=0.0472975;REFB=-0.0142566;REVB=-0.0125303;RO=34;SAF=44;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828475;STB=0.544877;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00817821;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:34:65:65:0.656566:21:44:19:15:21:44:19:15 chr15 79231518 . A G 136.87 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.00933004;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.628;QD=5.76311;RBI=0.0148924;REFB=-0.00625965;REVB=-0.0116075;RO=70;SAF=11;SAR=10;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151111;STB=0.576852;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0402493;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:70:74:21:21:0.221053:10:11:45:25:10:11:46:28 chr15 79231526 . A AG 66.31 PASS AF=0.192982;AO=9;DP=81;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00421899;FXX=0.0499917;HRUN=0;LEN=1;MLLD=267.537;QD=4.65308;RBI=0.0156393;REFB=-0.00819053;REVB=-0.0150594;RO=71;SAF=5;SAR=4;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437816;STB=0.594596;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.0408157;OID=.;OPOS=79231527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192982:9:81:11:57:46:7:4:24:22:66:71:5:4:42:29 chr15 79277247 . A C 2746.83 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238967;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.802;QD=62.4279;RBI=0.0239695;REFB=0;REVB=-0.00186771;RO=0;SAF=110;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48687e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:176:0:0:174:176:1:64:110:0:0:64:112:0:0 chr15 79277298 . T C 1452.69 PASS AF=1;AO=85;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514825;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.334;QD=55.8726;RBI=0.0541082;REFB=0;REVB=-0.0166506;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367172;OID=.;OPOS=79277298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:106:104:0:0:85:104:1:46:39:0:0:46:58:0:0 chr15 79277511 . A G 953.73 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9046;QD=58.6908;RBI=0.0101842;REFB=0;REVB=0.00899152;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4871e-05;OID=.;OPOS=79277511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:28:35:0:0:28:37:0:0 chr15 79296172 . G A 106.27 PASS AF=0.288462;AO=14;DP=51;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0199972;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.322;QD=8.17482;RBI=0.0313027;REFB=-0.0165027;REVB=-0.0240827;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937525;STB=0.575239;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.039698;OID=.;OPOS=79296172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:37:37:14:15:0.288462:5:9:21:16:5:10:21:16 chr15 79298523 . G A 651.67 PASS AF=0.60396;AO=59;DP=99;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00611287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.225;QD=25.8087;RBI=0.0278565;REFB=-0.0137036;REVB=0.0271775;RO=40;SAF=24;SAR=35;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162057;STB=0.585338;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00901186;OID=.;OPOS=79298523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:40:40:59:61:0.60396:35:24:25:15:36:25:25:15 chr15 79586361 . T C 71.68 PASS AF=0.6;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0119361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.939;QD=19.1143;RBI=0.0179139;REFB=0.00229148;REVB=-0.0133581;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00233225;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:6:6:8:9:0.6:3:5:2:4:3:6:2:4 chr15 79587964 . C A 395.59 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0169442;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.081;QD=30.4298;RBI=0.0171128;REFB=-0.00730233;REVB=-0.00239573;RO=16;SAF=14;SAR=22;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100692;STB=0.554794;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00226599;OID=.;OPOS=79587964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:16:36:36:0.692308:22:14:9:7:22:14:9:7 chr15 79589174 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000473676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.536;QD=13.631;RBI=0.0331149;REFB=-0.00574012;REVB=0.0331115;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347252;STB=0.703751;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00520428;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:2:7:3:5:2:7 chr15 79590208 . A G 121.16 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00456638;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.446;QD=22.0282;RBI=0.0202778;REFB=0.000581006;REVB=0.0197569;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-2.02951e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:4:5:6:7:4:5 chr15 79606137 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.452;QD=57.7116;RBI=0.0160746;REFB=0;REVB=0.0124771;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58387e-05;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr15 79614418 . A G 1641.78 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.103;QD=60.2487;RBI=0.00997498;REFB=0;REVB=0.00523245;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00112e-05;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:45:64:0:0:45:64:0:0 chr15 79749155 . C T 652.91 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=84;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00543113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.484;QD=31.0908;RBI=0.0226013;REFB=-0.0347117;REVB=0.0219391;RO=27;SAF=28;SAR=28;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334144;STB=0.511901;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0144982;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:27:28:56:56:0.666667:28:28:12:15:28:28:13:15 chr15 79750127 . A G 242.46 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0588832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.644;QD=29.3887;RBI=0.0632354;REFB=-0.0455103;REVB=0.0230539;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.530699;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0101544;OID=.;OPOS=79750127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:10:11:21:22:0.666667:12:9:3:7:12:10:4:7 chr15 79750256 . A G 69.61 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.084334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1348;QD=16.3791;RBI=0.091108;REFB=-0.0377283;REVB=-0.0344738;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0241862;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr15 79750307 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.298;QD=42.1825;RBI=0.0539471;REFB=0;REVB=-0.0497405;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612711;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 79761231 . T C 329.5 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00463222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.249;QD=20.9207;RBI=0.0176623;REFB=-0.0200904;REVB=0.0170441;RO=29;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173041;STB=0.589035;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0123729;OID=.;OPOS=79761231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:29:33:34:0.539683:13:20:23:6:13:21:23:6 chr15 79764054 . TTGTT TGTTT,TTG,TTGT,TTTGT,TTT,TTTTT 231.12 PASS AF=0,0,0.170213,0,0.468085,0;AO=2,6,7,3,7,2;DP=56;FAO=0,0,8,0,22,0;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=0,0,8,0,11,0;FSAR=0,0,0,0,11,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0233764,-0.0103402,-0.0203636,-0.0857354,-0.00787005,-0.00769289;FXX=0.0961354;HRUN=2,11,11,1,1,1;LEN=2,2,1,2,2,1;MLLD=15.231,6.35792,3.22055,8.75764,139.484,137.312;QD=19.6698;RBI=0.586974,0.858972,1.61809,0.920955,0.217231,0.217833;REFB=-0.0485207,-0.0463403,-0.0868682,-0.0414773,-0.0159125,-0.0140983;REVB=0.586508,-0.858909,-1.61796,-0.916956,0.217089,0.217697;RO=16;SAF=0,4,6,1,4,2;SAR=2,2,1,2,3,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.534299,0.192221,0.455337,-0.184637,0.0793713,0.534299;STB=0.5,0.5,0.998401,0.5,0.512809,0.5;STBP=1,1,0.004,1,0.877,1;TYPE=mnp,del,del,mnp,del,snp;VARB=0,0.12449,0.0384201,0.152195,0.0118544,0.0244765;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=79764055,79764057,79764057,79764056,79764055,79764056;OREF=TG,TT,T,GT,TG,G;OALT=GT,-,-,TG,-,T;OMAPALT=TGTTT,TTG,TTGT,TTTGT,TTT,TTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/5:0,0,0.170213,0,0.468085,0:2,6,7,3,7,2:56:0,0,8,0,22,0:47:17:0,0,8,0,11,0:0,0,0,0,11,0:8:9:67:16:0,4,6,1,4,2:2,2,1,2,3,0:8:8 chr15 79764365 . AGT AGA,A 951.79 PASS AF=0,0.811111;AO=6,65;DP=92;FAO=0,73;FDP=90;FR=.;FRO=17;FSAF=0,35;FSAR=0,38;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0197515,-0.00397041;FXX=0.0217368;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=51.6149,248.88;QD=42.3017;RBI=0.0215644,0.013885;REFB=0.00374222,-0.0547282;REVB=-0.00865452,0.0133052;RO=16;SAF=3,30;SAR=3,35;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.2144,-0.0834273;STB=0.5,0.542681;STBP=1,0.084;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0104608;OID=.,.;OPOS=79764367,79764366;OREF=T,GT;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.811111:6,65:92:0,73:90:17:0,35:0,38:12:5:95:16:3,30:3,35:11:5 chr15 80137560 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0143224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.679;QD=10.1034;RBI=0.0439514;REFB=0.0102021;REVB=-0.0415523;RO=49;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163411;STB=0.596071;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0181135;OID=.;OPOS=80137560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:49:24:24:0.328767:8:16:26:23:8:16:26:23 chr15 80191343 . G A 123.86 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=100;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=0.00360878;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.619;QD=4.9053;RBI=0.027219;REFB=0.000154838;REVB=-0.0269787;RO=80;SAF=14;SAR=6;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154256;STB=0.604642;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000585123;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:80:81:20:20:0.19802:6:14:47:33:6:14:47:34 chr15 80215300 . T C 448.27 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0148535;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.346;QD=36.5938;RBI=0.0208238;REFB=-0.0304448;REVB=-0.0145947;RO=14;SAF=19;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226582;STB=0.512302;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0103626;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:14:14:35:35:0.714286:16:19:7:7:16:19:7:7 chr15 80216148 . G GC 52.31 PASS AF=0.26087;AO=16;DP=70;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.160839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6413;QD=3.03262;RBI=0.180035;REFB=0.0209353;REVB=0.0808919;RO=47;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115878;STB=0.547211;STBP=0.639;TYPE=ins;VARB=-0.0633644;OID=.;OPOS=80216149;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:16:70:18:69:51:7:11:23:28:52:47:6:10:22:25 chr15 80216165 . G T 158.77 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00351339;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.798;QD=9.92339;RBI=0.00602732;REFB=-0.0109458;REVB=0.00489742;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116444;STB=0.506843;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0117715;OID=.;OPOS=80216165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:18:25:12:9:18:25 chr15 80216176 . G T 146.63 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.023235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.27;QD=9.31012;RBI=0.0270209;REFB=-0.0172729;REVB=-0.0137935;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175728;STB=0.51039;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0997648;OID=.;OPOS=80216176;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:11:9:20:23:11:9:20:23 chr15 80216243 . A C 65.74 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0440237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.683;QD=11.4322;RBI=0.0445475;REFB=-0.00178612;REVB=-0.00681154;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00229598;OID=.;OPOS=80216243;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:6:7:5:4:7:7 chr15 80216516 . A C 171.99 PASS AF=0.310811;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.0379718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.174;QD=9.2969;RBI=0.0388624;REFB=-0.0127311;REVB=-0.00827223;RO=50;SAF=4;SAR=18;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13609;STB=0.554245;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0293139;OID=.;OPOS=80216516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:51:22:23:0.310811:18:4:13:37:18:5:14:37 chr15 80216532 . A T 519.75 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00619319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.259;QD=31.4999;RBI=0.0132329;REFB=-0.0276548;REVB=0.0116942;RO=20;SAF=11;SAR=35;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831792;STB=0.504503;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00625519;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:20:20:46:46:0.69697:35:11:5:15:35:11:5:15 chr15 80216931 . T C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0012833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.338;QD=5.68926;RBI=0.00669533;REFB=-0.0054039;REVB=-0.0065712;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280568;STB=0.683606;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0228602;OID=.;OPOS=80216931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:11:8:4:2:11:8 chr15 80217100 . A G 569.83 PASS AF=0.53;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00998704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0685;QD=22.7934;RBI=0.0281332;REFB=-0.036922;REVB=0.0263009;RO=47;SAF=21;SAR=32;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814607;STB=0.544875;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0337128;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:47:47:53:53:0.53:32:21:23:24:32:21:23:24 chr15 80259964 . C T 212.58 PASS AF=0.382353;AO=27;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0326479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0774;QD=12.5046;RBI=0.0955365;REFB=-0.00157187;REVB=-0.089785;RO=41;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667081;STB=0.523791;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0026198;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:27:26:0.382353:14:13:20:21:14:12:21:21 chr15 80260014 . T C 280.14 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0623999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.25;QD=16.7246;RBI=0.0683822;REFB=-0.00528985;REVB=0.027971;RO=35;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469359;STB=0.516888;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00584212;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:18:13:13:22:18:13:14:22 chr15 80263217 . C T 478.02 PASS AF=0.736842;AO=41;DP=56;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0517858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3775;QD=33.5454;RBI=0.064329;REFB=-0.0187776;REVB=0.0381634;RO=15;SAF=27;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448432;STB=0.506846;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0070838;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:15:15:41:42:0.736842:14:27:10:5:15:27:10:5 chr15 80263345 . A C 568.83 PASS AF=0.724138;AO=40;DP=56;FAO=42;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00672373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.971;QD=39.2298;RBI=0.0180811;REFB=0.00361606;REVB=-0.0167844;RO=6;SAF=18;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529396;STB=0.561768;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00479646;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:56:58:6:9:40:42:0.724138:22:18:4:2:24:18:7:2 chr15 80263406 . C T 470.23 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00752002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0194;QD=44.7833;RBI=0.0123908;REFB=0.0174925;REVB=-0.00984793;RO=7;SAF=13;SAR=22;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11001;STB=0.559288;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00349226;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:7:7:35:35:0.833333:22:13:5:2:22:13:5:2 chr15 80472561 . C T 338.11 PASS AF=0.24186;AO=52;DP=217;FAO=52;FDP=215;FR=.;FRO=163;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=94;FSRR=69;FWDB=0.00709744;FXX=0.018264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5292;QD=6.29048;RBI=0.0234103;REFB=-0.0181329;REVB=0.0223085;RO=159;SAF=29;SAR=23;SRF=93;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348382;STB=0.514639;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0481459;OID=.;OPOS=80472561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:215:159:163:52:52:0.24186:23:29:93:66:23:29:94:69 chr15 80672506 . T C 117.17 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00230287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3133;QD=8.52174;RBI=0.0195163;REFB=-0.0132651;REVB=-0.01938;RO=38;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269734;STB=0.678011;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0387912;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:13:3:14:24:13:3:15:24 chr15 80690335 . C T 137.53 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0353715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.885;QD=7.23858;RBI=0.0360945;REFB=-0.0116593;REVB=-0.00718801;RO=56;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784525;STB=0.547704;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0369322;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:13:7:23:33:13:7:23:33 chr15 80762743 . G A 62.29 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00404871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5011;QD=3.89322;RBI=0.0468382;REFB=-0.00308846;REVB=-0.0466629;RO=49;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084577;STB=0.581253;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0210484;OID=.;OPOS=80762743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:49:53:11:11:0.171875:6:5:19:30:6:5:19:34 chr15 81212608 . G A 735.61 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00137045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.491;QD=52.5433;RBI=0.00872158;REFB=0.0261946;REVB=-0.00861324;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348675;STB=0.517851;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-6.68755e-05;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:27:26:2:0:27:27:2:0 chr15 81475223 . C T 73.42 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00277702;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.743;QD=8.39049;RBI=0.0196581;REFB=-0.00740391;REVB=-0.0194609;RO=25;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46826;STB=0.790107;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0172476;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:25:25:10:10:0.285714:2:8:10:15:2:8:10:15 chr15 81582868 . G A 1761.99 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241235;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.939;QD=60.7582;RBI=0.0459372;REFB=0;REVB=0.0390933;RO=0;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48456e-05;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:67:48:0:0:68:48:0:0 chr15 81600995 . A G 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.808;QD=59.3193;RBI=0.0697057;REFB=0;REVB=-0.00999108;RO=0;SAF=16;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85113e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:52:16:0:0:52:16:0:0 chr15 81624768 . C T 482.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.102;QD=58.4293;RBI=0.0297575;REFB=0;REVB=0.0281151;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133768;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:16:17:0:0 chr15 81625336 . G A 394.88 PASS AF=0.6875;AO=31;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0163932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.846;QD=32.907;RBI=0.0200319;REFB=-0.0204061;REVB=-0.0115127;RO=13;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012124;STB=0.505686;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0105148;OID=.;OPOS=81625336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:15:31:33:0.6875:15:16:7:6:17:16:7:8 chr15 81625385 . C T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0138881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.749;QD=9.53606;RBI=0.0371167;REFB=-0.0259937;REVB=-0.0344205;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116635;STB=0.570697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0628557;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:14:13:7:5:14:13 chr15 81636267 . C T 729.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.242;QD=57.1776;RBI=0.0469239;REFB=0;REVB=0.0221332;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5458e-05;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:19:31:0:0:20:31:0:0 chr15 81637284 . G A 417.96 PASS AF=0.284264;AO=56;DP=198;FAO=56;FDP=197;FR=.;FRO=141;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=96;FSRR=45;FWDB=-0.0161229;FXX=0.00505025;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.872;QD=8.48658;RBI=0.0192398;REFB=-0.00915666;REVB=-0.0104986;RO=141;SAF=34;SAR=22;SRF=96;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969639;STB=0.556617;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0226337;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:141:141:56:56:0.284264:22:34:96:45:22:34:96:45 chr15 82335891 . G A 44.77 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00634624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3407;QD=8.52742;RBI=0.0251848;REFB=-0.0365151;REVB=0.0243721;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388841;STB=0.749167;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0455586;OID=.;OPOS=82335891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:6:8:6:1:6:8 chr15 82384094 . C G 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.00366416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.745;QD=12.8338;RBI=0.00964709;REFB=-0.00649632;REVB=-0.00892413;RO=49;SAF=12;SAR=18;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248116;STB=0.641699;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0118769;OID=.;OPOS=82384094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:18:12:31:18:18:12:31:18 chr15 82512429 . C G 759.42 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.030504;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4744;QD=53.2928;RBI=0.0331524;REFB=0.0520079;REVB=0.0129842;RO=1;SAF=38;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269172;STB=0.527767;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000779468;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:1:2:55:55:0.964912:17:38:0:1:17:38:0:2 chr15 82555242 . A G 837.33 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.829;QD=57.747;RBI=0.0714988;REFB=0;REVB=0.062211;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227234;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:50:58:1:26:24:0:0:30:28:0:0 chr15 82558034 . G C 946.67 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.204;QD=58.2569;RBI=0.0106616;REFB=0;REVB=0.00270615;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394967;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:28:37:0:0 chr15 82563991 . C T 1023.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.478;QD=59.3269;RBI=0.0160635;REFB=0;REVB=-0.0127254;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30746e-06;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:28:41:0:0 chr15 82574879 . T C 463.34 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.492;QD=57.918;RBI=0.0169643;REFB=0;REVB=0.016749;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67604e-05;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr15 82636940 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5992;QD=45.8068;RBI=0.133791;REFB=0;REVB=-0.126463;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00369317;OID=.;OPOS=82636940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr15 82636963 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0149872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.992;QD=19.1776;RBI=0.0604403;REFB=-0.0306364;REVB=0.0585527;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045895;STB=0.526274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0216684;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:3:8:10:3:3:8 chr15 82637060 . C CT 332.54 PASS AF=1;AO=7;DP=55;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0927467;FXX=0.472641;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.535;QD=45.8672;RBI=0.188091;REFB=-0.044975;REVB=-0.163635;RO=48;SAF=7;SAR=0;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.726139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00334129;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:7:55:29:29:0:22:7:0:0:8:48:7:0:15:33 chr15 82637061 . C T 609.85 PASS AF=0.872727;AO=48;DP=55;FAO=48;FDP=55;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0799492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.3095;QD=44.353;RBI=0.0867324;REFB=-0.229269;REVB=0.0336249;RO=7;SAF=15;SAR=33;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176589;STB=0.594554;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0120248;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:55:7:7:48:48:0.872727:33:15:7:0:33:15:7:0 chr15 82637079 . C T 577.11 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0568269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.13;QD=45.2637;RBI=0.0582902;REFB=-0.162613;REVB=0.0129789;RO=4;SAF=14;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116884;STB=0.547037;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00426082;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:51:51:4:6:45:45:0.882353:31:14:4:0:31:14:4:2 chr15 83215251 . T C 425.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.705;QD=56.6685;RBI=0.0130785;REFB=0;REVB=-0.00349896;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01944e-05;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr15 83224696 . C T 2110.55 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.189;QD=62.0751;RBI=0.0313479;REFB=0;REVB=0.0292453;RO=0;SAF=71;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78083e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56647e-05;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:133:136:1:62:71:0:0:63:73:0:0 chr15 83297138 . C T 757.7 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.451;QD=57.1849;RBI=0.080118;REFB=0;REVB=0.0796318;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214258;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:46:53:1:17:29:0:0:24:29:0:0 chr15 83680287 . A G 2438.62 PASS AF=0.975904;AO=160;DP=166;FAO=162;FDP=166;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0317548;FXX=0.0119041;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.265;QD=58.7619;RBI=0.0317958;REFB=-0.0857727;REVB=-0.00161364;RO=4;SAF=87;SAR=73;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204453;STB=0.501201;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000240892;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:166:4:4:160:162:0.975904:73:87:2:2:73:89:2:2 chr15 84442272 . T C 609.95 PASS AF=0.679487;AO=50;DP=78;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00610711;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.985;QD=31.2793;RBI=0.00614555;REFB=-0.00583879;REVB=0.000686211;RO=24;SAF=29;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538;STB=0.524272;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00248947;OID=.;OPOS=84442272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:24:25:50:53:0.679487:21:29:16:8:23:30:16:9 chr15 84488636 . A G 960.33 PASS AF=0.669355;AO=81;DP=123;FAO=83;FDP=124;FR=.;FRO=41;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0191992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.559;QD=30.9783;RBI=0.0192001;REFB=0.000334171;REVB=0.000181908;RO=41;SAF=41;SAR=40;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798993;STB=0.538527;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-9.58709e-05;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:41:41:81:83:0.669355:40:41:26:15:40:43:26:15 chr15 84493651 . T C 728.91 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0709906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5971;QD=22.7785;RBI=0.0741638;REFB=-0.00542696;REVB=-0.0214617;RO=58;SAF=40;SAR=30;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166048;STB=0.509088;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00493387;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:58:58:70:70:0.546875:30:40:32:26:30:40:32:26 chr15 84539619 . C G 1493.68 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442415;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1288;QD=58.5757;RBI=0.0504577;REFB=-0.130113;REVB=0.0242626;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.504504;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00171284;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:102:0:1:101:101:0.990196:55:46:0:0:55:46:0:1 chr15 84581889 . G A 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0063468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.457;QD=8.08968;RBI=0.0502608;REFB=-0.0108344;REVB=0.0498584;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302029;STB=0.694061;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.019643;OID=.;OPOS=84581889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:5:4:15:6:5:4:16:6 chr15 84581904 . T C 586.21 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8145;QD=60.1245;RBI=0.10646;REFB=0;REVB=0.105799;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159776;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:11:28:0:0 chr15 84582124 . G T 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.383;QD=61.6723;RBI=0.0347169;REFB=0;REVB=0.0336389;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13254e-05;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr15 84639350 . C T 493.26 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0281577;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.099;QD=22.169;RBI=0.0281582;REFB=-0.00518282;REVB=-0.000172534;RO=42;SAF=28;SAR=19;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241688;STB=0.633011;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00561817;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:42:47:47:0.52809:19:28:13:29:19:28:13:29 chr15 84651185 . C A 435.22 PASS AF=0.630769;AO=33;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00124025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.154;QD=26.7824;RBI=0.00523587;REFB=-0.035397;REVB=0.00508686;RO=20;SAF=9;SAR=24;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341923;STB=0.607543;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0201237;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:20:24:33:41:0.630769:24:9:15:5:24:17:17:7 chr15 84651290 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.873;QD=50.4133;RBI=0.0756273;REFB=0;REVB=0.0478231;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53153e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr15 84909507 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0326494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.764;QD=26.6017;RBI=0.0343146;REFB=-0.0655478;REVB=-0.01056;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.017573;OID=.;OPOS=84909507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr15 84958359 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.041195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.673;QD=9.13237;RBI=0.0412125;REFB=-0.0298727;REVB=-0.00119946;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414787;STB=0.75621;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0499449;OID=.;OPOS=84958359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:10:12:2:8:10:12 chr15 84958367 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0151912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.644;QD=8.73786;RBI=0.0236712;REFB=-0.000645837;REVB=0.0181536;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519981;STB=0.829338;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00151629;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:10:10:1:8:10:10 chr15 85149771 . G T 1485.02 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0009;QD=63.1922;RBI=0.026164;REFB=0;REVB=0.0252235;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146797;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:34:59:0:0:34:60:0:0 chr15 85163998 . G C 650.2 PASS AF=1;AO=43;DP=46;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.574;QD=50.996;RBI=0.126416;REFB=-0.0955557;REVB=0.126387;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012212;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:51:0:0:43:51:1:27:16:0:0:34:17:0:0 chr15 85165699 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0350186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.451;QD=21.2648;RBI=0.0453886;REFB=-0.0427313;REVB=-0.0288761;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593334;STB=0.533301;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0352831;OID=.;OPOS=85165699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:12:6:8:12:12:6 chr15 85188994 . T C 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7761;QD=58.5774;RBI=0.0227861;REFB=0;REVB=0.000757382;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024941;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr15 85189464 . T G 249.76 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0151792;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.254;QD=18.5006;RBI=0.0184095;REFB=-0.0172683;REVB=0.0104164;RO=27;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330534;STB=0.518505;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0151204;OID=.;OPOS=85189464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:27:27:27:0.5:14:13:14:13:14:13:14:13 chr15 85198362 . G T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0147719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.122;QD=3.24566;RBI=0.0154764;REFB=-0.000200846;REVB=-0.00461633;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169113;STB=0.512155;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00148917;OID=.;OPOS=85198362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:17:18:3:3:17:18 chr15 85200520 . G T 1023.76 PASS AF=0.732759;AO=85;DP=117;FAO=85;FDP=116;FR=.;FRO=31;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.028893;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.113;QD=35.302;RBI=0.03006;REFB=-0.0294785;REVB=0.00829433;RO=29;SAF=55;SAR=30;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181802;STB=0.606634;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0260338;OID=.;OPOS=85200520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:29:31:85:85:0.732759:30:55:8:21:30:55:8:23 chr15 85333953 . A G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00266513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.784;QD=59.8935;RBI=0.0174107;REFB=-0.0901354;REVB=0.0172055;RO=1;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133348;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000843459;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:35:45:0:1:35:45:0:1 chr15 85349231 . T C 1980.69 PASS AF=0.607639;AO=175;DP=289;FAO=175;FDP=288;FR=.;FRO=113;FSAF=88;FSAR=87;FSRF=51;FSRR=62;FWDB=0.00737179;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.413;QD=27.5096;RBI=0.00809936;REFB=-0.0183578;REVB=0.00335505;RO=112;SAF=88;SAR=87;SRF=50;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408043;STB=0.520212;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0101111;OID=.;OPOS=85349231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:288:112:113:175:175:0.607639:87:88:50:62:87:88:51:62 chr15 85360101 . T C 1931.05 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=129;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360609;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.642;QD=60.3452;RBI=0.0372163;REFB=-0.0852426;REVB=0.0092012;RO=2;SAF=64;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150792;STB=0.503936;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000383426;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:128:2:1:126:127:0.992188:62:64:0:2:63:64:0:1 chr15 85383145 . C G 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.005319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.885;QD=27.592;RBI=0.0186415;REFB=-0.038572;REVB=0.0178666;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995427;STB=0.555473;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00784424;OID=.;OPOS=85383145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:8:5:1:4:8:5:1:4 chr15 85383640 . G A 365.3 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00941185;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.397;QD=28.1003;RBI=0.0094825;REFB=-0.0230554;REVB=0.00115538;RO=18;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150025;STB=0.508192;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0115095;OID=.;OPOS=85383640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:14:20:11:7:14:20:11:7 chr15 85383839 . G A 1407.07 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.607;QD=61.8493;RBI=0.0323448;REFB=-0.0537153;REVB=0.0144564;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14006e-05;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:91:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr15 85399645 . C T 654.41 PASS AF=0.780822;AO=51;DP=69;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0157884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.872;QD=35.8579;RBI=0.0177294;REFB=-0.0141136;REVB=0.00806569;RO=14;SAF=41;SAR=10;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114925;STB=0.50839;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00522075;OID=.;OPOS=85399645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:14:16:51:57:0.780822:10:41:11:3:16:41:12:4 chr15 85401259 . C T 1308.94 PASS AF=0.932039;AO=94;DP=103;FAO=96;FDP=103;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00634879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.2895;QD=50.8325;RBI=0.0150484;REFB=-0.0530045;REVB=0.0136436;RO=6;SAF=39;SAR=55;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095531;STB=0.501571;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00163736;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:103:103:6:7:94:96:0.932039:55:39:2:4:57:39:3:4 chr15 85401419 . T C 1434.32 PASS AF=0.989247;AO=88;DP=89;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.269;QD=61.691;RBI=0.0267873;REFB=0.0387827;REVB=0.015611;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.504586;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00131917;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:93:0:1:88:92:0.989247:33:55:0:0:38:54:1:0 chr15 85402610 . G A 409.32 PASS AF=0.438095;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0266464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5579;QD=15.5933;RBI=0.0434842;REFB=-0.00760326;REVB=0.0343635;RO=58;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284516;STB=0.526479;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0105886;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:58:59:45:46:0.438095:22:23:28:30:22:24:28:31 chr15 85405994 . CT CC,C 552.25 PASS AF=0.735849,0.150943;AO=34,11;DP=54;FAO=39,8;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=20,8;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0236371,-0.08525;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=34.3787,21.0951;QD=41.6792;RBI=0.0941085,0.0980838;REFB=-0.0482451,-0.0847213;REVB=0.0910917,-0.0485065;RO=6;SAF=18,8;SAR=16,3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.59901;SSSB=0.146808,0.440891;STB=0.568147,0.998569;STBP=0.038,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0286563,-0.0534951;OID=.,.;OPOS=85405995,85405995;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.735849,0.150943:34,11:54:39,8:53:6:20,8:19,0:0:6:35:6:18,8:16,3:0:6 chr15 85411941 . A G 1116.81 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.411;QD=60.3683;RBI=0.0580144;REFB=0;REVB=-0.0310858;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83676e-05;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:42:32:0:0 chr15 85447431 . G A 2034.45 PASS AF=1;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464871;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.197;QD=62.5985;RBI=0.0577751;REFB=0;REVB=0.0343062;RO=0;SAF=73;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58472e-05;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:130:0:0:130:130:1:57:73:0:0:57:73:0:0 chr15 85448875 . C A 2162.95 PASS AF=0.992806;AO=136;DP=137;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.188;QD=62.2433;RBI=0.046611;REFB=0.0413517;REVB=0.0417163;RO=1;SAF=72;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737013;STB=0.503759;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-2.5677e-05;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:139:1:1:136:138:0.992806:64:72:0:1:66:72:0:1 chr15 85476440 . AG A,AA 512.97 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=4,32;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05024,0.043254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.9448,110.286;QD=56.9972;RBI=0.0599099,0.0590588;REFB=0,0;REVB=0.0326365,0.0402123;RO=0;SAF=2,6;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0634781,-0.00195765;OID=.,.;OPOS=85476441,85476441;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:4,32:36:2,34:36:0:2,6:0,28:0:0:10:0:2,6:2,26:0:0 chr15 85478410 . A G 610.42 PASS AF=0.86;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0392291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1669;QD=48.8335;RBI=0.041722;REFB=-0.015348;REVB=0.0142058;RO=5;SAF=23;SAR=20;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917861;STB=0.566008;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0208997;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:48:50:5:7:43:43:0.86:20:23:5:0:20:23:7:0 chr15 85607670 . G T 391.56 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00138965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7081;QD=24.8607;RBI=0.00237837;REFB=-0.0371176;REVB=-0.00193017;RO=25;SAF=27;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213528;STB=0.617501;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0129525;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:11:27:11:14:11:27:11:14 chr15 86087309 . T C 109.71 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0253503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.148;QD=6.09508;RBI=0.0280986;REFB=-0.0135399;REVB=-0.0121199;RO=55;SAF=2;SAR=15;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466677;STB=0.799157;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0576578;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:55:55:17:17:0.236111:15:2:23:32:15:2:23:32 chr15 86122654 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00556256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.446;QD=28.6826;RBI=0.0206948;REFB=-0.00746188;REVB=-0.0199332;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00187988;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:1:1:4:5:1:1 chr15 86122779 . T C 506.46 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0444336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.377;QD=28.5329;RBI=0.0479705;REFB=-0.0147495;REVB=-0.0180782;RO=25;SAF=32;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990696;STB=0.553992;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0114166;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:25:25:46:46:0.647887:14:32:14:11:14:32:14:11 chr15 86122916 . T C 523.12 PASS AF=0.607595;AO=48;DP=79;FAO=48;FDP=79;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0174805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.947;QD=26.487;RBI=0.0217213;REFB=-0.0237658;REVB=0.0128936;RO=31;SAF=20;SAR=28;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257122;STB=0.514033;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0190048;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:31:31:48:48:0.607595:28:20:14:17:28:20:14:17 chr15 86123019 . C T 174.33 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00500646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.745;QD=27.8935;RBI=0.0407551;REFB=-0.0288368;REVB=0.0404464;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185052;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00489684;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:16:17:0.68:9:7:6:2:10:7:6:2 chr15 86123462 . T C 477.85 PASS AF=0.736842;AO=41;DP=56;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0379657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.61;QD=33.5334;RBI=0.0399523;REFB=-0.0142936;REVB=-0.0124414;RO=15;SAF=24;SAR=17;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15785;STB=0.579962;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00403652;OID=.;OPOS=86123462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:15:15:41:42:0.736842:17:24:4:11:18:24:4:11 chr15 86123833 . T C 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00332695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.047;QD=37.5265;RBI=0.00342111;REFB=0.00529897;REVB=-0.000797105;RO=7;SAF=16;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147189;STB=0.580245;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00204525;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:9:16:2:5:9:16:2:5 chr15 86123924 . C T 277.02 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00165567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.634;QD=26.3825;RBI=0.029212;REFB=-0.0101621;REVB=0.029165;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052231;STB=0.559952;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00661585;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:17:24:25:0.595238:13:11:8:7:14:11:10:7 chr15 86123988 . G A 290.95 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0221022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7052;QD=26.45;RBI=0.0275649;REFB=-0.0248179;REVB=0.0164716;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359317;STB=0.530012;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0174244;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:12:14:10:7:12:14:11:7 chr15 86124419 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00436335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.987;QD=16.9415;RBI=0.0106148;REFB=-0.0295713;REVB=0.00967653;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132079;STB=0.575676;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0455579;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:12:12:7:12:12:12 chr15 86124483 . C G 337.11 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0560587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7223;QD=26.4401;RBI=0.0646482;REFB=0.0252177;REVB=-0.0321995;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480006;STB=0.526299;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0161149;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:7:12:18:14:7:12 chr15 86124555 . G A 380.31 PASS AF=0.654545;AO=34;DP=53;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0425857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.68;QD=27.659;RBI=0.0426379;REFB=-0.0416668;REVB=0.00210861;RO=19;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294937;STB=0.526734;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0234051;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:19:19:34:36:0.654545:20:14:7:12:20:16:7:12 chr15 86124946 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0260529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.392;QD=26.8493;RBI=0.046454;REFB=-0.0241147;REVB=-0.0384606;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100199;STB=0.571339;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0105055;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:5:10:5:1:5:10:6:1 chr15 86124968 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0205584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.503;QD=26.3058;RBI=0.0351193;REFB=-0.0338571;REVB=0.028473;RO=13;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118223;STB=0.565159;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0202996;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:6:15:11:2:6:15:11:2 chr15 86125031 . G A 496.59 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0293429;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.691;QD=29.211;RBI=0.0305372;REFB=-0.0166261;REVB=0.0084565;RO=21;SAF=28;SAR=17;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121072;STB=0.576032;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00683024;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:23:45:45:0.661765:17:28:17:4:17:28:19:4 chr15 86125079 . C T 209.66 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.031102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.227;QD=9.63955;RBI=0.0340173;REFB=0.000343045;REVB=-0.0137784;RO=60;SAF=19;SAR=8;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175168;STB=0.603658;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00229986;OID=.;OPOS=86125079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:60:27:27:0.310345:8:19:34:26:8:19:34:26 chr15 86125304 . C T 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.018138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4884;QD=4.76315;RBI=0.0275331;REFB=-0.018776;REVB=-0.0207144;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323902;STB=0.710079;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0387544;OID=.;OPOS=86125304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:38:40:9:9:0.183673:6:3:23:15:6:3:24:16 chr15 86284342 . C T 75.33 PASS AF=0.191176;AO=11;DP=66;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0113497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.882;QD=4.4313;RBI=0.0114512;REFB=-0.013089;REVB=0.00152102;RO=53;SAF=7;SAR=4;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861036;STB=0.641664;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0675014;OID=.;OPOS=86284342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:66:68:53:55:11:13:0.191176:4:7:37:16:6:7:39:16 chr15 86287867 . G A 472.1 PASS AF=0.647059;AO=43;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0358828;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2749;QD=27.7705;RBI=0.035925;REFB=-0.0739663;REVB=0.00174051;RO=24;SAF=27;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11531;STB=0.556293;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0347917;OID=.;OPOS=86287867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:24:43:44:0.647059:16:27:11:13:17:27:11:13 chr15 86292324 . G C 1041.4 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.805;QD=57.8557;RBI=0.0285404;REFB=0;REVB=0.0281403;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105649;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:67:72:1:38:29:0:0:43:29:0:0 chr15 86313048 . T C 822.76 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.799;QD=54.8509;RBI=0.0472013;REFB=-0.0077128;REVB=-0.0398192;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000165426;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:29:29:0:0:30:29:0:1 chr15 86368898 . G A 812.22 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318969;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.992;QD=55.0654;RBI=0.0340588;REFB=-0.060413;REVB=-0.0119411;RO=1;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254762;STB=0.512816;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00221254;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:18:39:0:1:19:39:0:1 chr15 86368959 . A T 1555.57 PASS AF=0.909836;AO=110;DP=121;FAO=111;FDP=122;FR=.;FRO=11;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0285265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3597;QD=51.0022;RBI=0.030294;REFB=-0.0348295;REVB=-0.0101965;RO=10;SAF=57;SAR=53;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129251;STB=0.502072;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0377785;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:121:122:10:11:110:111:0.909836:53:57:6:4:53:58:6:5 chr15 86838497 . C T 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0134489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.472;QD=4.28884;RBI=0.0428413;REFB=0.0024946;REVB=-0.0406756;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436193;STB=0.805751;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.0070264;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:1:6:17:15:1:6:17:15 chr15 86940622 . T C 1513.74 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.188;QD=59.9501;RBI=0.0282688;REFB=0;REVB=0.0254669;RO=0;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89074e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:50:50:0:0:51:50:0:0 chr15 87217613 . A G 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.236;QD=59.0093;RBI=0.0418759;REFB=0;REVB=0.013904;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375728;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 87531281 . A C 1541.73 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00431343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7263;QD=57.6349;RBI=0.0826933;REFB=-0.0618702;REVB=0.0825807;RO=3;SAF=61;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022762;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00166545;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:3:2:103:105:0.981308:42:61:3:0:43:62:2:0 chr15 88576185 . G C 489.93 PASS AF=0.350282;AO=59;DP=175;FAO=62;FDP=177;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.0457292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8684;QD=11.0718;RBI=0.0602578;REFB=-0.00936565;REVB=0.0392408;RO=116;SAF=28;SAR=31;SRF=61;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059147;STB=0.524582;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0179005;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:116:115:59:62:0.350282:31:28:61:55:32:30:60:55 chr15 88679785 . G A 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.46;QD=63.4745;RBI=0.0537196;REFB=0;REVB=0.0476915;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108245;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr15 88680684 . G A 1110.54 PASS AF=1;AO=48;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000983549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.909;QD=60.8512;RBI=0.26887;REFB=0;REVB=0.268869;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891778;OID=.;OPOS=88680684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:48:73:1:14:34:0:0:38:35:0:0 chr15 89074337 . G A 267.1 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0300334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6917;QD=28.1154;RBI=0.0344472;REFB=-0.0077093;REVB=0.0168701;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476136;STB=0.517227;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0085413;OID=.;OPOS=89074337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:14:24:24:0.631579:6:18:9:4:6:18:10:4 chr15 89169858 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.456;QD=56.191;RBI=0.0621706;REFB=0;REVB=0.0596726;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395087;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr15 89172558 . G C 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000208732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.149;QD=58.4044;RBI=0.00518024;REFB=0;REVB=-0.00517603;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79855e-06;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr15 89173657 . A T 729.14 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520232;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.535;QD=57.1874;RBI=0.0357951;REFB=0;REVB=0.035415;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100739;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr15 89173732 . T C 1761.43 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3463;QD=59.2078;RBI=0.0287649;REFB=-0.0528456;REVB=0.00911183;RO=2;SAF=76;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551599;STB=0.503225;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00215457;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:119:2:1:116:118:0.991597:40:76:1:1:41:77:1:0 chr15 89174748 . G C 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2119;QD=58.417;RBI=0.0554987;REFB=0;REVB=-0.0266876;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020061;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr15 89193497 . A T 993.44 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113684;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0141;QD=59.3098;RBI=0.0535471;REFB=0;REVB=0.0523264;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506322;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr15 89195178 . G C 1097.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.811;QD=60.163;RBI=0.026242;REFB=0;REVB=0.0247858;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.434e-05;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:40:31:0:0:41:32:0:0 chr15 89195245 . C T 823.53 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395826;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9462;QD=55.8326;RBI=0.039585;REFB=-0.115207;REVB=-0.000432507;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012925;STB=0.506847;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00186927;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:1:1:58:58:0.983051:22:36:1:0:22:36:1:0 chr15 89195526 . A G 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.958;QD=61.0455;RBI=0.0210685;REFB=0;REVB=0.0207509;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75604e-05;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr15 89386652 . G A 506.53 PASS AF=0.826087;AO=36;DP=44;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00365934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7091;QD=44.0459;RBI=0.0109154;REFB=-0.0546635;REVB=0.0102838;RO=8;SAF=27;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1057;STB=0.542872;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0100395;OID=.;OPOS=89386652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:46:8:8:36:38:0.826087:9:27:4:4:11:27:4:4 chr15 89391160 . C A 841.29 PASS AF=0.622951;AO=76;DP=122;FAO=76;FDP=122;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.000984584;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.582;QD=27.5832;RBI=0.00736919;REFB=-0.00721823;REVB=-0.00730312;RO=46;SAF=35;SAR=41;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124042;STB=0.50672;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00373274;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:46:46:76:76:0.622951:41:35:22:24:41:35:22:24 chr15 89392745 . T C 3354.48 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168473;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6263;QD=62.409;RBI=0.0171928;REFB=0;REVB=-0.0034296;RO=0;SAF=115;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119765;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:217:215:0:0:214:215:1:99:115:0:0:99:116:0:0 chr15 89398105 . C T 356.03 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.000456117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.848;QD=30.3;RBI=0.0126871;REFB=-0.03621;REVB=-0.0126789;RO=16;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128547;STB=0.561258;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0138653;OID=.;OPOS=89398105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:11:19:7:9:11:19:8:9 chr15 89398330 . G A 190.3 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0111966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.466;QD=21.7486;RBI=0.0132248;REFB=-0.00671804;REVB=-0.00703784;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234412;STB=0.618056;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00793481;OID=.;OPOS=89398330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:16:19:19:0.542857:12:7:10:5:12:7:10:6 chr15 89398605 . G T 443.45 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0606097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2931;QD=28.6096;RBI=0.061186;REFB=-0.03357;REVB=0.00837848;RO=21;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375831;STB=0.520424;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0286695;OID=.;OPOS=89398605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:16:25:14:7:16:25:14:7 chr15 89398631 . T A 362.02 PASS AF=0.614035;AO=28;DP=58;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0252425;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.216;QD=25.4048;RBI=0.039235;REFB=-0.0228416;REVB=-0.0300367;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201977;STB=0.547257;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0201954;OID=.;OPOS=89398631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:21:22:28:35:0.614035:10:18:14:7:17:18:14:8 chr15 89400339 . A C 482.8 PASS AF=0.608108;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00190734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.961;QD=26.0972;RBI=0.00190773;REFB=-0.0252522;REVB=3.87432e-05;RO=29;SAF=33;SAR=12;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565376;STB=0.530792;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0185227;OID=.;OPOS=89400339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:29:45:45:0.608108:12:33:23:6:12:33:23:6 chr15 89401109 . A G 1188.06 PASS AF=0.627219;AO=106;DP=169;FAO=106;FDP=169;FR=.;FRO=63;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0107661;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.531;QD=28.1197;RBI=0.0165647;REFB=0.00164252;REVB=0.012589;RO=58;SAF=66;SAR=40;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133486;STB=0.501424;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.000875034;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:58:63:106:106:0.627219:40:66:35:23:40:66:39:24 chr15 89401615 . T G 575.45 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1906;QD=60.5731;RBI=0.0868206;REFB=0;REVB=-0.0010761;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285995;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr15 89402051 . A G 584.12 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287379;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.278;QD=61.4864;RBI=0.00895087;REFB=0;REVB=-0.00847699;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63952e-05;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr15 89402239 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.388;QD=61.3342;RBI=0.0579588;REFB=0;REVB=0.0199454;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122864;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr15 89402596 . T G 1246.98 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0199717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.865;QD=56.6808;RBI=0.0403667;REFB=-0.0258207;REVB=0.0350799;RO=4;SAF=45;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040255;STB=0.520828;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00573327;OID=.;OPOS=89402596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:83:84:0.954545:38:45:4:0:38:46:4:0 chr15 89417238 . A G 504.52 PASS AF=0.758621;AO=43;DP=57;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0090856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.041;QD=34.7941;RBI=0.0106418;REFB=-0.0309569;REVB=-0.00554071;RO=14;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229289;STB=0.623784;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00752622;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:57:58:14:14:43:44:0.758621:18:25:1:13:18:26:1:13 chr15 89421327 . A G 687.0 PASS AF=0.682353;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00472082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6273;QD=32.3293;RBI=0.0288176;REFB=-0.0251024;REVB=0.0284283;RO=26;SAF=25;SAR=33;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149343;STB=0.586163;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0106546;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:26:27:58:58:0.682353:33:25:18:8:33:25:19:8 chr15 89421405 . G A 438.04 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0505784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1175;QD=27.3774;RBI=0.0638573;REFB=-0.0251402;REVB=0.0389818;RO=23;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136028;STB=0.573939;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0150733;OID=.;OPOS=89421405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:19:22:17:6:19:22:17:6 chr15 89422286 . C T 601.8 PASS AF=0.708333;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=43;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0319367;FXX=0.0399947;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.163;QD=33.4334;RBI=0.0327692;REFB=-0.045496;REVB=-0.00733937;RO=19;SAF=43;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2761;STB=0.658269;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00895786;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:19:21:51:51:0.708333:8:43:9:10:8:43:10:11 chr15 89430506 . C T 749.48 PASS AF=0.677419;AO=61;DP=95;FAO=63;FDP=93;FR=.;FRO=30;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.065984;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.495;QD=32.2359;RBI=0.0689083;REFB=-0.0359467;REVB=0.0198611;RO=28;SAF=33;SAR=28;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862587;STB=0.550223;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0159289;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:28:30:61:63:0.677419:28:33:11:17:28:35:12:18 chr15 89436244 . T C 609.32 PASS AF=0.56;AO=51;DP=95;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0132856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1562;QD=24.3728;RBI=0.013601;REFB=-0.0352743;REVB=0.002912;RO=42;SAF=25;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050751;STB=0.532247;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0228872;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:100:42:44:51:56:0.56:26:25:18:24:29:27:18:26 chr15 89436295 . G A 739.7 PASS AF=0.650485;AO=67;DP=103;FAO=67;FDP=103;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.015359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.954;QD=28.7262;RBI=0.0161594;REFB=-0.0186938;REVB=0.00502273;RO=36;SAF=30;SAR=37;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519478;STB=0.528101;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0121755;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:36:36:67:67:0.650485:37:30:19:17:37:30:19:17 chr15 89450546 . C T 621.83 PASS AF=0.706667;AO=52;DP=74;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0194601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.185;QD=33.1642;RBI=0.0417955;REFB=-0.0416871;REVB=0.0369887;RO=22;SAF=23;SAR=29;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820388;STB=0.540539;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0163554;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:22:22:52:53:0.706667:29:23:13:9:29:24:13:9 chr15 89450587 . G T 370.46 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000675703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.017;QD=29.0553;RBI=0.00496317;REFB=-0.00659902;REVB=-0.00491696;RO=17;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900011;STB=0.549104;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00282793;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:19:15:10:7:19:15:10:7 chr15 89739259 . G C 435.32 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0653711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0265;QD=29.5129;RBI=0.0655611;REFB=0.00191543;REVB=0.00498753;RO=19;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217537;STB=0.617173;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000178169;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:19:40:40:0.677966:15:25:18:1:15:25:18:1 chr15 89740384 . T G 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0678723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4121;QD=5.12624;RBI=0.0679351;REFB=-0.0035684;REVB=-0.00292023;RO=37;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395151;STB=0.761781;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.020838;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:2:7:17:20:2:7:17:20 chr15 89740469 . T C 107.03 PASS AF=0.223684;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0437654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.578;QD=5.63306;RBI=0.0460701;REFB=-0.00843603;REVB=-0.0143891;RO=59;SAF=12;SAR=4;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334832;STB=0.724313;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0481518;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:59:59:16:17:0.223684:4:12:29:30:4:13:29:30 chr15 89740616 . G A 1863.73 PASS AF=0.992;AO=118;DP=123;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273506;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4832;QD=59.6394;RBI=0.0279625;REFB=-0.0644474;REVB=-0.00581779;RO=1;SAF=86;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00549152;STB=0.502702;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00625888;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:125:1:1:118:124:0.992:32:86:1:0:32:92:1:0 chr15 89744476 . G T 2272.47 PASS AF=1;AO=138;DP=140;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826351;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.537;QD=61.006;RBI=0.0827917;REFB=0;REVB=0.00508929;RO=0;SAF=77;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12356e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:140:149:0:0:138:149:1:61:77:0:0:62:87:0:0 chr15 89838236 . G A 1068.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8631;QD=59.3577;RBI=0.105325;REFB=0;REVB=-0.0515246;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115478;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:31:40:0:0:32:40:0:0 chr15 89878377 . A T 2755.99 PASS AF=0.978142;AO=178;DP=185;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0286855;FXX=0.0108102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.216;QD=60.2403;RBI=0.033209;REFB=0.0375905;REVB=-0.0167327;RO=3;SAF=90;SAR=88;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159493;STB=0.505648;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000498403;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:185:183:3:4:178:179:0.978142:88:90:0:3:88:91:1:3 chr15 90023558 . G A 410.74 PASS AF=0.331288;AO=53;DP=162;FAO=54;FDP=163;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=70;FSRR=39;FWDB=0.027246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.481;QD=10.0795;RBI=0.0334339;REFB=-0.0278047;REVB=0.0193773;RO=106;SAF=32;SAR=21;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345648;STB=0.534782;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0578401;OID=.;OPOS=90023558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:106:109:53:54:0.331288:21:32:67:39:22:32:70:39 chr15 90029527 . G A 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=-0.00372638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.825;QD=6.2516;RBI=0.00535223;REFB=-0.0115991;REVB=-0.00384193;RO=38;SAF=10;SAR=1;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286636;STB=0.686601;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0483326;OID=.;OPOS=90029527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:50:38:39:11:11:0.22:1:10:30:8:1:10:31:8 chr15 90126121 . C T 350.37 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00644711;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.489;QD=22.9748;RBI=0.010349;REFB=-0.00147011;REVB=0.00809541;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124947;STB=0.569031;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0011578;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:11:24:14:12:11:24:14:12 chr15 90138670 . C T 1157.37 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0414845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.328;QD=59.3523;RBI=0.0427755;REFB=-0.0204957;REVB=-0.0104299;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104021;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-9.7634e-06;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:1:0:32:45:1:0 chr15 90168108 . C T 1506.52 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020499;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.204;QD=61.4907;RBI=0.0234008;REFB=-0.164699;REVB=-0.0112866;RO=1;SAF=61;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771175;STB=0.508063;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00124474;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:35:61:1:0:35:61:2:0 chr15 90168693 . T A 70.74 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0124182;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.566;QD=6.73746;RBI=0.0186059;REFB=0.000542104;REVB=-0.0138552;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578845;STB=0.547525;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00647043;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:31:32:10:10:0.238095:5:5:14:17:5:5:14:18 chr15 90170237 . C T 170.72 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=94;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0251024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.327;QD=7.26464;RBI=0.032062;REFB=-0.0111566;REVB=-0.0199459;RO=70;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505869;STB=0.53066;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0291183;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:70:24:24:0.255319:14:10:32:38:14:10:32:38 chr15 90174789 . C T 1216.33 PASS AF=0.670886;AO=106;DP=158;FAO=106;FDP=158;FR=.;FRO=52;FSAF=59;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.044832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.753;QD=30.7933;RBI=0.0617303;REFB=-0.00920085;REVB=0.0424349;RO=52;SAF=59;SAR=47;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246003;STB=0.513222;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00502302;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:52:52:106:106:0.670886:47:59:31:21:47:59:31:21 chr15 90174824 . C T 1108.98 PASS AF=0.647059;AO=99;DP=153;FAO=99;FDP=153;FR=.;FRO=54;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.00496769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.119;QD=28.9929;RBI=0.00749711;REFB=-0.022263;REVB=0.00561505;RO=43;SAF=57;SAR=42;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367992;STB=0.506091;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0121045;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:43:54:99:99:0.647059:42:57:22:21:42:57:32:22 chr15 90176073 . C A 1037.25 PASS AF=0.676923;AO=87;DP=129;FAO=88;FDP=130;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0818118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.595;QD=31.9154;RBI=0.0824092;REFB=-0.0071662;REVB=0.00990483;RO=42;SAF=35;SAR=52;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459855;STB=0.526167;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00356803;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:42:42:87:88:0.676923:52:35:20:22:53:35:20:22 chr15 90176432 . T G 1544.77 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.416;QD=59.4142;RBI=0.0311367;REFB=0;REVB=0.0145038;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53973e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:40:60:0:0:42:62:0:0 chr15 90188646 . TGC CTG,TCG,TG 71.33 PASS AF=0,0,0.45098;AO=3,2,13;DP=51;FAO=0,0,23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,15;FSAR=0,0,8;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.108715,-0.170149,-0.00493608;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=3,2,1;MLLD=59.5782,39.5454,8.94478;QD=5.59447;RBI=0.10891,0.170151,0.153794;REFB=-0.0147934,-0.0245146,-0.11587;REVB=-0.00652356,-0.000838653,0.153715;RO=22;SAF=0,2,10;SAR=3,0,3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.508608,0.617381,0.508442;STB=0.5,0.5,0.660878;STBP=1,1,0.039;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0,0.141937;OID=.,.,.;OPOS=90188646,90188647,90188648;OREF=TGC,GC,C;OALT=CTG,CG,-;OMAPALT=CTG,TCG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:74:51:51:22:28:3,2,13:0,0,23:0,0,0.45098:3,0,3:0,2,10:6:16:0,0,8:0,0,15:10:18 chr15 90191827 . T C 182.84 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5355;QD=43.0216;RBI=0.0686588;REFB=-0.11573;REVB=-0.0631801;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00275934;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:0:1:16:16:0.941176:4:12:0:0:4:12:1:0 chr15 90192440 . GC G 61.63 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=0.0138324;FXX=0.0937354;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0654;QD=4.25016;RBI=0.0544117;REFB=-0.108277;REVB=-0.0526241;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250046;STB=0.668798;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.169519;OID=.;OPOS=90192441;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396552:22:61:23:58:35:14:9:30:5:61:28:13:9:23:5 chr15 90195967 . C G 1949.87 PASS AF=0.992188;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4927;QD=60.9334;RBI=0.0431039;REFB=-0.0568776;REVB=-0.0329168;RO=0;SAF=79;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54552e-08;STB=0.505154;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000236249;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:128:0:1:127:127:0.992188:48:79:0:0:48:79:0:1 chr15 90196002 . G A 172.98 PASS AF=0.247525;AO=25;DP=101;FAO=25;FDP=101;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=0.0640727;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.707;QD=6.85081;RBI=0.0641552;REFB=-0.000646985;REVB=-0.00325223;RO=76;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241747;STB=0.514682;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00275726;OID=.;OPOS=90196002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:76:76:25:25:0.247525:12:13:41:35:12:13:41:35 chr15 90196008 . C T 180.35 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.00631909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.951;QD=7.43702;RBI=0.00925016;REFB=-0.0035205;REVB=0.00675534;RO=71;SAF=13;SAR=12;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186927;STB=0.505781;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.012401;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:72:25:25:0.257732:12:13:38:33:12:13:38:34 chr15 90210257 . G A 1224.7 PASS AF=0.633721;AO=103;DP=166;FAO=109;FDP=172;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.012864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.715;QD=28.4815;RBI=0.0143051;REFB=-0.0449129;REVB=0.0062574;RO=63;SAF=42;SAR=61;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358127;STB=0.503429;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0217601;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:172:63:63:103:109:0.633721:61:42:26:37:65:44:26:37 chr15 90213229 . G C 754.13 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.973;QD=56.9157;RBI=0.0413167;REFB=0;REVB=0.0382037;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001504;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr15 90226947 . C A 665.99 PASS AF=0.550847;AO=65;DP=118;FAO=65;FDP=118;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0336933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3706;QD=22.5759;RBI=0.0828065;REFB=-0.0167115;REVB=-0.0756418;RO=53;SAF=32;SAR=33;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140494;STB=0.50769;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0143798;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:53:53:65:65:0.550847:33:32:27:26:33:32:27:26 chr15 90245174 . T A 472.85 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0541482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.854;QD=35.0257;RBI=0.0580896;REFB=-0.00315886;REVB=-0.0210327;RO=13;SAF=14;SAR=27;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560405;STB=0.53018;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00117538;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:27:14:3:10:27:14:3:10 chr15 90245253 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0761426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.216;QD=23.3999;RBI=0.0871589;REFB=0.021061;REVB=0.0424144;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156255;STB=0.588042;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00677556;OID=.;OPOS=90245253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:0:3:7:1:0:3 chr15 90246336 . A G 239.37 PASS AF=0.560976;AO=21;DP=39;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00287884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.46;QD=23.3534;RBI=0.0129438;REFB=-0.0186331;REVB=0.0126196;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203967;STB=0.625549;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0133689;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:18:18:21:23:0.560976:5:16:10:8:5:18:10:8 chr15 90248819 . A T 388.52 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0135464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2138;QD=26.7945;RBI=0.0135465;REFB=-0.000367363;REVB=-6.30566e-05;RO=21;SAF=24;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131567;STB=0.507183;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=1.83551e-05;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:37:37:0.637931:13:24:14:7:13:24:14:7 chr15 90260145 . T A 227.79 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.011693;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4135;QD=20.7084;RBI=0.0155189;REFB=-0.000635635;REVB=-0.0102034;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042422;STB=0.545414;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=4.04409e-05;OID=.;OPOS=90260145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:20:22:22:22:0.5:11:11:11:9:11:11:13:9 chr15 90309154 . C A 473.99 PASS AF=0.676923;AO=42;DP=63;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0145335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.488;QD=29.1686;RBI=0.0167259;REFB=-0.0212672;REVB=0.00827841;RO=21;SAF=26;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312245;STB=0.510633;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00764798;OID=.;OPOS=90309154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:21:21:42:44:0.676923:16:26:14:7:16:28:14:7 chr15 90334240 . A G 1308.22 PASS AF=0.714286;AO=105;DP=147;FAO=105;FDP=147;FR=.;FRO=42;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0103014;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.997;QD=35.5978;RBI=0.0173895;REFB=-0.0126637;REVB=0.0140098;RO=42;SAF=46;SAR=59;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333749;STB=0.517879;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00440745;OID=.;OPOS=90334240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:42:42:105:105:0.714286:59:46:21:21:59:46:21:21 chr15 90335788 . C T 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00717453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.814;QD=33.9513;RBI=0.021863;REFB=-0.0101876;REVB=0.0206523;RO=13;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891438;STB=0.548557;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00506276;OID=.;OPOS=90335788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:14:16:9:4:14:16:9:4 chr15 90347784 . G A 508.2 PASS AF=0.657143;AO=45;DP=69;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0105532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.088;QD=29.04;RBI=0.0144874;REFB=-0.0143139;REVB=-0.00992544;RO=24;SAF=27;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167228;STB=0.50588;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0046122;OID=.;OPOS=90347784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:24:24:45:46:0.657143:18:27:15:9:18:28:15:9 chr15 90611818 . C A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.9;QD=28.5377;RBI=0.0169517;REFB=-0.0392942;REVB=0.00417687;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0150448;OID=.;OPOS=90611818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr15 90617539 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0086204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.889;QD=10.8849;RBI=0.0261381;REFB=-0.0247701;REVB=-0.0246757;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362611;STB=0.726652;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0242076;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:1:8:10:5:1:8:10:5 chr15 90623052 . T C 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.976;QD=57.1899;RBI=0.0534421;REFB=0;REVB=0.0366251;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.78947e-06;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr15 90709545 . G A 152.79 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0177555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5199;QD=13.5815;RBI=0.0181106;REFB=0.0238346;REVB=-0.00356878;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00674743;STB=0.503932;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0280718;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:13:15:9:8:13:15 chr15 90764219 . G A 217.13 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.00906352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.316;QD=7.82439;RBI=0.0155825;REFB=-0.0101663;REVB=-0.0126755;RO=80;SAF=23;SAR=8;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350706;STB=0.709479;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.02033;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:80:31:31:0.279279:8:23:37:43:8:23:37:43 chr15 90768320 . C T 595.03 PASS AF=0.803279;AO=48;DP=60;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00547847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.675;QD=39.0183;RBI=0.0437788;REFB=-0.0286151;REVB=0.0434346;RO=12;SAF=6;SAR=42;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344361;STB=0.519629;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0100764;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:61:12:12:48:49:0.803279:42:6:2:10:43:6:2:10 chr15 90771750 . T G 340.64 PASS AF=0.493671;AO=18;DP=71;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00879583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7959;QD=17.2474;RBI=0.0200104;REFB=-0.048945;REVB=0.0179736;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200868;STB=0.576536;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.032833;OID=.;OPOS=90771750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:79:34:40:18:39:0.493671:5:13:19:15:13:26:21:19 chr15 90772200 . G A 351.38 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.0242691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.852;QD=23.4252;RBI=0.0341498;REFB=-0.0254674;REVB=0.0240253;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312322;STB=0.672164;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141545;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:25:34:35:0.583333:18:16:22:3:19:16:22:3 chr15 90772831 . C T 477.84 PASS AF=0.74;AO=36;DP=49;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-6.86436e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0877;QD=38.2269;RBI=0.0668436;REFB=-0.0816624;REVB=-0.0668436;RO=13;SAF=20;SAR=16;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297688;STB=0.5127;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0160064;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:13:13:36:37:0.74:16:20:8:5:16:21:8:5 chr15 90774259 . G C 222.0 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0317597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.765;QD=25.3714;RBI=0.0326673;REFB=-0.0490553;REVB=0.00764666;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179147;STB=0.599902;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.040299;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:8:6:14:7:8:6 chr15 90774447 . TAGAG T 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0176796;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.675;QD=27.3146;RBI=0.0287935;REFB=-0.023886;REVB=0.0227266;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0130535;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:21:33:21:33:12:7:14:4:8:95:12:7:14:4:8 chr15 90784207 . A G 1870.71 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.93;QD=61.3348;RBI=0.0560927;REFB=0;REVB=0.0536534;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08023e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:122:0:0:115:122:1:46:69:0:0:50:72:0:0 chr15 90784250 . T C 668.05 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.000841119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.986;QD=25.6943;RBI=0.00712599;REFB=-0.0186778;REVB=-0.00707618;RO=41;SAF=37;SAR=26;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144657;STB=0.500787;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0110496;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:41:63:63:0.605769:26:37:24:17:26:37:24:17 chr15 90794102 . G A 188.55 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0118545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.598;QD=23.5681;RBI=0.0143413;REFB=-0.0330684;REVB=0.00807117;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0219881;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:13:13:17:19:0.59375:8:9:6:7:9:10:6:7 chr15 90794757 . T G 386.97 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00649067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.413;QD=30.3504;RBI=0.0389803;REFB=-0.0494763;REVB=0.0384362;RO=16;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197329;STB=0.606839;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0179861;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:16:19:14:2:16:19:14:2 chr15 90794845 . G A 282.55 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0316362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.761;QD=28.9792;RBI=0.0318199;REFB=-0.0480952;REVB=0.00341406;RO=14;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17537;STB=0.5962;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0201452;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:12:13:11:3:12:13:11:3 chr15 90796558 . G A 511.45 PASS AF=0.666667;AO=46;DP=69;FAO=46;FDP=69;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0223138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3847;QD=29.649;RBI=0.0226669;REFB=0.00919593;REVB=-0.00398516;RO=23;SAF=28;SAR=18;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212968;STB=0.615528;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00368767;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:23:46:46:0.666667:18:28:6:17:18:28:6:17 chr15 90800408 . C G 672.42 PASS AF=0.727273;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0299209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4623;QD=34.931;RBI=0.030506;REFB=0.019247;REVB=-0.00594642;RO=21;SAF=44;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115871;STB=0.562636;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00756916;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:21:21:56:56:0.727273:12:44:13:8:12:44:13:8 chr15 90800449 . C T 670.94 PASS AF=0.727273;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0225981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5521;QD=34.8542;RBI=0.0246704;REFB=-0.0338404;REVB=-0.00989718;RO=21;SAF=43;SAR=13;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992867;STB=0.553628;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0167554;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:21:21:56:56:0.727273:13:43:13:8:13:43:13:8 chr15 90809633 . G A 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0511378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1127;QD=22.1415;RBI=0.0590764;REFB=0.00845871;REVB=0.0295794;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205673;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00352813;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:8:5:11:6:8:5 chr15 90818400 . A T 186.92 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0301503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5288;QD=27.6922;RBI=0.0464966;REFB=-0.0523852;REVB=0.0353963;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0470704;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:27:8:9:17:18:0.666667:5:12:5:3:6:12:6:3 chr15 90818469 . C T 570.63 PASS AF=0.662338;AO=50;DP=77;FAO=51;FDP=77;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0237099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.792;QD=29.643;RBI=0.0743315;REFB=-0.0683621;REVB=0.0704486;RO=25;SAF=26;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50968;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0314537;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:25:26:50:51:0.662338:24:26:13:12:25:26:14:12 chr15 90818641 . G C 305.16 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00281019;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8959;QD=31.2984;RBI=0.0136668;REFB=-0.0352313;REVB=-0.0133748;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104148;STB=0.566961;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0152612;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:12:13:26:26:0.666667:11:15:9:3:11:15:10:3 chr15 90818827 . G A 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0570326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.806;QD=24.0721;RBI=0.0739852;REFB=-0.0171578;REVB=0.0471284;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769806;STB=0.58809;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00727886;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:3:10:4:2:3:10:4:3 chr15 90819132 . CT TC,TT 293.24 PASS AF=0,0.684211;AO=2,23;DP=37;FAO=0,26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=0,10;FSAR=0,16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0607259,0.0147028;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=31.3288,194.773;QD=30.8668;RBI=0.0725777,0.0159847;REFB=-0.0665016,-0.0366225;REVB=-0.0397478,0.00627193;RO=11;SAF=2,7;SAR=0,16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523246,-0.20876;STB=0.5,0.590094;STBP=1,0.107;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0372106;OID=.,.;OPOS=90819132,90819132;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:93:37:38:11:12:2,23:0,26:0,0.684211:0,16:2,7:7:4:0,16:0,10:8:4 chr15 90819641 . A C 659.58 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.028665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2368;QD=35.1776;RBI=0.029354;REFB=-0.012317;REVB=0.0063225;RO=20;SAF=27;SAR=28;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128215;STB=0.568916;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00491582;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:20:20:55:55:0.733333:28:27:15:5:28:27:15:5 chr15 90819826 . CTTTTTTTTTTTTTGA CTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTGAT,TCTTTTTTTTTTTTGA 160.16 PASS AF=0.459459,0.27027,0.243243,0.027027;AO=6,13,3,2;DP=40;FAO=17,10,9,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9,7,9,0;FSAR=8,3,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0887542,-0.198011,-0.0680607,-0.183566;FXX=0.0749813;HRUN=13,13,13,1;LEN=2,1,3,2;MLLD=7.49221,3.26822,32.8862,14.9197;QD=17.3145;RBI=0.187479,0.575442,0.0784673,0.414222;REFB=-0.0818248,-0.0844607,-0.0673521,-0.0536854;REVB=-0.16514,-0.540301,-0.0390495,-0.371327;RO=4;SAF=3,9,3,1;SAR=3,4,0,1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.344363,-0.164447,0,-0.532453;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,mnp;VARB=0.135888,-0.219791,0.022485,-0.607088;OID=.,.,.,.;OPOS=90819827,90819827,90819839,90819826;OREF=TT,T,TGA,CT;OALT=-,-,GAT,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTGA,CTTTTTTTTTTTTGAT,TCTTTTTTTTTTTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:39:40:37:4:0:6,13,3,2:17,10,9,1:0.459459,0.27027,0.243243,0.027027:3,4,0,1:3,9,3,1:4:0:8,3,0,1:9,7,9,0:0:0 chr15 90819876 . T C 203.05 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00985954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0537;QD=30.0811;RBI=0.0981412;REFB=-0.0628445;REVB=0.0976447;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532503;STB=0.529381;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0298764;OID=.;OPOS=90819876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:5:3:9:10:5:3 chr15 90820063 . T C 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0189298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.879;QD=39.8672;RBI=0.0321354;REFB=-0.0662718;REVB=-0.0259681;RO=3;SAF=17;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276954;STB=0.653652;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00687786;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:2:17:1:2:2:17:1:2 chr15 90820721 . C T 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0150561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.319;QD=27.2217;RBI=0.022356;REFB=-0.0242068;REVB=-0.0165259;RO=15;SAF=22;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47022;STB=0.767154;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0217047;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:2:22:8:7:2:22:8:7 chr15 90892246 . G C 304.3 PASS AF=0.278912;AO=41;DP=147;FAO=41;FDP=147;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=76;FWDB=-0.00374497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.804;QD=8.28037;RBI=0.0301176;REFB=-0.00133825;REVB=0.0298839;RO=106;SAF=12;SAR=29;SRF=30;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143448;STB=0.50847;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00288168;OID=.;OPOS=90892246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:106:106:41:41:0.278912:29:12:30:76:29:12:30:76 chr15 90892293 . C T 2053.19 PASS AF=0.985185;AO=134;DP=135;FAO=133;FDP=135;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0163657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5589;QD=60.8353;RBI=0.0265362;REFB=0.0477749;REVB=0.0208886;RO=1;SAF=39;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120309;STB=0.503683;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00177807;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:135:135:1:2:134:133:0.985185:95:39:1:0:94:39:1:1 chr15 90892412 . C T 200.34 PASS AF=0.361111;AO=24;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0458202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6507;QD=11.1299;RBI=0.0491658;REFB=-0.0132029;REVB=0.0178266;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100494;STB=0.575696;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0233869;OID=.;OPOS=90892412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:46:24:26:0.361111:17:7:17:29:19:7:17:29 chr15 90897952 . C T 190.46 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0645785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1814;QD=7.69553;RBI=0.0650996;REFB=-0.0135085;REVB=-0.00821983;RO=73;SAF=15;SAR=11;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697247;STB=0.541994;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0386748;OID=.;OPOS=90897952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:11:15:38:35:11:15:38:35 chr15 90903311 . A G,T 694.47 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389929,0.0182846;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=168.896,19.3519;QD=61.731;RBI=0.0478674,0.0343343;REFB=0,0;REVB=0.0277641,0.0290606;RO=0;SAF=22,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000511213,0.0934953;OID=.,.;OPOS=90903311,90903311;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:21,0:22,2:0:0:21,0:22,2:0:0 chr15 91010776 . T C 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0127636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.527;QD=6.02723;RBI=0.029163;REFB=-3.86698e-05;REVB=-0.0262216;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086142;STB=0.555432;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=8.07091e-05;OID=.;OPOS=91010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:15:16:4:5:15:16 chr15 91017718 . C T 431.68 PASS AF=0.350649;AO=53;DP=153;FAO=54;FDP=154;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.00463446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.467;QD=11.2126;RBI=0.0400886;REFB=-0.0104877;REVB=-0.0398199;RO=100;SAF=23;SAR=30;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16544;STB=0.587361;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0234113;OID=.;OPOS=91017718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:100:100:53:54:0.350649:30:23:58:42:30:24:58:42 chr15 91045408 . G A 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0245818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.974;QD=5.47972;RBI=0.0341329;REFB=-0.0196632;REVB=-0.023681;RO=46;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169164;STB=0.615207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0503029;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:46:47:13:13:0.216667:5:8:22:24:5:8:22:25 chr15 91141680 . A T 912.43 PASS AF=0.786517;AO=70;DP=89;FAO=70;FDP=89;FR=.;FRO=19;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00096722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.098;QD=41.0078;RBI=0.00595639;REFB=-0.0105004;REVB=-0.00587733;RO=19;SAF=38;SAR=32;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358144;STB=0.519138;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00249193;OID=.;OPOS=91141680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:19:19:70:70:0.786517:32:38:12:7:32:38:12:7 chr15 91161164 . G A 141.06 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00159605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.503;QD=7.94676;RBI=0.0153353;REFB=-0.00624133;REVB=0.015252;RO=48;SAF=7;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157635;STB=0.589952;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00819977;OID=.;OPOS=91161164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:51:20:20:0.28169:13:7:23:25:13:7:24:27 chr15 91185204 . G A 243.43 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0347783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.065;QD=14.1116;RBI=0.122411;REFB=-0.0412564;REVB=0.117367;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869051;STB=0.536089;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.043292;OID=.;OPOS=91185204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:28:29:0.42029:11:17:21:19:12:17:21:19 chr15 91185994 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.146;QD=58.9624;RBI=0.053391;REFB=0;REVB=-0.0428442;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32637e-05;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:22:44:0:0:22:44:0:0 chr15 91424574 . G C 3553.97 PASS AF=0.813456;AO=122;DP=329;FAO=266;FDP=327;FR=.;FRO=61;FSAF=118;FSAR=148;FSRF=55;FSRR=6;FWDB=0.0145761;FXX=0.0120842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.354;QD=43.4736;RBI=0.0183063;REFB=-0.0194187;REVB=0.011075;RO=0;SAF=0;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.58488;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00665349;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:327:0:61:122:266:0.813456:122:0:0:0:148:118:55:6 chr15 91428290 . C T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.05;QD=57.7124;RBI=0.0525131;REFB=0;REVB=0.042811;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108448;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr15 91428589 . T G 1586.75 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.593;QD=64.1113;RBI=0.0295326;REFB=0;REVB=0.0223105;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12584e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:41:56:0:0:42:57:0:0 chr15 91428636 . G A 1525.49 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00668024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.717;QD=59.8233;RBI=0.0684494;REFB=0;REVB=0.0681227;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012378;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:39:63:0:0:39:63:0:0 chr15 91430436 . T C 1628.09 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057904;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.122;QD=60.2996;RBI=0.0703006;REFB=0;REVB=0.0700617;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42755e-05;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:103:108:1:51:52:0:0:56:52:0:0 chr15 91449654 . T C 1312.31 PASS AF=0.644068;AO=114;DP=179;FAO=114;FDP=177;FR=.;FRO=63;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.00609628;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.331;QD=29.6567;RBI=0.0395378;REFB=-0.0263995;REVB=0.0390649;RO=63;SAF=66;SAR=48;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026471;STB=0.514266;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.012373;OID=.;OPOS=91449654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:63:63:114:114:0.644068:48:66:34:29:48:66:34:29 chr15 91449702 . A T 1039.11 PASS AF=0.611465;AO=95;DP=155;FAO=96;FDP=157;FR=.;FRO=61;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0057211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.425;QD=26.4741;RBI=0.0103339;REFB=-0.0339683;REVB=-0.00860575;RO=60;SAF=57;SAR=38;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123779;STB=0.50802;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0249665;OID=.;OPOS=91449702;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:157:60:61:95:96:0.611465:38:57:35:25:39:57:35:26 chr15 91452595 . A G 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.227;QD=59.8507;RBI=0.00778636;REFB=0;REVB=-0.00674486;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02771e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr15 91474236 . T C 69.33 PASS AF=0.184615;AO=11;DP=64;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0321103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.217;QD=4.26632;RBI=0.036505;REFB=-0.00581084;REVB=0.0173652;RO=53;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203905;STB=0.659526;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0212751;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:65:53:53:11:12:0.184615:4:7:25:28:4:8:25:28 chr15 91474738 . G C 350.5 PASS AF=0.298137;AO=48;DP=160;FAO=48;FDP=161;FR=.;FRO=113;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=-0.0012634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.729;QD=8.70795;RBI=0.00129537;REFB=-0.013983;REVB=0.000286018;RO=112;SAF=25;SAR=23;SRF=69;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115332;STB=0.563435;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0316634;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:112:113:48:48:0.298137:23:25:69:43:23:25:69:44 chr15 91478544 . A C 42.11 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.11984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2291;QD=4.55281;RBI=0.141035;REFB=-0.0143731;REVB=-0.074359;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352833;STB=0.523742;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0454614;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:18:12:3:4:18:12 chr15 91503195 . C T 390.71 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0614732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6151;QD=27.4183;RBI=0.0636261;REFB=-0.00182736;REVB=0.0164111;RO=20;SAF=21;SAR=16;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879997;STB=0.54792;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00255001;OID=.;OPOS=91503195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:20:37:37:0.649123:16:21:14:6:16:21:14:6 chr15 91509592 . T C 994.12 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.098606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0433;QD=57.6304;RBI=0.0989043;REFB=0.0283639;REVB=0.0076765;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00276594;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:32:36:0:0:32:36:1:0 chr15 91517479 . G A 350.81 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0263655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4399;QD=20.6359;RBI=0.030342;REFB=-0.025194;REVB=-0.0150167;RO=30;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173099;STB=0.582723;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0265585;OID=.;OPOS=91517479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:32:36:36:0.529412:23:13:17:13:23:13:17:15 chr15 91524841 . G T 1479.18 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109282;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.771;QD=63.6208;RBI=0.0114748;REFB=0;REVB=-0.0034992;RO=0;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58908e-06;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:45:48:0:0:45:48:0:0 chr15 91525197 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0915844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.999;QD=7.48166;RBI=0.0991653;REFB=-0.00879881;REVB=-0.0380269;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126789;STB=0.578793;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0284925;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:5:5:11:17:5:5:11:17 chr15 91543761 . C T 110.32 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0829528;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.43;QD=40.1178;RBI=0.0830249;REFB=0;REVB=0.00345926;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00503316;OID=.;OPOS=91543761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:11:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr15 91548601 . G A 155.75 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00590491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.77;QD=10.93;RBI=0.0130421;REFB=-0.00345653;REVB=-0.0116288;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150006;STB=0.508763;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00796737;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:19:18:10:10:19:18 chr15 91795203 . C G 684.6 PASS AF=0.666667;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=87;FR=.;FRO=29;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00866638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.325;QD=31.4757;RBI=0.0437336;REFB=-0.0158207;REVB=0.0428663;RO=26;SAF=37;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149946;STB=0.588708;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0099207;OID=.;OPOS=91795203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:26:29:58:58:0.666667:21:37:10:16:21:37:11:18 chr15 91811749 . G A 711.02 PASS AF=0.681319;AO=54;DP=92;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0311226;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3021;QD=31.2538;RBI=0.0422723;REFB=-0.0377725;REVB=0.0286065;RO=25;SAF=33;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553046;STB=0.560983;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00381259;OID=.;OPOS=91811749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:25:29:54:62:0.681319:21:33:13:12:21:41:14:15 chr15 91825027 . C T 487.72 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0194041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.854;QD=24.386;RBI=0.0195589;REFB=-0.0184168;REVB=-0.00245563;RO=34;SAF=15;SAR=31;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233606;STB=0.628321;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0121251;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:31:15:21:13:31:15:21:13 chr15 91836627 . A G 777.1 PASS AF=0.724138;AO=63;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0156691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.649;QD=35.7288;RBI=0.0175993;REFB=0.00447631;REVB=-0.00801343;RO=22;SAF=31;SAR=32;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091375;STB=0.536627;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000863437;OID=.;OPOS=91836627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:22:24:63:63:0.724138:32:31:15:7:32:31:15:9 chr15 91836683 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.687;QD=58.5987;RBI=0.0439172;REFB=0;REVB=0.0431123;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79083e-05;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr15 92638193 . G A 1641.94 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.587;QD=60.2548;RBI=0.0325065;REFB=0;REVB=0.0178462;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99657e-05;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:57:52:0:0:57:52:0:0 chr15 92647645 . G C 780.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.361;QD=63.6897;RBI=0.0175595;REFB=0;REVB=-0.00936717;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82938e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:30:18:0:0:30:19:0:0 chr15 92694207 . C T 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.047975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.511;QD=11.0655;RBI=0.0634064;REFB=-0.00711528;REVB=-0.041458;RO=64;SAF=18;SAR=14;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362265;STB=0.521039;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0166595;OID=.;OPOS=92694207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:14:18:34:30:14:18:34:30 chr15 93198671 . A G 1381.82 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593031;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1393;QD=62.8101;RBI=0.0605135;REFB=0;REVB=0.012043;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026586;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:55:32:0:0:55:33:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 876.38 PASS AF=0.761905,0.238095;AO=38,13;DP=59;FAO=48,15;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21,3;FSAR=27,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623802,-0.0311334;FXX=0.0307645;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=236.444,118.243;QD=55.6432;RBI=0.0306514,0.0313991;REFB=0,0;REVB=0.0300099,0.00407645;RO=0;SAF=11,4;SAR=27,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0110332,0.0107432;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.761905,0.238095:38,13:59:48,15:63:0:21,3:27,12:0:0:97:0:11,4:27,9:0:0 chr15 93510603 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.774;QD=54.8228;RBI=0.0382216;REFB=0.00347861;REVB=0.0175005;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184525;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=1.08552e-05;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:24:25:1:0:24:26:1:0 chr15 93521604 . A G 1237.45 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0134175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.814;QD=58.9263;RBI=0.0139929;REFB=-0.0282586;REVB=0.00397112;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133379;STB=0.513885;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000154466;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:35:47:0:1:35:47:0:2 chr15 93568466 . A AGG,AGGG 224.93 PASS AF=0.1,0.9;AO=4,14;DP=26;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883711,0.00616792;FXX=0.0908678;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=32.8724,43.4447;QD=44.9864;RBI=0.0665169,0.0483128;REFB=0,0;REVB=0.0659273,0.0479175;RO=5;SAF=2,14;SAR=2,0;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.268008,0.845676;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.054057,0.00897316;OID=.,.;OPOS=93568467,93568467;OREF=-,-;OALT=GG,GGG;OMAPALT=AGG,AGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:4,14:26:2,18:20:0:2,15:0,3:0:0:6:5:2,14:2,0:1:4 chr15 93568999 . T C 117.09 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00934201;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6769;QD=10.6445;RBI=0.0213822;REFB=0.00758515;REVB=0.0192334;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357277;STB=0.71398;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0154747;OID=.;OPOS=93568999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:18:12:10:4:18:12 chr15 93569004 . G A 126.65 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0214125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.51;QD=11.2579;RBI=0.0232397;REFB=0.00829883;REVB=-0.00903269;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297129;STB=0.676237;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.021219;OID=.;OPOS=93569004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:18:12:10:5:18:12 chr15 93570241 . T C 2441.91 PASS AF=0.97619;AO=162;DP=169;FAO=164;FDP=168;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=101;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0254211;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.466;QD=58.1406;RBI=0.0284971;REFB=-0.173655;REVB=0.0128783;RO=0;SAF=62;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4046e-08;STB=0.509165;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000513815;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:169:168:0:4:162:164:0.97619:100:62:0:0:101:63:3:1 chr15 93588264 . G C 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.534;QD=43.48;RBI=0.0786329;REFB=0;REVB=0.0736884;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113093;OID=.;OPOS=93588264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr15 93588336 . A C 885.03 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.512;QD=58.0347;RBI=0.01203;REFB=0;REVB=-0.00440977;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52429e-05;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr15 93609460 . A T 1547.2 PASS AF=0.963964;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00322841;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.478;QD=55.755;RBI=0.0856289;REFB=-0.0385388;REVB=-0.085568;RO=4;SAF=63;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291779;STB=0.514923;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000863431;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:111:4:4:105:107:0.963964:42:63:4:0:42:65:4:0 chr15 93616933 . C G 2083.8 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.518;QD=62.6708;RBI=0.042385;REFB=0;REVB=0.0286153;RO=0;SAF=87;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24064e-06;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:46:87:0:0:46:87:0:0 chr15 93616975 . A G 1115.73 PASS AF=1;AO=68;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.278;QD=60.31;RBI=0.0182818;REFB=0;REVB=0.0147611;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34446e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:68:74:1:35:33:0:0:36:38:0:0 chr15 93750256 . G T 464.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000719192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.657;QD=58.1139;RBI=0.00327787;REFB=0;REVB=0.003198;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17978e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr15 94304132 . C T 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0398471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8206;QD=5.7476;RBI=0.10268;REFB=-0.00858941;REVB=-0.0946329;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265607;STB=0.516754;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0324922;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:3:11:37:11:3:11:37:11 chr15 94304189 . T C 105.84 PASS AF=0.25;AO=15;DP=63;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0267502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.631;QD=6.61466;RBI=0.0513826;REFB=-0.00836017;REVB=0.0438702;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391731;STB=0.515916;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0318884;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:48:15:16:0.25:7:8:26:20:7:9:28:20 chr15 94841691 . G A 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0.010903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.797;QD=22.6425;RBI=0.012597;REFB=0.0372015;REVB=0.00630952;RO=34;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287953;STB=0.654492;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00999153;OID=.;OPOS=94841691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:38:4:0:34:38:4:0:34 chr15 94945719 . G T 334.24 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0186353;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.87;QD=19.0995;RBI=0.0215171;REFB=-0.00914539;REVB=-0.010757;RO=33;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221857;STB=0.632395;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0122062;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:35:35:35:0.5:16:19:26:7:16:19:28:7 chr15 96327938 . C T 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0104581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.056;QD=11.4336;RBI=0.0104619;REFB=0.00322478;REVB=-0.000280834;RO=54;SAF=22;SAR=7;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259812;STB=0.651895;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.005768;OID=.;OPOS=96327938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:7:22:30:24:7:22:30:24 chr15 97896933 . A C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0172249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.381;QD=13.2308;RBI=0.0205963;REFB=-0.00705394;REVB=0.0112921;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107954;STB=0.563266;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00921642;OID=.;OPOS=97896933;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:13:16:11:6:13:16 chr15 97970963 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0493583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.698;QD=16.4805;RBI=0.053735;REFB=-0.011195;REVB=-0.0212415;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154895;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0294256;OID=.;OPOS=97970963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:17:8:9:10:17:8 chr15 98015489 . A G 188.99 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0664175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.013;QD=20.9988;RBI=0.0664655;REFB=-0.0132354;REVB=-0.00252629;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809189;STB=0.529381;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0213715;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:9:10:10:6:9:10:10:7 chr15 98286677 . G A 334.21 PASS AF=0.507246;AO=36;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0139566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4338;QD=19.3748;RBI=0.0571027;REFB=0.0116949;REVB=0.0553708;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265419;STB=0.507458;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.012009;OID=.;OPOS=98286677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:36:35:0.507246:18:18:15:17:18:17:16:18 chr15 98301844 . GC G,GG,GT 250.22 PASS AF=0,0.15,0.85;AO=3,3,13;DP=20;FAO=0,3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,10;FSAR=0,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350714,-0.0258952,-0.0355037;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=90.8279,69.6404,99.011;QD=50.0437;RBI=0.0372928,0.028815,0.0885858;REFB=0,0,0;REVB=-0.0126789,0.012639,0.0811599;RO=0;SAF=0,3,9;SAR=3,0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.00600681,-0.00174279;OID=.,.,.;OPOS=98301845,98301845,98301845;OREF=C,C,C;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.15,0.85:3,3,13:20:0,3,17:20:0:0,3,10:0,0,7:0:0:14:0:0,3,9:3,0,4:0:0 chr15 98513845 . T C 562.41 PASS AF=0.75;AO=46;DP=62;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00736437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.872;QD=35.1507;RBI=0.0329164;REFB=-0.00674167;REVB=0.032082;RO=16;SAF=29;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278788;STB=0.505455;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00329134;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:16:16:46:48:0.75:17:29:10:6:19:29:10:6 chr15 98515752 . A G 116.19 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=85;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=44;FWDB=-0.0192472;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8682;QD=5.73751;RBI=0.036296;REFB=-0.0313755;REVB=-0.0307724;RO=60;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235019;STB=0.528271;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0763546;OID=.;OPOS=98515752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:81:60:63:18:18:0.222222:12:6:19:41:12:6:19:44 chr15 98995081 . A G 1413.95 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.621;QD=62.8424;RBI=0.0551201;REFB=0;REVB=0.0502067;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131907;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:36:51:0:0:39:51:0:0 chr15 99023968 . T G 409.57 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00563661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.318;QD=31.5052;RBI=0.00963032;REFB=-0.0392366;REVB=0.00780844;RO=15;SAF=23;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085464;STB=0.546411;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0167008;OID=.;OPOS=99023968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:14:23:7:8:14:23:7:8 chr15 99465473 . C T 119.4 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0174473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.979;QD=5.24846;RBI=0.0255879;REFB=-0.0182079;REVB=-0.0187171;RO=72;SAF=8;SAR=11;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823013;STB=0.55187;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0824196;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:11:8:35:37:11:8:35:37 chr15 99478225 . G A 884.34 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.33;QD=57.9894;RBI=0.0429333;REFB=0;REVB=0.0415536;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28995e-05;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:29:30:0:0:30:31:0:0 chr15 99502434 . AT ATA,A 155.0 PASS AF=0.160714,0.258929;AO=13,33;DP=117;FAO=18,29;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=6,18;FSAR=12,11;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00629679,0.135104;FXX=0.0508431;HRUN=2,7;LEN=1,1;MLLD=202.244,7.87543;QD=5.5358;RBI=0.125499,0.282193;REFB=-0.017454,-0.175815;REVB=-0.125341,-0.247749;RO=57;SAF=5,16;SAR=8,17;SRF=43;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.446033,-0.298552;STB=0.751629,0.542102;STBP=0.021,0.606;TYPE=ins,del;VARB=0.0465701,0.174047;OID=.,.;OPOS=99502436,99502435;OREF=-,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.160714,0.258929:13,33:117:18,29:112:65:6,18:12,11:44:21:50:57:5,16:8,17:43:14 chr15 99503199 . GGT G 259.76 PASS AF=0.818182;AO=21;DP=28;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0474522;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=184.06;QD=31.4854;RBI=0.0508576;REFB=-0.0749519;REVB=0.0182972;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57782;STBP=0.073;TYPE=del;VARB=0.0355692;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:21:28:27:33:6:16:11:1:5:24:0:15:6:0:0 chr15 99504437 . C T 2334.51 PASS AF=0.969325;AO=155;DP=162;FAO=158;FDP=163;FR=.;FRO=5;FSAF=91;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00652036;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.434;QD=57.2886;RBI=0.0207842;REFB=-0.182187;REVB=0.019735;RO=6;SAF=89;SAR=66;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309916;STB=0.513367;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00238831;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:162:163:6:5:155:158:0.969325:66:89:6:0:67:91:5:0 chr15 99511793 . C G 713.61 PASS AF=0.622449;AO=61;DP=99;FAO=61;FDP=98;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0214596;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.563;QD=29.1269;RBI=0.0287331;REFB=-0.0167154;REVB=-0.0191069;RO=37;SAF=39;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727265;STB=0.53954;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.01093;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:37:37:61:61:0.622449:22:39:20:17:22:39:20:17 chr15 99511804 . A AC 340.83 PASS AF=0.582278;AO=44;DP=87;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0974565;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1505;QD=17.2573;RBI=0.117218;REFB=-0.022125;REVB=0.065133;RO=42;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395281;STB=0.517759;STBP=0.736;TYPE=ins;VARB=0.0219403;OID=.;OPOS=99511805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.582278:44:87:46:79:33:27:19:18:15:99:42:26:18:25:17 chr15 99653800 . T C 1320.94 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0236257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2926;QD=60.0429;RBI=0.202677;REFB=-0.099465;REVB=0.201295;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00404189;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:0:1:86:87:0.988636:42:44:0:0:43:44:0:1 chr15 99670988 . CT C,CC 722.02 PASS AF=0.0217391,0.978261;AO=9,38;DP=47;FAO=1,45;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076666,0.0874045;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.513,196.068;QD=62.7846;RBI=0.0837071,0.0921488;REFB=0,0;REVB=0.0336036,0.0291867;RO=0;SAF=6,12;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.05056e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0319578,0.00124038;OID=.,.;OPOS=99670989,99670989;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261:9,38:47:1,45:46:0:0,18:1,27:0:0:4:0:6,12:3,26:0:0 chr15 99671760 . T C 2325.42 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.507;QD=63.7102;RBI=0.0501509;REFB=0;REVB=-0.0491248;RO=0;SAF=85;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10798e-05;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:61:85:0:0:61:85:0:0 chr15 99672722 . A G 816.93 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.329;QD=57.3283;RBI=0.0558037;REFB=0;REVB=0.0557398;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69343e-05;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:12:42:0:0:15:42:0:0 chr15 99715352 . A G 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.439;QD=61.6904;RBI=0.0185715;REFB=0;REVB=-0.0173793;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02094e-05;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr15 100246936 . T C 1073.67 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0553502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6001;QD=58.0362;RBI=0.064547;REFB=-0.0110588;REVB=0.0332065;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000588297;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:36:36:1:0:37:36:1:0 chr15 100246942 . G A 1227.96 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.243;QD=61.3982;RBI=0.0244947;REFB=0;REVB=0.0244468;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28226e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:36:42:0:0:38:42:0:0 chr15 100252805 . G T 313.44 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.104613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.188;QD=50.1502;RBI=0.10657;REFB=-0.148784;REVB=0.0203278;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000905031;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr15 100256618 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.984;QD=58.1416;RBI=0.0188352;REFB=0;REVB=0.0157218;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42025e-05;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr15 100256903 . TG T 75.01 PASS AF=0.583333;AO=11;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.179074;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.8978;QD=12.5021;RBI=0.182654;REFB=-0.119013;REVB=-0.0359846;RO=12;SAF=0;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.207407;SSSB=-0.833004;STB=0.782147;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.133973;OID=.;OPOS=100256904;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:11:24:14:24:10:2:12:7:3:43:12:0:11:9:3 chr15 100257713 . T TCAGATTGGGGCTAAAACAC,TCAGATTGGGGCTTAAAACAC 221.18 PASS AF=0.0714286,0.642857;AO=8,8;DP=29;FAO=2,18;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=2,8;FSAR=0,10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00720653,0.0154646;FXX=0.0666445;HRUN=1,1;LEN=19,20;MLLD=483.648,500.563;QD=31.5966;RBI=0.0259694,0.0285429;REFB=-0.0191788,-0.0221647;REVB=0.0249494,0.0239905;RO=8;SAF=8,2;SAR=0,6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.756726,-0.422409;STB=0.992036,0.593118;STBP=0.392,0.185;TYPE=ins,ins;VARB=0.0152133,0.00683735;OID=.,.;OPOS=100257714,100257714;OREF=-,-;OALT=CAGATTGGGGCTAAAACAC,CAGATTGGGGCTTAAAACAC;OMAPALT=TCAGATTGGGGCTAAAACAC,TCAGATTGGGGCTTAAAACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.642857:8,8:29:2,18:28:8:2,8:0,10:6:2:57:8:8,2:0,6:6:2 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 356.54 PASS AF=0.681818;AO=28;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00239806;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=9;MLLD=336.938;QD=32.4122;RBI=0.0133784;REFB=-0.0325576;REVB=-0.0131617;RO=14;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505431;STBP=0.96;TYPE=ins;VARB=0.0140073;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:28:44:30:44:14:21:9:10:4:99:14:20:8:10:4 chr15 100269680 . G C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.569;QD=60.0309;RBI=0.043037;REFB=0;REVB=0.0348934;RO=0;SAF=51;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102847;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:21:51:0:0:21:51:0:0 chr15 100269796 . A G 589.28 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000182027;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.449;QD=60.4389;RBI=0.00856223;REFB=0;REVB=0.0085603;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177327;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr15 100332799 . A C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00120888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9303;QD=16.8985;RBI=0.0144801;REFB=-0.0430877;REVB=-0.0144296;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214117;STB=0.648318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.039399;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:7:9:10:10:0.526316:2:8:4:3:2:8:5:4 chr15 100332807 . C T 59.11 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0136421;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4694;QD=13.1353;RBI=0.126362;REFB=-0.0335123;REVB=-0.125623;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258322;STB=0.655832;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0290621;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:5:5:2:6:5:5 chr15 100333075 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0490549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.749;QD=16.8984;RBI=0.0490982;REFB=-0.0141437;REVB=0.00206242;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0121169;OID=.;OPOS=100333075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr15 100636586 . G A 781.27 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2733;QD=54.826;RBI=0.0275935;REFB=-0.0519855;REVB=0.0242062;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00188186;OID=.;OPOS=100636586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:22:33:0:1:22:34:0:1 chr15 100672236 . CT C,CG 418.4 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,27;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158589,0.0118702;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.987,217.434;QD=55.7872;RBI=0.0174956,0.0118977;REFB=0,0;REVB=0.00738859,-0.000809333;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.033134,0.000854362;OID=.,.;OPOS=100672237,100672237;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:3,27:30:3,27:30:0:1,17:2,10:0:0:13:0:1,17:2,10:0:0 chr15 100794363 . C T 471.69 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7094;QD=55.4934;RBI=0.0267229;REFB=-0.0303806;REVB=-0.0127203;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00828857;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:15:18:1:0:15:18:1:0 chr15 100801698 . G A 668.75 PASS AF=0.670588;AO=57;DP=85;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=1;FWDB=0.00666941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.745;QD=31.4706;RBI=0.00872257;REFB=-0.00679251;REVB=-0.00562158;RO=28;SAF=39;SAR=18;SRF=27;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216268;STB=0.615828;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0037299;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:28:57:57:0.670588:18:39:27:1:18:39:27:1 chr15 100821467 . G A 899.84 PASS AF=0.581081;AO=80;DP=136;FAO=86;FDP=148;FR=.;FRO=62;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00906611;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.774;QD=24.3199;RBI=0.0283756;REFB=-0.0543819;REVB=0.0268883;RO=55;SAF=45;SAR=35;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286812;STB=0.522812;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0482734;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:148:55:62:80:86:0.581081:35:45:33:22:35:51:40:22 chr15 100821576 . G A 757.22 PASS AF=0.628866;AO=57;DP=98;FAO=61;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0156056;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.899;QD=31.2255;RBI=0.0283718;REFB=-0.0305368;REVB=0.0236944;RO=23;SAF=22;SAR=35;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144347;STB=0.568468;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0256137;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:23:29:57:61:0.628866:35:22:15:8:36:25:18:11 chr15 100942962 . T C 523.04 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.58;QD=58.1151;RBI=0.0555936;REFB=0;REVB=0.037542;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227717;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:36:0:0:31:36:1:11:20:0:0:12:24:0:0 chr15 101041896 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.232;QD=59.014;RBI=0.0371496;REFB=0;REVB=0.0346197;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356168;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr15 101109818 . G A 63.65 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0151588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.468;QD=4.71446;RBI=0.0267959;REFB=-0.0065793;REVB=-0.022096;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236292;STB=0.526664;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0330493;OID=.;OPOS=101109818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:53:54:43:44:10:10:0.185185:6:4:18:25:6:4:19:25 chr15 101110096 . T C 108.46 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=0.0285387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.644;QD=4.61534;RBI=0.0319989;REFB=0.00183886;REVB=0.014473;RO=75;SAF=4;SAR=14;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191613;STB=0.621155;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00549894;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:76:18:18:0.191489:14:4:26:49:14:4:26:50 chr15 101113862 . C T 184.92 PASS AF=0.232;AO=29;DP=125;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=0.00518894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.967;QD=5.91756;RBI=0.00619435;REFB=-0.0093709;REVB=-0.00338302;RO=96;SAF=19;SAR=10;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271043;STB=0.516605;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0226282;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:96:96:29:29:0.232:10:19:61:35:10:19:61:35 chr15 101421673 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.774;QD=57.545;RBI=0.0228848;REFB=0;REVB=0.000693451;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98468e-05;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr15 101562793 . G A 257.66 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0220434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.528;QD=30.313;RBI=0.0353427;REFB=-0.0433378;REVB=0.027626;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674297;STB=0.537157;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00954611;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:15:8:5:6:15:8:5:6 chr15 101591923 . A G 1374.74 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.069;QD=62.4882;RBI=0.0475244;REFB=0;REVB=0.0459509;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34992e-05;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:36:51:0:0:36:52:0:0 chr15 101595257 . G A 902.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.196;QD=58.2263;RBI=0.0460968;REFB=0;REVB=0.0203987;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16879e-05;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:29:29:0:0:30:32:0:0 chr15 101606120 . G A 407.95 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0153698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9224;QD=30.7887;RBI=0.0279908;REFB=-0.0568604;REVB=0.0233935;RO=15;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121724;STB=0.518787;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0396007;OID=.;OPOS=101606120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:16:37:37:0.698113:14:23:9:6:14:23:9:7 chr15 101606261 . C T 250.14 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111067;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.542;QD=47.6453;RBI=0.0242847;REFB=-0.0328222;REVB=0.021596;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000490894;OID=.;OPOS=101606261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:0:1:20:20:0.952381:16:4:0:0:16:4:1:0 chr15 101607450 . T C 898.62 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298634;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.889;QD=57.9752;RBI=0.0300544;REFB=0;REVB=-0.00338267;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212639;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr15 101607535 . C G 122.05 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0869793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.26;QD=8.41724;RBI=0.0932249;REFB=-0.0133808;REVB=0.0335483;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197656;STB=0.597474;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0322647;OID=.;OPOS=101607535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:39:41:17:17:0.293103:8:9:14:25:8:9:16:25 chr15 101717680 . G T 640.88 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00282619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.626;QD=26.1583;RBI=0.00519744;REFB=-0.0211753;REVB=-0.00436189;RO=41;SAF=29;SAR=28;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160602;STB=0.508769;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0205244;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:57:57:0.581633:28:29:20:21:28:29:20:21 chr15 101814650 . C T 106.77 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.00479069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.703;QD=5.54643;RBI=0.0218826;REFB=-0.00584303;REVB=-0.0213517;RO=59;SAF=9;SAR=8;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145595;STB=0.595242;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0241848;OID=.;OPOS=101814650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:8:9:38:21:8:9:39:21 chr15 101827855 . C T 887.76 PASS AF=0.766667;AO=69;DP=90;FAO=69;FDP=90;FR=.;FRO=21;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00568602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.176;QD=39.4559;RBI=0.0192925;REFB=0.00475676;REVB=-0.0184356;RO=21;SAF=36;SAR=33;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217157;STB=0.511625;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.00132423;OID=.;OPOS=101827855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:21:21:69:69:0.766667:33:36:12:9:33:36:12:9 chr15 101910550 . G A 1337.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.602;QD=62.2292;RBI=0.0344974;REFB=0;REVB=-0.00971545;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42428e-05;OID=.;OPOS=101910550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:79:86:1:25:54:0:0:26:60:0:0 chr15 102192548 . A C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.371;QD=59.4336;RBI=0.0805891;REFB=0;REVB=0.0197916;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038932;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr15 102223771 . G A 498.38 PASS AF=0.582278;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.039542;FXX=0.0595167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.908;QD=25.2344;RBI=0.0395461;REFB=0.00100787;REVB=0.000568444;RO=31;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148818;STB=0.583753;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00104226;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:79:31:33:45:46:0.582278:25:20:20:11:26:20:21:12 chr15 102224341 . G A 675.72 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.01894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.936;QD=27.5804;RBI=0.0202043;REFB=0.00125792;REVB=0.00703496;RO=39;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904385;STB=0.549206;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00109064;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:30:29:24:15:30:29:24:15 chr15 102506389 . C T 49.56 PASS AF=0.0801887;AO=17;DP=212;FAO=17;FDP=212;FR=.;FRO=195;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=117;FWDB=-0.0204809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.448;QD=0.935105;RBI=0.0227515;REFB=-0.00364508;REVB=-0.00990789;RO=194;SAF=7;SAR=10;SRF=77;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176152;STB=0.5112;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.048449;OID=.;OPOS=102506389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:212:212:194:195:17:17:0.0801887:10:7:77:117:10:7:78:117 chr15 102516350 . G A 51.72 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0374931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.213;QD=1.79911;RBI=0.0581126;REFB=-0.0104429;REVB=0.0443998;RO=101;SAF=4;SAR=9;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230599;STB=0.594448;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0322719;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:114:115:101:102:13:13:0.113043:9:4:50:51:8:5:50:52 chr16 103517 . A C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.939;QD=59.3229;RBI=0.0281011;REFB=0;REVB=-0.00494971;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54796e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr16 108585 . T C 1146.7 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308706;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.068;QD=60.3526;RBI=0.0372811;REFB=0;REVB=0.0209019;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15159e-05;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:76:0:0:69:76:1:28:41:0:0:31:45:0:0 chr16 109060 . G A 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0204842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.045;QD=2.83772;RBI=0.0219008;REFB=0.000397945;REVB=-0.00774874;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309571;OID=.;OPOS=109060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:51:52:8:8:0.133333:4:4:25:26:4:4:26:26 chr16 113636 . G A 246.67 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00881941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.083;QD=15.9141;RBI=0.00901404;REFB=-0.0271785;REVB=-0.00186303;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39215;STB=0.727113;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0253109;OID=.;OPOS=113636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:8:20:10:23:8:20:10:24 chr16 113883 . G C,GCC 755.92 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,44;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,34;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341395,-0.0174063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=154.365,43.8084;QD=62.9931;RBI=0.054848,0.0351595;REFB=0,0;REVB=-0.0429278,-0.0305485;RO=2;SAF=2,32;SAR=0,12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0284632;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0339656,0.000946866;OID=.,.;OPOS=113883,113884;OREF=G,-;OALT=C,CC;OMAPALT=C,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:2:0:2,44:1,47:0.0208333,0.979167:0,12:2,32:2:0:0,13:1,34:0:0 chr16 113886 . GC CG,G 624.3 PASS AF=0,1;AO=2,46;DP=53;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154271,0.0528738;FXX=0.0754575;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=143.444,18.9971;QD=50.9635;RBI=0.0305341,0.106165;REFB=0,0;REVB=-0.0263503,0.092062;RO=0;SAF=0,36;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.54368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00414639;OID=.,.;OPOS=113886,113887;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:53:49:0:0:2,46:0,49:0,1:2,10:0,36:0:0:0,13:0,36:0:0 chr16 230802 . C A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00286369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.744;QD=19.3867;RBI=0.00792927;REFB=-0.0302736;REVB=0.00739409;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559561;STB=0.537342;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0271143;OID=.;OPOS=230802;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:19:16:13:20:19:16:13:21 chr16 304514 . C T 396.59 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00740391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.878;QD=15.1081;RBI=0.0111093;REFB=-0.00785444;REVB=-0.00828242;RO=59;SAF=28;SAR=17;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486559;STB=0.5332;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.010461;OID=.;OPOS=304514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:45:45:0.428571:17:28:34:25:17:28:34:26 chr16 319511 . A G 283.85 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0232106;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.848;QD=14.9393;RBI=0.0260684;REFB=-0.0139127;REVB=-0.0118672;RO=41;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502741;STB=0.540827;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0221323;OID=.;OPOS=319511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:44:32:32:0.421053:21:11:16:25:21:11:18:26 chr16 320759 . C T 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00257698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.745;QD=10.171;RBI=0.0255218;REFB=-0.0139702;REVB=-0.0253914;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219799;STB=0.635901;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0307098;OID=.;OPOS=320759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:5:4:4:2:5:4 chr16 321465 . A G 492.41 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0187335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.004;QD=20.0985;RBI=0.0211901;REFB=-0.0119897;REVB=0.00990347;RO=50;SAF=28;SAR=20;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114127;STB=0.56333;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0179638;OID=.;OPOS=321465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:20:28:23:27:20:28:23:27 chr16 322934 . C T 282.16 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0695051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6507;QD=14.8506;RBI=0.0712394;REFB=-0.00826131;REVB=0.0156236;RO=43;SAF=26;SAR=6;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195138;STB=0.607403;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0184665;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:6:26:29:14:6:26:30:14 chr16 336660 . G A 580.47 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387198;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.8;QD=59.5354;RBI=0.0389215;REFB=0;REVB=-0.00395803;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1548e-05;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr16 419092 . A G 1395.88 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.8;QD=62.736;RBI=0.032989;REFB=0;REVB=-0.0078675;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68117e-05;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:34:55:0:0:34:55:0:0 chr16 419154 . G A 410.11 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0364725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0865;QD=15.6233;RBI=0.0394885;REFB=0.0192101;REVB=-0.0151361;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000769427;STB=0.503632;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0278673;OID=.;OPOS=419154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:58:59:46:46:0.438095:19:27:34:24:19:27:35:24 chr16 420140 . G A 812.52 PASS AF=0.474576;AO=84;DP=177;FAO=84;FDP=177;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0294105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.754;QD=18.362;RBI=0.0392473;REFB=-0.0244476;REVB=0.025988;RO=93;SAF=49;SAR=35;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339376;STB=0.518764;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0236468;OID=.;OPOS=420140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:93:93:84:84:0.474576:35:49:51:42:35:49:51:42 chr16 420179 . G A 636.81 PASS AF=0.5;AO=64;DP=128;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.00248627;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.81;QD=19.9004;RBI=0.0164635;REFB=-0.0307193;REVB=0.0162747;RO=64;SAF=33;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141794;STB=0.507822;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0285295;OID=.;OPOS=420179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:64:64:64:64:0.5:31:33:34:30:31:33:34:30 chr16 426432 . T C 320.78 PASS AF=0.404494;AO=33;DP=87;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=-0.0226456;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.887;QD=14.4171;RBI=0.0244867;REFB=-0.0150353;REVB=-0.0093153;RO=52;SAF=27;SAR=6;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513027;STB=0.534865;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0281664;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:52:53:33:36:0.404494:6:27:41:11:9:27:42:11 chr16 427479 . T C 236.61 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0272384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.078;QD=15.7741;RBI=0.0402376;REFB=-0.0234343;REVB=-0.0296165;RO=32;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197387;STB=0.620598;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0396996;OID=.;OPOS=427479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:9:18:15:17:9:18:15:18 chr16 427516 . T C 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0171474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.698;QD=17.289;RBI=0.0251291;REFB=-0.0258976;REVB=0.0183694;RO=32;SAF=23;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282318;STB=0.653783;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0225119;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:7:23:16:16:7:23:17:16 chr16 427784 . G A 650.96 PASS AF=0.478261;AO=63;DP=137;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=5.26025e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.281;QD=18.8683;RBI=0.0147555;REFB=-0.00796201;REVB=-0.0147554;RO=71;SAF=43;SAR=20;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375499;STB=0.517236;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00751645;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:72:63:66:0.478261:20:43:46:25:21:45:47:25 chr16 427820 . C T 612.27 PASS AF=0.470149;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.031702;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8362;QD=18.2766;RBI=0.0332442;REFB=-0.00147342;REVB=0.0100079;RO=69;SAF=40;SAR=23;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281142;STB=0.500638;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0017705;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:69:71:63:63:0.470149:23:40:44:25:23:40:45:26 chr16 449345 . G C 316.7 PASS AF=0.372549;AO=39;DP=102;FAO=38;FDP=102;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0832872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7949;QD=12.4194;RBI=0.0903901;REFB=-0.0159115;REVB=-0.0351228;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808392;STB=0.516222;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0200101;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:64:39:38:0.372549:17:22:36:27:17:21:37:27 chr16 449659 . G A 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00966921;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.742;QD=15.6556;RBI=0.0108345;REFB=-0.0170489;REVB=0.00488804;RO=15;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532666;STB=0.801439;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00888017;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:1:11:8:7:1:11:8:6 chr16 450140 . C CAG 165.26 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00415197;FXX=0.0232504;HRUN=0;LEN=2;MLLD=99.2452;QD=15.7394;RBI=0.00817724;REFB=-0.0141459;REVB=-0.00704474;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265831;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.0327346;OID=.;OPOS=450141;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:17:44:18:42:24:12:6:10:14:99:26:12:5:12:14 chr16 450165 . T C 193.85 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0233197;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5981;QD=16.1545;RBI=0.104023;REFB=-0.0339743;REVB=-0.101375;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135061;STB=0.604436;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0463487;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:28:20:20:0.416667:6:14:15:11:6:14:15:13 chr16 450309 . C T 105.92 PASS AF=0.382353;AO=8;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0596778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9224;QD=12.4616;RBI=0.0603234;REFB=-0.0390044;REVB=-0.00880206;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302804;STB=0.639588;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0740533;OID=.;OPOS=450309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:8:13:0.382353:2:6:10:10:4:9:10:11 chr16 456416 . T G 1052.93 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.231;QD=59.32;RBI=0.134116;REFB=0;REVB=0.133245;RO=0;SAF=57;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.67081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018139;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:65:71:1:8:57:0:0:14:57:0:0 chr16 547297 . T C 537.31 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0016646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.512;QD=26.2103;RBI=0.0295016;REFB=-0.0337732;REVB=0.0294546;RO=32;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090462;STB=0.552218;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0152396;OID=.;OPOS=547297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:32:32:49:50:0.609756:29:20:17:15:30:20:17:15 chr16 570557 . T C 841.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.367;QD=57.0815;RBI=0.0256816;REFB=0;REVB=0.0176047;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131581;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr16 601632 . T C 4284.75 PASS AF=1;AO=270;DP=274;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000887134;FXX=0.0144922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5865;QD=63.011;RBI=0.00959229;REFB=0;REVB=0.00955118;RO=0;SAF=139;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66278e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80162e-05;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:274:272:0:0:270:272:1:131:139:0:0:131:141:0:0 chr16 602313 . C A 333.09 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.000120711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.359;QD=21.842;RBI=0.0152374;REFB=0.00768974;REVB=-0.015237;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603439;STB=0.533239;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00679789;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:11:23:20:7:11:23:20:7 chr16 603471 . A G 1613.35 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302802;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.197;QD=59.2056;RBI=0.0307806;REFB=-0.0970795;REVB=0.00552731;RO=1;SAF=39;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120136;STB=0.506172;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000133184;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:107:108:0.990826:68:39:1:0:68:40:1:0 chr16 622565 . A G 383.05 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=10;FWDB=-0.0404865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5086;QD=15.0216;RBI=0.0407579;REFB=-0.0542777;REVB=-0.00469554;RO=52;SAF=34;SAR=9;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055683;STB=0.529024;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0648553;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:52:58:43:44:0.431373:9:34:43:9:9:35:48:10 chr16 624713 . C T 556.57 PASS AF=0.41958;AO=60;DP=143;FAO=60;FDP=143;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=54;FSRF=16;FSRR=67;FWDB=0.0378119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.808;QD=15.5684;RBI=0.0383342;REFB=-0.00991574;REVB=0.00630608;RO=83;SAF=6;SAR=54;SRF=16;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211308;STB=0.620643;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.011692;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:83:83:60:60:0.41958:54:6:16:67:54:6:16:67 chr16 632073 . C T 478.37 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0148662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.151;QD=16.9336;RBI=0.0148783;REFB=-0.00741085;REVB=0.000598621;RO=59;SAF=40;SAR=12;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205713;STB=0.609092;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00442599;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:61:52:52:0.460177:12:40:35:24:12:40:37:24 chr16 632113 . GCG CGA,GCA 645.22 PASS AF=0,0.253333;AO=6,46;DP=150;FAO=0,38;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=0,30;FSAR=0,8;FSRF=51;FSRR=29;FWDB=-0.0121009,-0.0110275;FXX=0;HRUN=5,4;LEN=3,1;MLLD=221.527,193.581;QD=17.2059;RBI=0.0258022,0.0182851;REFB=-0.0137257,-0.0123969;REVB=-0.0227887,-0.0145856;RO=72;SAF=6,34;SAR=0,12;SRF=49;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.494275,0.0779065;STB=0.5,0.631323;STBP=1,0.072;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0462342;OID=.,.;OPOS=632113,632115;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:150:150:72:80:6,46:0,38:0,0.253333:0,12:6,34:49:23:0,8:0,30:51:29 chr16 632138 . C T 630.62 PASS AF=0.417647;AO=70;DP=169;FAO=71;FDP=170;FR=.;FRO=99;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=0.0404741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.087;QD=14.8381;RBI=0.0410395;REFB=-0.0219374;REVB=-0.00678897;RO=99;SAF=42;SAR=28;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370378;STB=0.515509;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0320801;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:99:99:70:71:0.417647:28:42:56:43:29:42:56:43 chr16 632180 . G C 475.76 PASS AF=0.367347;AO=54;DP=149;FAO=54;FDP=147;FR=.;FRO=93;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.00089836;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.995;QD=12.9459;RBI=0.00736086;REFB=-0.0163594;REVB=-0.00730584;RO=93;SAF=24;SAR=30;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528315;STB=0.530035;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0285594;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:93:93:54:54:0.367347:30:24:37:56:30:24:37:56 chr16 632198 . T A 364.65 PASS AF=0.338028;AO=42;DP=138;FAO=48;FDP=142;FR=.;FRO=94;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.0547061;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.679;QD=10.272;RBI=0.0547761;REFB=-0.00766949;REVB=-0.00276816;RO=86;SAF=11;SAR=31;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120877;STB=0.528064;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0147533;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:86:94:42:48:0.338028:31:11:30:56:31:17:37:57 chr16 632225 . T C 232.19 PASS AF=0.296296;AO=32;DP=111;FAO=32;FDP=108;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0433555;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4249;QD=8.59943;RBI=0.0441326;REFB=-0.0315044;REVB=0.00824529;RO=79;SAF=6;SAR=26;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411809;STB=0.75564;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0305727;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:79:76:32:32:0.296296:26:6:39:40:26:6:39:37 chr16 632230 . CG C 205.48 PASS AF=0.281553;AO=28;DP=103;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0452466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.783;QD=7.97982;RBI=0.0463126;REFB=-0.0115922;REVB=-0.00987914;RO=66;SAF=6;SAR=22;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274867;STB=0.716947;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0197984;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.281553:28:103:29:103:74:6:23:35:39:99:66:6:22:27:39 chr16 632233 . T C 199.5 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=106;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0941801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1407;QD=7.45786;RBI=0.111581;REFB=-0.011997;REVB=-0.059837;RO=77;SAF=6;SAR=23;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342176;STB=0.704103;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0322942;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:77:78:29:29:0.271028:23:6:35:42:23:6:35:43 chr16 633125 . T C 1596.76 PASS AF=0.474286;AO=161;DP=345;FAO=166;FDP=350;FR=.;FRO=184;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=105;FSRR=79;FWDB=-0.00828285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.705;QD=18.2486;RBI=0.031225;REFB=-0.0251301;REVB=0.0301064;RO=184;SAF=75;SAR=86;SRF=105;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101151;STB=0.562299;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0295286;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:350:184:184:161:166:0.474286:86:75:105:79:91:75:105:79 chr16 633353 . TG CA 1039.63 PASS AF=0.402098;AO=115;DP=290;FAO=115;FDP=286;FR=.;FRO=171;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=80;FSRR=91;FWDB=-0.0165566;FXX=0.0137926;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.123;QD=14.5402;RBI=0.0202094;REFB=-0.0190061;REVB=-0.0115887;RO=160;SAF=46;SAR=69;SRF=70;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403394;STB=0.54154;STBP=0.234;TYPE=mnp;VARB=0.0292988;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:286:160:171:115:115:0.402098:69:46:70:90:69:46:80:91 chr16 633764 . G A 763.64 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=155;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0124001;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.871;QD=19.8348;RBI=0.0141167;REFB=-0.000111049;REVB=-0.00674664;RO=76;SAF=25;SAR=53;SRF=27;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352472;STB=0.519407;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=6.55736e-05;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:76:76:78:78:0.506494:53:25:27:49:53:25:27:49 chr16 678843 . C T 1142.04 PASS AF=0.5;AO=114;DP=228;FAO=114;FDP=228;FR=.;FRO=114;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=48;FWDB=0.0737984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.871;QD=20.0358;RBI=0.0739864;REFB=-0.0409253;REVB=-0.0052715;RO=114;SAF=58;SAR=56;SRF=66;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640399;STB=0.535136;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0389014;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:114:114:114:114:0.5:56:58:66:48:56:58:66:48 chr16 679814 . T C 3689.54 PASS AF=0.983402;AO=230;DP=239;FAO=237;FDP=241;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=142;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00119781;FXX=0.00413206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8264;QD=61.2372;RBI=0.00189255;REFB=-0.0108508;REVB=0.00146526;RO=7;SAF=90;SAR=140;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273182;STB=0.501712;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00205749;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:239:241:7:4:230:237:0.983402:140:90:6:1:142:95:2:2 chr16 681280 . G T 147.17 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0383995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.993;QD=15.4915;RBI=0.0604288;REFB=-0.0305989;REVB=-0.0466596;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157703;STB=0.538418;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.047614;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:4:12:16:5:5:12:16:5 chr16 701656 . C T 1088.66 PASS AF=0.866667;AO=78;DP=90;FAO=78;FDP=90;FR=.;FRO=12;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00837873;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.282;QD=48.3847;RBI=0.0124781;REFB=0.0128257;REVB=0.00924658;RO=12;SAF=46;SAR=32;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419035;STB=0.52225;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00250868;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:12:12:78:78:0.866667:32:46:9:3:32:46:9:3 chr16 701657 . G T 57.09 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0117141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.916;QD=2.50933;RBI=0.0128758;REFB=-0.0187113;REVB=0.00534471;RO=79;SAF=9;SAR=3;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211181;STB=0.651903;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0124124;OID=.;OPOS=701657;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:3:9:47:32:3:9:47:32 chr16 705360 . T C 327.6 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.082435;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.428;QD=54.6003;RBI=0.0860277;REFB=0;REVB=0.0246017;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298399;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:18:24:1:10:8:0:0:14:10:0:0 chr16 705844 . T C 923.38 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.824;QD=56.8234;RBI=0.0509089;REFB=-0.00190222;REVB=-0.0493315;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000139823;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:36:28:1:0:36:28:1:0 chr16 705919 . CG CC,GC 1056.14 PASS AF=0.52,0.466667;AO=39,35;DP=75;FAO=39,35;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=17,9;FSAR=22,26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0416576,-0.00635901;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,2;MLLD=28.1701,251.22;QD=56.3276;RBI=0.0435939,0.0142494;REFB=-0.0331377,-0.0196557;REVB=-0.0128481,-0.0127518;RO=1;SAF=17,9;SAR=22,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0267753,-0.0491493;STB=0.514278,0.5263;STBP=0.314,0.159;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00704621,0.0167733;OID=.,.;OPOS=705920,705919;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:75:1:1:39,35:39,35:0.52,0.466667:22,26:17,9:1:0:22,26:17,9:1:0 chr16 706010 . C CA 296.72 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0952476;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.4628;QD=45.6497;RBI=0.103394;REFB=0;REVB=0.0402274;RO=4;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00540273;OID=.;OPOS=706011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:26:26:0:15:11:0:0:5:4:15:10:1:3 chr16 708275 . C A 3301.28 PASS AF=1;AO=208;DP=210;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776058;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6455;QD=61.1347;RBI=0.110193;REFB=-0.0771444;REVB=0.078229;RO=1;SAF=124;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126965;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:210:216:1:0:208:216:1:84:124:1:0:88:128:0:0 chr16 709001 . C A 748.24 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0699778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.388;QD=49.0651;RBI=0.0712289;REFB=-0.174045;REVB=0.013291;RO=2;SAF=40;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229942;STB=0.529402;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00281956;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:61:2:5:56:56:0.918033:16:40:2:0:16:40:5:0 chr16 711712 . C T 3931.02 PASS AF=0.992218;AO=255;DP=257;FAO=255;FDP=257;FR=.;FRO=2;FSAF=156;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.119979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.222;QD=61.1832;RBI=0.15026;REFB=-0.0753242;REVB=0.0904602;RO=2;SAF=156;SAR=99;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953159;STB=0.505;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000272336;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:257:257:2:2:255:255:0.992218:99:156:0:2:99:156:0:2 chr16 711905 . A G 1447.4 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.999;QD=62.9305;RBI=0.0217985;REFB=0;REVB=-0.0145404;RO=0;SAF=63;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96745e-06;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:26:63:0:0:26:66:0:0 chr16 712867 . A G 1296.68 PASS AF=0.977011;AO=87;DP=88;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.015399;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.133;QD=59.6177;RBI=0.0173583;REFB=0.0323492;REVB=0.00801131;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514702;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0010005;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:87:0:2:87:85:0.977011:35:52:0:0:33:52:0:2 chr16 715990 . G A,C 1725.5 PASS AF=0.898305,0.0932203;AO=106,11;DP=118;FAO=106,11;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=27,11;FSAR=79,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10203,0.0120942;FXX=0.0166653;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.0439,234.033;QD=58.4916;RBI=0.138672,0.0212497;REFB=-0.122432,-0.0824533;REVB=0.0939135,-0.0174722;RO=1;SAF=27,11;SAR=79,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0059706,0.826036;STB=0.503144,0.998299;STBP=0.593,0.042;TYPE=snp,snp;VARB=0.00249553,0.0306137;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:118:118:1:1:106,11:106,11:0.898305,0.0932203:79,0:27,11:0:1:79,0:27,11:0:1 chr16 717523 . G T 2292.43 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.516;QD=63.2393;RBI=0.0458791;REFB=0;REVB=0.0417289;RO=0;SAF=85;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.34831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07338e-05;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:145:0:0:142:145:1:57:85:0:0:60:85:0:0 chr16 720514 . T TC 37.97 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.037284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.7589;QD=6.60363;RBI=0.0694947;REFB=-0.0482963;REVB=-0.0586466;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248764;STB=0.658113;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.044388;OID=.;OPOS=720515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:7:24:8:23:15:6:2:8:7:37:16:5:2:8:8 chr16 720986 . G A 816.13 PASS AF=0.910448;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0263312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.388;QD=48.7239;RBI=0.0613965;REFB=-0.0746501;REVB=0.0554635;RO=5;SAF=34;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00491695;STB=0.508523;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00689185;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:67:5:6:60:61:0.910448:26:34:3:2:26:35:4:2 chr16 722331 . C T 858.23 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521355;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.068;QD=56.277;RBI=0.0549106;REFB=-0.132924;REVB=0.0172356;RO=1;SAF=40;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116518;STB=0.506022;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000415166;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:19:40:1:0:19:41:1:0 chr16 722548 . A G 703.74 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243007;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2301;QD=61.1948;RBI=0.0498453;REFB=-0.0948197;REVB=0.0435205;RO=1;SAF=30;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589088;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:40:46:1:10:30:1:0:15:31:0:0 chr16 735921 . T C 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8954;QD=60.5929;RBI=0.0383355;REFB=0;REVB=0.0371363;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340443;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr16 740404 . C G 1396.38 PASS AF=1;AO=74;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6078;QD=62.0615;RBI=0.0784547;REFB=0;REVB=0.0725463;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895295;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:74:90:1:38:36:0:0:46:44:0:0 chr16 740405 . T G 71.7 PASS AF=0.155556;AO=12;DP=88;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0185635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0976;QD=3.18655;RBI=0.0222297;REFB=-0.0939346;REVB=0.0122293;RO=76;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103048;STB=0.560423;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0582427;OID=.;OPOS=740405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:88:90:76:76:12:14:0.155556:7:5:38:38:8:6:38:38 chr16 745111 . A C 63.21 PASS AF=0.123288;AO=20;DP=149;FAO=18;FDP=146;FR=.;FRO=128;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.0732037;FXX=0.0201329;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1921;QD=1.73189;RBI=0.0786651;REFB=-0.00564508;REVB=-0.0287996;RO=117;SAF=18;SAR=2;SRF=42;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639068;STB=0.901313;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.136784;OID=.;OPOS=745111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:149:146:117:128:20:18:0.123288:2:18:42:75:2:16:52:76 chr16 746884 . A C 5908.25 PASS AF=0.972222;AO=369;DP=383;FAO=385;FDP=396;FR=.;FRO=11;FSAF=211;FSAR=174;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00395996;FXX=0.00751861;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2223;QD=59.6793;RBI=0.0563441;REFB=-0.0222496;REVB=0.0562048;RO=11;SAF=205;SAR=164;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208312;STB=0.510247;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00498897;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:383:396:11:11:369:385:0.972222:164:205:2:9:174:211:2:9 chr16 746914 . G A 5718.67 PASS AF=1;AO=366;DP=372;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144489;FXX=0.0186662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.312;QD=62.1595;RBI=0.00327844;REFB=-0.0486697;REVB=0.00294287;RO=5;SAF=199;SAR=167;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0066445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178808;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:372:368:5:0:366:368:1:167:199:4:1:167:201:0:0 chr16 772061 . C T 1040.42 PASS AF=0.540984;AO=99;DP=182;FAO=99;FDP=183;FR=.;FRO=84;FSAF=68;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=27;FWDB=0.00432659;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.514;QD=22.7415;RBI=0.0242179;REFB=-0.0121514;REVB=-0.0238283;RO=70;SAF=68;SAR=31;SRF=55;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912103;STB=0.504411;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0100597;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:70:84:99:99:0.540984:31:68:55:15:31:68:57:27 chr16 772141 . G C 952.59 PASS AF=0.52809;AO=92;DP=174;FAO=94;FDP=178;FR=.;FRO=84;FSAF=68;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.00920096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.991;QD=21.4065;RBI=0.0152069;REFB=-0.0205571;REVB=-0.0121076;RO=80;SAF=67;SAR=25;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104738;STB=0.570773;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0273021;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:80:84:92:94:0.52809:25:67:50:30:26:68:50:34 chr16 773341 . G A 246.61 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00506618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.832;QD=23.4871;RBI=0.00782957;REFB=-0.0162247;REVB=0.0059696;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115198;STB=0.57405;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0254693;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:12:11:6:12:12:11:6:13 chr16 774520 . C T 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0646145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.989;QD=19.6415;RBI=0.0646374;REFB=-0.0231981;REVB=0.00172062;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188135;STB=0.608486;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0253777;OID=.;OPOS=774520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:4:4:3:8:4:4 chr16 774551 . TCT CTC 35.32 PASS AF=0.266667;AO=3;DP=17;FAO=4;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0158889;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=3;MLLD=79.7584;QD=9.41942;RBI=0.0184918;REFB=0.00596179;REVB=-0.00945994;RO=5;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658479;STB=0.65136;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=0.0279771;OID=.;OPOS=774551;OREF=TCT;OALT=CTC;OMAPALT=CTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:15:5:9:3:4:0.266667:0:3:3:2:1:3:5:4 chr16 774692 . A G 682.46 PASS AF=0.415301;AO=74;DP=182;FAO=76;FDP=183;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=64;FSRR=43;FWDB=-0.0104683;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7799;QD=14.917;RBI=0.109041;REFB=-0.00831962;REVB=-0.108538;RO=106;SAF=42;SAR=32;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389874;STB=0.511542;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0322783;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:106:107:74:76:0.415301:32:42:64:42:32:44:64:43 chr16 778024 . T C 462.67 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.0682886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.074;QD=16.2341;RBI=0.0686981;REFB=-0.0192678;REVB=-0.00748929;RO=63;SAF=19;SAR=32;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079206;STB=0.504423;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0238309;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:32:19:23:40:32:19:23:40 chr16 778820 . G A 735.29 PASS AF=0.529851;AO=71;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.;FRO=63;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0130725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6932;QD=21.9489;RBI=0.0290134;REFB=0.00262335;REVB=0.0259015;RO=63;SAF=52;SAR=19;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131179;STB=0.572265;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00243734;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:63:63:71:71:0.529851:19:52:38:25:19:52:38:25 chr16 781633 . G A 367.3 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=0.0310911;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.882;QD=15.6296;RBI=0.0526757;REFB=-0.0304713;REVB=0.0425214;RO=54;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284342;STB=0.65266;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0249357;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:55:39:39:0.414894:18:21:14:40:18:21:15:40 chr16 784765 . C T 298.1 PASS AF=0.54386;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.118425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6005;QD=20.9193;RBI=0.118522;REFB=-0.00399642;REVB=0.00480224;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562036;STB=0.52217;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00577163;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:30:31:0.54386:17:13:13:13:17:14:13:13 chr16 813650 . G A 2368.25 PASS AF=0.520737;AO=225;DP=441;FAO=226;FDP=434;FR=.;FRO=208;FSAF=140;FSAR=86;FSRF=116;FSRR=92;FWDB=-0.0111723;FXX=0.0334068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.932;QD=21.8272;RBI=0.0217881;REFB=-0.0383754;REVB=0.0187057;RO=166;SAF=139;SAR=86;SRF=74;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137658;STB=0.530933;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0292734;OID=.;OPOS=813650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:434:166:208:225:226:0.520737:86:139:74:92:86:140:116:92 chr16 818559 . A G 210.68 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.015792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.662;QD=14.0453;RBI=0.0163415;REFB=-0.0238527;REVB=-0.00420211;RO=35;SAF=19;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310219;STB=0.678418;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0479385;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:6:19:17:18:6:19:17:18 chr16 818802 . G A 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00158422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.15;QD=19.1089;RBI=0.00520056;REFB=-0.00912956;REVB=0.00495338;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549235;STB=0.509797;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0123924;OID=.;OPOS=818802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:26:27:27:0.509434:14:13:10:14:14:13:12:14 chr16 820143 . T C 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.013975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.465;QD=18.817;RBI=0.0596033;REFB=-0.0223431;REVB=0.0579418;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301131;STB=0.517213;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0154103;OID=.;OPOS=820143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:7:3:4:8:7:3 chr16 820622 . G A 80.2 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0117994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7681;QD=16.885;RBI=0.189645;REFB=-0.0591029;REVB=0.189277;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150146;STB=0.588044;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0522646;OID=.;OPOS=820622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:6:3:2:8:6:3 chr16 820887 . GTC GCC,GCG 1126.19 PASS AF=0.291566,0;AO=83,19;DP=418;FAO=121,0;FDP=415;FR=.,HEALED;FRO=266;FSAF=72,0;FSAR=49,0;FSRF=159;FSRR=107;FWDB=-0.0237396,-0.0323399;FXX=0.00954631;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=117.36,85.5969;QD=10.8548;RBI=0.0276516,0.0545212;REFB=-0.0136505,-0.0245446;REVB=-0.0141789,-0.0438942;RO=238;SAF=71,0;SAR=12,19;SRF=150;SRR=88;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.374592,-0.646025;STB=0.501929,0.5;STBP=0.956,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0436283,0.0836909;OID=.,.;OPOS=820888,820888;OREF=T,TC;OALT=C,CG;OMAPALT=GCC,GCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291566,0:83,19:418:121,0:415:266:72,0:49,0:159:107:99:238:71,0:12,19:150:88 chr16 820944 . T A 1495.96 PASS AF=0.386364;AO=170;DP=443;FAO=170;FDP=440;FR=.;FRO=270;FSAF=71;FSAR=99;FSRF=145;FSRR=125;FWDB=-0.000446203;FXX=0.00900881;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5022;QD=13.5997;RBI=0.00799691;REFB=-0.015482;REVB=-0.00798445;RO=264;SAF=71;SAR=99;SRF=139;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11874;STB=0.573473;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0343163;OID=.;OPOS=820944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:440:264:270:170:170:0.386364:99:71:139:125:99:71:145:125 chr16 839184 . T C 1553.76 PASS AF=0.493671;AO=158;DP=322;FAO=156;FDP=316;FR=.;FRO=160;FSAF=93;FSAR=63;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=-0.0143953;FXX=0.0216712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.174;QD=19.6678;RBI=0.0166325;REFB=-0.0202867;REVB=0.00833152;RO=146;SAF=94;SAR=64;SRF=82;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301581;STB=0.52081;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0207528;OID=.;OPOS=839184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:316:146:160:158:156:0.493671:64:94:82:64:63:93:89:71 chr16 839262 . A G 4981.68 PASS AF=1;AO=307;DP=308;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.228;QD=62.4662;RBI=0.0709279;REFB=0;REVB=-0.00517501;RO=0;SAF=152;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197199;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:308:319:0:0:307:319:1:155:152:0:0:155:164:0:0 chr16 839996 . T C 126.64 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0698001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3083;QD=8.04049;RBI=0.127421;REFB=0.000800123;REVB=-0.106602;RO=44;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165352;STB=0.666455;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00915415;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:19:18:0.285714:15:4:14:30:15:3:15:30 chr16 840378 . A G 502.09 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0580351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5806;QD=22.0698;RBI=0.0581275;REFB=-0.0449608;REVB=-0.00327691;RO=43;SAF=24;SAR=24;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109736;STB=0.560415;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0330558;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:24:24:27:16:24:24:27:16 chr16 840597 . C T 437.89 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=52;FWDB=-0.00264464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.84;QD=15.6389;RBI=0.00890181;REFB=-0.00336755;REVB=0.00849988;RO=63;SAF=19;SAR=30;SRF=11;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242147;STB=0.633801;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0034711;OID=.;OPOS=840597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:30:19:11:52:30:19:11:52 chr16 863336 . T C 219.86 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0111906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.446;QD=15.9901;RBI=0.0255347;REFB=-0.019089;REVB=-0.0229519;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268454;STB=0.639902;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.029228;OID=.;OPOS=863336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:30:24:25:0.454545:10:14:25:5:10:15:25:5 chr16 904551 . G C 560.19 PASS AF=0.431655;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=139;FR=.;FRO=79;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0169845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3114;QD=16.1205;RBI=0.0171927;REFB=-0.0264566;REVB=0.00266743;RO=78;SAF=29;SAR=31;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107388;STB=0.556069;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0203227;OID=.;OPOS=904551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:79:60:60:0.431655:31:29:46:32:31:29:46:33 chr16 961051 . C T 277.32 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.026134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.891;QD=13.6949;RBI=0.0264052;REFB=-0.00344606;REVB=-0.00377455;RO=48;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15634;STB=0.595551;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00748998;OID=.;OPOS=961051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:48:49:32:32:0.395062:12:20:23:25:12:20:23:26 chr16 1004554 . C T 664.06 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=97;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0101578;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.991;QD=27.6692;RBI=0.010747;REFB=-0.03226;REVB=-0.00350951;RO=39;SAF=35;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922033;STB=0.500751;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0189529;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:39:38:58:58:0.604167:23:35:24:15:23:35:23:15 chr16 1034834 . T C 1731.11 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8638;QD=60.7408;RBI=0.0260488;REFB=0;REVB=-0.0260009;RO=0;SAF=66;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31232e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.50737e-05;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:48:66:0:0:48:66:0:0 chr16 1115904 . G A 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00765711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0234;QD=37.8949;RBI=0.0456853;REFB=-0.153945;REVB=0.0450391;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0214594;OID=.;OPOS=1115904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:1:0:6:6:1:0 chr16 1116106 . C T 552.06 PASS AF=0.55914;AO=50;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00806298;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.104;QD=23.7446;RBI=0.028785;REFB=-0.00431887;REVB=0.0276327;RO=37;SAF=30;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175642;STB=0.50624;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00352256;OID=.;OPOS=1116106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:37:41:50:52:0.55914:20:30:23:14:21:31:25:16 chr16 1116169 . A G 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000641019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.826;QD=60.1975;RBI=0.0390632;REFB=0;REVB=0.0390579;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01427e-05;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr16 1116445 . A G 482.82 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.324;QD=58.5234;RBI=0.111011;REFB=0;REVB=0.107586;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496945;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:9:18:0:0:12:21:0:0 chr16 1129504 . G A 92.95 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0179728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.126;QD=10.6225;RBI=0.0212012;REFB=-0.0281816;REVB=0.0112459;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203466;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0509917;OID=.;OPOS=1129504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:13:10:5:7:13:10 chr16 1129872 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.167;QD=47.8224;RBI=0.0688487;REFB=0;REVB=0.0415687;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 1129912 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.557;QD=42.1822;RBI=0.0800002;REFB=0;REVB=0.0796393;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653611;OID=.;OPOS=1129912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 1131181 . C T 3011.48 PASS AF=0.989691;AO=191;DP=194;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=132;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.737;QD=62.0923;RBI=0.0256812;REFB=0.025602;REVB=0.0159477;RO=2;SAF=132;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158651;STB=0.508196;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000467682;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:194:194:2:2:191:192:0.989691:59:132:0:2:60:132:0:2 chr16 1131393 . A G 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.53;QD=60.9617;RBI=0.0253819;REFB=0;REVB=0.0119134;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185913;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:8:31:0:0:8:31:0:0 chr16 1252369 . C T 1030.27 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.964;QD=58.8723;RBI=0.0925178;REFB=0;REVB=0.0870805;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132744;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:27:42:0:0:28:42:0:0 chr16 1260481 . T C 1176.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.633;QD=60.33;RBI=0.0122239;REFB=0;REVB=-0.00913924;RO=0;SAF=53;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04737e-05;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:23:53:0:0:24:54:0:0 chr16 1261219 . A G 1659.6 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.795;QD=60.3491;RBI=0.0637316;REFB=0;REVB=-0.0244527;RO=0;SAF=65;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48787e-05;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:45:65:0:0:45:65:0:0 chr16 1261222 . A G 1730.78 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2627;QD=60.729;RBI=0.0136057;REFB=0;REVB=-0.0115028;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27505e-05;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:45:69:0:0:45:69:0:0 chr16 1261282 . T C 1334.19 PASS AF=0.940594;AO=95;DP=102;FAO=95;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00908027;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.294;QD=52.839;RBI=0.021406;REFB=-0.109671;REVB=0.0193847;RO=5;SAF=56;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102956;STB=0.504744;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000882194;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:102:101:5:6:95:95:0.940594:39:56:3:2:39:56:4:2 chr16 1265600 . G A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0258116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.621;QD=13.4053;RBI=0.0382102;REFB=-0.030086;REVB=0.028174;RO=34;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386253;STB=0.72341;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0433001;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:5:18:15:19:5:18:15:19 chr16 1268494 . C T 703.04 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=58.5866;RBI=0.0318835;REFB=-0.0802804;REVB=0.00390006;RO=2;SAF=22;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000319511;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:2:1:45:47:0.979167:23:22:2:0:23:24:1:0 chr16 1269029 . T C 688.42 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0274203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.215;QD=55.0738;RBI=0.0286526;REFB=-0.0542428;REVB=0.0083128;RO=4;SAF=22;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781356;STB=0.541649;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00218545;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:24:22:4:0:24:22:4:0 chr16 1270162 . G A 1498.78 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3134;QD=58.7755;RBI=0.0465616;REFB=0.00572738;REVB=0.0453501;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903647;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152044;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:102:1:0:101:102:1:49:52:1:0:49:53:0:0 chr16 1270349 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.73;QD=43.4858;RBI=0.0220042;REFB=0;REVB=-0.0139748;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651285;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 1271890 . G T 1157.9 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.532;QD=59.3794;RBI=0.19733;REFB=-0.134076;REVB=0.192334;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00152123;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:31:46:0:0:31:46:0:1 chr16 1272038 . G A,C 749.98 PASS AF=0.981481,0.0185185;AO=47,6;DP=53;FAO=53,1;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224343,-0.0750385;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.369,33.6126;QD=55.5543;RBI=0.225665,0.0754908;REFB=0,0;REVB=0.0243978,0.00825193;RO=0;SAF=12,5;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.04037e-08,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00376267,0.173041;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:54:0:0:47,6:53,1:0.981481,0.0185185:35,1:12,5:0:0:35,1:18,0:0:0 chr16 1272865 . G A 5487.13 PASS AF=1;AO=345;DP=345;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.493;QD=62.5314;RBI=0.027942;REFB=0;REVB=0.0276207;RO=0;SAF=179;SAR=166;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56401e-06;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:345:351:0:0:345:351:1:166:179:0:0:171:180:0:0 chr16 1278744 . C T 168.3 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0194381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.485;QD=20.3999;RBI=0.0327544;REFB=-0.0234887;REVB=0.0263631;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259921;STB=0.652889;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0118393;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:6:11:5:10:6:12:5:10 chr16 1278767 . C T 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0310685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.426;QD=21.5459;RBI=0.0386857;REFB=0.00440576;REVB=-0.0230507;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319331;STB=0.679983;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00335305;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:2:8:5:9:2:8 chr16 1279574 . C G 127.59 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00690005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.629;QD=11.8689;RBI=0.0360722;REFB=-0.0149747;REVB=-0.0354061;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128693;STB=0.566575;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0261104;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:10:5:12:15:10:5:12:16 chr16 1279584 . T C 176.32 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0252068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.689;QD=13.3072;RBI=0.0326398;REFB=-0.0182431;REVB=-0.0207358;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509175;STB=0.551922;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0472394;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:32:20:21:0.396226:10:10:14:17:10:11:14:18 chr16 1279623 . G A 254.23 PASS AF=0.42029;AO=21;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0246509;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.499;QD=14.7382;RBI=0.0249693;REFB=-0.0127221;REVB=0.00397448;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105357;STB=0.58059;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00799214;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:27:39:21:29:0.42029:11:10:10:17:13:16:16:23 chr16 1279704 . A G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0145653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8423;QD=11.3453;RBI=0.0188199;REFB=-0.0071865;REVB=0.0119181;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125985;STB=0.562255;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.012923;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:13:25:12:10:14:25 chr16 1279710 . G A 165.04 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.000944087;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.976;QD=11.189;RBI=0.0022932;REFB=-0.0130208;REVB=-0.00208985;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140744;STB=0.587196;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0605945;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:38:21:21:0.355932:11:10:11:21:11:10:13:25 chr16 1279714 . A G 165.65 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.056993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.693;QD=11.4243;RBI=0.0612088;REFB=-0.0121941;REVB=-0.0223229;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138884;STB=0.580357;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.03802;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:13:24:11:10:13:24 chr16 1279717 . C T 185.97 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.105718;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.596;QD=13.7756;RBI=0.105721;REFB=-0.0198704;REVB=0.000730713;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116073;STB=0.611015;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0226889;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:32:20:22:0.407407:11:9:11:21:11:11:10:22 chr16 1279732 . C A 128.31 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.124402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6243;QD=13.5066;RBI=0.128477;REFB=-0.0161745;REVB=-0.0321;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224007;STB=0.696729;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0477318;OID=.;OPOS=1279732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:19:23:13:15:0.394737:6:7:6:13:6:9:6:17 chr16 1291188 . C T 89.87 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0193212;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5414;QD=11.9824;RBI=0.0195662;REFB=-0.0119638;REVB=-0.00308678;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.578172;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0206367;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:30:15:19:11:11:0.366667:6:5:9:6:6:5:11:8 chr16 1291597 . C G 179.34 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=99;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.00571856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.233;QD=7.24586;RBI=0.00797821;REFB=-0.0109126;REVB=0.00556327;RO=74;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106566;STB=0.563984;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0253727;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:74:74:25:25:0.252525:16:9:21:53:16:9:21:53 chr16 1291622 . A G 180.56 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.00250434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.315;QD=6.74978;RBI=0.0452903;REFB=-0.00374333;REVB=-0.045221;RO=79;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155381;STB=0.585739;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0142494;OID=.;OPOS=1291622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:80:27:27:0.252336:16:11:23:56:16:11:24:56 chr16 1306346 . C T 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0347839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.208;QD=12.7322;RBI=0.0367431;REFB=-0.0215292;REVB=0.0118378;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0290963;OID=.;OPOS=1306346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:6:3:3:8:6:3:4:8 chr16 1306355 . T C 255.19 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7499;QD=51.0377;RBI=0.0534949;REFB=0;REVB=-0.0244589;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229437;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:12:8:0:0 chr16 1306559 . AG A,GA 257.68 PASS AF=0.5,0.0151515;AO=28,4;DP=67;FAO=33,1;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=20,0;FSAR=13,1;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0673926,-0.0155398;FXX=0.0149231;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=21.619,144.872;QD=15.6172;RBI=0.0982814,0.069712;REFB=-0.0306144,-0.00644509;REVB=-0.0715365,-0.0679579;RO=31;SAF=20,0;SAR=8,4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0412824,-0.677819;STB=0.526144,0.992817;STBP=0.714,0.245;TYPE=del,mnp;VARB=0.0428796,-0.0347087;OID=.,.;OPOS=1306560,1306559;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:32:28,4:33,1:0.5,0.0151515:8,4:20,0:21:10:13,1:20,0:21:11 chr16 1306671 . G A 380.63 PASS AF=0.391304;AO=42;DP=113;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.0369831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6844;QD=13.2394;RBI=0.0455652;REFB=0.00149021;REVB=0.0266166;RO=70;SAF=22;SAR=20;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842141;STB=0.540966;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00103142;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:70:70:42:45:0.391304:20:22:42:28:21:24:42:28 chr16 1306680 . C T 680.7 PASS AF=0.585586;AO=65;DP=111;FAO=65;FDP=111;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0468723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.85;QD=24.5298;RBI=0.046875;REFB=-0.00165558;REVB=-0.000505423;RO=46;SAF=39;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777898;STB=0.542422;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00122824;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:46:65:65:0.585586:26:39:23:23:26:39:23:23 chr16 1306681 . G A 387.51 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.0573129;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.199;QD=14.0914;RBI=0.0600998;REFB=-0.0033876;REVB=0.0180892;RO=65;SAF=23;SAR=22;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934399;STB=0.552651;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00502382;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:65:65:45:45:0.409091:22:23:39:26:22:23:39:26 chr16 1306802 . A G 48.82 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0505001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.661;QD=3.9055;RBI=0.0526466;REFB=-0.00532576;REVB=-0.0148796;RO=41;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192567;STB=0.627565;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0160458;OID=.;OPOS=1306802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:8:8:0.16:2:6:25:16:2:6:26:16 chr16 1306817 . G A 77.01 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00867429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.239;QD=5.40444;RBI=0.041323;REFB=-0.00281944;REVB=0.0404024;RO=44;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707372;STB=0.556865;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0145973;OID=.;OPOS=1306817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:44:45:12:12:0.210526:4:8:27:17:4:8:27:18 chr16 1306918 . C T 233.19 PASS AF=0.282051;AO=33;DP=117;FAO=33;FDP=117;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.00172941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.439;QD=7.97235;RBI=0.00420744;REFB=-0.00112142;REVB=-0.00383558;RO=78;SAF=20;SAR=13;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279013;STB=0.518851;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00495129;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:78:84:33:33:0.282051:13:20:49:29:13:20:53:31 chr16 1306921 . G A 245.09 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.00617643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.671;QD=8.45135;RBI=0.00908593;REFB=-0.000912563;REVB=-0.00666376;RO=82;SAF=22;SAR=12;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325369;STB=0.519198;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00281162;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:82:34:34:0.293103:12:22:51:31:12:22:51:31 chr16 1306927 . C T 220.57 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=33;FWDB=0.0153689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.144;QD=7.41417;RBI=0.0314314;REFB=-0.0247765;REVB=0.0274177;RO=87;SAF=21;SAR=11;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472747;STB=0.528284;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0238547;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:87:87:32:32:0.268908:11:21:54:33:11:21:54:33 chr16 1306971 . A G 123.49 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=117;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=-0.00781412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.66;QD=4.2219;RBI=0.00790603;REFB=-0.00540134;REVB=-0.00120203;RO=95;SAF=14;SAR=8;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627056;STB=0.540193;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0436043;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:95:95:22:22:0.188034:8:14:56:39:8:14:56:39 chr16 1306973 . A G 123.55 PASS AF=0.188034;AO=22;DP=116;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.0333182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0485;QD=4.22379;RBI=0.0460667;REFB=-0.00443512;REVB=-0.0318126;RO=91;SAF=14;SAR=8;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574776;STB=0.548974;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0198019;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:91:95:22:22:0.188034:8:14:54:37:8:14:55:40 chr16 1306981 . G A 368.19 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0122042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.478;QD=12.9191;RBI=0.0144165;REFB=0.00185432;REVB=0.00767418;RO=70;SAF=25;SAR=19;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193742;STB=0.510997;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00564478;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:19:25:41:29:19:25:41:29 chr16 1306986 . C T 100.22 PASS AF=0.166667;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=114;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.0158353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101;QD=3.51645;RBI=0.0158602;REFB=-0.00441798;REVB=0.000887433;RO=94;SAF=13;SAR=6;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161211;STB=0.611643;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0311619;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:94:95:19:19:0.166667:6:13:53:41:6:13:53:42 chr16 1308073 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0232737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.415;QD=16.883;RBI=0.0369446;REFB=-0.0124532;REVB=0.0286921;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202191;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0234657;OID=.;OPOS=1308073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:6:11:10:5:6:11 chr16 1311333 . A G 2008.59 PASS AF=0.985075;AO=118;DP=122;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.113103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.553;QD=59.958;RBI=0.126567;REFB=-0.148981;REVB=0.0568074;RO=3;SAF=78;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000296755;STB=0.502056;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00153295;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:134:3:2:118:132:0.985075:40:78:2:1:49:83:1:1 chr16 1312546 . T A 1510.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.358;QD=63.6143;RBI=0.0124699;REFB=0;REVB=0.0116673;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75176e-06;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr16 1312826 . A G 2312.57 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.813;QD=63.795;RBI=0.0210971;REFB=0;REVB=0.0131209;RO=0;SAF=82;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.07944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43327e-05;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:63:82:0:0:63:82:0:0 chr16 1364365 . A G 173.64 PASS AF=0.358209;AO=19;DP=64;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00798997;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.091;QD=10.3667;RBI=0.00931463;REFB=-0.0259799;REVB=-0.00478775;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.618455;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0347134;OID=.;OPOS=1364365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:41:43:19:24:0.358209:8:11:19:22:8:16:21:22 chr16 1370597 . G C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.587;QD=60.5459;RBI=0.0454958;REFB=0;REVB=0.0291089;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53073e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr16 1370614 . C G 902.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.118;QD=58.225;RBI=0.0686743;REFB=0;REVB=0.0684503;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110619;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr16 1370630 . A G 712.41 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858015;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3579;QD=63.3251;RBI=0.0858017;REFB=0;REVB=-0.000161273;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786833;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr16 1374818 . A G 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.00603644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.597;QD=5.42448;RBI=0.0382659;REFB=-0.00832334;REVB=-0.0377867;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133865;STB=0.586045;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0334373;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:4:6:28:12:4:6:28:12 chr16 1389153 . C A 2085.32 PASS AF=0.932886;AO=139;DP=150;FAO=139;FDP=149;FR=.;FRO=10;FSAF=82;FSAR=57;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0356424;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2531;QD=55.9818;RBI=0.0584936;REFB=-0.144017;REVB=0.0463802;RO=10;SAF=82;SAR=57;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145203;STB=0.507654;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00920659;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:150:149:10:10:139:139:0.932886:57:82:7:3:57:82:7:3 chr16 1391871 . C G 495.99 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.028884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7775;QD=20.884;RBI=0.0289733;REFB=-0.00805676;REVB=0.00227309;RO=46;SAF=20;SAR=28;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554599;STB=0.536527;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00929814;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:47:48:48:0.505263:28:20:22:24:28:20:23:24 chr16 1393020 . G A 281.17 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.049559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.403;QD=19.3907;RBI=0.0808076;REFB=0.010354;REVB=0.0638261;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126054;STB=0.513504;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00403846;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:11:18:17:11:11:19:17:11 chr16 1394507 . A C 2230.37 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.449;QD=62.3878;RBI=0.0546896;REFB=0;REVB=0.0236429;RO=1;SAF=81;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281212;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:143:1:0:134:143:1:53:81:0:1:61:82:0:0 chr16 1419947 . A G 817.17 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.633;QD=57.345;RBI=0.0256377;REFB=0;REVB=-0.00947375;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19651e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr16 1433766 . T C 3073.6 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120052;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.791;QD=63.3733;RBI=0.0236771;REFB=0;REVB=0.0204079;RO=0;SAF=99;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69566e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98882e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:190:194:0:0:190:194:1:91:99:0:0:93:101:0:0 chr16 1447278 . A G 1479.81 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924725;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.707;QD=63.6478;RBI=0.0185157;REFB=0;REVB=-0.0160412;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25598e-05;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr16 1484392 . G C 2067.55 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939569;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0693;QD=62.653;RBI=0.0821078;REFB=0;REVB=0.0815684;RO=0;SAF=87;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176106;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:45:87:0:0:45:87:0:0 chr16 1484473 . A G 2046.07 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.4885e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.957;QD=62.4756;RBI=0.00378713;REFB=0;REVB=-0.00378639;RO=0;SAF=78;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00251e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:52:78:0:0:52:79:0:0 chr16 1503879 . T A 1151.07 PASS AF=0.47541;AO=116;DP=243;FAO=116;FDP=244;FR=.;FRO=128;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0392744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.491;QD=18.8701;RBI=0.0555255;REFB=-0.0115914;REVB=-0.0392506;RO=124;SAF=64;SAR=52;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184238;STB=0.506704;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0124543;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:244:124:128:116:116:0.47541:52:64:66:58:52:64:69:59 chr16 1536372 . G A 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00533677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.923;QD=15.6181;RBI=0.00542629;REFB=0.00367472;REVB=0.000981592;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274043;STB=0.656403;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.00412344;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:18:7:10:8:18:7 chr16 1536535 . C T 315.35 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0147993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.259;QD=22.525;RBI=0.0177369;REFB=-0.00462711;REVB=-0.00977633;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225775;STB=0.6315;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00372994;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:18:14:17:6:18:14:18:6 chr16 1537455 . T C 119.95 PASS AF=0.410256;AO=12;DP=34;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.108661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.261;QD=12.3028;RBI=0.11022;REFB=-0.0188945;REVB=0.0184717;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366444;STB=0.660182;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0499109;OID=.;OPOS=1537455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:39:22:23:12:16:0.410256:4:8:7:15:6:10:8:15 chr16 1537839 . G A 696.18 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.020953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.297;QD=20.0339;RBI=0.0227651;REFB=-0.010356;REVB=0.00890052;RO=70;SAF=40;SAR=29;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190744;STB=0.510516;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.01745;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:29:40:42:28:29:40:42:28 chr16 1537872 . C G 863.01 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=0.00475973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.086;QD=18.6596;RBI=0.00477871;REFB=-0.0231467;REVB=0.000425573;RO=97;SAF=55;SAR=33;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391857;STB=0.502164;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0252745;OID=.;OPOS=1537872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:33:55:61:36:33:55:61:36 chr16 1538363 . C A 770.41 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00749914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.614;QD=18.6766;RBI=0.015385;REFB=-0.032944;REVB=0.0134336;RO=85;SAF=44;SAR=36;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474169;STB=0.526147;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0305324;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:80:80:0.484848:36:44:51:34:36:44:51:34 chr16 1538433 . A G 559.6 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.022149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8038;QD=19.1314;RBI=0.0273693;REFB=-0.00618571;REVB=0.016078;RO=58;SAF=29;SAR=29;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125057;STB=0.572625;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00681382;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:29:29:37:21:29:29:38:21 chr16 1538464 . C T 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.000427909;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.034;QD=18.6165;RBI=0.00084078;REFB=-0.020955;REVB=0.000723744;RO=45;SAF=19;SAR=22;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148269;STB=0.582496;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0186669;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:22:19:28:17:22:19:28:17 chr16 1538772 . G A 437.82 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0294874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.957;QD=20.1295;RBI=0.033647;REFB=-0.00880429;REVB=0.0162054;RO=43;SAF=20;SAR=23;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125248;STB=0.562699;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00747729;OID=.;OPOS=1538772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:43:44:0.505747:23:20:26:17:23:21:26:17 chr16 1545448 . A G 1155.81 PASS AF=0.43662;AO=123;DP=283;FAO=124;FDP=284;FR=.;FRO=160;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=103;FSRR=57;FWDB=-0.016386;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4069;QD=16.2791;RBI=0.0238267;REFB=-0.0259118;REVB=-0.0172976;RO=158;SAF=81;SAR=42;SRF=101;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215439;STB=0.51095;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0313569;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:158:160:123:124:0.43662:42:81:101:57:42:82:103:57 chr16 1545511 . TG T 915.56 PASS AF=0.697761;AO=158;DP=267;FAO=187;FDP=268;FR=.;FRO=81;FSAF=94;FSAR=93;FSRF=71;FSRR=10;FWDB=0.176943;FXX=0.00371733;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.0976;QD=13.6651;RBI=0.193793;REFB=-0.0769703;REVB=0.0790387;RO=90;SAF=84;SAR=74;SRF=70;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.372913;SSSB=-0.169051;STB=0.613126;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0746707;OID=.;OPOS=1545512;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697761:158:267:187:268:81:94:93:71:10:99:90:84:74:70:20 chr16 1559838 . T C 637.64 PASS AF=0.430303;AO=71;DP=165;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=67;FSRR=27;FWDB=0.00404719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.369;QD=15.458;RBI=0.0201957;REFB=-0.0136643;REVB=-0.019786;RO=93;SAF=50;SAR=21;SRF=67;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199562;STB=0.505866;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0173076;OID=.;OPOS=1559838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:93:94:71:71:0.430303:21:50:67:26:21:50:67:27 chr16 1573890 . G A 539.14 PASS AF=0.40411;AO=59;DP=146;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=0.00929374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.435;QD=14.7709;RBI=0.0491579;REFB=-0.0217912;REVB=0.0482714;RO=86;SAF=32;SAR=27;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325287;STB=0.51504;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0299294;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:87:59:59:0.40411:27:32:44:42:27:32:45:42 chr16 1574863 . G A 775.67 PASS AF=0.509677;AO=79;DP=154;FAO=79;FDP=155;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0555409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.559;QD=20.0172;RBI=0.0561652;REFB=-0.0147626;REVB=-0.00835136;RO=75;SAF=38;SAR=41;SRF=41;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581422;STB=0.535065;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0144821;OID=.;OPOS=1574863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:75:76:79:79:0.509677:41:38:41:34:41:38:42:34 chr16 1591962 . G A 943.34 PASS AF=0.473684;AO=99;DP=209;FAO=99;FDP=209;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=77;FSRR=33;FWDB=-0.0140018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.765;QD=18.0543;RBI=0.0145738;REFB=-0.0221155;REVB=0.00404288;RO=110;SAF=56;SAR=43;SRF=77;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133325;STB=0.573319;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0200936;OID=.;OPOS=1591962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:110:110:99:99:0.473684:43:56:77:33:43:56:77:33 chr16 1608082 . A G 767.02 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=138;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0155943;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.437;QD=22.5593;RBI=0.0156258;REFB=-0.00489381;REVB=0.000992027;RO=63;SAF=45;SAR=27;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182906;STB=0.602263;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00374163;OID=.;OPOS=1608082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:63:63:72:73:0.536765:27:45:26:37:27:46:26:37 chr16 1614097 . A G 1016.99 PASS AF=0.548023;AO=97;DP=178;FAO=97;FDP=177;FR=.;FRO=80;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.0669178;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.742;QD=22.9828;RBI=0.0670315;REFB=-0.012415;REVB=-0.00390258;RO=78;SAF=48;SAR=49;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140511;STB=0.570018;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00695369;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:78:80:97:97:0.548023:49:48:52:26:49:48:52:28 chr16 1751295 . A AT 129.78 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=62;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.04636;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.4668;QD=8.65199;RBI=0.21283;REFB=-0.139216;REVB=0.20772;RO=38;SAF=18;SAR=3;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533436;STB=0.656449;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.1576;OID=.;OPOS=1751296;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:21:62:28:60:32:20:8:14:18:99:38:18:3:16:22 chr16 1814440 . A G 189.59 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00306146;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.326;QD=15.1672;RBI=0.0391878;REFB=-0.037477;REVB=-0.039068;RO=29;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250093;STB=0.644028;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.040974;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:6:15:14:15:6:15:14:15 chr16 1818503 . G C 698.84 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.478;QD=54.8109;RBI=0.0410337;REFB=-0.161432;REVB=0.0262371;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00124505;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:19:31:0:0:19:31:0:1 chr16 1820992 . T A 651.5 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.745;QD=62.0476;RBI=0.0229804;REFB=0;REVB=0.0137937;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5783e-05;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:4:36:0:0:5:37:0:0 chr16 1827836 . T C 265.06 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0299061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.971;QD=13.0894;RBI=0.0300034;REFB=-0.0135311;REVB=-0.002414;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122941;STB=0.57873;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0243648;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:50:50:30:31:0.382716:16:14:29:21:17:14:29:21 chr16 1836796 . C A 458.24 PASS AF=0.49505;AO=43;DP=104;FAO=50;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0359812;FXX=0.0288434;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.4663;QD=18.148;RBI=0.0365721;REFB=-0.0295754;REVB=-0.00654788;RO=31;SAF=28;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109172;STB=0.520653;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0180559;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:101:31:50:43:50:0.49505:15:28:16:15:20:30:28:22 chr16 1838640 . T C 1718.28 PASS AF=0.573477;AO=157;DP=277;FAO=160;FDP=279;FR=.;FRO=119;FSAF=101;FSAR=59;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.0109532;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.699;QD=24.6349;RBI=0.0112065;REFB=-0.0187914;REVB=0.00236903;RO=116;SAF=98;SAR=59;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525416;STB=0.534463;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0137374;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:279:116:119:157:160:0.573477:59:98:65:51:59:101:66:53 chr16 1842209 . A G 320.11 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0213924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.843;QD=13.4785;RBI=0.065382;REFB=-0.00986042;REVB=-0.0617833;RO=56;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127691;STB=0.588392;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0115574;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:59:36:36:0.378947:15:21:26:30:15:21:26:33 chr16 1843672 . T C 1467.06 PASS AF=0.47352;AO=145;DP=318;FAO=152;FDP=321;FR=.;FRO=169;FSAF=97;FSAR=55;FSRF=96;FSRR=73;FWDB=-0.00105329;FXX=0.00925897;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4739;QD=18.2812;RBI=0.00125032;REFB=-0.0302466;REVB=-0.000673707;RO=167;SAF=96;SAR=49;SRF=97;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851888;STB=0.539094;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0493323;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:321:167:169:145:152:0.47352:49:96:97:70:55:97:96:73 chr16 1859432 . G C 555.64 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4626;QD=60.0689;RBI=0.073209;REFB=0;REVB=0.0714823;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667787;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr16 1918095 . T C 816.15 PASS AF=0.590551;AO=75;DP=128;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00737899;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.691;QD=25.7056;RBI=0.0430733;REFB=-0.00587344;REVB=-0.0424365;RO=52;SAF=38;SAR=37;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111137;STB=0.560354;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00441486;OID=.;OPOS=1918095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:52:52:75:75:0.590551:37:38:34:18:37:38:34:18 chr16 1918125 . T G 2067.74 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0295563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.895;QD=61.7237;RBI=0.0295823;REFB=0.0174362;REVB=-0.0012415;RO=1;SAF=73;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646717;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-4.47638e-05;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:60:73:1:0:60:73:1:0 chr16 1990994 . T C 356.54 PASS AF=0.5;AO=35;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00203957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.394;QD=19.2724;RBI=0.0153826;REFB=-0.0046601;REVB=-0.0152468;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214013;STB=0.593723;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00531397;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:35:37:0.5:20:15:24:12:20:17:24:13 chr16 2014283 . A G 891.74 PASS AF=0.969697;AO=59;DP=61;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.725;QD=54.0449;RBI=0.0795697;REFB=-0.161857;REVB=0.0782449;RO=1;SAF=46;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349076;STB=0.509022;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000950603;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:66:1:2:59:64:0.969697:13:46:0:1:17:47:1:1 chr16 2017804 . T G 171.21 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0163788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7971;QD=12.4514;RBI=0.0217188;REFB=-0.00299143;REVB=0.0142633;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296063;STB=0.67715;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0148541;OID=.;OPOS=2017804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:13:8:22:11:13:8:23:11 chr16 2028402 . A C 567.18 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=139;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.00703184;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.165;QD=16.56;RBI=0.010055;REFB=-0.0174179;REVB=0.00718727;RO=77;SAF=30;SAR=30;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058819;STB=0.532836;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0241174;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:137:77:77:60:60:0.437956:30:30:43:34:30:30:43:34 chr16 2035868 . C T 974.91 PASS AF=0.530726;AO=89;DP=173;FAO=95;FDP=179;FR=.;FRO=84;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=0.041826;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.507;QD=21.7856;RBI=0.043819;REFB=-0.0351095;REVB=-0.0130648;RO=80;SAF=59;SAR=30;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361551;STB=0.528573;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0363175;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:179:80:84:89:95:0.530726:30:59:50:30:31:64:52:32 chr16 2048826 . C G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0263229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.984;QD=9.3752;RBI=0.0278063;REFB=-0.0145707;REVB=0.00896089;RO=41;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128302;STB=0.576836;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0267526;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:15:4:12:29:15:4:12:29 chr16 2049640 . A G 371.49 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00651641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9081;QD=14.8597;RBI=0.0619038;REFB=-0.000210568;REVB=-0.0615599;RO=58;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883667;STB=0.549975;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000780139;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:58:60:40:40:0.4:18:22:27:31:18:22:28:32 chr16 2070164 . C T 243.15 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0691079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7687;QD=22.6182;RBI=0.0765735;REFB=-0.0115152;REVB=-0.0329788;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306732;STB=0.524568;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0131252;OID=.;OPOS=2070164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:7:15:13:7:7:16:13:7 chr16 2070568 . A C 429.49 PASS AF=0.385714;AO=46;DP=132;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.0410345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.735;QD=12.271;RBI=0.0456274;REFB=-0.0300964;REVB=-0.0199507;RO=81;SAF=11;SAR=35;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235331;STB=0.570031;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0430248;OID=.;OPOS=2070568;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:140:81:86:46:54:0.385714:35:11:34:47:37:17:36:50 chr16 2160494 . C T 272.09 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0151992;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.654;QD=14.5112;RBI=0.0171542;REFB=-0.0151725;REVB=0.00795293;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152511;STB=0.601171;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.019307;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:44:31:31:0.413333:20:11:21:21:20:11:23:21 chr16 2230966 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0316683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.475;QD=17.0891;RBI=0.0654671;REFB=-0.0117235;REVB=0.057298;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00153589;STB=0.500866;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.014399;OID=.;OPOS=2230966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:19:9:8:17:19:9 chr16 2258767 . G A 273.43 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0139446;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.981;QD=17.3606;RBI=0.0184251;REFB=-0.0175857;REVB=0.0120429;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133188;STB=0.587041;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0224889;OID=.;OPOS=2258767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:33:30:30:0.47619:14:16:21:10:14:16:23:10 chr16 2263507 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0250289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.602;QD=16.1187;RBI=0.0276572;REFB=0.0015906;REVB=-0.0117677;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378389;STB=0.709438;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00159986;OID=.;OPOS=2263507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:0:13:9:3:0:13 chr16 2303353 . T C 41.91 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0142588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.919;QD=18.6247;RBI=0.0261653;REFB=-0.0276766;REVB=0.0219388;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0137673;OID=.;OPOS=2303353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:1:2:3:3:1:2 chr16 2331430 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00091042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.368;QD=59.8547;RBI=0.00163366;REFB=0;REVB=0.00135646;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42693e-06;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr16 2367336 . G A 157.07 PASS AF=0.435897;AO=14;DP=36;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0353678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1829;QD=16.1093;RBI=0.0639009;REFB=-0.0485211;REVB=0.0532207;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942026;STB=0.545399;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0293266;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:22:22:14:17:0.435897:10:4:8:14:12:5:8:14 chr16 2512523 . G A 251.16 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.055962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.996;QD=41.8602;RBI=0.061735;REFB=-0.138598;REVB=0.0260666;RO=3;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790642;STB=0.542818;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00631584;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:16:5:0:3:16:5:0:3 chr16 2578618 . ACCCCCCCA ACCCCCCA,ACCCCCCAC,ACCCCCCCAC,ACCCCCCCCA,CACCCCCCA 64.86 PASS AF=0.027027,0.0810811,0.27027,0,0;AO=4,3,10,4,3;DP=37;FAO=1,3,10,0,0;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=0,3,9,0,0;FSAR=1,0,1,0,0;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.118642,-0.0185525,-0.0384424,-0.132199,-0.00224012;FXX=0;HRUN=7,7,0,7,1;LEN=1,2,1,1,2;MLLD=8.1412,76.1513,71.8745,6.27607,114.787;QD=7.01139;RBI=0.263067,0.214125,0.166854,0.24309,0.170273;REFB=0.00675522,-0.00683976,-0.00865706,-0.0135873,0.00036451;REVB=-0.234795,-0.21332,-0.162365,0.204001,-0.170259;RO=11;SAF=1,3,9,4,3;SAR=3,0,1,0,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.485919,0.582558,0.296373,0.637903,0.582558;STB=0.99259,0.995413,0.770752,0.5,0.5;STBP=0.231,0.154,0.102,1,1;TYPE=del,mnp,ins,ins,mnp;VARB=0.0158393,0.159627,0.0744814,-0.088668,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=2578619,2578625,2578627,2578619,2578618;OREF=C,CA,-,-,AC;OALT=-,AC,C,C,CA;OMAPALT=ACCCCCCA,ACCCCCCAC,ACCCCCCCAC,ACCCCCCCCA,CACCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:26:37:37:11:23:4,3,10,4,3:1,3,10,0,0:0.027027,0.0810811,0.27027,0,0:3,0,1,0,0:1,3,9,4,3:8:3:1,0,1,0,0:0,3,9,0,0:15:8 chr16 2766484 . G C 125.0 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0740407;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5244;QD=12.8201;RBI=0.0937141;REFB=-0.0382367;REVB=-0.0574483;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.516597;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0889755;OID=.;OPOS=2766484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:17:17:0.435897:8:9:10:10:8:9:11:11 chr16 2812647 . C T 244.29 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0130931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.462;QD=18.7918;RBI=0.0227097;REFB=-0.0138101;REVB=0.0185554;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188021;STB=0.595236;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0109498;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:26:25:26:0.5:14:11:13:6:14:12:17:9 chr16 2815237 . A C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00740746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.945;QD=18.9383;RBI=0.0507099;REFB=-0.00657862;REVB=0.050166;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208509;STB=0.51162;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00740656;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:19:10:11:19:19:10 chr16 2820882 . G T 639.87 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=14;FWDB=-0.00770146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.136;QD=22.2562;RBI=0.0113324;REFB=0.0143556;REVB=0.00831328;RO=51;SAF=40;SAR=23;SRF=38;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100302;STB=0.547939;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0106652;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:52:63:63:0.547826:23:40:38:13:23:40:38:14 chr16 2821988 . TCCTC GTCTC,TCTC,TCTCG 111.45 PASS AF=0,0.297872,0.0212766;AO=2,10,3;DP=47;FAO=0,14,1;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=0,11,1;FSAR=0,3,0;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0660422,-0.116236,-0.105454;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,3;MLLD=29.1858,24.955,44.2096;QD=9.4852;RBI=0.0799792,0.132053,0.107061;REFB=-0.0291374,-0.0171522,-0.00538763;REVB=-0.0451122,-0.0626677,-0.0184781;RO=30;SAF=1,8,3;SAR=1,2,0;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0.228917,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0295658,0.41727,0.560482;STB=0.5,0.737894,0.99047;STBP=1,0.046,0.271;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0131728,0.131248;OID=.,.,.;OPOS=2821988,2821989,2821990;OREF=TC,C,CTC;OALT=GT,-,TCG;OMAPALT=GTCTC,TCTC,TCTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:47:30:32:2,10,3:0,14,1:0,0.297872,0.0212766:1,2,0:1,8,3:14:16:0,3,0:0,11,1:15:17 chr16 2822036 . C T 119.39 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00497978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.071;QD=8.84372;RBI=0.0249613;REFB=-0.00828733;REVB=-0.0244595;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190776;STB=0.637504;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0266469;OID=.;OPOS=2822036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:38:16:16:0.296296:5:11:18:16:5:11:19:19 chr16 2867450 . G C 50.78 PASS AF=0.583333;AO=4;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0375789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.879;QD=16.9263;RBI=0.0797484;REFB=-0.039337;REVB=0.0703394;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0393736;OID=.;OPOS=2867450;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:4:7:0.583333:2:2:1:4:4:3:1:4 chr16 2871555 . G A 871.49 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270877;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.578;QD=58.0991;RBI=0.0930493;REFB=0;REVB=0.0890193;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204324;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr16 2983483 . C G 442.7 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0810628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.175;QD=15.8106;RBI=0.0839752;REFB=0.00330233;REVB=0.0219241;RO=61;SAF=14;SAR=35;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1049;STB=0.559169;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00254664;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:61:62:49:50:0.446429:35:14:23:38:36:14:23:39 chr16 2986840 . G C 224.27 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0191451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.897;QD=19.5017;RBI=0.020653;REFB=-0.016627;REVB=0.00774659;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851252;STB=0.548149;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0126152;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:12:12:13:9:12:12 chr16 3017852 . G A 1030.42 PASS AF=0.604027;AO=90;DP=149;FAO=90;FDP=149;FR=.;FRO=59;FSAF=61;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0200569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.79;QD=27.6622;RBI=0.0220077;REFB=-0.0164067;REVB=-0.00905878;RO=53;SAF=61;SAR=29;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164888;STB=0.593156;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00622028;OID=.;OPOS=3017852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:53:59:90:90:0.604027:29:61:24:29:29:61:27:32 chr16 3065924 . G A 392.59 PASS AF=0.367188;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=128;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0436164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.156;QD=12.2685;RBI=0.0436712;REFB=-0.0178203;REVB=0.00218725;RO=81;SAF=20;SAR=27;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183876;STB=0.604699;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0173093;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:81:81:47:47:0.367188:27:20:48:33:27:20:48:33 chr16 3119167 . T C 71.67 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00858655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0298;QD=7.96295;RBI=0.0433688;REFB=-0.00448591;REVB=-0.0425103;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474515;STB=0.517207;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0159475;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:11:14:6:4:11:15 chr16 3119304 . A G 66.6 PASS AF=0.22449;AO=5;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00428541;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2395;QD=5.43649;RBI=0.0114197;REFB=0.00362148;REVB=0.0105852;RO=26;SAF=0;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688663;STB=0.568062;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.0231759;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:50:49:26:38:5:11:0.22449:5:0:15:11:5:6:24:14 chr16 3132197 . A G 657.38 PASS AF=0.528455;AO=64;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00467178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6799;QD=21.3781;RBI=0.0234015;REFB=-0.0256794;REVB=-0.0229304;RO=56;SAF=40;SAR=24;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109765;STB=0.55577;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0207332;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:56:58:64:65:0.528455:24:40:28:28:24:41:30:28 chr16 3170188 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.737;QD=19.134;RBI=0.0849103;REFB=-0.0173123;REVB=0.0820312;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212944;STB=0.62455;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0184528;OID=.;OPOS=3170188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:2:0:2:3:2:0 chr16 3207446 . G A 1704.63 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184868;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.523;QD=58.7802;RBI=0.0209908;REFB=-0.124706;REVB=0.0099425;RO=2;SAF=61;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115422;STB=0.500608;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=7.61352e-06;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:2:2:114:114:0.982759:53:61:1:1:53:61:1:1 chr16 3208911 . G A 296.7 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.998;QD=51.5997;RBI=0.0639525;REFB=0;REVB=0.0383669;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170633;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr16 3208914 . T C 280.35 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.683;QD=48.7561;RBI=0.0257311;REFB=-0.161369;REVB=0.000761258;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.533302;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0025177;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:7:15:0:0:7:15:0:1 chr16 3230588 . G A 503.91 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.313;QD=59.2836;RBI=0.0266491;REFB=0;REVB=0.0124168;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198276;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:11:19:0:0:15:19:0:0 chr16 3254470 . T C 703.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4063;QD=62.5594;RBI=0.0255984;REFB=0;REVB=0.0029085;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461201;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr16 3254972 . T C 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.57;QD=57.0927;RBI=0.0265592;REFB=0;REVB=0.0117774;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116219;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr16 3266071 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6099;QD=56.9364;RBI=0.0371755;REFB=0;REVB=-0.018388;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113591;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr16 3293888 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0174786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.507;QD=14.6688;RBI=0.0284126;REFB=-0.02041;REVB=0.0224003;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146274;STB=0.583264;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0278184;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:18:14:14:10:18:14 chr16 3293922 . A T 188.54 PASS AF=0.358209;AO=17;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.133432;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.343;QD=11.2558;RBI=0.178605;REFB=-0.0337787;REVB=0.118725;RO=25;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158923;STB=0.589278;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0507424;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:43:17:24:0.358209:13:4:9:16:15:9:22:21 chr16 3297073 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00165354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.754;QD=16.8248;RBI=0.00165568;REFB=-0.0320187;REVB=8.42444e-05;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142358;STB=0.581318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0232542;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:16:12:12:9:16:12 chr16 3297175 . T C 354.92 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0278652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2722;QD=13.3931;RBI=0.0341518;REFB=0.000560451;REVB=-0.0197452;RO=64;SAF=15;SAR=27;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267316;STB=0.651403;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00151592;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:64:42:42:0.396226:27:15:39:25:27:15:39:25 chr16 3297181 . C T 370.1 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0173518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9626;QD=14.099;RBI=0.0377131;REFB=-0.00874487;REVB=0.0334843;RO=61;SAF=16;SAR=27;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274246;STB=0.658464;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0200998;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:27:16:39:22:27:16:40:22 chr16 3299749 . G A 281.87 PASS AF=0.405063;AO=30;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00415561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1282;QD=14.2721;RBI=0.0382675;REFB=-0.0217567;REVB=0.0380412;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375345;STB=0.500397;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0468018;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:47:30:32:0.405063:13:17:25:22:15:17:25:22 chr16 3405994 . A G 1539.61 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.881;QD=63.4892;RBI=0.0472805;REFB=0;REVB=0.0468457;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121498;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:94:97:1:33:61:0:0:35:62:0:0 chr16 3406387 . C G 841.18 PASS AF=1;AO=43;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547155;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6403;QD=57.0292;RBI=0.0551787;REFB=0;REVB=0.00713442;RO=0;SAF=41;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55131e-05;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:43:59:1:2:41:0:0:17:42:0:0 chr16 3419934 . G T 804.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.268;QD=64.3797;RBI=0.0264743;REFB=0;REVB=0.0154043;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91157e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:20:30:0:0 chr16 3422279 . C A 237.2 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00691182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.169;QD=22.0654;RBI=0.0112926;REFB=-0.0367405;REVB=0.00893025;RO=20;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17177;STB=0.602742;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0385473;OID=.;OPOS=3422279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:16:6:9:11:17:6:9:11 chr16 3452193 . T G 919.9 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927212;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5275;QD=58.4061;RBI=0.013244;REFB=0;REVB=0.00945677;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662014;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:16:47:0:0:16:47:0:0 chr16 3486285 . C A 569.06 PASS AF=0.39521;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=167;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=-0.0037408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7175;QD=13.6303;RBI=0.0126907;REFB=-0.0228252;REVB=-0.0121268;RO=91;SAF=30;SAR=36;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198731;STB=0.577899;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.02578;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:167:91:101:66:66:0.39521:36:30:59:32:36:30:59:42 chr16 3490922 . G C 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0800886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4042;QD=14.1946;RBI=0.0896436;REFB=0.00222912;REVB=-0.0402713;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.561963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00815251;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:14:8:7:8:14:8 chr16 3533576 . GC G,GG 985.13 PASS AF=1,0;AO=27,55;DP=91;FAO=91,0;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303357,-0.302923;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.6242,4.60702;QD=43.3024;RBI=0.077408,0.375517;REFB=-0.0140594,0.0919583;REVB=0.0712162,-0.221925;RO=1;SAF=15,32;SAR=12,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0299926,-0.0145046;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00276313,0.0211479;OID=.,.;OPOS=3533577,3533577;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:27,55:91:91,0:91:0:53,0:38,0:0:0:5:1:15,32:12,23:1:0 chr16 3534892 . G A 195.27 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0725256;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.182;QD=15.315;RBI=0.0753456;REFB=-0.0208503;REVB=0.0204204;RO=27;SAF=2;SAR=20;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276118;STB=0.708981;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0232223;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:29:22:22:0.431373:20:2:6:21:20:2:8:21 chr16 3535116 . T C 3193.26 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2199;QD=61.7054;RBI=0.0512193;REFB=0;REVB=0.00161178;RO=0;SAF=122;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790786;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:207:0:0:206:207:1:84:122:0:0:85:122:0:0 chr16 3535540 . G A 280.42 PASS AF=0.4;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0152942;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.925;QD=14.0211;RBI=0.0334764;REFB=-0.00708711;REVB=0.0297785;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113074;STB=0.564475;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.016113;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:48:48:32:32:0.4:20:12:23:25:20:12:23:25 chr16 3536870 . CTGA CTAA,TAAC 402.89 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=25,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137249,0.00854132;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,4;MLLD=142.055,109.448;QD=55.5706;RBI=0.0191023,0.0140185;REFB=0,0;REVB=0.0132862,0.0111159;RO=0;SAF=13,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0108036,-0.0654883;OID=.,.;OPOS=3536872,3536870;OREF=G,CTGA;OALT=A,TAAC;OMAPALT=CTAA,TAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:29:29:0:0:25,2:27,2:0.931034,0.0689655:12,2:13,0:0:0:14,2:13,0:0:0 chr16 3558381 . T C 335.94 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0185636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.464;QD=19.7609;RBI=0.0243397;REFB=-0.0441397;REVB=-0.0157421;RO=33;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020915;STB=0.511621;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0354057;OID=.;OPOS=3558381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:13:22:20:13:13:22:20:13 chr16 3558389 . C T 451.64 PASS AF=0.589041;AO=39;DP=69;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00661203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.154;QD=24.7476;RBI=0.025362;REFB=-0.0349895;REVB=0.0244849;RO=28;SAF=29;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126269;STB=0.533978;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0300564;OID=.;OPOS=3558389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:28:30:39:43:0.589041:10:29:17:11:14:29:18:12 chr16 3583173 . C T 253.38 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.016064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.93;QD=12.0659;RBI=0.0161708;REFB=-0.0245897;REVB=-0.00185533;RO=51;SAF=23;SAR=8;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124267;STB=0.563046;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.035365;OID=.;OPOS=3583173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:51:53:31:31:0.369048:8:23:33:18:8:23:35:18 chr16 3613150 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.518;QD=45.8068;RBI=0.0243565;REFB=0;REVB=0.00379894;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222061;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 3639139 . A G 2731.44 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000777593;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.647;QD=62.0781;RBI=0.00467649;REFB=0;REVB=0.00461139;RO=0;SAF=112;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79351e-05;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:173:176:1:61:112:0:0:62:114:0:0 chr16 3639827 . G A 96.66 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0497351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9618;QD=13.8088;RBI=0.0605346;REFB=-0.0259872;REVB=0.0345089;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191832;STB=0.586802;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0362625;OID=.;OPOS=3639827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:15:16:13:12:0.428571:10:3:6:9:9:3:6:10 chr16 3639977 . GCCCCCT CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC 74.75 PASS AF=0,0.157895,0.526316,0.0526316;AO=4,2,4,2;DP=19;FAO=0,3,10,1;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,3,6,1;FSAR=0,0,4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.136878,-0.127706,0.116242,-0.0144808;FXX=0;HRUN=1,1,5,5;LEN=2,1,1,2;MLLD=15.9091,13.4233,15.3361,15.7444;QD=15.7362;RBI=0.140698,0.206414,0.206404,0.0150308;REFB=-0.0306415,-0.0451831,-0.0770264,-0.0684853;REVB=0.0325623,-0.162166,0.170559,-0.00402886;RO=7;SAF=4,2,1,2;SAR=0,0,3,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0.364532,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.694548,0.577625,-0.326128,0.577625;STB=0.5,0.994993,0.5,0.986861;STBP=1,0.188,1,0.509;TYPE=mnp,ins,del,mnp;VARB=0.0226073,0.105942,0.107311,0.0663154;OID=.,.,.,.;OPOS=3639977,3639984,3639978,3639982;OREF=GC,-,C,CT;OALT=CG,C,-,TC;OMAPALT=CGCCCCT,GCCCCCTC,GCCCCT,GCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:28:19:19:7:5:4,2,4,2:0,3,10,1:0,0.157895,0.526316,0.0526316:0,0,3,0:4,2,1,2:4:3:0,0,4,0:0,3,6,1:3:2 chr16 3656482 . C T 284.36 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0163523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.428;QD=17.4991;RBI=0.0163524;REFB=-0.0222416;REVB=-3.31044e-05;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113314;STB=0.563632;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0209823;OID=.;OPOS=3656482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:16:18:20:11:16:18 chr16 3707747 . G A 704.68 PASS AF=0.611111;AO=66;DP=108;FAO=66;FDP=108;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0249183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.215;QD=26.0992;RBI=0.052428;REFB=-0.00640852;REVB=0.0461278;RO=42;SAF=34;SAR=32;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789061;STB=0.542844;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00389957;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:42:66:66:0.611111:32:34:17:25:32:34:17:25 chr16 3778337 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00204351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.798;QD=14.0438;RBI=0.0345434;REFB=-0.019732;REVB=0.0344829;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0154558;OID=.;OPOS=3778337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr16 3795292 . G T 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0112049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.414;QD=19.4078;RBI=0.0143319;REFB=0.0101037;REVB=-0.008936;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155162;STB=0.586151;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00780765;OID=.;OPOS=3795292;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:15:15:19:9:15:15:19:9 chr16 3795363 . G A 310.14 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.027109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.66;QD=28.8506;RBI=0.0440395;REFB=-0.012819;REVB=-0.0347071;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478084;STB=0.526296;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00813212;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:10:6:12:15:10:6 chr16 3820667 . C T 166.22 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0544729;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5924;QD=17.0482;RBI=0.0545776;REFB=-0.0129004;REVB=0.00337876;RO=20;SAF=16;SAR=1;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482257;STB=0.705603;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0444758;OID=.;OPOS=3820667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:17:18:0.461538:1:16:14:6:2:16:14:7 chr16 4013467 . C T 1185.91 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000249781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.879;QD=58.5633;RBI=0.0310566;REFB=-0.147286;REVB=0.0310556;RO=2;SAF=41;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225308;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000440593;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:2:1:79:80:0.987654:38:41:2:0:38:42:1:0 chr16 4015313 . A G 754.46 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.628;QD=56.9403;RBI=0.0515865;REFB=0;REVB=0.0376767;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70046e-05;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:49:53:1:16:33:0:0:17:36:0:0 chr16 4015316 . A G 725.54 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5876;QD=56.9052;RBI=0.0228309;REFB=0;REVB=-0.0105573;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367764;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:15:36:0:0 chr16 4016676 . A G 1556.42 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.571;QD=59.8623;RBI=0.0241581;REFB=0;REVB=-0.0233144;RO=0;SAF=68;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54314e-05;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:36:68:0:0:36:68:0:0 chr16 4027605 . C T 201.5 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0469661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6875;QD=13.8963;RBI=0.0629357;REFB=-0.00771551;REVB=0.0418937;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562209;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0113955;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:10:14:18:16:10:14:18:16 chr16 4033436 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.000272866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.647;QD=11.9535;RBI=0.00406916;REFB=-0.00520148;REVB=-0.00406;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221468;STB=0.631272;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00459787;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:3:8:4:4:3:8 chr16 4164364 . C T 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00420882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0611;QD=56.9492;RBI=0.015508;REFB=0;REVB=-0.014926;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124685;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr16 4165432 . T C 429.47 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5528;QD=57.2627;RBI=0.0680256;REFB=0;REVB=0.0662408;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725207;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:27:30:1:20:7:0:0:22:8:0:0 chr16 4242028 . A T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0214419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.407;QD=22.1886;RBI=0.0214481;REFB=-0.0214309;REVB=0.000513348;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190399;STB=0.606777;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.014025;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:7:11:8:13:7:11 chr16 4242093 . C T 257.1 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0799018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8361;QD=16.069;RBI=0.0939613;REFB=-0.0273534;REVB=-0.0494411;RO=35;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138253;STB=0.50779;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.033881;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:12:17:21:14:12:17:21:14 chr16 4245693 . A G 400.34 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0116303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.303;QD=16.1754;RBI=0.0122001;REFB=-0.0182958;REVB=-0.0036849;RO=56;SAF=29;SAR=13;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132792;STB=0.571013;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.025609;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:13:29:32:24:13:29:33:24 chr16 4257060 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000817637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9936;QD=23.3998;RBI=0.0848495;REFB=-0.00380541;REVB=0.0848456;RO=3;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379258;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00711551;OID=.;OPOS=4257060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:7:1:2:1:7:1:2:1 chr16 4257131 . C G 46.24 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0131103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.908;QD=9.73435;RBI=0.0283713;REFB=-0.0390777;REVB=-0.0251605;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108508;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0798964;OID=.;OPOS=4257131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:10:12:7:7:0.368421:5:2:2:8:5:2:2:10 chr16 4257281 . A C 130.44 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9713;QD=43.4802;RBI=0.01799;REFB=0;REVB=-0.00513829;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243396;OID=.;OPOS=4257281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:5:4:0:0:6:6:0:0 chr16 4257285 . G GC 91.44 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547367;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.09;QD=36.5759;RBI=0.0559348;REFB=0;REVB=-0.0115148;RO=10;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00047729;OID=.;OPOS=4257286;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:10:10:0:4:6:0:0:4:10:1:1:5:5 chr16 4257286 . T C 81.98 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.569;QD=32.7929;RBI=0.0257691;REFB=0.0183148;REVB=-0.00520944;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00349975;OID=.;OPOS=4257286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr16 4257686 . A G 121.56 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00634032;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.01;QD=14.7342;RBI=0.00634044;REFB=-0.00937643;REVB=-4.00091e-05;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698633;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0138497;OID=.;OPOS=4257686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:9:9:8:6:9:10 chr16 4257729 . C T 117.15 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0300151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.299;QD=12.0151;RBI=0.032765;REFB=-0.0184534;REVB=-0.0131392;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993992;STB=0.558739;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0519646;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:13:12:8:6:13:12 chr16 4258005 . C G 165.72 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0122142;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.627;QD=13.8102;RBI=0.0136646;REFB=-0.0119958;REVB=0.00612654;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524461;STB=0.541621;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0156117;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:30:18:18:0.375:9:9:14:17:9:9:13:17 chr16 4307646 . A G 372.58 PASS AF=0.340741;AO=46;DP=135;FAO=46;FDP=135;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=49;FWDB=0.00476749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4419;QD=11.0394;RBI=0.0444632;REFB=-0.0170451;REVB=0.0442068;RO=86;SAF=20;SAR=26;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348221;STB=0.5098;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0647576;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:89:46:46:0.340741:26:20:40:46:26:20:40:49 chr16 4310468 . C G 2679.75 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.033;QD=61.9595;RBI=0.0405193;REFB=0;REVB=0.0255269;RO=0;SAF=100;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9848e-05;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:173:0:0:169:173:1:69:100:0:0:70:103:0:0 chr16 4386814 . T C 1896.42 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.664;QD=61.672;RBI=0.0149034;REFB=0;REVB=0.013578;RO=0;SAF=78;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31746e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:121:123:1:43:78:0:0:45:78:0:0 chr16 4414987 . G A 766.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.244;QD=63.8658;RBI=0.00984634;REFB=0;REVB=0.00969565;RO=0;SAF=39;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80265e-05;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:8:39:0:0:8:40:0:0 chr16 4431202 . A G 3899.64 PASS AF=1;AO=240;DP=241;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797112;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.476;QD=63.9285;RBI=0.0798848;REFB=0;REVB=0.00526321;RO=0;SAF=131;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28853e-05;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:241:244:0:0:240:244:1:109:131:0:0:110:134:0:0 chr16 4432029 . A C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.701;QD=62.0074;RBI=0.0109007;REFB=0;REVB=-0.00447335;RO=0;SAF=14;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74663e-06;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:70:14:0:0:70:14:0:0 chr16 4445327 . C T 1365.58 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335074;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.729;QD=62.7851;RBI=0.0420368;REFB=0;REVB=0.025384;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83952e-05;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr16 4476089 . T C 864.35 PASS AF=0.56338;AO=77;DP=143;FAO=80;FDP=142;FR=.;FRO=62;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00516424;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.664;QD=24.3479;RBI=0.00580443;REFB=-0.0241392;REVB=0.0026499;RO=60;SAF=48;SAR=29;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615986;STB=0.521845;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0200071;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:60:62:77:80:0.56338:29:48:33:27:31:49:35:27 chr16 4484396 . A T 171.52 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0207362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5318;QD=18.0549;RBI=0.0594759;REFB=0.0251777;REVB=-0.055744;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252104;STB=0.514372;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0283164;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:14:6:5:13:14:6 chr16 4496973 . T A 536.04 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0073747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.996;QD=17.4322;RBI=0.00957919;REFB=-0.0032691;REVB=-0.00611349;RO=66;SAF=28;SAR=29;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230775;STB=0.512831;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00558643;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:66:66:57:57:0.463415:29:28:34:32:29:28:34:32 chr16 4625274 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00348214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.966;QD=8.40194;RBI=0.0180864;REFB=-0.00535951;REVB=-0.017748;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.620179;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0101341;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:4:5:7:13:4:5:8:13 chr16 4707252 . G A 348.97 PASS AF=0.474359;AO=35;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0127283;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5879;QD=17.896;RBI=0.0149094;REFB=-0.0103278;REVB=-0.0077641;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224903;STB=0.604882;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0301411;OID=.;OPOS=4707252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:41:35:37:0.474359:21:14:25:14:21:16:26:15 chr16 4709131 . C A 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.068497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4075;QD=25.7096;RBI=0.0785887;REFB=0.0196132;REVB=-0.0385271;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134616;STB=0.575112;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0141725;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:1:5:8:5:1:5 chr16 4721468 . T C 571.56 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0107692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.125;QD=23.0934;RBI=0.0126455;REFB=-0.00409423;REVB=0.0066282;RO=46;SAF=20;SAR=33;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508492;STB=0.527989;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00441299;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:33:20:20:26:33:20:20:26 chr16 4736316 . C T 599.56 PASS AF=0.412121;AO=66;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=0.0688845;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8164;QD=14.5348;RBI=0.0819412;REFB=-0.00131305;REVB=0.0443767;RO=99;SAF=35;SAR=31;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161872;STB=0.514282;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00262219;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:99:97:66:68:0.412121:31:35:51:48:32:36:49:48 chr16 4748825 . C T 336.26 PASS AF=0.45;AO=37;DP=82;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0193368;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4088;QD=16.8129;RBI=0.0389246;REFB=-0.000460836;REVB=0.0337819;RO=45;SAF=12;SAR=25;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402278;STB=0.508126;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.000918565;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:45:44:37:36:0.45:25:12:13:32:25:11:14:30 chr16 4751045 . C T 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0836305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.729;QD=24.0668;RBI=0.0838514;REFB=-0.0183541;REVB=-0.00608229;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137454;STB=0.576829;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0230182;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:3:7:8:8:3:7 chr16 4752134 . A G 451.74 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=0.0104387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.024;QD=16.1335;RBI=0.0454235;REFB=-0.0186695;REVB=-0.0442077;RO=62;SAF=36;SAR=14;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087598;STB=0.549132;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0253574;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:14:36:40:22:14:36:40:22 chr16 4790273 . G A 1106.43 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0732659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0025;QD=57.4767;RBI=0.103024;REFB=0.0354584;REVB=0.0724295;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111316;STB=0.511625;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000193389;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:77:1:2:74:75:0.974026:32:42:1:0:33:42:2:0 chr16 4794873 . C T 640.18 PASS AF=0.512;AO=64;DP=126;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0052441;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.205;QD=20.4857;RBI=0.0104229;REFB=-0.0308944;REVB=-0.00900754;RO=60;SAF=33;SAR=31;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450021;STB=0.520415;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0296413;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:60:61:64:64:0.512:31:33:34:26:31:33:34:27 chr16 4796393 . A G 528.73 PASS AF=0.514019;AO=53;DP=105;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.016685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.596;QD=19.7655;RBI=0.0451903;REFB=-0.00941027;REVB=0.0419973;RO=51;SAF=25;SAR=28;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859121;STB=0.550067;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00770836;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:51:52:53:55:0.514019:28:25:29:22:30:25:29:23 chr16 4797457 . C T 974.13 PASS AF=0.533708;AO=95;DP=179;FAO=95;FDP=178;FR=.;FRO=83;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0204057;FXX=0.00558628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0599;QD=21.8906;RBI=0.0251313;REFB=0.0186388;REVB=-0.0146693;RO=82;SAF=50;SAR=45;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295122;STB=0.513061;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0171708;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:82:83:95:95:0.533708:45:50:46:36:45:50:46:37 chr16 4802386 . G T 653.74 PASS AF=0.447853;AO=70;DP=160;FAO=73;FDP=163;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.052625;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7551;QD=16.0426;RBI=0.0542993;REFB=0.000446506;REVB=0.0133797;RO=90;SAF=40;SAR=30;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726432;STB=0.532695;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.000445349;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:90:90:70:73:0.447853:30:40:45:45:33:40:44:46 chr16 4815608 . A G 462.59 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1581;QD=54.4219;RBI=0.0465046;REFB=0.00662339;REVB=-0.0394874;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521726;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00126904;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:11:21:0:1:11:22:0:1 chr16 4833970 . C T 658.62 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=100;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00385576;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.284;QD=26.6108;RBI=0.0647858;REFB=-0.0121325;REVB=0.0646709;RO=41;SAF=26;SAR=32;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302095;STB=0.516486;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00365388;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:41:41:58:58:0.585859:32:26:20:21:32:26:20:21 chr16 4837545 . A G 137.87 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0343743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.926;QD=10.0268;RBI=0.079948;REFB=-0.0100253;REVB=0.0721809;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207195;STB=0.526852;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0219829;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:37:18:18:0.327273:7:11:22:13:7:11:24:13 chr16 4846068 . T C 355.82 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0129041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.163;QD=24.5395;RBI=0.0186127;REFB=0.00650655;REVB=-0.0134133;RO=22;SAF=22;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761579;STB=0.548082;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00574713;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:13:22:16:6:13:22:17:6 chr16 4847524 . T C 275.98 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00669429;FXX=0.0517152;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.708;QD=20.0713;RBI=0.0579982;REFB=-0.0253176;REVB=0.0576106;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188873;STB=0.524573;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0321172;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:18:26:29:29:0.527273:13:16:5:13:13:16:13:13 chr16 4855279 . A G 217.18 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0229236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.939;QD=18.4833;RBI=0.0229845;REFB=-0.00295037;REVB=-0.00167259;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232204;STB=0.638664;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0034857;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:25:21:22:0.468085:11:10:18:7:12:10:18:7 chr16 4861709 . G C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.791;QD=59.5018;RBI=0.0385185;REFB=0;REVB=0.0382767;RO=0;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97456e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:23:46:0:0:23:46:0:0 chr16 4910770 . GA AG,G 100.5 PASS AF=0.028169,0.450704;AO=5,25;DP=71;FAO=2,32;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=2,11;FSAR=0,21;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0383944,0.10973;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=13.7523,6.95216;QD=5.66205;RBI=0.0806976,0.115395;REFB=-0.0378273,-0.129135;REVB=-0.0709787,-0.03571;RO=31;SAF=5,5;SAR=0,20;SRF=21;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.588229,-0.484795;STB=0.993409,0.662658;STBP=0.31,0.011;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0238641,0.144995;OID=.,.;OPOS=4910770,4910771;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:91:71:71:31:37:5,25:2,32:0.028169,0.450704:0,20:5,5:21:10:0,21:2,11:24:13 chr16 4923091 . G A 674.47 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=-0.00829277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.53;QD=16.757;RBI=0.00842641;REFB=-0.0196856;REVB=-0.00149474;RO=86;SAF=44;SAR=29;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793147;STB=0.544808;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0216255;OID=.;OPOS=4923091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:86:88:73:73:0.453416:29:44:45:41:29:44:46:42 chr16 4930100 . C T 484.63 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0148507;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6898;QD=17.1549;RBI=0.0188661;REFB=-0.00388615;REVB=-0.0116356;RO=57;SAF=30;SAR=22;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189371;STB=0.501741;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00252331;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:57:61:52:52:0.460177:22:30:34:23:22:30:35:26 chr16 4933939 . G C 165.19 PASS AF=0.377358;AO=16;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0326197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.327;QD=12.4673;RBI=0.032624;REFB=-0.010812;REVB=-0.000529717;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947353;STB=0.545408;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0205046;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:33:16:20:0.377358:10:6:7:17:14:6:12:21 chr16 4938160 . T G 1476.81 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00452179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.914;QD=62.1814;RBI=0.0168178;REFB=-0.140863;REVB=0.0161985;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-6.8284e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:38:56:0:0:38:56:0:1 chr16 4940809 . A G 3178.1 PASS AF=0.985915;AO=208;DP=212;FAO=210;FDP=213;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0042636;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1019;QD=59.6826;RBI=0.0444087;REFB=-0.101648;REVB=-0.0442035;RO=3;SAF=87;SAR=121;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116624;STB=0.506072;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000680644;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:212:213:3:3:208:210:0.985915:121:87:0:3:122:88:0:3 chr16 4942099 . C T 444.8 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0132006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.664;QD=17.9716;RBI=0.0132958;REFB=-0.0036992;REVB=-0.00158903;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224817;STB=0.502029;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00477982;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:54:45:45:0.454545:21:24:26:25:21:24:29:25 chr16 4944518 . C G 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.057;QD=57.54;RBI=0.0463246;REFB=0;REVB=0.00561608;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17241e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr16 4945687 . G T 639.02 PASS AF=0.44586;AO=70;DP=157;FAO=70;FDP=157;FR=.;FRO=87;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=55;FWDB=0.0275623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.972;QD=16.2807;RBI=0.030459;REFB=-0.0403958;REVB=-0.0129642;RO=87;SAF=43;SAR=27;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243112;STB=0.635163;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0349691;OID=.;OPOS=4945687;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:87:87:70:70:0.44586:27:43:32:55:27:43:32:55 chr16 5053552 . T C 293.37 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0121014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.074;QD=17.78;RBI=0.0139402;REFB=-0.0261619;REVB=0.00691988;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085487;STB=0.578998;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0119813;OID=.;OPOS=5053552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:34:31:32:0.484848:19:12:14:15:19:13:19:15 chr16 5074952 . C T 729.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.968;QD=57.2017;RBI=0.0199669;REFB=0;REVB=0.00504767;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87848e-05;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:16:34:0:0:16:35:0:0 chr16 5075222 . TC CG,TCG 35.22 PASS AF=0,0.148148;AO=2,9;DP=56;FAO=0,8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.192283,-0.139161;FXX=0.0181785;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=93.5813,91.5595;QD=2.60882;RBI=0.19333,0.140259;REFB=-0.00354206,-0.00360633;REVB=-0.0200894,-0.0175196;RO=44;SAF=2,8;SAR=0,1;SRF=17;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.456198,0.596266;STB=0.5,0.881954;STBP=1,0.039;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.10954;OID=.,.;OPOS=5075222,5075224;OREF=TC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:56:54:44:46:2,9:0,8:0,0.148148:0,1:2,8:17:27:0,1:0,7:19:27 chr16 5075542 . G A 1943.23 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391293;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.654;QD=61.2042;RBI=0.0401404;REFB=0;REVB=-0.00895245;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202655;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:127:0:0:123:127:1:59:64:0:0:62:65:0:0 chr16 5077985 . C T 612.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.335;QD=61.2644;RBI=0.0498755;REFB=0;REVB=0.0391937;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018762;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr16 5132636 . C T 274.99 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0177359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.93;QD=15.2772;RBI=0.0187217;REFB=-0.0364283;REVB=-0.00599496;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281927;STB=0.632254;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0312712;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:41:31:31:0.430556:20:11:24:13:20:11:24:17 chr16 5139186 . G C 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0115999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.946;QD=17.0998;RBI=0.0129314;REFB=-0.0253427;REVB=0.00571526;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263751;STB=0.51513;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.023994;OID=.;OPOS=5139186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:9:6:6:8:9:6 chr16 5139217 . C G 208.41 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.01429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.115;QD=41.6817;RBI=0.0208923;REFB=-0.0655769;REVB=0.0152409;RO=2;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212765;STB=0.511615;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00417625;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:7:11:1:1:7:11:1:1 chr16 5140561 . C T 381.2 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00572445;FXX=0.065563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.317;QD=26.7507;RBI=0.0167612;REFB=-0.00707611;REVB=0.0157533;RO=20;SAF=13;SAR=23;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953562;STB=0.544774;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00433145;OID=.;OPOS=5140561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:20:21:36:36:0.631579:23:13:10:10:23:13:10:11 chr16 5145474 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00362882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.272;QD=22.9154;RBI=0.0132418;REFB=-0.0347165;REVB=0.0127349;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0188535;OID=.;OPOS=5145474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr16 5517197 . CTTT CTCT,C,CTT 139.8 PASS AF=0.764706,0.0588235,0.176471;AO=8,2,2;DP=17;FAO=13,1,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,3;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136835,0.0546775,0.150145;FXX=0;HRUN=12,12,12;LEN=1,3,1;MLLD=108.688,10.7872,9.19079;QD=32.8933;RBI=0.0631061,0.0753425,0.169041;REFB=0,0,0;REVB=-0.0630913,-0.0518349,-0.0776616;RO=1;SAF=1,1,2;SAR=7,1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.286738,-0.25849,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00315122,-0.0100008,-0.0503286;OID=.,.,.;OPOS=5517199,5517198,5517198;OREF=T,TTT,T;OALT=C,-,-;OMAPALT=CTCT,C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.764706,0.0588235,0.176471:8,2,2:17:13,1,3:17:0:2,1,3:11,0,0:0:0:18:1:1,1,2:7,1,0:1:0 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 639.75 PASS AF=1;AO=38;DP=51;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291841;FXX=0.145803;HRUN=1;LEN=7;MLLD=292.384;QD=62.4149;RBI=0.0293166;REFB=0;REVB=-0.00278482;RO=8;SAF=18;SAR=20;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320555;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.70817e-05;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:51:41:41:0:19:22:0:0:3:8:18:20:3:5 chr16 6533549 . C A 74.19 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0475664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.574;QD=10.598;RBI=0.0475792;REFB=-0.0249688;REVB=0.00109946;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660765;STB=0.564382;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0491545;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:18:18:9:10:0.357143:3:6:11:7:3:7:11:7 chr16 6923966 . A G 710.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.053146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.329;QD=54.636;RBI=0.0670099;REFB=-0.00131088;REVB=0.0408145;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000516007;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:1:0:24:27:1:0 chr16 7760884 . T G 1047.52 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305139;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6336;QD=59.8582;RBI=0.0323999;REFB=0;REVB=0.0108929;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029541;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:66:70:1:38:28:0:0:38:32:0:0 chr16 7761529 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.351;QD=56.1907;RBI=0.0588195;REFB=0;REVB=0.0358254;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228047;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr16 8722629 . G C 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0307726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.06;QD=24.5985;RBI=0.0338349;REFB=0.0123742;REVB=-0.0140658;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189784;STB=0.605172;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00870066;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:11:11:12:4:11:11:12:4 chr16 8728953 . C T 1737.02 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.039136;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.958;QD=59.8973;RBI=0.0461517;REFB=-0.106294;REVB=0.0244613;RO=0;SAF=80;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000198487;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:116:0:1:115:115:0.991379:35:80:0:0:35:80:0:1 chr16 8729124 . G A 206.68 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.034698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6986;QD=13.1224;RBI=0.0346984;REFB=0.00385323;REVB=0.000164333;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106412;STB=0.560737;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0108249;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:13:25:14:11:13:25 chr16 8736028 . T C 2235.47 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0245623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1894;QD=62.5305;RBI=0.0563531;REFB=0.0362679;REVB=-0.0507184;RO=1;SAF=66;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715026;STB=0.503759;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00101259;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:143:1:1:142:142:0.993007:76:66:1:0:76:66:1:0 chr16 8738427 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.21;QD=58.0578;RBI=0.0269758;REFB=0;REVB=0.0264058;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17318e-05;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr16 8738499 . G A 1231.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.667;QD=60.0677;RBI=0.0460883;REFB=-0.110537;REVB=0.0384277;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.505375;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000693129;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:46:35:0:0:46:35:0:1 chr16 8738579 . A G 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047108;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.502;QD=62.9969;RBI=0.0540286;REFB=0;REVB=0.0264562;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017581;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr16 8739954 . G A,T 1626.44 PASS AF=0.882883,0.117117;AO=94,13;DP=107;FAO=98,13;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54,0;FSAR=44,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417416,-0.0114085;FXX=0.00892777;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.2942,232.016;QD=58.6103;RBI=0.0457989,0.0114489;REFB=0,0;REVB=0.0188462,-0.000962003;RO=0;SAF=50,0;SAR=44,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.013034,0.0187337;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:107:111:0:0:94,13:98,13:0.882883,0.117117:44,13:50,0:0:0:44,13:54,0:0:0 chr16 8740015 . A C 1489.74 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0226631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2557;QD=60.1915;RBI=0.0442563;REFB=-0.108841;REVB=-0.0380132;RO=3;SAF=46;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839292;STB=0.504428;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00244676;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:3:3:96:96:0.969697:50:46:1:2:50:46:1:2 chr16 8740418 . T C 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2944;QD=61.3661;RBI=0.0249848;REFB=0;REVB=-0.0164056;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168214;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr16 8740503 . G A 1026.1 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.258;QD=59.4843;RBI=0.0561245;REFB=0;REVB=0.0470655;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241649;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:61:69:1:27:34:0:0:35:34:0:0 chr16 8839954 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.86;QD=57.7122;RBI=0.0257556;REFB=0;REVB=0.021152;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2359e-05;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr16 8841960 . T C 2141.92 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.84;QD=62.9977;RBI=0.0608803;REFB=0;REVB=0.0469475;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3174e-05;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:136:0:0:131:136:1:60:71:0:0:64:72:0:0 chr16 8875763 . T C 60.91 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0026549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.03;QD=7.85937;RBI=0.0194685;REFB=-0.0233363;REVB=-0.0192866;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821548;STB=0.50723;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0573103;OID=.;OPOS=8875763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:31:21:22:8:9:0.290323:4:4:12:9:4:5:12:10 chr16 8877854 . C G 225.81 PASS AF=0.428571;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.00911095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.657;QD=14.3372;RBI=0.0436852;REFB=-0.0146216;REVB=-0.0427246;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184745;STB=0.595681;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.018468;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:36:26:27:0.428571:8:18:30:6:8:19:30:6 chr16 8904954 . C T 409.71 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0441692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6278;QD=18.2091;RBI=0.0786415;REFB=-0.00180049;REVB=-0.0650659;RO=48;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725401;STB=0.540521;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000490057;OID=.;OPOS=8904954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:25:17:23:25:25:17:23:25 chr16 8948433 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0540912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.397;QD=17.378;RBI=0.054237;REFB=-0.00900797;REVB=-0.00397396;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0102153;OID=.;OPOS=8948433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr16 8948437 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00568053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.554;QD=16.8991;RBI=0.0205279;REFB=-0.0192989;REVB=-0.0197263;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.624753;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0342885;OID=.;OPOS=8948437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:3:6:4:6:3:6 chr16 8952248 . A G 1434.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.456;QD=63.0591;RBI=0.00650081;REFB=0;REVB=0.00348523;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13663e-06;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr16 8953081 . C G 980.12 PASS AF=0.397849;AO=111;DP=279;FAO=111;FDP=279;FR=.;FRO=168;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=87;FSRR=81;FWDB=-0.0126855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.315;QD=14.052;RBI=0.0204044;REFB=-0.0225659;REVB=-0.0159817;RO=168;SAF=69;SAR=42;SRF=87;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114522;STB=0.564321;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0361106;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:168:168:111:111:0.397849:42:69:87:81:42:69:87:81 chr16 8979046 . A G 1542.41 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.189;QD=63.6047;RBI=0.0267917;REFB=0;REVB=-0.00468484;RO=0;SAF=67;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118999;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:29:67:0:0:30:67:0:0 chr16 9030444 . C G 1101.9 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162272;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3808;QD=60.3783;RBI=0.109491;REFB=0;REVB=0.108282;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365979;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:45:28:0:0 chr16 9030527 . C CG 44.97 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=101;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=63;FWDB=-0.0201817;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.353;QD=1.76356;RBI=0.0406042;REFB=-0.00425341;REVB=-0.0352335;RO=90;SAF=11;SAR=0;SRF=27;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.730148;STB=0.94821;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.0168719;OID=.;OPOS=9030528;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117647:11:101:12:102:90:11:1:27:63:44:90:11:0:27:63 chr16 9178690 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0376247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.447;QD=16.4544;RBI=0.052487;REFB=-0.00600378;REVB=0.036596;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00162107;OID=.;OPOS=9178690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr16 9693953 . C G 267.48 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0097571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.981;QD=42.7965;RBI=0.0526663;REFB=-0.15543;REVB=0.0517546;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.503933;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00253908;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:8:14:0:1:8:14:2:1 chr16 9693997 . CA GA,GG 234.5 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760411,-0.00817264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.381,108.189;QD=49.369;RBI=0.0763023,0.0268083;REFB=0,0;REVB=-0.0759224,-0.0255322;RO=0;SAF=13,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00591062,0.00350443;OID=.,.;OPOS=9693997,9693997;OREF=C,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:4,2:13,0:0:0:4,2:13,0:0:0 chr16 10315838 . T C 267.37 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0440667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1554;QD=21.826;RBI=0.0449915;REFB=-0.011041;REVB=-0.00907487;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189832;STB=0.51063;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00903018;OID=.;OPOS=10315838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:12:13:13:11:12:13:13:11 chr16 10524656 . GGAC G 212.33 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227583;FXX=0.269127;HRUN=2;LEN=3;MLLD=161.03;QD=44.7001;RBI=0.0551577;REFB=0;REVB=0.0502437;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00080212;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:25:19:19:0:12:7:0:0:4:0:12:6:0:0 chr16 10525036 . A G 734.18 PASS AF=0.56;AO=70;DP=125;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0141722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.789;QD=23.4936;RBI=0.0148622;REFB=-0.018778;REVB=-0.00447587;RO=55;SAF=40;SAR=30;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999771;STB=0.554487;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0126719;OID=.;OPOS=10525036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:55:55:70:70:0.56:30:40:38:17:30:40:38:17 chr16 10575824 . C A 473.29 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8671;QD=55.681;RBI=0.0528454;REFB=-0.118934;REVB=0.0450967;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00483298;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:0:1:23:10:0:1 chr16 10769958 . T C 995.51 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106166;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.246;QD=59.4332;RBI=0.0175996;REFB=0;REVB=0.0140369;RO=0;SAF=50;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81047e-06;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:16:50:0:0:17:50:0:0 chr16 10775855 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0327019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.147;QD=12.8687;RBI=0.0365309;REFB=0.00440576;REVB=0.0162816;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.010152;OID=.;OPOS=10775855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr16 10783113 . A G 162.43 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00163758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.031;QD=19.6889;RBI=0.0184269;REFB=-0.00922009;REVB=-0.018354;RO=16;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347155;STB=0.699733;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00893451;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:3:14:8:8:3:14:8:8 chr16 10788406 . G T 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0141029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.99;QD=16.0334;RBI=0.014423;REFB=-0.0109154;REVB=-0.00302187;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509692;STB=0.529259;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0154066;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:9:11:14:14:9:11:14:14 chr16 10813648 . CG TG,TT 930.25 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=60,4;DP=65;FAO=60,5;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=17,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941137,-0.0161418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=174.267,125.298;QD=57.2462;RBI=0.0317039,0.0343467;REFB=0,0;REVB=0.0302748,0.0303173;RO=0;SAF=43,0;SAR=17,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00283212,0.00827348;OID=.,.;OPOS=10813648,10813648;OREF=C,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:65:65:0:0:60,4:60,5:0.923077,0.0769231:17,4:43,0:0:0:17,5:43,0:0:0 chr16 10989219 . C G 1219.85 PASS AF=0.923077;AO=84;DP=91;FAO=84;FDP=91;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0385546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.1774;QD=53.6199;RBI=0.0800404;REFB=-0.107803;REVB=0.0701428;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515415;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00806729;OID=.;OPOS=10989219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:91:91:0:7:84:84:0.923077:32:52:0:0:32:52:3:4 chr16 10995933 . A G 871.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.919;QD=57.146;RBI=0.0381926;REFB=0;REVB=0.0297773;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182578;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:31:27:0:0:33:28:0:0 chr16 11001421 . C A 366.0 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00784704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.702;QD=21.5293;RBI=0.0397479;REFB=-0.0126981;REVB=0.0389656;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651972;STB=0.503601;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0172835;OID=.;OPOS=11001421;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:17:20:17:14:17:20:17:14 chr16 11001743 . G A 387.01 PASS AF=0.588235;AO=37;DP=62;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0230052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.8515;QD=22.7653;RBI=0.0283552;REFB=-0.0199059;REVB=0.0165765;RO=25;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741138;STB=0.573493;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0330204;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:25:28:37:40:0.588235:17:20:16:9:20:20:19:9 chr16 11002133 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.55534e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4352;QD=64.152;RBI=0.000456758;REFB=0;REVB=0.000453367;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34877e-06;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr16 11002904 . G A 1200.86 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4536;QD=58.5784;RBI=0.0281417;REFB=-0.016172;REVB=0.0228398;RO=2;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225308;STB=0.511625;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000350338;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:41:38:0:2:42:38:0:2 chr16 11002927 . A G 1320.77 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.112;QD=62.154;RBI=0.0422685;REFB=0;REVB=0.0416832;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05101e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:51:34:0:0:51:34:0:0 chr16 11016045 . C T 649.21 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00188669;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.091;QD=24.7319;RBI=0.0301421;REFB=-0.0350617;REVB=-0.030083;RO=43;SAF=41;SAR=21;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119946;STB=0.565496;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0206578;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:43:43:62:62:0.590476:21:41:22:21:21:41:22:21 chr16 11154770 . G A 252.96 PASS AF=0.384615;AO=29;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00737548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.485;QD=12.972;RBI=0.0131662;REFB=-0.0181135;REVB=-0.0109065;RO=46;SAF=19;SAR=10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00354852;STB=0.514276;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0332883;OID=.;OPOS=11154770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:48:29:30:0.384615:10:19:30:16:10:20:31:17 chr16 11272414 . T C,TC 70.68 PASS AF=0,0.4;AO=2,13;DP=54;FAO=0,20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=0,14;FSAR=0,6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0153563,0.00661176;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=100.391,8.53768;QD=5.65474;RBI=0.0613499,0.178206;REFB=-0.00171235,-0.129554;REVB=0.0593969,0.178084;RO=37;SAF=2,8;SAR=0,5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.420211,0.123968;STB=0.5,0.646906;STBP=1,0.108;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.161039;OID=.,.;OPOS=11272414,11272415;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:54:50:37:30:2,13:0,20:0,0.4:0,5:2,8:19:18:0,6:0,14:14:16 chr16 11361895 . C G 417.19 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00525832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.987;QD=15.4516;RBI=0.00689713;REFB=-0.0130283;REVB=-0.00446325;RO=58;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235716;STB=0.501379;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0167485;OID=.;OPOS=11361895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:58:61:47:47:0.435185:24:23:27:31:24:23:30:31 chr16 11362729 . G A 275.25 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.011143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9086;QD=13.107;RBI=0.0659628;REFB=-0.010387;REVB=0.0650148;RO=52;SAF=19;SAR=13;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1368;STB=0.577732;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0200801;OID=.;OPOS=11362729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:13:19:37:15:13:19:37:15 chr16 11367143 . G A 912.33 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0389228;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.766;QD=55.2924;RBI=0.0442108;REFB=-0.0977884;REVB=0.0209669;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000208857;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:0:2:64:64:0.969697:29:35:0:0:29:35:1:1 chr16 11367154 . C T 1008.89 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1242;QD=59.3462;RBI=0.070633;REFB=0;REVB=0.0683641;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191925;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:31:37:0:0 chr16 11374866 . G T 1469.76 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000746645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5817;QD=58.2084;RBI=0.00670643;REFB=-0.0604186;REVB=0.00666474;RO=1;SAF=49;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958248;STB=0.50505;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000601225;OID=.;OPOS=11374866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:101:1:1:99:100:0.990099:50:49:1:0:51:49:1:0 chr16 11387117 . A G 2204.01 PASS AF=0.992908;AO=139;DP=142;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203921;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.364;QD=62.525;RBI=0.0229284;REFB=-0.127309;REVB=-0.0104821;RO=1;SAF=53;SAR=86;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00888583;STB=0.504587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=1.02834e-06;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:141:1:1:139:140:0.992908:86:53:1:0:86:54:1:0 chr16 11387129 . C A 572.54 PASS AF=0.465116;AO=60;DP=129;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0124922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.358;QD=17.7531;RBI=0.016654;REFB=-0.014648;REVB=-0.0110136;RO=69;SAF=26;SAR=34;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271083;STB=0.51505;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0197802;OID=.;OPOS=11387129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:69:69:60:60:0.465116:34:26:28:41:34:26:28:41 chr16 11387164 . T C 540.28 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.000740688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.402;QD=22.0522;RBI=0.00623336;REFB=-0.0116707;REVB=0.00618919;RO=47;SAF=21;SAR=30;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500155;STB=0.527596;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00976986;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:30:21:22:25:30:21:22:25 chr16 11540712 . T C 905.86 PASS AF=1;AO=53;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916026;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.228;QD=58.4424;RBI=0.0924376;REFB=0;REVB=0.0123968;RO=0;SAF=9;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497287;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:53:62:1:44:9:0:0:44:18:0:0 chr16 11541896 . G A,C 900.41 PASS AF=0.953125,0.03125;AO=59,4;DP=65;FAO=61,2;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36,2;FSAR=25,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106404,0.00481347;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.61,164.813;QD=56.2757;RBI=0.101471,0.00816713;REFB=0.0145399,-0.0234007;REVB=0.100912,0.00659792;RO=1;SAF=36,2;SAR=23,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0129277,-0.166656;STB=0.506847,0.5;STBP=0.523,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.001468,0.111686;OID=.,.;OPOS=11541896,11541896;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:65:64:1:1:59,4:61,2:0.953125,0.03125:23,2:36,2:1:0:25,0:36,2:1:0 chr16 11542894 . C T 485.08 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=129;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0296507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.098;QD=15.0411;RBI=0.0296642;REFB=-0.029338;REVB=0.0008932;RO=74;SAF=31;SAR=23;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630548;STB=0.531829;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0406138;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:74:75:54:54:0.418605:23:31:38:36:23:31:39:36 chr16 11544673 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0183952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.297;QD=14.7986;RBI=0.0509744;REFB=0.0160934;REVB=-0.0475395;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488306;STB=0.777366;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00636876;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:1:12:4:7:1:12 chr16 11553842 . G C 653.17 PASS AF=0.452229;AO=71;DP=157;FAO=71;FDP=157;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.012752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1627;QD=16.6412;RBI=0.020666;REFB=-0.0163115;REVB=-0.0162625;RO=86;SAF=36;SAR=35;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389257;STB=0.521632;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0186907;OID=.;OPOS=11553842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:86:86:71:71:0.452229:35:36:47:39:35:36:47:39 chr16 11554867 . C T 515.76 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=90;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0121758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.4537;QD=22.4244;RBI=0.0246282;REFB=-0.0175601;REVB=-0.0214078;RO=41;SAF=27;SAR=22;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154477;STB=0.592929;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0187667;OID=.;OPOS=11554867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:41:43:49:49:0.532609:22:27:30:11:22:27:32:11 chr16 11556121 . A G 394.44 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=114;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0280549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.451;QD=13.8399;RBI=0.0371631;REFB=-0.0354287;REVB=-0.0243726;RO=68;SAF=28;SAR=18;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038553;STB=0.521799;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0508408;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:68:68:46:46:0.403509:18:28:39:29:18:28:39:29 chr16 11650325 . G A 389.07 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00187851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0998;QD=21.6149;RBI=0.0511635;REFB=-0.0555117;REVB=0.051129;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106901;STB=0.57078;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0466497;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:31:33:39:39:0.541667:19:20:20:11:19:20:22:11 chr16 11658459 . A AT 1107.96 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131757;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.126;QD=59.8898;RBI=0.0202228;REFB=0;REVB=-0.0153415;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.36059e-06;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:74:74:74:0:38:36:0:0:6:0:37:36:0:0 chr16 11769948 . C T 95.08 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0313491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.497;QD=10.8667;RBI=0.0319456;REFB=-0.0162738;REVB=0.00614478;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987403;STB=0.571312;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.015758;OID=.;OPOS=11769948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:13:9:6:6:14:9 chr16 11769963 . C T 182.34 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0136015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.474;QD=16.9623;RBI=0.0164517;REFB=-0.0245925;REVB=0.00925529;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287999;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0260165;OID=.;OPOS=11769963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:24:18:19:0.44186:7:11:14:10:8:11:14:10 chr16 11770777 . A G 269.28 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00574642;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.355;QD=16.3202;RBI=0.0193009;REFB=-0.0045281;REVB=-0.0184256;RO=36;SAF=24;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265023;STB=0.651051;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00556863;OID=.;OPOS=11770777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:6:24:21:15:6:24:21:15 chr16 11771094 . C G 130.64 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0837534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1731;QD=13.7512;RBI=0.0843407;REFB=-0.0301071;REVB=0.00993636;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202117;STB=0.619542;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0416725;OID=.;OPOS=11771094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:12:3:8:15:12:3:8:15 chr16 11771353 . C A 377.89 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00344642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.711;QD=26.9923;RBI=0.00797519;REFB=0.00987131;REVB=0.00719207;RO=19;SAF=21;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00285349;STB=0.506132;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00283442;OID=.;OPOS=11771353;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:20:36:36:0.642857:15:21:11:8:15:21:12:8 chr16 11772599 . GT GTTCTGA,G 261.07 PASS AF=0.459016,0.0327869;AO=22,7;DP=66;FAO=28,2;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13,2;FSAR=15,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00167705,0.0351829;FXX=0.0757461;HRUN=6,6;LEN=5,1;MLLD=283.403,9.55461;QD=17.1196;RBI=0.0205423,0.0901096;REFB=-0.0153626,0.0303207;REVB=-0.0204738,-0.0829572;RO=18;SAF=10,3;SAR=12,4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0.588235;SSEP=0,0.450617;SSSB=-0.125495,-0.204458;STB=0.527253,0.994594;STBP=0.718,0.195;TYPE=ins,del;VARB=0.0155929,0.0240769;OID=.,.;OPOS=11772601,11772600;OREF=-,T;OALT=TCTGA,-;OMAPALT=GTTCTGA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459016,0.0327869:22,7:66:28,2:61:31:13,2:15,0:16:15:99:18:10,3:12,4:11:7 chr16 11773662 . C G 190.29 PASS AF=0.542857;AO=20;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00147087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.722;QD=21.7469;RBI=0.00581714;REFB=-0.0161657;REVB=0.00562811;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127839;STB=0.564886;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0112593;OID=.;OPOS=11773662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:20:19:0.542857:8:12:6:8:8:11:7:9 chr16 11852354 . A C 225.25 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0720489;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2697;QD=19.5866;RBI=0.0722058;REFB=0.0209628;REVB=0.00475778;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.588156;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0210173;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:10:12:10:15:10:12:9:15 chr16 11969724 . G C 976.08 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233183;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3725;QD=59.1566;RBI=0.0238441;REFB=0;REVB=0.00497975;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150001;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr16 12021332 . G A 91.81 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.071312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.928;QD=30.6027;RBI=0.0713606;REFB=-0.0931363;REVB=0.00263406;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562382;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0114665;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:0:2:10:10:0.833333:3:7:0:0:3:7:2:0 chr16 12027474 . CAT C 297.12 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763927;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.471;QD=54.0214;RBI=0.00763972;REFB=0;REVB=8.3414e-05;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.97996e-05;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:22:22:0:5:17:0:0:4:0:5:17:0:0 chr16 12060163 . A G 1641.73 PASS AF=0.957627;AO=113;DP=118;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0335075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.594;QD=55.6518;RBI=0.0443217;REFB=-0.197658;REVB=0.0290114;RO=2;SAF=65;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00254011;STB=0.509772;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00126742;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:118:118:2:5:113:113:0.957627:48:65:1:1:48:65:4:1 chr16 12162969 . A G 2178.69 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.184;QD=63.1505;RBI=0.0357723;REFB=0;REVB=-0.00677979;RO=0;SAF=62;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67235e-05;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:137:138:1:75:62:0:0:75:63:0:0 chr16 12183686 . C T 1261.13 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.942;QD=60.7773;RBI=0.0719568;REFB=0;REVB=0.0522789;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374339;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:0:0:82:83:1:43:39:0:0:44:39:0:0 chr16 12621176 . C G 1305.79 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=60.7344;RBI=0.0309501;REFB=-0.0894168;REVB=0.0190245;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000861152;OID=.;OPOS=12621176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:43:42:0:0:43:42:1:0 chr16 12666984 . T A 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0426051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.716;QD=23.1635;RBI=0.0437877;REFB=-0.0018053;REVB=0.0101079;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117931;STB=0.565865;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00114965;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:12:11:16:10:12:11 chr16 12667393 . G A 597.98 PASS AF=0.389831;AO=69;DP=177;FAO=69;FDP=177;FR=.;FRO=108;FSAF=57;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=-0.0319957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.86;QD=13.5136;RBI=0.0349707;REFB=-0.0142313;REVB=-0.0141148;RO=107;SAF=57;SAR=12;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358876;STB=0.703637;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170175;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:107:108:69:69:0.389831:12:57:60:47:12:57:61:47 chr16 12667409 . C G 511.39 PASS AF=0.38125;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.001202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.183;QD=12.7848;RBI=0.0192867;REFB=-0.013098;REVB=-0.0192492;RO=98;SAF=48;SAR=13;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323958;STB=0.683167;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0192351;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:98:99:61:61:0.38125:13:48:52:46:13:48:53:46 chr16 12667945 . C T 1002.66 PASS AF=0.490476;AO=103;DP=211;FAO=103;FDP=210;FR=.;FRO=107;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=-0.0224916;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2716;QD=19.0982;RBI=0.041391;REFB=0.00224472;REVB=0.0347468;RO=108;SAF=56;SAR=47;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579483;STB=0.529471;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00194308;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:108:107:103:103:0.490476:47:56:52:56:47:56:52:55 chr16 12758966 . T C 271.7 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0284909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.15;QD=20.8996;RBI=0.0285906;REFB=-0.0330053;REVB=-0.00238456;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160373;STB=0.508922;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0268682;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:18:10:9:15:18:10:9:15 chr16 12897578 . G T 1557.76 PASS AF=0.462209;AO=159;DP=348;FAO=159;FDP=344;FR=.;FRO=185;FSAF=86;FSAR=73;FSRF=86;FSRR=99;FWDB=-0.00108976;FXX=0.0114939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1592;QD=18.1135;RBI=0.0204224;REFB=-0.0105968;REVB=0.0203933;RO=179;SAF=86;SAR=73;SRF=82;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795428;STB=0.540875;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00960615;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:344:179:185:159:159:0.462209:73:86:82:97:73:86:86:99 chr16 13002359 . T C 1415.62 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.504;QD=62.9164;RBI=0.00885637;REFB=0;REVB=0.000874358;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.08e-06;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:50:38:0:0:52:38:0:0 chr16 14041958 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00637982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.191;QD=12.5695;RBI=0.025651;REFB=0.00478954;REVB=-0.024845;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109202;STB=0.56427;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00548233;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:6:9:13:13:6:9:13:13 chr16 14304175 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.491;QD=49.5977;RBI=0.0584707;REFB=0;REVB=0.0443368;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445343;OID=.;OPOS=14304175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr16 14311035 . T C 1347.58 PASS AF=1;AO=73;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.559;QD=62.6781;RBI=0.0618394;REFB=0;REVB=0.0170695;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95652e-05;OID=.;OPOS=14311035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:73:86:1:40:33:0:0:40:46:0:0 chr16 14356373 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6526;QD=57.1061;RBI=0.0483278;REFB=0;REVB=0.0420292;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015854;OID=.;OPOS=14356373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr16 14356920 . A C 647.17 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0140122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.815;QD=50.7584;RBI=0.0328398;REFB=-0.124222;REVB=0.0297003;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408602;STB=0.51231;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00150252;OID=.;OPOS=14356920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:2:3:48:48:0.941176:26:22:2:0:26:22:2:1 chr16 14359205 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.352;QD=55.6561;RBI=0.0109458;REFB=0;REVB=0.00934649;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03544e-06;OID=.;OPOS=14359205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 14359233 . T A 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000494258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6826;QD=58.5808;RBI=0.00734789;REFB=0;REVB=0.00733125;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26106e-05;OID=.;OPOS=14359233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr16 14369420 . T TC 399.87 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9461;QD=47.0432;RBI=0.160006;REFB=0;REVB=0.102149;RO=6;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.007532;OID=.;OPOS=14369421;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:34:34:0:16:18:0:0:7:6:13:18:6:0 chr16 14742400 . T G 441.07 PASS AF=0.420168;AO=44;DP=113;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.018377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.266;QD=14.8258;RBI=0.0475672;REFB=-0.011747;REVB=0.043874;RO=65;SAF=31;SAR=13;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124174;STB=0.554874;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0082557;OID=.;OPOS=14742400;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:65:69:44:50:0.420168:13:31:39:26:16:34:41:28 chr16 14969016 . T A 88.67 PASS AF=0.186047;AO=13;DP=84;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0152053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.619;QD=4.12408;RBI=0.0185877;REFB=-0.00935682;REVB=-0.0106911;RO=69;SAF=10;SAR=3;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246118;STB=0.521445;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0418882;OID=.;OPOS=14969016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:84:86:69:70:13:16:0.186047:3:10:41:28:6:10:42:28 chr16 14988868 . A G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0350345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2977;QD=24.0668;RBI=0.0626768;REFB=-0.000473786;REVB=-0.0519708;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262232;STB=0.514688;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00283994;OID=.;OPOS=14988868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:4:6:9:7:4:6 chr16 15083131 . A T 158.48 PASS AF=0.18125;AO=28;DP=160;FAO=29;FDP=160;FR=.;FRO=131;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=55;FWDB=-0.005052;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.156;QD=3.96194;RBI=0.00505371;REFB=-0.00529524;REVB=0.000131586;RO=129;SAF=12;SAR=16;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184077;STB=0.633809;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0223742;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:129:131:28:29:0.18125:16:12:74:55:17:12:76:55 chr16 15083383 . G A 589.82 PASS AF=0.541284;AO=59;DP=109;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00248715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.144;QD=21.6446;RBI=0.0489705;REFB=-0.00977488;REVB=0.0489073;RO=50;SAF=23;SAR=36;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865466;STB=0.504748;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00844729;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:50:59:59:0.541284:36:23:19:31:36:23:19:31 chr16 15098047 . C G 493.17 PASS AF=0.435484;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=124;FR=.;FRO=70;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.000630664;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.228;QD=15.9088;RBI=0.0024573;REFB=-0.00891634;REVB=0.00237499;RO=70;SAF=33;SAR=21;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563917;STB=0.531587;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0124724;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:70:70:54:54:0.435484:21:33:39:31:21:33:39:31 chr16 15110077 . C T 239.2 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0137502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.355;QD=17.3965;RBI=0.0137984;REFB=0.00146002;REVB=0.00115186;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118522;STB=0.582031;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000970802;OID=.;OPOS=15110077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:26:27:0.490909:14:12:9:18:14:13:9:19 chr16 15116625 . G T 1337.46 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.803;QD=61.4923;RBI=0.0591369;REFB=0;REVB=0.0256494;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277027;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr16 15129970 . A G 250.44 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00886783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.743;QD=20.0349;RBI=0.0498783;REFB=-0.0256858;REVB=-0.0490836;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919975;STB=0.561411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0345907;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:11:13:11:14:11:13:11:15 chr16 15131962 . A G 365.87 PASS AF=0.382114;AO=42;DP=116;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0143553;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6219;QD=11.8982;RBI=0.0227926;REFB=0.00725009;REVB=-0.0177039;RO=74;SAF=21;SAR=21;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166408;STB=0.549484;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0108956;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:123:74:76:42:47:0.382114:21:21:48:26:21:26:48:28 chr16 15131974 . G T 311.93 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=107;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.0300624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6599;QD=11.4468;RBI=0.0326448;REFB=-0.00127421;REVB=-0.0127255;RO=68;SAF=22;SAR=17;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441471;STB=0.533027;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00186764;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:68:70:39:39:0.357798:17:22:41:27:17:22:43:27 chr16 15133889 . T G 576.38 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.00752892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.165;QD=14.9709;RBI=0.00800845;REFB=-0.0187156;REVB=-0.0027296;RO=89;SAF=40;SAR=25;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275336;STB=0.515404;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0270003;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:89:89:65:65:0.422078:25:40:57:32:25:40:57:32 chr16 15155407 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0666967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.617;QD=9.13249;RBI=0.0686617;REFB=-0.0219596;REVB=-0.0163091;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260743;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:11:11:5:5:11:11 chr16 15178499 . G A 161.83 PASS AF=0.235294;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=102;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0154133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.642;QD=6.34634;RBI=0.0287987;REFB=-0.0146414;REVB=-0.0243269;RO=77;SAF=9;SAR=15;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694196;STB=0.538429;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.040207;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:77:78:24:24:0.235294:15:9:33:44:15:9:33:45 chr16 15221957 . T C 410.73 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2369;QD=56.6521;RBI=0.0789407;REFB=0;REVB=-0.0737239;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118364;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr16 15248720 . C A 62.0 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2934;QD=35.4278;RBI=0.0104103;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391257;OID=.;OPOS=15248720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr16 15248798 . A G 88.49 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.525;QD=39.329;RBI=0.193399;REFB=0;REVB=0.193047;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801825;OID=.;OPOS=15248798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:0:7:0:0:2:7:0:0 chr16 15696478 . GGA G,GGAAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG 40.35 PASS AF=0.166667,0.333333;AO=2,3;DP=14;FAO=2,4;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2,1;FSAR=0,3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0380316,0.00164908;FXX=0.076864;HRUN=2,2;LEN=2,23;MLLD=46.9187,287.304;QD=13.449;RBI=0.0441348,0.0227514;REFB=-0.0504539,-0.0528583;REVB=-0.0223937,0.0226916;RO=7;SAF=2,0;SAR=0,3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67228,-0.618996;STB=0.995013,0.562171;STBP=0.185,0.785;TYPE=del,ins;VARB=0.0288722,0.043869;OID=.,.;OPOS=15696479,15696481;OREF=GA,-;OALT=-,AGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG;OMAPALT=G,GGAAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.333333:2,3:14:2,4:12:6:2,1:0,3:2:4:26:7:2,0:0,3:2:5 chr16 15781054 . A G 385.61 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00432746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.881;QD=17.9354;RBI=0.0138109;REFB=-0.00767439;REVB=0.0131154;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158528;STB=0.592978;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0109529;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:45:46:40:40:0.465116:20:20:30:15:20:20:31:15 chr16 15820863 . C T 723.59 PASS AF=0.481013;AO=75;DP=157;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=0.0326432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.809;QD=18.3186;RBI=0.0380094;REFB=-0.0363682;REVB=-0.0194714;RO=81;SAF=45;SAR=30;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483804;STB=0.502933;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0356312;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:81:82:75:76:0.481013:30:45:49:32:31:45:49:33 chr16 15839034 . G A 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0136614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1481;QD=16.9295;RBI=0.0227955;REFB=-0.0501219;REVB=0.0182483;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0510546;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:7:5:4:8:7:5 chr16 15842023 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00564925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.425;QD=10.9402;RBI=0.0222374;REFB=-0.0119711;REVB=-0.0215079;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359763;STB=0.53565;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0242461;OID=.;OPOS=15842023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:11:8:5:6:12:8 chr16 15843899 . G A 416.23 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961387;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.096;QD=57.4105;RBI=0.0102126;REFB=0;REVB=-0.00344536;RO=0;SAF=26;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85495e-05;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:3:26:0:0:3:26:0:0 chr16 15850204 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.669;QD=60.3766;RBI=0.0244779;REFB=0;REVB=0.0212978;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70314e-05;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:27:45:0:0:29:45:0:0 chr16 15892481 . C A 254.73 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.527;QD=50.9468;RBI=0.118186;REFB=0;REVB=0.0590787;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23515e-05;OID=.;OPOS=15892481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:20:0:0:8:20:1:7:1:0:0:19:1:0:0 chr16 15959756 . G A 167.71 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0549839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.439;QD=15.6013;RBI=0.0597007;REFB=0.000196355;REVB=-0.0232582;RO=25;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271418;STB=0.659139;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00571213;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:3:15:16:9:3:15:16:9 chr16 15959776 . G T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0122281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.239;QD=16.0426;RBI=0.01252;REFB=-0.0127322;REVB=0.0026878;RO=26;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178426;STB=0.603596;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0157693;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:4:15:17:9:4:15:17:9 chr16 15961351 . T C 252.48 PASS AF=0.311927;AO=34;DP=109;FAO=34;FDP=109;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0102774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.737;QD=9.2654;RBI=0.0102968;REFB=-0.00858279;REVB=-0.000632145;RO=75;SAF=15;SAR=19;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200562;STB=0.616751;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0236943;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:75:75:34:34:0.311927:19:15:46:29:19:15:46:29 chr16 15961356 . C T 219.41 PASS AF=0.284404;AO=33;DP=109;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.0560401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1514;QD=8.05157;RBI=0.0668755;REFB=0.00699838;REVB=-0.0364945;RO=76;SAF=12;SAR=21;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297046;STB=0.681967;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0199425;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:76:78:33:31:0.284404:21:12:47:29:20:11:48:30 chr16 15961369 . G A 179.8 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=-0.00753266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.38;QD=7.33861;RBI=0.0101976;REFB=-0.0106829;REVB=-0.00687393;RO=72;SAF=4;SAR=21;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546549;STB=0.834166;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0365249;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:73:25:25:0.255102:21:4:43:29:21:4:44:29 chr16 15967361 . T TCTA 298.44 PASS AF=0.52459;AO=29;DP=63;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00170554;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.443;QD=19.5699;RBI=0.0331255;REFB=-0.0200474;REVB=-0.0330815;RO=29;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154141;STB=0.585763;STBP=0.176;TYPE=ins;VARB=0.0225357;OID=.;OPOS=15967362;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52459:29:63:32:61:29:19:13:12:17:99:29:17:12:12:17 chr16 15971028 . C G 899.26 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043642;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3068;QD=58.0167;RBI=0.0774506;REFB=0;REVB=0.0639841;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121243;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:32:30:0:0 chr16 15973654 . G T 726.67 PASS AF=1;AO=27;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.71;QD=60.5555;RBI=0.0939221;REFB=0;REVB=0.0906144;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618901;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:27:48:1:9:18:0:0:21:27:0:0 chr16 16162019 . T C 314.82 PASS AF=0.367925;AO=37;DP=104;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0305858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4948;QD=11.8798;RBI=0.12209;REFB=-0.0231409;REVB=0.118197;RO=67;SAF=23;SAR=14;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024211;STB=0.517765;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.045937;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:67:67:37:39:0.367925:14:23:43:24:15:24:43:24 chr16 16236789 . A G 493.32 PASS AF=0.505155;AO=46;DP=98;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00795846;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.864;QD=20.3433;RBI=0.0096917;REFB=-0.00892046;REVB=0.00553099;RO=48;SAF=16;SAR=30;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478048;STB=0.5042;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00541688;OID=.;OPOS=16236789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:48:48:46:49:0.505155:30:16:19:29:30:19:19:29 chr16 16236889 . TAAAAAA TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT,TAAA 270.48 PASS AF=0.115942,0.391304,0.0869565,0.0289855;AO=10,14,7,10;DP=69;FAO=8,27,6,2;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=6,3,0,0;FSAR=2,24,6,2;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.128326,0.0663866,-0.00506853,0.044273;FXX=0.028165;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,3;MLLD=6.52995,12.4882,141.842,14.1317;QD=15.6799;RBI=0.256616,0.132077,0.0463236,0.0880097;REFB=-0.193266,-0.097051,-0.0604226,-0.0639806;REVB=-0.222225,-0.114181,-0.0460455,-0.0760631;RO=19;SAF=7,0,1,0;SAR=3,14,6,10;SRF=18;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.400153,-0.870876,-0.758896,-0.862811;STB=0.658782,0.884817,0.999062,0.998212;STBP=0.475,0,0,0.015;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0493339,0.0210593,0.043435,0.0922853;OID=.,.,.,.;OPOS=16236890,16236890,16236895,16236890;OREF=A,AA,A,AAA;OALT=-,-,T,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAA,TAAAAAT,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.115942,0.391304,0.0869565,0.0289855:10,14,7,10:69:8,27,6,2:69:26:6,3,0,0:2,24,6,2:23:3:98:19:7,0,1,0:3,14,6,10:18:1 chr16 16271357 . T C 1380.65 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529664;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.16;QD=62.757;RBI=0.0170612;REFB=0;REVB=-0.0162182;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47568e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr16 16272670 . T C 1334.24 PASS AF=1;AO=72;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6;QD=59.2997;RBI=0.103068;REFB=0;REVB=0.0891339;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.007995;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:72:90:1:20:52:0:0:37:53:0:0 chr16 16302586 . T C 227.41 PASS AF=0.275862;AO=20;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00925573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.439;QD=10.4556;RBI=0.030261;REFB=-0.0196191;REVB=-0.0288108;RO=55;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027704;STB=0.559055;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0433196;OID=.;OPOS=16302586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:57:20:24:0.275862:9:11:29:26:9:15:31:26 chr16 16468294 . C T 904.8 PASS AF=0.769231;AO=70;DP=91;FAO=70;FDP=91;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0136671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.724;QD=39.7716;RBI=0.0139127;REFB=-0.0230933;REVB=-0.00260267;RO=21;SAF=27;SAR=43;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019395;STB=0.510383;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0109989;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:21:21:70:70:0.769231:43:27:9:12:43:27:9:12 chr16 17201138 . T C 354.69 PASS AF=0.48;AO=35;DP=81;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0458383;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5386;QD=18.9168;RBI=0.0499881;REFB=-0.0523822;REVB=-0.0199416;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169446;STB=0.5866;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0445688;OID=.;OPOS=17201138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:75:39:39:35:36:0.48:17:18:27:12:17:19:27:12 chr16 18823192 . A G 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0114841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.271;QD=17.7527;RBI=0.0143878;REFB=-0.0212257;REVB=-0.0086673;RO=27;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184409;STB=0.510389;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.017803;OID=.;OPOS=18823192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:7:18:19:8:7:18:19:8 chr16 18823379 . T C 1363.73 PASS AF=0.892857;AO=100;DP=112;FAO=100;FDP=112;FR=.;FRO=12;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00365536;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=185.513;QD=48.7047;RBI=0.00551663;REFB=-0.032295;REVB=0.00413178;RO=3;SAF=61;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00329089;STB=0.512316;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.000812168;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:112:112:3:12:100:100:0.892857:39:61:2:1:39:61:6:6 chr16 18839362 . T C 450.6 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00498325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.59;QD=21.7156;RBI=0.014524;REFB=0.00140224;REVB=-0.0136424;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16059;STB=0.58842;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000848465;OID=.;OPOS=18839362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:23:21:26:13:23:21:26:13 chr16 18839496 . G C 235.79 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0158834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.456;QD=20.0669;RBI=0.0163775;REFB=-0.0173474;REVB=0.00399263;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13796;STB=0.577793;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.018108;OID=.;OPOS=18839496;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:13:11:14:9:13:11 chr16 18849858 . C T 238.63 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00473198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.215;QD=14.0367;RBI=0.0104847;REFB=-0.0131206;REVB=-0.00935608;RO=40;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123816;STB=0.556921;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.017479;OID=.;OPOS=18849858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:11:16:19:21:12:16:19:21 chr16 18861335 . A G 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0119342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2987;QD=17.8593;RBI=0.0399445;REFB=0.00869617;REVB=0.0381201;RO=37;SAF=24;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26773;STB=0.650258;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0105027;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:10:24:16:21:10:24:16:21 chr16 19041595 . G A 516.94 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00504225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.852;QD=17.8254;RBI=0.0097097;REFB=-0.00884816;REVB=0.00829782;RO=61;SAF=29;SAR=26;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180965;STB=0.510047;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00871596;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:61:55:55:0.474138:26:29:31:30:26:29:31:30 chr16 19067933 . G A 565.76 PASS AF=0.504348;AO=57;DP=117;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0325086;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2887;QD=19.6787;RBI=0.0370589;REFB=-0.0206959;REVB=-0.0177919;RO=57;SAF=31;SAR=26;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146567;STB=0.576329;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0216285;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:57:57:57:58:0.504348:26:31:40:17:26:32:40:17 chr16 19079037 . G A 49.6 PASS AF=0.466667;AO=2;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0143766;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.597;QD=13.2268;RBI=0.0205459;REFB=-0.0381889;REVB=-0.0146782;RO=5;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64233;STB=0.603481;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0397726;OID=.;OPOS=19079037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:5:8:2:7:0.466667:0:2:2:3:3:4:3:5 chr16 19080184 . C T 375.7 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0313983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7692;QD=14.5902;RBI=0.0491958;REFB=-0.0288713;REVB=-0.0378732;RO=60;SAF=17;SAR=26;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581699;STB=0.532821;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0363253;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:26:17:27:33:26:17:27:33 chr16 19080227 . C CTG,G 1056.41 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=58,5;DP=75;FAO=64,8;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=43,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855744,-0.00949099;FXX=0.0270234;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=309.492,58.0601;QD=58.6894;RBI=0.0106768,0.0297583;REFB=0,0;REVB=0.00638474,0.0282042;RO=5;SAF=18,0;SAR=40,5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0494503,-0.755783;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00351199,0.0183957;OID=.,.;OPOS=19080228,19080227;OREF=-,C;OALT=TG,G;OMAPALT=CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:75:72:5:0:58,5:64,8:0.888889,0.111111:40,5:18,0:3:2:43,7:21,1:0:0 chr16 19085298 . C T 898.7 PASS AF=0.514451;AO=89;DP=175;FAO=89;FDP=173;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=0.000294943;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.164;QD=20.7791;RBI=0.0260103;REFB=-0.00152984;REVB=-0.0260086;RO=82;SAF=55;SAR=34;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137883;STB=0.576166;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00116827;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:82:84:89:89:0.514451:34:55:38:44:34:55:39:45 chr16 19089562 . C G 288.57 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0492014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.436;QD=11.5427;RBI=0.0532435;REFB=-0.0106308;REVB=-0.0203494;RO=65;SAF=20;SAR=14;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576014;STB=0.538899;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0179349;OID=.;OPOS=19089562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:66:34:34:0.34:14:20:35:30:14:20:35:31 chr16 19128048 . G A 272.72 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00371134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.719;QD=14.9433;RBI=0.00663508;REFB=-0.0239922;REVB=-0.00550002;RO=42;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116911;STB=0.56643;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0239465;OID=.;OPOS=19128048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:10:21:24:18:10:21:24:18 chr16 19128436 . G A 358.91 PASS AF=0.506494;AO=36;DP=74;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0109304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6542;QD=18.6448;RBI=0.0321479;REFB=0.00345223;REVB=0.0302326;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613766;STB=0.545735;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00993268;OID=.;OPOS=19128436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:37:38:36:39:0.506494:16:20:23:14:19:20:23:15 chr16 19128835 . C G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0214565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.099;QD=8.69042;RBI=0.0474251;REFB=-0.00754002;REVB=0.0422938;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442965;STB=0.759525;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0204093;OID=.;OPOS=19128835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:15:2:4:4:15:2 chr16 19128995 . C A 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.028826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.067;QD=16.3841;RBI=0.07743;REFB=-0.0130139;REVB=-0.0718643;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170024;STB=0.595196;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0176154;OID=.;OPOS=19128995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:27:18:32:24:27:18:32:24 chr16 19129513 . GT AC 364.52 PASS AF=0.606557;AO=34;DP=62;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.024671;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.197;QD=23.903;RBI=0.0249672;REFB=-0.0264531;REVB=0.00383466;RO=24;SAF=24;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171099;STB=0.574671;STBP=0.181;TYPE=mnp;VARB=0.0213579;OID=.;OPOS=19129513;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:24:34:37:0.606557:10:24:12:12:12:25:12:12 chr16 19129614 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00731386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.426;QD=24.0668;RBI=0.0105352;REFB=-0.0154952;REVB=0.00758275;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.599877;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0120892;OID=.;OPOS=19129614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:7:9:3:7:7:9:3:7 chr16 19130010 . A AG 111.1 PASS AF=0.619048;AO=3;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0314018;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.586;QD=21.1616;RBI=0.0490043;REFB=-0.0614408;REVB=0.0376211;RO=17;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909073;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0350994;OID=.;OPOS=19130011;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:3:21:13:21:8:5:8:3:5:51:17:1:2:7:10 chr16 19130011 . T G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00475752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.073;QD=14.9797;RBI=0.0188824;REFB=-0.0335006;REVB=0.0182733;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0244934;OID=.;OPOS=19130011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:4:7:6:4:4:7 chr16 19131105 . G A 334.37 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0200477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6623;QD=19.3837;RBI=0.0201376;REFB=-0.0064649;REVB=-0.00190039;RO=34;SAF=19;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119825;STB=0.506663;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00869187;OID=.;OPOS=19131105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:16:19:18:16:16:19:18:16 chr16 19131435 . A G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00169491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.309;QD=18.0506;RBI=0.00173467;REFB=0.00543221;REVB=0.000369263;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371898;STB=0.71747;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0113144;OID=.;OPOS=19131435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:3:5:2:8:3:5 chr16 19132780 . T C 849.78 PASS AF=0.548611;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0344473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.84;QD=23.6051;RBI=0.0375649;REFB=-0.0167495;REVB=0.0149835;RO=63;SAF=37;SAR=42;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121998;STB=0.566061;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0147097;OID=.;OPOS=19132780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:63:65:79:79:0.548611:42:37:39:24:42:37:40:25 chr16 19336855 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4018;QD=40.7628;RBI=0.0851976;REFB=0;REVB=0.0838334;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230624;OID=.;OPOS=19336855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr16 19509938 . G GCA 1367.69 PASS AF=0.87069;AO=100;DP=117;FAO=101;FDP=116;FR=.;FRO=15;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0248124;FXX=0.0333306;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.216;QD=47.1617;RBI=0.0249561;REFB=-0.0623296;REVB=0.00267435;RO=15;SAF=63;SAR=37;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093308;STB=0.549739;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0021004;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87069:100:117:101:116:15:64:37:4:11:68:15:63:37:4:11 chr16 19509976 . C T 1749.34 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3712;QD=60.8464;RBI=0.0452183;REFB=0;REVB=-0.00413827;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000169129;OID=.;OPOS=19509976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr16 19514483 . C T 1141.21 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1581;QD=60.0638;RBI=0.0703061;REFB=0;REVB=-0.0532146;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328331;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:34:40:0:0:34:42:0:0 chr16 19547747 . C G 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5081;QD=58.1412;RBI=0.0142956;REFB=0;REVB=0.0141816;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225042;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr16 19548461 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.174;QD=48.7367;RBI=0.031622;REFB=0;REVB=0.0276464;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330029;OID=.;OPOS=19548461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr16 19548670 . C T 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.702;QD=57.1838;RBI=0.034363;REFB=0;REVB=-0.0162741;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169985;OID=.;OPOS=19548670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr16 19680546 . T C 527.13 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0126585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.398;QD=19.1683;RBI=0.0126611;REFB=-0.00626198;REVB=-0.000259074;RO=55;SAF=32;SAR=23;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169536;STB=0.509366;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00685172;OID=.;OPOS=19680546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:23:32:33:22:23:32:33:22 chr16 19868687 . G C 1581.39 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0111584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.477;QD=56.9872;RBI=0.0111651;REFB=0.0241611;REVB=-0.000387311;RO=3;SAF=55;SAR=53;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902169;STB=0.504755;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000400661;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:3:3:108:108:0.972973:53:55:1:2:53:55:1:2 chr16 20043330 . T C 272.76 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.000461227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.54;QD=14.9455;RBI=0.0255783;REFB=-0.0118772;REVB=0.0255741;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914773;STB=0.551628;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0157142;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:18:13:14:28:18:13:14:28 chr16 20327283 . C T 182.88 PASS AF=0.201342;AO=30;DP=149;FAO=30;FDP=149;FR=.;FRO=119;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=-0.00408675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.094;QD=4.90958;RBI=0.0325762;REFB=-0.00934469;REVB=-0.0323189;RO=117;SAF=15;SAR=15;SRF=72;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147944;STB=0.590546;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0309093;OID=.;OPOS=20327283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:117:119:30:30:0.201342:15:15:72:45:15:15:73:46 chr16 20334679 . C T 634.94 PASS AF=0.430303;AO=70;DP=163;FAO=71;FDP=165;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00404278;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.809;QD=15.3924;RBI=0.0188566;REFB=-0.00601159;REVB=-0.0184182;RO=92;SAF=34;SAR=36;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586959;STB=0.542251;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0179891;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:92:94:70:71:0.430303:36:34:50:42:37:34:52:42 chr16 20360101 . G A 82.26 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00200831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4734;QD=19.3546;RBI=0.0218457;REFB=-0.0400896;REVB=-0.0217532;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317856;STB=0.685302;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0286744;OID=.;OPOS=20360101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:3:4:2:8:3:4 chr16 20370810 . C T 312.5 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0112822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.554;QD=12.1358;RBI=0.0144528;REFB=-0.0113443;REVB=0.00903312;RO=65;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848247;STB=0.504852;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0191373;OID=.;OPOS=20370810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:19:19:33:32:19:19:33:32 chr16 20370816 . C T 372.33 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.011291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3563;QD=15.197;RBI=0.025397;REFB=-0.00072238;REVB=0.0227491;RO=57;SAF=20;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273605;STB=0.520398;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0011452;OID=.;OPOS=20370816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:58:40:40:0.408163:20:20:30:27:20:20:31:27 chr16 20373806 . C T 945.61 PASS AF=0.558282;AO=91;DP=161;FAO=91;FDP=163;FR=.;FRO=72;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0202916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1591;QD=23.2051;RBI=0.0332593;REFB=0.00202295;REVB=-0.0263521;RO=70;SAF=46;SAR=45;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00701868;STB=0.502427;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00174308;OID=.;OPOS=20373806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:70:72:91:91:0.558282:45:46:36:34:45:46:36:36 chr16 20376755 . T C 686.93 PASS AF=0.451807;AO=74;DP=167;FAO=75;FDP=166;FR=.;FRO=91;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.0130005;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.931;QD=16.5525;RBI=0.0225325;REFB=-0.0229448;REVB=0.0184038;RO=92;SAF=50;SAR=24;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266722;STB=0.639306;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00855551;OID=.;OPOS=20376755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:92:91:74:75:0.451807:24:50:38:54:25:50:38:53 chr16 20441053 . C G 322.86 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00640451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.82;QD=11.7402;RBI=0.0113995;REFB=-0.0204966;REVB=-0.00943034;RO=69;SAF=15;SAR=25;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853569;STB=0.554218;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0404117;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:25:15:31:38:25:15:32:38 chr16 20441084 . T C 210.24 PASS AF=0.285714;AO=29;DP=105;FAO=30;FDP=105;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0145819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.753;QD=8.00899;RBI=0.0174135;REFB=-0.00948586;REVB=0.00951826;RO=75;SAF=11;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076158;STB=0.554707;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0269949;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:75:75:29:30:0.285714:18:11:33:42:19:11:33:42 chr16 20471450 . G A 188.56 PASS AF=0.415094;AO=20;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000517096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.131;QD=14.2306;RBI=0.100789;REFB=-0.00553101;REVB=0.100788;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595028;STB=0.572963;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00464312;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:31:20:22:0.415094:5:15:19:8:5:17:21:10 chr16 20476852 . T C 1014.1 PASS AF=0.923077;AO=68;DP=75;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0111349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.186;QD=52.005;RBI=0.0125155;REFB=-0.0382837;REVB=0.00571414;RO=6;SAF=34;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254663;STB=0.512817;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00279026;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:75:78:6:6:68:72:0.923077:34:34:2:4:36:36:2:4 chr16 20477004 . C T 368.56 PASS AF=0.5;AO=20;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0236716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.319;QD=19.3978;RBI=0.0236769;REFB=-0.00901814;REVB=-0.000499654;RO=27;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419316;STB=0.539398;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00936888;OID=.;OPOS=20477004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:38:20:38:0.5:3:17:14:13:20:18:21:17 chr16 20488696 . A G 191.24 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.701;QD=47.8103;RBI=0.0338629;REFB=0;REVB=-0.0157139;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010519;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr16 20552075 . G T 2087.14 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118151;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.228;QD=62.771;RBI=0.0130059;REFB=0;REVB=-0.00543663;RO=0;SAF=80;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14698e-05;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:131:133:1:51:80:0:0:51:82:0:0 chr16 20576048 . C A 592.84 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.965;QD=60.8037;RBI=0.0172372;REFB=0;REVB=0.0120852;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6231e-05;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:27:12:0:0 chr16 20635418 . C T 489.66 PASS AF=0.485981;AO=53;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0127992;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8036;QD=18.3049;RBI=0.0566765;REFB=-0.0243653;REVB=0.0552124;RO=52;SAF=32;SAR=21;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146019;STB=0.554966;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0305172;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:52:55:53:52:0.485981:21:32:23:29:21:31:27:28 chr16 20636814 . G A 226.62 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0113795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.178;QD=21.0809;RBI=0.0114067;REFB=-0.022649;REVB=-0.000786724;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161549;STB=0.509083;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0224396;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:8:14:13:8:8:14:13:8 chr16 20638576 . A T 1241.78 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0538;QD=61.3226;RBI=0.0765797;REFB=0;REVB=0.0192577;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755409;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:73:81:1:42:31:0:0:43:38:0:0 chr16 20648702 . G A 418.3 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00658842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.607;QD=17.4291;RBI=0.025735;REFB=-0.012796;REVB=0.0248773;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130754;STB=0.594603;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0139667;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:53:43:43:0.447917:26:17:26:23:26:17:30:23 chr16 20748331 . C A 341.28 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0580672;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1117;QD=15.5125;RBI=0.0590441;REFB=-0.0404474;REVB=0.0106965;RO=51;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216754;STB=0.512234;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0565048;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:51:51:37:37:0.420455:21:16:21:30:21:16:21:30 chr16 20753123 . T C 2369.02 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.523;QD=61.1361;RBI=0.0268083;REFB=0;REVB=0.0262378;RO=0;SAF=84;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86441e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:155:0:0:154:155:1:70:84:0:0:71:84:0:0 chr16 20796387 . G C 465.13 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0151455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5847;QD=16.6117;RBI=0.0389147;REFB=0.0112546;REVB=0.0358465;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655442;STB=0.536537;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0129464;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:25:26:27:34:25:26:27:34 chr16 20809283 . C A 404.69 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00422389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.627;QD=16.8619;RBI=0.0383112;REFB=-0.0197258;REVB=-0.0380776;RO=52;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911733;STB=0.549427;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0185626;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:52:54:42:42:0.4375:20:22:32:20:20:22:33:21 chr16 20811681 . C T 230.98 PASS AF=0.378378;AO=26;DP=71;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.00166338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.864;QD=12.4853;RBI=0.031766;REFB=-0.0123228;REVB=0.0317224;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175886;STB=0.56116;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0336849;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:43:46:26:28:0.378378:9:17:34:9:9:19:35:11 chr16 20855309 . A G 1509.4 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00958366;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6299;QD=57.5009;RBI=0.0116298;REFB=0.00691789;REVB=-0.00658827;RO=1;SAF=59;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007975;STB=0.501416;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000877954;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:105:1:2:103:103:0.980952:44:59:1:0:44:59:1:1 chr16 20873767 . T G 295.31 PASS AF=0.55102;AO=24;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0133484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.062;QD=24.1072;RBI=0.0160331;REFB=-0.0395892;REVB=-0.00888148;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116021;STB=0.615187;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0201539;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:22:24:27:0.55102:12:12:5:10:14:13:5:17 chr16 20959918 . G A 379.14 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.000935418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.795;QD=19.1968;RBI=0.0170086;REFB=-0.014553;REVB=0.0169829;RO=40;SAF=18;SAR=21;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102997;STB=0.557252;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0138102;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:21:18:23:17:21:18:23:17 chr16 20966273 . G A 273.32 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00013156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.451;QD=15.1845;RBI=0.0549702;REFB=-0.0286594;REVB=0.0549701;RO=40;SAF=27;SAR=4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281924;STB=0.675859;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.022064;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:4:27:28:12:4:27:28:13 chr16 20966362 . T C 422.27 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0125672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.202;QD=20.8527;RBI=0.0775116;REFB=-0.0148503;REVB=0.0764861;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304462;STB=0.516846;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.012538;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:39:42:42:0.518519:23:19:19:20:23:19:19:20 chr16 20975069 . G A 276.03 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00195563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.048;QD=19.0365;RBI=0.0246241;REFB=-0.00845213;REVB=0.0245463;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147655;STB=0.573938;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00945063;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:13:16:20:8:13:17:20:8 chr16 20975303 . A G 611.67 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00662493;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.658;QD=23.5256;RBI=0.00715412;REFB=-0.0245918;REVB=-0.00270032;RO=44;SAF=33;SAR=27;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740752;STB=0.540449;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0208831;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:44:44:60:60:0.576923:27:33:20:24:27:33:20:24 chr16 20975522 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0151681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.986;QD=15.5715;RBI=0.0169001;REFB=-0.000497347;REVB=0.00745268;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000499587;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr16 20976360 . T G 331.96 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.000584226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6278;QD=13.8318;RBI=0.00579532;REFB=-0.0187371;REVB=0.0057658;RO=59;SAF=21;SAR=16;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104676;STB=0.559409;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0587146;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:59:37:37:0.385417:16:21:39:20:16:21:39:20 chr16 20981162 . T C 640.11 PASS AF=0.516129;AO=64;DP=124;FAO=64;FDP=124;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00282217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.774;QD=20.6487;RBI=0.0115541;REFB=-0.0141925;REVB=0.0112041;RO=59;SAF=40;SAR=24;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901997;STB=0.546204;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0133976;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:59:60:64:64:0.516129:24:40:31:28:24:40:32:28 chr16 20996441 . A C 149.53 PASS AF=0.34;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0955991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3471;QD=11.9624;RBI=0.0979005;REFB=-0.0173166;REVB=0.0211025;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239663;STB=0.647171;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0293532;OID=.;OPOS=20996441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:33:17:17:0.34:9:8:22:10:9:8:23:10 chr16 21008690 . T C 394.83 PASS AF=0.435644;AO=40;DP=102;FAO=44;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=-0.0319316;FXX=0.00980296;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.495;QD=15.637;RBI=0.0327343;REFB=-0.00494303;REVB=-0.00720463;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199935;STB=0.633607;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00747066;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:42:57:40:44:0.435644:21:19:11:31:22:22:15:42 chr16 21045369 . A G 112.42 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0104103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9516;QD=9.17712;RBI=0.0413735;REFB=0.00652946;REVB=-0.0400424;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311971;STB=0.688127;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0230145;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:9:5:22:13:9:5:22:13 chr16 21078693 . T G 868.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.725;QD=57.8828;RBI=0.0477228;REFB=0;REVB=0.0459382;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143818;OID=.;OPOS=21078693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:19:40:0:0:19:41:0:0 chr16 21132298 . T C 1773.17 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=60.6211;RBI=0.00396117;REFB=0;REVB=-0.0011681;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096316;OID=.;OPOS=21132298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:116:117:1:48:68:0:0:49:68:0:0 chr16 21132338 . T C 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0944839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.436;QD=58.235;RBI=0.0945427;REFB=0;REVB=0.00333356;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235545;OID=.;OPOS=21132338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr16 21132749 . A C 714.52 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.487;QD=60.81;RBI=0.062702;REFB=0.00174381;REVB=0.0541457;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000208715;OID=.;OPOS=21132749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:20:26:0:0:20:26:0:1 chr16 21145648 . C T 1044.67 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0229;QD=59.6953;RBI=0.0263713;REFB=0;REVB=0.0166653;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171695;OID=.;OPOS=21145648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:24:44:0:0:24:46:0:0 chr16 21145657 . G A 1062.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.242;QD=59.8492;RBI=0.0518832;REFB=0;REVB=0.0480829;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169961;OID=.;OPOS=21145657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr16 21151980 . T C 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.705;QD=59.5369;RBI=0.0265867;REFB=-0.0249106;REVB=0.000128648;RO=1;SAF=56;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210255;STB=0.511108;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-6.87043e-05;OID=.;OPOS=21151980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:22:56:0:1:22:56:0:1 chr16 21190853 . A C 867.14 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0293403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.986;QD=48.1744;RBI=0.0312781;REFB=-0.0386485;REVB=-0.010838;RO=6;SAF=22;SAR=43;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852486;STB=0.539736;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00950579;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:72:72:6:7:65:65:0.902778:43:22:5:1:43:22:5:2 chr16 21217061 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0185;QD=57.3851;RBI=0.0356387;REFB=0;REVB=0.0237606;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92549e-05;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr16 21222672 . C A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.21;QD=58.4197;RBI=0.00533949;REFB=0;REVB=0.0028236;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53669e-06;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr16 21531133 . C G 78.28 PASS AF=0.132812;AO=17;DP=129;FAO=17;FDP=128;FR=.;FRO=111;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.0143036;FXX=0.00775134;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0707;QD=2.44639;RBI=0.029919;REFB=-0.00480815;REVB=0.0262784;RO=111;SAF=13;SAR=4;SRF=63;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267704;STB=0.696417;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0277362;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:129:128:111:111:17:17:0.132812:4:13:63:48:4:13:62:49 chr16 21531154 . G C 149.95 PASS AF=0.175;AO=28;DP=160;FAO=28;FDP=160;FR=.;FRO=132;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=81;FSRR=51;FWDB=-0.0293553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.329;QD=3.74867;RBI=0.0372261;REFB=-0.00452709;REVB=-0.0228921;RO=131;SAF=22;SAR=6;SRF=80;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261581;STB=0.669739;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0290607;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:131:132:28:28:0.175:6:22:80:51:6:22:81:51 chr16 21531432 . C T 88.63 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.105889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.497;QD=7.09042;RBI=0.107402;REFB=-0.0243436;REVB=-0.0179606;RO=38;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378737;STB=0.52377;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0689986;OID=.;OPOS=21531432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:7:5:17:21:7:5:17:21 chr16 21531457 . T C 72.91 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0522373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6333;QD=3.99493;RBI=0.0716603;REFB=0.00165024;REVB=-0.0490557;RO=59;SAF=7;SAR=6;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079581;STB=0.558734;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0158187;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:72:73:59:60:13:13:0.178082:6:7:28:31:6:7:28:32 chr16 21531473 . G A 85.08 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.024361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.185;QD=4.10039;RBI=0.0269393;REFB=-0.00597403;REVB=-0.0115008;RO=68;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602629;STB=0.539274;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0294187;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:68:68:15:15:0.180723:7:8:33:35:7:8:33:35 chr16 21531494 . T C 1499.88 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.702;QD=62.495;RBI=0.0610541;REFB=0;REVB=0.032958;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32842e-05;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:1:0:92:96:1:47:45:0:1:48:48:0:0 chr16 21531609 . C T 311.5 PASS AF=0.72973;AO=24;DP=35;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0153445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8526;QD=33.6753;RBI=0.0503911;REFB=-0.0347366;REVB=0.047998;RO=9;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147717;STB=0.576864;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0251302;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:37:9:10:24:27:0.72973:17:7:5:4:18:9:6:4 chr16 21531681 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0242249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4797;QD=14.0435;RBI=0.0467863;REFB=-0.00987002;REVB=0.0400264;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0107689;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr16 21658389 . G A 168.63 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00762149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6132;QD=16.0601;RBI=0.0178362;REFB=0.00287542;REVB=-0.0161258;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124548;STB=0.571351;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00484724;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:15:9:9:9:15:9 chr16 21689879 . T A 487.18 PASS AF=0.387324;AO=55;DP=142;FAO=55;FDP=142;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=60;FSRR=27;FWDB=-0.0246447;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.142;QD=13.7234;RBI=0.0262409;REFB=-0.0152637;REVB=0.0090122;RO=87;SAF=29;SAR=26;SRF=60;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179279;STB=0.600848;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0210489;OID=.;OPOS=21689879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:87:87:55:55:0.387324:26:29:60:27:26:29:60:27 chr16 21690559 . G A 105.7 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0584368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.9595;QD=8.99615;RBI=0.141759;REFB=-0.0293146;REVB=-0.129154;RO=29;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323422;STB=0.737307;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.060084;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:29:33:14:14:0.297872:2:12:19:10:2:12:20:13 chr16 21730449 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00452085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.108;QD=24.5164;RBI=0.0176665;REFB=-0.0382383;REVB=-0.0170783;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117483;STB=0.564841;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0293751;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:8:19:18:4:8:19:18:4 chr16 21742188 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0303555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.413;QD=2.28095;RBI=0.0961389;REFB=-0.00338919;REVB=0.0912208;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205773;STB=0.649496;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0414068;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:4:2:24:23:4:2:24:24 chr16 21747633 . A C 77.93 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=81;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00729003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.182;QD=3.71077;RBI=0.0182782;REFB=-0.00433045;REVB=-0.0167615;RO=70;SAF=6;SAR=5;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684469;STB=0.537988;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0266505;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:84:70:70:11:14:0.166667:5:6:42:28:5:9:42:28 chr16 21747639 . G T 74.33 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0164384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2194;QD=3.3785;RBI=0.0463183;REFB=-0.0100843;REVB=-0.0433031;RO=73;SAF=9;SAR=5;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710296;STB=0.543041;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0124991;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:73:74:14:14:0.159091:5:9:43:30:5:9:44:30 chr16 21747662 . G A 83.72 PASS AF=0.163043;AO=14;DP=93;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.0294174;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.154;QD=3.63983;RBI=0.044073;REFB=-0.00640621;REVB=-0.0328184;RO=74;SAF=9;SAR=5;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982031;STB=0.595289;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0270762;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:93:92:74:77:14:15:0.163043:5:9:42:32:5:10:43:34 chr16 22111704 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0243941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.66;QD=10.4292;RBI=0.0263111;REFB=-0.000894935;REVB=-0.00985933;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156193;STB=0.593416;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00334828;OID=.;OPOS=22111704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:13:17:6:8:13:17 chr16 22128178 . A AC 41.06 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0133288;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.2438;QD=3.2205;RBI=0.0351262;REFB=-0.0165156;REVB=0.0324991;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236087;STB=0.66888;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.223716;OID=.;OPOS=22128179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686:11:53:11:51:40:8:3:21:19:41:42:8:3:23:19 chr16 22144317 . ACAC ATAC,CATA 230.5 PASS AF=0.48,0;AO=16,2;DP=50;FAO=24,0;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13,0;FSAR=11,0;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0883576,0.0509222;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=50.4186,53.6947;QD=18.4397;RBI=0.109941,0.12982;REFB=-0.00224317,-0.00227531;REVB=0.0654217,0.119416;RO=23;SAF=9,2;SAR=7,0;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0942034,0.435414;STB=0.559274,0.5;STBP=0.43,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0131668,0.0290103;OID=.,.;OPOS=22144318,22144317;OREF=C,ACAC;OALT=T,CATA;OMAPALT=ATAC,CATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:26:16,2:24,0:0.48,0:7,0:9,2:15:8:11,0:13,0:17:9 chr16 22155629 . A G 538.02 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0450859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.146;QD=24.1806;RBI=0.0451424;REFB=-0.010903;REVB=-0.00225771;RO=38;SAF=32;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729102;STB=0.535358;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0067581;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:18:32:21:17:18:32:22:17 chr16 22161136 . T C 252.05 PASS AF=0.467742;AO=15;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.128392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8456;QD=16.2612;RBI=0.137682;REFB=-0.146706;REVB=-0.049717;RO=28;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464947;STB=0.510925;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.053668;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:33:15:29:0.467742:12:3:17:11:12:17:20:13 chr16 22178256 . G A 246.95 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0230051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1849;QD=11.7595;RBI=0.0403111;REFB=-0.00239663;REVB=0.0331021;RO=53;SAF=20;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2797;STB=0.666556;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00250095;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:54:30:30:0.357143:10:20:22:31:10:20:22:32 chr16 22262514 . C A 647.92 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0480773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.292;QD=57.5929;RBI=0.05763;REFB=-0.156746;REVB=-0.0317772;RO=2;SAF=22;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040792;STB=0.521729;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00244609;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:21:22:2:0:21:22:2:0 chr16 22269849 . A G 38.46 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.158898;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.47;QD=2.79689;RBI=0.159253;REFB=-0.0190599;REVB=0.0106257;RO=29;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607745;STB=0.912182;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0906212;OID=.;OPOS=22269849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:55:29:47:8:8:0.145455:7:1:19:10:7:1:32:15 chr16 22269867 . A G 1025.73 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0228412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.902;QD=55.4448;RBI=0.0298802;REFB=-0.111962;REVB=0.0192641;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230558;STB=0.504259;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000744419;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:2:3:71:71:0.959459:40:31:0:2:40:31:1:2 chr16 22319555 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 33.23 PASS AF=0,0.263158;AO=2,15;DP=38;FAO=0,10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.110095,-0.0678579;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=130.615,11.2438;QD=3.49797;RBI=0.117507,0.205338;REFB=-0.0242482,-0.159329;REVB=-0.0410719,-0.193801;RO=17;SAF=2,7;SAR=0,8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0.355556;SSEP=0,0;SSSB=0.423265,-0.328175;STB=0.5,0.65761;STBP=1,0.278;TYPE=snp,del;VARB=0,0.131389;OID=.,.;OPOS=22319560,22319556;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.263158:2,15:38:0,10:38:28:0,5:0,5:20:8:34:17:2,7:0,8:14:3 chr16 22357850 . C CAG,G 1097.74 PASS AF=0.959459,0.0405405;AO=69,3;DP=77;FAO=71,3;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36,1;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114199,-0.00195812;FXX=0.038956;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=234.17,50.1897;QD=59.3373;RBI=0.0127536,0.0313532;REFB=0,0;REVB=0.00567818,-0.031292;RO=3;SAF=35,1;SAR=34,2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0398978,0.352427;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00100497,0.122082;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:74:3:0:69,3:71,3:0.959459,0.0405405:34,2:35,1:0:3:35,2:36,1:0:0 chr16 23360199 . T C 410.77 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.504;QD=56.6575;RBI=0.0617838;REFB=0;REVB=-0.0103325;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125416;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr16 23489711 . C G 769.22 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.302;QD=56.9793;RBI=0.0335081;REFB=0;REVB=-0.0333003;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.48642e-05;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr16 23490353 . T G 216.91 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.412;QD=48.2014;RBI=0.0204476;REFB=0;REVB=-0.00835746;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528137;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr16 23536684 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.399;QD=59.8394;RBI=0.0378905;REFB=0;REVB=0.0182989;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144253;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr16 23546561 . G C 670.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7808;QD=62.3273;RBI=0.0473323;REFB=0;REVB=-0.0446681;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802535;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr16 23563501 . C T 3896.17 PASS AF=1;AO=244;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.623;QD=63.8717;RBI=0.0351473;REFB=0;REVB=0.0170019;RO=0;SAF=79;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.50777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98396e-05;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:244:244:0:0:244:244:1:165:79:0:0:165:79:0:0 chr16 23585061 . T C 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.589;QD=57.2358;RBI=0.0353132;REFB=0;REVB=0.00824295;RO=0;SAF=7;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08331e-05;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:49:7:0:0:49:7:0:0 chr16 23677006 . A G 361.91 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00785909;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.894;QD=19.8307;RBI=0.0117173;REFB=-0.00709948;REVB=0.0086908;RO=36;SAF=25;SAR=12;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908478;STB=0.505048;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00819009;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:12:25:24:12:12:25:24:12 chr16 23701255 . A G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.018912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.694;QD=15.773;RBI=0.0243406;REFB=-0.0169746;REVB=-0.0153232;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115124;STB=0.565168;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0217188;OID=.;OPOS=23701255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:10:17:17:16:10:17:17:16 chr16 23701538 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0115641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.12;QD=8.28229;RBI=0.0336184;REFB=0.0052365;REVB=-0.0315669;RO=31;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479288;STB=0.791142;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0214752;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:2:10:14:17:2:10:15:17 chr16 23711925 . C G 374.6 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0015081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.371;QD=20.811;RBI=0.0314552;REFB=-0.00608404;REVB=-0.031419;RO=34;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11798;STB=0.565311;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00281792;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:16:22:15:19:16:22:15:19 chr16 24166130 . T C 169.33 PASS AF=0.328571;AO=22;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.000673526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.846;QD=9.67608;RBI=0.0140475;REFB=-0.0121529;REVB=-0.0140314;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578596;STB=0.520948;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0225838;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:22:23:0.328571:9:13:28:19:10:13:28:19 chr16 24202458 . C T 1190.39 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.528;QD=61.0459;RBI=0.0303897;REFB=0;REVB=0.0285069;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203303;OID=.;OPOS=24202458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr16 24564879 . GTA G 268.76 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114869;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.001;QD=51.1916;RBI=0.159089;REFB=0;REVB=0.110066;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000915816;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:17:21:21:0:16:5:0:0:4:0:10:3:0:0 chr16 24583406 . A G 52.06 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0343508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.8545;QD=6.71736;RBI=0.0974858;REFB=-0.00629991;REVB=-0.0912332;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721645;STB=0.521685;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0141933;OID=.;OPOS=24583406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:22:23:8:8:0.258065:3:5:15:7:3:5:15:8 chr16 24834233 . C T 213.44 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0135046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.126;QD=16.1087;RBI=0.0436453;REFB=-0.0139168;REVB=0.0415034;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868684;STB=0.547131;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0178725;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:29:24:24:0.45283:12:12:16:11:12:12:17:12 chr16 24902194 . T C 2984.78 PASS AF=1;AO=189;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.689;QD=62.8376;RBI=0.0849709;REFB=-0.0677212;REVB=0.0231259;RO=1;SAF=105;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127814;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:190:190:1:0:189:190:1:84:105:1:0:84:106:0:0 chr16 25043277 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2776;QD=60.6045;RBI=0.102525;REFB=0;REVB=0.101348;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013386;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr16 25137289 . G C 594.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.3;QD=61.0139;RBI=0.0521481;REFB=0;REVB=0.00471199;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132204;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:19:18:0:0:20:19:0:0 chr16 25137385 . G A 228.29 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=30;FWDB=0.0119639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1227;QD=8.78025;RBI=0.0394834;REFB=0.00264528;REVB=-0.0376272;RO=72;SAF=19;SAR=12;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195076;STB=0.517498;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00627581;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:72:73:31:31:0.298077:12:19:43:29:12:19:43:30 chr16 25137449 . A T 526.07 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0187007;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.095;QD=23.6433;RBI=0.0192121;REFB=-0.0216905;REVB=-0.0044031;RO=37;SAF=35;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154254;STB=0.583906;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.015868;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:37:40:49:49:0.550562:14:35:20:17:14:35:22:18 chr16 25239805 . G C 269.95 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00816392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0108;QD=22.9744;RBI=0.0802968;REFB=-0.0343615;REVB=0.0798807;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059713;STB=0.533307;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0304539;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:13:9:12:13:13:9 chr16 27238110 . C T 501.02 PASS AF=0.397163;AO=54;DP=139;FAO=56;FDP=141;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.00409868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.584;QD=14.2133;RBI=0.00541503;REFB=-0.000483129;REVB=0.00353884;RO=83;SAF=37;SAR=17;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564268;STB=0.529267;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.000712129;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:83:85:54:56:0.397163:17:37:53:30:18:38:54:31 chr16 27356203 . A G 1049.39 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000582178;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3866;QD=59.9651;RBI=0.0391736;REFB=0;REVB=0.0391693;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411607;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr16 27371158 . C T 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2115;QD=62.9721;RBI=0.0575975;REFB=0;REVB=-0.00806148;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000665819;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr16 27772901 . G A 710.54 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318986;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.235;QD=54.6573;RBI=0.0335523;REFB=0.0925465;REVB=0.0104036;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.507689;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000197612;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:18:32:1:0:19:32:1:0 chr16 27974487 . T C,G 890.22 PASS AF=0.936508,0.0634921;AO=57,5;DP=62;FAO=59,4;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757957,-0.00336827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.2499,97.9638;QD=56.5221;RBI=0.0683934,0.0148869;REFB=0,0;REVB=-0.0679721,-0.0145008;RO=0;SAF=37,2;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00231721,0.104877;OID=.,.;OPOS=27974487,27974487;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:62:63:0:0:57,5:59,4:0.936508,0.0634921:20,3:37,2:0:0:21,3:38,1:0:0 chr16 28145165 . T A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0028915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.541;QD=7.52631;RBI=0.018829;REFB=-0.00277781;REVB=0.0186056;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559602;STB=0.534808;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00568708;OID=.;OPOS=28145165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:7:17:6:3:7:17 chr16 28222690 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0434767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.424;QD=14.1957;RBI=0.0450362;REFB=-0.00557509;REVB=0.0117487;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340922;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00687845;OID=.;OPOS=28222690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:11:11:8:7:11:11 chr16 28354000 . G C 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0138982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.654;QD=16.4547;RBI=0.0196184;REFB=-0.0186347;REVB=-0.0138464;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0150832;OID=.;OPOS=28354000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:3:1:5:1:3:1 chr16 28354077 . G A 266.62 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0603762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6994;QD=20.1224;RBI=0.0635582;REFB=-0.0371506;REVB=0.0198584;RO=25;SAF=23;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131345;STB=0.573748;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0384878;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:5:23:18:7:5:23:18:7 chr16 28354223 . G C 76.62 PASS AF=0.392857;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00471132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.8664;QD=10.9451;RBI=0.0596652;REFB=-0.0553425;REVB=-0.0594789;RO=15;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362611;STB=0.731174;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0587422;OID=.;OPOS=28354223;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:28:15:17:9:11:0.392857:1:8:10:5:1:10:12:5 chr16 28508447 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0227328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.739;QD=14.6578;RBI=0.0320564;REFB=-0.0243197;REVB=-0.0226016;RO=15;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274687;STB=0.509077;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0316898;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:17:13:13:0.433333:4:9:10:5:4:9:12:5 chr16 28508716 . T C 278.54 PASS AF=0.84;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0460759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9424;QD=44.5669;RBI=0.0612052;REFB=-0.150707;REVB=0.0402876;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.533302;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00288372;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:25:1:2:21:21:0.84:7:14:1:0:7:14:2:0 chr16 28550117 . C G 210.45 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0158238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3156;QD=19.1319;RBI=0.112798;REFB=0.00486302;REVB=-0.111683;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.533301;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00751199;OID=.;OPOS=28550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:23:20:21:0.477273:7:13:15:9:7:14:14:9 chr16 28602991 . A G 225.75 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00806921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.742;QD=15.3048;RBI=0.0115978;REFB=-0.0275786;REVB=-0.00833049;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23622;STB=0.62317;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0287617;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:33:25:26:0.440678:18:7:16:16:18:8:17:16 chr16 28603393 . T C 771.88 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0114387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0533;QD=61.7502;RBI=0.0249124;REFB=0.0299545;REVB=-0.0221311;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00270562;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr16 28617485 . C T 1695.12 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.703;QD=60.54;RBI=0.0326536;REFB=0;REVB=0.0323423;RO=0;SAF=56;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03773e-05;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:54:56:0:0:56:56:0:0 chr16 28617507 . C T 171.97 PASS AF=0.21374;AO=28;DP=131;FAO=28;FDP=131;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.0202991;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.047;QD=5.25092;RBI=0.0384486;REFB=-0.00726102;REVB=-0.0326534;RO=103;SAF=16;SAR=12;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968659;STB=0.560132;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0491359;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:103:103:28:28:0.21374:12:16:51:52:12:16:51:52 chr16 28617552 . C G 205.84 PASS AF=0.222222;AO=30;DP=145;FAO=32;FDP=144;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.000640934;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.886;QD=5.71779;RBI=0.00185437;REFB=-0.0033487;REVB=-0.00174008;RO=91;SAF=18;SAR=12;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250045;STB=0.607015;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0100187;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:91:112:30:32:0.222222:12:18:36:55:13:19:51:61 chr16 28619911 . T C 214.82 PASS AF=0.274336;AO=30;DP=112;FAO=31;FDP=113;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0173248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.444;QD=7.60437;RBI=0.0330787;REFB=-0.0124044;REVB=-0.0281789;RO=82;SAF=19;SAR=11;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770797;STB=0.529951;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0321061;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:82:82:30:31:0.274336:11:19:47:35:12:19:47:35 chr16 28619920 . A G 217.11 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=109;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.00670096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.064;QD=7.8236;RBI=0.0114199;REFB=-0.0127954;REVB=-0.00924722;RO=77;SAF=18;SAR=13;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370726;STB=0.523737;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0346573;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:77:80:31:31:0.279279:13:18:47:30:13:18:49:31 chr16 28621311 . T C 260.51 PASS AF=0.238889;AO=39;DP=179;FAO=43;FDP=180;FR=.;FRO=137;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=58;FWDB=0.00826291;FXX=0.0109884;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.539;QD=5.789;RBI=0.0335703;REFB=-0.00826009;REVB=-0.0325375;RO=135;SAF=30;SAR=9;SRF=79;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266085;STB=0.691253;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0230042;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:135:137:39:43:0.238889:9:30:79:56:9:34:79:58 chr16 28649787 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00461494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.219;QD=11.1041;RBI=0.010356;REFB=-0.0117436;REVB=0.00927082;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.841088;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.025112;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:7:3:6:1:7:3 chr16 28842311 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00635428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.544;QD=57.6807;RBI=0.0327571;REFB=0;REVB=0.0321349;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0895e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr16 28909622 . G A 198.29 PASS AF=0.4;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.000422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.048;QD=13.2193;RBI=0.0515813;REFB=-0.0128597;REVB=-0.0515795;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686306;STB=0.527005;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0188317;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:24:24:0.4:9:15:24:11:9:15:24:12 chr16 28915527 . G A 802.46 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000194586;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.399;QD=57.3188;RBI=0.0247361;REFB=0;REVB=0.0247354;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134142;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 28944396 . C G 608.12 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.942;QD=56.5697;RBI=0.113782;REFB=0;REVB=-0.0127704;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425059;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:43:1:0:37:43:1:14:23:1:0:14:29:0:0 chr16 28944700 . G T 637.67 PASS AF=0.538462;AO=62;DP=116;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0261363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.768;QD=21.8006;RBI=0.0263527;REFB=-0.0120561;REVB=0.00337037;RO=54;SAF=30;SAR=32;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123318;STB=0.56336;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0210319;OID=.;OPOS=28944700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:54:62:63:0.538462:32:30:34:20:32:31:34:20 chr16 28990506 . C CG,G 31.0 PASS AF=0.0869565,0.0652174;AO=7,4;DP=49;FAO=4,3;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3,3;FSAR=1,0;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0390511,-0.0352353;FXX=0.041658;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=56.4389,86.7331;QD=2.69523;RBI=0.0838074,0.0678262;REFB=-0.00566569,-0.00459709;REVB=-0.0741531,-0.0579557;RO=37;SAF=6,4;SAR=1,0;SRF=19;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.446522,0.573163;STB=0.702641,0.996214;STBP=0.492,0.071;TYPE=ins,snp;VARB=0.168491,0.115102;OID=.,.;OPOS=28990507,28990506;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:49:46:37:39:7,4:4,3:0.0869565,0.0652174:1,0:6,4:19:18:1,0:3,3:21:18 chr16 28993369 . C T 499.55 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0452784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3483;QD=21.9584;RBI=0.046219;REFB=-0.0103726;REVB=0.00927683;RO=42;SAF=35;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834814;STB=0.545435;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0109277;OID=.;OPOS=28993369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:43:47:48:0.527473:12:35:28:14:12:36:29:14 chr16 28995757 . C A 624.81 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0149411;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.343;QD=55.5384;RBI=0.0216904;REFB=-0.142459;REVB=-0.0157238;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.521117;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00185892;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:46:45:0:3:42:42:0.933333:8:34:0:0:8:34:3:0 chr16 29057392 . A G 410.9 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.716;QD=56.6762;RBI=0.0285991;REFB=0;REVB=0.0278438;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165081;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 29063626 . C A 79.71 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0275768;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2863;QD=13.2851;RBI=0.0332441;REFB=-0.069602;REVB=-0.0185658;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.14829;OID=.;OPOS=29063626;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:10:4:4:6:10:4 chr16 29097556 . C CAT 71.38 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.055851;FXX=0.0243843;HRUN=0;LEN=2;MLLD=86.8296;QD=7.13802;RBI=0.0559443;REFB=0.00179753;REVB=-0.0032298;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.5998;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=-0.0132946;OID=.;OPOS=29097557;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:41:10:40:30:6:4:14:16:71:30:6:4:14:16 chr16 29124421 . T C 678.12 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=141;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0113717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=19.2374;RBI=0.0172358;REFB=-0.00160291;REVB=0.0129522;RO=73;SAF=26;SAR=42;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677659;STB=0.537516;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00212621;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:73:73:68:68:0.48227:42:26:33:40:42:26:33:40 chr16 29580611 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8277;QD=55.6535;RBI=0.0512412;REFB=0;REVB=0.00699179;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000915362;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr16 29679989 . A G 744.49 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.859;QD=52.2447;RBI=0.0434638;REFB=-0.0958623;REVB=0.0367228;RO=2;SAF=39;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235516;STB=0.512496;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00179006;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:2:2:53:55:0.964912:14:39:2:0:16:39:2:0 chr16 29680256 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.683;QD=51.1845;RBI=0.0694725;REFB=0;REVB=0.0117312;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589269;OID=.;OPOS=29680256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr16 29680389 . A C 517.92 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.00341485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.38;QD=16.442;RBI=0.00356627;REFB=-0.00994971;REVB=0.00102812;RO=70;SAF=32;SAR=24;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735334;STB=0.540969;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0140093;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:70:70:56:56:0.444444:24:32:45:25:24:32:45:25 chr16 29690455 . TGGGG TGGG,TGGGC 83.22 PASS AF=0.65,0;AO=7,3;DP=20;FAO=13,0;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.063733,-0.0502295;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.6521,22.3109;QD=16.6446;RBI=0.072179,0.0982747;REFB=-0.103131,-0.0173931;REVB=0.0338809,-0.0844684;RO=8;SAF=2,0;SAR=5,3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.318966,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.09181,-0.630366;STB=0.526274,0.5;STBP=0.832,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116731,0.0420019;OID=.,.;OPOS=29690456,29690459;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65,0:7,3:20:13,0:20:7:3,0:10,0:2:5:38:8:2,0:5,3:3:5 chr16 29708350 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5433;QD=57.105;RBI=0.0429475;REFB=0;REVB=-0.0428078;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422791;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr16 29790864 . G A 1548.88 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.811;QD=63.8714;RBI=0.123079;REFB=0;REVB=0.115808;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101085;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr16 29791561 . T G 2213.38 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8124;QD=63.2393;RBI=0.0228617;REFB=0;REVB=-0.0187612;RO=0;SAF=84;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.55853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.87603e-05;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:55:84:0:0:55:85:0:0 chr16 29791721 . G C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9305;QD=55.0946;RBI=0.0153056;REFB=0;REVB=0.0105876;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023573;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr16 29811319 . C T 189.63 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.741;QD=47.4069;RBI=0.111965;REFB=0;REVB=0.111959;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010979;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 29814234 . G A 1917.66 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.313;QD=60.8782;RBI=0.0475394;REFB=-0.0318384;REVB=0.0404908;RO=1;SAF=52;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0090495;STB=0.504761;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000515385;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:1:1:125:125:0.992063:73:52:1:0:73:52:1:0 chr16 29821744 . G A 1728.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.648;QD=60.6464;RBI=0.0361972;REFB=0;REVB=-0.0224357;RO=0;SAF=64;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137966;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:50:64:0:0:50:64:0:0 chr16 29824787 . C G 47.64 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0283448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6884;QD=11.9111;RBI=0.0347525;REFB=-0.0044724;REVB=0.0201074;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0228061;OID=.;OPOS=29824787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:7:2:2:5:7:2 chr16 29825028 . T C,TC 34.78 PASS AF=0,0.230769;AO=2,9;DP=39;FAO=0,9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.105209,-0.00566289;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=110.559,125.5;QD=3.5667;RBI=0.107257,0.0182645;REFB=-0.000585405,0.000455131;REVB=-0.0208601,-0.0173645;RO=27;SAF=1,0;SAR=1,9;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.347309,-0.683203;STB=0.5,0.59236;STBP=1,0.682;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.06771;OID=.,.;OPOS=29825028,29825029;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:39:39:27:30:2,9:0,9:0,0.230769:1,9:1,0:5:22:0,8:0,1:5:25 chr16 29825126 . T C 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.555;QD=61.5358;RBI=0.0275124;REFB=0;REVB=0.0274902;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83997e-05;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr16 29826538 . T C 167.43 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00218004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2721;QD=44.6478;RBI=0.0346718;REFB=0;REVB=0.0346032;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492533;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:3:9:0:0:4:11:0:0 chr16 29859237 . AGGGGAT ACGGGGAT,AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG 220.59 PASS AF=0.121951,0,0.536585,0;AO=10,12,16,7;DP=92;FAO=10,0,44,0;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=0,0,41,0;FSAR=10,0,3,0;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0735452,-0.234446,0.0131704,-0.150982;FXX=0.0988902;HRUN=0,4,4,4;LEN=1,2,1,3;MLLD=18.1262,39.1338,11.0795,58.2633;QD=10.7607;RBI=0.0935918,0.234466,0.177946,0.15125;REFB=-0.0200666,-0.027672,-0.142816,-0.0152305;REVB=-0.0578837,-0.00300498,0.177458,0.00899547;RO=23;SAF=0,12,16,7;SAR=10,0,0,0;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.706628,0.854879,0.865019,0.830504;STB=0.998206,0.5,0.891092,0.5;STBP=0.114,1,0,1;TYPE=ins,mnp,del,mnp;VARB=0.0920933,0,0.129442,0;OID=.,.,.,.;OPOS=29859238,29859241,29859238,29859241;OREF=-,GA,G,GAT;OALT=C,AG,-,ATG;OMAPALT=ACGGGGAT,AGGGAGT,AGGGAT,AGGGATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.121951,0,0.536585,0:10,12,16,7:92:10,0,44,0:82:28:0,0,41,0:10,0,3,0:4:24:99:23:0,12,16,7:10,0,0,0:3:20 chr16 29899123 . G T 315.57 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0336277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.792;QD=17.5314;RBI=0.0541886;REFB=-0.0186163;REVB=0.0424921;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202162;STB=0.612838;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0225153;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:25:13:19:15:25:13 chr16 29908433 . C G 1426.89 PASS AF=0.95283;AO=98;DP=102;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0324189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8056;QD=53.8447;RBI=0.0402548;REFB=-0.0136015;REVB=-0.0238635;RO=2;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178913;STB=0.51392;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000478171;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:102:106:2:5:98:101:0.95283:52:46:0:2:51:50:1:4 chr16 29918034 . T C 89.55 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.0106359;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.117;QD=12.7931;RBI=0.126193;REFB=-0.0132624;REVB=0.125744;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401448;STB=0.729485;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0207139;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:30:28:16:17:11:11:0.392857:1:10:16:0:1:10:17:0 chr16 29994922 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.028008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.736;QD=7.52627;RBI=0.0280175;REFB=-0.0134649;REVB=0.000729214;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241617;STB=0.647597;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.048532;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:6:18:5:4:6:18 chr16 29998200 . A G 604.85 PASS AF=0.453237;AO=63;DP=139;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=57;FWDB=-0.00759858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.956;QD=17.4058;RBI=0.0272043;REFB=-0.0144691;REVB=-0.0261215;RO=76;SAF=21;SAR=42;SRF=19;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957872;STB=0.553057;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0172683;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:76:76:63:63:0.453237:42:21:19:57:42:21:19:57 chr16 30018500 . C T 157.79 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00978829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5912;QD=16.6093;RBI=0.0939084;REFB=-0.0156996;REVB=0.0933969;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.012505;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:6:11:11:10:6:11:11:10 chr16 30021402 . C T 466.2 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00792859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.167;QD=25.1999;RBI=0.009328;REFB=-0.00741221;REVB=-0.00491417;RO=27;SAF=34;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21767;STB=0.648021;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00337497;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:27:30:44:44:0.594595:10:34:14:13:10:34:14:16 chr16 30034986 . G A 134.21 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00964161;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.173;QD=14.1273;RBI=0.00968528;REFB=-0.0476196;REVB=-0.000918718;RO=23;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484479;STB=0.528346;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0823607;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:23:23:15:15:0.394737:4:11:16:7:4:11:16:7 chr16 30081367 . G T 435.7 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0227518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.634;QD=15.4229;RBI=0.022756;REFB=-0.0180099;REVB=-0.000434769;RO=64;SAF=28;SAR=21;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104075;STB=0.558352;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0207916;OID=.;OPOS=30081367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:21:28:30:34:21:28:30:34 chr16 30097630 . C T 190.59 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00993073;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3769;QD=19.5479;RBI=0.017383;REFB=-0.0428228;REVB=0.014267;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40495;STB=0.736879;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0339632;OID=.;OPOS=30097630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:6:13:4:15:6:13:4:16 chr16 30106221 . G A 258.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0378283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.429;QD=14.1601;RBI=0.0411646;REFB=-0.0200218;REVB=0.0162339;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271406;STB=0.652113;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0260459;OID=.;OPOS=30106221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:43:30:30:0.410959:19:11:25:14:19:11:27:16 chr16 30119525 . C A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.656;QD=60.5472;RBI=0.0210522;REFB=0;REVB=-0.000113342;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5576e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chr16 30198151 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.131;QD=49.5992;RBI=0.0128197;REFB=0;REVB=0.0126863;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06317e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 30393660 . G A 745.1 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0103109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.797;QD=48.0713;RBI=0.0103463;REFB=-0.0777886;REVB=0.000855775;RO=4;SAF=45;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519222;STB=0.544778;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00120304;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:62:62:4:5:57:57:0.919355:12:45:2:2:12:45:2:3 chr16 30408765 . C T 1117.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9732;QD=60.4089;RBI=0.011865;REFB=0;REVB=-0.00420939;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.65999e-05;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr16 30536994 . A G 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0233581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.54;QD=30.2997;RBI=0.0234562;REFB=-0.0279243;REVB=-0.00214223;RO=17;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144533;STB=0.507931;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0162105;OID=.;OPOS=30536994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:10:20:11:6:10:20:11:6 chr16 30680467 . G A 744.6 PASS AF=0.496774;AO=77;DP=155;FAO=77;FDP=155;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0128194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.918;QD=19.2155;RBI=0.0129928;REFB=-0.0135323;REVB=0.00211523;RO=78;SAF=29;SAR=48;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104302;STB=0.557544;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00976247;OID=.;OPOS=30680467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:78:78:77:77:0.496774:48:29:38:40:48:29:38:40 chr16 30724070 . G T 1337.99 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5543;QD=62.2323;RBI=0.0209399;REFB=0;REVB=-0.010584;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107638;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr16 30734963 . C A 453.98 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0437205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.302;QD=55.0282;RBI=0.0440985;REFB=-0.125458;REVB=0.00576187;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000521991;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr16 30762640 . C T 673.09 PASS AF=0.918367;AO=46;DP=50;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0184829;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.696;QD=54.9458;RBI=0.0191913;REFB=-0.174554;REVB=0.00516589;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00518874;STB=0.527177;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0016465;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:49:2:4:46:45:0.918367:26:20:1:1:26:19:3:1 chr16 30779716 . A G 3041.61 PASS AF=1;AO=185;DP=187;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.819;QD=63.3669;RBI=0.0619419;REFB=0;REVB=0.0393701;RO=0;SAF=72;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19125e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:192:0:0:185:192:1:113:72:0:0:115:77:0:0 chr16 30780828 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.039;QD=61.684;RBI=0.0371821;REFB=0;REVB=0.00691575;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127586;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr16 30793621 . C T 816.41 PASS AF=0.456989;AO=84;DP=186;FAO=85;FDP=186;FR=.;FRO=101;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=70;FSRR=31;FWDB=-0.00613293;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.751;QD=17.5572;RBI=0.0199751;REFB=-0.0106097;REVB=0.0190103;RO=101;SAF=50;SAR=34;SRF=70;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102367;STB=0.553764;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0163517;OID=.;OPOS=30793621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:101:101:84:85:0.456989:34:50:70:31:34:51:70:31 chr16 30794269 . A G 80.02 PASS AF=0.225806;AO=11;DP=61;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0510917;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.508;QD=5.16284;RBI=0.0602656;REFB=-0.0208895;REVB=0.0319621;RO=46;SAF=1;SAR=10;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.695073;STB=0.93985;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0888293;OID=.;OPOS=30794269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:62:46:48:11:14:0.225806:10:1:33:13:13:1:33:15 chr16 30886643 . T C 493.09 PASS AF=0.95;AO=34;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.116321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5037;QD=49.3093;RBI=0.117534;REFB=-0.0638037;REVB=0.0168423;RO=6;SAF=10;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118108;STB=0.51999;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0159412;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:6:2:34:38:0.95:24:10:4:2:24:14:0:2 chr16 30958720 . CT TC 38.15 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0442857;FXX=0.0140825;HRUN=6;LEN=2;MLLD=168.392;QD=2.18004;RBI=0.048048;REFB=-0.00183062;REVB=-0.0186384;RO=58;SAF=9;SAR=1;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528924;STB=0.870148;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.0406826;OID=.;OPOS=30958720;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:71:70:58:60:10:10:0.142857:1:9:29:29:1:9:31:29 chr16 30964940 . A G 1404.41 PASS AF=1;AO=76;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.369;QD=62.4181;RBI=0.139879;REFB=0;REVB=0.0315929;RO=0;SAF=34;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013866;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:76:90:1:42:34:0:0:43:47:0:0 chr16 30978848 . TTC T,TAC 72.14 PASS AF=0.283333,0;AO=7,3;DP=61;FAO=17,0;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=7,0;FSAR=10,0;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0726275,-0.121879;FXX=0.0322529;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=23.284,81.2513;QD=4.80953;RBI=0.206091,0.136823;REFB=-0.156763,-0.00676264;REVB=-0.19287,-0.0621769;RO=26;SAF=2,3;SAR=5,0;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0244119,0.674844;STB=0.620125,0.5;STBP=0.304,1;TYPE=del,snp;VARB=0.174175,0;OID=.,.;OPOS=30978849,30978849;OREF=TC,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333,0:7,3:61:17,0:60:43:7,0:10,0:11:32:72:26:2,3:5,0:7:19 chr16 30999142 . A G 370.29 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0298582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2282;QD=36.1259;RBI=0.0427258;REFB=-0.0603162;REVB=-0.0305611;RO=0;SAF=29;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.913658;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0235392;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:0:11:30:30:0.731707:1:29:0:0:1:29:1:10 chr16 30999462 . T C 1659.08 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8594;QD=60.3301;RBI=0.071779;REFB=0;REVB=-0.0639117;RO=0;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456974;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:70:40:0:0:70:40:0:0 chr16 31075175 . G A 962.28 PASS AF=1;AO=49;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.865;QD=58.3198;RBI=0.048812;REFB=0;REVB=0.0392171;RO=0;SAF=36;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692702;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:49:66:1:13:36:0:0:29:37:0:0 chr16 31075708 . C G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.35;QD=53.2749;RBI=0.118742;REFB=0;REVB=0.0336187;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143145;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 31088347 . G A 1869.65 PASS AF=0.984;AO=123;DP=126;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347887;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2324;QD=59.8287;RBI=0.0450188;REFB=-0.0480007;REVB=0.0285734;RO=2;SAF=74;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126662;STB=0.506666;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000909517;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:125:2:2:123:123:0.984:49:74:2:0:49:74:2:0 chr16 31088625 . A G 668.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.337;QD=62.1398;RBI=0.0578596;REFB=0;REVB=0.0484208;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98286e-05;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:18:25:0:0 chr16 31093892 . A G 1209.19 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.818;QD=60.4595;RBI=0.0529962;REFB=0;REVB=0.0490927;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090465;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:26:51:0:0:29:51:0:0 chr16 31099011 . T C 476.81 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0196635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.618;QD=19.4614;RBI=0.0298828;REFB=-0.0106011;REVB=-0.0225017;RO=51;SAF=29;SAR=18;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300016;STB=0.51666;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00891767;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:18:29:33:18:18:29:33:18 chr16 31121793 . G A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.549;QD=40.7564;RBI=0.106535;REFB=0;REVB=0.105351;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127187;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr16 31141826 . A G 633.62 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987287;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.731;QD=61.817;RBI=0.0778685;REFB=0;REVB=0.07724;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517016;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:40:41:1:16:24:0:1:17:24:0:0 chr16 31141880 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.883;QD=60.9783;RBI=0.0225613;REFB=0;REVB=0.0205504;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82563e-05;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr16 31144689 . G T 102.83 PASS AF=0.220779;AO=14;DP=78;FAO=17;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0898615;FXX=0.0128189;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.9886;QD=5.34156;RBI=0.100276;REFB=-0.0720059;REVB=0.0445001;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832298;STB=0.633761;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.183487;OID=.;OPOS=31144689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:78:77:44:56:14:17:0.220779:7:7:19:25:7:10:23:33 chr16 31153105 . A G 736.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298514;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.942;QD=55.589;RBI=0.0604712;REFB=0;REVB=-0.0525895;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531318;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr16 31154146 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0808;QD=37.4883;RBI=0.0466226;REFB=0;REVB=0.0258946;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372758;OID=.;OPOS=31154146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 31193942 . C A 475.07 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0193139;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.435;QD=26.7644;RBI=0.0220343;REFB=-0.017812;REVB=-0.0106059;RO=27;SAF=16;SAR=28;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515414;STB=0.528077;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0137938;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:27:27:44:44:0.619718:28:16:8:19:28:16:8:19 chr16 31195279 . C T 281.27 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0246897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.038;QD=21.2281;RBI=0.0305541;REFB=-0.0448824;REVB=0.0179993;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183505;STB=0.601485;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0328901;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:7:17:14:15:7:17 chr16 31230463 . C T 253.65 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0120875;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.399;QD=27.422;RBI=0.0364527;REFB=-0.020154;REVB=0.0343903;RO=14;SAF=17;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119403;STB=0.545149;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0107986;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:22:23:0.621622:5:17:9:5:6:17:9:5 chr16 31309160 . A G 102.75 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00140849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.796;QD=7.08646;RBI=0.0223891;REFB=-0.0204727;REVB=-0.0223448;RO=42;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134598;STB=0.571004;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0191561;OID=.;OPOS=31309160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:43:15:15:0.258621:8:7:15:27:8:7:16:27 chr16 31336719 . G A 247.32 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00352882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5577;QD=18.32;RBI=0.0100602;REFB=-0.00528729;REVB=-0.009421;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350412;STB=0.519636;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00686614;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:11:16:17:10:11:16 chr16 31341863 . G C 450.68 PASS AF=0.536585;AO=43;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00139111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5174;QD=21.9846;RBI=0.0335529;REFB=-0.0201534;REVB=0.0335241;RO=38;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892045;STB=0.553015;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0222388;OID=.;OPOS=31341863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:43:44:0.536585:28:15:17:21:29:15:17:21 chr16 31374535 . C G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.01108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.97;QD=17.8275;RBI=0.0178548;REFB=0.00333593;REVB=-0.0140009;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704983;STB=0.638036;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.00425584;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:11:12:12:0.521739:2:10:7:2:2:10:7:4 chr16 31422429 . T C 1240.22 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.744;QD=61.2455;RBI=0.00770827;REFB=0;REVB=0.00696264;RO=0;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35515e-05;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:28:51:0:0:28:53:0:0 chr16 31539934 . G T 103.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0407193;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7202;QD=17.258;RBI=0.0471717;REFB=-0.00759104;REVB=-0.0238139;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.634129;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0095279;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:13:12:12:12:0.5:7:5:3:10:7:5:2:10 chr16 31926619 . G A 106.32 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0729262;FXX=0.214133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.267;QD=38.6606;RBI=0.0734165;REFB=-0.0569529;REVB=0.0084704;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00124671;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:11:0:1:9:10:0.909091:9:0:0:0:8:2:0:1 chr16 32077537 . G T 382.57 PASS AF=0.335714;AO=47;DP=140;FAO=47;FDP=140;FR=.;FRO=93;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0129772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.878;QD=10.9306;RBI=0.0140851;REFB=-0.010882;REVB=-0.00547551;RO=92;SAF=29;SAR=18;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100921;STB=0.510396;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0215275;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:92:93:47:47:0.335714:18:29:56:36:18:29:56:37 chr16 32077580 . A G 327.38 PASS AF=0.313869;AO=43;DP=137;FAO=43;FDP=137;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=0.0278362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1636;QD=9.55853;RBI=0.0284461;REFB=-0.0120027;REVB=0.0058591;RO=91;SAF=25;SAR=18;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144843;STB=0.504872;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0279992;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:91:94:43:43:0.313869:18:25:54:37:18:25:54:40 chr16 32191941 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00224388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.995;QD=18.8859;RBI=0.0132992;REFB=-0.0218812;REVB=-0.0131085;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276405;STB=0.659985;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0248059;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:4:1:5:3:4:1 chr16 32889154 . C T 61.99 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0038834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.387;QD=7.51371;RBI=0.018592;REFB=-0.0153895;REVB=0.0181819;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166071;STB=0.628863;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0210615;OID=.;OPOS=32889154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:33:22:24:9:9:0.272727:5:4:13:9:5:4:15:9 chr16 33020709 . G A 468.75 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915757;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1148;QD=58.5934;RBI=0.132741;REFB=0;REVB=0.0960939;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051223;OID=.;OPOS=33020709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr16 33629700 . G A 338.46 PASS AF=0.316176;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=136;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00746435;FXX=0.0144917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.311;QD=9.95463;RBI=0.0139144;REFB=-0.0123877;REVB=-0.0117428;RO=90;SAF=13;SAR=30;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179303;STB=0.595682;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0265731;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:90:93:43:43:0.316176:30:13:40:50:30:13:40:53 chr16 33629846 . T A 356.81 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0240648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.103;QD=16.7909;RBI=0.0306462;REFB=-0.00748564;REVB=0.0189756;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211646;STB=0.618521;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0128042;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:47:38:38:0.447059:22:16:30:17:22:16:30:17 chr16 33629950 . G T 451.7 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=8;FWDB=-0.0165903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.265;QD=16.132;RBI=0.0170014;REFB=-0.000258531;REVB=0.00371607;RO=61;SAF=26;SAR=24;SRF=53;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355276;STB=0.697609;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000359539;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:61:62:50:50:0.446429:24:26:53:8:24:26:54:8 chr16 33629973 . G A 361.54 PASS AF=0.366667;AO=44;DP=120;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=18;FWDB=-0.0143323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.907;QD=12.0512;RBI=0.019481;REFB=-0.0279103;REVB=-0.0131944;RO=74;SAF=20;SAR=24;SRF=56;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328195;STB=0.690189;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0295979;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:74:76:44:44:0.366667:24:20:56:18:24:20:58:18 chr16 33630022 . A T 316.33 PASS AF=0.283784;AO=41;DP=149;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=0.00871947;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.7;QD=8.54955;RBI=0.0109763;REFB=-0.00445907;REVB=-0.00666714;RO=102;SAF=26;SAR=15;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165438;STB=0.593176;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0122256;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:102:106:41:42:0.283784:15:26:51:51:16:26:52:54 chr16 33961317 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0137656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.797;QD=11.4397;RBI=0.0298883;REFB=0.0183754;REVB=0.0265296;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322518;STB=0.519201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0320253;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:8:16:9:4:8:16 chr16 33961327 . G T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00830787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.124;QD=14.7015;RBI=0.0257008;REFB=-0.00942778;REVB=-0.024321;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738293;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00955163;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:4:11:8:4:4:11 chr16 33961370 . A C 102.09 PASS AF=0.55;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00717721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.087;QD=20.417;RBI=0.0128039;REFB=-0.0165924;REVB=-0.0106032;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393626;STB=0.721883;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0366912;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:20:8:8:9:11:0.55:5:4:0:8:5:6:0:8 chr16 33961386 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00831431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.39;QD=16.4544;RBI=0.0976899;REFB=-0.0602262;REVB=0.0973354;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0845513;OID=.;OPOS=33961386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:2:2:3:3:2:2 chr16 33961607 . G T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0210001;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.324;QD=4.01744;RBI=0.0240884;REFB=-0.00678608;REVB=-0.0118003;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242818;STB=0.639526;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0402867;OID=.;OPOS=33961607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:34:26:28:6:6:0.176471:4:2:14:12:4:2:14:14 chr16 33961628 . A G 41.75 PASS AF=0.2;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0251783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.946;QD=4.77098;RBI=0.0317997;REFB=-0.0112348;REVB=0.0194235;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177959;STB=0.651721;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0932471;OID=.;OPOS=33961628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:35:25:28:6:7:0.2:4:2:12:13:5:2:13:15 chr16 33961658 . AG GA 58.8 PASS AF=0.172414;AO=5;DP=28;FAO=5;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.177662;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.723;QD=8.11025;RBI=0.177855;REFB=-0.0263911;REVB=-0.00827258;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516581;STB=0.757524;STBP=0.251;TYPE=mnp;VARB=0.0783409;OID=.;OPOS=33961658;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:28:29:13:20:5:5:0.172414:4:1:9:4:4:1:10:10 chr16 33961672 . T A 30.68 PASS AF=0.208333;AO=5;DP=27;FAO=5;FDP=24;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00497744;FXX=0.142806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.38;QD=5.11289;RBI=0.0245988;REFB=-0.00871077;REVB=-0.02409;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367462;STB=0.739702;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0609647;OID=.;OPOS=33961672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:27:24:18:19:5:5:0.208333:4:1:9:9:4:1:9:10 chr16 33961855 . T G 35.75 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0211198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.652;QD=10.9993;RBI=0.0347556;REFB=-0.030347;REVB=0.0276026;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0427775;OID=.;OPOS=33961855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:3:4:4:2:3:4 chr16 33961873 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0669612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.207;QD=12.0142;RBI=0.0707018;REFB=-0.0229235;REVB=-0.0226922;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0824114;OID=.;OPOS=33961873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr16 33961880 . CA CG,TG 61.08 PASS AF=0.25,0.416667;AO=3,5;DP=12;FAO=3,5;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1,1;FSAR=2,4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0615734,0.0167717;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=75.2052,101.695;QD=20.3606;RBI=0.0672302,0.0296664;REFB=-0.0228135,-0.0177688;REVB=-0.0269929,-0.0244705;RO=4;SAF=1,1;SAR=2,4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348651,-0.425125;STB=0.725852,0.760793;STBP=0.42,0.154;TYPE=snp,mnp;VARB=0.012349,0.0057001;OID=.,.;OPOS=33961881,33961880;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:12:12:4:4:3,5:3,5:0.25,0.416667:2,4:1,1:3:1:2,4:1,1:3:1 chr16 33962298 . T G 44.75 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00976401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7901;QD=25.5713;RBI=0.0138805;REFB=0.0575725;REVB=0.00986574;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0130671;OID=.;OPOS=33962298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:4:1:1:0:5:1:1:0 chr16 33962354 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.146;QD=23.2171;RBI=0.0410228;REFB=-0.107316;REVB=0.0410228;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00601078;OID=.;OPOS=33962354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr16 33962416 . G A 54.28 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597871;FXX=0.142653;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.002;QD=36.185;RBI=0.0218549;REFB=0;REVB=0.0210212;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141707;OID=.;OPOS=33962416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr16 33962422 . C A 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00914029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.4014;QD=14.042;RBI=0.00992626;REFB=-0.0116808;REVB=0.00387114;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00416737;OID=.;OPOS=33962422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:0:4:3:2:0:4 chr16 33962435 . G A 90.36 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0521131;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7574;QD=24.0959;RBI=0.13531;REFB=-0.0478817;REVB=0.124872;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0155988;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:1:4:6:4:1:4 chr16 33962500 . T G 34.88 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0125012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.669;QD=2.28688;RBI=0.0134805;REFB=0.00268074;REVB=0.00504417;RO=54;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457398;STB=0.55325;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0157419;OID=.;OPOS=33962500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:60:61:54:54:6:7:0.114754:4:2:20:34:4:3:20:34 chr16 33962560 . AGG ACA,AG 578.93 PASS AF=0.57971,0.231884;AO=40,16;DP=69;FAO=40,16;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=15,16;FSAR=25,0;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00808228,0.0154584;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=183.565,18.7711;QD=33.5612;RBI=0.0150871,0.0154729;REFB=-0.0107605,-0.0490577;REVB=0.0127396,0.000669083;RO=13;SAF=15,16;SAR=25,0;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.390476;SSSB=0.110674,0.860129;STB=0.559557,0.999224;STBP=0.17,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.00277152,0.109522;OID=.,.;OPOS=33962561,33962561;OREF=GG,G;OALT=CA,-;OMAPALT=ACA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.57971,0.231884:40,16:69:40,16:69:13:15,16:25,0:2:11:94:13:15,16:25,0:2:11 chr16 33962570 . G A 288.83 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0248929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.639;QD=16.272;RBI=0.0268367;REFB=0.00895089;REVB=-0.0100277;RO=38;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198171;STB=0.6183;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00785805;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:20:12:22:16:20:12:23:16 chr16 33962619 . G A 189.54 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0645683;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.444;QD=15.1635;RBI=0.0645879;REFB=-0.0180317;REVB=0.00159126;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180528;STB=0.617656;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0170835;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:10:11:19:8:10:11:21:8 chr16 33962641 . G T 158.62 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0239272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9958;QD=17.1475;RBI=0.0303726;REFB=-0.0019008;REVB=-0.0187078;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381231;STB=0.531878;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00382027;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:6:11:13:6:6:11:14:6 chr16 33962867 . C T 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0075529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.369;QD=4.55475;RBI=0.00772207;REFB=-0.00493127;REVB=-0.00160751;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164411;STB=0.610377;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0204239;OID=.;OPOS=33962867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:4:3:17:13:4:3:17:13 chr16 33962891 . A T 201.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0131167;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.737;QD=16.1484;RBI=0.0136842;REFB=0.00281111;REVB=-0.00390005;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616093;STB=0.535024;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00311437;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:10:12:17:11:10:12:17:11 chr16 33962907 . AGGA CAAG,TGGG 170.62 PASS AF=0.06,0.28;AO=3,14;DP=52;FAO=3,14;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=1,7;FSAR=2,7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00376597,0.00256071;FXX=0.0384541;HRUN=2,2;LEN=4,4;MLLD=144.684,196.627;QD=13.6499;RBI=0.00563587,0.01598;REFB=-0.0105177,-0.00780303;REVB=-0.00419291,-0.0157735;RO=27;SAF=1,7;SAR=2,7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.304344,-0.144185;STB=0.74362,0.581282;STBP=0.471,0.467;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00603097,0.0217636;OID=.,.;OPOS=33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA;OALT=CAAG,TGGG;OMAPALT=CAAG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:50:27:29:3,14:3,14:0.06,0.28:2,7:1,7:17:10:2,7:1,7:18:11 chr16 33962923 . G A 89.99 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00174958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.366;QD=5.90097;RBI=0.00408733;REFB=0.00409993;REVB=-0.00369395;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532914;STB=0.524555;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.0141171;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:46:47:14:14:0.229508:7:7:25:21:7:7:25:22 chr16 33962930 . G T 105.09 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000440153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.05;QD=6.46688;RBI=0.00906345;REFB=-0.00815434;REVB=0.00905275;RO=48;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226882;STB=0.632019;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0322296;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:10:6:27:21:10:6:27:22 chr16 33962978 . AT GC 51.92 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0225744;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.048;QD=2.415;RBI=0.0225774;REFB=-0.000985072;REVB=0.000367738;RO=71;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160184;STB=0.614351;STBP=0.467;TYPE=mnp;VARB=0.00908901;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:86:71:75:11:11:0.127907:7:4:35:36:7:4:37:38 chr16 33962996 . TG CG,CT 450.59 PASS AF=0.565789,0.0657895;AO=43,13;DP=84;FAO=43,5;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=21,2;FSAR=22,3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000737652,-0.00319656;FXX=0.10587;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=263.89,157.852;QD=23.715;RBI=0.00143391,0.0321758;REFB=-0.0113083,-0.00604341;REVB=0.00122962,0.0320166;RO=28;SAF=21,3;SAR=22,10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0598473,-0.399824;STB=0.532707,0.642302;STBP=0.485,0.509;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00658826,0.0513935;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:76:28:28:43,13:43,5:0.565789,0.0657895:22,10:21,3:16:12:22,3:21,2:16:12 chr16 33963000 . T C 454.33 PASS AF=0.517241;AO=44;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.000217657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.267;QD=20.8885;RBI=0.00816809;REFB=-0.0137807;REVB=0.00816519;RO=42;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420158;STB=0.517639;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0130874;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:42:42:44:45:0.517241:22:22:19:23:23:22:19:23 chr16 33963002 . GA AA,G 495.21 PASS AF=0.291139,0.35443;AO=23,12;DP=87;FAO=23,28;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=10,10;FSAR=13,18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00288607,-0.0245445;FXX=0.0919435;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1925,212.617;QD=25.0741;RBI=0.0423818,0.0314033;REFB=-0.0142741,0.0059233;REVB=0.0422835,0.0195892;RO=36;SAF=10,1;SAR=13,11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.185273,-0.652638;STB=0.574765,0.609296;STBP=0.349,0.129;TYPE=snp,del;VARB=-0.0280262,-0.0106394;OID=.,.;OPOS=33963002,33963003;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:87:79:36:28:23,12:23,28:0.291139,0.35443:13,11:10,1:22:14:13,18:10,10:16:12 chr16 33963015 . T C 1459.45 PASS AF=0.668478;AO=123;DP=185;FAO=123;FDP=184;FR=.;FRO=61;FSAF=36;FSAR=87;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0108721;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.072;QD=31.7272;RBI=0.0376388;REFB=-0.0286861;REVB=0.0360344;RO=60;SAF=36;SAR=87;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109986;STB=0.563096;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0108484;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:60:61:123:123:0.668478:87:36:27:33:87:36:28:33 chr16 33963020 . C A 2562.68 PASS AF=0.806723;AO=147;DP=240;FAO=192;FDP=238;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=62;FSAR=130;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0458724;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.317;QD=43.0703;RBI=0.0502986;REFB=-0.0381756;REVB=0.0206318;RO=47;SAF=46;SAR=101;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897915;STB=0.535133;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0166221;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:238:47:45:147:192:0.806723:101:46:23:24:130:62:22:23 chr16 33963024 . A C 32.75 PASS AF=0.0567823;AO=18;DP=320;FAO=18;FDP=317;FR=.;FRO=299;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=105;FSRR=194;FWDB=0.0212226;FXX=0.00937471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6287;QD=0.41321;RBI=0.0631185;REFB=0.0027051;REVB=0.0594436;RO=301;SAF=8;SAR=10;SRF=105;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103308;STB=0.59078;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0428946;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:320:317:301:299:18:18:0.0567823:10:8:105:196:10:8:105:194 chr16 33963046 . T C 10548.0 PASS AF=0.947297;AO=642;DP=684;FAO=701;FDP=740;FR=.;FRO=39;FSAF=303;FSAR=398;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00696157;FXX=0.00269538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.617;QD=57.0161;RBI=0.128478;REFB=-0.0158916;REVB=0.128289;RO=40;SAF=302;SAR=340;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000515349;STB=0.502947;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00157197;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:684:740:40:39:642:701:0.947297:340:302:19:21:398:303:19:20 chr16 33963086 . A G 12618.4 PASS AF=0.953143;AO=837;DP=874;FAO=834;FDP=875;FR=.;FRO=41;FSAF=365;FSAR=469;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0478879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6137;QD=57.684;RBI=0.0499288;REFB=-0.0162527;REVB=0.0141291;RO=33;SAF=367;SAR=470;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121997;STB=0.50342;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00327127;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:874:875:33:41:837:834:0.953143:470:367:9:24:469:365:15:26 chr16 33963106 . T C 13348.8 PASS AF=0.979452;AO=855;DP=875;FAO=858;FDP=876;FR=.;FRO=18;FSAF=372;FSAR=486;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0166387;FXX=0.00341293;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.699;QD=60.9535;RBI=0.0258296;REFB=-0.0783059;REVB=0.0197565;RO=14;SAF=371;SAR=484;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00240517;STB=0.502098;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000662285;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:875:876:14:18:855:858:0.979452:484:371:5:9:486:372:6:12 chr16 33963108 . A G 12825.6 PASS AF=0.960091;AO=836;DP=871;FAO=842;FDP=877;FR=.;FRO=35;FSAF=367;FSAR=475;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00184252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.192;QD=58.4976;RBI=0.00192782;REFB=-0.0179798;REVB=-0.000567122;RO=34;SAF=365;SAR=471;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188272;STB=0.500296;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00143233;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:871:877:34:35:836:842:0.960091:471:365:14:20:475:367:15:20 chr16 33963175 . C G 12206.4 PASS AF=0.977723;AO=783;DP=803;FAO=790;FDP=808;FR=.;FRO=18;FSAF=352;FSAR=438;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0160995;FXX=0.00246911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.175;QD=60.4276;RBI=0.0277911;REFB=0.0134141;REVB=-0.0226528;RO=17;SAF=347;SAR=436;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129102;STB=0.500025;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.000822066;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:803:808:17:18:783:790:0.977723:436:347:7:10:438:352:8:10 chr16 33963202 . A G 8348.73 PASS AF=0.990654;AO=526;DP=532;FAO=530;FDP=535;FR=.;FRO=5;FSAF=211;FSAR=319;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00697076;FXX=0.00186564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.85;QD=62.4204;RBI=0.0132966;REFB=-0.0162715;REVB=0.0113229;RO=5;SAF=208;SAR=318;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.58662e-05;STB=0.500018;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=3.72474e-05;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:532:535:5:5:526:530:0.990654:318:208:2:3:319:211:2:3 chr16 33963210 . AT GC 6703.43 PASS AF=0.988399;AO=426;DP=436;FAO=426;FDP=431;FR=.;FRO=5;FSAF=151;FSAR=275;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.001795;FXX=0.0182228;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.132;QD=62.2128;RBI=0.00660738;REFB=-0.0386842;REVB=-0.00635889;RO=5;SAF=151;SAR=275;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110127;STB=0.500577;STBP=0.83;TYPE=mnp;VARB=0.000219793;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:436:431:5:5:426:426:0.988399:275:151:2:3:275:151:2:3 chr16 33963224 . T C 4573.73 PASS AF=0.971061;AO=301;DP=310;FAO=302;FDP=311;FR=.;FRO=9;FSAF=118;FSAR=184;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0309579;FXX=0.00320503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.766;QD=58.8261;RBI=0.0319985;REFB=-0.00609304;REVB=-0.00809385;RO=7;SAF=117;SAR=184;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00831163;STB=0.508355;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=7.83152e-05;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:310:311:7:9:301:302:0.971061:184:117:4:3:184:118:6:3 chr16 33963248 . T C 3080.28 PASS AF=0.917749;AO=211;DP=230;FAO=212;FDP=231;FR=.;FRO=19;FSAF=90;FSAR=122;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00032604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.853;QD=53.3382;RBI=0.0195465;REFB=-0.0314599;REVB=0.0195438;RO=16;SAF=90;SAR=121;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027042;STB=0.521712;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00414295;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:230:231:16:19:211:212:0.917749:121:90:10:6:122:90:13:6 chr16 33963279 . T C 3204.74 PASS AF=0.898785;AO=225;DP=247;FAO=222;FDP=247;FR=.;FRO=25;FSAF=99;FSAR=123;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00263893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9565;QD=51.8986;RBI=0.00698003;REFB=0.000852735;REVB=0.00646196;RO=21;SAF=101;SAR=124;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122549;STB=0.51165;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000447512;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:247:247:21:25:225:222:0.898785:124:101:11:10:123:99:14:11 chr16 33963283 . C CGG,G 3191.47 PASS AF=0.955357,0.0133929;AO=163,10;DP=238;FAO=214,3;FDP=224;FR=.;FRO=7;FSAF=99,2;FSAR=115,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0600885,-0.0200542;FXX=0.0260858;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=34.8457,176.464;QD=56.9905;RBI=0.0637727,0.0205309;REFB=-0.052071,0.0171055;REVB=0.0213618,-0.00439833;RO=43;SAF=67,5;SAR=96,5;SRF=32;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13177,-0.311879;STB=0.501085,0.665556;STBP=0.861,0.642;TYPE=ins,snp;VARB=0.0012494,0.040239;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:238:224:43:7:163,10:214,3:0.955357,0.0133929:96,5:67,5:32:11:115,1:99,2:3:4 chr16 33963288 . CA CG,GG 3328.87 PASS AF=0.969432,0;AO=203,14;DP=233;FAO=222,0;FDP=229;FR=.;FRO=7;FSAF=102,0;FSAR=120,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0169685,0.00540572;FXX=0.0171666;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=132.862,93.0014;QD=58.1462;RBI=0.0194242,0.00944296;REFB=-0.00232559,-0.00450274;REVB=0.0094537,0.00774258;RO=7;SAF=83,14;SAR=120,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00129242,0.83447;STB=0.500951,0.5;STBP=0.922,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000179424,0;OID=.,.;OPOS=33963289,33963288;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:233:229:7:7:203,14:222,0:0.969432,0:120,0:83,14:3:4:120,0:102,0:3:4 chr16 33963329 . T C 3449.11 PASS AF=0.935223;AO=226;DP=244;FAO=231;FDP=247;FR=.;FRO=16;FSAF=120;FSAR=111;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00122809;FXX=0.00803181;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5668;QD=55.8561;RBI=0.0210502;REFB=-0.0155723;REVB=0.0210143;RO=17;SAF=119;SAR=107;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745703;STB=0.501264;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00163668;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:244:247:17:16:226:231:0.935223:107:119:8:9:111:120:8:8 chr16 33963332 . A G 3521.74 PASS AF=0.939759;AO=234;DP=249;FAO=234;FDP=249;FR=.;FRO=15;FSAF=124;FSAR=110;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0189444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4697;QD=56.5742;RBI=0.0283747;REFB=-0.0196766;REVB=0.0211242;RO=15;SAF=124;SAR=110;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000393005;STB=0.500207;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.000522167;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:249:249:15:15:234:234:0.939759:110:124:8:7:110:124:8:7 chr16 33963395 . AT TC 2071.74 PASS AF=0.828125;AO=126;DP=200;FAO=159;FDP=192;FR=.;FRO=33;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0193431;FXX=0.0447739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=302.069;QD=43.1613;RBI=0.0572037;REFB=-0.0282687;REVB=0.0538341;RO=33;SAF=76;SAR=50;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355786;STB=0.502267;STBP=0.897;TYPE=mnp;VARB=0.00485624;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:192:33:33:126:159:0.828125:50:76:17:16:75:84:17:16 chr16 33963424 . A G 1206.62 PASS AF=0.6625;AO=93;DP=148;FAO=106;FDP=160;FR=.;FRO=54;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0186579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.327;QD=30.1655;RBI=0.0277081;REFB=-0.0167132;REVB=0.0204848;RO=52;SAF=46;SAR=47;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163462;STB=0.506515;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00215987;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:160:52:54:93:106:0.6625:47:46:27:25:49:57:28:26 chr16 33963427 . T C 918.06 PASS AF=0.6;AO=75;DP=138;FAO=90;FDP=150;FR=.;FRO=60;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0107723;FXX=0.0506297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.393;QD=24.4815;RBI=0.0202213;REFB=-0.0112178;REVB=0.0171132;RO=52;SAF=39;SAR=36;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150693;STB=0.520248;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00431545;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:150:52:60:75:90:0.6:36:39:26:26:39:51:31:29 chr16 33963437 . T C 1608.06 PASS AF=0.694737;AO=132;DP=190;FAO=132;FDP=190;FR=.;FRO=58;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00978832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5865;QD=33.854;RBI=0.00993859;REFB=-0.00148788;REVB=0.00172172;RO=55;SAF=70;SAR=62;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216929;STB=0.514539;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00175404;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:55:58:132:132:0.694737:62:70:27:28:62:70:28:30 chr16 33963445 . A G 1751.87 PASS AF=0.710145;AO=144;DP=206;FAO=147;FDP=207;FR=.;FRO=60;FSAF=77;FSAR=70;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0123041;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.735;QD=33.8525;RBI=0.0320895;REFB=0.00172636;REVB=-0.0296368;RO=58;SAF=75;SAR=69;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020461;STB=0.511744;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000571118;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:58:60:144:147:0.710145:69:75:28:30:70:77:29:31 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 1487.43 PASS AF=0.560209,0.115183;AO=103,22;DP=194;FAO=107,22;FDP=191;FR=.;FRO=62;FSAF=51,10;FSAR=56,12;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00730453,0.0167245;FXX=0.0255089;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=191.772,92.3393;QD=31.1504;RBI=0.0186253,0.0331219;REFB=-0.00247271,-0.00443146;REVB=0.0171331,0.0285894;RO=59;SAF=49,10;SAR=54,12;SRF=31;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0335535,-0.0856752;STB=0.520408,0.557184;STBP=0.5,0.577;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00214604,0.0132021;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:191:59:62:103,22:107,22:0.560209,0.115183:54,12:49,10:31:28:56,12:51,10:33:29 chr16 33963490 . T C 1254.78 PASS AF=0.591623;AO=111;DP=191;FAO=113;FDP=191;FR=.;FRO=78;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0341001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8378;QD=26.2782;RBI=0.0916914;REFB=0.0179675;REVB=0.0851146;RO=78;SAF=53;SAR=58;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366555;STB=0.515887;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0131376;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:78:78:111:113:0.591623:58:53:41:37:58:55:41:37 chr16 33963528 . T C 984.0 PASS AF=0.59589;AO=86;DP=145;FAO=87;FDP=146;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0109011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.194;QD=26.9588;RBI=0.0175409;REFB=-0.0116385;REVB=0.0137423;RO=57;SAF=41;SAR=45;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113436;STB=0.562721;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00961289;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:57:59:86:87:0.59589:45:41:36:21:46:41:37:22 chr16 33963560 . C A 39.21 PASS AF=0.0894309;AO=11;DP=124;FAO=11;FDP=123;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=-0.00551571;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.368;QD=1.27523;RBI=0.0126144;REFB=-0.000715369;REVB=-0.0113446;RO=112;SAF=7;SAR=4;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356102;STB=0.52825;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00775208;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:124:123:112:112:11:11:0.0894309:4:7:68:44:4:7:68:44 chr16 33963563 . G C 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.010477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.078;QD=19.0604;RBI=0.0162334;REFB=-0.0088794;REVB=-0.0123999;RO=58;SAF=33;SAR=24;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088991;STB=0.549078;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00680447;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:24:33:39:19:24:33:39:19 chr16 33963571 . T C 506.4 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.00226925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.268;QD=19.1093;RBI=0.0235597;REFB=0.000238684;REVB=0.0234502;RO=52;SAF=34;SAR=19;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120668;STB=0.510311;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000262625;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:52:53:53:53:0.5:19:34:34:18:19:34:35:18 chr16 33963588 . G A 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=0.00123782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.681;QD=2.60642;RBI=0.00342128;REFB=-0.00351821;REVB=0.00318951;RO=63;SAF=7;SAR=3;SRF=43;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024946;STB=0.523317;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0218455;OID=.;OPOS=33963588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:74:75:63:65:10:10:0.133333:3:7:43:20:3:7:44:21 chr16 33963595 . A G 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0280229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4414;QD=6.64717;RBI=0.033022;REFB=-0.0165144;REVB=-0.0174691;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110359;STB=0.50684;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0414917;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:5:9:28:15:5:9:28:15 chr16 33963597 . C T 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0139782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.215;QD=5.80912;RBI=0.0141525;REFB=0.00866536;REVB=-0.00221451;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211595;STB=0.513491;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.044475;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:4:8:28:15:4:8:28:15 chr16 33963605 . T C 159.61 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00684953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2147;QD=10.4659;RBI=0.0123155;REFB=-0.0200914;REVB=-0.010235;RO=39;SAF=14;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924949;STB=0.547573;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0474788;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:7:14:23:16:7:14:24:16 chr16 33963624 . T C 91.06 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0113474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.652;QD=6.07065;RBI=0.0207782;REFB=-8.75291e-06;REVB=0.0174061;RO=43;SAF=9;SAR=5;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495008;STB=0.562409;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=4.72073e-05;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:60:43:46:14:14:0.233333:5:9:26:17:5:9:26:20 chr16 33963636 . AA GG 103.86 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00209553;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=2;MLLD=241.995;QD=6.20058;RBI=0.00211084;REFB=0.00283272;REVB=0.00025381;RO=50;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166288;STB=0.61218;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=-0.00810258;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:50:51:16:16:0.238806:5:11:28:22:5:11:28:23 chr16 33963643 . C T 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00284818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.101;QD=2.31465;RBI=0.0365728;REFB=-0.00148867;REVB=-0.0364618;RO=56;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230793;STB=0.682443;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00825087;OID=.;OPOS=33963643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:67:56:59:8:8:0.119403:2:6:32:24:2:6:33:26 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 47.7 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=57;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.000254428;FXX=0.0666556;HRUN=3;LEN=8;MLLD=315.243;QD=3.40728;RBI=0.0268037;REFB=-0.00605235;REVB=-0.0268025;RO=35;SAF=9;SAR=2;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317906;STB=0.7634;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0192831;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:11:57:12:56:44:10:2:24:20:47:35:9:2:21:14 chr16 33963678 . C T 508.31 PASS AF=0.703125;AO=44;DP=63;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00790948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.355;QD=31.7692;RBI=0.00800082;REFB=-0.0277917;REVB=-0.00120554;RO=17;SAF=22;SAR=22;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758457;STB=0.526706;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.010134;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:17:19:44:45:0.703125:22:22:6:11:22:23:8:11 chr16 33963708 . GT AC 79.47 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.000195396;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=209.944;QD=5.0454;RBI=0.00107588;REFB=-0.00825708;REVB=0.00105799;RO=49;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572461;STB=0.857624;STBP=0.008;TYPE=mnp;VARB=0.0334471;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:49:50:13:13:0.206349:2:11:18:31:2:11:19:31 chr16 33963722 . C G 192.02 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00937705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.866;QD=11.8163;RBI=0.0320691;REFB=-0.0074825;REVB=-0.0306676;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238986;STB=0.64571;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0240237;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:41:24:24:0.369231:16:8:22:18:16:8:23:18 chr16 33963732 . A C 181.18 PASS AF=0.359375;AO=21;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0251347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.381;QD=11.3237;RBI=0.0251347;REFB=-0.010447;REVB=-3.32127e-05;RO=41;SAF=6;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318212;STB=0.701099;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0099842;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:21:23:0.359375:15:6:23:18:17:6:23:18 chr16 33963737 . GC AT,GT 222.8 PASS AF=0.396552,0.0517241;AO=23,3;DP=65;FAO=23,3;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=7,1;FSAR=16,2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000411091,0.00882616;FXX=0.107676;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=162.801,79.7811;QD=15.3656;RBI=0.0208708,0.0254592;REFB=-0.014794,-0.0128722;REVB=-0.0208667,-0.0238803;RO=32;SAF=7,1;SAR=16,2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.328361,-0.291889;STB=0.687734,0.748506;STBP=0.027,0.457;TYPE=mnp,snp;VARB=0.013652,-0.0318578;OID=.,.;OPOS=33963737,33963738;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:58:32:32:23,3:23,3:0.396552,0.0517241:16,2:7,1:20:12:16,2:7,1:20:12 chr16 33963758 . T C 68.51 PASS AF=0.207547;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0110898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.547;QD=5.17083;RBI=0.0199469;REFB=-0.0059761;REVB=-0.01658;RO=42;SAF=9;SAR=1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651836;STB=0.853847;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0184427;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:53:53:42:42:10:11:0.207547:1:9:14:28:2:9:14:28 chr16 33963769 . C A 455.68 PASS AF=0.795455;AO=33;DP=43;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00194956;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=331.826;QD=41.4253;RBI=0.0124132;REFB=-0.0158373;REVB=0.0122592;RO=9;SAF=12;SAR=21;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342118;STB=0.522714;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00394243;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:44:9:9:33:35:0.795455:21:12:4:5:23:12:4:5 chr16 33963772 . CGGG CGG,CGGC 630.73 PASS AF=0.321429,0.607143;AO=16,34;DP=65;FAO=18,34;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=7,13;FSAR=11,21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000191818,0.0337752;FXX=0.164155;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.6671,24.2175;QD=45.0523;RBI=0.00565273,0.0339964;REFB=0.0594829,0.0585956;REVB=-0.00564947,-0.00387196;RO=4;SAF=6,13;SAR=10,21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13913,-0.0747817;STB=0.566935,0.540169;STBP=0.244,0.146;TYPE=del,snp;VARB=-0.0474691,-0.00247204;OID=.,.;OPOS=33963773,33963775;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.321429,0.607143:16,34:65:18,34:56:4:7,13:11,21:3:1:99:4:6,13:10,21:3:1 chr16 33963778 . G A 52.58 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=61;FWDB=0.000346513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.032;QD=1.98398;RBI=0.00294895;REFB=-0.00402782;REVB=0.00292852;RO=94;SAF=3;SAR=9;SRF=33;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142194;STB=0.606552;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0172711;OID=.;OPOS=33963778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:94:94:12:12:0.113208:9:3:33:61:9:3:33:61 chr16 33963783 . G C,T 1433.62 PASS AF=0.585586,0.36036;AO=65,40;DP=111;FAO=65,40;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=20,12;FSAR=45,28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00924823,0.000758162;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=130.845,132.032;QD=51.6618;RBI=0.00947774,0.0153985;REFB=0.0102361,-0.00916485;REVB=-0.00207313,-0.0153799;RO=5;SAF=20,12;SAR=45,28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0452779,-0.071702;STB=0.534643,0.554427;STBP=0.083,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.000636483,0.0184664;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:111:111:5:6:65,40:65,40:0.585586,0.36036:45,28:20,12:3:2:45,28:20,12:4:2 chr16 33963809 . G C 2391.28 PASS AF=0.916667;AO=164;DP=181;FAO=165;FDP=180;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=131;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0167344;FXX=0.0163925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.005;QD=53.1396;RBI=0.0999443;REFB=-0.0481613;REVB=0.0985334;RO=15;SAF=34;SAR=130;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298758;STB=0.515902;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00308081;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:181:180:15:15:164:165:0.916667:130:34:5:10:131:34:5:10 chr16 33963816 . TG GA 2120.22 PASS AF=0.80102;AO=156;DP=198;FAO=157;FDP=196;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=124;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0374123;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.173;QD=43.2697;RBI=0.0478614;REFB=-0.0334613;REVB=0.0298502;RO=39;SAF=33;SAR=123;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789906;STB=0.542386;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.0169622;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:196:39:39:156:157:0.80102:123:33:14:25:124:33:14:25 chr16 33963822 . A G 2971.2 PASS AF=0.846154;AO=220;DP=260;FAO=220;FDP=260;FR=.;FRO=40;FSAF=61;FSAR=159;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00779262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.623;QD=45.7108;RBI=0.0294084;REFB=-0.0240808;REVB=-0.0283572;RO=40;SAF=61;SAR=159;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435906;STB=0.523069;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00509475;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:40:40:220:220:0.846154:159:61:16:24:159:61:16:24 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 5247.23 PASS AF=0.846336,0.0472813;AO=336,20;DP=429;FAO=358,20;FDP=423;FR=.;FRO=45;FSAF=154,20;FSAR=204,0;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00272844,-0.021748;FXX=0.0139857;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=192.526,98.3973;QD=49.6192;RBI=0.00429374,0.0447524;REFB=-0.0341075,-0.0183756;REVB=-0.00331538,-0.0391127;RO=54;SAF=142,20;SAR=194,0;SRF=23;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.000888991,0.80494;STB=0.506675,0.999354;STBP=0.475,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00735887,-0.0251294;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:423:54:45:336,20:358,20:0.846336,0.0472813:194,0:142,20:23:31:204,0:154,20:22:23 chr16 33963855 . T C 10463.0 PASS AF=0.926988;AO=710;DP=767;FAO=711;FDP=767;FR=.;FRO=56;FSAF=283;FSAR=428;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0264968;FXX=0.00130207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2451;QD=54.5659;RBI=0.0672781;REFB=-0.00323221;REVB=0.0618406;RO=52;SAF=282;SAR=428;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611625;STB=0.500966;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000165135;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:767:767:52:56:710:711:0.926988:428:282:23:29:428:283:23:33 chr16 33963875 . A G 16202.8 PASS AF=0.98659;AO=1019;DP=1033;FAO=1030;FDP=1044;FR=.;FRO=14;FSAF=444;FSAR=586;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0115677;FXX=0.00191203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9503;QD=62.0795;RBI=0.0576695;REFB=0.0434248;REVB=-0.0564974;RO=13;SAF=438;SAR=581;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455208;STB=0.502893;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000506522;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:1033:1044:13:14:1019:1030:0.98659:581:438:8:5:586:444:9:5 chr16 33963881 . C G 15744.3 PASS AF=0.952206;AO=1036;DP=1096;FAO=1036;FDP=1088;FR=.;FRO=52;FSAF=449;FSAR=587;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00766676;FXX=0.0072992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8389;QD=57.8834;RBI=0.0493435;REFB=0.0211791;REVB=-0.0487442;RO=52;SAF=449;SAR=587;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261078;STB=0.501369;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.000782322;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:1096:1088:52:52:1036:1036:0.952206:587:449:24:28:587:449:24:28 chr16 33963912 . T C 19850.5 PASS AF=0.977117;AO=1275;DP=1306;FAO=1281;FDP=1311;FR=.;FRO=30;FSAF=574;FSAR=707;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00947919;FXX=0.000762189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9767;QD=60.5659;RBI=0.0185194;REFB=-0.072317;REVB=0.0159096;RO=28;SAF=570;SAR=705;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036785;STB=0.501201;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0014882;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:1306:1311:28:30:1275:1281:0.977117:705:570:15:13:707:574:15:15 chr16 33963961 . C G 21292.6 PASS AF=0.958219;AO=1398;DP=1467;FAO=1399;FDP=1460;FR=.;FRO=61;FSAF=593;FSAR=806;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0514873;FXX=0.00544955;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.182;QD=58.336;RBI=0.0517866;REFB=-0.0567945;REVB=-0.00555936;RO=53;SAF=592;SAR=806;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010162;STB=0.507795;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00166115;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:1467:1460:53:61:1398:1399:0.958219:806:592:30:23:806:593:37:24 chr16 33963975 . A G 20034.9 PASS AF=0.940267;AO=1337;DP=1422;FAO=1338;FDP=1423;FR=.;FRO=85;FSAF=580;FSAR=758;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00614757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=342.949;QD=56.3175;RBI=0.0129653;REFB=-0.0118773;REVB=0.0114152;RO=84;SAF=579;SAR=758;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076741;STB=0.503684;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000536919;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:1422:1423:84:85:1337:1338:0.940267:758:579:42:42:758:580:42:43 chr16 33963991 . A G 19516.6 PASS AF=0.960873;AO=1273;DP=1328;FAO=1277;FDP=1329;FR=.;FRO=52;FSAF=567;FSAR=710;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0457099;FXX=0.000751874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.811;QD=58.7406;RBI=0.0459351;REFB=-0.0427914;REVB=0.00454303;RO=52;SAF=566;SAR=707;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114748;STB=0.50602;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00161443;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:1328:1329:52:52:1273:1277:0.960873:707:566:31:21:710:567:31:21 chr16 33964017 . A G 14999.2 PASS AF=0.945845;AO=960;DP=1026;FAO=1013;FDP=1071;FR=.;FRO=58;FSAF=441;FSAR=572;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0391039;FXX=0.00186392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.781;QD=56.0195;RBI=0.0397075;REFB=-0.0229921;REVB=0.0068971;RO=57;SAF=427;SAR=533;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014487;STB=0.507345;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.000975321;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:1026:1071:57:58:960:1013:0.945845:533:427:33:24:572:441:33:25 chr16 33964062 . C T 55.47 PASS AF=0.0615385;AO=32;DP=520;FAO=32;FDP=520;FR=.;FRO=488;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=124;FSRR=364;FWDB=-0.0862612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.081;QD=0.426664;RBI=0.0880715;REFB=-0.00879907;REVB=0.0177651;RO=488;SAF=10;SAR=22;SRF=124;SRR=364;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781222;STB=0.566941;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0609992;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:520:520:488:488:32:32:0.0615385:22:10:124:364:22:10:124:364 chr16 33964064 . TG CC,CG 4971.68 PASS AF=0.0333333,0.766667;AO=19,363;DP=485;FAO=16,368;FDP=480;FR=.;FRO=96;FSAF=1,74;FSAR=15,294;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=0.0142462,0.0604082;FXX=0.0123454;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=55.4347,77.0369;QD=41.4307;RBI=0.0159668,0.0608188;REFB=-0.0459854,-0.0786816;REVB=0.00720992,0.00705464;RO=93;SAF=4,69;SAR=15,294;SRF=42;SRR=51;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334356,-0.147006;STB=0.905997,0.572571;STBP=0.005,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00694203,0.00981948;OID=.,.;OPOS=33964064,33964064;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:485:480:93:96:19,363:16,368:0.0333333,0.766667:15,294:4,69:42:51:15,294:1,74:43:53 chr16 33964070 . AG GC 4383.77 PASS AF=0.773756;AO=339;DP=451;FAO=342;FDP=442;FR=.;FRO=100;FSAF=76;FSAR=266;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=0.00857442;FXX=0.0221234;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.122;QD=39.6721;RBI=0.0276435;REFB=-0.0675955;REVB=0.0262801;RO=96;SAF=75;SAR=264;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1315;STB=0.571615;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0174725;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:442:96:100:339:342:0.773756:264:75:44:52:266:76:46:54 chr16 33964082 . T C 3936.09 PASS AF=0.765743;AO=301;DP=400;FAO=304;FDP=397;FR=.;FRO=93;FSAF=76;FSAR=228;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.00825794;FXX=0.00749981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.912;QD=39.6584;RBI=0.0128558;REFB=-0.0116441;REVB=0.00985279;RO=89;SAF=73;SAR=228;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898741;STB=0.553255;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00495838;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:397:89:93:301:304:0.765743:228:73:36:53:228:76:40:53 chr16 33964091 . T C 4840.02 PASS AF=0.904372;AO=280;DP=368;FAO=331;FDP=366;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=94;FSAR=237;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0479359;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.022;QD=52.8963;RBI=0.047945;REFB=-0.0350895;REVB=0.000933976;RO=29;SAF=45;SAR=235;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985515;STB=0.519356;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00481557;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:368:366:29:29:280:331:0.904372:235:45:14:15:237:94:14:15 chr16 33964108 . G C 2309.26 PASS AF=0.670139;AO=192;DP=282;FAO=193;FDP=288;FR=.;FRO=95;FSAF=66;FSAR=127;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=0.0330875;FXX=0.00689631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.018;QD=32.0731;RBI=0.0392882;REFB=-0.0152604;REVB=0.0211843;RO=90;SAF=65;SAR=127;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011273;STB=0.513435;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00584126;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:288:90:95:192:193:0.670139:127:65:32:58:127:66:36:59 chr16 33964119 . A G 137.65 PASS AF=0.137778;AO=31;DP=226;FAO=31;FDP=225;FR=.;FRO=194;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=75;FSRR=119;FWDB=0.00538542;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.543;QD=2.44705;RBI=0.00588812;REFB=-0.00282059;REVB=0.00238059;RO=193;SAF=13;SAR=18;SRF=75;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406396;STB=0.529253;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0226165;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:225:193:194:31:31:0.137778:18:13:75:118:18:13:75:119 chr16 33964134 . G C 802.73 PASS AF=0.526316;AO=79;DP=151;FAO=80;FDP=152;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0238963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.118;QD=21.1245;RBI=0.0239026;REFB=-0.00284982;REVB=-0.000551817;RO=72;SAF=47;SAR=32;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190509;STB=0.600172;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00740459;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:72:72:79:80:0.526316:32:47:27:45:33:47:27:45 chr16 33964143 . T C 616.59 PASS AF=0.453901;AO=64;DP=141;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0234343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9438;QD=17.4918;RBI=0.064907;REFB=-0.0140414;REVB=-0.0605289;RO=77;SAF=44;SAR=20;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238671;STB=0.633198;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0159587;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:77:77:64:64:0.453901:20:44:35:42:20:44:35:42 chr16 33964153 . G T 220.93 PASS AF=0.244444;AO=33;DP=135;FAO=33;FDP=135;FR=.;FRO=102;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=41;FWDB=-0.00982608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.821;QD=6.54599;RBI=0.0102284;REFB=-0.00708571;REVB=0.00284051;RO=102;SAF=17;SAR=16;SRF=61;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104303;STB=0.562886;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0188981;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:102:102:33:33:0.244444:16:17:61:41:16:17:61:41 chr16 33964154 . C T 98.51 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=-0.00179378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.756;QD=2.96262;RBI=0.0121488;REFB=-0.00197948;REVB=-0.0120157;RO=109;SAF=8;SAR=12;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267222;STB=0.673306;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0094449;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:133:109:113:20:20:0.150376:12:8:67:42:12:8:69:44 chr16 33964168 . G A 86.25 PASS AF=0.144;AO=18;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=41;FWDB=-0.027767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.879;QD=2.76006;RBI=0.0278739;REFB=-0.00806135;REVB=0.00243857;RO=107;SAF=7;SAR=11;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281128;STB=0.687893;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0324139;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:125:125:107:107:18:18:0.144:11:7:66:41:11:7:66:41 chr16 33964170 . C A 44.66 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0175168;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.373;QD=2.05339;RBI=0.0175938;REFB=0.00120017;REVB=-0.00164364;RO=77;SAF=1;SAR=9;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492499;STB=0.873861;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0228826;OID=.;OPOS=33964170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:87:77:77:10:10:0.114943:9:1:37:40:9:1:37:40 chr16 33964196 . T C 231.5 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0044338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.447;QD=12.3465;RBI=0.00888892;REFB=-0.0119549;REVB=-0.00770417;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347726;STB=0.519986;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0208786;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:14:14:25:22:14:14:25:22 chr16 33964202 . C T 439.36 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0027104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.481;QD=24.7525;RBI=0.0130113;REFB=-0.0157485;REVB=-0.0127259;RO=29;SAF=20;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818611;STB=0.544825;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0149258;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:22:20:17:12:22:20:17:12 chr16 33964204 . T G 100.75 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0288282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.164;QD=5.67602;RBI=0.0289931;REFB=-0.00620499;REVB=0.0030877;RO=55;SAF=7;SAR=9;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155144;STB=0.596739;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0242465;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:9:7:31:24:9:7:31:24 chr16 33964233 . C T 151.12 PASS AF=0.291667;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00691977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.938;QD=8.39579;RBI=0.00692834;REFB=-0.00965301;REVB=-0.000344466;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145924;STB=0.592555;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0186126;OID=.;OPOS=33964233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:50:51:21:21:0.291667:11:10:30:20:11:10:31:20 chr16 33964237 . CT CG,TG 213.36 PASS AF=0.318841,0.0724638;AO=22,5;DP=70;FAO=22,5;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=10,2;FSAR=12,3;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00509899,-0.00462341;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=162.332,200.84;QD=12.3685;RBI=0.0258136,0.0169161;REFB=-0.0188358,-0.0146696;REVB=-0.025305,-0.016272;RO=40;SAF=10,2;SAR=12,3;SRF=27;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24188,-0.309748;STB=0.621742,0.70657;STBP=0.163,0.428;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0364533,0.0395204;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:42:22,5:22,5:0.318841,0.0724638:12,3:10,2:27:13:12,3:10,2:27:15 chr16 33964242 . CA CG,GG 174.67 PASS AF=0.258065,0.112903;AO=16,6;DP=63;FAO=16,7;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10,2;FSAR=6,5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00199912,-0.00633655;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=143.649,195.615;QD=11.2689;RBI=0.0238879,0.0199514;REFB=-0.0197736,-0.00858368;REVB=-0.0238041,-0.0189184;RO=38;SAF=10,1;SAR=6,5;SRF=24;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00823121,-0.518798;STB=0.507237,0.764003;STBP=0.968,0.155;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0178113,0.0207534;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:39:16,6:16,7:0.258065,0.112903:6,5:10,1:24:14:6,5:10,2:24:15 chr16 33964276 . A G 55.99 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0350368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3544;QD=4.30677;RBI=0.0460675;REFB=-0.0327369;REVB=-0.0299105;RO=43;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915515;STB=0.561271;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.065307;OID=.;OPOS=33964276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:52:43:43:9:9:0.173077:4:5:27:16:4:5:27:16 chr16 33964293 . G A 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0211998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8413;QD=2.28094;RBI=0.0885358;REFB=-0.0055351;REVB=-0.0859602;RO=48;SAF=4;SAR=2;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125035;STB=0.597069;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00915434;OID=.;OPOS=33964293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:48:48:6:6:0.111111:2:4:27:21:2:4:27:21 chr16 33965449 . G C 88.3 PASS AF=0.145038;AO=19;DP=131;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=0.0103586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8954;QD=2.69628;RBI=0.0149435;REFB=-0.00708087;REVB=0.0107706;RO=111;SAF=11;SAR=8;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161078;STB=0.611967;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0295286;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:131:131:111:112:19:19:0.145038:8:11:50:61:8:11:50:62 chr16 33965456 . T C 431.51 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00894238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0009;QD=13.6988;RBI=0.0152186;REFB=-0.0143294;REVB=0.0123142;RO=74;SAF=18;SAR=32;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194057;STB=0.610169;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.012321;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:76:50:50:0.396825:32:18:40:34:32:18:41:35 chr16 33965459 . C T 145.42 PASS AF=0.201613;AO=24;DP=123;FAO=25;FDP=124;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0148599;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6491;QD=4.69094;RBI=0.0433112;REFB=-0.00753881;REVB=-0.0406823;RO=99;SAF=12;SAR=12;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449522;STB=0.51228;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0293266;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:99:99:24:25:0.201613:12:12:46:53:13:12:46:53 chr16 33965460 . G A 137.87 PASS AF=0.190476;AO=24;DP=126;FAO=24;FDP=126;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.052338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4457;QD=4.37686;RBI=0.0557035;REFB=-0.00366285;REVB=-0.0190687;RO=101;SAF=6;SAR=18;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357535;STB=0.725217;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0169466;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:101:102:24:24:0.190476:18:6:53:48:18:6:53:49 chr16 33965482 . GA G 129.27 PASS AF=0.186992;AO=23;DP=125;FAO=23;FDP=123;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.010365;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.344;QD=4.20398;RBI=0.0204961;REFB=-0.00326243;REVB=0.0176821;RO=102;SAF=6;SAR=17;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367791;STB=0.729412;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0200529;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186992:23:125:23:123:100:6:17:54:46:99:102:6:17:56:46 chr16 33965487 . C T 45.09 PASS AF=0.097561;AO=12;DP=123;FAO=12;FDP=123;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=-0.0180007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.388;QD=1.4665;RBI=0.0191033;REFB=-0.00565871;REVB=0.00639619;RO=111;SAF=11;SAR=1;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552022;STB=0.919633;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0310335;OID=.;OPOS=33965487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:123:123:111:111:12:12:0.097561:1:11:49:62:1:11:49:62 chr16 33965489 . A T 126.67 PASS AF=0.181102;AO=23;DP=127;FAO=23;FDP=127;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.0648172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.21;QD=3.98975;RBI=0.0783069;REFB=0.00246096;REVB=0.0439397;RO=104;SAF=6;SAR=17;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336046;STB=0.717106;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00905118;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:104:104:23:23:0.181102:17:6:54:50:17:6:54:50 chr16 33965493 . T C 98.48 PASS AF=0.150376;AO=20;DP=133;FAO=20;FDP=133;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=54;FWDB=-0.0173465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6004;QD=2.96171;RBI=0.0402106;REFB=-0.008323;REVB=-0.0362766;RO=113;SAF=6;SAR=14;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282975;STB=0.690248;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0828152;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:133:133:113:113:20:20:0.150376:14:6:59:54:14:6:59:54 chr16 33965496 . A T 78.83 PASS AF=0.140625;AO=18;DP=129;FAO=18;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=110;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.00295516;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1787;QD=2.46344;RBI=0.152594;REFB=-0.0270108;REVB=-0.152566;RO=88;SAF=6;SAR=12;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36985;STB=0.659508;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.167177;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:129:128:88:110:18:18:0.140625:12:6:56:32:12:6:57:53 chr16 33965505 . C T 113.21 PASS AF=0.15942;AO=22;DP=138;FAO=22;FDP=138;FR=.;FRO=116;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=55;FWDB=-0.00306779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.808;QD=3.28142;RBI=0.00391532;REFB=-0.0123037;REVB=-0.00243278;RO=115;SAF=7;SAR=15;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270473;STB=0.675337;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0376098;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:115:116:22:22:0.15942:15:7:61:54:15:7:61:55 chr16 33965507 . G C 397.2 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=140;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.0373363;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.768;QD=11.4302;RBI=0.0426608;REFB=-0.0209605;REVB=-0.0206383;RO=91;SAF=29;SAR=19;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199398;STB=0.614396;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0491448;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:91:91:48:48:0.345324:19:29:39:52:19:29:39:52 chr16 33965533 . A C 594.57 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00142281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4266;QD=22.227;RBI=0.0154952;REFB=0.00123572;REVB=0.0154297;RO=48;SAF=35;SAR=24;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128496;STB=0.570446;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000576931;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:24:35:21:27:24:35:21:27 chr16 33965536 . GCA GCG,GTG 531.95 PASS AF=0.459184,0.0714286;AO=45,5;DP=100;FAO=45,7;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=29,4;FSAR=16,3;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0138421,0.0211701;FXX=0.019998;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=104.721,95.4629;QD=21.7121;RBI=0.016611,0.0274018;REFB=-0.0236811,-0.0197357;REVB=-0.00918279,-0.0173979;RO=32;SAF=29,2;SAR=16,3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0160046,-0.257047;STB=0.591795,0.589908;STBP=0.094,0.629;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00165936,0.0297435;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=GCG,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459184,0.0714286:45,5:100:45,7:98:45:29,4:16,3:21:24:99:32:29,2:16,3:20:12 chr16 33965539 . G GC 135.12 PASS AF=0.41573;AO=34;DP=101;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0364435;FXX=0.0918274;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.7895;QD=6.07289;RBI=0.0826024;REFB=-0.0879588;REVB=-0.0741285;RO=66;SAF=24;SAR=10;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295266;STB=0.627047;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0738716;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.41573:34:101:37:89:52:26:11:26:26:99:66:24:10:30:36 chr16 33965554 . A G 516.49 PASS AF=0.242105;AO=16;DP=96;FAO=23;FDP=95;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.00890798;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.704;QD=21.7469;RBI=0.0118592;REFB=-0.000930546;REVB=-0.0078287;RO=33;SAF=2;SAR=14;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097215;STB=0.63148;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0440667;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:33:36:16:23:0.242105:14:2:3:30:15:8:6:30 chr16 33965560 . TT AC,AT 562.24 PASS AF=0.458333,0.104167;AO=44,10;DP=96;FAO=44,10;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=27,2;FSAR=17,8;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0258283,-0.00842468;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=236.145,256.972;QD=23.4266;RBI=0.0259544,0.00961015;REFB=-0.0159257,-0.0160407;REVB=0.0025561,0.00462383;RO=40;SAF=27,2;SAR=17,8;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143187,-0.340501;STB=0.568543,0.745234;STBP=0.222,0.111;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0129694,0.00309971;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:40:42:44,10:44,10:0.458333,0.104167:17,8:27,2:18:22:17,8:27,2:20:22 chr16 34682251 . G T 588.24 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=101;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00413032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0894;QD=23.2964;RBI=0.0646612;REFB=0.00372974;REVB=-0.0645292;RO=44;SAF=29;SAR=28;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655076;STB=0.535826;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00373775;OID=.;OPOS=34682251;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:44:44:57:57:0.564356:28:29:26:18:28:29:26:18 chr16 46565019 . T G 1343.8 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.953;QD=61.0817;RBI=0.0207623;REFB=-0.0967911;REVB=0.0169593;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119943;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000152657;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:1:0:48:39:1:0 chr16 46590024 . T C 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2854;QD=63.8641;RBI=0.0376685;REFB=0;REVB=-0.0231779;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81068e-05;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr16 46642286 . G A 122.11 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.104222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0942;QD=17.4445;RBI=0.118769;REFB=-0.0271632;REVB=-0.0569543;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188678;STB=0.555448;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0556974;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:28:28:10:13:10:10:0.357143:4:6:8:2:4:6:9:4 chr16 46655210 . A G 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0366791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.322;QD=55.4093;RBI=0.0380812;REFB=-0.00511126;REVB=0.0102384;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000102246;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:0:1:24:33:0:1 chr16 46696284 . G A 818.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.891;QD=57.4033;RBI=0.0378614;REFB=0;REVB=-0.0347596;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180754;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr16 46773999 . C A 243.41 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00682523;FXX=0.0121936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1147;QD=12.0201;RBI=0.0433381;REFB=0.00381883;REVB=-0.0427973;RO=50;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185454;STB=0.61478;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00182975;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:50:52:28:29:0.358025:17:11:28:22:18:11:29:23 chr16 48122582 . G A 1513.88 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3575;QD=59.9557;RBI=0.0751573;REFB=0;REVB=-0.0212881;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209247;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:39:61:0:0:39:62:0:0 chr16 48234327 . C T 139.51 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00809781;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.89;QD=9.14786;RBI=0.0100658;REFB=-0.0185322;REVB=-0.0059787;RO=41;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2125;STB=0.615268;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.037233;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:42:19:19:0.311475:9:10:14:27:9:10:15:27 chr16 48258198 . C T 276.65 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863943;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.219;QD=52.6958;RBI=0.0223297;REFB=0;REVB=0.0205907;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85715e-06;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr16 48396190 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.022677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2227;QD=17.5597;RBI=0.0345804;REFB=0.00580828;REVB=-0.0261066;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185717;STB=0.589647;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0128018;OID=.;OPOS=48396190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:9:9:14:6:9:9:14:7 chr16 49670390 . A G 300.66 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.037368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.807;QD=23.1279;RBI=0.0429386;REFB=-0.0218667;REVB=0.0211507;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112977;STB=0.562458;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0208993;OID=.;OPOS=49670390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:10:12:12:18:10:12 chr16 49670738 . GCCCA GCC,GCCA,GCCAG 158.65 PASS AF=0,0.44,0.0266667;AO=8,36,3;DP=77;FAO=0,33,2;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=0,28,2;FSAR=0,5,0;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0633426,0.106816,0.159021;FXX=0.0259707;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,2;MLLD=46.9104,11.936,18.5477;QD=8.46126;RBI=0.0967171,0.219045,0.19326;REFB=-0.0446959,-0.224979,-0.139856;REVB=-0.0730884,-0.191235,-0.109826;RO=27;SAF=7,18,3;SAR=1,18,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0.372913,0.372913,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.638597,0.15891,0.656243;STB=0.5,0.851762,0.997625;STBP=1,0,0.01;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.136108,0.0629132;OID=.,.,.;OPOS=49670741,49670739,49670741;OREF=CA,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCC,GCCA,GCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.44,0.0266667:8,36,3:77:0,33,2:75:40:0,28,2:0,5,0:8:32:99:27:7,18,3:1,18,0:8:19 chr16 49672520 . A G 440.47 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0840662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.118;QD=27.9665;RBI=0.103974;REFB=-0.0557257;REVB=-0.0611846;RO=22;SAF=21;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951177;STB=0.551752;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0313126;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:20:21:8:14:20:21:8:14 chr16 50059279 . C A 334.3 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284851;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.282;QD=51.43;RBI=0.0311192;REFB=-0.118316;REVB=0.0125301;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000538514;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:0:1:25:25:0.961538:16:9:0:0:16:9:0:1 chr16 50069312 . C G 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00563358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.63;QD=15.2676;RBI=0.013914;REFB=-0.0110958;REVB=0.0127225;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145463;STB=0.5522;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0170887;OID=.;OPOS=50069312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:33:26:26:0.440678:11:15:21:8:11:15:22:11 chr16 50069772 . A G 1377.26 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.255;QD=62.6029;RBI=0.024702;REFB=0;REVB=-0.0221789;RO=0;SAF=55;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74869e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18752e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:33:55:0:0:33:55:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 268.35 PASS AF=0.648649;AO=21;DP=39;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0164911;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=5;MLLD=254.87;QD=29.0102;RBI=0.024408;REFB=-0.0336403;REVB=-0.0179942;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142788;STB=0.581544;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=0.0094491;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648649:21:39:24:37:13:13:11:10:3:99:13:12:9:10:3 chr16 50106594 . T C 366.67 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=147;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=64;FWDB=0.0580458;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5339;QD=10.0458;RBI=0.0636704;REFB=0.00192242;REVB=-0.026165;RO=99;SAF=19;SAR=27;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734606;STB=0.537943;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00482673;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:99:100:46:46:0.315068:27:19:35:64:27:19:36:64 chr16 50263762 . G A 477.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.176;QD=57.8599;RBI=0.0535146;REFB=0;REVB=-0.0127781;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140578;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:6:26:0:0:6:27:0:0 chr16 50265818 . C T 86.76 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0552302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3888;QD=13.3473;RBI=0.0689312;REFB=-0.0139088;REVB=-0.0412449;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0189991;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:8:7:6:5:8:7 chr16 50326661 . A G 1813.91 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315826;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.783;QD=60.4636;RBI=0.0390436;REFB=0.00753538;REVB=0.0229553;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9444e-05;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:120:1:0:119:120:1:55:64:1:0:55:65:0:0 chr16 50642201 . G C 1085.23 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.998;QD=58.6613;RBI=0.0153714;REFB=-0.110657;REVB=0.00848265;RO=1;SAF=35;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189119;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:74:1:0:73:74:1:38:35:1:0:38:36:0:0 chr16 50668079 . T C 33.83 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0747687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1119;QD=2.14797;RBI=0.132573;REFB=-0.0132527;REVB=-0.109477;RO=55;SAF=3;SAR=4;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17804;STB=0.624653;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0840003;OID=.;OPOS=50668079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:62:63:55:56:7:7:0.111111:4:3:32:23:4:3:32:24 chr16 51171175 . C T 2277.41 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528532;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5619;QD=63.7037;RBI=0.0142663;REFB=0;REVB=-0.0132512;RO=0;SAF=59;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21381e-05;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:143:143:1:84:59:0:0:84:59:0:0 chr16 51173559 . G A 1340.92 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00227866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.761;QD=61.6516;RBI=0.086893;REFB=0;REVB=0.0868631;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145831;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:30:53:0:0:33:54:0:0 chr16 51705448 . C T 651.06 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.371;QD=62.0053;RBI=0.0278032;REFB=0;REVB=0.0030033;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151001;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr16 52472620 . ATTTTTTTC ATTTTTTC,ATTTTTTCA 31.32 PASS AF=0.294118,0;AO=9,4;DP=35;FAO=10,0;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.200949,0.0959176;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.14062,16.2312;QD=3.68523;RBI=0.274985,0.266168;REFB=-0.0855464,-0.0535627;REVB=-0.187714,-0.248284;RO=18;SAF=3,1;SAR=6,3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.30003,-0.398544;STB=0.627655,0.5;STBP=0.378,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.124416,0;OID=.,.;OPOS=52472621,52472627;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=ATTTTTTC,ATTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118,0:9,4:35:10,0:34:24:4,0:6,0:14:10:32:18:3,1:6,3:11:7 chr16 53242291 . AGG AGA,AG 487.47 PASS AF=0.137255,0.862745;AO=8,7;DP=50;FAO=7,44;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531287,0.913806;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=226.274,12.9255;QD=38.2325;RBI=0.112445,0.926298;REFB=-0.0128906,-0.0209747;REVB=-0.0991024,-0.151618;RO=29;SAF=0,2;SAR=8,5;SRF=29;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.882228,-0.780131;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.16488,-0.0324087;OID=.,.;OPOS=53242293,53242292;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137255,0.862745:8,7:50:7,44:51:0:0,32:7,12:0:0:37:29:0,2:8,5:29:0 chr16 53283966 . G A 393.15 PASS AF=0.603175;AO=30;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00640052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.293;QD=24.9622;RBI=0.0384864;REFB=-0.0325222;REVB=0.0379505;RO=25;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291144;STB=0.550993;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0215148;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:30:38:0.603175:19:11:10:15:27:11:10:15 chr16 53325691 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0336262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.445;QD=19.2748;RBI=0.0413415;REFB=-0.0226748;REVB=-0.0240499;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128261;STB=0.572376;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0196174;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:16:10:12:11:16:10 chr16 53326860 . G A 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0402718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.154;QD=15.4176;RBI=0.0411614;REFB=-0.0259952;REVB=-0.00851123;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379962;STB=0.506325;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0273695;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:16:13:16:20:16:13:17:20 chr16 53341748 . T G 344.41 PASS AF=0.452381;AO=35;DP=85;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0086695;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8896;QD=16.4005;RBI=0.0174821;REFB=-0.0172623;REVB=0.015181;RO=41;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16327;STB=0.605518;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0318406;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:46:35:38:0.452381:21:14:10:31:21:17:12:34 chr16 53358439 . A G 261.61 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0411227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2113;QD=17.1546;RBI=0.04387;REFB=-0.0279602;REVB=0.0152806;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192778;STB=0.607407;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0377607;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:24:8:13:16:24:8 chr16 53371463 . A G 110.57 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0228622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0997;QD=14.7425;RBI=0.0608175;REFB=-0.00262366;REVB=-0.0563569;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435331;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00115273;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:17:11:13:0.433333:5:6:7:7:7:6:9:8 chr16 53396356 . T C 1752.8 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5309;QD=60.4415;RBI=0.0771886;REFB=0;REVB=0.0741147;RO=0;SAF=61;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269411;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:111:116:1:50:61:0:0:55:61:0:0 chr16 53404203 . C A 850.76 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0072;QD=57.6783;RBI=0.0838035;REFB=0;REVB=-0.0821788;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000917663;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr16 53682949 . C T 726.89 PASS AF=0.486486;AO=70;DP=145;FAO=72;FDP=148;FR=.;FRO=76;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=18;FWDB=-0.0198669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2392;QD=19.6456;RBI=0.0982704;REFB=-0.00871797;REVB=-0.0962412;RO=74;SAF=42;SAR=28;SRF=57;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17235;STB=0.591693;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0129454;OID=.;OPOS=53682949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:74:76:70:72:0.486486:28:42:57:17:29:43:58:18 chr16 53945351 . G A 321.74 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0559928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8649;QD=19.2086;RBI=0.0560386;REFB=-0.0261812;REVB=-0.00226446;RO=32;SAF=7;SAR=26;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333257;STB=0.518508;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0224916;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:33:33:34:0.507463:26:7:6:26:27:7:6:27 chr16 54319098 . T TC 43.97 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0984564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.3653;QD=6.28208;RBI=0.13532;REFB=-0.0933977;REVB=-0.0928319;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544758;STB=0.781906;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.0820685;OID=.;OPOS=54319099;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:12:29:10:28:18:1:9:7:11:43:17:1:11:8:9 chr16 54967096 . C A 1558.34 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=109;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0654145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.966;QD=56.667;RBI=0.0656473;REFB=-0.0387293;REVB=0.00552341;RO=2;SAF=21;SAR=85;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043069;STB=0.533327;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000165411;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:109:110:2:3:106:107:0.972727:85:21:2:0:86:21:3:0 chr16 55325460 . T C 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.659;QD=61.5086;RBI=0.0550857;REFB=0.0668045;REVB=-0.0471517;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00535908;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr16 55519535 . G C 474.29 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00763517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.619;QD=21.0795;RBI=0.00865296;REFB=-0.0126162;REVB=0.0040716;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139764;STB=0.576336;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0125946;OID=.;OPOS=55519535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:44:46:46:0.511111:21:25:16:26:21:25:17:27 chr16 55523705 . T C 954.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.526;QD=58.761;RBI=0.0325937;REFB=0;REVB=0.0282943;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017203;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr16 55527113 . G A 285.39 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0041742;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.711;QD=23.2969;RBI=0.0396421;REFB=-0.0148167;REVB=0.0394217;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059747;STB=0.524571;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0189883;OID=.;OPOS=55527113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:10:16:12:10:10:16:13:10 chr16 55562466 . G A 1135.2 PASS AF=0.544554;AO=110;DP=197;FAO=110;FDP=202;FR=.;FRO=92;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0357344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.098;QD=22.4792;RBI=0.0368434;REFB=-0.013368;REVB=-0.00897165;RO=87;SAF=51;SAR=59;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528618;STB=0.541277;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0127619;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:202:87:92:110:110:0.544554:59:51:46:41:59:51:51:41 chr16 55571563 . G A 217.02 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00532721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.338;QD=12.7659;RBI=0.0121109;REFB=-0.0139878;REVB=-0.0108763;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182784;STB=0.591483;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0268543;OID=.;OPOS=55571563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:26:27:0.397059:14:12:26:15:14:13:26:15 chr16 55601388 . A G 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00951471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.209;QD=18.4956;RBI=0.0127729;REFB=-0.0280522;REVB=0.00852155;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29748;STB=0.666543;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0217682;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:18:9:18:9:18:9:18:9 chr16 55608587 . G A 516.92 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=115;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0261216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.129;QD=17.825;RBI=0.0352035;REFB=-0.01951;REVB=0.0235997;RO=60;SAF=16;SAR=39;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228754;STB=0.632382;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0168172;OID=.;OPOS=55608587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:60:61:55:55:0.474138:39:16:31:29:39:16:32:29 chr16 55719117 . A G 667.55 PASS AF=0.468966;AO=67;DP=144;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.00558723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.197;QD=18.415;RBI=0.00826169;REFB=-0.0316802;REVB=-0.00608592;RO=75;SAF=33;SAR=34;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388641;STB=0.525028;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0278543;OID=.;OPOS=55719117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:75:77:67:68:0.468966:34:33:40:35:35:33:41:36 chr16 55731835 . G A 772.67 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00721457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.0118;QD=50.6671;RBI=0.0333331;REFB=0.0158293;REVB=0.032543;RO=4;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498541;STB=0.526499;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000346929;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:21:36:1:3:21:36:1:3 chr16 55806311 . G T 692.51 PASS AF=0.584071;AO=66;DP=113;FAO=66;FDP=113;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00476975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.142;QD=24.5138;RBI=0.00627845;REFB=-0.0224426;REVB=-0.0040827;RO=45;SAF=37;SAR=29;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119485;STB=0.573621;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0160479;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:45:47:66:66:0.584071:29:37:18:27:29:37:18:29 chr16 55806409 . T C 889.0 PASS AF=0.606061;AO=80;DP=132;FAO=80;FDP=132;FR=.;FRO=52;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.033703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2392;QD=26.9394;RBI=0.0342681;REFB=-0.00578846;REVB=-0.00619749;RO=52;SAF=36;SAR=44;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005645;STB=0.503062;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00326892;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:52:52:80:80:0.606061:44:36:23:29:44:36:23:29 chr16 55844927 . A C 308.34 PASS AF=0.619048;AO=8;DP=30;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.000598733;FXX=0.124974;HRUN=14;LEN=1;MLLD=144.779;QD=29.3652;RBI=0.0119733;REFB=-0.0266268;REVB=0.0119584;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.645054;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00153648;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:42:0:16:8:26:0.619048:7:1:0:0:11:15:3:13 chr16 55862691 . G A 146.21 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=117;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0108817;FXX=0.0427314;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.174;QD=5.22169;RBI=0.0622257;REFB=-0.00138363;REVB=-0.0612669;RO=93;SAF=16;SAR=8;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296285;STB=0.666528;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00418325;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:112:93:88:24:24:0.214286:8:16:40:53:8:16:40:48 chr16 55862717 . T C 173.49 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.014401;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.72;QD=5.37961;RBI=0.0163371;REFB=9.5209e-05;REVB=-0.00771435;RO=100;SAF=18;SAR=10;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266121;STB=0.660347;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000426073;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:101:28:28:0.217054:10:18:43:57:10:18:44:57 chr16 55862720 . T C 212.52 PASS AF=0.244275;AO=32;DP=131;FAO=32;FDP=131;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=-0.0100557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.512;QD=6.48902;RBI=0.012353;REFB=-0.00787617;REVB=0.00717488;RO=99;SAF=22;SAR=10;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32614;STB=0.697134;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0242406;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:99:99:32:32:0.244275:10:22:42:57:10:22:42:57 chr16 55862762 . C G 306.11 PASS AF=0.284722;AO=41;DP=144;FAO=41;FDP=144;FR=.;FRO=103;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=0.000344537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.186;QD=8.50305;RBI=0.0180983;REFB=-0.00704235;REVB=-0.0180951;RO=97;SAF=26;SAR=15;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25182;STB=0.646869;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0157047;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:97:103:41:41:0.284722:15:26:41:56:15:26:44:59 chr16 55862791 . T C 290.81 PASS AF=0.266667;AO=40;DP=150;FAO=40;FDP=150;FR=.;FRO=110;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.00732538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=7.75496;RBI=0.0302378;REFB=-0.00549502;REVB=-0.0293371;RO=108;SAF=23;SAR=17;SRF=45;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192645;STB=0.619928;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0171894;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:108:110:40:40:0.266667:17:23:45:63:17:23:45:65 chr16 55862824 . C T 265.13 PASS AF=0.274074;AO=37;DP=135;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00290179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.522;QD=7.85569;RBI=0.0221128;REFB=-0.00165437;REVB=-0.0219216;RO=97;SAF=23;SAR=14;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22877;STB=0.638815;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00474908;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:97:98:37:37:0.274074:14:23:42:55:14:23:42:56 chr16 55862836 . G A 252.36 PASS AF=0.234783;AO=19;DP=119;FAO=27;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.0100417;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.606;QD=8.7776;RBI=0.0108382;REFB=-0.00650259;REVB=-0.00407812;RO=79;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215408;STB=0.519257;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0690808;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:115:79:79:19:27:0.234783:14:5:33:46:14:13:36:43 chr16 55862883 . C A 254.25 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.00723588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.908;QD=10.819;RBI=0.0220577;REFB=-0.00858604;REVB=-0.0208371;RO=63;SAF=17;SAR=14;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155316;STB=0.59014;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0144561;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:14:17:26:37:14:17:26:37 chr16 55866894 . T TA 381.04 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000536315;FXX=0.0129853;HRUN=0;LEN=1;MLLD=264.689;QD=20.0547;RBI=0.0377608;REFB=-0.00685626;REVB=-0.037757;RO=40;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167038;STB=0.578095;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.00627392;OID=.;OPOS=55866895;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513158:37:77:39:76:37:14:25:19:18:99:40:13:24:21:19 chr16 55883618 . T C 1182.12 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876243;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.044;QD=60.6213;RBI=0.0148072;REFB=0;REVB=0.0119362;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198881;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr16 55905636 . A G 1571.14 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.558;QD=59.8529;RBI=0.0399278;REFB=0;REVB=-0.0138274;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9457e-05;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr16 55907811 . C T 304.44 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0299853;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7407;QD=16.6817;RBI=0.031013;REFB=-0.0111925;REVB=-0.0079178;RO=41;SAF=24;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140487;STB=0.555522;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0357933;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:39:32:34:0.465753:8:24:26:15:10:24:24:15 chr16 56228066 . A G 1379.55 PASS AF=1;AO=68;DP=91;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198373;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.47;QD=62.7066;RBI=0.0208779;REFB=0;REVB=-0.00650902;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153385;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:88:0:0:68:88:1:26:42:0:0:34:54:0:0 chr16 56395610 . G A 374.61 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00628875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.412;QD=20.8119;RBI=0.00820112;REFB=-0.0236241;REVB=0.00526403;RO=34;SAF=21;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534391;STB=0.502957;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0262293;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:34:38:38:0.527778:17:21:19:15:17:21:19:15 chr16 56396486 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0185249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.771;QD=18.7956;RBI=0.0234769;REFB=-0.0140214;REVB=-0.014422;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735483;STB=0.541631;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0172773;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:15:12:12:11:15:12 chr16 56510299 . A C 167.61 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00140523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2611;QD=15.5915;RBI=0.0359534;REFB=0.0297265;REVB=0.0359259;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34302;STB=0.696757;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0349852;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:8:17:6:12:8:17 chr16 56545175 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0061432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.716;QD=9.49164;RBI=0.00656629;REFB=-0.00425257;REVB=-0.00231891;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333098;STB=0.705928;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00811867;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:9:9:7:2:9:9 chr16 56548501 . C T 669.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00021842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.288;QD=62.2656;RBI=0.0514872;REFB=0;REVB=0.0514867;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122755;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr16 56601720 . A G 1366.78 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379544;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.172;QD=61.4281;RBI=0.0379783;REFB=-0.107116;REVB=0.00134746;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902668;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00023126;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:52:36:0:1:52:36:0:1 chr16 56601722 . T C 1152.6 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0174437;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7454;QD=58.3593;RBI=0.0259291;REFB=-0.10807;REVB=0.0191842;RO=2;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225254;STB=0.505881;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00174048;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:79:2:1:77:78:0.987342:41:36:0:2:42:36:0:1 chr16 56667282 . C A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.682;QD=58.9627;RBI=0.0470532;REFB=0;REVB=0.0447193;RO=0;SAF=47;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93697e-05;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:19:47:0:0:19:47:0:0 chr16 56673227 . C A 61.62 PASS AF=0.321429;AO=7;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0928154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2728;QD=8.80216;RBI=0.093459;REFB=-0.0306905;REVB=-0.0109488;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420719;STB=0.815497;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0700218;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:27:28:20:19:7:9:0.321429:6:1:9:11:8:1:9:10 chr16 56673249 . T C 77.2 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00849349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3398;QD=13.4264;RBI=0.0562364;REFB=-0.0364904;REVB=0.0555913;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578494;STB=0.851818;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.054191;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:13:10:10:0.434783:9:1:7:4:9:1:8:5 chr16 56686470 . C T 989.33 PASS AF=1;AO=52;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.397;QD=58.1956;RBI=0.174181;REFB=0;REVB=0.152993;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100423;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:52:68:1:16:36:0:0:25:43:0:0 chr16 56693004 . C T 336.17 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0186046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.8536;QD=19.7749;RBI=0.152531;REFB=0.00025396;REVB=-0.151392;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153763;STB=0.572911;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00130087;OID=.;OPOS=56693004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:33:35:35:0.514706:12:23:15:16:12:23:17:16 chr16 56701294 . T A 88.03 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0157193;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.19;QD=13.042;RBI=0.0523432;REFB=-0.0180129;REVB=-0.0499271;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.065615;OID=.;OPOS=56701294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:7:9:7:4:7:9 chr16 56709728 . GA CG 49.57 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572498;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=80.591;QD=33.0469;RBI=0.0572498;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00377943;OID=.;OPOS=56709728;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:0:5:0:0:0:6:0:0 chr16 56855496 . C G 808.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.677;QD=53.9071;RBI=0.0573947;REFB=-0.0686997;REVB=0.0559875;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00103419;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:0:2:58:58:0.966667:23:35:0:0:23:35:2:0 chr16 56868700 . A G 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.058619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.218;QD=59.4943;RBI=0.0587308;REFB=0;REVB=-0.00362191;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148463;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr16 56873495 . C T 2202.44 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1098;QD=61.6066;RBI=0.0136132;REFB=0.00671352;REVB=0.00502417;RO=2;SAF=73;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000472046;STB=0.500248;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.000853121;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:2:2:141:141:0.986014:68:73:1:1:68:73:1:1 chr16 56901065 . A G 386.81 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0103719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.449;QD=15.319;RBI=0.026866;REFB=-0.0286549;REVB=0.0247832;RO=57;SAF=21;SAR=22;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127273;STB=0.575723;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0382364;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:43:43:0.425743:22:21:35:22:22:21:36:22 chr16 56904587 . C G 1003.6 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0005;QD=59.0351;RBI=0.0282358;REFB=0;REVB=-0.0280047;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260523;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:28:40:0:0 chr16 57059427 . C T 297.25 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00924898;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.808;QD=20.4998;RBI=0.0132846;REFB=-0.00736851;REVB=-0.00953604;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174333;STB=0.597092;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00462349;OID=.;OPOS=57059427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:27:31:31:0.534483:10:21:13:14:10:21:13:14 chr16 57060340 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.104733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9864;QD=13.4558;RBI=0.139211;REFB=-0.0178898;REVB=-0.0917097;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210453;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0146397;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:8:7:3:8:8:7 chr16 57060353 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0392011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.891;QD=13.4417;RBI=0.0445429;REFB=-0.0320639;REVB=-0.0211504;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168206;STB=0.599791;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0280873;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:7:6:3:7:7:6 chr16 57067595 . A T 394.56 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00793922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.226;QD=26.7497;RBI=0.0136728;REFB=-0.00269364;REVB=-0.0111317;RO=19;SAF=18;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323701;STB=0.500894;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00064969;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:21:38:38:0.644068:20:18:8:11:20:18:10:11 chr16 57068106 . AC GT 331.57 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00465083;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.917;QD=13.6729;RBI=0.00658018;REFB=-0.00875002;REVB=-0.00465494;RO=57;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22804;STB=0.641848;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.0161119;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:60:37:37:0.381443:16:21:20:37:16:21:20:40 chr16 57071113 . TA CG,TG 652.42 PASS AF=0.55102,0.44898;AO=28,19;DP=53;FAO=27,22;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16,11;FSAR=11,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123559,0.0156537;FXX=0.0925755;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=116.766,103.979;QD=53.2589;RBI=0.0662375,0.0344565;REFB=0,0;REVB=-0.0650749,-0.0306955;RO=0;SAF=17,11;SAR=11,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0163543,0.00700978;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:49:0:0:28,19:27,22:0.55102,0.44898:11,8:17,11:0:0:11,11:16,11:0:0 chr16 57073683 . G C 1531.21 PASS AF=1;AO=44;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254404;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.911;QD=63.8003;RBI=0.105698;REFB=0;REVB=-0.102591;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018549;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:44:96:1:26:18:0:0:43:53:0:0 chr16 57144705 . G C 30.28 PASS AF=0.105882;AO=10;DP=82;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00800592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1872;QD=1.42499;RBI=0.0338294;REFB=-0.00607066;REVB=-0.0328685;RO=71;SAF=8;SAR=2;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269728;STB=0.699521;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.154588;OID=.;OPOS=57144705;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:82:85:71:76:10:9:0.105882:2:8:43:28:2:7:44:32 chr16 57392733 . A C 244.39 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8785;QD=46.5508;RBI=0.0276629;REFB=-0.017968;REVB=0.0256074;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00145689;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:16:4:0:0:16:4:1:0 chr16 57499902 . T C 354.16 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0186395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1838;QD=13.8884;RBI=0.0267533;REFB=-0.00236504;REVB=0.0191914;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177274;STB=0.599953;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00350782;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:21:20:40:21:21:20:40:21 chr16 57503213 . C T 620.43 PASS AF=0.444444;AO=64;DP=145;FAO=64;FDP=144;FR=.;FRO=80;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.0332208;FXX=0.0270252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4109;QD=17.2342;RBI=0.0337367;REFB=-0.0280683;REVB=-0.00587753;RO=80;SAF=34;SAR=30;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932199;STB=0.551932;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0317352;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:80:80:64:64:0.444444:30:34:35:45:30:34:35:45 chr16 57595999 . A G 955.16 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.707;QD=58.7789;RBI=0.0355057;REFB=0;REVB=-0.0324524;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2003e-05;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr16 57601792 . C T 329.98 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334335;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.051;QD=54.9971;RBI=0.0460614;REFB=0;REVB=0.0316837;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345165;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr16 57689385 . C G 539.61 PASS AF=0.464;AO=54;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00232775;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.164;QD=17.2676;RBI=0.0170283;REFB=-0.0154941;REVB=-0.0168684;RO=62;SAF=33;SAR=21;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169913;STB=0.607234;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0170563;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:62:67:54:58:0.464:21:33:27:35:23:35:27:40 chr16 57689883 . T C 230.78 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0605632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2332;QD=11.3966;RBI=0.0780939;REFB=-0.0417771;REVB=-0.0493026;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247272;STB=0.626399;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0640507;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:50:52:28:29:0.358025:18:10:29:21:18:11:30:22 chr16 57698931 . A G 144.71 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0178658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0769;QD=15.6445;RBI=0.0448927;REFB=0.0114747;REVB=0.0411845;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106066;STB=0.560902;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0123038;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:14:7:7:9:14:7 chr16 57702274 . G T 217.83 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.0147649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.422;QD=16.756;RBI=0.0213428;REFB=-0.017;REVB=0.0154115;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316654;STB=0.675955;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0225816;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:24:4:11:13:24:4 chr16 57722328 . C T 266.95 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0989579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6686;QD=20.1472;RBI=0.106641;REFB=-0.00220408;REVB=0.0397442;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191501;STB=0.598266;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0048416;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:10:18:10:14:10:18:11:14 chr16 57723752 . A G 558.33 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0110006;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1797;QD=18.7675;RBI=0.0571892;REFB=-0.0161838;REVB=-0.0561213;RO=60;SAF=38;SAR=20;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071145;STB=0.544872;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0185802;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:61:58:58:0.487395:20:38:35:25:20:38:35:26 chr16 57734173 . T C 176.12 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00702289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.359;QD=12.3591;RBI=0.0225303;REFB=-0.0164588;REVB=-0.0214078;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109233;STB=0.524105;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.026801;OID=.;OPOS=57734173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:21:22:0.385965:13:8:13:22:13:9:13:22 chr16 57761248 . C T 353.53 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00266285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.55;QD=23.9678;RBI=0.0232071;REFB=-0.0765444;REVB=0.0230538;RO=24;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106533;STB=0.558587;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0446866;OID=.;OPOS=57761248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:14:21:11:13:14:21:11:13 chr16 57762401 . T C 799.36 PASS AF=0.434146;AO=88;DP=205;FAO=89;FDP=205;FR=.;FRO=116;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=57;FWDB=-0.0312323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.345;QD=15.5973;RBI=0.0328062;REFB=-0.0159843;REVB=-0.0100397;RO=113;SAF=60;SAR=28;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181107;STB=0.606763;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0269785;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:113:116:88:89:0.434146:28:60:58:55:28:61:59:57 chr16 57764895 . C T 451.17 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0314632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.962;QD=16.1132;RBI=0.0357252;REFB=-0.0307763;REVB=-0.0169222;RO=62;SAF=28;SAR=22;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116473;STB=0.50651;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0454115;OID=.;OPOS=57764895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:22:28:34:28:22:28:34:28 chr16 57787906 . C T 1091.45 PASS AF=0.531707;AO=103;DP=204;FAO=109;FDP=205;FR=.;FRO=96;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=37;FSRR=59;FWDB=0.0101378;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.99;QD=21.2967;RBI=0.010143;REFB=-0.0145083;REVB=0.00032292;RO=95;SAF=55;SAR=48;SRF=37;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126101;STB=0.568362;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.011668;OID=.;OPOS=57787906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:95:96:103:109:0.531707:48:55:37:58:51:58:37:59 chr16 57795394 . G A 304.07 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0058857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.581;QD=19.9389;RBI=0.0485525;REFB=-0.0472457;REVB=0.0481944;RO=29;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983654;STB=0.55485;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0430134;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:9:23:18:11:9:23:18:11 chr16 57805176 . A G 825.78 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0225394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.895;QD=22.1687;RBI=0.0407544;REFB=-0.0332204;REVB=0.0339543;RO=71;SAF=39;SAR=39;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673119;STB=0.536903;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0302128;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:78:78:0.52349:39:39:41:30:39:39:41:30 chr16 57937856 . G C 1665.47 PASS AF=0.944444;AO=115;DP=125;FAO=119;FDP=126;FR=.;FRO=7;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.114601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6057;QD=52.8719;RBI=0.127932;REFB=-0.0521048;REVB=0.0568607;RO=10;SAF=55;SAR=60;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335924;STB=0.504201;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00862651;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:125:126:10:7:115:119:0.944444:60:55:7:3:60:59:4:3 chr16 57954396 . C T 169.57 PASS AF=0.207407;AO=28;DP=134;FAO=28;FDP=135;FR=.;FRO=107;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.00383537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1256;QD=5.02437;RBI=0.00795626;REFB=-0.00137883;REVB=-0.0069708;RO=105;SAF=18;SAR=10;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23512;STB=0.646147;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00742637;OID=.;OPOS=57954396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:105:107:28:28:0.207407:10:18:48:57:10:18:49:58 chr16 57996960 . C T 579.94 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638068;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.538;QD=59.4815;RBI=0.0645522;REFB=0;REVB=0.00978189;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556412;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr16 58019396 . G A 384.79 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=51;FWDB=0.063452;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.632;QD=15.2393;RBI=0.0637305;REFB=-0.0151352;REVB=-0.00595121;RO=55;SAF=5;SAR=38;SRF=6;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177853;STB=0.506101;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0213035;OID=.;OPOS=58019396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:55:58:43:43:0.425743:38:5:6:49:38:5:7:51 chr16 58030634 . C T 1245.82 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=78;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.91;QD=60.0396;RBI=0.0715763;REFB=-0.0785956;REVB=0.00694088;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000839788;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:83:1:1:77:82:0.987952:38:39:1:0:39:43:1:0 chr16 58030698 . C T 35.05 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.026513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.417;QD=1.84488;RBI=0.0450442;REFB=-0.0063731;REVB=-0.0364148;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24517;STB=0.684275;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0497292;OID=.;OPOS=58030698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:5:3:40:28:5:3:40:28 chr16 58030741 . G A 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0219683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.618;QD=27.3079;RBI=0.0313432;REFB=-0.00424006;REVB=-0.022356;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546235;STB=0.53017;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00357433;OID=.;OPOS=58030741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:11:9:11:18:11:9 chr16 58080009 . C T 434.68 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0881577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8229;QD=49.6776;RBI=0.0939569;REFB=-0.186731;REVB=0.0324979;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196407;STB=0.511662;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0219307;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:3:3:31:32:0.914286:17:14:1:2:17:15:1:2 chr16 58191966 . C T 656.44 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000595436;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.344;QD=62.5183;RBI=0.0501418;REFB=0;REVB=0.0501383;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031738;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:41:42:1:15:26:0:0:15:27:0:0 chr16 58318604 . T C 582.36 PASS AF=0.671053;AO=51;DP=76;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0225553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.424;QD=30.6503;RBI=0.0231833;REFB=-0.0337733;REVB=0.00535934;RO=25;SAF=19;SAR=32;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14173;STB=0.576852;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0157491;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:25:25:51:51:0.671053:32:19:15:10:32:19:15:10 chr16 58327646 . A G 325.2 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00636642;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.7879;QD=16.8937;RBI=0.0469238;REFB=-0.0129147;REVB=-0.0464899;RO=42;SAF=25;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20323;STB=0.614685;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0171333;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:10:25:22:20:10:25:22:20 chr16 58540531 . A G 513.87 PASS AF=0.569767;AO=44;DP=81;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.031963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.304;QD=23.9007;RBI=0.0337626;REFB=-0.0115054;REVB=-0.0108756;RO=30;SAF=23;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326708;STB=0.542798;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0098195;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:30:37:44:49:0.569767:21:23:17:13:22:27:24:13 chr16 58542901 . G A 347.63 PASS AF=0.364407;AO=42;DP=117;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=19;FWDB=0.00980199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1577;QD=11.7839;RBI=0.0304718;REFB=-0.0140542;REVB=0.0288522;RO=73;SAF=30;SAR=12;SRF=55;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548472;STB=0.538;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0448495;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:73:75:42:43:0.364407:12:30:55:18:13:30:56:19 chr16 58545426 . A G 2809.74 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.837;QD=62.7875;RBI=0.0279256;REFB=0;REVB=0.0109185;RO=0;SAF=102;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12103e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:179:0:0:178:179:1:76:102:0:0:76:103:0:0 chr16 58552921 . G A 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.498;QD=61.5339;RBI=0.0566301;REFB=0;REVB=0.00362282;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49132e-05;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr16 58559256 . T C 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00217862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.298;QD=14.8066;RBI=0.0197543;REFB=-0.00871272;REVB=0.0196338;RO=52;SAF=20;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078146;STB=0.544279;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0095995;OID=.;OPOS=58559256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:16:20:25:27:16:20:25:27 chr16 58575489 . G A 263.16 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0346103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.219;QD=17.5438;RBI=0.0346151;REFB=0.000544374;REVB=0.000572984;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210339;STB=0.617094;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000705925;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:23:8:14:15:23:8 chr16 58577421 . C T 763.16 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0207669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.689;QD=61.053;RBI=0.0298295;REFB=0.013947;REVB=0.0214134;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000443397;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:47:48:0.96:22:25:0:0:23:25:0:1 chr16 58579274 . C T 1148.12 PASS AF=0.569892;AO=103;DP=183;FAO=106;FDP=186;FR=.;FRO=80;FSAF=68;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.00435541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.467;QD=24.6908;RBI=0.0107935;REFB=-0.030169;REVB=0.00987568;RO=80;SAF=67;SAR=36;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860884;STB=0.541766;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0351965;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:186:80:80:103:106:0.569892:36:67:44:36:38:68:44:36 chr16 58587737 . C T 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0089759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.884;QD=15.4176;RBI=0.0174092;REFB=-0.00684272;REVB=0.0149169;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.508988;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0110519;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:37:29:29:0.439394:13:16:19:16:13:16:21:16 chr16 58621091 . A G 37.2 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0203794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.6686;QD=3.30676;RBI=0.150048;REFB=-0.0361121;REVB=0.148658;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406709;STB=0.783691;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.215182;OID=.;OPOS=58621091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:45:45:30:38:7:7:0.155556:1:6:17:13:1:6:22:16 chr16 58743454 . A C 513.23 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0110281;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.692;QD=22.8101;RBI=0.0170003;REFB=-0.00885243;REVB=0.0129379;RO=41;SAF=30;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350055;STB=0.512815;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0079926;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:41:48:49:0.544444:18:30:24:17:19:30:24:17 chr16 58750604 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0301311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9318;QD=11.5971;RBI=0.0750782;REFB=0.0186523;REVB=-0.0687666;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171746;STB=0.510187;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0651483;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:16:5:3:9:16:5 chr16 58757668 . A C 355.15 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.00252584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.41;QD=18.9414;RBI=0.0152634;REFB=-0.0266295;REVB=0.0150529;RO=37;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145528;STB=0.586458;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0170441;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:37:38:37:37:0.493333:19:18:24:13:19:18:25:13 chr16 58757683 . A G 420.86 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00548551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.758;QD=20.5296;RBI=0.0071607;REFB=-0.000464458;REVB=0.0046027;RO=40;SAF=21;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110225;STB=0.560947;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000409362;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:21:21:25:15:21:21:25:15 chr16 58804449 . T C 102.37 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0542795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.322;QD=17.8034;RBI=0.0662547;REFB=-0.0595272;REVB=0.0379924;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151439;STB=0.586075;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0612856;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:2:9:8:4:2:9 chr16 61687357 . CT C 120.53 PASS AF=0.62;AO=29;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0571961;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.99311;QD=9.64249;RBI=0.19502;REFB=-0.117168;REVB=-0.186444;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819392;STB=0.528479;STBP=0.651;TYPE=del;VARB=0.0784368;OID=.;OPOS=61687358;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62:29:50:31:50:19:17:14:9:10:52:17:15:14:9:8 chr16 61777269 . C A 446.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.00439447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.782;QD=18.2082;RBI=0.0188261;REFB=-0.0186557;REVB=-0.018306;RO=53;SAF=22;SAR=23;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127035;STB=0.570748;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0214052;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:23:22:19:34:23:22:19:34 chr16 61935178 . G T 61.62 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0514088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7678;QD=3.79173;RBI=0.0801491;REFB=-0.00149846;REVB=-0.06149;RO=54;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571094;STB=0.538391;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0017502;OID=.;OPOS=61935178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:7:4:22:32:7:4:22:32 chr16 64980818 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000374072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.563;QD=56.9568;RBI=0.00450547;REFB=0;REVB=0.00448991;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35826e-06;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr16 65016087 . A C 1377.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6151;QD=62.6119;RBI=0.0532489;REFB=0;REVB=0.0236852;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405401;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr16 65022234 . C T 389.45 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.000627093;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5426;QD=21.3396;RBI=0.0353779;REFB=-0.0293021;REVB=-0.0353723;RO=34;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221895;STB=0.622423;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.030632;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:34:34:39:39:0.534247:23:16:23:11:23:16:23:11 chr16 66335718 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0294038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.165;QD=14.0974;RBI=0.0297178;REFB=0.0201433;REVB=-0.00430863;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383131;STB=0.522354;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0156554;OID=.;OPOS=66335718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:9:9:7:6:9:9 chr16 66420885 . C T 1037.17 PASS AF=0.973333;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0641;QD=55.3157;RBI=0.0312614;REFB=-0.154471;REVB=-0.0111951;RO=2;SAF=27;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337399;STB=0.502856;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00078452;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:74:75:2:2:71:73:0.973333:44:27:2:0:44:29:1:1 chr16 66432423 . TC CT 892.51 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264346;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.465;QD=57.5812;RBI=0.0388017;REFB=0;REVB=0.0284039;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000190797;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:25:37:0:0 chr16 66527192 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0081873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.77;QD=16.9281;RBI=0.0161902;REFB=-0.0197867;REVB=-0.0139675;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208513;OID=.;OPOS=66527192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:12:12:0.5:1:11:10:1:1:11:11:1 chr16 66584002 . T C 786.03 PASS AF=0.58871;AO=72;DP=123;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=53;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0578795;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.483;QD=25.3559;RBI=0.0823111;REFB=-0.0368209;REVB=-0.0585242;RO=49;SAF=53;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209468;STB=0.617927;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0213762;OID=.;OPOS=66584002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:49:51:72:73:0.58871:19:53:24:25:20:53:24:27 chr16 66600479 . G A 230.81 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0575239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.672;QD=23.0814;RBI=0.0625772;REFB=-0.0256265;REVB=-0.0246356;RO=18;SAF=17;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359383;STB=0.707653;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0355512;OID=.;OPOS=66600479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:4:17:8:10:4:18:8:10 chr16 66613525 . G A 423.59 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0122233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.663;QD=18.6194;RBI=0.0383884;REFB=-0.00263795;REVB=-0.0363903;RO=48;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199011;STB=0.51711;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00822881;OID=.;OPOS=66613525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:42:43:0.472527:21:21:23:25:21:22:23:25 chr16 66614008 . T C 234.81 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00537151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2995;QD=18.7845;RBI=0.0395879;REFB=-0.0175243;REVB=-0.0392218;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225392;STB=0.627476;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0204774;OID=.;OPOS=66614008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:17:10:14:9:17:10 chr16 66654738 . TTA T,TAA,TTT 129.6 PASS AF=0.5,0,0;AO=11,3,3;DP=49;FAO=18,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0509048,0.0288386,-0.0213275;FXX=0.0769034;HRUN=6,6,7;LEN=2,1,1;MLLD=21.4646,14.1312,13.8771;QD=14.3994;RBI=0.161408,0.046452,0.0443446;REFB=-0.079186,-0.0313335,0.024626;REVB=0.15317,0.036416,-0.0388791;RO=29;SAF=1,3,2;SAR=10,0,1;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0.431373,0,0;SSSB=-0.580979,0.543853,0.157297;STB=0.538417,0.5,0.5;STBP=0.72,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0965862,0,0;OID=.,.,.;OPOS=66654739,66654739,66654740;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0,0:11,3,3:49:18,0,0:36:18:4,0,0:14,0,0:5:13:99:29:1,3,2:10,0,1:15:14 chr16 66656102 . C T 248.22 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0233521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.407;QD=16.2768;RBI=0.0295681;REFB=-0.0243152;REVB=-0.0181371;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101912;STB=0.557337;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0302593;OID=.;OPOS=66656102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:14:14:13:20:14:14:13:20 chr16 66765067 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.841;QD=61.8526;RBI=0.0469885;REFB=0;REVB=0.0454424;RO=0;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11317e-05;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:40:43:0:0:40:43:0:0 chr16 66792714 . T C 396.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863976;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0857;QD=56.6715;RBI=0.0891611;REFB=0;REVB=-0.0220265;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136729;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr16 66812797 . C T 1060.7 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.191;QD=59.7578;RBI=0.062281;REFB=0;REVB=-0.000355428;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117138;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:30:38:0:0:30:41:0:0 chr16 66851305 . ATTTTTTTTA ATTTTTTT,ATTTTTTTA 33.74 PASS AF=0.195402,0.0229885;AO=11,17;DP=90;FAO=17,2;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=11,0;FSAR=6,2;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.110856,-0.287577;FXX=0.0113623;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.0371,7.72394;QD=1.55114;RBI=0.116087,0.305383;REFB=-0.0415269,-0.0590609;REVB=-0.0344539,-0.102754;RO=35;SAF=7,11;SAR=4,6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280107,0.277833;STB=0.608381,0.995044;STBP=0.331,0.186;TYPE=del,del;VARB=0.131914,-0.150578;OID=.,.;OPOS=66851313,66851306;OREF=TA,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195402,0.0229885:11,17:90:17,2:87:68:11,0:6,2:35:33:23:35:7,11:4,6:14:21 chr16 66919929 . G C 265.87 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00842227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.486;QD=18.9905;RBI=0.0268077;REFB=-0.00810725;REVB=-0.0254504;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207967;STB=0.504584;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00768099;OID=.;OPOS=66919929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:27:27:29:0.517857:11:16:16:10:11:18:17:10 chr16 66920510 . A G 447.97 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0268285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.587;QD=23.8918;RBI=0.0279427;REFB=0.00982356;REVB=0.007812;RO=32;SAF=26;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580565;STB=0.527578;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00878384;OID=.;OPOS=66920510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:42:43:0.573333:16:26:22:10:16:27:22:10 chr16 66920949 . G A 438.5 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0206829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3013;QD=15.8016;RBI=0.023863;REFB=-0.00650866;REVB=-0.0119022;RO=62;SAF=33;SAR=15;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200061;STB=0.615941;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00530254;OID=.;OPOS=66920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:62:48:49:0.441441:15:33:31:31:15:34:31:31 chr16 66946748 . G C 238.17 PASS AF=0.424658;AO=25;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=9.90198e-05;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.193;QD=13.0504;RBI=0.023477;REFB=-0.0126797;REVB=0.0234767;RO=42;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785921;STB=0.508639;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.018931;OID=.;OPOS=66946748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:42:25:31:0.424658:9:16:24:18:13:18:25:17 chr16 66948130 . G A 486.42 PASS AF=0.418605;AO=54;DP=128;FAO=54;FDP=129;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=0.0199653;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.208;QD=15.0829;RBI=0.0322571;REFB=0.00156019;REVB=-0.0253359;RO=74;SAF=31;SAR=23;SRF=44;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216933;STB=0.515476;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00213054;OID=.;OPOS=66948130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:74:75:54:54:0.418605:23:31:44:30:23:31:45:30 chr16 67037054 . A C 234.73 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00843597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.843;QD=14.226;RBI=0.0243216;REFB=-0.0200084;REVB=-0.0228117;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303724;STB=0.511005;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0334219;OID=.;OPOS=67037054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:27:28:0.424242:12:15:21:17:12:16:21:17 chr16 67181999 . A G 437.92 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0139976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.014;QD=21.6258;RBI=0.0346497;REFB=-0.0141895;REVB=0.0316965;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136471;STB=0.575339;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00986778;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:18:25:16:22:18:25:16:22 chr16 67195842 . T C 665.24 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=128;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=-0.00625548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.079;QD=20.7888;RBI=0.0781775;REFB=-0.0131276;REVB=-0.0779268;RO=62;SAF=36;SAR=30;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104107;STB=0.557147;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0112838;OID=.;OPOS=67195842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:62:62:66:66:0.515625:30:36:41:21:30:36:41:21 chr16 67212709 . GC G 46.03 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.181693;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2401;QD=8.00573;RBI=0.26311;REFB=-0.151588;REVB=0.190301;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609152;STB=0.631326;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.139061;OID=.;OPOS=67212710;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:11:23:11:23:12:8:3:6:6:45:10:10:1:3:7 chr16 67221173 . G A 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0193843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5401;QD=4.65377;RBI=0.0307619;REFB=0.00664172;REVB=0.0238861;RO=47;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232461;STB=0.6519;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0290673;OID=.;OPOS=67221173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:4:7:21:26:4:7:21:26 chr16 67233266 . A C 850.94 PASS AF=0.535484;AO=80;DP=155;FAO=83;FDP=155;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.02145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1316;QD=21.9596;RBI=0.133586;REFB=-0.0214316;REVB=-0.131853;RO=50;SAF=49;SAR=31;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358411;STB=0.545048;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.016448;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:50:69:80:83:0.535484:31:49:33:17:34:49:34:35 chr16 68025801 . G C 858.46 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8091;QD=54.5056;RBI=0.0148296;REFB=-0.0323997;REVB=0.0102121;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412713;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00136701;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:26:34:1:1:26:35:1:1 chr16 68057096 . T C 1589.79 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0748021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1328;QD=59.9923;RBI=0.0789583;REFB=0;REVB=0.0252794;RO=0;SAF=63;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157413;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:43:63:0:0:43:63:0:0 chr16 68112787 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 286.6 PASS AF=0,0.746479;AO=8,35;DP=69;FAO=0,53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=0,29;FSAR=0,24;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.101486,0.0417411;FXX=0.013887;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=13.0311,11.8689;QD=16.1465;RBI=0.106408,0.100873;REFB=-0.0144321,-0.0932737;REVB=-0.0319892,-0.091832;RO=18;SAF=8,15;SAR=0,20;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.323529,0.323529;SSSB=0.768838,-0.0100651;STB=0.5,0.55412;STBP=1,0.136;TYPE=del,del;VARB=0,0.0647577;OID=.,.;OPOS=68112792,68112788;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.746479:8,35:69:0,53:71:18:0,29:0,24:6:12:51:18:8,15:0,20:8:10 chr16 68344696 . C T 530.97 PASS AF=0.537634;AO=39;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0120025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.4888;QD=22.8374;RBI=0.0130364;REFB=-0.0126076;REVB=0.00508807;RO=37;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231151;STB=0.521254;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0137678;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:43:39:50:0.537634:19:20:18:19:21:29:23:20 chr16 68389772 . C T 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=27;FWDB=-0.115571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.617;QD=10.1407;RBI=0.11648;REFB=-0.021463;REVB=-0.0145266;RO=28;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205191;STB=0.618902;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0295478;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:12:1:1:27:12:1:1:27 chr16 68398924 . C T 264.44 PASS AF=0.426667;AO=29;DP=72;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00551987;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1012;QD=14.1037;RBI=0.0625557;REFB=-0.0229328;REVB=-0.0623117;RO=37;SAF=24;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30635;STB=0.677291;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0703938;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:37:43:29:32:0.426667:5:24:22:15:5:27:27:16 chr16 68569440 . T G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.627;QD=60.2284;RBI=0.0702489;REFB=0;REVB=0.0655044;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203349;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr16 68569459 . T C,G 600.65 PASS AF=0.95,0.05;AO=37,2;DP=39;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210592,-0.0372864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.532,158.377;QD=60.0649;RBI=0.0175004,0.0408656;REFB=0,0;REVB=0.0173732,0.0167248;RO=0;SAF=18,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00143105,0.109572;OID=.,.;OPOS=68569459,68569459;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:40:0:0:37,2:38,2:0.95,0.05:19,0:18,2:0:0:19,0:19,2:0:0 chr16 68598007 . A G 249.15 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0201447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6431;QD=33.2196;RBI=0.0356908;REFB=0.0199541;REVB=0.0294623;RO=8;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608694;STB=0.533304;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00724041;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:8:14:6:2:8:14:6:2 chr16 68713730 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.919;QD=60.716;RBI=0.0418344;REFB=0;REVB=0.0418026;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34217e-05;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr16 68713823 . C A 1389.66 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0475287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8178;QD=53.9673;RBI=0.0486189;REFB=-0.025734;REVB=-0.0102379;RO=5;SAF=53;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426667;STB=0.522518;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0118711;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:103:103:5:5:98:98:0.951456:45:53:5:0:45:53:5:0 chr16 68721470 . T C 920.08 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.467;QD=58.418;RBI=0.0332905;REFB=0;REVB=0.0307516;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62355e-05;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr16 68721533 . G C 954.61 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.093;QD=58.7451;RBI=0.0154245;REFB=0;REVB=0.0124943;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93521e-05;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr16 68725783 . G A 660.12 PASS AF=0.918367;AO=43;DP=47;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0460209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3284;QD=53.8875;RBI=0.123346;REFB=-0.13239;REVB=0.114439;RO=4;SAF=23;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345432;STB=0.5178;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0169941;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:49:4:4:43:45:0.918367:20:23:3:1:21:24:3:1 chr16 68729785 . C A 793.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.888;QD=55.6755;RBI=0.0393511;REFB=0;REVB=-0.0327257;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106975;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:24:29:0:0:24:33:0:0 chr16 68771372 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.897;QD=37.4885;RBI=0.0958838;REFB=0;REVB=0.0572227;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942278;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr16 68776416 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.673;QD=47.8224;RBI=0.0171884;REFB=0;REVB=0.00791794;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126362;OID=.;OPOS=68776416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 68869449 . A G 475.31 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.568;QD=55.9184;RBI=0.0407336;REFB=0;REVB=0.0208335;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170198;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:14:14:0:0:19:15:0:0 chr16 68919559 . T C 1179.83 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.755;QD=59.7382;RBI=0.0345119;REFB=-0.0949955;REVB=0.0117102;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813844;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:48:31:0:0 chr16 69143577 . A G 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0214247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9609;QD=13.1197;RBI=0.0214247;REFB=-0.00658848;REVB=-5.8862e-06;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498187;STB=0.535686;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00659325;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:13:12:16:21:13:12:16:22 chr16 69499731 . T C 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0185214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0093;QD=18.828;RBI=0.049522;REFB=-0.0161189;REVB=-0.045928;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173788;STB=0.613284;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0157327;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:6:14:11:10:6:14:11:11 chr16 69704122 . C CTG 427.18 PASS AF=1;AO=23;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387963;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=274.156;QD=56.9571;RBI=0.0443075;REFB=0;REVB=0.0214009;RO=6;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000114858;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:30:30:30:0:22:8:0:0:4:6:16:7:5:1 chr16 69704204 . CTT C,CT 147.05 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,14;DP=20;FAO=1,19;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297782,-0.0593728;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.59257,10.3515;QD=29.4093;RBI=0.0817996,0.146086;REFB=0,0;REVB=0.0761868,0.133476;RO=3;SAF=3,10;SAR=0,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664835,0.0183949;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0493388,0.0102597;OID=.,.;OPOS=69704205,69704205;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:3,14:20:1,19:20:0:1,14:0,5:0:0:4:3:3,10:0,4:2:1 chr16 69733460 . G A 1568.19 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4588;QD=64.0079;RBI=0.027155;REFB=0;REVB=-0.00868857;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152507;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:42:55:0:0:42:56:0:0 chr16 69733665 . T G 240.92 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0324405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.568;QD=18.1823;RBI=0.0417578;REFB=-0.0219533;REVB=0.0262932;RO=27;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265778;STB=0.650559;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.022062;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:6:20:14:13:6:20:14:13 chr16 69735271 . T A 1508.31 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.268;QD=63.5076;RBI=0.0571295;REFB=0;REVB=0.0370676;RO=0;SAF=59;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108189;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:34:59:0:0:34:61:0:0 chr16 69736846 . T TA 139.41 PASS AF=0.71875;AO=4;DP=33;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.23445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7422;QD=17.4264;RBI=0.234498;REFB=0.0598471;REVB=0.00473035;RO=29;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497787;STB=0.550977;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=-0.0353379;OID=.;OPOS=69736847;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:4:33:23:32:9:9:14:2:7:38:29:3:1:8:21 chr16 69736851 . G A 243.98 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0617698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5465;QD=30.4974;RBI=0.0755445;REFB=0.0821147;REVB=-0.0434908;RO=10;SAF=9;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126273;STB=0.569217;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0408199;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:13:9:2:8:13:9:2:8 chr16 69745145 . G A 218.29 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00489557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.004;QD=15.5922;RBI=0.00905417;REFB=-0.0119236;REVB=-0.00761652;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.585734;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0156086;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:11:14:21:9:11:14:22:9 chr16 69814950 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0207785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.193;QD=12.0158;RBI=0.0263946;REFB=-0.00924898;REVB=-0.0162766;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00562503;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:4:3:1:5:4:3 chr16 69814953 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00594682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.954;QD=12.0156;RBI=0.00672869;REFB=-0.0100649;REVB=-0.0031481;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303121;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.01858;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:4:3:1:5:4:3 chr16 69963355 . G A 612.12 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.97;QD=61.2119;RBI=0.0344423;REFB=0;REVB=0.0224663;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63749e-05;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:13:25:0:0:14:26:0:0 chr16 69967897 . T C 715.68 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343418;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.722;QD=57.2545;RBI=0.038722;REFB=0;REVB=-0.0178895;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80564e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:25:25:0:0 chr16 69970329 . A G 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.535;QD=57.3814;RBI=0.0456281;REFB=0;REVB=0.0339035;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26335e-05;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr16 69973297 . C T 3191.71 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.885;QD=64.155;RBI=0.0400057;REFB=0;REVB=0.0115154;RO=0;SAF=97;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34768e-05;OID=.;OPOS=69973297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:198:199:0:0:198:199:1:101:97:0:0:102:97:0:0 chr16 69988373 . T C 1200.44 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0650918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9205;QD=58.5583;RBI=0.0742987;REFB=0.0486246;REVB=0.0358239;RO=2;SAF=36;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233086;STB=0.501231;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00206645;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:44:36:1:1:44:36:1:1 chr16 70010516 . ATGT A 74.69 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0116601;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=307.44;QD=22.9821;RBI=0.025421;REFB=-0.0526251;REVB=0.0225891;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.529348;STBP=0.794;TYPE=del;VARB=0.0268424;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:8:12:9:13:4:3:6:1:3:21:4:3:5:1:3 chr16 70010589 . T C 253.49 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.00974457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.199;QD=10.6732;RBI=0.0515647;REFB=-0.00978415;REVB=0.0506356;RO=64;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134177;STB=0.507807;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0154875;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:21:10:20:44:21:10:20:44 chr16 70010610 . C T 301.31 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=0.02864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.691;QD=11.1596;RBI=0.0333708;REFB=-0.00312253;REVB=-0.0171276;RO=68;SAF=11;SAR=27;SRF=21;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259124;STB=0.530007;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00536107;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:70:38:38:0.351852:27:11:21:47:27:11:23:47 chr16 70016573 . G A 1976.58 PASS AF=0.992248;AO=127;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158239;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.204;QD=61.2893;RBI=0.0347703;REFB=-0.0350456;REVB=0.0309609;RO=1;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826369;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000355712;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:1:1:127:128:0.992248:57:70:0:1:57:71:0:1 chr16 70064261 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0324984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1883;QD=37.8916;RBI=0.0419186;REFB=0.0397886;REVB=0.0264768;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0182588;OID=.;OPOS=70064261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr16 70161263 . T C 223.27 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.729;QD=49.6153;RBI=0.0410478;REFB=0;REVB=-0.0255662;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98837e-05;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:3:14:0:0:3:15:0:0 chr16 70164334 . A G 286.9 PASS AF=0.216216;AO=46;DP=220;FAO=48;FDP=222;FR=.;FRO=174;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=-0.00189417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.744;QD=5.16942;RBI=0.00191436;REFB=-0.00940752;REVB=0.00027731;RO=174;SAF=24;SAR=22;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498899;STB=0.546117;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0319159;OID=.;OPOS=70164334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:222:174:174:46:48:0.216216:22:24:84:90:22:26:84:90 chr16 70165914 . T C 176.06 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0148018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.105;QD=10.2061;RBI=0.0200356;REFB=-0.0105626;REVB=0.0135031;RO=46;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509102;STB=0.796796;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0355238;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:5:18:15:31:5:18:15:31 chr16 70182375 . T C 85.83 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0037961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.029;QD=11.8386;RBI=0.0370282;REFB=-0.0116321;REVB=-0.0368331;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35761;STB=0.712982;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.031809;OID=.;OPOS=70182375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:7:11:3:8:7:11 chr16 70182390 . T G 117.22 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0288476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.939;QD=16.1688;RBI=0.0368262;REFB=-0.0158172;REVB=0.0228907;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411341;STB=0.660763;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0210727;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:15:11:13:0.448276:2:9:5:7:4:9:6:9 chr16 70190401 . C T 138.71 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0186633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.099;QD=12.0615;RBI=0.0193894;REFB=-0.00846145;REVB=0.00525647;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119657;STB=0.57014;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0220543;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:20:10:7:9:20:10 chr16 70191029 . T G 1080.64 PASS AF=0.542553;AO=102;DP=188;FAO=102;FDP=188;FR=.;FRO=86;FSAF=71;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00389973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.783;QD=22.9923;RBI=0.0347677;REFB=-0.0340841;REVB=-0.0345483;RO=85;SAF=71;SAR=31;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172735;STB=0.592459;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0245881;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:85:86:102:102:0.542553:31:71:43:42:31:71:44:42 chr16 70191161 . C T 573.74 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=76;FWDB=-0.00610172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4154;QD=14.1665;RBI=0.012494;REFB=-0.00390645;REVB=-0.0109027;RO=96;SAF=23;SAR=43;SRF=20;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174022;STB=0.59679;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0076092;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:96:96:66:66:0.407407:43:23:20:76:43:23:20:76 chr16 70191333 . T C 1625.9 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.98;QD=59.1235;RBI=0.0461232;REFB=-0.108109;REVB=0.04495;RO=1;SAF=38;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00663961;STB=0.503496;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000341991;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:71:38:0:1:71:38:0:1 chr16 70191556 . G A 423.85 PASS AF=0.335366;AO=56;DP=164;FAO=55;FDP=164;FR=.;FRO=109;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=0.00630003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0014;QD=10.3379;RBI=0.00685342;REFB=-0.0266975;REVB=-0.00269796;RO=97;SAF=24;SAR=32;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119808;STB=0.557607;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.024961;OID=.;OPOS=70191556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:97:109:56:55:0.335366:32:24:52:45:31:24:57:52 chr16 70191566 . A G 2305.74 PASS AF=0.981013;AO=154;DP=160;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0985232;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9625;QD=58.3731;RBI=0.0995028;REFB=-0.157909;REVB=0.0139277;RO=2;SAF=74;SAR=80;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126819;STB=0.509803;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00365273;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:160:158:2:3:154:155:0.981013:80:74:2:0:80:75:3:0 chr16 70287177 . A G 534.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7859;QD=59.335;RBI=0.137124;REFB=0;REVB=-0.102759;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00340486;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 70287583 . GCCCT GCCCTG,GCCT 72.98 PASS AF=0.567568,0;AO=10,9;DP=37;FAO=21,0;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=1,0;FSAR=20,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00496814,-0.569947;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=41.7627,7.17274;QD=7.89002;RBI=0.0490848,0.579332;REFB=-0.0274134,-0.108457;REVB=-0.0488327,-0.103856;RO=18;SAF=0,6;SAR=10,3;SRF=1;SRR=17;SSEN=0,0.205;SSEP=0,0.686275;SSSB=-0.716738,0.612025;STB=0.823097,0.5;STBP=0.008,1;TYPE=ins,del;VARB=0.188312,0;OID=.,.;OPOS=70287588,70287584;OREF=-,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCTG,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568,0:10,9:37:21,0:37:16:1,0:20,0:6:10:72:18:0,6:10,3:1:17 chr16 70303580 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.188;QD=63.8695;RBI=0.0197755;REFB=0;REVB=-0.0186847;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29176e-05;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr16 70395387 . C T 1049.22 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963989;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.958;QD=59.9556;RBI=0.0967034;REFB=0;REVB=-0.00766773;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28847e-05;OID=.;OPOS=70395387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr16 70506907 . T C 1201.98 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.718;QD=60.8597;RBI=0.0401162;REFB=0;REVB=0.0400743;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93587e-05;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr16 70548297 . G A 1413.16 PASS AF=0.969072;AO=71;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=58;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0318772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2256;QD=58.2748;RBI=0.195934;REFB=-0.233368;REVB=0.193324;RO=3;SAF=58;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238331;STB=0.512602;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00957835;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:97:97:3:3:71:94:0.969072:13:58:3:0:36:58:3:0 chr16 70680894 . TCCC GTCC,TCCG,TCC 306.85 PASS AF=0,0,1;AO=7,5,9;DP=22;FAO=0,0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,13;FSAR=0,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424211,0.0017163,-0.0686445;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=7.76295,18.5348,17.3242;QD=47.2075;RBI=0.194373,0.0453015,0.248885;REFB=0,0,0;REVB=0.189688,-0.0452689,0.239231;RO=1;SAF=6,0,4;SAR=1,5,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.2842,0,0.080744;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0232862,0,0.0093569;OID=.,.,.;OPOS=70680894,70680897,70680895;OREF=TC,C,C;OALT=GT,G,-;OMAPALT=GTCC,TCCG,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:4:22:26:1:0:7,5,9:0,0,26:0,0,1:1,5,5:6,0,4:0:1:0,0,13:0,0,13:0:0 chr16 70690989 . G C 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0057153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.313;QD=18.7511;RBI=0.00901909;REFB=-0.0103962;REVB=0.00697706;RO=43;SAF=11;SAR=29;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240949;STB=0.634965;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0150004;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:29:11:22:21:29:11:22:21 chr16 70726795 . C A 1088.21 PASS AF=0.47619;AO=110;DP=237;FAO=110;FDP=231;FR=.;FRO=121;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.018434;FXX=0.0253154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.707;QD=18.8435;RBI=0.0197045;REFB=-0.0218371;REVB=0.00696102;RO=118;SAF=48;SAR=62;SRF=70;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146798;STB=0.574241;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.028743;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:231:118:121:110:110:0.47619:62:48:70:48:62:48:70:51 chr16 70796515 . G A 591.27 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=140;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00112793;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.158;QD=17.0149;RBI=0.0135338;REFB=-0.0327447;REVB=-0.0134867;RO=77;SAF=30;SAR=32;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224822;STB=0.512531;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0344306;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:77:77:62:62:0.446043:32:30:39:38:32:30:39:38 chr16 70818759 . A G 824.02 PASS AF=0.569343;AO=68;DP=127;FAO=78;FDP=137;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.000676152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.415;QD=24.0589;RBI=0.0196236;REFB=-0.0492805;REVB=0.0196119;RO=50;SAF=32;SAR=36;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039552;STB=0.52027;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0298829;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:137:50:59:68:78:0.569343:36:32:21:29:44:34:23:36 chr16 70884524 . C G 430.9 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0149272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.913;QD=14.7316;RBI=0.0171663;REFB=-0.0120917;REVB=-0.008477;RO=68;SAF=15;SAR=34;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212832;STB=0.620202;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0105379;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:34:15:34:34:34:15:34:34 chr16 70884534 . T A 340.18 PASS AF=0.383178;AO=41;DP=107;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0129295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.427;QD=12.7171;RBI=0.0130402;REFB=0.000689804;REVB=-0.00169568;RO=66;SAF=15;SAR=26;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165199;STB=0.59417;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00126161;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:66:66:41:41:0.383178:26:15:34:32:26:15:34:32 chr16 70886630 . C T 305.93 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00522183;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6371;QD=15.1078;RBI=0.0318049;REFB=-0.0269075;REVB=0.0313733;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145261;STB=0.582193;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0385254;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:47:47:34:34:0.419753:14:20:21:26:14:20:21:26 chr16 70889147 . A G 717.82 PASS AF=0.47205;AO=76;DP=160;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.0106086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.073;QD=17.834;RBI=0.0115525;REFB=-0.0113409;REVB=0.00457345;RO=84;SAF=35;SAR=41;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262625;STB=0.511571;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0138559;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:84:85:76:76:0.47205:41:35:41:43:41:35:41:44 chr16 70894087 . T C 912.64 PASS AF=0.424893;AO=99;DP=235;FAO=99;FDP=233;FR=.;FRO=134;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=59;FSRR=75;FWDB=0.0103232;FXX=0.00851028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.46;QD=15.6676;RBI=0.0408152;REFB=-0.00438579;REVB=0.0394881;RO=134;SAF=39;SAR=60;SRF=59;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494339;STB=0.527585;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0078265;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:233:134:134:99:99:0.424893:60:39:59:75:60:39:59:75 chr16 70896015 . GA G 536.38 PASS AF=0.506494;AO=77;DP=153;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.156517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.5614;QD=13.932;RBI=0.161843;REFB=0.00336639;REVB=-0.0411775;RO=73;SAF=34;SAR=43;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106339;STB=0.564082;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=-0.00625174;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.506494:77:153:78:154:76:35:43:44:32:99:73:34:43:41:32 chr16 70896118 . A G 584.3 PASS AF=0.427632;AO=65;DP=152;FAO=65;FDP=152;FR=.;FRO=87;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00934058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.959;QD=15.3763;RBI=0.0093418;REFB=-0.0278313;REVB=0.000150986;RO=87;SAF=29;SAR=36;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119478;STB=0.566794;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0223418;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:87:87:65:65:0.427632:36:29:49:38:36:29:49:38 chr16 70896122 . A C 571.3 PASS AF=0.423841;AO=62;DP=149;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0178561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1178;QD=15.1339;RBI=0.0442078;REFB=-0.0321354;REVB=0.0404412;RO=85;SAF=28;SAR=34;SRF=47;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10436;STB=0.572232;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0332531;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:85:87:62:64:0.423841:34:28:47:38:36:28:49:38 chr16 70897039 . C G 833.11 PASS AF=0.541667;AO=77;DP=143;FAO=78;FDP=144;FR=.;FRO=66;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0083136;FXX=0.0136977;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.753;QD=23.1419;RBI=0.0252214;REFB=-0.0158818;REVB=0.0238118;RO=65;SAF=37;SAR=40;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12535;STB=0.573865;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0146038;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:65:66:77:78:0.541667:40:37:41:24:41:37:42:24 chr16 70902559 . C T 1583.9 PASS AF=0.496875;AO=159;DP=317;FAO=159;FDP=320;FR=.;FRO=161;FSAF=74;FSAR=85;FSRF=102;FSRR=59;FWDB=0.00595856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.88;QD=19.7987;RBI=0.0161151;REFB=-0.0207047;REVB=-0.0149731;RO=157;SAF=74;SAR=85;SRF=100;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154737;STB=0.584;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0223663;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:320:157:161:159:159:0.496875:85:74:100:57:85:74:102:59 chr16 70902568 . C T 1565.89 PASS AF=0.513605;AO=151;DP=294;FAO=151;FDP=294;FR=.;FRO=143;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=87;FSRR=56;FWDB=0.00667527;FXX=0.00338972;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.314;QD=21.3046;RBI=0.00721034;REFB=0.00242045;REVB=-0.00272575;RO=142;SAF=72;SAR=79;SRF=87;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120048;STB=0.563745;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0022726;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:142:143:151:151:0.513605:79:72:87:55:79:72:87:56 chr16 70902683 . G A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0211518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.049;QD=13.9474;RBI=0.0215909;REFB=-0.00168264;REVB=-0.00433215;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133714;STB=0.578217;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00578803;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:11:16:12:5:11:16 chr16 70908736 . A G 605.93 PASS AF=0.443662;AO=61;DP=144;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.00135292;FXX=0.0340113;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.674;QD=17.0685;RBI=0.0122527;REFB=-0.007965;REVB=-0.0121778;RO=77;SAF=43;SAR=18;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349365;STB=0.515425;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0104563;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:77:79:61:63:0.443662:18:43:52:25:20:43:52:27 chr16 70913386 . G A 555.61 PASS AF=0.416667;AO=60;DP=144;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=-0.00922428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.424;QD=15.4336;RBI=0.0167821;REFB=-0.0194896;REVB=-0.0140197;RO=84;SAF=33;SAR=27;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222691;STB=0.624447;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0312562;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:84:84:60:60:0.416667:27:33:28:56:27:33:28:56 chr16 70916617 . G A 310.24 PASS AF=0.209016;AO=51;DP=244;FAO=51;FDP=244;FR=.;FRO=193;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=104;FSRR=89;FWDB=-0.0168471;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4472;QD=5.08586;RBI=0.0280898;REFB=-0.00197661;REVB=0.0224769;RO=188;SAF=26;SAR=25;SRF=100;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283419;STB=0.523004;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0110918;OID=.;OPOS=70916617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:188:193:51:51:0.209016:25:26:100:88:25:26:104:89 chr16 70917855 . A G 990.1 PASS AF=0.435685;AO=103;DP=238;FAO=105;FDP=241;FR=.;FRO=136;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=73;FSRR=63;FWDB=1.4498e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0211;QD=16.4333;RBI=0.0016722;REFB=-0.0165558;REVB=0.00167214;RO=134;SAF=62;SAR=41;SRF=72;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674212;STB=0.542321;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.020373;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:241:134:136:103:105:0.435685:41:62:72:62:41:64:73:63 chr16 70917931 . C G 1080.42 PASS AF=0.466667;AO=101;DP=230;FAO=112;FDP=240;FR=.;FRO=128;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=76;FSRR=52;FWDB=0.0458403;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.225;QD=18.007;RBI=0.0469479;REFB=-0.00674931;REVB=0.0101373;RO=129;SAF=54;SAR=47;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063486;STB=0.521775;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00828413;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:240:129:128:101:112:0.466667:47:54:77:52:50:62:76:52 chr16 70942688 . A C 772.56 PASS AF=0.40367;AO=88;DP=218;FAO=88;FDP=218;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.0346281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3202;QD=14.1754;RBI=0.0411618;REFB=-0.00933647;REVB=-0.0222527;RO=127;SAF=58;SAR=30;SRF=69;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129204;STB=0.580747;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0140356;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:127:130:88:88:0.40367:30:58:69:58:30:58:69:61 chr16 70954513 . T C 269.11 PASS AF=0.316239;AO=35;DP=113;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=26;FWDB=-0.0419046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7671;QD=9.2004;RBI=0.0992936;REFB=-0.0207017;REVB=-0.090018;RO=78;SAF=14;SAR=21;SRF=54;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335261;STB=0.695012;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0464468;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:78:80:35:37:0.316239:21:14:54:24:23:14:54:26 chr16 70954571 . CT TA 197.25 PASS AF=0.268519;AO=28;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.027832;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.711;QD=7.30538;RBI=0.0283342;REFB=-0.0121528;REVB=0.00531129;RO=78;SAF=11;SAR=17;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341038;STB=0.711978;STBP=0.009;TYPE=mnp;VARB=0.0371103;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:78:79:28:29:0.268519:17:11:53:25:18:11:54:25 chr16 70954606 . C T 186.42 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0424341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.091;QD=7.38278;RBI=0.042514;REFB=-0.0245184;REVB=0.00260622;RO=75;SAF=15;SAR=11;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809678;STB=0.548657;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0603425;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:11:15:48:27:11:15:48:27 chr16 70954703 . GGCGCTCCTTCTCCGT GGCGCTCCTTCTCCAG 41.98 PASS AF=0.181818;AO=3;DP=23;FAO=4;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0164077;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.54;QD=7.63334;RBI=0.0361097;REFB=-0.0274452;REVB=0.0321667;RO=11;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228941;STB=0.578563;STBP=0.814;TYPE=mnp;VARB=0.165117;OID=.;OPOS=70954717;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=GGCGCTCCTTCTCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:3:23:4:22:15:2:2:6:9:22:11:2:1:5:6 chr16 70954774 . A G 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0298761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.663;QD=12.0204;RBI=0.185092;REFB=-0.0165809;REVB=-0.182665;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378639;STB=0.749583;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0158732;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:18:20:12:12:0.375:3:9:7:11:3:9:7:13 chr16 70954809 . C A 300.32 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00186887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.674;QD=24.516;RBI=0.0114896;REFB=-0.0141806;REVB=0.0113366;RO=22;SAF=18;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249371;STB=0.638784;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0147285;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:9:18:8:14:9:18:8:14 chr16 70954915 . G T 1524.61 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114713;FXX=0.0097078;HRUN=4;LEN=1;MLLD=353.019;QD=59.7885;RBI=0.0118743;REFB=0;REVB=0.0030674;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31273e-06;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr16 70954945 . T A 433.29 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0048443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.897;QD=18.0536;RBI=0.00592735;REFB=-0.0114121;REVB=0.00341558;RO=52;SAF=15;SAR=29;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215403;STB=0.620567;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0163839;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:29:15:29:23:29:15:29:23 chr16 70972595 . T C 719.56 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0015145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3849;QD=23.2114;RBI=0.0154319;REFB=0.00322198;REVB=0.0153574;RO=55;SAF=35;SAR=34;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754037;STB=0.541187;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0038615;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:34:35:33:22:34:35:33:22 chr16 70972620 . G C 437.83 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00703551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.686;QD=15.7775;RBI=0.0174462;REFB=-0.0210253;REVB=-0.0159647;RO=62;SAF=28;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847566;STB=0.55205;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0283962;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:62:62:48:49:0.441441:20:28:31:31:20:29:31:31 chr16 70975667 . T C 761.3 PASS AF=0.465116;AO=79;DP=173;FAO=80;FDP=172;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=0.010389;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.015;QD=17.7047;RBI=0.0148888;REFB=-0.0199655;REVB=0.0106651;RO=92;SAF=44;SAR=35;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812634;STB=0.501477;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0200082;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:92:92:79:80:0.465116:35:44:52:40:35:45:52:40 chr16 70986480 . G A 1203.16 PASS AF=0.49004;AO=125;DP=252;FAO=123;FDP=251;FR=.;FRO=128;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.0434421;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7915;QD=19.1738;RBI=0.0468604;REFB=0.0144652;REVB=-0.0175695;RO=127;SAF=55;SAR=70;SRF=68;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878221;STB=0.547184;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0183174;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:127:128:125:123:0.49004:70:55:68:59:69:54:68:60 chr16 70989299 . C T 888.74 PASS AF=0.527778;AO=86;DP=171;FAO=95;FDP=180;FR=.;FRO=85;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00653653;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.686;QD=19.7498;RBI=0.0345329;REFB=-0.0225275;REVB=0.0339086;RO=83;SAF=50;SAR=36;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100503;STB=0.567293;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0247247;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:180:83:85:86:95:0.527778:36:50:39:44:36:59:41:44 chr16 70989335 . G A 932.96 PASS AF=0.486911;AO=95;DP=188;FAO=93;FDP=191;FR=.;FRO=98;FSAF=63;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.00284082;FXX=0.0255089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.704;QD=19.5384;RBI=0.00456665;REFB=-0.0113783;REVB=-0.00357548;RO=91;SAF=63;SAR=32;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128801;STB=0.575852;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0134915;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:191:91:98:95:93:0.486911:32:63:48:43:30:63:53:45 chr16 70993553 . A T 151.06 PASS AF=0.134921;AO=34;DP=252;FAO=34;FDP=252;FR=.;FRO=218;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=137;FSRR=81;FWDB=-0.0147865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.037;QD=2.39776;RBI=0.0194194;REFB=-0.00430651;REVB=-0.0125885;RO=216;SAF=18;SAR=16;SRF=135;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124455;STB=0.586794;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0312733;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:216:218:34:34:0.134921:16:18:135:81:16:18:137:81 chr16 70993566 . A G 836.05 PASS AF=0.363636;AO=100;DP=276;FAO=100;FDP=275;FR=.;FRO=175;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=112;FSRR=63;FWDB=-0.00535135;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1903;QD=12.1608;RBI=0.00987877;REFB=-0.00170807;REVB=-0.0083038;RO=174;SAF=59;SAR=41;SRF=111;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562783;STB=0.533271;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00226732;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:174:175:100:100:0.363636:41:59:111:63:41:59:112:63 chr16 71008169 . T C 482.76 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.012974;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.376;QD=17.3968;RBI=0.0134254;REFB=-0.015721;REVB=0.00345204;RO=59;SAF=25;SAR=27;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264787;STB=0.514726;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0185661;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:59:52:52:0.468468:27:25:30:29:27:25:30:29 chr16 71012855 . T C 565.6 PASS AF=0.441176;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=136;FR=.;FRO=76;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=18;FWDB=-0.00557315;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.509;QD=16.6352;RBI=0.0199118;REFB=-0.0196625;REVB=0.0191159;RO=76;SAF=36;SAR=24;SRF=58;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178235;STB=0.598696;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0228502;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:76:76:60:60:0.441176:24:36:58:18:24:36:58:18 chr16 71025245 . C T 149.66 PASS AF=0.291667;AO=19;DP=71;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0246715;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.251;QD=8.31449;RBI=0.0257356;REFB=0.00464706;REVB=-0.00732377;RO=52;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101286;STB=0.598332;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0136003;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:52:51:19:21:0.291667:9:10:23:29:9:12:22:29 chr16 71026076 . C G 377.48 PASS AF=0.384615;AO=43;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=0.0213875;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7254;QD=12.9054;RBI=0.0259823;REFB=-0.023669;REVB=-0.0147531;RO=72;SAF=29;SAR=14;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601475;STB=0.544305;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0386097;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:43:45:0.384615:14:29:45:27:14:31:45:27 chr16 71026098 . C T 241.66 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0276119;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0973;QD=11.6463;RBI=0.0282243;REFB=-0.00982234;REVB=-0.00584749;RO=47;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121541;STB=0.557379;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0217993;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:53:29:30:0.361446:11:18:24:23:11:19:29:24 chr16 71054178 . T C 653.67 PASS AF=0.455128;AO=70;DP=155;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=0.0107841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.928;QD=16.7607;RBI=0.0133949;REFB=-0.00885287;REVB=0.00794528;RO=84;SAF=47;SAR=23;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199939;STB=0.608297;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0125365;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:84:85:70:71:0.455128:23:47:40:44:24:47:40:45 chr16 71061495 . A G 1031.07 PASS AF=0.455696;AO=106;DP=237;FAO=108;FDP=237;FR=.;FRO=129;FSAF=75;FSAR=33;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=0.000180947;FXX=0.00836785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.393;QD=17.4021;RBI=0.0213059;REFB=-0.0235967;REVB=-0.0213051;RO=127;SAF=73;SAR=33;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170999;STB=0.594763;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0298952;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:127:129:106:108:0.455696:33:73:67:60:33:75:69:60 chr16 71061525 . C T 342.47 PASS AF=0.2;AO=59;DP=299;FAO=61;FDP=305;FR=.,HEALED;FRO=244;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=150;FSRR=94;FWDB=0.295586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.234;QD=4.49138;RBI=0.298533;REFB=0.0184238;REVB=-0.0418401;RO=120;SAF=29;SAR=30;SRF=28;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30755;STB=0.585481;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0414116;OID=.;OPOS=71061525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:305:120:244:59:61:0.2:30:29:28:92:30:31:150:94 chr16 71094434 . G A 570.35 PASS AF=0.194707;AO=103;DP=529;FAO=103;FDP=529;FR=.;FRO=426;FSAF=39;FSAR=64;FSRF=201;FSRR=225;FWDB=-0.0195773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3081;QD=4.3127;RBI=0.0469683;REFB=-0.00680802;REVB=0.0426937;RO=396;SAF=39;SAR=64;SRF=197;SRR=199;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155311;STB=0.576756;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0316228;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:529:529:396:426:103:103:0.194707:64:39:197:199:64:39:201:225 chr16 71098649 . T C 872.19 PASS AF=0.437788;AO=95;DP=217;FAO=95;FDP=217;FR=.;FRO=122;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=62;FWDB=0.0178094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9319;QD=16.0772;RBI=0.0187116;REFB=-0.0124021;REVB=-0.00574026;RO=120;SAF=57;SAR=38;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11044;STB=0.561785;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0134804;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:120:122:95:95:0.437788:38:57:59:61:38:57:60:62 chr16 71100838 . T C 161.18 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.001423;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.167;QD=6.3835;RBI=0.0159135;REFB=-0.0108135;REVB=0.0158497;RO=78;SAF=11;SAR=13;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115469;STB=0.566092;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0386953;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:78:77:24:24:0.237624:13:11:43:35:13:11:42:35 chr16 71101153 . C G 50.37 PASS AF=0.129032;AO=4;DP=59;FAO=8;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.000564536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.278;QD=3.24986;RBI=0.0140367;REFB=-0.00349551;REVB=0.0140253;RO=29;SAF=4;SAR=0;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507946;STB=0.565444;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0526298;OID=.;OPOS=71101153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:59:62:29:49:4:8:0.129032:0:4:24:5:3:5:27:22 chr16 71101200 . T C 188.08 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0117435;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.78;QD=8.85069;RBI=0.011871;REFB=-0.00042948;REVB=0.00173518;RO=59;SAF=12;SAR=13;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133966;STB=0.572576;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00136123;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:59:60:25:25:0.294118:13:12:35:24:13:12:35:25 chr16 71101270 . C T 211.05 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0226653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.644;QD=9.93169;RBI=0.0276861;REFB=-0.00594942;REVB=-0.0158998;RO=58;SAF=18;SAR=9;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586294;STB=0.534457;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0117688;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:9:18:36:22:9:18:36:22 chr16 71103269 . T C 1395.44 PASS AF=0.462025;AO=147;DP=317;FAO=146;FDP=316;FR=.;FRO=170;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=97;FSRR=73;FWDB=0.0104041;FXX=0.00940409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.359;QD=17.6639;RBI=0.010562;REFB=-0.0140116;REVB=-0.00181941;RO=161;SAF=82;SAR=65;SRF=93;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191264;STB=0.508615;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0158961;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:161:170:147:146:0.462025:65:82:93:68:65:81:97:73 chr16 71109904 . C A 458.87 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=110;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0304223;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.893;QD=16.8394;RBI=0.0329414;REFB=-0.022547;REVB=0.012634;RO=59;SAF=18;SAR=32;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994209;STB=0.555533;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0221355;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:59:59:50:50:0.458716:32:18:27:32:32:18:27:32 chr16 71113780 . C T 116.47 PASS AF=0.264706;AO=17;DP=65;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0178201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.043;QD=6.85103;RBI=0.041082;REFB=-0.00195672;REVB=-0.0370159;RO=48;SAF=14;SAR=3;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253427;STB=0.690547;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0239175;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:48:50:17:18:0.264706:3:14:32:16:3:15:32:18 chr16 71122408 . C T 293.97 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.0700129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.094;QD=12.6437;RBI=0.0866734;REFB=0.00568863;REVB=-0.0510928;RO=59;SAF=22;SAR=12;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264801;STB=0.651865;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0113072;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:12:22:24:35:12:22:24:35 chr16 71163579 . C T 526.49 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.034641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.789;QD=17.6971;RBI=0.0642002;REFB=-0.00918643;REVB=0.0540525;RO=62;SAF=27;SAR=29;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108274;STB=0.563842;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0118144;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:63:56:56:0.470588:29:27:37:25:29:27:38:25 chr16 71163606 . C T 142.42 PASS AF=0.214286;AO=23;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0160828;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.997;QD=5.08658;RBI=0.0537483;REFB=-0.0104773;REVB=-0.0512857;RO=88;SAF=10;SAR=13;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125162;STB=0.559298;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.043743;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:88:88:23:24:0.214286:13:10:47:41:13:11:47:41 chr16 71163693 . A G 81.4 PASS AF=0.16129;AO=15;DP=93;FAO=15;FDP=93;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00796355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.691;QD=3.50088;RBI=0.028216;REFB=-0.0100586;REVB=-0.0270689;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147547;STB=0.60214;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0765303;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:93:93:77:78:15:15:0.16129:8:7:45:32:8:7:46:32 chr16 71237702 . C T 175.28 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00121223;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.352;QD=18.9496;RBI=0.0229006;REFB=-0.0132797;REVB=-0.0228685;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356233;STB=0.701537;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0161659;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:5:14:6:12:5:14 chr16 71264523 . T A 184.76 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0938364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.155;QD=12.3174;RBI=0.0948769;REFB=-0.0261144;REVB=0.0140132;RO=30;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222307;STB=0.724713;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.056569;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:37:22:23:0.383333:19:3:8:22:20:3:14:23 chr16 71264561 . A G 166.82 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0485195;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.427;QD=11.505;RBI=0.0487959;REFB=-0.00424316;REVB=-0.00518644;RO=35;SAF=3;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430162;STB=0.759207;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00371106;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:37:21:21:0.362069:18:3:16:19:18:3:17:20 chr16 71318577 . T C 282.39 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000160895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.374;QD=19.817;RBI=0.0147658;REFB=-0.00966909;REVB=0.014765;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157623;STB=0.508766;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.010814;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:14:13:15:15:14:13 chr16 71319539 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024605;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.063;QD=60.9786;RBI=0.0247134;REFB=0;REVB=-0.00231195;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21373e-05;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:13:26:0:0 chr16 71319646 . G A,T 1664.11 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=107,5;DP=112;FAO=108,4;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49,4;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541453,-0.0432345;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.2188,17.0395;QD=59.4323;RBI=0.057473,0.043256;REFB=0,0;REVB=0.0192726,-0.00136305;RO=0;SAF=48,5;SAR=59,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=8.69394e-05,0.0919074;OID=.,.;OPOS=71319646,71319646;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:112:112:0:0:107,5:108,4:0.964286,0.0357143:59,0:48,5:0:0:59,0:49,4:0:0 chr16 71418291 . T C 192.85 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.067167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.229;QD=13.7752;RBI=0.0709096;REFB=0.000846163;REVB=0.0227324;RO=32;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191433;STB=0.611408;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00207877;OID=.;OPOS=71418291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:22:23:0.410714:6:16:18:14:6:17:19:14 chr16 71483345 . G T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0259321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.363;QD=14.9038;RBI=0.02603;REFB=-0.00187766;REVB=0.00225511;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251851;STB=0.514275;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00228615;OID=.;OPOS=71483345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:23:11:9:17:23:11 chr16 71509588 . G A 229.8 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00247872;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1933;QD=14.1415;RBI=0.00283453;REFB=-0.0230436;REVB=0.00137496;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107586;STB=0.570063;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0221358;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:38:27:27:0.415385:16:11:18:17:16:11:20:18 chr16 71509685 . C G 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0159963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.255;QD=9.67078;RBI=0.0161776;REFB=-0.00822157;REVB=0.0024154;RO=35;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144199;STB=0.598318;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0172712;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:11:5:15:20:11:5:16:20 chr16 71660310 . G A 859.11 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4519;QD=53.6946;RBI=0.223396;REFB=-0.100687;REVB=0.173648;RO=1;SAF=46;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00970476;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:1:0:60:64:1:14:46:0:1:15:49:0:0 chr16 71668634 . T G 382.1 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00291694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.692;QD=54.5849;RBI=0.0145731;REFB=0;REVB=0.0142782;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222873;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr16 71674882 . C G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6975;QD=60.6044;RBI=0.0676856;REFB=0;REVB=-0.0312866;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043983;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr16 71678932 . T C 808.4 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00746747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.661;QD=53.8931;RBI=0.0258197;REFB=-0.0411675;REVB=-0.0247163;RO=2;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362473;STB=0.519224;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000459965;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:25:33:0:2:25:33:0:2 chr16 71679057 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.603;QD=55.6492;RBI=0.0923617;REFB=0;REVB=-0.092349;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461571;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 71800384 . T A 706.14 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494893;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.511;QD=62.7679;RBI=0.0495598;REFB=0;REVB=0.00264329;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147419;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr16 71884748 . ACCCCCG ACCCCCC,ACCCCCCG,ACCCCG 32.7 PASS AF=0,0.363636,0;AO=2,7,3;DP=24;FAO=0,8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,2,0;FSAR=0,6,0;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0109343,0.284865,-0.272917;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=98.3379,11.6797,12.0905;QD=5.94467;RBI=0.0176415,0.287058,0.274501;REFB=0.00780164,0.0413165,-0.0363485;REVB=0.0138442,0.0354114,-0.029448;RO=12;SAF=0,1,2;SAR=2,6,1;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.333333;SSSB=-0.440425,0.143714,0.621088;STB=0.5,0.599781,0.5;STBP=1,0.657,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0,-0.0172043,0;OID=.,.,.;OPOS=71884754,71884749,71884749;OREF=G,-,C;OALT=C,C,-;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCG,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.363636,0:2,7,3:24:0,8,0:22:14:0,2,0:0,6,0:2:12:34:12:0,1,2:2,6,1:1:11 chr16 71886530 . T A 694.74 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161071;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.935;QD=63.158;RBI=0.0182558;REFB=0;REVB=-0.0085928;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005209;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr16 71889173 . C T 1677.4 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.088;QD=60.4469;RBI=0.00972199;REFB=0;REVB=0.00616991;RO=0;SAF=56;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95783e-06;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:55:56:0:0:55:56:0:0 chr16 71890489 . C G 1574.07 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000125359;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226;QD=59.9647;RBI=0.024326;REFB=0;REVB=0.0243257;RO=0;SAF=69;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016856;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:35:69:0:0:36:69:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 1682.16 PASS AF=0.936;AO=108;DP=130;FAO=117;FDP=125;FR=.;FRO=8;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0126343;FXX=0.0384586;HRUN=3;LEN=4;MLLD=282.561;QD=53.8291;RBI=0.0126906;REFB=-0.0756402;REVB=-0.00119449;RO=8;SAF=55;SAR=53;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478256;STB=0.522714;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.00291162;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936:108:130:117:125:8:61:56:7:1:22:8:55:53:7:1 chr16 71983772 . G C 1606.86 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.314;QD=64.2745;RBI=0.0484459;REFB=0;REVB=0.0447155;RO=0;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8985e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:33:67:0:0:33:67:0:0 chr16 71986946 . A G 1606.86 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9971;QD=60.0696;RBI=0.00817353;REFB=0;REVB=0.00392054;RO=0;SAF=72;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58624e-05;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:35:72:0:0:35:72:0:0 chr16 71986995 . G A 769.75 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.176;QD=57.0186;RBI=0.019396;REFB=0;REVB=0.0139021;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77184e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:18:35:0:0:18:36:0:0 chr16 71988106 . C T 1444.77 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0161919;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.632;QD=56.1077;RBI=0.0284089;REFB=0.0360253;REVB=0.0233429;RO=2;SAF=50;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185951;STB=0.504853;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-6.42507e-05;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:2:3:100:100:0.970874:50:50:2:0:50:50:2:1 chr16 72001136 . G A 1142.4 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133034;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.362;QD=60.1262;RBI=0.0184592;REFB=0;REVB=0.0184112;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046569;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr16 72007399 . C T 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.177;QD=60.2187;RBI=0.0390567;REFB=0;REVB=0.0319389;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33261e-05;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr16 72011181 . G T 955.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9101;QD=58.7816;RBI=0.0241923;REFB=0;REVB=0.0207951;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35468e-05;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr16 72011193 . A C 989.73 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0411;QD=58.2196;RBI=0.0721127;REFB=0;REVB=0.0537809;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162966;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:32:34:0:0:34:34:0:0 chr16 72011261 . A G 1449.97 PASS AF=0.953271;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=107;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0494908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6379;QD=54.2043;RBI=0.0494928;REFB=-0.00489167;REVB=0.000450791;RO=6;SAF=56;SAR=45;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300781;STB=0.521363;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00286344;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:107:6:5:101:102:0.953271:45:56:5:1:46:56:5:0 chr16 72013797 . G C 750.65 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0226;QD=56.6528;RBI=0.0599671;REFB=0;REVB=-0.0109431;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258227;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:26:25:0:0:26:27:0:0 chr16 72020134 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1233;QD=60.7146;RBI=0.0133771;REFB=0;REVB=0.0089079;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82214e-06;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr16 72020294 . G A 590.47 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0219526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.346;QD=52.4858;RBI=0.025501;REFB=-0.0898473;REVB=-0.0129764;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492729;STB=0.549976;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00316005;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:45:2:4:39:41:0.911111:21:18:2:0:23:18:4:0 chr16 72020323 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.755;QD=60.9786;RBI=0.00447439;REFB=0;REVB=-0.00411556;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17655e-06;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr16 72032231 . T A 740.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.379;QD=63.0376;RBI=0.038336;REFB=0;REVB=0.0361902;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187325;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:16:29:0:0:18:29:0:0 chr16 72042682 . A C 1162.95 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027263;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.804;QD=59.6386;RBI=0.0437808;REFB=-0.0054794;REVB=0.0342562;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000142435;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:33:44:0:0:33:44:1:0 chr16 72110589 . G A 315.39 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00514737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8498;QD=22.5275;RBI=0.00597494;REFB=0.00857531;REVB=0.00303388;RO=22;SAF=27;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348062;STB=0.718777;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00911505;OID=.;OPOS=72110589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:24:32:32:0.571429:5:27:11:11:5:27:11:13 chr16 72132583 . A C 348.9 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00683691;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4401;QD=12.6872;RBI=0.0261394;REFB=0.00593085;REVB=0.0252295;RO=67;SAF=19;SAR=23;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139524;STB=0.57447;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.013745;OID=.;OPOS=72132583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:68:42:42:0.381818:23:19:39:28:23:19:39:29 chr16 72821644 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0200365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.154;QD=13.631;RBI=0.0245641;REFB=-0.0304203;REVB=0.0142102;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0221169;OID=.;OPOS=72821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:7:2:2:6:7:2 chr16 72821648 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0289977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9315;QD=13.6316;RBI=0.15311;REFB=-0.026131;REVB=0.150339;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337293;STB=0.519951;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0745455;OID=.;OPOS=72821648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:7:2:2:6:7:2 chr16 72827758 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.255;QD=62.3476;RBI=0.0088297;REFB=0;REVB=0.00302181;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20498e-06;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr16 72828403 . A G 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0232003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.867;QD=9.82038;RBI=0.029565;REFB=-0.0191575;REVB=0.0183257;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043268;STB=0.526267;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0227767;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:7:16:8:3:7:16 chr16 72831357 . CTTGTTG C 30.24 PASS AF=0.3125;AO=4;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00243317;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=6;MLLD=229.926;QD=7.56049;RBI=0.02852;REFB=-0.0219741;REVB=-0.028416;RO=8;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538306;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.0589139;OID=.;OPOS=72831358;OREF=TTGTTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:4:17:5:16:11:2:3:5:6:30:8:2:2:4:4 chr16 72832135 . T A 1138.64 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290735;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.751;QD=60.7275;RBI=0.0399193;REFB=0;REVB=0.0273548;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.70701e-05;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr16 72993831 . AG CG,GA 157.1 PASS AF=0.404762,0;AO=15,2;DP=39;FAO=17,0;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12,0;FSAR=5,0;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0881888,-0.0974661;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.3971,24.3505;QD=14.9617;RBI=0.109811,0.162292;REFB=-0.0484856,-0.0371379;REVB=-0.06543,-0.129766;RO=17;SAF=11,2;SAR=4,0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0379435,0.439097;STB=0.510192,0.5;STBP=0.922,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.081103,0;OID=.,.;OPOS=72993831,72993831;OREF=A,AG;OALT=C,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:17:25:15,2:17,0:0.404762,0:4,0:11,2:13:4:5,0:12,0:18:7 chr16 73143402 . C CAGA 155.49 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.010072;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.021;QD=13.5208;RBI=0.0120755;REFB=-0.00467583;REVB=0.00666124;RO=31;SAF=13;SAR=3;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28214;STB=0.611144;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.00714958;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369565:16:47:17:46:29:13:4:18:11:99:31:13:3:19:12 chr16 74366531 . A C 381.07 PASS AF=0.465116;AO=35;DP=80;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.02162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.267;QD=17.7242;RBI=0.0216354;REFB=-0.00856332;REVB=-0.000816729;RO=42;SAF=10;SAR=25;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131972;STB=0.545431;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00998416;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:42:46:35:40:0.465116:25:10:17:25:25:15:21:25 chr16 74394671 . T C 313.22 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=58;FWDB=-0.0314221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.187;QD=9.42011;RBI=0.0317534;REFB=-0.014619;REVB=0.00457463;RO=92;SAF=12;SAR=29;SRF=34;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10391;STB=0.560945;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0360149;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:92:92:41:41:0.308271:29:12:34:58:29:12:34:58 chr16 74394745 . A G 91.27 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.00825965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.648;QD=4.0564;RBI=0.011979;REFB=-0.00379794;REVB=0.0086761;RO=74;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576768;STB=0.537743;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0210185;OID=.;OPOS=74394745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:10:6:31:43:10:6:31:43 chr16 74425314 . G A 32.63 PASS AF=0.0793651;AO=10;DP=123;FAO=10;FDP=126;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=97;FSRR=19;FWDB=-0.0370567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.33;QD=1.03602;RBI=0.0520301;REFB=-0.00368766;REVB=0.0365231;RO=113;SAF=8;SAR=2;SRF=94;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604947;STB=0.555453;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0413451;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:123:126:113:116:10:10:0.0793651:2:8:94:19:2:8:97:19 chr16 74425358 . G A 565.21 PASS AF=0.334862;AO=68;DP=215;FAO=73;FDP=218;FR=.;FRO=145;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=116;FSRR=29;FWDB=-0.00427924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.382;QD=10.3709;RBI=0.0440009;REFB=-0.00246278;REVB=-0.0437924;RO=145;SAF=44;SAR=24;SRF=116;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215178;STB=0.621105;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00633175;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:218:145:145:68:73:0.334862:24:44:116:29:26:47:116:29 chr16 74425548 . A G 1247.85 PASS AF=0.545045;AO=119;DP=223;FAO=121;FDP=222;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=68;FSRF=63;FSRR=38;FWDB=-0.0065862;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6188;QD=22.4838;RBI=0.0380015;REFB=-0.0340098;REVB=0.0374264;RO=99;SAF=52;SAR=67;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148674;STB=0.584023;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0340739;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:99:101:119:121:0.545045:67:52:61:38:68:53:63:38 chr16 74425569 . C T 219.63 PASS AF=0.190955;AO=38;DP=199;FAO=38;FDP=199;FR=.;FRO=161;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=95;FSRR=66;FWDB=-0.0269199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.608;QD=4.41468;RBI=0.0355761;REFB=-0.017902;REVB=-0.0232589;RO=158;SAF=10;SAR=28;SRF=92;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403559;STB=0.7576;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0658818;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:158:161:38:38:0.190955:28:10:92:66:28:10:95:66 chr16 74425702 . GG AA 281.64 PASS AF=0.185567;AO=22;DP=262;FAO=54;FDP=291;FR=.,HEALED;FRO=237;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=109;FSRR=128;FWDB=-0.00869396;FXX=0.00342454;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.531;QD=3.87127;RBI=0.0435149;REFB=-0.0098991;REVB=0.0426376;RO=185;SAF=19;SAR=3;SRF=84;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498563;STB=0.543552;STBP=0.489;TYPE=mnp;VARB=0.0400269;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:291:185:237:22:54:0.185567:3:19:84:101:32:22:109:128 chr16 74425732 . G T 398.72 PASS AF=0.235075;AO=62;DP=272;FAO=63;FDP=268;FR=.,HEALED;FRO=205;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=92;FSRR=113;FWDB=-0.00204466;FXX=0.0183143;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.805;QD=5.951;RBI=0.0686709;REFB=-0.0228992;REVB=-0.0686404;RO=165;SAF=29;SAR=33;SRF=88;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807076;STB=0.52105;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0698646;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:268:165:205:62:63:0.235075:33:29:88:77:33:30:92:113 chr16 74425769 . C T 352.71 PASS AF=0.242424;AO=56;DP=232;FAO=56;FDP=231;FR=.;FRO=175;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=80;FSRR=95;FWDB=0.0117415;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6966;QD=6.10754;RBI=0.0465576;REFB=-0.0224126;REVB=-0.0450527;RO=175;SAF=25;SAR=31;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136334;STB=0.508194;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0920283;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:231:175:175:56:56:0.242424:31:25:80:95:31:25:80:95 chr16 74425787 . G T 318.4 PASS AF=0.248677;AO=47;DP=190;FAO=47;FDP=189;FR=.;FRO=142;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=79;FWDB=0.00414382;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.113;QD=6.73869;RBI=0.0231855;REFB=-0.0156878;REVB=-0.0228121;RO=142;SAF=20;SAR=27;SRF=63;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231047;STB=0.513867;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0478474;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:142:142:47:47:0.248677:27:20:63:79:27:20:63:79 chr16 74425793 . T C 334.64 PASS AF=0.266667;AO=47;DP=176;FAO=48;FDP=180;FR=.;FRO=132;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=79;FWDB=-0.00904206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.082;QD=7.43653;RBI=0.0352839;REFB=-0.0185196;REVB=-0.0341056;RO=124;SAF=20;SAR=27;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383937;STB=0.526978;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0476001;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:180:124:132:47:48:0.266667:27:20:49:75:27:21:53:79 chr16 74425795 . G A 351.61 PASS AF=0.291667;AO=49;DP=168;FAO=49;FDP=168;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=71;FWDB=0.0331111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7017;QD=8.37164;RBI=0.0551743;REFB=-0.0442227;REVB=-0.0441345;RO=112;SAF=22;SAR=27;SRF=43;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793753;STB=0.532859;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0155406;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:112:119:49:49:0.291667:27:22:43:69:27:22:48:71 chr16 74425826 . G A 162.99 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0177349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.932;QD=9.18278;RBI=0.0211744;REFB=-0.0104355;REVB=-0.0115684;RO=48;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726446;STB=0.549251;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0278519;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:11:11:21:27:11:11:21:28 chr16 74537591 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.088;QD=57.6804;RBI=0.020132;REFB=0;REVB=-0.00449529;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26286e-05;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr16 74664743 . T C 542.0 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0163432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.784;QD=19.7092;RBI=0.0166492;REFB=-0.0214926;REVB=-0.00317704;RO=54;SAF=24;SAR=32;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805982;STB=0.544487;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0193205;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:32:24:28:26:32:24:28:26 chr16 74664810 . A T 1409.6 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198058;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4777;QD=56.9534;RBI=0.198543;REFB=0;REVB=0.0138782;RO=0;SAF=38;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360001;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:91:99:1:53:38:0:0:53:46:0:0 chr16 74670458 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.833;QD=62.9828;RBI=0.0493785;REFB=0;REVB=-0.0277082;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277453;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr16 74695079 . G T 1695.2 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.819;QD=60.5429;RBI=0.0277176;REFB=0;REVB=-0.0271292;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73004e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr16 74750405 . G A 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.738;QD=59.853;RBI=0.00834028;REFB=0;REVB=-0.00833224;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52135e-05;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr16 75203269 . A C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0177802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.818;QD=13.0911;RBI=0.0301958;REFB=-0.00508384;REVB=0.0244059;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00972071;OID=.;OPOS=75203269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:11:9:7:6:11:9 chr16 75238103 . C T 1680.25 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491638;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2967;QD=60.5495;RBI=0.0509111;REFB=0;REVB=0.0132235;RO=0;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40739e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300832;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:57:54:0:0:57:54:0:0 chr16 75258617 . C T 142.64 PASS AF=0.4;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00184216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.544;QD=14.2641;RBI=0.00818788;REFB=-0.00216027;REVB=-0.00797796;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00897632;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:24:16:16:0.4:6:10:15:8:6:10:15:9 chr16 75269267 . A G 1190.2 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.509;QD=61.0358;RBI=0.0300761;REFB=0;REVB=0.00365111;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45352e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr16 75269534 . C T 671.78 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0258398;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.502;QD=50.7;RBI=0.0554539;REFB=-0.0553913;REVB=0.0490656;RO=2;SAF=33;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027679;STB=0.50042;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00391482;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:53:2:3:50:50:0.943396:17:33:2:0:17:33:2:1 chr16 75563330 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.102319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8387;QD=12.1821;RBI=0.104387;REFB=-0.0167945;REVB=0.0206752;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11281;STB=0.567427;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0352089;OID=.;OPOS=75563330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:9:6:3:7:9:6 chr16 75563746 . T G 129.38 PASS AF=0.375;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00583623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.234;QD=12.9378;RBI=0.00817422;REFB=-0.0420227;REVB=-0.00572332;RO=23;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174555;STB=0.596359;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0565927;OID=.;OPOS=75563746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:23:25:14:15:0.375:10:4:10:13:10:5:12:13 chr16 75564287 . T C 94.55 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0618537;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7364;QD=7.13604;RBI=0.0654058;REFB=-0.0136623;REVB=-0.0212613;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111862;STB=0.521708;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0167775;OID=.;OPOS=75564287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:54:53:33:39:14:14:0.264151:9:5:9:24:9:5:15:24 chr16 75565284 . G A 113.97 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00358273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.446;QD=18.2345;RBI=0.00836418;REFB=-0.0179583;REVB=-0.00755801;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191108;STB=0.610503;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0309744;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:7:5:3:10:7:5 chr16 75565420 . A G 761.2 PASS AF=0.982456;AO=40;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.13;QD=53.4176;RBI=0.0323889;REFB=-0.0147895;REVB=0.0211164;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.015273;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:40:56:0.982456:15:25:0:0:28:28:1:0 chr16 75574030 . C T 328.77 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.00148942;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.276;QD=15.2914;RBI=0.0212317;REFB=-0.00835459;REVB=-0.0211794;RO=50;SAF=20;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255377;STB=0.514428;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0114528;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:16:20:29:21:16:20:29:21 chr16 75590092 . G C 613.47 PASS AF=0.467626;AO=62;DP=135;FAO=65;FDP=139;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.00713449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.396;QD=17.6538;RBI=0.0222851;REFB=-0.0590145;REVB=0.0211122;RO=71;SAF=32;SAR=30;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183768;STB=0.518472;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0703314;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:139:71:74:62:65:0.467626:30:32:38:33:33:32:39:35 chr16 75590113 . C G 657.93 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00261153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.109;QD=19.7873;RBI=0.0106762;REFB=-0.010622;REVB=-0.0103519;RO=67;SAF=34;SAR=32;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342535;STB=0.518901;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0118264;OID=.;OPOS=75590113;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:67:67:66:66:0.496241:32:34:32:35:32:34:32:35 chr16 75646576 . G T 857.8 PASS AF=0.66087;AO=77;DP=115;FAO=76;FDP=115;FR=.;FRO=39;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0150254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.805;QD=29.8365;RBI=0.0272414;REFB=-0.043952;REVB=0.022723;RO=37;SAF=37;SAR=40;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523911;STB=0.517497;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0135275;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:37:39:77:76:0.66087:40:37:21:16:39:37:21:18 chr16 75646685 . G T 250.22 PASS AF=0.482759;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.118177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2077;QD=17.2565;RBI=0.129666;REFB=0.00631932;REVB=-0.053363;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094273;STB=0.532972;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0137191;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:30:27:28:0.482759:15:12:10:19:16:12:11:19 chr16 75728368 . A G 1011.69 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2784;QD=57.8108;RBI=0.0382668;REFB=-0.0786625;REVB=-0.0184538;RO=1;SAF=42;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00140665;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:27:42:1:0:27:42:1:0 chr16 76311602 . G GT 426.93 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.1387;QD=47.4367;RBI=0.0535334;REFB=0;REVB=0.0229361;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00242956;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:36:36:36:0:19:17:0:0:8:1:18:17:1:0 chr16 76482001 . A G 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.077785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.663;QD=11.3293;RBI=0.0861915;REFB=0.0190538;REVB=0.0371277;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158474;STB=0.50942;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0320281;OID=.;OPOS=76482001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:10:17:9:5:10:17 chr16 76532583 . A G 1522.25 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.111;QD=59.6959;RBI=0.0267797;REFB=0;REVB=0.0262279;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27403e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:42:58:0:0:43:59:0:0 chr16 76587202 . T G 712.74 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.00646858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.162;QD=22.2731;RBI=0.0734953;REFB=-0.013439;REVB=-0.0732101;RO=59;SAF=44;SAR=25;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213863;STB=0.511711;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0104859;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:25:44:39:20:25:44:39:20 chr16 76587331 . T C 978.24 PASS AF=0.543353;AO=94;DP=175;FAO=94;FDP=173;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0586168;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.319;QD=22.6183;RBI=0.0590669;REFB=0.00504363;REVB=-0.00727822;RO=81;SAF=42;SAR=52;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295853;STB=0.509928;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0046324;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:173:81:79:94:94:0.543353:52:42:39:42:52:42:37:42 chr16 76902847 . T C 727.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.729;QD=63.2593;RBI=0.0680555;REFB=0;REVB=0.0582525;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342581;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr16 76902850 . G A 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.395;QD=63.2798;RBI=0.0296386;REFB=0;REVB=0.00658304;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216397;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr16 77228629 . A G 435.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126064;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6882;QD=58.0013;RBI=0.0535896;REFB=0;REVB=-0.0520857;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234156;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr16 77228866 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.716;QD=58.6004;RBI=0.110311;REFB=0;REVB=0.0342671;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121322;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr16 77228971 . C T 227.48 PASS AF=0.511111;AO=19;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.098894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.554;QD=20.2203;RBI=0.110196;REFB=-0.0517113;REVB=0.0486109;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255221;STB=0.685997;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0268768;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:18:22:19:23:0.511111:12:7:12:6:16:7:15:7 chr16 77233338 . C T 2172.64 PASS AF=0.479482;AO=222;DP=463;FAO=222;FDP=463;FR=.;FRO=241;FSAF=101;FSAR=121;FSRF=124;FSRR=117;FWDB=0.00453165;FXX=0.00215513;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.847;QD=18.7701;RBI=0.00721214;REFB=-0.0129018;REVB=0.00561062;RO=241;SAF=101;SAR=121;SRF=124;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565857;STB=0.531082;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.012967;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:463:463:241:241:222:222:0.479482:121:101:124:117:121:101:124:117 chr16 77233394 . A G 4771.44 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0610878;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.878;QD=62.5762;RBI=0.0704177;REFB=0;REVB=0.0350277;RO=0;SAF=142;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55392e-05;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:305:305:0:0:305:305:1:163:142:0:0:163:142:0:0 chr16 77246795 . C G 373.21 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0755807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.908;QD=15.3901;RBI=0.0757117;REFB=-0.00334098;REVB=-0.00445336;RO=56;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270879;STB=0.519471;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00357825;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:57:40:40:0.412371:24:16:21:35:24:16:21:36 chr16 77316150 . G T 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00972823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.48;QD=15.3049;RBI=0.00994653;REFB=-0.0209882;REVB=0.00207242;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897753;STB=0.550691;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0343925;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:23:16:15:15:23:16 chr16 77317174 . T C 259.1 PASS AF=0.3875;AO=28;DP=77;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0093766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.087;QD=12.9551;RBI=0.0127449;REFB=-0.0118807;REVB=-0.00863206;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426128;STB=0.533959;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0174937;OID=.;OPOS=77317174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:47:49:28:31:0.3875:15:13:20:27:16:15:21:28 chr16 77327018 . G A 460.04 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0105225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4925;QD=17.1976;RBI=0.0350285;REFB=-0.0039841;REVB=0.0334106;RO=56;SAF=38;SAR=12;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213271;STB=0.625947;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00549991;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:57:50:50:0.46729:12:38:32:24:12:38:32:25 chr16 77328895 . C T 445.06 PASS AF=0.454545;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00171957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.186;QD=17.9821;RBI=0.00195012;REFB=0.000871769;REVB=0.000919812;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162384;STB=0.582662;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0010859;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:54:54:44:45:0.454545:26:18:31:23:26:19:31:23 chr16 77328990 . C A 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0164714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5367;QD=13.4909;RBI=0.0165215;REFB=0.003689;REVB=-0.00128493;RO=46;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940029;STB=0.553661;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00529655;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:13:17:22:24:13:17:22:24 chr16 77353973 . G T 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.742;QD=63.8677;RBI=0.0274154;REFB=0;REVB=0.0273524;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96942e-05;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr16 77359919 . A T 871.28 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00764245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.564;QD=56.2118;RBI=0.0182504;REFB=-0.0296701;REVB=0.0165732;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.000543087;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:27:33:0:1:27:34:0:1 chr16 77389956 . A G 990.84 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.865;QD=59.1544;RBI=0.0296174;REFB=0;REVB=0.000893791;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52426e-05;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:33:34:0:0 chr16 77401545 . A G 2335.67 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.407;QD=61.0633;RBI=0.0221415;REFB=0;REVB=0.0175163;RO=0;SAF=88;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86384e-06;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:153:153:1:65:88:0:0:65:88:0:0 chr16 77769369 . C T 3862.01 PASS AF=1;AO=249;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735286;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.489;QD=61.546;RBI=0.0773157;REFB=-0.0372545;REVB=0.023901;RO=2;SAF=117;SAR=132;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000459167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60004e-05;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:251:251:2:0:249:251:1:132:117:1:1:132:119:0:0 chr16 77822740 . A G 386.58 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0285803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.098;QD=18.1921;RBI=0.0451008;REFB=-0.0116821;REVB=0.0348891;RO=44;SAF=26;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575005;STB=0.53631;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0162181;OID=.;OPOS=77822740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:45:40:40:0.470588:14:26:31:13:14:26:32:13 chr16 77910349 . C T 784.68 PASS AF=0.58871;AO=73;DP=123;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0281763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.9668;QD=25.3124;RBI=0.0286753;REFB=0.0145819;REVB=0.00532647;RO=48;SAF=28;SAR=45;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411836;STB=0.520587;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00809561;OID=.;OPOS=77910349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:48:51:73:73:0.58871:45:28:21:27:45:28:22:29 chr16 78013123 . C T 1336.85 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=62.179;RBI=0.036568;REFB=0;REVB=-0.0168843;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20769e-05;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:39:47:0:0 chr16 78013882 . A T 569.18 PASS AF=0.542857;AO=56;DP=104;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00304724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.143;QD=21.6829;RBI=0.0226476;REFB=-0.0158234;REVB=-0.0224416;RO=48;SAF=31;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13202;STB=0.575398;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0106275;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:48:56:57:0.542857:25:31:19:29:25:32:19:29 chr16 78063000 . T C 759.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7808;QD=55.2157;RBI=0.0626681;REFB=-0.118844;REVB=0.0363897;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157889;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:22:32:0:1:23:32:0:0 chr16 78063064 . G T 562.5 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321651;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0003;QD=60.8104;RBI=0.0322388;REFB=0;REVB=-0.00217859;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577801;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr16 78065139 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000970077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.472;QD=57.7124;RBI=0.0210718;REFB=0;REVB=0.0210494;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82494e-05;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr16 78312497 . C A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00167695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.985;QD=11.6672;RBI=0.00333122;REFB=-0.00764771;REVB=0.00287834;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240837;STB=0.642653;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0104106;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:11:15:5:9:11:15 chr16 78586531 . T C 1527.42 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1082;QD=57.6384;RBI=0.04667;REFB=-0.0904503;REVB=0.00334237;RO=2;SAF=50;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186004;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136076;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:2:0:104:106:1:54:50:2:0:54:52:0:0 chr16 79245786 . A G 513.39 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=120;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.012679;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.152;QD=17.2569;RBI=0.0155177;REFB=-0.0147876;REVB=-0.00894672;RO=64;SAF=22;SAR=33;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680848;STB=0.537917;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0224663;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:64:64:55:55:0.462185:33:22:30:34:33:22:30:34 chr16 79245820 . G T 488.42 PASS AF=0.575;AO=43;DP=77;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0267098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.864;QD=24.4211;RBI=0.0449225;REFB=-0.0265951;REVB=0.0361195;RO=32;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195661;STB=0.599958;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0193222;OID=.;OPOS=79245820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:32:34:43:46:0.575:23:20:23:9:23:23:25:9 chr16 79245930 . G C 411.22 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.014449;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.753;QD=23.4982;RBI=0.0147216;REFB=-0.00445097;REVB=-0.00281981;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192967;STB=0.610568;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00532267;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:29:30:40:40:0.571429:18:22:23:6:18:22:24:6 chr16 79245956 . C G 1135.12 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.405;QD=60.5396;RBI=0.0892233;REFB=0;REVB=0.0891136;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010817;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:29:45:0:0:30:45:0:0 chr16 79245961 . T C 1156.91 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240442;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8931;QD=60.8899;RBI=0.028859;REFB=0;REVB=0.0159598;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010414;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr16 79633805 . TGCC T 394.99 PASS AF=1;AO=22;DP=33;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112523;FXX=0.181763;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.077;QD=58.5176;RBI=0.128549;REFB=0;REVB=0.0621571;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000426907;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:33:27:27:0:10:17:0:0:3:0:6:16:0:0 chr16 79634579 . A C 351.86 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.031473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3858;QD=15.6383;RBI=0.0367776;REFB=-9.28444e-05;REVB=0.0190275;RO=52;SAF=26;SAR=12;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963237;STB=0.505432;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000596382;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:12:26:36:16:12:26:36:16 chr16 81010073 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0404644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.05;QD=12.0209;RBI=0.0404644;REFB=-0.0164693;REVB=-7.44864e-05;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226199;STB=0.63291;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0145179;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:16:9:8:6:16:9 chr16 81050965 . A T 842.53 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000507758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.036;QD=54.357;RBI=0.030901;REFB=-0.0180389;REVB=-0.0308968;RO=2;SAF=35;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262048;STB=0.513884;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=3.29065e-05;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:25:35:2:0:25:35:2:0 chr16 81056441 . T G 311.82 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0323952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.493;QD=16.6305;RBI=0.0328795;REFB=-0.00319555;REVB=-0.00562203;RO=41;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355935;STB=0.519988;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00484793;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:17:17:19:22:17:17:19:22 chr16 81061827 . G A 451.37 PASS AF=0.414634;AO=53;DP=123;FAO=51;FDP=123;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.028208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1972;QD=14.6787;RBI=0.032522;REFB=0.00676131;REVB=0.0161862;RO=65;SAF=14;SAR=39;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12396;STB=0.584805;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00912677;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:72:53:51:0.414634:39:14:24:41:38:13:27:45 chr16 81062171 . C T 156.78 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.0388379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.391;QD=13.6331;RBI=0.0415494;REFB=-0.0155889;REVB=0.0147638;RO=27;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248192;STB=0.646127;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0168802;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:5:13:24:3:5:13:25:3 chr16 81076821 . T C 220.32 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00989631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.197;QD=24.48;RBI=0.0104935;REFB=-0.0109822;REVB=-0.00348959;RO=15;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992364;STB=0.555501;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0108211;OID=.;OPOS=81076821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:6:15:9:6:6:15:9:6 chr16 81077915 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0252733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.12;QD=17.8403;RBI=0.0265785;REFB=-0.0214369;REVB=0.00822652;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0246181;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr16 81094951 . A G 399.74 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0128873;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7558;QD=13.1061;RBI=0.051027;REFB=-0.0226474;REVB=-0.0493728;RO=75;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246078;STB=0.513961;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0401692;OID=.;OPOS=81094951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:75:75:47:47:0.385246:24:23:35:40:24:23:35:40 chr16 81095363 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0219066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.848;QD=9.91653;RBI=0.0243109;REFB=-0.00567948;REVB=-0.0105415;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0221185;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:9:8:4:5:9:8 chr16 81142257 . T C 375.92 PASS AF=0.542857;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0184413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.057;QD=21.4809;RBI=0.0185783;REFB=-0.0140973;REVB=0.00225211;RO=32;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000734135;STB=0.506952;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0179839;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:32:37:38:0.542857:22:15:13:19:22:16:13:19 chr16 81145807 . C G 693.8 PASS AF=0.424581;AO=75;DP=178;FAO=76;FDP=179;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.00286559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8735;QD=15.5038;RBI=0.0125552;REFB=-0.00835893;REVB=0.0122238;RO=103;SAF=39;SAR=36;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548919;STB=0.5269;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0108959;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:103:103:75:76:0.424581:36:39:59:44:36:40:59:44 chr16 81151122 . A C 1692.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397929;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9705;QD=60.4381;RBI=0.00749827;REFB=0;REVB=0.00635526;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06372e-05;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr16 81157324 . G A 801.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2765;QD=57.2208;RBI=0.0418478;REFB=0;REVB=-0.0343357;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112961;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr16 81157385 . G T 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3187;QD=62.0072;RBI=0.0984402;REFB=0;REVB=0.096998;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115815;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr16 81161473 . G GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC 164.13 PASS AF=0.368421;AO=16;DP=60;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00250021;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=22;MLLD=381.92;QD=11.5177;RBI=0.020082;REFB=-0.0204242;REVB=-0.0199257;RO=36;SAF=14;SAR=2;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287226;STB=0.639191;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.0307553;OID=.;OPOS=81161474;OREF=-;OALT=TACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC;OMAPALT=GTACTGCCAAGCCTGGGGAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:16:60:21:57:36:18:3:26:10:99:36:14:2:26:10 chr16 81161552 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.867;QD=62.6706;RBI=0.0191278;REFB=0;REVB=0.0113192;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85134e-05;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr16 81161569 . T G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.474;QD=60.2289;RBI=0.0529783;REFB=0;REVB=-0.0508031;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285761;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 81161571 . T C 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.269;QD=60.1855;RBI=0.0614454;REFB=0;REVB=0.0235712;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599757;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 81161578 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000704122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.249;QD=56.4873;RBI=0.0561617;REFB=-0.0384927;REVB=0.0561573;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000516275;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:0:1:15:20:0:1 chr16 81161608 . T C 340.65 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.982;QD=54.5038;RBI=0.0400148;REFB=0;REVB=0.0070233;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110703;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr16 81173136 . T C 1365.02 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0115104;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8937;QD=61.3493;RBI=0.014025;REFB=-0.0506837;REVB=-0.00801315;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869482;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000376292;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:33:54:1:0:34:54:1:0 chr16 81173193 . C T 447.27 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0055437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.364;QD=18.4443;RBI=0.0184415;REFB=-0.0151069;REVB=0.0175885;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811391;STB=0.540212;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0136837;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:20:25:24:27:20:25:25:27 chr16 81174978 . A G 1181.11 PASS AF=0.537383;AO=115;DP=213;FAO=115;FDP=214;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0125688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.983;QD=22.0768;RBI=0.0134141;REFB=-0.0214505;REVB=0.00468642;RO=98;SAF=53;SAR=62;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674332;STB=0.539124;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0163207;OID=.;OPOS=81174978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:98:99:115:115:0.537383:62:53:53:45:62:53:54:45 chr16 81174992 . G T 1087.79 PASS AF=0.493274;AO=110;DP=223;FAO=110;FDP=223;FR=.;FRO=113;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=0.0099244;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.46;QD=19.512;RBI=0.0226066;REFB=-0.0233319;REVB=0.0203117;RO=111;SAF=47;SAR=63;SRF=55;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630464;STB=0.530499;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0145739;OID=.;OPOS=81174992;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:111:113:110:110:0.493274:63:47:55:56:63:47:55:58 chr16 81174999 . A G 1268.73 PASS AF=0.539823;AO=118;DP=224;FAO=122;FDP=226;FR=.;FRO=104;FSAF=50;FSAR=72;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=-0.0167735;FXX=0.00877155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.331;QD=22.4554;RBI=0.0167818;REFB=-0.01911;REVB=-0.000528626;RO=106;SAF=49;SAR=69;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066262;STB=0.533328;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0195092;OID=.;OPOS=81174999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:106:104:118:122:0.539823:69:49:52:54:72:50:50:54 chr16 81181097 . G T 470.56 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0463951;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.777;QD=19.8132;RBI=0.0480358;REFB=-0.020549;REVB=-0.0124473;RO=48;SAF=20;SAR=27;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475022;STB=0.526305;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0140029;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:48:47:47:0.494737:27:20:18:30:27:20:18:30 chr16 81183325 . T A 529.61 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00279899;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.65;QD=17.9528;RBI=0.00671612;REFB=0.00223992;REVB=0.00610507;RO=60;SAF=24;SAR=32;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098198;STB=0.546325;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.00289746;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:60:62:56:56:0.474576:32:24:32:28:32:24:32:30 chr16 81185416 . A G 778.99 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0972982;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0893;QD=51.0811;RBI=0.0981669;REFB=-0.151867;REVB=0.0130305;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.532247;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00813244;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:61:0:4:56:57:0.934426:28:28:0:0:29:28:0:4 chr16 81187568 . C T 119.56 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0111965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.205;QD=13.6639;RBI=0.022267;REFB=-0.019575;REVB=0.0192473;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31134;STB=0.681024;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0221433;OID=.;OPOS=81187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:7:14:5:9:7:14 chr16 81187571 . T A 136.49 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.021708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.777;QD=15.5983;RBI=0.0218441;REFB=-0.00164128;REVB=0.00243407;RO=18;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.780109;STB=0.870147;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00179008;OID=.;OPOS=81187571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:35:35:18:18:8:10:0.285714:0:8:7:11:1:9:7:11 chr16 81187634 . GG CT 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00806258;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=236.375;QD=8.62782;RBI=0.0085842;REFB=-0.00998546;REVB=0.00294674;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243539;STB=0.647635;STBP=0.295;TYPE=mnp;VARB=0.0237168;OID=.;OPOS=81187634;OREF=GG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:9:18:5:6:9:18 chr16 81187709 . T A 198.86 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00841526;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6941;QD=11.2034;RBI=0.0645489;REFB=0.00477408;REVB=0.063998;RO=46;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209541;STB=0.622095;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00686559;OID=.;OPOS=81187709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:46:46:25:25:0.352113:8:17:23:23:8:17:23:23 chr16 81190601 . T C,G 1328.9 PASS AF=0.954023,0.045977;AO=83,4;DP=87;FAO=83,4;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=42,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171683,-0.0133764;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=145.054,15.0882;QD=61.099;RBI=0.0422419,0.0168033;REFB=0,0;REVB=0.0385957,-0.0101697;RO=0;SAF=41,2;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000706982,0.110838;OID=.,.;OPOS=81190601,81190601;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:87:87:0:0:83,4:83,4:0.954023,0.045977:42,2:41,2:0:0:42,2:41,2:0:0 chr16 81190613 . A G 1406.6 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5514;QD=62.5155;RBI=0.095141;REFB=0;REVB=0.0950367;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059603;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:87:90:1:41:46:0:0:44:46:0:0 chr16 81193321 . C T 633.56 PASS AF=0.460993;AO=65;DP=146;FAO=65;FDP=141;FR=.;FRO=76;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00492704;FXX=0.0342442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.197;QD=17.9734;RBI=0.0275973;REFB=-0.00600808;REVB=0.0271539;RO=60;SAF=38;SAR=27;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175036;STB=0.61525;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00475217;OID=.;OPOS=81193321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:141:60:76:65:65:0.460993:27:38:23:37:27:38:28:48 chr16 81194382 . T C 688.45 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.000929015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.294;QD=18.9916;RBI=0.0065381;REFB=-0.00709553;REVB=-0.00647176;RO=76;SAF=31;SAR=38;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232815;STB=0.512889;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00717022;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:38:31:36:40:38:31:36:40 chr16 81198306 . C A 444.32 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00570572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.055;QD=20.9092;RBI=0.00638086;REFB=-0.02458;REVB=-0.00285658;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182082;STB=0.604351;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0213418;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:41:41:43:44:0.517647:19:24:31:10:20:24:31:10 chr16 81199520 . T C 143.11 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00821029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7299;QD=10.2221;RBI=0.0088209;REFB=-0.0323446;REVB=-0.0032248;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271768;STB=0.661012;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0586163;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:14:5:18:19:14:5:18:19 chr16 81199538 . T C 151.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00290889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6011;QD=12.8959;RBI=0.00366499;REFB=0.00750644;REVB=-0.00222946;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166616;STB=0.598217;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00867464;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:12:5:13:17:12:5:13:17 chr16 81199544 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0159371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.01;QD=11.2611;RBI=0.0172633;REFB=-0.0126803;REVB=-0.00663566;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119572;STB=0.571331;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0254765;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:13:17:10:5:13:17 chr16 81199554 . CA TG 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0105538;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.452;QD=6.80721;RBI=0.016639;REFB=-0.0136806;REVB=0.0128637;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875417;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.0369924;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:14:13:5:4:14:13 chr16 81209207 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.177;QD=57.202;RBI=0.0227086;REFB=0;REVB=0.0124383;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115255;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr16 81209234 . C T 94.28 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0164585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.951;QD=10.7749;RBI=0.0231465;REFB=-0.0236736;REVB=0.0162751;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168049;STB=0.59984;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0276734;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:6:6:15:8:6:6:15:8 chr16 81213378 . A G 778.17 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.389;QD=63.5241;RBI=0.0600446;REFB=0;REVB=0.0599196;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20278e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:17:30:0:0:18:31:0:0 chr16 81232275 . G A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228731;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.995;QD=60.2524;RBI=0.0319648;REFB=0;REVB=0.0223287;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124739;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 81232564 . T G 3203.08 PASS AF=1;AO=208;DP=209;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892182;FXX=0.00478446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.8907;QD=61.5978;RBI=0.0348715;REFB=-0.112937;REVB=-0.0337109;RO=0;SAF=103;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292668;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:209:208:0:0:208:208:1:105:103:0:0:105:103:0:0 chr16 81241098 . C T 1607.1 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.527;QD=64.2841;RBI=0.0230193;REFB=0;REVB=0.0220371;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66315e-05;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr16 81241100 . G C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.371;QD=64.2853;RBI=0.0393605;REFB=0;REVB=0.0362677;RO=0;SAF=42;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97241e-05;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:58:42:0:0:58:42:0:0 chr16 81242102 . G A 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5197;QD=60.376;RBI=0.0745716;REFB=0;REVB=-0.0743399;RO=0;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282928;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:17:57:0:0:17:57:0:0 chr16 81242194 . T C 1294.62 PASS AF=1;AO=71;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.031;QD=61.6484;RBI=0.0569903;REFB=0;REVB=0.0243368;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200605;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:71:84:1:28:43:0:0:30:54:0:0 chr16 81248716 . C T 3875.72 PASS AF=0.988281;AO=251;DP=255;FAO=253;FDP=256;FR=.;FRO=3;FSAF=129;FSAR=124;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00811057;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5661;QD=60.5581;RBI=0.0200248;REFB=-0.16764;REVB=-0.0183088;RO=2;SAF=129;SAR=122;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00733251;STB=0.505747;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000109722;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:255:256:2:3:251:253:0.988281:122:129:2:0:124:129:3:0 chr16 81279120 . T C 271.07 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00539668;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.235;QD=12.0476;RBI=0.0377335;REFB=-0.00112031;REVB=-0.0373456;RO=56;SAF=19;SAR=13;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104958;STB=0.561143;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00207258;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:58:32:32:0.355556:13:19:28:28:13:19:29:29 chr16 81295902 . T C 138.99 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00617886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1612;QD=12.086;RBI=0.00618837;REFB=0.00108846;REVB=0.000342886;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216738;STB=0.628405;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00263814;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:5:11:15:15:5:11:15:15 chr16 81413521 . GTT GTG,G,GT 1374.03 PASS AF=0.534591,0.226415,0.238994;AO=52,24,18;DP=172;FAO=85,36,38;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=51,23,28;FSAR=34,13,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000764952,0.0376313,0.0885038;FXX=0.075577;HRUN=12,12,12;LEN=1,2,1;MLLD=248.552,6.824,4.47453;QD=34.5668;RBI=0.0278001,0.166008,0.202097;REFB=-0.0291634,-0.127532,-0.152495;REVB=-0.0277896,-0.161687,-0.181687;RO=16;SAF=35,17,14;SAR=17,7,4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.104694,-0.157483,-0.127839;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.00441552,0.014704,0.0906381;OID=.,.,.;OPOS=81413523,81413522,81413522;OREF=T,TT,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTG,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.534591,0.226415,0.238994:52,24,18:172:85,36,38:159:0:51,23,28:34,13,10:0:0:99:16:35,17,14:17,7,4:14:2 chr16 81497952 . A G 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.015225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.011;QD=17.0949;RBI=0.0179523;REFB=-0.0120576;REVB=0.00951248;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142557;STB=0.579731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0129954;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:18:17:26:15:18:17:26:15 chr16 81679151 . A G 488.15 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0136775;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.817;QD=24.7162;RBI=0.01855;REFB=-0.0257727;REVB=-0.0125311;RO=32;SAF=21;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079439;STB=0.549731;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0135089;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:32:33:46:46:0.582278:25:21:18:14:25:21:19:14 chr16 81726863 . C G 797.85 PASS AF=0.468927;AO=82;DP=176;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=57;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0141542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.945;QD=18.0306;RBI=0.0249792;REFB=-0.0081076;REVB=-0.020582;RO=92;SAF=56;SAR=26;SRF=54;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101256;STB=0.565868;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0108378;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:92:94:82:83:0.468927:26:56:54:38:26:57:54:40 chr16 81743328 . A G 422.68 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0636537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1333;QD=18.3776;RBI=0.0653756;REFB=-0.00708486;REVB=-0.0149056;RO=48;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110039;STB=0.511622;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00825598;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:43:43:0.467391:21:22:24:24:21:22:24:25 chr16 81819768 . T C 379.62 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00291914;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.615;QD=18.7468;RBI=0.00803662;REFB=-0.0163959;REVB=-0.00748772;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206174;STB=0.604863;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0202074;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:44:42:39:39:0.481481:20:19:31:13:20:19:29:13 chr16 81892708 . T A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00793722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.837;QD=19.1556;RBI=0.00850046;REFB=-0.0168783;REVB=0.00304275;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.597281;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0180515;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:10:13:8:13:10:13 chr16 81902079 . T C 908.0 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0471752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.436;QD=55.0305;RBI=0.0578723;REFB=-0.0631207;REVB=0.0335216;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514701;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0068032;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:66:0:2:64:64:0.969697:33:31:0:0:33:31:0:2 chr16 81902139 . G C 208.27 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0322206;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3714;QD=11.2577;RBI=0.0376694;REFB=-0.0200302;REVB=0.0195144;RO=48;SAF=8;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203375;STB=0.61853;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0459643;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:18:8:23:25:18:8:23:25 chr16 81902283 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0367553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.474;QD=14.9785;RBI=0.0373415;REFB=-0.01544;REVB=-0.00659017;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.027676;OID=.;OPOS=81902283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:4:7:6:4:4:7 chr16 81914583 . C T 161.5 PASS AF=0.328571;AO=19;DP=66;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00503869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.89;QD=9.22827;RBI=0.00690937;REFB=-0.0291658;REVB=-0.00472769;RO=45;SAF=2;SAR=17;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358221;STB=0.663732;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0469785;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:45:47:19:23:0.328571:17:2:13:32:20:3:13:34 chr16 81941319 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.024;QD=62.3509;RBI=0.0333914;REFB=0;REVB=0.0298608;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30302e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr16 81971403 . T C 713.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4616;QD=62.0844;RBI=0.0108137;REFB=0;REVB=0.00986884;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235984;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:20:26:0:0 chr16 81995543 . GA TA,TG 254.59 PASS AF=0.9,0.1;AO=16,2;DP=21;FAO=18,2;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221011,0.0360362;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=147.855,127.914;QD=50.9179;RBI=0.0549405,0.0369848;REFB=0,0;REVB=0.0502991,0.00832261;RO=0;SAF=12,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.07465e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000583739,0.0669792;OID=.,.;OPOS=81995543,81995543;OREF=G,GA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:20:0:0:16,2:18,2:0.9,0.1:4,2:12,0:0:0:5,2:13,0:0:0 chr16 82182354 . G A 587.16 PASS AF=0.531532;AO=54;DP=106;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.00525379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.51;QD=21.1589;RBI=0.0148705;REFB=-0.0107034;REVB=0.0139115;RO=51;SAF=30;SAR=24;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100488;STB=0.562305;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0080858;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:51:52:54:59:0.531532:24:30:34:17:27:32:35:17 chr16 82203705 . A C 80.32 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0503699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.209;QD=7.4712;RBI=0.061267;REFB=-0.033584;REVB=-0.0348786;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11118;STB=0.568602;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.069839;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:23:9:4:7:23:9 chr16 82203711 . G T 79.84 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0635366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.321;QD=7.25823;RBI=0.0666765;REFB=-0.00846794;REVB=0.0202202;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810808;STB=0.55037;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0944273;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:23:10:4:7:23:10 chr16 82203742 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0490062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1285;QD=7.48236;RBI=0.078392;REFB=-0.0354015;REVB=0.0611858;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132046;STB=0.590739;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0589317;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:4:6:19:8:4:6:20:8 chr16 82673047 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.41;QD=60.3767;RBI=0.0329146;REFB=0;REVB=0.0298235;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54393e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:37:37:0:0:37:37:0:0 chr16 82892037 . A G 220.38 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0166353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3989;QD=16.0278;RBI=0.0363787;REFB=0.0026575;REVB=0.0323524;RO=30;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231053;STB=0.631468;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00131966;OID=.;OPOS=82892037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:18:7:15:15:18:7:15:15 chr16 83817019 . A G 488.72 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.711;QD=57.4959;RBI=0.0178131;REFB=0;REVB=0.0102147;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53058e-05;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:30:34:1:15:15:0:0:15:19:0:0 chr16 83941865 . G C 502.44 PASS AF=0.580247;AO=47;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0253211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.825;QD=24.8117;RBI=0.0494486;REFB=-0.00506859;REVB=-0.0424736;RO=34;SAF=20;SAR=27;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108099;STB=0.505918;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00339959;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:34:47:47:0.580247:27:20:14:20:27:20:14:20 chr16 83983071 . C T 495.48 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00629804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.439;QD=23.3166;RBI=0.00629804;REFB=-0.0531719;REVB=-4.35894e-06;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069149;STB=0.535699;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0450116;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:38:47:47:0.552941:26:21:13:23:26:21:14:24 chr16 83984776 . A C 1447.63 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0385921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.695;QD=59.696;RBI=0.0463629;REFB=-0.00746822;REVB=-0.0256938;RO=3;SAF=12;SAR=82;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104842;STB=0.555543;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000732387;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:97:97:3:3:94:94:0.969072:82:12:3:0:82:12:3:0 chr16 83984844 . A C 1977.1 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052028;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.228;QD=62.271;RBI=0.0102314;REFB=0;REVB=0.00880977;RO=0;SAF=56;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49598e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:125:127:1:69:56:0:0:70:57:0:0 chr16 83984850 . C G 1965.33 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00566543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.551;QD=59.5554;RBI=0.0109509;REFB=-0.141042;REVB=0.00937149;RO=2;SAF=60;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00101691;STB=0.503011;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-2.57407e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:2:3:129:129:0.977273:69:60:1:1:69:60:1:2 chr16 84014505 . T TG 42.43 PASS AF=0.253012;AO=22;DP=92;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.106919;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.4338;QD=2.0446;RBI=0.11531;REFB=-0.0694801;REVB=-0.043183;RO=68;SAF=16;SAR=6;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173045;STB=0.632017;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=0.119645;OID=.;OPOS=84014506;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253012:22:92:21:83:62:16:5:38:24:42:68:16:6:41:27 chr16 84070500 . C G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0271988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.323;QD=12.4662;RBI=0.0272982;REFB=-0.0330878;REVB=-0.00232706;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15661;STB=0.590818;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.038419;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:15:18:8:12:15:18 chr16 84100173 . C T 283.11 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0087647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.929;QD=21.7775;RBI=0.0117429;REFB=-0.0266803;REVB=-0.00781515;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241209;STB=0.521262;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0173897;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:23:28:29:0.557692:15:13:10:13:15:14:10:13 chr16 84115483 . G A 555.51 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0303455;FXX=0.00819605;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.613;QD=18.3639;RBI=0.0308535;REFB=-0.00149421;REVB=0.00557587;RO=63;SAF=34;SAR=24;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104287;STB=0.557838;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00206732;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:24:34:30:33:24:34:30:33 chr16 84209815 . C G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0164478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6448;QD=20.8385;RBI=0.0377234;REFB=-0.0583895;REVB=-0.0339489;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212395;STB=0.618832;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00915901;OID=.;OPOS=84209815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:0:5:8:1:0:5 chr16 84217062 . C T 640.97 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00509947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.58;QD=55.7361;RBI=0.0090846;REFB=-0.156575;REVB=0.00751833;RO=3;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448322;STB=0.502391;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00291304;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:46:46:3:3:43:43:0.934783:30:13:1:2:30:13:1:2 chr16 84228199 . G T 753.38 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.01889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.154;QD=51.0766;RBI=0.0386401;REFB=-0.194807;REVB=0.033708;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.511297;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0027821;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:1:3:55:56:0.949153:24:31:0:1:25:31:1:2 chr16 84228237 . A C 613.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.129;QD=61.3168;RBI=0.0532595;REFB=0;REVB=0.0525409;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169337;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr16 84228305 . C G 190.22 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.103;QD=47.5545;RBI=0.0506239;REFB=0;REVB=-0.033566;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114315;OID=.;OPOS=84228305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr16 84228770 . G C 954.81 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.454;QD=58.7578;RBI=0.0350407;REFB=0;REVB=0.0336481;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39501e-05;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr16 84228873 . C T 793.98 PASS AF=0.472527;AO=77;DP=175;FAO=86;FDP=182;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=60;FSRR=36;FWDB=0.0159207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8845;QD=17.45;RBI=0.0972985;REFB=-0.00122268;REVB=0.0959871;RO=95;SAF=44;SAR=33;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507787;STB=0.554042;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0109245;OID=.;OPOS=84228873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:182:95:96:77:86:0.472527:33:44:59:36:41:45:60:36 chr16 84229559 . T C 766.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3966;QD=63.8566;RBI=0.059324;REFB=0;REVB=0.0142293;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386054;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr16 84230376 . T C 655.14 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000666851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.109;QD=59.5584;RBI=0.00604216;REFB=-0.0529378;REVB=0.00600525;RO=1;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132166;STB=0.50649;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=1.15755e-05;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:40:43:0.977273:35:5:0:1:38:5:0:1 chr16 84230500 . A C 3436.87 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.27;QD=62.2058;RBI=0.0133302;REFB=0;REVB=0.0130025;RO=0;SAF=110;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84414e-05;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:221:0:0:218:221:1:108:110:0:0:109:112:0:0 chr16 84256269 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0233871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.913;QD=18.3008;RBI=0.0236904;REFB=-0.0150186;REVB=0.00377865;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19661;STB=0.610256;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0200538;OID=.;OPOS=84256269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:19:4:7:13:19:4 chr16 84270381 . G A 1096.5 PASS AF=0.573034;AO=102;DP=178;FAO=102;FDP=178;FR=.;FRO=76;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=33;FWDB=-0.0245281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3609;QD=24.6404;RBI=0.0279295;REFB=-0.00369079;REVB=0.0133576;RO=76;SAF=55;SAR=47;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210401;STB=0.511435;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00214653;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:76:76:102:102:0.573034:47:55:43:33:47:55:43:33 chr16 84270476 . G A 677.63 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0216693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.333;QD=25.571;RBI=0.0216914;REFB=-0.0204912;REVB=-0.000978463;RO=42;SAF=26;SAR=38;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167888;STB=0.509132;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0110331;OID=.;OPOS=84270476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:38:26:18:24:38:26:18:24 chr16 84360533 . A G 306.24 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.103684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7571;QD=27.2212;RBI=0.104087;REFB=-0.0334209;REVB=0.00914752;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139246;STB=0.507687;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0242135;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:11:16:11:7:11:16:11:7 chr16 84402275 . G C 570.58 PASS AF=0.378531;AO=41;DP=174;FAO=67;FDP=177;FR=.;FRO=110;FSAF=54;FSAR=13;FSRF=87;FSRR=23;FWDB=-0.00869742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.389;QD=12.8945;RBI=0.0270508;REFB=-0.0115817;REVB=-0.0256144;RO=79;SAF=31;SAR=10;SRF=59;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014204;STB=0.51469;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0170385;OID=.;OPOS=84402275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:79:110:41:67:0.378531:10:31:59:20:13:54:87:23 chr16 84438505 . C T 301.21 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0224594;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3529;QD=19.1243;RBI=0.0801739;REFB=0.00173526;REVB=-0.0769638;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126168;STB=0.570253;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00447754;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:13:18:14:18:13:18 chr16 84438512 . G A 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.517;QD=59.679;RBI=0.0332728;REFB=0;REVB=-0.00445748;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110316;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr16 84444349 . A C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00220913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.157;QD=60.7157;RBI=0.0349422;REFB=0;REVB=0.0348723;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6057e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr16 84476200 . A T 276.17 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00899026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.693;QD=25.6901;RBI=0.00908484;REFB=-0.0307947;REVB=-0.00130751;RO=17;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273211;STB=0.532333;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.018654;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:18:25:25:0.581395:17:8:6:11:17:8:7:11 chr16 84485573 . C A 994.92 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446986;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.593;QD=59.3982;RBI=0.0755491;REFB=0;REVB=0.0609073;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496991;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:31:35:0:0:32:35:0:0 chr16 84493144 . C G 1193.81 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294637;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.396;QD=61.2208;RBI=0.0665428;REFB=0;REVB=0.0596644;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123081;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:79:78:1:39:40:0:0:38:40:0:0 chr16 84494020 . G T 610.68 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0062936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.807;QD=56.8074;RBI=0.0272972;REFB=-0.156262;REVB=0.0265618;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055096;STB=0.529397;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00112305;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:25:16:2:0:25:16:2:0 chr16 84516309 . G A 1455.68 PASS AF=1;AO=69;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9414;QD=61.9438;RBI=0.096578;REFB=0;REVB=0.0565038;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142525;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:69:94:1:41:28:0:0:43:51:0:0 chr16 84516310 . T A 149.13 PASS AF=0.234043;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=94;FR=.;FRO=72;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0132472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.297;QD=6.3458;RBI=0.0191269;REFB=-0.0800947;REVB=-0.0137968;RO=72;SAF=21;SAR=1;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.715248;STB=0.946104;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122036;OID=.;OPOS=84516310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:72:72:22:22:0.234043:1:21:30:42:1:21:30:42 chr16 84520324 . GT G,GC 358.58 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,19;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445887,-0.032244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.0939,42.0523;QD=53.1231;RBI=0.0835128,0.0351461;REFB=0,0;REVB=-0.0706133,-0.0139849;RO=0;SAF=3,13;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.851e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.10576,0.0155518;OID=.,.;OPOS=84520325,84520325;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,19:27:1,26:27:0:1,16:0,10:0:0:4:0:3,13:0,6:0:0 chr16 84520396 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.789;QD=58.4197;RBI=0.0515244;REFB=0;REVB=-0.0457636;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.32939e-05;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr16 84520537 . T C 1641.9 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.482;QD=60.2533;RBI=0.00387533;REFB=0;REVB=0.0021776;RO=0;SAF=46;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41948e-06;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:63:46:0:0:63:46:0:0 chr16 84522897 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1973;QD=59.4343;RBI=0.0397937;REFB=0;REVB=0.0169499;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060405;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr16 84778685 . A G 175.07 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00570634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.205;QD=21.2211;RBI=0.0239516;REFB=-0.024694;REVB=0.023262;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172371;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0049778;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:8:7:5:13:8:7 chr16 84778690 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00302139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.865;QD=16.2717;RBI=0.0332415;REFB=0.000699453;REVB=0.0331039;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.604806;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000817219;OID=.;OPOS=84778690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:13:5:7:8:13:5 chr16 84778694 . T C 134.32 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.023817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.091;QD=16.2812;RBI=0.0306044;REFB=-0.00617608;REVB=-0.0192193;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183537;STB=0.604806;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0158064;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:13:5:7:8:13:5 chr16 84778697 . G C 121.8 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0362181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3974;QD=16.2399;RBI=0.0603603;REFB=-0.0366142;REVB=-0.0482868;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112138;STB=0.564268;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0408312;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:11:5:6:8:11:5 chr16 84883102 . C T 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.292;QD=60.2007;RBI=0.0166114;REFB=0;REVB=0.000582897;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37517e-05;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr16 84906098 . C G 777.53 PASS AF=0.40553;AO=88;DP=218;FAO=88;FDP=217;FR=.;FRO=129;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=77;FSRR=52;FWDB=-0.0233501;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.722;QD=14.3323;RBI=0.0245153;REFB=-0.0154952;REVB=-0.00746834;RO=129;SAF=49;SAR=39;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.524266;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0180532;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:217:129:129:88:88:0.40553:39:49:77:52:39:49:77:52 chr16 84922859 . C T 1529.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.383;QD=63.7488;RBI=0.0628255;REFB=0;REVB=0.0545618;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210539;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr16 85008645 . G A 341.5 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00242054;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.878;QD=18.2132;RBI=0.00778536;REFB=0.000313286;REVB=0.00739952;RO=37;SAF=25;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752754;STB=0.546651;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.0012923;OID=.;OPOS=85008645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:39:36:36:0.48:11:25:23:14:11:25:24:15 chr16 85009463 . T C 320.78 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.010804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.612;QD=16.039;RBI=0.01354;REFB=-0.0326324;REVB=-0.00816112;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136076;STB=0.57647;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0345772;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:18:17:28:17:18:17:28:17 chr16 85009970 . A G 1472.62 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108815;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.421;QD=63.3387;RBI=0.0204407;REFB=0;REVB=0.0173036;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00439e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:32:60:0:0:32:61:0:0 chr16 85112002 . T G 298.2 PASS AF=0.319672;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.00964245;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2111;QD=9.77706;RBI=0.0176656;REFB=0.00176475;REVB=-0.0148019;RO=84;SAF=15;SAR=24;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151106;STB=0.591789;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00430141;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:84:83:39:39:0.319672:24:15:43:41:24:15:43:40 chr16 85697090 . G A 453.67 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00126836;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1264;QD=19.5128;RBI=0.0466152;REFB=-0.0115663;REVB=-0.0465979;RO=45;SAF=21;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800556;STB=0.549334;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.010512;OID=.;OPOS=85697090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:48:45:45:0.483871:24:21:25:20:24:21:27:21 chr16 85705880 . C T 660.79 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00852146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.199;QD=20.1769;RBI=0.0278176;REFB=-0.0059031;REVB=0.0264802;RO=65;SAF=27;SAR=39;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144687;STB=0.579767;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00531431;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:65:66:66:0.503817:39:27:37:28:39:27:37:28 chr16 85705901 . G A 847.39 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=144;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0082446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.851;QD=23.0583;RBI=0.0109274;REFB=-0.0137888;REVB=-0.00717176;RO=64;SAF=34;SAR=45;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831723;STB=0.532536;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0176797;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:147:64:68:79:79:0.537415:45:34:34:30:45:34:34:34 chr16 85706047 . A C 1383.79 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=99;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0337675;FXX=0.0303;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3933;QD=57.6579;RBI=0.0338015;REFB=-0.0159391;REVB=-0.00151555;RO=1;SAF=26;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723789;STB=0.531908;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00182645;OID=.;OPOS=85706047;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:99:96:1:5:91:91:0.947917:65:26:0:1:65:26:4:1 chr16 85707289 . C G 335.86 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00695008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.575;QD=22.3907;RBI=0.0159641;REFB=-0.00756685;REVB=0.0143718;RO=24;SAF=7;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207573;STB=0.622997;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0045815;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:26:34:34:0.566667:27:7:10:14:27:7:11:15 chr16 85711860 . C T 515.22 PASS AF=0.411348;AO=56;DP=140;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.0109744;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.614;QD=14.616;RBI=0.0118943;REFB=-0.0227126;REVB=-0.00458651;RO=83;SAF=23;SAR=33;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250497;STB=0.522645;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0334497;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:83:83:56:58:0.411348:33:23:36:47:35:23:36:47 chr16 85812954 . TT AA,TA 99.49 PASS AF=0,0.431373;AO=3,20;DP=48;FAO=0,22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=0,20;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0971866,-0.188456;FXX=0;HRUN=16,16;LEN=2,1;MLLD=29.5302,20.1319;QD=7.80301;RBI=0.105474,0.194634;REFB=-0.0437675,-0.0351331;REVB=-0.0409824,-0.0486501;RO=25;SAF=3,18;SAR=0,2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.650786,0.635477;STB=0.5,0.855474;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0747656,0.0457991;OID=.,.;OPOS=85812954,85812955;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:88:48:51:25:29:3,20:0,22:0,0.431373:0,2:3,18:8:17:0,2:0,20:12:17 chr16 85814899 . T C,TAGTC 620.0 PASS AF=0.0185185,0.888889;AO=3,44;DP=56;FAO=1,48;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=0,39;FSAR=1,9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0221042,-0.0161529;FXX=0.0526223;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=102.074,180.493;QD=45.9258;RBI=0.090158,0.0164287;REFB=0.015646,-0.0202467;REVB=-0.0874063,0.00299751;RO=6;SAF=3,36;SAR=0,8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.672276,0.110427;STB=0.986861,0.559114;STBP=0.508,0.036;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0534047,0.00297438;OID=.,.;OPOS=85814899,85814900;OREF=T,-;OALT=C,AGTC;OMAPALT=C,TAGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:56:54:6:5:3,44:1,48:0.0185185,0.888889:0,8:3,36:3:3:1,9:0,39:2:3 chr16 85838653 . T C 2106.23 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.765;QD=61.9479;RBI=0.0657292;REFB=-0.0392602;REVB=0.0571866;RO=1;SAF=66;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007148;STB=0.503759;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000376319;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:134:135:0.992647:68:66:1:0:69:66:1:0 chr16 86069722 . A G 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8325;QD=60.6037;RBI=0.047963;REFB=0;REVB=0.00083316;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583763;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr16 86069738 . C G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2457;QD=60.601;RBI=0.0206504;REFB=0;REVB=-0.0114647;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05762e-05;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr16 86069787 . C T 32.2 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0320759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.3476;QD=2.62825;RBI=0.0396583;REFB=-0.00199389;REVB=0.0233219;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284039;STB=0.709856;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00894165;OID=.;OPOS=86069787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:25:18:4:2:25:18 chr16 86069788 . GT G,TG 634.45 PASS AF=0.139535,0.860465;AO=6,36;DP=43;FAO=6,37;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=4,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540503,0.0118741;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=24.8787,140.972;QD=59.0182;RBI=0.0636729,0.0185424;REFB=0,0;REVB=-0.0336572,-0.0142417;RO=0;SAF=2,21;SAR=4,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.038587,0.00130092;OID=.,.;OPOS=86069789,86069788;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:43:43:0:0:6,36:6,37:0.139535,0.860465:4,15:2,21:0:0:4,16:2,21:0:0 chr16 86069827 . A G 786.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00945352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.54;QD=55.2219;RBI=0.0258336;REFB=-0.0440326;REVB=0.0240418;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00105582;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr16 86547496 . C T 430.48 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=0.00350438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2701;QD=15.9436;RBI=0.00402843;REFB=-0.00892042;REVB=-0.00198684;RO=60;SAF=30;SAR=18;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814895;STB=0.545436;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0119647;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:18:30:42:18:18:30:42:18 chr16 86565826 . C G 1630.57 PASS AF=0.966667;AO=113;DP=120;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=89;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0189901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0057;QD=54.3523;RBI=0.0473316;REFB=-0.213267;REVB=-0.0433551;RO=5;SAF=87;SAR=26;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341898;STB=0.500804;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.00584829;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:120:120:5:4:113:116:0.966667:26:87:4:1:27:89:3:1 chr16 86574817 . AC AG,GC 385.16 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=22,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188147,0.028032;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=204.615,181.271;QD=55.023;RBI=0.022153,0.032195;REFB=0,0;REVB=0.0116945,0.0158342;RO=0;SAF=7,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.79751e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00120066,0.0212698;OID=.,.;OPOS=86574818,86574817;OREF=C,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:22,2:26,2:0.928571,0.0714286:15,0:7,2:0:0:19,0:7,2:0:0 chr16 86614583 . C T 503.71 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.019377;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.375;QD=54.455;RBI=0.0373004;REFB=-0.0974332;REVB=0.0318725;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190966;STB=0.519989;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000514513;OID=.;OPOS=86614583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:11:24:1:0:11:24:2:0 chr16 87344867 . G A 476.08 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0168185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6529;QD=21.8886;RBI=0.0538851;REFB=-0.0230909;REVB=-0.0511932;RO=38;SAF=34;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107666;STB=0.57346;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0187068;OID=.;OPOS=87344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:41:46:46:0.528736:12:34:24:14:12:34:25:16 chr16 87350773 . C A 425.15 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0645782;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.574;QD=15.1841;RBI=0.0674033;REFB=-0.0467174;REVB=0.0193097;RO=58;SAF=19;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103951;STB=0.58692;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0495023;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:58:64:48:48:0.428571:29:19:29:29:29:19:35:29 chr16 87417621 . G A 1094.35 PASS AF=0.511416;AO=107;DP=215;FAO=112;FDP=219;FR=.;FRO=107;FSAF=75;FSAR=37;FSRF=62;FSRR=45;FWDB=0.0089958;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.933;QD=19.9882;RBI=0.0157696;REFB=-0.00580745;REVB=0.012952;RO=93;SAF=70;SAR=37;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124177;STB=0.548168;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00575276;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:219:93:107:107:112:0.511416:37:70:48:45:37:75:62:45 chr16 87436720 . G T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.027;QD=57.545;RBI=0.0110515;REFB=0;REVB=0.00259306;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88507e-05;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr16 87436764 . A G 1160.99 PASS AF=1;AO=69;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.947;QD=59.5381;RBI=0.0574294;REFB=0;REVB=-0.0083582;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00572e-05;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:1:0:69:78:1:41:28:1:0:39:39:0:0 chr16 87445270 . T C 554.5 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00803622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.996;QD=22.404;RBI=0.0128287;REFB=-0.0153217;REVB=-0.00999979;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578831;STB=0.531903;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0152337;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:22:30:24:23:22:30:24:23 chr16 87445839 . C T 275.7 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00155313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.887;QD=15.9824;RBI=0.00776784;REFB=-0.00784953;REVB=-0.00761098;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194254;STB=0.598086;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00644506;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:38:30:31:0.449275:17:13:24:14:17:14:24:14 chr16 87446053 . G A 502.94 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=60;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0368147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.603;QD=33.5296;RBI=0.0437774;REFB=-0.0257343;REVB=0.0236883;RO=16;SAF=17;SAR=27;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264385;STB=0.514279;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00866707;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:16:16:44:44:0.733333:27:17:7:9:27:17:7:9 chr16 87446368 . C T 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0272998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.914;QD=14.2301;RBI=0.0299712;REFB=-0.0206714;REVB=-0.0123689;RO=35;SAF=21;SAR=5;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123691;STB=0.527006;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0434943;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:5:21:28:7:5:21:28:8 chr16 87678144 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0158246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.583;QD=25.2758;RBI=0.0339159;REFB=-0.0220755;REVB=-0.0299978;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731151;STB=0.522161;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0171835;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:9:10:7:4:9:10:7:5 chr16 87678165 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.027601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.118;QD=21.2669;RBI=0.0276623;REFB=-0.000131393;REVB=-0.0018412;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.000265419;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr16 87723994 . GAAACT GAACT,GAACTA 238.09 PASS AF=0.52439,0;AO=36,3;DP=84;FAO=43,0;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=39,0;FSAR=4,0;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.194161,-0.16147;FXX=0.0238067;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=14.2313,56.0641;QD=11.6143;RBI=0.235572,0.163193;REFB=-0.101571,-0.0299742;REVB=-0.133401,-0.023652;RO=27;SAF=32,3;SAR=4,0;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.592472,0.677413;STB=0.826994,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0330957,0;OID=.,.;OPOS=87723995,87723997;OREF=A,ACT;OALT=-,CTA;OMAPALT=GAACT,GAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439,0:36,3:84:43,0:82:39:39,0:4,0:16:23:99:27:32,3:4,0:7:20 chr16 87738853 . T C 741.76 PASS AF=0.72619;AO=60;DP=84;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.023414;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.866;QD=35.3217;RBI=0.0254643;REFB=-0.0130092;REVB=0.0100107;RO=21;SAF=24;SAR=36;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379571;STB=0.531302;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00519544;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:21:23:60:61:0.72619:36:24:10:11:36:25:12:11 chr16 87866138 . G C 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0537418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4012;QD=14.1947;RBI=0.0588729;REFB=0.00477157;REVB=-0.0240383;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25398;STB=0.645582;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0142373;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:5:17:8:7:5:17 chr16 88017809 . C T 175.79 PASS AF=0.282353;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=85;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0441929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2786;QD=8.27245;RBI=0.0753064;REFB=-0.0106143;REVB=0.0609758;RO=60;SAF=9;SAR=15;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28418;STB=0.673213;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0290448;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:61:24:24:0.282353:15:9:37:23:15:9:38:23 chr16 88052161 . C A 529.62 PASS AF=0.435115;AO=57;DP=131;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.0110096;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.931;QD=16.1715;RBI=0.0137748;REFB=-0.00379494;REVB=0.00827852;RO=74;SAF=29;SAR=28;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142109;STB=0.579231;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00576155;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:74:74:57:57:0.435115:28:29:48:26:28:29:48:26 chr16 88061150 . C T 187.31 PASS AF=0.411765;AO=18;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0294262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5424;QD=14.6911;RBI=0.0846649;REFB=-0.00326778;REVB=0.0793867;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953373;STB=0.561739;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00546143;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:30:30:18:21:0.411765:8:10:14:16:9:12:14:16 chr16 88105725 . G A 745.33 PASS AF=0.550388;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=129;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0136197;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.165;QD=23.111;RBI=0.0497388;REFB=-0.0442346;REVB=0.0478378;RO=58;SAF=37;SAR=34;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110033;STB=0.506017;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0317354;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:58:58:71:71:0.550388:34:37:31:27:34:37:31:27 chr16 88123598 . C G 1256.25 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0727137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2687;QD=59.8216;RBI=0.0766566;REFB=-0.0600119;REVB=0.0242684;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.505375;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00142701;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:84:0:1:81:83:0.988095:35:46:0:0:37:46:1:0 chr16 88123697 . C A 782.2 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8419;QD=62.5761;RBI=0.112815;REFB=0;REVB=0.112074;RO=1;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:11:38:0:1:12:38:0:0 chr16 88124525 . A G 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00641826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.372;QD=18.0463;RBI=0.117929;REFB=-0.0129967;REVB=-0.117754;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23572;STB=0.633909;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00842498;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:7:1:4:6:7:1 chr16 88134285 . A G 1038.02 PASS AF=0.986301;AO=66;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.100088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.0225;QD=56.8779;RBI=0.101639;REFB=-0.134812;REVB=-0.017688;RO=5;SAF=36;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341898;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00506416;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:71:73:5:1:66:72:0.986301:30:36:4:1:31:41:0:1 chr16 88494947 . T C 1480.41 PASS AF=0.879032;AO=111;DP=125;FAO=109;FDP=124;FR=.;FRO=15;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=0.00656001;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5029;QD=47.755;RBI=0.00955933;REFB=0.00268988;REVB=0.00695321;RO=13;SAF=48;SAR=63;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976345;STB=0.562154;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00435566;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:125:124:13:15:111:109:0.879032:63:48:12:1:63:46:14:1 chr16 88494976 . A C 2402.07 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.011;QD=61.1991;RBI=0.039786;REFB=0;REVB=-0.0184031;RO=0;SAF=58;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15215e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:157:0:0:146:157:1:88:58:0:0:89:68:0:0 chr16 88495654 . A C,G 700.08 PASS AF=0.0425532,0.93617;AO=2,45;DP=47;FAO=2,44;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=1,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0124128,-0.0450115;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.279,52.6429;QD=59.5811;RBI=0.0124143,0.0479836;REFB=0.0343237,-0.103129;REVB=-0.000192874,0.016625;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.510633;STBP=0.662,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.172314,-0.000647729;OID=.,.;OPOS=88495654,88495654;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:1:2,45:2,44:0.0425532,0.93617:1,21:1,24:0:0:1,21:1,23:1:0 chr16 88496008 . T C 826.57 PASS AF=0.353591;AO=62;DP=183;FAO=64;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=7;FSAR=57;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.000506573;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.974;QD=18.2666;RBI=0.0200372;REFB=-0.0364768;REVB=-0.0200308;RO=93;SAF=6;SAR=56;SRF=39;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505136;STB=0.765798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0412426;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:93:93:62:64:0.353591:56:6:39:54:57:7:38:55 chr16 88496531 . C G 656.77 PASS AF=0.458904;AO=67;DP=145;FAO=67;FDP=146;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0200131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.171;QD=17.9936;RBI=0.0205028;REFB=-0.00340706;REVB=-0.00445449;RO=73;SAF=38;SAR=29;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702241;STB=0.533213;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00397631;OID=.;OPOS=88496531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:73:79:67:67:0.458904:29:38:36:37:29:38:40:39 chr16 88497400 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.172;QD=43.4859;RBI=0.0195628;REFB=0;REVB=0.01848;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029308;OID=.;OPOS=88497400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 88497446 . A G 400.23 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.223;QD=53.3634;RBI=0.0303009;REFB=-0.128578;REVB=-0.0102401;RO=1;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713682;STB=0.538434;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00135961;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:6:22:0:1:6:23:0:1 chr16 88498221 . C T 294.57 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0158168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.81;QD=15.1064;RBI=0.0207459;REFB=-0.00731721;REVB=-0.0134247;RO=45;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946005;STB=0.553456;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0143234;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:17:16:26:19:17:16:26:19 chr16 88498297 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.761;QD=57.6807;RBI=0.0441492;REFB=0;REVB=-0.0222235;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58551e-05;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr16 88498477 . A C 192.08 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=15;FWDB=-0.00752923;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.916;QD=9.60418;RBI=0.00753643;REFB=-0.00762441;REVB=-0.000329437;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190438;STB=0.594524;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0153494;OID=.;OPOS=88498477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:55:25:25:0.3125:10:15:39:13:10:15:40:15 chr16 88498681 . A G 193.06 PASS AF=0.375;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0137859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.036;QD=12.066;RBI=0.039757;REFB=-0.0113507;REVB=0.0372903;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15074;STB=0.595158;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0127677;OID=.;OPOS=88498681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:40:24:24:0.375:9:15:19:20:9:15:19:21 chr16 88499539 . C G 1434.21 PASS AF=0.5;AO=142;DP=284;FAO=142;FDP=284;FR=.;FRO=142;FSAF=72;FSAR=70;FSRF=60;FSRR=82;FWDB=-0.00543291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.667;QD=20.2002;RBI=0.00545769;REFB=-0.0215098;REVB=0.0005195;RO=134;SAF=72;SAR=70;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724451;STB=0.542206;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0179287;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:134:142:142:142:0.5:70:72:57:77:70:72:60:82 chr16 88500430 . G T 295.78 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0209111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=22.3232;RBI=0.0403657;REFB=0.00218112;REVB=0.0345271;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127183;STB=0.507038;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00107692;OID=.;OPOS=88500430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:20:10:8:15:20:10:8:15 chr16 88502482 . C T 204.18 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00873693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.888;QD=12.565;RBI=0.0131794;REFB=0.00650132;REVB=0.00986724;RO=38;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134041;STB=0.577577;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00866369;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:10:15:18:20:10:15:19:21 chr16 88502505 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2442;QD=58.0571;RBI=0.0293166;REFB=0;REVB=-0.00348444;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146528;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr16 88503995 . GT TC 35.9 PASS AF=0.112676;AO=9;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.0328536;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=34.8988;QD=2.02226;RBI=0.0841134;REFB=-0.00908814;REVB=-0.0774319;RO=56;SAF=8;SAR=1;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420473;STB=0.791001;STBP=0.129;TYPE=mnp;VARB=0.0485663;OID=.;OPOS=88503995;OREF=GT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:71:71:56:63:9:8:0.112676:1:8:34:22:1:7:39:24 chr16 88504868 . A G 3118.3 PASS AF=0.98995;AO=195;DP=199;FAO=197;FDP=199;FR=.;FRO=2;FSAF=111;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0394743;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.762;QD=62.6794;RBI=0.0561188;REFB=-0.100447;REVB=-0.0398887;RO=1;SAF=110;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556988;STB=0.500648;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.000127444;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:199:199:1:2:195:197:0.98995:85:110:0:1:86:111:1:1 chr16 88505635 . A C,G 1164.77 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=4,74;DP=78;FAO=4,74;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=0,56;FSAR=4,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118975,0.0670197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=211.986,55.8557;QD=59.7318;RBI=0.0202705,0.0767348;REFB=0,0;REVB=-0.0164117,0.0373708;RO=0;SAF=0,56;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.197791,-0.00367088;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:78:78:0:0:4,74:4,74:0.0512821,0.948718:4,18:0,56:0:0:4,18:0,56:0:0 chr16 88505734 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.281;QD=62.0212;RBI=0.107433;REFB=0;REVB=0.0427284;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319524;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr16 88535341 . G A 2601.97 PASS AF=0.982759;AO=170;DP=175;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0146804;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.7;QD=59.8153;RBI=0.0149182;REFB=-0.0916103;REVB=0.00265327;RO=0;SAF=89;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85996e-08;STB=0.508981;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=8.99768e-05;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:174:0:3:170:171:0.982759:81:89:0:0:82:89:0:3 chr16 88535407 . C G 1860.21 PASS AF=0.96875;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.138765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2854;QD=58.1316;RBI=0.138775;REFB=-0.213459;REVB=-0.0016495;RO=4;SAF=59;SAR=65;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311212;STB=0.516391;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00605668;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:4:4:124:124:0.96875:65:59:4:0:65:59:4:0 chr16 88552370 . A G 4436.15 PASS AF=0.992982;AO=279;DP=279;FAO=283;FDP=285;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=145;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0376147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.759;QD=62.2618;RBI=0.0457134;REFB=-0.0648949;REVB=0.0259779;RO=0;SAF=133;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37365e-08;STB=0.500087;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000618724;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:279:285:0:2:279:283:0.992982:146:133:0:0:145:138:1:1 chr16 88594567 . C T 418.26 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0965096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.696;QD=19.2303;RBI=0.10012;REFB=-0.055213;REVB=0.0266443;RO=45;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286467;STB=0.505152;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0333507;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:45:44:41:43:0.494253:24:17:20:25:24:19:19:25 chr16 88599023 . A G 1447.75 PASS AF=0.486667;AO=137;DP=292;FAO=146;FDP=300;FR=.;FRO=154;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=78;FSRR=76;FWDB=0.010011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.57;QD=19.3033;RBI=0.0106834;REFB=-0.0244483;REVB=-0.00373018;RO=141;SAF=56;SAR=81;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560101;STB=0.546074;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0236381;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:300:141:154:137:146:0.486667:81:56:66:75:85:61:78:76 chr16 88644005 . A G 698.91 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7161;QD=60.7746;RBI=0.0410093;REFB=-0.091157;REVB=-0.0305169;RO=2;SAF=31;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161935;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:2:0:44:46:1:13:31:2:0:13:33:0:0 chr16 88691138 . G C 46.65 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=60;FWDB=-0.0148992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4684;QD=1.76021;RBI=0.0150149;REFB=0.000165991;REVB=0.00186044;RO=94;SAF=11;SAR=1;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621261;STB=0.936519;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00116928;OID=.;OPOS=88691138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:106:106:94:94:12:12:0.113208:1:11:34:60:1:11:34:60 chr16 88709828 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4831;QD=42.1744;RBI=0.0165284;REFB=0;REVB=-0.0144984;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000938556;OID=.;OPOS=88709828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 88713236 . A G 1324.86 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120772;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.516;QD=62.3464;RBI=0.0128115;REFB=0;REVB=-0.00427493;RO=0;SAF=58;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02221e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:27:58:0:0:27:58:0:0 chr16 88713501 . A G 375.17 PASS AF=0.412844;AO=41;DP=105;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=-0.00186285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.619;QD=13.7677;RBI=0.0136142;REFB=-0.019852;REVB=-0.0134862;RO=63;SAF=25;SAR=16;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.541575;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0213584;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:63:64:41:45:0.412844:16:25:44:19:17:28:44:20 chr16 88717386 . T C 1978.11 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.022331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.762;QD=60.4002;RBI=0.0236262;REFB=-0.0525809;REVB=-0.00771506;RO=2;SAF=74;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126699;STB=0.506666;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00237911;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:2:2:129:129:0.984733:55:74:2:0:55:74:2:0 chr16 88724347 . G T 1313.41 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197249;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.824;QD=62.5435;RBI=0.0478706;REFB=0;REVB=0.043618;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17462e-05;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr16 88747995 . G C 420.42 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0382822;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.201;QD=20.2612;RBI=0.0475597;REFB=-0.0306547;REVB=-0.0282206;RO=40;SAF=33;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208605;STB=0.612414;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0395423;OID=.;OPOS=88747995;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:9:33:24:16:9:33:25:16 chr16 88778615 . G A 2332.82 PASS AF=0.952381;AO=159;DP=168;FAO=160;FDP=168;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0476464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.9;QD=55.5433;RBI=0.0615659;REFB=-0.110099;REVB=0.0389896;RO=7;SAF=95;SAR=64;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974881;STB=0.507462;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00197631;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:168:168:7:8:159:160:0.952381:64:95:5:2:64:96:6:2 chr16 88779739 . A G 2698.1 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228507;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.88;QD=62.0254;RBI=0.0237764;REFB=0;REVB=-0.00656967;RO=0;SAF=107;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03745e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159649;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:174:0:0:172:174:1:65:107:0:0:67:107:0:0 chr16 88780634 . AGGTGTGGGTGT AGGTGT,AGGTGTGTGTGG 351.17 PASS AF=0.807692,0.192308;AO=20,4;DP=27;FAO=21,5;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151634,0.0192626;FXX=0.0370233;HRUN=3,3;LEN=6,5;MLLD=263.697,57.9668;QD=54.0259;RBI=0.0709516,0.0343679;REFB=0,0;REVB=0.0693124,0.0284624;RO=0;SAF=8,2;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00344306,0.109093;OID=.,.;OPOS=88780635,88780641;OREF=GGTGTG,GGTGT;OALT=-,TGTGG;OMAPALT=AGGTGT,AGGTGTGTGTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.807692,0.192308:20,4:27:21,5:26:0:9,2:12,3:0:0:28:0:8,2:12,2:0:0 chr16 88781040 . A G 1477.49 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.475;QD=62.2103;RBI=0.026453;REFB=0;REVB=0.0220837;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449319;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:33:58:0:0:35:60:0:0 chr16 88781125 . T C 619.47 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0717977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.248;QD=58.9971;RBI=0.0754656;REFB=-0.0346378;REVB=0.023241;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.000163699;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:29:12:0:0:29:12:1:0 chr16 88782676 . A G 2303.96 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.267;QD=63.5575;RBI=0.0182477;REFB=0;REVB=0.0180941;RO=0;SAF=81;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98499e-06;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:145:0:0:141:145:1:60:81:0:0:63:82:0:0 chr16 88783449 . C G 1417.36 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1394;QD=62.3017;RBI=0.0571732;REFB=0;REVB=0.028528;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103305;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:87:91:1:40:47:0:0:41:50:0:0 chr16 88783521 . T C 1071.51 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.157;QD=59.5284;RBI=0.0108011;REFB=0;REVB=0.005913;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012709;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:33:39:0:0 chr16 88787704 . G C 2374.24 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00193497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.203;QD=59.7292;RBI=0.0232135;REFB=-0.055977;REVB=0.0231327;RO=2;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132112;STB=0.503448;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000663105;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:159:159:2:1:157:158:0.993711:71:86:0:2:72:86:0:1 chr16 88792047 . A G 1974.62 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451647;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4873;QD=61.7068;RBI=0.0546195;REFB=0;REVB=-0.0544324;RO=0;SAF=88;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532749;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:125:128:1:37:88:0:0:39:89:0:0 chr16 88792097 . A G 1598.2 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.704;QD=63.928;RBI=0.0149767;REFB=0;REVB=0.0109711;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00272e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:35:62:0:0:35:65:0:0 chr16 88803124 . T C,G 2837.99 PASS AF=0.967391,0.0326087;AO=175,7;DP=183;FAO=178,6;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=105,4;FSAR=73,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820748,0.00715464;FXX=0.00540511;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1637,37.8922;QD=61.6955;RBI=0.0484371,0.0234405;REFB=0,0;REVB=-0.0477366,-0.0223219;RO=0;SAF=103,5;SAR=72,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000253035,0.116177;OID=.,.;OPOS=88803124,88803124;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:183:184:0:0:175,7:178,6:0.967391,0.0326087:72,2:103,5:0:0:73,2:105,4:0:0 chr16 88803982 . C G 832.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9318;QD=57.3948;RBI=0.102348;REFB=0;REVB=0.0652216;RO=0;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148081;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:20:38:0:0:20:38:0:0 chr16 88804734 . A G 1261.1 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578813;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.289;QD=61.5168;RBI=0.0623267;REFB=0;REVB=0.0231165;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438804;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:38:42:0:0:40:42:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 726.05 PASS AF=0,1;AO=5,52;DP=64;FAO=0,64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376823,0.197268;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=6.52241,17.4084;QD=45.3784;RBI=0.0377113,0.22255;REFB=0,0;REVB=0.00147841,0.103023;RO=6;SAF=2,26;SAR=3,26;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.231237,-0.0323469;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0195686,0.00926137;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:64:64:6:0:5,52:0,64:0,1:3,26:2,26:4:2:0,31:0,33:0:0 chr16 88805183 . G A 317.08 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0448242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7391;QD=45.2975;RBI=0.0448398;REFB=-0.0867167;REVB=-0.00118523;RO=3;SAF=16;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794059;STB=0.542824;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0118781;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:9:16:3:0:9:16:3:0 chr16 88805231 . G A 95.35 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0151785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2612;QD=34.6743;RBI=0.0152858;REFB=-0.145113;REVB=-0.00180793;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0184714;OID=.;OPOS=88805231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr16 88805236 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.74;QD=40.7626;RBI=0.0199395;REFB=0;REVB=0.00345677;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323611;OID=.;OPOS=88805236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 88808743 . A G 791.06 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00335172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.2;QD=53.6312;RBI=0.040929;REFB=-0.0511002;REVB=0.0407916;RO=2;SAF=36;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254818;STB=0.513509;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00159786;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:21:36:2:0:21:36:2:0 chr16 88809773 . G C 2019.66 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.196;QD=62.1433;RBI=0.0827616;REFB=0;REVB=0.0549083;RO=0;SAF=89;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35887e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:130:0:0:127:130:1:38:89:0:0:39:91:0:0 chr16 88872145 . T C 1586.02 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.953;QD=59.8499;RBI=0.0697751;REFB=0;REVB=0.0673982;RO=1;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501906;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:1:0:105:106:1:57:48:0:1:58:48:0:0 chr16 88872229 . A G 479.91 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0188604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.829;QD=17.1396;RBI=0.0205344;REFB=-0.0170796;REVB=-0.00812083;RO=60;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05875;STB=0.532717;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0143816;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:30:22:29:31:30:22:29:31 chr16 88872511 . T C 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0123227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.005;QD=17.5923;RBI=0.0307776;REFB=-0.0118434;REVB=0.028203;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02556;STB=0.514919;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0160879;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:44:44:0.44898:24:20:25:27:24:20:26:28 chr16 88874632 . C G 1502.49 PASS AF=0.468085;AO=154;DP=330;FAO=154;FDP=329;FR=.;FRO=175;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=97;FSRR=78;FWDB=0.0708697;FXX=0.0149696;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5644;QD=18.2674;RBI=0.0710483;REFB=-0.00503447;REVB=0.00503419;RO=173;SAF=71;SAR=83;SRF=96;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900145;STB=0.549511;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00525997;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:329:173:175:154:154:0.468085:83:71:96:77:83:71:97:78 chr16 88884466 . C T 645.47 PASS AF=0.6;AO=57;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0582675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0571;QD=27.1776;RBI=0.0658486;REFB=-0.0247456;REVB=-0.0306746;RO=38;SAF=25;SAR=32;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160043;STB=0.587126;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0290898;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:38:57:57:0.6:32:25:25:13:32:25:25:13 chr16 88902183 . G A 364.01 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=0.00994911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.726;QD=12.3394;RBI=0.013299;REFB=-0.0199017;REVB=0.0088249;RO=73;SAF=29;SAR=15;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189551;STB=0.502145;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0301412;OID=.;OPOS=88902183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:74:44:44:0.372881:15:29:48:25:15:29:49:25 chr16 88921634 . C G 1267.79 PASS AF=0.945652;AO=84;DP=89;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0322743;FXX=0.0212743;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.933;QD=55.1212;RBI=0.0592708;REFB=-0.138985;REVB=0.0497132;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126298;STB=0.513118;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0016211;OID=.;OPOS=88921634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:89:92:1:5:84:87:0.945652:37:47:0:1:38:49:4:1 chr16 88930779 . C A 526.46 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=130;FAO=57;FDP=133;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.00740698;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7101;QD=15.8332;RBI=0.00786828;REFB=-0.0122587;REVB=0.00265449;RO=74;SAF=18;SAR=36;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520712;STB=0.524539;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0146101;OID=.;OPOS=88930779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:74:76:54:57:0.428571:36:18:25:49:36:21:25:51 chr16 89167094 . T C 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00706398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.799;QD=8.56715;RBI=0.0340363;REFB=-0.0200603;REVB=0.0332952;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132592;STB=0.58089;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0405896;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:6:8:17:20:6:8:17:20 chr16 89167140 . G C 991.68 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7627;QD=59.2045;RBI=0.216545;REFB=0;REVB=0.185372;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107004;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:25:39:0:0:28:39:0:0 chr16 89167395 . C T 205.72 PASS AF=0.277228;AO=28;DP=101;FAO=28;FDP=101;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0462842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1571;QD=8.14723;RBI=0.0596793;REFB=-0.0217726;REVB=0.0376748;RO=72;SAF=21;SAR=7;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379102;STB=0.722913;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0729174;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:73:28:28:0.277228:7:21:32:40:7:21:33:40 chr16 89167404 . T C 205.94 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.012877;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.596;QD=8.49253;RBI=0.0265488;REFB=-0.00526372;REVB=0.0232168;RO=69;SAF=21;SAR=6;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398857;STB=0.743772;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0130139;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:69:70:27:27:0.278351:6:21:32:37:6:21:32:38 chr16 89167431 . G C 392.35 PASS AF=0.389831;AO=42;DP=115;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0313228;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.589;QD=13.3;RBI=0.0676757;REFB=0.00960914;REVB=0.0599907;RO=72;SAF=31;SAR=11;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366233;STB=0.658767;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00470698;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:72:72:42:46:0.389831:11:31:30:42:15:31:30:42 chr16 89167443 . T C 434.89 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.00732839;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.734;QD=13.5902;RBI=0.00944029;REFB=-0.0132053;REVB=0.00595095;RO=75;SAF=34;SAR=16;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274032;STB=0.659185;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0167964;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:75:78:50:50:0.390625:16:34:32:43:16:34:33:45 chr16 89167458 . C A 493.25 PASS AF=0.395683;AO=50;DP=142;FAO=55;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00525092;FXX=0.0211253;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.974;QD=14.1943;RBI=0.0544371;REFB=-0.019313;REVB=-0.0541832;RO=63;SAF=34;SAR=16;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181839;STB=0.612691;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0156358;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:63:84:50:55:0.395683:16:34:32:31:20:35:38:46 chr16 89180765 . A T 317.91 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0461266;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.404;QD=13.1099;RBI=0.0463788;REFB=-0.0126488;REVB=-0.0048303;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146231;STB=0.577278;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0223729;OID=.;OPOS=89180765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:60:61:36:36:0.371134:18:18:38:22:18:18:38:23 chr16 89180883 . G A,C 1051.39 PASS AF=0.958904,0.0410959;AO=68,4;DP=73;FAO=70,3;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480684,0.00324573;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.958,130.855;QD=57.6107;RBI=0.0507155,0.00832759;REFB=0,0;REVB=0.0161705,-0.00766902;RO=0;SAF=35,4;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00203722,0.172598;OID=.,.;OPOS=89180883,89180883;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:73:73:0:0:68,4:70,3:0.958904,0.0410959:33,0:35,4:0:0:33,0:37,3:0:0 chr16 89211662 . C G 491.19 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00405964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.037;QD=19.846;RBI=0.0200448;REFB=-0.0128077;REVB=0.0196294;RO=51;SAF=30;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216492;STB=0.620203;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00804399;OID=.;OPOS=89211662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:51:48:48:0.484848:18:30:20:31:18:30:20:31 chr16 89217507 . C T 235.2 PASS AF=0.405797;AO=29;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00850934;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.644;QD=13.6345;RBI=0.0141857;REFB=0.0062488;REVB=0.0113502;RO=40;SAF=24;SAR=5;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443518;STB=0.793881;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00502128;OID=.;OPOS=89217507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:41:29:28:0.405797:5:24:18:22:4:24:18:23 chr16 89234723 . A G 1138.24 PASS AF=0.419142;AO=126;DP=311;FAO=127;FDP=303;FR=.;FRO=176;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=99;FSRR=77;FWDB=0.00414759;FXX=0.0288452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.62;QD=15.0263;RBI=0.00497294;REFB=-0.0233711;REVB=-0.00274366;RO=169;SAF=68;SAR=58;SRF=94;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171551;STB=0.515834;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0224564;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:303:169:176:126:127:0.419142:58:68:94:75:59:68:99:77 chr16 89234760 . A G 1247.0 PASS AF=0.429467;AO=137;DP=319;FAO=137;FDP=319;FR=.;FRO=182;FSAF=77;FSAR=60;FSRF=94;FSRR=88;FWDB=-0.013875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.031;QD=15.6364;RBI=0.0138775;REFB=-0.0135888;REVB=0.000258965;RO=181;SAF=77;SAR=60;SRF=94;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441359;STB=0.526224;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0174356;OID=.;OPOS=89234760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:181:182:137:137:0.429467:60:77:94:87:60:77:94:88 chr16 89235258 . C A 485.32 PASS AF=0.477064;AO=52;DP=109;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00854717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.209;QD=17.81;RBI=0.00900815;REFB=-0.0221623;REVB=-0.00284475;RO=56;SAF=35;SAR=17;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187445;STB=0.609442;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0191793;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:57:52:52:0.477064:17:35:27:29:17:35:27:30 chr16 89238228 . G A 1118.72 PASS AF=0.562162;AO=104;DP=187;FAO=104;FDP=185;FR=.;FRO=81;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=58;FSRR=23;FWDB=0.0079482;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.742;QD=24.1886;RBI=0.0292582;REFB=-0.04513;REVB=0.0281579;RO=77;SAF=64;SAR=40;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072459;STB=0.547567;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0289364;OID=.;OPOS=89238228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:77:81:104:104:0.562162:40:64:54:23:40:64:58:23 chr16 89245890 . G T 461.21 PASS AF=0.458716;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00757458;FXX=0.0267833;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1381;QD=16.9251;RBI=0.0077061;REFB=-0.0349487;REVB=0.00141761;RO=58;SAF=29;SAR=20;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107178;STB=0.559677;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0469108;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:58:59:49:50:0.458716:20:29:28:30:20:30:29:30 chr16 89246670 . T C 1213.31 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000328141;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.061;QD=61.4336;RBI=0.0189926;REFB=0;REVB=-0.0189897;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108025;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr16 89251851 . A G 600.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138777;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8454;QD=61.5593;RBI=0.0369077;REFB=0;REVB=-0.0341992;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126092;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr16 89256695 . G A 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0231109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.756;QD=17.6619;RBI=0.0232416;REFB=-0.0144963;REVB=0.00246071;RO=47;SAF=20;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308168;STB=0.517233;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0143866;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:20:20:25:22:20:20:25:22 chr16 89259993 . A G 2270.68 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1573;QD=60.1505;RBI=0.0206747;REFB=0;REVB=-0.0172866;RO=1;SAF=43;SAR=105;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353733;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:151:151:1:0:148:151:1:105:43:0:1:108:43:0:0 chr16 89264532 . T G 78.68 PASS AF=0.264706;AO=2;DP=52;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.007408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.89;QD=4.62797;RBI=0.0081726;REFB=-0.0394296;REVB=-0.00345152;RO=46;SAF=2;SAR=0;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365331;STB=0.523783;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0773937;OID=.;OPOS=89264532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:52:68:46:50:2:18:0.264706:0:2:26:20:7:11:29:21 chr16 89265087 . A G 533.42 PASS AF=0.442748;AO=54;DP=127;FAO=58;FDP=131;FR=.;FRO=73;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=0.0632416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5512;QD=16.2877;RBI=0.0634088;REFB=-0.0187544;REVB=-0.00460194;RO=73;SAF=26;SAR=28;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680226;STB=0.526708;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0237411;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:131:73:73:54:58:0.442748:28:26:40:33:29:29:40:33 chr16 89265100 . GC AT 500.67 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=135;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00831589;FXX=0.0592549;HRUN=4;LEN=2;MLLD=232.679;QD=15.7692;RBI=0.0083579;REFB=-0.000678038;REVB=-0.000836951;RO=71;SAF=24;SAR=30;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494845;STB=0.520275;STBP=0.698;TYPE=mnp;VARB=0.000945574;OID=.;OPOS=89265100;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:127:71:73:54:54:0.425197:30:24:35:36:30:24:35:38 chr16 89265466 . AC CG,GC 1026.86 PASS AF=0.126761,0.873239;AO=9,61;DP=71;FAO=9,62;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=9,18;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642298,0.0468106;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.3669,76.3784;QD=57.8514;RBI=0.0674087,0.0518536;REFB=0,0;REVB=0.0204563,-0.0223062;RO=0;SAF=9,17;SAR=0,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.89926e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0193872,0.0341947;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:44:71:71:0:0:9,61:9,62:0.126761,0.873239:0,44:9,17:0:0:0,44:9,18:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 1036.36 PASS AF=0.862069;AO=74;DP=89;FAO=75;FDP=87;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0236942;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=4;MLLD=305.736;QD=47.6486;RBI=0.0236979;REFB=-0.0455392;REVB=0.000420816;RO=13;SAF=46;SAR=28;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445963;STB=0.53093;STBP=0.17;TYPE=ins;VARB=0.00428077;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:74:89:75:87:12:47:28:10:2:59:13:46:28:10:3 chr16 89291951 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.323;QD=60.6103;RBI=0.00448113;REFB=0;REVB=0.00296837;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79523e-06;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr16 89293271 . A C 734.52 PASS AF=0.618182;AO=68;DP=111;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0056319;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.327;QD=26.7098;RBI=0.010674;REFB=-0.0169486;REVB=0.00906728;RO=42;SAF=42;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514251;STB=0.527925;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0089355;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:42:42:68:68:0.618182:26:42:23:19:26:42:23:19 chr16 89293614 . A G 1011.66 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.271;QD=57.8094;RBI=0.025647;REFB=-0.0258174;REVB=-0.00410773;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150047;STB=0.507934;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=3.33324e-05;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:38:31:1:0:38:31:1:0 chr16 89294184 . G A 937.27 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.432;QD=58.5797;RBI=0.0573109;REFB=0;REVB=0.00018179;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230692;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr16 89294381 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6553;QD=48.7369;RBI=0.0584643;REFB=0;REVB=0.0492528;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272371;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr16 89294439 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.239;QD=45.8068;RBI=0.0352511;REFB=0;REVB=-0.0227729;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63011e-05;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr16 89294511 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.021;QD=50.8362;RBI=0.0486572;REFB=-0.0481712;REVB=0.0470666;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000943424;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:1:0:9:16:1:0 chr16 89294697 . C T 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0672759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8155;QD=54.6467;RBI=0.0693876;REFB=-0.00513171;REVB=0.0169877;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000688741;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:23:29:0:0:23:29:0:1 chr16 89299200 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.797;QD=56.7066;RBI=0.069755;REFB=0;REVB=0.0397483;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568252;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 89299227 . C T 550.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.211;QD=59.5415;RBI=0.0614646;REFB=0;REVB=0.0337174;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588208;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:13:24:0:0 chr16 89299280 . T A 707.92 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7537;QD=62.9266;RBI=0.0867226;REFB=0;REVB=0.0618994;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000946836;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:17:28:0:0 chr16 89299383 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9778;QD=42.1823;RBI=0.0849364;REFB=0;REVB=-0.0844611;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373825;OID=.;OPOS=89299383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr16 89300015 . A G 162.15 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0730301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.901;QD=40.5363;RBI=0.0941522;REFB=-0.0270527;REVB=0.0594244;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0035383;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:1:1:14:15:0.9375:5:9:1:0:5:10:1:0 chr16 89300147 . A G 119.66 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290173;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.63;QD=43.5146;RBI=0.0836933;REFB=0;REVB=-0.078502;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106164;OID=.;OPOS=89300147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr16 89350178 . G A 228.22 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0536544;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.045;QD=13.6249;RBI=0.0542586;REFB=-0.0115146;REVB=-0.00807406;RO=39;SAF=4;SAR=23;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367971;STB=0.723944;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0112872;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:39:40:27:27:0.402985:23:4:16:23:23:4:17:23 chr16 89590168 . T C,TATCTC 1339.76 PASS AF=0.0655738,0.786885;AO=9,92;DP=123;FAO=8,96;FDP=122;FR=.;FRO=18;FSAF=4,48;FSAR=4,48;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00766096,-0.0184576;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=79.6057,250.344;QD=43.9267;RBI=0.00772865,0.0207644;REFB=-0.00874584,-0.0254595;REVB=-0.00102067,0.00951182;RO=20;SAF=4,47;SAR=5,45;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0623617,0.00364925;STB=0.538366,0.50877;STBP=0.801,0.666;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0178874,0.00654498;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:123:122:20:18:9,92:8,96:0.0655738,0.786885:5,45:4,47:10:10:4,48:4,48:8:10 chr16 89590243 . G A 2034.48 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132962;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.405;QD=62.1215;RBI=0.015469;REFB=0;REVB=0.00790576;RO=0;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1079e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58371e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:129:131:1:71:58:0:0:73:58:0:0 chr16 89653999 . TTGAG T 294.27 PASS AF=0.415254;AO=45;DP=120;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0361187;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=4;MLLD=263.72;QD=9.97518;RBI=0.0361936;REFB=-0.0246443;REVB=-0.00232643;RO=69;SAF=26;SAR=19;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180454;STB=0.502183;STBP=0.974;TYPE=del;VARB=0.0347004;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415254:45:120:49:118:69:30:19:42:27:99:69:26:19:41:28 chr16 89662990 . T C 335.41 PASS AF=0.313869;AO=44;DP=137;FAO=43;FDP=137;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=40;FWDB=-0.0497529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0439;QD=9.79297;RBI=0.118883;REFB=-0.0133911;REVB=-0.107972;RO=88;SAF=14;SAR=30;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291444;STB=0.671125;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0212303;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:88:94:44:43:0.313869:30:14:50:38:29:14:54:40 chr16 89663025 . C T 271.87 PASS AF=0.296;AO=37;DP=125;FAO=37;FDP=125;FR=.;FRO=88;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0339084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.143;QD=8.69992;RBI=0.0712095;REFB=-0.0150419;REVB=-0.062618;RO=85;SAF=12;SAR=25;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312283;STB=0.686007;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0454706;OID=.;OPOS=89663025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:85:88:37:37:0.296:25:12:50:35:25:12:52:36 chr16 89712374 . A C,G 713.08 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,3;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299497,-0.0432548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.728,110.572;QD=62.0068;RBI=0.0790543,0.0746568;REFB=0,0;REVB=0.0731615,0.0608494;RO=0;SAF=22,1;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000181443,0.103468;OID=.,.;OPOS=89712374,89712374;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:43,3:44,2:0.956522,0.0434783:21,2:22,1:0:0:22,1:22,1:0:0 chr16 89712380 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.456;QD=61.1858;RBI=0.053135;REFB=-0.141425;REVB=0.0487692;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0006233;OID=.;OPOS=89712380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:24:23:0:0:24:23:1:0 chr16 89713563 . C G 1594.9 PASS AF=0.981818;AO=104;DP=108;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.614;QD=57.9964;RBI=0.101743;REFB=-0.187401;REVB=0.0176294;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000848408;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:110:0:2:104:108:0.981818:60:44:0:0:60:48:2:0 chr16 89724313 . C G 222.14 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.593;QD=49.3636;RBI=0.157106;REFB=0;REVB=0.146188;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178143;OID=.;OPOS=89724313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:4:11:0:0:6:12:0:0 chr16 89760652 . C T 1736.92 PASS AF=1;AO=112;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0022764;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.37;QD=60.9445;RBI=0.0194043;REFB=0;REVB=0.0192703;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148951;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:112:114:1:49:63:0:0:49:65:0:0 chr16 89760712 . G A 1227.15 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.974;QD=61.3574;RBI=0.042351;REFB=0;REVB=0.0412805;RO=0;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45365e-05;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:31:49:0:0:31:49:0:0 chr16 89763214 . T C 1668.92 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8523;QD=59.6042;RBI=0.036821;REFB=0;REVB=0.0363624;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42355e-05;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:103:112:1:49:54:0:0:56:56:0:0 chr16 89775776 . TG T 71.99 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0623588;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.7918;QD=16.9392;RBI=0.0970157;REFB=0.0039739;REVB=0.0743197;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0.764706;SSEP=0;SSSB=-0.5865;STB=0.758521;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0261101;OID=.;OPOS=89775777;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:10:17:11:17:6:2:9:5:1:29:6:1:9:5:1 chr16 89777761 . C T 505.03 PASS AF=0.44;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00144772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.698;QD=16.1609;RBI=0.0120747;REFB=-0.0311281;REVB=-0.0119876;RO=70;SAF=27;SAR=27;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288189;STB=0.521074;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0345617;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:70:70:54:55:0.44:27:27:37:33:28:27:37:33 chr16 89782989 . A G 785.9 PASS AF=0.921875;AO=56;DP=61;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0312229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9695;QD=49.1188;RBI=0.0398372;REFB=0.0112485;REVB=0.0247413;RO=5;SAF=32;SAR=24;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578963;STB=0.528272;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0179742;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:61:64:5:5:56:59:0.921875:24:32:1:4:26:33:1:4 chr16 89783187 . C T 1533.91 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0071;QD=63.2538;RBI=0.0579312;REFB=0;REVB=0.0311095;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79468e-05;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:55:40:0:0:55:42:0:0 chr16 89784248 . T TC 121.85 PASS AF=0.213115;AO=27;DP=129;FAO=26;FDP=122;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=69;FSRR=27;FWDB=-0.0230626;FXX=0.00812942;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.0613;QD=3.99523;RBI=0.0805752;REFB=-0.00733126;REVB=0.0772042;RO=98;SAF=27;SAR=0;SRF=70;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.728107;STB=0.881197;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.129219;OID=.;OPOS=89784249;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213115:27:129:26:122:96:25:1:69:27:99:98:27:0:70:28 chr16 89789898 . T C,G 2513.95 PASS AF=0.975904,0.0240964;AO=159,6;DP=165;FAO=162,4;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=104,4;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601954,-0.000380868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.0683,196.723;QD=60.5771;RBI=0.0624694,0.0163464;REFB=0,0;REVB=-0.0167013,-0.016342;RO=0;SAF=104,4;SAR=55,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.68934e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000265732,0.096781;OID=.,.;OPOS=89789898,89789898;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:165:166:0:0:159,6:162,4:0.975904,0.0240964:55,2:104,4:0:0:58,0:104,4:0:0 chr16 89804624 . G C 227.67 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0370678;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.656;QD=11.106;RBI=0.03892;REFB=-0.00536071;REVB=-0.0118635;RO=52;SAF=18;SAR=10;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30588;STB=0.664832;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0091434;OID=.;OPOS=89804624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:52:54:28:28:0.341463:10:18:19:33:10:18:21:33 chr16 89806347 . A T 1396.34 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.927;QD=62.7567;RBI=0.0478692;REFB=0;REVB=0.034673;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03805e-05;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:34:55:0:0:34:55:0:0 chr16 89836323 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.355;QD=61.5109;RBI=0.0532734;REFB=0.0283715;REVB=0.0512978;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=8.3934e-06;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:1:0:18:30:1:0 chr16 89845194 . A G 888.44 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.145;QD=58.2585;RBI=0.0508883;REFB=0;REVB=-0.00437302;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11911e-05;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr16 89849480 . C T 710.4 PASS AF=0.928571;AO=50;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0405125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2785;QD=50.7429;RBI=0.0463508;REFB=-0.0870033;REVB=0.0225196;RO=3;SAF=38;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600319;STB=0.532307;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000395672;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:50:52:0.928571:12:38:1:2:12:40:1:2 chr16 89866043 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7399;QD=60.6052;RBI=0.0634129;REFB=0;REVB=0.0523884;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257572;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr16 89986154 . G A 626.92 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0919673;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6373;QD=59.7063;RBI=0.110939;REFB=-0.0905806;REVB=0.0620447;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00212832;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:40:41:0.97619:16:24:0:0:16:25:1:0 chr16 90037828 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2837;QD=57.1752;RBI=0.0477217;REFB=0;REVB=0.0303237;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25954e-05;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr16 90038786 . C A 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.282;QD=63.194;RBI=0.0328491;REFB=0;REVB=-0.00237676;RO=0;SAF=27;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6433e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:65:27:0:0:65:27:0:0 chr16 90095484 . C T 2148.25 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00570514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.635;QD=56.1634;RBI=0.0400203;REFB=-0.189308;REVB=0.0396116;RO=1;SAF=59;SAR=88;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537425;STB=0.510778;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000867126;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:153:153:1:6:147:147:0.960784:88:59:0:1:88:59:4:2 chr16 90096052 . CCTT ACTC,C,GCTC 1320.27 PASS AF=0.011236,0.921348,0.0561798;AO=4,80,5;DP=95;FAO=1,82,5;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27,4;FSAR=1,55,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113238,0.0338898,-0.0131968;FXX=0.0729091;HRUN=2,2,2;LEN=4,3,4;MLLD=67.9228,188.349,140.691;QD=59.3381;RBI=0.0320935,0.0344206,0.0132004;REFB=-0.0199339,-0.0276509,-0.0378445;REVB=0.0300294,0.00602192,-0.000308849;RO=0;SAF=3,26,4;SAR=1,54,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.989913,0.509089,0.555346;STBP=0.496,0.274,0.649;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0297047,0.00407044,0.0218547;OID=.,.,.;OPOS=90096052,90096053,90096052;OREF=CCTT,CTT,CCTT;OALT=ACTC,-,GCTC;OMAPALT=ACTC,C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:95:89:0:1:4,80,5:1,82,5:0.011236,0.921348,0.0561798:1,54,1:3,26,4:0:0:1,55,1:0,27,4:1:0 chr16 90096298 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00118492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.902;QD=37.4885;RBI=0.0369195;REFB=0;REVB=0.0369005;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000944266;OID=.;OPOS=90096298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr16 90097748 . C T 617.64 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00334871;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.159;QD=61.7644;RBI=0.11274;REFB=0;REVB=0.112691;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655236;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr16 90109711 . A G 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.869;QD=61.6763;RBI=0.0266905;REFB=0;REVB=-0.00687919;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261361;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 90110027 . G A 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.664;QD=54.8215;RBI=0.0427242;REFB=-0.0839024;REVB=0.0213571;RO=1;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241289;STB=0.512815;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00286477;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:19:31:0:1:19:31:0:1 chr16 90110284 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.552;QD=60.9782;RBI=0.0212043;REFB=0;REVB=0.00909217;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35329e-05;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr16 90110289 . C A 549.43 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.728;QD=59.3974;RBI=0.118976;REFB=0;REVB=0.0556283;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632277;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:37:0:0:32:37:1:15:17:0:0:18:19:0:0 chr16 90130136 . C T 1059.84 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.317;QD=58.0734;RBI=0.0156794;REFB=0.0221159;REVB=-0.0108404;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.505881;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00116836;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:0:1:71:72:0.986301:30:41:0:0:30:42:1:0 chr16 90160238 . C T 175.12 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00573342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.514;QD=38.9163;RBI=0.0262386;REFB=0.0267493;REVB=-0.0256046;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00803779;OID=.;OPOS=90160238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:8:8:1:1:8:8:1:1 chr16 90160246 . G A 136.74 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000708245;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.575;QD=36.4632;RBI=0.117977;REFB=-0.0152634;REVB=-0.117975;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695995;STB=0.505147;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00194293;OID=.;OPOS=90160246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:15:1:2:13:13:0.866667:7:6:1:0:7:6:1:1 chr16 90160793 . G C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3073;QD=57.1975;RBI=0.0698679;REFB=0;REVB=-0.0341467;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197232;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 90160952 . CT C,CC 220.31 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390983,0.0297024;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.672,174.804;QD=48.9578;RBI=0.0438221,0.0376207;REFB=0,0;REVB=0.0197914,0.0230886;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0119752,0.00190179;OID=.,.;OPOS=90160953,90160953;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,7:0,10:0:0:5:0:1,7:1,9:0:0 chr16 90161034 . C A 764.59 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.391;QD=56.6362;RBI=0.0551329;REFB=0;REVB=0.0308265;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103699;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:45:54:1:19:26:0:0:24:30:0:0 chr16 90161065 . A T 856.6 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284486;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.39;QD=58.0748;RBI=0.0286378;REFB=0;REVB=0.00328613;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233896;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr16 90161231 . T C 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1664;QD=56.9951;RBI=0.0525502;REFB=0;REVB=-0.0468324;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754622;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr16 90161578 . G A 215.37 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2635;QD=47.859;RBI=0.034329;REFB=0;REVB=0.0299354;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00515829;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr16 90161585 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.604;QD=49.5987;RBI=0.0221494;REFB=0;REVB=0.00274996;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190217;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 90161588 . AGG AGA,GAC 203.11 PASS AF=0.882353,0.117647;AO=6,2;DP=17;FAO=15,2;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333523,-0.0108061;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=74.7127,102.818;QD=47.7916;RBI=0.0573972,0.0130228;REFB=0,0;REVB=0.0467126,0.00726775;RO=0;SAF=6,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000445978,0.103683;OID=.,.;OPOS=90161590,90161588;OREF=G,AGG;OALT=A,GAC;OMAPALT=AGA,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:17:17:0:0:6,2:15,2:0.882353,0.117647:0,2:6,0:0:0:8,2:7,0:0:0 chr16 90161592 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.009;QD=48.7371;RBI=0.034251;REFB=0;REVB=0.0273843;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147805;OID=.;OPOS=90161592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 90232832 . A C 435.92 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0368791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.999;QD=15.4309;RBI=0.0374089;REFB=-0.0160695;REVB=-0.00627331;RO=63;SAF=26;SAR=23;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122488;STB=0.572027;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0246629;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:23:26:41:22:23:26:42:22 chr16 90232893 . C A 487.95 PASS AF=0.522222;AO=46;DP=89;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.201144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9366;QD=21.6868;RBI=0.217883;REFB=-0.0144164;REVB=0.0837492;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377157;STB=0.531103;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0162765;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:43:46:47:0.522222:21:25:21:21:21:26:21:22 chr17 6115 . G C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.954;QD=60.2046;RBI=0.0506204;REFB=0;REVB=0.0475987;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89533e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr17 6157 . A G 868.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.729;QD=57.8778;RBI=0.0293347;REFB=0;REVB=0.00536018;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43539e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr17 181474 . T C 2112.73 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.54;QD=62.5993;RBI=0.0475935;REFB=0;REVB=-0.0277476;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89765e-05;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:66:68:0:0:66:69:0:0 chr17 181479 . C A 960.92 PASS AF=0.636364;AO=84;DP=132;FAO=84;FDP=132;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=35;FSRR=13;FWDB=0.0216071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.845;QD=29.1188;RBI=0.0293291;REFB=-0.0343183;REVB=0.0198325;RO=47;SAF=33;SAR=51;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218513;STB=0.621477;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0122635;OID=.;OPOS=181479;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:47:48:84:84:0.636364:51:33:34:13:51:33:35:13 chr17 182990 . A C 35.19 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.075793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4643;QD=5.21279;RBI=0.0867808;REFB=-0.0198728;REVB=-0.0422651;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357895;STB=0.745344;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0533548;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:1:5:12:9:1:5:12:9 chr17 292759 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0834498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.088;QD=9.47539;RBI=0.0839407;REFB=-0.00683535;REVB=0.00906455;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861957;STB=0.552525;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00631648;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:10:11:6:4:10:11 chr17 465775 . G A 678.47 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=113;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.013798;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3968;QD=24.2309;RBI=0.0140034;REFB=-0.0251055;REVB=0.00238973;RO=47;SAF=46;SAR=19;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991169;STB=0.5542;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0152926;OID=.;OPOS=465775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:47:47:65:65:0.580357:19:46:28:19:19:46:28:19 chr17 505129 . A C 290.3 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=106;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0213739;FXX=0.0471654;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.194;QD=11.4969;RBI=0.021407;REFB=-0.00530036;REVB=-0.00118947;RO=62;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356153;STB=0.534634;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00986084;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:101:62:65:36:36:0.356436:18:18:33:29:18:18:36:29 chr17 600735 . A G 638.21 PASS AF=0.622222;AO=54;DP=88;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0924292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3955;QD=28.3648;RBI=0.0926013;REFB=0.00636685;REVB=0.00564295;RO=33;SAF=29;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00590344;STB=0.509211;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00341726;OID=.;OPOS=600735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:33:34:54:56:0.622222:25:29:18:15:25:31:18:16 chr17 648186 . G A 774.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.235;QD=63.2188;RBI=0.045569;REFB=0;REVB=0.035808;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193008;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr17 648498 . C T 555.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.564;QD=60.0977;RBI=0.0202099;REFB=0;REVB=0.0144706;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175313;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr17 649232 . C T 834.31 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.012;QD=57.5388;RBI=0.0157111;REFB=0;REVB=0.00719381;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.44804e-05;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr17 649547 . G C 532.8 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8625;QD=54.646;RBI=0.16782;REFB=-0.064688;REVB=0.166301;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013373;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:2:0:36:39:1:13:23:1:1:15:24:0:0 chr17 649935 . G C 197.51 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130313;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8481;QD=49.3781;RBI=0.0202984;REFB=0;REVB=0.015563;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234844;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 650206 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2172;QD=56.7059;RBI=0.0273551;REFB=0;REVB=0.0208262;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467014;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 685640 . G T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7303;QD=55.6531;RBI=0.120339;REFB=0;REVB=0.11546;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234579;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 704017 . A G 297.96 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0350748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2064;QD=29.7959;RBI=0.0449173;REFB=0.00517867;REVB=0.0280591;RO=14;SAF=23;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280798;STB=0.656999;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00307727;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:3:23:9:5:3:23:9:5 chr17 908529 . A G 51.81 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00509991;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.108;QD=5.45389;RBI=0.00577675;REFB=-0.0335102;REVB=-0.00271325;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455505;STB=0.80419;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0616334;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:31:30:8:8:0.210526:2:6:11:20:2:6:10:20 chr17 925764 . A G 1357.09 PASS AF=0.736842;AO=112;DP=154;FAO=112;FDP=152;FR=.;FRO=40;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0119445;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.026;QD=35.713;RBI=0.022154;REFB=-0.00171108;REVB=-0.0186581;RO=40;SAF=56;SAR=56;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369302;STB=0.519733;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.000203752;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:152:40:40:112:112:0.736842:56:56:23:17:56:56:23:17 chr17 970413 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.214;QD=42.1787;RBI=0.0685079;REFB=0;REVB=0.0635382;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003082;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 1183338 . C T 51.46 PASS AF=0.210526;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0706028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3749;QD=5.41657;RBI=0.0879871;REFB=-0.00985113;REVB=0.0525069;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109926;STB=0.609083;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0435452;OID=.;OPOS=1183338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:30:30:7:8:0.210526:2:5:19:11:2:6:19:11 chr17 1183354 . T C 689.02 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2319;QD=62.6384;RBI=0.0912629;REFB=0;REVB=-0.0833291;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123657;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr17 1183464 . A G 1425.22 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.696;QD=60.6478;RBI=0.033851;REFB=0.0343555;REVB=-0.031984;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206008;STB=0.510867;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000446668;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:2:2:92:92:0.978723:45:47:0:2:45:47:0:2 chr17 1201721 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0328849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.984;QD=5.44263;RBI=0.0464992;REFB=-0.00684799;REVB=0.0328748;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116726;STB=0.576673;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0310311;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:12:8:3:3:12:8 chr17 1209747 . A G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0287943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.81;QD=22.9153;RBI=0.0879268;REFB=-0.0312005;REVB=0.0830783;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0154726;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:3:1:3:6:3:1 chr17 1209772 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00621362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.359;QD=22.9154;RBI=0.0509029;REFB=0.0200099;REVB=-0.0505222;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107529;STB=0.561271;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0124795;OID=.;OPOS=1209772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:3:1:4:5:3:1 chr17 1384066 . A G 1134.55 PASS AF=1;AO=59;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=65;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366873;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.715;QD=60.5094;RBI=0.0391869;REFB=0;REVB=0.0137718;RO=0;SAF=51;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193638;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:59:75:1:8:51:0:0:10:65:0:0 chr17 1489088 . C G 882.32 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.584;QD=57.8573;RBI=0.0324251;REFB=0;REVB=0.0108192;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118137;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:25:36:0:0 chr17 1516480 . T C 1264.34 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696022;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.212;QD=60.9319;RBI=0.0727652;REFB=0;REVB=0.0212205;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701874;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:78:83:1:27:51:0:0:29:54:0:0 chr17 1538546 . C T 2434.67 PASS AF=0.970238;AO=162;DP=168;FAO=163;FDP=168;FR=.;FRO=5;FSAF=86;FSAR=77;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00765409;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.269;QD=57.9683;RBI=0.0517788;REFB=-0.0228126;REVB=0.05121;RO=5;SAF=85;SAR=77;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157242;STB=0.508138;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00134538;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:168:168:5:5:162:163:0.970238:77:85:4:1:77:86:4:1 chr17 1538628 . C G 2064.84 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.942;QD=62.571;RBI=0.0382305;REFB=0;REVB=0.0133805;RO=0;SAF=89;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.62864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66725e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:42:89:0:0:42:90:0:0 chr17 1542153 . G A 666.9 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0331489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3462;QD=57.9911;RBI=0.0341249;REFB=-0.0353738;REVB=-0.00810298;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00532162;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:2:0:24:20:2:0 chr17 1542190 . G A 493.74 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395229;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.289;QD=56.4268;RBI=0.0573559;REFB=0.0899811;REVB=0.0415649;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000525918;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chr17 1579345 . C CG 40.0 PASS AF=0.555556;AO=7;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0711552;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=12.9;QD=8.88898;RBI=0.155989;REFB=-0.130551;REVB=0.138815;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.16764;OID=.;OPOS=1579346;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:7:19:10:18:8:7:3:4:4:39:12:5:2:7:5 chr17 1630208 . C T 634.75 PASS AF=0.647059;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00710467;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.977;QD=29.8703;RBI=0.026143;REFB=-0.030419;REVB=0.0251591;RO=30;SAF=23;SAR=32;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974967;STB=0.552896;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0187944;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:30:30:55:55:0.647059:32:23:17:13:32:23:17:13 chr17 1630395 . T C 492.85 PASS AF=0.661765;AO=44;DP=67;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0268746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1636;QD=28.9912;RBI=0.0278298;REFB=-0.0312422;REVB=-0.00722881;RO=23;SAF=27;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088066;STB=0.550486;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0268627;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:23:23:44:45:0.661765:17:27:11:12:17:28:11:12 chr17 1630584 . A G 206.81 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.02908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.5;QD=17.2345;RBI=0.0358374;REFB=-0.0172393;REVB=-0.0209445;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261577;STB=0.657441;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0250781;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:13:8:17:9:13:8:18:9 chr17 1636934 . A G 680.67 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=139;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00631963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.56;QD=19.5875;RBI=0.0113203;REFB=-0.0360184;REVB=-0.00939206;RO=71;SAF=42;SAR=26;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00202848;STB=0.50112;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0374226;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:71:71:68:68:0.489209:26:42:44:27:26:42:44:27 chr17 1637074 . A G 834.7 PASS AF=0.545455;AO=77;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0536554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4853;QD=23.3483;RBI=0.0820548;REFB=-0.0172191;REVB=-0.0620814;RO=64;SAF=45;SAR=32;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349173;STB=0.518001;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0200291;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:64:65:77:78:0.545455:32:45:40:24:33:45:40:25 chr17 1637302 . A G 1266.34 PASS AF=0.708333;AO=102;DP=141;FAO=102;FDP=144;FR=.;FRO=42;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0466431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5534;QD=35.176;RBI=0.0501705;REFB=-0.0424941;REVB=-0.0184799;RO=39;SAF=56;SAR=46;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032143;STB=0.507412;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0198476;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:39:42:102:102:0.708333:46:56:19:20:46:56:22:20 chr17 1639458 . A G 602.23 PASS AF=0.701299;AO=51;DP=73;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.017285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4483;QD=31.2846;RBI=0.0229574;REFB=0.0113453;REVB=0.0151086;RO=22;SAF=18;SAR=33;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163727;STB=0.586174;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.000343304;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:22:23:51:54:0.701299:33:18:14:8:34:20:15:8 chr17 1673276 . C T 707.15 PASS AF=0.659341;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0109957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8679;QD=31.0836;RBI=0.0639348;REFB=-0.0460533;REVB=0.0629821;RO=30;SAF=25;SAR=35;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010544;STB=0.500941;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0233543;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:30:31:60:60:0.659341:35:25:13:17:35:25:13:18 chr17 1674429 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00112486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.741;QD=13.7271;RBI=0.00670913;REFB=-0.00306865;REVB=-0.00661416;RO=36;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178465;STB=0.510196;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0102569;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:15:10:15:21:15:10:15:21 chr17 1680002 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.952;QD=58.1412;RBI=0.0269541;REFB=0;REVB=0.0171519;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53025e-05;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 1684605 . G T 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0235093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.879;QD=31.7189;RBI=0.0236136;REFB=-0.00885523;REVB=0.00221646;RO=17;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149596;STB=0.581699;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00442763;OID=.;OPOS=1684605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:17:15:12:5:17:15:12:5 chr17 1686410 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.298;QD=59.4296;RBI=0.0218802;REFB=0;REVB=0.00316298;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.75504e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 1690752 . G A 1131.82 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8785;QD=60.3639;RBI=0.167662;REFB=0;REVB=0.164;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870035;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:35:40:0:0 chr17 1707977 . G A 397.43 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00019143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.451;QD=20.646;RBI=0.0333726;REFB=-0.00134112;REVB=-0.033372;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282166;STB=0.655404;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00062948;OID=.;OPOS=1707977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:23:17:28:9:23:17:28:9 chr17 1782957 . C T 143.02 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00572293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.279;QD=10.7936;RBI=0.0166445;REFB=-0.000788664;REVB=-0.0156297;RO=34;SAF=15;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208744;STB=0.618899;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00159571;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:3:15:24:10:3:15:25:10 chr17 1801144 . C T 1542.05 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00398139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.698;QD=57.6468;RBI=0.00508439;REFB=-0.0064884;REVB=-0.0031622;RO=1;SAF=61;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077163;STB=0.501747;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-6.05207e-06;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:43:61:1:0:43:62:1:1 chr17 1839674 . G C 1461.59 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5776;QD=62.1952;RBI=0.0547355;REFB=-0.0959061;REVB=-0.0537891;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227816;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:0:0:93:94:1:48:45:0:0:48:46:0:0 chr17 1840468 . C T 1807.53 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128198;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.189;QD=61.2723;RBI=0.0395578;REFB=0;REVB=0.0374229;RO=0;SAF=69;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91432e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:118:118:1:49:69:0:0:49:69:0:0 chr17 1943888 . T C 767.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.487;QD=63.9939;RBI=0.0505799;REFB=0;REVB=0.0478673;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137625;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr17 1962394 . C T 136.46 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=12;FWDB=-0.0165677;FXX=0.0153822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.6355;QD=8.5286;RBI=0.0204142;REFB=-0.018004;REVB=0.0119269;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243241;STB=0.648101;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0638677;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:44:45:19:19:0.296875:9:10:32:12:9:10:33:12 chr17 2091765 . C T 738.42 PASS AF=0.701149;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=87;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0531062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.427;QD=33.9503;RBI=0.0550115;REFB=0.013772;REVB=-0.0143528;RO=25;SAF=27;SAR=34;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420842;STB=0.528822;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00648382;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:25:26:61:61:0.701149:34:27:13:12:34:27:14:12 chr17 2186100 . C T 376.31 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0202692;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.236;QD=30.1048;RBI=0.0253514;REFB=-0.0388943;REVB=-0.0152267;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155419;STB=0.50847;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0173217;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:20:14:7:9:20:14:7:9 chr17 2202943 . T C 96.09 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0349784;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.789;QD=10.3881;RBI=0.0375878;REFB=-0.00274644;REVB=-0.0137607;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464697;STB=0.76628;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0127334;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:37:23:25:12:12:0.324324:4:8:5:18:4:8:6:19 chr17 2203167 . T G 148.17 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00281117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7619;QD=7.79861;RBI=0.0186302;REFB=-0.0138625;REVB=-0.0184169;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148627;STB=0.588958;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0409132;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:11:10:33:22:11:10:33:22 chr17 2203453 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00336249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.427;QD=12.0157;RBI=0.0399289;REFB=0.00490595;REVB=-0.039787;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215036;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00548211;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:3:4:2:4:3:4 chr17 2227988 . T C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0202975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3501;QD=4.55551;RBI=0.0531415;REFB=-0.00218004;REVB=-0.0491124;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333986;STB=0.724556;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00645783;OID=.;OPOS=2227988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:13:17:2:5:13:17 chr17 2266799 . G A 1759.78 PASS AF=0.983193;AO=116;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0782452;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9337;QD=59.1521;RBI=0.184675;REFB=-0.077017;REVB=0.16728;RO=2;SAF=62;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150715;STB=0.507935;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00635968;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:116:117:0.983193:54:62:2:0:55:62:2:0 chr17 2266812 . T C 2073.49 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=135;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.040938;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.822;QD=61.8953;RBI=0.0453345;REFB=-0.104173;REVB=0.0194755;RO=1;SAF=78;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605536;STB=0.503184;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000278184;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:134:1:1:133:133:0.992537:55:78:1:0:55:78:1:0 chr17 2268311 . G A 2136.66 PASS AF=0.937107;AO=148;DP=158;FAO=149;FDP=159;FR=.;FRO=10;FSAF=93;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.012606;FXX=0.0124216;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.694;QD=53.7525;RBI=0.0316508;REFB=-0.114045;REVB=0.0290321;RO=2;SAF=92;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102266;STB=0.52803;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00196678;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:158:159:2:10:148:149:0.937107:56:92:2:0:56:93:2:8 chr17 2297571 . G A 60.98 PASS AF=0.264706;AO=10;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.140097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8956;QD=7.17416;RBI=0.182486;REFB=-0.0333589;REVB=-0.116937;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677646;STB=0.888025;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.103395;OID=.;OPOS=2297571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:34:34:22:25:10:9:0.264706:9:1:16:6:8:1:16:9 chr17 2318550 . G C 438.98 PASS AF=0.605634;AO=41;DP=69;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00147249;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.194;QD=24.7313;RBI=0.00284729;REFB=-0.0122725;REVB=0.00243697;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05278;STB=0.519671;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0121929;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:28:28:41:43:0.605634:19:22:17:11:19:24:17:11 chr17 2585113 . C T 541.62 PASS AF=0.676056;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=71;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00799797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.366;QD=30.5137;RBI=0.0234642;REFB=-0.0700426;REVB=0.022059;RO=23;SAF=27;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128098;STB=0.569391;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0221588;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:23:48:48:0.676056:21:27:8:15:21:27:8:15 chr17 2588722 . TAA T 83.12 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0205432;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=2;MLLD=221.585;QD=7.55666;RBI=0.0229139;REFB=-0.0073379;REVB=-0.0101501;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146018;STB=0.555481;STBP=0.564;TYPE=del;VARB=0.0154116;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:14:45:15:44:29:6:9:14:15:83:29:5:9:14:15 chr17 2595964 . G A 226.74 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0121933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.672;QD=21.0924;RBI=0.0412423;REFB=-0.0476423;REVB=0.0393987;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126575;STB=0.579545;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.034794;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:9:12:9:12:9:13:9:12 chr17 2600186 . G A 608.11 PASS AF=0.368159;AO=71;DP=200;FAO=74;FDP=201;FR=.;FRO=127;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=0.0812621;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5562;QD=12.1017;RBI=0.0822251;REFB=-0.0138267;REVB=0.0125475;RO=125;SAF=39;SAR=32;SRF=58;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956021;STB=0.542999;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0304169;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:125:127:71:74:0.368159:32:39:58:67:34:40:60:67 chr17 2606715 . G A 2563.83 PASS AF=1;AO=166;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185082;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.54;QD=61.409;RBI=0.0226112;REFB=0;REVB=0.012989;RO=1;SAF=87;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00543889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135113;OID=.;OPOS=2606715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:1:0:166:167:1:79:87:1:0:79:88:0:0 chr17 2868935 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.688;QD=56.7058;RBI=0.0164411;REFB=0;REVB=-0.00651248;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60351e-05;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr17 2883588 . C A 427.91 PASS AF=0.696429;AO=38;DP=55;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.006696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2038;QD=30.5652;RBI=0.00681997;REFB=-0.00642441;REVB=-0.00129445;RO=17;SAF=20;SAR=18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650995;STB=0.530634;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00237469;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:17:17:38:39:0.696429:18:20:7:10:19:20:7:10 chr17 2929392 . G A 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0146715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.925;QD=25.7305;RBI=0.0146791;REFB=-0.0210103;REVB=0.000472279;RO=18;SAF=20;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278956;STB=0.64765;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0118235;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:6:20:8:10:6:20:9:10 chr17 2929674 . T C 836.16 PASS AF=0.635593;AO=75;DP=119;FAO=75;FDP=118;FR=.;FRO=43;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0325213;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.906;QD=28.3442;RBI=0.0326574;REFB=-0.0110472;REVB=-0.0029787;RO=43;SAF=45;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769338;STB=0.541655;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00639057;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:43:43:75:75:0.635593:30:45:21:22:30:45:21:22 chr17 2930339 . G A 371.64 PASS AF=0.645833;AO=28;DP=46;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0389766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.736;QD=30.9701;RBI=0.0414953;REFB=-0.0515205;REVB=-0.0142368;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149454;STB=0.557604;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0300583;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:17:17:28:31:0.645833:16:12:11:6:16:15:11:6 chr17 2940759 . A G 473.23 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0403903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.933;QD=23.9611;RBI=0.0519583;REFB=-0.0158712;REVB=-0.0326847;RO=34;SAF=19;SAR=26;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1549;STB=0.58458;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0148963;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:26:19:8:26:26:19:8:26 chr17 3100827 . T C 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0010636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.893;QD=58.5798;RBI=0.0149125;REFB=0;REVB=0.0148746;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79083e-05;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr17 3101076 . G C 743.09 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00336052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.409;QD=59.4471;RBI=0.023991;REFB=0.0308012;REVB=0.0237544;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348198;STB=0.518511;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00043039;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:26:22:0:2:26:22:0:2 chr17 3101578 . G T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.872;QD=57.3858;RBI=0.0462158;REFB=0;REVB=-0.000116504;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80627e-05;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr17 3101691 . G T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.548;QD=54.5177;RBI=0.0137497;REFB=0;REVB=-0.00763266;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99899e-06;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 3119008 . T C 888.45 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9097;QD=56.4096;RBI=0.0289207;REFB=-0.063023;REVB=0.00262435;RO=2;SAF=42;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130896;STB=0.50588;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00270096;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:2:1:61:62:0.984127:19:42:1:1:20:42:1:0 chr17 3181384 . C T 89.46 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0174494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.845;QD=7.30303;RBI=0.017621;REFB=-0.013849;REVB=0.00245322;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158829;STB=0.599829;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0366475;OID=.;OPOS=3181384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:8:4:17:20:8:4:17:20 chr17 3195503 . C T 920.71 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150592;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.027;QD=58.4576;RBI=0.0279604;REFB=0;REVB=0.0235586;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62224e-05;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr17 3300934 . A T 529.5 PASS AF=0.685714;AO=46;DP=68;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0215834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.315;QD=30.2573;RBI=0.0256346;REFB=-0.0397321;REVB=0.0138307;RO=22;SAF=30;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010356;STB=0.510634;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.025831;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:22:22:46:48:0.685714:16:30:14:8:16:32:14:8 chr17 3301549 . G A 137.72 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0024135;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.262;QD=17.7697;RBI=0.0474032;REFB=-0.015986;REVB=-0.0473417;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511692;STB=0.529372;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0198721;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:4:11:11:5:4:11:11:5 chr17 3324810 . A G 72.77 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0868129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8657;QD=9.0958;RBI=0.135754;REFB=-0.0062451;REVB=-0.104368;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264681;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.000987373;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:32:21:22:10:10:0.3125:5:5:11:10:5:5:12:10 chr17 3337057 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4965;QD=58.1347;RBI=0.00857512;REFB=0;REVB=0.00676846;RO=0;SAF=25;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69848e-05;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:7:25:0:0:7:25:0:0 chr17 3343519 . T C 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.00717133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2711;QD=12.0138;RBI=0.0492619;REFB=-0.00279445;REVB=-0.0487371;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322557;STB=0.685541;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00587059;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:24:10:12:8:24:10 chr17 3352294 . A G 285.92 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0111256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.341;QD=21.9937;RBI=0.0165611;REFB=-0.0236299;REVB=-0.0122675;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121526;STB=0.567376;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.023545;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:13:10:17:12:13:10 chr17 3352331 . C T 287.13 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0381407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.829;QD=23.4389;RBI=0.0388256;REFB=-0.0528115;REVB=-0.00726087;RO=19;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119036;STB=0.565562;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0300218;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:22:26:27:0.55102:15:11:11:8:15:12:13:9 chr17 3416555 . C A 242.37 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0309117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.759;QD=29.3782;RBI=0.0330176;REFB=-0.00327865;REVB=-0.0116029;RO=11;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168641;STB=0.593134;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0014906;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:14:8:7:4:14:8:7:4 chr17 3422032 . G A 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.525;QD=60.9142;RBI=0.0239984;REFB=-0.0759039;REVB=0.0151421;RO=1;SAF=51;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133435;STB=0.507041;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000715033;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:35:51:0:1:35:51:0:1 chr17 3422073 . C T 260.37 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0107493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0028;QD=12.1101;RBI=0.0197615;REFB=-0.00843679;REVB=-0.0165822;RO=54;SAF=23;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308356;STB=0.684509;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0199294;OID=.;OPOS=3422073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:8:23:26:28:8:23:26:29 chr17 3436080 . C T 478.45 PASS AF=0.773585;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0371476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4965;QD=36.1094;RBI=0.041596;REFB=-0.008631;REVB=-0.0187157;RO=12;SAF=30;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761472;STB=0.541129;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00290084;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:12:12:41:41:0.773585:11:30:7:5:11:30:7:5 chr17 3445901 . T G 209.29 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0311386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.196;QD=11.6275;RBI=0.0325271;REFB=-0.00930094;REVB=0.00940209;RO=46;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102933;STB=0.559761;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0196763;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:18:8:18:28:18:8:18:28 chr17 3446885 . T C 255.1 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0143652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.125;QD=22.1829;RBI=0.0164977;REFB=-0.0138988;REVB=-0.00811258;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189676;STB=0.607885;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0131055;OID=.;OPOS=3446885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:21:19:19:0.413043:12:7:12:9:12:7:12:9 chr17 3447914 . C T 81.92 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0638909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2524;QD=32.768;RBI=0.0657364;REFB=0.0220327;REVB=-0.0154668;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0122212;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:1:0:4:5:1:0 chr17 3458072 . T C 725.92 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476767;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.805;QD=56.9351;RBI=0.010134;REFB=0;REVB=-0.00894245;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36833e-05;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:18:32:0:0:19:32:0:0 chr17 3486701 . AG A,AA,AT 532.58 PASS AF=0,0.944444,0.0555556;AO=8,26,2;DP=37;FAO=0,34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,1;FSAR=0,21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958065,-0.0100986,-0.00918622;FXX=0.0270197;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=188.679,216.604,179.835;QD=59.176;RBI=0.019752,0.012596,0.0407675;REFB=0,0,0;REVB=0.0172729,0.00752832,0.0397191;RO=0;SAF=0,13,1;SAR=8,13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0170619,0.00226957,-0.0257394;OID=.,.,.;OPOS=3486702,3486702,3486702;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.944444,0.0555556:8,26,2:37:0,34,2:36:0:0,13,1:0,21,1:0:0:8:0:0,13,1:8,13,1:0:0 chr17 3514028 . G C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5444;QD=55.6519;RBI=0.0449283;REFB=0;REVB=-0.00577436;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611103;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 3553526 . A G 714.48 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1877;QD=60.8067;RBI=0.0274233;REFB=0.0384047;REVB=0.0188158;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00421063;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:18:27:1:0:18:28:1:0 chr17 3559823 . G A 683.74 PASS AF=0.612245;AO=59;DP=94;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000904635;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.1012;QD=27.9079;RBI=0.0139283;REFB=-0.0178565;REVB=0.0138989;RO=35;SAF=45;SAR=14;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446089;STB=0.545439;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00867235;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:35:38:59:60:0.612245:14:45:25:10:15:45:25:13 chr17 3561396 . C T 1324.85 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.616;QD=60.9128;RBI=0.0362038;REFB=0.0699086;REVB=0.0347162;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104104;STB=0.505262;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000131546;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:84:86:0.988506:39:45:1:0:39:47:1:0 chr17 3563963 . C G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0500046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.419;QD=15.6257;RBI=0.0766817;REFB=-0.00475884;REVB=-0.0581346;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509977;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00990125;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:12:11:9:8:12:11 chr17 3564068 . G A 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0387904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.648;QD=29.8316;RBI=0.0413216;REFB=-0.0328879;REVB=0.0142401;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181102;STB=0.59992;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0103517;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:8:18:6:8:8:18:6:8 chr17 3564073 . A G 285.93 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0140347;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.837;QD=29.3256;RBI=0.0353758;REFB=-0.0192284;REVB=0.0324726;RO=13;SAF=17;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146487;STB=0.596411;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0372999;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:13:14:25:25:0.641026:8:17:6:7:8:17:6:8 chr17 3564084 . T C 296.32 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00176713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.109;QD=28.9089;RBI=0.0223847;REFB=-0.0214321;REVB=-0.0223149;RO=15;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163022;STB=0.590092;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0164384;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:8:18:7:8:8:18:7:8 chr17 3564378 . C T 299.5 PASS AF=0.634146;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0305809;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.677;QD=29.2196;RBI=0.0320344;REFB=-0.0548405;REVB=0.00953995;RO=16;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154142;STB=0.505924;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0263583;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:15:24:26:0.634146:10:14:9:7:10:16:9:6 chr17 3564400 . TT AG,TG 614.96 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=11,29;DP=43;FAO=12,30;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=5,21;FSAR=7,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057001,-0.0298471;FXX=0.0232504;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=46.9698,75.9547;QD=58.5676;RBI=0.0195863,0.032698;REFB=0,0;REVB=0.0187386,0.0133533;RO=0;SAF=4,20;SAR=7,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0565168,0.0214828;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:43:42:0:0:11,29:12,30:0.285714,0.714286:7,9:4,20:0:0:7,9:5,21:0:0 chr17 3568012 . A G 107.99 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0199198;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.411;QD=6.96675;RBI=0.0199209;REFB=-0.00636007;REVB=0.000206729;RO=46;SAF=2;SAR=14;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35461;STB=0.72527;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0203451;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:46:46:16:16:0.258065:14:2:15:31:14:2:15:31 chr17 3577146 . C T 492.96 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0122935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.757;QD=31.2989;RBI=0.01316;REFB=-0.00913882;REVB=-0.00469615;RO=19;SAF=18;SAR=26;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117314;STB=0.563331;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00512787;OID=.;OPOS=3577146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:26:18:4:15:26:18:4:15 chr17 3594276 . TG T 45.26 PASS AF=0.253968;AO=18;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.14026;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.299;QD=2.87369;RBI=0.191384;REFB=0.00925008;REVB=-0.130212;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140695;STB=0.527863;STBP=0.805;TYPE=del;VARB=-0.0627066;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968:18:63:16:63:47:6:10:16:31:45:39:5:13:15:24 chr17 3628076 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-9.8611e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.934;QD=10.5422;RBI=0.00262884;REFB=-0.0168939;REVB=-0.00262699;RO=21;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528836;STB=0.817603;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0393525;OID=.;OPOS=3628076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:2:9:7:14:2:9:7:14 chr17 3649214 . G A 361.85 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00680565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.782;QD=25.8462;RBI=0.020465;REFB=0.0116572;REVB=-0.0193003;RO=21;SAF=24;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621891;STB=0.533962;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.00678676;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:11:24:16:5:11:24:16:5 chr17 3657159 . C T 697.77 PASS AF=0.625;AO=60;DP=96;FAO=60;FDP=96;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00789094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.809;QD=29.0737;RBI=0.0131828;REFB=-0.005698;REVB=0.0105602;RO=34;SAF=36;SAR=24;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048491;STB=0.527888;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00668463;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:34:36:60:60:0.625:24:36:18:16:24:36:19:17 chr17 3657175 . T C 596.54 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0113289;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.579;QD=24.1026;RBI=0.0133499;REFB=-0.00356688;REVB=0.00706239;RO=39;SAF=32;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640154;STB=0.54407;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00239129;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:39:42:56:57:0.575758:24:32:19:20:24:33:20:22 chr17 3704381 . G A 226.02 PASS AF=0.297297;AO=31;DP=109;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.0583482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0204;QD=8.14504;RBI=0.117676;REFB=-0.011425;REVB=0.102191;RO=76;SAF=20;SAR=11;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168087;STB=0.510061;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0374476;OID=.;OPOS=3704381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:76:78:31:33:0.297297:11:20:50:26:11:22:51:27 chr17 3763679 . TA T,TT 468.07 PASS AF=0.648352,0.0549451;AO=38,8;DP=84;FAO=59,5;FDP=91;FR=.;FRO=27;FSAF=32,0;FSAR=27,5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0859273,0.0627389;FXX=0.0108684;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.3003,11.5074;QD=20.5745;RBI=0.0916499,0.0865948;REFB=-0.00641381,-0.0575551;REVB=0.0318781,0.0596867;RO=28;SAF=20,0;SAR=18,8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0.325513,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0349726,-0.748198;STB=0.50417,0.99788;STBP=0.908,0.009;TYPE=del,snp;VARB=0.0208309,-0.058356;OID=.,.;OPOS=3763680,3763680;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648352,0.0549451:38,8:84:59,5:91:27:32,0:27,5:15:12:99:28:20,0:18,8:16:12 chr17 3772784 . C T 343.08 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00937572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2112;QD=37.0899;RBI=0.0100003;REFB=-0.0457729;REVB=0.00347881;RO=9;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095767;STB=0.551964;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0203042;OID=.;OPOS=3772784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:9:9:28:28:0.756757:12:16:7:2:12:16:7:2 chr17 3787726 . G A 186.36 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0224932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.263;QD=27.6089;RBI=0.0242328;REFB=-0.0244072;REVB=0.0090156;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00926533;OID=.;OPOS=3787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:5:4:8:10:5:4 chr17 3818788 . G A 945.39 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.955;QD=57.2961;RBI=0.0466392;REFB=0;REVB=0.0153957;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219154;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:29:35:0:0:29:37:0:0 chr17 3818830 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6767;QD=57.1052;RBI=0.0180222;REFB=0;REVB=-0.0141397;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06907e-05;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr17 3819002 . T C 721.49 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.307;QD=62.7384;RBI=0.0467355;REFB=0;REVB=0.0443272;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165127;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:36:46:1:16:20:0:0:26:20:0:0 chr17 3828702 . T C 213.12 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0101998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.698;QD=12.5362;RBI=0.0110747;REFB=-0.0150342;REVB=0.00431413;RO=41;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842613;STB=0.514695;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0231621;OID=.;OPOS=3828702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:42:25:26:0.382353:13:12:20:21:13:13:20:22 chr17 3947644 . T C 213.33 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=80;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0565387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2115;QD=10.1587;RBI=0.0602132;REFB=-0.0328701;REVB=-0.0207125;RO=54;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108079;STB=0.571378;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0611313;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:54:56:26:28:0.333333:12:14:24:30:12:16:26:30 chr17 4084608 . C T 239.73 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0474241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.546;QD=11.9863;RBI=0.0482502;REFB=-0.0141031;REVB=0.00888987;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223905;STB=0.633808;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0708867;OID=.;OPOS=4084608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:51:29:29:0.3625:17:12:31:19:17:12:32:19 chr17 4088291 . C T 608.2 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0111172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.852;QD=56.5771;RBI=0.0141095;REFB=0.0116647;REVB=0.00868826;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000153309;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:17:24:0:1:17:24:1:1 chr17 4098682 . G A 39.79 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0292808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6238;QD=2.48717;RBI=0.0662231;REFB=-0.0117228;REVB=-0.0593981;RO=55;SAF=5;SAR=3;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114085;STB=0.568802;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0505873;OID=.;OPOS=4098682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:63:64:55:56:8:8:0.125:3:5:39:16:3:5:39:17 chr17 4337412 . C G 196.04 PASS AF=0.288889;AO=25;DP=89;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0218436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.531;QD=8.71305;RBI=0.022773;REFB=-0.0172404;REVB=-0.00643966;RO=64;SAF=10;SAR=15;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158367;STB=0.576864;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0345993;OID=.;OPOS=4337412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:64:64:25:26:0.288889:15:10:34:30:15:11:34:30 chr17 4442818 . G A 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0140303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.121;QD=15.0667;RBI=0.0212046;REFB=-0.0211289;REVB=0.0158992;RO=47;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157936;STB=0.589689;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0268424;OID=.;OPOS=4442818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:11:23:25:22:11:23:25:22 chr17 4446457 . G A 301.79 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0279539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.288;QD=25.1494;RBI=0.0317299;REFB=-0.0434458;REVB=0.0150122;RO=21;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344023;STB=0.519111;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0342202;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:19:8:7:14:19:8:7:14 chr17 4449228 . C T 1070.81 PASS AF=0.506977;AO=101;DP=208;FAO=109;FDP=215;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.00573051;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.284;QD=19.922;RBI=0.0126683;REFB=-0.0380661;REVB=0.0112981;RO=106;SAF=41;SAR=60;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123722;STB=0.552755;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0355195;OID=.;OPOS=4449228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:215:106:106:101:109:0.506977:60:41:57:49:62:47:57:49 chr17 4451453 . C T 1252.25 PASS AF=0.711268;AO=101;DP=142;FAO=101;FDP=142;FR=.;FRO=41;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0472168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.868;QD=35.2745;RBI=0.0553933;REFB=-0.0560024;REVB=0.0289652;RO=41;SAF=59;SAR=42;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105414;STB=0.556514;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0301603;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:41:41:101:101:0.711268:42:59:16:25:42:59:16:25 chr17 4451576 . T C 404.4 PASS AF=0.276382;AO=56;DP=199;FAO=55;FDP=199;FR=.;FRO=144;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=88;FSRR=56;FWDB=-0.1017;FXX=0.00499975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0838;QD=8.12859;RBI=0.108637;REFB=-0.0153471;REVB=-0.0381982;RO=142;SAF=29;SAR=27;SRF=87;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116837;STB=0.574021;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0380724;OID=.;OPOS=4451576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:142:144:56:55:0.276382:27:29:87:55:27:28:88:56 chr17 4451799 . C T 32.8 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0403215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0712;QD=2.91537;RBI=0.0529829;REFB=-0.00139351;REVB=0.034371;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09066;STB=0.571184;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.024026;OID=.;OPOS=4451799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:45:37:39:6:6:0.133333:4:2:15:22:4:2:16:23 chr17 4453508 . C T 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0157507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.604;QD=13.4956;RBI=0.0170941;REFB=-0.00236919;REVB=-0.00664258;RO=44;SAF=23;SAR=6;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213041;STB=0.623059;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0039159;OID=.;OPOS=4453508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:6:23:28:16:6:23:28:16 chr17 4455500 . T C 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.318;QD=61.0484;RBI=0.00854985;REFB=0;REVB=0.00600133;RO=0;SAF=51;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65019e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:27:51:0:0:27:51:0:0 chr17 4458598 . G C 405.03 PASS AF=0.66;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00163658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.986;QD=32.4024;RBI=0.0271325;REFB=-0.0705447;REVB=0.0270831;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810579;STB=0.51604;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0330776;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:17:33:33:0.66:19:14:7:9:19:14:8:9 chr17 4461748 . G A 314.84 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.392;QD=50.3747;RBI=0.0603853;REFB=0;REVB=0.0431712;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143237;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:11:11:0:0:11:14:0:0 chr17 4463023 . G A 2092.13 PASS AF=0.919255;AO=148;DP=161;FAO=148;FDP=161;FR=.;FRO=13;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0327972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.275;QD=51.9783;RBI=0.0331291;REFB=-0.0712666;REVB=-0.00467808;RO=11;SAF=75;SAR=73;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052859;STB=0.527426;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000646839;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:161:161:11:13:148:148:0.919255:73:75:10:1:73:75:11:2 chr17 4495740 . G A 593.85 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=56;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0344069;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.619;QD=42.4175;RBI=0.0911093;REFB=-0.200415;REVB=0.0843628;RO=5;SAF=31;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883391;STB=0.503245;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00410299;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:5:8:48:48:0.857143:17:31:3:2:17:31:5:3 chr17 4497160 . T C 667.05 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178394;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.764;QD=62.0508;RBI=0.0255638;REFB=0;REVB=0.0183103;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161541;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:20:21:0:0:22:21:0:0 chr17 4545581 . C T 386.75 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.149307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.444;QD=48.3437;RBI=0.152384;REFB=-0.271039;REVB=0.0304676;RO=3;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715383;STB=0.538436;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00768428;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:32:32:3:3:29:29:0.90625:11:18:3:0:11:18:3:0 chr17 4575283 . A G 335.98 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.352;QD=53.7572;RBI=0.0374106;REFB=0;REVB=0.00858508;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157784;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr17 4620497 . C T 572.6 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.062226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.067;QD=55.8637;RBI=0.0835356;REFB=-0.0217661;REVB=0.0557326;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228628;STB=0.500625;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00642369;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:19:20:1:0:19:20:1:1 chr17 4622638 . C T 489.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.66;QD=57.6153;RBI=0.0249672;REFB=0;REVB=-0.00672585;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71735e-05;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr17 4635097 . GAAAAAAC GAAAAAC,GAAAAACA 30.24 PASS AF=0.261905,0.0238095;AO=16,3;DP=41;FAO=11,1;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6,0;FSAR=5,1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0562939,0.00595663;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.02043,78.7524;QD=2.87999;RBI=0.0586613,0.00884418;REFB=-0.170592,-0.0244016;REVB=-0.016497,-0.00653743;RO=21;SAF=8,0;SAR=8,3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.44058,0;SSSB=-0.0703014,-0.617382;STB=0.533273,0.989867;STBP=0.831,0.462;TYPE=del,mnp;VARB=0.164328,0.0891978;OID=.,.;OPOS=4635098,4635103;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=GAAAAAC,GAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905,0.0238095:16,3:41:11,1:42:30:6,0:5,1:15:15:27:21:8,0:8,3:12:9 chr17 4649378 . T C 264.24 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.025061;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7458;QD=25.7799;RBI=0.0388599;REFB=-0.000558796;REVB=0.0296991;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351449;STB=0.519491;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00157603;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:7:10:13:11:7:10 chr17 4686414 . A C 106.68 PASS AF=0.217949;AO=18;DP=79;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.00112171;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.208;QD=5.47062;RBI=0.013196;REFB=-0.0123248;REVB=-0.0131482;RO=61;SAF=11;SAR=7;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686538;STB=0.586103;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0496239;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:61:61:18:17:0.217949:7:11:34:27:6:11:33:28 chr17 4689313 . G C 276.33 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0262251;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.233;QD=25.1204;RBI=0.0437598;REFB=-0.024779;REVB=0.0350308;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251856;STB=0.639888;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0125723;OID=.;OPOS=4689313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:16:9:13:6:16:9:13:6 chr17 4689572 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.324;QD=56.9979;RBI=0.0586214;REFB=0;REVB=-0.029975;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63637e-05;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 4692559 . G T 224.16 PASS AF=0.88;AO=12;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0334135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.857;QD=35.8654;RBI=0.0430105;REFB=-0.210519;REVB=0.0270821;RO=3;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514693;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00448117;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:12:22:0.88:8:4:1:2:12:10:1:2 chr17 4693170 . T C 289.85 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.412;QD=52.7006;RBI=0.0530972;REFB=0;REVB=0.0062415;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469827;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:13:6:0:0:13:9:0:0 chr17 4701402 . C T 160.33 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0212374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.154;QD=10.3438;RBI=0.0248368;REFB=-0.0158654;REVB=-0.0128778;RO=38;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324915;STB=0.666508;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.03014;OID=.;OPOS=4701402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:38:41:21:21:0.33871:7:14:14:24:7:14:17:24 chr17 4712395 . A T 127.24 PASS AF=0.764706;AO=7;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0717111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.305;QD=29.9381;RBI=0.0741084;REFB=0.0109729;REVB=0.0186969;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.644918;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.000389193;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:7:13:0.764706:3:4:1:3:3:10:1:3 chr17 4712617 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0280656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.459;QD=8.68677;RBI=0.0318121;REFB=-0.00682991;REVB=-0.0149778;RO=40;SAF=4;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359352;STB=0.71717;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0107438;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:13:4:21:19:13:4:21:19 chr17 4718776 . G A 106.73 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00900917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9298;QD=6.77644;RBI=0.0107692;REFB=-0.0119832;REVB=-0.00590012;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190375;STB=0.616297;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0349161;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:9:7:28:19:9:7:28:19 chr17 4722133 . C T 100.64 PASS AF=0.631579;AO=9;DP=17;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0284166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.849;QD=21.1884;RBI=0.0320568;REFB=-0.00292342;REVB=0.014837;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271782;STB=0.620528;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.000618472;OID=.;OPOS=4722133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:19:7:7:9:12:0.631579:8:1:0:7:11:1:0:7 chr17 4796271 . C T 456.48 PASS AF=0.556962;AO=43;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0230654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.475;QD=23.1131;RBI=0.0254009;REFB=-0.0443236;REVB=-0.0106392;RO=35;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586835;STB=0.537366;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0342633;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:43:44:0.556962:19:24:22:13:20:24:22:13 chr17 4796274 . T C 1171.74 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1364;QD=60.8698;RBI=0.0419357;REFB=0;REVB=-0.0296026;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19848e-07;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:31:44:0:0:33:44:0:0 chr17 4796286 . C T 1047.72 PASS AF=0.892857;AO=74;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0339489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.903;QD=49.8916;RBI=0.0418067;REFB=-0.180706;REVB=0.0243982;RO=6;SAF=40;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179949;STB=0.526393;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00241469;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:84:84:6:9:74:75:0.892857:34:40:4:2:35:40:7:2 chr17 4797305 . G A 277.05 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0649856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.538;QD=13.5146;RBI=0.0678638;REFB=-0.0157482;REVB=-0.0195544;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438497;STB=0.53123;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.031807;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:50:32:32:0.390244:17:15:24:23:17:15:26:24 chr17 4801125 . C G 70.32 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0506864;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.477;QD=17.5807;RBI=0.0528464;REFB=-0.0151589;REVB=0.0149542;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.019679;OID=.;OPOS=4801125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:16:5:7:7:9:0.5625:6:1:3:2:6:3:4:3 chr17 4801285 . C T 44.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=170.624;QD=6.81989;RBI=0.00061068;REFB=-0.00281505;REVB=-0.00061068;RO=18;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157063;OID=.;OPOS=4801285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:7:0:0:18:7:0:0:19 chr17 4801286 . C T 115.1 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=178.781;QD=19.1826;RBI=0.0114962;REFB=-0.0252816;REVB=0.0114962;RO=11;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154101;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:13:0:0:11:13:0:0:11 chr17 4801287 . CA C,CC,TC 293.2 PASS AF=0,0.913043,0.0869565;AO=7,14,2;DP=23;FAO=0,21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=1,1,8;LEN=1,1,2;MLLD=234.233,240.872,150.01;QD=50.9917;RBI=0.026452,0.0328105,0.033515;REFB=0,0,0;REVB=0.026452,0.0328105,0.033515;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=7,14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0300366,-0.00229666,-0.0576698;OID=.,.,.;OPOS=4801288,4801288,4801287;OREF=A,A,CA;OALT=-,C,TC;OMAPALT=C,CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:23:23:0:0:7,14,2:0,21,2:0,0.913043,0.0869565:7,14,2:0,0,0:0:0:0,21,2:0,0,0:0:0 chr17 4802329 . G A 69.66 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0443712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5216;QD=16.3911;RBI=0.0492591;REFB=-0.0404216;REVB=-0.0213929;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0350841;OID=.;OPOS=4802329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr17 4841294 . A AC 39.65 PASS AF=0.254902;AO=11;DP=54;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.000575289;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=67.2568;QD=3.10988;RBI=0.00311832;REFB=-0.00523723;REVB=0.00306479;RO=39;SAF=2;SAR=9;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559666;STB=0.814165;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.18025;OID=.;OPOS=4841295;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:11:54:13:51:38:3:10:26:12:39:39:2:9:26:13 chr17 4862630 . T TCA 77.31 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0823173;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=88.1247;QD=22.0897;RBI=0.100748;REFB=-0.229135;REVB=0.0580872;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.511602;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0775565;OID=.;OPOS=4862631;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:8:19:9:14:5:7:2:4:1:25:10:6:2:7:3 chr17 4862810 . A AC,C 102.24 PASS AF=0.4,0.0222222;AO=11,2;DP=49;FAO=18,1;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14,1;FSAR=4,0;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00978953,-0.0107622;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=49.3865,59.089;QD=9.08801;RBI=0.00979078,0.0141533;REFB=-0.0187705,-0.00136439;REVB=0.00015634,0.00919189;RO=36;SAF=8,2;SAR=3,0;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.344751,0.456246;STB=0.792786,0.994126;STBP=0.007,0.129;TYPE=ins,snp;VARB=0.208517,0.0559714;OID=.,.;OPOS=4862811,4862810;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:45:36:26:11,2:18,1:0.4,0.0222222:3,0:8,2:16:20:4,0:14,1:7:19 chr17 4926882 . A G 2406.95 PASS AF=1;AO=156;DP=160;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246799;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.327;QD=60.9355;RBI=0.0261018;REFB=0;REVB=0.00849749;RO=0;SAF=87;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214358;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:160:158:0:0:156:158:1:69:87:0:0:70:88:0:0 chr17 4936898 . C T 63.55 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0157135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.941;QD=21.1833;RBI=0.0159288;REFB=-0.0865117;REVB=0.00261029;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185472;STB=0.5831;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0112219;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:11:12:3:4:8:8:0.666667:1:7:2:1:1:7:3:1 chr17 4937575 . T C 303.7 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0200724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4134;QD=39.1864;RBI=0.0323979;REFB=-0.0118683;REVB=0.0254308;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216022;STB=0.51174;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00105874;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:3:3:11:14:3:3 chr17 4996915 . AC A 255.77 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.683;QD=51.1542;RBI=0.0759196;REFB=0;REVB=0.00472195;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000422829;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:19:20:20:0:11:9:0:0:4:0:10:9:0:0 chr17 4997039 . G C 422.13 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0331908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1882;QD=44.4347;RBI=0.0382688;REFB=0.0521571;REVB=0.0190492;RO=6;SAF=20;SAR=12;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121352;STB=0.565179;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0110174;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:12:20:6:0:12:20:6:0 chr17 4997433 . G A 501.25 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0116147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0944;QD=44.5555;RBI=0.0230366;REFB=-0.0412479;REVB=0.0198943;RO=8;SAF=20;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134588;STB=0.507242;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00917888;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:17:20:4:4:17:20:4:4 chr17 4997787 . A G 1138.51 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469193;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.347;QD=60.7205;RBI=0.00990369;REFB=0;REVB=0.00872174;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88438e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:25:49:0:0:26:49:0:0 chr17 4998030 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5952;QD=40.7629;RBI=0.091764;REFB=0;REVB=-0.0914784;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234843;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr17 4998586 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.641;QD=44.6882;RBI=0.0468081;REFB=0;REVB=0.0353062;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999547;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr17 4998852 . G C 340.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.538;QD=54.4939;RBI=0.0250307;REFB=0;REVB=-0.0178909;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94279e-06;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 5037281 . T C 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.495;QD=63.2777;RBI=0.076805;REFB=0;REVB=0.0727388;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171144;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr17 5042894 . T C 1921.77 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153139;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.395;QD=61.9926;RBI=0.0457856;REFB=0;REVB=0.0431487;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34722e-05;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:124:124:1:59:65:0:0:59:65:0:0 chr17 5044794 . G A 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.419;QD=61.6767;RBI=0.0335592;REFB=0;REVB=0.0174147;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42552e-05;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr17 5074195 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.878;QD=46.8461;RBI=0.0458319;REFB=0;REVB=0.00148849;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002114;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr17 5084763 . G A,T 527.03 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109208,-0.0611904;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.885,45.6021;QD=58.5586;RBI=0.0167918,0.0612056;REFB=0,0;REVB=0.0127554,-0.001365;RO=0;SAF=20,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00284183,0.0790739;OID=.,.;OPOS=5084763,5084763;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:14,2:20,0:0:0:14,2:20,0:0:0 chr17 5126674 . A C,G 561.48 PASS AF=0.0789474,0.921053;AO=3,35;DP=38;FAO=3,35;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,20;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441748,0.00947348;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=182.205,216.436;QD=59.1033;RBI=0.0224509,0.0161477;REFB=0,0;REVB=0.022012,0.0130768;RO=0;SAF=3,20;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0485443,-0.00417159;OID=.,.;OPOS=5126674,5126674;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:38:38:0:0:3,35:3,35:0.0789474,0.921053:0,15:3,20:0:0:0,15:3,20:0:0 chr17 5280440 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0386;QD=64.15;RBI=0.0439735;REFB=0;REVB=0.0395522;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715326;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr17 5284698 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=377.074;QD=47.8224;RBI=0.036524;REFB=0;REVB=0.0164249;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175285;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 5284719 . T C 202.7 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00137463;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.695;QD=45.0443;RBI=0.0248247;REFB=-0.118076;REVB=0.0247866;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0010413;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:0:1:17:17:0.944444:8:9:0:0:8:9:0:1 chr17 5284770 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.659;QD=47.8146;RBI=0.0440564;REFB=0.186365;REVB=0.00250949;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000884645;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:0:1:12:9:0:1 chr17 5287297 . AG A 645.56 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=27.2342;QD=46.9501;RBI=0.167521;REFB=-0.0196213;REVB=-0.143341;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00328886;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:55:55:55:0:27:28:0:0:10:1:27:27:0:1 chr17 5288760 . A G 323.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.275;QD=53.8738;RBI=0.116983;REFB=0;REVB=0.0589061;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171651;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr17 5288769 . CA C 288.97 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00651442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3957;QD=44.4567;RBI=0.0249714;REFB=-0.0951752;REVB=-0.0241067;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840195;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.00611425;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538:24:26:25:26:1:14:11:0:1:3:2:14:10:0:2 chr17 5288794 . G C 379.39 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305733;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3068;QD=56.2056;RBI=0.00863217;REFB=0;REVB=-0.00807261;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273994;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 5289580 . A G 765.53 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.402;QD=63.7939;RBI=0.0438799;REFB=0;REVB=0.0206244;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205144;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr17 5290033 . T C 728.14 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6653;QD=53.9363;RBI=0.0346178;REFB=-0.0995353;REVB=0.0223996;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427493;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00241233;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:51:53:0.981481:21:30:0:2:22:31:0:1 chr17 5290703 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.971;QD=58.6006;RBI=0.0189608;REFB=0;REVB=0.00592238;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91638e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr17 5294976 . T A 716.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144051;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.721;QD=57.288;RBI=0.0192942;REFB=0;REVB=-0.0128359;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192021;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr17 5308377 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.95;QD=61.684;RBI=0.0382539;REFB=0;REVB=0.036296;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90141e-05;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr17 5326089 . C T 810.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033235;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.388;QD=56.8548;RBI=0.0234038;REFB=0;REVB=0.0231667;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243288;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:18:38:0:0:19:38:0:0 chr17 5326145 . C G 657.37 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=4.83533e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.35;QD=50.5672;RBI=0.00196702;REFB=-0.0750328;REVB=0.00196643;RO=3;SAF=31;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433932;STB=0.523068;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00145665;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:18:31:3:0:18:31:3:0 chr17 5326162 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.076;QD=63.5814;RBI=0.0690139;REFB=0;REVB=-0.0149969;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434914;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chr17 5328633 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.277;QD=48.7373;RBI=0.0237817;REFB=0;REVB=0.021774;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190054;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr17 5334850 . G A 674.1 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847033;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6919;QD=62.7072;RBI=0.06106;REFB=0;REVB=0.0604696;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39387e-05;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr17 5334873 . GAAA GAA,GAAG,GGAA 702.17 PASS AF=0.979167,0.0208333,0;AO=40,2,5;DP=48;FAO=47,1,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=28,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432747,0.0230441,-0.0149679;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=25.1108,6.08251,4.34022;QD=58.5142;RBI=0.0918273,0.035649,0.0675388;REFB=0,0,0;REVB=0.0809911,0.0271996,0.0658593;RO=1;SAF=18,0,1;SAR=22,2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0208425,0,0.0951258;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00629197,-0.183087,0;OID=.,.,.;OPOS=5334874,5334876,5334874;OREF=A,A,A;OALT=-,G,G;OMAPALT=GAA,GAAG,GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.979167,0.0208333,0:40,2,5:48:47,1,0:48:0:19,0,0:28,1,0:0:0:5:1:18,0,1:22,2,4:0:1 chr17 5347576 . G A 683.06 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0201528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2688;QD=52.543;RBI=0.0250735;REFB=-0.156415;REVB=0.014918;RO=2;SAF=26;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348399;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00422125;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:24:26:2:0:24:26:2:0 chr17 5487164 . C G 1899.34 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-2.60168e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9299;QD=60.7789;RBI=0.0394827;REFB=-0.0951946;REVB=0.0394827;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000936181;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:125:0:1:124:124:0.992:57:67:0:0:57:67:1:0 chr17 5991344 . C T 1058.01 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0477192;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.673;QD=58.7782;RBI=0.0581703;REFB=-0.175986;REVB=0.0332665;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.507244;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00117481;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:37:34:0:0:37:34:1:0 chr17 6014176 . A G 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.142;QD=58.9611;RBI=0.0548243;REFB=0;REVB=-0.0290577;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24915e-05;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr17 6110583 . C A 161.79 PASS AF=0.394737;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00913708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.263;QD=17.0306;RBI=0.0196704;REFB=-0.00428098;REVB=-0.0174195;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195799;STB=0.510624;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00691818;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:12:15:0.394737:4:8:13:7:5:10:13:7 chr17 6329917 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00464398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.079;QD=16.0653;RBI=0.02119;REFB=-0.0142266;REVB=-0.0206749;RO=24;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476956;STB=0.781574;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.01187;OID=.;OPOS=6329917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:2:16:13:11:2:16:13:11 chr17 6330068 . T C 571.78 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.234;QD=60.1877;RBI=0.0589133;REFB=0;REVB=0.021607;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173116;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:25:11:0:0:25:13:0:0 chr17 6331803 . T C 625.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4514;QD=61.0644;RBI=0.0290476;REFB=0;REVB=0.00631804;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248979;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr17 6337247 . C G 487.91 PASS AF=0.837209;AO=35;DP=42;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0351459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.989;QD=45.3869;RBI=0.106544;REFB=-0.0109491;REVB=0.10058;RO=7;SAF=22;SAR=13;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775168;STB=0.539321;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00206193;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:43:7:7:35:36:0.837209:13:22:6:1:13:23:6:1 chr17 6353679 . A C 751.04 PASS AF=0.890625;AO=56;DP=63;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0304445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.15;QD=46.9398;RBI=0.0362498;REFB=-0.0522109;REVB=0.0196769;RO=7;SAF=35;SAR=21;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431714;STB=0.523552;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00173281;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:63:64:7:7:56:57:0.890625:21:35:3:4:21:36:3:4 chr17 6364753 . A G 1541.06 PASS AF=1;AO=81;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.46;QD=59.847;RBI=0.0606647;REFB=0;REVB=-0.0168737;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08106e-05;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:81:103:1:41:40:0:0:42:61:0:0 chr17 6373682 . G A 530.28 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0172128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1953;QD=25.2513;RBI=0.017965;REFB=-0.0334913;REVB=0.00514401;RO=35;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621146;STB=0.533967;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.019272;OID=.;OPOS=6373682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:25:24:20:15:25:24:20:15 chr17 6381939 . G A 830.6 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0373035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.172;QD=54.4656;RBI=0.0562646;REFB=-0.129164;REVB=0.0421207;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00512922;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:26:33:1:0:26:34:1:0 chr17 6406883 . C T 200.94 PASS AF=0.271028;AO=29;DP=107;FAO=29;FDP=107;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=0.00112288;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.974;QD=7.51161;RBI=0.0105019;REFB=0.00616472;REVB=-0.0104417;RO=77;SAF=11;SAR=18;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11008;STB=0.571001;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0146639;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:77:78:29:29:0.271028:18:11:36:41:18:11:37:41 chr17 6483046 . T C 1227.43 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.231;QD=61.3714;RBI=0.0119734;REFB=0;REVB=-0.00196324;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73363e-05;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr17 6493198 . T C 2983.66 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5039;QD=63.1462;RBI=0.0295668;REFB=0;REVB=0.0171213;RO=0;SAF=99;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07012e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:189:0:0:187:189:1:88:99:0:0:88:101:0:0 chr17 6511781 . A G 902.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.958;QD=58.2562;RBI=0.0321182;REFB=0;REVB=0.0263513;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001017;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr17 6513329 . G A 468.12 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0107943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.918;QD=22.8351;RBI=0.0160054;REFB=-0.0242704;REVB=-0.0118176;RO=36;SAF=25;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228022;STB=0.505492;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0195097;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:37:45:45:0.54878:20:25:21:15:20:25:21:16 chr17 6515387 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.74;QD=57.2377;RBI=0.0394119;REFB=0;REVB=0.0172831;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23598e-05;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr17 6515454 . C T 546.0 PASS AF=1;AO=26;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.202;QD=59.0267;RBI=0.0271044;REFB=0;REVB=0.0216448;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252045;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:26:37:1:6:20:0:0:14:23:0:0 chr17 6524298 . T A 504.79 PASS AF=0.733333;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0100923;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.951;QD=33.6523;RBI=0.0125744;REFB=-0.0119803;REVB=0.00750078;RO=14;SAF=16;SAR=28;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161359;STB=0.588744;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00334734;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:14:16:44:44:0.733333:28:16:10:4:28:16:11:5 chr17 6531648 . A G 2008.44 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.454;QD=62.2772;RBI=0.0516368;REFB=0;REVB=0.003612;RO=0;SAF=89;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08082e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:40:89:0:0:40:89:0:0 chr17 6546259 . T C 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00601137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.257;QD=10.9435;RBI=0.00758855;REFB=-0.00808962;REVB=-0.00463137;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324559;STB=0.688706;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0147056;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:13:7:24:13:13:7:24:13 chr17 6556538 . G C 1208.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0144;QD=61.1968;RBI=0.0786585;REFB=0;REVB=0.0773333;RO=0;SAF=57;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439951;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:22:57:0:0:22:57:0:0 chr17 6556541 . A T 1153.38 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0287012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.035;QD=56.957;RBI=0.0404313;REFB=-0.218635;REVB=0.0284769;RO=1;SAF=56;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837884;STB=0.51304;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0010311;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:1:3:78:78:0.962963:22:56:1:0:22:56:3:0 chr17 6558767 . TC T,TT 228.19 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,14;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0833728,0.0253009;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.0485,42.0751;QD=48.0407;RBI=0.102619,0.026822;REFB=0,0;REVB=0.0598306,0.00890414;RO=0;SAF=2,11;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.031948,0.00418438;OID=.,.;OPOS=6558768,6558768;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,14:19:2,17:19:0:2,14:0,3:0:0:7:0:2,11:0,3:0:0 chr17 6663894 . GC AG 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0053241;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=118.932;QD=18.4899;RBI=0.0300507;REFB=-0.00630486;REVB=0.0295753;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147283;STB=0.58326;STBP=0.312;TYPE=mnp;VARB=0.00823686;OID=.;OPOS=6663894;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:17:9:11:11:17:9 chr17 6899559 . C G 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5226;QD=37.4793;RBI=0.110824;REFB=0;REVB=-0.105041;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00967133;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr17 6902743 . G A 457.63 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170581;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.244;QD=55.4707;RBI=0.0588509;REFB=-0.0664697;REVB=0.0563245;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000492411;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:15:16:1:0:15:17:1:0 chr17 6902760 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.533;QD=55.6542;RBI=0.0822538;REFB=0;REVB=0.0703355;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519896;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 6905061 . T G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.468;QD=57.2026;RBI=0.0501488;REFB=0;REVB=0.0278829;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228599;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr17 6909838 . A G 264.78 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-2.39131e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.082;QD=10.2826;RBI=0.0233177;REFB=-0.0106049;REVB=-0.0233176;RO=68;SAF=25;SAR=9;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305073;STB=0.682947;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0212813;OID=.;OPOS=6909838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:69:34:34:0.330097:9:25:33:35:9:25:33:36 chr17 6919093 . T C 201.32 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0345013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.845;QD=28.7602;RBI=0.0345015;REFB=-0.0508765;REVB=0.000126939;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832254;STB=0.546169;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0304965;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:6:13:5:4:6:13:5:4 chr17 6920257 . C T 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0103219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.87;QD=10.8313;RBI=0.0109174;REFB=-0.00720031;REVB=-0.00355648;RO=50;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110306;STB=0.564265;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0119054;OID=.;OPOS=6920257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:10:16:26:24:10:16:26:24 chr17 6928019 . C CCAG 41.12 PASS AF=0.352941;AO=4;DP=35;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0246951;FXX=0.149925;HRUN=2;LEN=3;MLLD=103.158;QD=9.67549;RBI=0.0603798;REFB=-0.117575;REVB=0.0550988;RO=28;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216151;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=ins;VARB=0.170848;OID=.;OPOS=6928020;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:4:35:6:17:11:4:2:7:4:41:28:3:1:16:12 chr17 6929924 . T C 1085.77 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322247;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.063;QD=60.3208;RBI=0.0343824;REFB=0;REVB=-0.0119884;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47164e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr17 6941625 . C T 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0209224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.007;QD=5.19188;RBI=0.022695;REFB=-0.0118762;REVB=-0.00879307;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205924;STB=0.632687;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0341679;OID=.;OPOS=6941625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:7:19:4:3:7:19 chr17 6942108 . C T 437.86 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0163083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.419;QD=38.9206;RBI=0.0506034;REFB=-0.0347261;REVB=0.0479035;RO=11;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217037;STB=0.616957;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0110826;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:33:34:0.755556:15:18:11:0:16:18:11:0 chr17 6943266 . G A 365.12 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0830346;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.155;QD=20.8638;RBI=0.083057;REFB=-0.00387455;REVB=0.00192814;RO=32;SAF=26;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332439;STB=0.690521;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00569199;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:33:37:37:0.528571:11:26:10:22:11:26:10:23 chr17 6945059 . G A 514.97 PASS AF=0.77193;AO=43;DP=56;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0312363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.223;QD=36.1382;RBI=0.0624175;REFB=-0.0132681;REVB=0.0540392;RO=13;SAF=32;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596359;STB=0.530107;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00380244;OID=.;OPOS=6945059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:56:57:13:13:43:44:0.77193:11:32:11:2:11:33:11:2 chr17 6945087 . G T 107.44 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=0.00230828;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.049;QD=6.82167;RBI=0.124955;REFB=-0.00480338;REVB=0.124933;RO=46;SAF=14;SAR=2;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161726;STB=0.622046;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0182949;OID=.;OPOS=6945087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:46:47:16:16:0.253968:2:14:37:9:2:14:37:10 chr17 6945483 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.025;QD=19.1341;RBI=0.0419197;REFB=0.167512;REVB=0.0419197;RO=2;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00579517;OID=.;OPOS=6945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:5:0:0:2:5:0:0:2 chr17 6945940 . A G 246.98 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00893231;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.759;QD=19.3711;RBI=0.0407498;REFB=-0.00117227;REVB=-0.0397588;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15535;STB=0.586761;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000146796;OID=.;OPOS=6945940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:9:16:12:14:9:16 chr17 6946287 . T C 277.5 PASS AF=0.410256;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0396845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.851;QD=14.2307;RBI=0.0495764;REFB=-0.0248056;REVB=-0.0297146;RO=44;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956904;STB=0.530359;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0611702;OID=.;OPOS=6946287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:44:46:30:32:0.410256:11:19:24:20:13:19:25:21 chr17 6946330 . C T 165.56 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0395943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.266;QD=9.73859;RBI=0.0436944;REFB=-0.0272682;REVB=-0.0184796;RO=46;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100156;STB=0.558771;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0174463;OID=.;OPOS=6946330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:11:11:19:27:11:11:19:27 chr17 6979179 . A G 192.93 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0120934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.032;QD=23.3854;RBI=0.0123032;REFB=-0.0126862;REVB=0.00226209;RO=12;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434325;STB=0.752638;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00697466;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:14:19:19:0.575758:16:3:8:4:16:3:9:5 chr17 6981353 . G C 686.47 PASS AF=0.682353;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00133263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.753;QD=32.3043;RBI=0.0174656;REFB=-0.0550292;REVB=-0.0174147;RO=24;SAF=32;SAR=26;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551569;STB=0.50123;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0230184;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:27:58:58:0.682353:26:32:13:11:26:32:15:12 chr17 6981397 . A G 1471.99 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.142;QD=63.3116;RBI=0.0539702;REFB=0;REVB=0.0473747;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119808;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr17 7097340 . T C 220.11 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0103751;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.645;QD=30.3597;RBI=0.0104647;REFB=-0.0677374;REVB=-0.00136658;RO=9;SAF=14;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158282;STB=0.587695;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0226592;OID=.;OPOS=7097340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:9:9:20:20:0.689655:6:14:4:5:6:14:4:5 chr17 7099811 . G A 181.87 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00457685;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.477;QD=11.3666;RBI=0.0269036;REFB=-0.0108019;REVB=0.0265115;RO=42;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341315;STB=0.529223;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0180428;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:42:41:23:23:0.359375:10:13:25:17:10:13:25:16 chr17 7127718 . T C 176.46 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00922846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.874;QD=8.40273;RBI=0.0422851;REFB=-0.00613633;REVB=-0.0412658;RO=59;SAF=13;SAR=11;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397334;STB=0.517913;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0170601;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:60:24:24:0.285714:11:13:30:29:11:13:31:29 chr17 7132556 . C T 126.68 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0190034;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.142;QD=7.91745;RBI=0.0236522;REFB=-0.018989;REVB=-0.0140817;RO=48;SAF=6;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157283;STB=0.608572;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0516307;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:48:46:18:18:0.28125:12:6:22:26:12:6:22:24 chr17 7133162 . G A 403.08 PASS AF=0.243028;AO=61;DP=252;FAO=61;FDP=251;FR=.;FRO=190;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=111;FSRR=79;FWDB=-0.0237636;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.263;QD=6.42355;RBI=0.0245868;REFB=-0.00408838;REVB=0.00630879;RO=188;SAF=29;SAR=32;SRF=110;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137806;STB=0.581867;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0114924;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:251:188:190:61:61:0.243028:32:29:110:78:32:29:111:79 chr17 7133609 . G A 228.85 PASS AF=0.363636;AO=26;DP=75;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00178192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9633;QD=11.8881;RBI=0.0794056;REFB=-0.0129424;REVB=0.0793856;RO=49;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187599;STB=0.577722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0320661;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:49:49:26:28:0.363636:10:16:22:27:12:16:22:27 chr17 7134129 . A G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0167014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6306;QD=9.2173;RBI=0.0658939;REFB=0.0130577;REVB=0.0637422;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103891;STB=0.561969;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.028496;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:7:9:24:13:7:9:24:13 chr17 7147350 . T TC 545.63 PASS AF=0.712963;AO=72;DP=116;FAO=77;FDP=108;FR=.;FRO=31;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0580798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.2592;QD=20.2083;RBI=0.0647761;REFB=0.025293;REVB=0.0286824;RO=42;SAF=46;SAR=26;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145558;STB=0.522658;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=-0.010082;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.712963:72:116:77:108:31:48:29:17:14:99:42:46:26:26:16 chr17 7154534 . G A 209.74 PASS AF=0.280374;AO=29;DP=106;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=25;FWDB=-0.00534498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.004;QD=7.84067;RBI=0.00565395;REFB=-0.00646083;REVB=-0.00184347;RO=77;SAF=15;SAR=14;SRF=52;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196045;STB=0.603995;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0182184;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:77:77:29:30:0.280374:14:15:52:25:14:16:52:25 chr17 7163723 . A C 180.96 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0192601;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.589;QD=15.0804;RBI=0.026568;REFB=0.00338848;REVB=-0.0183005;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.558437;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00381719;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:29:16:19:0.395833:8:8:12:12:8:11:14:15 chr17 7163739 . A G 188.02 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00456313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.803;QD=14.1903;RBI=0.00457449;REFB=-0.00617765;REVB=0.000322117;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222346;STB=0.636233;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0144092;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:6:15:16:15:6:16:16:15 chr17 7185788 . T C 633.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.097;QD=61.8055;RBI=0.041512;REFB=0;REVB=0.0171929;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97937e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:26:13:0:0:28:13:0:0 chr17 7187123 . T C 77.25 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.0150662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.284;QD=6.05919;RBI=0.0210424;REFB=-0.0116147;REVB=-0.0146898;RO=40;SAF=7;SAR=3;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356115;STB=0.549263;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0379547;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:40:40:10:11:0.215686:3:7:27:13:3:8:27:13 chr17 7213694 . C A 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.845;QD=54.5147;RBI=0.0294082;REFB=0;REVB=-0.0239181;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32214e-05;OID=.;OPOS=7213694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr17 7217463 . T C 825.06 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233817;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.137;QD=57.8986;RBI=0.0271619;REFB=0;REVB=0.0138225;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621302;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr17 7219230 . A G 579.44 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534398;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.544;QD=60.9931;RBI=0.0931174;REFB=0;REVB=-0.0762564;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319264;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr17 7221385 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.834;QD=64.4153;RBI=0.0603882;REFB=0;REVB=0.0600947;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84592e-05;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr17 7224921 . C G 255.34 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5339;QD=51.0679;RBI=0.102779;REFB=0;REVB=0.0207154;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139859;OID=.;OPOS=7224921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 7254315 . G A 58.21 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0120764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.636;QD=4.75147;RBI=0.0122066;REFB=-0.0109641;REVB=-0.00177834;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00360851;STB=0.504577;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0839235;OID=.;OPOS=7254315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:38:40:9:9:0.183673:4:5:21:17:4:5:22:18 chr17 7257455 . G T 162.74 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0197054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5784;QD=10.8492;RBI=0.0470801;REFB=-0.0149575;REVB=-0.0427578;RO=39;SAF=17;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380211;STB=0.72518;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0212735;OID=.;OPOS=7257455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:4:17:20:19:4:17:20:19 chr17 7286266 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0119977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.098;QD=28.4028;RBI=0.0450624;REFB=-0.0328588;REVB=0.0434359;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.511617;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0146426;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:7:14:7:4:7:14:7:4 chr17 7286326 . T A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0144988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.445;QD=6.80646;RBI=0.0746714;REFB=0.00228292;REVB=0.0732503;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15478;STB=0.58264;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.00346298;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:5:4:15:11:5:4:15:12 chr17 7292107 . G A 928.86 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0186414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.336;QD=55.4544;RBI=0.1097;REFB=-0.181602;REVB=0.108105;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.503105;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00138533;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:0:2:65:65:0.970149:26:39:0:0:26:39:1:1 chr17 7293715 . C T 483.13 PASS AF=0.6;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0458473;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.408;QD=25.7668;RBI=0.0459578;REFB=-0.0170945;REVB=-0.00318596;RO=30;SAF=21;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245403;STB=0.513411;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0202258;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:30:30:45:45:0.6:24:21:13:17:24:21:13:17 chr17 7297452 . A G 371.26 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=6;FWDB=-0.00614663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.205;QD=20.6253;RBI=0.0122649;REFB=-0.0230779;REVB=0.0106135;RO=33;SAF=27;SAR=10;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100894;STB=0.568576;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0167739;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:37:38:0.527778:10:27:27:6:11:27:28:6 chr17 7318396 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0033;QD=63.8701;RBI=0.0333283;REFB=0;REVB=0.0232019;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86878e-06;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr17 7322245 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.165;QD=56.9569;RBI=0.0354212;REFB=0;REVB=0.029392;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94503e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 7339627 . C T 241.41 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00504379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.6091;QD=14.856;RBI=0.0218122;REFB=-0.0236576;REVB=0.021221;RO=37;SAF=20;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219117;STB=0.624906;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0386639;OID=.;OPOS=7339627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:8:20:19:18:8:20:19:18 chr17 7366348 . A C 52.19 PASS AF=0.636364;AO=9;DP=15;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0878935;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3572;QD=18.9782;RBI=0.0918905;REFB=-0.0628823;REVB=-0.0268065;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434082;STB=0.77329;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0465834;OID=.;OPOS=7366348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:11:4:4:9:7:0.636364:7:2:4:0:6:1:3:1 chr17 7386055 . C T 1981.14 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.457;QD=60.4928;RBI=0.0186467;REFB=-0.178129;REVB=0.0125516;RO=1;SAF=62;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760358;STB=0.503936;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00045781;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:131:131:1:1:129:130:0.992366:67:62:1:0:67:63:1:0 chr17 7386279 . TG CA 888.97 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177998;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.927;QD=56.4425;RBI=0.01994;REFB=-0.0459984;REVB=0.00898726;RO=1;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136821;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.000452997;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:27:34:1:0:27:35:1:0 chr17 7400137 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.93;QD=59.4343;RBI=0.070501;REFB=0;REVB=0.0704177;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484787;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 7402600 . T C 669.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.28;QD=62.2568;RBI=0.0406708;REFB=0;REVB=0.0298937;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312893;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr17 7404107 . T C 1290.89 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103;QD=61.4708;RBI=0.0351771;REFB=0;REVB=-0.0064033;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06174e-05;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:46:37:0:0:46:38:0:0 chr17 7404991 . T C 1454.13 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.476;QD=61.2267;RBI=0.0338573;REFB=-0.140131;REVB=-0.0232631;RO=1;SAF=56;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839106;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204504;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:95:1:0:92:95:1:36:56:1:0:37:58:0:0 chr17 7412403 . T C 277.7 PASS AF=0.285714;AO=38;DP=133;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0260842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.298;QD=8.35183;RBI=0.0836629;REFB=0.0138054;REVB=-0.0794927;RO=95;SAF=23;SAR=15;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184453;STB=0.608793;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0355533;OID=.;OPOS=7412403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:95:95:38:38:0.285714:15:23:43:52:15:23:43:52 chr17 7416683 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.837;QD=45.8067;RBI=0.0198336;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019261;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr17 7460517 . G C 118.94 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0155979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.232;QD=13.2155;RBI=0.0159304;REFB=-0.0082248;REVB=-0.00323756;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190825;STB=0.61096;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00686521;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:7:15:7:7:7:15 chr17 7460559 . T G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.937;QD=55.0975;RBI=0.0693096;REFB=0;REVB=0.0432038;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908703;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr17 7462555 . G A 297.79 PASS AF=0.319672;AO=39;DP=122;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0130618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.34;QD=9.76362;RBI=0.0132;REFB=-0.0165525;REVB=-0.00190477;RO=83;SAF=9;SAR=30;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31256;STB=0.683659;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0445145;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:83:83:39:39:0.319672:30:9:39:44:30:9:39:44 chr17 7462969 . A G 772.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4485;QD=61.8087;RBI=0.0227326;REFB=-0.105401;REVB=0.0184944;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.507933;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00191014;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:18:31:0:0:18:31:1:0 chr17 7470285 . CA C 1083.74 PASS AF=1;AO=93;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.9884;QD=42.0869;RBI=0.0403016;REFB=0;REVB=-0.0191694;RO=1;SAF=49;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000479933;OID=.;OPOS=7470286;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:99:103:103:0:52:51:0:0:21:1:49:44:1:0 chr17 7475159 . A T 523.82 PASS AF=0.592593;AO=46;DP=90;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0370859;FXX=0.129018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.68;QD=25.8678;RBI=0.0371832;REFB=-0.00182087;REVB=0.00268852;RO=44;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781452;STB=0.545436;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00203775;OID=.;OPOS=7475159;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:81:44:33:46:48:0.592593:28:18:21:23:30:18:9:24 chr17 7475161 . A T 30.53 PASS AF=0.1;AO=6;DP=71;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.0382992;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.229;QD=1.74439;RBI=0.0385521;REFB=-0.00174954;REVB=-0.00440835;RO=65;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247947;STB=0.589502;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0131313;OID=.;OPOS=7475161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:70:65:63:6:7:0.1:4:2:23:42:4:3:21:42 chr17 7477938 . G C 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.324;QD=64.4105;RBI=0.034996;REFB=0;REVB=0.0325596;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14274e-05;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr17 7479892 . C T 184.85 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00244869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3443;QD=8.30784;RBI=0.012434;REFB=-0.00254948;REVB=0.0121905;RO=64;SAF=15;SAR=10;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517255;STB=0.530781;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00596491;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:10:15:41:23:10:15:41:23 chr17 7482125 . A G 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0563302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5767;QD=9.53542;RBI=0.0656898;REFB=-0.0129636;REVB=-0.0337944;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634537;STB=0.538398;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0244115;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:15:12:6:6:15:12 chr17 7530271 . C T 208.78 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0113715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.29;QD=25.3068;RBI=0.0269492;REFB=-0.004997;REVB=-0.0244326;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170103;STB=0.594502;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00270417;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:9:4:11:9:9:4 chr17 7560835 . T G 161.1 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.147618;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0557;QD=17.4157;RBI=0.147956;REFB=-0.037152;REVB=-0.0100048;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196363;STB=0.634456;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0383334;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:20:20:15:17:0.459459:6:9:8:12:6:11:8:12 chr17 7577407 . A C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000243119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.163;QD=20.8979;RBI=0.0478663;REFB=-0.0333198;REVB=0.0478656;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144485;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0220451;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:3:1:4:4:3:1 chr17 7577427 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0238013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5663;QD=16.8218;RBI=0.0344485;REFB=-0.0310962;REVB=0.0249038;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0278125;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr17 7578112 . A AC 149.4 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700881;FXX=0.39984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4379;QD=39.8391;RBI=0.118972;REFB=0;REVB=-0.0961356;RO=24;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0162254;OID=.;OPOS=7578113;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:15:15:0:2:13:0:0:3:24:1:2:11:13 chr17 7578115 . T C 313.38 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00444795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.169;QD=50.1408;RBI=0.00549585;REFB=-0.10768;REVB=-0.00322803;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00166586;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:1:0:15:9:1:0 chr17 7614601 . G A 79.28 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0206687;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.543;QD=5.76602;RBI=0.0248836;REFB=-0.0135954;REVB=-0.0138563;RO=43;SAF=6;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428081;STB=0.527227;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0607236;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:56:55:43:43:12:12:0.218182:6:6:23:20:6:6:23:20 chr17 7637996 . G A 254.39 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00924432;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.815;QD=20.7663;RBI=0.018348;REFB=-0.00662812;REVB=-0.0158491;RO=25;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13821;STB=0.578384;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0111596;OID=.;OPOS=7637996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:19:5:8:17:19:5:8:17 chr17 7673928 . C G 925.51 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9121;QD=57.8445;RBI=0.0485389;REFB=0;REVB=0.0473236;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797498;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr17 7681412 . C G 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1759;QD=57.7117;RBI=0.0210303;REFB=0;REVB=-0.0163224;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60612e-05;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr17 7735063 . T G 343.28 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0395608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9207;QD=18.8101;RBI=0.057093;REFB=0.0217238;REVB=0.041165;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499017;STB=0.534582;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0161568;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:37:36:36:0.493151:19:17:19:17:19:17:20:17 chr17 7750232 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00474477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5766;QD=15.258;RBI=0.00943999;REFB=0.00519057;REVB=0.00816091;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12173;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0228765;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:1:5:5:2:1:5 chr17 7751778 . G A 196.45 PASS AF=0.75;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0025769;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.326;QD=32.7418;RBI=0.00523064;REFB=-0.0436185;REVB=0.00455184;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513498;STB=0.528271;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0124121;OID=.;OPOS=7751778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:6:6:18:18:0.75:8:10:4:2:8:10:4:2 chr17 7752531 . ACAGAAGGAGCAT A 281.54 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0200696;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=12;MLLD=276.248;QD=17.0629;RBI=0.0269742;REFB=-0.0193327;REVB=-0.0180227;RO=23;SAF=24;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200911;STB=0.675549;STBP=0.019;TYPE=del;VARB=0.0182769;OID=.;OPOS=7752532;OREF=CAGAAGGAGCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:30:65:31:66:35:25:6:19:16:99:23:24:6:14:9 chr17 7757658 . AG CG,GC 162.76 PASS AF=0.263889,0.0555556;AO=19,4;DP=73;FAO=19,4;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=0,0;FSAR=19,4;FSRF=0;FSRR=49;FWDB=0,0;FXX=0.0136968;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.0233,65.2789;QD=9.04214;RBI=0.0251278,0.0218895;REFB=-0.0145939,-0.00649903;REVB=-0.0251278,-0.0218895;RO=46;SAF=0,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0763527,0.00402334;OID=.,.;OPOS=7757658,7757658;OREF=A,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:49:19,4:19,4:0.263889,0.0555556:19,4:0,0:0:46:19,4:0,0:0:49 chr17 7760397 . G A 1072.16 PASS AF=0.62585;AO=92;DP=148;FAO=92;FDP=147;FR=.;FRO=55;FSAF=71;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0279244;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1967;QD=29.1743;RBI=0.0417313;REFB=0.0105207;REVB=0.0310117;RO=56;SAF=71;SAR=21;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162785;STB=0.582948;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00817122;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:56:55:92:92:0.62585:21:71:33:23:21:71:33:22 chr17 7760704 . A G 764.09 PASS AF=0.596639;AO=69;DP=123;FAO=71;FDP=119;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0499087;FXX=0.0325177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.049;QD=25.6835;RBI=0.0511628;REFB=-0.0070428;REVB=0.0112585;RO=49;SAF=30;SAR=39;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00482007;STB=0.505383;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00689647;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:119:49:48:69:71:0.596639:39:30:21:28:39:32:21:27 chr17 7761512 . C A 436.49 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00297339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.016;QD=32.3325;RBI=0.0921673;REFB=0.0304127;REVB=0.0921193;RO=15;SAF=21;SAR=18;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070999;STB=0.538442;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00581908;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:18:21:6:9:18:21:6:9 chr17 7808437 . G A 415.32 PASS AF=0.337838;AO=50;DP=148;FAO=50;FDP=148;FR=.;FRO=98;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.00191387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.576;QD=11.2249;RBI=0.0161985;REFB=-0.0130514;REVB=-0.016085;RO=96;SAF=20;SAR=30;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19698;STB=0.612858;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0294663;OID=.;OPOS=7808437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:96:98:50:50:0.337838:30:20:55:41:30:20:56:42 chr17 7815594 . A G 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0130111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=311.3;QD=12.0701;RBI=0.0141053;REFB=-0.00878982;REVB=-0.0054472;RO=44;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205557;STB=0.618132;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0169329;OID=.;OPOS=7815594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:11:15:17:27:11:15:17:27 chr17 7842957 . C T 146.42 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00762756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.131;QD=13.62;RBI=0.012496;REFB=-0.0128872;REVB=-0.00989798;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23249;STB=0.654819;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0135011;OID=.;OPOS=7842957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:16:17:0.395349:8:8:7:18:8:9:7:19 chr17 7843053 . C T 101.04 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8618;QD=40.4156;RBI=0.151161;REFB=0;REVB=0.0576357;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00727313;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr17 7847955 . C A 538.34 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2438;QD=59.8153;RBI=0.0180035;REFB=0;REVB=0.0180035;RO=2;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292641;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:2:0:34:36:1:34:0:0:2:36:0:0:0 chr17 7849087 . C G 1358.22 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0215;QD=62.4469;RBI=0.0542595;REFB=0;REVB=-0.0449884;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000432016;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr17 7910025 . C T 318.06 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0181882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6181;QD=29.5872;RBI=0.0181973;REFB=-0.0247766;REVB=0.000574584;RO=14;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218678;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143084;OID=.;OPOS=7910025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:15:28:28:0.651163:13:15:8:6:13:15:8:7 chr17 7942901 . C G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.272;QD=34.6655;RBI=0.0537567;REFB=-0.0289177;REVB=0.0191185;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00465924;OID=.;OPOS=7942901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 318.26 PASS AF=0.948052,0;AO=37,8;DP=82;FAO=73,0;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=43,0;FSAR=30,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.127682,-0.0618261;FXX=0.0609682;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.23904,10.7637;QD=16.5332;RBI=0.164508,0.149607;REFB=0.0430384,0.026727;REVB=0.10373,0.136234;RO=19;SAF=20,7;SAR=17,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0241155,0.428491;STB=0.50866,0.5;STBP=0.543,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0512616,0;OID=.,.;OPOS=7979987,7979993;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.948052,0:37,8:82:73,0:77:4:43,0:30,0:3:1:12:19:20,7:17,1:11:8 chr17 7999957 . G A 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0522487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3329;QD=8.12655;RBI=0.0531653;REFB=0.0257538;REVB=-0.00982988;RO=29;SAF=9;SAR=2;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188523;STB=0.511607;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0435102;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:2:9:24:5:2:9:24:5 chr17 8022065 . G A 69.16 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00950822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.335;QD=6.14787;RBI=0.0179247;REFB=0.000420828;REVB=0.015195;RO=35;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496623;STB=0.831578;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00614699;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:9:1:15:20:9:1:15:20 chr17 8023057 . A C 294.83 PASS AF=0.576923;AO=27;DP=49;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00252157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.575;QD=22.6794;RBI=0.0267694;REFB=-0.015411;REVB=0.0266504;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140729;STB=0.510464;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00870312;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:22:22:27:30:0.576923:11:16:13:9:13:17:13:9 chr17 8023059 . A C 299.29 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000910374;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.912;QD=23.0224;RBI=0.0424404;REFB=-0.0179725;REVB=0.0424307;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0011567;STB=0.510464;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0109553;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:23:22:30:30:0.576923:13:17:13:10:13:17:13:9 chr17 8023143 . G A 510.09 PASS AF=0.703125;AO=44;DP=64;FAO=45;FDP=64;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0249777;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.478;QD=31.8809;RBI=0.0249777;REFB=0.0256307;REVB=-2.34267e-05;RO=19;SAF=22;SAR=22;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146522;STB=0.511106;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.00746102;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:19:19:44:45:0.703125:22:22:10:9:23:22:10:9 chr17 8024237 . T C 719.65 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2722;QD=56.443;RBI=0.0692967;REFB=0;REVB=-0.0601808;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296559;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:22:29:0:0 chr17 8046772 . C G 37.12 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0509235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.456;QD=8.24892;RBI=0.0540426;REFB=-0.00594933;REVB=-0.0180943;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275357;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0125174;OID=.;OPOS=8046772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:12:6:6:0.333333:2:4:2:4:2:4:7:5 chr17 8048169 . T C 744.53 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0296162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4872;QD=35.0368;RBI=0.0306549;REFB=-0.0737371;REVB=0.00791238;RO=24;SAF=41;SAR=20;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732241;STB=0.539313;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0222432;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:24:61:61:0.717647:20:41:19:5:20:41:19:5 chr17 8048283 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0731379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.586;QD=19.1339;RBI=0.152791;REFB=-0.0412729;REVB=0.134149;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0366947;OID=.;OPOS=8048283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr17 8062583 . A G 510.54 PASS AF=0.725806;AO=44;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0239406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.754;QD=32.9378;RBI=0.0279293;REFB=-0.00721472;REVB=0.0143837;RO=17;SAF=26;SAR=18;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001425;STB=0.50294;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00231842;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:44:45:0.725806:18:26:10:7:19:26:10:7 chr17 8062906 . AGGGGGGGCA AGGGGGGCA,AGGGGGGCAG 149.75 PASS AF=0.666667,0;AO=18,4;DP=40;FAO=26,0;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=17,0;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0472003,-0.172551;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=10.5785,16.4154;QD=15.3593;RBI=0.202671,0.173742;REFB=-0.142765,-0.088126;REVB=0.197099,0.0203077;RO=13;SAF=12,4;SAR=6,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.217374,0.713165;STB=0.541369,0.5;STBP=0.475,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.116655,0;OID=.,.;OPOS=8062907,8062913;OREF=G,GCA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AGGGGGGCA,AGGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:18,4:40:26,0:39:13:17,0:9,0:7:6:50:13:12,4:6,0:5:8 chr17 8064082 . GTG GG,GGG,GT 356.44 PASS AF=0.307692,0.105769,0;AO=19,17,16;DP=107;FAO=32,11,0;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=30,11,0;FSAR=2,0,0;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00633348,-0.00672002,0.039271;FXX=0.0458673;HRUN=1,1,5;LEN=1,1,1;MLLD=244.154,246.127,8.55831;QD=13.7094;RBI=0.0205509,0.00672479,0.637316;REFB=-0.0124427,-0.0102206,-0.0669004;REVB=-0.0195506,0.000253221,-0.636105;RO=39;SAF=19,17,1;SAR=0,0,15;SRF=34;SRR=5;SSEN=0,0,0.4;SSEP=0,0,0;SSSB=0.751497,0.736105,-0.802861;STB=0.831049,0.998714,0.5;STBP=0.006,0.002,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00155771,0.0360439,0.0165806;OID=.,.,.;OPOS=8064083,8064083,8064084;OREF=T,T,G;OALT=-,G,-;OMAPALT=GG,GGG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.105769,0:19,17,16:107:32,11,0:104:61:30,11,0:2,0,0:40:21:99:39:19,17,1:0,0,15:34:5 chr17 8076778 . C T 292.79 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0255104;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.671;QD=19.519;RBI=0.0255111;REFB=-0.0112917;REVB=-0.000186812;RO=29;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175626;STB=0.597942;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00676464;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:11:20:13:16:11:20:13:16 chr17 8076802 . T A 334.86 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00339839;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8185;QD=19.1349;RBI=0.0147063;REFB=-0.00120227;REVB=-0.0143082;RO=32;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142222;STB=0.589691;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00288733;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:35:35:35:0.5:12:23:16:16:12:23:17:18 chr17 8079029 . G C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.06491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8675;QD=24.3902;RBI=0.0649714;REFB=-0.0411108;REVB=0.00282227;RO=14;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214603;STB=0.62056;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0237411;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:5:15:7:7:5:15:7:7 chr17 8090908 . A G 402.13 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0122853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4448;QD=21.7368;RBI=0.0457028;REFB=0.0138502;REVB=-0.0440206;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112906;STB=0.50623;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0132606;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:17:23:20:14:17:23:20:14 chr17 8092694 . T G 239.56 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0063724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1645;QD=20.8315;RBI=0.0063765;REFB=-0.00470462;REVB=0.000228628;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165118;STB=0.587709;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0093315;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:8:14:10:12:9:14:10:13 chr17 8108330 . C CG 46.37 PASS AF=0.521739;AO=3;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.058524;FXX=0.079968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=119.509;QD=8.06521;RBI=0.0585513;REFB=-0.0436492;REVB=-0.00178757;RO=21;SAF=0;SAR=3;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504725;STB=0.514262;STBP=0.946;TYPE=ins;VARB=0.0379998;OID=.;OPOS=8108331;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:3:24:12:23:11:3:9:3:8:46:21:0:3:5:16 chr17 8108331 . A G 118.57 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0601039;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.488;QD=19.7621;RBI=0.0601447;REFB=-0.0512575;REVB=0.0022148;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338476;STB=0.526274;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0292157;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:10:11:13:13:0.541667:10:3:2:8:10:3:3:8 chr17 8108339 . G A 125.13 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00879204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2855;QD=17.8751;RBI=0.0250228;REFB=-0.0150652;REVB=-0.0234274;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034607;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:13:14:0.5:10:3:3:10:11:3:3:11 chr17 8124268 . G C 166.7 PASS AF=0.252632;AO=23;DP=94;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0104099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.899;QD=7.01905;RBI=0.0215196;REFB=-0.0211791;REVB=0.0188342;RO=70;SAF=3;SAR=20;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571229;STB=0.811536;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0316005;OID=.;OPOS=8124268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:70:71:23:24:0.252632:20:3:40:30:20:4:40:31 chr17 8135061 . T C 340.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.987;QD=54.4203;RBI=0.0524971;REFB=0;REVB=0.0186992;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164183;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr17 8141707 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9195;QD=62.982;RBI=0.0973361;REFB=0;REVB=-0.0892344;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136131;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr17 8157310 . C T 1607.05 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.91;QD=64.2822;RBI=0.0316995;REFB=0;REVB=0.0277855;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78814e-05;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr17 8161149 . C T 73.51 PASS AF=0.180556;AO=13;DP=72;FAO=13;FDP=72;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=0.00975815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.54;QD=4.08363;RBI=0.0363339;REFB=-0.00291504;REVB=0.034999;RO=58;SAF=8;SAR=5;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774565;STB=0.555473;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0161434;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:58:59:13:13:0.180556:5:8:39:19:5:8:40:19 chr17 8192922 . C T 124.82 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4558;QD=17.832;RBI=0.00188244;REFB=-0.00358668;REVB=-0.00188244;RO=14;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050049;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:14:0:0:14:14:0:0:14 chr17 8216468 . T C 681.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.021;QD=61.9468;RBI=0.0237857;REFB=0;REVB=0.0143233;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38441e-05;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:24:18:0:0:25:19:0:0 chr17 8224276 . T C 436.46 PASS AF=0.714286;AO=34;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00587043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.056;QD=35.629;RBI=0.0315263;REFB=-0.0110416;REVB=0.0309749;RO=14;SAF=9;SAR=25;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615327;STB=0.524461;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00661376;OID=.;OPOS=8224276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:34:35:0.714286:25:9:5:9:25:10:5:9 chr17 8232991 . A AT 350.4 PASS AF=0.6375;AO=46;DP=80;FAO=51;FDP=80;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.133812;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.9252;QD=17.52;RBI=0.15645;REFB=0.0240301;REVB=-0.0810619;RO=31;SAF=18;SAR=28;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283884;STB=0.502617;STBP=0.963;TYPE=ins;VARB=-0.0287437;OID=.;OPOS=8232992;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6375:46:80:51:80:29:19:32:11:18:99:31:18:28:11:20 chr17 8243469 . T C 212.45 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.0210379;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.948;QD=18.0813;RBI=0.045037;REFB=-0.0201402;REVB=-0.0398213;RO=25;SAF=18;SAR=2;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057241;STB=0.583264;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0302635;OID=.;OPOS=8243469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:20:21:0.446809:2:18:23:2:3:18:24:2 chr17 8243661 . G A 319.7 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0383225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.146;QD=32.7899;RBI=0.0396809;REFB=-0.00549731;REVB=-0.0102935;RO=12;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140272;STB=0.580093;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00145356;OID=.;OPOS=8243661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:39:12:12:26:27:0.692308:15:11:8:4:16:11:8:4 chr17 8243785 . A G 577.4 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=78;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0122878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.941;QD=29.61;RBI=0.0161038;REFB=-0.00381715;REVB=0.0104089;RO=27;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160164;STB=0.586793;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00112048;OID=.;OPOS=8243785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:27:27:51:51:0.653846:28:23:19:8:28:23:19:8 chr17 8296383 . C T 65.64 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0830571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.193;QD=11.4149;RBI=0.0840118;REFB=-0.0286728;REVB=0.0126298;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225785;STB=0.604686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.026172;OID=.;OPOS=8296383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:2:7:7:5:2:7:9:5 chr17 8296440 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00910422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.762;QD=30.7904;RBI=0.0274865;REFB=-0.0399213;REVB=0.0259349;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0049398;OID=.;OPOS=8296440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr17 8339283 . C T 583.46 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528453;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.346;QD=58.3459;RBI=0.0911758;REFB=-0.141193;REVB=0.0742995;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00583311;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:19:19:0:1:19:20:0:1 chr17 8339307 . G A 638.54 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0809987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6321;QD=59.3994;RBI=0.114914;REFB=-0.10905;REVB=0.0815133;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00201072;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr17 8378932 . A G 1083.93 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5802;QD=58.5909;RBI=0.0625634;REFB=-0.0239786;REVB=0.0607577;RO=1;SAF=56;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837347;STB=0.504424;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000198134;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:17:56:1:0:17:56:1:0 chr17 8383894 . A G 410.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.215;QD=56.687;RBI=0.0465984;REFB=0;REVB=0.0329799;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004605;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr17 8416901 . C T 841.44 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119664;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6326;QD=56.0957;RBI=0.123378;REFB=-0.119958;REVB=0.0300431;RO=1;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.517235;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00324672;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:14:44:0:1:14:45:0:1 chr17 8424270 . G A 790.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.815;QD=63.2665;RBI=0.0282546;REFB=0;REVB=0.011709;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292829;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr17 8450357 . C A 654.68 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876672;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.051;QD=62.3501;RBI=0.0215869;REFB=0;REVB=0.0197266;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65271e-05;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr17 8644854 . C T 351.75 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00211337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4405;QD=28.1402;RBI=0.0263761;REFB=-0.0337286;REVB=0.0262913;RO=20;SAF=6;SAR=24;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104895;STB=0.558098;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0244927;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:24:6:6:14:24:6:6:14 chr17 8647931 . G C 193.89 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305102;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7238;QD=48.4723;RBI=0.0469115;REFB=0;REVB=0.0356345;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372772;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr17 8659680 . TGGA T 85.15 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0130982;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.464;QD=8.96308;RBI=0.0163815;REFB=-0.006345;REVB=-0.00983818;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235896;STB=0.615198;STBP=0.397;TYPE=del;VARB=0.0131699;OID=.;OPOS=8659681;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:14:39:14:38:24:2:12:6:18:85:25:2:12:7:18 chr17 8701116 . G A 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0173528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.186;QD=19.3415;RBI=0.0254952;REFB=-0.0461197;REVB=-0.0186784;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255477;STB=0.664034;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0286511;OID=.;OPOS=8701116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:4:14:9:8:4:14:9:9 chr17 8701423 . A G 235.26 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0406945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.439;QD=25.4338;RBI=0.0412244;REFB=0.00644294;REVB=0.00658852;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105807;STB=0.55877;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00582951;OID=.;OPOS=8701423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:10:12:6:9:10:12:6:9 chr17 8701799 . G T 366.81 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0107316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.113;QD=24.4542;RBI=0.0444342;REFB=-0.0105603;REVB=0.0431188;RO=23;SAF=21;SAR=14;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177847;STB=0.597511;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0088485;OID=.;OPOS=8701799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:24:35:36:0.6:14:21:19:4:14:22:20:4 chr17 8725213 . CAGGA AGGGA,CAGGG,CAGGGA 386.84 PASS AF=0.0645161,0,0.935484;AO=2,4,25;DP=31;FAO=2,0,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,10;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487295,-0.19016,-0.0385036;FXX=0;HRUN=1,3,2;LEN=2,1,1;MLLD=48.374,5.12552,22.0142;QD=49.9151;RBI=0.0534952,0.190162,0.0426196;REFB=0,0,0;REVB=-0.0220721,0.00104605,-0.018273;RO=0;SAF=2,4,6;SAR=0,0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.0243987,0,0.00822203;OID=.,.,.;OPOS=8725213,8725217,8725215;OREF=CA,A,-;OALT=AG,G,G;OMAPALT=AGGGA,CAGGG,CAGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:31:31:0:0:2,4,25:2,0,29:0.0645161,0,0.935484:0,0,19:2,4,6:0:0:0,0,19:2,0,10:0:0 chr17 8792029 . A G 112.49 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0391625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.496;QD=18.7487;RBI=0.041581;REFB=0.0106983;REVB=-0.0139744;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159391;STB=0.574349;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0118467;OID=.;OPOS=8792029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:9:4:5:5:9:4:5:6 chr17 8792514 . G A 303.27 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000255996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1362;QD=25.8106;RBI=0.0428721;REFB=-0.00775199;REVB=0.0428714;RO=20;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172109;STB=0.595745;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00645787;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:8:19:10:10:8:19:10:10 chr17 9395231 . G A 665.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.898;QD=61.9512;RBI=0.0383785;REFB=0;REVB=-0.00337142;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80992e-05;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 9471711 . T G 167.49 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0839091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.929;QD=41.8723;RBI=0.0843713;REFB=-0.102363;REVB=-0.00881951;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000860294;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr17 9479098 . C A 705.56 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000101793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.597;QD=48.6596;RBI=0.0747849;REFB=-0.0549245;REVB=0.0747848;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254518;STB=0.529562;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000321112;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:58:1:4:53:54:0.931034:18:35:0:1:19:35:1:3 chr17 9515777 . G A 670.1 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6966;QD=62.3346;RBI=0.0563703;REFB=0;REVB=-0.0367216;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70397e-05;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:22:21:0:0 chr17 9549441 . C T 198.5 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0187073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.645;QD=36.0912;RBI=0.0196852;REFB=-0.0309388;REVB=-0.00612715;RO=4;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301148;STB=0.666464;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00389001;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:14:4:4:0:14:4:4:0 chr17 9586165 . C T 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0147831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.635;QD=31.4406;RBI=0.040529;REFB=-0.0229116;REVB=0.0377367;RO=13;SAF=21;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434117;STB=0.545421;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00994515;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:14:28:28:0.666667:7:21:9:4:7:21:9:5 chr17 9631301 . G A 32.14 PASS AF=0.056338;AO=4;DP=71;FAO=4;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=45;FWDB=-0.0207326;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7768;QD=1.81063;RBI=0.10173;REFB=0.00713436;REVB=0.0995945;RO=58;SAF=3;SAR=1;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508392;STB=0.866593;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.043666;OID=.;OPOS=9631301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:71:58:63:4:4:0.056338:1:3:13:45:1:3:18:45 chr17 9632247 . A G 1186.84 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.301;QD=60.8635;RBI=0.0358323;REFB=0;REVB=0.0172179;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146439;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:44:32:0:0:45:33:0:0 chr17 9676134 . G A 438.61 PASS AF=0.617647;AO=40;DP=66;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0238038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.22;QD=25.8007;RBI=0.0282495;REFB=-0.0152404;REVB=0.0152122;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128231;STB=0.567611;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00551114;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:26:26:40:42:0.617647:19:21:9:17:20:22:9:17 chr17 9676148 . C T 473.55 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0106611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.573;QD=27.4524;RBI=0.0161282;REFB=-0.0197203;REVB=-0.012102;RO=24;SAF=24;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136919;STB=0.566899;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0163391;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:24:25:44:44:0.637681:20:24:8:16:20:24:9:16 chr17 9712255 . G A 369.25 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=50;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.000627972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.021;QD=28.961;RBI=0.0178364;REFB=-0.022373;REVB=-0.0178253;RO=17;SAF=13;SAR=20;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661362;STB=0.53158;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0113583;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:17:17:33:34:0.666667:20:13:5:12:21:13:5:12 chr17 9725101 . G A 282.83 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0586303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.689;QD=29.0086;RBI=0.0607275;REFB=-0.029532;REVB=0.0158216;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394239;STB=0.521722;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0168835;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:7:7:11:14:7:7 chr17 9725338 . G A 648.06 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0203872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.129;QD=24.6881;RBI=0.0324353;REFB=-0.018589;REVB=0.0252272;RO=43;SAF=36;SAR=26;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156479;STB=0.585249;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00762004;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:62:62:0.590476:26:36:16:27:26:36:16:27 chr17 9725347 . A G 662.05 PASS AF=0.617021;AO=56;DP=92;FAO=58;FDP=94;FR=.;FRO=36;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0285977;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.004;QD=28.1725;RBI=0.0309609;REFB=-0.0151096;REVB=-0.0118638;RO=35;SAF=35;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142178;STB=0.579747;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0203548;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:35:36:56:58:0.617021:21:35:15:20:22:36:15:21 chr17 9745903 . A G 318.95 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0171068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3318;QD=13.4293;RBI=0.0173145;REFB=-0.00200629;REVB=-0.00267415;RO=59;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120057;STB=0.568384;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00455162;OID=.;OPOS=9745903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:18:18:23:36:18:18:23:36 chr17 9764531 . A G 159.24 PASS AF=0.275;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0331558;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.08;QD=7.96174;RBI=0.0343773;REFB=0.00277016;REVB=0.00908259;RO=58;SAF=15;SAR=7;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283899;STB=0.670715;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00787375;OID=.;OPOS=9764531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:58:58:22:22:0.275:7:15:26:32:7:15:26:32 chr17 9769199 . T C 128.75 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0238319;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0766;QD=8.30652;RBI=0.0914216;REFB=0.0127726;REVB=0.0882607;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1238;STB=0.574627;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0254248;OID=.;OPOS=9769199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:44:18:18:0.290323:12:6:19:25:12:6:19:25 chr17 9943064 . C T 409.81 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0137351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.268;QD=34.1511;RBI=0.0274726;REFB=-0.0269079;REVB=-0.0237926;RO=15;SAF=23;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125549;STB=0.557738;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0152009;OID=.;OPOS=9943064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:15:15:32:33:0.6875:9:23:8:7:10:23:8:7 chr17 9943073 . C T 423.21 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0274947;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4647;QD=31.9401;RBI=0.0507495;REFB=-0.0494174;REVB=-0.0426562;RO=15;SAF=26;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497786;STB=0.527013;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0288727;OID=.;OPOS=9943073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:15:15:38:38:0.716981:12:26:9:6:12:26:9:6 chr17 10206595 . T C 1025.49 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.005;QD=59.4485;RBI=0.0326436;REFB=0;REVB=-0.00931602;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24016e-05;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr17 10222149 . A G 1497.97 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282235;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.545;QD=63.0724;RBI=0.0283113;REFB=0;REVB=-0.00222745;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16994e-05;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:93:95:1:43:50:0:0:43:52:0:0 chr17 10223696 . TG CT,T,TT 733.96 PASS AF=0.0566038,0.0188679,0.924528;AO=3,6,44;DP=53;FAO=3,1,49;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,27;FSAR=0,1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160978,0.0312599,0.0333678;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=77.0456,217.502,231.31;QD=55.3933;RBI=0.0167031,0.031443,0.0337473;REFB=0,0,0;REVB=-0.00445605,-0.00338879,-0.00504667;RO=0;SAF=3,5,22;SAR=0,1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.00320225,0.0389239,0.00110987;OID=.,.,.;OPOS=10223696,10223697,10223697;OREF=TG,G,G;OALT=CT,-,T;OMAPALT=CT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:53:53:0:0:3,6,44:3,1,49:0.0566038,0.0188679,0.924528:0,1,22:3,5,22:0:0:0,1,22:3,0,27:0:0 chr17 10231417 . C T 232.03 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0240878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.172;QD=13.2589;RBI=0.0483011;REFB=-0.0292911;REVB=-0.0418661;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592813;STB=0.521457;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0377847;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:27:28:0.4:12:15:21:21:13:15:21:21 chr17 10236465 . G A 529.15 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00743562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.478;QD=30.6754;RBI=0.0089204;REFB=-0.00944556;REVB=-0.00492799;RO=22;SAF=22;SAR=25;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722019;STB=0.539108;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00259802;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:25:22:13:9:25:22:13:9 chr17 10243717 . G A 478.15 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0321899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9566;QD=30.8485;RBI=0.0486716;REFB=-0.0265185;REVB=-0.0365067;RO=19;SAF=29;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063185;STB=0.503423;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0120406;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:43:43:0.693548:14:29:13:6:14:29:13:6 chr17 10318635 . CA C,CG 1090.67 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=9,64;DP=74;FAO=8,68;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=8,37;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391389,0.0473352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.1289,114.758;QD=57.4035;RBI=0.0717687,0.0730294;REFB=0,0;REVB=0.0601572,0.0556118;RO=0;SAF=9,35;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0107172,0.00577873;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:9,64:74:8,68:76:0:8,37:0,31:0:0:23:0:9,35:0,29:0:0 chr17 10346781 . T C 1203.57 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0538189;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.908;QD=58.7109;RBI=0.054115;REFB=-0.0595718;REVB=0.00565336;RO=2;SAF=24;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378241;STB=0.519995;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00126635;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:56:24:2:0:56:24:2:0 chr17 10348354 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.206;QD=63.2866;RBI=0.0419299;REFB=0;REVB=0.0415276;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107652;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr17 10350385 . ATTTTC ATTC,ATTCTC,ATTTC,ATTTCT 778.82 PASS AF=0,0,0.909091,0.0909091;AO=29,5,17,4;DP=99;FAO=0,0,90,9;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,46,9;FSAR=0,0,44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.321691,-0.12119,-0.6631,-0.102022;FXX=0.009999;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,1,2;MLLD=10.9197,218.313,8.81105,224.96;QD=31.4675;RBI=0.605238,0.170187,1.22473,0.140553;REFB=0,0,0,0;REVB=0.512668,0.119485,1.02969,0.0966779;RO=39;SAF=29,5,16,4;SAR=0,0,1,0;SRF=0;SRR=39;SSEN=0.452899,0,0.452899,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.897196,0.88732,0.851902,0.886686;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.0641166,0,-0.0467486,0.14423;OID=.,.,.,.;OPOS=10350386,10350388,10350386,10350389;OREF=TT,T,T,TC;OALT=-,C,-,CT;OMAPALT=ATTC,ATTCTC,ATTTC,ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.909091,0.0909091:29,5,17,4:99:0,0,90,9:99:0:0,0,46,9:0,0,44,0:0:0:37:39:29,5,16,4:0,0,1,0:0:39 chr17 10355371 . C T 920.23 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0717155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3728;QD=55.7717;RBI=0.21688;REFB=-0.0914378;REVB=0.20468;RO=2;SAF=41;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224788;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0059339;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:2:1:63:65:0.984848:22:41:2:0:23:42:1:0 chr17 10355763 . T C 1358.5 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00153698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.35;QD=62.4598;RBI=0.0521738;REFB=0;REVB=0.0521512;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010742;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:42:45:0:0:42:45:0:0 chr17 10363410 . A G 2918.29 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354474;FXX=0.0160419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.795;QD=63.4411;RBI=0.0369173;REFB=0;REVB=0.0103136;RO=0;SAF=95;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74245e-05;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:182:184:0:0:182:184:1:87:95:0:0:87:97:0:0 chr17 10415840 . A G 469.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363309;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.95;QD=58.639;RBI=0.0389861;REFB=0;REVB=0.0141413;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254053;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 10427923 . T TA 631.32 PASS AF=1;AO=7;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134877;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=147.296;QD=44.3034;RBI=0.135825;REFB=0;REVB=0.0160228;RO=52;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00340579;OID=.;OPOS=10427924;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:59:57:57:0:23:34:0:0:4:52:6:1:19:33 chr17 10427924 . G A,C 753.96 PASS AF=0.877193,0.105263;AO=49,6;DP=57;FAO=50,6;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=17,6;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352348,0.00140564;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=186.846,109.791;QD=52.9092;RBI=0.0365579,0.00182618;REFB=-0.0246259,0.105321;REVB=0.00974616,0.00116582;RO=1;SAF=17,6;SAR=32,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0144816,0.782178;STB=0.50746,0.997093;STBP=0.619,0.066;TYPE=snp,snp;VARB=0.0013453,0.0826496;OID=.,.;OPOS=10427924,10427924;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:57:57:1:1:49,6:50,6:0.877193,0.105263:32,0:17,6:0:1:33,0:17,6:0:1 chr17 10448769 . A T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.719;QD=62.3133;RBI=0.0193398;REFB=0;REVB=-0.0133584;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80533e-05;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr17 10450816 . T C 2029.58 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.345;QD=61.5024;RBI=0.0132472;REFB=-0.0426716;REVB=0.0037924;RO=1;SAF=75;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629529;STB=0.503311;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=8.29837e-06;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:56:75:1:0:56:75:1:0 chr17 10536018 . G A 1152.69 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.927;QD=60.6677;RBI=0.0650836;REFB=0;REVB=0.0545906;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138537;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:33:38:0:0:34:42:0:0 chr17 10541515 . C T 795.38 PASS AF=0.884058;AO=60;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0377054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.798;QD=46.1091;RBI=0.0402958;REFB=-0.17106;REVB=0.0142147;RO=6;SAF=39;SAR=21;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348544;STB=0.519744;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0129151;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:69:69:6:8:60:61:0.884058:21:39:5:1:21:40:4:4 chr17 10542471 . T G 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.328;QD=59.8552;RBI=0.0317362;REFB=0;REVB=0.0198568;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166956;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr17 10542765 . A G 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00494739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.62;QD=55.0445;RBI=0.0177309;REFB=-0.0139907;REVB=0.0170267;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=6.52413e-05;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:28:27:0:1:28:27:0:1 chr17 10542886 . T C 876.28 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.76;QD=56.5341;RBI=0.0503391;REFB=-0.0033067;REVB=0.0430965;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232706;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:25:36:0:1:26:36:0:0 chr17 10543463 . T C 2204.54 PASS AF=0.986842;AO=145;DP=150;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0694116;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.812;QD=58.0143;RBI=0.0723059;REFB=-0.146496;REVB=0.0202524;RO=3;SAF=77;SAR=68;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181647;STB=0.500352;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00136725;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:152:3:2:145:150:0.986842:68:77:3:0:71:79:1:1 chr17 10544416 . G T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9329;QD=61.6836;RBI=0.047031;REFB=0;REVB=0.0420298;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170187;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr17 10614442 . A G 257.5 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0954704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6107;QD=22.8886;RBI=0.0964933;REFB=0.0147115;REVB=0.0140124;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.552636;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00961357;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:12:9:13:11:12:9 chr17 10617803 . G T 106.3 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0557266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6631;QD=15.7482;RBI=0.0698852;REFB=-0.0586107;REVB=-0.0421721;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945612;STB=0.526264;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0581449;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:27:27:13:14:10:10:0.37037:4:6:9:4:4:6:9:5 chr17 11511457 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0311925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=331.373;QD=22.144;RBI=0.0330821;REFB=-0.0280221;REVB=0.0110205;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605684;STB=0.533942;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0234838;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:3:10:12:5:3:10 chr17 11523082 . A G 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.582;QD=59.4177;RBI=0.0605703;REFB=-0.0788111;REVB=-0.0594388;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000392845;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chr17 11583089 . T C 1053.99 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.484;QD=56.9725;RBI=0.0484683;REFB=-0.0767617;REVB=0.0451742;RO=2;SAF=50;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116462;STB=0.50616;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00113736;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:22:50:1:1:22:50:1:1 chr17 11648332 . C T 828.73 PASS AF=0.938462;AO=59;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.107219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4529;QD=50.9988;RBI=0.109445;REFB=-0.121415;REVB=0.0219609;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428301;STB=0.539987;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00545412;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:64:65:2:4:59:61:0.938462:38:21:2:0:38:23:4:0 chr17 11651057 . A G 63.97 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0821066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.212;QD=9.47632;RBI=0.0822314;REFB=-0.0243234;REVB=0.00453052;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.573607;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0169301;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:10:8:5:4:10:8 chr17 11713596 . G A 157.91 PASS AF=0.282051;AO=23;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0385141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.314;QD=8.09792;RBI=0.0597572;REFB=-0.0114296;REVB=-0.0456902;RO=54;SAF=18;SAR=5;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266054;STB=0.642716;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.027568;OID=.;OPOS=11713596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:56:23:22:0.282051:5:18:32:22:5:17:34:22 chr17 11757556 . C G 268.95 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0267754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8763;QD=16.5505;RBI=0.0267781;REFB=0.00280797;REVB=-0.000378181;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258917;STB=0.631496;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00395794;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:35:30:30:0.461538:16:14:24:8:16:14:25:10 chr17 11786951 . T C 143.01 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0288452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.592;QD=10.7929;RBI=0.0346202;REFB=-0.00277578;REVB=0.0191446;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220179;STB=0.637531;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00367884;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:20:14:11:7:21:14 chr17 11787936 . A G 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00461451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.385;QD=4.70056;RBI=0.0237439;REFB=0.0022136;REVB=-0.0232912;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477754;STB=0.826583;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0150369;OID=.;OPOS=11787936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:14:15:1:6:14:15 chr17 11833287 . A G 576.21 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.973;QD=60.6534;RBI=0.0460825;REFB=0;REVB=-0.00326357;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122451;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr17 11833365 . G A 188.62 PASS AF=1;AO=10;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181484;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.086;QD=47.1541;RBI=0.181485;REFB=0;REVB=-0.000737092;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926403;OID=.;OPOS=11833365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:10:16:1:6:4:0:0:7:9:0:0 chr17 11835331 . G A 1584.12 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.147;QD=64.0048;RBI=0.0267189;REFB=0;REVB=-0.0181618;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16191e-06;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:44:55:0:0 chr17 12647729 . T C 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0182675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.433;QD=18.3008;RBI=0.0204324;REFB=-0.0293098;REVB=0.00915316;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.508227;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0208395;OID=.;OPOS=12647729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:13:10:9:11:13:10 chr17 12656111 . T C 203.2 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=57;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0138252;FXX=0.118624;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.132;QD=15.6304;RBI=0.0190713;REFB=0.00215944;REVB=0.0131369;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141866;STB=0.583264;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00359482;OID=.;OPOS=12656111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:52:23:28:22:24:0.461538:13:9:13:10:14:10:16:12 chr17 12820632 . A C 801.07 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.987;QD=57.2195;RBI=0.0732336;REFB=0;REVB=0.0215171;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165108;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:31:23:0:0:32:24:0:0 chr17 12894832 . A G 244.41 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0099592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2641;QD=30.5514;RBI=0.0114805;REFB=0.0196969;REVB=-0.00571114;RO=10;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171081;STB=0.509425;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.00598095;OID=.;OPOS=12894832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:4:18:8:2:4:18:8:2 chr17 13399616 . A T 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287723;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.924;QD=57.2353;RBI=0.056868;REFB=0;REVB=-0.0490523;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109201;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr17 14005439 . G A 114.83 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0199116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8012;QD=7.06616;RBI=0.0521886;REFB=0.00676836;REVB=0.0482408;RO=48;SAF=11;SAR=6;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815986;STB=0.54994;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0391594;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:6:11:28:20:6:11:28:20 chr17 14095309 . A G 525.45 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0492401;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.188;QD=25.948;RBI=0.0563058;REFB=-0.03744;REVB=-0.0273086;RO=33;SAF=27;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103164;STB=0.556391;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0179452;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:33:33:48:48:0.592593:21:27:14:19:21:27:14:19 chr17 14111176 . C A 208.04 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0226922;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.168;QD=17.7052;RBI=0.0261462;REFB=-0.0047159;REVB=-0.012988;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141864;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00388177;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:26:21:21:0.446809:14:7:11:12:14:7:14:12 chr17 14139891 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.874;QD=39.2068;RBI=0.0274382;REFB=0;REVB=0.00840227;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456558;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 14140080 . C T 271.89 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0461747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.523;QD=19.4209;RBI=0.0463533;REFB=-0.0326296;REVB=0.00406478;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192285;STB=0.607585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0191097;OID=.;OPOS=14140080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:14:13:20:9:14:13 chr17 14140103 . A G 850.6 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.616;QD=57.6681;RBI=0.0385948;REFB=0;REVB=0.0104418;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191635;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr17 14248423 . T C 431.07 PASS AF=1;AO=22;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820245;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.297;QD=57.4759;RBI=0.0947393;REFB=0;REVB=0.0474079;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0151344;OID=.;OPOS=14248423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:30:0:0:22:30:1:19:3:0:0:19:11:0:0 chr17 14249167 . C T 599.44 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.095;QD=58.4819;RBI=0.0495737;REFB=0.0101904;REVB=0.0280901;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-6.30099e-05;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:41:0:1:37:40:0.97561:8:29:0:0:9:31:1:0 chr17 15154966 . T A 441.19 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00601069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.693;QD=22.339;RBI=0.0121911;REFB=-0.0153764;REVB=0.0106064;RO=34;SAF=15;SAR=28;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792834;STB=0.559622;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0175115;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:36:43:43:0.544304:28:15:15:19:28:15:17:19 chr17 15207364 . T G 404.86 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0216907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.643;QD=32.3885;RBI=0.026299;REFB=-0.0288282;REVB=0.0148711;RO=17;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178339;STB=0.596959;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0135466;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:18:15:3:14:18:15:3:14 chr17 15217437 . C G 163.02 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0211412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4583;QD=19.7604;RBI=0.0220981;REFB=-0.0254818;REVB=0.00643218;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.543674;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0250632;OID=.;OPOS=15217437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:16:16:17:0.515152:6:10:8:7:6:11:9:7 chr17 15311975 . G A 202.71 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.855;QD=47.6975;RBI=0.0395113;REFB=0;REVB=0.0342262;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383373;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:2:14:0:0:2:15:0:0 chr17 15343524 . C CCTT 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611363;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=3;MLLD=210.05;QD=53.3339;RBI=0.0619624;REFB=0;REVB=0.0100843;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000347644;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:22:22:0:1:21:0:0:4:0:1:21:0:0 chr17 15492409 . T C 62.27 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.893;QD=35.5837;RBI=0.0300954;REFB=0;REVB=0.00521304;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461682;OID=.;OPOS=15492409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:4:3:0:0 chr17 15496727 . T G 261.01 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0629744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5019;QD=12.4292;RBI=0.066711;REFB=0.00128176;REVB=0.0220131;RO=51;SAF=13;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304989;STB=0.515046;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000763351;OID=.;OPOS=15496727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:53:31:31:0.369048:18:13:20:31:18:13:21:32 chr17 15496730 . A G 237.16 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0418185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1776;QD=11.4294;RBI=0.0419688;REFB=-0.00249951;REVB=-0.00354868;RO=53;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162098;STB=0.514733;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00749756;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:16:13:23:30:16:13:23:31 chr17 15498181 . A G 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0171733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.429;QD=2.83777;RBI=0.0358096;REFB=-0.00667636;REVB=-0.0314231;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346938;STB=0.749376;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.052967;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:6:2:28:24:6:2:28:24 chr17 15510888 . G A 396.24 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.0021864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.534;QD=11.4025;RBI=0.0115471;REFB=-0.0151021;REVB=-0.0113382;RO=91;SAF=26;SAR=22;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116008;STB=0.56654;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0247882;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:91:91:48:48:0.345324:22:26:40:51:22:26:40:51 chr17 15510988 . T C 307.44 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0333722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.062;QD=13.2234;RBI=0.0339675;REFB=0.00275808;REVB=-0.00633182;RO=57;SAF=20;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303544;STB=0.523351;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00549624;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:58:35:35:0.376344:15:20:31:26:15:20:31:27 chr17 15531942 . C A 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0140537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.731;QD=7.76085;RBI=0.0258388;REFB=-0.000278723;REVB=0.0216827;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00130926;OID=.;OPOS=15531942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr17 15554504 . G A 58.53 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0500278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6255;QD=4.87716;RBI=0.107649;REFB=0.000921991;REVB=0.0953186;RO=39;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335186;STB=0.719538;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00521651;OID=.;OPOS=15554504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:6:3:24:15:6:3:24:15 chr17 15690281 . C T 724.97 PASS AF=0.981132;AO=42;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5606;QD=54.7148;RBI=0.284713;REFB=-0.0834391;REVB=0.283306;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00568255;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:42:52:0.981132:16:26:1:0:25:27:1:0 chr17 15690294 . CCTT C 726.12 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00456785;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=175.343;QD=46.1031;RBI=0.0338407;REFB=-0.0202033;REVB=0.033531;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.385093;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=del;VARB=0.000550551;OID=.;OPOS=15690295;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984127:61:62:62:63:1:33:29:0:1:8:0:33:28:0:0 chr17 15690793 . T C 1843.44 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204878;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.618;QD=61.4478;RBI=0.0250771;REFB=0;REVB=0.0144606;RO=0;SAF=32;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24157e-06;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:118:120:1:86:32:0:0:87:33:0:0 chr17 15690928 . G C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000710951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.387;QD=64.1539;RBI=0.00466867;REFB=0;REVB=0.00461422;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94769e-06;OID=.;OPOS=15690928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr17 16068340 . C T 269.37 PASS AF=0.22449;AO=34;DP=187;FAO=44;FDP=196;FR=.;FRO=152;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=75;FSRR=77;FWDB=-0.00880392;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.034;QD=5.49726;RBI=0.0262407;REFB=-0.012787;REVB=-0.0247198;RO=148;SAF=25;SAR=9;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320157;STB=0.558113;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0496308;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:196:148:152:34:44:0.22449:9:25:73:75:19:25:75:77 chr17 16068343 . G A 336.44 PASS AF=0.246231;AO=49;DP=199;FAO=49;FDP=199;FR=.;FRO=150;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=-0.0259143;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2079;QD=6.76269;RBI=0.0483434;REFB=-0.02747;REVB=-0.040811;RO=149;SAF=30;SAR=19;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146386;STB=0.590514;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0532755;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:149:150:49:49:0.246231:19:30:74:75:19:30:74:76 chr17 16068362 . C T 377.34 PASS AF=0.2657;AO=55;DP=208;FAO=55;FDP=207;FR=.;FRO=152;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=79;FSRR=73;FWDB=-0.00603272;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.227;QD=7.29163;RBI=0.0217753;REFB=-0.0108971;REVB=-0.0209229;RO=152;SAF=31;SAR=24;SRF=79;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547642;STB=0.532483;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0274793;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:207:152:152:55:55:0.2657:24:31:79:73:24:31:79:73 chr17 16068377 . C G 396.0 PASS AF=0.261261;AO=58;DP=222;FAO=58;FDP=222;FR=.;FRO=164;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=88;FSRR=76;FWDB=0.00234957;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.073;QD=7.13511;RBI=0.00506035;REFB=0.00337707;REVB=0.00448182;RO=157;SAF=34;SAR=24;SRF=82;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799281;STB=0.537282;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00867367;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:157:164:58:58:0.261261:24:34:82:75:24:34:88:76 chr17 16068383 . G A 401.55 PASS AF=0.269058;AO=56;DP=219;FAO=60;FDP=223;FR=.;FRO=163;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=89;FSRR=74;FWDB=-0.00608843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.837;QD=7.20274;RBI=0.00621994;REFB=-0.00416857;REVB=-0.00127228;RO=163;SAF=34;SAR=22;SRF=89;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782407;STB=0.52779;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.011881;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:223:163:163:56:60:0.269058:22:34:89:74:25:35:89:74 chr17 16068396 . G A 519.21 PASS AF=0.312217;AO=69;DP=221;FAO=69;FDP=221;FR=.;FRO=152;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=91;FSRR=61;FWDB=-0.028089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.928;QD=9.39752;RBI=0.0357684;REFB=-0.00343252;REVB=0.0221446;RO=144;SAF=42;SAR=27;SRF=91;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288745;STB=0.507203;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0163088;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:144:152:69:69:0.312217:27:42:91:53:27:42:91:61 chr17 16068463 . C T 104.47 PASS AF=0.130435;AO=24;DP=184;FAO=24;FDP=184;FR=.;FRO=160;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=-0.0351242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.881;QD=2.27111;RBI=0.040661;REFB=-0.0054291;REVB=-0.0204844;RO=158;SAF=15;SAR=9;SRF=83;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127514;STB=0.588568;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0360278;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:158:160:24:24:0.130435:9:15:83:75:9:15:84:76 chr17 16322676 . T C 370.44 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.02371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3344;QD=14.8177;RBI=0.0248735;REFB=-0.0183393;REVB=-0.00751828;RO=60;SAF=28;SAR=12;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290626;STB=0.665204;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0367714;OID=.;OPOS=16322676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:12:28:26:34:12:28:26:34 chr17 16524929 . C A 753.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.483;QD=56.8515;RBI=0.0119882;REFB=0;REVB=0.00656168;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36499e-05;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:32:21:0:0 chr17 16527795 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.084;QD=35.5759;RBI=0.0257078;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231676;OID=.;OPOS=16527795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr17 16635980 . G A 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3625;QD=53.6559;RBI=0.0241763;REFB=0;REVB=0.0160374;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00442766;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:17:10:0:1:18:10:0:0 chr17 16735618 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.769;QD=59.4347;RBI=0.0626064;REFB=0;REVB=0.0550198;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400932;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 16746358 . G A 746.51 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.967;QD=63.5324;RBI=0.0355532;REFB=0;REVB=0.0237385;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07671e-05;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr17 16829158 . A AT 303.26 PASS AF=0.681818;AO=5;DP=46;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0561767;FXX=0.0434688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.901;QD=27.5688;RBI=0.058135;REFB=-0.0108994;REVB=-0.0149618;RO=40;SAF=0;SAR=5;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577351;STB=0.604872;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.0073808;OID=.;OPOS=16829159;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:5:46:30:44:14:14:16:2:12:99:40:0:5:16:24 chr17 16829159 . C T 322.09 PASS AF=0.630435;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00755135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.43;QD=28.008;RBI=0.0166041;REFB=-0.00872079;REVB=-0.0147876;RO=18;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294396;STB=0.646266;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00598207;OID=.;OPOS=16829159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:17:27:29:0.630435:13:14:2:16:14:15:2:15 chr17 16842912 . A G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.284;QD=59.3206;RBI=0.0566259;REFB=0;REVB=0.0542687;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169095;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:22:46:0:0:22:46:0:0 chr17 16855878 . C T 453.86 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.6361;QD=55.0131;RBI=0.138086;REFB=-0.0960933;REVB=0.0824152;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00532303;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:1:0 chr17 16892265 . G A 186.09 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0667389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8959;QD=10.484;RBI=0.0667448;REFB=0.0221731;REVB=0.000884094;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156208;STB=0.591321;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0436678;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:15:9:24:23:15:9:24:23 chr17 16892273 . A G 105.18 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0148629;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9931;QD=6.4727;RBI=0.0206927;REFB=-0.0168114;REVB=0.0143972;RO=49;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142534;STB=0.588124;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.04361;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:49:49:16:16:0.246154:10:6:24:25:10:6:24:25 chr17 17039561 . CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCC 349.26 PASS AF=1,0,0;AO=12,3,3;DP=27;FAO=26,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669999,0.0551595,0.0382339;FXX=0.103413;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,2;MLLD=111.005,95.1332,98.3175;QD=53.7325;RBI=0.115318,0.111578,0.0936382;REFB=0,0,0;REVB=0.0938575,0.0969898,0.0854768;RO=0;SAF=8,3,2;SAR=4,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.00136744,0,0;OID=.,.,.;OPOS=17039562,17039594,17039593;OREF=CAG,GC,AG;OALT=-,-,-;OMAPALT=CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA,CCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:12,3,3:27:26,0,0:26:0:16,0,0:10,0,0:0:0:3:0:8,3,2:4,0,1:0:0 chr17 17046024 . C A 671.76 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0676665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3044;QD=52.6873;RBI=0.0684292;REFB=-0.0150041;REVB=-0.0101877;RO=2;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104898;STB=0.505577;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0079405;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:18:31:1:1:18:31:1:1 chr17 17062241 . C G 4905.61 PASS AF=0.91129;AO=340;DP=373;FAO=339;FDP=372;FR=.;FRO=33;FSAF=170;FSAR=169;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00884765;FXX=0.00268089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.029;QD=52.7485;RBI=0.0223125;REFB=-0.138007;REVB=0.0204834;RO=22;SAF=171;SAR=169;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522639;STB=0.520032;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000961562;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:373:372:22:33:340:339:0.91129:169:171:21:1:169:170:24:9 chr17 17067617 . A AG 39.88 PASS AF=0.15942;AO=14;DP=72;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0391433;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=69.3054;QD=2.31196;RBI=0.0770465;REFB=-0.00727735;REVB=-0.0663624;RO=57;SAF=13;SAR=1;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.556165;STB=0.849581;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.120338;OID=.;OPOS=17067618;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15942:14:72:11:69:58:10:1:34:24:39:57:13:1:33:24 chr17 17069105 . G A 710.27 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.501;QD=54.6364;RBI=0.0296602;REFB=-0.130467;REVB=0.029089;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000951118;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:22:28:0:0:22:29:1:0 chr17 17168164 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.483;QD=64.4154;RBI=0.0598414;REFB=0;REVB=0.00831759;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43296e-05;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr17 17179481 . G A 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0706557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.957;QD=58.648;RBI=0.0713006;REFB=-0.00823986;REVB=0.00956819;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-6.216e-05;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:0:1:22:18:0:1 chr17 17250159 . C T 107.76 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00281753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.553;QD=6.9521;RBI=0.0171058;REFB=-0.0136877;REVB=0.0168722;RO=45;SAF=12;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233763;STB=0.654339;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0283122;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:46:16:16:0.258065:4:12:26:19:4:12:26:20 chr17 17326363 . G A 312.5 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0372621;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.377;QD=25.5099;RBI=0.0511011;REFB=-0.0115098;REVB=0.0349694;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31972;STB=0.549966;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00214638;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:50:49:4:14:7:28:0.571429:6:1:2:2:7:21:12:2 chr17 17326604 . CA TG 546.42 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=71;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0145899;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=168.778;QD=31.224;RBI=0.0145924;REFB=-0.0172591;REVB=-0.000270825;RO=22;SAF=32;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196347;STB=0.510634;STBP=0.844;TYPE=mnp;VARB=0.00743324;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:22:22:48:48:0.685714:16:32:14:8:16:32:14:8 chr17 17397982 . T C 1769.12 PASS AF=0.930769;AO=121;DP=134;FAO=121;FDP=130;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.109503;FXX=0.0298485;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.4521;QD=54.4346;RBI=0.109506;REFB=-0.00429049;REVB=0.000798806;RO=7;SAF=78;SAR=43;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712961;STB=0.53133;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00016699;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:134:130:7:9:121:121:0.930769:43:78:0:7:43:78:2:7 chr17 17682484 . G A 693.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161528;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.097;QD=63.0119;RBI=0.0211817;REFB=0;REVB=0.0137022;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429955;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr17 17696531 . G C 645.29 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0484363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.41;QD=50.6113;RBI=0.0679916;REFB=0.0362137;REVB=0.0477157;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053171;STB=0.52829;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00185716;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:23:25:3:0:23:25:3:0 chr17 17696755 . C A 1265.65 PASS AF=0.965517;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.050315;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.277;QD=58.1908;RBI=0.0631434;REFB=-0.0690241;REVB=-0.0381509;RO=3;SAF=41;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101089;STB=0.50534;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000485612;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:84:84:0.965517:43:41:1:2:43:41:1:2 chr17 17697099 . G A 418.17 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.217529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.298;QD=55.7562;RBI=0.287879;REFB=0;REVB=0.188562;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181148;OID=.;OPOS=17697099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:3:30:1:0:3:0:0:15:15:0:0 chr17 17715101 . G A 954.81 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.986;QD=58.7576;RBI=0.0261797;REFB=0;REVB=0.0221541;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48098e-05;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr17 17896089 . TC T,TT 648.5 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=41,7;DP=52;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=46,3;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126999,0.136666;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.7801,7.28157;QD=48.9434;RBI=0.137743,0.478747;REFB=0,0;REVB=-0.0533309,-0.458825;RO=0;SAF=41,3;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00344958,-0.21266;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.943396,0.0566038:41,7:52:50,3:53:0:46,3:4,0:0:0:12:0:41,3:0,4:0:0 chr17 17896205 . C T 1077.14 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.914;QD=59.0215;RBI=0.0647708;REFB=0;REVB=0.0363681;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043234;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:46:26:0:0:46:27:0:0 chr17 17997146 . C G 178.98 PASS AF=0.353846;AO=20;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.236598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8212;QD=11.0139;RBI=0.236625;REFB=0.0383895;REVB=0.00359488;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115994;STB=0.713208;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0632033;OID=.;OPOS=17997146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:42:20:23:0.353846:12:8:12:11:14:9:31:11 chr17 18003671 . T G 775.46 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.784;QD=53.48;RBI=0.0469879;REFB=-0.0461978;REVB=0.0380825;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.517235;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000583933;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:28:28:2:0:28:28:2:0 chr17 18023897 . G A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0100522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5164;QD=16.1952;RBI=0.0290921;REFB=-0.00382039;REVB=0.0273002;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00432393;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr17 18025527 . A G 281.98 PASS AF=0.299213;AO=38;DP=127;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=28;FWDB=0.0139772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.216;QD=8.8813;RBI=0.0151874;REFB=-0.013206;REVB=-0.00594093;RO=89;SAF=26;SAR=12;SRF=61;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163596;STB=0.500959;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0251777;OID=.;OPOS=18025527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:89:89:38:38:0.299213:12:26:61:28:12:26:61:28 chr17 18027845 . G A 284.22 PASS AF=0.586957;AO=25;DP=44;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0104243;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.2198;QD=24.7149;RBI=0.0346523;REFB=-0.034376;REVB=0.0330472;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928746;STB=0.528032;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0137999;OID=.;OPOS=18027845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:19:19:25:27:0.586957:9:16:10:9:11:16:10:9 chr17 18041507 . C T 1116.7 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.681;QD=60.3619;RBI=0.0184969;REFB=0;REVB=-0.0184059;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.66532e-05;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:29:45:0:0 chr17 18046898 . T C 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4044;QD=53.2662;RBI=0.0211944;REFB=0;REVB=0.00420923;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388369;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr17 18047189 . G A 779.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.033;QD=55.685;RBI=0.0532552;REFB=0;REVB=0.0492095;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544765;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:34:21:0:0:34:22:0:0 chr17 18052867 . T C 1047.1 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0645701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6208;QD=58.1719;RBI=0.0909683;REFB=0.0638748;REVB=0.0640775;RO=0;SAF=62;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.00106432;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:9:62:0:0:9:62:1:0 chr17 18077175 . T C 1820.38 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.516;QD=61.1894;RBI=0.0061608;REFB=0;REVB=0.0013649;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92843e-06;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:64:54:0:0:65:54:0:0 chr17 18087299 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.889;QD=51.9167;RBI=0.035097;REFB=0;REVB=0.0274456;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236469;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr17 18137141 . A G 578.92 PASS AF=0.346734;AO=69;DP=198;FAO=69;FDP=199;FR=.;FRO=130;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=0.00876406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.618;QD=11.6365;RBI=0.0103023;REFB=-0.0212826;REVB=0.00541558;RO=129;SAF=37;SAR=32;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251836;STB=0.516655;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0317095;OID=.;OPOS=18137141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:129:130:69:69:0.346734:32:37:72:57:32:37:73:57 chr17 18148485 . G A 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0230772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.024;QD=22.719;RBI=0.0232222;REFB=-0.0292983;REVB=-0.0025904;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.571322;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0308078;OID=.;OPOS=18148485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:5:4:4:10:5:4 chr17 18167397 . G T 77.91 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0281894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2542;QD=14.1648;RBI=0.0833688;REFB=-0.00785639;REVB=0.0784584;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.011436;OID=.;OPOS=18167397;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr17 18167505 . T C 823.43 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4065;QD=55.8261;RBI=0.170538;REFB=0;REVB=0.170526;RO=0;SAF=48;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299419;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:56:59:1:8:48:0:0:11:48:0:0 chr17 18167684 . G A 245.98 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.00720275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.57;QD=11.1811;RBI=0.0106922;REFB=-0.0200957;REVB=-0.00790214;RO=58;SAF=14;SAR=16;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115837;STB=0.567075;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.040799;OID=.;OPOS=18167684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:16:14:33:25:16:14:33:25 chr17 18219835 . T C 127.99 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00251253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6683;QD=20.4781;RBI=0.0472521;REFB=-0.0360868;REVB=-0.0471852;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231617;STB=0.632885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.019058;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:3:11:6:5:3:11:6:5 chr17 18220770 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7539;QD=53.9112;RBI=0.0711348;REFB=0;REVB=-0.0538531;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016878;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr17 18221010 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0115187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0669;QD=14.6517;RBI=0.0495357;REFB=-0.0196841;REVB=0.0481778;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0211961;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr17 18230379 . AT AC,AG 950.99 PASS AF=0.362319,0.507246;AO=25,35;DP=70;FAO=25,35;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13,16;FSAR=12,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270135,-0.0121334;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.1769,85.1627;QD=55.1301;RBI=0.0479426,0.0401673;REFB=0,0;REVB=0.0396076,0.0382909;RO=0;SAF=13,16;SAR=12,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00385746,0.00615407;OID=.,.;OPOS=18230380,18230380;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=AC,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.362319,0.507246:25,35:70:25,35:69:0:13,16:12,19:0:0:99:0:13,16:12,19:0:0 chr17 18230383 . T G 40.13 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00119532;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.2488;QD=2.32627;RBI=0.0508166;REFB=-0.0304354;REVB=0.0508026;RO=59;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371529;STB=0.761781;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.20107;OID=.;OPOS=18230383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:68:69:59:60:9:9:0.130435:2:7:28:31:2:7:29:31 chr17 18236339 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.018478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.745;QD=19.8491;RBI=0.0208517;REFB=-0.0188893;REVB=0.00966202;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182392;STB=0.604248;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0117166;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:7:6:4:11:7:6 chr17 18256979 . C T 186.15 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0237569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1084;QD=12.4099;RBI=0.106956;REFB=0.00161745;REVB=0.104284;RO=37;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037694;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.000273139;OID=.;OPOS=18256979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:12:11:19:18:12:11:19:18 chr17 18284262 . G A 51.52 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=8;FWDB=-0.0268899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.569;QD=3.5531;RBI=0.0286662;REFB=-0.0119341;REVB=0.00993406;RO=49;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499498;STB=0.811819;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0270554;OID=.;OPOS=18284262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:5:4:41:8:5:4:41:8 chr17 18291544 . A G 225.62 PASS AF=0.257812;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=128;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=-0.0179889;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.516;QD=7.05069;RBI=0.0408715;REFB=-0.0130786;REVB=-0.0366999;RO=93;SAF=18;SAR=15;SRF=38;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167527;STB=0.591495;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0507759;OID=.;OPOS=18291544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:93:95:33:33:0.257812:15:18:38:55:15:18:40:55 chr17 18291559 . T C 234.67 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.00287579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.319;QD=7.22058;RBI=0.0068828;REFB=-0.0476133;REVB=-0.00625322;RO=95;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158737;STB=0.590245;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0667809;OID=.;OPOS=18291559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:95:96:34:34:0.261538:16:18:38:57:16:18:39:57 chr17 18333915 . C T 37.85 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0243407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.455;QD=10.0936;RBI=0.0328877;REFB=-0.0270794;REVB=-0.0221163;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0414772;OID=.;OPOS=18333915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:9:9:5:6:0.4:3:2:3:6:4:2:3:6 chr17 18380154 . A G 1053.79 PASS AF=0.497674;AO=107;DP=214;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=-0.0118656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.243;QD=19.6055;RBI=0.0123355;REFB=-0.0224366;REVB=-0.00337199;RO=107;SAF=67;SAR=40;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911083;STB=0.501858;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0212228;OID=.;OPOS=18380154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:107:108:107:107:0.497674:40:67:68:39:40:67:68:40 chr17 18528623 . A G 1611.63 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0290953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9029;QD=58.0767;RBI=0.0415518;REFB=-0.057892;REVB=-0.0296651;RO=1;SAF=55;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085524;STB=0.508927;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00297429;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:111:1:2:108:109:0.981982:53:55:1:0:54:55:2:0 chr17 18542519 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8003;QD=53.2771;RBI=0.0464448;REFB=0;REVB=-0.0291165;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000966972;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 18565350 . G C 707.6 PASS AF=0.48366;AO=71;DP=154;FAO=74;FDP=153;FR=.;FRO=79;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=26;FWDB=0.00248001;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.336;QD=18.4994;RBI=0.022156;REFB=-0.014937;REVB=-0.0220168;RO=79;SAF=47;SAR=24;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950755;STB=0.502815;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0223048;OID=.;OPOS=18565350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:79:79:71:74:0.48366:24:47:53:26:24:50:53:26 chr17 18565423 . G A 669.66 PASS AF=0.489051;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=0.00375782;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.281;QD=19.5522;RBI=0.00383269;REFB=-0.00579254;REVB=0.000753894;RO=68;SAF=36;SAR=30;SRF=48;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151485;STB=0.577547;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00667064;OID=.;OPOS=18565423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:68:70:66:67:0.489051:30:36:48:20:30:37:49:21 chr17 18610134 . T G 429.64 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0261484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7654;QD=16.6852;RBI=0.0293308;REFB=-0.0123636;REVB=0.0132877;RO=56;SAF=28;SAR=19;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773377;STB=0.543212;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0153766;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:19:28:29:27:19:28:29:27 chr17 18653145 . C G 36.99 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0185923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.082;QD=2.08399;RBI=0.0260058;REFB=-0.00304385;REVB=-0.0181832;RO=63;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448107;STB=0.820962;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0133474;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:63:63:8:8:0.112676:6:2:41:22:6:2:41:22 chr17 18684642 . G T 105.56 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0212002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5246;QD=11.4122;RBI=0.0240816;REFB=-0.026577;REVB=0.0114227;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138413;STB=0.605213;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0729372;OID=.;OPOS=18684642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:24:13:13:0.351351:4:9:12:9:4:9:13:11 chr17 18694277 . G A 772.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.303;QD=61.815;RBI=0.0373255;REFB=-0.123084;REVB=0.00997896;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0006673;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chr17 18702220 . T C 2088.0 PASS AF=0.973333;AO=136;DP=145;FAO=146;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0353737;FXX=0.013157;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.8493;QD=55.6801;RBI=0.058967;REFB=-0.109774;REVB=0.0471785;RO=9;SAF=56;SAR=80;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174128;STB=0.504939;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0119929;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:150:9:4:136:146:0.973333:80:56:5:4:83:63:1:3 chr17 18709578 . A G 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0520608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=15.2499;RBI=0.0529087;REFB=0.0129593;REVB=-0.00943433;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.0155813;OID=.;OPOS=18709578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr17 18775900 . A G 296.44 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00832606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7553;QD=13.1751;RBI=0.0191342;REFB=-0.00799171;REVB=0.0172277;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448904;STB=0.525677;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0100045;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:15:19:29:27:15:19:29:27 chr17 18855611 . T C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0153463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.11;QD=15.2625;RBI=0.0169276;REFB=-0.00741538;REVB=-0.00714377;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275052;STB=0.701422;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00465219;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:16:10:13:0.448276:3:7:6:8:3:10:7:9 chr17 18874685 . C CGGT,T 363.2 PASS AF=0.421053,0.0921053;AO=31,7;DP=76;FAO=32,7;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=26,6;FSAR=6,1;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00877993,0.00438197;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=259.073,91.6511;QD=19.1155;RBI=0.0274819,0.0068668;REFB=0.000976655,0.00110901;REVB=-0.0260417,-0.0052869;RO=36;SAF=25,6;SAR=6,1;SRF=23;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.215484,0.333569;STB=0.638724,0.755452;STBP=0.077,0.231;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00272235,0.013497;OID=.,.;OPOS=18874686,18874685;OREF=-,C;OALT=GGT,T;OMAPALT=CGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:31,7:32,7:0.421053,0.0921053:6,1:25,6:23:13:6,1:26,6:23:14 chr17 18874720 . C G 543.31 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0176455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9284;QD=22.6377;RBI=0.0418207;REFB=0.00654402;REVB=0.0379158;RO=45;SAF=41;SAR=10;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230172;STB=0.627953;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00453037;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:10:41:27:18:10:41:27:18 chr17 18881479 . T TG 40.44 PASS AF=0.416667;AO=11;DP=29;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.138023;FXX=0.11107;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.8804;QD=6.73977;RBI=0.140787;REFB=-0.159938;REVB=-0.0277596;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278876;STB=0.666296;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=0.110655;OID=.;OPOS=18881480;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:11:29:10:24:14:8:2:8:6:40:18:9:2:11:7 chr17 18907029 . A G 207.68 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=88;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00267758;FXX=0.0568117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.663;QD=10.0088;RBI=0.0656729;REFB=-0.0144485;REVB=-0.0656183;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185418;STB=0.615299;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0191177;OID=.;OPOS=18907029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:83:58:57:26:26:0.313253:12:14:22:36:12:14:21:36 chr17 18918396 . G C 167.28 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0222666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7952;QD=11.7388;RBI=0.0958229;REFB=0.00437754;REVB=0.0931999;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247722;STB=0.64343;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00535661;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:8:13:14:22:8:13:14:22 chr17 18923180 . C T 701.56 PASS AF=0.436782;AO=76;DP=174;FAO=76;FDP=174;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0153628;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.232;QD=16.1279;RBI=0.0278;REFB=-0.0278911;REVB=-0.0231695;RO=98;SAF=46;SAR=30;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248252;STB=0.513842;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.040159;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:98:98:76:76:0.436782:30:46:57:41:30:46:57:41 chr17 19216917 . T C 160.83 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9466;QD=45.9499;RBI=0.102959;REFB=0;REVB=-0.0518713;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219502;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:9:2:0:0:9:5:0:0 chr17 19232078 . T C 1577.91 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105489;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8601;QD=58.9875;RBI=0.0425291;REFB=-0.0190966;REVB=-0.0412001;RO=1;SAF=62;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759391;STB=0.503999;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-2.01828e-05;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:107:1:1:106:106:0.990654:44:62:1:0:44:62:1:0 chr17 19238179 . G A 496.37 PASS AF=0.439024;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.0265757;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.271;QD=16.142;RBI=0.0265858;REFB=-0.00491079;REVB=-0.000731496;RO=68;SAF=29;SAR=25;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223494;STB=0.508615;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0057393;OID=.;OPOS=19238179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:69:54:54:0.439024:25:29:35:33:25:29:36:33 chr17 19240997 . C A 225.22 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0150616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.675;QD=16.087;RBI=0.0683643;REFB=-0.0197403;REVB=-0.0666845;RO=30;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253164;STB=0.648537;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0148111;OID=.;OPOS=19240997;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:25:26:0.464286:10:15:10:20:10:16:10:20 chr17 19246919 . G T 188.32 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00979743;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.703;QD=14.2127;RBI=0.0117635;REFB=-0.0199185;REVB=0.00651083;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112948;STB=0.564911;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=19246919;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:13:18:15:7:13:18 chr17 19265992 . C T 715.48 PASS AF=0.552;AO=69;DP=125;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=0.0188618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.692;QD=22.8953;RBI=0.0191941;REFB=-0.00351517;REVB=0.0035565;RO=56;SAF=35;SAR=34;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181499;STB=0.598955;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00390405;OID=.;OPOS=19265992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:56:56:69:69:0.552:34:35:16:40:34:35:16:40 chr17 19284071 . G C 1120.65 PASS AF=0.469136;AO=114;DP=243;FAO=114;FDP=243;FR=.;FRO=129;FSAF=80;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=64;FWDB=-0.00951315;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2855;QD=18.4469;RBI=0.026681;REFB=0.0118669;REVB=-0.0249274;RO=128;SAF=80;SAR=34;SRF=65;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201223;STB=0.613918;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0129935;OID=.;OPOS=19284071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:128:129:114:114:0.469136:34:80:65:63:34:80:65:64 chr17 19284650 . C T 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00691389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4879;QD=22.3964;RBI=0.0208838;REFB=-0.00390979;REVB=-0.0197062;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249641;STB=0.639235;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00438242;OID=.;OPOS=19284650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:7:16:10:15:7:16 chr17 19286463 . C T 194.54 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0192235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.027;QD=12.352;RBI=0.0225359;REFB=-0.0290861;REVB=0.0117611;RO=33;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270131;STB=0.530096;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.048512;OID=.;OPOS=19286463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:39:24:24:0.380952:11:13:17:16:11:13:23:16 chr17 19290440 . T C,TC 322.04 PASS AF=0,0.532895;AO=9,44;DP=222;FAO=0,81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=0,26;FSAR=0,55;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.164038,-0.0511751;FXX=0.321414;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=14.4344,10.6444;QD=8.47476;RBI=0.196739,0.151261;REFB=-0.0475841,-0.120911;REVB=-0.108617,-0.142341;RO=157;SAF=8,31;SAR=1,13;SRF=64;SRR=93;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451547,0.371657;STB=0.5,0.505987;STBP=1,0.89;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0641584;OID=.,.;OPOS=19290440,19290441;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:222:152:157:71:9,44:0,81:0,0.532895:1,13:8,31:64:93:0,55:0,26:22:49 chr17 19290446 . G C 1329.87 PASS AF=0.561404;AO=107;DP=213;FAO=128;FDP=228;FR=.;FRO=100;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0054997;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.74;QD=23.3311;RBI=0.0437094;REFB=-0.0260778;REVB=-0.0433621;RO=98;SAF=53;SAR=54;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129923;STB=0.505347;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.020634;OID=.;OPOS=19290446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:228:98:100:107:128:0.561404:54:53:50:48:63:65:52:48 chr17 19319015 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000471516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.097;QD=21.3532;RBI=0.0110847;REFB=-0.0370489;REVB=0.0110747;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0418774;OID=.;OPOS=19319015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:3:6:5:8:3:6 chr17 19355688 . A C 32.93 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=12;FWDB=-0.0332657;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.575;QD=1.99582;RBI=0.037811;REFB=-0.00660916;REVB=-0.0179741;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=41;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460446;STB=0.805853;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0269576;OID=.;OPOS=19355688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:51:59:7:7:0.106061:4:3:41:10:4:3:47:12 chr17 19459097 . TCCCCCCCA TCCCCCCA,TCCCCCCAC 42.89 PASS AF=0.212766,0.148936;AO=7,4;DP=47;FAO=10,7;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6,7;FSAR=4,0;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.14739,0.0231081;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.87991,17.7597;QD=3.64996;RBI=0.238691,0.111844;REFB=-0.0845579,-0.0704211;REVB=0.187749,0.109431;RO=23;SAF=3,4;SAR=4,0;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.309669,0.574265;STB=0.553089,0.997919;STBP=0.753,0.028;TYPE=del,mnp;VARB=0.0675302,0.11156;OID=.,.;OPOS=19459098,19459104;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCCCCCA,TCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212766,0.148936:7,4:47:10,7:47:30:6,7:4,0:20:10:24:23:3,4:4,0:16:7 chr17 19460972 . G A 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0160763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.289;QD=20.9185;RBI=0.0191605;REFB=-0.00496432;REVB=-0.0104249;RO=26;SAF=24;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201637;STB=0.612687;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00487313;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:7:24:15:11:7:24:15:11 chr17 19578873 . A T 1500.96 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201918;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.397;QD=63.8706;RBI=0.020662;REFB=0;REVB=-0.0043827;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488388;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr17 19595585 . C T 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0240744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1482;QD=12.9715;RBI=0.0379742;REFB=-0.0136847;REVB=-0.0293677;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113436;STB=0.566558;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0284284;OID=.;OPOS=19595585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:7:11:6:6:7:11 chr17 19608773 . G A 653.91 PASS AF=0.485294;AO=66;DP=136;FAO=66;FDP=136;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0371298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.315;QD=19.2325;RBI=0.0400283;REFB=-0.0340396;REVB=0.0149546;RO=70;SAF=35;SAR=31;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415346;STB=0.522964;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0404133;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:70:70:66:66:0.485294:31:35:34:36:31:35:34:36 chr17 19617236 . G T 441.93 PASS AF=0.575342;AO=43;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000541209;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.945;QD=24.2155;RBI=0.0120503;REFB=-0.0375087;REVB=0.0120381;RO=29;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987869;STB=0.575243;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0289331;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:31:43:42:0.575342:25:18:16:13:25:17:18:13 chr17 19642952 . G C 389.1 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00817393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.444;QD=18.7517;RBI=0.0167353;REFB=-0.00648324;REVB=-0.0146033;RO=41;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17464;STB=0.579142;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00727415;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:43:40:40:0.481928:17:23:31:10:17:23:31:12 chr17 19644472 . A T 327.98 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.0129714;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.888;QD=15.0794;RBI=0.0133319;REFB=-0.00344295;REVB=-0.00307942;RO=50;SAF=25;SAR=11;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173472;STB=0.518892;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00545633;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:50:51:36:36:0.413793:11:25:34:16:11:25:34:17 chr17 19645938 . A C 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.385;QD=61.2113;RBI=0.0244898;REFB=0;REVB=0.0169656;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89058e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr17 19678475 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.875;QD=55.0986;RBI=0.0102455;REFB=0;REVB=-0.0063163;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79663e-06;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 19713740 . C T 1790.96 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0616896;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7269;QD=59.6986;RBI=0.0677156;REFB=-0.117268;REVB=-0.0279249;RO=1;SAF=68;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693364;STB=0.503546;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00124054;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:117:119:0.991667:49:68:1:0:49:70:1:0 chr17 19729495 . T C 1175.31 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243138;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.538;QD=61.0553;RBI=0.0788044;REFB=0;REVB=0.0749598;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305601;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr17 20107773 . T C 1107.02 PASS AF=0.939024;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0304019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6036;QD=54.001;RBI=0.0396159;REFB=-0.0263736;REVB=-0.0253997;RO=5;SAF=46;SAR=30;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238876;STB=0.512902;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00412006;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:82:5:5:76:77:0.939024:30:46:4:1:31:46:4:1 chr17 20108239 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.122;QD=56.7066;RBI=0.024281;REFB=0;REVB=0.0242155;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09023e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr17 20109189 . C T 1264.18 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5232;QD=61.6673;RBI=0.025081;REFB=0;REVB=0.0219927;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83617e-05;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:42:39:0:0:42:40:0:0 chr17 20160838 . A AC 35.91 PASS AF=0.117188;AO=15;DP=128;FAO=15;FDP=128;FR=.;FRO=113;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=44;FWDB=-0.0112726;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.866;QD=1.12215;RBI=0.0564471;REFB=-0.00171319;REVB=-0.0553101;RO=110;SAF=5;SAR=10;SRF=67;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329317;STB=0.732386;STBP=0.072;TYPE=ins;VARB=0.110788;OID=.;OPOS=20160839;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.117188:15:128:15:128:113:5:10:69:44:35:110:5:10:67:43 chr17 20163529 . A G 801.45 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.27966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.46;QD=57.2462;RBI=0.279909;REFB=0;REVB=0.0118054;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107322;OID=.;OPOS=20163529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:41:56:1:30:11:0:0:30:26:0:0 chr17 20244264 . G C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.717;QD=39.318;RBI=0.0544675;REFB=0.016803;REVB=0.0433748;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000210499;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:0:1:5:8:0:1 chr17 20268754 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.463;QD=33.4275;RBI=0.0609164;REFB=0;REVB=-0.00268056;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259181;OID=.;OPOS=20268754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 20769896 . G T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0165982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=6.48207;RBI=0.0233108;REFB=-0.00895345;REVB=-0.0163674;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128438;STB=0.581237;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0260635;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:20:13:5:5:20:13 chr17 20769899 . G T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0019616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.509;QD=6.66132;RBI=0.00303092;REFB=0.00406215;REVB=-0.00231054;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112965;STB=0.571289;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.0211843;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:5:5:19:13:5:5:19:13 chr17 20769904 . G A 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00828213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0134;QD=7.67851;RBI=0.0413227;REFB=0.00843894;REVB=-0.0404843;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816562;STB=0.55057;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0188442;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:5:6:19:12:5:6:19:12 chr17 20769954 . T G 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.038125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.533;QD=9.21736;RBI=0.0440971;REFB=-0.0210108;REVB=-0.0221595;RO=36;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161559;STB=0.584803;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0410284;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:8:8:23:13:8:8:23:14 chr17 20769964 . C A 116.86 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0927761;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5365;QD=9.16541;RBI=0.0939137;REFB=0.000726522;REVB=-0.0145734;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072919;STB=0.555483;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00132543;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:37:36:15:15:0.294118:7:8:22:15:7:8:22:14 chr17 20769968 . G A 132.36 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0329029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0925;QD=9.98917;RBI=0.0388246;REFB=-0.00869643;REVB=-0.0206094;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821862;STB=0.53687;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0174431;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:36:16:17:0.320755:8:8:20:15:8:9:21:15 chr17 20769995 . C T 127.15 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.10499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4233;QD=11.559;RBI=0.126144;REFB=-0.0316131;REVB=0.0699241;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561997;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0669135;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:15:14:8:7:15:14 chr17 20770002 . CC AG 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00611069;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=242.517;QD=11.0159;RBI=0.012551;REFB=-0.017828;REVB=0.010963;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.523776;STBP=0.84;TYPE=mnp;VARB=0.036604;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:15:13:7:7:15:13 chr17 20799329 . G A 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1926;QD=13.1991;RBI=0.0168324;REFB=-0.0172198;REVB=-0.0168324;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0035198;OID=.;OPOS=20799329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr17 20903068 . C A 232.05 PASS AF=0.322222;AO=27;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.00590802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.024;QD=10.3135;RBI=0.00960865;REFB=-0.0220132;REVB=0.00757769;RO=58;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158339;STB=0.519986;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0200399;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:61:27:29:0.322222:12:15:33:25:12:17:34:27 chr17 20903080 . C A 246.02 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0172681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.21;QD=11.1825;RBI=0.0173616;REFB=-0.0293822;REVB=0.0017993;RO=56;SAF=18;SAR=12;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536842;STB=0.544156;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0309561;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:56:58:30:30:0.340909:12:18:31:25:12:18:31:27 chr17 20924523 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0189776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.647;QD=16.4079;RBI=0.0515512;REFB=-0.0248311;REVB=-0.047931;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138841;STB=0.59146;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0333966;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:7:14:15:13:7:14:15:14 chr17 21117589 . C A 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.116937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5008;QD=22.9816;RBI=0.118851;REFB=0.000155774;REVB=0.0212464;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00174763;OID=.;OPOS=21117589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:11:11:12:13:11:11 chr17 21132915 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.336;QD=47.8223;RBI=0.0484967;REFB=0;REVB=-0.0289723;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001258;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr17 21144074 . G A 1404.74 PASS AF=0.960784;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0123967;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.851;QD=55.0877;RBI=0.0184574;REFB=-0.13527;REVB=0.0136747;RO=4;SAF=55;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234021;STB=0.512351;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00113089;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:102:4:4:98:98:0.960784:43:55:1:3:43:55:1:3 chr17 21144155 . C G 801.01 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.209;QD=57.2147;RBI=0.0145694;REFB=0;REVB=0.0130663;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82794e-05;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr17 21144352 . G A 703.13 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124581;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.925;QD=55.1476;RBI=0.0388238;REFB=0;REVB=0.0367706;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208065;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:17:31:0:0:20:31:0:0 chr17 21194769 . C T 304.42 PASS AF=0.360825;AO=34;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.017744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8886;QD=12.5532;RBI=0.0205959;REFB=-0.0115717;REVB=-0.0104566;RO=62;SAF=24;SAR=10;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326142;STB=0.672129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0189112;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:62:62:34:35:0.360825:10:24:26:36:11:24:26:36 chr17 21194771 . A T 304.09 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0111699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4225;QD=12.5399;RBI=0.0165297;REFB=-0.0266201;REVB=-0.0121847;RO=62;SAF=24;SAR=11;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299335;STB=0.672129;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0228494;OID=.;OPOS=21194771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:11:24:26:36:11:24:26:36 chr17 21194785 . T C 306.53 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0111637;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.936;QD=12.1397;RBI=0.0136877;REFB=0.00264847;REVB=-0.00791996;RO=64;SAF=24;SAR=13;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219102;STB=0.625678;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00716054;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:64:64:37:37:0.366337:13:24:29:35:13:24:29:35 chr17 21194820 . G A 303.83 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0339352;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.121;QD=11.7993;RBI=0.0380179;REFB=-0.0121885;REVB=-0.0171394;RO=64;SAF=27;SAR=11;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323964;STB=0.690039;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0338406;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:65:38:38:0.368932:11:27:27:37:11:27:27:38 chr17 21194843 . T C 339.43 PASS AF=0.41573;AO=35;DP=88;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0319247;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.516;QD=15.2552;RBI=0.0404377;REFB=-0.0122428;REVB=-0.0248198;RO=52;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263237;STB=0.658556;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0362735;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:52:52:35:37:0.41573:11:24:23:29:11:26:23:29 chr17 21194852 . G A 364.11 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00623437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.908;QD=15.8308;RBI=0.0191669;REFB=-0.00507176;REVB=0.0181247;RO=53;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176955;STB=0.599948;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00451003;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:14:25:25:28:14:25:25:28 chr17 21194859 . G A 416.18 PASS AF=0.438776;AO=41;DP=96;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0191486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2065;QD=16.9867;RBI=0.0250064;REFB=-0.00375611;REVB=-0.0160827;RO=55;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833604;STB=0.558113;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00669237;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:55:55:41:43:0.438776:19:22:25:30:19:24:25:30 chr17 21199022 . A T 108.21 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.018367;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.747;QD=12.367;RBI=0.0365877;REFB=-0.0115172;REVB=-0.0316435;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352611;STB=0.705592;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0134906;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:16:6:8:5:16:6 chr17 21199037 . G A 193.32 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000516629;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4111;QD=24.9444;RBI=0.0386172;REFB=-0.0090979;REVB=0.0386138;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207144;STB=0.585274;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0126557;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:31:9:12:18:19:0.612903:6:12:3:6:7:12:5:7 chr17 21199083 . T A 49.81 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0416172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.653;QD=9.0557;RBI=0.0450438;REFB=-0.0514815;REVB=0.0172325;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.749375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0218313;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:22:11:14:7:8:0.363636:5:2:8:3:6:2:9:5 chr17 21199390 . C T 321.76 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00513135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8885;QD=12.3754;RBI=0.0342992;REFB=0.0184189;REVB=-0.0339132;RO=65;SAF=24;SAR=15;SRF=44;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727346;STB=0.541381;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0330816;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:15:24:44:21:15:24:44:21 chr17 21199403 . C T 317.1 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=105;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0031155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.891;QD=11.9659;RBI=0.0832055;REFB=-0.00469583;REVB=-0.0831472;RO=66;SAF=24;SAR=15;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976454;STB=0.548565;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00792967;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:66:67:39:39:0.367925:15:24:46:20:15:24:46:21 chr17 21201719 . T C 562.34 PASS AF=0.437956;AO=58;DP=133;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.098316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8865;QD=16.4188;RBI=0.0983367;REFB=-0.0260784;REVB=0.00201909;RO=75;SAF=29;SAR=29;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470782;STB=0.527586;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.042547;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:75:77:58:60:0.437956:29:29:34:41:29:31:36:41 chr17 21202191 . C A 633.12 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.0322518;FXX=0.0422505;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.831;QD=18.6211;RBI=0.0544228;REFB=-0.0473022;REVB=0.0438368;RO=69;SAF=42;SAR=22;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132928;STB=0.564496;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0449379;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:69:72:64:64:0.470588:22:42:36:33:22:42:39:33 chr17 21202237 . G C 702.2 PASS AF=0.577586;AO=67;DP=116;FAO=67;FDP=116;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.032239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4043;QD=24.2139;RBI=0.0341483;REFB=-0.0409956;REVB=0.0112585;RO=49;SAF=41;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190108;STB=0.603689;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0246518;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:49:67:67:0.577586:26:41:18:31:26:41:18:31 chr17 21203893 . T C 343.02 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00695592;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.545;QD=17.3681;RBI=0.0076804;REFB=-0.0158554;REVB=0.00325635;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507183;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0182566;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:18:18:21:21:18:19:21:21 chr17 21203907 . T C 81.41 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0504651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5592;QD=4.46065;RBI=0.0566361;REFB=-0.0150949;REVB=-0.0257084;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031756;STB=0.520519;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0590468;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:7:7:31:28:7:7:31:28 chr17 21203934 . G A 216.55 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00711503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5149;QD=13.3259;RBI=0.00749126;REFB=-0.0330769;REVB=0.00234422;RO=38;SAF=17;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269245;STB=0.660654;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0626537;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:39:26:26:0.4:9:17:15:23:9:17:15:24 chr17 21203941 . G A 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0196737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.313;QD=3.02349;RBI=0.0199437;REFB=-0.00226359;REVB=-0.00327067;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123214;STB=0.517198;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0332977;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:4:4:24:25:4:4:24:26 chr17 21203949 . C T 175.53 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0219554;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0516;QD=12.5376;RBI=0.0314134;REFB=-0.0291352;REVB=0.0224668;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293951;STB=0.66864;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0436593;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:8:14:12:22:8:14:12:22 chr17 21204187 . G T 309.66 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.01489;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.989;QD=11.1588;RBI=0.0227975;REFB=-0.00777119;REVB=0.0172631;RO=72;SAF=22;SAR=17;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871131;STB=0.549927;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0142609;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:72:72:39:39:0.351351:17:22:46:26:17:22:46:26 chr17 21204192 . C T 364.45 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00954446;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.276;QD=12.3541;RBI=0.0106787;REFB=0.00904412;REVB=0.00478937;RO=72;SAF=25;SAR=19;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095699;STB=0.552127;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0191297;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:72:74:44:44:0.372881:19:25:47:25:19:25:48:26 chr17 21204210 . C T 472.22 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.0295108;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6961;QD=14.5297;RBI=0.0500643;REFB=0.0136113;REVB=0.0404419;RO=77;SAF=29;SAR=24;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957999;STB=0.553826;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0191818;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:77:77:53:53:0.407692:24:29:49:28:24:29:49:28 chr17 21204257 . G A 517.62 PASS AF=0.411348;AO=56;DP=139;FAO=58;FDP=141;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=0.0222015;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.878;QD=14.6843;RBI=0.0271463;REFB=-0.0220362;REVB=0.015621;RO=82;SAF=29;SAR=27;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586054;STB=0.526008;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0273774;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:82:83:56:58:0.411348:27:29:47:35:27:31:48:35 chr17 21204266 . T C 1202.92 PASS AF=0.705036;AO=98;DP=136;FAO=98;FDP=139;FR=.;FRO=41;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00864072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.744;QD=34.6163;RBI=0.0109713;REFB=-0.0154339;REVB=-0.0067607;RO=38;SAF=58;SAR=40;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490711;STB=0.524091;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00676684;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:38:41:98:98:0.705036:40:58:19:19:40:58:21:20 chr17 21204290 . G C 30.48 PASS AF=0.0735294;AO=10;DP=136;FAO=10;FDP=136;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=55;FWDB=-0.073185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.898;QD=0.896373;RBI=0.0821055;REFB=-0.00177884;REVB=-0.0372192;RO=104;SAF=3;SAR=7;SRF=58;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289401;STB=0.735344;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00942624;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:136:136:104:126:10:10:0.0735294:7:3:58:46:7:3:71:55 chr17 21204308 . G T 334.36 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0107244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.576;QD=10.9624;RBI=0.0116488;REFB=-0.00363698;REVB=0.0045475;RO=80;SAF=23;SAR=19;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259184;STB=0.514918;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00733872;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:80:42:42:0.344262:19:23:42:38:19:23:42:38 chr17 21205460 . C T 287.1 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000880913;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.847;QD=20.1472;RBI=0.0304304;REFB=-0.0315294;REVB=0.0304176;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751062;STB=0.548822;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0254514;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:26:27:30:30:0.526316:13:17:17:9:13:17:18:9 chr17 21206556 . C T 692.67 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0226521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.153;QD=33.3818;RBI=0.0432149;REFB=-0.0108732;REVB=0.0368024;RO=25;SAF=9;SAR=49;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842694;STB=0.54564;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00172522;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:25:25:58:58:0.698795:49:9:6:19:49:9:6:19 chr17 21207813 . T G 158.6 PASS AF=0.18125;AO=29;DP=160;FAO=29;FDP=160;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.0179336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5541;QD=3.96489;RBI=0.0226258;REFB=-0.00699939;REVB=0.0137954;RO=130;SAF=6;SAR=23;SRF=71;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440746;STB=0.784578;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0122283;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:130:131:29:29:0.18125:23:6:71:59:23:6:72:59 chr17 21207834 . C T 135.53 PASS AF=0.167785;AO=25;DP=149;FAO=25;FDP=149;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.00346367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.118;QD=3.63843;RBI=0.0271124;REFB=-0.00756227;REVB=-0.0268902;RO=123;SAF=16;SAR=9;SRF=61;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185642;STB=0.617968;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0260952;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:123:124:25:25:0.167785:9:16:61:62:9:16:62:62 chr17 21207835 . G A 214.0 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=149;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=70;FSRR=46;FWDB=0.0110064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3399;QD=5.74495;RBI=0.0251589;REFB=0.00269875;REVB=-0.0226236;RO=116;SAF=8;SAR=25;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448388;STB=0.774262;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0134065;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:116:116:33:33:0.221477:25:8:70:46:25:8:70:46 chr17 21207844 . C T 214.45 PASS AF=0.222973;AO=33;DP=148;FAO=33;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.00992695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.406;QD=5.79583;RBI=0.0230238;REFB=-0.0137264;REVB=-0.0207738;RO=114;SAF=22;SAR=11;SRF=56;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225637;STB=0.642114;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0406757;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:114:115:33:33:0.222973:11:22:56:58:11:22:56:59 chr17 21208413 . C T 217.77 PASS AF=0.301075;AO=28;DP=93;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00590205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.633;QD=9.36649;RBI=0.0279611;REFB=-0.00804314;REVB=-0.0273311;RO=64;SAF=16;SAR=12;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849017;STB=0.554102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0164501;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:65:28:28:0.301075:12:16:41:23:12:16:42:23 chr17 21208449 . G T 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00728236;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.174;QD=6.34478;RBI=0.0188155;REFB=-0.00183642;REVB=-0.0173491;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595297;STB=0.527114;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00536871;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:7:10:33:19:7:10:33:20 chr17 21215483 . C T 895.56 PASS AF=0.454976;AO=94;DP=209;FAO=96;FDP=211;FR=.;FRO=115;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.00634868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.081;QD=16.9774;RBI=0.00729829;REFB=-0.00970191;REVB=-0.0035999;RO=114;SAF=52;SAR=42;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354701;STB=0.527191;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0107982;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:114:115:94:96:0.454976:42:52:59:55:42:54:59:56 chr17 21215537 . C A 864.37 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=186;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.00578609;FXX=0.00537606;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.228;QD=18.689;RBI=0.0179293;REFB=-0.0146398;REVB=0.01697;RO=97;SAF=47;SAR=41;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117411;STB=0.506484;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0154607;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:97:97:88:88:0.475676:41:47:53:44:41:47:53:44 chr17 21215552 . C T 821.41 PASS AF=0.480447;AO=86;DP=180;FAO=86;FDP=179;FR=.;FRO=93;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.00739077;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.152;QD=18.3555;RBI=0.0137224;REFB=-0.00979749;REVB=0.011562;RO=90;SAF=46;SAR=40;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117909;STB=0.501436;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0139504;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:90:93:86:86:0.480447:40:46:47:43:40:46:50:43 chr17 21215557 . G A 950.21 PASS AF=0.537572;AO=92;DP=174;FAO=93;FDP=173;FR=.;FRO=80;FSAF=53;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=40;FWDB=0.00533835;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.493;QD=21.9702;RBI=0.0088994;REFB=-0.0157442;REVB=-0.00712048;RO=80;SAF=52;SAR=40;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05595;STB=0.532656;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0148294;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:80:80:92:93:0.537572:40:52:40:40:40:53:40:40 chr17 21216788 . C T 178.44 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.0176103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.091;QD=8.81188;RBI=0.0181396;REFB=-0.0105807;REVB=-0.00435022;RO=56;SAF=18;SAR=6;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128648;STB=0.572455;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0217788;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:57:24:24:0.296296:6:18:37:19:6:18:38:19 chr17 21216846 . G C 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.0282042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0146;QD=10.3794;RBI=0.0645062;REFB=0.0319831;REVB=0.0580136;RO=36;SAF=14;SAR=4;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0604078;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:4:14:28:8:4:14:28:8 chr17 21217513 . G A 325.65 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00653479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4056;QD=11.0391;RBI=0.0133985;REFB=-0.0024401;REVB=0.0116969;RO=76;SAF=17;SAR=24;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112082;STB=0.568781;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00462849;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:77:41:41:0.347458:24:17:39:37:24:17:40:37 chr17 21217547 . T C 394.58 PASS AF=0.410714;AO=45;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0105686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.854;QD=14.0921;RBI=0.0157247;REFB=-0.00494168;REVB=-0.0116435;RO=60;SAF=19;SAR=26;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146661;STB=0.586919;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0148342;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:66:45:46:0.410714:26:19:34:26:27:19:37:29 chr17 21217586 . G T 440.2 PASS AF=0.42735;AO=47;DP=119;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0130909;FXX=0.0564471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.618;QD=15.0495;RBI=0.0158618;REFB=-0.0209622;REVB=-0.00895689;RO=65;SAF=21;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078782;STB=0.538816;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0174116;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:65:67:47:50:0.42735:26:21:34:31:28:22:34:33 chr17 21217596 . C G 466.64 PASS AF=0.289062;AO=31;DP=129;FAO=37;FDP=128;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=72;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.00536593;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.14;QD=14.5826;RBI=0.00586358;REFB=-0.035036;REVB=-0.00236397;RO=38;SAF=5;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339561;STB=0.695767;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0668818;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:38:72:31:37:0.289062:26:5:16:22:27:10:40:32 chr17 21217660 . C T 401.15 PASS AF=0.360902;AO=48;DP=133;FAO=48;FDP=133;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.000386829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.166;QD=12.0647;RBI=0.0199672;REFB=-0.00826606;REVB=0.0199634;RO=85;SAF=20;SAR=28;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126512;STB=0.572297;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0163825;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:85:85:48:48:0.360902:28:20:45:40:28:20:45:40 chr17 21217690 . C T 274.51 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0620476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3117;QD=9.98232;RBI=0.0674497;REFB=-0.0116644;REVB=0.0264493;RO=74;SAF=16;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333038;STB=0.519337;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0252195;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:20:16:35:39:20:16:35:39 chr17 21217727 . T C 96.92 PASS AF=0.220588;AO=14;DP=70;FAO=15;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.222358;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0633;QD=5.7011;RBI=0.222987;REFB=-0.0159288;REVB=-0.016736;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160888;STB=0.692057;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0359014;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:70:68:29:53:14:15:0.220588:10:4:12:17:10:5:31:22 chr17 21217749 . G C 111.16 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0248993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6498;QD=8.38915;RBI=0.0250271;REFB=-0.0191167;REVB=-0.00252573;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134148;STB=0.552095;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0399002;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:38:15:15:0.283019:8:7:12:22:8:7:15:23 chr17 21318663 . G A 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0307536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.328;QD=9.89777;RBI=0.0308226;REFB=-0.0208567;REVB=0.00206193;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258641;STB=0.654337;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0411013;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:8:6:21:11:8:6:21:11 chr17 21318671 . G A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.015057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.353;QD=3.37607;RBI=0.0150949;REFB=0.00126107;REVB=0.00106822;RO=41;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402133;STB=0.79625;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0177596;OID=.;OPOS=21318671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:1:6:23:18:1:6:23:18 chr17 21318698 . C T 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0586039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1145;QD=12.0709;RBI=0.0684554;REFB=-0.00188143;REVB=0.0353797;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566953;STB=0.532759;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00423219;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:23:17:9:15:23:17 chr17 21318770 . G A 283.15 PASS AF=0.342857;AO=35;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0149934;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.257;QD=10.7866;RBI=0.0200684;REFB=-0.0195908;REVB=-0.0133394;RO=68;SAF=20;SAR=15;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244863;STB=0.51612;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0397794;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:69:35:36:0.342857:15:20:39:29:16:20:40:29 chr17 21318773 . G A 309.38 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.0301699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.512;QD=11.8994;RBI=0.0360755;REFB=-0.0372845;REVB=0.0197793;RO=65;SAF=21;SAR=17;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532246;STB=0.524678;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0273941;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:66:38:38:0.365385:17:21:39:26:17:21:39:27 chr17 21318782 . G A 194.15 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=-0.0264087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6257;QD=7.39635;RBI=0.0264239;REFB=-0.0148236;REVB=-0.000893742;RO=77;SAF=13;SAR=15;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146245;STB=0.58738;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0436178;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:77:77:28:28:0.266667:15:13:45:32:15:13:45:32 chr17 21318867 . G A 369.28 PASS AF=0.30303;AO=50;DP=165;FAO=50;FDP=165;FR=.;FRO=115;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0416426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6497;QD=8.95234;RBI=0.0518874;REFB=0.0137514;REVB=-0.0309548;RO=114;SAF=24;SAR=26;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293417;STB=0.501214;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0398298;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:114:115:50:50:0.30303:26:24:55:59:26:24:55:60 chr17 21318897 . G C 429.7 PASS AF=0.335366;AO=55;DP=164;FAO=55;FDP=164;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.0419152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.618;QD=10.4805;RBI=0.0699736;REFB=-0.0223801;REVB=-0.0560306;RO=109;SAF=30;SAR=25;SRF=54;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579386;STB=0.533321;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0504001;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:109:109:55:55:0.335366:25:30:54:55:25:30:54:55 chr17 21318912 . C A 323.52 PASS AF=0.278788;AO=46;DP=166;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=0.0419145;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8878;QD=7.84297;RBI=0.0456074;REFB=-0.0166943;REVB=0.017978;RO=118;SAF=22;SAR=24;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986842;STB=0.55489;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0517421;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:118:119:46:46:0.278788:24:22:66:52:24:22:66:53 chr17 21318918 . G A 298.94 PASS AF=0.261905;AO=44;DP=168;FAO=44;FDP=168;FR=.;FRO=124;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=0.0209028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1837;QD=7.11759;RBI=0.0366821;REFB=-0.00856977;REVB=0.0301438;RO=123;SAF=20;SAR=24;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150894;STB=0.586427;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0311959;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:123:124:44:44:0.261905:24:20:71:52:24:20:71:53 chr17 21318948 . C T 250.43 PASS AF=0.25;AO=36;DP=143;FAO=36;FDP=144;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=48;FWDB=0.0421539;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2855;QD=6.95639;RBI=0.06038;REFB=-0.0127298;REVB=-0.0432295;RO=107;SAF=18;SAR=18;SRF=60;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756601;STB=0.541644;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0615739;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:107:108:36:36:0.25:18:18:60:47:18:18:60:48 chr17 21318951 . CA CG,TG 950.08 PASS AF=0.363636,0.251748;AO=52,38;DP=146;FAO=52,36;FDP=143;FR=.;FRO=55;FSAF=31,19;FSAR=21,17;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0420587,-0.047202;FXX=0.0205465;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=72.8641,182.633;QD=26.5757;RBI=0.0533538,0.0491033;REFB=-0.0377195,-0.0108038;REVB=-0.0328283,-0.0135316;RO=54;SAF=31,20;SAR=21,18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.072895,0.00810857;STB=0.536239,0.500306;STBP=0.475,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0214031,0.0213695;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:143:54:55:52,38:52,36:0.363636,0.251748:21,18:31,20:28:26:21,17:31,19:29:26 chr17 21318969 . C T 274.31 PASS AF=0.275362;AO=38;DP=138;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.0143344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5487;QD=7.95088;RBI=0.0215119;REFB=-0.00558268;REVB=-0.0160402;RO=95;SAF=19;SAR=19;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318514;STB=0.514485;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0334039;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:95:100:38:38:0.275362:19:19:50:45:19:19:52:48 chr17 21318981 . C T 246.74 PASS AF=0.269231;AO=35;DP=130;FAO=35;FDP=130;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00407624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.955;QD=7.59211;RBI=0.0100843;REFB=-0.00879078;REVB=-0.00922375;RO=94;SAF=15;SAR=20;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100726;STB=0.56384;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0161323;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:94:95:35:35:0.269231:20:15:48:46:20:15:49:46 chr17 21319007 . GG AC,GC 666.22 PASS AF=0.423077,0.201923;AO=44,21;DP=104;FAO=44,21;FDP=104;FR=.;FRO=39;FSAF=26,9;FSAR=18,12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00302632,-0.00776497;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=211.867,198.847;QD=25.6239;RBI=0.0234594,0.0173107;REFB=-0.0196087,-0.0319599;REVB=0.0232634,0.0154715;RO=38;SAF=26,9;SAR=18,12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0330239,-0.13679;STB=0.512959,0.587595;STBP=0.82,0.321;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0219417,0.00268105;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:38:39:44,21:44,21:0.423077,0.201923:18,12:26,9:21:17:18,12:26,9:22:17 chr17 21319069 . G A 239.37 PASS AF=0.21547;AO=39;DP=181;FAO=39;FDP=181;FR=.;FRO=142;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=81;FSRR=61;FWDB=-0.0076839;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8745;QD=5.28983;RBI=0.0111767;REFB=-0.00683764;REVB=0.00811639;RO=140;SAF=18;SAR=21;SRF=79;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130199;STB=0.584767;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0290862;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:140:142:39:39:0.21547:21:18:79:61:21:18:81:61 chr17 21319079 . C A 234.89 PASS AF=0.207447;AO=39;DP=187;FAO=39;FDP=188;FR=.;FRO=149;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=86;FSRR=63;FWDB=0.0200107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1624;QD=4.99778;RBI=0.0202384;REFB=-0.00397665;REVB=0.00302717;RO=147;SAF=19;SAR=20;SRF=85;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116302;STB=0.571082;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0148297;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:147:149:39:39:0.207447:20:19:85:62:20:19:86:63 chr17 21319087 . G A 234.98 PASS AF=0.207447;AO=39;DP=188;FAO=39;FDP=188;FR=.;FRO=149;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=89;FSRR=60;FWDB=0.00958549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.596;QD=4.99957;RBI=0.00974264;REFB=-0.0018347;REVB=0.0017428;RO=149;SAF=19;SAR=20;SRF=89;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140948;STB=0.586913;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00712598;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:149:149:39:39:0.207447:20:19:89:60:20:19:89:60 chr17 21319110 . G A 260.45 PASS AF=0.230337;AO=41;DP=178;FAO=41;FDP=178;FR=.;FRO=137;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=80;FSRR=57;FWDB=0.0269393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0621;QD=5.85283;RBI=0.0269426;REFB=-0.00247479;REVB=-0.000421241;RO=137;SAF=20;SAR=21;SRF=80;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1216;STB=0.573735;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00471508;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:137:137:41:41:0.230337:21:20:80:57:21:20:80:57 chr17 21319121 . C T 643.41 PASS AF=0.413793;AO=72;DP=175;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0235264;FXX=0.00571396;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1528;QD=14.7911;RBI=0.041717;REFB=-0.00715589;REVB=-0.0344502;RO=102;SAF=48;SAR=24;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23123;STB=0.629884;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0109452;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:102:102:72:72:0.413793:24:48:46:56:24:48:46:56 chr17 21319171 . G A 334.42 PASS AF=0.268156;AO=47;DP=177;FAO=48;FDP=179;FR=.;FRO=131;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=81;FSRR=50;FWDB=-0.0433335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0972;QD=7.47306;RBI=0.0447531;REFB=-0.0138397;REVB=-0.0111824;RO=129;SAF=23;SAR=24;SRF=79;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152048;STB=0.601115;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0425365;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:129:131:47:48:0.268156:24:23:79:50:25:23:81:50 chr17 21319208 . C T 298.63 PASS AF=0.289855;AO=40;DP=137;FAO=40;FDP=138;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=60;FSRR=38;FWDB=0.0193078;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.524;QD=8.656;RBI=0.0213873;REFB=-0.0148458;REVB=0.00919925;RO=95;SAF=18;SAR=22;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190875;STB=0.613679;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.027177;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:95:98:40:40:0.289855:22:18:58:37:22:18:60:38 chr17 21319230 . G C 362.58 PASS AF=0.338346;AO=45;DP=133;FAO=45;FDP=133;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=0.0387756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.339;QD=10.9046;RBI=0.0446831;REFB=-0.0103025;REVB=-0.0222043;RO=88;SAF=31;SAR=14;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251359;STB=0.645319;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0292895;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:88:88:45:45:0.338346:14:31:42:46:14:31:42:46 chr17 21319251 . C T 182.21 PASS AF=0.216418;AO=29;DP=135;FAO=29;FDP=134;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=65;FSRR=40;FWDB=-0.0148239;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.048;QD=5.43911;RBI=0.0330668;REFB=-0.00324208;REVB=0.0295579;RO=102;SAF=15;SAR=14;SRF=64;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14109;STB=0.580257;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0141478;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:102:105:29:29:0.216418:14:15:64:38:14:15:65:40 chr17 21319272 . C T 226.43 PASS AF=0.234483;AO=34;DP=145;FAO=34;FDP=145;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=40;FWDB=-0.027129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.57;QD=6.24641;RBI=0.0373924;REFB=-0.00943593;REVB=-0.0257334;RO=107;SAF=22;SAR=12;SRF=68;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157162;STB=0.506191;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0582042;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:107:111:34:34:0.234483:12:22:68:39:12:22:71:40 chr17 21319285 . C T 215.6 PASS AF=0.221519;AO=35;DP=158;FAO=35;FDP=158;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=52;FWDB=0.0437945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4035;QD=5.45819;RBI=0.0454107;REFB=-0.00579582;REVB=0.0120071;RO=123;SAF=23;SAR=12;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107194;STB=0.566115;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.021567;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:123:123:35:35:0.221519:12:23:71:52:12:23:71:52 chr17 21319302 . T C 969.05 PASS AF=0.575;AO=71;DP=162;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00266959;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1479;QD=24.2262;RBI=0.0404176;REFB=-0.0167217;REVB=-0.0403293;RO=67;SAF=56;SAR=15;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323708;STB=0.575471;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0225074;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:160:67:68:71:92:0.575:15:56:32:35:33:59:32:36 chr17 21319311 . C T 213.26 PASS AF=0.208092;AO=36;DP=173;FAO=36;FDP=173;FR=.;FRO=137;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=0.0156177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.434;QD=4.93093;RBI=0.0170999;REFB=-0.00342647;REVB=0.00696375;RO=137;SAF=21;SAR=15;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055954;STB=0.53475;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0130686;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:137:137:36:36:0.208092:15:21:74:63:15:21:74:63 chr17 21319369 . G A 212.07 PASS AF=0.176991;AO=39;DP=226;FAO=40;FDP=226;FR=.;FRO=186;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=97;FSRR=89;FWDB=-0.00525192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.001;QD=3.75341;RBI=0.00536884;REFB=-0.0115825;REVB=-0.00111433;RO=186;SAF=19;SAR=20;SRF=97;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044207;STB=0.538204;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.049667;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:186:186:39:40:0.176991:20:19:97:89:21:19:97:89 chr17 21319392 . G A 192.97 PASS AF=0.165217;AO=38;DP=230;FAO=38;FDP=230;FR=.;FRO=192;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=98;FSRR=94;FWDB=-0.0249215;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.553;QD=3.35606;RBI=0.0249753;REFB=-0.00219297;REVB=0.00163915;RO=192;SAF=20;SAR=18;SRF=98;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204958;STB=0.513284;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0192832;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:192:192:38:38:0.165217:18:20:98:94:18:20:98:94 chr17 21319399 . A G 750.05 PASS AF=0.384956;AO=87;DP=226;FAO=87;FDP=226;FR=.;FRO=139;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=72;FWDB=-0.0212888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.001;QD=13.2752;RBI=0.0240365;REFB=-0.0105316;REVB=-0.0111598;RO=139;SAF=48;SAR=39;SRF=67;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761788;STB=0.542943;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0140341;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:139:139:87:87:0.384956:39:48:67:72:39:48:67:72 chr17 21319407 . C T 151.13 PASS AF=0.15;AO=31;DP=218;FAO=33;FDP=220;FR=.;FRO=187;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=96;FSRR=91;FWDB=0.0389716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5025;QD=2.74786;RBI=0.056595;REFB=-0.00293726;REVB=-0.0410391;RO=186;SAF=16;SAR=15;SRF=96;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501516;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00724979;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:186:187:31:33:0.15:15:16:96:90:16:17:96:91 chr17 21319436 . G A 104.82 PASS AF=0.130435;AO=24;DP=185;FAO=24;FDP=184;FR=.;FRO=160;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=83;FSRR=77;FWDB=-0.0196472;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.912;QD=2.27862;RBI=0.0219494;REFB=-0.00342878;REVB=-0.00978594;RO=153;SAF=10;SAR=14;SRF=79;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125756;STB=0.588534;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0189817;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:153:160:24:24:0.130435:14:10:79:74:14:10:83:77 chr17 21319439 . T G 111.37 PASS AF=0.134409;AO=25;DP=186;FAO=25;FDP=186;FR=.;FRO=161;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=82;FSRR=79;FWDB=-0.0110987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.209;QD=2.39513;RBI=0.0112293;REFB=-0.00609662;REVB=0.00170717;RO=161;SAF=12;SAR=13;SRF=82;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370105;STB=0.525345;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0198959;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:161:161:25:25:0.134409:13:12:82:79:13:12:82:79 chr17 21319452 . G A 102.81 PASS AF=0.135294;AO=23;DP=170;FAO=23;FDP=170;FR=.;FRO=147;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=69;FWDB=-0.00419621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5581;QD=2.41915;RBI=0.0526908;REFB=-0.00625528;REVB=-0.0525235;RO=145;SAF=11;SAR=12;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752472;STB=0.545137;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0384647;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:145:147:23:23:0.135294:12:11:78:67:12:11:78:69 chr17 21319465 . T C 84.81 PASS AF=0.122699;AO=21;DP=157;FAO=20;FDP=163;FR=.;FRO=143;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=69;FWDB=-0.076447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4378;QD=2.08124;RBI=0.0827504;REFB=-0.00255027;REVB=-0.0316779;RO=136;SAF=9;SAR=12;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808053;STB=0.602839;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0135712;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:157:163:136:143:21:20:0.122699:12:9:67:69:12:8:74:69 chr17 21319470 . T C 84.2 PASS AF=0.121951;AO=20;DP=164;FAO=20;FDP=164;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.0130802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8131;QD=2.05376;RBI=0.0176822;REFB=-0.00727248;REVB=0.0118982;RO=141;SAF=7;SAR=13;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217384;STB=0.660857;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0208359;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:164:164:141:144:20:20:0.121951:13:7:74:67:13:7:77:67 chr17 21319473 . G A 537.48 PASS AF=0.39375;AO=62;DP=159;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.0121935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.725;QD=13.437;RBI=0.0122251;REFB=-0.00419712;REVB=0.00087962;RO=97;SAF=27;SAR=35;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130638;STB=0.567846;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00704305;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:97:97:62:63:0.39375:35:27:54:43:35:28:54:43 chr17 21319488 . C T 111.77 PASS AF=0.146497;AO=23;DP=156;FAO=23;FDP=157;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.000562675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.48;QD=2.84771;RBI=0.000629019;REFB=-0.00205137;REVB=-0.00028118;RO=133;SAF=8;SAR=15;SRF=78;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296709;STB=0.699566;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0234549;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:133:134:23:23:0.146497:15:8:78:55:15:8:79:55 chr17 21319519 . G C 107.01 PASS AF=0.141104;AO=23;DP=163;FAO=23;FDP=163;FR=.;FRO=140;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=77;FSRR=63;FWDB=-0.02332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.3;QD=2.62591;RBI=0.0360716;REFB=-0.003846;REVB=0.0275198;RO=140;SAF=6;SAR=17;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363498;STB=0.745954;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.035749;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:140:140:23:23:0.141104:17:6:77:63:17:6:77:63 chr17 21319523 . C T 98.08 PASS AF=0.133333;AO=22;DP=164;FAO=22;FDP=165;FR=.;FRO=143;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=83;FSRR=60;FWDB=-0.00978307;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.178;QD=2.37775;RBI=0.0237924;REFB=0.000342385;REVB=-0.021688;RO=141;SAF=6;SAR=16;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379528;STB=0.757223;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00782884;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:164:165:141:143:22:22:0.133333:16:6:82:59:16:6:83:60 chr17 21319527 . C T 110.47 PASS AF=0.141176;AO=24;DP=170;FAO=24;FDP=170;FR=.;FRO=146;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=84;FSRR=62;FWDB=-0.00881279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.386;QD=2.59935;RBI=0.0102858;REFB=-0.00203375;REVB=-0.00530395;RO=145;SAF=6;SAR=18;SRF=83;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400977;STB=0.77121;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0249112;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:145:146:24:24:0.141176:18:6:83:62:18:6:84:62 chr17 21319543 . G A 169.16 PASS AF=0.183432;AO=31;DP=169;FAO=31;FDP=169;FR=.;FRO=138;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=85;FSRR=53;FWDB=0.0169432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.33;QD=4.00379;RBI=0.0169473;REFB=-0.00891505;REVB=-0.000375047;RO=137;SAF=10;SAR=21;SRF=84;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361445;STB=0.729294;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0315347;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:137:138:31:31:0.183432:21:10:84:53:21:10:85:53 chr17 21319560 . G T 196.81 PASS AF=0.187166;AO=35;DP=183;FAO=35;FDP=187;FR=.;FRO=152;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.0209539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3517;QD=4.20973;RBI=0.0640685;REFB=0.00916113;REVB=0.0605451;RO=148;SAF=11;SAR=24;SRF=80;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290677;STB=0.692479;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0435866;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:148:152:35:35:0.187166:24:11:80:68:24:11:84:68 chr17 21319650 . CGAG C 281.7 PASS AF=0.22439;AO=42;DP=202;FAO=46;FDP=205;FR=.;FRO=159;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=92;FSRR=67;FWDB=-0.0209985;FXX=0.0238084;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.922;QD=5.49655;RBI=0.0216389;REFB=-0.00970777;REVB=-0.00522571;RO=153;SAF=17;SAR=25;SRF=89;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222947;STB=0.610179;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.037458;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22439:42:202:46:205:159:20:26:92:67:99:153:17:25:89:64 chr17 21319682 . C T 278.4 PASS AF=0.223301;AO=44;DP=206;FAO=46;FDP=206;FR=.;FRO=160;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=-0.00769763;FXX=0.00961492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.536;QD=5.40588;RBI=0.0151139;REFB=-0.00961069;REVB=-0.0130068;RO=161;SAF=23;SAR=21;SRF=92;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062629;STB=0.519838;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0188469;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:161:160:44:46:0.223301:21:23:92:69:21:25:91:69 chr17 21319716 . G A 173.54 PASS AF=0.190184;AO=30;DP=168;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=-0.00386203;FXX=0.0578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=4.25857;RBI=0.0481964;REFB=-0.00420601;REVB=0.0480414;RO=121;SAF=17;SAR=13;SRF=70;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154376;STB=0.528708;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0048714;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:163:121:132:30:31:0.190184:13:17:70:51:14:17:77:55 chr17 21319728 . T C 190.86 PASS AF=0.19209;AO=33;DP=176;FAO=34;FDP=177;FR=.;FRO=143;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=81;FSRR=62;FWDB=-0.0459148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.468;QD=4.31317;RBI=0.0492776;REFB=-0.0185101;REVB=-0.0178916;RO=134;SAF=20;SAR=13;SRF=73;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801297;STB=0.518053;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0617293;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:134:143:33:34:0.19209:13:20:73:61:14:20:81:62 chr17 21319743 . A G 177.91 PASS AF=0.189349;AO=32;DP=169;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=-0.0240241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.807;QD=4.21087;RBI=0.0289242;REFB=-0.00743617;REVB=-0.0161075;RO=136;SAF=20;SAR=12;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106406;STB=0.570731;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0187757;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:136:137:32:32:0.189349:12:20:74:62:12:20:74:63 chr17 21319767 . C T 440.24 PASS AF=0.392308;AO=51;DP=156;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0597902;FXX=0.187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.926;QD=13.5458;RBI=0.0598477;REFB=-0.0160866;REVB=-0.00262236;RO=79;SAF=28;SAR=23;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866188;STB=0.549;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0246007;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:130:79:79:51:51:0.392308:23:28:37:42:23:28:37:42 chr17 21319785 . C T 408.02 PASS AF=0.325153;AO=53;DP=163;FAO=53;FDP=163;FR=.;FRO=110;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=54;FSRR=56;FWDB=0.0167255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.574;QD=10.0127;RBI=0.0200117;REFB=-0.0153691;REVB=-0.0109877;RO=107;SAF=25;SAR=28;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274546;STB=0.512982;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.032483;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:107:110:53:53:0.325153:28:25:53:54:28:25:54:56 chr17 21319786 . G A 173.62 PASS AF=0.190184;AO=30;DP=162;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=71;FWDB=0.00210837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7043;QD=4.26063;RBI=0.00335645;REFB=0.00233643;REVB=-0.00261162;RO=132;SAF=17;SAR=13;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133387;STB=0.569526;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0113056;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:132:132:30:31:0.190184:13:17:61:71:14:17:61:71 chr17 21319845 . C T 161.73 PASS AF=0.204545;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=132;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=59;FWDB=-0.0412803;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.722;QD=4.9009;RBI=0.0416972;REFB=-0.0104994;REVB=0.00588168;RO=102;SAF=17;SAR=10;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237081;STB=0.650472;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0325094;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:102:105:27:27:0.204545:10:17:45:57:10:17:46:59 chr17 21319860 . C T 442.9 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0803947;FXX=0.154531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8706;QD=19.0494;RBI=0.0899651;REFB=-0.0215527;REVB=0.0403783;RO=47;SAF=23;SAR=23;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165297;STB=0.591359;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0269748;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:93:47:47:46:46:0.494624:23:23:15:32:23:23:15:32 chr17 21319868 . G T 73.88 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=110;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0111231;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.516;QD=2.7617;RBI=0.0284544;REFB=-0.00376732;REVB=-0.0261902;RO=77;SAF=7;SAR=8;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817952;STB=0.565571;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0263363;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:110:107:77:92:15:15:0.140187:8:7:31:46:8:7:36:56 chr17 21319908 . C T 129.35 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0625862;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.011;QD=5.62402;RBI=0.0627229;REFB=-0.017643;REVB=-0.00413911;RO=71;SAF=8;SAR=12;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109767;STB=0.50226;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0435998;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:71:72:20:20:0.217391:12:8:29:42:12:8:29:43 chr17 21319943 . A G 227.69 PASS AF=0.464286;AO=23;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00403329;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.785;QD=16.2636;RBI=0.0154054;REFB=-0.0193249;REVB=0.0148681;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769786;STB=0.549961;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0184835;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:30:23:26:0.464286:15:8:13:18:17:9:13:17 chr17 21319955 . G A 112.48 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0525189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8572;QD=9.18181;RBI=0.0540109;REFB=-0.0200076;REVB=0.0126072;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264405;STB=0.658877;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.081827;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:12:23:6:8:12:23 chr17 21319989 . C A 67.07 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0184465;FXX=0.269127;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.673;QD=14.1195;RBI=0.0223103;REFB=-0.0330598;REVB=-0.0125491;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.580431;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0305471;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:19:7:11:7:8:0.421053:6:1:2:5:6:2:4:7 chr17 21319993 . T C 163.85 PASS AF=0.653846;AO=15;DP=24;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0175162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.646;QD=25.2071;RBI=0.0175514;REFB=-0.0244129;REVB=-0.00111123;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527419;STB=0.507454;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0111763;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:26:6:9:15:17:0.653846:9:6:3:3:11:6:3:6 chr17 21320008 . C T 33.61 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0129203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.364;QD=5.17091;RBI=0.0150757;REFB=-0.00416103;REVB=-0.00776808;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276216;STB=0.688931;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0179537;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:7:13:5:1:7:13 chr17 21320012 . C T 44.12 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0229716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.17;QD=6.78731;RBI=0.0237113;REFB=-0.0224882;REVB=0.00587637;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0489071;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:6:13:5:2:6:13 chr17 21320025 . C T 45.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0443498;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.953;QD=6.66745;RBI=0.0443512;REFB=-0.0279918;REVB=0.000357453;RO=19;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342278;STB=0.715691;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0342993;OID=.;OPOS=21320025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:19:20:7:7:0.259259:6:1:7:12:6:1:7:13 chr17 21320041 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00780625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.02;QD=7.52631;RBI=0.0304711;REFB=-0.00296245;REVB=-0.0294542;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213607;STB=0.636033;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.01001;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:9:15:7:2:9:15 chr17 21320102 . C A 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00276248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.064;QD=6.02942;RBI=0.00281724;REFB=-0.0086675;REVB=0.000552792;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187914;STB=0.643985;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0332099;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:45:49:15:15:0.234375:6:9:20:25:6:9:20:29 chr17 21320114 . T G 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0137528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7873;QD=6.17966;RBI=0.0989386;REFB=0.0153556;REVB=-0.0979781;RO=51;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258061;STB=0.659146;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0510764;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:6:10:21:30:6:10:21:30 chr17 21320197 . G C 444.67 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00339435;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=266.901;QD=15.2023;RBI=0.00916564;REFB=-0.00476362;REVB=0.00851395;RO=67;SAF=24;SAR=26;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244045;STB=0.501369;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00530501;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:26:24:32:35:26:24:32:35 chr17 21320210 . C T 426.78 PASS AF=0.417391;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00989628;FXX=0.0416632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.453;QD=14.8445;RBI=0.0153401;REFB=-0.00314457;REVB=-0.011721;RO=62;SAF=21;SAR=27;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954764;STB=0.558191;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00198099;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:115:62:67:48:48:0.417391:27:21:33:29:27:21:36:31 chr17 21320212 . A G 847.05 PASS AF=0.644068;AO=74;DP=117;FAO=76;FDP=118;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00351442;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.281;QD=28.7135;RBI=0.0122831;REFB=-0.0104614;REVB=-0.0117696;RO=43;SAF=40;SAR=34;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355303;STB=0.509381;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00473343;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:43:42:74:76:0.644068:34:40:21:22:36:40:21:21 chr17 21320252 . G T 410.82 PASS AF=0.313953;AO=54;DP=170;FAO=54;FDP=172;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=0.00437177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.762;QD=9.55398;RBI=0.0071412;REFB=-0.00752832;REVB=0.00564663;RO=115;SAF=28;SAR=26;SRF=61;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140413;STB=0.516402;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0151711;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:115:118:54:54:0.313953:26:28:61:54:26:28:64:54 chr17 21320263 . T C 399.89 PASS AF=0.293478;AO=53;DP=183;FAO=54;FDP=184;FR=.;FRO=130;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=0.00476877;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.574;QD=8.6932;RBI=0.0350782;REFB=-0.0165903;REVB=-0.0347526;RO=129;SAF=31;SAR=22;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426055;STB=0.520042;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.033574;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:129:130:53:54:0.293478:22:31:71:58:23:31:71:59 chr17 21320279 . C T 541.6 PASS AF=0.325581;AO=70;DP=214;FAO=70;FDP=215;FR=.;FRO=145;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=0.00562909;FXX=0.00462942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3384;QD=10.0762;RBI=0.0214377;REFB=-0.00326608;REVB=-0.0206854;RO=144;SAF=41;SAR=29;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308181;STB=0.514789;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00623346;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:144:145:70:70:0.325581:29:41:88:56:29:41:88:57 chr17 21320350 . G A 332.05 PASS AF=0.256684;AO=48;DP=186;FAO=48;FDP=187;FR=.;FRO=139;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=77;FSRR=62;FWDB=-0.00543999;FXX=0.00531887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.424;QD=7.10276;RBI=0.0123095;REFB=0.00181132;REVB=-0.0110422;RO=138;SAF=28;SAR=20;SRF=77;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322084;STB=0.522284;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00568557;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:138:139:48:48:0.256684:20:28:77:61:20:28:77:62 chr17 21320365 . T C 469.9 PASS AF=0.33908;AO=59;DP=174;FAO=59;FDP=174;FR=.;FRO=115;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=0.0026014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1916;QD=10.8023;RBI=0.0252421;REFB=0.00551108;REVB=-0.0251077;RO=115;SAF=35;SAR=24;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936263;STB=0.553779;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0141188;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:115:115:59:59:0.33908:24:35:59:56:24:35:59:56 chr17 21320404 . AT A 86.99 PASS AF=0.276316;AO=7;DP=62;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0512323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7044;QD=4.57841;RBI=0.0524652;REFB=-0.00286853;REVB=0.011307;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288527;STB=0.527565;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.00953046;OID=.;OPOS=21320405;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276316:7:62:21:76:55:8:13:19:36:86:54:1:6:18:36 chr17 21320711 . C G 108.46 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=15;FWDB=-0.0151019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4654;QD=5.86287;RBI=0.100016;REFB=-0.00648596;REVB=-0.0988697;RO=54;SAF=12;SAR=5;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245547;STB=0.529378;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.017919;OID=.;OPOS=21320711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:57:17:17:0.22973:5:12:39:15:5:12:42:15 chr17 21320787 . G A 390.19 PASS AF=0.265116;AO=57;DP=215;FAO=57;FDP=215;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=133;FWDB=-0.0207883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.554;QD=7.25933;RBI=0.0345608;REFB=-0.0119704;REVB=-0.0276098;RO=158;SAF=20;SAR=37;SRF=25;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298173;STB=0.671225;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0271658;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:158:158:57:57:0.265116:37:20:25:133:37:20:25:133 chr17 21320796 . C T 1111.01 PASS AF=0.525;AO=105;DP=200;FAO=105;FDP=200;FR=.;FRO=95;FSAF=22;FSAR=83;FSRF=15;FSRR=80;FWDB=-0.00651877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.575;QD=22.2202;RBI=0.00899149;REFB=-0.0163022;REVB=-0.00619294;RO=94;SAF=22;SAR=83;SRF=15;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681952;STB=0.538674;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0162942;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:94:95:105:105:0.525:83:22:15:79:83:22:15:80 chr17 21320798 . G C 936.11 PASS AF=0.539604;AO=109;DP=201;FAO=109;FDP=202;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=84;FSRF=15;FSRR=78;FWDB=0.0614292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.646;QD=18.5367;RBI=0.0682595;REFB=-0.0579186;REVB=0.0297626;RO=90;SAF=25;SAR=84;SRF=15;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772077;STB=0.546551;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0871772;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:90:93:109:109:0.539604:84:25:15:75:84:25:15:78 chr17 21320980 . C G 821.09 PASS AF=0.512346;AO=83;DP=162;FAO=83;FDP=162;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00550517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.491;QD=20.2739;RBI=0.00554746;REFB=-0.0298519;REVB=0.000683748;RO=77;SAF=36;SAR=47;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461284;STB=0.501666;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0318252;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:77:79:83:83:0.512346:47:36:33:44:47:36:34:45 chr17 21320991 . C T 176.31 PASS AF=0.204225;AO=29;DP=143;FAO=29;FDP=142;FR=.;FRO=113;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=71;FWDB=-0.0129572;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.009;QD=4.96649;RBI=0.0144474;REFB=-0.0167838;REVB=-0.00639037;RO=112;SAF=17;SAR=12;SRF=41;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274963;STB=0.665772;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0597485;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:112:113:29:29:0.204225:12:17:41:71:12:17:42:71 chr17 21320993 . G T 682.41 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=140;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0212844;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.835;QD=19.6376;RBI=0.0213475;REFB=-0.0343655;REVB=-0.00164072;RO=70;SAF=31;SAR=37;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654559;STB=0.531837;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0364436;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:70:71:68:68:0.489209:37:31:27:43:37:31:28:43 chr17 21321005 . C A 133.15 PASS AF=0.198276;AO=22;DP=116;FAO=23;FDP=116;FR=.;FRO=93;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=64;FWDB=0.0286911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0776;QD=4.59136;RBI=0.0367791;REFB=-0.00554047;REVB=0.0230114;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195961;STB=0.635151;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0275736;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:88:93:22:23:0.198276:12:10:27:61:12:11:29:64 chr17 21321016 . T C 447.82 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0720538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.326;QD=21.0741;RBI=0.0720907;REFB=-0.0169715;REVB=-0.00230585;RO=40;SAF=11;SAR=33;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503935;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0190761;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:44:44:0.517647:33:11:10:30:33:11:10:31 chr17 21321028 . CC TG 209.8 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0177329;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=277.359;QD=15.2578;RBI=0.0194561;REFB=-0.00459753;REVB=-0.00800525;RO=30;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311398;STB=0.518053;STBP=0.921;TYPE=mnp;VARB=-0.00264568;OID=.;OPOS=21321028;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:18:18:0.327273:16:2:3:27:16:2:3:27 chr17 21322972 . GT CC 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00658541;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=256.559;QD=9.65116;RBI=0.0205989;REFB=-0.0022867;REVB=-0.0195179;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191107;STB=0.638115;STBP=0.223;TYPE=mnp;VARB=0.0106973;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:33:14:14:0.297872:7:7:20:10:7:7:23:10 chr17 21322975 . G A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00123673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.442;QD=5.26796;RBI=0.0116012;REFB=-0.00255461;REVB=-0.0115351;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217689;STB=0.64614;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00384198;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:27:14:2:8:27:14 chr17 21323001 . C T 155.16 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0322548;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.544;QD=10.5193;RBI=0.0339147;REFB=-0.00656018;REVB=-0.0104803;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20775;STB=0.610065;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0105983;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:59:38:39:20:20:0.338983:10:10:26:12:10:10:26:13 chr17 21323049 . C T 235.38 PASS AF=0.289474;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=114;FR=.;FRO=81;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0216459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.125;QD=8.25907;RBI=0.021785;REFB=-0.00563721;REVB=-0.00245766;RO=81;SAF=20;SAR=13;SRF=47;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322096;STB=0.519039;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0227015;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:81:81:33:33:0.289474:13:20:47:34:13:20:47:34 chr17 21323056 . G T 34.68 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.0260718;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.094;QD=1.16569;RBI=0.0265475;REFB=-0.00297589;REVB=0.00500311;RO=109;SAF=5;SAR=5;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993895;STB=0.579677;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0228141;OID=.;OPOS=21323056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:119:109:109:10:10:0.0840336:5:5:64:45:5:5:64:45 chr17 21323074 . T C 32.42 PASS AF=0.0787402;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=127;FR=.;FRO=117;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=70;FSRR=47;FWDB=-0.0144444;FXX=0.00781189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.766;QD=1.02123;RBI=0.0144457;REFB=-0.00131262;REVB=0.000194366;RO=114;SAF=6;SAR=4;SRF=68;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040776;STB=0.501636;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00847761;OID=.;OPOS=21323074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:125:127:114:117:10:10:0.0787402:4:6:68:46:4:6:70:47 chr17 21323096 . G A 308.1 PASS AF=0.3125;AO=39;DP=131;FAO=40;FDP=128;FR=.;FRO=88;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=33;FWDB=-0.0186494;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.868;QD=9.62802;RBI=0.0292421;REFB=-0.00494544;REVB=-0.0225233;RO=74;SAF=23;SAR=16;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12034;STB=0.535524;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0116547;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:74:88:39:40:0.3125:16:23:51:23:17:23:55:33 chr17 21323107 . A G 208.4 PASS AF=0.246032;AO=31;DP=129;FAO=31;FDP=126;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=32;FWDB=0.0184076;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6958;QD=6.61583;RBI=0.0216136;REFB=-0.0190327;REVB=0.0113273;RO=86;SAF=18;SAR=13;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185491;STB=0.565177;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0529867;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:86:95:31:31:0.246032:13:18:62:24:13:18:63:32 chr17 21730703 . G A 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0161435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.382;QD=6.39591;RBI=0.0185231;REFB=0.00178027;REVB=-0.00908253;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889204;STB=0.555097;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.00501941;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:5:13:37:19:5:13:37:19 chr17 21731041 . G A 181.48 PASS AF=0.370968;AO=17;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00658409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9443;QD=11.7087;RBI=0.0308389;REFB=-0.00387669;REVB=-0.0301279;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03206;STB=0.510539;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00163674;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:39:17:23:0.370968:8:9:15:15:11:12:21:18 chr17 21825565 . G T 1378.69 PASS AF=0.491103;AO=138;DP=281;FAO=138;FDP=281;FR=.;FRO=143;FSAF=81;FSAR=57;FSRF=61;FSRR=82;FWDB=-0.00300415;FXX=0.00706689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.849;QD=19.6254;RBI=0.00413352;REFB=-0.0113433;REVB=0.00283919;RO=139;SAF=81;SAR=57;SRF=58;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155307;STB=0.581758;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0108229;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:139:143:138:138:0.491103:57:81:58:81:57:81:61:82 chr17 21826256 . A G 272.57 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0118021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.769;QD=12.5321;RBI=0.0151438;REFB=-0.00963217;REVB=-0.00948921;RO=55;SAF=20;SAR=12;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102145;STB=0.558325;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0166266;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:12:20:39:16:12:20:39:16 chr17 22023528 . G C 276.66 PASS AF=0.442857;AO=29;DP=68;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0078487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.563;QD=15.8089;RBI=0.0154085;REFB=-0.00238012;REVB=0.0132597;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447486;STB=0.519913;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00317438;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:39:39:29:31:0.442857:15:14:19:20:17:14:19:20 chr17 22023591 . T C 305.11 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0158542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.722;QD=15.0671;RBI=0.0158905;REFB=5.88851e-06;REVB=-0.00107385;RO=47;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080021;STB=0.545427;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=2.39051e-05;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:24:10:17:30:24:10:17:30 chr17 25628820 . T C 180.71 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0133803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.508;QD=12.9076;RBI=0.0136118;REFB=-0.0100334;REVB=0.00249953;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110906;STB=0.553523;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.01956;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:20:13:11:11:20:14 chr17 25909850 . G T 445.59 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.47;QD=57.495;RBI=0.112177;REFB=0;REVB=0.0711806;RO=0;SAF=1;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752915;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:30:1:0:0:30:1:0:0 chr17 26089867 . T C 693.13 PASS AF=0.477124;AO=73;DP=153;FAO=73;FDP=153;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.00267475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.924;QD=18.121;RBI=0.02906;REFB=-0.0168571;REVB=-0.0289367;RO=79;SAF=37;SAR=36;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829977;STB=0.542216;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0236152;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:79:80:73:73:0.477124:36:37:47:32:36:37:47:33 chr17 26092631 . A G 1716.39 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394141;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.385;QD=59.7005;RBI=0.0446398;REFB=-0.418406;REVB=-0.0209582;RO=0;SAF=73;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00113387;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:114:115:0:1:114:114:0.991304:41:73:0:0:41:73:1:0 chr17 26604231 . G A 156.6 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00159968;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.418;QD=12.7833;RBI=0.015602;REFB=-0.00409183;REVB=-0.0155198;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13954;STB=0.581518;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00962435;OID=.;OPOS=26604231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:16:15:11:7:16:15 chr17 26672360 . G GC 305.25 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.1903;QD=45.2215;RBI=0.107842;REFB=0;REVB=-0.0628161;RO=2;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00608519;OID=.;OPOS=26672361;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:27:27:0:19:8:0:0:6:2:19:7:0:2 chr17 26676135 . C T 1339.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.203;QD=62.3134;RBI=0.067007;REFB=0;REVB=-0.022427;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284247;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:41:45:0:0:41:45:0:0 chr17 26684394 . T G 190.02 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6834;QD=47.5044;RBI=0.0515438;REFB=0;REVB=-0.000128332;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168583;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 26691321 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000215107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.864;QD=33.4285;RBI=0.000215107;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53863e-06;OID=.;OPOS=26691321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr17 26694861 . G A 910.27 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313718;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.545;QD=56.8917;RBI=0.0821071;REFB=-0.146569;REVB=0.0758775;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00127819;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:31:32:0:0:31:32:0:1 chr17 26696865 . G C,GC 41.22 PASS AF=0,0.176471;AO=4,9;DP=72;FAO=0,12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=0,10;FSAR=0,2;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.03352,0.0428239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.415,19.7559;QD=2.4245;RBI=0.0339418,0.0711294;REFB=0.00211037,-0.0391273;REVB=-0.00533454,-0.0567936;RO=59;SAF=4,7;SAR=0,2;SRF=33;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481511,0.286891;STB=0.5,0.766552;STBP=1,0.069;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.141563;OID=.,.;OPOS=26696865,26696866;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:72:68:59:56:4,9:0,12:0,0.176471:0,2:4,7:33:26:0,2:0,10:31:25 chr17 26699367 . G GC 227.98 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2556;QD=47.9954;RBI=0.0305138;REFB=0;REVB=-0.0244339;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00227925;OID=.;OPOS=26699368;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:19:19:0:6:13:0:0:4:1:5:13:1:0 chr17 26708300 . T C 1880.51 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0379751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.025;QD=60.6615;RBI=0.0422098;REFB=-0.100914;REVB=0.018427;RO=1;SAF=73;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940676;STB=0.50495;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000544487;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:123:123:0.991935:50:73:0:1:50:73:0:1 chr17 26708302 . G T 1768.77 PASS AF=0.96748;AO=119;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0662704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.859;QD=57.5208;RBI=0.0706703;REFB=-0.0757205;REVB=0.0245466;RO=2;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197796;STB=0.512016;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.000306372;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:123:2:4:119:119:0.96748:47:72:0:2:47:72:1:3 chr17 26727721 . GA G 1049.8 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3777;QD=48.2667;RBI=0.0786881;REFB=0;REVB=-0.0353289;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00136121;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:86:87:87:0:46:41:0:0:19:0:44:40:0:0 chr17 26925580 . CTTTTT CGTTTT,CTTTT,CTTTTC 47.58 PASS AF=0.0188679,0.283019,0.0377358;AO=2,16,2;DP=53;FAO=1,15,2;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=0,4,1;FSAR=1,11,1;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0084466,0.108951,0.0805463;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=149.034,10.1918,22.2221;QD=3.59103;RBI=0.0213266,0.109058,0.104365;REFB=-0.0072018,-0.131715,-0.0782169;REVB=-0.0195826,-0.00482611,0.0663649;RO=27;SAF=0,3,1;SAR=2,13,1;SRF=20;SRR=7;SSEN=0,0.330986,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.60589,-0.572066,-0.243975;STB=0.993408,0.777432,0.674146;STBP=0.236,0.018,0.687;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0613181,0.195784,0.10109;OID=.,.,.;OPOS=26925581,26925581,26925585;OREF=T,T,T;OALT=G,-,C;OMAPALT=CGTTTT,CTTTT,CTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0188679,0.283019,0.0377358:2,16,2:53:1,15,2:53:35:0,4,1:1,11,1:24:11:38:27:0,3,1:2,13,1:20:7 chr17 27009749 . C T 1299.49 PASS AF=0.935484;AO=87;DP=95;FAO=87;FDP=93;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00404563;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.169;QD=55.8918;RBI=0.0133554;REFB=-0.0227001;REVB=0.0127279;RO=6;SAF=35;SAR=52;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123563;STB=0.506535;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00160165;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:95:93:6:6:87:87:0.935484:52:35:3:3:52:35:3:3 chr17 27030690 . C T 299.15 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0382526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6441;QD=13.7538;RBI=0.0579832;REFB=-0.0361121;REVB=-0.0435751;RO=53;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141759;STB=0.580599;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0521415;OID=.;OPOS=27030690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:18:16:32:21:18:16:32:21 chr17 27083744 . CTTTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTTCT,TCTTTTTTTTTTTC 107.92 PASS AF=0.147059,0.558824,0.176471,0.0882353,0;AO=4,11,3,4,2;DP=36;FAO=5,19,6,3,0;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=3,10,6,3,0;FSAR=2,9,0,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.091256,0.170263,0.105623,0.00616079,0.0183634;FXX=0.0555401;HRUN=12,12,12,5,1;LEN=2,1,2,1,2;MLLD=7.37118,4.69625,6.66802,10.1288,130.857;QD=12.6966;RBI=0.094642,0.17319,0.112384,0.0783536,0.0212973;REFB=-0.169795,-0.292445,-0.277941,-0.161868,-0.00918611;REVB=0.0250888,0.0317045,0.0383896,0.078111,-0.0107872;RO=8;SAF=3,7,3,4,0;SAR=1,4,0,0,2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.149602,0.00898424,0.630366,0.67854,-0.634114;STB=0.571154,0.523785,0.5,0.5,0.5;STBP=0.62,0.511,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,ins,mnp;VARB=0.126155,0.0965878,0.169032,0.13645,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=27083745,27083745,27083756,27083758,27083744;OREF=TT,T,TC,-,CT;OALT=-,-,CT,T,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTTTCT,CTTTTTTTTTTTTCT,TCTTTTTTTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:36:34:8:1:4,11,3,4,2:5,19,6,3,0:0.147059,0.558824,0.176471,0.0882353,0:1,4,0,0,2:3,7,3,4,0:5:3:2,9,0,0,0:3,10,6,3,0:1:0 chr17 27185827 . C T 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.018;QD=60.0298;RBI=0.0395767;REFB=0;REVB=-0.0352353;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252266;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr17 27207453 . G A 754.81 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.322;QD=54.8954;RBI=0.0154605;REFB=-0.168285;REVB=0.00895392;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.50704;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00209909;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:35:19:0:0:35:19:0:1 chr17 27286851 . T C 657.83 PASS AF=0.458065;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.00245832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2829;QD=16.9763;RBI=0.0453322;REFB=-0.0230562;REVB=0.0452655;RO=84;SAF=44;SAR=27;SRF=38;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165416;STB=0.591938;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0279717;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:84:84:71:71:0.458065:27:44:38:46:27:44:38:46 chr17 27422053 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.564;QD=58.1388;RBI=0.140133;REFB=0;REVB=0.00609248;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101559;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr17 27424316 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0100443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.751;QD=19.0003;RBI=0.0277915;REFB=-0.0378267;REVB=0.0259129;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31729;STB=0.680634;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0190718;OID=.;OPOS=27424316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:6:11:5:12:6:11 chr17 27425172 . G A 261.7 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.10707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.554;QD=17.1605;RBI=0.108232;REFB=-0.0310663;REVB=0.0158177;RO=32;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307534;STB=0.51723;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0286909;OID=.;OPOS=27425172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:21:8:8:24:21:8:8:24 chr17 27438469 . G A 576.15 PASS AF=0.830508;AO=48;DP=59;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0310629;FXX=0.0166639;HRUN=6;LEN=1;MLLD=85.9074;QD=39.0608;RBI=0.0398598;REFB=-0.0230614;REVB=0.024978;RO=6;SAF=35;SAR=13;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174978;STB=0.580076;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00163876;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:59:59:6:10:48:49:0.830508:13:35:0:6:14:35:3:7 chr17 27441076 . TC GT,T,TG 711.77 PASS AF=0,0.0192308,0.980769;AO=3,6,37;DP=52;FAO=0,1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,24;FSAR=0,1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166201,0.0193762,0.0270925;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=144.085,166.433,174.086;QD=54.7518;RBI=0.0244068,0.0281477,0.0286839;REFB=0,0,0;REVB=0.0178736,0.020417,0.00942127;RO=0;SAF=3,5,14;SAR=0,1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,3.91909e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.0200672,0.00570793;OID=.,.,.;OPOS=27441076,27441077,27441077;OREF=TC,C,C;OALT=GT,-,G;OMAPALT=GT,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:52:52:0:0:3,6,37:0,1,51:0,0.0192308,0.980769:0,1,23:3,5,14:0:0:0,1,27:0,0,24:0:0 chr17 27580756 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00594939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.203;QD=16.034;RBI=0.00746537;REFB=-0.0200169;REVB=-0.0045096;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509692;STB=0.529259;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0298486;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:14:14:11:9:14:14 chr17 27588806 . C A 162.23 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.106741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.9237;QD=15.4506;RBI=0.126142;REFB=-0.0600317;REVB=-0.0672176;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376688;STB=0.707471;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.046342;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:22:24:17:18:0.428571:12:5:15:7:12:6:17:7 chr17 27588980 . CAG C 111.08 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0116326;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.757;QD=19.3174;RBI=0.0158839;REFB=-0.0179366;REVB=-0.0108157;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=del;VARB=0.019771;OID=.;OPOS=27588981;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:11:25:13:23:10:6:7:3:7:82:11:5:6:4:7 chr17 27835138 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.07;QD=48.7372;RBI=0.0230987;REFB=0;REVB=0.0216893;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187648;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr17 27889578 . T C 2735.84 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=111;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.919;QD=61.8269;RBI=0.0430159;REFB=-0.041595;REVB=0.0408454;RO=0;SAF=111;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503816;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=6.57714e-05;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:177:0:1:176:176:0.99435:65:111:0:0:65:111:0:1 chr17 27889963 . C G 280.11 PASS AF=0.37931;AO=30;DP=84;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00477009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.125;QD=12.8785;RBI=0.0128261;REFB=-0.0133829;REVB=0.0119061;RO=52;SAF=11;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290485;STB=0.652083;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0212287;OID=.;OPOS=27889963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:52:54:30:33:0.37931:19:11:33:19:21:12:33:21 chr17 27889986 . T C 1488.32 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.064;QD=62.6663;RBI=0.0792758;REFB=0;REVB=0.0792671;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140053;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:93:95:1:45:48:0:1:47:48:0:0 chr17 27901975 . A G 894.71 PASS AF=1;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00530797;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.637;QD=58.6692;RBI=0.0944077;REFB=0;REVB=-0.0942583;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031733;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:61:0:0:61:61:1:16:45:0:0:16:45:0:0 chr17 27904711 . G A 389.16 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0051057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1113;QD=15.113;RBI=0.0074897;REFB=-0.00938981;REVB=-0.00547974;RO=59;SAF=24;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205239;STB=0.51154;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.018145;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:59:44:44:0.427184:20:24:31:28:20:24:31:28 chr17 27905380 . G A 627.12 PASS AF=0.442308;AO=69;DP=156;FAO=69;FDP=156;FR=.;FRO=87;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00659145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.058;QD=16.0801;RBI=0.00953307;REFB=-0.00355724;REVB=-0.00688711;RO=87;SAF=39;SAR=30;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203435;STB=0.501133;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00453907;OID=.;OPOS=27905380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:87:69:69:0.442308:30:39:49:38:30:39:49:38 chr17 27959903 . G A 239.25 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0475765;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.834;QD=16.2201;RBI=0.0503938;REFB=-0.0173402;REVB=0.0166135;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172553;STB=0.572484;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0105243;OID=.;OPOS=27959903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:32:26:27:0.457627:9:17:16:17:10:17:16:16 chr17 28268800 . A C 284.62 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.005325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8293;QD=17.7886;RBI=0.0796038;REFB=0.00351543;REVB=0.0794255;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890631;STB=0.549866;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00195617;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:16:17:13:18:16:17 chr17 28296327 . T G 271.23 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=33;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.10853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5793;QD=30.1367;RBI=0.115233;REFB=-0.0325887;REVB=-0.0387301;RO=12;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124558;STB=0.569067;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0186217;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:36:12:12:21:24:0.666667:10:11:4:8:11:13:4:8 chr17 28320248 . T A 909.28 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.144;QD=57.7322;RBI=0.0237786;REFB=0;REVB=0.00337627;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3955e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr17 28381141 . C G 116.99 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0164539;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.63;QD=9.17565;RBI=0.0194892;REFB=-0.00218743;REVB=0.010445;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261609;STB=0.515768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00601148;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:36:15:15:0.294118:8:7:16:20:8:7:16:20 chr17 28407876 . T G 432.28 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0108796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2251;QD=16.1599;RBI=0.0419028;REFB=-0.00415536;REVB=0.0404657;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697038;STB=0.548631;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00527737;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:57:59:48:48:0.448598:21:27:28:29:21:27:28:31 chr17 28444183 . A C 254.05 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.102568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2308;QD=15.6335;RBI=0.111602;REFB=-0.0278979;REVB=-0.0439883;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103491;STB=0.505841;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0303497;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:19:17:14:15:19:17 chr17 28601208 . C T 339.99 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0142115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6572;QD=15.6319;RBI=0.0601057;REFB=-0.0174397;REVB=-0.0584014;RO=49;SAF=16;SAR=21;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240117;STB=0.628522;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.037169;OID=.;OPOS=28601208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:49:50:37:37:0.425287:21:16:33:16:21:16:33:17 chr17 28794020 . A G 1231.25 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358743;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2256;QD=60.8024;RBI=0.0557596;REFB=0;REVB=0.0426868;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218401;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:25:54:0:0:27:54:0:0 chr17 28853530 . A C 680.73 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.207;QD=61.8843;RBI=0.0605681;REFB=0;REVB=0.0319281;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215504;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:18:26:0:0 chr17 28900708 . G T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00512097;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=281.752;QD=54.0132;RBI=0.0149408;REFB=0.0481304;REVB=0.0140357;RO=2;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717646;STB=0.538439;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000302244;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:12:23:0:2:12:23:0:2 chr17 29486152 . G A 287.48 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0339777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.622;QD=13.5285;RBI=0.0421717;REFB=-0.00780176;REVB=-0.0249792;RO=52;SAF=14;SAR=19;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818688;STB=0.546734;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0125113;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:19:14:26:26:19:14:26:26 chr17 29496819 . C T 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0201858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3654;QD=10.2411;RBI=0.0208759;REFB=-0.0181744;REVB=-0.00532317;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0299046;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:11:8:5:5:11:8 chr17 29508775 . G A 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0578594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.971;QD=14.4906;RBI=0.057912;REFB=-0.00370739;REVB=-0.00246756;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785663;STB=0.545407;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00471752;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:18:12:9:10:18:12 chr17 29553485 . G A 276.2 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0138836;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.064;QD=18.7251;RBI=0.0478864;REFB=-0.00185969;REVB=-0.0458296;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793627;STB=0.558581;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00284977;OID=.;OPOS=29553485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:29:29:30:0.508475:17:12:15:15:18:12:15:14 chr17 29632241 . T C 190.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000942907;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.12;QD=14.6771;RBI=0.0415672;REFB=-0.0189634;REVB=0.0415565;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585566;STB=0.519067;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0210945;OID=.;OPOS=29632241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:8:14:20:9:8:14:20:10 chr17 29845591 . C T 249.76 PASS AF=0.394737;AO=26;DP=70;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.166546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9781;QD=13.1454;RBI=0.167121;REFB=-0.00977693;REVB=-0.0138553;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115848;STB=0.612491;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0169837;OID=.;OPOS=29845591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:44:46:26:30:0.394737:12:14:19:25:12:18:19:27 chr17 29855661 . G A 319.23 PASS AF=0.53125;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0225138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=19.9521;RBI=0.0252627;REFB=-0.0427879;REVB=0.01146;RO=30;SAF=25;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133071;STB=0.578405;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0327953;OID=.;OPOS=29855661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:30:30:33:34:0.53125:8:25:19:11:8:26:19:11 chr17 29859016 . G A 308.32 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00705372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7689;QD=15.8111;RBI=0.0440382;REFB=-0.0206757;REVB=0.0434696;RO=43;SAF=26;SAR=8;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328449;STB=0.693212;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0391214;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:8:26:20:23:8:26:20:24 chr17 29859506 . G T 696.63 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00295694;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.23;QD=51.6023;RBI=0.0732743;REFB=-0.159706;REVB=0.0732147;RO=1;SAF=41;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049451;STB=0.51793;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00837999;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:1:2:50:52:0.962963:9:41:0:1:10:42:1:1 chr17 29890870 . C G 701.01 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.01887;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.956;QD=60.9571;RBI=0.0417525;REFB=-0.118633;REVB=-0.037245;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000553702;OID=.;OPOS=29890870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:44:45:0.978261:15:29:1:0:15:30:1:0 chr17 30183857 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.152;QD=57.0001;RBI=0.0205187;REFB=0;REVB=0.00514018;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80228e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 30222002 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.004;QD=60.6074;RBI=0.0752401;REFB=0;REVB=0.00784348;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287104;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 30470028 . G GC 55.51 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0489292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.0224;QD=6.72878;RBI=0.0533459;REFB=-0.0508705;REVB=-0.0212536;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348022;STB=0.657299;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.0368157;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:12:34:13:33:20:5:8:13:7:55:21:4:8:14:7 chr17 30533970 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0300899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.223;QD=12.9748;RBI=0.0387575;REFB=-0.0263277;REVB=-0.0244282;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0503864;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:8:10:5:7:8:10 chr17 31268378 . C T 411.34 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00990395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.824;QD=21.0942;RBI=0.0122963;REFB=-0.0179469;REVB=-0.00728775;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572875;STB=0.524988;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0185437;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:20:21:16:20:20:21:17:20 chr17 31340682 . C T 1955.04 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345536;FXX=0.0230751;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2047;QD=61.576;RBI=0.0353698;REFB=0;REVB=0.00755444;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864243;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:127:0:0:123:127:1:59:64:0:0:63:64:0:0 chr17 31340747 . T C 898.9 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=183;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0339241;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5289;QD=19.7559;RBI=0.0554018;REFB=-0.00165712;REVB=0.0438009;RO=92;SAF=45;SAR=45;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998096;STB=0.505493;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00125339;OID=.;OPOS=31340747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:92:92:90:90:0.494505:45:45:45:47:45:45:45:47 chr17 31618551 . G A 758.09 PASS AF=0.462428;AO=80;DP=173;FAO=80;FDP=173;FR=.;FRO=93;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.00256414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2148;QD=17.5281;RBI=0.037082;REFB=-0.0163147;REVB=0.0369932;RO=93;SAF=49;SAR=31;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207945;STB=0.615211;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0200257;OID=.;OPOS=31618551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:93:80:80:0.462428:31:49:37:56:31:49:37:56 chr17 31618732 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.643;QD=47.8209;RBI=0.0500425;REFB=0;REVB=-0.0499316;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472556;OID=.;OPOS=31618732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr17 32483237 . A G 354.31 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00825354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.066;QD=21.4731;RBI=0.0165132;REFB=-0.00672617;REVB=-0.0143026;RO=29;SAF=11;SAR=25;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127919;STB=0.564934;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00833563;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:30:36:36:0.545455:25:11:13:16:25:11:13:17 chr17 32483270 . C G 427.09 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0795659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7425;QD=24.7588;RBI=0.0800916;REFB=-0.0135365;REVB=-0.00916129;RO=28;SAF=12;SAR=29;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114757;STB=0.563075;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00719094;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:29:12:12:16:29:12:12:16 chr17 32583269 . T C 868.61 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.632;QD=56.958;RBI=0.0652458;REFB=0;REVB=0.0478858;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169224;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:35:26:0:0 chr17 32583911 . C T 1393.47 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0955795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1819;QD=62.6279;RBI=0.0973144;REFB=0;REVB=0.0182935;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317249;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr17 32647831 . A C 184.54 PASS AF=0.375;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.005754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8581;QD=11.5339;RBI=0.0121084;REFB=-0.023811;REVB=-0.0106539;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140073;STB=0.557095;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0407189;OID=.;OPOS=32647831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:39:40:23:24:0.375:10:13:17:22:11:13:18:22 chr17 32904586 . C T 1540.52 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7611;QD=59.8259;RBI=0.0205791;REFB=0;REVB=-0.00194138;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103543;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:41:62:0:0:41:62:0:0 chr17 32953258 . G A 313.2 PASS AF=0.5;AO=31;DP=65;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.0157345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7254;QD=18.4234;RBI=0.152708;REFB=-0.0232104;REVB=0.151896;RO=34;SAF=24;SAR=7;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270768;STB=0.555525;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0275122;OID=.;OPOS=32953258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:34:34:31:34:0.5:7:24:27:7:10:24:27:7 chr17 33286664 . A G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00369999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.385;QD=19.6663;RBI=0.00766318;REFB=-0.0166511;REVB=0.00671077;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516512;STB=0.528708;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.01666;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:16:16:19:15:16:16 chr17 33288363 . C T 1403.18 PASS AF=0.536585;AO=132;DP=246;FAO=132;FDP=246;FR=.;FRO=114;FSAF=34;FSAR=98;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.0292417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.729;QD=22.8159;RBI=0.0295773;REFB=-0.0116169;REVB=-0.00444298;RO=114;SAF=34;SAR=98;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219406;STB=0.620322;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0128247;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:114:114:132:132:0.536585:98:34:55:59:98:34:55:59 chr17 33288882 . T G 1539.99 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.705;QD=62.8568;RBI=0.0229016;REFB=0;REVB=0.011762;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214785;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:98:0:0:94:98:1:64:30:0:0:64:34:0:0 chr17 33289113 . AAG A 37.81 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.143584;FXX=0.0256345;HRUN=5;LEN=2;MLLD=23.1336;QD=3.98019;RBI=0.158112;REFB=-0.0685029;REVB=-0.0662059;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00462376;STB=0.502952;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.177815;OID=.;OPOS=33289114;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:9:43:9:38:29:4:5:13:16:37:29:4:5:13:16 chr17 33289937 . A T 337.48 PASS AF=0.529412;AO=32;DP=64;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0233355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=19.8517;RBI=0.024867;REFB=0.00422539;REVB=0.00859198;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119597;STB=0.503309;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.00186004;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:31:32:32:36:0.529412:13:19:18:13:16:20:18:14 chr17 33448818 . T C 1312.49 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00575716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3154;QD=58.333;RBI=0.0827788;REFB=0.0204295;REVB=-0.0825783;RO=3;SAF=51;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270559;STB=0.514282;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00176513;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:3:3:87:87:0.966667:36:51:3:0:36:51:3:0 chr17 33454415 . C A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.964;QD=62.9829;RBI=0.0328515;REFB=0;REVB=0.0104143;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21305e-05;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr17 33464864 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6768;QD=57.2372;RBI=0.0722902;REFB=0;REVB=0.0678176;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440816;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr17 33469279 . G C 483.05 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1735;QD=58.5515;RBI=0.125627;REFB=0;REVB=-0.072507;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00303483;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr17 33520965 . G A 460.63 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00628301;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.356;QD=20.9379;RBI=0.0218459;REFB=-0.0441214;REVB=-0.0209228;RO=43;SAF=28;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100863;STB=0.555879;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0246198;OID=.;OPOS=33520965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:43:43:45:45:0.511364:17:28:22:21:17:28:22:21 chr17 33521276 . C T 226.79 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00771996;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5177;QD=15.3759;RBI=0.0469006;REFB=-0.0175833;REVB=-0.0462609;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215724;STB=0.513079;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0202203;OID=.;OPOS=33521276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:31:33:26:26:0.440678:12:14:16:15:12:14:17:16 chr17 33680807 . G A 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000421034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0396;QD=49.5822;RBI=0.10309;REFB=0;REVB=-0.10309;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204277;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr17 33680811 . C A 55.79 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0278958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.364;QD=10.6275;RBI=0.0347296;REFB=-0.0127235;REVB=-0.0206875;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380118;STB=0.731115;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.044349;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:8:5:6:2:8:5 chr17 33680840 . T C 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5448;QD=58.6466;RBI=0.0466207;REFB=-0.023351;REVB=0.0425963;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00183276;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr17 33689926 . T C 2215.49 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1303;QD=63.2996;RBI=0.0550265;REFB=0;REVB=-0.0321726;RO=0;SAF=81;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292052;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:59:81:0:0:59:81:0:0 chr17 33690466 . C A 155.65 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0265962;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.137;QD=22.2361;RBI=0.027594;REFB=-0.0224452;REVB=-0.00735333;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307894;STB=0.642693;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0174115;OID=.;OPOS=33690466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:12:15:16:0.571429:7:8:2:11:8:8:2:10 chr17 33749546 . A G 129.66 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0142925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.918;QD=13.2983;RBI=0.0224448;REFB=-0.005786;REVB=-0.0173058;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.636198;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0189145;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:24:24:12:15:0.384615:6:6:18:6:7:8:18:6 chr17 33749919 . A C 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0370488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.302;QD=17.56;RBI=0.0372102;REFB=-0.00644024;REVB=-0.0034617;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381964;STB=0.714081;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0076452;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:18:3:10:8:18:3 chr17 33768199 . G A 456.86 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0312132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.152;QD=16.7655;RBI=0.0438562;REFB=-0.00505504;REVB=-0.0308076;RO=56;SAF=26;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697832;STB=0.533711;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00506613;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:56:59:50:50:0.458716:24:26:25:31:24:26:27:32 chr17 33768334 . T G 393.33 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00143145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.105;QD=15.4248;RBI=0.00531678;REFB=-0.0153623;REVB=0.00512046;RO=55;SAF=23;SAR=20;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106324;STB=0.516122;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0218001;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:55:58:43:44:0.431373:20:23:30:25:20:24:30:28 chr17 33768354 . C T 273.7 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0482056;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0709;QD=17.6579;RBI=0.0535466;REFB=-0.015981;REVB=0.0233122;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592805;STB=0.549323;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0151222;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:32:29:30:0.483871:14:15:15:18:14:16:14:18 chr17 33769034 . G A 128.59 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=26;FWDB=-0.00255732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.026;QD=5.53079;RBI=0.0468225;REFB=0.000952506;REVB=-0.0467526;RO=73;SAF=14;SAR=6;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799624;STB=0.550317;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00887125;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:73:20:20:0.215054:6:14:47:26:6:14:47:26 chr17 33769038 . C A 70.66 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0205736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.349;QD=2.82623;RBI=0.0217718;REFB=-0.00259736;REVB=0.00712304;RO=86;SAF=9;SAR=5;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449004;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185072;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:5:9:55:31:5:9:55:31 chr17 33802156 . T G 700.12 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00307954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.66;QD=22.226;RBI=0.0344247;REFB=-0.012021;REVB=0.0342867;RO=58;SAF=40;SAR=28;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314429;STB=0.517236;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00885966;OID=.;OPOS=33802156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:58:58:68:68:0.539683:28:40:32:26:28:40:32:26 chr17 33805150 . T C 282.76 PASS AF=0.342857;AO=35;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0143941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2529;QD=10.7717;RBI=0.0277493;REFB=-0.012665;REVB=0.0237241;RO=68;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653237;STB=0.522376;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0224769;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:69:35:36:0.342857:20:15:33:35:20:16:33:36 chr17 33805180 . G C 312.43 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0251635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.879;QD=12.1331;RBI=0.0259167;REFB=-0.00954947;REVB=-0.00620274;RO=65;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848247;STB=0.504852;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0234611;OID=.;OPOS=33805180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:19:19:33:32:19:19:33:32 chr17 33806841 . AG A 538.41 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00242682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.904;QD=21.1142;RBI=0.00701;REFB=-0.0153069;REVB=-0.00657652;RO=46;SAF=32;SAR=23;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157784;STB=0.581788;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=0.0200546;OID=.;OPOS=33806842;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539216:55:102:55:102:47:32:23:19:28:99:46:32:23:18:28 chr17 33875262 . T A 166.3 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=41;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00578843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.182;QD=15.4701;RBI=0.028515;REFB=-0.0242829;REVB=0.0279213;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243225;STB=0.651989;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0538656;OID=.;OPOS=33875262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:25:16:18:0.418605:12:4:11:13:14:4:11:14 chr17 33880003 . C G 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0241413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.686;QD=15.2602;RBI=0.0255656;REFB=-0.00112603;REVB=-0.00841426;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00218681;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:8:8:7:6:8:8 chr17 33881631 . T C 437.1 PASS AF=0.406504;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=123;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.0333876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.203;QD=14.2147;RBI=0.0345325;REFB=-0.00292009;REVB=0.00881834;RO=71;SAF=33;SAR=17;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236735;STB=0.641458;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00578123;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:71:73:50:50:0.406504:17:33:31:40:17:33:31:42 chr17 33881718 . G A 476.69 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0305657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.7303;QD=19.4566;RBI=0.0409364;REFB=-0.000463876;REVB=0.027231;RO=50;SAF=28;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181305;STB=0.595704;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0006945;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:19:28:20:30:19:28:21:30 chr17 33884804 . T C 457.86 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00190622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.155;QD=20.5779;RBI=0.0145964;REFB=-0.00994341;REVB=0.0144714;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042787;STB=0.529946;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00978574;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:44:44:44:45:0.505618:18:26:28:16:19:26:28:16 chr17 33901965 . C G 598.66 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684407;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.599;QD=61.4005;RBI=0.0550615;REFB=0;REVB=0.0546345;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145294;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr17 34050934 . C T 824.58 PASS AF=0.497041;AO=84;DP=169;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0337525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5392;QD=19.5168;RBI=0.0624245;REFB=-0.0129926;REVB=0.0525128;RO=84;SAF=46;SAR=38;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503267;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0110732;OID=.;OPOS=34050934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:84:85:84:84:0.497041:38:46:46:38:38:46:46:39 chr17 34069578 . C T 315.91 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0522689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.854;QD=25.2725;RBI=0.0527408;REFB=-0.0294543;REVB=0.00703942;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156393;STB=0.592752;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0293691;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:16:11:5:17:16:12:5:17 chr17 34070289 . C T 377.52 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.025055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7448;QD=21.8853;RBI=0.0804853;REFB=-0.0192812;REVB=0.0764862;RO=31;SAF=27;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175785;STB=0.597393;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.02148;OID=.;OPOS=34070289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:11:27:16:15:11:27:16:15 chr17 34070299 . G A 344.88 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00915912;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.921;QD=21.2233;RBI=0.0784999;REFB=-0.0208082;REVB=0.0779637;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102272;STB=0.562464;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0135305;OID=.;OPOS=34070299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:28:30:34:35:0.538462:14:20:13:15:14:21:14:16 chr17 34073301 . C T 846.59 PASS AF=0.408696;AO=94;DP=229;FAO=94;FDP=230;FR=.;FRO=136;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=87;FSRR=49;FWDB=-0.00312818;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.112;QD=14.7233;RBI=0.0142144;REFB=-0.0156067;REVB=-0.0138659;RO=127;SAF=47;SAR=47;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117836;STB=0.582592;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0159846;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:230:127:136:94:94:0.408696:47:47:78:49:47:47:87:49 chr17 34091078 . C G 1232.66 PASS AF=0.567961;AO=117;DP=207;FAO=117;FDP=206;FR=.;FRO=89;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.0190334;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1414;QD=23.9352;RBI=0.0316742;REFB=-0.0554274;REVB=-0.0253177;RO=89;SAF=53;SAR=64;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084791;STB=0.541038;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0332012;OID=.;OPOS=34091078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:89:89:117:117:0.567961:64:53:31:58:64:53:32:57 chr17 34093597 . T C 453.33 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.000767067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.004;QD=16.3363;RBI=0.0147882;REFB=-0.0285271;REVB=0.0147683;RO=61;SAF=26;SAR=24;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134963;STB=0.575134;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0259487;OID=.;OPOS=34093597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:61:50:50:0.45045:24:26:40:21:24:26:40:21 chr17 34093663 . G A 325.05 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=28;FWDB=-0.0317278;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.601;QD=11.4052;RBI=0.0325525;REFB=-0.0214362;REVB=-0.00728056;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768975;STB=0.578909;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0504794;OID=.;OPOS=34093663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:114:63:74:40:40:0.350877:20:20:36:27:20:20:46:28 chr17 34093681 . G A 481.47 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0390486;FXX=0.0258598;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0688;QD=17.0431;RBI=0.061109;REFB=-0.0349985;REVB=0.0470055;RO=61;SAF=28;SAR=24;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294163;STB=0.516387;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0185524;OID=.;OPOS=34093681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:113:61:61:52:52:0.460177:24:28:31:30:24:28:31:30 chr17 34100350 . G C,GC 996.04 PASS AF=0,1;AO=3,60;DP=70;FAO=0,68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328058,0.00994929;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=194.412,220.274;QD=58.5906;RBI=0.0384047,0.0309757;REFB=0,0;REVB=0.0199674,0.0293344;RO=2;SAF=2,17;SAR=1,43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272699,-0.0523295;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.024044,-4.62667e-06;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:70:68:2:0:3,60:0,68:0,1:1,43:2,17:2:0:0,45:0,23:0:0 chr17 34182341 . G A 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00148976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.143;QD=18.4899;RBI=0.00731953;REFB=-0.0119167;REVB=0.00716631;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840968;STB=0.5479;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0118104;OID=.;OPOS=34182341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:6:16:17:9:6:16:17:9 chr17 34195739 . T C 329.7 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.025212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.403;QD=19.9817;RBI=0.0252832;REFB=-0.0212885;REVB=-0.00189621;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216225;STB=0.61532;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00769538;OID=.;OPOS=34195739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:34:35:0.530303:19:15:21:9:20:15:21:10 chr17 34215825 . T C 498.93 PASS AF=0.376543;AO=59;DP=161;FAO=61;FDP=162;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=0.0164309;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.423;QD=12.3193;RBI=0.0168944;REFB=-0.0175104;REVB=-0.00393039;RO=99;SAF=25;SAR=34;SRF=64;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242146;STB=0.629213;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0149845;OID=.;OPOS=34215825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:99:101:59:61:0.376543:34:25:64:35:34:27:66:35 chr17 34216624 . G C 295.57 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0270935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4292;QD=28.8361;RBI=0.052997;REFB=-0.0383337;REVB=0.045548;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.635258;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0252878;OID=.;OPOS=34216624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:15:25:26:0.634146:14:11:12:3:15:11:12:3 chr17 34257637 . T C 425.12 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0121186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.359;QD=24.2928;RBI=0.0159309;REFB=-0.0206825;REVB=0.0103408;RO=29;SAF=29;SAR=12;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154569;STB=0.50847;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.01633;OID=.;OPOS=34257637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:12:29:21:8:12:29:21:8 chr17 34264859 . A G 559.88 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0192608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.49;QD=17.4962;RBI=0.0193259;REFB=-0.0138165;REVB=0.00158497;RO=69;SAF=26;SAR=33;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134311;STB=0.574645;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0138742;OID=.;OPOS=34264859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:69:69:59:59:0.460938:33:26:40:29:33:26:40:29 chr17 34303694 . T C 30.49 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0148905;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=113.881;QD=1.69375;RBI=0.133002;REFB=-0.00591467;REVB=-0.132166;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158656;STB=0.637753;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0360438;OID=.;OPOS=34303694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:67:72:60:65:7:7:0.0972222:4:3:34:26:4:3:38:27 chr17 34328461 . A G 1008.48 PASS AF=1;AO=59;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.696;QD=59.3226;RBI=0.0410109;REFB=0;REVB=-0.0132498;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03892e-05;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:59:68:1:29:30:0:0:30:38:0:0 chr17 34340284 . C T 1914.93 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.269;QD=61.772;RBI=0.00894466;REFB=0;REVB=-0.00330862;RO=0;SAF=76;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78325e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:48:76:0:0:48:76:0:0 chr17 34391783 . C T 152.74 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0324155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8684;QD=13.5771;RBI=0.0346599;REFB=-0.00701292;REVB=0.0122696;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115119;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.016018;OID=.;OPOS=34391783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:8:9:14:13:8:9:14:14 chr17 34431287 . G T 1552.93 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01934;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.878;QD=59.7282;RBI=0.0309805;REFB=0;REVB=0.0242024;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89655e-05;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:98:104:1:58:40:0:0:62:42:0:0 chr17 34431961 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0970863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.556;QD=46.8403;RBI=0.103442;REFB=0;REVB=0.0357004;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649169;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 34871721 . T C 330.1 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0153972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.228;QD=31.4379;RBI=0.0235162;REFB=-0.0323075;REVB=0.0177745;RO=14;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440104;STB=0.524121;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0136091;OID=.;OPOS=34871721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:16:12:7:7:16:12:7:7 chr17 34893326 . A G 305.36 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0217368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.674;QD=17.7019;RBI=0.0291981;REFB=-0.00499162;REVB=0.0194946;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713565;STB=0.53994;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00477655;OID=.;OPOS=34893326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:19:14:18:18:19:14:18:18 chr17 34958598 . G C 955.47 PASS AF=0.531429;AO=92;DP=174;FAO=93;FDP=175;FR=.;FRO=82;FSAF=66;FSAR=27;FSRF=58;FSRR=24;FWDB=0.00140643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.397;QD=21.8393;RBI=0.00524654;REFB=-0.00954861;REVB=0.00505452;RO=82;SAF=66;SAR=26;SRF=58;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106354;STB=0.50134;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00718183;OID=.;OPOS=34958598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:82:82:92:93:0.531429:26:66:58:24:27:66:58:24 chr17 35478362 . T C 726.87 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0101738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.804;QD=52.863;RBI=0.0190591;REFB=0.0220468;REVB=0.0161166;RO=2;SAF=17;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522466;STB=0.527767;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000995903;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:36:17:2:0:36:17:2:0 chr17 35608999 . A AC,G 33.69 PASS AF=0.227273,0.0909091;AO=6,2;DP=22;FAO=5,2;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=1,2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0407485,-0.00636621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=19.4589,164.066;QD=6.12522;RBI=0.0897487,0.0079259;REFB=-0.0582764,0.00392715;REVB=-0.0799649,0.00472136;RO=14;SAF=4,0;SAR=2,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.11111,-0.576453;STB=0.726282,0.994743;STBP=0.293,0.173;TYPE=ins,snp;VARB=0.185495,0.062444;OID=.,.;OPOS=35609000,35608999;OREF=-,A;OALT=C,G;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:22:22:14:15:6,2:5,2:0.227273,0.0909091:2,2:4,0:8:6:1,2:4,0:8:7 chr17 35615189 . G A 67.85 PASS AF=0.133929;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=112;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=-0.0092922;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2118;QD=2.4233;RBI=0.111834;REFB=-0.000106803;REVB=-0.111447;RO=88;SAF=11;SAR=4;SRF=65;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853756;STB=0.585314;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00717916;OID=.;OPOS=35615189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:103:112:88:97:15:15:0.133929:4:11:65:23:4:11:63:34 chr17 35696804 . G A 205.59 PASS AF=0.730769;AO=17;DP=24;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0129716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.634;QD=31.6297;RBI=0.0177958;REFB=-0.0220807;REVB=0.0121831;RO=7;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817028;STB=0.53421;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00877815;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:26:7:7:17:19:0.730769:5:12:4:3:6:13:4:3 chr17 35696820 . AAAAG A,AAGAG 134.44 PASS AF=0.526316,0.210526;AO=10,4;DP=19;FAO=10,4;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=6,4;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0233192,0.0158904;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=4,1;MLLD=200.598,98.83;QD=28.3031;RBI=0.0244006,0.0170385;REFB=-0.102657,-0.0843429;REVB=0.0071838,0.00614864;RO=4;SAF=6,4;SAR=4,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0802204,0.687804;STB=0.5,0.996097;STBP=1,0.119;TYPE=del,snp;VARB=0.0171491,-0.0152907;OID=.,.;OPOS=35696821,35696822;OREF=AAAG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316,0.210526:10,4:19:10,4:19:5:6,4:4,0:3:2:30:4:6,4:4,0:3:1 chr17 35743010 . C G 1091.02 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05754;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9633;QD=59.7818;RBI=0.0989173;REFB=0;REVB=0.0804598;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264625;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:33:40:0:0 chr17 35771468 . C T 490.04 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0580403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5408;QD=56.004;RBI=0.0588735;REFB=0.0727271;REVB=0.00986942;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00353727;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:1:0:18:16:1:0 chr17 35873399 . TA T 1756.71 PASS AF=1;AO=140;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8403;QD=47.1599;RBI=0.0334719;REFB=0;REVB=-0.0200979;RO=0;SAF=50;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.75174e-05;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:140:147:149:149:0:57:92:0:0:32:0:50:90:0:0 chr17 35902225 . C G 1306.22 PASS AF=1;AO=68;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202591;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.117;QD=59.3735;RBI=0.203828;REFB=0;REVB=-0.0224217;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166873;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:68:88:1:40:28:0:0:46:42:0:0 chr17 36358195 . T G 90.08 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0044741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8609;QD=16.3785;RBI=0.101278;REFB=-0.0379785;REVB=0.101179;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38778;STB=0.719663;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.038139;OID=.;OPOS=36358195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:10:1:6:5:10:1 chr17 36358847 . T A 3041.81 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1324;QD=63.0427;RBI=0.0873545;REFB=-0.057221;REVB=0.0734943;RO=1;SAF=133;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600982;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:192:193:1:0:191:193:1:58:133:1:0:58:135:0:0 chr17 36635721 . C T 1007.61 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6662;QD=59.2712;RBI=0.0831071;REFB=0;REVB=0.0815952;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314877;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr17 36646386 . A G 3735.41 PASS AF=0.991632;AO=238;DP=241;FAO=237;FDP=239;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00856199;FXX=0.00829841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.117;QD=62.5173;RBI=0.0456195;REFB=-0.0350669;REVB=0.0448088;RO=0;SAF=101;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=2.05839e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:241:239:0:2:238:237:0.991632:137:101:0:0:136:101:0:2 chr17 36654005 . C T 34.72 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0479933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.454;QD=5.14305;RBI=0.0747083;REFB=-0.0369838;REVB=-0.0572535;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458712;STB=0.7992;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.122112;OID=.;OPOS=36654005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:20:21:6:6:0.222222:4:2:15:5:4:2:16:5 chr17 36699322 . A G 213.99 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00221785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0728;QD=15.0171;RBI=0.0638528;REFB=-0.0181942;REVB=0.0638143;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.559275;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.014996;OID=.;OPOS=36699322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:23:25:0.438596:11:12:20:11:12:13:20:12 chr17 36700163 . C T 2124.7 PASS AF=0.542781;AO=175;DP=377;FAO=203;FDP=374;FR=.;FRO=171;FSAF=107;FSAR=96;FSRF=79;FSRR=92;FWDB=0.0143994;FXX=0.0131923;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.287;QD=22.7241;RBI=0.0145012;REFB=-0.00709223;REVB=-0.00171506;RO=137;SAF=84;SAR=91;SRF=53;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757647;STB=0.529756;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00702521;OID=.;OPOS=36700163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:374:137:171:175:203:0.542781:91:84:53:84:96:107:79:92 chr17 36731195 . T C 153.83 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0241513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5877;QD=11.6101;RBI=0.0388827;REFB=0.00132016;REVB=-0.0304726;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161926;STB=0.516262;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.00843708;OID=.;OPOS=36731195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:6:13:23:10:6:13:24:10 chr17 36861983 . T C 1029.79 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203074;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4172;QD=58.8449;RBI=0.0225881;REFB=0;REVB=0.00989087;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345576;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:41:29:0:0 chr17 36868130 . G A 160.34 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0174885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1;QD=14.9154;RBI=0.0225119;REFB=-0.0205257;REVB=-0.0141753;RO=24;SAF=16;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314257;STB=0.707682;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0468853;OID=.;OPOS=36868130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:2:16:17:7:2:16:17:8 chr17 36878952 . TCTC T 376.03 PASS AF=0.449438;AO=37;DP=90;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.041775;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.757;QD=16.9001;RBI=0.0417924;REFB=-0.0450357;REVB=0.00120566;RO=48;SAF=13;SAR=24;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254309;STB=0.630187;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0535827;OID=.;OPOS=36878953;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.449438:37:90:40:89:49:15:25:30:19:99:48:13:24:29:19 chr17 36906401 . T A 258.98 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=90;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0232471;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.151;QD=11.6395;RBI=0.0275302;REFB=-0.00440773;REVB=-0.0147474;RO=58;SAF=21;SAR=10;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131648;STB=0.57642;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.019697;OID=.;OPOS=36906401;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:58:58:31:31:0.348315:10:21:33:25:10:21:33:25 chr17 36906480 . G A 582.33 PASS AF=0.675325;AO=46;DP=71;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.17264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.0406;QD=30.2508;RBI=0.211115;REFB=-0.0685117;REVB=0.121512;RO=25;SAF=19;SAR=27;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172458;STB=0.57055;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0335631;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:25:25:46:52:0.675325:27:19:17:8:28:24:17:8 chr17 36909061 . A G 988.28 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.585;QD=59.002;RBI=0.0137666;REFB=0;REVB=-3.73696e-05;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27386e-05;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:22:42:0:0:22:45:0:0 chr17 36909499 . A T 628.2 PASS AF=0.563636;AO=61;DP=109;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00201755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.205;QD=22.8435;RBI=0.00930374;REFB=-0.00880744;REVB=0.00908235;RO=48;SAF=27;SAR=34;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113115;STB=0.557359;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00564351;OID=.;OPOS=36909499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:48:48:61:62:0.563636:34:27:28:20:34:28:28:20 chr17 36922839 . C G 293.08 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00244522;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.145;QD=16.9901;RBI=0.119784;REFB=-0.0223385;REVB=-0.119759;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111878;STB=0.562579;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0294214;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:37:32:32:0.463768:14:18:25:12:14:18:25:12 chr17 36926731 . T G 325.1 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0250481;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5214;QD=17.1106;RBI=0.0518754;REFB=-0.0370845;REVB=0.0454274;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767679;STB=0.516607;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0405515;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:41:35:35:0.460526:19:16:20:17:19:16:20:21 chr17 36926767 . G A 406.56 PASS AF=0.56338;AO=33;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00079013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.677;QD=22.9049;RBI=0.0162836;REFB=-0.016196;REVB=0.0162644;RO=30;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.604929;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00930478;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:31:33:40:0.56338:18:15:18:12:25:15:19:12 chr17 36966825 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 114.87 PASS AF=0.588235,0.411765;AO=6,6;DP=18;FAO=10,7;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,7;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250578,0.031503;FXX=0.0555247;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=11.4749,16.5352;QD=27.0273;RBI=0.424543,0.186316;REFB=0.000715332,-0.0177023;REVB=0.423803,0.183634;RO=2;SAF=5,6;SAR=1,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.209294,0.767694;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.105318,-0.0253659;OID=.,.;OPOS=36966826,36966832;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.588235,0.411765:6,6:18:10,7:17:0:7,7:3,0:0:0:17:2:5,6:1,0:1:1 chr17 36990036 . GCCCTA GCCTAC,GCCTA 356.96 PASS AF=0,0.48;AO=4,32;DP=97;FAO=0,48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=0,22;FSAR=0,26;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0542299,-0.150386;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=17.4348,18.0785;QD=14.2785;RBI=0.105074,0.150389;REFB=-0.0325381,-1.62896e-06;REVB=0.0899983,0.000990375;RO=31;SAF=3,15;SAR=1,17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.411168;SSSB=0.358753,0.043943;STB=0.5,0.541649;STBP=1,0.473;TYPE=mnp,del;VARB=0.0229078,-0.00970226;OID=.,.;OPOS=36990039,36990037;OREF=CTA,C;OALT=TAC,-;OMAPALT=GCCTAC,GCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.48:4,32:97:0,48:100:52:0,22:0,26:28:24:99:31:3,15:1,17:13:18 chr17 37017938 . G A 190.05 PASS AF=0.393443;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0311939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.2286;QD=12.4621;RBI=0.0350331;REFB=-0.0137246;REVB=0.0159455;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430735;STB=0.549197;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0451242;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:33:37:23:24:0.393443:10:13:20:13:11:13:23:14 chr17 37017969 . T G 276.06 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0321113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1379;QD=15.7748;RBI=0.0374432;REFB=0.008927;REVB=0.0192576;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986267;STB=0.55552;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00912088;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:24:15:15:16:24:15 chr17 37070658 . A G 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0207922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0869;QD=11.2594;RBI=0.05003;REFB=-0.0332386;REVB=-0.0455048;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05261;STB=0.530457;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0514139;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:15:14:24:31:15:14:24:31 chr17 37076331 . G A 894.04 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0476534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.663;QD=55.018;RBI=0.0486741;REFB=-0.152202;REVB=0.00991533;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349417;STB=0.518513;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000845522;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:26:37:0:2:26:37:0:2 chr17 37101380 . T C 1005.89 PASS AF=0.972603;AO=54;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00603964;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.293;QD=55.1171;RBI=0.0315232;REFB=-0.0829696;REVB=0.0309392;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501764;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000380915;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:73:0:2:54:71:0.972603:18:36:0:0:31:40:1:1 chr17 37213317 . C A 215.49 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0330953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.844;QD=29.7229;RBI=0.0771544;REFB=-0.0343387;REVB=0.0696958;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059495;STB=0.532839;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0169152;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:4:5:9:11:4:5 chr17 37228765 . A G 172.96 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.00612143;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.259;QD=11.3414;RBI=0.0235726;REFB=-0.0178559;REVB=-0.0227639;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302762;STB=0.517595;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0387043;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:13:9:17:22:13:9:17:22 chr17 37263830 . G T 339.29 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00152493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.783;QD=20.5632;RBI=0.0207465;REFB=-0.0250069;REVB=-0.0206904;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925507;STB=0.554699;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0213963;OID=.;OPOS=37263830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:31:35:35:0.530303:12:23:16:13:12:23:17:14 chr17 37331629 . GC CG,G 34.95 PASS AF=0,0.204082;AO=6,28;DP=99;FAO=0,20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=0,11;FSAR=0,9;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0275509,-0.0848378;FXX=0.0101;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=22.5297,8.04264;QD=1.42642;RBI=0.0292302,0.0936379;REFB=-0.0368857,-0.114054;REVB=-0.00976493,0.0396308;RO=57;SAF=0,18;SAR=6,10;SRF=28;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.595571,0.17804;STB=0.5,0.54995;STBP=1,0.633;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.132442;OID=.,.;OPOS=37331629,37331630;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:99:98:57:78:6,28:0,20:0,0.204082:6,10:0,18:28:29:0,9:0,11:38:40 chr17 37356597 . C T 643.88 PASS AF=0.455172;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=145;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0234732;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.468;QD=17.7623;RBI=0.0288453;REFB=-0.0239282;REVB=-0.0167649;RO=78;SAF=33;SAR=33;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124954;STB=0.510342;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.026864;OID=.;OPOS=37356597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:78:79:66:66:0.455172:33:33:38:40:33:33:38:41 chr17 37410892 . C G 1539.76 PASS AF=1;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174746;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.465;QD=59.2216;RBI=0.019;REFB=0;REVB=0.00745919;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051323;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:102:104:1:52:50:0:0:54:50:0:0 chr17 37776073 . A G 261.77 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0125107;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.786;QD=14.5429;RBI=0.0132175;REFB=-0.0059045;REVB=-0.00426433;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10432;STB=0.559282;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00809147;OID=.;OPOS=37776073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:42:42:30:30:0.416667:18:12:21:21:18:12:21:21 chr17 37898543 . T C 1044.03 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.24;QD=59.6589;RBI=0.0771986;REFB=0;REVB=0.0411572;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99518e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:21:49:0:0:21:49:0:0 chr17 38121993 . G A 2286.7 PASS AF=1;AO=142;DP=144;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282088;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9544;QD=62.6493;RBI=0.0364479;REFB=0;REVB=0.0230805;RO=0;SAF=82;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142404;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:146:0:0:142:146:1:60:82:0:0:62:84:0:0 chr17 38131187 . C A 922.09 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0364;QD=56.7441;RBI=0.0355882;REFB=-0.0213342;REVB=0.00538818;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509088;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000579889;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:26:36:0:1:27:37:0:1 chr17 38246286 . A G 819.52 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000440748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.439;QD=55.5605;RBI=0.0315523;REFB=-0.057751;REVB=0.0315492;RO=1;SAF=16;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285653;STB=0.515146;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00384267;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:42:16:1:0:42:16:1:0 chr17 38350583 . G A 225.41 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00562517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.364;QD=20.9682;RBI=0.0321821;REFB=-0.0569061;REVB=0.0316867;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143335;STB=0.580711;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0565481;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:11:10:14:8:11:10 chr17 38457151 . G A 343.27 PASS AF=0.457831;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=0.00123675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.771;QD=16.543;RBI=0.0274032;REFB=-0.0443339;REVB=0.0273752;RO=44;SAF=18;SAR=18;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246831;STB=0.638487;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0567737;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:36:38:0.457831:18:18:33:11:19:19:34:11 chr17 38519971 . G A 1652.94 PASS AF=0.515823;AO=163;DP=315;FAO=163;FDP=316;FR=.;FRO=153;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=73;FSRR=80;FWDB=0.0396697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.51;QD=20.9233;RBI=0.0434534;REFB=-0.0231413;REVB=-0.0177346;RO=152;SAF=91;SAR=72;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06921;STB=0.539465;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0238735;OID=.;OPOS=38519971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:316:152:153:163:163:0.515823:72:91:73:79:72:91:73:80 chr17 38600092 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00119701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.112;QD=48.7371;RBI=0.0689633;REFB=0;REVB=0.0689529;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472564;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 38784927 . G A 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0138441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.106;QD=9.13233;RBI=0.0204586;REFB=-0.0139557;REVB=-0.0150631;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280965;STB=0.666389;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0286969;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:18:4:4:6:18:4 chr17 38855772 . T C 740.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.316;QD=56.9393;RBI=0.0224653;REFB=0;REVB=0.0217101;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120201;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr17 38857446 . C A 1681.47 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236762;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.72;QD=60.5935;RBI=0.0453662;REFB=0;REVB=0.0386979;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113992;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:58:52:0:0:59:52:0:0 chr17 38858134 . CA C 1409.86 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309751;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.1;QD=61.2984;RBI=0.0341269;REFB=0;REVB=-0.0143244;RO=0;SAF=26;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.65132e-05;OID=.;OPOS=38858135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:90:92:92:0:27:65:0:0:8:0:26:62:0:0 chr17 38910712 . T G 350.86 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0401629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.875;QD=15.4223;RBI=0.0491568;REFB=-0.00540699;REVB=0.0283431;RO=53;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616608;STB=0.534865;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0076601;OID=.;OPOS=38910712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:23:15:24:29:23:15:24:29 chr17 38911212 . G A 575.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=60.5881;RBI=0.0378149;REFB=0;REVB=-0.0289865;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68063e-05;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr17 38911327 . C G 206.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0211295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3653;QD=17.24;RBI=0.022925;REFB=0.00639301;REVB=0.00889383;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176622;STB=0.599911;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0110063;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:9:12:20:7:9:12:20:7 chr17 38911363 . G A 241.49 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0440888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4151;QD=22.4639;RBI=0.0644848;REFB=0.00742722;REVB=0.0470581;RO=19;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108815;STB=0.50239;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00575397;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:7:16:13:6:7:16:14:6 chr17 38928014 . A G 540.15 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=122;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00348012;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0741;QD=17.8561;RBI=0.035902;REFB=-0.00835918;REVB=0.0357329;RO=65;SAF=21;SAR=36;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108021;STB=0.563663;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00795868;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:65:64:57:57:0.471074:36:21:31:34:36:21:31:33 chr17 38935812 . A G 1109.43 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2643;QD=59.9689;RBI=0.0503079;REFB=0;REVB=-0.0284127;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179107;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:27:45:0:0:28:46:0:0 chr17 38936659 . C T 525.57 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.038925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.268;QD=21.673;RBI=0.0389293;REFB=-0.00193172;REVB=-0.000581874;RO=47;SAF=29;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429506;STB=0.52372;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00234646;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:21:29:25:22:21:29:25:22 chr17 38938591 . C G 226.19 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00175476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3699;QD=28.2735;RBI=0.0363178;REFB=-0.0256149;REVB=0.0362753;RO=11;SAF=3;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136232;STB=0.543336;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0115356;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:11:11:20:21:0.65625:17:3:3:8:17:4:3:8 chr17 38950272 . T C 439.41 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=0.0424232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.926;QD=19.3145;RBI=0.0458653;REFB=-0.0102736;REVB=-0.0174326;RO=47;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248859;STB=0.637305;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0137074;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:22:22:11:36:22:22:11:36 chr17 38955961 . G A 275.53 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00358556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.6;QD=32.4157;RBI=0.00361476;REFB=-0.00105334;REVB=0.000458552;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12412;STB=0.568124;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00030147;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:6:4:15:9:6:4 chr17 38978536 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.08;QD=56.7066;RBI=0.0187519;REFB=0;REVB=-0.00268035;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91811e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr17 38990834 . G C 1151.02 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.913;QD=60.5799;RBI=0.0515946;REFB=0;REVB=0.0485841;RO=0;SAF=47;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52387e-05;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:76:0:0:69:76:1:22:47:0:0:25:51:0:0 chr17 38991003 . T C 548.23 PASS AF=0.450382;AO=58;DP=133;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0155389;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.276;QD=16.7398;RBI=0.0155617;REFB=-0.0265459;REVB=-0.000841867;RO=74;SAF=35;SAR=23;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145725;STB=0.591827;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0198655;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:74:72:58:59:0.450382:23:35:34:40:23:36:32:40 chr17 38991032 . T A 573.9 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=0.0423081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8548;QD=15.3041;RBI=0.0440353;REFB=-0.0350762;REVB=-0.0122118;RO=86;SAF=39;SAR=23;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195789;STB=0.616463;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0524372;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:86:88:62:62:0.413333:23:39:38:48:23:39:38:50 chr17 39036508 . G A 281.35 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00971317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0925;QD=19.4037;RBI=0.0373817;REFB=-0.0161318;REVB=-0.0360977;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478301;STB=0.518506;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0188986;OID=.;OPOS=39036508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:14:15:16:12:14:16:16:12 chr17 39081713 . A G 2306.5 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012444;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.202;QD=61.0992;RBI=0.00768014;REFB=0;REVB=-0.00757865;RO=0;SAF=80;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108237;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:151:0:0:151:151:1:71:80:0:0:71:80:0:0 chr17 39084504 . T C 1188.44 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.912;QD=59.4222;RBI=0.0859598;REFB=-0.127888;REVB=0.0840247;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.505375;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00101213;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:78:79:0.9875:32:46:0:0:33:46:1:0 chr17 39182945 . G A 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00273734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.6;QD=17.2442;RBI=0.0105985;REFB=-0.031943;REVB=-0.0102389;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557362;STB=0.531884;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0568032;OID=.;OPOS=39182945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:6:15:18:9:6:15:18:9 chr17 39190758 . T C 315.53 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00770988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.655;QD=24.2718;RBI=0.0223729;REFB=0.000155021;REVB=-0.0210025;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170819;STB=0.509404;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.00024885;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:17:14:9:12:17:14:9:12 chr17 39197595 . TC T 55.23 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0578451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.1385;QD=5.81344;RBI=0.181681;REFB=-0.0642267;REVB=-0.172227;RO=24;SAF=12;SAR=0;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.787875;STB=0.874309;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.125794;OID=.;OPOS=39197596;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:12:37:13:38:25:12:1:12:13:55:24:12:0:12:12 chr17 39334133 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.773;QD=35.5759;RBI=0.0432014;REFB=0;REVB=-0.0079267;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024328;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 39334456 . G A 892.86 PASS AF=0.984127;AO=58;DP=60;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0881667;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8647;QD=56.6892;RBI=0.122124;REFB=-0.121942;REVB=0.0845035;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00520453;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:63:1:1:58:62:0.984127:30:28:1:0:32:30:1:0 chr17 39340707 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.788;QD=62.3508;RBI=0.0632932;REFB=0;REVB=-0.00927532;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149282;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr17 39341158 . G A 1116.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9651;QD=60.341;RBI=0.0137311;REFB=0;REVB=-0.00188754;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21097e-05;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr17 39341266 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.167;QD=60.2305;RBI=0.0557609;REFB=0;REVB=0.0231584;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135766;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr17 39341293 . AT A,AA 351.11 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=8,18;DP=26;FAO=4,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195542,-0.0134407;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=310.253,319.569;QD=54.0175;RBI=0.029912,0.0246911;REFB=0,0;REVB=0.0226354,0.0207123;RO=0;SAF=3,7;SAR=5,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00551945,0.00269283;OID=.,.;OPOS=39341294,39341294;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:8,18:26:4,22:26:0:3,7:1,15:0:0:12:0:3,7:5,11:0:0 chr17 39341473 . G C 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8099;QD=58.4108;RBI=0.0526862;REFB=0;REVB=0.0378442;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619357;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr17 39346518 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.15;QD=42.1826;RBI=0.0704125;REFB=0;REVB=-0.0292235;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306545;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 39383335 . C G 445.49 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0867269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.393;QD=52.4103;RBI=0.0870681;REFB=-0.193021;REVB=0.00770093;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.503729;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00419691;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:34:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:1:0:14:18:1:1 chr17 39406589 . A G 2500.39 PASS AF=0.987952;AO=164;DP=167;FAO=164;FDP=166;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185889;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.216;QD=60.2503;RBI=0.0188031;REFB=-0.100011;REVB=0.00283059;RO=1;SAF=76;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622032;STB=0.506493;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-1.14785e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:166:1:2:164:164:0.987952:88:76:1:0:88:76:2:0 chr17 39406673 . T G 2327.18 PASS AF=0.981366;AO=153;DP=160;FAO=158;FDP=161;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.040302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.801;QD=57.8182;RBI=0.0425092;REFB=-0.10684;REVB=0.0135198;RO=3;SAF=84;SAR=69;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00795771;STB=0.510203;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000616336;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:160:161:3:3:153:158:0.981366:69:84:1:2:72:86:0:3 chr17 39422677 . C T 1871.33 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.096674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.452;QD=59.8826;RBI=0.0975365;REFB=-0.0534901;REVB=-0.0129423;RO=2;SAF=61;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627349;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:123:125:2:0:121:125:1:60:61:2:0:60:65:0:0 chr17 39458476 . A T 1606.91 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.69;QD=64.2764;RBI=0.0209885;REFB=0;REVB=0.019484;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79555e-05;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:51:49:0:0:51:49:0:0 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 930.53 PASS AF=1;AO=61;DP=68;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146352;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=13;MLLD=361.224;QD=59.0815;RBI=0.0191743;REFB=0;REVB=0.0123881;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.09676e-05;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:68:63:63:0:21:42:0:0:5:0:19:42:0:0 chr17 39458893 . G A 1556.44 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.528;QD=59.8631;RBI=0.0199235;REFB=0;REVB=0.00896894;RO=0;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18685e-05;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:39:64:0:0:40:64:0:0 chr17 39464046 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.265;QD=43.4862;RBI=0.0611583;REFB=0;REVB=0.058001;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459663;OID=.;OPOS=39464046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 39464487 . G C 1534.82 PASS AF=0.989796;AO=94;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.215;QD=62.6458;RBI=0.0817394;REFB=-0.0914335;REVB=0.0592869;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.506328;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00193934;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:94:97:0.989796:55:39:1:0:58:39:1:0 chr17 39464736 . C G 358.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2632;QD=55.0769;RBI=0.0555918;REFB=0;REVB=-0.0387956;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143533;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr17 39465094 . C T 300.53 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9639;QD=52.2654;RBI=0.027397;REFB=0;REVB=-0.0123295;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30218e-05;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:17:23:1:1:16:0:0:1:22:0:0 chr17 39465389 . T A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.546;QD=47.819;RBI=0.0308007;REFB=0;REVB=0.0268317;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342878;OID=.;OPOS=39465389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 39471929 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.999;QD=47.8145;RBI=0.0174362;REFB=-0.0958729;REVB=0.002694;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102024;STB=0.555499;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00288399;OID=.;OPOS=39471929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:17:4:1:0:17:4:1:0 chr17 39503163 . G A 734.56 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0911;QD=56.5048;RBI=0.0734751;REFB=0;REVB=0.0244151;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106932;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr17 39521751 . C G 930.22 PASS AF=0.570513;AO=89;DP=156;FAO=89;FDP=156;FR=.;FRO=67;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0112543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.841;QD=23.8517;RBI=0.0130526;REFB=-0.0201161;REVB=-0.00661156;RO=67;SAF=47;SAR=42;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191358;STB=0.510414;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0146107;OID=.;OPOS=39521751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:67:67:89:89:0.570513:42:47:37:30:42:47:37:30 chr17 39578424 . G T 665.47 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0497219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.299;QD=57.8665;RBI=0.0538017;REFB=-0.0697027;REVB=0.0205515;RO=2;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138068;STB=0.50638;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0031111;OID=.;OPOS=39578424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:43:44:0.956522:28:15:1:1:28:16:1:1 chr17 39579059 . G A 569.21 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122273;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.741;QD=58.3808;RBI=0.119847;REFB=-0.0744668;REVB=0.119221;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00164108;OID=.;OPOS=39579059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:39:0:1:38:38:0.974359:15:23:0:0:15:23:0:1 chr17 39579112 . G A 713.19 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9735;QD=54.861;RBI=0.140236;REFB=-0.0420801;REVB=0.12218;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00421781;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:23:29:0:0 chr17 39580535 . C CG 78.05 PASS AF=0.232323;AO=20;DP=103;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0781842;FXX=0.009999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.7857;QD=3.15341;RBI=0.0856145;REFB=-0.00363103;REVB=-0.0348867;RO=79;SAF=12;SAR=8;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134758;STB=0.682506;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.130364;OID=.;OPOS=39580536;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232323:20:103:23:99:76:16:7:35:41:78:79:12:8:39:40 chr17 39580559 . T A 1380.82 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649082;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.279;QD=62.7644;RBI=0.0293518;REFB=0;REVB=0.0286251;RO=0;SAF=42;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13057e-05;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:46:42:0:0:46:42:0:0 chr17 39580562 . T C 1126.11 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0130233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6983;QD=53.6244;RBI=0.0471497;REFB=-0.0608474;REVB=0.0453154;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368394;STB=0.513749;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.000918375;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:84:84:3:6:78:78:0.928571:37:41:0:3:37:41:2:4 chr17 39580660 . T C 487.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219934;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.975;QD=59.044;RBI=0.0337163;REFB=0;REVB=-0.0255555;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44357e-05;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr17 39593768 . A G 1027.85 PASS AF=0.9125;AO=72;DP=80;FAO=73;FDP=80;FR=.;FRO=7;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0321359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.671;QD=51.3924;RBI=0.0375055;REFB=-0.019696;REVB=-0.0193376;RO=7;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903756;STB=0.546654;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000832196;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:80:80:7:7:72:73:0.9125:33:39:0:7:34:39:0:7 chr17 39594539 . A G 346.15 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0253133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6587;QD=19.5012;RBI=0.027585;REFB=-0.00854847;REVB=0.0109621;RO=35;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214095;STB=0.619094;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00768577;OID=.;OPOS=39594539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:23:13:21:14:23:13:21:14 chr17 39595484 . G A 217.07 PASS AF=0.234043;AO=33;DP=141;FAO=33;FDP=141;FR=.;FRO=108;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=-0.0312364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.277;QD=6.15804;RBI=0.0483788;REFB=-0.00851274;REVB=0.0369431;RO=107;SAF=21;SAR=12;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168173;STB=0.599412;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.036401;OID=.;OPOS=39595484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:107:108:33:33:0.234043:12:21:54:53:12:21:55:53 chr17 39595537 . G A 51.38 PASS AF=0.106557;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=122;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.02818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.351;QD=1.68461;RBI=0.0297077;REFB=0.00169736;REVB=0.00940373;RO=109;SAF=7;SAR=6;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845303;STB=0.562718;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0107512;OID=.;OPOS=39595537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:122:109:109:13:13:0.106557:6:7:51:58:6:7:51:58 chr17 39595539 . A G 51.82 PASS AF=0.106557;AO=13;DP=122;FAO=13;FDP=122;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0111115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4916;QD=1.69905;RBI=0.0419665;REFB=-0.00220557;REVB=-0.0404687;RO=104;SAF=7;SAR=6;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696127;STB=0.562718;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0112353;OID=.;OPOS=39595539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:122:122:104:109:13:13:0.106557:6:7:50:54:6:7:51:58 chr17 39616430 . G T 707.39 PASS AF=0.9;AO=54;DP=60;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0309887;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8957;QD=47.1591;RBI=0.140975;REFB=-0.0614621;REVB=0.137527;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.517385;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0152813;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:60:60:0:6:54:54:0.9:17:37:0:0:17:37:5:1 chr17 39619093 . GT AC 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00520109;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=257.108;QD=18.7957;RBI=0.00538584;REFB=-0.0384314;REVB=-0.00139855;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13982;STB=0.578881;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.0346306;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:9:18:12:11:9:18 chr17 39619219 . G A 387.81 PASS AF=0.416667;AO=42;DP=105;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0146726;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.163;QD=14.3634;RBI=0.0146899;REFB=-0.0213358;REVB=0.000712526;RO=59;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162092;STB=0.581783;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0280437;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:59:63:42:45:0.416667:22:20:19:40:23:22:22:41 chr17 39620565 . C T 277.7 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00179781;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.911;QD=20.5702;RBI=0.0134354;REFB=-0.0142332;REVB=-0.0133146;RO=25;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15365;STB=0.585713;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00870165;OID=.;OPOS=39620565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:20:9:12:13:20:9:12:13 chr17 39622068 . G T 1933.38 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.9003;QD=61.8682;RBI=0.0648142;REFB=0;REVB=-0.0614681;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262677;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr17 39623363 . T C 496.85 PASS AF=0.546512;AO=45;DP=87;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.015287;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.979;QD=23.1091;RBI=0.0201434;REFB=-0.0428969;REVB=0.0131173;RO=39;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326525;STB=0.519076;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0302859;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:39:39:45:47:0.546512:19:26:24:15:20:27:24:15 chr17 39624240 . G C 403.72 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00129786;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.637;QD=21.8226;RBI=0.00889354;REFB=-0.00302347;REVB=-0.00879834;RO=34;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105215;STB=0.558252;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00258809;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:34:34:40:40:0.540541:28:12:14:20:28:12:14:20 chr17 39624326 . G C 530.18 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=96;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.011382;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.654;QD=22.3235;RBI=0.0113848;REFB=-0.0162741;REVB=-0.000250874;RO=44;SAF=26;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094065;STB=0.5462;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0150725;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:45:50:50:0.526316:24:26:18:26:24:26:19:26 chr17 39633316 . GAC CGG,GCC,GGC 676.81 PASS AF=0,0.0416667,0.958333;AO=2,2,40;DP=51;FAO=0,2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,24;FSAR=0,0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000489602,0.0309689,0.0274641;FXX=0.058812;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=54.1089,30.6455,60.9703;QD=56.4009;RBI=0.0722767,0.0442727,0.0383936;REFB=0,0,0;REVB=-0.072275,0.0316385,-0.0268289;RO=0;SAF=0,2,22;SAR=2,0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.19993e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.184444,0.0166024,0.000960954;OID=.,.,.;OPOS=39633316,39633317,39633317;OREF=GAC,A,A;OALT=CGG,C,G;OMAPALT=CGG,GCC,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:9:51:48:0:0:2,2,40:0,2,46:0,0.0416667,0.958333:2,0,18:0,2,22:0:0:0,0,22:0,2,24:0:0 chr17 39633349 . G C 319.4 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0415111;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.484;QD=25.0507;RBI=0.0454959;REFB=-0.0310265;REVB=0.01862;RO=20;SAF=15;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047103;STB=0.5259;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.016945;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:20:31:31:0.607843:16:15:11:9:16:15:11:9 chr17 39633354 . C T 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0137171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.209;QD=12.1409;RBI=0.0793629;REFB=-0.00437969;REVB=-0.0781684;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119125;STB=0.578864;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00617554;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:15:17:8:11:15:18 chr17 39634625 . A G 300.12 PASS AF=0.5;AO=27;DP=61;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0141288;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.361;QD=18.189;RBI=0.0188365;REFB=-0.057253;REVB=-0.0124575;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766816;STB=0.515426;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0559596;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:33:33:27:33:0.5:11:16:17:16:14:19:18:15 chr17 39637244 . A G 529.94 PASS AF=0.456;AO=48;DP=117;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=26;FWDB=-0.0154485;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.759;QD=16.958;RBI=0.0568503;REFB=-0.0394816;REVB=0.054711;RO=69;SAF=20;SAR=28;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199158;STB=0.645419;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0510965;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:125:69:68:48:57:0.456:28:20:42:27:37:20:42:26 chr17 39643646 . G A 106.57 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00931475;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.945;QD=11.2183;RBI=0.00993253;REFB=-0.0152936;REVB=-0.00344826;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372482;STB=0.716255;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017026;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:20:5:7:6:20:5 chr17 39646021 . A G 794.57 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.162;QD=56.7549;RBI=0.0814681;REFB=0;REVB=0.0375877;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224467;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr17 39659194 . T C 1097.55 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290246;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.88;QD=59.3272;RBI=0.0177588;REFB=0;REVB=0.01752;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123069;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:74:1:0:73:74:1:31:42:0:1:32:42:0:0 chr17 39659913 . G A 1525.95 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9842;QD=63.5812;RBI=0.0373002;REFB=0;REVB=0.0366297;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145655;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr17 39661689 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00702594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.609;QD=36.3475;RBI=0.015694;REFB=0.078811;REVB=0.0140335;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.000642577;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:8:11:0.916667:5:3:0:0:6:5:1:0 chr17 39670912 . G C 976.26 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0672702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.728;QD=57.4268;RBI=0.0832733;REFB=0.0139842;REVB=-0.0490831;RO=1;SAF=12;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377507;STB=0.519994;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00210294;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:55:12:1:0:55:12:1:0 chr17 39674641 . T C 2198.66 PASS AF=0.959732;AO=143;DP=150;FAO=143;FDP=149;FR=.;FRO=6;FSAF=80;FSAR=63;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0103455;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.521;QD=59.0245;RBI=0.0103456;REFB=-0.0173027;REVB=2.67596e-05;RO=6;SAF=80;SAR=63;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00832716;STB=0.504384;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000916948;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:150:149:6:6:143:143:0.959732:63:80:4:2:63:80:4:2 chr17 39681475 . A G 697.99 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026866;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.383;QD=63.4536;RBI=0.0327637;REFB=0;REVB=0.0187531;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175112;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr17 39684321 . G C 87.91 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0612528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0063;QD=39.0711;RBI=0.145089;REFB=0;REVB=0.131526;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00610371;OID=.;OPOS=39684321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:3:3:0:0:6:3:0:0 chr17 39723990 . T A 221.56 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9116;QD=49.2345;RBI=0.0145593;REFB=0;REVB=-0.0139874;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107615;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 39727816 . T G 538.06 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5906;QD=59.7849;RBI=0.0735282;REFB=0;REVB=0.0345294;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087533;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 39728050 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2797;QD=52.6096;RBI=0.00210039;REFB=0;REVB=0.00210039;RO=0;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36831e-05;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:22:0:0:0:22:0:0:0 chr17 39742718 . A G 855.84 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224178;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.602;QD=58.0232;RBI=0.0241273;REFB=0;REVB=-0.00891999;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606298;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr17 39742894 . G A 224.33 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941954;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.7;QD=49.851;RBI=0.014272;REFB=0;REVB=-0.010722;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014123;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr17 39742898 . GC AT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165808;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.154;QD=50.4135;RBI=0.0808692;REFB=0;REVB=0.0791512;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000608957;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr17 39743081 . G A 1396.52 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450031;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.005;QD=62.7648;RBI=0.0685615;REFB=0;REVB=0.0517243;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156391;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:41:46:0:0:42:47:0:0 chr17 39766504 . A G 212.07 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.3477;QD=44.646;RBI=0.085574;REFB=-0.0799322;REVB=-0.0839809;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00321406;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:15:18:0.947368:7:8:0:0:7:11:1:0 chr17 39767744 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.354;QD=55.0974;RBI=0.0249577;REFB=0;REVB=0.00889258;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134529;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 39786864 . CG C,CA 1334.29 PASS AF=0.965909,0.0340909;AO=52,35;DP=89;FAO=85,3;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55,3;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278297,0.0138124;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.564,129.002;QD=60.6495;RBI=0.0478286,0.470835;REFB=0,0;REVB=0.0388984,-0.470633;RO=0;SAF=52,4;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000249636,0.0142751;OID=.,.;OPOS=39786865,39786865;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965909,0.0340909:52,35:89:85,3:88:0:55,3:30,0:0:0:5:0:52,4:0,31:0:0 chr17 39871700 . G A 870.67 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524838;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.996;QD=58.0448;RBI=0.0588623;REFB=0;REVB=0.0266499;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056571;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr17 39874267 . T A 1557.39 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127108;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.282;QD=59.8995;RBI=0.020725;REFB=0;REVB=0.0163695;RO=0;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135861;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:104:0:0:104:104:1:59:45:0:0:59:45:0:0 chr17 39874283 . T A 1659.21 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8503;QD=60.3349;RBI=0.0680182;REFB=0;REVB=-0.0665384;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427498;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:63:47:0:0:63:47:0:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC 212.42 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=10,4;DP=19;FAO=14,4;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477425,-0.0293568;FXX=0.0526039;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=193.663,50.9514;QD=47.2045;RBI=0.0428615,0.0652829;REFB=0,0;REVB=-0.0425948,-0.0583098;RO=0;SAF=7,1;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-3.3131e-05,0.0196538;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:10,4:19:14,4:18:0:9,1:5,3:0:0:19:0:7,1:3,3:0:0 chr17 39880340 . A C 958.07 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263424;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.976;QD=58.9579;RBI=0.0364982;REFB=0;REVB=0.0252625;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5713e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:18:46:0:0:18:47:0:0 chr17 39880545 . C T 1652.21 PASS AF=0.973913;AO=112;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0539637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.899;QD=57.4683;RBI=0.0544681;REFB=-0.0571594;REVB=0.007395;RO=3;SAF=30;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170522;STB=0.50898;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00146043;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:112:112:0.973913:82:30:0:3:82:30:0:3 chr17 39880573 . G A 1200.47 PASS AF=0.987654;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.73;QD=59.2826;RBI=0.0431697;REFB=0.0311392;REVB=-3.40878e-05;RO=1;SAF=9;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00691083;STB=0.503649;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000173747;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:81:1:1:77:80:0.987654:68:9:0:1:68:12:0:1 chr17 39881289 . G C 666.97 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.423;QD=56.7636;RBI=0.0678445;REFB=-0.0149045;REVB=0.0626846;RO=4;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720548;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00576945;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:47:4:0:42:47:1:24:18:0:4:29:18:0:0 chr17 39883559 . G A 374.85 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0234261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.164;QD=49.9805;RBI=0.0941352;REFB=-0.000787824;REVB=0.0911738;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.583268;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000242826;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:5:23:0:0:5:23:0:2 chr17 39883595 . T C,G 635.91 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=38,2;DP=40;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00095238,0.00107952;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.367,210.433;QD=59.1546;RBI=0.0422729,0.0327621;REFB=0,0;REVB=0.0422621,0.0327443;RO=0;SAF=29,2;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000149733,0.00412312;OID=.,.;OPOS=39883595,39883595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:43:0:0:38,2:41,2:0.953488,0.0465116:9,0:29,2:0:0:10,0:31,2:0:0 chr17 39884091 . G C 754.89 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.512;QD=54.9014;RBI=0.0139605;REFB=-0.121843;REVB=0.0103578;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000157262;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr17 39884583 . G A 1463.73 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.101401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2007;QD=60.9888;RBI=0.122639;REFB=-0.142497;REVB=0.06898;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.500222;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00237127;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:1:2:94:94:0.979167:46:48:1:0:46:48:1:1 chr17 39886379 . A AAG 80.45 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049771;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=48.408;QD=35.7534;RBI=0.144887;REFB=0;REVB=0.13607;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.018791;OID=.;OPOS=39886380;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:9:9:0:1:8:0:0:4:0:0:5:0:0 chr17 39890576 . C T 1695.66 PASS AF=0.520376;AO=166;DP=319;FAO=166;FDP=319;FR=.;FRO=153;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=88;FSRR=65;FWDB=0.00413386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.72;QD=21.2622;RBI=0.00454357;REFB=-0.023711;REVB=-0.00188553;RO=151;SAF=98;SAR=68;SRF=86;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187113;STB=0.507514;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0245936;OID=.;OPOS=39890576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:151:153:166:166:0.520376:68:98:86:65:68:98:88:65 chr17 39890715 . A T 2079.09 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.371;QD=62.5291;RBI=0.0376288;REFB=0;REVB=0.0166899;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02797e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:133:0:0:129:133:1:64:65:0:0:67:66:0:0 chr17 39925712 . G A 237.96 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0180063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.68;QD=20.2519;RBI=0.0250166;REFB=-0.0229144;REVB=-0.0173666;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190686;STB=0.607902;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0231681;OID=.;OPOS=39925712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:12:12:16:7:12:12 chr17 39959188 . GC G,GG 1194.22 PASS AF=0.0126582,0.987342;AO=8,70;DP=79;FAO=1,78;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044426,0.0063052;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=301.073,318.76;QD=60.4666;RBI=0.0472142,0.0453988;REFB=0,0;REVB=0.0470047,0.0449588;RO=0;SAF=7,45;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0382568,0.000911323;OID=.,.;OPOS=39959189,39959189;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0126582,0.987342:8,70:79:1,78:79:0:1,52:0,26:0:0:3:0:7,45:1,25:0:0 chr17 39967442 . T C 699.67 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.826;QD=54.8761;RBI=0.0187355;REFB=0.031177;REVB=-0.00907563;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.000437369;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:51:0:1:48:50:0.980392:21:27:0:0:22:28:0:1 chr17 39983808 . G C 430.93 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.009421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7357;QD=14.7327;RBI=0.0170777;REFB=0.00380641;REVB=-0.014244;RO=68;SAF=28;SAR=21;SRF=47;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129496;STB=0.572491;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00611695;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:21:28:47:21:21:28:47:21 chr17 39983820 . G A 417.16 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=23;FWDB=0.00479803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.182;QD=14.2617;RBI=0.0297696;REFB=-0.0232929;REVB=-0.0293804;RO=69;SAF=27;SAR=21;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112831;STB=0.56337;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0239788;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:69:48:48:0.410256:21:27:46:23:21:27:46:23 chr17 39983849 . G C 252.51 PASS AF=0.375;AO=29;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.0476644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0898;QD=12.6253;RBI=0.0544489;REFB=0.000499665;REVB=0.0263209;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995562;STB=0.54722;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000722333;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:50:29:30:0.375:13:16:32:18:13:17:32:18 chr17 39987130 . T C 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6691;QD=61.5343;RBI=0.0412929;REFB=0;REVB=0.0280841;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387526;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 322.06 PASS AF=0.418605;AO=33;DP=90;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0051664;FXX=0.0444395;HRUN=0;LEN=4;MLLD=330.708;QD=14.9794;RBI=0.00677809;REFB=0.00443699;REVB=0.00438757;RO=50;SAF=14;SAR=19;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184544;STB=0.600968;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=-0.00580207;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418605:33:90:36:86:50:16:20:31:19:99:50:14:19:30:20 chr17 39998141 . C T 295.1 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0233832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.774;QD=28.1052;RBI=0.0291454;REFB=-0.00242131;REVB=-0.0173977;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125414;STB=0.568914;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000910563;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:15:11:4:12:15:11:4:12 chr17 40010979 . G A 382.53 PASS AF=0.513158;AO=36;DP=73;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0244498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.66;QD=20.133;RBI=0.0262532;REFB=-0.0245578;REVB=-0.00956234;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147046;STB=0.501715;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0203044;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:37:37:36:39:0.513158:15:21:21:16:17:22:21:16 chr17 40048613 . A G 1377.07 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.192;QD=62.5943;RBI=0.0241878;REFB=0;REVB=0.0238441;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45651e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:56:30:0:0:57:31:0:0 chr17 40065774 . T G 398.01 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0173087;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.368;QD=20.1525;RBI=0.0215997;REFB=-0.0422701;REVB=0.012921;RO=38;SAF=33;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291006;STB=0.659336;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0234032;OID=.;OPOS=40065774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:39:40:40:0.506329:7:33:22:16:7:33:23:16 chr17 40094835 . C T 321.68 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00161977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.097;QD=13.986;RBI=0.0343762;REFB=0.00132793;REVB=-0.034338;RO=55;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058475;STB=0.538579;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00483085;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:17:19:26:29:17:19:26:30 chr17 40120771 . T G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0200588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.487;QD=14.6525;RBI=0.0200847;REFB=-0.00713112;REVB=-0.00101939;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0039655;OID=.;OPOS=40120771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr17 40126133 . G A 2305.65 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.354;QD=63.6042;RBI=0.0021023;REFB=0;REVB=-0.00162451;RO=0;SAF=88;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81244e-06;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:56:88:0:0:56:89:0:0 chr17 40142302 . T C 538.25 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00251466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.669;QD=19.2231;RBI=0.0200238;REFB=0.011777;REVB=0.0198652;RO=55;SAF=31;SAR=25;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401658;STB=0.526931;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.011946;OID=.;OPOS=40142302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:56:56:56:0.5:25:31:28:27:25:31:28:28 chr17 40146970 . G A 106.83 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0330949;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.083;QD=10.6835;RBI=0.0685911;REFB=-0.0191759;REVB=-0.0600789;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276413;STB=0.638573;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0405458;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:27:13:13:0.325:8:5:16:9:8:5:16:11 chr17 40173851 . A C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00851325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.344;QD=5.12607;RBI=0.0125519;REFB=-0.0049228;REVB=0.00922357;RO=37;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181654;STB=0.618791;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0334107;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:5:4:22:15:5:4:22:15 chr17 40317573 . C T 109.4 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0170573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5929;QD=9.94525;RBI=0.0242247;REFB=-0.00409819;REVB=-0.0172014;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429136;STB=0.503307;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0191581;OID=.;OPOS=40317573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:30:13:14:0.318182:6:7:13:13:6:8:17:13 chr17 40459562 . A G 428.46 PASS AF=0.456311;AO=45;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00969426;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.801;QD=16.6391;RBI=0.010025;REFB=-0.0277614;REVB=0.00255399;RO=57;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372995;STB=0.536731;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0380278;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:56:45:47:0.456311:23:22:30:27:25:22:30:26 chr17 40459737 . C T 101.41 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00966141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6149;QD=16.9015;RBI=0.0104844;REFB=0.017226;REVB=0.00407178;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218292;STB=0.624804;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0100723;OID=.;OPOS=40459737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:9:3:6:6:9:3 chr17 40475650 . G GA 152.53 PASS AF=0.614035;AO=26;DP=56;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0463341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.1625;QD=10.7038;RBI=0.0512769;REFB=-0.00786476;REVB=0.0219652;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122756;STB=0.55221;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.0456922;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.614035:26:56:35:57:22:21:14:16:6:60:30:15:11:21:9 chr17 40672538 . T A 522.9 PASS AF=0.554348;AO=48;DP=91;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00867558;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5105;QD=22.7347;RBI=0.0198129;REFB=-0.0229854;REVB=0.0178125;RO=39;SAF=27;SAR=21;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198586;STB=0.503208;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0130241;OID=.;OPOS=40672538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:39:41:48:51:0.554348:21:27:21:18:24:27:22:19 chr17 40689455 . T C 1501.22 PASS AF=0.989796;AO=92;DP=95;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0947395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1581;QD=61.2743;RBI=0.110685;REFB=-0.0936687;REVB=0.0572325;RO=2;SAF=56;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166288;STB=0.504273;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0032668;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:98:2:1:92:97:0.989796:36:56:2:0:39:58:1:0 chr17 40699291 . G A 868.43 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956387;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.043;QD=57.8953;RBI=0.0310613;REFB=0;REVB=0.0295522;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121441;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:23:35:0:0:24:36:0:0 chr17 40699332 . T C,G 1349.54 PASS AF=0.921348,0.0786517;AO=81,8;DP=89;FAO=82,7;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=34,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00712498,0.00252557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.835,130.983;QD=60.6534;RBI=0.053122,0.0185347;REFB=0,0;REVB=0.052642,0.0183618;RO=0;SAF=48,0;SAR=33,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.28649e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000507951,0.168647;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:89:89:0:0:81,8:82,7:0.921348,0.0786517:33,8:48,0:0:0:34,7:48,0:0:0 chr17 40732494 . C G 30.69 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0291786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.095;QD=1.46154;RBI=0.0382562;REFB=-0.000943904;REVB=-0.0247416;RO=72;SAF=6;SAR=2;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23841;STB=0.691801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0588985;OID=.;OPOS=40732494;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:83:84:72:76:8:8:0.0952381:2:6:40:32:2:6:42:34 chr17 40822678 . C T 1967.83 PASS AF=0.962963;AO=130;DP=136;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00785878;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.241;QD=58.3062;RBI=0.0478956;REFB=0.0339404;REVB=0.0472465;RO=5;SAF=57;SAR=73;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398771;STB=0.521005;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000218791;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:135:5:5:130:130:0.962963:73:57:5:0:73:57:5:0 chr17 40831635 . CGGGGGCA CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGGCGA 49.96 PASS AF=0.151515,0.0454545,0.0606061;AO=10,3,7;DP=68;FAO=10,3,4;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=1,3,4;FSAR=9,0,0;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0322783,0.0346713,-0.0657539;FXX=0.0149231;HRUN=5,5,0;LEN=1,3,1;MLLD=14.9575,30.2762,104.206;QD=3.02773;RBI=0.0363508,0.0440325,0.0811544;REFB=-0.0346647,-0.0138247,-0.0141558;REVB=-0.0167182,0.0271433,-0.0475653;RO=43;SAF=1,3,7;SAR=9,0,0;SRF=19;SRR=24;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.501875,0.520789,0.686744;STB=0.85104,0.996812,0.997557;STBP=0.038,0.049,0.018;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.0298971,0.109947,0.0206582;OID=.,.,.;OPOS=40831636,40831640,40831642;OREF=G,GCA,-;OALT=-,CAG,G;OMAPALT=CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515,0.0454545,0.0606061:10,3,7:68:10,3,4:66:49:1,3,4:9,0,0:22:27:23:43:1,3,7:9,0,0:19:24 chr17 40947916 . GC G 101.22 PASS AF=1;AO=9;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.223803;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.32798;QD=25.306;RBI=0.258589;REFB=-0.032878;REVB=0.129539;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.038926;OID=.;OPOS=40947917;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:9:17:16:16:0:4:12:0:0:3:4:1:8:2:2 chr17 40966548 . AAT A 62.06 PASS AF=0.297872;AO=11;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=0;FWDB=-0.040986;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=30.9222;QD=5.28207;RBI=0.0538706;REFB=-0.0485202;REVB=-0.0349598;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=34;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574039;STB=0.823302;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.140361;OID=.;OPOS=40966549;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:11:47:14:47:33:9:5:33:0:62:35:7:4:34:1 chr17 41116234 . G A 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9946;QD=64.4134;RBI=0.0336852;REFB=0;REVB=-0.0178321;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528727;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr17 41121152 . G A 257.66 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0448988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.542;QD=18.4045;RBI=0.0451184;REFB=-0.0355905;REVB=0.00444602;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196712;STB=0.609302;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0486633;OID=.;OPOS=41121152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:15:13:7:21:15:13:7:21 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGCT,GGG,GGGG,TGGG 622.69 PASS AF=0,0.930233,0.0465116,0,0.0232558,0;AO=14,13,2,8,3,2;DP=43;FAO=0,40,2,0,1,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0,0,0,0;FSAR=0,28,2,0,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323139,0.0323087,-0.000656075,0.0317234,0.0298484,-0.0123351;FXX=0;HRUN=5,5,5,1,1,5;LEN=3,2,2,1,1,4;MLLD=199.269,201.802,35.804,199.898,195.411,31.2311;QD=57.9244;RBI=0.0573575,0.0543343,0.0362832,0.050802,0.0469883,0.039917;REFB=0,0,0,0,0,0;REVB=0.0473887,0.0436848,0.0362772,0.0396795,0.0362901,0.0379633;RO=0;SAF=3,4,0,4,0,0;SAR=11,9,2,4,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del,snp,mnp;VARB=0.00150655,0.00569957,-0.37175,-0.021124,-0.0166593,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121210,41121211,41121211,41121208;OREF=GGC,GC,GC,C,C,GGGC;OALT=-,-,CT,-,G,TGGG;OMAPALT=G,GG,GGCT,GGG,GGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:6:43:43:0:0:14,13,2,8,3,2:0,40,2,0,1,0:0,0.930233,0.0465116,0,0.0232558,0:11,9,2,4,3,2:3,4,0,4,0,0:0:0:0,28,2,0,1,0:0,12,0,0,0,0:0:0 chr17 41121217 . G A 387.22 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0240774;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=253.698;QD=36.8784;RBI=0.0248118;REFB=-0.0071149;REVB=0.00599177;RO=11;SAF=5;SAR=26;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318704;STB=0.675194;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000565137;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:42:42:11:11:31:31:0.738095:26:5:7:4:26:5:7:4 chr17 41133071 . T C 525.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427765;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.828;QD=60.0613;RBI=0.0317171;REFB=0;REVB=0.0314274;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567175;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr17 41165493 . A G 1121.03 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124352;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.132;QD=60.5964;RBI=0.0165397;REFB=0;REVB=-0.0109054;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126788;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr17 41165878 . C T 621.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5305;QD=60.5877;RBI=0.0490313;REFB=0;REVB=0.0197542;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878189;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:28:13:0:0 chr17 41244982 . A G 226.43 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00605686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7409;QD=15.6159;RBI=0.017158;REFB=-0.025771;REVB=0.0160534;RO=32;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070653;STB=0.503997;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0336105;OID=.;OPOS=41244982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:14:12:15:17:14:12:15:17 chr17 41332804 . T C 196.21 PASS AF=0.75;AO=19;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0727304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.431;QD=32.7012;RBI=0.0865792;REFB=-0.012793;REVB=0.0469707;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.588134;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0190282;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:23:24:2:6:19:18:0.75:12:7:0:2:12:6:4:2 chr17 41843979 . C G 1094.03 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=72;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00387582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2255;QD=57.5807;RBI=0.0378214;REFB=-0.0888549;REVB=-0.0376223;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106271;STB=0.505153;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00418689;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:76:1:1:71:75:0.986842:27:44:1:0:27:48:1:0 chr17 41846508 . A G 1189.79 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.317;QD=60.2426;RBI=0.138934;REFB=0;REVB=0.138536;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164597;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:28:47:0:0:29:50:0:0 chr17 41907079 . C T 206.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0142126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8794;QD=13.351;RBI=0.0211639;REFB=-0.0217027;REVB=-0.0156816;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236258;STB=0.513503;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.051917;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:10:15:23:14:10:15:23:14 chr17 41959808 . T C 5678.18 PASS AF=0.963731;AO=370;DP=384;FAO=372;FDP=386;FR=.;FRO=14;FSAF=172;FSAR=200;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.015563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.702;QD=58.8412;RBI=0.0189358;REFB=-0.0302543;REVB=-0.0107868;RO=13;SAF=170;SAR=200;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301137;STB=0.516961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00120535;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:384:386:13:14:370:372:0.963731:200:170:12:1:200:172:13:1 chr17 41960343 . T C 499.1 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.067;QD=58.7174;RBI=0.0246941;REFB=0;REVB=0.0208448;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035253;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:17:17:0:0 chr17 41960633 . CG GC 2293.13 PASS AF=0.993464;AO=150;DP=154;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=93;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381471;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.826;QD=59.9511;RBI=0.0414937;REFB=-0.0167369;REVB=0.0163255;RO=0;SAF=91;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502673;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.000114972;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:153:0:1:150:152:0.993464:59:91:0:0:59:93:1:0 chr17 41961451 . T C 341.0 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.915;QD=54.5606;RBI=0.030235;REFB=0;REVB=0.00918798;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97495e-05;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:10:15:0:0 chr17 41994794 . C T 1067.8 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000650535;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.08;QD=58.5098;RBI=0.0177743;REFB=-0.0507461;REVB=0.0177624;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000220428;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:35:37:0:0:35:37:1:0 chr17 42030743 . G C 2126.8 PASS AF=0.979167;AO=135;DP=138;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0393829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4047;QD=59.0779;RBI=0.140364;REFB=-0.151696;REVB=0.134725;RO=3;SAF=86;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135093;STB=0.506038;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0065996;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:138:144:3:3:135:141:0.979167:49:86:1:2:55:86:1:2 chr17 42084772 . A G 536.17 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00765708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.514;QD=13.4886;RBI=0.0202883;REFB=0.00690984;REVB=-0.0187878;RO=95;SAF=31;SAR=32;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421325;STB=0.520377;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.0112791;OID=.;OPOS=42084772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:96:63:63:0.396226:32:31:43:52:32:31:44:52 chr17 42152103 . G A 909.89 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0648185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.647;QD=52.7471;RBI=0.0648662;REFB=0.00273431;REVB=0.00248619;RO=4;SAF=37;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770662;STB=0.504086;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00041026;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:28:37:2:2:28:37:2:2 chr17 42164885 . G C 391.81 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2228;QD=55.9728;RBI=0.0416526;REFB=0;REVB=0.0108907;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413457;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:18:10:0:0 chr17 42213347 . G A 1925.75 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.05;QD=61.624;RBI=0.0334761;REFB=0;REVB=0.0323205;RO=0;SAF=70;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105423;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:125:0:0:121:125:1:51:70:0:0:54:71:0:0 chr17 42225547 . A C 519.85 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.756;QD=59.4115;RBI=0.101171;REFB=0;REVB=0.04848;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786604;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:18:15:0:0:18:17:0:0 chr17 42248346 . A T 1162.69 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016785;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2379;QD=61.1941;RBI=0.0168313;REFB=0;REVB=0.00124648;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069961;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr17 42254281 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3254;QD=35.5759;RBI=0.0433873;REFB=0;REVB=-0.0139824;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208027;OID=.;OPOS=42254281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 42254526 . C CG 228.0 PASS AF=1;AO=15;DP=64;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340536;FXX=0.484299;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.0098;QD=27.6362;RBI=0.0499479;REFB=-0.0640226;REVB=0.0365396;RO=44;SAF=15;SAR=0;SRF=35;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0038187;OID=.;OPOS=42254527;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:64:33:33:0:24:9:0:0:4:44:15:0:35:9 chr17 42254527 . T C,G 863.56 PASS AF=0.265625,0.734375;AO=16,43;DP=59;FAO=17,47;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17,37;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000668478,-0.00629733;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.001,127.661;QD=53.9722;RBI=0.0167423,0.0287733;REFB=0,0;REVB=0.016729,0.0280757;RO=0;SAF=16,34;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000895686,-0.000657627;OID=.,.;OPOS=42254527,42254527;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:59:64:0:0:16,43:17,47:0.265625,0.734375:0,9:16,34:0:0:0,10:17,37:0:0 chr17 42255097 . T C 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00619068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.256;QD=55.2583;RBI=0.0140318;REFB=-0.0114977;REVB=0.0125923;RO=2;SAF=35;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262242;STB=0.513885;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000393804;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:29:35:2:0:29:35:2:0 chr17 42270291 . A G 1153.47 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.951;QD=60.7088;RBI=0.0370044;REFB=0;REVB=0.0312353;RO=0;SAF=52;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104168;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:24:52:0:0:24:52:0:0 chr17 42287519 . C T 1156.36 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000896414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7367;QD=59.3007;RBI=0.0524326;REFB=-0.0451133;REVB=-0.0524249;RO=1;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166011;STB=0.50877;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00271502;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:28:49:0:1:28:49:0:1 chr17 42381555 . GAC G 363.67 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.022514;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=289.538;QD=15.8117;RBI=0.0356743;REFB=-0.0087408;REVB=-0.0276726;RO=52;SAF=16;SAR=22;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178157;STB=0.595861;STBP=0.119;TYPE=del;VARB=0.0128464;OID=.;OPOS=42381556;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423913:38:93:39:92:53:17:22:32:21:99:52:16:22:31:21 chr17 42392622 . T C 3724.22 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181078;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.362;QD=63.1224;RBI=0.0241058;REFB=-0.0535563;REVB=-0.0159122;RO=1;SAF=126;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.0986e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:237:236:1:0:235:236:1:109:126:1:0:110:126:0:0 chr17 42398052 . A G 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0466615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.223;QD=35.4872;RBI=0.046738;REFB=-0.0143942;REVB=-0.00267317;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624791;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00409936;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:0:2:13:13:0.866667:3:10:0:0:3:10:0:2 chr17 42398757 . C A,G 539.36 PASS AF=0.864865,0.135135;AO=33,3;DP=37;FAO=32,5;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15,4;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269358,0.00724219;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=183.991,27.4505;QD=58.309;RBI=0.0501108,0.0187054;REFB=0,0;REVB=0.0500384,-0.0172465;RO=0;SAF=16,2;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126501,0.0701018;OID=.,.;OPOS=42398757,42398757;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:37:37:0:0:33,3:32,5:0.864865,0.135135:17,1:16,2:0:0:17,1:15,4:0:0 chr17 42427630 . T C 447.24 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00913596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0564;QD=18.4427;RBI=0.013046;REFB=-0.0118065;REVB=0.00931301;RO=52;SAF=25;SAR=20;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586901;STB=0.532696;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0149368;OID=.;OPOS=42427630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:20:25:32:20:20:25:32:20 chr17 42466832 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0373485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.757;QD=16.8247;RBI=0.0413098;REFB=-0.0196435;REVB=-0.0176518;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0216036;OID=.;OPOS=42466832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:9:12:16:11:9:12:16:12 chr17 42474719 . G A 443.04 PASS AF=0.6;AO=38;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0181733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.318;QD=27.2641;RBI=0.0223399;REFB=-0.0403481;REVB=-0.0129923;RO=19;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135706;STB=0.545758;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0244632;OID=.;OPOS=42474719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:19:21:38:39:0.6:16:22:15:4:16:23:15:6 chr17 42475983 . G C 243.77 PASS AF=0.32967;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00445683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.059;QD=10.7151;RBI=0.010081;REFB=-0.00993106;REVB=-0.00904232;RO=61;SAF=20;SAR=10;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709746;STB=0.504129;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.021204;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:61:61:30:30:0.32967:10:20:41:20:10:20:41:20 chr17 42786213 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00863428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.555;QD=16.1724;RBI=0.0165846;REFB=-0.0170275;REVB=0.0141597;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273953;OID=.;OPOS=42786213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr17 42851729 . C T 157.06 PASS AF=0.727273;AO=15;DP=21;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00357739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.401;QD=28.5571;RBI=0.00793252;REFB=-0.034991;REVB=-0.00708005;RO=6;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137956;STB=0.581292;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0365904;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:6:6:15:16:0.727273:9:6:4:2:10:6:4:2 chr17 42852604 . G T 284.1 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.03865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8271;QD=15.1522;RBI=0.0399423;REFB=-0.0244747;REVB=-0.010078;RO=43;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315816;STB=0.679293;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0317804;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:9:23:18:25:9:23:18:25 chr17 42852610 . T C 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.443;QD=60.3754;RBI=0.0424152;REFB=0;REVB=-0.0414877;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137849;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr17 42854608 . T TC 57.28 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=76;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.063852;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4436;QD=3.18228;RBI=0.163466;REFB=-0.0528082;REVB=-0.15048;RO=66;SAF=3;SAR=7;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230652;STB=0.537705;STBP=0.58;TYPE=ins;VARB=0.0187826;OID=.;OPOS=42854609;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:76:33:72:39:13:20:18:21:57:66:3:7:32:34 chr17 42854610 . T C 321.47 PASS AF=0.5;AO=30;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0165308;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7219;QD=16.9196;RBI=0.0922002;REFB=-0.0374465;REVB=0.0907061;RO=33;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734824;STB=0.526746;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0568685;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:33:38:30:38:0.5:16:14:18:15:22:16:18:20 chr17 42855554 . T C 434.19 PASS AF=0.5;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0598512;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5089;QD=20.1948;RBI=0.0600176;REFB=-0.0353758;REVB=0.004466;RO=42;SAF=33;SAR=10;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165774;STB=0.60157;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0477107;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:43:43:43:0.5:10:33:26:16:10:33:26:17 chr17 42857430 . G A 612.37 PASS AF=0.484615;AO=62;DP=130;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00727088;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5548;QD=18.8421;RBI=0.00736408;REFB=-0.01418;REVB=0.00116791;RO=66;SAF=31;SAR=31;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282325;STB=0.523302;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0225109;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:66:67:62:63:0.484615:31:31:35:31:32:31:36:31 chr17 42857517 . C T 370.63 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=10;FWDB=0.0099166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.554;QD=17.2387;RBI=0.0169964;REFB=-0.0243272;REVB=0.0138036;RO=47;SAF=25;SAR=14;SRF=37;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164288;STB=0.591238;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0407271;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:14:25:37:10:14:25:37:10 chr17 42857945 . T C 1142.43 PASS AF=0.560847;AO=106;DP=189;FAO=106;FDP=189;FR=.;FRO=83;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0148929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6451;QD=24.1785;RBI=0.0363912;REFB=-0.0206459;REVB=0.0332042;RO=83;SAF=51;SAR=55;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976392;STB=0.553112;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0260977;OID=.;OPOS=42857945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:83:83:106:106:0.560847:55:51:50:33:55:51:50:33 chr17 42880753 . C T 159.3 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0354269;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2458;QD=16.7688;RBI=0.0751814;REFB=0.00255655;REVB=-0.0663111;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00890405;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:12:9:11:6:12:9 chr17 42925559 . C T 568.09 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0158799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.805;QD=24.971;RBI=0.0183442;REFB=-0.0226752;REVB=-0.00918361;RO=39;SAF=28;SAR=24;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202266;STB=0.511069;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0201407;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:24:28:22:17:24:28:22:17 chr17 43003484 . T C 338.6 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.043776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.623;QD=15.3908;RBI=0.0438012;REFB=-0.0264079;REVB=-0.00148689;RO=51;SAF=22;SAR=15;SRF=40;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213322;STB=0.619116;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0423841;OID=.;OPOS=43003484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:15:22:40:11:15:22:40:11 chr17 43010064 . G A 728.91 PASS AF=0.48;AO=72;DP=150;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=0.00286944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.911;QD=19.4375;RBI=0.019496;REFB=-0.0092102;REVB=0.0192836;RO=78;SAF=42;SAR=30;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186701;STB=0.510318;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0085182;OID=.;OPOS=43010064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:78:78:72:72:0.48:30:42:47:31:30:42:47:31 chr17 43171154 . C T 517.56 PASS AF=0.416058;AO=57;DP=137;FAO=57;FDP=137;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0234788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8253;QD=15.1113;RBI=0.0460891;REFB=-0.00817181;REVB=-0.0396605;RO=78;SAF=25;SAR=32;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028237;STB=0.506747;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00842406;OID=.;OPOS=43171154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:80:57:57:0.416058:32:25:34:44:32:25:36:44 chr17 43181287 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00311819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.737;QD=58.4197;RBI=0.0218566;REFB=0;REVB=0.0216331;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69219e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr17 43183028 . G A 672.15 PASS AF=0.450617;AO=73;DP=162;FAO=73;FDP=162;FR=.;FRO=89;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.000528563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.834;QD=16.5963;RBI=0.0125197;REFB=-0.0063918;REVB=-0.0125086;RO=89;SAF=36;SAR=37;SRF=53;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101107;STB=0.556141;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00889144;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:89:89:73:73:0.450617:37:36:53:36:37:36:53:36 chr17 43183108 . G A 732.25 PASS AF=0.403846;AO=84;DP=208;FAO=84;FDP=208;FR=.;FRO=124;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=67;FSRR=57;FWDB=-0.0194833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.181;QD=14.0817;RBI=0.0203446;REFB=-0.00483357;REVB=-0.00585701;RO=123;SAF=47;SAR=37;SRF=67;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158767;STB=0.511577;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0063127;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:123:124:84:84:0.403846:37:47:67:56:37:47:67:57 chr17 43183420 . C T 797.31 PASS AF=0.491018;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=167;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00761321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.558;QD=19.0973;RBI=0.0391576;REFB=-0.0110654;REVB=0.0384104;RO=84;SAF=44;SAR=38;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117842;STB=0.503668;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0133522;OID=.;OPOS=43183420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:85:82:82:0.491018:38:44:44:40:38:44:45:40 chr17 43192548 . GT GTC,TC 241.93 PASS AF=1,0;AO=15,3;DP=21;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607976,0.0967253;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=21.3945,6.79442;QD=48.3863;RBI=0.142393,0.133388;REFB=0,0;REVB=0.128761,-0.0918504;RO=3;SAF=8,0;SAR=7,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0603541,-0.664835;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0111095,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:3:0:15,3:20,0:1,0:7,3:8,0:1:2:11,0:9,0:0:0 chr17 43192821 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0179356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.04;QD=14.6498;RBI=0.0179887;REFB=0.00319633;REVB=-0.00138059;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.586084;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00292286;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:11:8:8:6:11:8 chr17 43227766 . T TTTGG 842.72 PASS AF=1;AO=54;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141829;FXX=0.0483793;HRUN=3;LEN=4;MLLD=315.69;QD=57.1334;RBI=0.0214215;REFB=0.00363846;REVB=-0.0160539;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.05037e-05;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:60:59:59:0:28:31:0:0:4:1:27:27:0:1 chr17 43229063 . C CG 43.28 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.0288919;FXX=0.0104156;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.8034;QD=1.82211;RBI=0.120378;REFB=-0.0313462;REVB=-0.116859;RO=78;SAF=11;SAR=4;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166801;STB=0.709052;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.165228;OID=.;OPOS=43229064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895:15:96:15:95:80:12:3:47:33:43:78:11:4:48:30 chr17 43229299 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00740528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.148;QD=14.3343;RBI=0.0163119;REFB=-0.00818094;REVB=0.0145341;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36564;STB=0.717431;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.016857;OID=.;OPOS=43229299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:6:4:7:2:6:4 chr17 43310366 . TCG GTC,TC 33.69 PASS AF=0.0540541,0.216216;AO=2,4;DP=36;FAO=2,8;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2,4;FSAR=0,4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0487256,0.139814;FXX=0.0263089;HRUN=1,5;LEN=3,1;MLLD=79.5395,12.4126;QD=3.64169;RBI=0.0537829,0.181763;REFB=-0.00559011,-0.022458;REVB=-0.0227688,0.116145;RO=19;SAF=2,2;SAR=0,2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.576337,0.151867;STB=0.99487,0.51425;STBP=0.169,0.946;TYPE=mnp,del;VARB=0.037591,0.0541327;OID=.,.;OPOS=43310366,43310368;OREF=TCG,G;OALT=GTC,-;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:36:37:19:27:2,4:2,8:0.0540541,0.216216:0,2:2,2:7:12:0,4:2,4:13:14 chr17 43318778 . GC CG 652.78 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134105;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=2;MLLD=232.024;QD=58.0252;RBI=0.0254162;REFB=-0.0423841;REVB=0.0215903;RO=2;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306583;STB=0.507459;STBP=0.629;TYPE=mnp;VARB=0.000396958;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:45:2:1:43:44:0.977778:10:33:1:1:11:33:1:0 chr17 43319770 . C T 320.14 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0163287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.229;QD=11.4336;RBI=0.0351783;REFB=-0.0156023;REVB=-0.0311591;RO=71;SAF=9;SAR=31;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29084;STB=0.673818;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0207584;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:72:40:40:0.357143:31:9:32:39:31:9:33:39 chr17 43333125 . C T 407.18 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0158105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.718;QD=22.9396;RBI=0.0229058;REFB=-0.0129335;REVB=-0.0165742;RO=31;SAF=25;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214999;STB=0.618315;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00969469;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:15:25:11:20:15:25:11:20 chr17 43333785 . AAGAC A 136.24 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.0416052;FXX=0.0869471;HRUN=2;LEN=4;MLLD=231.159;QD=6.48739;RBI=0.0439615;REFB=-0.026679;REVB=0.0141993;RO=58;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304646;STB=0.68336;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.0588502;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:27:92:27:84:57:17:10:20:37:99:58:17:10:21:37 chr17 43340936 . G A 311.31 PASS AF=0.636364;AO=26;DP=42;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0314336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.579;QD=28.3005;RBI=0.0684476;REFB=-0.0284023;REVB=0.060803;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27175;STB=0.636848;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0343807;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:15:16:26:28:0.636364:16:10:12:3:16:12:13:3 chr17 43342141 . G C 557.05 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00042285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.184;QD=18.7242;RBI=0.00814308;REFB=-0.0138195;REVB=0.00813209;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901346;STB=0.549938;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00929058;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:61:61:58:58:0.487395:35:23:30:31:35:23:30:31 chr17 43364293 . C CG 482.17 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768292;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5647;QD=49.4535;RBI=0.0489495;REFB=0;REVB=-0.0483428;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00160563;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:40:39:39:0:25:14:0:0:8:1:24:13:0:1 chr17 43923180 . G A 1208.19 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.304;QD=61.174;RBI=0.0336095;REFB=0;REVB=0.0212473;RO=0;SAF=53;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12409e-05;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:26:53:0:0:26:53:0:0 chr17 43923898 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2871;QD=48.7311;RBI=0.0506324;REFB=0;REVB=-0.00606808;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658338;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr17 43924292 . G A 683.3 PASS AF=0.40625;AO=74;DP=189;FAO=78;FDP=192;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0500638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2397;QD=14.2353;RBI=0.0663191;REFB=-0.0117189;REVB=0.0434952;RO=112;SAF=40;SAR=34;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434923;STB=0.533109;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0196008;OID=.;OPOS=43924292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:192:112:114:74:78:0.40625:34:40:56:56:34:44:58:56 chr17 43924412 . T C 2140.66 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.867;QD=62.9606;RBI=0.0310776;REFB=0;REVB=-0.00493977;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33826e-05;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:73:63:0:0:73:63:0:0 chr17 44061025 . C T 750.25 PASS AF=0.40566;AO=85;DP=212;FAO=86;FDP=212;FR=.;FRO=126;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=91;FSRR=35;FWDB=0.00848302;FXX=0.00934536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.745;QD=14.1557;RBI=0.00866424;REFB=-0.0139369;REVB=-0.00176279;RO=125;SAF=53;SAR=32;SRF=90;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112975;STB=0.561866;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.021324;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:125:126:85:86:0.40566:32:53:90:35:32:54:91:35 chr17 44067382 . T C 165.46 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0790434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0313;QD=14.7072;RBI=0.0879187;REFB=-0.0354004;REVB=0.0384946;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270465;STB=0.656541;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0570515;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:11:16:6:12:11:16 chr17 44077044 . T C 256.77 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.693;QD=51.3548;RBI=0.0493722;REFB=0;REVB=-0.00528626;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124658;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:12:5:0:0:12:8:0:0 chr17 44104670 . A G 195.56 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0103147;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.013;QD=17.0049;RBI=0.0609127;REFB=-0.00995447;REVB=-0.060033;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528231;STB=0.530272;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.010882;OID=.;OPOS=44104670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:26:20:20:0.434783:6:14:17:9:6:14:17:9 chr17 44109474 . G A 1146.22 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.652;QD=59.5441;RBI=0.0220154;REFB=0;REVB=0.0193673;RO=1;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178505;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40951e-05;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:26:50:0:1:27:50:0:0 chr17 44144993 . C G 703.98 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00818388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.549;QD=62.5761;RBI=0.0539756;REFB=0;REVB=0.0533516;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187047;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:21:24:0:0 chr17 44408406 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7929;QD=37.4883;RBI=0.0514411;REFB=0;REVB=0.00562356;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391673;OID=.;OPOS=44408406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr17 44998563 . G A 664.06 PASS AF=0.434524;AO=74;DP=168;FAO=73;FDP=168;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=-0.032708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3896;QD=15.8109;RBI=0.0639207;REFB=-0.0239288;REVB=-0.0549185;RO=92;SAF=40;SAR=34;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512916;STB=0.542029;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0246982;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:95:74:73:0.434524:34:40:45:47:33:40:45:50 chr17 45000529 . G C 350.83 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0254223;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.179;QD=17.5416;RBI=0.0256068;REFB=-0.0294105;REVB=0.0030677;RO=43;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920246;STB=0.507582;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0318951;OID=.;OPOS=45000529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:43:43:37:37:0.4625:16:21:24:19:16:21:25:18 chr17 45000547 . G C 1147.35 PASS AF=0.95122;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=82;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0198849;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.4993;QD=55.9685;RBI=0.0215329;REFB=-0.0759915;REVB=-0.00826164;RO=4;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254448;STB=0.513459;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00415905;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:82:4:4:78:78:0.95122:37:41:1:3:37:41:1:3 chr17 45008570 . G A 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00973258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.42;QD=30.8607;RBI=0.0112545;REFB=0.0133291;REVB=-0.0056517;RO=9;SAF=17;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115384;STB=0.563916;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00666025;OID=.;OPOS=45008570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:4:17:6:3:4:17:6:3 chr17 45234298 . G C 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0219288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6028;QD=9.9116;RBI=0.0219292;REFB=-0.00736135;REVB=0.000138928;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189101;STB=0.629974;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0073682;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:5:4:10:6:5:4:11:6 chr17 45234303 . G C 44.09 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0289961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1698;QD=6.5315;RBI=0.0978878;REFB=-0.0141409;REVB=-0.0934947;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227677;STB=0.631788;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0309534;OID=.;OPOS=45234303;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:19:20:7:7:0.259259:2:5:10:9:2:5:11:9 chr17 45234343 . T G 107.03 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00034485;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.868;QD=11.5704;RBI=0.00669226;REFB=-0.00733092;REVB=-0.00668337;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263461;STB=0.627903;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0119728;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:24:13:13:0.351351:8:5:14:8:8:5:14:10 chr17 45234360 . A C 155.58 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0480707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.252;QD=15.1789;RBI=0.0643628;REFB=-0.041397;REVB=0.0427994;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0402554;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:15:9:11:6:15:9 chr17 45234403 . TT GG 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00729175;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.151;QD=4.46088;RBI=0.00749161;REFB=-0.00691895;REVB=-0.00171888;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104477;STB=0.557941;STBP=0.804;TYPE=mnp;VARB=0.022725;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:2:4:14:10:2:4:15:10 chr17 45234420 . T G 35.45 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.011823;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3954;QD=4.57479;RBI=0.0279278;REFB=2.63777e-05;REVB=0.0253018;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368667;STB=0.758529;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00136715;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:14:11:1:5:14:11 chr17 45234725 . T C 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0108485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.929;QD=2.21255;RBI=0.0229167;REFB=-0.00315047;REVB=0.0201862;RO=49;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2476;STB=0.689856;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.01651;OID=.;OPOS=45234725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:2:4:22:27:2:4:22:27 chr17 45266522 . T C 90.87 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00277052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7923;QD=6.05826;RBI=0.102632;REFB=-0.0147415;REVB=-0.102595;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166222;STB=0.603627;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0447251;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:26:20:8:6:26:20 chr17 45266535 . T C 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.011829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.508;QD=9.14287;RBI=0.0517934;REFB=-0.00107602;REVB=-0.0504246;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291208;STB=0.501728;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00346154;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:9:10:22:20:9:10:22:20 chr17 45266571 . T A 167.65 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00219765;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.159;QD=13.6859;RBI=0.0132659;REFB=-0.0116365;REVB=-0.0130826;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447702;STB=0.72648;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138711;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:30:19:19:0.387755:6:13:6:21:6:13:9:21 chr17 45364540 . T C 314.27 PASS AF=0.367347;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00437171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.671;QD=12.8274;RBI=0.00471059;REFB=-0.00572017;REVB=0.00175436;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248989;STB=0.648171;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0140806;OID=.;OPOS=45364540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:62:62:35:36:0.367347:22:13:37:25:23:13:37:25 chr17 45368337 . A C 547.29 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.00594457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3041;QD=20.4596;RBI=0.00646829;REFB=-0.00314488;REVB=0.00254968;RO=50;SAF=29;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153171;STB=0.503841;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00443307;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:27:29:25:25:27:29:26:25 chr17 45388586 . T A 2053.68 PASS AF=0.992481;AO=131;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106158;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9512;QD=61.765;RBI=0.0655048;REFB=-0.108893;REVB=0.0646389;RO=2;SAF=86;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206507;STB=0.505376;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00482407;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:2:1:131:132:0.992481:45:86:0:2:46:86:0:1 chr17 45438886 . CAGTG C,CAGTT 218.3 PASS AF=0.352113,0.0422535;AO=23,3;DP=75;FAO=25,3;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11,0;FSAR=14,3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0199863,-0.0919433;FXX=0.0533262;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=186.407,116.254;QD=12.2983;RBI=0.0213379,0.092945;REFB=-0.0182996,0.00264448;REVB=-0.00747369,-0.0136089;RO=40;SAF=11,0;SAR=12,3;SRF=19;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00357888,-0.49448;STB=0.545418,0.996541;STBP=0.599,0.073;TYPE=del,snp;VARB=0.0321279,0.0110139;OID=.,.;OPOS=45438887,45438890;OREF=AGTG,G;OALT=-,T;OMAPALT=C,CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352113,0.0422535:23,3:75:25,3:71:43:11,0:14,3:22:21:99:40:11,0:12,3:19:21 chr17 45447802 . G A 313.51 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.035279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7182;QD=11.6113;RBI=0.0785194;REFB=0.00276605;REVB=-0.0701476;RO=69;SAF=23;SAR=16;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076977;STB=0.544159;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00561519;OID=.;OPOS=45447802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:69:39:39:0.361111:16:23:36:33:16:23:36:33 chr17 45451894 . G A 2124.53 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0888235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.276;QD=62.0302;RBI=0.0895543;REFB=0.00403502;REVB=0.0114179;RO=1;SAF=84;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562624;STB=0.502958;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0002583;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:52:84:1:0:52:84:1:0 chr17 45490251 . C T 489.87 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0477278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7862;QD=22.2669;RBI=0.0619468;REFB=-0.00775704;REVB=-0.03949;RO=39;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133964;STB=0.503574;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00647185;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:41:46:47:0.534091:29:17:15:24:29:18:16:25 chr17 45567593 . ATC A 207.45 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.042137;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.625;QD=21.2772;RBI=0.0422911;REFB=-0.0512214;REVB=-0.00360714;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405079;STB=0.543436;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.0393373;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:20:41:20:39:19:8:12:6:13:99:17:8:12:6:11 chr17 45569814 . GA G,GG 672.05 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=15,28;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635343,0.0613942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=238.955,251.348;QD=62.5161;RBI=0.0638717,0.0619891;REFB=0,0;REVB=-0.00655623,-0.00856704;RO=0;SAF=14,12;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0498566,-0.000484989;OID=.,.;OPOS=45569815,45569815;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.976744:15,28:43:1,42:43:0:0,26:1,16:0:0:4:0:14,12:1,16:0:0 chr17 45700384 . C CCTA 255.81 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00690927;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=209.917;QD=15.7422;RBI=0.0105492;REFB=-0.0351605;REVB=-0.00797172;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200456;STB=0.614487;STBP=0.142;TYPE=ins;VARB=0.0357073;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446154:28:66:29:65:36:15:14:26:10:99:37:15:13:27:10 chr17 45700408 . C G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00108192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.819;QD=16.9796;RBI=0.0111852;REFB=-0.0246274;REVB=-0.0111328;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145645;STB=0.581757;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0245377;OID=.;OPOS=45700408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:19:10:13:13:19:10 chr17 45760349 . T C 1034.16 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0288779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.968;QD=54.4297;RBI=0.0289108;REFB=-0.0884056;REVB=0.00137958;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.524993;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0011132;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:76:1:4:72:72:0.947368:34:38:1:0:34:38:4:0 chr17 45760429 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.776;QD=59.4356;RBI=0.0421175;REFB=0;REVB=0.0248461;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120961;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 45760433 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.026;QD=59.0187;RBI=0.0237199;REFB=0;REVB=0.0234474;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90953e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 45760958 . TA T 182.17 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0342683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.3313;QD=14.2878;RBI=0.0683208;REFB=0.026595;REVB=0.0591052;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387046;STB=0.53059;STBP=0.64;TYPE=del;VARB=-0.0216653;OID=.;OPOS=45760959;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:27:51:27:51:24:13:14:10:14:99:23:13:14:10:13 chr17 45774151 . G A 225.74 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0576412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2854;QD=20.5219;RBI=0.108122;REFB=-0.0172783;REVB=0.0914757;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455261;STB=0.525677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0207693;OID=.;OPOS=45774151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:7:15:14:8:7:15:14:8 chr17 45885687 . A G 1810.11 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.742;QD=60.337;RBI=0.0390808;REFB=0;REVB=0.0133982;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113361;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:117:120:1:45:72:0:0:45:75:0:0 chr17 45915788 . T C 1180.99 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.003;QD=60.5637;RBI=0.00546836;REFB=0;REVB=0.00266544;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03712e-05;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:75:78:1:35:40:0:0:38:40:0:0 chr17 45994044 . C T 1338.79 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2822;QD=62.2695;RBI=0.0693496;REFB=0;REVB=0.0693406;RO=0;SAF=73;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026592;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:12:73:0:0:13:73:0:0 chr17 45994094 . T C 1793.72 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=126;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0697999;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4322;QD=57.862;RBI=0.0729555;REFB=0.0160491;REVB=0.0212244;RO=3;SAF=103;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136339;STB=0.50711;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0022672;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:126:124:3:4:120:120:0.967742:17:103:3:0:17:103:3:1 chr17 45994154 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4649;QD=62.9813;RBI=0.0775768;REFB=0;REVB=-0.0540453;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11428e-05;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr17 46002744 . G T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.941;QD=58.2396;RBI=0.0117394;REFB=0;REVB=0.00255074;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67461e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1385.53 PASS AF=0.943396;AO=97;DP=106;FAO=100;FDP=106;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0240371;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259;QD=52.2842;RBI=0.0257268;REFB=-0.0397456;REVB=0.00916979;RO=7;SAF=54;SAR=43;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348066;STB=0.522463;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.00289447;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.943396:97:106:100:106:6:56:44:1:5:17:7:54:43:2:5 chr17 46026156 . A G 676.71 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00519496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.44;QD=60.1521;RBI=0.0305599;REFB=-0.024384;REVB=-0.0301151;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.508768;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=3.10579e-05;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:42:44:0.977778:16:26:1:0:16:28:1:0 chr17 46029962 . ACTCT A 373.88 PASS AF=0.631579;AO=34;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00950781;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=4;MLLD=305.787;QD=26.2375;RBI=0.00952392;REFB=-0.0303333;REVB=-0.000553592;RO=20;SAF=24;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445065;STB=0.511939;STBP=0.807;TYPE=del;VARB=0.014891;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:34:57:36:57:21:25:11:14:7:99:20:24:10:13:7 chr17 46059071 . T C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00866869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.852;QD=13.8995;RBI=0.0117126;REFB=-0.0234677;REVB=-0.00787641;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218677;STB=0.624896;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0313038;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:9:15:14:20:9:15:14:20 chr17 46136133 . G C 277.45 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0469719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.45;QD=23.1207;RBI=0.0488698;REFB=-0.0184034;REVB=-0.013487;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299271;STB=0.535687;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00803233;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:25:26:0.541667:14:11:10:11:15:11:11:11 chr17 46136751 . G C 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0100654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.969;QD=15.5687;RBI=0.0253289;REFB=-0.0186994;REVB=0.0232431;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182225;STB=0.594528;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0220587;OID=.;OPOS=46136751;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:13:21:12:16:14:21 chr17 46137055 . GCTGGAC G 131.76 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0071877;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=6;MLLD=296.667;QD=8.93275;RBI=0.0136336;REFB=-0.0242036;REVB=0.0115849;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313731;STB=0.508465;STBP=0.946;TYPE=del;VARB=0.0491964;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:60:18:59:41:9:9:21:20:99:36:9:9:19:17 chr17 46147945 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00434307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.937;QD=24.293;RBI=0.00439585;REFB=-0.000262255;REVB=0.000679153;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102746;STB=0.557317;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000123703;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:5:8:9:10:5:8 chr17 46166073 . G A 508.99 PASS AF=0.326425;AO=63;DP=194;FAO=63;FDP=193;FR=.;FRO=130;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=-0.000570289;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.226;QD=10.5489;RBI=0.0194556;REFB=-0.0179924;REVB=-0.0194472;RO=128;SAF=26;SAR=37;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164984;STB=0.599772;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0326829;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:128:130:63:63:0.326425:37:26:71:57:37:26:73:57 chr17 46262171 . C T 300.16 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00443667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.01;QD=13.9611;RBI=0.00926629;REFB=-0.00701078;REVB=0.00813511;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066291;STB=0.53302;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0121971;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:12:22:30:21:12:22:31:21 chr17 46474117 . C T 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.011332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.345;QD=16.5617;RBI=0.0249192;REFB=-0.005717;REVB=-0.0221935;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229978;STB=0.629534;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00823973;OID=.;OPOS=46474117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:17:10:19:12:17:10:19:12 chr17 46507417 . G A 969.53 PASS AF=0.502646;AO=95;DP=190;FAO=95;FDP=189;FR=.;FRO=94;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0150984;FXX=0.00526288;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.992;QD=20.5191;RBI=0.0163382;REFB=-0.00806443;REVB=0.00624306;RO=94;SAF=38;SAR=57;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111436;STB=0.561277;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00695993;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:94:94:95:95:0.502646:57:38:49:45:57:38:49:45 chr17 46607021 . T C 3207.95 PASS AF=0.981395;AO=211;DP=215;FAO=211;FDP=215;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=115;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0252208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7696;QD=59.6828;RBI=0.0343895;REFB=0.00630923;REVB=0.0233784;RO=4;SAF=96;SAR=115;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105274;STB=0.505528;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000548591;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:215:215:4:4:211:211:0.981395:115:96:3:1:115:96:3:1 chr17 46620469 . GAAAAAATC GAAAAATC,GAAAATACT 474.59 PASS AF=0.811765,0.188235;AO=22,7;DP=96;FAO=69,16;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=21,16;FSAR=48,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147034,0.00499034;FXX=0.0957345;HRUN=6,6;LEN=1,4;MLLD=6.67893,160.762;QD=22.3335;RBI=0.630056,0.0562083;REFB=0.0555539,0.0207264;REVB=0.629884,0.0559864;RO=35;SAF=4,7;SAR=18,0;SRF=10;SRR=25;SSEN=0.371429,0;SSEP=0.348428,0;SSSB=-0.161406,0.761966;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00644473,0.0732611;OID=.,.;OPOS=46620470,46620474;OREF=A,AATC;OALT=-,TACT;OMAPALT=GAAAAATC,GAAAATACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.811765,0.188235:22,7:96:69,16:85:0:21,16:48,0:0:0:90:35:4,7:18,0:10:25 chr17 46626811 . G GGACA 317.73 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00828567;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=383.675;QD=45.3903;RBI=0.0114152;REFB=0.00859286;REVB=-0.00785207;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865111;STB=0.515747;STBP=0.726;TYPE=ins;VARB=-0.00105116;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:25:30:25:28:3:12:13:1:2:13:5:12:13:1:4 chr17 46629593 . G T 1277.54 PASS AF=0.915789;AO=87;DP=96;FAO=87;FDP=95;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.115062;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.2215;QD=53.7913;RBI=0.132495;REFB=-0.140356;REVB=0.0656931;RO=3;SAF=53;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00381231;STB=0.523743;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00287368;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:96:95:3:8:87:87:0.915789:34:53:2:1:34:53:7:1 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 872.86 PASS AF=0.00584795,0.508772,0;AO=35,45,12;DP=183;FAO=1,87,0;FDP=171;FR=.;FRO=83;FSAF=0,37,0;FSAR=1,50,0;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.0611839,0.108186,0.129163;FXX=0.0604362;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=233.665,238.174,236.081;QD=20.4178;RBI=0.0622201,0.108762,0.129628;REFB=-0.00516765,-0.00445249,-0.00401986;REVB=-0.0113083,-0.01118,-0.010972;RO=80;SAF=27,9,2;SAR=8,36,10;SRF=24;SRR=56;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.532492,-0.154402,-0.221364;STB=0.986319,0.56312,0.5;STBP=0.534,0.101,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00327565,0.00835715,0;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.00584795,0.508772,0:35,45,12:183:1,87,0:171:83:0,37,0:1,50,0:25:58:99:80:27,9,2:8,36,10:24:56 chr17 46670520 . T C 1053.83 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0148049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.229;QD=56.9639;RBI=0.0149329;REFB=-0.00237593;REVB=-0.00195122;RO=2;SAF=54;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171951;STB=0.509088;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.94199e-05;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:18:54:2:0:18:54:2:0 chr17 46684929 . A G 770.99 PASS AF=0.663462;AO=69;DP=105;FAO=69;FDP=104;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.06638;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4911;QD=29.6535;RBI=0.0700131;REFB=0.00175605;REVB=0.0222604;RO=35;SAF=26;SAR=43;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106881;STB=0.557781;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.000328638;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:35:35:69:69:0.663462:43:26:19:16:43:26:19:16 chr17 46688135 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0167113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.08;QD=21.2665;RBI=0.021368;REFB=-0.0013005;REVB=0.0133163;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.000910844;OID=.;OPOS=46688135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:7:6:9:8:7:7 chr17 46688256 . T C 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.372;QD=58.0561;RBI=0.0774144;REFB=0;REVB=0.0666463;RO=0;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072967;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:23:38:0:0:23:38:0:0 chr17 46689680 . C A 326.83 PASS AF=0.58;AO=25;DP=46;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0146365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.159;QD=26.1467;RBI=0.022596;REFB=-0.034084;REVB=0.0172149;RO=21;SAF=12;SAR=13;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152352;STB=0.576871;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0194543;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:21:21:25:29:0.58:13:12:14:7:15:14:14:7 chr17 46842983 . T C 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00707839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.604;QD=53.4656;RBI=0.0150036;REFB=0.00909308;REVB=0.0132289;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.518512;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000564588;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:26:30:0:1:26:30:0:2 chr17 46847364 . C A 400.01 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.014827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4943;QD=21.6221;RBI=0.0153605;REFB=-0.035311;REVB=0.00401312;RO=33;SAF=25;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425061;STB=0.527628;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0331355;OID=.;OPOS=46847364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:40:41:0.554054:15:25:19:14:15:26:19:14 chr17 46881748 . T C 774.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141514;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.054;QD=57.3646;RBI=0.0165061;REFB=0;REVB=0.00849637;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51406e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr17 46894377 . A C 361.93 PASS AF=0.433333;AO=36;DP=87;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00843205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.014;QD=16.0856;RBI=0.0451018;REFB=-0.0367284;REVB=-0.0443065;RO=49;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157588;STB=0.522244;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0592989;OID=.;OPOS=46894377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:49:51:36:39:0.433333:23:13:17:32:23:16:19:32 chr17 46923384 . G A 404.4 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0163856;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.255;QD=15.8588;RBI=0.0247245;REFB=-0.00627272;REVB=-0.0185152;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713769;STB=0.52089;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00760558;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:54:57:45:45:0.441176:19:26:35:19:19:26:35:22 chr17 46926615 . G A 507.94 PASS AF=0.544444;AO=48;DP=90;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00561096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3065;QD=22.5749;RBI=0.0897114;REFB=-0.0216731;REVB=0.0895357;RO=42;SAF=36;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136007;STB=0.555654;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0176215;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:41:48:49:0.544444:12:36:26:16:13:36:26:15 chr17 46934007 . A C 333.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.606;QD=53.3764;RBI=0.07855;REFB=0;REVB=0.0278422;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139875;OID=.;OPOS=46934007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr17 46939658 . C G 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00493077;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=301.63;QD=15.6453;RBI=0.00585019;REFB=-0.00545723;REVB=-0.00314838;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147839;STB=0.583869;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00684688;OID=.;OPOS=46939658;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:9:20:12:10:9:20 chr17 46970836 . A G 1315.83 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.82;QD=61.9212;RBI=0.0486816;REFB=0;REVB=0.0483428;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41255e-05;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:39:44:0:0:41:44:0:0 chr17 46971140 . G A 175.56 PASS AF=0.477273;AO=17;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0655163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0667;QD=15.9603;RBI=0.0713666;REFB=-0.00990872;REVB=-0.0282986;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280681;STB=0.571361;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0138628;OID=.;OPOS=46971140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:23:23:17:21:0.477273:12:5:13:10:12:9:13:10 chr17 46972479 . ATCTC A 179.63 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0165118;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=279.526;QD=14.9693;RBI=0.0174398;REFB=-0.0159023;REVB=0.00561334;RO=27;SAF=1;SAR=17;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369426;STB=0.782198;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.0238949;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:18:48:19:48:29:1:18:7:22:99:27:1:17:5:22 chr17 47000251 . C T 547.99 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0103305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.938;QD=19.0605;RBI=0.0138512;REFB=-0.0143847;REVB=-0.00922699;RO=58;SAF=30;SAR=27;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747288;STB=0.504131;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0120045;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:27:30:31:27:27:30:31:27 chr17 47007963 . C T 181.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0324572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.962;QD=24.2051;RBI=0.0324611;REFB=-0.014504;REVB=-0.000508823;RO=12;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319999;STB=0.681586;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00650961;OID=.;OPOS=47007963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:15:3:6:6:15:3:6:6 chr17 47014632 . A G 224.66 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0156989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.727;QD=19.9696;RBI=0.0350916;REFB=-0.0137231;REVB=0.0313841;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.017126;OID=.;OPOS=47014632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:14:9:11:11:14:9 chr17 47014651 . CT C 210.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0212115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.028;QD=19.6027;RBI=0.087966;REFB=-0.0205968;REVB=-0.0853703;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652453;STB=0.536877;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.0114866;OID=.;OPOS=47014652;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:43:21:43:22:12:9:11:11:99:22:12:9:11:11 chr17 47014675 . C T 670.43 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.692;QD=62.3657;RBI=0.0758542;REFB=0;REVB=0.0714091;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314016;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:19:23:0:0:20:23:0:0 chr17 47026836 . G C 107.53 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00721492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.278;QD=12.651;RBI=0.0388402;REFB=-0.0245663;REVB=0.0381642;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.509077;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0170761;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:5:7:11:10:6:7:11:10 chr17 47036042 . C A 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0166254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.534;QD=19.3865;RBI=0.0348367;REFB=-0.018729;REVB=-0.0306135;RO=34;SAF=26;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19004;STB=0.606349;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0190769;OID=.;OPOS=47036042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:9:26:19:15:9:26:19:15 chr17 47039132 . T C 282.14 PASS AF=0.534483;AO=29;DP=56;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0116409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.969;QD=19.4582;RBI=0.0117821;REFB=-0.0225934;REVB=-0.00181856;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13887;STB=0.580593;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0254195;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:26:27:29:31:0.534483:12:17:11:15:13:18:11:16 chr17 47241604 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.852;QD=59.8546;RBI=0.0160883;REFB=0;REVB=0.00737887;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15372e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr17 47297297 . T C 2284.27 PASS AF=0.974843;AO=154;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=108;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0415968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.943;QD=57.4659;RBI=0.0417118;REFB=-0.0281991;REVB=0.00309524;RO=5;SAF=107;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666156;STB=0.50583;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=7.56496e-05;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:5:4:154:155:0.974843:47:107:3:2:47:108:2:2 chr17 47300823 . G A 283.85 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00435197;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.892;QD=21.8344;RBI=0.0198302;REFB=-0.0123951;REVB=0.0193467;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266984;STB=0.646319;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0114949;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:20:3:13:16:20:3 chr17 47373417 . T C 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.007215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.123;QD=23.1235;RBI=0.159015;REFB=-0.0152653;REVB=0.158851;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444381;STB=0.524532;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0175683;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:13:9:14:16:13:9 chr17 47587819 . C T 1427.34 PASS AF=0.980392;AO=94;DP=96;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0427276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.189;QD=55.9741;RBI=0.0488092;REFB=-0.0142247;REVB=0.0235942;RO=2;SAF=17;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121568;STB=0.506249;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000197968;OID=.;OPOS=47587819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:102:2:2:94:100:0.980392:77:17:0:2:79:21:0:2 chr17 47784796 . C CG,G 66.1 PASS AF=0.34,0;AO=14,4;DP=55;FAO=17,0;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=16,0;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0190967,-0.0130163;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=14.5334,45.7079;QD=5.28829;RBI=0.025103,0.0545485;REFB=-0.139911,-0.016567;REVB=0.0162934,-0.0529728;RO=33;SAF=14,3;SAR=0,1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.78353,0.266352;STB=0.872158,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.164811,0;OID=.,.;OPOS=47784797,47784796;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:55:50:33:33:14,4:17,0:0.34,0:0,1:14,3:17:16:1,0:16,0:19:14 chr17 47888852 . A G 376.17 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.801;QD=55.7292;RBI=0.122896;REFB=0;REVB=0.122359;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114491;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr17 47903381 . C T 806.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.037;QD=56.6158;RBI=0.00719846;REFB=0;REVB=0.00711344;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323998;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr17 48067439 . G A 167.74 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0169048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.39;QD=15.6033;RBI=0.0206711;REFB=-0.00233515;REVB=-0.0118964;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115251;STB=0.56659;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00643616;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:11:14:12:6:11:14 chr17 48067953 . T C 497.95 PASS AF=0.443548;AO=54;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0136223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.479;QD=16.0628;RBI=0.0739277;REFB=-0.00658627;REVB=0.0726618;RO=68;SAF=30;SAR=24;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632748;STB=0.543949;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00911276;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:69:54:55:0.443548:24:30:42:26:25:30:43:26 chr17 48070878 . C T 534.15 PASS AF=0.456;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00455423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.621;QD=17.0927;RBI=0.00983327;REFB=-0.00762506;REVB=-0.00871505;RO=67;SAF=37;SAR=19;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113161;STB=0.55222;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0104717;OID=.;OPOS=48070878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:67:68:56:57:0.456:19:37:37:30:20:37:38:30 chr17 48183468 . TGGG TGGA,TGG 266.58 PASS AF=0.807692,0.115385;AO=19,3;DP=27;FAO=21,3;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=18,2;FSAR=3,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0134608,0.0459341;FXX=0.0370233;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=236.434,4.32882;QD=41.0124;RBI=0.013461,0.0708848;REFB=-0.0250176,-0.13188;REVB=-7.36521e-05,-0.0539881;RO=2;SAF=16,2;SAR=3,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0541411,-0.272699;STB=0.526292,0.665762;STBP=0.643,0.695;TYPE=snp,del;VARB=0.00731962,0.0275121;OID=.,.;OPOS=48183471,48183469;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGA,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.807692,0.115385:19,3:27:21,3:26:2:18,2:3,1:2:0:13:2:16,2:3,1:2:0 chr17 48258140 . T C 994.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.31;QD=57.6337;RBI=0.0568251;REFB=0.0255899;REVB=0.0397576;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=1.91634e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:1:0:31:37:1:0 chr17 48258321 . C T 617.26 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171311;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.282;QD=61.7261;RBI=0.0310127;REFB=0;REVB=-0.0309653;RO=0;SAF=35;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61627e-05;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:5:35:0:0:5:35:0:0 chr17 48262775 . A G 174.31 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.351;QD=46.4823;RBI=0.0242808;REFB=0;REVB=-0.0185837;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133349;OID=.;OPOS=48262775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:12:15:1:2:10:0:0:2:13:0:0 chr17 48265495 . T C 361.84 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157748;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.335;QD=55.6674;RBI=0.0548766;REFB=0;REVB=0.0525604;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116537;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr17 48268223 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.074;QD=60.7158;RBI=0.0267331;REFB=0;REVB=0.0200068;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99948e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:35:40:0:0:36:40:0:0 chr17 48269903 . A G 1514.93 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=108;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0213332;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.904;QD=56.6331;RBI=0.0440277;REFB=-0.0572207;REVB=0.0385141;RO=2;SAF=64;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237074;STB=0.508683;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00344775;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:107:2:3:103:104:0.971963:39:64:0:2:39:65:1:2 chr17 48276971 . G C 573.13 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0011776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.286;QD=19.4279;RBI=0.00366955;REFB=-0.0301367;REVB=-0.00347547;RO=59;SAF=17;SAR=42;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139224;STB=0.577198;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0258864;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:59:59:59:0.5:42:17:25:34:42:17:25:34 chr17 48356260 . G C 271.38 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00109279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.574;QD=12.7706;RBI=0.0304684;REFB=-0.0239931;REVB=0.0304488;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615321;STB=0.545629;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0447461;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:44:53:32:32:0.376471:17:15:18:26:17:15:21:32 chr17 48434610 . G A 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00332261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.384;QD=22.3938;RBI=0.00339777;REFB=-0.0212947;REVB=0.000710699;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280213;STB=0.515681;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0227354;OID=.;OPOS=48434610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:10:12:11:8:10:12:11:8 chr17 48457722 . G C 713.54 PASS AF=0.452941;AO=55;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=0.00752104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.041;QD=16.7892;RBI=0.166771;REFB=-0.0533456;REVB=0.166601;RO=89;SAF=36;SAR=19;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283785;STB=0.550412;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0679154;OID=.;OPOS=48457722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:89:93:55:77:0.452941:19:36:35:54:41:36:35:58 chr17 48598785 . G A 852.8 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=133;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0465605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.804;QD=25.6481;RBI=0.049693;REFB=-0.0289797;REVB=-0.0173644;RO=55;SAF=32;SAR=46;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144788;STB=0.578764;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.017941;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:55:55:78:78:0.586466:46:32:33:22:46:32:33:22 chr17 48599450 . A T 310.8 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0171067;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.139;QD=28.2548;RBI=0.0186755;REFB=0.00859318;REVB=-0.00749235;RO=17;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145766;STB=0.580584;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00507156;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:17:17:27:27:0.613636:18:9:9:8:18:9:9:8 chr17 48603503 . C T 199.34 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.100076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.811;QD=15.6342;RBI=0.100096;REFB=-0.0285355;REVB=-0.00201615;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249928;STB=0.629502;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0290101;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:17:5:12:15:17:5:12:17 chr17 48606537 . C G 348.86 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.03116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3578;QD=22.8763;RBI=0.0379327;REFB=0.0121125;REVB=-0.021632;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149026;STB=0.581773;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00993738;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:19:7:16:19:19:7 chr17 48607614 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0429626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.878;QD=12.0517;RBI=0.0430245;REFB=-0.0188417;REVB=0.00230791;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198262;STB=0.619962;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0310583;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:8:5:2:7:8:5 chr17 48608717 . T C 627.35 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=133;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.00608625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.749;QD=18.8678;RBI=0.00935805;REFB=-0.00670397;REVB=-0.00710849;RO=68;SAF=34;SAR=30;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396488;STB=0.525312;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00701733;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:68:69:64:64:0.481203:30:34:39:29:30:34:40:29 chr17 48610272 . G C 894.08 PASS AF=0.607407;AO=68;DP=146;FAO=82;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=0.0148279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.528;QD=26.4913;RBI=0.0407306;REFB=-0.0436094;REVB=0.0379356;RO=62;SAF=53;SAR=15;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083165;STB=0.512268;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0325731;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:135:62:53:68:82:0.607407:15:53:44:18:27:55:37:16 chr17 48613837 . A G 655.19 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=0.024644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.536;QD=19.4131;RBI=0.0255027;REFB=-0.014212;REVB=-0.00656202;RO=68;SAF=34;SAR=32;SRF=20;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202726;STB=0.607112;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0231804;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:68:69:66:66:0.488889:32:34:20:48:32:34:21:48 chr17 48614248 . T C 610.84 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0242928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.355;QD=30.9286;RBI=0.0468568;REFB=-0.029418;REVB=-0.0400677;RO=25;SAF=21;SAR=32;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512287;STB=0.535156;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0148905;OID=.;OPOS=48614248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:25:26:53:53:0.670886:32:21:12:13:32:21:13:13 chr17 48616663 . TA T 52.81 PASS AF=0.295775;AO=22;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.15337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.4525;QD=2.97504;RBI=0.223814;REFB=-0.0700469;REVB=-0.163004;RO=40;SAF=4;SAR=18;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249783;STB=0.544979;STBP=0.65;TYPE=del;VARB=0.095217;OID=.;OPOS=48616664;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295775:22:71:21:71:50:6:15:17:33:52:40:4:18:14:26 chr17 48626506 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00313057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.719;QD=19.9756;RBI=0.0207453;REFB=-0.00597546;REVB=0.0205077;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513105;STB=0.52904;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00459598;OID=.;OPOS=48626506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:13:7:6:14:13:7 chr17 48629458 . A G 404.05 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0446356;FXX=0.0256388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3928;QD=14.1773;RBI=0.0582268;REFB=0.000163401;REVB=-0.0373902;RO=65;SAF=36;SAR=11;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990431;STB=0.56083;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00215898;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:114:65:67:47:47:0.412281:11:36:45:20:11:36:46:21 chr17 48653354 . C A 866.68 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0514623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.785;QD=53.3339;RBI=0.0533162;REFB=-0.00769414;REVB=0.0139373;RO=2;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314482;STB=0.509206;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00119482;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:29:33:0:2:29:33:1:2 chr17 48703915 . A AC 86.15 PASS AF=0.174825;AO=32;DP=151;FAO=25;FDP=143;FR=.;FRO=118;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=92;FWDB=0.0234793;FXX=0.00694396;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.3407;QD=2.40978;RBI=0.0543423;REFB=-0.0351001;REVB=-0.0490083;RO=116;SAF=25;SAR=7;SRF=27;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622079;STB=0.893783;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.187449;OID=.;OPOS=48703916;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174825:32:151:25:143:118:20:5:26:92:86:116:25:7:27:89 chr17 48712705 . G A 1427.64 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444849;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7861;QD=62.7532;RBI=0.0665434;REFB=0;REVB=0.0494886;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239422;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:89:91:1:46:43:0:0:47:44:0:0 chr17 48712711 . C G 1414.96 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.983;QD=62.8869;RBI=0.0298039;REFB=0;REVB=0.0224102;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5478e-06;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr17 48834023 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00343409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.579;QD=14.7983;RBI=0.00868729;REFB=0.00182615;REVB=-0.00797973;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339259;STB=0.669026;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00290958;OID=.;OPOS=48834023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:10:11:0.458333:5:5:11:2:5:6:11:2 chr17 48834032 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0322994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.832;QD=16.1186;RBI=0.0335195;REFB=0.00273497;REVB=-0.00896125;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236162;STB=0.647268;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00214695;OID=.;OPOS=48834032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:5:7:10:2:5:7:11:2 chr17 48917333 . C T 268.3 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00882374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.529;QD=16.0177;RBI=0.0172046;REFB=-0.00429471;REVB=0.0147696;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167499;STB=0.582036;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00397269;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:37:30:30:0.447761:15:15:23:11:15:15:24:13 chr17 48940422 . T C 774.9 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00407184;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.231;QD=55.35;RBI=0.0115603;REFB=-0.0256928;REVB=0.0108195;RO=1;SAF=41;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113612;STB=0.506022;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=5.46669e-06;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:14:41:1:0:14:41:1:0 chr17 49077038 . A AT 140.93 PASS AF=0.413793;AO=10;DP=68;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00284977;FXX=0.134308;HRUN=0;LEN=1;MLLD=163.088;QD=9.7196;RBI=0.0109691;REFB=-0.00310033;REVB=-0.0105925;RO=58;SAF=2;SAR=8;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399999;STB=0.861578;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00894106;OID=.;OPOS=49077039;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:10:68:24:58:34:2:22:19:15:99:58:2:8:30:28 chr17 49077039 . C T 178.09 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00482513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.795;QD=10.6323;RBI=0.0235171;REFB=-0.000513224;REVB=-0.0230167;RO=44;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987997;STB=0.557718;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00134172;OID=.;OPOS=49077039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:14:9:21:23:14:9:21:23 chr17 49077040 . C T 59.05 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00700623;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.244;QD=3.74916;RBI=0.039205;REFB=-0.000597075;REVB=-0.0385739;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349883;STB=0.749465;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0732171;OID=.;OPOS=49077040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:66:63:37:53:10:10:0.15873:8:2:17:20:8:2:25:28 chr17 49350802 . A C 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00292903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.5;QD=12.5475;RBI=0.0225661;REFB=-0.0203529;REVB=0.0223752;RO=44;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180953;STB=0.60364;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.032433;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:12:15:17:27:12:15:17:27 chr17 51063068 . A G 272.3 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0145211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4972;QD=17.2886;RBI=0.0257205;REFB=-0.00657046;REVB=0.0212293;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269697;STB=0.65037;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0140866;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:17:13:24:9:17:13:24:9 chr17 51901084 . A G 124.26 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00208384;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.958;QD=15.0621;RBI=0.00799145;REFB=-0.00209218;REVB=-0.00771498;RO=19;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461804;STB=0.773743;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00483141;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:2:12:9:10:2:12:9:10 chr17 51901385 . C T 288.16 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00745094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.566;QD=14.0564;RBI=0.00948509;REFB=-0.00817126;REVB=-0.00586945;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415854;STB=0.521459;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0119151;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:49:32:33:0.402439:20:12:19:27:20:13:21:28 chr17 51901643 . C T 385.1 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00329977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.706;QD=20.5389;RBI=0.00705327;REFB=-0.0200258;REVB=-0.00623379;RO=36;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699503;STB=0.538662;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0145874;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:16:23:24:12:16:23:24:12 chr17 51901703 . C G 199.85 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00894589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.784;QD=20.497;RBI=0.0122456;REFB=-0.0184603;REVB=-0.00836213;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129348;STB=0.563577;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0155355;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:5:14:16:3:5:15:16:3 chr17 51902252 . C T 324.33 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=88;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0111886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.68;QD=14.5767;RBI=0.0364847;REFB=-0.0104567;REVB=-0.0347268;RO=48;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163579;STB=0.550534;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0189367;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:53:35:36:0.404494:18:17:31:17:18:18:31:22 chr17 53038654 . A C 97.6 PASS AF=0.238095;AO=14;DP=62;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0600428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.433;QD=6.19659;RBI=0.0624349;REFB=0.00806322;REVB=0.0171167;RO=48;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102868;STB=0.538411;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0205045;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:62:63:48:48:14:15:0.238095:7:7:28:20:7:8:28:20 chr17 53076799 . G A 158.23 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00830431;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.136;QD=16.2291;RBI=0.0212065;REFB=-0.00142332;REVB=-0.0195129;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589381;STB=0.53394;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0019012;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:9:13:11:6:9:13 chr17 53076986 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0609896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.337;QD=14.6563;RBI=0.0711556;REFB=-0.0185626;REVB=-0.0366523;RO=17;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411762;STB=0.749499;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0179936;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:1:12:12:5:1:12:12:5 chr17 53238728 . G A 942.73 PASS AF=0.482927;AO=98;DP=205;FAO=99;FDP=205;FR=.;FRO=106;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=0.0502824;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0449;QD=18.3947;RBI=0.0897286;REFB=-0.0177232;REVB=0.0743163;RO=106;SAF=56;SAR=42;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232406;STB=0.504756;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0198999;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:106:106:98:99:0.482927:42:56:58:48:43:56:59:47 chr17 53851228 . C T 1785.16 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1067;QD=61.031;RBI=0.0364167;REFB=0;REVB=0.0333058;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119122;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr17 54450038 . C A 428.65 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.827;QD=57.1539;RBI=0.014376;REFB=0;REVB=0.0129012;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23842e-05;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr17 54450134 . G A 669.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.937;QD=62.3219;RBI=0.0501534;REFB=0;REVB=0.00793417;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149059;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr17 54534634 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.07;QD=63.8709;RBI=0.0982853;REFB=0;REVB=-0.0980441;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159039;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr17 54921494 . A C 728.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.84;QD=57.1308;RBI=0.0380784;REFB=0;REVB=0.00206025;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48392e-05;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr17 54978794 . G A 265.91 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=10;FWDB=-0.0189296;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.684;QD=12.9714;RBI=0.0395581;REFB=-0.0277947;REVB=0.0347349;RO=51;SAF=15;SAR=16;SRF=41;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34967;STB=0.696625;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0266577;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:51:51:31:31:0.378049:16:15:41:10:16:15:41:10 chr17 55027850 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.977;QD=60.9785;RBI=0.0480211;REFB=0;REVB=0.0142618;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419731;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr17 55182811 . CT C 617.54 PASS AF=1;AO=58;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.8147;QD=38.5964;RBI=0.0868029;REFB=0;REVB=0.0467075;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00273135;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:64:64:64:0:34:30:0:0:13:0:29:29:0:0 chr17 55183203 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.629;QD=57.3849;RBI=0.0368087;REFB=0;REVB=0.0108983;RO=0;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016336;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:21:36:0:0:21:36:0:0 chr17 55183716 . T C 1248.6 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120126;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.993;QD=61.6591;RBI=0.0245243;REFB=0;REVB=0.0213808;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70753e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:25:55:0:0:26:55:0:0 chr17 55822171 . T C 444.66 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0256278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.631;QD=15.202;RBI=0.0256666;REFB=-0.0222591;REVB=0.00141167;RO=66;SAF=29;SAR=21;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125053;STB=0.563885;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.030957;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:66:67:50:50:0.42735:21:29:46:20:21:29:46:21 chr17 55822214 . T A 446.7 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=17;FWDB=0.0130996;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7093;QD=13.5363;RBI=0.0430414;REFB=-0.0256666;REVB=0.0409996;RO=78;SAF=32;SAR=19;SRF=61;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188323;STB=0.612863;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00786201;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:81:51:51:0.386364:19:32:61:17:19:32:64:17 chr17 55822467 . G A 491.08 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00918049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7134;QD=19.8415;RBI=0.0105036;REFB=-0.00104496;REVB=-0.00510332;RO=50;SAF=31;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22854;STB=0.622332;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00104972;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:51:48:48:0.484848:17:31:20:30:17:31:21:30 chr17 56058111 . G A 163.47 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0628688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2076;QD=7.51567;RBI=0.0673884;REFB=-0.00881463;REVB=0.0242635;RO=62;SAF=10;SAR=13;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599363;STB=0.548151;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0231267;OID=.;OPOS=56058111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:64:23:23:0.264368:13:10:30:32:13:10:32:32 chr17 56247101 . C A 762.12 PASS AF=0.524823;AO=72;DP=142;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0200545;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.723;QD=21.6205;RBI=0.0200809;REFB=-0.0211644;REVB=0.00102991;RO=68;SAF=51;SAR=21;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148312;STB=0.588479;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0242398;OID=.;OPOS=56247101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:68:67:72:74:0.524823:21:51:38:30:21:53:37:30 chr17 56382308 . G T 620.76 PASS AF=0.559633;AO=60;DP=108;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00999737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.286;QD=22.78;RBI=0.0119958;REFB=-0.00576687;REVB=-0.00662966;RO=48;SAF=44;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161717;STB=0.580729;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00428182;OID=.;OPOS=56382308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:48:48:60:61:0.559633:16:44:27:21:17:44:27:21 chr17 56382477 . C T 782.23 PASS AF=0.48503;AO=81;DP=167;FAO=81;FDP=167;FR=.;FRO=86;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=0.00400123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.451;QD=18.736;RBI=0.00901125;REFB=-0.0147894;REVB=0.00807421;RO=86;SAF=29;SAR=52;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211411;STB=0.616788;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0189119;OID=.;OPOS=56382477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:86:81:81:0.48503:52:29:50:36:52:29:50:36 chr17 56383187 . C T 138.31 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.182485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5529;QD=8.9232;RBI=0.183519;REFB=0.00803529;REVB=0.0194569;RO=43;SAF=6;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129924;STB=0.577693;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0109777;OID=.;OPOS=56383187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:13:6:18:25:13:6:18:25 chr17 56383690 . G A 173.49 PASS AF=0.269663;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=89;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.00770157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.736;QD=7.7971;RBI=0.00775107;REFB=-0.00843735;REVB=-0.000874584;RO=63;SAF=9;SAR=15;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271462;STB=0.650846;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0252395;OID=.;OPOS=56383690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:63:65:24:24:0.269663:15:9:38:25:15:9:38:27 chr17 56383744 . T C 327.14 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0336401;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7745;QD=12.8292;RBI=0.0373651;REFB=-0.0265293;REVB=0.0162631;RO=61;SAF=12;SAR=27;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291451;STB=0.666579;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0246691;OID=.;OPOS=56383744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:61:63:39:39:0.382353:27:12:35:26:27:12:36:27 chr17 56386118 . A G 658.52 PASS AF=0.441718;AO=72;DP=162;FAO=72;FDP=163;FR=.;FRO=91;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=0.0143386;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.121;QD=16.1599;RBI=0.0145251;REFB=-0.0540152;REVB=-0.00232007;RO=87;SAF=46;SAR=26;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551605;STB=0.527093;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.067937;OID=.;OPOS=56386118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:87:91:72:72:0.441718:26:46:51:36:26:46:54:37 chr17 56386358 . T A 1214.76 PASS AF=0.437086;AO=132;DP=302;FAO=132;FDP=302;FR=.;FRO=170;FSAF=124;FSAR=8;FSRF=156;FSRR=14;FWDB=-0.00216832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.79;QD=16.0895;RBI=0.00868344;REFB=-0.000547118;REVB=0.00840836;RO=170;SAF=124;SAR=8;SRF=156;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877459;STB=0.549106;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000901544;OID=.;OPOS=56386358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:170:170:132:132:0.437086:8:124:156:14:8:124:156:14 chr17 56388238 . C G 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0375498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7864;QD=18.6741;RBI=0.0837132;REFB=-0.0111915;REVB=-0.0748192;RO=32;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280041;STB=0.515615;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00925305;OID=.;OPOS=56388238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:16:16:15:17:16:16:15:17 chr17 56389732 . T C 430.16 PASS AF=0.440367;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=109;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0223868;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7593;QD=15.7855;RBI=0.0332436;REFB=-0.0103671;REVB=0.0245757;RO=61;SAF=39;SAR=9;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176127;STB=0.599625;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0134861;OID=.;OPOS=56389732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:61:61:48:48:0.440367:9:39:42:19:9:39:42:19 chr17 56395683 . G A 665.91 PASS AF=0.41573;AO=74;DP=178;FAO=74;FDP=178;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=0.00865965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.176;QD=14.9643;RBI=0.0149221;REFB=-0.0183288;REVB=-0.0121524;RO=103;SAF=32;SAR=42;SRF=44;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00556114;STB=0.500155;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248516;OID=.;OPOS=56395683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:103:104:74:74:0.41573:42:32:44:59:42:32:45:59 chr17 56395757 . C T 566.94 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=85;FAO=49;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0297676;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0995;QD=27.3225;RBI=0.0380193;REFB=-0.0418;REVB=0.0236507;RO=27;SAF=18;SAR=30;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197746;STB=0.600665;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0139234;OID=.;OPOS=56395757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:27:30:48:49:0.590361:30:18:3:24:31:18:4:26 chr17 56396609 . T C 266.56 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0265924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.79;QD=13.4965;RBI=0.0345006;REFB=-0.0139956;REVB=0.0219803;RO=47;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119389;STB=0.57442;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0198652;OID=.;OPOS=56396609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:48:31:31:0.392405:13:18:22:25:13:18:22:26 chr17 56402226 . CG C 42.32 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.259112;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7998;QD=9.40503;RBI=0.267167;REFB=-0.0282461;REVB=-0.0651115;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.815763;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.0596055;OID=.;OPOS=56402227;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:6:17:8:18:10:1:7:6:4:41:10:1:5:6:4 chr17 56435885 . G T 180.57 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0094772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.136;QD=13.89;RBI=0.0271345;REFB=-0.00205452;REVB=0.0254256;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206935;STB=0.618934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00188941;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:8:13:13:18:8:13:13:18 chr17 56448297 . C T 240.58 PASS AF=0.337079;AO=27;DP=90;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0480777;FXX=0.0531858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.231;QD=10.8123;RBI=0.0493292;REFB=-0.0340318;REVB=-0.011041;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114185;STB=0.542829;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0268408;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:59:27:30:0.337079:9:18:34:11:12:18:39:20 chr17 56492800 . T C 340.38 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.01629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.05;QD=18.1536;RBI=0.05387;REFB=0.00614142;REVB=0.051348;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323734;STB=0.518062;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.0069392;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:16:23:20:16:16:23 chr17 56544280 . T G 602.29 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0119314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.036;QD=54.7538;RBI=0.0211039;REFB=-0.0454168;REVB=0.0174073;RO=3;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260326;STB=0.513898;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00543237;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:19:22:1:2:19:22:1:2 chr17 56584205 . A C 353.64 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00143335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.137;QD=23.9755;RBI=0.00391801;REFB=-0.00561497;REVB=0.00364641;RO=23;SAF=14;SAR=21;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142326;STB=0.583896;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00382734;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:24:35:35:0.59322:21:14:5:18:21:14:5:19 chr17 56584508 . T C 644.17 PASS AF=0.496183;AO=64;DP=130;FAO=65;FDP=131;FR=.;FRO=66;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0191401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.665;QD=19.6692;RBI=0.0328408;REFB=-0.00294233;REVB=0.0266866;RO=66;SAF=48;SAR=16;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159733;STB=0.579749;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00261201;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:66:66:64:65:0.496183:16:48:40:26:17:48:40:26 chr17 56585872 . G C 677.92 PASS AF=0.515385;AO=67;DP=130;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.000691392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.386;QD=20.859;RBI=0.00599801;REFB=-0.00367715;REVB=0.00595803;RO=63;SAF=28;SAR=39;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381058;STB=0.520969;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00397001;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:63:63:67:67:0.515385:39:28:29:34:39:28:29:34 chr17 56598439 . T C 669.94 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0390201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.872;QD=21.4379;RBI=0.0414951;REFB=-0.00741614;REVB=0.0141165;RO=59;SAF=41;SAR=25;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254902;STB=0.639814;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00767642;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:66:66:0.528:25:41:19:40:25:41:19:40 chr17 56618030 . C T 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0455552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4546;QD=13.5747;RBI=0.110769;REFB=-0.0179917;REVB=0.100968;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.569272;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0319404;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:7:6:10:8:7:6:11:8 chr17 56621283 . CGGG CGG,CGGT 1024.88 PASS AF=0.136986,0.863014;AO=10,62;DP=73;FAO=10,63;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=8,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854776,0.0632673;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.644,42.7908;QD=56.1577;RBI=0.109989,0.0705433;REFB=0,0;REVB=-0.0692183,0.0312027;RO=0;SAF=2,33;SAR=8,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.300628,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0208485,-0.00398014;OID=.,.;OPOS=56621284,56621286;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CGG,CGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136986,0.863014:10,62:73:10,63:73:0:2,34:8,29:0:0:45:0:2,33:8,29:0:0 chr17 56621288 . C T 45.26 PASS AF=0.15;AO=11;DP=80;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0320905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.6518;QD=2.26295;RBI=0.0452541;REFB=-0.0425656;REVB=0.0319082;RO=69;SAF=2;SAR=9;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440501;STB=0.825719;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.208739;OID=.;OPOS=56621288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:80:80:69:68:11:12:0.15:9:2:37:32:10:2:37:31 chr17 56621359 . T C 1844.46 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754331;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.125;QD=61.4821;RBI=0.0986502;REFB=0;REVB=0.0983614;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40141e-05;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:118:120:1:51:67:0:0:53:67:0:0 chr17 56636854 . T C 697.71 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.387;QD=52.6571;RBI=0.043729;REFB=-0.04629;REVB=0.035863;RO=2;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152599;STB=0.508109;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0011698;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:2:2:51:51:0.962264:16:35:1:1:16:35:1:1 chr17 56636908 . T C 89.32 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=0.0835722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0184;QD=7.29175;RBI=0.0903468;REFB=-0.0160468;REVB=0.0343254;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270707;STB=0.663975;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0548434;OID=.;OPOS=56636908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:5:7:29:8:5:7:29:8 chr17 56651535 . T C 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.016537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.242;QD=18.3163;RBI=0.0180021;REFB=-0.018405;REVB=-0.0071136;RO=41;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218978;STB=0.500625;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0200652;OID=.;OPOS=56651535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:43:39:39:0.47561:19:20:22:19:19:20:22:21 chr17 56659018 . C T 323.59 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00923122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.287;QD=16.8098;RBI=0.0377397;REFB=0.000663594;REVB=-0.0365933;RO=40;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249469;STB=0.502701;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.000839795;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:42:35:35:0.454545:14:21:25:15:14:21:25:17 chr17 56690848 . T C 547.52 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00483295;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.537;QD=20.2787;RBI=0.00877335;REFB=-0.0188999;REVB=-0.00732217;RO=52;SAF=29;SAR=27;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324034;STB=0.517851;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0233797;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:52:56:56:0.518519:27:29:25:27:27:29:25:27 chr17 56709055 . T G 60.98 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0193824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5485;QD=6.592;RBI=0.0256329;REFB=-0.0196524;REVB=0.016774;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160387;STB=0.510182;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.064065;OID=.;OPOS=56709055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:19:9:3:6:19:9 chr17 56709077 . A G 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00574925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.146;QD=4.92229;RBI=0.0515047;REFB=-0.0108729;REVB=0.0511828;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140573;STB=0.591625;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0373247;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:24:9:3:5:24:9 chr17 56709107 . T C 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0242015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.836;QD=5.83267;RBI=0.0503257;REFB=-0.00444867;REVB=-0.0441244;RO=41;SAF=8;SAR=3;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301506;STB=0.519445;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0218978;OID=.;OPOS=56709107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:3:8:29:12:3:8:29:12 chr17 56709117 . T C 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0395594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.546;QD=5.17494;RBI=0.0588125;REFB=-0.00691913;REVB=-0.0435197;RO=43;SAF=8;SAR=3;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444053;STB=0.543917;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0395789;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:43:44:11:11:0.2:3:8:30:13:3:8:30:14 chr17 56709169 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0254353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.929;QD=2.91606;RBI=0.0271488;REFB=-0.00508459;REVB=-0.00949207;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452259;STB=0.524507;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.103216;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:38:39:6:6:0.133333:2:4:24:14:2:4:25:14 chr17 56709172 . G A 46.83 PASS AF=0.2;AO=7;DP=42;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.018295;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.557;QD=4.68265;RBI=0.0254965;REFB=-0.00512171;REVB=-0.0177586;RO=34;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925089;STB=0.617332;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0195042;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:42:40:34:32:7:8:0.2:2:5:22:12:2:6:20:12 chr17 56743948 . G A 330.12 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.02234;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6732;QD=20.6325;RBI=0.0548871;REFB=-0.027141;REVB=-0.050135;RO=30;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887841;STB=0.549137;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0260632;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:16:18:19:11:16:18:19:11 chr17 56755092 . TA T,TC 211.28 PASS AF=0.469388,0.0204082;AO=23,2;DP=49;FAO=23,1;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12,1;FSAR=11,0;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.152261,-0.188907;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.8094,126.963;QD=17.2474;RBI=0.156765,0.189639;REFB=-0.034178,0.000654836;REVB=-0.0373106,0.0166464;RO=24;SAF=11,2;SAR=12,0;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.250468,0.655236;STB=0.665344,0.995409;STBP=0.038,0.096;TYPE=del,snp;VARB=0.0139482,-0.0165125;OID=.,.;OPOS=56755093,56755093;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388,0.0204082:23,2:49:23,1:49:25:12,1:11,0:5:20:99:24:11,2:12,0:5:19 chr17 56756977 . A G 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0536252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0612;QD=13.0132;RBI=0.0878858;REFB=0.00368889;REVB=0.0696294;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709581;STB=0.54778;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00258922;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:22:9:7:13:23:9 chr17 56833490 . GT AC,CG 32.18 PASS AF=0.0875,0;AO=6,3;DP=81;FAO=7,0;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=1,0;FSAR=6,0;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0578468,-0.0566134;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=161.276,79.4163;QD=1.60909;RBI=0.0679851,0.0908421;REFB=-0.00842211,-0.00269952;REVB=-0.0357172,-0.0710436;RO=62;SAF=0,3;SAR=6,0;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560855,0.463721;STB=0.81383,0.5;STBP=0.109,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0514452,0.171439;OID=.,.;OPOS=56833490,56833490;OREF=GT,GT;OALT=AC,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:81:80:62:71:6,3:7,0:0.0875,0:6,0:0,3:27:35:6,0:1,0:32:39 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 1030.71 PASS AF=1,0;AO=54,17;DP=74;FAO=74,0;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789236,-0.0693004;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.0022,11.5946;QD=55.7142;RBI=0.119149,0.300276;REFB=0,0;REVB=-0.0892614,-0.29217;RO=0;SAF=45,2;SAR=9,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17126e-08,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00250007,0.00495051;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:54,17:74:74,0:74:0:48,0:26,0:0:0:6:0:45,2:9,15:0:0 chr17 57287454 . A G 533.17 PASS AF=0.456;AO=57;DP=125;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=21;FWDB=0.00788989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.669;QD=17.0615;RBI=0.0124199;REFB=-0.00860085;REVB=-0.00959183;RO=67;SAF=36;SAR=21;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584578;STB=0.535472;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0140816;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:68:57:57:0.456:21:36:46:21:21:36:47:21 chr17 57290383 . G A 174.01 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00873578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.3;QD=12.8898;RBI=0.0941351;REFB=-0.0355849;REVB=-0.0937289;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407358;STB=0.531885;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0501249;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:10:11:18:14:10:11:19:14 chr17 57477235 . T G 510.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7116;QD=58.3683;RBI=0.0245837;REFB=0;REVB=0.00689553;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.94355e-05;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:15:17:0:0:16:19:0:0 chr17 57477616 . G A 1543.86 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.8;QD=58.8136;RBI=0.0212532;REFB=-0.0647538;REVB=0.0186676;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133595;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:105:0:0:102:105:1:45:57:0:0:46:59:0:0 chr17 57478276 . T A 1644.72 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688186;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.801;QD=60.3565;RBI=0.0697363;REFB=0;REVB=0.0112759;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011531;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:51:58:0:0:51:58:0:0 chr17 57951973 . G A 150.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0361436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.585;QD=11.3901;RBI=0.0393442;REFB=-0.0206388;REVB=-0.0155435;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163368;STB=0.509544;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0374131;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:13:21:12:7:13:21 chr17 57963537 . A G 123.73 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0452457;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5778;QD=8.68273;RBI=0.0642831;REFB=-0.000947763;REVB=-0.0456634;RO=40;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237108;STB=0.639851;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00327776;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:40:17:17:0.298246:9:8:11:29:9:8:11:29 chr17 58024275 . A G 75.68 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00755453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.104;QD=12.1087;RBI=0.00760209;REFB=-0.000456494;REVB=-0.000849037;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146256;STB=0.586045;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000608897;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:11:4:4:6:11:4 chr17 58024324 . A G 174.07 PASS AF=0.459459;AO=12;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00756725;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=269.985;QD=18.8182;RBI=0.0112062;REFB=-0.0230419;REVB=-0.00826534;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.631417;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0143136;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:37:37:8:19:12:17:0.459459:5:7:5:3:5:12:9:10 chr17 58031412 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00828561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.91;QD=16.417;RBI=0.0152897;REFB=-0.0200928;REVB=0.0128501;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407851;STB=0.736753;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0205393;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:10:6:11:3:10:6 chr17 58179753 . C T 599.79 PASS AF=0.535714;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00558502;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.072;QD=21.4212;RBI=0.00563395;REFB=-0.00457283;REVB=0.000740929;RO=51;SAF=35;SAR=25;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042246;STB=0.503057;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00457407;OID=.;OPOS=58179753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:51:52:60:60:0.535714:25:35:30:21:25:35:30:22 chr17 58180062 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0117445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8303;QD=11.0923;RBI=0.0204859;REFB=-0.0440253;REVB=-0.016785;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0453044;OID=.;OPOS=58180062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr17 58355629 . C T 210.68 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0921898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1638;QD=14.045;RBI=0.0951772;REFB=-0.0217416;REVB=-0.023659;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694345;STB=0.54688;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.02739;OID=.;OPOS=58355629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:35:25:25:0.416667:12:13:20:14:12:13:21:14 chr17 58786625 . A G 1589.74 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9527;QD=59.9901;RBI=0.0525182;REFB=0;REVB=0.05237;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315304;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr17 58824567 . T C 884.13 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1687;QD=57.9757;RBI=0.0869983;REFB=0;REVB=0.0638295;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112402;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:22:38:1:0:22:39:0:0 chr17 59477903 . C A 109.55 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00635673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.999;QD=8.11454;RBI=0.0116781;REFB=-0.0222761;REVB=-0.00979646;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19365;STB=0.617492;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0408584;OID=.;OPOS=59477903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:9:6:22:17:9:6:22:17 chr17 59482166 . C G 219.93 PASS AF=0.45614;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.0227893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.283;QD=15.4333;RBI=0.04392;REFB=-0.0314993;REVB=0.0375448;RO=31;SAF=20;SAR=4;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712249;STB=0.526862;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0262784;OID=.;OPOS=59482166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:31:31:24:26:0.45614:4:20:27:4:4:22:27:4 chr17 59482169 . C G 222.58 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=4;FWDB=0.00354202;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.808;QD=15.6196;RBI=0.00619574;REFB=-0.00864609;REVB=-0.00508343;RO=28;SAF=23;SAR=3;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189447;STB=0.517671;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0207729;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:28:31:26:26:0.45614:3:23:25:3:3:23:27:4 chr17 59482173 . G A 107.38 PASS AF=0.253968;AO=18;DP=65;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=11;FWDB=0.00248353;FXX=0.0307645;HRUN=6;LEN=1;MLLD=259.671;QD=6.81788;RBI=0.00765285;REFB=-0.0084128;REVB=-0.00723866;RO=38;SAF=15;SAR=3;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206762;STB=0.778751;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0148218;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:38:47:18:16:0.253968:3:15:27:11:1:15:36:11 chr17 59482300 . G C 969.3 PASS AF=0.414179;AO=110;DP=265;FAO=111;FDP=268;FR=.;FRO=157;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=97;FSRR=60;FWDB=0.00610865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5957;QD=14.4671;RBI=0.0434071;REFB=-0.00784827;REVB=-0.0429751;RO=155;SAF=67;SAR=43;SRF=96;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113214;STB=0.503227;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0112464;OID=.;OPOS=59482300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:268:155:157:110:111:0.414179:43:67:96:59:43:68:97:60 chr17 59485555 . C T 306.55 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0325056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.08;QD=27.2492;RBI=0.0329171;REFB=-0.0249475;REVB=-0.00518873;RO=16;SAF=23;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339636;STB=0.676318;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0101364;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:16:18:27:27:0.6:4:23:8:8:4:23:10:8 chr17 59490235 . C T 96.96 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=26;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0687356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.829;QD=13.8512;RBI=0.0691001;REFB=-0.0447413;REVB=-0.0070886;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196547;STB=0.520798;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0498977;OID=.;OPOS=59490235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:28:16:16:10:12:0.428571:9:1:3:13:10:2:3:13 chr17 59490461 . C T 74.84 PASS AF=0.37037;AO=7;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00857189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.051;QD=11.0871;RBI=0.017215;REFB=-0.0209734;REVB=-0.0149292;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433736;STB=0.81741;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0325795;OID=.;OPOS=59490461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:17:17:7:10:0.37037:1:6:9:8:1:9:9:8 chr17 59760174 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.687;QD=58.5871;RBI=0.0245453;REFB=0;REVB=0.0139027;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101955;OID=.;OPOS=59760174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr17 59760996 . A G 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.549;QD=59.4212;RBI=0.0717223;REFB=0;REVB=0.0613444;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462901;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 59763114 . A T 471.58 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0555377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7829;QD=55.4798;RBI=0.0796826;REFB=-0.158791;REVB=0.0571392;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00660018;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chr17 59763347 . A G 818.52 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.062;QD=57.44;RBI=0.0286677;REFB=0;REVB=0.018435;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49129e-05;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:26:29:0:0:26:31:0:0 chr17 59763465 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.844;QD=56.9993;RBI=0.0551425;REFB=0;REVB=0.0534579;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181262;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 59955426 . T G 1157.68 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.566;QD=59.3683;RBI=0.0136465;REFB=-0.0605853;REVB=0.00400194;RO=1;SAF=35;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=8.46453e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:42:35:1:0:42:35:1:0 chr17 59984988 . C T 189.29 PASS AF=0.529412;AO=15;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0043855;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.334;QD=22.269;RBI=0.0152787;REFB=-0.0141362;REVB=-0.0146358;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156055;STB=0.593649;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0117727;OID=.;OPOS=59984988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:12:14:15:18:0.529412:7:8:4:8:9:9:4:10 chr17 60040329 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.511;QD=62.3508;RBI=0.0127619;REFB=0;REVB=0.00769602;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05367e-05;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr17 60043884 . G A 892.59 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.184;QD=57.5864;RBI=0.0234294;REFB=0;REVB=-0.019284;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8906e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr17 60043929 . T C 1025.38 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00453381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.537;QD=55.4257;RBI=0.00888676;REFB=-0.127171;REVB=0.00764323;RO=3;SAF=34;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143979;STB=0.50762;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000714808;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:37:34:2:1:37:34:2:1 chr17 60083208 . G T 677.55 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6891;QD=60.2264;RBI=0.0603532;REFB=-0.181324;REVB=-0.0588688;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0034649;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:26:18:0:0:26:18:0:1 chr17 60345508 . A G 138.94 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00103832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.646;QD=39.6983;RBI=0.0358903;REFB=-0.116266;REVB=0.0358753;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0110927;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr17 60348325 . G A 2884.69 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9648;QD=63.0534;RBI=0.0324302;REFB=0;REVB=0.0199023;RO=0;SAF=85;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82352e-05;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:0:0:183:183:1:98:85:0:0:98:85:0:0 chr17 60351457 . G A 3664.14 PASS AF=1;AO=229;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505221;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.912;QD=62.6348;RBI=0.057084;REFB=0;REVB=-0.0265726;RO=0;SAF=108;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2437e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225127;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:235:234:0:0:229:234:1:121:108:0:0:125:109:0:0 chr17 60493386 . A G 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0436764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.579;QD=12.0494;RBI=0.0436913;REFB=0.00041509;REVB=-0.00114211;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555787;STB=0.533258;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000273316;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:8:5:3:6:8:5 chr17 60503892 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.615;QD=42.1826;RBI=0.062229;REFB=0;REVB=0.0436196;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000991784;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr17 60599561 . A G 464.24 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0719164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5125;QD=24.7593;RBI=0.0775332;REFB=0.00409627;REVB=0.0289729;RO=31;SAF=25;SAR=19;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162971;STB=0.58883;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00156782;OID=.;OPOS=60599561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:19:25:24:7:19:25:24:7 chr17 60683503 . A G 1434.66 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.231;QD=63.0621;RBI=0.0409601;REFB=0;REVB=0.0352151;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35573e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:44:45:0:0:44:47:0:0 chr17 60742279 . C T 150.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0562391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.57;QD=19.3655;RBI=0.0563225;REFB=-0.00985543;REVB=0.00306379;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47945;STB=0.793384;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00614534;OID=.;OPOS=60742279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:14:2:8:6:14:2:9:6 chr17 60753904 . A C 1228.0 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365517;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0746;QD=59.9025;RBI=0.040761;REFB=-0.0993902;REVB=-0.0180397;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901803;STB=0.504586;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00386261;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:82:1:1:79:81:0.987805:27:52:1:0:27:54:1:0 chr17 60758273 . G C 582.06 PASS AF=0.576087;AO=53;DP=92;FAO=53;FDP=92;FR=.;FRO=39;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.000484954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6799;QD=25.3071;RBI=0.0291779;REFB=-0.00807137;REVB=-0.0291739;RO=39;SAF=30;SAR=23;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216736;STB=0.511856;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00557134;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:39:53:53:0.576087:23:30:21:18:23:30:21:18 chr17 60766224 . A G 685.94 PASS AF=0.469388;AO=69;DP=147;FAO=69;FDP=147;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0393339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9531;QD=18.665;RBI=0.0624535;REFB=-0.0109078;REVB=-0.0485106;RO=78;SAF=41;SAR=28;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170825;STB=0.50947;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0146309;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:78:78:69:69:0.469388:28:41:45:33:28:41:45:33 chr17 60767015 . G A 441.71 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00402518;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.906;QD=16.0623;RBI=0.0158114;REFB=-0.0212684;REVB=0.0152905;RO=60;SAF=30;SAR=19;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129211;STB=0.577109;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0247057;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:60:61:49:49:0.445455:19:30:29:31:19:30:29:32 chr17 61176602 . G A 408.95 PASS AF=0.5125;AO=40;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0315491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8835;QD=20.4477;RBI=0.0645006;REFB=0.0172827;REVB=0.0562582;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358717;STB=0.514279;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.0136965;OID=.;OPOS=61176602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:39:40:41:0.5125:22:18:16:23:23:18:16:23 chr17 61315272 . G A 417.95 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00793707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8428;QD=25.33;RBI=0.0497858;REFB=-0.0224317;REVB=-0.049149;RO=26;SAF=27;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19087;STB=0.604746;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0232158;OID=.;OPOS=61315272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:13:27:11:15:13:27:11:15 chr17 61559923 . C T 1495.64 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00655489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.063;QD=62.3183;RBI=0.0421037;REFB=-0.0368208;REVB=0.0415904;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000117713;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:46:49:0:0:46:49:1:0 chr17 61562309 . C T 267.31 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00535479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.068;QD=18.4351;RBI=0.0138712;REFB=-0.00212783;REVB=0.012796;RO=28;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144696;STB=0.5983;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00238979;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:8:20:16:12:8:21:16:13 chr17 61562774 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0186622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.57;QD=10.1405;RBI=0.0257719;REFB=-0.0105415;REVB=0.0177739;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244729;STB=0.645547;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0250462;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:19:9:7:6:19:9 chr17 61564052 . A G 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0268756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.531;QD=10.9516;RBI=0.0275489;REFB=-0.0088084;REVB=0.00605339;RO=47;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172714;STB=0.600601;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0213307;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:16:9:24:23:16:9:24:23 chr17 61566031 . G A 420.25 PASS AF=0.457447;AO=43;DP=94;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.00342893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.661;QD=17.8828;RBI=0.0387882;REFB=-0.0108046;REVB=0.0386363;RO=50;SAF=23;SAR=20;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.616423;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00612952;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:51:43:43:0.457447:20:23:37:13:20:23:38:13 chr17 61573761 . T C 121.42 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0762197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7276;QD=15.1774;RBI=0.0811735;REFB=-0.0397384;REVB=-0.0279232;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205028;STB=0.631397;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0487421;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:6:11:6:8:6:12 chr17 61607708 . T C 418.98 PASS AF=0.645161;AO=38;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00571581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.913;QD=27.0307;RBI=0.00640707;REFB=-0.028319;REVB=-0.00289485;RO=21;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012414;STB=0.505782;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0143911;OID=.;OPOS=61607708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:21:22:38:40:0.645161:21:17:9:12:23:17:9:13 chr17 61611423 . T C 397.31 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0627761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.316;QD=20.6398;RBI=0.0672943;REFB=-0.0108694;REVB=-0.024242;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196349;STB=0.510864;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00914689;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:16:24:23:14:16:24:23:14 chr17 61771128 . C G 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0225533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.624;QD=21.4063;RBI=0.0227884;REFB=0.000135782;REVB=0.00326467;RO=26;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510263;STB=0.528199;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000283962;OID=.;OPOS=61771128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:19:13:9:17:19:13:9:17 chr17 61805747 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0244981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.236;QD=19.697;RBI=0.0284018;REFB=-0.0136275;REVB=0.0143703;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.581422;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00930551;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:8:14:10:11:8:14 chr17 61838259 . G A 213.93 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0270197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0986;QD=20.8715;RBI=0.102404;REFB=0.00144543;REVB=-0.0987746;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173986;STB=0.509795;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00432861;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:12:8:8:13:12:8 chr17 61864538 . CTCT C 433.19 PASS AF=0.530864;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00294248;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.554;QD=21.3923;RBI=0.0120631;REFB=-0.0200439;REVB=-0.0116987;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141767;STB=0.562544;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.0173358;OID=.;OPOS=61864539;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530864:41:81:43:81:38:17:26:20:18:99:36:16:25:20:16 chr17 61901197 . T A 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.069969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=20.0303;RBI=0.0700783;REFB=-0.00113093;REVB=0.00391241;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305958;STB=0.517227;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00104337;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:10:16:14:10:10:16 chr17 61903445 . G C 442.8 PASS AF=0.42735;AO=48;DP=115;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00701138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.481;QD=15.1386;RBI=0.0266814;REFB=-0.0135796;REVB=-0.0257437;RO=64;SAF=17;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153663;STB=0.58712;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0228358;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:64:67:48:50:0.42735:31:17:32:32:32:18:34:33 chr17 61906846 . T C 366.2 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.00729771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.518;QD=16.2753;RBI=0.00781472;REFB=-0.00556937;REVB=0.00279522;RO=51;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205007;STB=0.615325;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0110787;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:15:24:21:30:15:24:21:30 chr17 61908271 . C T 571.56 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=119;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00516309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.636;QD=19.2121;RBI=0.0218176;REFB=-0.0206152;REVB=-0.0211979;RO=60;SAF=32;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691033;STB=0.538185;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0166356;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:60:60:59:59:0.495798:27:32:28:32:27:32:28:32 chr17 61908556 . C T 338.69 PASS AF=0.4;AO=37;DP=94;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00409486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.272;QD=14.2607;RBI=0.0208898;REFB=-0.0161005;REVB=-0.0204845;RO=56;SAF=19;SAR=18;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119001;STB=0.563726;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0267829;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:56:57:37:38:0.4:18:19:35:21:18:20:36:21 chr17 61910167 . G A 1557.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.306;QD=59.3205;RBI=0.036114;REFB=0;REVB=0.0354704;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31363e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:105:0:0:100:105:1:48:52:0:0:52:53:0:0 chr17 61950601 . CA C 51.21 PASS AF=0.240964;AO=22;DP=82;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.127755;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6707;QD=2.46811;RBI=0.128044;REFB=-0.0143058;REVB=0.00859289;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662029;STB=0.53009;STBP=0.771;TYPE=del;VARB=0.0143051;OID=.;OPOS=61950602;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964:22:82:20:83:63:10:10:29:34:51:54:11:11:24:30 chr17 62018773 . T C 720.17 PASS AF=0.472393;AO=76;DP=162;FAO=77;FDP=163;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0125809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.055;QD=17.6728;RBI=0.0125838;REFB=-0.0139762;REVB=-0.000272023;RO=85;SAF=31;SAR=45;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780816;STB=0.504681;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0175151;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:85:86:76:77:0.472393:45:31:34:51:45:32:35:51 chr17 62020348 . T C 403.67 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0195028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.837;QD=14.9506;RBI=0.0197931;REFB=-0.0310631;REVB=-0.00337783;RO=62;SAF=26;SAR=20;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505911;STB=0.528443;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0317226;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:62:62:46:46:0.425926:20:26:32:30:20:26:32:30 chr17 62028877 . C T 417.27 PASS AF=0.473118;AO=34;DP=82;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0203303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.258;QD=17.9471;RBI=0.0279987;REFB=-0.0277086;REVB=0.0192512;RO=48;SAF=29;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468301;STB=0.603811;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0461741;OID=.;OPOS=62028877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:93:48:49:34:44:0.473118:5:29:23:25:15:29:23:26 chr17 62041068 . T C 2962.99 PASS AF=0.994709;AO=187;DP=189;FAO=188;FDP=189;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274853;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.281;QD=62.7089;RBI=0.0641688;REFB=-0.0418502;REVB=0.0579844;RO=1;SAF=92;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498592;STB=0.50259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000201437;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:189:1:1:187:188:0.994709:95:92:0:1:96:92:0:1 chr17 62076077 . C G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0873985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.706;QD=19.6459;RBI=0.0914046;REFB=-0.00648335;REVB=0.0267638;RO=8;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276859;STB=0.653632;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00527791;OID=.;OPOS=62076077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:9:2:0:8:9:2:0:8 chr17 62079286 . G A 347.81 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00272436;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.933;QD=21.0793;RBI=0.00689636;REFB=-0.00739743;REVB=-0.00633543;RO=28;SAF=29;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396359;STB=0.702905;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0100817;OID=.;OPOS=62079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:28:30:35:36:0.545455:6:29:12:16:7:29:13:17 chr17 62079334 . A G 276.33 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0394486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.33;QD=15.7905;RBI=0.0423972;REFB=-0.00358408;REVB=0.0155348;RO=39;SAF=10;SAR=21;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422962;STB=0.7367;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00478903;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:21:10:30:9:21:10:30:9 chr17 62121480 . T A,C 690.98 PASS AF=0.1,0.9;AO=5,45;DP=51;FAO=5,45;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=5,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00872782,0.0150131;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.998,171.579;QD=55.2781;RBI=0.0797806,0.0933909;REFB=0,0;REVB=-0.0793017,0.0921762;RO=0;SAF=0,30;SAR=5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.134155,0.00176174;OID=.,.;OPOS=62121480,62121480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:50:0:0:5,45:5,45:0.1,0.9:5,15:0,30:0:0:5,15:0,30:0:0 chr17 62125272 . A G 1695.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.694;QD=60.5447;RBI=0.0114561;REFB=0;REVB=0.0113622;RO=0;SAF=72;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45829e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:40:72:0:0:40:72:0:0 chr17 62141455 . A G 1635.38 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0503715;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4861;QD=58.4063;RBI=0.0517171;REFB=0.0265052;REVB=-0.0117207;RO=2;SAF=51;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00123898;STB=0.500653;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000698527;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:112:2:2:110:110:0.982143:59:51:1:1:59:51:1:1 chr17 62223477 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000384783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.444;QD=16.9315;RBI=0.0461169;REFB=0.00344565;REVB=-0.0461153;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00474387;OID=.;OPOS=62223477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:8:4:3:9:8:4 chr17 62496064 . T C 346.79 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0135908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.773;QD=22.3737;RBI=0.0166311;REFB=-0.0273015;REVB=0.00958569;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266183;STB=0.505573;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0240285;OID=.;OPOS=62496064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:27:35:35:0.564516:16:19:15:11:16:19:15:12 chr17 62782689 . T C 1773.02 PASS AF=0.991525;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00642058;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.49;QD=60.1024;RBI=0.0804775;REFB=-0.0930348;REVB=0.080221;RO=1;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693205;STB=0.503496;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00128515;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:118:1:1:113:117:0.991525:68:45:0:1:71:46:0:1 chr17 63532517 . G A 76.85 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0846372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1264;QD=13.3649;RBI=0.0905774;REFB=-0.0195284;REVB=-0.0322617;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349847;STB=0.713752;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0288054;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:1:9:9:4:1:9:9:4 chr17 63533768 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.00127368;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.797;QD=6.52641;RBI=0.0245714;REFB=-0.00122835;REVB=0.0245384;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2927;STB=0.675321;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00371129;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:1:6:19:1:1:6:19:1 chr17 63533789 . T C,G 638.13 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=40,2;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028949,0.000228778;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.762,157.952;QD=60.7747;RBI=0.0128907,0.0148168;REFB=0,0;REVB=0.0125614,-0.014815;RO=0;SAF=29,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97233e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000918084,0.0370267;OID=.,.;OPOS=63533789,63533789;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:42:0:0:40,2:40,2:0.952381,0.047619:11,0:29,2:0:0:11,0:29,2:0:0 chr17 63534250 . T A,C 911.98 PASS AF=0.015873,0.984127;AO=3,60;DP=63;FAO=1,62;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079766,0.0240881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.7569,133.824;QD=57.9034;RBI=0.0980017,0.0845012;REFB=0,0;REVB=-0.0976766,0.0809952;RO=0;SAF=0,46;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0413164,4.07031e-05;OID=.,.;OPOS=63534250,63534250;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:63:63:0:0:3,60:1,62:0.015873,0.984127:3,14:0,46:0:0:1,16:0,46:0:0 chr17 63554307 . A G 755.24 PASS AF=0.420513;AO=81;DP=193;FAO=82;FDP=195;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0307897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0311;QD=15.4921;RBI=0.0323951;REFB=-0.00125126;REVB=-0.0100716;RO=112;SAF=49;SAR=32;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119991;STB=0.567441;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00144806;OID=.;OPOS=63554307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:112:113:81:82:0.420513:32:49:55:57:32:50:56:57 chr17 64023624 . T C 469.56 PASS AF=0.472222;AO=46;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0176681;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.925;QD=17.3912;RBI=0.0186427;REFB=-0.0120383;REVB=-0.00594893;RO=42;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121678;STB=0.513208;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00748387;OID=.;OPOS=64023624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:57:46:51:0.472222:18:28:25:17:20:31:36:21 chr17 64023642 . A G 554.8 PASS AF=0.508929;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0183258;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.468;QD=19.8141;RBI=0.0184357;REFB=-0.020224;REVB=0.00201024;RO=55;SAF=32;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517127;STB=0.528497;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0152076;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:55:55:57:57:0.508929:25:32:34:21:25:32:34:21 chr17 64025331 . A G 242.36 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.000998938;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.389;QD=14.6883;RBI=0.0136974;REFB=-0.00992853;REVB=0.0136609;RO=38;SAF=18;SAR=10;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167012;STB=0.509472;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0125545;OID=.;OPOS=64025331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:10:18:25:13:10:18:25:13 chr17 64208230 . G A 1179.16 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224602;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.422;QD=59.7042;RBI=0.0225782;REFB=-0.0228072;REVB=-0.00230603;RO=1;SAF=36;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129667;STB=0.506848;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-1.64637e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:42:36:1:0:42:36:1:0 chr17 64210757 . C A 177.15 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.019329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.613;QD=14.461;RBI=0.0194476;REFB=-0.0187595;REVB=0.00214405;RO=29;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184928;STB=0.618918;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0259121;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:6:13:15:14:6:13:15:15 chr17 64783081 . G A 1644.56 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230387;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4992;QD=60.3509;RBI=0.0231711;REFB=0;REVB=-0.00247337;RO=0;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105308;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:108:109:1:62:46:0:0:62:47:0:0 chr17 64785022 . G A 215.79 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=77;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00543222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.694;QD=11.066;RBI=0.0127342;REFB=-0.0315305;REVB=-0.0115175;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274134;STB=0.653122;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0485538;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:51:26:27:0.346154:16:10:31:18:17:10:31:20 chr17 64801021 . A G 640.11 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0680685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8371;QD=59.5454;RBI=0.0698787;REFB=-0.104681;REVB=0.0158022;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00217844;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:40:42:0.976744:17:23:0:0:17:25:0:1 chr17 65027740 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.509;QD=43.4862;RBI=0.0296759;REFB=0;REVB=0.0294853;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130611;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 65066879 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00087477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.429;QD=60.547;RBI=0.0479275;REFB=0;REVB=0.0479195;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16424e-05;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr17 65104666 . T G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.026;QD=63.476;RBI=0.0570683;REFB=0;REVB=0.0430013;RO=0;SAF=63;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02399e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:31:63:0:0:31:63:0:0 chr17 65104743 . G A 1258.03 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.461;QD=61.3671;RBI=0.0694747;REFB=0;REVB=0.0469889;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175245;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:33:47:0:0:34:48:0:0 chr17 65110436 . A G 277.53 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0169718;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.638;QD=15.8586;RBI=0.0229019;REFB=-0.00645725;REVB=-0.015377;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197136;STB=0.611576;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0103259;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:19:20:10:21:19:20 chr17 65212042 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00736707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.86;QD=14.701;RBI=0.00857162;REFB=-0.00102374;REVB=-0.00438167;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369821;STB=0.713945;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00238956;OID=.;OPOS=65212042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:11:4:8:4:11:4 chr17 65362552 . T A 759.34 PASS AF=0.462963;AO=74;DP=165;FAO=75;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.0108287;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.934;QD=18.7491;RBI=0.021914;REFB=-0.0467358;REVB=0.0190516;RO=64;SAF=28;SAR=46;SRF=49;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319929;STB=0.63576;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.034717;OID=.;OPOS=65362552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:64:78:74:75:0.462963:46:28:49:15:47:28:50:28 chr17 65404916 . AAG AA,A 99.55 PASS AF=0,0.535714;AO=3,11;DP=28;FAO=0,15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.014356,0.0771033;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,2;MLLD=16.811,29.5327;QD=14.2216;RBI=0.0242306,0.0781301;REFB=0.0313476,-0.0338943;REVB=-0.0195199,0.0126256;RO=12;SAF=0,5;SAR=3,6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.693733,-0.188581;STB=0.5,0.56863;STBP=1,0.466;TYPE=del,del;VARB=0,0.031703;OID=.,.;OPOS=65404918,65404917;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.535714:3,11:28:0,15:28:13:0,7:0,8:8:5:81:12:0,5:3,6:8:4 chr17 65453288 . C T 636.05 PASS AF=0.471014;AO=65;DP=138;FAO=65;FDP=138;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.058783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9202;QD=18.4362;RBI=0.0612389;REFB=0.0119775;REVB=-0.0171689;RO=73;SAF=42;SAR=23;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214645;STB=0.619151;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0137904;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:73:73:65:65:0.471014:23:42:31:42:23:42:31:42 chr17 65574283 . A G 1050.58 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00669211;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.547;QD=58.3655;RBI=0.031473;REFB=-0.101722;REVB=0.0307533;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000665795;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:35:36:0:0:35:36:1:0 chr17 65717525 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.979;QD=64.1534;RBI=0.0461599;REFB=0;REVB=0.0405887;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132066;OID=.;OPOS=65717525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr17 65871774 . GCCCT GCCT,GCCTC 31.87 PASS AF=0.113208,0.0754717;AO=18,4;DP=55;FAO=6,4;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=2,0;FSAR=4,4;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0330921,-0.0233485;FXX=0.036357;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.8128,106.248;QD=2.4052;RBI=0.175521,0.0432582;REFB=-0.190333,-0.0191153;REVB=-0.172373,-0.0364159;RO=30;SAF=4,0;SAR=14,4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0.503311,0;SSSB=-0.266732,-0.581544;STB=0.537187,0.996719;STBP=0.852,0.066;TYPE=del,mnp;VARB=0.13701,0.199387;OID=.,.;OPOS=65871775,65871777;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCT,GCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.113208,0.0754717:18,4:55:6,4:53:43:2,0:4,4:16:27:14:30:4,0:14,4:13:17 chr17 65955784 . CTT CCC,CCT,CT 48.13 PASS AF=0,0.025,0.25;AO=3,3,6;DP=40;FAO=0,1,10;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=0,1,5;FSAR=0,0,5;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0179993,-0.0871894,-0.137632;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=201.423,26.7289,20.5165;QD=4.81307;RBI=0.0453046,0.148633,0.206292;REFB=-0.00806819,-0.0353965,-0.0605231;REVB=-0.0415756,-0.120374,-0.153667;RO=24;SAF=0,2,6;SAR=3,1,0;SRF=8;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.515717,0.346791,0.749995;STB=0.5,0.992757,0.615166;STBP=1,0.245,0.427;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0,0.146294,0.0947687;OID=.,.,.;OPOS=65955785,65955785,65955785;OREF=TT,T,T;OALT=CC,C,-;OMAPALT=CCC,CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.025,0.25:3,3,6:40:0,1,10:40:29:0,1,5:0,0,5:10:19:43:24:0,2,6:3,1,0:8:16 chr17 65978851 . T G 831.16 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0341334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6361;QD=53.6235;RBI=0.0414616;REFB=0.0272253;REVB=0.0235367;RO=2;SAF=41;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014123;STB=0.506796;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.000268125;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:18:41:1:1:19:41:1:1 chr17 65988049 . T C 342.65 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0223205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7977;QD=13.0533;RBI=0.0239556;REFB=-0.0229131;REVB=-0.00869862;RO=62;SAF=23;SAR=18;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110138;STB=0.569751;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0308011;OID=.;OPOS=65988049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:62:64:41:41:0.390476:18:23:41:21:18:23:43:21 chr17 65989048 . T C 363.75 PASS AF=0.878788;AO=31;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0241586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5074;QD=44.0914;RBI=0.193658;REFB=-0.185133;REVB=-0.192145;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.590844;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0124333;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:2:4:31:29:0.878788:12:19:1:1:9:20:0:4 chr17 66016006 . T C 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0199297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.755;QD=13.0462;RBI=0.020105;REFB=-0.00968417;REVB=-0.00264986;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582189;STB=0.533311;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0198517;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:14:16:23:25:14:16:23:25 chr17 66016096 . C T 195.97 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0100922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6832;QD=12.6432;RBI=0.0246809;REFB=-0.0154665;REVB=0.0225232;RO=38;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126845;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0251703;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:13:10:21:17:13:11:21:17 chr17 66039350 . A G 748.31 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=0.0505887;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5579;QD=21.8483;RBI=0.0516747;REFB=-0.00104438;REVB=-0.0105386;RO=64;SAF=38;SAR=34;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125226;STB=0.564096;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00119041;OID=.;OPOS=66039350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:64:65:72:72:0.525547:34:38:43:21:34:38:43:22 chr17 66246416 . A G 1055.74 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0208645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.05;QD=53.4551;RBI=0.0249463;REFB=-0.0485687;REVB=0.0136745;RO=4;SAF=45;SAR=29;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109566;STB=0.500538;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00201533;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:79:79:4:5:74:74:0.936709:29:45:2:2:29:45:3:2 chr17 66253095 . T A 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.525;QD=58.0592;RBI=0.0145338;REFB=0;REVB=0.00345828;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76465e-05;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr17 66264567 . TTATATATATATATATAT TATTATATATATATATAT,TTATATATATATATATA,TTATATATATATATAT 1360.09 PASS AF=0,0,1;AO=7,11,55;DP=87;FAO=0,0,86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,33;FSAR=0,0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145163,0.03326,0.05966;FXX=0.0947269;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=29.2815,102.112,117.222;QD=63.2602;RBI=0.206198,0.149698,0.183076;REFB=0,0,0;REVB=0.205687,0.145956,0.173082;RO=0;SAF=0,11,20;SAR=7,0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.67221e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.000567919;OID=.,.,.;OPOS=66264568,66264584,66264568;OREF=TA,T,TA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=TATTATATATATATATAT,TTATATATATATATATA,TTATATATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:7,11,55:87:0,0,86:86:0:0,0,33:0,0,53:0:0:7:0:0,11,20:7,0,35:0:0 chr17 66342985 . G T 375.9 PASS AF=0.417476;AO=40;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00767276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.584;QD=14.5979;RBI=0.0445416;REFB=-0.013177;REVB=-0.0438758;RO=47;SAF=27;SAR=13;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147776;STB=0.595543;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0185826;OID=.;OPOS=66342985;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:47:60:40:43:0.417476:13:27:25:22:16:27:28:32 chr17 66364749 . T C 230.31 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0137689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0568;QD=16.4504;RBI=0.0168753;REFB=-0.0167071;REVB=0.00975665;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162108;STB=0.591212;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0204807;OID=.;OPOS=66364749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:11:19:12:14:11:19 chr17 66364804 . T C 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0239817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.222;QD=18.054;RBI=0.0443714;REFB=-0.0122525;REVB=-0.0373323;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830264;STB=0.558548;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0119639;OID=.;OPOS=66364804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:18:15:12:21:18:15:12:23 chr17 66390978 . C T 460.65 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=0.0148104;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.143;QD=17.0612;RBI=0.0152451;REFB=-0.0175454;REVB=-0.00361456;RO=57;SAF=24;SAR=26;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144617;STB=0.584344;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0212976;OID=.;OPOS=66390978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:57:58:50:50:0.462963:26:24:36:21:26:24:37:21 chr17 66391016 . G A 591.46 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00438559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.78;QD=24.3899;RBI=0.00856618;REFB=-0.0290169;REVB=-0.0073584;RO=43;SAF=34;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801337;STB=0.543983;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0200741;OID=.;OPOS=66391016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:20:34:23:20:20:34:23:20 chr17 66391276 . G A 479.95 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00138696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.657;QD=17.1412;RBI=0.0116024;REFB=-0.00965032;REVB=0.0115192;RO=60;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273731;STB=0.51523;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0146959;OID=.;OPOS=66391276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:28:24:26:34:28:24:26:34 chr17 66449122 . G A 417.93 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0113797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.753;QD=19.9016;RBI=0.0153852;REFB=-0.00990213;REVB=0.0103542;RO=42;SAF=28;SAR=14;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115168;STB=0.564071;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00854553;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:14:28:23:19:14:28:23:19 chr17 66522023 . C T 445.1 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.014614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1235;QD=18.1675;RBI=0.0147781;REFB=-0.019715;REVB=-0.00219591;RO=53;SAF=17;SAR=28;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940873;STB=0.552608;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0229394;OID=.;OPOS=66522023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:28:17:25:28:28:17:25:28 chr17 66527437 . A G 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.016544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.555;QD=6.48183;RBI=0.0293899;REFB=-0.000646468;REVB=-0.0242913;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534216;STB=0.834165;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00318186;OID=.;OPOS=66527437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:22:11:8:2:22:11 chr17 66533655 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.901;QD=56.9546;RBI=0.0472945;REFB=0;REVB=-0.0208882;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96228e-05;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr17 66536749 . C T 400.9 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0286765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5483;QD=24.2971;RBI=0.0358656;REFB=0.00211712;REVB=0.0215407;RO=27;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190218;STB=0.604274;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.000886195;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:23:16:18:9:23:16:18:9 chr17 66538239 . G T 271.86 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0249638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6909;QD=17.2612;RBI=0.0930605;REFB=-0.0209864;REVB=0.0896497;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0019272;STB=0.506379;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0256637;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:14:16:17:15:14:16:18:15 chr17 66539847 . C T 377.79 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0646492;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9887;QD=15.7415;RBI=0.0656528;REFB=-0.00751651;REVB=0.0114355;RO=55;SAF=18;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793797;STB=0.539646;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0103818;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:55:56:40:40:0.416667:22:18:29:26:22:18:29:27 chr17 66872802 . G C 1839.92 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0565625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8196;QD=61.3307;RBI=0.056586;REFB=0;REVB=-0.00162993;RO=0;SAF=42;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019558;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:78:42:0:0:78:42:0:0 chr17 66880538 . C A,CA 77.81 PASS AF=0,0.213333;AO=3,19;DP=78;FAO=0,16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=0,10;FSAR=0,6;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0199162,-0.0106939;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=83.8562,90.3179;QD=4.14963;RBI=0.0411716,0.0323029;REFB=0.00081448,-0.0028963;REVB=-0.0360339,-0.0304814;RO=56;SAF=0,15;SAR=3,4;SRF=33;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.494211,0.286789;STB=0.5,0.526283;STBP=1,0.841;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.156215;OID=.,.;OPOS=66880538,66880539;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:77:78:75:56:59:3,19:0,16:0,0.213333:3,4:0,15:33:23:0,6:0,10:35:24 chr17 66985992 . T G 293.61 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0127483;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=268.606;QD=19.9057;RBI=0.0143266;REFB=-0.00193873;REVB=0.00653703;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788707;STB=0.543331;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00158946;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:30:31:0.525424:15:15:11:16:16:15:11:17 chr17 67028260 . T C 345.7 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0482817;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9275;QD=14.1103;RBI=0.0647824;REFB=-0.00698126;REVB=-0.0431931;RO=59;SAF=18;SAR=20;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000956676;STB=0.505917;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00947388;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:60:38:38:0.387755:20:18:28:31:20:18:29:31 chr17 67031457 . C T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2237;QD=59.1427;RBI=0.0343726;REFB=0;REVB=-0.0248981;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301649;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr17 67101718 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.567;QD=58.9626;RBI=0.0134157;REFB=0;REVB=0.00444311;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66139e-05;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr17 67160234 . ATGGTTTTAT A 209.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00185977;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=9;MLLD=273.226;QD=13.5442;RBI=0.00190857;REFB=-0.00968187;REVB=0.000428833;RO=31;SAF=20;SAR=5;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330311;STB=0.671847;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0147052;OID=.;OPOS=67160235;OREF=TGGTTTTAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403226:25:64:25:62:37:20:5:21:16:99:31:20:5:16:15 chr17 67161222 . G GA 35.75 PASS AF=0.184211;AO=13;DP=78;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0604797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5803;QD=1.88172;RBI=0.0641052;REFB=-0.0198188;REVB=0.0212528;RO=65;SAF=13;SAR=0;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.708151;STB=0.888493;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.101324;OID=.;OPOS=67161223;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:13:78:14:76:62:13:1:34:28:35:65:13:0:35:30 chr17 67218762 . T C 527.64 PASS AF=0.5;AO=52;DP=107;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00128246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.525;QD=19.1868;RBI=0.010308;REFB=-0.00931034;REVB=0.0102279;RO=52;SAF=38;SAR=14;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179442;STB=0.59153;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00776072;OID=.;OPOS=67218762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:52:55:52:55:0.5:14:38:29:23:16:39:30:25 chr17 67267317 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.322;QD=60.9777;RBI=0.0552451;REFB=0;REVB=0.0529065;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212569;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:10:29:0:0:10:29:0:0 chr17 67273882 . C A 1803.97 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.161;QD=61.1516;RBI=0.0155678;REFB=0;REVB=-0.00262817;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83087e-05;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:44:73:0:0:44:74:0:0 chr17 67982157 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000213333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.242;QD=56.9381;RBI=0.0183216;REFB=0;REVB=0.0183204;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0356e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr17 68174279 . G A 287.59 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.015777;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1922;QD=15.7581;RBI=0.0331226;REFB=-0.00843474;REVB=-0.0291238;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509085;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0153015;OID=.;OPOS=68174279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:25:15:12:20:25:16 chr17 70943990 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3837;QD=64.1508;RBI=0.0267392;REFB=0;REVB=0.0233759;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84871e-05;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr17 71166701 . A G 606.04 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0128323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8792;QD=27.2379;RBI=0.0233658;REFB=-0.00905019;REVB=-0.0195267;RO=35;SAF=30;SAR=24;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300378;STB=0.516367;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00838999;OID=.;OPOS=71166701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:24:30:18:17:24:30:18:17 chr17 71167102 . T C 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00394733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3102;QD=16.6275;RBI=0.0357124;REFB=0.010142;REVB=0.0354936;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.624791;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00798053;OID=.;OPOS=71167102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:6:8:10:3:6:8 chr17 71167133 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00976597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2856;QD=10.1733;RBI=0.0721449;REFB=-0.00742758;REVB=0.0714809;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129519;STB=0.578703;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0175077;OID=.;OPOS=71167133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:2:7:4:2:2:7 chr17 71167541 . G A 37.74 PASS AF=0.3;AO=7;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0545563;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2377;QD=7.54728;RBI=0.128431;REFB=-0.0151342;REVB=0.116267;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0513399;OID=.;OPOS=71167541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:7:6:0.3:2:5:10:4:1:5:9:5 chr17 71192663 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0266446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0637;QD=13.4556;RBI=0.0539887;REFB=0.00709094;REVB=0.0469557;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438658;STB=0.756308;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00953285;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:11:4:8:3:11:4 chr17 71192873 . A G 88.51 PASS AF=0.625;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0280488;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.258;QD=22.1278;RBI=0.0324248;REFB=-0.00426768;REVB=0.0162674;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097017;STB=0.519961;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00274631;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:16:8:6:10:10:0.625:8:2:1:7:8:2:1:5 chr17 71196809 . A G 605.46 PASS AF=0.425;AO=68;DP=160;FAO=68;FDP=160;FR=.;FRO=92;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0619391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5054;QD=15.1366;RBI=0.0624664;REFB=0.0149508;REVB=-0.00809949;RO=92;SAF=31;SAR=37;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000662233;STB=0.50037;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0193849;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:92:68:68:0.425:37:31:42:50:37:31:42:50 chr17 71197748 . G A 63.66 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0191642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.576;QD=9.09473;RBI=0.0725619;REFB=-0.0182835;REVB=0.0699854;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.589974;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.040723;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:13:6:4:5:13:6 chr17 71205854 . A G 156.17 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0262775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.663;QD=18.9297;RBI=0.0575839;REFB=-0.0232144;REVB=-0.0512386;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464188;STB=0.556388;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0393272;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:16:17:0.515152:11:5:4:11:11:6:4:12 chr17 71232687 . T C 505.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256097;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.676;QD=59.4321;RBI=0.035522;REFB=0;REVB=0.0246161;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166751;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr17 71232804 . C A 834.12 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0712;QD=55.6078;RBI=0.0743365;REFB=0.0648769;REVB=-0.0378987;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.514281;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00104554;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:60:0:1:57:59:0.983333:17:40:0:0:17:42:0:1 chr17 71232807 . T C 868.75 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00175284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.472;QD=56.0487;RBI=0.0945851;REFB=0.0209923;REVB=-0.0945688;RO=1;SAF=43;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108509;STB=0.505745;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00126196;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:17:43:1:0:18:43:1:0 chr17 71232881 . G C 1291.06 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2842;QD=61.4791;RBI=0.0557251;REFB=0;REVB=0.0527821;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516533;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:31:51:0:0:32:52:0:0 chr17 71233130 . A G 445.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6797;QD=57.5398;RBI=0.144027;REFB=0;REVB=0.0145691;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128289;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:24:7:0:0 chr17 71238433 . G A 2064.75 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8044;QD=62.5682;RBI=0.0535698;REFB=0;REVB=0.0452015;RO=0;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36369e-05;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:130:132:1:59:71:0:0:61:71:0:0 chr17 71239234 . T G 219.15 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00567784;FXX=0;HRUN=24;LEN=1;MLLD=185.72;QD=23.6921;RBI=0.0297902;REFB=-0.00333346;REVB=-0.0292442;RO=16;SAF=19;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559664;STB=0.81977;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000957141;OID=.;OPOS=71239234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:2:19:6:10:2:19:6:10 chr17 71244630 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.803;QD=58.2395;RBI=0.021213;REFB=0;REVB=0.0205955;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91849e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr17 71334473 . G A 437.08 PASS AF=0.473118;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00515215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.375;QD=18.7991;RBI=0.0185411;REFB=-0.00938783;REVB=-0.0178109;RO=49;SAF=17;SAR=25;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043761;STB=0.521555;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0120511;OID=.;OPOS=71334473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:49:42:44:0.473118:25:17:22:27:26:18:22:27 chr17 71365314 . A G 2140.28 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.51;QD=62.9493;RBI=0.0341655;REFB=0;REVB=0.0157432;RO=0;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30391e-05;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:73:63:0:0:73:63:0:0 chr17 71386577 . G T 623.59 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0145007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.732;QD=19.6405;RBI=0.0145046;REFB=-0.0281827;REVB=-0.000335629;RO=63;SAF=24;SAR=39;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451485;STB=0.527941;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0289034;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:63:64:0.503937:39:24:27:36:40:24:27:36 chr17 71391481 . C T 205.35 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0130872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.408;QD=12.0793;RBI=0.025742;REFB=-0.0216845;REVB=0.022167;RO=41;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754799;STB=0.550421;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0363367;OID=.;OPOS=71391481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:41:42:24:26:0.382353:11:13:25:16:12:14:26:16 chr17 71410891 . C T 185.24 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00151583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.519;QD=10.4359;RBI=0.0191606;REFB=-0.0127954;REVB=-0.0191006;RO=47;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247311;STB=0.643563;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0293769;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:10:14:17:30:10:14:17:30 chr17 71746479 . C G 591.33 PASS AF=0.484127;AO=61;DP=126;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0106528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3837;QD=18.7724;RBI=0.0272016;REFB=-0.00776905;REVB=-0.0250289;RO=65;SAF=38;SAR=23;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110694;STB=0.561355;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00882971;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:65:65:61:61:0.484127:23:38:33:32:23:38:33:32 chr17 71746508 . T C 600.17 PASS AF=0.492188;AO=57;DP=124;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00361371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.732;QD=18.7554;RBI=0.0106111;REFB=-0.0139124;REVB=0.00997679;RO=65;SAF=30;SAR=27;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311281;STB=0.508472;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0144983;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:65:65:57:63:0.492188:27:30:34:31:29:34:34:31 chr17 71746560 . G A 419.41 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00216156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.741;QD=17.6595;RBI=0.0233744;REFB=-0.0254582;REVB=-0.0232742;RO=51;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320682;STB=0.523941;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0189201;OID=.;OPOS=71746560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:25:18:23:28:25:18:24:28 chr17 71747284 . G A 469.09 PASS AF=0.367742;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=155;FR=.;FRO=98;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=32;FWDB=0.0213347;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5583;QD=12.1054;RBI=0.0300751;REFB=-0.0068819;REVB=0.0211977;RO=95;SAF=43;SAR=14;SRF=65;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977602;STB=0.564474;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0139909;OID=.;OPOS=71747284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:95:98:57:57:0.367742:14:43:65:30:14:43:66:32 chr17 71752005 . C T 345.45 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0409199;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.708;QD=21.5909;RBI=0.0409203;REFB=-0.00839464;REVB=-0.00016933;RO=30;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150577;STB=0.57647;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00736568;OID=.;OPOS=71752005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:30:29:35:35:0.546875:18:17:20:10:18:17:19:10 chr17 71752500 . C CT 1831.35 PASS AF=1;AO=118;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341467;FXX=0.00806387;HRUN=0;LEN=1;MLLD=211.119;QD=59.5562;RBI=0.0346726;REFB=0;REVB=0.00601605;RO=3;SAF=73;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.87317e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:118:125:123:123:0:74:49:0:0:10:3:73:45:1:2 chr17 72209858 . A G 580.62 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0867054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.284;QD=22.7693;RBI=0.0867054;REFB=-0.0134192;REVB=6.22166e-06;RO=45;SAF=17;SAR=40;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758362;STB=0.541387;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0111968;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:45:45:57:57:0.558824:40:17:10:35:40:17:10:35 chr17 72308221 . C T 981.62 PASS AF=0.552941;AO=94;DP=172;FAO=94;FDP=170;FR=.;FRO=76;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0305904;FXX=0.0116272;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4524;QD=23.0969;RBI=0.038164;REFB=-0.0244981;REVB=0.0228193;RO=70;SAF=47;SAR=47;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897392;STB=0.558811;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0235825;OID=.;OPOS=72308221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:170:70:76:94:94:0.552941:47:47:43:27:47:47:48:28 chr17 72308319 . G A 1504.01 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00960893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5093;QD=58.4083;RBI=0.0371035;REFB=0.0105423;REVB=0.0358376;RO=1;SAF=60;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784264;STB=0.504131;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000100137;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:42:60:1:0:42:60:1:0 chr17 72338765 . G A 255.34 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0265223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6456;QD=13.2643;RBI=0.0305347;REFB=-0.0138408;REVB=0.0151307;RO=47;SAF=17;SAR=13;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552727;STB=0.531535;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0219226;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:13:17:29:18:13:17:29:18 chr17 72346855 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.952;QD=60.2287;RBI=0.0123606;REFB=0;REVB=0.00682967;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76452e-05;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 72346868 . C T 175.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0263967;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8295;QD=18.4324;RBI=0.0323799;REFB=0.00931423;REVB=-0.0187528;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188164;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0103571;OID=.;OPOS=72346868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:7:13:8:10:7:13 chr17 72349067 . C T 309.43 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0160525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.396;QD=11.9012;RBI=0.041972;REFB=-0.032252;REVB=0.038781;RO=66;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129436;STB=0.57398;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0328742;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:66:66:38:38:0.365385:18:20:27:39:18:20:27:39 chr17 72350362 . G A 490.06 PASS AF=0.432;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.062109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7488;QD=15.682;RBI=0.0989625;REFB=-0.036438;REVB=0.0770457;RO=70;SAF=29;SAR=25;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123329;STB=0.564745;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0535293;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:70:71:54:54:0.432:25:29:29:41:25:29:30:41 chr17 72350412 . G A 372.84 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0045256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1194;QD=17.754;RBI=0.0138693;REFB=-0.0358733;REVB=0.0131101;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182696;STB=0.582049;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0376259;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:45:39:39:0.464286:21:18:11:30:21:18:14:31 chr17 72351406 . C T 932.78 PASS AF=0.450893;AO=97;DP=222;FAO=101;FDP=224;FR=.;FRO=123;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=-0.0199908;FXX=0.0175431;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2515;QD=16.6567;RBI=0.0661758;REFB=-0.0266238;REVB=0.0630841;RO=101;SAF=31;SAR=66;SRF=40;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786986;STB=0.580519;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0246242;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:101:123:97:101:0.450893:66:31:40:61:68:33:57:66 chr17 72351761 . A G 1967.41 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.198;QD=61.9656;RBI=0.0248142;REFB=0;REVB=0.0228142;RO=0;SAF=64;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11816e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:58:64:0:0:62:65:0:0 chr17 72366695 . C A 1257.54 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0947172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2889;QD=59.1785;RBI=0.111568;REFB=-0.201959;REVB=0.0589582;RO=2;SAF=52;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295734;STB=0.50769;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00761501;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:31:52:0:2:32:52:0:1 chr17 72368550 . T C 373.31 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.030561;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4751;QD=17.7764;RBI=0.0336623;REFB=-0.0239017;REVB=0.0141131;RO=45;SAF=12;SAR=26;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829735;STB=0.555528;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0187372;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:38:39:0.464286:26:12:11:34:26:13:11:34 chr17 72429869 . C T 353.2 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0210257;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9415;QD=15.8744;RBI=0.0714004;REFB=-0.0186096;REVB=-0.0682344;RO=50;SAF=22;SAR=16;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019526;STB=0.517482;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0468908;OID=.;OPOS=72429869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:50:51:38:38:0.426966:16:22:28:22:16:22:28:23 chr17 72429927 . G A 376.04 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.018558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8281;QD=21.1852;RBI=0.043209;REFB=-0.0357755;REVB=0.0390208;RO=33;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317254;STB=0.517541;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0494864;OID=.;OPOS=72429927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:17:21:17:16:17:21:17:16 chr17 72439700 . T G 272.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.226;QD=51.9819;RBI=0.0687478;REFB=0;REVB=0.0685579;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234116;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:4:15:0:0:4:17:0:0 chr17 72439808 . TG T 313.44 PASS AF=0.421429;AO=55;DP=141;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=27;FWDB=-0.175812;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6688;QD=8.95556;RBI=0.191644;REFB=0.0140067;REVB=-0.076273;RO=77;SAF=30;SAR=25;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110288;STB=0.554418;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=-0.0203038;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421429:55:141:59:140:81:34:25:54:27:99:77:30:25:50:27 chr17 72469958 . A G 1323.56 PASS AF=0.515625;AO=132;DP=257;FAO=132;FDP=256;FR=.;FRO=124;FSAF=72;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.00807413;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3994;QD=20.6806;RBI=0.0386632;REFB=-0.0312432;REVB=-0.0378107;RO=124;SAF=72;SAR=60;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332577;STB=0.518199;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0234852;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:124:124:132:132:0.515625:60:72:63:61:60:72:63:61 chr17 72584764 . C T 479.09 PASS AF=0.485981;AO=51;DP=106;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.618;QD=17.9097;RBI=0.031983;REFB=-6.50944e-05;REVB=-0.0286578;RO=53;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000340232;STB=0.504671;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00102083;OID=.;OPOS=72584764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:53:55:51:52:0.485981:25:26:27:26:26:26:28:27 chr17 72588326 . A C 230.9 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.000223528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.122;QD=23.0898;RBI=0.00024697;REFB=-0.0198695;REVB=0.000105019;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139605;STB=0.507805;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0137913;OID=.;OPOS=72588326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:15:7:6:12:15:7:6:12 chr17 72588778 . C T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00960777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.118;QD=11.4911;RBI=0.0120484;REFB=-0.0125248;REVB=0.00727011;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166869;STB=0.599867;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0168375;OID=.;OPOS=72588778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:4:12:20:12:4:12:20:12 chr17 72589114 . C G 282.94 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00907532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.655;QD=19.8558;RBI=0.00927855;REFB=-0.025389;REVB=-0.00193134;RO=26;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562036;STB=0.540609;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.01811;OID=.;OPOS=72589114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:13:17:13:13:13:17:13:14 chr17 72589435 . T C 283.32 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0213857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.637;QD=13.991;RBI=0.0396959;REFB=-0.0233823;REVB=-0.0334427;RO=48;SAF=21;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809905;STB=0.546071;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0302128;OID=.;OPOS=72589435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:12:21:27:21:12:21:27:21 chr17 72590267 . T C 175.18 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.00725831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.174;QD=13.4755;RBI=0.0104335;REFB=-0.0123919;REVB=-0.00749495;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195814;STB=0.625409;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0123381;OID=.;OPOS=72590267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:20:21:0.403846:13:7:6:25:13:8:6:25 chr17 72700943 . A G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0134454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3233;QD=23.8209;RBI=0.0139358;REFB=-0.0147832;REVB=-0.00366435;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307584;STB=0.671081;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0103786;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:14:8:13:4:14:8:13:4 chr17 72740598 . G A 238.06 PASS AF=0.474576;AO=25;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.10951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3425;QD=16.1397;RBI=0.113134;REFB=-0.0513461;REVB=-0.028405;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270484;STB=0.569569;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0563357;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:31:25:28:0.474576:17:8:8:15:18:10:15:16 chr17 72744798 . G C 141.23 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.064125;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.975;QD=29.7332;RBI=0.0880636;REFB=-0.1385;REVB=0.0603588;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608722;STB=0.566831;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.020158;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:19:4:5:14:14:0.736842:9:5:2:2:9:5:3:2 chr17 72773794 . C A 213.78 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0256691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.671;QD=20.8563;RBI=0.0536913;REFB=-0.0224552;REVB=-0.0471577;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253785;STB=0.514272;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0252378;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:12:9:8:12:12:9:8:12 chr17 72784932 . G A 255.63 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00020908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=17.939;RBI=0.00743863;REFB=-0.0114222;REVB=0.00743569;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114049;STB=0.543829;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00886555;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:29:28:28:0.491228:14:14:17:10:14:14:17:12 chr17 72838649 . C A 1191.1 PASS AF=0.409231;AO=133;DP=325;FAO=133;FDP=325;FR=.;FRO=192;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=90;FSRR=102;FWDB=0.00865103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.285;QD=14.6597;RBI=0.00918765;REFB=-0.0160548;REVB=-0.00309396;RO=192;SAF=50;SAR=83;SRF=90;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101475;STB=0.556771;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0207612;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:192:192:133:133:0.409231:83:50:90:102:83:50:90:102 chr17 72838739 . G A 669.1 PASS AF=0.40107;AO=75;DP=187;FAO=75;FDP=187;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=32;FSRR=80;FWDB=-0.0207904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.635;QD=14.3123;RBI=0.0215538;REFB=-0.00943565;REVB=-0.00568535;RO=112;SAF=19;SAR=56;SRF=32;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443628;STB=0.524993;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0160506;OID=.;OPOS=72838739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:112:112:75:75:0.40107:56:19:32:80:56:19:32:80 chr17 72851110 . G A 242.89 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00729808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.237;QD=22.5945;RBI=0.0423753;REFB=-0.0321563;REVB=-0.0417421;RO=20;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043852;STB=0.524568;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0378632;OID=.;OPOS=72851110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:7:16:13:7:7:16:13:7 chr17 72851133 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.481;QD=56.1899;RBI=0.0611727;REFB=0;REVB=0.0371317;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450866;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 72860253 . A G 1107.91 PASS AF=0.549738;AO=102;DP=188;FAO=105;FDP=191;FR=.;FRO=86;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=44;FWDB=0.0268331;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.358;QD=23.2023;RBI=0.0269455;REFB=-0.0142821;REVB=0.00245799;RO=85;SAF=50;SAR=52;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00653682;STB=0.511667;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00915381;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:191:85:86:102:105:0.549738:52:50:41:44:51:54:42:44 chr17 72862593 . C T 1236.61 PASS AF=0.508403;AO=121;DP=238;FAO=121;FDP=238;FR=.;FRO=117;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=75;FSRR=42;FWDB=-0.00157355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.934;QD=20.7834;RBI=0.0249484;REFB=-0.0204418;REVB=0.0248988;RO=117;SAF=75;SAR=46;SRF=75;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202826;STB=0.511109;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.018884;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:117:117:121:121:0.508403:46:75:75:42:46:75:75:42 chr17 72863030 . T C 169.04 PASS AF=0.375;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.016075;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8298;QD=12.0743;RBI=0.0225464;REFB=-0.00894849;REVB=0.0158093;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107927;STB=0.565976;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0277191;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:20:21:0.375:9:11:22:12:10:11:22:13 chr17 72869078 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0154193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.009;QD=12.3959;RBI=0.0182226;REFB=-0.012051;REVB=-0.00971121;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0235604;OID=.;OPOS=72869078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr17 72889696 . A G 973.49 PASS AF=0.583893;AO=87;DP=145;FAO=87;FDP=149;FR=.;FRO=62;FSAF=82;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=62;FWDB=-0.0410354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0637;QD=26.134;RBI=0.0535588;REFB=-0.00106607;REVB=-0.0344186;RO=58;SAF=82;SAR=5;SRF=0;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.779187;STB=0.930448;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00141424;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:149:58:62:87:87:0.583893:5:82:0:58:5:82:0:62 chr17 72927123 . G T 1008.65 PASS AF=0.961538;AO=68;DP=73;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0271854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.201;QD=51.7254;RBI=0.0281012;REFB=-0.055514;REVB=0.00711584;RO=3;SAF=11;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242294;STB=0.512393;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000767751;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:78:3:3:68:75:0.961538:57:11:0:3:59:16:0:3 chr17 72937851 . G A 403.75 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0284023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5762;QD=24.8463;RBI=0.0284516;REFB=-0.0281157;REVB=-0.00167385;RO=26;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139642;STB=0.576432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00932772;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:18:21:9:17:18:21:9:17 chr17 72938100 . T C 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000862369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.375;QD=17.9529;RBI=0.00309236;REFB=-0.0397239;REVB=0.00296968;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491771;STB=0.52757;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.034604;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:13:14:13:15:13:14:13:15 chr17 72939446 . C T 229.84 PASS AF=0.7;AO=14;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0417733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.715;QD=30.645;RBI=0.0935989;REFB=-0.0682085;REVB=0.0837601;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.51524;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0115001;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:14:21:0.7:6:8:3:6:13:8:3:6 chr17 72948369 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5958;QD=57.3846;RBI=0.0312716;REFB=0;REVB=0.0252127;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266665;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr17 72949146 . C T 885.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.002;QD=58.0509;RBI=0.033201;REFB=0;REVB=0.025935;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59681e-05;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr17 72952017 . A G 1282.31 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.103;QD=61.7982;RBI=0.0354201;REFB=0;REVB=0.0154922;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83669e-05;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:42:40:0:0:42:41:0:0 chr17 73037868 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.917;QD=56.1914;RBI=0.0267291;REFB=0;REVB=0.0256929;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112317;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr17 73038745 . T TC 1355.12 PASS AF=1;AO=13;DP=110;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293979;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.457;QD=53.6682;RBI=0.0667076;REFB=0;REVB=-0.0598804;RO=97;SAF=11;SAR=2;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000119518;OID=.;OPOS=73038746;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:110:101:101:0:56:45:0:0:8:97:11:2:51:46 chr17 73038746 . T C 1164.33 PASS AF=0.855769;AO=89;DP=105;FAO=89;FDP=104;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00647606;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.609;QD=44.7821;RBI=0.00669042;REFB=-0.0610973;REVB=-0.00168;RO=14;SAF=44;SAR=45;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111118;STB=0.553625;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000846785;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:105:104:14:15:89:89:0.855769:45:44:13:1:45:44:13:2 chr17 73059820 . C G 2224.15 PASS AF=0.918605;AO=156;DP=173;FAO=158;FDP=172;FR=.;FRO=14;FSAF=77;FSAR=81;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0465868;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.939;QD=51.7244;RBI=0.0614246;REFB=-0.115472;REVB=0.0400331;RO=11;SAF=75;SAR=81;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535056;STB=0.53007;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0022403;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:173:172:11:14:156:158:0.918605:81:75:10:1:81:77:12:2 chr17 73060073 . T C 869.29 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0204466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.957;QD=52.6845;RBI=0.0425036;REFB=-0.102554;REVB=0.0372624;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.515459;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00146138;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:66:0:3:62:63:0.954545:46:16:0:0:47:16:0:3 chr17 73060111 . G A 661.28 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367866;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.064;QD=60.1166;RBI=0.0369105;REFB=0.0481533;REVB=0.00302171;RO=1;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144528;STB=0.507689;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00177348;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:32:11:0:1:32:11:0:1 chr17 73085975 . G A 379.52 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.25;QD=50.6024;RBI=0.0429201;REFB=-0.176682;REVB=0.0294082;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00203431;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:1:1:28:29:0.966667:16:12:0:1:17:12:0:1 chr17 73127217 . G C 200.73 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0079454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8494;QD=20.5873;RBI=0.0948278;REFB=0.0259152;REVB=0.0944944;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155872;STB=0.5877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0227256;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:7:12:9:11:7:12 chr17 73221439 . C T 1189.33 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.365;QD=57.3172;RBI=0.0215456;REFB=-0.0807813;REVB=0.0141235;RO=3;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304138;STB=0.501607;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000373715;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:50:30:1:2:50:30:1:2 chr17 73222847 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.173;QD=57.0008;RBI=0.0459177;REFB=0;REVB=0.0217529;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.15843e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr17 73222865 . G A 695.88 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.695;QD=60.5109;RBI=0.0162619;REFB=-0.0832966;REVB=-0.0116386;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-6.54064e-06;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:0:1 chr17 73230856 . C T 2161.55 PASS AF=0.972222;AO=139;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00707328;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.062;QD=60.043;RBI=0.0517047;REFB=-0.0900671;REVB=0.0512186;RO=4;SAF=57;SAR=82;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226244;STB=0.511903;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.000961773;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:144:4:4:139:140:0.972222:82:57:0:4:82:58:0:4 chr17 73257986 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000808867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.72;QD=35.5759;RBI=0.0660348;REFB=0;REVB=0.0660298;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443385;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 73258479 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.43;QD=55.4105;RBI=0.0383353;REFB=-0.091871;REVB=0.0342602;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000969319;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:0:1:22:35:0:1 chr17 73262989 . C T 73.1 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0809896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5032;QD=9.138;RBI=0.0899331;REFB=-0.0208978;REVB=-0.0390978;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790598;STB=0.559884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0488052;OID=.;OPOS=73262989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:21:22:10:10:0.3125:4:6:14:7:4:6:15:7 chr17 73268630 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0161979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.193;QD=15.1604;RBI=0.0166971;REFB=0.00130366;REVB=0.00405235;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138257;STB=0.580538;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0019217;OID=.;OPOS=73268630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:8:14:12:4:8:14 chr17 73268801 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.738;QD=35.5758;RBI=0.0579344;REFB=0;REVB=0.029822;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000628452;OID=.;OPOS=73268801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr17 73269530 . A G 1320.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9346;QD=62.1559;RBI=0.0298632;REFB=0;REVB=-0.0281723;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226426;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr17 73269676 . C T 1571.78 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.942;QD=59.8774;RBI=0.053587;REFB=0;REVB=-0.00212235;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114103;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:46:59:0:0:46:59:0:0 chr17 73279624 . A G 909.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.109;QD=57.7375;RBI=0.0275209;REFB=0;REVB=-0.0111737;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55244e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr17 73315368 . C T 1078.96 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.084;QD=59.9422;RBI=0.00825313;REFB=0;REVB=0.00808037;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71837e-05;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:25:47:0:0:25:47:0:0 chr17 73402246 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0862297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9189;QD=46.8476;RBI=0.0869912;REFB=0;REVB=-0.0114854;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00370503;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr17 73488794 . C T 310.36 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0619049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.08;QD=21.4043;RBI=0.0682041;REFB=-0.0239456;REVB=-0.0286283;RO=26;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820652;STB=0.545426;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.016645;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:18:14:14:12:18:14:14:12 chr17 73495692 . C G 400.87 PASS AF=0.4;AO=33;DP=113;FAO=46;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00578863;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.8637;QD=13.9433;RBI=0.00765403;REFB=0.00759289;REVB=-0.0050076;RO=61;SAF=9;SAR=24;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282206;STB=0.5382;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0236785;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:61:64:33:46:0.4:24:9:31:30:26:20:32:32 chr17 73498483 . T C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00615404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.046;QD=9.85825;RBI=0.0078361;REFB=-0.00214138;REVB=-0.004851;RO=29;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375784;STB=0.737986;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00545905;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:12:1:7:22:12:1:7:22 chr17 73498623 . A G 351.58 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=11;FWDB=-0.0169746;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.332;QD=13.0213;RBI=0.0999852;REFB=-0.0132918;REVB=-0.0985338;RO=65;SAF=31;SAR=11;SRF=55;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164932;STB=0.581046;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0194062;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:65:66:42:42:0.388889:11:31:55:10:11:31:55:11 chr17 73518203 . G C 350.65 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0320262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.37;QD=15.5842;RBI=0.034319;REFB=-0.0366209;REVB=0.0123335;RO=52;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789375;STB=0.550287;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0473628;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:52:37:38:0.422222:24:13:22:30:25:13:22:30 chr17 73518284 . G C 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0190042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.323;QD=12.9128;RBI=0.0255198;REFB=-0.0267875;REVB=-0.0170324;RO=37;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141147;STB=0.581326;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0431007;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:16:8:17:20:16:8:17:20 chr17 73519413 . C T 269.51 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00297259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.1035;QD=14.1849;RBI=0.0488196;REFB=-0.0152553;REVB=0.048729;RO=44;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266687;STB=0.508976;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0195209;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:31:31:0.407895:14:17:23:21:14:17:24:21 chr17 73552185 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00612522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5463;QD=6.81341;RBI=0.0144092;REFB=-0.0103741;REVB=-0.0130425;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288006;STB=0.680377;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0346833;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:6:13:3:4:6:13 chr17 73587268 . C T 178.24 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0208196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0831;QD=14.853;RBI=0.025356;REFB=-0.00742745;REVB=0.0144731;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271912;STB=0.505489;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.012165;OID=.;OPOS=73587268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:10:9:14:14:10:9:14:15 chr17 73587784 . A G 458.52 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0184902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.895;QD=15.6759;RBI=0.0207757;REFB=-0.0126579;REVB=-0.00947314;RO=66;SAF=22;SAR=29;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073279;STB=0.504102;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0150124;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:29:22:28:38:29:22:28:38 chr17 73588058 . G T 388.26 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0325338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7592;QD=21.2746;RBI=0.0543744;REFB=0.00625786;REVB=-0.0435675;RO=34;SAF=29;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304336;STB=0.669139;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00674288;OID=.;OPOS=73588058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:10:29:14:20:10:29:14:20 chr17 73588067 . A G 430.21 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0461801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.046;QD=22.6425;RBI=0.0504401;REFB=0.00943877;REVB=-0.0202878;RO=33;SAF=29;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201311;STB=0.618608;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00836268;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:34:42:42:0.552632:13:29:15:18:13:29:15:19 chr17 73590830 . T G 1496.33 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0694545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.758;QD=62.3469;RBI=0.0703448;REFB=-0.117953;REVB=0.0111561;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000149016;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:95:95:0.989583:45:50:0:0:45:50:1:0 chr17 73609139 . C T 792.09 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.824;QD=53.701;RBI=0.0786941;REFB=-0.00853792;REVB=0.0590286;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033641;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000178765;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:55:58:0.983051:27:28:0:2:30:28:0:1 chr17 73611823 . T C 705.47 PASS AF=0.449704;AO=76;DP=169;FAO=76;FDP=169;FR=.;FRO=93;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.0516008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.289;QD=16.6975;RBI=0.0518793;REFB=-0.0424116;REVB=0.005368;RO=91;SAF=37;SAR=39;SRF=56;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125956;STB=0.575023;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0555199;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:93:76:76:0.449704:39:37:56:35:39:37:58:35 chr17 73612642 . A AT 450.43 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.52;QD=45.0425;RBI=0.230867;REFB=0;REVB=0.223221;RO=3;SAF=30;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547307;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00674986;OID=.;OPOS=73612643;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:39:40:40:0:34:6:0:0:8:3:30:5:2:1 chr17 73613975 . G A 743.11 PASS AF=0.353414;AO=86;DP=250;FAO=88;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=156;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=88;FSRR=68;FWDB=-0.00293876;FXX=0.0119043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.777;QD=11.9374;RBI=0.0101087;REFB=-0.00694878;REVB=-0.00967206;RO=119;SAF=54;SAR=32;SRF=79;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404792;STB=0.540676;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0108981;OID=.;OPOS=73613975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:249:119:156:86:88:0.353414:32:54:79:40:33:55:88:68 chr17 73615962 . T C 277.23 PASS AF=0.336735;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=65;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0581442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6331;QD=11.3156;RBI=0.176238;REFB=-0.0179877;REVB=-0.166371;RO=51;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2021;STB=0.585645;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0358165;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:65:32:33:0.336735:18:14:32:19:19:14:36:29 chr17 73615983 . G A 230.24 PASS AF=0.294643;AO=32;DP=111;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.0256154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8851;QD=8.22302;RBI=0.0968919;REFB=-0.0141313;REVB=0.0934446;RO=79;SAF=14;SAR=18;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527361;STB=0.540457;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0510591;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:79:79:32:33:0.294643:18:14:38:41:19:14:38:41 chr17 73616088 . T C 257.43 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0220446;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.931;QD=11.3156;RBI=0.0287714;REFB=-0.00958516;REVB=-0.0184886;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928502;STB=0.55379;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0189879;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:60:60:31:31:0.340659:17:14:32:28:17:14:32:28 chr17 73616853 . G C 179.24 PASS AF=0.475;AO=15;DP=37;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0393236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.502;QD=17.9239;RBI=0.0393557;REFB=-0.0217569;REVB=0.00158768;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405441;STB=0.692086;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0408561;OID=.;OPOS=73616853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:19:21:15:19:0.475:3:12:8:11:4:15:10:11 chr17 73616864 . C A 195.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0370541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.149;QD=18.6381;RBI=0.0379442;REFB=-0.0223518;REVB=0.00817002;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299078;STB=0.67087;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0109309;OID=.;OPOS=73616864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:10:12:5:15:10:12 chr17 73616920 . A G 235.01 PASS AF=0.435484;AO=25;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0593144;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.393;QD=15.162;RBI=0.0617105;REFB=-0.0264014;REVB=0.0170289;RO=35;SAF=19;SAR=6;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236439;STB=0.527067;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0388762;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:35:25:27:0.435484:6:19:26:9:8:19:26:9 chr17 73617104 . A C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00459949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.229;QD=14.7423;RBI=0.00500888;REFB=-0.0149216;REVB=0.00198332;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0161698;OID=.;OPOS=73617104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:16:9:7:10:16:9 chr17 73619920 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00183224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.02;QD=10.5422;RBI=0.0360487;REFB=-0.00492303;REVB=-0.0360021;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491281;STB=0.52936;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00843614;OID=.;OPOS=73619920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:16:5:3:8:16:5 chr17 73620314 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0035391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4461;QD=19.3674;RBI=0.0191192;REFB=-0.0317905;REVB=0.0187888;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122361;STB=0.507028;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0229855;OID=.;OPOS=73620314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:5:2:3:7:5:2 chr17 73625286 . G A 1188.06 PASS AF=0.53211;AO=115;DP=218;FAO=116;FDP=218;FR=.;FRO=102;FSAF=74;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=32;FWDB=0.0244825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.206;QD=21.7994;RBI=0.0301963;REFB=-0.0390766;REVB=0.0176755;RO=102;SAF=73;SAR=42;SRF=70;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485143;STB=0.524814;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0305465;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:102:102:115:116:0.53211:42:73:70:32:42:74:70:32 chr17 73625430 . G A 500.73 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0317594;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1798;QD=21.5366;RBI=0.0351957;REFB=-0.0133478;REVB=0.0151685;RO=45;SAF=22;SAR=26;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00734411;STB=0.504056;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.023638;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:45:48:48:0.516129:26:22:21:24:26:22:21:24 chr17 73625478 . T C 2101.67 PASS AF=0.992701;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.939;QD=61.3626;RBI=0.0176344;REFB=-0.0828552;REVB=-0.00148743;RO=1;SAF=73;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646763;STB=0.503355;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00015153;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:135:136:0.992701:62:73:1:0:62:74:1:0 chr17 73626923 . G T 36.37 PASS AF=0.285714;AO=3;DP=17;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0246775;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=228.477;QD=6.92811;RBI=0.0657134;REFB=-0.0160619;REVB=-0.0609038;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.609348;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0404349;OID=.;OPOS=73626923;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:21:4:15:3:6:0.285714:0:3:4:0:1:5:11:4 chr17 73627565 . A G 1952.21 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.238;QD=61.9748;RBI=0.0260543;REFB=0;REVB=0.00405824;RO=0;SAF=53;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01829e-05;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:73:53:0:0:73:53:0:0 chr17 73687495 . G A 249.92 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=-0.0169491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.109;QD=16.6615;RBI=0.0198745;REFB=-0.0180779;REVB=0.010379;RO=31;SAF=21;SAR=7;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1189;STB=0.571382;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0250781;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:31:32:28:28:0.466667:7:21:26:5:7:21:27:5 chr17 73698557 . C T 994.67 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.988;QD=57.6619;RBI=0.0292397;REFB=-0.171154;REVB=0.00778605;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00112048;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:38:30:1:0:38:30:1:0 chr17 73750859 . C G 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.599;QD=48.72;RBI=0.0676527;REFB=0;REVB=-0.020131;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333369;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 73753503 . T C 741.26 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925536;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.324;QD=57.0201;RBI=0.0195711;REFB=0;REVB=-0.0172443;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60967e-06;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr17 73773735 . ACC AC,ACA 1044.93 PASS AF=0.934211,0.0657895;AO=68,6;DP=77;FAO=71,5;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=29,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715437,-0.00887545;FXX=0.0256377;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.9823,7.72893;QD=54.9965;RBI=0.0755623,0.0429696;REFB=0,0;REVB=-0.0243138,-0.042043;RO=0;SAF=40,1;SAR=28,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00747968,-0.0379809;OID=.,.;OPOS=73773736,73773737;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.934211,0.0657895:68,6:77:71,5:76:0:42,1:29,4:0:0:16:0:40,1:28,5:0:0 chr17 73819525 . C T 2080.39 PASS AF=0.941558;AO=145;DP=154;FAO=145;FDP=154;FR=.;FRO=9;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0393453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.619;QD=54.0361;RBI=0.0447979;REFB=-0.123064;REVB=0.0214196;RO=7;SAF=78;SAR=67;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407829;STB=0.520691;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00132047;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:154:154:7:9:145:145:0.941558:67:78:7:0:67:78:8:1 chr17 73824121 . T C 3223.19 PASS AF=0.990566;AO=209;DP=212;FAO=210;FDP=212;FR=.;FRO=2;FSAF=108;FSAR=102;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0391259;FXX=0.00469462;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3605;QD=60.8149;RBI=0.0410251;REFB=0.0765105;REVB=-0.0123379;RO=1;SAF=107;SAR=102;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464752;STB=0.500135;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00209999;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:212:212:1:2:209:210:0.990566:102:107:0:1:102:108:1:1 chr17 73827205 . T C 4544.91 PASS AF=1;AO=285;DP=290;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=150;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490141;FXX=0.0137452;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.261;QD=63.3438;RBI=0.0534564;REFB=0.039284;REVB=0.0213356;RO=1;SAF=150;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316864;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92579e-05;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:290:287:1:0:285:287:1:135:150:1:0:137:150:0:0 chr17 73831016 . G A 724.25 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00141085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.448;QD=59.1221;RBI=0.0169264;REFB=-0.0606167;REVB=0.0168675;RO=2;SAF=37;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321966;STB=0.517146;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00241981;OID=.;OPOS=73831016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:10:37:1:1:10:37:1:1 chr17 73836162 . C G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.685;QD=55.0959;RBI=0.0238919;REFB=0;REVB=0.0166281;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97332e-06;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr17 73839137 . G A 244.12 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.901;QD=48.8233;RBI=0.074272;REFB=0;REVB=-0.0276553;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361412;OID=.;OPOS=73839137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:12:7:1:0:12:8:0:0 chr17 73918077 . C T 359.65 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00484368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.612;QD=13.8329;RBI=0.0058456;REFB=-0.0127268;REVB=-0.00327258;RO=61;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00858575;STB=0.509611;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0140539;OID=.;OPOS=73918077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:21:21:30:31:21:21:30:32 chr17 73942662 . CT AC,C 31.18 PASS AF=0.0454545,0.318182;AO=2,7;DP=22;FAO=1,7;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1,3;FSAR=0,4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0249414,-0.0657393;FXX=0.0832986;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=80.2904,8.71577;QD=5.6699;RBI=0.0390213,0.0665636;REFB=-0.0196737,-0.104646;REVB=-0.0300098,0.0104428;RO=11;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.663928,0.1654;STB=0.992093,0.549158;STBP=0.254,0.83;TYPE=mnp,del;VARB=0.126048,0.061942;OID=.,.;OPOS=73942662,73942663;OREF=CT,T;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:22:22:11:14:2,7:1,7:0.0454545,0.318182:0,4:2,3:3:8:0,4:1,3:5:9 chr17 73949540 . G C 1179.25 PASS AF=1;AO=56;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236362;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1652;QD=60.4743;RBI=0.0300138;REFB=0;REVB=0.0184974;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013853;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:56:78:1:23:33:0:0:24:54:0:0 chr17 73997474 . G A 582.5 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00275082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.273;QD=58.2497;RBI=0.0228274;REFB=-0.12981;REVB=0.0226611;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000672536;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:0:1 chr17 74014628 . G A 1514.42 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0298437;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4719;QD=56.6139;RBI=0.0689989;REFB=-0.104188;REVB=0.062211;RO=2;SAF=58;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209256;STB=0.503098;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00244126;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:107:2:3:104:104:0.971963:46:58:1:1:46:58:2:1 chr17 74014668 . T C 1223.62 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.716;QD=61.1808;RBI=0.011642;REFB=0;REVB=0.00368912;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04325e-05;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:29:48:0:0:31:49:0:0 chr17 74017554 . G T 126.7 PASS AF=0.204082;AO=19;DP=97;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.01811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.79;QD=5.17135;RBI=0.0254412;REFB=0.000271756;REVB=0.0178685;RO=78;SAF=9;SAR=10;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244367;STB=0.63253;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.00104794;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:78:78:19:20:0.204082:10:9:52:26:10:10:52:26 chr17 74017573 . C G 107.79 PASS AF=0.179245;AO=19;DP=106;FAO=19;FDP=106;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.036122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.503;QD=4.06736;RBI=0.0403848;REFB=-0.00579476;REVB=0.0180592;RO=87;SAF=9;SAR=10;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2158;STB=0.637744;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.029446;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:87:87:19:19:0.179245:10:9:56:31:10:9:56:31 chr17 74017594 . A G 98.14 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.046485;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5273;QD=3.66876;RBI=0.0467921;REFB=-0.00219103;REVB=-0.00535185;RO=88;SAF=8;SAR=10;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198157;STB=0.632512;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00771578;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:88:89:18:18:0.168224:10:8:53:35:10:8:54:35 chr17 74076415 . G A 627.07 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8455;QD=61.1776;RBI=0.052967;REFB=0;REVB=0.0441923;RO=0;SAF=37;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178047;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:3:37:0:0:3:38:0:0 chr17 74076642 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.086;QD=53.2746;RBI=0.0542065;REFB=0;REVB=0.0525414;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676687;OID=.;OPOS=74076642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 74275160 . C T 231.97 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.064946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.713;QD=12.7108;RBI=0.0663152;REFB=-0.0013581;REVB=-0.0134063;RO=45;SAF=9;SAR=19;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2791;STB=0.660261;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0018885;OID=.;OPOS=74275160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:19:9:26:19:19:9:26:19 chr17 74381567 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.445;QD=33.4285;RBI=0.0724476;REFB=0;REVB=0.062644;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189013;OID=.;OPOS=74381567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr17 74387284 . C T 667.47 PASS AF=0.478571;AO=67;DP=141;FAO=67;FDP=140;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=24;FWDB=-0.00877929;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.78;QD=19.0707;RBI=0.0118452;REFB=-0.0316291;REVB=0.00795188;RO=73;SAF=43;SAR=24;SRF=49;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304767;STB=0.516849;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0343053;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:73:73:67:67:0.478571:24:43:49:24:24:43:49:24 chr17 74467017 . G C 989.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.711;QD=59.0522;RBI=0.0340027;REFB=0;REVB=0.00673596;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130706;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:28:37:0:0:29:38:0:0 chr17 74475024 . G A 491.66 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00592114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.244;QD=56.1896;RBI=0.0952933;REFB=-0.125417;REVB=0.0951092;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00078798;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:35:0:1:34:34:0.971429:17:17:0:0:17:17:1:0 chr17 74475975 . C A 1455.01 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.263;QD=63.2613;RBI=0.149415;REFB=0;REVB=0.130795;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166555;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:85:92:1:42:43:0:0:48:44:0:0 chr17 74524651 . TT GG 126.75 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133855;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=132.463;QD=42.251;RBI=0.160125;REFB=0;REVB=0.159564;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0104917;OID=.;OPOS=74524651;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:0:11:0:0:1:11:0:0 chr17 74541129 . A G 548.48 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615913;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1186;QD=60.9419;RBI=0.0615913;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=36;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160041;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:0:36:0:0:0:36:0:0 chr17 74652491 . T C 631.8 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.679;QD=61.6394;RBI=0.0440388;REFB=0;REVB=0.0288226;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150322;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr17 74652501 . AT AA,TA 515.94 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,31;DP=33;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863823,0.0873577;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=253.442,275.31;QD=58.965;RBI=0.199042,0.147689;REFB=0,0;REVB=0.17932,0.119083;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0459892,0.0039641;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:35:0:0:2,31:2,33:0.0571429,0.942857:0,15:2,16:0:0:0,17:2,16:0:0 chr17 74732507 . A G 1180.11 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.395;QD=59.7522;RBI=0.020921;REFB=0;REVB=0.00463708;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00639229;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:33:43:0:0:33:46:0:0 chr17 74733099 . G A 6229.4 PASS AF=1;AO=398;DP=406;FAO=401;FDP=401;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322378;FXX=0.012315;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.302;QD=62.1386;RBI=0.0440775;REFB=-0.108062;REVB=0.0300591;RO=2;SAF=199;SAR=199;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431226;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:406:401:2:0:398:401:1:199:199:2:0:199:202:0:0 chr17 74846671 . C A 369.24 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0324361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.463;QD=25.0331;RBI=0.0330462;REFB=-0.01154;REVB=-0.00632087;RO=23;SAF=12;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233976;STB=0.512813;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0111128;OID=.;OPOS=74846671;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:24:12:7:16:24:12:7:16 chr17 74857676 . A G 1495.29 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412275;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.43;QD=63.6294;RBI=0.0436632;REFB=0;REVB=0.0143795;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323851;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:53:41:0:0:53:41:0:0 chr17 74878259 . G A 800.65 PASS AF=0.442708;AO=84;DP=191;FAO=85;FDP=192;FR=.;FRO=107;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=-0.00233358;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.945;QD=16.6801;RBI=0.0202363;REFB=-0.0150824;REVB=0.0201013;RO=102;SAF=53;SAR=31;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142816;STB=0.568151;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0191327;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:102:107:84:85:0.442708:31:53:50:52:32:53:54:53 chr17 74921129 . C T 457.4 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=93;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0413217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.644;QD=19.2589;RBI=0.0484092;REFB=-0.0300169;REVB=-0.0252184;RO=48;SAF=17;SAR=28;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234771;STB=0.524261;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0312194;OID=.;OPOS=74921129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:48:49:45:46:0.484211:28:17:17:31:28:18:17:32 chr17 74936576 . G A 287.29 PASS AF=0.364706;AO=28;DP=87;FAO=31;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0214596;FXX=0.0449388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7491;QD=13.5193;RBI=0.0380992;REFB=-0.00932474;REVB=0.0314807;RO=46;SAF=8;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291101;STB=0.696837;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0449976;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:46:50:28:31:0.364706:20:8:25:21:23:8:28:22 chr17 74942478 . C T 683.31 PASS AF=0.511278;AO=67;DP=133;FAO=68;FDP=133;FR=.;FRO=65;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=-0.00722604;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.603;QD=20.5505;RBI=0.0107405;REFB=-0.0117336;REVB=0.00794621;RO=65;SAF=28;SAR=39;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451297;STB=0.528827;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0139734;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:65:65:67:68:0.511278:39:28:24:41:39:29:24:41 chr17 75158104 . C T 1004.55 PASS AF=0.521505;AO=97;DP=186;FAO=97;FDP=186;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=0.00927611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.518;QD=21.6032;RBI=0.0135661;REFB=-0.0125765;REVB=-0.0098992;RO=77;SAF=61;SAR=36;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601538;STB=0.555749;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0103257;OID=.;OPOS=75158104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:77:89:97:97:0.521505:36:61:43:34:36:61:46:43 chr17 75158213 . T G 396.16 PASS AF=0.320988;AO=52;DP=162;FAO=52;FDP=162;FR=.;FRO=110;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.01619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.259;QD=9.78178;RBI=0.0201628;REFB=-0.0136414;REVB=-0.0120176;RO=110;SAF=24;SAR=28;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558458;STB=0.532307;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.02634;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:110:110:52:52:0.320988:28:24:56:54:28:24:56:54 chr17 75158261 . C G 1452.71 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.142;QD=63.1613;RBI=0.0116795;REFB=0;REVB=0.0112785;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62405e-05;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:42:50:0:0:42:50:0:0 chr17 75190846 . A C 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.769;QD=57.5442;RBI=0.0357648;REFB=0;REVB=0.0160129;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78253e-05;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:14:44:0:0:14:44:0:0 chr17 75208236 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0164202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.099;QD=2.64358;RBI=0.0165511;REFB=0.00242001;REVB=-0.00207753;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47175;STB=0.84856;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0254552;OID=.;OPOS=75208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:5:1:25:18:5:1:25:18 chr17 75209657 . A T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0028994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.186;QD=14.7985;RBI=0.0169089;REFB=-0.0328583;REVB=-0.0166585;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659235;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0401273;OID=.;OPOS=75209657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:5:8:6:5:5:8 chr17 75210054 . C T 374.57 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.00728995;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.364;QD=15.4462;RBI=0.0176413;REFB=-0.0143309;REVB=0.0160646;RO=57;SAF=23;SAR=17;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877147;STB=0.549585;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0205239;OID=.;OPOS=75210054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:57:57:40:40:0.412371:17:23:28:29:17:23:28:29 chr17 75303298 . T C 1224.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.416;QD=61.2268;RBI=0.0348087;REFB=0;REVB=0.030582;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05114e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:31:47:0:0:33:47:0:0 chr17 75401191 . C T 906.11 PASS AF=0.573427;AO=82;DP=145;FAO=82;FDP=143;FR=.;FRO=61;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0127848;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.494;QD=25.3458;RBI=0.0128472;REFB=-0.0292205;REVB=-0.00126476;RO=59;SAF=46;SAR=36;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025267;STB=0.519828;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.019779;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:59:61:82:82:0.573427:36:46:35:24:36:46:37:24 chr17 75425078 . G C 1757.71 PASS AF=1;AO=111;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.027;QD=60.6107;RBI=0.0289848;REFB=0;REVB=0.0280902;RO=0;SAF=62;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20444e-05;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:111:116:1:49:62:0:0:51:65:0:0 chr17 75425206 . A G 223.03 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0276729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6386;QD=12.7445;RBI=0.0582128;REFB=0.00668608;REVB=-0.0512146;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133798;STB=0.555514;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0150482;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:26:27:0.385714:15:11:23:19:15:12:23:20 chr17 75425456 . A G 358.07 PASS AF=0.659574;AO=21;DP=48;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00952866;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.937;QD=30.4742;RBI=0.116925;REFB=-0.0390804;REVB=0.116536;RO=8;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104142;STB=0.583162;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0225649;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:8:16:21:31:0.659574:6:15:7:1:13:18:13:3 chr17 75425863 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0010202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.823;QD=19.9288;RBI=0.0449146;REFB=-0.0082066;REVB=0.044903;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173541;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00390969;OID=.;OPOS=75425863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:5:4:3:9:5:4 chr17 75426630 . T C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.000626232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.435;QD=20.156;RBI=0.0306347;REFB=-0.0150887;REVB=0.0306283;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183405;STB=0.607906;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00447935;OID=.;OPOS=75426630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:12:15:19:6:13:15:19:6 chr17 75426849 . A G 195.86 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.062661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7755;QD=25.2725;RBI=0.084435;REFB=0.0482904;REVB=-0.0565939;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352802;STB=0.697293;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0363267;OID=.;OPOS=75426849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:9:3:14:5:9:3 chr17 75441182 . C T 474.76 PASS AF=0.441667;AO=52;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0079277;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.672;QD=15.8252;RBI=0.00794261;REFB=-0.00965642;REVB=-0.000486429;RO=64;SAF=19;SAR=33;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749458;STB=0.543983;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0130947;OID=.;OPOS=75441182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:67:52:53:0.441667:33:19:28:36:34:19:29:38 chr17 75442081 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00405963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.618;QD=12.1819;RBI=0.0202838;REFB=-0.0163136;REVB=0.0198734;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101015;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0280432;OID=.;OPOS=75442081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:6:9:5:5:6:9 chr17 75442154 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0116898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.954;QD=21.0144;RBI=0.0229135;REFB=-0.0187518;REVB=-0.0197072;RO=13;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782386;STB=0.543988;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0187773;OID=.;OPOS=75442154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:5:11:10:3:5:11:10:3 chr17 75442402 . C A 454.15 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.031305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8534;QD=17.4672;RBI=0.0429122;REFB=-0.0185535;REVB=0.0293505;RO=53;SAF=26;SAR=23;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141343;STB=0.566296;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0199541;OID=.;OPOS=75442402;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:53:55:49:49:0.471154:23:26:36:17:23:26:36:19 chr17 75443039 . T C 435.44 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=0.0172997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.794;QD=13.934;RBI=0.0238756;REFB=-0.00308001;REVB=-0.0164549;RO=74;SAF=25;SAR=25;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858072;STB=0.551979;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00423402;OID=.;OPOS=75443039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:74:75:50:50:0.4:25:25:43:31:25:25:44:31 chr17 75478481 . C T 646.54 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0562474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.148;QD=50.7091;RBI=0.0563099;REFB=-0.0247061;REVB=-0.00265225;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.515044;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.000138561;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:28:20:0:1:28:20:2:1 chr17 75494705 . A G 1540.4 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.651;QD=59.8213;RBI=0.0569909;REFB=0;REVB=0.0553479;RO=0;SAF=40;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011192;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:63:40:0:0:63:40:0:0 chr17 75495065 . T C 820.56 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339094;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.732;QD=57.5833;RBI=0.0388112;REFB=0;REVB=0.0188802;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26611e-05;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr17 75495397 . T C 347.63 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.6;QD=51.5009;RBI=0.0359017;REFB=0.00411684;REVB=0.0077474;RO=1;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226687;STB=0.512186;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000150332;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:20:6:0:1:20:6:0:1 chr17 75558676 . A T 33.27 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.228753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.535;QD=22.177;RBI=0.231618;REFB=-0.0955678;REVB=0.0363189;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0481371;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:2:1:4:5:0.833333:2:2:1:1:2:3:0:1 chr17 75559019 . C T 159.58 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0141716;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.16;QD=11.606;RBI=0.0423787;REFB=-0.0033331;REVB=-0.039939;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167549;STB=0.5897;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00701244;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:35:20:20:0.363636:13:7:17:17:13:7:17:18 chr17 76060866 . C G 1864.5 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=125;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00682323;FXX=0.0238076;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8405;QD=60.634;RBI=0.0117092;REFB=-0.121794;REVB=0.00951577;RO=0;SAF=86;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49011e-08;STB=0.50289;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000187788;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:123:0:1:121:122:0.99187:35:86:0:0:36:86:1:0 chr17 76060954 . A C 1262.94 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5542;QD=61.6069;RBI=0.0404492;REFB=0;REVB=0.0381367;RO=0;SAF=55;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124187;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:27:55:0:0:27:55:0:0 chr17 76063047 . A G 805.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.321;QD=64.4075;RBI=0.0590525;REFB=0;REVB=0.0583311;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177291;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr17 76069193 . CTTTTTA CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA 67.2 PASS AF=0.225,0.2,0;AO=7,5,2;DP=39;FAO=9,8,0;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6,5,0;FSAR=3,3,0;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.102173,-0.0313348,-0.134144;FXX=0.0476077;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.8605,10.2416,12.6182;QD=6.72036;RBI=0.2654,0.038748,0.259001;REFB=-0.032711,-0.0508156,-0.0185965;REVB=-0.244945,-0.0227933,0.221556;RO=21;SAF=1,5,2;SAR=6,0,0;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.6172,0.624478,0.427552;STB=0.523758,0.557384,0.5;STBP=0.901,0.759,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0619207,0.0661964,0;OID=.,.,.;OPOS=76069198,76069194,76069198;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225,0.2,0:7,5,2:39:9,8,0:40:23:6,5,0:3,3,0:16:7:27:21:1,5,2:6,0,0:15:6 chr17 76093866 . T C 988.92 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0195034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3227;QD=54.9397;RBI=0.0294839;REFB=0.0283549;REVB=-0.0221114;RO=3;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125724;STB=0.500666;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00802487;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:45:24:1:2:45:24:1:2 chr17 76105731 . C A,T 1779.97 PASS AF=0.0330579,0.958678;AO=5,115;DP=121;FAO=4,116;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=0,57;FSAR=4,59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00289727,-0.00426638;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=94.0846,166.62;QD=58.8419;RBI=0.0118995,0.0378967;REFB=0.0502209,0.00937336;REVB=0.0115414,0.0376558;RO=1;SAF=0,57;SAR=5,58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.00811748;STB=0.5,0.504201;STBP=1,0.505;TYPE=snp,snp;VARB=0.147947,6.55463e-05;OID=.,.;OPOS=76105731,76105731;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:121:121:1:1:5,115:4,116:0.0330579,0.958678:5,58:0,57:0:1:4,59:0,57:0:1 chr17 76105754 . G A 2294.92 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119802;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.514;QD=61.1978;RBI=0.0275829;REFB=0;REVB=0.0248454;RO=0;SAF=75;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8126e-05;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:150:150:1:75:75:0:0:75:75:0:0 chr17 76113954 . G A 786.96 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.919;QD=55.2256;RBI=0.0401706;REFB=-0.0906252;REVB=0.0339711;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000632531;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:23:33:0:0:23:33:1:0 chr17 76121864 . A G 216.38 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00647103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.274;QD=16.6445;RBI=0.00956845;REFB=-0.0115629;REVB=0.00704848;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10211;STB=0.557645;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0161334;OID=.;OPOS=76121864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:17:11:12:12:17:11 chr17 76130575 . A T 382.73 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00921786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.761;QD=16.4613;RBI=0.00965874;REFB=-0.0206902;REVB=0.00288486;RO=51;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043759;STB=0.525474;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0290611;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:52:40:41:0.44086:19:21:29:22:20:21:29:23 chr17 76131070 . G A 596.58 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00530634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3547;QD=20.3959;RBI=0.00728492;REFB=-0.0230465;REVB=0.00499127;RO=55;SAF=25;SAR=35;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097047;STB=0.552718;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0222904;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:56:60:61:0.521368:35:25:29:26:35:26:30:26 chr17 76134828 . C A 272.6 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0388868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.494;QD=24.2314;RBI=0.0395848;REFB=-0.0431663;REVB=-0.007401;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17398;STB=0.596082;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0231307;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:4:16:15:10:4:16 chr17 76157266 . T C 210.63 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0115969;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162;QD=11.5412;RBI=0.011875;REFB=-0.0187766;REVB=0.00255478;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194924;STB=0.57934;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0251631;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:47:26:26:0.356164:12:14:30:12:12:14:31:16 chr17 76157326 . C G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00439231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.019;QD=10.4742;RBI=0.0133291;REFB=-0.00138747;REVB=-0.0125846;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209677;STB=0.613265;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00232716;OID=.;OPOS=76157326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:11:8:22:14:11:8:22:15 chr17 76178748 . T C 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.085708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.184;QD=21.4481;RBI=0.0897487;REFB=-0.0413703;REVB=0.0266263;RO=35;SAF=17;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131361;STB=0.579009;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0207573;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:36:41:41:0.532468:24:17:20:15:24:17:21:15 chr17 76183043 . A G 110.85 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0173216;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.303;QD=14.3032;RBI=0.0289937;REFB=-0.00980612;REVB=0.0232507;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174255;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00993987;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:19:18:13:13:0.419355:5:8:12:7:5:8:12:6 chr17 76187108 . G C 220.59 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0286128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.271;QD=14.2315;RBI=0.0435688;REFB=-0.0191731;REVB=0.0328565;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116571;STB=0.536054;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0216423;OID=.;OPOS=76187108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:36:25:26:0.419355:9:16:18:16:10:16:20:16 chr17 76188753 . C A 388.29 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00935827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.414;QD=21.2761;RBI=0.0165732;REFB=-0.0125054;REVB=-0.0136782;RO=33;SAF=14;SAR=25;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183938;STB=0.595618;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0122015;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:34:39:39:0.534247:25:14:19:14:25:14:19:15 chr17 76210367 . G C 730.67 PASS AF=0.507042;AO=72;DP=142;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0333078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7019;QD=20.5823;RBI=0.033543;REFB=0.00295674;REVB=0.00396528;RO=70;SAF=43;SAR=29;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106835;STB=0.505881;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00323771;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:70:70:72:72:0.507042:29:43:41:29:29:43:41:29 chr17 76219591 . G A 1208.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1048;QD=61.2082;RBI=0.0369682;REFB=0;REVB=0.0307718;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316122;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr17 76230729 . T C 425.12 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000289233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2828;QD=18.8943;RBI=0.0274078;REFB=-0.0495967;REVB=0.0274063;RO=46;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324734;STB=0.523798;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0714949;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:20:23:23:23:20:23:23:24 chr17 76267843 . G A 96.51 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0334704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6881;QD=12.4532;RBI=0.0431818;REFB=0.0049699;REVB=-0.0272836;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.599845;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0101487;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:14:5:5:7:14:5 chr17 76268010 . C T 87.4 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0414442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6212;QD=13.4468;RBI=0.0416505;REFB=-0.0102607;REVB=0.00414046;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.01468;OID=.;OPOS=76268010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr17 76354380 . T G 657.04 PASS AF=0.383085;AO=77;DP=198;FAO=77;FDP=201;FR=.;FRO=124;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=43;FWDB=-0.00381438;FXX=0.00495025;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.594;QD=13.0753;RBI=0.0084592;REFB=-0.0139627;REVB=0.0075504;RO=121;SAF=38;SAR=39;SRF=81;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191128;STB=0.598274;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0204974;OID=.;OPOS=76354380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:201:121:124:77:77:0.383085:39:38:81:40:39:38:81:43 chr17 76354382 . T C 32.82 PASS AF=0.0751174;AO=16;DP=212;FAO=16;FDP=213;FR=.;FRO=197;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=112;FSRR=85;FWDB=-0.0835071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0043;QD=0.616334;RBI=0.150006;REFB=-0.0143108;REVB=-0.124613;RO=174;SAF=12;SAR=4;SRF=92;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263455;STB=0.682623;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.178421;OID=.;OPOS=76354382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:212:213:174:197:16:16:0.0751174:4:12:92:82:4:12:112:85 chr17 76367052 . A G 453.96 PASS AF=0.447368;AO=50;DP=112;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0151454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8587;QD=15.9283;RBI=0.0668656;REFB=-0.0407096;REVB=-0.0651278;RO=61;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118504;STB=0.558893;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0500525;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:61:63:50:51:0.447368:24:26:39:22:24:27:40:23 chr17 76395430 . C T 299.55 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=47;FSRR=18;FWDB=-0.0078815;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4526;QD=11.747;RBI=0.0809626;REFB=-0.014807;REVB=-0.080578;RO=64;SAF=17;SAR=20;SRF=47;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301063;STB=0.664508;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0333931;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:64:65:37:37:0.362745:20:17:47:17:20:17:47:18 chr17 76420085 . T C 460.48 PASS AF=0.317204;AO=59;DP=186;FAO=59;FDP=186;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=60;FSRR=67;FWDB=-0.0304023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.095;QD=9.90288;RBI=0.0318378;REFB=-0.00926645;REVB=-0.00945217;RO=126;SAF=28;SAR=31;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747035;STB=0.501462;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0200359;OID=.;OPOS=76420085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:126:127:59:59:0.317204:31:28:59:67:31:28:60:67 chr17 76423097 . G A 1877.76 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.742;QD=61.5659;RBI=0.019481;REFB=0;REVB=0.0177462;RO=0;SAF=74;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91599e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17288e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:48:74:0:0:48:74:0:0 chr17 76433898 . T C 1120.03 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448338;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.17;QD=60.5422;RBI=0.0555296;REFB=0;REVB=0.0327638;RO=0;SAF=45;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260862;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:29:45:0:0:29:45:0:0 chr17 76435291 . GTTTTTT GTTT,GTTTT,GTTTTTC,GTTTTT 330.72 PASS AF=0.175,0.325,0.05,0.45;AO=6,5,2,14;DP=41;FAO=7,13,2,18;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7,7,2,3;FSAR=0,6,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196608,-0.0290024,-0.0735354,-0.0537058;FXX=0.0476077;HRUN=7,7,7,7;LEN=3,2,1,1;MLLD=15.8333,14.039,170.902,8.00875;QD=33.0717;RBI=0.0917562,0.140102,0.0738956,0.272046;REFB=-0.0661713,-0.0836633,-0.00134668,-0.0898933;REVB=0.0896251,0.137068,-0.00728787,0.266693;RO=4;SAF=6,2,2,0;SAR=0,3,0,14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.764666,-0.0744193,0.623114,-0.833859;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,del;VARB=0.0541341,-0.00673455,0.0996538,0.0482379;OID=.,.,.,.;OPOS=76435292,76435292,76435297,76435292;OREF=TTT,TT,T,T;OALT=-,-,C,-;OMAPALT=GTTT,GTTTT,GTTTTTC,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.175,0.325,0.05,0.45:6,5,2,14:41:7,13,2,18:40:0:7,7,2,3:0,6,0,15:0:0:42:4:6,2,2,0:0,3,0,14:2:2 chr17 76449505 . G C 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.287;QD=60.1635;RBI=0.0129715;REFB=0;REVB=-0.00793591;RO=0;SAF=55;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41084e-06;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:53:55:0:0:53:55:0:0 chr17 76451921 . A G 1260.62 PASS AF=0.965517;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0285419;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.654;QD=57.9595;RBI=0.0286834;REFB=-0.0632726;REVB=-0.00284544;RO=3;SAF=41;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333971;STB=0.517643;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.000702192;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:87:3:3:83:84:0.965517:42:41:3:0:43:41:3:0 chr17 76462770 . G A 2094.82 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040922;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.849;QD=63.002;RBI=0.0477276;REFB=0;REVB=0.0245623;RO=0;SAF=67;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138804;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:133:133:1:66:67:0:0:66:67:0:0 chr17 76491127 . TG CC 1695.29 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871013;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.901;QD=60.5459;RBI=0.0110516;REFB=0;REVB=-0.00680233;RO=0;SAF=61;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.05975e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:51:61:0:0:51:61:0:0 chr17 76496492 . A G 3113.37 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.728;QD=60.7486;RBI=0.0540793;REFB=0;REVB=0.0454711;RO=0;SAF=59;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05128e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:182:205:0:0:182:205:1:123:59:0:0:142:63:0:0 chr17 76497920 . C A 1033.14 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8111;QD=58.2048;RBI=0.067596;REFB=-0.0774036;REVB=0.0446818;RO=2;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466707;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:2:0:69:71:1:23:46:0:2:25:46:0:0 chr17 76498692 . C T 1179.76 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.425;QD=60.5004;RBI=0.0611298;REFB=0;REVB=-0.00290653;RO=1;SAF=25;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4637e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:1:0:74:78:1:49:25:1:0:49:29:0:0 chr17 76502847 . C T 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0168925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.087;QD=16.6182;RBI=0.0177707;REFB=-0.0344026;REVB=-0.00551719;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063522;STB=0.536051;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0483447;OID=.;OPOS=76502847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:14:14:10:13:14:14 chr17 76503593 . T C 612.53 PASS AF=0.443709;AO=67;DP=153;FAO=67;FDP=151;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0265697;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5502;QD=16.2259;RBI=0.0296012;REFB=0.00128467;REVB=0.0130493;RO=81;SAF=30;SAR=37;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897072;STB=0.515931;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.00169941;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:81:84:67:67:0.443709:37:30:37:44:37:30:40:44 chr17 76503624 . C T 788.45 PASS AF=0.527778;AO=70;DP=138;FAO=76;FDP=144;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=0.0244581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.229;QD=21.9014;RBI=0.0260113;REFB=-0.0286811;REVB=0.00885355;RO=68;SAF=30;SAR=40;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645586;STB=0.518697;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0262943;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:144:68:68:70:76:0.527778:40:30:34:34:41:35:34:34 chr17 76525565 . A G 280.32 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00819437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7436;QD=14.3751;RBI=0.0365108;REFB=-0.00433081;REVB=-0.0355794;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199185;STB=0.602503;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00561119;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:46:31:32:0.410256:16:15:31:15:16:16:31:15 chr17 76528591 . C T 115.28 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=3.77257e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.534;QD=10.7237;RBI=0.0679716;REFB=-0.00287365;REVB=-0.0679716;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333512;STB=0.519971;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00576258;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:20:9:4:10:20:9 chr17 76528790 . A G 416.18 PASS AF=0.40678;AO=48;DP=118;FAO=48;FDP=118;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0102998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.507;QD=14.1079;RBI=0.0179284;REFB=-0.00261505;REVB=-0.0146744;RO=70;SAF=20;SAR=28;SRF=44;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22017;STB=0.623905;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00266632;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:70:70:48:48:0.40678:28:20:44:26:28:20:44:26 chr17 76535948 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0149633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.564;QD=12.4666;RBI=0.0775229;REFB=-0.00339783;REVB=0.0760651;RO=33;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391834;STB=0.727921;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0034479;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:5:15:13:20:5:15:13:20 chr17 76557862 . T C 1754.48 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204311;FXX=0.00847386;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.961;QD=59.9823;RBI=0.00480268;REFB=-0.109025;REVB=0.00434642;RO=1;SAF=70;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673663;STB=0.503545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-3.65129e-05;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:117:1:1:116:116:0.991453:46:70:1:0:46:70:1:0 chr17 76567707 . T C 489.54 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212946;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5359;QD=59.3377;RBI=0.0229391;REFB=0;REVB=-0.00852888;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225752;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr17 76672002 . T C 135.67 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0152413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.189;QD=17.5057;RBI=0.021772;REFB=-0.00471469;REVB=-0.0155475;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207948;STB=0.620512;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00796621;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:12:3:6:10:12:3:6:10 chr17 76798548 . TTTTTTC T 94.73 PASS AF=0.355556;AO=13;DP=47;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00478507;FXX=0.262252;HRUN=7;LEN=6;MLLD=172.525;QD=8.42038;RBI=0.01702;REFB=-0.00547028;REVB=0.0163335;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161289;STB=0.548225;STBP=0.637;TYPE=del;VARB=0.00931818;OID=.;OPOS=76798549;OREF=TTTTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355556:13:47:16:45:29:5:11:11:18:94:7:4:9:2:5 chr17 76799795 . G A 785.02 PASS AF=0.426396;AO=84;DP=197;FAO=84;FDP=197;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=78;FSRR=35;FWDB=-0.0141477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.352;QD=15.9394;RBI=0.0343823;REFB=-0.026734;REVB=0.0313366;RO=111;SAF=40;SAR=44;SRF=76;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211902;STB=0.62162;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0485977;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:111:113:84:84:0.426396:44:40:76:35:44:40:78:35 chr17 76799860 . T C 598.9 PASS AF=0.44382;AO=48;DP=158;FAO=79;FDP=178;FR=.;FRO=99;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.00132563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.042;QD=13.4584;RBI=0.00864776;REFB=-0.015839;REVB=0.00854555;RO=78;SAF=17;SAR=31;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269562;STB=0.565773;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0318761;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:178:78:99:48:79:0.44382:31:17:47:31:46:33:53:46 chr17 76799861 . G C 56.71 PASS AF=0.104046;AO=11;DP=149;FAO=18;FDP=173;FR=.;FRO=155;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0441141;FXX=0.0280883;HRUN=7;LEN=1;MLLD=90.1163;QD=1.31129;RBI=0.0652661;REFB=-0.00558573;REVB=-0.0481001;RO=138;SAF=4;SAR=7;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134727;STB=0.581009;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.101557;OID=.;OPOS=76799861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:149:173:138:155:11:18:0.104046:7:4:67:71:8:10:72:83 chr17 76799898 . A G 550.71 PASS AF=0.402685;AO=60;DP=149;FAO=60;FDP=149;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00342195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.591;QD=14.7841;RBI=0.0126594;REFB=-0.0150348;REVB=-0.0121882;RO=89;SAF=20;SAR=40;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213129;STB=0.620329;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0226034;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:89:89:60:60:0.402685:40:20:47:42:40:20:47:42 chr17 76817090 . C T 124.77 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00339949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.136;QD=17.8237;RBI=0.109059;REFB=-0.00509532;REVB=-0.109007;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31094;STB=0.683877;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00452759;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:1:13:11:3:1:13:11:3 chr17 76867017 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0379668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.269;QD=16.5039;RBI=0.0571218;REFB=-0.0226953;REVB=0.0426781;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318523;STB=0.678065;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0309585;OID=.;OPOS=76867017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:7:23:11:15:7:23 chr17 76970879 . A G 579.6 PASS AF=0.415094;AO=66;DP=159;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=52;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.0113628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.842;QD=14.5812;RBI=0.0151393;REFB=-0.00889372;REVB=0.0100041;RO=90;SAF=52;SAR=14;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265065;STB=0.64995;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.010313;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:93:66:66:0.415094:14:52:52:38:14:52:54:39 chr17 76993546 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0139525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.105;QD=16.4801;RBI=0.0192495;REFB=-0.0231668;REVB=-0.0132617;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199577;STB=0.615255;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0274636;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:5:14:14:11:5:14:14:11 chr17 77039835 . G A 430.81 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=98;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0170582;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4039;QD=17.9502;RBI=0.0889978;REFB=-0.0117333;REVB=0.0873477;RO=52;SAF=20;SAR=23;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351757;STB=0.503815;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0168477;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:52:52:43:44:0.458333:23:20:24:28:24:20:24:28 chr17 77039852 . G A 440.95 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=120;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.000189346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.93;QD=14.6984;RBI=0.0143252;REFB=-0.0311328;REVB=0.0143239;RO=70;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386501;STB=0.52173;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.043238;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:70:70:50:50:0.416667:24:26:39:31:24:26:39:31 chr17 77680988 . AGG A,AG,GAG 595.67 PASS AF=0.288732,0.34507,0;AO=37,37,8;DP=154;FAO=41,49,0;FDP=142;FR=.;FRO=52;FSAF=41,38,0;FSAR=0,11,0;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0269378,-0.0527008,-0.075175;FXX=0.0838656;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=20.3667,10.5024,10.6476;QD=16.7795;RBI=0.0271697,0.0530521,0.0994172;REFB=-0.071349,-0.139326,-0.0642372;REVB=0.0035423,0.0060954,-0.0650577;RO=47;SAF=37,31,3;SAR=0,6,5;SRF=18;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.859279,0.504483,-0.01025;STB=0.999669,0.702346,0.5;STBP=0,0,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0657639,0.0262527,0.0841127;OID=.,.,.;OPOS=77680989,77680989,77680988;OREF=GG,G,AG;OALT=-,-,GA;OMAPALT=A,AG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:154:142:47:52:37,37,8:41,49,0:0.288732,0.34507,0:0,6,5:37,31,3:18:29:0,11,0:41,38,0:22:30 chr17 77704912 . T C 544.06 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00176023;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.755;QD=23.6547;RBI=0.00451897;REFB=-0.0149038;REVB=-0.00416205;RO=40;SAF=20;SAR=30;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182146;STB=0.597392;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0203481;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:40:41:50:51:0.554348:30:20:25:15:31:20:25:16 chr17 77705045 . T C 384.67 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0607748;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.175;QD=13.7383;RBI=0.0613789;REFB=-0.00933476;REVB=-0.00859054;RO=66;SAF=28;SAR=17;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131571;STB=0.570465;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0171527;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:67:45:45:0.401786:17:28:33:33:17:28:34:33 chr17 77758691 . G A 2810.53 PASS AF=1;AO=178;DP=181;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430913;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3496;QD=62.4563;RBI=0.00554321;REFB=0;REVB=-0.00348693;RO=0;SAF=69;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6202e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567376;OID=.;OPOS=77758691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:180:0:0:178:180:1:109:69:0:0:109:71:0:0 chr17 77768654 . C A 572.73 PASS AF=0.43125;AO=40;DP=169;FAO=69;FDP=160;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=65;FSRR=26;FWDB=-0.000596983;FXX=0.0588201;HRUN=8;LEN=1;MLLD=307.731;QD=14.3182;RBI=0.0272332;REFB=-0.0120394;REVB=-0.0272266;RO=50;SAF=30;SAR=10;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406005;STB=0.522028;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0167272;OID=.;OPOS=77768654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:160:50:91:40:69:0.43125:10:30:39:11:22:47:65:26 chr17 77769143 . C T 159.55 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000250006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.549;QD=17.7273;RBI=0.00630774;REFB=-0.0266288;REVB=-0.00630278;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765705;STB=0.556937;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0418664;OID=.;OPOS=77769143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:8:10:8:9:8:11 chr17 77772068 . G A 363.08 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.019665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.856;QD=15.6166;RBI=0.0198649;REFB=-0.016889;REVB=0.00281092;RO=54;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205924;STB=0.511622;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0206622;OID=.;OPOS=77772068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:21:18:26:28:21:18:26:28 chr17 77926491 . G A 523.38 PASS AF=0.491071;AO=55;DP=112;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0143888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.22;QD=18.6922;RBI=0.0166516;REFB=-0.0213537;REVB=-0.00838068;RO=55;SAF=34;SAR=21;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514957;STB=0.520932;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0282512;OID=.;OPOS=77926491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:55:57:55:55:0.491071:21:34:31:24:21:34:33:24 chr17 78013724 . G C 801.49 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.955;QD=53.4327;RBI=0.0395502;REFB=-0.160515;REVB=0.0380153;RO=2;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587833;STB=0.526307;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00980568;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:55:58:0.966667:15:40:0:2:18:40:0:2 chr17 78055758 . T G 227.81 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0451703;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.812;QD=20.7101;RBI=0.0462865;REFB=-0.00312346;REVB=-0.0101039;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538268;STB=0.803971;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00221289;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:18:4:17:5:18:4:17:5 chr17 78063957 . A G 303.52 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0359568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.792;QD=14.1173;RBI=0.0365905;REFB=-0.0370066;REVB=0.00678012;RO=49;SAF=27;SAR=7;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142838;STB=0.566393;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0721916;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:49:51:34:35:0.406977:7:27:34:15:8:27:35:16 chr17 78063964 . A G 288.39 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00175151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.955;QD=13.7328;RBI=0.00531119;REFB=-0.0228195;REVB=0.00501408;RO=51;SAF=25;SAR=8;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09688;STB=0.55552;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0337162;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:8:25:35:16:8:25:35:16 chr17 78063966 . A G 283.15 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=-0.0380315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.935;QD=13.8122;RBI=0.0700785;REFB=-0.0498668;REVB=-0.0588609;RO=49;SAF=25;SAR=8;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595223;STB=0.533959;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0689892;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:8:25:35:14:8:25:35:14 chr17 78063996 . A G 93.07 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0792857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5596;QD=7.59744;RBI=0.0795741;REFB=-0.0553846;REVB=-0.0067689;RO=36;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26545;STB=0.662335;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0811918;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:49:49:36:36:13:13:0.265306:8:5:22:14:8:5:22:14 chr17 78064015 . G C 314.19 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.127432;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1442;QD=50.2706;RBI=0.127572;REFB=-0.102644;REVB=-0.00597312;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00776965;OID=.;OPOS=78064015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:23:24:0.96:16:7:0:0:16:8:0:1 chr17 78071052 . T C 957.83 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010183;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.133;QD=58.9433;RBI=0.0112069;REFB=0;REVB=-0.00467987;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251929;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr17 78073355 . A G 538.43 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.026419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4528;QD=20.5118;RBI=0.0682431;REFB=-0.0206648;REVB=-0.0629219;RO=50;SAF=32;SAR=22;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646391;STB=0.539048;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0178062;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:50:50:54:55:0.52381:22:32:26:24:22:33:26:24 chr17 78073562 . A G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0213825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.678;QD=12.8967;RBI=0.0255629;REFB=-0.00179955;REVB=-0.014009;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158385;STB=0.576178;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00571115;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:5:12:16:12:5:12:18:12 chr17 78078633 . A AC,C 76.15 PASS AF=0.160377,0.00943396;AO=15,4;DP=103;FAO=17,1;FDP=106;FR=.;FRO=88;FSAF=3,0;FSAR=14,1;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.034989,-0.0270006;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.5875,45.9299;QD=2.87353;RBI=0.136573,0.139536;REFB=-0.0231653,-0.00557823;REVB=-0.132015,-0.136899;RO=84;SAF=1,1;SAR=14,3;SRF=39;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.574384,-0.190537;STB=0.741405,0.988572;STBP=0.038,0.491;TYPE=ins,snp;VARB=0.0492613,0.306886;OID=.,.;OPOS=78078634,78078633;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:103:106:84:88:15,4:17,1:0.160377,0.00943396:14,3:1,1:39:45:14,1:3,0:37:51 chr17 78078709 . T C 2701.71 PASS AF=0.988701;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.27;QD=61.0557;RBI=0.0291087;REFB=-0.0954571;REVB=0.0211568;RO=2;SAF=97;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118144;STB=0.500621;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=2.3375e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:177:2:2:175:175:0.988701:78:97:1:1:78:97:1:1 chr17 78079597 . A G 1205.89 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107504;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6005;QD=59.5501;RBI=0.0153301;REFB=-0.131926;REVB=0.0109289;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00174322;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:32:47:1:0:33:47:1:0 chr17 78079669 . G A 793.2 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.269;QD=55.6629;RBI=0.0985978;REFB=-0.0512427;REVB=0.0912151;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101135;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:33:24:0:0 chr17 78082504 . G A 2277.48 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00965371;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.31;QD=63.7056;RBI=0.0134725;REFB=0;REVB=0.00939753;RO=0;SAF=77;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1165e-05;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:143:0:0:144:143:1:67:77:0:0:66:77:0:0 chr17 78084769 . G A 505.49 PASS AF=0.486239;AO=51;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0228913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.864;QD=18.5499;RBI=0.0553884;REFB=-0.0626734;REVB=-0.0504367;RO=37;SAF=39;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272226;STB=0.620894;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0467872;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:37:55:51:53:0.486239:12:39:17:20:12:41:32:23 chr17 78085871 . G A 1284.86 PASS AF=0.554545;AO=121;DP=221;FAO=122;FDP=220;FR=.;FRO=98;FSAF=64;FSAR=58;FSRF=68;FSRR=30;FWDB=-0.0163697;FXX=0.00452468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.336;QD=23.3611;RBI=0.0175757;REFB=-0.0024833;REVB=-0.00639837;RO=98;SAF=63;SAR=58;SRF=68;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143875;STB=0.576147;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00158577;OID=.;OPOS=78085871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:220:98:98:121:122:0.554545:58:63:68:30:58:64:68:30 chr17 78087041 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0155483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.828;QD=16.8842;RBI=0.0188422;REFB=-0.0503266;REVB=0.0106434;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981302;STB=0.528263;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0487421;OID=.;OPOS=78087041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:17:15:15:0.46875:12:3:2:13:12:3:4:13 chr17 78087109 . A G 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.000450563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.341;QD=19.0226;RBI=0.0265425;REFB=-0.0312933;REVB=0.0265386;RO=33;SAF=15;SAR=20;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114337;STB=0.574427;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0213067;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:35:35:35:0.5:20:15:10:23:20:15:10:25 chr17 78091405 . G A 2333.79 PASS AF=0.993548;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00893805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.829;QD=60.2269;RBI=0.0188708;REFB=0.00972265;REVB=0.0166199;RO=1;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583668;STB=0.502994;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-4.86282e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:155:155:1:1:152:154:0.993548:81:71:0:1:83:71:0:1 chr17 78092063 . G A 190.32 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0216074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.148;QD=21.7506;RBI=0.0217243;REFB=-0.0298461;REVB=-0.0022506;RO=16;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114485;STB=0.564781;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0185689;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:4:15:11:5:4:15:11:5 chr17 78113832 . G A 197.4 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0364217;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.798;QD=17.9454;RBI=0.0395737;REFB=-0.0373034;REVB=0.015477;RO=24;SAF=16;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147314;STB=0.557315;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0443364;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:19:20:0.454545:3:16:18:6:3:17:19:5 chr17 78157995 . G A 395.94 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00452563;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.242;QD=22.6253;RBI=0.00923457;REFB=-0.0105549;REVB=0.0080496;RO=30;SAF=12;SAR=25;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330194;STB=0.679154;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.008806;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:31:37:39:0.557143:25:12:22:8:26:13:23:8 chr17 78162170 . G A 437.53 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00497423;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.446;QD=18.0426;RBI=0.00843018;REFB=-0.0320605;REVB=0.00680625;RO=51;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712979;STB=0.539694;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0297861;OID=.;OPOS=78162170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:51:51:46:46:0.474227:20:26:25:26:20:26:25:26 chr17 78166385 . C T 1406.79 PASS AF=0.480263;AO=145;DP=302;FAO=146;FDP=304;FR=.;FRO=158;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=0.0998601;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.58;QD=18.5104;RBI=0.100022;REFB=-0.00522978;REVB=0.00569153;RO=153;SAF=67;SAR=78;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141293;STB=0.514547;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00601482;OID=.;OPOS=78166385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:153:158:145:146:0.480263:78:67:73:80:78:68:78:80 chr17 78171944 . G C 736.07 PASS AF=1;AO=38;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1226;QD=53.5321;RBI=0.147467;REFB=0;REVB=0.122786;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00933208;OID=.;OPOS=78171944;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:38:55:1:25:13:0:0:38:17:0:0 chr17 78178893 . C T 815.77 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702151;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1024;QD=57.2467;RBI=0.0775305;REFB=0;REVB=0.0328759;RO=0;SAF=9;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95838e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101353;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:48:9:0:0:48:9:0:0 chr17 78219065 . C A 872.46 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.16;QD=56.288;RBI=0.029647;REFB=-0.151076;REVB=0.0264663;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000561978;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:32:29:1:0:32:29:1:0 chr17 78226506 . C G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0266054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2698;QD=11.6341;RBI=0.0268632;REFB=0.029115;REVB=0.00371273;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430131;STB=0.773622;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0227566;OID=.;OPOS=78226506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:2:8:6:9:2:8:6:10 chr17 78293189 . A T 1423.5 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237856;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.439;QD=61.8915;RBI=0.0267271;REFB=-0.122911;REVB=0.0121893;RO=1;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000206091;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:91:91:0.98913:42:49:0:1:42:49:0:1 chr17 78298938 . A G 1375.46 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000523396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3473;QD=62.521;RBI=0.0368251;REFB=0;REVB=-0.0368214;RO=0;SAF=11;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124101;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:77:11:0:0:77:11:0:0 chr17 78341776 . G A 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0377347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.366;QD=16.5773;RBI=0.04525;REFB=-0.028081;REVB=0.024973;RO=38;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106421;STB=0.559962;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0300372;OID=.;OPOS=78341776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:11:21:21:17:11:21:21:17 chr17 78346431 . G A 617.82 PASS AF=0.488372;AO=62;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.0177741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.278;QD=19.1572;RBI=0.0222443;REFB=-0.0166859;REVB=0.013375;RO=66;SAF=30;SAR=32;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155834;STB=0.581364;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0174639;OID=.;OPOS=78346431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:66:62:63:0.488372:32:30:43:23:32:31:43:23 chr17 78349610 . GT G,TT 89.91 PASS AF=0.316456,0.0506329;AO=32,4;DP=80;FAO=25,4;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=2,4;FSAR=23,0;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.163229,-0.00545767;FXX=0.0124984;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=11.4041,293.12;QD=4.55216;RBI=0.172074,0.00614669;REFB=-0.192673,0.0121328;REVB=-0.0544604,-0.00282767;RO=40;SAF=1,4;SAR=31,0;SRF=26;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.776729,0.512191;STB=0.878433,0.997143;STBP=0,0.04;TYPE=del,snp;VARB=0.180057,0.0171176;OID=.,.;OPOS=78349611,78349610;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=G,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:79:40:50:32,4:25,4:0.316456,0.0506329:31,0:1,4:26:14:23,0:2,4:27:23 chr17 78444658 . T G 786.84 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032349;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1946;QD=64.2316;RBI=0.0531008;REFB=0;REVB=0.0421099;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257219;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr17 78444679 . T C 260.48 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00886731;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.084;QD=16.2799;RBI=0.0164871;REFB=-0.0346418;REVB=0.0138995;RO=33;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1391;STB=0.580917;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0320236;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:35:29:29:0.453125:10:19:17:16:10:19:18:17 chr17 78445702 . A G 1896.39 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000670362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.484;QD=61.6711;RBI=0.0134269;REFB=0;REVB=-0.0134101;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71606e-06;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:63:60:0:0:63:60:0:0 chr17 78854223 . A G 266.7 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0276676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1508;QD=15.9226;RBI=0.0640446;REFB=-0.00378771;REVB=-0.05776;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722499;STB=0.540728;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00211551;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:16:14:20:17:16:14:20:17 chr17 78896529 . C T 349.43 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=0.0604394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.484;QD=11.7455;RBI=0.0604892;REFB=-0.0116107;REVB=-0.00245339;RO=72;SAF=26;SAR=17;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116663;STB=0.567879;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0256739;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:72:76:43:43:0.361345:17:26:36:36:17:26:38:38 chr17 78919558 . C T 855.43 PASS AF=0.460733;AO=88;DP=191;FAO=88;FDP=191;FR=.;FRO=103;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=56;FWDB=-0.0105921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.177;QD=17.9147;RBI=0.0207317;REFB=-0.00604741;REVB=0.0178216;RO=102;SAF=42;SAR=46;SRF=47;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160336;STB=0.511337;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00701998;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:102:103:88:88:0.460733:46:42:47:55:46:42:47:56 chr17 78921117 . C T 259.06 PASS AF=0.301724;AO=35;DP=115;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.0122344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8278;QD=8.93322;RBI=0.0321879;REFB=-0.0081214;REVB=-0.0297722;RO=78;SAF=18;SAR=17;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621895;STB=0.548645;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.018979;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:78:81:35:35:0.301724:17:18:36:42:17:18:36:45 chr17 78935197 . C T 621.21 PASS AF=0.440252;AO=69;DP=159;FAO=70;FDP=159;FR=.;FRO=89;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=0.0460926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.354;QD=15.6279;RBI=0.0528038;REFB=-0.0151997;REVB=-0.0257627;RO=87;SAF=34;SAR=35;SRF=52;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104994;STB=0.559732;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0194384;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:87:89:69:70:0.440252:35:34:52:35:35:35:54:35 chr17 78936728 . TG TC,T 3757.22 PASS AF=0.0274914,0.972509;AO=43,40;DP=293;FAO=8,283;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=1,168;FSAR=7,115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257813,0.785499;FXX=0.0102037;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.3625,17.5819;QD=51.6456;RBI=0.257849,0.875579;REFB=-0.0343557,-0.000860823;REVB=0.00434459,0.38682;RO=189;SAF=0,6;SAR=43,34;SRF=158;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0.272444;SSSB=-0.855715,-0.73965;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0540206,0.00744775;OID=.,.;OPOS=78936729,78936729;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0274914,0.972509:43,40:293:8,283:291:0:1,168:7,115:0:0:8:189:0,6:43,34:158:31 chr17 78978654 . A G 190.12 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0209644;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.055;QD=11.0212;RBI=0.0210959;REFB=-0.0211897;REVB=-0.00235143;RO=44;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298309;STB=0.52379;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0250888;OID=.;OPOS=78978654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:45:24:24:0.347826:13:11:19:25:13:11:19:26 chr17 79006850 . T C 751.25 PASS AF=0.490566;AO=78;DP=159;FAO=78;FDP=159;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00983688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.032;QD=18.8994;RBI=0.0130373;REFB=-0.0130945;REVB=0.00855614;RO=80;SAF=48;SAR=30;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740478;STB=0.544533;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0157673;OID=.;OPOS=79006850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:80:81:78:78:0.490566:30:48:43:37:30:48:43:38 chr17 79059230 . C T 1577.95 PASS AF=0.518771;AO=152;DP=293;FAO=152;FDP=293;FR=.;FRO=141;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=73;FSRR=68;FWDB=-0.0272019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.362;QD=21.542;RBI=0.0368671;REFB=-0.0293581;REVB=-0.0248846;RO=139;SAF=76;SAR=76;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00943716;STB=0.508531;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.028123;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:139:141:152:152:0.518771:76:76:71:68:76:76:73:68 chr17 79082862 . G A 277.44 PASS AF=0.483871;AO=23;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0276458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.163;QD=17.8993;RBI=0.0276823;REFB=-0.0318608;REVB=0.00141949;RO=23;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128525;STB=0.534684;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0324808;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:32:23:30:0.483871:16:7:10:13:17:13:16:16 chr17 79086413 . C G 320.71 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0251424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.902;QD=21.3805;RBI=0.0291665;REFB=-0.0228512;REVB=-0.0147833;RO=26;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103893;STB=0.548358;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0249397;OID=.;OPOS=79086413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:16:17:10:16:16:17:11:16 chr17 79091103 . G T 426.67 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.759;QD=56.8894;RBI=0.0321553;REFB=0;REVB=0.0112312;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55017e-05;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:14:11:0:0:15:15:0:0 chr17 79093822 . A G 239.5 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0262226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6316;QD=18.0754;RBI=0.0348254;REFB=0.0165357;REVB=-0.022917;RO=27;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280114;STB=0.658139;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0235744;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:7:19:12:15:7:19:12:15 chr17 79095144 . G A 1375.71 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0463288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.82;QD=59.1704;RBI=0.0679062;REFB=-0.0840845;REVB=0.0496476;RO=3;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041152;STB=0.521734;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00852615;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:33:57:0:3:33:57:0:3 chr17 79095629 . C A 346.83 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0519543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.035;QD=22.3758;RBI=0.0548957;REFB=-0.0309377;REVB=0.0177282;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842518;STB=0.546432;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0162061;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:18:17:16:11:18:17:16:11 chr17 79155044 . C T 1200.05 PASS AF=0.491736;AO=118;DP=241;FAO=119;FDP=242;FR=.;FRO=123;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=79;FSRR=44;FWDB=0.0537064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6514;QD=19.8356;RBI=0.0573549;REFB=-0.0164878;REVB=-0.0201297;RO=121;SAF=56;SAR=62;SRF=78;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156004;STB=0.582548;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0208599;OID=.;OPOS=79155044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:121:123:118:119:0.491736:62:56:78:43:62:57:79:44 chr17 79163649 . G A 1139.06 PASS AF=0.449814;AO=119;DP=270;FAO=121;FDP=269;FR=.;FRO=148;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=90;FSRR=58;FWDB=0.014188;FXX=0.0146515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.892;QD=16.9376;RBI=0.0339789;REFB=-0.0282561;REVB=0.030875;RO=144;SAF=60;SAR=59;SRF=88;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105985;STB=0.552821;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0303538;OID=.;OPOS=79163649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:144:148:119:121:0.449814:59:60:88:56:59:62:90:58 chr17 79166201 . C T 805.11 PASS AF=0.558824;AO=74;DP=137;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0443809;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2047;QD=23.6796;RBI=0.0501781;REFB=-0.0128709;REVB=0.0234131;RO=60;SAF=37;SAR=37;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273047;STB=0.508909;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.011503;OID=.;OPOS=79166201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:60:60:74:76:0.558824:37:37:28:32:39:37:28:32 chr17 79166384 . C T 247.35 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0228481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.863;QD=13.7414;RBI=0.0256442;REFB=-0.0210085;REVB=-0.0116443;RO=43;SAF=6;SAR=23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318967;STB=0.68407;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0359032;OID=.;OPOS=79166384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:23:6:20:23:23:6:20:23 chr17 79169641 . G A 676.3 PASS AF=0.641304;AO=58;DP=92;FAO=59;FDP=92;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0351083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=29.4044;RBI=0.0358621;REFB=-0.0415661;REVB=0.0073141;RO=33;SAF=32;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246328;STB=0.509815;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0237759;OID=.;OPOS=79169641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:33:33:58:59:0.641304:26:32:17:16:27:32:17:16 chr17 79170578 . C T 435.07 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00417412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.717;QD=16.4178;RBI=0.0190512;REFB=-0.0271058;REVB=-0.0185883;RO=57;SAF=23;SAR=25;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798565;STB=0.548999;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0341777;OID=.;OPOS=79170578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:58:48:48:0.45283:25:23:32:25:25:23:33:25 chr17 79171967 . A G 1280.51 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.701;QD=61.7116;RBI=0.111948;REFB=0;REVB=-0.109411;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163763;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chr17 79173184 . T C 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5606;QD=57.1032;RBI=0.0280269;REFB=0;REVB=-0.0164808;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04138e-05;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr17 79173223 . G GC 542.25 PASS AF=1;AO=10;DP=66;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280256;FXX=0.166641;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.6267;QD=39.4362;RBI=0.0321708;REFB=0;REVB=-0.0157964;RO=51;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000465224;OID=.;OPOS=79173224;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:66:55:55:0:32:23:0:0:4:51:2:8:34:17 chr17 79173224 . T C,G 840.04 PASS AF=0.772727,0.181818;AO=51,13;DP=64;FAO=51,12;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=35,4;FSAR=16,8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000994459,-0.0344224;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.1246,174.57;QD=50.9118;RBI=0.0137414,0.0355279;REFB=-0.049808,0.0380116;REVB=0.0137054,-0.00879386;RO=0;SAF=34,5;SAR=17,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.60098e-08;STB=0.501263,0.571306;STBP=0.953,0.279;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0072854,0.238214;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:64:66:0:3:51,13:51,12:0.772727,0.181818:17,8:34,5:0:0:16,8:35,4:2:1 chr17 79174221 . T C 3933.55 PASS AF=0.992;AO=247;DP=249;FAO=248;FDP=250;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000462737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.991;QD=62.9368;RBI=0.0282526;REFB=-0.138274;REVB=0.0282489;RO=0;SAF=103;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71995e-08;STB=0.503448;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000284585;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:250:0:2:247:248:0.992:144:103:0:0:144:104:0:2 chr17 79182778 . T C 357.86 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000356533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5563;QD=19.6085;RBI=0.0370356;REFB=0.0139911;REVB=0.0370339;RO=36;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366296;STB=0.520344;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.018326;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:18:19:17:19:18:19:17:19 chr17 79202956 . T C 263.45 PASS AF=0.483871;AO=25;DP=58;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00957829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.397;QD=16.9967;RBI=0.01191;REFB=-0.00925121;REVB=-0.00707848;RO=31;SAF=3;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287522;STB=0.53331;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0114471;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:31:32:25:30:0.483871:22:3:9:22:23:7:9:23 chr17 79219500 . AATG A 636.59 PASS AF=0.42623;AO=96;DP=248;FAO=104;FDP=244;FR=.;FRO=140;FSAF=34;FSAR=70;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.00611566;FXX=0.0505817;HRUN=2;LEN=3;MLLD=271.58;QD=10.4358;RBI=0.0143462;REFB=-0.00764171;REVB=-0.0129774;RO=98;SAF=29;SAR=67;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119584;STB=0.616539;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0103665;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:96:248:104:244:140:34:70:73:67:99:98:29:67:41:57 chr17 79220016 . T C 872.38 PASS AF=0.437788;AO=94;DP=217;FAO=95;FDP=217;FR=.;FRO=122;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=61;FWDB=-0.0284607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4045;QD=16.0808;RBI=0.0422572;REFB=-0.0147796;REVB=-0.0312356;RO=121;SAF=48;SAR=46;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658338;STB=0.508879;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.014232;OID=.;OPOS=79220016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:121:122:94:95:0.437788:46:48:61:60:46:49:61:61 chr17 79220224 . G C 240.23 PASS AF=0.302752;AO=34;DP=109;FAO=33;FDP=109;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0131207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4022;QD=8.81587;RBI=0.0818728;REFB=-0.0221686;REVB=0.0808146;RO=72;SAF=23;SAR=11;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836993;STB=0.590407;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0818157;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:76:34:33:0.302752:11:23:44:28:10:23:44:32 chr17 79226362 . G A 355.39 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0288263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6088;QD=16.5297;RBI=0.0314589;REFB=-0.0210194;REVB=0.0125978;RO=46;SAF=28;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147685;STB=0.574739;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0450995;OID=.;OPOS=79226362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:48:38:38:0.44186:10:28:28:18:10:28:30:18 chr17 79244802 . T C 469.78 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0203416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.102;QD=23.1989;RBI=0.0203419;REFB=-0.0107421;REVB=9.82401e-05;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048131;STB=0.519771;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0109223;OID=.;OPOS=79244802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:36:45:45:0.555556:23:22:15:20:23:22:16:20 chr17 79263549 . C A 1087.74 PASS AF=0.554348;AO=94;DP=179;FAO=102;FDP=184;FR=.;FRO=82;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.0199144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.479;QD=23.6465;RBI=0.0213377;REFB=-0.0208883;REVB=0.00766266;RO=80;SAF=56;SAR=38;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396026;STB=0.528162;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0171207;OID=.;OPOS=79263549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:184:80:82:94:102:0.554348:38:56:44:36:41:61:44:38 chr17 79279017 . C G 145.05 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.00460576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1636;QD=10.1789;RBI=0.0287643;REFB=-0.0135706;REVB=0.0283932;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405533;STB=0.733126;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0227409;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:11:8:30:8:11:8:30:8 chr17 79279019 . G GC 32.53 PASS AF=0.22807;AO=14;DP=58;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0855517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9162;QD=2.28251;RBI=0.0952873;REFB=-0.0601945;REVB=-0.0419592;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28607;STB=0.555473;STBP=0.696;TYPE=ins;VARB=0.0794799;OID=.;OPOS=79279020;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22807:14:58:13:57:44:8:5:30:14:32:41:7:7:30:11 chr17 79385330 . T G 50.4 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=35;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0019;QD=4.68876;RBI=0.000317296;REFB=-0.0491907;REVB=-0.000317296;RO=34;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.184914;OID=.;OPOS=79385330;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:8:0:0:34:8:0:0:35 chr17 79409309 . A G 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281227;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.179;QD=53.3338;RBI=0.0644291;REFB=0;REVB=-0.0579675;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146408;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr17 79409434 . A G 50.2 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00342857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3913;QD=8.36725;RBI=0.0919081;REFB=-0.017212;REVB=-0.0918441;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.541563;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0513938;OID=.;OPOS=79409434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:23:24:15:16:7:8:0.333333:4:3:6:9:4:4:7:9 chr17 79414307 . A G 305.03 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.028024;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.013;QD=14.8796;RBI=0.0327102;REFB=-0.0341669;REVB=0.0168705;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327217;STB=0.512188;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0273898;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:47:48:34:34:0.414634:17:17:22:25:17:17:23:25 chr17 79422387 . G A 2057.85 PASS AF=0.481481;AO=208;DP=432;FAO=208;FDP=432;FR=.;FRO=224;FSAF=125;FSAR=83;FSRF=140;FSRR=84;FWDB=0.0109329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3111;QD=19.0542;RBI=0.0398707;REFB=-0.0263558;REVB=0.0383424;RO=224;SAF=125;SAR=83;SRF=140;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237985;STB=0.513061;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0286656;OID=.;OPOS=79422387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:432:224:224:208:208:0.481481:83:125:140:84:83:125:140:84 chr17 79428598 . G A 1086.62 PASS AF=0.454902;AO=116;DP=255;FAO=116;FDP=255;FR=.;FRO=139;FSAF=81;FSAR=35;FSRF=92;FSRR=47;FWDB=0.0239994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.8;QD=17.0451;RBI=0.0393509;REFB=-0.0219616;REVB=0.0311853;RO=139;SAF=81;SAR=35;SRF=92;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416964;STB=0.523112;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0253928;OID=.;OPOS=79428598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:139:139:116:116:0.454902:35:81:92:47:35:81:92:47 chr17 79478019 . G A 1400.39 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.534;QD=61.5556;RBI=0.0241657;REFB=-0.00607632;REVB=0.0160725;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938573;STB=0.504949;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=3.61655e-05;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:50:40:0:1:50:40:0:1 chr17 79479366 . G T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0185952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.624;QD=18.7111;RBI=0.0257315;REFB=-0.0443767;REVB=0.0177857;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476445;STB=0.766409;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0281851;OID=.;OPOS=79479366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:12:6:17:2:12:6:17:2 chr17 79507106 . CCGGG CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG 389.17 PASS AF=0.151515,0.454545,0.272727,0.121212;AO=12,9,9,5;DP=36;FAO=5,15,9,4;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5,9,3;FSAR=2,10,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.253225,-0.014151,-0.0248801,-0.266388;FXX=0.0294031;HRUN=3,3,3,9;LEN=1,1,1,2;MLLD=18.8973,20.748,11.3438,18.742;QD=47.1727;RBI=0.253542,0.0201661,0.0361316,0.266408;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.012678,-0.0143674,-0.0262007,-0.00325808;RO=0;SAF=6,2,9,2;SAR=6,7,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,snp,del;VARB=-0.0206668,-0.0295931,0.0633688,-0.0527154;OID=.,.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110,79507107;OREF=G,G,G,CG;OALT=C,-,C,-;OMAPALT=CCCGG,CCGG,CCGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.151515,0.454545,0.272727,0.121212:12,9,9,5:36:5,15,9,4:33:0:3,5,9,3:2,10,0,1:0:0:46:0:6,2,9,2:6,7,0,3:0:0 chr17 79507170 . T C 589.33 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.202;QD=60.4445;RBI=0.0619179;REFB=0;REVB=0.0610584;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248621;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:13:25:0:0:13:26:0:0 chr17 79508400 . T C 1237.8 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.358;QD=61.1259;RBI=0.0356609;REFB=0;REVB=0.0271059;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39137e-06;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:43:38:0:0 chr17 79511135 . A G 1730.46 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.427;QD=60.7179;RBI=0.00586799;REFB=0;REVB=0.00453875;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07773e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:44:69:0:0:44:70:0:0 chr17 79514129 . G A 398.13 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03252;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.867;QD=53.0839;RBI=0.0562291;REFB=-0.122355;REVB=0.0458712;RO=1;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619467;STB=0.53331;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000853601;OID=.;OPOS=79514129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:7:22:0:1:7:22:0:1 chr17 79514832 . G A 894.06 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524298;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.891;QD=58.6268;RBI=0.0329868;REFB=0;REVB=0.0325675;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01182e-07;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr17 79525118 . T G 745.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.68;QD=63.4292;RBI=0.0193279;REFB=0;REVB=-0.0159007;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103395;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr17 79589242 . G A 1912.41 PASS AF=1;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237306;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.401;QD=61.6908;RBI=0.0251429;REFB=0;REVB=0.00830784;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115083;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:124:0:0:123:124:1:63:60:0:0:63:61:0:0 chr17 79596811 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.645;QD=58.7817;RBI=0.019818;REFB=0;REVB=0.0187021;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80864e-05;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr17 79609410 . G T 411.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.921;QD=56.7329;RBI=0.0727804;REFB=0;REVB=0.0201887;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130783;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr17 79612161 . C T 1767.68 PASS AF=0.924242;AO=122;DP=132;FAO=122;FDP=132;FR=.;FRO=10;FSAF=77;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00841098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.205;QD=53.5659;RBI=0.0317038;REFB=-0.0977661;REVB=0.0305677;RO=10;SAF=77;SAR=45;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262203;STB=0.513834;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000498607;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:132:132:10:10:122:122:0.924242:45:77:8:2:45:77:8:2 chr17 79612333 . G A 324.19 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.78;QD=54.0319;RBI=0.0508596;REFB=0;REVB=0.0496183;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374127;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:17:7:0:0 chr17 79612382 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3147;QD=46.8472;RBI=0.0639534;REFB=0;REVB=-0.0630824;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195742;OID=.;OPOS=79612382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr17 79612397 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.321;QD=51.1845;RBI=0.0389963;REFB=0;REVB=-0.0188052;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050084;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr17 79612413 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.391;QD=59.0185;RBI=0.0294766;REFB=0;REVB=0.0200838;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48666e-05;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:8:26:0:0:8:26:0:0 chr17 79612443 . T C 1314.8 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107262;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.556;QD=61.1535;RBI=0.109635;REFB=0;REVB=0.109109;RO=0;SAF=56;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110415;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:86:0:0:78:86:1:22:56:0:0:28:58:0:0 chr17 79614481 . A G 430.64 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.812;QD=57.4183;RBI=0.0654934;REFB=0;REVB=0.0236164;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069104;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:12:14:0:0:12:18:0:0 chr17 79614931 . TTTAAC T,TT 300.42 PASS AF=0,0.931034;AO=4,21;DP=30;FAO=0,27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=0,15;FSAR=0,12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0149283,0.000206127;FXX=0.0937207;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=255.069,272.077;QD=41.437;RBI=0.0196306,0.0107189;REFB=-0.0217578,-0.0263051;REVB=-0.0127478,-0.0107169;RO=0;SAF=4,11;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.51176e-08;STB=0.5,0.531227;STBP=1,0.235;TYPE=del,del;VARB=0,0.00367284;OID=.,.;OPOS=79614932,79614933;OREF=TTAAC,TAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.931034:4,21:30:0,27:29:2:0,15:0,12:2:0:6:0:4,11:0,10:0:0 chr17 79637349 . T C,G 2804.83 PASS AF=0.935484,0.0537634;AO=172,10;DP=185;FAO=174,10;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=72,9;FSAR=102,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00733088,-0.0181678;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.886,190.221;QD=60.319;RBI=0.0100681,0.0182799;REFB=-0.0485195,-0.0389508;REVB=0.006901,0.00202163;RO=2;SAF=71,9;SAR=101,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0132168,-0.0896193;STB=0.506849,0.549906;STBP=0.121,0.636;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00100779,0.0746159;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:185:186:2:2:172,10:174,10:0.935484,0.0537634:101,1:71,9:2:0:102,1:72,9:2:0 chr17 79825897 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.428;QD=60.6103;RBI=0.0104048;REFB=0;REVB=-0.00208218;RO=0;SAF=31;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54706e-05;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:7:31:0:0:7:31:0:0 chr17 79826498 . G C 171.13 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0221806;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1124;QD=11.0404;RBI=0.035625;REFB=-0.0232475;REVB=-0.0278776;RO=42;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306455;STB=0.653011;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0691117;OID=.;OPOS=79826498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:42:40:21:22:0.354839:6:15:19:23:7:15:18:22 chr17 79872240 . AA AG,GG 1041.49 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=66,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421264,0.0277676;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=265.178,118.322;QD=57.8603;RBI=0.0423487,0.0293824;REFB=0,0;REVB=0.00433336,-0.00960667;RO=0;SAF=40,3;SAR=26,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00258044,-0.0579383;OID=.,.;OPOS=79872241,79872240;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:72:72:0:0:66,3:69,3:0.958333,0.0416667:26,0:40,3:0:0:27,0:42,3:0:0 chr17 79891147 . T C 1514.12 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295256;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.795;QD=59.9651;RBI=0.0302182;REFB=0;REVB=-0.00643297;RO=0;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59563e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:44:57:0:0:44:57:0:0 chr17 79899272 . A G 436.42 PASS AF=0.464646;AO=34;DP=98;FAO=46;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0327697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.9544;QD=17.6332;RBI=0.0564252;REFB=-0.0614655;REVB=-0.0459342;RO=43;SAF=27;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35066;STB=0.668948;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0813576;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:51:34:46:0.464646:7:27:21:22:13:33:21:30 chr17 79899495 . G A 872.11 PASS AF=0.5375;AO=86;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00358264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.4;QD=21.8027;RBI=0.00802453;REFB=-0.0275023;REVB=0.00718037;RO=73;SAF=39;SAR=47;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334746;STB=0.521607;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.023729;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:73:74:86:86:0.5375:47:39:36:37:47:39:37:37 chr17 79899698 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0366916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.735;QD=22.7214;RBI=0.0582864;REFB=-0.0228621;REVB=0.0452883;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615722;STB=0.544107;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0174551;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:31:31:0.574074:18:13:11:11:18:13:12:11 chr17 79912164 . G A 532.21 PASS AF=0.628205;AO=46;DP=74;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0125577;FXX=0.0249969;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.402;QD=27.2927;RBI=0.0225883;REFB=-0.0135645;REVB=0.0187759;RO=28;SAF=20;SAR=26;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0043872;STB=0.520792;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0101904;OID=.;OPOS=79912164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:28:29:46:49:0.628205:26:20:12:16:26:23:12:17 chr17 80013235 . A G 1697.04 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274444;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.359;QD=60.0722;RBI=0.0298789;REFB=0;REVB=0.0118132;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80693e-05;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:59:53:0:0:58:55:0:0 chr17 80041950 . G A 1067.2 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644318;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.143;QD=60.1239;RBI=0.034986;REFB=0;REVB=0.0343876;RO=0;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.34984e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88008e-05;OID=.;OPOS=80041950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:19:51:0:0:20:51:0:0 chr17 80099639 . C A 990.37 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7794;QD=59.1267;RBI=0.0843319;REFB=0;REVB=-0.0792769;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000969938;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr17 80103737 . T C 1384.55 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.588;QD=61.5354;RBI=0.0286453;REFB=-0.123417;REVB=0.0079799;RO=1;SAF=15;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420957;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:90:1:0:89:90:1:74:15:0:1:75:15:0:0 chr17 80136418 . C T 1079.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7149;QD=59.9917;RBI=0.0569514;REFB=0;REVB=0.0311983;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394096;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr17 80151881 . G A 2682.7 PASS AF=0.988636;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=99;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0153085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.043;QD=60.9706;RBI=0.0419685;REFB=-0.080591;REVB=0.0390769;RO=2;SAF=99;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125222;STB=0.506578;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00111309;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:2:2:174:174:0.988636:75:99:0:2:75:99:0:2 chr17 80159566 . T C 1440.8 PASS AF=0.959184;AO=96;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.019727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5482;QD=58.8083;RBI=0.101515;REFB=0.0133444;REVB=-0.0995798;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185894;STB=0.519996;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0120173;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:2:4:96:94:0.959184:46:50:2:0:46:48:4:0 chr17 80195582 . T C 964.11 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0206352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.847;QD=51.4193;RBI=0.0261124;REFB=-0.069426;REVB=0.0160014;RO=6;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883198;STB=0.546861;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00104581;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:75:75:6:6:69:69:0.92:29:40:0:6:29:40:0:6 chr17 80218800 . G A 280.17 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.126039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3276;QD=48.7258;RBI=0.177725;REFB=-0.12364;REVB=0.125301;RO=1;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182729;STB=0.599895;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00286521;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:2:20:0:1:2:20:0:1 chr17 80280865 . G A 1514.65 PASS AF=0.915254;AO=107;DP=117;FAO=108;FDP=118;FR=.;FRO=10;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0152245;FXX=0.0247913;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.747;QD=51.344;RBI=0.0318595;REFB=-0.132993;REVB=0.0279865;RO=4;SAF=50;SAR=57;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149277;STB=0.523196;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00138885;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:117:118:4:10:107:108:0.915254:57:50:1:3:57:51:2:8 chr17 80373452 . C T 1212.11 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4211;QD=60.6057;RBI=0.110089;REFB=0;REVB=0.0748059;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209374;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:46:33:0:0:47:33:0:0 chr17 80377690 . T G 509.13 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2307;QD=56.5695;RBI=0.103016;REFB=-0.1594;REVB=0.0961176;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00338046;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr17 80391684 . A G 2515.15 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403312;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.182;QD=60.9733;RBI=0.0412738;REFB=0;REVB=0.00877036;RO=0;SAF=59;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513514;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:165:0:0:162:165:1:103:59:0:0:103:62:0:0 chr17 80394530 . G T 445.36 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0491;QD=52.3948;RBI=0.102783;REFB=-0.120131;REVB=0.0978651;RO=2;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00834183;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:18:14:0:2:18:14:0:2 chr17 80401946 . A G 159.78 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0569717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3897;QD=26.63;RBI=0.111786;REFB=0.0107257;REVB=-0.0961791;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736045;STB=0.521026;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.011396;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:24:7:8:16:16:0.666667:9:7:4:3:9:7:4:4 chr17 80452592 . G C 279.73 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.066289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.135;QD=48.6481;RBI=0.0828992;REFB=-0.0559296;REVB=0.04978;RO=1;SAF=4;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102024;STB=0.555502;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000986525;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:17:4:1:0:18:4:1:0 chr17 80452676 . A AG 123.02 PASS AF=1;AO=12;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.49912;QD=27.3383;RBI=0.177084;REFB=0;REVB=0.164285;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.013212;OID=.;OPOS=80452677;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:12:21:18:18:0:4:14:0:0:3:7:3:9:1:6 chr17 80481088 . T C 339.41 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00455024;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.736;QD=17.6319;RBI=0.00693071;REFB=-0.0058448;REVB=-0.00522782;RO=41;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148523;STB=0.508311;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00555623;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:36:36:0.467532:17:19:21:20:17:19:21:20 chr17 80585094 . C T 103.1 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0131512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.346;QD=9.59021;RBI=0.049107;REFB=-0.0198822;REVB=0.0473132;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984234;STB=0.513288;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0356741;OID=.;OPOS=80585094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:30:13:13:0.302326:5:8:17:11:5:8:19:11 chr17 80614933 . T C 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7441;QD=58.1267;RBI=0.0178712;REFB=0;REVB=-0.00882193;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029554;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr17 80615040 . A C 1296.88 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304147;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.643;QD=61.7564;RBI=0.0306604;REFB=0;REVB=-0.00387361;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197056;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr17 80626104 . T C 259.49 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=3;FWDB=-0.0114482;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9731;QD=14.0266;RBI=0.050406;REFB=-0.00453916;REVB=0.0490888;RO=44;SAF=29;SAR=1;SRF=41;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211436;STB=0.623555;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0075172;OID=.;OPOS=80626104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:1:29:41:3:1:29:41:3 chr17 80674643 . C G 902.64 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.447;QD=58.2346;RBI=0.0409391;REFB=0;REVB=0.0247274;RO=0;SAF=45;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120311;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:16:45:0:0:16:46:0:0 chr17 80696410 . A C,G 1115.47 PASS AF=0.96,0.04;AO=72,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48,1;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054808,-0.0256807;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.251,95.8998;QD=59.4918;RBI=0.0619319,0.0665917;REFB=0,0;REVB=0.0616889,0.0614407;RO=0;SAF=48,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000114175,0.0532917;OID=.,.;OPOS=80696410,80696410;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:75:75:0:0:72,3:72,3:0.96,0.04:24,2:48,1:0:0:24,2:48,1:0:0 chr17 80700592 . T C 1523.21 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0484354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.098;QD=58.5851;RBI=0.0506182;REFB=-0.0620188;REVB=0.0147045;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=9.05297e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:103:103:0.990385:41:62:0:0:41:62:1:0 chr17 80706928 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00616673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.998;QD=16.9414;RBI=0.0153735;REFB=0.0242977;REVB=0.0140825;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827652;STB=0.547122;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0316934;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:17:7:7:12:17:7 chr17 80708601 . C G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.030906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.594;QD=17.3781;RBI=0.0309653;REFB=-0.0232827;REVB=0.00191525;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0182322;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr17 80788465 . T C 424.38 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.016917;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.004;QD=18.4515;RBI=0.0315268;REFB=-0.017247;REVB=-0.0266037;RO=47;SAF=27;SAR=16;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320941;STB=0.526304;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0200836;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:47:49:43:43:0.467391:16:27:31:16:16:27:33:16 chr17 80788492 . A G 459.46 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.00768832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.532;QD=19.5517;RBI=0.0077228;REFB=-0.0134596;REVB=0.000728886;RO=48;SAF=34;SAR=12;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594474;STB=0.533086;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0122305;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:12:34:33:15:12:34:33:15 chr17 80887451 . A G 413.87 PASS AF=0.43;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00906017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5701;QD=16.5547;RBI=0.00925393;REFB=-0.0171777;REVB=-0.00188374;RO=54;SAF=26;SAR=17;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457144;STB=0.526795;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0189608;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:54:57:43:43:0.43:17:26:35:19:17:26:37:20 chr17 80895171 . T C 223.99 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0382809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.578;QD=10.6662;RBI=0.0404329;REFB=-0.0301944;REVB=0.0130151;RO=55;SAF=14;SAR=13;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0340977;OID=.;OPOS=80895171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:56:27:28:0.333333:13:14:27:28:14:14:28:28 chr17 80895745 . T C 566.4 PASS AF=0.447761;AO=59;DP=133;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.00871485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.883;QD=16.9073;RBI=0.0191009;REFB=-0.01403;REVB=0.0169969;RO=74;SAF=34;SAR=25;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749622;STB=0.546651;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0178848;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:74:74:59:60:0.447761:25:34:48:26:26:34:48:26 chr17 80895769 . A G 514.56 PASS AF=0.434109;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=0.0128839;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7984;QD=15.9554;RBI=0.0537171;REFB=0.00208912;REVB=-0.0521491;RO=73;SAF=31;SAR=25;SRF=50;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137144;STB=0.576404;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00435457;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:73:73:56:56:0.434109:25:31:50:23:25:31:50:23 chr17 80895932 . GA G,GG 494.87 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,28;DP=33;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995065,0.0070197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.035,266.845;QD=58.2198;RBI=0.0568652,0.0551792;REFB=0,0;REVB=0.0559878,0.0547309;RO=0;SAF=0,15;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0540101,-0.00251521;OID=.,.;OPOS=80895933,80895933;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:5,28:33:2,32:34:0:0,15:2,17:0:0:9:0:0,15:5,13:0:0 chr17 80899281 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0339231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.88;QD=15.7004;RBI=0.0424259;REFB=-0.014957;REVB=-0.025479;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316837;STB=0.685439;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0235751;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:10:9:3:12:10:9 chr17 80923536 . C T 52.88 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.0454013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4749;QD=3.91677;RBI=0.0596728;REFB=-0.0235887;REVB=0.0387242;RO=46;SAF=6;SAR=2;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166574;STB=0.520502;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.126364;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:54:54:46:45:8:9:0.166667:2:6:29:17:3:6:29:16 chr17 80992932 . A C 294.79 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.0193779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.884;QD=12.817;RBI=0.0324201;REFB=-0.0050204;REVB=-0.0259915;RO=58;SAF=28;SAR=6;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162908;STB=0.594533;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00749136;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:6:28:42:16:6:28:42:16 chr17 81006629 . C T 452.32 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.00424044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.189;QD=14.8301;RBI=0.00479476;REFB=0.00327929;REVB=0.00223796;RO=69;SAF=20;SAR=31;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145938;STB=0.501347;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00504314;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:71:51:51:0.418033:31:20:28:41:31:20:28:43 chr17 81009595 . C T 49.47 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0355828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5744;QD=15.2215;RBI=0.0460686;REFB=-0.0659932;REVB=-0.0292606;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.545327;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0556437;OID=.;OPOS=81009595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:5:6:7:7:0.538462:4:3:1:4:4:3:2:4 chr17 81043039 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0154716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.467;QD=12.1824;RBI=0.0169064;REFB=-0.0249771;REVB=-0.00681597;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128876;STB=0.575618;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0352907;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:3:12:7:3:3:12 chr17 81043090 . C T 168.38 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0490986;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.092;QD=14.6418;RBI=0.0510063;REFB=-0.0321984;REVB=0.0138188;RO=28;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178847;STB=0.604812;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0377613;OID=.;OPOS=81043090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:28:28:18:18:0.391304:14:4:10:18:14:4:10:18 chr17 81050982 . G C 457.53 PASS AF=0.505618;AO=45;DP=89;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00128148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.749;QD=20.563;RBI=0.0159019;REFB=-0.0520838;REVB=0.0158502;RO=44;SAF=20;SAR=25;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295491;STB=0.516365;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0441268;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:44:45:45:0.505618:25:20:21:23:25:20:21:23 chr17 81052597 . C T 236.17 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0167001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.77;QD=13.4956;RBI=0.0218227;REFB=-0.0190062;REVB=-0.0140477;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200008;STB=0.607066;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0277148;OID=.;OPOS=81052597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:17:11:24:17:17:11:24:18 chr18 47492 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0154793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.727;QD=12.7823;RBI=0.0713344;REFB=-0.0118175;REVB=-0.0696347;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330288;STB=0.702621;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0155254;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:1:9:10:4:1:9:10:4 chr18 48104 . T C 101.3 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0257066;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0984;QD=6.75305;RBI=0.119851;REFB=-0.00269505;REVB=0.117061;RO=43;SAF=2;SAR=13;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580623;STB=0.849978;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0184223;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:45:15:15:0.25:13:2:26:17:13:2:26:19 chr18 224131 . G A 367.94 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00109351;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.74;QD=18.63;RBI=0.00268357;REFB=-0.0153548;REVB=0.00245067;RO=41;SAF=23;SAR=15;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525824;STB=0.529272;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0145568;OID=.;OPOS=224131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:15:23:27:14:15:23:27:14 chr18 252559 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.529;QD=55.0979;RBI=0.0331901;REFB=0;REVB=-0.0027583;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144199;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr18 319512 . CAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA 653.9 PASS AF=0,0.1,0.9,0;AO=21,8,29,15;DP=104;FAO=0,11,99,0;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,27,0;FSAR=0,11,72,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.214633,0.0307695,-0.0539976,-0.0479778;FXX=0.0517197;HRUN=13,13,13,13;LEN=1,1,2,3;MLLD=4.07631,14.0997,8.6408,9.6151;QD=23.7783;RBI=0.37456,0.151762,0.148951,0.108708;REFB=-0.0132519,0.00198843,-0.0256728,-0.0211159;REVB=0.306966,0.14861,0.138819,0.0975477;RO=11;SAF=4,0,10,3;SAR=17,8,19,12;SRF=0;SRR=11;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.224884,0,0.207888,0.286028;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,del;VARB=0.0962624,-0.1246,0.0151987,0;OID=.,.,.,.;OPOS=319513,319525,319513,319513;OREF=A,A,AA,AAA;OALT=-,G,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.1,0.9,0:21,8,29,15:104:0,11,99,0:110:0:0,0,27,0:0,11,72,0:0:0:17:11:4,0,10,3:17,8,19,12:0:11 chr18 334742 . C T 339.27 PASS AF=0.325758;AO=43;DP=133;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.040876;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.257;QD=10.281;RBI=0.0436611;REFB=-0.00518609;REVB=0.0153442;RO=89;SAF=24;SAR=19;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00892933;STB=0.505171;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0109685;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:89:89:43:43:0.325758:19:24:49:40:19:24:49:40 chr18 334758 . T C 2087.32 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527079;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.428;QD=61.8466;RBI=0.0572193;REFB=0;REVB=0.056976;RO=0;SAF=71;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79095e-05;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:131:135:1:60:71:0:0:61:74:0:0 chr18 334994 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.629;QD=59.8559;RBI=0.0111792;REFB=0;REVB=0.0109693;RO=0;SAF=57;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.24953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28783e-06;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:14:57:0:0:14:57:0:0 chr18 580623 . T C 72.04 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0166329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9117;QD=8.73213;RBI=0.0440289;REFB=-0.00569647;REVB=-0.0407663;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186603;STB=0.614231;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0242711;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:13:10:6:4:13:10 chr18 658064 . G C 604.19 PASS AF=0.453237;AO=62;DP=138;FAO=63;FDP=139;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=35;FWDB=-0.00759962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.635;QD=17.3866;RBI=0.0168279;REFB=-0.017188;REVB=-0.0150141;RO=76;SAF=39;SAR=23;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921665;STB=0.554608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.019377;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:76:76:62:63:0.453237:23:39:41:35:23:40:41:35 chr18 662247 . A G 489.27 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=71;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0214164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8601;QD=27.5646;RBI=0.0378751;REFB=-0.0212536;REVB=-0.0312387;RO=26;SAF=27;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120526;STB=0.565685;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0119969;OID=.;OPOS=662247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:26:26:45:45:0.633803:18:27:11:15:18:27:11:15 chr18 691266 . A G 118.3 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0115583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.985;QD=12.7894;RBI=0.0123399;REFB=-0.0242247;REVB=-0.00432188;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075912;STB=0.522789;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0265712;OID=.;OPOS=691266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:5:8:14:9:5:9:14:9 chr18 722009 . TAA T 559.93 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238585;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.398;QD=47.6536;RBI=0.0321803;REFB=0;REVB=0.0215949;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.52756e-05;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:48:47:47:0:20:27:0:0:10:0:19:26:0:0 chr18 722402 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.471;QD=59.4316;RBI=0.121804;REFB=0;REVB=0.0514899;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115919;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr18 724612 . A G 314.41 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7098;QD=50.3049;RBI=0.0960903;REFB=-0.173033;REVB=0.0935321;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0122849;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr18 907675 . G A 353.25 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0207184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2279;QD=23.949;RBI=0.0497285;REFB=-0.0593166;REVB=0.045207;RO=21;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209497;STB=0.632141;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0295946;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:24:34:35:0.59322:24:10:12:9:24:11:15:9 chr18 907710 . A G 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0386269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.904;QD=13.7738;RBI=0.0395832;REFB=0.00832553;REVB=-0.00864854;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222488;STB=0.627332;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0200113;OID=.;OPOS=907710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:9:22:10:10:9:22 chr18 909561 . A G 1973.63 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.592;QD=61.1979;RBI=0.0344174;REFB=0.0398134;REVB=0.0260808;RO=1;SAF=63;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748343;STB=0.503936;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-3.72234e-05;OID=.;OPOS=909561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:128:128:0.992248:65:63:1:0:65:63:1:0 chr18 909884 . TAT AGA 39.11 PASS AF=0.5;AO=3;DP=10;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0466103;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=109.326;QD=13.035;RBI=0.113621;REFB=-0.109751;REVB=0.103621;RO=6;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672276;STB=0.713468;STBP=0.202;TYPE=mnp;VARB=0.161096;OID=.;OPOS=909884;OREF=TAT;OALT=AGA;OMAPALT=AGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:10:12:6:6:3:6:0.5:3:0:3:3:5:1:3:3 chr18 912126 . T C 87.35 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0109097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.989;QD=5.45913;RBI=0.0863485;REFB=-0.00957221;REVB=0.0856565;RO=50;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209442;STB=0.631397;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.035077;OID=.;OPOS=912126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:8:6:30:20:8:6:30:20 chr18 2538644 . G A 357.94 PASS AF=0.681818;AO=29;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0498631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0485;QD=32.5396;RBI=0.0541309;REFB=-0.0186186;REVB=-0.0210672;RO=14;SAF=16;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157255;STB=0.578262;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00791326;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:29:30:0.681818:13:16:4:10:14:16:4:10 chr18 2539016 . C G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8425;QD=62.021;RBI=0.0822148;REFB=0;REVB=0.0798574;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014434;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr18 2547500 . G T 90.55 PASS AF=0.208333;AO=14;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0153987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.905;QD=5.03055;RBI=0.0166137;REFB=-0.00325337;REVB=0.00623647;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222419;STB=0.505569;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0154623;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:56:57:14:15:0.208333:7:7:29:27:7:8:30:27 chr18 2616457 . G C 493.96 PASS AF=0.308411;AO=65;DP=213;FAO=66;FDP=214;FR=.;FRO=148;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=81;FSRR=67;FWDB=-0.00591031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.004;QD=9.23294;RBI=0.00725877;REFB=-0.0129596;REVB=0.00421403;RO=147;SAF=26;SAR=39;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172286;STB=0.606028;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0414161;OID=.;OPOS=2616457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:147:148:65:66:0.308411:39:26:80:67:40:26:81:67 chr18 2656248 . G C 155.8 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0372547;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.304;QD=21.4892;RBI=0.0379583;REFB=-0.0312734;REVB=0.0072746;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0387766;OID=.;OPOS=2656248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:7:6:7:9:7:6 chr18 2705700 . A G 60.6 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0149269;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3722;QD=14.2585;RBI=0.0520906;REFB=-0.0131129;REVB=-0.0499061;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347252;STB=0.703751;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0300254;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:2:7:3:5:2:7 chr18 2724930 . A T 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0185773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.787;QD=17.5684;RBI=0.0268614;REFB=-0.0185324;REVB=-0.0194015;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208925;STB=0.616702;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0124609;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:10:21:13:16:10:21 chr18 2763697 . C T 281.16 PASS AF=0.295455;AO=36;DP=129;FAO=39;FDP=132;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=-0.000895375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.874;QD=8.51985;RBI=0.0256492;REFB=-0.00618453;REVB=-0.0256336;RO=93;SAF=25;SAR=11;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25175;STB=0.605344;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0187251;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:93:93:36:39:0.295455:11:25:46:47:14:25:46:47 chr18 2778979 . G T 819.38 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.151583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9934;QD=55.5513;RBI=0.151856;REFB=0.0498396;REVB=0.00910093;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149715;STB=0.50769;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00893824;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:31:26:0:1:32:26:0:1 chr18 2891847 . C T 390.44 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00305451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.192;QD=38.0921;RBI=0.0136083;REFB=-0.0330234;REVB=-0.0132611;RO=9;SAF=17;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433454;STB=0.536254;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0124526;OID=.;OPOS=2891847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:41:41:9:10:31:31:0.756098:14:17:4:5:14:17:4:6 chr18 2909700 . C T 354.22 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00782318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.997;QD=13.891;RBI=0.0225811;REFB=-0.0345983;REVB=-0.0211827;RO=60;SAF=17;SAR=24;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176326;STB=0.594806;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0414065;OID=.;OPOS=2909700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:24:17:35:25:24:17:35:26 chr18 2913431 . T C 603.2 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=75;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0458272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.795;QD=32.1706;RBI=0.062353;REFB=-0.0043089;REVB=0.042282;RO=23;SAF=28;SAR=24;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402333;STB=0.521731;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0029205;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:23:23:52:52:0.693333:24:28:14:9:24:28:14:9 chr18 2914073 . TA T,TT 237.57 PASS AF=0.71875,0.03125;AO=21,2;DP=32;FAO=23,1;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=9,0;FSAR=14,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0926669,0.0183432;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.9013,16.4137;QD=29.6967;RBI=0.107502,0.0228923;REFB=0.0668502,0.0343361;REVB=0.054493,0.0136962;RO=5;SAF=8,1;SAR=13,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00709078,0.0967026;STB=0.529044,0.989059;STBP=0.618,0.501;TYPE=del,snp;VARB=-0.0146415,0.00394583;OID=.,.;OPOS=2914074,2914074;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875,0.03125:21,2:32:23,1:32:8:9,0:14,1:4:4:51:5:8,1:13,1:2:3 chr18 2920288 . G A 787.02 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.353;QD=62.9612;RBI=0.0537579;REFB=0;REVB=0.0414242;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308664;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:17:32:0:1:18:32:0:0 chr18 2946163 . G A 279.97 PASS AF=0.261745;AO=39;DP=149;FAO=39;FDP=149;FR=.;FRO=110;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=41;FWDB=-0.0122605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.848;QD=7.516;RBI=0.0131848;REFB=-0.00910476;REVB=-0.00484975;RO=109;SAF=31;SAR=8;SRF=69;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247721;STB=0.654936;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0328991;OID=.;OPOS=2946163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:109:110:39:39:0.261745:8:31:69:40:8:31:69:41 chr18 2946291 . C T 1778.17 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0435869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0234;QD=59.7706;RBI=0.0497009;REFB=-0.0836164;REVB=-0.0238822;RO=1;SAF=64;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736346;STB=0.503816;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00257969;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:117:118:0.991597:53:64:1:0:53:65:1:0 chr18 3067278 . A G 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0139624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.132;QD=25.3673;RBI=0.0223123;REFB=-0.0331138;REVB=0.0174038;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191005;STB=0.510628;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0217253;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:9:5:7:14:9:5 chr18 3075503 . C A,CAAA 913.37 PASS AF=0.0793651,0.920635;AO=6,53;DP=71;FAO=5,58;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=5,38;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0855758,0.00341512;FXX=0.0999857;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=57.9316,226.539;QD=57.9919;RBI=0.0861293,0.013603;REFB=0,0;REVB=-0.00974849,0.0131673;RO=8;SAF=6,34;SAR=0,19;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.736223,0.00440362;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0377915,0.00306626;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:71:63:8:0:6,53:5,58:0.0793651,0.920635:0,19:6,34:5:3:0,20:5,38:0:0 chr18 3075504 . G A 30.54 PASS AF=0.0985915;AO=9;DP=70;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0115379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.64;QD=1.72081;RBI=0.019193;REFB=-0.000774941;REVB=-0.0153378;RO=61;SAF=6;SAR=3;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147141;STB=0.594683;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0796615;OID=.;OPOS=3075504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:71:61:64:9:7:0.0985915:3:6:40:21:3:4:43:21 chr18 3075712 . C A 1138.77 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00992728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1391;QD=59.1569;RBI=0.0551505;REFB=0.0164141;REVB=-0.0542497;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099631;STB=0.505262;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.00233026;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:29:47:1:0:29:47:1:0 chr18 3168816 . G A 341.05 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.022029;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.141;QD=22.7368;RBI=0.0581499;REFB=-0.0132819;REVB=-0.0538158;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13722;STB=0.588183;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00776286;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:14:19:10:15:14:20:10:16 chr18 3173964 . G A 421.75 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0446037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9375;QD=26.3594;RBI=0.0460055;REFB=-0.0212967;REVB=-0.01127;RO=24;SAF=23;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233075;STB=0.512732;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00906735;OID=.;OPOS=3173964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:24:24:40:40:0.625:17:23:13:11:17:23:13:11 chr18 3176040 . C G 787.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105302;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.644;QD=57.2693;RBI=0.0231103;REFB=0;REVB=0.0205718;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17729e-05;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr18 3176063 . C T 401.07 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00531676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2425;QD=24.3073;RBI=0.0420996;REFB=-0.0257819;REVB=0.0417625;RO=26;SAF=23;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383535;STB=0.51437;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0176098;OID=.;OPOS=3176063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:27:39:39:0.590909:16:23:14:12:16:23:15:12 chr18 3188976 . A G 2306.14 PASS AF=1;AO=148;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416971;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.09;QD=61.0898;RBI=0.0432148;REFB=0;REVB=0.0113522;RO=0;SAF=42;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81008e-06;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:148:151:1:106:42:0:0:106:45:0:0 chr18 3215156 . C G 148.23 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0345977;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.053;QD=11.6262;RBI=0.0355743;REFB=-0.0476254;REVB=-0.00827821;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336381;STB=0.697761;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0419568;OID=.;OPOS=3215156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:19:14:13:5:19:14 chr18 3215158 . C G 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00276694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.63;QD=12.5792;RBI=0.0272588;REFB=-0.00654032;REVB=-0.027118;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255817;STB=0.650978;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0182344;OID=.;OPOS=3215158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:16:15:12:5:16:15 chr18 3256112 . A G 128.28 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00435379;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.248;QD=10.9178;RBI=0.00642828;REFB=-0.0104495;REVB=-0.00472941;RO=32;SAF=3;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380573;STB=0.730434;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0163279;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:12:3:16:16:12:3:16:16 chr18 3571217 . T C 795.57 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.739;QD=56.8267;RBI=0.124329;REFB=0;REVB=0.124275;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678617;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:18:37:0:1:19:37:0:0 chr18 3598067 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0352816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.158;QD=5.95778;RBI=0.0384795;REFB=-6.81184e-05;REVB=0.0153584;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71829e-05;OID=.;OPOS=3598067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:6:12:4:2:6:12 chr18 3656058 . T C 370.15 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00491097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.551;QD=30.2161;RBI=0.0228612;REFB=-0.00300404;REVB=0.0223274;RO=18;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128751;STB=0.570628;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00258217;OID=.;OPOS=3656058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:18:13:11:7:18:13:11:7 chr18 5292030 . A G 1114.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3665;QD=60.2545;RBI=0.0129375;REFB=0;REVB=-0.000710191;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99079e-05;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr18 5396258 . G A 177.57 PASS AF=0.257143;AO=25;DP=104;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.00365837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.414;QD=6.76473;RBI=0.0186143;REFB=-0.00203401;REVB=-0.0182513;RO=78;SAF=19;SAR=6;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2566;STB=0.603328;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00614808;OID=.;OPOS=5396258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:78:78:25:27:0.257143:6:19:45:33:8:19:45:33 chr18 5410574 . A G 783.77 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.355;QD=57.0013;RBI=0.038522;REFB=0;REVB=0.00365602;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72052e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr18 5630531 . G A 1526.89 PASS AF=0.972222;AO=105;DP=110;FAO=105;FDP=108;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0338234;FXX=0.0181802;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.821;QD=56.5515;RBI=0.0442116;REFB=-0.051557;REVB=0.0284718;RO=3;SAF=67;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172904;STB=0.509117;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000638285;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:108:3:3:105:105:0.972222:38:67:1:2:38:67:1:2 chr18 5891637 . C A 282.46 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=73;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00336694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.647;QD=14.6734;RBI=0.0151898;REFB=-0.0309164;REVB=-0.0148119;RO=39;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213608;STB=0.631786;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0290776;OID=.;OPOS=5891637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:39:44:30:33:0.428571:12:18:15:24:14:19:15:29 chr18 5955911 . C T 127.18 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0669552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.343;QD=11.562;RBI=0.0730039;REFB=-0.0115182;REVB=-0.029096;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422976;STB=0.512179;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0244283;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:16:12:7:8:16:13 chr18 5955932 . G A 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.016578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7826;QD=11.3324;RBI=0.0368658;REFB=-0.0219906;REVB=0.0329281;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178774;STB=0.510623;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0401369;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:15:12:6:8:15:12 chr18 5956145 . T C 134.93 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00190633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.31;QD=9.63756;RBI=0.00877786;REFB=-0.00745831;REVB=-0.00856836;RO=38;SAF=4;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511983;STB=0.801206;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.024609;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:14:4:26:12:14:4:26:12 chr18 5956238 . C T 100.58 PASS AF=0.25;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.0502814;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7371;QD=6.70544;RBI=0.0540057;REFB=-0.0100195;REVB=-0.0197077;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=36;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472722;STB=0.666481;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0223224;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:39:45:15:15:0.25:6:9:36:3:6:9:36:9 chr18 5960165 . G A 2255.06 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.176;QD=63.5229;RBI=0.031156;REFB=0;REVB=-0.0189686;RO=0;SAF=83;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41125e-06;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:59:83:0:0:59:83:0:0 chr18 6046717 . T C 2108.94 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632354;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6724;QD=62.9534;RBI=0.0207775;REFB=0;REVB=0.0197918;RO=0;SAF=84;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67304e-05;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:134:0:0:134:134:1:50:84:0:0:50:84:0:0 chr18 6455000 . C T 181.35 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=81;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.014803;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.553;QD=9.182;RBI=0.0318218;REFB=-0.0355126;REVB=0.0281691;RO=57;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598531;STB=0.522732;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0635158;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:57:55:24:24:0.303797:11:13:28:29:11:13:28:27 chr18 6455037 . T C 204.04 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00209327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.47;QD=10.4635;RBI=0.0526312;REFB=-0.00992542;REVB=-0.0525896;RO=52;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658911;STB=0.538432;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0591413;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:12:14:25:27:12:14:25:27 chr18 6851058 . C G 1601.66 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0949;QD=59.8751;RBI=0.0337844;REFB=0;REVB=0.0216265;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204761;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:46:60:0:0:46:61:0:0 chr18 6889973 . A G 710.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.065;QD=54.6309;RBI=0.0193717;REFB=0.0577046;REVB=0.016109;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177671;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000161555;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:26:25:0:1:26:25:0:1 chr18 6890434 . A G 990.45 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.303;QD=59.1314;RBI=0.0349892;REFB=0;REVB=0.0233373;RO=0;SAF=53;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48592e-05;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:14:53:0:0:14:53:0:0 chr18 6898487 . A T 36.2 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00803308;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.2549;QD=3.2182;RBI=0.0638428;REFB=-0.032486;REVB=0.0633354;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108265;STB=0.560336;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.101207;OID=.;OPOS=6898487;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:46:45:25:38:7:7:0.155556:4:3:13:12:4:3:19:19 chr18 6912143 . A C 685.0 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4251;QD=62.2727;RBI=0.0871443;REFB=0;REVB=-0.0165769;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926505;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 114.84 PASS AF=0.25;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0311916;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=12;MLLD=289.906;QD=6.75539;RBI=0.0326095;REFB=-0.0060547;REVB=0.00951105;RO=35;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431167;STB=0.704323;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=0.0208383;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:17:60:17:68:51:14:3:31:20:99:35:14:3:17:18 chr18 6977844 . A G 212.59 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0355344;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8944;QD=12.3241;RBI=0.0381898;REFB=-0.0158138;REVB=-0.0139918;RO=43;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122254;STB=0.507037;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0350368;OID=.;OPOS=6977844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:43:43:26:26:0.376812:16:10:17:26:16:10:17:26 chr18 6980523 . T C 988.76 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158793;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.574;QD=56.5007;RBI=0.0159143;REFB=-0.038169;REVB=0.00105501;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513154;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=8.09163e-06;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:70:0:2:68:68:0.971429:31:37:0:0:31:37:2:0 chr18 6985631 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.208;QD=44.6895;RBI=0.0449076;REFB=0;REVB=0.0438644;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735427;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr18 6999628 . T C 207.77 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00710203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9301;QD=17.6822;RBI=0.0435535;REFB=-0.0160228;REVB=-0.0429706;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604045;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0219046;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:14:12:11:10:14:12 chr18 7008583 . A C 383.47 PASS AF=0.72093;AO=25;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.103139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.007;QD=35.6713;RBI=0.109327;REFB=-0.0633714;REVB=-0.0362571;RO=11;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109397;STB=0.52335;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.031803;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:43:11:11:25:31:0.72093:14:11:7:4:14:17:7:4 chr18 7011413 . G A 337.85 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00901009;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.61;QD=25.0259;RBI=0.00989444;REFB=-0.0167371;REVB=-0.0040888;RO=21;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313503;STB=0.501721;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00747791;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:21:21:33:33:0.611111:19:14:9:12:19:14:9:12 chr18 7012123 . A G 74.63 PASS AF=0.4;AO=8;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0146106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.818;QD=11.9413;RBI=0.0162499;REFB=-0.00100434;REVB=0.00711249;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481223;STB=0.523317;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0050358;OID=.;OPOS=7012123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:15:15:8:10:0.4:3:5:10:5:3:7:10:5 chr18 7017322 . A G 232.61 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=18;FWDB=-0.0166894;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.2;QD=10.1133;RBI=0.0166924;REFB=-0.0216004;REVB=-0.000316049;RO=63;SAF=19;SAR=10;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790351;STB=0.546044;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0491703;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:63:63:29:29:0.315217:10:19:45:18:10:19:45:18 chr18 7023371 . A G 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00273473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9506;QD=11.5623;RBI=0.0466881;REFB=-0.0210167;REVB=-0.0466079;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129549;STB=0.507682;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0378951;OID=.;OPOS=7023371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:8:21:11:4:8:21 chr18 7033037 . G A 136.2 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.125464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.757;QD=10.4766;RBI=0.127632;REFB=-0.0245975;REVB=-0.0234281;RO=32;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233577;STB=0.664239;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0394108;OID=.;OPOS=7033037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:32:35:17:17:0.326923:11:6:18:14:11:6:21:14 chr18 7034508 . T G 125.09 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0669448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7937;QD=8.93481;RBI=0.0919816;REFB=0.00485252;REVB=0.0630795;RO=39;SAF=16;SAR=1;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519195;STB=0.828162;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00548377;OID=.;OPOS=7034508;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:1:16:27:12:1:16:27:12 chr18 7567803 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.22;QD=51.1845;RBI=0.100418;REFB=0;REVB=0.0979443;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591455;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr18 8370933 . G T 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0132265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.104;QD=9.82564;RBI=0.0152788;REFB=-0.0115098;REVB=-0.00764878;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14451;STB=0.584581;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0268341;OID=.;OPOS=8370933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:11:12:19:29:11:12:19:29 chr18 8471976 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0712;QD=63.5786;RBI=0.0420469;REFB=0;REVB=0.0155407;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691937;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr18 8472047 . C T 253.37 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0137652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3034;QD=28.1527;RBI=0.0611388;REFB=-0.0106601;REVB=-0.059569;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382007;STB=0.532106;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0139693;OID=.;OPOS=8472047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:23:23:0.638889:14:9:4:8:14:9:4:9 chr18 8545736 . A G 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0266491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.94;QD=11.082;RBI=0.0269974;REFB=-0.026573;REVB=-0.00432241;RO=39;SAF=13;SAR=9;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214969;STB=0.628467;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0522443;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:9:13:30:9:9:13:31:9 chr18 8545785 . A G 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0275368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.64;QD=11.9712;RBI=0.0404588;REFB=-0.0022577;REVB=-0.0296419;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246753;STB=0.64271;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00338194;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:7:10:26:7:7:10:26:7 chr18 8545823 . T C 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0111998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5614;QD=11.6169;RBI=0.0182701;REFB=-0.0151227;REVB=-0.0144347;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04613;STB=0.526998;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0198427;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:6:13:22:12:6:13:22:12 chr18 8545859 . A G 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0220773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.463;QD=13.579;RBI=0.0310566;REFB=-0.00191013;REVB=-0.0218427;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.569648;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00173921;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:17:11:5:12:17:11 chr18 8720092 . G T 50.95 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0174109;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1495;QD=4.85281;RBI=0.116287;REFB=-0.00779072;REVB=-0.114976;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193657;STB=0.642529;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0217879;OID=.;OPOS=8720092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:35:34:8:8:0.190476:4:4:23:12:4:4:23:11 chr18 8783835 . T C 171.58 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0438485;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.352;QD=15.598;RBI=0.0438668;REFB=-0.0313715;REVB=-0.00126654;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14173;STB=0.568107;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0369946;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:25:26:18:18:0.409091:9:9:16:9:9:9:16:10 chr18 8784370 . A G 1790.89 PASS AF=0.983471;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000934963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.139;QD=59.2029;RBI=0.0165562;REFB=0.0176991;REVB=-0.0165298;RO=2;SAF=51;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218539;STB=0.501058;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.000267078;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:2:2:118:119:0.983471:67:51:1:1:67:52:1:1 chr18 8784612 . A G 377.82 PASS AF=0.642857;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0627154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6496;QD=26.987;RBI=0.0635092;REFB=-0.0286092;REVB=0.0100099;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023776;STB=0.517847;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0129539;OID=.;OPOS=8784612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:20:35:36:0.642857:18:17:9:11:18:18:9:11 chr18 8809445 . G C 660.81 PASS AF=0.607843;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0151976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1002;QD=25.914;RBI=0.0331178;REFB=-0.0263751;REVB=0.0294249;RO=38;SAF=37;SAR=25;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025443;STB=0.521862;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0155358;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:40:62:62:0.607843:25:37:24:14:25:37:26:14 chr18 8813046 . A C 690.44 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=81;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0127252;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.077;QD=34.9588;RBI=0.0190912;REFB=-0.0485771;REVB=0.0142319;RO=21;SAF=30;SAR=27;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251082;STB=0.519993;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0227257;OID=.;OPOS=8813046;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:21:22:57:57:0.721519:27:30:10:11:27:30:10:12 chr18 8825399 . C T 294.85 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.00640753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.548;QD=12.8197;RBI=0.0124067;REFB=-0.0047083;REVB=-0.0106241;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180158;STB=0.60254;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0102091;OID=.;OPOS=8825399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:16:18:40:18:16:18:40:18 chr18 8826083 . G C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00710555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.634;QD=7.66793;RBI=0.0133791;REFB=-0.0154526;REVB=-0.0113363;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135648;STB=0.575628;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0444155;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:4:8:19:15:4:8:20:15 chr18 9117867 . T C 502.38 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0106446;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.958;QD=21.8426;RBI=0.0109392;REFB=-0.0263791;REVB=0.00252175;RO=44;SAF=20;SAR=28;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271548;STB=0.514975;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0246614;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:44:48:48:0.521739:28:20:17:27:28:20:17:27 chr18 9254445 . G GA 32.0 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.129023;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6845;QD=4.74091;RBI=0.130142;REFB=-0.0569983;REVB=0.0170297;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=ins;VARB=0.0712633;OID=.;OPOS=9254446;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:27:10:27:17:7:3:11:6:32:17:7:3:11:6 chr18 9255982 . A G 174.61 PASS AF=0.413043;AO=14;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0789144;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.1083;QD=15.1836;RBI=0.142068;REFB=-0.0114368;REVB=-0.118135;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.553644;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00571329;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:27:14:19:0.413043:6:8:8:10:11:8:9:18 chr18 9518126 . G A 1553.93 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0340314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2973;QD=58.0907;RBI=0.0347463;REFB=0.0405893;REVB=-0.0070123;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000247163;OID=.;OPOS=9518126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:54:51:0:1:54:52:0:1 chr18 9536755 . T TA 36.02 PASS AF=0.111111;AO=13;DP=109;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0122812;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.3023;QD=1.33407;RBI=0.0137582;REFB=-0.000581112;REVB=-0.00620154;RO=92;SAF=12;SAR=1;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615056;STB=0.847657;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.0321945;OID=.;OPOS=9536756;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:13:109:12:108:96:10:2:41:55:36:92:12:1:37:55 chr18 9562042 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.027;QD=60.9779;RBI=0.0232519;REFB=0;REVB=-0.0048738;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.2855e-05;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr18 9618005 . A G 300.67 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05057;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.655;QD=50.1115;RBI=0.0793927;REFB=-0.10784;REVB=0.0612035;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0155583;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:0:1:23:23:0.958333:12:11:0:0:12:11:1:0 chr18 9618049 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.03;QD=56.1913;RBI=0.04172;REFB=0;REVB=-0.0414129;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114779;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr18 9887856 . GG CA 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00437426;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=202.062;QD=31.7189;RBI=0.00988768;REFB=-0.00871713;REVB=-0.00886748;RO=17;SAF=20;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634461;STB=0.534737;STBP=0.497;TYPE=mnp;VARB=0.00580768;OID=.;OPOS=9887856;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:12:20:9:8:12:20:9:8 chr18 9888069 . A G 234.89 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0365999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5223;QD=9.21138;RBI=0.0382273;REFB=-0.017103;REVB=0.0110351;RO=71;SAF=13;SAR=18;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305865;STB=0.517951;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0162971;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:71:71:31:31:0.303922:18:13:28:43:18:13:28:43 chr18 10454960 . C G 607.56 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2678;QD=60.7559;RBI=0.077192;REFB=0;REVB=-0.0621639;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244225;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:12:28:0:0 chr18 10487918 . C T 1572.89 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.632;QD=59.9198;RBI=0.0228788;REFB=0;REVB=0.021734;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97981e-05;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:38:67:0:0:38:67:0:0 chr18 10741011 . G A 798.97 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0112661;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.699;QD=52.3915;RBI=0.0200804;REFB=-0.087118;REVB=0.0166222;RO=3;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656511;STB=0.534871;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0023344;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:3:3:58:58:0.95082:20:38:0:3:20:38:0:3 chr18 10748603 . A T 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.36;QD=56.4872;RBI=0.0323634;REFB=-0.0375133;REVB=0.0114584;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0011394;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr18 10752666 . C T 702.43 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.051;QD=59.7816;RBI=0.039188;REFB=-0.0851215;REVB=-0.0146088;RO=1;SAF=30;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154053;STB=0.507933;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00136251;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:14:30:1:0:15:31:1:0 chr18 10758023 . G A 1161.71 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.256;QD=58.0854;RBI=0.0117829;REFB=0.0173636;REVB=0.000525337;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133317;STB=0.501295;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=2.64243e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:35:43:0:1:35:43:1:1 chr18 10762962 . G A 1213.07 PASS AF=0.943182;AO=82;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0476069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7833;QD=55.1393;RBI=0.0481525;REFB=-0.0468379;REVB=-0.00722792;RO=6;SAF=49;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056994;STB=0.535203;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0379489;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:88:6:5:82:83:0.943182:33:49:1:5:33:50:0:5 chr18 10763007 . T C 1074.0 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7242;QD=59.6669;RBI=0.0106338;REFB=0;REVB=0.00362796;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98103e-05;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:37:34:0:0:38:34:0:0 chr18 10787047 . G A 345.48 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067813;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.558;QD=55.2768;RBI=0.0133671;REFB=0;REVB=-0.0115193;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348385;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:6:18:0:0:6:19:0:0 chr18 11609754 . G A,C 798.26 PASS AF=0.904762,0.047619;AO=55,3;DP=63;FAO=57,3;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=32,3;FSAR=25,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0439216,0.0959096;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.315,30.6762;QD=50.6831;RBI=0.0461188,0.0974214;REFB=-0.047831,-0.1316;REVB=0.0140656,0.017096;RO=3;SAF=30,3;SAR=25,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0448351,0;STB=0.52238,0.5;STBP=0.158,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000499598,0.0815916;OID=.,.;OPOS=11609754,11609754;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:63:3:3:55,3:57,3:0.904762,0.047619:25,0:30,3:3:0:25,0:32,3:3:0 chr18 11609863 . G A,C 1501.6 PASS AF=0.94898,0.0408163;AO=93,4;DP=98;FAO=93,4;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51,1;FSAR=42,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144812,-0.00774677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.601,164.054;QD=61.2898;RBI=0.0203927,0.0175415;REFB=-0.136449,0.0467528;REVB=0.0143582,-0.0157383;RO=0;SAF=51,1;SAR=42,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.8776e-08,-4.86674e-08;STB=0.504853,0.665771;STBP=0.485,0.27;TYPE=snp,snp;VARB=0.000174691,0.160819;OID=.,.;OPOS=11609863,11609863;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:98:98:0:1:93,4:93,4:0.94898,0.0408163:42,3:51,1:0:0:42,3:51,1:1:0 chr18 11609903 . CA GG 1476.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435252;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=311.844;QD=62.8157;RBI=0.0457008;REFB=0;REVB=0.0139329;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000272602;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:94:0:0:90:94:1:44:46:0:0:45:49:0:0 chr18 11610052 . T C 1080.21 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.627;QD=60.0116;RBI=0.00669935;REFB=0;REVB=-6.54875e-05;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04898e-05;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr18 11610073 . G A 1264.72 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.23;QD=61.6939;RBI=0.0379416;REFB=0;REVB=0.00473061;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138703;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:33:49:0:0:33:49:0:0 chr18 11610163 . G C 1243.96 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0674312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2158;QD=57.8585;RBI=0.0679359;REFB=-0.0189993;REVB=0.00826623;RO=3;SAF=38;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013867;STB=0.507326;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00715163;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:45:38:2:1:45:38:2:1 chr18 11610349 . G A 599.91 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4188;QD=59.9907;RBI=0.106847;REFB=0;REVB=0.0780721;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543665;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:15:21:0:0:19:21:0:0 chr18 11610362 . G C 362.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133018;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=175.992;QD=55.7001;RBI=0.0133592;REFB=0;REVB=-0.00123704;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110421;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr18 11610382 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9235;QD=49.5985;RBI=0.0357253;REFB=0;REVB=0.0316429;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076204;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr18 11619541 . G C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0321211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.85;QD=11.4397;RBI=0.0333477;REFB=0.0277237;REVB=0.00896115;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48899;STB=0.791819;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00426585;OID=.;OPOS=11619541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:10:4:7:2:10:4 chr18 11619552 . C T 223.25 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.807;QD=49.6108;RBI=0.0771208;REFB=0;REVB=0.0577838;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951077;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:3:11:0:0:5:13:0:0 chr18 11619799 . ATGTTGTT ATGTT,ATGTTGAG 1157.3 PASS AF=1,0;AO=68,3;DP=82;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355181,0.00614697;FXX=0.0253133;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=166.27,74.2569;QD=60.1193;RBI=0.075899,0.0490203;REFB=0,0;REVB=0.0670754,-0.0486334;RO=0;SAF=28,0;SAR=40,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000177587,0;OID=.,.;OPOS=11619800,11619805;OREF=TGT,TT;OALT=-,AG;OMAPALT=ATGTT,ATGTTGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:68,3:82:77,0:77:0:36,0:41,0:0:0:6:0:28,0:40,3:0:0 chr18 11619908 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0073;QD=33.4285;RBI=0.132525;REFB=0;REVB=0.0178607;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00954072;OID=.;OPOS=11619908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr18 11625886 . T C 1480.58 PASS AF=0.962617;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00367099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0233;QD=55.3488;RBI=0.00533605;REFB=-0.0369598;REVB=-0.00387263;RO=2;SAF=45;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206186;STB=0.511856;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000999663;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:2:4:103:103:0.962617:58:45:2:0:58:45:3:1 chr18 11639356 . G C 2498.66 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115482;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.915;QD=61.6952;RBI=0.0547825;REFB=0;REVB=0.0535515;RO=0;SAF=98;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.73103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:162:0:0:162:162:1:64:98:0:0:64:98:0:0 chr18 11853053 . A G 816.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.984;QD=57.2912;RBI=0.0595585;REFB=0;REVB=0.040531;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120264;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:54:57:1:18:36:0:0:20:37:0:0 chr18 11853731 . A G 1125.6 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00557244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.75;QD=60.0318;RBI=0.0122998;REFB=0;REVB=0.010965;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34725e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:32:41:0:0:33:42:0:0 chr18 11886563 . C G 743.46 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0129368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.747;QD=29.7384;RBI=0.0131221;REFB=-0.0305368;REVB=0.00219784;RO=37;SAF=39;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130233;STB=0.570709;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.014755;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:37:63:63:0.63:24:39:16:21:24:39:16:21 chr18 11897016 . T C 52.24 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.13518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9079;QD=7.20592;RBI=0.19184;REFB=-0.0162722;REVB=-0.136121;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.762067;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0171026;OID=.;OPOS=11897016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:29:29:18:21:8:8:0.275862:2:6:7:11:2:6:8:13 chr18 11999115 . T C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.057232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8329;QD=7.12537;RBI=0.0636566;REFB=0.00785186;REVB=-0.0278686;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256863;STB=0.658146;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0246209;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:14:4:3:4:14:4 chr18 12094031 . G T 614.41 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9502;QD=61.4408;RBI=0.139745;REFB=0;REVB=0.0164197;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280506;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:16:20:0:0:16:24:0:0 chr18 12107348 . G A 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0536786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.975;QD=16.0417;RBI=0.0863649;REFB=-0.00995166;REVB=-0.0676573;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771737;STB=0.544455;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0127579;OID=.;OPOS=12107348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:6:13:16:10:6:13:16:10 chr18 12254956 . G A 630.95 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0163773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2612;QD=26.8488;RBI=0.0172549;REFB=-0.0111369;REVB=0.00543277;RO=38;SAF=41;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134309;STB=0.573528;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0108936;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:15:41:22:16:15:41:22:16 chr18 12274104 . G T 642.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.551;QD=61.2064;RBI=0.0819407;REFB=0;REVB=0.0497868;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437414;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:8:31:0:0:9:33:0:0 chr18 12308273 . G T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.768;QD=26.0262;RBI=0.0139481;REFB=-0.0669961;REVB=0.00292906;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0508731;OID=.;OPOS=12308273;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr18 12308793 . G C 3747.75 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275564;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.155;QD=63.2532;RBI=0.0508814;REFB=0;REVB=0.0427733;RO=0;SAF=135;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206471;OID=.;OPOS=12308793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:236:237:0:0:235:237:1:100:135:0:0:101:136:0:0 chr18 12533466 . G A,GA 30.18 PASS AF=0,0.119403;AO=4,10;DP=67;FAO=0,8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00538682,0.0663092;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=32.5546,13.8761;QD=1.80171;RBI=0.0207187,0.0682573;REFB=-0.0343693,-0.104498;REVB=-0.0200062,0.016191;RO=53;SAF=1,0;SAR=3,10;SRF=34;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.379621,-0.747613;STB=0.5,0.88355;STBP=1,0.038;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.187552;OID=.,.;OPOS=12533466,12533467;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:67:67:53:59:4,10:0,8:0,0.119403:3,10:1,0:34:19:0,7:0,1:34:25 chr18 12658600 . A G 379.58 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=128;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.00130198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=325.701;QD=11.8619;RBI=0.0165426;REFB=-0.00782037;REVB=-0.0164913;RO=82;SAF=26;SAR=20;SRF=45;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186666;STB=0.510678;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0127134;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:82:82:46:46:0.359375:20:26:45:37:20:26:45:37 chr18 12662148 . G A 203.21 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00418483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9694;QD=10.2892;RBI=0.00581003;REFB=-0.00316648;REVB=-0.00403035;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253191;STB=0.647979;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0148029;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:9:17:23:30:9:17:23:30 chr18 12718592 . CA CG,TC 88.95 PASS AF=0.225806,0;AO=14,3;DP=63;FAO=14,0;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=4,0;FSAR=10,0;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0385909,-0.0562262;FXX=0.0158705;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=68.3285,34.8541;QD=5.73844;RBI=0.0389621,0.0609889;REFB=-0.0090145,-0.0164466;REVB=-0.00536525,-0.0236277;RO=44;SAF=4,3;SAR=10,0;SRF=25;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.344082,0.461998;STB=0.739578,0.5;STBP=0.059,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0436977,0;OID=.,.;OPOS=12718593,12718592;OREF=A,CA;OALT=G,TC;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:44:48:14,3:14,0:0.225806,0:10,0:4,3:25:19:10,0:4,0:29:19 chr18 12760740 . T A 393.89 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0555604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5579;QD=34.2515;RBI=0.0570527;REFB=-0.0247015;REVB=0.0129636;RO=13;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449809;STB=0.534225;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0125546;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:14:32:32:0.695652:15:17:8:5:15:17:9:5 chr18 12978803 . A G 297.52 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.000195562;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.698;QD=10.6258;RBI=0.014574;REFB=-0.00403789;REVB=0.0145727;RO=73;SAF=24;SAR=14;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990807;STB=0.553455;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00651178;OID=.;OPOS=12978803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:73:74:38:38:0.339286:14:24:40:33:14:24:41:33 chr18 12984144 . C A 357.88 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6176;QD=55.0584;RBI=0.0641057;REFB=0;REVB=0.00426502;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122735;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr18 13056682 . G A 340.79 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.148;QD=54.5257;RBI=0.0339024;REFB=0;REVB=0.0333855;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100023;OID=.;OPOS=13056682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr18 13068109 . G A 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00454058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.669;QD=56.4168;RBI=0.00896111;REFB=0.0922979;REVB=-0.00772558;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-9.05177e-06;OID=.;OPOS=13068109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:29:33:0:0:29:33:0:1 chr18 13068132 . T C 839.1 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.445;QD=57.8688;RBI=0.141747;REFB=0;REVB=0.0307283;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308804;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:48:58:1:26:22:0:0:26:32:0:0 chr18 13069782 . C T 328.09 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.092;QD=50.4755;RBI=0.0469147;REFB=-0.0188812;REVB=0.045455;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00122166;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:0:1:12:13:0:1 chr18 13095591 . G A 1849.32 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317516;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.846;QD=60.6333;RBI=0.0330509;REFB=0.00705173;REVB=0.00917579;RO=1;SAF=52;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693477;STB=0.503596;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=8.99505e-05;OID=.;OPOS=13095591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:122:1:1:120:121:0.991803:68:52:0:1:69:52:0:1 chr18 13095609 . T C 1719.37 PASS AF=0.982906;AO=116;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0258536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.407;QD=58.7818;RBI=0.0423841;REFB=0.0251313;REVB=0.0335858;RO=1;SAF=54;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871341;STB=0.509258;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000306719;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:1:2:116:115:0.982906:62:54:1:0:62:53:2:0 chr18 13116432 . G T 2853.52 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735828;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.02;QD=62.7148;RBI=0.00736307;REFB=0.0155778;REVB=0.000265552;RO=1;SAF=80;SAR=101;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49922e-05;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:182:1:0:181:182:1:101:80:1:0:101:81:0:0 chr18 13650245 . T TTGC 94.76 PASS AF=0.238095;AO=14;DP=75;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0412895;FXX=0.0454477;HRUN=3;LEN=3;MLLD=205.557;QD=6.01657;RBI=0.0433451;REFB=-0.0346778;REVB=-0.01319;RO=60;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130527;STB=0.561208;STBP=0.625;TYPE=ins;VARB=0.106056;OID=.;OPOS=13650246;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:14:75:15:63:48:6:9:23:25:94:60:6:8:32:28 chr18 13715334 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.123443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.091;QD=14.6497;RBI=0.12396;REFB=-0.026413;REVB=0.0113004;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453628;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0276053;OID=.;OPOS=13715334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:13:6:5:9:13:6 chr18 13760290 . T C 369.29 PASS AF=0.415842;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.00398663;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0968;QD=14.6253;RBI=0.014198;REFB=-0.0137239;REVB=-0.0136268;RO=60;SAF=25;SAR=17;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232865;STB=0.519459;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0163292;OID=.;OPOS=13760290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:59:42:42:0.415842:17:25:37:23:17:25:37:22 chr18 13826007 . G T 288.52 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0261809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.955;QD=13.7389;RBI=0.0262099;REFB=-0.0124553;REVB=-0.00123238;RO=51;SAF=10;SAR=23;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840082;STB=0.548039;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0190564;OID=.;OPOS=13826007;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:23:10:19:32:23:10:19:32 chr18 13826508 . C T 169.09 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0129613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.789;QD=8.67122;RBI=0.0142555;REFB=-0.0102718;REVB=-0.00593507;RO=55;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365589;STB=0.52172;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.022158;OID=.;OPOS=13826508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:12:11:28:27:12:11:28:27 chr18 13826837 . A C 43.5 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.017919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.807;QD=7.56582;RBI=0.0226987;REFB=-0.0132123;REVB=0.0139335;RO=16;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815185;STB=0.631241;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0199585;OID=.;OPOS=13826837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:21:23:16:16:5:7:0.304348:4:1:4:12:4:3:4:12 chr18 14105016 . C A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.829;QD=51.5079;RBI=0.0809858;REFB=0.0159246;REVB=-0.0800511;RO=1;SAF=22;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206567;STB=0.511103;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000536948;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:4:22:1:0:4:22:1:0 chr18 14105853 . C A 999.26 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.298;QD=58.78;RBI=0.0261451;REFB=0;REVB=-0.0221818;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442838;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:28:39:0:0:28:40:0:0 chr18 14105923 . T C 803.84 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301163;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=266.922;QD=55.4371;RBI=0.0310581;REFB=-0.024156;REVB=0.00759046;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=2.15816e-06;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:1:0:25:32:1:0 chr18 14186497 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.958;QD=57.3858;RBI=0.00251908;REFB=0;REVB=9.57949e-05;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38817e-06;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr18 14187255 . A T 130.47 PASS AF=0.5;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0504295;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.781;QD=18.6382;RBI=0.0533232;REFB=-0.0135491;REVB=0.0173271;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069643;STB=0.539717;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0121515;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:28:14:14:14:14:0.5:5:9:10:4:5:9:10:4 chr18 14187273 . C G 189.15 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00847629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.519;QD=21.0167;RBI=0.0149138;REFB=-0.00310406;REVB=-0.0122708;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.550405;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00266122;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:7:11:9:8:7:12:9:8 chr18 14187304 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00564174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.593;QD=20.6011;RBI=0.00909071;REFB=-0.0150466;REVB=0.00712824;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0164033;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:10:9:8:12:10:9 chr18 14187327 . T G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0290547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.658;QD=14.2614;RBI=0.0290628;REFB=-0.000881478;REVB=0.000682992;RO=23;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22245;STB=0.642673;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00125801;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:5:11:11:12:5:11:11:13 chr18 14513675 . T C 34.32 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=0.0284876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.748;QD=2.21422;RBI=0.0292485;REFB=0.00571127;REVB=0.00662803;RO=55;SAF=3;SAR=4;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263813;STB=0.692837;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0394257;OID=.;OPOS=14513675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:4:3:36:19:4:3:36:19 chr18 14524966 . T C 352.45 PASS AF=0.338462;AO=44;DP=130;FAO=44;FDP=130;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=0.0354516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5247;QD=10.8447;RBI=0.0487578;REFB=0.00555043;REVB=0.033474;RO=86;SAF=21;SAR=23;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163389;STB=0.593599;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0104832;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:86:86:44:44:0.338462:23:21:29:57:23:21:29:57 chr18 14537949 . A G 352.96 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00137697;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.037;QD=18.1008;RBI=0.00448942;REFB=-0.0112265;REVB=-0.00427304;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270842;STB=0.602785;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0113435;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:41:37:37:0.474359:20:17:6:30:20:17:11:30 chr18 14542648 . C A 303.03 PASS AF=0.588235;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0118482;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.446;QD=23.7673;RBI=0.0407144;REFB=-0.00309666;REVB=0.0389523;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544233;STB=0.517869;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00172514;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:28:30:0.588235:12:16:10:10:13:17:11:10 chr18 14542979 . A G 35.3 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=5.53225e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.884;QD=5.04225;RBI=0.0573407;REFB=-0.00568371;REVB=-0.0573407;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152984;STB=0.5997;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0141889;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:17:5:2:4:17:5 chr18 14543057 . T G 512.58 PASS AF=0.676471;AO=43;DP=67;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0106039;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.94;QD=30.1515;RBI=0.0205958;REFB=-0.0267189;REVB=0.0176563;RO=23;SAF=30;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339894;STB=0.519903;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0133917;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:23:22:43:46:0.676471:13:30:15:8:15:31:16:6 chr18 14543098 . C T 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00330315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.479;QD=21.0641;RBI=0.0158399;REFB=-0.0147529;REVB=-0.0154917;RO=39;SAF=28;SAR=16;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00429293;STB=0.511623;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0146796;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:39:41:44:44:0.517647:16:28:25:14:16:28:27:14 chr18 14543139 . T C 338.35 PASS AF=0.486486;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0248682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.13;QD=18.2893;RBI=0.0408784;REFB=-0.0311641;REVB=-0.0324441;RO=38;SAF=24;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809087;STB=0.555128;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0425882;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:38:38:34:36:0.486486:10:24:24:14:10:26:24:14 chr18 14752957 . G A 480.08 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.0136109;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.705;QD=23.4187;RBI=0.0138345;REFB=-0.00125106;REVB=0.00247733;RO=36;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139202;STB=0.571399;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00077998;OID=.;OPOS=14752957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:36:36:45:46:0.560976:20:25:26:10:20:26:26:10 chr18 14759244 . G C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00813791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.332;QD=10.1032;RBI=0.0502109;REFB=0.00545086;REVB=-0.049547;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315292;STB=0.685623;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00778773;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:6:14:17:23:6:14:17:23 chr18 14779969 . C G 97.31 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.001307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.83;QD=5.0553;RBI=0.0211289;REFB=-0.006332;REVB=-0.0210884;RO=59;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187813;STB=0.606423;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0268178;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:75:77:59:61:16:16:0.207792:10:6:31:28:10:6:31:30 chr18 14796214 . G T 152.25 PASS AF=0.358491;AO=17;DP=51;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00516608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.738;QD=11.4905;RBI=0.00688819;REFB=-0.014418;REVB=-0.00455618;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323995;STB=0.674241;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0324428;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:34:17:19:0.358491:6:11:12:22:7:12:12:22 chr18 14848820 . C T 646.99 PASS AF=0.864407;AO=51;DP=59;FAO=51;FDP=59;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00779015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.698;QD=43.8635;RBI=0.0397821;REFB=-4.04591e-05;REVB=0.0390119;RO=7;SAF=23;SAR=28;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051196;STB=0.51042;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=7.30057e-05;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:7:8:51:51:0.864407:28:23:3:4:28:23:3:5 chr18 18529872 . A G 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0196077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.185;QD=6.02723;RBI=0.0206234;REFB=-0.00686147;REVB=-0.00639227;RO=31;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304634;STB=0.69952;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0310995;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:2:7:17:14:2:7:17:14 chr18 18529880 . G A 69.64 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0239806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.092;QD=6.47799;RBI=0.0278388;REFB=-0.0129754;REVB=-0.0141397;RO=33;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197288;STB=0.626602;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0453942;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:3:7:18:15:3:7:18:15 chr18 19034556 . T C 1556.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.567;QD=59.8628;RBI=0.0673071;REFB=0;REVB=0.000569577;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70629e-05;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:39:65:0:0:39:65:0:0 chr18 19079853 . A G 1476.31 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.787;QD=62.1605;RBI=0.0483307;REFB=-0.0337855;REVB=0.0344003;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00016515;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:49:45:0:0:49:45:1:0 chr18 19100758 . A ATCT 183.99 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0138945;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=3;MLLD=194.766;QD=13.8864;RBI=0.0235004;REFB=-0.0383265;REVB=-0.0189528;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33113;STB=0.678773;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=0.0401928;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415094:21:53:22:53:31:8:14:21:10:99:31:8:13:22:9 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATACAC,GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 609.86 PASS AF=0.0408163,0.795918,0.142857;AO=3,24,6;DP=69;FAO=2,39,7;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=2,28,5;FSAR=0,11,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0303062,0.192301,-0.00827161;FXX=0.299957;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=68.8814,57.6997,52.3832;QD=49.7848;RBI=0.0483825,0.240221,0.0239571;REFB=-0.0490647,-0.108752,-0.0860481;REVB=0.0377147,0.143968,0.0224838;RO=3;SAF=3,14,4;SAR=0,10,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0894972,-0.236104;STB=0.5,0.508767,0.54533;STBP=1,0.603,0.646;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.149618,0.0227311,0.0785507;OID=.,.,.;OPOS=19119990,19119975,19119992;OREF=TAT,AT,T;OALT=CAC,-,C;OMAPALT=GATATATATATATATACAC,GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0408163,0.795918,0.142857:3,24,6:69:2,39,7:49:1:2,28,5:0,11,2:1:0:37:3:3,14,4:0,10,2:3:0 chr18 19153494 . C T 760.47 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.627;QD=56.3313;RBI=0.014558;REFB=0;REVB=-0.014362;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068697;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:25:27:0:0:25:29:0:0 chr18 19154143 . G A 223.13 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.083;QD=49.5853;RBI=0.0572811;REFB=0;REVB=-0.0130241;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000898244;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr18 19243664 . A G 105.79 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0604334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8258;QD=21.1586;RBI=0.0787811;REFB=-0.0396192;REVB=0.0505397;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280329;STB=0.630934;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0266243;OID=.;OPOS=19243664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:7:5:6:1:7:5:6:2 chr18 19373962 . T TATG 573.68 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958261;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=224.186;QD=60.3877;RBI=0.0114451;REFB=0;REVB=-0.00625813;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.02543e-05;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:40:38:38:0:20:18:0:0:4:2:19:18:1:1 chr18 19373993 . G A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00411743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.73;QD=24.7085;RBI=0.0199832;REFB=-0.0173612;REVB=0.0195544;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0141383;OID=.;OPOS=19373993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:9:8:11:12:9:8 chr18 19397683 . C T 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00923892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.13;QD=20.072;RBI=0.0104961;REFB=-0.0184714;REVB=0.00498108;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114389;STB=0.506348;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0111895;OID=.;OPOS=19397683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:18:16:15:16:18:16:15:16 chr18 19449304 . A G 443.63 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0602285;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4824;QD=39.4338;RBI=0.112042;REFB=0.0173203;REVB=-0.0944776;RO=11;SAF=24;SAR=10;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371016;STB=0.520112;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00499943;OID=.;OPOS=19449304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:46:45:11:11:34:34:0.755556:10:24:7:4:10:24:7:4 chr18 19450386 . T C 53.7 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.011755;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.8111;QD=10.2286;RBI=0.0274626;REFB=-0.00102717;REVB=-0.0248197;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.602151;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00290397;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:20:21:12:13:7:8:0.380952:5:2:6:6:5:3:7:6 chr18 19508949 . G A 145.23 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.35;QD=44.6846;RBI=0.0353485;REFB=0;REVB=0.0038469;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000534242;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr18 19840623 . A G 770.54 PASS AF=0.982143;AO=56;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0762898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1381;QD=55.0382;RBI=0.0768534;REFB=-0.0336152;REVB=0.00929047;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00158824;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:56:55:0.982143:23:33:0:0:22:33:0:1 chr18 19995753 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.311;QD=59.0162;RBI=0.0197588;REFB=0;REVB=0.00044037;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43791e-05;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr18 19996011 . G A 170.29 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0216692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5142;QD=25.2284;RBI=0.039449;REFB=-0.0401252;REVB=0.0329647;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229166;STB=0.601656;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0228851;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:9:10:17:17:0.62963:8:9:8:1:8:9:8:2 chr18 20838286 . G T 132.53 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.221261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1401;QD=9.13974;RBI=0.224407;REFB=-0.018588;REVB=-0.0374464;RO=39;SAF=3;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49275;STB=0.802112;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0272087;OID=.;OPOS=20838286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:15:3:22:17:15:3:23:17 chr18 20953720 . G A 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0713749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0596;QD=24.1263;RBI=0.0873461;REFB=0.00933957;REVB=0.0503484;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00117355;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:6:5:11:6:6:5 chr18 21017836 . T C 442.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.014;QD=57.1362;RBI=0.0228131;REFB=0;REVB=0.00699809;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21668e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr18 21100240 . C T 1419.45 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=104;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.01687;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.47;QD=55.1243;RBI=0.0337901;REFB=-0.195994;REVB=0.0292776;RO=1;SAF=56;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839581;STB=0.507297;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00198314;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:103:1:4:99:99:0.961165:43:56:1:0:43:56:3:1 chr18 21109250 . T C 555.17 PASS AF=1;AO=11;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.481;QD=60.0179;RBI=0.0210853;REFB=0;REVB=0.0166467;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07662e-05;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:11:37:1:7:4:0:0:17:20:0:0 chr18 21111680 . GTTTTTT GTTTTTA,GTTTTT 198.04 PASS AF=0.0225564,0.451128;AO=8,54;DP=135;FAO=3,60;FDP=133;FR=.;FRO=70;FSAF=2,34;FSAR=1,26;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.0233057,-0.113743;FXX=0.0148137;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=260.685,8.3804;QD=5.9562;RBI=0.0236654,0.236635;REFB=-0.00279505,-0.0906335;REVB=-0.00411049,0.207505;RO=63;SAF=7,32;SAR=1,22;SRF=34;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.432514,0.0523739;STB=0.581961,0.510468;STBP=0.903,0.837;TYPE=snp,del;VARB=0.0118149,0.0663623;OID=.,.;OPOS=21111686,21111681;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GTTTTTA,GTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0225564,0.451128:8,54:135:3,60:133:70:2,34:1,26:41:29:99:63:7,32:1,22:34:29 chr18 21112206 . C T 159.72 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0323406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.329;QD=6.79639;RBI=0.0357565;REFB=0.00123503;REVB=-0.0152515;RO=71;SAF=14;SAR=9;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143789;STB=0.508764;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00434792;OID=.;OPOS=21112206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:9:14:44:27:9:14:44:27 chr18 21119777 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00307977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.236;QD=7.79553;RBI=0.00312754;REFB=-0.001535;REVB=-0.000544499;RO=51;SAF=16;SAR=4;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439624;STB=0.761628;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00678888;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:52:20:20:0.277778:4:16:23:28:4:16:24:28 chr18 21120444 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0183657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.033;QD=7.46507;RBI=0.0251239;REFB=0.00113793;REVB=0.0171439;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499583;STB=0.507226;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00222213;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:5:2:4:12:5:2:5:12 chr18 21124945 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.964;QD=62.6702;RBI=0.0581635;REFB=0;REVB=-0.0292391;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218996;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:23:16:0:0:27:17:0:0 chr18 21413869 . T C 478.0 PASS AF=0.381579;AO=53;DP=147;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.00885091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.224;QD=12.579;RBI=0.0098138;REFB=-0.0254012;REVB=-0.00423935;RO=94;SAF=37;SAR=16;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234171;STB=0.58782;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0394762;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:152:94:94:53:58:0.381579:16:37:47:47:21:37:47:47 chr18 21481233 . C G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00505589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.155;QD=25.4293;RBI=0.00972404;REFB=-0.0361942;REVB=0.00830632;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279309;STB=0.654541;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.041204;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:12:3:13:9:12:3 chr18 21511034 . C A 396.1 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0814574;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6872;QD=22.9624;RBI=0.0814576;REFB=0.0385687;REVB=-0.000179681;RO=24;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847282;STB=0.512353;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.0282061;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:24:30:39:39:0.565217:18:21:10:14:18:21:17:13 chr18 21511089 . A G 1491.37 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.515;QD=63.4626;RBI=0.0596159;REFB=0;REVB=-0.00510995;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11934e-05;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr18 21513768 . C T 521.56 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0119227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7544;QD=23.4407;RBI=0.0168542;REFB=0.00408384;REVB=0.0119128;RO=40;SAF=31;SAR=18;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153359;STB=0.508421;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00334762;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:18:31:26:14:18:31:26:14 chr18 21710321 . C T 1869.35 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.419;QD=61.2902;RBI=0.0290792;REFB=0;REVB=-0.0289662;RO=0;SAF=46;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82529e-06;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:122:0:0:119:122:1:73:46:0:0:73:49:0:0 chr18 21735784 . G A 70.73 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0291032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.904;QD=7.2539;RBI=0.0760871;REFB=-0.0112394;REVB=-0.0703011;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300493;STB=0.688737;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0326614;OID=.;OPOS=21735784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:13:16:3:7:13:16 chr18 21736933 . T G 593.15 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00178219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.185;QD=24.7144;RBI=0.00774104;REFB=-0.00210081;REVB=-0.0075331;RO=42;SAF=28;SAR=26;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232934;STB=0.512756;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00132512;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:26:28:23:19:26:28:23:19 chr18 21739725 . T C 92.88 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0112281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.475;QD=9.06173;RBI=0.0149908;REFB=0.0046488;REVB=0.00993248;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220447;STB=0.594984;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0125083;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:29:29:11:12:0.292683:4:7:13:16:5:7:13:16 chr18 21759055 . G C 445.29 PASS AF=0.573333;AO=40;DP=72;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0775571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.201;QD=23.749;RBI=0.0775973;REFB=-0.0165786;REVB=-0.00249811;RO=32;SAF=26;SAR=14;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176965;STB=0.572293;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0167934;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:32:32:40:43:0.573333:14:26:14:18:17:26:14:18 chr18 21759190 . G C 102.79 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0450118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1567;QD=18.6896;RBI=0.058021;REFB=-0.0184157;REVB=0.0366112;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327076;STB=0.699618;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.014823;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:2:9:5:5:2:10:5:5 chr18 22642709 . T C 126.28 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.543;QD=33.6751;RBI=0.0252312;REFB=-0.0323527;REVB=-0.0121263;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471732;STB=0.516104;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.000325407;OID=.;OPOS=22642709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:15:2:2:12:13:0.866667:8:4:1:1:8:5:1:1 chr18 23597811 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.514;QD=60.2307;RBI=0.0876529;REFB=0;REVB=0.0847579;RO=0;SAF=33;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369075;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:4:33:0:0:4:33:0:0 chr18 23854692 . C T 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00303882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.249;QD=10.2124;RBI=0.0152232;REFB=-0.00666792;REVB=-0.0149168;RO=46;SAF=14;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09279e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125389;OID=.;OPOS=23854692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:46:23:23:0.333333:9:14:28:18:9:14:28:18 chr18 23873463 . T C 1233.47 PASS AF=0.654545;AO=91;DP=166;FAO=108;FDP=165;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00690184;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.316;QD=29.9022;RBI=0.044566;REFB=-0.0107885;REVB=0.0440283;RO=47;SAF=34;SAR=57;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346876;STB=0.520721;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00468025;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:47:57:91:108:0.654545:57:34:20:27:65:43:26:31 chr18 23879134 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00588901;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=286.085;QD=8.25479;RBI=0.0228057;REFB=-0.000934194;REVB=0.0220323;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00118063;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:2:4:5:6:2:4:5:7 chr18 24035399 . A G 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.461;QD=57.6486;RBI=0.0823007;REFB=0;REVB=-0.0811536;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018226;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr18 24445692 . C T 662.69 PASS AF=0.597938;AO=58;DP=98;FAO=58;FDP=97;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00819227;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.912;QD=27.3274;RBI=0.0207169;REFB=-0.0197292;REVB=0.0190283;RO=37;SAF=35;SAR=23;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162059;STB=0.578485;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0134424;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:37:39:58:58:0.597938:23:35:14:23:23:35:16:23 chr18 25565082 . A G 1375.24 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0336408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.086;QD=59.1501;RBI=0.0799066;REFB=-0.097806;REVB=0.07248;RO=3;SAF=49;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135327;STB=0.506854;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00125321;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:93:3:3:89:90:0.967742:40:49:1:2:41:49:1:2 chr18 25570228 . G C 1517.32 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=111;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00379921;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=259.017;QD=55.1754;RBI=0.028817;REFB=0.0225993;REVB=0.0285655;RO=3;SAF=63;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.503175;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=6.39701e-05;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:110:3:4:106:106:0.963636:43:63:1:2:44:62:2:2 chr18 25616451 . A T 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00794655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.259;QD=25.4019;RBI=0.0165733;REFB=-0.0243716;REVB=0.014544;RO=21;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182602;STB=0.600393;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0107655;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:23:11:12:9:23:11:12:9 chr18 28570025 . G T 769.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5803;QD=56.9776;RBI=0.0468089;REFB=0;REVB=0.0461517;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203543;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr18 28586964 . A G 1208.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.097;QD=61.1966;RBI=0.0389969;REFB=0;REVB=0.0323063;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99556e-05;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:34:44:0:0:35:44:0:0 chr18 28605852 . A C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00207766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.193;QD=21.7452;RBI=0.0376555;REFB=-0.0145693;REVB=0.0375981;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0137213;OID=.;OPOS=28605852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:8:8:8:11:8:8 chr18 28610988 . C T 736.98 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0206037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1224;QD=49.9647;RBI=0.0314079;REFB=-0.0347134;REVB=-0.0237053;RO=3;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00130543;STB=0.507184;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0141057;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:3:4:55:55:0.932203:36:19:1:2:36:19:1:3 chr18 28611061 . A T 1259.72 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165837;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0596;QD=59.9869;RBI=0.0634314;REFB=0;REVB=0.0612252;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00937649;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:84:0:0:79:84:1:41:38:0:0:46:38:0:0 chr18 28611139 . A C 543.52 PASS AF=0.86;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0425648;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8936;QD=43.4819;RBI=0.0483575;REFB=-0.141265;REVB=0.0229496;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044666;STB=0.514918;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00745726;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:51:50:2:7:43:43:0.86:23:20:2:0:23:20:4:3 chr18 28720147 . C T 929.98 PASS AF=0.619403;AO=82;DP=132;FAO=83;FDP=134;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00444138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.565;QD=27.7607;RBI=0.0174474;REFB=-0.0226663;REVB=-0.0168726;RO=47;SAF=36;SAR=46;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924068;STB=0.502;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0135491;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:134:47:51:82:83:0.619403:46:36:20:27:46:37:23:28 chr18 28722039 . G A 628.97 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2002;QD=61.3632;RBI=0.0733565;REFB=0;REVB=0.00148484;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101211;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr18 28722103 . T C 769.96 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.329;QD=64.1633;RBI=0.0516896;REFB=0;REVB=0.0386827;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115848;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:26:15:0:0:26:22:0:0 chr18 28734749 . A G 909.09 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489355;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.171;QD=58.6513;RBI=0.0561497;REFB=0;REVB=0.0275338;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24787e-05;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2058.2 PASS AF=0.0441176,0.955882;AO=19,114;DP=136;FAO=6,130;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=3,78;FSAR=3,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227686,-0.0238639;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.9628,43.6345;QD=60.5352;RBI=0.0310322,0.21038;REFB=0,0;REVB=0.0210852,0.209023;RO=0;SAF=3,76;SAR=16,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0718562,-0.000271875;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0441176,0.955882:19,114:136:6,130:136:0:3,78:3,52:0:0:8:0:3,76:16,38:0:0 chr18 28968959 . C T 901.64 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062971;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9502;QD=58.1701;RBI=0.0740437;REFB=0;REVB=0.0389504;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120617;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:41:21:0:0 chr18 28986333 . A C 958.59 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382313;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.351;QD=58.9899;RBI=0.0431942;REFB=0;REVB=0.0201023;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71901e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:63:65:1:36:27:0:0:36:29:0:0 chr18 28993183 . A G 487.41 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159461;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7187;QD=59.08;RBI=0.0251634;REFB=0;REVB=0.0194658;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151242;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr18 28993501 . C A 178.8 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-1.06063e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3173;QD=42.0716;RBI=0.0396672;REFB=-0.107262;REVB=0.0396672;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.012466;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:7:9:0:0:7:9:1:0 chr18 29046606 . G A 208.97 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0154242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.213;QD=9.4988;RBI=0.0174982;REFB=-0.00746634;REVB=0.00826329;RO=61;SAF=21;SAR=6;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297199;STB=0.677276;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0233961;OID=.;OPOS=29046606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:6:21:34:27:6:21:34:27 chr18 29055957 . A G 1753.29 PASS AF=0.991525;AO=114;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00758259;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6289;QD=59.4336;RBI=0.0378364;REFB=0.0130959;REVB=0.0370688;RO=1;SAF=75;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120189;STB=0.506328;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=2.9157e-05;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:114:117:0.991525:39:75:0:1:39:78:0:1 chr18 29104698 . C T 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051087;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.275;QD=58.6139;RBI=0.0565765;REFB=0;REVB=0.0243108;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99399e-05;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr18 29122799 . G A 285.55 PASS AF=0.8;AO=18;DP=32;FAO=24;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0105783;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.013;QD=38.0735;RBI=0.0630556;REFB=-0.0350287;REVB=0.0621619;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158355;STB=0.574524;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0126899;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:30:7:6:18:24:0.8:8:10:6:1:13:11:5:1 chr18 29125854 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0517864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.147;QD=7.46464;RBI=0.0557886;REFB=-0.00275072;REVB=0.0207493;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281128;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0174298;OID=.;OPOS=29125854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:9:8:5:2:9:8 chr18 29126670 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.181;QD=63.8719;RBI=0.0550415;REFB=0;REVB=0.0426358;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153616;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr18 29178513 . G C 493.82 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0206765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.14;QD=14.6315;RBI=0.0220319;REFB=-0.0227858;REVB=0.00760855;RO=79;SAF=25;SAR=30;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12014;STB=0.57102;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0384087;OID=.;OPOS=29178513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:79:80:55:55:0.407407:30:25:45:34:30:25:46:34 chr18 29204762 . A G 41.34 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00361829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5472;QD=3.59454;RBI=0.0194224;REFB=0.000338806;REVB=-0.0190824;RO=37;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170568;STB=0.584187;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00726113;OID=.;OPOS=29204762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:46:37:39:7:7:0.152174:3:4:26:11:3:4:26:13 chr18 29339910 . G T 171.44 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.251;QD=38.0983;RBI=0.025737;REFB=-0.0742461;REVB=0.0120766;RO=2;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701688;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00203674;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:18:18:2:1:15:17:0.944444:3:12:2:0:3:14:1:0 chr18 29410479 . T A 195.6 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00685456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.482;QD=12.6193;RBI=0.00950348;REFB=0.00714459;REVB=0.00658263;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137739;STB=0.506769;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00787607;OID=.;OPOS=29410479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:23:24:0.387097:10:13:21:17:11:13:21:17 chr18 29432624 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0827462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6064;QD=27.5917;RBI=0.0836894;REFB=-0.0155035;REVB=0.0125294;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109421;STB=0.561308;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00749711;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:2:3:5:8:2:3 chr18 29454644 . A G 233.41 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00686981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.429;QD=24.5698;RBI=0.0122049;REFB=0.00057957;REVB=0.0100879;RO=16;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355402;STB=0.700393;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-7.64125e-05;OID=.;OPOS=29454644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:18:4:9:7:18:4:9:7 chr18 29477770 . G A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0479661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.878;QD=26.4608;RBI=0.0479661;REFB=0.025571;REVB=-3.03515e-05;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112417;STB=0.561998;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0188979;OID=.;OPOS=29477770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:13:5:11:15:13:5 chr18 29488804 . A G 302.17 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0138866;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8824;QD=20.1443;RBI=0.0324575;REFB=-0.0365056;REVB=0.0293368;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375712;STB=0.521263;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.027921;OID=.;OPOS=29488804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:31:32:0.533333:14:17:16:11:14:18:17:11 chr18 29497573 . A G 1068.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.05;QD=58.5294;RBI=0.0307254;REFB=-0.168263;REVB=0.025958;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000929634;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:42:30:0:1:42:30:0:1 chr18 29598847 . C T 1087.01 PASS AF=0.741667;AO=89;DP=120;FAO=89;FDP=120;FR=.;FRO=31;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00423117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.315;QD=36.2338;RBI=0.0165993;REFB=-0.0351646;REVB=0.016051;RO=30;SAF=59;SAR=30;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131994;STB=0.567292;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0135119;OID=.;OPOS=29598847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:30:31:89:89:0.741667:30:59:12:18:30:59:13:18 chr18 29710880 . A AAG 501.73 PASS AF=0.767857;AO=41;DP=59;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0164357;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=2;MLLD=323.715;QD=35.8381;RBI=0.0179723;REFB=-0.0215375;REVB=-0.00727122;RO=15;SAF=21;SAR=20;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110052;STB=0.536896;STBP=0.343;TYPE=ins;VARB=0.00356702;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.767857:41:59:43:56:13:23:20:9:4:86:15:21:20:11:4 chr18 29795076 . T C 1271.62 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722806;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.862;QD=62.0304;RBI=0.0191169;REFB=0;REVB=0.0176977;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51877e-05;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr18 29795101 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.005;QD=60.2046;RBI=0.0732264;REFB=0;REVB=0.0731157;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94248e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr18 29972964 . A G 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.00730479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.774;QD=14.3844;RBI=0.0080562;REFB=-0.00846164;REVB=0.00339742;RO=50;SAF=17;SAR=17;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253972;STB=0.64278;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0110485;OID=.;OPOS=29972964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:17:17:37:13:17:17:37:13 chr18 30050356 . C T 967.02 PASS AF=0.8875;AO=71;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0600944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.934;QD=48.3509;RBI=0.0602408;REFB=-0.0423067;REVB=-0.00419616;RO=9;SAF=41;SAR=30;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932105;STB=0.549437;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.037326;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:9:9:71:71:0.8875:30:41:9:0:30:41:9:0 chr18 30253010 . T C,TC 311.11 PASS AF=0.485714,0.285714;AO=12,9;DP=34;FAO=17,10;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=11,6;FSAR=6,4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0396704,0.0450715;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=119.789,108.415;QD=35.5559;RBI=0.0990115,0.0787737;REFB=0.0383817,0.0293068;REVB=0.0907168,0.0646053;RO=6;SAF=10,6;SAR=2,3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.20841,-0.295996;STB=0.583692,0.633909;STBP=0.313,0.267;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00390951,0.0189443;OID=.,.;OPOS=30253010,30253011;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:34:35:6:8:12,9:17,10:0.485714,0.285714:2,3:10,6:6:0:6,4:11,6:7:1 chr18 30804756 . C T 762.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2448;QD=56.4486;RBI=0.0866515;REFB=0;REVB=0.0571899;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42304e-05;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:18:34:0:0:19:35:0:0 chr18 30846895 . A T 1095.43 PASS AF=1;AO=64;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.35;QD=59.2122;RBI=0.0332978;REFB=0;REVB=-0.0214825;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045289;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:64:74:1:34:30:0:0:37:37:0:0 chr18 31320229 . A G 180.66 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0385071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1084;QD=12.9044;RBI=0.0390201;REFB=-0.0191646;REVB=0.00630699;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174917;STB=0.599914;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0256523;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:10:24:12:10:10:24 chr18 31324934 . A G 54.01 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0125265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1038;QD=8.30924;RBI=0.0436448;REFB=-0.0238286;REVB=0.0418085;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372986;STB=0.726764;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0238996;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:5:13:3:5:5:13 chr18 32826088 . A G 200.72 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0156625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0136;QD=20.5871;RBI=0.0534878;REFB=-0.0122144;REVB=0.0511432;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0185307;OID=.;OPOS=32826088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:10:9:9:11:10:9 chr18 32888546 . C A 533.94 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.032464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.299;QD=56.204;RBI=0.0493685;REFB=0.00523035;REVB=-0.0371933;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00114732;OID=.;OPOS=32888546;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:35:37:0.973684:20:15:1:0:20:17:1:0 chr18 32917644 . T C 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.553;QD=61.5102;RBI=0.046465;REFB=-0.0236611;REVB=0.0451609;RO=1;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324133;STB=0.517234;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000303809;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:14:34:0:1:14:34:0:1 chr18 32920545 . GA TG 51.22 PASS AF=0.138298;AO=14;DP=94;FAO=13;FDP=94;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0384453;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=85.5759;QD=2.17975;RBI=0.0522191;REFB=-0.0055999;REVB=-0.0353383;RO=77;SAF=13;SAR=1;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644445;STB=0.925402;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.115621;OID=.;OPOS=32920545;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:94:94:77:81:14:13:0.138298:1:13:31:46:1:12:34:47 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 490.84 PASS AF=0.944444,0.0277778;AO=22,5;DP=36;FAO=34,1;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15,1;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00483716,0.085222;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=273.067,41.2509;QD=54.5376;RBI=0.042906,0.0967894;REFB=-0.0172891,0.0505613;REVB=-0.0426325,-0.0458845;RO=1;SAF=13,1;SAR=9,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0342405,-0.277405;STB=0.51612,0.5;STBP=0.326,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000962738,-0.0351393;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:36:1:1:22,5:34,1:0.944444,0.0277778:9,4:13,1:1:0:19,0:15,1:1:0 chr18 33290678 . C CTGAT 425.63 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00925054;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=4;MLLD=292.557;QD=18.7089;RBI=0.0289443;REFB=-0.0122267;REVB=0.0274263;RO=48;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945368;STB=0.552688;STBP=0.364;TYPE=ins;VARB=0.0143393;OID=.;OPOS=33290679;OREF=-;OALT=TGAT;OMAPALT=CTGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472527:43:92:43:91:48:24:19:22:26:99:48:24:19:22:26 chr18 33557466 . A G 458.95 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0208543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.317;QD=20.8612;RBI=0.0208721;REFB=-0.0139422;REVB=0.000861492;RO=43;SAF=20;SAR=25;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100382;STB=0.555531;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0208433;OID=.;OPOS=33557466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:25:20:24:19:25:20:24:19 chr18 33647254 . A C 818.21 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.708;QD=57.4185;RBI=0.0381889;REFB=0;REVB=0.000470661;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012182;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:19:37:0:0:19:38:0:0 chr18 33706614 . C G 1528.86 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144829;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.436;QD=63.7024;RBI=0.0519507;REFB=0;REVB=0.0498911;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016001;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:93:96:1:48:45:0:0:50:46:0:0 chr18 33721325 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0341;QD=39.2042;RBI=0.0413765;REFB=0;REVB=0.0198247;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193015;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr18 33779821 . C A 1100.09 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120371;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8331;QD=60.2791;RBI=0.038957;REFB=0;REVB=-0.0370507;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80138e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr18 33779855 . C T 1000.26 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00390163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.547;QD=56.3529;RBI=0.0132437;REFB=-0.110044;REVB=0.012656;RO=2;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277869;STB=0.514702;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000491932;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:2:2:69:69:0.971831:36:33:2:0:36:33:2:0 chr18 33779896 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.594;QD=58.2396;RBI=0.0110679;REFB=0;REVB=0.00600583;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09269e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr18 33780020 . A G 660.03 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1221;QD=61.398;RBI=0.0279869;REFB=0;REVB=0.0262082;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433726;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:33:43:1:19:14:0:0:21:22:0:0 chr18 33780021 . C G 69.5 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0530321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0763;QD=6.3182;RBI=0.053071;REFB=-0.0677874;REVB=0.002032;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.784462;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0257904;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:2:8:15:19:2:8:15:19 chr18 33785093 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.859;QD=58.061;RBI=0.0455587;REFB=0;REVB=0.0453958;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9632e-05;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr18 33785185 . A G 840.53 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000340408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.546;QD=56.9853;RBI=0.0143753;REFB=0;REVB=-0.0143713;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532672;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:25:34:0:0 chr18 33831189 . C A 255.62 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0191649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4319;QD=11.2362;RBI=0.0515874;REFB=-0.00656116;REVB=-0.0478954;RO=58;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279668;STB=0.648557;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0192511;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:58:60:31:31:0.340659:18:13:39:19:18:13:39:21 chr18 34289227 . TGAAAAAG ATGAAAAG,TGAAAAG,TGAAAAGA,TGAAAGAG 447.92 PASS AF=0,0.930233,0,0.0697674;AO=2,28,3,3;DP=45;FAO=0,40,0,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,0,3;FSAR=0,13,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107897,0.0811155,-0.0176413,-0.0462241;FXX=0.0227221;HRUN=1,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=101.887,14.4824,6.47087,122.804;QD=41.6669;RBI=0.0309633,0.289769,0.0819774,0.0471954;REFB=-0.0448802,-0.0448174,-0.0342181,-0.0161418;REVB=-0.0290225,0.278184,0.0800567,0.00952576;RO=6;SAF=0,24,0,3;SAR=2,4,3,0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.524163,0.33445,-0.606014,0.754726;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,snp;VARB=0,0.0147862,0.0131191,0.190153;OID=.,.,.,.;OPOS=34289227,34289229,34289233,34289232;OREF=TGA,A,AG,A;OALT=ATG,-,GA,G;OMAPALT=ATGAAAAG,TGAAAAG,TGAAAAGA,TGAAAGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:14:45:43:6:0:2,28,3,3:0,40,0,3:0,0.930233,0,0.0697674:2,4,3,0:0,24,0,3:1:5:0,13,0,0:0,27,0,3:0:0 chr18 34647176 . T C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.042969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.314;QD=20.7544;RBI=0.0465644;REFB=-0.0128147;REVB=0.0179419;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156055;STB=0.58812;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0134539;OID=.;OPOS=34647176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:8:7:8:4:8:7:8:4 chr18 34647323 . T A 155.82 PASS AF=0.68;AO=15;DP=23;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00205347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.499;QD=24.9306;RBI=0.0257868;REFB=-0.0192264;REVB=0.025705;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14036;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.023313;OID=.;OPOS=34647323;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:25:7:8:15:17:0.68:8:7:5:2:10:7:6:2 chr18 34664093 . A G 168.78 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0326742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.784;QD=24.1107;RBI=0.0390371;REFB=-0.00604447;REVB=0.021361;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338962;STB=0.688055;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00643627;OID=.;OPOS=34664093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:1:10:7:10:1:10 chr18 34809591 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0273435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.921;QD=22.9178;RBI=0.0351088;REFB=-0.000836192;REVB=0.0220218;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000236112;OID=.;OPOS=34809591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:4:0:5:4:4:0 chr18 34824125 . ATTTTTTTTTTTTA ATTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTAT,ATTTTTTTTTTTTAT,TATTTTTTTTTTTA 115.41 PASS AF=0,0.65,0.025,0.15,0.125;AO=4,7,3,6,4;DP=40;FAO=0,26,1,6,5;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=0,21,1,6,3;FSAR=0,5,0,0,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.144044,0.264976,0.124152,-0.157508,0.198756;FXX=0.0908884;HRUN=12,12,12,6,1;LEN=2,1,2,1,2;MLLD=6.86505,4.69418,7.33989,8.93741,9.05511;QD=11.5408;RBI=0.165882,0.27902,0.156985,0.203177,0.226014;REFB=-0.101032,-0.158127,-0.174346,-0.140922,-0.107507;REVB=-0.082269,-0.0874043,-0.0960756,-0.128344,-0.107603;RO=7;SAF=2,7,2,5,1;SAR=2,0,1,1,3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.539327,0,-0.535261,-0.360263,-0.65061;STB=0.5,0.52271,0.5,0.5,0.62455;STBP=1,0.629,1,1,0.425;TYPE=del,del,mnp,ins,mnp;VARB=-0.0572945,0.0811991,0.0543687,0.0751113,-0.0418389;OID=.,.,.,.,.;OPOS=34824126,34824126,34824137,34824139,34824125;OREF=TT,T,TA,-,AT;OALT=-,-,AT,T,TA;OMAPALT=ATTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTA,ATTTTTTTTTTTAT,ATTTTTTTTTTTTAT,TATTTTTTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/5:20:40:40:7:2:4,7,3,6,4:0,26,1,6,5:0,0.65,0.025,0.15,0.125:2,0,1,1,3:2,7,2,5,1:7:0:0,5,0,0,2:0,21,1,6,3:2:0 chr18 34824586 . G A 1387.42 PASS AF=0.587156;AO=128;DP=218;FAO=128;FDP=218;FR=.;FRO=90;FSAF=76;FSAR=52;FSRF=58;FSRR=32;FWDB=-0.0304063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5261;QD=25.4572;RBI=0.0489791;REFB=-0.0243779;REVB=-0.0383981;RO=86;SAF=76;SAR=52;SRF=58;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629579;STB=0.521866;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0152827;OID=.;OPOS=34824586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:86:90:128:128:0.587156:52:76:58:28:52:76:58:32 chr18 34850846 . G A 140.07 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00504503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.104;QD=20.7504;RBI=0.00570608;REFB=-0.0252499;REVB=-0.00266589;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713586;STB=0.540485;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0357421;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:5:10:7:5:5:10:7:5 chr18 39761310 . A G 890.89 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3655;QD=56.5647;RBI=0.0566726;REFB=-0.0955764;REVB=0.0465023;RO=1;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130852;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:0:61:63:1:35:26:1:0:35:28:0:0 chr18 39761342 . C T 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00926123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.57;QD=11.1851;RBI=0.00985517;REFB=0.00181346;REVB=0.00336957;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114701;STB=0.56686;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00367081;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:13:22:10:9:13:22 chr18 40323497 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.573;QD=47.8223;RBI=0.0443345;REFB=0;REVB=0.00448454;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274957;OID=.;OPOS=40323497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr18 42533130 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.653;QD=59.1423;RBI=0.0213379;REFB=0;REVB=0.0205305;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84936e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr18 43206985 . A G 1789.71 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014794;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.71;QD=61.1867;RBI=0.0200233;REFB=0;REVB=-0.0134934;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06848e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:49:68:0:0:49:68:0:0 chr18 43246156 . G A 357.13 PASS AF=0.4;AO=41;DP=104;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.00327488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.083;QD=13.6049;RBI=0.0100658;REFB=-0.00622761;REVB=0.00951814;RO=63;SAF=22;SAR=19;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375278;STB=0.528701;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0100293;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:63:63:41:42:0.4:19:22:36:27:20:22:36:27 chr18 43247001 . C G 91.08 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00622132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8321;QD=8.27991;RBI=0.0141818;REFB=-0.0116152;REVB=0.0127444;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948548;STB=0.545379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0297018;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:6:6:18:13:6:6:18:14 chr18 43252883 . G A 507.11 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.000196785;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0875;QD=24.7368;RBI=0.0173661;REFB=0.0375481;REVB=-0.017365;RO=35;SAF=27;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250578;STB=0.513736;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0267721;OID=.;OPOS=43252883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:35:35:47:47:0.573171:20:27:19:16:20:27:19:16 chr18 43262359 . G A 318.36 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0200623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4251;QD=23.1535;RBI=0.0238019;REFB=-0.0643425;REVB=-0.0128077;RO=23;SAF=8;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531914;STB=0.529393;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0259849;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:24:8:7:16:24:8:7:16 chr18 43307246 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.939;QD=60.9766;RBI=0.062694;REFB=0;REVB=-0.0607771;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122578;OID=.;OPOS=43307246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr18 43307338 . C A 762.14 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.405;QD=56.455;RBI=0.0178952;REFB=0;REVB=0.00549832;RO=0;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528176;OID=.;OPOS=43307338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:41:12:0:0:41:13:0:0 chr18 43314238 . G A 629.29 PASS AF=0.434783;AO=69;DP=158;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.0528148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5042;QD=15.6345;RBI=0.0571795;REFB=-0.00616171;REVB=-0.021911;RO=89;SAF=35;SAR=34;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779443;STB=0.544859;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0100745;OID=.;OPOS=43314238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:161:89:91:69:70:0.434783:34:35:52:37:34:36:54:37 chr18 43316449 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0460641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.947;QD=27.2217;RBI=0.0481129;REFB=-0.00616559;REVB=0.0138904;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354928;STB=0.519634;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00266944;OID=.;OPOS=43316449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:8:7:10:14:8:7 chr18 43316538 . A G 719.76 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532759;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.354;QD=61.2565;RBI=0.0593731;REFB=-0.0455746;REVB=0.0262077;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00168524;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:1:0:28:18:1:0 chr18 43319519 . G A 733.97 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1206;QD=61.164;RBI=0.0369675;REFB=-0.0580014;REVB=-0.0286229;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0157729;OID=.;OPOS=43319519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:1:0:16:31:1:0 chr18 43497710 . A G 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0210077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.387;QD=38.3352;RBI=0.0287316;REFB=-0.0227609;REVB=0.0196005;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.536049;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00358088;OID=.;OPOS=43497710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:0:5:22:22:0.814815:13:9:0:0:13:9:3:2 chr18 43547127 . TGG T,TG 479.98 PASS AF=0,1;AO=5,39;DP=46;FAO=0,49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466287,-0.0887385;FXX=0.019996;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.8357,15.6493;QD=39.1821;RBI=0.0893754,0.169182;REFB=0,0;REVB=-0.0762478,-0.144042;RO=0;SAF=4,26;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.47619,0.47619;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0398239,-0.0131392;OID=.,.;OPOS=43547128,43547128;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,39:46:0,49:49:0:0,31:0,18:0:0:10:0:4,26:1,13:0:0 chr18 43563677 . T C 83.47 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.057293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9494;QD=6.29939;RBI=0.0657157;REFB=-0.00801534;REVB=0.032188;RO=41;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253853;STB=0.662868;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0187524;OID=.;OPOS=43563677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:3:9:23:18:3:9:23:18 chr18 43565380 . A G 124.12 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0110531;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.199;QD=7.52266;RBI=0.0313092;REFB=-0.00777355;REVB=0.0292932;RO=48;SAF=7;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231061;STB=0.639382;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0185096;OID=.;OPOS=43565380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:48:48:18:18:0.272727:11:7:28:20:11:7:28:20 chr18 43565399 . C A 157.14 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00444921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.477;QD=9.67009;RBI=0.013657;REFB=0.00910459;REVB=0.012912;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124551;STB=0.500734;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0216367;OID=.;OPOS=43565399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:10:11:23:21:10:11:23:21 chr18 43568717 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00396717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.063;QD=5.44266;RBI=0.00401737;REFB=0.00231717;REVB=0.000633104;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510726;STB=0.81738;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0106033;OID=.;OPOS=43568717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:16:4:4:2:16:4 chr18 43595851 . AA TT 38.81 PASS AF=0.146667;AO=4;DP=64;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.00948503;FXX=0.0131562;HRUN=10;LEN=2;MLLD=52.265;QD=2.06985;RBI=0.256342;REFB=-0.0365935;REVB=-0.256166;RO=15;SAF=3;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806035;STB=0.805165;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.104932;OID=.;OPOS=43595851;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:64:75:15:64:4:11:0.146667:1:3:12:3:1:10:43:21 chr18 43701587 . G A 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0141248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.998;QD=6.3949;RBI=0.0151375;REFB=-0.0111332;REVB=0.00544381;RO=29;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321414;STB=0.520614;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0482628;OID=.;OPOS=43701587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:2:7:22:7:2:7:22:7 chr18 43833701 . T TCTG 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0184106;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.177;QD=15.5564;RBI=0.0217362;REFB=-0.00597166;REVB=0.0115548;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16882;STB=0.594883;STBP=0.164;TYPE=ins;VARB=0.00760797;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.43038:34:79:34:79:45:17:17:30:15:99:45:17:17:30:15 chr18 43843736 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.659;QD=58.5866;RBI=0.126796;REFB=0;REVB=0.0563235;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314161;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr18 44040559 . G A 155.49 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0131798;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.495;QD=21.4462;RBI=0.0132017;REFB=-0.0340061;REVB=0.000760724;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11081;STB=0.5793;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0381361;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:7:5:9:7:8:5 chr18 44040660 . T C 346.83 PASS AF=0.618182;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00651475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.999;QD=25.224;RBI=0.0609511;REFB=-0.0141755;REVB=0.060602;RO=20;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122856;STB=0.582228;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0190673;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:20:21:33:34:0.618182:22:11:10:10:23:11:11:10 chr18 44057658 . C T 454.07 PASS AF=0.355705;AO=53;DP=149;FAO=53;FDP=149;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0477113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.0938;QD=12.1898;RBI=0.0536808;REFB=-0.00256837;REVB=-0.024602;RO=96;SAF=31;SAR=22;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377897;STB=0.521607;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00485831;OID=.;OPOS=44057658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:96:96:53:53:0.355705:22:31:53:43:22:31:53:43 chr18 44063598 . G A 2542.43 PASS AF=0.994012;AO=165;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221747;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9694;QD=60.8964;RBI=0.0506587;REFB=-0.0189029;REVB=0.0455476;RO=1;SAF=84;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056318;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000201252;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:1:1:165:166:0.994012:81:84:1:0:81:85:1:0 chr18 44126909 . T C 602.27 PASS AF=0.613636;AO=44;DP=79;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0196174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.83;QD=27.3758;RBI=0.022714;REFB=-0.049847;REVB=0.0114493;RO=33;SAF=32;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163464;STB=0.548817;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0358967;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:88:33:34:44:54:0.613636:12:32:18:15:19:35:18:16 chr18 44555147 . T G 381.44 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00442204;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.449;QD=25.0128;RBI=0.00444555;REFB=-0.02086;REVB=0.000456592;RO=24;SAF=27;SAR=10;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994453;STB=0.554218;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0117718;OID=.;OPOS=44555147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:24:24:37:37:0.606557:10:27:20:4:10:27:20:4 chr18 44560300 . C T 71.67 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.022735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1234;QD=7.96278;RBI=0.0237233;REFB=-0.00474285;REVB=-0.00677609;RO=26;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621863;STB=0.888722;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0205809;OID=.;OPOS=44560300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:1:9:10:16:1:9:10:16 chr18 44560429 . C A 102.5 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00128055;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.665;QD=8.72341;RBI=0.0959565;REFB=0.00401936;REVB=0.095948;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980298;STB=0.537255;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00829932;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:21:13:4:9:22:12 chr18 44560875 . C A 232.65 PASS AF=0.325843;AO=27;DP=88;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00286915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.341;QD=10.4563;RBI=0.00523847;REFB=-0.0107267;REVB=-0.00438286;RO=60;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217201;STB=0.534968;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0206533;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:60:60:27:29:0.325843:14:13:30:30:16:13:30:30 chr18 44561100 . C G 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0414683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9616;QD=8.69879;RBI=0.0615283;REFB=-0.0269277;REVB=-0.0454544;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0180009;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:11:3:2:5:11:3 chr18 44585955 . G A 45.6 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.007855;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2548;QD=7.29579;RBI=0.027329;REFB=0.0030152;REVB=-0.0261759;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111678;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.0364847;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:19:18:7:7:0.28:3:4:9:10:3:4:8:10 chr18 44610718 . T C 293.61 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00799275;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.865;QD=19.9055;RBI=0.0186238;REFB=-0.0156361;REVB=-0.0168215;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681327;STB=0.537914;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0135095;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:12:19:15:13:12:19:15:13 chr18 44626630 . T G 225.21 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0101655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.996;QD=15.2686;RBI=0.0115299;REFB=-0.0327121;REVB=0.00544055;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903871;STB=0.551865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0324929;OID=.;OPOS=44626630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:25:26:0.440678:11:14:15:17:11:15:16:17 chr18 44760901 . G A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.100775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0582;QD=22.5805;RBI=0.100776;REFB=0.0304367;REVB=0.000303899;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0165068;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:4:3:6:6:4:3 chr18 45696158 . G A 338.04 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.18;QD=54.0857;RBI=0.0788648;REFB=0;REVB=0.0240905;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125088;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:11:14:0:0 chr18 45696204 . T C 499.35 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373475;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.256;QD=58.7471;RBI=0.0386079;REFB=0;REVB=0.00978462;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186073;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr18 45696256 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.742;QD=59.4356;RBI=0.0160259;REFB=0;REVB=0.0126233;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42173e-06;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr18 45711740 . T C 307.03 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00962194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.017;QD=22.7427;RBI=0.0225939;REFB=-0.00856416;REVB=0.0204427;RO=22;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127979;STB=0.55109;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00724122;OID=.;OPOS=45711740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:30:31:0.574074:17:13:6:16:18:13:7:16 chr18 46001932 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000969336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.819;QD=56.9563;RBI=0.00105927;REFB=0;REVB=-0.000427133;RO=0;SAF=42;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60568e-06;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:10:42:0:0:10:42:0:0 chr18 46284587 . T C 1330.26 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0350297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0816;QD=59.787;RBI=0.0408372;REFB=-0.0928389;REVB=0.0209904;RO=2;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255906;STB=0.51351;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0113858;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:86:87:0.977528:36:50:0:2:36:51:0:2 chr18 46343666 . C T 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.05243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4561;QD=23.3805;RBI=0.0597525;REFB=-0.0267759;REVB=-0.028661;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0217441;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:6:8:9:10:6:8 chr18 46447531 . A AAC 30.78 PASS AF=0.461538;AO=3;DP=16;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0312006;FXX=0.0713776;HRUN=7;LEN=2;MLLD=14.0922;QD=9.47226;RBI=0.297445;REFB=-0.0216006;REVB=0.295804;RO=11;SAF=1;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359791;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=0.115186;OID=.;OPOS=46447532;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:3:16:6:13:7:1:5:2:5:30:11:1:2:4:7 chr18 46474746 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0113887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.6;QD=9.10001;RBI=0.0136759;REFB=-0.0113228;REVB=-0.00757142;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247284;STB=0.646786;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.012848;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:16:3:3:6:16:3 chr18 46545731 . GC CG 55.28 PASS AF=0.233333;AO=5;DP=31;FAO=7;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0150315;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=102.611;QD=7.37084;RBI=0.0405931;REFB=-0.00718662;REVB=0.0377075;RO=22;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.789337;STB=0.91803;STBP=0.058;TYPE=mnp;VARB=0.057926;OID=.;OPOS=46545731;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:31:30:22:19:5:7:0.233333:5:0:18:4:6:1:16:3 chr18 46545924 . A G 2200.87 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.71;QD=62.436;RBI=0.0458072;REFB=-0.0720507;REVB=0.0140136;RO=1;SAF=34;SAR=106;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446497;STB=0.502347;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=3.91312e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:140:140:0.992908:106:34:0:1:106:34:0:1 chr18 46690132 . GTTTTTTA GTTTTTAT 66.83 PASS AF=0.125;AO=3;DP=65;FAO=8;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=48;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.068821;FXX=0.0302984;HRUN=6;LEN=2;MLLD=118.149;QD=4.17669;RBI=0.0705463;REFB=-0.00304135;REVB=0.0155067;RO=36;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356441;STB=0.925665;STBP=0.049;TYPE=mnp;VARB=-0.198677;OID=.;OPOS=46690138;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=GTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:3:65:8:64:48:7:1:13:35:27:36:2:1:11:25 chr18 47318626 . T C 331.71 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0162332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.493;QD=12.6365;RBI=0.0282448;REFB=-0.0175675;REVB=-0.0231139;RO=65;SAF=26;SAR=14;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110151;STB=0.562908;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0256257;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:40:40:0.380952:14:26:36:29:14:26:36:29 chr18 47352639 . A C 76.76 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00222393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.216;QD=3.69906;RBI=0.0136989;REFB=-0.0042115;REVB=-0.0135172;RO=69;SAF=9;SAR=5;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644581;STB=0.542899;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0149925;OID=.;OPOS=47352639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:5:9:41:28:5:9:41:28 chr18 47352677 . A C 75.36 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0163403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.121;QD=4.36898;RBI=0.0163538;REFB=-0.000992878;REVB=-0.000664421;RO=55;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234587;STB=0.660298;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0171622;OID=.;OPOS=47352677;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:13:13:0.188406:4:9:28:27:4:9:28:28 chr18 47369758 . C T 704.34 PASS AF=0.645833;AO=52;DP=87;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0346466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.264;QD=29.3476;RBI=0.0348814;REFB=-0.00370907;REVB=-0.00403985;RO=34;SAF=15;SAR=37;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214157;STB=0.555993;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00158156;OID=.;OPOS=47369758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:96:34:34:52:62:0.645833:37:15:19:15:37:25:19:15 chr18 47383243 . C T 232.05 PASS AF=0.428571;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0253351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.586;QD=14.7336;RBI=0.0534624;REFB=0.00785926;REVB=0.0470782;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031249;STB=0.516002;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.00969509;OID=.;OPOS=47383243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:34:36:25:27:0.428571:11:14:18:16:12:15:19:17 chr18 47397996 . T C 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0445089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.672;QD=4.77048;RBI=0.046237;REFB=-0.0092745;REVB=-0.0125229;RO=48;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277173;STB=0.675365;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0377645;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:3:9:26:22:3:9:27:22 chr18 47398549 . G A 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.014935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.437;QD=10.9662;RBI=0.0325709;REFB=-0.0219447;REVB=-0.0289449;RO=60;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111744;STB=0.565914;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0359098;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:62:31:31:0.333333:12:19:31:29:12:19:32:30 chr18 47405425 . T TGAG 337.88 PASS AF=0.330827;AO=39;DP=135;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0281013;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.272;QD=10.1618;RBI=0.0334011;REFB=-0.00644325;REVB=0.0180541;RO=91;SAF=16;SAR=23;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623715;STB=0.535225;STBP=0.555;TYPE=ins;VARB=0.0118372;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.330827:39:135:44:133:89:18:26:41:48:99:91:16:23:42:49 chr18 47429022 . C T 299.87 PASS AF=0.263473;AO=44;DP=167;FAO=44;FDP=167;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=78;FSRR=45;FWDB=0.00150836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.818;QD=7.18258;RBI=0.0246368;REFB=-0.00356762;REVB=-0.0245906;RO=123;SAF=23;SAR=21;SRF=78;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139899;STB=0.582816;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0119076;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:123:123:44:44:0.263473:21:23:78:45:21:23:78:45 chr18 47500836 . G A 2928.87 PASS AF=0.970443;AO=196;DP=203;FAO=197;FDP=203;FR=.;FRO=6;FSAF=101;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0219083;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.621;QD=57.7118;RBI=0.0552358;REFB=-0.102035;REVB=0.0507052;RO=2;SAF=101;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00029472;STB=0.500375;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00152896;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:203:203:2:6:196:197:0.970443:95:101:1:1:96:101:3:3 chr18 47516839 . C T 532.1 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.015904;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.713;QD=25.3379;RBI=0.0197631;REFB=-0.0102854;REVB=0.0117321;RO=35;SAF=35;SAR=14;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051903;STB=0.528443;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00598966;OID=.;OPOS=47516839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:14:35:23:12:14:35:23:12 chr18 47563299 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9311;QD=62.3467;RBI=0.0126907;REFB=0;REVB=0.00764811;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18923e-05;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr18 47777937 . G A 376.37 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0599057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.211;QD=38.6024;RBI=0.0682609;REFB=-0.0347204;REVB=0.0327239;RO=9;SAF=18;SAR=12;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029737;STB=0.516118;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0139349;OID=.;OPOS=47777937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:9:9:30:30:0.769231:12:18:6:3:12:18:6:3 chr18 47795629 . C A 1529.69 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1304;QD=63.737;RBI=0.0313137;REFB=0;REVB=-0.0270043;RO=1;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111562;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248139;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:1:0:95:96:1:42:53:0:1:43:53:0:0 chr18 47803354 . C T 589.53 PASS AF=0.735294;AO=50;DP=69;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00621181;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.85;QD=34.678;RBI=0.0222353;REFB=-0.00834841;REVB=0.02135;RO=18;SAF=23;SAR=27;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197368;STB=0.510634;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00255212;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:18:18:50:50:0.735294:27:23:9:9:27:23:9:9 chr18 47809871 . G T 105.24 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0244387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.821;QD=11.078;RBI=0.0550038;REFB=-0.0135295;REVB=-0.0492765;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322248;STB=0.692012;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0404502;OID=.;OPOS=47809871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:9:4:15:10:9:4:15:10 chr18 47810251 . C G 765.32 PASS AF=0.692308;AO=63;DP=91;FAO=63;FDP=91;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0107707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.673;QD=33.6405;RBI=0.0260996;REFB=-0.0647293;REVB=0.0237736;RO=26;SAF=39;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457669;STB=0.526826;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0330761;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:26:28:63:63:0.692308:24:39:14:12:24:39:15:13 chr18 47810351 . A G 1263.28 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.227;QD=61.6237;RBI=0.0800702;REFB=0;REVB=0.0797234;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128768;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:82:0:0:74:82:1:34:40:0:0:42:40:0:0 chr18 47908556 . G A 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163275;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.23;QD=57.4156;RBI=0.0163318;REFB=0;REVB=-0.000372938;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52989e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr18 48190440 . G A 664.94 PASS AF=0.379808;AO=79;DP=208;FAO=79;FDP=208;FR=.;FRO=129;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=76;FSRR=53;FWDB=0.00911491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8511;QD=12.7872;RBI=0.0684678;REFB=-0.0198625;REVB=0.0678583;RO=129;SAF=45;SAR=34;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021943;STB=0.512389;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0325565;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:129:129:79:79:0.379808:34:45:76:53:34:45:76:53 chr18 48325430 . T G 513.31 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0126835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7955;QD=27.3765;RBI=0.0806402;REFB=-0.036352;REVB=0.0796365;RO=26;SAF=32;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195059;STB=0.611062;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00849609;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:28:46:47:0.626667:14:32:11:15:14:33:12:16 chr18 48331553 . T C 382.78 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0595393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3749;QD=22.8524;RBI=0.0655255;REFB=-0.030205;REVB=0.0273617;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115199;STB=0.563347;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0235926;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:11:18:18:20:11:18 chr18 48333203 . C G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.95;QD=62.6674;RBI=0.0623476;REFB=0;REVB=0.0255594;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158607;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr18 48346024 . G T 454.18 PASS AF=0.41129;AO=53;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0465004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.361;QD=14.651;RBI=0.0484427;REFB=-0.0207996;REVB=0.0135794;RO=70;SAF=25;SAR=28;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577307;STB=0.5294;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0393893;OID=.;OPOS=48346024;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:70:73:53:51:0.41129:28:25:37:33:27:24:38:35 chr18 48577782 . G C 238.78 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0363645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.828;QD=18.0214;RBI=0.0406333;REFB=-0.0361827;REVB=0.0181297;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141918;STB=0.567633;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0397411;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:27:25:26:0.490566:14:11:15:10:15:11:15:12 chr18 48578991 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 56.46 PASS AF=0.59375,0;AO=9,2;DP=31;FAO=19,0;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.150397,-0.0609538;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.67673,138.537;QD=7.05808;RBI=0.173009,0.0611758;REFB=-0.0968813,-0.00938424;REVB=0.0855159,0.00520689;RO=14;SAF=6,2;SAR=3,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244315,0.576453;STB=0.516761,0.5;STBP=0.834,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.154486,0;OID=.,.;OPOS=48578992,48578998;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375,0:9,2:31:19,0:32:13:11,0:8,0:7:6:49:14:6,2:3,0:6:8 chr18 48605342 . T C 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0147758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.525;QD=8.84634;RBI=0.0152372;REFB=-0.00558001;REVB=0.00372126;RO=51;SAF=16;SAR=6;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183887;STB=0.610064;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0142499;OID=.;OPOS=48605342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:6:16:30:21:6:16:30:21 chr18 48633216 . G T 308.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0141884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.247;QD=28.0296;RBI=0.0242941;REFB=-0.0226523;REVB=0.0197204;RO=17;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453608;STB=0.525024;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0112711;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:11:16:9:8:11:16:9:8 chr18 48723217 . C T 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.53;QD=50.8313;RBI=0.0394477;REFB=-0.0544425;REVB=0.0331691;RO=1;SAF=22;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206365;STB=0.511102;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00269115;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:3:22:1:0:3:22:1:0 chr18 49088752 . A G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0124995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.024;QD=28.4026;RBI=0.0135223;REFB=-0.035433;REVB=0.00515899;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430355;STB=0.523787;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0143482;OID=.;OPOS=49088752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:5:6:10:11:5:6 chr18 49867224 . T C 2857.54 PASS AF=0.989189;AO=183;DP=186;FAO=183;FDP=185;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0446021;FXX=0.00537606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.103;QD=61.7847;RBI=0.0462436;REFB=-0.21034;REVB=0.0122114;RO=1;SAF=90;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0052609;STB=0.505494;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00121584;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:186:185:1:2:183:183:0.989189:93:90:1:0:93:90:2:0 chr18 50432602 . C G 120.14 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0180817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8377;QD=9.4225;RBI=0.0235021;REFB=-0.00713547;REVB=0.0150133;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342629;STB=0.512179;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0167098;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:6:9:20:15:6:9:21:15 chr18 50741919 . G T 190.71 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0206334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.908;QD=7.70536;RBI=0.0212821;REFB=-0.000770443;REVB=-0.00521442;RO=72;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009341;STB=0.501192;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00191603;OID=.;OPOS=50741919;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:73:26:26:0.262626:15:11:31:41:15:11:31:42 chr18 50923713 . A G 69.66 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0189569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.044;QD=6.4803;RBI=0.0190644;REFB=-0.00278299;REVB=-0.00202204;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602347;STB=0.529669;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0165449;OID=.;OPOS=50923713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:3:7:21:11:3:7:22:11 chr18 50936994 . T C 180.44 PASS AF=0.255102;AO=24;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=0.0134253;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.375;QD=7.36487;RBI=0.0138252;REFB=-0.00231985;REVB=-0.00330089;RO=74;SAF=10;SAR=14;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265908;STB=0.638805;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.008021;OID=.;OPOS=50936994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:73:24:25:0.255102:14:10:47:27:14:11:46:27 chr18 50942653 . C T 303.52 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0111472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.899;QD=11.3466;RBI=0.0486594;REFB=-0.00671993;REVB=-0.0473653;RO=66;SAF=28;SAR=10;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16831;STB=0.616188;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0150142;OID=.;OPOS=50942653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:66:69:38:38:0.35514:10:28:40:26:10:28:40:29 chr18 51795957 . GCGACGACGAC GCGACGAC,GCGACGACGAG,GCGAGAC,GCGGCGACGAC 1199.37 PASS AF=0.950617,0.037037,0,0.0123457;AO=55,3,9,3;DP=83;FAO=77,3,0,1;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43,3,0,0;FSAR=34,0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507462,0.0379238,-0.0237044,0.0110023;FXX=0.0121936;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,1,4,1;MLLD=119.317,46.8446,130.134,48.701;QD=59.228;RBI=0.0804798,0.0402186,0.0346379,0.048769;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0624646,-0.013391,0.0252564,0.0475118;RO=0;SAF=34,3,0,2;SAR=21,0,9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,snp,del,snp;VARB=0.00314417,-0.00828824,0,-0.0408395;OID=.,.,.,.;OPOS=51795958,51795967,51795961,51795960;OREF=CGA,C,CGAC,A;OALT=-,G,-,G;OMAPALT=GCGACGAC,GCGACGACGAG,GCGAGAC,GCGGCGACGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.950617,0.037037,0,0.0123457:55,3,9,3:83:77,3,0,1:81:0:43,3,0,0:34,0,0,1:0:0:6:0:34,3,0,2:21,0,9,1:0:0 chr18 51820805 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.423;QD=53.2769;RBI=0.0705838;REFB=0;REVB=-0.0260331;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240567;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr18 52265308 . A C 632.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.047;QD=61.6586;RBI=0.0433326;REFB=0;REVB=0.0019244;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000603179;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr18 52570281 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.731;QD=60.6102;RBI=0.0566851;REFB=0;REVB=0.0551797;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38241e-05;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr18 52570345 . C A 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0307844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.126;QD=10.4723;RBI=0.0326808;REFB=-0.00776782;REVB=0.0109707;RO=24;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378726;STB=0.728181;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0278662;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:3:9:10:14:3:9:10:14 chr18 52605188 . C T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0364082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0298;QD=10.8837;RBI=0.0417277;REFB=0.00110667;REVB=-0.0203872;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.00521464;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:8:6:5:4:8:7 chr18 52890958 . A AT 98.02 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209313;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.73185;QD=17.8214;RBI=0.29164;REFB=-0.021787;REVB=0.203081;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0350944;OID=.;OPOS=52890959;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:22:22:22:0:12:10:0:0:4:7:8:5:4:3 chr18 53177774 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1519;QD=45.8051;RBI=0.0669463;REFB=0;REVB=-0.0191668;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188149;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr18 53303101 . C G 1544.99 PASS AF=1;AO=59;DP=99;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313939;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.704;QD=65.0523;RBI=0.155253;REFB=0;REVB=0.155221;RO=0;SAF=54;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018718;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:95:0:0:59:95:1:5:54:0:0:41:54:0:0 chr18 54339818 . C G 1453.92 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0180439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3707;QD=58.7441;RBI=0.0259503;REFB=-0.0719243;REVB=0.0186505;RO=4;SAF=47;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195332;STB=0.51031;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0252844;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:4:4:95:95:0.959596:48:47:3:1:48:47:3:1 chr18 54624611 . T C 116.1 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0139282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.232;QD=8.29281;RBI=0.0169944;REFB=-0.00733608;REVB=0.00973731;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277777;STB=0.657702;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0170765;OID=.;OPOS=54624611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:6:10:15:24:6:10:16:24 chr18 55019967 . A G 42.03 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.011238;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5579;QD=15.2828;RBI=0.011238;REFB=-0.0130547;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461651;OID=.;OPOS=55019967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr18 55019969 . A T 44.44 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.000866318;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2468;QD=16.1582;RBI=0.000866318;REFB=-0.01776;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256911;OID=.;OPOS=55019969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr18 55021725 . A C 280.8 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00628691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.857;QD=28.0796;RBI=0.0144964;REFB=0.00192993;REVB=0.0130622;RO=15;SAF=18;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145385;STB=0.580577;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000958271;OID=.;OPOS=55021725;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:7:18:8:7:7:18:8:7 chr18 55027334 . G T 437.32 PASS AF=0.744681;AO=31;DP=45;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0168992;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3256;QD=37.2189;RBI=0.078175;REFB=0.00516114;REVB=0.0763265;RO=13;SAF=24;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253947;STB=0.598501;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0010212;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:45:47:13:12:31:35:0.744681:7:24:5:8:9:26:5:7 chr18 55034359 . T C 418.34 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=59;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.019401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.083;QD=28.3617;RBI=0.0198916;REFB=-0.0257144;REVB=-0.0043907;RO=20;SAF=23;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882572;STB=0.548078;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0113525;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:20:39:39:0.661017:16:23:9:11:16:23:9:11 chr18 55143766 . C T 177.24 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00976385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.821;QD=12.2237;RBI=0.0153822;REFB=-0.00762891;REVB=0.0118861;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214702;STB=0.623728;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0117594;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:22:14:13:9:22:14 chr18 55144035 . C T 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00571222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.4;QD=11.11;RBI=0.0357351;REFB=-0.000791743;REVB=-0.0352756;RO=43;SAF=16;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127836;STB=0.583262;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00132608;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:44:24:24:0.352941:8:16:24:19:8:16:24:20 chr18 55144045 . G A 174.41 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0160425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.444;QD=9.82622;RBI=0.0228932;REFB=-0.00217599;REVB=-0.0163321;RO=48;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272817;STB=0.661596;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00611446;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:6:17:25:23:6:17:25:23 chr18 55144748 . G A 216.38 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0187656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.411;QD=11.0961;RBI=0.0194279;REFB=-0.0075062;REVB=-0.00502927;RO=51;SAF=8;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231619;STB=0.635154;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0152825;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:19:8:25:26:19:8:25:26 chr18 55145377 . G A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0907293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.503;QD=12.8689;RBI=0.0928575;REFB=-0.0128283;REVB=-0.0197665;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256532;STB=0.654229;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0116331;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:9:2:6:10:9:2:6:10 chr18 55145575 . C G 857.27 PASS AF=0.983607;AO=54;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00896641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6009;QD=56.2145;RBI=0.169398;REFB=-0.110165;REVB=0.169161;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00335548;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:54:60:0.983607:32:22:0:0:38:22:0:1 chr18 55145765 . G C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0107139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.65;QD=26.3157;RBI=0.0108979;REFB=-0.01418;REVB=-0.0019944;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188222;STB=0.60474;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0173958;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:6:8:7:15:6:8 chr18 55145906 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0464084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7034;QD=58.5874;RBI=0.0464409;REFB=0;REVB=-0.00173756;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000426309;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr18 55146453 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.002;QD=57.712;RBI=0.0121935;REFB=0;REVB=0.00722494;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01225e-05;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr18 55150557 . G T 1244.69 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4213;QD=61.4662;RBI=0.0355143;REFB=0;REVB=-0.00975918;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178664;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr18 55154066 . A G,T 1307.66 PASS AF=0.932584,0.0449438;AO=83,4;DP=87;FAO=83,4;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=45,3;FSAR=38,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00876462,0.0024696;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.582,87.6829;QD=58.7714;RBI=0.0175649,0.00928411;REFB=-0.0543868,-0.0828345;REVB=0.015222,0.00894962;RO=0;SAF=45,3;SAR=38,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.04629e-08,4.86674e-08;STB=0.500999,0.599463;STBP=0.848,0.601;TYPE=snp,snp;VARB=1.96188e-05,0.0507843;OID=.,.;OPOS=55154066,55154066;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:87:89:0:2:83,4:83,4:0.932584,0.0449438:38,1:45,3:0:0:38,1:45,3:1:1 chr18 55155489 . A G 948.6 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.527;QD=56.6331;RBI=0.0411154;REFB=-0.123347;REVB=0.00296245;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000148368;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:63:65:0.970149:32:31:0:0:32:33:1:0 chr18 55158489 . A AATTCTGC 275.03 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0063577;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=271.522;QD=39.2903;RBI=0.00831853;REFB=-0.0432055;REVB=-0.00536447;RO=5;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01328;STB=0.510195;STBP=0.85;TYPE=ins;VARB=0.0095712;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821429:22:28:23:28:5:15:8:3:2:27:5:14:8:3:2 chr18 55221648 . T C 2015.7 PASS AF=0.984962;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00979826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.708;QD=60.6225;RBI=0.00980501;REFB=-0.0244928;REVB=-0.000363735;RO=2;SAF=84;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437978;STB=0.502304;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000206971;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:133:133:2:2:131:131:0.984962:47:84:1:1:47:84:1:1 chr18 55226383 . G C 733.83 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.6112;QD=61.1523;RBI=0.0311209;REFB=-0.0182055;REVB=0.0269323;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015421;STB=0.508193;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000486278;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:1:0:17:30:1:0 chr18 55314820 . C A 428.02 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.000220911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.887;QD=23.1361;RBI=0.00222203;REFB=-0.0204901;REVB=0.00221102;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123132;STB=0.567536;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.015814;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:21:21:11:21:21:21:11:21 chr18 55315732 . G T 1175.9 PASS AF=0.63253;AO=104;DP=164;FAO=105;FDP=166;FR=.;FRO=61;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00045327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.278;QD=28.3348;RBI=0.00805245;REFB=-0.0301727;REVB=0.00803968;RO=60;SAF=64;SAR=40;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693909;STB=0.536156;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0135988;OID=.;OPOS=55315732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:60:61:104:105:0.63253:40:64:31:29:40:65:32:29 chr18 55317653 . G A 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0172969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.401;QD=34.9991;RBI=0.0173446;REFB=-0.0210357;REVB=-0.00128507;RO=10;SAF=19;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166334;STB=0.591041;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00707807;OID=.;OPOS=55317653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:8:19:4:6:8:19:4:6 chr18 55317676 . C T 489.96 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4088;QD=55.9957;RBI=0.0898727;REFB=0.0537168;REVB=-0.0891777;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00412378;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:1:0:15:19:1:0 chr18 55335240 . A G 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00718877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.628;QD=32.974;RBI=0.00727818;REFB=-0.0197335;REVB=-0.0011373;RO=5;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707164;STB=0.538878;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0109483;OID=.;OPOS=55335240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:6:11:4:1:6:11:4:1 chr18 55336626 . A G 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0117848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.249;QD=18.4388;RBI=0.01577;REFB=0.0022905;REVB=-0.0104792;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035416;STB=0.519822;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00269267;OID=.;OPOS=55336626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:9:20:19:10:9:20:19:10 chr18 55342156 . T C 784.63 PASS AF=0.552239;AO=72;DP=133;FAO=74;FDP=134;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0332387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.578;QD=23.4217;RBI=0.0342004;REFB=-0.0231366;REVB=0.00805316;RO=60;SAF=36;SAR=36;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415315;STB=0.528408;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0179699;OID=.;OPOS=55342156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:60:60:72:74:0.552239:36:36:33:27:38:36:33:27 chr18 55346232 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8328;QD=44.6871;RBI=0.0666265;REFB=0;REVB=0.0366279;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00399872;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr18 55362532 . T G 1219.09 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428895;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.382;QD=60.9543;RBI=0.0485934;REFB=0;REVB=0.0228431;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320357;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:47:31:0:0:47:33:0:0 chr18 55364852 . A G 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.112;QD=60.372;RBI=0.0207722;REFB=0;REVB=0.0164377;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75937e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr18 55373767 . G C 250.19 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0189553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.691;QD=26.3353;RBI=0.0205052;REFB=-0.03118;REVB=0.00782038;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403141;STB=0.522368;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0165066;OID=.;OPOS=55373767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:9:6:8:15:9:6 chr18 56148796 . A G 279.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.497;QD=48.6299;RBI=0.0189749;REFB=-0.077947;REVB=0.00958058;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000748488;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr18 56149099 . T C 910.08 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0594479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.031;QD=50.5602;RBI=0.0595604;REFB=-0.116761;REVB=0.00365972;RO=4;SAF=17;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033536;STB=0.542708;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00436537;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:72:72:4:6:66:66:0.916667:49:17:2:2:49:17:4:2 chr18 56202418 . T C 340.43 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3529;QD=54.4685;RBI=0.0714131;REFB=0;REVB=0.0478139;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99475e-05;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr18 56202982 . A T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.766;QD=57.1764;RBI=0.00645601;REFB=0;REVB=-0.00364059;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12491e-06;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr18 56203411 . G C 410.66 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0451233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.958;QD=51.3319;RBI=0.0471929;REFB=-0.161457;REVB=0.0138225;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00667933;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:32:1:2:30:30:0.9375:14:16:0:1:14:16:0:2 chr18 56203447 . A G 800.97 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.545;QD=57.2125;RBI=0.0963547;REFB=0;REVB=0.0641738;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111392;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr18 56203891 . G T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.302;QD=50.8363;RBI=0.0360558;REFB=-0.0709583;REVB=0.0325804;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000651259;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr18 56203898 . T G 395.15 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.408;QD=56.4502;RBI=0.0408884;REFB=0;REVB=0.00980852;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334808;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:15:9:0:0:15:13:0:0 chr18 56204250 . A C 772.62 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.028137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7863;QD=61.8097;RBI=0.0583091;REFB=-0.138836;REVB=0.0510712;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00960081;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:1:0:27:22:1:0 chr18 56204644 . T G 601.09 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000927477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.56;QD=58.643;RBI=0.0924525;REFB=-0.0602191;REVB=0.0924479;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00376038;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:41:40:0.97561:14:27:0:0:14:26:1:0 chr18 56204747 . G A 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.454;QD=59.833;RBI=0.0156394;REFB=0;REVB=0.00780962;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45921e-06;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:41:61:0:0:41:61:0:0 chr18 56247180 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.006;QD=59.8326;RBI=0.0498854;REFB=0;REVB=0.0111338;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342511;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr18 56247567 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.447;QD=48.7359;RBI=0.00458922;REFB=0;REVB=-0.00299204;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20763e-06;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr18 56247599 . C CA 197.72 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911328;FXX=0.049975;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.879;QD=41.6246;RBI=0.136445;REFB=0;REVB=-0.101548;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00190849;OID=.;OPOS=56247600;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:13:6:0:0:4:17:1:1:11:6 chr18 56247600 . C A,T 225.31 PASS AF=0.85,0.1;AO=17,2;DP=20;FAO=17,2;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11,1;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166574,0.00193235;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=205.966,137.513;QD=45.0613;RBI=0.0250645,0.0275598;REFB=0.0439037,0.0430539;REVB=-0.0187287,-0.027492;RO=1;SAF=11,1;SAR=6,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0398535,-0.25849;STB=0.521714,0.665164;STBP=0.626,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00129682,0.0998038;OID=.,.;OPOS=56247600,56247600;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:20:20:1:1:17,2:17,2:0.85,0.1:6,1:11,1:1:0:6,1:11,1:1:0 chr18 56279025 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.843;QD=62.3509;RBI=0.0200743;REFB=0;REVB=0.0128481;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43974e-05;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr18 56470255 . G C 204.73 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.66133e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.103;QD=48.1709;RBI=0.0247155;REFB=0;REVB=-0.0247153;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208415;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr18 56470264 . T TGG 223.13 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218951;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=44.8225;QD=49.5843;RBI=0.0392881;REFB=0;REVB=-0.0326215;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000931001;OID=.;OPOS=56470265;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:18:18:18:0:15:3:0:0:4:0:15:3:0:0 chr18 56587802 . A C 264.4 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0244661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.088;QD=27.1174;RBI=0.0244933;REFB=-0.0292097;REVB=0.00115408;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257879;STB=0.503223;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.013218;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:15:22:24:0.615385:11:11:7:6:13:11:7:8 chr18 56593521 . T G 182.29 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.115871;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9992;QD=23.5207;RBI=0.119269;REFB=-0.0211057;REVB=0.0282637;RO=11;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893454;STB=0.558073;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0279949;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:13:18:18:0.580645:6:12:6:5:6:12:7:6 chr18 57000469 . T A 204.89 PASS AF=0.512821;AO=21;DP=41;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00126736;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.41;QD=21.0142;RBI=0.00847543;REFB=-0.00254122;REVB=0.00838014;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649354;STB=0.516113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0027085;OID=.;OPOS=57000469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:19:19:21:20:0.512821:12:9:8:11:12:8:7:12 chr18 57640352 . C CAA 132.95 PASS AF=0.446809;AO=18;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0287026;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=30.4786;QD=11.315;RBI=0.0417723;REFB=0.0404494;REVB=-0.0303493;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020074;STB=0.524393;STBP=0.79;TYPE=ins;VARB=-0.0533049;OID=.;OPOS=57640353;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:18:48:21:47:26:8:13:11:15:99:27:7:11:11:16 chr18 59166541 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.603;QD=60.6097;RBI=0.0425436;REFB=0;REVB=-0.0397507;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137168;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr18 59170304 . C G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.561;QD=57.2373;RBI=0.032485;REFB=0;REVB=0.0130647;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111635;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr18 59482283 . A G 88.2 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00969182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.562;QD=5.60032;RBI=0.153638;REFB=-0.0153545;REVB=0.153332;RO=48;SAF=11;SAR=3;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211654;STB=0.630169;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0477266;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:48:49:14:14:0.222222:3:11:31:17:3:11:32:17 chr18 59483514 . A G 133.92 PASS AF=0.276596;AO=10;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0146089;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.47;QD=11.3975;RBI=0.0149317;REFB=-0.0171045;REVB=-0.00308798;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212959;STB=0.507031;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0457507;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:48:47:32:31:10:13:0.276596:3:7:17:15:6:7:17:14 chr18 59805532 . T C 911.71 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00500968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3738;QD=55.2553;RBI=0.0120086;REFB=-0.0156479;REVB=0.0109137;RO=2;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209857;STB=0.511108;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00681191;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:44:20:0:2:44:20:0:2 chr18 59807635 . T C 286.8 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287819;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.93;QD=52.1458;RBI=0.0367451;REFB=0;REVB=0.022843;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61698e-05;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:1:0:21:22:1:11:10:1:0:11:11:0:0 chr18 59814268 . G A 820.31 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.91;QD=56.5732;RBI=0.041935;REFB=0;REVB=0.0390458;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159209;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:54:58:1:17:37:0:0:18:40:0:0 chr18 59814324 . G C 769.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.866;QD=56.9857;RBI=0.0296523;REFB=0;REVB=-0.00985647;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39854e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:20:34:0:0 chr18 60027241 . C T 529.48 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0218662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.465;QD=27.8676;RBI=0.0220128;REFB=-0.00881489;REVB=0.00253598;RO=28;SAF=26;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524767;STB=0.52856;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00427013;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:28:48:48:0.631579:22:26:13:15:22:26:13:15 chr18 60036083 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=59.4353;RBI=0.0578391;REFB=0;REVB=0.0397035;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62287e-05;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr18 60111488 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.040179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5387;QD=15.3787;RBI=0.0436213;REFB=0.0183993;REVB=0.0169842;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0233838;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:6:8:7:5:6:8 chr18 60191428 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9692;QD=42.1826;RBI=0.0105541;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523573;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr18 60237388 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5788;QD=62.9781;RBI=0.0107095;REFB=0;REVB=0.00937693;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124628;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr18 60244856 . A G 3005.91 PASS AF=1;AO=188;DP=190;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212987;FXX=0.0104707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.227;QD=63.6171;RBI=0.0679122;REFB=0;REVB=0.0644859;RO=0;SAF=113;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17758e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:189:0:0:188:189:1:75:113:0:0:76:113:0:0 chr18 60562298 . A C,T 1134.62 PASS AF=0.0131579,0.986842;AO=3,73;DP=76;FAO=1,75;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146736,0.0310898;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.875,80.9453;QD=59.7169;RBI=0.0218273,0.0525654;REFB=0,0;REVB=-0.0161591,-0.0423857;RO=0;SAF=3,33;SAR=0,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.93225e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0442665,0.00295433;OID=.,.;OPOS=60562298,60562298;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:76:76:0:0:3,73:1,75:0.0131579,0.986842:0,40:3,33:0:0:0,40:1,35:0:0 chr18 60995261 . G C 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00738891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.93;QD=16.8737;RBI=0.0081041;REFB=-0.0150591;REVB=0.00332875;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17478;STB=0.5999;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0256083;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:11:15:8:12:11:15 chr18 61022791 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.372;QD=57.6796;RBI=0.0351947;REFB=0;REVB=-0.0289227;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10911e-05;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr18 61156606 . G C 196.25 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00552662;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7326;QD=10.608;RBI=0.0388788;REFB=0.00940094;REVB=0.038484;RO=48;SAF=17;SAR=8;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189085;STB=0.604965;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0174887;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:49:25:25:0.337838:8:17:25:23:8:17:26:23 chr18 61160287 . T C 203.52 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0988208;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8651;QD=7.75298;RBI=0.0996505;REFB=0.0113502;REVB=-0.0128321;RO=76;SAF=14;SAR=15;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368904;STB=0.521981;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0280074;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:76:29:29:0.27619:15:14:39:37:15:14:39:37 chr18 61160385 . T C 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00301057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2637;QD=8.74335;RBI=0.0223359;REFB=-0.00542472;REVB=0.0221321;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393415;STB=0.749583;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0291902;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:9:3:17:12:9:3:18:12 chr18 61170721 . T C 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0267988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8279;QD=9.53607;RBI=0.04326;REFB=-0.0123819;REVB=0.0339595;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191962;STB=0.615203;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0308536;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:18:9:6:6:18:9 chr18 61170782 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.029011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.037;QD=9.33498;RBI=0.0301231;REFB=-0.0149147;REVB=-0.00810957;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100478;STB=0.560882;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0311621;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:14:17:6:7:14:17 chr18 61170925 . T C 731.38 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351766;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.449;QD=63.5982;RBI=0.0386699;REFB=0;REVB=0.0160613;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7113e-05;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr18 61233907 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.198;QD=47.8222;RBI=0.0479614;REFB=0;REVB=0.0202678;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400649;OID=.;OPOS=61233907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr18 61234004 . G C 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.823;QD=59.499;RBI=0.0273837;REFB=0;REVB=0.0239048;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114836;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:21:48:0:0:21:48:0:0 chr18 61264298 . G A 1606.88 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.383;QD=64.2752;RBI=0.0173321;REFB=0;REVB=0.0142214;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32653e-05;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:48:51:0:0:48:52:0:0 chr18 61264468 . C T 876.18 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200942;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2353;QD=56.5275;RBI=0.0238091;REFB=-0.167869;REVB=0.0127709;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00238481;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:23:38:0:1:23:38:0:1 chr18 61322995 . T C 1413.77 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0613472;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.033;QD=61.4682;RBI=0.0643134;REFB=-0.101663;REVB=-0.0193065;RO=1;SAF=58;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0081028;STB=0.504201;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00040173;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:1:1:90:91:0.98913:32:58:1:0:32:59:1:0 chr18 61326597 . A C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.102;QD=64.1532;RBI=0.0412436;REFB=0;REVB=-0.00496538;RO=0;SAF=47;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40231e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129036;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:2:47:0:0:2:47:0:0 chr18 61326602 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.362;QD=57.1775;RBI=0.0518593;REFB=0;REVB=0.0493893;RO=0;SAF=49;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37767e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:2:49:0:0:2:49:0:0 chr18 61326609 . T G 783.55 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.282;QD=56.9851;RBI=0.0539517;REFB=0;REVB=0.0496038;RO=0;SAF=53;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0313e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267833;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:2:53:0:0:2:53:0:0 chr18 61326628 . A AT,T 784.25 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=50,4;DP=71;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=60,3;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143137,-0.0723291;FXX=0.0149231;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=18.4858,15.425;QD=47.5303;RBI=0.176231,0.0847372;REFB=0,0;REVB=0.102806,0.0441463;RO=12;SAF=50,4;SAR=0,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.878858,0.62617;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0023228,0.0638409;OID=.,.;OPOS=61326629,61326628;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:71:66:12:0:50,4:63,3:0.954545,0.0454545:0,0:50,4:9:3:3,0:60,3:0:0 chr18 61377579 . A C 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331789;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.883;QD=59.3363;RBI=0.0345604;REFB=0;REVB=0.00967381;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98324e-05;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr18 61379838 . T G 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.111;QD=64.4145;RBI=0.0148284;REFB=0;REVB=-0.00371533;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67537e-05;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:15:34:0:0:16:34:0:0 chr18 61387312 . G A 1045.53 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445552;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.035;QD=59.7447;RBI=0.0122567;REFB=0;REVB=-0.0114182;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101953;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr18 61387333 . T A 884.89 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.004;QD=58.0255;RBI=0.0125502;REFB=0;REVB=0.0118156;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84071e-05;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr18 61387389 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.104;QD=62.9809;RBI=0.0468537;REFB=0;REVB=0.00096004;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619114;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr18 61390259 . C CG,G 30.46 PASS AF=0.192308,0;AO=4,2;DP=28;FAO=5,0;FDP=26;FR=.;FRO=21;FSAF=4,0;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0312929,-0.0309558;FXX=0.0714031;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=30.7301,45.9139;QD=4.68572;RBI=0.0577486,0.0453097;REFB=0.0141321,0.0120065;REVB=0.0485352,-0.0330863;RO=21;SAF=3,2;SAR=1,0;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0515276,0.427552;STB=0.595328,0.5;STBP=0.71,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0421842,0;OID=.,.;OPOS=61390260,61390259;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:28:26:21:21:4,2:5,0:0.192308,0:1,0:3,2:15:6:1,0:4,0:15:6 chr18 61390316 . C A 435.86 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00403583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.132;QD=54.4827;RBI=0.00659607;REFB=-0.0960004;REVB=-0.0052173;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000526437;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:30:31:0.96875:11:19:0:0:12:19:1:0 chr18 61390332 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.027;QD=57.6805;RBI=0.045976;REFB=0;REVB=0.00417985;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001056;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 61390361 . T C 392.89 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.451;QD=56.1267;RBI=0.0291563;REFB=0;REVB=0.0186755;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40265e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:15:13:0:0 chr18 61390570 . T G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.604;QD=46.0582;RBI=0.0205012;REFB=0.0645198;REVB=0.00412782;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00086152;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr18 61564394 . A G 105.27 PASS AF=0.25;AO=14;DP=62;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00813017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6762;QD=6.57955;RBI=0.0788873;REFB=-0.014011;REVB=0.0784673;RO=48;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0428531;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:48:48:14:16:0.25:5:9:27:21:7:9:27:21 chr18 61570503 . C G 154.81 PASS AF=0.3;AO=21;DP=72;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0190128;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6636;QD=8.84618;RBI=0.0378194;REFB=0.00869081;REVB=0.0326928;RO=48;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093338;STB=0.563575;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0186314;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:48:49:21:21:0.3:13:8:22:26:13:8:23:26 chr18 61570529 . C G 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0210394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.277;QD=8.86101;RBI=0.0219647;REFB=-0.00835519;REVB=0.00630802;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826728;STB=0.505043;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0212187;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:15:18:7:6:15:18 chr18 61575213 . T G 412.8 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00142138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.184;QD=15.877;RBI=0.00476358;REFB=-0.017392;REVB=-0.00454658;RO=57;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103473;STB=0.562473;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0199635;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:21:25:25:32:21:25:25:33 chr18 61575232 . A G 397.19 PASS AF=0.410714;AO=46;DP=112;FAO=46;FDP=112;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0154167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.744;QD=14.1853;RBI=0.0178898;REFB=-0.00908594;REVB=-0.00907587;RO=66;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054323;STB=0.530631;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0135483;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:66:46:46:0.410714:22:24:31:35:22:24:31:35 chr18 61582867 . A G 244.25 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=89;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0177123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.163;QD=10.8556;RBI=0.0255784;REFB=0.000651015;REVB=0.0184535;RO=60;SAF=16;SAR=13;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767048;STB=0.534224;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00105214;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:60:60:29:30:0.333333:13:16:37:23:13:17:37:23 chr18 61587053 . G A 64.69 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.04135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.67;QD=4.24178;RBI=0.0429459;REFB=-0.0103742;REVB=-0.0115985;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199653;STB=0.648869;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0196694;OID=.;OPOS=61587053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:47:50:11:11:0.180328:6:5:29:18:6:5:32:18 chr18 61587067 . C T 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0163613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.546;QD=3.96486;RBI=0.0164008;REFB=-4.38238e-06;REVB=0.00113772;RO=49;SAF=4;SAR=6;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305587;STB=0.700932;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.000159538;OID=.;OPOS=61587067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:6:4:32:17:6:4:32:17 chr18 61600384 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00712818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.927;QD=10.4722;RBI=0.0353339;REFB=0.00982387;REVB=0.0346074;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139316;STB=0.583198;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0223347;OID=.;OPOS=61600384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:9:15:6:6:9:15 chr18 62036875 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.875;QD=63.3366;RBI=0.0214956;REFB=0;REVB=-0.000763554;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46556e-05;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr18 63489378 . C T 1096.65 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00147318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.736;QD=58.4882;RBI=0.00230006;REFB=-0.118334;REVB=-0.00176636;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00109434;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:73:74:0.986667:39:34:0:0:40:34:0:1 chr18 63530016 . A G 1453.4 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427124;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.113;QD=63.1913;RBI=0.0466447;REFB=0;REVB=-0.0187452;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40868e-05;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr18 64176269 . G A 388.26 PASS AF=0.52;AO=38;DP=76;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0285553;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6736;QD=20.7074;RBI=0.0440943;REFB=-0.00906539;REVB=0.0335992;RO=37;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153839;STB=0.570212;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.012939;OID=.;OPOS=64176269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:37:36:38:39:0.52:16:22:15:22:16:23:16:20 chr18 65178103 . G GCA 110.73 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00490072;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.423;QD=13.8417;RBI=0.0642656;REFB=-0.0523322;REVB=0.0640785;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23931;STB=0.59985;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=0.0967629;OID=.;OPOS=65178104;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:39:13:32:19:6:7:12:7:99:25:6:7:17:8 chr18 65179829 . G A 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0117818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.533;QD=18.0726;RBI=0.0236659;REFB=-0.0145867;REVB=-0.0205248;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13599;STB=0.576108;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0239014;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:17:14:18:12:17:14 chr18 66504093 . A C 989.4 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.536;QD=59.0688;RBI=0.0511591;REFB=0;REVB=0.0388409;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47155e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:23:42:0:0:24:43:0:0 chr18 66504459 . A T 687.11 PASS AF=0.957447;AO=43;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00290225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.627;QD=58.4777;RBI=0.0942518;REFB=-0.161824;REVB=0.0942071;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.505514;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00203967;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:0:2:43:45:0.957447:26:17:0:0:28:17:1:1 chr18 66513615 . A G 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4664;QD=55.6414;RBI=0.0502994;REFB=0;REVB=0.0119444;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013323;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr18 67345034 . T C 937.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7935;QD=58.5729;RBI=0.036265;REFB=0;REVB=0.0241917;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71367e-05;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr18 67365668 . A G 894.88 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.657;QD=57.734;RBI=0.0381358;REFB=0;REVB=0.00865751;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95513e-05;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr18 67531642 . T C 956.47 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.485;QD=58.8599;RBI=0.0948135;REFB=0;REVB=0.0755285;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308636;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:0:0:61:65:1:36:25:0:0:39:26:0:0 chr18 67718688 . A G 977.15 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00224588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.608;QD=57.4792;RBI=0.0177324;REFB=-0.12369;REVB=0.0175896;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000412444;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:29:38:0:1:29:38:0:1 chr18 67863773 . A G 190.95 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0480701;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7428;QD=14.6883;RBI=0.0542074;REFB=-0.00023488;REVB=-0.0250542;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911765;STB=0.552277;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00211551;OID=.;OPOS=67863773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:18:12:7:15:18:12 chr18 67863850 . T TCTC 346.27 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00451993;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.601;QD=32.2111;RBI=0.018251;REFB=-0.0640447;REVB=-0.0176824;RO=15;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521387;STB=0.519122;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=0.0270224;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.674419:29:44:29:43:14:17:12:9:5:99:15:17:12:10:5 chr18 67871343 . A C 718.37 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396683;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.095;QD=56.3424;RBI=0.0624925;REFB=0;REVB=0.0482881;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740618;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr18 67992684 . C T 200.69 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00451728;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6169;QD=11.6343;RBI=0.0102124;REFB=-0.00181796;REVB=-0.00915899;RO=44;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158262;STB=0.591964;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00760404;OID=.;OPOS=67992684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:44:44:25:25:0.362319:17:8:20:24:17:8:20:24 chr18 67995834 . A T 156.93 PASS AF=0.365385;AO=16;DP=49;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0034791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.608;QD=12.0713;RBI=0.00388955;REFB=-0.0229432;REVB=-0.00173909;RO=33;SAF=13;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356171;STB=0.636211;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.033196;OID=.;OPOS=67995834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:33:33:16:19:0.365385:3:13:18:15:5:14:18:15 chr18 68180082 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0523493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.303;QD=10.9363;RBI=0.0539836;REFB=-0.0078175;REVB=-0.0131827;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301445;STB=0.676982;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0192229;OID=.;OPOS=68180082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:7:9:10:24:7:9:10:24 chr18 70209177 . C T 555.22 PASS AF=0.625;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=80;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0535529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.124;QD=27.761;RBI=0.0601054;REFB=-0.0539115;REVB=0.02729;RO=30;SAF=24;SAR=26;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15103;STB=0.582057;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0173315;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:30:30:50:50:0.625:26:24:21:9:26:24:21:9 chr18 70417396 . C T 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.955;QD=57.6712;RBI=0.06148;REFB=0;REVB=-0.0128266;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000516293;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr18 70532840 . T G 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00415111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.436;QD=63.8873;RBI=0.0117516;REFB=0;REVB=-0.010994;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33317e-06;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:47:50:0:0:47:50:0:0 chr18 71412428 . C T 298.4 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00873983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.48;QD=29.84;RBI=0.0239734;REFB=-0.0169586;REVB=0.0223235;RO=13;SAF=10;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486566;STB=0.5418;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00965081;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:16:10:6:7:16:10:7:7 chr18 71816278 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0196553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.451;QD=18.4834;RBI=0.0203501;REFB=-0.0266371;REVB=0.0052721;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231388;STB=0.63144;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.024479;OID=.;OPOS=71816278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:13:8:12:7:13:8 chr18 71894984 . A G 86.15 PASS AF=0.625;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0326777;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.358;QD=21.5377;RBI=0.0777777;REFB=-0.0153505;REVB=0.07058;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422407;STB=0.749373;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00426934;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:6:6:10:10:0.625:9:1:3:3:9:1:3:3 chr18 71927987 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00374634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3554;QD=18.8863;RBI=0.0966387;REFB=0.0172489;REVB=-0.0965661;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2967;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.018958;OID=.;OPOS=71927987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:3:2:1:7:3:2 chr18 72009309 . C T 624.48 PASS AF=0.53913;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=115;FR=.;FRO=53;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00323207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.741;QD=21.721;RBI=0.031932;REFB=-0.0204952;REVB=0.0317681;RO=52;SAF=32;SAR=30;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346607;STB=0.523052;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0151782;OID=.;OPOS=72009309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:52:53:62:62:0.53913:30:32:29:23:30:32:30:23 chr18 72020983 . A G 619.07 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0211773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.482;QD=29.8345;RBI=0.0219262;REFB=-0.0105061;REVB=0.00568183;RO=29;SAF=29;SAR=25;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145267;STB=0.578685;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0123896;OID=.;OPOS=72020983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:54:54:0.650602:25:29:9:20:25:29:9:20 chr18 72021717 . T C 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0768;QD=46.9565;RBI=0.0321653;REFB=-0.0225387;REVB=0.000504839;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00968999;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:0:1:8:12:0:1 chr18 72103782 . T C 808.74 PASS AF=0.546763;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=139;FR=.;FRO=63;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=-0.0183127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1578;QD=23.2732;RBI=0.0193677;REFB=-0.0119537;REVB=0.00630485;RO=62;SAF=49;SAR=27;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444637;STB=0.52696;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0120687;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:62:63:76:76:0.546763:27:49:43:19:27:49:44:19 chr18 72114454 . TC T,TT 834.7 PASS AF=1,0;AO=21,38;DP=60;FAO=57,0;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398133,-0.0493174;FXX=0.0338926;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.618,194.707;QD=58.5757;RBI=0.0182573,0.0719802;REFB=0,0;REVB=-0.017818,-0.0524303;RO=0;SAF=6,22;SAR=15,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00113943,0;OID=.,.;OPOS=72114455,72114455;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,38:60:57,0:57:0:27,0:30,0:0:0:5:0:6,22:15,16:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 473.75 PASS AF=0.894737;AO=31;DP=42;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0584251;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.718;QD=49.8685;RBI=0.0766908;REFB=-0.171402;REVB=0.0496787;RO=10;SAF=22;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108341;STB=0.516769;STBP=0.557;TYPE=ins;VARB=0.0178804;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:31:42:34:38:4:22:12:2:2:19:10:22:9:5:5 chr18 72226578 . C A 456.99 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0185452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6175;QD=23.1388;RBI=0.0185457;REFB=0.0264867;REVB=-0.000139536;RO=35;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313251;STB=0.517233;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0235371;OID=.;OPOS=72226578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:16:28:21:14:16:28:21:14 chr18 72228124 . A G 1772.22 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371833;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.927;QD=61.1111;RBI=0.037216;REFB=0;REVB=-0.00156067;RO=0;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321911;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:48:68:0:0:48:68:0:0 chr18 72238472 . C A 237.94 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00909978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6428;QD=22.661;RBI=0.0879681;REFB=0.014488;REVB=-0.0874961;RO=19;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244101;STB=0.611408;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0044856;OID=.;OPOS=72238472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:17:5:9:10:17:6:9:10 chr18 72343008 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.334;QD=60.2297;RBI=0.0724753;REFB=0;REVB=0.0382804;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368955;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr18 72344223 . T C 344.25 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0106637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.185;QD=14.0512;RBI=0.0148601;REFB=-0.0111039;REVB=-0.0103493;RO=60;SAF=15;SAR=23;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972395;STB=0.555404;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0159702;OID=.;OPOS=72344223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:23:15:29:31:23:15:29:31 chr18 72345890 . A C 303.33 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0570272;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.6556;QD=14.4441;RBI=0.0613603;REFB=-0.0027808;REVB=0.0226491;RO=47;SAF=26;SAR=8;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20839;STB=0.60615;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00466796;OID=.;OPOS=72345890;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:50:34:34:0.404762:8:26:28:19:8:26:31:19 chr18 72347482 . T C 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0273927;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.057;QD=15.4095;RBI=0.031622;REFB=-0.00830016;REVB=-0.0157985;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243869;STB=0.507128;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0123568;OID=.;OPOS=72347482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:17:10:13:20:17:10:13:21 chr18 72776121 . G A 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.956;QD=61.8526;RBI=0.0599035;REFB=0;REVB=0.0593103;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244334;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr18 72776958 . ATTTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA 152.85 PASS AF=0.157895,0.631579,0.157895;AO=5,9,4;DP=40;FAO=6,24,6;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=4,17,4;FSAR=2,7,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.220903,0.41895,0.232406;FXX=0.0499875;HRUN=12,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=7.64495,5.48796,19.6749;QD=16.0891;RBI=0.228927,0.428228,0.239138;REFB=-0.126442,-0.175495,-0.144716;REVB=0.0600768,0.0886574,0.0563395;RO=14;SAF=5,5,2;SAR=0,4,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.677099,-0.0910242,-0.161868;STB=0.666109,0.562446,0.666109;STBP=0.205,0.065,0.205;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0046384,0.0464683,0.174334;OID=.,.,.;OPOS=72776959,72776959,72776970;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.157895,0.631579,0.157895:5,9,4:40:6,24,6:38:2:4,17,4:2,7,2:0:2:36:14:5,5,2:0,4,2:9:5 chr18 72914280 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.805;QD=43.4862;RBI=0.0337419;REFB=0;REVB=-0.0149024;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000945712;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr18 72998899 . G A 467.06 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00572805;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0827;QD=22.2408;RBI=0.021685;REFB=-0.0188731;REVB=-0.0209148;RO=38;SAF=27;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396447;STB=0.532649;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0239136;OID=.;OPOS=72998899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:38:39:44:45:0.535714:17:27:25:13:18:27:26:13 chr18 72999777 . C T 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0185368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.474;QD=21.9987;RBI=0.0316106;REFB=-0.00155885;REVB=0.0256049;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241042;STB=0.51336;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00130382;OID=.;OPOS=72999777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:16:13:11:12:16:13:11:12 chr18 74090957 . CGGGGGGGC CGGGGGGC,CGGGGGGCG 364.36 PASS AF=1,0;AO=37,4;DP=55;FAO=54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04426,-0.0774743;FXX=0.0181785;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.12787,16.7456;QD=26.9897;RBI=0.201653,0.121132;REFB=0.0990688,0.128451;REVB=0.196736,0.0931165;RO=8;SAF=16,4;SAR=21,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0193765,0.730747;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.024847,0;OID=.,.;OPOS=74090958,74090964;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:37,4:55:54,0:54:0:28,0:26,0:0:0:5:8:16,4:21,0:3:5 chr18 74091718 . G A 4169.89 PASS AF=1;AO=266;DP=266;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806579;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8596;QD=62.7051;RBI=0.0297535;REFB=0;REVB=0.0286394;RO=0;SAF=137;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.53695e-05;OID=.;OPOS=74091718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:266:266:0:0:266:266:1:129:137:0:0:129:137:0:0 chr18 74208284 . G A 1015.53 PASS AF=0.628571;AO=87;DP=140;FAO=88;FDP=140;FR=.;FRO=52;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0316527;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9488;QD=29.0152;RBI=0.0940261;REFB=0.0233839;REVB=0.0885382;RO=52;SAF=52;SAR=35;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548816;STB=0.531922;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0145622;OID=.;OPOS=74208284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:52:52:87:88:0.628571:35:52:35:17:36:52:35:17 chr18 74611127 . A G 736.46 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10167;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.84;QD=64.0397;RBI=0.107639;REFB=0;REVB=0.0353445;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155937;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr18 74680259 . C T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00954818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.794;QD=50.8363;RBI=0.0132573;REFB=-0.0426912;REVB=0.00919712;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00374718;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:14:11:1:0 chr18 74692336 . A G 333.91 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00839626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.99;QD=12.0327;RBI=0.0282769;REFB=-0.0101427;REVB=-0.0270016;RO=70;SAF=29;SAR=12;SRF=41;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14966;STB=0.585959;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0419062;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:12:29:41:29:12:29:41:29 chr18 74701984 . G A 563.49 PASS AF=0.385965;AO=66;DP=171;FAO=66;FDP=171;FR=.;FRO=105;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0399911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.079;QD=13.1811;RBI=0.0400115;REFB=-0.0129099;REVB=0.00127832;RO=105;SAF=35;SAR=31;SRF=56;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033058;STB=0.501867;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.019532;OID=.;OPOS=74701984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:105:105:66:66:0.385965:31:35:56:49:31:35:56:49 chr18 74702864 . G A 299.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0326933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9376;QD=16.1639;RBI=0.0341751;REFB=-0.00118438;REVB=0.00995428;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122734;STB=0.562462;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0013305;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:40:41:33:33:0.445946:14:19:18:22:14:19:19:22 chr18 74980809 . G A,T 506.45 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=31,3;DP=34;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413969,-0.0569086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.5483,52.413;QD=57.8794;RBI=0.0450552,0.0605794;REFB=0,0;REVB=0.0177838,0.0207671;RO=0;SAF=11,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00051566,0.181548;OID=.,.;OPOS=74980809,74980809;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:34:35:0:0:31,3:33,2:0.942857,0.0571429:20,0:11,3:0:0:21,0:12,2:0:0 chr18 76753588 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.982;QD=37.4885;RBI=0.0523774;REFB=0;REVB=-0.000860983;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114494;OID=.;OPOS=76753588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr18 76753768 . C G 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.5419;QD=39.2005;RBI=0.0736331;REFB=0;REVB=0.042183;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359917;OID=.;OPOS=76753768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr18 76754466 . C T 808.79 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00726833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.125;QD=53.9196;RBI=0.0441685;REFB=-0.12924;REVB=0.0435663;RO=2;SAF=11;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196531;STB=0.510413;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00105354;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:2:2:58:58:0.966667:47:11:0:2:47:11:0:2 chr18 76936850 . A G 414.96 PASS AF=0.690909;AO=37;DP=54;FAO=38;FDP=55;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00395317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.119;QD=30.1788;RBI=0.00422851;REFB=0.000960027;REVB=-0.00150092;RO=17;SAF=24;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378503;STB=0.523548;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000499563;OID=.;OPOS=76936850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:17:17:37:38:0.690909:13:24:10:7:13:25:10:7 chr18 77067000 . T G 183.24 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00953898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.639;QD=17.877;RBI=0.0136243;REFB=-0.0287677;REVB=-0.00972773;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097203;STB=0.529039;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0283667;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:5:13:14:8:6:13:14:8 chr18 77171061 . T G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.298;QD=50.4093;RBI=0.0605408;REFB=0;REVB=0.0153059;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293525;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr18 77420703 . C G 723.46 PASS AF=0.826087;AO=57;DP=69;FAO=57;FDP=69;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0192261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.869;QD=41.9398;RBI=0.0869169;REFB=-0.0785086;REVB=-0.0847638;RO=12;SAF=38;SAR=19;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198047;STB=0.606022;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0118125;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:69:69:12:12:57:57:0.826087:19:38:1:11:19:38:1:11 chr18 77439532 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.536;QD=55.0987;RBI=0.0364051;REFB=0;REVB=0.0308856;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113557;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr18 77475187 . T TGGA 185.47 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=72;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.033695;FXX=0.0689536;HRUN=2;LEN=3;MLLD=173.534;QD=13.7385;RBI=0.165797;REFB=-0.0658082;REVB=-0.162337;RO=47;SAF=19;SAR=1;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634869;STB=0.879767;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0674992;OID=.;OPOS=77475188;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:20:72:22:54:32:21:1:19:13:99:47:19:1:27:20 chr18 77477822 . T C 539.2 PASS AF=0.617284;AO=48;DP=79;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0583516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1764;QD=26.627;RBI=0.0612432;REFB=-0.0289801;REVB=-0.0185962;RO=30;SAF=28;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120618;STB=0.507689;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0136134;OID=.;OPOS=77477822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:30:31:48:50:0.617284:20:28:17:13:20:30:18:13 chr18 77477945 . CAG C,CGA,CGAG 78.67 PASS AF=0.101695,0,0.169492;AO=6,4,12;DP=60;FAO=6,0,10;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=0,0,6;FSAR=6,0,4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0129483,0.0189265,0.0572635;FXX=0.0327815;HRUN=1,1,0;LEN=2,2,1;MLLD=148.891,52.5441,40.2206;QD=5.33323;RBI=0.104575,0.106121,0.117831;REFB=-0.00380853,-0.0227492,-0.0493753;REVB=-0.10377,-0.104419,-0.102981;RO=34;SAF=0,0,8;SAR=6,4,4;SRF=24;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.741932,-0.683303,-0.0540151;STB=0.998438,0.5,0.503929;STBP=0.003,1,0.987;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.106982,0,0.16638;OID=.,.,.;OPOS=77477946,77477946,77477946;OREF=AG,AG,-;OALT=-,GA,G;OMAPALT=C,CGA,CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.101695,0,0.169492:6,4,12:60:6,0,10:59:43:0,0,6:6,0,4:26:17:50:34:0,0,8:6,4,4:24:10 chr18 77513721 . T C 2312.58 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.939;QD=63.7954;RBI=0.0408068;REFB=0;REVB=0.0173681;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2525e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:145:145:1:67:78:0:0:67:78:0:0 chr18 77728135 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.772;QD=60.6101;RBI=0.0203247;REFB=0;REVB=-0.0201916;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.79467e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr18 77736735 . T C 562.12 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000668031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4392;QD=57.6537;RBI=0.0401132;REFB=0.0434403;REVB=-0.0401077;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00264153;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:1:0:16:22:1:0 chr18 77773006 . A G 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.012914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.117;QD=3.83789;RBI=0.0202444;REFB=-0.00428121;REVB=-0.0155905;RO=61;SAF=10;SAR=3;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289267;STB=0.689341;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0286839;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:61:62:13:13:0.173333:3:10:34:27:3:10:35:27 chr18 77773035 . G A 77.33 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00635435;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.521;QD=4.68659;RBI=0.0160511;REFB=-0.00549334;REVB=-0.0147398;RO=52;SAF=9;SAR=4;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080129;STB=0.546101;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0215317;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:67:66:52:53:13:13:0.19697:4:9:33:19:4:9:34:19 chr18 77805949 . A C 550.76 PASS AF=0.836735;AO=32;DP=47;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0117078;FXX=0.019996;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.091;QD=44.9598;RBI=0.0629307;REFB=-0.0952684;REVB=0.061832;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.570789;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0173308;OID=.;OPOS=77805949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:47:49:0:8:32:41:0.836735:20:12:0:0:27:14:6:2 chr18 77894844 . G A 82.09 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.919;QD=32.8344;RBI=0.0273069;REFB=-0.120801;REVB=0.0113441;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00619504;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:1:0:2:7:1:0 chr18 77897478 . C G 1473.22 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2404;QD=63.3643;RBI=0.0173099;REFB=0;REVB=0.0114897;RO=0;SAF=59;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51296e-05;OID=.;OPOS=77897478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:33:59:0:0:33:60:0:0 chr19 362283 . C T 991.5 PASS AF=0.566265;AO=94;DP=168;FAO=94;FDP=166;FR=.;FRO=72;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0269295;FXX=0.0119041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.032;QD=23.8917;RBI=0.0329802;REFB=0.00131073;REVB=-0.0190393;RO=71;SAF=61;SAR=33;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173522;STB=0.603699;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00188831;OID=.;OPOS=362283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:71:72:94:94:0.566265:33:61:31:40:33:61:30:42 chr19 372661 . C A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0065814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9413;QD=19.3857;RBI=0.0112165;REFB=-0.0242525;REVB=-0.00908271;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256977;STB=0.646002;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0206179;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:12:9:14:6:12:9 chr19 407900 . A G 2378.54 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.954;QD=63.8534;RBI=0.0461971;REFB=0;REVB=0.0149861;RO=0;SAF=93;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7197e-05;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:146:149:1:53:93:0:0:53:96:0:0 chr19 422238 . G T 1961.02 PASS AF=0.570533;AO=182;DP=321;FAO=182;FDP=319;FR=.;FRO=137;FSAF=85;FSAR=97;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=0.0265763;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.016;QD=24.5895;RBI=0.0273506;REFB=-0.0402465;REVB=0.00646209;RO=132;SAF=85;SAR=97;SRF=66;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256573;STB=0.522025;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0286961;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:132:137:182:182:0.570533:97:85:66:66:97:85:71:66 chr19 453160 . A G 1607.64 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0399449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.196;QD=58.4595;RBI=0.0412325;REFB=0.0267825;REVB=0.0102235;RO=1;SAF=41;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114351;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=2.0826e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:1:1:107:109:0.990909:66:41:1:0:68:41:1:0 chr19 498524 . A G 484.59 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00495161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.844;QD=18.2866;RBI=0.00969889;REFB=-0.0101311;REVB=-0.00833967;RO=50;SAF=20;SAR=31;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116567;STB=0.568572;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00782608;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:50:54:51:52:0.490566:31:20:26:24:31:21:29:25 chr19 501719 . T C 81.14 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0372237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.089;QD=18.0304;RBI=0.0390732;REFB=-0.0452641;REVB=0.0118792;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0225459;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:8:8:9:10:0.555556:6:3:3:5:7:3:3:5 chr19 501725 . G A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0125035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.275;QD=11.9168;RBI=0.0374809;REFB=-0.00972946;REVB=-0.0353338;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.66611;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0379722;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:3:6:6:1:3:6 chr19 549678 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.509;QD=62.9822;RBI=0.0100812;REFB=0;REVB=-0.00445453;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95179e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr19 579010 . G A 272.25 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2827;QD=51.8574;RBI=0.0633168;REFB=0;REVB=0.0556654;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139477;OID=.;OPOS=579010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 579035 . C T 692.88 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.842;QD=61.5889;RBI=0.198897;REFB=0;REVB=0.198891;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653009;OID=.;OPOS=579035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:8:31:0:0:14:31:0:0 chr19 580665 . T C 1484.81 PASS AF=0.990196;AO=98;DP=103;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318122;FXX=0.0285687;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.792;QD=58.2279;RBI=0.0367634;REFB=-0.0596947;REVB=0.0184264;RO=1;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114277;STB=0.505617;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000676273;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:102:1:1:98:101:0.990196:41:57:0:1:44:57:0:1 chr19 582505 . G A 616.97 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111779;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9812;QD=61.6974;RBI=0.0444371;REFB=0;REVB=0.0430082;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476137;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr19 582775 . A G 770.14 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821121;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1414;QD=64.1786;RBI=0.0387416;REFB=0;REVB=0.0378614;RO=0;SAF=39;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172403;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:9:39:0:0:9:39:0:0 chr19 582927 . T A 1080.4 PASS AF=0.88764;AO=76;DP=86;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00752634;FXX=0.0111099;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.959;QD=48.5572;RBI=0.0186343;REFB=0.0328258;REVB=0.0170468;RO=9;SAF=44;SAR=32;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027387;STB=0.506473;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-7.78457e-05;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:86:89:9:10:76:79:0.88764:32:44:4:5:35:44:5:5 chr19 605171 . T C 3798.59 PASS AF=1;AO=235;DP=237;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.264;QD=63.0472;RBI=0.11719;REFB=0;REVB=0.00888407;RO=1;SAF=119;SAR=116;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81204e-05;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:237:241:1:0:235:241:1:116:119:1:0:116:125:0:0 chr19 613307 . C T 603.52 PASS AF=0.516949;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0238536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.364;QD=20.4582;RBI=0.0349958;REFB=-0.0143128;REVB=0.0256069;RO=57;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16467;STB=0.590541;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0100187;OID=.;OPOS=613307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:57:61:61:0.516949:34:27:36:21:34:27:36:21 chr19 613898 . T C 2323.67 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.303;QD=60.7496;RBI=0.0539416;REFB=0;REVB=0.0525794;RO=0;SAF=95;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241645;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:153:0:0:151:153:1:56:95:0:0:57:96:0:0 chr19 618722 . G A 281.36 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0310796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.601;QD=17.0523;RBI=0.0433228;REFB=-0.0223794;REVB=0.0301815;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319552;STB=0.512187;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0229394;OID=.;OPOS=618722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:21:10:12:22:21:10:12:23 chr19 619021 . G C 639.62 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.598;QD=59.4997;RBI=0.0806114;REFB=-0.16901;REVB=0.0799148;RO=1;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407606;STB=0.521729;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00084632;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:11:31:0:1:11:31:0:1 chr19 621063 . A G 469.34 PASS AF=0.369863;AO=55;DP=146;FAO=54;FDP=146;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.00819555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2728;QD=12.8587;RBI=0.0559771;REFB=0.0144621;REVB=-0.0553739;RO=86;SAF=32;SAR=23;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648385;STB=0.510545;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.025174;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:86:92:55:54:0.369863:23:32:55:31:22:32:56:36 chr19 621070 . G A 648.88 PASS AF=0.436364;AO=72;DP=165;FAO=72;FDP=165;FR=.;FRO=93;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.00505955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.198;QD=15.7304;RBI=0.0102937;REFB=-0.0269337;REVB=-0.0089645;RO=88;SAF=38;SAR=34;SRF=56;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108665;STB=0.542235;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0304762;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:88:93:72:72:0.436364:34:38:56:32:34:38:56:37 chr19 621712 . A G 935.12 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8979;QD=58.445;RBI=0.0606761;REFB=0;REVB=-0.0575466;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065624;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr19 622336 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.143;QD=48.7372;RBI=0.0629681;REFB=0;REVB=-0.0377556;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132055;OID=.;OPOS=622336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 625198 . A G 1587.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.02;QD=64.1409;RBI=0.0195948;REFB=0;REVB=0.0186749;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64256e-05;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:49:49:0:0:50:49:0:0 chr19 632915 . G A 167.65 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00452839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.649;QD=10.1609;RBI=0.00825417;REFB=-0.0135917;REVB=0.00690109;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383743;STB=0.530359;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0266307;OID=.;OPOS=632915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:12:10:21:22:12:10:22:22 chr19 641215 . T C 435.09 PASS AF=0.475248;AO=42;DP=99;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00816404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.411;QD=17.2312;RBI=0.0446034;REFB=-0.0176201;REVB=0.0438499;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250231;STB=0.554433;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0207503;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:52:53:42:48:0.475248:18:24:31:21:24:24:32:21 chr19 687078 . G A 305.05 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00831425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.298;QD=15.4454;RBI=0.0201269;REFB=-0.0206093;REVB=0.0183293;RO=44;SAF=23;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297904;STB=0.667595;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0307933;OID=.;OPOS=687078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:45:33:34:0.43038:10:23:18:26:10:24:19:26 chr19 687112 . G A 153.92 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.010452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3161;QD=15.0164;RBI=0.0141153;REFB=-0.00616612;REVB=-0.00948665;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280681;STB=0.652382;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0474673;OID=.;OPOS=687112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:5:12:10:13:5:12:11:13 chr19 691909 . T C 2220.53 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018216;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.318;QD=63.4437;RBI=0.0369912;REFB=0;REVB=0.0321951;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42744e-05;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:139:140:1:83:56:0:0:83:57:0:0 chr19 731144 . A G 2870.37 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2222;QD=62.7404;RBI=0.0383262;REFB=0;REVB=0.00598863;RO=1;SAF=120;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395124;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94199e-05;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:183:1:0:181:183:1:61:120:1:0:61:122:0:0 chr19 797517 . G C 355.18 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0325898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.825;QD=30.2285;RBI=0.0326549;REFB=-0.0329194;REVB=0.00206223;RO=17;SAF=5;SAR=25;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764741;STB=0.542139;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.017484;OID=.;OPOS=797517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:25:5:4:13:25:5:4:13 chr19 804327 . C T 1295.77 PASS AF=0.584541;AO=121;DP=207;FAO=121;FDP=207;FR=.;FRO=86;FSAF=71;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0116307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7849;QD=25.039;RBI=0.0609926;REFB=0.00596219;REVB=0.0598734;RO=86;SAF=71;SAR=50;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103188;STB=0.555977;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00433586;OID=.;OPOS=804327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:86:86:121:121:0.584541:50:71:39:47:50:71:39:47 chr19 804612 . C T 715.53 PASS AF=0.686047;AO=59;DP=91;FAO=59;FDP=86;FR=.;FRO=27;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=0.0100025;FXX=0.054939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.123;QD=33.2804;RBI=0.0369713;REFB=-0.0243083;REVB=0.0355925;RO=27;SAF=39;SAR=20;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240551;STB=0.628534;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00720274;OID=.;OPOS=804612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:86:27:27:59:59:0.686047:20:39:27:0:20:39:27:0 chr19 804959 . C T 189.56 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00729587;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.341;QD=19.9541;RBI=0.0185288;REFB=-0.0313016;REVB=-0.0170319;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121217;STB=0.558219;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0249728;OID=.;OPOS=804959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:6:13:10:8:6:13:11:8 chr19 810573 . C A 493.95 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00693659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.914;QD=22.2;RBI=0.0114549;REFB=0.00486084;REVB=-0.00911585;RO=41;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152586;STB=0.576007;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00414992;OID=.;OPOS=810573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:47:48:0.539326:31:16:21:20:31:17:21:20 chr19 815319 . C T 99.99 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00868891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.573;QD=15.3824;RBI=0.0174884;REFB=-0.0412339;REVB=0.0151772;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0481455;OID=.;OPOS=815319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:7:6:9:3:7:7 chr19 844020 . G A 1552.49 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261446;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.289;QD=64.0204;RBI=0.0109586;REFB=0;REVB=0.0106422;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317096;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr19 964434 . G A 176.2 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0432268;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2337;QD=20.1372;RBI=0.0485084;REFB=-0.0240098;REVB=0.0220116;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303232;STB=0.652015;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0224293;OID=.;OPOS=964434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:10:7:13:4:10:8:13:4 chr19 965043 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.298;QD=58.2366;RBI=0.0459157;REFB=0;REVB=0.0147346;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121971;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr19 966693 . C T 1523.06 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.796;QD=58.5792;RBI=0.0656318;REFB=-0.0388216;REVB=0.0592066;RO=1;SAF=53;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886897;STB=0.504672;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00112453;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:50:53:1:0:50:53:1:0 chr19 971933 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.178;QD=53.9122;RBI=0.114882;REFB=0;REVB=0.00994421;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068387;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:21:24:1:10:11:0:0:11:13:0:0 chr19 971949 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.287;QD=51.1812;RBI=0.0862737;REFB=0;REVB=0.0454941;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849149;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 984533 . T C 403.01 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0211323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.62;QD=13.6613;RBI=0.0222558;REFB=-0.0221705;REVB=0.00698182;RO=66;SAF=24;SAR=23;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204116;STB=0.523284;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0315152;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:118:66:71:47:47:0.398305:23:24:35:31:23:24:39:32 chr19 984554 . C G 375.48 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00715393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.858;QD=18.3163;RBI=0.00792917;REFB=-0.0291867;REVB=0.00341952;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186315;STB=0.510392;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0233871;OID=.;OPOS=984554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:18:21:24:19:18:21:24:19 chr19 990281 . G A 297.38 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00557549;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.312;QD=14.6856;RBI=0.0551433;REFB=-0.0356021;REVB=0.0548607;RO=45;SAF=24;SAR=8;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718478;STB=0.533508;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0507692;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:81:45:48:32:33:0.407407:8:24:36:9:9:24:37:11 chr19 1003172 . C T 3197.32 PASS AF=0.990476;AO=205;DP=208;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=118;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0242784;FXX=0.0140838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.175;QD=60.9013;RBI=0.0243892;REFB=-0.0928768;REVB=0.00232163;RO=1;SAF=88;SAR=117;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538214;STB=0.505494;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00023139;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:210:1:2:205:208:0.990476:117:88:1:0:118:90:2:0 chr19 1004632 . CG C,GC 59.94 PASS AF=0.542857,0;AO=9,2;DP=35;FAO=19,0;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0;FSAR=15,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.106702,-0.036353;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=10.2674,85.8388;QD=6.8503;RBI=0.240293,0.0371921;REFB=-0.211057,-0.00896866;REVB=0.215303,0.00785575;RO=23;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0185999,-0.435414;STB=0.661577,0.5;STBP=0.068,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.186046,0;OID=.,.;OPOS=1004633,1004632;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:35:23:16:9,2:19,0:0.542857,0:6,2:3,0:8:15:15,0:4,0:8:8 chr19 1036552 . T C 3076.82 PASS AF=0.985437;AO=202;DP=207;FAO=203;FDP=206;FR=.;FRO=3;FSAF=162;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0536754;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4319;QD=59.7441;RBI=0.0662664;REFB=0.0233416;REVB=0.0388611;RO=3;SAF=162;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202842;STB=0.510366;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00036063;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:207:206:3:3:202:203:0.985437:40:162:1:2:41:162:1:2 chr19 1038995 . A C 5811.79 PASS AF=1;AO=363;DP=363;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.29;QD=63.0004;RBI=0.0113182;REFB=0;REVB=-0.00456793;RO=0;SAF=170;SAR=193;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36291e-07;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:363:369:0:0:363:369:1:193:170:0:0:193:176:0:0 chr19 1041352 . A G 239.53 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0109295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.806;QD=18.0774;RBI=0.0361902;REFB=-0.0424211;REVB=-0.0345004;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560467;STB=0.561689;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0404272;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:27:25:26:0.490566:7:18:16:8:7:19:17:10 chr19 1042809 . A G 142.58 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0192434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.021;QD=14.6233;RBI=0.0225031;REFB=-0.0253947;REVB=0.0116652;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127399;STB=0.549777;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0255179;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:6:9:11:12:7:9:11:12 chr19 1046349 . C A 62.44 PASS AF=0.168317;AO=10;DP=99;FAO=17;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=84;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.117685;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=24.2294;QD=2.47301;RBI=0.156855;REFB=-0.0376688;REVB=0.103701;RO=69;SAF=9;SAR=1;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435042;STB=0.818531;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.167492;OID=.;OPOS=1046349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:99:101:69:84:10:17:0.168317:1:9:42:27:2:15:48:36 chr19 1047002 . A G 1026.19 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0532;QD=59.4894;RBI=0.0421721;REFB=0;REVB=-0.0377702;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422621;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr19 1047161 . A G 2513.55 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.678;QD=60.9345;RBI=0.0167266;REFB=0;REVB=0.00267212;RO=0;SAF=78;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19211e-05;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:149:165:0:0:149:165:1:71:78:0:0:76:89:0:0 chr19 1047173 . C CG 51.84 PASS AF=0.125749;AO=17;DP=169;FAO=21;FDP=167;FR=.;FRO=146;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=79;FWDB=-0.0171956;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.2116;QD=1.24161;RBI=0.0329777;REFB=-0.00383407;REVB=-0.0281397;RO=148;SAF=17;SAR=0;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662244;STB=0.947986;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.032856;OID=.;OPOS=1047174;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125749:17:169:21:167:146:20:1:67:79:51:148:17:0:69:79 chr19 1049269 . G A 1582.52 PASS AF=0.432225;AO=169;DP=390;FAO=169;FDP=391;FR=.;FRO=222;FSAF=96;FSAR=73;FSRF=128;FSRR=94;FWDB=-0.0240179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.489;QD=16.1894;RBI=0.0250039;REFB=-0.0304994;REVB=-0.0069524;RO=221;SAF=96;SAR=73;SRF=128;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011612;STB=0.50494;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0410658;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:391:221:222:169:169:0.432225:73:96:128:93:73:96:128:94 chr19 1049305 . C A 2183.27 PASS AF=0.485777;AO=221;DP=460;FAO=222;FDP=457;FR=.;FRO=235;FSAF=123;FSAR=99;FSRF=121;FSRR=114;FWDB=0.0379839;FXX=0.0108223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.743;QD=19.1095;RBI=0.0770925;REFB=-0.00989368;REVB=0.0670856;RO=229;SAF=122;SAR=99;SRF=115;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465302;STB=0.520284;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0111223;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:457:229:235:221:222:0.485777:99:122:115:114:99:123:121:114 chr19 1052005 . C T 878.84 PASS AF=0.601504;AO=79;DP=133;FAO=80;FDP=133;FR=.;FRO=53;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00856776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.664;QD=26.4313;RBI=0.0104377;REFB=-0.0452728;REVB=-0.00596149;RO=52;SAF=38;SAR=41;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283811;STB=0.513831;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0349445;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:52:53:79:80:0.601504:41:38:23:29:41:39:24:29 chr19 1054060 . A G 352.63 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00155143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.64;QD=15.8484;RBI=0.0213095;REFB=-0.0199951;REVB=-0.0212529;RO=50;SAF=18;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638574;STB=0.501778;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0281469;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:51:38:38:0.426966:20:18:24:26:20:18:24:27 chr19 1055191 . G A 385.3 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0395309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.837;QD=26.1221;RBI=0.0431122;REFB=-0.0124502;REVB=0.0172038;RO=22;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337261;STB=0.501844;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00559171;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:17:20:12:10:17:20:12:10 chr19 1056065 . A G 217.57 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00943724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.467;QD=22.9021;RBI=0.0158801;REFB=-0.0411561;REVB=-0.0127716;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244979;STB=0.622109;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0489766;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:9:12:4:12:9:12:5:12 chr19 1056492 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.040795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5108;QD=12.0155;RBI=0.076887;REFB=-0.0167549;REVB=-0.0651719;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465896;STB=0.76859;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0169648;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:0:7:3:3:0:7 chr19 1059004 . A G 261.39 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0201737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9436;QD=21.3378;RBI=0.0352318;REFB=-0.00658788;REVB=-0.0288842;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113498;STB=0.572312;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00594913;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:11:13:16:8:12:13:16:8 chr19 1064193 . G A 1524.63 PASS AF=0.568627;AO=144;DP=254;FAO=145;FDP=255;FR=.;FRO=110;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=0.0147827;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.83;QD=23.9158;RBI=0.0232772;REFB=-0.0231607;REVB=0.0179805;RO=109;SAF=71;SAR=73;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673774;STB=0.535792;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0138267;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:109:110:144:145:0.568627:73:71:63:46:74:71:63:47 chr19 1068734 . T C 951.8 PASS AF=0.454955;AO=101;DP=218;FAO=101;FDP=222;FR=.;FRO=121;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.00880806;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.257;QD=17.1495;RBI=0.03045;REFB=-0.0279499;REVB=-0.0291482;RO=117;SAF=45;SAR=56;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106651;STB=0.554445;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0376599;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:222:117:121:101:101:0.454955:56:45:65:52:56:45:66:55 chr19 1068738 . G A 942.5 PASS AF=0.456621;AO=100;DP=220;FAO=100;FDP=219;FR=.;FRO=119;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=0.0542603;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.614;QD=17.2147;RBI=0.0649047;REFB=-0.016663;REVB=0.0356152;RO=119;SAF=45;SAR=55;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943571;STB=0.552249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0119322;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:219:119:119:100:100:0.456621:55:45:65:54:55:45:65:54 chr19 1074000 . A T 625.38 PASS AF=0.376963;AO=72;DP=191;FAO=72;FDP=191;FR=.;FRO=119;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=-0.00871649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.389;QD=13.0968;RBI=0.015729;REFB=-0.0122591;REVB=-0.0130929;RO=119;SAF=48;SAR=24;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149996;STB=0.585161;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.027494;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:119:119:72:72:0.376963:24:48:64:55:24:48:64:55 chr19 1077985 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00991417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.408;QD=9.58974;RBI=0.027705;REFB=-0.0115815;REVB=-0.0258703;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19763;STB=0.617368;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0367566;OID=.;OPOS=1077985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:5:8:23:7:5:8:23:7 chr19 1080311 . G C 210.65 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0428972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7787;QD=36.6347;RBI=0.0481487;REFB=-0.194961;REVB=0.0218661;RO=4;SAF=15;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107974;STB=0.555502;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0951312;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:22:23:4:4:18:19:0.826087:3:15:4:0:3:16:4:0 chr19 1081617 . A G 86.83 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6827;QD=26.7165;RBI=0.0370983;REFB=-0.0268025;REVB=-0.0333365;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126211;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0220512;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:1:3:9:10:0.769231:3:6:0:1:4:6:1:2 chr19 1094004 . G A 2492.63 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.839;QD=61.5463;RBI=0.0256098;REFB=0;REVB=-0.000787505;RO=0;SAF=77;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85476e-06;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:162:0:0:158:162:1:81:77:0:0:82:80:0:0 chr19 1106615 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.00204879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.302;QD=15.9166;RBI=0.0152676;REFB=-0.00547385;REVB=0.0151295;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180896;STB=0.602277;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00796296;OID=.;OPOS=1106615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:1:14:11:2:1:14 chr19 1109213 . A G 269.71 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0274063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.272;QD=22.9544;RBI=0.0373335;REFB=-0.0145637;REVB=0.0253512;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159844;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0212737;OID=.;OPOS=1109213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:16:9:12:10:16:9:12:10 chr19 1110829 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0436724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.224;QD=17.8403;RBI=0.0437024;REFB=-0.0136268;REVB=-0.00161805;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.571329;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0118151;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:7:7:5:8:7:7:5:9 chr19 1113701 . G A 453.4 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.040266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.213;QD=22.3902;RBI=0.0402833;REFB=-0.0151801;REVB=0.00117948;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860242;STB=0.548438;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0114733;OID=.;OPOS=1113701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:37:43:44:0.54321:26:17:17:17:26:18:19:18 chr19 1119019 . C T 503.19 PASS AF=0.433071;AO=55;DP=128;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00520914;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.796;QD=15.8486;RBI=0.0421909;REFB=-0.0219783;REVB=0.0418681;RO=72;SAF=31;SAR=24;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120584;STB=0.567481;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0263734;OID=.;OPOS=1119019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:72:72:55:55:0.433071:24:31:32:40:24:31:32:40 chr19 1119963 . A G 488.86 PASS AF=0.392857;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=140;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=61;FSRR=24;FWDB=-0.00504824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.377;QD=13.9675;RBI=0.0357932;REFB=0.00671682;REVB=-0.0354354;RO=84;SAF=29;SAR=26;SRF=61;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218099;STB=0.617374;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00926219;OID=.;OPOS=1119963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:84:85:55:55:0.392857:26:29:61:23:26:29:61:24 chr19 1122147 . G A 730.77 PASS AF=0.635514;AO=67;DP=107;FAO=68;FDP=107;FR=.;FRO=39;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0204012;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.184;QD=27.3184;RBI=0.023219;REFB=-0.0029297;REVB=-0.0110867;RO=38;SAF=42;SAR=25;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120392;STB=0.555202;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00209912;OID=.;OPOS=1122147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:38:39:67:68:0.635514:25:42:30:8:25:43:30:9 chr19 1122676 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0292427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.348;QD=24.2041;RBI=0.0316359;REFB=-0.039415;REVB=-0.0120704;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106599;STB=0.559929;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.026877;OID=.;OPOS=1122676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:4:14:8:4:4:14:8:4 chr19 1124053 . A G 164.87 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.049972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.722;QD=21.2738;RBI=0.0531011;REFB=-0.0390514;REVB=0.0179591;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270019;STB=0.664024;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0120068;OID=.;OPOS=1124053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:10:7:10:3:10:7:11:3 chr19 1222012 . G C 247.84 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0333423;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9327;QD=13.7688;RBI=0.0461505;REFB=0.000107959;REVB=0.0319086;RO=44;SAF=7;SAR=22;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233859;STB=0.625618;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.000985488;OID=.;OPOS=1222012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:43:29:29:0.402778:22:7:19:25:22:7:18:25 chr19 1231142 . T C 1330.63 PASS AF=1;AO=68;DP=93;FAO=88;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590157;FXX=0.0537577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.502;QD=60.483;RBI=0.0685236;REFB=0;REVB=0.0348228;RO=0;SAF=60;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545434;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:88:0:0:68:88:1:8:60:0:0:10:78:0:0 chr19 1231217 . T TC 106.36 PASS AF=0.179775;AO=62;DP=268;FAO=48;FDP=267;FR=.;FRO=219;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=144;FSRR=75;FWDB=-0.0469901;FXX=0.0037312;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.506;QD=1.59334;RBI=0.0522376;REFB=-0.00638877;REVB=-0.0228189;RO=200;SAF=18;SAR=44;SRF=133;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452353;STB=0.868433;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.1526;OID=.;OPOS=1231218;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179775:62:268:48:267:219:8:40:144:75:99:200:18:44:133:67 chr19 1258801 . AG AA,GA 82.82 PASS AF=0.125,0.160714;AO=4,9;DP=53;FAO=7,9;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7,9;FSAR=0,0;FSRF=40;FSRR=0;FWDB=7.13085e-05,-0.0101615;FXX=0.0175408;HRUN=1,10;LEN=1,2;MLLD=222.358,40.3587;QD=5.91568;RBI=7.13085e-05,0.0101615;REFB=0.00155579,-0.0338379;REVB=0,0;RO=32;SAF=4,9;SAR=0,0;SRF=32;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0185501,0.0346528;OID=.,.;OPOS=1258802,1258801;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:53:56:32:40:4,9:7,9:0.125,0.160714:0,0:4,9:32:0:0,0:7,9:40:0 chr19 1258811 . AT AA,TA 36.23 PASS AF=0.046875,0.078125;AO=3,5;DP=64;FAO=3,5;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3,5;FSAR=0,0;FSRF=56;FSRR=0;FWDB=-0.00386004,-0.0224496;FXX=0;HRUN=1,9;LEN=1,2;MLLD=280.023,40.7597;QD=2.26465;RBI=0.00386004,0.0224496;REFB=-0.000425688,-0.000752706;REVB=0,0;RO=50;SAF=3,5;SAR=0,0;SRF=50;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0528908,-0.0750464;OID=.,.;OPOS=1258812,1258811;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:64:64:50:56:3,5:3,5:0.046875,0.078125:0,0:3,5:50:0:0,0:3,5:56:0 chr19 1272040 . T C 2771.36 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.352;QD=62.6297;RBI=0.0285809;REFB=0;REVB=0.0245846;RO=0;SAF=85;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78303e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:92:85:0:0:92:85:0:0 chr19 1277275 . G C 1323.78 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176103;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1083;QD=60.1718;RBI=0.0876953;REFB=0;REVB=0.0859089;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299308;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:88:0:0:80:88:1:30:50:0:0:35:53:0:0 chr19 1277276 . T C 31.13 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=-0.0145329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0374;QD=1.39891;RBI=0.0283494;REFB=-0.0146786;REVB=0.024341;RO=80;SAF=4;SAR=4;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144745;STB=0.606487;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0200391;OID=.;OPOS=1277276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:89:80:81:8:8:0.0898876:4:4:50:30:4:4:50:31 chr19 1278847 . C T 412.73 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.00017636;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.675;QD=14.8732;RBI=0.0306204;REFB=-0.0153543;REVB=0.0306199;RO=63;SAF=32;SAR=15;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248485;STB=0.636123;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0203582;OID=.;OPOS=1278847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:63:64:47:47:0.423423:15:32:28:35:15:32:29:35 chr19 1321754 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00852525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.28;QD=18.1751;RBI=0.0105379;REFB=-0.0191676;REVB=0.00619414;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101816;STB=0.55671;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0183875;OID=.;OPOS=1321754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:18:13:10:22:18:13:10:22 chr19 1357082 . T C 491.02 PASS AF=0.340782;AO=61;DP=179;FAO=61;FDP=179;FR=.;FRO=118;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.00405281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.979;QD=10.9726;RBI=0.0127508;REFB=-0.0140918;REVB=-0.0120896;RO=118;SAF=42;SAR=19;SRF=59;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226802;STB=0.630562;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0245066;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:118:118:61:61:0.340782:19:42:59:59:19:42:59:59 chr19 1358726 . C T 349.89 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00714911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.186;QD=17.7162;RBI=0.0140765;REFB=0.00543253;REVB=0.0121259;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112786;STB=0.567743;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00698059;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:21:16:13:28:21:16:13:29 chr19 1360575 . G A 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0136171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4868;QD=15.9593;RBI=0.0137494;REFB=-0.0023722;REVB=-0.00190298;RO=60;SAF=29;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305113;STB=0.517052;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00497221;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:19:29:38:22:19:29:38:22 chr19 1360692 . G A 626.28 PASS AF=0.424242;AO=70;DP=164;FAO=70;FDP=165;FR=.;FRO=95;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.00952832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.393;QD=15.1825;RBI=0.0103735;REFB=-0.014312;REVB=0.00410118;RO=94;SAF=36;SAR=34;SRF=54;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619152;STB=0.537329;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0154306;OID=.;OPOS=1360692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:94:95:70:70:0.424242:34:36:54:40:34:36:55:40 chr19 1370675 . C G 410.94 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.0162732;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.684;QD=14.5464;RBI=0.0168634;REFB=-0.00846734;REVB=0.00442245;RO=65;SAF=19;SAR=28;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230902;STB=0.633476;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0169283;OID=.;OPOS=1370675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:66:47:47:0.415929:28:19:41:24:28:19:42:24 chr19 1465187 . G A 967.37 PASS AF=0.421053;AO=104;DP=247;FAO=104;FDP=247;FR=.;FRO=143;FSAF=69;FSAR=35;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=-0.00490414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9958;QD=15.6659;RBI=0.00613826;REFB=-0.0264845;REVB=0.00369157;RO=141;SAF=69;SAR=35;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136293;STB=0.576937;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.036293;OID=.;OPOS=1465187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:247:141:143:104:104:0.421053:35:69:76:65:35:69:77:66 chr19 1466252 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.85;QD=44.6897;RBI=0.0401685;REFB=0;REVB=0.0397828;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092133;OID=.;OPOS=1466252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr19 1484118 . C T 692.19 PASS AF=0.515152;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=132;FR=.;FRO=64;FSAF=56;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=11;FWDB=0.00753991;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.016;QD=20.9756;RBI=0.0260438;REFB=-0.0287012;REVB=-0.0249285;RO=60;SAF=56;SAR=12;SRF=50;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145683;STB=0.503851;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0250327;OID=.;OPOS=1484118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:60:64:68:68:0.515152:12:56:50:10:12:56:53:11 chr19 1510661 . A G 340.85 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.978;QD=54.5363;RBI=0.0436048;REFB=0;REVB=0.0435174;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501503;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr19 1533972 . C G 525.22 PASS AF=0.431818;AO=56;DP=132;FAO=57;FDP=132;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.00480792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7611;QD=15.9156;RBI=0.0195412;REFB=-0.0432153;REVB=0.0189405;RO=73;SAF=28;SAR=28;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117959;STB=0.551927;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.054994;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:73:75:56:57:0.431818:28:28:45:28:28:29:45:30 chr19 1534042 . T C 354.79 PASS AF=0.421569;AO=40;DP=106;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0149337;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6074;QD=13.9133;RBI=0.0711997;REFB=-0.0274143;REVB=-0.0696159;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808971;STB=0.532885;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0389648;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:102:50:59:40:43:0.421569:24:16:24:26:25:18:28:31 chr19 1535084 . G A 1001.06 PASS AF=0.488152;AO=100;DP=211;FAO=103;FDP=211;FR=.;FRO=108;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=65;FSRR=43;FWDB=0.000692651;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.236;QD=18.9774;RBI=0.00719506;REFB=-0.0119396;REVB=-0.00716164;RO=106;SAF=57;SAR=43;SRF=65;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414587;STB=0.515249;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0134003;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:106:108:100:103:0.488152:43:57:65:41:44:59:65:43 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 594.97 PASS AF=0.474138,0.0603448;AO=54,8;DP=117;FAO=55,7;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=28,3;FSAR=27,4;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0186148,-0.0569752;FXX=0.00854628;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=44.3459,225.082;QD=20.5163;RBI=0.0388063,0.0573454;REFB=-0.0174161,-0.0085869;REVB=0.0340502,-0.0065057;RO=44;SAF=27,4;SAR=27,4;SRF=18;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0744234,0.111007;STB=0.522833,0.530717;STBP=0.664,0.964;TYPE=del,snp;VARB=0.015542,0.0379117;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474138,0.0603448:54,8:117:55,7:116:54:28,3:27,4:25:29:99:44:27,4:27,4:18:26 chr19 1535205 . G C 570.02 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0244208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.124;QD=19.4878;RBI=0.0863695;REFB=-0.0218596;REVB=-0.0828452;RO=58;SAF=30;SAR=29;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054039;STB=0.52981;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0201815;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:29:30:26:32:29:30:26:32 chr19 1575326 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0191889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1263;QD=12.3961;RBI=0.0575039;REFB=0.00617356;REVB=-0.0542078;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.726606;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.01445;OID=.;OPOS=1575326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:5:0:2:3:5:0 chr19 1609267 . A G 1195.9 PASS AF=0.931818;AO=80;DP=86;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00777939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.687;QD=54.3592;RBI=0.0113596;REFB=-0.0222646;REVB=-0.00827782;RO=4;SAF=49;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106401;STB=0.518588;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=8.28364e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:88:4:6:80:82:0.931818:31:49:2:2:33:49:2:4 chr19 1615796 . GC AC,G 92.94 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,4;DP=10;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=5,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910861,0.05459;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=51.4431,21.574;QD=37.1755;RBI=0.137442,0.055452;REFB=0,0;REVB=0.102925,-0.00973909;RO=0;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.228763;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00413879,0.0059249;OID=.,.;OPOS=1615796,1615797;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:10:10:0:0:6,4:6,4:0.6,0.4:5,4:1,0:0:0:5,4:1,0:0:0 chr19 1624007 . A G 5630.64 PASS AF=0.976;AO=367;DP=376;FAO=366;FDP=375;FR=.;FRO=9;FSAF=218;FSAR=148;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0166387;FXX=0.0026595;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8585;QD=60.0602;RBI=0.0177687;REFB=0.0130675;REVB=-0.00623523;RO=9;SAF=219;SAR=148;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019201;STB=0.510112;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00506497;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:376:375:9:9:367:366:0.976:148:219:9:0:148:218:9:0 chr19 1796166 . C T 352.79 PASS AF=0.373913;AO=42;DP=115;FAO=43;FDP=115;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.00255497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.502;QD=12.2711;RBI=0.00431845;REFB=-0.00711439;REVB=0.00348155;RO=71;SAF=26;SAR=16;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679481;STB=0.541289;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0137016;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:71:72:42:43:0.373913:16:26:48:23:17:26:48:24 chr19 1796943 . C T 233.79 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0393227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.95;QD=24.6092;RBI=0.0406492;REFB=-0.0463379;REVB=0.0102996;RO=14;SAF=19;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185988;STB=0.588406;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0245431;OID=.;OPOS=1796943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:16:22:22:0.578947:3:19:10:4:3:19:12:4 chr19 1806083 . A C 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.05064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4602;QD=8.62582;RBI=0.0544248;REFB=0.00318847;REVB=-0.0199413;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739862;STB=0.545372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0329126;OID=.;OPOS=1806083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:14:13:6:5:14:13 chr19 1810605 . T C 79.69 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0283477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.681;QD=7.08387;RBI=0.0445909;REFB=-0.00981119;REVB=-0.0344203;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124755;STB=0.578172;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0478908;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:19:15:6:5:19:15 chr19 1811547 . A G 644.5 PASS AF=0.6;AO=55;DP=92;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00420789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.228;QD=27.137;RBI=0.0147763;REFB=-0.0204055;REVB=0.0141644;RO=37;SAF=30;SAR=25;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201024;STB=0.610911;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.012352;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:37:38:55:57:0.6:25:30:10:27:26:31:10:28 chr19 1819112 . A G 361.05 PASS AF=0.382609;AO=43;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0041108;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.593;QD=12.5584;RBI=0.00782059;REFB=-0.0239861;REVB=-0.00665304;RO=67;SAF=24;SAR=19;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102432;STB=0.546698;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.032588;OID=.;OPOS=1819112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:67:71:43:44:0.382609:19:24:31:36:19:25:35:36 chr19 1821637 . A G 249.88 PASS AF=0.410959;AO=26;DP=69;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00994279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.42;QD=13.6919;RBI=0.0134672;REFB=-0.0118224;REVB=-0.00908331;RO=42;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883977;STB=0.502855;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0135852;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:42:43:26:30:0.410959:18:8:16:26:18:12:17:26 chr19 1880950 . T C 2139.87 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.272;QD=62.9373;RBI=0.0329476;REFB=0;REVB=0.0248533;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80841e-05;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:68:68:0:0:68:68:0:0 chr19 1912934 . T C 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00854672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.035;QD=20.3418;RBI=0.00860475;REFB=-0.00707382;REVB=0.000997662;RO=34;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566969;STB=0.531457;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00610281;OID=.;OPOS=1912934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:14:23:19:15:14:23:19:15 chr19 1912986 . C T 314.58 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0117065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2418;QD=17.4767;RBI=0.0843587;REFB=0.00399642;REVB=-0.0835425;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827146;STB=0.510791;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00634715;OID=.;OPOS=1912986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:38:34:34:0.472222:15:19:21:16:15:19:22:16 chr19 1925942 . C T 226.21 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.012858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.078;QD=20.5648;RBI=0.0201142;REFB=-0.0229341;REVB=0.0154678;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23702;STB=0.631475;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0207013;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:3:19:14:8:3:19 chr19 1925970 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00708386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.755;QD=19.8251;RBI=0.00976083;REFB=-0.00885394;REVB=-0.00671512;RO=25;SAF=4;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315572;STB=0.67917;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00671247;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:23:4:10:15:23:4:10:15 chr19 1997363 . A G 340.93 PASS AF=0.391753;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00257396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3013;QD=14.0591;RBI=0.00669878;REFB=-0.0199017;REVB=0.00618452;RO=59;SAF=24;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10174;STB=0.563875;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0276001;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:59:59:37:38:0.391753:13:24:33:26:13:25:33:26 chr19 2041032 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.081;QD=59.8547;RBI=0.040783;REFB=0;REVB=-0.0393377;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06836e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr19 2050823 . G T 170.49 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00745949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.227;QD=8.97327;RBI=0.0114947;REFB=-0.00332381;REVB=0.00874554;RO=52;SAF=12;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110962;STB=0.557554;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00879177;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:23:23:0.302632:11:12:32:20:11:12:32:21 chr19 2078409 . A G 106.66 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00203657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.38;QD=11.851;RBI=0.0956725;REFB=-0.0150007;REVB=-0.0956508;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299035;STB=0.679313;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0294542;OID=.;OPOS=2078409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:12:11:3:10:12:11 chr19 2078488 . T C 208.67 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00734858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.676;QD=18.1455;RBI=0.0297892;REFB=-0.0329373;REVB=0.0288685;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117994;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0180082;OID=.;OPOS=2078488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:10:15:10:11:10:15 chr19 2097986 . T C 370.62 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0211529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6691;QD=17.2383;RBI=0.0219389;REFB=-0.013045;REVB=0.0058197;RO=47;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529225;STB=0.529612;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0237553;OID=.;OPOS=2097986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:17:22:29:18:17:22:29:18 chr19 2110746 . G A 1275.13 PASS AF=0.474638;AO=131;DP=276;FAO=131;FDP=276;FR=.;FRO=145;FSAF=102;FSAR=29;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=-0.00612251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.287;QD=18.4802;RBI=0.0415368;REFB=-0.0167244;REVB=0.0410831;RO=142;SAF=102;SAR=29;SRF=88;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190654;STB=0.614181;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0219511;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:142:145:131:131:0.474638:29:102:88:54:29:102:88:57 chr19 2116281 . T C 708.23 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=115;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0573563;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8649;QD=24.85;RBI=0.0599314;REFB=-0.0136557;REVB=0.017379;RO=45;SAF=38;SAR=29;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416867;STB=0.512035;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00890573;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:45:47:67:67:0.587719:29:38:28:17:29:38:28:19 chr19 2116649 . A G 1442.11 PASS AF=0.439024;AO=146;DP=352;FAO=162;FDP=369;FR=.;FRO=207;FSAF=99;FSAR=63;FSRF=125;FSRR=82;FWDB=0.00467591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.738;QD=15.6326;RBI=0.00972554;REFB=-0.0250004;REVB=-0.00852772;RO=202;SAF=87;SAR=59;SRF=124;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195338;STB=0.504268;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0375329;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:369:202:207:146:162:0.439024:59:87:124:78:63:99:125:82 chr19 2138654 . T G 199.79 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0190885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.516;QD=15.6699;RBI=0.0251047;REFB=-0.00840307;REVB=0.0163057;RO=29;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00456618;STB=0.511268;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00783989;OID=.;OPOS=2138654;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:29:21:22:0.431373:5:16:22:7:5:17:22:7 chr19 2249477 . G T 758.32 PASS AF=0.45977;AO=80;DP=175;FAO=80;FDP=174;FR=.;FRO=94;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0138831;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.71;QD=17.4327;RBI=0.0317811;REFB=-0.0204191;REVB=0.0285884;RO=93;SAF=58;SAR=22;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213909;STB=0.622724;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0216443;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:93:94:80:80:0.45977:22:58:49:44:22:58:49:45 chr19 2250469 . G A 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00833256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.209;QD=18.4253;RBI=0.00985512;REFB=-0.0191855;REVB=0.0052623;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327601;STB=0.518312;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0159951;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:17:11:12:16:17:11 chr19 2251817 . T C 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7677;QD=58.9588;RBI=0.0276155;REFB=0;REVB=-0.0267471;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54294e-05;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr19 2252990 . C G 574.99 PASS AF=0.407407;AO=66;DP=162;FAO=66;FDP=162;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0398469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.961;QD=14.1972;RBI=0.0433887;REFB=-0.0191181;REVB=0.0171698;RO=94;SAF=16;SAR=50;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300378;STB=0.665345;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0270003;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:94:96:66:66:0.407407:50:16:47:47:50:16:47:49 chr19 2278755 . C T 756.78 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130854;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.34;QD=55.0385;RBI=0.0161491;REFB=-0.00123738;REVB=0.00946398;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.506491;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=2.62717e-05;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:54:54:0.981818:16:38:0:0:16:38:1:0 chr19 2280885 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00497678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.32;QD=15.2589;RBI=0.00598887;REFB=-0.0100449;REVB=-0.00333139;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00631199;OID=.;OPOS=2280885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr19 2290870 . G C 83.43 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0607578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.557;QD=10.7654;RBI=0.0607721;REFB=-0.0149176;REVB=0.00131851;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18633;STB=0.592857;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0831192;OID=.;OPOS=2290870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:31:19:20:11:11:0.354839:5:6:7:12:5:6:8:12 chr19 2339949 . T C 151.24 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0166397;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.43;QD=9.91751;RBI=0.121415;REFB=-0.0317843;REVB=-0.12027;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851276;STB=0.540943;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0451037;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:20:20:0.327869:10:10:17:23:10:10:18:23 chr19 2339958 . T C 788.81 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248862;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.714;QD=57.3679;RBI=0.0526896;REFB=0;REVB=0.0464421;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191327;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr19 2341047 . C T 169.06 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0686444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6277;QD=12.0759;RBI=0.0862015;REFB=-0.00918905;REVB=0.0521406;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122685;STB=0.549248;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0299881;OID=.;OPOS=2341047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:13:7:16:19:13:8:16:19 chr19 2341059 . GT AC 808.12 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402735;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=181.72;QD=56.7104;RBI=0.0434819;REFB=0;REVB=0.0163928;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000211236;OID=.;OPOS=2341059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr19 2344022 . G A 290.14 PASS AF=0.742857;AO=23;DP=32;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0548909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4766;QD=33.1584;RBI=0.0624618;REFB=-0.0835425;REVB=0.0298071;RO=9;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283851;STB=0.527425;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0211;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:35:9:9:23:26:0.742857:9:14:5:4:9:17:5:4 chr19 2353150 . C A 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0106858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.252;QD=14.4107;RBI=0.0182254;REFB=-0.0146967;REVB=0.0147642;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682035;STB=0.539638;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0221931;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:11:17:12:6:11:17 chr19 2353368 . G A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00788644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.06;QD=10.4359;RBI=0.00794612;REFB=-0.00831348;REVB=-0.000972072;RO=33;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213406;STB=0.512803;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0198764;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:12:3:7:26:12:3:7:26 chr19 2353372 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00402653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.256;QD=10.4362;RBI=0.00500531;REFB=-0.0351714;REVB=-0.00297325;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614273;STB=0.550122;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0256292;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:11:4:7:24:11:4:7:26 chr19 2389872 . G C 218.07 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0105593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.903;QD=15.5761;RBI=0.0181049;REFB=-0.0201221;REVB=0.0147067;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201118;STB=0.614363;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0201665;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:8:17:15:16:8:17:15:16 chr19 2396556 . C T 171.63 PASS AF=0.68;AO=12;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0554329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.909;QD=27.4614;RBI=0.084966;REFB=-0.0292628;REVB=0.0643927;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.549238;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00445835;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:5:8:12:17:0.68:5:7:2:3:8:9:3:5 chr19 2396611 . C T 221.04 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0116654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.056;QD=32.7471;RBI=0.0152167;REFB=-0.0576235;REVB=-0.00977059;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102149;STB=0.505612;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0194648;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:11:9:3:4:11:9:3:4 chr19 2398849 . A G 432.27 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=-0.0155322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.209;QD=13.5084;RBI=0.0164713;REFB=-0.00849161;REVB=-0.00548222;RO=76;SAF=13;SAR=37;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342868;STB=0.688751;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0145203;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:76:78:50:50:0.390625:37:13:43:33:37:13:43:35 chr19 2408486 . T C 269.13 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0624638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2889;QD=22.9045;RBI=0.0828237;REFB=-0.00457387;REVB=-0.0543878;RO=19;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107913;STB=0.589401;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00313364;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:22:23:25:0.531915:15:8:9:10:16:9:12:10 chr19 2408495 . T G 310.6 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00428412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.531;QD=24.8479;RBI=0.00436144;REFB=-0.0343131;REVB=-0.000817583;RO=22;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251588;STB=0.623789;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0272441;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:19:8:13:9:19:9:13:9 chr19 2408530 . G A 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00636433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.709;QD=23.674;RBI=0.00983784;REFB=0.014691;REVB=0.00750189;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143062;STB=0.579975;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0113078;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:9:7:13:8:9:7 chr19 2410332 . T C 374.54 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0468954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0478;QD=20.8075;RBI=0.0581497;REFB=-0.0348482;REVB=-0.0343832;RO=33;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20252;STB=0.618397;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0292067;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:33:34:38:38:0.527778:23:15:21:12:23:15:22:12 chr19 2413961 . G C 151.13 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0162181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8335;QD=10.0754;RBI=0.0400948;REFB=-0.00883531;REVB=-0.0366684;RO=39;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127965;STB=0.5827;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0274141;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:11:9:22:17:11:9:23:17 chr19 2415801 . G A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00176651;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.17;QD=25.0372;RBI=0.00682498;REFB=-0.0285585;REVB=0.0065924;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242629;STB=0.513301;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.018493;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:16:20:12:11:16:20:12:11 chr19 2418031 . C T 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00819715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.173;QD=12.563;RBI=0.0237954;REFB=0.00607684;REVB=-0.022339;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09314;STB=0.561349;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.009142;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:11:11:20:14:11:11:21:14 chr19 2422177 . G A 279.07 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0314496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.603;QD=21.8877;RBI=0.0322677;REFB=-0.00504852;REVB=-0.0072199;RO=23;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690909;STB=0.529391;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00383612;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:23:27:28:0.54902:14:13:13:10:14:14:13:10 chr19 2427266 . G A 893.86 PASS AF=0.461929;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00588856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.206;QD=18.1494;RBI=0.00902222;REFB=-0.0157044;REVB=-0.0068356;RO=104;SAF=35;SAR=56;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159517;STB=0.588588;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0209486;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:104:106:91:91:0.461929:56:35:57:47:56:35:58:48 chr19 2433890 . A G 230.48 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0232849;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.234;QD=17.729;RBI=0.02776;REFB=-0.042731;REVB=-0.015114;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126906;STB=0.58133;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0326334;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:14:12:15:10:15:12 chr19 2833802 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.859;QD=57.1063;RBI=0.0458323;REFB=0;REVB=0.0353575;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22154e-05;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr19 2833864 . G A 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6728;QD=62.463;RBI=0.0227829;REFB=0;REVB=-0.0174919;RO=0;SAF=64;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104641;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:23:64:0:0:23:64:0:0 chr19 2853566 . A G 555.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.58;QD=59.9997;RBI=0.077579;REFB=0;REVB=0.0544407;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096932;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr19 2896818 . C T 1943.84 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107385;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2026;QD=61.7091;RBI=0.0177768;REFB=0;REVB=-0.0141668;RO=0;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098644;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:126:0:0:124:126:1:47:77:0:0:48:78:0:0 chr19 2896948 . T C 621.14 PASS AF=0.392265;AO=71;DP=181;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=0.0337882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.709;QD=13.7269;RBI=0.0351472;REFB=-0.0100551;REVB=0.00967895;RO=109;SAF=37;SAR=34;SRF=64;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714196;STB=0.542626;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0198927;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:109:110:71:71:0.392265:34:37:64:45:34:37:65:45 chr19 2896953 . A G 605.42 PASS AF=0.396552;AO=69;DP=174;FAO=69;FDP=174;FR=.;FRO=105;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.0039099;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.281;QD=13.9176;RBI=0.00424563;REFB=-0.0109549;REVB=0.00165469;RO=104;SAF=36;SAR=33;SRF=62;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800398;STB=0.541697;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0144241;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:104:105:69:69:0.396552:33:36:62:42:33:36:62:43 chr19 2915738 . T A 378.03 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0168869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.087;QD=18.9014;RBI=0.0188874;REFB=-0.0102092;REVB=0.00845954;RO=41;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161273;STB=0.58929;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0123953;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:22:17:11:30:22:17:11:30 chr19 2917186 . T C 429.9 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.000254809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.116;QD=17.3697;RBI=0.00857677;REFB=-0.0124343;REVB=-0.00857299;RO=55;SAF=25;SAR=19;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228721;STB=0.512815;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0152099;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:55:55:44:44:0.444444:19:25:30:25:19:25:30:25 chr19 2917287 . C A 370.47 PASS AF=0.409524;AO=41;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0231382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9153;QD=14.1132;RBI=0.075238;REFB=-0.00696321;REVB=-0.0715918;RO=64;SAF=25;SAR=16;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353099;STB=0.539229;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00966587;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:62:41:43:0.409524:16:25:37:27:16:27:35:27 chr19 2917612 . T C 236.47 PASS AF=0.367089;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=9.12539e-05;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.541;QD=11.973;RBI=0.000216108;REFB=0.00405325;REVB=0.000195896;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095461;STB=0.548747;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00577373;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:49:50:28:29:0.367089:13:15:22:27:14:15:22:28 chr19 2934282 . T C 219.72 PASS AF=0.311111;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=13;FWDB=-0.0138228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.565;QD=9.76552;RBI=0.0155109;REFB=-0.00940321;REVB=0.00703696;RO=62;SAF=20;SAR=8;SRF=49;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116834;STB=0.567856;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.027783;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:62:28:28:0.311111:8:20:49:13:8:20:49:13 chr19 2936623 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0187446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.424;QD=16.3238;RBI=0.0200427;REFB=-0.0173408;REVB=-0.00709585;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129128;STB=0.566231;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0233509;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:49:38:38:0.436782:20:18:29:19:20:18:29:20 chr19 2939396 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0260623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.172;QD=11.8297;RBI=0.0296012;REFB=-0.0315834;REVB=-0.0140351;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697097;STB=0.541327;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0458013;OID=.;OPOS=2939396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:11:7:5:6:11:7 chr19 2939401 . C G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0183805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.291;QD=11.6341;RBI=0.0184052;REFB=-0.00137491;REVB=-0.000952733;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194738;STB=0.615166;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00199988;OID=.;OPOS=2939401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:11:5:5:5:11:5 chr19 2994903 . T C 3452.16 PASS AF=1;AO=213;DP=217;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922443;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.39;QD=61.9222;RBI=0.0926027;REFB=0;REVB=-0.00813952;RO=0;SAF=83;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111717;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:217:223:0:0:213:223:1:130:83:0:0:129:94:0:0 chr19 2994921 . G A 1067.83 PASS AF=0.452675;AO=110;DP=246;FAO=110;FDP=243;FR=.;FRO=133;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=60;FSRR=73;FWDB=-0.0398792;FXX=0.0161937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.734;QD=17.5774;RBI=0.0489789;REFB=-0.025321;REVB=0.0284354;RO=131;SAF=37;SAR=73;SRF=58;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111961;STB=0.567239;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0328835;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:243:131:133:110:110:0.452675:73:37:58:73:73:37:60:73 chr19 2997897 . G A 362.22 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00540368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.916;QD=23.3691;RBI=0.0146397;REFB=-0.0319735;REVB=0.0136059;RO=26;SAF=20;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165237;STB=0.509086;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0143127;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:16:20:15:11:16:20:15:11 chr19 3000663 . G A 571.36 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.000750666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.393;QD=23.0853;RBI=0.0108101;REFB=-0.024953;REVB=0.010784;RO=46;SAF=26;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630139;STB=0.53464;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0150188;OID=.;OPOS=3000663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:27:26:26:20:27:26:26:20 chr19 3011146 . C T 148.64 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000638169;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5847;QD=15.245;RBI=0.0924505;REFB=-0.0587998;REVB=-0.0924483;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121768;STB=0.506571;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0724596;OID=.;OPOS=3011146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:16:17:0.435897:10:6:8:14:11:6:8:14 chr19 3014639 . A G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0121215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.659;QD=23.8999;RBI=0.0133157;REFB=-0.00793038;REVB=-0.0055115;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515799;STB=0.528661;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00770903;OID=.;OPOS=3014639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:8:15:16:11:8:15 chr19 3028871 . G C 202.77 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00318525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.534;QD=12.2893;RBI=0.0193597;REFB=-0.020743;REVB=-0.0190958;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104923;STB=0.570495;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0383694;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:41:24:25:0.378788:10:14:20:21:10:15:20:21 chr19 3062857 . T C 987.69 PASS AF=0.406593;AO=111;DP=274;FAO=111;FDP=273;FR=.;FRO=162;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=105;FSRR=57;FWDB=0.00271561;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3202;QD=14.4717;RBI=0.0203364;REFB=-0.0324201;REVB=0.0201543;RO=156;SAF=63;SAR=48;SRF=102;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934949;STB=0.549348;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0406894;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:156:162:111:111:0.406593:48:63:102:54:48:63:105:57 chr19 3119239 . C T 1095.5 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.508;QD=57.6581;RBI=0.0274243;REFB=-0.136683;REVB=0.023949;RO=1;SAF=50;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936911;STB=0.504949;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000809224;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:24:50:1:0:25:50:1:0 chr19 3150238 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00603424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.043;QD=57.1748;RBI=0.00656515;REFB=0;REVB=-0.00258635;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83192e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:30:19:0:0:30:21:0:0 chr19 3155902 . G A 1485.9 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170176;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.346;QD=62.5641;RBI=0.0311;REFB=0;REVB=0.026031;RO=0;SAF=60;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.44018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223872;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:32:60:0:0:32:63:0:0 chr19 3186085 . G T 2989.01 PASS AF=0.994737;AO=189;DP=191;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=137;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413867;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.842;QD=62.9265;RBI=0.0444818;REFB=-0.0747343;REVB=0.0163024;RO=0;SAF=137;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501818;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=7.97902e-05;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:190:0:1:189:189:0.994737:52:137:0:0:52:137:1:0 chr19 3207422 . T C 212.19 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0637648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.963;QD=14.386;RBI=0.0991426;REFB=-0.0175934;REVB=0.0759164;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102778;STB=0.558573;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0368386;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:17:17:15:10:17:17 chr19 3207646 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0662179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3545;QD=16.3856;RBI=0.0670127;REFB=0.0153118;REVB=0.0102905;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123876;STB=0.571284;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00659505;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:1:7:7:2:1:7 chr19 3208890 . T C 641.86 PASS AF=0.451613;AO=69;DP=154;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.0131753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2829;QD=16.5642;RBI=0.0300565;REFB=-0.0253802;REVB=0.0270148;RO=84;SAF=26;SAR=43;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113112;STB=0.554507;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.029341;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:84:85:69:70:0.451613:43:26:41:43:43:27:41:44 chr19 3534842 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0293901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.28;QD=14.0791;RBI=0.0342466;REFB=-0.00599558;REVB=-0.0175797;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107329;STB=0.562399;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00828977;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:5:11:7:5:5:11 chr19 3543397 . C T 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0182756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.027;QD=14.0543;RBI=0.0182813;REFB=-0.00086094;REVB=-0.000454172;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439173;STB=0.753407;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00148271;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:5:20:13:20:5:20:14:21 chr19 3576314 . CCTT C 1007.76 PASS AF=0.927083;AO=83;DP=94;FAO=89;FDP=96;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00795403;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=3;MLLD=261.882;QD=41.9901;RBI=0.0128305;REFB=-0.0577629;REVB=0.0100675;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.536054;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.00338014;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927083:83:94:89:96:7:34:55:6:1:7:0:31:52:0:0 chr19 3586543 . G A 385.45 PASS AF=0.47191;AO=38;DP=85;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0260881;FXX=0.0219756;HRUN=6;LEN=1;MLLD=135.063;QD=17.3235;RBI=0.0288309;REFB=-0.0279672;REVB=-0.0122732;RO=46;SAF=15;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187674;STB=0.57527;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0251146;OID=.;OPOS=3586543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:46:47:38:42:0.47191:23:15:27:19:23:19:28:19 chr19 3595923 . G A 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0127461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.028;QD=6.58766;RBI=0.0316127;REFB=-0.000252216;REVB=0.0289292;RO=40;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371043;STB=0.734895;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00186163;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:9:3:22:18:9:3:22:18 chr19 3611765 . A G 170.38 PASS AF=0.322034;AO=16;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0133721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.723;QD=11.551;RBI=0.0170504;REFB=-0.0104805;REVB=0.0105785;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405079;STB=0.526288;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0217307;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:16:19:0.322034:7:9:19:17:10:9:19:18 chr19 3611972 . G A 628.77 PASS AF=0.451389;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0052798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8352;QD=17.4658;RBI=0.0182623;REFB=0.00750889;REVB=0.0174824;RO=76;SAF=32;SAR=33;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308623;STB=0.513145;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00776498;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:76:79:65:65:0.451389:33:32:35:41:33:32:37:42 chr19 3614403 . T C 1491.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.819;QD=63.472;RBI=0.0471418;REFB=0;REVB=0.0469515;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95033e-05;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:33:61:0:0:33:61:0:0 chr19 3653525 . C T 562.17 PASS AF=0.5;AO=50;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0149906;FXX=0.00840265;HRUN=6;LEN=1;MLLD=205.784;QD=19.0565;RBI=0.0169101;REFB=-0.00462729;REVB=-0.00782524;RO=43;SAF=34;SAR=16;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300946;STB=0.65175;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00745186;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:43:59:50:59:0.5:16:34:14:29:21:38:20:39 chr19 3728609 . G A 1012.13 PASS AF=1;AO=44;DP=72;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377571;FXX=0.0945818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.158;QD=60.4258;RBI=0.099748;REFB=0;REVB=0.0923258;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253098;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:67:0:0:44:67:1:32:12:0:0:41:26:0:0 chr19 3730041 . C T 791.8 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3468;QD=56.5569;RBI=0.0534192;REFB=0;REVB=0.0518154;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312929;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr19 3731985 . G A 119.95 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00199916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.259;QD=14.112;RBI=0.0177994;REFB=-0.0294089;REVB=0.0176868;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136269;STB=0.57884;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.049895;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:14:6:6:8:14:6 chr19 3736239 . G A 204.22 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0136746;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.329;QD=21.4972;RBI=0.0403588;REFB=0.000597229;REVB=0.0379715;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260883;STB=0.648484;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00131644;OID=.;OPOS=3736239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:20:20:0.526316:4:16:10:8:4:16:10:8 chr19 3738649 . A C 820.56 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239058;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7095;QD=57.5831;RBI=0.0429584;REFB=0;REVB=-0.0356923;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408851;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:39:18:0:0:39:18:0:0 chr19 3738971 . A G 1243.29 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.688;QD=61.3972;RBI=0.0258433;REFB=0;REVB=0.00547051;RO=0;SAF=57;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146133;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:23:57:0:0:23:58:0:0 chr19 3740658 . T G 2064.41 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.77;QD=62.5578;RBI=0.026479;REFB=0;REVB=0.0257622;RO=0;SAF=79;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.02569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71633e-05;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:53:79:0:0:53:79:0:0 chr19 3750205 . T TGG 379.96 PASS AF=0.548077;AO=43;DP=111;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00751766;FXX=0.0188661;HRUN=4;LEN=2;MLLD=24.8274;QD=14.6139;RBI=0.00767786;REFB=0.0447157;REVB=0.00156023;RO=52;SAF=16;SAR=27;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524889;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=ins;VARB=-0.0417419;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548077:43:111:57:104:47:24:33:20:27:99:52:16:27:22:30 chr19 3750615 . T C 340.81 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0217103;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.321;QD=20.6552;RBI=0.0218864;REFB=0.00214273;REVB=-0.00277042;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530659;STB=0.529395;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.00141651;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:14:17:17:18:14:17 chr19 3750622 . A C 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0326999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.107;QD=20.6396;RBI=0.0444121;REFB=-0.0014708;REVB=-0.0300525;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501305;STB=0.527762;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0016337;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:17:19:15:17:17:19:15:17 chr19 3752515 . G A 576.71 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00425469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4339;QD=21.3596;RBI=0.0495682;REFB=-0.0254906;REVB=0.0493852;RO=50;SAF=36;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121676;STB=0.566906;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0211405;OID=.;OPOS=3752515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:22:36:24:26:22:36:24:26 chr19 3752874 . A G 320.12 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0204357;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.983;QD=15.6153;RBI=0.0303156;REFB=-0.012257;REVB=-0.0223924;RO=46;SAF=26;SAR=9;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136137;STB=0.572837;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0199542;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:9:26:29:17:9:26:30:17 chr19 3762698 . C T 2025.84 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.003;QD=62.3336;RBI=0.0549538;REFB=0;REVB=0.027596;RO=0;SAF=92;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.53063e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23822e-05;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:130:0:0:127:130:1:35:92:0:0:37:93:0:0 chr19 3767265 . C T 1169.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.834;QD=60.7514;RBI=0.0354171;REFB=0;REVB=0.0350508;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79276e-05;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr19 3771880 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2161;QD=43.4858;RBI=0.154406;REFB=0;REVB=-0.0280086;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484162;OID=.;OPOS=3771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr19 3820191 . C T 145.8 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0123883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.772;QD=25.3562;RBI=0.0140705;REFB=-0.0164952;REVB=-0.0066715;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174828;STB=0.597574;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0106369;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:6:2:8:7:6:2 chr19 3831449 . G A 274.91 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00539773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.472;QD=43.9856;RBI=0.0630032;REFB=-0.0550519;REVB=0.0627715;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615001;STB=0.513296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00167799;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:24:25:1:2:22:23:0.92:7:15:0:1:8:15:1:1 chr19 3831525 . C A 319.63 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0318357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2452;QD=22.0434;RBI=0.0583844;REFB=-0.0428085;REVB=0.048941;RO=25;SAF=28;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493554;STB=0.746494;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0332273;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:4:28:10:15:5:28:10:15 chr19 3831709 . C T 66.07 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0205501;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5368;QD=10.5707;RBI=0.0903379;REFB=-0.0079063;REVB=-0.0879695;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0114919;OID=.;OPOS=3831709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:15:16:9:9:0.36:3:6:9:6:3:6:10:6 chr19 3831765 . G A 384.97 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00148745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.863;QD=26.0994;RBI=0.0144427;REFB=-0.00383212;REVB=0.0143659;RO=22;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301856;STB=0.51652;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00205808;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:12:25:14:8:12:25:14:8 chr19 3977486 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.446;QD=63.2848;RBI=0.0539781;REFB=0;REVB=0.039692;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36511e-05;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 3979408 . A G 600.91 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3437;QD=58.6249;RBI=0.024442;REFB=-0.156684;REVB=0.0212467;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177001;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00793057;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:0:1:26:14:0:1 chr19 4028783 . C T 945.58 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0566745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.246;QD=53.2719;RBI=0.0568751;REFB=-0.169524;REVB=-0.00477203;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.527019;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00214098;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:0:4:66:67:0.943662:31:35:0:0:32:35:4:0 chr19 4033462 . T C 4073.74 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.724;QD=62.4329;RBI=0.0515726;REFB=0;REVB=0.00854866;RO=0;SAF=169;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43007e-05;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:261:261:0:0:261:261:1:92:169:0:0:92:169:0:0 chr19 4042858 . G A 1017.46 PASS AF=0.923077;AO=72;DP=78;FAO=72;FDP=78;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00475821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.546;QD=52.1776;RBI=0.0329251;REFB=0.0485623;REVB=0.0325795;RO=6;SAF=41;SAR=31;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392791;STB=0.520812;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.00117091;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:78:78:6:6:72:72:0.923077:31:41:5:1:31:41:5:1 chr19 4042923 . A G 1540.38 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6616;QD=59.8204;RBI=0.0497392;REFB=0;REVB=-0.0384305;RO=0;SAF=70;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229029;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:33:70:0:0:33:70:0:0 chr19 4043024 . T C 1492.77 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.598;QD=58.5402;RBI=0.0536467;REFB=-0.101072;REVB=-0.0218218;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.504347;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00153085;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:0:1:100:101:0.990196:44:56:0:0:44:57:1:0 chr19 4045518 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.844;QD=39.2068;RBI=0.0152134;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013475;OID=.;OPOS=4045518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr19 4101062 . G T 600.92 PASS AF=0.670886;AO=51;DP=78;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0728821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.216;QD=30.4261;RBI=0.072943;REFB=-0.0419598;REVB=-0.00297931;RO=26;SAF=28;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546762;STB=0.534669;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.023128;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:26:26:51:53:0.670886:23:28:12:14:23:30:12:14 chr19 4180836 . C T 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.275;QD=57.2357;RBI=0.0278808;REFB=0;REVB=0.00952524;RO=0;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38784e-05;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:13:43:0:0:13:43:0:0 chr19 4186395 . T G 300.82 PASS AF=0.563636;AO=27;DP=51;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00384001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.576;QD=21.8779;RBI=0.0226044;REFB=-0.012752;REVB=0.0222758;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169344;STB=0.621229;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00947914;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:23:24:27:31:0.563636:11:16:18:5:15:16:19:5 chr19 4200156 . G A 1154.75 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.069498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0226;QD=55.6508;RBI=0.106805;REFB=-0.147056;REVB=0.0811006;RO=2;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00121612;STB=0.512966;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0113212;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:2:4:78:79:0.951807:37:41:1:1:38:41:1:3 chr19 4210356 . G A 715.17 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.984;QD=60.8653;RBI=0.0532666;REFB=-0.123217;REVB=0.0321756;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.51851;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00109433;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:13:33:0:0:13:33:0:1 chr19 4216910 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.556;QD=37.4874;RBI=0.0898195;REFB=0;REVB=0.0741071;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431471;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 4217207 . T G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.434;QD=59.143;RBI=0.0422916;REFB=0;REVB=0.0377177;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41596e-05;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr19 4283059 . G A 377.71 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0067635;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.761;QD=18.425;RBI=0.00762813;REFB=-0.00255625;REVB=-0.00352752;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121539;STB=0.55997;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00285433;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:43:39:39:0.47561:21:18:14:28:21:18:15:28 chr19 4288332 . A G 123.95 PASS AF=0.4;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00836652;FXX=0.0789266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.225;QD=14.1658;RBI=0.0112704;REFB=-0.0166132;REVB=-0.00755134;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219339;STB=0.581287;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0135783;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:35:18:21:14:14:0.4:9:5:3:15:9:5:5:16 chr19 4292597 . C T 166.81 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0309132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9887;QD=14.8273;RBI=0.088443;REFB=-0.00762837;REVB=0.0828645;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505211;STB=0.544505;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0191725;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:27:17:18:0.4:9:8:14:13:10:8:14:13 chr19 4292841 . C G 357.01 PASS AF=0.390728;AO=35;DP=118;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=57;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0675758;FXX=0.00657851;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.9889;QD=9.45711;RBI=0.0731883;REFB=-0.0923802;REVB=-0.0281075;RO=25;SAF=34;SAR=1;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.824947;STB=0.913768;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0306606;OID=.;OPOS=4292841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:151:25:92:35:59:0.390728:1:34:1:24:2:57:53:39 chr19 4306311 . T C 168.86 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0033658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7828;QD=24.1229;RBI=0.00791639;REFB=-0.0523686;REVB=-0.00716524;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253869;STB=0.642682;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0308491;OID=.;OPOS=4306311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:5:12:4:7:5:12:4:7 chr19 4318365 . G A 378.84 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0320532;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.427;QD=16.4712;RBI=0.0320623;REFB=-0.0147177;REVB=0.000763376;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251507;STB=0.514139;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0205604;OID=.;OPOS=4318365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:52:40:40:0.434783:21:19:26:26:21:19:26:26 chr19 4324564 . C T 1101.64 PASS AF=0.482759;AO=110;DP=229;FAO=112;FDP=232;FR=.;FRO=120;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=-0.00383875;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.837;QD=18.9937;RBI=0.00910655;REFB=-0.00777076;REVB=-0.00825792;RO=119;SAF=62;SAR=48;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326461;STB=0.510564;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00892906;OID=.;OPOS=4324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:232:119:120:110:112:0.482759:48:62:63:56:50:62:64:56 chr19 4325433 . G A 97.2 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00150896;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.352;QD=11.4358;RBI=0.0144928;REFB=-0.0129004;REVB=-0.014414;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339089;STB=0.716638;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0167626;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:16:22:12:12:0.352941:4:8:5:11:4:8:7:15 chr19 4333711 . C T 2334.51 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0251;QD=61.033;RBI=0.0795863;REFB=0;REVB=0.0785485;RO=0;SAF=70;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252693;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:153:0:0:150:153:1:80:70:0:0:83:70:0:0 chr19 4357555 . A G 1868.98 PASS AF=0.984127;AO=122;DP=127;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00937634;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0217;QD=59.3328;RBI=0.013802;REFB=-0.0933349;REVB=-0.0101282;RO=2;SAF=63;SAR=59;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148409;STB=0.507575;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00097907;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:126:2:2:122:124:0.984127:59:63:2:0:59:65:2:0 chr19 4362691 . G C 949.01 PASS AF=0.5;AO=94;DP=187;FAO=94;FDP=188;FR=.;FRO=94;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.0170698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.586;QD=20.1917;RBI=0.0170744;REFB=-0.0188242;REVB=0.000396758;RO=93;SAF=51;SAR=43;SRF=58;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745348;STB=0.54317;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0122761;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:188:93:94:94:94:0.5:43:51:58:35:43:51:59:35 chr19 4442336 . C T 569.68 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0376884;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.673;QD=17.2629;RBI=0.0387953;REFB=-0.0274337;REVB=0.00920125;RO=69;SAF=25;SAR=35;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320795;STB=0.515499;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0359232;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:69:72:60:60:0.454545:35:25:31:38:35:25:32:40 chr19 4442999 . T C,G 1482.59 PASS AF=0.0315789,0.968421;AO=4,91;DP=95;FAO=3,92;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=3,57;FSAR=0,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370959,0.021721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.22,92.9246;QD=62.4248;RBI=0.0580647,0.0425814;REFB=0,0;REVB=-0.04467,-0.0366248;RO=0;SAF=4,56;SAR=0,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136796,-0.0022078;OID=.,.;OPOS=4442999,4442999;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:95:95:0:0:4,91:3,92:0.0315789,0.968421:0,35:4,56:0:0:0,35:3,57:0:0 chr19 4443046 . T C 654.33 PASS AF=0.452703;AO=67;DP=148;FAO=67;FDP=148;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.0145995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.461;QD=17.6846;RBI=0.0264152;REFB=-0.012373;REVB=0.022014;RO=81;SAF=29;SAR=38;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215346;STB=0.619448;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.020665;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:81:81:67:67:0.452703:38:29:53:28:38:29:53:28 chr19 4454000 . G A 162.12 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0183709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.097;QD=12.0086;RBI=0.0216488;REFB=-0.0164247;REVB=0.0114533;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228025;STB=0.619437;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0298196;OID=.;OPOS=4454000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:34:20:20:0.37037:5:15:18:14:5:15:20:14 chr19 4457650 . C T 305.17 PASS AF=0.507692;AO=28;DP=60;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0286813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.442;QD=18.7799;RBI=0.0332237;REFB=-0.017253;REVB=-0.016769;RO=32;SAF=5;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254335;STB=0.559962;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0163726;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:65:32:32:28:33:0.507692:23:5:12:20:24:9:12:20 chr19 4493708 . A G 915.5 PASS AF=0.451613;AO=98;DP=216;FAO=98;FDP=217;FR=.;FRO=119;FSAF=69;FSAR=29;FSRF=82;FSRR=37;FWDB=-0.0267412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.043;QD=16.8755;RBI=0.0281306;REFB=-0.0325396;REVB=0.00873146;RO=113;SAF=69;SAR=29;SRF=80;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045213;STB=0.509793;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0334174;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:113:119:98:98:0.451613:29:69:80:33:29:69:82:37 chr19 4508945 . A G 1601.95 PASS AF=1;AO=92;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.258;QD=59.8861;RBI=0.0326569;REFB=0;REVB=0.0316259;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72254e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:92:107:1:55:37:0:0:55:52:0:0 chr19 4510560 . C T 660.88 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.00751784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.128;QD=20.1795;RBI=0.00755268;REFB=-0.00109163;REVB=-0.000724591;RO=64;SAF=38;SAR=28;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178296;STB=0.601622;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000583119;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:64:65:66:66:0.503817:28:38:24:40:28:38:24:41 chr19 4511140 . C G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.000514192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.264;QD=22.7239;RBI=0.0349695;REFB=-0.0359634;REVB=0.0349657;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180555;STB=0.599911;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0330156;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:14:2:6:14:14:2 chr19 4511278 . C T 162.41 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0293908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7667;QD=9.84319;RBI=0.0300988;REFB=-0.0239006;REVB=-0.00648981;RO=43;SAF=16;SAR=7;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166688;STB=0.597613;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0595994;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:7:16:24:19:7:16:24:19 chr19 4511281 . G A 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0582385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.561;QD=9.46366;RBI=0.0587975;REFB=-0.00629601;REVB=-0.00808863;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158098;STB=0.583014;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00451227;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:45:21:21:0.318182:10:11:29:15:10:11:29:16 chr19 4511283 . CA TG 154.39 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0132857;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.14;QD=9.2174;RBI=0.0182169;REFB=-0.00829016;REVB=-0.0124638;RO=46;SAF=13;SAR=7;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155325;STB=0.604065;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0245142;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:46:46:20:21:0.313433:7:13:24:22:7:14:24:22 chr19 4511341 . T C 39.07 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.0401158;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.471;QD=2.3325;RBI=0.0447647;REFB=0.00625377;REVB=0.0198646;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356882;STB=0.544634;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=-0.0764784;OID=.;OPOS=4511341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:67:57:59:8:8:0.119403:5:3:23:34:5:3:25:34 chr19 4511350 . T A 688.02 PASS AF=0.84375;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0110151;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.152;QD=43.0011;RBI=0.0244021;REFB=-0.0149188;REVB=-0.0217746;RO=10;SAF=18;SAR=36;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145276;STB=0.577748;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0012493;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:10:10:54:54:0.84375:36:18:8:2:36:18:8:2 chr19 4511453 . G A 888.26 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7444;QD=56.3972;RBI=0.143181;REFB=-0.0457665;REVB=0.139227;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00194234;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:1:0:39:23:1:0 chr19 4511479 . A T 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0136473;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.867;QD=2.58909;RBI=0.0191341;REFB=-0.000936054;REVB=-0.0134114;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624261;STB=0.528223;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00355744;OID=.;OPOS=4511479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:5:2:12:37:5:2:13:37 chr19 4511491 . A G 69.81 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0268079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.244;QD=4.98676;RBI=0.0307362;REFB=0.000743981;REVB=-0.0150349;RO=45;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126019;STB=0.581253;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00145633;OID=.;OPOS=4511491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:6:5:16:29:6:5:16:29 chr19 4511525 . A G 816.82 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000977436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.227;QD=57.3205;RBI=0.00774831;REFB=0;REVB=0.00768642;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50117e-05;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr19 4511647 . C G 718.15 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2728;QD=61.1192;RBI=0.0808296;REFB=0;REVB=0.0756674;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103834;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:19:25:0:0:22:25:0:0 chr19 4511674 . C T 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0259637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8609;QD=7.40606;RBI=0.0303165;REFB=0.00123363;REVB=0.0156517;RO=40;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485498;STB=0.797511;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0041927;OID=.;OPOS=4511674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:11:3:25:15:11:3:25:15 chr19 4511677 . A G 200.94 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.000978172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4217;QD=15.1654;RBI=0.00108429;REFB=-0.00528417;REVB=0.000467818;RO=30;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357661;STB=0.703407;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00487074;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:16:7:20:10:16:7:20:10 chr19 4511679 . CA TG 93.38 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00073688;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.917;QD=6.43996;RBI=0.0125204;REFB=-0.00334623;REVB=-0.0124987;RO=44;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458775;STB=0.785306;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00716268;OID=.;OPOS=4511679;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:11:3:26:18:11:3:26:18 chr19 4511719 . G C,GC 359.65 PASS AF=0,0.96;AO=2,6;DP=53;FAO=0,48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=0,21;FSAR=0,27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.14564,-0.197925;FXX=0;HRUN=2,5;LEN=1,1;MLLD=5.98524,10.852;QD=28.7722;RBI=0.156495,0.2424;REFB=-0.0802664,-0.0449161;REVB=-0.0572683,-0.139941;RO=45;SAF=2,2;SAR=0,4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.421504,-0.133949;STB=0.5,0.502537;STBP=1,0.874;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00667263;OID=.,.;OPOS=4511719,4511720;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:53:50:45:2:2,6:0,48:0,0.96:0,4:2,2:20:25:0,27:0,21:1:1 chr19 4511725 . T C,G 683.31 PASS AF=0.943396,0.0377358;AO=46,2;DP=50;FAO=50,2;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22,1;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148858,-0.0180777;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=43.9626,153.501;QD=51.5704;RBI=0.0305429,0.0188676;REFB=0.0191869,0.0169396;REVB=0.0266698,0.00540204;RO=2;SAF=21,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0361334,0.390188;STB=0.508768,0.665164;STBP=0.526,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0164329,0.209315;OID=.,.;OPOS=4511725,4511725;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:53:2:1:46,2:50,2:0.943396,0.0377358:25,1:21,1:0:2:28,1:22,1:0:1 chr19 4511730 . T C 871.52 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717765;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.117;QD=58.1011;RBI=0.00831272;REFB=0;REVB=0.00419317;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63254e-05;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr19 4511737 . T C 334.49 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0286315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0818;QD=19.9696;RBI=0.0324679;REFB=-0.027003;REVB=0.0153102;RO=31;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233724;STB=0.642117;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0157434;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:31:32:34:35:0.522388:24:10:17:14:25:10:18:14 chr19 4511746 . A T 199.1 PASS AF=0.352113;AO=22;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0331153;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5434;QD=11.2166;RBI=0.0527136;REFB=0.00233883;REVB=0.0410133;RO=47;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306715;STB=0.648179;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.000485845;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:46:22:25:0.352113:9:13:15:32:11:14:15:31 chr19 4511791 . A C 237.95 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.031217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.859;QD=8.49831;RBI=0.0356155;REFB=-0.00637626;REVB=-0.0171452;RO=78;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231598;STB=0.637826;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0131951;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:79:33:33:0.294643:17:16:23:55:17:16:23:56 chr19 4511830 . A G 574.53 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00356907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.065;QD=23.6917;RBI=0.00786445;REFB=-0.0199112;REVB=-0.00700794;RO=42;SAF=27;SAR=25;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350364;STB=0.533424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0268532;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:42:44:52:53:0.546392:25:27:20:22:25:28:20:24 chr19 4511908 . C T 207.59 PASS AF=0.272727;AO=30;DP=110;FAO=30;FDP=110;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.0314676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.264;QD=7.54859;RBI=0.0428901;REFB=-0.00903484;REVB=-0.0291436;RO=80;SAF=21;SAR=9;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239293;STB=0.643579;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0307967;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:80:80:30:30:0.272727:9:21:41:39:9:21:41:39 chr19 4511920 . T C 72.68 PASS AF=0.130769;AO=15;DP=128;FAO=17;FDP=130;FR=.;FRO=113;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.0180094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.82;QD=2.23626;RBI=0.0263367;REFB=-0.0092091;REVB=-0.0192167;RO=112;SAF=10;SAR=5;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216423;STB=0.580667;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0738323;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:128:130:112:113:15:17:0.130769:5:10:55:57:7:10:56:57 chr19 4511927 . G A 498.84 PASS AF=0.419847;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=131;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00988789;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3841;QD=15.2318;RBI=0.010668;REFB=-0.0205277;REVB=0.00400452;RO=76;SAF=31;SAR=24;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0931804;STB=0.552319;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.027989;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:76:76:55:55:0.419847:24:31:36:40:24:31:36:40 chr19 4511929 . A G 451.53 PASS AF=0.401575;AO=54;DP=128;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.00893888;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.73;QD=14.2214;RBI=0.0268798;REFB=-0.0196153;REVB=-0.02535;RO=73;SAF=32;SAR=22;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130833;STB=0.581218;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0247228;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:73:76:54:51:0.401575:22:32:34:39:20:31:36:40 chr19 4511948 . A G 38.76 PASS AF=0.0821918;AO=12;DP=146;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=-0.0417307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1655;QD=1.06202;RBI=0.0778525;REFB=-0.0197154;REVB=-0.0657233;RO=134;SAF=7;SAR=5;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861803;STB=0.569837;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0556358;OID=.;OPOS=4511948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:146:146:134:134:12:12:0.0821918:5:7:68:66:5:7:68:66 chr19 4511955 . T C 2343.33 PASS AF=0.993289;AO=147;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.032221;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.988;QD=62.9082;RBI=0.0419334;REFB=0.0203833;REVB=-0.0268368;RO=1;SAF=77;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613682;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-2.54952e-06;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:147:148:0.993289:70:77:1:0:70:78:1:0 chr19 4512669 . T C 2273.17 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4055;QD=63.5851;RBI=0.0328752;REFB=0;REVB=0.0288949;RO=0;SAF=72;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07375e-05;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:71:72:0:0:71:72:0:0 chr19 4513143 . CA TG 182.63 PASS AF=0.72;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0478693;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=131.726;QD=29.2208;RBI=0.0772751;REFB=-0.106663;REVB=-0.0606628;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425578;STB=0.552452;STBP=0.461;TYPE=mnp;VARB=0.0425062;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:6:7:17:18:0.72:7:10:3:3:7:11:3:4 chr19 4513559 . A G 984.18 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118643;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.867;QD=59.6475;RBI=0.0119389;REFB=0;REVB=-0.00133272;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400163;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr19 4525046 . A G 93.26 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00989072;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.655;QD=9.09826;RBI=0.0110644;REFB=-0.000476073;REVB=-0.00495921;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114002;STB=0.547094;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00493612;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:28:29:12:12:0.292683:8:4:7:21:8:4:8:21 chr19 4538599 . G A 1143.62 PASS AF=0.518349;AO=112;DP=219;FAO=113;FDP=218;FR=.;FRO=105;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=61;FSRR=44;FWDB=0.012328;FXX=0.004566;HRUN=5;LEN=1;MLLD=271.401;QD=20.9838;RBI=0.0123383;REFB=-0.0173894;REVB=0.000502626;RO=104;SAF=56;SAR=56;SRF=61;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761508;STB=0.53688;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0177071;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:104:105:112:113:0.518349:56:56:61:43:56:57:61:44 chr19 4558431 . C G 100.23 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0465622;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.407;QD=13.8241;RBI=0.0466913;REFB=-0.0275399;REVB=-0.00346982;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105263;STB=0.574337;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0250965;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:18:17:12:12:0.413793:3:9:12:6:3:9:11:6 chr19 4653370 . C G 559.48 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0224106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.87;QD=19.1277;RBI=0.0354133;REFB=-0.0164675;REVB=-0.0274202;RO=59;SAF=30;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389054;STB=0.521501;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.021314;OID=.;OPOS=4653370;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:59:59:58:58:0.495726:28:30:28:31:28:30:28:31 chr19 4654163 . A C 239.72 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=79;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=-0.0523783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3434;QD=11.9861;RBI=0.0529599;REFB=0.0123312;REVB=0.0078267;RO=51;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887313;STB=0.565995;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0223599;OID=.;OPOS=4654163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:51:28:29:0.3625:19:9:13:38:19:10:13:38 chr19 4655166 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.847;QD=58.5822;RBI=0.0620298;REFB=0;REVB=0.0350727;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637516;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr19 4655546 . G C 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.097382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4377;QD=15.7813;RBI=0.102004;REFB=-0.00297573;REVB=-0.0303564;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012387;STB=0.507036;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00435018;OID=.;OPOS=4655546;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:11:18:14:9:11:18 chr19 4658047 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0161274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.318;QD=14.0792;RBI=0.0172847;REFB=0.00328473;REVB=-0.0062185;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107329;STB=0.562399;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00628335;OID=.;OPOS=4658047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:11:5:5:7:11:5 chr19 4685259 . G A 323.29 PASS AF=0.37963;AO=39;DP=107;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0250224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.833;QD=11.9738;RBI=0.083341;REFB=-0.0169498;REVB=0.0794959;RO=65;SAF=19;SAR=20;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12337;STB=0.57319;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0364169;OID=.;OPOS=4685259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:65:67:39:41:0.37963:20:19:39:26:22:19:39:28 chr19 4685276 . A C 412.08 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0255082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6644;QD=14.8498;RBI=0.0276202;REFB=0.0259889;REVB=-0.0105929;RO=64;SAF=20;SAR=27;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108796;STB=0.561175;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0324372;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:27:20:34:30:27:20:34:30 chr19 4724069 . G A 1624.4 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.557;QD=60.163;RBI=0.0291443;REFB=0;REVB=0.0160639;RO=0;SAF=83;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.05934e-05;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:25:83:0:0:25:83:0:0 chr19 4724157 . G A 383.96 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.0143323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.204;QD=13.713;RBI=0.0190699;REFB=-0.00774574;REVB=-0.0125796;RO=67;SAF=27;SAR=18;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131991;STB=0.507459;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00857357;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:18:27:41:26:18:27:41:26 chr19 4769740 . C A 502.0 PASS AF=0.6;AO=47;DP=79;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0568971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.055;QD=25.1002;RBI=0.0570992;REFB=-0.0269453;REVB=-0.00480072;RO=31;SAF=25;SAR=22;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035006;STB=0.529215;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0117757;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:31:32:47:48:0.6:22:25:15:16:22:26:15:17 chr19 4772202 . A C 161.96 PASS AF=0.35;AO=22;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0722008;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.319;QD=10.797;RBI=0.116241;REFB=0.00380544;REVB=-0.0910992;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197256;STB=0.64986;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0138515;OID=.;OPOS=4772202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:22:21:0.35:13:9:23:16:13:8:24:15 chr19 4794257 . T G 1212.87 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.754;QD=59.8947;RBI=0.043607;REFB=0.0180427;REVB=-0.0130269;RO=1;SAF=55;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00853178;STB=0.504503;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-1.56039e-05;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:25:55:1:0:25:55:1:0 chr19 4794948 . A AAACCTCAC 488.49 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225998;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=8;MLLD=303.459;QD=59.2113;RBI=0.0319639;REFB=0;REVB=0.022604;RO=6;SAF=26;SAR=6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964048;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.25102e-05;OID=.;OPOS=4794949;OREF=-;OALT=AACCTCAC;OMAPALT=AAACCTCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:41:33:33:0:27:6:0:0:4:6:26:6:6:0 chr19 4816719 . G A 82.96 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0313016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.381;QD=11.8512;RBI=0.0442704;REFB=-0.0325735;REVB=0.0313062;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0429214;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chr19 4818378 . T C 354.41 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00222909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.907;QD=21.4796;RBI=0.0076413;REFB=-0.0407104;REVB=0.00730894;RO=30;SAF=24;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139007;STB=0.50298;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0206275;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:35:36:0.545455:11:24:21:9:11:25:21:9 chr19 4847713 . A G 1189.07 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.641;QD=60.9782;RBI=0.0228301;REFB=0;REVB=-0.00989509;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22458e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr19 4847874 . A G 1402.69 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.998;QD=62.3418;RBI=0.105187;REFB=0;REVB=0.0277151;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17326e-05;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:56:32:0:0:57:33:0:0 chr19 4852106 . A G 1707.52 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00595364;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.492;QD=58.88;RBI=0.00984281;REFB=0.0331853;REVB=0.00783805;RO=1;SAF=63;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074781;STB=0.500917;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=8.22992e-05;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:116:1:2:114:114:0.982759:51:63:1:0:51:63:1:1 chr19 4852137 . C T 1662.82 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.719;QD=59.3863;RBI=0.0322122;REFB=-0.111857;REVB=0.0179342;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000302983;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:111:111:0.991071:51:60:0:0:51:60:0:1 chr19 4859937 . T C 276.49 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00928145;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.618;QD=25.1353;RBI=0.00929501;REFB=-0.0236318;REVB=-0.000501891;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17009;STB=0.594961;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0153913;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:10:9:7:18:10:9 chr19 4929413 . T C 251.57 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.00245255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.963;QD=14.5837;RBI=0.118416;REFB=-0.0356355;REVB=-0.118391;RO=39;SAF=20;SAR=9;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657556;STB=0.524359;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0370955;OID=.;OPOS=4929413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:9:20:29:10:9:20:29:11 chr19 4929473 . A G 259.62 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00394384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.383;QD=14.2255;RBI=0.00459717;REFB=-0.0141244;REVB=0.00236222;RO=40;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997944;STB=0.582468;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0145324;OID=.;OPOS=4929473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:43:30:30:0.410959:10:20:23:17:10:20:23:20 chr19 4945914 . A C 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.807;QD=56.9985;RBI=0.0283524;REFB=0;REVB=-0.0129011;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76495e-05;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr19 4945917 . C T 755.29 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.706;QD=57.0033;RBI=0.0372046;REFB=0;REVB=0.021996;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330349;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:18:33:0:0:20:33:0:0 chr19 4945974 . T C 305.93 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335782;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0588;QD=53.2045;RBI=0.109879;REFB=0;REVB=0.104623;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217991;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr19 4950770 . C T 334.47 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0105826;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.092;QD=14.083;RBI=0.0306067;REFB=-0.00603198;REVB=0.0287189;RO=56;SAF=23;SAR=14;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168773;STB=0.596489;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00750796;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:56:58:37:37:0.389474:14:23:26:30:14:23:27:31 chr19 4954454 . C T 1105.07 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.267;QD=59.7335;RBI=0.0173231;REFB=0;REVB=0.00983421;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39611e-05;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:33:39:0:0:34:40:0:0 chr19 4954679 . GC CC,CT,GCC 808.62 PASS AF=0.047619,0.015873,0.936508;AO=5,3,36;DP=67;FAO=3,1,59;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,34;FSAR=0,1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138599,0.0193763,0.0503683;FXX=0.0454477;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,1;MLLD=8.32064,133.924,23.8181;QD=51.3411;RBI=0.0757578,0.075629,0.0760411;REFB=0,0,0;REVB=-0.0744792,-0.0731048,-0.0569674;RO=23;SAF=3,0,33;SAR=2,3,3;SRF=2;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.615673,-0.453976,0.689625;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,ins;VARB=0.022963,0.102827,0.00558195;OID=.,.,.;OPOS=4954679,4954679,4954680;OREF=G,GC,-;OALT=C,CT,C;OMAPALT=CC,CT,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:67:63:23:0:5,3,36:3,1,59:0.047619,0.015873,0.936508:2,3,3:3,0,33:2:21:0,1,25:3,0,34:0:0 chr19 4960959 . TA AT 124.38 PASS AF=0.431818;AO=14;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.12175;FXX=0.0222173;HRUN=11;LEN=2;MLLD=44.1892;QD=11.3073;RBI=0.123666;REFB=-0.103198;REVB=0.0216852;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571871;STB=0.760854;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.00920064;OID=.;OPOS=4960959;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:14:19:0.431818:13:1:11:14:17:2:10:15 chr19 5041178 . T C 2002.55 PASS AF=0.977612;AO=129;DP=133;FAO=131;FDP=134;FR=.;FRO=3;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.021911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.239;QD=59.7777;RBI=0.0760632;REFB=-0.123287;REVB=0.072839;RO=2;SAF=76;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266987;STB=0.505865;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00151082;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:134:2:3:129:131:0.977612:53:76:1:1:54:77:1:2 chr19 5110794 . A G 1285.09 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349223;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.283;QD=61.9318;RBI=0.0353259;REFB=0;REVB=0.00532409;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374007;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:82:83:1:50:32:0:0:51:32:0:0 chr19 5114116 . T G 3111.45 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606846;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.03;QD=61.6129;RBI=0.00984177;REFB=0;REVB=0.00774818;RO=0;SAF=117;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138407;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:202:0:0:197:202:1:80:117:0:0:82:120:0:0 chr19 5135392 . A G 2569.27 PASS AF=0.966102;AO=170;DP=176;FAO=171;FDP=177;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0194054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.412;QD=58.0626;RBI=0.0203814;REFB=-0.0133294;REVB=0.00623163;RO=6;SAF=110;SAR=60;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139195;STB=0.500864;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.000347588;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:176:177:6:6:170:171:0.966102:60:110:4:2:61:110:4:2 chr19 5206775 . A G 565.19 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5888;QD=59.4934;RBI=0.0950533;REFB=0;REVB=0.0934177;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304282;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:32:38:1:15:17:0:0:18:20:0:0 chr19 5210782 . G A 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0134691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.889;QD=17.7095;RBI=0.0144665;REFB=-0.0382393;REVB=-0.00527852;RO=32;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994893;STB=0.591779;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0328084;OID=.;OPOS=5210782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:36:33:33:0.478261:11:22:18:14:11:22:18:18 chr19 5214697 . A G 1120.41 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00058296;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.248;QD=60.5626;RBI=0.045919;REFB=0;REVB=-0.0459153;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32873e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:28:45:0:0:29:45:0:0 chr19 5225802 . G A 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0856439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.355;QD=21.7385;RBI=0.0907352;REFB=-0.00999048;REVB=0.0299665;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120103;STB=0.567505;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00877464;OID=.;OPOS=5225802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:8:14:10:10:8:14:10:10 chr19 5256102 . GAAAAAAAC AAAAAAAAC,GAAAAAAACA,GAAAAAAC 49.61 PASS AF=0,0.142857,0.392857;AO=2,4,12;DP=30;FAO=0,4,11;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,3,4;FSAR=0,1,7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0143911,-0.00262077,0.123937;FXX=0.0666445;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,1;MLLD=196.188,16.2173,8.85684;QD=7.0874;RBI=0.0150211,0.211218,0.124542;REFB=0.00865847,-0.0674623,-0.0465874;REVB=-0.0043045,-0.211201,-0.0122605;RO=8;SAF=1,3,3;SAR=1,1,9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.128706,0.37999,-0.10909;STB=0.5,0.809428,0.533274;STBP=1,0.225,0.808;TYPE=snp,ins,del;VARB=0,0.172778,0.140803;OID=.,.,.;OPOS=5256102,5256111,5256103;OREF=G,-,A;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAAAAAAAC,GAAAAAAACA,GAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:40:30:28:8:13:2,4,12:0,4,11:0,0.142857,0.392857:1,1,9:1,3,3:3:5:0,1,7:0,3,4:4:9 chr19 5455611 . C T 633.83 PASS AF=0.572727;AO=57;DP=104;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0936059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4577;QD=23.0482;RBI=0.104668;REFB=-0.0227355;REVB=0.0468327;RO=47;SAF=36;SAR=21;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012833;STB=0.523482;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.024191;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:47:47:57:63:0.572727:21:36:29:18:21:42:29:18 chr19 5455735 . G A 366.46 PASS AF=0.464286;AO=37;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0881388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1313;QD=17.4504;RBI=0.0881531;REFB=-0.0249613;REVB=0.00158716;RO=46;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16754;STB=0.585411;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0336105;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:45:37:39:0.464286:17:20:17:29:18:21:17:28 chr19 5455796 . A G 184.53 PASS AF=0.383333;AO=21;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00272462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.493;QD=12.3024;RBI=0.0332478;REFB=-0.0309721;REVB=-0.0331359;RO=38;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.532136;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0649088;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:37:21:23:0.383333:13:8:19:19:13:10:18:19 chr19 5455800 . G A 116.73 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00154439;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.637;QD=8.48939;RBI=0.00874515;REFB=-0.0140202;REVB=0.0086077;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327162;STB=0.698768;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0151518;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:12:4:20:19:12:4:20:19 chr19 5455971 . G T 589.44 PASS AF=0.462687;AO=62;DP=134;FAO=62;FDP=134;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00818853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.228;QD=17.5953;RBI=0.00944021;REFB=-0.0136034;REVB=-0.0046974;RO=72;SAF=35;SAR=27;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323277;STB=0.517948;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0256795;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:72:62:62:0.462687:27:35:43:29:27:35:43:29 chr19 5455978 . T C 590.06 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0495694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.315;QD=16.9803;RBI=0.0510629;REFB=-0.027769;REVB=0.0122596;RO=77;SAF=36;SAR=26;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171535;STB=0.509557;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0289468;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:26:36:46:31:26:36:46:31 chr19 5456450 . T C 342.17 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0209019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.3;QD=27.932;RBI=0.0212834;REFB=-0.0241215;REVB=-0.00401164;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496776;STB=0.543449;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0202175;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:19:29:30:0.612245:14:15:9:11:14:16:8:11 chr19 5766090 . T C 463.17 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4825;QD=52.9334;RBI=0.0237828;REFB=0.122011;REVB=-0.0154105;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548779;STB=0.529394;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00446987;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:0:2:16:17:0:2 chr19 5772897 . C T 681.19 PASS AF=0.485915;AO=66;DP=139;FAO=69;FDP=142;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0123924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4188;QD=19.1885;RBI=0.0123939;REFB=-0.0100275;REVB=-0.000189877;RO=73;SAF=40;SAR=26;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134722;STB=0.574605;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0138689;OID=.;OPOS=5772897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:73:73:66:69:0.485915:26:40:34:39:27:42:34:39 chr19 5776207 . C T 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00613043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.094;QD=22.5576;RBI=0.0108073;REFB=-0.0244674;REVB=0.00890031;RO=39;SAF=26;SAR=20;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191419;STB=0.605218;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0168511;OID=.;OPOS=5776207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:20:26:13:26:20:26:13:26 chr19 5778517 . A T 356.99 PASS AF=0.385321;AO=40;DP=114;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=22;FWDB=0.013817;FXX=0.0683702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3105;QD=13.1007;RBI=0.0458071;REFB=-0.00542314;REVB=0.0436735;RO=57;SAF=24;SAR=16;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11354;STB=0.534824;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00830419;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:109:57:67:40:42:0.385321:16:24:40:17:16:26:45:22 chr19 5783905 . G A 356.01 PASS AF=0.571429;AO=34;DP=61;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0614918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9899;QD=22.6035;RBI=0.0857015;REFB=-0.0704326;REVB=0.0596951;RO=27;SAF=28;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146446;STB=0.543664;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0542275;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:27:27:34:36:0.571429:6:28:19:8:8:28:19:8 chr19 5784370 . C T 208.83 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0132603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.887;QD=25.3132;RBI=0.0350973;REFB=-0.00579585;REVB=-0.0324959;RO=12;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071701;STB=0.565968;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00127607;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:5:15:8:4:5:15:8:5 chr19 5786815 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0232503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.864;QD=21.377;RBI=0.0234925;REFB=-0.0223073;REVB=-0.00336496;RO=22;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591953;STB=0.533304;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0215237;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:16:7:8:14:16:7:8:14 chr19 5789565 . T C 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0154392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.457;QD=14.5977;RBI=0.0226429;REFB=-0.0250429;REVB=-0.016563;RO=51;SAF=22;SAR=13;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444992;STB=0.525266;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0362576;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:13:22:30:21:13:22:30:21 chr19 5831672 . G C 251.73 PASS AF=0.631579;AO=22;DP=36;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0725991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0959;QD=26.498;RBI=0.072601;REFB=-0.0205031;REVB=-0.000515363;RO=14;SAF=18;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387712;STB=0.722011;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0133211;OID=.;OPOS=5831672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:14:14:22:24:0.631579:4:18:5:9:4:20:5:9 chr19 5831724 . T C 227.36 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100367;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.626;QD=50.5243;RBI=0.00769835;REFB=0;REVB=-0.00763264;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.63104e-05;OID=.;OPOS=5831724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr19 5832209 . G A 1856.95 PASS AF=0.968992;AO=124;DP=130;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0256998;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.106;QD=57.5797;RBI=0.0299435;REFB=-0.11654;REVB=0.0153666;RO=2;SAF=76;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123381;STB=0.5044;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000521586;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:130:129:2:4:124:125:0.968992:48:76:2:0:48:77:3:1 chr19 5844537 . A G 207.7 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00472185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.568;QD=11.2269;RBI=0.012056;REFB=-0.0253541;REVB=0.0110929;RO=48;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286461;STB=0.515711;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0149397;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:25:26:0.351351:11:14:27:21:12:14:27:21 chr19 5866654 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.98;QD=56.7061;RBI=0.0316656;REFB=0;REVB=0.0301644;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012583;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 5866724 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0162884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.522;QD=19.1341;RBI=0.0490998;REFB=-0.0486442;REVB=0.0463193;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0194965;OID=.;OPOS=5866724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr19 5866736 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.125;QD=33.426;RBI=0.0354937;REFB=0;REVB=0.00197155;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758261;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 5867177 . G A 123.33 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0602095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.674;QD=37.9487;RBI=0.0625837;REFB=-0.150126;REVB=0.0170743;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00262476;OID=.;OPOS=5867177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr19 5867748 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.446;QD=51.9165;RBI=0.118345;REFB=0;REVB=0.0854082;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127729;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 5892954 . T C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.294;QD=59.6779;RBI=0.0114274;REFB=0;REVB=-0.00706276;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17842e-05;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr19 6042059 . C T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0023763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.4;QD=11.3238;RBI=0.00817046;REFB=-0.00868117;REVB=-0.00781726;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161235;STB=0.593625;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0128037;OID=.;OPOS=6042059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:9:14:19:22:9:14:19:22 chr19 6156483 . T C 666.13 PASS AF=0.59;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00102137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.475;QD=26.645;RBI=0.083082;REFB=-0.0309403;REVB=0.0830757;RO=41;SAF=33;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249459;STB=0.509431;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0190185;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:41:41:58:59:0.59:25:33:22:19:26:33:22:19 chr19 6210698 . G A 289.43 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00306306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.644;QD=25.7267;RBI=0.00476311;REFB=-0.0226691;REVB=0.00364758;RO=19;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130702;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00679443;OID=.;OPOS=6210698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:10:16:12:7:10:16:12:7 chr19 6312210 . A G 1026.58 PASS AF=0.581818;AO=96;DP=165;FAO=96;FDP=165;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.00420799;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.004;QD=24.8868;RBI=0.0132123;REFB=-0.0445654;REVB=0.0125243;RO=69;SAF=38;SAR=58;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800126;STB=0.504347;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0314573;OID=.;OPOS=6312210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:69:69:96:96:0.581818:58:38:28:41:58:38:28:41 chr19 6312290 . T C 441.45 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0238933;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.792;QD=22.0727;RBI=0.0266579;REFB=-0.0204915;REVB=0.0118217;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697674;STB=0.538444;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00880025;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:22:21:15:22:22:21:15:22 chr19 6415443 . T C 1151.68 PASS AF=1;AO=51;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7756;QD=60.6149;RBI=0.063602;REFB=0;REVB=0.0629355;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204711;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:51:76:1:17:34:0:0:33:43:0:0 chr19 6417855 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0201996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.822;QD=11.1025;RBI=0.023213;REFB=-0.00665036;REVB=-0.0114376;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0143829;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:7:3:2:5:7:3 chr19 6419275 . A G 350.6 PASS AF=0.445783;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.015937;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7734;QD=16.8964;RBI=0.0759413;REFB=-0.0029318;REVB=-0.0742503;RO=44;SAF=25;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113077;STB=0.566535;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00476439;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:44:46:36:37:0.445783:11:25:26:18:12:25:26:20 chr19 6427408 . G A 380.49 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00820893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.65;QD=17.1008;RBI=0.0569831;REFB=-0.0152679;REVB=0.0563887;RO=47;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849285;STB=0.532775;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0134992;OID=.;OPOS=6427408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:49:40:40:0.449438:17:23:31:16:17:23:31:18 chr19 6535080 . T C 4688.38 PASS AF=1;AO=292;DP=292;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.433;QD=63.7875;RBI=0.0412151;REFB=0;REVB=-0.0408661;RO=0;SAF=156;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98317e-05;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:292:294:0:0:292:294:1:136:156:0:0:136:158:0:0 chr19 6586268 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00215181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.781;QD=11.0866;RBI=0.0113764;REFB=-0.0223492;REVB=-0.0111711;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306023;STB=0.684625;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0402309;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:3:10:13:12:3:10:13:12 chr19 6665020 . T C 1413.67 PASS AF=0.968421;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0516916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0198;QD=59.5231;RBI=0.0811253;REFB=0.0280058;REVB=-0.0625244;RO=1;SAF=65;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072385;STB=0.501515;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.00802796;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:1:3:92:92:0.968421:27:65:1:0:27:65:2:1 chr19 6669934 . G A 336.62 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0542389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.991;QD=14.7966;RBI=0.0544779;REFB=-0.00806408;REVB=0.00509745;RO=51;SAF=5;SAR=32;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577167;STB=0.839753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00803563;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:54:37:37:0.406593:32:5:33:18:32:5:36:18 chr19 6677989 . G A 543.2 PASS AF=0.449612;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00758901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.374;QD=16.8435;RBI=0.00956167;REFB=-0.0245708;REVB=-0.00581657;RO=71;SAF=39;SAR=19;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144664;STB=0.580894;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.028379;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:58:58:0.449612:19:39:38:33:19:39:38:33 chr19 6679511 . C T 296.95 PASS AF=0.473684;AO=31;DP=71;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0389639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6064;QD=15.629;RBI=0.0513526;REFB=-0.0354359;REVB=-0.0334501;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213502;STB=0.606878;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0589957;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:36:40:31:36:0.473684:12:19:14:22:16:20:14:26 chr19 6696597 . G A 223.16 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.364;QD=49.5918;RBI=0.072438;REFB=0;REVB=0.0243466;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136971;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:11:5:0:0:12:6:0:0 chr19 6697406 . A G 2320.5 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.563;QD=61.0658;RBI=0.0345516;REFB=0;REVB=-0.00946218;RO=0;SAF=81;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00812e-05;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:71:81:0:0:71:81:0:0 chr19 6702157 . C G 1214.2 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000716869;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.208;QD=61.4785;RBI=0.123158;REFB=0;REVB=0.123156;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288265;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr19 6709704 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00598549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.808;QD=20.0166;RBI=0.0162551;REFB=-0.0234376;REVB=-0.015113;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.571351;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0211615;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:11:6:9:9:11:6 chr19 6709848 . C T 327.85 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.000446268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7665;QD=23.0072;RBI=0.0089774;REFB=-0.00140718;REVB=-0.0089663;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177045;STB=0.597593;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000776433;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:20:13:15:9:20:13:15:9 chr19 6713291 . C T 331.08 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0248691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6092;QD=18.6521;RBI=0.0936888;REFB=-0.00301804;REVB=0.0903279;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127728;STB=0.577556;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00361001;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:36:35:35:0.492958:16:19:14:21:16:19:14:22 chr19 6731057 . T C 949.74 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0156985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3566;QD=55.8672;RBI=0.0719353;REFB=-0.166646;REVB=0.0702014;RO=2;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377507;STB=0.519994;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00675244;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:2:66:66:0.970588:24:42:0:2:24:42:0:2 chr19 6737481 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.363;QD=55.654;RBI=0.0250045;REFB=0;REVB=0.0249372;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120175;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 6737509 . G A,C 581.08 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471593,0.0130266;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.506,122.226;QD=59.5979;RBI=0.0570002,0.0313368;REFB=0,0;REVB=0.032016,0.028501;RO=0;SAF=16,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000373735,0.136334;OID=.,.;OPOS=6737509,6737509;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:21,2:16,0:0:0:21,2:16,0:0:0 chr19 6751243 . AGGGGGGCT AGGGGGCT,AGGGGGCTG 576.59 PASS AF=0.867347,0.132653;AO=28,9;DP=101;FAO=85,13;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45,12;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.402454,0.142163;FXX=0.019998;HRUN=6,6;LEN=1,3;MLLD=7.64438,11.4423;QD=23.5343;RBI=0.772599,0.179579;REFB=0.0126856,0.0319277;REVB=0.6595,0.109719;RO=40;SAF=19,5;SAR=9,4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0.714286,0;SSEP=0.625,0;SSSB=0.243016,0.128459;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0311274,-0.0459449;OID=.,.;OPOS=6751244,6751249;OREF=G,GCT;OALT=-,CTG;OMAPALT=AGGGGGCT,AGGGGGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.867347,0.132653:28,9:101:85,13:98:0:45,12:40,1:0:0:22:40:19,5:9,4:18:22 chr19 6833777 . A G 1699.15 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3395;QD=59.6193;RBI=0.0715954;REFB=-0.0693507;REVB=0.0577721;RO=1;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886636;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:114:114:1:0:113:114:1:52:61:0:1:53:61:0:0 chr19 6833989 . G T 505.23 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.9083;QD=54.6193;RBI=0.0856554;REFB=-0.132293;REVB=0.0826346;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.519989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0137579;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:34:36:0.972973:22:12:1:0:24:12:1:0 chr19 6897464 . C G 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.010903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.698;QD=19.1479;RBI=0.0282438;REFB=-0.0377382;REVB=0.0260545;RO=36;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124325;STB=0.569086;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0449506;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:19:17:22:14:19:17:22:14 chr19 6901891 . G A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0532351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8362;QD=13.3344;RBI=0.0724177;REFB=-0.0194574;REVB=-0.0490952;RO=53;SAF=16;SAR=17;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209617;STB=0.618979;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0325538;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:17:16:36:17:17:16:36:17 chr19 6903920 . A G 378.54 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00184858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6077;QD=19.1665;RBI=0.0243805;REFB=-0.0225185;REVB=-0.0243103;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568696;STB=0.531587;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0322303;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:22:17:15:25:22:17:15:25 chr19 6904137 . C T 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0146862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.115;QD=13.3135;RBI=0.0183359;REFB=-0.00811119;REVB=-0.0109782;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153192;STB=0.582361;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0143298;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:5:17:21:11:5:17:22:11 chr19 6913811 . A G 1063.76 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8974;QD=59.098;RBI=0.0450557;REFB=0;REVB=-0.0291268;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366341;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:22:46:0:0:22:50:0:0 chr19 6919624 . A C 1375.16 PASS AF=0.978261;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0035776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4989;QD=59.7894;RBI=0.0907453;REFB=-0.0367208;REVB=-0.0906747;RO=3;SAF=49;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695309;STB=0.501475;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000138558;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:92:3:2:88:90:0.978261:39:49:2:1:39:51:1:1 chr19 6919753 . A G 484.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728799;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.146;QD=57.0481;RBI=0.0732728;REFB=0;REVB=-0.00757737;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423958;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:14:17:0:0:14:20:0:0 chr19 6974564 . C T 751.04 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.484;QD=61.3094;RBI=0.0125682;REFB=-0.0787635;REVB=-0.00121049;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000564727;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:47:48:0.979592:14:33:0:0:15:33:1:0 chr19 7005905 . T A 285.97 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7317;QD=51.9945;RBI=0.0472454;REFB=0;REVB=0.0218714;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349484;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr19 7083629 . A G 66.61 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345347;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.842;QD=38.0604;RBI=0.039103;REFB=0;REVB=-0.0183412;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481859;OID=.;OPOS=7083629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr19 7112265 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.23;QD=45.8068;RBI=0.0616889;REFB=0;REVB=0.0616318;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162971;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr19 7141775 . G A 204.2 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0177198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2948;QD=12.5659;RBI=0.0349396;REFB=0.0098831;REVB=0.0301129;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487006;STB=0.542963;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0148949;OID=.;OPOS=7141775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:40:25:25:0.384615:12:13:18:20:12:13:18:22 chr19 7166376 . C T 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.018031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.796;QD=16.5617;RBI=0.0255537;REFB=-0.000267232;REVB=-0.0181072;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369508;STB=0.706459;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000185198;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:10:17:7:24:10:17:7:24 chr19 7504982 . C T 357.95 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0135207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.811;QD=20.1659;RBI=0.0155533;REFB=-0.0296199;REVB=-0.00768733;RO=34;SAF=28;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119244;STB=0.566436;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0483045;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:9:28:22:12:9:28:22:12 chr19 7528734 . A G 270.82 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0269027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4388;QD=20.8326;RBI=0.0586467;REFB=-0.0209047;REVB=-0.0521122;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285029;STB=0.508664;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0165835;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:11:16:15:9:11:17:15:9 chr19 7533767 . T G 433.24 PASS AF=0.473118;AO=41;DP=91;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0339231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.795;QD=18.6338;RBI=0.034041;REFB=-0.0300686;REVB=-0.00283001;RO=49;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497666;STB=0.506605;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0336669;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:49:41:44:0.473118:18:23:25:24:21:23:25:24 chr19 7533850 . A G 550.21 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0146808;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0985;QD=17.7486;RBI=0.0147909;REFB=-0.0332691;REVB=-0.00180163;RO=62;SAF=36;SAR=22;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02352;STB=0.51669;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0346142;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:62:66:58:58:0.467742:22:36:37:25:22:36:39:27 chr19 7538039 . A G 706.92 PASS AF=0.452381;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=168;FR=.;FRO=92;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.00726701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.59;QD=16.8315;RBI=0.00761043;REFB=-0.0207209;REVB=-0.00226033;RO=92;SAF=43;SAR=33;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972613;STB=0.55404;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0219196;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:92:92:76:76:0.452381:33:43:43:49:33:43:43:49 chr19 7538117 . A G 407.65 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0153435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1169;QD=12.9413;RBI=0.0194933;REFB=0.00152399;REVB=0.0120236;RO=77;SAF=21;SAR=27;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103144;STB=0.562474;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000959403;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:77:78:48:48:0.380952:27:21:41:36:27:21:42:36 chr19 7547074 . A C 84.7 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0155772;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.219;QD=9.96449;RBI=0.018272;REFB=-0.00874136;REVB=-0.0095508;RO=23;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750187;STB=0.574334;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.016989;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:23:23:11:11:0.323529:6:5:12:11:6:5:13:10 chr19 7569282 . A G 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0114309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.363;QD=8.23027;RBI=0.0143319;REFB=-0.00936145;REVB=-0.00864513;RO=25;SAF=9;SAR=1;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.635125;STB=0.89393;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.038254;OID=.;OPOS=7569282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:1:9:9:16:1:9:9:16 chr19 7570978 . T C 853.28 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2175;QD=56.8852;RBI=0.0262483;REFB=0;REVB=0.0259011;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151383;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:53:60:1:36:17:0:0:42:18:0:0 chr19 7570990 . A G 263.45 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0355032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0028;QD=19.5145;RBI=0.0362862;REFB=-0.0161948;REVB=0.0074977;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166082;STB=0.599924;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0246542;OID=.;OPOS=7570990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:26:28:28:0.518519:21:7:10:14:21:7:11:15 chr19 7571030 . T A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.317;QD=56.7053;RBI=0.0370106;REFB=0;REVB=0.0271143;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176667;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr19 7573098 . T A 551.79 PASS AF=0.508929;AO=56;DP=111;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0265684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5729;QD=19.7068;RBI=0.0269772;REFB=-0.00314639;REVB=0.00467846;RO=54;SAF=37;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832313;STB=0.54483;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00284062;OID=.;OPOS=7573098;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:54:55:56:57:0.508929:19:37:31:23:20:37:31:24 chr19 7573287 . C T 213.6 PASS AF=0.361111;AO=23;DP=75;FAO=26;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0308004;FXX=0.0399947;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.393;QD=11.8667;RBI=0.0326979;REFB=-0.00467262;REVB=0.0109766;RO=33;SAF=3;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46782;STB=0.805891;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00638475;OID=.;OPOS=7573287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:33:46:23:26:0.361111:20:3:16:17:22:4:27:19 chr19 7573297 . T C 146.96 PASS AF=0.3;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00652394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.319;QD=8.39775;RBI=0.0441633;REFB=0.00163865;REVB=-0.0436788;RO=42;SAF=0;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.833639;STB=0.933503;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00255913;OID=.;OPOS=7573297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:42:49:21:21:0.3:21:0:27:15:20:1:28:21 chr19 7573301 . C T 169.81 PASS AF=0.319444;AO=21;DP=68;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0403881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9477;QD=9.43371;RBI=0.0425241;REFB=-0.0301388;REVB=0.013308;RO=47;SAF=0;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.813558;STB=0.936413;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0619856;OID=.;OPOS=7573301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:47:49:21:23:0.319444:21:0:26:21:22:1:28:21 chr19 7626159 . G C 30.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0464133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=35.9077;QD=2.95198;RBI=0.0567697;REFB=-0.0132538;REVB=-0.0326895;RO=31;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459088;STB=0.810881;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0837797;OID=.;OPOS=7626159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:39:41:31:35:6:6:0.146341:5:1:17:14:5:1:18:17 chr19 7694393 . G A 1066.9 PASS AF=0.484581;AO=96;DP=214;FAO=110;FDP=227;FR=.;FRO=117;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.011988;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270;QD=18.8001;RBI=0.0186744;REFB=-0.0349877;REVB=0.0143186;RO=118;SAF=61;SAR=35;SRF=66;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795124;STB=0.500244;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0379366;OID=.;OPOS=7694393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:227:118:117:96:110:0.484581:35:61:66:52:48:62:66:51 chr19 7698320 . C T 637.71 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=12;FWDB=-0.00739514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.821;QD=21.9899;RBI=0.036753;REFB=-0.0414083;REVB=0.0360013;RO=52;SAF=42;SAR=21;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118537;STB=0.55703;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0362501;OID=.;OPOS=7698320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:52:53:63:63:0.543103:21:42:41:11:21:42:41:12 chr19 7703605 . C T 1552.65 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=114;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0201749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.161;QD=54.4791;RBI=0.0207108;REFB=-0.225629;REVB=0.00468088;RO=1;SAF=47;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999205;STB=0.521192;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00115782;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:114:114:1:6:108:108:0.947368:61:47:1:0:61:47:5:1 chr19 7705440 . C CTG 188.39 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0161157;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.095;QD=19.8309;RBI=0.0240237;REFB=-0.0510316;REVB=-0.0178164;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102566;STB=0.558219;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.0507065;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:38:19:38:19:13:6:11:8:99:19:13:6:11:8 chr19 7707336 . C T 299.04 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0528801;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4552;QD=15.949;RBI=0.0857845;REFB=-0.0065799;REVB=0.0675476;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135544;STB=0.507635;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.012388;OID=.;OPOS=7707336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:20:13:16:26:20:13:16:26 chr19 7711221 . T C 2257.06 PASS AF=0.993056;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000583061;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.946;QD=62.6961;RBI=0.0193551;REFB=-0.00213482;REVB=0.0193463;RO=1;SAF=63;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0074882;STB=0.503936;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-4.69923e-05;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:143:143:0.993056:80:63:1:0:80:63:1:0 chr19 7712277 . A G 2696.35 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.605;QD=62.3433;RBI=0.0302154;REFB=0;REVB=0.00890557;RO=0;SAF=103;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37005e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:173:173:1:70:103:0:0:70:103:0:0 chr19 7743879 . C T 196.7 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=2;FWDB=0.0607754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6959;QD=18.2981;RBI=0.0614795;REFB=0.00108165;REVB=-0.00927781;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291555;STB=0.652051;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000426557;OID=.;OPOS=7743879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:19:20:0.465116:6:13:21:2:6:14:21:2 chr19 7755056 . G A 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0301698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.837;QD=20.2731;RBI=0.0306012;REFB=-0.00327691;REVB=0.00512031;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155675;STB=0.508764;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00750527;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:14:9:9:15:14:9:9:15 chr19 7761667 . A G 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0611694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6436;QD=10.714;RBI=0.0618651;REFB=0.000454127;REVB=0.00925168;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220646;STB=0.631917;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.0011532;OID=.;OPOS=7761667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:13:16:5:9:13:16 chr19 7763248 . G A 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0211255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.53;QD=19.3448;RBI=0.0214419;REFB=-0.00259894;REVB=0.00367007;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220328;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00250138;OID=.;OPOS=7763248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:7:11:6:11:7:11:7:11 chr19 7831628 . G A 454.96 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=112;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.00804154;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.497;QD=16.3948;RBI=0.0391462;REFB=-0.0205403;REVB=0.0383113;RO=61;SAF=29;SAR=20;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132497;STB=0.566748;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0243614;OID=.;OPOS=7831628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:61:61:49:50:0.45045:20:29:28:33:21:29:28:33 chr19 7913974 . T C 551.86 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0329215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.353;QD=22.5247;RBI=0.0336992;REFB=-0.00856645;REVB=-0.00719775;RO=45;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702268;STB=0.537446;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00522547;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:45:46:51:52:0.530612:23:28:21:24:23:29:22:24 chr19 7916620 . A G 209.2 PASS AF=0.444444;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00683669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.865;QD=15.4962;RBI=0.0129497;REFB=-0.014053;REVB=-0.0109979;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950606;STB=0.509546;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0197614;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:30:22:24:0.444444:9:13:18:12:10:14:18:12 chr19 7928462 . T C 2140.68 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269785;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.63;QD=62.9613;RBI=0.0548386;REFB=0;REVB=0.0477434;RO=0;SAF=70;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00449e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:136:0:0:132:136:1:62:70:0:0:63:73:0:0 chr19 7928788 . AT CC,CT 821.31 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=2,55;DP=57;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158918,-0.054902;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.441,73.0641;QD=56.6422;RBI=0.0292752,0.0566974;REFB=0,0;REVB=-0.0245864,-0.0141549;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0521552,-0.00950652;OID=.,.;OPOS=7928788,7928788;OREF=AT,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:58:0:0:2,55:3,55:0.0517241,0.948276:0,25:2,30:0:0:0,25:3,30:0:0 chr19 7934076 . GC AC,G 181.69 PASS AF=0.416667,0.333333;AO=10,8;DP=25;FAO=10,8;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=3,0;FSAR=7,8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0616774,0.00289068;FXX=0.039984;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=107.251,24.6182;QD=30.2818;RBI=0.0718237,0.0225533;REFB=0.00711812,-0.0848583;REVB=-0.0368041,0.0223672;RO=6;SAF=3,0;SAR=7,8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251221,-0.803678;STB=0.644436,0.99821;STBP=0.19,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0545629,0.0147972;OID=.,.;OPOS=7934076,7934077;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:25:24:6:6:10,8:10,8:0.416667,0.333333:7,8:3,0:4:2:7,8:3,0:4:2 chr19 7936208 . A G 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0237765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.406;QD=11.1964;RBI=0.056736;REFB=-0.00633428;REVB=-0.0515136;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.611467;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0148695;OID=.;OPOS=7936208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:20:22:12:12:0.352941:7:5:12:8:7:5:13:9 chr19 7938305 . CA AG,CAG 728.01 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=3,45;DP=58;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=3,44;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803123,-0.0358172;FXX=0.0172384;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=7.38256,23.221;QD=51.0884;RBI=0.0971792,0.0575322;REFB=0,0;REVB=-0.0968467,-0.0450232;RO=1;SAF=3,42;SAR=0,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0110625;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00973556,-0.0103553;OID=.,.;OPOS=7938305,7938307;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:57:1:0:3,45:3,54:0.0526316,0.947368:0,3:3,42:1:0:0,10:3,44:0:0 chr19 7944348 . TC T 612.08 PASS AF=1;AO=49;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7433;QD=45.3392;RBI=0.138496;REFB=0;REVB=-0.0136177;RO=3;SAF=20;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00264118;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:53:54:54:0:25:29:0:0:11:3:20:29:3:0 chr19 7951933 . G C 224.0 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00292507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.462;QD=10.6664;RBI=0.0126283;REFB=-0.016485;REVB=-0.0122849;RO=56;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21251;STB=0.624242;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0352288;OID=.;OPOS=7951933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:9:19:28:28:9:19:28:28 chr19 7963914 . A C 726.8 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166337;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3145;QD=57.0036;RBI=0.0621147;REFB=0;REVB=0.0598461;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257152;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 7963949 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0694;QD=60.9749;RBI=0.0352985;REFB=0;REVB=-0.0106833;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353154;OID=.;OPOS=7963949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr19 7963976 . T C 443.15 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176241;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.884;QD=57.1808;RBI=0.0553784;REFB=0;REVB=0.0524992;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120048;OID=.;OPOS=7963976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 7964727 . G A 166.38 PASS AF=0.615385;AO=13;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0182867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.911;QD=25.5969;RBI=0.019386;REFB=-0.0283786;REVB=0.00643523;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345162;STB=0.666444;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.032427;OID=.;OPOS=7964727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:26:9:9:13:16:0.615385:3:10:3:6:4:12:3:6 chr19 7965042 . C T 149.92 PASS AF=0.191176;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=136;FR=.;FRO=110;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=0.0203282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3491;QD=4.40933;RBI=0.0229112;REFB=-0.00264657;REVB=0.0105683;RO=110;SAF=15;SAR=11;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183402;STB=0.511619;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0153684;OID=.;OPOS=7965042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:110:110:26:26:0.191176:11:15:65:45:11:15:65:45 chr19 7965339 . C T 1102.45 PASS AF=0.516432;AO=110;DP=213;FAO=110;FDP=213;FR=.;FRO=103;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.00406086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.49;QD=20.7033;RBI=0.0203079;REFB=0.0028937;REVB=0.0198977;RO=103;SAF=64;SAR=46;SRF=60;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000640622;STB=0.500351;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218653;OID=.;OPOS=7965339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:103:103:110:110:0.516432:46:64:60:43:46:64:60:43 chr19 7965552 . C G 632.46 PASS AF=0.450331;AO=69;DP=151;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0180097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9108;QD=16.7539;RBI=0.0507844;REFB=0.00777655;REVB=0.0474837;RO=80;SAF=38;SAR=31;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973837;STB=0.555539;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0052541;OID=.;OPOS=7965552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:80:83:69:68:0.450331:31:38:36:44:30:38:38:45 chr19 7986638 . C G 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00346341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.635;QD=21.4068;RBI=0.00847845;REFB=-0.0337266;REVB=0.0077388;RO=26;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311413;STB=0.517231;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0263604;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:16:16:14:12:16:16:14:12 chr19 8121360 . A G 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.127883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.715;QD=19.3675;RBI=0.131292;REFB=-0.0242923;REVB=0.0297252;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0176267;OID=.;OPOS=8121360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:6:9:10:6:6:9 chr19 8122737 . G A 310.42 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0244419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2845;QD=21.4085;RBI=0.071939;REFB=-0.0221859;REVB=-0.0676595;RO=26;SAF=29;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247677;STB=0.639602;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0121991;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:3:29:20:6:3:29:20:6 chr19 8122767 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.351;QD=58.6001;RBI=0.0616005;REFB=0;REVB=-0.0498521;RO=0;SAF=53;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96591e-05;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:11:53:0:0:11:53:0:0 chr19 8138054 . C A 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00658914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.304;QD=14.3343;RBI=0.00891371;REFB=-0.0103775;REVB=-0.00600313;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498489;STB=0.528892;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0158697;OID=.;OPOS=8138054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:11:15:9:8:11:15 chr19 8145921 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00306861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6179;QD=12.4822;RBI=0.0289999;REFB=-0.00366523;REVB=-0.0288371;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0114786;OID=.;OPOS=8145921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:12:7:5:7:12:7 chr19 8152725 . A G 387.58 PASS AF=0.409091;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00471874;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.69;QD=14.0937;RBI=0.0115343;REFB=-0.000748952;REVB=-0.0105249;RO=63;SAF=24;SAR=21;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00989365;STB=0.515182;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00102677;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:63:65:45:45:0.409091:21:24:33:30:21:24:33:32 chr19 8159362 . G T 243.37 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0139186;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.44;QD=23.1782;RBI=0.0140313;REFB=-0.00149134;REVB=-0.00177469;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622126;STB=0.516115;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00139462;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:18:19:23:23:0.547619:8:15:13:5:8:15:13:6 chr19 8159409 . G T 526.94 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.923;QD=56.9669;RBI=0.0313765;REFB=-0.14355;REVB=0.0244782;RO=1;SAF=25;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.000827527;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:11:25:1:0:11:25:1:0 chr19 8160334 . G A 129.08 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0427444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7535;QD=13.2386;RBI=0.051133;REFB=-0.00774728;REVB=0.0280623;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130458;STB=0.510624;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0157925;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:8:6:10:14:9:6:10:14 chr19 8161450 . C T 444.71 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.0164067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.95;QD=20.4466;RBI=0.02259;REFB=0.00576769;REVB=0.0155284;RO=42;SAF=24;SAR=20;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15312;STB=0.588827;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00671578;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:43:44:44:0.505747:20:24:30:12:20:24:31:12 chr19 8165868 . G A 607.86 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00945108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.612;QD=23.6063;RBI=0.0349165;REFB=-0.025687;REVB=-0.0336131;RO=42;SAF=43;SAR=16;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793249;STB=0.547754;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0205173;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:42:44:59:59:0.572816:16:43:27:15:16:43:28:16 chr19 8176009 . C T 162.15 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0831263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.575;QD=12.0112;RBI=0.0841188;REFB=-0.0112071;REVB=-0.012884;RO=34;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198252;STB=0.615413;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0296162;OID=.;OPOS=8176009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:7:13:16:18:7:13:16:18 chr19 8176569 . G A 120.78 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0309319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9254;QD=14.6395;RBI=0.0648024;REFB=-0.000952386;REVB=0.0569436;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299292;STB=0.672041;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00221843;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:5:14:6:8:5:14 chr19 8176640 . C T 160.25 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0105331;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8181;QD=16.8684;RBI=0.0134711;REFB=-0.00173787;REVB=0.00839792;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198035;STB=0.613365;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00554099;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:8:13:7:10:8:13 chr19 8176919 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.418;QD=63.868;RBI=0.0334823;REFB=0;REVB=0.0189953;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31223e-05;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 8176945 . T C 221.83 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0241794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3233;QD=18.4861;RBI=0.0512983;REFB=-0.0145785;REVB=0.0452423;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672291;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0142054;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:12:14:12:10:12:14 chr19 8188812 . C T 273.66 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0253668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.775;QD=15.2032;RBI=0.0281141;REFB=-0.0134461;REVB=0.0121215;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458416;STB=0.531578;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.013009;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:13:18:25:15:13:18:26:15 chr19 8191184 . C T 205.95 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00567391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4279;QD=15.8419;RBI=0.0206931;REFB=-0.0395182;REVB=0.0199001;RO=29;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431157;STB=0.727082;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.04975;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:15:6:21:8:16:7:21:8 chr19 8191238 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7203;QD=62.6693;RBI=0.0319347;REFB=0;REVB=0.0101823;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265215;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 8191248 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.295;QD=62.3501;RBI=0.0364118;REFB=0;REVB=0.0288898;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29173e-05;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr19 8196129 . C T 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0193299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.672;QD=16.2776;RBI=0.0236099;REFB=0.00643124;REVB=0.0135566;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158266;STB=0.588736;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00626619;OID=.;OPOS=8196129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:13:15:23:10:13:15:23:10 chr19 8196444 . C T 1109.02 PASS AF=1;AO=55;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.892;QD=59.9472;RBI=0.0640087;REFB=0;REVB=0.062843;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461958;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:55:74:1:24:31:0:0:35:39:0:0 chr19 8212263 . G A 622.84 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0302323;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2131;QD=25.1651;RBI=0.0369705;REFB=-0.0196367;REVB=0.0212797;RO=39;SAF=44;SAR=15;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229118;STB=0.502262;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0127617;OID=.;OPOS=8212263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:39:40:59:59:0.59596:15:44:30:9:15:44:30:10 chr19 8319455 . C T 330.61 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0195603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.038;QD=23.6152;RBI=0.0232773;REFB=-0.0252207;REVB=0.0126186;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825402;STB=0.545427;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0133811;OID=.;OPOS=8319455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:13:10:18:15:13:10 chr19 8320555 . G A 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0802526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.491;QD=28.9918;RBI=0.0807428;REFB=-0.0205324;REVB=-0.00888351;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785137;STB=0.543343;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00851456;OID=.;OPOS=8320555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:8:17:8:6:8:17:8:6 chr19 8321182 . A T 482.59 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0232372;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8001;QD=20.3194;RBI=0.0259827;REFB=-0.0114424;REVB=0.0116247;RO=48;SAF=26;SAR=21;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865134;STB=0.547962;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0085698;OID=.;OPOS=8321182;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:48:47:47:0.494737:21:26:22:26:21:26:22:26 chr19 8321937 . C T 502.34 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=73;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0178412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.945;QD=27.5256;RBI=0.0178417;REFB=-0.0450426;REVB=0.000125653;RO=26;SAF=20;SAR=26;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119811;STB=0.558447;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0339515;OID=.;OPOS=8321937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:26:27:46:46:0.630137:26:20:16:10:26:20:16:11 chr19 8321946 . T C 134.12 PASS AF=0.283582;AO=20;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0154936;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.752;QD=8.00698;RBI=0.0213633;REFB=-0.00537616;REVB=-0.0147084;RO=44;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244231;STB=0.600519;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0141649;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:44:48:20:19:0.283582:8:12:17:27:8:11:21:27 chr19 8326904 . G A 1357.58 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0125657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.447;QD=59.0252;RBI=0.0482573;REFB=-0.185254;REVB=0.0465926;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.50418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00205503;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:0:3:89:89:0.967391:48:41:0:0:48:41:1:2 chr19 8367033 . T C 357.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5807;QD=55.0548;RBI=0.0506978;REFB=0;REVB=0.0478959;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789776;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 8454236 . A G 387.71 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0130322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1573;QD=23.8588;RBI=0.0236795;REFB=-0.0431872;REVB=-0.0197707;RO=25;SAF=13;SAR=24;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386671;STB=0.517232;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0278804;OID=.;OPOS=8454236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:25:27:37:38:0.584615:24:13:10:15:24:14:11:16 chr19 8468337 . C T 1237.54 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.097319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0451;QD=56.8983;RBI=0.106426;REFB=-0.190327;REVB=0.0430761;RO=4;SAF=55;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332056;STB=0.51754;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00593608;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:87:87:4:4:83:83:0.954023:28:55:4:0:28:55:4:0 chr19 8551094 . T C 62.55 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.862;QD=35.7406;RBI=0.103144;REFB=0;REVB=0.0886582;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112316;OID=.;OPOS=8551094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:5:7:1:1:4:0:0:3:4:0:0 chr19 8553630 . C G,T 2416.41 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=6,154;DP=160;FAO=5,155;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=5,69;FSAR=0,86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708983,-0.00611566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.019,118.649;QD=60.4103;RBI=0.0121061,0.00994077;REFB=0,0;REVB=-0.0098128,0.00783694;RO=0;SAF=5,69;SAR=1,85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.035587,-5.25391e-05;OID=.,.;OPOS=8553630,8553630;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:160:160:0:0:6,154:5,155:0.03125,0.96875:1,85:5,69:0:0:0,86:5,69:0:0 chr19 8563456 . C G 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8186;QD=26.0145;RBI=0.06971;REFB=0.00466512;REVB=0.0616464;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00447512;OID=.;OPOS=8563456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr19 8578035 . T C 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.147;QD=64.2852;RBI=0.0231518;REFB=0;REVB=0.0080574;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.89971e-05;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:45:55:0:0:45:55:0:0 chr19 8612914 . G A 200.82 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0135074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.84;QD=20.5967;RBI=0.0346284;REFB=0.00351323;REVB=0.0318854;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196708;STB=0.609512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00289193;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:3:16:13:7:3:16 chr19 8645786 . A C 1450.52 PASS AF=1;AO=79;DP=84;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.524;QD=63.0661;RBI=0.0765461;REFB=0;REVB=0.0527441;RO=0;SAF=25;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150445;OID=.;OPOS=8645786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:92:0:0:79:92:1:54:25:0:0:57:35:0:0 chr19 8669931 . G C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.874;QD=59.9374;RBI=0.0748688;REFB=0;REVB=0.0296891;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6039e-05;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr19 8808373 . G T 1624.66 PASS AF=0.990909;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0735397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8226;QD=59.0784;RBI=0.100038;REFB=-0.0801247;REVB=0.0678192;RO=2;SAF=67;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139565;STB=0.503649;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00153257;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:110:2:1:107:109:0.990909:40:67:2:0:41:68:1:0 chr19 8808900 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.158;QD=55.656;RBI=0.0566242;REFB=0;REVB=-0.0537543;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208104;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 8808942 . A G 388.18 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.112062;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4721;QD=53.5421;RBI=0.112315;REFB=0.0115592;REVB=0.0075416;RO=1;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712358;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0128431;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:26:28:0.965517:6:20:0:1:8:20:0:1 chr19 8841558 . T C 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324576;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.827;QD=58.9782;RBI=0.0330299;REFB=0;REVB=-0.0061218;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24958e-05;OID=.;OPOS=8841558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr19 8953801 . T C 834.13 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9247;QD=57.5264;RBI=0.00807101;REFB=0;REVB=-0.00624142;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04144e-06;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr19 8953922 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.076;QD=58.0598;RBI=0.028343;REFB=0;REVB=0.0232677;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111236;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr19 8961981 . C G 2728.16 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=175;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=101;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6071;QD=61.6534;RBI=0.0685158;REFB=-0.119905;REVB=0.067501;RO=1;SAF=100;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638903;STB=0.503311;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00086474;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:175:177:1:1:174:176:0.99435:74:100:0:1:75:101:0:1 chr19 8982271 . G A 479.63 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0766017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.0452;QD=17.4409;RBI=0.0786474;REFB=-0.00143625;REVB=0.0178211;RO=56;SAF=28;SAR=24;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692978;STB=0.538447;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00260218;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:56:58:52:52:0.472727:24:28:26:30:24:28:27:31 chr19 8987218 . G T 703.49 PASS AF=0.535433;AO=68;DP=127;FAO=68;FDP=127;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0127054;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.931;QD=22.1571;RBI=0.032126;REFB=-0.0391828;REVB=0.0295069;RO=59;SAF=32;SAR=36;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750726;STB=0.541153;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.035612;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:59:59:68:68:0.535433:36:32:33:26:36:32:33:26 chr19 8996019 . A T 183.78 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0137851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.651;QD=17.9292;RBI=0.0702251;REFB=-0.00458288;REVB=-0.0688588;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09006;STB=0.538421;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0440147;OID=.;OPOS=8996019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:10:9:12:9:10:9:12:10 chr19 8999438 . A T 83.65 PASS AF=0.124183;AO=19;DP=153;FAO=19;FDP=153;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=56;FWDB=-0.0433671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7414;QD=2.18684;RBI=0.0465802;REFB=-0.00676924;REVB=-0.0170002;RO=134;SAF=8;SAR=11;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198323;STB=0.638186;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.022674;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:153:153:134:134:19:19:0.124183:11:8:78:56:11:8:78:56 chr19 8999445 . C T 726.99 PASS AF=0.487179;AO=74;DP=154;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.00122955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.116;QD=18.6409;RBI=0.00923064;REFB=-0.0375538;REVB=0.00914838;RO=75;SAF=47;SAR=27;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169748;STB=0.57618;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0304716;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:75:80:74:76:0.487179:27:47:34:41:28:48:39:41 chr19 8999449 . G T 89.74 PASS AF=0.129032;AO=20;DP=152;FAO=20;FDP=155;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=57;FWDB=-0.0246463;FXX=0.00640985;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2024;QD=2.31588;RBI=0.0522803;REFB=-0.00495229;REVB=-0.0461063;RO=132;SAF=8;SAR=12;SRF=77;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226706;STB=0.651369;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0223357;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:152:155:132:135:20:20:0.129032:12:8:77:55:12:8:78:57 chr19 8999453 . C T 444.1 PASS AF=0.354839;AO=53;DP=153;FAO=55;FDP=155;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=42;FWDB=-0.0131046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.883;QD=11.4606;RBI=0.0137496;REFB=-0.00411031;REVB=0.00416181;RO=100;SAF=29;SAR=24;SRF=58;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379473;STB=0.534234;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0105818;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:100:100:53:55:0.354839:24:29:58:42:26:29:58:42 chr19 8999478 . T C 94.59 PASS AF=0.138889;AO=20;DP=144;FAO=20;FDP=144;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=-0.0296393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.443;QD=2.62763;RBI=0.034052;REFB=-0.00640578;REVB=-0.0167646;RO=124;SAF=8;SAR=12;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204989;STB=0.639208;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0392736;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:144:144:124:124:20:20:0.138889:12:8:70:54:12:8:70:54 chr19 9001822 . A G 143.38 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00202181;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.109;QD=13.9882;RBI=0.00861394;REFB=-0.0231298;REVB=0.00837331;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226376;STB=0.621474;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0347715;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:25:16:16:0.390244:7:9:9:17:7:9:9:16 chr19 9001833 . A G 190.72 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00715289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.293;QD=15.2576;RBI=0.0233606;REFB=-0.00190717;REVB=0.0222386;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120975;STB=0.569652;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.002392;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:13:17:9:11:13:17 chr19 9001835 . G A 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00926663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.526;QD=14.1318;RBI=0.044386;REFB=-0.00386086;REVB=-0.0434079;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169482;STB=0.598224;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00951782;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:13:18:8:11:13:18 chr19 9002504 . T C 57.44 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=60;FWDB=-0.0217374;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.307;QD=1.57367;RBI=0.0434526;REFB=-0.00301509;REVB=-0.0376246;RO=128;SAF=6;SAR=9;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157258;STB=0.625851;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0137653;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:147:146:128:131:15:15:0.10274:9:6:68:60:9:6:71:60 chr19 9002519 . G C 44.16 PASS AF=0.0864198;AO=12;DP=159;FAO=14;FDP=162;FR=.;FRO=148;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=83;FSRR=65;FWDB=-0.0267185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.653;QD=1.09041;RBI=0.0635493;REFB=-0.00700804;REVB=0.0576597;RO=140;SAF=3;SAR=9;SRF=77;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331245;STB=0.681333;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0972578;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:159:162:140:148:12:14:0.0864198:9:3:77:63:9:5:83:65 chr19 9002576 . T C 34.06 PASS AF=0.0780142;AO=11;DP=141;FAO=11;FDP=141;FR=.;FRO=130;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=71;FSRR=59;FWDB=-0.0232638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3456;QD=0.966207;RBI=0.078899;REFB=-0.00640183;REVB=-0.0753913;RO=129;SAF=3;SAR=8;SRF=71;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305208;STB=0.746096;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0851913;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:141:141:129:130:11:11:0.0780142:8:3:71:58:8:3:71:59 chr19 9003615 . C T 842.12 PASS AF=0.528302;AO=84;DP=160;FAO=84;FDP=159;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0449902;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7782;QD=21.1854;RBI=0.051215;REFB=-0.0399957;REVB=-0.0244716;RO=75;SAF=33;SAR=51;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111609;STB=0.561196;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0362439;OID=.;OPOS=9003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:75:75:84:84:0.528302:51:33:39:36:51:33:39:36 chr19 9003618 . C T 704.01 PASS AF=0.46875;AO=74;DP=159;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=7.08619e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.293;QD=17.6002;RBI=0.0339106;REFB=-0.0187508;REVB=-0.0339105;RO=80;SAF=39;SAR=35;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153927;STB=0.563511;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0165485;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:80:85:74:75:0.46875:35:39:29:51:36:39:34:51 chr19 9003640 . G T 791.8 PASS AF=0.506667;AO=75;DP=149;FAO=76;FDP=150;FR=.;FRO=74;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00724642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.094;QD=21.1146;RBI=0.00736958;REFB=-0.00570982;REVB=-0.00134169;RO=74;SAF=26;SAR=49;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204364;STB=0.607191;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00779194;OID=.;OPOS=9003640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:74:74:75:76:0.506667:49:26:42:32:49:27:42:32 chr19 9003645 . G A 715.6 PASS AF=0.486301;AO=71;DP=146;FAO=71;FDP=146;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=-0.0522946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.507;QD=19.6054;RBI=0.0533781;REFB=-0.0133489;REVB=0.0107001;RO=74;SAF=39;SAR=32;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181461;STB=0.596304;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0377263;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:74:75:71:71:0.486301:32:39:26:48:32:39:27:48 chr19 9005719 . A G 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.829;QD=59.8375;RBI=0.0153053;REFB=0;REVB=0.0117225;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21194e-05;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr19 9006370 . A G 86.7 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0318713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.001;QD=4.33488;RBI=0.0528455;REFB=-0.00640824;REVB=-0.0421529;RO=65;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116681;STB=0.575656;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0587151;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:9:6:32:33:9:6:32:33 chr19 9006415 . TT CA,TA 85.35 PASS AF=0.130435,0.0869565;AO=9,6;DP=68;FAO=9,6;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6,1;FSAR=3,5;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00385295,0.00338522;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=162.163,88.7314;QD=4.94799;RBI=0.00557401,0.00660404;REFB=-0.00623822,-0.00724141;REVB=-0.00402795,-0.00567042;RO=49;SAF=6,1;SAR=3,5;SRF=17;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.376576,-0.256137;STB=0.726801,0.74233;STBP=0.169,0.284;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0354173,0.0287882;OID=.,.;OPOS=9006415,9006416;OREF=TT,T;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:68:69:49:54:9,6:9,6:0.130435,0.0869565:3,5:6,1:17:32:3,5:6,1:21:33 chr19 9006418 . G A 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00584654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.953;QD=5.08321;RBI=0.0106736;REFB=-0.0127683;REVB=-0.00892997;RO=53;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153425;STB=0.596882;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0471617;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:7:7:20:33:7:7:20:33 chr19 9012840 . G A 45.84 PASS AF=0.0700389;AO=19;DP=256;FAO=18;FDP=257;FR=.;FRO=239;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=105;FSRR=134;FWDB=-0.00190822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.72;QD=0.713513;RBI=0.00256522;REFB=-0.0039822;REVB=-0.00171437;RO=237;SAF=5;SAR=14;SRF=105;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211325;STB=0.660321;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0561408;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:256:257:237:239:19:18:0.0700389:14:5:105:132:13:5:105:134 chr19 9014551 . T C 528.3 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00661136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7079;QD=17.9084;RBI=0.0127178;REFB=0.0171642;REVB=0.0108642;RO=62;SAF=24;SAR=32;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245947;STB=0.513643;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0179986;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:32:24:25:37:32:24:25:37 chr19 9014569 . A G 452.05 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.00175692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.742;QD=16.1447;RBI=0.0021825;REFB=-0.0165385;REVB=-0.00129482;RO=58;SAF=20;SAR=29;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565348;STB=0.508768;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0206113;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:62:49:50:0.446429:29:20:24:34:29:21:27:35 chr19 9019605 . C G 1150.91 PASS AF=0.511211;AO=114;DP=224;FAO=114;FDP=223;FR=.;FRO=109;FSAF=64;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=-0.00120669;FXX=0.00446409;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.543;QD=20.6442;RBI=0.0208013;REFB=-0.0329431;REVB=-0.0207663;RO=107;SAF=64;SAR=50;SRF=35;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204939;STB=0.615842;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0349601;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:223:107:109:114:114:0.511211:50:64:35:72:50:64:35:74 chr19 9020154 . A G 295.72 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00485614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.996;QD=17.9226;RBI=0.00700445;REFB=-0.0206473;REVB=-0.00504779;RO=34;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877416;STB=0.549102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0177816;OID=.;OPOS=9020154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:13:19:17:17:13:19:17:17 chr19 9024994 . C T 289.07 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0208579;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.603;QD=24.0893;RBI=0.0315162;REFB=-0.0223832;REVB=0.0236267;RO=22;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123338;STB=0.556408;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0181909;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:25:26:0.541667:10:15:10:12:11:15:10:12 chr19 9028373 . G A 454.09 PASS AF=0.511364;AO=43;DP=86;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0227331;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7466;QD=20.6406;RBI=0.0233755;REFB=-0.00387498;REVB=0.00544259;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311674;STB=0.53298;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00603484;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:42:43:43:45:0.511364:20:23:21:21:20:25:21:22 chr19 9033314 . G A 301.75 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.031155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7357;QD=25.1456;RBI=0.0489971;REFB=-0.0653073;REVB=-0.0378164;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870209;STB=0.548351;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0372475;OID=.;OPOS=9033314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:10:11:17:10:10:11 chr19 9046876 . G T 391.74 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0185433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.353;QD=13.5083;RBI=0.0333376;REFB=-0.00406943;REVB=0.0277045;RO=68;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621191;STB=0.534468;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00992519;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:70:46:46:0.396552:23:23:30:38:23:23:31:39 chr19 9048320 . C T 168.96 PASS AF=0.375;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0247817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.856;QD=12.0684;RBI=0.0249117;REFB=-0.0170032;REVB=0.00254233;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917798;STB=0.505957;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0344591;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:35:21:21:0.375:11:10:16:17:11:10:17:18 chr19 9048342 . C T 300.38 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0131134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9018;QD=23.1058;RBI=0.0178901;REFB=-0.0363205;REVB=0.0121694;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103552;STB=0.562458;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.022904;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:17:12:12:10:18:12:12:10 chr19 9048421 . T C 86.2 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0281209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.574;QD=8.01896;RBI=0.0289678;REFB=-0.00961803;REVB=0.00695322;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568211;STB=0.534826;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0303439;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:14:17:6:6:14:17 chr19 9048895 . A C 274.99 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0262866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3476;QD=15.4923;RBI=0.0274832;REFB=-0.0109421;REVB=-0.00802119;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147114;STB=0.591775;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.034648;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:31:31:0.43662:10:21:21:18:10:21:21:19 chr19 9049339 . C G 1050.45 PASS AF=0.531915;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=188;FR=.;FRO=88;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0128562;FXX=0.0105258;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9891;QD=22.35;RBI=0.0159334;REFB=-0.0147049;REVB=-0.0094123;RO=87;SAF=61;SAR=39;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051439;STB=0.531306;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0158969;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:87:88:100:100:0.531915:39:61:48:39:39:61:48:40 chr19 9049910 . C T 517.59 PASS AF=0.4375;AO=55;DP=128;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=0.0188106;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.202;QD=16.1746;RBI=0.0217062;REFB=-0.0197523;REVB=-0.0108315;RO=72;SAF=35;SAR=20;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169927;STB=0.587618;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0187014;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:72:72:55:56:0.4375:20:35:34:38:21:35:34:38 chr19 9056989 . C G 339.04 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0180003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.521;QD=19.3739;RBI=0.049805;REFB=0.0052704;REVB=-0.0464384;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118394;STB=0.57139;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00220738;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:18:17:12:22:18:18:12:22 chr19 9057408 . A G 1584.86 PASS AF=0.990741;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.172;QD=58.6987;RBI=0.0652625;REFB=-0.0535117;REVB=0.0256538;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870688;STB=0.504424;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000127389;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:108:1:1:104:107:0.990741:50:54:1:0:51:56:1:0 chr19 9057687 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.594;QD=58.5993;RBI=0.0749479;REFB=0;REVB=0.0107453;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215001;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr19 9057721 . C T 114.61 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0329379;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2559;QD=10.1879;RBI=0.0437001;REFB=-0.0103422;REVB=-0.0287192;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171896;STB=0.611489;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0194881;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:31:13:14:0.311111:5:8:15:17:5:9:15:16 chr19 9058624 . G A 949.84 PASS AF=0.586207;AO=85;DP=145;FAO=85;FDP=145;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00653656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.367;QD=26.2024;RBI=0.0215417;REFB=-0.0226103;REVB=0.020526;RO=59;SAF=37;SAR=48;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428548;STB=0.520107;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0183676;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:59:60:85:85:0.586207:48:37:29:30:48:37:29:31 chr19 9058907 . G C 238.86 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0140177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.283;QD=18.0275;RBI=0.0252079;REFB=-0.0191429;REVB=0.0209509;RO=26;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306127;STB=0.517228;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0239211;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:25:26:0.490566:7:18:18:8:7:19:19:8 chr19 9058942 . C T 316.89 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00980036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.005;QD=15.2717;RBI=0.0131034;REFB=-0.00701854;REVB=0.00869777;RO=48;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176777;STB=0.509994;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0101858;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:48:35:35:0.421687:14:21:28:20:14:21:28:20 chr19 9059159 . T G 338.08 PASS AF=0.507042;AO=27;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0138947;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=287.364;QD=19.0465;RBI=0.0354166;REFB=-0.0259176;REVB=-0.0325771;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387046;STB=0.630936;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.014654;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:35:27:36:0.507042:13:14:13:10:22:14:23:12 chr19 9059307 . C T 292.78 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0200233;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.991;QD=14.2818;RBI=0.0229099;REFB=-0.0212923;REVB=-0.0111324;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204722;STB=0.508923;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0304593;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:46:49:33:33:0.402439:18:15:21:25:18:15:23:26 chr19 9059808 . A G 1626.59 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699419;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.429;QD=60.2441;RBI=0.0322635;REFB=0;REVB=0.0314963;RO=0;SAF=66;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87223e-05;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:41:66:0:0:42:66:0:0 chr19 9060085 . C T 803.76 PASS AF=0.479769;AO=83;DP=173;FAO=83;FDP=173;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.0180199;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.169;QD=18.584;RBI=0.0298205;REFB=-0.0125285;REVB=-0.0237601;RO=90;SAF=44;SAR=39;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101372;STB=0.555943;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0176338;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:90:90:83:83:0.479769:39:44:38:52:39:44:38:52 chr19 9060541 . C T 1400.46 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.188;QD=61.5587;RBI=0.0327344;REFB=0.0231714;REVB=0.0284906;RO=1;SAF=33;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838874;STB=0.504347;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-2.52876e-05;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:1:1:89:90:0.989011:56:33:0:1:57:33:0:1 chr19 9060572 . G A 287.41 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00740697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.782;QD=13.525;RBI=0.0164822;REFB=-0.0324747;REVB=0.0147242;RO=49;SAF=13;SAR=20;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207005;STB=0.600368;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0490865;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:52:33:33:0.388235:20:13:29:20:20:13:29:23 chr19 9060605 . G A 1411.39 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.457;QD=62.7282;RBI=0.0806645;REFB=0;REVB=0.0806422;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178346;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr19 9060812 . T C 1029.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515684;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.239;QD=59.695;RBI=0.0535691;REFB=0;REVB=0.0145037;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33809e-05;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:42:27:0:0:42:27:0:0 chr19 9061559 . C G 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.341;QD=60.8824;RBI=0.0400325;REFB=0;REVB=-0.0261245;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87999e-06;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr19 9062415 . T G 1624.24 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.77;QD=60.1569;RBI=0.0486323;REFB=0;REVB=0.0445127;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10084e-05;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr19 9062544 . T G 984.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1102;QD=58.7546;RBI=0.133208;REFB=0;REVB=-0.0782937;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176511;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:35:30:0:0:36:31:0:0 chr19 9065203 . T C 167.44 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0410415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.264;QD=19.6986;RBI=0.0567072;REFB=-0.0236504;REVB=0.0391319;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113657;STB=0.53842;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0118635;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:16:18:0.529412:9:7:5:11:11:7:5:11 chr19 9065510 . G A 431.75 PASS AF=0.463158;AO=45;DP=96;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0357784;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.465;QD=18.1787;RBI=0.0506355;REFB=-0.0134322;REVB=0.035831;RO=50;SAF=24;SAR=21;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444658;STB=0.512567;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0162994;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:50:51:45:44:0.463158:21:24:29:21:20:24:29:22 chr19 9066259 . T C 871.42 PASS AF=0.534161;AO=84;DP=159;FAO=86;FDP=161;FR=.;FRO=75;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.00619091;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.177;QD=21.6501;RBI=0.0687118;REFB=0.000253424;REVB=0.0684324;RO=73;SAF=59;SAR=25;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445919;STB=0.531055;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.000155923;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:73:75:84:86:0.534161:25:59:48:25:26:60:48:27 chr19 9066874 . G T 727.89 PASS AF=0.507143;AO=70;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.00250413;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.499;QD=20.7967;RBI=0.0432133;REFB=-0.0152742;REVB=-0.0431407;RO=67;SAF=46;SAR=24;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438447;STB=0.536425;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0164676;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:67:69:70:71:0.507143:24:46:41:26:24:47:41:28 chr19 9068530 . C T 960.7 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=184;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=63;FSRR=26;FWDB=0.0019285;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.414;QD=20.9988;RBI=0.0132391;REFB=-0.00641983;REVB=-0.0130979;RO=89;SAF=52;SAR=42;SRF=63;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14147;STB=0.577321;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00900183;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:89:89:94:94:0.513661:42:52:63:26:42:52:63:26 chr19 9069892 . A C 780.17 PASS AF=0.512987;AO=79;DP=155;FAO=79;FDP=154;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=59;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00250595;FXX=0.0064512;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.382;QD=20.2641;RBI=0.00259953;REFB=-0.0111049;REVB=0.000691223;RO=72;SAF=20;SAR=59;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279406;STB=0.653095;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0115053;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:72:75:79:79:0.512987:59:20:39:33:59:20:40:35 chr19 9070079 . C G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00932303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.645;QD=10.1698;RBI=0.0707532;REFB=-0.011106;REVB=-0.0701363;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430673;STB=0.753448;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0336155;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:7:4:17:5:7:4:17:5 chr19 9070194 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.57;QD=59.1422;RBI=0.030469;REFB=0;REVB=0.0265322;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47715e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:40:27:0:0 chr19 9070225 . G C 1556.35 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1541;QD=59.8596;RBI=0.0508372;REFB=0;REVB=0.0238796;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291778;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:64:40:0:0:64:40:0:0 chr19 9070837 . G A 1611.54 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0201741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.798;QD=58.0734;RBI=0.0248992;REFB=0.00975055;REVB=-0.0145936;RO=2;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220642;STB=0.511626;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-5.56212e-05;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:42:67:0:2:42:67:0:2 chr19 9071763 . T A 1968.63 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.019474;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.25;QD=59.6554;RBI=0.0297865;REFB=-0.060546;REVB=0.0225388;RO=3;SAF=37;SAR=92;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198554;STB=0.510455;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0022084;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:133:132:3:3:129:129:0.977273:92:37:2:1:92:37:2:1 chr19 9071834 . G C 424.13 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.0157953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.794;QD=18.6431;RBI=0.0238684;REFB=-0.0282664;REVB=0.0178944;RO=48;SAF=15;SAR=28;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107151;STB=0.559414;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0276274;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:48:43:43:0.472527:28:15:12:36:28:15:12:36 chr19 9072221 . G A 68.2 PASS AF=0.204082;AO=9;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0578178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.58;QD=5.5676;RBI=0.075678;REFB=-0.00574669;REVB=-0.0488289;RO=36;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327471;STB=0.654999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0326498;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:36:39:9:10:0.204082:2:7:19:17:3:7:20:19 chr19 9072875 . G A 342.07 PASS AF=0.386792;AO=41;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0159963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.349;QD=12.9084;RBI=0.0183406;REFB=-0.0161974;REVB=-0.00897207;RO=64;SAF=23;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824453;STB=0.542282;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0401708;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:65:41:41:0.386792:18:23:31:33:18:23:32:33 chr19 9072975 . G A 678.57 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0136952;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.376;QD=18.7193;RBI=0.0216822;REFB=-0.0276117;REVB=0.0168095;RO=77;SAF=34;SAR=34;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310992;STB=0.517236;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0309523;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:77:77:68:68:0.468966:34:34:36:41:34:34:36:41 chr19 9074073 . G A 412.22 PASS AF=0.52439;AO=37;DP=77;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0653854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1966;QD=20.1084;RBI=0.0689853;REFB=-0.0285745;REVB=0.0219937;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237415;STB=0.595007;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0287653;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:39:39:37:43:0.52439:22:15:26:13:23:20:26:13 chr19 9075565 . C T 801.05 PASS AF=0.469274;AO=82;DP=177;FAO=84;FDP=179;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=66;FWDB=-0.0266821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4618;QD=17.9006;RBI=0.0278441;REFB=-0.00669589;REVB=-0.00795984;RO=94;SAF=37;SAR=45;SRF=29;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141616;STB=0.585851;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00734555;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:179:94:95:82:84:0.469274:45:37:29:65:45:39:29:66 chr19 9075737 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0733815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4603;QD=14.8513;RBI=0.0766511;REFB=-0.00321464;REVB=0.0221484;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.650602;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0102827;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:11:18:7:12:11:18 chr19 9077196 . C T 359.77 PASS AF=0.423913;AO=38;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00510267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.457;QD=15.6423;RBI=0.0365724;REFB=-0.00735562;REVB=-0.0362147;RO=53;SAF=11;SAR=27;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260637;STB=0.633732;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00416509;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:38:39:0.423913:27:11:28:25:27:12:28:25 chr19 9077581 . G T 490.92 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=138;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.00336989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.83;QD=14.2297;RBI=0.0471136;REFB=-0.0137392;REVB=-0.0469929;RO=81;SAF=31;SAR=24;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218657;STB=0.520376;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0174048;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:81:83:55:55:0.398551:24:31:44:37:24:31:44:39 chr19 9080462 . C G 2492.52 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.165;QD=61.5436;RBI=0.0351187;REFB=0;REVB=0.0339531;RO=0;SAF=82;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86845e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:162:0:0:161:162:1:79:82:0:0:80:82:0:0 chr19 9082514 . C A 658.87 PASS AF=0.462585;AO=63;DP=142;FAO=68;FDP=147;FR=.;FRO=79;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=0.00758335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.835;QD=17.9284;RBI=0.00995405;REFB=-0.0341568;REVB=0.00644793;RO=78;SAF=26;SAR=37;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110202;STB=0.553476;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0398896;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:147:78:79:63:68:0.462585:37:26:24:54:41:27:24:55 chr19 9083427 . A G 299.43 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0041302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.066;QD=13.0186;RBI=0.00748557;REFB=-0.0047434;REVB=0.00624301;RO=57;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105722;STB=0.568383;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0163097;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:57:57:34:35:0.380435:17:17:23:34:17:18:23:34 chr19 9083457 . C T 299.23 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.0106662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.491;QD=13.7579;RBI=0.0269981;REFB=-0.00254121;REVB=-0.0248018;RO=52;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132844;STB=0.580599;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00494896;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:16:18:21:31:16:18:21:32 chr19 9084183 . G A 863.63 PASS AF=0.449495;AO=89;DP=198;FAO=89;FDP=198;FR=.;FRO=109;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=69;FWDB=0.0112107;FXX=0.00502487;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.715;QD=17.447;RBI=0.0194956;REFB=-0.0236428;REVB=-0.0159498;RO=106;SAF=38;SAR=51;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694912;STB=0.534075;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0277168;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:106:109:89:89:0.449495:51:38:38:68:51:38:40:69 chr19 9084299 . T C 336.65 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0150096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.77;QD=17.264;RBI=0.0178488;REFB=-0.000418093;REVB=0.00965878;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267234;STB=0.51497;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.000375811;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:21:21:17:19:21:21 chr19 9085004 . T C 327.87 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00665749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.208;QD=20.4916;RBI=0.024624;REFB=-0.0319489;REVB=0.0237069;RO=28;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531616;STB=0.513804;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0478448;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:30:34:34:0.53125:16:18:13:15:16:18:15:15 chr19 9085643 . A G 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0270301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.725;QD=14.6054;RBI=0.0276818;REFB=-0.0194485;REVB=0.00597128;RO=47;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0097958;STB=0.522192;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0267548;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:34:34:0.409639:22:12:17:30:22:12:19:30 chr19 9086318 . G A 192.63 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00233478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.186;QD=23.3487;RBI=0.0100185;REFB=-0.0430732;REVB=-0.00974263;RO=14;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846295;STB=0.5405;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0307267;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:2:16:13:1:2:17:13:1 chr19 9086819 . G A 180.2 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0232478;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=20.5947;RBI=0.0473435;REFB=-0.0278158;REVB=0.0412425;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255477;STB=0.645976;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0362748;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:4:14:9:8:4:14:9:8 chr19 9087615 . T A 1302.61 PASS AF=0.978022;AO=82;DP=87;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0335734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.6066;QD=57.2576;RBI=0.107709;REFB=-0.0370657;REVB=0.102343;RO=5;SAF=54;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705205;STB=0.508927;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00362322;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:87:91:5:2:82:89:0.978022:28:54:3:2:34:55:2:0 chr19 9087758 . G A 589.7 PASS AF=0.395349;AO=68;DP=172;FAO=68;FDP=172;FR=.;FRO=104;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.00709944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.387;QD=13.714;RBI=0.00758908;REFB=-0.0185877;REVB=-0.00268181;RO=103;SAF=34;SAR=34;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259627;STB=0.511625;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0246625;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:103:104:68:68:0.395349:34:34:54:49:34:34:54:50 chr19 9088017 . T G 1268.5 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00172964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7107;QD=60.4049;RBI=0.0210692;REFB=-0.0994556;REVB=0.0209981;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165769;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00113031;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:2:1:82:83:0.988095:44:38:1:1:44:39:0:1 chr19 9088330 . G A 364.58 PASS AF=0.475;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0026931;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6599;QD=18.2289;RBI=0.0633199;REFB=-0.0307204;REVB=0.0632626;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447761;STB=0.524987;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0229698;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:42:42:38:38:0.475:19:19:23:19:19:19:23:19 chr19 9088722 . G A 276.08 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=-0.000301623;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.003;QD=10.7214;RBI=0.0126425;REFB=-0.0160789;REVB=0.0126389;RO=66;SAF=12;SAR=23;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982727;STB=0.558946;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0411511;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:68:35:35:0.339806:23:12:28:38:23:12:29:39 chr19 9088772 . T C 974.32 PASS AF=0.597222;AO=82;DP=141;FAO=86;FDP=144;FR=.;FRO=58;FSAF=57;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00612444;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.565;QD=27.0646;RBI=0.00620054;REFB=-0.0149622;REVB=-0.000968464;RO=58;SAF=55;SAR=27;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152528;STB=0.577023;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00897249;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:144:58:58:82:86:0.597222:27:55:28:30:29:57:28:30 chr19 9204307 . A G 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.901;QD=58.5968;RBI=0.00251768;REFB=0;REVB=-0.00162035;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.63807e-06;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr19 9213026 . T C 678.67 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1233;QD=61.6974;RBI=0.0295355;REFB=0;REVB=-0.029274;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313549;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:13:29:0:0:13:31:0:0 chr19 9213079 . A C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2767;QD=57.2367;RBI=0.0445379;REFB=0;REVB=0.0312488;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061912;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:15:41:0:0:15:41:0:0 chr19 9213132 . A G 754.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9573;QD=56.9292;RBI=0.0914944;REFB=0;REVB=0.0667849;RO=0;SAF=38;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110448;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:15:38:0:0:15:38:0:0 chr19 9225685 . T C 142.04 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00925555;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.321;QD=13.2129;RBI=0.00925556;REFB=-0.00467877;REVB=-1.26041e-05;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378726;STB=0.722604;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.010542;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:27:16:16:0.372093:12:4:16:11:12:4:16:11 chr19 9226017 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.000304579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.412;QD=12.0843;RBI=0.00327549;REFB=-0.0107573;REVB=-0.0032613;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178133;STB=0.60471;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0189629;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:7:9:12:18:7:9:12:18 chr19 9236698 . G GATGGT 232.16 PASS AF=0.337209;AO=27;DP=87;FAO=29;FDP=86;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0272348;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=5;MLLD=267.136;QD=10.7981;RBI=0.0337688;REFB=-0.0278471;REVB=0.0199649;RO=57;SAF=13;SAR=14;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133024;STB=0.575029;STBP=0.359;TYPE=ins;VARB=0.0532693;OID=.;OPOS=9236699;OREF=-;OALT=ATGGT;OMAPALT=GATGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.337209:27:87:29:86:57:14:15:34:23:99:57:13:14:34:23 chr19 9236886 . A G 165.97 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0149034;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.303;QD=13.2776;RBI=0.0182546;REFB=-0.0056585;REVB=0.0105413;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332318;STB=0.519293;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00857428;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:14:17:11:8:14:17 chr19 9237435 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0069317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.344;QD=16.417;RBI=0.0297766;REFB=-0.0349296;REVB=0.0289586;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377879;STB=0.711106;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0224382;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:15:1:6:8:15:1 chr19 9297597 . CTTTTTTTTC CTTTTTT,CTTTTTTTC 45.98 PASS AF=0.269231,0.0384615;AO=4,4;DP=28;FAO=7,1;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6,1;FSAR=1,0;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.015342,0.325572;FXX=0.0714031;HRUN=8,8;LEN=3,1;MLLD=191.358,6.36039;QD=7.07404;RBI=0.0153666,0.33579;REFB=-0.00348857,-0.159924;REVB=-0.000869209,0.0822053;RO=11;SAF=4,2;SAR=0,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637903,-0.253419;STB=0.770536,0.988646;STBP=0.147,0.468;TYPE=del,del;VARB=0.0104157,0.0956254;OID=.,.;OPOS=9297604,9297598;OREF=TTC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.0384615:4,4:28:7,1:26:18:6,1:1,0:10:8:39:11:4,2:0,2:8:3 chr19 9297874 . G A 316.51 PASS AF=0.644444;AO=26;DP=42;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00827106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.688;QD=28.1341;RBI=0.0150122;REFB=-0.0585059;REVB=-0.0125282;RO=16;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696833;STB=0.553451;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0371957;OID=.;OPOS=9297874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:16:16:26:29:0.644444:12:14:7:9:12:17:7:9 chr19 9298512 . C T 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0472449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.228;QD=24.7083;RBI=0.0483629;REFB=0.00884495;REVB=-0.0103384;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179283;STB=0.509969;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00706542;OID=.;OPOS=9298512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:7:10:13:10:7:10 chr19 9299060 . GC TT 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0212778;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.007;QD=14.9786;RBI=0.0213359;REFB=-0.0185602;REVB=-0.00157413;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=mnp;VARB=0.0245676;OID=.;OPOS=9299060;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:7:4:5:5:7:4 chr19 9346427 . T C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.232;QD=62.0172;RBI=0.0729538;REFB=0;REVB=0.0509457;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191679;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr19 9346599 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4384;QD=57.3856;RBI=0.0411087;REFB=0;REVB=0.0123827;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483679;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr19 9361767 . G A 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0346768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4519;QD=18.9131;RBI=0.0496741;REFB=-0.01615;REVB=-0.0355673;RO=27;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123357;STB=0.561054;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00826687;OID=.;OPOS=9361767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:18:11:14:13:18:11:14:14 chr19 9362343 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00206531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.064;QD=18.4826;RBI=0.0060594;REFB=-0.012335;REVB=-0.00569657;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133747;STB=0.575837;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0159424;OID=.;OPOS=9362343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:13:8:10:9:13:8 chr19 9362443 . C T 215.32 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00986034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.586;QD=11.9619;RBI=0.0158941;REFB=-0.00970212;REVB=-0.0124657;RO=38;SAF=21;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358323;STB=0.707417;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0166386;OID=.;OPOS=9362443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:46:25:26:0.361111:4:21:22:16:4:22:28:18 chr19 9362799 . T G 216.75 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.042315;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.556;QD=28.9002;RBI=0.0424221;REFB=-0.0243186;REVB=0.00301274;RO=10;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092348;STB=0.516875;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0103429;OID=.;OPOS=9362799;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:10:10:20:20:0.666667:9:11:7:3:9:11:6:4 chr19 9434872 . C T 457.6 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00148068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.748;QD=17.7707;RBI=0.0301534;REFB=-0.0211733;REVB=-0.030117;RO=53;SAF=20;SAR=29;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784114;STB=0.548913;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0231385;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:29:20:26:27:29:20:27:27 chr19 9449888 . A G 824.72 PASS AF=0.536424;AO=81;DP=151;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0258874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.765;QD=21.8468;RBI=0.0274777;REFB=-0.0179352;REVB=0.00921236;RO=69;SAF=40;SAR=41;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356434;STB=0.516099;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0168093;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:69:70:81:81:0.536424:41:40:37:32:41:40:37:33 chr19 9452026 . ACT ACA,A 253.86 PASS AF=0.166667,0.404762;AO=7,17;DP=46;FAO=7,17;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7,9;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0240665,-0.0205448;FXX=0.10636;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.2907,243.24;QD=24.177;RBI=0.0292282,0.0206117;REFB=-0.0178362,-0.00714837;REVB=-0.0165859,0.00165889;RO=18;SAF=7,9;SAR=0,8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.7927,0.225855;STB=0.998629,0.627764;STBP=0.003,0.185;TYPE=snp,del;VARB=0.00206525,0.00526478;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.166667,0.404762:7,17:46:7,17:42:18:7,9:0,8:5:13:99:18:7,9:0,8:5:13 chr19 9453655 . C T 408.73 PASS AF=0.571429;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0324332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5685;QD=23.3559;RBI=0.0350875;REFB=-0.0184212;REVB=-0.0133873;RO=30;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211903;STB=0.622705;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00644896;OID=.;OPOS=9453655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:30:38:40:0.571429:25:13:18:12:27:13:18:12 chr19 9490814 . C T 185.79 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0257875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.003;QD=15.1669;RBI=0.0293719;REFB=-0.00607293;REVB=0.0140609;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294783;STB=0.6798;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00995725;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:15:4:13:16:16:4:13:16 chr19 9492141 . C T 335.45 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.00455091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4226;QD=16.9848;RBI=0.0475225;REFB=0.0286001;REVB=-0.047304;RO=42;SAF=22;SAR=14;SRF=30;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107519;STB=0.564654;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0347465;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:14:22:30:12:14:22:31:12 chr19 9492370 . A T 175.74 PASS AF=0.580645;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0157659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.271;QD=22.6756;RBI=0.0180112;REFB=-0.0283654;REVB=0.00870868;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517022;STB=0.558073;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0259877;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:13:13:15:18:0.580645:6:9:7:6:6:12:7:6 chr19 9524185 . A G 795.6 PASS AF=0.515723;AO=82;DP=158;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=22;FWDB=0.0795376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1218;QD=20.0152;RBI=0.0819033;REFB=-0.039454;REVB=0.0195426;RO=68;SAF=43;SAR=39;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202972;STB=0.592996;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0761923;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:68:77:82:82:0.515723:39:43:52:16:39:43:55:22 chr19 9968434 . C T 432.12 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00355367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.523;QD=20.335;RBI=0.0450852;REFB=-0.0421724;REVB=0.044945;RO=42;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734871;STB=0.540714;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0396041;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:20:23:19:23:20:23:19:23 chr19 9971393 . C T 808.4 PASS AF=0.440415;AO=85;DP=193;FAO=85;FDP=193;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.0132658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.184;QD=16.7544;RBI=0.0462865;REFB=-0.0229349;REVB=-0.0443448;RO=108;SAF=43;SAR=42;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339679;STB=0.50189;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0252398;OID=.;OPOS=9971393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:108:108:85:85:0.440415:42:43:55:53:42:43:55:53 chr19 10071063 . T C 186.3 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2496;QD=46.5761;RBI=0.0419753;REFB=0;REVB=0.040781;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119619;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:10:6:0:0 chr19 10090649 . A G 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.907;QD=58.6451;RBI=0.0371868;REFB=-0.068308;REVB=0.00867527;RO=1;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164593;STB=0.508768;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00190995;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:28:12:0:1:28:12:0:1 chr19 10108714 . G A 264.11 PASS AF=0.367816;AO=30;DP=85;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0375679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2627;QD=12.1431;RBI=0.0495839;REFB=-0.0197821;REVB=0.0323608;RO=55;SAF=19;SAR=11;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817104;STB=0.519574;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0581478;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:55:55:30:32:0.367816:11:19:31:24:13:19:31:24 chr19 10108850 . A G 93.34 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0367898;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.097;QD=17.7797;RBI=0.0367948;REFB=-0.0287477;REVB=-0.000601908;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197016;STB=0.613825;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0337003;OID=.;OPOS=10108850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:6:4:7:4:6:4 chr19 10112346 . T C 1133.84 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.53;QD=60.4717;RBI=0.04254;REFB=0;REVB=0.0412095;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64221e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:71:75:1:33:38:0:0:36:39:0:0 chr19 10116375 . G T 192.82 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.050296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7313;QD=14.8326;RBI=0.0566951;REFB=-0.0232472;REVB=0.0261658;RO=29;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139798;STB=0.5999;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0393332;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:29:30:22:22:0.423077:18:4:8:21:18:4:9:21 chr19 10131999 . T C 269.93 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0079776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.318;QD=11.7362;RBI=0.0133156;REFB=-0.0125655;REVB=-0.0106613;RO=59;SAF=18;SAR=14;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746972;STB=0.547457;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0233656;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:60:32:32:0.347826:14:18:37:22:14:18:38:22 chr19 10132289 . TC T,TT 346.53 PASS AF=0.264368,0.206897;AO=28,11;DP=89;FAO=23,18;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=22,2;FSAR=1,16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.028936,0.0252338;FXX=0.0224694;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.873,237.989;QD=15.9323;RBI=0.0367058,0.0331848;REFB=-0.011508,-0.00899842;REVB=0.0225836,0.021552;RO=46;SAF=21,2;SAR=7,9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.317534,-0.398663;STB=0.925469,0.827163;STBP=0,0.004;TYPE=del,snp;VARB=0.0151695,-0.00378949;OID=.,.;OPOS=10132290,10132290;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264368,0.206897:28,11:89:23,18:87:46:22,2:1,16:22:24:99:46:21,2:7,9:22:24 chr19 10132859 . T A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0331013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.245;QD=20.8979;RBI=0.0368062;REFB=-0.0353988;REVB=0.0160936;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166285;OID=.;OPOS=10132859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:1:3:6:2:1:3 chr19 10198029 . AG GA 40.73 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0129673;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=52.6106;QD=5.09064;RBI=0.0509309;REFB=-0.129882;REVB=0.0492525;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3143;STB=0.726653;STBP=0.2;TYPE=mnp;VARB=0.0755192;OID=.;OPOS=10198029;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:32:32:23:23:8:9:0.28125:7:1:7:16:8:1:7:16 chr19 10218524 . C G 362.66 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0159467;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4632;QD=22.6659;RBI=0.0339922;REFB=-0.0387985;REVB=-0.0300195;RO=27;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328433;STB=0.505879;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0223758;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:12:24:19:8:12:24:19:9 chr19 10224526 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0832619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.942;QD=28.6827;RBI=0.092592;REFB=0.0223409;REVB=0.040506;RO=2;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.666261;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00311047;OID=.;OPOS=10224526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:2:7:0:2:2:7:0:2 chr19 10225777 . A G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0114584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.193;QD=23.9;RBI=0.0177778;REFB=-0.0273267;REVB=0.0135925;RO=21;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137052;STB=0.575166;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0152829;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:23:27:27:0.54:15:12:13:8:15:12:14:9 chr19 10229297 . C A 161.16 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00720059;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.513;QD=8.59517;RBI=0.00806174;REFB=-0.00500486;REVB=-0.00362536;RO=51;SAF=13;SAR=9;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164309;STB=0.610009;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00876213;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:53:22:22:0.293333:9:13:23:28:9:13:23:30 chr19 10252835 . A G 47.49 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=42;FWDB=-0.027115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.34;QD=1.62343;RBI=0.0312806;REFB=-0.000284886;REVB=-0.0155965;RO=101;SAF=11;SAR=1;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468622;STB=0.863992;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000937275;OID=.;OPOS=10252835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:115:117:101:105:12:12:0.102564:1:11:59:42:1:11:63:42 chr19 10265312 . T C 655.56 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108209;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.395;QD=62.434;RBI=0.0108994;REFB=0;REVB=0.00130597;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022349;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr19 10267077 . T C 561.9 PASS AF=0.434783;AO=60;DP=138;FAO=60;FDP=138;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.00655168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.338;QD=16.2868;RBI=0.0504255;REFB=-0.00183898;REVB=0.049998;RO=76;SAF=18;SAR=42;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134947;STB=0.585179;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00230247;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:76:78:60:60:0.434783:42:18:32:44:42:18:34:44 chr19 10334663 . T G 76.7 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00146541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.76;QD=12.7827;RBI=0.16092;REFB=-0.00643185;REVB=-0.160913;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206442;STB=0.642516;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00628305;OID=.;OPOS=10334663;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:9:10:0.416667:1:8:11:3:1:9:11:3 chr19 10370490 . T A 210.93 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=26;FWDB=0.0265985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.372;QD=16.2254;RBI=0.0266139;REFB=-0.0250548;REVB=-0.000906645;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249117;STB=0.628404;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0369003;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:27:28:22:24:0.461538:17:5:2:25:19:5:2:26 chr19 10404581 . G A 251.54 PASS AF=0.605263;AO=17;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0761809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.36;QD=26.478;RBI=0.0767861;REFB=-0.1112;REVB=0.00962209;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26837;STB=0.618485;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0345576;OID=.;OPOS=10404581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:10:13:17:23:0.605263:12:5:0:10:12:11:2:11 chr19 10419130 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00377673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.14;QD=15.3791;RBI=0.0235999;REFB=-0.00651208;REVB=0.0232958;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162033;STB=0.594432;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00783962;OID=.;OPOS=10419130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:8:4:7:7:8:4:7:7 chr19 10426422 . A C 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0374669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.896;QD=22.8281;RBI=0.0375122;REFB=-0.0352551;REVB=-0.0018438;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337141;STB=0.692023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0581708;OID=.;OPOS=10426422;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:6:4:12:3:6:4 chr19 10426628 . T C 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0576573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0833;QD=19;RBI=0.123905;REFB=-0.0357736;REVB=-0.109673;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109612;STB=0.561973;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0234707;OID=.;OPOS=10426628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:5:12:10:7:5:12 chr19 10428991 . GGC G,GCC 98.8 PASS AF=0.177632,0;AO=21,11;DP=187;FAO=27,0;FDP=152;FR=.;FRO=125;FSAF=15,0;FSAR=12,0;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=0.0430028,-0.0325819;FXX=0.0617246;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.0469,19.1739;QD=2.59988;RBI=0.159607,0.124673;REFB=-0.0251609,-0.00239714;REVB=-0.153705,-0.12034;RO=133;SAF=13,8;SAR=8,3;SRF=60;SRR=73;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.20963,0.301403;STB=0.581336,0.5;STBP=0.392,1;TYPE=del,snp;VARB=0.105357,0;OID=.,.;OPOS=10428992,10428992;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177632,0:21,11:187:27,0:152:125:15,0:12,0:57:68:99:133:13,8:8,3:60:73 chr19 10431798 . C CT 166.63 PASS AF=0.653846;AO=3;DP=28;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0366925;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.538;QD=25.6359;RBI=0.0447784;REFB=-0.0530744;REVB=0.0256665;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180929;STB=0.511614;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.0268909;OID=.;OPOS=10431799;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846:3:28:17:26:9:7:10:4:5:64:22:1:2:11:11 chr19 10431799 . G T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00238159;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.207;QD=17.8394;RBI=0.0398494;REFB=-0.0265978;REVB=0.0397781;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282102;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162777;OID=.;OPOS=10431799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:14:14:0.5:8:6:6:7:8:6:6:8 chr19 10446377 . T TG 65.3 PASS AF=0.254902;AO=23;DP=104;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0205259;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.9496;QD=2.56096;RBI=0.0405622;REFB=-0.0459637;REVB=-0.0349855;RO=78;SAF=20;SAR=3;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547248;STB=0.86267;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0738805;OID=.;OPOS=10446378;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:23:104:26:102:76:23:3:33:43:65:78:20:3:36:42 chr19 10449392 . A G 973.01 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.704;QD=58.9702;RBI=0.0419227;REFB=0;REVB=0.0296049;RO=0;SAF=49;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80979e-05;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:15:49:0:0:15:51:0:0 chr19 10450285 . G A 91.47 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00523513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5315;QD=8.50858;RBI=0.0054915;REFB=-0.0131889;REVB=-0.0016583;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104658;STB=0.563536;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0258122;OID=.;OPOS=10450285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:4:8:23:8:4:8:23:8 chr19 10475649 . C T 329.96 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00802369;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.79;QD=17.3663;RBI=0.0277174;REFB=-0.00217686;REVB=-0.0265306;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530617;STB=0.529749;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00434532;OID=.;OPOS=10475649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:41:41:35:35:0.460526:16:19:20:21:16:19:20:21 chr19 10475652 . C A 350.78 PASS AF=0.474359;AO=33;DP=75;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.127677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.445;QD=17.9888;RBI=0.133138;REFB=-0.0266971;REVB=0.03774;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168942;STB=0.580067;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0230309;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:42:41:33:37:0.474359:19:14:25:17:21:16:24:17 chr19 10527666 . G A 627.63 PASS AF=0.588235;AO=59;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=50;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.091293;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6053;QD=24.6128;RBI=0.106022;REFB=-0.0328131;REVB=0.0539103;RO=43;SAF=49;SAR=10;SRF=32;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108377;STB=0.564493;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0244405;OID=.;OPOS=10527666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:42:59:60:0.588235:10:49:32:11:10:50:31:11 chr19 10577843 . C A 254.54 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00447192;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.059;QD=21.2116;RBI=0.00717741;REFB=-0.0248335;REVB=-0.00561401;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148724;STB=0.583266;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0218687;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:24:24:24:24:0.5:12:12:16:8:12:12:16:8 chr19 10579474 . T G 302.55 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0549856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8252;QD=19.5191;RBI=0.0590979;REFB=-0.0223578;REVB=0.0216599;RO=30;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106686;STB=0.546608;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0235076;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:31:32:0.516129:10:21:17:13:11:21:17:13 chr19 10599965 . G A 271.35 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0104011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.97;QD=23.5957;RBI=0.0127978;REFB=-0.0223476;REVB=-0.00745669;RO=21;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251022;STB=0.639888;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0249122;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:9:16:7:14:9:16:7:14 chr19 10600442 . G C 432.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225768;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.668;QD=57.6985;RBI=0.0243439;REFB=0;REVB=0.00910563;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30317e-05;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr19 10668452 . A G 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0159642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8669;QD=46.0509;RBI=0.0941521;REFB=0.152811;REVB=-0.0927888;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0148371;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr19 10670184 . C G 1419.04 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249951;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.178;QD=63.0685;RBI=0.031236;REFB=0;REVB=0.0187331;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101645;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr19 10683477 . A G 1090.86 PASS AF=1;AO=70;DP=78;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164072;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.113;QD=58.9652;RBI=0.0302602;REFB=0;REVB=0.0254261;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706115;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:74:0:0:70:74:1:34:36:0:0:34:40:0:0 chr19 10692000 . T C 1404.85 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.494;QD=62.438;RBI=0.016811;REFB=0;REVB=-0.0166272;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49789e-05;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:41:49:0:0:41:49:0:0 chr19 10738639 . C T 319.32 PASS AF=0.58;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0365891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3805;QD=25.5453;RBI=0.0443938;REFB=-0.01467;REVB=0.0251405;RO=20;SAF=10;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476521;STB=0.527931;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0111353;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:28:29:0.58:18:10:6:14:19:10:6:15 chr19 10742170 . A G 327.73 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0111132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.8;QD=26.2182;RBI=0.0294267;REFB=-0.0603295;REVB=-0.0272475;RO=21;SAF=17;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259915;STB=0.643148;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0114343;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:12:17:5:16:12:17:5:16 chr19 10794630 . G T 737.36 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=153;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=0.00281382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.313;QD=19.2773;RBI=0.0207175;REFB=-0.0179797;REVB=0.0205255;RO=77;SAF=45;SAR=31;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173501;STB=0.509556;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0163644;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:77:77:76:76:0.496732:31:45:47:30:31:45:47:30 chr19 10939792 . T C 2566.41 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.046;QD=61.8413;RBI=0.0360319;REFB=0;REVB=0.0283794;RO=0;SAF=52;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71255e-05;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:166:0:0:163:166:1:111:52:0:0:114:52:0:0 chr19 10941991 . A T 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0120602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.727;QD=18.0489;RBI=0.0249439;REFB=-0.00379919;REVB=-0.0218346;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144176;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00309131;OID=.;OPOS=10941991;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:7:3:1:6:7:3:2:6 chr19 10943338 . G A 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00210317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.657;QD=17.8005;RBI=0.0249882;REFB=-0.0181708;REVB=0.0248995;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961387;STB=0.563046;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0225512;OID=.;OPOS=10943338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:8:12:16:7:8:12:17:7 chr19 11034846 . C T 161.65 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.124035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2412;QD=19.0174;RBI=0.124212;REFB=-0.0107861;REVB=0.00663819;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00816999;OID=.;OPOS=11034846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr19 11105608 . T C 358.39 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.069409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.606;QD=17.0662;RBI=0.0709908;REFB=-0.0165384;REVB=-0.0149027;RO=45;SAF=27;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27747;STB=0.647919;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0214463;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:46:37:38:0.452381:10:27:21:24:11:27:21:25 chr19 11106600 . C T 43.07 PASS AF=0.25;AO=4;DP=20;FAO=5;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.092705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3838;QD=8.6143;RBI=0.0956434;REFB=0.0273051;REVB=-0.0235255;RO=13;SAF=4;SAR=0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650925;STB=0.665926;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0455947;OID=.;OPOS=11106600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:20:20:13:13:4:5:0.25:0:4:8:5:1:4:8:5 chr19 11224265 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0190636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.483;QD=11.8414;RBI=0.0193226;REFB=-0.0163767;REVB=-0.00315301;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144525;STB=0.583022;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0304244;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:10:13:27:12:10:13:27:12 chr19 11233941 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0117316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.457;QD=15.9169;RBI=0.0121132;REFB=-0.0185111;REVB=-0.0030162;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0201628;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr19 11242133 . G A 911.13 PASS AF=0.56051;AO=88;DP=157;FAO=88;FDP=157;FR=.;FRO=69;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0020296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.651;QD=23.2135;RBI=0.0109014;REFB=-0.00677138;REVB=0.0107108;RO=69;SAF=50;SAR=38;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049664;STB=0.52708;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00666523;OID=.;OPOS=11242133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:69:69:88:88:0.56051:38:50:35:34:38:50:35:34 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 243.52 PASS AF=0.571429,0.214286;AO=12,6;DP=25;FAO=16,6;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=9,4;FSAR=7,2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0377257,0.198562;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=122.274,43.4637;QD=34.788;RBI=0.0436241,0.198807;REFB=-0.117003,-0.0752414;REVB=0.0219051,-0.0098526;RO=5;SAF=5,4;SAR=7,2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.096601,0.0553146;STB=0.51722,0.587932;STBP=0.75,0.539;TYPE=del,snp;VARB=0.0393361,0.0749637;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.214286:12,6:25:16,6:28:6:9,4:7,2:3:3:42:5:5,4:7,2:3:2 chr19 11277232 . G A 652.99 PASS AF=0.515873;AO=65;DP=125;FAO=65;FDP=126;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00795358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8712;QD=20.7297;RBI=0.0374221;REFB=-0.0174305;REVB=0.0365671;RO=60;SAF=31;SAR=34;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782057;STB=0.546769;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0132328;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:60:61:65:65:0.515873:34:31:34:26:34:31:35:26 chr19 11303469 . C G 217.33 PASS AF=0.666667;AO=2;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0289606;FXX=0.0322477;HRUN=12;LEN=1;MLLD=194.59;QD=28.9774;RBI=0.028965;REFB=-0.0223372;REVB=0.00050688;RO=1;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562434;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00875013;OID=.;OPOS=11303469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:31:30:1:10:2:20:0.666667:2:0:0:1:15:5:4:6 chr19 11303943 . A G 166.39 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0391296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2734;QD=9.93356;RBI=0.04175;REFB=-0.00481836;REVB=0.0145583;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.626758;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00935408;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:31:14:11:11:31:14 chr19 11319491 . G A 110.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0201177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4853;QD=14.7454;RBI=0.0204143;REFB=-0.0272436;REVB=0.0034672;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.658418;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0476792;OID=.;OPOS=11319491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:17:13:13:0.433333:10:3:6:8:10:3:8:9 chr19 11319636 . G A 291.09 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0298225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.577;QD=14.3748;RBI=0.0416306;REFB=-0.0202915;REVB=0.0290469;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102598;STB=0.558174;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.034877;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:17:16:28:20:17:16:28:20 chr19 11326119 . A G 478.33 PASS AF=0.534884;AO=45;DP=84;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00351856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.798;QD=22.2481;RBI=0.00399869;REFB=-0.00874778;REVB=-0.00189981;RO=39;SAF=31;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138705;STB=0.58728;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00694816;OID=.;OPOS=11326119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:39:40:45:46:0.534884:14:31:21:18:14:32:21:19 chr19 11326125 . C T 423.46 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0299539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.131;QD=20.9115;RBI=0.0342754;REFB=-0.00917167;REVB=0.0166605;RO=38;SAF=29;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153686;STB=0.580335;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0111587;OID=.;OPOS=11326125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:13:29:20:18:13:29:21:18 chr19 11327608 . T C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0145197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.661;QD=11.6173;RBI=0.0558959;REFB=-0.0252529;REVB=-0.0539771;RO=34;SAF=16;SAR=3;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389968;STB=0.732543;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0445049;OID=.;OPOS=11327608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:3:16:19:15:3:16:19:15 chr19 11327626 . A G 204.93 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0121883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.595;QD=10.6457;RBI=0.0352316;REFB=-0.00255234;REVB=-0.0330562;RO=51;SAF=22;SAR=4;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35815;STB=0.713323;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0112268;OID=.;OPOS=11327626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:4:22:31:20:4:22:31:20 chr19 11358799 . G A 193.44 PASS AF=0.4;AO=13;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0122799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5654;QD=15.475;RBI=0.0189755;REFB=-0.09031;REVB=0.0144663;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.507239;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0808142;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:29:13:20:0.4:6:7:11:9:6:14:20:9 chr19 11363146 . A T 788.95 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512219;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.364;QD=64.404;RBI=0.0540208;REFB=0;REVB=-0.0171628;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195363;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr19 11411868 . C A 638.03 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0169949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1166;QD=17.1284;RBI=0.0174628;REFB=-0.00897808;REVB=0.00401512;RO=83;SAF=34;SAR=32;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512343;STB=0.52854;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0141891;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:83:83:66:66:0.442953:32:34:47:36:32:34:47:36 chr19 11459652 . G A 338.05 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0092896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.012;QD=28.7702;RBI=0.0389923;REFB=-0.0124947;REVB=0.0378695;RO=18;SAF=20;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103914;STB=0.557336;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00603258;OID=.;OPOS=11459652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:9:20:10:8:9:20:10:8 chr19 11516007 . T G 128.72 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0110988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.473;QD=16.0896;RBI=0.0134887;REFB=-0.0176542;REVB=-0.00766562;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170229;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.013758;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:16:17:13:15:0.46875:5:8:7:9:7:8:8:9 chr19 11526759 . G A 557.6 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=118;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.0402894;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0549;QD=18.9016;RBI=0.0468279;REFB=-0.0236705;REVB=0.0238666;RO=59;SAF=28;SAR=30;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00800321;STB=0.500292;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0447683;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:59:60:58:58:0.491525:30:28:29:30:30:28:29:31 chr19 11526765 . G T 513.41 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0179955;FXX=0.0090082;HRUN=6;LEN=1;MLLD=231.527;QD=18.6693;RBI=0.0185726;REFB=-0.00859944;REVB=0.0045939;RO=55;SAF=27;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248689;STB=0.509088;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00847184;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:55:56:54:54:0.490909:27:27:29:26:27:27:29:27 chr19 11558340 . AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAA 448.41 PASS AF=0.78125,0.21875;AO=20,8;DP=36;FAO=25,7;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24,7;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083716,0.147086;FXX=0.0856898;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=135.913,38.6241;QD=56.0515;RBI=0.178539,0.27801;REFB=0,0;REVB=0.157695,-0.235914;RO=0;SAF=20,8;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0632894,-0.0400863;OID=.,.;OPOS=11558341,11558370;OREF=GAG,G;OALT=-,A;OMAPALT=AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.78125,0.21875:20,8:36:25,7:32:0:24,7:1,0:0:0:46:0:20,8:0,0:0:0 chr19 11569316 . G A 384.76 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.055511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3383;QD=20.5206;RBI=0.0595384;REFB=-0.0333162;REVB=0.0215257;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197957;STB=0.609404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.021033;OID=.;OPOS=11569316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:22:17:24:12:22:17:24:12 chr19 11598483 . T C 569.16 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=129;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.00709847;FXX=0.030532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.364;QD=17.9263;RBI=0.00767565;REFB=-0.0194074;REVB=0.00292016;RO=66;SAF=27;SAR=32;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168865;STB=0.592719;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0178894;OID=.;OPOS=11598483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:66:68:59:59:0.464567:32:27:42:24:32:27:43:25 chr19 11660538 . G T 631.56 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=93;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0179509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.952;QD=26.875;RBI=0.0387021;REFB=-0.0208255;REVB=0.0342873;RO=38;SAF=37;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158631;STB=0.579955;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0171917;OID=.;OPOS=11660538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:38:55:56:0.595745:18:37:18:20:19:37:18:20 chr19 11661119 . A G 434.31 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0485889;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.509;QD=20.4379;RBI=0.0490102;REFB=-0.00469744;REVB=-0.0064123;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376726;STB=0.505048;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00574171;OID=.;OPOS=11661119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:39:42:43:43:0.505882:18:25:21:18:18:25:24:18 chr19 11664068 . A G 532.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.359;QD=59.1632;RBI=0.117338;REFB=0;REVB=0.113275;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281677;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:9:27:0:0 chr19 11833719 . G A 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00352656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.224;QD=13.3679;RBI=0.0146645;REFB=-0.0199862;REVB=0.0142342;RO=53;SAF=13;SAR=21;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982351;STB=0.557488;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0353088;OID=.;OPOS=11833719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:55:34:34:0.382022:21:13:25:28:21:13:26:29 chr19 11891003 . G A 755.83 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113022;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.958;QD=57.0437;RBI=0.0126719;REFB=0;REVB=0.00573031;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09025e-05;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr19 11892553 . T A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0102517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.11;QD=10.3792;RBI=0.0208833;REFB=-0.00931664;REVB=-0.0181938;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104147;STB=0.562369;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0175433;OID=.;OPOS=11892553;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:12:4:3:6:12:4 chr19 11892728 . C A 502.08 PASS AF=0.585366;AO=40;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0154055;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.438;QD=24.4919;RBI=0.0595712;REFB=-0.0126594;REVB=0.0575448;RO=30;SAF=12;SAR=28;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116945;STB=0.535699;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0115471;OID=.;OPOS=11892728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:30:34:40:48:0.585366:28:12:13:17:32:16:14:20 chr19 11892743 . A G 540.05 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.02426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4836;QD=27.3442;RBI=0.0245077;REFB=0.0311055;REVB=0.00347536;RO=30;SAF=16;SAR=33;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313938;STB=0.517114;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0182509;OID=.;OPOS=11892743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:33:16:11:19:33:16:11:19 chr19 11892935 . G C 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0272208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.596;QD=5.99313;RBI=0.0322114;REFB=-0.000773932;REVB=-0.0172223;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141223;STB=0.509073;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00222329;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:14:22:6:4:14:22 chr19 11943697 . G A 549.88 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.015;QD=59.446;RBI=0.0341584;REFB=0;REVB=0.0278503;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118873;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:19:18:0:0 chr19 12186272 . G A 523.85 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0115842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.755;QD=19.956;RBI=0.0187356;REFB=-0.0142176;REVB=0.0147251;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125703;STB=0.569369;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0122333;OID=.;OPOS=12186272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:51:51:54:54:0.514286:22:32:23:28:22:32:23:28 chr19 12222381 . C G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.185;QD=56.9383;RBI=0.0385471;REFB=0;REVB=0.0366285;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95464e-05;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr19 12222861 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.53;QD=61.3756;RBI=0.0424945;REFB=0;REVB=0.030029;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017242;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:43:37:0:0:43:37:0:0 chr19 12253327 . C T 2369.44 PASS AF=0.969512;AO=159;DP=165;FAO=159;FDP=164;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=79;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.031065;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7205;QD=57.7912;RBI=0.0857082;REFB=-0.0466058;REVB=-0.0798803;RO=5;SAF=80;SAR=79;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597829;STB=0.503144;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000708587;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:165:164:5:5:159:159:0.969512:79:80:2:3:79:80:2:3 chr19 12256912 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.638;QD=62.3507;RBI=0.064624;REFB=0;REVB=-0.00759929;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161472;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr19 12383540 . G C 1011.12 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123437;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.099;QD=59.4778;RBI=0.0148934;REFB=0;REVB=-0.00833349;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13279e-05;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr19 12384580 . T C 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1342;QD=56.487;RBI=0.0324463;REFB=-0.0201079;REVB=0.0116034;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000806279;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:0:1 chr19 12405552 . T C 4329.09 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9703;QD=62.2891;RBI=0.0783421;REFB=0;REVB=0.067718;RO=0;SAF=132;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156429;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:264:278:0:0:264:278:1:132:132:0:0:146:132:0:0 chr19 12491498 . C T 470.98 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00939474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.405;QD=17.2838;RBI=0.0106681;REFB=-0.0149966;REVB=-0.00505449;RO=57;SAF=25;SAR=26;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100805;STB=0.56012;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0169091;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:57:58:51:51:0.46789:26:25:34:23:26:25:35:23 chr19 12502457 . A G 275.57 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0272112;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.224;QD=15.0998;RBI=0.0285159;REFB=-0.0314155;REVB=0.00852708;RO=41;SAF=11;SAR=19;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199846;STB=0.613091;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0269315;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:30:31:0.424658:19:11:23:18:20:11:23:19 chr19 12763007 . G A 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00766534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.553;QD=18.0353;RBI=0.0419548;REFB=-0.0232185;REVB=-0.0412486;RO=44;SAF=28;SAR=11;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413864;STB=0.523157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0299777;OID=.;OPOS=12763007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:11:28:30:14:11:28:30:14 chr19 12875807 . A C 662.73 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=118;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00534186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.646;QD=22.0909;RBI=0.0121061;REFB=-0.0276345;REVB=-0.0108638;RO=54;SAF=34;SAR=30;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106601;STB=0.505153;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0176065;OID=.;OPOS=12875807;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:54:55:64:65:0.541667:30:34:28:26:30:35:29:26 chr19 12917520 . A G 315.53 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00251766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.669;QD=25.242;RBI=0.0266575;REFB=-0.0221355;REVB=-0.0265383;RO=22;SAF=8;SAR=20;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127006;STB=0.507037;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0181007;OID=.;OPOS=12917520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:20:8:6:16:20:8:6:16 chr19 12920935 . G A 653.93 PASS AF=0.5;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=130;FR=.;FRO=65;FSAF=52;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.00368308;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.518;QD=20.121;RBI=0.0245908;REFB=0.00332333;REVB=0.0243135;RO=63;SAF=52;SAR=13;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164396;STB=0.605007;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00320394;OID=.;OPOS=12920935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:130:63:65:65:65:0.5:13:52:42:21:13:52:42:23 chr19 12921186 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.036948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6891;QD=17.3249;RBI=0.0607155;REFB=-0.00396981;REVB=0.048179;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193849;STB=0.610509;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00554446;OID=.;OPOS=12921186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:10:15:8:12:10:15 chr19 12924157 . C T 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0224298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.067;QD=19.2747;RBI=0.0259859;REFB=-0.00589794;REVB=-0.0131214;RO=26;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369721;STB=0.50209;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00698859;OID=.;OPOS=12924157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:7:16:18:8:7:16:18:8 chr19 12936617 . C G 1843.21 PASS AF=0.613383;AO=163;DP=266;FAO=165;FDP=269;FR=.;FRO=104;FSAF=99;FSAR=66;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=0.0248062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0072;QD=27.4084;RBI=0.0615636;REFB=-0.00945836;REVB=0.0563447;RO=103;SAF=99;SAR=64;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117541;STB=0.561926;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00587146;OID=.;OPOS=12936617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:269:103:104:163:165:0.613383:64:99:46:57:66:99:46:58 chr19 12958697 . T C 215.83 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0579246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.214;QD=15.1462;RBI=0.123427;REFB=0.000931568;REVB=-0.108991;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249719;STB=0.641269;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0071772;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:15:10:21:11:15:10:21:11 chr19 12963143 . T C 342.48 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0246816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5954;QD=19.2945;RBI=0.047655;REFB=-0.022207;REVB=0.0407654;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966945;STB=0.565881;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.026389;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:34:35:35:36:0.507042:15:20:23:11:16:20:24:11 chr19 12985576 . A G 298.24 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0123646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.747;QD=13.5563;RBI=0.0123702;REFB=-0.0192664;REVB=-0.000370823;RO=52;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123646;STB=0.508936;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0275365;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:54:34:34:0.386364:20:14:22:30:20:14:23:31 chr19 12989560 . G A 765.19 PASS AF=0.513889;AO=72;DP=143;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=0.0224296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.426;QD=21.2553;RBI=0.0253449;REFB=-0.0173099;REVB=0.0118015;RO=68;SAF=40;SAR=32;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363637;STB=0.519473;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0157567;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:68:70:72:74:0.513889:32:40:35:33:33:41:36:34 chr19 12996740 . A G 143.97 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00873265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.714;QD=15.5646;RBI=0.00874955;REFB=-0.0109434;REVB=-0.000543484;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38882;STB=0.721316;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0140691;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:21:15:16:0.432432:2:13:11:8:2:14:13:8 chr19 13008607 . G T 1082.09 PASS AF=0.521127;AO=87;DP=215;FAO=111;FDP=213;FR=.,HEALED;FRO=102;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0106289;FXX=0.00930189;HRUN=7;LEN=1;MLLD=291.911;QD=20.3209;RBI=0.0113075;REFB=-0.00628636;REVB=-0.00385828;RO=103;SAF=55;SAR=32;SRF=51;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138006;STB=0.550843;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00700593;OID=.;OPOS=13008607;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:213:103:102:87:111:0.521127:32:55:51:52:45:66:50:52 chr19 13010520 . A G 360.78 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0122502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.763;QD=17.5989;RBI=0.0183358;REFB=-0.0205369;REVB=-0.0136431;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10912;STB=0.560944;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0184345;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:17:27:19:19:17:27 chr19 13035006 . G A 309.41 PASS AF=0.425;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=10;FWDB=-0.00413975;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.03;QD=15.4704;RBI=0.00420881;REFB=-0.0208769;REVB=-0.000759296;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282721;STB=0.64857;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0298952;OID=.;OPOS=13035006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:46:34:34:0.425:16:18:36:9:16:18:36:10 chr19 13246731 . C T 158.84 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0340432;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5824;QD=24.4365;RBI=0.0436954;REFB=-0.059892;REVB=0.0273926;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288507;STB=0.510191;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0206613;OID=.;OPOS=13246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:26:9:10:16:16:0.615385:6:10:6:3:6:10:6:4 chr19 13317561 . T G 287.91 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=6;FWDB=0.00567547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7059;QD=16.2205;RBI=0.067279;REFB=-0.0460584;REVB=-0.0670392;RO=38;SAF=23;SAR=9;SRF=32;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160602;STB=0.593587;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.057387;OID=.;OPOS=13317561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:32:32:0.450704:9:23:32:6:9:23:33:6 chr19 13319693 . A G 174.59 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4002;QD=46.5563;RBI=0.0429595;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281107;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:0:13:0:0:0:15:0:0 chr19 13368350 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0159678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.866;QD=18.1184;RBI=0.0226614;REFB=0.0034183;REVB=0.0160801;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00367005;OID=.;OPOS=13368350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr19 13414594 . C T 289.07 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00749277;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.447;QD=18.9553;RBI=0.011716;REFB=-0.00450867;REVB=-0.00900689;RO=30;SAF=23;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116555;STB=0.565286;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00720089;OID=.;OPOS=13414594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:8:23:19:11:8:23:19:11 chr19 13445208 . C T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0283523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.085;QD=19.384;RBI=0.0294352;REFB=-0.0114775;REVB=0.0079107;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.585871;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.033752;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:13:8:11:9:13:8 chr19 13868669 . G A 151.98 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00524799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1607;QD=13.2157;RBI=0.0506075;REFB=-0.0264383;REVB=0.0503347;RO=29;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222522;STB=0.629574;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0174992;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:10:7:18:11:10:7:18:11 chr19 13873863 . C A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0106472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7109;QD=22.3976;RBI=0.0246207;REFB=-0.0354268;REVB=-0.0221995;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447114;STB=0.536552;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0444326;OID=.;OPOS=13873863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:11:11:10:8:11:11:11:8 chr19 13885309 . C T 126.76 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00647244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.74;QD=8.04831;RBI=0.00648896;REFB=-0.012524;REVB=-0.000462683;RO=44;SAF=12;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683173;STB=0.551665;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0246759;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:45:18:18:0.285714:6:12:27:17:6:12:27:18 chr19 13885484 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0328096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0777;QD=13.1191;RBI=0.0330656;REFB=0.00256413;REVB=0.00410646;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276639;STB=0.658786;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00544901;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:16:22:8:17:16:22 chr19 13900059 . A G 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0163536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.981;QD=15.9138;RBI=0.0265737;REFB=0.00703352;REVB=-0.0209457;RO=36;SAF=23;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342725;STB=0.702146;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00990065;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:7:23:16:20:7:23:16:21 chr19 13900981 . G A 343.55 PASS AF=0.303448;AO=44;DP=145;FAO=44;FDP=145;FR=.;FRO=101;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=61;FSRR=40;FWDB=-0.0635042;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4706;QD=9.47714;RBI=0.0668945;REFB=0.000201416;REVB=-0.0210257;RO=101;SAF=21;SAR=23;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150664;STB=0.587683;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00131412;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:101:101:44:44:0.303448:23:21:61:40:23:21:61:40 chr19 13942221 . A G 146.15 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00233942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2245;QD=15.7995;RBI=0.0978845;REFB=-0.0210321;REVB=0.0978566;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00786832;STB=0.565841;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0384347;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:20:20:14:17:0.459459:5:9:13:7:8:9:13:7 chr19 13947292 . T C 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0234306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.53;QD=16.9929;RBI=0.0234344;REFB=-0.00574085;REVB=0.00042388;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235963;STB=0.63209;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00901932;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:9:21:12:15:9:21 chr19 13988416 . A G 442.13 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=-0.0242922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0178;QD=14.8616;RBI=0.0436137;REFB=-0.0415544;REVB=-0.0362222;RO=69;SAF=30;SAR=20;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250688;STB=0.514079;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0529085;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:20:30:43:26:20:30:43:26 chr19 14000170 . T C 645.89 PASS AF=0.496241;AO=57;DP=124;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0245399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3001;QD=19.4254;RBI=0.0298314;REFB=-0.0288299;REVB=0.016962;RO=66;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180846;STB=0.511046;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0257381;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:133:66:67:57:66:0.496241:24:33:37:29:30:36:38:29 chr19 14000400 . A G 354.92 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00199471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.201;QD=13.3931;RBI=0.0366395;REFB=0.000822576;REVB=-0.0365852;RO=62;SAF=33;SAR=9;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295965;STB=0.680858;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00155115;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:64:42:42:0.396226:9:33:34:28:9:33:34:30 chr19 14000870 . C T 474.29 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0361256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.503;QD=18.9716;RBI=0.0367295;REFB=-0.0259257;REVB=-0.00663312;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819625;STB=0.556588;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0289042;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:53:47:47:0.47:28:19:25:26:28:19:27:26 chr19 14015711 . C A 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0718861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.974;QD=11.5703;RBI=0.075908;REFB=-0.00389887;REVB=-0.0243804;RO=42;SAF=13;SAR=11;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140914;STB=0.581121;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00668703;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:11:13:28:14:11:13:28:14 chr19 14030689 . T C 256.37 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=13;FWDB=-0.0141085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6974;QD=11.269;RBI=0.0143439;REFB=-0.0172957;REVB=-0.00258764;RO=57;SAF=23;SAR=8;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451909;STB=0.53689;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0272582;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:60:31:31:0.340659:8:23:44:13:8:23:47:13 chr19 14083761 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.987;QD=61.6815;RBI=0.0382865;REFB=0;REVB=0.0341877;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207507;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr19 14142705 . C T 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00355343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.283;QD=28.1412;RBI=0.0134532;REFB=-0.0761619;REVB=-0.0129754;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496334;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265631;OID=.;OPOS=14142705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:3:4:9:7:3:4 chr19 14153293 . T C 307.74 PASS AF=0.561404;AO=29;DP=53;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00786673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.552;QD=21.5955;RBI=0.0107978;REFB=-0.0166482;REVB=0.00739647;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682636;STB=0.529935;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0134259;OID=.;OPOS=14153293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:22:25:29:32:0.561404:12:17:11:11:12:20:14:11 chr19 14184009 . A AC 38.95 PASS AF=0.111111;AO=17;DP=143;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=49;FSRR=63;FWDB=-0.0134758;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=50.1995;QD=1.23651;RBI=0.0137158;REFB=-0.0042027;REVB=-0.00255507;RO=123;SAF=14;SAR=3;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440678;STB=0.864236;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.164917;OID=.;OPOS=14184010;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.111111:17:143:14:126:112:12:2:49:63:38:123:14:3:58:65 chr19 14512489 . G A 540.89 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0711462;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.4039;QD=56.9361;RBI=0.0797844;REFB=-0.100777;REVB=0.0361078;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00581773;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:38:1:1:35:37:0.973684:16:19:1:0:17:20:1:0 chr19 14561180 . C T 228.18 PASS AF=0.268293;AO=33;DP=123;FAO=33;FDP=123;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=0.00201977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.533;QD=7.42047;RBI=0.0605854;REFB=-0.000625986;REVB=0.0605517;RO=90;SAF=16;SAR=17;SRF=57;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182145;STB=0.607972;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00197365;OID=.;OPOS=14561180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:90:90:33:33:0.268293:17:16:57:33:17:16:57:33 chr19 14561722 . A G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00337109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.796;QD=45.1025;RBI=0.00727805;REFB=-0.0263204;REVB=0.00645026;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000680844;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:0:1:8:10:0:1 chr19 14582468 . G A 620.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406947;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.223;QD=62.0462;RBI=0.0484941;REFB=0;REVB=0.0263745;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209772;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 14589014 . C CG,G 47.4 PASS AF=0.184211,0;AO=11,2;DP=42;FAO=7,0;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4,0;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00118794,-0.0352633;FXX=0.0952154;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=79.3067,83.247;QD=4.98979;RBI=0.0365762,0.0516272;REFB=-0.00109066,0.0092168;REVB=-0.0365569,-0.0377077;RO=28;SAF=5,1;SAR=6,1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0943631,-0.0322576;STB=0.545324,0.5;STBP=0.792,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0722111,0;OID=.,.;OPOS=14589015,14589014;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:38:28:31:11,2:7,0:0.184211,0:6,1:5,1:15:13:3,0:4,0:16:15 chr19 14590236 . C T 1492.43 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00680266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.23;QD=58.5267;RBI=0.0644594;REFB=-0.0837944;REVB=0.0640995;RO=1;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010426;STB=0.505493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000209338;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:1:1:101:101:0.990196:45:56:0:1:45:56:0:1 chr19 14752325 . C T 1313.05 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126373;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.761;QD=61.0722;RBI=0.0146903;REFB=-0.108576;REVB=0.00749034;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000122924;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:86:1:1:85:85:0.988372:36:49:1:0:36:49:1:0 chr19 14769339 . C G 1047.11 PASS AF=0.411348;AO=115;DP=280;FAO=116;FDP=282;FR=.;FRO=166;FSAF=90;FSAR=26;FSRF=121;FSRR=45;FWDB=0.0495397;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1792;QD=14.8526;RBI=0.0517275;REFB=-0.0140619;REVB=0.0148845;RO=164;SAF=90;SAR=25;SRF=119;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830686;STB=0.538053;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0294925;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:282:164:166:115:116:0.411348:25:90:119:45:26:90:121:45 chr19 14817548 . T A 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0126723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.045;QD=16.4067;RBI=0.0643466;REFB=0.0268099;REVB=0.0630864;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516237;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0352268;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:13:16:11:10:13:16 chr19 14829749 . C T 512.69 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0039376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.711;QD=22.5356;RBI=0.0416929;REFB=-0.0314713;REVB=-0.0415065;RO=42;SAF=30;SAR=19;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232311;STB=0.627731;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0292881;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:42:42:49:49:0.538462:19:30:14:28:19:30:14:28 chr19 14862430 . C G 221.22 PASS AF=0.345679;AO=27;DP=79;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00466427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.226;QD=10.9243;RBI=0.0390747;REFB=-0.00724125;REVB=-0.0387953;RO=51;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116306;STB=0.577245;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0134995;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:51:53:27:28:0.345679:16:11:26:25:17:11:27:26 chr19 14875388 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00129518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.531;QD=14.6492;RBI=0.0242697;REFB=-0.00557272;REVB=0.0242351;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453628;STB=0.526279;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00881079;OID=.;OPOS=14875388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:13:6:5:9:13:6 chr19 14910438 . C T 488.74 PASS AF=0.923077;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0541437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.158;QD=50.127;RBI=0.0556892;REFB=-0.103728;REVB=0.0130288;RO=3;SAF=6;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185053;STB=0.599938;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000631799;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:39:3:3:33:36:0.923077:27:6:3:0:30:6:3:0 chr19 14910573 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.467;QD=58.5871;RBI=0.0340025;REFB=0;REVB=0.00554577;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104365;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr19 14938616 . T C 306.19 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0181581;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.081;QD=20.7584;RBI=0.046098;REFB=-0.00632704;REVB=-0.042371;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600484;STB=0.520535;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00683847;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:27:31:32:0.542373:12:19:19:9:12:20:18:9 chr19 14974930 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.075;QD=54.8226;RBI=0.026754;REFB=-0.00822731;REVB=0.0215913;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000306934;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:0:1:27:23:0:1 chr19 14975040 . G A 239.31 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0140613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.515;QD=20.8093;RBI=0.0147767;REFB=-0.0122718;REVB=0.00454225;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138413;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:8:15:15:8:8:15 chr19 14975368 . A G 100.64 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2177;QD=40.2581;RBI=0.0449673;REFB=0;REVB=0.0448142;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182941;OID=.;OPOS=14975368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr19 14991643 . G A 199.05 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0169941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.589;QD=16.2488;RBI=0.0179307;REFB=-0.0150844;REVB=0.00571931;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461927;STB=0.507035;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0119725;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:26:18:19:0.387755:9:9:11:9:9:10:14:12 chr19 15052983 . T TATC 446.54 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0248067;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.599;QD=48.2741;RBI=0.0250253;REFB=-0.0939274;REVB=-0.00330021;RO=4;SAF=11;SAR=21;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142759;STB=0.576875;STBP=0.015;TYPE=ins;VARB=0.00829796;OID=.;OPOS=15052984;OREF=-;OALT=ATC;OMAPALT=TATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.891892:32:38:33:37:4:11:22:4:0:20:4:11:21:4:0 chr19 15063757 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5207;QD=57.1759;RBI=0.0647176;REFB=0;REVB=0.000875575;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646212;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr19 15083693 . C A 671.85 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.727;QD=62.4976;RBI=0.0755011;REFB=0;REVB=0.0594337;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574428;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:32:43:1:10:22:0:0:21:22:0:0 chr19 15131330 . G A 546.47 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00691933;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1451;QD=28.3878;RBI=0.0340611;REFB=-0.00271612;REVB=0.0333509;RO=27;SAF=19;SAR=30;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117616;STB=0.568443;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00211227;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:27:28:49:49:0.636364:30:19:6:21:30:19:6:22 chr19 15133762 . G C 1500.84 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1426;QD=59.4392;RBI=0.0178937;REFB=0;REVB=0.0122659;RO=0;SAF=42;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101872;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:57:42:0:0:57:44:0:0 chr19 15133787 . C A 319.91 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0118611;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.326;QD=15.2336;RBI=0.0160196;REFB=-0.00478195;REVB=-0.0107677;RO=45;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130962;STB=0.58135;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0052732;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:49:35:35:0.416667:18:17:16:29:18:17:17:32 chr19 15198263 . A G 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.536;QD=46.9585;RBI=0.0227305;REFB=0.181642;REVB=0.00323148;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00511801;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:10:10:0:0:10:10:1:0 chr19 15198507 . T C 204.46 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0472748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1745;QD=22.7177;RBI=0.0559435;REFB=-0.0369439;REVB=-0.0299127;RO=16;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117295;STB=0.506572;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0271171;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:6:14:11:5:6:14:11:5 chr19 15198631 . A C 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00516341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.005;QD=21.4825;RBI=0.0143764;REFB=-0.00153535;REVB=-0.0134171;RO=38;SAF=24;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603594;STB=0.524989;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00172818;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:41:45:45:0.523256:21:24:23:15:21:24:24:17 chr19 15198764 . T C 573.68 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00903824;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.97;QD=23.1789;RBI=0.0203647;REFB=-0.0129421;REVB=-0.0182491;RO=46;SAF=40;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334444;STB=0.684972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0093296;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:46:46:53:53:0.535354:13:40:18:28:13:40:18:28 chr19 15225348 . T C 88.77 PASS AF=0.236364;AO=14;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0257885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4227;QD=6.45586;RBI=0.0524715;REFB=0.017637;REVB=-0.0456969;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303057;STB=0.714745;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0625762;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:54:55:39:42:14:13:0.236364:9:5:24:15:9:4:25:17 chr19 15225358 . T A 69.18 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0275165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.97;QD=6.14926;RBI=0.0359463;REFB=0.00108778;REVB=0.0231295;RO=34;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373763;STB=0.726832;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00411109;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:34:35:10:10:0.222222:7:3:21:13:7:3:21:14 chr19 15226970 . G A 253.82 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0179306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5602;QD=21.6013;RBI=0.0179607;REFB=-0.0279052;REVB=-0.00104036;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547387;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00997398;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:11:13:10:11:11:13:11:12 chr19 15227030 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0204213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2814;QD=14.3344;RBI=0.0280259;REFB=-0.00798136;REVB=-0.0191944;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00650995;OID=.;OPOS=15227030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:7:3:2:7:7:3 chr19 15233581 . C A 212.55 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.002894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.625;QD=14.4104;RBI=0.0093737;REFB=-0.0231367;REVB=-0.00891577;RO=34;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116224;STB=0.575282;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0361162;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:10:14:16:18:10:15:16:18 chr19 15270805 . C A 446.84 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0318;QD=57.6567;RBI=0.0769488;REFB=0;REVB=-0.0768502;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123476;OID=.;OPOS=15270805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr19 15271135 . T G 97.84 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3143;QD=39.1365;RBI=0.074523;REFB=0;REVB=0.0740197;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185486;OID=.;OPOS=15271135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr19 15271771 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.569;QD=33.4277;RBI=0.146989;REFB=0;REVB=0.143642;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193711;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr19 15278057 . A G 1467.7 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8824;QD=61.798;RBI=0.0178857;REFB=0.0615035;REVB=-0.00743034;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000120851;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:0:1:92:94:0.989474:44:48:0:0:45:49:1:0 chr19 15285052 . T C 902.79 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.573;QD=58.2446;RBI=0.0279271;REFB=0;REVB=0.0273785;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22034e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:29:33:0:0 chr19 15292437 . T C 1557.68 PASS AF=1;AO=90;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.066;QD=59.9106;RBI=0.0865062;REFB=0;REVB=0.00263733;RO=0;SAF=66;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236158;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:90:104:1:24:66:0:0:22:82:0:0 chr19 15295134 . G A 2071.75 PASS AF=0.992593;AO=133;DP=136;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473429;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7956;QD=61.3852;RBI=0.0518415;REFB=-0.0509876;REVB=0.0211232;RO=2;SAF=69;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135767;STB=0.503546;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000419962;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:135:2:1:133:134:0.992593:64:69:2:0:64:70:1:0 chr19 15298136 . C A 275.48 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0289901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.923;QD=18.0643;RBI=0.0376074;REFB=-0.029994;REVB=0.023956;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137482;STB=0.507687;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0490037;OID=.;OPOS=15298136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:16:14:14:17:16:14:14:17 chr19 15302844 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3037;QD=53.2735;RBI=0.052611;REFB=0;REVB=-0.0496794;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000834336;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 15418976 . T G 91.89 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=7;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.131895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.688;QD=30.6295;RBI=0.131895;REFB=-0.212267;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00569353;OID=.;OPOS=15418976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:12:1:2:6:10:0.833333:0:6:1:0:0:10:2:0 chr19 15508362 . G C 3078.9 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000791071;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.633;QD=63.4825;RBI=0.0148131;REFB=-0.0818276;REVB=-0.0147919;RO=1;SAF=108;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45645e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:195:194:1:0:194:194:1:86:108:0:1:86:108:0:0 chr19 15533729 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00958094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.676;QD=19.37;RBI=0.0175094;REFB=-0.00758926;REVB=0.0146555;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00639846;OID=.;OPOS=15533729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:9:6:6:10:9:6 chr19 15533821 . A G 806.19 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255477;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.521;QD=55.5995;RBI=0.0279386;REFB=-0.0851748;REVB=0.0113084;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00469746;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:1:0:26:31:1:0 chr19 15549939 . C T 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.135962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7416;QD=54.6354;RBI=0.172501;REFB=-0.0939231;REVB=0.106165;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00902126;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:21:30:1:0:21:30:1:0 chr19 15567053 . A G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0290864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.764;QD=2.70739;RBI=0.0357929;REFB=-0.00626793;REVB=-0.0208593;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248446;STB=0.684326;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0393871;OID=.;OPOS=15567053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:4:2:23:19:4:2:23:19 chr19 15569378 . G C 572.7 PASS AF=0.495798;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00795147;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.411;QD=19.2505;RBI=0.0126123;REFB=-0.0308085;REVB=-0.00979001;RO=60;SAF=35;SAR=24;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543348;STB=0.529981;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.032542;OID=.;OPOS=15569378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:60:60:59:59:0.495798:24:35:39:21:24:35:39:21 chr19 15580694 . G A 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00694529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.11;QD=14.558;RBI=0.0188117;REFB=-0.0189708;REVB=-0.0174826;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524571;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0129356;OID=.;OPOS=15580694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:35:26:26:0.42623:13:13:16:16:13:13:19:16 chr19 15587067 . T A 151.47 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0453658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5263;QD=10.0978;RBI=0.0454799;REFB=-0.000956251;REVB=-0.00321954;RO=38;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178507;STB=0.591816;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000304075;OID=.;OPOS=15587067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:6:14:21:17:6:14:23:17 chr19 15587103 . C T 186.26 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0735978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.9312;QD=12.6277;RBI=0.0754366;REFB=-0.00295419;REVB=0.0165546;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179956;STB=0.596245;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00509461;OID=.;OPOS=15587103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:8:15:17:18:8:15:18:18 chr19 15726487 . G T 712.2 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888925;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.753;QD=63.3066;RBI=0.116807;REFB=0;REVB=0.0757758;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434017;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 15726560 . G T 203.96 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00575785;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.071;QD=21.4695;RBI=0.00643412;REFB=-0.00672018;REVB=0.00287143;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858625;STB=0.548338;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0118088;OID=.;OPOS=15726560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:9:9:12:8:9:9 chr19 15730498 . G GC 2255.16 PASS AF=1;AO=141;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036588;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.4308;QD=60.9502;RBI=0.0868022;REFB=0;REVB=-0.0787143;RO=3;SAF=48;SAR=93;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000312721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000208894;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:141:149:148:148:0:50:98:0:0:12:3:48:93:1:2 chr19 15739597 . A C 391.67 PASS AF=0.756098;AO=28;DP=38;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0065155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.383;QD=38.2118;RBI=0.0221931;REFB=-0.0277272;REVB=0.0212152;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014119;STB=0.504851;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00973442;OID=.;OPOS=15739597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:41:10:10:28:31:0.756098:16:12:4:6:18:13:4:6 chr19 15757927 . T C 420.49 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00114606;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.071;QD=16.4896;RBI=0.0237493;REFB=-0.0193498;REVB=-0.0237216;RO=56;SAF=30;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255962;STB=0.643162;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0165195;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:16:30:22:34:16:30:22:34 chr19 15760881 . C A 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0330896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.388;QD=19.0438;RBI=0.037691;REFB=-0.00679932;REVB=0.0180468;RO=42;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449077;STB=0.524988;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00618439;OID=.;OPOS=15760881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:21:19:22:20:21:19:22:20 chr19 15763721 . G A 226.15 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0219499;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.445;QD=10.899;RBI=0.0371392;REFB=-0.0129693;REVB=-0.0299587;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215159;STB=0.612795;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0351818;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:55:28:28:0.337349:17:11:31:22:17:11:31:24 chr19 15769379 . G C 113.25 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0126933;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.267;QD=12.5836;RBI=0.0157111;REFB=-0.013635;REVB=0.00925847;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399005;STB=0.612053;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0264234;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:38:36:22:22:11:12:0.333333:9:2:11:11:8:4:11:11 chr19 15769529 . GC TT 305.54 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00501099;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.061;QD=20.0354;RBI=0.00791179;REFB=-0.0215111;REVB=0.00612262;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178237;STB=0.603998;STBP=0.102;TYPE=mnp;VARB=0.0151971;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:31:32:0.52459:16:15:20:9:17:15:20:9 chr19 15769625 . A G 198.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0191103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.428;QD=19.3842;RBI=0.0224551;REFB=-0.0103036;REVB=0.011791;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0111462;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:11:9:8:12:11:9:9:12 chr19 15784061 . C A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5174;QD=57.1747;RBI=0.0844407;REFB=0;REVB=0.0410494;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118795;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr19 15784386 . C T 731.78 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000981435;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.079;QD=63.6328;RBI=0.0317856;REFB=0;REVB=0.0317704;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336991;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:16:30:0:0:16:30:0:0 chr19 15789098 . A G 922.76 PASS AF=0.984615;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9617;QD=56.7854;RBI=0.106626;REFB=-0.0856644;REVB=0.00106278;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154718;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00243212;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:65:1:1:60:64:0.984615:30:30:0:1:31:33:0:1 chr19 15789140 . A G 1339.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.473;QD=62.3132;RBI=0.0164801;REFB=0;REVB=0.00308165;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80765e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr19 15791180 . C T 1279.32 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.054;QD=60.9202;RBI=0.0729437;REFB=0;REVB=0.0649926;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236602;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:84:0:0:81:84:1:31:50:0:0:33:51:0:0 chr19 15793235 . T C 386.89 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0274622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.664;QD=15.3223;RBI=0.0331551;REFB=-0.00491519;REVB=0.0185765;RO=58;SAF=20;SAR=23;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143174;STB=0.580217;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00837822;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:23:20:19:39:23:20:19:39 chr19 15807884 . A G 186.6 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0536878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.763;QD=10.8173;RBI=0.0539475;REFB=-0.00700953;REVB=-0.00528679;RO=45;SAF=3;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378686;STB=0.726548;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0174755;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:21:3:16:29:21:3:16:29 chr19 15838967 . G A 279.81 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0352045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.592;QD=11.9068;RBI=0.0353569;REFB=-0.0319039;REVB=-0.00327947;RO=61;SAF=18;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133485;STB=0.576877;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0481874;OID=.;OPOS=15838967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:61:61:33:33:0.351064:15:18:26:35:15:18:26:35 chr19 15839174 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.107345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.16;QD=24.0298;RBI=0.108018;REFB=-0.00663989;REVB=-0.0120383;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682412;STB=0.550495;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00535015;OID=.;OPOS=15839174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:9:9:14:15:0.625:8:6:3:6:8:7:3:6 chr19 15839365 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0701321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1226;QD=13.4852;RBI=0.0954376;REFB=-0.00514662;REVB=0.0647288;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.015224;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:3:8:7:2:3:8 chr19 15852223 . A C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0283432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8264;QD=12.2129;RBI=0.0461854;REFB=0.00424527;REVB=0.0364658;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00578242;OID=.;OPOS=15852223;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:10:12:7:6:10:12 chr19 15852242 . C A 256.83 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0564985;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9038;QD=22.3333;RBI=0.0573994;REFB=-0.0564967;REVB=-0.0101299;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019872;STB=0.521721;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0536006;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:10:11:12:12:10:12 chr19 15852872 . G A 579.94 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0170892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4728;QD=17.1833;RBI=0.01709;REFB=-0.0297985;REVB=-0.000170287;RO=72;SAF=30;SAR=31;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620158;STB=0.534083;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0185024;OID=.;OPOS=15852872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:74:61:61:0.451852:31:30:40:32:31:30:41:33 chr19 15881953 . A G 675.2 PASS AF=0.536585;AO=66;DP=124;FAO=66;FDP=123;FR=.;FRO=57;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00337133;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.402;QD=21.9578;RBI=0.00337882;REFB=-0.0229835;REVB=-0.000224918;RO=55;SAF=37;SAR=29;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07326;STB=0.540468;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0193977;OID=.;OPOS=15881953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:55:57:66:66:0.536585:29:37:26:29:29:37:27:30 chr19 15905002 . T C 591.3 PASS AF=0.446043;AO=60;DP=138;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0352816;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.817;QD=17.0159;RBI=0.0377051;REFB=-0.028147;REVB=-0.0132999;RO=76;SAF=28;SAR=32;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594039;STB=0.536397;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0334918;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:76:77:60:62:0.446043:32:28:31:45:33:29:31:46 chr19 15905431 . T C 662.58 PASS AF=0.541667;AO=65;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0309987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.214;QD=22.0861;RBI=0.0311325;REFB=-0.0347849;REVB=-0.00288317;RO=55;SAF=30;SAR=35;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940194;STB=0.505153;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.025367;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:55:65:65:0.541667:35:30:26:29:35:30:26:29 chr19 15905529 . C A 315.48 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0260388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8691;QD=24.268;RBI=0.0448573;REFB=0.00171128;REVB=0.0365261;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180272;STB=0.599197;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=2.07317e-05;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:14:7:18:13:14:7 chr19 15918455 . G A 287.6 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0169838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.342;QD=15.9779;RBI=0.0213014;REFB=-0.00143991;REVB=0.0128569;RO=40;SAF=7;SAR=25;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436711;STB=0.524675;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00130331;OID=.;OPOS=15918455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:25:7:10:30:25:7:10:30 chr19 15918691 . G A 474.24 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0338134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.452;QD=17.7285;RBI=0.0400877;REFB=-0.0253155;REVB=-0.0215331;RO=55;SAF=27;SAR=24;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698993;STB=0.534053;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0255348;OID=.;OPOS=15918691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:56:51:51:0.476636:24:27:25:30:24:27:26:30 chr19 15989696 . G C 48.76 PASS AF=0.113402;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=97;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0192208;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.791;QD=2.01076;RBI=0.0261963;REFB=-0.00607789;REVB=-0.017799;RO=85;SAF=6;SAR=5;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477248;STB=0.53002;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0420851;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:98:97:85:86:11:11:0.113402:5:6:43:42:5:6:44:42 chr19 15989730 . T C 76.38 PASS AF=0.144231;AO=14;DP=101;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.0267294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.02;QD=2.93752;RBI=0.0305466;REFB=-0.0101725;REVB=0.0147861;RO=87;SAF=8;SAR=6;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960348;STB=0.533289;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0513725;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:101:104:87:89:14:15:0.144231:6:8:43:44:7:8:44:45 chr19 15996820 . G A 603.1 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00283375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.704;QD=18.7008;RBI=0.00285375;REFB=-0.00414074;REVB=0.000337259;RO=66;SAF=29;SAR=33;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265763;STB=0.510432;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00547515;OID=.;OPOS=15996820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:66:67:62:62:0.48062:33:29:29:37:33:29:30:37 chr19 16024662 . G C 345.14 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0300375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.558;QD=16.6332;RBI=0.0323795;REFB=-0.0218025;REVB=-0.0120905;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800016;STB=0.544999;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0220633;OID=.;OPOS=16024662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:23:14:21:25:23:14:21:25 chr19 16025176 . C T 391.83 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.149834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2766;QD=33.3472;RBI=0.149838;REFB=-0.0642379;REVB=-0.00108926;RO=15;SAF=15;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130597;STB=0.574423;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0262054;OID=.;OPOS=16025176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:15:31:32:0.680851:16:15:4:11:16:16:4:11 chr19 16034714 . A G 1525.83 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2412;QD=59.8367;RBI=0.0483991;REFB=0;REVB=-0.0205483;RO=0;SAF=66;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39247e-05;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:34:66:0:0:34:68:0:0 chr19 16040292 . A G 493.25 PASS AF=0.5;AO=50;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0604372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.865;QD=18.971;RBI=0.0605679;REFB=0.0163179;REVB=-0.00397589;RO=52;SAF=27;SAR=23;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124867;STB=0.577467;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0217789;OID=.;OPOS=16040292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:52:50:52:0.5:23:27:35:17:25:27:35:17 chr19 16045141 . T C 1512.16 PASS AF=1;AO=69;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.197;QD=63.6698;RBI=0.0976475;REFB=0;REVB=0.0365574;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682403;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:69:95:1:35:34:0:0:40:55:0:0 chr19 16136923 . T C,G 719.62 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=48,2;DP=50;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240878,-7.6238e-06;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.931,143.461;QD=55.3554;RBI=0.0198543,0.0145392;REFB=0,0;REVB=-0.0197077,-0.0145392;RO=0;SAF=26,2;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00244161,0.0447624;OID=.,.;OPOS=16136923,16136923;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:50:52:0:0:48,2:50,2:0.961538,0.0384615:22,0:26,2:0:0:22,0:28,2:0:0 chr19 16145533 . A G 1652.55 PASS AF=0.965217;AO=96;DP=115;FAO=111;FDP=115;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0216796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4082;QD=57.4802;RBI=0.101138;REFB=0.0611072;REVB=0.0987872;RO=3;SAF=59;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235013;STB=0.510636;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000328468;OID=.;OPOS=16145533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:115:115:3:3:96:111:0.965217:37:59:3:0:42:69:3:0 chr19 16145539 . G A 1789.1 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213977;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.347;QD=61.1656;RBI=0.0251775;REFB=0;REVB=-0.0132681;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08485e-05;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:44:73:0:0:44:73:0:0 chr19 16145653 . G A 2159.65 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.05;QD=63.0555;RBI=0.0183347;REFB=0;REVB=-0.0173664;RO=0;SAF=89;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08808e-05;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:48:89:0:0:48:89:0:0 chr19 16145731 . C A 1152.08 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7894;QD=60.636;RBI=0.0418686;REFB=0;REVB=-0.0377483;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283951;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr19 16146400 . A G 2334.84 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-4.52345e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.596;QD=63.1038;RBI=0.00832152;REFB=0.017688;REVB=-0.0083214;RO=0;SAF=90;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-2.37727e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:147:148:0:1:147:147:0.993243:57:90:0:0:57:90:1:0 chr19 16244326 . G C 1455.06 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234921;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8798;QD=61.9174;RBI=0.0679074;REFB=0;REVB=0.0637145;RO=0;SAF=57;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00699161;OID=.;OPOS=16244326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:90:94:1:33:57:0:0:34:60:0:0 chr19 16268207 . TA T 490.85 PASS AF=1;AO=43;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116211;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=14.3922;QD=37.7576;RBI=0.124094;REFB=0;REVB=-0.0435256;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0035225;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:52:52:52:0:17:35:0:0:10:0:12:31:0:0 chr19 16275655 . C T 1005.7 PASS AF=0.724138;AO=79;DP=111;FAO=84;FDP=116;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0114253;FXX=0.00854628;HRUN=8;LEN=1;MLLD=187.053;QD=34.6794;RBI=0.0372303;REFB=-0.00658973;REVB=0.0354338;RO=0;SAF=22;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14853e-08;STB=0.613051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00255742;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:116:0:32:79:84:0.724138:57:22:0:0:60:24:21:11 chr19 16301312 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.365;QD=56.7055;RBI=0.05854;REFB=0;REVB=0.055159;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329794;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr19 16339715 . C T 1786.52 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2222;QD=61.0776;RBI=0.0869287;REFB=0;REVB=0.021323;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351107;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:117:0:0:113:117:1:63:50:0:0:64:53:0:0 chr19 16438062 . A AC 161.8 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.126144;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.945;QD=14.709;RBI=0.136705;REFB=-0.0261097;REVB=-0.0526868;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228217;STB=0.551682;STBP=0.472;TYPE=ins;VARB=0.0252503;OID=.;OPOS=16438063;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568182:24:49:25:44:19:9:16:9:10:99:24:8:16:14:10 chr19 16591464 . G A 581.5 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=86;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0636673;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.341;QD=27.3648;RBI=0.0636673;REFB=-0.0270469;REVB=9.6087e-06;RO=33;SAF=15;SAR=37;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134662;STB=0.573614;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0119505;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:33:33:52:52:0.611765:37:15:15:18:37:15:15:18 chr19 16601194 . C T 466.43 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.00117337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.391;QD=22.4785;RBI=0.0281299;REFB=-0.0345868;REVB=0.0281054;RO=38;SAF=28;SAR=17;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129528;STB=0.570978;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0191401;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:17:28:29:9:17:28:29:9 chr19 16633950 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0431819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.416;QD=24.4134;RBI=0.0478163;REFB=-0.0391949;REVB=0.0205358;RO=5;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084233;STB=0.547855;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00954658;OID=.;OPOS=16633950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:3:8:3:2:3:8:3:2 chr19 16685939 . G A 743.06 PASS AF=0.451429;AO=78;DP=181;FAO=79;FDP=175;FR=.;FRO=96;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0272787;FXX=0.0384594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.293;QD=16.9841;RBI=0.0335663;REFB=-0.0183737;REVB=-0.0195594;RO=94;SAF=48;SAR=30;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105776;STB=0.554571;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0266811;OID=.;OPOS=16685939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:175:94:96:78:79:0.451429:30:48:48:46:31:48:49:47 chr19 16790859 . C T 826.26 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=145;FAO=84;FDP=154;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0132081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4776;QD=21.4614;RBI=0.0804136;REFB=-0.0229898;REVB=0.0793215;RO=70;SAF=42;SAR=30;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554529;STB=0.554504;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0248267;OID=.;OPOS=16790859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:154:70:70:72:84:0.545455:30:42:45:25:40:44:45:25 chr19 16842052 . G T 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00306478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.001;QD=12.4659;RBI=0.0117978;REFB=-0.00479714;REVB=-0.0113928;RO=33;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926754;STB=0.553792;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0107489;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:8:12:17:16:8:12:17:16 chr19 16855265 . A G 440.7 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0210303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.293;QD=19.5868;RBI=0.026936;REFB=-0.00132038;REVB=0.0168308;RO=46;SAF=23;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999446;STB=0.555418;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00188535;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:21:23:29:17:21:23:29:17 chr19 16860105 . G A 993.95 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223942;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.397;QD=59.34;RBI=0.0271077;REFB=0;REVB=0.015275;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9569e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr19 16899838 . A T 2300.58 PASS AF=0.987097;AO=153;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0446385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.499;QD=59.3698;RBI=0.0458948;REFB=-0.0497269;REVB=-0.0106645;RO=0;SAF=82;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6227e-08;STB=0.506023;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000599534;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:0:2:153:153:0.987097:71:82:0:0:71:82:2:0 chr19 16899930 . G A 657.7 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0263877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.214;QD=19.7804;RBI=0.0282812;REFB=0.0015431;REVB=-0.0101745;RO=61;SAF=30;SAR=36;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075549;STB=0.564013;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.000934053;OID=.;OPOS=16899930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:67:66:66:0.496241:36:30:33:28:36:30:39:28 chr19 16976286 . A G 1659.54 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.431;QD=60.3469;RBI=0.0171229;REFB=0;REVB=0.0160509;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20887e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:108:110:1:51:57:0:0:51:59:0:0 chr19 16976289 . T C 506.04 PASS AF=0.477876;AO=52;DP=111;FAO=54;FDP=113;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0126867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.995;QD=17.913;RBI=0.0127335;REFB=-0.0124379;REVB=-0.00109083;RO=59;SAF=29;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311124;STB=0.506089;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0146554;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:59:59:52:54:0.477876:23:29:31:28:25:29:31:28 chr19 17025292 . G A 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00403765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.447;QD=22.5831;RBI=0.01848;REFB=-0.00980947;REVB=-0.0180335;RO=24;SAF=23;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223811;STB=0.627159;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00737765;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:3:23:18:6:3:23:18:6 chr19 17088299 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.053754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.002;QD=12.0202;RBI=0.0543757;REFB=-0.0346449;REVB=-0.00819918;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.583822;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0551719;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:14:10:8:6:14:11 chr19 17088319 . G T 92.74 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00962105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.634;QD=10.3042;RBI=0.0107697;REFB=-0.012689;REVB=-0.0048396;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046246;STB=0.527732;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0789905;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:13:11:6:6:13:11 chr19 17091368 . T G 350.03 PASS AF=0.398058;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=103;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0133854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.014;QD=13.5933;RBI=0.0282038;REFB=-0.0229924;REVB=-0.0248251;RO=62;SAF=14;SAR=27;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887562;STB=0.550434;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0368758;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:62:62:41:41:0.398058:27:14:26:36:27:14:26:36 chr19 17100552 . A G 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.964;QD=58.5979;RBI=0.0326405;REFB=0;REVB=0.0314955;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10934e-05;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:21:43:0:0:21:43:0:0 chr19 17108053 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0210501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.378;QD=23.758;RBI=0.0269069;REFB=-0.0127269;REVB=0.0167593;RO=19;SAF=5;SAR=21;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219569;STB=0.583264;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0109494;OID=.;OPOS=17108053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:22:26:26:0.541667:21:5:4:15:21:5:7:15 chr19 17108135 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00472434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.705;QD=11.2612;RBI=0.0117014;REFB=-0.012479;REVB=-0.0107053;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0248361;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:11:4:7:22:11:4:8:22 chr19 17111297 . A G 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.729;QD=58.7753;RBI=0.0770151;REFB=0;REVB=0.0118806;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379251;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr19 17113147 . A G 94.7 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0201679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4039;QD=12.6271;RBI=0.0435161;REFB=-0.00206315;REVB=0.0385604;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515146;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000212883;OID=.;OPOS=17113147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:29:30:18:18:11:12:0.4:2:9:6:12:3:9:6:12 chr19 17119367 . GT TC 35.55 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.0798303;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=39.7494;QD=1.94776;RBI=0.1416;REFB=-0.0142455;REVB=0.116952;RO=64;SAF=7;SAR=1;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437805;STB=0.844348;STBP=0.055;TYPE=mnp;VARB=0.141405;OID=.;OPOS=17119367;OREF=GT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:73:73:64:65:8:8:0.109589:1:7:34:30:1:7:34:31 chr19 17160720 . G A 841.02 PASS AF=0.538961;AO=83;DP=150;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00994582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.673;QD=21.8447;RBI=0.0288034;REFB=-0.0188002;REVB=-0.0270318;RO=67;SAF=50;SAR=33;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548627;STB=0.518634;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0148496;OID=.;OPOS=17160720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:67:71:83:83:0.538961:33:50:36:31:33:50:40:31 chr19 17163661 . C T 339.17 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0112682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9685;QD=17.8512;RBI=0.0393775;REFB=0.00494177;REVB=0.0377308;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525798;STB=0.529395;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00490956;OID=.;OPOS=17163661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:20:16:20:20:20:16:20:20 chr19 17170885 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00466235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.124;QD=15.6259;RBI=0.0173521;REFB=-0.0176326;REVB=0.016714;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198847;STB=0.615243;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0162407;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:12:11:5:12:12:11 chr19 17273893 . G T 834.16 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.089;QD=57.5285;RBI=0.0515216;REFB=0;REVB=0.051235;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23573e-05;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:53:58:1:28:25:0:0:32:26:0:0 chr19 17303774 . T G 2351.91 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=61.0887;RBI=0.0240295;REFB=0;REVB=-0.00684576;RO=0;SAF=90;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.32409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39398e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:64:90:0:0:64:90:0:0 chr19 17305440 . T C 1135.14 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00566185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.954;QD=60.5408;RBI=0.0482654;REFB=0;REVB=0.0479322;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287402;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:28:47:0:0:28:47:0:0 chr19 17306031 . T C 191.66 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00835123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.173;QD=47.9149;RBI=0.0945624;REFB=0;REVB=0.0941929;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965888;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:12:16:1:4:8:0:0:8:8:0:0 chr19 17312992 . C T 723.36 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0399121;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8471;QD=56.7339;RBI=0.0424858;REFB=0;REVB=0.0145625;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:16:33:0:0:18:33:0:0 chr19 17316782 . T C 943.05 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.475;QD=58.034;RBI=0.0591235;REFB=0;REVB=0.0483537;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240926;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr19 17317955 . A G 2405.44 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116289;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6315;QD=60.136;RBI=0.118362;REFB=-0.0641029;REVB=0.0220503;RO=2;SAF=101;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00932765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163649;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:161:160:2:0:158:160:1:57:101:2:0:57:103:0:0 chr19 17330060 . T C 2392.7 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0875;QD=63.8053;RBI=0.0314735;REFB=0;REVB=-0.0254051;RO=0;SAF=68;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.65545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010485;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:150:0:0:149:150:1:81:68:0:0:81:69:0:0 chr19 17330172 . G C 375.33 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00115129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1581;QD=13.7736;RBI=0.0694727;REFB=-0.00891864;REVB=-0.0694632;RO=65;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400548;STB=0.522659;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0128004;OID=.;OPOS=17330172;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:65:44:44:0.40367:26:18:29:36:26:18:29:36 chr19 17337555 . C A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.986;QD=34.6659;RBI=0.0286321;REFB=0.117648;REVB=0.0202947;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.0011054;OID=.;OPOS=17337555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:1:0:3:7:1:0 chr19 17366278 . T C 596.44 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.799;QD=58.1892;RBI=0.024787;REFB=-0.141217;REVB=0.0165974;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000794142;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:38:40:0.97561:12:26:1:0:12:28:1:0 chr19 17392572 . G C 139.44 PASS AF=0.151659;AO=32;DP=211;FAO=32;FDP=211;FR=.;FRO=179;FSAF=30;FSAR=2;FSRF=88;FSRR=91;FWDB=9.27954e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9415;QD=2.64346;RBI=0.074814;REFB=-0.00586773;REVB=-0.0748139;RO=179;SAF=30;SAR=2;SRF=88;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621582;STB=0.921719;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.060328;OID=.;OPOS=17392572;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:179:179:32:32:0.151659:2:30:88:91:2:30:88:91 chr19 17394295 . CT C 601.56 PASS AF=0.466667;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00387736;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.157;QD=17.8241;RBI=0.013869;REFB=-0.0154328;REVB=-0.0133159;RO=68;SAF=38;SAR=24;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136535;STB=0.563481;STBP=0.175;TYPE=del;VARB=0.0144528;OID=.;OPOS=17394296;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:62:136:63:135:72:38:25:35:37:99:68:38:24:32:36 chr19 17451935 . G A 943.77 PASS AF=0.458716;AO=99;DP=217;FAO=100;FDP=218;FR=.;FRO=118;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.0105529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.885;QD=17.3169;RBI=0.0127257;REFB=-0.0110517;REVB=-0.00711189;RO=118;SAF=55;SAR=44;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063127;STB=0.537262;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0142224;OID=.;OPOS=17451935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:118:118:99:100:0.458716:44:55:58:60:44:56:58:60 chr19 17451981 . G A 846.49 PASS AF=0.467742;AO=87;DP=186;FAO=87;FDP=186;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0239617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.9;QD=18.204;RBI=0.0295308;REFB=-0.0225203;REVB=0.0172599;RO=98;SAF=43;SAR=44;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073905;STB=0.537968;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0335413;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:98:99:87:87:0.467742:44:43:56:42:44:43:56:43 chr19 17463214 . C T 166.93 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0421841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3667;QD=15.1755;RBI=0.0437432;REFB=0.00106139;REVB=-0.0115747;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.589186;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.000999733;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:17:18:0.409091:7:10:12:14:7:11:12:14 chr19 17476251 . G C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0262224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.566;QD=12.6376;RBI=0.027541;REFB=-0.0132245;REVB=-0.00841992;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578074;STB=0.533929;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0199417;OID=.;OPOS=17476251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:14:7:5:8:14:7 chr19 17547292 . A G 1421.95 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314357;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.838;QD=63.1976;RBI=0.0314931;REFB=0;REVB=-0.00189991;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110015;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:89:90:1:51:38:0:0:51:39:0:0 chr19 17556054 . A G 157.95 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0179934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.437;QD=12.1501;RBI=0.0889252;REFB=-0.0261033;REVB=0.0870858;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129799;STB=0.576187;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0397778;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:5:14:21:12:5:14:21:12 chr19 17611490 . T G 340.65 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=-0.0265506;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.121;QD=15.31;RBI=0.026889;REFB=0.00117697;REVB=0.00425286;RO=52;SAF=28;SAR=9;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942145;STB=0.505329;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00126022;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:9:28:39:13:9:28:39:13 chr19 17616170 . CG CA,GC 758.03 PASS AF=0.506329,0;AO=59,6;DP=159;FAO=80,0;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=48,0;FSAR=32,0;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.0605301,-0.129792;FXX=0.00628891;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=44.4841,141.722;QD=19.1906;RBI=0.0702038,0.134284;REFB=-0.0310314,0.00143326;REVB=0.0355623,-0.0344407;RO=55;SAF=28,6;SAR=31,0;SRF=28;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.030257,0.600868;STB=0.511808,0.5;STBP=0.789,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0347158,0;OID=.,.;OPOS=17616171,17616170;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:55:78:59,6:80,0:0.506329,0:31,0:28,6:28:27:32,0:48,0:45:33 chr19 17628587 . A G 473.27 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0339085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5194;QD=21.2704;RBI=0.0340992;REFB=0.00850492;REVB=-0.00360161;RO=43;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01293;STB=0.507143;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00827173;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:43:43:46:46:0.516854:21:25:24:19:21:25:24:19 chr19 17648350 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.898;QD=55.0986;RBI=0.0505424;REFB=0;REVB=-0.00909651;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389868;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr19 17651370 . A G 519.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.336;QD=59.3202;RBI=0.122862;REFB=0;REVB=0.0357319;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525117;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr19 17670201 . C T 2159.65 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.515;QD=63.0553;RBI=0.0213986;REFB=0;REVB=0.00517924;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69928e-05;OID=.;OPOS=17670201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:62:75:0:0:62:75:0:0 chr19 17692324 . T G 579.18 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.298;QD=57.9181;RBI=0.0421756;REFB=0;REVB=0.0420351;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496767;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:36:40:1:26:10:0:0:29:11:0:0 chr19 17729787 . T G 248.36 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0159971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1002;QD=14.192;RBI=0.027027;REFB=-0.00885283;REVB=-0.0217843;RO=41;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919505;STB=0.552449;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.014894;OID=.;OPOS=17729787;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:20:9:16:25:20:9:16:25 chr19 17741047 . A G 187.68 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.000584775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.327;QD=12.724;RBI=0.0081135;REFB=0.00162313;REVB=-0.0080924;RO=36;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211277;STB=0.630872;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00331736;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:5:17:22:14:5:18:22:14 chr19 17746946 . GA G,GG 1916.24 PASS AF=0.0806452,0.919355;AO=41,58;DP=124;FAO=10,114;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=9,58;FSAR=1,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439987,0.0568252;FXX=0.00799936;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=267.761,278.237;QD=61.8141;RBI=0.0502996,0.0612312;REFB=0,0;REVB=0.0243754,0.022807;RO=0;SAF=35,9;SAR=6,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,-5.84053e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0237637,0.000405652;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0806452,0.919355:41,58:124:10,114:124:0:9,58:1,56:0:0:12:0:35,9:6,49:0:0 chr19 17777508 . C G 784.93 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.182;QD=57.0859;RBI=0.0889728;REFB=0;REVB=-0.0887382;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000817993;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:18:36:0:0:18:37:0:0 chr19 17837968 . GCCCCCCCAG GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC 72.86 PASS AF=0.625,0.05;AO=15,4;DP=43;FAO=25,2;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=15,2;FSAR=10,0;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.138404,-0.0772725;FXX=0.0476077;HRUN=7,7;LEN=1,3;MLLD=6.52009,88.8895;QD=7.28606;RBI=0.148833,0.0825116;REFB=-0.118782,-0.0118127;REVB=-0.054732,-0.0289332;RO=15;SAF=8,4;SAR=7,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.241378,0.59478;STB=0.56175,0.992066;STBP=0.305,0.368;TYPE=del,mnp;VARB=0.0887168,-0.0770382;OID=.,.;OPOS=17837969,17837975;OREF=C,CAG;OALT=-,AGC;OMAPALT=GCCCCCCAG,GCCCCCCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0.05:15,4:43:25,2:40:13:15,2:10,0:10:3:42:15:8,4:7,0:12:3 chr19 17889582 . AGG A,AG,ATG 351.46 PASS AF=0.365854,0.390244,0.0487805;AO=19,11,2;DP=41;FAO=15,16,2;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3,0;FSAR=15,13,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00680305,-0.0122864,0.00727552;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=25.6971,18.2327,120.436;QD=34.2886;RBI=0.0634069,0.123466,0.0575141;REFB=-0.0664615,-0.119633,-0.000726867;REVB=-0.0630409,-0.122854,-0.057052;RO=7;SAF=0,3,0;SAR=19,8,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.851735,-0.224559,-0.621371;STB=0.998954,0.683952,0.99502;STBP=0,0.026,0.184;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0487474,-0.0826538,-0.0832264;OID=.,.,.;OPOS=17889583,17889583,17889583;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AG,ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.365854,0.390244,0.0487805:19,11,2:41:15,16,2:41:8:0,3,0:15,13,2:5:3:93:7:0,3,0:19,8,2:4:3 chr19 17922795 . G A 245.4 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0172066;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9981;QD=15.1013;RBI=0.0176395;REFB=-0.00290051;REVB=0.00388406;RO=36;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612872;STB=0.505614;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00719238;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:36:27:29:0.446154:9:18:22:14:11:18:22:14 chr19 17932138 . T C 145.45 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0204207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8142;QD=15.7244;RBI=0.0244394;REFB=-0.0153126;REVB=0.0134268;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134977;STB=0.55096;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00991534;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:5:11:16:4:5:11:16:5 chr19 17932289 . C T 57.87 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.004585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.629;QD=15.4332;RBI=0.0371886;REFB=-0.0632175;REVB=0.0369049;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0874712;OID=.;OPOS=17932289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:4:2:4:4:5:2 chr19 18109063 . G A 347.35 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0298662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8458;QD=17.5871;RBI=0.0332344;REFB=-0.0369026;REVB=0.0145786;RO=40;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570407;STB=0.550992;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0283267;OID=.;OPOS=18109063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:26:11:14:26:26:11:16:26 chr19 18123738 . T C 990.95 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.994;QD=59.161;RBI=0.0203759;REFB=0;REVB=-6.80525e-05;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06709e-06;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:34:30:0:0:34:33:0:0 chr19 18180413 . C G 666.01 PASS AF=0.458599;AO=73;DP=157;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0221117;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.6151;QD=16.9683;RBI=0.0401256;REFB=0.00297656;REVB=0.0334833;RO=81;SAF=37;SAR=36;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000642928;STB=0.515919;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00339955;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:85:73:72:0.458599:36:37:41:40:36:36:45:40 chr19 18180451 . A G 653.26 PASS AF=0.458065;AO=70;DP=154;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0672083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3805;QD=16.8583;RBI=0.0682887;REFB=-0.0289283;REVB=-0.012099;RO=84;SAF=39;SAR=31;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329953;STB=0.521669;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0268633;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:84:84:70:71:0.458065:31:39:44:40:31:40:44:40 chr19 18186575 . G A 248.09 PASS AF=0.423913;AO=22;DP=90;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0125173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.314;QD=10.7865;RBI=0.0160524;REFB=-0.0104052;REVB=0.0100497;RO=40;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181635;STB=0.578663;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0348197;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:40:53:22:39:0.423913:14:8:21:19:14:25:27:26 chr19 18186618 . T C 257.3 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0343892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.996;QD=13.7229;RBI=0.0353204;REFB=-0.0322202;REVB=-0.00805673;RO=45;SAF=21;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166244;STB=0.595242;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0281795;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:9:21:25:20:9:21:25:20 chr19 18191664 . C G 201.14 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000989728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.845;QD=20.6296;RBI=0.0229127;REFB=-0.0308319;REVB=0.0228913;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018852;STB=0.510628;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0241697;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:8:11:12:8:8:11 chr19 18234441 . C T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0156744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.943;QD=15.5684;RBI=0.0521697;REFB=-0.00898984;REVB=0.0497594;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19468;STB=0.609788;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0136973;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:16:12:22:13:16:12:22:13 chr19 18245512 . C T 293.72 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00436731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.901;QD=27.9736;RBI=0.0160385;REFB=-0.0258941;REVB=-0.0154324;RO=15;SAF=20;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113712;STB=0.599914;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0231112;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:15:16:24:26:0.619048:4:20:11:4:4:22:11:5 chr19 18248146 . T C 167.41 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0258464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.722;QD=15.5727;RBI=0.0272904;REFB=-0.0311913;REVB=-0.00875942;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375915;STB=0.54289;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0382365;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:11:6:8:17:11:7:8:17 chr19 18255359 . G A 472.85 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0312463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.097;QD=17.5131;RBI=0.0369446;REFB=-0.0251913;REVB=0.0197121;RO=57;SAF=22;SAR=29;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107007;STB=0.559496;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0317469;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:29:22:31:26:29:22:31:26 chr19 18257750 . C T 693.66 PASS AF=0.429379;AO=75;DP=173;FAO=76;FDP=177;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=0.0272989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.337;QD=15.6759;RBI=0.0273257;REFB=-0.00760479;REVB=0.00120909;RO=98;SAF=46;SAR=29;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158242;STB=0.583122;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0102651;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:98:101:75:76:0.429379:29:46:45:53:29:47:48:53 chr19 18266699 . C T 409.31 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0319871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.28;QD=20.4654;RBI=0.0320235;REFB=-0.0361573;REVB=-0.00152742;RO=38;SAF=13;SAR=28;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08352;STB=0.550341;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0352399;OID=.;OPOS=18266699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:28:13:9:29:28:13:9:30 chr19 18273047 . T C 142.91 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0148864;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.79;QD=13.9426;RBI=0.016054;REFB=-0.0133275;REVB=-0.00601046;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141214;STB=0.54853;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0215609;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:25:16:16:0.390244:9:7:7:16:9:7:9:16 chr19 18279638 . T C 1540.34 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2316;QD=59.8192;RBI=0.0171465;REFB=0;REVB=-0.016614;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.41664e-05;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:49:53:0:0:50:53:0:0 chr19 18288898 . T C 408.16 PASS AF=0.412281;AO=47;DP=114;FAO=47;FDP=114;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00974985;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.325;QD=14.3214;RBI=0.0153413;REFB=-0.0190934;REVB=-0.0118446;RO=65;SAF=21;SAR=26;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125832;STB=0.579031;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0366343;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:67:47:47:0.412281:26:21:37:28:26:21:39:28 chr19 18288947 . A C 300.58 PASS AF=0.36;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0103131;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.842;QD=12.0233;RBI=0.0443946;REFB=3.50084e-05;REVB=0.0431801;RO=64;SAF=16;SAR=20;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273152;STB=0.515686;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=6.84262e-05;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:64:64:36:36:0.36:20:16:30:34:20:16:30:34 chr19 18305578 . G C 413.42 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0354509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3888;QD=15.0335;RBI=0.0354848;REFB=-0.00138119;REVB=-0.00155226;RO=62;SAF=27;SAR=20;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102933;STB=0.501779;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00181431;OID=.;OPOS=18305578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:20:27:35:27:20:27:36:27 chr19 18306990 . G C 434.23 PASS AF=0.494382;AO=42;DP=87;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0227284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0278;QD=19.5161;RBI=0.0272161;REFB=-0.0078537;REVB=0.0149712;RO=45;SAF=27;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427179;STB=0.532539;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00622118;OID=.;OPOS=18306990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:45:45:42:44:0.494382:15:27:27:18:15:29:27:18 chr19 18311199 . A G 564.62 PASS AF=0.458015;AO=58;DP=129;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=0.00801623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6206;QD=17.2402;RBI=0.033172;REFB=0.0119019;REVB=0.0321888;RO=71;SAF=36;SAR=22;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438446;STB=0.526278;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0187065;OID=.;OPOS=18311199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:71:71:58:60:0.458015:22:36:47:24:23:37:47:24 chr19 18329240 . T C 339.33 PASS AF=0.469136;AO=33;DP=76;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.010948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4814;QD=16.7571;RBI=0.0451522;REFB=-0.0493076;REVB=0.0438048;RO=42;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180341;STB=0.620451;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0646762;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:42:43:33:38:0.469136:17:16:28:14:22:16:28:15 chr19 18329784 . C T 700.18 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=126;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.00947529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.731;QD=22.2278;RBI=0.0112342;REFB=-0.0102329;REVB=0.00603549;RO=57;SAF=35;SAR=33;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978081;STB=0.548955;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00782551;OID=.;OPOS=18329784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:58:68:68:0.539683:33:35:36:21:33:35:36:22 chr19 18343950 . G A 991.83 PASS AF=0.474654;AO=103;DP=219;FAO=103;FDP=217;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=64;FSRR=50;FWDB=0.0180539;FXX=0.009132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2215;QD=18.2826;RBI=0.0195325;REFB=-0.0319254;REVB=0.00745492;RO=114;SAF=61;SAR=42;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301809;STB=0.51666;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0238453;OID=.;OPOS=18343950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:217:114:114:103:103:0.474654:42:61:64:50:42:61:64:50 chr19 18359037 . G A 306.93 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00460329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.875;QD=18.0545;RBI=0.00710113;REFB=-0.0202776;REVB=0.00540701;RO=35;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105086;STB=0.558604;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0220996;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:16:17:22:13:16:17:22:13 chr19 18368810 . G T 908.09 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=-0.00243934;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.943;QD=19.4243;RBI=0.0388595;REFB=-0.0141031;REVB=0.0387828;RO=92;SAF=53;SAR=38;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861957;STB=0.558807;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0129695;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:92:96:91:91:0.486631:38:53:45:47:38:53:45:51 chr19 18368969 . G A 2076.48 PASS AF=0.579268;AO=190;DP=328;FAO=190;FDP=328;FR=.;FRO=138;FSAF=99;FSAR=91;FSRF=84;FSRR=54;FWDB=0.0225393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.683;QD=25.3229;RBI=0.0228492;REFB=-0.00930155;REVB=0.00375086;RO=135;SAF=99;SAR=91;SRF=83;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724035;STB=0.537051;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00742431;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:135:138:190:190:0.579268:91:99:83:52:91:99:84:54 chr19 18368988 . G A 1927.82 PASS AF=0.589404;AO=176;DP=300;FAO=178;FDP=302;FR=.;FRO=124;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.0192209;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.134;QD=25.5341;RBI=0.0247402;REFB=-0.0268399;REVB=0.0155767;RO=123;SAF=87;SAR=89;SRF=72;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692139;STB=0.537677;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0156618;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:123:124:176:178:0.589404:89:87:72:51:91:87:72:52 chr19 18369120 . G A 560.78 PASS AF=0.527778;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00473735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7672;QD=20.7694;RBI=0.00912468;REFB=-0.0248283;REVB=-0.00779855;RO=51;SAF=32;SAR=25;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630104;STB=0.503465;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0255949;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:51:57:57:0.527778:25:32:29:22:25:32:29:22 chr19 18369211 . T G 342.91 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00461074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3079;QD=16.137;RBI=0.00551499;REFB=0.0191812;REVB=-0.00302592;RO=47;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271343;STB=0.510418;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.0288948;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:23:14:19:28:23:14:19:29 chr19 18369270 . C T 277.43 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00795584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.159;QD=18.4953;RBI=0.0100737;REFB=-0.0118336;REVB=-0.00617927;RO=30;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179704;STB=0.599936;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00623574;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:15:15:9:21:15:15:9:21 chr19 18369581 . G T 74.86 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0969786;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.0549;QD=9.65927;RBI=0.125872;REFB=-0.0269412;REVB=0.0802432;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944287;STB=0.519195;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0494083;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:31:18:20:9:11:0.354839:2:7:15:3:2:9:16:4 chr19 18369596 . GT AC 74.11 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0184728;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.972;QD=9.88092;RBI=0.0231815;REFB=-0.000377537;REVB=-0.0140048;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000470152;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:20:20:9:10:0.333333:2:7:16:4:2:8:16:4 chr19 18370063 . A AG 227.28 PASS AF=1;AO=28;DP=41;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0952998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.56744;QD=25.9753;RBI=0.145874;REFB=0.000251856;REVB=-0.110441;RO=10;SAF=7;SAR=21;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199577;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00556972;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:41:35:35:0:11:24:0:0:4:10:7:21:6:4 chr19 18370159 . CA AG,CAG 279.17 PASS AF=0.0882353,0.852941;AO=3,22;DP=35;FAO=3,29;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=3,18;FSAR=0,11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0313183,-0.0224517;FXX=0.0285633;HRUN=2,5;LEN=2,1;MLLD=14.9727,13.9818;QD=32.8438;RBI=0.0424118,0.0542707;REFB=-0.0519157,-0.122782;REVB=-0.0285994,-0.0494088;RO=7;SAF=3,13;SAR=0,9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618996,-0.056951;STB=0.5,0.526298;STBP=1,0.3;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00401813,0.020507;OID=.,.;OPOS=18370159,18370161;OREF=CA,-;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:35:34:7:2:3,22:3,29:0.0882353,0.852941:0,9:3,13:5:2:0,11:3,18:2:0 chr19 18375563 . G A 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=4;FWDB=-0.00120736;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.524;QD=18.2899;RBI=0.0175624;REFB=-0.0300029;REVB=0.0175209;RO=33;SAF=27;SAR=5;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636519;STB=0.535352;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0179244;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:5:27:29:4:5:27:29:4 chr19 18375608 . G A 466.42 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=44;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=7;FWDB=0.00414334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.987;QD=19.8476;RBI=0.0166121;REFB=-0.0115197;REVB=-0.0160871;RO=47;SAF=44;SAR=2;SRF=41;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305537;STB=0.699532;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0112669;OID=.;OPOS=18375608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:48:46:46:0.489362:2:44:41:6:2:44:41:7 chr19 18375659 . C T 969.41 PASS AF=0.519337;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=181;FR=.;FRO=87;FSAF=74;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=22;FWDB=-0.000133243;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8608;QD=21.4234;RBI=0.0112595;REFB=-0.0113152;REVB=0.0112587;RO=83;SAF=74;SAR=20;SRF=63;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352065;STB=0.527847;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0135467;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:83:87:94:94:0.519337:20:74:63:20:20:74:65:22 chr19 18375815 . G A 372.63 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0129299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4274;QD=14.3319;RBI=0.0215901;REFB=-0.0299428;REVB=0.0172902;RO=61;SAF=25;SAR=18;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447792;STB=0.525232;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0247012;OID=.;OPOS=18375815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:18:25:38:23:18:25:38:23 chr19 18375846 . G A 287.79 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0276025;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.491;QD=15.7695;RBI=0.0279737;REFB=-0.0228012;REVB=0.0045419;RO=40;SAF=20;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517261;STB=0.523451;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0286782;OID=.;OPOS=18375846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:40:41:32:32:0.438356:12:20:23:17:12:20:24:17 chr19 18375882 . G C 217.63 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0276187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0318;QD=16.7406;RBI=0.0675299;REFB=-0.0164664;REVB=-0.0616238;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132695;STB=0.575278;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0173296;OID=.;OPOS=18375882;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:8:16:15:13:8:16:15:13 chr19 18376407 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.574;QD=53.2772;RBI=0.0195952;REFB=0;REVB=0.0131962;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162614;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 18376517 . C T 167.81 PASS AF=0.392157;AO=17;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00340302;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.707;QD=13.1617;RBI=0.00577109;REFB=-0.00101687;REVB=-0.004661;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669335;STB=0.528897;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00141404;OID=.;OPOS=18376517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:31:17:20:0.392157:8:9:20:14:8:12:20:11 chr19 18376522 . T G 783.85 PASS AF=1;AO=44;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.528;QD=57.0073;RBI=0.0245176;REFB=0;REVB=0.000375314;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532713;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:44:55:1:19:25:0:0:22:33:0:0 chr19 18377274 . A G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.414;QD=61.3351;RBI=0.0342478;REFB=0;REVB=0.0309304;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408064;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:4:36:0:0:4:36:0:0 chr19 18377496 . C G 1453.72 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3775;QD=57.5731;RBI=0.0408165;REFB=0.0135039;REVB=-0.00156197;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243818;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:101:2:0:98:101:1:45:53:2:0:45:56:0:0 chr19 18377647 . G C 223.0 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.84;QD=49.5545;RBI=0.0321569;REFB=0;REVB=0.0304054;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154013;OID=.;OPOS=18377647;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:1:13:0:0:1:17:0:0 chr19 18377761 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0323209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.372;QD=15.6193;RBI=0.0389843;REFB=-0.0300508;REVB=-0.0217975;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17303;STB=0.598827;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0218294;OID=.;OPOS=18377761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:18:7:8:10:18:7 chr19 18378219 . A G 898.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.128;QD=57.9845;RBI=0.0177916;REFB=0;REVB=0.0007846;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11083e-05;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:24:36:0:0:26:36:0:0 chr19 18392894 . C T 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0534385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0586;QD=8.79673;RBI=0.0561784;REFB=0.011697;REVB=0.0173301;RO=46;SAF=16;SAR=4;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299688;STB=0.68128;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0231378;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:4:16:27:19:4:16:27:19 chr19 18392913 . A G 168.16 PASS AF=0.310811;AO=21;DP=69;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.010602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0905;QD=9.08998;RBI=0.0385011;REFB=-0.0249509;REVB=-0.0370126;RO=41;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190056;STB=0.619323;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0439022;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:41:51:21:23:0.310811:6:15:23:18:6:17:30:21 chr19 18444360 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1745;QD=43.4855;RBI=0.0883401;REFB=0;REVB=-0.0673194;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232524;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 18497024 . G C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00995883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.422;QD=10.1042;RBI=0.0170694;REFB=-0.0126487;REVB=-0.0138632;RO=40;SAF=17;SAR=3;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345528;STB=0.70809;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0201109;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:3:17:25:15:3:17:25:15 chr19 18502835 . G A 572.63 PASS AF=0.461538;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=130;FR=.;FRO=70;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00757116;FXX=0.00763301;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.055;QD=17.6194;RBI=0.00925848;REFB=-0.00610194;REVB=-0.00532888;RO=70;SAF=40;SAR=20;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705792;STB=0.539312;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00697547;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:70:70:60:60:0.461538:20:40:42:28:20:40:42:28 chr19 18538742 . A C 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.000811067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.815;QD=15.7531;RBI=0.00608516;REFB=-0.0231839;REVB=-0.00603087;RO=46;SAF=23;SAR=12;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227857;STB=0.628702;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0336146;OID=.;OPOS=18538742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:12:23:20:26:12:23:20:26 chr19 18546678 . T C 349.78 PASS AF=0.361345;AO=41;DP=117;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=-0.0281673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.323;QD=11.7572;RBI=0.0342999;REFB=0.00511458;REVB=0.0195726;RO=74;SAF=21;SAR=20;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470681;STB=0.540965;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00690827;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:74:76:41:43:0.361345:20:21:41:33:22:21:42:34 chr19 18547305 . T A 401.27 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00417616;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7291;QD=16.213;RBI=0.0497333;REFB=-0.0253444;REVB=-0.0495577;RO=45;SAF=26;SAR=16;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103243;STB=0.534587;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0405121;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:45:57:42:42:0.424242:16:26:23:22:16:26:32:25 chr19 18553580 . CAGAT C 188.44 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00746675;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=329.494;QD=13.4601;RBI=0.0130307;REFB=-0.00750283;REVB=0.0106792;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494202;STB=0.557226;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=0.0114125;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410714:22:56:23:56:33:11:12:19:14:99:31:11:11:17:14 chr19 18562438 . C T 346.22 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0181897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.363;QD=16.8889;RBI=0.0210893;REFB=-0.0297228;REVB=0.0106721;RO=45;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339044;STB=0.519028;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0307798;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:16:21:24:21:16:21:24:21 chr19 18679379 . C G 444.44 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0566301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4334;QD=20.4338;RBI=0.0621964;REFB=-0.0167003;REVB=0.0257183;RO=43;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11571;STB=0.563953;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0221503;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:21:23:28:15:21:23:28:15 chr19 18684563 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.000901831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.875;QD=21.1726;RBI=0.0248374;REFB=-0.00367322;REVB=-0.0248211;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233815;STB=0.649772;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00669713;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:7:8:12:12:0.6:6:6:6:1:6:6:7:1 chr19 18700047 . A G 755.0 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168175;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.144;QD=54.9088;RBI=0.0239387;REFB=-0.0220941;REVB=-0.0170363;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000110612;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr19 18710535 . G A 1301.85 PASS AF=0.967742;AO=85;DP=90;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0525286;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.047;QD=55.9935;RBI=0.0706069;REFB=-0.16553;REVB=0.0471813;RO=3;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319052;STB=0.51546;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00787487;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:90:93:3:3:85:90:0.967742:43:42:0:3:47:43:0:3 chr19 18726856 . T C 2191.69 PASS AF=0.967532;AO=149;DP=154;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=85;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0141369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.81;QD=56.9269;RBI=0.022679;REFB=-0.0254557;REVB=-0.0177338;RO=5;SAF=85;SAR=64;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271537;STB=0.514284;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00220126;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:154:5:5:149:149:0.967532:64:85:5:0:64:85:5:0 chr19 18775077 . C T 4478.43 PASS AF=0.97377;AO=296;DP=305;FAO=297;FDP=305;FR=.;FRO=8;FSAF=148;FSAR=149;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.05388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7182;QD=58.7336;RBI=0.063256;REFB=-0.0627232;REVB=0.0331402;RO=7;SAF=147;SAR=149;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958432;STB=0.506601;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00445785;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:305:305:7:8:296:297:0.97377:149:147:5:2:149:148:6:2 chr19 18876309 . A G 870.39 PASS AF=0.585185;AO=79;DP=137;FAO=79;FDP=135;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00820179;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.564;QD=25.7893;RBI=0.00954404;REFB=-0.0222205;REVB=-0.0048805;RO=51;SAF=40;SAR=39;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166976;STB=0.512192;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0140116;OID=.;OPOS=18876309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:51:56:79:79:0.585185:39:40:27:24:39:40:30:26 chr19 18977937 . G C 463.76 PASS AF=0.416;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=44;FSRR=29;FWDB=0.00943709;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.517;QD=14.8402;RBI=0.0411792;REFB=-0.00480915;REVB=0.0400833;RO=73;SAF=33;SAR=19;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352649;STB=0.519848;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00362528;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:73:73:52:52:0.416:19:33:44:29:19:33:44:29 chr19 19011244 . T C 683.89 PASS AF=0.526316;AO=65;DP=132;FAO=70;FDP=133;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00527275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.737;QD=20.5682;RBI=0.0267412;REFB=-0.00112797;REVB=-0.0262162;RO=61;SAF=34;SAR=31;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142382;STB=0.562964;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000896667;OID=.;OPOS=19011244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:61:63:65:70:0.526316:31:34:22:39:34:36:24:39 chr19 19011256 . A G 678.19 PASS AF=0.53125;AO=65;DP=125;FAO=68;FDP=128;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00594033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.244;QD=21.1933;RBI=0.0120861;REFB=-0.0164331;REVB=-0.0105255;RO=59;SAF=29;SAR=36;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346447;STB=0.533324;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0172189;OID=.;OPOS=19011256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:59:60:65:68:0.53125:36:29:24:35:36:32:24:36 chr19 19023853 . T C 214.6 PASS AF=0.431034;AO=26;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00181641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1861;QD=14.8;RBI=0.00652411;REFB=-0.0320301;REVB=0.00626615;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148701;STB=0.562451;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0333977;OID=.;OPOS=19023853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:26:25:0.431034:12:14:22:10:11:14:22:11 chr19 19040312 . G C 158.64 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0974538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.113;QD=45.3243;RBI=0.0977829;REFB=0;REVB=-0.00801622;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00438515;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 19049198 . G A 359.24 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0583871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.097;QD=14.8139;RBI=0.0594496;REFB=-0.01226;REVB=-0.0111892;RO=55;SAF=17;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187042;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0187674;OID=.;OPOS=19049198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:58:39:39:0.402062:22:17:23:32:22:17:25:33 chr19 19136541 . C T 343.19 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00721682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.171;QD=18.8048;RBI=0.0421291;REFB=-0.0133773;REVB=0.0415064;RO=37;SAF=27;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220887;STB=0.623926;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0122517;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:9:27:20:17:9:27:20:17 chr19 19162559 . C G 60.95 PASS AF=0.156627;AO=12;DP=82;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=-0.00971151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2219;QD=2.93722;RBI=0.0530451;REFB=-0.00885804;REVB=-0.0521485;RO=64;SAF=11;SAR=1;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661514;STB=0.930588;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0817565;OID=.;OPOS=19162559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:82:83:64:70:12:13:0.156627:1:11:22:42:1:12:27:43 chr19 19168295 . T G,TG 61.94 PASS AF=0,0.232394;AO=8,26;DP=146;FAO=0,33;FDP=142;FR=.;FRO=109;FSAF=0,23;FSAR=0,10;FSRF=64;FSRR=45;FWDB=-0.0138731,-0.109229;FXX=0.0138879;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=60.0828,8.47179;QD=1.74475;RBI=0.0207852,0.152205;REFB=-0.0116275,-0.152678;REVB=0.0154779,0.105997;RO=109;SAF=8,21;SAR=0,5;SRF=61;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.525189,0.356745;STB=0.5,0.592448;STBP=1,0.262;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.160467;OID=.,.;OPOS=19168295,19168296;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:146:142:109:109:8,26:0,33:0,0.232394:0,5:8,21:61:48:0,10:0,23:64:45 chr19 19230868 . A G 3269.58 PASS AF=1;AO=207;DP=208;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233639;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.347;QD=61.1137;RBI=0.0453043;REFB=0.0800939;REVB=0.038815;RO=0;SAF=137;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.83094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9646e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:214:0:0:207:214:1:70:137:0:0:76:138:0:0 chr19 19249238 . G A 801.01 PASS AF=0.449198;AO=83;DP=185;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=68;FWDB=0.030128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.478;QD=17.1339;RBI=0.0304875;REFB=-0.0245459;REVB=0.00466823;RO=102;SAF=33;SAR=50;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572339;STB=0.537649;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0332617;OID=.;OPOS=19249238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:102:103:83:84:0.449198:50:33:35:67:50:34:35:68 chr19 19267910 . G A 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0273722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4783;QD=17.4254;RBI=0.0277784;REFB=-0.0253137;REVB=-0.00473321;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258861;STB=0.64691;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0262466;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:7:16:8:11:7:16 chr19 19338942 . G A 311.51 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0267583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.391;QD=19.1697;RBI=0.0274882;REFB=-0.00660981;REVB=-0.00629256;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976587;STB=0.554275;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0112364;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:12:20:17:16:12:20 chr19 19339285 . G A 409.29 PASS AF=0.442308;AO=45;DP=107;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00408008;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.074;QD=15.742;RBI=0.00445901;REFB=-0.0158911;REVB=-0.00179883;RO=56;SAF=28;SAR=17;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124113;STB=0.58444;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0207394;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:56:58:45:46:0.442308:17:28:28:28:17:29:28:30 chr19 19369435 . A G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00168712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.409;QD=10.3776;RBI=0.0464663;REFB=-0.0536002;REVB=-0.0464357;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.035825;OID=.;OPOS=19369435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr19 19446936 . G A 634.56 PASS AF=0.533898;AO=63;DP=118;FAO=63;FDP=118;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0444983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1785;QD=21.5105;RBI=0.0492976;REFB=-0.00397852;REVB=-0.0212168;RO=54;SAF=38;SAR=25;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733982;STB=0.53433;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0024392;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:54:55:63:63:0.533898:25:38:37:17:25:38:37:18 chr19 19449686 . G T 665.25 PASS AF=0.437126;AO=73;DP=167;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=52;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=53;FWDB=0.0228093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.494;QD=15.934;RBI=0.0375598;REFB=-0.0123185;REVB=-0.0298408;RO=94;SAF=52;SAR=21;SRF=41;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291807;STB=0.663288;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0129399;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:94:94:73:73:0.437126:21:52:41:53:21:52:41:53 chr19 19449719 . C T 808.95 PASS AF=0.5125;AO=82;DP=160;FAO=82;FDP=160;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.0302156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.813;QD=20.2236;RBI=0.0305355;REFB=-0.010135;REVB=0.00440899;RO=77;SAF=38;SAR=44;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151712;STB=0.585936;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0107566;OID=.;OPOS=19449719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:77:78:82:82:0.5125:44:38:49:28:44:38:50:28 chr19 19456096 . A C 321.31 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0584728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2767;QD=11.5786;RBI=0.123001;REFB=-0.00239597;REVB=-0.108213;RO=69;SAF=14;SAR=26;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254792;STB=0.645817;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00400424;OID=.;OPOS=19456096;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:71:40:40:0.36036:26:14:40:29:26:14:41:30 chr19 19466601 . G A 456.94 PASS AF=0.435897;AO=50;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0171105;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.816;QD=15.6218;RBI=0.018508;REFB=-0.0193274;REVB=-0.00705522;RO=65;SAF=19;SAR=31;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212701;STB=0.521792;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0251792;OID=.;OPOS=19466601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:66:50:51:0.435897:31:19:26:39:32:19:27:39 chr19 19467085 . G C 632.0 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.288;QD=61.6584;RBI=0.0442524;REFB=0;REVB=0.018658;RO=0;SAF=32;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123341;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:8:32:0:0:9:32:0:0 chr19 19467937 . T C 447.77 PASS AF=0.853659;AO=29;DP=38;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00956644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4134;QD=43.685;RBI=0.0320259;REFB=0.0256501;REVB=0.0305637;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559406;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00168183;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:38:41:0:6:29:35:0.853659:13:16:0:0:15:20:1:5 chr19 19468710 . C G 251.06 PASS AF=0.482759;AO=25;DP=55;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0381832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.613;QD=17.3145;RBI=0.0409793;REFB=-0.0304785;REVB=0.0148778;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171052;STB=0.573697;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.027536;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:30:30:25:28:0.482759:16:9:16:14:17:11:16:14 chr19 19468734 . G A 200.69 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0157018;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.093;QD=19.5791;RBI=0.0184025;REFB=-0.0207562;REVB=-0.00959718;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0233697;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:18:20:0.487805:11:7:11:10:12:8:11:10 chr19 19606634 . G A 424.09 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0371932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7944;QD=21.473;RBI=0.0372495;REFB=-0.0276803;REVB=0.00204796;RO=35;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438135;STB=0.522286;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0224522;OID=.;OPOS=19606634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:37:42:42:0.531646:19:23:21:14:19:23:22:15 chr19 19625547 . A G 319.55 PASS AF=0.271028;AO=25;DP=107;FAO=29;FDP=107;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=64;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0394233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.126;QD=11.9459;RBI=0.0404369;REFB=-0.0158197;REVB=-0.00899725;RO=58;SAF=16;SAR=9;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112746;STB=0.584994;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0574841;OID=.;OPOS=19625547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:64:25:29:0.271028:9:16:42:16:13:16:43:21 chr19 19627078 . C A 294.24 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0106239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.263;QD=15.0894;RBI=0.0106807;REFB=-0.00365919;REVB=0.00109971;RO=45;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254183;STB=0.514368;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00467016;OID=.;OPOS=19627078;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:14:19:27:18:14:19:27:18 chr19 19654117 . G C 517.07 PASS AF=0.388535;AO=61;DP=157;FAO=61;FDP=157;FR=.;FRO=96;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0120929;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.678;QD=13.1737;RBI=0.0479234;REFB=-0.0100874;REVB=0.0463725;RO=96;SAF=33;SAR=28;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669092;STB=0.537806;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.013974;OID=.;OPOS=19654117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:96:96:61:61:0.388535:28:33:46:50:28:33:46:50 chr19 19735257 . G T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.607;QD=57.5452;RBI=0.029545;REFB=0;REVB=0.0043871;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59403e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr19 19789528 . A G 907.37 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459228;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.284;QD=57.6108;RBI=0.0247887;REFB=0;REVB=0.0243596;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451503;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:22:39:0:0:24:39:0:0 chr19 19855654 . C T 311.5 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00174775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.936;QD=19.1693;RBI=0.0141975;REFB=-0.0180018;REVB=-0.0140895;RO=32;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013399;STB=0.507458;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0368381;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:16:17:16:16:16:17:16:16 chr19 19910250 . T C 350.84 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0356562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4396;QD=17.9919;RBI=0.0385054;REFB=0.00416705;REVB=-0.0145362;RO=41;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953171;STB=0.553222;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00668094;OID=.;OPOS=19910250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:20:17:23:18:20:17:23:18 chr19 19989295 . A G 44.95 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0144498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.626;QD=8.17263;RBI=0.0179987;REFB=-0.011746;REVB=-0.0107312;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.101424;OID=.;OPOS=19989295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:10:5:4:3:10:5 chr19 20003109 . A G 142.21 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7891;QD=43.7579;RBI=0.0587412;REFB=0;REVB=-0.0373592;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235057;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr19 20044041 . G T 61.64 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0182975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.093;QD=20.5468;RBI=0.0805494;REFB=0.00420423;REVB=-0.0784436;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.719257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0310152;OID=.;OPOS=20044041;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:12:12:3:3:7:7:0.583333:1:6:1:2:1:6:1:2 chr19 20117685 . G A 247.09 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=0.00297404;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.023;QD=19.3798;RBI=0.00911063;REFB=-0.0143063;REVB=0.00861155;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152778;STB=0.590846;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0127729;OID=.;OPOS=20117685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:8:18:20:4:8:18:21:4 chr19 20135066 . G T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.654;QD=7.46503;RBI=0.0387247;REFB=-0.00148694;REVB=-0.0344366;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00816053;OID=.;OPOS=20135066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:7:10:3:4:7:10 chr19 20150125 . T C 128.65 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.018294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=10.0898;RBI=0.0297378;REFB=-0.0220305;REVB=-0.023445;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30985;STB=0.646891;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0328213;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:35:15:16:0.313725:8:7:25:9:8:8:25:10 chr19 20150175 . G C 83.05 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0204945;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.599;QD=8.74238;RBI=0.0251754;REFB=-0.00563511;REVB=-0.0146211;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136125;STB=0.559889;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0107953;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:25:27:11:11:0.289474:7:4:12:13:7:4:12:15 chr19 20229486 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00615528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.729;QD=10.6346;RBI=0.0113868;REFB=-0.0109115;REVB=-0.00957976;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376558;STB=0.736129;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0236619;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:8:5:1:7:8:5 chr19 20369503 . C G 688.48 PASS AF=0.438596;AO=75;DP=171;FAO=75;FDP=171;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=-0.024897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.427;QD=16.1049;RBI=0.0399165;REFB=-0.00810146;REVB=-0.0312004;RO=95;SAF=46;SAR=29;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00296649;STB=0.50541;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00954963;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:95:96:75:75:0.438596:29:46:58:37:29:46:58:38 chr19 20807438 . A G 61.89 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.1914;QD=35.3639;RBI=0.158516;REFB=0;REVB=0.115625;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184378;OID=.;OPOS=20807438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 20808149 . A G 1230.92 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046357;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.018;QD=61.5458;RBI=0.109794;REFB=0;REVB=0.0995278;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325606;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr19 21133283 . TTAAA T 196.82 PASS AF=0.380435;AO=34;DP=94;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0118082;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=4;MLLD=279.505;QD=8.55729;RBI=0.0205574;REFB=-0.0102766;REVB=0.0168278;RO=52;SAF=22;SAR=12;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120791;STB=0.52104;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0166698;OID=.;OPOS=21133284;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380435:34:94:35:92:57:22:13:34:23:99:52:22:12:28:24 chr19 21299774 . T TATA 109.81 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00763263;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.575;QD=23.1179;RBI=0.00770398;REFB=-0.0492951;REVB=0.00104606;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329969;STB=0.683945;STBP=0.078;TYPE=ins;VARB=0.00748341;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:12:20:12:19:7:6:6:7:0:47:7:6:6:7:0 chr19 21300462 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00656497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.501;QD=59.0187;RBI=0.0168857;REFB=0;REVB=0.0155573;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36421e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr19 21477379 . C T 141.93 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00746056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.745;QD=9.62223;RBI=0.0423197;REFB=-0.00994277;REVB=-0.0416569;RO=39;SAF=6;SAR=13;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337604;STB=0.705567;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0237608;OID=.;OPOS=21477379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:40:19:19:0.322034:13:6:24:15:13:6:25:15 chr19 21477431 . T C 319.88 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00175413;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.128;QD=23.2637;RBI=0.0315568;REFB=-0.0118608;REVB=0.031508;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29642;STB=0.641341;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0109206;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:21:23:32:32:0.581818:14:18:3:18:14:18:5:18 chr19 21492062 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.797;QD=64.4142;RBI=0.0221375;REFB=0;REVB=0.01846;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4268e-05;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:24:26:0:0 chr19 21544571 . G A 526.07 PASS AF=0.53;AO=51;DP=99;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00163044;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.056;QD=21.0429;RBI=0.0267284;REFB=-0.0219885;REVB=0.0266786;RO=48;SAF=32;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599042;STB=0.5238;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0181069;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:47:51:53:0.53:19:32:27:21:20:33:27:20 chr19 21580012 . T G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00820582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.126;QD=14.132;RBI=0.00874454;REFB=-0.0121359;REVB=0.00302186;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108965;STB=0.506322;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0167101;OID=.;OPOS=21580012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:15:16:10:9:15:16 chr19 21606429 . G T 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00158445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.322;QD=18.9983;RBI=0.0137482;REFB=-0.0135889;REVB=0.0136566;RO=15;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306469;STB=0.660153;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0153521;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:2:15:10:5:2:15:12:5 chr19 21607878 . ATAAT A 161.83 PASS AF=0.38;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0542441;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=4;MLLD=240.868;QD=12.9466;RBI=0.0543416;REFB=-0.00692098;REVB=0.00325306;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243266;STB=0.651445;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=0.0117377;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:19:51:19:50:31:8:11:6:25:99:29:8:11:6:23 chr19 21608264 . T C 184.06 PASS AF=0.59375;AO=15;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0319332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8007;QD=23.0069;RBI=0.231935;REFB=-0.0639798;REVB=0.229726;RO=13;SAF=15;SAR=0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.803909;STB=0.512182;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0596048;OID=.;OPOS=21608264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:15:19:0.59375:0:15:10:3:4:15:10:3 chr19 21608269 . AC GT 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00828878;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=194.199;QD=23.3816;RBI=0.0165882;REFB=-0.00425838;REVB=-0.0143688;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807502;STB=0.545404;STBP=0.647;TYPE=mnp;VARB=0.00552008;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:10:4:4:15:10:4 chr19 21608272 . A T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00441866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.862;QD=23.3816;RBI=0.00607075;REFB=-0.0129789;REVB=-0.00416287;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807502;STB=0.545404;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00813334;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:10:4:4:15:10:4 chr19 21608275 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00686548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1307;QD=24.2921;RBI=0.0076517;REFB=0.00436818;REVB=-0.00337843;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988307;STB=0.555494;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00310245;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:4:15:9:4:4:15:9:4 chr19 21608280 . T A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0171575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.763;QD=21.51;RBI=0.0215003;REFB=-0.0264356;REVB=-0.0129569;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129691;STB=0.573681;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0392979;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:3:15:11:4:3:15:11:4 chr19 21608283 . A C 177.39 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0307567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.274;QD=21.502;RBI=0.0328459;REFB=-0.0356421;REVB=0.0115274;RO=15;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129691;STB=0.573681;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0595667;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:3:15:11:4:3:15:11:4 chr19 21608287 . G C 201.85 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0211866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.65;QD=21.2477;RBI=0.0396768;REFB=-0.0264422;REVB=-0.0335467;RO=18;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317902;STB=0.51784;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0429651;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:5:15:14:4:5:15:14:4 chr19 21608311 . G A 182.07 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0279821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1029;QD=16.9371;RBI=0.0467829;REFB=0.0390568;REVB=-0.0374919;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21636;STB=0.601011;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0532337;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:7:12:19:4:7:12:19:5 chr19 21608319 . A C 181.06 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.000617727;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.9561;QD=16.4604;RBI=0.00785297;REFB=-0.0233588;REVB=0.00782864;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11142;STB=0.581689;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.03296;OID=.;OPOS=21608319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:25:19:19:0.431818:7:12:19:7:7:12:19:6 chr19 21688602 . C G 733.56 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0147226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.268;QD=51.4776;RBI=0.0281709;REFB=0.0527244;REVB=0.0240175;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000145384;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:57:0:1:53:56:0.982456:19:34:0:0:22:34:1:0 chr19 21719401 . T C 184.32 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.242;QD=40.9596;RBI=0.0523025;REFB=-0.156831;REVB=-0.00869215;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00125011;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:16:17:0.944444:11:5:1:0:11:6:1:0 chr19 21719449 . G A 47.33 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0109421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.815;QD=11.1368;RBI=0.0172616;REFB=-0.00797883;REVB=-0.0133504;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383856;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00925926;OID=.;OPOS=21719449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:4:2:3:7:4:3:3:7 chr19 21948570 . T C 435.89 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0151058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6535;QD=26.8237;RBI=0.0541857;REFB=0.00094169;REVB=-0.0520376;RO=24;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00345676;STB=0.501886;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00202856;OID=.;OPOS=21948570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:19:22:13:11:19:22:13:11 chr19 22115982 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1099;QD=40.7584;RBI=0.0231449;REFB=0;REVB=0.0230498;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112827;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr19 22115990 . G A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.485;QD=24.3281;RBI=0.0223742;REFB=-0.0104796;REVB=0.00666073;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00166755;OID=.;OPOS=22115990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:0:2:4:3:0:2 chr19 22153495 . A T 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0176616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8795;QD=12.7874;RBI=0.0686217;REFB=-0.0215765;REVB=-0.0663099;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237927;STB=0.513998;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0427344;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:16:7:4:10:16:7 chr19 22154732 . T C 187.68 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0427897;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.7;QD=19.2488;RBI=0.0428053;REFB=-0.038477;REVB=0.00115843;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.512182;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0301742;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:21:20:19:19:0.487179:10:9:9:12:10:9:9:11 chr19 22154954 . C T 93.05 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00276474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.155;QD=9.54395;RBI=0.0504397;REFB=-0.00300311;REVB=-0.0503639;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462866;STB=0.776192;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00489537;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:26:27:12:12:0.307692:2:10:12:14:2:10:13:14 chr19 22155896 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0299082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.744;QD=16.8218;RBI=0.0316548;REFB=-0.0648564;REVB=-0.0103693;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0168641;OID=.;OPOS=22155896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr19 22156482 . G T 168.21 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0329274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1893;QD=16.0202;RBI=0.0455395;REFB=0.00332092;REVB=0.0314584;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155444;STB=0.615266;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00616837;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:24:18:18:0.428571:8:10:15:6:8:10:18:6 chr19 22156585 . G T 289.34 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4746;QD=52.607;RBI=0.03995;REFB=0;REVB=-0.0264137;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24919e-05;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr19 22157302 . G A 481.66 PASS AF=0.468468;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.0140396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.794;QD=17.3573;RBI=0.0146592;REFB=0.000228437;REVB=0.00421697;RO=58;SAF=29;SAR=22;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856247;STB=0.536957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.000288354;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:59:51:52:0.468468:22:29:38:20:22:30:38:21 chr19 22575488 . C T 481.46 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00362427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.336;QD=53.4953;RBI=0.0328697;REFB=0.0370232;REVB=0.0326693;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389367;STB=0.520821;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0153103;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:2:0:11:23:2:0 chr19 22586192 . A G 104.3 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.471;QD=37.9254;RBI=0.0286858;REFB=0;REVB=0.022995;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0270994;OID=.;OPOS=22586192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:4:4:0:0:7:4:0:0 chr19 22817278 . T G 102.82 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00690732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.768;QD=12.097;RBI=0.040609;REFB=-0.0446258;REVB=0.0400172;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.666405;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0577781;OID=.;OPOS=22817278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:9:11:11:3:9:11 chr19 22846697 . T C 46.03 PASS AF=0.170213;AO=7;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0160945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5043;QD=3.91754;RBI=0.0243872;REFB=8.6428e-05;REVB=0.0183222;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347487;STB=0.762999;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000226949;OID=.;OPOS=22846697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:47:47:39:39:7:8:0.170213:3:4:11:28:3:5:11:28 chr19 22846788 . C A 366.02 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0299105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.485;QD=21.5308;RBI=0.0307873;REFB=-0.0199133;REVB=0.0072951;RO=31;SAF=12;SAR=25;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164211;STB=0.500907;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0196158;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:25:12:10:21:25:12:10:21 chr19 22848028 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0181284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.277;QD=23.3999;RBI=0.0214859;REFB=0.00727672;REVB=0.0115327;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00714158;OID=.;OPOS=22848028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:1:2:3:5:1:2 chr19 22868096 . A G 252.22 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0161928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.716;QD=16.2722;RBI=0.0162853;REFB=-0.0134671;REVB=-0.00173345;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976889;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0229245;OID=.;OPOS=22868096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:28:29:0.467742:16:12:17:15:17:12:18:15 chr19 22868147 . G A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00586445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.881;QD=17.9428;RBI=0.0160201;REFB=0.00673402;REVB=-0.0149081;RO=28;SAF=13;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00625383;OID=.;OPOS=22868147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:15:13:13:15:15:13:14:15 chr19 22868205 . T C 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00451348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2365;QD=11.6632;RBI=0.0617539;REFB=-0.0205221;REVB=0.0615887;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496759;STB=0.52937;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.041301;OID=.;OPOS=22868205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:10:16:8:6:10:16 chr19 22868445 . C T 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00355865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0588;QD=6.45686;RBI=0.00397021;REFB=-0.00974253;REVB=0.00176029;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639966;STB=0.553231;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0300907;OID=.;OPOS=22868445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:39:42:13:13:0.236364:8:5:17:22:8:5:19:23 chr19 22868470 . G T 90.08 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00400882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.177;QD=7.66669;RBI=0.0120173;REFB=-0.000582003;REVB=0.0113289;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171003;STB=0.510621;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00601371;OID=.;OPOS=22868470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:17:18:6:6:17:18 chr19 22868479 . C T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0270827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.664;QD=7.47102;RBI=0.0282592;REFB=-0.0145306;REVB=-0.0080692;RO=31;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348921;STB=0.510619;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0358178;OID=.;OPOS=22868479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:6:5:15:16:6:5:15:17 chr19 22868484 . C T 80.58 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0266981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.071;QD=7.86161;RBI=0.0358645;REFB=-0.0152757;REVB=-0.0239473;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408161;STB=0.515667;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.037457;OID=.;OPOS=22868484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:30:30:10:11:0.268293:6:4:13:17:6:5:13:17 chr19 22868965 . T C 101.95 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.019;QD=40.7781;RBI=0.0961484;REFB=0;REVB=0.0622191;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229766;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr19 22937148 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0249969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.808;QD=15.2905;RBI=0.0279387;REFB=-0.0106293;REVB=0.0124789;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237585;STB=0.636106;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0146081;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:8:1:3:6:8:1 chr19 22937238 . T C 306.11 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.000339118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.597;QD=15.3056;RBI=0.0509934;REFB=-0.0216923;REVB=0.0509923;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237292;STB=0.637425;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0173334;OID=.;OPOS=22937238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:46:34:34:0.425:17:17:12:33:17:17:12:34 chr19 22937334 . G T 394.68 PASS AF=0.442105;AO=40;DP=92;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.030819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.541;QD=16.6179;RBI=0.0320803;REFB=-0.0208843;REVB=-0.00890726;RO=52;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706108;STB=0.530875;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0266538;OID=.;OPOS=22937334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:52:53:40:42:0.442105:25:15:23:29:26:16:23:30 chr19 22937638 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0554248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.906;QD=18.767;RBI=0.0763949;REFB=0.0218142;REVB=0.0525764;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00329898;OID=.;OPOS=22937638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:1:2:4:2:1:2 chr19 22939096 . T G 129.1 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0667172;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1479;QD=8.46531;RBI=0.0667311;REFB=-0.0174165;REVB=0.00135802;RO=44;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683173;STB=0.530086;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0376695;OID=.;OPOS=22939096;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:44:43:18:18:0.295082:12:6:17:27:12:6:16:27 chr19 22939326 . G A 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0373613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.496;QD=9.47519;RBI=0.0463119;REFB=-0.0325471;REVB=-0.0273665;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132937;STB=0.580488;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0283053;OID=.;OPOS=22939326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:8:13:5:5:8:13 chr19 22940046 . C A 60.69 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0259797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.113;QD=17.3389;RBI=0.0756242;REFB=-0.0101225;REVB=0.0710217;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00699979;OID=.;OPOS=22940046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:5:1:6:2:5:1 chr19 22940192 . A AG 54.05 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0697263;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.5021;QD=24.0239;RBI=0.0697263;REFB=-0.0979774;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.044786;OID=.;OPOS=22940193;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:7:9:7:9:2:7:0:2:0:10:2:7:0:2:0 chr19 22940659 . C T 238.94 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0866144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9516;QD=20.7776;RBI=0.0976503;REFB=-0.0353231;REVB=-0.0450947;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776697;STB=0.543688;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0327723;OID=.;OPOS=22940659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:13:10:12:11:13:10:12:11 chr19 22940694 . C T 293.61 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0372525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2349;QD=15.4531;RBI=0.0502813;REFB=-0.0184899;REVB=-0.0337707;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790934;STB=0.52827;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0265506;OID=.;OPOS=22940694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:43:32:33:0.434211:17:15:23:19:17:16:23:20 chr19 22940899 . G A 88.18 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.5;QD=39.1905;RBI=0.122608;REFB=0;REVB=0.0474256;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171511;OID=.;OPOS=22940899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:5:4:0:0 chr19 22941191 . T A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0124125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.161;QD=10.3792;RBI=0.0172375;REFB=-0.0127853;REVB=0.0119608;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574782;STB=0.839347;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0172274;OID=.;OPOS=22941191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:13:3:7:2:13:3 chr19 22941591 . A T 36.33 PASS AF=0.272727;AO=7;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0094024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.86;QD=6.60565;RBI=0.0939547;REFB=-0.0112896;REVB=-0.0934831;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.705222;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0136097;OID=.;OPOS=22941591;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:22:12:16:7:6:0.272727:3:4:6:6:2:4:6:10 chr19 22942061 . A C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0774637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0445;QD=15.1978;RBI=0.0776847;REFB=-0.00858401;REVB=0.00585567;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258764;STB=0.631397;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0114749;OID=.;OPOS=22942061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:8:6:12:5:8:6:12:6 chr19 22942325 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.26;QD=53.9107;RBI=0.00923393;REFB=0;REVB=0.00340504;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91112e-05;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr19 22942335 . G A 76.54 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0907269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.182;QD=12.2463;RBI=0.0928774;REFB=-0.0293006;REVB=-0.0198705;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044472;STB=0.54229;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0159867;OID=.;OPOS=22942335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:4:6:9:5:4:6:10:5 chr19 22952111 . A G 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00853021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.2747;QD=15.1923;RBI=0.0826554;REFB=0.0104823;REVB=0.082214;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162458;STB=0.593621;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0212964;OID=.;OPOS=22952111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:12:6:7:7:12:6 chr19 23316947 . C T 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0265295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.711;QD=28.7489;RBI=0.0284097;REFB=-0.0025384;REVB=0.0101635;RO=18;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313525;STB=0.508469;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00153593;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:18:12:8:10:18:12:8:11 chr19 23328940 . G A 584.0 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0231783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.94;QD=54.3257;RBI=0.0231825;REFB=-0.00419154;REVB=0.000440549;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407438;STB=0.508231;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=8.61542e-05;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:22:18:0:2:22:18:1:2 chr19 23405457 . T G 84.48 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0397948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5969;QD=24.1371;RBI=0.222716;REFB=-0.109161;REVB=0.219132;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.642594;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.144027;OID=.;OPOS=23405457;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:5:4:9:10:0.714286:4:5:4:1:5:5:4:0 chr19 23405580 . T C 101.74 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.115;QD=40.6948;RBI=0.101586;REFB=0;REVB=0.0528359;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260849;OID=.;OPOS=23405580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 23406165 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.485;QD=52.6131;RBI=0.0720158;REFB=0;REVB=0.0719714;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237431;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:13:9:0:0 chr19 23406801 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.379;QD=51.1846;RBI=0.0494146;REFB=0;REVB=0.00765596;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165375;OID=.;OPOS=23406801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr19 23837365 . A C 375.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1536;QD=55.6347;RBI=0.0478931;REFB=0;REVB=-0.0355177;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76609e-05;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 23927468 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.187;QD=63.8699;RBI=0.0249075;REFB=0;REVB=0.0242636;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37598e-05;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr19 24183696 . T C 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00221038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.706;QD=2.99311;RBI=0.0185818;REFB=0.00682728;REVB=-0.0184499;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433097;STB=0.819216;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0357491;OID=.;OPOS=24183696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:1:5:18:20:1:5:18:20 chr19 24183714 . T C 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0238629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6452;QD=3.24545;RBI=0.0325188;REFB=5.96731e-05;REVB=0.0220915;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350753;STB=0.760933;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.000358595;OID=.;OPOS=24183714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:1:5:20:15:1:5:20:15 chr19 24183723 . T G 33.29 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0399765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.105;QD=3.24787;RBI=0.0809868;REFB=-0.00147382;REVB=-0.0704325;RO=35;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350753;STB=0.760933;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00484376;OID=.;OPOS=24183723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:1:5:20:15:1:5:20:15 chr19 24183727 . A G 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0182971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.753;QD=3.33866;RBI=0.0184121;REFB=-0.00256544;REVB=0.00205393;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335764;STB=0.749064;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.036354;OID=.;OPOS=24183727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:1:5:20:14:1:5:20:14 chr19 24183731 . T C 33.8 PASS AF=0.15;AO=5;DP=39;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.015208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.481;QD=3.37957;RBI=0.0364304;REFB=-0.00138594;REVB=-0.0331042;RO=34;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274169;STB=0.749064;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0130755;OID=.;OPOS=24183731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:40:34:34:5:6:0.15:1:4:20:14:1:5:20:14 chr19 24183734 . T C 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0169448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.659;QD=3.43641;RBI=0.0335771;REFB=0.00558281;REVB=-0.0289879;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319167;STB=0.735949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.136178;OID=.;OPOS=24183734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:1:5:20:13:1:5:20:13 chr19 24183736 . T C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0171327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.08;QD=3.54006;RBI=0.0291318;REFB=-0.00152863;REVB=-0.0235612;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332144;STB=0.743762;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0148322;OID=.;OPOS=24183736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:1:5:19:13:1:5:19:13 chr19 24183758 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00151174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.002;QD=3.64933;RBI=0.00421579;REFB=-3.60384e-05;REVB=0.00393542;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279893;STB=0.705098;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000550233;OID=.;OPOS=24183758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:20:11:1:5:20:11 chr19 24184114 . A G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.01045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.868;QD=2.43216;RBI=0.0372594;REFB=-0.00859258;REVB=0.035764;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215976;STB=0.628216;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.041196;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:59:49:52:7:7:0.118644:3:4:19:30:3:4:22:30 chr19 24310032 . A T 277.32 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0262958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0595;QD=26.4114;RBI=0.0649496;REFB=-0.0210301;REVB=0.0593884;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181339;STB=0.599924;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0163735;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:4:13:13:12:4:13 chr19 29724086 . A C 791.46 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0211643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3753;QD=53.6581;RBI=0.0213153;REFB=0.042054;REVB=0.00253212;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154619;STB=0.500894;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00125354;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:27:30:1:0:27:30:1:1 chr19 29724111 . T G 854.5 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117598;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.283;QD=55.1293;RBI=0.117713;REFB=-0.170406;REVB=-0.00520167;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00439608;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:62:1:1:60:61:0.983871:31:29:1:0:32:29:1:0 chr19 30097268 . C G 251.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4829;QD=50.2298;RBI=0.0460529;REFB=0;REVB=-0.0299802;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732853;OID=.;OPOS=30097268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:1:17:0:0:1:19:0:0 chr19 30102856 . A G 386.92 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0109722;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.351;QD=15.6331;RBI=0.0110355;REFB=-0.00199541;REVB=-0.00117971;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011723;STB=0.520151;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00263806;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:54:58:41:41:0.414141:24:17:23:31:24:17:26:32 chr19 30193721 . G A 1011.79 PASS AF=0.452991;AO=106;DP=234;FAO=106;FDP=234;FR=.;FRO=128;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=81;FSRR=47;FWDB=0.0203333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.073;QD=17.2955;RBI=0.0203414;REFB=-0.0180664;REVB=-0.000574335;RO=128;SAF=46;SAR=60;SRF=81;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194484;STB=0.607539;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0199486;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:128:128:106:106:0.452991:60:46:81:47:60:46:81:47 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1188.99 PASS AF=0.8875,0.1125;AO=66,9;DP=82;FAO=71,9;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=35,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255433,-0.00628363;FXX=0.0361402;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=134.143,107.411;QD=59.4494;RBI=0.0760608,0.0315358;REFB=0,0;REVB=0.0716435,-0.0309035;RO=0;SAF=35,3;SAR=31,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.769e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00690215,0.0635026;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8875,0.1125:66,9:82:71,9:80:0:36,3:35,6:0:0:41:0:35,3:31,6:0:0 chr19 31038995 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0240763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.999;QD=23.263;RBI=0.0240988;REFB=-0.023563;REVB=-0.00104106;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209464;STB=0.622542;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0142997;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:22:23:0.547619:10:12:15:4:11:12:15:4 chr19 31768416 . A G 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00105349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.68;QD=28.2828;RBI=0.0291686;REFB=-0.0277838;REVB=0.0291496;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532078;STB=0.529385;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.015623;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:7:5:11:11:7:5 chr19 31769763 . G A 784.45 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.107;QD=62.7559;RBI=0.204759;REFB=0;REVB=0.204371;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102265;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:19:31:0:0 chr19 32083696 . T C 2046.07 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.433;QD=62.4754;RBI=0.0207238;REFB=0;REVB=-0.0125079;RO=0;SAF=79;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74766e-06;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:52:79:0:0:52:79:0:0 chr19 32873697 . CA C,CG 596.53 PASS AF=0.05,0.95;AO=5,35;DP=40;FAO=2,38;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00626507,-0.00526089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.717,178.786;QD=59.6527;RBI=0.0322916,0.0278449;REFB=0,0;REVB=0.0316781,0.0273434;RO=0;SAF=5,19;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.1382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0385104,0.0033381;OID=.,.;OPOS=32873698,32873698;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.05,0.95:5,35:40:2,38:40:0:2,22:0,16:0:0:6:0:5,19:0,16:0:0 chr19 32930069 . G A 803.78 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247016;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0774;QD=57.4131;RBI=0.0252868;REFB=0;REVB=0.0054087;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180987;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr19 33076729 . C T 129.07 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00598917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2246;QD=15.6443;RBI=0.0336465;REFB=-0.0280194;REVB=-0.0331092;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165929;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0174296;OID=.;OPOS=33076729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:7:8:6:11:7:8:6:12 chr19 33088126 . TAG T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100833;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.994;QD=56.7025;RBI=0.0616375;REFB=0;REVB=0.0608072;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000492503;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:15:14:0:0:4:0:15:14:0:0 chr19 33096786 . G A 150.88 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.00497503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.495;QD=12.5732;RBI=0.0165552;REFB=-0.0132963;REVB=0.0157899;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308281;STB=0.683234;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0273082;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:9:8:6:24:9:8:6:25 chr19 33099277 . T C 89.87 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00281261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4513;QD=7.64863;RBI=0.0681452;REFB=-0.00739182;REVB=-0.0680871;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210724;STB=0.638085;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0479207;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:31:35:12:12:0.255319:6:6:21:10:6:6:24:11 chr19 33099305 . T C 120.87 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00734332;FXX=0.0624902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.312;QD=8.05806;RBI=0.00760459;REFB=-0.0115411;REVB=0.00197621;RO=43;SAF=6;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294206;STB=0.67672;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0315558;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:43:43:17:17:0.283333:11:6:26:17:11:6:26:17 chr19 33099336 . A G 175.11 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00189657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.548;QD=10.0064;RBI=0.0137896;REFB=-3.13533e-05;REVB=0.0136585;RO=47;SAF=9;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185272;STB=0.608601;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=1.15324e-05;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:14:9:26:21:14:9:26:21 chr19 33117666 . T C 362.75 PASS AF=0.433333;AO=35;DP=86;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.024635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.785;QD=16.1222;RBI=0.0257521;REFB=-0.0229469;REVB=-0.00750264;RO=50;SAF=17;SAR=18;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18075;STB=0.576379;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0299429;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:50:51:35:39:0.433333:18:17:33:17:19:20:33:18 chr19 33168412 . C T 542.48 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00691045;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.338;QD=27.124;RBI=0.0103969;REFB=-0.0432071;REVB=-0.00776797;RO=31;SAF=18;SAR=31;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392688;STB=0.521424;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0304552;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:31:31:49:49:0.6125:31:18:13:18:31:18:13:18 chr19 33247965 . C T 444.04 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0157096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.193;QD=17.7616;RBI=0.015797;REFB=-0.0172928;REVB=-0.00165922;RO=54;SAF=27;SAR=18;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446856;STB=0.53085;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0176232;OID=.;OPOS=33247965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:55:45:45:0.45:18:27:30:24:18:27:30:25 chr19 33333155 . G A 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00638172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.115;QD=18.6339;RBI=0.00718275;REFB=-0.00546452;REVB=-0.00329629;RO=56;SAF=31;SAR=23;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024853;STB=0.501376;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00620667;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:23:31:32:24:23:31:32:24 chr19 33372814 . G A 652.52 PASS AF=0.481752;AO=66;DP=137;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0297538;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8228;QD=19.0517;RBI=0.0407722;REFB=-0.0229907;REVB=0.0278762;RO=71;SAF=30;SAR=36;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101752;STB=0.556274;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0220712;OID=.;OPOS=33372814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:71:66:66:0.481752:36:30:40:31:36:30:40:31 chr19 33390796 . G A 1502.18 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5293;QD=61.9454;RBI=0.0315886;REFB=0;REVB=-0.0248355;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201088;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:92:97:1:34:58:0:0:35:62:0:0 chr19 33430816 . T G 964.17 PASS AF=0.522222;AO=92;DP=181;FAO=94;FDP=180;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=0.0409165;FXX=0.0217379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0386;QD=21.426;RBI=0.0409205;REFB=-0.0556881;REVB=0.000572454;RO=81;SAF=35;SAR=57;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915801;STB=0.500375;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387492;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:81:86:92:94:0.522222:57:35:30:51:58:36:33:53 chr19 33444556 . T C 171.6 PASS AF=0.224;AO=27;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00354699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.721;QD=5.49115;RBI=0.00985876;REFB=0.00166937;REVB=-0.00919858;RO=95;SAF=18;SAR=9;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157286;STB=0.577827;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00749749;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:97:27:28:0.224:9:18:52:43:10:18:53:44 chr19 33444576 . C T 132.81 PASS AF=0.180451;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.00482594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.958;QD=3.99426;RBI=0.00728279;REFB=-0.00751617;REVB=0.0054543;RO=109;SAF=16;SAR=8;SRF=63;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119827;STB=0.577474;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0310177;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:109:109:24:24:0.180451:8:16:63:46:8:16:63:46 chr19 33444588 . T G 117.68 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=129;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=60;FSRR=46;FWDB=0.00365886;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.249;QD=3.67752;RBI=0.00417878;REFB=0.000813031;REVB=0.00201865;RO=97;SAF=16;SAR=6;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257134;STB=0.645823;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00586179;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:97:106:22:22:0.171875:6:16:52:45:6:16:60:46 chr19 33444707 . C T 68.58 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.115106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.477;QD=10.9722;RBI=0.117358;REFB=-0.0271586;REVB=-0.0228828;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551644;STB=0.786298;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0207804;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:25:12:15:9:10:0.4:7:2:10:2:8:2:10:5 chr19 33467357 . G A 343.47 PASS AF=0.405941;AO=37;DP=98;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=6.93981e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.087;QD=13.6027;RBI=0.00572019;REFB=-0.0273673;REVB=-0.00571976;RO=57;SAF=27;SAR=10;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238717;STB=0.660933;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0425;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:57:60:37:41:0.405941:10:27:30:27:10:31:31:29 chr19 33467413 . C T 506.02 PASS AF=0.504762;AO=52;DP=104;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=0.0431535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.547;QD=19.277;RBI=0.0434646;REFB=-0.0185861;REVB=-0.00519121;RO=52;SAF=27;SAR=25;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140474;STB=0.58129;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0132069;OID=.;OPOS=33467413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:52:52:53:0.504762:25:27:35:17:26:27:35:17 chr19 33467515 . T C 364.62 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0173374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.952;QD=18.462;RBI=0.0174336;REFB=-0.00574915;REVB=-0.00182896;RO=39;SAF=19;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19929;STB=0.607541;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00298703;OID=.;OPOS=33467515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:39:41:38:38:0.481013:19:19:28:11:19:19:29:12 chr19 33467576 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00466178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.452;QD=15.1562;RBI=0.0419425;REFB=-0.0132661;REVB=0.0416826;RO=31;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260575;STB=0.640464;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00936769;OID=.;OPOS=33467576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:8:17:13:18:8:17:14:18 chr19 33490566 . T C 50.13 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00790131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.096;QD=1.8066;RBI=0.0521621;REFB=-0.00352624;REVB=-0.0515602;RO=92;SAF=8;SAR=4;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191303;STB=0.637803;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0297931;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:111:92:99:12:12:0.108108:4:8:47:45:4:8:51:48 chr19 33490585 . G A 108.38 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0120322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.817;QD=4.1287;RBI=0.0189885;REFB=0.00184069;REVB=0.0146898;RO=85;SAF=9;SAR=10;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407505;STB=0.531029;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00667324;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:85:86:19:19:0.180952:10:9:43:42:10:9:44:42 chr19 33605300 . A G 253.95 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00279704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.988;QD=21.6126;RBI=0.0114319;REFB=-0.0117529;REVB=-0.0110845;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15404;STB=0.574407;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0111535;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:23:24:0.510638:12:11:15:8:12:12:15:8 chr19 33605312 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.302;QD=62.0204;RBI=0.0142436;REFB=0;REVB=-0.0141746;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86044e-05;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr19 33608733 . C A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.039998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.449;QD=7.74646;RBI=0.0490343;REFB=-0.0059096;REVB=-0.0283641;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192504;STB=0.608559;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0163585;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:6:10:19:22:6:10:20:22 chr19 33635761 . C T 406.09 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0101336;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.843;QD=19.8091;RBI=0.0109753;REFB=-0.0129844;REVB=0.00421497;RO=39;SAF=16;SAR=25;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219525;STB=0.621243;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0196248;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:41:41:41:0.5:25:16:25:14:25:16:26:15 chr19 33647379 . T C 199.22 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0426751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.154;QD=13.7394;RBI=0.0441759;REFB=-0.0224739;REVB=0.011417;RO=34;SAF=18;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194664;STB=0.612145;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.032298;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:6:18:20:14:6:18:20:14 chr19 33668046 . G A 150.99 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.03895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.193;QD=11.1842;RBI=0.0401436;REFB=-0.00631079;REVB=0.00971623;RO=35;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502701;STB=0.529381;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0184635;OID=.;OPOS=33668046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:9:10:20:15:9:10:20:15 chr19 33693784 . C T 304.08 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00729222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=19.9399;RBI=0.0166654;REFB=-0.0427122;REVB=-0.0149853;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963235;STB=0.553556;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0446925;OID=.;OPOS=33693784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:19:13:15:14:19:13:15:14 chr19 33696315 . C T 316.84 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0057726;FXX=0.0215031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.1511;QD=13.9271;RBI=0.00618546;REFB=-0.000789679;REVB=-0.00222194;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041761;STB=0.560942;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00148661;OID=.;OPOS=33696315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:42:55:35:36:0.395604:19:16:21:21:20:16:30:25 chr19 33696708 . T C 159.59 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0343764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.228;QD=11.6067;RBI=0.0348635;REFB=-0.0177637;REVB=0.00580803;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211598;STB=0.608582;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0280134;OID=.;OPOS=33696708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:20:20:0.363636:6:14:17:16:6:14:19:16 chr19 33698291 . T C 207.5 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0304057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.698;QD=11.2162;RBI=0.0304116;REFB=-0.0156864;REVB=0.000597303;RO=48;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132581;STB=0.576864;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0219838;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:26:26:0.351351:15:11:26:22:15:11:26:22 chr19 33698448 . G A 430.19 PASS AF=0.413223;AO=48;DP=119;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00745613;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3108;QD=14.2212;RBI=0.0516358;REFB=-0.0243875;REVB=0.0510946;RO=67;SAF=20;SAR=28;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171518;STB=0.52673;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0483191;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:67:71:48:50:0.413223:28:20:29:38:29:21:33:38 chr19 33791942 . G A 468.46 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=123;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.000302508;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.728;QD=15.2345;RBI=0.0113325;REFB=-0.0314453;REVB=0.0113285;RO=68;SAF=26;SAR=26;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164204;STB=0.585334;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0353563;OID=.;OPOS=33791942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:71:52:52:0.422764:26:26:45:23:26:26:46:25 chr19 33873315 . C T 577.23 PASS AF=0.423841;AO=64;DP=149;FAO=64;FDP=151;FR=.;FRO=87;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.0164481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.896;QD=15.2909;RBI=0.0180668;REFB=-0.00746404;REVB=-0.00747459;RO=85;SAF=40;SAR=24;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160235;STB=0.596608;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00812835;OID=.;OPOS=33873315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:85:87:64:64:0.423841:24:40:40:45:24:40:40:47 chr19 33878837 . G A 993.08 PASS AF=0.5;AO=101;DP=206;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=64;FSRR=37;FWDB=0.0551578;FXX=0.0194165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7577;QD=19.665;RBI=0.0866679;REFB=-0.0013157;REVB=0.0668501;RO=102;SAF=62;SAR=39;SRF=65;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226923;STB=0.51049;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00250742;OID=.;OPOS=33878837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:202:102:101:101:101:0.5:39:62:65:37:39:62:64:37 chr19 34304260 . A AT,T 175.13 PASS AF=0.466667,0.04;AO=28,3;DP=77;FAO=35,3;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20,3;FSAR=15,0;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0513148,-0.0156778;FXX=0.0131562;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=10.4583,312.672;QD=9.34026;RBI=0.0578846,0.0157903;REFB=-0.00740141,-0.0031744;REVB=0.0267847,-0.00188184;RO=37;SAF=17,3;SAR=11,0;SRF=21;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.041179,0.489357;STB=0.543975,0.996519;STBP=0.499,0.06;TYPE=ins,snp;VARB=0.00762631,0.00114367;OID=.,.;OPOS=34304261,34304260;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:37:37:28,3:35,3:0.466667,0.04:11,0:17,3:21:16:15,0:20,3:18:19 chr19 34842488 . T C 433.88 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0151019;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.396;QD=20.4177;RBI=0.0184204;REFB=-0.0128972;REVB=-0.0105472;RO=42;SAF=18;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115613;STB=0.564087;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0167988;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:42:43:43:0.505882:25:18:23:19:25:18:23:19 chr19 34959979 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.033;QD=57.0008;RBI=0.0340654;REFB=0;REVB=0.0267892;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9281e-05;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:21:33:0:0:21:33:0:0 chr19 34972146 . G C 791.41 PASS AF=0.897059;AO=57;DP=65;FAO=61;FDP=68;FR=.;FRO=7;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00951563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.1;QD=46.5533;RBI=0.0683597;REFB=-0.152492;REVB=0.0676942;RO=7;SAF=27;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049413;STB=0.528146;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0184307;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:65:68:7:7:57:61:0.897059:30:27:5:2:34:27:5:2 chr19 35175208 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.09;QD=42.1825;RBI=0.05936;REFB=0;REVB=0.0418158;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431035;OID=.;OPOS=35175208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 35175775 . C T 1158.62 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1223;QD=59.4166;RBI=0.077428;REFB=-0.14901;REVB=0.0708524;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00154814;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:78:0:1:73:77:0.987179:30:43:0:0:33:44:1:0 chr19 35270362 . G C 699.54 PASS AF=0.352941;AO=83;DP=237;FAO=84;FDP=238;FR=.;FRO=154;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=100;FSRR=54;FWDB=-0.0247307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7097;QD=11.757;RBI=0.0428651;REFB=-0.019223;REVB=0.0350116;RO=152;SAF=38;SAR=45;SRF=100;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22523;STB=0.625513;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0364566;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:152:154:83:84:0.352941:45:38:100:52:46:38:100:54 chr19 35420841 . A G 587.58 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=131;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.017942;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.434;QD=18.0793;RBI=0.0190369;REFB=-0.0231683;REVB=0.00636284;RO=67;SAF=29;SAR=32;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404013;STB=0.513919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0160305;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:67:69:61:61:0.469231:32:29:29:38:32:29:31:38 chr19 35422808 . C T 215.39 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00317996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2373;QD=13.0537;RBI=0.0556939;REFB=0.0085233;REVB=0.055603;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659345;STB=0.537707;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0170534;OID=.;OPOS=35422808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:12:14:24:16:12:14:24:16 chr19 35434238 . A G 318.41 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0108943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.402;QD=18.1948;RBI=0.0125504;REFB=-0.0151899;REVB=0.0062311;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218413;STB=0.512188;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.015957;OID=.;OPOS=35434238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:22:14:14:20:22:14 chr19 35434512 . T C 196.96 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00974473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.216;QD=12.9151;RBI=0.0107748;REFB=-0.0105198;REVB=-0.0045974;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467368;STB=0.765562;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00764201;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:17:7:28:9:17:7:28:9 chr19 35435006 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0114176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.011;QD=14.1956;RBI=0.015092;REFB=-0.000209016;REVB=0.00986956;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571694;STB=0.533288;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.000367509;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:12:10:6:9:12:10 chr19 35449409 . G A 134.94 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0110076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.431;QD=16.8674;RBI=0.0127944;REFB=-0.0100357;REVB=-0.0065215;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258764;STB=0.658333;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0204488;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:5:12:6:9:5:12 chr19 35449760 . G C 415.32 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00593223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6561;QD=19.3172;RBI=0.011157;REFB=0.0169577;REVB=0.00944924;RO=44;SAF=15;SAR=27;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157234;STB=0.587586;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0222339;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:27:15:23:21:27:15:23:21 chr19 35450229 . C T 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00364921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.762;QD=10.9521;RBI=0.00576919;REFB=-0.00296312;REVB=-0.00446843;RO=47;SAF=13;SAR=12;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158978;STB=0.591858;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00596301;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:12:13:31:16:12:13:31:16 chr19 35501051 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.09;QD=61.3349;RBI=0.0324033;REFB=0;REVB=0.0140502;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54367e-05;OID=.;OPOS=35501051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr19 35590180 . T A 418.04 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0173639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.494;QD=19.9067;RBI=0.0282747;REFB=-0.0291231;REVB=0.0223148;RO=40;SAF=18;SAR=24;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189759;STB=0.587149;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0220163;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:42:42:42:0.5:24:18:9:31:24:18:11:31 chr19 35597352 . T C 470.64 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.257;QD=57.0472;RBI=0.0766942;REFB=0;REVB=0.0730279;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479207;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:21:10:0:0:23:10:0:0 chr19 35610245 . A G 485.89 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00325036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8873;QD=55.5302;RBI=0.0130748;REFB=-0.0269487;REVB=0.0126643;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00330817;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:35:0:1:33:34:0.971429:13:20:0:0:14:20:0:1 chr19 35612162 . GCCCCCT CGCCCCA,GCCCCAT,GCCCCCA 638.76 PASS AF=0.0697674,0.0232558,0.906977;AO=5,2,26;DP=47;FAO=3,1,39;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,24;FSAR=0,0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894838,0.0316109,0.0360777;FXX=0.0850883;HRUN=1,5,3;LEN=7,1,1;MLLD=141.045,133.583,151.819;QD=59.4193;RBI=0.0175806,0.0383995,0.0379066;REFB=0,0,0;REVB=0.0151328,0.0218008,0.0116323;RO=0;SAF=5,2,13;SAR=0,0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0.0652281,0.0109693,0.000808158;OID=.,.,.;OPOS=35612162,35612167,35612168;OREF=GCCCCCT,C,T;OALT=CGCCCCA,A,A;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCAT,GCCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:11:47:43:0:0:5,2,26:3,1,39:0.0697674,0.0232558,0.906977:0,0,13:5,2,13:0:0:0,0,15:3,1,24:0:0 chr19 35614336 . T C 660.78 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0632993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4461;QD=48.9469;RBI=0.0640454;REFB=-0.00685417;REVB=-0.00974777;RO=4;SAF=30;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014442;STB=0.507689;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00864173;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:4:4:50:50:0.925926:20:30:2:2:20:30:2:2 chr19 35614532 . TTA T,TT,TTT 805.83 PASS AF=0,1,0;AO=11,23,27;DP=64;FAO=0,60,0;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=0,35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.204353,-0.132532,-0.341568;FXX=0.0624902;HRUN=8,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=19.4789,22.5783,19.2574;QD=53.722;RBI=0.206616,0.133834,0.34371;REFB=0,0,0;REVB=0.0304981,-0.0186189,-0.0383167;RO=1;SAF=2,8,15;SAR=9,15,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0473806,0.0298695,0.0371713;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0342763,-0.00616738,-0.00166661;OID=.,.,.;OPOS=35614533,35614534,35614534;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:11,23,27:64:0,60,0:60:0:0,25,0:0,35,0:0:0:4:1:2,8,15:9,15,12:0:1 chr19 35616315 . GC AT 450.99 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478985;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.41;QD=58.1925;RBI=0.0464539;REFB=0;REVB=0.0462063;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.6023e-05;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:8:22:0:0:9:22:0:0 chr19 35616663 . A G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=62.3434;RBI=0.0663998;REFB=0;REVB=0.0087078;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177849;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr19 35616691 . AC A,AT 632.68 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=6,36;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045504,0.0570968;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.6507,90.9432;QD=60.2553;RBI=0.0534008,0.0571334;REFB=0,0;REVB=0.0279469,0.00204576;RO=0;SAF=5,12;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00908241,0.0111084;OID=.,.;OPOS=35616692,35616692;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.047619,0.952381:6,36:42:2,40:42:0:1,16:1,24:0:0:8:0:5,12:1,24:0:0 chr19 35617122 . A G 896.62 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00780225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6852;QD=54.3407;RBI=0.0255983;REFB=0.0100672;REVB=-0.0243802;RO=1;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994514;STB=0.510413;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000610364;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:1:2:64:64:0.969697:47:17:0:1:47:17:0:2 chr19 35617270 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.997;QD=55.0985;RBI=0.0644514;REFB=0;REVB=0.0643798;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000795362;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 35617639 . C G 113.83 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.112;QD=41.3916;RBI=0.163408;REFB=0;REVB=0.159294;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151116;OID=.;OPOS=35617639;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr19 35622695 . A G 794.05 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1853;QD=56.7176;RBI=0.0539431;REFB=0;REVB=0.0292612;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166802;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:52:56:1:21:31:0:0:22:34:0:0 chr19 35648365 . T G 1803.93 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=60.1308;RBI=0.0619971;REFB=-0.106716;REVB=0.0162583;RO=1;SAF=59;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798283;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000554332;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:60:59:1:0:60:59:1:0 chr19 35649324 . C G 272.38 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00439393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.969;QD=23.6848;RBI=0.00766253;REFB=-0.0211304;REVB=0.00627756;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257775;STB=0.62749;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0157062;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:20:21:23:25:0.543478:10:13:5:15:12:13:5:16 chr19 35655151 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00409734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.433;QD=21.7443;RBI=0.0188676;REFB=-0.0104968;REVB=0.0184173;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142995;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00767711;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:9:6:6:4:9:6:6:5 chr19 35660508 . G A 231.45 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0672122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8647;QD=15.1768;RBI=0.0673781;REFB=-0.0280825;REVB=-0.00472534;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0515539;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:17:17:12:15:17:17 chr19 35719020 . C T 261.2 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0326492;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2177;QD=16.8513;RBI=0.0327583;REFB=-0.00428073;REVB=0.00267202;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125231;STB=0.570421;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00687183;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:18:15:17:12:18:15 chr19 35719106 . A G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.019093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0249;QD=17.9539;RBI=0.0419471;REFB=-0.0475388;REVB=0.0373499;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142198;STB=0.581292;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0447656;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:9:8:10:6:9:8 chr19 35757427 . G A 472.34 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00337922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.452;QD=21.2289;RBI=0.0138832;REFB=-0.0229483;REVB=0.0134657;RO=42;SAF=20;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154342;STB=0.503474;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0189951;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:26:20:19:23:26:20:19:24 chr19 35758275 . G GGGA 781.84 PASS AF=0.460674;AO=80;DP=182;FAO=82;FDP=178;FR=.;FRO=96;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.00104558;FXX=0.0111105;HRUN=3;LEN=3;MLLD=219.203;QD=17.5695;RBI=0.0158746;REFB=-0.0207893;REVB=-0.0158401;RO=100;SAF=50;SAR=30;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368717;STB=0.51487;STBP=0.728;TYPE=ins;VARB=0.0238109;OID=.;OPOS=35758276;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460674:80:182:82:178:96:50:32:56:40:99:100:50:30:59:41 chr19 35770614 . G T 107.36 PASS AF=0.191176;AO=11;DP=71;FAO=13;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=6;FWDB=0.0383064;FXX=0.105249;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.2993;QD=6.31502;RBI=0.13523;REFB=-0.0483982;REVB=0.129691;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=37;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572105;STB=0.842717;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.052691;OID=.;OPOS=35770614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:71:68:41:48:11:13:0.191176:6:5:37:4:8:5:42:6 chr19 35770632 . T G 73.55 PASS AF=0.148515;AO=14;DP=101;FAO=15;FDP=101;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0326091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.857;QD=2.9127;RBI=0.0328698;REFB=-0.0101222;REVB=0.00413154;RO=79;SAF=1;SAR=13;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641183;STB=0.926304;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0451128;OID=.;OPOS=35770632;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:101:101:79:86:14:15:0.148515:13:1:47:32:14:1:47:39 chr19 35786868 . C T 575.38 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0280355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.788;QD=16.5577;RBI=0.0283402;REFB=-0.013731;REVB=-0.00414456;RO=78;SAF=19;SAR=42;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163005;STB=0.591367;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188473;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:42:19:36:42:42:19:36:42 chr19 35843086 . G A 133.25 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.027703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6748;QD=15.6769;RBI=0.170751;REFB=-0.0260688;REVB=0.168489;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0451061;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:12:7:7:8:12:7 chr19 35851239 . G A 115.14 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262152;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=303.16;QD=41.8687;RBI=0.0262152;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7585e-05;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr19 35898859 . T C 243.18 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.049265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1841;QD=12.799;RBI=0.0498685;REFB=0.0139035;REVB=0.00773457;RO=47;SAF=20;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13583;STB=0.578209;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0301842;OID=.;OPOS=35898859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:9:20:27:20:9:20:27:20 chr19 35899928 . A G 104.36 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0224825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.728;QD=10.4365;RBI=0.023094;REFB=-0.00938239;REVB=-0.00527945;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170118;STB=0.510188;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0143595;OID=.;OPOS=35899928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:5:8:17:10:5:8:17:10 chr19 35991373 . C T 1515.47 PASS AF=0.946429;AO=106;DP=112;FAO=106;FDP=112;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.034266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.192;QD=54.1238;RBI=0.0463919;REFB=-0.0663329;REVB=0.0312738;RO=3;SAF=60;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535081;STB=0.514627;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.000387949;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:112:112:3:6:106:106:0.946429:46:60:2:1:46:60:5:1 chr19 35991442 . T G 1606.89 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.469;QD=64.2754;RBI=0.0933795;REFB=0;REVB=-0.0153856;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224212;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr19 35994383 . TTTTTTTT GTTTTTTG 227.95 PASS AF=0.95;AO=2;DP=15;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0742602;FXX=0.19992;HRUN=19;LEN=8;MLLD=272.302;QD=45.5906;RBI=0.0746526;REFB=-0.0828803;REVB=-0.00764441;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=mnp;VARB=0.000335221;OID=.;OPOS=35994383;OREF=TTTTTTTT;OALT=GTTTTTTG;OMAPALT=GTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:20:0:1:2:19:0.95:2:0:0:0:12:7:1:0 chr19 35997457 . G T 229.6 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0885711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3645;QD=12.5807;RBI=0.117841;REFB=-0.000884447;REVB=0.0777274;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184916;STB=0.604577;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00193742;OID=.;OPOS=35997457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:45:28:28:0.383562:12:16:17:26:12:16:18:27 chr19 35998362 . T G 446.51 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2499;QD=57.614;RBI=0.0362973;REFB=0;REVB=-0.0112529;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189228;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 36002381 . C T 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00174234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.439;QD=29.3741;RBI=0.0556288;REFB=-0.0193283;REVB=-0.0556015;RO=7;SAF=14;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917307;STB=0.551117;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00507963;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:3:14:5:2:3:14:5:2 chr19 36002392 . CC CT,TT 79.15 PASS AF=0.7,0.2;AO=6,2;DP=10;FAO=7,2;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=2,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215714,-0.0286861;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=84.5814,129.929;QD=31.6616;RBI=0.0352957,0.0290294;REFB=0.0264596,0.0269822;REVB=0.0279368,-0.00445143;RO=1;SAF=4,0;SAR=2,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0962265,-0.697199;STB=0.54533,0.993266;STBP=0.646,0.232;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00720702,0.0312802;OID=.,.;OPOS=36002393,36002392;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:10:10:1:1:6,2:7,2:0.7,0.2:2,2:4,0:1:0:2,2:5,0:1:0 chr19 36002710 . C A 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00560031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.511;QD=15.7534;RBI=0.00983681;REFB=-0.0213217;REVB=0.00808699;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327787;STB=0.51612;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0286562;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:46:35:35:0.432099:20:15:19:25:20:15:21:25 chr19 36004106 . A G 867.52 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4463;QD=57.8347;RBI=0.0392312;REFB=0;REVB=-0.0383943;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195538;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr19 36004171 . C A 61.51 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00373502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.561;QD=7.23633;RBI=0.00553936;REFB=-0.029505;REVB=0.00409073;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131383;STB=0.581228;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0478766;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:6:3:6:19:6:3:6:19 chr19 36017927 . CG C,CC 546.48 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=11,24;DP=36;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168043,0.156199;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=285.466,292.698;QD=59.079;RBI=0.171434,0.159497;REFB=0,0;REVB=0.0339285,0.0322682;RO=0;SAF=6,2;SAR=5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.48349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0195337,0.00288666;OID=.,.;OPOS=36017928,36017928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0540541,0.945946:11,24:36:2,35:37:0:0,9:2,26:0:0:7:0:6,2:5,22:0:0 chr19 36033460 . C T 692.94 PASS AF=0.446429;AO=74;DP=167;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0143702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.79;QD=16.4985;RBI=0.0164627;REFB=0.00162463;REVB=0.00803236;RO=92;SAF=44;SAR=30;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848508;STB=0.539692;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00237736;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:92:93:74:75:0.446429:30:44:47:45:31:44:48:45 chr19 36048741 . G T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0167403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.373;QD=21.9442;RBI=0.032099;REFB=-0.0160879;REVB=0.0273881;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677681;STB=0.538411;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0118027;OID=.;OPOS=36048741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:14:2:2:10:14:2:2:10 chr19 36050969 . A G 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0019179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.639;QD=11.8804;RBI=0.0438378;REFB=-0.00325353;REVB=-0.0437958;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183615;STB=0.590651;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00502932;OID=.;OPOS=36050969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:28:15:15:0.348837:7:8:9:16:7:8:11:17 chr19 36066570 . A G 4408.94 PASS AF=0.902367;AO=303;DP=336;FAO=305;FDP=338;FR=.;FRO=33;FSAF=105;FSAR=200;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0119847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.725;QD=52.1769;RBI=0.0120281;REFB=0.00161145;REVB=-0.00102112;RO=33;SAF=105;SAR=198;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00972938;STB=0.505353;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.000160983;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:338:33:33:303:305:0.902367:198:105:13:20:200:105:13:20 chr19 36066577 . A G 4095.84 PASS AF=0.881818;AO=289;DP=329;FAO=291;FDP=330;FR=.;FRO=39;FSAF=105;FSAR=186;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00517135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.175;QD=49.6466;RBI=0.042236;REFB=-0.0139969;REVB=0.0419182;RO=40;SAF=105;SAR=184;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957738;STB=0.503529;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00159352;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:330:40:39:289:291:0.881818:184:105:13:27:186:105:13:26 chr19 36066634 . A G 3027.4 PASS AF=0.873016;AO=220;DP=252;FAO=220;FDP=252;FR=.;FRO=32;FSAF=101;FSAR=119;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0399068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9578;QD=48.054;RBI=0.0399592;REFB=-0.00214062;REVB=-0.00204583;RO=32;SAF=101;SAR=119;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233864;STB=0.501234;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.000472447;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:32:32:220:220:0.873016:119:101:15:17:119:101:15:17 chr19 36066642 . A G 2637.86 PASS AF=0.860987;AO=192;DP=223;FAO=192;FDP=223;FR=.;FRO=31;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0444949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.431;QD=47.3158;RBI=0.0474361;REFB=-0.0251125;REVB=-0.0164433;RO=29;SAF=96;SAR=96;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428255;STB=0.502242;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00484372;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:29:31:192:192:0.860987:96:96:15:14:96:96:15:16 chr19 36066645 . A G 2542.57 PASS AF=0.857798;AO=186;DP=217;FAO=187;FDP=218;FR=.;FRO=31;FSAF=96;FSAR=91;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00811195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.999;QD=46.6527;RBI=0.0137536;REFB=-0.039084;REVB=0.0111066;RO=31;SAF=96;SAR=90;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872233;STB=0.504196;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00632327;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:31:31:186:187:0.857798:90:96:15:16:91:96:15:16 chr19 36066661 . A G 1775.22 PASS AF=0.775281;AO=138;DP=178;FAO=138;FDP=178;FR=.;FRO=40;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.039384;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.439;QD=39.8926;RBI=0.0393922;REFB=0.0013815;REVB=0.000802207;RO=40;SAF=79;SAR=59;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227408;STB=0.5121;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000434863;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:40:40:138:138:0.775281:59:79:25:15:59:79:25:15 chr19 36066667 . A G 1475.11 PASS AF=0.75;AO=120;DP=160;FAO=120;FDP=160;FR=.;FRO=40;FSAF=75;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00674509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.281;QD=36.8778;RBI=0.00687365;REFB=-0.00593109;REVB=-0.0013232;RO=40;SAF=75;SAR=45;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124472;STB=0.506643;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00190192;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:40:40:120:120:0.75:45:75:24:16:45:75:24:16 chr19 36214632 . A AG 1843.51 PASS AF=1;AO=156;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5989;QD=44.4218;RBI=0.161459;REFB=0;REVB=-0.0277091;RO=7;SAF=68;SAR=88;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00100303;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:156:167:166:166:0:69:97:0:0:35:7:68:88:2:5 chr19 36243089 . T C 1121.48 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=74;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754118;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.918;QD=56.7836;RBI=0.0754573;REFB=-0.106839;REVB=-0.00262059;RO=0;SAF=57;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.69141e-08;STB=0.503999;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00702084;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:79:0:1:73:78:0.987342:16:57:0:0:16:62:1:0 chr19 36243813 . G A 2655.19 PASS AF=0.946809;AO=176;DP=188;FAO=178;FDP=188;FR=.;FRO=10;FSAF=101;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.000783883;FXX=0.00529073;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.766;QD=56.4934;RBI=0.0250303;REFB=0.0429645;REVB=0.025018;RO=10;SAF=99;SAR=77;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579123;STB=0.530484;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000402114;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:188:188:10:10:176:178:0.946809:77:99:0:10:77:101:0:10 chr19 36258937 . AGGG AGG,AGGC 1077.98 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=68,3;DP=74;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43,1;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.250381,-0.161766;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=26.1859,5.4161;QD=57.4925;RBI=0.27001,0.162783;REFB=0,0;REVB=-0.101067,0.0181664;RO=0;SAF=40,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00166749,-0.0184207;OID=.,.;OPOS=36258938,36258940;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGG,AGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.973333,0.0266667:68,3:74:73,2:75:0:43,1:30,1:0:0:5:0:40,1:28,2:0:0 chr19 36268771 . C T 588.81 PASS AF=0.595506;AO=52;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0117971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.283;QD=26.4634;RBI=0.0214451;REFB=-0.0349079;REVB=0.0179086;RO=34;SAF=31;SAR=21;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00595272;STB=0.510951;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0202472;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:36:52:53:0.595506:21:31:20:14:22:31:22:14 chr19 36270052 . A G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.82;QD=64.1493;RBI=0.0117087;REFB=0;REVB=-0.0115207;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9416e-05;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr19 36273308 . G A 466.16 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0192854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8442;QD=25.1976;RBI=0.0619344;REFB=0.023455;REVB=0.0588552;RO=30;SAF=32;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165304;STB=0.590865;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00964417;OID=.;OPOS=36273308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:30:44:44:0.594595:12:32:16:14:12:32:16:14 chr19 36278470 . C G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.674;QD=57.0313;RBI=0.0354254;REFB=0.0470453;REVB=0.0106198;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000252577;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:34:31:0:0:34:31:0:1 chr19 36290977 . C T 189.34 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=0.0054274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.498;QD=9.2361;RBI=0.0341561;REFB=-0.00986236;REVB=0.0337221;RO=56;SAF=13;SAR=12;SRF=43;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301159;STB=0.677776;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.022583;OID=.;OPOS=36290977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:56:57:25:25:0.304878:12:13:43:13:12:13:44:13 chr19 36291105 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0215867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.544;QD=18.6419;RBI=0.0225281;REFB=0.0286126;REVB=0.00644444;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102556;STB=0.557811;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0284558;OID=.;OPOS=36291105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:15:11:8:17:15:11 chr19 36322270 . C T 475.03 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0196324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.748;QD=24.3607;RBI=0.0245632;REFB=-0.00908913;REVB=-0.014762;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436214;STB=0.523907;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00729514;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:33:45:45:0.576923:23:22:18:15:23:22:18:15 chr19 36334419 . G A 353.51 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00628413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.668;QD=27.7263;RBI=0.038151;REFB=0.0112777;REVB=-0.0376298;RO=18;SAF=20;SAR=13;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119629;STB=0.56518;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00808263;OID=.;OPOS=36334419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:13:20:14:4:13:20:14:4 chr19 36334448 . CGA CGAC,GAC 37.33 PASS AF=0.142857,0.0357143;AO=10,2;DP=56;FAO=8,2;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=4,0;FSAR=4,2;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.10887,-0.0376302;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=18.724,29.7764;QD=2.66612;RBI=0.109449,0.0546801;REFB=-0.023795,-0.0016855;REVB=-0.011248,0.0396722;RO=44;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=24;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.055963,-0.420125;STB=0.536945,0.995248;STBP=0.827,0.107;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0781103,-0.0413213;OID=.,.;OPOS=36334451,36334448;OREF=-,CGA;OALT=C,GAC;OMAPALT=CGAC,GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:56:56:44:46:10,2:8,2:0.142857,0.0357143:5,2:5,0:24:20:4,2:4,0:25:21 chr19 36342212 . C T 360.19 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0612658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.861;QD=32.0165;RBI=0.0627648;REFB=-0.0154216;REVB=0.0136352;RO=14;SAF=23;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947586;STB=0.571651;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00763199;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:15:30:30:0.666667:7:23:9:5:7:23:9:6 chr19 36342267 . G A 139.37 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0185211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9376;QD=8.44672;RBI=0.02366;REFB=-0.00616584;REVB=-0.014723;RO=46;SAF=14;SAR=6;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15889;STB=0.59294;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00900291;OID=.;OPOS=36342267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:6:14:37:9:6:14:37:9 chr19 36355595 . A G 1188.6 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7289;QD=60.9537;RBI=0.0862229;REFB=0;REVB=-0.0807857;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000843185;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr19 36365684 . G T 503.67 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00442625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.157;QD=22.3851;RBI=0.0341411;REFB=-0.0484363;REVB=0.033853;RO=41;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228453;STB=0.517234;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0408392;OID=.;OPOS=36365684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:20:28:25:16:20:28:26:16 chr19 36370011 . G A 267.54 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0419095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5487;QD=21.8396;RBI=0.0806481;REFB=0.0323369;REVB=0.0689036;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124989;STB=0.569977;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0397424;OID=.;OPOS=36370011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:10:14:11:14:10:14 chr19 36387881 . A G 255.74 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0316667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.87;QD=15.7379;RBI=0.0321752;REFB=-0.00112393;REVB=-0.00569777;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917074;STB=0.544072;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000969739;OID=.;OPOS=36387881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:16:13:19:16:16:13:19:17 chr19 36393186 . T C 97.22 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0341761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1843;QD=12.963;RBI=0.0494437;REFB=0.0167432;REVB=-0.0357305;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655735;STB=0.538399;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0270772;OID=.;OPOS=36393186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:5:13:8:4:5:13 chr19 36394272 . T C 135.54 PASS AF=0.46875;AO=12;DP=29;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00198853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.704;QD=16.9421;RBI=0.00552247;REFB=-0.0485791;REVB=0.00515204;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195748;STB=0.560899;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0586952;OID=.;OPOS=36394272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:17:17:12:15:0.46875:5:7:13:4:5:10:13:4 chr19 36394678 . T C 950.93 PASS AF=0.434043;AO=102;DP=234;FAO=102;FDP=235;FR=.;FRO=133;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.0230304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6938;QD=16.186;RBI=0.0539042;REFB=-0.00880228;REVB=-0.0487366;RO=132;SAF=48;SAR=54;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375509;STB=0.518793;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.014662;OID=.;OPOS=36394678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:235:132:133:102:102:0.434043:54:48:67:65:54:48:67:66 chr19 36398414 . C A 81.24 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00196787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.459;QD=18.0536;RBI=0.0568914;REFB=-0.0623448;REVB=-0.0568574;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144176;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0436808;OID=.;OPOS=36398414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:7:3:1:6:7:3:2:6 chr19 36399057 . GCCCCT GACCCT,GCCCT,GCCCTC 85.4 PASS AF=0,0.428571,0.047619;AO=2,13,2;DP=42;FAO=0,18,2;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6,2;FSAR=0,12,0;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.01538,0.0235232,-0.0318712;FXX=0.0232504;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=76.5859,10.0267,120.302;QD=8.13354;RBI=0.0467713,0.06247,0.0976105;REFB=-0.0204227,-0.148215,-0.00899508;REVB=-0.0441703,-0.057872,-0.0922607;RO=18;SAF=0,4,2;SAR=2,9,0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0,0.370656,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.857125,-0.618384,0;STB=0.5,0.787614,0.990893;STBP=1,0.008,0.479;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0512458,0.160604,0.194036;OID=.,.,.;OPOS=36399058,36399058,36399061;OREF=C,C,CT;OALT=A,-,TC;OMAPALT=GACCCT,GCCCT,GCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.428571,0.047619:2,13,2:42:0,18,2:42:22:0,6,2:0,12,0:20:2:81:18:0,4,2:2,9,0:18:0 chr19 36486445 . G C 941.17 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575414;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.584;QD=58.8232;RBI=0.0729506;REFB=0;REVB=0.0448418;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142242;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:31:32:0:0:31:33:0:0 chr19 36497358 . C G 1497.64 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0653833;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.677;QD=54.9593;RBI=0.0653878;REFB=-0.162379;REVB=-0.000771256;RO=2;SAF=39;SAR=65;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023709;STB=0.50462;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00383607;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:2:4:104:105:0.963303:65:39:2:0:65:40:2:2 chr19 36497373 . A G 361.21 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=107;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0239184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8168;QD=13.3781;RBI=0.0313713;REFB=-0.0231127;REVB=-0.0202994;RO=64;SAF=14;SAR=28;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168771;STB=0.605762;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.023461;OID=.;OPOS=36497373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:64:65:42:43:0.398148:28:14:31:33:29:14:32:33 chr19 36499173 . C T 332.2 PASS AF=0.627451;AO=29;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0373612;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2691;QD=26.0548;RBI=0.0453841;REFB=0.0225199;REVB=0.0257654;RO=14;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308412;STB=0.510115;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00751481;OID=.;OPOS=36499173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:14:19:29:32:0.627451:11:18:8:6:11:21:12:7 chr19 36530562 . T C 115.8 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00779317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.891;QD=12.5192;RBI=0.00782917;REFB=-0.0145605;REVB=0.000749927;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204005;STB=0.594464;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.036396;OID=.;OPOS=36530562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:23:13:14:0.378378:6:7:8:15:7:7:8:15 chr19 36530913 . C T 543.08 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.0420532;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.878;QD=22.8664;RBI=0.0421287;REFB=-0.0247908;REVB=-0.00252103;RO=44;SAF=29;SAR=22;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119059;STB=0.565286;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0165087;OID=.;OPOS=36530913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:44:44:51:51:0.536842:22:29:31:13:22:29:31:13 chr19 36549690 . C T 567.58 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0434994;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8323;QD=24.412;RBI=0.0478384;REFB=-0.0164007;REVB=-0.0199075;RO=41;SAF=32;SAR=20;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253116;STB=0.513884;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0133071;OID=.;OPOS=36549690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:41:52:52:0.55914:20:32:24:17:20:32:24:17 chr19 36558833 . G C 308.47 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0381903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1171;QD=15.8191;RBI=0.0467537;REFB=-0.0148071;REVB=0.0269706;RO=44;SAF=26;SAR=8;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416445;STB=0.735705;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0186107;OID=.;OPOS=36558833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:8:26:16:28:8:26:16:28 chr19 36575645 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0266804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.924;QD=20.7543;RBI=0.0277965;REFB=-0.0227992;REVB=-0.00779782;RO=12;SAF=14;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50937;STB=0.799466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00888284;OID=.;OPOS=36575645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:1:14:7:5:1:14:7:5 chr19 36590329 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0110928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.456;QD=19.9758;RBI=0.0122262;REFB=-0.0283491;REVB=0.00514113;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0240079;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:12:8:12:8:12:8 chr19 36594659 . A T 247.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0264363;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9966;QD=19.3726;RBI=0.0287551;REFB=-0.0083778;REVB=-0.0113129;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014169;STB=0.50793;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00828839;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:10:16:15:10:10:16:15:10 chr19 36595436 . A C 1256.65 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.173;QD=61.2998;RBI=0.0328966;REFB=0;REVB=0.00672009;RO=0;SAF=56;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16351e-05;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:24:56:0:0:26:56:0:0 chr19 36602729 . G C 347.55 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0312749;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9995;QD=19.58;RBI=0.0397578;REFB=0.000671841;REVB=0.0245471;RO=35;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283192;STB=0.656883;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00090408;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:14:22:10:25:14:22:10:25 chr19 36603703 . T A 454.45 PASS AF=0.489362;AO=42;DP=91;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00745195;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.177;QD=19.3384;RBI=0.00755146;REFB=-0.0287167;REVB=0.00122188;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970914;STB=0.542918;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0266193;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:39:48:42:46:0.489362:23:19:22:17:24:22:27:21 chr19 36604735 . CA C 306.25 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00387792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.839;QD=15.7052;RBI=0.00780758;REFB=-0.0113492;REVB=-0.00677644;RO=44;SAF=26;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24667;STB=0.618972;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0199628;OID=.;OPOS=36604736;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:33:78:34:78:44:26:8:26:18:99:44:26:7:26:18 chr19 36642884 . T C 233.07 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00283799;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.273;QD=14.3427;RBI=0.00303886;REFB=-0.00339739;REVB=0.00108651;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547876;STB=0.531268;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00386339;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:38:27:27:0.415385:19:8:13:25:19:8:13:25 chr19 36674305 . A G 609.73 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0161305;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.298;QD=46.9022;RBI=0.0418213;REFB=-0.0602985;REVB=0.0385854;RO=5;SAF=29;SAR=18;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778847;STB=0.541578;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0116536;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:52:5:5:47:47:0.903846:18:29:1:4:18:29:1:4 chr19 36885067 . A AT,T 266.82 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,18;DP=21;FAO=3,18;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331477,0.0221201;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=139.422,154.728;QD=50.8235;RBI=0.0549212,0.0511509;REFB=0,0;REVB=0.0437901,0.0461207;RO=0;SAF=1,5;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0222414,-0.00164176;OID=.,.;OPOS=36885068,36885067;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:3,18:3,18:0.142857,0.857143:2,13:1,5:0:0:2,13:1,5:0:0 chr19 36939572 . C T 277.82 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00317818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.529;QD=18.5211;RBI=0.00896484;REFB=-0.0109734;REVB=0.00838257;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196419;STB=0.599055;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.011672;OID=.;OPOS=36939572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:13:16:10:20:14:16:10:20 chr19 36940698 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0140743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.96;QD=17.2469;RBI=0.0479632;REFB=0.00416526;REVB=0.0458517;RO=27;SAF=19;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579491;STB=0.838574;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00461334;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:2:19:12:15:2:19:12:15 chr19 36940760 . G T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2147;QD=59.4319;RBI=0.0581799;REFB=0;REVB=-0.0285;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011928;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr19 37004938 . T C 500.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7954;QD=58.8792;RBI=0.152304;REFB=0;REVB=0.149396;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960011;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr19 37005998 . A G 300.57 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00192519;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.791;QD=37.5707;RBI=0.0245336;REFB=0.0143471;REVB=0.024458;RO=7;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563797;STB=0.526295;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0003138;OID=.;OPOS=37005998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:34:32:7:7:24:25:0.78125:14:10:2:5:15:10:2:5 chr19 37038416 . T C 192.77 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0547491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9994;QD=14.8287;RBI=0.0607878;REFB=-0.0179484;REVB=0.0264138;RO=31;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427423;STB=0.714097;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0317067;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:30:21:22:0.423077:15:6:22:9:15:7:21:9 chr19 37039069 . A C 868.11 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1869;QD=57.8738;RBI=0.0769489;REFB=0;REVB=-0.0458631;RO=0;SAF=41;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28205e-05;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:19:41:0:0:19:41:0:0 chr19 37065732 . A C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0159632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.625;QD=13.5765;RBI=0.0208812;REFB=-0.00717532;REVB=-0.0134611;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696731;STB=0.540919;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00925061;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:12:7:4:9:12:7 chr19 37068081 . G C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.42;QD=61.3351;RBI=0.0128444;REFB=0;REVB=0.0115008;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91757e-05;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr19 37117084 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0111576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.006;QD=11.2565;RBI=0.0215649;REFB=0.00288589;REVB=0.0184541;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620684;STB=0.874062;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00167063;OID=.;OPOS=37117084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:9:3:7:1:9:3 chr19 37117302 . A G 221.53 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0106843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.647;QD=21.613;RBI=0.010809;REFB=-0.0305727;REVB=-0.00163751;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660691;STB=0.533303;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0249118;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:19:20:22:0.536585:11:9:10:9:12:10:10:9 chr19 37134737 . T C 515.9 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=0.0827607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2561;QD=14.6354;RBI=0.0831073;REFB=-0.0208754;REVB=-0.0075826;RO=83;SAF=32;SAR=25;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109069;STB=0.56487;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0314188;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:83:84:57:57:0.404255:25:32:38:45:25:32:38:46 chr19 37210529 . A G 207.55 PASS AF=0.588235;AO=18;DP=32;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0812385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.739;QD=24.4176;RBI=0.0837132;REFB=-0.0143191;REVB=0.0202044;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167427;STB=0.56921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0129232;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:14:14:18:20:0.588235:9:9:10:4:9:11:10:4 chr19 37210805 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0220377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9223;QD=16.0282;RBI=0.0421071;REFB=-0.00765644;REVB=-0.0358796;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188264;STB=0.621682;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0146169;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:30:25:25:0.454545:14:11:18:10:14:11:20:10 chr19 37239278 . C A 170.09 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0200655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2732;QD=20.6168;RBI=0.0448312;REFB=-0.0041987;REVB=-0.04009;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210286;STB=0.636223;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00281771;OID=.;OPOS=37239278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:17:18:0.545455:8:9:11:3:9:9:12:3 chr19 37240622 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0415558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.65;QD=19.1085;RBI=0.0439522;REFB=-0.0259744;REVB=-0.0143146;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437865;STB=0.749499;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0314535;OID=.;OPOS=37240622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:0:6:3:6:0:6 chr19 37241141 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.156;QD=57.1769;RBI=0.00339663;REFB=0;REVB=-0.00172059;RO=0;SAF=38;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20885e-06;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:13:38:0:0:13:38:0:0 chr19 37310344 . T C 112.46 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00275012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.695;QD=9.18048;RBI=0.0034309;REFB=-0.0106016;REVB=0.00205132;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178948;STB=0.60722;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0224263;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:25:10:6:8:25:10 chr19 37369454 . T G 409.93 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0470576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9621;QD=18.2192;RBI=0.066432;REFB=-0.0106119;REVB=0.0468913;RO=43;SAF=22;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101117;STB=0.5319;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00751021;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:48:42:42:0.466667:20:22:23:20:20:22:28:20 chr19 37369543 . A G 298.26 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0125078;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.794;QD=15.4938;RBI=0.0126597;REFB=-0.0215284;REVB=0.00195558;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153224;STB=0.508656;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0333709;OID=.;OPOS=37369543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:44:44:33:33:0.428571:17:16:22:22:17:16:22:22 chr19 37383010 . GAAAAAT GAAAAT,GAAAATA 47.4 PASS AF=0.34375,0;AO=9,2;DP=32;FAO=11,0;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.114742,-0.112434;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.9082,24.7054;QD=5.9255;RBI=0.120884,0.114104;REFB=-0.0149476,-0.00809047;REVB=0.0380422,0.019453;RO=16;SAF=8,0;SAR=1,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.625012,-0.468799;STB=0.852047,0.5;STBP=0.014,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0277901,0;OID=.,.;OPOS=37383011,37383015;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=GAAAAT,GAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34375,0:9,2:32:11,0:32:21:9,0:2,0:5:16:48:16:8,0:1,2:5:11 chr19 37427675 . G T 218.03 PASS AF=0.412698;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0068968;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.329;QD=13.8431;RBI=0.0113641;REFB=-0.00438462;REVB=-0.00903195;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380009;STB=0.53752;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00611078;OID=.;OPOS=37427675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:24:26:0.412698:9:15:23:14:9:17:22:15 chr19 37441111 . C T 592.89 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.78;QD=60.8089;RBI=0.0216822;REFB=0;REVB=0.0158232;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49623e-05;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:9:29:0:0:9:30:0:0 chr19 37441365 . T C 145.64 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0332046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.727;QD=25.3281;RBI=0.0384487;REFB=-0.0634947;REVB=-0.0193845;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262065;STB=0.64686;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0284255;OID=.;OPOS=37441365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:6:2:10:5:6:2 chr19 37441462 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.861;QD=56.7049;RBI=0.070188;REFB=0;REVB=0.0691579;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171896;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 37441980 . A G 574.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8187;QD=60.5178;RBI=0.0662683;REFB=0;REVB=0.038642;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068455;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr19 37482151 . A G 1506.45 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.998;QD=57.9405;RBI=0.0876919;REFB=0;REVB=0.0177098;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740875;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:104:0:0:95:104:1:51:44:0:0:51:53:0:0 chr19 37487632 . G A 372.7 PASS AF=1;AO=23;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1617;QD=55.2152;RBI=0.0493462;REFB=0;REVB=-0.0172215;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275964;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:23:27:1:11:12:0:0:11:16:0:0 chr19 37487723 . G A 765.88 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00618122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.279;QD=51.9241;RBI=0.0061864;REFB=-0.242395;REVB=-0.000253122;RO=3;SAF=27;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495407;STB=0.526306;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00315155;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:3:3:55:56:0.949153:28:27:3:0:29:27:3:0 chr19 37487866 . A T 531.91 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.023;QD=57.5037;RBI=0.0378526;REFB=-0.0357242;REVB=-0.0146898;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575796;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:23:13:1:0:23:14:0:0 chr19 37487873 . C A 632.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.067;QD=61.6592;RBI=0.0262067;REFB=0;REVB=0.0169622;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13032e-06;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 37487975 . G A 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0164242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.056;QD=22.5342;RBI=0.0166215;REFB=-0.0214579;REVB=-0.00255357;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348569;STB=0.519219;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0209174;OID=.;OPOS=37487975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:20:12:8:16:20:12:8:16 chr19 37488055 . T G 119.16 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0218779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.828;QD=10.8329;RBI=0.0227139;REFB=-0.0134715;REVB=-0.00610564;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583684;STB=0.512179;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0258674;OID=.;OPOS=37488055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:14:15:0.340909:7:7:16:13:7:8:16:13 chr19 37488197 . G A 1512.22 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0952;QD=63.009;RBI=0.05971;REFB=0;REVB=0.051133;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101963;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115018;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:1:0:94:96:1:46:48:0:1:47:49:0:0 chr19 37488299 . A G 1127.93 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00547091;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6419;QD=54.3582;RBI=0.111523;REFB=-0.101367;REVB=0.111388;RO=5;SAF=32;SAR=46;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00120632;STB=0.500638;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00707056;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:5:5:78:78:0.939759:46:32:2:3:46:32:2:3 chr19 37488470 . A AG 205.62 PASS AF=0.95;AO=6;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1023;QD=41.1248;RBI=0.107387;REFB=0.0399571;REVB=-0.0202753;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.692291;STB=0.571347;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.00763671;OID=.;OPOS=37488471;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:6:20:19:20:1:3:16:1:0:4:14:0:6:4:10 chr19 37488472 . C G 120.38 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00956158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9995;QD=24.0761;RBI=0.0281799;REFB=-0.0328826;REVB=-0.0265081;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810804;STB=0.545388;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0166496;OID=.;OPOS=37488472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:10:3:1:6:10:3:1:6 chr19 37488481 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.511;QD=47.8222;RBI=0.135047;REFB=0;REVB=0.0209996;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004827;OID=.;OPOS=37488481;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr19 37488499 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.214;QD=45.8062;RBI=0.0443272;REFB=0;REVB=-0.0439827;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390927;OID=.;OPOS=37488499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 37642830 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00124354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=330.55;QD=14.7663;RBI=0.00851465;REFB=-0.00945204;REVB=-0.00842335;RO=33;SAF=20;SAR=5;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290536;STB=0.516471;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0116117;OID=.;OPOS=37642830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:5:20:27:6:5:20:27:6 chr19 37642917 . G A 406.76 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=8;FWDB=0.000894325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7201;QD=17.4949;RBI=0.0385119;REFB=-0.00307015;REVB=0.0385015;RO=51;SAF=27;SAR=15;SRF=43;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232466;STB=0.628313;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00498564;OID=.;OPOS=37642917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:15:27:43:8:15:27:43:8 chr19 37642922 . C T 371.13 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=89;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=8;FWDB=-0.0204789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.34;QD=16.4945;RBI=0.0263971;REFB=-0.0148388;REVB=-0.016656;RO=50;SAF=24;SAR=15;SRF=42;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256496;STB=0.636017;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0286858;OID=.;OPOS=37642922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:50:50:39:40:0.444444:15:24:42:8:15:25:42:8 chr19 37643522 . C T 279.56 PASS AF=0.576923;AO=28;DP=50;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0143817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6559;QD=21.5049;RBI=0.0143817;REFB=-0.0574809;REVB=4.77886e-06;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206952;STB=0.596092;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0403542;OID=.;OPOS=37643522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:22:22:28:30:0.576923:15:13:16:6:15:15:16:6 chr19 37643777 . C T 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0200996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.837;QD=21.2931;RBI=0.0241144;REFB=-0.00869781;REVB=0.0133232;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211372;STB=0.618205;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0114088;OID=.;OPOS=37643777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:17:8:14:11:17:8 chr19 37644051 . T C 400.07 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0300679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.548;QD=14.5481;RBI=0.035658;REFB=-0.00859218;REVB=0.0191681;RO=64;SAF=24;SAR=22;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022475;STB=0.512653;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.014759;OID=.;OPOS=37644051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:22:24:32:32:22:24:32:32 chr19 37676528 . G A 388.0 PASS AF=0.383333;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=120;FR=.;FRO=74;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=20;FWDB=-0.000929523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.993;QD=12.9334;RBI=0.0226872;REFB=-0.0202988;REVB=-0.0226681;RO=72;SAF=39;SAR=7;SRF=52;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213634;STB=0.6179;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.035331;OID=.;OPOS=37676528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:72:74:46:46:0.383333:7:39:52:20:7:39:54:20 chr19 37677748 . T A 381.75 PASS AF=0.584615;AO=34;DP=61;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0345213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.895;QD=23.4926;RBI=0.0405412;REFB=-0.0439572;REVB=0.0212572;RO=27;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867016;STB=0.529683;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0287011;OID=.;OPOS=37677748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:27:27:34:38:0.584615:20:14:14:13:21:17:14:13 chr19 37690375 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0254367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.383;QD=13.4864;RBI=0.0285043;REFB=-0.022333;REVB=-0.0128634;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0233437;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:8:3:3:6:8:3 chr19 37690420 . C T 124.04 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0254836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.57;QD=17.109;RBI=0.0446431;REFB=-0.0136843;REVB=0.0366551;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.550949;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.015627;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:9:5:6:8:10:5 chr19 37825633 . A T 224.05 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0109325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2374;QD=12.9885;RBI=0.0112857;REFB=-0.00839236;REVB=-0.00280135;RO=42;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302258;STB=0.674282;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.016707;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:7:20:20:22:7:20:20:22 chr19 37854235 . G T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00810158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.817;QD=8.30761;RBI=0.0370318;REFB=-0.022025;REVB=-0.0361347;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490672;STB=0.813055;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0527728;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:9:9:1:7:9:9 chr19 37879589 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00887566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.226;QD=10.3903;RBI=0.0130352;REFB=-0.00255596;REVB=0.00954667;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425288;STB=0.756881;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00473419;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:3:8:2:5:3:8 chr19 38030265 . G A 871.65 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119797;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.688;QD=58.11;RBI=0.0184182;REFB=0;REVB=0.0139898;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08221e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:25:35:0:0 chr19 38033251 . C T 362.14 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4061;QD=53.6499;RBI=0.0252175;REFB=0;REVB=-0.0248264;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143916;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:11:15:0:1:12:15:0:0 chr19 38046967 . G A 1217.19 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162355;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.641;QD=61.63;RBI=0.025293;REFB=0;REVB=0.0193945;RO=0;SAF=61;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73794e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35695e-05;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:18:61:0:0:18:61:0:0 chr19 38055612 . A T 1231.4 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.99;QD=60.0681;RBI=0.0349163;REFB=-0.0347662;REVB=-0.0307816;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000103294;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:25:56:0:0:25:56:1:0 chr19 38056574 . T A 990.54 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1985;QD=59.1368;RBI=0.0605952;REFB=0;REVB=-0.0230233;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281404;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr19 38091932 . A T 766.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000609394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9964;QD=56.7563;RBI=0.0102536;REFB=0;REVB=0.0102355;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69751e-05;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr19 38202516 . A C 650.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.85;QD=61.9824;RBI=0.175796;REFB=0;REVB=0.173767;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004644;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:17:23:0:0:18:24:0:0 chr19 38314767 . AA GA,GG 805.33 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468634,-0.0101319;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=249.099,23.4489;QD=56.5143;RBI=0.0132722,0.0375921;REFB=0,0;REVB=0.0124173,0.036201;RO=0;SAF=21,0;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000719278,0.0578073;OID=.,.;OPOS=38314767,38314767;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:34,2:21,0:0:0:34,2:21,0:0:0 chr19 38376485 . T A 660.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.255;QD=61.468;RBI=0.0161703;REFB=0;REVB=0.0141106;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81094e-05;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr19 38376925 . A G 162.09 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0466275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3683;QD=12.0068;RBI=0.0495624;REFB=0.00608285;REVB=-0.0168021;RO=34;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180159;STB=0.604294;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0226756;OID=.;OPOS=38376925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:11:9:21:13:11:9:21:13 chr19 38377564 . T C 467.78 PASS AF=0.945946;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0949059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4228;QD=50.5712;RBI=0.12129;REFB=-0.166557;REVB=0.0755265;RO=3;SAF=20;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710681;STB=0.509364;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0280225;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:37:3:2:32:35:0.945946:12:20:2:1:12:23:1:1 chr19 38377773 . G A 631.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6379;QD=61.6541;RBI=0.0654899;REFB=0;REVB=-0.00717452;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565026;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr19 38378107 . G A 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0203;QD=63.8606;RBI=0.0964779;REFB=0;REVB=-0.0810405;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157551;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr19 38378539 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.972;QD=57.2376;RBI=0.0225039;REFB=0;REVB=0.015347;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98155e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr19 38379446 . C T 560.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.901;QD=58.9626;RBI=0.0873298;REFB=0;REVB=0.00422497;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200789;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:13:22:0:0:14:24:0:0 chr19 38382328 . C T 1825.64 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039938;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6757;QD=61.3662;RBI=0.0452463;REFB=0;REVB=-0.0212647;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194095;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:72:47:0:0:72:47:0:0 chr19 38384421 . C G 137.67 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7482;QD=42.3596;RBI=0.054024;REFB=0;REVB=-0.0526995;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127102;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr19 38573149 . G C 326.75 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0096204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.276;QD=15.023;RBI=0.0128556;REFB=-0.0104542;REVB=-0.00852731;RO=50;SAF=24;SAR=12;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13836;STB=0.585317;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00745146;OID=.;OPOS=38573149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:51:36:36:0.413793:12:24:27:23:12:24:27:24 chr19 38610504 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00363799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.192;QD=11.7808;RBI=0.0175811;REFB=-0.0177009;REVB=0.0172006;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360574;STB=0.710418;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0242853;OID=.;OPOS=38610504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:22:9:10:6:22:9 chr19 38698997 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00132113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.875;QD=16.6271;RBI=0.00604906;REFB=-0.00026966;REVB=-0.00590303;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.000269912;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:10:4:4:9:10:4 chr19 38706989 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0274567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.184;QD=12.3948;RBI=0.0291463;REFB=0.00170152;REVB=0.00977925;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343242;STB=0.70481;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00378925;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:12:12:3:11:12:12 chr19 38709568 . C T 200.94 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0209536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.071;QD=20.6095;RBI=0.0264226;REFB=-0.00250706;REVB=0.0160966;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182887;STB=0.618661;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00281988;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:6:14:9:9:6:14:9:10 chr19 38743591 . G T 77.82 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000832915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.254;QD=17.2935;RBI=0.0168408;REFB=-0.0303737;REVB=-0.0168202;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157762;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0500104;OID=.;OPOS=38743591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:2:7:5:3:2:8:5:3 chr19 38794895 . T C 844.91 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=148;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0257178;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.051;QD=22.8354;RBI=0.0309453;REFB=-0.017885;REVB=-0.0172107;RO=69;SAF=35;SAR=44;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196699;STB=0.510769;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0162415;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:69:69:79:79:0.533784:44:35:29:40:44:35:29:40 chr19 38795550 . G GAAGAAGGAGAAGGGC 113.72 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0229829;FXX=0.078937;HRUN=2;LEN=15;MLLD=245.662;QD=6.49833;RBI=0.0462424;REFB=-0.0169512;REVB=-0.0401267;RO=58;SAF=10;SAR=7;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195625;STB=0.517221;STBP=0.88;TYPE=ins;VARB=0.0481458;OID=.;OPOS=38795551;OREF=-;OALT=AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=GAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242857:17:76:17:70:53:10:7:30:23:99:58:10:7:35:23 chr19 38798086 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.617;QD=53.2767;RBI=0.0368915;REFB=0;REVB=0.0302742;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436893;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 38800165 . C T 438.77 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0168943;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.825;QD=23.7171;RBI=0.0169343;REFB=-0.0198027;REVB=-0.00116313;RO=32;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049715;STB=0.502731;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0151625;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:32:32:42:42:0.567568:16:26:20:12:16:26:20:12 chr19 38847431 . T C 320.58 PASS AF=0.387097;AO=33;DP=90;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00490661;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.68;QD=13.7884;RBI=0.00835062;REFB=-0.010774;REVB=0.00675708;RO=57;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791536;STB=0.51612;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.017528;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:57:57:33:36:0.387097:15:18:27:30:18:18:27:30 chr19 38852357 . T G 831.85 PASS AF=0.400826;AO=86;DP=231;FAO=97;FDP=242;FR=.;FRO=145;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=0.0041405;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9676;QD=13.7496;RBI=0.00997172;REFB=-0.0337178;REVB=-0.00907146;RO=143;SAF=41;SAR=45;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016851;STB=0.513483;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0427471;OID=.;OPOS=38852357;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:242:143:145:86:97:0.400826:45:41:66:77:50:47:67:78 chr19 38861362 . T C 373.73 PASS AF=0.4;AO=43;DP=110;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.013557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.513;QD=13.5902;RBI=0.0245501;REFB=-0.00658587;REVB=0.0204674;RO=66;SAF=27;SAR=16;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217924;STB=0.627849;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0150569;OID=.;OPOS=38861362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:66:66:43:44:0.4:16:27:28:38:16:28:28:38 chr19 38865586 . G A 656.48 PASS AF=0.511628;AO=64;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0274169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.662;QD=20.3558;RBI=0.0328895;REFB=-0.0216448;REVB=0.0181669;RO=63;SAF=37;SAR=27;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207298;STB=0.517735;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0147883;OID=.;OPOS=38865586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:64:66:0.511628:27:37:35:28:27:39:35:28 chr19 38876758 . C T 52.91 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0304512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7353;QD=21.1646;RBI=0.143758;REFB=-0.0593427;REVB=0.140496;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168825;STB=0.599677;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0831822;OID=.;OPOS=38876758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:2:1:1:6:2:1 chr19 38877168 . A G 611.67 PASS AF=0.427711;AO=67;DP=162;FAO=71;FDP=166;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.00486359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.34;QD=14.739;RBI=0.00954173;REFB=-0.00825302;REVB=0.00820915;RO=81;SAF=25;SAR=42;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356449;STB=0.522077;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0118115;OID=.;OPOS=38877168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:166:81:95:67:71:0.427711:42:25:33:48:43:28:41:54 chr19 38896244 . C A 278.02 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=49;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0346795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.12;QD=21.8053;RBI=0.0347372;REFB=-0.0260409;REVB=-0.00200231;RO=23;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191123;STB=0.584086;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0201921;OID=.;OPOS=38896244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:23:23:26:28:0.54902:11:15:8:15:13:15:8:15 chr19 38899501 . C CAAG 224.23 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=57;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0129906;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=177.839;QD=27.1791;RBI=0.0208299;REFB=-0.0607779;REVB=0.0162828;RO=38;SAF=3;SAR=10;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422155;STB=0.633112;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0280515;OID=.;OPOS=38899502;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:13:57:21:33:12:8:13:9:3:94:38:3:10:22:16 chr19 38899827 . C T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0336129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.796;QD=14.3319;RBI=0.0434072;REFB=-0.00643758;REVB=-0.0274657;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00513399;OID=.;OPOS=38899827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr19 38905683 . A G 468.43 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0807867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2001;QD=14.1949;RBI=0.0821773;REFB=-0.016007;REVB=-0.0150535;RO=75;SAF=28;SAR=25;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225715;STB=0.520736;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0174467;OID=.;OPOS=38905683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:75:79:53:53:0.401515:25:28:38:37:25:28:39:40 chr19 38912764 . A G 1225.19 PASS AF=1;AO=48;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7503;QD=60.5033;RBI=0.0521799;REFB=0;REVB=0.0219251;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126769;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:48:81:1:31:17:0:0:46:35:0:0 chr19 38912765 . T G 289.61 PASS AF=0.39759;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.0177689;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.862;QD=13.9569;RBI=0.0607545;REFB=-0.096024;REVB=0.058098;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234521;STB=0.621959;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0091366;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:50:32:33:0.39759:14:18:17:33:15:18:17:33 chr19 38939408 . T C 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.512;QD=56.9904;RBI=0.0259329;REFB=0;REVB=-0.0141916;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20597e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr19 38946182 . G A 341.77 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0165237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.96;QD=15.8964;RBI=0.0284175;REFB=-0.012063;REVB=0.0231198;RO=48;SAF=22;SAR=15;SRF=34;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12194;STB=0.559969;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0143811;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:49:37:37:0.430233:15:22:34:14:15:22:34:15 chr19 38949904 . C T 169.37 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00909309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.421;QD=16.5242;RBI=0.027345;REFB=-0.00529401;REVB=-0.0257889;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191355;STB=0.610044;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0170251;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:12:11:12:6:12:11 chr19 38956839 . C T 1112.66 PASS AF=0.553191;AO=104;DP=188;FAO=104;FDP=188;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=0.0376404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.687;QD=23.6735;RBI=0.0415491;REFB=0.00843437;REVB=0.0175936;RO=83;SAF=55;SAR=49;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676156;STB=0.539428;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00354819;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:83:84:104:104:0.553191:49:55:37:46:49:55:37:47 chr19 38956902 . G A 229.13 PASS AF=0.290909;AO=32;DP=110;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=29;FWDB=-0.0391777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.103;QD=8.33187;RBI=0.0416674;REFB=-0.0240761;REVB=0.0141874;RO=76;SAF=26;SAR=6;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259831;STB=0.668999;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0509568;OID=.;OPOS=38956902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:78:32:32:0.290909:6:26:49:27:6:26:49:29 chr19 38959680 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.779;QD=58.5864;RBI=0.0680681;REFB=0;REVB=0.0631669;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007783;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr19 38991516 . G A 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0221994;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.736;QD=15.754;RBI=0.0788799;REFB=-0.00751624;REVB=0.0756916;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796412;STB=0.504582;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00803336;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:14:13:9:10:14:13 chr19 38991543 . G A 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0178273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.868;QD=14.0461;RBI=0.0231172;REFB=-0.00431468;REVB=-0.014717;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409314;STB=0.523783;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00783206;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:15:14:8:10:15:14 chr19 38993547 . C T 473.88 PASS AF=0.324324;AO=60;DP=184;FAO=60;FDP=185;FR=.;FRO=125;FSAF=46;FSAR=14;FSRF=76;FSRR=49;FWDB=-0.013073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.411;QD=10.2461;RBI=0.0210149;REFB=-0.0112089;REVB=-0.0164537;RO=124;SAF=46;SAR=14;SRF=75;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224929;STB=0.629133;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0262457;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:124:125:60:60:0.324324:14:46:75:49:14:46:76:49 chr19 38994910 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0058643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.773;QD=16.9231;RBI=0.0200644;REFB=-0.0122097;REVB=-0.0191882;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962479;STB=0.554104;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0119385;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:17:17:12:18:17:17 chr19 38995438 . T C 354.87 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00421573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.632;QD=16.3158;RBI=0.00432692;REFB=-0.0224586;REVB=0.000974616;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728576;STB=0.540868;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0403803;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:23:15:16:33:23:15:16:33 chr19 38995510 . T C 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0198327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.47;QD=19.763;RBI=0.022596;REFB=-0.0339947;REVB=0.0108279;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421408;STB=0.523789;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0317962;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:13:12:10:13:13:12 chr19 38995975 . G A 303.46 PASS AF=0.43038;AO=32;DP=77;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0160265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.461;QD=15.365;RBI=0.0172963;REFB=-0.018044;REVB=0.00650489;RO=45;SAF=10;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237036;STB=0.644461;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0242044;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:45:45:32:34:0.43038:22:10:24:21:24:10:24:21 chr19 38996990 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.022475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1985;QD=18.2511;RBI=0.0253452;REFB=-0.006776;REVB=0.0117156;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359999;STB=0.706139;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00420737;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:11:4:10:5:11:4:10:5 chr19 39002725 . A G 306.94 PASS AF=0.426829;AO=33;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00531363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.691;QD=14.9725;RBI=0.0121207;REFB=-0.00460847;REVB=-0.0108939;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100817;STB=0.569744;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00729824;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:47:33:35:0.426829:13:20:24:23:13:22:24:23 chr19 39010053 . C T 314.23 PASS AF=0.4375;AO=34;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0152089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.954;QD=15.7116;RBI=0.0162663;REFB=-0.0139527;REVB=-0.00576897;RO=45;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718858;STB=0.532543;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0214513;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:34:35:0.4375:16:18:27:18:16:19:27:18 chr19 39068641 . A C 362.23 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0263079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.657;QD=23.3694;RBI=0.026776;REFB=-0.0543366;REVB=0.00498482;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2081;STB=0.614299;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0251068;OID=.;OPOS=39068641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:21:15:18:8:21:15:18:8 chr19 39086604 . T C 302.52 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0689224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8532;QD=31.8447;RBI=0.0974589;REFB=-0.0860864;REVB=-0.0689053;RO=12;SAF=20;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789971;STB=0.543443;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0355799;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:6:20:8:4:6:20:8:4 chr19 39100594 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.012545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.703;QD=17.8591;RBI=0.0205048;REFB=-0.0135084;REVB=-0.0162195;RO=37;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189763;STB=0.605574;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0186351;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:17:17:11:26:17:17:11:26 chr19 39101870 . T C 72.78 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0614133;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6612;QD=7.86782;RBI=0.063596;REFB=-0.00205785;REVB=0.0165185;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992643;STB=0.581242;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00903767;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:25:27:10:10:0.27027:6:4:8:17:6:4:8:19 chr19 39101879 . G A 105.28 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0393742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.127;QD=11.0819;RBI=0.0393935;REFB=-0.0174621;REVB=-0.00123475;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160562;STB=0.594902;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0456494;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:8:17:7:6:8:17 chr19 39227901 . GCCCCCC GCCCCC,GCCCCCG 32.98 PASS AF=0.153846,0.0769231;AO=10,3;DP=41;FAO=6,3;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=2,3;FSAR=4,0;FSRF=2;FSRR=28;FWDB=0.0721077,-0.0205471;FXX=0.0487686;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.21214,270.41;QD=3.38206;RBI=0.0732372,0.0207227;REFB=-0.150408,-0.0155137;REVB=0.0128133,-0.00269204;RO=23;SAF=2,3;SAR=8,0;SRF=2;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.24516,0.799643;STB=0.799464,0.998987;STBP=0.545,0;TYPE=del,snp;VARB=0.151185,0.0850053;OID=.,.;OPOS=39227902,39227907;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCCC,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0.0769231:10,3:41:6,3:39:30:2,3:4,0:2:28:17:23:2,3:8,0:2:21 chr19 39307103 . C T 143.45 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0125267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.145;QD=14.7124;RBI=0.0125978;REFB=-0.010753;REVB=-0.00133725;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170819;STB=0.599867;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0230941;OID=.;OPOS=39307103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:12:4:9:14:12:4:9:14 chr19 39322087 . T G 445.48 PASS AF=0.395349;AO=50;DP=129;FAO=51;FDP=129;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00694707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.416;QD=13.8132;RBI=0.00735775;REFB=-0.0132771;REVB=-0.00242379;RO=78;SAF=29;SAR=21;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14126;STB=0.564795;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0187862;OID=.;OPOS=39322087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:78:50:51:0.395349:21:29:35:43:22:29:36:42 chr19 39367111 . T C 234.92 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0142023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7341;QD=15.4048;RBI=0.0529532;REFB=-0.00934547;REVB=-0.0510131;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0146181;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:17:17:12:15:17:17 chr19 39385531 . CT C,CC 556.93 PASS AF=1,0;AO=17,21;DP=38;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019098,-0.00423393;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.607,148.076;QD=60.2089;RBI=0.116938,0.118065;REFB=0,0;REVB=-0.115368,-0.117989;RO=0;SAF=15,8;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.95117e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.89704e-06,0;OID=.,.;OPOS=39385532,39385532;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,21:38:37,0:37:0:23,0:14,0:0:0:4:0:15,8:2,13:0:0 chr19 39402455 . C G 225.12 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0862119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.311;QD=15.2624;RBI=0.0862709;REFB=-0.0419191;REVB=0.00319027;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747963;STB=0.542341;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0474703;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:19:14:13:13:19:14 chr19 39416887 . C T 966.16 PASS AF=0.457399;AO=102;DP=223;FAO=102;FDP=223;FR=.;FRO=121;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=0.00430397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5628;QD=17.3302;RBI=0.00488907;REFB=-0.0216583;REVB=0.00231925;RO=121;SAF=58;SAR=44;SRF=64;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393993;STB=0.52182;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0319339;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:121:121:102:102:0.457399:44:58:64:57:44:58:64:57 chr19 39432783 . T C 1803.95 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.099;QD=61.1507;RBI=0.0240113;REFB=0;REVB=0.0164919;RO=0;SAF=64;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65998e-06;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:53:64:0:0:54:64:0:0 chr19 39433299 . A G 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.287;QD=64.4084;RBI=0.027382;REFB=0;REVB=0.00647359;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22516e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr19 39515823 . GCCCCCCCG GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG 56.65 PASS AF=0.5,0,0;AO=8,2,3;DP=29;FAO=16,0,0;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10,0,0;FSAR=6,0,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0276916,-0.125519,0.132486;FXX=0.0302939;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=8.37605,17.8891,16.3239;QD=7.08068;RBI=0.0277754,0.149602,0.137024;REFB=-0.0497085,-0.0429369,-0.0724759;REVB=-0.00215601,-0.0813991,0.0349721;RO=12;SAF=5,2,0;SAR=3,0,3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.206895,0.593836,-0.613239;STB=0.532745,0.5,0.5;STBP=0.716,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0495536,0,0.0189667;OID=.,.,.;OPOS=39515824,39515830,39515824;OREF=C,CG,C;OALT=-,GC,G;OMAPALT=GCCCCCCG,GCCCCCCGC,GGCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0,0:8,2,3:29:16,0,0:32:16:10,0,0:6,0,0:9:7:55:12:5,2,0:3,0,3:5:7 chr19 39589189 . C T 3948.27 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104953;FXX=0.0039061;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.213;QD=61.9337;RBI=0.0107769;REFB=-0.0430088;REVB=0.00244727;RO=1;SAF=191;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0073896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28702e-05;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:256:255:1:0:255:255:1:64:191:0:1:64:191:0:0 chr19 39590955 . G A 888.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371346;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.18;QD=58.26;RBI=0.0372497;REFB=0;REVB=0.00292621;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14237e-05;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr19 39669284 . AGGGGGC AGGGCCG,AGGGGC 59.21 PASS AF=0.129032,0.225806;AO=3,7;DP=32;FAO=4,7;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4,3;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0211433,0.0645761;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=161.591,14.9002;QD=7.63968;RBI=0.0225292,0.0905751;REFB=0.000110339,-0.0504644;REVB=-0.00777993,0.0635119;RO=19;SAF=3,4;SAR=0,3;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0.366667;SSSB=0.757215,0.470108;STB=0.998334,0.681389;STBP=0.002,0.34;TYPE=mnp,del;VARB=0.160955,0.0447026;OID=.,.;OPOS=39669288,39669285;OREF=GGC,G;OALT=CCG,-;OMAPALT=AGGGCCG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.129032,0.225806:3,7:32:4,7:31:20:4,3:0,4:4:16:35:19:3,4:0,3:3:16 chr19 39688901 . G T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=62.669;RBI=0.14582;REFB=0;REVB=0.0616355;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152572;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr19 39888511 . G A 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0030609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.85;QD=22.3962;RBI=0.00306881;REFB=-0.0454135;REVB=-0.000220154;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.555006;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0434628;OID=.;OPOS=39888511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:19:22:22:0.536585:9:13:7:10:9:13:9:10 chr19 39891161 . T C 585.4 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.00634314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.847;QD=15.0102;RBI=0.0232394;REFB=-0.014204;REVB=0.0223569;RO=90;SAF=32;SAR=34;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302489;STB=0.516928;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0193349;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:90:90:66:66:0.423077:34:32:41:49:34:32:41:49 chr19 39891219 . C T 577.93 PASS AF=0.409938;AO=65;DP=164;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0056373;FXX=0.0182916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.348;QD=14.3586;RBI=0.010368;REFB=-0.0107549;REVB=-0.00870151;RO=98;SAF=31;SAR=34;SRF=41;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628969;STB=0.55025;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0165605;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:98:95:65:66:0.409938:34:31:41:57:34:32:38:57 chr19 39898568 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCC,GCCCCA 35.73 PASS AF=0.0588235,0,0.294118;AO=3,5,6;DP=34;FAO=2,0,10;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0,9;FSAR=0,0,1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0764041,-0.0396034,-0.0869991;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=33.1041,207.459,8.94953;QD=4.20364;RBI=0.0769111,0.0401758,0.101441;REFB=-0.0359101,0.000973652,-0.16566;REVB=-0.00881625,0.00675763,0.0521683;RO=19;SAF=3,3,5;SAR=0,2,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.629797,0.204436,0.48555;STB=0.995857,0.5,0.887344;STBP=0.101,1,0.007;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.121818,0,0.186151;OID=.,.,.;OPOS=39898568,39898573,39898569;OREF=GC,CA,C;OALT=CG,-,-;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCC,GCCCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:34:34:19:22:3,5,6:2,0,10:0.0588235,0,0.294118:0,2,1:3,3,5:8:11:0,0,1:2,0,9:8:14 chr19 39913634 . G A 130.28 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0570064;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1279;QD=20.0428;RBI=0.0614285;REFB=-0.0589656;REVB=-0.0228852;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.681551;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0457847;OID=.;OPOS=39913634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:9:12:14:14:0.538462:10:4:5:4:10:4:8:4 chr19 39914748 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.382;QD=62.9829;RBI=0.0185015;REFB=0;REVB=-0.00347431;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97785e-05;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr19 39915758 . C G 528.73 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00290517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.418;QD=52.8731;RBI=0.0437357;REFB=-0.214123;REVB=0.0436391;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683844;STB=0.536566;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00202807;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:19:18:0:3:19:18:0:3 chr19 39916110 . GGGA G 836.16 PASS AF=1;AO=66;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316705;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=3;MLLD=166.548;QD=49.1856;RBI=0.0337308;REFB=0;REVB=0.0116078;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.57345e-05;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:70:68:68:0:38:30:0:0:15:0:37:29:0:0 chr19 39926509 . A C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.765;QD=57.0005;RBI=0.0398994;REFB=0;REVB=0.0326803;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113815;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr19 39926521 . G A 714.73 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385971;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5801;QD=57.1785;RBI=0.0386069;REFB=0;REVB=0.000867656;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017695;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr19 39932023 . T C 938.26 PASS AF=0.566038;AO=90;DP=159;FAO=90;FDP=159;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00970033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.822;QD=23.604;RBI=0.0455869;REFB=-0.0117484;REVB=0.0445428;RO=69;SAF=29;SAR=61;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985061;STB=0.553765;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00879935;OID=.;OPOS=39932023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:69:69:90:90:0.566038:61:29:30:39:61:29:30:39 chr19 39932066 . T C 1976.85 PASS AF=0.977444;AO=127;DP=127;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=83;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.032336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.49;QD=59.4541;RBI=0.0549135;REFB=-0.0334221;REVB=0.0443833;RO=0;SAF=46;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515462;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00147582;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:133:0:3:127:130:0.977444:81:46:0:0:83:47:3:0 chr19 39944082 . C T 1063.02 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.744;QD=59.8885;RBI=0.0626045;REFB=0;REVB=0.0603882;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279027;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr19 39955533 . G A 385.5 PASS AF=0.532468;AO=37;DP=71;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0295428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.7991;QD=20.0259;RBI=0.0647738;REFB=-0.0626645;REVB=0.0576444;RO=32;SAF=25;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419351;STB=0.506242;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0277082;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:32:36:37:41:0.532468:12:25:23:9:13:28:25:11 chr19 39967318 . T C 69.84 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0313957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0544;QD=11.1741;RBI=0.039152;REFB=-0.0545493;REVB=0.0233921;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.652721;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0752642;OID=.;OPOS=39967318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:25:14:15:10:10:0.4:8:2:6:8:8:2:6:9 chr19 39967320 . T C 70.4 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0407517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.743;QD=14.0794;RBI=0.0433408;REFB=-0.0450749;REVB=0.0147555;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934302;STB=0.571275;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0394276;OID=.;OPOS=39967320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:19:20:10:10:9:10:0.5:7:2:3:7:8:2:3:7 chr19 39967322 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0889918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.271;QD=11.9533;RBI=0.0900458;REFB=-0.027991;REVB=0.013737;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0710098;OID=.;OPOS=39967322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:3:8:6:2:3:8 chr19 39971432 . G C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0326416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.285;QD=14.0785;RBI=0.034338;REFB=-0.0228749;REVB=0.0106594;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.666349;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0518416;OID=.;OPOS=39971432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:6:10:10:2:6:10 chr19 39991237 . C G 351.01 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00486094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.4627;QD=16.9161;RBI=0.0605989;REFB=-0.0605965;REVB=0.0604036;RO=34;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531552;STB=0.540209;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0636902;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:34:45:38:38:0.457831:18:20:20:14:18:20:27:18 chr19 39994711 . T C 1820.88 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2463;QD=61.2062;RBI=0.0402782;REFB=0;REVB=0.0331266;RO=0;SAF=62;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137864;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:57:62:0:0:57:62:0:0 chr19 39996027 . C T 735.67 PASS AF=0.484277;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=159;FR=.;FRO=82;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=0.026044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.481;QD=18.5073;RBI=0.0271014;REFB=-0.0113789;REVB=0.00749647;RO=79;SAF=57;SAR=20;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927788;STB=0.552044;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0143564;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:79:82:77:77:0.484277:20:57:52:27:20:57:54:28 chr19 40009396 . A G 130.58 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0358484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6079;QD=13.7451;RBI=0.0388945;REFB=0.0402448;REVB=0.0150889;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204049;STB=0.599874;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0637049;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:6:16:8:7:7:16 chr19 40023308 . A G 301.13 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.318;QD=52.3707;RBI=0.047734;REFB=0;REVB=0.0247704;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370435;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:8:15:0:0 chr19 40030654 . G C 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.023066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.432;QD=14.3843;RBI=0.0369506;REFB=-0.015996;REVB=0.0288671;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619617;STB=0.53519;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0285329;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:15:19:25:25:15:19:25:25 chr19 40149297 . T A 1230.92 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222863;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4021;QD=61.546;RBI=0.0343626;REFB=0;REVB=0.0261556;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141095;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:46:34:0:0:46:34:0:0 chr19 40170103 . A C 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0851538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7829;QD=12.0132;RBI=0.107025;REFB=-0.0512559;REVB=0.0648312;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0709135;OID=.;OPOS=40170103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr19 40174236 . G A 188.02 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.00955272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7059;QD=10.0279;RBI=0.0177992;REFB=-0.00297775;REVB=-0.0150186;RO=50;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105962;STB=0.551828;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0122656;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:50:50:24:25:0.333333:17:7:11:39:18:7:11:39 chr19 40196627 . G A 377.91 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000547522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.883;QD=24.3815;RBI=0.00380196;REFB=-0.00797045;REVB=-0.00376233;RO=23;SAF=26;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172832;STB=0.582232;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00506826;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:25:37:37:0.596774:11:26:11:12:11:26:13:12 chr19 40197924 . T C 513.08 PASS AF=0.451613;AO=55;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.0643765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7562;QD=16.551;RBI=0.074609;REFB=-0.0136121;REVB=0.0377115;RO=69;SAF=36;SAR=19;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10972;STB=0.568157;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0185638;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:69:68:55:56:0.451613:19:36:38:31:19:37:37:31 chr19 40199914 . C G 199.65 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0444267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9581;QD=19.9648;RBI=0.0455219;REFB=-0.0261318;REVB=-0.00992573;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133915;STB=0.575681;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0406517;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:8:12:9:11:8:12:9:11 chr19 40224986 . A G 592.35 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00714372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5602;QD=27.2342;RBI=0.00906777;REFB=-0.00714785;REVB=-0.00558496;RO=33;SAF=38;SAR=15;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00897628;STB=0.508882;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00449422;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:33:34:53:53:0.609195:15:38:24:9:15:38:25:9 chr19 40225646 . G A 360.1 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00608269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.783;QD=22.8635;RBI=0.0148483;REFB=-0.0210461;REVB=0.0135453;RO=27;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152161;STB=0.508375;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.012004;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:14:22:17:10:14:22:17:10 chr19 40316299 . GGCCCCC GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG 42.5 PASS AF=0,0.263889,0.0138889;AO=8,19,4;DP=77;FAO=0,19,1;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=0,3,0;FSAR=0,16,1;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0183494,-0.0108887,-0.0124478;FXX=0.0526247;HRUN=3,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.6045,10.5275,64.7119;QD=2.36085;RBI=0.146263,0.169115,0.127459;REFB=-0.0596288,-0.15122,-0.0118976;REVB=-0.145107,-0.168764,-0.126849;RO=35;SAF=1,3,0;SAR=7,16,4;SRF=27;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.683865,-0.638721,-0.717248;STB=0.5,0.845455,0.992556;STBP=1,0.001,0.26;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0941867,0.0702845,0.0662195;OID=.,.,.;OPOS=40316300,40316301,40316305;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.263889,0.0138889:8,19,4:77:0,19,1:72:52:0,3,0:0,16,1:33:19:32:35:1,3,0:7,16,4:27:8 chr19 40316339 . C G 72.52 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0369187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1693;QD=3.15314;RBI=0.0407886;REFB=-0.0135269;REVB=-0.0173414;RO=64;SAF=2;SAR=13;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475285;STB=0.836803;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.120004;OID=.;OPOS=40316339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:92:92:64:71:15:15:0.163043:13:2:30:34:13:2:36:35 chr19 40366362 . G C 280.01 PASS AF=0.360825;AO=20;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0308737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.025;QD=11.5467;RBI=0.0336927;REFB=-0.0220786;REVB=0.0134912;RO=59;SAF=8;SAR=12;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21376;STB=0.552435;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0378784;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:62:20:35:0.360825:12:8:34:25:12:23:36:26 chr19 40367862 . T C 54.27 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0244943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.521;QD=9.8681;RBI=0.0268976;REFB=-0.0104785;REVB=-0.0111134;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428566;STB=0.729322;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0215701;OID=.;OPOS=40367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:22:13:14:7:8:0.363636:4:3:1:12:5:3:1:13 chr19 40368395 . C T 428.74 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.013087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.981;QD=19.9413;RBI=0.0189401;REFB=-0.00896733;REVB=0.0136915;RO=41;SAF=20;SAR=22;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114141;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114501;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:43:42:43:0.5:22:20:19:22:22:21:21:22 chr19 40368498 . AA CC,CG 459.64 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=33;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155497,0.0156774;FXX=0.0302939;HRUN=3,3;LEN=2,2;MLLD=208.904,176.738;QD=57.4547;RBI=0.0299396,0.022436;REFB=0,0;REVB=0.0255849,0.0160497;RO=0;SAF=10,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-5.21169e-05,0.0491363;OID=.,.;OPOS=40368498,40368498;OREF=AA,AA;OALT=CC,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:20,2:10,0:0:0:20,2:10,0:0:0 chr19 40374034 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0110883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9943;QD=21.0133;RBI=0.036999;REFB=-0.0803945;REVB=0.0352984;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233612;STB=0.629444;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0512721;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:10:1:0:7:10:1:0:7 chr19 40376675 . G A 42.52 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0540746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.162;QD=2.98419;RBI=0.0561124;REFB=-0.0169206;REVB=0.0149846;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152107;STB=0.599748;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.110503;OID=.;OPOS=40376675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:57:57:48:49:8:8:0.140351:5:3:24:24:5:3:24:25 chr19 40392482 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7796;QD=54.5135;RBI=0.081379;REFB=0;REVB=0.0162626;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746569;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:12:13:0:0 chr19 40392585 . T G 110.03 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00087813;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2446;QD=7.0986;RBI=0.0197318;REFB=-0.0157609;REVB=-0.0197122;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516109;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0535152;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:46:16:16:0.258065:8:8:22:22:8:8:22:24 chr19 40392631 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0143435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.698;QD=25.3154;RBI=0.0626721;REFB=-0.0167677;REVB=0.0610086;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116645;STB=0.56489;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0140532;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:8:5:11:9:8:5 chr19 40392719 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.052;QD=33.4285;RBI=0.0418373;REFB=0;REVB=0.00123097;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885313;OID=.;OPOS=40392719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 40406019 . G A 576.66 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0104688;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.219;QD=23.7797;RBI=0.010894;REFB=-0.0321663;REVB=-0.00301372;RO=43;SAF=22;SAR=31;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.609677;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0250415;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:43:44:53:53:0.546392:31:22:28:15:31:22:29:15 chr19 40408128 . C T 97.88 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=61;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00510803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2141;QD=6.31477;RBI=0.0145359;REFB=-0.00895193;REVB=0.0136088;RO=47;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100931;STB=0.584302;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0236461;OID=.;OPOS=40408128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:61:62:47:47:14:15:0.241935:6:8:23:24:6:9:23:24 chr19 40408821 . C G 105.37 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0822766;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5565;QD=19.1579;RBI=0.083096;REFB=-0.0743333;REVB=0.0116409;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140099;STB=0.580507;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0471336;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:5:5:8:4:5:5 chr19 40719076 . T C 108.87 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00924791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.703;QD=24.1942;RBI=0.0120051;REFB=-0.0359156;REVB=0.0076549;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00822707;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr19 40730449 . C T 334.58 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.03411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.019;QD=16.9408;RBI=0.049263;REFB=-0.0322348;REVB=0.0355437;RO=43;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276306;STB=0.65541;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0277555;OID=.;OPOS=40730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:25:11:25:18:25:11:25:18 chr19 40732373 . AG A 101.39 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00484944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2032;QD=21.346;RBI=0.0219262;REFB=-0.0718662;REVB=0.0213832;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.526272;STBP=0.806;TYPE=del;VARB=0.0511564;OID=.;OPOS=40732374;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:11:19:12:19:7:6:6:4:3:36:7:6:5:4:3 chr19 40739513 . A G 132.38 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0309249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.692;QD=9.99083;RBI=0.0309251;REFB=-0.0078159;REVB=0.000116786;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103364;STB=0.561883;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0228873;OID=.;OPOS=40739513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:4:13:25:11:4:13:25:11 chr19 40885531 . GC G 59.22 PASS AF=0.338462;AO=25;DP=67;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0158756;FXX=0.0298463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.03738;QD=3.64405;RBI=0.158172;REFB=-0.14244;REVB=-0.157374;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=8;SSEN=0.54717;SSEP=0;SSSB=-0.221069;STB=0.60336;STBP=0.268;TYPE=del;VARB=0.150547;OID=.;OPOS=40885532;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.338462:25:67:22:65:43:12:10:30:13:59:31:13:12:23:8 chr19 40900865 . C T 2146.88 PASS AF=0.960784;AO=147;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=87;FSAR=60;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0351339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.477;QD=56.1276;RBI=0.053307;REFB=-0.0333435;REVB=0.0400904;RO=5;SAF=87;SAR=60;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026546;STB=0.516664;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.000278598;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:153:153:5:6:147:147:0.960784:60:87:5:0:60:87:6:0 chr19 40964304 . GCCCA GCCA,GCCAC,TGCCA 230.25 PASS AF=0.513761,0,0;AO=46,4,4;DP=110;FAO=56,0,0;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=51,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=12;FSRR=41;FWDB=-0.0476264,-0.136739,-0.0157238;FXX=0.00909008;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,2;MLLD=10.5354,85.2583,21.2546;QD=8.44945;RBI=0.0904033,0.137477,0.0423531;REFB=-0.148192,-0.0201946,-0.075931;REVB=0.0768406,-0.0142283,0.0393262;RO=47;SAF=43,3,4;SAR=3,1,0;SRF=8;SRR=39;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.754427,0.589922,0.731735;STB=0.881471,0.5,0.5;STBP=0,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.143869,0,0;OID=.,.,.;OPOS=40964305,40964307,40964304;OREF=C,CA,GC;OALT=-,AC,TG;OMAPALT=GCCA,GCCAC,TGCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:47:53:46,4,4:56,0,0:0.513761,0,0:3,1,0:43,3,4:8:39:5,0,0:51,0,0:12:41 chr19 41082868 . T C 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0658616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8427;QD=26.5695;RBI=0.0744507;REFB=0.0802753;REVB=0.0347153;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680141;STB=0.53839;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0348177;OID=.;OPOS=41082868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:2:2:4:7:2:2 chr19 41096189 . A G 300.49 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.024568;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.09;QD=16.2427;RBI=0.0274752;REFB=-0.0264448;REVB=-0.0123004;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270238;STB=0.656434;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0319846;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:32:33:0.445946:13:19:13:28:13:20:13:28 chr19 41097276 . C G 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0130168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.754;QD=19.2761;RBI=0.0154558;REFB=-0.0103505;REVB=0.00833324;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038807;STB=0.521606;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00455471;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:13:21:19:14:13:21:19:14 chr19 41111069 . G A 341.99 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0148724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7693;QD=18.9995;RBI=0.028881;REFB=-0.0149844;REVB=0.0247573;RO=36;SAF=19;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137935;STB=0.514011;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0218167;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:35:36:0.5:16:19:19:17:16:20:19:17 chr19 41117869 . A G 209.16 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0467022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5461;QD=11.6197;RBI=0.06154;REFB=-0.00940291;REVB=-0.0400758;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355601;STB=0.694309;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0228134;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:11:15:11:34:11:15:12:34 chr19 41118056 . A G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00905282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.108;QD=21.2646;RBI=0.00943991;REFB=-0.0108054;REVB=0.00267551;RO=18;SAF=3;SAR=17;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680106;STB=0.538007;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00635808;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:17:3:2:16:17:3:2:16 chr19 41123093 . A AG 475.93 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.1742;QD=42.305;RBI=0.243856;REFB=0;REVB=-0.221058;RO=6;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0081377;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:47:45:45:0:24:21:0:0:9:6:21:17:3:3 chr19 41129842 . C T 107.95 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0169133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4746;QD=13.0853;RBI=0.0191294;REFB=-0.0296963;REVB=-0.00893726;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.523328;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0524549;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:7:6:10:8:7:6:10:10 chr19 41173880 . C T 70.7 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0695929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5766;QD=17.6756;RBI=0.118111;REFB=-0.114435;REVB=0.0954311;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368767;STB=0.675319;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0738228;OID=.;OPOS=41173880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:8:9:0.5625:5:3:6:1:5:4:6:1 chr19 41186879 . A G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0145777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.291;QD=16.7264;RBI=0.0147129;REFB=-0.017837;REVB=-0.00199016;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651334;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0163302;OID=.;OPOS=41186879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:8:10:9:7:8:11 chr19 41188790 . CT TC 41.49 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=48;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0129135;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=26.3464;QD=3.68755;RBI=0.0883535;REFB=-0.0271871;REVB=-0.0874047;RO=35;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326077;STB=0.639009;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=0.18431;OID=.;OPOS=41188790;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:48:45:35:36:8:6:0.133333:1:7:24:11:1:5:26:10 chr19 41192823 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00479994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.697;QD=16.4081;RBI=0.00570528;REFB=-0.0242745;REVB=-0.00308396;RO=28;SAF=18;SAR=3;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128662;STB=0.56835;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0317296;OID=.;OPOS=41192823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:3:18:22:6:3:18:23:6 chr19 41198056 . C T 262.92 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-2.76041e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.784;QD=12.6708;RBI=0.00647;REFB=-0.0149308;REVB=0.00646994;RO=50;SAF=11;SAR=20;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302915;STB=0.661435;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0119996;OID=.;OPOS=41198056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:52:31:31:0.373494:20:11:32:18:20:11:32:20 chr19 41209477 . C T 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00484307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.682;QD=14.8342;RBI=0.0183384;REFB=-0.00657393;REVB=-0.0176874;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257162;STB=0.647345;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00874308;OID=.;OPOS=41209477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:13:17:7:15:13:17 chr19 41213988 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0521387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9325;QD=10.3792;RBI=0.0561883;REFB=-0.0129752;REVB=-0.0209445;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0257321;OID=.;OPOS=41213988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:10:6:4:5:10:6 chr19 41235120 . A G 288.05 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00567419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.221;QD=25.0477;RBI=0.028162;REFB=-0.0123147;REVB=-0.0275844;RO=20;SAF=20;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166599;STB=0.593143;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00789209;OID=.;OPOS=41235120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:6:20:12:8:6:20:12:8 chr19 41246495 . T C,TC 69.81 PASS AF=0.0833333,0.416667;AO=3,7;DP=24;FAO=2,10;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1;FSAR=2,9;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0298998,0.0201553;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=106.006,22.6533;QD=11.6354;RBI=0.0401059,0.0331605;REFB=-0.0102351,-0.0334575;REVB=-0.0267298,0.0263322;RO=14;SAF=1,0;SAR=2,7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.478282,-0.810791;STB=0.99785,0.914486;STBP=0.012,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0.0732178,0.0905477;OID=.,.;OPOS=41246495,41246496;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:24:24:14:12:3,7:2,10:0.0833333,0.416667:2,7:1,0:11:3:2,9:0,1:11:1 chr19 41255500 . C G 64.57 PASS AF=0.375;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0667544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9263;QD=10.7625;RBI=0.0728745;REFB=-0.0279382;REVB=-0.0292326;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.571275;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0693334;OID=.;OPOS=41255500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:22:24:13:15:7:9:0.375:2:5:9:4:4:5:10:5 chr19 41257396 . C T 239.95 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0266769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2053;QD=15.4808;RBI=0.0326537;REFB=-0.00841482;REVB=0.018831;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559319;STB=0.548353;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.011479;OID=.;OPOS=41257396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:27:28:0.451613:13:14:19:14:14:14:20:14 chr19 41263403 . A G 124.06 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.111512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.761;QD=16.5412;RBI=0.111626;REFB=0.0050592;REVB=-0.00504936;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276179;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0169757;OID=.;OPOS=41263403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:5:9:5:10:5:9:6:10 chr19 41269551 . C T 116.46 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0574022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.958;QD=11.6459;RBI=0.0578316;REFB=-0.0124839;REVB=0.0070339;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20259;STB=0.619551;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0284206;OID=.;OPOS=41269551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:10:16:6:8:10:16 chr19 41281700 . C T 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.025172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.447;QD=12.7171;RBI=0.0276225;REFB=-0.00188273;REVB=0.0113743;RO=52;SAF=15;SAR=17;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261096;STB=0.645331;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0034866;OID=.;OPOS=41281700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:54:32:32:0.372093:17:15:37:15:17:15:38:16 chr19 41284324 . C CG,G 42.35 PASS AF=0.232558,0.0232558;AO=5,5;DP=43;FAO=10,1;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=6,0;FSAR=4,1;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0294339,-0.0403961;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=23.9918,37.4916;QD=3.93992;RBI=0.0882142,0.0991729;REFB=-0.0336203,-0.0216888;REVB=-0.0831589,-0.0905727;RO=33;SAF=4,1;SAR=1,4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.19078,-0.504304;STB=0.545366,0.992817;STBP=0.768,0.245;TYPE=ins,snp;VARB=0.150278,0.166652;OID=.,.;OPOS=41284325,41284324;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:33:32:5,5:10,1:0.232558,0.0232558:1,4:4,1:22:11:4,1:6,0:21:11 chr19 41307170 . G A 415.16 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0115212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.044;QD=19.3099;RBI=0.0347499;REFB=-0.0256571;REVB=0.0327844;RO=43;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927863;STB=0.501694;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0307319;OID=.;OPOS=41307170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:44:42:42:0.488372:18:24:25:18:18:24:25:19 chr19 41349732 . C A 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=9;FWDB=-0.00120408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.725;QD=2.25236;RBI=0.0621038;REFB=0.00233624;REVB=0.0620921;RO=72;SAF=9;SAR=1;SRF=63;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744867;STB=0.555435;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.0178499;OID=.;OPOS=41349732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:1:9:63:9:1:9:63:9 chr19 41349774 . A G 52.61 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=63;FSRR=10;FWDB=0.0080872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.502;QD=2.50529;RBI=0.00927567;REFB=0.00152279;REVB=-0.00454259;RO=73;SAF=10;SAR=1;SRF=63;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136296;STB=0.600882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0100682;OID=.;OPOS=41349774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:1:10:63:10:1:10:63:10 chr19 41350600 . G A 792.56 PASS AF=0.503106;AO=81;DP=161;FAO=81;FDP=161;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.012422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.624;QD=19.691;RBI=0.0125525;REFB=-0.00842948;REVB=-0.00180531;RO=80;SAF=41;SAR=40;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732811;STB=0.54029;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00894074;OID=.;OPOS=41350600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:80:80:81:81:0.503106:40:41:34:46:40:41:34:46 chr19 41350664 . A T 1541.57 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=104;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.124423;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.491;QD=58.7264;RBI=0.124488;REFB=-0.085758;REVB=-0.00402163;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998794;STB=0.50505;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00028838;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:105:1:1:102:104:0.990476:55:47:1:0:55:49:1:0 chr19 41356281 . T C 641.2 PASS AF=0.485075;AO=64;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=22;FWDB=-0.0510371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9111;QD=19.1404;RBI=0.0576605;REFB=-0.0150631;REVB=-0.0268319;RO=68;SAF=47;SAR=17;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665166;STB=0.536839;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0193664;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:64:65:0.485075:17:47:46:22:17:48:47:22 chr19 41356310 . G A 575.16 PASS AF=0.495798;AO=55;DP=121;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0161251;FXX=0.0479962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.803;QD=19.3332;RBI=0.0254531;REFB=-0.0230571;REVB=0.0196937;RO=66;SAF=39;SAR=16;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490575;STB=0.557659;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0221175;OID=.;OPOS=41356310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:66:60:55:59:0.495798:16:39:44:22:16:43:38:22 chr19 41381629 . C A 32.88 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0167574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0283;QD=2.92233;RBI=0.0167719;REFB=0.0153265;REVB=0.000695582;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214929;STB=0.666222;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0872556;OID=.;OPOS=41381629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:31:39:6:6:0.133333:2:4:25:6:2:4:32:7 chr19 41383217 . T C 204.08 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0623255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.074;QD=17.0064;RBI=0.0623956;REFB=-0.00326214;REVB=0.00295812;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22768;STB=0.638376;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00373298;OID=.;OPOS=41383217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:27:20:21:0.4375:8:12:10:17:8:13:10:17 chr19 41384675 . T C 791.59 PASS AF=0.5;AO=80;DP=162;FAO=81;FDP=162;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0292623;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3219;QD=19.5455;RBI=0.0350933;REFB=-0.0184387;REVB=0.0193716;RO=79;SAF=43;SAR=37;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624598;STB=0.537067;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0179669;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:79:81:80:81:0.5:37:43:37:42:37:44:38:43 chr19 41386033 . T C 701.27 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.00648141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.314;QD=18.0973;RBI=0.00657069;REFB=-0.0083269;REVB=0.00107953;RO=80;SAF=31;SAR=43;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135183;STB=0.571609;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0112358;OID=.;OPOS=41386033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:81:74:74:0.477419:43:31:45:35:43:31:45:36 chr19 41622107 . G GC 122.15 PASS AF=0.37931;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0439562;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9904;QD=8.42384;RBI=0.0515505;REFB=-0.0163028;REVB=0.0269315;RO=39;SAF=15;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291709;STB=0.652915;STBP=0.093;TYPE=ins;VARB=0.0329325;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:20:59:22:58:36:16:6:18:18:99:39:15:5:20:19 chr19 41622189 . G A 266.56 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0114955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.531;QD=15.9138;RBI=0.016263;REFB=-0.0182032;REVB=0.0115039;RO=37;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104512;STB=0.559099;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0203402;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:10:20:21:16:10:20:21:16 chr19 41627868 . G A 61.04 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00750659;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=6.59884;RBI=0.0495402;REFB=-0.016934;REVB=0.0489682;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171291;STB=0.629336;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.041454;OID=.;OPOS=41627868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:29:28:8:9:0.243243:3:5:14:15:3:6:14:14 chr19 41743861 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.852;QD=62.9829;RBI=0.0131317;REFB=0;REVB=0.000412613;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17858e-05;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr19 41748153 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0169708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.067;QD=17.0892;RBI=0.0238785;REFB=-0.0153368;REVB=-0.016798;RO=28;SAF=15;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422594;STB=0.523791;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0171308;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:10:15:18:10:10:15:18:10 chr19 41829581 . T A 149.3 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.018073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.915;QD=15.7153;RBI=0.0462468;REFB=-0.0105655;REVB=0.0425692;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.613365;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0477255;OID=.;OPOS=41829581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:16:17:0.447368:10:6:12:7:10:7:13:8 chr19 41848139 . GC G 176.83 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.7074;QD=28.2933;RBI=0.105693;REFB=0;REVB=0.0995246;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=-0.179999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.008308;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:24:25:25:0:14:11:0:0:3:5:6:9:4:1 chr19 41858921 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.155981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.042;QD=11.0999;RBI=0.156145;REFB=-0.0260234;REVB=0.00715031;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0353005;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:9:10:7:7:0.411765:6:1:3:6:6:1:4:6 chr19 41869392 . T C 509.05 PASS AF=0.482456;AO=48;DP=107;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=14;FWDB=0.00507798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.501;QD=17.8613;RBI=0.00553013;REFB=-0.017857;REVB=0.00219009;RO=59;SAF=35;SAR=13;SRF=45;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429054;STB=0.523606;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:114:59:59:48:55:0.482456:13:35:45:14:15:40:45:14 chr19 41889748 . T C 2678.11 PASS AF=0.988636;AO=172;DP=175;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0660408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1812;QD=60.866;RBI=0.0682609;REFB=-0.0591141;REVB=0.0172677;RO=0;SAF=79;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75077e-08;STB=0.506172;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00259375;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:175:176:0:2:172:174:0.988636:93:79:0:0:94:80:2:0 chr19 41903220 . G A 1221.07 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315624;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.316;QD=60.2998;RBI=0.0471939;REFB=0.0209329;REVB=0.0350867;RO=1;SAF=22;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210305;STB=0.511108;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-9.4493e-05;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:58:22:1:0:58:22:1:0 chr19 41928652 . C T 391.61 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8407;QD=55.9439;RBI=0.0730921;REFB=0;REVB=-0.0258813;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949638;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr19 41930396 . A G 871.18 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6332;QD=56.2049;RBI=0.0232312;REFB=0.0626786;REVB=0.0135042;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00150904;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:31:30:0:0:31:30:1:0 chr19 41932084 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.04;QD=51.9163;RBI=0.0516372;REFB=0;REVB=-0.04565;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152978;OID=.;OPOS=41932084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 41932120 . C T 133.69 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654936;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.311;QD=44.5634;RBI=0.081174;REFB=0;REVB=0.0479562;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197555;OID=.;OPOS=41932120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 41932275 . T C 575.66 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.227;QD=60.5962;RBI=0.0808267;REFB=0;REVB=0.0771955;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637616;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr19 41949870 . T C 1030.5 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00612498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.394;QD=58.0562;RBI=0.0062584;REFB=-0.097167;REVB=0.00128538;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000252454;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:71:0:1:69:70:0.985915:28:41:0:0:28:42:1:0 chr19 42070360 . C T 585.93 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.18;QD=26.0413;RBI=0.0485917;REFB=-0.0213551;REVB=0.0438106;RO=36;SAF=27;SAR=25;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111278;STB=0.557356;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0179792;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:36:37:52:53:0.588889:25:27:24:12:26:27:24:13 chr19 42070528 . G C 575.85 PASS AF=0.590909;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0227455;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.594;QD=26.1752;RBI=0.0272709;REFB=-0.0196038;REVB=-0.0150447;RO=36;SAF=33;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956196;STB=0.555016;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0235302;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:36:51:52:0.590909:18:33:19:17:18:34:19:17 chr19 42071167 . T G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.0245806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.612;QD=17.73;RBI=0.0261177;REFB=-0.0016217;REVB=-0.00882784;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599798;STB=0.835921;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00282318;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:1:18:4:13:1:18 chr19 42071289 . T C 2085.54 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00658176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2938;QD=61.7939;RBI=0.0175937;REFB=0.000114507;REVB=0.0163162;RO=1;SAF=83;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056931;STB=0.502994;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=3.21723e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:1:1:134:134:0.992593:51:83:1:0:51:83:1:0 chr19 42083673 . T C 467.8 PASS AF=0.429752;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.000696185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.041;QD=15.4646;RBI=0.0100411;REFB=-0.00648215;REVB=0.0100169;RO=68;SAF=33;SAR=19;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125539;STB=0.566872;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0102632;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:52:52:0.429752:19:33:35:33:19:33:36:33 chr19 42083739 . A AGAC 412.85 PASS AF=0.435185;AO=46;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00520674;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=3;MLLD=303.742;QD=15.2907;RBI=0.0237798;REFB=-0.0100899;REVB=-0.0232028;RO=61;SAF=29;SAR=17;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160604;STB=0.58136;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.0124903;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435185:46:108:47:108:61:29:18:29:32:99:61:29:17:29:32 chr19 42083820 . C G 423.19 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0132764;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.928;QD=16.7599;RBI=0.0143132;REFB=-0.0160148;REVB=-0.00534843;RO=54;SAF=33;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268275;STB=0.634256;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0187279;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:45:46:0.455446:12:33:26:28:13:33:27:28 chr19 42083849 . C A 389.64 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=0.0361594;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9965;QD=16.0677;RBI=0.073782;REFB=-0.0382372;REVB=-0.0643139;RO=57;SAF=25;SAR=16;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1026;STB=0.542499;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0520122;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:57:56:41:41:0.42268:16:25:40:17:16:25:38:18 chr19 42085873 . A G 302.98 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0189958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.362;QD=14.6013;RBI=0.0190991;REFB=0.00032846;REVB=0.00198347;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171082;STB=0.583051;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000637344;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:49:34:34:0.409639:16:18:17:30:16:18:19:30 chr19 42132273 . C T 433.4 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210484;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.69;QD=57.787;RBI=0.026887;REFB=0;REVB=0.0167295;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112113;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:23:7:0:0 chr19 42132314 . G C 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.701;QD=52.6015;RBI=0.0455326;REFB=0;REVB=0.0174371;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276423;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 42190859 . A T 1217.84 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00550274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5025;QD=58.6909;RBI=0.0469148;REFB=-0.1067;REVB=-0.0465909;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.513155;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0119943;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:83:1:2:80:81:0.975904:36:44:0:1:37:44:0:2 chr19 42221607 . A G 1406.4 PASS AF=0.98913;AO=88;DP=89;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119049;FXX=0.0212743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.507;QD=61.1476;RBI=0.119293;REFB=0.0112433;REVB=-0.0076212;RO=1;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123069;STB=0.506023;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00190017;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:92:1:1:88:91:0.98913:38:50:0:1:41:50:0:1 chr19 42260569 . G A 368.72 PASS AF=0.40367;AO=42;DP=107;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0292019;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0013;QD=13.5311;RBI=0.0333609;REFB=-0.00589326;REVB=0.0161307;RO=65;SAF=12;SAR=30;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121359;STB=0.544165;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0195371;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:65:65:42:44:0.40367:30:12:25:40:30:14:25:40 chr19 42265889 . G T 1199.42 PASS AF=0.952941;AO=74;DP=84;FAO=81;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0128787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0077;QD=56.4432;RBI=0.0461167;REFB=1.4779e-05;REVB=0.0442819;RO=3;SAF=55;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251069;STB=0.516945;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00022432;OID=.;OPOS=42265889;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:85:3:4:74:81:0.952941:19:55:3:0:24:57:4:0 chr19 42315281 . G T 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.022;QD=58.418;RBI=0.0153621;REFB=0;REVB=0.0100862;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06955e-05;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr19 42342319 . A G 230.42 PASS AF=0.909091;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0602864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.905;QD=41.8949;RBI=0.0609226;REFB=-0.121319;REVB=0.00878144;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.562436;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00366909;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:20:22:1:2:18:20:0.909091:13:5:1:0:13:7:2:0 chr19 42354629 . T C 749.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.126;QD=56.581;RBI=0.0398615;REFB=0;REVB=0.0116811;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106179;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:14:36:0:0:16:37:0:0 chr19 42392130 . T C 384.29 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00243313;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.082;QD=21.3494;RBI=0.00829717;REFB=-0.0207778;REVB=-0.00793239;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113004;STB=0.579578;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.013726;OID=.;OPOS=42392130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:33:38:39:0.541667:20:18:19:12:21:18:21:12 chr19 42392310 . C T 518.12 PASS AF=0.628205;AO=43;DP=72;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0600676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.651;QD=26.5701;RBI=0.0601128;REFB=-0.0426854;REVB=-0.00232855;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1269;STB=0.558912;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0358316;OID=.;OPOS=42392310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:25:29:43:49:0.628205:25:18:6:19:28:21:8:21 chr19 42463447 . C T 920.57 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.607;QD=58.4487;RBI=0.118891;REFB=0;REVB=0.0641124;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224355;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:39:19:0:0:41:22:0:0 chr19 42489516 . A C 2178.7 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.6;QD=63.1508;RBI=0.0509718;REFB=0;REVB=0.0368789;RO=0;SAF=80;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22882e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:58:80:0:0:58:80:0:0 chr19 42736267 . A G 1020.15 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.803;QD=59.1391;RBI=0.0370269;REFB=0;REVB=0.022321;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04493e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr19 43439793 . G A 2282.26 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=115;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237334;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8714;QD=62.959;RBI=0.0375314;REFB=-0.0975516;REVB=0.0290745;RO=1;SAF=115;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00411759;STB=0.502164;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00032188;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:145:1:1:143:144:0.993103:28:115:1:0:29:115:1:0 chr19 43519270 . A G 367.29 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0271849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.526;QD=16.5075;RBI=0.0310797;REFB=-0.0178474;REVB=0.0150642;RO=50;SAF=26;SAR=13;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513539;STB=0.528911;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0245971;OID=.;OPOS=43519270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:13:26:31:19:13:26:31:19 chr19 43519362 . C T 2511.23 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=370.039;QD=61.6252;RBI=0.0112629;REFB=0;REVB=0.0108245;RO=0;SAF=93;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21847e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:163:163:1:70:93:0:0:70:93:0:0 chr19 43519442 . T C 2243.43 PASS AF=0.986207;AO=143;DP=145;FAO=143;FDP=145;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0468711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.54;QD=61.8877;RBI=0.0528648;REFB=-0.0158415;REVB=0.0244497;RO=1;SAF=84;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562778;STB=0.501243;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=8.81254e-05;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:145:1:2:143:143:0.986207:59:84:1:0:59:84:1:1 chr19 43528932 . C T 909.85 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=141;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0154521;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.264;QD=25.9957;RBI=0.0229465;REFB=-0.00796688;REVB=0.0169639;RO=57;SAF=42;SAR=40;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504797;STB=0.530719;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00608298;OID=.;OPOS=43528932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:57:58:82:82:0.585714:40:42:33:24:40:42:34:24 chr19 43529026 . CA TG 2080.89 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108427;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.041;QD=62.5833;RBI=0.0136474;REFB=0;REVB=0.00828786;RO=0;SAF=67;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.21012e-05;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:131:133:1:64:67:0:0:65:68:0:0 chr19 43530473 . G C 478.68 PASS AF=0.432;AO=48;DP=119;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.00826564;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.07;QD=15.3177;RBI=0.0164382;REFB=-0.0144737;REVB=0.014209;RO=66;SAF=23;SAR=25;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145792;STB=0.567975;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0206461;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:66:71:48:54:0.432:25:23:41:25:27:27:44:27 chr19 43570771 . T A 164.65 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0231736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.803;QD=9.54498;RBI=0.0239201;REFB=-0.0239826;REVB=0.00592908;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255846;STB=0.637187;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0406854;OID=.;OPOS=43570771;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:47:22:22:0.318841:10:12:14:30:10:12:16:31 chr19 43575928 . G A 1289.19 PASS AF=0.476534;AO=130;DP=277;FAO=132;FDP=277;FR=.;FRO=145;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=-0.00696161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.125;QD=18.6164;RBI=0.0192866;REFB=-0.00546395;REVB=-0.0179863;RO=145;SAF=72;SAR=58;SRF=88;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516994;STB=0.528687;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00608268;OID=.;OPOS=43575928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:145:145:130:132:0.476534:58:72:88:57:59:73:88:57 chr19 43579679 . T A 400.04 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0432301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.828;QD=18.6065;RBI=0.0434953;REFB=-0.0185613;REVB=0.00479582;RO=45;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262327;STB=0.514623;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0218646;OID=.;OPOS=43579679;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:18:23:24:21:18:23:24:21 chr19 43585122 . C T 699.6 PASS AF=0.519084;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=131;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0200891;FXX=0.0296274;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.207;QD=21.3617;RBI=0.0202966;REFB=0.000472376;REVB=-0.00289482;RO=63;SAF=34;SAR=34;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10426;STB=0.557235;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.000505734;OID=.;OPOS=43585122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:63:63:68:68:0.519084:34:34:24:39:34:34:24:39 chr19 43586664 . C G 249.96 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0261406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.415;QD=12.0463;RBI=0.0261942;REFB=-0.00792724;REVB=-0.00167388;RO=53;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429644;STB=0.52476;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0177301;OID=.;OPOS=43586664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:13:17:28:25:13:17:28:25 chr19 43679410 . A G 2387.26 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.987;QD=64.0876;RBI=0.0806054;REFB=0;REVB=0.0795958;RO=0;SAF=78;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11485e-05;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:149:0:0:146:149:1:68:78:0:0:71:78:0:0 chr19 43680051 . C T 2331.8 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.473;QD=63.885;RBI=0.0244778;REFB=0;REVB=0.0202656;RO=0;SAF=94;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95478e-05;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:52:94:0:0:52:94:0:0 chr19 43680147 . C T 2055.04 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.462;QD=62.2739;RBI=0.068556;REFB=0;REVB=0.0608385;RO=0;SAF=91;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63995e-05;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:40:91:0:0:41:91:0:0 chr19 43689004 . G A 1914.97 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8881;QD=61.7732;RBI=0.0270275;REFB=0;REVB=0.0252877;RO=0;SAF=75;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90734e-05;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:49:75:0:0:49:75:0:0 chr19 43690505 . AG A,AC 1208.38 PASS AF=0.025,0.975;AO=11,63;DP=81;FAO=2,78;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=2,48;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364222,0.0308428;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.957,235.722;QD=60.4189;RBI=0.076822,0.0501502;REFB=0,0;REVB=0.0676391,0.0395444;RO=0;SAF=10,39;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.51964e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0160059,0.00312675;OID=.,.;OPOS=43690506,43690506;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:11,63:81:2,78:80:0:2,48:0,30:0:0:4:0:10,39:1,24:0:0 chr19 43699336 . T C 984.82 PASS AF=0.483412;AO=102;DP=211;FAO=102;FDP=211;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=0.0130245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.054;QD=18.6695;RBI=0.0185463;REFB=-0.0120596;REVB=0.0132033;RO=107;SAF=54;SAR=48;SRF=42;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126812;STB=0.564674;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.011685;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:107:109:102:102:0.483412:48:54:42:65:48:54:44:65 chr19 43699417 . A G 934.43 PASS AF=0.465116;AO=95;DP=214;FAO=100;FDP=215;FR=.;FRO=115;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=45;FSRR=70;FWDB=-0.0326219;FXX=0.018264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.819;QD=17.3848;RBI=0.0330117;REFB=-0.0413185;REVB=-0.00505802;RO=110;SAF=55;SAR=40;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155572;STB=0.584279;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0472208;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:110:115:95:100:0.465116:40:55:46:64:45:55:45:70 chr19 43702184 . G A 356.01 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0118928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3874;QD=24.5523;RBI=0.0154379;REFB=-0.0254309;REVB=0.00984318;RO=23;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457542;STB=0.502511;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0115351;OID=.;OPOS=43702184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:15:20:13:10:15:20:13:10 chr19 43702342 . C T 1195.51 PASS AF=0.433447;AO=125;DP=295;FAO=127;FDP=293;FR=.;FRO=166;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=88;FSRR=78;FWDB=-0.047593;FXX=0.0134676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.24;QD=16.3209;RBI=0.048156;REFB=-0.0125513;REVB=-0.00734178;RO=162;SAF=71;SAR=54;SRF=85;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445183;STB=0.521111;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.017945;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:293:162:166:125:127:0.433447:54:71:85:77:55:72:88:78 chr19 43708926 . G T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.000399724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.376;QD=5.69649;RBI=0.0256355;REFB=0.00382332;REVB=-0.0256323;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230146;STB=0.647359;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.005354;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:5:4:21:12:5:4:21:12 chr19 43708968 . T C 96.47 PASS AF=0.254902;AO=11;DP=49;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00244131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.935;QD=7.56654;RBI=0.0102439;REFB=-0.0037556;REVB=0.0099487;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646884;STB=0.610951;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00604339;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:49:51:38:38:11:13:0.254902:4:7:26:12:6:7:26:12 chr19 43708978 . TC T,TT 76.28 PASS AF=0.166667,0.0625;AO=6,3;DP=50;FAO=8,3;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5,1;FSAR=3,2;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00958023,0.00885663;FXX=0.0769083;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=353.068,353.101;QD=6.3569;RBI=0.0384162,0.0355651;REFB=-0.00258246,-0.00259915;REVB=0.0372024,0.0344447;RO=39;SAF=3,1;SAR=3,2;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201484,-0.322058;STB=0.545344,0.786297;STBP=0.817,0.486;TYPE=del,snp;VARB=0.011212,0.0137805;OID=.,.;OPOS=43708979,43708979;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.0625:6,3:50:8,3:48:37:5,1:3,2:25:12:40:39:3,1:3,2:26:13 chr19 43709619 . C T 566.28 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0257676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1861;QD=21.3692;RBI=0.0360286;REFB=-0.0323615;REVB=0.0251811;RO=49;SAF=38;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689177;STB=0.537917;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.029891;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:19:38:29:20:19:38:29:20 chr19 43709647 . G A 689.19 PASS AF=0.544715;AO=67;DP=123;FAO=67;FDP=123;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0395517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3037;QD=22.4126;RBI=0.0907612;REFB=0.0179695;REVB=0.08169;RO=56;SAF=45;SAR=22;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268235;STB=0.514701;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0132304;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:56:56:67:67:0.544715:22:45:36:20:22:45:36:20 chr19 43709654 . C A 1899.69 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00819118;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.274;QD=61.7787;RBI=0.0377187;REFB=0;REVB=0.0368185;RO=0;SAF=83;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20198e-06;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:123:0:0:123:123:1:40:83:0:0:40:83:0:0 chr19 43709656 . C G 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.251;QD=61.7735;RBI=0.0264425;REFB=0;REVB=0.0187789;RO=0;SAF=86;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71947e-08;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:38:86:0:0:38:86:0:0 chr19 43763019 . T C 344.13 PASS AF=0.344;AO=43;DP=125;FAO=43;FDP=125;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00147917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.074;QD=11.0121;RBI=0.0195734;REFB=-0.00725732;REVB=-0.0195174;RO=81;SAF=36;SAR=7;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358345;STB=0.715001;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0159788;OID=.;OPOS=43763019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:81:82:43:43:0.344:7:36:48:33:7:36:48:34 chr19 43763023 . A G 377.83 PASS AF=0.353846;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.00389418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.06;QD=11.6257;RBI=0.00438614;REFB=-0.0102001;REVB=0.00201832;RO=83;SAF=39;SAR=7;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391948;STB=0.726594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0243138;OID=.;OPOS=43763023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:83:84:46:46:0.353846:7:39:48:35:7:39:49:35 chr19 43773574 . G A 516.05 PASS AF=0.504505;AO=54;DP=103;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.0414591;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.3563;QD=18.5964;RBI=0.0429489;REFB=-0.0491411;REVB=-0.0112138;RO=46;SAF=31;SAR=23;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145197;STB=0.533145;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0500322;OID=.;OPOS=43773574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:111:46:55:54:56:0.504505:23:31:34:12:24:32:35:20 chr19 43773599 . T C 593.23 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0237738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.574;QD=20.6341;RBI=0.0237763;REFB=-0.0351874;REVB=0.000342704;RO=55;SAF=32;SAR=28;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052881;STB=0.502909;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0307682;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:28:32:29:26:28:32:29:26 chr19 43857873 . G C 671.16 PASS AF=0.443787;AO=61;DP=156;FAO=75;FDP=169;FR=.;FRO=94;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=60;FSRR=34;FWDB=0.0421438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.001;QD=15.8855;RBI=0.0429513;REFB=-0.0359111;REVB=-0.00828967;RO=94;SAF=33;SAR=28;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106591;STB=0.506936;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0444759;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:169:94:94:61:75:0.443787:28:33:60:34:28:47:60:34 chr19 43864548 . C A 2064.9 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.231;QD=62.5728;RBI=0.0294424;REFB=0;REVB=0.0138405;RO=0;SAF=79;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.02569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.40332e-05;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:132:0:0:132:132:1:53:79:0:0:53:79:0:0 chr19 43910649 . G T 404.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.835;QD=55.8053;RBI=0.0660613;REFB=0;REVB=0.0651104;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229572;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr19 43910764 . A G 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00380483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.855;QD=56.1834;RBI=0.0239272;REFB=0;REVB=0.0236228;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156242;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr19 43922061 . A G 1451.19 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0275386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8057;QD=59.8427;RBI=0.0314281;REFB=-0.100262;REVB=-0.0151445;RO=3;SAF=37;SAR=57;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166938;STB=0.50881;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00163155;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:57:37:2:1:57:37:2:1 chr19 43965029 . G A 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0177215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7307;QD=14.766;RBI=0.0187219;REFB=-0.0106509;REVB=0.00603823;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251026;STB=0.514274;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0154467;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:19:14:10:15:19:14 chr19 43979589 . G T 118.63 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00723644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.117;QD=13.1807;RBI=0.0185063;REFB=-0.0293011;REVB=-0.0170328;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948902;STB=0.555477;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0536916;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:13:9:7:7:13:9 chr19 44047550 . T C 702.63 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0120797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0774;QD=48.4572;RBI=0.0507116;REFB=-0.0843509;REVB=0.0492519;RO=4;SAF=37;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814864;STB=0.505199;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0201164;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:58:4:4:53:54:0.931034:16:37:3:1:17:37:3:1 chr19 44047826 . T A 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.498;QD=58.4191;RBI=0.0552076;REFB=0;REVB=0.00379846;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001042;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr19 44055726 . T C 326.68 PASS AF=0.5;AO=30;DP=66;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00998651;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.107;QD=18.6675;RBI=0.0128148;REFB=-0.0485192;REVB=0.00803042;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023111;STB=0.544807;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0376575;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:35:35:30:35:0.5:13:17:19:16:13:22:19:16 chr19 44081288 . A G 830.01 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2775;QD=56.2718;RBI=0.043927;REFB=0;REVB=-0.0129949;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313062;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:29:27:0:0:29:30:0:0 chr19 44082791 . T C 270.03 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00537775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.002;QD=22.9811;RBI=0.0424494;REFB=-0.0145261;REVB=0.0421073;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726545;STB=0.540509;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0145924;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:24:25:0.531915:10:14:14:7:10:15:15:7 chr19 44082945 . T C 613.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.7;QD=61.3206;RBI=0.00696663;REFB=0;REVB=0.00136068;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69081e-05;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr19 44098963 . C G 536.24 PASS AF=0.372093;AO=64;DP=172;FAO=64;FDP=172;FR=.;FRO=108;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0295301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.891;QD=12.4707;RBI=0.0331656;REFB=-0.031592;REVB=-0.0150974;RO=107;SAF=37;SAR=27;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920536;STB=0.555254;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0599152;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:107:108:64:64:0.372093:27:37:53:54:27:37:53:55 chr19 44102989 . TG T 169.38 PASS AF=0.610526;AO=42;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.122646;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.41264;QD=7.13177;RBI=0.127713;REFB=-0.0379941;REVB=-0.0356159;RO=27;SAF=18;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115706;STB=0.523592;STBP=0.57;TYPE=del;VARB=0.0723972;OID=.;OPOS=44102990;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.610526:42:95:58:95:37:31:27:22:15:72:27:18:24:12:15 chr19 44126738 . G A 728.41 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.538;QD=57.1304;RBI=0.0148956;REFB=0;REVB=0.0141029;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19297e-05;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr19 44223931 . C A 217.19 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0692019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5191;QD=11.5837;RBI=0.0696519;REFB=-0.0134606;REVB=-0.00790471;RO=48;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169212;STB=0.597916;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0455333;OID=.;OPOS=44223931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:17:10:25:23:17:10:25:23 chr19 44302624 . T C 250.09 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0384885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.677;QD=20.0075;RBI=0.0385354;REFB=0.00177292;REVB=-0.0019002;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385395;STB=0.521721;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00361229;OID=.;OPOS=44302624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:13:13:13:11:13:13 chr19 44303066 . C G 166.39 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00900368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.118;QD=17.0653;RBI=0.0374798;REFB=-0.0334042;REVB=0.0363823;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134362;STB=0.561337;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.039315;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:14:7:8:10:14:7 chr19 44351107 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0347418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6623;QD=51.9144;RBI=0.0350477;REFB=0;REVB=-0.00462088;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303265;OID=.;OPOS=44351107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr19 44351166 . GGGAGAT G 139.0 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0110912;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=6;MLLD=301.633;QD=10.9017;RBI=0.0128905;REFB=-0.0219067;REVB=-0.00656887;RO=28;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0.621918;SSEP=0;SSSB=-0.216429;STB=0.599906;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.0221574;OID=.;OPOS=44351167;OREF=GGAGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373:20:49:22:51:29:7:15:14:15:99:28:6:14:14:14 chr19 44351694 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.01;QD=53.2748;RBI=0.0359654;REFB=0;REVB=-0.0277015;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72415e-05;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr19 44351836 . G A 249.94 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0042584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=16.6629;RBI=0.0043286;REFB=-0.0313583;REVB=-0.000776389;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155828;STB=0.587615;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0293041;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:13:19:12:16:13:19 chr19 44352665 . TG CA 188.02 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000170107;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=343.791;QD=19.2837;RBI=0.019801;REFB=-0.00624967;REVB=0.0198003;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138638;STB=0.569758;STBP=0.397;TYPE=mnp;VARB=0.00879723;OID=.;OPOS=44352665;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:20:19:19:0.487179:7:12:8:9:7:12:10:10 chr19 44352688 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00471105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.714;QD=11.4396;RBI=0.0160799;REFB=-0.00941586;REVB=-0.0153743;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0166832;OID=.;OPOS=44352688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:7:6:13:11:7:6:13:11 chr19 44377357 . C T 480.51 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00169378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.856;QD=54.9158;RBI=0.0248924;REFB=0.0161617;REVB=0.0248348;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=4.82112e-05;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:12:21:1:0:12:22:1:0 chr19 44417575 . A G 249.29 PASS AF=0.510204;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0447026;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9859;QD=20.35;RBI=0.0458349;REFB=0.000312399;REVB=-0.0101253;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156665;STB=0.593009;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00748457;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:24:23:25:0.510204:11:12:16:7:12:13:17:7 chr19 44418077 . C T 199.78 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0296286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9126;QD=13.5444;RBI=0.0471651;REFB=-0.0188021;REVB=-0.0366973;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118695;STB=0.568361;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0364026;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:6:18:23:12:6:18:23:12 chr19 44418343 . C T 612.0 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=78;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000156421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.406;QD=30.9872;RBI=0.0148689;REFB=-0.0343097;REVB=-0.0148681;RO=24;SAF=35;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074211;STB=0.543462;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0171556;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:24:26:53:53:0.670886:18:35:13:11:18:35:14:12 chr19 44418544 . A G 398.79 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0997947;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3496;QD=23.1182;RBI=0.100452;REFB=-0.0262291;REVB=-0.0114706;RO=30;SAF=14;SAR=25;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814397;STB=0.54468;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0395191;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:30:30:39:39:0.565217:25:14:8:22:25:14:8:22 chr19 44418693 . T C 177.84 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0612605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.946;QD=23.7118;RBI=0.0711647;REFB=-0.0468405;REVB=-0.0362155;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0225423;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:7:11:7:5:7:11:7:5 chr19 44418776 . G A 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0297105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.84;QD=19.7637;RBI=0.0318475;REFB=-0.0142068;REVB=0.0114693;RO=33;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490427;STB=0.527257;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0150874;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:14:21:18:15:14:21:18:15 chr19 44419030 . A G 635.86 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081878;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.99;QD=62.0347;RBI=0.0121949;REFB=0;REVB=-0.00903749;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56968e-05;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr19 44470189 . T A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.076;QD=63.5798;RBI=0.0137331;REFB=0;REVB=-0.0119522;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.74492e-05;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr19 44470420 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4396;QD=62.9824;RBI=0.0645503;REFB=0;REVB=0.0330782;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903681;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr19 44470548 . A G 760.66 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4158;QD=53.3795;RBI=0.0575038;REFB=-0.198659;REVB=0.0565861;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00648106;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:0:2:55:55:0.964912:23:32:0:0:23:32:0:2 chr19 44470663 . G C 890.22 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879039;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.205;QD=58.3754;RBI=0.0136929;REFB=0;REVB=0.0104988;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242373;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr19 44471209 . T A 715.17 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0992;QD=60.8656;RBI=0.0380366;REFB=-0.119123;REVB=-0.0343077;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000980625;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr19 44471323 . G A 890.57 PASS AF=0.956522;AO=62;DP=66;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0241731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.933;QD=51.6272;RBI=0.0507692;REFB=-0.0597602;REVB=0.0446449;RO=4;SAF=34;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557492;STB=0.505953;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00385298;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:69:4:3:62:66:0.956522:28:34:2:2:31:35:2:1 chr19 44494215 . T C 740.12 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8418;QD=56.9325;RBI=0.140357;REFB=0;REVB=0.106757;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232633;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr19 44496070 . A G 1112.27 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.812;QD=60.1227;RBI=0.0450283;REFB=0;REVB=0.0279438;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2899e-05;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr19 44500478 . A T 1043.14 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.192;QD=59.6082;RBI=0.0484886;REFB=0;REVB=0.0448779;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104765;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:37:30:0:0:37:33:0:0 chr19 44500761 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00222133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.365;QD=57.5442;RBI=0.0260219;REFB=0;REVB=0.0259269;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58731e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr19 44501116 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303453;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.151;QD=57.2377;RBI=0.0336179;REFB=0;REVB=0.0144681;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30141e-05;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:39:17:0:0:39:17:0:0 chr19 44501227 . A G 748.75 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7015;QD=61.1226;RBI=0.0334498;REFB=-0.0356083;REVB=-0.0312289;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000293256;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr19 44501518 . G A 2045.96 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.376;QD=62.4719;RBI=0.0369344;REFB=0;REVB=0.0341449;RO=0;SAF=65;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68084e-05;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:66:65:0:0:66:65:0:0 chr19 44511223 . T G 1661.88 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.126;QD=59.3529;RBI=0.0274146;REFB=-0.0796855;REVB=0.0236684;RO=1;SAF=63;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978793;STB=0.505154;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000198213;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:1:1:111:111:0.991071:48:63:0:1:48:63:0:1 chr19 44515352 . T G 1246.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.606;QD=61.5508;RBI=0.0204538;REFB=0;REVB=0.0149092;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25613e-06;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:44:36:0:0:45:36:0:0 chr19 44515514 . C A 1219.3 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4364;QD=60.9648;RBI=0.0347179;REFB=0;REVB=0.00465469;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91171e-05;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:41:39:0:0 chr19 44564981 . G A 1507.28 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000347299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.62;QD=58.5352;RBI=0.0124057;REFB=0.00934369;REVB=0.0124008;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087057;STB=0.504586;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-9.92309e-05;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:0:1:54:48:0:1 chr19 44570551 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.614;QD=52.7697;RBI=0.0431749;REFB=0.0338836;REVB=-0.0169592;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00036962;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:1:0:11:17:1:0 chr19 44571333 . G GA 30.44 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0422137;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=88.9185;QD=2.34134;RBI=0.0429885;REFB=-0.00282367;REVB=-0.00812489;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282543;STB=0.713675;STBP=0.286;TYPE=ins;VARB=0.118175;OID=.;OPOS=44571334;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.134615:7:53:7:52:45:2:5:24:21:30:46:2:5:24:22 chr19 44591360 . G A 464.88 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0044562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.712;QD=22.1373;RBI=0.0200399;REFB=-0.0182234;REVB=0.0195381;RO=39;SAF=19;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551576;STB=0.530364;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0122034;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:26:19:14:25:26:19:14:25 chr19 44610665 . A G 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0334312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.949;QD=15.7382;RBI=0.033844;REFB=-0.00185768;REVB=-0.00527008;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125617;STB=0.570776;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00268681;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:14:22:14:15:14:22 chr19 44610798 . A T 362.95 PASS AF=0.5;AO=36;DP=78;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0101572;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.115;QD=19.1027;RBI=0.0105575;REFB=-0.02142;REVB=0.00287964;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022984;STB=0.526302;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0285785;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:38:38:36:38:0.5:19:17:17:21:19:19:17:21 chr19 44611066 . T C 118.96 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0306967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6126;QD=13.2174;RBI=0.0411541;REFB=-0.00666971;REVB=0.0274112;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578865;STB=0.523775;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0056156;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:14:7:4:10:15:7 chr19 44611420 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00210858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=330.91;QD=23.0012;RBI=0.00499205;REFB=-0.00714163;REVB=0.00452487;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134403;STB=0.507437;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00561823;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:11:11:14:15:11:11 chr19 44612005 . A G 264.15 PASS AF=0.407895;AO=28;DP=73;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00116329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.748;QD=13.9028;RBI=0.00580906;REFB=-0.0136958;REVB=0.00569139;RO=44;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197796;STB=0.569349;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0186678;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:44:45:28:31:0.407895:20:8:20:24:20:11:21:24 chr19 44612014 . A T 292.48 PASS AF=0.419753;AO=31;DP=79;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0231322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.106;QD=14.4434;RBI=0.0233946;REFB=-0.00618254;REVB=-0.00349364;RO=46;SAF=12;SAR=19;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284497;STB=0.538845;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00549081;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:46:47:31:34:0.419753:19:12:19:27:21:13:21:26 chr19 44612231 . A G 317.21 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00545135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9114;QD=25.8945;RBI=0.0413064;REFB=-0.0184348;REVB=0.0409451;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076257;STB=0.542139;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00496634;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:7:14:16:12:7:14 chr19 44652954 . G A 544.94 PASS AF=0.412587;AO=59;DP=145;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00182637;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.347;QD=15.2431;RBI=0.00665614;REFB=-0.0320638;REVB=0.00640067;RO=83;SAF=39;SAR=20;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168481;STB=0.598777;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0358857;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:83:84:59:59:0.412587:20:39:42:41:20:39:42:42 chr19 44660967 . A G 141.9 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0222783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4512;QD=13.8439;RBI=0.0716231;REFB=-0.0059718;REVB=-0.0680701;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219177;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00751601;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:7:9:14:10:7:9:14:11 chr19 44721699 . C T 607.46 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0025297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.392;QD=19.5955;RBI=0.0150945;REFB=-0.0222726;REVB=0.014881;RO=62;SAF=27;SAR=35;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589033;STB=0.532518;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0212833;OID=.;OPOS=44721699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:35:27:31:31:35:27:31:31 chr19 44764064 . A G 1921.57 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=81;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0277677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4878;QD=60.049;RBI=0.0349667;REFB=0.0404843;REVB=-0.0212514;RO=1;SAF=81;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583069;STB=0.506097;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00417077;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:1:2:126:126:0.984375:45:81:1:0:45:81:2:0 chr19 44778405 . A C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.511;QD=62.0207;RBI=0.0829175;REFB=0;REVB=0.0651219;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020297;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr19 44778796 . G A 135.88 PASS AF=0.4;AO=2;DP=47;FAO=20;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0423722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6178;QD=10.8707;RBI=0.0426867;REFB=0.015337;REVB=0.00517238;RO=28;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322576;STB=0.510071;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0201656;OID=.;OPOS=44778796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:28:30:2:20:0.4:1:1:13:15:11:9:14:16 chr19 44778797 . T A 165.78 PASS AF=0.36;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0103281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.123;QD=13.2622;RBI=0.011533;REFB=-0.0130063;REVB=0.0051322;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447419;STB=0.515678;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0184178;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:31:32:17:18:0.36:10:7:14:17:10:8:15:17 chr19 44778799 . G A 174.91 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0713653;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1396;QD=14.5761;RBI=0.0758671;REFB=-0.0086124;REVB=-0.0257449;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949934;STB=0.505489;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0140498;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:14:15:10:9:14:15 chr19 44792701 . T G 384.07 PASS AF=0.44086;AO=37;DP=90;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=0.031175;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.777;QD=16.5192;RBI=0.0488038;REFB=-0.0169862;REVB=0.037549;RO=53;SAF=22;SAR=15;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934611;STB=0.535697;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0252564;OID=.;OPOS=44792701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:53:52:37:41:0.44086:15:22:36:17:15:26:36:16 chr19 44792969 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.755;QD=45.8068;RBI=0.0465471;REFB=0;REVB=0.0145652;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512255;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 44793230 . G C 359.73 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00900739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.669;QD=22.8397;RBI=0.0101213;REFB=-0.0320743;REVB=0.0046161;RO=26;SAF=19;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157216;STB=0.57623;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0290179;OID=.;OPOS=44793230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:27:36:36:0.571429:17:19:19:7:17:19:19:8 chr19 44832684 . T G 1246.07 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.762;QD=61.5342;RBI=0.0470206;REFB=0;REVB=0.0154741;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72556e-05;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr19 44832875 . A G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.109;QD=54.7459;RBI=0.0453882;REFB=0.00470833;REVB=0.0409789;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000258624;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:1:0:34:19:1:0 chr19 44832992 . C G 746.45 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9403;QD=63.5277;RBI=0.024863;REFB=0;REVB=0.0236941;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351315;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:25:21:0:0:25:22:0:0 chr19 44833506 . C T 1394.52 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0538864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7361;QD=59.3412;RBI=0.0569105;REFB=-0.0458154;REVB=0.0183046;RO=3;SAF=44;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110796;STB=0.505848;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00852582;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:47:44:2:1:47:44:2:1 chr19 44833851 . G C 1169.89 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.6;QD=60.7735;RBI=0.0385777;REFB=0;REVB=0.0373779;RO=0;SAF=56;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51266e-05;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:19:56:0:0:21:56:0:0 chr19 44840789 . T C 1396.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.427;QD=62.765;RBI=0.0456511;REFB=0;REVB=0.0396189;RO=0;SAF=68;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54892e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:19:68:0:0:20:69:0:0 chr19 44871287 . T C 492.26 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0113049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.009;QD=22.6326;RBI=0.0143252;REFB=-0.00901808;REVB=0.00879826;RO=39;SAF=15;SAR=32;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.612153;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00553552;OID=.;OPOS=44871287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:32:15:22:17:32:15:22:18 chr19 44871293 . T C 466.19 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0137908;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0261;QD=22.1996;RBI=0.0496719;REFB=-0.00756012;REVB=-0.0477191;RO=39;SAF=15;SAR=30;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180871;STB=0.599954;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00313265;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:30:15:21:18:30:15:21:18 chr19 44890697 . A G 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.482;QD=56.3516;RBI=0.0601441;REFB=0;REVB=0.0356543;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013852;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:15:17:1:0:15:18:0:0 chr19 44891784 . T C 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0172188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.407;QD=28.1267;RBI=0.0339051;REFB=0.0126354;REVB=0.0292073;RO=14;SAF=20;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193609;STB=0.608008;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0072321;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:4:20:9:5:4:20:9:5 chr19 44892034 . C G 229.35 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0026544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9942;QD=14.1142;RBI=0.0479031;REFB=-0.00220653;REVB=-0.0478295;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404184;STB=0.529595;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00403748;OID=.;OPOS=44892034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:12:15:22:15:12:15:23:15 chr19 44898674 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.049386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.167;QD=10.3904;RBI=0.0498184;REFB=-0.0142007;REVB=0.00654917;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0254136;OID=.;OPOS=44898674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:5:6:4:3:5:6 chr19 44930880 . G A 1007.1 PASS AF=0.347701;AO=121;DP=349;FAO=121;FDP=348;FR=.;FRO=227;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=117;FSRR=110;FWDB=-0.0303745;FXX=0.00286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2097;QD=11.5758;RBI=0.0443093;REFB=-0.00478848;REVB=-0.0322599;RO=224;SAF=56;SAR=65;SRF=115;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578341;STB=0.534325;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00833115;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:348:224:227:121:121:0.347701:65:56:115:109:65:56:117:110 chr19 44932972 . C T 135.75 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0143079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.998;QD=6.87331;RBI=0.0217405;REFB=-0.00305395;REVB=-0.0163687;RO=59;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093604;STB=0.556906;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0104878;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:10:10:25:34:10:10:25:34 chr19 44933947 . G A 609.62 PASS AF=0.572917;AO=55;DP=96;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0190482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2882;QD=25.4008;RBI=0.0268437;REFB=-0.0200883;REVB=-0.0189142;RO=41;SAF=33;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315019;STB=0.517235;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0164997;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:41:41:55:55:0.572917:22:33:23:18:22:33:23:18 chr19 44934489 . G A 324.24 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0203017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4511;QD=12.592;RBI=0.0633999;REFB=0.00259229;REVB=0.0600616;RO=64;SAF=25;SAR=14;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124379;STB=0.571095;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0028859;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:14:25:34:30:14:25:34:30 chr19 44981318 . G A 223.13 PASS AF=0.48;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0102554;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.114;QD=17.8507;RBI=0.0104608;REFB=0.0174755;REVB=-0.00206295;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132254;STB=0.507456;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0123252;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:26:26:24:24:0.48:8:16:17:9:8:16:17:9 chr19 44981883 . C G 326.5 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=79;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0177383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.979;QD=16.1234;RBI=0.0180506;REFB=-0.00380373;REVB=0.00334279;RO=44;SAF=23;SAR=11;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696159;STB=0.509972;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00440337;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:44:45:34:36:0.444444:11:23:27:17:13:23:28:17 chr19 44983567 . C G 465.37 PASS AF=0.386861;AO=53;DP=138;FAO=53;FDP=137;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.00798145;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.709;QD=13.5875;RBI=0.0116802;REFB=0.0014562;REVB=0.00852775;RO=84;SAF=26;SAR=27;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488481;STB=0.527653;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00241287;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:84:84:53:53:0.386861:27:26:45:39:27:26:45:39 chr19 45001346 . G A 470.23 PASS AF=0.505495;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=91;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0230418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.136;QD=20.6693;RBI=0.0249253;REFB=-0.0305402;REVB=-0.00950515;RO=45;SAF=35;SAR=11;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836898;STB=0.546512;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0123489;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:45:46:46:0.505495:11:35:31:14:11:35:31:14 chr19 45004305 . G C 278.47 PASS AF=0.385542;AO=34;DP=85;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0431059;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.603;QD=13.4203;RBI=0.0432122;REFB=-0.00709253;REVB=0.00302914;RO=49;SAF=6;SAR=28;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291372;STB=0.750885;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00982747;OID=.;OPOS=45004305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:49:51:34:32:0.385542:28:6:19:30:28:4:21:30 chr19 45016116 . A G 172.8 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.00683317;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.509;QD=12.1266;RBI=0.00686133;REFB=-0.0130746;REVB=-0.000621038;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117605;STB=0.573414;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0220398;OID=.;OPOS=45016116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:8:14:25:9:8:14:26:9 chr19 45016990 . CT C 1854.91 PASS AF=1;AO=150;DP=158;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859451;FXX=0.0189861;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.3271;QD=47.8686;RBI=0.136142;REFB=0;REVB=0.13587;RO=2;SAF=81;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135854;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000448331;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:150:158:155:155:0:82:73:0:0:34:2:81:69:0:2 chr19 45024581 . C G 320.27 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0932034;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2725;QD=18.5666;RBI=0.0935234;REFB=-0.00608919;REVB=0.00772979;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384442;STB=0.521428;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00208433;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:35:35:34:34:0.492754:16:18:20:15:16:18:20:15 chr19 45028169 . C T 746.81 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=141;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.00880818;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3834;QD=21.4909;RBI=0.0374065;REFB=-0.0029727;REVB=-0.0363547;RO=67;SAF=33;SAR=39;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169996;STB=0.50934;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00205706;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:139:67:67:72:72:0.517986:39:33:32:35:39:33:32:35 chr19 45162038 . A G 1880.8 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00306409;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6577;QD=61.6655;RBI=0.0522263;REFB=0;REVB=0.0521363;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197793;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:50:72:0:0:50:72:0:0 chr19 45162189 . C A 713.72 PASS AF=0.603604;AO=67;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.00803186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.804;QD=25.7195;RBI=0.0168068;REFB=0.0143423;REVB=-0.0147634;RO=44;SAF=41;SAR=26;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724635;STB=0.539314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00872067;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:44:67:67:0.603604:26:41:31:13:26:41:31:13 chr19 45296832 . A G 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0111588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.638;QD=13.7259;RBI=0.0153437;REFB=-0.0149781;REVB=-0.0105314;RO=48;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113074;STB=0.559068;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0281414;OID=.;OPOS=45296832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:20:12:23:25:20:12:23:26 chr19 45296846 . A AC 85.01 PASS AF=0.322034;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00356447;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.0813;QD=5.7633;RBI=0.149966;REFB=-0.00352931;REVB=0.149923;RO=42;SAF=2;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485713;STB=0.731984;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0054999;OID=.;OPOS=45296847;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322034:18:64:19:59:40:3:16:17:23:85:42:2:16:18:24 chr19 45297453 . CA C,CC 127.11 PASS AF=0.149254,0.134328;AO=10,9;DP=66;FAO=10,9;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=7,5;FSAR=3,4;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00599595,-0.00588374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=284.277,287.011;QD=7.58868;RBI=0.0219021,0.0195207;REFB=-0.00965233,-0.00816835;REVB=-0.0210654,-0.0186129;RO=46;SAF=7,5;SAR=3,4;SRF=31;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0372976,-0.15261;STB=0.551076,0.578147;STBP=0.777,0.655;TYPE=del,snp;VARB=0.0146368,0.0376389;OID=.,.;OPOS=45297454,45297454;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149254,0.134328:10,9:66:10,9:67:48:7,5:3,4:31:17:37:46:7,5:3,4:31:15 chr19 45315539 . G A 195.82 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0131252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.3577;QD=17.8013;RBI=0.0250067;REFB=-0.0233426;REVB=0.0212852;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225245;STB=0.64985;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0229342;OID=.;OPOS=45315539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:7:13:9:13:7:13:9:15 chr19 45389224 . A G 716.04 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0371139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.669;QD=57.2828;RBI=0.045027;REFB=-0.18357;REVB=0.0254949;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462037;STB=0.52458;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000732984;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:3:0:18:29:3:0 chr19 45409167 . C G 214.09 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=0;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=0.0123173;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.778;QD=17.1272;RBI=0.0123173;REFB=-0.0137318;REVB=0;RO=27;SAF=23;SAR=0;SRF=27;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018669;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:0:23:27:0:0:23:27:0 chr19 45448036 . T C 1385.08 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00886642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.796;QD=62.2508;RBI=0.00945354;REFB=0;REVB=0.00327963;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13097e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:85:89:1:31:54:0:0:32:57:0:0 chr19 45448465 . T G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0355881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.544;QD=21.2649;RBI=0.0566196;REFB=-0.0117799;REVB=-0.0440371;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132154;STB=0.574509;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00997486;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:7:13:9:9:7:13:9:9 chr19 45476422 . T C 535.98 PASS AF=0.412587;AO=56;DP=142;FAO=59;FDP=143;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0356123;FXX=0.0137922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.674;QD=14.9926;RBI=0.0378827;REFB=-0.0281591;REVB=-0.0129176;RO=85;SAF=21;SAR=35;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413436;STB=0.509178;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.034722;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:85:84:56:59:0.412587:35:21:35:50:36:23:34:50 chr19 45488567 . T C 188.03 PASS AF=0.653846;AO=15;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.015837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.1;QD=28.9283;RBI=0.0163872;REFB=-0.0542018;REVB=-0.00421083;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596536;STB=0.512301;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.023626;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:26:7:7:15:17:0.653846:7:8:3:4:9:8:3:4 chr19 45490570 . A G 743.4 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.019933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.197;QD=29.736;RBI=0.0288228;REFB=-0.0315321;REVB=-0.020819;RO=37;SAF=39;SAR=24;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558918;STB=0.530339;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0356255;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:37:63:63:0.63:24:39:20:17:24:39:20:17 chr19 45561063 . A G 1368.52 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0381393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0427;QD=60.1546;RBI=0.0663938;REFB=-0.0535629;REVB=-0.0543463;RO=0;SAF=55;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58117e-08;STB=0.502742;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00403902;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:89:89:0.978022:34:55:0:0:34:55:1:1 chr19 45648408 . CTTCG CAGTC,CGTCG,CTCG 888.89 PASS AF=0.0810811,0,0.918919;AO=4,3,12;DP=75;FAO=6,0,68;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,31;FSAR=0,0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.181893,-0.227572,-0.31879;FXX=0.0133316;HRUN=2,2,2;LEN=4,1,1;MLLD=113.077,30.7708,16.6727;QD=48.0482;RBI=0.182002,0.228051,0.749328;REFB=0,0,0;REVB=-0.00630723,0.014777,0.678134;RO=28;SAF=4,2,7;SAR=0,1,5;SRF=0;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.458333;SSSB=0.877352,0.821177,0.661869;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.159579,0,0.0110162;OID=.,.,.;OPOS=45648409,45648409,45648409;OREF=TTCG,T,T;OALT=AGTC,G,-;OMAPALT=CAGTC,CGTCG,CTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0810811,0,0.918919:4,3,12:75:6,0,68:74:0:6,0,31:0,0,37:0:0:15:28:4,2,7:0,1,5:0:28 chr19 45790001 . T A 44.61 PASS AF=0.212121;AO=8;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0481918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8713;QD=5.40758;RBI=0.0481918;REFB=0.0031925;REVB=5.79874e-05;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793601;STB=0.504412;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0173489;OID=.;OPOS=45790001;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:33:33:25:26:8:7:0.212121:3:5:14:11:3:4:15:11 chr19 45801018 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00538068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6102;QD=42.1817;RBI=0.00538068;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120954;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr19 45806609 . A G 275.68 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0237563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7236;QD=25.6441;RBI=0.0341902;REFB=-0.00871737;REVB=0.0245887;RO=17;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206276;STB=0.607501;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00440201;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:20:5:7:10:20:5:7:11 chr19 45810035 . A G 220.91 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0129107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0413;QD=18.0337;RBI=0.0151309;REFB=-0.00571907;REVB=-0.00789034;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289475;STB=0.664087;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00670481;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:9:18:8:14:9:18 chr19 45810759 . C CG 30.99 PASS AF=0.104478;AO=23;DP=136;FAO=14;FDP=134;FR=.;FRO=120;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=-0.0126814;FXX=0.00740686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.168;QD=0.925037;RBI=0.0185753;REFB=-0.00743998;REVB=-0.013573;RO=111;SAF=22;SAR=1;SRF=58;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.646704;STB=0.897044;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.119085;OID=.;OPOS=45810760;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.104478:23:136:14:134:120:13:1:67:53:30:111:22:1:58:53 chr19 45818835 . A G 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0274407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.164;QD=17.7163;RBI=0.0279638;REFB=0.00604874;REVB=0.00538342;RO=40;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886939;STB=0.503788;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00484253;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:20:17:18:22:20:17:19:23 chr19 45912736 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.016098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.61;QD=12.8607;RBI=0.0589408;REFB=-0.0295116;REVB=0.0566998;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300057;STB=0.68509;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00895949;OID=.;OPOS=45912736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:3:5:6:1:3:5 chr19 45923653 . A G 279.87 PASS AF=0.321739;AO=37;DP=115;FAO=37;FDP=115;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=25;FWDB=0.0523763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0391;QD=9.73467;RBI=0.0528273;REFB=-0.0532868;REVB=0.00688858;RO=76;SAF=17;SAR=20;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258201;STB=0.646577;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.044134;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:78:37:37:0.321739:20:17:52:24:20:17:53:25 chr19 45978375 . A G 394.43 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0283391;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2001;QD=16.9649;RBI=0.0483072;REFB=-0.0399978;REVB=-0.0391213;RO=49;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257393;STB=0.520495;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0446498;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:49:52:41:41:0.44086:19:22:25:24:19:22:26:26 chr19 45998247 . A G 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0398483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.188;QD=23.8996;RBI=0.0398485;REFB=-0.00468321;REVB=9.60161e-05;RO=23;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900473;STB=0.549964;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00375998;OID=.;OPOS=45998247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:11:16:16:7:11:16:16:7 chr19 46003068 . A G 280.81 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=13;FWDB=-0.0437857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0542;QD=14.4003;RBI=0.0445612;REFB=-0.0146539;REVB=-0.00827696;RO=46;SAF=26;SAR=6;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143867;STB=0.582491;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0370117;OID=.;OPOS=46003068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:6:26:33:13:6:26:33:13 chr19 46029981 . T C 818.48 PASS AF=0.3875;AO=92;DP=240;FAO=93;FDP=240;FR=.;FRO=147;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=73;FSRR=74;FWDB=-0.000960207;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1061;QD=13.6414;RBI=0.0249632;REFB=0.0118835;REVB=0.0249448;RO=146;SAF=42;SAR=50;SRF=72;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400308;STB=0.521016;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.019423;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:146:147:92:93:0.3875:50:42:72:74:50:43:73:74 chr19 46057081 . A G 125.97 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0454595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.501;QD=13.2599;RBI=0.0569683;REFB=-0.0316514;REVB=-0.0343341;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.507033;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0350532;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:23:14:15:0.394737:8:6:11:12:8:7:11:12 chr19 46095651 . A G 300.19 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0240411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.952;QD=37.5241;RBI=0.0786177;REFB=-0.00633582;REVB=-0.0748516;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938976;STB=0.551082;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00191674;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:5:2:13:12:5:2 chr19 46124517 . C T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00763181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.058;QD=26.3416;RBI=0.0115272;REFB=-0.0273307;REVB=0.00863899;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16279;STB=0.59081;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0210567;OID=.;OPOS=46124517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:5:6:6:13:5:6 chr19 46129999 . C A 245.5 PASS AF=0.511111;AO=20;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0306285;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.8543;QD=21.8223;RBI=0.0323614;REFB=-0.0290189;REVB=0.0104476;RO=9;SAF=3;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255717;STB=0.756193;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0145656;OID=.;OPOS=46129999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:9:20:20:23:0.511111:17:3:4:5:19:4:13:7 chr19 46180358 . T A 319.8 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.041121;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7382;QD=18.2742;RBI=0.0415541;REFB=0.00303043;REVB=0.00598347;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111134;STB=0.562139;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00332358;OID=.;OPOS=46180358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:21:13:18:18:21:13:18:18 chr19 46180578 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0108496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.806;QD=22.9576;RBI=0.0108496;REFB=0.00665557;REVB=0;RO=11;SAF=15;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00933094;OID=.;OPOS=46180578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:11:11:15:16:0.592593:0:15:11:0:0:16:11:0 chr19 46214823 . T C 277.19 PASS AF=0.55102;AO=24;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0867026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5477;QD=22.6273;RBI=0.0948844;REFB=-0.0540738;REVB=0.0385448;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.532601;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0303084;OID=.;OPOS=46214823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:22:24:27:0.55102:13:11:12:9:13:14:13:9 chr19 46269075 . G GA 518.62 PASS AF=1;AO=7;DP=61;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165155;FXX=0.258576;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.21;QD=48.2438;RBI=0.166843;REFB=0;REVB=-0.0236771;RO=54;SAF=7;SAR=0;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688638;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0106008;OID=.;OPOS=46269076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:61:43:43:0:24:19:0:0:3:54:7:0:20:34 chr19 46269076 . G A 625.67 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0666284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.852;QD=42.4184;RBI=0.0777422;REFB=-0.14156;REVB=0.0400563;RO=8;SAF=17;SAR=33;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177922;STB=0.58799;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00253584;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:59:59:8:9:50:50:0.847458:33:17:8:0:33:17:8:1 chr19 46269313 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.031;QD=45.8056;RBI=0.0323553;REFB=0;REVB=0.0297471;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621772;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr19 46287200 . C G 279.59 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.295;QD=48.6241;RBI=0.0171604;REFB=-0.00356857;REVB=0.00219925;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-2.74695e-05;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr19 46289392 . G C 1328.94 PASS AF=0.909091;AO=90;DP=99;FAO=90;FDP=99;FR=.;FRO=9;FSAF=73;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0148196;FXX=0.009999;HRUN=8;LEN=1;MLLD=248.453;QD=53.6947;RBI=0.0180545;REFB=-0.166861;REVB=0.0103122;RO=5;SAF=73;SAR=17;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00180328;STB=0.511703;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00186414;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:99:99:5:9:90:90:0.909091:17:73:4:1:17:73:8:1 chr19 46319415 . G C 617.93 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0191407;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.553;QD=53.7331;RBI=0.0412195;REFB=-0.0410574;REVB=0.0365059;RO=2;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719999;STB=0.527537;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00149645;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:2:3:42:43:0.934783:12:30:0:2:13:30:1:2 chr19 46326012 . ACCA ACA,ACAC 283.36 PASS AF=0.653061,0;AO=28,2;DP=49;FAO=32,0;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=27,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0167254,-0.0784958;FXX=0.019996;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.93,49.5875;QD=23.1317;RBI=0.0359397,0.117539;REFB=-0.0422968,-0.000500932;REVB=0.0318107,-0.0874867;RO=16;SAF=26,1;SAR=2,1;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.659726,0.3602;STB=0.773563,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.053603,0;OID=.,.;OPOS=46326013,46326014;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=ACA,ACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653061,0:28,2:49:32,0:49:17:27,0:5,0:3:14:99:16:26,1:2,1:3:13 chr19 46327053 . C T 1272.58 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000375112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.024;QD=61.329;RBI=0.0172316;REFB=0;REVB=0.0172275;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05664e-05;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:40:42:0:0:40:43:0:0 chr19 46330809 . G A 1446.37 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0999;QD=61.5475;RBI=0.0770686;REFB=-0.0901418;REVB=0.0763156;RO=2;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260724;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:94:2:0:92:94:1:42:50:0:2:44:50:0:0 chr19 46375779 . C T 754.71 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.109;QD=54.8881;RBI=0.0174789;REFB=-0.132409;REVB=-0.0168956;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200481;STB=0.510634;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000905543;OID=.;OPOS=46375779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:1:0:31:23:1:0 chr19 46387503 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.359;QD=56.1888;RBI=0.0150631;REFB=0;REVB=0.0150596;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99612e-05;OID=.;OPOS=46387503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr19 46388379 . C G 1546.67 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.429;QD=61.8669;RBI=0.0428989;REFB=-0.155474;REVB=0.00031332;RO=1;SAF=61;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771294;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000439482;OID=.;OPOS=46388379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:37:61:1:0:37:62:1:0 chr19 46404579 . A G 765.11 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.929;QD=56.675;RBI=0.0382337;REFB=0;REVB=0.0212359;RO=0;SAF=8;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163876;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:46:54:1:38:8:0:0:45:9:0:0 chr19 46511548 . T C 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0127733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.229;QD=26.3153;RBI=0.014054;REFB=-0.0365727;REVB=0.00586167;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121082;STB=0.566951;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0183086;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:10:4:10:12:10:4 chr19 46520026 . A G 401.77 PASS AF=0.385185;AO=44;DP=125;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.0148713;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.072;QD=11.9043;RBI=0.0156176;REFB=-0.0151505;REVB=-0.00476994;RO=63;SAF=32;SAR=12;SRF=12;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524293;STB=0.733585;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0134599;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:135:63:83:44:52:0.385185:12:32:12:51:14:38:29:54 chr19 46543212 . T C 101.36 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00782373;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5065;QD=15.0158;RBI=0.0491144;REFB=-0.0507609;REVB=0.0484873;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164952;STB=0.594455;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0254835;OID=.;OPOS=46543212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:13:2:3:9:13:2 chr19 46543566 . C T 199.02 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0206065;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.838;QD=13.268;RBI=0.0305487;REFB=-0.00702086;REVB=-0.022552;RO=35;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136269;STB=0.571367;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00848746;OID=.;OPOS=46543566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:36:24:24:0.4:8:16:19:16:8:16:20:16 chr19 46627592 . G A 279.42 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00817139;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4267;QD=14.7065;RBI=0.023089;REFB=-0.010554;REVB=-0.0215946;RO=41;SAF=22;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328377;STB=0.652445;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.018136;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:44:31:32:0.421053:9:22:16:25:10:22:19:25 chr19 46811984 . A G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000954468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.302;QD=24.2926;RBI=0.00574064;REFB=-0.00157384;REVB=0.00566074;RO=13;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988307;STB=0.555494;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.000768607;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:4:15:9:4:4:15:9:4 chr19 46815310 . G A 252.78 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0262586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2158;QD=17.1374;RBI=0.026881;REFB=-0.0265098;REVB=0.00575091;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337994;STB=0.51806;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0282928;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:27:28:0.474576:8:19:22:8:8:20:23:8 chr19 46815499 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2103;QD=51.9138;RBI=0.0506933;REFB=0;REVB=-0.0491744;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000856498;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 46815703 . ATATT A,ATCTT 160.74 PASS AF=0.642857,0.357143;AO=9,5;DP=15;FAO=9,5;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230831,-0.0482529;FXX=0.0666222;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=214.478,51.255;QD=45.9254;RBI=0.0234498,0.0713072;REFB=0,0;REVB=0.00413107,-0.0525012;RO=0;SAF=5,2;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.016582,0.0185524;OID=.,.;OPOS=46815704,46815705;OREF=TATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=A,ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.642857,0.357143:9,5:15:9,5:14:0:5,2:4,3:0:0:30:0:5,2:4,3:0:0 chr19 46815709 . CTCT C,CTTT 152.17 PASS AF=0.4,0.6;AO=4,13;DP=22;FAO=6,9;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3,5;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248999,0.0334598;FXX=0.117578;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=151.89,114.372;QD=40.5782;RBI=0.0409579,0.067702;REFB=0,0;REVB=-0.0325199,0.0588558;RO=0;SAF=2,8;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0160995,0.0466509;OID=.,.;OPOS=46815710,46815711;OREF=TCT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:4,13:22:6,9:15:0:3,5:3,4:0:0:43:0:2,8:2,5:0:0 chr19 46823702 . A G 1079.85 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8514;QD=59.9914;RBI=0.0785255;REFB=0;REVB=0.0727998;RO=0;SAF=50;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336331;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:22:50:0:0:22:50:0:0 chr19 46823751 . C T 1225.4 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.512;QD=61.2701;RBI=0.0307949;REFB=0;REVB=0.00899434;RO=0;SAF=54;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71452e-05;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:25:54:0:0:26:54:0:0 chr19 46857015 . C T 663.34 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=0.0276361;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.844;QD=20.2548;RBI=0.0292642;REFB=-0.0232699;REVB=0.00962474;RO=64;SAF=35;SAR=31;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157199;STB=0.589272;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0229904;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:64:65:66:66:0.503817:31:35:45:19:31:35:46:19 chr19 46893810 . G A 84.04 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0530146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9073;QD=10.8435;RBI=0.0819269;REFB=-0.0238389;REVB=0.0624617;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32941;STB=0.713891;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0504834;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:3:7:8:12:3:8:8:12 chr19 46914808 . TGG T,TG 54.34 PASS AF=0.1,0.3;AO=4,9;DP=40;FAO=4,12;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=0,3;FSAR=4,9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0415317,-0.0850274;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.023,10.5631;QD=5.43396;RBI=0.0434913,0.0882786;REFB=-0.031007,-0.0627201;REVB=-0.0129079,-0.0237371;RO=23;SAF=0,2;SAR=4,7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0.397849,0.397849;SSEP=0,0;SSSB=-0.729567,-0.552892;STB=0.998216,0.807232;STBP=0.002,0.022;TYPE=del,del;VARB=0.0373028,0.0450158;OID=.,.;OPOS=46914809,46914809;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.1,0.3:4,9:40:4,12:40:24:0,3:4,9:18:6:34:23:0,2:4,7:17:6 chr19 46915196 . A AC 39.59 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0624867;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.3063;QD=2.93261;RBI=0.0946516;REFB=-0.0133055;REVB=-0.0710939;RO=41;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377122;STB=0.824443;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=-0.00717921;OID=.;OPOS=46915197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667:11:54:9:54:45:2:7:29:16:39:41:4:7:28:13 chr19 46971773 . T G 56.4 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0132077;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.139;QD=9.02323;RBI=0.03531;REFB=-0.00237956;REVB=0.0327468;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0164537;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr19 46997522 . C T 537.57 PASS AF=0.478992;AO=55;DP=117;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0216562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.149;QD=18.0696;RBI=0.0284759;REFB=-0.0272127;REVB=0.0184901;RO=62;SAF=33;SAR=22;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112353;STB=0.559524;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0355187;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:62:62:55:57:0.478992:22:33:30:32:23:34:30:32 chr19 47137459 . C T 329.77 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00077754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.755;QD=15.7034;RBI=0.017171;REFB=-0.0119148;REVB=-0.0171534;RO=48;SAF=20;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565405;STB=0.531897;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0086489;OID=.;OPOS=47137459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:16:20:24:24:16:20:24:24 chr19 47177913 . A G 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.599;QD=59.4985;RBI=0.0850479;REFB=0;REVB=0.0506333;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313122;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr19 47212593 . A G 169.28 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0448334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3415;QD=17.3623;RBI=0.0547922;REFB=-0.00558977;REVB=0.0314984;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213306;STB=0.63143;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00649679;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:11:6:12:9:12:6:12:9 chr19 47223543 . T C 645.78 PASS AF=0.449367;AO=70;DP=156;FAO=71;FDP=158;FR=.;FRO=87;FSAF=54;FSAR=17;FSRF=68;FSRR=19;FWDB=-0.00801246;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.972;QD=16.3488;RBI=0.0974296;REFB=-0.0158342;REVB=-0.0970995;RO=85;SAF=54;SAR=16;SRF=68;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410387;STB=0.516173;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0174557;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:85:87:70:71:0.449367:16:54:68:17:17:54:68:19 chr19 47282162 . G A 292.75 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00501152;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.204;QD=19.5168;RBI=0.0120272;REFB=-0.0206313;REVB=-0.0109334;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129314;STB=0.581602;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0144154;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:11:20:14:14:11:20:14:15 chr19 47291174 . G C 282.8 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.11353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5693;QD=22.6241;RBI=0.123066;REFB=-0.0957989;REVB=-0.0474997;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169978;STB=0.633412;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0686635;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:23:25:25:0.5:11:14:12:3:11:14:19:4 chr19 47525054 . TG T 33.97 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0599045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.1358;QD=6.47013;RBI=0.282787;REFB=-0.0251098;REVB=0.276369;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.551606;STBP=0.695;TYPE=del;VARB=0.0974637;OID=.;OPOS=47525055;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:21:9:21:12:6:3:7:5:33:11:6:3:7:4 chr19 47543774 . G A 1079.91 PASS AF=0.468354;AO=110;DP=236;FAO=111;FDP=237;FR=.;FRO=126;FSAF=61;FSAR=50;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=0.0356761;FXX=0.0042015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1622;QD=18.2263;RBI=0.0367026;REFB=-0.00621125;REVB=0.0086194;RO=125;SAF=60;SAR=50;SRF=46;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169697;STB=0.59302;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00948931;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:125:126:110:111:0.468354:50:60:46:79:50:61:47:79 chr19 47548678 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6867;QD=35.5759;RBI=0.100643;REFB=0;REVB=0.0883585;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371991;OID=.;OPOS=47548678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 47585517 . G C 448.91 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00260211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.948;QD=21.3766;RBI=0.00686061;REFB=0.00169915;REVB=0.00634799;RO=40;SAF=28;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334846;STB=0.51851;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00154957;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:16:28:24:16:16:28:24:16 chr19 47588325 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0144456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2004;QD=15.1718;RBI=0.0588472;REFB=-0.00342321;REVB=-0.0570466;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00232133;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:13:11:8:9:13:11 chr19 47761646 . G C 613.71 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.176;QD=61.371;RBI=0.0296654;REFB=0;REVB=0.0241112;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7053e-05;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:9:30:0:0:10:30:0:0 chr19 47768128 . G C 198.78 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00117721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9087;QD=11.6927;RBI=0.0298338;REFB=-0.0276197;REVB=0.0298106;RO=43;SAF=19;SAR=5;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108843;STB=0.532683;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0557405;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:5:19:31:12:6:19:31:12 chr19 47770015 . A C 380.1 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0788669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.746;QD=14.9057;RBI=0.0846221;REFB=-0.0279033;REVB=-0.0306744;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665802;STB=0.53746;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0702889;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:21:22:34:25:21:22:34:25 chr19 47774447 . G A 57.83 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0331112;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.079;QD=10.5154;RBI=0.0483304;REFB=-0.0199164;REVB=0.0352063;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0287842;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:22:13:14:7:8:0.363636:4:3:8:5:4:4:9:5 chr19 47774772 . T C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00464274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.182;QD=24.2922;RBI=0.0149387;REFB=-0.0234918;REVB=-0.014199;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423907;STB=0.507035;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0106573;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:18:19:0.59375:12:6:5:8:12:7:5:8 chr19 47778857 . C G 98.1 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0356402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.14;QD=9.34266;RBI=0.0364535;REFB=-0.0261088;REVB=0.00765743;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193766;STB=0.509211;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0589101;OID=.;OPOS=47778857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:42:42:27:29:13:13:0.309524:6:7:15:12:6:7:16:13 chr19 47813165 . G A 690.87 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.269;QD=61.4107;RBI=0.0532596;REFB=0;REVB=0.0510369;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419758;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:27:18:0:0 chr19 47823038 . G A 392.68 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7955;QD=56.0973;RBI=0.073199;REFB=0;REVB=-0.00229371;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164393;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr19 47823484 . T C 773.28 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.413;QD=63.1245;RBI=0.0341551;REFB=0;REVB=-0.000725228;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272884;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:23:24:0:0:25:24:0:0 chr19 47823871 . G T 1393.66 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022197;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7215;QD=63.3481;RBI=0.0231057;REFB=0;REVB=-0.00641606;RO=0;SAF=63;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001411;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:90:88:1:27:63:0:0:27:61:0:0 chr19 47858424 . G A 566.12 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=0.00284803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.052;QD=14.242;RBI=0.0200431;REFB=-0.00605585;REVB=0.0198397;RO=94;SAF=29;SAR=36;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211096;STB=0.618167;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00964531;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:36:29:61:33:36:29:61:33 chr19 47865911 . A G 460.39 PASS AF=0.511111;AO=43;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0103948;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.613;QD=20.4618;RBI=0.0105413;REFB=-0.0287433;REVB=-0.00175125;RO=41;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853997;STB=0.522213;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0220149;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:44:43:46:0.511111:21:22:17:24:23:23:20:24 chr19 47879279 . G A 1531.13 PASS AF=0.521127;AO=147;DP=285;FAO=148;FDP=284;FR=.;FRO=136;FSAF=81;FSAR=67;FSRF=90;FSRR=46;FWDB=0.0408613;FXX=0.00350865;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.535;QD=21.5652;RBI=0.0469605;REFB=-0.0158232;REVB=0.023144;RO=136;SAF=81;SAR=66;SRF=90;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996838;STB=0.555888;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0135018;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:136:136:147:148:0.521127:66:81:90:46:67:81:90:46 chr19 47933257 . G A 702.94 PASS AF=0.875;AO=51;DP=57;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00210124;FXX=0.0302984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=209.002;QD=43.9339;RBI=0.0147428;REFB=-0.190067;REVB=0.0145923;RO=6;SAF=38;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201515;STB=0.528377;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00173729;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:57:64:6:8:51:56:0.875:13:38:4:2:17:39:4:4 chr19 47933258 . G A 32.01 PASS AF=0.1;AO=5;DP=67;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.00789025;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.7864;QD=1.82911;RBI=0.0452248;REFB=-0.00899113;REVB=-0.0445312;RO=62;SAF=2;SAR=3;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310815;STB=0.817439;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0853826;OID=.;OPOS=47933258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:70:62:63:5:7:0.1:3:2:43:19:5:2:43:20 chr19 47935352 . T C 231.3 PASS AF=0.833333;AO=16;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0360795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.161;QD=38.5502;RBI=0.0605443;REFB=-0.257927;REVB=0.0486197;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.010436;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:24:24:0:4:16:20:0.833333:7:9:0:0:7:13:3:1 chr19 47980153 . G A 1647.17 PASS AF=0.982301;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-4.0517e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.379;QD=58.3069;RBI=0.0377718;REFB=-0.0592824;REVB=0.0377717;RO=1;SAF=71;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120159;STB=0.502676;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000219187;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:113:1:2:110:111:0.982301:39:71:0:1:40:71:1:1 chr19 48244194 . A G 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.543;QD=59.1404;RBI=0.0389717;REFB=0;REVB=-0.038946;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67968e-05;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:24:43:0:0:24:43:0:0 chr19 48244569 . G A 482.03 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6561;QD=55.0893;RBI=0.205305;REFB=-0.0601472;REVB=0.0760564;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650334;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:2:0:32:35:1:15:17:2:0:16:19:0:0 chr19 48255804 . A G 527.43 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233927;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3319;QD=60.2779;RBI=0.0279967;REFB=0;REVB=-0.0278988;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118657;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr19 48282078 . C G 333.7 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0500808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.933;QD=24.269;RBI=0.0526649;REFB=-0.00636296;REVB=-0.0162943;RO=22;SAF=18;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164179;STB=0.59011;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000516686;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:15:18:7:15:15:18:7:15 chr19 48389425 . A G 1877.81 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.902;QD=61.5675;RBI=0.0276833;REFB=0;REVB=0.0153961;RO=0;SAF=79;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66099e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:43:79:0:0:43:79:0:0 chr19 48484150 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0232894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4918;QD=15.196;RBI=0.0476148;REFB=0.00791368;REVB=-0.0415303;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146613;STB=0.508465;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0110476;OID=.;OPOS=48484150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:17:9:6:12:17:9 chr19 48495304 . G A 506.98 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.023057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7315;QD=16.4871;RBI=0.0264503;REFB=0.0111551;REVB=-0.0129612;RO=68;SAF=33;SAR=22;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18615;STB=0.603858;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00919001;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:68:68:55:55:0.447154:22:33:28:40:22:33:28:40 chr19 48495306 . C T 506.05 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=124;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00159144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.987;QD=16.3243;RBI=0.0194962;REFB=-0.00227238;REVB=-0.0194312;RO=67;SAF=33;SAR=22;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179271;STB=0.607678;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0035211;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:69:55:55:0.443548:22:33:28:39:22:33:28:41 chr19 48525507 . G A 1395.8 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.534;QD=62.7326;RBI=0.0447495;REFB=0;REVB=0.0112954;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.52465e-05;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr19 48543862 . G A 976.12 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014153;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.224;QD=59.1587;RBI=0.0449958;REFB=0;REVB=0.042712;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09932e-05;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr19 48598823 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.393;QD=63.583;RBI=0.00923761;REFB=0;REVB=-0.0085908;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.71322e-06;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr19 48601454 . T C 1279.49 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=87;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.34447e-06;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.042;QD=60.928;RBI=0.0280433;REFB=0.0270483;REVB=0.0280433;RO=1;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145697;STB=0.50769;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000397488;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:84:1:1:83:83:0.988095:32:51:0:1:32:51:0:1 chr19 48602948 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000874732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.543;QD=55.6542;RBI=0.0505987;REFB=0;REVB=0.0505911;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396637;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr19 48613788 . T G 217.02 PASS AF=0.148734;AO=47;DP=318;FAO=47;FDP=316;FR=.;FRO=269;FSAF=3;FSAR=44;FSRF=162;FSRR=107;FWDB=-0.0367498;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.019;QD=2.74705;RBI=0.0389079;REFB=-0.0107125;REVB=0.0127782;RO=242;SAF=3;SAR=44;SRF=155;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.701927;STB=0.941087;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0566819;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:316:242:269:47:47:0.148734:44:3:155:87:44:3:162:107 chr19 48621036 . C G 754.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.433;QD=56.9789;RBI=0.0981529;REFB=0;REVB=0.040959;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293181;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:27:24:0:0:27:26:0:0 chr19 48622427 . A G 4980.1 PASS AF=1;AO=315;DP=316;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612056;FXX=0.0031347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6699;QD=62.6428;RBI=0.0634869;REFB=-0.0618903;REVB=-0.0168658;RO=1;SAF=152;SAR=163;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00312789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306743;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:316:318:1:0:315:318:1:163:152:1:0:163:155:0:0 chr19 48639320 . TG CT,T 86.0 PASS AF=0,0.27451;AO=5,31;DP=103;FAO=0,28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=0,27;FSAR=0,1;FSRF=50;FSRR=24;FWDB=-0.157062,-0.193036;FXX=0.0097078;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=24.3374,13.6839;QD=3.37265;RBI=0.160063,0.202889;REFB=-0.0430195,-0.114754;REVB=0.0308516,0.0624561;RO=58;SAF=5,30;SAR=0,1;SRF=39;SRR=19;SSEN=0,0.38292;SSEP=0,0;SSSB=0.49397,0.6479;STB=0.5,0.897207;STBP=1,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.186322;OID=.,.;OPOS=48639320,48639321;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:86:103:102:58:74:5,31:0,28:0,0.27451:0,1:5,30:39:19:0,1:0,27:50:24 chr19 48654553 . G T 949.87 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0466368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8006;QD=56.7089;RBI=0.0574895;REFB=0.0734179;REVB=-0.0336163;RO=1;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154862;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00990849;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:30:35:0:1:30:36:0:1 chr19 48668795 . G A 1025.54 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.024413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5139;QD=55.4347;RBI=0.129872;REFB=-0.0837053;REVB=0.127557;RO=3;SAF=36;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133031;STB=0.50704;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00535187;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:3:3:71:71:0.959459:35:36:1:2:35:36:1:2 chr19 48697961 . C T 672.18 PASS AF=0.464516;AO=71;DP=155;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00192138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2314;QD=17.3467;RBI=0.0326227;REFB=-0.00351469;REVB=0.0325661;RO=83;SAF=39;SAR=32;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166731;STB=0.519821;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00409061;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:83:83:71:72:0.464516:32:39:47:36:33:39:48:35 chr19 48715153 . T C 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0100033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5301;QD=23.9623;RBI=0.0116553;REFB=-0.0154648;REVB=-0.00598155;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25697;STB=0.642884;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00875559;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:5:13:9:14:5:13 chr19 48722180 . C T 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0280898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.739;QD=13.9502;RBI=0.0280898;REFB=-0.010825;REVB=-6.4436e-05;RO=44;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20957;STB=0.634715;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.016353;OID=.;OPOS=48722180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:46:31:31:0.402597:22:9:21:23:22:9:23:23 chr19 48737706 . A T 562.42 PASS AF=0.7;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0195065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.339;QD=32.1381;RBI=0.0225812;REFB=-0.0010824;REVB=-0.0113756;RO=21;SAF=27;SAR=22;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152295;STB=0.508232;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000706859;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:21:21:49:49:0.7:22:27:11:10:22:27:11:10 chr19 48737764 . A G 101.47 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00637655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.29;QD=8.63553;RBI=0.0169707;REFB=-0.00622515;REVB=0.0157271;RO=34;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190088;STB=0.51161;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0225168;OID=.;OPOS=48737764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:9:4:10:24:9:4:10:24 chr19 48823545 . G A 748.63 PASS AF=0.5;AO=76;DP=153;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=56;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=-0.00430686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.32;QD=19.4449;RBI=0.0099099;REFB=-0.0136419;REVB=-0.00892508;RO=76;SAF=55;SAR=21;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163853;STB=0.590139;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0131639;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:76:77:76:77:0.5:21:55:43:33:21:56:44:33 chr19 48835668 . G C 552.49 PASS AF=0.52;AO=52;DP=100;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.000823681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.864;QD=22.0994;RBI=0.0366161;REFB=-0.0151744;REVB=0.0366068;RO=48;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697384;STB=0.538447;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0154041;OID=.;OPOS=48835668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:48:48:52:52:0.52:28:24:26:22:28:24:26:22 chr19 48836673 . G T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0309203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.479;QD=16.6272;RBI=0.035163;REFB=-0.0132118;REVB=-0.0167443;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246548;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0121062;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:6:8:4:9:6:8 chr19 48863386 . C T 169.1 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.018714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.636;QD=12.0788;RBI=0.022237;REFB=-0.00395349;REVB=-0.0120112;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213783;STB=0.60196;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0100114;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:13:7:19:16:13:8:19:16 chr19 48869178 . C T 274.97 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0104285;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.163;QD=21.5663;RBI=0.0534379;REFB=-0.00992097;REVB=0.0524105;RO=22;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871115;STB=0.539654;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00753456;OID=.;OPOS=48869178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:23:28:28:0.54902:11:17:11:11:11:17:12:11 chr19 48918157 . C T 651.59 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0524;QD=62.0558;RBI=0.0502967;REFB=0;REVB=-0.0203784;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152757;OID=.;OPOS=48918157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:23:19:0:0 chr19 48979785 . G A 424.17 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0283161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.242;QD=15.1489;RBI=0.0367742;REFB=-0.0290517;REVB=-0.0234636;RO=62;SAF=33;SAR=15;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291246;STB=0.655897;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0450268;OID=.;OPOS=48979785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:62:64:48:48:0.428571:15:33:25:37:15:33:27:37 chr19 48985178 . TA T 857.47 PASS AF=0.505929;AO=123;DP=255;FAO=128;FDP=253;FR=.;FRO=125;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=58;FSRR=67;FWDB=-0.00595553;FXX=0.0117183;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8963;QD=13.5569;RBI=0.0675569;REFB=-0.0185413;REVB=-0.0672939;RO=124;SAF=54;SAR=69;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191192;STB=0.501522;STBP=0.969;TYPE=del;VARB=0.0188298;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505929:123:255:128:253:125:59:69:58:67:99:124:54:69:57:67 chr19 48994699 . G A 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=0.019615;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.447;QD=18.2517;RBI=0.0196163;REFB=-0.0264404;REVB=0.000232507;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318884;STB=0.682758;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0152646;OID=.;OPOS=48994699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:2:13:14:0:2:13:15:0 chr19 48994765 . G C 106.68 PASS AF=0.254545;AO=10;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=28;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0317304;FXX=0.017854;HRUN=8;LEN=1;MLLD=18.0154;QD=7.75861;RBI=0.0955551;REFB=-0.0632864;REVB=0.090133;RO=17;SAF=10;SAR=0;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.808256;STB=0.817686;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.124425;OID=.;OPOS=48994765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:55:55:17:28:10:14:0.254545:0:10:6:11:2:12:12:16 chr19 49102513 . C T 633.92 PASS AF=0.349776;AO=78;DP=223;FAO=78;FDP=223;FR=.;FRO=145;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=90;FSRR=55;FWDB=0.0272267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.237;QD=11.3707;RBI=0.0307465;REFB=-0.00763813;REVB=-0.0142848;RO=138;SAF=44;SAR=34;SRF=83;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043007;STB=0.537762;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0116935;OID=.;OPOS=49102513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:138:145:78:78:0.349776:34:44:83:55:34:44:90:55 chr19 49106995 . G A 173.35 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0102226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.086;QD=18.741;RBI=0.0836283;REFB=0.00520932;REVB=0.0830012;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152823;STB=0.600557;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00512;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:6:11:15:4:7:11:15:4 chr19 49116359 . T C 958.37 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346335;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6169;QD=58.9764;RBI=0.0737661;REFB=0;REVB=-0.0651303;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000759709;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr19 49116438 . A G 549.39 PASS AF=0.467742;AO=58;DP=123;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0631503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0846;QD=17.7221;RBI=0.0643892;REFB=-0.00316266;REVB=-0.0125699;RO=65;SAF=28;SAR=30;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939944;STB=0.555599;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00284806;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:65:66:58:58:0.467742:30:28:25:40:30:28:25:41 chr19 49116555 . A G 1014.75 PASS AF=0.959459;AO=69;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0466986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9381;QD=54.8513;RBI=0.0640511;REFB=0.0219999;REVB=-0.0438381;RO=3;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367953;STB=0.518982;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00303766;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:74:3:3:69:71:0.959459:37:32:0:3:38:33:0:3 chr19 49119899 . AC ACCAGCA,ACCAGCACAGCACAGCA,CA 168.49 PASS AF=0.65,0.025,0.125;AO=15,4,4;DP=34;FAO=26,1,5;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=16,0,5;FSAR=10,1,0;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.152131,-0.163505,-0.0810136;FXX=0;HRUN=2,2,1;LEN=5,15,2;MLLD=164.993,94.3405,209.543;QD=16.8492;RBI=0.152321,0.165478,0.0823248;REFB=-0.06111,-0.0170397,-0.0157436;REVB=0.00760372,-0.0254786,0.0146342;RO=7;SAF=5,3,4;SAR=10,1,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.369906,-0.460544,0;STB=0.558094,0.986912,0.997538;STBP=0.279,0.513,0.012;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.0348088,0.088252,0.0947866;OID=.,.,.;OPOS=49119901,49119901,49119899;OREF=-,-,AC;OALT=CAGCA,CAGCACAGCACAGCA,CA;OMAPALT=ACCAGCA,ACCAGCACAGCACAGCA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:40:7:8:15,4,4:26,1,5:0.65,0.025,0.125:10,1,0:5,3,4:7:0:10,1,0:16,0,5:3:5 chr19 49132616 . C A 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.103833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3747;QD=8.81051;RBI=0.129891;REFB=-0.00839846;REVB=0.0780412;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308307;STB=0.691681;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0304746;OID=.;OPOS=49132616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:4:7:2:4:4:7 chr19 49132634 . G A 113.53 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00219482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.053;QD=22.7054;RBI=0.020339;REFB=-0.03316;REVB=0.0202202;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263625;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00890806;OID=.;OPOS=49132634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:20:20:5:7:12:12:0.6:6:6:5:0:6:6:5:2 chr19 49133761 . C T 454.83 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00602655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.87;QD=19.9924;RBI=0.0191199;REFB=-0.0387731;REVB=-0.0181453;RO=45;SAF=31;SAR=14;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897246;STB=0.545634;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0366994;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:45:46:45:45:0.494505:14:31:27:18:14:31:28:18 chr19 49183705 . G A 994.25 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036831;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9061;QD=59.3581;RBI=0.0370072;REFB=0;REVB=0.00360697;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592646;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr19 49206603 . C T 726.95 PASS AF=1;AO=33;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4286;QD=63.2131;RBI=0.0580457;REFB=0;REVB=0.00297515;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694884;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:33:46:1:15:18:0:0:28:18:0:0 chr19 49206631 . A T 223.75 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00601528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.695;QD=14.9163;RBI=0.0153794;REFB=-0.00602656;REVB=-0.0141543;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116676;STB=0.56052;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00565529;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:25:26:0.433333:15:10:17:16:15:11:18:16 chr19 49217261 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.22;QD=56.9373;RBI=0.0739444;REFB=0;REVB=-0.063627;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011641;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr19 49217305 . A G 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.787;QD=60.3767;RBI=0.0319373;REFB=0;REVB=0.0315727;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31496e-05;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr19 49244219 . CG AA 1479.63 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226736;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=228.643;QD=63.64;RBI=0.063194;REFB=0;REVB=0.0589864;RO=0;SAF=64;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.07806e-05;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:93:0:0:93:93:1:29:64:0:0:29:64:0:0 chr19 49247786 . G A 1572.8 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.72;QD=59.9162;RBI=0.0498131;REFB=0;REVB=0.0491086;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41417e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:53:52:0:0:53:52:0:0 chr19 49259529 . A G 1973.93 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323432;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.941;QD=62.171;RBI=0.0375782;REFB=0;REVB=0.0191321;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12533e-05;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:127:0:0:117:127:1:45:72:0:0:46:81:0:0 chr19 49261368 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.08;QD=54.5176;RBI=0.0166302;REFB=0;REVB=-0.00165059;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15739e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr19 49299533 . A G 1721.42 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359253;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.622;QD=60.4005;RBI=0.057578;REFB=0;REVB=0.0449955;RO=0;SAF=67;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124448;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:46:67:0:0:47:67:0:0 chr19 49376584 . G A 1100.62 PASS AF=0.582857;AO=102;DP=175;FAO=102;FDP=175;FR=.;FRO=73;FSAF=69;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.0322782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.948;QD=25.1569;RBI=0.0406325;REFB=-0.0203745;REVB=-0.0246802;RO=72;SAF=69;SAR=33;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155467;STB=0.582262;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0270191;OID=.;OPOS=49376584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:72:73:102:102:0.582857:33:69:35:37:33:69:36:37 chr19 49416456 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0157639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.516;QD=22.6785;RBI=0.0565705;REFB=0.00692457;REVB=0.0543298;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125849;STB=0.571292;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00285061;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:1:4:6:4:1:4 chr19 49421966 . T C 398.97 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00411806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.102;QD=20.9982;RBI=0.0146808;REFB=-0.0254525;REVB=-0.0140914;RO=34;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107831;STB=0.556424;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0226246;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:36:40:40:0.526316:18:22:23:11:18:22:24:12 chr19 49438363 . G A 1751.78 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.013;QD=60.4064;RBI=0.0408214;REFB=0;REVB=0.034542;RO=0;SAF=52;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68186e-05;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:116:0:0:105:116:1:53:52:0:0:64:52:0:0 chr19 49442933 . T C 1558.4 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000833002;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.805;QD=59.9383;RBI=0.0429069;REFB=0;REVB=0.0428988;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67674e-05;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:52:51:0:0:53:51:0:0 chr19 49445817 . T C,G 1314.85 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=78,9;DP=87;FAO=78,9;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28,7;FSAR=50,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962224,-0.00386713;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.115,76.6617;QD=60.4529;RBI=0.0289484,0.0136921;REFB=0,0;REVB=0.0273024,-0.0131346;RO=0;SAF=28,7;SAR=50,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000292483,0.103842;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:87:87:0:0:78,9:78,9:0.896552,0.103448:50,2:28,7:0:0:50,2:28,7:0:0 chr19 49513273 . C T 217.9 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0241586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.033;QD=13.6188;RBI=0.0278174;REFB=-0.0185201;REVB=0.0137903;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147369;STB=0.600406;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0183662;OID=.;OPOS=49513273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:38:25:26:0.40625:10:15:17:20:10:16:17:21 chr19 49513349 . C G 351.28 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00198041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.6508;QD=23.4187;RBI=0.0112782;REFB=-0.00803343;REVB=-0.0111029;RO=25;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188082;STB=0.603012;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00524793;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:17:18:19:6:17:18:19:6 chr19 49547446 . G C 50.99 PASS AF=0.0869565;AO=16;DP=184;FAO=16;FDP=184;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.0138639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.343;QD=1.1085;RBI=0.0183971;REFB=-0.00223482;REVB=0.0120932;RO=166;SAF=10;SAR=6;SRF=82;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152686;STB=0.619741;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0327813;OID=.;OPOS=49547446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:184:184:166:168:16:16:0.0869565:6:10:82:84:6:10:83:85 chr19 49557572 . T C 507.06 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325909;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.674;QD=59.6535;RBI=0.0434378;REFB=0;REVB=0.0287171;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257477;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr19 49558216 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12977;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9179;QD=37.4873;RBI=0.131994;REFB=0;REVB=-0.0241289;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760598;OID=.;OPOS=49558216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 49558667 . T C 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0462029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.735;QD=19.3441;RBI=0.051825;REFB=-0.0366276;REVB=0.023476;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.555495;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0183875;OID=.;OPOS=49558667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:9:9:11:6:9:9:11:7 chr19 49559518 . C G 191.63 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0233581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2153;QD=15.9688;RBI=0.0248232;REFB=-0.010125;REVB=-0.00840174;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.570469;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0154693;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:11:9:15:11:11:9:16:12 chr19 49559693 . T C 238.74 PASS AF=0.479167;AO=19;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0044297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.502;QD=19.8953;RBI=0.188346;REFB=-0.014413;REVB=-0.188294;RO=20;SAF=17;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532426;STB=0.68769;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00546692;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:25:19:23:0.479167:2:17:9:11:6:17:10:15 chr19 49560461 . G A 938.39 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723122;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.1635;QD=56.872;RBI=0.18931;REFB=0;REVB=0.174955;RO=3;SAF=27;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245511;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:3:0:60:66:1:33:27:2:1:37:29:0:0 chr19 49573438 . A G 867.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.113;QD=57.8476;RBI=0.0444442;REFB=0;REVB=0.0433579;RO=0;SAF=12;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023625;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:48:12:0:0:48:12:0:0 chr19 49574125 . G C 972.15 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0138055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.208;QD=54.7691;RBI=0.0253895;REFB=-0.164098;REVB=-0.0213082;RO=3;SAF=40;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341355;STB=0.518067;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00720505;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:28:40:3:0:28:40:3:0 chr19 49621964 . T C 1196.72 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980006;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.54;QD=61.3703;RBI=0.0512631;REFB=0;REVB=0.0503177;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63687e-07;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr19 49652948 . C CG 31.3 PASS AF=0.4375;AO=3;DP=22;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0514552;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.1182;QD=7.82548;RBI=0.113382;REFB=-0.0818573;REVB=-0.101034;RO=19;SAF=3;SAR=0;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471159;STB=0.538357;STBP=0.853;TYPE=ins;VARB=0.130747;OID=.;OPOS=49652949;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:3:22:7:16:9:6:1:8:1:31:19:3:0:18:1 chr19 49658367 . C T 399.26 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0129821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.063;QD=15.3563;RBI=0.0129827;REFB=-0.0196358;REVB=-0.000125653;RO=59;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251752;STB=0.514132;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0238083;OID=.;OPOS=49658367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:59:45:45:0.432692:21:24:30:29:21:24:30:29 chr19 49658390 . T C 356.95 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.004521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.582;QD=16.9974;RBI=0.00889025;REFB=-0.0222386;REVB=-0.00765488;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671556;STB=0.528952;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0227014;OID=.;OPOS=49658390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:37:38:0.452381:16:21:23:23:17:21:23:23 chr19 49839015 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00486997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.827;QD=10.3786;RBI=0.0148955;REFB=-0.0131074;REVB=0.0140769;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482718;STB=0.790672;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0483897;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:5:11:2:7:5:11 chr19 49867913 . G A 1354.49 PASS AF=0.509158;AO=133;DP=273;FAO=139;FDP=273;FR=.;FRO=134;FSAF=65;FSAR=74;FSRF=79;FSRR=55;FWDB=-0.00876393;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0301;QD=19.846;RBI=0.0200931;REFB=-0.0498585;REVB=0.0180811;RO=131;SAF=60;SAR=73;SRF=77;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123298;STB=0.559626;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0449045;OID=.;OPOS=49867913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:131:134:133:139:0.509158:73:60:77:54:74:65:79:55 chr19 49878082 . C T 493.84 PASS AF=0.407407;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=135;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.00194127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.29;QD=14.6321;RBI=0.0152682;REFB=-0.00266813;REVB=0.0151443;RO=78;SAF=25;SAR=30;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332202;STB=0.517705;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00351164;OID=.;OPOS=49878082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:78:80:55:55:0.407407:30:25:33:45:30:25:34:46 chr19 49894152 . C T 646.66 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=145;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=28;FWDB=0.0112649;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.141;QD=17.9629;RBI=0.013087;REFB=-0.0222834;REVB=0.00666121;RO=74;SAF=39;SAR=27;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071409;STB=0.528356;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0299208;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:74:78:66:66:0.458333:27:39:49:25:27:39:50:28 chr19 49899076 . G A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0243581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.787;QD=18.6421;RBI=0.0328956;REFB=-0.00124865;REVB=0.0221089;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217335;STB=0.62253;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00202092;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:7:17:10:11:7:17 chr19 49901318 . T C 240.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0047476;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.301;QD=14.3838;RBI=0.0312083;REFB=-0.0280509;REVB=-0.0308451;RO=38;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801141;STB=0.537287;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0344187;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:14:14:16:22:14:14:17:22 chr19 49930721 . T C 1585.18 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6779;QD=64.0476;RBI=0.00351236;REFB=0;REVB=0.00227207;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42755e-05;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:99:0:0:96:99:1:48:48:0:0:51:48:0:0 chr19 49930786 . C A 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0260555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.6;QD=23.4431;RBI=0.0263919;REFB=-0.0260831;REVB=0.0041998;RO=32;SAF=13;SAR=29;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562016;STB=0.530802;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0202212;OID=.;OPOS=49930786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:29:13:8:24:29:13:8:24 chr19 49932762 . G C,T 1068.58 PASS AF=0.027027,0.959459;AO=3,68;DP=72;FAO=2,71;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=2,47;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160035,-0.0167035;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.4778,73.2517;QD=57.7609;RBI=0.0317906,0.026632;REFB=-0.0546175,0.0116687;REVB=-0.0274687,0.0207426;RO=1;SAF=2,45;SAR=1,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0201037;STB=0.993266,0.510201;STBP=0.227,0.259;TYPE=snp,snp;VARB=0.0406044,-0.00201277;OID=.,.;OPOS=49932762,49932762;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:72:74:1:1:3,68:2,71:0.027027,0.959459:1,23:2,45:0:1:0,24:2,47:0:1 chr19 49936785 . C G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00947522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.089;QD=23.0017;RBI=0.00949937;REFB=-0.042203;REVB=0.000676838;RO=22;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.004934;STB=0.50273;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0259921;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:16:13:10:12:16:13:10:12 chr19 49950298 . C T 815.82 PASS AF=0.506098;AO=83;DP=164;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=59;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0177781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0225;QD=19.8981;RBI=0.0189956;REFB=-0.00432281;REVB=-0.0066912;RO=76;SAF=60;SAR=23;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169019;STB=0.586459;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00490235;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:76:81:83:83:0.506098:23:60:42:34:24:59:45:36 chr19 49950356 . C G 609.71 PASS AF=0.5;AO=57;DP=116;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0152089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3226;QD=19.0533;RBI=0.0275222;REFB=-0.0260321;REVB=-0.0229382;RO=59;SAF=42;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235551;STB=0.616145;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0372104;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:128:59:64:57:64:0.5:15:42:30:29:20:44:30:34 chr19 49954803 . C T 375.98 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.00204853;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.979;QD=14.6012;RBI=0.00483392;REFB=-0.0168278;REVB=0.00437839;RO=59;SAF=25;SAR=18;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122981;STB=0.572617;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0230717;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:60:43:43:0.417476:18:25:41:18:18:25:42:18 chr19 49954807 . T G 380.42 PASS AF=0.414141;AO=40;DP=98;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0478127;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9929;QD=15.3706;RBI=0.049108;REFB=-0.00857352;REVB=0.0112043;RO=57;SAF=24;SAR=16;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735874;STB=0.539212;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0259775;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:57:58:40:41:0.414141:16:24:38:19:16:25:39:19 chr19 49994049 . CAA CA,CAC 804.21 PASS AF=0.901961,0.0980392;AO=18,6;DP=104;FAO=92,10;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=26,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.92231,0.100171;FXX=0.0192289;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.3723,210.316;QD=31.5377;RBI=0.960335,0.100256;REFB=0,0;REVB=0.267558,-0.00413541;RO=68;SAF=4,0;SAR=14,6;SRF=60;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.709705,-0.79177;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00540743,0.108814;OID=.,.;OPOS=49994050,49994051;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901961,0.0980392:18,6:104:92,10:102:0:66,0:26,10:0:0:34:68:4,0:14,6:60:8 chr19 50019455 . A G 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.00794677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.665;QD=11.2832;RBI=0.0123822;REFB=-0.00706648;REVB=0.00949571;RO=49;SAF=19;SAR=8;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395271;STB=0.518168;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0180473;OID=.;OPOS=50019455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:8:19:33:16:8:19:34:16 chr19 50028040 . T C 424.12 PASS AF=0.517647;AO=39;DP=79;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.012236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.182;QD=19.9587;RBI=0.0184189;REFB=-0.0109744;REVB=0.0137673;RO=35;SAF=26;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088365;STB=0.562471;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00782351;OID=.;OPOS=50028040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:85:35:41:39:44:0.517647:13:26:20:15:16:28:21:20 chr19 50028163 . A G 686.73 PASS AF=0.59633;AO=65;DP=110;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0243457;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0777;QD=25.2011;RBI=0.0666123;REFB=-0.0277548;REVB=-0.0620039;RO=44;SAF=45;SAR=20;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476459;STB=0.525966;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0216889;OID=.;OPOS=50028163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:44:44:65:65:0.59633:20:45:28:16:20:45:28:16 chr19 50028221 . C T 649.69 PASS AF=0.542373;AO=64;DP=118;FAO=64;FDP=118;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0089011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5276;QD=22.0235;RBI=0.0350487;REFB=-0.0520961;REVB=-0.0338995;RO=52;SAF=45;SAR=19;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116904;STB=0.566865;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0374311;OID=.;OPOS=50028221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:54:64:64:0.542373:19:45:30:22:19:45:31:23 chr19 50028731 . T A 227.12 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0148327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.205;QD=21.1277;RBI=0.0283263;REFB=-0.0130474;REVB=0.0241324;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949593;STB=0.553027;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0106651;OID=.;OPOS=50028731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:6:16:17:4:6:16:17:4 chr19 50140092 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.885;QD=53.2772;RBI=0.0288667;REFB=0;REVB=0.0141564;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157029;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 50156896 . T C 1102.49 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.061;QD=58.7996;RBI=0.0228325;REFB=0.0386416;REVB=-0.0122347;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506171;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00100975;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:33:40:1:0:34:40:1:0 chr19 50306198 . G T 329.58 PASS AF=0.359649;AO=39;DP=112;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0108738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.156;QD=11.5643;RBI=0.0109153;REFB=-0.0254983;REVB=-0.000950926;RO=72;SAF=23;SAR=16;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748112;STB=0.548364;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.050001;OID=.;OPOS=50306198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:72:73:39:41:0.359649:16:23:47:25:17:24:48:25 chr19 50312653 . C T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0673526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.1;QD=26.57;RBI=0.067464;REFB=-0.0608062;REVB=0.00387648;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211081;STB=0.620445;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00866963;OID=.;OPOS=50312653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:2:9:2:2:2:9:2:2 chr19 50314537 . G A 60.05 PASS AF=0.36;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0273498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2669;QD=9.60864;RBI=0.0281925;REFB=0.00533911;REVB=0.00684153;RO=17;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.766227;STB=0.817349;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0137034;OID=.;OPOS=50314537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:25:25:17:16:8:9:0.36:0:8:8:9:1:8:8:8 chr19 50354185 . C T 190.34 PASS AF=0.264706;AO=26;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.0182505;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.988;QD=7.46434;RBI=0.0192766;REFB=-0.0105757;REVB=-0.0062055;RO=75;SAF=8;SAR=18;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174185;STB=0.614749;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0253408;OID=.;OPOS=50354185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:75:75:26:27:0.264706:18:8:33:42:19:8:33:42 chr19 50383591 . A G 1840.91 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.236;QD=61.3636;RBI=0.0205794;REFB=0;REVB=0.0118219;RO=0;SAF=48;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39679e-05;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:72:48:0:0:72:48:0:0 chr19 50383636 . T C 397.0 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0333847;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.958;QD=17.4506;RBI=0.0337632;REFB=-0.0301009;REVB=-0.00504126;RO=51;SAF=14;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210485;STB=0.623016;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.041414;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:51:50:41:41:0.450549:27:14:28:23:27:14:28:22 chr19 50399384 . G GC 1153.32 PASS AF=1;AO=84;DP=140;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1346;QD=33.9211;RBI=0.222705;REFB=0;REVB=0.217823;RO=53;SAF=43;SAR=41;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00356386;OID=.;OPOS=50399385;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:84:140:136:136:0:79:57:0:0:18:53:43:41:36:17 chr19 50399389 . TC CT 34.2 PASS AF=0.144737;AO=21;DP=153;FAO=22;FDP=152;FR=.;FRO=130;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=63;FWDB=0.0101962;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=2;MLLD=52.2064;QD=0.899911;RBI=0.0261434;REFB=-0.0527583;REVB=0.0240731;RO=126;SAF=20;SAR=1;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620093;STB=0.938094;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0742491;OID=.;OPOS=50399389;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:153:152:126:130:21:22:0.144737:1:20:65:61:1:21:67:63 chr19 50411742 . A G 1496.31 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199336;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.244;QD=63.6726;RBI=0.0306355;REFB=0;REVB=0.0232634;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01593e-05;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:93:94:1:42:51:0:0:42:52:0:0 chr19 50412417 . G A 564.22 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.372;QD=56.4219;RBI=0.055854;REFB=-0.125744;REVB=0.01345;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00497733;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00167377;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:2:1:38:39:0.975:17:21:1:1:18:21:1:0 chr19 50464023 . C G 99.18 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0224179;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9922;QD=7.34667;RBI=0.0277065;REFB=0.0104759;REVB=0.0162816;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430861;STB=0.75338;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0304954;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:41:40:14:14:0.259259:5:9:11:30:5:9:11:29 chr19 50475114 . G C 821.1 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0338;QD=55.6676;RBI=0.0475843;REFB=-0.141569;REVB=0.0444322;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0043394;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:59:1:1:56:58:0.983051:29:27:0:1:31:27:0:1 chr19 50484234 . G A 866.82 PASS AF=0.439815;AO=94;DP=218;FAO=95;FDP=216;FR=.;FRO=121;FSAF=64;FSAR=31;FSRF=75;FSRR=46;FWDB=0.0686671;FXX=0.00917389;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3692;QD=16.0523;RBI=0.093319;REFB=-0.0466883;REVB=0.0631923;RO=120;SAF=63;SAR=31;SRF=75;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504961;STB=0.533499;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0515079;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:120:121:94:95:0.439815:31:63:75:45:31:64:75:46 chr19 50485454 . A G 259.53 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.0374614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9537;QD=11.9324;RBI=0.0427458;REFB=0.0173925;REVB=0.0205875;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177255;STB=0.601707;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0317837;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:16:15:36:20:16:15:36:20 chr19 50510989 . ACAG ACCC 207.86 PASS AF=0.156716;AO=19;DP=136;FAO=21;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=100;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=82;FSRR=18;FWDB=-0.0145798;FXX=0.146487;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.73;QD=6.20489;RBI=0.0205379;REFB=-0.00591099;REVB=-0.0144649;RO=92;SAF=14;SAR=5;SRF=78;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213065;STB=0.617738;STBP=0.352;TYPE=mnp;VARB=0.0229951;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156716:19:136:21:134:100:15:6:82:18:99:92:14:5:78:14 chr19 50510998 . CTT CAC 55.23 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=147;FAO=14;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=135;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=107;FSRR=28;FWDB=-0.00287471;FXX=0.0506297;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.047;QD=1.47283;RBI=0.0312088;REFB=-0.0153301;REVB=-0.0310761;RO=81;SAF=9;SAR=5;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328991;STB=0.661157;STBP=0.325;TYPE=mnp;VARB=0.0422627;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0933333:14:147:14:150:135:9:5:107:28:50:81:9:5:54:27 chr19 50562372 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.473;QD=58.4157;RBI=0.0423649;REFB=0;REVB=0.0310209;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48894e-05;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr19 50562459 . T G 1533.0 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5881;QD=58.4;RBI=0.0368937;REFB=-0.0689555;REVB=0.00889795;RO=1;SAF=55;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855017;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0026567;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:49:55:1:0:49:55:1:0 chr19 50665984 . C G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00812331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.451;QD=16.0639;RBI=0.0653691;REFB=-0.0111979;REVB=0.0648624;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195135;STB=0.603416;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00967785;OID=.;OPOS=50665984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:31:26:26:0.45614:8:18:15:15:8:18:16:15 chr19 50666389 . G A 459.85 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0327313;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.987;QD=29.197;RBI=0.0328132;REFB=-0.0832474;REVB=-0.00231733;RO=21;SAF=35;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236549;STB=0.629851;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0304482;OID=.;OPOS=50666389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:21:21:42:42:0.666667:7:35:12:9:7:35:12:9 chr19 50726319 . C G 696.85 PASS AF=0.878788;AO=50;DP=69;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.020632;FXX=0.043472;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.965;QD=42.2335;RBI=0.0207683;REFB=-0.0666376;REVB=-0.00237515;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.513084;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00272145;OID=.;OPOS=50726319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:66:0:8:50:58:0.878788:29:21:0:0:30:28:3:5 chr19 50726570 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.702;QD=56.9998;RBI=0.0188014;REFB=0;REVB=0.0175333;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81137e-05;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr19 50755955 . C T 170.25 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0194759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.54;QD=17.4616;RBI=0.0242253;REFB=0.0141584;REVB=-0.0144068;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108793;STB=0.57383;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0167032;OID=.;OPOS=50755955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:7:10:10:11:7:11:10:11 chr19 50760716 . C G 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0337972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3823;QD=11.0814;RBI=0.0339384;REFB=-0.0231378;REVB=-0.00309305;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295364;STB=0.657487;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0314279;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:12:11:9:32:12:11:10:32 chr19 50762418 . A G 118.92 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000511635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5708;QD=14.8655;RBI=0.074739;REFB=-0.0762109;REVB=-0.0747373;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0488076;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:12:6:6:8:12:6 chr19 50763889 . C T 298.09 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0130348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.651;QD=20.9185;RBI=0.0175999;REFB=-0.018151;REVB=0.0118258;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071528;STB=0.539657;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0136804;OID=.;OPOS=50763889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:17:14:14:12:17:14:14:12 chr19 50771609 . G A 132.64 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0633402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.375;QD=15.1592;RBI=0.0658532;REFB=-0.0230349;REVB=0.0180183;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.603639;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0344292;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:7:8:7:12:7:8:7:13 chr19 50796905 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.095;QD=58.9622;RBI=0.0301402;REFB=0;REVB=0.0147249;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08959e-05;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr19 50818228 . G A 124.85 PASS AF=0.777778;AO=12;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.16776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9998;QD=27.7446;RBI=0.16776;REFB=-0.313246;REVB=0;RO=6;SAF=12;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0448137;OID=.;OPOS=50818228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:18:18:6:4:12:14:0.777778:0:12:6:0:0:14:4:0 chr19 50826569 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0345645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.412;QD=13.9591;RBI=0.0469288;REFB=-0.0236162;REVB=-0.0317428;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0181737;OID=.;OPOS=50826569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:4:3:4:3:4:3 chr19 50827192 . C T 284.47 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0239408;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.305;QD=19.9629;RBI=0.0279573;REFB=-0.0129522;REVB=0.0144378;RO=27;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710281;STB=0.539542;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00929121;OID=.;OPOS=50827192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:27:27:30:30:0.526316:18:12:13:14:18:12:13:14 chr19 50865477 . TGGGGCCCCC TGGGCCCCC,TGGGGCCCC,TGGGGCCCCG 158.41 PASS AF=0.166667,0.690476,0;AO=5,21,2;DP=43;FAO=7,29,0;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=0,28,0;FSAR=7,1,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0193224,0.0600698,-0.022502;FXX=0.0232504;HRUN=4,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=9.74376,9.26672,24.8022;QD=15.0866;RBI=0.620246,0.103307,0.0231023;REFB=-0.025354,-0.0272866,0.0522334;REVB=-0.619945,0.0840475,0.00523237;RO=4;SAF=0,21,2;SAR=5,0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0.395939,0,0;SSEP=0,0.326531,0;SSSB=-0.804028,0,0;STB=0.998239,0.629103,0.5;STBP=0.001,0.169,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0842471,0.0259806,0.0173637;OID=.,.,.;OPOS=50865478,50865482,50865486;OREF=G,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=TGGGCCCCC,TGGGGCCCC,TGGGGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.690476,0:5,21,2:43:7,29,0:42:6:0,28,0:7,1,0:5:1:26:4:0,21,2:5,0,0:4:0 chr19 50881820 . A AAAC 175.9 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288112;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=305.43;QD=46.9063;RBI=0.0355365;REFB=0;REVB=0.0208028;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000317658;OID=.;OPOS=50881821;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:12:3:0:0:4:0:11:3:0:0 chr19 50926264 . TG CC,CG 1430.24 PASS AF=0.359223,0.640777;AO=31,57;DP=99;FAO=37,66;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=21,37;FSAR=16,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200692,0.0436866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=129.237,75.0975;QD=55.5433;RBI=0.0402392,0.0453406;REFB=0,0;REVB=0.0348772,0.0121347;RO=0;SAF=16,34;SAR=15,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0598128,-0.0191283;OID=.,.;OPOS=50926264,50926264;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:99:103:0:0:31,57:37,66:0.359223,0.640777:15,23:16,34:0:0:16,29:21,37:0:0 chr19 50954584 . C T 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=4;FWDB=0.083583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.477;QD=14.0544;RBI=0.0841744;REFB=-0.026518;REVB=0.00996035;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533777;STB=0.797638;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0172961;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:17:8:31:4:17:8:31:4 chr19 50957397 . G A 538.57 PASS AF=0.43609;AO=58;DP=132;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00124179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.918;QD=16.1976;RBI=0.00738359;REFB=-0.0107623;REVB=0.00727842;RO=73;SAF=33;SAR=25;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183569;STB=0.601815;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0134387;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:73:75:58:58:0.43609:25:33:28:45:25:33:29:46 chr19 50965234 . C T 132.46 PASS AF=0.235294;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=85;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0365024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.779;QD=6.23322;RBI=0.0365293;REFB=-0.0157793;REVB=-0.00140229;RO=65;SAF=9;SAR=11;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03356;STB=0.520689;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0516326;OID=.;OPOS=50965234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:65:20:20:0.235294:11:9:31:34:11:9:31:34 chr19 50965272 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000108785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.718;QD=57.1042;RBI=0.0305839;REFB=0;REVB=0.0305837;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236424;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr19 50983930 . C T 662.84 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00361253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.003;QD=44.1895;RBI=0.0193268;REFB=-0.0469892;REVB=0.0189862;RO=8;SAF=34;SAR=18;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00793467;STB=0.504236;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00102654;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:8:8:52:52:0.866667:18:34:5:3:18:34:5:3 chr19 50983931 . G T 42.31 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.0130412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.3586;QD=2.82087;RBI=0.0516343;REFB=-0.0234541;REVB=0.0499603;RO=52;SAF=5;SAR=3;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376939;STB=0.526961;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0227629;OID=.;OPOS=50983931;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:3:5:34:18:3:5:34:18 chr19 51015404 . T C 356.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.859;QD=54.8778;RBI=0.0178224;REFB=0;REVB=-0.0137678;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52932e-06;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr19 51020903 . A G 276.92 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.017056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.857;QD=13.5085;RBI=0.0326245;REFB=-0.0125521;REVB=-0.027811;RO=50;SAF=16;SAR=16;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427372;STB=0.524375;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0201089;OID=.;OPOS=51020903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:16:16:27:23:16:16:27:23 chr19 51159571 . T G 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0309696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.036;QD=49.4977;RBI=0.0322559;REFB=-0.0591615;REVB=0.00901797;RO=3;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201744;STB=0.501084;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00172227;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:10:21:2:1:10:21:2:1 chr19 51192607 . GTCC CGTC,GT,GTC 86.73 PASS AF=0,0,0.736842;AO=4,3,6;DP=19;FAO=0,0,14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.020871,0.00996582,0.0167271;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=109.918,13.1108,13.1201;QD=18.2598;RBI=0.166175,0.138844,0.250448;REFB=-0.00718608,-0.0575073,-0.0917532;REVB=-0.164859,-0.138486,-0.249888;RO=4;SAF=0,0,5;SAR=4,3,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0.34,0.34;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.755207,-0.729277,0.0921951;STB=0.5,0.5,0.618149;STBP=1,1,0.119;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0136892,0,0.0282214;OID=.,.,.;OPOS=51192607,51192609,51192609;OREF=GTC,CC,C;OALT=CGT,-,-;OMAPALT=CGTC,GT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:23:19:19:4:5:4,3,6:0,0,14:0,0,0.736842:4,3,1:0,0,5:3:1:0,0,9:0,0,5:4:1 chr19 51297825 . GC AA,AC 2188.49 PASS AF=0.950355,0.0496454;AO=133,7;DP=142;FAO=134,7;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=82,6;FSAR=52,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182818,-0.000980977;FXX=0.00704176;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.129,97.4142;QD=62.0848;RBI=0.0312329,0.0368543;REFB=0,0;REVB=0.0253233,0.0368413;RO=0;SAF=82,6;SAR=51,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00229694,-0.00510189;OID=.,.;OPOS=51297825,51297825;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:142:141:0:0:133,7:134,7:0.950355,0.0496454:51,1:82,6:0:0:52,1:82,6:0:0 chr19 51301395 . C T 2361.35 PASS AF=0.975309;AO=158;DP=162;FAO=158;FDP=162;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00883312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.501;QD=58.305;RBI=0.026404;REFB=-0.0554229;REVB=0.0248827;RO=2;SAF=92;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201044;STB=0.502086;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.000137601;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:162:2:4:158:158:0.975309:66:92:1:1:66:92:2:2 chr19 51301456 . G A 1212.89 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0309291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.547;QD=59.8958;RBI=0.0385011;REFB=-0.0519738;REVB=0.0229287;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160447;STB=0.508472;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000377818;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:29:51:0:1:29:51:0:1 chr19 51301538 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.067886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.606;QD=11.0866;RBI=0.0679851;REFB=-0.00357851;REVB=0.00366949;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00784605;OID=.;OPOS=51301538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chr19 51302065 . CA C,CG 577.91 PASS AF=0.102564,0.897436;AO=4,35;DP=39;FAO=4,35;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=4,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249209,0.0135792;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.6597,100.224;QD=59.2731;RBI=0.0382192,0.0190999;REFB=0,0;REVB=0.0289768,0.0134318;RO=0;SAF=0,17;SAR=4,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000996512,-0.00140723;OID=.,.;OPOS=51302066,51302066;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102564,0.897436:4,35:39:4,35:39:0:0,17:4,18:0:0:15:0:0,17:4,18:0:0 chr19 51302154 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.435;QD=62.6701;RBI=0.10015;REFB=0;REVB=0.0917028;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531178;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 51302202 . T A 310.45 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.189997;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.14;QD=53.9916;RBI=0.192405;REFB=0;REVB=0.0303428;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180652;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 51321813 . A G 1552.7 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121822;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.934;QD=64.0289;RBI=0.0122042;REFB=0;REVB=-0.000733051;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51533e-05;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:35:62:0:0:35:62:0:0 chr19 51323232 . T C 723.98 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0732069;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=128.099;QD=54.64;RBI=0.0732078;REFB=-0.0320424;REVB=-0.000369604;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000210787;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:23:29:0:0:23:29:1:0 chr19 51323473 . C G 735.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00302354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.787;QD=54.5117;RBI=0.0268528;REFB=-0.0774893;REVB=0.026682;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.506664;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000429607;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:16:37:0:0:16:37:1:0 chr19 51323501 . A G 1122.24 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200481;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.084;QD=60.6618;RBI=0.0204427;REFB=0;REVB=0.00399698;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064066;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr19 51330284 . G A 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00850113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.307;QD=16.8816;RBI=0.00904723;REFB=-0.0043881;REVB=-0.00309568;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338505;STB=0.693625;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00875414;OID=.;OPOS=51330284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:12:5:10:5:12:5 chr19 51330932 . G T 673.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316688;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.327;QD=62.6803;RBI=0.0318068;REFB=0;REVB=0.00295942;RO=0;SAF=31;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13548e-05;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:12:31:0:0:12:31:0:0 chr19 51359497 . T C 425.48 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0530665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.621;QD=21.8193;RBI=0.0749553;REFB=-0.0439017;REVB=-0.0529362;RO=36;SAF=19;SAR=23;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223225;STB=0.622687;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0364921;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:23:19:26:10:23:19:26:10 chr19 51359503 . A G 409.57 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00284757;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.949;QD=21.0036;RBI=0.0613396;REFB=-0.0408635;REVB=0.0612735;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23899;STB=0.635296;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0317135;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:37:40:41:0.525641:22:18:24:8:23:18:27:10 chr19 51379893 . C T 1572.24 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4895;QD=59.8949;RBI=0.0937164;REFB=0;REVB=0.0854017;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000681251;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:49:56:0:0:49:56:0:0 chr19 51381777 . C T 2385.88 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.133;QD=61.1763;RBI=0.00579723;REFB=0;REVB=0.00566075;RO=0;SAF=74;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2214e-06;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:155:156:1:81:74:0:0:82:74:0:0 chr19 51411636 . G T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.73;QD=59.3215;RBI=0.0262824;REFB=0;REVB=0.0247353;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16146e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr19 51412668 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.297;QD=49.5992;RBI=0.0935756;REFB=0;REVB=0.0916518;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492233;OID=.;OPOS=51412668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr19 51452250 . T C 1287.36 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000844819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.691;QD=60.5815;RBI=0.0206381;REFB=0.0592168;REVB=0.0206208;RO=1;SAF=48;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976682;STB=0.505153;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=3.64599e-05;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:84:84:0.988235:36:48:1:0:36:48:1:0 chr19 51485622 . A G 4129.79 PASS AF=1;AO=265;DP=266;FAO=265;FDP=265;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505451;FXX=0.00375926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6292;QD=62.3364;RBI=0.0316181;REFB=-0.0472072;REVB=-0.0312115;RO=1;SAF=138;SAR=127;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34757e-05;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:266:265:1:0:265:265:1:127:138:1:0:127:138:0:0 chr19 51487175 . T G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.455;QD=53.2699;RBI=0.0359857;REFB=0;REVB=0.00617195;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001637;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr19 51507020 . T G 645.91 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=128;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.014348;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4126;QD=20.0282;RBI=0.0235666;REFB=-0.00404413;REVB=-0.0186955;RO=63;SAF=33;SAR=32;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423017;STB=0.527048;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00297908;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:63:64:65:65:0.503876:32:33:29:34:32:33:29:35 chr19 51517731 . A G 1448.8 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.286;QD=62.9914;RBI=0.0345092;REFB=0;REVB=0.0315233;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26082e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:92:0:0:86:92:1:37:49:0:0:39:53:0:0 chr19 51519236 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.199;QD=56.1892;RBI=0.0403403;REFB=0;REVB=0.0305659;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120818;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:10:18:0:0 chr19 51519259 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.893;QD=60.9781;RBI=0.0384751;REFB=0;REVB=0.00788289;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161604;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr19 51519346 . G C 193.88 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0161613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.263;QD=16.8588;RBI=0.016509;REFB=-0.00478048;REVB=0.00337047;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559942;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00541436;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:9:11:17:9:9:11:17:9 chr19 51519364 . T G 603.99 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2739;QD=60.3991;RBI=0.0247061;REFB=0;REVB=-0.0180504;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197467;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr19 51520487 . A C 1453.44 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.681;QD=63.193;RBI=0.0251677;REFB=0;REVB=0.0214701;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9454e-05;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chr19 51530693 . G A 1620.23 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.878;QD=60.0086;RBI=0.0393728;REFB=0;REVB=0.0218136;RO=0;SAF=44;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61466e-05;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:108:0:0:102:108:1:58:44:0:0:64:44:0:0 chr19 51535130 . A G 159.6 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0142715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.537;QD=17.7328;RBI=0.0384767;REFB=-0.0239445;REVB=-0.0357321;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116975;STB=0.56693;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0250633;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:10:9:6:11:10:9 chr19 51537682 . C A 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0138318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.498;QD=54.4793;RBI=0.0198381;REFB=-0.117449;REVB=0.0142208;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51723;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00159465;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:17:14:0:0:17:14:1:0 chr19 51560017 . GGC G,GCC 95.25 PASS AF=0.777778,0;AO=8,2;DP=30;FAO=14,0;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0435958,0.192968;FXX=0.09995;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.9409,10.1959;QD=21.1673;RBI=0.132006,0.195449;REFB=-0.0472997,-0.0289636;REVB=0.1246,-0.0310407;RO=16;SAF=1,1;SAR=7,1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.232832,0.272748;STB=0.618844,0.5;STBP=0.233,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00819366,0;OID=.,.;OPOS=51560018,51560018;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778,0:8,2:30:14,0:18:4:1,0:13,0:1:3:21:16:1,1:7,1:4:12 chr19 51656454 . A T 371.47 PASS AF=0.513514;AO=28;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0466639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.398;QD=20.0794;RBI=0.0468608;REFB=0.00567683;REVB=0.0042911;RO=33;SAF=6;SAR=22;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305408;STB=0.538884;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00299051;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:36:28:38:0.513514:22:6:16:17:22:16:18:18 chr19 51728477 . C T 280.28 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00681543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.084;QD=16.7331;RBI=0.0103801;REFB=-0.0137221;REVB=-0.00782925;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109517;STB=0.55328;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0204314;OID=.;OPOS=51728477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:31:31:0.462687:15:16:14:21:15:16:15:21 chr19 51835892 . T TG 378.58 PASS AF=1;AO=24;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.6286;QD=35.2171;RBI=0.105836;REFB=0;REVB=0.0507378;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359165;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000496458;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:43:43:43:0:11:32:0:0:8:18:10:14:0:18 chr19 51841417 . C T 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00497568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.245;QD=20.5418;RBI=0.0174812;REFB=-0.00503184;REVB=0.0167581;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312283;STB=0.67553;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00308726;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:17:8:16:8:17:8 chr19 51843808 . C T 362.46 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0800134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1416;QD=27.8814;RBI=0.0823962;REFB=-0.0305716;REVB=0.0196721;RO=18;SAF=7;SAR=27;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158035;STB=0.586901;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117715;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:27:7:7:11:27:7:7:11 chr19 51844978 . G T 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0192216;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.9;QD=15.5681;RBI=0.030889;REFB=-0.015513;REVB=-0.0241797;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211215;STB=0.511937;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.022253;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:18:17:13:15:18:17 chr19 51845371 . T G 301.01 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0284829;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2091;QD=14.6832;RBI=0.028492;REFB=-0.00267288;REVB=-0.000717833;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179235;STB=0.519469;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00889995;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:19:15:22:26:18:16:21:27 chr19 51850290 . G A 245.19 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0136738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.714;QD=15.5677;RBI=0.0220469;REFB=-0.018921;REVB=0.0172943;RO=34;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189747;STB=0.599474;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0345485;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:11:17:14:20:11:17:15:20 chr19 51890568 . G C 356.27 PASS AF=0.625;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00982074;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.833;QD=29.6888;RBI=0.0174821;REFB=-0.00776694;REVB=-0.014463;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288105;STB=0.525264;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00388705;OID=.;OPOS=51890568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:19:18:30:30:0.625:17:13:9:10:17:13:9:9 chr19 51892683 . T C 877.32 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.641;QD=55.7025;RBI=0.0617076;REFB=-0.00548657;REVB=-0.0302154;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399449;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:0:0:59:63:1:20:39:0:0:20:43:0:0 chr19 51918112 . A G 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0220568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3119;QD=15.3046;RBI=0.041458;REFB=-0.00295229;REVB=-0.0351037;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149792;STB=0.584848;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00529271;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:19:20:11:19:19:20 chr19 51918135 . G T 210.25 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0271924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.153;QD=11.8451;RBI=0.0327247;REFB=-0.0185246;REVB=-0.0182067;RO=45;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485352;STB=0.528031;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0310938;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:45:26:26:0.366197:11:15:24:21:11:15:24:21 chr19 51919552 . G C 461.69 PASS AF=0.474227;AO=47;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=-0.113727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5811;QD=19.0389;RBI=0.115176;REFB=0.0140457;REVB=-0.0182146;RO=50;SAF=18;SAR=29;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254345;STB=0.654069;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0171562;OID=.;OPOS=51919552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:51:47:46:0.474227:29:18:33:17:29:17:34:17 chr19 51920613 . C T 726.03 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0324836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0848;QD=52.8022;RBI=0.0529762;REFB=-0.0398509;REVB=0.0418485;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597873;STB=0.503175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0108896;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:31:22:1:1:31:22:1:1 chr19 51984725 . T A 1004.87 PASS AF=0.479263;AO=104;DP=217;FAO=104;FDP=217;FR=.;FRO=113;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=58;FWDB=-0.00932792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.579;QD=18.523;RBI=0.0140489;REFB=-0.0120708;REVB=0.0105053;RO=113;SAF=58;SAR=46;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673279;STB=0.537126;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0141433;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:113:113:104:104:0.479263:46:58:55:58:46:58:55:58 chr19 52000624 . T G 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.582;QD=61.2121;RBI=0.0321463;REFB=0;REVB=0.00325084;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72563e-05;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr19 52000672 . G A 1190.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.485;QD=61.0594;RBI=0.040762;REFB=0;REVB=0.0154208;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103615;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:39:39:0:0 chr19 52001485 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0217914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.839;QD=17.9407;RBI=0.0316453;REFB=-0.00275452;REVB=0.0229469;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257192;STB=0.643788;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00274786;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:3:19:12:7:3:19 chr19 52002488 . C A 1332.48 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.225;QD=61.9758;RBI=0.0622812;REFB=0;REVB=-0.0602094;RO=0;SAF=46;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63105e-05;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:39:46:0:0:40:46:0:0 chr19 52002729 . G A 1514.27 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.771;QD=59.3832;RBI=0.100077;REFB=0;REVB=0.0994802;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83593e-05;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:35:66:0:0:36:66:0:0 chr19 52003331 . G C 3400.32 PASS AF=0.982379;AO=202;DP=230;FAO=223;FDP=227;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=123;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.344;QD=59.9175;RBI=0.0528763;REFB=-0.00371719;REVB=0.00757728;RO=2;SAF=100;SAR=102;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225051;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:230:227:2:0:202:223:0.982379:102:100:2:0:100:123:0:0 chr19 52004743 . G A 1583.29 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.441;QD=63.9713;RBI=0.0646658;REFB=0;REVB=0.0531732;RO=0;SAF=61;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184386;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:99:0:0:91:99:1:30:61:0:0:35:64:0:0 chr19 52004759 . C T 352.53 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0276672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2736;QD=15.8439;RBI=0.0299759;REFB=-0.0220412;REVB=-0.0115362;RO=51;SAF=23;SAR=15;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110286;STB=0.561873;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0364717;OID=.;OPOS=52004759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:15:23:36:15:15:23:36:15 chr19 52004795 . G T 841.53 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.881;QD=55.1822;RBI=0.0144152;REFB=0;REVB=0.0127753;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276941;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:54:61:1:26:28:0:0:28:33:0:0 chr19 52032963 . TC T,TG 303.58 PASS AF=0.358491,0.433962;AO=18,16;DP=52;FAO=19,23;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=11,14;FSAR=8,9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0730366,0.00918849;FXX=0.036357;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.41683,211.494;QD=22.9118;RBI=0.0764613,0.0134922;REFB=-0.0387009,-0.0395736;REVB=-0.022627,-0.0098799;RO=9;SAF=9,8;SAR=9,8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0.5,0;SSEP=0.833333,0;SSSB=0.100115,0.107386;STB=0.610996,0.608601;STBP=0.134,0.069;TYPE=del,snp;VARB=0.0951991,0.0328966;OID=.,.;OPOS=52032964,52032964;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.358491,0.433962:18,16:52:19,23:53:11:11,14:8,9:3:8:99:9:9,8:9,8:3:6 chr19 52033742 . G A 255.48 PASS AF=0.299145;AO=35;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=23;FWDB=0.00454453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.347;QD=8.73431;RBI=0.0120172;REFB=-0.000258922;REVB=0.0111247;RO=82;SAF=29;SAR=6;SRF=59;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191262;STB=0.614244;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000607696;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:82:82:35:35:0.299145:6:29:59:23:6:29:59:23 chr19 52076960 . T C 240.03 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.668;QD=50.5323;RBI=0.0529169;REFB=0;REVB=0.031964;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312768;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:8:9:0:0:10:9:0:0 chr19 52076973 . AC A,AT 251.1 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,16;DP=19;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365167,-0.00168178;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.173,184.92;QD=50.2204;RBI=0.00615338,0.0198678;REFB=0,0;REVB=-0.00614253,-0.0197965;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0217275,-0.00980259;OID=.,.;OPOS=52076974,52076974;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:2,16:19:2,18:20:0:2,8:0,10:0:0:9:0:2,7:0,9:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 207.45 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136383;FXX=0;HRUN=4;LEN=8;MLLD=295.707;QD=48.8126;RBI=0.0152122;REFB=0;REVB=-0.00673853;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.39044e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:13:4:0:0:4:0:13:4:0:0 chr19 52077069 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.498;QD=55.0978;RBI=0.0494919;REFB=0;REVB=-0.0469274;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155097;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 52096033 . GATAAA G 72.23 PASS AF=0.30303;AO=7;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=-0.00936295;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=300.098;QD=8.75548;RBI=0.082016;REFB=-0.00928269;REVB=0.0814798;RO=20;SAF=7;SAR=0;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644819;STB=0.714006;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=0.0198297;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:7:33:10:33:23:8:2:22:1:72:20:7:0:19:1 chr19 52096053 . T A 115.26 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=-0.0599818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.756;QD=10.2453;RBI=0.0810594;REFB=-0.0354496;REVB=-0.0545235;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743066;STB=0.536186;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0243132;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:14:15:0.333333:3:11:24:5:3:12:25:5 chr19 52096270 . C G 40.23 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0318344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.019;QD=14.6304;RBI=0.0451997;REFB=-0.00880886;REVB=0.0320872;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000994119;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr19 52097461 . A C 405.47 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.017913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.051;QD=15.1576;RBI=0.037971;REFB=-0.0159794;REVB=-0.0334802;RO=61;SAF=39;SAR=7;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340035;STB=0.69433;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0277792;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:7:39:37:24:7:39:37:24 chr19 52115645 . G C 1387.37 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00529646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.138;QD=61.6609;RBI=0.021976;REFB=-0.0658022;REVB=0.0213282;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022143;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:90:0:0:89:90:1:54:35:0:0:54:36:0:0 chr19 52130488 . G A 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5832;QD=57.1842;RBI=0.0479674;REFB=0;REVB=-0.0302294;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133236;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 52132325 . A C,T 1229.21 PASS AF=0.0246914,0.975309;AO=3,78;DP=81;FAO=2,79;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574385,0.0568787;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.8788,96.924;QD=60.7017;RBI=0.0613059,0.0577699;REFB=0,0;REVB=0.0214299,0.0101078;RO=0;SAF=1,43;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.91087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0888747,0.00335873;OID=.,.;OPOS=52132325,52132325;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:81:81:0:0:3,78:2,79:0.0246914,0.975309:2,35:1,43:0:0:2,35:0,44:0:0 chr19 52220351 . G A 285.32 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00173361;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.696;QD=12.5415;RBI=0.0138527;REFB=-0.0166087;REVB=0.0137438;RO=58;SAF=22;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154461;STB=0.589092;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0293757;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:11:22:31:27:11:22:31:27 chr19 52223121 . A G 1208.88 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.417;QD=61.209;RBI=0.038826;REFB=0;REVB=0.0371441;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25079e-05;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:24:54:0:0:25:54:0:0 chr19 52223180 . A G 1611.0 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339734;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.727;QD=60.2244;RBI=0.0374075;REFB=0;REVB=0.0156567;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.40167e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:107:0:0:107:107:1:57:50:0:0:57:50:0:0 chr19 52249211 . T G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.827;QD=60.0302;RBI=0.0289781;REFB=0;REVB=0.0265881;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54992e-05;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr19 52249702 . G T 138.47 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00213581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.839;QD=39.5614;RBI=0.00223623;REFB=-0.19243;REVB=0.000662576;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00194942;OID=.;OPOS=52249702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:0:1:13:13:0.928571:3:10:0:0:3:10:0:1 chr19 52249947 . C G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4627;QD=62.6675;RBI=0.0212337;REFB=0;REVB=0.00812976;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153836;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 52249959 . G T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00856318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.964;QD=14.0469;RBI=0.00857964;REFB=-0.0202094;REVB=0.000531187;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549201;STB=0.53188;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0265083;OID=.;OPOS=52249959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:13:16:9:9:13:16 chr19 52250216 . A G 2096.51 PASS AF=0.992647;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.418;QD=61.6619;RBI=0.0314683;REFB=-0.0417754;REVB=0.00846942;RO=0;SAF=71;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000218982;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:136:0:1:134:135:0.992647:63:71:0:0:63:72:0:1 chr19 52328133 . G A 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0145038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.152;QD=18.6365;RBI=0.0316314;REFB=-0.00724252;REVB=-0.0281102;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698884;STB=0.539948;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.017314;OID=.;OPOS=52328133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:5:11:12:4:5:11 chr19 52328213 . C A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00730665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.749;QD=6.10488;RBI=0.00827702;REFB=0.00239429;REVB=-0.00388869;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325237;STB=0.624688;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00510223;OID=.;OPOS=52328213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:21:26:6:8:0.235294:4:2:13:8:5:3:14:12 chr19 52328510 . T C 405.43 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0219593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.992;QD=25.3394;RBI=0.0333258;REFB=-0.0375944;REVB=0.0250679;RO=25;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828433;STB=0.545431;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0193037;OID=.;OPOS=52328510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:39:39:0.609375:26:13:11:14:26:13:11:14 chr19 52328616 . T C 368.92 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0174798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.344;QD=27.3277;RBI=0.0177256;REFB=-0.00755898;REVB=0.00294144;RO=18;SAF=10;SAR=25;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151141;STB=0.575712;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00347221;OID=.;OPOS=52328616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:19:35:35:0.648148:25:10:9:9:25:10:9:10 chr19 52376507 . T C 295.77 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0238801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.748;QD=20.3981;RBI=0.0257828;REFB=-0.0018131;REVB=-0.00972075;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.584664;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00149771;OID=.;OPOS=52376507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:27:31:31:0.534483:15:16:9:15:15:16:9:18 chr19 52376952 . T A 165.6 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00537023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9065;QD=14.3999;RBI=0.0887584;REFB=-0.00855634;REVB=-0.0885958;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169044;STB=0.509793;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0132058;OID=.;OPOS=52376952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:12:16:10:8:12:16 chr19 52383556 . C A 208.98 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0450094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.272;QD=9.49926;RBI=0.0463368;REFB=-0.0188944;REVB=-0.0110114;RO=61;SAF=18;SAR=9;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116814;STB=0.569053;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0268598;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:61:61:27:27:0.306818:9:18:35:26:9:18:35:26 chr19 52383569 . A C 253.54 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00689193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.223;QD=10.6753;RBI=0.018786;REFB=-0.00631908;REVB=-0.0174761;RO=64;SAF=21;SAR=10;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123999;STB=0.572538;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.013009;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:10:21:37:27:10:21:37:27 chr19 52383649 . T C 278.42 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0100512;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.056;QD=15.9096;RBI=0.024585;REFB=-0.0211075;REVB=-0.0224364;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996901;STB=0.512457;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0333105;OID=.;OPOS=52383649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:39:31:31:0.442857:15:16:20:18:15:16:21:18 chr19 52393984 . C T 596.64 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00794488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.483;QD=25.3889;RBI=0.0103671;REFB=-0.0285155;REVB=-0.00666005;RO=40;SAF=40;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641471;STB=0.53517;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0164585;OID=.;OPOS=52393984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:14:40:27:13:14:40:27:13 chr19 52496149 . C T 374.24 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0379348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.696;QD=18.0354;RBI=0.0511871;REFB=0.00409028;REVB=-0.0343667;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084344;STB=0.53932;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00666887;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:17:22:28:15:17:22:28:16 chr19 52497250 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0299203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5412;QD=16.4169;RBI=0.123054;REFB=0.0118532;REVB=-0.119362;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555473;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0193251;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:4:10:10:6:4:10:10:6 chr19 52497717 . A C 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0182643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.906;QD=18.8817;RBI=0.0184027;REFB=0.00462155;REVB=-0.00225246;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00442572;OID=.;OPOS=52497717;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr19 52497943 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0235519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.822;QD=19.9928;RBI=0.0235924;REFB=-0.0140235;REVB=-0.00138218;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817596;STB=0.546298;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0182521;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:6:16:15:8:6:16:15:8 chr19 52506985 . T C 688.78 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.698;QD=62.6167;RBI=0.0672242;REFB=0;REVB=0.0210943;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182207;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr19 52519608 . C T 414.52 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0396852;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.55;QD=21.2576;RBI=0.0408118;REFB=-0.0287057;REVB=0.00952284;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891819;STB=0.549289;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0339834;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:21:16:22:19:21:16 chr19 52520607 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.444;QD=51.9167;RBI=0.00723359;REFB=0;REVB=-0.0070312;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06295e-05;OID=.;OPOS=52520607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 52521296 . G A 1495.04 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216184;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.727;QD=63.6188;RBI=0.0402866;REFB=0;REVB=0.0339949;RO=0;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.12276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37892e-05;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:34:60:0:0:34:60:0:0 chr19 52537576 . T G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.78;QD=63.2853;RBI=0.0416129;REFB=0;REVB=-0.00295203;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49258e-05;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 52619065 . T C 193.07 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00659386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.359;QD=11.5265;RBI=0.0273929;REFB=-0.00822145;REVB=0.0265874;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181098;STB=0.581883;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0105723;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:42:24:25:0.373134:14:10:25:18:14:11:24:18 chr19 52658510 . T C 280.57 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00237836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1796;QD=35.0717;RBI=0.0330163;REFB=-0.0417194;REVB=0.0329305;RO=8;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174062;STB=0.595158;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0154819;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:9:15:2:6:9:15:2:6 chr19 52659991 . A G 268.99 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0300948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4217;QD=16.5534;RBI=0.0302555;REFB=-0.0173863;REVB=-0.00311395;RO=35;SAF=20;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984594;STB=0.555518;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0136278;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:10:20:20:15:10:20:20:15 chr19 52660279 . C T 280.91 PASS AF=0.410256;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=0.00453145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0726;QD=14.4055;RBI=0.0118955;REFB=-0.00108243;REVB=-0.0109986;RO=45;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159544;STB=0.563737;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00105974;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:45:46:30:32:0.410256:13:17:32:13:13:19:32:14 chr19 52729030 . C T 347.54 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0024626;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.05;QD=19.5797;RBI=0.00257538;REFB=0.00723032;REVB=0.000753793;RO=35;SAF=20;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260662;STB=0.506326;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00461843;OID=.;OPOS=52729030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:35:35:35:36:0.507042:15:20:19:16:16:20:19:16 chr19 52762384 . C A 173.86 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0180701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8808;QD=19.3177;RBI=0.118817;REFB=-0.00176173;REVB=-0.117435;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307321;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:8:10:10:8:8:10 chr19 52803669 . CTG C 1165.12 PASS AF=1;AO=73;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132863;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.37;QD=60.5256;RBI=0.0545678;REFB=0;REVB=0.0529256;RO=0;SAF=55;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.29453e-05;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:79:77:77:0:58:19:0:0:6:0:55:18:0:0 chr19 52825235 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.92;QD=46.846;RBI=0.043321;REFB=0;REVB=-0.0102632;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525378;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 52869022 . G T 373.59 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0383452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7907;QD=23.3496;RBI=0.0660827;REFB=-0.00871416;REVB=-0.0538198;RO=26;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505666;STB=0.52181;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00617257;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:12:25:16:10:12:25:17:10 chr19 52869278 . G C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0160241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.423;QD=23.2632;RBI=0.0160442;REFB=0.00131802;REVB=-0.00080241;RO=19;SAF=18;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108349;STB=0.56085;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00132958;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:5:18:13:6:5:18:13:6 chr19 52869534 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0110391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.24;QD=9.49165;RBI=0.0143502;REFB=-0.00813689;REVB=-0.00916878;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187906;STB=0.615122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0119198;OID=.;OPOS=52869534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:9:9:6:3:9:9 chr19 52869648 . G A 86.33 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0169217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.22;QD=12.3323;RBI=0.0979553;REFB=0.00508766;REVB=-0.0964826;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0411235;OID=.;OPOS=52869648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:6:11:7:4:6:11 chr19 52869786 . G A 149.96 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00621053;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.007;QD=18.1763;RBI=0.00918704;REFB=0.00783436;REVB=-0.00676986;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300156;STB=0.688275;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00468962;OID=.;OPOS=52869786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:4:12:7:9:4:12:7:10 chr19 52869997 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0162996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.167;QD=10.8236;RBI=0.0166073;REFB=0.0109216;REVB=0.00318179;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16234;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0148423;OID=.;OPOS=52869997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:10:13:5:7:10:13 chr19 52887246 . T TCAA 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.027894;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=305.312;QD=14.6506;RBI=0.0279506;REFB=-0.0192184;REVB=0.00177844;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177777;STB=0.601189;STBP=0.234;TYPE=ins;VARB=0.0150303;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:23:54:23:54:31:10:13:19:12:99:31:10:13:19:12 chr19 52887427 . A C 164.1 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00262588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.382;QD=12.8708;RBI=0.00580651;REFB=-0.0152427;REVB=0.00517883;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431709;STB=0.525137;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0346872;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:19:13:7:12:19:13 chr19 52887437 . A C 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0512634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.445;QD=14.8506;RBI=0.0965638;REFB=0.0207002;REVB=0.081833;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121702;STB=0.507035;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0296538;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:7:12:18:11:7:12:18:11 chr19 52887600 . CACG C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00602683;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.483;QD=26.6016;RBI=0.024396;REFB=-0.0160583;REVB=0.0236399;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=0.0042861;OID=.;OPOS=52887601;OREF=ACG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:8:10:8:10:2:3:5:0:2:10:2:3:5:0:2 chr19 52887904 . T C 123.83 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0235563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0325;QD=17.0805;RBI=0.0604439;REFB=-0.044899;REVB=0.0556648;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129571;STB=0.559499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0453881;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:5:9:7:7:5:9:8:7 chr19 52888042 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0168902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.514;QD=5.95779;RBI=0.0215804;REFB=-0.0183393;REVB=-0.0134327;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690318;STB=0.5453;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0417603;OID=.;OPOS=52888042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:7:11:4:2:7:11 chr19 52888049 . CA AG 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0352351;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.176;QD=6.26147;RBI=0.0363842;REFB=-0.012816;REVB=0.00907169;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116335;STB=0.574264;STBP=0.723;TYPE=mnp;VARB=0.0378693;OID=.;OPOS=52888049;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:4:3:7:14:4:3:7:14 chr19 52917588 . ACG ACA,CAA 718.26 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=27,3;DP=49;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427299,-0.0282291;FXX=0.040808;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=51.6468,26.0845;QD=61.1282;RBI=0.00675628,0.0282342;REFB=0,0;REVB=0.00523344,-0.000534566;RO=0;SAF=20,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.41836e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000284367,0.0178234;OID=.,.;OPOS=52917590,52917588;OREF=G,ACG;OALT=A,CAA;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:49:47:0:0:27,3:44,3:0.93617,0.0638298:7,3:20,0:0:0:24,3:20,0:0:0 chr19 52919972 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0401501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.289;QD=18.7669;RBI=0.0416866;REFB=0.0153415;REVB=-0.0112135;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.713466;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0157245;OID=.;OPOS=52919972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:2:1:5:1:2:1 chr19 52934751 . A G 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0273492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.087;QD=10.8668;RBI=0.0278974;REFB=-0.0273188;REVB=-0.00550331;RO=60;SAF=13;SAR=17;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133381;STB=0.577496;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0474178;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:17:13:33:27:17:13:33:27 chr19 52934778 . G C 225.09 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0227608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.264;QD=10.8476;RBI=0.0252057;REFB=-0.0326958;REVB=0.0108293;RO=52;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401337;STB=0.517675;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0536543;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:55:28:28:0.337349:15:13:26:26:15:13:27:28 chr19 52937100 . G T 694.22 PASS AF=0.613208;AO=65;DP=106;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0384028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3752;QD=26.1968;RBI=0.055753;REFB=0.0395143;REVB=-0.0404181;RO=41;SAF=37;SAR=28;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836987;STB=0.545386;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0305457;OID=.;OPOS=52937100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:41:41:65:65:0.613208:28:37:28:13:28:37:28:13 chr19 52938361 . C A 629.39 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0462385;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2523;QD=20.6356;RBI=0.0712292;REFB=0.00823013;REVB=-0.0541812;RO=58;SAF=37;SAR=26;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000983648;STB=0.502954;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00850467;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:59:63:63:0.516393:26:37:34:24:26:37:35:24 chr19 52938417 . A G 385.26 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.012789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7484;QD=15.4105;RBI=0.0156942;REFB=-0.0199461;REVB=0.00909673;RO=52;SAF=11;SAR=30;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306556;STB=0.690441;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0418702;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:59:41:41:0.41:30:11:29:23:30:11:34:25 chr19 52938459 . A G 410.49 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00251861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7388;QD=21.0508;RBI=0.0292488;REFB=-0.0557834;REVB=-0.0291402;RO=37;SAF=12;SAR=29;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18298;STB=0.601608;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0511416;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:29:12:18:19:29:12:18:19 chr19 52941171 . T C 254.19 PASS AF=0.384615;AO=27;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0658275;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=47.5758;QD=13.0353;RBI=0.0813662;REFB=0.0166569;REVB=0.0478247;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00327958;STB=0.515587;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0272186;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:48:27:30:0.384615:13:14:17:16:13:17:26:22 chr19 52941540 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00295036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.336;QD=13.4417;RBI=0.0210568;REFB=-0.00593341;REVB=0.020849;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299057;STB=0.670322;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0091696;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:12:1:3:7:12:1 chr19 52941618 . A C 47.66 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0298138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5477;QD=11.9148;RBI=0.0298154;REFB=-0.0147421;REVB=0.000317547;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.633826;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.015808;OID=.;OPOS=52941618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:8:1:2:5:8:1 chr19 52941847 . A T 251.91 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0229089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.063;QD=27.233;RBI=0.0379856;REFB=-0.00777317;REVB=0.0303;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211959;STB=0.604562;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0151805;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:22:23:0.621622:13:9:10:4:13:10:10:4 chr19 52942445 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0131599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.878;QD=10.3903;RBI=0.0431319;REFB=-0.0162747;REVB=-0.0410752;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.02109;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:5:2:4:6:5:2:4:7 chr19 52954507 . T C 1274.74 PASS AF=0.565421;AO=119;DP=213;FAO=121;FDP=214;FR=.;FRO=93;FSAF=72;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0104013;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.736;QD=23.827;RBI=0.0199808;REFB=-0.0283267;REVB=-0.01706;RO=94;SAF=71;SAR=48;SRF=45;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972392;STB=0.553837;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0232969;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:94:93:119:121:0.565421:48:71:45:49:49:72:44:49 chr19 53014346 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0178896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.809;QD=15.1651;RBI=0.0247033;REFB=-0.0155799;REVB=-0.0170356;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140104;STB=0.573422;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0404105;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:2:13:15:4:2:13:16:4 chr19 53015384 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0312682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.418;QD=16.728;RBI=0.0590157;REFB=-0.0300349;REVB=0.0500516;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181939;STB=0.604112;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0362465;OID=.;OPOS=53015384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:12:7:9:7:12:7 chr19 53059235 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.138;QD=33.4285;RBI=0.0636553;REFB=0;REVB=0.0209106;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741452;OID=.;OPOS=53059235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 53116643 . T C 198.43 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0665803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.747;QD=19.3585;RBI=0.0683324;REFB=-0.0202462;REVB=-0.0153743;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196241;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0183716;OID=.;OPOS=53116643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:9:12:11:9:9:12 chr19 53117531 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.351;QD=62.98;RBI=0.0269839;REFB=0;REVB=0.0266469;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234816;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:8:37:0:0:8:37:0:0 chr19 53117809 . C A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5064;QD=57.1747;RBI=0.0197697;REFB=0;REVB=-0.00763584;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01279e-05;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr19 53122226 . A G 293.09 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0236484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.587;QD=16.5122;RBI=0.0236486;REFB=-0.0116445;REVB=-8.25555e-05;RO=37;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847486;STB=0.545589;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0114804;OID=.;OPOS=53122226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:38:32:33:0.464789:14:18:24:13:14:19:25:13 chr19 53122309 . A G 339.1 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.040413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4582;QD=20.5513;RBI=0.0653716;REFB=-0.0149444;REVB=0.0513832;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134872;STB=0.574591;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0184476;OID=.;OPOS=53122309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:11:20:17:18:11:20 chr19 53269614 . G A 185.35 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0115824;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.62;QD=10.156;RBI=0.0173952;REFB=-0.00971327;REVB=-0.0129784;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202591;STB=0.605448;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0253996;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:49:24:24:0.328767:9:15:21:26:9:15:23:26 chr19 53270384 . A G 199.96 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0217624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.236;QD=11.592;RBI=0.0223987;REFB=-0.0119399;REVB=-0.00530108;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153846;STB=0.595327;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0242126;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:43:44:25:25:0.362319:14:11:25:18:14:11:26:18 chr19 53303527 . A G 561.21 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005279;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.864;QD=60.6717;RBI=0.0403714;REFB=0;REVB=0.0400248;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.55032e-05;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr19 53303890 . C G 417.8 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5794;QD=53.9098;RBI=0.0301495;REFB=-0.0756835;REVB=0.024097;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00984718;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:1:0:14:16:1:0 chr19 53304468 . CAT C,CTC 277.93 PASS AF=0.36,0.08;AO=25,6;DP=76;FAO=27,6;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=20,5;FSAR=7,1;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0113761,-0.0286073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=164.005,69.3287;QD=14.8228;RBI=0.0138316,0.0361916;REFB=-0.0116457,-0.0133275;REVB=-0.00786762,-0.0221688;RO=42;SAF=18,5;SAR=7,1;SRF=23;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206265,0.364576;STB=0.633269,0.780227;STBP=0.092,0.198;TYPE=del,mnp;VARB=0.0270444,0.0374867;OID=.,.;OPOS=53304469,53304469;OREF=AT,AT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0.08:25,6:76:27,6:75:42:20,5:7,1:23:19:99:42:18,5:7,1:23:19 chr19 53304563 . T C 1162.88 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4648;QD=58.8801;RBI=0.0771347;REFB=-0.135486;REVB=0.0676659;RO=1;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185522;STB=0.509432;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0023815;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:25:52:0:1:26:52:0:1 chr19 53344118 . C G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0154236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1328;QD=14.0969;RBI=0.0227177;REFB=0.0281167;REVB=0.0166796;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350135;STB=0.706183;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0347278;OID=.;OPOS=53344118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:8:10:3:10:8:10 chr19 53345255 . C G 343.96 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00220622;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.908;QD=13.6222;RBI=0.019953;REFB=-0.00553269;REVB=0.0198306;RO=61;SAF=23;SAR=17;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133814;STB=0.500759;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00682532;OID=.;OPOS=53345255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:61:40:40:0.39604:17:23:35:26:17:23:35:26 chr19 53345282 . CA TC 136.99 PASS AF=0.289474;AO=18;DP=77;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0490964;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=161.068;QD=7.21003;RBI=0.0519108;REFB=-0.0197639;REVB=0.0168604;RO=54;SAF=9;SAR=9;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136578;STB=0.547403;STBP=0.611;TYPE=mnp;VARB=0.0263497;OID=.;OPOS=53345282;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:54:54:18:22:0.289474:9:9:33:21:10:12:33:21 chr19 53345289 . A G 147.05 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.066565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.446;QD=7.73964;RBI=0.0665677;REFB=-0.003808;REVB=-0.000600359;RO=55;SAF=12;SAR=9;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127944;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00595726;OID=.;OPOS=53345289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:9:12:32:23:9:12:32:23 chr19 53345321 . T G 406.74 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0398458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.287;QD=30.6971;RBI=0.0824293;REFB=-0.0575899;REVB=0.0721589;RO=16;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621317;STB=0.533724;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0232571;OID=.;OPOS=53345321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:18:19:10:6:18:19:10:6 chr19 53384691 . CT C 91.36 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00651334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.6623;QD=7.45786;RBI=0.0777715;REFB=-0.0703022;REVB=0.0774983;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162642;STB=0.591314;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.11201;OID=.;OPOS=53384692;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489796:22:49:24:49:25:20:4:18:7:91:23:18:4:16:7 chr19 53453777 . C T 119.0 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00396755;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.528;QD=12.2046;RBI=0.0218262;REFB=-0.014557;REVB=0.0214626;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193688;STB=0.585661;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0232457;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:25:13:14:0.358974:8:5:6:20:9:5:6:19 chr19 53454475 . C CACT,T 723.45 PASS AF=0.903846,0.0961538;AO=47,5;DP=60;FAO=47,5;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29,4;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383045,-0.0221982;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=3,1;MLLD=239.809,105.83;QD=55.6501;RBI=0.0118396,0.0484978;REFB=0,0;REVB=0.0112029,-0.0431194;RO=8;SAF=29,4;SAR=18,1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.113572,-0.434068;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000585655,0.0128235;OID=.,.;OPOS=53454476,53454475;OREF=-,C;OALT=ACT,T;OMAPALT=CACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:60:52:8:0:47,5:47,5:0.903846,0.0961538:18,1:29,4:8:0:18,1:29,4:0:0 chr19 53454543 . G A 277.38 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.009755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=18.4922;RBI=0.0425554;REFB=-0.013146;REVB=0.0414222;RO=30;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203079;STB=0.614132;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0114048;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:8:22:16:14:8:22:16:14 chr19 53454789 . A T 397.77 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0261201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8011;QD=18.0803;RBI=0.0487169;REFB=-0.0117168;REVB=-0.0411227;RO=47;SAF=21;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062463;STB=0.534867;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0100978;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:20:21:21:26:20:21:21:26 chr19 53576589 . C G 1384.25 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196918;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.522;QD=62.9203;RBI=0.0402994;REFB=0;REVB=0.0351607;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.7626e-05;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:50:38:0:0 chr19 53577419 . G C 1034.04 PASS AF=0.960526;AO=71;DP=78;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.142614;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0853;QD=54.423;RBI=0.153018;REFB=-0.00701202;REVB=-0.0554588;RO=4;SAF=30;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589775;STB=0.522382;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00168033;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:78:76:4:3:71:73:0.960526:41:30:4:0:41:32:3:0 chr19 53612311 . T C 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.00274661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.439;QD=18.4895;RBI=0.0252188;REFB=-0.0274695;REVB=0.0250688;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519924;STB=0.529386;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0175828;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:6:16:20:6:6:16:20:6 chr19 53612745 . T C 136.45 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0476012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.538;QD=13.3126;RBI=0.0476441;REFB=0.00107021;REVB=0.00202261;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285454;STB=0.613354;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.000975084;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:14:16:0.390244:4:10:11:13:6:10:11:14 chr19 53612757 . T G 163.51 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00387489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4976;QD=12.8245;RBI=0.00464611;REFB=-0.0171372;REVB=0.00256352;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152096;STB=0.588385;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0299196;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:14:18:8:11:14:18 chr19 53645291 . T C 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0116651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3348;QD=58.3765;RBI=0.0258129;REFB=-0.0707015;REVB=0.0230267;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531236;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0020008;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:0:2:45:45:0.957447:15:30:0:0:15:30:0:2 chr19 53667804 . C T 496.23 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0228806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7947;QD=20.894;RBI=0.0488738;REFB=0.0139878;REVB=-0.0431871;RO=47;SAF=25;SAR=23;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673477;STB=0.537226;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0136263;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:23:25:28:19:23:25:28:19 chr19 53667913 . A G 437.66 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.000428322;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.537;QD=18.2359;RBI=0.00466644;REFB=-0.0137709;REVB=-0.00464674;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719086;STB=0.535088;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0156486;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:96:47:52:44:44:0.458333:20:24:22:25:20:24:25:27 chr19 53667940 . A G 412.78 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00188874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.692;QD=18.7627;RBI=0.00420128;REFB=-0.00599457;REVB=0.00375278;RO=44;SAF=20;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428096;STB=0.512453;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0076105;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:46:42:42:0.477273:22:20:23:21:22:20:23:23 chr19 53669273 . T C 118.78 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00760296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.753;QD=13.198;RBI=0.0161624;REFB=-0.00334601;REVB=0.0142625;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452203;STB=0.766002;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00362136;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:14:8:11:3:14:8 chr19 53669492 . A G 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=0.0213272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.107;QD=14.4116;RBI=0.0231371;REFB=0.000404602;REVB=-0.00897073;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299294;STB=0.669244;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000458107;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:24:4:7:11:24:4 chr19 53770074 . G C 211.43 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00262072;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.224;QD=18.7935;RBI=0.00329313;REFB=-0.0105638;REVB=0.00199413;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.5127;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0107738;OID=.;OPOS=53770074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:12:12:11:10:12:12 chr19 53770261 . T C 33.83 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0019102;FXX=0.059988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.435;QD=2.87925;RBI=0.0129497;REFB=-0.00692533;REVB=-0.012808;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913513;STB=0.566458;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0217637;OID=.;OPOS=53770261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:11:30:4:2:11:30 chr19 53784899 . C T 603.19 PASS AF=0.5;AO=61;DP=123;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00632092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.131;QD=19.4579;RBI=0.00820939;REFB=-0.0283356;REVB=0.00523831;RO=61;SAF=32;SAR=29;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148688;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289493;OID=.;OPOS=53784899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:61:62:61:62:0.5:29:32:31:30:30:32:32:30 chr19 53787375 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0243967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.424;QD=18.4831;RBI=0.0418256;REFB=-0.00358203;REVB=0.0339732;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138833;STB=0.578864;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00414294;OID=.;OPOS=53787375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:12:9:11:8:12:9 chr19 53793042 . G A 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0593614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.255;QD=29.9648;RBI=0.0593671;REFB=0.00412496;REVB=0.000820964;RO=13;SAF=20;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267434;STB=0.648517;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0049576;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:5:20:6:7:5:20:6:7 chr19 53793574 . A G 413.01 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0278903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.11;QD=24.2946;RBI=0.0310799;REFB=0.00954622;REVB=-0.0137147;RO=28;SAF=20;SAR=20;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536192;STB=0.529397;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00778162;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:20:20:16:12:20:20:16:12 chr19 53793995 . C T 173.75 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00456425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.061;QD=12.8703;RBI=0.00934441;REFB=-0.015657;REVB=0.00815387;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390746;STB=0.521107;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0240532;OID=.;OPOS=53793995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:33:21:21:0.388889:14:7:9:21:14:7:10:23 chr19 53794167 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00310206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.862;QD=28.5241;RBI=0.0142214;REFB=-0.0200611;REVB=0.013879;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220378;STB=0.62248;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0177102;OID=.;OPOS=53794167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:6:9:1:5:6:9:1:5 chr19 53794579 . T A 265.87 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0242409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.183;QD=13.9933;RBI=0.0332764;REFB=-0.00722249;REVB=0.0227969;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221581;STB=0.62534;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0106926;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:15:30:14:17:15:30 chr19 53794858 . G A 374.48 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0290405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.122;QD=14.5428;RBI=0.029049;REFB=-0.0213246;REVB=0.000700227;RO=60;SAF=19;SAR=24;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162315;STB=0.591356;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0409756;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:43:43:0.417476:24:19:36:24:24:19:36:24 chr19 53854397 . G C 575.14 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.705;QD=60.5408;RBI=0.0313167;REFB=0;REVB=0.0283356;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93111e-05;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 53856365 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0630627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.322;QD=9.76016;RBI=0.0666721;REFB=-0.0174721;REVB=-0.0216396;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.646658;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.034317;OID=.;OPOS=53856365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:8:4:4:3:8:4 chr19 53875494 . A T 675.07 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.04808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5222;QD=56.2557;RBI=0.0958285;REFB=-0.151523;REVB=0.082894;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.534868;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0263885;OID=.;OPOS=53875494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:1:3:45:45:0.9375:20:25:0:1:20:25:0:3 chr19 53875523 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.974;QD=57.1062;RBI=0.0365472;REFB=0;REVB=1.7993e-05;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34564e-05;OID=.;OPOS=53875523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr19 53875569 . G A 756.1 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415302;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.482;QD=57.0645;RBI=0.0629365;REFB=0;REVB=0.047289;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263164;OID=.;OPOS=53875569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr19 53901309 . TTC T,TTG 648.3 PASS AF=0.466165,0.037594;AO=61,5;DP=133;FAO=62,5;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=34,1;FSAR=28,4;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.036045,-0.0325144;FXX=0.00746213;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=223.062,130.37;QD=19.4978;RBI=0.0361712,0.0338719;REFB=-0.0241144,-0.0171587;REVB=-0.00301902,0.00949311;RO=65;SAF=34,1;SAR=27,4;SRF=38;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0258142,-0.384929;STB=0.522221,0.836464;STBP=0.648,0.18;TYPE=del,snp;VARB=0.0216028,0.0578956;OID=.,.;OPOS=53901310,53901311;OREF=TC,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466165,0.037594:61,5:133:62,5:133:66:34,1:28,4:39:27:99:65:34,1:27,4:38:27 chr19 53911575 . G A 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0159134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.923;QD=10.4381;RBI=0.0252464;REFB=-0.00359629;REVB=0.0195996;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131621;STB=0.562406;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00769386;OID=.;OPOS=53911575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:7:6:9:17:7:6:10:17 chr19 53911973 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0412088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.004;QD=9.56893;RBI=0.0564324;REFB=-0.0364768;REVB=-0.0385544;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0537538;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:9:6:6:2:9:6 chr19 53912242 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0482469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.066;QD=13.4865;RBI=0.0519488;REFB=0.00229803;REVB=-0.019259;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0107632;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr19 53926318 . T A 230.81 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0130699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.499;QD=23.0808;RBI=0.0133473;REFB=-0.014446;REVB=-0.00270719;RO=18;SAF=18;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208238;STB=0.511617;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0147926;OID=.;OPOS=53926318;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:4:18:15:3:4:18:15:3 chr19 53926320 . T G 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.000540981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.028;QD=23.8203;RBI=0.0183737;REFB=-0.00413106;REVB=0.0183657;RO=17;SAF=18;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00705632;STB=0.503933;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00091836;OID=.;OPOS=53926320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:4:18:14:3:4:18:14:3 chr19 53990002 . G A 482.47 PASS AF=0.344828;AO=60;DP=174;FAO=60;FDP=174;FR=.;FRO=114;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=60;FWDB=-0.000618583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.102;QD=11.0913;RBI=0.00135883;REFB=-0.00885537;REVB=-0.00120987;RO=114;SAF=23;SAR=37;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106018;STB=0.560806;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0158637;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:114:114:60:60:0.344828:37:23:54:60:37:23:54:60 chr19 53993764 . A T 393.38 PASS AF=0.557143;AO=38;DP=69;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0132459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.626;QD=22.4789;RBI=0.0206282;REFB=-0.0136691;REVB=0.0158136;RO=31;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139062;STB=0.569724;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0113873;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:31:38:39:0.557143:20:18:20:11:20:19:20:11 chr19 53995004 . G A 68.92 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00889401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9052;QD=15.3154;RBI=0.0504582;REFB=-0.108475;REVB=-0.0496682;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33014;STB=0.713832;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0365468;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:8:9:9:9:0.5:6:3:6:2:6:3:7:2 chr19 54080144 . A G 190.41 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00784988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.906;QD=17.7126;RBI=0.00811863;REFB=-0.0150452;REVB=-0.0020716;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218988;STB=0.606792;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.01877;OID=.;OPOS=54080144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:11:8:15:8:11:9:15:8 chr19 54307322 . G A 371.83 PASS AF=0.421569;AO=41;DP=100;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.00622126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.22;QD=14.5814;RBI=0.0250792;REFB=-0.030081;REVB=0.0242953;RO=59;SAF=30;SAR=11;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185143;STB=0.595179;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0312293;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:59:59:41:43:0.421569:11:30:34:25:12:31:34:25 chr19 54308554 . C T 43.76 PASS AF=0.227273;AO=3;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0127042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.929;QD=7.95695;RBI=0.04932;REFB=-0.00316329;REVB=0.0476556;RO=15;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710857;STB=0.735039;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0463111;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:22:22:15:15:3:5:0.227273:3:0:11:4:3:2:11:4 chr19 54378475 . T G 142.82 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=18;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.047673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.948;QD=21.9724;RBI=0.0487036;REFB=-0.0735729;REVB=0.00996602;RO=10;SAF=0;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.753653;STB=0.531212;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.035567;OID=.;OPOS=54378475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:18:26:10:10:8:16:0.615385:8:0:3:7:10:6:3:7 chr19 54378477 . T G 106.05 PASS AF=0.565217;AO=6;DP=16;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0504493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.087;QD=18.4429;RBI=0.0506294;REFB=-0.0699799;REVB=0.00426616;RO=10;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715304;STB=0.571322;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0272521;OID=.;OPOS=54378477;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:16:23:10:10:6:13:0.565217:6:0:3:7:7:6:3:7 chr19 54378481 . T G 59.82 PASS AF=0.428571;AO=3;DP=15;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.04514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.45;QD=11.3947;RBI=0.0497;REFB=-0.0675119;REVB=-0.0207961;RO=12;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569201;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0300747;OID=.;OPOS=54378481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:15:21:12:12:3:9:0.428571:3:0:3:9:3:6:3:9 chr19 54378483 . T G 60.52 PASS AF=0.45;AO=3;DP=14;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0396879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.838;QD=12.1048;RBI=0.0478976;REFB=-0.0717904;REVB=-0.0268151;RO=11;SAF=0;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582558;STB=0.709231;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0329114;OID=.;OPOS=54378483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:14:20:11:11:3:9:0.45:3:0:3:8:3:6:3:8 chr19 54378627 . T A 3196.48 PASS AF=0.976959;AO=209;DP=217;FAO=212;FDP=217;FR=.;FRO=5;FSAF=161;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00972841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.829;QD=58.9214;RBI=0.0203976;REFB=-0.0891046;REVB=0.0179282;RO=3;SAF=161;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879309;STB=0.505;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.000293213;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:217:217:3:5:209:212:0.976959:48:161:3:0:51:161:3:2 chr19 54378789 . C G 4120.46 PASS AF=1;AO=247;DP=252;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557985;FXX=0.0618535;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8067;QD=60.373;RBI=0.0163667;REFB=-0.05358;REVB=-0.0153862;RO=2;SAF=127;SAR=120;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000217117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189475;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:252:273:2:0:247:273:1:120:127:1:1:126:147:0:0 chr19 54378790 . A G 102.36 PASS AF=0.101399;AO=22;DP=278;FAO=29;FDP=286;FR=.;FRO=257;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=128;FSRR=129;FWDB=0.00713642;FXX=0.0103803;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.009;QD=1.43164;RBI=0.0161888;REFB=-0.0543781;REVB=0.014531;RO=255;SAF=18;SAR=4;SRF=128;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370037;STB=0.642324;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.025016;OID=.;OPOS=54378790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:286:255:257:22:29:0.101399:4:18:128:127:10:19:128:129 chr19 54378795 . G A 46.02 PASS AF=0.104167;AO=13;DP=242;FAO=20;FDP=192;FR=.;FRO=172;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=117;FWDB=-0.00983632;FXX=0.252908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.359;QD=0.958682;RBI=0.0146505;REFB=-0.00315056;REVB=0.0108575;RO=188;SAF=1;SAR=12;SRF=114;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529094;STB=0.639412;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0727581;OID=.;OPOS=54378795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:242:192:188:172:13:20:0.104167:12:1:114:74:16:4:55:117 chr19 54378808 . A G 51.14 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=85;FWDB=-0.0839991;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=203.834;QD=1.64961;RBI=0.0848091;REFB=-0.00269657;REVB=-0.0116929;RO=107;SAF=1;SAR=12;SRF=26;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340034;STB=0.769056;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0102493;OID=.;OPOS=54378808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:124:124:107:111:13:13:0.104839:12:1:26:81:12:1:26:85 chr19 54379573 . C T 876.65 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0836082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7426;QD=54.7905;RBI=0.0896162;REFB=-0.191697;REVB=0.0322603;RO=1;SAF=41;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113779;STB=0.511901;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00964565;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:1:2:62:62:0.96875:21:41:1:0:21:41:2:0 chr19 54385820 . C T 4370.21 PASS AF=0.982517;AO=280;DP=285;FAO=281;FDP=286;FR=.;FRO=5;FSAF=161;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0124888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.071;QD=61.1218;RBI=0.0302427;REFB=-0.0215349;REVB=0.0275436;RO=3;SAF=161;SAR=119;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499323;STB=0.506649;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000106046;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:285:286:3:5:280:281:0.982517:119:161:1:2:120:161:1:4 chr19 54394965 . T C 718.8 PASS AF=0.579832;AO=67;DP=116;FAO=69;FDP=119;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00905473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.633;QD=24.1612;RBI=0.0167924;REFB=0.00321067;REVB=-0.0141421;RO=49;SAF=23;SAR=44;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878864;STB=0.541589;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00195369;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:49:50:67:69:0.579832:44:23:22:27:45:24:22:28 chr19 54600232 . A C 1033.33 PASS AF=0.553672;AO=98;DP=176;FAO=98;FDP=177;FR=.;FRO=79;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0111831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1836;QD=23.3521;RBI=0.062848;REFB=0.00242665;REVB=-0.061845;RO=76;SAF=55;SAR=43;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017668;STB=0.519045;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00445019;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:76:79:98:98:0.553672:43:55:41:35:43:55:41:38 chr19 54606209 . T G 54.0 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00651961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.49;QD=7.71378;RBI=0.0458661;REFB=-0.0116668;REVB=-0.0454004;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171661;STB=0.590679;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0300693;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:5:3:10:9:5:3:10:10 chr19 54649671 . T C 302.31 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.567;QD=52.5755;RBI=0.0572761;REFB=0;REVB=0.0117696;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105207;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:13:10:0:0 chr19 54674742 . C T 417.8 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0279468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.481;QD=22.584;RBI=0.0421453;REFB=-0.012753;REVB=-0.0315468;RO=33;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103459;STB=0.557028;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0108925;OID=.;OPOS=54674742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:25:16:17:16:25:16:17:16 chr19 54676763 . C T 644.33 PASS AF=0.451613;AO=70;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.00236442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.179;QD=16.6279;RBI=0.0039812;REFB=-0.010676;REVB=-0.00320305;RO=85;SAF=42;SAR=28;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240658;STB=0.63355;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00948271;OID=.;OPOS=54676763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:85:85:70:70:0.451613:28:42:30:55:28:42:30:55 chr19 54676814 . G GC 345.88 PASS AF=0.456522;AO=55;DP=144;FAO=63;FDP=138;FR=.;FRO=75;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=53;FWDB=-0.137088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6926;QD=10.0254;RBI=0.143842;REFB=-0.00300036;REVB=0.0435607;RO=86;SAF=34;SAR=21;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319699;STB=0.639768;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=-0.00117768;OID=.;OPOS=54676815;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:55:144:63:138:75:35:28:22:53:99:86:34:21:27:59 chr19 54677189 . C T 628.43 PASS AF=0.396648;AO=70;DP=188;FAO=71;FDP=179;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=69;FSRR=39;FWDB=0.0692947;FXX=0.0478698;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2813;QD=14.0432;RBI=0.0733552;REFB=-0.0373905;REVB=-0.0240673;RO=102;SAF=39;SAR=31;SRF=69;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130313;STB=0.555166;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0531924;OID=.;OPOS=54677189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:179:102:108:70:71:0.396648:31:39:69:33:32:39:69:39 chr19 54677759 . T C 1385.64 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082652;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.007;QD=62.9838;RBI=0.0519126;REFB=0;REVB=0.0512504;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95625e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:30:56:0:0:32:56:0:0 chr19 54697079 . C T 496.79 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0104717;FXX=0.00819605;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.479;QD=16.4227;RBI=0.0104885;REFB=-0.00616034;REVB=0.000593491;RO=66;SAF=28;SAR=26;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182623;STB=0.514385;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00802665;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:67:54:54:0.446281:26:28:33:33:26:28:33:34 chr19 54710426 . G A 606.45 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0120757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.789;QD=24.7528;RBI=0.0120772;REFB=-0.0133748;REVB=0.000192238;RO=43;SAF=20;SAR=35;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854297;STB=0.546858;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0135181;OID=.;OPOS=54710426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:35:20:20:23:35:20:20:23 chr19 54725019 . G A 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00316103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.288;QD=2.67187;RBI=0.0315006;REFB=-0.0060255;REVB=0.0313416;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966563;STB=0.571225;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0691247;OID=.;OPOS=54725019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:4:3:25:24:4:3:25:24 chr19 54725798 . G T 833.67 PASS AF=0.924242;AO=61;DP=66;FAO=61;FDP=66;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0547388;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.0076;QD=50.5254;RBI=0.109861;REFB=-0.123723;REVB=0.095253;RO=1;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269523;STB=0.564081;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0124493;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:66:66:1:5:61:61:0.924242:17:44:0:1:17:44:0:5 chr19 54725930 . C T 235.05 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=79;FSRR=16;FWDB=0.0138198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1715;QD=7.28835;RBI=0.065979;REFB=0.00197535;REVB=-0.0645154;RO=94;SAF=28;SAR=6;SRF=79;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369134;STB=0.510328;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00809559;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:95:34:34:0.263566:6:28:79:15:6:28:79:16 chr19 54725995 . G A 234.53 PASS AF=0.261538;AO=34;DP=130;FAO=34;FDP=130;FR=.;FRO=96;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=24;FWDB=-0.0334569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4382;QD=7.21645;RBI=0.0396649;REFB=-0.00858072;REVB=-0.0213058;RO=95;SAF=25;SAR=9;SRF=71;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193354;STB=0.514126;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0237178;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:95:96:34:34:0.261538:9:25:71:24:9:25:72:24 chr19 54726816 . A T 178.48 PASS AF=0.210145;AO=29;DP=130;FAO=29;FDP=138;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=49;FWDB=0.014077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.482;QD=5.17318;RBI=0.0450101;REFB=-0.014145;REVB=-0.0427521;RO=98;SAF=12;SAR=17;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233474;STB=0.60707;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0374228;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:138:98:109:29:29:0.210145:17:12:59:39:17:12:60:49 chr19 54726833 . T C 150.62 PASS AF=0.192593;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=135;FR=.;FRO=109;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.119365;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8203;QD=4.46268;RBI=0.123572;REFB=-0.0145736;REVB=-0.0319685;RO=107;SAF=12;SAR=14;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786102;STB=0.54945;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0563854;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:107:109:26:26:0.192593:14:12:56:51:14:12:57:52 chr19 54726839 . C T 173.11 PASS AF=0.21374;AO=28;DP=133;FAO=28;FDP=131;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0219666;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5084;QD=5.28575;RBI=0.0259231;REFB=-0.0266649;REVB=-0.013765;RO=100;SAF=11;SAR=17;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185384;STB=0.603421;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0258587;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:131:100:103:28:28:0.21374:17:11:54:46:17:11:54:49 chr19 54726843 . C G 166.38 PASS AF=0.20438;AO=25;DP=134;FAO=28;FDP=137;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=-0.0369214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.125;QD=4.85766;RBI=0.0406955;REFB=-0.012826;REVB=-0.0171153;RO=101;SAF=11;SAR=14;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132317;STB=0.610541;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0366637;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:137:101:109:25:28:0.20438:14:11:55:46:17:11:58:51 chr19 54726861 . C T 126.99 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=126;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.0243068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.695;QD=4.03149;RBI=0.0246628;REFB=-0.00154054;REVB=-0.00417533;RO=97;SAF=9;SAR=14;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107029;STB=0.593386;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0180436;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:97:103:23:23:0.18254:14:9:46:51:14:9:52:51 chr19 54726872 . C G 83.46 PASS AF=0.152381;AO=14;DP=104;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0538757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.575;QD=3.17934;RBI=0.0605557;REFB=-0.0165799;REVB=-0.0276479;RO=89;SAF=6;SAR=8;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681178;STB=0.538873;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.104591;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:104:105:89:89:14:16:0.152381:8:6:43:46:9:7:43:46 chr19 54746081 . T C 98.81 PASS AF=0.134146;AO=22;DP=164;FAO=22;FDP=164;FR=.;FRO=142;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=65;FWDB=-0.0458914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.672;QD=2.41002;RBI=0.0459999;REFB=-0.00236013;REVB=0.00315768;RO=139;SAF=9;SAR=13;SRF=77;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181198;STB=0.614183;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0111611;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:164:164:139:142:22:22:0.134146:13:9:77:62:13:9:77:65 chr19 54754752 . T C 238.04 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0129849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.456;QD=11.6117;RBI=0.01426;REFB=-0.0194438;REVB=-0.00589401;RO=53;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894566;STB=0.551688;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0302026;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:13:16:25:28:13:16:25:28 chr19 54754946 . G A 61.5 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0486487;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1676;QD=7.02907;RBI=0.080425;REFB=0.0086786;REVB=0.0640428;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284209;STB=0.678851;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0162493;OID=.;OPOS=54754946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:15:11:6:3:15:11 chr19 54754990 . C G 33.25 PASS AF=0.129032;AO=4;DP=31;FAO=4;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0085044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.669;QD=4.29075;RBI=0.0302722;REFB=0.0224347;REVB=-0.0290531;RO=16;SAF=2;SAR=2;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296292;STB=0.535537;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.197423;OID=.;OPOS=54754990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:31:31:16:24:4:4:0.129032:2:2:4:12:2:2:11:13 chr19 54767879 . T C 384.88 PASS AF=0.297143;AO=52;DP=176;FAO=52;FDP=175;FR=.;FRO=123;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.00174492;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.423;QD=8.79729;RBI=0.0328933;REFB=-0.00399058;REVB=0.0328469;RO=122;SAF=29;SAR=23;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498977;STB=0.526445;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00875811;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:122:123:52:52:0.297143:23:29:63:59:23:29:64:59 chr19 54781466 . C G 174.8 PASS AF=0.375;AO=16;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0140441;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5269;QD=12.486;RBI=0.020897;REFB=-0.0195983;REVB=-0.0154742;RO=19;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347191;STB=0.697414;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0408863;OID=.;OPOS=54781466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:19:33:16:21:0.375:13:3:4:15:17:4:15:18 chr19 54782407 . C T 281.68 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00821464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.546;QD=17.0717;RBI=0.0187245;REFB=-0.0180673;REVB=-0.0168264;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27136;STB=0.645068;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0168326;OID=.;OPOS=54782407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:35:30:31:0.469697:10:20:13:21:11:20:13:22 chr19 54782704 . G C 60.4 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0156334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.365;QD=4.23839;RBI=0.0156485;REFB=-0.0104782;REVB=0.000688856;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219998;STB=0.514677;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0141814;OID=.;OPOS=54782704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:29:18:4:6:29:18 chr19 54782710 . A G 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0213041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.736;QD=3.84124;RBI=0.0323279;REFB=-0.00547448;REVB=-0.0243152;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324424;STB=0.517448;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0160825;OID=.;OPOS=54782710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:48:50:10:10:0.166667:4:6:30:18:4:6:31:19 chr19 54782724 . G A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0366078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1022;QD=3.84115;RBI=0.0379035;REFB=0.00796211;REVB=-0.00982552;RO=50;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258987;STB=0.517448;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.0158487;OID=.;OPOS=54782724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:4:6:31:19:4:6:31:19 chr19 54782919 . C T 484.81 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.0229738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7145;QD=21.0786;RBI=0.0253364;REFB=-0.0175588;REVB=0.0106834;RO=43;SAF=33;SAR=14;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514058;STB=0.520383;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00901861;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:45:47:47:0.51087:14:33:28:15:14:33:30:15 chr19 54783375 . T A 2996.36 PASS AF=0.980392;AO=198;DP=205;FAO=200;FDP=204;FR=.;FRO=4;FSAF=126;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0929356;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.317;QD=58.7521;RBI=0.0930214;REFB=-0.0124645;REVB=0.00399526;RO=4;SAF=124;SAR=74;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150879;STB=0.507957;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000341472;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:205:204:4:4:198:200:0.980392:74:124:1:3:74:126:1:3 chr19 54783923 . A G 481.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0326;QD=58.4182;RBI=0.0479118;REFB=0;REVB=-0.0436875;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120685;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr19 54784130 . T C 270.87 PASS AF=0.378049;AO=20;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0682316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5415;QD=13.2133;RBI=0.068383;REFB=-0.0305233;REVB=-0.00454764;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439572;STB=0.68681;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0343225;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:33:51:20:31:0.378049:14:6:24:9:24:7:25:26 chr19 54786022 . G C 144.98 PASS AF=0.6;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0147926;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.904;QD=23.1967;RBI=0.0351536;REFB=-0.0262398;REVB=0.0318897;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269184;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0120279;OID=.;OPOS=54786022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:10:10:15:15:0.6:5:10:7:3:5:10:7:3 chr19 54848684 . G A 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00872625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.503;QD=7.01132;RBI=0.024311;REFB=-0.00453593;REVB=0.0226909;RO=39;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24654;STB=0.639797;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0108244;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:39:40:13:13:0.245283:6:7:13:26:6:7:14:26 chr19 54849942 . G A 46.65 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0370237;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.728;QD=8.48255;RBI=0.042792;REFB=-0.0115856;REVB=-0.0214569;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0274207;OID=.;OPOS=54849942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:7:8:3:4:7:8 chr19 54867572 . C T 385.82 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0069896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.451;QD=15.5887;RBI=0.00893006;REFB=-0.026593;REVB=-0.00555801;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257853;STB=0.519116;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0436901;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:19:22:32:25:19:22:33:25 chr19 54871664 . G C 323.73 PASS AF=0.385417;AO=36;DP=95;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=17;FWDB=0.0235929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6375;QD=13.4889;RBI=0.0441765;REFB=-0.00566969;REVB=-0.0373489;RO=59;SAF=24;SAR=12;SRF=42;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056648;STB=0.543703;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00584011;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:59:59:36:37:0.385417:12:24:42:17:13:24:42:17 chr19 54881850 . G T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0154975;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.955;QD=3.80267;RBI=0.0221771;REFB=-0.00461281;REVB=-0.0158635;RO=47;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105158;STB=0.571276;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.022811;OID=.;OPOS=54881850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:4:5:30:17:4:5:30:17 chr19 54930472 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0458619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.222;QD=23.3999;RBI=0.0482235;REFB=0.0387001;REVB=0.014906;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00196267;OID=.;OPOS=54930472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr19 54962579 . C T 516.42 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.014121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5375;QD=19.1268;RBI=0.0143383;REFB=-0.0114207;REVB=-0.00248672;RO=54;SAF=33;SAR=21;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248464;STB=0.637145;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0136186;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:21:33:18:36:21:33:18:36 chr19 54965860 . G A 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0236286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.335;QD=19.155;RBI=0.0247429;REFB=-0.00945164;REVB=-0.00734179;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191448;STB=0.501084;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.011212;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:12:11:10:11:12:11 chr19 54966579 . C G 593.55 PASS AF=0.491935;AO=61;DP=124;FAO=61;FDP=124;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0563617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5927;QD=19.1467;RBI=0.0695047;REFB=0.0124245;REVB=-0.0406727;RO=61;SAF=33;SAR=28;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742283;STB=0.532952;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0199953;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:61:63:61:61:0.491935:28:33:28:33:28:33:30:33 chr19 54973280 . C G 1999.43 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.033;QD=61.9979;RBI=0.021768;REFB=0;REVB=-0.00337169;RO=0;SAF=70;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.06581e-05;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:129:0:0:122:129:1:52:70:0:0:54:75:0:0 chr19 54973605 . CCG C,CGG 68.6 PASS AF=0.357143,0;AO=4,5;DP=34;FAO=10,0;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.119447,-0.207382;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=28.1485,21.9017;QD=9.80046;RBI=0.275077,0.252919;REFB=-0.0474009,0.021405;REVB=0.247789,0.144779;RO=21;SAF=1,5;SAR=3,0;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.342857,0;SSSB=-0.0515276,0.751467;STB=0.642595,0.5;STBP=0.318,1;TYPE=del,snp;VARB=0.11291,0;OID=.,.;OPOS=54973606,54973606;OREF=CG,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0:4,5:34:10,0:28:18:5,0:5,0:5:13:68:21:1,5:3,0:6:15 chr19 54973988 . GCCT G 137.32 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0138576;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=3;MLLD=230.108;QD=7.73611;RBI=0.0440066;REFB=-0.0377644;REVB=-0.0417678;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.146929;STB=0.543567;STBP=0.591;TYPE=del;VARB=0.0607009;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352113:25:72:25:71:46:13:12:27:19:99:38:13:12:25:13 chr19 55009497 . A C 76.07 PASS AF=0.22;AO=7;DP=48;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00255426;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.215;QD=6.08578;RBI=0.0155119;REFB=-0.0149269;REVB=0.0153001;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220946;STB=0.65852;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0450655;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:48:50:39:39:7:11:0.22:2:5:21:18:3:8:21:18 chr19 55019402 . A G 766.45 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9416;QD=63.8711;RBI=0.0847886;REFB=0;REVB=0.0204331;RO=0;SAF=42;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367563;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:5:42:0:0:6:42:0:0 chr19 55045042 . G A 1774.46 PASS AF=0.868421;AO=129;DP=151;FAO=132;FDP=152;FR=.;FRO=20;FSAF=81;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0563529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.886;QD=46.6962;RBI=0.056911;REFB=-0.0535815;REVB=0.00795079;RO=0;SAF=78;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28766e-08;STB=0.50189;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00129427;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:151:152:0:20:129:132:0.868421:51:78:0:0:51:81:12:8 chr19 55048270 . C T 298.85 PASS AF=0.4;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00352288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5903;QD=14.0634;RBI=0.0125964;REFB=-0.0116628;REVB=0.0120937;RO=48;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248947;STB=0.655715;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00940694;OID=.;OPOS=55048270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:48:51:33:34:0.4:14:19:16:32:13:21:18:33 chr19 55086775 . C T 1417.73 PASS AF=0.96875;AO=76;DP=97;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0113661;FXX=0.0303;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.134;QD=59.0719;RBI=0.0148723;REFB=-0.0798342;REVB=0.00959148;RO=0;SAF=19;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512394;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000182887;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:96:0:3:76:93:0.96875:57:19:0:0:59:34:0:3 chr19 55142101 . G A 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0405797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9531;QD=16.5607;RBI=0.0405862;REFB=-0.00815007;REVB=0.000727863;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173283;STB=0.501278;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00707292;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:13:14:15:15:13:14:16:15 chr19 55142739 . A C 374.97 PASS AF=0.606557;AO=34;DP=57;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0288722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.101;QD=24.5879;RBI=0.0292176;REFB=-0.0177469;REVB=0.0044793;RO=22;SAF=24;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581827;STB=0.516727;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0115598;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:22:24:34:37:0.606557:10:24:14:8:11:26:16:8 chr19 55143083 . T C 1462.57 PASS AF=0.550781;AO=138;DP=253;FAO=141;FDP=256;FR=.;FRO=115;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=0.0190107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.481;QD=22.8527;RBI=0.0194384;REFB=-0.014211;REVB=-0.00405502;RO=114;SAF=76;SAR=62;SRF=51;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859383;STB=0.548696;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0123554;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:256:114:115:138:141:0.550781:62:76:51:63:62:79:52:63 chr19 55143156 . TG CA 1330.7 PASS AF=0.53617;AO=126;DP=239;FAO=126;FDP=235;FR=.;FRO=109;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0280809;FXX=0.0167357;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.891;QD=22.6502;RBI=0.0301147;REFB=-0.0202878;REVB=0.010879;RO=108;SAF=68;SAR=58;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727503;STB=0.537562;STBP=0.218;TYPE=mnp;VARB=0.0151571;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:235:108:109:126:126:0.53617:58:68:49:59:58:68:50:59 chr19 55143452 . T C 497.59 PASS AF=0.386207;AO=54;DP=142;FAO=56;FDP=145;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=55;FWDB=-0.0138388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.991;QD=13.7265;RBI=0.0147755;REFB=-0.00860207;REVB=0.00517722;RO=88;SAF=16;SAR=38;SRF=33;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979918;STB=0.554482;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0134327;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:88:89:54:56:0.386207:38:16:33:55:39:17:34:55 chr19 55143491 . G T 748.38 PASS AF=0.413265;AO=81;DP=200;FAO=81;FDP=196;FR=.;FRO=115;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.037012;FXX=0.019999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.831;QD=15.2731;RBI=0.0392119;REFB=-0.0220038;REVB=0.0129493;RO=117;SAF=27;SAR=54;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593423;STB=0.54274;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0258477;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:117:115:81:81:0.413265:54:27:45:72:54:27:46:69 chr19 55144186 . C T 233.78 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.104664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.61;QD=12.8099;RBI=0.144417;REFB=-0.0243901;REVB=0.099508;RO=45;SAF=9;SAR=19;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257228;STB=0.647836;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0379302;OID=.;OPOS=55144186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:19:9:25:20:19:9:25:20 chr19 55176262 . A G 219.28 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=53;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0145634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.372;QD=15.9478;RBI=0.0151243;REFB=-0.0158016;REVB=0.00408058;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43402;STB=0.755687;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152711;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:30:23:25:0.454545:18:5:19:11:20:5:19:11 chr19 55176535 . C T 300.14 PASS AF=0.443038;AO=32;DP=72;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00412998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.278;QD=15.1971;RBI=0.0316244;REFB=-0.0288192;REVB=-0.0313536;RO=30;SAF=25;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39354;STB=0.7193;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0207703;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:79:30:44:32:35:0.443038:7:25:11:19:10:25:14:30 chr19 55239223 . G A 1502.07 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00639814;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.842;QD=56.6821;RBI=0.0779805;REFB=-0.131783;REVB=0.0777176;RO=1;SAF=50;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939557;STB=0.504309;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000668074;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:106:1:3:103:103:0.971698:53:50:1:0:53:50:1:2 chr19 55246739 . C T 737.92 PASS AF=0.503497;AO=72;DP=143;FAO=72;FDP=143;FR=.;FRO=71;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0181662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0859;QD=20.6411;RBI=0.0196001;REFB=-0.00503993;REVB=-0.00735908;RO=70;SAF=45;SAR=27;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171453;STB=0.512192;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00632722;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:70:71:72:72:0.503497:27:45:45:25:27:45:46:25 chr19 55253593 . G A 869.19 PASS AF=0.5375;AO=86;DP=160;FAO=86;FDP=160;FR=.;FRO=74;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.016134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.4684;QD=21.7297;RBI=0.0161684;REFB=-0.0186877;REVB=-0.0010542;RO=74;SAF=51;SAR=35;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800788;STB=0.543829;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00836185;OID=.;OPOS=55253593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:74:74:86:86:0.5375:35:51:37:37:35:51:37:37 chr19 55286665 . T A 126.23 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0335736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.103;QD=6.23338;RBI=0.0368504;REFB=0.00433729;REVB=-0.015191;RO=61;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270021;STB=0.670728;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0115065;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:7:12:25:36:7:12:25:37 chr19 55286767 . G T 123.89 PASS AF=0.171642;AO=22;DP=134;FAO=23;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=111;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0613086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.502;QD=3.69808;RBI=0.0689738;REFB=-0.00683521;REVB=-0.0316013;RO=93;SAF=11;SAR=11;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130391;STB=0.558811;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0704045;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:93:111:22:23:0.171642:11:11:37:56:11:12:50:61 chr19 55286770 . C G 121.46 PASS AF=0.165468;AO=23;DP=139;FAO=23;FDP=139;FR=.;FRO=116;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.0516079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.21;QD=3.49511;RBI=0.0574483;REFB=-0.00409747;REVB=-0.0252374;RO=115;SAF=12;SAR=11;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995956;STB=0.561045;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0437703;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:115:116:23:23:0.165468:11:12:51:64:11:12:52:64 chr19 55286773 . AGG GCA 123.88 PASS AF=0.17037;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=135;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=65;FWDB=-0.034865;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=3;MLLD=254.95;QD=3.67056;RBI=0.0480762;REFB=-0.00579149;REVB=-0.0331021;RO=104;SAF=12;SAR=11;SRF=39;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18719;STB=0.584169;STBP=0.402;TYPE=mnp;VARB=0.0482237;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:104:112:23:23:0.17037:11:12:39:65:11:12:47:65 chr19 55286795 . T C 94.08 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=123;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.0030152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.962;QD=3.03486;RBI=0.0106108;REFB=-0.00428875;REVB=-0.0101733;RO=103;SAF=11;SAR=8;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202196;STB=0.625289;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0280944;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:123:124:103:105:19:19:0.153226:8:11:43:60:8:11:45:60 chr19 55316304 . G A 103.34 PASS AF=0.142857;AO=22;DP=150;FAO=22;FDP=154;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=57;FWDB=-0.0421547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6151;QD=2.68427;RBI=0.0633691;REFB=-0.00274402;REVB=0.0473142;RO=128;SAF=14;SAR=8;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106856;STB=0.560979;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0151209;OID=.;OPOS=55316304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:128:132:22:22:0.142857:8:14:71:57:8:14:75:57 chr19 55317439 . C T 154.32 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0178644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.211;QD=22.8615;RBI=0.0412527;REFB=-0.0303943;REVB=0.0371839;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470477;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0166629;OID=.;OPOS=55317439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:10:11:16:16:0.592593:4:12:8:2:4:12:8:3 chr19 55317456 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0151122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.71;QD=16.0423;RBI=0.0165399;REFB=-0.00323456;REVB=0.00672239;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671446;STB=0.538422;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00489413;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:18:8:7:12:18:8 chr19 55317669 . C G 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00270585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.066;QD=17.6173;RBI=0.00479223;REFB=-0.00663898;REVB=0.00395523;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159552;STB=0.589878;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00802215;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:17:10:13:11:17:10 chr19 55320279 . G A 2076.36 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00118983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7166;QD=60.6236;RBI=0.00810932;REFB=-0.029847;REVB=0.00802156;RO=1;SAF=90;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106798;STB=0.502732;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000439079;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:137:1:2:134:135:0.985401:44:90:0:1:45:90:1:1 chr19 55324635 . T C 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.85;QD=59.3151;RBI=0.0278171;REFB=0;REVB=-0.0108533;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01143e-05;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr19 55325455 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0517854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.675;QD=9.4149;RBI=0.056354;REFB=-0.0062778;REVB=-0.0222271;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244568;STB=0.670294;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00855883;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:34:14:14:0.291667:8:6:20:11:8:6:23:11 chr19 55327930 . A G 331.24 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9933;QD=52.999;RBI=0.0718622;REFB=0;REVB=-0.060949;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181897;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr19 55327960 . C T 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290899;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.28;QD=55.6969;RBI=0.0290905;REFB=0;REVB=0.000184724;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197261;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr19 55328959 . G T 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.753;QD=57.384;RBI=0.0225233;REFB=0;REVB=0.00615106;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84435e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr19 55328973 . T G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00686281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.488;QD=12.12;RBI=0.0068976;REFB=-0.00673521;REVB=0.000691914;RO=38;SAF=18;SAR=5;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367097;STB=0.714085;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00881825;OID=.;OPOS=55328973;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:5:18:18:20:5:18:18:20 chr19 55328993 . G C,T 866.84 PASS AF=0.95082,0.0491803;AO=58,3;DP=61;FAO=58,3;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=23,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412532,-0.0014083;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.3034,158.234;QD=56.8417;RBI=0.0496319,0.0108585;REFB=0,0;REVB=0.0275954,-0.0107668;RO=0;SAF=35,0;SAR=23,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0003396,0.174715;OID=.,.;OPOS=55328993,55328993;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:61:61:0:0:58,3:58,3:0.95082,0.0491803:23,3:35,0:0:0:23,3:35,0:0:0 chr19 55329021 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.847;QD=58.0569;RBI=0.0165121;REFB=0;REVB=-0.0163405;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57093e-05;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr19 55329783 . A G 884.67 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.224;QD=58.0111;RBI=0.0785549;REFB=0;REVB=-0.0780122;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194912;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:18:42:0:0:18:43:0:0 chr19 55329901 . A G 850.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.11;QD=57.6332;RBI=0.0314965;REFB=0;REVB=0.00378603;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111129;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr19 55329922 . A T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4199;QD=57.1757;RBI=0.101542;REFB=0;REVB=0.101533;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120672;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr19 55333096 . T C 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0126802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.21;QD=19.3825;RBI=0.0348614;REFB=-0.00732967;REVB=-0.0324735;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129649;STB=0.573694;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00487857;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:6:14:12:9:6:14:12:9 chr19 55333193 . C A 251.01 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0434959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6556;QD=19.6868;RBI=0.0445195;REFB=0.00955428;REVB=-0.00949163;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0103146;OID=.;OPOS=55333193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:16:9:13:13:16:9 chr19 55340836 . A G 507.22 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00193166;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.226;QD=22.7965;RBI=0.0126528;REFB=-0.0215769;REVB=0.0125044;RO=41;SAF=21;SAR=27;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143594;STB=0.578988;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0151163;OID=.;OPOS=55340836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:41:48:48:0.539326:27:21:25:16:27:21:25:16 chr19 55341575 . G C 153.5 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0651167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9039;QD=14.2793;RBI=0.0661014;REFB=-0.0335434;REVB=-0.0113673;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389944;STB=0.752835;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0475411;OID=.;OPOS=55341575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:14:3:12:12:14:3:14:12 chr19 55341589 . C T 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0244788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8479;QD=15.1702;RBI=0.0484048;REFB=-0.0249386;REVB=-0.0417589;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404296;STB=0.748839;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.064472;OID=.;OPOS=55341589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:14:3:12:11:14:3:13:11 chr19 55349264 . G A 761.29 PASS AF=0.528986;AO=73;DP=138;FAO=73;FDP=138;FR=.;FRO=65;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0269511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.445;QD=22.0665;RBI=0.0300171;REFB=-0.0130239;REVB=-0.0132161;RO=65;SAF=49;SAR=24;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175999;STB=0.596781;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.014743;OID=.;OPOS=55349264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:65:65:73:73:0.528986:24:49:31:34:24:49:31:34 chr19 55350948 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000609319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.929;QD=56.1914;RBI=0.00714194;REFB=0;REVB=-0.0071159;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67917e-05;OID=.;OPOS=55350948;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 55350979 . A G 423.28 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00586629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9538;QD=20.1561;RBI=0.0414866;REFB=-0.00571993;REVB=-0.0410698;RO=37;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545338;STB=0.547242;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.014388;OID=.;OPOS=55350979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:41:42:43:0.511905:20:22:17:20:21:22:17:24 chr19 55351022 . A C 771.06 PASS AF=0.55303;AO=73;DP=131;FAO=73;FDP=132;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00113211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7019;QD=23.3655;RBI=0.0442305;REFB=-0.0347046;REVB=-0.044216;RO=58;SAF=46;SAR=27;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151068;STB=0.579274;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0266887;OID=.;OPOS=55351022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:58:59:73:73:0.55303:27:46:26:32:27:46:27:32 chr19 55359272 . C G 2134.73 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0973591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7293;QD=60.5598;RBI=0.0974414;REFB=-0.129897;REVB=-0.00400274;RO=3;SAF=70;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703309;STB=0.5037;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00667691;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:3:3:138:138:0.978723:68:70:1:2:68:70:1:2 chr19 55361942 . G T 888.12 PASS AF=1;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511944;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.516;QD=58.2376;RBI=0.062541;REFB=0;REVB=0.0623311;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71523e-05;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:59:61:1:21:38:0:0:21:40:0:0 chr19 55362719 . G T 2517.84 PASS AF=0.993976;AO=162;DP=164;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=113;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234421;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.928;QD=60.6707;RBI=0.0279823;REFB=-0.0557467;REVB=0.01528;RO=0;SAF=112;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000185962;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:166:0:1:162:165:0.993976:50:112:0:0:52:113:0:1 chr19 55363504 . G A 228.55 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.068432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7432;QD=16.0386;RBI=0.0695685;REFB=0.000715412;REVB=0.0125234;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357113;STB=0.520151;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.000688604;OID=.;OPOS=55363504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:19:12:11:15:19:12 chr19 55365199 . T C 97.32 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.015428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.303;QD=6.17924;RBI=0.0174763;REFB=-0.00630351;REVB=-0.0082095;RO=48;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252753;STB=0.658762;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0299085;OID=.;OPOS=55365199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:4:11:26:22:4:11:26:22 chr19 55365240 . C A 257.51 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.02846;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.617;QD=15.847;RBI=0.0363648;REFB=-0.0142749;REVB=0.0226368;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230603;STB=0.533454;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0186189;OID=.;OPOS=55365240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:33:36:29:29:0.446154:13:16:19:14:13:16:22:14 chr19 55365320 . G T 370.55 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00514624;FXX=0.034087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.659;QD=17.4378;RBI=0.0106606;REFB=-0.00655539;REVB=0.00933619;RO=44;SAF=23;SAR=15;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124493;STB=0.54927;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00590103;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:44:46:38:39:0.458824:15:23:21:23:16:23:23:23 chr19 55377813 . C T 427.0 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00370635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.763;QD=19.1911;RBI=0.0109284;REFB=-0.0112105;REVB=0.0102807;RO=45;SAF=27;SAR=16;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486026;STB=0.522378;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0128909;OID=.;OPOS=55377813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:46:43:43:0.483146:16:27:26:19:16:27:27:19 chr19 55378083 . T C 478.01 PASS AF=0.560976;AO=44;DP=80;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0209408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.075;QD=23.3175;RBI=0.0248189;REFB=-0.0194377;REVB=-0.0133213;RO=35;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131613;STB=0.565189;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0106234;OID=.;OPOS=55378083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:35:36:44:46:0.560976:26:18:20:15:26:20:21:15 chr19 55396900 . A G 1044.79 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.674;QD=59.7025;RBI=0.0227839;REFB=0;REVB=0.0220964;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27968e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:33:37:0:0 chr19 55399643 . T C 413.0 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0165184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9072;QD=20.9116;RBI=0.0246575;REFB=-0.00438205;REVB=0.0183067;RO=36;SAF=15;SAR=26;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941186;STB=0.551098;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0052317;OID=.;OPOS=55399643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:37:41:42:0.531646:26:15:17:19:26:16:18:19 chr19 55399684 . C T 288.79 PASS AF=0.545455;AO=31;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0388188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5243;QD=21.0028;RBI=0.0444963;REFB=-0.0283099;REVB=0.0217491;RO=24;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452488;STB=0.538436;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0241987;OID=.;OPOS=55399684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:25:31:30:0.545455:19:12:8:16:18:12:8:17 chr19 55418054 . A C 412.98 PASS AF=0.371212;AO=49;DP=131;FAO=49;FDP=132;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.0396738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2959;QD=12.5145;RBI=0.0540337;REFB=-0.0192831;REVB=-0.0366827;RO=82;SAF=36;SAR=13;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279428;STB=0.664136;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0324382;OID=.;OPOS=55418054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:82:83:49:49:0.371212:13:36:41:41:13:36:41:42 chr19 55420801 . C A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.756;QD=57.5435;RBI=0.0733662;REFB=0;REVB=0.050373;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152983;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr19 55423530 . C T 1026.13 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.163;QD=59.486;RBI=0.0564254;REFB=0;REVB=0.0133785;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243686;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr19 55424203 . GGAA G 122.09 PASS AF=0.461538;AO=15;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0509449;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=286.392;QD=12.5216;RBI=0.0522467;REFB=-0.0161096;REVB=-0.0115903;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=20;SSEN=0.400709;SSEP=0;SSSB=0.496778;STB=0.780987;STBP=0.009;TYPE=del;VARB=0.0357515;OID=.;OPOS=55424204;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:15:39:18:39:21:12:6:2:19:99:22:9:6:2:20 chr19 55441902 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.772;QD=57.3843;RBI=0.0533559;REFB=0;REVB=0.0341683;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139632;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr19 55441995 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.193;QD=56.956;RBI=0.0806809;REFB=0;REVB=0.06605;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460881;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr19 55451050 . C T 101.85 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.108535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.178;QD=17.7122;RBI=0.111137;REFB=-0.0124374;REVB=0.0239053;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198673;STB=0.615179;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0498686;OID=.;OPOS=55451050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:5:6:9:3:5:6 chr19 55451232 . C T 193.25 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0242006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2185;QD=12.0781;RBI=0.0324607;REFB=0.00827307;REVB=0.0216339;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241965;STB=0.63942;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0114095;OID=.;OPOS=55451232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:16:24:9:15:16:24 chr19 55451797 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.0441412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.544;QD=9.65102;RBI=0.0447941;REFB=0.00196548;REVB=-0.00762044;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22517;STB=0.655188;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.0061551;OID=.;OPOS=55451797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:13:14:0.297872:12:1:5:28:13:1:5:28 chr19 55493651 . C T 290.92 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0237309;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.191;QD=16.6239;RBI=0.0274869;REFB=0.00554235;REVB=-0.0138699;RO=38;SAF=21;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501211;STB=0.534391;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00701996;OID=.;OPOS=55493651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:31:32:0.457143:10:21:24:14:10:22:24:14 chr19 55494157 . G A 277.77 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0862458;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.384;QD=25.8388;RBI=0.0863451;REFB=-0.000610851;REVB=0.00414076;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459805;STB=0.514913;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00288758;OID=.;OPOS=55494157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:18:25:25:0.581395:12:13:11:8:12:13:10:8 chr19 55494632 . A G 383.92 PASS AF=0.401786;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0535481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4647;QD=13.7116;RBI=0.0546557;REFB=-0.0123162;REVB=-0.0109476;RO=67;SAF=21;SAR=24;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121638;STB=0.56869;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0140016;OID=.;OPOS=55494632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:67:67:45:45:0.401786:24:21:39:28:24:21:39:28 chr19 55494740 . T C 167.4 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0171955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8624;QD=10.1454;RBI=0.0224249;REFB=0.000977416;REVB=-0.0143941;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310026;STB=0.681653;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00145194;OID=.;OPOS=55494740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:7:15:18:26:7:15:18:26 chr19 55494881 . C G 250.14 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0393597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6599;QD=16.6759;RBI=0.0394077;REFB=-0.0371667;REVB=0.00194314;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148471;STB=0.583275;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0434358;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:11:21:14:14:11:21 chr19 55501579 . A C 416.49 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0330012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.799;QD=19.5997;RBI=0.0340053;REFB=-0.015845;REVB=0.0082027;RO=43;SAF=27;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124675;STB=0.569386;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0216213;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:15:27:22:21:15:27:22:21 chr19 55512137 . C A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.035;QD=59.434;RBI=0.0179887;REFB=0;REVB=0.0103428;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.7078e-05;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr19 55512232 . C A 35.7 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0184369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.628;QD=5.71254;RBI=0.0219712;REFB=-0.012549;REVB=-0.0119505;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.59968;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0241675;OID=.;OPOS=55512232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:11:19:6:6:0.24:3:3:7:4:3:3:12:7 chr19 55525596 . T C 61.18 PASS AF=0.615385;AO=6;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0222855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.743;QD=18.8255;RBI=0.031648;REFB=-0.00875489;REVB=0.0224712;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.588011;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0114231;OID=.;OPOS=55525596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:5:5:6:8:0.615385:4:2:3:2:5:3:3:2 chr19 55525894 . G A 194.82 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.0210943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0803;QD=17.317;RBI=0.0548688;REFB=-0.00962143;REVB=-0.050652;RO=25;SAF=18;SAR=2;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512181;STB=0.529381;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0154171;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:2:18:22:3:2:18:22:3 chr19 55526103 . G GCAGA 53.07 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0462392;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=4;MLLD=266.856;QD=17.6899;RBI=0.0549053;REFB=-0.0446697;REVB=0.0296062;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509428;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=ins;VARB=0.0314153;OID=.;OPOS=55526104;OREF=-;OALT=CAGA;OMAPALT=GCAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:6:21:7:12:5:3:4:1:4:31:14:3:3:1:13 chr19 55526345 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.488;QD=56.7066;RBI=0.0345655;REFB=0;REVB=-0.000852097;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18468e-05;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr19 55526359 . A T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0245586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.83;QD=17.5418;RBI=0.0435175;REFB=-0.0344787;REVB=0.0359256;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307626;STB=0.67478;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0197721;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:12:4:9:6:12:4 chr19 55526373 . G C 164.77 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.016407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.959;QD=21.2599;RBI=0.0341372;REFB=-0.011057;REVB=0.029936;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169801;STB=0.577269;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00617944;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:9:4:9:8:9:5 chr19 55527081 . C T 410.32 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0724702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.534;QD=17.2768;RBI=0.0724709;REFB=-0.0145152;REVB=0.000327621;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114077;STB=0.556948;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0130746;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:42:43:0.452632:21:21:32:20:21:22:32:20 chr19 55530035 . C T 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0396015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.764;QD=17.2226;RBI=0.043569;REFB=-0.00659552;REVB=-0.0181652;RO=36;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299322;STB=0.668495;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0116854;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:9:23:15:21:9:23:15:21 chr19 55536595 . G A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.081;QD=58.2273;RBI=0.0231418;REFB=-0.0755181;REVB=0.00301108;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000154382;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:0:1:33:38:0:1 chr19 55536607 . C T 265.28 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.015357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.642;QD=15.6044;RBI=0.018843;REFB=-0.0228683;REVB=-0.0109189;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458979;STB=0.533311;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0264746;OID=.;OPOS=55536607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:38:30:30:0.441176:16:14:19:18:16:14:20:18 chr19 55538980 . T C,G 1641.47 PASS AF=0.946903,0.0442478;AO=105,5;DP=111;FAO=107,5;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62,0;FSAR=45,5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00556259,0.00633241;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.888,91.6278;QD=58.105;RBI=0.0177178,0.0105412;REFB=0.0136268,-0.0912615;REVB=0.0168219,0.00842721;RO=1;SAF=62,0;SAR=43,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00759342,-0.767767;STB=0.503999,0.996613;STBP=0.515,0.075;TYPE=snp,snp;VARB=0.000874067,0.0772526;OID=.,.;OPOS=55538980,55538980;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:111:113:1:1:105,5:107,5:0.946903,0.0442478:43,5:62,0:1:0:45,5:62,0:1:0 chr19 55539061 . A G 666.75 PASS AF=0.485714;AO=65;DP=128;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.106155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0382;QD=19.0499;RBI=0.108457;REFB=-0.0369492;REVB=-0.0222298;RO=63;SAF=40;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987015;STB=0.525177;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0299653;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:140:63:72:65:68:0.485714:25:40:32:31:27:41:40:32 chr19 55539072 . T G 2159.46 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.611;QD=63.05;RBI=0.0156132;REFB=0;REVB=-0.0104696;RO=0;SAF=78;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14113e-06;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:59:78:0:0:59:78:0:0 chr19 55568084 . CG TT 605.89 PASS AF=0.555556;AO=49;DP=93;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0168109;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=263.881;QD=24.4805;RBI=0.0241478;REFB=-0.0133146;REVB=0.0173352;RO=44;SAF=19;SAR=30;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17548;STB=0.560418;STBP=0.2;TYPE=mnp;VARB=0.0100612;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:99:44:44:49:55:0.555556:30:19:26:18:30:25:26:18 chr19 55570574 . A G 1408.01 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223961;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.578;QD=62.5782;RBI=0.0355917;REFB=0;REVB=0.0276619;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385309;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:88:90:1:35:53:0:0:37:53:0:0 chr19 55598724 . A G 131.21 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0248704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.192;QD=8.8954;RBI=0.0264299;REFB=-0.0239029;REVB=-0.00894454;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330098;STB=0.69324;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0386761;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:10:8:30:11:10:8:30:11 chr19 55614923 . T C 446.5 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8229;QD=57.6128;RBI=0.0493873;REFB=0;REVB=-0.0206447;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130256;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr19 55644325 . A C 727.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5778;QD=63.2733;RBI=0.0266143;REFB=0;REVB=0.0236788;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7565e-05;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr19 55653297 . A C 132.28 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0185689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6608;QD=14.6975;RBI=0.032442;REFB=-0.0146533;REVB=0.0266022;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192439;STB=0.565135;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0223533;OID=.;OPOS=55653297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:16:15:0.416667:6:10:16:4:5:10:16:5 chr19 55658397 . C T 111.68 PASS AF=0.35;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0440667;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8439;QD=11.1684;RBI=0.0500482;REFB=-0.0263902;REVB=0.0237264;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.649805;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0815789;OID=.;OPOS=55658397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:13:14:0.35:7:6:18:7:7:7:19:7 chr19 55660537 . T C 538.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3395;QD=59.8079;RBI=0.00578745;REFB=0;REVB=0.000473678;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70911e-05;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 55668509 . A T 448.76 PASS AF=0.458716;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0125484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2495;QD=16.4681;RBI=0.0127416;REFB=-0.0226954;REVB=0.00221035;RO=47;SAF=20;SAR=28;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114387;STB=0.528095;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0149216;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:47:59:48:50:0.458716:28:20:19:28:28:22:29:30 chr19 55670989 . G A 197.92 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0513027;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.057;QD=24.7395;RBI=0.0708949;REFB=-0.0256881;REVB=-0.0489298;RO=13;SAF=16;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24687;STB=0.639832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0332847;OID=.;OPOS=55670989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:3:16:8:5:3:16:8:5 chr19 55671337 . C T 457.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8541;QD=57.1385;RBI=0.0680759;REFB=0;REVB=0.00173151;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107047;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:14:18:0:0 chr19 55672055 . A G 372.96 PASS AF=0.43956;AO=36;DP=89;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.000973538;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.986;QD=16.3941;RBI=0.0432652;REFB=-0.0230306;REVB=-0.0432543;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581919;STB=0.519506;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0363172;OID=.;OPOS=55672055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:52:51:36:40:0.43956:20:16:26:26:21:19:26:25 chr19 55673145 . C T 405.85 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=115;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.00931323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.621;QD=14.1163;RBI=0.0359014;REFB=-0.0106372;REVB=0.0346724;RO=68;SAF=28;SAR=19;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402172;STB=0.522656;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0482089;OID=.;OPOS=55673145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:68:68:47:47:0.408696:19:28:43:25:19:28:43:25 chr19 55673164 . T C 385.94 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=112;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0385194;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.461;QD=13.9079;RBI=0.0792084;REFB=-0.00314605;REVB=-0.0692114;RO=65;SAF=22;SAR=23;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1162;STB=0.569458;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00892875;OID=.;OPOS=55673164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:65:66:45:45:0.405405:23:22:39:26:23:22:40:26 chr19 55673654 . T C 832.15 PASS AF=0.528662;AO=83;DP=157;FAO=83;FDP=157;FR=.;FRO=74;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0372503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9685;QD=21.2012;RBI=0.0401287;REFB=-0.00928507;REVB=-0.0149241;RO=73;SAF=45;SAR=38;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643573;STB=0.531461;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00804716;OID=.;OPOS=55673654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:73:74:83:83:0.528662:38:45:45:28:38:45:45:29 chr19 55686705 . G T 385.31 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.074374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.0085;QD=13.885;RBI=0.0773542;REFB=0.00798362;REVB=0.0212646;RO=66;SAF=24;SAR=21;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320184;STB=0.501809;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0100738;OID=.;OPOS=55686705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:66:66:45:45:0.405405:21:24:35:31:21:24:35:31 chr19 55690424 . G A 1563.43 PASS AF=0.595745;AO=140;DP=237;FAO=140;FDP=235;FR=.;FRO=95;FSAF=70;FSAR=70;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=0.0132242;FXX=0.00843846;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.226;QD=26.6116;RBI=0.0182373;REFB=-0.0361352;REVB=0.0125587;RO=95;SAF=70;SAR=70;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07475;STB=0.54042;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0211892;OID=.;OPOS=55690424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:235:95:95:140:140:0.595745:70:70:38:57:70:70:38:57 chr19 55693123 . T C 446.98 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.00668752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0916;QD=18.4322;RBI=0.0279188;REFB=-0.0211126;REVB=-0.027106;RO=52;SAF=22;SAR=23;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214023;STB=0.618737;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0188719;OID=.;OPOS=55693123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:23:22:37:15:23:22:37:15 chr19 55693244 . T C 390.3 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0285857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.768;QD=14.8685;RBI=0.0289715;REFB=-0.0182262;REVB=-0.00471235;RO=59;SAF=22;SAR=22;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164612;STB=0.601137;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0233923;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:44:45:0.428571:22:22:39:20:23:22:40:20 chr19 55699454 . T C 1567.01 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1461;QD=63.9596;RBI=0.0838674;REFB=0;REVB=-0.0829948;RO=0;SAF=72;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282608;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:26:72:0:0:26:72:0:0 chr19 55702859 . T G 382.74 PASS AF=0.506173;AO=34;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00131306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4526;QD=18.9005;RBI=0.00148363;REFB=-0.0900532;REVB=0.00069067;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581518;STB=0.506021;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0799511;OID=.;OPOS=55702859;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:40:34:41:0.506173:20:14:10:19:20:21:20:20 chr19 55702910 . C A 342.13 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0347076;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.114;QD=15.7302;RBI=0.0347199;REFB=0.00685425;REVB=0.000922921;RO=49;SAF=20;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513742;STB=0.534807;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00689021;OID=.;OPOS=55702910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:49:50:37:37:0.425287:17:20:24:25:17:20:24:26 chr19 55703237 . C CG 147.29 PASS AF=0.5;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0236928;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.391;QD=13.3898;RBI=0.0264232;REFB=0.0124009;REVB=0.0116976;RO=26;SAF=17;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516686;STB=0.773488;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=-0.0141713;OID=.;OPOS=55703238;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:20:46:22:44:22:18:4:7:15:99:26:17:3:10:16 chr19 55703326 . ACCT A 51.05 PASS AF=0.4;AO=6;DP=17;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0208998;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.466;QD=10.2108;RBI=0.040903;REFB=-0.0229249;REVB=-0.0351605;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374671;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=del;VARB=0.0419371;OID=.;OPOS=55703327;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:6:17:8:20:12:5:3:3:9:51:8:4:2:2:6 chr19 55708557 . A G 534.34 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0341924;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.614;QD=16.9631;RBI=0.0369517;REFB=-0.0149745;REVB=-0.0140109;RO=67;SAF=34;SAR=23;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144723;STB=0.517661;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0146581;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:67:69:57:57:0.452381:23:34:39:28:23:34:39:30 chr19 55710021 . A G 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.0161046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.639;QD=20.2734;RBI=0.0204227;REFB=-0.0213276;REVB=-0.012559;RO=45;SAF=28;SAR=17;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156541;STB=0.586171;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0182104;OID=.;OPOS=55710021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:17:28:35:10:17:28:35:10 chr19 55713535 . G A 815.25 PASS AF=0.454545;AO=84;DP=186;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=72;FSRR=30;FWDB=0.0329664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.987;QD=17.4385;RBI=0.0346567;REFB=-0.017791;REVB=0.0106913;RO=102;SAF=34;SAR=50;SRF=72;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291014;STB=0.656407;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0127035;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:102:102:84:85:0.454545:50:34:72:30:50:35:72:30 chr19 55715319 . C G 646.39 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0144386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.645;QD=16.1597;RBI=0.0159485;REFB=-0.0160993;REVB=0.00677368;RO=88;SAF=33;SAR=38;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124911;STB=0.572309;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0177611;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:88:89:71:71:0.44375:38:33:52:36:38:33:53:36 chr19 55738634 . T C 1622.51 PASS AF=1;AO=105;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652765;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2886;QD=59.0004;RBI=0.133983;REFB=0;REVB=0.117006;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336881;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:105:110:1:41:64:0:0:44:66:0:0 chr19 55739689 . G A 2409.2 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.284;QD=60.2301;RBI=0.0241775;REFB=-0.122325;REVB=0.00941657;RO=1;SAF=93;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00508879;STB=0.502645;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00040176;OID=.;OPOS=55739689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:159:160:1:1:158:159:0.99375:65:93:1:0:65:94:1:0 chr19 55756980 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0195157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.349;QD=10.6346;RBI=0.0251063;REFB=0.000196756;REVB=-0.0157945;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00125298;OID=.;OPOS=55756980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:9:4:3:5:9:4 chr19 55791091 . C T 250.66 PASS AF=0.585366;AO=18;DP=36;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0172079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.474;QD=24.4548;RBI=0.0407298;REFB=-0.0207778;REVB=0.0369162;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408935;STB=0.742346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0218237;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:41:14:17:18:24:0.585366:14:4:10:4:20:4:11:6 chr19 55815159 . C A 715.58 PASS AF=0.47973;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=148;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0286395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.905;QD=19.3401;RBI=0.0286408;REFB=-0.0139154;REVB=-0.000277683;RO=75;SAF=30;SAR=41;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291827;STB=0.516969;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0124978;OID=.;OPOS=55815159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:75:77:71:71:0.47973:41:30:34:41:41:30:35:42 chr19 55823777 . C T 46.84 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=14;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0800648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.871;QD=13.3827;RBI=0.0800666;REFB=0.00172529;REVB=0.000522602;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959372;STB=0.562171;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0659081;OID=.;OPOS=55823777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:14:14:6:6:4:4:0.285714:1:3:4:2:1:3:4:2 chr19 55824332 . T G 550.99 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0284079;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.256;QD=23.4463;RBI=0.030484;REFB=-0.0215223;REVB=-0.0110574;RO=42;SAF=31;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000838741;STB=0.500223;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198416;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:42:43:50:51:0.542553:19:31:26:16:19:32:27:16 chr19 55856083 . T C 640.97 PASS AF=0.581633;AO=56;DP=97;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00704222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.368;QD=26.1618;RBI=0.0292093;REFB=-0.02838;REVB=-0.0283477;RO=41;SAF=33;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417293;STB=0.525764;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0203621;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:41:41:56:57:0.581633:23:33:22:19:23:34:22:19 chr19 55856211 . C T 597.27 PASS AF=0.5;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00548221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.363;QD=19.5825;RBI=0.0237727;REFB=0.000460452;REVB=0.0231319;RO=61;SAF=18;SAR=43;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149093;STB=0.582628;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000423302;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:61:61:61:0.5:43:18:27:34:43:18:27:34 chr19 55859439 . C A 373.77 PASS AF=0.464286;AO=33;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00463407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.473;QD=17.7987;RBI=0.00901217;REFB=-0.00648912;REVB=-0.00772946;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.514698;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00729656;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:45:33:39:0.464286:17:16:20:13:18:21:23:22 chr19 55869903 . T C 60.82 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563012;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.553;QD=34.7557;RBI=0.0563012;REFB=0;REVB=3.583e-26;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198922;OID=.;OPOS=55869903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:7:0:0:6:7:1:0:6:0:0:0:7:0:0 chr19 55870104 . G C 2220.88 PASS AF=0.992958;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00518091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.126;QD=62.56;RBI=0.0177207;REFB=-0.124931;REVB=0.0169464;RO=0;SAF=84;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=6.10355e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:142:0:1:141:141:0.992958:57:84:0:0:57:84:0:1 chr19 55870289 . C T 765.47 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0503;QD=56.7015;RBI=0.049914;REFB=0;REVB=0.0442056;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210627;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr19 55870351 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.573;QD=63.8716;RBI=0.0306827;REFB=0;REVB=0.0196416;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58794e-05;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr19 55870599 . TC T,TG 813.08 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=15,43;DP=58;FAO=10,48;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=10,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412329,-0.0835423;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.094,167.327;QD=56.0743;RBI=0.0505685,0.0929749;REFB=0,0;REVB=0.0292749,0.0408044;RO=0;SAF=0,26;SAR=15,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.75441e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00972706,0.00254475;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:15,43:58:10,48:58:0:0,26:10,22:0:0:39:0:0,26:15,17:0:0 chr19 55871019 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5182;QD=56.1893;RBI=0.0638421;REFB=0;REVB=0.0630348;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134936;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr19 55872397 . A G 371.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.087;QD=54.9691;RBI=0.0371736;REFB=0;REVB=-0.0346525;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124972;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:7:20:0:0 chr19 55872531 . C G 458.96 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.826;QD=55.6312;RBI=0.0259029;REFB=-0.0562854;REVB=0.0221919;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122412;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:15:17:0:1:16:17:0:0 chr19 55872566 . A G 338.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.681;QD=54.0823;RBI=0.0627056;REFB=0;REVB=0.0411196;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937142;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr19 55873642 . C T 2105.03 PASS AF=1;AO=123;DP=128;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320685;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.663;QD=61.4607;RBI=0.0491635;REFB=0;REVB=0.0372648;RO=0;SAF=70;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234887;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:137:0:0:123:137:1:53:70:0:0:59:78:0:0 chr19 55879872 . C T 1105.46 PASS AF=0.938272;AO=76;DP=81;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0196948;FXX=0.03571;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.444;QD=54.5909;RBI=0.0355678;REFB=-0.19663;REVB=0.0296173;RO=3;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158913;STB=0.521904;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00110687;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:81:81:3:5:76:76:0.938272:34:42:1:2:34:42:1:4 chr19 55913038 . C T 544.3 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000531612;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.654;QD=27.913;RBI=0.0214319;REFB=-0.0259309;REVB=0.0214253;RO=29;SAF=20;SAR=29;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168687;STB=0.591799;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0178522;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:29:29:49:49:0.628205:29:20:19:10:29:20:19:10 chr19 55993961 . CG CC,C 115.63 PASS AF=0.0377358,0.377358;AO=6,17;DP=53;FAO=2,20;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=2,19;FSAR=0,1;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.086467,-0.0144787;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.3662,15.3234;QD=8.7265;RBI=0.135186,0.0530882;REFB=-0.019233,-0.0776346;REVB=-0.103917,-0.0510757;RO=29;SAF=6,16;SAR=0,1;SRF=23;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.339763;SSSB=0.603718,0.39405;STB=0.991919,0.751069;STBP=0.387,0.095;TYPE=snp,del;VARB=-0.000290326,0.129787;OID=.,.;OPOS=55993962,55993962;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0377358,0.377358:6,17:53:2,20:53:31:2,19:0,1:25:6:96:29:6,16:0,1:23:6 chr19 55994240 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0162608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.232;QD=10.3902;RBI=0.114561;REFB=-0.0160701;REVB=0.113401;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28385;STB=0.666294;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0287071;OID=.;OPOS=55994240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:10:1:2:5:10:1 chr19 55999993 . A G 370.61 PASS AF=0.365854;AO=43;DP=122;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.00753229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.793;QD=12.0525;RBI=0.0195707;REFB=-0.000490954;REVB=-0.0180631;RO=74;SAF=20;SAR=23;SRF=52;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261084;STB=0.638239;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000845933;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:74:78:43:45:0.365854:23:20:52:22:25:20:52:26 chr19 56011460 . C T 126.35 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.000803598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7778;QD=10.9867;RBI=0.0254596;REFB=-0.0196525;REVB=0.0254469;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248469;STB=0.652001;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0109428;OID=.;OPOS=56011460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:8:8:21:8:8:8:22:8 chr19 56024519 . T C 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00708105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.802;QD=20.2679;RBI=0.00918133;REFB=-0.0147325;REVB=0.00584427;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179552;STB=0.625791;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0160706;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:21:21:21:0.5:9:12:14:4:9:12:17:4 chr19 56041162 . AGGGG AGGG,AGGGC 40.03 PASS AF=0.388889,0;AO=7,2;DP=18;FAO=7,0;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0811145,-0.0270382;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.4062,24.6511;QD=8.8961;RBI=0.212561,0.208593;REFB=-0.109209,-0.0130578;REVB=-0.196475,-0.206833;RO=9;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.288889,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.118071,0.565098;STB=0.666173,0.5;STBP=0.304,1;TYPE=del,snp;VARB=0.12444,0;OID=.,.;OPOS=56041163,56041166;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0:7,2:18:7,0:18:11:5,0:2,0:5:6:39:9:3,2:4,0:5:4 chr19 56041255 . C G 235.3 PASS AF=0.636364;AO=18;DP=39;FAO=21;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0300088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.666;QD=28.5215;RBI=0.0322977;REFB=-0.0398179;REVB=0.0119423;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591057;STB=0.602317;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0318798;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:33:16:11:18:21:0.636364:10:8:6:10:11:10:2:9 chr19 56047448 . A G 2129.82 PASS AF=0.985612;AO=136;DP=138;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0336995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.45;QD=61.2899;RBI=0.0394691;REFB=-0.024839;REVB=-0.0205463;RO=2;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135783;STB=0.507041;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=4.65424e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:139:2:2:136:137:0.985612:69:67:0:2:70:67:0:2 chr19 56047540 . G A 799.45 PASS AF=0.424528;AO=89;DP=212;FAO=90;FDP=212;FR=.;FRO=122;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=-0.0331638;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.188;QD=15.084;RBI=0.0647348;REFB=-0.0264231;REVB=0.0555946;RO=123;SAF=48;SAR=41;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312138;STB=0.523442;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0322022;OID=.;OPOS=56047540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:123:122:89:90:0.424528:41:48:70:53:42:48:70:52 chr19 56052337 . A AC,C 249.32 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=15,7;DP=25;FAO=22,1;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00088747,-0.222788;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=16.8165,6.07467;QD=43.3607;RBI=0.0721473,0.251009;REFB=0,0;REVB=-0.0721418,-0.115632;RO=3;SAF=4,6;SAR=11,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.109327,0.506482;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0148904,0.138898;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:23:3:0:15,7:22,1:0.956522,0.0434783:11,1:4,6:0:3:12,1:10,0:0:0 chr19 56052770 . C T 323.0 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00829971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.558;QD=25.3333;RBI=0.0470114;REFB=-0.0202009;REVB=0.0462729;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270971;STB=0.649564;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0071109;OID=.;OPOS=56052770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:9:22:7:13:9:22:7:13 chr19 56056184 . A G 884.78 PASS AF=0.46875;AO=90;DP=193;FAO=90;FDP=192;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=40;FWDB=-0.0416908;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9313;QD=18.4328;RBI=0.119347;REFB=-0.00898234;REVB=-0.111828;RO=102;SAF=45;SAR=45;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103726;STB=0.557279;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0110067;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:102:102:90:90:0.46875:45:45:62:40:45:45:62:40 chr19 56089353 . C T 431.39 PASS AF=0.463158;AO=45;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.00765662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5041;QD=18.1637;RBI=0.0882864;REFB=-0.0235696;REVB=0.0879538;RO=50;SAF=25;SAR=20;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141196;STB=0.588197;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0392595;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:51:45:44:0.463158:20:25:35:15:20:24:36:15 chr19 56104136 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0386;QD=39.2009;RBI=0.0363061;REFB=0;REVB=0.0363061;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812825;OID=.;OPOS=56104136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr19 56114045 . C T 185.07 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0234035;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.633;QD=25.5272;RBI=0.0317409;REFB=-0.0185686;REVB=-0.021442;RO=11;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2018;STB=0.613893;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0163256;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:3:15:7:4:3:15:7:4 chr19 56114237 . G A 2121.46 PASS AF=0.972028;AO=134;DP=139;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=68;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.076375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.815;QD=59.3416;RBI=0.208013;REFB=-0.0516623;REVB=0.193485;RO=5;SAF=67;SAR=67;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683062;STB=0.506695;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00323294;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:139:143:5:4:134:139:0.972028:67:67:2:3:71:68:1:3 chr19 56127597 . G A 462.58 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00495075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.183;QD=19.0754;RBI=0.0231256;REFB=-0.0245223;REVB=0.0225895;RO=51;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393074;STB=0.521892;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.030056;OID=.;OPOS=56127597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:18:28:29:22:18:28:29:22 chr19 56132661 . G A 192.37 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00776953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1176;QD=16.0309;RBI=0.0422949;REFB=0.00232118;REVB=0.0415751;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.517224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0023667;OID=.;OPOS=56132661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:12:16:12:8:12:16 chr19 56153868 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5003;QD=35.5759;RBI=0.016478;REFB=0;REVB=0.0141426;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453276;OID=.;OPOS=56153868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 726.92 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605452;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=78.1437;QD=50.1321;RBI=0.0605542;REFB=0;REVB=0.00103941;RO=0;SAF=8;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000105901;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:58:58:58:0:9:49:0:0:13:0:8:48:0:0 chr19 56160399 . T C 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4757;QD=62.1593;RBI=0.0285616;REFB=0;REVB=-0.0269422;RO=0;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020886;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:32:53:0:0:32:53:0:0 chr19 56162776 . C T 1051.63 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.150055;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.732;QD=58.4237;RBI=0.152655;REFB=-0.111464;REVB=0.0280506;RO=1;SAF=20;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918343;STB=0.504853;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00150973;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:51:20:0:1:51:20:0:1 chr19 56180968 . C T 2027.24 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.407;QD=62.3767;RBI=0.0677139;REFB=0;REVB=0.0358652;RO=0;SAF=69;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24313e-05;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:61:69:0:0:61:69:0:0 chr19 56228104 . C T 286.18 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.082514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7318;QD=18.1702;RBI=0.0861882;REFB=-0.0111327;REVB=0.0248969;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116171;STB=0.506489;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0134877;OID=.;OPOS=56228104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:12:19:20:12:12:19:20:12 chr19 56241265 . A G 1358.48 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.524;QD=62.4589;RBI=0.0253911;REFB=0;REVB=0.0156655;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73877e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr19 56274086 . G A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0118904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.021;QD=2.55003;RBI=0.0239703;REFB=-0.000359468;REVB=0.0208133;RO=64;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307593;STB=0.708167;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00081475;OID=.;OPOS=56274086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:64:66:10:10:0.131579:4:6:22:42:4:6:23:43 chr19 56274424 . C A 71.97 PASS AF=0.111801;AO=17;DP=161;FAO=18;FDP=161;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=95;FSRR=48;FWDB=0.000689445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.887;QD=1.78818;RBI=0.00275609;REFB=0.00220886;REVB=-0.00266847;RO=140;SAF=12;SAR=5;SRF=94;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485288;STB=0.502323;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0235079;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:161:161:140:143:17:18:0.111801:5:12:94:46:6:12:95:48 chr19 56284090 . G A 337.21 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00171717;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.803;QD=39.6716;RBI=0.0635574;REFB=-0.0447045;REVB=0.0635342;RO=6;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379099;STB=0.533309;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0132123;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:6:7:27:27:0.794118:15:12:2:4:15:12:2:5 chr19 56284457 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0268023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5603;QD=11.6344;RBI=0.0655279;REFB=-0.0191208;REVB=0.0597958;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409094;STB=0.537663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0298483;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:4:11:7:3:4:12 chr19 56284507 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0120188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.261;QD=9.82165;RBI=0.0122722;REFB=-0.00765418;REVB=-0.00248107;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151375;STB=0.592415;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0193279;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:8:3:9:14:8:3:9:14 chr19 56284511 . C G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0036354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.799;QD=9.49507;RBI=0.00619812;REFB=-0.00858103;REVB=-0.00502002;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20057;STB=0.61155;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0284751;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:8:3:10:13:8:3:10:14 chr19 56284529 . C A 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0375504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.633;QD=8.08733;RBI=0.0489461;REFB=-0.00157121;REVB=-0.0313957;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298292;STB=0.68807;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00221155;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:7:2:10:12:7:2:10:12 chr19 56284535 . A G 53.47 PASS AF=0.266667;AO=5;DP=27;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0012538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.333;QD=7.12919;RBI=0.0202799;REFB=-0.0117634;REVB=0.0202411;RO=21;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346042;STB=0.666222;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0474141;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:30:21:22:5:8:0.266667:4:1:10:11:6:2:10:12 chr19 56289895 . C T 234.87 PASS AF=0.233333;AO=35;DP=150;FAO=35;FDP=150;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=0.00312153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.771;QD=6.26305;RBI=0.0278097;REFB=-0.00724631;REVB=-0.027634;RO=115;SAF=25;SAR=10;SRF=71;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137435;STB=0.584365;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0285226;OID=.;OPOS=56289895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:115:115:35:35:0.233333:10:25:71:44:10:25:71:44 chr19 56307553 . G A 428.13 PASS AF=0.478261;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0840104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4266;QD=18.6145;RBI=0.0915312;REFB=-0.0384986;REVB=-0.0363347;RO=46;SAF=26;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991923;STB=0.560762;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0395792;OID=.;OPOS=56307553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:48:43:44:0.478261:17:26:23:23:17:27:24:24 chr19 56307583 . A G 1034.89 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0310189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.519;QD=56.7062;RBI=0.0470184;REFB=-0.00480679;REVB=0.0353349;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113949;STB=0.511901;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000321002;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:1:2:71:71:0.972603:30:41:1:0:30:41:2:0 chr19 56321414 . C A 789.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.064;QD=56.3998;RBI=0.124833;REFB=0;REVB=0.124263;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664451;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:23:28:0:0:28:28:0:0 chr19 56321517 . T C 260.34 PASS AF=0.5;AO=26;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0154737;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.644;QD=18.5957;RBI=0.0307253;REFB=-0.0280523;REVB=-0.0265445;RO=27;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709031;STB=0.519217;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0247376;OID=.;OPOS=56321517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:26:28:0.5:19:7:9:18:18:10:11:17 chr19 56329447 . G A 325.79 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0293855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2343;QD=24.5881;RBI=0.0293968;REFB=-0.0179572;REVB=-0.000814699;RO=21;SAF=20;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045667;STB=0.502511;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0118978;OID=.;OPOS=56329447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:12:20:13:8:12:20:13:8 chr19 56369189 . G A 765.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000209568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.819;QD=56.7381;RBI=0.00563624;REFB=0;REVB=-0.00563235;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30323e-06;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:19:32:0:0:22:32:0:0 chr19 56369215 . C A,T 851.1 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,57;DP=60;FAO=3,57;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=3,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594213,-0.0328123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.8494,81.5462;QD=56.74;RBI=0.0846907,0.103624;REFB=0,0;REVB=0.0603458,0.098292;RO=0;SAF=0,37;SAR=3,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0315355,0.00326661;OID=.,.;OPOS=56369215,56369215;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:60:60:0:0:3,57:3,57:0.05,0.95:3,20:0,37:0:0:3,20:0,37:0:0 chr19 56369593 . T C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.992;QD=57.104;RBI=0.0201379;REFB=0;REVB=0.013173;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21258e-06;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 56370166 . C T 328.81 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0236975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.062;QD=15.4735;RBI=0.0243082;REFB=-0.0212606;REVB=-0.00541438;RO=48;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141231;STB=0.501638;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0330857;OID=.;OPOS=56370166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:49:36:36:0.423529:19:17:22:26:19:17:23:26 chr19 56410222 . C T 284.2 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00999624;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.81;QD=14.9578;RBI=0.0244964;REFB=-0.00585269;REVB=-0.022364;RO=40;SAF=23;SAR=9;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518216;STB=0.525828;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0105107;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:40:44:32:32:0.421053:9:23:27:13:9:23:30:14 chr19 56423668 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.44;QD=55.6532;RBI=0.0245513;REFB=0;REVB=0.019684;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280872;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr19 56423692 . C T 306.11 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.962;QD=53.2359;RBI=0.0206201;REFB=0;REVB=-0.0125411;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22278e-05;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 56423728 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.096;QD=53.907;RBI=0.0222207;REFB=0;REVB=-0.0189724;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33578e-05;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr19 56423893 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.895;QD=57.1773;RBI=0.0220411;REFB=0;REVB=-0.00560472;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08715e-05;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr19 56424443 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.484;QD=40.7629;RBI=0.0353663;REFB=0;REVB=0.0293999;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87375e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr19 56424532 . G A 438.37 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.053315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.477;QD=50.0995;RBI=0.0581043;REFB=-0.0347402;REVB=-0.0231002;RO=3;SAF=18;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169279;STB=0.509085;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00596838;OID=.;OPOS=56424532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:3:3:32:32:0.914286:14:18:2:1:14:18:2:1 chr19 56443601 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0150652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.45;QD=14.6657;RBI=0.0158172;REFB=-0.0150665;REVB=0.00481919;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206031;OID=.;OPOS=56443601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:14:7:5:10:14:7 chr19 56459342 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.189;QD=55.656;RBI=0.0314142;REFB=0;REVB=0.0146738;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141667;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr19 56459614 . G C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4237;QD=61.3283;RBI=0.127995;REFB=0;REVB=0.112089;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234813;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr19 56473460 . T C 1926.98 PASS AF=0.984496;AO=126;DP=131;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00392848;FXX=0.015266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.802;QD=59.7512;RBI=0.0490148;REFB=-0.011199;REVB=0.0488571;RO=3;SAF=75;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119738;STB=0.501451;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=8.15585e-05;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:129:3:2:126:127:0.984496:51:75:1:2:52:75:1:1 chr19 56477687 . A G 748.58 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0156598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9571;QD=51.6259;RBI=0.0230058;REFB=-0.14482;REVB=-0.0168535;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376688;STB=0.512067;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00805069;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:2:3:55:55:0.948276:24:31:0:2:24:31:1:2 chr19 56490778 . C T 739.1 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6713;QD=56.8542;RBI=0.035746;REFB=0;REVB=0.0290008;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314184;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:11:40:0:0:11:41:0:0 chr19 56499279 . G C 772.6 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0521975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.523;QD=61.808;RBI=0.0523401;REFB=-0.0236716;REVB=-0.00386124;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00131598;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:27:22:0:1:27:22:0:1 chr19 56511081 . GC G,GG 988.66 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=8,60;DP=68;FAO=4,64;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=4,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445164,0.00671276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.688,279.22;QD=58.1562;RBI=0.00477983,0.00744478;REFB=0,0;REVB=-0.00174058,-0.00321927;RO=0;SAF=3,30;SAR=5,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0283841,0.00195885;OID=.,.;OPOS=56511082,56511082;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:8,60:68:4,64:68:0:0,33:4,31:0:0:9:0:3,30:5,30:0:0 chr19 56549510 . T C 1121.05 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047312;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.477;QD=60.5973;RBI=0.015262;REFB=0;REVB=0.0145102;RO=0;SAF=58;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6316e-05;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:16:58:0:0:16:58:0:0 chr19 56549532 . A G 988.64 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.466;QD=59.0235;RBI=0.0257939;REFB=0;REVB=0.0228204;RO=0;SAF=54;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98507e-05;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:12:54:0:0:12:55:0:0 chr19 56565127 . G T 309.44 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0028442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5653;QD=21.7153;RBI=0.0247547;REFB=-0.0445829;REVB=0.0245908;RO=21;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102757;STB=0.568063;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0361713;OID=.;OPOS=56565127;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:21:25:31:32:0.561404:19:12:11:10:19:13:14:11 chr19 56565164 . G A 519.73 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.856;QD=59.3976;RBI=0.124217;REFB=0;REVB=0.0420612;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118753;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr19 56569629 . C G 659.59 PASS AF=0.426901;AO=73;DP=171;FAO=73;FDP=171;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=61;FSRR=37;FWDB=0.00926812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.581;QD=15.4289;RBI=0.0327867;REFB=-0.0164056;REVB=-0.0314495;RO=98;SAF=40;SAR=33;SRF=61;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778859;STB=0.543442;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0236122;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:98:98:73:73:0.426901:33:40:61:37:33:40:61:37 chr19 56572832 . G A 332.92 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.00313643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.183;QD=14.0176;RBI=0.00448772;REFB=-0.00702151;REVB=-0.00320973;RO=57;SAF=15;SAR=22;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111455;STB=0.568928;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0261968;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:58:37:37:0.389474:22:15:29:28:22:15:30:28 chr19 56572875 . G A 279.03 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.034221;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.957;QD=13.7792;RBI=0.0360308;REFB=-0.0218735;REVB=0.0112757;RO=49;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132779;STB=0.57571;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0256273;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:19:13:26:23:19:13:26:23 chr19 56663213 . GAAA GAA,GAAG 61.97 PASS AF=0.188679,0.0566038;AO=10,6;DP=59;FAO=10,3;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=2,0;FSAR=8,3;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.227903,-0.03948;FXX=0.101678;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.0392,102.395;QD=4.67695;RBI=0.263877,0.0758017;REFB=-0.100578,-0.0132041;REVB=-0.133008,-0.0647088;RO=33;SAF=6,0;SAR=4,6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.313744,-0.619875;STB=0.709818,0.995995;STBP=0.175,0.119;TYPE=del,snp;VARB=0.0974934,0.0937389;OID=.,.;OPOS=56663214,56663216;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.188679,0.0566038:10,6:59:10,3:53:40:2,0:8,3:17:23:23:33:6,0:4,6:11:22 chr19 56688570 . G A 231.47 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0140182;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8397;QD=21.5322;RBI=0.0158874;REFB=-0.0247081;REVB=-0.00747667;RO=20;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306732;STB=0.508467;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0188875;OID=.;OPOS=56688570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:21:22:22:0.511628:7:15:13:7:7:15:14:7 chr19 56694505 . C T 494.89 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0164466;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.754;QD=20.6202;RBI=0.0169069;REFB=-0.0157098;REVB=0.00391844;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122878;STB=0.510934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0160846;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:41:48:47:48:0.5:19:28:30:11:19:29:30:18 chr19 56702323 . C T 335.53 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0190392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.782;QD=13.2883;RBI=0.0190616;REFB=-0.000530922;REVB=-0.000923952;RO=62;SAF=8;SAR=31;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127584;STB=0.573217;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000825895;OID=.;OPOS=56702323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:62:62:39:39:0.386139:31:8:18:44:31:8:18:44 chr19 56717325 . T G 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0149336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.198;QD=27.2737;RBI=0.0474917;REFB=0.00167651;REVB=0.0450827;RO=19;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265938;STB=0.514695;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000681277;OID=.;OPOS=56717325;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:8:20:13:6:8:20:13:6 chr19 56717353 . A G 329.69 PASS AF=0.615385;AO=33;DP=53;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00736151;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.829;QD=25.3609;RBI=0.0132541;REFB=-0.0173299;REVB=0.0110218;RO=20;SAF=24;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646659;STB=0.548749;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0177663;OID=.;OPOS=56717353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:20:33:32:0.615385:9:24:13:7:8:24:13:7 chr19 56718585 . A G 521.57 PASS AF=0.486726;AO=55;DP=113;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00207359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1319;QD=18.4625;RBI=0.0222413;REFB=-0.0114193;REVB=0.0221445;RO=58;SAF=24;SAR=31;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593937;STB=0.53291;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0158747;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:58:55:55:0.486726:31:24:29:29:31:24:29:29 chr19 56719405 . A C 280.95 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0132283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.141;QD=35.1187;RBI=0.0337148;REFB=-0.0474313;REVB=0.0310113;RO=7;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435871;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0122916;OID=.;OPOS=56719405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:7:8:24:24:0.75:8:16:4:3:8:16:5:3 chr19 56719822 . G T 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.000507314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.994;QD=14.904;RBI=0.0325197;REFB=-0.0286466;REVB=-0.0325157;RO=33;SAF=18;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953321;STB=0.565662;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0359123;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:8:18:20:13:8:18:20:14 chr19 56719853 . C A 163.07 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00878735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.7746;QD=9.88329;RBI=0.0149839;REFB=-0.0148212;REVB=-0.0121368;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.530958;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0171818;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:29:44:21:22:0.333333:9:12:16:13:9:13:24:20 chr19 56733425 . C A 857.72 PASS AF=0.491525;AO=87;DP=176;FAO=87;FDP=177;FR=.;FRO=90;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=0.0106312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.708;QD=19.3835;RBI=0.0347235;REFB=-0.0287718;REVB=-0.033056;RO=88;SAF=50;SAR=37;SRF=53;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258753;STB=0.507387;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0197444;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:88:90:87:87:0.491525:37:50:53:35:37:50:53:37 chr19 56827938 . C A 377.93 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.10243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2937;QD=26.9951;RBI=0.131389;REFB=0.00261995;REVB=-0.0822881;RO=20;SAF=26;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199221;STB=0.609311;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00428404;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:10:26:9:11:10:26:9:11 chr19 56888450 . A G 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0386123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.422;QD=25.3399;RBI=0.0401839;REFB=-0.0141568;REVB=0.0111282;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168454;STB=0.592299;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00752957;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:15:16:15:5:15:16:15:5 chr19 56935527 . A G 372.21 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0957;QD=55.1426;RBI=0.0240036;REFB=0;REVB=0.00614524;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00268813;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:13:12:0:0:14:13:0:0 chr19 56953585 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162757;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.123;QD=55.0987;RBI=0.016281;REFB=0;REVB=-0.00041403;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76858e-05;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 56953863 . T C 1227.34 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7222;QD=61.3669;RBI=0.0262626;REFB=0;REVB=0.025245;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153241;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr19 57027673 . A G 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0073329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3991;QD=18.946;RBI=0.0108477;REFB=0.026529;REVB=0.00799377;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133476;STB=0.507457;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0148951;OID=.;OPOS=57027673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:17:11:11:16:17:11:11:16 chr19 57036012 . G T 293.34 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0365925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6116;QD=30.0858;RBI=0.0369698;REFB=0.0254415;REVB=0.00526824;RO=13;SAF=24;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247219;STB=0.638169;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0118419;OID=.;OPOS=57036012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:2:24:10:3:2:24:10:3 chr19 57036653 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0159434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.981;QD=6.52628;RBI=0.0211808;REFB=0.00354928;REVB=0.013944;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308372;STB=0.698348;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00424245;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:9:11:2:5:9:11 chr19 57062047 . C T 359.19 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.011116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0912;QD=17.5212;RBI=0.0403524;REFB=-0.0092355;REVB=-0.0387911;RO=44;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718527;STB=0.533316;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0101548;OID=.;OPOS=57062047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:44:37:38:0.463415:17:20:27:17:17:21:27:17 chr19 57062073 . T C 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0010459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.533;QD=57.4312;RBI=0.00148528;REFB=-0.0466357;REVB=-0.00105458;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00115484;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:0:1:28:39:0:1 chr19 57065189 . T C 469.76 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0240224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9425;QD=23.198;RBI=0.0279923;REFB=-0.00483796;REVB=-0.0143699;RO=36;SAF=31;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252388;STB=0.639111;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0032381;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:14:31:14:22:14:31:14:22 chr19 57066013 . C T 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00977971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.719;QD=19.023;RBI=0.0366387;REFB=-0.0462942;REVB=-0.0353094;RO=35;SAF=7;SAR=28;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110567;STB=0.561946;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0246956;OID=.;OPOS=57066013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:28:7:10:25:28:7:10:25 chr19 57066107 . T C 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=0.0170379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.819;QD=14.271;RBI=0.0177055;REFB=-0.000542279;REVB=0.00481595;RO=31;SAF=6;SAR=18;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178571;STB=0.610311;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00101572;OID=.;OPOS=57066107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:33:24:24:0.421053:18:6:4:27:18:6:4:29 chr19 57085769 . G C 615.87 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00575396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9019;QD=23.4617;RBI=0.019634;REFB=-0.0283873;REVB=-0.018772;RO=44;SAF=34;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344685;STB=0.514483;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.020559;OID=.;OPOS=57085769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:44:45:60:60:0.571429:26:34:23:21:26:34:24:21 chr19 57085784 . G A 545.66 PASS AF=0.456693;AO=58;DP=127;FAO=58;FDP=127;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.03382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.677;QD=17.1862;RBI=0.0364407;REFB=-0.0246708;REVB=-0.0135696;RO=69;SAF=32;SAR=26;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000985743;STB=0.500549;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0279822;OID=.;OPOS=57085784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:69:69:58:58:0.456693:26:32:38:31:26:32:38:31 chr19 57089050 . C T 491.43 PASS AF=0.633803;AO=46;DP=72;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0297097;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3845;QD=27.6863;RBI=0.0326988;REFB=-0.02163;REVB=0.0136581;RO=26;SAF=20;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340375;STB=0.522283;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0104608;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:26:46:45:0.633803:26:20:10:16:25:20:10:16 chr19 57089375 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00581474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.923;QD=20.2095;RBI=0.0227476;REFB=-0.0150513;REVB=-0.0219919;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090647;STB=0.551643;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0147837;OID=.;OPOS=57089375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:5:5:8:5:5:5 chr19 57132968 . G A 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.000370248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.378;QD=15.3048;RBI=0.004546;REFB=-0.00179991;REVB=0.0045309;RO=39;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103656;STB=0.558404;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00272123;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:17:13:13:26:17:13:13:26 chr19 57135023 . T C 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.001755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.406;QD=21.5315;RBI=0.0107174;REFB=0.00661658;REVB=0.0105727;RO=31;SAF=28;SAR=9;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510819;STB=0.528286;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00615022;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:9:28:22:9:9:28:22:9 chr19 57135195 . G A 753.82 PASS AF=0.416667;AO=85;DP=204;FAO=85;FDP=204;FR=.;FRO=119;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=0.0299021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.482;QD=14.7808;RBI=0.0299599;REFB=0.000973862;REVB=0.00185951;RO=119;SAF=50;SAR=35;SRF=77;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642373;STB=0.535857;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00107338;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:119:119:85:85:0.416667:35:50:77:42:35:50:77:42 chr19 57175484 . A G 67.36 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00743716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4345;QD=13.4711;RBI=0.0564472;REFB=-0.0341019;REVB=-0.0559551;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652168;STB=0.538379;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0380514;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:8:3:3:6:8:3 chr19 57175578 . C T 108.69 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0187334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7483;QD=24.1536;RBI=0.0281533;REFB=-0.00337657;REVB=-0.0210159;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263925;STB=0.655971;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00206368;OID=.;OPOS=57175578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:3:8:2:4:3:9:2:4 chr19 57176198 . T G 471.18 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00925155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.48;QD=15.9721;RBI=0.0102218;REFB=-0.000195093;REVB=-0.00434662;RO=66;SAF=29;SAR=23;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650007;STB=0.536295;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000289384;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:23:29:41:25:23:29:41:25 chr19 57176304 . T G 366.07 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0313102;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5641;QD=17.8571;RBI=0.0316199;REFB=-0.0443106;REVB=-0.00441499;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192728;STB=0.508028;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0487586;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:44:38:38:0.463415:23:15:17:24:23:15:18:26 chr19 57176482 . C T 586.37 PASS AF=0.421384;AO=54;DP=146;FAO=67;FDP=159;FR=.;FRO=92;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=0.0865625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.66;QD=14.7514;RBI=0.100693;REFB=-0.0106872;REVB=0.051439;RO=92;SAF=29;SAR=25;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130121;STB=0.533587;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.018057;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:159:92:92:54:67:0.421384:25:29:60:32:27:40:60:32 chr19 57176820 . C A 659.73 PASS AF=0.468531;AO=67;DP=143;FAO=67;FDP=143;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0634745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.47;QD=18.454;RBI=0.0634761;REFB=-0.0102973;REVB=0.000450646;RO=74;SAF=29;SAR=38;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641583;STB=0.528994;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0110138;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:74:76:67:67:0.468531:38:29:37:37:38:29:37:39 chr19 57176838 . C G 480.25 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0782326;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.149;QD=17.1518;RBI=0.0782812;REFB=0.00681615;REVB=0.00275816;RO=56;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937978;STB=0.572202;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00652673;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:56:60:52:52:0.464286:32:20:27:29:32:20:31:29 chr19 57293394 . A G 574.67 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=117;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0664835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.704;QD=19.6468;RBI=0.0701888;REFB=-0.0131514;REVB=0.0225034;RO=58;SAF=37;SAR=22;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061198;STB=0.5337;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0113254;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:58:59:59:0.504274:22:37:40:18:22:37:40:18 chr19 57293831 . G A 247.32 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0493922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9165;QD=11.1154;RBI=0.0895422;REFB=-0.0245919;REVB=-0.0746874;RO=56;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14292;STB=0.591184;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0405389;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:56:58:31:31:0.348315:16:15:20:36:16:15:20:38 chr19 57325083 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=0;FWDB=-0.000797553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.328;QD=10.8848;RBI=0.0233089;REFB=0.00284626;REVB=-0.0232953;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563713;STB=0.825637;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00918842;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:14:0:5:4:15:0 chr19 57330037 . C T 499.78 PASS AF=0.49;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=100;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0219179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0529;QD=19.9911;RBI=0.0261061;REFB=-0.00582444;REVB=-0.0141821;RO=51;SAF=20;SAR=29;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403833;STB=0.522404;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00654206;OID=.;OPOS=57330037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:51:51:49:49:0.49:29:20:23:28:29:20:23:28 chr19 57433619 . C T 530.0 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000428913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.385;QD=58.8884;RBI=0.00717941;REFB=0;REVB=0.00716658;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162173;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr19 57433712 . T C 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00767771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.33;QD=20.8691;RBI=0.0205601;REFB=-0.0389645;REVB=0.0190728;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105504;STB=0.559384;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0338885;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:9:11:9:12:9:11 chr19 57641146 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.024329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.195;QD=13.0911;RBI=0.0374571;REFB=-0.0157755;REVB=0.0284804;RO=20;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158812;STB=0.593758;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0197962;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:9:4:9:11:9:4:9:11 chr19 57641799 . G A 35.05 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0304514;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.822;QD=17.5246;RBI=0.0370613;REFB=-0.0502143;REVB=0.0211248;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0256529;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:4:3:5:5:0.625:3:2:2:2:3:2:1:2 chr19 57642782 . C A 650.86 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1895;QD=60.5449;RBI=0.00911028;REFB=0;REVB=-0.00307268;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101186;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:13:28:0:0:15:28:0:0 chr19 57643051 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.023432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.536;QD=17.8593;RBI=0.026105;REFB=-0.000718232;REVB=0.0115069;RO=37;SAF=24;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170078;STB=0.595529;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000585355;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:10:24:20:17:10:24:20:17 chr19 57643099 . G A 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0367962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.624;QD=21.292;RBI=0.0373888;REFB=0.00150785;REVB=-0.0066302;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163095;STB=0.582714;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00244892;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:9:16:11:13:9:16:12:13 chr19 57647015 . A G 243.95 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=8;FWDB=0.0246789;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0088;QD=14.1418;RBI=0.0255589;REFB=0.00571167;REVB=-0.00664892;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303084;STB=0.664434;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00291472;OID=.;OPOS=57647015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:40:41:27:28:0.405797:13:14:32:8:13:15:33:8 chr19 57647236 . T C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00538974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.857;QD=14.4003;RBI=0.00553463;REFB=-0.0210366;REVB=0.0012581;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11999;STB=0.568281;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0260776;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:15:19:11:14:15:19 chr19 57649901 . G A 266.67 PASS AF=0.336842;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0220582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.119;QD=11.2281;RBI=0.0255293;REFB=-0.01419;REVB=-0.0128523;RO=57;SAF=15;SAR=16;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868383;STB=0.547339;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0333817;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:95:57:63:31:32:0.336842:16:15:32:25:16:16:36:27 chr19 57649940 . A T 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0224079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.216;QD=10.7659;RBI=0.0240616;REFB=-0.00674117;REVB=0.00876607;RO=58;SAF=15;SAR=14;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396203;STB=0.523037;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0219385;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:14:15:32:26:14:15:32:26 chr19 57665854 . A C 38.63 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=4.64043e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.268;QD=2.53286;RBI=0.0418455;REFB=-0.00284199;REVB=-0.0418455;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291262;STB=0.705406;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0387484;OID=.;OPOS=57665854;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:61:61:53:53:8:8:0.131148:5:3:33:20:5:3:33:20 chr19 57723007 . G C 332.59 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0478969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.26;QD=11.8782;RBI=0.0481031;REFB=-0.0129059;REVB=0.00444921;RO=71;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935776;STB=0.553373;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0243008;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:71:71:41:41:0.366071:22:19:27:44:22:19:27:44 chr19 57723013 . G A 335.32 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.0152272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.994;QD=12.1934;RBI=0.0213104;REFB=-0.00870906;REVB=-0.0149086;RO=69;SAF=19;SAR=22;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113091;STB=0.564326;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0136901;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:41:41:0.372727:22:19:25:44:22:19:25:44 chr19 57742472 . G C 227.8 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0244629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7307;QD=11.5341;RBI=0.060311;REFB=-0.0203371;REVB=0.055127;RO=51;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887647;STB=0.551399;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0389053;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:11:17:27:24:11:17:27:24 chr19 57742489 . C T 136.58 PASS AF=0.28169;AO=19;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0288131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.844;QD=7.69462;RBI=0.029772;REFB=-0.0315502;REVB=-0.00749512;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759757;STB=0.514879;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0699149;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:51:19:20:0.28169:9:10:26:24:9:11:27:24 chr19 57773447 . T G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0109259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.351;QD=15.5715;RBI=0.013816;REFB=-0.00159543;REVB=0.0084562;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114818;STB=0.566257;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00188251;OID=.;OPOS=57773447;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:9:3:4:7:9:3 chr19 57802806 . C T 210.63 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00262045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9835;QD=11.8663;RBI=0.00263688;REFB=-0.00515381;REVB=0.000293886;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882137;STB=0.563332;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0105114;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:45:26:26:0.366197:13:13:18:25:13:13:18:27 chr19 57802824 . G A 255.91 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00837191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.923;QD=13.469;RBI=0.00907133;REFB=-0.000160674;REVB=-0.00349287;RO=43;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564701;STB=0.546069;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000247656;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:46:29:30:0.394737:16:13:17:26:16:14:18:28 chr19 57832257 . T C 131.96 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0330175;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.474;QD=14.662;RBI=0.0354834;REFB=-0.0178795;REVB=-0.0129969;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151309;STB=0.588114;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.02603;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:11:10:5:10:11:10 chr19 57838018 . C G 178.67 PASS AF=0.5625;AO=10;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00473791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.716;QD=22.3339;RBI=0.0103939;REFB=-0.00599746;REVB=-0.00925124;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426955;STB=0.531215;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00356161;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:10:18:0.5625:8:2:8:5:9:9:8:6 chr19 57839150 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.849;QD=56.7052;RBI=0.0476836;REFB=0;REVB=0.0248541;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199674;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 57839567 . T A 1044.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2284;QD=59.6668;RBI=0.0223502;REFB=0;REVB=-0.00289111;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132689;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr19 57839690 . A T 229.5 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000504715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.721;QD=14.123;RBI=0.0103642;REFB=-0.018642;REVB=0.0103519;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093833;STB=0.550936;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0198319;OID=.;OPOS=57839690;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:36:38:27:27:0.415385:13:14:22:14:13:14:23:15 chr19 57865149 . C T 670.39 PASS AF=0.59;AO=57;DP=98;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.038915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8015;QD=26.8156;RBI=0.0395408;REFB=-0.0319809;REVB=-0.00700693;RO=41;SAF=33;SAR=24;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198891;STB=0.612344;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0225282;OID=.;OPOS=57865149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:41:41:57:59:0.59:24:33:13:28:24:35:13:28 chr19 57868336 . A G 296.63 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000327655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.373;QD=49.4376;RBI=0.00713244;REFB=-0.214705;REVB=0.00712491;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00172775;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chr19 57868879 . T C 204.89 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0402772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.847;QD=19.9888;RBI=0.0429899;REFB=-0.0421954;REVB=-0.0150291;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717531;STB=0.525356;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0298841;OID=.;OPOS=57868879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:20:19:20:0.487805:8:11:10:5:9:11:12:8 chr19 57888679 . A G 309.57 PASS AF=0.376238;AO=34;DP=97;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.00890532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.837;QD=12.26;RBI=0.0130941;REFB=-0.00946817;REVB=-0.0095995;RO=62;SAF=22;SAR=12;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115975;STB=0.514886;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0142559;OID=.;OPOS=57888679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:101:62:63:34:38:0.376238:12:22:34:28:16:22:35:28 chr19 57909827 . G T 430.61 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00917808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5266;QD=20.0282;RBI=0.0397703;REFB=0.00578466;REVB=0.0386968;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734909;STB=0.535403;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00660629;OID=.;OPOS=57909827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:18:25:21:21:18:25:22:21 chr19 57909872 . G A 1525.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0765;QD=59.8294;RBI=0.0378839;REFB=0;REVB=-0.0143079;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106822;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:52:50:0:0:52:50:0:0 chr19 57955244 . A G 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00962603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.394;QD=24.1072;RBI=0.0167451;REFB=-0.00231827;REVB=0.0137017;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282191;STB=0.657705;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00122769;OID=.;OPOS=57955244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:7:12:7:17:7:12 chr19 57956828 . T G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0207432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3811;QD=15.4097;RBI=0.0672777;REFB=-0.0161666;REVB=0.0640001;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983069;STB=0.555515;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0192503;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:21:13:13:14:21:13 chr19 57967049 . G T 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8389;QD=57.881;RBI=0.0200443;REFB=0;REVB=0.0185302;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171163;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 57967133 . G A 590.45 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4063;QD=59.0448;RBI=0.0421605;REFB=0;REVB=0.0389932;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234707;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:39:40:1:20:19:0:1:21:19:0:0 chr19 57984426 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.498;QD=64.1537;RBI=0.0129181;REFB=0;REVB=-0.001197;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02741e-05;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr19 57984918 . A G 1057.87 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.181;QD=57.9654;RBI=0.0296609;REFB=-0.0811139;REVB=0.0264506;RO=1;SAF=49;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955282;STB=0.505049;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000256522;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:21:49:1:0:23:49:1:0 chr19 57985460 . T A 1091.56 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.832;QD=59.0034;RBI=0.0773893;REFB=0;REVB=-0.0745187;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110833;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:1:0:72:74:1:35:37:1:0:35:39:0:0 chr19 57985566 . G C 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.948;QD=60.9522;RBI=0.0280097;REFB=0;REVB=0.0279406;RO=0;SAF=56;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36891e-05;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:60:56:0:0:60:56:0:0 chr19 57987905 . G A 1769.94 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.005;QD=59.9979;RBI=0.0261604;REFB=-0.025203;REVB=0.0119907;RO=1;SAF=73;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646207;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000350353;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:44:73:1:0:44:73:1:0 chr19 57988666 . A AGCC 352.36 PASS AF=0.697674;AO=25;DP=49;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=0.00599562;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=174.505;QD=32.778;RBI=0.0549283;REFB=-0.107492;REVB=0.0546001;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39923;STB=0.632575;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0511165;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.697674:25:49:30:43:13:18:12:13:0:97:24:13:12:23:1 chr19 58001512 . T A 1322.47 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.68;QD=61.5102;RBI=0.0310572;REFB=0;REVB=0.0308803;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440598;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:33:50:0:0:36:50:0:0 chr19 58003141 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2372;QD=37.8928;RBI=0.039886;REFB=0.161276;REVB=-0.025705;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.023298;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr19 58003488 . A G 1245.88 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8983;QD=61.5251;RBI=0.0846287;REFB=0;REVB=0.0710012;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527403;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr19 58003580 . A G 2621.69 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.15;QD=62.0517;RBI=0.0172117;REFB=0;REVB=0.0167675;RO=0;SAF=87;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92111e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58092e-05;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:169:169:1:82:87:0:0:82:87:0:0 chr19 58003613 . C T 2323.15 PASS AF=0.993631;AO=143;DP=148;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0639044;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9351;QD=59.1885;RBI=0.0654256;REFB=-0.098181;REVB=0.0140262;RO=0;SAF=60;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2309e-08;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000424699;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:157:0:1:143:156:0.993631:83:60:0:0:83:73:1:0 chr19 58004346 . G C 851.03 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8497;QD=57.6968;RBI=0.0347263;REFB=0;REVB=0.020989;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315895;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr19 58004931 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.908;QD=46.8479;RBI=0.00505024;REFB=0;REVB=-0.00356342;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83681e-07;OID=.;OPOS=58004931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 58011421 . G T 379.58 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825663;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.215;QD=56.2337;RBI=0.0867277;REFB=0;REVB=0.0265424;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047599;OID=.;OPOS=58011421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:15:12:0:0 chr19 58038964 . T A 2020.13 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.2741;QD=61.6835;RBI=0.125745;REFB=0;REVB=0.122141;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705552;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:118:131:0:0:118:131:1:47:71:0:0:57:74:0:0 chr19 58058536 . A G 1302.1 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6831;QD=62.0047;RBI=0.0407085;REFB=0;REVB=-0.0322868;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400009;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:36:48:0:0:36:48:0:0 chr19 58058739 . T C 990.61 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.898;QD=59.1409;RBI=0.0577437;REFB=0;REVB=-0.0564701;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150337;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:23:44:0:0:23:44:0:0 chr19 58352522 . G A 1249.2 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590432;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.823;QD=61.6889;RBI=0.065613;REFB=0;REVB=0.0286177;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226825;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr19 58352806 . T C 255.79 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00262309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.519;QD=23.2539;RBI=0.0127687;REFB=-0.0254734;REVB=0.0124963;RO=20;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184293;STB=0.603086;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0274412;OID=.;OPOS=58352806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:16:8:11:9:16:8:11:9 chr19 58374130 . C T 326.26 PASS AF=0.548387;AO=31;DP=58;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00538701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.556;QD=21.049;RBI=0.00583901;REFB=-0.0203825;REVB=-0.00225258;RO=27;SAF=26;SAR=5;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875858;STB=0.50576;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0167565;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:27:28:31:34:0.548387:5:26:21:6:7:27:22:6 chr19 58385707 . GT TG 33.95 PASS AF=0.117647;AO=5;DP=37;FAO=4;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00616114;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=2;MLLD=22.4801;QD=3.99388;RBI=0.0264726;REFB=-0.0338953;REVB=0.0257456;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132679;STB=0.717867;STBP=0.483;TYPE=mnp;VARB=-0.0101797;OID=.;OPOS=58385707;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:37:34:17:28:5:4:0.117647:2:3:12:5:2:2:21:7 chr19 58385748 . G A 33.8 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0605434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.645;QD=5.87868;RBI=0.0609934;REFB=-0.0571449;REVB=0.0073953;RO=15;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.652156;STB=0.637776;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.149046;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:21:23:15:17:5:6:0.26087:0:5:11:4:1:5:12:5 chr19 58385762 . C G 35.78 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0663847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1711;QD=8.41873;RBI=0.108365;REFB=-0.0948652;REVB=-0.0856504;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.175721;OID=.;OPOS=58385762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:7:4:1:5:7:4 chr19 58385954 . T C 153.71 PASS AF=0.435897;AO=9;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0199248;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=86.8559;QD=15.7649;RBI=0.138683;REFB=-0.0259778;REVB=0.137244;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.659999;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0237649;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:21:9:17:0.435897:5:4:8:7:12:5:12:9 chr19 58420152 . C A 135.35 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00574223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.186;QD=8.32902;RBI=0.014357;REFB=-0.00513138;REVB=0.0131587;RO=46;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119221;STB=0.571353;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00935913;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:46:19:19:0.292308:8:11:22:24:8:11:22:24 chr19 58420162 . T C 122.45 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0151053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.604;QD=7.20287;RBI=0.0155811;REFB=-0.0049728;REVB=0.00382113;RO=50;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303019;STB=0.685161;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0182963;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:5:13:24:26:5:13:24:26 chr19 58420167 . T C 127.17 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0067058;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.775;QD=8.07443;RBI=0.00705286;REFB=0.00358102;REVB=0.00218521;RO=45;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215963;STB=0.630287;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00244224;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:45:45:18:18:0.285714:6:12:22:23:6:12:22:23 chr19 58420699 . C A 211.45 PASS AF=0.278351;AO=16;DP=101;FAO=27;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.019886;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.672;QD=8.71958;RBI=0.0202084;REFB=-0.0187681;REVB=-0.00359574;RO=72;SAF=7;SAR=9;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147723;STB=0.573473;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0390364;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:72:70:16:27:0.278351:9:7:40:32:9:18:40:30 chr19 58421128 . C T 124.1 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.858;QD=41.3652;RBI=0.0178821;REFB=0;REVB=-0.0164934;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286909;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr19 58439306 . G A 128.96 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0233475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.926;QD=12.5813;RBI=0.0251424;REFB=-0.00714702;REVB=-0.00932917;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285998;STB=0.527832;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00902245;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:14:11:7:8:15:11 chr19 58453342 . T C 309.49 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00330354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.153;QD=16.0774;RBI=0.00682091;REFB=-0.0225978;REVB=-0.00596753;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224347;STB=0.631503;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0247315;OID=.;OPOS=58453342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:43:34:34:0.441558:14:20:15:27:14:20:15:28 chr19 58455381 . C T 1979.59 PASS AF=1;AO=101;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.46;QD=62.3493;RBI=0.106334;REFB=0;REVB=0.00766674;RO=1;SAF=36;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206216;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:1:0:101:127:1:65:36:1:0:65:62:0:0 chr19 58718360 . A AG 406.12 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.8674;QD=47.7793;RBI=0.0499124;REFB=0;REVB=-0.0188551;RO=5;SAF=8;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000899344;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:35:34:34:0:12:22:0:0:7:5:8:22:5:0 chr19 58774071 . A G 233.62 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0271909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.538;QD=21.7324;RBI=0.0280616;REFB=-0.0159497;REVB=0.0069358;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108694;STB=0.561343;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0183402;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:21:21:0.488372:14:7:9:11:14:7:9:11 chr19 58790675 . T C 205.06 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0140573;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.529;QD=12.6191;RBI=0.0265762;REFB=-0.00241536;REVB=-0.0225541;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247981;STB=0.641629;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00333392;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:11:14:13:27:11:14:13:27 chr19 58790713 . G C 126.06 PASS AF=0.358974;AO=10;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0017566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.1315;QD=12.9293;RBI=0.107031;REFB=-0.0231756;REVB=-0.107017;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795232;STB=0.630163;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0406961;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:23:10:14:0.358974:5:5:9:12:5:9:10:13 chr19 58805783 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0226132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.731;QD=19.1795;RBI=0.0226894;REFB=-0.0303981;REVB=-0.00185803;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0209885;OID=.;OPOS=58805783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:3:8:8:5:3:8 chr19 58806083 . T C 233.29 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0201859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.26;QD=16.9667;RBI=0.0220116;REFB=-0.0147737;REVB=-0.00877715;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.511227;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0120821;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:25:26:0.472727:11:14:15:14:12:14:15:14 chr19 58850341 . G C 238.26 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=-0.0261049;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.8232;QD=21.1784;RBI=0.0308562;REFB=-0.0116126;REVB=0.0164511;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467676;STB=0.742001;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0040211;OID=.;OPOS=58850341;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:19:22:22:23:0.511111:13:9:19:0:13:10:21:1 chr19 58851130 . C CT 555.09 PASS AF=0.581395;AO=71;DP=134;FAO=75;FDP=129;FR=.;FRO=54;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0411455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.8864;QD=17.212;RBI=0.0579988;REFB=-0.0115041;REVB=-0.0408768;RO=60;SAF=55;SAR=16;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136207;STB=0.543714;STBP=0.308;TYPE=ins;VARB=0.00872257;OID=.;OPOS=58851131;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581395:71:134:75:129:54:55:20:35:19:99:60:55:16:39:21 chr19 58861570 . C A 651.12 PASS AF=0.431138;AO=72;DP=167;FAO=72;FDP=167;FR=.;FRO=95;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0175109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.004;QD=15.5958;RBI=0.0242256;REFB=-0.00649789;REVB=0.0167405;RO=95;SAF=43;SAR=29;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253869;STB=0.514163;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00860524;OID=.;OPOS=58861570;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:95:95:72:72:0.431138:29:43:59:36:29:43:59:36 chr19 58864479 . T C 348.86 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.0185458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.037;QD=15.0048;RBI=0.0187066;REFB=-0.0159511;REVB=-0.00244789;RO=54;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082688;STB=0.538442;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0191247;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:24:14:16:38:24:14:17:38 chr19 58870087 . TG T 324.99 PASS AF=0.510204;AO=47;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00508696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9182;QD=13.2651;RBI=0.0215511;REFB=0.00335285;REVB=-0.0209421;RO=42;SAF=27;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.00265786;STB=0.501242;STBP=0.996;TYPE=del;VARB=-0.00542182;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.510204:47:98:50:98:48:28:22:27:21:99:42:27:20:24:18 chr19 58879965 . A G 118.28 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0522562;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8437;QD=13.1427;RBI=0.122933;REFB=-0.00827184;REVB=-0.111274;RO=21;SAF=13;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375104;STB=0.72181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0314936;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:1:13:16:5:1:13:17:5 chr19 58879976 . C T 118.9 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00640577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.752;QD=13.2116;RBI=0.038816;REFB=-0.0449616;REVB=0.0382838;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357647;STB=0.72181;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0821505;OID=.;OPOS=58879976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:13:14:0.388889:1:12:16:5:1:13:17:5 chr19 58898193 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0125546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.717;QD=15.3797;RBI=0.0550521;REFB=-0.0153984;REVB=0.0536015;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210938;STB=0.523771;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0179365;OID=.;OPOS=58898193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:2:10:11:2:2:10:12:2 chr19 58945962 . C T 276.78 PASS AF=0.517857;AO=20;DP=48;FAO=29;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0187381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.054;QD=19.7697;RBI=0.0681273;REFB=-0.0303093;REVB=0.0654998;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568813;STB=0.594532;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.027882;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:56:20:25:20:29:0.517857:5:15:14:6:14:15:18:7 chr19 58951123 . T C 795.42 PASS AF=0.513514;AO=76;DP=147;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00367967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.375;QD=21.4978;RBI=0.00848872;REFB=-0.0274418;REVB=0.00764973;RO=69;SAF=48;SAR=28;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992503;STB=0.566354;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0257678;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:69:72:76:76:0.513514:28:48:36:33:28:48:36:36 chr19 58982384 . A G 1793.46 PASS AF=1;AO=106;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.251;QD=60.2844;RBI=0.0645531;REFB=0;REVB=0.038113;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88325e-06;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:1:0:106:119:1:59:47:1:0:59:60:0:0 chr19 59061357 . C T 281.17 PASS AF=0.517241;AO=31;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0178318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0444;QD=19.3909;RBI=0.0644576;REFB=-0.0247949;REVB=0.061942;RO=27;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176124;STB=0.577729;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0228968;OID=.;OPOS=59061357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:31:30:0.517241:13:18:21:6:12:18:21:7 chr19 59073613 . A G 57.74 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0225598;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3346;QD=10.0425;RBI=0.0537803;REFB=-0.0237948;REVB=-0.0488198;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0594096;OID=.;OPOS=59073613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr19 59074429 . C T 516.25 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.0219018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1016;QD=19.1202;RBI=0.0225925;REFB=-0.0164965;REVB=0.00554386;RO=54;SAF=30;SAR=24;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169929;STB=0.509391;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0196577;OID=.;OPOS=59074429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:24:30:31:23:24:30:31:23 chr19 59074653 . T C 262.62 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00503406;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.656;QD=26.262;RBI=0.0266395;REFB=-0.0484232;REVB=-0.0261595;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204144;STB=0.596408;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0382898;OID=.;OPOS=59074653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:23:24:0.6:16:7:9:7:16:8:9:7 chr19 59082368 . C T 1075.09 PASS AF=0.454183;AO=114;DP=251;FAO=114;FDP=251;FR=.;FRO=137;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=74;FSRR=63;FWDB=0.00869943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.669;QD=17.1329;RBI=0.0120027;REFB=-0.0107834;REVB=0.0082695;RO=128;SAF=68;SAR=46;SRF=72;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335793;STB=0.531549;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0122917;OID=.;OPOS=59082368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:128:137:114:114:0.454183:46:68:72:56:46:68:74:63 chr20 76962 . T C 713.61 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.133437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.92;QD=51.8987;RBI=0.133715;REFB=-0.100905;REVB=-0.00861096;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00325546;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:55:0:1:49:54:0.981818:10:39:0:0:10:44:1:0 chr20 126155 . GCAAA G 339.06 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00175517;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=4;MLLD=331.077;QD=22.9871;RBI=0.0030696;REFB=0.00489733;REVB=0.0025183;RO=22;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650588;STB=0.525409;STBP=0.643;TYPE=del;VARB=-0.00392699;OID=.;OPOS=126156;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576271:34:60:34:59:25:17:17:14:11:99:22:17:17:13:9 chr20 126310 . ACC A 596.41 PASS AF=0.607692;AO=72;DP=131;FAO=79;FDP=130;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0560614;FXX=0.00763301;HRUN=5;LEN=2;MLLD=29.9525;QD=18.3512;RBI=0.130845;REFB=0.0283303;REVB=0.118226;RO=40;SAF=36;SAR=36;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165042;STB=0.518983;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=-0.0176407;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607692:72:131:79:130:51:41:38:24:27:99:40:36:36:21:19 chr20 138178 . GC G 259.58 PASS AF=0.488372;AO=37;DP=82;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0606771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1232;QD=12.0734;RBI=0.0654773;REFB=2.86711e-05;REVB=-0.0246085;RO=44;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493828;STB=0.558471;STBP=0.306;TYPE=del;VARB=8.9703e-05;OID=.;OPOS=138179;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:37:82:42:86:44:22:20:18:26:99:44:17:20:18:26 chr20 139456 . G A 351.02 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0330206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6683;QD=23.401;RBI=0.0464064;REFB=0.0302304;REVB=0.0326067;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926069;STB=0.550991;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0213877;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:12:13:14:21:12:13 chr20 139576 . C A 306.92 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0531178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.619;QD=20.8084;RBI=0.0539609;REFB=-0.0225213;REVB=0.00950108;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056437;STB=0.539658;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0207197;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:27:32:32:0.542373:17:15:14:12:17:15:15:12 chr20 168728 . T A 347.92 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00162951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.532;QD=14.8052;RBI=0.00768645;REFB=0.0045646;REVB=-0.00751173;RO=56;SAF=16;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501507;STB=0.528375;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00671628;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:56:38:38:0.404255:22:16:21:35:22:16:21:35 chr20 210061 . G A 463.68 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0125894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.902;QD=19.3202;RBI=0.0361905;REFB=-0.0176442;REVB=-0.0339302;RO=49;SAF=21;SAR=25;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181011;STB=0.594663;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180549;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:50:46:46:0.479167:25:21:32:17:25:21:32:18 chr20 256727 . T A 1018.81 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.409;QD=59.0617;RBI=0.0635511;REFB=0;REVB=0.0587278;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383554;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:20:48:0:0:21:48:0:0 chr20 257733 . A G 817.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.418;QD=57.3708;RBI=0.0202512;REFB=0;REVB=0.000637209;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80693e-05;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:19:38:0:0:19:38:0:0 chr20 259818 . G A 1404.93 PASS AF=0.483553;AO=138;DP=297;FAO=147;FDP=304;FR=.;FRO=157;FSAF=90;FSAR=57;FSRF=98;FSRR=59;FWDB=0.035396;FXX=0.00327858;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1766;QD=18.486;RBI=0.0933531;REFB=-0.0130164;REVB=0.0863825;RO=158;SAF=88;SAR=50;SRF=97;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246681;STB=0.506522;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0165095;OID=.;OPOS=259818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:304:158:157:138:147:0.483553:50:88:97:61:57:90:98:59 chr20 259969 . G C 5151.29 PASS AF=0.979651;AO=333;DP=344;FAO=337;FDP=344;FR=.;FRO=7;FSAF=146;FSAR=191;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0231621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.097;QD=59.8987;RBI=0.023273;REFB=-0.0749117;REVB=0.00226916;RO=8;SAF=142;SAR=191;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261131;STB=0.508762;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00168065;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:344:344:8:7:333:337:0.979651:191:142:8:0:191:146:6:1 chr20 271225 . T A 69.09 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0371466;FXX=0;HRUN=21;LEN=1;MLLD=32.0943;QD=23.0286;RBI=0.042631;REFB=0.0527537;REVB=0.0209172;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0093589;OID=.;OPOS=271225;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:2:1:5:4:2:1 chr20 278806 . C T 333.67 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00297708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.333;QD=21.8798;RBI=0.02083;REFB=-0.0179489;REVB=0.0206162;RO=27;SAF=23;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743547;STB=0.541152;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0174989;OID=.;OPOS=278806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:11:23:16:11:11:23:16:11 chr20 278848 . C T 347.84 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0982637;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6375;QD=16.5636;RBI=0.115343;REFB=-0.00873619;REVB=0.0604006;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00882974;OID=.;OPOS=278848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:46:38:38:0.452381:19:19:24:20:19:19:23:23 chr20 279483 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.225;QD=59.0114;RBI=0.0201314;REFB=0;REVB=0.0132504;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48277e-05;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr20 279774 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.489;QD=42.1786;RBI=0.00531275;REFB=0;REVB=0.00454843;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27222e-05;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr20 368789 . CT TC 140.09 PASS AF=0.153846;AO=20;DP=136;FAO=20;FDP=130;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=89;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0473707;FXX=0.0225547;HRUN=6;LEN=2;MLLD=62.7231;QD=4.31052;RBI=0.0814002;REFB=-0.0229457;REVB=-0.0661967;RO=65;SAF=15;SAR=5;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486245;STB=0.819481;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.253437;OID=.;OPOS=368789;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:136:130:65:89:20:20:0.153846:5:15:22:43:4:16:35:54 chr20 371972 . T C 592.51 PASS AF=0.375;AO=69;DP=183;FAO=69;FDP=184;FR=.;FRO=115;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=71;FSRR=44;FWDB=-0.0264095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1272;QD=12.8807;RBI=0.0788672;REFB=-0.0240813;REVB=-0.074314;RO=114;SAF=36;SAR=33;SRF=71;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112304;STB=0.560192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0286099;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:114:115:69:69:0.375:33:36:71:43:33:36:71:44 chr20 372013 . A AC,C 42.1 PASS AF=0.130841,0;AO=38,14;DP=217;FAO=28,0;FDP=214;FR=.;FRO=186;FSAF=22,0;FSAR=6,0;FSRF=100;FSRR=86;FWDB=-0.0392663,-0.116577;FXX=0.0138242;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=20.3037,44.1157;QD=0.786928;RBI=0.0801243,0.138351;REFB=-0.0631841,-0.0334288;REVB=-0.0698431,-0.0745046;RO=161;SAF=27,13;SAR=11,1;SRF=84;SRR=77;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25299,0.490494;STB=0.734219,0.5;STBP=0.011,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.265144,0;OID=.,.;OPOS=372014,372013;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:217:214:161:186:38,14:28,0:0.130841,0:11,1:27,13:84:77:6,0:22,0:100:86 chr20 397928 . C T 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0005;QD=61.0491;RBI=0.0477871;REFB=0;REVB=0.002506;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265601;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr20 590542 . CG GC 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328478;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.085;QD=39.2056;RBI=0.00678023;REFB=0;REVB=-0.00593142;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000349447;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr20 628712 . A G 248.43 PASS AF=0.340909;AO=31;DP=89;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00905449;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.088;QD=11.2925;RBI=0.0115086;REFB=-0.00642976;REVB=-0.00710389;RO=57;SAF=22;SAR=9;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121744;STB=0.571379;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0071717;OID=.;OPOS=628712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:57:58:31:30:0.340909:9:22:35:22:9:21:35:23 chr20 628890 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0848897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5739;QD=57.7106;RBI=0.104704;REFB=0;REVB=-0.061291;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119283;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr20 741847 . A G 238.88 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00639762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.746;QD=11.7966;RBI=0.0561238;REFB=-0.0114039;REVB=-0.055758;RO=52;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201;STB=0.615759;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0209535;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:52:29:29:0.358025:17:12:31:21:17:12:31:21 chr20 744450 . G A 557.85 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.0182287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0523;QD=23.0039;RBI=0.0192515;REFB=-0.00740222;REVB=0.00619142;RO=45;SAF=41;SAR=11;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916187;STB=0.550623;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.011025;OID=.;OPOS=744450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:11:41:32:13:11:41:32:13 chr20 744570 . G A 896.29 PASS AF=0.440909;AO=95;DP=217;FAO=97;FDP=220;FR=.;FRO=123;FSAF=77;FSAR=20;FSRF=98;FSRR=25;FWDB=-0.00610233;FXX=0.0090086;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.529;QD=16.2962;RBI=0.0367906;REFB=-0.0315669;REVB=-0.036281;RO=114;SAF=77;SAR=18;SRF=95;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.502512;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0366831;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:220:114:123:95:97:0.440909:18:77:95:19:20:77:98:25 chr20 746098 . G A 219.75 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0557554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0348;QD=19.1086;RBI=0.122434;REFB=-0.0170666;REVB=0.109001;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284033;STB=0.526292;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0266525;OID=.;OPOS=746098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:9:12:13:11:9:13:13:11 chr20 825678 . T C 1116.75 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.024;QD=60.365;RBI=0.0210128;REFB=0;REVB=-0.0206376;RO=0;SAF=58;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.87201e-05;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:16:58:0:0:16:58:0:0 chr20 826492 . G C 361.11 PASS AF=0.410526;AO=38;DP=93;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00495437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.872;QD=15.2046;RBI=0.0297348;REFB=0.000897606;REVB=0.0293192;RO=55;SAF=17;SAR=21;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13976;STB=0.574841;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00191891;OID=.;OPOS=826492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:55:56:38:39:0.410526:21:17:32:23:21:18:33:23 chr20 826513 . C G 411.14 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0191753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8213;QD=21.0842;RBI=0.0607713;REFB=-0.0108022;REVB=-0.0576668;RO=36;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118612;STB=0.559791;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0102004;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:37:41:41:0.525641:16:25:17:19:16:25:18:19 chr20 826710 . C T 105.4 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0622016;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0767;QD=19.1629;RBI=0.0626974;REFB=-0.0308383;REVB=-0.00786902;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360738;STB=0.705552;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0150458;OID=.;OPOS=826710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:8:2:8:4:8:2 chr20 854940 . T C 179.0 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0725985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3252;QD=15.2342;RBI=0.0728408;REFB=0.0181724;REVB=-0.00593647;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.609642;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.028417;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:11:8:16:11:11:8:17:11 chr20 1099523 . T G 314.81 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=7.74351e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.273;QD=14.8146;RBI=0.0106631;REFB=-0.0144977;REVB=-0.0106628;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426159;STB=0.530595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0237685;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:15:20:26:23:15:20:26:24 chr20 1214814 . A C 116.46 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.0479965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3529;QD=11.6456;RBI=0.0516755;REFB=-0.0215961;REVB=0.0191492;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321559;STB=0.712064;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.020818;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:26:14:14:0.35:8:6:17:6:8:6:20:6 chr20 1221038 . T C 142.11 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0350639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.246;QD=13.8646;RBI=0.0370689;REFB=-0.0252651;REVB=-0.012026;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991377;STB=0.53654;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0316922;OID=.;OPOS=1221038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:8:7:14:11:8:8:14:11 chr20 1285933 . G A 1593.4 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0194243;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.457;QD=57.4199;RBI=0.0332812;REFB=-0.19997;REVB=0.0270247;RO=0;SAF=65;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.75032e-08;STB=0.507461;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000672587;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:111:0:2:108:109:0.981982:43:65:0:0:43:66:2:0 chr20 1291076 . G C 1418.52 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.881;QD=62.3525;RBI=0.0825475;REFB=0;REVB=0.0249424;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11239e-05;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:57:33:0:0:57:34:0:0 chr20 1293008 . C T 1597.15 PASS AF=0.91129;AO=113;DP=124;FAO=113;FDP=124;FR=.;FRO=11;FSAF=46;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0254768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.014;QD=51.521;RBI=0.0352653;REFB=-0.17523;REVB=0.0243839;RO=0;SAF=46;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40416e-08;STB=0.504353;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00263179;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:124:0:11:113:113:0.91129:67:46:0:0:67:46:5:6 chr20 1298794 . G A 741.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253049;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0682;QD=57.02;RBI=0.0394884;REFB=0;REVB=-0.030315;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139852;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr20 1424303 . G A 702.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200225;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2518;QD=57.3109;RBI=0.00380404;REFB=0;REVB=0.00323446;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.84601e-06;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:10:39:0:0:10:39:0:0 chr20 1426393 . C T 2680.46 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701274;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.184;QD=61.6197;RBI=0.0705714;REFB=-0.0580113;REVB=-0.00790393;RO=1;SAF=92;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292689;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:174:174:1:0:172:174:1:80:92:1:0:80:94:0:0 chr20 1457910 . C A 2197.4 PASS AF=0.986755;AO=145;DP=150;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0530439;FXX=0.00657851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.083;QD=58.2093;RBI=0.0530456;REFB=-0.164628;REVB=-0.000428127;RO=2;SAF=67;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139822;STB=0.506944;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00117477;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:150:151:2:2:145:149:0.986755:78:67:2:0:78:71:2:0 chr20 1459060 . T G 1018.32 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014684;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.426;QD=59.0329;RBI=0.0184059;REFB=0;REVB=0.0110977;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258313;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:22:46:0:0:22:47:0:0 chr20 1532595 . T C 1815.39 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00259151;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.526;QD=59.5208;RBI=0.0188757;REFB=-0.0181058;REVB=0.018697;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141353;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:122:1:2:120:120:0.983607:60:60:1:0:60:60:1:1 chr20 1546911 . C G 740.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.516;QD=62.9864;RBI=0.0583725;REFB=0;REVB=0.0562155;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248669;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:22:25:0:0 chr20 1551485 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4686;QD=57.6788;RBI=0.0440065;REFB=0;REVB=-0.0213582;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311402;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr20 1552430 . T C 4281.12 PASS AF=1;AO=270;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225753;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.415;QD=62.727;RBI=0.0277987;REFB=0;REVB=0.0162211;RO=0;SAF=146;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73509e-06;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:273:273:0:0:270:273:1:124:146:0:0:124:149:0:0 chr20 1559101 . T G 5788.47 PASS AF=1;AO=368;DP=369;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116747;FXX=0.00270995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.268;QD=62.9182;RBI=0.0301621;REFB=-0.0516046;REVB=0.0278111;RO=1;SAF=176;SAR=192;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08149e-05;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:369:368:1:0:368:368:1:192:176:1:0:192:176:0:0 chr20 1592175 . T G 116.14 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.07;QD=42.2315;RBI=0.0124498;REFB=0;REVB=-0.00535674;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51004e-05;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr20 1592193 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.404;QD=47.8224;RBI=0.0198137;REFB=0;REVB=0.0158188;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29643e-05;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr20 1592215 . C G 246.08 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3793;QD=49.215;RBI=0.033359;REFB=0;REVB=0.0205587;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583594;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:11:9:0:0 chr20 1592265 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2817;QD=55.6556;RBI=0.0585666;REFB=0;REVB=-0.0376947;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147575;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr20 1592284 . G A 341.57 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.751;QD=54.6504;RBI=0.108631;REFB=0;REVB=0.0654707;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015649;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:16:9:0:0 chr20 1592312 . T C 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197397;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.086;QD=51.2601;RBI=0.0486357;REFB=0;REVB=-0.0444497;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165148;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr20 1592343 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2221;QD=42.1825;RBI=0.0579485;REFB=0;REVB=-0.00638356;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025027;OID=.;OPOS=1592343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr20 1592352 . A C 62.33 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.734;QD=35.617;RBI=0.0774967;REFB=0;REVB=0.021149;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111696;OID=.;OPOS=1592352;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chr20 1592358 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340081;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=304.429;QD=33.4285;RBI=0.0381398;REFB=0;REVB=0.0172655;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180082;OID=.;OPOS=1592358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr20 1610894 . G A 305.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.595;QD=53.082;RBI=0.0364918;REFB=0;REVB=0.00614928;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311735;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr20 1610939 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.692;QD=52.6132;RBI=0.0173086;REFB=0;REVB=-0.0171914;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.87573e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr20 1615959 . T C 1400.34 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.341;QD=61.5534;RBI=0.0190644;REFB=-0.0452312;REVB=0.00414084;RO=1;SAF=42;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111514;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00118294;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:48:42:1:0:48:42:1:0 chr20 1616137 . G A 3152.68 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349132;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3021;QD=64.0137;RBI=0.0618353;REFB=0;REVB=-0.051036;RO=0;SAF=110;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55267e-05;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:87:110:0:0:87:110:0:0 chr20 1616206 . A G 2344.99 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.724;QD=63.3781;RBI=0.0196738;REFB=0;REVB=-0.00816946;RO=0;SAF=80;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59554e-05;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:148:0:0:145:148:1:65:80:0:0:65:83:0:0 chr20 1616892 . A G 2848.15 PASS AF=1;AO=178;DP=184;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185975;FXX=0.0163035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.738;QD=62.9426;RBI=0.0186243;REFB=0;REVB=0.000999395;RO=0;SAF=105;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42236e-05;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:184:181:0:0:178:181:1:73:105:0:0:76:105:0:0 chr20 1895950 . CCT GTC 30.28 PASS AF=0.0659341;AO=12;DP=183;FAO=12;FDP=182;FR=.;FRO=170;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=77;FSRR=93;FWDB=-0.0367034;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=3;MLLD=197.323;QD=0.665495;RBI=0.0520504;REFB=-0.00257742;REVB=-0.0369067;RO=166;SAF=10;SAR=2;SRF=75;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40184;STB=0.844639;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.0493268;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:183:182:166:170:12:12:0.0659341:2:10:75:91:2:10:77:93 chr20 1895963 . A G 44.04 PASS AF=0.079602;AO=16;DP=201;FAO=16;FDP=201;FR=.;FRO=185;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=84;FSRR=101;FWDB=-0.0274495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.792;QD=0.87639;RBI=0.0347153;REFB=-0.00612808;REVB=-0.0212528;RO=185;SAF=13;SAR=3;SRF=84;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401543;STB=0.822491;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0341072;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:201:201:185:185:16:16:0.079602:3:13:84:101:3:13:84:101 chr20 1895984 . C A 128.06 PASS AF=0.135514;AO=29;DP=214;FAO=29;FDP=214;FR=.;FRO=185;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=85;FSRR=100;FWDB=-0.0322627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.911;QD=2.39368;RBI=0.0324944;REFB=-0.00784712;REVB=0.00387312;RO=183;SAF=21;SAR=8;SRF=84;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335382;STB=0.7277;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0453619;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:183:185:29:29:0.135514:8:21:84:99:8:21:85:100 chr20 1895990 . G A 162.71 PASS AF=0.157143;AO=33;DP=208;FAO=33;FDP=210;FR=.;FRO=177;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=82;FSRR=95;FWDB=-0.0156617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.961;QD=3.09929;RBI=0.0164011;REFB=-0.00527171;REVB=0.00486886;RO=175;SAF=24;SAR=9;SRF=80;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34663;STB=0.723342;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0189039;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:175:177:33:33:0.157143:9:24:80:95:9:24:82:95 chr20 1896051 . CCGA C 104.45 PASS AF=0.215278;AO=27;DP=149;FAO=31;FDP=144;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=85;FWDB=-0.0236744;FXX=0.0270252;HRUN=4;LEN=3;MLLD=263.389;QD=2.90151;RBI=0.0260588;REFB=-0.00316996;REVB=0.0108897;RO=114;SAF=18;SAR=9;SRF=29;SRR=85;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=0.494203;STB=0.765544;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0168658;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215278:27:149:31:144:113:19:12:28:85:99:114:18:9:29:85 chr20 1896059 . GT AC 196.88 PASS AF=0.219858;AO=31;DP=141;FAO=31;FDP=141;FR=.;FRO=110;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=78;FWDB=-0.00639942;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.387;QD=5.58519;RBI=0.00755476;REFB=-0.00493302;REVB=-0.0040152;RO=107;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393536;STB=0.736302;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.00985955;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:107:110:31:31:0.219858:12:19:31:76:12:19:32:78 chr20 1896100 . C T 305.53 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.047546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.107;QD=10.7202;RBI=0.0504424;REFB=-0.0220746;REVB=-0.0168465;RO=73;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250843;STB=0.641366;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0552942;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:73:75:39:39:0.342105:18:21:23:50:18:21:24:51 chr20 1959939 . G A 707.98 PASS AF=0.526718;AO=69;DP=131;FAO=69;FDP=131;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.0205443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.189;QD=21.6178;RBI=0.020577;REFB=-0.00359768;REVB=0.00116024;RO=61;SAF=35;SAR=34;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569745;STB=0.534771;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0026233;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:61:62:69:69:0.526718:34:35:35:26:34:35:36:26 chr20 2082732 . C G 347.29 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0544949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2227;QD=51.4507;RBI=0.0573857;REFB=0.0558231;REVB=0.017984;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00226375;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr20 2127684 . C T 3211.12 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134181;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8208;QD=60.8744;RBI=0.0164302;REFB=-0.0638521;REVB=0.00948188;RO=0;SAF=112;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134045;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:206:211:0:0:205:211:1:93:112:0:0:98:113:0:0 chr20 2127930 . C T 805.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6587;QD=64.4676;RBI=0.14221;REFB=0;REVB=0.109654;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254357;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:33:17:0:0 chr20 2290333 . C A 598.82 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.465;QD=58.4214;RBI=0.0648789;REFB=-0.118494;REVB=0.0551464;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00119206;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:1:0:24:16:1:0 chr20 2321105 . G C 1575.43 PASS AF=0.940171;AO=110;DP=117;FAO=110;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0124069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.204;QD=53.8608;RBI=0.0162723;REFB=-0.0326456;REVB=-0.0105289;RO=3;SAF=61;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00571984;STB=0.516217;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00012626;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:117:117:3:7:110:110:0.940171:49:61:2:1:49:61:2:5 chr20 2375262 . A G 1824.61 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157012;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.797;QD=61.3314;RBI=0.0343525;REFB=0;REVB=-0.0305544;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39751e-05;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:61:57:0:0:61:58:0:0 chr20 2539266 . CTGGGGGA CTGGGGA,CTGGGGAG,GCTGGGGA 56.41 PASS AF=0.209677,0.112903,0;AO=12,3,5;DP=61;FAO=13,7,0;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7,1,0;FSAR=6,6,0;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0741635,0.0157792,0.019494;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,3;MLLD=8.94629,20.8246,20.9141;QD=3.6396;RBI=0.0928325,0.0496479,0.0273691;REFB=-0.116498,-0.0598866,-0.0449875;REVB=0.0558359,-0.0470737,-0.0192107;RO=30;SAF=8,0,1;SAR=4,3,4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0840597,-0.591044,-0.450164;STB=0.507031,0.851052,0.5;STBP=0.969,0.073,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.169448,0.0901127,0;OID=.,.,.;OPOS=2539268,2539272,2539266;OREF=G,GA,CTG;OALT=-,AG,GCT;OMAPALT=CTGGGGA,CTGGGGAG,GCTGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:62:30:42:12,3,5:13,7,0:0.209677,0.112903,0:4,3,4:8,0,1:18:12:6,6,0:7,1,0:23:19 chr20 2539387 . G A 804.82 PASS AF=1;AO=27;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1977;QD=65.6996;RBI=0.25882;REFB=0;REVB=0.258601;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358959;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:27:49:1:11:16:0:0:33:16:0:0 chr20 2559795 . T C 191.5 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0291069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.913;QD=22.5295;RBI=0.0578939;REFB=0.00151789;REVB=0.0500449;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111566;STB=0.583252;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.000130092;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:15:19:19:0.558824:7:12:10:3:7:12:12:3 chr20 2572968 . A G 741.53 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00242679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.788;QD=29.6613;RBI=0.00403604;REFB=-0.0392066;REVB=-0.00322495;RO=36;SAF=33;SAR=30;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077739;STB=0.546486;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0275707;OID=.;OPOS=2572968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:36:37:63:63:0.63:30:33:23:13:30:33:24:13 chr20 2591232 . C T 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00953624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.832;QD=15.7818;RBI=0.0195749;REFB=-0.0223801;REVB=0.017095;RO=29;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012387;STB=0.507036;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0248723;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:9:14:18:11:9:14:18:11 chr20 2618140 . T C 200.93 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00862222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.324;QD=11.8194;RBI=0.0365977;REFB=-0.0215626;REVB=-0.0355676;RO=43;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110724;STB=0.563842;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0265936;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:12:13:18:25:12:13:18:25 chr20 2621998 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.025611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.595;QD=22.831;RBI=0.0256735;REFB=-0.0142111;REVB=0.00178962;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.010326;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:5:5:7:8:5:5 chr20 2633936 . T C 1112.06 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.579;QD=60.1112;RBI=0.0249713;REFB=0;REVB=-0.00552015;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28255e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:38:34:0:0:39:35:0:0 chr20 2637071 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00979908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.263;QD=13.2127;RBI=0.0132635;REFB=-0.00184651;REVB=-0.00893857;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352939;STB=0.549925;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00247891;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:11:3:5:16:11:3:6:16 chr20 2644407 . C G 717.06 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0256;QD=62.3533;RBI=0.0905767;REFB=0;REVB=-0.0796823;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594062;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:16:28:0:0:17:29:0:0 chr20 2796007 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0172279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.976;QD=18.2485;RBI=0.0288345;REFB=-0.0110131;REVB=-0.023122;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238661;STB=0.670407;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00788731;OID=.;OPOS=2796007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:12:13:13:0.52:8:5:7:3:8:5:9:3 chr20 2797015 . G A 609.71 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0445694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.558;QD=55.4284;RBI=0.0722368;REFB=-0.137786;REVB=0.0568483;RO=3;SAF=32;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791258;STB=0.516121;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0024201;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:3:2:41:42:0.954545:9:32:1:2:10:32:1:1 chr20 2840929 . G A 489.61 PASS AF=0.416667;AO=54;DP=128;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0523951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6716;QD=14.8367;RBI=0.0873536;REFB=-0.00856444;REVB=0.0698957;RO=74;SAF=24;SAR=30;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1127;STB=0.610963;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0147264;OID=.;OPOS=2840929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:132:74:77:54:55:0.416667:30:24:41:33:34:21:44:33 chr20 2844911 . C T 118.51 PASS AF=0.368421;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0413561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0477;QD=12.4745;RBI=0.0448517;REFB=-0.0249097;REVB=0.0173593;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208428;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0279686;OID=.;OPOS=2844911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:24:12:14:0.368421:7:5:14:9:9:5:14:10 chr20 2996497 . C T 164.36 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00281683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.268;QD=12.8911;RBI=0.0573268;REFB=-0.0120404;REVB=-0.0572576;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.6042;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0206466;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:22:32:17:19:0.372549:5:12:12:10:5:14:19:13 chr20 3008448 . C T 466.38 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0437063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.066;QD=19.8458;RBI=0.0505971;REFB=-0.0213439;REVB=-0.0254917;RO=47;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720585;STB=0.546126;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.018507;OID=.;OPOS=3008448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:48:46:46:0.489362:28:18:22:25:28:18:23:25 chr20 3018782 . G A 351.89 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0729652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.647;QD=15.6396;RBI=0.0816843;REFB=-0.00281256;REVB=-0.0367208;RO=51;SAF=5;SAR=33;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272592;STB=0.667526;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00248645;OID=.;OPOS=3018782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:51:52:38:38:0.422222:33:5:15:36:33:5:16:36 chr20 3025107 . C T 427.82 PASS AF=0.552632;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0400331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8869;QD=22.5166;RBI=0.0552042;REFB=-0.052033;REVB=-0.0380112;RO=33;SAF=13;SAR=28;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150969;STB=0.504948;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0585772;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:33:34:41:42:0.552632:28:13:11:22:28:14:11:23 chr20 3074835 . C T 466.85 PASS AF=0.392593;AO=53;DP=135;FAO=53;FDP=135;FR=.;FRO=82;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=0.0480021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6919;QD=13.8327;RBI=0.050009;REFB=-0.0181136;REVB=0.0140248;RO=76;SAF=40;SAR=13;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21563;STB=0.644064;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0284105;OID=.;OPOS=3074835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:76:82:53:53:0.392593:13:40:44:32:13:40:45:37 chr20 3193842 . C A 1054.1 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0178483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.377;QD=56.9783;RBI=0.0346211;REFB=-0.0255236;REVB=-0.0296658;RO=2;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034992;STB=0.518513;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00129013;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:26:46:0:2:26:46:0:2 chr20 3193978 . G A 1438.91 PASS AF=0.944444;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0476545;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.7586;QD=53.2929;RBI=0.111743;REFB=-0.121644;REVB=0.101072;RO=6;SAF=46;SAR=55;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225576;STB=0.511486;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00582233;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:107:108:6:6:101:102:0.944444:55:46:4:2:55:47:4:2 chr20 3204084 . G A 3496.09 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638121;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9653;QD=62.4302;RBI=0.0872948;REFB=-0.0993921;REVB=0.0595685;RO=1;SAF=137;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143619;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:224:1:0:221:224:1:84:137:0:1:84:140:0:0 chr20 3214581 . C T 789.63 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00878214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.22;QD=53.534;RBI=0.03289;REFB=-0.13101;REVB=0.0316958;RO=2;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040955;STB=0.521731;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00201719;OID=.;OPOS=3214581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:22:35:0:2:22:35:0:2 chr20 3285140 . T A,C 748.08 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,44;DP=46;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000783257,0.0337456;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.168,87.4369;QD=62.3403;RBI=0.00197578,0.0507624;REFB=0,0;REVB=-0.00181389,0.0379218;RO=0;SAF=2,26;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0473383,0.00281502;OID=.,.;OPOS=3285140,3285140;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:48:0:0:2,44:2,46:0.0416667,0.958333:0,18:2,26:0:0:0,20:2,26:0:0 chr20 3564672 . C T 1058.16 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.09;QD=59.6146;RBI=0.0248639;REFB=0;REVB=-0.00509512;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81539e-05;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:33:36:0:0:33:38:0:0 chr20 3624830 . G A 753.04 PASS AF=0.541353;AO=72;DP=133;FAO=72;FDP=133;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00465819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4344;QD=22.648;RBI=0.00821524;REFB=0.000690022;REVB=-0.00676694;RO=61;SAF=41;SAR=31;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118111;STB=0.564474;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000507402;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:61:61:72:72:0.541353:31:41:43:18:31:41:43:18 chr20 3627840 . C CA 199.42 PASS AF=0.75;AO=39;DP=95;FAO=69;FDP=92;FR=.;FRO=23;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.177648;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.53269;QD=8.67053;RBI=0.285564;REFB=0.0108703;REVB=0.223581;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00338033;STB=0.50749;STBP=0.807;TYPE=ins;VARB=0.0564388;OID=.;OPOS=3627841;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:39:95:69:92:23:41:28:13:10:30:43:21:18:23:20 chr20 3628918 . T C,G 729.41 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112873,0.00854095;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.681,104.512;QD=56.1086;RBI=0.0260586,0.0209405;REFB=0,0;REVB=0.0234872,0.0191195;RO=0;SAF=31,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0003799,0.0102259;OID=.,.;OPOS=3628918,3628918;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:19,2:31,0:0:0:19,2:31,0:0:0 chr20 3630107 . G A 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00359811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.668;QD=17.9428;RBI=0.00450835;REFB=-0.00363309;REVB=0.00271641;RO=29;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.596946;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00383986;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:12:16:11:18:12:16:11:18 chr20 3649632 . ATCTGGACT A 94.4 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.000646914;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=8;MLLD=272.216;QD=6.62444;RBI=0.0143082;REFB=-0.0092779;REVB=-0.0142936;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17741;STB=0.610944;STBP=0.404;TYPE=del;VARB=0.0283181;OID=.;OPOS=3649633;OREF=TCTGGACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245614:14:56:14:57:43:10:4:25:18:94:38:10:4:22:16 chr20 3650205 . G A 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00343561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.84;QD=24.9288;RBI=0.00558409;REFB=-0.00566126;REVB=0.00440211;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338527;STB=0.518832;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0033195;OID=.;OPOS=3650205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:7:18:13:6:7:18:13:6 chr20 3650234 . A G 298.95 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00515735;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.468;QD=20.9786;RBI=0.00641018;REFB=-0.0330456;REVB=-0.00380687;RO=26;SAF=23;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896546;STB=0.549896;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0241477;OID=.;OPOS=3650234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:26:26:31:31:0.54386:8:23:17:9:8:23:17:9 chr20 3651742 . C G 1743.01 PASS AF=0.975;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0148416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.093;QD=58.1004;RBI=0.0149365;REFB=-0.0554422;REVB=-0.00168069;RO=3;SAF=85;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00356601;STB=0.501878;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000725175;OID=.;OPOS=3651742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:120:3:3:117:117:0.975:32:85:2:1:32:85:2:1 chr20 3654433 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461051;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0563;QD=35.5749;RBI=0.0461051;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362633;OID=.;OPOS=3654433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr20 3655219 . T C 248.51 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0271013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.925;QD=14.0008;RBI=0.039874;REFB=-0.0215649;REVB=-0.0292482;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883871;STB=0.544754;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0352987;OID=.;OPOS=3655219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:42:29:29:0.408451:11:18:28:12:11:18:29:13 chr20 3672836 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0414567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6075;QD=19.9758;RBI=0.0420203;REFB=-0.0110831;REVB=-0.00685892;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178848;STB=0.580569;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.021766;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:12:8:4:15:12:8:5:15 chr20 3675333 . G A 1195.14 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3315;QD=59.7571;RBI=0.0649533;REFB=-0.126274;REVB=0.0491669;RO=1;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015025;STB=0.507934;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00129501;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:80:80:1:1:79:79:0.9875:31:48:0:1:31:48:0:1 chr20 3675498 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.147;QD=55.0987;RBI=0.0225181;REFB=0;REVB=0.010734;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0418e-05;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr20 3677357 . T C 1456.49 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641888;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8355;QD=63.3256;RBI=0.0682205;REFB=0;REVB=-0.0231048;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308237;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr20 3677736 . T G 587.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.387;QD=60.2803;RBI=0.0259255;REFB=0;REVB=0.025643;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128343;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr20 3682011 . G A 2339.71 PASS AF=0.986667;AO=147;DP=149;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0109902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.877;QD=62.3923;RBI=0.0430444;REFB=0.0112539;REVB=0.0416177;RO=2;SAF=90;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104508;STB=0.505434;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-9.23446e-05;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:150:2:2:147:148:0.986667:57:90:2:0:57:91:2:0 chr20 3682275 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.447;QD=62.022;RBI=0.0246348;REFB=0;REVB=0.0243273;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68549e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr20 3684022 . A G 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00591429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.257;QD=11.595;RBI=0.0199408;REFB=0.00049687;REVB=-0.0190435;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00100713;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:10:11:6:6:10:11 chr20 3684729 . T C 111.53 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0656338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1882;QD=8.41719;RBI=0.0666878;REFB=0.0110006;REVB=0.0118096;RO=38;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295114;STB=0.694468;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0289637;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:38:14:15:0.283019:10:4:20:18:11:4:20:18 chr20 3686436 . C G,T 3056.46 PASS AF=0.057971,0.932367;AO=13,192;DP=205;FAO=12,193;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=8,121;FSAR=4,72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00214563,0.0196937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.804,147.052;QD=59.062;RBI=0.075689,0.0310747;REFB=-0.161418,-0.151101;REVB=-0.0756586,0.0240374;RO=0;SAF=8,121;SAR=5,71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.60098e-08,0;STB=0.526271,0.501391;STBP=0.756,0.737;TYPE=snp,snp;VARB=0.0973517,4.16446e-05;OID=.,.;OPOS=3686436,3686436;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:205:207:0:2:13,192:12,193:0.057971,0.932367:5,71:8,121:0:0:4,72:8,121:1:1 chr20 3732225 . G A 369.57 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0166713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1699;QD=22.398;RBI=0.0704113;REFB=-0.0411574;REVB=0.0684092;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122104;STB=0.558792;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0358149;OID=.;OPOS=3732225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:29:37:37:0.560606:18:19:10:18:18:19:11:18 chr20 3783551 . C T 486.85 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.025239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4565;QD=18.1999;RBI=0.0470905;REFB=-0.0159635;REVB=0.0397555;RO=53;SAF=31;SAR=21;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433787;STB=0.521633;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0169375;OID=.;OPOS=3783551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:55:52:52:0.485981:21:31:34:19:21:31:35:20 chr20 3784110 . C T 236.69 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00687857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.461;QD=11.407;RBI=0.0152706;REFB=-0.0112037;REVB=-0.0136337;RO=54;SAF=12;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122941;STB=0.580294;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0161858;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:54:54:28:29:0.349398:16:12:29:25:17:12:29:25 chr20 3838441 . C G 420.22 PASS AF=0.432432;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0269556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.884;QD=15.143;RBI=0.0353081;REFB=-0.0471306;REVB=-0.0228047;RO=58;SAF=22;SAR=25;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141216;STB=0.556078;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0531918;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:58:63:47:48:0.432432:25:22:19:39:25:23:24:39 chr20 4053254 . A G 2148.09 PASS AF=0.985714;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=140;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.909;QD=61.3741;RBI=0.0354132;REFB=-0.100978;REVB=0.0144193;RO=2;SAF=74;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000989097;STB=0.50052;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000340928;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:140:140:2:2:138:138:0.985714:64:74:1:1:64:74:1:1 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T,TACACACACACACAC 144.78 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=10,2;DP=14;FAO=11,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104997,-0.0196412;FXX=0.0713776;HRUN=1,1;LEN=16,2;MLLD=616.584,37.2242;QD=44.5479;RBI=0.0144807,0.0385476;REFB=0,0;REVB=0.00997229,-0.0331683;RO=0;SAF=4,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00425303,0.0287117;OID=.,.;OPOS=4124038,4124038;OREF=ACACACACACACACAC,AC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.846154,0.153846:10,2:14:11,2:13:0:4,0:7,2:0:0:10:0:4,0:6,2:0:0 chr20 4163302 . A G 246.31 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0259462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.575;QD=13.4963;RBI=0.0397112;REFB=-0.0338943;REVB=-0.0300628;RO=42;SAF=22;SAR=7;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394277;STB=0.507037;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.075122;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:7:22:33:9:7:22:33:11 chr20 4164283 . A G 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=73;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00430984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.119;QD=58.4195;RBI=0.0399718;REFB=-0.0228841;REVB=0.0397388;RO=0;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98661e-08;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00118992;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:73:72:0.986301:31:42:0:0:30:42:0:1 chr20 4705718 . C T 124.95 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0281586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.191;QD=17.2345;RBI=0.0306802;REFB=-0.0247581;REVB=0.0121806;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.511612;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0494159;OID=.;OPOS=4705718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:13:15:0.517241:9:4:4:10:11:4:4:10 chr20 4705756 . T C 54.83 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0312838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.01;QD=9.53554;RBI=0.04868;REFB=-0.0218408;REVB=-0.0372969;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280775;STB=0.517198;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0988269;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:6:9:5:3:6:9 chr20 4705865 . T C 473.75 PASS AF=0.472727;AO=48;DP=106;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=0.0167485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.527;QD=17.2273;RBI=0.027587;REFB=-0.0243262;REVB=-0.021921;RO=58;SAF=28;SAR=20;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10969;STB=0.542153;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0274927;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:58:58:48:52:0.472727:20:28:40:18:20:32:40:18 chr20 4706310 . T C 368.29 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0355771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7796;QD=16.7406;RBI=0.0737983;REFB=-0.00571795;REVB=0.0646564;RO=48;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.589879;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00788453;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:49:39:39:0.443182:20:19:16:32:20:19:16:33 chr20 4707388 . G T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0175107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.53;QD=15.1662;RBI=0.0214137;REFB=-0.0231728;REVB=0.0123257;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214641;STB=0.621164;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0266617;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:11:12:22:8:11:12:22:8 chr20 4707861 . G A 322.4 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0121816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3052;QD=19.2478;RBI=0.0195037;REFB=0.00206891;REVB=-0.0152316;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039975;STB=0.505576;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-2.80192e-05;OID=.;OPOS=4707861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:32:32:33:35:0.522388:19:14:15:17:19:16:15:17 chr20 4708130 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0701162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5905;QD=20.5462;RBI=0.0736404;REFB=-0.000113309;REVB=0.0225086;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314606;STB=0.67585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00257952;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:5:17:9:13:5:17 chr20 4708713 . T C 137.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0917113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.612;QD=39.3267;RBI=0.0934349;REFB=-0.118642;REVB=0.0178643;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00174271;OID=.;OPOS=4708713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:11:2:0:0:11:2:0:1 chr20 4708778 . T C 236.28 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.988;QD=49.7425;RBI=0.001059;REFB=0;REVB=-0.001059;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200809;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:16:0:0:0:19:0:0:0 chr20 4708979 . T C 220.08 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00174664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.493;QD=19.1375;RBI=0.0671883;REFB=0.0209956;REVB=0.0671656;RO=22;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172067;STB=0.622292;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0130003;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:24:22:22:0.478261:7:15:11:11:7:15:11:13 chr20 4762869 . G A 736.85 PASS AF=0.56;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=125;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0127274;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.915;QD=23.5791;RBI=0.0131459;REFB=-0.0109263;REVB=0.00329051;RO=55;SAF=40;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152217;STB=0.58312;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0103821;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:55:55:70:70:0.56:30:40:21:34:30:40:21:34 chr20 4764629 . G A 497.7 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00595579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6118;QD=21.1786;RBI=0.0414078;REFB=-0.0270145;REVB=-0.0409773;RO=46;SAF=29;SAR=19;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158587;STB=0.508768;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0187056;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:19:29:27:19:19:29:27:19 chr20 4768846 . GT G 255.82 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0077913;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.947;QD=24.958;RBI=0.0420834;REFB=-0.0306505;REVB=0.0413558;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.519491;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=0.0215571;OID=.;OPOS=4768847;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:23:41:24:41:17:11:13:7:10:99:17:11:12:7:10 chr20 4834338 . C T 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0547523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.11;QD=16.0653;RBI=0.0549628;REFB=0.005485;REVB=-0.00480541;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966124;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00611484;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:11:13:8:10:11:13 chr20 4880308 . G A 369.66 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00461355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.967;QD=22.4034;RBI=0.0393328;REFB=-0.0341582;REVB=0.0390613;RO=29;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905999;STB=0.549973;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0247698;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:15:22:14:15:15:22:14:15 chr20 5169799 . C T 281.12 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00709933;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.328;QD=16.2965;RBI=0.013735;REFB=-0.00048381;REVB=-0.0117579;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279502;STB=0.515749;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00070081;OID=.;OPOS=5169799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:17:21:18:13:17:21 chr20 5283256 . C G 591.34 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0139244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4493;QD=56.3184;RBI=0.111298;REFB=-0.0202825;REVB=-0.110424;RO=2;SAF=26;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0022165;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:14:26:2:0:14:26:2:0 chr20 5283376 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.472;QD=60.9785;RBI=0.0127224;REFB=0;REVB=0.0122857;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47579e-05;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:11:27:0:0:11:28:0:0 chr20 5296798 . T C 4159.2 PASS AF=0.985348;AO=268;DP=274;FAO=269;FDP=273;FR=.;FRO=4;FSAF=153;FSAR=116;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0236207;FXX=0.0036495;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1441;QD=60.9407;RBI=0.0283299;REFB=0.0503377;REVB=-0.0156412;RO=4;SAF=152;SAR=116;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904223;STB=0.504754;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0036324;OID=.;OPOS=5296798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:274:273:4:4:268:269:0.985348:116:152:1:3:116:153:1:3 chr20 5454400 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.655;QD=50.4118;RBI=0.0671093;REFB=0;REVB=0.0287173;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111138;OID=.;OPOS=5454400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr20 5454442 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00224444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.217;QD=16.199;RBI=0.0790514;REFB=-0.0286002;REVB=0.0790195;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.017542;OID=.;OPOS=5454442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr20 5527176 . T A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0229348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.751;QD=9.75996;RBI=0.0240035;REFB=-0.010771;REVB=-0.00708251;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311223;STB=0.691747;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0195131;OID=.;OPOS=5527176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:7:5:5:2:7:5 chr20 5527291 . A G 202.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00146505;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.279;QD=44.9856;RBI=0.0250782;REFB=-0.0685724;REVB=0.0250354;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00321784;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr20 5550862 . G A 652.79 PASS AF=0.478261;AO=66;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.000704875;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.276;QD=18.9213;RBI=0.0166167;REFB=-0.01285;REVB=-0.0166018;RO=72;SAF=42;SAR=24;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257287;STB=0.501424;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0143593;OID=.;OPOS=5550862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:66:66:0.478261:24:42:46:26:24:42:46:26 chr20 5753579 . C T 349.45 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0045277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.62;QD=25.4149;RBI=0.0279674;REFB=-0.0189685;REVB=-0.0275984;RO=21;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103065;STB=0.55647;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0134891;OID=.;OPOS=5753579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:18:16:13:8:18:16:13:8 chr20 5843812 . T C 155.1 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0659889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4963;QD=10.8841;RBI=0.0683541;REFB=-0.0136095;REVB=0.0178256;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316088;STB=0.673305;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0450605;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:8:12:11:25:8:12:12:25 chr20 5903067 . T A 348.61 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0239573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4618;QD=33.2007;RBI=0.0378805;REFB=-0.002953;REVB=-0.0293425;RO=13;SAF=20;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228003;STB=0.624911;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000424063;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:9:20:4:9:9:20:4:9 chr20 5903323 . G A 72.97 PASS AF=0.818182;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0365714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.041;QD=26.533;RBI=0.0425497;REFB=-0.0285824;REVB=-0.0217487;RO=2;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666261;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00298428;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:2:2:8:9:0.818182:2:6:0:2:2:7:0:2 chr20 5903388 . A C 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0309474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9295;QD=11.9521;RBI=0.0545522;REFB=-0.0179159;REVB=-0.0449244;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09343;STB=0.555425;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0229129;OID=.;OPOS=5903388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:9:2:2:6:9:2 chr20 5903517 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.157;QD=57.1055;RBI=0.0439003;REFB=0;REVB=0.0380078;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117885;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:43:12:0:0:43:12:0:0 chr20 5903563 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0288727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.737;QD=8.23009;RBI=0.0391291;REFB=-0.0140411;REVB=0.0264093;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101335;STB=0.591076;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0114854;OID=.;OPOS=5903563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:24:25:9:10:0.285714:7:2:4:20:7:3:5:20 chr20 5903848 . C G 525.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6579;QD=58.4351;RBI=0.0700508;REFB=0;REVB=0.0594193;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093618;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:14:20:0:0:16:20:0:0 chr20 5903894 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6675;QD=55.6525;RBI=0.104291;REFB=0;REVB=0.0616618;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388047;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr20 5904040 . G A 158.09 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0355634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6392;QD=25.2942;RBI=0.0391797;REFB=-0.0562005;REVB=-0.0164406;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257245;STB=0.620543;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.027372;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:8:9:16:16:0.64:9:7:7:1:9:7:7:2 chr20 5953731 . C G 348.96 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0106603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9792;QD=16.4217;RBI=0.051374;REFB=0.0105938;REVB=-0.0502558;RO=43;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116633;STB=0.567166;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0143074;OID=.;OPOS=5953731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:47:37:38:0.447059:17:20:18:25:18:20:19:28 chr20 6064710 . A G 1875.9 PASS AF=0.984848;AO=113;DP=131;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=96;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00740596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.021;QD=56.8455;RBI=0.156587;REFB=-0.00152103;REVB=0.156412;RO=0;SAF=96;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21435e-08;STB=0.505154;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000452782;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:132:0:2:113:130:0.984848:17:96:0:0:34:96:2:0 chr20 6064731 . C T 725.64 PASS AF=0.438202;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=178;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=-0.00614712;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1662;QD=16.3065;RBI=0.0347844;REFB=-0.00363473;REVB=-0.0342369;RO=99;SAF=54;SAR=24;SRF=62;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751473;STB=0.545976;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00615492;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:99:100:78:78:0.438202:24:54:62:37:24:54:62:38 chr20 6065729 . C T 934.67 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.118169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.079;QD=54.9803;RBI=0.143903;REFB=-0.0930438;REVB=0.0821223;RO=1;SAF=43;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010861;STB=0.505616;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00156072;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:65:67:0.985294:22:43:1:0:23:44:1:0 chr20 6065731 . T C 783.23 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.004761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.433;QD=44.756;RBI=0.0166078;REFB=-0.0859285;REVB=0.0159108;RO=8;SAF=43;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889391;STB=0.568884;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.001124;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:70:8:10:60:60:0.857143:17:43:3:5:17:43:3:7 chr20 6093177 . A G 387.82 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00897657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.07;QD=15.9927;RBI=0.0169372;REFB=-0.0237344;REVB=-0.0143627;RO=55;SAF=22;SAR=19;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101712;STB=0.562094;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0302862;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:19:22:24:31:19:22:24:32 chr20 6096632 . G A 255.36 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00183496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.301;QD=22.2048;RBI=0.0175459;REFB=-0.0124377;REVB=0.0174497;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215558;STB=0.626758;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0105568;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:15:8:13:9:16:8:13:9 chr20 6100088 . A G 314.09 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.00656603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.976;QD=17.2105;RBI=0.0540024;REFB=-0.0158698;REVB=0.0536017;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212413;STB=0.624024;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0146731;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:39:33:34:0.465753:13:20:15:24:13:21:15:24 chr20 6751034 . A G 1406.67 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.944;QD=62.5186;RBI=0.0514605;REFB=0;REVB=0.0512449;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21876e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:90:0:0:87:90:1:36:51:0:0:38:52:0:0 chr20 6759115 . A T 1218.16 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0105022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1058;QD=58.7065;RBI=0.0177299;REFB=-0.0197364;REVB=0.0142847;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114095;STB=0.500149;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00255443;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:40:41:1:0:40:41:1:1 chr20 7863999 . C A 301.32 PASS AF=0.473684;AO=29;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0129168;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8645;QD=15.8589;RBI=0.0354035;REFB=-0.0389387;REVB=0.0329631;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869012;STB=0.517927;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0537405;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:35:40:29:36:0.473684:10:19:20:15:15:21:22:18 chr20 7962707 . C A 1288.21 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00920875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.75;QD=60.6217;RBI=0.0217324;REFB=-0.168498;REVB=0.0196849;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000300793;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:0:1:84:84:0.988235:39:45:0:0:39:45:1:0 chr20 7963039 . TCC TC,TCT,TGC 567.33 PASS AF=0.195122,0.780488,0.0243902;AO=5,32,3;DP=41;FAO=8,32,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25,0;FSAR=6,7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883969,0.105368,-0.0119945;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=21.0914,36.7279,119.174;QD=55.3493;RBI=0.108012,0.110313,0.0657407;REFB=0,0,0;REVB=-0.0620695,0.0326565,-0.0646373;RO=1;SAF=1,25,0;SAR=4,7,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.277405,-0.0183157,-0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0786297,-0.00328116,-0.0174171;OID=.,.,.;OPOS=7963040,7963041,7963040;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=TC,TCT,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.195122,0.780488,0.0243902:5,32,3:41:8,32,1:41:0:2,25,0:6,7,1:0:0:33:1:1,25,0:4,7,3:1:0 chr20 7963043 . G T 57.97 PASS AF=0.25;AO=7;DP=36;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0513495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4188;QD=5.79733;RBI=0.0899579;REFB=-0.0274086;REVB=0.0738624;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.747032;STB=0.891992;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0495722;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:36:40:28:30:7:10:0.25:6:1:25:3:8:2:25:5 chr20 7999642 . G A 1734.45 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00835234;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8499;QD=60.858;RBI=0.009653;REFB=0;REVB=-0.0048393;RO=0;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038358;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:43:71:0:0:43:71:0:0 chr20 8548321 . G A 404.54 PASS AF=0.911765;AO=29;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0220983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8196;QD=47.5932;RBI=0.0622248;REFB=-0.116949;REVB=0.0581687;RO=5;SAF=16;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415507;STB=0.551691;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0180843;OID=.;OPOS=8548321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:34:34:5:3:29:31:0.911765:13:16:2:3:13:18:0:3 chr20 8696907 . T G 762.07 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=172;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=-0.00237807;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.657;QD=17.8261;RBI=0.0276991;REFB=-0.0194526;REVB=0.0275968;RO=91;SAF=38;SAR=42;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123966;STB=0.568542;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0224768;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:91:91:80:80:0.467836:42:38:55:36:42:38:55:36 chr20 8737734 . G A 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0147494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.626;QD=20.1559;RBI=0.0316502;REFB=-0.0104111;REVB=-0.0280034;RO=25;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138679;STB=0.500772;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00940975;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:9:19:17:8:9:19:17:8 chr20 8755243 . T C 306.56 PASS AF=0.435897;AO=28;DP=72;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0125355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.865;QD=15.7209;RBI=0.0460733;REFB=-0.0208689;REVB=0.0443352;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140058;STB=0.512813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0277852;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:78:44:44:28:34:0.435897:11:17:21:23:17:17:21:23 chr20 8769180 . C T 428.65 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.079239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5776;QD=46.3401;RBI=0.088551;REFB=-0.152034;REVB=-0.0395278;RO=5;SAF=15;SAR=17;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132732;STB=0.571384;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0250598;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:37:37:5:5:32:32:0.864865:17:15:5:0:17:15:5:0 chr20 8770822 . C T 268.6 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.031278;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.005;QD=13.7742;RBI=0.0353797;REFB=-0.0167075;REVB=-0.0165351;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377253;STB=0.528949;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0258541;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:48:47:31:31:0.397436:14:17:28:20:14:17:28:19 chr20 8865006 . C T 823.94 PASS AF=0.494118;AO=84;DP=171;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=-0.0194596;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.334;QD=19.3868;RBI=0.0322558;REFB=-0.015611;REVB=-0.0257248;RO=85;SAF=50;SAR=34;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496915;STB=0.523455;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.017986;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:85:86:84:84:0.494118:34:50:55:30:34:50:55:31 chr20 9288522 . G A 164.58 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00274229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.224;QD=13.7152;RBI=0.0240872;REFB=-0.0153957;REVB=0.0239306;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761941;STB=0.537088;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0196091;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:11:7:9:19:11:7:10:20 chr20 9460659 . A C 298.41 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00623751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9517;QD=23.8728;RBI=0.125939;REFB=-0.0599494;REVB=0.125785;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233204;STB=0.630039;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0597743;OID=.;OPOS=9460659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:18:9:14:9:18:9:14:9 chr20 9543622 . C T 180.53 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0246221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8571;QD=16.0471;RBI=0.0364855;REFB=-0.00209789;REVB=-0.0269247;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191848;STB=0.599893;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00239201;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:7:12:11:14:7:12:12:14 chr20 9546554 . G A 355.79 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0291384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.19;QD=19.2317;RBI=0.0299626;REFB=0.00315674;REVB=-0.00697927;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614821;STB=0.54046;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00450344;OID=.;OPOS=9546554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:18:18:21:16:19:18:21:16 chr20 10006682 . T A 279.65 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0161241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6665;QD=16.6957;RBI=0.0205497;REFB=-0.0145537;REVB=-0.0127398;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154248;STB=0.508665;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0171804;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:18:18:15:16:18:18 chr20 10277621 . C T 433.7 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00179573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=23.4431;RBI=0.00449387;REFB=0.000380289;REVB=0.00411949;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231965;STB=0.626576;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.000193145;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:22:20:6:26:22:20:6:26 chr20 10639222 . G A 354.51 PASS AF=0.4;AO=40;DP=103;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00540027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.754;QD=13.5051;RBI=0.00978686;REFB=-0.00890136;REVB=-0.00816208;RO=63;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256115;STB=0.528545;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0124621;OID=.;OPOS=10639222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:63:63:40:42:0.4:20:20:33:30:22:20:33:30 chr20 10653469 . C T 561.3 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=51;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=14;FWDB=0.00484648;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.085;QD=19.3553;RBI=0.0101903;REFB=-0.0170758;REVB=0.00896405;RO=58;SAF=51;SAR=7;SRF=44;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208702;STB=0.616889;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0180906;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:58:58:58:58:0.5:7:51:44:14:7:51:44:14 chr20 11790885 . C CTT 529.99 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276866;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.9604;QD=47.1105;RBI=0.0705545;REFB=0;REVB=0.0648952;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000677913;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:46:45:45:0:24:21:0:0:10:1:24:17:0:1 chr20 11791008 . C T 1098.74 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5714;QD=60.2049;RBI=0.0639592;REFB=0;REVB=0.0318823;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364997;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:41:32:0:0 chr20 11799583 . G C 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0148412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.251;QD=26.1243;RBI=0.0167272;REFB=-0.0213915;REVB=0.00771613;RO=22;SAF=15;SAR=22;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260377;STB=0.501424;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0128692;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:22:15:9:13:22:15:9:13 chr20 11907058 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.361;QD=58.2386;RBI=0.0378262;REFB=0;REVB=-0.0343856;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149942;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr20 13029764 . A C 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.634;QD=58.9572;RBI=0.0190854;REFB=0;REVB=0.00876782;RO=0;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07259e-05;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:53:13:0:0:53:13:0:0 chr20 13029790 . C T 323.1 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00186196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.178;QD=25.3412;RBI=0.00773381;REFB=-0.0192824;REVB=-0.00750633;RO=20;SAF=6;SAR=24;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514697;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0102346;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:20:30:31:0.607843:24:6:4:16:24:7:4:16 chr20 13029862 . C T 469.34 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155145;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9326;QD=58.6674;RBI=0.0592979;REFB=0;REVB=0.0572324;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246314;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr20 13029920 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=306.207;QD=57.1775;RBI=0.0704033;REFB=0;REVB=0.070371;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35249e-05;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr20 13280190 . C A 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0227799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.209;QD=22.396;RBI=0.0312715;REFB=-0.0343082;REVB=-0.021424;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162544;STB=0.602556;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0271008;OID=.;OPOS=13280190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:13:9:11:7:13:9:12:7 chr20 13597717 . G A 118.64 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.030226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.898;QD=7.77971;RBI=0.0449331;REFB=0.00868563;REVB=-0.0332472;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213714;STB=0.634137;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.023967;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:9:8:28:15:9:8:29:15 chr20 13605903 . A T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00273912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.734;QD=12.0207;RBI=0.00852609;REFB=-0.0165832;REVB=-0.00807413;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676393;STB=0.555903;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0237027;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:9:5:10:14:9:5:11:14 chr20 13695680 . C T 464.12 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00922092;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2985;QD=19.5421;RBI=0.0199655;REFB=0.0192804;REVB=-0.0177086;RO=50;SAF=21;SAR=24;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162882;STB=0.579201;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0212799;OID=.;OPOS=13695680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:50:49:45:46:0.484211:24:21:32:18:24:22:31:18 chr20 13740447 . CCTT C,CATC 69.44 PASS AF=0.258065,0.0645161;AO=8,2;DP=30;FAO=8,2;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7,2;FSAR=1,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00580691,-0.0112469;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,3;MLLD=222.122,172.505;QD=8.96057;RBI=0.0396553,0.0383492;REFB=-0.0173052,-0.0120925;REVB=-0.0392278,-0.0366629;RO=18;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.340931,0.461523;STB=0.726589,0.993116;STBP=0.204,0.319;TYPE=del,mnp;VARB=0.0271655,0.0577459;OID=.,.;OPOS=13740448,13740448;OREF=CTT,CTT;OALT=-,ATC;OMAPALT=C,CATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0.0645161:8,2:30:8,2:31:21:7,2:1,0:14:7:54:18:7,2:1,0:12:6 chr20 13747441 . A G 1044.38 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.961;QD=59.679;RBI=0.0898216;REFB=0;REVB=0.0581791;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352061;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr20 13779113 . T C 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00222036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.718;QD=8.52455;RBI=0.0616633;REFB=0.000783789;REVB=0.0616233;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17757;STB=0.606611;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0025848;OID=.;OPOS=13779113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:23:16:9:7:23:16 chr20 13847420 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.118;QD=56.9379;RBI=0.040373;REFB=0;REVB=0.040255;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56958e-05;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr20 14203735 . T C 989.76 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4405;QD=59.0901;RBI=0.078912;REFB=0;REVB=0.077677;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528297;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr20 14203776 . G A 435.04 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00980049;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.176;QD=18.1268;RBI=0.0233202;REFB=-0.0203643;REVB=0.0211608;RO=52;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118245;STB=0.566008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.024694;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:24:20:30:22:24:20:30:22 chr20 14305774 . CA TT 39.74 PASS AF=0.103448;AO=3;DP=29;FAO=3;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0168198;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.874;QD=5.48096;RBI=0.0265413;REFB=-0.0127134;REVB=-0.0205313;RO=17;SAF=1;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273679;STB=0.701402;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=0.0582741;OID=.;OPOS=14305774;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:29:29:17:21:3:3:0.103448:2:1:10:7:2:1:12:9 chr20 14306896 . G A 649.83 PASS AF=0.481752;AO=65;DP=136;FAO=66;FDP=137;FR=.;FRO=71;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=24;FWDB=-0.0620329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2059;QD=18.9733;RBI=0.0620349;REFB=-0.00476153;REVB=-0.000505338;RO=71;SAF=38;SAR=27;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076297;STB=0.538611;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00521314;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:71:71:65:66:0.481752:27:38:47:24:27:39:47:24 chr20 15874325 . A G 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0144908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.028;QD=10.1481;RBI=0.0627278;REFB=-0.00538833;REVB=0.0610311;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843013;STB=0.530699;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0124584;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:44:22:22:0.333333:10:12:26:16:10:12:26:18 chr20 15874488 . G A 215.6 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0157624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.719;QD=17.2477;RBI=0.0159499;REFB=-0.0361706;REVB=0.00243822;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225019;STB=0.610009;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0646261;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:13:8:17:11:13:9:17:11 chr20 15913950 . G A 470.19 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0149736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2091;QD=20.0082;RBI=0.0241511;REFB=-0.0223012;REVB=-0.0189491;RO=44;SAF=19;SAR=26;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209214;STB=0.616027;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0112603;OID=.;OPOS=15913950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:44:47:45:47:0.5:26:19:29:15:28:19:30:17 chr20 16033818 . ATTTG A 208.58 PASS AF=0.484848;AO=27;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00518051;FXX=0.043472;HRUN=3;LEN=4;MLLD=225.277;QD=12.6413;RBI=0.00565884;REFB=-0.0227254;REVB=0.00227702;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126903;STB=0.57746;STBP=0.256;TYPE=del;VARB=0.0228172;OID=.;OPOS=16033819;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:27:66:32:66:34:23:9:20:14:99:28:18:9:15:13 chr20 16252981 . C A 438.02 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.00208968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.892;QD=22.1781;RBI=0.0027518;REFB=-0.024311;REVB=0.00179044;RO=36;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735089;STB=0.540423;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0223081;OID=.;OPOS=16252981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:18:25:24:12:18:25:24:12 chr20 16359567 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.269;QD=60.2287;RBI=0.0270723;REFB=0;REVB=0.000886305;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91625e-05;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr20 16360515 . C T 217.84 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0846937;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.336;QD=16.7571;RBI=0.0867932;REFB=-0.0230418;REVB=-0.0189748;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397674;STB=0.522489;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0298945;OID=.;OPOS=16360515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:14:14:11:13:14:14 chr20 16486698 . G A 541.66 PASS AF=0.509091;AO=55;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00496204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.207;QD=19.6969;RBI=0.0251372;REFB=-0.00905908;REVB=-0.0246426;RO=54;SAF=31;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575162;STB=0.526444;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00549991;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:54:54:55:56:0.509091:24:31:27:27:25:31:27:27 chr20 16493533 . T C 261.64 PASS AF=0.461538;AO=26;DP=61;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00133868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.412;QD=16.1009;RBI=0.0192709;REFB=-0.0227178;REVB=0.0192243;RO=34;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103975;STB=0.548988;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0392247;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:34:35:26:30:0.461538:11:15:23:11:12:18:24:11 chr20 16729138 . T C 711.46 PASS AF=0.566667;AO=60;DP=112;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0597204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.888;QD=23.7155;RBI=0.0604972;REFB=-0.0308728;REVB=0.0096635;RO=52;SAF=22;SAR=38;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505246;STB=0.501503;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0268434;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:120:52:52:60:68:0.566667:38:22:22:30:39:29:22:30 chr20 16729654 . A AAGATG 50.0 PASS AO=29;DP=49;LEN=5;RO=20;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=6;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=16729655;OREF=-;OALT=AGATG;OMAPALT=AAGATG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:49:20:29:12:20:11:6 chr20 16963522 . G C 800.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5473;QD=64.0252;RBI=0.0701053;REFB=0;REVB=-0.000493386;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882827;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr20 16963542 . A G 806.74 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.432;QD=56.6131;RBI=0.0705857;REFB=0;REVB=0.0655663;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000658773;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:57:0:0:53:57:1:20:33:0:0:21:36:0:0 chr20 17189761 . C G 444.62 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0169801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7061;QD=17.9644;RBI=0.0213606;REFB=0.0021603;REVB=0.0129596;RO=53;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928888;STB=0.556427;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00327305;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:54:45:45:0.454545:22:23:22:31:22:23:22:32 chr20 17470035 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00939185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.856;QD=15.7005;RBI=0.0106744;REFB=-0.00573173;REVB=-0.00507298;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00743195;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr20 17474968 . T C 496.27 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0166611;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.716;QD=16.271;RBI=0.0177262;REFB=-0.0181646;REVB=-0.00605186;RO=66;SAF=37;SAR=17;SRF=45;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00383934;STB=0.505604;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0199129;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:66:68:54:54:0.442623:17:37:45:21:17:37:46:22 chr20 17475217 . C T 367.22 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0169087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.611;QD=19.0765;RBI=0.020544;REFB=0.00569989;REVB=0.0116684;RO=39;SAF=28;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181942;STB=0.601854;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00565186;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:10:28:22:17:10:28:22:17 chr20 17477592 . C T 315.52 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=0.0431992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.548;QD=17.5291;RBI=0.0714172;REFB=-0.00753187;REVB=-0.0568705;RO=38;SAF=26;SAR=8;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331428;STB=0.518508;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00671335;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:8:26:30:8:8:26:30:8 chr20 17489594 . C T 1257.06 PASS AF=0.484962;AO=129;DP=266;FAO=129;FDP=266;FR=.;FRO=137;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=87;FSRR=50;FWDB=0.0477584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.969;QD=18.9032;RBI=0.0485839;REFB=-0.0172592;REVB=0.00891797;RO=131;SAF=73;SAR=56;SRF=81;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493619;STB=0.536586;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0199572;OID=.;OPOS=17489594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:131:137:129:129:0.484962:56:73:81:50:56:73:87:50 chr20 17594729 . G A 1879.06 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=88;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.027455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.625;QD=58.2655;RBI=0.0275635;REFB=-0.0561639;REVB=-0.0024433;RO=3;SAF=37;SAR=88;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369705;STB=0.516657;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000131656;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:129:3:4:125:125:0.968992:88:37:3:0:88:37:3:1 chr20 17596155 . C A 1624.29 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.001;QD=60.159;RBI=0.0491832;REFB=0;REVB=0.0350512;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07012e-06;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:44:63:0:0:44:64:0:0 chr20 17605240 . A T 1538.17 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.044;QD=63.4298;RBI=0.0236033;REFB=0;REVB=0.0223086;RO=0;SAF=54;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04192e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:42:54:0:0:42:55:0:0 chr20 17705677 . A G 1824.04 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.944;QD=60.8013;RBI=0.0362152;REFB=0;REVB=0.0359509;RO=0;SAF=83;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82704e-05;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:34:83:0:0:35:85:0:0 chr20 17716416 . C G 1507.65 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0752592;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6975;QD=59.7089;RBI=0.0897025;REFB=0;REVB=0.0488117;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082517;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:99:101:1:48:51:0:0:50:51:0:0 chr20 18022362 . G T 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0211246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0801;QD=9.26717;RBI=0.0924938;REFB=0.00517742;REVB=0.0900492;RO=46;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42203;STB=0.74414;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00948137;OID=.;OPOS=18022362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:8:13:11:35:8:13:11:35 chr20 18122912 . C G 247.48 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=12;FWDB=-0.0251828;FXX=0.0714201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2799;QD=12.6912;RBI=0.027378;REFB=-0.00697184;REVB=0.0107415;RO=54;SAF=16;SAR=13;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133337;STB=0.632608;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00630593;OID=.;OPOS=18122912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:78:54:49:29:29:0.371795:13:16:36:18:13:16:37:12 chr20 18143117 . T G 753.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8705;QD=62.7614;RBI=0.0732393;REFB=0;REVB=0.0155199;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321243;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:24:20:0:0:28:20:0:0 chr20 18143355 . C T 2497.55 PASS AF=0.993902;AO=163;DP=165;FAO=163;FDP=164;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00575885;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.315;QD=60.9158;RBI=0.02346;REFB=-0.0704118;REVB=0.0227422;RO=1;SAF=91;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520073;STB=0.502732;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.54009e-05;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:164:1:1:163:163:0.993902:72:91:1:0:72:91:1:0 chr20 18167977 . T C 1368.98 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.665;QD=61.5274;RBI=0.151073;REFB=0;REVB=-0.0023043;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205159;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:84:89:1:55:29:0:0:55:34:0:0 chr20 18296072 . T A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9171;QD=63.2842;RBI=0.0956181;REFB=0;REVB=0.0536215;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240197;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr20 18309650 . GT GG,G 688.6 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,45;DP=48;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893454,0.058162;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=5.43534,22.8897;QD=57.3835;RBI=0.0900812,0.0735928;REFB=0,0;REVB=0.01149,0.0450897;RO=0;SAF=1,28;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.018721,-0.0022073;OID=.,.;OPOS=18309651,18309651;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0208333,0.979167:2,45:48:1,47:48:0:1,29:0,18:0:0:5:0:1,28:1,17:0:0 chr20 18414356 . A G 264.62 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0160316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6178;QD=17.3521;RBI=0.0160409;REFB=-0.0181759;REVB=0.000546413;RO=31;SAF=2;SAR=27;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659604;STB=0.883607;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0413211;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:27:2:19:12:27:2:20:12 chr20 18433335 . T C 182.45 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0428293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5521;QD=11.7706;RBI=0.114648;REFB=-0.0422663;REVB=0.106347;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214904;STB=0.512434;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0741771;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:23:16:9:14:23:16 chr20 18445963 . A G 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7041;QD=62.0014;RBI=0.0619787;REFB=0;REVB=0.0223831;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334265;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr20 18462421 . A G 214.48 PASS AF=0.35443;AO=26;DP=77;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00500628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.23;QD=10.86;RBI=0.0267623;REFB=-0.0176224;REVB=-0.0262899;RO=50;SAF=8;SAR=18;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310572;STB=0.648543;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0376967;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:50:51:26:28:0.35443:18:8:29:21:18:10:30:21 chr20 18523002 . C G 115.98 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0695908;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9918;QD=27.2888;RBI=0.0785432;REFB=-0.0601828;REVB=0.0364165;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147448;STB=0.58319;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0320898;OID=.;OPOS=18523002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:2:3:4:8:2:3 chr20 18573108 . T G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.002087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4697;QD=19.0572;RBI=0.0164162;REFB=-0.0279409;REVB=-0.016283;RO=18;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335411;STB=0.726997;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0230456;OID=.;OPOS=18573108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:3:16:10:8:3:16:10:10 chr20 18810705 . C T 502.24 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0183882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.944;QD=22.0763;RBI=0.018896;REFB=-0.0149654;REVB=0.00435142;RO=43;SAF=25;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874288;STB=0.548176;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0121081;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:23:25:18:25:23:25:18:25 chr20 19261623 . G A 949.62 PASS AF=0.565217;AO=91;DP=161;FAO=91;FDP=161;FR=.;FRO=70;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0064591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6713;QD=23.593;RBI=0.0210328;REFB=-0.0130493;REVB=0.0200164;RO=68;SAF=56;SAR=35;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817677;STB=0.551713;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0085371;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:68:70:91:91:0.565217:35:56:35:33:35:56:35:35 chr20 19560664 . G A 1803.88 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00531721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.895;QD=61.1486;RBI=0.0490347;REFB=0;REVB=0.0487456;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100842;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:59:59:0:0:59:59:0:0 chr20 19634732 . G A 682.41 PASS AF=0.473684;AO=71;DP=151;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00612601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.373;QD=17.9581;RBI=0.0129853;REFB=-0.00269071;REVB=0.0114495;RO=79;SAF=53;SAR=18;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291605;STB=0.667834;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00278076;OID=.;OPOS=19634732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:79:80:71:72:0.473684:18:53:37:42:18:54:37:43 chr20 19634747 . T C 727.08 PASS AF=0.493421;AO=73;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0177884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.838;QD=19.1338;RBI=0.0203592;REFB=-0.00413429;REVB=-0.00990301;RO=77;SAF=53;SAR=20;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261065;STB=0.648267;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00412708;OID=.;OPOS=19634747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:73:75:0.493421:20:53:36:41:20:55:36:41 chr20 19701866 . CCG CC,C 164.31 PASS AF=0,0.510204;AO=9,20;DP=49;FAO=0,25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=0,18;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.117941,0.148678;FXX=0;HRUN=4,5;LEN=1,2;MLLD=11.4265,20.8325;QD=13.4127;RBI=0.197678,0.149111;REFB=-0.159645,-0.17008;REVB=-0.15864,0.0113546;RO=19;SAF=2,16;SAR=7,4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.452536,0.194841;STB=0.5,0.598808;STBP=1,0.191;TYPE=del,del;VARB=0.050755,0.162718;OID=.,.;OPOS=19701868,19701867;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.510204:9,20:49:0,25:49:24:0,18:0,7:13:11:99:19:2,16:7,4:12:7 chr20 19702049 . G A 441.57 PASS AF=0.457944;AO=48;DP=106;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=8;FWDB=-0.0121823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3926;QD=16.5072;RBI=0.0132314;REFB=-0.00567736;REVB=-0.00516366;RO=58;SAF=26;SAR=22;SRF=50;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331078;STB=0.684353;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00262453;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:58:58:48:49:0.457944:22:26:50:8:23:26:50:8 chr20 19951534 . T A 616.06 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0575647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9091;QD=23.469;RBI=0.0618059;REFB=0.00332103;REVB=-0.0225006;RO=45;SAF=40;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182524;STB=0.599966;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00357709;OID=.;OPOS=19951534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:20:40:20:25:20:40:20:25 chr20 19970705 . C T 631.56 PASS AF=0.538462;AO=63;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0467872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2863;QD=21.5917;RBI=0.0479315;REFB=-0.000757812;REVB=-0.0104111;RO=53;SAF=39;SAR=24;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031776;STB=0.505189;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00210548;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:53:54:63:63:0.538462:24:39:33:20:24:39:34:20 chr20 20032998 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8673;QD=61.6836;RBI=0.0357096;REFB=0;REVB=-0.011915;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498962;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr20 20033137 . T A 1572.46 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.221;QD=62.8984;RBI=0.0544085;REFB=-0.0815645;REVB=0.0499643;RO=1;SAF=64;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735487;STB=0.503875;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000464107;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:35:64:1:0:35:64:1:0 chr20 20033242 . A T 872.73 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407426;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9663;QD=58.1819;RBI=0.0417331;REFB=0;REVB=0.00903865;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82516e-06;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr20 20033319 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.94;QD=62.9783;RBI=0.0176372;REFB=0;REVB=-0.0139012;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.73404e-06;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr20 20033367 . C G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0121657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.793;QD=22.5346;RBI=0.0210109;REFB=-0.0177435;REVB=-0.0171305;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193622;STB=0.60963;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0188431;OID=.;OPOS=20033367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:4:15:9:6:4:15:9:6 chr20 20033380 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7012;QD=58.584;RBI=0.0368231;REFB=0;REVB=0.035925;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047802;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:10:22:1:0:10:23:0:0 chr20 20050397 . G A 1254.42 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355965;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.51;QD=61.9465;RBI=0.0356047;REFB=0;REVB=-0.000762814;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0189e-05;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr20 20152462 . A C 345.05 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0234465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3175;QD=16.6291;RBI=0.0238477;REFB=0.0182441;REVB=0.00435573;RO=46;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732905;STB=0.541201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0189666;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:22:15:22:24:22:15:22:24 chr20 20341333 . G C 2189.5 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00740228;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.243;QD=62.5571;RBI=0.0215282;REFB=-0.0565481;REVB=0.0202156;RO=1;SAF=60;SAR=79;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785815;STB=0.504132;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000153284;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:140:1:1:139:139:0.992857:79:60:1:0:79:60:1:0 chr20 20350516 . T G 981.81 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.64;QD=58.6152;RBI=0.0482597;REFB=0;REVB=0.0428566;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68735e-05;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:61:67:1:34:27:0:0:38:29:0:0 chr20 20350517 . C G 30.68 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=0.02733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.3473;QD=1.72867;RBI=0.0563955;REFB=-0.0146441;REVB=0.0493307;RO=64;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182924;STB=0.646115;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00981609;OID=.;OPOS=20350517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:5:2:28:36:5:2:28:36 chr20 20377421 . A AC,ACC 158.46 PASS AF=1,0;AO=16,5;DP=32;FAO=25,0;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129187,-0.0725975;FXX=0.0384468;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.65509,9.94237;QD=25.3536;RBI=0.136505,0.0772969;REFB=-0.0219756,-0.0297973;REVB=0.0440959,0.0265407;RO=10;SAF=8,3;SAR=8,2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.277055,0.506841;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.007519,0.0309879;OID=.,.;OPOS=20377422,20377422;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=AC,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:16,5:32:25,0:25:0:12,0:13,0:0:0:3:10:8,3:8,2:1:9 chr20 20484043 . A G 192.91 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.0134472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.809;QD=13.7793;RBI=0.0361194;REFB=-0.00172886;REVB=-0.0335229;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789081;STB=0.545413;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0023535;OID=.;OPOS=20484043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:5:18:24:9:5:18:24:9 chr20 20486079 . G C 261.68 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0523023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8314;QD=17.1596;RBI=0.052338;REFB=-0.0135061;REVB=0.00193028;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122275;STB=0.568814;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.013997;OID=.;OPOS=20486079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:10:19:17:15:10:19:17:15 chr20 20599985 . C T 686.22 PASS AF=0.503704;AO=68;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.00153446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.19;QD=20.3325;RBI=0.0257573;REFB=-0.027158;REVB=0.0257116;RO=67;SAF=41;SAR=27;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195146;STB=0.510756;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0271659;OID=.;OPOS=20599985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:67:67:68:68:0.503704:27:41:39:28:27:41:39:28 chr20 21142523 . C G 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.011;QD=63.8709;RBI=0.0152945;REFB=0;REVB=0.0142891;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80738e-05;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr20 21142813 . T C 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00695449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1475;QD=56.9474;RBI=0.00809374;REFB=-0.0219858;REVB=0.00414049;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000132295;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:17:19:0:0:17:19:0:1 chr20 21362703 . TA T 942.46 PASS AF=1;AO=88;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8074;QD=40.1047;RBI=0.167826;REFB=0;REVB=-0.104169;RO=4;SAF=42;SAR=46;SRF=4;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0430143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00118414;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:94:94:94:0:46:48:0:0:16:4:42:46:4:0 chr20 22562674 . T C 1017.26 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.16;QD=56.5144;RBI=0.0275882;REFB=-0.0438957;REVB=0.0132449;RO=1;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122785;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000276694;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:69:71:0.986111:38:31:0:1:40:31:0:1 chr20 23017017 . T C 2388.63 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010548;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.103;QD=60.4717;RBI=0.0121507;REFB=0.000922646;REVB=0.00603164;RO=0;SAF=90;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49904e-08;STB=0.503703;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-2.02485e-05;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:158:0:1:157:157:0.993671:67:90:0:0:67:90:0:1 chr20 23017082 . T C 2244.28 PASS AF=0.966667;AO=145;DP=150;FAO=145;FDP=150;FR=.;FRO=5;FSAF=81;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0524263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6486;QD=59.8475;RBI=0.0526465;REFB=0.0131671;REVB=0.00481043;RO=5;SAF=81;SAR=64;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284488;STB=0.514968;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00249605;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:150:150:5:5:145:145:0.966667:64:81:5:0:64:81:5:0 chr20 23065209 . G A 1364.45 PASS AF=0.491039;AO=137;DP=280;FAO=137;FDP=279;FR=.;FRO=142;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=90;FSRR=52;FWDB=0.0124684;FXX=0.0035713;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.928;QD=19.5621;RBI=0.0312847;REFB=-0.00638736;REVB=0.0286927;RO=141;SAF=53;SAR=84;SRF=90;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230889;STB=0.624956;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00975682;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:141:142:137:137:0.491039:84:53:90:51:84:53:90:52 chr20 23065342 . A G 422.37 PASS AF=0.424779;AO=47;DP=113;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00036563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.37;QD=14.9513;RBI=0.119128;REFB=0.0024447;REVB=-0.119127;RO=65;SAF=24;SAR=23;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981451;STB=0.548652;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00422852;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:65:47:48:0.424779:23:24:27:38:24:24:27:38 chr20 23065866 . G A 281.36 PASS AF=0.492537;AO=24;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0068008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.608;QD=16.7974;RBI=0.00909022;REFB=-0.0178413;REVB=-0.00603168;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721459;STB=0.521965;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0213241;OID=.;OPOS=23065866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:34:24:33:0.492537:10:14:11:11:18:15:14:20 chr20 23066338 . G C 260.59 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.00676225;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.423;QD=16.8121;RBI=0.0279538;REFB=-0.0030491;REVB=-0.0271235;RO=31;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193063;STB=0.598947;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00368717;OID=.;OPOS=23066338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:33:29:29:0.467742:11:18:25:6:11:18:26:7 chr20 23345069 . C T 265.56 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.03847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2629;QD=13.2782;RBI=0.0863894;REFB=-0.0216182;REVB=-0.077351;RO=49;SAF=16;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00635294;STB=0.50363;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0323133;OID=.;OPOS=23345069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:15:16:25:24:15:16:25:24 chr20 23345589 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0237221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9173;QD=22.534;RBI=0.0238591;REFB=-0.0291284;REVB=-0.00255353;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167309;STB=0.578864;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0159376;OID=.;OPOS=23345589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:8:11:5:9:8:11:6:9 chr20 23345844 . A C 875.64 PASS AF=1;AO=59;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425125;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6785;QD=56.4929;RBI=0.0478803;REFB=0;REVB=0.0220275;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027173;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:62:1:0:59:62:1:26:33:0:1:27:35:0:0 chr20 23345950 . G A 47.4 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0198724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.643;QD=11.1527;RBI=0.0517226;REFB=-0.0392748;REVB=0.0477526;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.709151;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0544379;OID=.;OPOS=23345950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:8:10:7:7:0.411765:4:3:6:2:4:3:8:2 chr20 23352480 . A G 851.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9345;QD=57.7111;RBI=0.0346813;REFB=0;REVB=-0.0266728;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483213;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr20 23421079 . A G 192.8 PASS AF=0.383562;AO=18;DP=76;FAO=28;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0207561;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9108;QD=10.5641;RBI=0.0256368;REFB=-0.00968699;REVB=0.0150475;RO=45;SAF=16;SAR=2;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583326;STB=0.600517;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0258845;OID=.;OPOS=23421079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:45:45:18:28:0.383562:2:16:20:25:11:17:20:25 chr20 23424613 . T C 299.62 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0071009;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.439;QD=18.1589;RBI=0.00897302;REFB=-0.0186551;REVB=0.00548565;RO=32;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588569;STB=0.544883;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0178717;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:13:19:21:11:13:19:23:11 chr20 23472391 . A G 2447.71 PASS AF=0.965714;AO=161;DP=170;FAO=169;FDP=175;FR=.;FRO=6;FSAF=85;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0231503;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4498;QD=55.9476;RBI=0.025313;REFB=-0.146197;REVB=0.0102377;RO=2;SAF=81;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.25178e-05;STB=0.511328;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00182439;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:170:175:2:6:161:169:0.965714:80:81:1:1:84:85:5:1 chr20 23546639 . T G 618.1 PASS AF=0.441558;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=154;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.00943705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.81;QD=16.0545;RBI=0.00969507;REFB=-0.0131828;REVB=-0.00222184;RO=83;SAF=35;SAR=33;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680116;STB=0.527664;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0165601;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:83:86:68:68:0.441558:33:35:37:46:33:35:40:46 chr20 23586360 . G A 469.81 PASS AF=0.46789;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=109;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0523488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6145;QD=17.2408;RBI=0.0672114;REFB=-0.0164188;REVB=-0.0421542;RO=58;SAF=30;SAR=21;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118215;STB=0.565806;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0191767;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:58:58:51:51:0.46789:21:30:27:31:21:30:27:31 chr20 23618395 . T C 3957.18 PASS AF=1;AO=252;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212492;FXX=0.00781219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.681;QD=62.3178;RBI=0.0212863;REFB=0;REVB=0.00125666;RO=0;SAF=139;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82944e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:254:254:0:0:252:254:1:113:139:0:0:115:139:0:0 chr20 23618427 . C T 499.49 PASS AF=0.385135;AO=56;DP=145;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=0.0418155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0344;QD=13.4996;RBI=0.0420214;REFB=-0.0416633;REVB=0.00415446;RO=89;SAF=22;SAR=34;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298184;STB=0.663989;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0394604;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:89:91:56:57:0.385135:34:22:60:29:35:22:60:31 chr20 23729722 . G T 4628.0 PASS AF=0.986971;AO=302;DP=307;FAO=303;FDP=307;FR=.;FRO=4;FSAF=178;FSAR=125;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0225188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8032;QD=60.2997;RBI=0.0251803;REFB=-0.171317;REVB=-0.0112674;RO=5;SAF=177;SAR=125;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132796;STB=0.505555;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00115765;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:307:307:5:4:302:303:0.986971:125:177:5:0:125:178:4:0 chr20 23731494 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.131901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2056;QD=57.105;RBI=0.136394;REFB=0;REVB=0.0347192;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000557238;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr20 24939590 . G C 1175.43 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0451551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.563;QD=59.5157;RBI=0.0470692;REFB=-0.0493301;REVB=0.0132864;RO=1;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976018;STB=0.505153;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000221263;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:30:48:1:0:30:48:1:0 chr20 24954887 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.825;QD=45.8045;RBI=0.0813977;REFB=0;REVB=0.0706139;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895491;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr20 25027526 . G A 952.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.92;QD=58.5963;RBI=0.0272624;REFB=0;REVB=0.0212129;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280499;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:38:27:0:0 chr20 25038484 . G T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00595936;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.885;QD=16.199;RBI=0.0163992;REFB=-0.0318057;REVB=-0.015278;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0165128;OID=.;OPOS=25038484;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr20 25059442 . C T 1127.01 PASS AF=0.451128;AO=120;DP=267;FAO=120;FDP=266;FR=.;FRO=146;FSAF=79;FSAR=41;FSRF=79;FSRR=67;FWDB=-0.0049432;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.367;QD=16.9476;RBI=0.0222817;REFB=-0.0114761;REVB=-0.0217264;RO=144;SAF=79;SAR=41;SRF=79;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115058;STB=0.568409;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0172442;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:144:146:120:120:0.451128:41:79:79:65:41:79:79:67 chr20 25187213 . G A 377.47 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0303353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.557;QD=16.2355;RBI=0.0338893;REFB=-0.0136153;REVB=-0.0151082;RO=53;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105214;STB=0.559111;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0179218;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:20:20:32:21:20:20:32:21 chr20 25193949 . G A 328.93 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0157707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.689;QD=12.8993;RBI=0.0159834;REFB=-0.00377096;REVB=0.00259911;RO=59;SAF=20;SAR=19;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494612;STB=0.526435;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0119557;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:63:39:39:0.382353:19:20:33:26:19:20:35:28 chr20 25195387 . A AT 166.22 PASS AF=0.569892;AO=15;DP=98;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0244977;FXX=0.0106372;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.16403;QD=7.14913;RBI=0.110063;REFB=-0.0634735;REVB=-0.107302;RO=82;SAF=4;SAR=11;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287221;STB=0.536265;STBP=0.469;TYPE=ins;VARB=0.0697758;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.569892:15:98:53:93:40:27:26:17:23:99:82:4:11:40:42 chr20 25195394 . C T 501.85 PASS AF=0.510204;AO=47;DP=95;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0178573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8301;QD=20.4836;RBI=0.0276554;REFB=-0.0120376;REVB=0.0211172;RO=46;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488626;STB=0.520876;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0244011;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:46:48:47:50:0.510204:24:23:20:26:26:24:21:27 chr20 25195509 . A G 1391.34 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000912428;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=310.869;QD=55.1026;RBI=0.0119281;REFB=-0.119734;REVB=0.0118931;RO=3;SAF=49;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918559;STB=0.500204;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-1.63962e-05;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:3:4:97:97:0.960396:48:49:2:1:48:49:2:2 chr20 25207074 . T C 406.01 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0169149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.787;QD=17.463;RBI=0.0188553;REFB=-0.0218765;REVB=0.00833112;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639881;STB=0.52804;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0243768;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:51:42:42:0.451613:26:16:16:34:26:16:17:34 chr20 25255338 . C T 338.3 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0110944;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.371;QD=17.3489;RBI=0.0132374;REFB=0.000963661;REVB=-0.00722092;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246645;STB=0.630183;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000631629;OID=.;OPOS=25255338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:41:42:36:36:0.461538:20:16:29:12:20:16:29:13 chr20 25260931 . A G 555.12 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.020385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.913;QD=22.429;RBI=0.0217748;REFB=-0.0314382;REVB=-0.00765466;RO=47;SAF=29;SAR=23;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109306;STB=0.560057;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0235657;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:47:47:52:52:0.525253:23:29:32:15:23:29:32:15 chr20 25264814 . T C 224.52 PASS AF=0.41791;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0269518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1896;QD=13.4042;RBI=0.0353388;REFB=-0.0242464;REVB=0.0228567;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812418;STB=0.549321;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0318674;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:26:28:0.41791:12:14:17:20:12:16:19:20 chr20 25268920 . T C 207.46 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0394792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8944;QD=11.2141;RBI=0.0397026;REFB=-0.00702421;REVB=-0.00420577;RO=47;SAF=22;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387447;STB=0.725074;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0147632;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:4:22:27:20:4:22:28:20 chr20 25275621 . T C 907.02 PASS AF=0.451163;AO=97;DP=218;FAO=97;FDP=215;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=63;FWDB=0.0186183;FXX=0.0137608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.769;QD=16.8748;RBI=0.0285493;REFB=-0.00795918;REVB=0.0216431;RO=121;SAF=46;SAR=51;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512166;STB=0.504472;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0112528;OID=.;OPOS=25275621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:215:121:118:97:97:0.451163:51:46:58:63:51:46:55:63 chr20 25276297 . G A 284.49 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0237528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.17;QD=16.4923;RBI=0.0262793;REFB=0.0107377;REVB=0.0112431;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.543832;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0103884;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:31:32:0.463768:18:13:18:18:19:13:18:19 chr20 25282944 . A G 236.02 PASS AF=0.349398;AO=28;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.012145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.283;QD=11.3744;RBI=0.0121979;REFB=-0.0064522;REVB=-0.00113503;RO=52;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164557;STB=0.615959;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0132166;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:54:28:29:0.349398:10:18:26:26:10:19:26:28 chr20 25456698 . C T 332.0 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=7;FWDB=-0.00254737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.602;QD=16.1951;RBI=0.00553437;REFB=-0.00864832;REVB=-0.00491326;RO=46;SAF=29;SAR=7;SRF=39;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070899;STB=0.539662;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0108579;OID=.;OPOS=25456698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:7:29:39:7:7:29:39:7 chr20 25456888 . A G 712.31 PASS AF=0.452941;AO=76;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0117542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9841;QD=16.7602;RBI=0.0684083;REFB=-0.0161798;REVB=-0.0673909;RO=93;SAF=33;SAR=43;SRF=41;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00669124;STB=0.506848;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0182797;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:76:77:0.452941:43:33:41:52:44:33:41:52 chr20 25457049 . GCTCCCA G 123.33 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.00388937;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=6;MLLD=234.22;QD=8.22194;RBI=0.00783344;REFB=-0.0127591;REVB=-0.00679968;RO=43;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252396;STB=0.65117;STBP=0.167;TYPE=del;VARB=0.0287121;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:17:64:17:60:43:10:7:16:27:99:43:10:7:16:27 chr20 25591862 . A T 635.35 PASS AF=0.941176;AO=41;DP=45;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0639198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.637;QD=49.8313;RBI=0.0751029;REFB=-0.119685;REVB=0.0394299;RO=4;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056804;STB=0.519473;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00925159;OID=.;OPOS=25591862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:51:4:3:41:48:0.941176:31:10:0:4:37:11:0:3 chr20 25591864 . A T 177.52 PASS AF=0.452381;AO=16;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0162006;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.587;QD=16.9062;RBI=0.0213553;REFB=-0.0175921;REVB=0.0139136;RO=25;SAF=0;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.799403;STB=0.830289;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0194868;OID=.;OPOS=25591864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:23:16:19:0.452381:16:0:10:15:18:1:8:15 chr20 25595829 . C T 208.74 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0161685;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.861;QD=13.467;RBI=0.0205434;REFB=-0.00577362;REVB=-0.0126732;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769111;STB=0.544006;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00852257;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:18:19:11:14:18:19 chr20 25595868 . G A 307.14 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0539049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5272;QD=15.5515;RBI=0.0570077;REFB=0.00519487;REVB=0.0185511;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019445;STB=0.51097;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00806222;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:26:19:15:19:26:19 chr20 25755672 . G T 836.79 PASS AF=0.497076;AO=85;DP=171;FAO=85;FDP=171;FR=.;FRO=86;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=51;FSRR=35;FWDB=0.000340752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.306;QD=19.5739;RBI=0.0206897;REFB=-0.0159156;REVB=0.0206869;RO=83;SAF=50;SAR=35;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918591;STB=0.502487;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0161397;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:83:86:85:85:0.497076:35:50:48:35:35:50:51:35 chr20 26094564 . T G 1918.58 PASS AF=0.468085;AO=197;DP=425;FAO=198;FDP=423;FR=.;FRO=225;FSAF=110;FSAR=88;FSRF=112;FSRR=113;FWDB=-0.0383415;FXX=0.00470577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6167;QD=18.1426;RBI=0.049302;REFB=0.000840555;REVB=-0.0309938;RO=219;SAF=110;SAR=87;SRF=109;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583946;STB=0.5309;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00212986;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:425:423:219:225:197:198:0.468085:87:110:109:110:88:110:112:113 chr20 26094567 . T C 2343.09 PASS AF=0.533175;AO=225;DP=422;FAO=225;FDP=422;FR=.;FRO=197;FSAF=122;FSAR=103;FSRF=101;FSRR=96;FWDB=0.00736887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.977;QD=22.2094;RBI=0.0135703;REFB=-0.019024;REVB=0.0113953;RO=192;SAF=122;SAR=103;SRF=96;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358723;STB=0.513851;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0197661;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:422:422:192:197:225:225:0.533175:103:122:96:96:103:122:101:96 chr20 26094605 . G A 1659.43 PASS AF=0.482558;AO=166;DP=345;FAO=166;FDP=344;FR=.;FRO=178;FSAF=91;FSAR=75;FSRF=84;FSRR=94;FWDB=-0.00924071;FXX=0.00289847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.269;QD=19.2957;RBI=0.023091;REFB=-0.0224694;REVB=-0.0211614;RO=175;SAF=91;SAR=75;SRF=83;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691939;STB=0.539533;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0227173;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:175:178:166:166:0.482558:75:91:83:92:75:91:84:94 chr20 26094609 . C A 1456.45 PASS AF=0.467492;AO=151;DP=323;FAO=151;FDP=323;FR=.;FRO=172;FSAF=80;FSAR=71;FSRF=82;FSRR=90;FWDB=-0.0445829;FXX=0.00615366;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3123;QD=18.0366;RBI=0.0593841;REFB=0.01302;REVB=-0.0392281;RO=172;SAF=80;SAR=71;SRF=82;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512538;STB=0.528255;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0170929;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:172:172:151:151:0.467492:71:80:82:90:71:80:82:90 chr20 26188824 . T C 76.38 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0551267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5649;QD=25.4588;RBI=0.0640814;REFB=-0.0257136;REVB=0.0326722;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240503;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00925985;OID=.;OPOS=26188824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:3:0:5:4:3:0 chr20 26188912 . A C 69.66 PASS AF=0.75;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000125923;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.646;QD=23.2194;RBI=0.0526525;REFB=-0.034234;REVB=-0.0526523;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175673;STB=0.555432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0238408;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:12:2:3:8:9:0.75:4:4:0:2:4:5:1:2 chr20 29623210 . C T 219.86 PASS AF=0.179039;AO=41;DP=229;FAO=41;FDP=229;FR=.;FRO=188;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=103;FSRR=85;FWDB=-0.00928251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.733;QD=3.84029;RBI=0.0156752;REFB=-0.00927806;REVB=0.0126312;RO=188;SAF=15;SAR=26;SRF=103;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233152;STB=0.648143;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0430451;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:188:188:41:41:0.179039:26:15:103:85:26:15:103:85 chr20 29623217 . C T 78.59 PASS AF=0.0991379;AO=23;DP=232;FAO=23;FDP=232;FR=.;FRO=209;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=115;FSRR=94;FWDB=-0.00883525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4394;QD=1.35507;RBI=0.06775;REFB=-0.00215498;REVB=-0.0671715;RO=206;SAF=7;SAR=16;SRF=113;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291748;STB=0.716935;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0366283;OID=.;OPOS=29623217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:232:232:206:209:23:23:0.0991379:16:7:113:93:16:7:115:94 chr20 29623223 . T C 267.45 PASS AF=0.198276;AO=47;DP=233;FAO=46;FDP=232;FR=.;FRO=186;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=96;FSRR=90;FWDB=0.0144167;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.213;QD=4.61114;RBI=0.014473;REFB=0.000215802;REVB=0.00127573;RO=182;SAF=30;SAR=17;SRF=94;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159452;STB=0.593494;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000805785;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:232:182:186:47:46:0.198276:17:30:94:88:17:29:96:90 chr20 29623224 . C A 186.33 PASS AF=0.162996;AO=36;DP=228;FAO=37;FDP=227;FR=.;FRO=190;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=80;FWDB=-0.0218572;FXX=0.0173153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.088;QD=3.28329;RBI=0.0258287;REFB=-0.00559989;REVB=-0.0137617;RO=165;SAF=13;SAR=23;SRF=95;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271974;STB=0.685776;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0228439;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:165:190:36:37:0.162996:23:13:95:70:24:13:110:80 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAGAG,AAAG 343.43 PASS AF=0.0445545,0,0.222772;AO=10,27,42;DP=211;FAO=9,0,45;FDP=202;FR=.;FRO=148;FSAF=5,0,30;FSAR=4,0,15;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.0177568,0.0143442,-0.00418984;FXX=0.0516408;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,3;MLLD=38.4443,23.2708,255.747;QD=6.80065;RBI=0.192361,0.325207,0.0457682;REFB=0.0107288,-0.0222559,-0.00477734;REVB=0.19154,-0.324891,0.045576;RO=113;SAF=6,0,27;SAR=4,27,15;SRF=66;SRR=47;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0184343,-0.780578,0.0763556;STB=0.564828,0.5,0.640782;STBP=0.694,1,0.037;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0914314,-0.0181302,0.0227446;OID=.,.,.;OPOS=29623254,29623252,29623249;OREF=G,A,AAG;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAGAG,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0445545,0,0.222772:10,27,42:211:9,0,45:202:148:5,0,30:4,0,15:72:76:99:113:6,0,27:4,27,15:66:47 chr20 29624070 . G A 205.19 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00652088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.905;QD=8.73153;RBI=0.00653712;REFB=-0.00902457;REVB=0.000460545;RO=66;SAF=19;SAR=8;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203107;STB=0.617003;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0234958;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:66:67:27:27:0.287234:8:19:36:30:8:19:37:30 chr20 29625876 . C T 44.89 PASS AF=0.0896552;AO=13;DP=145;FAO=13;FDP=145;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.0160344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.306;QD=1.23846;RBI=0.0316039;REFB=-0.00476154;REVB=-0.0272343;RO=130;SAF=6;SAR=7;SRF=77;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152354;STB=0.622856;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0428504;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:145:145:130:132:13:13:0.0896552:7:6:77:53:7:6:79:53 chr20 29625877 . G A 121.48 PASS AF=0.159722;AO=23;DP=143;FAO=23;FDP=144;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=-0.00269083;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.695;QD=3.37437;RBI=0.0533002;REFB=-0.000382728;REVB=-0.0532323;RO=113;SAF=14;SAR=9;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555687;STB=0.526293;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00270555;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:113:121:23:23:0.159722:9:14:64:49:9:14:70:51 chr20 29625925 . C CTTG 87.94 PASS AF=0.131579;AO=18;DP=152;FAO=20;FDP=152;FR=.;FRO=132;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.0106618;FXX=0.0129862;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.36;QD=2.31412;RBI=0.0314058;REFB=-0.00382995;REVB=-0.0295406;RO=131;SAF=5;SAR=13;SRF=78;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380776;STB=0.78723;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.0299711;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.131579:18:152:20:152:132:5:15:79:53:87:131:5:13:78:53 chr20 29625935 . A G 169.66 PASS AF=0.189873;AO=28;DP=156;FAO=30;FDP=158;FR=.;FRO=128;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=0.0216713;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.088;QD=4.29508;RBI=0.0260718;REFB=-0.00332405;REVB=-0.0144946;RO=126;SAF=12;SAR=16;SRF=69;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1515;STB=0.623978;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117754;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:126:128:28:30:0.189873:16:12:69:57:18:12:71:57 chr20 29625956 . G A 31.31 PASS AF=0.0677966;AO=12;DP=179;FAO=12;FDP=177;FR=.;FRO=165;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=78;FWDB=-0.00597038;FXX=0.0111726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.527;QD=0.707638;RBI=0.00954657;REFB=-0.001151;REVB=-0.00744926;RO=166;SAF=1;SAR=11;SRF=87;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474389;STB=0.915105;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.021355;OID=.;OPOS=29625956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:179:177:166:165:12:12:0.0677966:11:1:87:79:11:1:87:78 chr20 29625971 . C A 40.55 PASS AF=0.0777778;AO=14;DP=180;FAO=14;FDP=180;FR=.;FRO=166;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=82;FWDB=-0.0408418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8403;QD=0.901221;RBI=0.0712027;REFB=-0.00132497;REVB=-0.0583246;RO=165;SAF=1;SAR=13;SRF=83;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502165;STB=0.920205;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0139923;OID=.;OPOS=29625971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:180:180:165:166:14:14:0.0777778:13:1:83:82:13:1:84:82 chr20 29625979 . C A 66.12 PASS AF=0.103448;AO=20;DP=175;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.00825194;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.359;QD=1.52002;RBI=0.0418568;REFB=-0.00166885;REVB=-0.0410353;RO=149;SAF=5;SAR=15;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291459;STB=0.739558;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0185649;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:175:174:149:156:20:18:0.103448:15:5:71:78:14:4:74:82 chr20 29625984 . TG CC,TA 50.62 PASS AF=0.0402299,0.0574713;AO=7,10;DP=174;FAO=7,10;FDP=174;FR=.;FRO=157;FSAF=4,5;FSAR=3,5;FSRF=69;FSRR=88;FWDB=-0.0155089,-0.0666952;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=252.218,62.3844;QD=1.16364;RBI=0.0189656,0.0801667;REFB=-0.0018819,-0.00207207;REVB=0.0109164,-0.0444797;RO=156;SAF=4,5;SAR=3,5;SRF=69;SRR=87;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113512,0.0593681;STB=0.624012,0.556774;STBP=0.508,0.727;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0342612,-0.00516394;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:174:174:156:157:7,10:7,10:0.0402299,0.0574713:3,5:4,5:69:87:3,5:4,5:69:88 chr20 29628237 . C A 119.67 PASS AF=0.108553;AO=33;DP=306;FAO=33;FDP=304;FR=.;FRO=271;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=134;FSRR=137;FWDB=-0.0314362;FXX=0.00977167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.228;QD=1.57458;RBI=0.0328013;REFB=-0.00247592;REVB=-0.00936433;RO=256;SAF=18;SAR=15;SRF=128;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566317;STB=0.545427;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0172154;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:304:256:271:33:33:0.108553:15:18:128:128:15:18:134:137 chr20 29628271 . C T 1009.0 PASS AF=0.384365;AO=118;DP=308;FAO=118;FDP=307;FR=.;FRO=189;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=83;FSRR=106;FWDB=-0.0198994;FXX=0.00324665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.827;QD=13.1466;RBI=0.0341078;REFB=-0.0267636;REVB=-0.0277013;RO=189;SAF=65;SAR=53;SRF=83;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121844;STB=0.568502;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0345637;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:307:189:189:118:118:0.384365:53:65:83:106:53:65:83:106 chr20 29628328 . C G 75.88 PASS AF=0.107527;AO=19;DP=186;FAO=20;FDP=186;FR=.;FRO=166;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=103;FWDB=-0.0869062;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6156;QD=1.63173;RBI=0.118491;REFB=-0.0113106;REVB=-0.0805444;RO=165;SAF=7;SAR=12;SRF=63;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172525;STB=0.519168;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0722592;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:186:186:165:166:19:20:0.107527:12:7:63:102:12:8:63:103 chr20 29628361 . A C 104.41 PASS AF=0.176471;AO=18;DP=101;FAO=18;FDP=102;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0263897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.735;QD=4.09432;RBI=0.0338977;REFB=-0.011263;REVB=-0.0212752;RO=83;SAF=9;SAR=9;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686631;STB=0.539172;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0482017;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:83:84:18:18:0.176471:9:9:37:46:9:9:38:46 chr20 29628431 . C T 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0298057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.647;QD=13.4579;RBI=0.0315449;REFB=-0.0199009;REVB=0.0103298;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16909;STB=0.59923;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0176095;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:12:14:11:5:12:14 chr20 29630674 . A T 37.59 PASS AF=0.0641509;AO=16;DP=265;FAO=17;FDP=265;FR=.;FRO=248;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=153;FSRR=95;FWDB=0.00390292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.603;QD=0.567355;RBI=0.0128554;REFB=-0.000708087;REVB=-0.0122486;RO=246;SAF=9;SAR=7;SRF=153;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648518;STB=0.527964;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00882312;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:265:265:246:248:16:17:0.0641509:7:9:153:93:7:10:153:95 chr20 29630681 . G A 36.01 PASS AF=0.0622711;AO=17;DP=273;FAO=17;FDP=273;FR=.;FRO=256;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=157;FSRR=99;FWDB=-0.0125457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.059;QD=0.527659;RBI=0.0133837;REFB=-0.000667108;REVB=0.00466134;RO=245;SAF=8;SAR=9;SRF=153;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167051;STB=0.632037;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0106193;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:273:273:245:256:17:17:0.0622711:9:8:153:92:9:8:157:99 chr20 29630695 . C A 1103.45 PASS AF=0.42807;AO=113;DP=276;FAO=122;FDP=285;FR=.;FRO=163;FSAF=78;FSAR=44;FSRF=91;FSRR=72;FWDB=0.01458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.563;QD=15.487;RBI=0.0151178;REFB=-0.0321048;REVB=-0.00399657;RO=161;SAF=70;SAR=43;SRF=90;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661555;STB=0.548888;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0389374;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:285:161:163:113:122:0.42807:43:70:90:71:44:78:91:72 chr20 29630697 . A G 51.77 PASS AF=0.0729167;AO=21;DP=288;FAO=21;FDP=288;FR=.;FRO=267;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=158;FSRR=109;FWDB=0.0146174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4157;QD=0.718974;RBI=0.016641;REFB=-0.0014994;REVB=0.00795315;RO=263;SAF=10;SAR=11;SRF=157;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136226;STB=0.606202;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0222743;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:288:288:263:267:21:21:0.0729167:11:10:157:106:11:10:158:109 chr20 29630725 . T C 148.35 PASS AF=0.126316;AO=36;DP=286;FAO=36;FDP=285;FR=.;FRO=249;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=144;FSRR=105;FWDB=-0.0300584;FXX=0.0069684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.813;QD=2.08208;RBI=0.0320675;REFB=-0.00273305;REVB=-0.011172;RO=250;SAF=21;SAR=15;SRF=144;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00950235;STB=0.504502;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0185752;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:285:250:249:36:36:0.126316:15:21:144:106:15:21:144:105 chr20 29632638 . C A 96.63 PASS AF=0.148148;AO=15;DP=130;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=-0.00145475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.114;QD=2.86316;RBI=0.0145292;REFB=-0.00940688;REVB=-0.0144562;RO=110;SAF=6;SAR=9;SRF=62;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198986;STB=0.575459;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0583297;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:130:135:110:115:15:20:0.148148:9:6:62:48:11:9:62:53 chr20 29632662 . G C 303.42 PASS AF=0.279221;AO=42;DP=161;FAO=43;FDP=154;FR=.;FRO=111;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=-0.0026785;FXX=0.0493797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.575;QD=7.8809;RBI=0.00273703;REFB=-0.0129723;REVB=-0.000563018;RO=105;SAF=24;SAR=18;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234653;STB=0.512815;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0344838;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:154:105:111:42:43:0.279221:18:24:58:47:19:24:60:51 chr20 29632707 . G A 175.08 PASS AF=0.182857;AO=32;DP=176;FAO=32;FDP=175;FR=.;FRO=143;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=68;FSRR=75;FWDB=-0.000270478;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.738;QD=4.00186;RBI=0.0219923;REFB=-0.00232465;REVB=-0.0219907;RO=144;SAF=18;SAR=14;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106789;STB=0.570875;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0161651;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:144:143:32:32:0.182857:14:18:69:75:14:18:68:75 chr20 29632709 . C T 305.45 PASS AF=0.258621;AO=45;DP=173;FAO=45;FDP=174;FR=.;FRO=129;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.0215307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.567;QD=7.02175;RBI=0.0269178;REFB=-0.00188354;REVB=-0.0161554;RO=128;SAF=19;SAR=26;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11613;STB=0.566492;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00327723;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:128:129:45:45:0.258621:26:19:66:62:26:19:66:63 chr20 29632714 . CT AG 218.23 PASS AF=0.216867;AO=33;DP=164;FAO=36;FDP=166;FR=.;FRO=130;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=64;FWDB=-0.00345118;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.877;QD=5.25863;RBI=0.0087856;REFB=-0.0101285;REVB=-0.00807936;RO=129;SAF=14;SAR=19;SRF=66;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111693;STB=0.527762;STBP=0.714;TYPE=mnp;VARB=0.0459996;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:129:130:33:36:0.216867:19:14:66:63:19:17:66:64 chr20 29633854 . G A 219.04 PASS AF=0.307692;AO=4;DP=69;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0145847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=9.62825;RBI=0.0336573;REFB=-0.0413276;REVB=-0.0303331;RO=55;SAF=3;SAR=1;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713702;STB=0.521685;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0318485;OID=.;OPOS=29633854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:91:55:63:4:28:0.307692:1:3:38:17:9:19:41:22 chr20 29633861 . A T 33.68 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=59;FSRR=35;FWDB=-0.012618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.46;QD=1.30813;RBI=0.0321305;REFB=4.25388e-05;REVB=-0.0295492;RO=87;SAF=8;SAR=1;SRF=59;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324504;STB=0.810448;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.000655312;OID=.;OPOS=29633861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:87:94:9:9:0.0873786:1:8:59:28:1:8:59:35 chr20 29633915 . C T 51.6 PASS AF=0.0979021;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=143;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.0482876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.223;QD=1.44345;RBI=0.0611164;REFB=-0.00573781;REVB=-0.0374636;RO=124;SAF=5;SAR=9;SRF=56;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115776;STB=0.606587;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0528953;OID=.;OPOS=29633915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:143:143:124:129:14:14:0.0979021:9:5:56:68:9:5:61:68 chr20 29633916 . G A,T 474.06 PASS AF=0.204225,0.197183;AO=28,28;DP=142;FAO=29,28;FDP=142;FR=.;FRO=85;FSAF=13,12;FSAR=16,16;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.0208002,-0.030423;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.281,118.127;QD=13.3539;RBI=0.0263119,0.0432098;REFB=-0.00406031,-0.000896478;REVB=-0.0161142,-0.0306843;RO=80;SAF=13,12;SAR=15,16;SRF=35;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0332379,-0.0111871;STB=0.516746,0.531946;STBP=0.846,0.715;TYPE=snp,snp;VARB=0.0308939,0.0287629;OID=.,.;OPOS=29633916,29633916;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:80:85:28,28:29,28:0.204225,0.197183:15,16:13,12:35:45:16,16:13,12:40:45 chr20 29633929 . A G 250.96 PASS AF=0.257143;AO=36;DP=140;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00341722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.171;QD=7.17024;RBI=0.00506377;REFB=-0.0110193;REVB=0.00373689;RO=104;SAF=18;SAR=18;SRF=47;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596026;STB=0.535695;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0176083;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:104:104:36:36:0.257143:18:18:47:57:18:18:47:57 chr20 29633938 . A G 167.22 PASS AF=0.2;AO=28;DP=138;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0425979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2294;QD=4.77783;RBI=0.0427301;REFB=0.00287407;REVB=-0.00335911;RO=109;SAF=14;SAR=14;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075957;STB=0.542827;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0179165;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:109:112:28:28:0.2:14:14:48:61:14:14:50:62 chr20 29633952 . C T 191.24 PASS AF=0.227273;AO=30;DP=130;FAO=30;FDP=132;FR=.;FRO=102;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.0212399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.852;QD=5.79523;RBI=0.0310774;REFB=-0.0163412;REVB=-0.0226865;RO=100;SAF=14;SAR=16;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168057;STB=0.510631;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0317446;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:100:102:30:30:0.227273:16:14:48:52:16:14:49:53 chr20 29652165 . C T 57.51 PASS AF=0.0891089;AO=16;DP=200;FAO=18;FDP=202;FR=.;FRO=184;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=142;FWDB=-0.041912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2761;QD=1.13872;RBI=0.0981669;REFB=-0.00543872;REVB=-0.0887701;RO=184;SAF=5;SAR=11;SRF=42;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124334;STB=0.665065;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.07597;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:200:202:184:184:16:18:0.0891089:11:5:42:142:11:7:42:142 chr20 29652166 . G A 78.7 PASS AF=0.106061;AO=21;DP=198;FAO=21;FDP=198;FR=.;FRO=177;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=139;FWDB=-0.0232186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1089;QD=1.58988;RBI=0.0313766;REFB=-0.00372442;REVB=-0.0211043;RO=176;SAF=9;SAR=12;SRF=38;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300744;STB=0.706554;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0271523;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:198:198:176:177:21:21:0.106061:12:9:38:138:12:9:38:139 chr20 29652172 . TG CA,CG 1682.4 PASS AF=0.223404,0.526596;AO=42,94;DP=187;FAO=42,99;FDP=188;FR=.;FRO=47;FSAF=11,23;FSAR=31,76;FSRF=4;FSRR=43;FWDB=-0.0242651,-0.0100522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.445,110.169;QD=35.7956;RBI=0.0350281,0.0200691;REFB=0.0113888,0.0221689;REVB=0.0252621,-0.0173701;RO=45;SAF=11,22;SAR=31,72;SRF=3;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27355,0.153895;STB=0.636381,0.571505;STBP=0.091,0.057;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00798934,0.000363513;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:187:188:45:47:42,94:42,99:0.223404,0.526596:31,72:11,22:3:42:31,76:11,23:4:43 chr20 29652183 . G A 69.69 PASS AF=0.103825;AO=19;DP=182;FAO=19;FDP=183;FR=.;FRO=164;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=130;FWDB=-0.0375429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.189;QD=1.52326;RBI=0.0390179;REFB=-0.0014704;REVB=0.0106264;RO=162;SAF=3;SAR=16;SRF=32;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808619;STB=0.574672;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0101624;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:182:183:162:164:19:19:0.103825:16:3:32:130:16:3:34:130 chr20 29652190 . T G 30.45 PASS AF=0.0662983;AO=12;DP=181;FAO=12;FDP=181;FR=.;FRO=169;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=135;FWDB=-0.012778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.395;QD=0.672941;RBI=0.0185295;REFB=-0.00205097;REVB=0.0134189;RO=167;SAF=2;SAR=10;SRF=33;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542787;STB=0.553751;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0319199;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:181:167:169:12:12:0.0662983:10:2:33:134:10:2:34:135 chr20 29652191 . C T 1432.69 PASS AF=0.675978;AO=120;DP=178;FAO=121;FDP=179;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=52;FWDB=0.0331561;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1047;QD=32.0154;RBI=0.0356011;REFB=-0.00855387;REVB=-0.0129657;RO=56;SAF=30;SAR=90;SRF=5;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137151;STB=0.567;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00496186;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:179:56:58:120:121:0.675978:90:30:5:51:91:30:6:52 chr20 29652194 . C T 222.14 PASS AF=0.209945;AO=36;DP=181;FAO=38;FDP=181;FR=.;FRO=143;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=116;FWDB=-0.006004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.519;QD=4.90906;RBI=0.010257;REFB=-0.000588838;REVB=0.00831614;RO=142;SAF=11;SAR=25;SRF=27;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1952;STB=0.605184;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00264987;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:142:143:36:38:0.209945:25:11:27:115:27:11:27:116 chr20 29652196 . T C 128.73 PASS AF=0.148352;AO=27;DP=181;FAO=27;FDP=182;FR=.;FRO=155;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=122;FWDB=-0.0302589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3811;QD=2.82932;RBI=0.0404878;REFB=-0.00153064;REVB=0.0269009;RO=154;SAF=5;SAR=22;SRF=32;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454867;STB=0.537246;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00968678;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:154:155:27:27:0.148352:22:5:32:122:22:5:33:122 chr20 29652219 . G C 31.83 PASS AF=0.0718954;AO=11;DP=155;FAO=11;FDP=153;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=111;FWDB=-0.0941358;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.83;QD=0.832071;RBI=0.0970613;REFB=-0.00322946;REVB=-0.0236502;RO=142;SAF=1;SAR=10;SRF=31;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238512;STB=0.725107;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0465261;OID=.;OPOS=29652219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:155:153:142:142:11:11:0.0718954:10:1:31:111:10:1:31:111 chr20 29652235 . CG CC,GC 905.8 PASS AF=0.573913,0.113043;AO=65,13;DP=138;FAO=66,13;FDP=115;FR=.;FRO=36;FSAF=13,3;FSAR=53,10;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=-0.0148694,-0.0180748;FXX=0.166655;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.3571,209.259;QD=31.5061;RBI=0.0283971,0.0213281;REFB=-0.00366354,0.00648167;REVB=0.0241929,0.0113221;RO=33;SAF=12,3;SAR=53,10;SRF=6;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00290028,0.0864966;STB=0.517253,0.571328;STBP=0.71,0.672;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00691653,0.000120409;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:115:33:36:65,13:66,13:0.573913,0.113043:53,10:12,3:6:27:53,10:13,3:6:30 chr20 29652254 . G A 86.52 PASS AF=0.145161;AO=18;DP=124;FAO=18;FDP=124;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=83;FWDB=-0.0799186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.107;QD=2.791;RBI=0.0819298;REFB=-0.0047413;REVB=0.018042;RO=106;SAF=5;SAR=13;SRF=23;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103232;STB=0.56865;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0209958;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:124:124:106:106:18:18:0.145161:13:5:23:83:13:5:23:83 chr20 29652267 . C G 55.61 PASS AF=0.122449;AO=12;DP=98;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=63;FWDB=-0.000285451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5282;QD=2.26994;RBI=0.0034431;REFB=0.00101294;REVB=0.00343125;RO=85;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311411;STB=0.703798;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00528335;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:98:98:85:86:12:12:0.122449:6:6:22:63:6:6:23:63 chr20 29965014 . T C 2083.66 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0675;QD=62.6663;RBI=0.0555411;REFB=0;REVB=0.0528105;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218686;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:76:57:0:0:76:57:0:0 chr20 29978216 . T C 1780.38 PASS AF=0.97541;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.023722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.069;QD=58.3731;RBI=0.0279489;REFB=0.0537694;REVB=0.0147786;RO=2;SAF=70;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193753;STB=0.506454;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.000252129;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:122:2:3:118:119:0.97541:48:70:0:2:49:70:1:2 chr20 30193545 . G C 32.4 PASS AF=0.0742857;AO=18;DP=152;FAO=13;FDP=175;FR=.;FRO=162;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=82;FSRR=80;FWDB=-0.0497368;FXX=0.0112988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.8944;QD=0.740518;RBI=0.0533186;REFB=-0.00934625;REVB=-0.0192125;RO=134;SAF=0;SAR=18;SRF=78;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705261;STB=0.914776;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0856882;OID=.;OPOS=30193545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:152:175:134:162:18:13:0.0742857:18:0:78:56:12:1:82:80 chr20 30433337 . CT GG 165.47 PASS AF=0.586207;AO=16;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0128526;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.274;QD=22.8235;RBI=0.0205864;REFB=-0.0660265;REVB=0.0160814;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153092;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=mnp;VARB=0.0406711;OID=.;OPOS=30433337;OREF=CT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:12:12:16:17:0.586207:12:4:5:7:12:5:5:7 chr20 30676401 . AG A 986.81 PASS AF=0.990741;AO=90;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0896008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.1867;QD=36.5484;RBI=0.230053;REFB=-0.0278321;REVB=0.211887;RO=12;SAF=54;SAR=36;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.116392;STB=0.504273;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.00894518;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990741:90:108:107:108:1:58:49:1:0:11:12:54:36:1:11 chr20 30746248 . T C 3021.51 PASS AF=0.989691;AO=191;DP=193;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0644409;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7024;QD=62.2991;RBI=0.0763464;REFB=-0.158767;REVB=0.0409408;RO=1;SAF=102;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464592;STB=0.504807;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00196859;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:193:194:1:2:191:192:0.989691:89:102:1:0:89:103:2:0 chr20 30777336 . G T 237.27 PASS AF=0.269841;AO=34;DP=126;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=0.00461307;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.651;QD=7.53248;RBI=0.008697;REFB=-0.00683495;REVB=-0.00737275;RO=92;SAF=8;SAR=26;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237651;STB=0.643473;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0212246;OID=.;OPOS=30777336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:92:92:34:34:0.269841:26:8:37:55:26:8:37:55 chr20 30777800 . T C 1599.04 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171518;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.419;QD=59.2239;RBI=0.0232366;REFB=0;REVB=0.0156766;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60577e-05;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:105:108:1:49:56:0:0:49:59:0:0 chr20 30777860 . A G 849.55 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2526;QD=55.708;RBI=0.0262234;REFB=0;REVB=0.0240712;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474357;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:61:0:0:55:61:1:26:29:0:0:29:32:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 2287.92 PASS AF=0.0584416,0.941558;AO=38,114;DP=155;FAO=9,145;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=9,135;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618327,0.0750242;FXX=0.0064512;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.919,202.175;QD=59.4266;RBI=0.064615,0.075193;REFB=0,0;REVB=-0.0187569,-0.0050362;RO=0;SAF=38,103;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.022939,0.00227814;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0584416,0.941558:38,114:155:9,145:154:0:9,135:0,10:0:0:12:0:38,103:0,11:0:0 chr20 30915461 . T C 305.92 PASS AF=0.217391;AO=50;DP=231;FAO=50;FDP=230;FR=.;FRO=180;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=-0.00413661;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5155;QD=5.32031;RBI=0.00510155;REFB=-0.00460768;REVB=-0.00298569;RO=180;SAF=33;SAR=17;SRF=96;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167564;STB=0.603106;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.023171;OID=.;OPOS=30915461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:230:180:180:50:50:0.217391:17:33:96:84:17:33:96:84 chr20 30922398 . C T 466.54 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.000821873;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.607;QD=22.2161;RBI=0.0123749;REFB=-0.0117354;REVB=-0.0123476;RO=39;SAF=27;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967469;STB=0.553374;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0106021;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:18:27:19:20:18:27:19:20 chr20 31019436 . GT GA,G 33.89 PASS AF=0.0277778,0.148148;AO=4,29;DP=110;FAO=3,16;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=3,9;FSAR=0,7;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=-0.0202347,-0.0901301;FXX=0.0357111;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=116.716,8.73644;QD=1.25526;RBI=0.0686723,0.0942108;REFB=-0.0101592,-0.131719;REVB=-0.0656235,-0.0274267;RO=58;SAF=4,15;SAR=0,14;SRF=27;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.524858,0.059184;STB=0.996829,0.585692;STBP=0.044,0.498;TYPE=snp,del;VARB=0.195686,0.125122;OID=.,.;OPOS=31019437,31019437;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0277778,0.148148:4,29:110:3,16:108:89:3,9:0,7:41:48:28:58:4,15:0,14:27:31 chr20 31022959 . T C 1729.64 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.886;QD=60.6891;RBI=0.0512058;REFB=0;REVB=0.0485827;RO=0;SAF=66;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50016e-05;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:47:66:0:0:48:66:0:0 chr20 31024274 . T C 779.03 PASS AF=0.759036;AO=62;DP=82;FAO=63;FDP=83;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0143539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.68;QD=37.5437;RBI=0.0294509;REFB=-0.00552901;REVB=0.0257161;RO=20;SAF=28;SAR=34;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449269;STB=0.525598;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00252208;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:20:20:62:63:0.759036:34:28:11:9:35:28:11:9 chr20 31025163 . A G 368.91 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00755441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.312;QD=27.3269;RBI=0.0180467;REFB=-0.0204469;REVB=0.0163894;RO=19;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147186;STB=0.580067;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.021629;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:15:20:15:4:15:20:15:4 chr20 31025535 . A G 1089.59 PASS AF=0.707483;AO=86;DP=137;FAO=104;FDP=147;FR=.;FRO=43;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0100831;FXX=0.0516096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.964;QD=29.6487;RBI=0.0154741;REFB=-0.0189406;REVB=0.0117379;RO=32;SAF=57;SAR=29;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105601;STB=0.539195;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00846357;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:147:32:43:86:104:0.707483:29:57:15:17:42:62:20:23 chr20 31025536 . C G 67.2 PASS AF=0.109677;AO=15;DP=146;FAO=17;FDP=155;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=54;FWDB=0.0081982;FXX=0.00640985;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.147;QD=1.73427;RBI=0.03155;REFB=-0.00746176;REVB=-0.0304663;RO=131;SAF=4;SAR=11;SRF=84;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42764;STB=0.809864;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0377469;OID=.;OPOS=31025536;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:146:155:131:138:15:17:0.109677:11:4:84:47:13:4:84:54 chr20 31035129 . A G 89.09 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0116491;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.861;QD=4.45465;RBI=0.0116496;REFB=-0.00682207;REVB=-0.000103666;RO=61;SAF=13;SAR=2;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.617451;STB=0.877329;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0174592;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:82:80:61:65:15:15:0.1875:2:13:21:40:2:13:25:40 chr20 31291625 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0224877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.866;QD=11.3691;RBI=0.0249672;REFB=0.00105492;REVB=0.0108473;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189188;STB=0.61093;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00304369;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:15:4:4:7:15:4 chr20 31292298 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAAGAG 190.96 PASS AF=0.48,0.2,0.32;AO=4,2,3;DP=23;FAO=12,5,8;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5,7;FSAR=5,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.481484,-0.227895,-0.219028;FXX=0.0740466;HRUN=15,15,15;LEN=3,1,3;MLLD=7.38872,65.2189,75.1545;QD=30.5537;RBI=0.754779,0.259123,0.236781;REFB=0,0,0;REVB=-0.581261,-0.123324,-0.0899555;RO=0;SAF=3,2,2;SAR=1,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.216498,0.138264,0.10581;OID=.,.,.;OPOS=31292299,31292310,31292310;OREF=AAA,A,AAA;OALT=-,G,GAG;OMAPALT=CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAGAA,CAAAAAAAAAAAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.48,0.2,0.32:4,2,3:23:12,5,8:25:0:7,5,7:5,0,1:0:0:53:0:3,2,2:1,0,1:0:0 chr20 31367967 . TG GT 53.2 PASS AF=0.210526;AO=2;DP=20;FAO=4;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0516762;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.7381;QD=11.1992;RBI=0.136878;REFB=-0.0169867;REVB=-0.126748;RO=11;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142187;STB=0.599466;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=0.0189535;OID=.;OPOS=31367967;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:19:11:8:2:4:0.210526:1:1:4:7:3:1:3:5 chr20 31386347 . T C 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.076;QD=59.5367;RBI=0.0302557;REFB=-0.0502968;REVB=0.0207513;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014127;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000452455;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:0:1:33:45:0:1 chr20 31386449 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.916;QD=49.5991;RBI=0.00836916;REFB=0;REVB=-0.00471633;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04707e-05;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr20 31388636 . T C 1608.26 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.399;QD=59.0189;RBI=0.0524997;REFB=-0.0157207;REVB=0.0208706;RO=1;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102068;STB=0.505375;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=9.8179e-05;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:46:62:0:1:46:62:0:1 chr20 31427635 . C T 1952.15 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7484;QD=61.9731;RBI=0.0451547;REFB=0;REVB=0.0395055;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153647;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:125:126:1:52:73:0:0:52:74:0:0 chr20 31436747 . C T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.331;QD=61.3341;RBI=0.0474604;REFB=0;REVB=-0.0474478;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180984;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr20 31505292 . C T 525.0 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0583135;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8494;QD=23.8637;RBI=0.0588803;REFB=-0.00334288;REVB=-0.00815009;RO=40;SAF=33;SAR=15;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366559;STB=0.512674;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00174298;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:39:48:49:0.556818:15:33:29:11:15:34:28:11 chr20 31531544 . C T 1987.45 PASS AF=0.757143;AO=159;DP=211;FAO=159;FDP=210;FR=.;FRO=51;FSAF=92;FSAR=67;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00347216;FXX=0.00473911;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.067;QD=37.8561;RBI=0.00954225;REFB=-0.00149048;REVB=0.00888811;RO=51;SAF=92;SAR=67;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507985;STB=0.527033;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.000564388;OID=.;OPOS=31531544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:51:51:159:159:0.757143:67:92:35:16:67:92:35:16 chr20 31584178 . G A 218.3 PASS AF=0.281818;AO=31;DP=110;FAO=31;FDP=110;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=25;FWDB=-0.00832966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.264;QD=7.93811;RBI=0.0106542;REFB=-0.0124187;REVB=-0.00664302;RO=78;SAF=17;SAR=14;SRF=53;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164087;STB=0.599819;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0311561;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:78:79:31:31:0.281818:14:17:53:25:14:17:54:25 chr20 31587752 . G C 171.24 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00439815;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.897;QD=10.8726;RBI=0.0447115;REFB=-0.0234051;REVB=-0.0444946;RO=38;SAF=17;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249864;STB=0.676443;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0366209;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:41:22:22:0.349206:5:17:22:16:5:17:22:19 chr20 31587793 . A G 183.86 PASS AF=0.316456;AO=23;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.000313709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8938;QD=9.30931;RBI=0.00197001;REFB=-0.00179183;REVB=0.00194487;RO=54;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119867;STB=0.591229;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0085909;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:54:54:23:25:0.316456:8:15:30:24:8:17:30:24 chr20 31590686 . C A 1129.21 PASS AF=0.653595;AO=100;DP=156;FAO=100;FDP=153;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-3.28624e-05;FXX=0.0192295;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.694;QD=29.5218;RBI=0.0271745;REFB=-0.0231097;REVB=0.0271745;RO=50;SAF=35;SAR=65;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336388;STB=0.517409;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0152899;OID=.;OPOS=31590686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:153:50:53:100:100:0.653595:65:35:20:30:65:35:21:32 chr20 31590745 . T C 366.4 PASS AF=0.297619;AO=50;DP=168;FAO=50;FDP=168;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=81;FWDB=0.0214773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2854;QD=8.72386;RBI=0.0241417;REFB=-0.0132642;REVB=0.011025;RO=117;SAF=18;SAR=32;SRF=37;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582306;STB=0.536096;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0280104;OID=.;OPOS=31590745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:117:118:50:50:0.297619:32:18:37:80:32:18:37:81 chr20 31609581 . C T 337.48 PASS AF=0.228448;AO=53;DP=232;FAO=53;FDP=232;FR=.;FRO=179;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=104;FSRR=75;FWDB=-0.00245371;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.157;QD=5.81869;RBI=0.0235033;REFB=-0.00364816;REVB=-0.0233749;RO=178;SAF=34;SAR=19;SRF=104;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766845;STB=0.549311;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.013386;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:178:179:53:53:0.228448:19:34:104:74:19:34:104:75 chr20 31671209 . G C 1468.75 PASS AF=0.728916;AO=121;DP=163;FAO=121;FDP=166;FR=.;FRO=45;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=8.59948e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.215;QD=35.3916;RBI=0.0212162;REFB=0.00508064;REVB=-0.021216;RO=42;SAF=64;SAR=57;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484403;STB=0.520658;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0023571;OID=.;OPOS=31671209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:166:42:45:121:121:0.728916:57:64:18:24:58:63:20:25 chr20 31671599 . A G 435.06 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0411832;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.98;QD=26.3675;RBI=0.0431021;REFB=-0.0445763;REVB=0.0127176;RO=24;SAF=26;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550361;STB=0.518897;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0235382;OID=.;OPOS=31671599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:24:25:41:41:0.621212:15:26:17:7:15:26:17:8 chr20 31671663 . T C 506.38 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=76;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0209769;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2652;QD=27.0069;RBI=0.0310994;REFB=-0.0242333;REVB=-0.0229595;RO=28;SAF=27;SAR=19;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119681;STB=0.546743;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0136421;OID=.;OPOS=31671663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:28:28:46:47:0.626667:19:27:21:7:19:28:20:8 chr20 31678534 . T C 1408.77 PASS AF=0.63;AO=125;DP=201;FAO=126;FDP=200;FR=.;FRO=74;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0058185;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.62;QD=28.1754;RBI=0.00870707;REFB=-0.021054;REVB=0.00647752;RO=74;SAF=72;SAR=53;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718111;STB=0.539865;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0124925;OID=.;OPOS=31678534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:200:74:74:125:126:0.63:53:72:35:39:53:73:35:39 chr20 31678535 . T G 33.92 PASS AF=0.0693069;AO=14;DP=204;FAO=14;FDP=202;FR=.;FRO=188;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=106;FSRR=82;FWDB=-0.00218531;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.683;QD=0.671646;RBI=0.0157236;REFB=-0.00136195;REVB=-0.015571;RO=183;SAF=3;SAR=11;SRF=103;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372689;STB=0.810809;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.198823;OID=.;OPOS=31678535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:204:202:183:188:14:14:0.0693069:11:3:103:80:11:3:106:82 chr20 31688241 . T C 2323.32 PASS AF=0.981132;AO=155;DP=159;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.515;QD=58.4483;RBI=0.0451389;REFB=-0.0185539;REVB=0.0429828;RO=3;SAF=85;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510344;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=5.88413e-05;OID=.;OPOS=31688241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:159:159:3:3:155:156:0.981132:70:85:0:3:71:85:0:3 chr20 31688260 . C T 2553.54 PASS AF=0.994012;AO=166;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00760722;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2088;QD=61.1627;RBI=0.0154531;REFB=-0.0748686;REVB=-0.013451;RO=1;SAF=85;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055661;STB=0.502924;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=7.96374e-05;OID=.;OPOS=31688260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:1:1:166:166:0.994012:81:85:1:0:81:85:1:0 chr20 31812923 . G A 3350.72 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026813;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.343;QD=62.3389;RBI=0.0280806;REFB=0;REVB=-0.00834191;RO=0;SAF=130;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94424e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:215:0:0:215:215:1:85:130:0:0:85:130:0:0 chr20 31825601 . G A 552.59 PASS AF=0.609756;AO=49;DP=82;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0160994;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.493;QD=26.9554;RBI=0.0285603;REFB=-0.0177976;REVB=0.0235902;RO=31;SAF=15;SAR=34;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294743;STB=0.658327;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00825388;OID=.;OPOS=31825601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:32:49:50:0.609756:34:15:22:9:34:16:23:9 chr20 31876681 . A G 230.69 PASS AF=0.279661;AO=30;DP=115;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0222117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.659;QD=7.81996;RBI=0.0264849;REFB=-0.0154897;REVB=-0.0144253;RO=84;SAF=11;SAR=19;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166497;STB=0.57317;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0430945;OID=.;OPOS=31876681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:84:85:30:33:0.279661:19:11:42:42:20:13:42:43 chr20 31897554 . G C 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.933;QD=57.172;RBI=0.0432604;REFB=0;REVB=0.00885521;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102593;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr20 31981849 . T C 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0129167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.682;QD=2.93553;RBI=0.0305132;REFB=-0.00170698;REVB=0.0276444;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595362;STB=0.543354;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0116336;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:3:4:24:22:3:4:24:22 chr20 32212690 . C T 1807.21 PASS AF=0.88;AO=131;DP=158;FAO=132;FDP=150;FR=.;FRO=18;FSAF=84;FSAR=48;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00933152;FXX=0.0566002;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.552;QD=48.1924;RBI=0.00964858;REFB=-0.016479;REVB=0.00245315;RO=17;SAF=83;SAR=48;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309555;STB=0.511197;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000236162;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:158:150:17:18:131:132:0.88:48:83:13:4:48:84:13:5 chr20 32212691 . G T 72.57 PASS AF=0.1125;AO=16;DP=158;FAO=18;FDP=160;FR=.;FRO=142;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=86;FSRR=56;FWDB=-0.0246942;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=71.7461;QD=1.81416;RBI=0.0262349;REFB=-0.0036251;REVB=0.00885827;RO=142;SAF=13;SAR=3;SRF=86;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283917;STB=0.744643;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00266766;OID=.;OPOS=32212691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:158:160:142:142:16:18:0.1125:3:13:86:56:3:15:86:56 chr20 32224505 . A G 47.86 PASS AF=0.149123;AO=20;DP=113;FAO=17;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=45;FWDB=-0.172942;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.7283;QD=1.67941;RBI=0.178365;REFB=-0.0361606;REVB=-0.0436476;RO=68;SAF=7;SAR=13;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154878;STB=0.654849;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.197806;OID=.;OPOS=32224505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:113:114:68:97:20:17:0.149123:13:7:32:36:11:6:52:45 chr20 32248163 . C T 1943.95 PASS AF=0.772021;AO=149;DP=193;FAO=149;FDP=193;FR=.;FRO=44;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0467171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.164;QD=40.2892;RBI=0.0468442;REFB=-0.0546824;REVB=0.00344788;RO=44;SAF=82;SAR=67;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211185;STB=0.501124;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0147423;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:44:44:149:149:0.772021:67:82:24:20:67:82:24:20 chr20 32251440 . G A 1156.29 PASS AF=0.628743;AO=104;DP=167;FAO=105;FDP=167;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=66;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.044678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0098;QD=27.6955;RBI=0.0560964;REFB=-0.0546834;REVB=0.0339218;RO=61;SAF=38;SAR=66;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205785;STB=0.506208;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0339818;OID=.;OPOS=32251440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:61:62:104:105:0.628743:66:38:24:37:66:39:24:38 chr20 32256195 . AC A,GA 618.56 PASS AF=0.744898,0;AO=50,5;DP=93;FAO=73,0;FDP=98;FR=.;FRO=25;FSAF=42,0;FSAR=31,0;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.118869,-0.120978;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=13.8977,11.9483;QD=25.2472;RBI=0.121264,0.121184;REFB=-0.156785,-0.0648653;REVB=0.0239803,0.00705665;RO=26;SAF=33,3;SAR=17,2;SRF=19;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=-0.0506618,-0.171764;STB=0.516959,0.5;STBP=0.586,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.107145,0;OID=.,.;OPOS=32256196,32256195;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:93:98:26:25:50,5:73,0:0.744898,0:17,2:33,3:19:7:31,0:42,0:16:9 chr20 32295541 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.075;QD=58.5874;RBI=0.0490718;REFB=0;REVB=0.0334754;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261012;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr20 32336755 . G A 730.09 PASS AF=0.691489;AO=43;DP=98;FAO=65;FDP=94;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0165464;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.356;QD=31.0678;RBI=0.0168891;REFB=-0.0160046;REVB=-0.00338522;RO=24;SAF=20;SAR=23;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104847;STB=0.50173;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0109405;OID=.;OPOS=32336755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:94:24:29:43:65:0.691489:23:20:15:9:25:40:18:11 chr20 32379263 . T C 828.01 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000172412;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.082;QD=57.1039;RBI=0.0256403;REFB=0;REVB=0.0256397;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747484;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:32:24:0:0:32:26:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 446.96 PASS AF=1;AO=22;DP=95;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695011;FXX=0.41658;HRUN=2;LEN=3;MLLD=172.481;QD=63.8513;RBI=0.0695199;REFB=0;REVB=0.00161392;RO=70;SAF=10;SAR=12;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000253869;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:22:95:28:28:0:13:15:0:0:3:70:10:12:25:45 chr20 32664866 . G A 687.42 PASS AF=0.682353;AO=58;DP=85;FAO=58;FDP=85;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.100885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.527;QD=32.3493;RBI=0.100889;REFB=-0.0419393;REVB=-0.000927706;RO=25;SAF=21;SAR=37;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464034;STB=0.540132;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0207786;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:25:27:58:58:0.682353:37:21:11:14:37:21:13:14 chr20 32664880 . T C 120.03 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0488457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4005;QD=9.41416;RBI=0.0567405;REFB=-0.0224052;REVB=-0.0288717;RO=36;SAF=4;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37301;STB=0.72529;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0478437;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:11:4:21:15:11:4:21:15 chr20 32883236 . C T 2450.56 PASS AF=0.831818;AO=183;DP=222;FAO=183;FDP=220;FR=.;FRO=37;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00630131;FXX=0.0178563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.266;QD=44.5555;RBI=0.0242373;REFB=-0.0222287;REVB=0.0234038;RO=35;SAF=93;SAR=90;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105181;STB=0.505441;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00400452;OID=.;OPOS=32883236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:35:37:183:183:0.831818:90:93:19:16:90:93:20:17 chr20 32972053 . TGCA T 189.28 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0121377;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=310.14;QD=20.4627;RBI=0.0154793;REFB=-0.0323658;REVB=-0.00960646;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244069;STB=0.624156;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=0.0311379;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:18:35:19:37:18:10:9:14:4:99:15:9:9:12:3 chr20 33104592 . G C 415.29 PASS AF=0.33758;AO=53;DP=157;FAO=53;FDP=157;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=44;FWDB=0.00966593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3803;QD=10.5807;RBI=0.101392;REFB=0.0173316;REVB=0.10093;RO=104;SAF=29;SAR=24;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347372;STB=0.519954;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0342152;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:104:104:53:53:0.33758:24:29:60:44:24:29:60:44 chr20 33324481 . A G 857.23 PASS AF=0.731183;AO=68;DP=93;FAO=68;FDP=93;FR=.;FRO=25;FSAF=50;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00346983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.115;QD=36.8702;RBI=0.0117554;REFB=-0.0278142;REVB=0.0112316;RO=25;SAF=50;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593175;STB=0.531905;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00925004;OID=.;OPOS=33324481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:25:25:68:68:0.731183:18:50:16:9:18:50:16:9 chr20 33337751 . T C 1319.12 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0146818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7383;QD=58.6277;RBI=0.0426318;REFB=-0.163203;REVB=0.0400239;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.521734;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00195826;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:1:3:87:87:0.966667:33:54:0:1:33:54:0:3 chr20 33449198 . GC G 241.48 PASS AF=0.245161;AO=35;DP=155;FAO=38;FDP=155;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=-0.0228155;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.345;QD=6.23168;RBI=0.0331621;REFB=-0.0107321;REVB=-0.0240661;RO=116;SAF=17;SAR=18;SRF=67;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115712;STB=0.548362;STBP=0.48;TYPE=del;VARB=0.0343197;OID=.;OPOS=33449199;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245161:35:155:38:155:117:19:19:66:51:99:116:17:18:67:49 chr20 33470694 . C T 377.45 PASS AF=0.258065;AO=55;DP=216;FAO=56;FDP=217;FR=.;FRO=161;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=64;FSRR=97;FWDB=-0.0225536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.863;QD=6.95768;RBI=0.0227975;REFB=-0.000475348;REVB=0.00332574;RO=159;SAF=22;SAR=33;SRF=63;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00490793;STB=0.503616;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00136407;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:159:161:55:56:0.258065:33:22:63:96:34:22:64:97 chr20 33565755 . G A 502.24 PASS AF=0.317308;AO=66;DP=208;FAO=66;FDP=208;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=-0.0180376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.501;QD=9.65849;RBI=0.0192662;REFB=-0.0344465;REVB=-0.00676981;RO=141;SAF=32;SAR=34;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304159;STB=0.519947;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0657879;OID=.;OPOS=33565755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:141:142:66:66:0.317308:34:32:72:69:34:32:73:69 chr20 33572941 . A G 357.45 PASS AF=0.875;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0192262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.317;QD=44.681;RBI=0.0292728;REFB=-0.0291474;REVB=-0.0220737;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504481;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0036761;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:32:0:4:26:28:0.875:12:14:0:0:13:15:2:2 chr20 33578899 . T C 3150.24 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.448;QD=61.7694;RBI=0.00337579;REFB=0;REVB=-0.00216269;RO=0;SAF=120;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35935e-07;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:204:204:0:0:204:204:1:84:120:0:0:84:120:0:0 chr20 33581955 . G A 1307.21 PASS AF=0.682927;AO=112;DP=164;FAO=112;FDP=164;FR=.;FRO=52;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00631564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.896;QD=31.8832;RBI=0.0106313;REFB=-0.0255819;REVB=0.00855203;RO=51;SAF=59;SAR=53;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244998;STB=0.509836;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0145847;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:51:52:112:112:0.682927:53:59:29:22:53:59:29:23 chr20 33583331 . A G 262.89 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0524251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6259;QD=47.7984;RBI=0.0526771;REFB=-0.0490153;REVB=0.00514728;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00209116;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr20 33584289 . C T 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00815572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.015;QD=21.5315;RBI=0.0456445;REFB=-0.0156983;REVB=0.0449099;RO=30;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426313;STB=0.533315;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0123782;OID=.;OPOS=33584289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:13:24:18:12:13:24:18:13 chr20 33585437 . C T 403.31 PASS AF=0.298343;AO=54;DP=181;FAO=54;FDP=181;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=78;FSRR=49;FWDB=0.00323917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.318;QD=8.91296;RBI=0.0267714;REFB=-0.00907412;REVB=-0.0265747;RO=127;SAF=28;SAR=26;SRF=78;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116094;STB=0.567521;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0188838;OID=.;OPOS=33585437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:127:127:54:54:0.298343:26:28:78:49:26:28:78:49 chr20 33587596 . G A 114.37 PASS AF=0.238095;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00449207;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.456;QD=7.26187;RBI=0.0154108;REFB=-0.013691;REVB=-0.0147416;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065687;STB=0.558481;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0354087;OID=.;OPOS=33587596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:36:44:14:15:0.238095:7:7:16:20:7:8:20:24 chr20 33591006 . G A 1680.36 PASS AF=0.665138;AO=145;DP=218;FAO=145;FDP=218;FR=.;FRO=73;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=0.000451001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1847;QD=30.8323;RBI=0.0306378;REFB=-0.0154582;REVB=0.0306345;RO=73;SAF=91;SAR=54;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00741965;STB=0.503984;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0094056;OID=.;OPOS=33591006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:73:73:145:145:0.665138:54:91:45:28:54:91:45:28 chr20 33657126 . G A 1896.32 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7789;QD=61.6689;RBI=0.0286566;REFB=0;REVB=0.0250531;RO=0;SAF=72;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09748e-05;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:50:72:0:0:50:73:0:0 chr20 33764554 . A G 304.81 PASS AF=0.203922;AO=52;DP=252;FAO=52;FDP=255;FR=.;FRO=203;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=113;FSRR=90;FWDB=-0.0158199;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.507;QD=4.78128;RBI=0.0222283;REFB=-0.0089413;REVB=-0.015615;RO=200;SAF=25;SAR=27;SRF=113;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108033;STB=0.560194;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0255677;OID=.;OPOS=33764554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:255:200:203:52:52:0.203922:27:25:113:87:27:25:113:90 chr20 33834708 . G A 1486.1 PASS AF=0.655172;AO=127;DP=196;FAO=133;FDP=203;FR=.;FRO=70;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0107332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.503;QD=29.2827;RBI=0.0133172;REFB=-0.0144583;REVB=-0.00788336;RO=68;SAF=69;SAR=58;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584962;STB=0.525351;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0116621;OID=.;OPOS=33834708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:203:68:70:127:133:0.655172:58:69:43:25:59:74:44:26 chr20 33969530 . C T 137.62 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=76;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0161012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0472;QD=7.24299;RBI=0.0161849;REFB=-0.00360215;REVB=0.0016436;RO=56;SAF=6;SAR=14;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190598;STB=0.616356;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0101738;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:56:56:20:20:0.263158:14:6:25:31:14:6:25:31 chr20 33971914 . C T 91.5 PASS AF=0.156522;AO=18;DP=118;FAO=18;FDP=115;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.0215831;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7842;QD=3.18267;RBI=0.0380485;REFB=0.00166043;REVB=-0.0313346;RO=98;SAF=10;SAR=8;SRF=62;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100857;STB=0.545405;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.0107753;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:118:115:98:97:18:18:0.156522:8:10:62:36:8:10:59:38 chr20 34062642 . C T 979.34 PASS AF=0.70339;AO=82;DP=120;FAO=83;FDP=118;FR=.;FRO=35;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00506244;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.516;QD=33.198;RBI=0.0263137;REFB=-0.00718865;REVB=-0.0258221;RO=32;SAF=50;SAR=32;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257215;STB=0.500746;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00298087;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:118:32:35:82:83:0.70339:32:50:21:11:33:50:21:14 chr20 34090519 . G A 894.71 PASS AF=0.678261;AO=78;DP=115;FAO=78;FDP=115;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0299428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.915;QD=31.1202;RBI=0.0336274;REFB=-0.0202848;REVB=-0.0153047;RO=36;SAF=41;SAR=37;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962744;STB=0.555887;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00895302;OID=.;OPOS=34090519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:36:37:78:78:0.678261:37:41:13:23:37:41:13:24 chr20 34116282 . T C 555.68 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.029478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.751;QD=33.6775;RBI=0.0552938;REFB=-0.0233393;REVB=-0.0467809;RO=18;SAF=22;SAR=26;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105053;STB=0.556652;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.011182;OID=.;OPOS=34116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:26:22:12:6:26:22:12:6 chr20 34131396 . C T 1091.58 PASS AF=0.590643;AO=99;DP=170;FAO=101;FDP=171;FR=.;FRO=70;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00930323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.131;QD=25.5341;RBI=0.00951372;REFB=-0.00151876;REVB=-0.00199016;RO=69;SAF=50;SAR=49;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236083;STB=0.50967;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.000993363;OID=.;OPOS=34131396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:69:70:99:101:0.590643:49:50:37:32:50:51:37:33 chr20 34144107 . T C 1508.13 PASS AF=0.97;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=100;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0593377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.061;QD=60.3253;RBI=0.0593925;REFB=-0.176104;REVB=0.00254991;RO=1;SAF=49;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958098;STB=0.504845;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.000640756;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:100:100:1:3:97:97:0.97:48:49:1:0:48:49:2:1 chr20 34147998 . A G 2031.5 PASS AF=0.726872;AO=161;DP=223;FAO=165;FDP=227;FR=.;FRO=62;FSAF=98;FSAR=67;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0114266;FXX=0.00873324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.799;QD=35.7974;RBI=0.014518;REFB=-0.0381567;REVB=-0.00895579;RO=62;SAF=97;SAR=64;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566966;STB=0.505379;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.012688;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:227:62:62:161:165:0.726872:64:97:38:24:67:98:38:24 chr20 34152782 . C T 499.56 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00742638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.538;QD=27.0032;RBI=0.0127975;REFB=-0.00843894;REVB=-0.0104223;RO=28;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572847;OID=.;OPOS=34152782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:23:23:14:14:23:23:14:14 chr20 34164422 . T C 2334.0 PASS AF=0.993548;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0195581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2092;QD=60.2323;RBI=0.0201025;REFB=-0.113918;REVB=0.00464656;RO=0;SAF=94;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502617;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000985654;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:154:155:0:1:153:154:0.993548:59:94:0:0:59:95:1:0 chr20 34170035 . C G 655.53 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0297941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.078;QD=55.7901;RBI=0.0432405;REFB=-0.161038;REVB=0.0313378;RO=3;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120329;STB=0.506414;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0019326;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:25:19:1:2:25:19:1:2 chr20 34170316 . C A 729.07 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707811;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.904;QD=57.1817;RBI=0.0511638;REFB=0;REVB=0.0506719;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210162;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:11:40:0:0:11:40:0:0 chr20 34173046 . C T 1244.64 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0405486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.892;QD=55.9388;RBI=0.0439133;REFB=-0.197598;REVB=-0.0168578;RO=2;SAF=50;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185691;STB=0.523804;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00333418;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:89:89:2:5:84:84:0.94382:34:50:2:0:34:50:5:0 chr20 34173178 . A G 779.98 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.782;QD=56.7256;RBI=0.0288901;REFB=0;REVB=0.0246584;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0275e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr20 34179907 . C T 3366.55 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00681589;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0287;QD=62.0563;RBI=0.0254245;REFB=-0.024756;REVB=-0.0244938;RO=1;SAF=120;SAR=97;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00488649;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694113;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:218:217:1:0:217:217:1:97:120:0:1:97:120:0:0 chr20 34501213 . A T 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0196235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4277;QD=13.8489;RBI=0.0233503;REFB=-0.045505;REVB=-0.0126553;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628047;STB=0.53654;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0366682;OID=.;OPOS=34501213;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:11:14:8:8:11:14 chr20 34778592 . C T 440.94 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0072839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.449;QD=27.9963;RBI=0.0235264;REFB=0.0149396;REVB=-0.0223705;RO=22;SAF=24;SAR=17;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026217;STB=0.514279;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00582528;OID=.;OPOS=34778592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:17:24:12:10:17:24:12:10 chr20 35236275 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 173.74 PASS AF=0.296,0.112;AO=23,13;DP=116;FAO=37,14;FDP=125;FR=.;FRO=74;FSAF=25,11;FSAR=12,3;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0932073,0.0320845;FXX=0.0384586;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.51717,19.2305;QD=5.55979;RBI=0.107812,0.0564466;REFB=-0.121053,-0.0849532;REVB=0.0541831,0.0464414;RO=62;SAF=13,10;SAR=10,3;SRF=22;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251591,0.490672;STB=0.695007,0.821221;STBP=0.005,0.02;TYPE=del,snp;VARB=0.0503303,0.105142;OID=.,.;OPOS=35236276,35236282;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296,0.112:23,13:116:37,14:125:74:25,11:12,3:28:46:91:62:13,10:10,3:22:40 chr20 35507558 . G A 280.29 PASS AF=0.336364;AO=36;DP=108;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0252804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.919;QD=10.1923;RBI=0.0305575;REFB=-0.016106;REVB=0.0171657;RO=72;SAF=23;SAR=13;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148002;STB=0.568867;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0258781;OID=.;OPOS=35507558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:72:73:36:37:0.336364:13:23:37:35:14:23:38:35 chr20 35740794 . T C 1835.42 PASS AF=0.887417;AO=133;DP=150;FAO=134;FDP=151;FR=.;FRO=17;FSAF=66;FSAR=68;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0170787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.165;QD=48.6204;RBI=0.0174433;REFB=0.00440596;REVB=0.00354781;RO=16;SAF=65;SAR=68;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027684;STB=0.510771;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00351721;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:150:151:16:17:133:134:0.887417:68:65:10:6:68:66:10:7 chr20 35740795 . G C 38.83 PASS AF=0.0915033;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=153;FR=.;FRO=139;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=0.029728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9639;QD=1.01506;RBI=0.0310114;REFB=-0.0189271;REVB=-0.00882898;RO=138;SAF=8;SAR=6;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920565;STB=0.639651;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.178117;OID=.;OPOS=35740795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:152:153:138:139:14:14:0.0915033:6:8:68:70:5:9:68:71 chr20 35769592 . T C 1422.5 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0316432;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.382;QD=60.5318;RBI=0.0624684;REFB=-0.0828716;REVB=0.053861;RO=0;SAF=66;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04346e-08;STB=0.518514;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00186952;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:0:2:92:92:0.978723:26:66:0:0:26:66:0:2 chr20 35769644 . AGGG AGG,AGGT 1471.81 PASS AF=0.0103093,0.989691;AO=25,68;DP=97;FAO=1,96;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=1,66;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125906,0.131922;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.9294,31.1393;QD=60.6933;RBI=0.126377,0.18605;REFB=0,0;REVB=-0.0108998,0.131191;RO=0;SAF=16,48;SAR=9,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.469521,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.105004,0.0123958;OID=.,.;OPOS=35769645,35769647;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=AGG,AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0103093,0.989691:25,68:97:1,96:97:0:1,66:0,30:0:0:4:0:16,48:9,20:0:0 chr20 35783494 . T C 1609.06 PASS AF=0.973451;AO=109;DP=112;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0165535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1202;QD=56.9578;RBI=0.0576018;REFB=-0.0160625;REVB=0.055172;RO=3;SAF=53;SAR=56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077782;STB=0.503948;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00232375;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:112:113:3:3:109:110:0.973451:56:53:1:2:57:53:1:2 chr20 35807790 . G GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T 267.29 PASS AF=0.252336,0.0934579;AO=22,7;DP=118;FAO=27,10;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=15,5;FSAR=12,5;FSRF=64;FSRR=6;FWDB=-0.0128564,-0.0670449;FXX=0.122941;HRUN=1,2;LEN=29,1;MLLD=486.74,79.2553;QD=9.99204;RBI=0.0178405,0.0734674;REFB=-0.00329463,-0.0198623;REVB=0.0123691,-0.0300408;RO=69;SAF=15,2;SAR=7,5;SRF=64;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.446138,-0.731098;STB=0.778191,0.862156;STBP=0.022,0.238;TYPE=ins,snp;VARB=0.009503,0.0339736;OID=.,.;OPOS=35807791,35807790;OREF=-,G;OALT=CTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:107:69:70:22,7:27,10:0.252336,0.0934579:7,5:15,2:64:5:12,5:15,5:64:6 chr20 35865052 . TCC TC,TCT 1855.83 PASS AF=0.165354,0.834646;AO=20,105;DP=126;FAO=21,106;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=20,55;FSAR=1,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128946,0.0892883;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.7995,44.5699;QD=58.4513;RBI=0.129484,0.0902539;REFB=0,0;REVB=-0.0117976,-0.0131664;RO=1;SAF=19,54;SAR=1,51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0236587,-0.00870753;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00282014,-0.00807652;OID=.,.;OPOS=35865053,35865054;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.165354,0.834646:20,105:126:21,106:127:0:20,55:1,51:0:0:97:1:19,54:1,51:1:0 chr20 35865056 . G T 42.68 PASS AF=0.146154;AO=21;DP=130;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=57;FSRR=54;FWDB=-0.0690499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.0786;QD=1.31328;RBI=0.0691678;REFB=-0.0719716;REVB=-0.00403729;RO=109;SAF=20;SAR=1;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639935;STB=0.929066;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.247307;OID=.;OPOS=35865056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:130:130:109:111:21:19:0.146154:1:20:55:54:1:18:57:54 chr20 35945238 . C G 2090.93 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0626474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1097;QD=61.049;RBI=0.0718915;REFB=0.0217192;REVB=0.035266;RO=2;SAF=78;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120313;STB=0.506328;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00096457;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:2:2:134:135:0.985401:56:78:2:0:57:78:2:0 chr20 36030939 . G C 2672.71 PASS AF=0.983051;AO=173;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=91;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000417372;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8484;QD=60.4003;RBI=0.0607852;REFB=-0.0133608;REVB=0.0607837;RO=2;SAF=91;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000567375;STB=0.50322;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000445467;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:177:177:2:3:173:174:0.983051:82:91:1:1:83:91:1:2 chr20 36146148 . T C 3657.61 PASS AF=0.991525;AO=234;DP=237;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=138;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113356;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.525;QD=61.9934;RBI=0.0113676;REFB=0.00693064;REVB=-0.000851146;RO=1;SAF=138;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493843;STB=0.505154;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-3.55348e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:237:236:1:2:234:234:0.991525:96:138:0:1:96:138:0:2 chr20 36407678 . T C 1263.27 PASS AF=0.703448;AO=102;DP=145;FAO=102;FDP=145;FR=.;FRO=43;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.0145457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0567;QD=34.8487;RBI=0.0154065;REFB=-0.0259074;REVB=0.00507776;RO=43;SAF=50;SAR=52;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114591;STB=0.561392;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.013334;OID=.;OPOS=36407678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:43:43:102:102:0.703448:52:50:30:13:52:50:30:13 chr20 36603611 . A C 1158.65 PASS AF=0.680851;AO=96;DP=141;FAO=96;FDP=141;FR=.;FRO=45;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=38;FWDB=0.0060899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.64;QD=32.8695;RBI=0.0194977;REFB=-0.0175385;REVB=-0.0185222;RO=44;SAF=53;SAR=43;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227014;STB=0.624593;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0155444;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:44:45:96:96:0.680851:43:53:7:37:43:53:7:38 chr20 36603780 . T C 564.39 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.02308;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.398;QD=28.9431;RBI=0.0236669;REFB=-0.0392094;REVB=0.00523818;RO=28;SAF=20;SAR=30;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161163;STB=0.587594;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.014181;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:28:28:50:50:0.641026:30:20:18:10:30:20:18:10 chr20 36603807 . C T 926.39 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.851;QD=57.899;RBI=0.0494397;REFB=0;REVB=0.0173074;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126853;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:32:31:0:0:32:32:0:0 chr20 36615585 . G A 362.09 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00879816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.79;QD=15.4079;RBI=0.0145613;REFB=-0.00771694;REVB=-0.0116028;RO=55;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00728796;STB=0.504117;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0117548;OID=.;OPOS=36615585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:55:39:39:0.414894:18:21:30:25:18:21:30:25 chr20 36668874 . G A 219.95 PASS AF=0.211429;AO=35;DP=174;FAO=37;FDP=175;FR=.;FRO=138;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=68;FWDB=-0.00551611;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.421;QD=5.02736;RBI=0.0140433;REFB=-0.00607846;REVB=-0.0129146;RO=137;SAF=21;SAR=14;SRF=68;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133216;STB=0.5478;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0208262;OID=.;OPOS=36668874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:137:138:35:37:0.211429:14:21:68:69:16:21:70:68 chr20 36841756 . T C 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0115766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3703;QD=8.11358;RBI=0.0197824;REFB=-0.000950876;REVB=-0.0160414;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507083;STB=0.787171;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00210984;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:5:9:7:30:5:9:8:30 chr20 36841914 . G A 195.86 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=0.0217126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.933;QD=8.70492;RBI=0.0217405;REFB=-0.00481606;REVB=0.00110142;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20551;STB=0.61478;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0153955;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:64:26:26:0.288889:12:14:23:40:12:14:24:40 chr20 36845738 . C T 468.78 PASS AF=0.331461;AO=59;DP=179;FAO=59;FDP=178;FR=.;FRO=119;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=72;FSRR=47;FWDB=0.00856471;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.066;QD=10.5345;RBI=0.0382989;REFB=-0.0143093;REVB=0.0373289;RO=118;SAF=37;SAR=22;SRF=71;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311876;STB=0.515648;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0254668;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:118:119:59:59:0.331461:22:37:71:47:22:37:72:47 chr20 36870189 . T C 38.18 PASS AF=0.0805369;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=149;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.030978;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.084;QD=1.02503;RBI=0.0342539;REFB=-0.000662037;REVB=0.0146182;RO=133;SAF=6;SAR=6;SRF=70;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029877;STB=0.516751;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0116979;OID=.;OPOS=36870189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:150:149:133:137:12:12:0.0805369:6:6:70:63:6:6:71:66 chr20 36952342 . C T 1168.14 PASS AF=0.634146;AO=102;DP=161;FAO=104;FDP=164;FR=.;FRO=60;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0319044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9534;QD=28.4913;RBI=0.0691303;REFB=-0.0222229;REVB=0.0613279;RO=59;SAF=57;SAR=45;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034496;STB=0.521283;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0198799;OID=.;OPOS=36952342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:164:59:60:102:104:0.634146:45:57:30:29:46:58:30:30 chr20 36954724 . C T 190.83 PASS AF=0.247863;AO=28;DP=115;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=30;FWDB=0.0422139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.53;QD=6.52425;RBI=0.0423792;REFB=-0.0145976;REVB=-0.00373969;RO=87;SAF=18;SAR=10;SRF=57;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168051;STB=0.503266;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0359518;OID=.;OPOS=36954724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:87:88:28:29:0.247863:10:18:57:30:10:19:58:30 chr20 36956026 . A G 380.09 PASS AF=0.328671;AO=47;DP=142;FAO=47;FDP=143;FR=.;FRO=96;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=38;FWDB=0.00155886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.9;QD=10.6319;RBI=0.105915;REFB=-0.000212907;REVB=-0.105903;RO=95;SAF=31;SAR=16;SRF=58;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616896;STB=0.540331;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000169888;OID=.;OPOS=36956026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:143:95:96:47:47:0.328671:16:31:58:37:16:31:58:38 chr20 36977970 . G A 716.1 PASS AF=0.514706;AO=70;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0438486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.304;QD=21.0618;RBI=0.0444016;REFB=-0.0325122;REVB=0.0069864;RO=59;SAF=25;SAR=45;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200879;STB=0.636037;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.019875;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:59:66:70:70:0.514706:45:25:35:24:45:25:42:24 chr20 36978047 . G A 709.19 PASS AF=0.659341;AO=60;DP=91;FAO=60;FDP=91;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0257559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.171;QD=31.173;RBI=0.0274296;REFB=-0.0548656;REVB=-0.00943505;RO=30;SAF=27;SAR=33;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310177;STB=0.522644;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0280336;OID=.;OPOS=36978047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:31:60:60:0.659341:33:27:15:15:33:27:16:15 chr20 36989381 . G A 1850.85 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012168;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.064;QD=61.1851;RBI=0.117478;REFB=0;REVB=-0.117472;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.126e-05;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:120:121:1:55:65:0:0:56:65:0:0 chr20 37005536 . T C 2256.3 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.263;QD=63.1133;RBI=0.0250675;REFB=0;REVB=0.00211637;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46656e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:143:0:0:137:143:1:79:58:0:0:79:64:0:0 chr20 37062583 . T C 214.91 PASS AF=0.22449;AO=33;DP=147;FAO=33;FDP=147;FR=.;FRO=114;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=49;FWDB=-0.00814061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.004;QD=5.8478;RBI=0.0246707;REFB=-0.00834598;REVB=-0.0232889;RO=114;SAF=21;SAR=12;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874244;STB=0.553793;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0277221;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:114:114:33:33:0.22449:12:21:65:49:12:21:65:49 chr20 37203813 . C T 1512.99 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3064;QD=59.9202;RBI=0.0339031;REFB=0;REVB=0.0173673;RO=0;SAF=53;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197708;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:48:53:0:0:48:53:0:0 chr20 37258155 . TGGGGGGCT TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT 105.98 PASS AF=0,0.0115385,0.138462,0;AO=41,15,36,31;DP=264;FAO=0,3,36,0;FDP=260;FR=.;FRO=221;FSAF=0,1,9,0;FSAR=0,2,27,0;FSRF=127;FSRR=94;FWDB=-0.186805,-0.15527,-0.111405,0.173316;FXX=0.0188672;HRUN=6,6,1,6;LEN=1,3,1,1;MLLD=9.43726,20.0878,14.6818,8.07592;QD=1.63044;RBI=0.268655,0.172482,0.115983,0.265097;REFB=0.0389398,0.00410317,-0.0254919,-0.0415088;REVB=0.193079,0.0751075,-0.0322648,-0.200594;RO=129;SAF=32,9,11,2;SAR=9,6,25,29;SRF=78;SRR=51;SSEN=0.496183,0,0,0;SSEP=0.75,0,0,0;SSSB=0.26025,-0.00583651,-0.3711,-0.690716;STB=0.5,0.725865,0.77112,0.5;STBP=1,0.514,0,1;TYPE=del,mnp,ins,ins;VARB=0,0.0628227,0.0527215,0.0252346;OID=.,.,.,.;OPOS=37258156,37258161,37258164,37258156;OREF=G,GCT,-,-;OALT=-,CTG,G,G;OMAPALT=TGGGGGCT,TGGGGGCTG,TGGGGGGCTG,TGGGGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0115385,0.138462,0:41,15,36,31:264:0,3,36,0:260:221:0,1,9,0:0,2,27,0:127:94:84:129:32,9,11,2:9,6,25,29:78:51 chr20 37277271 . C T 617.0 PASS AF=0.683544;AO=53;DP=78;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00395656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.864;QD=31.2406;RBI=0.00773216;REFB=-0.0127785;REVB=-0.00664319;RO=24;SAF=34;SAR=19;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360318;STB=0.530024;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00631982;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:24:25:53:54:0.683544:19:34:14:10:19:35:14:11 chr20 37356961 . G A 1450.38 PASS AF=0.567797;AO=133;DP=239;FAO=134;FDP=236;FR=.;FRO=102;FSAF=62;FSAR=72;FSRF=42;FSRR=60;FWDB=-0.00218917;FXX=0.0125518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.427;QD=24.5827;RBI=0.0129572;REFB=-0.00614875;REVB=0.0127709;RO=102;SAF=61;SAR=72;SRF=42;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378597;STB=0.522202;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0044403;OID=.;OPOS=37356961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:236:102:102:133:134:0.567797:72:61:42:60:72:62:42:60 chr20 37377139 . C T 81.36 PASS AF=0.363636;AO=9;DP=30;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.117059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.36;QD=9.86183;RBI=0.119962;REFB=-0.0364873;REVB=0.0262311;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555466;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0658834;OID=.;OPOS=37377139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:33:21:21:9:12:0.363636:3:6:14:7:5:7:14:7 chr20 37383640 . T C 122.46 PASS AF=0.264706;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0307073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.926;QD=7.20337;RBI=0.0312256;REFB=-0.00550714;REVB=-0.00566546;RO=50;SAF=9;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969533;STB=0.558759;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0196929;OID=.;OPOS=37383640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:50:18:18:0.264706:9:9:29:21:9:9:29:21 chr20 37390255 . G GTC 214.35 PASS AF=0.208092;AO=36;DP=176;FAO=36;FDP=173;FR=.;FRO=137;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=66;FWDB=-0.00124939;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=330.331;QD=4.95612;RBI=0.0138052;REFB=-0.00914063;REVB=-0.0137485;RO=137;SAF=15;SAR=21;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129728;STB=0.580476;STBP=0.285;TYPE=ins;VARB=0.0350062;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208092:36:176:36:173:137:15:21:71:66:99:137:15:21:71:66 chr20 37396120 . A G 215.17 PASS AF=0.29661;AO=28;DP=112;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.0525896;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.081;QD=7.29388;RBI=0.0575362;REFB=-0.0122876;REVB=-0.02334;RO=80;SAF=10;SAR=18;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134107;STB=0.502665;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0283608;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:118:80:83:28:35:0.29661:18:10:37:43:18:17:40:43 chr20 37534665 . C T 212.59 PASS AF=0.206897;AO=36;DP=172;FAO=36;FDP=174;FR=.;FRO=138;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=0.00646494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.523;QD=4.88719;RBI=0.0489632;REFB=-0.00530857;REVB=-0.0485345;RO=136;SAF=21;SAR=15;SRF=67;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116039;STB=0.577692;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.01573;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:136:138:36:36:0.206897:15:21:67:69:15:21:67:71 chr20 37547374 . G A 163.72 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00773281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.821;QD=9.3553;RBI=0.0562589;REFB=-0.0150924;REVB=0.055725;RO=44;SAF=15;SAR=7;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139259;STB=0.602397;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0225236;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:48:22:22:0.314286:7:15:25:19:7:15:26:22 chr20 37555116 . G C 112.17 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0653638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1533;QD=8.46553;RBI=0.0730206;REFB=-0.0187819;REVB=-0.0325511;RO=38;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229521;STB=0.513906;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.087508;OID=.;OPOS=37555116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:7:8:21:17:7:8:21:17 chr20 37570725 . C T 316.14 PASS AF=0.255435;AO=42;DP=180;FAO=47;FDP=184;FR=.;FRO=137;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=62;FWDB=0.00373063;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.861;QD=6.87264;RBI=0.00571185;REFB=-0.00476027;REVB=0.00432523;RO=137;SAF=22;SAR=20;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206902;STB=0.511623;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0131416;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:184:137:137:42:47:0.255435:20:22:74:63:22:25:75:62 chr20 37581437 . A G 171.05 PASS AF=0.232759;AO=27;DP=116;FAO=27;FDP=116;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0281006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7551;QD=5.8983;RBI=0.0294123;REFB=-0.00266333;REVB=-0.00868548;RO=89;SAF=9;SAR=18;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284765;STB=0.674157;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0187939;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:89:27:27:0.232759:18:9:50:39:18:9:50:39 chr20 37667182 . C T 238.28 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0359844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.862;QD=16.1549;RBI=0.0432256;REFB=-0.0201492;REVB=-0.0239494;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726809;STB=0.540954;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0205035;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:19:13:13:14:19:13 chr20 37977945 . T C 1434.42 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.003;QD=63.0516;RBI=0.00390557;REFB=0;REVB=0.00196161;RO=0;SAF=64;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57784e-05;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:27:64:0:0:27:64:0:0 chr20 39315600 . TC CT 91.72 PASS AF=0.25641;AO=6;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0767622;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=25.1779;QD=9.40669;RBI=0.0833127;REFB=-0.184781;REVB=0.0323818;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487292;STB=0.70554;STBP=0.174;TYPE=mnp;VARB=0.0230014;OID=.;OPOS=39315600;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:39:39:22:24:6:10:0.25641:2:4:5:17:5:5:5:19 chr20 39609426 . C T 3876.88 PASS AF=0.992126;AO=252;DP=254;FAO=252;FDP=254;FR=.;FRO=2;FSAF=137;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0331727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2337;QD=61.0533;RBI=0.0444978;REFB=-0.0558018;REVB=0.0296584;RO=0;SAF=137;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50431;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00018206;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:254:254:0:2:252:252:0.992126:115:137:0:0:115:137:0:2 chr20 39634616 . C T 943.52 PASS AF=0.65873;AO=82;DP=124;FAO=83;FDP=126;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0285959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2904;QD=29.9529;RBI=0.0300725;REFB=-0.0424832;REVB=-0.00930762;RO=40;SAF=35;SAR=47;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756515;STB=0.526859;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0215876;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:40:43:82:83:0.65873:47:35:22:18:47:36:22:21 chr20 39797465 . T C 757.64 PASS AF=0.712644;AO=60;DP=85;FAO=62;FDP=87;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0184759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.904;QD=34.8341;RBI=0.0193;REFB=-0.00205173;REVB=-0.0055797;RO=25;SAF=23;SAR=37;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142685;STB=0.568781;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000830586;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:25:25:60:62:0.712644:37:23:16:9:37:25:16:9 chr20 40701456 . G A 1725.6 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.286;QD=60.5473;RBI=0.0230334;REFB=0;REVB=0.00246124;RO=0;SAF=42;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28679e-05;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:70:42:0:0:70:44:0:0 chr20 40702071 . G A,T 885.76 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=58,3;DP=61;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426121,0.0139594;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.418,89.4439;QD=57.146;RBI=0.0472266,0.0192528;REFB=0,0;REVB=0.0203609,0.0132591;RO=0;SAF=21,3;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.3149e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.10039e-05,0.0446011;OID=.,.;OPOS=40702071,40702071;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:61:62:0:0:58,3:60,2:0.967742,0.0322581:37,0:21,3:0:0:37,0:23,2:0:0 chr20 40714479 . G A 735.57 PASS AF=0.693182;AO=60;DP=87;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0477704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.598;QD=33.4348;RBI=0.0489022;REFB=-0.0292213;REVB=0.0104604;RO=27;SAF=37;SAR=23;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014583;STB=0.504478;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0118334;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:27:27:60:61:0.693182:23:37:16:11:24:37:16:11 chr20 41692175 . C T 148.71 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0417593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.64;QD=5.45724;RBI=0.0460453;REFB=-0.00672434;REVB=0.0193993;RO=85;SAF=8;SAR=16;SRF=51;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328466;STB=0.702218;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0259579;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:85:85:24:24:0.220183:16:8:51:34:16:8:51:34 chr20 42034149 . C T 212.26 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0411939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7421;QD=27.388;RBI=0.054176;REFB=-0.0465911;REVB=-0.0351867;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360297;STB=0.51998;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0235105;OID=.;OPOS=42034149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:5:6:12:8:5:6 chr20 42034196 . T C 147.59 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0171067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9967;QD=26.834;RBI=0.0173135;REFB=-0.0648614;REVB=0.00266798;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917426;STB=0.599866;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0161344;OID=.;OPOS=42034196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:22:5:7:15:15:0.681818:9:6:3:2:9:6:5:2 chr20 42089511 . T C 233.97 PASS AF=0.276423;AO=30;DP=119;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0077202;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.997;QD=7.60882;RBI=0.00774773;REFB=-0.0118308;REVB=-0.000652511;RO=74;SAF=14;SAR=16;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414797;STB=0.546735;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0279342;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:123:74:89:30:34:0.276423:16:14:32:42:19:15:45:44 chr20 42196550 . T G 175.24 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0127952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.87;QD=8.15059;RBI=0.0377933;REFB=-0.0218811;REVB=-0.0355615;RO=62;SAF=16;SAR=8;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146761;STB=0.508765;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0522348;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:8:16:42:20:8:16:42:20 chr20 42211959 . G A 590.39 PASS AF=0.790323;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0135698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.102;QD=38.0896;RBI=0.0188441;REFB=-0.0119708;REVB=-0.0130752;RO=13;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133026;STB=0.571399;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00287301;OID=.;OPOS=42211959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:13:13:49:49:0.790323:28:21:10:3:28:21:10:3 chr20 42225114 . G A 1549.99 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.545;QD=59.0473;RBI=0.0279143;REFB=0;REVB=0.0260024;RO=0;SAF=58;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44058e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:100:105:1:42:58:0:0:44:61:0:0 chr20 42310509 . T C 1215.24 PASS AF=1;AO=70;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.459;QD=61.531;RBI=0.0644231;REFB=0;REVB=0.0310797;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213597;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:70:79:1:44:26:0:0:45:34:0:0 chr20 42328639 . T C 1923.18 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.065;QD=61.5416;RBI=0.0343154;REFB=0;REVB=0.0304266;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26373e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:125:0:0:120:125:1:53:67:0:0:56:69:0:0 chr20 42425127 . G A 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.899;QD=57.3838;RBI=0.0396631;REFB=0;REVB=0.0276342;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285916;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr20 42425178 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.077821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.79;QD=59.0416;RBI=0.088325;REFB=-0.078448;REVB=0.0417756;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0015417;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:1:0:18:23:1:0 chr20 42743454 . A G 240.11 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=121;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0124221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0466;QD=7.74549;RBI=0.0200824;REFB=-0.012347;REVB=-0.0157795;RO=86;SAF=19;SAR=16;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613425;STB=0.538296;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0336217;OID=.;OPOS=42743454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:124:86:89:35:35:0.282258:16:19:51:35:16:19:53:36 chr20 42744587 . G C 58.55 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0643933;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3851;QD=8.36489;RBI=0.0729032;REFB=-0.0404004;REVB=-0.0341816;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.125706;OID=.;OPOS=42744587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:29:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:11:7:6:3:11:8 chr20 42747247 . C T 1073.38 PASS AF=0.654676;AO=91;DP=137;FAO=91;FDP=139;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0177518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.7;QD=30.8886;RBI=0.0265399;REFB=-0.0332107;REVB=0.0197292;RO=45;SAF=39;SAR=52;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461602;STB=0.518983;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0196453;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:45:48:91:91:0.654676:52:39:16:29:52:39:18:30 chr20 42815190 . G A 822.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.23;QD=56.74;RBI=0.033207;REFB=0;REVB=0.0316026;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391978;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr20 42939748 . GTT GT,GTC 544.36 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=7,29;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177245,0.0259441;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.312,36.0847;QD=57.3008;RBI=0.18781,0.0628757;REFB=0,0;REVB=-0.0621035,-0.0572735;RO=0;SAF=5,12;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0860355,0.0239897;OID=.,.;OPOS=42939749,42939750;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:7,29:38:2,36:38:0:0,18:2,18:0:0:10:0:5,12:2,17:0:0 chr20 43059211 . A C,T 1454.43 PASS AF=0.306122,0.683673;AO=30,66;DP=97;FAO=30,67;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=20,40;FSAR=10,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282075,0.0211083;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.091,192.037;QD=59.3645;RBI=0.0809013,0.0251553;REFB=-0.0235828,-0.019825;REVB=0.0758245,0.0136832;RO=1;SAF=20,39;SAR=10,27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0443379,0.0171769;STB=0.523793,0.509088;STBP=0.274,0.316;TYPE=snp,snp;VARB=0.0225778,0.00771418;OID=.,.;OPOS=43059211,43059211;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:97:98:1:1:30,66:30,67:0.306122,0.683673:10,27:20,39:0:1:10,27:20,40:0:1 chr20 43089819 . G A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3133;QD=63.5801;RBI=0.0723555;REFB=0;REVB=0.0722907;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973722;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr20 43264927 . C T 1839.67 PASS AF=0.983871;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00402878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.027;QD=59.3442;RBI=0.00639969;REFB=-0.0226562;REVB=0.00497241;RO=0;SAF=83;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503335;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=5.3651e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:124:0:2:121:122:0.983871:38:83:0:0:39:83:1:1 chr20 43348735 . C A 234.44 PASS AF=0.55;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0117489;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.912;QD=23.4443;RBI=0.0362218;REFB=-0.0314358;REVB=0.0342634;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195183;STB=0.588152;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0218147;OID=.;OPOS=43348735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:18:22:22:0.55:15:7:9:7:15:7:9:9 chr20 43378770 . A G 2066.01 PASS AF=0.746606;AO=163;DP=220;FAO=165;FDP=221;FR=.;FRO=56;FSAF=102;FSAR=63;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00517664;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.039;QD=37.3938;RBI=0.00546303;REFB=-0.0354868;REVB=0.00174559;RO=56;SAF=102;SAR=61;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054416;STB=0.521901;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0107799;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:56:56:163:165:0.746606:61:102:29:27:63:102:30:26 chr20 43379264 . A C 108.69 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0140006;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.007;QD=33.4436;RBI=0.0351953;REFB=-0.0195245;REVB=0.0322908;RO=3;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294912;STB=0.624759;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00482436;OID=.;OPOS=43379264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:3:2:11:11:0.846154:8:3:3:0:8:3:2:0 chr20 43379454 . T C 418.57 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=35;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.04715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.1015;QD=22.9351;RBI=0.0576904;REFB=-0.0478976;REVB=0.0332424;RO=27;SAF=34;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486683;STB=0.580525;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0382431;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:27:32:40:41:0.561644:6:34:22:5:6:35:24:8 chr20 43547677 . T G 1329.87 PASS AF=0.751773;AO=103;DP=138;FAO=106;FDP=141;FR=.;FRO=35;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0171336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9679;QD=37.7267;RBI=0.0176692;REFB=-0.0274331;REVB=-0.0043175;RO=33;SAF=50;SAR=53;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135086;STB=0.510636;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00614432;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:33:35:103:106:0.751773:53:50:17:16:53:53:19:16 chr20 43565622 . G A 1190.32 PASS AF=0.732824;AO=96;DP=131;FAO=96;FDP=131;FR=.;FRO=35;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.000506619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.676;QD=36.3457;RBI=0.00180579;REFB=-0.0233482;REVB=-0.00173327;RO=35;SAF=59;SAR=37;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667281;STB=0.535736;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00783132;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:35:35:96:96:0.732824:37:59:17:18:37:59:17:18 chr20 43566787 . A G 942.02 PASS AF=0.744898;AO=73;DP=98;FAO=73;FDP=98;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0386637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.784;QD=38.4499;RBI=0.0403389;REFB=-0.0320579;REVB=0.0115043;RO=25;SAF=32;SAR=41;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185836;STB=0.509957;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0114152;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:25:25:73:73:0.744898:41:32:10:15:41:32:10:15 chr20 43629193 . C T 745.27 PASS AF=0.656863;AO=67;DP=102;FAO=67;FDP=102;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0364948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8339;QD=29.2261;RBI=0.073991;REFB=-0.00453314;REVB=-0.0643646;RO=34;SAF=33;SAR=34;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595926;STB=0.527047;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00221582;OID=.;OPOS=43629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:35:67:67:0.656863:34:33:20:14:34:33:20:15 chr20 43704169 . TA T,TT 54.35 PASS AF=0.230769,0.00769231;AO=34,8;DP=133;FAO=30,1;FDP=130;FR=.;FRO=99;FSAF=12,1;FSAR=18,0;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.1289,-0.0480064;FXX=0.0579668;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.92044,14.7538;QD=1.67216;RBI=0.215931,0.0945055;REFB=-0.103441,-0.0653399;REVB=0.173237,0.0814044;RO=66;SAF=20,1;SAR=14,7;SRF=28;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.185912,-0.399911;STB=0.550599,0.990766;STBP=0.525,0.296;TYPE=del,snp;VARB=0.107786,0.0501292;OID=.,.;OPOS=43704170,43704170;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769,0.00769231:34,8:133:30,1:130:99:12,1:18,0:46:53:47:66:20,1:14,7:28:38 chr20 43708297 . T G 1808.78 PASS AF=0.699074;AO=151;DP=217;FAO=151;FDP=216;FR=.;FRO=65;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.0131445;FXX=0.00460808;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.456;QD=33.4959;RBI=0.0131742;REFB=-0.00270059;REVB=-0.000884533;RO=63;SAF=74;SAR=77;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070925;STB=0.542281;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000950568;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:216:63:65:151:151:0.699074:77:74:39:24:77:74:41:24 chr20 43837136 . G A 154.21 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00308589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.994;QD=7.3431;RBI=0.0202866;REFB=-0.00507813;REVB=-0.0200505;RO=62;SAF=2;SAR=20;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489429;STB=0.80871;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0288134;OID=.;OPOS=43837136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:62:22:22:0.261905:20:2:23:39:20:2:23:39 chr20 43976991 . A G 948.08 PASS AF=0.727273;AO=80;DP=110;FAO=80;FDP=110;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=65;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0468276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.632;QD=34.4756;RBI=0.047277;REFB=-0.0680335;REVB=0.00650323;RO=29;SAF=15;SAR=65;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415769;STB=0.524994;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0283822;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:29:30:80:80:0.727273:65:15:4:25:65:15:4:26 chr20 43995880 . T G 355.97 PASS AF=0.316901;AO=45;DP=142;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=-0.0129936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.876;QD=10.0273;RBI=0.0252937;REFB=-0.0185462;REVB=-0.021701;RO=96;SAF=26;SAR=19;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675775;STB=0.543019;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0366561;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:96:97:45:45:0.316901:19:26:50:46:19:26:50:47 chr20 43996454 . G T 294.77 PASS AF=0.267081;AO=43;DP=161;FAO=43;FDP=161;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=70;FSRR=48;FWDB=0.0138579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3489;QD=7.32349;RBI=0.0169447;REFB=-0.0017183;REVB=0.00975098;RO=116;SAF=24;SAR=19;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351784;STB=0.526211;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00499369;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:116:118:43:43:0.267081:19:24:68:48:19:24:70:48 chr20 44005936 . C T 315.57 PASS AF=0.283784;AO=42;DP=148;FAO=42;FDP=148;FR=.;FRO=106;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=-0.0733641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.617;QD=8.52892;RBI=0.0735625;REFB=-0.00690569;REVB=-0.00540013;RO=103;SAF=32;SAR=10;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31472;STB=0.679534;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0322967;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:103:106:42:42:0.283784:10:32:54:49:10:32:57:49 chr20 44038574 . A G 38.5 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0226899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.022;QD=4.96789;RBI=0.0262392;REFB=-0.00500526;REVB=-0.0131781;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289438;STB=0.739936;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0859168;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:31:31:22:24:7:7:0.225806:1:6:15:7:1:6:15:9 chr20 44054349 . T C 597.78 PASS AF=0.250696;AO=88;DP=359;FAO=90;FDP=359;FR=.;FRO=269;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=172;FSRR=97;FWDB=-0.00297779;FXX=0.00554001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.56;QD=6.66045;RBI=0.00305873;REFB=-0.00911166;REVB=-0.000698997;RO=264;SAF=45;SAR=43;SRF=170;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168996;STB=0.604435;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0308302;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:264:269:88:90:0.250696:43:45:170:94:45:45:172:97 chr20 44163825 . G T 373.13 PASS AF=0.272251;AO=52;DP=191;FAO=52;FDP=191;FR=.;FRO=139;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=76;FWDB=-0.0263655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0878;QD=7.81417;RBI=0.0304992;REFB=-0.00297507;REVB=-0.0153317;RO=138;SAF=24;SAR=28;SRF=63;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00620706;STB=0.50608;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0073226;OID=.;OPOS=44163825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:138:139:52:52:0.272251:28:24:63:75:28:24:63:76 chr20 44184498 . A G 652.94 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0485929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4154;QD=28.3887;RBI=0.0492384;REFB=-0.042893;REVB=0.0079465;RO=34;SAF=29;SAR=28;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464568;STB=0.530477;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0207591;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:35:57:57:0.619565:28:29:15:19:28:29:15:20 chr20 44238741 . T G 2336.83 PASS AF=0.987261;AO=154;DP=158;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=90;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.017875;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5723;QD=59.5371;RBI=0.0556539;REFB=0.000889332;REVB=-0.0527052;RO=3;SAF=89;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0033071;STB=0.501054;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00042993;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:157:3:2:154:155:0.987261:65:89:2:1:65:90:1:1 chr20 44314609 . A G 1541.85 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0444498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5335;QD=57.6394;RBI=0.0451091;REFB=-0.104462;REVB=-0.00768384;RO=2;SAF=36;SAR=69;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617076;STB=0.503252;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00167896;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:69:36:1:1:69:36:1:1 chr20 44352620 . G A 2352.0 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486623;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.222;QD=63.9999;RBI=0.0242075;REFB=0;REVB=-0.0237133;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31977e-05;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:147:0:0:147:147:1:69:78:0:0:69:78:0:0 chr20 44417643 . A G 127.64 PASS AF=0.253333;AO=18;DP=75;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=15;FWDB=0.0566944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9849;QD=6.80758;RBI=0.0669042;REFB=-0.0258928;REVB=0.0355234;RO=53;SAF=16;SAR=2;SRF=40;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286077;STB=0.627299;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0663081;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:56:18:19:0.253333:2:16:40:13:3:16:41:15 chr20 44417675 . G C 115.1 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=8;FWDB=0.0348605;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.5273;QD=7.08329;RBI=0.0358893;REFB=-0.0124479;REVB=0.00853181;RO=47;SAF=14;SAR=3;SRF=39;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131357;STB=0.512644;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0349437;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:47:48:17:17:0.261538:3:14:39:8:3:14:40:8 chr20 44418564 . A G 194.06 PASS AF=0.27957;AO=25;DP=92;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.00335506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.011;QD=8.34671;RBI=0.00360531;REFB=-0.0157951;REVB=0.00131977;RO=67;SAF=12;SAR=13;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159991;STB=0.607121;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0416954;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:67:25:26:0.27957:13:12:41:26:14:12:41:26 chr20 44452697 . C A 417.14 PASS AF=0.339744;AO=53;DP=156;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=0.0155634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.869;QD=10.6958;RBI=0.0157784;REFB=-0.00837018;REVB=0.00259621;RO=103;SAF=21;SAR=32;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595555;STB=0.534251;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0142167;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:103:103:53:53:0.339744:32:21:46:57:32:21:46:57 chr20 44462924 . G A 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.0263095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.62;QD=10.4706;RBI=0.0304979;REFB=-0.020277;REVB=0.0154251;RO=52;SAF=22;SAR=4;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406049;STB=0.523791;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0390336;OID=.;OPOS=44462924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:4:22:43:9:4:22:43:9 chr20 44513289 . T C 207.52 PASS AF=0.195652;AO=36;DP=184;FAO=36;FDP=184;FR=.;FRO=148;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=52;FWDB=-0.0368627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6116;QD=4.51128;RBI=0.0558801;REFB=-0.00929883;REVB=0.0419967;RO=147;SAF=22;SAR=14;SRF=95;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481733;STB=0.532199;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0311582;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:147:148:36:36:0.195652:14:22:95:52:14:22:96:52 chr20 44513357 . G A 349.35 PASS AF=0.271795;AO=44;DP=185;FAO=53;FDP=195;FR=.;FRO=142;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=-0.0157274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.682;QD=7.16613;RBI=0.0163102;REFB=-0.00718768;REVB=-0.0043211;RO=139;SAF=21;SAR=23;SRF=71;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421553;STB=0.517115;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0173507;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:195:139:142:44:53:0.271795:23:21:71:68:27:26:73:69 chr20 44515559 . G A 260.41 PASS AF=0.288;AO=36;DP=125;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.0112951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.322;QD=8.333;RBI=0.0123846;REFB=-0.00292908;REVB=0.00507933;RO=89;SAF=15;SAR=21;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187237;STB=0.610243;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00909407;OID=.;OPOS=44515559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:89:89:36:36:0.288:21:15:51:38:21:15:51:38 chr20 44523547 . G A 148.04 PASS AF=0.221154;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=104;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=22;FWDB=-0.00986443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.505;QD=5.69394;RBI=0.0163159;REFB=-0.00936621;REVB=0.0129962;RO=80;SAF=13;SAR=10;SRF=58;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214854;STB=0.633698;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0428364;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:80:81:23:23:0.221154:10:13:58:22:10:13:59:22 chr20 44596207 . C G 481.77 PASS AF=0.35503;AO=57;DP=167;FAO=60;FDP=169;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=81;FSRR=28;FWDB=-0.0318714;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.183;QD=11.4028;RBI=0.0352817;REFB=-0.027249;REVB=-0.015133;RO=110;SAF=25;SAR=32;SRF=82;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345391;STB=0.683883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0389781;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:110:109:57:60:0.35503:32:25:82:28:33:27:81:28 chr20 44598298 . G T 464.39 PASS AF=0.294931;AO=64;DP=217;FAO=64;FDP=217;FR=.;FRO=153;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=106;FSRR=47;FWDB=0.0364259;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.4765;QD=8.56025;RBI=0.0689812;REFB=-0.0114282;REVB=0.0585796;RO=151;SAF=43;SAR=21;SRF=105;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325866;STB=0.516928;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0294735;OID=.;OPOS=44598298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:151:153:64:64:0.294931:21:43:105:46:21:43:106:47 chr20 44640225 . A G 263.4 PASS AF=0.272059;AO=36;DP=135;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=35;FWDB=-0.0109581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.404;QD=7.74707;RBI=0.0148163;REFB=-0.0143315;REVB=-0.00997199;RO=92;SAF=30;SAR=6;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321098;STB=0.690267;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0290882;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:92:99:36:37:0.272059:6:30:58:34:6:31:64:35 chr20 44642406 . G C 216.79 PASS AF=0.229167;AO=33;DP=144;FAO=33;FDP=144;FR=.;FRO=111;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=-0.0240807;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1573;QD=6.02192;RBI=0.0242129;REFB=-0.000305755;REVB=-0.00252694;RO=111;SAF=14;SAR=19;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563997;STB=0.527535;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.000597945;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:111:111:33:33:0.229167:19:14:52:59:19:14:51:60 chr20 44678348 . G A 1998.17 PASS AF=0.937063;AO=134;DP=143;FAO=134;FDP=143;FR=.;FRO=9;FSAF=98;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00630548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.178;QD=55.8928;RBI=0.0186709;REFB=-0.173591;REVB=0.0175739;RO=9;SAF=98;SAR=36;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743883;STB=0.539282;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00155573;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:143:143:9:9:134:134:0.937063:36:98:2:7:36:98:2:7 chr20 44680412 . C T 1467.79 PASS AF=0.589286;AO=131;DP=233;FAO=132;FDP=224;FR=.;FRO=92;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.00343095;FXX=0.0468065;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.85;QD=26.2105;RBI=0.00344196;REFB=-0.00941985;REVB=0.000275122;RO=78;SAF=62;SAR=69;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528134;STB=0.53549;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00584646;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:224:78:92:131:132:0.589286:69:62:31:47:69:63:36:56 chr20 44680413 . G T 30.7 PASS AF=0.0600858;AO=14;DP=222;FAO=14;FDP=233;FR=.;FRO=219;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=92;FSRR=127;FWDB=-0.020912;FXX=0.00427332;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.693;QD=0.527087;RBI=0.0209256;REFB=-0.00279877;REVB=-0.000754036;RO=207;SAF=10;SAR=4;SRF=88;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298514;STB=0.762165;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0323078;OID=.;OPOS=44680413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:222:233:207:219:14:14:0.0600858:4:10:88:119:4:10:92:127 chr20 44688665 . G A 2347.42 PASS AF=0.716912;AO=167;DP=246;FAO=195;FDP=272;FR=.;FRO=77;FSAF=89;FSAR=106;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=9.09791e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7227;QD=34.5209;RBI=0.0454411;REFB=-0.0502511;REVB=0.0454411;RO=79;SAF=81;SAR=86;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556708;STB=0.519117;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0245025;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:272:79:77:167:195:0.716912:86:81:31:48:106:89:30:47 chr20 44688730 . G A 2713.87 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9625;QD=62.3878;RBI=0.037933;REFB=0;REVB=0.0237181;RO=0;SAF=79;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.97956e-06;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:174:0:0:174:174:1:95:79:0:0:95:79:0:0 chr20 44691350 . T G 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0147602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.535;QD=13.0716;RBI=0.0155765;REFB=-0.00969347;REVB=-0.0049762;RO=50;SAF=24;SAR=7;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270537;STB=0.656494;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0118887;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:7:24:28:22:7:24:28:22 chr20 44746982 . T C 258.59 PASS AF=0.344444;AO=28;DP=88;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0234376;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.683;QD=11.4929;RBI=0.0390426;REFB=-0.0230057;REVB=0.031225;RO=57;SAF=17;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948971;STB=0.526261;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0453749;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:57:59:28:31:0.344444:11:17:30:27:14:17:30:29 chr20 44757407 . G A 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.025992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.364;QD=9.09925;RBI=0.026085;REFB=-0.00926792;REVB=-0.00220042;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.552731;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0174863;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:12:7:4:5:12:7 chr20 44996182 . A G 785.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.99;QD=57.0928;RBI=0.171358;REFB=0;REVB=0.0112817;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386979;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr20 45131618 . A G 884.63 PASS AF=0.721649;AO=70;DP=97;FAO=70;FDP=97;FR=.;FRO=27;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0109239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.896;QD=36.4795;RBI=0.0111341;REFB=-0.0334981;REVB=-0.0021531;RO=27;SAF=35;SAR=35;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067181;STB=0.536072;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0103036;OID=.;OPOS=45131618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:27:27:70:70:0.721649:35:35:10:17:35:35:10:17 chr20 45170213 . A G 435.5 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0257705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7076;QD=23.863;RBI=0.036035;REFB=-0.0115704;REVB=-0.0251873;RO=30;SAF=32;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208919;STB=0.624936;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0048217;OID=.;OPOS=45170213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:31:42:42:0.575342:10:32:16:14:10:32:16:15 chr20 45174026 . A C 884.42 PASS AF=0.622047;AO=79;DP=128;FAO=79;FDP=127;FR=.;FRO=48;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0102172;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.584;QD=27.8558;RBI=0.010266;REFB=-0.0133309;REVB=0.000999537;RO=48;SAF=56;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685376;STB=0.537192;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00635793;OID=.;OPOS=45174026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:48:48:79:79:0.622047:23:56:30:18:23:56:30:18 chr20 45194904 . C G 2664.76 PASS AF=0.689441;AO=221;DP=323;FAO=222;FDP=322;FR=.;FRO=100;FSAF=88;FSAR=134;FSRF=33;FSRR=67;FWDB=-0.00179311;FXX=0.00617265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.62;QD=33.1026;RBI=0.00560177;REFB=-0.0114778;REVB=-0.00530703;RO=100;SAF=87;SAR=134;SRF=33;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392105;STB=0.521737;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00426002;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:322:100:100:221:222:0.689441:134:87:33:67:134:88:33:67 chr20 45204266 . GGGC AGGC,GGCG 312.74 PASS AF=0.309353,0;AO=37,5;DP=138;FAO=43,0;FDP=139;FR=.;FRO=96;FSAF=24,0;FSAR=19,0;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.116391,-0.039333;FXX=0.00714235;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=34.6166,135.213;QD=8.99958;RBI=0.132913,0.138137;REFB=-0.0295159,-0.0121469;REVB=-0.0641795,-0.132419;RO=74;SAF=23,0;SAR=14,5;SRF=43;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0488446,-0.554999;STB=0.533138,0.5;STBP=0.643,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0532845,0;OID=.,.;OPOS=45204266,45204268;OREF=G,GC;OALT=A,CG;OMAPALT=AGGC,GGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:74:96:37,5:43,0:0.309353,0:14,5:23,0:43:31:19,0:24,0:49:47 chr20 45214403 . A C 600.04 PASS AF=0.684211;AO=52;DP=75;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.000107919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.301;QD=31.581;RBI=0.0364721;REFB=-0.00834794;REVB=0.036472;RO=22;SAF=17;SAR=35;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773703;STB=0.545639;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00497574;OID=.;OPOS=45214403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:22:24:52:52:0.684211:35:17:10:12:35:17:11:13 chr20 45717954 . C T 279.47 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=138;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=39;FWDB=0.00527674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.546;QD=8.10063;RBI=0.0119387;REFB=-0.00993464;REVB=-0.0107093;RO=98;SAF=20;SAR=19;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108873;STB=0.567131;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0281155;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:98:99:39:39:0.282609:19:20:59:39:19:20:60:39 chr20 45839057 . CT GC 218.36 PASS AF=0.925926;AO=2;DP=57;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00649183;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.8945;QD=32.3497;RBI=0.00649183;REFB=0.00368464;REVB=-9.58459e-14;RO=41;SAF=2;SAR=0;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.103954;OID=.;OPOS=45839057;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:27:41:2:2:25:0.925926:0:2:31:10:0:25:2:0 chr20 45839076 . A T 54.84 PASS AF=0.264706;AO=15;DP=32;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00763944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3506;QD=6.45131;RBI=0.0107671;REFB=-0.121397;REVB=0.00758751;RO=16;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382641;STB=0.69967;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0463771;OID=.;OPOS=45839076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:34:16:25:15:9:0.264706:4:11:16:0:3:6:22:3 chr20 45853037 . A G 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.648;QD=58.7811;RBI=0.021909;REFB=0;REVB=-0.00379721;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40062e-05;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr20 45867852 . A G 149.03 PASS AF=0.231579;AO=21;DP=96;FAO=22;FDP=95;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0415036;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1693;QD=6.27513;RBI=0.0417237;REFB=-0.0066873;REVB=-0.0042794;RO=60;SAF=10;SAR=11;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00873277;STB=0.512561;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0198306;OID=.;OPOS=45867852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:60:73:21:22:0.231579:11:10:29:31:12:10:32:41 chr20 46256769 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 36.4 PASS AF=0.145455,0.0272727;AO=34,5;DP=112;FAO=16,3;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=6,0;FSAR=10,3;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=-0.051143,-0.00984233;FXX=0.0350846;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.8576,83.4207;QD=1.32363;RBI=0.179121,0.0513086;REFB=-0.16623,-0.0223226;REVB=-0.171664,-0.0503557;RO=65;SAF=7,0;SAR=27,5;SRF=49;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.584632,-0.676368;STB=0.671775,0.997106;STBP=0.144,0.045;TYPE=del,mnp;VARB=0.194839,0.0231004;OID=.,.;OPOS=46256770,46256774;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145455,0.0272727:34,5:112:16,3:110:91:6,0:10,3:53:38:24:65:7,0:27,5:49:16 chr20 46294864 . A G 93.18 PASS AF=0.125714;AO=22;DP=175;FAO=22;FDP=175;FR=.;FRO=153;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=72;FWDB=-0.0152586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4934;QD=2.12992;RBI=0.0533259;REFB=-0.00385538;REVB=-0.0510963;RO=148;SAF=12;SAR=10;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317004;STB=0.514094;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0286398;OID=.;OPOS=46294864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:175:175:148:153:22:22:0.125714:10:12:77:71:10:12:81:72 chr20 46365571 . A G 3576.32 PASS AF=1;AO=226;DP=226;FAO=227;FDP=227;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121138;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.354;QD=63.0188;RBI=0.0334624;REFB=0;REVB=0.0311928;RO=0;SAF=86;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96111e-06;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:226:227:0:0:226:227:1:140:86:0:0:141:86:0:0 chr20 47241618 . A G 1004.28 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000433609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.254;QD=59.0751;RBI=0.0377838;REFB=0;REVB=0.0377813;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12012e-05;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:26:40:0:0:27:41:0:0 chr20 47253043 . G A 3058.67 PASS AF=0.980198;AO=189;DP=203;FAO=198;FDP=202;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=120;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236596;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3816;QD=60.5676;RBI=0.0675522;REFB=-0.0121732;REVB=0.0632734;RO=0;SAF=117;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973096;OID=.;OPOS=47253043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:203:202:0:0:189:198:0.980198:72:117:0:0:78:120:0:0 chr20 47253150 . T C 2812.39 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024055;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3891;QD=62.8466;RBI=0.0300849;REFB=0;REVB=0.0180682;RO=0;SAF=98;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211879;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:180:179:0:0:179:179:1:81:98:0:0:81:98:0:0 chr20 47256335 . G A 3511.53 PASS AF=0.982684;AO=227;DP=232;FAO=227;FDP=231;FR=.;FRO=4;FSAF=133;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00312302;FXX=0.00431016;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.625;QD=60.8056;RBI=0.0120301;REFB=-0.0547597;REVB=-0.0116177;RO=3;SAF=133;SAR=94;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646007;STB=0.501532;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-7.33932e-07;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:232:231:3:4:227:227:0.982684:94:133:1:2:94:133:2:2 chr20 47258761 . G A 3456.25 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172699;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1175;QD=62.2748;RBI=0.0194742;REFB=-0.068532;REVB=0.00899981;RO=0;SAF=130;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195172;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:222:222:0:0:221:222:1:91:130:0:0:91:131:0:0 chr20 47261017 . T C 1928.03 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.444;QD=61.2072;RBI=0.0357204;REFB=0;REVB=-0.0171752;RO=0;SAF=80;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112396;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:0:0:124:126:1:44:80:0:0:44:82:0:0 chr20 47265918 . G A 5418.77 PASS AF=0.975275;AO=354;DP=364;FAO=355;FDP=364;FR=.;FRO=9;FSAF=213;FSAR=142;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0683908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5987;QD=59.5469;RBI=0.0700342;REFB=-0.0683092;REVB=0.0150829;RO=7;SAF=212;SAR=142;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120207;STB=0.506849;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00631881;OID=.;OPOS=47265918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:364:364:7:9:354:355:0.975275:142:212:2:5:142:213:3:6 chr20 47268093 . C G 1465.41 PASS AF=0.962617;AO=102;DP=107;FAO=103;FDP=107;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0374352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9104;QD=54.7816;RBI=0.0530348;REFB=0.0833429;REVB=-0.0375672;RO=4;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158486;STB=0.508464;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.018912;OID=.;OPOS=47268093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:107:4:4:102:103:0.962617:54:48:1:3:54:49:1:3 chr20 47630449 . C T 1198.78 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0386688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.97;QD=58.477;RBI=0.0398211;REFB=-0.0123555;REVB=0.00950995;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230823;STB=0.512192;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000549484;OID=.;OPOS=47630449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:40:40:0:2:40:40:0:2 chr20 47827009 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 321.35 PASS AF=0.847222,0.152778;AO=30,13;DP=71;FAO=61,11;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31,10;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327674,-0.0688888;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=5.85732,16.3787;QD=17.8527;RBI=0.305704,0.167277;REFB=0,0;REVB=0.303943,0.152433;RO=17;SAF=16,12;SAR=14,1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156787,0.679466;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0158384,0.00840306;OID=.,.;OPOS=47827010,47827016;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.847222,0.152778:30,13:71:61,11:72:0:31,10:30,1:0:0:17:17:16,12:14,1:5:12 chr20 47872450 . CT C,CTT,TC,TT 63.15 PASS AF=0,0.324675,0.038961,0;AO=9,18,4,5;DP=82;FAO=0,25,3,0;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=0,14,3,0;FSAR=0,11,0,0;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00617732,0.00486032,-0.00332463,-0.000739598;FXX=0.0722804;HRUN=7,7,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=10.6702,7.39084,29.8555,252.262;QD=3.28042;RBI=0.16854,0.183755,0.155672,0.00399108;REFB=0.0435148,-0.0422792,0.0245199,-1.12495e-05;REVB=-0.168427,0.183691,-0.155636,-0.00392195;RO=41;SAF=2,9,4,5;SAR=7,9,0,0;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.318095,0.0426203,0.579462,0.624107;STB=0.5,0.586398,0.996938,0.5;STBP=1,0.295,0.047,1;TYPE=del,ins,mnp,snp;VARB=0,0.0830251,0.151416,0.0463306;OID=.,.,.,.;OPOS=47872451,47872451,47872450,47872450;OREF=T,-,CT,C;OALT=-,T,TC,T;OMAPALT=C,CTT,TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:82:77:41:49:9,18,4,5:0,25,3,0:0,0.324675,0.038961,0:7,9,0,0:2,9,4,5:19:22:0,11,0,0:0,14,3,0:21:28 chr20 48099131 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 41.3 PASS AF=0.368421,0;AO=6,2;DP=18;FAO=7,0;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.121538,-0.117065;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.51,12.3287;QD=8.6941;RBI=0.198032,0.227634;REFB=-0.107804,-0.100463;REVB=-0.156349,-0.195226;RO=9;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=-0.46249,0;STB=0.772279,0.5;STBP=0.478,1;TYPE=del,del;VARB=0.153749,0.039405;OID=.,.;OPOS=48099136,48099132;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0:6,2:18:7,0:19:12:5,0:2,0:12:0:39:9:4,2:2,0:9:0 chr20 48250747 . C A 262.68 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0897508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.501;QD=37.5256;RBI=0.111329;REFB=-0.102982;REVB=0.0658711;RO=5;SAF=19;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147181;STB=0.508014;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0320927;OID=.;OPOS=48250747;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:4:19:4:1:4:19:4:1 chr20 48250750 . A C 218.83 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00835821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.038;QD=31.2613;RBI=0.0166537;REFB=-0.0670557;REVB=0.0144043;RO=8;SAF=16;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635492;STB=0.53485;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0142062;OID=.;OPOS=48250750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:8:8:20:20:0.714286:4:16:7:1:4:16:7:1 chr20 48257149 . C T 362.08 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0351874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2945;QD=23.3597;RBI=0.0352535;REFB=-0.0391965;REVB=-0.00215769;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464602;STB=0.525533;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0202388;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:10:16:20:16:10:16 chr20 48273174 . C T 938.69 PASS AF=0.737374;AO=73;DP=99;FAO=73;FDP=99;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0342699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.22;QD=37.927;RBI=0.0377503;REFB=-0.024386;REVB=0.0158323;RO=24;SAF=35;SAR=38;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095013;STB=0.505402;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00977333;OID=.;OPOS=48273174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:24:26:73:73:0.737374:38:35:12:12:38:35:13:13 chr20 48429508 . GG CC 91.71 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0234462;FXX=0.062487;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.154;QD=8.15166;RBI=0.0289537;REFB=-0.0276566;REVB=0.0169881;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23651;STB=0.656453;STBP=0.206;TYPE=mnp;VARB=0.0532784;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:45:34:33:12:12:0.266667:8:4:18:16:8:4:18:15 chr20 48479533 . C CT 38.22 PASS AF=0.253968;AO=12;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.022333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.7577;QD=2.42667;RBI=0.0604969;REFB=-0.0458327;REVB=-0.0562238;RO=48;SAF=1;SAR=11;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667473;STB=0.826194;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0717125;OID=.;OPOS=48479534;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.253968:12:63:16:63:47:3:13:30:17:38:48:1:11:31:17 chr20 48491258 . T G 1479.99 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.112;QD=58.6133;RBI=0.0254784;REFB=-0.0680443;REVB=0.00818031;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870439;STB=0.504586;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000108997;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:0:1:54:46:0:1 chr20 48500619 . C CG,G 37.54 PASS AF=0.0909091,0.0649351;AO=11,8;DP=83;FAO=7,5;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=2,5;FSAR=5,0;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=-0.036588,-0.0406345;FXX=0.0374953;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=77.1936,92.2222;QD=1.94992;RBI=0.0955101,0.100799;REFB=-0.00347816,-0.00250532;REVB=-0.0882242,-0.0922453;RO=64;SAF=6,6;SAR=5,2;SRF=47;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251851,0.0239453;STB=0.832593,0.997098;STBP=0.109,0.073;TYPE=ins,snp;VARB=0.145788,0.138558;OID=.,.;OPOS=48500620,48500619;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:77:64:65:11,8:7,5:0.0909091,0.0649351:5,2:6,6:47:17:5,0:2,5:46:19 chr20 48520610 . A G 1390.46 PASS AF=0.614213;AO=121;DP=197;FAO=121;FDP=197;FR=.;FRO=76;FSAF=74;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0665239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.649;QD=28.2327;RBI=0.066609;REFB=-0.0135862;REVB=0.00336488;RO=75;SAF=74;SAR=47;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957265;STB=0.554608;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.010733;OID=.;OPOS=48520610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:75:76:121:121:0.614213:47:74:36:39:47:74:36:40 chr20 48521262 . T C 898.71 PASS AF=0.663866;AO=79;DP=119;FAO=79;FDP=119;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00883537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.277;QD=30.2088;RBI=0.0141489;REFB=0.0021449;REVB=0.0110512;RO=40;SAF=37;SAR=42;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415676;STB=0.502242;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00098779;OID=.;OPOS=48521262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:40:40:79:79:0.663866:42:37:19:21:42:37:19:21 chr20 48522330 . G A 1039.47 PASS AF=0.728814;AO=86;DP=119;FAO=86;FDP=118;FR=.;FRO=32;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0311937;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.139;QD=35.2363;RBI=0.0330504;REFB=-0.0402131;REVB=0.0109214;RO=32;SAF=53;SAR=33;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612088;STB=0.53282;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0251788;OID=.;OPOS=48522330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:32:32:86:86:0.728814:33:53:16:16:33:53:16:16 chr20 48522585 . G A 1586.55 PASS AF=0.973684;AO=108;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.010267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.722;QD=55.6686;RBI=0.0332577;REFB=-0.235902;REVB=0.0316333;RO=4;SAF=60;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037921;STB=0.514283;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0012385;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:113:114:4:3:108:111:0.973684:48:60:0:4:51:60:0:3 chr20 48524827 . A G 1530.4 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165038;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.518;QD=62.4653;RBI=0.0590248;REFB=0.0482914;REVB=0.0566705;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.507245;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.000147594;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:96:97:0.989796:34:62:0:0:34:63:0:1 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 3834.16 PASS AF=0.961832,0.0381679;AO=227,10;DP=263;FAO=252,10;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=137,2;FSAR=115,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303188,0.0509921;FXX=0.0113203;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.4711,5.93691;QD=58.5368;RBI=0.0309119,0.101517;REFB=0,0;REVB=0.00602597,0.0877805;RO=0;SAF=123,2;SAR=104,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00117048,-0.0548786;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.961832,0.0381679:227,10:263:252,10:262:0:137,2:115,8:0:0:10:0:123,2:104,8:0:0 chr20 48569278 . T C 3632.94 PASS AF=0.96748;AO=236;DP=245;FAO=238;FDP=246;FR=.;FRO=8;FSAF=129;FSAR=109;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0169291;FXX=0.00404842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.611;QD=59.0721;RBI=0.0615595;REFB=-0.254017;REVB=0.059186;RO=9;SAF=127;SAR=109;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00658622;STB=0.505465;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00177359;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:245:246:9:8:236:238:0.96748:109:127:4:5:109:129:3:5 chr20 48713049 . G A 825.7 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022239;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.033;QD=54.1443;RBI=0.0224586;REFB=-0.0723968;REVB=0.00313342;RO=1;SAF=39;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119466;STB=0.505866;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000228143;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:20:39:1:0:20:39:1:1 chr20 48729677 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.231;QD=57.1996;RBI=0.033663;REFB=0;REVB=0.0276753;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145867;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr20 48746189 . C T 332.71 PASS AF=0.236364;AO=52;DP=220;FAO=52;FDP=220;FR=.;FRO=168;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=70;FSRR=98;FWDB=0.00797716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.204;QD=6.04927;RBI=0.0257234;REFB=-0.00716654;REVB=-0.0244552;RO=163;SAF=22;SAR=30;SRF=68;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00762369;STB=0.50502;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0214455;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:163:168:52:52:0.236364:30:22:68:95:30:22:70:98 chr20 48770159 . T C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=9;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.173885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1875;QD=30.7845;RBI=0.181901;REFB=-0.0565029;REVB=-0.0534035;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0183133;OID=.;OPOS=48770159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:9:8:0.888889:7:2:0:0:7:1:1:0 chr20 49200999 . C G 132.41 PASS AF=0.129707;AO=31;DP=240;FAO=31;FDP=239;FR=.;FRO=208;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=110;FSRR=98;FWDB=-0.0335909;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.761;QD=2.21599;RBI=0.035947;REFB=-0.00945804;REVB=-0.0128001;RO=209;SAF=25;SAR=6;SRF=111;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371783;STB=0.762283;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0642925;OID=.;OPOS=49200999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:239:209:208:31:31:0.129707:6:25:111:98:6:25:110:98 chr20 49214156 . A G 193.22 PASS AF=0.196532;AO=33;DP=172;FAO=34;FDP=173;FR=.;FRO=139;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=66;FSRR=73;FWDB=-0.00776473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=4.46761;RBI=0.00991939;REFB=-0.00498076;REVB=0.00617278;RO=130;SAF=17;SAR=16;SRF=58;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880379;STB=0.520219;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0173351;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:130:139:33:34:0.196532:16:17:58:72:17:17:66:73 chr20 49367076 . T G 395.54 PASS AF=0.245833;AO=59;DP=239;FAO=59;FDP=240;FR=.;FRO=181;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=95;FSRR=86;FWDB=0.0344911;FXX=0.00414921;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.377;QD=6.59231;RBI=0.0508228;REFB=-0.00577816;REVB=0.0373272;RO=179;SAF=23;SAR=36;SRF=95;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177293;STB=0.602177;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0241402;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:179:181:59:59:0.245833:36:23:95:84:36:23:95:86 chr20 49369006 . A G 321.22 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=213;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=0.0332996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4272;QD=6.03232;RBI=0.033478;REFB=-0.00343307;REVB=0.00345135;RO=162;SAF=22;SAR=29;SRF=80;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791849;STB=0.547759;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00778598;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:162:162:51:51:0.239437:29:22:80:82:29:22:80:82 chr20 49369591 . ATTTTTA AATTTTA,ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA 251.89 PASS AF=0,0.564516,0.145161,0;AO=3,19,15,4;DP=66;FAO=0,35,9,0;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=0,20,9,0;FSAR=0,15,0,0;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0506339,0.0671025,-0.136281,-0.0354656;FXX=0.0461467;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=11.5209,10.3479,93.1623,28.6631;QD=16.2511;RBI=0.0528716,0.0722013,0.137557,0.0427032;REFB=-0.0664717,-0.146152,-0.00784378,-0.046991;REVB=-0.0152191,0.0266512,-0.0186993,-0.0237854;RO=18;SAF=3,9,15,0;SAR=0,10,0,4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.534405,-0.213005,0.794708,-0.734914;STB=0.5,0.572994,0.998103,0.5;STBP=1,0.159,0.073,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.0930135,0.167865,-0.0134592,0.0668194;OID=.,.,.,.;OPOS=49369592,49369592,49369596,49369591;OREF=T,T,TA,AT;OALT=A,-,AT,TA;OMAPALT=AATTTTA,ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:71:66:62:18:18:3,19,15,4:0,35,9,0:0,0.564516,0.145161,0:0,10,0,4:3,9,15,0:13:5:0,15,0,0:0,20,9,0:14:4 chr20 49369612 . CTTTTTTTTTTTA CTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTAA 192.33 PASS AF=0.217391,0.782609,0;AO=5,15,5;DP=83;FAO=15,54,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22,0;FSAR=11,32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163496,0.0250038,0.105149;FXX=0.168654;HRUN=11,11,11;LEN=11,1,1;MLLD=185.052,3.25775,9.74134;QD=11.1498;RBI=0.0337379,0.425023,0.302526;REFB=0.0235868,0.209367,0.093311;REVB=-0.0295116,0.424287,0.283664;RO=18;SAF=1,8,2;SAR=4,7,3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.257959,0.13619,0.0133606;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0125518,0.0321241,0;OID=.,.,.;OPOS=49369614,49369613,49369623;OREF=TTTTTTTTTTA,T,T;OALT=CTTTTTTTTTT,-,A;OMAPALT=CTCTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.217391,0.782609,0:5,15,5:83:15,54,0:69:0:4,22,0:11,32,0:0:0:85:18:1,8,2:4,7,3:7:11 chr20 49369626 . A T 37.06 PASS AF=0.0625;AO=7;DP=104;FAO=6;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.000127576;FXX=0.0857061;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4253;QD=1.54432;RBI=0.0552927;REFB=-0.00338186;REVB=-0.0552926;RO=73;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15;STB=0.584326;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0782038;OID=.;OPOS=49369626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:104:96:73:86:7:6:0.0625:5:2:30:43:4:2:36:50 chr20 50139784 . C CG 39.58 PASS AF=0.169811;AO=7;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0581152;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.863;QD=2.98701;RBI=0.0969621;REFB=0.000403741;REVB=-0.0776162;RO=44;SAF=6;SAR=1;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329084;STB=0.642511;STBP=0.454;TYPE=ins;VARB=-0.029652;OID=.;OPOS=50139785;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169811:7:53:9:53:44:7:2:28:16:39:44:6:1:28:16 chr20 50140355 . AG A 49.86 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0956816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.0203;QD=7.12297;RBI=0.14808;REFB=-0.0474301;REVB=-0.113017;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654891;STB=0.88488;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0808665;OID=.;OPOS=50140356;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:10:27:12:28:16:2:10:15:1:49:15:2:8:14:1 chr20 50217620 . A G 1769.11 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1227;QD=59.9698;RBI=0.0367675;REFB=-0.0616108;REVB=0.031366;RO=1;SAF=64;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736346;STB=0.503875;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000674074;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:53:64:1:0:53:64:1:0 chr20 50287736 . C T 2476.0 PASS AF=0.989071;AO=156;DP=174;FAO=181;FDP=183;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00877673;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.889;QD=54.1202;RBI=0.10482;REFB=-0.14778;REVB=0.104452;RO=16;SAF=94;SAR=62;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108231;STB=0.506097;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.001699;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:174:183:16:2:156:181:0.989071:62:94:0:16:81:100:0:2 chr20 50287790 . A G 2045.64 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1055;QD=62.4624;RBI=0.0188023;REFB=0;REVB=0.0187388;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01385e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:63:68:0:0:63:68:0:0 chr20 50400679 . A T 140.39 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=109;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=-0.00539265;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.277;QD=5.19958;RBI=0.0136688;REFB=-0.00426584;REVB=-0.01256;RO=85;SAF=12;SAR=11;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00969602;STB=0.506048;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0132128;OID=.;OPOS=50400679;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:85:85:23:23:0.212963:11:12:45:40:11:12:45:40 chr20 50407162 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.89;QD=63.8687;RBI=0.0190611;REFB=0;REVB=0.00649652;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134316;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr20 50407502 . A C 1216.78 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513652;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.705;QD=61.6092;RBI=0.0161165;REFB=0;REVB=-0.0152761;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96303e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:38:39:0:0:38:41:0:0 chr20 50408482 . A G 1125.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021578;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.387;QD=60.8505;RBI=0.0249296;REFB=0;REVB=0.0248361;RO=0;SAF=56;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129165;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:18:56:0:0:18:56:0:0 chr20 50782136 . GA G 79.03 PASS AF=0.385417;AO=34;DP=88;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.169695;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.21781;QD=3.29286;RBI=0.200926;REFB=-0.095714;REVB=-0.107588;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115567;STB=0.522281;STBP=0.737;TYPE=del;VARB=0.0901966;OID=.;OPOS=50782137;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385417:34:88:37:96:59:22:15:33:26:79:40:19:15:27:13 chr20 51218359 . C T 3631.3 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942564;FXX=0.00431016;HRUN=4;LEN=1;MLLD=327.382;QD=62.8796;RBI=0.0139897;REFB=-0.0842629;REVB=0.0103377;RO=1;SAF=138;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509656;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54143e-06;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:232:231:1:0:231:231:1:93:138:0:1:93:138:0:0 chr20 51870849 . T C 2800.53 PASS AF=0.946078;AO=193;DP=204;FAO=193;FDP=204;FR=.;FRO=11;FSAF=96;FSAR=97;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0804244;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2174;QD=54.9124;RBI=0.0827435;REFB=-0.0182346;REVB=0.0194526;RO=8;SAF=96;SAR=97;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02858;STB=0.507491;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00120805;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:204:204:8:11:193:193:0.946078:97:96:7:1:97:96:7:4 chr20 52105972 . C T 519.98 PASS AF=0.544444;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=90;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0458044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.021;QD=23.1103;RBI=0.0473728;REFB=-0.00726535;REVB=-0.0120889;RO=40;SAF=28;SAR=21;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878394;STB=0.552611;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00579053;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:40:41:49:49:0.544444:21:28:27:13:21:28:28:13 chr20 52198340 . T A 1032.06 PASS AF=0.770642;AO=83;DP=110;FAO=84;FDP=109;FR=.;FRO=25;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000257624;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.302;QD=37.8738;RBI=0.00803864;REFB=-0.00849147;REVB=0.00803451;RO=25;SAF=42;SAR=41;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233891;STB=0.51104;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00208549;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:25:25:83:84:0.770642:41:42:14:11:41:43:14:11 chr20 52198967 . A G 642.08 PASS AF=0.670732;AO=55;DP=83;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.027556;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.533;QD=31.3211;RBI=0.0348509;REFB=-0.00656287;REVB=0.0213367;RO=27;SAF=33;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738502;STB=0.539985;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00339149;OID=.;OPOS=52198967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:27:27:55:55:0.670732:22:33:13:14:22:33:13:14 chr20 52611540 . C A 235.38 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0327309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3573;QD=26.1537;RBI=0.103226;REFB=-0.0625107;REVB=0.0978998;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170347;STB=0.507805;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0431466;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:9:13:8:5:9:13:8:6 chr20 52645166 . A G 2105.26 PASS AF=0.710204;AO=151;DP=222;FAO=174;FDP=245;FR=.;FRO=71;FSAF=104;FSAR=70;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.0406715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9548;QD=34.3716;RBI=0.0746337;REFB=-0.0480949;REVB=-0.0625781;RO=70;SAF=82;SAR=69;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000112634;STB=0.518688;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0170458;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:245:70:71:151:174:0.710204:69:82:38:32:70:104:38:33 chr20 52674615 . A G 1289.36 PASS AF=1;AO=72;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.975;QD=62.1379;RBI=0.0709343;REFB=0;REVB=0.0302073;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274678;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:72:83:1:26:46:0:0:37:46:0:0 chr20 52675188 . G T 1007.96 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4315;QD=59.2919;RBI=0.101871;REFB=0;REVB=-0.0723334;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012595;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr20 52675259 . G T 115.92 PASS AF=0.213483;AO=15;DP=85;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0283947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6339;QD=5.21003;RBI=0.0413046;REFB=-0.0142818;REVB=-0.0299969;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301435;STB=0.56082;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.122157;OID=.;OPOS=52675259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:70:70:15:19:0.213483:8:7:31:39:12:7:31:39 chr20 52781091 . C T 2039.88 PASS AF=0.712446;AO=165;DP=232;FAO=166;FDP=233;FR=.;FRO=67;FSAF=94;FSAR=72;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0583986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1968;QD=35.0194;RBI=0.0613749;REFB=-0.0101761;REVB=0.0188809;RO=67;SAF=93;SAR=72;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388367;STB=0.521454;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00698059;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:67:67:165:166:0.712446:72:93:33:34:72:94:33:34 chr20 54944791 . C G 953.72 PASS AF=0.74;AO=74;DP=100;FAO=74;FDP=100;FR=.;FRO=26;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0250879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.347;QD=38.1487;RBI=0.0272389;REFB=-0.00666588;REVB=-0.0106093;RO=26;SAF=50;SAR=24;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329131;STB=0.517657;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00229098;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:26:26:74:74:0.74:24:50:16:10:24:50:16:10 chr20 54961463 . T C 2284.97 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252734;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4745;QD=63.4713;RBI=0.0487792;REFB=0;REVB=0.0417213;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25538e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:143:144:1:70:73:0:0:71:73:0:0 chr20 54961541 . A T 588.5 PASS AF=0.654321;AO=54;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0202442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6646;QD=29.0616;RBI=0.0428051;REFB=-0.0442098;REVB=0.0377153;RO=27;SAF=35;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124413;STB=0.500506;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0263682;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:27:28:54:53:0.654321:19:35:17:10:19:34:18:10 chr20 55021041 . GCCCC GCCC,GCCCG 1012.51 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=63,25;DP=155;FAO=150,10;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=77,9;FSAR=73,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.379876,0.0981061;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=8.17381,13.0841;QD=25.3127;RBI=0.532778,0.216948;REFB=0,0;REVB=0.373559,0.193499;RO=54;SAF=25,25;SAR=38,0;SRF=27;SRR=27;SSEN=0.302752,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0887419,0.811931;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0222653,-0.0426465;OID=.,.;OPOS=55021042,55021045;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9375,0.0625:63,25:155:150,10:160:0:77,9:73,1:0:0:12:54:25,25:38,0:27:27 chr20 55028167 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0581398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.301;QD=46.9601;RBI=0.0582665;REFB=0.0206567;REVB=-0.00383928;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061324;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00174946;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:7:13:0:1:7:13:0:1 chr20 55033420 . C T 252.67 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.00539109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.338;QD=10.5277;RBI=0.00724709;REFB=-0.0188123;REVB=0.00484319;RO=65;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138218;STB=0.580593;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0419045;OID=.;OPOS=55033420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:13:18:30:35:13:18:30:35 chr20 55033476 . C G 929.66 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.728;QD=57.2096;RBI=0.037633;REFB=0;REVB=0.00948127;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019674;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:26:37:0:0:26:39:0:0 chr20 55033635 . C T 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0324615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.775;QD=31.85;RBI=0.0341054;REFB=-0.0465594;REVB=0.0104609;RO=9;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0091836;STB=0.505046;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0108859;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:15:7:3:6:15:7:3:6 chr20 55033647 . T C 344.53 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501672;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0978;QD=55.1246;RBI=0.0505837;REFB=0;REVB=0.00647727;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064666;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr20 55033713 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.024;QD=43.4861;RBI=0.0440404;REFB=0;REVB=0.0349594;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436076;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr20 55066633 . T G 1149.99 PASS AF=0.662069;AO=96;DP=146;FAO=96;FDP=145;FR=.;FRO=49;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0162477;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8438;QD=31.7239;RBI=0.0373399;REFB=0.00790776;REVB=0.0336197;RO=50;SAF=55;SAR=41;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460351;STB=0.506544;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00873583;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:50:49:96:96:0.662069:41:55:29:21:41:55:29:20 chr20 55072471 . TA T,TG,TT 449.03 PASS AF=0.235294,0.705882,0.0588235;AO=11,19,3;DP=33;FAO=8,24,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2,0;FSAR=7,22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916569,0.0890006,0.0878416;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=93.0904,97.7671,83.2375;QD=52.8265;RBI=0.114947,0.110371,0.106928;REFB=0,0,0;REVB=0.0693678,0.0652733,0.0609717;RO=0;SAF=1,1,1;SAR=10,18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0146202,-0.00441916,0.0656274;OID=.,.,.;OPOS=55072472,55072472,55072472;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.705882,0.0588235:11,19,3:33:8,24,2:34:0:1,2,0:7,22,2:0:0:27:0:1,1,1:10,18,2:0:0 chr20 55088404 . A G 1524.47 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174394;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.796;QD=59.7832;RBI=0.033776;REFB=0;REVB=0.033731;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36488e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:41:59:0:0:43:59:0:0 chr20 55108617 . C A 3064.06 PASS AF=1;AO=187;DP=189;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.557;QD=63.5038;RBI=0.0551848;REFB=0;REVB=0.0326404;RO=0;SAF=95;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91571e-05;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:193:0:0:187:193:1:92:95:0:0:97:96:0:0 chr20 55111273 . C T 753.97 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.512;QD=54.8344;RBI=0.0210578;REFB=0.00180545;REVB=-0.0102456;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=5.47963e-06;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:54:54:0.981818:24:30:0:0:24:30:1:0 chr20 55111364 . A C 1286.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270474;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.38;QD=62.009;RBI=0.0337481;REFB=0;REVB=0.0201835;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65426e-05;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:51:32:0:0:51:32:0:0 chr20 55263662 . T G 138.19 PASS AF=0.266667;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0239747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6069;QD=7.37025;RBI=0.0239816;REFB=-0.000102075;REVB=0.000573649;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195412;STB=0.606202;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00070884;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:53:55:20:20:0.266667:7:13:26:27:7:13:28:27 chr20 55748206 . G A 965.99 PASS AF=0.700855;AO=70;DP=120;FAO=82;FDP=117;FR=.;FRO=35;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00575354;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3788;QD=33.0251;RBI=0.119947;REFB=-0.00618642;REVB=0.119809;RO=20;SAF=38;SAR=32;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450366;STB=0.534745;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00206411;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:20:35:70:82:0.700855:32:38:13:7:35:47:24:11 chr20 56090807 . A G 715.03 PASS AF=0.635417;AO=60;DP=95;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00648453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.434;QD=29.793;RBI=0.00866664;REFB=-0.0506582;REVB=0.00574991;RO=34;SAF=42;SAR=18;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468043;STB=0.504117;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0242624;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:34:35:60:61:0.635417:18:42:24:10:18:43:25:10 chr20 56098733 . T C 994.11 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.048508;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5909;QD=57.6298;RBI=0.0577065;REFB=-0.0966293;REVB=0.0312572;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.505616;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000882609;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:24:43:1:0:24:44:1:0 chr20 56099114 . C G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0122831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.515;QD=8.06792;RBI=0.0135424;REFB=0.00100785;REVB=-0.00570269;RO=32;SAF=10;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41093;STB=0.75174;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00239711;OID=.;OPOS=56099114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:2:10:17:15:2:10:18:15 chr20 56131216 . A G 547.52 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0480728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7145;QD=34.763;RBI=0.118198;REFB=-0.0321939;REVB=-0.10798;RO=15;SAF=28;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895404;STB=0.556903;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00836009;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:15:16:47:47:0.746032:19:28:6:9:19:28:6:10 chr20 56136536 . A G 340.09 PASS AF=0.248804;AO=51;DP=207;FAO=52;FDP=209;FR=.;FRO=157;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=90;FSRR=67;FWDB=-0.0101229;FXX=0.0233634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.219;QD=6.50886;RBI=0.039326;REFB=-0.00767082;REVB=-0.0380008;RO=141;SAF=28;SAR=23;SRF=78;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521512;STB=0.526384;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0185012;OID=.;OPOS=56136536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:209:141:157:51:52:0.248804:23:28:78:63:24:28:90:67 chr20 56137798 . G A 243.08 PASS AF=0.262774;AO=36;DP=137;FAO=36;FDP=137;FR=.;FRO=101;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0567766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3251;QD=7.09716;RBI=0.0577488;REFB=-0.0257911;REVB=0.0105519;RO=99;SAF=15;SAR=21;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169893;STB=0.607902;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0641064;OID=.;OPOS=56137798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:99:101:36:36:0.262774:21:15:55:44:21:15:57:44 chr20 56137807 . A G 254.91 PASS AF=0.270677;AO=36;DP=129;FAO=36;FDP=133;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0145319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.773;QD=7.66651;RBI=0.0147273;REFB=-0.0184282;REVB=-0.00239113;RO=93;SAF=16;SAR=20;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138854;STB=0.581351;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0353344;OID=.;OPOS=56137807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:133:93:97:36:36:0.270677:20:16:52:41:20:16:54:43 chr20 56137834 . A G 177.79 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.0366327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6239;QD=5.87743;RBI=0.0572125;REFB=0.0012074;REVB=-0.0439467;RO=88;SAF=14;SAR=14;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070908;STB=0.553681;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00702747;OID=.;OPOS=56137834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:88:93:28:28:0.231405:14:14:49:39:14:14:53:40 chr20 56137895 . G C 1170.93 PASS AF=0.975904;AO=78;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.653;QD=56.4305;RBI=0.172605;REFB=-0.194391;REVB=0.164744;RO=5;SAF=48;SAR=30;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493012;STB=0.502308;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00992476;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:83:83:5:2:78:81:0.975904:30:48:1:4:33:48:1:1 chr20 56139403 . T C 2830.6 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2061;QD=62.2109;RBI=0.0217741;REFB=-0.0878397;REVB=-0.0190882;RO=0;SAF=97;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000665145;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:180:181:0.994505:83:97:0:0:83:98:0:1 chr20 56179422 . C A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00885203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.121;QD=5.01732;RBI=0.0375034;REFB=-0.0114585;REVB=-0.0364437;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107181;STB=0.571225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.04172;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:3:4:13:14:3:4:13:14 chr20 56182183 . G C 973.04 PASS AF=0.661871;AO=70;DP=137;FAO=92;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0306604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.653;QD=28.0011;RBI=0.0342694;REFB=-0.0749685;REVB=0.015308;RO=36;SAF=27;SAR=43;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111774;STB=0.546806;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0283863;OID=.;OPOS=56182183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:36:47:70:92:0.661871:43:27:8:28:44:48:18:29 chr20 56182296 . A C 295.14 PASS AF=0.277778;AO=40;DP=144;FAO=40;FDP=144;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.0661895;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.967;QD=8.19826;RBI=0.067225;REFB=-0.0169787;REVB=-0.0117537;RO=103;SAF=15;SAR=25;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183174;STB=0.60521;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0337528;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:103:104:40:40:0.277778:25:15:54:49:25:15:54:50 chr20 56186884 . T C 1810.71 PASS AF=0.99187;AO=117;DP=119;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0523145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9531;QD=58.885;RBI=0.0814574;REFB=-0.0746606;REVB=0.062438;RO=0;SAF=34;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72029e-08;STB=0.502923;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00225976;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:123:0:1:117:122:0.99187:83:34:0:0:85:37:0:1 chr20 56190634 . C T 398.58 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00554906;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.8;QD=26.1363;RBI=0.00990195;REFB=-0.0225816;REVB=-0.00820101;RO=23;SAF=27;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146852;STB=0.580601;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0103278;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:23:38:38:0.622951:11:27:12:11:11:27:12:11 chr20 56227532 . T C,G 918.24 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=61,3;DP=64;FAO=62,2;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38,1;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297947,-0.0155582;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.325,137.342;QD=57.3903;RBI=0.029807,0.0259044;REFB=0,0;REVB=0.000854818,-0.0207118;RO=0;SAF=37,2;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00135979,0.0797865;OID=.,.;OPOS=56227532,56227532;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:64:64:0:0:61,3:62,2:0.96875,0.03125:24,1:37,2:0:0:24,1:38,1:0:0 chr20 56793706 . G A 190.24 PASS AF=0.243902;AO=28;DP=121;FAO=30;FDP=123;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0158278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8457;QD=6.18659;RBI=0.017925;REFB=-0.0179038;REVB=0.00841349;RO=92;SAF=7;SAR=21;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293859;STB=0.668106;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0460321;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:92:93:28:30:0.243902:21:7:43:49:22:8:44:49 chr20 56793764 . G A 225.83 PASS AF=0.283186;AO=32;DP=113;FAO=32;FDP=113;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0283315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.623;QD=7.99385;RBI=0.0292377;REFB=-0.00865171;REVB=-0.00722314;RO=80;SAF=7;SAR=25;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329905;STB=0.694751;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0329642;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:80:81:32:32:0.283186:25:7:37:43:25:7:37:44 chr20 56796528 . A T 846.87 PASS AF=0.744444;AO=67;DP=90;FAO=67;FDP=90;FR=.;FRO=23;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0336212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.794;QD=37.6385;RBI=0.0348778;REFB=-0.0339362;REVB=0.00927766;RO=23;SAF=44;SAR=23;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239708;STB=0.501286;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00703988;OID=.;OPOS=56796528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:23:23:67:67:0.744444:23:44:15:8:23:44:15:8 chr20 56814892 . G T 261.1 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=124;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0134596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6618;QD=8.42246;RBI=0.0198678;REFB=0.00807976;REVB=0.014614;RO=87;SAF=18;SAR=18;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483378;STB=0.52418;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0193481;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:87:88:36:36:0.290323:18:18:40:47:18:18:41:47 chr20 56820880 . C T 240.28 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0357662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.471;QD=28.2677;RBI=0.0374367;REFB=-0.0435961;REVB=0.0110582;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082203;STB=0.545413;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0284555;OID=.;OPOS=56820880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:5:7:10:12:5:7 chr20 56821127 . A G 1338.46 PASS AF=0.713333;AO=106;DP=149;FAO=107;FDP=150;FR=.;FRO=43;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0068876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.112;QD=35.6923;RBI=0.00997534;REFB=-0.0135968;REVB=-0.00721585;RO=43;SAF=43;SAR=63;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721816;STB=0.502185;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00510262;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:43:43:106:107:0.713333:63:43:18:25:63:44:18:25 chr20 56822536 . G A 140.44 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0188831;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.541;QD=19.3712;RBI=0.0190376;REFB=-0.00616668;REVB=0.00242054;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247399;STB=0.642646;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00228674;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:6:8:12:3:6:8 chr20 57020573 . A G 2679.41 PASS AF=0.926108;AO=188;DP=203;FAO=188;FDP=203;FR=.;FRO=15;FSAF=94;FSAR=94;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0517414;FXX=0.00490172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.724;QD=52.7962;RBI=0.0905918;REFB=-0.134919;REVB=0.0743619;RO=15;SAF=94;SAR=94;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467625;STB=0.502463;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0101773;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:203:203:15:15:188:188:0.926108:94:94:7:8:94:94:7:8 chr20 57045667 . T C 4793.66 PASS AF=1;AO=286;DP=295;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130196;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.118;QD=61.4572;RBI=0.049882;REFB=0;REVB=0.0481529;RO=0;SAF=128;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68565e-05;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:295:312:0:0:286:312:1:158:128:0:0:174:138:0:0 chr20 57045765 . A G 2565.01 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8961;QD=61.8075;RBI=0.0355961;REFB=0;REVB=0.0185927;RO=0;SAF=78;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62202e-05;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:88:78:0:0:88:78:0:0 chr20 57234687 . C T 231.49 PASS AF=0.19898;AO=39;DP=195;FAO=39;FDP=196;FR=.;FRO=157;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=86;FWDB=-0.0234567;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.575;QD=4.72423;RBI=0.0350548;REFB=-0.00929491;REVB=-0.0260504;RO=154;SAF=22;SAR=17;SRF=70;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139716;STB=0.588985;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.037677;OID=.;OPOS=57234687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:154:157:39:39:0.19898:17:22:70:84:17:22:71:86 chr20 57244493 . G A 235.06 PASS AF=0.237179;AO=36;DP=155;FAO=37;FDP=156;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=60;FSRR=59;FWDB=-0.01066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.627;QD=6.02719;RBI=0.0347209;REFB=-0.0140556;REVB=-0.033044;RO=118;SAF=17;SAR=19;SRF=60;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456446;STB=0.513506;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0393663;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:118:119:36:37:0.237179:19:17:60:58:19:18:60:59 chr20 57251342 . C T 34.15 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=122;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=63;FSRR=47;FWDB=-0.0406997;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0253;QD=1.13832;RBI=0.102818;REFB=-0.00189987;REVB=-0.0944199;RO=110;SAF=4;SAR=8;SRF=66;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306754;STB=0.654425;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0255631;OID=.;OPOS=57251342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:122:120:110:110:12:10:0.0833333:8:4:66:44:6:4:63:47 chr20 57268867 . C A 405.46 PASS AF=0.303371;AO=54;DP=178;FAO=54;FDP=178;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=40;FSRR=84;FWDB=-0.0157343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.14;QD=9.11136;RBI=0.0325576;REFB=-0.0192375;REVB=-0.0285032;RO=122;SAF=10;SAR=44;SRF=40;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229756;STB=0.632129;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0370331;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:122:124:54:54:0.303371:44:10:40:82:44:10:40:84 chr20 57280575 . T C 395.5 PASS AF=0.294444;AO=53;DP=180;FAO=53;FDP=180;FR=.;FRO=127;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=70;FSRR=57;FWDB=-0.0149681;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2581;QD=8.78888;RBI=0.0245352;REFB=-0.00358703;REVB=0.0194404;RO=123;SAF=27;SAR=26;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717333;STB=0.529487;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00862107;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:123:127:53:53:0.294444:26:27:70:53:26:27:70:57 chr20 57290347 . C G 632.39 PASS AF=0.303249;AO=81;DP=279;FAO=84;FDP=277;FR=.,HEALED;FRO=193;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=105;FSRR=88;FWDB=-0.0553201;FXX=0.0107139;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5119;QD=9.13202;RBI=0.0798051;REFB=-0.0306431;REVB=-0.0575199;RO=167;SAF=43;SAR=38;SRF=102;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948616;STB=0.502514;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0376514;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:277:167:193:81:84:0.303249:38:43:102:65:38:46:105:88 chr20 57478807 . C T 2582.53 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1627;QD=61.4889;RBI=0.0572538;REFB=0;REVB=0.000669569;RO=1;SAF=80;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543905;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189461;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:168:1:0:167:168:1:87:80:0:1:88:80:0:0 chr20 57563977 . G A 222.01 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0076006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.023;QD=14.5577;RBI=0.0111825;REFB=-0.0246955;REVB=0.00820239;RO=35;SAF=23;SAR=3;SRF=28;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1739;STB=0.600434;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.021744;OID=.;OPOS=57563977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:3:23:28:7:3:23:28:7 chr20 57571762 . CA C,CG 2765.83 PASS AF=0.182796,0.817204;AO=37,148;DP=187;FAO=34,152;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=33,68;FSAR=1,84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395043,0.0476957;FXX=0.00534731;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.885,169.753;QD=59.4802;RBI=0.0531419,0.0574992;REFB=0,0;REVB=0.0355454,0.0321134;RO=2;SAF=36,64;SAR=1,84;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0253183,-0.0146286;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000473403,0.00116185;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.182796,0.817204:37,148:187:34,152:186:0:33,68:1,84:0:0:94:2:36,64:1,84:2:0 chr20 57572675 . A G 2008.67 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.797;QD=62.2845;RBI=0.0183747;REFB=0;REVB=0.0178347;RO=0;SAF=77;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00086e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:51:77:0:0:51:78:0:0 chr20 57599016 . T G 833.29 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.292;QD=57.4683;RBI=0.047335;REFB=0;REVB=0.0358482;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210041;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr20 57612390 . C G 1479.14 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0982;QD=62.9422;RBI=0.0278452;REFB=0;REVB=0.0192193;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294102;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:46:47:0:0:47:47:0:0 chr20 57767043 . G C 220.65 PASS AF=0.272;AO=31;DP=122;FAO=34;FDP=125;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=28;FWDB=-0.0153939;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9738;QD=7.06078;RBI=0.0187369;REFB=-0.0224693;REVB=0.0106817;RO=91;SAF=26;SAR=5;SRF=64;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241426;STB=0.567919;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0478705;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:91:91:31:34:0.272:5:26:64:27:8:26:63:28 chr20 57768399 . T C 301.47 PASS AF=0.279221;AO=37;DP=147;FAO=43;FDP=154;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=0.0151985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.169;QD=7.83045;RBI=0.0373011;REFB=-0.00663251;REVB=-0.0340643;RO=107;SAF=22;SAR=15;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547594;STB=0.552036;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0162049;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:154:107:111:37:43:0.279221:15:22:59:48:16:27:62:49 chr20 57768743 . C T 48.93 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0377142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.57;QD=4.07745;RBI=0.0381642;REFB=-0.0053802;REVB=0.00584295;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300662;STB=0.716829;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.038702;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:48:48:39:40:8:8:0.166667:6:2:19:20:6:2:20:20 chr20 57769139 . TG TC,T,TGG 103.63 PASS AF=0.258065,0.516129,0;AO=6,8,4;DP=30;FAO=8,16,0;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=7,9,0;FSAR=1,7,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.039481,0.211374,-0.213563;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=17.0006,7.24333,5.46435;QD=13.371;RBI=0.064491,0.240831,0.242876;REFB=0.000513,0.0364058,-0.0457623;REVB=-0.0509936,-0.115415,0.115671;RO=5;SAF=5,5,3;SAR=1,3,1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0435573,-0.128939,-0.0609289;STB=0.518471,0.59311,0.5;STBP=1,0.222,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.0164932,0.0690528,0.00805094;OID=.,.,.;OPOS=57769140,57769140,57769140;OREF=G,G,-;OALT=C,-,G;OMAPALT=TC,T,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.258065,0.516129,0:6,8,4:30:8,16,0:31:7:7,9,0:1,7,0:6:1:33:5:5,5,3:1,3,1:4:1 chr20 57829301 . T C 212.47 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.027978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.081;QD=10.2396;RBI=0.0366181;REFB=-0.00487484;REVB=-0.0236245;RO=56;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12414;STB=0.572275;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0113581;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:13:14:35:21:13:14:35:21 chr20 57833518 . G A 53.15 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00759183;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.547;QD=2.56134;RBI=0.00852766;REFB=-0.00444002;REVB=-0.00388396;RO=71;SAF=10;SAR=1;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523329;STB=0.888656;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0233326;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:84:83:71:72:11:11:0.13253:1:10:37:34:1:10:36:36 chr20 57833740 . T C 179.52 PASS AF=0.221374;AO=29;DP=119;FAO=29;FDP=131;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=0.0130785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5034;QD=5.4814;RBI=0.0152404;REFB=0.0112377;REVB=-0.00782446;RO=90;SAF=20;SAR=9;SRF=47;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217695;STB=0.609059;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0404563;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:131:90:102:29:29:0.221374:9:20:47:43:9:20:57:45 chr20 57834150 . A T 253.9 PASS AF=0.318584;AO=33;DP=114;FAO=36;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0556983;FXX=0.00877116;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.4038;QD=8.98764;RBI=0.0663557;REFB=-0.0447683;REVB=-0.0360663;RO=53;SAF=15;SAR=18;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119819;STB=0.57518;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0970457;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:53:77:33:36:0.318584:18:15:30:23:18:18:47:30 chr20 58342349 . C T 1652.62 PASS AF=0.688776;AO=135;DP=196;FAO=135;FDP=196;FR=.;FRO=61;FSAF=57;FSAR=78;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0830341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5962;QD=33.727;RBI=0.100521;REFB=-0.0481919;REVB=0.0566549;RO=57;SAF=57;SAR=78;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780354;STB=0.54253;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0268371;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:57:61:135:135:0.688776:78:57:32:25:78:57:34:27 chr20 58467393 . A G 620.27 PASS AF=0.706667;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0178462;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7876;QD=33.081;RBI=0.0218196;REFB=-0.0499004;REVB=0.0125542;RO=22;SAF=23;SAR=30;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646931;STB=0.534871;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0228894;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:22:22:53:53:0.706667:30:23:7:15:30:23:7:15 chr20 58519478 . G C 328.12 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0900352;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2678;QD=20.1919;RBI=0.0930579;REFB=-0.0216522;REVB=-0.0235252;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231531;STB=0.5263;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0193442;OID=.;OPOS=58519478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:31:34:34:0.523077:15:19:17:12:15:19:19:12 chr20 60293919 . C A 3104.44 PASS AF=0.980861;AO=205;DP=211;FAO=205;FDP=209;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0466768;FXX=0.00947822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9974;QD=59.4151;RBI=0.0567302;REFB=-0.000395291;REVB=0.0322426;RO=4;SAF=112;SAR=93;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167046;STB=0.508771;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000102527;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:211:209:4:4:205:205:0.980861:93:112:4:0:93:112:4:0 chr20 60294279 . A G 90.03 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0130031;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1105;QD=7.34899;RBI=0.0413905;REFB=-0.00525761;REVB=0.039295;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020626;STB=0.529986;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.017535;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:51:49:35:37:12:12:0.244898:5:7:21:14:5:7:23:14 chr20 60294388 . C T 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00590983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.583;QD=40.6382;RBI=0.0329801;REFB=0.121689;REVB=-0.0324463;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00505047;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:6:8:1:0:6:8:1:0 chr20 60485627 . C T 1748.99 PASS AF=0.714286;AO=140;DP=194;FAO=140;FDP=196;FR=.;FRO=56;FSAF=52;FSAR=88;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0156515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.745;QD=35.6936;RBI=0.0448044;REFB=-0.0495277;REVB=0.0419817;RO=53;SAF=52;SAR=88;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135947;STB=0.517324;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0148531;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:53:56:140:140:0.714286:88:52:21:32:88:52:24:32 chr20 60503350 . A G 5976.65 PASS AF=0.972906;AO=394;DP=406;FAO=395;FDP=406;FR=.;FRO=11;FSAF=211;FSAR=184;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0357972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6778;QD=58.8833;RBI=0.0357999;REFB=-0.0565617;REVB=0.000441169;RO=10;SAF=210;SAR=184;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174229;STB=0.507739;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00820011;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:406:406:10:11:394:395:0.972906:184:210:9:1:184:211:9:2 chr20 60511860 . C T 128.04 PASS AF=0.185484;AO=23;DP=124;FAO=23;FDP=124;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=0.00876985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.813;QD=4.13037;RBI=0.0224463;REFB=-0.00608766;REVB=-0.0206622;RO=100;SAF=10;SAR=13;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170712;STB=0.612093;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0261209;OID=.;OPOS=60511860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:100:101:23:23:0.185484:13:10:57:43:13:10:58:43 chr20 60512293 . A G 34.76 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=48;FWDB=0.00457129;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=208.228;QD=2.2796;RBI=0.00555634;REFB=-0.0011287;REVB=-0.00315851;RO=54;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486105;STB=0.812;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00552343;OID=.;OPOS=60512293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:4:3:6:48:4:3:6:48 chr20 60572663 . C A 203.99 PASS AF=0.212903;AO=34;DP=155;FAO=33;FDP=155;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=50;FWDB=0.0209993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0701;QD=5.26422;RBI=0.0562975;REFB=-0.00107689;REVB=0.0522345;RO=120;SAF=17;SAR=17;SRF=71;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116598;STB=0.582506;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00416686;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:120:122:34:33:0.212903:17:17:71:49:17:16:72:50 chr20 60712511 . A G 1409.64 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175245;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.354;QD=60.6296;RBI=0.0180502;REFB=-0.0535498;REVB=0.00432435;RO=2;SAF=51;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182246;STB=0.509613;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00128333;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:91:91:0.978495:40:51:2:0:40:51:2:0 chr20 60713311 . G A 1227.5 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.292;QD=61.3752;RBI=0.0350128;REFB=0;REVB=0.0327301;RO=0;SAF=58;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124303;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:22:58:0:0:22:58:0:0 chr20 60713332 . A G 921.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7572;QD=56.7152;RBI=0.0465004;REFB=0;REVB=0.044302;RO=0;SAF=47;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583044;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:65:0:0:57:65:1:10:47:0:0:16:49:0:0 chr20 60768497 . C T 2356.15 PASS AF=1;AO=120;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.737;QD=63.6796;RBI=0.0567402;REFB=0;REVB=0.037897;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152261;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:148:0:0:120:148:1:53:67:0:0:69:79:0:0 chr20 60831300 . G A 1457.81 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0259988;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.946;QD=57.1691;RBI=0.0259998;REFB=0.0399136;REVB=-0.000227308;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178927;STB=0.509257;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00199828;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:52:47:0:2:53:47:0:2 chr20 60881330 . G A 3368.0 PASS AF=0.957627;AO=223;DP=238;FAO=226;FDP=236;FR=.;FRO=10;FSAF=114;FSAR=112;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00549552;FXX=0.00840301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.648;QD=57.0848;RBI=0.132742;REFB=-0.0484258;REVB=0.132628;RO=3;SAF=114;SAR=109;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450041;STB=0.517131;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000648333;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:238:236:3:10:223:226:0.957627:109:114:1:2:112:114:1:9 chr20 60881780 . T C 2626.22 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258186;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5355;QD=62.1589;RBI=0.0347537;REFB=0;REVB=0.0232641;RO=0;SAF=108;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95686e-06;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:169:0:0:169:169:1:61:108:0:0:61:108:0:0 chr20 60885566 . GGC G,GCC 62.46 PASS AF=0.189189,0;AO=12,3;DP=85;FAO=14,0;FDP=74;FR=.;FRO=60;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=49;FSRR=11;FWDB=-0.0401504,-0.0306896;FXX=0.038956;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.7189,20.1546;QD=3.37623;RBI=0.141937,0.207065;REFB=-0.0452165,0.00702708;REVB=-0.13614,0.204778;RO=56;SAF=6,2;SAR=6,1;SRF=48;SRR=8;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.485215,-0.264157;STB=0.793924,0.5;STBP=0.038,1;TYPE=del,snp;VARB=0.119841,0;OID=.,.;OPOS=60885567,60885567;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189,0:12,3:85:14,0:74:60:6,0:8,0:49:11:63:56:6,2:6,1:48:8 chr20 60887468 . G A 988.59 PASS AF=0.664062;AO=85;DP=128;FAO=85;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00943076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.683;QD=30.8934;RBI=0.0336942;REFB=-0.0367587;REVB=0.0323474;RO=38;SAF=54;SAR=31;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345612;STB=0.535685;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.015991;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:38:43:85:85:0.664062:31:54:22:16:31:54:23:20 chr20 60887581 . G A 1129.09 PASS AF=0.63354;AO=102;DP=161;FAO=102;FDP=161;FR=.;FRO=59;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0357087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6313;QD=28.0519;RBI=0.0435113;REFB=-0.0484496;REVB=0.0248621;RO=55;SAF=44;SAR=58;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109871;STB=0.571658;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0184032;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:55:59:102:102:0.63354:58:44:33:22:58:44:37:22 chr20 60892526 . A G 4711.32 PASS AF=1;AO=301;DP=301;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290545;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.343;QD=62.4016;RBI=0.0297274;REFB=0;REVB=0.00628916;RO=0;SAF=163;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77781e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07787e-06;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:301:302:0:0:301:302:1:138:163:0:0:139:163:0:0 chr20 60895697 . C T 295.74 PASS AF=0.318182;AO=36;DP=135;FAO=42;FDP=132;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.0505264;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0792;QD=8.96181;RBI=0.0517353;REFB=-0.019436;REVB=0.0111188;RO=75;SAF=21;SAR=15;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277263;STB=0.529398;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0485581;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:75:90:36:42:0.318182:15:21:42:33:16:26:52:38 chr20 60897487 . C T 1137.58 PASS AF=0.653061;AO=95;DP=146;FAO=96;FDP=147;FR=.;FRO=51;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0274371;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2856;QD=30.9545;RBI=0.0277015;REFB=-0.0193644;REVB=-0.00381816;RO=41;SAF=54;SAR=41;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127454;STB=0.589461;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0709868;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:41:51:95:96:0.653061:41:54:14:27:41:55:16:35 chr20 60897488 . G A 348.91 PASS AF=0.321918;AO=37;DP=138;FAO=47;FDP=146;FR=.;FRO=99;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.00841757;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.287;QD=9.55928;RBI=0.00879114;REFB=-0.00596513;REVB=0.00253549;RO=92;SAF=14;SAR=23;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224692;STB=0.647099;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.054312;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:146:92:99:37:47:0.321918:23:14:52:40:31:16:55:44 chr20 60897772 . T C 552.36 PASS AF=0.241814;AO=78;DP=384;FAO=96;FDP=397;FR=.;FRO=301;FSAF=68;FSAR=28;FSRF=213;FSRR=88;FWDB=-0.0537727;FXX=0.00501241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6315;QD=5.5653;RBI=0.0597189;REFB=-0.0282194;REVB=-0.0259777;RO=254;SAF=57;SAR=21;SRF=185;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390251;STB=0.500634;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0869529;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:397:254:301:78:96:0.241814:21:57:185:69:28:68:213:88 chr20 60899182 . C T 351.05 PASS AF=0.385321;AO=35;DP=112;FAO=42;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0328602;FXX=0.0353951;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7965;QD=12.8824;RBI=0.0346025;REFB=-0.0112856;REVB=-0.0108418;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873069;STB=0.598379;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0149402;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:44:66:35:42:0.385321:16:19:20:24:18:24:27:39 chr20 60899206 . C T 965.96 PASS AF=0.612676;AO=85;DP=143;FAO=87;FDP=142;FR=.;FRO=55;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0453601;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6375;QD=27.2103;RBI=0.0455085;REFB=-0.0373007;REVB=0.00367136;RO=52;SAF=40;SAR=45;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033503;STB=0.516252;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0322326;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:52:55:85:87:0.612676:45:40:22:30:47:40:23:32 chr20 60900481 . A G 5066.14 PASS AF=0.966759;AO=311;DP=333;FAO=349;FDP=361;FR=.;FRO=12;FSAF=179;FSAR=170;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0639489;FXX=0.00550949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8933;QD=56.1345;RBI=0.0719314;REFB=-0.0376856;REVB=0.0329342;RO=21;SAF=153;SAR=158;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382051;STB=0.505116;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00990638;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:333:361:21:12:311:349:0.966759:158:153:17:4:170:179:8:4 chr20 60900579 . C A 2347.9 PASS AF=0.9875;AO=156;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.108738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7367;QD=58.6976;RBI=0.11372;REFB=-0.114495;REVB=0.0332902;RO=4;SAF=64;SAR=92;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166325;STB=0.501057;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00146246;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:4:2:156:158:0.9875:92:64:3:1:92:66:1:1 chr20 60904853 . T C 1727.27 PASS AF=0.752747;AO=135;DP=182;FAO=137;FDP=182;FR=.;FRO=45;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=42;FSRR=3;FWDB=-0.0146345;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.595;QD=37.962;RBI=0.0243444;REFB=-0.00763483;REVB=0.0194546;RO=45;SAF=57;SAR=78;SRF=42;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236285;STB=0.626019;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00415779;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:45:45:135:137:0.752747:78:57:42:3:80:57:42:3 chr20 60904854 . G C 283.89 PASS AF=0.235294;AO=44;DP=187;FAO=44;FDP=187;FR=.;FRO=143;FSAF=41;FSAR=3;FSRF=62;FSRR=81;FWDB=-0.00120039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5436;QD=6.07246;RBI=0.0557397;REFB=-0.0285346;REVB=-0.0557268;RO=143;SAF=41;SAR=3;SRF=62;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.679265;STB=0.91746;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0904807;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:143:143:44:44:0.235294:3:41:62:81:3:41:62:81 chr20 60905878 . A G 464.55 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.042;QD=58.0693;RBI=0.0699883;REFB=0;REVB=-0.063557;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180783;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr20 60907446 . T C 3191.6 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.98;QD=64.1528;RBI=0.0670038;REFB=0;REVB=0.0638686;RO=0;SAF=122;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01714e-05;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:199:199:0:0:199:199:1:77:122:0:0:77:122:0:0 chr20 60907675 . G A 1846.4 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140694;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.765;QD=60.5378;RBI=0.0418379;REFB=-0.143413;REVB=0.0394013;RO=1;SAF=80;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114444;STB=0.506023;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00143525;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:41:80:0:1:41:80:0:1 chr20 60908964 . G A 445.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8238;QD=57.4217;RBI=0.132405;REFB=0;REVB=0.127199;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281278;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr20 60908969 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4333;QD=59.4284;RBI=0.0385634;REFB=0;REVB=0.0228199;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034866;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr20 60909060 . A G 1599.49 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.267;QD=59.7942;RBI=0.0192279;REFB=0;REVB=-0.016119;RO=0;SAF=66;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05641e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:107:0:0:101:107:1:35:66:0:0:40:67:0:0 chr20 60909322 . G A 690.29 PASS AF=0.734177;AO=57;DP=78;FAO=58;FDP=79;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0419141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.391;QD=34.9513;RBI=0.0485107;REFB=-0.01798;REVB=0.0244233;RO=21;SAF=32;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509556;STB=0.505299;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0056534;OID=.;OPOS=60909322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:21:21:57:58:0.734177:25:32:12:9:26:32:12:9 chr20 60911958 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.649;QD=62.9826;RBI=0.0267784;REFB=0;REVB=-0.00298484;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34371e-05;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr20 60912683 . T C 2121.34 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.432;QD=62.8545;RBI=0.0177623;REFB=0;REVB=-0.0132832;RO=0;SAF=75;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06746e-05;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:60:75:0:0:60:75:0:0 chr20 60917294 . G A 556.6 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0890961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3329;QD=60.1725;RBI=0.0901543;REFB=0;REVB=-0.0137728;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166129;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr20 60920624 . A G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.23;QD=56.933;RBI=0.0916257;REFB=0;REVB=0.091132;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023557;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:17:36:0:0:17:36:0:0 chr20 60920887 . G A 1549.11 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.975;QD=63.8808;RBI=0.0337397;REFB=0;REVB=-0.0320888;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30219e-05;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr20 60921643 . T C 790.75 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0352848;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.478;QD=55.4914;RBI=0.0789907;REFB=-0.0808868;REVB=0.0706718;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00128291;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:19:37:0:0:19:37:1:0 chr20 60927349 . C T 2178.57 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.958;QD=63.147;RBI=0.0360929;REFB=0;REVB=0.0246471;RO=0;SAF=77;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.90451e-05;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:61:77:0:0:61:77:0:0 chr20 60927412 . G A 1663.87 PASS AF=0.914062;AO=116;DP=128;FAO=117;FDP=128;FR=.;FRO=11;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.043247;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.831;QD=51.9959;RBI=0.0549798;REFB=-0.0933408;REVB=0.033948;RO=11;SAF=62;SAR=54;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062007;STB=0.532825;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00486602;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:128:128:11:11:116:117:0.914062:54:62:10:1:55:62:10:1 chr20 60937597 . A G 153.53 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0273257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4018;QD=8.90048;RBI=0.0341775;REFB=-0.00577454;REVB=-0.0205282;RO=45;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562848;STB=0.547322;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0128038;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:48:21:21:0.304348:14:7:17:28:14:7:19:29 chr20 60963494 . C T 478.34 PASS AF=0.284483;AO=65;DP=232;FAO=66;FDP=232;FR=.;FRO=166;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=79;FSRR=87;FWDB=-0.0212206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6988;QD=8.2473;RBI=0.0575529;REFB=0.0121613;REVB=-0.0534978;RO=165;SAF=33;SAR=32;SRF=79;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353329;STB=0.517236;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0317725;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:165:166:65:66:0.284483:32:33:79:86:33:33:79:87 chr20 60966318 . G T 1391.95 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.192;QD=62.5597;RBI=0.0958595;REFB=0;REVB=0.0733888;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403033;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:31:57:0:0:32:57:0:0 chr20 60968596 . A G 1705.84 PASS AF=0.683962;AO=144;DP=211;FAO=145;FDP=212;FR=.;FRO=67;FSAF=79;FSAR=66;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0111664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.728;QD=32.1857;RBI=0.0161013;REFB=-0.0284635;REVB=-0.0116001;RO=67;SAF=78;SAR=66;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292208;STB=0.516608;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0126684;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:212:67:67:144:145:0.683962:66:78:33:34:66:79:33:34 chr20 60986019 . A C 1949.02 PASS AF=0.707965;AO=160;DP=226;FAO=160;FDP=226;FR=.;FRO=66;FSAF=69;FSAR=91;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00489553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.884;QD=34.4959;RBI=0.00495894;REFB=-0.0419716;REVB=-0.000790488;RO=65;SAF=69;SAR=91;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501973;STB=0.529244;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0177431;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:65:66:160:160:0.707965:91:69:34:31:91:69:35:31 chr20 60989365 . C T 348.46 PASS AF=0.397959;AO=37;DP=96;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0297453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4069;QD=14.2227;RBI=0.04854;REFB=-0.0265522;REVB=0.0383582;RO=59;SAF=21;SAR=16;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853634;STB=0.560208;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0473388;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:59:59:37:39:0.397959:16:21:38:21:17:22:39:20 chr20 60990855 . A AC,C 51.71 PASS AF=0.152174,0;AO=20,4;DP=93;FAO=14,0;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.103715,-0.0879681;FXX=0.0107515;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=71.6448,82.6901;QD=2.2484;RBI=0.109124,0.19349;REFB=-0.00915202,-0.0204176;REVB=-0.0339308,-0.172337;RO=67;SAF=10,1;SAR=10,3;SRF=42;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.158979,-0.343789;STB=0.504755,0.5;STBP=0.984,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0513867,0;OID=.,.;OPOS=60990856,60990855;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:93:92:67:78:20,4:14,0:0.152174,0:10,3:10,1:42:25:6,0:8,0:45:33 chr20 61039958 . T C 481.48 PASS AF=0.242424;AO=72;DP=300;FAO=72;FDP=297;FR=.;FRO=225;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=114;FSRR=111;FWDB=0.0211864;FXX=0.00999967;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.88;QD=6.48452;RBI=0.0218671;REFB=-0.00343354;REVB=-0.0054135;RO=208;SAF=21;SAR=51;SRF=106;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282099;STB=0.669243;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.022743;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:297:208:225:72:72:0.242424:51:21:106:102:51:21:114:111 chr20 61040453 . C G 3101.27 PASS AF=0.995;AO=190;DP=192;FAO=199;FDP=200;FR=.;FRO=1;FSAF=168;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6005;QD=62.0254;RBI=0.077713;REFB=0.0122121;REVB=0.0768387;RO=0;SAF=165;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501484;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=4.49023e-05;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:200:0:1:190:199:0.995:25:165:0:0:31:168:1:0 chr20 61040951 . C T 4028.41 PASS AF=0.95053;AO=269;DP=282;FAO=269;FDP=283;FR=.;FRO=14;FSAF=124;FSAR=145;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0370957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7487;QD=56.9386;RBI=0.0432;REFB=-0.0216874;REVB=-0.0221393;RO=13;SAF=124;SAR=145;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271534;STB=0.512583;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00836743;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:282:283:13:14:269:269:0.95053:145:124:10:3:145:124:10:4 chr20 61048549 . G A 2080.37 PASS AF=0.701245;AO=168;DP=240;FAO=169;FDP=241;FR=.;FRO=72;FSAF=79;FSAR=90;FSRF=48;FSRR=24;FWDB=0.0303638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.021;QD=34.529;RBI=0.0382948;REFB=-0.0465648;REVB=0.0233351;RO=72;SAF=79;SAR=89;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109834;STB=0.5593;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0137718;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:241:72:72:168:169:0.701245:89:79:48:24:90:79:48:24 chr20 61143487 . T C 4658.85 PASS AF=1;AO=289;DP=289;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000740431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.716;QD=63.8198;RBI=0.0170321;REFB=0;REVB=0.017016;RO=0;SAF=138;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9782e-06;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:289:292:0:0:289:292:1:151:138:0:0:151:141:0:0 chr20 61326380 . C T 1590.7 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00823134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.169;QD=58.9149;RBI=0.048868;REFB=-0.121866;REVB=0.0481697;RO=1;SAF=65;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072467;STB=0.503816;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000347049;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:42:65:1:0:42:65:1:0 chr20 61443687 . G A 1447.39 PASS AF=0.734568;AO=119;DP=162;FAO=119;FDP=162;FR=.;FRO=43;FSAF=66;FSAR=53;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00499371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5669;QD=35.7379;RBI=0.11685;REFB=-0.0141427;REVB=0.116743;RO=42;SAF=66;SAR=53;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269081;STB=0.517725;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00468885;OID=.;OPOS=61443687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:42:43:119:119:0.734568:53:66:21:21:53:66:21:22 chr20 61444600 . C A 66.04 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0103006;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.862;QD=5.17941;RBI=0.0379433;REFB=-0.00952569;REVB=-0.0365184;RO=41;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417738;STB=0.788757;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0358413;OID=.;OPOS=61444600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:41:41:10:10:0.196078:9:1:14:27:9:1:14:27 chr20 61444939 . G C 1290.62 PASS AF=0.680982;AO=111;DP=163;FAO=111;FDP=163;FR=.;FRO=52;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0247511;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.074;QD=31.6716;RBI=0.0309696;REFB=-0.0591731;REVB=0.0186146;RO=49;SAF=46;SAR=65;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126929;STB=0.561617;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0229409;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:49:52:111:111:0.680982:65:46:10:39:65:46:12:40 chr20 61445062 . C T 3010.06 PASS AF=0.785714;AO=227;DP=299;FAO=231;FDP=294;FR=.;FRO=63;FSAF=123;FSAR=108;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0545186;FXX=0.0167218;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.277;QD=40.9532;RBI=0.057289;REFB=-0.0651946;REVB=0.0175997;RO=60;SAF=119;SAR=108;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101845;STB=0.504971;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0220981;OID=.;OPOS=61445062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:294:60:63:227:231:0.785714:108:119:33:27:108:123:35:28 chr20 61448969 . C T 1444.9 PASS AF=0.746835;AO=117;DP=163;FAO=118;FDP=158;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=90;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0230496;FXX=0.030673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.998;QD=36.5798;RBI=0.0239902;REFB=-0.0216156;REVB=0.00665188;RO=37;SAF=28;SAR=89;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242564;STB=0.504424;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0134598;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:158:37:40:117:118:0.746835:89:28:9:28:90:28:10:30 chr20 61460338 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0258492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.165;QD=15.2589;RBI=0.0261373;REFB=-0.00344117;REVB=0.00387009;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.571239;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00214732;OID=.;OPOS=61460338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:5:6:7:7:0.538462:5:2:0:5:5:2:1:5 chr20 61477160 . C T 2173.08 PASS AF=0.786047;AO=168;DP=214;FAO=169;FDP=215;FR=.;FRO=46;FSAF=103;FSAR=66;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.00905184;FXX=0.00462942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1312;QD=40.4295;RBI=0.00905568;REFB=-0.0010912;REVB=0.000263472;RO=46;SAF=103;SAR=65;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167314;STB=0.509637;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000266718;OID=.;OPOS=61477160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:46:46:168:169:0.786047:65:103:30:16:66:103:30:16 chr20 61512606 . T C 1510.32 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.97;QD=63.5925;RBI=0.0491741;REFB=0;REVB=0.020837;RO=0;SAF=30;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122125;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:64:30:0:0:64:31:0:0 chr20 61528074 . T C 3148.5 PASS AF=1;AO=204;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261001;FXX=0.00961492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.466;QD=61.1359;RBI=0.0569206;REFB=-0.0746798;REVB=0.050584;RO=0;SAF=103;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171898;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:207:206:0:0:204:206:1:101:103:0:0:101:105:0:0 chr20 61576708 . GTTTTTTTTTTTTTC GTGTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTTCT 421.85 PASS AF=0.0909091,0,0.818182,0.0909091,0;AO=9,13,14,19,4;DP=83;FAO=7,0,63,7,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,49,6,0;FSAR=2,0,14,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00299904,0.0370592,0.0520699,0.117104,-0.0320933;FXX=0.0833234;HRUN=13,13,13,13,13;LEN=1,3,2,1,2;MLLD=236.735,8.71585,7.66615,4.12323,8.03333;QD=21.9143;RBI=0.018214,0.0835939,0.100971,0.32754,0.125324;REFB=0.0497705,0.17236,0.175992,0.129209,0.129177;REVB=-0.0179654,-0.0749303,-0.0865098,-0.305891,-0.121145;RO=4;SAF=8,9,11,17,4;SAR=1,4,3,2,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.17833,-0.164447,-0.139787,-0.0968333,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0.01208,-0.119772,0.0571739,-0.0771871,0.227916;OID=.,.,.,.,.;OPOS=61576710,61576709,61576709,61576709,61576721;OREF=T,TTT,TT,T,TC;OALT=G,-,-,-,CT;OMAPALT=GTGTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTTC,GTTTTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0909091,0,0.818182,0.0909091,0:9,13,14,19,4:83:7,0,63,7,0:77:0:5,0,49,6,0:2,0,14,1,0:0:0:35:4:8,9,11,17,4:1,4,3,2,0:4:0 chr20 61576777 . A G 184.86 PASS AF=0.280899;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=12;FWDB=-0.0110711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.594;QD=8.30821;RBI=0.0139568;REFB=-0.0166825;REVB=-0.0084985;RO=64;SAF=15;SAR=10;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292894;STB=0.669887;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0434458;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:64:64:25:25:0.280899:10:15:52:12:10:15:52:12 chr20 61577275 . T C 2144.38 PASS AF=0.992857;AO=127;DP=128;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0645997;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.964;QD=61.2681;RBI=0.0646693;REFB=-0.0183662;REVB=0.0029996;RO=0;SAF=52;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000775437;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:140:0:1:127:139:0.992857:75:52:0:0:75:64:1:0 chr20 61588159 . A G 2460.06 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4458;QD=61.1194;RBI=0.0213581;REFB=0;REVB=0.0163663;RO=0;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.07195e-06;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:161:0:0:160:161:1:69:91:0:0:70:91:0:0 chr20 61594679 . A G 2312.13 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.709;QD=60.448;RBI=0.0427004;REFB=0;REVB=0.0402357;RO=0;SAF=78;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019593;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:153:0:0:151:153:1:73:78:0:0:73:80:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 2596.73 PASS AF=1,0;AO=163,15;DP=191;FAO=190,0;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=99,0;FSAR=91,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468401,-0.104667;FXX=0.0104161;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=19.5548,8.28672;QD=54.6679;RBI=0.0477964,0.123773;REFB=0,0;REVB=0.00951308,-0.0660657;RO=0;SAF=83,8;SAR=80,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.35852e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000134689,0;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:163,15:191:190,0:190:0:99,0:91,0:0:0:16:0:83,8:80,7:0:0 chr20 61869607 . C A 122.38 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0084222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.133;QD=25.7636;RBI=0.0342293;REFB=-0.0238413;REVB=0.033177;RO=6;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78806e-08;STB=0.529368;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0109554;OID=.;OPOS=61869607;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:6:6:12:13:0.684211:2:10:5:1:3:10:5:1 chr20 61869826 . C T 1832.46 PASS AF=0.630522;AO=157;DP=249;FAO=157;FDP=249;FR=.;FRO=92;FSAF=90;FSAR=67;FSRF=60;FSRR=32;FWDB=0.00745547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8772;QD=29.4372;RBI=0.0493658;REFB=0.0057094;REVB=0.0487996;RO=91;SAF=90;SAR=67;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052775;STB=0.53006;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00383272;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:91:92:157:157:0.630522:67:90:59:32:67:90:60:32 chr20 61870167 . C A 77.84 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0133086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1424;QD=14.1525;RBI=0.0614663;REFB=-0.0392654;REVB=0.0600082;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.695219;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0188625;OID=.;OPOS=61870167;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:9:10:0.454545:7:2:6:5:8:2:6:6 chr20 61870604 . CTGGGT CTGGGG,CTGGGGT,TGGGGT 157.78 PASS AF=0,0.666667,0;AO=2,11,3;DP=33;FAO=0,20,0;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10,0;FSAR=0,10,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00929436,0.126098,-0.0095118;FXX=0.0624805;HRUN=1,3,5;LEN=1,1,2;MLLD=193.986,15.2705,17.6647;QD=21.0377;RBI=0.00933454,0.160244,0.0450791;REFB=-0.010815,0.171557,0.0232179;REVB=0.000865157,-0.0988807,-0.0440641;RO=8;SAF=0,4,2;SAR=2,7,1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.55315,-0.00898424,0.296653;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0,-0.0961538,0.0521131;OID=.,.,.;OPOS=61870609,61870606,61870604;OREF=T,-,CT;OALT=G,G,TG;OMAPALT=CTGGGG,CTGGGGT,TGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:33:30:8:10:2,11,3:0,20,0:0,0.666667,0:2,7,1:0,4,2:3:5:0,10,0:0,10,0:5:5 chr20 61872881 . C CG 57.43 PASS AF=0.433333;AO=9;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0063854;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=16.6945;QD=7.65712;RBI=0.0904913;REFB=-0.00525299;REVB=-0.0902658;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355283;STB=0.625796;STBP=0.32;TYPE=ins;VARB=-0.0212197;OID=.;OPOS=61872882;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:9:30:13:30:17:2:11:5:12:57:19:1:8:6:13 chr20 61873080 . T A 378.66 PASS AF=0.769231;AO=26;DP=35;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0151138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.065;QD=38.837;RBI=0.0502898;REFB=-0.0642396;REVB=0.0479649;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114771;STB=0.564061;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0201351;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:39:9:9:26:30:0.769231:14:12:2:7:15:15:2:7 chr20 61878950 . A C 330.94 PASS AF=0.777778;AO=27;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0563527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8017;QD=36.7716;RBI=0.0990137;REFB=0.0144973;REVB=0.081413;RO=9;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00165841;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:36:36:9:8:27:28:0.777778:24:3:1:8:25:3:1:7 chr20 61880169 . T G 407.31 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00942132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.292;QD=22.947;RBI=0.019026;REFB=-0.00868525;REVB=-0.0165295;RO=31;SAF=24;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193983;STB=0.606688;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00688149;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:40:40:0.56338:16:24:11:20:16:24:11:20 chr20 61880182 . G A 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00771973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.797;QD=22.0084;RBI=0.0391529;REFB=-0.000253319;REVB=0.0383843;RO=30;SAF=23;SAR=15;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19095;STB=0.612108;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000266374;OID=.;OPOS=61880182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:31:38:38:0.550725:15:23:11:19:15:23:11:20 chr20 61881296 . A G 2086.96 PASS AF=0.735683;AO=167;DP=227;FAO=167;FDP=227;FR=.;FRO=60;FSAF=84;FSAR=83;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.000383021;FXX=0.00438577;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.933;QD=36.7746;RBI=0.0043263;REFB=-0.0294193;REVB=-0.00430931;RO=59;SAF=84;SAR=83;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027586;STB=0.512425;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00730913;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:59:60:167:167:0.735683:83:84:33:26:83:84:33:27 chr20 61918164 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.648;QD=62.9829;RBI=0.0843653;REFB=0;REVB=0.0818984;RO=0;SAF=41;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415446;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:4:41:0:0:4:41:0:0 chr20 61941747 . A G 1565.2 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.409;QD=63.2404;RBI=0.0463098;REFB=0;REVB=0.0415973;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09802e-05;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:91:99:1:40:51:0:0:43:56:0:0 chr20 61942752 . T TC 34.45 PASS AF=0.0732394;AO=50;DP=366;FAO=26;FDP=355;FR=.;FRO=329;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=136;FSRR=193;FWDB=-0.0667288;FXX=0.0300538;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.1746;QD=0.388179;RBI=0.0774702;REFB=-0.00557004;REVB=-0.0393561;RO=299;SAF=42;SAR=8;SRF=114;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560617;STB=0.935693;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0492165;OID=.;OPOS=61942753;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0732394:50:366:26:355:329:24:2:136:193:34:299:42:8:114:185 chr20 61943275 . G C 63.97 PASS AF=0.0948276;AO=23;DP=232;FAO=22;FDP=232;FR=.;FRO=210;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=159;FWDB=-0.051146;FXX=0.025209;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6824;QD=1.10295;RBI=0.0808631;REFB=0.00122245;REVB=-0.0626333;RO=208;SAF=1;SAR=22;SRF=51;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431716;STB=0.858037;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0172873;OID=.;OPOS=61943275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:232:232:208:210:23:22:0.0948276:22:1:51:157:21:1:51:159 chr20 61951489 . G C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8409;QD=59.834;RBI=0.0472019;REFB=0;REVB=-0.0448617;RO=0;SAF=4;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000751747;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:32:4:0:0:32:4:0:0 chr20 61956782 . T C 1917.57 PASS AF=0.85119;AO=144;DP=168;FAO=143;FDP=168;FR=.;FRO=25;FSAF=56;FSAR=87;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0015986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9634;QD=45.6564;RBI=0.0496431;REFB=-0.0119321;REVB=-0.0496174;RO=23;SAF=56;SAR=88;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597391;STB=0.536736;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00567534;OID=.;OPOS=61956782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:23:25:144:143:0.85119:88:56:4:19:87:56:4:21 chr20 61981536 . A G 868.18 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5103;QD=57.8786;RBI=0.0203108;REFB=0;REVB=-0.0201544;RO=0;SAF=55;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149107;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:2:55:0:0:5:55:0:0 chr20 61982085 . A G 3614.81 PASS AF=0.991416;AO=231;DP=233;FAO=231;FDP=233;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=128;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0419846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.6;QD=62.0569;RBI=0.0457906;REFB=-0.0700953;REVB=-0.0182776;RO=2;SAF=103;SAR=128;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000895655;STB=0.50047;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000443415;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:233:233:2:2:231:231:0.991416:128:103:1:1:128:103:1:1 chr20 61986863 . C G 1564.16 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00969197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.955;QD=56.8785;RBI=0.0328775;REFB=0.00285597;REVB=0.0314165;RO=2;SAF=76;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123255;STB=0.501443;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-2.99907e-05;OID=.;OPOS=61986863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:2:3:106:107:0.972727:30:76:2:0:31:76:2:1 chr20 61986949 . T C 823.02 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.365;QD=55.7976;RBI=0.0387926;REFB=0;REVB=0.0167749;RO=0;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118642;OID=.;OPOS=61986949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:59:0:0:55:59:1:18:37:0:0:18:41:0:0 chr20 61990939 . G A 2854.14 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174966;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.037;QD=62.0466;RBI=0.0905846;REFB=-0.0792556;REVB=0.0888788;RO=0;SAF=96;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197844;OID=.;OPOS=61990939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:181:184:0:0:179:184:1:83:96:0:0:84:100:0:0 chr20 62126185 . A G 564.19 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=-0.00716292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3906;QD=12.265;RBI=0.102365;REFB=0.00475644;REVB=-0.102114;RO=117;SAF=38;SAR=29;SRF=67;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00625468;STB=0.503554;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00927703;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:117:117:67:67:0.36413:29:38:67:50:29:38:67:50 chr20 62126299 . C T 967.42 PASS AF=0.353474;AO=117;DP=331;FAO=117;FDP=331;FR=.;FRO=214;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=120;FSRR=94;FWDB=-0.0152719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0884;QD=11.6908;RBI=0.0275573;REFB=-0.00964756;REVB=-0.0229384;RO=213;SAF=66;SAR=51;SRF=119;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00625663;STB=0.502204;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0138028;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:213:214:117:117:0.353474:51:66:119:94:51:66:120:94 chr20 62172219 . G A 4410.5 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.193;QD=62.7829;RBI=0.149518;REFB=0;REVB=0.14926;RO=0;SAF=147;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23493e-05;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:255:281:0:0:255:281:1:108:147:0:0:129:152:0:0 chr20 62173562 . G T 3082.87 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555044;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.939;QD=61.3507;RBI=0.00596265;REFB=-0.0248868;REVB=-0.00217848;RO=1;SAF=103;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08498e-06;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:202:201:1:0:201:201:1:98:103:1:0:98:103:0:0 chr20 62174724 . G A 2209.95 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7095;QD=63.1415;RBI=0.160969;REFB=0;REVB=0.16007;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572816;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:128:140:0:0:126:140:1:57:69:0:0:71:69:0:0 chr20 62187187 . T C 1786.82 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.365;QD=61.088;RBI=0.0530017;REFB=0;REVB=0.0209732;RO=0;SAF=73;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21224e-05;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:41:73:0:0:41:76:0:0 chr20 62187439 . T C 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.191;QD=57.7066;RBI=0.0218267;REFB=0;REVB=-0.0152387;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31142e-05;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:39:20:0:0:39:20:0:0 chr20 62191321 . A G 1029.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.704;QD=58.8271;RBI=0.0112726;REFB=0;REVB=0.00688096;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149422;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:31:39:0:0 chr20 62191558 . G A 541.98 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.021978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9717;QD=27.7937;RBI=0.0630592;REFB=-0.0319648;REVB=0.0591053;RO=28;SAF=23;SAR=26;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100093;STB=0.546732;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0159749;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:28:29:49:49:0.628205:26:23:9:19:26:23:10:19 chr20 62191937 . G A 176.67 PASS AF=0.245455;AO=27;DP=110;FAO=27;FDP=110;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0226482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.594;QD=6.42435;RBI=0.0227237;REFB=0.00455931;REVB=0.00185023;RO=83;SAF=18;SAR=9;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176213;STB=0.607513;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0171952;OID=.;OPOS=62191937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:83:83:27:27:0.245455:9:18:44:39:9:18:44:39 chr20 62193019 . C T 615.79 PASS AF=0.658537;AO=43;DP=86;FAO=54;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00288482;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.216;QD=30.0387;RBI=0.0550958;REFB=-0.0350319;REVB=0.0550203;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222181;STB=0.561389;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0132089;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:29:28:43:54:0.658537:18:25:8:21:29:25:8:20 chr20 62193445 . G A 1215.57 PASS AF=0.753846;AO=94;DP=126;FAO=98;FDP=130;FR=.;FRO=32;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0112395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.995;QD=37.4022;RBI=0.0176378;REFB=-0.0307576;REVB=0.0135929;RO=31;SAF=50;SAR=44;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767764;STB=0.502369;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00892397;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:31:32:94:98:0.753846:44:50:17:14:45:53:17:15 chr20 62194030 . G C 5192.78 PASS AF=1;AO=327;DP=327;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.523;QD=63.3266;RBI=0.0349056;REFB=0;REVB=0.011294;RO=0;SAF=168;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71122e-06;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:327:328:0:0:327:328:1:159:168:0:0:160:168:0:0 chr20 62194103 . A G 3115.28 PASS AF=1;AO=191;DP=192;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.83;QD=61.3849;RBI=0.0314392;REFB=0;REVB=0.0213563;RO=0;SAF=99;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64491e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4107e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:192:203:0:0:191:203:1:92:99:0:0:94:109:0:0 chr20 62194128 . G A 481.38 PASS AF=0.31068;AO=64;DP=206;FAO=64;FDP=206;FR=.;FRO=142;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=83;FSRR=59;FWDB=0.0138866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1865;QD=9.34724;RBI=0.0326517;REFB=0.00128317;REVB=0.0295516;RO=140;SAF=31;SAR=33;SRF=83;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12845;STB=0.568772;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00251308;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:140:142:64:64:0.31068:33:31:83:57:33:31:83:59 chr20 62194713 . A C 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0120106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.387;QD=35.1725;RBI=0.0120343;REFB=-0.0515166;REVB=0.000755868;RO=2;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129617;STB=0.599866;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.010868;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:18:2:3:15:15:0.833333:6:9:0:2:6:9:0:3 chr20 62195220 . C T 955.84 PASS AF=0.772277;AO=78;DP=101;FAO=78;FDP=101;FR=.;FRO=23;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0132029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.9521;QD=37.8551;RBI=0.0224252;REFB=-0.025984;REVB=0.0181266;RO=21;SAF=42;SAR=36;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058514;STB=0.503827;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00946586;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:21:23:78:78:0.772277:36:42:11:10:36:42:12:11 chr20 62195672 . C T 1055.59 PASS AF=0.821782;AO=83;DP=101;FAO=83;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0479067;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6775;QD=41.8057;RBI=0.0508909;REFB=-0.0195395;REVB=0.0171706;RO=18;SAF=36;SAR=47;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728607;STB=0.538754;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00417234;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:18:18:83:83:0.821782:47:36:4:14:47:36:4:14 chr20 62196033 . C T 1230.41 PASS AF=0.688312;AO=106;DP=153;FAO=106;FDP=154;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0572254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9704;QD=31.9586;RBI=0.059941;REFB=0.00638672;REVB=0.0178376;RO=47;SAF=47;SAR=59;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111488;STB=0.556593;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00298275;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:47:48:106:106:0.688312:59:47:30:17:59:47:30:18 chr20 62196182 . G C 831.44 PASS AF=0.630252;AO=70;DP=117;FAO=75;FDP=119;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=0.0440454;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6861;QD=27.9477;RBI=0.0463954;REFB=-0.0368658;REVB=0.0145784;RO=45;SAF=29;SAR=41;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25754;STB=0.616511;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0186863;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:45:44:70:75:0.630252:41:29:35:10:41:34:34:10 chr20 62196807 . T C 3152.99 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.509;QD=64.0201;RBI=0.0399135;REFB=0;REVB=0.0366288;RO=0;SAF=116;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37242e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:197:197:0:0:197:197:1:81:116:0:0:81:116:0:0 chr20 62196884 . A G 4561.33 PASS AF=1;AO=285;DP=285;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.509;QD=63.5726;RBI=0.0279235;REFB=0;REVB=-0.0272224;RO=0;SAF=190;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54149e-06;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:285:287:0:0:285:287:1:95:190:0:0:95:192:0:0 chr20 62198236 . G A 308.42 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0099301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.367;QD=13.4095;RBI=0.0164996;REFB=-0.0431279;REVB=-0.0131768;RO=57;SAF=25;SAR=10;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124349;STB=0.571386;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0673448;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:10:25:35:22:10:25:35:22 chr20 62198348 . C T 3366.26 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.594;QD=62.3382;RBI=0.0564184;REFB=0;REVB=0.0217727;RO=0;SAF=98;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12965e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:216:216:0:0:215:216:1:117:98:0:0:117:99:0:0 chr20 62198662 . A G 1571.05 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.627;QD=59.2848;RBI=0.0212388;REFB=0;REVB=-0.00386616;RO=0;SAF=80;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3983e-05;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:106:0:0:101:106:1:21:80:0:0:21:85:0:0 chr20 62200575 . TG CA,CG 1563.6 PASS AF=0.759259,0.240741;AO=82,26;DP=108;FAO=82,26;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=57,13;FSAR=25,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000577059,-0.0215687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.374,61.4313;QD=57.911;RBI=0.0803736,0.0915742;REFB=0,0;REVB=0.0803715,0.0889979;RO=0;SAF=57,13;SAR=25,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00963971,0.0685788;OID=.,.;OPOS=62200575,62200575;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:108:108:0:0:82,26:82,26:0.759259,0.240741:25,13:57,13:0:0:25,13:57,13:0:0 chr20 62200860 . A G 2335.64 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425286;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.743;QD=63.1253;RBI=0.0706223;REFB=0;REVB=0.0563812;RO=0;SAF=85;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243166;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:145:148:0:0:145:148:1:60:85:0:0:62:86:0:0 chr20 62221364 . G A 623.3 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0642561;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.965;QD=59.3622;RBI=0.0741419;REFB=-0.0814533;REVB=0.0369887;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000800134;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr20 62221610 . T C 2335.63 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.941;QD=61.0623;RBI=0.0200112;REFB=0;REVB=0.00251907;RO=0;SAF=88;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18619e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:153:0:0:152:153:1:64:88:0:0:64:89:0:0 chr20 62221766 . C G,T 1510.63 PASS AF=0.0306122,0.959184;AO=7,90;DP=98;FAO=3,94;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=3,58;FSAR=0,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0546043,-0.00744872;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.5074,153.596;QD=61.6585;RBI=0.056526,0.0358707;REFB=0.0207521,-0.0179988;REVB=-0.0146136,0.0350888;RO=1;SAF=7,54;SAR=0,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.00869721;STB=0.5,0.504273;STBP=1,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.0883952,-0.000520081;OID=.,.;OPOS=62221766,62221766;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:98:98:1:1:7,90:3,94:0.0306122,0.959184:0,36:7,54:1:0:0,36:3,58:1:0 chr20 62227081 . A G 1649.85 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0441662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8418;QD=59.4542;RBI=0.0483644;REFB=-0.0402625;REVB=0.0197094;RO=0;SAF=68;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270803;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:111:0:0:110:111:1:42:68:0:0:43:68:0:0 chr20 62236148 . T C 1865.24 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.498;QD=61.6609;RBI=0.0986571;REFB=0;REVB=0.0964052;RO=0;SAF=68;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102346;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:121:0:0:112:121:1:44:68:0:0:53:68:0:0 chr20 62309554 . C T 2925.81 PASS AF=0.979798;AO=194;DP=200;FAO=194;FDP=198;FR=.;FRO=4;FSAF=119;FSAR=75;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0119615;FXX=0.0149246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.722;QD=59.1074;RBI=0.0327013;REFB=-0.0656384;REVB=0.0304352;RO=2;SAF=119;SAR=75;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793616;STB=0.502913;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.000376549;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:200:198:2:4:194:194:0.979798:75:119:2:0:75:119:3:1 chr20 62319464 . T C 1728.23 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8562;QD=60.6396;RBI=0.0513107;REFB=0;REVB=0.0422096;RO=0;SAF=86;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08045e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08487e-05;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:114:0:0:110:114:1:24:86:0:0:28:86:0:0 chr20 62320968 . T C 2146.59 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208355;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.8;QD=63.135;RBI=0.029144;REFB=0;REVB=0.0203778;RO=0;SAF=53;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64158e-05;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:83:53:0:0:83:53:0:0 chr20 62321655 . G A 1505.63 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207703;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.986;QD=61.4542;RBI=0.0522482;REFB=-0.158558;REVB=0.0479423;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513511;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00040611;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:0:2:96:96:0.979592:36:60:0:0:36:60:0:2 chr20 62322288 . T C 3086.8 PASS AF=1;AO=152;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=94;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420821;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.118;QD=63.6454;RBI=0.0461897;REFB=0;REVB=0.0190418;RO=0;SAF=57;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439327;OID=.;OPOS=62322288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:195:194:0:0:152:194:1:95:57:0:0:100:94:0:0 chr20 62324289 . C T 2400.49 PASS AF=0.75;AO=183;DP=247;FAO=186;FDP=248;FR=.;FRO=62;FSAF=112;FSAR=74;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0290097;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1756;QD=38.7176;RBI=0.0417843;REFB=0.00736509;REVB=0.0300726;RO=64;SAF=112;SAR=71;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330718;STB=0.518097;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00174006;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:64:62:183:186:0.75:71:112:35:29:74:112:33:29 chr20 62326110 . A C 3606.56 PASS AF=0.964286;AO=242;DP=253;FAO=243;FDP=252;FR=.;FRO=9;FSAF=140;FSAR=103;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0491909;FXX=0.00395241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0416;QD=57.247;RBI=0.064019;REFB=-0.0573496;REVB=-0.0409717;RO=8;SAF=141;SAR=101;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262705;STB=0.51557;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0323047;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:253:252:8:9:242:243:0.964286:101:141:8:0:103:140:9:0 chr20 62326159 . G A 2398.1 PASS AF=0.75;AO=185;DP=250;FAO=186;FDP=248;FR=.;FRO=62;FSAF=90;FSAR=96;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0702795;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3356;QD=38.679;RBI=0.0802567;REFB=-0.0456886;REVB=0.0387547;RO=62;SAF=89;SAR=96;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620723;STB=0.532221;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0167655;OID=.;OPOS=62326159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:248:62:62:185:186:0.75:96:89:38:24:96:90:38:24 chr20 62328337 . T C 39.2 PASS AF=0.0851064;AO=10;DP=140;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=67;FSRR=62;FWDB=-0.00346446;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.94;QD=1.11207;RBI=0.0138632;REFB=-0.00135857;REVB=-0.0134234;RO=124;SAF=10;SAR=0;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573997;STB=0.898113;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0904898;OID=.;OPOS=62328337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:140:141:124:129:10:12:0.0851064:0:10:62:62:1:11:67:62 chr20 62328375 . A G 2307.84 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.521;QD=61.1347;RBI=0.02584;REFB=0;REVB=-0.00458751;RO=0;SAF=89;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62326e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:151:151:1:62:89:0:0:62:89:0:0 chr20 62332636 . TCACCTG CACCCTG,TCACCCT,TCACCCTG 2894.75 PASS AF=0,0,1;AO=9,10,179;DP=208;FAO=0,0,197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,79;FSAR=0,0,118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0728831,-0.0492109,-0.0199066;FXX=0.0295552;HRUN=2,1,2;LEN=3,2,1;MLLD=11.1499,8.26097,26.3653;QD=58.7767;RBI=0.158448,0.105402,0.117223;REFB=0,0,0;REVB=-0.140691,-0.0932087,-0.115521;RO=1;SAF=4,2,72;SAR=5,8,107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.080744,0.0526894,0.00442865;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0,-0.000817004;OID=.,.,.;OPOS=62332636,62332641,62332639;OREF=TCA,TG,-;OALT=CAC,CT,C;OMAPALT=CACCCTG,TCACCCT,TCACCCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:16:208:197:1:0:9,10,179:0,0,197:0,0,1:5,8,107:4,2,72:0:1:0,0,118:0,0,79:0:0 chr20 62340115 . C G 1517.84 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00908513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.769;QD=58.9452;RBI=0.0455904;REFB=0;REVB=0.044676;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28915e-05;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:103:0:0:101:103:1:50:51:0:0:52:51:0:0 chr20 62372813 . G A 1880.19 PASS AF=0.968992;AO=123;DP=130;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0333755;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.357;QD=58.3006;RBI=0.0333759;REFB=-0.0319726;REVB=-0.000178602;RO=1;SAF=47;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100005;STB=0.504088;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.000632964;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:130:129:1:4:123:125:0.968992:76:47:1:0:78:47:2:2 chr20 62373707 . G T 3110.75 PASS AF=0.985646;AO=205;DP=210;FAO=206;FDP=209;FR=.;FRO=3;FSAF=127;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0241781;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.127;QD=59.5358;RBI=0.0437676;REFB=-0.154194;REVB=0.0364833;RO=1;SAF=127;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606755;STB=0.509316;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00041871;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:210:209:1:3:205:206:0.985646:78:127:0:1:79:127:0:3 chr20 62378349 . C T 764.48 PASS AF=0.601695;AO=71;DP=118;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0317311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8987;QD=25.9146;RBI=0.110125;REFB=-0.00509907;REVB=0.105455;RO=47;SAF=38;SAR=33;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132571;STB=0.507203;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00546914;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:47:47:71:71:0.601695:33:38:26:21:33:38:26:21 chr20 62378364 . C T 819.64 PASS AF=0.604839;AO=75;DP=124;FAO=75;FDP=124;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00186719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.67;QD=26.44;RBI=0.00777456;REFB=-0.0272243;REVB=-0.00754701;RO=45;SAF=43;SAR=32;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281602;STB=0.525299;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0188937;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:45:49:75:75:0.604839:32:43:24:21:32:43:25:24 chr20 62421622 . A G 802.06 PASS AF=0.285714;AO=110;DP=385;FAO=110;FDP=385;FR=.;FRO=275;FSAF=44;FSAR=66;FSRF=171;FSRR=104;FWDB=-0.0316878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.393;QD=8.33309;RBI=0.0398519;REFB=-0.0103005;REVB=0.0241674;RO=272;SAF=44;SAR=66;SRF=168;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261489;STB=0.654795;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0288886;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:272:275:110:110:0.285714:66:44:168:104:66:44:171:104 chr20 62422080 . T C 92.66 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0221368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.244;QD=4.26;RBI=0.0501871;REFB=-0.00791091;REVB=0.0450412;RO=70;SAF=5;SAR=11;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289597;STB=0.692178;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.041597;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:70:71:16:16:0.183908:11:5:38:32:11:5:39:32 chr20 62522466 . A G 1396.86 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.443;QD=62.7801;RBI=0.0385294;REFB=0;REVB=0.038452;RO=0;SAF=56;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10483e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:30:56:0:0:32:57:0:0 chr20 62540460 . A G 1548.58 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1028;QD=63.8591;RBI=0.0564534;REFB=0;REVB=0.0534165;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179889;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:51:45:0:0:51:46:0:0 chr20 62550824 . G A 73.47 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0524857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.264;QD=9.48059;RBI=0.0541208;REFB=-0.0449258;REVB=-0.0132028;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348953;STB=0.715943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0290316;OID=.;OPOS=62550824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:10:11:8:2:10:11 chr20 62570554 . C T 1703.27 PASS AF=0.73913;AO=134;DP=183;FAO=136;FDP=184;FR=.;FRO=48;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0479914;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.21;QD=37.0276;RBI=0.0532959;REFB=-0.0283427;REVB=0.0231794;RO=47;SAF=71;SAR=63;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300967;STB=0.513131;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0107393;OID=.;OPOS=62570554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:47:48:134:136:0.73913:63:71:22:25:64:72:23:25 chr20 62576991 . G A 336.71 PASS AF=0.271186;AO=48;DP=176;FAO=48;FDP=177;FR=.;FRO=129;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=-0.0142026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.745;QD=7.60921;RBI=0.0202298;REFB=-0.00151569;REVB=0.014406;RO=128;SAF=35;SAR=13;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147706;STB=0.586018;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00436017;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:177:128:129:48:48:0.271186:13:35:80:48:13:35:81:48 chr20 62587711 . CG CC,C 77.08 PASS AF=0.0430108,0.247312;AO=4,27;DP=96;FAO=4,23;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=0,1;FSAR=4,22;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.0308071,0.0076625;FXX=0.0312467;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=29.1288,12.5672;QD=3.31535;RBI=0.0684119,0.0111094;REFB=-0.0587861,-0.0992693;REVB=0.0610828,0.00804392;RO=60;SAF=0,0;SAR=4,27;SRF=22;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.450807,-0.791353;STB=0.99659,0.884157;STBP=0.101,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0436586,0.136221;OID=.,.;OPOS=62587712,62587712;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0430108,0.247312:4,27:96:4,23:93:66:0,1:4,22:22:44:59:60:0,0:4,27:22:38 chr20 62714783 . C G 6873.04 PASS AF=0.986517;AO=433;DP=434;FAO=439;FDP=445;FR=.;FRO=6;FSAF=181;FSAR=258;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.078106;FXX=0.00669628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.161;QD=61.7801;RBI=0.097668;REFB=-0.0891965;REVB=0.0586386;RO=1;SAF=177;SAR=256;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00268919;STB=0.501219;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00156278;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:434:445:1:6:433:439:0.986517:256:177:1:0:258:181:3:3 chr20 62729431 . C T 564.46 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0285409;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.284;QD=31.8005;RBI=0.0287262;REFB=-0.0316717;REVB=-0.0032579;RO=21;SAF=22;SAR=27;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681286;STB=0.544023;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0138081;OID=.;OPOS=62729431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:22:49:49:0.690141:27:22:12:9:27:22:13:9 chr20 62737318 . G A 1302.76 PASS AF=0.926316;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=95;FR=.;FRO=7;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0416254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.418;QD=54.8529;RBI=0.044041;REFB=-0.0469164;REVB=0.0143854;RO=3;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378597;STB=0.501483;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000793992;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:95:95:3:7:88:88:0.926316:36:52:0:3:36:52:4:3 chr20 62959184 . T C 43.45 PASS AF=0.0678571;AO=19;DP=280;FAO=19;FDP=280;FR=.;FRO=261;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=125;FSRR=136;FWDB=-0.0498601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3363;QD=0.620741;RBI=0.0570009;REFB=-0.00274512;REVB=-0.0276238;RO=260;SAF=10;SAR=9;SRF=125;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495956;STB=0.544044;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0422994;OID=.;OPOS=62959184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:280:280:260:261:19:19:0.0678571:9:10:125:135:9:10:125:136 chr21 9907271 . A G 828.75 PASS AF=0.364964;AO=101;DP=271;FAO=100;FDP=274;FR=.;FRO=174;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=87;FSRR=87;FWDB=-0.0337015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5294;QD=12.0986;RBI=0.134586;REFB=-0.00909896;REVB=-0.130298;RO=170;SAF=47;SAR=54;SRF=85;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385358;STB=0.525456;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0150503;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:274:170:174:101:100:0.364964:54:47:85:85:54:46:87:87 chr21 9907302 . C T 57.21 PASS AF=0.0716418;AO=23;DP=334;FAO=24;FDP=335;FR=.;FRO=311;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=149;FSRR=162;FWDB=-0.000309215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.138;QD=0.683127;RBI=0.0274086;REFB=-0.000569459;REVB=-0.0274069;RO=310;SAF=13;SAR=10;SRF=149;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927961;STB=0.596255;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00719392;OID=.;OPOS=9907302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:334:335:310:311:23:24:0.0716418:10:13:149:161:10:14:149:162 chr21 9907322 . G T 50.73 PASS AF=0.0676471;AO=21;DP=338;FAO=23;FDP=340;FR=.;FRO=317;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=147;FSRR=170;FWDB=0.0200611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.459;QD=0.596843;RBI=0.0241823;REFB=0.00135699;REVB=0.0135032;RO=317;SAF=12;SAR=9;SRF=147;SRR=170;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113723;STB=0.633514;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0209578;OID=.;OPOS=9907322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:338:340:317:317:21:23:0.0676471:9:12:147:170:9:14:147:170 chr21 9907340 . A G 475.28 PASS AF=0.232919;AO=75;DP=321;FAO=75;FDP=322;FR=.;FRO=247;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=110;FSRR=137;FWDB=-0.0256937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.383;QD=5.90415;RBI=0.0269473;REFB=-0.00495402;REVB=-0.00812355;RO=245;SAF=39;SAR=36;SRF=108;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100473;STB=0.557082;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0130812;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:322:245:247:75:75:0.232919:36:39:108:137:36:39:110:137 chr21 9907343 . G A 50.84 PASS AF=0.0694006;AO=22;DP=317;FAO=22;FDP=317;FR=.;FRO=295;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=141;FSRR=154;FWDB=-0.0193463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.307;QD=0.641565;RBI=0.0425838;REFB=0.00145162;REVB=0.0379354;RO=285;SAF=7;SAR=15;SRF=141;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197741;STB=0.652224;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0131478;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:317:317:285:295:22:22:0.0694006:15:7:141:144:15:7:141:154 chr21 9907345 . C T 189.74 PASS AF=0.13871;AO=43;DP=310;FAO=43;FDP=310;FR=.;FRO=267;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=132;FSRR=135;FWDB=-0.00826283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.679;QD=2.4483;RBI=0.0219153;REFB=-0.00506344;REVB=-0.0202979;RO=265;SAF=15;SAR=28;SRF=132;SRR=133;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.627283;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0351893;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:265:267:43:43:0.13871:28:15:132:133:28:15:132:135 chr21 9907375 . T C 642.69 PASS AF=0.32549;AO=83;DP=256;FAO=83;FDP=255;FR=.;FRO=172;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=81;FSRR=91;FWDB=0.0430632;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3964;QD=10.0814;RBI=0.0436524;REFB=0.00947577;REVB=-0.00714771;RO=170;SAF=44;SAR=39;SRF=81;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627417;STB=0.539868;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0266142;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:255:170:172:83:83:0.32549:39:44:81:89:39:44:81:91 chr21 9907384 . GC AA,AC 666.01 PASS AF=0.0442478,0.327434;AO=9,74;DP=225;FAO=10,74;FDP=226;FR=.;FRO=142;FSAF=6,38;FSAR=4,36;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=-0.0184119,-0.00891468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=200.378,175.314;QD=11.7878;RBI=0.0217927,0.00985533;REFB=-0.00623721,-0.0155122;REVB=-0.0116585,-0.0042019;RO=138;SAF=6,38;SAR=3,36;SRF=71;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157386,-0.00111788;STB=0.587126,0.504255;STBP=0.571,0.919;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0345884,0.0242855;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:225:226:138:142:9,74:10,74:0.0442478,0.327434:3,36:6,38:71:67:4,36:6,38:72:70 chr21 9907397 . C T 568.49 PASS AF=0.346341;AO=71;DP=205;FAO=71;FDP=205;FR=.;FRO=134;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=70;FSRR=64;FWDB=-0.0455608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.982;QD=11.0925;RBI=0.0457553;REFB=-0.00583492;REVB=-0.00421516;RO=132;SAF=35;SAR=36;SRF=68;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252811;STB=0.519225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0153202;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:132:134:71:71:0.346341:36:35:68:64:36:35:70:64 chr21 9907416 . C T 86.43 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=145;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.0527866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.234;QD=2.38432;RBI=0.0538892;REFB=-0.00430812;REVB=-0.0108453;RO=125;SAF=7;SAR=12;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131949;STB=0.595454;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0330581;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:145:145:125:126:19:19:0.131034:12:7:59:66:12:7:60:66 chr21 9907419 . A G 163.36 PASS AF=0.210938;AO=27;DP=128;FAO=27;FDP=128;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=-0.00543281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.139;QD=5.10488;RBI=0.0166278;REFB=-0.00902942;REVB=-0.0157153;RO=101;SAF=14;SAR=13;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117432;STB=0.572858;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0334191;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:101:101:27:27:0.210938:13:14:43:58:13:14:43:58 chr21 9907422 . G A 168.24 PASS AF=0.225;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.00837206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.293;QD=5.60796;RBI=0.0348834;REFB=-0.0134775;REVB=0.0338639;RO=92;SAF=14;SAR=13;SRF=38;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132431;STB=0.584705;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0294399;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:92:93:27:27:0.225:13:14:38:54:13:14:38:55 chr21 9907431 . G A 101.74 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=104;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=0.0537024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4197;QD=3.91318;RBI=0.0614949;REFB=0.0054659;REVB=0.0299612;RO=86;SAF=8;SAR=10;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182597;STB=0.511917;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0261256;OID=.;OPOS=9907431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:86:86:18:18:0.173077:10:8:37:49:10:8:37:49 chr21 9907434 . T A 49.63 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=-0.0678348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.382;QD=2.02576;RBI=0.0681732;REFB=-0.000467823;REVB=0.00678413;RO=82;SAF=2;SAR=9;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341964;STB=0.778131;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000943753;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:98:82:87:11:11:0.112245:9:2:36:46:9:2:41:46 chr21 9907438 . A T 64.84 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.0355613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.713;QD=2.78899;RBI=0.035962;REFB=-0.00631237;REVB=-0.00535305;RO=80;SAF=4;SAR=9;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184611;STB=0.629165;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0358911;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:80:80:13:13:0.139785:9:4:36:44:9:4:36:44 chr21 9907470 . G A 48.99 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0474693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.027;QD=4.1693;RBI=0.0483205;REFB=-0.00780427;REVB=-0.00902967;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191489;STB=0.607308;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0471164;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:47:36:39:8:8:0.170213:6:2:14:22:6:2:14:25 chr21 9908330 . AC GC,GG 2687.55 PASS AF=0.463687,0.536313;AO=79,96;DP=181;FAO=83,96;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=41,47;FSAR=42,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000572019,-0.0030081;FXX=0.0110491;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=155.188,103.706;QD=60.0569;RBI=0.00836621,0.0346741;REFB=0,0;REVB=-0.00834663,-0.0345434;RO=0;SAF=41,47;SAR=38,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.53995e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0164775,0.010788;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:181:179:0:0:79,96:83,96:0.463687,0.536313:38,49:41,47:0:0:42,49:41,47:0:0 chr21 9908380 . G A 30.27 PASS AF=0.0569395;AO=16;DP=281;FAO=16;FDP=281;FR=.;FRO=265;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=136;FSRR=129;FWDB=-0.0131978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5098;QD=0.430934;RBI=0.0137177;REFB=-0.0026936;REVB=0.00374101;RO=259;SAF=11;SAR=5;SRF=135;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173393;STB=0.667058;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0408445;OID=.;OPOS=9908380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:281:281:259:265:16:16:0.0569395:5:11:135:124:5:11:136:129 chr21 9909078 . G A 824.74 PASS AF=0.337662;AO=104;DP=308;FAO=104;FDP=308;FR=.;FRO=204;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=96;FSRR=108;FWDB=-0.0201562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.247;QD=10.7109;RBI=0.0356563;REFB=-0.0240113;REVB=0.0294126;RO=203;SAF=46;SAR=58;SRF=95;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299993;STB=0.518898;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0490812;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:203:204:104:104:0.337662:58:46:95:108:58:46:96:108 chr21 9909079 . C T 176.85 PASS AF=0.132075;AO=42;DP=318;FAO=42;FDP=318;FR=.;FRO=276;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=125;FSRR=151;FWDB=0.013056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.973;QD=2.22456;RBI=0.04494;REFB=-0.0135013;REVB=-0.0430017;RO=274;SAF=20;SAR=22;SRF=125;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255754;STB=0.520291;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0707982;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:274:276:42:42:0.132075:22:20:125:149:22:20:125:151 chr21 9909080 . G A 205.34 PASS AF=0.142415;AO=46;DP=323;FAO=46;FDP=323;FR=.;FRO=277;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=127;FSRR=150;FWDB=-0.0234546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.053;QD=2.54291;RBI=0.0250047;REFB=-0.0110719;REVB=0.00866703;RO=274;SAF=18;SAR=28;SRF=124;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803527;STB=0.558895;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.055461;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:274:277:46:46:0.142415:28:18:124:150:28:18:127:150 chr21 9909089 . T C 165.12 PASS AF=0.12;AO=42;DP=344;FAO=42;FDP=350;FR=.;FRO=308;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=142;FSRR=166;FWDB=-0.0202856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.437;QD=1.88708;RBI=0.0438594;REFB=-0.00868837;REVB=-0.0388863;RO=302;SAF=21;SAR=21;SRF=140;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460009;STB=0.534269;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0671114;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:350:302:308:42:42:0.12:21:21:140:162:21:21:142:166 chr21 9909103 . G A 182.74 PASS AF=0.121762;AO=47;DP=386;FAO=47;FDP=386;FR=.;FRO=339;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=160;FSRR=179;FWDB=-0.0244777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6252;QD=1.8937;RBI=0.054484;REFB=-0.00369022;REVB=0.0486759;RO=329;SAF=17;SAR=30;SRF=154;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137597;STB=0.599077;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0455403;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:329:339:47:47:0.121762:30:17:154:175:30:17:160:179 chr21 9909121 . C T 79.49 PASS AF=0.0758621;AO=33;DP=436;FAO=33;FDP=435;FR=.;FRO=402;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=187;FSRR=215;FWDB=0.00727467;FXX=0.00229353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.671;QD=0.7309;RBI=0.00868708;REFB=-0.00158698;REVB=0.00474811;RO=401;SAF=13;SAR=20;SRF=186;SRR=215;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806893;STB=0.566933;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0218078;OID=.;OPOS=9909121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:436:435:401:402:33:33:0.0758621:20:13:186:215:20:13:187:215 chr21 9909122 . G A 107.01 PASS AF=0.0873563;AO=38;DP=435;FAO=38;FDP=435;FR=.;FRO=397;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=180;FSRR=217;FWDB=-0.0147118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.834;QD=0.984009;RBI=0.0306351;REFB=-0.0036074;REVB=-0.0268714;RO=397;SAF=19;SAR=19;SRF=180;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553013;STB=0.542507;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0501866;OID=.;OPOS=9909122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:435:397:397:38:38:0.0873563:19:19:180:217:19:19:180:217 chr21 9909124 . C T 123.32 PASS AF=0.0929705;AO=41;DP=441;FAO=41;FDP=441;FR=.;FRO=400;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=178;FSRR=222;FWDB=0.00557199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2279;QD=1.1186;RBI=0.00588054;REFB=-0.00208969;REVB=0.00187982;RO=397;SAF=24;SAR=17;SRF=176;SRR=221;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169773;STB=0.625458;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0253984;OID=.;OPOS=9909124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:441:397:400:41:41:0.0929705:17:24:176:221:17:24:178:222 chr21 9909149 . G A 111.27 PASS AF=0.0852391;AO=41;DP=479;FAO=41;FDP=481;FR=.;FRO=440;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=207;FSRR=233;FWDB=0.000629367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.696;QD=0.925278;RBI=0.00122883;REFB=-0.00162477;REVB=0.00105542;RO=437;SAF=18;SAR=23;SRF=205;SRR=232;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357322;STB=0.528965;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0229315;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:481:437:440:41:41:0.0852391:23:18:205:232:23:18:207:233 chr21 9909163 . G A 69.58 PASS AF=0.0690377;AO=33;DP=478;FAO=33;FDP=478;FR=.;FRO=445;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=203;FSRR=242;FWDB=0.00227599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6706;QD=0.582261;RBI=0.0587955;REFB=-0.000340971;REVB=0.0587515;RO=445;SAF=17;SAR=16;SRF=203;SRR=242;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653017;STB=0.554736;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00736409;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:478:478:445:445:33:33:0.0690377:16:17:203:242:16:17:203:242 chr21 9909176 . C A 2835.87 PASS AF=0.570499;AO=263;DP=461;FAO=263;FDP=461;FR=.;FRO=198;FSAF=120;FSAR=143;FSRF=90;FSRR=108;FWDB=0.0330228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2281;QD=24.6063;RBI=0.0353961;REFB=0.002347;REVB=0.0127427;RO=192;SAF=120;SAR=143;SRF=86;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657457;STB=0.500748;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00189546;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:461:192:198:263:263:0.570499:143:120:86:106:143:120:90:108 chr21 9909179 . C A 258.96 PASS AF=0.135255;AO=61;DP=446;FAO=61;FDP=451;FR=.;FRO=390;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=179;FSRR=211;FWDB=-0.00887313;FXX=0.00879102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.75;QD=2.29676;RBI=0.0194294;REFB=-0.00619103;REVB=-0.017285;RO=382;SAF=21;SAR=40;SRF=175;SRR=207;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15067;STB=0.587646;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0505682;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:446:451:382:390:61:61:0.135255:40:21:175:207:39:22:179:211 chr21 9909204 . C T 30.67 PASS AF=0.0510949;AO=21;DP=411;FAO=21;FDP=411;FR=.;FRO=390;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=172;FSRR=218;FWDB=0.0392161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6633;QD=0.298524;RBI=0.039724;REFB=-0.00161723;REVB=0.00633208;RO=388;SAF=10;SAR=11;SRF=171;SRR=217;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352926;STB=0.533519;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0263093;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:411:411:388:390:21:21:0.0510949:11:10:171:217:11:10:172:218 chr21 9909208 . C T 113.14 PASS AF=0.0961039;AO=37;DP=388;FAO=37;FDP=385;FR=.;FRO=348;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=151;FSRR=197;FWDB=0.0194315;FXX=0.0102825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.786;QD=1.17548;RBI=0.0322854;REFB=-0.00562613;REVB=-0.025783;RO=350;SAF=13;SAR=24;SRF=155;SRR=195;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11416;STB=0.578015;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0782379;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:385:350:348:37:37:0.0961039:24:13:155:195:24:13:151:197 chr21 9909218 . GT AC,GC 141.97 PASS AF=0.0923567,0.0350318;AO=29,13;DP=319;FAO=29,11;FDP=314;FR=.;FRO=274;FSAF=10,2;FSAR=19,9;FSRF=114;FSRR=160;FWDB=-0.0596924,-0.168175;FXX=0.0156735;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=178.021,106.484;QD=1.80849;RBI=0.0603365,0.168179;REFB=-0.00805702,-0.0109926;REVB=0.00879268,-0.00104606;RO=269;SAF=10,3;SAR=19,10;SRF=109;SRR=160;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0771513,-0.175702;STB=0.56821,0.754919;STBP=0.477,0.104;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0634461,0.0330437;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:319:314:269:274:29,13:29,11:0.0923567,0.0350318:19,10:10,3:109:160:19,9:10,2:114:160 chr21 9909236 . T C 158.48 PASS AF=0.133574;AO=37;DP=277;FAO=37;FDP=277;FR=.;FRO=240;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=95;FSRR=145;FWDB=-0.0289858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.101;QD=2.28844;RBI=0.0340855;REFB=-0.00839685;REVB=-0.0179345;RO=237;SAF=12;SAR=25;SRF=94;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991923;STB=0.567301;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0478975;OID=.;OPOS=9909236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:237:240:37:37:0.133574:25:12:94:143:25:12:95:145 chr21 9909273 . C T 89.29 PASS AF=0.123529;AO=21;DP=172;FAO=21;FDP=170;FR=.;FRO=149;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=100;FWDB=-0.00012378;FXX=0.0229872;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=2.10084;RBI=0.0177713;REFB=-0.00719214;REVB=-0.0177709;RO=141;SAF=5;SAR=16;SRF=48;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153304;STB=0.598238;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0453329;OID=.;OPOS=9909273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:172:170:141:149:21:21:0.123529:16:5:48:93:16:5:49:100 chr21 10181174 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00368601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.471;QD=19.0179;RBI=0.00414733;REFB=-0.0140291;REVB=0.00190096;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328705;STB=0.684466;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0141649;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:12:2:8:7:12:2 chr21 10181184 . T C 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0309201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.872;QD=39.1882;RBI=0.0371306;REFB=-0.0226612;REVB=0.0205579;RO=6;SAF=16;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103337;STB=0.505614;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00382522;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:9:16:4:2:9:16:4:2 chr21 10862599 . C T 1029.9 PASS AF=0.608974;AO=95;DP=156;FAO=95;FDP=156;FR=.;FRO=61;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00188346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.432;QD=26.4078;RBI=0.00353945;REFB=-0.0191504;REVB=0.00299671;RO=61;SAF=44;SAR=51;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207573;STB=0.511241;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0111019;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:61:61:95:95:0.608974:51:44:30:31:51:44:30:31 chr21 10862618 . T C 1782.51 PASS AF=0.80117;AO=137;DP=172;FAO=137;FDP=171;FR=.;FRO=34;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00259634;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.793;QD=41.696;RBI=0.019664;REFB=-0.0238453;REVB=0.0194918;RO=34;SAF=62;SAR=75;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680451;STB=0.503615;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00792452;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:34:34:137:137:0.80117:75:62:16:18:75:62:16:18 chr21 10862846 . A T 1288.03 PASS AF=0.737589;AO=92;DP=130;FAO=104;FDP=141;FR=.;FRO=37;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0524985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.304;QD=36.5398;RBI=0.0543959;REFB=-0.0237503;REVB=-0.0142416;RO=37;SAF=38;SAR=54;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421593;STB=0.519832;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00879923;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:141:37:37:92:104:0.737589:54:38:15:22:54:50:15:22 chr21 10862853 . G A 195.05 PASS AF=0.213793;AO=31;DP=145;FAO=31;FDP=145;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=-0.00785899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6919;QD=5.38066;RBI=0.0162321;REFB=0.00423805;REVB=-0.0142028;RO=114;SAF=17;SAR=14;SRF=55;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836327;STB=0.551767;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0131565;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:114:114:31:31:0.213793:14:17:55:59:14:17:55:59 chr21 10862874 . A G 579.11 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=154;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.0097163;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7251;QD=15.1401;RBI=0.0472343;REFB=-0.0194261;REVB=-0.0462242;RO=87;SAF=37;SAR=28;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572394;STB=0.500615;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0209101;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:87:88:65:65:0.424837:28:37:50:37:28:37:50:38 chr21 10862947 . G A 724.29 PASS AF=0.483221;AO=69;DP=146;FAO=72;FDP=149;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.00448392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.381;QD=19.4441;RBI=0.00451893;REFB=-0.00832346;REVB=-0.000561409;RO=77;SAF=38;SAR=31;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451591;STB=0.529137;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00942602;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:149:77:77:69:72:0.483221:31:38:46:31:33:39:46:31 chr21 10906989 . C T 41.4 PASS AF=0.0822785;AO=13;DP=158;FAO=13;FDP=158;FR=.;FRO=145;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=-0.0623219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7024;QD=1.04814;RBI=0.0801474;REFB=0.00308138;REVB=-0.0503943;RO=145;SAF=9;SAR=4;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259414;STB=0.707939;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0426707;OID=.;OPOS=10906989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:158:158:145:145:13:13:0.0822785:4:9:67:78:4:9:67:78 chr21 10909652 . G A 114.43 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=102;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=53;FWDB=0.00624081;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.045;QD=4.53197;RBI=0.0460616;REFB=-0.00628366;REVB=-0.0456369;RO=80;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223197;STB=0.63838;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0279886;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:80:82:19:19:0.188119:9:10:28:52:9:10:29:53 chr21 10910311 . T G 1029.74 PASS AF=0.826087;AO=76;DP=92;FAO=76;FDP=92;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00584564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.61;QD=44.7712;RBI=0.0359817;REFB=-0.0171718;REVB=0.0355037;RO=16;SAF=28;SAR=48;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066726;STB=0.535576;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00721052;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:16:16:76:76:0.826087:48:28:9:7:48:28:9:7 chr21 10910347 . A G 1415.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1018;QD=62.9073;RBI=0.0313405;REFB=0;REVB=0.0136625;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161422;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:55:35:0:0:55:35:0:0 chr21 10920098 . T C 1407.01 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00580968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.146;QD=58.0209;RBI=0.0489;REFB=-0.21716;REVB=0.0485537;RO=5;SAF=45;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108185;STB=0.510976;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000734243;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:5:4:92:93:0.958763:47:45:3:2:48:45:3:1 chr21 10942756 . G A 189.9 PASS AF=0.14;AO=42;DP=301;FAO=42;FDP=300;FR=.;FRO=258;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=129;FSRR=129;FWDB=-0.0108952;FXX=0.00332215;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1799;QD=2.53194;RBI=0.0375501;REFB=-0.00275485;REVB=-0.0359347;RO=252;SAF=26;SAR=16;SRF=125;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158439;STB=0.603151;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0164555;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:300:252:258:42:42:0.14:16:26:125:127:16:26:129:129 chr21 10942981 . C A 35.56 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0056007;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.62;QD=1.04582;RBI=0.0068149;REFB=-0.00158;REVB=-0.00388266;RO=126;SAF=6;SAR=5;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598505;STB=0.552641;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0159045;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:136:126:125:11:11:0.0808824:5:6:62:64:5:6:61:64 chr21 10943003 . C T 40.5 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=-0.016184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9952;QD=1.36134;RBI=0.034272;REFB=-0.00279231;REVB=-0.0302101;RO=108;SAF=6;SAR=5;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205884;STB=0.5161;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0300726;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:108:108:11:11:0.092437:5:6:57:51:5:6:57:51 chr21 10951311 . G C 108.19 PASS AF=0.108303;AO=30;DP=277;FAO=30;FDP=277;FR=.;FRO=247;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=132;FSRR=115;FWDB=0.0382415;FXX=0.00359699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1921;QD=1.56224;RBI=0.0415418;REFB=0.00607351;REVB=-0.0162267;RO=245;SAF=3;SAR=27;SRF=131;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544158;STB=0.895089;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.063764;OID=.;OPOS=10951311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:245:247:30:30:0.108303:27:3:131:114:27:3:132:115 chr21 10951378 . C T 200.05 PASS AF=0.114345;AO=56;DP=477;FAO=55;FDP=481;FR=.;FRO=426;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=205;FSRR=221;FWDB=-0.116104;FXX=0.00207465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.985;QD=1.66364;RBI=0.116524;REFB=-0.0024136;REVB=-0.00988215;RO=417;SAF=24;SAR=32;SRF=198;SRR=219;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587352;STB=0.556289;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0143033;OID=.;OPOS=10951378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:481:417:426:56:55:0.114345:32:24:198:219:32:23:205:221 chr21 10951387 . T G 775.8 PASS AF=0.244306;AO=118;DP=482;FAO=118;FDP=483;FR=.;FRO=365;FSAF=35;FSAR=83;FSRF=193;FSRR=172;FWDB=-0.00380704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.748;QD=6.42484;RBI=0.00792484;REFB=-0.0102212;REVB=-0.00695051;RO=362;SAF=35;SAR=83;SRF=191;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298456;STB=0.679491;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247019;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:483:362:365:118:118:0.244306:83:35:191:171:83:35:193:172 chr21 10951426 . G T 801.32 PASS AF=0.266821;AO=117;DP=428;FAO=115;FDP=431;FR=.;FRO=316;FSAF=35;FSAR=80;FSRF=159;FSRR=157;FWDB=-0.00836626;FXX=0.00231476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6365;QD=7.4368;RBI=0.030554;REFB=-0.0157159;REVB=-0.0293863;RO=306;SAF=35;SAR=82;SRF=151;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25092;STB=0.651663;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0385091;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:431:306:316:117:115:0.266821:82:35:151:155:80:35:159:157 chr21 10959806 . G T 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.000690294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.363;QD=7.40618;RBI=0.00876748;REFB=-0.00741469;REVB=-0.00874026;RO=38;SAF=5;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375667;STB=0.723325;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0275265;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:40:14:14:0.259259:9:5:26:12:9:5:27:13 chr21 10970003 . G A 125.74 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0239142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.425;QD=4.41208;RBI=0.0273336;REFB=-0.00301415;REVB=-0.0132378;RO=89;SAF=10;SAR=12;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121145;STB=0.57996;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0114401;OID=.;OPOS=10970003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:92:22:22:0.192982:12:10:49:40:12:10:51:41 chr21 10970017 . C T 100.34 PASS AF=0.168067;AO=20;DP=119;FAO=20;FDP=119;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0260217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.192;QD=3.37263;RBI=0.0290271;REFB=-0.00867106;REVB=-0.0128625;RO=99;SAF=9;SAR=11;SRF=56;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146036;STB=0.595244;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.046715;OID=.;OPOS=10970017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:99:99:20:20:0.168067:11:9:56:43:11:9:56:43 chr21 11029596 . AC A 193.15 PASS AF=0.322981;AO=63;DP=161;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=80;FSRR=29;FWDB=-0.23746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2473;QD=4.7987;RBI=0.252914;REFB=-0.075192;REVB=-0.0870531;RO=88;SAF=44;SAR=19;SRF=62;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=-0.00759061;STB=0.600583;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0974368;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322981:63:161:52:161:109:31:21:80:29:99:88:44:19:62:26 chr21 11029616 . G T 209.09 PASS AF=0.202247;AO=39;DP=169;FAO=36;FDP=178;FR=.;FRO=142;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=86;FSRR=56;FWDB=-0.11527;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4258;QD=4.69861;RBI=0.115403;REFB=0.0037185;REVB=-0.00553982;RO=130;SAF=30;SAR=9;SRF=74;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284356;STB=0.633038;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0195653;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:178:130:142:39:36:0.202247:9:30:74:56:9:27:86:56 chr21 11029653 . C T 136.5 PASS AF=0.153005;AO=28;DP=183;FAO=28;FDP=183;FR=.;FRO=155;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=85;FSRR=70;FWDB=-0.0185025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.763;QD=2.98366;RBI=0.0206189;REFB=0.00155852;REVB=-0.00909933;RO=153;SAF=22;SAR=6;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336172;STB=0.722388;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0125252;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:153:155:28:28:0.153005:6:22:83:70:6:22:85:70 chr21 11029679 . C G 123.65 PASS AF=0.148571;AO=26;DP=175;FAO=26;FDP=175;FR=.;FRO=149;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=82;FSRR=67;FWDB=-0.00246926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.222;QD=2.82636;RBI=0.0963277;REFB=-0.00566831;REVB=-0.096296;RO=146;SAF=20;SAR=6;SRF=79;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311542;STB=0.704465;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0235842;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:146:149:26:26:0.148571:6:20:79:67:6:20:82:67 chr21 11038796 . T C 155.62 PASS AF=0.107143;AO=45;DP=420;FAO=45;FDP=420;FR=.;FRO=375;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=231;FSRR=144;FWDB=-0.0216718;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=296.956;QD=1.48207;RBI=0.0381876;REFB=-0.00330394;REVB=-0.0314424;RO=374;SAF=24;SAR=21;SRF=231;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107037;STB=0.574847;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0283854;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:420:420:374:375:45:45:0.107143:21:24:231:143:21:24:231:144 chr21 11038802 . G A 364.11 PASS AF=0.172662;AO=72;DP=416;FAO=72;FDP=417;FR=.;FRO=345;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=203;FSRR=142;FWDB=0.00415272;FXX=0.00239229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8127;QD=3.49265;RBI=0.00660801;REFB=-0.0115145;REVB=-0.00514011;RO=339;SAF=49;SAR=23;SRF=201;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122514;STB=0.582427;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0410942;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:417:339:345:72:72:0.172662:23:49:201:138:23:49:203:142 chr21 11038843 . G C 2974.5 PASS AF=0.691429;AO=242;DP=350;FAO=242;FDP=350;FR=.;FRO=108;FSAF=140;FSAR=102;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=0.0513369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.355;QD=33.9942;RBI=0.060099;REFB=-0.0412656;REVB=0.0312475;RO=107;SAF=140;SAR=102;SRF=66;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226232;STB=0.513297;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0200796;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:107:108:242:242:0.691429:102:140:66:41:102:140:67:41 chr21 11049596 . C T 34.85 PASS AF=0.0673077;AO=14;DP=208;FAO=14;FDP=208;FR=.;FRO=194;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=115;FSRR=79;FWDB=-0.00384171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.677;QD=0.670251;RBI=0.0192798;REFB=-0.00182153;REVB=0.0188932;RO=193;SAF=11;SAR=3;SRF=115;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225237;STB=0.70437;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0198715;OID=.;OPOS=11049596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:208:208:193:194:14:14:0.0673077:3:11:115:78:3:11:115:79 chr21 11049621 . G A 33.25 PASS AF=0.0657895;AO=15;DP=228;FAO=15;FDP=228;FR=.;FRO=213;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=127;FSRR=86;FWDB=-0.0674542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3313;QD=0.58325;RBI=0.0834902;REFB=-0.00390923;REVB=-0.0491989;RO=206;SAF=11;SAR=4;SRF=127;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139315;STB=0.641823;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.112578;OID=.;OPOS=11049621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:228:228:206:213:15:15:0.0657895:4:11:127:79:4:11:127:86 chr21 11049623 . T C 30.56 PASS AF=0.0611354;AO=14;DP=229;FAO=14;FDP=229;FR=.;FRO=215;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=127;FSRR=88;FWDB=-0.0156203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.707;QD=0.533728;RBI=0.0172103;REFB=-0.00121286;REVB=-0.00722502;RO=211;SAF=11;SAR=3;SRF=126;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217336;STB=0.7071;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.022036;OID=.;OPOS=11049623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:229:229:211:215:14:14:0.0611354:3:11:126:85:3:11:127:88 chr21 11057855 . A T 627.64 PASS AF=0.726027;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0193622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.54;QD=34.3912;RBI=0.0301295;REFB=-0.0200317;REVB=-0.0230844;RO=20;SAF=35;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586793;STB=0.503162;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00783756;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:20:53:53:0.726027:18:35:13:7:18:35:13:7 chr21 11057888 . T A 193.01 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0238549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.538;QD=10.0264;RBI=0.0243448;REFB=-0.0101096;REVB=-0.00485963;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29201;STB=0.677973;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0197109;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:50:52:25:25:0.324675:14:11:35:15:14:11:37:15 chr21 11057905 . A T 40.19 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0142125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5205;QD=2.1437;RBI=0.0145786;REFB=0.00179751;REVB=0.00324675;RO=64;SAF=9;SAR=1;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488355;STB=0.856328;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0173627;OID=.;OPOS=11057905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:74:75:64:65:10:10:0.133333:1:9:35:29:1:9:36:29 chr21 11057929 . TG CA,CG 48.68 PASS AF=0.0454545,0.106061;AO=3,7;DP=66;FAO=3,7;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=2,5;FSAR=1,2;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0147391,-0.00623342;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=166.457,96.1495;QD=2.95005;RBI=0.0356208,0.0295434;REFB=-0.0024312,-0.00852237;REVB=-0.0324284,0.0288783;RO=51;SAF=2,5;SAR=1,2;SRF=25;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.159895,0.267045;STB=0.658031,0.69388;STBP=0.689,0.301;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00357315,0.0250533;OID=.,.;OPOS=11057929,11057929;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:66:66:51:56:3,7:3,7:0.0454545,0.106061:1,2:2,5:25:26:1,2:2,5:28:28 chr21 11058226 . G C 152.12 PASS AF=0.136;AO=34;DP=250;FAO=34;FDP=250;FR=.;FRO=216;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=121;FSRR=95;FWDB=-1.97724e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.336;QD=2.43396;RBI=0.00536677;REFB=-0.00583213;REVB=-0.00536673;RO=216;SAF=19;SAR=15;SRF=121;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175715;STB=0.501193;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0445248;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:216:216:34:34:0.136:15:19:121:95:15:19:121:95 chr21 11097557 . A G 124.11 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0241815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9068;QD=9.92858;RBI=0.0408377;REFB=-0.00950809;REVB=0.0329085;RO=35;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29234;STB=0.674199;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0274981;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:9:6:23:12:9:6:23:12 chr21 11097574 . T A 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0155935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.049;QD=6.75863;RBI=0.0165462;REFB=-0.00664889;REVB=0.00553343;RO=50;SAF=8;SAR=9;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181299;STB=0.61031;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0191252;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:9:8:31:19:9:8:31:19 chr21 11097608 . C T 70.1 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.00981046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7453;QD=3.54957;RBI=0.0217938;REFB=-0.011784;REVB=-0.0194608;RO=66;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161014;STB=0.606777;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0453756;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:7:6:39:27:7:6:39:27 chr21 11098674 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.057;QD=60.9785;RBI=0.059991;REFB=0;REVB=0.0315297;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212535;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr21 11098704 . A G 40.82 PASS AF=0.155556;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00543645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6814;QD=3.62871;RBI=0.00644929;REFB=-0.015192;REVB=0.00346963;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139546;STB=0.645822;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0542382;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:38:38:6:7:0.155556:2:4:21:17:2:5:21:17 chr21 11098723 . T C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0392085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.041;QD=10.3653;RBI=0.0398913;REFB=-0.00754807;REVB=-0.00734926;RO=39;SAF=4;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41485;STB=0.746004;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0233471;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:16:4:21:18:16:4:21:18 chr21 11098728 . C T 37.85 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00328548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.033;QD=2.75264;RBI=0.00328605;REFB=-0.0140755;REVB=-6.10242e-05;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138267;STB=0.606616;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0702496;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:55:46:48:7:7:0.127273:5:2:18:28:5:2:19:29 chr21 11098732 . C T 119.33 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0161591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.094;QD=8.83952;RBI=0.0316032;REFB=-0.0259004;REVB=0.0271597;RO=38;SAF=2;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493074;STB=0.804157;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0333792;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:14:2:18:20:14:2:18:20 chr21 11098756 . C A 204.25 PASS AF=0.409836;AO=23;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0317554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1763;QD=13.3932;RBI=0.0505992;REFB=-0.0312362;REVB=0.0393938;RO=36;SAF=5;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283888;STB=0.640983;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0379402;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:36:23:25:0.409836:18:5:16:20:19:6:16:20 chr21 11098763 . C T 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00605896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.79;QD=15.0639;RBI=0.0105531;REFB=-0.00999672;REVB=0.00864046;RO=35;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247596;STB=0.641807;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0165093;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:21:6:15:20:21:6:15:20 chr21 14419915 . A G 509.11 PASS AF=0.250825;AO=76;DP=303;FAO=76;FDP=303;FR=.;FRO=227;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=110;FSRR=117;FWDB=-0.0268638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.737;QD=6.72085;RBI=0.0434752;REFB=-0.0107833;REVB=0.0341824;RO=225;SAF=33;SAR=43;SRF=110;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069053;STB=0.538007;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0291957;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:225:227:76:76:0.250825:43:33:110:115:43:33:110:117 chr21 14420005 . A G 3314.71 PASS AF=0.78882;AO=253;DP=324;FAO=254;FDP=322;FR=.;FRO=68;FSAF=124;FSAR=130;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0140128;FXX=0.00923049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.41;QD=41.1766;RBI=0.0165809;REFB=-0.027443;REVB=0.00886385;RO=68;SAF=124;SAR=129;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156925;STB=0.508706;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00928187;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:322:68:68:253:254:0.78882:129:124:36:32:130:124:36:32 chr21 14743754 . C T 33.94 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0288918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2129;QD=5.43005;RBI=0.0901097;REFB=-0.0157724;REVB=0.0853524;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262872;STB=0.717261;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0384091;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:24:25:19:19:5:6:0.24:2:3:7:12:2:4:7:12 chr21 14743785 . A G 34.74 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0036677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7261;QD=5.14701;RBI=0.0041113;REFB=-0.00877773;REVB=-0.00185762;RO=21;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250532;STB=0.713606;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0508211;OID=.;OPOS=14743785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:27:21:21:5:6:0.222222:2:3:8:13:2:4:8:13 chr21 14778721 . A T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4219;QD=42.1826;RBI=0.0471043;REFB=0;REVB=-0.00726704;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173613;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr21 15013735 . A G 388.47 PASS AF=0.412844;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0149518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.716;QD=14.2558;RBI=0.0691953;REFB=-0.0164232;REVB=0.0675606;RO=64;SAF=13;SAR=32;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266578;STB=0.651012;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0310837;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:64:45:45:0.412844:32:13:34:30:32:13:34:30 chr21 15457293 . T G 45.19 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.0234876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1196;QD=3.22793;RBI=0.0446796;REFB=-0.00052716;REVB=-0.0380079;RO=48;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113787;STB=0.579022;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00442486;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:5:3:14:34:5:3:14:34 chr21 15457297 . C G 51.52 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0151098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.623;QD=3.55332;RBI=0.0486403;REFB=0.00139027;REVB=-0.0462339;RO=49;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180026;STB=0.621267;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00342592;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:49:49:9:9:0.155172:5:4:15:34:5:4:15:34 chr21 15457318 . T G 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.0454907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8975;QD=5.22796;RBI=0.0456277;REFB=-0.00920349;REVB=0.00353288;RO=45;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139389;STB=0.594365;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0152212;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:45:46:12:12:0.206897:7:5:14:31:7:5:14:32 chr21 15457339 . T G 132.03 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0570247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.349;QD=9.10566;RBI=0.0602724;REFB=-0.00925314;REVB=0.0195179;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234487;STB=0.637789;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0764558;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:9:9:12:28:9:9:12:28 chr21 15457350 . TA CG 129.13 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0210567;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=2;MLLD=314.811;QD=9.56494;RBI=0.0376377;REFB=-2.89526e-05;REVB=-0.0311964;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251303;STB=0.620711;STBP=0.248;TYPE=mnp;VARB=6.07556e-05;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:37:17:17:0.314815:9:8:9:26:9:8:11:26 chr21 15457374 . G C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0224357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.751;QD=10.7925;RBI=0.0224674;REFB=-0.0105212;REVB=0.00119451;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276538;STB=0.660217;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0186519;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:9:26:9:9:9:26 chr21 15457399 . G C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00208085;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.352;QD=17.7318;RBI=0.00222525;REFB=-0.00560675;REVB=-0.000788557;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998626;STB=0.556937;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00705675;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:8:9:8:11:8:9:8:11 chr21 15457410 . C G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00889845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6708;QD=14.097;RBI=0.0104627;REFB=-0.0261413;REVB=0.00550322;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0381778;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:8:10:5:8:8:10 chr21 15457463 . CACACACAGT C 50.96 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0203979;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=9;MLLD=295.336;QD=15.6807;RBI=0.0208847;REFB=-0.0100272;REVB=-0.00448266;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=del;VARB=0.00751218;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:6:14:7:13:6:2:5:2:4:40:6:1:5:2:4 chr21 15481365 . G T 283.26 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00860147;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.387;QD=15.1074;RBI=0.00969999;REFB=-0.0316522;REVB=0.00448381;RO=44;SAF=24;SAR=7;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320212;STB=0.666556;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0324941;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:44:43:31:32:0.426667:7:24:22:22:8:24:21:22 chr21 15516948 . C T 244.21 PASS AF=0.547619;AO=19;DP=38;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00867657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.48;QD=23.2584;RBI=0.0392268;REFB=-0.0247916;REVB=0.0382551;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189766;STB=0.634034;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0164271;OID=.;OPOS=15516948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:19:19:19:23:0.547619:9:10:14:5:13:10:14:5 chr21 15516976 . T A 920.09 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3132;QD=58.4182;RBI=0.0463804;REFB=0;REVB=0.0459003;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220554;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:27:36:0:0 chr21 15524921 . C T 96.09 PASS AF=0.375;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0606356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0482;QD=12.0109;RBI=0.0931421;REFB=0.00877125;REVB=-0.070702;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55056;STB=0.813823;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0211716;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:18:20:12:12:0.375:9:3:15:3:9:3:16:4 chr21 15558346 . G A 380.52 PASS AF=0.5;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00967543;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.605;QD=19.5136;RBI=0.0143808;REFB=-0.0193536;REVB=0.0106392;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343545;STB=0.526735;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0127348;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:38:39:0.5:15:23:25:14:16:23:25:14 chr21 15583167 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00530928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.384;QD=11.8143;RBI=0.0128155;REFB=-0.00476578;REVB=0.011664;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494294;STB=0.529366;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00900058;OID=.;OPOS=15583167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:15:8:4:9:15:8 chr21 15596772 . T G 125.82 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=0.0600677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4105;QD=7.86373;RBI=0.0600815;REFB=0.00464906;REVB=-0.0012892;RO=46;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346983;STB=0.7045;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0136882;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:8:10:12:34:8:10:12:34 chr21 15646397 . A G 1889.99 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.945;QD=61.4631;RBI=0.0600152;REFB=0;REVB=0.0567134;RO=0;SAF=70;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19108e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15941e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:123:0:0:117:123:1:47:70:0:0:49:74:0:0 chr21 15926544 . G A 480.69 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=95;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00925062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.874;QD=20.2395;RBI=0.0093121;REFB=-0.00167023;REVB=0.00106824;RO=48;SAF=29;SAR=18;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00770764;STB=0.504272;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00252171;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:48:48:47:47:0.494737:18:29:30:18:18:29:30:18 chr21 15954528 . G A 600.32 PASS AF=0.6625;AO=52;DP=74;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.015919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.713;QD=30.0158;RBI=0.0761387;REFB=-0.0250706;REVB=-0.0744559;RO=22;SAF=24;SAR=28;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071212;STB=0.509735;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0157509;OID=.;OPOS=15954528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:80:22:27:52:53:0.6625:28:24:13:9:29:24:13:14 chr21 15954660 . T C 610.29 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0154389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.966;QD=22.8147;RBI=0.0154876;REFB=0.00881904;REVB=0.00122629;RO=46;SAF=34;SAR=26;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706536;STB=0.534244;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00755829;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:47:60:60:0.560748:26:34:22:24:26:34:23:24 chr21 15964920 . C G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00381164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.209;QD=17.7303;RBI=0.0176255;REFB=-0.0112469;REVB=-0.0172084;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211913;STB=0.621118;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00988483;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:6:11:8:11:6:11:8:11 chr21 15974409 . T C 1072.24 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0333334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.914;QD=57.1862;RBI=0.0414735;REFB=-0.101978;REVB=0.0246766;RO=2;SAF=26;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349969;STB=0.518513;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00028714;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:73:73:0.973333:47:26:2:0:47:26:2:0 chr21 15984982 . CG AC,AG 180.92 PASS AF=0,0.431818;AO=2,17;DP=42;FAO=0,19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=0,10;FSAR=0,9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0188641,-0.0643274;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=33.9605,41.5226;QD=16.4476;RBI=0.0194332,0.0686592;REFB=-0.0101059,-0.0224393;REVB=0.00466839,-0.0240016;RO=23;SAF=2,10;SAR=0,7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.466394,0.0235602;STB=0.5,0.542125;STBP=1,0.657;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0255123;OID=.,.;OPOS=15984982,15984982;OREF=CG,C;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:44:23:25:2,17:0,19:0,0.431818:0,7:2,10:13:10:0,9:0,10:15:10 chr21 16335260 . C T 254.14 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0155145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.874;QD=17.5268;RBI=0.0281778;REFB=-0.00995854;REVB=-0.0235222;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131225;STB=0.573697;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0147418;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:17:11:16:14:17:11:16:14 chr21 16339348 . A G 324.65 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00151241;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.204;QD=22.0104;RBI=0.00479995;REFB=4.17305e-05;REVB=0.00455545;RO=26;SAF=23;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399246;STB=0.522089;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=4.90091e-05;OID=.;OPOS=16339348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:26:33:33:0.559322:10:23:17:9:10:23:17:9 chr21 16339570 . T A 383.4 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=87;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.019222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8473;QD=17.4273;RBI=0.0294759;REFB=-0.0112145;REVB=0.022346;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284128;STB=0.509117;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00788714;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:48:39:40:0.454545:19:20:26:22:19:21:26:22 chr21 16340289 . C T 239.08 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00196259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.2753;QD=14.7128;RBI=0.024848;REFB=-0.0104662;REVB=-0.0247704;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18768;STB=0.584845;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00867332;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:34:37:27:28:0.430769:17:10:19:15:17:11:20:17 chr21 16424607 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0306623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.877;QD=22.9576;RBI=0.0306626;REFB=-0.0144163;REVB=0.000129215;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268088;STB=0.648617;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00851028;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:10:1:7:9:10:1 chr21 16986637 . G A 471.9 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.89;QD=55.5171;RBI=0.0555269;REFB=-0.00388043;REVB=0.0110156;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000215338;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr21 17198541 . C T 646.3 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.000594828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.138;QD=18.2056;RBI=0.0510008;REFB=-0.000765184;REVB=-0.0509974;RO=76;SAF=32;SAR=34;SRF=47;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128558;STB=0.571225;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000962249;OID=.;OPOS=17198541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:34:32:47:29:34:32:47:29 chr21 17203785 . A T 488.02 PASS AF=0.481481;AO=51;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0116059;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.179;QD=18.0749;RBI=0.0127069;REFB=-0.00389853;REVB=-0.00517382;RO=57;SAF=31;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795091;STB=0.532128;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00393082;OID=.;OPOS=17203785;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:56:51:52:0.481481:20:31:30:27:21:31:30:26 chr21 17220076 . AG A,GA 47.58 PASS AF=0.277108,0;AO=33,3;DP=84;FAO=23,0;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0684039,-0.123971;FXX=0.0119033;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.86576,20.7423;QD=2.29322;RBI=0.118835,0.132927;REFB=-0.125319,-0.0522329;REVB=-0.0971736,-0.0479664;RO=42;SAF=20,3;SAR=13,0;SRF=26;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0135544,0.450434;STB=0.506059,0.5;STBP=0.95,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.104605,0;OID=.,.;OPOS=17220077,17220076;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:84:83:42:60:33,3:23,0:0.277108,0:13,0:20,3:26:16:9,0:14,0:37:23 chr21 18827101 . T C 230.76 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0255291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.572;QD=23.0759;RBI=0.0256754;REFB=0.0540085;REVB=0.00273743;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367314;STB=0.520529;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0451929;OID=.;OPOS=18827101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:9:9:10:12:9:9 chr21 18827106 . C T 164.97 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00307376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.126;QD=15.3459;RBI=0.00309716;REFB=-0.021655;REVB=0.000379996;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201776;STB=0.511615;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0260678;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:12:13:9:9:12:13 chr21 18885504 . A C 313.21 PASS AF=0.607843;AO=29;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0437136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9304;QD=24.5653;RBI=0.0483708;REFB=-0.0333956;REVB=0.0207088;RO=15;SAF=12;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885701;STB=0.538632;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00777216;OID=.;OPOS=18885504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:20:29:31:0.607843:17:12:6:9:17:14:11:9 chr21 18937758 . A G 246.27 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-6.0096e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2124;QD=9.29335;RBI=0.0177581;REFB=-0.00590302;REVB=0.017758;RO=72;SAF=15;SAR=18;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134158;STB=0.573335;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0183315;OID=.;OPOS=18937758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:73:33:33:0.311321:18:15:41:31:18:15:41:32 chr21 19162645 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.115085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1475;QD=11.0997;RBI=0.168279;REFB=-0.0249565;REVB=-0.122772;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0186558;OID=.;OPOS=19162645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:6:4:3:4:6:4 chr21 19163707 . C T 1102.07 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172257;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.619;QD=60.3874;RBI=0.0286328;REFB=0;REVB=-0.0228717;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58167e-05;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr21 19165259 . ACT A 895.39 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478182;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.908;QD=57.7673;RBI=0.0234658;REFB=0;REVB=0.0229734;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.48225e-05;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:62:62:0:43:19:0:0:5:0:42:18:0:0 chr21 19169218 . G C 698.96 PASS AF=0.980392;AO=36;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00735697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=292.411;QD=54.8206;RBI=0.00838335;REFB=-0.0960244;REVB=0.0040194;RO=0;SAF=34;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507243;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000101377;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:36:50:0.980392:2:34:0:0:16:34:1:0 chr21 19666910 . A G 66.71 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0159894;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4093;QD=8.60799;RBI=0.053851;REFB=0.00577917;REVB=0.0514225;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269229;STB=0.68807;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00425133;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:30:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:12:9:2:7:12:10 chr21 19670118 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0103299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.445;QD=19.7626;RBI=0.0104035;REFB=-0.0168842;REVB=-0.00123502;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153055;STB=0.585729;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0194732;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:19:6:9:14:19:6 chr21 19713821 . C T 891.01 PASS AF=0.481283;AO=90;DP=187;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=53;FSAR=37;FSRF=65;FSRR=32;FWDB=-0.0165476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.086;QD=19.0591;RBI=0.0258673;REFB=-0.0100768;REVB=-0.019882;RO=97;SAF=53;SAR=37;SRF=65;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080254;STB=0.544176;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0121201;OID=.;OPOS=19713821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:97:97:90:90:0.481283:37:53:65:32:37:53:65:32 chr21 19770562 . T C 374.37 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00952181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.951;QD=31.8614;RBI=0.0178642;REFB=-0.0379892;REVB=-0.015115;RO=16;SAF=22;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146969;STB=0.580691;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0151311;OID=.;OPOS=19770562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:9:22:8:8:9:22:8:8 chr21 21728991 . C A 993.74 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2546;QD=57.6081;RBI=0.0202119;REFB=-0.0881265;REVB=0.00636962;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00126436;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:29:39:0:0:29:39:1:0 chr21 24804558 . T C 715.16 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0492416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.381;QD=57.2125;RBI=0.0497851;REFB=0.0287171;REVB=0.00733666;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462037;STB=0.52458;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000118004;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:3:0:18:29:3:0 chr21 26965148 . G A 797.66 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.032;QD=55.0108;RBI=0.0819564;REFB=-0.120406;REVB=-0.0797735;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8953e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:58:0:0:56:58:1:17:39:0:0:18:40:0:0 chr21 26965205 . T C 1011.92 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.813;QD=57.824;RBI=0.0814499;REFB=0.0472641;REVB=0.0806387;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.510635;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-4.44592e-05;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:70:0:1:67:69:0.985714:21:46:0:0:23:46:0:1 chr21 26969703 . T C 641.41 PASS AF=0.978261;AO=39;DP=41;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0575691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.5993;QD=55.7744;RBI=0.11828;REFB=-0.169268;REVB=0.103324;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0124301;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:46:1:1:39:45:0.978261:18:21:0:1:20:25:0:1 chr21 26976250 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.121;QD=56.7065;RBI=0.0287376;REFB=0;REVB=0.0169344;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67582e-05;OID=.;OPOS=26976250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr21 26978950 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.893;QD=56.6995;RBI=0.0304121;REFB=0;REVB=-0.000831746;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248888;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr21 27563105 . G A 207.49 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0479763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6387;QD=11.2159;RBI=0.0679364;REFB=0.00406045;REVB=-0.0481002;RO=47;SAF=17;SAR=9;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607651;STB=0.524457;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.011066;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:9:17:33:14:9:17:33:15 chr21 27852724 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0202987;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.122;QD=23.5284;RBI=0.0206146;REFB=-0.00460219;REVB=0.00359494;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014105;STB=0.507879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00313886;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:5:10:13:7:5:10 chr21 28212760 . G A 1276.61 PASS AF=0.989474;AO=61;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.512;QD=53.752;RBI=0.0556459;REFB=0.0927735;REVB=0.0232328;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00206443;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:0:1:61:94:0.989474:27:34:0:0:33:61:0:1 chr21 28215826 . C CACA 1079.69 PASS AF=1;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195793;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=3;MLLD=309.929;QD=59.9826;RBI=0.0579449;REFB=0;REVB=0.0545367;RO=5;SAF=34;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000108648;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:77:72:72:0:35:37:0:0:6:5:34:37:4:1 chr21 28215836 . GC G 904.21 PASS AF=1;AO=72;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1248;QD=47.5901;RBI=0.200062;REFB=0;REVB=-0.152016;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00301138;OID=.;OPOS=28215837;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:76:76:76:0:38:38:0:0:16:0:36:36:0:0 chr21 28216038 . C A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.114;QD=57.1061;RBI=0.0324102;REFB=0;REVB=-0.0255405;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1527e-05;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr21 28216059 . A G 245.15 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0323439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0639;QD=15.5653;RBI=0.0326572;REFB=-0.0136398;REVB=0.00451227;RO=35;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705802;STB=0.503988;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00989484;OID=.;OPOS=28216059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:15:13:16:19:15:13:16:19 chr21 28216066 . C T 917.54 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00187465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.549;QD=57.3464;RBI=0.0797379;REFB=0;REVB=0.0797159;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380434;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:33:30:0:1:34:30:0:0 chr21 28216595 . C G 2548.94 PASS AF=0.955801;AO=169;DP=176;FAO=173;FDP=181;FR=.;FRO=8;FSAF=96;FSAR=77;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.108354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7076;QD=56.3303;RBI=0.115553;REFB=-0.15972;REVB=-0.0401495;RO=7;SAF=92;SAR=77;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206162;STB=0.503137;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0198369;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:176:181:7:8:169:173:0.955801:77:92:4:3:77:96:5:3 chr21 28216674 . G C 271.89 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0150803;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.165;QD=16.9928;RBI=0.0450479;REFB=-0.0207291;REVB=-0.0424487;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39623;STB=0.743367;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0464773;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:34:30:30:0.46875:23:7:20:11:23:7:23:11 chr21 28216692 . G T 784.29 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.315;QD=64.0235;RBI=0.0720418;REFB=0;REVB=0.0201698;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442958;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr21 28295339 . T C 669.33 PASS AF=0.422857;AO=73;DP=174;FAO=74;FDP=175;FR=.;FRO=101;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.00247409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.188;QD=15.2991;RBI=0.00697057;REFB=-0.0149467;REVB=0.00651673;RO=100;SAF=33;SAR=40;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393918;STB=0.520602;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0172653;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:100:101:73:74:0.422857:40:33:49:51:40:34:50:51 chr21 28296324 . A G 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.000185942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.606;QD=11.5705;RBI=0.0291436;REFB=0.00456487;REVB=0.029143;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392294;STB=0.533305;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00762623;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:8:16:26:15:8:16:26:16 chr21 28302355 . A G 386.65 PASS AF=0.43299;AO=38;DP=94;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00200764;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.375;QD=15.9444;RBI=0.030887;REFB=-0.0166211;REVB=0.0308217;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170371;STB=0.584375;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0208937;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:54:55:38:42:0.43299:25:13:27:27:26:16:29:26 chr21 28326276 . G A 1556.39 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.644;QD=58.7315;RBI=0.0156973;REFB=0.0387316;REVB=0.00431711;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855071;STB=0.504504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-7.29588e-05;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:50:55:1:0:50:55:1:0 chr21 30250555 . T C 646.45 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.368;QD=50.7022;RBI=0.0436614;REFB=-0.0330787;REVB=0.0401505;RO=2;SAF=30;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303353;STB=0.502617;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00106033;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:48:48:0.941176:18:30:2:0:18:30:2:1 chr21 30250615 . T C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.958;QD=57.3858;RBI=0.0229878;REFB=0;REVB=0.0203054;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15384e-05;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr21 30257560 . C G 2798.78 PASS AF=1;AO=177;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113789;FXX=0.0111105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5406;QD=62.8939;RBI=0.116087;REFB=0;REVB=0.115528;RO=1;SAF=70;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00442847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480199;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:1:0:177:178:1:107:70:0:1:108:70:0:0 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2694.47 PASS AF=0.288043,0.711957;AO=51,122;DP=184;FAO=53,131;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=9,65;FSAR=44,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141496,-0.0763167;FXX=0.0107521;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8795,36.5496;QD=58.5753;RBI=0.176838,0.0942019;REFB=0,0;REVB=-0.106068,-0.0552247;RO=0;SAF=9,58;SAR=42,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0355102,0.000410257;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.288043,0.711957:51,122:184:53,131:184:0:9,65:44,66:0:0:99:0:9,58:42,64:0:0 chr21 30257570 . A C 383.23 PASS AF=0.303191;AO=55;DP=188;FAO=57;FDP=188;FR=.;FRO=131;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=65;FSRR=66;FWDB=0.00480288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=30.0331;QD=8.15385;RBI=0.00483972;REFB=-0.0571419;REVB=0.000595986;RO=133;SAF=9;SAR=46;SRF=66;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458084;STB=0.757151;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.151941;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:133:131:55:57:0.303191:46:9:66:67:47:10:65:66 chr21 30339120 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0822293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.395;QD=15.839;RBI=0.0825956;REFB=-0.0262646;REVB=0.0077705;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260084;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0189191;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:7:1:2:4:7:1:3:4 chr21 30341891 . A G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0137245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.956;QD=18.6423;RBI=0.0140979;REFB=-0.0108375;REVB=-0.00322289;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061468;STB=0.534851;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0133149;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:13:11:11:10:13:11 chr21 30378938 . G A 302.47 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.00663579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.118;QD=12.221;RBI=0.0140232;REFB=-0.00863418;REVB=-0.0123538;RO=63;SAF=20;SAR=15;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364711;STB=0.525208;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0187702;OID=.;OPOS=30378938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:35:35:0.353535:15:20:38:25:15:20:39:25 chr21 30464866 . A G 477.75 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0175011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=22.2209;RBI=0.0184409;REFB=-0.0109431;REVB=0.005812;RO=40;SAF=31;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135108;STB=0.574667;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0045504;OID=.;OPOS=30464866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:15:31:21:19:15:31:21:19 chr21 30481511 . A G 390.29 PASS AF=0.422018;AO=44;DP=108;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.012546;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5033;QD=14.3227;RBI=0.0211323;REFB=-0.0217445;REVB=0.0170051;RO=63;SAF=31;SAR=13;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297141;STB=0.644979;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0308279;OID=.;OPOS=30481511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:63:63:44:46:0.422018:13:31:27:36:15:31:27:36 chr21 30714776 . T C 1264.65 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4002;QD=61.69;RBI=0.036685;REFB=0;REVB=0.0176618;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305225;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr21 30717151 . C T 1018.13 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00216354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.356;QD=56.5627;RBI=0.0548256;REFB=-0.0227426;REVB=-0.0547829;RO=2;SAF=45;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814495;STB=0.504309;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.000411336;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:25:45:1:1:25:45:1:1 chr21 30718201 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.742;QD=56.7066;RBI=0.0483438;REFB=0;REVB=0.0475416;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134242;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr21 30718242 . AT A 39.49 PASS AF=0.405405;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.113393;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.15692;QD=4.26946;RBI=0.211221;REFB=-0.0777572;REVB=0.178202;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544726;STB=0.541613;STBP=0.689;TYPE=del;VARB=0.118694;OID=.;OPOS=30718243;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405:13:37:15:37:22:10:5:16:6:39:19:9:4:14:5 chr21 30969901 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6197;QD=61.3286;RBI=0.0249348;REFB=0;REVB=0.00605692;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230016;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr21 30971183 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.665;QD=57.2024;RBI=0.0588355;REFB=0;REVB=-0.0552898;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000817539;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr21 31538422 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0174231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.515;QD=17.2648;RBI=0.0175403;REFB=-0.0148531;REVB=0.00202417;RO=42;SAF=11;SAR=25;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286131;STB=0.660701;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0131294;OID=.;OPOS=31538422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:25:11:25:17:25:11:25:17 chr21 31587793 . A G 124.42 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0178269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.469;QD=17.1612;RBI=0.0318792;REFB=-0.0355052;REVB=0.0264289;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169434;STB=0.529369;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0345973;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:15:12:14:0.482759:2:10:10:4:4:10:10:5 chr21 31655212 . A C 1247.46 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.076;QD=61.6032;RBI=0.0364817;REFB=0;REVB=0.0341018;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15189e-05;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:81:0:0:77:81:1:45:32:0:0:48:33:0:0 chr21 31709691 . G A 239.51 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.016389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.015;QD=18.0764;RBI=0.0318066;REFB=-0.0207188;REVB=0.0272591;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252956;STB=0.641726;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0267446;OID=.;OPOS=31709691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:18:9:16:10:18:9 chr21 31744127 . A T 234.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0668698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3214;QD=18.7908;RBI=0.0683448;REFB=-0.0016422;REVB=0.014122;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160338;STB=0.509083;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00261494;OID=.;OPOS=31744127;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:9:14:16:11:9:14:16:11 chr21 31768539 . G C 453.26 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0139874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.809;QD=18.5003;RBI=0.0313137;REFB=-0.0219247;REVB=-0.0280161;RO=52;SAF=18;SAR=27;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546314;STB=0.537055;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.027594;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:45:46:0.469388:27:18:18:34:27:19:18:34 chr21 31802648 . C T 233.53 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0724592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0699;QD=24.5824;RBI=0.0726849;REFB=-0.0362533;REVB=-0.00572435;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815793;STB=0.545413;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0348855;OID=.;OPOS=31802648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:7:9:10:12:7:9 chr21 31913981 . AG A 265.68 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00724248;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.278;QD=12.9599;RBI=0.00842934;REFB=-0.00419926;REVB=0.00431281;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896092;STB=0.54297;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.00579642;OID=.;OPOS=31913982;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378049:31:83:31:82:51:18:13:33:18:99:50:18:13:33:17 chr21 31914000 . T A 360.66 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.00967625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.031;QD=16.3938;RBI=0.0137612;REFB=-0.0120264;REVB=-0.00978479;RO=48;SAF=24;SAR=14;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608815;STB=0.534692;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0265306;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:38:39:0.443182:14:24:33:15:15:24:33:16 chr21 31964897 . G A 164.66 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0545272;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.601;QD=19.9584;RBI=0.0695658;REFB=-0.0320459;REVB=0.0431993;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186817;STB=0.616733;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0310063;OID=.;OPOS=31964897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:16:17:0.515152:10:6:3:13:10:7:3:13 chr21 31973516 . T A 556.76 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0351327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.426;QD=22.7249;RBI=0.035263;REFB=-0.0439587;REVB=0.00302885;RO=45;SAF=25;SAR=26;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555977;STB=0.5294;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0282541;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:46:51:52:0.530612:26:25:25:20:27:25:25:21 chr21 32090908 . C T 202.03 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0143138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.366;QD=21.2659;RBI=0.0523153;REFB=-0.0384032;REVB=-0.050319;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592807;STB=0.548338;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0210361;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:12:8:8:9:12:8:9:9 chr21 32119495 . C G 479.29 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0372132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.84;QD=22.5547;RBI=0.0386986;REFB=-0.00456099;REVB=0.010619;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220516;STB=0.507378;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00285493;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:38:39:46:46:0.541176:29:17:15:23:29:17:15:24 chr21 32201969 . GA G 1453.15 PASS AF=1;AO=120;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126794;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5559;QD=46.8758;RBI=0.0170051;REFB=0;REVB=-0.0113317;RO=0;SAF=65;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000192191;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:125:124:124:0:69:55:0:0:27:0:65:55:0:0 chr21 32410582 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0245115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.106;QD=19.7621;RBI=0.0364379;REFB=-0.00171859;REVB=-0.0269612;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058874;STB=0.533304;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00174777;OID=.;OPOS=32410582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:7:16:16:9:7:16:16:9 chr21 32410619 . A G 361.07 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0193817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.513;QD=20.3419;RBI=0.0211801;REFB=-0.0127147;REVB=0.00854093;RO=34;SAF=26;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559363;STB=0.531066;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0141321;OID=.;OPOS=32410619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:11:26:22:12:11:26:22:12 chr21 32493031 . A G 753.85 PASS AF=0.421875;AO=81;DP=193;FAO=81;FDP=192;FR=.;FRO=111;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=44;FWDB=-0.0664042;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4187;QD=15.7051;RBI=0.0938742;REFB=-0.0104982;REVB=-0.0663539;RO=107;SAF=52;SAR=29;SRF=64;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478589;STB=0.523797;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0151286;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:107:111:81:81:0.421875:29:52:64:43:29:52:67:44 chr21 32499473 . A G 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.112364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.83;QD=5.01721;RBI=0.11269;REFB=-0.00134931;REVB=-0.00857097;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16929;STB=0.610328;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.012912;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:8:19:4:3:8:19 chr21 32638549 . CC AT 200.66 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00209438;FXX=0.0605877;HRUN=6;LEN=2;MLLD=251.837;QD=25.8911;RBI=0.00297855;REFB=-0.00255168;REVB=-0.00211786;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355744;STB=0.519834;STBP=0.822;TYPE=mnp;VARB=0.00188865;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:7:5:7:12:7:5 chr21 33346936 . C T 248.25 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00212321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.54;QD=16.2784;RBI=0.00968326;REFB=-0.0113572;REVB=0.00944762;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754288;STB=0.557337;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.012778;OID=.;OPOS=33346936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:33:28:28:0.459016:14:14:18:13:14:14:20:13 chr21 33368188 . T C 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.04772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.58;QD=22.9113;RBI=0.0548762;REFB=0.000689299;REVB=-0.0270961;RO=30;SAF=24;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433002;STB=0.523797;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00124869;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:15:24:20:10:15:24:20:10 chr21 33370900 . T C 479.24 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.0457098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4488;QD=22.5522;RBI=0.0647438;REFB=0.00341405;REVB=0.0458517;RO=39;SAF=31;SAR=15;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175609;STB=0.509662;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00245194;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:15:31:27:12:15:31:27:12 chr21 33371001 . A AC 95.39 PASS AF=0.301075;AO=29;DP=94;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0125404;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=49.4814;QD=4.10286;RBI=0.027351;REFB=-0.00683243;REVB=-0.0243067;RO=64;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448426;STB=0.752041;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.132279;OID=.;OPOS=33371002;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301075:29:94:28:93:65:20:8:22:43:95:64:21:8:21:43 chr21 33372749 . T C 795.63 PASS AF=0.485876;AO=69;DP=163;FAO=86;FDP=177;FR=.;FRO=91;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.032396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.749;QD=17.9803;RBI=0.0346529;REFB=-0.0228307;REVB=0.0123012;RO=89;SAF=42;SAR=27;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490564;STB=0.523001;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0215167;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:177:89:91:69:86:0.485876:27:42:50:39:35:51:50:41 chr21 33374318 . C T 174.11 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=-0.0376108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.215;QD=7.91416;RBI=0.0378789;REFB=-0.00263302;REVB=0.00449834;RO=63;SAF=9;SAR=15;SRF=42;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34184;STB=0.696568;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00365046;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:63:64:24:24:0.272727:15:9:42:21:15:9:42:22 chr21 33694224 . C G 738.04 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3572;QD=54.6694;RBI=0.237575;REFB=0;REVB=0.124562;RO=1;SAF=31;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350215;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:1:0:41:54:1:10:31:1:0:17:37:0:0 chr21 33714961 . G GT,GTCACCA 99.83 PASS AF=1,0;AO=8,8;DP=31;FAO=8,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.499688;HRUN=0,0;LEN=1,6;MLLD=194.614,110.067;QD=49.9163;RBI=0.0262315,0.0187123;REFB=0,0;REVB=0.0262315,0.0187123;RO=15;SAF=0,0;SAR=8,8;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.863919,-0.863919;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000181643,0;OID=.,.;OPOS=33714962,33714962;OREF=-,-;OALT=T,TCACCA;OMAPALT=GT,GTCACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:8,8:31:8,0:8:0:0,0:8,0:0:0:3:15:0,0:8,8:15:0 chr21 33714962 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=398.58;QD=14.6539;RBI=4.85904e-06;REFB=-0.0204984;REVB=-4.85904e-06;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203612;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:8:0:0:8:8:0:0:8 chr21 33714965 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.761;QD=14.6539;RBI=0.00364483;REFB=-0.0247314;REVB=0.00364483;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222484;OID=.;OPOS=33714965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:8:0:0:8:8:0:0:8 chr21 33714966 . AG GA 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.604;QD=37.4885;RBI=0.00606555;REFB=0;REVB=0.00606555;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000152686;OID=.;OPOS=33714966;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr21 33719695 . C T 463.08 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00504171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4136;QD=52.9235;RBI=0.0332919;REFB=-0.0190313;REVB=-0.0329079;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.506325;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0108494;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:1:2:32:33:0.942857:12:20:0:1:13:20:1:1 chr21 33749533 . A C 1301.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.707;QD=61.9948;RBI=0.0545198;REFB=0;REVB=0.0330589;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72725e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr21 33756711 . A T 249.48 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0460185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6654;QD=14.2562;RBI=0.0603134;REFB=-0.0106752;REVB=0.0389873;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303147;STB=0.517229;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0105343;OID=.;OPOS=33756711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:21:20:15:14:21:20 chr21 33887131 . G A 369.27 PASS AF=0.506667;AO=37;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0136171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.544;QD=19.6946;RBI=0.0171166;REFB=-0.0267948;REVB=0.0103708;RO=37;SAF=21;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246421;STB=0.519303;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0307208;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:37:38:0.506667:16:21:20:17:16:22:20:17 chr21 33951068 . T C 848.43 PASS AF=0.515152;AO=85;DP=165;FAO=85;FDP=165;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0304103;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.436;QD=20.5681;RBI=0.0388084;REFB=-0.00698907;REVB=0.0241102;RO=80;SAF=37;SAR=48;SRF=36;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131837;STB=0.507236;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00624876;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:80:85:85:0.515152:48:37:36:44:48:37:36:44 chr21 33956579 . T C 384.45 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00581207;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8642;QD=19.2228;RBI=0.00801568;REFB=-0.0173483;REVB=0.00552005;RO=39;SAF=23;SAR=16;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249857;STB=0.635402;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0411467;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:39:40:0.5:16:23:12:27:16:24:13:27 chr21 34003928 . A AAGTATT 696.15 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0034786;FXX=0.0377287;HRUN=4;LEN=6;MLLD=297.395;QD=54.6001;RBI=0.0172255;REFB=-0.0463437;REVB=0.0168706;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.00101213;OID=.;OPOS=34003929;OREF=-;OALT=AGTATT;OMAPALT=AAGTATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980392:49:52:50:51:1:22:28:0:1:4:1:22:27:0:1 chr21 34014192 . G A 148.55 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0118814;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.691;QD=11.6513;RBI=0.0191562;REFB=-0.0110763;REVB=0.0150264;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104901;STB=0.573912;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0210717;OID=.;OPOS=34014192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:34:33:18:18:0.352941:8:10:22:12:8:10:22:11 chr21 34014283 . C A 155.56 PASS AF=0.350877;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.0050254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.621;QD=10.9163;RBI=0.00612607;REFB=-0.0078421;REVB=0.00350345;RO=36;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533301;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0143258;OID=.;OPOS=34014283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:36:37:18:20:0.350877:6:12:24:12:8:12:24:13 chr21 34059352 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.021705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.524;QD=17.3255;RBI=0.0218208;REFB=-0.0122418;REVB=0.00224512;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109514;STB=0.562749;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0203443;OID=.;OPOS=34059352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:6:14:15:10:6:14:15:10 chr21 34163742 . A G 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0236264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.847;QD=13.5514;RBI=0.0273456;REFB=-0.0233395;REVB=0.0137686;RO=34;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203727;STB=0.505613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0265734;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:18:6:8:26:18:6:9:26 chr21 34166190 . A T 1289.64 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5592;QD=59.294;RBI=0.0659281;REFB=-0.163013;REVB=-0.0651116;RO=2;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201498;STB=0.505262;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00522033;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:2:1:85:86:0.988506:46:39:0:2:47:39:0:1 chr21 34166343 . C T 453.79 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0664376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8585;QD=18.1516;RBI=0.0665964;REFB=-0.0230658;REVB=-0.00459644;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689655;STB=0.538445;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0401174;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:24:22:22:32:24:22:22:32 chr21 34169317 . C CT 48.04 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000817578;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=141.54;QD=7.68625;RBI=0.0168126;REFB=-0.0164008;REVB=0.0167927;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.59976;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.0249435;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:7:25:8:25:17:4:4:6:11:48:17:4:3:6:11 chr21 34400237 . G C 69.25 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0746742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9111;QD=30.7787;RBI=0.0746742;REFB=-0.0609292;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157541;OID=.;OPOS=34400237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr21 34614250 . T C 195.81 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0422701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4061;QD=25.2652;RBI=0.0532231;REFB=-0.0392873;REVB=-0.0323409;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398011;STB=0.522161;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0231371;OID=.;OPOS=34614250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:5:7:10:9:5:7 chr21 34614255 . T G 443.08 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0784842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.599;QD=53.7068;RBI=0.0818709;REFB=-0.143678;REVB=0.0233038;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00205058;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:30:32:0.969697:16:14:1:0:17:15:1:0 chr21 34634878 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.852;QD=37.4883;RBI=0.0274828;REFB=0;REVB=-0.026724;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393677;OID=.;OPOS=34634878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr21 34640788 . A G 1388.2 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988102;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.409;QD=61.6978;RBI=0.0146592;REFB=-0.0985693;REVB=0.0108285;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902749;STB=0.504761;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000203617;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:0:1:52:37:0:1 chr21 34666376 . A G 130.47 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0402956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5663;QD=13.7337;RBI=0.110795;REFB=-0.0262513;REVB=-0.103208;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383171;STB=0.71974;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.041423;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:5:18:6:9:5:18 chr21 34668747 . A G 172.96 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=0;FWDB=-0.0210838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6647;QD=18.6983;RBI=0.0311766;REFB=-0.0159759;REVB=0.0229663;RO=19;SAF=16;SAR=2;SRF=19;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341281;STB=0.686135;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0284389;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:2:16:19:0:2:16:19:0 chr21 34715699 . G C 267.76 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0559189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3276;QD=11.5166;RBI=0.056727;REFB=-0.0123067;REVB=-0.00954091;RO=61;SAF=15;SAR=17;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137068;STB=0.57911;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0246918;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:17:15:36:25:17:15:36:25 chr21 34787312 . A G 331.0 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0103214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.948;QD=13.6495;RBI=0.011871;REFB=-0.00406748;REVB=0.00586414;RO=60;SAF=16;SAR=21;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916691;STB=0.552294;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00797185;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:60:37:37:0.381443:21:16:31:29:21:16:31:29 chr21 34821570 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.514;QD=46.848;RBI=0.01656;REFB=0;REVB=0.00389556;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35851e-05;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr21 34822150 . T A 536.01 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9249;QD=57.9472;RBI=0.0623235;REFB=0;REVB=0.0116082;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199596;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:37:1:0:36:37:1:20:16:0:1:21:16:0:0 chr21 34822452 . T C 239.17 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.362;QD=50.3522;RBI=0.0690698;REFB=0;REVB=0.0247482;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076087;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr21 34897113 . C T 1587.78 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.025;QD=64.1529;RBI=0.0121497;REFB=0;REVB=0.00820221;RO=0;SAF=61;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18908e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:38:61:0:0:38:61:0:0 chr21 34925142 . C T 765.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.451;QD=63.7835;RBI=0.0423849;REFB=0;REVB=0.0109698;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237084;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr21 34926260 . C T 1508.79 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.495;QD=57.4778;RBI=0.0281291;REFB=-0.144895;REVB=0.00101785;RO=0;SAF=62;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000665133;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:105:0:2:103:103:0.980952:41:62:0:0:41:62:2:0 chr21 34948684 . G GA 892.73 PASS AF=1;AO=71;DP=77;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786417;FXX=0.0649266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8028;QD=49.5959;RBI=0.0794069;REFB=0;REVB=0.010997;RO=3;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111718;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000338571;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:77:72:72:0:37:35:0:0:16:3:37:34:2:1 chr21 34948696 . GA G 1079.61 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451608;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.599;QD=59.9783;RBI=0.0463562;REFB=0;REVB=-0.0104597;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000293506;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:73:72:72:0:37:35:0:0:6:0:36:35:0:0 chr21 34968503 . A G 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00504548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0848;QD=13.0601;RBI=0.0273666;REFB=-0.00695091;REVB=0.0268975;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445202;STB=0.525528;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0148078;OID=.;OPOS=34968503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:17:23:16:10:17:23 chr21 35201947 . C T 434.42 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0233843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3481;QD=18.2914;RBI=0.071198;REFB=-0.000643402;REVB=0.0672483;RO=51;SAF=28;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163341;STB=0.591313;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0018873;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:16:28:24:27:16:28:24:27 chr21 35237608 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.468;QD=59.0172;RBI=0.110142;REFB=0;REVB=-0.0143593;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720936;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr21 35260481 . T C 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0127869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8757;QD=15.3044;RBI=0.0251549;REFB=-0.00353047;REVB=0.0216625;RO=39;SAF=19;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461722;STB=0.526136;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00532806;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:11:19:23:16:11:19:23:16 chr21 35275955 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5179;QD=51.913;RBI=0.0496454;REFB=0;REVB=0.0306818;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.31922e-05;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr21 35281393 . A G 429.98 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=81;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00606013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.6;QD=20.9746;RBI=0.00610558;REFB=-0.0188383;REVB=-0.000743552;RO=39;SAF=27;SAR=15;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257935;STB=0.506349;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0214313;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:39:39:42:43:0.52439:15:27:24:15:16:27:24:15 chr21 35467645 . A G 1666.45 PASS AF=0.957983;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=73;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.016014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.685;QD=56.015;RBI=0.0160969;REFB=0.0665112;REVB=-0.00163154;RO=4;SAF=73;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270233;STB=0.519857;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000713071;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:118:119:4:5:114:114:0.957983:41:73:1:3:41:73:1:4 chr21 35469193 . C A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3582;QD=37.4867;RBI=0.113643;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00801944;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr21 35469726 . G GT 874.95 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.0345;QD=43.7475;RBI=0.103643;REFB=0;REVB=-0.0514702;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00186721;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:80:80:80:0:47:33:0:0:17:1:46:32:1:0 chr21 35469852 . C A 926.79 PASS AF=0.942857;AO=67;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0216968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4497;QD=52.9592;RBI=0.0525536;REFB=-0.10841;REVB=-0.0478658;RO=3;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479757;STB=0.534472;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00473619;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:3:4:67:66:0.942857:28:39:0:3:27:39:0:4 chr21 35470041 . AG A,AT 552.72 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=9,26;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117412,-0.0102219;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.007,135.021;QD=58.1813;RBI=0.0224716,0.0213115;REFB=0,0;REVB=0.0191603,0.0187001;RO=0;SAF=5,16;SAR=4,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0113239,0.00427581;OID=.,.;OPOS=35470042,35470042;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:9,26:38:1,37:38:0:1,21:0,16:0:0:9:0:5,16:4,10:0:0 chr21 35470210 . T G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.595;QD=62.3508;RBI=0.0162554;REFB=0;REVB=0.0161748;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83958e-05;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr21 35470213 . C A 638.5 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0926199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2014;QD=59.3953;RBI=0.115927;REFB=0.00258991;REVB=-0.069718;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00278363;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr21 35471815 . T C 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00631663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.996;QD=16.4183;RBI=0.0152067;REFB=-0.0264398;REVB=0.0138327;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165292;STB=0.509304;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0341027;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:17:17:14:15:17:17 chr21 35471878 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0334715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2827;QD=14.1957;RBI=0.034261;REFB=0.00255816;REVB=0.00731274;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102762;STB=0.566872;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00514831;OID=.;OPOS=35471878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:12:11:18:13:12:11:19:13 chr21 35474410 . G A 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0195414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.634;QD=11.6677;RBI=0.0208352;REFB=-0.0138138;REVB=0.00722759;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764117;STB=0.545388;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0188093;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:9:5:11:15:9:5:11:15 chr21 35474671 . ATTTCTG A 414.7 PASS AF=0.484127;AO=59;DP=127;FAO=61;FDP=126;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00644693;FXX=0.0526276;HRUN=3;LEN=6;MLLD=282.468;QD=13.1649;RBI=0.0137755;REFB=-0.0208988;REVB=0.0121738;RO=57;SAF=38;SAR=21;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571759;STB=0.530063;STBP=0.555;TYPE=del;VARB=0.0210041;OID=.;OPOS=35474672;OREF=TTTCTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484127:59:127:61:126:65:38:23:44:21:99:57:38:21:40:17 chr21 35821821 . T C 140.64 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00714007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.856;QD=17.5796;RBI=0.0246577;REFB=-0.0141566;REVB=-0.0236013;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348757;STB=0.532745;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0067282;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:6:9:9:7:6:10:9:7 chr21 35890409 . C T 415.46 PASS AF=0.403361;AO=48;DP=120;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.0112158;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.929;QD=13.9651;RBI=0.0122737;REFB=-0.0183955;REVB=0.00498487;RO=69;SAF=28;SAR=20;SRF=46;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914653;STB=0.54013;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0271703;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:69:71:48:48:0.403361:20:28:46:23:20:28:46:25 chr21 35893737 . T C 870.01 PASS AF=0.983871;AO=54;DP=57;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164809;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.486;QD=56.1298;RBI=0.0371576;REFB=-0.0465662;REVB=0.0333026;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177809;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0013758;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:62:1:1:54:61:0.983871:26:28:0:1:31:30:0:1 chr21 36042203 . G C 160.1 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.228;QD=45.7419;RBI=0.177813;REFB=0;REVB=0.0237464;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00690713;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr21 36259286 . C G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0291193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4759;QD=9.10071;RBI=0.0508338;REFB=-0.00136187;REVB=-0.041667;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256909;STB=0.659988;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00182148;OID=.;OPOS=36259286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:8:11:7:2:8:11 chr21 37420650 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0157389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.951;QD=27.2215;RBI=0.0157727;REFB=-0.0258607;REVB=0.00103299;RO=16;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220894;STB=0.623268;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.017436;OID=.;OPOS=37420650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:20:5:7:9:20:5:7:9 chr21 37429679 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.506;QD=39.2065;RBI=0.1741;REFB=0;REVB=-0.170604;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0058274;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr21 37442632 . G C 328.31 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0310867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.937;QD=17.9895;RBI=0.0316853;REFB=-0.0319539;REVB=-0.00612982;RO=37;SAF=19;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00214774;STB=0.508657;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0500511;OID=.;OPOS=37442632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:38:35:35:0.479452:16:19:20:17:16:19:20:18 chr21 37443480 . T G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0441393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.044;QD=10.4743;RBI=0.0447789;REFB=-0.0120361;REVB=-0.0075412;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366078;STB=0.714067;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0304149;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:6:13:13:24:6:13:13:24 chr21 37444120 . C T 646.2 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0121305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.108;QD=23.0785;RBI=0.0495127;REFB=-0.0324594;REVB=0.0480038;RO=48;SAF=38;SAR=25;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070936;STB=0.542156;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0209224;OID=.;OPOS=37444120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:49:63:63:0.5625:25:38:33:15:25:38:34:15 chr21 37444696 . C T 319.28 PASS AF=0.537313;AO=31;DP=62;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0130296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.694;QD=19.0614;RBI=0.0164812;REFB=-0.0294039;REVB=-0.0100925;RO=30;SAF=10;SAR=21;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305048;STB=0.6191;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0417426;OID=.;OPOS=37444696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:30:31:31:36:0.537313:21:10:20:10:21:15:21:10 chr21 37444973 . C T 237.6 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0209573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.554;QD=18.6355;RBI=0.0628402;REFB=-0.0240831;REVB=-0.0592426;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182184;STB=0.609288;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0174562;OID=.;OPOS=37444973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:24:25:0.490196:10:14:10:16:10:15:10:16 chr21 37609571 . T C 306.4 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0449558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8321;QD=21.8857;RBI=0.0469059;REFB=-0.0138508;REVB=0.0133841;RO=24;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105673;STB=0.564477;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0147908;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:24:24:31:32:0.571429:18:13:7:17:18:14:7:17 chr21 37617575 . G T 160.78 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0256985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.766;QD=17.8643;RBI=0.0513451;REFB=-0.00587105;REVB=0.0444512;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978135;STB=0.575553;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00433647;OID=.;OPOS=37617575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:5:12:11:7:5:12:11:8 chr21 37617630 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.833;QD=47.8224;RBI=0.0105204;REFB=0;REVB=-0.00428496;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61406e-05;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr21 37630745 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0186813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8579;QD=5.00514;RBI=0.0970461;REFB=-0.00223904;REVB=-0.095231;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131713;OID=.;OPOS=37630745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:11:11:3:3:11:11 chr21 37661405 . G A 253.02 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00888421;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.499;QD=16.3235;RBI=0.0449638;REFB=-0.0327185;REVB=-0.0440773;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169289;STB=0.532235;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0269635;OID=.;OPOS=37661405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:34:28:28:0.451613:14:14:12:13:14:14:19:15 chr21 37692589 . A T 540.21 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.282;QD=58.4013;RBI=0.0458814;REFB=0;REVB=0.00498915;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95731e-05;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:24:11:0:0:25:12:0:0 chr21 37781046 . C T 254.81 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0895874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2274;QD=15.2124;RBI=0.0991633;REFB=-0.0166032;REVB=0.0425141;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067496;STB=0.545085;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0246309;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:38:28:29:0.432836:8:20:25:13:8:21:25:13 chr21 38081577 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.055406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.133;QD=8.25462;RBI=0.056143;REFB=-0.0320258;REVB=-0.00906704;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0904023;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:6:6:1:5:6:6 chr21 38444863 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.691;QD=61.7127;RBI=0.0611515;REFB=-0.0295186;REVB=0.00713395;RO=1;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902916;STB=0.504761;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000336497;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:52:39:0:1:52:39:0:1 chr21 38444890 . A G 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0195364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.319;QD=14.6968;RBI=0.0196258;REFB=-0.000869334;REVB=-0.00187122;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155898;STB=0.508938;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00198281;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:11:19:13:8:11:19 chr21 38468958 . A G 316.51 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0226352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.4629;QD=20.4199;RBI=0.0246676;REFB=0.0199423;REVB=0.00980505;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500356;STB=0.527761;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.0102546;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:19:14:14:15:19:14:14:15 chr21 38495270 . A AT 777.44 PASS AF=1;AO=74;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.2174;QD=37.9239;RBI=0.0837955;REFB=0;REVB=0.0337035;RO=4;SAF=33;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000151128;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:80:82:82:0:41:41:0:0:16:4:33:41:4:0 chr21 38512956 . A G 373.2 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000662407;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.35;QD=23.3248;RBI=0.00432121;REFB=-0.011637;REVB=0.00427014;RO=25;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064325;STB=0.543058;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00716998;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:25:27:36:37:0.578125:16:20:16:9:16:21:18:9 chr21 38525356 . T C 591.61 PASS AF=0.465649;AO=61;DP=135;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0297982;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4;QD=18.0643;RBI=0.0298064;REFB=-0.0039497;REVB=-0.000699316;RO=69;SAF=34;SAR=27;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02043;STB=0.515537;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00388889;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:131:69:70:61:61:0.465649:27:34:37:32:27:34:37:33 chr21 38532058 . TG T 880.88 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282478;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7409;QD=47.615;RBI=0.0500357;REFB=0;REVB=0.0412993;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000290684;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:74:74:74:0:36:38:0:0:16:0:36:37:0:0 chr21 38539844 . G A 215.79 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.021363;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.963;QD=21.053;RBI=0.0220327;REFB=-0.00690974;REVB=0.00539082;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104819;STB=0.559384;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00694129;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:20:21:21:0.512195:9:12:8:10:9:12:9:11 chr21 38563725 . G A 429.73 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0104905;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2209;QD=19.5332;RBI=0.0360573;REFB=-0.0109903;REVB=-0.0344975;RO=45;SAF=24;SAR=19;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435898;STB=0.52423;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0100873;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:19:24:23:22:19:24:23:22 chr21 38568009 . G C 1385.53 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2547;QD=62.2711;RBI=0.0203828;REFB=0;REVB=0.0203088;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43549e-05;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:49:39:0:0:50:39:0:0 chr21 38568308 . C T 144.85 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0118268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4392;QD=15.6595;RBI=0.059744;REFB=0.0044986;REVB=-0.0585617;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194315;STB=0.612104;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00526794;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:9:12:6:10:9:12 chr21 38587916 . A G 404.02 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0240139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5027;QD=19.4707;RBI=0.0735702;REFB=-0.0126515;REVB=0.0695406;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16372;STB=0.590625;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0088205;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:21:20:13:29:21:20:13:29 chr21 38885442 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00911036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.767;QD=61.0491;RBI=0.00952189;REFB=0;REVB=0.00276906;RO=0;SAF=58;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42071e-05;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:20:58:0:0:20:58:0:0 chr21 38997701 . G A 484.9 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0183845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.458;QD=21.0827;RBI=0.0190135;REFB=0.000182274;REVB=-0.00485012;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421039;STB=0.523262;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00029765;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:45:47:47:0.51087:26:21:18:27:26:21:18:27 chr21 39086965 . T C 594.2 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.192;QD=60.9436;RBI=0.0260747;REFB=0;REVB=0.00311864;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7097e-05;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:22:17:0:0 chr21 39213020 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.245;QD=55.6561;RBI=0.00801015;REFB=0;REVB=0.00777979;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121423;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr21 39528455 . A T 325.68 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0207754;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.009;QD=14.8034;RBI=0.0208921;REFB=-0.00609753;REVB=-0.00220576;RO=52;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166526;STB=0.594287;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0120694;OID=.;OPOS=39528455;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:15:21:22:30:15:21:22:30 chr21 39671447 . C T 754.64 PASS AF=0.529412;AO=72;DP=138;FAO=72;FDP=136;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=-0.0242648;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.365;QD=22.1953;RBI=0.0266167;REFB=-0.0182916;REVB=-0.0109393;RO=66;SAF=43;SAR=29;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570585;STB=0.509304;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0192399;OID=.;OPOS=39671447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:136:66:64:72:72:0.529412:29:43:39:27:29:43:37:27 chr21 39672624 . C G 876.05 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132774;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.05;QD=58.4034;RBI=0.0134677;REFB=0;REVB=0.00225604;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185278;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr21 39673219 . G A 584.26 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0236144;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.733;QD=23.139;RBI=0.0249005;REFB=-0.00155588;REVB=0.00789903;RO=44;SAF=18;SAR=39;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296304;STB=0.662362;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000903812;OID=.;OPOS=39673219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:44:44:57:57:0.564356:39:18:30:14:39:18:30:14 chr21 39870310 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.38;QD=46.848;RBI=0.0135377;REFB=0;REVB=-0.00703779;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31358e-05;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr21 40195277 . T A 2368.01 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0747219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6458;QD=60.3315;RBI=0.0749083;REFB=-0.18018;REVB=-0.00528196;RO=1;SAF=58;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813153;STB=0.504273;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00479218;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:98:58:1:0:98:58:1:0 chr21 40552307 . A G 1587.55 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6221;QD=64.1434;RBI=0.0525511;REFB=0;REVB=0.0283458;RO=0;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120479;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:33:65:0:0:34:65:0:0 chr21 40571246 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.946;QD=63.7508;RBI=0.0128475;REFB=0;REVB=0.0104786;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0194e-05;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:53:43:0:0:53:43:0:0 chr21 40574305 . A G 1231.62 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420991;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.518;QD=61.5812;RBI=0.063479;REFB=0;REVB=0.0475105;RO=0;SAF=54;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415805;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:26:54:0:0:26:54:0:0 chr21 40584598 . C T 850.64 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1937;QD=57.6703;RBI=0.0288479;REFB=0;REVB=0.00819588;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372835;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr21 40670460 . G C 1572.5 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00571718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.501;QD=62.8999;RBI=0.0217141;REFB=-0.0559945;REVB=-0.0209479;RO=1;SAF=53;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886635;STB=0.504672;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000165239;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:46:53:1:0:46:53:1:0 chr21 40685239 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.084;QD=35.5716;RBI=0.0429829;REFB=0;REVB=-0.0429829;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00321469;OID=.;OPOS=40685239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 40686020 . C T 1940.77 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.021543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.906;QD=60.179;RBI=0.0386926;REFB=-0.0149368;REVB=0.0321406;RO=2;SAF=71;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131962;STB=0.506943;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=2.76695e-05;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:56:71:2:0:56:71:2:0 chr21 40686078 . G C 1741.23 PASS AF=0.95935;AO=117;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0728237;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.003;QD=56.6254;RBI=0.076857;REFB=-0.00319666;REVB=0.0245705;RO=5;SAF=62;SAR=55;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367687;STB=0.519081;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=4.68191e-05;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:123:123:5:5:117:118:0.95935:55:62:5:0:55:63:5:0 chr21 40686327 . T C 917.28 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.122;QD=58.2398;RBI=0.085597;REFB=0;REVB=0.0462437;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383603;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:35:27:0:0:35:28:0:0 chr21 40823981 . G A 1353.48 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.308;QD=62.229;RBI=0.0651554;REFB=0;REVB=0.0651359;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77565e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:45:40:0:0:46:41:0:0 chr21 40871810 . T C 205.12 PASS AF=0.376812;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0131615;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3377;QD=11.891;RBI=0.0500309;REFB=-0.0317096;REVB=0.0482687;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117758;STB=0.521722;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0454467;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:38:43:24:26:0.376812:11:13:21:17:13:13:23:20 chr21 40883671 . G A,GAGA 219.81 PASS AF=0.0227273,0.477273;AO=2,20;DP=45;FAO=1,21;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=0,10;FSAR=1,11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0362064,0.00104539;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=51.1292,215.011;QD=19.9825;RBI=0.0419264,0.0417552;REFB=-0.0328522,-0.0525489;REVB=-0.0211404,-0.0417421;RO=23;SAF=1,9;SAR=1,11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0618654,-0.108155;STB=0.99059,0.535365;STBP=0.295,0.663;TYPE=snp,ins;VARB=0.0439957,0.0679486;OID=.,.;OPOS=40883671,40883672;OREF=G,-;OALT=A,AGA;OMAPALT=A,GAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:44:23:22:2,20:1,21:0.0227273,0.477273:1,11:1,9:13:10:1,11:0,10:12:10 chr21 40969826 . G C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.191;QD=60.7162;RBI=0.0405341;REFB=0;REVB=0.0288126;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01109e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr21 41032740 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0142698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.393;QD=20.6008;RBI=0.0163267;REFB=-0.0315892;REVB=-0.00793312;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253371;STB=0.514271;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0337018;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:11:8:9:11:11:8 chr21 41032804 . G A 251.85 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00492876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3558;QD=14.8147;RBI=0.0436907;REFB=-0.0111412;REVB=0.0434118;RO=36;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158667;STB=0.609145;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00950981;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:39:29:29:0.426471:16:13:22:14:16:13:25:14 chr21 41137499 . A G 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00616029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.215;QD=9.88534;RBI=0.0107164;REFB=-0.00211701;REVB=-0.00876886;RO=39;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429645;STB=0.525302;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00470452;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:8:11:24:15:8:11:24:15 chr21 41137507 . G C 158.22 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00324614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5938;QD=9.88855;RBI=0.0286459;REFB=-0.00579043;REVB=-0.0284613;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015445;STB=0.509082;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0128367;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:9:12:24:19:9:12:24:19 chr21 41165462 . C A 208.01 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0193911;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.155;QD=23.7729;RBI=0.020062;REFB=-0.0295929;REVB=0.00514483;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398524;STB=0.535781;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0236367;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:15:20:20:0.571429:11:9:8:8:11:9:8:7 chr21 41297992 . C T 466.3 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0776219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.089;QD=22.4722;RBI=0.0981167;REFB=0.00821775;REVB=0.0600143;RO=38;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277658;STB=0.515291;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00430102;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:24:21:19:19:24:21:19:19 chr21 41416066 . C T 448.39 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.00419043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.801;QD=18.6827;RBI=0.0332507;REFB=-0.00770179;REVB=-0.0329856;RO=51;SAF=34;SAR=11;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846715;STB=0.547384;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00851733;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:11:34:35:16:11:34:35:16 chr21 41434841 . T C 501.97 PASS AF=0.527473;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0298705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4851;QD=22.0645;RBI=0.030301;REFB=-0.0213374;REVB=-0.00508931;RO=43;SAF=28;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102161;STB=0.556353;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0194316;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:43:43:48:48:0.527473:20:28:20:23:20:28:20:23 chr21 41447058 . G C 341.06 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.029729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0244;QD=20.9884;RBI=0.0315689;REFB=-0.00258665;REVB=-0.0106197;RO=29;SAF=20;SAR=15;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101322;STB=0.548645;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00208615;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:30:35:35:0.538462:15:20:13:16:15:20:14:16 chr21 41455854 . G A 407.08 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0245911;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.068;QD=17.3225;RBI=0.0315157;REFB=-0.018095;REVB=-0.0197107;RO=51;SAF=15;SAR=27;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246191;STB=0.632964;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0266575;OID=.;OPOS=41455854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:27:15:31:20:27:15:31:21 chr21 41684090 . C T 365.91 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0135624;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.025;QD=18.5272;RBI=0.0517231;REFB=-0.0211944;REVB=-0.0499133;RO=41;SAF=26;SAR=12;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138089;STB=0.50077;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0196304;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:12:26:28:13:12:26:28:13 chr21 41725630 . G C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0117847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.961;QD=13.5761;RBI=0.012502;REFB=-0.0217875;REVB=-0.0041738;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375174;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0570315;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:11:8:10:3:11:8 chr21 41885146 . C A 32.89 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0620254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.4545;QD=5.98067;RBI=0.0655204;REFB=-0.0560251;REVB=-0.0211135;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.13456;OID=.;OPOS=41885146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:22:15:16:6:6:0.272727:2:4:7:8:2:4:8:8 chr21 42540356 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00598929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.796;QD=12.3961;RBI=0.00598929;REFB=-0.0102267;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223712;OID=.;OPOS=42540356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr21 42622786 . C T 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.31;QD=58.7811;RBI=0.0101283;REFB=0;REVB=0.00985752;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66146e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr21 42694580 . C T 35.81 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=19;FWDB=-0.049957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.349;QD=1.93553;RBI=0.0500027;REFB=-0.000791907;REVB=-0.002138;RO=66;SAF=3;SAR=5;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389281;STB=0.775841;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00531313;OID=.;OPOS=42694580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:66:66:8:8:0.108108:5:3:47:19:5:3:47:19 chr21 42717662 . T C 1257.86 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105453;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.43;QD=61.3588;RBI=0.114716;REFB=0;REVB=0.045161;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257448;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:80:82:1:39:41:1:0:40:42:0:0 chr21 42775555 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0764;QD=35.5751;RBI=0.0146737;REFB=0;REVB=-0.0121267;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152152;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr21 42821113 . T C 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00841379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.694;QD=22.9241;RBI=0.0295331;REFB=-0.00990819;REVB=0.0283092;RO=24;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162256;STB=0.51541;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00751474;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:12:22:16:8:12:22:17:8 chr21 42845362 . G C 54.38 PASS AF=0.1;AO=22;DP=224;FAO=22;FDP=220;FR=.;FRO=198;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=122;FSRR=76;FWDB=-0.107529;FXX=0.0178563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5637;QD=0.988709;RBI=0.108326;REFB=-0.00252722;REVB=-0.013124;RO=187;SAF=21;SAR=1;SRF=112;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536456;STB=0.918274;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.108189;OID=.;OPOS=42845362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:224:220:187:198:22:22:0.1:1:21:112:75:1:21:122:76 chr21 42848560 . CAG C 132.21 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00411679;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.603;QD=24.0389;RBI=0.0159288;REFB=-0.00993939;REVB=0.0153876;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00628185;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:13:22:14:22:8:7:7:4:4:55:8:7:6:4:4 chr21 43161022 . C T 994.51 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0682806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.138;QD=57.6528;RBI=0.0838381;REFB=-0.135215;REVB=0.0486475;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00122457;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:27:41:1:0:27:41:1:0 chr21 43161357 . T C 628.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.319;QD=61.282;RBI=0.0326839;REFB=0;REVB=-0.0157751;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191037;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr21 43161805 . G A 978.98 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237712;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.328;QD=59.3321;RBI=0.0539752;REFB=0;REVB=0.0484587;RO=0;SAF=45;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83568e-05;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:21:45:0:0:21:45:0:0 chr21 43161877 . C T 1055.85 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.616;QD=58.6581;RBI=0.0926101;REFB=0;REVB=0.00709851;RO=1;SAF=49;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040661;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:22:49:1:0:22:50:0:0 chr21 43162150 . G A 1580.97 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0120517;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.626;QD=58.0173;RBI=0.0483692;REFB=-0.142688;REVB=0.0468437;RO=1;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109096;STB=0.501871;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00218949;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:1:2:107:107:0.981651:43:64:0:1:43:64:1:1 chr21 43164232 . C A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.215;QD=56.188;RBI=0.0729054;REFB=0;REVB=0.0534376;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672686;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr21 43218520 . G A 495.52 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00966143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.947;QD=23.3186;RBI=0.010231;REFB=-0.0064549;REVB=0.00336612;RO=38;SAF=27;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702939;STB=0.538565;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00488656;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:20:27:25:13:20:27:25:13 chr21 43218807 . C T 477.99 PASS AF=0.582278;AO=44;DP=77;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.0378169;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5664;QD=24.2021;RBI=0.0603374;REFB=0.0209764;REVB=0.0470158;RO=29;SAF=39;SAR=5;SRF=26;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186846;STB=0.523209;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.00521238;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:29:33:44:46:0.582278:5:39:26:3:7:39:27:6 chr21 43219728 . A T 358.56 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0166646;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.811;QD=14.4873;RBI=0.0185259;REFB=-0.0101398;REVB=-0.00809339;RO=59;SAF=22;SAR=17;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315717;STB=0.51188;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00797712;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:60:39:39:0.393939:17:22:35:24:17:22:35:25 chr21 43220380 . C A,T 919.73 PASS AF=0.953125,0.046875;AO=59,4;DP=63;FAO=61,3;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157187,-0.000748276;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.204,187.1;QD=57.4831;RBI=0.039737,0.0332886;REFB=0,0;REVB=0.0397059,0.0332802;RO=0;SAF=42,2;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000312034,0.0208778;OID=.,.;OPOS=43220380,43220380;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:63:64:0:0:59,4:61,3:0.953125,0.046875:17,2:42,2:0:0:19,1:42,2:0:0 chr21 43221483 . A G 223.24 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.396;QD=49.6079;RBI=0.00425167;REFB=0;REVB=0.00316305;RO=0;SAF=15;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40883e-05;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:2:15:0:0:2:16:0:0 chr21 43221797 . G C 172.24 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0060561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4192;QD=12.9993;RBI=0.0140943;REFB=-0.0707183;REVB=0.0127269;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166326;STB=0.598507;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.111043;OID=.;OPOS=43221797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:26:31:21:22:0.415094:10:11:18:8:10:12:22:9 chr21 43221826 . T C 231.23 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.112184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.103;QD=38.5385;RBI=0.113351;REFB=-0.219784;REVB=-0.0162232;RO=3;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166773;STB=0.52629;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0191649;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:24:24:3:4:20:20:0.833333:8:12:2:1:8:12:3:1 chr21 43239972 . A G 241.16 PASS AF=0.518519;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0127559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.678;QD=17.8637;RBI=0.0289605;REFB=-0.0298664;REVB=0.026;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208309;STB=0.598962;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0372484;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:25:26:25:28:0.518519:9:16:21:4:9:19:22:4 chr21 43305619 . C T 300.92 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00105548;FXX=0.0810701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.648;QD=17.701;RBI=0.0072651;REFB=-0.0135969;REVB=-0.00718802;RO=34;SAF=24;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164182;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:68:34:36:32:32:0.470588:8:24:26:8:8:24:27:9 chr21 43315057 . C T 72.98 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.102642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.828;QD=20.8516;RBI=0.103272;REFB=-0.0273358;REVB=-0.0113819;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157607;STB=0.589973;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0366638;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:1:4:5:4:1:4 chr21 43327793 . C T 1293.56 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0470611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.955;QD=59.4742;RBI=0.0643246;REFB=-0.0453143;REVB=0.0438509;RO=1;SAF=35;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133422;STB=0.513886;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0002316;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:50:35:1:0:50:35:2:0 chr21 43408317 . T TAAAGA 190.28 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0175494;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=5;MLLD=231.799;QD=20.5709;RBI=0.0251293;REFB=-0.00931952;REVB=-0.0179862;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190857;STB=0.618785;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.00749196;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.513514:19:42:19:37:18:12:7:7:11:99:23:12:7:10:13 chr21 43413731 . C T 389.87 PASS AF=0.431579;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0257402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.092;QD=16.4157;RBI=0.0271696;REFB=-0.0103564;REVB=0.00869659;RO=54;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248681;STB=0.507568;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.013964;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:54:54:40:41:0.431579:18:22:31:23:18:23:31:23 chr21 43504228 . T C 297.67 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0202483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.032;QD=16.5375;RBI=0.0237545;REFB=-0.00595566;REVB=-0.0124211;RO=38;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160997;STB=0.60261;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00902233;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:32:33:0.458333:18:14:23:15:19:14:24:15 chr21 43510427 . T C 376.59 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00988341;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.552;QD=18.3702;RBI=0.0283321;REFB=-0.025129;REVB=0.0265523;RO=43;SAF=23;SAR=16;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526556;STB=0.529397;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0128399;OID=.;OPOS=43510427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:16:23:23:20:16:23:23:20 chr21 43510437 . A C 345.59 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00660717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2179;QD=16.8581;RBI=0.0389062;REFB=0.00630591;REVB=0.038341;RO=44;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142641;STB=0.58653;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0120279;OID=.;OPOS=43510437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:45:37:37:0.45122:14:23:21:23:14:23:21:24 chr21 43513989 . C T 254.82 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0151891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3607;QD=22.1581;RBI=0.0399139;REFB=-0.00460473;REVB=0.0369109;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308568;STB=0.526294;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00625598;OID=.;OPOS=43513989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:10:14:13:8:10:14:14:8 chr21 43522349 . T C 594.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.809;QD=60.9551;RBI=0.0328496;REFB=0;REVB=0.0217444;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28848e-05;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr21 43523941 . C A 1102.08 PASS AF=0.518868;AO=107;DP=209;FAO=110;FDP=212;FR=.;FRO=102;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=58;FSRR=44;FWDB=-0.00307034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.644;QD=20.7939;RBI=0.0238801;REFB=-0.0133975;REVB=0.0236819;RO=100;SAF=70;SAR=37;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079713;STB=0.539447;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0102711;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:212:100:102:107:110:0.518868:37:70:57:43:39:71:58:44 chr21 43523972 . G C 1014.72 PASS AF=0.492891;AO=104;DP=209;FAO=104;FDP=211;FR=.;FRO=107;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=65;FSRR=42;FWDB=-0.042205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.439;QD=19.2363;RBI=0.0423227;REFB=-0.0408065;REVB=-0.00315394;RO=105;SAF=55;SAR=49;SRF=63;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655842;STB=0.540185;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0375538;OID=.;OPOS=43523972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:105:107:104:104:0.492891:49:55:63:42:49:55:65:42 chr21 43531008 . T C 2118.24 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0967462;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6885;QD=62.7625;RBI=0.102056;REFB=0;REVB=0.0324904;RO=0;SAF=87;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.96845e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:133:135:1:46:87:0:0:48:87:0:0 chr21 43531553 . A C 255.76 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00205412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.373;QD=15.7389;RBI=0.0540058;REFB=-0.0377379;REVB=-0.0539667;RO=36;SAF=20;SAR=9;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347623;STB=0.696068;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.021464;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:9:20:12:24:9:20:12:24 chr21 43531632 . T C 1450.38 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00553663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.282;QD=57.4406;RBI=0.0336716;REFB=-0.105085;REVB=-0.0332133;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50877;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000360415;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:100:101:0:2:99:99:0.980198:43:56:0:0:43:56:2:0 chr21 43539293 . G A 1955.03 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6766;QD=61.0946;RBI=0.0384744;REFB=-0.0894618;REVB=0.0195383;RO=0;SAF=46;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71351e-08;STB=0.503067;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000333862;OID=.;OPOS=43539293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:126:127:0.992188:80:46:0:0:81:46:0:1 chr21 43547165 . G A 555.97 PASS AF=0.527778;AO=53;DP=104;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0115513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.646;QD=20.5913;RBI=0.0121901;REFB=0.000297578;REVB=-0.00389462;RO=48;SAF=37;SAR=16;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322662;STB=0.529935;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000279146;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:48:51:53:57:0.527778:16:37:35:13:20:37:36:15 chr21 43547788 . T C 850.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.144;QD=57.6352;RBI=0.0353543;REFB=0;REVB=-0.0248051;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0648e-07;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:27:30:0:0:28:31:0:0 chr21 43547873 . G A 1536.26 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.683;QD=63.3511;RBI=0.0553728;REFB=0;REVB=-0.036977;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04409e-06;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:49:45:0:0:49:48:0:0 chr21 43557559 . T A 528.17 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0254836;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8149;QD=17.7535;RBI=0.0276826;REFB=-0.00553473;REVB=0.0108128;RO=62;SAF=32;SAR=24;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834355;STB=0.542358;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00721464;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:63:56:56:0.470588:24:32:30:32:24:32:31:32 chr21 43557698 . A C 486.26 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0354372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.078;QD=21.6117;RBI=0.0674836;REFB=0.0054007;REVB=0.0574303;RO=43;SAF=24;SAR=23;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000856766;STB=0.500473;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.00405567;OID=.;OPOS=43557698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:43:43:47:47:0.522222:23:24:22:21:23:24:22:21 chr21 43641347 . G A 746.71 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0234086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.428;QD=21.8017;RBI=0.0234902;REFB=-0.000476408;REVB=0.00195662;RO=65;SAF=32;SAR=40;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946323;STB=0.551934;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000312168;OID=.;OPOS=43641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:65:72:72:0.525547:40:32:36:29:40:32:36:29 chr21 43691232 . G A 602.41 PASS AF=0.48062;AO=62;DP=129;FAO=62;FDP=129;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00633458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.618;QD=18.6794;RBI=0.0106588;REFB=-0.0110865;REVB=-0.00857228;RO=67;SAF=46;SAR=16;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312915;STB=0.674208;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0128016;OID=.;OPOS=43691232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:67:67:62:62:0.48062:16:46:29:38:16:46:29:38 chr21 43732346 . CGGGGGCA CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA 580.98 PASS AF=0.882353,0,0;AO=43,5,7;DP=86;FAO=75,0,0;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=19,0,0;FSAR=56,0,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.198655,-0.0471795,-0.0798745;FXX=0.0229859;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=12.3813,13.0912,134.97;QD=27.34;RBI=0.26466,0.075277,0.0799576;REFB=-0.145277,-0.131345,0.00540607;REVB=0.174875,0.0586577,-0.00364376;RO=19;SAF=1,5,7;SAR=42,0,0;SRF=2;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.325755,0.821752,0.838023;STB=0.522297,0.5,0.5;STBP=0.318,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0788937,0.0645052,0.0383899;OID=.,.,.;OPOS=43732347,43732351,43732351;OREF=G,GCA,GC;OALT=-,CAG,CG;OMAPALT=CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353,0,0:43,5,7:86:75,0,0:85:10:19,0,0:56,0,0:4:6:20:19:1,5,7:42,0,0:2:17 chr21 43786512 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0592527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.664;QD=28.0156;RBI=0.0594221;REFB=-0.0366076;REVB=0.00448328;RO=20;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242532;STB=0.51336;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0164077;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:16:14:10:10:16:14:10:10 chr21 43786606 . G A 270.16 PASS AF=0.413333;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.015172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.241;QD=14.4087;RBI=0.0152334;REFB=-0.0104849;REVB=0.00136672;RO=44;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355683;STB=0.705753;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0181164;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:44:30:31:0.413333:10:20:14:30:10:21:14:30 chr21 43792869 . C T 1508.0 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.976;QD=59.7228;RBI=0.0440046;REFB=0;REVB=0.0393283;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08263e-05;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:101:0:0:93:101:1:44:49:0:0:47:54:0:0 chr21 43803167 . T C 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0304425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.129;QD=13.7721;RBI=0.0304826;REFB=-0.0179803;REVB=0.00156311;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28558;STB=0.67452;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0648789;OID=.;OPOS=43803167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:31:20:20:0.392157:14:6:17:13:14:6:18:13 chr21 43803308 . C CTA 228.0 PASS AF=0.5;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0239691;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=227.619;QD=20.7275;RBI=0.0239719;REFB=-0.00330271;REVB=0.000362281;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110603;STB=0.546176;STBP=0.5;TYPE=ins;VARB=0.00383545;OID=.;OPOS=43803309;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:21:45:22:44:22:9:13:11:11:99:22:8:13:11:11 chr21 43805637 . C T 319.03 PASS AF=0.382979;AO=37;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0445195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7859;QD=13.5759;RBI=0.046751;REFB=0.0151472;REVB=0.0142712;RO=57;SAF=17;SAR=20;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182226;STB=0.590913;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0298423;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:58:37:36:0.382979:20:17:36:21:19:17:36:22 chr21 43852232 . C T 569.23 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0165513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.623;QD=21.6851;RBI=0.0166042;REFB=-0.0388757;REVB=-0.00132371;RO=46;SAF=33;SAR=24;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135349;STB=0.564932;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0312619;OID=.;OPOS=43852232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:46:48:57:57:0.542857:24:33:19:27:24:33:21:27 chr21 43854985 . A C 505.95 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0623286;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9584;QD=18.2323;RBI=0.064134;REFB=-0.0128277;REVB=0.0151103;RO=57;SAF=35;SAR=18;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115983;STB=0.567716;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0145952;OID=.;OPOS=43854985;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:53:54:0.486486:18:35:31:26:18:36:31:26 chr21 43863521 . A G 205.39 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.018455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0898;QD=12.8368;RBI=0.0215641;REFB=-0.0151418;REVB=-0.0111544;RO=39;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392858;STB=0.522562;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0290234;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:15:10:17:22:15:10:17:22 chr21 43913125 . T C 900.65 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0108537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.042;QD=25.018;RBI=0.0110164;REFB=-0.0146101;REVB=-0.0018862;RO=62;SAF=55;SAR=27;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506814;STB=0.527646;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00857881;OID=.;OPOS=43913125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:62:62:82:82:0.569444:27:55:38:24:27:55:38:24 chr21 44180443 . C T 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.023519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.69;QD=11.6127;RBI=0.0245153;REFB=-0.0162083;REVB=0.00691786;RO=52;SAF=20;SAR=9;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690787;STB=0.548688;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0224772;OID=.;OPOS=44180443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:53:29:29:0.353659:9:20:33:19:9:20:33:20 chr21 44323529 . G A 206.63 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0209691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.148;QD=11.0204;RBI=0.0450882;REFB=-0.0169769;REVB=-0.0399155;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252746;STB=0.646354;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0313635;OID=.;OPOS=44323529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:16:10:30:19:16:10:30:19 chr21 44371114 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00746908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.08;QD=42.1809;RBI=0.0335593;REFB=0;REVB=0.0327176;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242586;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr21 44430325 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.255;QD=53.2769;RBI=0.0165872;REFB=0;REVB=-0.0153963;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70246e-05;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr21 44437142 . A G 368.35 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0213856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8569;QD=47.529;RBI=0.0257708;REFB=-0.00999821;REVB=0.0143801;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842652;STB=0.615293;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00161805;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:1:3:28:28:0.903226:23:5:1:0:23:5:3:0 chr21 44450392 . TGTGTGTGTGT CGCGTGTGTGC 329.67 PASS AF=1;AO=13;DP=33;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23811;FXX=0.46142;HRUN=1;LEN=11;MLLD=146.002;QD=62.7943;RBI=0.251465;REFB=0;REVB=0.0808603;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00257989;OID=.;OPOS=44450392;OREF=TGTGTGTGTGT;OALT=CGCGTGTGTGC;OMAPALT=CGCGTGTGTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:21:0:0:13:21:1:1:12:0:0:1:20:0:0 chr21 44450404 . C T 171.24 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00429971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.471;QD=17.5629;RBI=0.0556224;REFB=-0.0282749;REVB=-0.055456;RO=21;SAF=17;SAR=1;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741367;STB=0.928731;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00419742;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:1:17:5:16:1:17:5:16 chr21 44480616 . G A 965.45 PASS AF=0.986111;AO=63;DP=66;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0952215;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3519;QD=53.636;RBI=0.108305;REFB=-0.0782036;REVB=0.0516032;RO=2;SAF=27;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336963;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00645296;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:72:2:1:63:71:0.986111:36:27:2:0:36:35:1:0 chr21 44592483 . T G 329.76 PASS AF=0.539683;AO=32;DP=61;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00786248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.312;QD=20.9369;RBI=0.0141516;REFB=-0.022942;REVB=0.0117665;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397002;STB=0.51931;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0163324;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:21:29:32:34:0.539683:15:17:10:11:15:19:15:14 chr21 44835508 . A G 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6997;QD=46.8361;RBI=0.0252683;REFB=0;REVB=0.0024175;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682792;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr21 44837551 . G A 510.23 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0586631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=147.638;QD=39.2487;RBI=0.113606;REFB=-0.193033;REVB=0.0972883;RO=4;SAF=33;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119491;STB=0.597776;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00328527;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:52:4:10:42:42:0.807692:9:33:1:3:9:33:4:6 chr21 44837555 . G A 884.16 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0629321;FXX=0.0149231;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.962;QD=53.5856;RBI=0.0949985;REFB=-0.015325;REVB=0.0711637;RO=3;SAF=48;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111786;STB=0.505927;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000363654;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:3:3:63:63:0.954545:15:48:2:1:15:48:2:1 chr21 44839085 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00592541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2695;QD=19.6465;RBI=0.0230552;REFB=-0.00140312;REVB=0.0222807;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932099;STB=0.553098;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00232457;OID=.;OPOS=44839085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:2:6:7:4:2:6 chr21 44840138 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000611768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.363;QD=13.314;RBI=0.00429913;REFB=-0.0159001;REVB=-0.00425537;RO=33;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14616;STB=0.584534;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0233047;OID=.;OPOS=44840138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:6:16:20:13:6:16:20:13 chr21 45092257 . T A 877.17 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.132448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.751;QD=54.8231;RBI=0.136952;REFB=-0.148105;REVB=0.0348346;RO=2;SAF=26;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451316;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00182789;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:64:2:1:61:63:0.984375:35:26:1:1:36:27:0:1 chr21 45096206 . G A 754.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.801;QD=56.9152;RBI=0.0468994;REFB=0;REVB=0.0454391;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67528e-05;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:16:35:0:0:18:35:0:0 chr21 45107518 . A G 1209.54 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284117;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.97;QD=61.2424;RBI=0.0285712;REFB=0;REVB=-0.00301442;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7333e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr21 45107562 . T C 1208.89 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.882;QD=61.2095;RBI=0.0638704;REFB=0;REVB=0.0534335;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.20865e-05;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr21 45152500 . G A 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00849461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.281;QD=15.782;RBI=0.0103845;REFB=-0.0170809;REVB=-0.00597328;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482873;STB=0.536103;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0258067;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:16:12:11:12:17:12 chr21 45157446 . A AG,G 49.82 PASS AF=0.164384,0.0273973;AO=12,6;DP=79;FAO=12,2;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=3,0;FSAR=9,2;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.103356,-0.0292438;FXX=0.0519413;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=16.2316,149.981;QD=2.72983;RBI=0.146258,0.0438191;REFB=-0.0458334,-0.00240956;REVB=-0.103483,-0.032633;RO=61;SAF=7,0;SAR=5,6;SRF=31;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0939701,-0.591867;STB=0.6989,0.994643;STBP=0.145,0.194;TYPE=ins,snp;VARB=0.162757,0.036556;OID=.,.;OPOS=45157447,45157446;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:79:73:61:59:12,6:12,2:0.164384,0.0273973:5,6:7,0:31:30:9,2:3,0:28:31 chr21 45168884 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0276745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.947;QD=10.8236;RBI=0.0289799;REFB=-0.0207294;REVB=0.00859998;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254163;STB=0.650922;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0367449;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:15:8:7:5:15:8 chr21 45181189 . C G 634.02 PASS AF=0.558559;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00893614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.665;QD=22.8476;RBI=0.0135392;REFB=-0.0161413;REVB=0.0101713;RO=49;SAF=31;SAR=31;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074123;STB=0.540528;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0240373;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:62:62:0.558559:31:31:29:20:31:31:29:20 chr21 45181446 . G A 660.93 PASS AF=0.448485;AO=73;DP=164;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0132618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.33;QD=16.0225;RBI=0.0617182;REFB=-0.0201231;REVB=0.0602765;RO=89;SAF=35;SAR=38;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701729;STB=0.528634;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.027821;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:89:91:73:74:0.448485:38:35:49:40:38:36:49:42 chr21 45210932 . G A 156.74 PASS AF=0.275;AO=21;DP=79;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0367621;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.444;QD=7.83682;RBI=0.0372024;REFB=-0.0147821;REVB=-0.00570707;RO=57;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316333;STB=0.702883;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0263379;OID=.;OPOS=45210932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:57:58:21:22:0.275:8:13:20:37:8:14:20:38 chr21 45215051 . A G 414.25 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=9;FWDB=-0.0110259;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9183;QD=18.8295;RBI=0.011309;REFB=0.0159331;REVB=-0.00251475;RO=46;SAF=29;SAR=13;SRF=37;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132953;STB=0.573497;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00823759;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:13:29:37:9:13:29:37:9 chr21 45215055 . C G 422.34 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0017687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.213;QD=18.9817;RBI=0.027522;REFB=-0.009165;REVB=-0.0274651;RO=45;SAF=35;SAR=7;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202403;STB=0.589541;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00827537;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:42:43:0.483146:7:35:31:14:8:35:32:14 chr21 45217559 . T C 1080.36 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.366;QD=60.0202;RBI=0.0372108;REFB=0;REVB=0.00635947;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64307e-05;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr21 45217929 . T C 499.55 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0304547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.174;QD=16.934;RBI=0.0304741;REFB=-0.0437424;REVB=0.0010875;RO=64;SAF=19;SAR=35;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237631;STB=0.632481;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0336632;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:35:19:38:26:35:19:38:26 chr21 45219524 . T C 193.0 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=-0.0238029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6044;QD=12.0625;RBI=0.0239939;REFB=0.0069745;REVB=-0.00302155;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302486;STB=0.671749;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0144052;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:12:12:31:9:12:12:31:9 chr21 45220483 . A G 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0123178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.19;QD=23.5742;RBI=0.0127475;REFB=-0.0303962;REVB=-0.00328193;RO=35;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119249;STB=0.565503;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0255585;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:19:26:15:20:19:26:15:20 chr21 45220787 . A G 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000454952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.37;QD=60.712;RBI=0.0282685;REFB=0;REVB=-0.0282648;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0231e-05;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr21 45528919 . G A 1666.91 PASS AF=0.957983;AO=113;DP=119;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0197935;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.959;QD=56.0306;RBI=0.0430806;REFB=-0.253079;REVB=0.0382643;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.520322;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00241266;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:119:119:0:5:113:114:0.957983:59:54:0:0:59:55:0:5 chr21 45538647 . T C 746.4 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.257;QD=53.3143;RBI=0.0289382;REFB=-0.150358;REVB=-0.0211946;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00118475;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:0:1:54:55:0.982143:22:32:0:0:22:33:1:0 chr21 45538725 . C A 1051.79 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0128141;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.743;QD=52.5895;RBI=0.0189005;REFB=0.0102708;REVB=0.0138935;RO=5;SAF=48;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636262;STB=0.512138;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.000445142;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:80:80:5:6:74:74:0.925:26:48:3:2:26:48:3:3 chr21 45540919 . A G 2068.26 PASS AF=0.992537;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0418446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.892;QD=61.7392;RBI=0.0421716;REFB=-0.0529377;REVB=-0.00524151;RO=1;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798788;STB=0.504201;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000134882;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:134:1:1:132:133:0.992537:59:73:0:1:59:74:0:1 chr21 45544594 . T C 2296.49 PASS AF=0.993151;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00600537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.244;QD=62.9175;RBI=0.0306982;REFB=-0.113066;REVB=0.0301051;RO=1;SAF=66;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605804;STB=0.503184;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000131402;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:146:1:1:144:145:0.993151:78:66:0:1:78:67:0:1 chr21 45553596 . T C 1244.28 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5578;QD=60.6964;RBI=0.135317;REFB=0;REVB=0.134756;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484415;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:72:82:1:52:20:0:0:62:20:0:0 chr21 45565473 . C T 279.02 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0110025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.341;QD=41.3366;RBI=0.0112699;REFB=-0.102593;REVB=-0.00244037;RO=4;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102655;STB=0.55551;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00188343;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:16:7:0:4:16:7:0:4 chr21 45648880 . C T 231.83 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0359421;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.406;QD=29.9141;RBI=0.0627534;REFB=-0.0133489;REVB=0.0514407;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777624;STB=0.542817;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00510067;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:3:7:12:9:3:7 chr21 45649494 . A G 784.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8503;QD=64.0626;RBI=0.028701;REFB=0;REVB=0.023416;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96322e-05;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr21 45649499 . G A 182.71 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00394487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.352;QD=16.2405;RBI=0.00439652;REFB=-0.0323581;REVB=-0.00194097;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458849;STB=0.537344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0422481;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:13:12:10:9:14:12 chr21 45649640 . C T 104.71 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0222605;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2355;QD=11.6345;RBI=0.0656994;REFB=-0.0265104;REVB=0.0618133;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110534;STB=0.540926;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0337914;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:22:12:14:0.388889:5:7:13:6:6:8:14:8 chr21 45649778 . A G 752.62 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=66;FSAR=14;FSRF=62;FSRR=35;FWDB=0.0334269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.569;QD=17.0083;RBI=0.035641;REFB=-0.0157437;REVB=-0.0123662;RO=94;SAF=66;SAR=14;SRF=60;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25349;STB=0.643414;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0281393;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:97:80:80:0.451977:14:66:60:34:14:66:62:35 chr21 45649848 . T C 467.44 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=6;FWDB=-0.000294166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.312;QD=16.8448;RBI=0.000310398;REFB=-0.00226755;REVB=-9.9061e-05;RO=60;SAF=44;SAR=7;SRF=54;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818681;STB=0.545293;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00293763;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:60:60:51:51:0.459459:7:44:54:6:7:44:54:6 chr21 45656774 . C T 460.4 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.000593203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.122;QD=21.168;RBI=0.00906658;REFB=-0.00511661;REVB=0.00904715;RO=41;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503387;STB=0.520539;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00498112;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:42:45:45:0.517241:19:26:26:15:19:26:26:16 chr21 45709906 . C G 221.95 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00624038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.62;QD=18.4957;RBI=0.00969921;REFB=-0.0220104;REVB=-0.00742512;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124296;STB=0.570546;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0219511;OID=.;OPOS=45709906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:12:14:9:13:12:14 chr21 45732116 . C T 1866.13 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242533;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.49;QD=60.6872;RBI=0.0255819;REFB=0.0393409;REVB=-0.0081369;RO=0;SAF=64;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75944e-08;STB=0.504347;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000305085;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:0:1:121:122:0.99187:57:64:0:0:57:65:0:1 chr21 45741640 . TGG TG,TGT 1176.78 PASS AF=0.93662,0.0633803;AO=25,9;DP=142;FAO=133,9;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=96,0;FSAR=37,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.917769,0.0535525;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.69212,277.637;QD=33.1487;RBI=1.0335,0.0901827;REFB=0,0;REVB=-0.475203,-0.0725606;RO=83;SAF=4,0;SAR=21,9;SRF=82;SRR=1;SSEN=0.326531,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.820252,-0.89239;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0190504,0.0375372;OID=.,.;OPOS=45741641,45741642;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.93662,0.0633803:25,9:142:133,9:142:0:96,0:37,9:0:0:23:83:4,0:21,9:82:1 chr21 45750112 . C T 386.25 PASS AF=0.470588;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=0.00352097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.895;QD=18.1766;RBI=0.0118522;REFB=-0.0193248;REVB=0.0113171;RO=45;SAF=28;SAR=11;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587415;STB=0.520651;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0227913;OID=.;OPOS=45750112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:45:45:39:40:0.470588:11:28:30:15:12:28:30:15 chr21 45750145 . T C 427.33 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0672019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.479;QD=15.5394;RBI=0.0768123;REFB=0.00526335;REVB=-0.0372026;RO=62;SAF=28;SAR=20;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193842;STB=0.510865;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0116643;OID=.;OPOS=45750145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:62:48:48:0.436364:20:28:35:27:20:28:35:27 chr21 45751822 . G A 739.07 PASS AF=0.490446;AO=75;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=18;FSAR=59;FSRF=22;FSRR=58;FWDB=-0.0215881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.468;QD=18.8299;RBI=0.0413973;REFB=-0.0330319;REVB=0.0353226;RO=80;SAF=18;SAR=57;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435986;STB=0.52843;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0517178;OID=.;OPOS=45751822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:80:75:77:0.490446:57:18:22:58:59:18:22:58 chr21 45844751 . A G 4484.05 PASS AF=0.982877;AO=287;DP=292;FAO=287;FDP=292;FR=.;FRO=5;FSAF=160;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0415346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.945;QD=61.4253;RBI=0.0420222;REFB=-0.0268097;REVB=-0.00638253;RO=5;SAF=160;SAR=127;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183998;STB=0.509652;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000414686;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:292:292:5:5:287:287:0.982877:127:160:0:5:127:160:0:5 chr21 45878637 . A G 191.79 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0998562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.88;QD=47.9464;RBI=0.103685;REFB=0;REVB=0.0279174;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767927;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:14:16:1:10:4:0:0:12:4:0:0 chr21 45993673 . G A 246.72 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0278934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.59;QD=31.8351;RBI=0.02869;REFB=-0.0147498;REVB=-0.00671368;RO=8;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224043;STB=0.606318;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0123955;OID=.;OPOS=45993673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:13:9:7:1:13:9:7:2 chr21 46011468 . G A 160.06 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4017;QD=45.7315;RBI=0.0537422;REFB=0;REVB=0.0342717;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211637;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr21 46011745 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.636;QD=45.8068;RBI=0.0553071;REFB=0;REVB=0.0486888;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629489;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr21 46011751 . C T 156.74 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.689;QD=44.7835;RBI=0.109086;REFB=0;REVB=0.0389399;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017011;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr21 46012240 . A G 130.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2723;QD=43.4442;RBI=0.100456;REFB=0;REVB=0.0889121;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470853;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr21 46020527 . C T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.06;QD=57.3927;RBI=0.0588465;REFB=-0.0253078;REVB=-0.0365395;RO=1;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718031;STB=0.53844;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000326412;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:6:31:0:1:6:31:0:1 chr21 46021370 . T C 115.13 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.232;QD=41.8641;RBI=0.146673;REFB=0;REVB=0.0536779;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210281;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:7:4:0:0 chr21 46021390 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0712415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8612;QD=23.2171;RBI=0.0797833;REFB=-0.107055;REVB=0.0359168;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.028967;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr21 46021607 . A G 516.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6633;QD=59.0627;RBI=0.0615216;REFB=0;REVB=-0.0155705;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411006;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr21 46021759 . A G 1475.76 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262037;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.695;QD=63.4736;RBI=0.0271569;REFB=0;REVB=-0.00713209;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30225e-05;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:48:44:0:0:49:44:0:0 chr21 46021934 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.235;QD=62.3495;RBI=0.0327943;REFB=0;REVB=0.0264977;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164827;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr21 46021946 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4638;QD=63.2859;RBI=0.0580277;REFB=0;REVB=-0.0580143;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427572;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr21 46021954 . CTG C 656.63 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106643;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.609;QD=62.5358;RBI=0.0106931;REFB=0;REVB=0.000784835;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.20344e-05;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:44:42:42:0:21:21:0:0:4:0:20:20:0:0 chr21 46032094 . A G 423.83 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.01;QD=56.5108;RBI=0.0189963;REFB=0;REVB=0.00662509;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188347;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:5:24:0:0:5:25:0:0 chr21 46067147 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC 71.25 PASS AF=0,0.55,0.05;AO=3,6,2;DP=20;FAO=0,11,1;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6,1;FSAR=0,5,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0569732,0.127251,-0.0248849;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=64.7279,17.8828,21.6673;QD=14.2502;RBI=0.090946,0.173038,0.0953647;REFB=0.0345149,-0.0843927,-0.0628311;REVB=-0.0708888,0.117257,0.0920606;RO=8;SAF=3,2,2;SAR=0,4,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.73181,0.0912889,0.684179;STB=0.5,0.622427,0.993369;STBP=1,0.279,0.263;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0878063,0.0731579;OID=.,.,.;OPOS=46067147,46067148,46067152;OREF=GC,C,CA;OALT=CG,-,AC;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:20:20:8:8:3,6,2:0,11,1:0,0.55,0.05:0,4,0:3,2,2:2:6:0,5,0:0,6,1:2:6 chr21 46233836 . C A 1011.47 PASS AF=0.985714;AO=64;DP=64;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7365;QD=57.7983;RBI=0.0504888;REFB=0.0224916;REVB=0.0331596;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=6.32308e-05;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:70:0:1:64:69:0.985714:20:44:0:0:22:47:1:0 chr21 46311813 . A G 1311.68 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0866411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.233;QD=59.6218;RBI=0.0886024;REFB=-0.222771;REVB=-0.018539;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.510867;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00618152;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:88:1:2:85:86:0.977273:41:44:1:0:41:45:2:0 chr21 46314907 . T A 1057.73 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00736417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.885;QD=57.9577;RBI=0.0152668;REFB=-0.15155;REVB=0.0133732;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000813472;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:34:37:0:1:34:38:0:1 chr21 46328099 . T C 737.02 PASS AF=0.446927;AO=74;DP=174;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=-0.0409448;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.105;QD=16.4697;RBI=0.0410142;REFB=-0.0114328;REVB=-0.0023848;RO=98;SAF=31;SAR=43;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220642;STB=0.511898;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0106191;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:98:99:74:80:0.446927:43:31:39:59:46:34:40:59 chr21 46353637 . T C 1853.98 PASS AF=0.537994;AO=172;DP=326;FAO=177;FDP=329;FR=.;FRO=152;FSAF=103;FSAR=74;FSRF=100;FSRR=52;FWDB=-0.0124431;FXX=0.00604211;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.19;QD=22.5408;RBI=0.0162512;REFB=-0.00490641;REVB=0.0104533;RO=148;SAF=102;SAR=70;SRF=98;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616568;STB=0.536496;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0041647;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:329:148:152:172:177:0.537994:70:102:98:50:74:103:100:52 chr21 46353678 . G A 1363.34 PASS AF=0.52988;AO=133;DP=251;FAO=133;FDP=251;FR=.;FRO=118;FSAF=73;FSAR=60;FSRF=76;FSRR=42;FWDB=0.0345462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9062;QD=21.7265;RBI=0.0431529;REFB=-0.0177265;REVB=0.0258599;RO=118;SAF=73;SAR=60;SRF=76;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836179;STB=0.545581;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0121941;OID=.;OPOS=46353678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:118:118:133:133:0.52988:60:73:76:42:60:73:76:42 chr21 46353949 . C G 248.38 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00418314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.216;QD=13.993;RBI=0.0244884;REFB=-0.0198741;REVB=-0.0241285;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789119;STB=0.544754;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0206423;OID=.;OPOS=46353949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:11:18:29:13:11:18:29:13 chr21 46353985 . A G 230.72 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0228598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3983;QD=14.4201;RBI=0.0249476;REFB=0.0408969;REVB=-0.00999056;RO=37;SAF=20;SAR=7;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984229;STB=0.555517;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0567626;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:7:20:30:7:7:20:30:7 chr21 46354055 . A G 1722.64 PASS AF=0.991379;AO=83;DP=117;FAO=115;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=74;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024217;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8662;QD=59.4014;RBI=0.150284;REFB=0.146206;REVB=-0.14832;RO=0;SAF=64;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28385e-08;STB=0.503355;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00123558;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:116:0:1:83:115:0.991379:19:64:0:0:41:74:1:0 chr21 46355710 . A G 727.99 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=36;FSRR=60;FWDB=-0.0267562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.532;QD=16.7353;RBI=0.0267826;REFB=-0.0158063;REVB=0.00118886;RO=96;SAF=39;SAR=39;SRF=36;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12429;STB=0.568948;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0209835;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:96:78:78:0.448276:39:39:36:60:39:39:36:60 chr21 46572572 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4119;QD=57.8842;RBI=0.0555175;REFB=0;REVB=-0.0210379;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34547e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr21 46641968 . G A 527.31 PASS AF=0.414966;AO=46;DP=132;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=59;FSRR=27;FWDB=0.00775283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.807;QD=14.3484;RBI=0.00959715;REFB=-0.0362123;REVB=-0.00565675;RO=86;SAF=20;SAR=26;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280288;STB=0.577615;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0374258;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:147:86:86:46:61:0.414966:26:20:59:27:27:34:59:27 chr21 46875564 . T C 1281.9 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.493;QD=61.7784;RBI=0.102527;REFB=0;REVB=-0.0120452;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164999;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr21 46876083 . A G 488.55 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519224;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.387;QD=59.2176;RBI=0.05224;REFB=0;REVB=0.00575238;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125715;OID=.;OPOS=46876083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:19:12:0:0:19:14:0:0 chr21 46876561 . TGGGGGGG GTGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC 36.02 PASS AF=0,0.3,0.1;AO=3,4,2;DP=20;FAO=0,6,2;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=0,4,2;FSAR=0,2,0;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.126641,0.038911,0.0267301;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=22.9987,9.29964,25.6447;QD=7.20337;RBI=0.127437,0.0703311,0.0803153;REFB=-0.0608676,-0.132506,-0.0660105;REVB=0.0142203,0.0585866,0.0757367;RO=11;SAF=2,3,2;SAR=1,1,0;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.502877,0.562299,0.711767;STB=0.5,0.757857,0.996437;STBP=1,0.174,0.039;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0868782,0.125472,0.0911766;OID=.,.,.;OPOS=46876561,46876562,46876568;OREF=TG,G,G;OALT=GT,-,C;OMAPALT=GTGGGGGG,TGGGGGG,TGGGGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:20:20:11:12:3,4,2:0,6,2:0,0.3,0.1:1,1,0:2,3,2:2:9:0,2,0:0,4,2:3:9 chr21 46876580 . C T 202.83 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113626;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9572;QD=45.0727;RBI=0.115804;REFB=-0.147195;REVB=0.0223566;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0103892;OID=.;OPOS=46876580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr21 46896303 . C G 1156.11 PASS AF=1;AO=64;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103813;FXX=0.0253133;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.4392;QD=60.0579;RBI=0.19198;REFB=0;REVB=0.161491;RO=3;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437452;OID=.;OPOS=46896303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:3:0:64:77:1:27:37:1:2:35:42:0:0 chr21 46896312 . G T 1360.74 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519222;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.142;QD=62.5627;RBI=0.0757251;REFB=0;REVB=0.0551215;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166818;OID=.;OPOS=46896312;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:41:46:0:0:41:46:0:0 chr21 46902273 . A G 979.88 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804936;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.634;QD=58.5005;RBI=0.0517896;REFB=0;REVB=0.0511602;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13131e-05;OID=.;OPOS=46902273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:50:67:1:30:20:0:0:37:30:0:0 chr21 46912658 . G GCCCGCCACTGCCCT 272.3 PASS AF=0.609756;AO=23;DP=42;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0110199;FXX=0;HRUN=3;LEN=14;MLLD=325.689;QD=26.5655;RBI=0.011541;REFB=-0.0219424;REVB=-0.00342877;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27988;STB=0.619138;STBP=0.071;TYPE=ins;VARB=0.0122967;OID=.;OPOS=46912659;OREF=-;OALT=CCCGCCACTGCCCT;OMAPALT=GCCCGCCACTGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.609756:23:42:25:41:16:11:14:12:4:99:17:9:14:13:4 chr21 46923906 . G A 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.01607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8049;QD=14.1957;RBI=0.0290934;REFB=-0.0117143;REVB=0.0242525;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235461;STB=0.63426;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0245742;OID=.;OPOS=46923906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:14:9:20:12:14:9:20:12 chr21 46951556 . A G 1516.42 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2124;QD=58.89;RBI=0.026623;REFB=0;REVB=0.0113038;RO=0;SAF=72;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56302e-06;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:98:103:1:26:72:0:0:28:75:0:0 chr21 46957794 . T C 3194.89 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270674;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.217;QD=64.2188;RBI=0.0661406;REFB=0;REVB=0.0603484;RO=0;SAF=114;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42527e-05;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:199:0:0:199:199:1:85:114:0:0:85:114:0:0 chr21 47329352 . T C 1805.53 PASS AF=1;AO=113;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=78;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00968431;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.399;QD=60.6899;RBI=0.0230376;REFB=0;REVB=-0.0209032;RO=0;SAF=73;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59302e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360516;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:113:119:1:40:73:0:0:41:78:0:0 chr21 47409503 . A G 1080.47 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.51;QD=60.0259;RBI=0.0233866;REFB=0;REVB=0.0231841;RO=0;SAF=58;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31695e-05;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:14:58:0:0:14:58:0:0 chr21 47417415 . C A 381.02 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.134889;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5761;QD=39.0789;RBI=0.136561;REFB=-0.0574014;REVB=0.021304;RO=11;SAF=1;SAR=29;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63101;STB=0.809753;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0309207;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:39:11:9:30:30:0.769231:29:1:6:5:29:1:4:5 chr21 47420725 . TC T,TG 1665.8 PASS AF=1,0;AO=25,71;DP=102;FAO=113,0;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=68,0;FSAR=45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505738,-0.525473;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.0557,35.6264;QD=58.9665;RBI=0.0687425,0.526492;REFB=0,0;REVB=0.0465598,0.0327319;RO=0;SAF=2,60;SAR=23,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.34264e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000498903,-0.0207799;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:25,71:102:113,0:113:0:68,0:45,0:0:0:9:0:2,60:23,11:0:0 chr21 47536546 . C T 1437.75 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359186;FXX=0.0297;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0695;QD=58.6839;RBI=0.0376774;REFB=-0.0279266;REVB=-0.0113772;RO=1;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104228;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-4.25919e-05;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:98:1:1:97:97:0.989796:45:52:0:1:45:52:0:1 chr21 47538960 . G A 708.46 PASS AF=0.965517;AO=48;DP=54;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0433387;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.709;QD=48.8594;RBI=0.0886787;REFB=-0.202198;REVB=0.077367;RO=3;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625875;STB=0.517851;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0182487;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:58:3:2:48:56:0.965517:21:27:0:3:27:29:0:2 chr21 47542861 . A C,G 535.94 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,34;DP=36;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331771,-0.000188259;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.855,52.014;QD=57.9389;RBI=0.0435266,0.00342873;REFB=0,0;REVB=-0.0281752,0.00342356;RO=0;SAF=1,21;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.182953,-0.00653542;OID=.,.;OPOS=47542861,47542861;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:37:0:0:2,34:2,35:0.0540541,0.945946:1,13:1,21:0:0:1,14:1,21:0:0 chr21 47545155 . A G 1465.44 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2846;QD=62.359;RBI=0.0892203;REFB=0;REVB=-0.0871993;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531688;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:89:94:1:37:52:0:0:38:56:0:0 chr21 47545768 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000170298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.961;QD=60.2299;RBI=0.0382305;REFB=0;REVB=-0.0382301;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026749;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr21 47545823 . G A 954.41 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00469746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.129;QD=54.5378;RBI=0.0749689;REFB=-0.0992217;REVB=0.0748216;RO=2;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289069;STB=0.509464;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00122513;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:2:3:67:67:0.957143:30:37:1:1:30:37:1:2 chr21 47545826 . C T 1012.01 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9855;QD=57.8294;RBI=0.0265346;REFB=-0.0583006;REVB=0.0144182;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00101006;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:32:36:1:0:32:37:1:0 chr21 47545913 . G A 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.396;QD=60.9522;RBI=0.0439456;REFB=0;REVB=0.0260749;RO=0;SAF=64;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03088e-05;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:52:64:0:0:52:64:0:0 chr21 47556793 . C T 614.95 PASS AF=0.888889;AO=46;DP=52;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0524466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.877;QD=45.5518;RBI=0.0539455;REFB=-0.0476787;REVB=0.0126285;RO=3;SAF=35;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064923;STB=0.5861;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000845505;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:52:54:3:6:46:48:0.888889:11:35:1:2:11:37:1:5 chr21 47558473 . G C 81.81 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.637;QD=32.7259;RBI=0.0718332;REFB=-0.0400445;REVB=-0.0262964;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0094177;OID=.;OPOS=47558473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr21 47575372 . C T 380.0 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0537298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2785;QD=52.4132;RBI=0.0557781;REFB=-0.090407;REVB=0.0149767;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0484773;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr21 47613570 . T C 63.06 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.108884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9003;QD=3.88054;RBI=0.110117;REFB=-0.0489137;REVB=-0.0164309;RO=52;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103617;STB=0.552976;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.149173;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:65:52:54:11:11:0.169231:5:6:24:28:5:6:26:28 chr21 47613621 . C T 49.44 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.0296114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.703;QD=2.38273;RBI=0.0502381;REFB=-0.0204776;REVB=-0.0405837;RO=71;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926851;STB=0.560528;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.127845;OID=.;OPOS=47613621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:83:83:71:72:11:11:0.13253:7:4:31:40:7:4:31:41 chr21 47676711 . G A 1048.97 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6273;QD=59.0971;RBI=0.0837191;REFB=0;REVB=0.0670538;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010736;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:28:42:0:0:28:43:0:0 chr21 47685939 . A G 1530.6 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667441;FXX=0.0377323;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.784;QD=60.0235;RBI=0.033471;REFB=0;REVB=0.0327988;RO=0;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62449e-05;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:101:102:1:43:58:0:0:43:59:0:0 chr21 47687032 . G A 213.1 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0305585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.502;QD=14.4471;RBI=0.0306364;REFB=-0.0096332;REVB=0.0021836;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318547;STB=0.692766;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00871669;OID=.;OPOS=47687032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:34:34:23:25:0.423729:14:9:24:10:16:9:24:10 chr21 47721985 . A ATGG,G 414.76 PASS AF=0.785714,0;AO=27,2;DP=53;FAO=33,0;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=33,0;FSAR=0,0;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0230973,-0.0332202;FXX=0.10636;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=113.715,68.8251;QD=39.5006;RBI=0.0230973,0.0332202;REFB=-0.145159,-0.0670632;REVB=0,0;RO=21;SAF=27,2;SAR=0,0;SRF=21;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0291453,0;OID=.,.;OPOS=47721986,47721985;OREF=-,A;OALT=TGG,G;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:53:42:21:9:27,2:33,0:0.785714,0:0,0:27,2:21:0:0,0:33,0:9:0 chr21 47734659 . G A 795.31 PASS AF=0.882353;AO=60;DP=68;FAO=60;FDP=68;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.01368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.101;QD=46.7832;RBI=0.0206261;REFB=-0.179518;REVB=0.0154368;RO=3;SAF=33;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409888;STB=0.538909;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00288492;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:68:3:8:60:60:0.882353:27:33:3:0:27:33:7:1 chr21 47738035 . C T 488.4 PASS AF=0.52809;AO=47;DP=89;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0161549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.064;QD=21.9504;RBI=0.0186073;REFB=-0.040611;REVB=0.00923325;RO=40;SAF=17;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141025;STB=0.567982;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0217293;OID=.;OPOS=47738035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:42:47:47:0.52809:30:17:21:19:30:17:21:21 chr21 47777063 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=324.842;QD=57.0008;RBI=0.0328663;REFB=0;REVB=0.0310593;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21927e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr21 47783796 . T C 937.6 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.229;QD=58.6001;RBI=0.0307752;REFB=0;REVB=-0.0254303;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022232;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr21 47786817 . C G 1484.29 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268636;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5755;QD=59.9712;RBI=0.0810222;REFB=0;REVB=0.0764392;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552591;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr21 47787002 . T C 1065.75 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622896;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.696;QD=60.0425;RBI=0.0185007;REFB=0;REVB=0.0174206;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20905e-05;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr21 47848310 . G C 73.32 PASS AF=0.0861538;AO=28;DP=325;FAO=28;FDP=325;FR=.;FRO=297;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=118;FSRR=179;FWDB=-0.0800637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.962;QD=0.902385;RBI=0.083196;REFB=-0.00108873;REVB=-0.0226138;RO=274;SAF=25;SAR=3;SRF=98;SRR=176;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589491;STB=0.913572;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.136797;OID=.;OPOS=47848310;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:325:325:274:297:28:28:0.0861538:3:25:98:176:3:25:118:179 chr21 47970581 . G A 1208.88 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7496;QD=61.2089;RBI=0.0620715;REFB=0;REVB=0.0410457;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99133e-05;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr21 47974582 . A G 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5889;QD=58.5975;RBI=0.0145363;REFB=0;REVB=0.0110065;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186771;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:42:22:0:0:42:22:0:0 chr21 47978321 . G GC 1180.92 PASS AF=1;AO=95;DP=118;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.6937;QD=42.1757;RBI=0.148203;REFB=0;REVB=0.1481;RO=15;SAF=52;SAR=43;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0011864;OID=.;OPOS=47978322;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:95:118:112:112:0:65:47:0:0:23:15:52:43:14:1 chr21 48022230 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.991;QD=62.022;RBI=0.0241714;REFB=0;REVB=0.00126144;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127194;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr21 48063476 . C G 1574.68 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0208807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6468;QD=57.7863;RBI=0.0226674;REFB=-0.0226336;REVB=-0.00882087;RO=2;SAF=41;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418871;STB=0.502065;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00266527;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:109:2:2:106:107:0.981651:65:41:1:1:65:42:1:1 chr22 16287372 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0267853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.974;QD=8.30755;RBI=0.027694;REFB=-0.00389534;REVB=-0.00703587;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587761;STB=0.874063;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0120257;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:7:1:11:6:7:1:12:6 chr22 17072483 . A G 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.807;QD=64.4027;RBI=0.0448168;REFB=0;REVB=-0.0360796;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72039e-05;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr22 17073065 . CA C,CG 234.74 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100504,0.0605001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.363,145.378;QD=49.4183;RBI=0.101255,0.0620754;REFB=0,0;REVB=0.0123074,0.0138956;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0177124,-0.0037256;OID=.,.;OPOS=17073066,17073066;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,17:19:2,17:19:0:0,8:2,9:0:0:9:0:0,8:2,9:0:0 chr22 17073475 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0214713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.014;QD=9.88521;RBI=0.037852;REFB=0.00181138;REVB=0.031173;RO=39;SAF=15;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273016;STB=0.663527;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00419127;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:4:15:23:16:4:15:23:16 chr22 17264565 . G T 379.21 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0159852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.814;QD=21.9829;RBI=0.016134;REFB=-0.00477326;REVB=-0.00218595;RO=30;SAF=28;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185939;STB=0.601262;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00520962;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:30:31:37:38:0.550725:9:28:17:13:9:29:18:13 chr22 17265124 . A C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00983499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.291;QD=24.2041;RBI=0.0117413;REFB=-0.00153841;REVB=0.0064133;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350648;STB=0.69544;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000776276;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:2:10:6:12:2:10 chr22 17446991 . C T 1218.59 PASS AF=0.932584;AO=83;DP=89;FAO=83;FDP=89;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0119301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9602;QD=54.768;RBI=0.0807933;REFB=-0.224397;REVB=-0.0799076;RO=5;SAF=67;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340436;STB=0.521424;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0108688;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:89:89:5:6:83:83:0.932584:16:67:5:0:16:67:6:0 chr22 17469026 . G A 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.016082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.591;QD=9.18852;RBI=0.0225033;REFB=-0.0171975;REVB=0.0157406;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180307;STB=0.610053;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0331182;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:13:12:7:4:13:12 chr22 17469049 . C A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0282259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.493;QD=4.30363;RBI=0.0352458;REFB=-0.00126707;REVB=-0.0211085;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1572;STB=0.608324;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00714859;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:12:14:4:2:12:14 chr22 17586471 . C T 344.59 PASS AF=0.284884;AO=46;DP=171;FAO=49;FDP=172;FR=.;FRO=123;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=81;FSRR=42;FWDB=-0.00421625;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.384;QD=8.01368;RBI=0.00615513;REFB=-0.0127559;REVB=-0.00448429;RO=124;SAF=22;SAR=24;SRF=82;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225095;STB=0.620081;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0266566;OID=.;OPOS=17586471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:124:123:46:49:0.284884:24:22:82:42:25:24:81:42 chr22 17602839 . G A 959.26 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0061086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.565;QD=57.2695;RBI=0.0243112;REFB=-0.154741;REVB=-0.0235312;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000585456;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:22:44:0:0:22:44:1:0 chr22 17603477 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.401;QD=62.3139;RBI=0.0368926;REFB=0;REVB=0.0204194;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40758e-05;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:37:49:0:0:37:49:0:0 chr22 17630486 . C A 351.15 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00656822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.94;QD=34.258;RBI=0.0393098;REFB=-0.00172421;REVB=-0.0387571;RO=12;SAF=26;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319468;STB=0.677375;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000409195;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:3:26:7:5:3:26:7:5 chr22 17640399 . G GGGC 104.09 PASS AF=0.206897;AO=14;DP=104;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0199801;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=198.27;QD=4.78586;RBI=0.0278403;REFB=-0.027088;REVB=-0.0193876;RO=87;SAF=9;SAR=5;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27939;STB=0.648521;STBP=0.176;TYPE=ins;VARB=0.112429;OID=.;OPOS=17640400;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:14:104:18:87:69:11:7:29:40:99:87:9:5:36:51 chr22 17662793 . A G 333.93 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00377746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.05;QD=12.8435;RBI=0.0459261;REFB=-0.0190914;REVB=0.0457705;RO=64;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578177;STB=0.532866;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0384208;OID=.;OPOS=17662793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:64:40:40:0.384615:19:21:37:27:19:21:37:27 chr22 17690430 . C G 341.53 PASS AF=0.634615;AO=26;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000781713;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=137.569;QD=26.2719;RBI=0.00664368;REFB=-0.00315952;REVB=0.00659753;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727196;STB=0.544457;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00232343;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:18:26:33:0.634615:15:11:4:9:16:17:7:11 chr22 17990852 . G A 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0154876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.365;QD=19.2748;RBI=0.015488;REFB=-0.0117909;REVB=-0.000116785;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752782;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0111527;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:12:11:14:11:12:11:15:11 chr22 18209612 . CA C,CG 332.81 PASS AF=0.48,0.52;AO=6,16;DP=23;FAO=12,13;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=4,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422031,0.0226161;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.922,109.365;QD=53.2502;RBI=0.0428525,0.108322;REFB=0,0;REVB=0.00743231,-0.105935;RO=0;SAF=6,1;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00209186,0.0197452;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.48,0.52:6,16:23:12,13:25:0:8,1:4,12:0:0:80:0:6,1:0,15:0:0 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 329.01 PASS AF=0.516779,0.0671141,0;AO=39,11,11;DP=147;FAO=77,10,0;FDP=149;FR=.;FRO=62;FSAF=37,9,0;FSAR=40,1,0;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0924148,0.11673,-0.00834002;FXX=0.0132442;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=8.13836,12.3303,35.4641;QD=8.83252;RBI=0.096108,0.136936,0.0871088;REFB=-0.159539,-0.117601,-0.0441233;REVB=0.0263865,0.0715932,-0.0867086;RO=53;SAF=25,10,0;SAR=14,1,11;SRF=23;SRR=30;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.213871,0.599967,-0.698105;STB=0.527375,0.9041,0.5;STBP=0.503,0.01,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.164568,0.101173,0;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:53:62:39,11,11:77,10,0:0.516779,0.0671141,0:14,1,11:25,10,0:23:30:40,1,0:37,9,0:26:36 chr22 18570851 . C T 587.65 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=74;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0380556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.204;QD=31.7648;RBI=0.0408885;REFB=-0.0288323;REVB=-0.0149546;RO=23;SAF=39;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227504;STB=0.623748;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0168893;OID=.;OPOS=18570851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:23:23:51:51:0.689189:12:39:10:13:12:39:10:13 chr22 18571008 . G A 336.54 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00229409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.747;QD=17.2583;RBI=0.0257704;REFB=-0.0199778;REVB=0.0256681;RO=41;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182236;STB=0.517232;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0115311;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:41:42:36:36:0.461538:20:16:19:22:20:16:20:22 chr22 18571828 . T C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0159158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.546;QD=16.4438;RBI=0.0159246;REFB=0.00414406;REVB=0.000531451;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12594;STB=0.572954;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00256743;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:17:3:6:21:17:3:6:21 chr22 18628715 . C T 343.04 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0238567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.768;QD=37.0851;RBI=0.0239104;REFB=0.00102773;REVB=-0.00160022;RO=8;SAF=13;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146659;STB=0.522228;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.000245511;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:8:9:28:28:0.756757:15:13:4:4:15:13:5:4 chr22 18835221 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.641;QD=42.1822;RBI=0.0842513;REFB=0;REVB=0.0816155;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104727;OID=.;OPOS=18835221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr22 18870955 . CG GA 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00733706;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=218.398;QD=5.19185;RBI=0.0163293;REFB=-0.00859884;REVB=-0.0145882;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851674;STB=0.55636;STBP=0.786;TYPE=mnp;VARB=0.0355787;OID=.;OPOS=18870955;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:13:13:3:4:13:13 chr22 18870981 . G C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00765173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.798;QD=11.4393;RBI=0.029143;REFB=-0.00621075;REVB=0.0281205;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282588;STB=0.680392;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0142149;OID=.;OPOS=18870981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:9:4:13:10:9:4:14:10 chr22 18900750 . G A 747.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.606;QD=63.5853;RBI=0.0586743;REFB=0;REVB=0.00373002;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262967;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:15:29:0:0:16:31:0:0 chr22 18901004 . C T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0432267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.214;QD=47.8139;RBI=0.05263;REFB=0.0337068;REVB=0.0300228;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.517225;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-4.75585e-05;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:1:0:7:14:1:0 chr22 18904414 . A G 735.3 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8849;QD=54.4667;RBI=0.0288925;REFB=-0.0237827;REVB=-0.00633294;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181625;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:18:34:0:1:20:34:0:0 chr22 18905977 . C T 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0328665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.328;QD=11.3359;RBI=0.0340036;REFB=-0.0159401;REVB=0.00871965;RO=43;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084587;STB=0.549028;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0217852;OID=.;OPOS=18905977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:11:13:20:23:11:13:20:23 chr22 18907124 . G A 1192.38 PASS AF=0.921348;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=89;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0291563;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.437;QD=53.5903;RBI=0.0308644;REFB=-0.0159208;REVB=0.0101254;RO=4;SAF=47;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289132;STB=0.51158;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000358797;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:89:89:4:7:82:82:0.921348:35:47:1:3:35:47:3:4 chr22 18908875 . A G 1052.87 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.042;QD=58.493;RBI=0.0985378;REFB=-0.0715927;REVB=-0.0735011;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00405227;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:1:0:71:72:1:33:38:1:0:33:39:0:0 chr22 18912678 . A G 1530.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0598379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1388;QD=63.751;RBI=0.0598615;REFB=0;REVB=0.00168116;RO=0;SAF=55;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126076;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:41:55:0:0:41:55:0:0 chr22 18913201 . C T 522.78 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.00734941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.115;QD=21.1223;RBI=0.0326912;REFB=-0.0407581;REVB=0.0318544;RO=48;SAF=32;SAR=18;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562034;STB=0.507039;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0288946;OID=.;OPOS=18913201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:48:49:50:50:0.505051:18:32:31:17:18:32:32:17 chr22 19026613 . A G 525.0 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0181016;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1017;QD=23.8634;RBI=0.075102;REFB=-0.00583028;REVB=-0.0728879;RO=38;SAF=20;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954076;STB=0.558454;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00569281;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:29:20:20:18:29:20:21:18 chr22 19032878 . T TAAAC 50.0 PASS AO=31;DP=71;LEN=4;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=14;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=19032879;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=TAAAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:71:40:31:21:17:19:14 chr22 19034240 . A G 909.18 PASS AF=0.564626;AO=75;DP=139;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0401413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.908;QD=24.7396;RBI=0.0435519;REFB=-0.0477212;REVB=0.0168949;RO=64;SAF=40;SAR=35;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246849;STB=0.503651;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0296207;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:147:64:64:75:83:0.564626:35:40:36:28:37:46:36:28 chr22 19048413 . A G 671.99 PASS AF=0.565217;AO=65;DP=115;FAO=65;FDP=115;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0380138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.394;QD=23.3736;RBI=0.0387986;REFB=-0.0162865;REVB=-0.00776381;RO=50;SAF=33;SAR=32;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856327;STB=0.546752;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0230998;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:50:50:65:65:0.565217:32:33:20:30:32:33:20:30 chr22 19048436 . G A 650.3 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0436045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.58;QD=27.9701;RBI=0.0437338;REFB=-0.0139168;REVB=-0.00336139;RO=36;SAF=30;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384984;STB=0.520944;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0090942;OID=.;OPOS=19048436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:27:30:17:19:27:30:17:19 chr22 19132061 . C T 501.59 PASS AF=0.321429;AO=64;DP=196;FAO=63;FDP=196;FR=.;FRO=133;FSAF=52;FSAR=11;FSRF=82;FSRR=51;FWDB=0.0551406;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1428;QD=10.2365;RBI=0.0849769;REFB=-0.0184201;REVB=-0.0646574;RO=128;SAF=52;SAR=12;SRF=83;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251254;STB=0.686182;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0587556;OID=.;OPOS=19132061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:128:133:64:63:0.321429:12:52:83:45:11:52:82:51 chr22 19163577 . C CAT 1457.17 PASS AF=1;AO=94;DP=106;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340466;FXX=0.0666603;HRUN=0;LEN=2;MLLD=304.597;QD=59.4763;RBI=0.046034;REFB=0;REVB=0.0309832;RO=7;SAF=64;SAR=30;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.48242e-05;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:106:98:98:0:65:33:0:0:8:7:64:30:3:4 chr22 19165478 . A G 73.07 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0617914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.036;QD=9.13325;RBI=0.0647593;REFB=-0.0489939;REVB=-0.0193802;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512177;STB=0.824218;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0547714;OID=.;OPOS=19165478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:9:1:10:12:9:1:10:12 chr22 19167385 . C A 904.18 PASS AF=0.594203;AO=80;DP=133;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.024469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4896;QD=26.208;RBI=0.107902;REFB=0.00327432;REVB=-0.105091;RO=53;SAF=45;SAR=35;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045152;STB=0.519101;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00211439;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:138:53:56:80:82:0.594203:35:45:33:20:36:46:34:22 chr22 19167409 . T C 828.46 PASS AF=0.625;AO=75;DP=120;FAO=75;FDP=120;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.000128058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9455;QD=27.6154;RBI=0.00896025;REFB=-0.0102359;REVB=0.00895933;RO=45;SAF=40;SAR=35;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154686;STB=0.508378;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00494248;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:45:45:75:75:0.625:35:40:25:20:35:40:25:20 chr22 19167421 . G A 285.77 PASS AF=0.336364;AO=36;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00539121;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.337;QD=10.3918;RBI=0.0587043;REFB=-0.00934592;REVB=0.0584562;RO=71;SAF=21;SAR=15;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970824;STB=0.50526;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.017432;OID=.;OPOS=19167421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:73:36:37:0.336364:15:21:42:29:16:21:42:31 chr22 19168288 . C T 173.55 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0113762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.854;QD=9.64188;RBI=0.0182191;REFB=-0.0323866;REVB=0.0142309;RO=49;SAF=14;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203364;STB=0.511969;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0687026;OID=.;OPOS=19168288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:9:14:29:20:9:14:29:20 chr22 19170956 . C T 197.75 PASS AF=0.298851;AO=26;DP=87;FAO=26;FDP=87;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=0.0362316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.983;QD=9.09195;RBI=0.0362639;REFB=-0.0100823;REVB=0.00153002;RO=60;SAF=12;SAR=14;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1821;STB=0.600625;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0182486;OID=.;OPOS=19170956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:60:61:26:26:0.298851:14:12:37:23:14:12:37:24 chr22 19172006 . T C 2571.84 PASS AF=1;AO=164;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197269;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.542;QD=61.6009;RBI=0.0277566;REFB=0;REVB=-0.0195263;RO=0;SAF=90;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37524e-05;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:167:0:0:164:167:1:74:90:0:0:75:92:0:0 chr22 19183884 . C T 203.56 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0207714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.739;QD=10.439;RBI=0.020772;REFB=-0.00943653;REVB=0.00015075;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440059;STB=0.525672;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0238206;OID=.;OPOS=19183884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:14:12:26:26:14:12:26:26 chr22 19184095 . T C 316.67 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0669689;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.699;QD=17.5928;RBI=0.0686499;REFB=-0.0136272;REVB=0.0150989;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395393;STB=0.529395;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0144987;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:33:34:0.472222:17:16:20:18:18:16:20:18 chr22 19189003 . A AC,C 734.4 PASS AF=1,0;AO=32,20;DP=53;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392427,-0.24711;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=27.3429,3.78344;QD=56.4924;RBI=0.0804103,0.255484;REFB=0,0;REVB=0.0701842,0.0648746;RO=1;SAF=11,19;SAR=21,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0405505,-0.0236587;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00256897,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:1:0:32,20:52,0:1,0:21,1:11,19:1:0:22,0:30,0:0:0 chr22 19197896 . T C 1066.54 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.843;QD=58.4407;RBI=0.0280649;REFB=-0.154248;REVB=0.0271668;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122839;STB=0.506492;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000856366;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:38:34:0:1:38:34:0:1 chr22 19230365 . T C 179.09 PASS AF=0.3;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0407789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1866;QD=8.95435;RBI=0.0582693;REFB=0.00374497;REVB=-0.041622;RO=54;SAF=13;SAR=11;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197054;STB=0.611025;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0132374;OID=.;OPOS=19230365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:54:56:24:24:0.3:11:13:38:16:11:13:39:17 chr22 19486600 . C T 721.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268185;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.659;QD=62.7371;RBI=0.0269274;REFB=0;REVB=-0.00241969;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188591;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:30:16:0:0 chr22 19750773 . T C 391.0 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=130;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.00473702;FXX=0.00769172;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6835;QD=12.1239;RBI=0.042916;REFB=-0.0283148;REVB=-0.0426538;RO=77;SAF=17;SAR=30;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269498;STB=0.641809;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0228832;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:77:82:47:47:0.364341:30:17:47:30:30:17:48:34 chr22 19770513 . TCCCT TCCCTC,TCCT 32.75 PASS AF=0,0.3125;AO=5,7;DP=32;FAO=0,10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.228883,0.00346881;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=19.3408,14.7174;QD=4.09395;RBI=0.235295,0.0046473;REFB=-0.0783804,0.0565632;REVB=-0.0545574,0.00309269;RO=15;SAF=2,6;SAR=3,1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.469521;SSSB=-0.294114,0.296779;STB=0.5,0.778152;STBP=1,0.092;TYPE=ins,del;VARB=0,-0.109166;OID=.,.;OPOS=19770518,19770514;OREF=-,C;OALT=C,-;OMAPALT=TCCCTC,TCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.3125:5,7:32:0,10:32:22:0,9:0,1:14:8:33:15:2,6:3,1:10:5 chr22 19776159 . T TG 262.19 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0207312;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=1;MLLD=281.191;QD=14.3663;RBI=0.0224491;REFB=-0.0110109;REVB=-0.00861274;RO=46;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228178;STB=0.622558;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.0191929;OID=.;OPOS=19776160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410959:30:76:30:73:43:20:10:20:23:99:46:20:10:21:25 chr22 19789541 . A C 221.79 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=87;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0098188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.355;QD=10.1974;RBI=0.00982986;REFB=-0.0285988;REVB=-0.00046604;RO=59;SAF=19;SAR=9;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000803891;STB=0.50047;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0512744;OID=.;OPOS=19789541;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:59:28:28:0.321839:9:19:40:19:9:19:40:19 chr22 19898886 . C T 383.41 PASS AF=0.358779;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.0301582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2091;QD=11.7071;RBI=0.0304141;REFB=-0.00794719;REVB=0.00393672;RO=84;SAF=28;SAR=18;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097852;STB=0.561389;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00788511;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:84:84:46:47:0.358779:18:28:44:40:18:29:44:40 chr22 19907099 . C A 1235.39 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0710976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3404;QD=58.8279;RBI=0.0839923;REFB=-0.142319;REVB=0.0447195;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119881;STB=0.500582;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00265236;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:43:39:1:0:43:39:1:1 chr22 19907117 . G GA 744.02 PASS AF=1;AO=7;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449871;FXX=0.0153822;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.228;QD=46.5012;RBI=0.0883913;REFB=0;REVB=-0.0760867;RO=58;SAF=7;SAR=0;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.647168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000170044;OID=.;OPOS=19907118;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:66:64:64:0:33:31:0:0:5:58:7:0:26:32 chr22 19907118 . G A,C 911.78 PASS AF=0.878788,0.106061;AO=58,7;DP=66;FAO=58,7;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26,7;FSAR=32,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278702,0.014379;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=191.515,108.62;QD=55.2594;RBI=0.0428794,0.0213003;REFB=-0.0332211,-0.144805;REVB=0.0325867,0.0157146;RO=0;SAF=26,7;SAR=32,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.09576e-08,0;STB=0.509431,0.5;STBP=0.289,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000689923,0.123315;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:66:66:0:1:58,7:58,7:0.878788,0.106061:32,0:26,7:0:0:32,0:26,7:1:0 chr22 19920949 . G A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00485151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.08;QD=7.74592;RBI=0.010894;REFB=-0.00178474;REVB=-0.00975409;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277132;STB=0.506571;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00532914;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:7:9:24:17:7:9:24:18 chr22 19921003 . T C 611.17 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.064874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7292;QD=58.2064;RBI=0.0787762;REFB=-0.0254875;REVB=-0.0446883;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00034065;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:22:19:0:0:22:19:1:0 chr22 20098359 . T G 766.8 PASS AF=0.606838;AO=71;DP=117;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00108427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.282;QD=26.2154;RBI=0.00468256;REFB=0.00352948;REVB=0.0045553;RO=44;SAF=35;SAR=36;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530271;STB=0.51985;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00272534;OID=.;OPOS=20098359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:44:46:71:71:0.606838:36:35:25:19:36:35:25:21 chr22 20136379 . C A 361.28 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0158279;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2126;QD=13.1375;RBI=0.0442111;REFB=-0.0205122;REVB=0.0412807;RO=66;SAF=21;SAR=22;SRF=42;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157973;STB=0.59305;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.046395;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:66:67:43:43:0.390909:22:21:42:24:22:21:43:24 chr22 20138105 . T C 192.33 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0371628;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.728;QD=9.7385;RBI=0.0378645;REFB=-0.00987206;REVB=-0.00725578;RO=53;SAF=17;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163523;STB=0.591229;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0230835;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:53:54:25:25:0.316456:8:17:29:24:8:17:30:24 chr22 20138208 . A AC,C 82.23 PASS AF=0.0969388,0.0459184;AO=34,14;DP=199;FAO=19,9;FDP=196;FR=.;FRO=168;FSAF=17,9;FSAR=2,0;FSRF=85;FSRR=83;FWDB=-0.0850883,-0.0916312;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=63.3447,75.0599;QD=1.67815;RBI=0.0992635,0.110341;REFB=-0.000812607,0.00177771;REVB=-0.0511197,-0.0614725;RO=145;SAF=30,12;SAR=4,2;SRF=67;SRR=78;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.568637,0.456329;STB=0.875866,0.998823;STBP=0.003,0.003;TYPE=ins,snp;VARB=0.131404,0.065833;OID=.,.;OPOS=20138209,20138208;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:199:196:145:168:34,14:19,9:0.0969388,0.0459184:4,2:30,12:67:78:2,0:17,9:85:83 chr22 20302814 . GCCCCG GCCC,GCCCC,GCCCG,GCCCGG 171.97 PASS AF=0.88,0.04,0,0;AO=8,3,4,2;DP=24;FAO=22,1,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=16,1,0,0;FSAR=6,0,0,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.239403,0.552053,-0.0849621,-0.327077;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=2,1,1,1;MLLD=13.4012,7.37722,8.33221,7.54744;QD=27.5149;RBI=0.251229,0.659548,0.247114,0.462131;REFB=-0.0205135,0.0400888,-0.0744741,-0.0675002;REVB=-0.0761741,-0.36089,0.232049,0.326475;RO=5;SAF=6,0,4,2;SAR=2,3,0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.450091,0,0.450091,0;SSSB=0.121731,-0.698233,0.700982,0.589598;STB=0.57136,0.993266,0.5,0.5;STBP=0.059,0.226,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0409532,0.0698137,0.0137014,0;OID=.,.,.,.;OPOS=20302818,20302819,20302815,20302818;OREF=CG,G,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCC,GCCCG,GCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88,0.04,0,0:8,3,4,2:24:22,1,0,0:25:2:16,1,0,0:6,0,0,0:0:2:9:5:6,0,4,2:2,3,0,0:3:2 chr22 20458029 . A C 273.9 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0184401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.21;QD=15.2169;RBI=0.0374403;REFB=-0.0120127;REVB=-0.0325843;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246578;STB=0.639797;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0266754;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:10:21:18:23:10:21:18:23 chr22 20729885 . C T 386.97 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00389214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.584;QD=36.8539;RBI=0.0241463;REFB=-0.0141157;REVB=-0.0238306;RO=11;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117031;STB=0.563512;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0019381;OID=.;OPOS=20729885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:16:15:8:3:16:15:8:3 chr22 20759672 . G A 469.75 PASS AF=0.661538;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=65;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00956146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3626;QD=28.9077;RBI=0.0480605;REFB=-0.0267777;REVB=0.0470998;RO=22;SAF=29;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117803;STB=0.564172;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0182476;OID=.;OPOS=20759672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:22:43:43:0.661538:14:29:11:11:14:29:11:11 chr22 20761192 . GC TT 569.29 PASS AF=0.542857;AO=50;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0106926;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.237;QD=21.6871;RBI=0.0188734;REFB=-0.0197161;REVB=0.0155523;RO=38;SAF=27;SAR=23;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100255;STB=0.53581;STBP=0.448;TYPE=mnp;VARB=0.0172309;OID=.;OPOS=20761192;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:48:50:57:0.542857:23:27:21:17:27:30:29:19 chr22 20771144 . A T 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.536;QD=59.8933;RBI=0.0246126;REFB=-0.0247341;REVB=-0.011243;RO=1;SAF=46;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101822;STB=0.505375;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000475807;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:34:46:1:0:34:46:1:0 chr22 20784050 . T A 144.96 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.012954;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.4;QD=10.1726;RBI=0.025084;REFB=-0.00674058;REVB=0.0214803;RO=38;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303413;STB=0.517872;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.011878;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:38:19:19:0.333333:8:11:21:17:8:11:21:17 chr22 20800835 . A G 130.47 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0238591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.247;QD=7.35044;RBI=0.0249953;REFB=-0.0090695;REVB=-0.00745061;RO=51;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406354;STB=0.73631;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0288792;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:52:19:19:0.267606:6:13:17:34:6:13:18:34 chr22 20847472 . A T 196.66 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00144098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.936;QD=10.776;RBI=0.0433638;REFB=-0.0130042;REVB=-0.0433399;RO=44;SAF=21;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442221;STB=0.77555;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0122745;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:48:25:25:0.342466:4:21:22:22:4:21:23:25 chr22 20862646 . T G 417.76 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0247537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.767;QD=22.5813;RBI=0.0268164;REFB=-0.0106943;REVB=-0.0103139;RO=32;SAF=17;SAR=24;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142986;STB=0.57215;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00773819;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:33:41:41:0.554054:24:17:19:13:24:17:19:14 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 170.59 PASS AF=0.272727,0.25;AO=11,12;DP=44;FAO=12,11;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=3,0;FSAR=9,11;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0122459,-0.10642;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=237.127,20.5701;QD=15.5077;RBI=0.0166599,0.109346;REFB=-0.00397059,-0.0731423;REVB=0.0112956,0.0251255;RO=20;SAF=2,0;SAR=9,12;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.646975,-0.851255;STB=0.821454,0.999148;STBP=0.013,0;TYPE=ins,del;VARB=0.00573503,0.129325;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.25:11,12:44:12,11:44:21:3,0:9,11:17:4:99:20:2,0:9,12:17:3 chr22 20905575 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00215851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.223;QD=11.7808;RBI=0.0059903;REFB=-0.0061675;REVB=0.0055879;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.509422;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.012513;OID=.;OPOS=20905575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:15:16:0.340426:6:9:17:14:7:9:17:14 chr22 20940085 . G A 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000723116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.822;QD=10.8234;RBI=0.0521848;REFB=-0.0124044;REVB=0.0521798;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148019;STB=0.609973;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0420598;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:9:3:8:14:9:3:9:14 chr22 21044815 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0119075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.449;QD=9.47556;RBI=0.0157392;REFB=0.00216658;REVB=0.0102925;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860954;STB=0.551901;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00479118;OID=.;OPOS=21044815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:16:5:3:7:16:5 chr22 21044848 . A T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00408095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.446;QD=9.82172;RBI=0.0293932;REFB=-0.0220618;REVB=-0.0291086;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168692;STB=0.510186;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.029894;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:17:6:3:8:17:6 chr22 21044943 . C T 50.73 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0118644;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.463;QD=4.8311;RBI=0.0276139;REFB=-0.00357796;REVB=-0.0249352;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055012;STB=0.545344;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0814532;OID=.;OPOS=21044943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:33:34:8:8:0.190476:3:5:22:11:3:5:23:11 chr22 21045012 . T C 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0103993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.475;QD=4.55553;RBI=0.0490687;REFB=-0.00480491;REVB=-0.0479541;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347683;STB=0.741459;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0224875;OID=.;OPOS=21045012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:27:30:7:7:0.189189:1:6:17:10:1:6:19:11 chr22 21045617 . G A 172.98 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0327801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.61;QD=11.3431;RBI=0.035461;REFB=-0.0207368;REVB=-0.0135259;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06817;STB=0.539439;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0376211;OID=.;OPOS=21045617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:27:12:8:14:27:12 chr22 21066789 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00901843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.123;QD=64.4154;RBI=0.0189767;REFB=0;REVB=0.0166968;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17717e-05;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr22 21066897 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.609;QD=44.6889;RBI=0.0493591;REFB=0;REVB=-0.0105889;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764567;OID=.;OPOS=21066897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 21079909 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.271;QD=60.9752;RBI=0.0430389;REFB=0;REVB=0.0412457;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192087;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr22 21141300 . T C 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.925;QD=61.5351;RBI=0.0312498;REFB=0;REVB=0.0292884;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95518e-05;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr22 21167787 . G A 319.61 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0248864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.491;QD=18.5283;RBI=0.0354025;REFB=0.00644111;REVB=0.0251794;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105062;STB=0.523391;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00419757;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:34:33:35:0.507246:18:15:12:23:20:15:13:21 chr22 21301004 . CT C,CC 370.09 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=11,15;DP=26;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302651,0.0382139;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=273.668,278.714;QD=54.8279;RBI=0.0491006,0.0524327;REFB=0,0;REVB=0.0386639,0.035901;RO=0;SAF=4,0;SAR=7,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0060169,0.00465672;OID=.,.;OPOS=21301005,21301005;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:11,15:26:3,24:27:0:1,4:2,20:0:0:10:0:4,0:7,15:0:0 chr22 21304408 . A G 785.3 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.337;QD=64.1062;RBI=0.0376615;REFB=0;REVB=0.013866;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139131;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr22 21306743 . A G 234.86 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0120813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1532;QD=18.7886;RBI=0.0620389;REFB=-0.0152519;REVB=0.0608512;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149702;STB=0.584702;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0321636;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:16:11:13:10:16:11 chr22 21307388 . T C 169.96 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0372659;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3497;QD=8.82897;RBI=0.0374481;REFB=-0.0101361;REVB=0.0036897;RO=50;SAF=17;SAR=6;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20906;STB=0.643806;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0224659;OID=.;OPOS=21307388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:50:54:23:23:0.298701:6:17:29:21:6:17:30:24 chr22 21307709 . TTAAA T,TAA,TAAAC 88.29 PASS AF=0,0.473684,0.105263;AO=6,7,2;DP=32;FAO=0,9,2;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,8,2;FSAR=0,1,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0517032,0.0541847,-0.0108073;FXX=0.366544;HRUN=4,4,4;LEN=4,2,4;MLLD=37.133,20.3833,105.427;QD=18.5884;RBI=0.0593706,0.0708615,0.0239473;REFB=-0.0653916,-0.14565,-0.0133876;REVB=0.029183,0.0456658,-0.02137;RO=12;SAF=5,6,2;SAR=1,1,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0.325513,0.325513,0;SSSB=0.243254,0.286112,0.505787;STB=0.5,0.631235,0.992036;STBP=1,0.452,0.392;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,0.148771,0.0888076;OID=.,.,.;OPOS=21307710,21307710,21307710;OREF=TAAA,TA,TAAA;OALT=-,-,AAAC;OMAPALT=T,TAA,TAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684,0.105263:6,7,2:32:0,9,2:19:8:0,8,2:0,1,0:6:2:61:12:5,6,2:1,1,0:8:4 chr22 21307715 . C A 46.28 PASS AF=0.25;AO=6;DP=34;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0276494;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.661;QD=5.14228;RBI=0.0277076;REFB=-0.0340197;REVB=-0.00179606;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.123686;OID=.;OPOS=21307715;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:34:36:26:27:6:9:0.25:1:5:16:10:3:6:18:9 chr22 21327589 . C T 638.08 PASS AF=0.662651;AO=55;DP=84;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0295999;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.028;QD=30.7506;RBI=0.0581311;REFB=-0.0237262;REVB=-0.0500307;RO=28;SAF=35;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199224;STB=0.607978;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0174221;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:28:28:55:55:0.662651:20:35:9:19:20:35:9:19 chr22 21331043 . A T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.661;QD=61.3338;RBI=0.0272485;REFB=0;REVB=0.0261457;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134127;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr22 21335606 . C T 619.81 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0682254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2376;QD=59.0291;RBI=0.0682355;REFB=0.0912405;REVB=-0.00117489;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00180033;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr22 21335611 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.396;QD=62.3509;RBI=0.0117754;REFB=0;REVB=0.0107367;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25973e-05;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr22 21337325 . G A 139.49 PASS AF=0.273973;AO=19;DP=72;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0771717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.507;QD=7.64353;RBI=0.0805048;REFB=-0.0212014;REVB=-0.0229249;RO=53;SAF=13;SAR=6;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17585;STB=0.578112;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0649254;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:53:53:19:20:0.273973:6:13:29:24:7:13:29:24 chr22 21337378 . GGTGA G 35.63 PASS AF=0.169014;AO=9;DP=59;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0182879;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=227.207;QD=2.00704;RBI=0.0339035;REFB=-0.0141104;REVB=-0.0285482;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0.547619;SSEP=0;SSSB=-0.0120019;STB=0.534548;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.0782975;OID=.;OPOS=21337379;OREF=GTGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169014:9:59:12:71:59:7:5:32:27:35:46:5:4:26:20 chr22 21354970 . C G 1297.54 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.985;QD=61.7875;RBI=0.0464952;REFB=0;REVB=0.0458789;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55953e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:84:0:0:78:84:1:33:45:0:0:35:49:0:0 chr22 21377301 . C A 1994.12 PASS AF=0.984848;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00487837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.29;QD=60.4278;RBI=0.00842174;REFB=0.0456162;REVB=0.00686492;RO=1;SAF=58;SAR=72;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812366;STB=0.500825;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-3.26804e-05;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:132:1:2:130:130:0.984848:72:58:1:0:72:58:1:1 chr22 21384578 . C T 504.83 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4786;QD=59.3912;RBI=0.151522;REFB=0;REVB=-0.00209478;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203185;OID=.;OPOS=21384578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:28:34:1:25:3:0:0:25:9:0:0 chr22 21385805 . C T 688.02 PASS AF=0.730769;AO=57;DP=78;FAO=57;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00666553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.553;QD=35.2829;RBI=0.0266163;REFB=-0.0579223;REVB=0.0257682;RO=20;SAF=41;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123131;STB=0.575635;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0148793;OID=.;OPOS=21385805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:20:21:57:57:0.730769:16:41:10:10:16:41:10:11 chr22 21386019 . G A 110.27 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3449;QD=40.0963;RBI=0.224539;REFB=0;REVB=0.0126535;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00666688;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:8:2:1:0:8:3:0:0 chr22 21403375 . CC AT 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0620572;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.092;QD=12.4824;RBI=0.0661144;REFB=-0.00165247;REVB=-0.0228041;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364532;STB=0.709389;STBP=0.116;TYPE=mnp;VARB=0.00381846;OID=.;OPOS=21403375;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:16:3:6:6:16:3 chr22 21570340 . G A 90.73 PASS AF=0.5;AO=9;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0197822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8718;QD=16.4955;RBI=0.0420466;REFB=0.0384287;REVB=0.0371023;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297103;STB=0.745699;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.036475;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:9:11:0.5:8:1:3:7:10:1:4:7 chr22 21797094 . C G 431.38 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.152692;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.3735;QD=50.7503;RBI=0.177636;REFB=-0.0298817;REVB=0.0907727;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103179;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00673337;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:3:1:30:33:0.970588:18:12:3:0:19:14:1:0 chr22 21797102 . G C 426.7 PASS AF=0.967742;AO=20;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.193402;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.845;QD=55.0585;RBI=0.194021;REFB=-0.301302;REVB=0.0154921;RO=3;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261689;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00410661;OID=.;OPOS=21797102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:31:3:1:20:30:0.967742:15:5:1:2:17:13:1:0 chr22 21800444 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.391;QD=57.5446;RBI=0.0539902;REFB=0;REVB=0.0368997;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193346;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:22:35:0:0:22:36:0:0 chr22 21801588 . T A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.791;QD=59.8555;RBI=0.0215984;REFB=0;REVB=0.019472;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71046e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr22 21805509 . G C 230.58 PASS AF=0.55;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00137644;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=221.752;QD=23.0584;RBI=0.00287336;REFB=-0.0230787;REVB=0.00252222;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521149;STB=0.521258;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0130733;OID=.;OPOS=21805509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:10:18:19:22:0.55:14:5:2:8:15:7:5:13 chr22 21822641 . A AC 106.38 PASS AF=0.25;AO=48;DP=185;FAO=46;FDP=184;FR=.;FRO=138;FSAF=1;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=126;FWDB=-0.129119;FXX=0.00540511;HRUN=0;LEN=1;MLLD=130.535;QD=2.31263;RBI=0.129683;REFB=-0.00384838;REVB=0.0120813;RO=129;SAF=3;SAR=45;SRF=10;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720636;STB=0.773634;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.166717;OID=.;OPOS=21822642;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:48:185:46:184:138:1:45:12:126:99:129:3:45:10:119 chr22 21822725 . T C 1227.26 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3825;QD=61.3632;RBI=0.0627126;REFB=0;REVB=-0.0133339;RO=0;SAF=5;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46936e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339932;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:75:5:0:0:75:5:0:0 chr22 21841121 . TTCTTA T 50.0 PASS AO=44;DP=66;LEN=5;RO=22;SAF=27;SAR=26;SRF=9;SRR=4;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=21841122;OREF=TCTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:66:22:44:26:27:9:4 chr22 21982892 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6395;QD=45.8058;RBI=0.13404;REFB=0;REVB=0.077773;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332239;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr22 21984205 . A G 1935.99 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3091;QD=61.46;RBI=0.0231111;REFB=0;REVB=-0.0032231;RO=0;SAF=65;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48103e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196221;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:124:126:1:59:65:0:0:59:67:0:0 chr22 21989621 . C T 988.53 PASS AF=0.569697;AO=93;DP=164;FAO=94;FDP=165;FR=.;FRO=71;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.060452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3408;QD=23.9643;RBI=0.0709382;REFB=-0.00730206;REVB=0.0371186;RO=71;SAF=60;SAR=33;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115348;STB=0.559144;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0052165;OID=.;OPOS=21989621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:71:71:93:94:0.569697:33:60:36:35:34:60:36:35 chr22 21991072 . T C 163.82 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0243569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.84;QD=29.7853;RBI=0.0246603;REFB=-0.0447932;REVB=-0.00385651;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011846;STB=0.506571;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178886;OID=.;OPOS=21991072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:11:5:2:4:11:5:2:4 chr22 21991120 . G A 159.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0517089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.127;QD=26.637;RBI=0.05866;REFB=-0.0345374;REVB=0.0276982;RO=8;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12313;STB=0.568876;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0204744;OID=.;OPOS=21991120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:11:5:4:4:11:5:4:4 chr22 21991234 . T C,TC 32.04 PASS AF=0,0.222222;AO=2,7;DP=36;FAO=0,8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.062362,-0.0326005;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=30.3494,15.097;QD=3.5604;RBI=0.163597,0.0589544;REFB=-0.0211882,-0.0601758;REVB=-0.151244,-0.0491205;RO=27;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515582,-0.535906;STB=0.5,0.861377;STBP=1,0.036;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.148144;OID=.,.;OPOS=21991234,21991235;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:36:36:27:28:2,7:0,8:0,0.222222:2,6:0,1:16:11:0,7:0,1:16:12 chr22 21991350 . T C 109.12 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0345088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.809;QD=24.2488;RBI=0.0432026;REFB=-0.0345043;REVB=0.0259924;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.599822;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0141554;OID=.;OPOS=21991350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:18:5:6:12:12:0.666667:9:3:2:3:9:3:3:3 chr22 22049783 . C T 247.52 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0225218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.019;QD=11.5126;RBI=0.0287211;REFB=-0.0197899;REVB=-0.0178232;RO=55;SAF=18;SAR=12;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221788;STB=0.622039;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0506003;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:12:18:22:33:12:18:23:33 chr22 22115260 . A G 379.46 PASS AF=0.616667;AO=35;DP=60;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00147463;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.668;QD=25.2971;RBI=0.00148592;REFB=-0.0143925;REVB=0.000182801;RO=20;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023776;STB=0.530137;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00521805;OID=.;OPOS=22115260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:23:35:37:0.616667:18:17:9:11:18:19:10:13 chr22 22312315 . C T 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0166748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.745;QD=3.45926;RBI=0.0330907;REFB=-0.017499;REVB=-0.0285822;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14507;STB=0.569429;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0845814;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:38:40:7:7:0.148936:3:4:26:12:3:4:26:14 chr22 22326326 . GC G 252.08 PASS AF=0.680851;AO=29;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.117536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.7321;QD=21.4535;RBI=0.117564;REFB=-0.0624613;REVB=0.00255576;RO=16;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.268505;SSSB=-0.0741399;STB=0.520626;STBP=0.705;TYPE=del;VARB=0.0407446;OID=.;OPOS=22326327;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.680851:29:47:32:47:15:15:17:8:7:71:16:13:16:9:7 chr22 22330082 . T C 386.45 PASS AF=0.610169;AO=32;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0190533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.697;QD=26.2;RBI=0.108236;REFB=-0.0316558;REVB=-0.106546;RO=13;SAF=21;SAR=11;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166922;STB=0.543455;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00698128;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:13:20:32:36:0.610169:11:21:12:1:15:21:14:6 chr22 22453513 . C T 380.21 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00747983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3851;QD=24.9318;RBI=0.0102286;REFB=-0.0272005;REVB=-0.00697689;RO=23;SAF=15;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1132;STB=0.554426;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0188538;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:24:37:37:0.606557:22:15:13:10:22:15:13:11 chr22 22516998 . C T 145.86 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0260491;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.587;QD=8.84016;RBI=0.0291986;REFB=-0.0191898;REVB=-0.013191;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840184;STB=0.54995;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0480581;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:46:20:20:0.30303:11:9:24:22:11:9:24:22 chr22 22517026 . T C 699.0 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.518;QD=54.8232;RBI=0.0203196;REFB=-0.0168111;REVB=0.0112224;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192104;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000123486;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:26:24:1:0:26:24:1:0 chr22 22550401 . C G 197.79 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0877904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.193;QD=10.5488;RBI=0.0879794;REFB=-0.0209983;REVB=-0.00576374;RO=31;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173506;STB=0.618205;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0437831;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:50:20:25:0.333333:14:6:14:17:14:11:31:19 chr22 22550510 . T G 307.89 PASS AF=0.348214;AO=39;DP=112;FAO=39;FDP=112;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00416605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.363;QD=10.996;RBI=0.00985046;REFB=-0.00884965;REVB=-0.00892612;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157486;STB=0.598307;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0191711;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:73:39:39:0.348214:23:16:35:28:23:16:41:32 chr22 22569448 . T A 838.62 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.229;QD=56.8558;RBI=0.0785127;REFB=0;REVB=0.0674138;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307736;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:20:36:0:0:22:37:0:0 chr22 22569554 . C A 271.12 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0100855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4387;QD=23.5759;RBI=0.0244914;REFB=-0.0415572;REVB=-0.0223184;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559217;STB=0.531224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0365076;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:8:17:13:8:8:17:13:8 chr22 22569640 . T G 289.54 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0333277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.233;QD=46.3256;RBI=0.0398478;REFB=-0.0449836;REVB=-0.0218427;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237537;STB=0.542818;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0203028;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:4:19:1:0:4:19:1:1 chr22 22698027 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8485;QD=61.8502;RBI=0.0833845;REFB=0;REVB=0.025854;RO=0;SAF=41;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076609;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:42:41:0:0:42:41:0:0 chr22 22707275 . C A 1327.41 PASS AF=0.742857;AO=104;DP=143;FAO=104;FDP=140;FR=.;FRO=36;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0215895;FXX=0.0209776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.884;QD=37.9261;RBI=0.0215911;REFB=-0.0141447;REVB=-0.000262708;RO=35;SAF=56;SAR=48;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384257;STB=0.517086;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00396015;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:140:35:36:104:104:0.742857:48:56:16:19:48:56:17:19 chr22 22707299 . A C 174.52 PASS AF=0.19863;AO=29;DP=146;FAO=29;FDP=146;FR=.;FRO=117;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=55;FSRR=62;FWDB=-0.12064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8932;QD=4.78137;RBI=0.125826;REFB=-0.0296474;REVB=-0.0357541;RO=109;SAF=15;SAR=14;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509694;STB=0.53771;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0873171;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:109:117:29:29:0.19863:14:15:52:57:14:15:55:62 chr22 22707349 . C A 117.93 PASS AF=0.190476;AO=20;DP=105;FAO=20;FDP=105;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.000970072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.681;QD=4.49263;RBI=0.0202016;REFB=-0.00866612;REVB=-0.0201783;RO=85;SAF=13;SAR=7;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282483;STB=0.679563;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0373273;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:85:85:20:20:0.190476:7:13:36:49:7:13:36:49 chr22 22707351 . G C 124.56 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0402124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.14;QD=4.93321;RBI=0.0414928;REFB=-0.0184891;REVB=-0.0102284;RO=81;SAF=13;SAR=7;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286366;STB=0.680716;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0258896;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:81:20:20:0.19802:7:13:34:47:7:13:34:47 chr22 22707361 . T C 73.96 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=86;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=-0.0722715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.322;QD=3.4402;RBI=0.0741002;REFB=0.00107847;REVB=-0.0163608;RO=70;SAF=8;SAR=5;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331476;STB=0.670741;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0208062;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:86:86:70:72:13:14:0.162791:5:8:24:46:6:8:26:46 chr22 22712467 . T G 1107.02 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466434;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.01;QD=59.0412;RBI=0.0556665;REFB=0;REVB=0.0303833;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316817;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:19:53:0:0:19:56:0:0 chr22 22724341 . A C 326.95 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00989796;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.791;QD=14.8616;RBI=0.0219965;REFB=0.00179541;REVB=-0.0196438;RO=52;SAF=12;SAR=24;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161756;STB=0.591947;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0026803;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:52:36:36:0.409091:24:12:25:27:24:12:25:27 chr22 22724394 . T C 1740.99 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=119;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.034987;FXX=0.025208;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.125;QD=60.0341;RBI=0.0354998;REFB=0.0260116;REVB=0.00601221;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00904472;STB=0.504761;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-2.29524e-05;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:116:1:1:115:115:0.991379:63:52:1:0:63:52:1:0 chr22 22730359 . C G,T 854.94 PASS AF=0.0634921,0.920635;AO=4,53;DP=58;FAO=4,58;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=3,29;FSAR=1,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00440356,0.0330644;FXX=0.0156226;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.206,108.768;QD=54.2821;RBI=0.00786998,0.0429336;REFB=-0.0157526,-0.0182291;REVB=0.00652267,0.0273868;RO=1;SAF=3,25;SAR=1,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119989,-0.0184728;STB=0.571096,0.508472;STBP=0.672,0.508;TYPE=snp,snp;VARB=0.0338282,3.85302e-05;OID=.,.;OPOS=22730359,22730359;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:58:63:1:1:4,53:4,58:0.0634921,0.920635:1,28:3,25:1:0:1,29:3,29:1:0 chr22 22730583 . GT AA 32.11 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.023439;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.123;QD=2.51823;RBI=0.0359876;REFB=-0.00309713;REVB=-0.0273079;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231288;STB=0.666174;STBP=0.418;TYPE=mnp;VARB=0.0181986;OID=.;OPOS=22730583;OREF=GT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:51:42:45:6:6:0.117647:3:3:29:13:3:3:31:14 chr22 22730586 . T C 37.83 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.0793927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.337;QD=2.75146;RBI=0.141203;REFB=-0.000721824;REVB=-0.11677;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198983;STB=0.626048;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00759629;OID=.;OPOS=22730586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:55:47:48:7:7:0.127273:3:4:34:13:3:4:34:14 chr22 22730595 . T A 67.47 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0356027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1209;QD=4.65324;RBI=0.0370748;REFB=-0.0153518;REVB=-0.0103435;RO=45;SAF=8;SAR=3;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246549;STB=0.50393;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0527139;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:45:47:11:11:0.189655:3:8:32:13:3:8:34:13 chr22 22730619 . TC AT 117.63 PASS AF=0.243243;AO=16;DP=72;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=-0.0396623;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=143.036;QD=6.35833;RBI=0.0411369;REFB=-0.0211362;REVB=0.0109156;RO=56;SAF=12;SAR=4;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831391;STB=0.523783;STBP=0.854;TYPE=mnp;VARB=0.0674248;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:56:56:16:18:0.243243:4:12:39:17:5:13:39:17 chr22 22730634 . G A 792.45 PASS AF=0.768293;AO=63;DP=82;FAO=63;FDP=82;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0312948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7839;QD=38.6563;RBI=0.0314635;REFB=-0.0478239;REVB=-0.00325428;RO=19;SAF=43;SAR=20;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000833675;STB=0.500447;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125853;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:19:19:63:63:0.768293:20:43:13:6:20:43:13:6 chr22 22730696 . C T 108.37 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0888304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9183;QD=4.66088;RBI=0.0889902;REFB=-0.0193581;REVB=0.00532987;RO=72;SAF=10;SAR=8;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053594;STB=0.547625;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0880265;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:72:75:18:18:0.193548:8:10:43:29:8:10:46:29 chr22 22730702 . A G 147.98 PASS AF=0.229167;AO=22;DP=96;FAO=22;FDP=96;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0466613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.359;QD=6.166;RBI=0.0476783;REFB=-0.00511152;REVB=-0.00979501;RO=73;SAF=13;SAR=9;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373588;STB=0.518466;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0204888;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:73:74:22:22:0.229167:9:13:41:32:9:13:42:32 chr22 22730787 . GG AA 46.22 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=-0.00917151;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.966;QD=2.25456;RBI=0.0111728;REFB=-0.00174764;REVB=-0.00638085;RO=71;SAF=4;SAR=6;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162822;STB=0.622945;STBP=0.426;TYPE=mnp;VARB=0.0109981;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:82:71:72:10:10:0.121951:6:4:38:33:6:4:39:33 chr22 22730829 . G A 32.2 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0437925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1069;QD=1.92259;RBI=0.0522141;REFB=-0.00227836;REVB=0.0284346;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120641;STB=0.592957;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0263651;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:4:3:32:28:4:3:32:28 chr22 22782150 . G A 874.32 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463815;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.14;QD=56.4075;RBI=0.0585928;REFB=0.0311755;REVB=-0.0358032;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165597;STB=0.508769;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00018902;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:28:33:0:1:28:33:0:1 chr22 22842206 . T C 389.95 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0153599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.1;QD=21.664;RBI=0.0202247;REFB=-0.0241226;REVB=0.0131572;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523656;STB=0.528893;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0146875;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:20:19:14:19:20:19:14:19 chr22 22842957 . T G 776.35 PASS AF=0.680851;AO=64;DP=94;FAO=64;FDP=94;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0242654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.217;QD=33.0361;RBI=0.0246249;REFB=-0.0277904;REVB=0.00419199;RO=26;SAF=31;SAR=33;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839132;STB=0.504988;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00887802;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:26:30:64:64:0.680851:33:31:13:13:33:31:15:15 chr22 22843118 . C T 196.71 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00381747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.67;QD=18.2986;RBI=0.0271403;REFB=-0.00689985;REVB=-0.0268705;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102402;STB=0.558082;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0121221;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:9:14:10:10:9:14 chr22 22899234 . A G 727.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106153;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2376;QD=57.053;RBI=0.0313549;REFB=0;REVB=-0.0295033;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225511;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr22 22937366 . G A 130.58 PASS AF=0.2;AO=22;DP=108;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=-0.0271573;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.28;QD=4.74844;RBI=0.0284475;REFB=-0.00593945;REVB=-0.00846987;RO=86;SAF=10;SAR=12;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173995;STB=0.607748;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0178408;OID=.;OPOS=22937366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:86:88:22:22:0.2:12:10:51:35:12:10:52:36 chr22 22986606 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1364;QD=32.819;RBI=0.116443;REFB=-0.136214;REVB=-0.116443;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148906;OID=.;OPOS=22986606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:9:0:0:1:9:0:0:1 chr22 22988911 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00342007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.633;QD=20.7383;RBI=0.0204221;REFB=-0.0107219;REVB=0.0201336;RO=16;SAF=15;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113259;STB=0.564439;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00612233;OID=.;OPOS=22988911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:3:15:12:4:3:15:12:4 chr22 22989256 . A G 339.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.372;QD=54.2893;RBI=0.0279668;REFB=0;REVB=-0.0189472;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74362e-06;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr22 22989520 . G T 164.4 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.0156489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2904;QD=6.14575;RBI=0.0191715;REFB=0.00102612;REVB=0.0110751;RO=81;SAF=17;SAR=9;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112485;STB=0.568767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00447001;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:81:26:26:0.242991:9:17:46:35:9:17:46:35 chr22 22989622 . T C 52.76 PASS AF=0.129032;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0522158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6609;QD=2.2693;RBI=0.0527424;REFB=0.000762277;REVB=0.00743426;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925762;STB=0.559043;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00544587;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:93:93:80:81:12:12:0.129032:6:6:34:46:6:6:35:46 chr22 23029263 . T C 1541.52 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0403073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3213;QD=62.2835;RBI=0.0678825;REFB=-0.0222932;REVB=-0.0546201;RO=2;SAF=45;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206093;STB=0.505375;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000512592;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:2:1:97:98:0.989899:52:45:2:0:52:46:1:0 chr22 23029526 . G C 319.31 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0132023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.389;QD=13.4447;RBI=0.0153917;REFB=-0.0170942;REVB=-0.00791226;RO=58;SAF=16;SAR=20;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134125;STB=0.581351;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0275955;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:58:59:36:36:0.378947:20:16:33:25:20:16:34:25 chr22 23029698 . T C 812.72 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.28;QD=57.0331;RBI=0.0435944;REFB=0;REVB=0.0378153;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229337;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:34:21:0:0:34:23:0:0 chr22 23040462 . T C 400.97 PASS AF=0.644068;AO=37;DP=58;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00400719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.578;QD=27.1841;RBI=0.0284357;REFB=-0.0323134;REVB=0.0281519;RO=21;SAF=29;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106376;STB=0.545216;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0185445;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:21:37:38:0.644068:8:29:14:7:9:29:14:7 chr22 23040767 . G T 1313.76 PASS AF=0.7;AO=112;DP=160;FAO=112;FDP=160;FR=.;FRO=48;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0270673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.673;QD=32.8439;RBI=0.0324971;REFB=-0.0155446;REVB=0.017984;RO=48;SAF=53;SAR=59;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553169;STB=0.529638;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00586674;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:48:48:112:112:0.7:59:53:18:30:59:53:18:30 chr22 23047046 . G A 575.33 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=65;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00305142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.317;QD=34.8685;RBI=0.00927813;REFB=-0.0288047;REVB=-0.00876199;RO=16;SAF=31;SAR=18;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272029;STB=0.520503;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00761262;OID=.;OPOS=23047046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:16:17:49:49:0.742424:18:31:11:5:18:31:12:5 chr22 23055421 . G A 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00856994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.074;QD=24.7528;RBI=0.0199092;REFB=-0.0240256;REVB=-0.0179703;RO=30;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124681;STB=0.568389;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0178671;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:27:16:16:14:27:16:16:14 chr22 23055440 . C A 988.34 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.039;QD=59.0051;RBI=0.059233;REFB=0;REVB=0.00717656;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103294;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:61:67:1:42:19:0:0:43:24:0:0 chr22 23055533 . G A 597.35 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0124878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.416;QD=22.5413;RBI=0.0245967;REFB=-0.0259459;REVB=0.0211909;RO=45;SAF=26;SAR=33;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108461;STB=0.549983;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0181039;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:47:59:59:0.556604:33:26:26:19:33:26:26:21 chr22 23055539 . G T 628.67 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0137728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4381;QD=23.7235;RBI=0.0138557;REFB=-0.00897085;REVB=0.00151326;RO=45;SAF=27;SAR=34;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122092;STB=0.566645;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00786107;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:45:61:61:0.575472:34:27:27:18:34:27:27:18 chr22 23055691 . G A 461.41 PASS AF=0.586667;AO=40;DP=71;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0436486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5984;QD=24.6085;RBI=0.0440818;REFB=-0.0447037;REVB=0.00616511;RO=31;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844433;STB=0.528143;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0363395;OID=.;OPOS=23055691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:31:31:40:44:0.586667:17:23:21:10:17:27:21:10 chr22 23063178 . C T 373.01 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0811892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7274;QD=20.439;RBI=0.0985797;REFB=-0.0583685;REVB=0.0559131;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178491;STB=0.598802;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0542501;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:22:13:22:16:22:13 chr22 23077555 . T C 1197.33 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134477;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.512;QD=61.4013;RBI=0.0682899;REFB=0;REVB=0.0669528;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00855e-05;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr22 23089941 . ACT A 206.73 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00540269;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.08;QD=15.0352;RBI=0.00543415;REFB=-0.0190789;REVB=0.000583867;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003671;STB=0.513502;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.0253089;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364:22:55:24:55:31:8:16:11:20:99:28:7:15:9:19 chr22 23090399 . G C 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00524913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.223;QD=30.1499;RBI=0.0302785;REFB=-0.0312914;REVB=0.0298201;RO=8;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00914253;STB=0.505045;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.016308;OID=.;OPOS=23090399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:5:14:6:2:5:14:6:2 chr22 23101216 . A G 206.4 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.187;QD=48.5642;RBI=0.101555;REFB=0;REVB=0.101271;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980796;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:5:8:0:0:7:10:0:0 chr22 23101221 . A G 202.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.555;QD=47.5788;RBI=0.0609262;REFB=0;REVB=0.0389648;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525536;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr22 23101247 . GC AT 64.16 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00844713;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.122;QD=9.50494;RBI=0.0264672;REFB=-0.0148044;REVB=0.0250831;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589112;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=mnp;VARB=0.0356078;OID=.;OPOS=23101247;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:16:18:9:9:0.333333:4:5:8:8:4:5:8:10 chr22 23101280 . C T 454.24 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.797;QD=56.78;RBI=0.0688821;REFB=0;REVB=0.0669437;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149503;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr22 23101301 . A G 568.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.188;QD=59.8781;RBI=0.0322978;REFB=0;REVB=0.027225;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67538e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr22 23101523 . G A 423.03 PASS AF=0.339623;AO=54;DP=159;FAO=54;FDP=159;FR=.;FRO=105;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0247982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.087;QD=10.6423;RBI=0.0247993;REFB=-0.00640755;REVB=0.000228187;RO=104;SAF=27;SAR=27;SRF=52;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503143;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0174785;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:104:105:54:54:0.339623:27:27:52:52:27:27:53:52 chr22 23101559 . G T 2527.12 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.878;QD=61.6372;RBI=0.022791;REFB=0;REVB=-0.0225452;RO=0;SAF=72;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27837e-05;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:164:0:0:163:164:1:91:72:0:0:91:73:0:0 chr22 23101568 . T G 1124.87 PASS AF=0.639241;AO=101;DP=158;FAO=101;FDP=158;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00740921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.622;QD=28.4777;RBI=0.00745731;REFB=-0.000207229;REVB=-0.000845666;RO=57;SAF=41;SAR=60;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819883;STB=0.544261;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000196777;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:57:57:101:101:0.639241:60:41:30:27:60:41:30:27 chr22 23101698 . C T 320.45 PASS AF=0.622222;AO=26;DP=43;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0687833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.197;QD=28.4844;RBI=0.0689115;REFB=-0.0580624;REVB=0.00420159;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21955;STB=0.596422;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0329742;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:17:26:28:0.622222:17:9:11:6:17:11:11:6 chr22 23114327 . T C 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.259;QD=62.655;RBI=0.0379389;REFB=0;REVB=-0.0101314;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148019;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr22 23114350 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3411;QD=57.679;RBI=0.0401094;REFB=0;REVB=-0.00535051;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432563;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr22 23114993 . G A 328.74 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0114063;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.984;QD=12.1756;RBI=0.052963;REFB=-0.0124041;REVB=-0.0517201;RO=64;SAF=17;SAR=23;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115159;STB=0.583984;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0226787;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:108:64:68:40:40:0.37037:23:17:34:30:23:17:38:30 chr22 23241705 . G A 653.2 PASS AF=1;AO=22;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1543;QD=59.3818;RBI=0.0524764;REFB=0;REVB=0.0296378;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643316;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:22:44:1:15:7:0:0:17:27:0:0 chr22 23241752 . CT CTA,TA 714.34 PASS AF=1,0;AO=30,4;DP=51;FAO=52,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371699,0.0148527;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=108.536,101.037;QD=54.9492;RBI=0.0917375,0.0175784;REFB=0,0;REVB=0.08387,0.00940191;RO=9;SAF=23,0;SAR=7,4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.076109,-0.798025;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000338357,0;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:9:0:30,4:52,0:1,0:7,4:23,0:8:1:21,0:31,0:0:0 chr22 23241754 . G A 82.94 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0060213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.2956;QD=5.92462;RBI=0.031267;REFB=0.00889953;REVB=0.0306818;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111761;STB=0.569728;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00692751;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:27:16:6:7:27:16 chr22 23247082 . C G 1338.02 PASS AF=0.519084;AO=133;DP=257;FAO=136;FDP=262;FR=.;FRO=126;FSAF=83;FSAR=53;FSRF=89;FSRR=37;FWDB=-0.00938061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.1175;QD=20.4278;RBI=0.0465983;REFB=-0.00352629;REVB=0.0456444;RO=123;SAF=83;SAR=50;SRF=86;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718633;STB=0.549613;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00357406;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:262:123:126:133:136:0.519084:50:83:86:37:53:83:89:37 chr22 23248758 . G A 123.84 PASS AF=0.365854;AO=12;DP=38;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0148097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.337;QD=12.0817;RBI=0.0172826;REFB=-0.023904;REVB=-0.00890839;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516082;STB=0.503264;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0417017;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:41:26:26:12:15:0.365854:7:5:12:14:8:7:12:14 chr22 23256464 . G C 2565.94 PASS AF=1;AO=164;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759537;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6004;QD=61.8298;RBI=0.0766708;REFB=0;REVB=0.010462;RO=1;SAF=80;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00591132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149255;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:1:0:164:166:1:84:80:1:0:84:82:0:0 chr22 23263602 . C T 2026.97 PASS AF=0.993464;AO=92;DP=152;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345348;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.262;QD=52.9927;RBI=0.10772;REFB=0.0568964;REVB=0.102035;RO=0;SAF=73;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76537e-08;STB=0.503311;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00176429;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:152:153:0:1:92:152:0.993464:19:73:0:0:77:75:1:0 chr22 23438191 . C T 568.83 PASS AF=0.571429;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0126069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.746;QD=25.0035;RBI=0.0197468;REFB=-0.0389605;REVB=0.0151987;RO=38;SAF=23;SAR=28;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384245;STB=0.530401;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0377541;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:38:39:51:52:0.571429:28:23:19:19:29:23:20:19 chr22 23466388 . G T 152.56 PASS AF=0.305556;AO=12;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.000145404;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.004;QD=16.9508;RBI=0.0179317;REFB=-0.00380693;REVB=-0.0179311;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129894;STB=0.637358;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0082916;OID=.;OPOS=23466388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:36:17:17:12:11:0.305556:5:7:12:5:5:6:13:4 chr22 23474972 . A G 421.33 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0112945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.879;QD=23.4074;RBI=0.0146369;REFB=-0.00923768;REVB=0.0093099;RO=31;SAF=28;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192313;STB=0.606007;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00499837;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:13:28:14:17:13:28:14:17 chr22 23482460 . A G 577.81 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0533512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4863;QD=21.8041;RBI=0.0536989;REFB=-0.010402;REVB=0.00610081;RO=47;SAF=31;SAR=27;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858478;STB=0.541406;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0177376;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:47:48:58:58:0.54717:27:31:30:17:27:31:30:18 chr22 23503121 . G A 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00294134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.781;QD=26.3157;RBI=0.0191991;REFB=-0.00840314;REVB=0.0189724;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245669;STB=0.63624;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00551603;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:14:8:10:4:14:8:10:4 chr22 23503170 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00328271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.685;QD=13.3678;RBI=0.0642924;REFB=0.00449278;REVB=-0.0642085;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364038;STB=0.706823;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00985312;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:4:14:14:16:4:14:15:16 chr22 23503205 . G C 141.88 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0204835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.038;QD=11.1278;RBI=0.0264651;REFB=-0.0232006;REVB=0.0167578;RO=34;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274914;STB=0.663263;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0353263;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:5:12:16:18:5:12:16:18 chr22 23504862 . C T 75.55 PASS AF=0.344828;AO=7;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0450388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.78;QD=10.4202;RBI=0.0521346;REFB=-0.0306043;REVB=0.0262588;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251837;STB=0.741262;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0596953;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:30:29:20:19:7:10:0.344828:3:4:7:13:3:7:6:13 chr22 23504916 . G A 215.99 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0119088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.079;QD=11.2201;RBI=0.0258716;REFB=-0.013582;REVB=-0.0229678;RO=49;SAF=19;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312313;STB=0.675756;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.030256;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:50:27:27:0.350649:8:19:21:28:8:19:22:28 chr22 23504959 . C T 345.13 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.000726306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.339;QD=16.6327;RBI=0.0456769;REFB=-0.0144592;REVB=0.0456711;RO=46;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139999;STB=0.578903;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0154805;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:12:25:25:21:12:25:25:21 chr22 23513128 . C G 403.12 PASS AF=0.275;AO=55;DP=200;FAO=55;FDP=200;FR=.;FRO=145;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=85;FSRR=60;FWDB=-0.0122636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5742;QD=8.06233;RBI=0.0183657;REFB=-0.0259512;REVB=-0.0136713;RO=144;SAF=31;SAR=24;SRF=85;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334309;STB=0.516698;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0387291;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:144:145:55:55:0.275:24:31:85:59:24:31:85:60 chr22 23513523 . A C 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.398;QD=56.1719;RBI=0.0133246;REFB=0;REVB=0.0114047;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07527e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr22 23523630 . C A 698.14 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00403904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.879;QD=31.7337;RBI=0.0728474;REFB=-0.056019;REVB=-0.0727353;RO=29;SAF=48;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843296;STB=0.545765;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0177674;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:29:59:59:0.670455:11:48:21:8:11:48:21:8 chr22 23541488 . C T 487.32 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.000721102;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.87;QD=32.488;RBI=0.0115649;REFB=0.00540742;REVB=0.0115424;RO=17;SAF=21;SAR=22;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175258;STB=0.594552;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0012487;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:17:17:43:43:0.716667:22:21:14:3:22:21:14:3 chr22 23585132 . A G 169.01 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0306123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.573;QD=12.2913;RBI=0.0344682;REFB=-0.0185555;REVB=0.0158412;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694126;STB=0.55841;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0293246;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:34:20:21:0.381818:10:10:13:17:11:10:13:21 chr22 23613757 . A C 120.1 PASS AF=0.384615;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0786167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3064;QD=12.3177;RBI=0.0793126;REFB=-0.0206815;REVB=0.0104836;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146101;STB=0.631997;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0292798;OID=.;OPOS=23613757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:24:12:15:0.384615:4:8:13:11:4:11:13:11 chr22 23627369 . A G 508.2 PASS AF=0.551724;AO=48;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0254114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.386;QD=23.3654;RBI=0.0267543;REFB=-0.0378865;REVB=0.00836968;RO=39;SAF=29;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118199;STB=0.564999;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0271972;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:39:48:48:0.551724:19:29:18:21:19:29:18:21 chr22 23974200 . A G 236.51 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0582357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.932;QD=33.7873;RBI=0.0613714;REFB=-0.0308763;REVB=0.0193663;RO=7;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18176;STB=0.599902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.013479;OID=.;OPOS=23974200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:14:7:5:2:14:7:5:2 chr22 24034288 . A G 423.06 PASS AF=0.602941;AO=29;DP=64;FAO=41;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0248777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8016;QD=24.8858;RBI=0.120111;REFB=0.0510742;REVB=0.117506;RO=24;SAF=23;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515852;STB=0.503595;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0182186;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:24:27:29:41:0.602941:6:23:18:6:14:27:18:9 chr22 24035970 . C T 550.35 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.000341988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.247;QD=29.7485;RBI=0.00731452;REFB=-0.0346443;REVB=-0.00730652;RO=24;SAF=30;SAR=19;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146009;STB=0.573004;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0216795;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:25:49:49:0.662162:19:30:9:15:19:30:10:15 chr22 24036563 . G A 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0287742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.488;QD=37.4116;RBI=0.0344524;REFB=-0.0317324;REVB=0.0189477;RO=6;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151231;STB=0.582707;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.014512;OID=.;OPOS=24036563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:16:7:4:2:16:7:4:2 chr22 24038847 . T C 187.33 PASS AF=0.540541;AO=16;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0435556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.666;QD=20.252;RBI=0.0618494;REFB=-0.0947245;REVB=0.0439118;RO=16;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193321;STB=0.5333;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0829803;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:16:20:0.540541:4:12:9:7:8:12:9:8 chr22 24086107 . A G 1047.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173681;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.282;QD=59.8658;RBI=0.0178378;REFB=0;REVB=-0.00406656;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122643;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr22 24087319 . A C 664.46 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0333407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.589;QD=25.3126;RBI=0.0347197;REFB=-0.00580156;REVB=0.00968793;RO=42;SAF=36;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00362404;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:27:36:24:18:27:36:24:18 chr22 24108238 . C T 354.3 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0267685;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.48;QD=28.9221;RBI=0.0268721;REFB=-0.044536;REVB=-0.00235743;RO=17;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125552;STB=0.529392;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0252771;OID=.;OPOS=24108238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:19:30:30:0.612245:12:18:7:10:12:18:10:9 chr22 24108412 . G A 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0466161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.796;QD=28.7634;RBI=0.0467342;REFB=-0.0314902;REVB=0.00332051;RO=8;SAF=17;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43948;STB=0.738818;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0266793;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:8:9:19:19:0.678571:2:17:3:5:2:17:4:5 chr22 24121378 . C T 88.63 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.663;QD=39.392;RBI=0.0543065;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091285;OID=.;OPOS=24121378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:6:9:1:0:6:0:0:0:9:0:0 chr22 24143502 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418875;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.073;QD=53.9112;RBI=0.0441606;REFB=0;REVB=0.0139857;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171315;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 24158899 . C A 451.42 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.000343245;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.786;QD=37.6186;RBI=0.00163723;REFB=0.00232821;REVB=-0.00160084;RO=13;SAF=23;SAR=12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10899;STB=0.558872;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000442169;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:13:13:35:35:0.729167:12:23:11:2:12:23:11:2 chr22 24237463 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.952;QD=62.6708;RBI=0.0633888;REFB=0;REVB=-0.0630821;RO=0;SAF=38;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112242;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:5:38:0:0:5:39:0:0 chr22 24238079 . T A 613.25 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127182;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=61.3253;RBI=0.086024;REFB=0;REVB=0.0850787;RO=1;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399077;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:1:0:39:40:1:12:27:0:1:13:27:0:0 chr22 24300580 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.652;QD=37.4881;RBI=0.0783888;REFB=0;REVB=0.0240662;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103884;OID=.;OPOS=24300580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr22 24459438 . T C 2358.41 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.573;QD=60.8622;RBI=0.0473292;REFB=0;REVB=0.028431;RO=0;SAF=90;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0385e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107874;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:155:0:0:148:155:1:58:90:0:0:62:93:0:0 chr22 24472173 . C T 211.67 PASS AF=0.280374;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=107;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0116687;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.459;QD=7.91289;RBI=0.0259869;REFB=-0.00265779;REVB=-0.0232199;RO=77;SAF=22;SAR=8;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217809;STB=0.630677;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00729309;OID=.;OPOS=24472173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:77:77:30:30:0.280374:8:22:44:33:8:22:44:33 chr22 24492004 . T C 349.19 PASS AF=0.333333;AO=44;DP=132;FAO=44;FDP=132;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.062774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4616;QD=10.5815;RBI=0.0632508;REFB=-0.0145912;REVB=-0.00775221;RO=88;SAF=26;SAR=18;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093017;STB=0.553746;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0309268;OID=.;OPOS=24492004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:88:88:44:44:0.333333:18:26:45:43:18:26:45:43 chr22 24535243 . TTA T,TTT 253.8 PASS AF=0.479452,0;AO=20,12;DP=81;FAO=35,0;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=19,0;FSAR=16,0;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=-0.122592,0.172826;FXX=0.0135117;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.3303,14.3346;QD=13.9069;RBI=0.131931,0.176714;REFB=-0.0761915,-0.0225128;REVB=-0.0487544,-0.0368644;RO=42;SAF=11,0;SAR=9,12;SRF=14;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.24593,-0.713398;STB=0.695024,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0915363,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479452,0:20,12:81:35,0:73:38:19,0:16,0:6:32:99:42:11,0:9,12:14:28 chr22 24535559 . T C 537.84 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.000537428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.693;QD=17.7798;RBI=0.00801323;REFB=0.00399316;REVB=0.00799519;RO=63;SAF=33;SAR=24;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811762;STB=0.508047;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00228685;OID=.;OPOS=24535559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:57:57:0.471074:24:33:37:26:24:33:38:26 chr22 24546298 . G A 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00663979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.715;QD=5.25876;RBI=0.0292478;REFB=-0.00652115;REVB=-0.0284842;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372411;STB=0.74352;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0242046;OID=.;OPOS=24546298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:34:36:9:9:0.2:8:1:11:23:8:1:11:25 chr22 24579049 . G A 286.8 PASS AF=0.31405;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.0252191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.39;QD=9.48096;RBI=0.0259843;REFB=-0.0111637;REVB=0.00625938;RO=83;SAF=20;SAR=18;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380599;STB=0.522182;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0196215;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:83:83:38:38:0.31405:18:20:41:42:18:20:41:42 chr22 24579157 . GA TC 184.19 PASS AF=0.228346;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.000641183;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=2;MLLD=249.534;QD=5.80123;RBI=0.00406493;REFB=-0.00792808;REVB=-0.00401405;RO=98;SAF=11;SAR=18;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090295;STB=0.555517;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.0270214;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:98:98:29:29:0.228346:18:11:44:54:18:11:44:54 chr22 24717850 . A G 347.85 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0177019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.019;QD=51.5337;RBI=0.0288579;REFB=0.0727831;REVB=0.0227908;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000860991;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:11:14:0:1:12:14:0:1 chr22 24761467 . G A 898.52 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.834;QD=57.9688;RBI=0.0681733;REFB=0;REVB=0.0667058;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154385;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:17:44:0:0:18:44:0:0 chr22 24837105 . G A 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0309255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.371;QD=10.185;RBI=0.0309994;REFB=-0.00456846;REVB=-0.00213843;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298338;STB=0.68245;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0363831;OID=.;OPOS=24837105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:8:7:24:9:8:7:25:9 chr22 24964128 . T C 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0450798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.082;QD=54.8828;RBI=0.0474818;REFB=-0.167871;REVB=-0.0149106;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.50943;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00450753;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:26:28:0:0:26:28:0:1 chr22 25003922 . G A 280.45 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.051813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3085;QD=10.9979;RBI=0.052523;REFB=-0.0302959;REVB=0.00860667;RO=62;SAF=16;SAR=19;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18976;STB=0.600609;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0384563;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:62:67:35:35:0.343137:19:16:39:23:19:16:41:26 chr22 25003934 . G A 275.41 PASS AF=0.346154;AO=31;DP=100;FAO=36;FDP=104;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0111887;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.274;QD=10.5929;RBI=0.0174896;REFB=-0.0178388;REVB=-0.0134424;RO=68;SAF=19;SAR=12;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100246;STB=0.517232;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0340278;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:68:68:31:36:0.346154:12:19:36:32:16:20:36:32 chr22 25145453 . C T 754.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.882;QD=62.8646;RBI=0.032869;REFB=0;REVB=0.0318783;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356626;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr22 25145471 . A G 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-2.14983e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.929;QD=27.2313;RBI=0.00862148;REFB=-0.0209724;REVB=0.00862145;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21955;STB=0.621477;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00987143;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:11:6:17:9:11:6 chr22 25435140 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0679164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.743;QD=22.5854;RBI=0.0679765;REFB=-0.0326369;REVB=-0.00285727;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184829;STB=0.604217;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0257996;OID=.;OPOS=25435140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:6:5:1:5:6:5:1:5 chr22 25466323 . G C 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00929421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.622;QD=27.7406;RBI=0.0117573;REFB=-0.0302266;REVB=0.00720082;RO=19;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13364;STB=0.572824;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0156436;OID=.;OPOS=25466323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:19:17:13:6:19:17:13:6 chr22 25466395 . G T 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00827366;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.858;QD=32.6793;RBI=0.0105139;REFB=-0.0315542;REVB=-0.00648761;RO=6;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747445;STB=0.568131;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0115578;OID=.;OPOS=25466395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:6:12:27:27:0.692308:15:12:4:2:15:12:8:4 chr22 25577688 . G A 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4876;QD=64.404;RBI=0.00971464;REFB=0;REVB=0.0042819;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118673;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr22 25577733 . T C 702.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.952;QD=62.4591;RBI=0.0411823;REFB=0;REVB=0.000779563;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132209;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:15:28:0:0:16:29:0:0 chr22 25601196 . C G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000634442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1102;QD=58.0601;RBI=0.0164703;REFB=0;REVB=-0.0164581;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157312;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr22 25627604 . G A,C 1753.43 PASS AF=0.94958,0.0420168;AO=112,5;DP=119;FAO=113,5;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=67,5;FSAR=46,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353969,0.0206411;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=163.682,11.5566;QD=58.9389;RBI=0.0371209,0.0249055;REFB=-0.0306355,-0.0308839;REVB=0.0111812,-0.0139366;RO=1;SAF=67,5;SAR=45,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00703426,0;STB=0.503703,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=snp,snp;VARB=9.96668e-05,0.126499;OID=.,.;OPOS=25627604,25627604;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:119:119:1:1:112,5:113,5:0.94958,0.0420168:45,0:67,5:1:0:46,0:67,5:1:0 chr22 25714218 . A T 654.84 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251144;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.72;QD=62.3656;RBI=0.0276099;REFB=0;REVB=0.0114706;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113771;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr22 25753231 . G A 1510.83 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.988;QD=63.614;RBI=0.0197241;REFB=0;REVB=0.0183267;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9031e-05;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr22 26159289 . G A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00453831;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.918;QD=13.3679;RBI=0.00733519;REFB=-0.00055741;REVB=-0.0057627;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237241;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00073975;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:17:14:12:6:17:14 chr22 26164079 . C T 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0215886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3433;QD=10.1671;RBI=0.0437661;REFB=-0.00697974;REVB=-0.038071;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0142007;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:9:13:6:5:9:13 chr22 26166900 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.088;QD=59.0184;RBI=0.0330709;REFB=0;REVB=0.0185377;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90151e-05;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr22 26173661 . T C 242.44 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.37;QD=46.1785;RBI=0.0490504;REFB=-0.0485368;REVB=0.0433728;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000471413;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:18:20:0.952381:10:8:1:0:11:9:1:0 chr22 26193982 . C G 1277.51 PASS AF=1;AO=70;DP=85;FAO=83;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5738;QD=61.5669;RBI=0.154256;REFB=0;REVB=0.153881;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921113;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:83:0:0:70:83:1:36:34:0:0:47:36:0:0 chr22 26194045 . T C 216.31 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0181325;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.95;QD=16.6394;RBI=0.0181334;REFB=-0.0202522;REVB=0.000181991;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935819;STB=0.55259;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0241598;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:6:22:17:7:6:22 chr22 26239850 . C A 392.94 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7729;QD=56.1335;RBI=0.0720368;REFB=0;REVB=-0.0643896;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067018;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr22 26706697 . G A 605.43 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0250799;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.373;QD=20.6984;RBI=0.0251409;REFB=-0.0200233;REVB=-0.00175022;RO=56;SAF=40;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122977;STB=0.561623;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0179746;OID=.;OPOS=26706697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:56:60:61:0.521368:20:40:30:26:20:41:31:25 chr22 26853905 . C A 775.53 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0166169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.432;QD=53.4849;RBI=0.0351007;REFB=-0.082029;REVB=0.0309183;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.521731;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000474337;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:56:56:0.965517:34:22:0:0:34:22:2:0 chr22 26854441 . G A 646.65 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.428;QD=61.5861;RBI=0.0507376;REFB=0;REVB=0.0292103;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.7506e-05;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr22 26859942 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.83;QD=52.6132;RBI=0.0201597;REFB=0;REVB=0.0105993;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90081e-05;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr22 26860269 . G C 137.72 PASS AF=0.266667;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00453368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.329;QD=7.34525;RBI=0.0154148;REFB=-0.0121655;REVB=0.014733;RO=55;SAF=13;SAR=6;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178738;STB=0.62165;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0335576;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:55:55:19:20:0.266667:6:13:30:25:6:14:30:25 chr22 26862212 . T C 631.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.412;QD=61.5732;RBI=0.0327741;REFB=0;REVB=0.0218643;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18556e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr22 26879958 . C G 86.64 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0176402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.014;QD=18.24;RBI=0.0488801;REFB=-0.0123424;REVB=0.045586;RO=8;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276204;STB=0.642659;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0204781;OID=.;OPOS=26879958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:8:8:10:11:0.578947:1:9:8:0:1:10:8:0 chr22 26879962 . G C 116.89 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00768583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.929;QD=20.3293;RBI=0.00773548;REFB=-0.0184761;REVB=-0.000874988;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277999;STB=0.67836;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00899898;OID=.;OPOS=26879962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:22:23:8:10:13:13:0.565217:4:9:8:0:4:9:10:0 chr22 26879967 . A G 165.98 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00841128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.319;QD=25.536;RBI=0.0721516;REFB=-0.00818207;REVB=0.0716596;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162565;STB=0.581308;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00315309;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:9:9:16:17:0.653846:5:11:8:1:5:12:8:1 chr22 26884039 . G A 505.31 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.00323375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.333;QD=22.7104;RBI=0.00375669;REFB=-0.00098413;REVB=-0.00191196;RO=39;SAF=28;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488831;STB=0.536048;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000445582;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:41:48:48:0.539326:20:28:25:14:20:28:27:14 chr22 26887051 . A G 45.97 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.020541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6651;QD=9.19306;RBI=0.033273;REFB=-0.0286529;REVB=-0.0261755;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240999;STB=0.666222;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0419412;OID=.;OPOS=26887051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:12:13:7:7:0.35:3:4:4:8:3:4:4:9 chr22 26895337 . G A 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.13;QD=56.9963;RBI=0.0529745;REFB=0;REVB=-0.0511123;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011673;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr22 26932150 . G A 725.15 PASS AF=0.62;AO=62;DP=100;FAO=62;FDP=100;FR=.;FRO=38;FSAF=45;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0393345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5145;QD=29.0058;RBI=0.0671636;REFB=0.00338823;REVB=-0.0544403;RO=38;SAF=45;SAR=17;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23565;STB=0.628538;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00389059;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:38:38:62:62:0.62:17:45:16:22:17:45:16:22 chr22 26936766 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00421166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.851;QD=8.06781;RBI=0.00643492;REFB=-0.00206045;REVB=0.00486519;RO=33;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219772;STB=0.636132;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00722209;OID=.;OPOS=26936766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:8:4:17:16:8:4:17:16 chr22 26937327 . C G 785.28 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.868;QD=57.1109;RBI=0.0828479;REFB=0;REVB=0.048765;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106178;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:22:33:0:0 chr22 27012203 . TGGGGC TGG,TGGG,TGGGC 279.93 PASS AF=0,1,0;AO=8,8,8;DP=47;FAO=0,30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104335,-0.0268639,0.503279;FXX=0.0908816;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=11.4346,17.8573,8.75646;QD=37.3242;RBI=0.142974,0.0286255,0.692899;REFB=0,0,0;REVB=-0.0977539,0.00988698,-0.476255;RO=17;SAF=0,6,0;SAR=8,2,8;SRF=17;SRR=0;SSEN=0.594203,0.594203,0.594203;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.867642,-0.522934,-0.867642;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.00806411,0.0298074;OID=.,.,.;OPOS=27012206,27012207,27012204;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGG,TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:8,8,8:47:0,30,0:30:0:0,12,0:0,18,0:0:0:5:17:0,6,0:8,2,8:17:0 chr22 27021457 . T C,G 703.14 PASS AF=0.924528,0.0566038;AO=49,3;DP=53;FAO=49,3;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108895,-0.0803472;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=208.164,9.86104;QD=53.0673;RBI=0.0423617,0.0934894;REFB=-0.0918634,-0.0594845;REVB=0.0409382,-0.0477974;RO=1;SAF=33,0;SAR=16,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0285,0;STB=0.515145,0.5;STBP=0.289,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00195868,0.252993;OID=.,.;OPOS=27021457,27021457;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:53:53:1:1:49,3:49,3:0.924528,0.0566038:16,3:33,0:0:1:16,3:33,0:0:1 chr22 28146770 . A G 160.86 PASS AF=0.941176;AO=4;DP=11;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605452;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=77.1925;QD=37.8485;RBI=0.11334;REFB=-0.116944;REVB=0.095814;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119989;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0236038;OID=.;OPOS=28146770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:17:1:1:4:16:0.941176:3:1:0:1:10:6:0:1 chr22 28316590 . CT CTG,TG 665.12 PASS AF=1,0;AO=46,2;DP=53;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031434,-0.0222852;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=19.5835,4.2084;QD=50.1977;RBI=0.155469,0.110108;REFB=0,0;REVB=-0.152258,-0.107829;RO=0;SAF=18,0;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.06241e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00524003,0;OID=.,.;OPOS=28316592,28316590;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:46,2:53,0:1,0:28,2:18,0:0:0:33,0:20,0:0:0 chr22 29130458 . T C 92.56 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0243676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.802;QD=9.25574;RBI=0.02524;REFB=-0.00924876;REVB=-0.00657871;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216083;STB=0.643824;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0250292;OID=.;OPOS=29130458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:12:12:0.3:4:8:13:14:4:8:13:15 chr22 29182500 . C A 1250.26 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100455;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.809;QD=61.7415;RBI=0.0177529;REFB=0;REVB=-0.0177245;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16609e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr22 29446611 . A C 562.39 PASS AF=0.542857;AO=47;DP=96;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=51;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=5;FWDB=0.0226365;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.115;QD=21.4244;RBI=0.080288;REFB=-0.0250803;REVB=0.0770308;RO=48;SAF=45;SAR=2;SRF=42;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305341;STB=0.501333;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0216287;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:105:48:48:47:57:0.542857:2:45:42:6:6:51:43:5 chr22 29450923 . A G 531.57 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0190318;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.421;QD=27.9776;RBI=0.0241112;REFB=-0.0404694;REVB=0.0148033;RO=28;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042706;STB=0.523246;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0235729;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:28:28:48:48:0.631579:27:21:14:14:27:21:14:14 chr22 29453027 . A G 335.47 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00387091;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.737;QD=24.8498;RBI=0.0347694;REFB=-0.00501838;REVB=0.0345532;RO=20;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199177;STB=0.506325;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00181811;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:21:33:33:0.611111:9:24:15:5:9:24:15:6 chr22 29453193 . G C 192.82 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0129729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.049;QD=14.8322;RBI=0.0134294;REFB=-0.0237602;REVB=0.00347177;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245018;STB=0.639055;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0449737;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:12:10:21:9:12:10:21:9 chr22 29454778 . G A 542.27 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0178607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.952;QD=27.8087;RBI=0.0223885;REFB=-0.0050952;REVB=0.0134996;RO=29;SAF=31;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583867;STB=0.531808;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00295445;OID=.;OPOS=29454778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:18:31:16:13:18:31:16:13 chr22 29456699 . A G 1524.71 PASS AF=0.679144;AO=127;DP=187;FAO=127;FDP=187;FR=.;FRO=60;FSAF=59;FSAR=68;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00713017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1771;QD=32.6142;RBI=0.0176521;REFB=-0.0160247;REVB=-0.016148;RO=60;SAF=59;SAR=68;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100657;STB=0.553998;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00652749;OID=.;OPOS=29456699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:60:60:127:127:0.679144:68:59:38:22:68:59:38:22 chr22 29540198 . T G 294.08 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.040074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.401;QD=17.5568;RBI=0.0498814;REFB=-0.0407087;REVB=0.0297023;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453682;STB=0.525408;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0261258;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:18:14:17:18:18:14:17:18 chr22 29542182 . AT A 121.4 PASS AF=0.262295;AO=30;DP=123;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.0845461;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2854;QD=3.98037;RBI=0.0848914;REFB=-0.0195412;REVB=0.00764913;RO=88;SAF=15;SAR=15;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084479;STB=0.526299;STBP=0.738;TYPE=del;VARB=0.0573675;OID=.;OPOS=29542183;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262295:30:123:32:122:90:15:17:39:51:99:88:15:15:38:50 chr22 29542748 . C A 1654.66 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3292;QD=60.1694;RBI=0.0407667;REFB=0;REVB=0.014819;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.96788e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:55:53:0:0:56:54:0:0 chr22 29621128 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.509;QD=55.6561;RBI=0.0714467;REFB=0;REVB=0.0667976;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440371;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr22 29630337 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.106;QD=60.9775;RBI=0.0350997;REFB=0;REVB=0.0350081;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139991;OID=.;OPOS=29630337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr22 29656228 . T G,TG 141.16 PASS AF=0,0.444444;AO=7,7;DP=45;FAO=0,20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=0,18;FSAR=0,2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00250409,0.0419992;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=171.202,18.0446;QD=12.5471;RBI=0.0520398,0.0589739;REFB=-0.00785524,-0.0733868;REVB=-0.0519795,-0.0414003;RO=31;SAF=7,6;SAR=0,1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.661912,0.330185;STB=0.5,0.765625;STBP=1,0.019;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0923346;OID=.,.;OPOS=29656228,29656229;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:45:45:31:25:7,7:0,20:0,0.444444:0,1:7,6:20:11:0,2:0,18:15:10 chr22 29656354 . C CG 43.4 PASS AF=0.25;AO=28;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0180372;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.5775;QD=2.0666;RBI=0.0926339;REFB=-0.0171987;REVB=-0.0908608;RO=54;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814631;STB=0.652023;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.1979;OID=.;OPOS=29656355;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:28:84:21:84:63:15:6:33:30:43:54:17:11:29:25 chr22 29659960 . C T 1098.92 PASS AF=0.927711;AO=75;DP=82;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0783684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3625;QD=52.96;RBI=0.0798163;REFB=-0.154242;REVB=0.0151339;RO=3;SAF=45;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00505452;STB=0.506131;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0135748;OID=.;OPOS=29659960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:82:83:3:6:75:77:0.927711:30:45:2:1:32:45:4:2 chr22 29704125 . C T 2368.4 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.638;QD=64.0108;RBI=0.035844;REFB=0;REVB=0.0261529;RO=0;SAF=58;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81598e-05;OID=.;OPOS=29704125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:148:0:0:147:148:1:89:58:0:0:90:58:0:0 chr22 29727885 . GT CG,GC 304.24 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=3,20;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0868071,0.00239915;FXX=0.0416493;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=56.3201,71.7011;QD=52.9119;RBI=0.0875038,0.0203551;REFB=0,0;REVB=0.01102,0.0202132;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0190464,0.00190368;OID=.,.;OPOS=29727885,29727886;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:23:0:0:3,20:2,21:0.0869565,0.913043:2,14:1,6:0:0:2,14:0,7:0:0 chr22 29885861 . T C 72.92 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.376;QD=36.4576;RBI=0.0468774;REFB=0;REVB=0.0383981;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786072;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:4:4:0:0 chr22 29886413 . A G 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9616;QD=61.3089;RBI=0.0795518;REFB=0;REVB=0.0365328;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625927;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr22 29886893 . G T 488.06 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208686;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.99;QD=59.1586;RBI=0.0210069;REFB=0;REVB=0.00240682;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95491e-05;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:31:33:1:25:6:0:0:25:8:0:0 chr22 29904519 . T C 368.84 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0152275;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.03;QD=24.5895;RBI=0.0213049;REFB=-0.0207656;REVB=-0.0149004;RO=24;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101573;STB=0.505573;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.018448;OID=.;OPOS=29904519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:19:17:11:13:19:17:11:13 chr22 29908072 . C T 1098.47 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.331;QD=60.1899;RBI=0.00698669;REFB=0;REVB=0.00336082;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.5151e-06;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:42:31:0:0 chr22 29913272 . C T 1098.3 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.974;QD=60.1808;RBI=0.0275562;REFB=0;REVB=0.0184111;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47777e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:43:30:0:0 chr22 29925221 . C T 885.2 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.591;QD=58.0459;RBI=0.0225752;REFB=0;REVB=-0.0207192;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3048e-05;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chr22 30221201 . G A 245.64 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0216857;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1095;QD=15.3525;RBI=0.0381925;REFB=-0.037989;REVB=0.0314388;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040542;STB=0.52292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0655838;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:14:22:16:12:14:22 chr22 30681257 . C G 323.14 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.826;QD=53.8568;RBI=0.073802;REFB=0;REVB=0.066273;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146102;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:18:24:1:7:11:0:0:9:15:0:0 chr22 30714684 . A C 600.54 PASS AF=1;AO=26;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000544113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.856;QD=61.5942;RBI=0.161569;REFB=0;REVB=0.161568;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186503;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:26:39:1:5:21:0:0:18:21:0:0 chr22 30770603 . T A 1142.75 PASS AF=0.951807;AO=75;DP=80;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00535379;FXX=0.0235266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.998;QD=55.0725;RBI=0.00536826;REFB=-0.0542807;REVB=0.000393839;RO=4;SAF=42;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184862;STB=0.510007;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000779451;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:83:4:4:75:79:0.951807:33:42:3:1:36:43:3:1 chr22 30771554 . T G 796.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.544;QD=56.8903;RBI=0.097192;REFB=0;REVB=-0.0854694;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132213;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:40:15:0:0:41:15:0:0 chr22 30772686 . C T 677.09 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0208065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1349;QD=56.4239;RBI=0.0230916;REFB=-0.0132995;REVB=0.0100157;RO=3;SAF=16;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392888;STB=0.520949;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000631981;OID=.;OPOS=30772686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:3:3:45:45:0.9375:29:16:2:1:29:16:2:1 chr22 30782089 . A G 1231.23 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4197;QD=60.06;RBI=0.0462606;REFB=-0.0249221;REVB=-0.0338399;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00356894;OID=.;OPOS=30782089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:43:38:0:0:43:38:1:0 chr22 30793137 . G A 592.04 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9236;QD=56.3843;RBI=0.0719415;REFB=0.125187;REVB=0.0664186;RO=2;SAF=9;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933504;STB=0.549974;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00612054;OID=.;OPOS=30793137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:2:2:39:40:0.952381:30:9:2:0:31:9:2:0 chr22 30819758 . G A 1747.87 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1495;QD=60.7955;RBI=0.0425238;REFB=0;REVB=-0.0361573;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224131;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:45:69:0:0:45:70:0:0 chr22 30823196 . T C 806.83 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.294;QD=56.6194;RBI=0.010875;REFB=0;REVB=0.000729469;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467564;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:28:29:0:0 chr22 30857373 . A C 757.21 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3935;QD=55.07;RBI=0.0458857;REFB=-0.148147;REVB=0.0391111;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411581;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:19:35:0:1:20:35:0:0 chr22 30857448 . A G 728.01 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.128;QD=63.3048;RBI=0.0502371;REFB=0;REVB=0.0153671;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233398;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:15:31:0:0 chr22 30860830 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2067;QD=60.2283;RBI=0.0695493;REFB=0;REVB=-0.0510081;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12035e-05;OID=.;OPOS=30860830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr22 30862400 . T A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.199;QD=56.938;RBI=0.0327955;REFB=0;REVB=0.0303004;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31053e-05;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr22 30863040 . C T 142.3 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.024533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.396;QD=9.03497;RBI=0.0245968;REFB=-0.0274078;REVB=-0.00176976;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837931;STB=0.516391;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0516549;OID=.;OPOS=30863040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:43:19:20:0.31746:13:6:16:26:13:7:16:27 chr22 30864817 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3839;QD=48.7373;RBI=0.0967414;REFB=0;REVB=0.0109858;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257192;OID=.;OPOS=30864817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr22 30867884 . GC CG,GCG 48.28 PASS AF=0,0.244898;AO=3,9;DP=49;FAO=0,12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0730209,-0.0773041;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=79.518,72.6263;QD=3.94125;RBI=0.0733146,0.0773624;REFB=-0.00280107,-0.00375187;REVB=-0.00655655,-0.00300302;RO=36;SAF=1,4;SAR=2,5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166769,-0.0677036;STB=0.5,0.530561;STBP=1,0.83;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0595953,0.0976952;OID=.,.;OPOS=30867884,30867886;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:49:49:36:37:3,9:0,12:0,0.244898:2,5:1,4:18:18:0,6:0,6:17:20 chr22 30927975 . C T 199.5 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.067762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6547;QD=36.2735;RBI=0.0852523;REFB=-0.120103;REVB=0.0517326;RO=2;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612241;STB=0.562436;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0247305;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:22:22:2:4:18:18:0.818182:4:14:2:0:4:14:4:0 chr22 30934816 . T C 285.79 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0241559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5378;QD=13.1398;RBI=0.0617271;REFB=-0.00178097;REVB=-0.0568043;RO=54;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768306;STB=0.543996;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0015691;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:54:33:33:0.37931:13:20:29:25:13:20:29:25 chr22 30934887 . G A 174.57 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0210554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4364;QD=9.97561;RBI=0.0396386;REFB=0.00158868;REVB=0.033584;RO=47;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943846;STB=0.555506;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00175861;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:8:15:27:20:8:15:27:20 chr22 30976587 . C CG 53.1 PASS AF=0.287356;AO=23;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00354976;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.8823;QD=2.44158;RBI=0.0660125;REFB=-0.0625229;REVB=-0.065917;RO=64;SAF=17;SAR=6;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290736;STB=0.644655;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.190411;OID=.;OPOS=30976588;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287356:23:87:25:87:62:18:7:33:29:53:64:17:6:33:31 chr22 31266546 . T C 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123798;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.618;QD=62.038;RBI=0.0126272;REFB=0;REVB=-0.0125664;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56874e-05;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr22 31302125 . C G 103.71 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.00199545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2288;QD=8.64287;RBI=0.00872673;REFB=-0.0589682;REVB=0.00849553;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377678;STB=0.727456;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0361907;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:31:34:12:12:0.25:1:11:23:8:1:11:26:8 chr22 31302233 . T C 109.13 PASS AF=0.266667;AO=15;DP=59;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.00865726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.857;QD=7.27523;RBI=0.00867303;REFB=-0.0231982;REVB=0.000522663;RO=41;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2481;STB=0.626494;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0488899;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:41:44:15:16:0.266667:8:7:11:30:9:7:12:32 chr22 31303606 . GTTTTTA GTTT,GTTTTA 97.93 PASS AF=0.12963,0.111111;AO=17,24;DP=161;FAO=21,18;FDP=162;FR=.;FRO=123;FSAF=10,12;FSAR=11,6;FSRF=101;FSRR=22;FWDB=-0.00623839,-0.00394586;FXX=0.0181807;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=242,12.656;QD=2.41802;RBI=0.0242408,0.0420451;REFB=-0.00231062,-0.0893624;REVB=0.0234244,0.0418595;RO=111;SAF=9,16;SAR=8,8;SRF=92;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.423655,-0.270622;STB=0.787046,0.66849;STBP=0.035,0.22;TYPE=del,del;VARB=0.0247736,0.0496579;OID=.,.;OPOS=31303610,31303607;OREF=TTA,T;OALT=-,-;OMAPALT=GTTT,GTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963,0.111111:17,24:161:21,18:162:123:10,12:11,6:101:22:44:111:9,16:8,8:92:19 chr22 31303619 . TAAA TAA,TA,T,TATA 769.17 PASS AF=0.314961,0.456693,0.00787402,0.220472;AO=33,30,17,30;DP=142;FAO=40,58,1,28;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=25,41,1,8;FSAR=15,17,0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.230426,-0.112665,-0.0755577,-0.0184802;FXX=0.130128;HRUN=11,11,11,11;LEN=1,2,3,1;MLLD=4.30399,8.87981,10.0145,163.28;QD=24.2258;RBI=0.253142,0.122071,0.0819148,0.0304096;REFB=0.235221,0.192,0.150842,0.0223946;REVB=0.104809,0.0469865,0.0316397,-0.0241501;RO=8;SAF=20,27,14,8;SAR=13,3,3,22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0855998,0.373022,0.331979,-0.0522792;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0739113,0.0428289,-0.0211895,0.022618;OID=.,.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303620,31303621;OREF=A,AA,AAA,A;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=TAA,TA,T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.314961,0.456693,0.00787402,0.220472:33,30,17,30:142:40,58,1,28:127:0:25,41,1,8:15,17,0,20:0:0:99:8:20,27,14,8:13,3,3,22:3:5 chr22 31333631 . T C 290.63 PASS AF=0.356436;AO=35;DP=110;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00610678;FXX=0.090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.292;QD=11.5099;RBI=0.00934885;REFB=-0.00462913;REVB=-0.00707872;RO=59;SAF=20;SAR=15;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069595;STB=0.521053;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00804359;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:101:59:65:35:36:0.356436:15:20:30:29:16:20:34:31 chr22 31342376 . G C 158.23 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=-0.00475826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.418;QD=6.52495;RBI=0.0240455;REFB=-0.0152975;REVB=0.02357;RO=73;SAF=15;SAR=8;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113521;STB=0.502956;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0505349;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:74:23:23:0.237113:8:15:47:26:8:15:48:26 chr22 31354653 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00955842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=362.053;QD=11.8415;RBI=0.0190609;REFB=-0.0073064;REVB=-0.0164911;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355959;STB=0.702547;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0167353;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:30:9:13:10:30:9 chr22 31521404 . G A 196.26 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0126153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7513;QD=10.7537;RBI=0.0469487;REFB=-0.0152663;REVB=0.045222;RO=48;SAF=3;SAR=22;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289111;STB=0.672875;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0336161;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:22:3:13:35:22:3:13:35 chr22 31533796 . G C 764.38 PASS AF=0.601695;AO=69;DP=117;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=52;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0112493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.486;QD=25.9112;RBI=0.0295949;REFB=-0.00864474;REVB=0.0273735;RO=47;SAF=52;SAR=17;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297624;STB=0.504547;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00517231;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:47:47:69:71:0.601695:17:52:34:13:19:52:34:13 chr22 31533967 . G A 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00982979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.864;QD=18.8825;RBI=0.011371;REFB=-0.0187355;REVB=0.00571624;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00768586;OID=.;OPOS=31533967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr22 31535872 . G C 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0603179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0793;QD=33.316;RBI=0.0849601;REFB=-0.0529947;REVB=-0.0598329;RO=10;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157379;STB=0.586138;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0178316;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:10:15:3:7:10:15:3:7 chr22 31535995 . C G 147.06 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0143328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.399;QD=9.1911;RBI=0.0148129;REFB=-0.0221682;REVB=0.00374052;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283781;STB=0.672564;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0266735;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:44:20:20:0.3125:12:8:28:15:12:8:29:15 chr22 31536133 . A C 1140.33 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9133;QD=60.0172;RBI=0.0359217;REFB=0;REVB=0.0274583;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942803;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:36:38:0:0:36:40:0:0 chr22 31556103 . A G 481.24 PASS AF=0.244068;AO=72;DP=295;FAO=72;FDP=295;FR=.;FRO=223;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=105;FSRR=118;FWDB=-0.0189713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.412;QD=6.52524;RBI=0.0377734;REFB=-0.00294457;REVB=0.0326638;RO=223;SAF=44;SAR=28;SRF=105;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177396;STB=0.606237;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0106037;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:223:223:72:72:0.244068:28:44:105:118:28:44:105:118 chr22 31600565 . T C 66.15 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0336036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4664;QD=5.08874;RBI=0.0701609;REFB=-0.00695364;REVB=-0.0615902;RO=42;SAF=9;SAR=1;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561297;STB=0.8763;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0278228;OID=.;OPOS=31600565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:42:42:10:10:0.192308:1:9:20:22:1:9:20:22 chr22 31602671 . C T 104.1 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0524713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.251;QD=6.30904;RBI=0.0529242;REFB=-0.003218;REVB=-0.00690882;RO=49;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366444;STB=0.529034;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0108323;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:49:50:16:16:0.242424:9:7:20:29:9:7:20:30 chr22 31602710 . G T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.059633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1096;QD=3.83325;RBI=0.0609343;REFB=-0.00075247;REVB=0.0125258;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338822;STB=0.723053;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0091153;OID=.;OPOS=31602710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:2:5:15:20:2:5:16:20 chr22 31663842 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.379;QD=58.4195;RBI=0.0190335;REFB=0;REVB=0.0143787;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34608e-05;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr22 31673111 . A G 97.54 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.018822;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.839;QD=6.19327;RBI=0.030323;REFB=-0.00483597;REVB=-0.0237743;RO=43;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518436;STB=0.529372;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00790903;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:64:63:43:48:15:15:0.238095:6:9:24:19:6:9:27:21 chr22 31673116 . A G 107.76 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.011801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.165;QD=6.95191;RBI=0.0148842;REFB=-0.0102018;REVB=-0.00907049;RO=44;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985914;STB=0.562421;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0243862;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:46:16:16:0.258065:6:10:24:20:6:10:25:21 chr22 31679110 . G C 755.86 PASS AF=0.90625;AO=57;DP=64;FAO=58;FDP=64;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00857728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.089;QD=47.2414;RBI=0.123068;REFB=-0.247935;REVB=0.122769;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129222;STB=0.52138;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00344905;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:64:64:1:6:57:58:0.90625:21:36:1:0:22:36:5:1 chr22 31685256 . C G 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0104675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.835;QD=10.9403;RBI=0.0254647;REFB=-0.0085915;REVB=0.0232138;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.686764;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.018849;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:9:11:3:8:9:11 chr22 31687027 . CGG CGC,CG 1031.23 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=12,35;DP=87;FAO=9,78;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37;FSAR=9,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240072,0.792574;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=155,16.4334;QD=47.4129;RBI=0.0463575,0.792783;REFB=0,0;REVB=-0.0396569,-0.018203;RO=35;SAF=0,2;SAR=12,33;SRF=33;SRR=2;SSEN=0,0.415385;SSEP=0,0;SSSB=-0.872932,-0.795129;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.135444,-0.0382134;OID=.,.;OPOS=31687029,31687028;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.103448,0.896552:12,35:87:9,78:87:0:0,37:9,41:0:0:40:35:0,2:12,33:33:2 chr22 31722886 . T G 103.24 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0025211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2177;QD=18.7702;RBI=0.0117559;REFB=-0.00672237;REVB=0.0114824;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.651885;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0278054;OID=.;OPOS=31722886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:9:10:12:12:0.545455:2:10:5:4:2:10:6:4 chr22 31859859 . A G 481.62 PASS AF=0.75;AO=41;DP=55;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000864476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.033;QD=34.4015;RBI=0.033426;REFB=-0.0476255;REVB=-0.0334149;RO=14;SAF=20;SAR=21;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617284;STB=0.535697;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0145816;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:55:56:14:14:41:42:0.75:21:20:5:9:21:21:5:9 chr22 31971258 . T C 627.36 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9019;QD=58.3586;RBI=0.15979;REFB=0;REVB=0.159649;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318971;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:40:43:1:14:26:0:1:17:26:0:0 chr22 32011225 . T C 129.96 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.178678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4407;QD=21.6594;RBI=0.185668;REFB=-0.00899439;REVB=-0.0504662;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238292;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00408257;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:7:10:12:14:0.583333:9:3:4:3:9:5:7:3 chr22 32015450 . T G 230.77 PASS AF=0.55;AO=23;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00674703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8706;QD=23.077;RBI=0.0176004;REFB=-0.00818176;REVB=-0.0162558;RO=17;SAF=17;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231321;STB=0.670884;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00922989;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:23:22:0.55:6:17:8:9:5:17:8:10 chr22 32110163 . G A 445.97 PASS AF=0.683333;AO=40;DP=59;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00790636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.545;QD=29.7315;RBI=0.0426648;REFB=-0.0335571;REVB=-0.0419259;RO=18;SAF=27;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141708;STB=0.579359;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00671548;OID=.;OPOS=32110163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:18:19:40:41:0.683333:13:27:8:10:14:27:8:11 chr22 32112461 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.000375817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.231;QD=21.1724;RBI=0.0164632;REFB=-0.0127055;REVB=0.0164589;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.66637;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.015874;OID=.;OPOS=32112461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:5:3:9:3:5:3 chr22 32174124 . C T 213.33 PASS AF=0.45283;AO=18;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0309847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6972;QD=16.1004;RBI=0.0418049;REFB=-0.0512064;REVB=0.0280642;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198628;STB=0.528278;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0859204;OID=.;OPOS=32174124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:29:18:24:0.45283:6:12:13:14:12:12:13:16 chr22 32211412 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.9;QD=48.7373;RBI=0.0452527;REFB=0;REVB=-0.0207721;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68798e-05;OID=.;OPOS=32211412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:2:10:0:0:2:15:0:0 chr22 32222476 . C G 371.95 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0140908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0793;QD=25.6521;RBI=0.0397103;REFB=-0.0159343;REVB=0.0371262;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180224;STB=0.589305;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00784861;OID=.;OPOS=32222476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:20:16:15:6:20:16:15:7 chr22 32334021 . T A 652.2 PASS AF=0.596154;AO=60;DP=102;FAO=62;FDP=104;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.022644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.88;QD=25.0847;RBI=0.0230058;REFB=-0.00989303;REVB=-0.00406436;RO=42;SAF=35;SAR=25;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278881;STB=0.509376;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00643835;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:42:42:60:62:0.596154:25:35:26:16:25:37:26:16 chr22 32334203 . C T 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00964535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.584;QD=27.8591;RBI=0.00974445;REFB=-0.0106222;REVB=0.00138622;RO=8;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116692;STB=0.506486;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00383073;OID=.;OPOS=32334203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:13:4:2:6:13:4:2:6 chr22 32334229 . A C 105.12 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4552;QD=32.3436;RBI=0.00210275;REFB=0.0459509;REVB=0.00210275;RO=2;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0100212;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:11:0:0:2:11:0:0:2 chr22 32377135 . T C 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260804;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.97;QD=58.6148;RBI=0.0953819;REFB=0;REVB=0.0917471;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800863;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:5:27:0:0:5:27:0:0 chr22 32589115 . T G 61.9 PASS AF=0.147059;AO=11;DP=101;FAO=15;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=87;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.00323412;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.3883;QD=2.42743;RBI=0.0712995;REFB=-0.0166081;REVB=-0.0712261;RO=63;SAF=1;SAR=10;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.572902;STB=0.906787;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.100496;OID=.;OPOS=32589115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:101:102:63:87:11:15:0.147059:10:1:34:29:14:1:41:46 chr22 32651262 . A G 410.15 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0506527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7564;QD=26.4612;RBI=0.0626939;REFB=-0.0224654;REVB=-0.0369436;RO=20;SAF=22;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871871;STB=0.516883;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0129422;OID=.;OPOS=32651262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:23:39:39:0.629032:17:22:14:6:17:22:14:9 chr22 32754103 . A C 604.92 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00605635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.995;QD=24.4413;RBI=0.0882555;REFB=-0.00732789;REVB=0.0880474;RO=44;SAF=34;SAR=21;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156798;STB=0.508591;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00594082;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:21:34:28:16:21:34:28:16 chr22 32754230 . A G 617.54 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0131083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2311;QD=26.8495;RBI=0.0229382;REFB=0.00393829;REVB=0.0188238;RO=37;SAF=27;SAR=28;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063183;STB=0.534429;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00123111;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:37:55:55:0.597826:28:27:15:22:28:27:15:22 chr22 32754232 . C T 633.0 PASS AF=0.602151;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=93;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00789535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.274;QD=27.2258;RBI=0.0244376;REFB=-0.0362224;REVB=0.0231271;RO=37;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690887;STB=0.537621;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0191197;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:37:37:56:56:0.602151:28:28:15:22:28:28:15:22 chr22 32754306 . T C 773.64 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0593227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.725;QD=32.5742;RBI=0.059361;REFB=-0.0312346;REVB=0.00213413;RO=30;SAF=32;SAR=32;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986369;STB=0.557877;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0221687;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:30:31:64:64:0.673684:32:32:10:20:32:32:10:21 chr22 32756407 . A G 668.04 PASS AF=0.555556;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=117;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0178761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.82;QD=22.8388;RBI=0.0833367;REFB=-0.011049;REVB=-0.0813968;RO=52;SAF=30;SAR=35;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780556;STB=0.542694;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0128729;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:52:65:65:0.555556:35:30:29:23:35:30:29:23 chr22 32756555 . G C 1498.38 PASS AF=0.608108;AO=134;DP=221;FAO=135;FDP=222;FR=.;FRO=87;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=0.00594895;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5483;QD=26.9979;RBI=0.0319814;REFB=0.0133126;REVB=0.0314233;RO=87;SAF=65;SAR=69;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485111;STB=0.524606;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00655052;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:87:87:134:135:0.608108:69:65:48:39:69:66:48:39 chr22 32756744 . A G 485.16 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0169049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8106;QD=32.3437;RBI=0.0233156;REFB=-0.00838698;REVB=0.0160575;RO=16;SAF=29;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160287;STB=0.579962;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00670924;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:16:17:43:43:0.716667:14:29:6:10:14:29:7:10 chr22 32759025 . G C 615.85 PASS AF=0.591398;AO=55;DP=93;FAO=55;FDP=93;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0121497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.406;QD=26.4883;RBI=0.0180307;REFB=-0.0399099;REVB=0.0133226;RO=38;SAF=26;SAR=29;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020452;STB=0.511159;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0275187;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:38:38:55:55:0.591398:29:26:19:19:29:26:19:19 chr22 32784051 . T C 82.79 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.016553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.059;QD=19.4795;RBI=0.0191057;REFB=0.0161726;REVB=0.00954083;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.551615;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.0138211;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:16:17:6:7:10:10:0.588235:8:2:2:4:8:2:2:5 chr22 32795641 . C T 580.03 PASS AF=0.704225;AO=50;DP=71;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0334998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1154;QD=32.6775;RBI=0.0524404;REFB=-0.0379171;REVB=0.0403455;RO=21;SAF=25;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651902;STB=0.535197;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.014437;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:21:50:50:0.704225:25:25:8:13:25:25:8:13 chr22 32811952 . A G 590.53 PASS AF=0.708333;AO=49;DP=70;FAO=51;FDP=72;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0643461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8003;QD=32.8071;RBI=0.0673603;REFB=-0.0372844;REVB=0.0199245;RO=21;SAF=24;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340154;STB=0.51231;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00772387;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:21:21:49:51:0.708333:25:24:9:12:27:24:9:12 chr22 32909251 . G A 501.29 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.014;QD=58.9751;RBI=0.0339442;REFB=0;REVB=0.0330454;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213341;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:13:19:0:0:13:21:0:0 chr22 34022284 . G A 203.07 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0151707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.759;QD=12.3074;RBI=0.0202519;REFB=0.00287565;REVB=0.0134161;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116144;STB=0.567034;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0049944;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:16:9:19:22:16:9:19:22 chr22 35463162 . A G 1136.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217834;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.09;QD=60.5919;RBI=0.0300375;REFB=0;REVB=0.0206817;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106411;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:37:38:0:0 chr22 35463179 . T C 1287.05 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216005;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6279;QD=62.0264;RBI=0.022512;REFB=0;REVB=0.00634092;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405093;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr22 35463249 . C T 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0149739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.38;QD=57.3884;RBI=0.0319014;REFB=-0.0180226;REVB=0.0281688;RO=2;SAF=41;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225169;STB=0.511901;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00027398;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:33:41:2:0:33:41:2:0 chr22 35679951 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.278;QD=63.8717;RBI=0.0273261;REFB=0;REVB=-0.026538;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18686e-05;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr22 35777185 . G C 138.75 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0028942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.982;QD=12.0654;RBI=0.0953672;REFB=-0.0332054;REVB=0.0953233;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265821;STB=0.658325;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0431805;OID=.;OPOS=35777185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:16:14:4:12:16:14 chr22 35813772 . C G 51.8 PASS AF=0.157895;AO=8;DP=58;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00310831;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.965;QD=3.63504;RBI=0.0307039;REFB=-0.00814179;REVB=-0.0305462;RO=49;SAF=7;SAR=1;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440869;STB=0.717432;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0437105;OID=.;OPOS=35813772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:57:49:48:8:9:0.157895:1:7:27:22:2:7:26:22 chr22 35817553 . C T 515.14 PASS AF=0.585366;AO=42;DP=76;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0168896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.549;QD=25.1288;RBI=0.0573092;REFB=-0.0441966;REVB=0.0547639;RO=30;SAF=32;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.528956;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0296286;OID=.;OPOS=35817553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:82:30:34:42:48:0.585366:10:32:22:8:14:34:26:8 chr22 36007045 . G A 1169.66 PASS AF=0.975;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0290233;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.157;QD=58.4831;RBI=0.0674776;REFB=0.0353105;REVB=0.0609169;RO=2;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230769;STB=0.512192;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000305395;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:80:2:2:78:78:0.975:40:38:0:2:40:38:0:2 chr22 36007075 . C T 1047.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300153;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1558;QD=59.8659;RBI=0.0115923;REFB=0;REVB=-0.011197;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67631e-05;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr22 36122517 . T C 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00691105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.761;QD=14.1946;RBI=0.0811239;REFB=-0.00371719;REVB=-0.080829;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.560358;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00621075;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:9:6:11:11:9:6:11:11 chr22 36122930 . C T 715.16 PASS AF=0.603604;AO=66;DP=111;FAO=67;FDP=111;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00952484;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.268;QD=25.7716;RBI=0.0275436;REFB=-0.020343;REVB=-0.0258443;RO=44;SAF=36;SAR=30;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502884;STB=0.523841;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0180332;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:44:44:66:67:0.603604:30:36:21:23:31:36:21:23 chr22 36124860 . C G 366.78 PASS AF=0.6;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0199853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.388;QD=24.4518;RBI=0.0209654;REFB=-0.00560288;REVB=-0.00633527;RO=24;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154112;STB=0.588187;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00778722;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:35:36:0.6:19:16:16:8:20:16:16:8 chr22 36537500 . A T 210.51 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0105274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.228;QD=26.3141;RBI=0.012421;REFB=-0.0297332;REVB=0.00659221;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112604;STB=0.562438;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00961433;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:8:4:10:10:8:4 chr22 36545137 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.465;QD=60.9785;RBI=0.0211637;REFB=0;REVB=0.0119628;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.1036e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr22 36556823 . G T 1272.56 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0263058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2993;QD=59.1888;RBI=0.0422341;REFB=0.00311374;REVB=0.0330413;RO=2;SAF=50;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185691;STB=0.509802;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000151802;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:34:50:2:0:34:50:2:0 chr22 36573945 . A G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4155;QD=63.8664;RBI=0.10827;REFB=0;REVB=0.0910376;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335705;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr22 36575664 . G A 1563.17 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0161004;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.987;QD=55.3336;RBI=0.0161164;REFB=-0.0482868;REVB=0.000718474;RO=5;SAF=59;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123611;STB=0.50652;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=5.0419e-05;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:5:5:108:108:0.955752:49:59:2:3:49:59:2:3 chr22 36587202 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.362;QD=50.4133;RBI=0.0759856;REFB=0;REVB=0.0754406;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744867;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 36587222 . TG T,TC,TT 348.61 PASS AF=0.0384615,0.115385,0.846154;AO=7,4,15;DP=26;FAO=1,3,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,8;FSAR=1,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257296,0.016946,0.0280794;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=261.965,252.898,271.271;QD=53.6329;RBI=0.0358049,0.0274555,0.0373282;REFB=0,0,0;REVB=0.0248994,0.0216018,0.0245956;RO=0;SAF=3,4,4;SAR=4,0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.33019e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0185036,-0.000106754,0.000352036;OID=.,.,.;OPOS=36587223,36587223,36587223;OREF=G,G,G;OALT=-,C,T;OMAPALT=T,TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0384615,0.115385,0.846154:7,4,15:26:1,3,22:26:0:0,3,8:1,0,14:0:0:9:0:3,4,4:4,0,11:0:0 chr22 36587279 . A G 640.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207009;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3207;QD=59.6037;RBI=0.0468619;REFB=-0.031334;REVB=0.0420417;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000784258;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr22 36587486 . A G 786.51 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.0667;QD=55.1939;RBI=0.0307741;REFB=0.15315;REVB=0.0259701;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00254361;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr22 36587511 . C T 689.03 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3582;QD=62.6395;RBI=0.0267739;REFB=0;REVB=-0.0231129;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038755;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:24:20:0:0 chr22 36587845 . A ACT,T 330.55 PASS AF=0.733333,0.166667;AO=20,4;DP=29;FAO=22,5;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=11,5;FSAR=11,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0112055,-0.021083;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=237.551,64.6701;QD=44.073;RBI=0.0144721,0.0289667;REFB=-0.059736,-0.0334665;REVB=0.00915853,0.019864;RO=3;SAF=11,4;SAR=9,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0282854,0.705357;STB=0.519982,0.996444;STBP=0.709,0.161;TYPE=ins,snp;VARB=0.0112572,0.178327;OID=.,.;OPOS=36587846,36587845;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:29:30:3:3:20,4:22,5:0.733333,0.166667:9,0:11,4:2:1:11,0:11,5:2:1 chr22 36587952 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0879721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.004;QD=28.537;RBI=0.0957273;REFB=0.0191692;REVB=-0.0377443;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.01653;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr22 36591380 . A G 724.75 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.352;QD=54.6982;RBI=0.0824924;REFB=-0.123888;REVB=0.080139;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000643004;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr22 36598049 . C G 801.0 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6859;QD=57.2146;RBI=0.126952;REFB=0;REVB=0.110371;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141181;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr22 36598058 . T C 794.74 PASS AF=0.983051;AO=52;DP=55;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234587;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.395;QD=53.8807;RBI=0.0239708;REFB=-0.00743004;REVB=0.00492818;RO=1;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018468;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00442563;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:59:1:1:52:58:0.983051:25:27:0:1:26:32:0:1 chr22 36598059 . T C 33.05 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=61;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.012883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.5167;QD=2.13195;RBI=0.0378162;REFB=-0.0173231;REVB=-0.0355541;RO=55;SAF=5;SAR=1;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380359;STB=0.686657;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.170305;OID=.;OPOS=36598059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:61:62:55:55:6:7:0.112903:1:5:28:27:2:5:28:27 chr22 36623731 . T C 908.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01642;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.246;QD=58.5893;RBI=0.0197708;REFB=0;REVB=0.0110122;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37654e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr22 36661330 . G A 1080.59 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.204;QD=60.0326;RBI=0.0439272;REFB=0;REVB=-0.00286475;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51128e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:23:47:0:0:23:49:0:0 chr22 36661536 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.045;QD=51.1846;RBI=0.0551312;REFB=0;REVB=0.0529786;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595022;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr22 36661566 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.303;QD=52.6132;RBI=0.0219444;REFB=0;REVB=0.0112841;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158118;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr22 36661646 . G A 751.26 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391483;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5029;QD=63.9371;RBI=0.118745;REFB=0;REVB=0.112106;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107732;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:23:22:0:0:24:23:0:0 chr22 36661842 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.495;QD=45.8013;RBI=0.0392148;REFB=0;REVB=0.0347887;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270138;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr22 36677434 . AAG A 74.55 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=46;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=0.0408403;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=28.6072;QD=8.5204;RBI=0.0530021;REFB=-0.0270864;REVB=-0.0337831;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0.347826;SSEP=0;SSSB=-0.216089;STB=0.77391;STBP=0.061;TYPE=del;VARB=0.0411048;OID=.;OPOS=36677435;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429:11:46:13:35:22:7:6:21:1:74:33:5:6:21:12 chr22 36678389 . G A 282.77 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0103426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.595;QD=15.7097;RBI=0.0254847;REFB=-0.0262565;REVB=-0.0232916;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289617;STB=0.663166;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0172062;OID=.;OPOS=36678389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:29:40:27:32:0.444444:17:10:20:9:20:12:27:13 chr22 36684331 . C T 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00649039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.815;QD=32.6792;RBI=0.0135518;REFB=-0.0284759;REVB=0.0118965;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123624;STB=0.567729;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0179108;OID=.;OPOS=36684331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:17:10:7:5:17:10:7:5 chr22 36691607 . A C 635.54 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358882;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.936;QD=62.0043;RBI=0.0358919;REFB=0;REVB=-0.000517238;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354427;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr22 36892078 . T TC 39.58 PASS AF=0.171429;AO=15;DP=71;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.031275;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.9771;QD=2.26186;RBI=0.0362889;REFB=-0.00324609;REVB=-0.0184054;RO=55;SAF=4;SAR=11;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441559;STB=0.928227;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0445687;OID=.;OPOS=36892079;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.171429:15:71:12:70:58:1:11:37:21:39:55:4:11:35:20 chr22 36897427 . T C 461.48 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=52;FSRR=50;FWDB=-0.00463487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9379;QD=11.6095;RBI=0.0106937;REFB=-0.00594214;REVB=0.00963706;RO=101;SAF=22;SAR=35;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135556;STB=0.580689;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0133421;OID=.;OPOS=36897427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:101:102:57:57:0.358491:35:22:51:50:35:22:52:50 chr22 36900271 . T C 443.16 PASS AF=0.371429;AO=51;DP=138;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0143734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.8;QD=12.6617;RBI=0.0192112;REFB=-0.0162399;REVB=-0.0127465;RO=87;SAF=26;SAR=25;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172151;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304875;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:87:88:51:52:0.371429:25:26:43:44:26:26:44:44 chr22 36900806 . A G 104.3 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0246385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1316;QD=9.93353;RBI=0.0739129;REFB=-0.00399624;REVB=-0.0696855;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102844;STB=0.561949;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00298343;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:13:16:6:7:13:16 chr22 37163865 . G A 1243.86 PASS AF=0.628571;AO=110;DP=176;FAO=110;FDP=175;FR=.;FRO=65;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0332777;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.537;QD=28.4311;RBI=0.0342355;REFB=-0.035337;REVB=0.00804175;RO=65;SAF=71;SAR=39;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174115;STB=0.594125;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0187411;OID=.;OPOS=37163865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:65:65:110:110:0.628571:39:71:26:39:39:71:26:39 chr22 37196971 . C A 166.08 PASS AF=0.418605;AO=10;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00157771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.998;QD=15.4497;RBI=0.0584569;REFB=-0.031116;REVB=0.0584356;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293146;STB=0.501606;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0428684;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:10:18:0.418605:5:5:6:18:13:5:7:18 chr22 37267767 . A G 524.03 PASS AF=1;AO=28;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176797;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.962;QD=59.8893;RBI=0.0187316;REFB=0;REVB=0.00618883;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3889e-06;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:28:35:1:16:12:0:0:19:16:0:0 chr22 37268257 . C T 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0377995;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.14;QD=58.227;RBI=0.0413607;REFB=0.0151982;REVB=-0.01679;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000112384;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:0:1:33:38:0:1 chr22 37271882 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.837;QD=51.1834;RBI=0.0621311;REFB=0;REVB=-0.0578349;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122671;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr22 37333794 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.802;QD=55.0986;RBI=0.0396283;REFB=0;REVB=0.00651508;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102773;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr22 37453452 . C T 1101.66 PASS AF=0.961538;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0709599;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.691;QD=56.4954;RBI=0.0816865;REFB=-0.0887713;REVB=0.0404645;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.519995;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00089624;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:0:3:75:75:0.961538:36:39:0:0:36:39:0:3 chr22 37465114 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0012415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.254;QD=22.676;RBI=0.0869872;REFB=-0.0245179;REVB=0.0869783;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230959;STB=0.63132;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0353569;OID=.;OPOS=37465114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:4:1:6:4:4:1 chr22 37485724 . T C 395.84 PASS AF=0.241245;AO=61;DP=259;FAO=62;FDP=257;FR=.;FRO=195;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=101;FSRR=94;FWDB=0.00948302;FXX=0.00772171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.362;QD=6.16089;RBI=0.00979212;REFB=-0.00345429;REVB=-0.00244089;RO=188;SAF=34;SAR=27;SRF=97;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524506;STB=0.53559;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0131733;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:257:188:195:61:62:0.241245:27:34:97:91:27:35:101:94 chr22 37578388 . C T 152.53 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=0.0120368;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9175;QD=10.0019;RBI=0.012837;REFB=-0.0375985;REVB=0.00446139;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207679;STB=0.609035;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0613918;OID=.;OPOS=37578388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:40:41:20:20:0.327869:9:11:29:11:9:11:29:12 chr22 37578579 . C T 290.16 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=0.0263747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8161;QD=9.91989;RBI=0.0266402;REFB=0.00374014;REVB=-0.00375126;RO=79;SAF=20;SAR=18;SRF=52;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156175;STB=0.590118;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00874676;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:79:38:38:0.324786:18:20:52:27:18:20:52:27 chr22 37578652 . G A 300.91 PASS AF=0.277778;AO=40;DP=134;FAO=40;FDP=144;FR=.;FRO=104;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=47;FWDB=-0.001303;FXX=0.0136977;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.073;QD=8.35864;RBI=0.0633562;REFB=-0.0191997;REVB=-0.0633428;RO=94;SAF=28;SAR=12;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151031;STB=0.618202;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.039784;OID=.;OPOS=37578652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:144:94:104:40:40:0.277778:12:28:55:39:12:28:57:47 chr22 37580442 . A T 542.39 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=78;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0115721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.912;QD=27.8151;RBI=0.0301137;REFB=-0.0335926;REVB=0.0278015;RO=29;SAF=22;SAR=27;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25494;STB=0.638179;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0196886;OID=.;OPOS=37580442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:29:49:49:0.628205:27:22:24:5:27:22:24:5 chr22 37581485 . C A 98.25 PASS AF=0.241935;AO=15;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0090212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.763;QD=6.33841;RBI=0.0122862;REFB=-0.00751684;REVB=-0.00834075;RO=47;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113552;STB=0.569533;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0215629;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:47:47:15:15:0.241935:10:5:12:35:10:5:12:35 chr22 37602583 . G C,GC 450.38 PASS AF=0,1;AO=4,31;DP=39;FAO=0,39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129712,-0.0335969;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=8.78362,15.6745;QD=46.1926;RBI=0.135303,0.0553877;REFB=0,0;REVB=0.0384942,-0.0440346;RO=1;SAF=4,17;SAR=0,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0266551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00205742;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:39:39:1:0:4,31:0,39:0,1:0,14:4,17:1:0:0,15:0,24:0:0 chr22 37603021 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0151484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.083;QD=11.5971;RBI=0.0459413;REFB=-0.0242977;REVB=-0.0433719;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259199;STB=0.649793;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.045822;OID=.;OPOS=37603021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:3:18:8:4:3:18 chr22 37603051 . C T 52.53 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0446171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.348;QD=7.50495;RBI=0.0460756;REFB=-0.0180096;REVB=-0.0115011;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462506;STB=0.77813;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0615403;OID=.;OPOS=37603051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:4:16:3:5:4:16 chr22 37603744 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0161025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8017;QD=10.6678;RBI=0.0475997;REFB=-0.0147926;REVB=-0.0447933;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118978;STB=0.571289;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0501485;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:7:11:5:5:7:11 chr22 37699377 . T C 1119.43 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021926;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.9162;QD=60.5098;RBI=0.0232635;REFB=0;REVB=-0.00777443;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18042e-05;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr22 37900276 . A G 122.27 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0636359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.799;QD=15.7762;RBI=0.100505;REFB=-0.0345992;REVB=-0.0777924;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240704;STB=0.655553;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0695768;OID=.;OPOS=37900276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:17:14:14:0.451613:5:9:13:2:5:9:15:2 chr22 37900762 . G A 346.51 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00798585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.04;QD=26.6546;RBI=0.0101127;REFB=-0.0455208;REVB=-0.00620426;RO=17;SAF=26;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212528;STB=0.553158;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0289759;OID=.;OPOS=37900762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:19:33:33:0.634615:7:26:13:4:7:26:13:6 chr22 37906262 . C T 458.71 PASS AF=0.354037;AO=57;DP=161;FAO=57;FDP=161;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=73;FWDB=0.00368475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1486;QD=11.3964;RBI=0.010794;REFB=-0.0121164;REVB=0.0101456;RO=102;SAF=19;SAR=38;SRF=31;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378112;STB=0.526057;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0261438;OID=.;OPOS=37906262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:102:104:57:57:0.354037:38:19:31:71:38:19:31:73 chr22 37906308 . GCTCCTT G 675.04 PASS AF=0.403756;AO=83;DP=185;FAO=86;FDP=213;FR=.;FRO=127;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=-0.082763;FXX=0.0405387;HRUN=1;LEN=6;MLLD=161.144;QD=12.6767;RBI=0.0836221;REFB=-0.0348537;REVB=-0.0119563;RO=72;SAF=34;SAR=49;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182757;STB=0.520812;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.0579575;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403756:83:185:86:213:127:35:51:56:71:99:72:34:49:28:44 chr22 37964299 . C G 204.17 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=98;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.00607567;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.606;QD=8.41956;RBI=0.00607788;REFB=-0.0037072;REVB=-0.00016389;RO=70;SAF=15;SAR=12;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183181;STB=0.608001;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0124723;OID=.;OPOS=37964299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:70:70:27:27:0.278351:12:15:49:21:12:15:49:21 chr22 38035851 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.0435235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7857;QD=13.4056;RBI=0.0912534;REFB=0.0436981;REVB=-0.0802053;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=30;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362761;STB=0.702474;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.067424;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:30:4:10:13:30:4 chr22 38037105 . TCCCCCCCCCCCCCA CTCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCACC,TCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCCAC,TCCTCCCCCCCCCCA,TCTCCCCCCCCCCAC 252.18 PASS AF=0.153846,0.596154,0.0384615,0.0192308,0.0961538,0.0384615,0.0576923;AO=5,6,2,13,4,2,3;DP=48;FAO=8,31,2,1,5,2,3;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0,0,0,0,0;FSAR=8,31,2,1,5,2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0,0,0,0,0;FXX=0.0370302;HRUN=1,13,13,13,13,13,13;LEN=2,2,3,1,2,1,13;MLLD=12.4759,6.74853,20.0672,3.17411,11.1317,128.62,127.86;QD=19.3987;RBI=0.117988,0.0120668,0.0427188,0.0823266,0.1407,0.0311893,0.0329376;REFB=0,0,0,0,0,0,0;REVB=-0.117988,-0.0120668,-0.0427188,-0.0823266,-0.1407,-0.0311893,-0.0329376;RO=0;SAF=0,0,0,0,0,0,0;SAR=5,6,2,13,4,2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,del,mnp,snp,mnp;VARB=-0.290245,0.139529,-0.134134,-0.151757,-0.339993,0.0257886,0.0736468;OID=.,.,.,.,.,.,.;OPOS=38037105,38037106,38037117,38037106,38037118,38037108,38037107;OREF=TC,CC,CCA,C,CA,C,CCCCCCCCCCCCA;OALT=CT,-,ACC,-,AC,T,TCCCCCCCCCCAC;OMAPALT=CTCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCACC,TCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCCAC,TCCTCCCCCCCCCCA,TCTCCCCCCCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:48:52:0:0:5,6,2,13,4,2,3:8,31,2,1,5,2,3:0.153846,0.596154,0.0384615,0.0192308,0.0961538,0.0384615,0.0576923:5,6,2,13,4,2,3:0,0,0,0,0,0,0:0:0:8,31,2,1,5,2,3:0,0,0,0,0,0,0:0:0 chr22 38040711 . G A 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.000634241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.711;QD=12.1824;RBI=0.00429193;REFB=-0.0100606;REVB=0.00424481;RO=50;SAF=20;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239843;STB=0.638587;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0190666;OID=.;OPOS=38040711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:9:20:24:26:9:20:24:26 chr22 38051999 . C T 664.46 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=4;FWDB=-0.0200102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.009;QD=25.3128;RBI=0.0249026;REFB=-0.0134221;REVB=-0.0148232;RO=42;SAF=40;SAR=23;SRF=38;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230468;STB=0.624182;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00792528;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:42:42:63:63:0.6:23:40:38:4:23:40:38:4 chr22 38065655 . A G 347.59 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0103887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.258;QD=24.8281;RBI=0.0830468;REFB=-0.0194839;REVB=0.0823944;RO=20;SAF=11;SAR=23;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260857;STB=0.627652;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0295919;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:22:34:34:0.607143:23:11:14:6:23:11:14:8 chr22 38074434 . G A 585.89 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00421875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.841;QD=28.5802;RBI=0.0148325;REFB=-0.031405;REVB=0.0142199;RO=29;SAF=24;SAR=28;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821024;STB=0.538447;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0191881;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:30:52:52:0.634146:28:24:17:12:28:24:17:13 chr22 38119213 . G A 170.45 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=62;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0410638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.872;QD=10.8223;RBI=0.0441743;REFB=-0.0134723;REVB=-0.016283;RO=41;SAF=16;SAR=5;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113236;STB=0.576197;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0252454;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:41:41:21:22:0.349206:5:16:28:13:5:17:28:13 chr22 38119809 . A AC 31.42 PASS AF=0.714286;AO=2;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.259267;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=64.4573;QD=17.9552;RBI=0.266994;REFB=-0.0218496;REVB=-0.0637671;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64233;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=ins;VARB=0.120064;OID=.;OPOS=38119810;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:2:7:5:7:2:3:2:0:2:10:5:0:2:3:2 chr22 38121152 . C A 149.04 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00495374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0149;QD=9.61524;RBI=0.0141938;REFB=0.00328594;REVB=0.0133013;RO=40;SAF=16;SAR=4;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188679;STB=0.601659;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00628684;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:42:20:20:0.322581:4:16:27:13:4:16:29:13 chr22 38122122 . T C 185.19 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0825418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4932;QD=10.4335;RBI=0.103468;REFB=0.00159903;REVB=-0.0623892;RO=47;SAF=4;SAR=20;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122693;STB=0.572454;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00765306;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:47:47:24:24:0.338028:20:4:11:36:20:4:11:36 chr22 38122448 . C T 138.64 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.13257;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2973;QD=16.8052;RBI=0.135417;REFB=-0.0247438;REVB=0.0276215;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341689;STB=0.738258;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0415288;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:10:18:8:15:0.454545:2:6:4:6:2:13:10:8 chr22 38122462 . A G 428.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.111;QD=57.1697;RBI=0.0352873;REFB=0;REVB=-0.0329784;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5324e-05;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:7:22:0:0:7:23:0:0 chr22 38129332 . G A 423.11 PASS AF=0.352941;AO=51;DP=150;FAO=54;FDP=153;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=-0.0419549;FXX=0.00649309;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5941;QD=11.0616;RBI=0.12164;REFB=-0.0306948;REVB=0.114175;RO=98;SAF=38;SAR=13;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248961;STB=0.605055;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0697445;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:153:98:99:51:54:0.352941:13:38:54:44:16:38:55:44 chr22 38130459 . G T 720.87 PASS AF=0.773333;AO=57;DP=78;FAO=58;FDP=75;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.01733;FXX=0.0624922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.516;QD=38.4463;RBI=0.0311497;REFB=-0.0292137;REVB=0.0258839;RO=15;SAF=26;SAR=31;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301593;STB=0.514518;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00662155;OID=.;OPOS=38130459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:15:17:57:58:0.773333:31:26:8:7:31:27:9:8 chr22 38130472 . T C 1256.35 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.694;QD=61.2854;RBI=0.0111783;REFB=0;REVB=-0.00836239;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01875e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:41:39:0:0:41:41:0:0 chr22 38130772 . TGGGGGGGCA GTGGGGGGCA,TGGGGGGCAG 33.24 PASS AF=0.210526,0.210526;AO=2,2;DP=19;FAO=4,4;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2,2;FSAR=2,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00193594,0.0315398;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,3;MLLD=110.59,44.4751;QD=6.99761;RBI=0.0615831,0.093599;REFB=-0.0172886,-0.0763926;REVB=-0.0615527,-0.088125;RO=7;SAF=2,1;SAR=0,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.639247;STB=0.732419,0.732419;STBP=0.42,0.42;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.215699,0.0575595;OID=.,.;OPOS=38130772,38130779;OREF=TG,GCA;OALT=GT,CAG;OMAPALT=GTGGGGGGCA,TGGGGGGCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:19:19:7:11:2,2:4,4:0.210526,0.210526:0,1:2,1:7:0:2,2:2,2:9:2 chr22 38164106 . C T 427.06 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00872023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.867;QD=24.7573;RBI=0.00885358;REFB=-0.0171996;REVB=0.00153085;RO=28;SAF=21;SAR=20;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141047;STB=0.57713;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0101953;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:20:21:9:19:20:21:9:19 chr22 38202398 . A AC 303.76 PASS AF=1;AO=6;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299732;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.3266;QD=43.3941;RBI=0.0299732;REFB=0;REVB=0;RO=22;SAF=6;SAR=0;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.68413e-05;OID=.;OPOS=38202399;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:28:28:28:0:28:0:0:0:4:22:6:0:22:0 chr22 38202399 . T C,G 373.03 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=22,6;DP=28;FAO=22,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22,6;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669667,-0.000806195;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=83.8474,64.2097;QD=53.2907;RBI=0.00669667,0.000806195;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=22,6;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000652077,0.15603;OID=.,.;OPOS=38202399,38202399;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:28:28:0:0:22,6:22,6:0.785714,0.214286:0,0:22,6:0:0:0,0:22,6:0:0 chr22 38202552 . T C 751.8 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225539;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3199;QD=56.7399;RBI=0.0336852;REFB=0;REVB=0.0250202;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194224;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr22 38202642 . G T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0026578;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.822;QD=51.5089;RBI=0.00922125;REFB=0.0177874;REVB=0.00882992;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-4.26369e-05;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:16:10:1:0:16:10:1:0 chr22 38202734 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.802;QD=59.4356;RBI=0.0181657;REFB=0;REVB=0.00829912;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13965e-05;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr22 38205989 . T C 1212.74 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.838;QD=59.8885;RBI=0.0601456;REFB=-0.00705887;REVB=0.0438329;RO=1;SAF=50;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937607;STB=0.504949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000118211;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:30:50:1:0:30:50:1:0 chr22 38211668 . AG AC,A 33.47 PASS AF=0,0.391304;AO=3,4;DP=22;FAO=0,9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,1;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0129218,-0.0315954;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=144.709,12.26;QD=5.8203;RBI=0.0885432,0.073744;REFB=-0.00790064,-0.0687684;REVB=-0.0875952,-0.0666326;RO=13;SAF=0,2;SAR=3,2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.461538;SSSB=-0.64472,-0.0426709;STB=0.5,0.83635;STBP=1,0.024;TYPE=snp,del;VARB=0.0600346,0.102116;OID=.,.;OPOS=38211669,38211669;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.391304:3,4:22:0,9:23:14:0,1:0,8:8:6:30:13:0,2:3,2:7:6 chr22 38273749 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00439327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4592;QD=6.57346;RBI=0.00451536;REFB=-0.00410283;REVB=0.00104288;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.629258;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00924592;OID=.;OPOS=38273749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:3:12:4:2:3:13 chr22 38323507 . G T 62.23 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0450446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9156;QD=4.36693;RBI=0.0484252;REFB=-0.020972;REVB=-0.0177759;RO=38;SAF=9;SAR=1;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39336;STB=0.726143;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.105342;OID=.;OPOS=38323507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:57:57:38:47:10:10:0.175439:1:9:26:12:1:9:35:12 chr22 38341134 . T C 459.81 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0297895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.966;QD=23.886;RBI=0.0307873;REFB=-0.0259796;REVB=0.00777479;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450793;STB=0.52919;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0193058;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:43:44:0.571429:22:21:18:15:23:21:18:15 chr22 38369976 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0112786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.874;QD=8.25455;RBI=0.0676519;REFB=-0.0210146;REVB=-0.0667051;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0664081;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr22 38382304 . G A 934.57 PASS AF=0.541667;AO=90;DP=171;FAO=91;FDP=168;FR=.;FRO=77;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0379648;FXX=0.0175428;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4971;QD=22.2517;RBI=0.0390676;REFB=-0.0426466;REVB=0.00921697;RO=77;SAF=34;SAR=56;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103577;STB=0.503875;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0366066;OID=.;OPOS=38382304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:168:77:77:90:91:0.541667:56:34:29:48:56:35:29:48 chr22 38422079 . T G 34.29 PASS AF=0.097561;AO=4;DP=41;FAO=4;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0412837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.1188;QD=3.34506;RBI=0.0586103;REFB=-0.0475025;REVB=-0.0416032;RO=28;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387497;STB=0.788123;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.171361;OID=.;OPOS=38422079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:41:41:28:32:4:4:0.097561:1:3:11:17:1:3:13:19 chr22 38474696 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.123;QD=58.061;RBI=0.0200267;REFB=0;REVB=0.0139527;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47215e-05;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr22 38503847 . C T 536.74 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00200345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.643;QD=55.0499;RBI=0.0301676;REFB=-0.124889;REVB=0.030101;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521728;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000621319;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:2:2:37:37:0.948718:22:15:0:2:22:15:0:2 chr22 38506509 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419415;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.362;QD=51.1846;RBI=0.00680973;REFB=0;REVB=0.00536484;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00207e-05;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 38611045 . C A 2851.34 PASS AF=0.942308;AO=196;DP=208;FAO=196;FDP=208;FR=.;FRO=12;FSAF=135;FSAR=61;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00933412;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.058;QD=54.8335;RBI=0.00937951;REFB=-0.0101885;REVB=0.000921665;RO=9;SAF=135;SAR=61;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215068;STB=0.501486;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=1.20657e-05;OID=.;OPOS=38611045;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:208:208:9:12:196:196:0.942308:61:135:6:3:61:135:8:4 chr22 38615536 . A T 261.82 PASS AF=1;AO=4;DP=17;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946672;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=156.592;QD=41.8917;RBI=0.074703;REFB=-0.186674;REVB=0.0741008;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00621162;OID=.;OPOS=38615536;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:17:25:1:0:4:25:1:4:0:0:1:18:7:0:0 chr22 38823136 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00047042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3829;QD=58.2368;RBI=0.0399237;REFB=0;REVB=0.039921;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217567;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:21:41:0:0:21:41:0:0 chr22 38877461 . T G 485.36 PASS AF=0.428571;AO=52;DP=128;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0165607;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.193;QD=15.4082;RBI=0.0204328;REFB=-0.0209581;REVB=0.0119684;RO=74;SAF=24;SAR=28;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179884;STB=0.581597;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0278691;OID=.;OPOS=38877461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:74:72:52:54:0.428571:28:24:47:27:28:26:45:27 chr22 38881701 . T A 71.67 PASS AF=0.785714;AO=8;DP=12;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00743789;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=122.759;QD=20.4769;RBI=0.106098;REFB=-0.037932;REVB=0.105837;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196883;STB=0.571311;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00818641;OID=.;OPOS=38881701;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:12:14:4:3:8:11:0.785714:1:7:4:0:2:9:3:0 chr22 38881703 . T A 48.95 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0167868;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=145.382;QD=13.052;RBI=0.0305877;REFB=0.000745026;REVB=0.0255697;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000382455;OID=.;OPOS=38881703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:8:7:7:0.466667:1:6:6:1:1:6:7:1 chr22 38881705 . T A 46.37 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.015161;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=143.049;QD=11.5916;RBI=0.0960231;REFB=0.000801461;REVB=-0.0948187;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.58039;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000663331;OID=.;OPOS=38881705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:16:8:9:7:7:0.4375:1:6:6:2:1:6:7:2 chr22 38881707 . T A 47.88 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000617261;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=136.656;QD=11.9699;RBI=0.00579415;REFB=-0.00199987;REVB=-0.00576118;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300057;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00106619;OID=.;OPOS=38881707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:1:6:5:3:1:6:6:3 chr22 38993370 . C T 237.27 PASS AF=0.269841;AO=34;DP=126;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00115759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.457;QD=7.53247;RBI=0.0151936;REFB=-0.00297738;REVB=-0.0151494;RO=90;SAF=25;SAR=9;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327214;STB=0.689539;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0108856;OID=.;OPOS=38993370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:90:92:34:34:0.269841:9:25:43:47:9:25:45:47 chr22 39069181 . T C 82.44 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00809687;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.294;QD=9.99299;RBI=0.0190179;REFB=-0.0088056;REVB=-0.0172082;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628691;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01845;OID=.;OPOS=39069181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:33:33:23:22:10:11:0.333333:4:6:15:8:4:7:14:8 chr22 39079964 . T C 50.39 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0274538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.851;QD=6.50157;RBI=0.033748;REFB=-0.00845465;REVB=0.019627;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113398;STB=0.573567;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0428644;OID=.;OPOS=39079964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:31:31:23:23:8:8:0.258065:7:1:4:19:7:1:4:19 chr22 39127758 . GAA GA,GAC 207.29 PASS AF=0.92,0;AO=11,7;DP=25;FAO=23,0;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=1,0;FSAR=22,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0657736,-0.0217374;FXX=0.0384468;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.5284,10.8156;QD=33.1664;RBI=0.245587,0.0924211;REFB=-0.105216,0.0294607;REVB=0.236615,-0.0898284;RO=3;SAF=0,1;SAR=11,6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812344,-0.168825;STB=0.749698,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0394508,-0.0138973;OID=.,.;OPOS=39127759,39127760;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92,0:11,7:25:23,0:25:2:1,0:22,0:2:0:8:3:0,1:11,6:1:2 chr22 39130843 . C G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0100346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.45;QD=19.7627;RBI=0.0126601;REFB=-0.0115582;REVB=-0.00771909;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789875;STB=0.544588;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0133315;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:12:13:10:13:12:13 chr22 39178701 . A G 753.41 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.118;QD=61.5032;RBI=0.0610704;REFB=-0.122579;REVB=0.022786;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0023546;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr22 39222652 . G A 1360.48 PASS AF=0.988889;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00289211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.915;QD=60.4657;RBI=0.0279399;REFB=-0.154338;REVB=0.0277898;RO=1;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123057;STB=0.506492;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00142734;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:87:89:0.988889:38:49:0:1:38:51:0:1 chr22 39358104 . A G 87.89 PASS AF=0.133803;AO=18;DP=141;FAO=19;FDP=142;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0177603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.197;QD=2.47578;RBI=0.0177996;REFB=-0.00513945;REVB=-0.00118226;RO=118;SAF=17;SAR=1;SRF=74;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52764;STB=0.904083;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0889216;OID=.;OPOS=39358104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:141:142:118:123:18:19:0.133803:1:17:74:44:1:18:75:48 chr22 39358108 . A G 79.09 PASS AF=0.125;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=144;FR=.;FRO=126;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=78;FSRR=48;FWDB=-0.0643356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.453;QD=2.19687;RBI=0.0652148;REFB=-0.00903054;REVB=0.0106723;RO=117;SAF=17;SAR=1;SRF=69;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552106;STB=0.897076;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0569734;OID=.;OPOS=39358108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:136:144:117:126:18:18:0.125:1:17:69:48:1:17:78:48 chr22 39358111 . C T 78.81 PASS AF=0.124138;AO=18;DP=145;FAO=18;FDP=145;FR=.;FRO=127;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=77;FSRR=50;FWDB=0.0150586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.157;QD=2.1742;RBI=0.0154039;REFB=0.00157699;REVB=0.00324294;RO=125;SAF=17;SAR=1;SRF=77;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528499;STB=0.901633;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0320364;OID=.;OPOS=39358111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:145:145:125:127:18:18:0.124138:1:17:77:48:1:17:77:50 chr22 39358132 . G T 75.69 PASS AF=0.116883;AO=18;DP=154;FAO=18;FDP=154;FR=.;FRO=136;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=78;FSRR=58;FWDB=-0.0452365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3588;QD=1.96597;RBI=0.0604235;REFB=-0.0066533;REVB=0.0400582;RO=136;SAF=17;SAR=1;SRF=78;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54469;STB=0.912932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0691894;OID=.;OPOS=39358132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:154:154:136:136:18:18:0.116883:1:17:78:58:1:17:78:58 chr22 39358136 . A G 75.22 PASS AF=0.116129;AO=18;DP=155;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=78;FSRR=59;FWDB=-0.0119867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.71;QD=1.94114;RBI=0.0203204;REFB=-0.00154448;REVB=-0.0164084;RO=128;SAF=17;SAR=1;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562983;STB=0.914252;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0107012;OID=.;OPOS=39358136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:155:155:128:137:18:18:0.116129:1:17:71:57:1:17:78:59 chr22 39358173 . T G 58.39 PASS AF=0.100592;AO=16;DP=162;FAO=17;FDP=169;FR=.;FRO=152;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=76;FSRR=76;FWDB=-0.0533091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.396;QD=1.38199;RBI=0.0760807;REFB=-0.00779548;REVB=-0.0542808;RO=144;SAF=16;SAR=0;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637421;STB=0.929969;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0837596;OID=.;OPOS=39358173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:162:169:144:152:16:17:0.100592:0:16:74:70:1:16:76:76 chr22 39381826 . A G 1381.39 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000637431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.997;QD=61.3951;RBI=0.0140766;REFB=0.0156743;REVB=0.0140622;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013734;STB=0.507245;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-1.98892e-05;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:55:34:1:0:55:34:1:0 chr22 39381999 . T C 876.72 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0301179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2347;QD=54.7948;RBI=0.0495218;REFB=-0.0839929;REVB=-0.0393106;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00797681;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:31:31:1:1:31:31:1:1 chr22 39382079 . C A 750.45 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756661;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.104;QD=63.868;RBI=0.0869848;REFB=0;REVB=0.0429068;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351302;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr22 39387558 . C T 1046.33 PASS AF=0.505;AO=101;DP=200;FAO=101;FDP=200;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.00172117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.673;QD=20.9265;RBI=0.01309;REFB=0.00422431;REVB=-0.0129764;RO=98;SAF=49;SAR=52;SRF=59;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104712;STB=0.554711;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00531554;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:98:99:101:101:0.505:52:49:59:39:52:49:59:40 chr22 39440149 . C T 285.17 PASS AF=0.958333;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7375;QD=47.529;RBI=0.109324;REFB=-0.171919;REVB=0.0910669;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0146317;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:24:2:1:20:23:0.958333:11:9:2:0:13:10:1:0 chr22 39441096 . G T 1573.36 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.791;QD=58.8172;RBI=0.0343649;REFB=-0.0806383;REVB=0.0304194;RO=1;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771739;STB=0.504064;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000606177;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:45:61:1:0:45:61:1:0 chr22 39441203 . C T 726.9 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0226954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.291;QD=52.8652;RBI=0.0293647;REFB=0.0172901;REVB=-0.0186334;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313873;STB=0.51666;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000508461;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:29:24:0:2:29:24:0:2 chr22 39445554 . G A 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1781;QD=57.7048;RBI=0.0247255;REFB=0;REVB=-0.00199324;RO=0;SAF=40;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205368;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:19:40:0:0:19:40:0:0 chr22 39477123 . T C 658.03 PASS AF=0.682927;AO=56;DP=82;FAO=56;FDP=82;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0656116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.347;QD=32.0988;RBI=0.0667824;REFB=-0.000832686;REVB=0.0124504;RO=24;SAF=33;SAR=23;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972022;STB=0.553379;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000296938;OID=.;OPOS=39477123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:24:26:56:56:0.682927:23:33:10:14:23:33:11:15 chr22 39497509 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7853;QD=60.6084;RBI=0.0901484;REFB=0;REVB=0.0247941;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000969167;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr22 39709009 . G A 236.52 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0267864;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.367;QD=11.1304;RBI=0.0519848;REFB=-0.0319943;REVB=-0.0445523;RO=54;SAF=23;SAR=6;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387326;STB=0.737792;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0619287;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:54:56:29:29:0.341176:6:23:26:28:6:23:26:30 chr22 39712981 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.382;QD=56.9569;RBI=0.0555226;REFB=0;REVB=-0.00182613;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18402e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr22 39770597 . A G 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3124;QD=58.9962;RBI=0.0257065;REFB=0;REVB=-0.0110179;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129041;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 1010.69 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=82;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0206213;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=3;MLLD=277.8;QD=53.9034;RBI=0.0224198;REFB=-0.050981;REVB=0.00879807;RO=12;SAF=35;SAR=34;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909212;STB=0.525634;STBP=0.051;TYPE=ins;VARB=0.00284759;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.946667:69:82:71:75:4:37:34:4:0:13:12:35:34:10:2 chr22 39781585 . C T 1509.44 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4442;QD=63.5556;RBI=0.0544643;REFB=0;REVB=0.0349706;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379245;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:55:40:0:0:55:40:0:0 chr22 39886217 . C G 354.01 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00327498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.998;QD=29.5006;RBI=0.0345357;REFB=-0.0326986;REVB=0.0343801;RO=16;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159073;STB=0.562459;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0196922;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:30:30:0.625:15:15:12:4:15:15:12:6 chr22 39887686 . A G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0196978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.596;QD=26.3417;RBI=0.0329059;REFB=-0.0318343;REVB=0.026359;RO=11;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148936;STB=0.583241;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0119627;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:14:5:5:6:14:5:5:6 chr22 39966856 . C T 593.38 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1259;QD=56.5125;RBI=0.0671382;REFB=-0.106295;REVB=0.0648641;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0510027;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:42:1:1:40:41:0.97619:22:18:0:1:22:19:0:1 chr22 40045649 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.779;QD=33.4285;RBI=0.034093;REFB=0;REVB=0.0233417;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984131;OID=.;OPOS=40045649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr22 40054948 . T C,G 658.32 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=40,2;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0641892,-0.000349866;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=92.8787,12.1018;QD=61.2387;RBI=0.0870653,0.0110581;REFB=0,0;REVB=0.0588227,-0.0110525;RO=0;SAF=26,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00292548,0.0293547;OID=.,.;OPOS=40054948,40054948;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:40,2:40,3:0.930233,0.0697674:14,2:26,0:0:0:14,2:26,1:0:0 chr22 40057273 . T C 2613.51 PASS AF=1;AO=168;DP=169;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342771;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.121;QD=61.8582;RBI=0.0714108;REFB=0;REVB=0.0626465;RO=0;SAF=111;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145443;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:169:0:0:168:169:1:57:111:0:0:58:111:0:0 chr22 40417780 . C T 1000.81 PASS AF=0.565476;AO=95;DP=168;FAO=95;FDP=168;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.0119719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.889;QD=23.8288;RBI=0.016639;REFB=-0.0404324;REVB=-0.0115556;RO=73;SAF=47;SAR=48;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205959;STB=0.511212;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0449248;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:73:73:95:95:0.565476:48:47:38:35:48:47:38:35 chr22 40417820 . A G 634.45 PASS AF=0.654321;AO=48;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0130173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.089;QD=31.3309;RBI=0.0144384;REFB=-0.0211146;REVB=-0.00624654;RO=23;SAF=22;SAR=26;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12039;STB=0.558922;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0121892;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:23:25:48:53:0.654321:26:22:6:17:31:22:6:19 chr22 40574170 . T A,TA 412.57 PASS AF=0.828571,0.171429;AO=10,5;DP=36;FAO=29,6;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,1;FSAR=17,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155309,0.135071;FXX=0.0540395;HRUN=8,2;LEN=1,1;MLLD=19.319,13.8962;QD=47.1509;RBI=0.190269,0.141153;REFB=-0.0663357,-0.093046;REVB=0.109915,0.0409895;RO=0;SAF=2,1;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0390735,-0.0180808;OID=.,.;OPOS=40574170,40574171;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:36:35:0:0:10,5:29,6:0.828571,0.171429:8,4:2,1:0:0:17,5:12,1:0:0 chr22 40661916 . C A 59.99 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00447969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2366;QD=6.48555;RBI=0.0856198;REFB=-0.0226961;REVB=-0.0855026;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20252;STB=0.629336;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0805943;OID=.;OPOS=40661916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:14:14:3:6:14:14 chr22 40673999 . C T 1073.0 PASS AF=1;AO=64;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1159;QD=58.7946;RBI=0.0198515;REFB=0;REVB=0.0197619;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137897;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:64:73:1:31:33:0:0:35:38:0:0 chr22 40697319 . A G 327.37 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.014977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7693;QD=24.7071;RBI=0.0233351;REFB=-0.0307135;REVB=-0.0178947;RO=20;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278736;STB=0.662547;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0150101;OID=.;OPOS=40697319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:22:10:14:6:22:10:15:6 chr22 40720704 . A G 1629.33 PASS AF=0.982143;AO=110;DP=112;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0249729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.91;QD=58.1905;RBI=0.0365406;REFB=0.0211566;REVB=-0.0266752;RO=2;SAF=59;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158189;STB=0.508332;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000589341;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:112:112:2:2:110:110:0.982143:51:59:2:0:51:59:2:0 chr22 40722293 . A G 551.66 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0733068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6856;QD=29.8197;RBI=0.0736737;REFB=0.0537037;REVB=0.00734306;RO=25;SAF=11;SAR=38;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14272;STB=0.577808;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0266964;OID=.;OPOS=40722293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:25:25:49:49:0.662162:38:11:10:15:38:11:10:15 chr22 40722745 . A G 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.911;QD=61.8144;RBI=0.0538482;REFB=-0.045058;REVB=0.0279107;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00115655;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr22 41075542 . CA CG,GG 440.61 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=26,2;DP=31;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116959,-0.0843872;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=44.3234,10.9018;QD=56.8525;RBI=0.122753,0.0949694;REFB=0,0;REVB=0.037265,0.0435657;RO=0;SAF=17,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00240335,0.056787;OID=.,.;OPOS=41075543,41075542;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:31:31:0:0:26,2:30,1:0.967742,0.0322581:9,1:17,1:0:0:10,1:20,0:0:0 chr22 41075695 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.443;QD=57.2026;RBI=0.0753157;REFB=0;REVB=-0.00149944;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202066;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr22 41551038 . C CA 846.24 PASS AF=0.985294;AO=14;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.066253;FXX=0.0285673;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.192;QD=49.7787;RBI=0.0698392;REFB=-0.0493249;REVB=-0.022092;RO=52;SAF=12;SAR=2;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399148;STB=0.505616;STBP=0.513;TYPE=ins;VARB=0.00159481;OID=.;OPOS=41551039;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.985294:14:70:67:68:1:44:23:1:0:3:52:12:2:31:21 chr22 41551039 . T A 620.54 PASS AF=0.742857;AO=52;DP=69;FAO=52;FDP=70;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00121432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.177;QD=35.4596;RBI=0.023916;REFB=-0.0715742;REVB=-0.0238851;RO=16;SAF=30;SAR=22;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166797;STB=0.584265;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00732428;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:16:18:52:52:0.742857:22:30:15:1:22:30:16:2 chr22 41575526 . T A,TA 52.8 PASS AF=0,0.285714;AO=3,17;DP=63;FAO=0,16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=0,10;FSAR=0,6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00301689,-0.187257;FXX=0;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=20.9903,9.24648;QD=3.77165;RBI=0.030273,0.272906;REFB=-0.0637094,-0.0953549;REVB=-0.0301223,-0.198527;RO=39;SAF=0,11;SAR=3,6;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.593105,-0.0252423;STB=0.5,0.573301;STBP=1,0.516;TYPE=snp,ins;VARB=0.0149093,0.122316;OID=.,.;OPOS=41575526,41575527;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:63:56:39:40:3,17:0,16:0,0.285714:3,6:0,11:26:13:0,6:0,10:21:19 chr22 41604399 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3157;QD=42.1826;RBI=0.0340419;REFB=0;REVB=-0.0289798;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491944;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr22 41617318 . G C 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0321192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.686;QD=6.51836;RBI=0.0331472;REFB=-0.0189979;REVB=0.00819128;RO=69;SAF=15;SAR=7;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11769;STB=0.568118;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0526831;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:70:22:22:0.23913:7:15:41:28:7:15:42:28 chr22 41625704 . G A 1024.75 PASS AF=0.622378;AO=89;DP=143;FAO=89;FDP=143;FR=.;FRO=54;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.000501313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7591;QD=28.6642;RBI=0.0104781;REFB=-0.0191407;REVB=0.0104661;RO=53;SAF=45;SAR=44;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547772;STB=0.532865;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0108996;OID=.;OPOS=41625704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:53:54:89:89:0.622378:44:45:31:22:44:45:32:22 chr22 41635614 . A AG 76.52 PASS AF=0.221477;AO=33;DP=153;FAO=33;FDP=149;FR=.;FRO=116;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=41;FWDB=-0.00292748;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.2371;QD=2.05411;RBI=0.0809703;REFB=-0.0532065;REVB=-0.0809174;RO=119;SAF=29;SAR=4;SRF=76;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412752;STB=0.674522;STBP=0.041;TYPE=ins;VARB=0.125031;OID=.;OPOS=41635615;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.221477:33:153:33:149:116:27:6:75:41:76:119:29:4:76:43 chr22 41645757 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0290581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.575;QD=9.8437;RBI=0.0365303;REFB=-0.0202165;REVB=-0.022138;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.566536;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0415863;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:5:5:11:8:5:5:12:8 chr22 41829794 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.601;QD=53.2772;RBI=0.0124398;REFB=0;REVB=0.00752116;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66409e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 41833116 . C T 246.9 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.286;QD=47.0289;RBI=0.063459;REFB=-0.134271;REVB=0.0528529;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00206023;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr22 41903813 . A C 509.39 PASS AF=0.38961;AO=59;DP=153;FAO=60;FDP=154;FR=.;FRO=94;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.01256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.367;QD=13.231;RBI=0.0215994;REFB=-0.0210948;REVB=-0.0175721;RO=94;SAF=32;SAR=27;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345826;STB=0.513884;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0318186;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:94:94:59:60:0.38961:27:32:48:46:28:32:48:46 chr22 41911525 . C T 291.52 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00052541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.319;QD=33.3165;RBI=0.0370583;REFB=-0.0279006;REVB=0.0370545;RO=10;SAF=20;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100777;OID=.;OPOS=41911525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:10:10:25:25:0.714286:5:20:8:2:5:20:8:2 chr22 42032218 . TA T,TT 167.14 PASS AF=0.408451,0.0704225;AO=27,5;DP=71;FAO=29,5;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=2,0;FSAR=27,5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.148511,0.0809908;FXX=0.0273935;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.2696,17.4833;QD=9.41607;RBI=0.157416,0.0974231;REFB=-0.0453478,-0.048136;REVB=0.0521931,0.0541457;RO=32;SAF=1,0;SAR=26,5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727859,-0.663451;STB=0.878038,0.998005;STBP=0,0.012;TYPE=del,snp;VARB=0.0626857,-0.000496105;OID=.,.;OPOS=42032219,42032219;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408451,0.0704225:27,5:71:29,5:71:37:2,0:27,5:21:16:99:32:1,0:26,5:18:14 chr22 42089623 . T C 1080.54 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.087;QD=60.0299;RBI=0.0402298;REFB=0;REVB=-0.0369649;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38905e-05;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:29:41:0:0:30:42:0:0 chr22 42159229 . G T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9876;QD=63.5804;RBI=0.00610959;REFB=0;REVB=0.00430353;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8834e-07;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr22 42274715 . A G 32.48 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=-0.0281667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.612;QD=1.54685;RBI=0.0288422;REFB=-0.000287134;REVB=-0.00620567;RO=74;SAF=1;SAR=7;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508501;STB=0.893534;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00165518;OID=.;OPOS=42274715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:74:76:8:8:0.0952381:7:1:43:31:7:1:45:31 chr22 42336172 . G A 89.55 PASS AF=0.2;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00798292;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.909;QD=4.77621;RBI=0.0098901;REFB=-0.00761265;REVB=-0.00583842;RO=60;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172458;STB=0.610959;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0327388;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:77:75:60:60:15:15:0.2:5:10:32:28:5:10:32:28 chr22 42416056 . A G 702.08 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.375;QD=62.4068;RBI=0.0458236;REFB=0;REVB=0.0260351;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175315;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr22 42423110 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.667;QD=62.0214;RBI=0.0290395;REFB=0;REVB=-0.0283054;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76497e-05;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr22 42428727 . A T 1792.57 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024309;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6925;QD=61.2844;RBI=0.0581862;REFB=0;REVB=0.052865;RO=0;SAF=54;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237446;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:116:117:1:62:54:0:0:63:54:0:0 chr22 42463814 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.283;QD=58.0596;RBI=0.00489745;REFB=0;REVB=0.00418438;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87213e-05;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr22 42473603 . C T 529.15 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=69;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0106689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.842;QD=30.6754;RBI=0.0133794;REFB=-0.0451119;REVB=0.00807361;RO=22;SAF=30;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857232;STB=0.546499;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.018355;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:22:47:47:0.681159:17:30:11:11:17:30:11:11 chr22 42522613 . G C 402.29 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0173082;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.844;QD=27.7441;RBI=0.017318;REFB=-0.037255;REVB=-0.000582654;RO=19;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112556;STB=0.552604;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.022398;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:20:38:38:0.655172:21:17:12:7:21:17:12:8 chr22 42523505 . C T 67.86 PASS AF=0.0746667;AO=28;DP=375;FAO=28;FDP=375;FR=.;FRO=347;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=185;FSRR=162;FWDB=0.00190527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.025;QD=0.723802;RBI=0.0037011;REFB=-0.00119894;REVB=0.00317302;RO=346;SAF=15;SAR=13;SRF=184;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044543;STB=0.502391;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0153375;OID=.;OPOS=42523505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:375:375:346:347:28:28:0.0746667:13:15:184:162:13:15:185:162 chr22 42523943 . A G 1592.23 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394311;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.029;QD=60.0843;RBI=0.0399479;REFB=0;REVB=-0.00640525;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79085e-05;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:106:106:1:44:62:0:0:44:62:0:0 chr22 42524795 . A G 102.78 PASS AF=0.195122;AO=14;DP=122;FAO=24;FDP=123;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.00654261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5705;QD=3.34256;RBI=0.0618638;REFB=-0.0487477;REVB=0.0615169;RO=92;SAF=10;SAR=4;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183542;STB=0.626065;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.101288;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:92:99:14:24:0.195122:4:10:53:39:14:10:57:42 chr22 42524924 . A G 49.74 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0380421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8882;QD=2.7254;RBI=0.0406058;REFB=-0.00443022;REVB=-0.0141998;RO=63;SAF=2;SAR=8;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388124;STB=0.776568;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00999095;OID=.;OPOS=42524924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:8:2:32:31:8:2:32:31 chr22 42525132 . G C 81.64 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00162666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.139;QD=8.37356;RBI=0.00613135;REFB=-0.0144317;REVB=-0.00591163;RO=28;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419625;STB=0.756308;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0310144;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:3:8:10:18:3:8:10:18 chr22 42525415 . CGGGCCCCG CGGCCCCCG,CGGCCCCG,CGGCCCCGC,CGGGCCCG 48.73 PASS AF=0,0.5,0,0;AO=2,3,3,2;DP=19;FAO=0,9,0,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1,0,0;FSAR=0,8,0,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.431927,0.184566,0.0461713,-0.568442;FXX=0.0526039;HRUN=3,3,3,4;LEN=1,1,6,1;MLLD=15.3704,12.7691,18.5456,11.6669;QD=10.8289;RBI=0.462199,0.195735,0.137958,0.631308;REFB=-0.0897496,-0.146636,-0.0545518,0.0141716;REVB=-0.16452,-0.0651723,-0.130002,0.274634;RO=6;SAF=0,0,0,2;SAR=2,3,3,0;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0.794076;STB=0.5,0.615087,0.5,0.5;STBP=1,0.538,1,1;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0.0987518,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=42525418,42525416,42525418,42525419;OREF=G,G,GCCCCG,C;OALT=C,-,CCCCGC,-;OMAPALT=CGGCCCCCG,CGGCCCCG,CGGCCCCGC,CGGGCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5,0,0:2,3,3,2:19:0,9,0,0:18:9:0,1,0,0:0,8,0,0:2:7:43:6:0,0,0,2:2,3,3,0:0:6 chr22 42525756 . G A 693.57 PASS AF=0.522727;AO=64;DP=127;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00224311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.449;QD=21.0171;RBI=0.0425904;REFB=-0.0298711;REVB=0.0425313;RO=59;SAF=36;SAR=28;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14991;STB=0.573094;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0191125;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:59:63:64:69:0.522727:28:36:23:36:31:38:25:38 chr22 42526694 . G A 736.1 PASS AF=0.496552;AO=72;DP=145;FAO=72;FDP=145;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.0295125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.526;QD=20.3061;RBI=0.0297708;REFB=-0.0290853;REVB=0.00391296;RO=70;SAF=30;SAR=42;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883994;STB=0.559659;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0266779;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:70:73:72:72:0.496552:42:30:36:34:42:30:39:34 chr22 42536313 . G A 508.23 PASS AF=0.602564;AO=46;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0037602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.207;QD=26.0632;RBI=0.0484408;REFB=0.00458518;REVB=0.0482947;RO=31;SAF=25;SAR=21;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760712;STB=0.545435;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.00382685;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:46:47:0.602564:21:25:20:11:22:25:20:11 chr22 42537196 . T C 779.48 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.551;QD=56.6893;RBI=0.0426557;REFB=0;REVB=0.0425967;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177695;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:32:23:0:0 chr22 42537252 . G A 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0495806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.78;QD=1.29359;RBI=0.0587467;REFB=-0.00327236;REVB=-0.031511;RO=84;SAF=1;SAR=7;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408795;STB=0.839909;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0358906;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:84:85:8:8:0.0860215:7:1:39:45:7:1:39:46 chr22 42537404 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00288292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.924;QD=58.0607;RBI=0.0198642;REFB=0;REVB=-0.0196539;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17133e-05;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:33:28:0:0 chr22 42537597 . A G 308.34 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00887018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.246;QD=18.4083;RBI=0.066573;REFB=-0.0251144;REVB=-0.0659794;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671979;STB=0.537431;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0173817;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:22:12:14:19:22:12 chr22 42538029 . A G 969.07 PASS AF=1;AO=56;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.242288;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.922;QD=58.7315;RBI=0.242517;REFB=0;REVB=0.0105425;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539432;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:56:66:1:38:18:0:0:38:28:0:0 chr22 42538508 . AG GA 200.62 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0443259;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.212;QD=34.8898;RBI=0.04502;REFB=-0.0471247;REVB=-0.007875;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178192;STB=0.509793;STBP=0.925;TYPE=mnp;VARB=0.00947926;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:3:2:8:10:3:2 chr22 42538514 . T TC 175.81 PASS AF=0.833333;AO=17;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.129235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.3996;QD=29.3014;RBI=0.23524;REFB=0.022627;REVB=-0.196561;RO=6;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384898;STB=0.517224;STBP=0.729;TYPE=ins;VARB=-0.0127901;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:17:24:20:24:4:12:8:2:2:17:6:10:7:4:2 chr22 42538618 . A G 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.030866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6033;QD=10.6639;RBI=0.0369533;REFB=-0.00895468;REVB=-0.0203183;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522173;STB=0.545366;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.016196;OID=.;OPOS=42538618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:11:6:4:6:12:6 chr22 42538669 . C T 182.12 PASS AF=0.5;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0376535;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.975;QD=20.2358;RBI=0.0584724;REFB=-0.0299095;REVB=0.0447352;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242273;STB=0.637045;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.029323;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:18:18:18:18:0.5:11:7:12:6:11:7:12:6 chr22 42538670 . G T 133.04 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0241974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.827;QD=13.3043;RBI=0.0318354;REFB=-0.0215327;REVB=-0.0206876;RO=22;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283506;STB=0.665395;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0566993;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:5:11:9:13:5:11:10:14 chr22 42538876 . A T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000971782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0889;QD=50.1327;RBI=0.0211333;REFB=-0.00440598;REVB=0.021111;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000296359;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:8:16:0:0:8:16:0:1 chr22 42609148 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00815626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.65;QD=11.2556;RBI=0.0103471;REFB=-0.00930929;REVB=0.00636694;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0135162;OID=.;OPOS=42609148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr22 42912106 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.764;QD=62.9826;RBI=0.0466535;REFB=0;REVB=0.0274512;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017907;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr22 42961214 . C T 614.44 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4713;QD=59.9452;RBI=0.0829161;REFB=0;REVB=0.0785216;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897711;OID=.;OPOS=42961214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:36:41:1:20:16:0:0:23:18:0:0 chr22 42961277 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.513;QD=52.6125;RBI=0.016254;REFB=0;REVB=-0.00927479;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157497;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 42965167 . C A,CA 645.89 PASS AF=0,1;AO=2,40;DP=50;FAO=0,45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400299,-0.0535934;FXX=0.0217344;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=200.726,24.5491;QD=57.4128;RBI=0.0137698,0.0601485;REFB=0,0;REVB=-0.0131751,-0.0273054;RO=7;SAF=0,14;SAR=2,26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621371,-0.0660186;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00185891;OID=.,.;OPOS=42965167,42965168;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:50:45:7:0:2,40:0,45:0,1:2,26:0,14:4:3:0,31:0,14:0:0 chr22 42970032 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.967;QD=44.6898;RBI=0.047485;REFB=0;REVB=0.0191188;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343605;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr22 43036245 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.083;QD=62.1623;RBI=0.0278047;REFB=0;REVB=0.00454579;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85708e-05;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr22 43089055 . G C 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.5216;QD=50.3895;RBI=0.0185607;REFB=0;REVB=0.00598037;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468529;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr22 43193641 . G A 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00463988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.899;QD=9.41873;RBI=0.0205177;REFB=-0.00676268;REVB=0.0199862;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182819;STB=0.627739;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0200392;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:15:15:0.294118:9:6:19:15:9:6:21:15 chr22 43195147 . A G 443.15 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00261536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3998;QD=35.4521;RBI=0.0260153;REFB=-0.0242825;REVB=-0.0258835;RO=15;SAF=9;SAR=26;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254337;STB=0.638984;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0156397;OID=.;OPOS=43195147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:26:9:10:5:26:9:10:5 chr22 43203137 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0340085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.662;QD=24.1067;RBI=0.0387878;REFB=-0.0343279;REVB=0.0186525;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396765;STB=0.52207;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0203597;OID=.;OPOS=43203137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:10:14:12:7:10:14:12:7 chr22 43206950 . A C 598.27 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8954;QD=58.3676;RBI=0.141929;REFB=0;REVB=0.134674;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00412559;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:1:0:39:41:1:15:24:0:1:17:24:0:0 chr22 43278220 . C T 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00353925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.082;QD=21.388;RBI=0.00436514;REFB=-0.00916008;REVB=-0.00255502;RO=26;SAF=22;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201675;STB=0.604586;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00566162;OID=.;OPOS=43278220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:11:22:11:15:11:22:12:15 chr22 43289473 . G A 537.16 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00218566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6863;QD=32.5551;RBI=0.00244066;REFB=-0.0362863;REVB=-0.00108614;RO=19;SAF=19;SAR=28;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380681;STB=0.520576;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.017256;OID=.;OPOS=43289473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:28:19:9:10:28:19:9:10 chr22 43305552 . C A 313.63 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00431965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.749;QD=28.5117;RBI=0.00500903;REFB=-0.0352099;REVB=0.00253594;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06387;STB=0.526297;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0112482;OID=.;OPOS=43305552;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:16:11:8:8:16:12:8:8 chr22 43435812 . C T 46.54 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00096707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.518;QD=9.79863;RBI=0.0288627;REFB=-0.0109526;REVB=0.0288465;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0299233;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:4:7:3:4:5:7 chr22 43455432 . G A 714.27 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=105;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0029872;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.291;QD=27.2101;RBI=0.0142586;REFB=-0.0310561;REVB=-0.0139422;RO=39;SAF=32;SAR=33;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923946;STB=0.546915;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.013247;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:39:65:66:0.628571:33:32:14:25:34:32:14:25 chr22 43459855 . G A 512.31 PASS AF=0.521277;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.00159584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.621;QD=21.8005;RBI=0.0064222;REFB=0.00695907;REVB=0.00622076;RO=45;SAF=34;SAR=14;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655032;STB=0.539552;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00736641;OID=.;OPOS=43459855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:45:45:48:49:0.521277:14:34:29:16:14:35:29:16 chr22 43466247 . G C 111.39 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00785352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.533;QD=17.8229;RBI=0.0191342;REFB=-0.0113887;REVB=0.0174482;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00550671;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:5:7:5:7:5:8:5:7 chr22 43529314 . G C 1990.07 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.108;QD=62.1897;RBI=0.0410881;REFB=0;REVB=0.0137092;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42644e-05;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:59:67:0:0:61:67:0:0 chr22 43557130 . C T 880.92 PASS AF=0.612403;AO=79;DP=130;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0161657;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.268;QD=27.3152;RBI=0.038134;REFB=-0.0307541;REVB=0.034538;RO=50;SAF=34;SAR=45;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00757513;STB=0.504106;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.024815;OID=.;OPOS=43557130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:50:50:79:79:0.612403:45:34:21:29:45:34:21:29 chr22 43558926 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.207;QD=57.5437;RBI=0.00527225;REFB=0;REVB=0.00230754;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1969e-05;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr22 43558972 . G A 223.66 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.000310157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.787;QD=12.7808;RBI=0.0424148;REFB=-0.00310847;REVB=0.0424137;RO=43;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173626;STB=0.599924;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00487086;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:9:18:22:21:9:18:22:21 chr22 43563672 . A G 233.58 PASS AF=0.647059;AO=20;DP=32;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0108003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4544;QD=27.4798;RBI=0.0165691;REFB=-0.0667175;REVB=-0.0125655;RO=12;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485512;STB=0.538886;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0354402;OID=.;OPOS=43563672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:32:34:12:12:20:22:0.647059:7:13:7:5:7:15:7:5 chr22 43565703 . C T 329.41 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.00910453;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.366;QD=11.0725;RBI=0.00937541;REFB=-0.0180249;REVB=-0.00223737;RO=77;SAF=23;SAR=19;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133588;STB=0.576566;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0235908;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:77:42:42:0.352941:19:23:33:44:19:23:33:44 chr22 43568512 . C T 435.67 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=11;FWDB=-0.0171187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.901;QD=18.5392;RBI=0.0227325;REFB=-0.0060795;REVB=0.0149571;RO=49;SAF=20;SAR=24;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299317;STB=0.669117;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0120305;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:24:20:38:11:24:20:39:11 chr22 43606143 . C G,T 2089.76 PASS AF=0.10219,0.89781;AO=14,123;DP=137;FAO=14,123;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=11,53;FSAR=3,70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258129,0.034908;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.477,52.0042;QD=61.0149;RBI=0.0274105,0.0409287;REFB=0,0;REVB=-0.00922107,0.0213681;RO=0;SAF=11,53;SAR=3,70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.66488e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.212721,-0.00154906;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:137:137:0:0:14,123:14,123:0.10219,0.89781:3,70:11,53:0:0:3,70:11,53:0:0 chr22 43608529 . T G,TG 39.62 PASS AF=0,0.177778;AO=5,7;DP=45;FAO=0,8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0743801,-0.0341231;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=79.7218,117.845;QD=3.52164;RBI=0.102543,0.0640582;REFB=-0.0207507,-0.00505248;REVB=-0.0705874,-0.0542132;RO=33;SAF=4,5;SAR=1,2;SRF=13;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451864,0.374393;STB=0.5,0.878849;STBP=1,0.03;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0714409;OID=.,.;OPOS=43608529,43608530;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:45:45:33:37:5,7:0,8:0,0.177778:1,2:4,5:13:20:0,1:0,7:15:22 chr22 43830996 . C T 648.69 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00245854;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.276;QD=24.7121;RBI=0.0572051;REFB=-0.021291;REVB=0.0571522;RO=43;SAF=40;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140877;STB=0.576898;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0108809;OID=.;OPOS=43830996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:43:43:62:62:0.590476:22:40:20:23:22:40:20:23 chr22 43831056 . C T 618.75 PASS AF=0.516667;AO=63;DP=121;FAO=62;FDP=120;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0384709;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7768;QD=20.625;RBI=0.0498398;REFB=-0.0374254;REVB=0.0316859;RO=52;SAF=35;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461453;STB=0.514701;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0175369;OID=.;OPOS=43831056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:52:58:63:62:0.516667:28:35:26:26:27:35:31:27 chr22 43976396 . G A 1368.28 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.415;QD=62.1947;RBI=0.0376477;REFB=0;REVB=0.0330854;RO=0;SAF=57;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69881e-05;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:30:57:0:0:30:58:0:0 chr22 44112845 . C T 1681.45 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514971;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.491;QD=60.0516;RBI=0.0519177;REFB=0;REVB=0.00659511;RO=1;SAF=59;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079792;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255814;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:1:0:111:112:1:52:59:1:0:52:60:0:0 chr22 44221565 . C CAATA 808.56 PASS AF=0.828947;AO=58;DP=79;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0176656;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=4;MLLD=257.554;QD=42.5555;RBI=0.0176884;REFB=0.00187511;REVB=0.000897969;RO=15;SAF=36;SAR=22;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103138;STB=0.544189;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=-0.000432444;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828947:58:79:63:76:13:38:25:11:2:67:15:36:22:13:2 chr22 44223502 . C T 655.84 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0337874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.825;QD=25.4694;RBI=0.0366332;REFB=-0.00614908;REVB=-0.0141563;RO=41;SAF=35;SAR=27;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162219;STB=0.588207;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00383753;OID=.;OPOS=44223502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:41:41:62:62:0.601942:27:35:14:27:27:35:14:27 chr22 44282276 . A G 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.012;QD=57.6691;RBI=0.0347839;REFB=0;REVB=-0.0308004;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.16921e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr22 44282307 . G A,C 407.1 PASS AF=0.875,0.09375;AO=28,2;DP=32;FAO=28,3;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=23,1;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0270189,-0.00799519;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.9532,18.0045;QD=50.8875;RBI=0.0398854,0.00889147;REFB=-0.0182902,-0.20906;REVB=0.0293398,0.00389041;RO=1;SAF=23,1;SAR=5,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0842652,0.25849;STB=0.54542,0.59939;STBP=0.104,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00121114,0.249476;OID=.,.;OPOS=44282307,44282307;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:32:32:1:1:28,2:28,3:0.875,0.09375:5,1:23,1:0:1:5,2:23,1:0:1 chr22 44285765 . A G 639.43 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.288;QD=59.4818;RBI=0.062485;REFB=0.120565;REVB=0.0355907;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000463231;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr22 44286950 . G A 78.92 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0011112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.834;QD=6.57643;RBI=0.0387814;REFB=-0.0147018;REVB=-0.0387654;RO=37;SAF=9;SAR=2;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154105;STB=0.5998;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0349579;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:2:9:27:10:2:9:27:10 chr22 44287062 . A G 797.88 PASS AF=0.66;AO=66;DP=99;FAO=66;FDP=100;FR=.;FRO=34;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0482526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.781;QD=31.9153;RBI=0.0497145;REFB=-0.0622976;REVB=-0.0119676;RO=33;SAF=42;SAR=24;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618034;STB=0.525889;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0392472;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:33:34:66:66:0.66:24:42:24:9:24:42:24:10 chr22 44287629 . G A 546.16 PASS AF=0.617284;AO=48;DP=80;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0183229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.571;QD=26.971;RBI=0.0532195;REFB=-0.0455783;REVB=0.0499658;RO=31;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10498;STB=0.553832;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0262546;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:31:31:48:50:0.617284:30:18:16:15:31:19:16:15 chr22 44324727 . C G 235.09 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=104;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0112941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.155;QD=8.87121;RBI=0.0113673;REFB=-0.0163084;REVB=-0.00128753;RO=72;SAF=18;SAR=14;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903514;STB=0.553158;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0310368;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:72:74:32:32:0.301887:14:18:35:37:14:18:36:38 chr22 44324730 . C T 247.34 PASS AF=0.314286;AO=32;DP=105;FAO=33;FDP=105;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00479394;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6848;QD=9.42249;RBI=0.00850311;REFB=-0.00998415;REVB=0.0070229;RO=73;SAF=18;SAR=14;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984176;STB=0.561702;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0234233;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:73:72:32:33:0.314286:14:18:35:38:14:19:35:37 chr22 44342116 . A G 165.18 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000255744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.794;QD=14.0581;RBI=0.0183594;REFB=-0.00395531;REVB=-0.0183576;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25303;STB=0.656967;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00758538;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:6:12:12:16:6:12:12:17 chr22 44368122 . A G 333.31 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.00159474;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.55;QD=13.888;RBI=0.00906162;REFB=-0.0287068;REVB=0.00892019;RO=58;SAF=28;SAR=9;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176091;STB=0.597328;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0392646;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:9:28:36:22:9:28:37:22 chr22 44368204 . A G 369.72 PASS AF=0.409524;AO=44;DP=104;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.10523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6539;QD=14.0847;RBI=0.108188;REFB=-0.0215754;REVB=-0.0251247;RO=60;SAF=32;SAR=12;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203651;STB=0.604147;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0294771;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:60:62:44:43:0.409524:12:32:33:27:12:31:35:27 chr22 44372632 . C T 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.029212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.412;QD=8.20224;RBI=0.0341478;REFB=-0.0141912;REVB=-0.0176844;RO=41;SAF=13;SAR=4;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139204;STB=0.525576;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0395427;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:41:42:17:17:0.288136:4:13:31:10:4:13:31:11 chr22 44379822 . T C 122.06 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-5.03924e-05;FXX=0.0326052;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.668;QD=5.48603;RBI=0.0515605;REFB=0.00179201;REVB=0.0515605;RO=65;SAF=13;SAR=6;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133635;STB=0.58399;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00422086;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:89:65:70:19:19:0.213483:6:13:38:27:6:13:41:29 chr22 44379838 . A G 140.3 PASS AF=0.233333;AO=21;DP=90;FAO=21;FDP=90;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00119217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.533;QD=6.23573;RBI=0.00760574;REFB=-0.0127647;REVB=-0.00751173;RO=69;SAF=13;SAR=8;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874848;STB=0.554046;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0313539;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:69:21:21:0.233333:8:13:38:31:8:13:38:31 chr22 44395451 . T C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0283107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6204;QD=6.73526;RBI=0.0351514;REFB=-0.0158932;REVB=0.0208357;RO=34;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144721;STB=0.606527;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0319741;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:34:36:11:11:0.234043:2:9:25:9:2:9:26:10 chr22 44489868 . T C 647.02 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118416;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2775;QD=61.6205;RBI=0.016147;REFB=0;REVB=-0.0109774;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568083;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr22 44489896 . T C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0705699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.363;QD=5.19157;RBI=0.0705727;REFB=-0.00148827;REVB=-0.00062083;RO=24;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39289;STB=0.794968;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0180782;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:24:26:7:7:0.212121:1:6:14:10:1:6:14:12 chr22 44546582 . A G 825.53 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.001547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.385;QD=54.1331;RBI=0.0048857;REFB=-0.0394098;REVB=0.00463431;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513153;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00189312;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:61:0:2:59:59:0.967213:37:22:0:0:37:22:0:2 chr22 44582499 . T C 352.96 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.0039169;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.743;QD=21.0725;RBI=0.00981728;REFB=-0.0170663;REVB=-0.00900204;RO=31;SAF=16;SAR=19;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265454;STB=0.63793;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0174073;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:31:31:35:36:0.537313:19:16:24:7:19:17:24:7 chr22 44602229 . A C 642.98 PASS AF=0.607843;AO=60;DP=100;FAO=62;FDP=102;FR=.;FRO=40;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=4;FWDB=0.000875163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.051;QD=25.2149;RBI=0.00981328;REFB=-0.0117312;REVB=0.00977418;RO=38;SAF=48;SAR=12;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149205;STB=0.576448;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0102869;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:38:40:60:62:0.607843:12:48:35:3:14:48:36:4 chr22 44891370 . T C 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0122778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.137;QD=36.8585;RBI=0.0142464;REFB=0.00882931;REVB=0.00722597;RO=8;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705965;STB=0.538432;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00207934;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:14:12:5:3:14:12:5:3 chr22 44965320 . G A 390.76 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00150157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3609;QD=32.5633;RBI=0.0167779;REFB=0.0219889;REVB=0.0167105;RO=16;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381247;STB=0.52082;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0106839;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:16:32:32:0.666667:16:16:7:9:16:16:7:9 chr22 45075738 . T C 747.93 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.528;QD=63.6533;RBI=0.0734511;REFB=0;REVB=0.014897;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116321;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:32:13:0:0:32:15:0:0 chr22 45126775 . T C 1003.42 PASS AF=0.672131;AO=76;DP=120;FAO=82;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0139427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.597;QD=32.899;RBI=0.0627663;REFB=-0.0505969;REVB=0.0611981;RO=32;SAF=35;SAR=41;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127845;STB=0.500626;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0126422;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:32:35:76:82:0.672131:41:35:14:18:42:40:17:18 chr22 45130957 . G A 736.08 PASS AF=0.62963;AO=68;DP=109;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0438736;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6523;QD=27.2622;RBI=0.0886898;REFB=-0.0425606;REVB=0.0770778;RO=40;SAF=44;SAR=24;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157464;STB=0.585478;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0118019;OID=.;OPOS=45130957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:40:40:68:68:0.62963:24:44:17:23:24:44:17:23 chr22 45198009 . A C,G 611.39 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=3,37;DP=40;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=3,25;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000360954,0.0409621;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.026,61.0796;QD=59.6481;RBI=0.00284337,0.0413057;REFB=0,0;REVB=0.00282037,0.00531619;RO=0;SAF=3,25;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111764,-0.0106289;OID=.,.;OPOS=45198009,45198009;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:40:41:0:0:3,37:3,38:0.0731707,0.926829:0,12:3,25:0:0:0,13:3,25:0:0 chr22 45244930 . C T 157.49 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0871054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8422;QD=11.6661;RBI=0.0889571;REFB=0.00175735;REVB=0.0180558;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25428;STB=0.629509;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000563542;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:19:20:0.37037:10:9:24:10:10:10:24:10 chr22 45255580 . G C 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0496662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.229;QD=7.30279;RBI=0.0535974;REFB=-0.0205986;REVB=0.020148;RO=42;SAF=3;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499397;STB=0.805153;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0429047;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:12:3:26:16:12:3:26:16 chr22 45255637 . G C 262.91 PASS AF=0.32;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=-0.0264668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5103;QD=10.5163;RBI=0.0332041;REFB=0.000140496;REVB=-0.0200504;RO=67;SAF=12;SAR=20;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28712;STB=0.670629;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00120899;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:67:68:32:32:0.32:20:12:42:25:20:12:43:25 chr22 45277909 . A G 593.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.962;QD=60.8866;RBI=0.0504493;REFB=0;REVB=0.0504337;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177749;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr22 45278065 . A T 711.59 PASS AF=0.666667;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.100213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8727;QD=31.6263;RBI=0.10684;REFB=-0.0112459;REVB=0.0370438;RO=29;SAF=31;SAR=29;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839205;STB=0.550207;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00999121;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:29:30:60:60:0.666667:29:31:19:10:29:31:20:10 chr22 45278187 . A T 651.95 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.427;QD=62.0907;RBI=0.0296582;REFB=0;REVB=0.017107;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.231e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:22:20:0:0 chr22 45566843 . A G 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.000315602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.082;QD=7.78048;RBI=0.0122739;REFB=-0.00360205;REVB=0.0122698;RO=44;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16993;STB=0.602178;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00866378;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:9:8:27:17:9:8:27:17 chr22 45566912 . C A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00345853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.523;QD=7.40492;RBI=0.00374921;REFB=0.00294527;REVB=-0.00144747;RO=42;SAF=13;SAR=4;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406435;STB=0.758638;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00698228;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:46:17:17:0.269841:4:13:18:24:4:13:19:27 chr22 45577231 . T C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0137375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3313;QD=7.62904;RBI=0.013751;REFB=0.0195147;REVB=-0.000610472;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299924;STB=0.51882;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0270308;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:12:8:3:5:12:8 chr22 45579396 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.000893575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9349;QD=13.3414;RBI=0.00723836;REFB=-0.00262058;REVB=0.00718299;RO=32;SAF=15;SAR=6;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715477;STB=0.541361;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00194307;OID=.;OPOS=45579396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:6:15:21:11:6:15:21:11 chr22 45579422 . A G 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0274786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.521;QD=12.5798;RBI=0.0276497;REFB=-0.0127646;REVB=-0.00307062;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143006;STB=0.583241;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.012928;OID=.;OPOS=45579422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:22:9:7:10:22:9 chr22 45580572 . GC TT 149.05 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00303057;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.864;QD=21.2924;RBI=0.107274;REFB=-0.0604397;REVB=0.107231;RO=12;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611937;STB=0.856559;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0233578;OID=.;OPOS=45580572;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:15:1:7:5:15:1:7:5 chr22 45580836 . G C 606.09 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0276124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.187;QD=27.2401;RBI=0.0301442;REFB=0.00420358;REVB=-0.0120925;RO=32;SAF=32;SAR=22;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230833;STB=0.526535;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00260255;OID=.;OPOS=45580836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:35:54:54:0.606742:22:32:20:12:22:32:23:12 chr22 45583740 . G C 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0376459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5885;QD=11.5758;RBI=0.0377829;REFB=9.7962e-05;REVB=-0.00321374;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656946;STB=0.533951;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00030085;OID=.;OPOS=45583740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:40:23:23:0.365079:12:11:15:21:12:11:17:23 chr22 45583803 . A G 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0369185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.135;QD=16.7548;RBI=0.0383345;REFB=-0.0282827;REVB=-0.0103225;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339897;STB=0.519215;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0321249;OID=.;OPOS=45583803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:12:12:13:15:12:12:13:15 chr22 45583898 . A G 368.81 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502111;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.814;QD=52.6872;RBI=0.0548724;REFB=-0.080759;REVB=0.0221319;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00111259;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr22 45683246 . C T 736.73 PASS AF=1;AO=33;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4762;QD=62.7;RBI=0.169569;REFB=0;REVB=0.0351873;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211884;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:33:47:1:14:19:0:0:16:31:0:0 chr22 45683304 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.631;QD=53.9112;RBI=0.00716119;REFB=0;REVB=0.00157173;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54103e-05;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr22 45685002 . A G 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00796904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.207;QD=6.06093;RBI=0.00870627;REFB=-0.00516483;REVB=0.0035062;RO=40;SAF=8;SAR=3;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203792;STB=0.632157;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0194204;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:3:8:23:17:3:8:23:17 chr22 45691594 . A G 224.73 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.02273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9537;QD=13.4167;RBI=0.0365194;REFB=-0.0287229;REVB=-0.0285834;RO=38;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152115;STB=0.574411;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0520126;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:9:18:20:18:9:18:22:18 chr22 45723854 . C G 342.87 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0298741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.881;QD=29.1806;RBI=0.0298972;REFB=-0.0485128;REVB=0.00117647;RO=15;SAF=19;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642544;STB=0.539585;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0194983;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:17:30:30:0.638298:11:19:8:7:11:19:9:8 chr22 45736485 . C T 1191.05 PASS AF=0.680556;AO=98;DP=145;FAO=98;FDP=144;FR=.;FRO=46;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0110739;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.418;QD=33.0848;RBI=0.0485348;REFB=-0.0317002;REVB=-0.0472545;RO=46;SAF=51;SAR=47;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508568;STB=0.527332;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0143498;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:46:46:98:98:0.680556:47:51:20:26:47:51:20:26 chr22 45737839 . C T 59.24 PASS AF=0.15942;AO=12;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0393639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9374;QD=3.4343;RBI=0.0471356;REFB=-4.116e-05;REVB=0.0259277;RO=57;SAF=3;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312745;STB=0.684734;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00145505;OID=.;OPOS=45737839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:57:58:12:11:0.15942:9:3:28:29:8:3:28:30 chr22 45748339 . A G 122.11 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.020741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.351;QD=25.707;RBI=0.0222599;REFB=-0.00722573;REVB=0.0080817;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167666;STB=0.509419;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0020487;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:4:2:4:9:4:2 chr22 45749983 . G T 212.22 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.019147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.267;QD=19.7412;RBI=0.0193313;REFB=-0.0348957;REVB=0.00266307;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872148;STB=0.562582;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0261885;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:10:11:13:8:11:11 chr22 45767369 . A G 159.32 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.000731482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0249;QD=8.385;RBI=0.0653473;REFB=-0.00644583;REVB=0.0653432;RO=52;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363185;STB=0.727066;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0130791;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:54:22:22:0.289474:6:16:22:30:6:16:22:32 chr22 45767455 . A G 127.78 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.044297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2934;QD=8.244;RBI=0.0443407;REFB=-0.00890248;REVB=0.00196699;RO=44;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325615;STB=0.694526;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0171766;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:6:12:17:27:6:12:17:27 chr22 45789642 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.381;QD=59.4348;RBI=0.0317688;REFB=0;REVB=0.0313696;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138763;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr22 45813687 . G A 364.53 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00203947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8087;QD=18.457;RBI=0.0190639;REFB=0.00232832;REVB=-0.0189545;RO=41;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101283;STB=0.556299;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00212494;OID=.;OPOS=45813687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:22:16:13:28:22:16:13:28 chr22 45821887 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0157107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.568;QD=11.781;RBI=0.0196163;REFB=-0.0113867;REVB=0.0117462;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491248;STB=0.787541;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0182943;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:9:22:4:12:9:22 chr22 45821909 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00526561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.979;QD=11.2613;RBI=0.0154702;REFB=-0.00172157;REVB=-0.0145465;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494874;STB=0.789703;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00392242;OID=.;OPOS=45821909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:4:11:8:22:4:11:8:22 chr22 45821935 . G A 152.93 PASS AF=0.404762;AO=14;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000490005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4718;QD=14.5647;RBI=0.00565231;REFB=-0.0241986;REVB=-0.00563103;RO=22;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487118;STB=0.808874;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0339085;OID=.;OPOS=45821935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:25:14:17:0.404762:3:11:7:15:3:14:8:17 chr22 45826880 . G A 131.22 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0011726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.921;QD=7.49825;RBI=0.00896374;REFB=-0.0102979;REVB=0.00888671;RO=51;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274817;STB=0.516599;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0333671;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:9:10:28:23:9:10:28:23 chr22 45923827 . A G 2508.86 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.873;QD=61.5672;RBI=0.0137113;REFB=0;REVB=-0.00214437;RO=0;SAF=112;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86229e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:162:163:0:0:162:163:1:50:112:0:0:51:112:0:0 chr22 46318285 . A G 263.71 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0207292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3219;QD=26.3707;RBI=0.0207383;REFB=-0.0128713;REVB=0.000614939;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354642;STB=0.50854;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00666005;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:9:14:9:7:10:14:9:7 chr22 46402715 . G T 572.53 PASS AF=0.357895;AO=68;DP=188;FAO=68;FDP=190;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=72;FSRR=50;FWDB=-0.00429108;FXX=0.00523533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.763;QD=12.0533;RBI=0.00591463;REFB=-0.02451;REVB=-0.00407057;RO=118;SAF=41;SAR=27;SRF=68;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308496;STB=0.508535;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0353558;OID=.;OPOS=46402715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:190:118:122:68:68:0.357895:27:41:68:50:27:41:72:50 chr22 46403039 . G A 758.49 PASS AF=0.363265;AO=88;DP=243;FAO=89;FDP=245;FR=.;FRO=156;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=92;FSRR=64;FWDB=0.00513748;FXX=0.0120963;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.565;QD=12.3835;RBI=0.0203377;REFB=0.000879716;REVB=0.0196781;RO=155;SAF=60;SAR=28;SRF=92;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108793;STB=0.567082;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0012797;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:245:155:156:88:89:0.363265:28:60:92:63:28:61:92:64 chr22 46638628 . GCACACACACACACACACACACACACACACAGC GCACACACACACACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACACACACACAGC,GCACACACACACACACACACACACACACAGC,GCGCACACACACACACACACACACACACACAGC 183.99 PASS AF=0.0740741,0.481481,0.0740741,0.148148;AO=2,5,3,2;DP=30;FAO=2,13,2,4;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=2,2,1,0;FSAR=0,11,1,4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00750754,0.00138256,-0.148046,-0.0251922;FXX=0.0357015;HRUN=1,0,1,1;LEN=2,2,2,1;MLLD=68.7248,65.0289,54.7616,33.3041;QD=27.2577;RBI=0.0106588,0.171906,0.148675,0.139149;REFB=-0.127722,-0.0837303,-0.117614,-0.0327339;REVB=0.00756611,0.1719,0.0136626,0.13685;RO=6;SAF=0,0,1,0;SAR=2,5,2,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.719959,-0.791225,-0.46422,-0.719959;STB=0.5,0.799494,0.873328,0.997995;STBP=1,0.004,0.771,0.004;TYPE=mnp,ins,del,snp;VARB=0.295583,0.16906,0.192416,0.230888;OID=.,.,.,.;OPOS=46638659,46638629,46638629,46638630;OREF=GC,-,CA,A;OALT=CA,CA,-,G;OMAPALT=GCACACACACACACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACACACACACAGC,GCACACACACACACACACACACACACACAGC,GCGCACACACACACACACACACACACACACAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0740741,0.481481,0.0740741,0.148148:2,5,3,2:30:2,13,2,4:27:6:2,2,1,0:0,11,1,4:6:0:47:6:0,0,1,0:2,5,2,2:5:1 chr22 46652959 . A G 281.14 PASS AF=0.657895;AO=21;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0126991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.24;QD=29.5939;RBI=0.0400065;REFB=-0.0188524;REVB=0.0379375;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762441;STB=0.519984;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0116643;OID=.;OPOS=46652959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:21:25:0.657895:12:9:7:6:13:12:7:6 chr22 46657447 . G T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00494383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.017;QD=6.59519;RBI=0.0325205;REFB=-0.0102257;REVB=-0.0321425;RO=28;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278098;STB=0.680119;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0335831;OID=.;OPOS=46657447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:2:7:16:12:2:7:16:12 chr22 46677607 . T C 795.73 PASS AF=0.983051;AO=54;DP=56;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5841;QD=53.9481;RBI=0.0435538;REFB=-0.151101;REVB=0.0242626;RO=2;SAF=26;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348761;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0064588;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:59:2:1:54:58:0.983051:28:26:2:0:28:30:1:0 chr22 46691610 . C T 845.43 PASS AF=0.663717;AO=75;DP=111;FAO=75;FDP=113;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0185284;FXX=0.00877116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.034;QD=29.9267;RBI=0.0202724;REFB=-0.0243382;REVB=0.0082262;RO=36;SAF=28;SAR=47;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130055;STB=0.579944;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0141377;OID=.;OPOS=46691610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:36:38:75:75:0.663717:47:28:21:15:47:28:23:15 chr22 46722400 . T C 787.9 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.74457e-06;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.636;QD=57.3021;RBI=0.0268562;REFB=0;REVB=0.0268562;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462131;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr22 46929692 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000133866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.134;QD=62.3141;RBI=0.0188564;REFB=0;REVB=-0.0188559;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02327e-05;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:54:32:0:0:54:32:0:0 chr22 46931077 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.033;QD=62.3505;RBI=0.00866248;REFB=0;REVB=0.00215586;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56946e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr22 46931793 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.536;QD=57.1775;RBI=0.00815963;REFB=0;REVB=0.00672946;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65088e-06;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr22 46931838 . G A 505.94 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284177;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.949;QD=59.5218;RBI=0.0284539;REFB=0;REVB=0.00143497;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193403;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr22 47058992 . T C 4723.81 PASS AF=0.987097;AO=290;DP=311;FAO=306;FDP=310;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=184;FSAR=122;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0276961;FXX=0.00321533;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3891;QD=60.9524;RBI=0.0370987;REFB=-0.0708473;REVB=0.0246828;RO=3;SAF=177;SAR=113;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00115638;STB=0.501362;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000187883;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:311:310:3:4:290:306:0.987097:113:177:2:1:122:184:2:2 chr22 47075462 . C T 469.04 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00690898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.197;QD=20.3931;RBI=0.0362599;REFB=-0.0126208;REVB=-0.0355956;RO=46;SAF=27;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079588;STB=0.544127;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.024257;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:19:27:23:23:19:27:23:23 chr22 47085924 . G A 921.7 PASS AF=0.728972;AO=78;DP=107;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00959208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.921;QD=34.456;RBI=0.012499;REFB=-0.0315449;REVB=0.00801361;RO=28;SAF=43;SAR=35;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100443;STB=0.509583;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0126732;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:28:29:78:78:0.728972:35:43:16:12:35:43:17:12 chr22 47185265 . G T 105.59 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0107267;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6184;QD=10.5592;RBI=0.0134405;REFB=-0.00164326;REVB=0.00809853;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224025;STB=0.624291;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00452001;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:26:27:13:13:0.325:9:4:13:13:9:4:13:14 chr22 47311404 . A T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.93;QD=61.8525;RBI=0.0488667;REFB=0;REVB=0.0277295;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2519e-05;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:30:53:0:0:30:53:0:0 chr22 47569571 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2217;QD=56.191;RBI=0.078193;REFB=0;REVB=-0.0140738;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777138;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr22 47569605 . G C 175.75 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.7491;QD=46.8654;RBI=0.125899;REFB=0;REVB=-0.0230366;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0044354;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:2:11:0:0:2:13:0:0 chr22 48023241 . G T 1130.09 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0342104;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.854;QD=57.9534;RBI=0.0342715;REFB=0.0293313;REVB=-0.00204477;RO=2;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000638683;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000560934;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:2:2:76:76:0.974359:39:37:1:1:39:37:1:1 chr22 48940553 . T C 1567.7 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238733;FXX=0.0280348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.665;QD=60.2963;RBI=0.0298937;REFB=0;REVB=0.0179916;RO=0;SAF=65;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169575;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:39:65:0:0:40:64:0:0 chr22 48940644 . C T 395.39 PASS AF=0.342857;AO=48;DP=140;FAO=48;FDP=140;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.029486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7903;QD=11.2967;RBI=0.0394009;REFB=-0.00208644;REVB=-0.0261344;RO=92;SAF=22;SAR=26;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971538;STB=0.555796;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00353828;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:92:92:48:48:0.342857:26:22:50:42:26:22:50:42 chr22 48942315 . T G 490.16 PASS AF=0.578313;AO=40;DP=81;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00637731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.3386;QD=23.6221;RBI=0.0599481;REFB=-0.122612;REVB=0.0596079;RO=27;SAF=35;SAR=5;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375944;STB=0.548127;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.036822;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:27:35:40:48:0.578313:5:35:23:4:11:37:24:11 chr22 49246723 . A C 1202.65 PASS AF=0.543689;AO=111;DP=214;FAO=112;FDP=206;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=33;FSAR=79;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.0759417;FXX=0.0190467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7406;QD=23.3524;RBI=0.0762293;REFB=-0.0551124;REVB=-0.00661547;RO=66;SAF=30;SAR=81;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783575;STB=0.575168;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0115924;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:206:66:79:111:112:0.543689:81:30:24:42:79:33:36:43 chr22 49834747 . C T 356.74 PASS AF=0.295181;AO=49;DP=166;FAO=49;FDP=166;FR=.;FRO=117;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=70;FWDB=-0.0155214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.422;QD=8.59606;RBI=0.0160312;REFB=-0.0227505;REVB=-0.00401063;RO=116;SAF=20;SAR=29;SRF=47;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372401;STB=0.504714;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0574306;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:116:117:49:49:0.295181:29:20:47:69:29:20:47:70 chr22 50017234 . A G 612.86 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.758;QD=61.2861;RBI=0.130335;REFB=0;REVB=0.129251;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839168;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:21:15:0:0:25:15:0:0 chr22 50018045 . GG AG,GA 238.13 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=8,2;DP=19;FAO=18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350387,0.0140111;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=91.1915,112.248;QD=50.1321;RBI=0.128323,0.078002;REFB=0,0;REVB=0.123447,0.0767333;RO=0;SAF=5,1;SAR=3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0577869,-0.00368917;OID=.,.;OPOS=50018045,50018046;OREF=G,G;OALT=A,A;OMAPALT=AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:19:19:0:0:8,2:18,1:0.947368,0.0526316:3,1:5,1:0:0:3,1:15,0:0:0 chr22 50018068 . GA G,GG 355.42 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=5,21;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461231,0.0639386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=256.393,277.26;QD=54.6795;RBI=0.0610964,0.073288;REFB=0,0;REVB=0.0400678,0.0358188;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00131684,0.000633898;OID=.,.;OPOS=50018069,50018069;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:5,21:26:1,25:26:0:1,19:0,6:0:0:4:0:5,15:0,6:0:0 chr22 50018497 . G A 2878.76 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7881;QD=62.9238;RBI=0.0837872;REFB=0;REVB=0.024538;RO=0;SAF=98;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020541;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:177:183:0:0:177:183:1:79:98:0:0:80:103:0:0 chr22 50277835 . T C 330.38 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.037595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.499;QD=50.8281;RBI=0.0380491;REFB=-0.00272819;REVB=0.00586095;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000183638;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr22 50277883 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.115;QD=56.1863;RBI=0.0650978;REFB=0;REVB=0.0024517;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504483;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr22 50278438 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.372;QD=57.177;RBI=0.0173699;REFB=0;REVB=-0.00256384;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39027e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr22 50278568 . A G 263.05 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.719;QD=50.105;RBI=0.0247925;REFB=0;REVB=0.00273766;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955029;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr22 50278642 . C T 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6935;QD=54.511;RBI=0.0524141;REFB=0;REVB=0.010803;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126054;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr22 50280136 . T C 754.4 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.535;QD=56.9356;RBI=0.0554812;REFB=0;REVB=0.0207188;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154604;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr22 50281917 . A G 1509.0 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770799;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.479;QD=62.875;RBI=0.00998434;REFB=0;REVB=0.00634617;RO=0;SAF=55;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173933;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:97:96:0:0:95:96:1:40:55:0:0:41:55:0:0 chr22 50297990 . TGG T,TG 160.84 PASS AF=0,1;AO=6,17;DP=32;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125408,0.233391;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=8.02933,7.785;QD=20.1046;RBI=0.146313,0.265746;REFB=0.045714,0.0502509;REVB=-0.0753668,-0.127081;RO=6;SAF=2,16;SAR=4,1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513504,-0.144697;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.11843,0.0142727;OID=.,.;OPOS=50297991,50297991;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:6,17:32:0,32:32:0:0,26:0,6:0:0:3:6:2,16:4,1:6:0 chr22 50356692 . GT G,GC 2024.04 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=32,99;DP=135;FAO=5,130;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=5,81;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01312,0.0124882;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3518,91.2831;QD=59.9715;RBI=0.0170623,0.0198691;REFB=0,0;REVB=-0.010908,0.015454;RO=0;SAF=24,59;SAR=8,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.43337e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00831432,0.0126235;OID=.,.;OPOS=50356693,50356693;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:32,99:135:5,130:135:0:5,81:0,49:0:0:5:0:24,59:8,40:0:0 chr22 50439194 . C T 787.79 PASS AF=1;AO=40;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489948;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.291;QD=57.2936;RBI=0.0709077;REFB=0;REVB=0.0512583;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533645;OID=.;OPOS=50439194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:40:55:1:4:36:0:0:9:46:0:0 chr22 50480108 . C T 1513.22 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130032;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4264;QD=59.3419;RBI=0.154633;REFB=0;REVB=0.0836834;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202733;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:102:0:0:100:102:1:47:53:0:0:47:55:0:0 chr22 50529105 . T TTG 204.38 PASS AF=0.458333;AO=16;DP=63;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0243477;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=2;MLLD=108.457;QD=17.0318;RBI=0.0266548;REFB=-0.0808889;REVB=0.0108476;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730146;STB=0.535682;STBP=0.661;TYPE=ins;VARB=0.123675;OID=.;OPOS=50529106;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:16:63:22:48:26:13:9:17:9:99:42:11:5:31:11 chr22 50547247 . A G 1396.1 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.869;QD=62.7459;RBI=0.0521803;REFB=0;REVB=0.0518629;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118146;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr22 50555619 . C T 2143.54 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.676;QD=62.1317;RBI=0.0218138;REFB=-0.0296864;REVB=0.0184193;RO=0;SAF=75;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52807e-08;STB=0.503311;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000106988;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:138:0:1:137:137:0.992754:62:75:0:0:62:75:1:0 chr22 50555686 . A C 494.77 PASS AF=0.380645;AO=59;DP=155;FAO=59;FDP=155;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0175033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.937;QD=12.7682;RBI=0.0204199;REFB=-0.0123918;REVB=-0.0105169;RO=82;SAF=35;SAR=24;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196562;STB=0.564868;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0193104;OID=.;OPOS=50555686;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:96:59:59:0.380645:24:35:33:49:24:35:47:49 chr22 50582626 . A G 1818.74 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.894;QD=61.134;RBI=0.0443615;REFB=0;REVB=0.00488907;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92394e-05;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:62:56:0:0:62:57:0:0 chr22 50585528 . G A 254.0 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00483685;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.3175;QD=24.7806;RBI=0.0195692;REFB=-0.00434776;REVB=-0.018962;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108071;STB=0.553708;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0023769;OID=.;OPOS=50585528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:16:17:23:24:0.585366:11:12:6:10:11:13:7:10 chr22 50589196 . C A 183.3 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00892657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.9525;QD=9.90782;RBI=0.0101635;REFB=-0.0102171;REVB=-0.00485939;RO=50;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303924;STB=0.517842;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0220219;OID=.;OPOS=50589196;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:50:50:24:24:0.324324:9:15:30:20:9:15:30:20 chr22 50618738 . G A 86.58 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.010277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.788;QD=9.36026;RBI=0.0163184;REFB=-0.0145582;REVB=-0.0126757;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973866;STB=0.5031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326656;OID=.;OPOS=50618738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:37:17:26:11:11:0.297297:3:8:11:6:3:8:19:7 chr22 50637597 . G C 214.28 PASS AF=0.25;AO=32;DP=128;FAO=32;FDP=128;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.00501739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.65;QD=6.69611;RBI=0.00558299;REFB=-0.00561785;REVB=-0.00244858;RO=95;SAF=14;SAR=18;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148597;STB=0.592966;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0148239;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:95:96:32:32:0.25:18:14:53:42:18:14:54:42 chr22 50646936 . G C 307.69 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0549456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8272;QD=24.1321;RBI=0.0582453;REFB=0.00254547;REVB=-0.0193261;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780665;STB=0.543052;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00125811;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:12:9:16:14:12:9 chr22 50657010 . C G 1308.27 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0956213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0255;QD=59.4666;RBI=0.0991552;REFB=-0.149833;REVB=0.0262359;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.515148;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00200564;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:88:0:2:85:86:0.977273:54:31:0:0:54:32:2:0 chr22 50658424 . T C 591.99 PASS AF=0.574468;AO=53;DP=93;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0116546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8644;QD=25.1909;RBI=0.0117575;REFB=-0.0297005;REVB=-0.00155226;RO=38;SAF=32;SAR=21;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13156;STB=0.575809;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0284836;OID=.;OPOS=50658424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:40:53:54:0.574468:21:32:29:9:21:33:31:9 chr22 50664612 . A G 542.04 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=110;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0396836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3028;QD=19.7106;RBI=0.0591153;REFB=0.00720503;REVB=0.0438159;RO=54;SAF=36;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822192;STB=0.545438;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00681598;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:54:54:56:56:0.509091:20:36:30:24:20:36:30:24 chr22 50688348 . A G 1518.74 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0210879;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8144;QD=58.4131;RBI=0.0430675;REFB=-0.0633865;REVB=0.0375514;RO=1;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825169;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000200065;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:102:103:0.990385:57:45:0:1:57:46:0:1 chr22 50693521 . C T 85.91 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.264207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.6899;QD=34.3636;RBI=0.264207;REFB=0;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020389;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:2:0:8:10:1:0:8:2:0:0:10:0:0 chr22 50693534 . A G 112.96 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210331;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.301;QD=37.6533;RBI=0.0210331;REFB=-0.0636156;REVB=0;RO=1;SAF=11;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627034;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:0:11:1:0:0:11:1:0 chr22 50693538 . G A 115.56 PASS AF=0.8;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0185927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.333;QD=30.8149;RBI=0.0185927;REFB=-0.0023164;REVB=0;RO=3;SAF=11;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337588;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:3:3:11:12:0.8:0:11:3:0:0:12:3:0 chr22 50693554 . A G 266.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.771;QD=50.6818;RBI=0.0854107;REFB=0;REVB=0.0819766;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131049;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:21:0:0:17:21:1:3:14:0:0:3:18:0:0 chr22 50694297 . A G 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.443;QD=59.0414;RBI=0.022666;REFB=-0.103499;REVB=0.0135788;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407439;STB=0.521728;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00100413;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:11:30:0:1:11:30:0:1 chr22 50696662 . C T 132.11 PASS AF=0.484848;AO=12;DP=30;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.13969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2923;QD=16.0134;RBI=0.145809;REFB=-0.059856;REVB=0.0417968;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.692092;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0891756;OID=.;OPOS=50696662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:18:17:12:16:0.484848:7:5:15:3:9:7:14:3 chr22 50699668 . A G 204.49 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.00448745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8969;QD=8.60991;RBI=0.0505793;REFB=-0.00593636;REVB=-0.0503799;RO=67;SAF=6;SAR=21;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290319;STB=0.680935;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0137871;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:68:27:27:0.284211:21:6:29:38:21:6:30:38 chr22 50704661 . T C 287.59 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=17;FWDB=-0.0028123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.853;QD=13.5335;RBI=0.00585383;REFB=-0.0092647;REVB=0.00513403;RO=52;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140612;STB=0.579822;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.022843;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:15:18:35:17:15:18:35:17 chr22 50705059 . A G 384.85 PASS AF=0.394958;AO=38;DP=111;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.012199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.591;QD=12.9361;RBI=0.0122814;REFB=-0.012162;REVB=0.00142053;RO=67;SAF=18;SAR=20;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103753;STB=0.539861;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0194584;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:119:67:72:38:47:0.394958:20:18:38:29:22:25:43:29 chr22 50705304 . C T 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0161838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.471;QD=5.54327;RBI=0.059822;REFB=-0.0037096;REVB=0.0575913;RO=34;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01346;STB=0.508753;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0189997;OID=.;OPOS=50705304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:6:3:11:23:6:3:11:23 chr22 50705466 . A G 683.29 PASS AF=0.946429;AO=48;DP=52;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.054;QD=48.8067;RBI=0.0396767;REFB=-0.0907231;REVB=0.0355764;RO=3;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207305;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00337655;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:52:56:3:3:48:53:0.946429:23:25:1:2:26:27:1:2 chr22 50713866 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.213;QD=57.6799;RBI=0.0443176;REFB=0;REVB=-0.0351509;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52219e-05;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr22 50716167 . G A 723.84 PASS AF=0.626263;AO=53;DP=101;FAO=62;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0119245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.189;QD=29.2462;RBI=0.0381209;REFB=-0.040185;REVB=0.0362079;RO=36;SAF=35;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838914;STB=0.521645;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0301853;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:36:37:53:62:0.626263:18:35:20:16:25:37:20:17 chr22 50719251 . A G 780.27 PASS AF=0.676471;AO=66;DP=100;FAO=69;FDP=102;FR=.;FRO=33;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00836554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.765;QD=30.599;RBI=0.0173425;REFB=-0.0361872;REVB=-0.0151915;RO=30;SAF=39;SAR=27;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053884;STB=0.541288;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0109719;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:30:33:66:69:0.676471:27:39:15:15:27:42:16:17 chr22 50722134 . T C 617.43 PASS AF=0.608696;AO=51;DP=89;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.082042;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6061;QD=26.8446;RBI=0.0821433;REFB=-0.00838271;REVB=-0.00407669;RO=34;SAF=25;SAR=26;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210372;STB=0.631655;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00487277;OID=.;OPOS=50722134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:34:36:51:56:0.608696:26:25:7:27:26:30:7:29 chr22 50725553 . T C 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.0010341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.285;QD=17.5843;RBI=0.00692417;REFB=-0.0277997;REVB=-0.00684651;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171314;STB=0.596334;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0165531;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:7:15:23:5:7:15:23:5 chr22 50728062 . T C 602.98 PASS AF=0.654321;AO=52;DP=80;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.017434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.591;QD=29.7765;RBI=0.0190313;REFB=-0.0101045;REVB=0.00763194;RO=28;SAF=33;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189873;STB=0.512816;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00552449;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:28:28:52:53:0.654321:19:33:17:11:19:34:17:11 chr22 50875410 . GTTTTAG GTTAG,GTTATGT,GTTTAG 57.87 PASS AF=0.0645161,0,0.516129;AO=5,2,8;DP=37;FAO=2,0,16;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0,13;FSAR=0,0,3;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.101626,-0.156701,-0.198866;FXX=0.162118;HRUN=4,4,4;LEN=2,4,1;MLLD=21.1246,186.086,10.6337;QD=7.46692;RBI=0.130148,0.157736,0.252553;REFB=-0.0928654,-0.0173064,-0.181933;REVB=0.0813058,0.0180364,0.155676;RO=12;SAF=5,2,6;SAR=0,0,2;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0.409091,0,0.409091;SSSB=0.84835,0.836514,0.65454;STB=0.997993,0.5,0.82239;STBP=0.007,1,0.003;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.146791,0,-0.16629;OID=.,.,.;OPOS=50875411,50875413,50875411;OREF=TT,TTAG,T;OALT=-,ATGT,-;OMAPALT=GTTAG,GTTATGT,GTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0645161,0,0.516129:5,2,8:37:2,0,16:31:13:2,0,13:0,0,3:1:12:47:12:5,2,6:0,0,2:0:12 chr22 50877164 . GCG CGC,GCC 669.09 PASS AF=0.136364,0.863636;AO=4,25;DP=42;FAO=6,38;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,29;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600401,0.0532869;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=133.144,168.365;QD=60.8266;RBI=0.0716689,0.0596266;REFB=0,0;REVB=0.039136,0.0267551;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0202043,0.00205041;OID=.,.;OPOS=50877164,50877166;OREF=GCG,G;OALT=CGC,C;OMAPALT=CGC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:42:44:0:0:4,25:6,38:0.136364,0.863636:0,6:4,19:0:0:0,9:6,29:0:0 chr22 50878196 . G A 279.31 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=108;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0735696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4064;QD=10.0652;RBI=0.124327;REFB=-0.0330737;REVB=0.100223;RO=72;SAF=21;SAR=14;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085267;STB=0.593288;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0680632;OID=.;OPOS=50878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:72:74:35:37:0.333333:14:21:38:34:13:24:38:36 chr22 50883058 . G T 82.82 PASS AF=0.375;AO=5;DP=25;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.031443;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.213;QD=10.3528;RBI=0.0324998;REFB=-0.0134378;REVB=0.00822057;RO=18;SAF=5;SAR=0;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638135;STB=0.754355;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0425357;OID=.;OPOS=50883058;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:25:32:18:20:5:12:0.375:0:5:13:5:1:11:14:6 chr22 50895020 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0917701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5399;QD=25.4671;RBI=0.0917701;REFB=0.0187835;REVB=0;RO=3;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124273;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:0:9:3:0:0:9:3:0 chr22 50898026 . G A 1529.21 PASS AF=0.611607;AO=137;DP=224;FAO=137;FDP=224;FR=.;FRO=87;FSAF=71;FSAR=66;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=0.0166202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.618;QD=27.3073;RBI=0.0315074;REFB=-0.0335311;REVB=0.0267673;RO=86;SAF=71;SAR=66;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119028;STB=0.508553;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0200572;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:86:87:137:137:0.611607:66:71:46:40:66:71:47:40 chr22 50901009 . C T 814.29 PASS AF=0.780488;AO=64;DP=82;FAO=64;FDP=82;FR=.;FRO=18;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00825439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.649;QD=39.7217;RBI=0.0327978;REFB=-0.0021081;REVB=0.0317421;RO=17;SAF=34;SAR=30;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11616;STB=0.554683;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000770269;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:17:18:64:64:0.780488:30:34:14:3:30:34:14:4 chr22 50923042 . C G 115.52 PASS AF=0.8;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.113093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5972;QD=30.8047;RBI=0.113185;REFB=-0.0319977;REVB=-0.0045643;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223563;STB=0.588096;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0140204;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:4:3:11:12:0.8:5:6:4:0:5:7:3:0 chr22 50923217 . T C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000596581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.09;QD=57.8811;RBI=0.00268176;REFB=0;REVB=0.00261457;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34875e-06;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr22 50924679 . C T 50.77 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=28;FWDB=-0.0165752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.758;QD=5.20761;RBI=0.0226991;REFB=-0.00620515;REVB=-0.0155084;RO=30;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749906;STB=0.555429;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0317679;OID=.;OPOS=50924679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:8:8:0.205128:7:1:3:27:7:1:3:28 chr22 50941864 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG,TTGGGGC 54.8 PASS AF=0.252632,0,0;AO=27,4,5;DP=92;FAO=24,0,0;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=8,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=58;FSRR=13;FWDB=-0.0586489,-0.071044,0.0357195;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=10.0206,96.0677,23.4699;QD=2.30744;RBI=0.189804,0.0956351,0.0423064;REFB=-0.162513,-0.0141147,-0.0890421;REVB=-0.180516,-0.064022,0.0226705;RO=51;SAF=10,4,4;SAR=17,0,1;SRF=44;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.520475,0.409831,-0.127097;STB=0.819676,0.5,0.5;STBP=0.004,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.175826,0,0;OID=.,.,.;OPOS=50941865,50941869,50941865;OREF=G,GC,G;OALT=-,CG,T;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG,TTGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252632,0,0:27,4,5:92:24,0,0:95:71:8,0,0:16,0,0:58:13:58:51:10,4,4:17,0,1:44:7 chr22 50944128 . G A 354.25 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00693942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.045;QD=30.804;RBI=0.0688175;REFB=-0.04856;REVB=0.0684668;RO=15;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041879;STB=0.513504;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0221232;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:18:12:7:8:18:12:7:9 chr22 50944163 . G A 180.26 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0358352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.237;QD=11.093;RBI=0.0378581;REFB=-0.0223211;REVB=0.0122098;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208501;STB=0.523235;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.042289;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:14:8:16:26:15:8:16:26 chr22 50959434 . AGGGGG AGGG,AGGGG,AGGGGC 573.51 PASS AF=0.586667,0.253333,0;AO=30,13,4;DP=75;FAO=44,19,0;FDP=75;FR=.;FRO=12;FSAF=18,18,0;FSAR=26,1,0;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00635083,0.012756,-0.0249304;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=19.1592,12.075,6.90717;QD=30.587;RBI=0.160627,0.309328,0.197344;REFB=-0.0529757,-0.0985401,-0.134007;REVB=-0.160502,-0.309065,-0.195763;RO=10;SAF=11,13,4;SAR=19,0,0;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.201849,0.797149,0.630393;STB=0.590868,0.658326,0.5;STBP=0.015,0.234,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0199989,0.115297,-0.0486133;OID=.,.,.;OPOS=50959435,50959435,50959439;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.586667,0.253333,0:30,13,4:75:44,19,0:75:12:18,18,0:26,1,0:10:2:42:10:11,13,4:19,0,0:8:2 chr22 50960682 . C T 900.07 PASS AF=0.663866;AO=78;DP=118;FAO=79;FDP=119;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0162992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3589;QD=30.2544;RBI=0.0293967;REFB=0.00254259;REVB=0.0244643;RO=39;SAF=37;SAR=41;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554462;STB=0.535819;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00228561;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:39:40:78:79:0.663866:41:37:22:17:42:37:23:17 chr22 50961169 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.516;QD=37.4885;RBI=0.00615764;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50567e-05;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr22 50962208 . T G 540.63 PASS AF=0.334951;AO=68;DP=203;FAO=69;FDP=206;FR=.;FRO=137;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=95;FSRR=42;FWDB=0.0216078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.388;QD=10.4977;RBI=0.0237612;REFB=-0.00936797;REVB=0.00988419;RO=133;SAF=44;SAR=24;SRF=95;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878907;STB=0.541013;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0162856;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:206:133:137:68:69:0.334951:24:44:95:38:25:44:95:42 chr22 50962782 . C G 97.33 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0365041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4429;QD=5.05605;RBI=0.0424045;REFB=0.000516848;REVB=-0.0215777;RO=58;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136372;STB=0.59394;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00533636;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:58:61:16:16:0.207792:10:6:28:30:10:6:30:31 chr22 50964236 . G A 417.06 PASS AF=0.640625;AO=39;DP=63;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0170086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.1;QD=26.0664;RBI=0.0548608;REFB=-0.0286872;REVB=0.0521576;RO=21;SAF=16;SAR=23;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433387;STB=0.501547;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0186942;OID=.;OPOS=50964236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:23:39:41:0.640625:23:16:10:11:23:18:10:13 chr22 50988062 . G T 363.9 PASS AF=0.326241;AO=45;DP=139;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=0.0198333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2455;QD=10.3235;RBI=0.021493;REFB=-0.00587182;REVB=0.00828178;RO=94;SAF=24;SAR=21;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864279;STB=0.538613;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0151209;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:94:95:45:46:0.326241:21:24:57:37:21:25:57:38 chr22 50988695 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00462492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.946;QD=17.8275;RBI=0.0229135;REFB=-0.0106228;REVB=0.0224419;RO=10;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793454;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00892565;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:6:6:4:6:6:6:5:6 chr22 50989326 . A G 45.33 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0334113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.4213;QD=8.2412;RBI=0.0486263;REFB=-0.00127142;REVB=0.0353299;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611001;STB=0.538348;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.000913787;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:5:10:5:2:5:10 chr22 51011376 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=366.361;QD=62.022;RBI=0.0167682;REFB=0;REVB=0.00411947;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02049e-05;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr22 51012311 . G T 902.55 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.977;QD=58.2292;RBI=0.0426672;REFB=0;REVB=0.0181541;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31376e-05;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr22 51015838 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6328;QD=59.4271;RBI=0.0291691;REFB=0;REVB=-0.0124713;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000472214;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr22 51043278 . G A 747.75 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.245;QD=63.6381;RBI=0.0361736;REFB=0;REVB=0.0294585;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95225e-05;OID=.;OPOS=51043278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:35:10:0:0:37:10:0:0 chr22 51045190 . C G,T 142.7 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,11;DP=13;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431777,0.0499928;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=45.501,220.843;QD=43.9073;RBI=0.116195,0.0552784;REFB=0,0;REVB=-0.107875,0.0235886;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0323479,-0.0001455;OID=.,.;OPOS=51045190,51045190;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:0:0:2,11:2,11:0.153846,0.846154:0,7:2,4:0:0:0,7:2,4:0:0 chr22 51045433 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8315;QD=39.2067;RBI=0.0401143;REFB=0;REVB=0.024021;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205724;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 51048721 . G A 639.56 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0926801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.99;QD=59.4938;RBI=0.10139;REFB=-0.136527;REVB=0.0411127;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323316;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000959621;OID=.;OPOS=51048721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:1:1:41:42:0.976744:27:14:1:0:27:15:1:0 chr22 51065640 . TG GT,T 30.03 PASS AF=0,0.209302;AO=3,12;DP=43;FAO=0,9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.013442,0.0663722;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=60.8084,9.49655;QD=2.79355;RBI=0.0964164,0.148521;REFB=-0.00755055,-0.106551;REVB=-0.0954748,-0.132866;RO=23;SAF=0,7;SAR=3,5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.689181,-0.184666;STB=0.5,0.574309;STBP=1,0.646;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0893341;OID=.,.;OPOS=51065640,51065641;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:43:43:23:34:3,12:0,9:0,0.209302:3,5:0,7:17:6:0,4:0,5:22:12 chr22 51171667 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0326953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.357;QD=18.4438;RBI=0.0334773;REFB=-0.0265043;REVB=-0.00719356;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0230502;OID=.;OPOS=51171667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr22 51183255 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.223;QD=39.2066;RBI=0.152101;REFB=0;REVB=0.00156356;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188357;OID=.;OPOS=51183255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chrX 200860 . T C 2452.68 PASS AF=1;AO=156;DP=159;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987696;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.723;QD=60.5601;RBI=0.0462406;REFB=0;REVB=0.0451734;RO=0;SAF=113;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922243;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:162:0:0:156:162:1:43:113:0:0:49:113:0:0 chrX 207362 . C T 2426.35 PASS AF=0.953488;AO=163;DP=171;FAO=164;FDP=172;FR=.;FRO=8;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0188047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.392;QD=56.4268;RBI=0.0354986;REFB=-0.07765;REVB=0.0301087;RO=7;SAF=73;SAR=90;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322609;STB=0.520146;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000976911;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:171:172:7:8:163:164:0.953488:90:73:6:1:91:73:7:1 chrX 228879 . G C 317.94 PASS AF=0.285714;AO=42;DP=148;FAO=42;FDP=147;FR=.;FRO=105;FSAF=6;FSAR=36;FSRF=72;FSRR=33;FWDB=-0.0272278;FXX=0.0067563;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.174;QD=8.65133;RBI=0.0334785;REFB=-0.0165721;REVB=0.0194797;RO=105;SAF=6;SAR=36;SRF=72;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634837;STB=0.87134;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.036062;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:105:105:42:42:0.285714:36:6:72:33:36:6:72:33 chrX 228892 . C A 361.66 PASS AF=0.631579;AO=37;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00531983;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.284;QD=25.3798;RBI=0.0123666;REFB=-0.0799534;REVB=0.0111639;RO=20;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326784;STB=0.678305;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0352003;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:37:36:0.631579:23:14:18:2:23:13:18:3 chrX 228934 . A G 419.4 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0517032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.789;QD=49.341;RBI=0.0537321;REFB=0.003044;REVB=0.0146261;RO=3;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723625;STB=0.53895;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000841946;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:9:22:1:2:9:22:1:2 chrX 228940 . A G 460.79 PASS AF=0.875;AO=32;DP=39;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0273746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9438;QD=46.0791;RBI=0.108998;REFB=0.0185127;REVB=-0.105504;RO=7;SAF=23;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163577;STB=0.540169;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00297496;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:39:40:7:5:32:35:0.875:9:23:2:5:11:24:2:3 chrX 228976 . G C 477.63 PASS AF=0.367089;AO=58;DP=158;FAO=58;FDP=158;FR=.;FRO=100;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=-0.0189864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.918;QD=12.0918;RBI=0.0623435;REFB=-0.0613808;REVB=0.059382;RO=94;SAF=43;SAR=15;SRF=29;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462244;STB=0.773874;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0411187;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:94:100:58:58:0.367089:15:43:29:65:15:43:29:71 chrX 229137 . A G 1722.57 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.52;QD=60.441;RBI=0.0760835;REFB=0;REVB=0.0732621;RO=0;SAF=94;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535623;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:111:114:1:17:94:0:0:19:95:0:0 chrX 295132 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0280941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.472;QD=9.83021;RBI=0.0284532;REFB=0.00730719;REVB=-0.0045061;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376385;STB=0.52269;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0331775;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:16:10:5:7:16:10 chrX 295231 . A G 848.74 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.718;QD=57.5419;RBI=0.0126826;REFB=0;REVB=0.00318311;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94603e-05;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:54:59:1:26:28:0:0:27:32:0:0 chrX 299360 . G A 210.19 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0312845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9427;QD=11.8418;RBI=0.0338367;REFB=-0.00195473;REVB=-0.012892;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768148;STB=0.549258;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00679419;OID=.;OPOS=299360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:45:26:26:0.366197:13:13:24:18:13:13:26:19 chrX 299362 . A G 936.99 PASS AF=0.956522;AO=69;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0223402;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.239;QD=54.3184;RBI=0.0252183;REFB=0.00232846;REVB=0.0116996;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505953;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.000923773;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:0:3:69:66:0.956522:31:38:0:0:31:35:2:1 chrX 299591 . A G 3433.34 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363237;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.635;QD=62.4244;RBI=0.0365715;REFB=0;REVB=-0.00424982;RO=0;SAF=123;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125235;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:216:220:0:0:215:220:1:92:123:0:0:94:126:0:0 chrX 305984 . G A 626.09 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289228;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6245;QD=56.9175;RBI=0.0299551;REFB=-0.0361728;REVB=0.00779618;RO=1;SAF=9;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492942;STB=0.518859;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00643185;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:32:9:1:0:33:9:1:1 chrX 306056 . G A 591.91 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00383615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0552;QD=60.7084;RBI=0.0570523;REFB=0;REVB=0.0569232;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322677;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chrX 306152 . T G 290.44 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.109;QD=52.8079;RBI=0.0984685;REFB=0;REVB=0.083624;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240141;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:15:22:1:8:7:0:0:12:10:0:0 chrX 322161 . A G 1314.03 PASS AF=0.447619;AO=141;DP=315;FAO=141;FDP=315;FR=.;FRO=174;FSAF=89;FSAR=52;FSRF=127;FSRR=47;FWDB=-0.00557654;FXX=0.00316446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.27;QD=16.6861;RBI=0.0464402;REFB=-0.0122725;REVB=-0.0461042;RO=170;SAF=89;SAR=52;SRF=123;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101263;STB=0.560387;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0145575;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:170:174:141:141:0.447619:52:89:123:47:52:89:127:47 chrX 322257 . G A 2253.56 PASS AF=0.448864;AO=237;DP=525;FAO=237;FDP=528;FR=.;FRO=291;FSAF=122;FSAR=115;FSRF=161;FSRR=130;FWDB=0.00293341;FXX=0.00751866;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.593;QD=17.0724;RBI=0.0184467;REFB=-0.0177868;REVB=0.018212;RO=285;SAF=122;SAR=115;SRF=158;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392964;STB=0.52126;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0235039;OID=.;OPOS=322257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:525:528:285:291:237:237:0.448864:115:122:158:127:115:122:161:130 chrX 605797 . T C 585.33 PASS AF=0.423077;AO=66;DP=156;FAO=66;FDP=156;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=34;FWDB=-0.0265259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.678;QD=15.0085;RBI=0.0289315;REFB=-0.00994537;REVB=0.0115502;RO=87;SAF=39;SAR=27;SRF=53;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019326;STB=0.518805;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0147099;OID=.;OPOS=605797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:87:90:66:66:0.423077:27:39:53:34:27:39:56:34 chrX 606325 . G A 1334.22 PASS AF=0.470588;AO=136;DP=289;FAO=136;FDP=289;FR=.;FRO=153;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=64;FSRR=89;FWDB=-0.00807566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.628;QD=18.4667;RBI=0.0188021;REFB=-0.00723019;REVB=-0.0169794;RO=152;SAF=63;SAR=73;SRF=63;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471556;STB=0.523999;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00873275;OID=.;OPOS=606325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:152:153:136:136:0.470588:73:63:63:89:73:63:64:89 chrX 610670 . T G 1929.79 PASS AF=0.487374;AO=190;DP=393;FAO=193;FDP=396;FR=.;FRO=203;FSAF=112;FSAR=81;FSRF=136;FSRR=67;FWDB=0.0188311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.534;QD=19.4929;RBI=0.0212111;REFB=-0.0194907;REVB=-0.00976233;RO=202;SAF=109;SAR=81;SRF=136;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972686;STB=0.54789;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0182979;OID=.;OPOS=610670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:396:202:203:190:193:0.487374:81:109:136:66:81:112:136:67 chrX 610715 . C G 2248.37 PASS AF=0.502283;AO=220;DP=441;FAO=220;FDP=438;FR=.;FRO=218;FSAF=125;FSAR=95;FSRF=136;FSRR=82;FWDB=-0.0238088;FXX=0.0135132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.696;QD=20.5331;RBI=0.0238918;REFB=-0.0214309;REVB=0.00199081;RO=214;SAF=125;SAR=95;SRF=136;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625295;STB=0.52845;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0182385;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:438:214:218:220:220:0.502283:95:125:136:78:95:125:136:82 chrX 1460657 . C T 525.28 PASS AF=0.466667;AO=55;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0258409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.056;QD=17.5092;RBI=0.0276502;REFB=-0.0173029;REVB=0.00983761;RO=63;SAF=29;SAR=26;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119584;STB=0.505986;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0201926;OID=.;OPOS=1460657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:63:64:55:56:0.466667:26:29:34:29:26:30:35:29 chrX 1460740 . A G 362.1 PASS AF=0.414894;AO=35;DP=92;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0223584;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.79;QD=15.4086;RBI=0.0228966;REFB=-0.00182639;REVB=0.00493516;RO=36;SAF=10;SAR=25;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516142;STB=0.58269;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00220448;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:36:55:35:39:0.414894:25:10:12:24:27:12:24:31 chrX 1497644 . G C 805.21 PASS AF=0.48538;AO=81;DP=170;FAO=83;FDP=171;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=51;FWDB=-0.0151956;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.221;QD=18.8354;RBI=0.0164001;REFB=-0.0258024;REVB=-0.00616908;RO=89;SAF=45;SAR=36;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121511;STB=0.562406;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0283489;OID=.;OPOS=1497644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:89:88:81:83:0.48538:36:45:38:51:38:45:37:51 chrX 1537953 . C T 2008.45 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.03;QD=62.2774;RBI=0.0544355;REFB=0;REVB=-0.0258417;RO=0;SAF=74;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69088e-05;OID=.;OPOS=1537953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:55:74:0:0:55:74:0:0 chrX 1540706 . A G 5268.99 PASS AF=1;AO=330;DP=330;FAO=332;FDP=332;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232639;FXX=0.00895496;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.113;QD=63.4818;RBI=0.023264;REFB=0;REVB=5.45282e-05;RO=0;SAF=162;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652743;OID=.;OPOS=1540706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:330:332:0:0:330:332:1:168:162:0:0:168:164:0:0 chrX 1546842 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.059;QD=57.0008;RBI=0.00737838;REFB=0;REVB=-0.00296821;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12265e-06;OID=.;OPOS=1546842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chrX 1713021 . C T 1083.4 PASS AF=0.468354;AO=111;DP=237;FAO=111;FDP=237;FR=.;FRO=126;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=-0.0307582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6179;QD=18.2852;RBI=0.0357678;REFB=0.00130434;REVB=-0.0182558;RO=126;SAF=48;SAR=63;SRF=65;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808071;STB=0.544633;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.00165906;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:126:126:111:111:0.468354:63:48:65:61:63:48:65:61 chrX 1718360 . G A 192.49 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0246049;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.537;QD=24.0608;RBI=0.0365594;REFB=-0.0174567;REVB=0.0270405;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183763;STB=0.588144;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0143764;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:13:13:18:19:0.59375:10:8:9:4:10:9:9:4 chrX 1719897 . C G 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00273089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.774;QD=24.7086;RBI=0.0159296;REFB=-0.0364682;REVB=-0.0156938;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510151;STB=0.52836;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0276093;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:7:10:12:11:7:10 chrX 1755404 . C T 901.76 PASS AF=0.461538;AO=96;DP=208;FAO=96;FDP=208;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=56;FSRR=56;FWDB=0.0107773;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9708;QD=17.3415;RBI=0.0108307;REFB=-0.00242913;REVB=0.00107485;RO=112;SAF=53;SAR=43;SRF=56;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050909;STB=0.52818;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00332602;OID=.;OPOS=1755404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:112:112:96:96:0.461538:43:53:56:56:43:53:56:56 chrX 2139186 . C T 2902.64 PASS AF=0.994624;AO=185;DP=186;FAO=185;FDP=186;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0573318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.414;QD=62.4223;RBI=0.0600863;REFB=-0.0963687;REVB=0.0179844;RO=1;SAF=102;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00570202;STB=0.502994;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00213737;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:186:1:1:185:185:0.994624:83:102:0:1:83:102:0:1 chrX 2139200 . T C 2630.66 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411366;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.614;QD=61.8979;RBI=0.0176959;REFB=0;REVB=0.0172112;RO=0;SAF=92;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98145e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10096e-05;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:170:0:0:169:170:1:77:92:0:0:77:93:0:0 chrX 2407207 . G A 3431.74 PASS AF=1;AO=219;DP=222;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398614;FXX=0.0135129;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.703;QD=62.6802;RBI=0.0201732;REFB=0;REVB=0.0197755;RO=0;SAF=102;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11372e-05;OID=.;OPOS=2407207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:222:219:0:0:219:219:1:117:102:0:0:117:102:0:0 chrX 2408139 . G A 373.22 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=123;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=33;FWDB=0.0226171;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.545;QD=12.2366;RBI=0.0232671;REFB=-0.00824436;REVB=0.00546097;RO=76;SAF=24;SAR=21;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507129;STB=0.524218;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0154852;OID=.;OPOS=2408139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:76:77:45:45:0.368852:21:24:44:32:21:24:44:33 chrX 2408278 . C CG 40.63 PASS AF=0.191304;AO=30;DP=115;FAO=22;FDP=115;FR=.;FRO=93;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0535696;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.9697;QD=1.41323;RBI=0.0936549;REFB=-0.0115004;REVB=-0.0768214;RO=83;SAF=2;SAR=28;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.68579;STB=0.884571;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.195143;OID=.;OPOS=2408279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191304:30:115:22:115:93:2:20:48:45:40:83:2:28:48:35 chrX 2609983 . T C 610.36 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9094;QD=56.7773;RBI=0.0173279;REFB=-0.0409785;REVB=0.000544987;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.517233;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0011325;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:28:13:0:1:28:13:0:2 chrX 2632482 . C T 1335.32 PASS AF=0.453674;AO=140;DP=313;FAO=142;FDP=313;FR=.;FRO=171;FSAF=84;FSAR=58;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=0.015753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.559;QD=17.0648;RBI=0.0265477;REFB=-0.0169502;REVB=0.0213688;RO=168;SAF=82;SAR=58;SRF=86;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739112;STB=0.539592;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0177874;OID=.;OPOS=2632482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:168:171:140:142:0.453674:58:82:86:82:58:84:89:82 chrX 2638499 . G A 416.89 PASS AF=0.385827;AO=48;DP=127;FAO=49;FDP=127;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=61;FWDB=-0.0661215;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6594;QD=13.1303;RBI=0.0670971;REFB=0.00717327;REVB=-0.0114002;RO=78;SAF=9;SAR=39;SRF=17;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521981;STB=0.533593;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.0099366;OID=.;OPOS=2638499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:78:78:48:49:0.385827:39:9:17:61:40:9:17:61 chrX 2644302 . C T 311.09 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00293925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7478;QD=13.9816;RBI=0.0425745;REFB=-0.0166979;REVB=-0.0424729;RO=52;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958193;STB=0.565879;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0455144;OID=.;OPOS=2644302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:54:35:35:0.393258:15:20:25:27:15:20:25:29 chrX 2645366 . G C 7211.4 PASS AF=1;AO=461;DP=465;FAO=461;FDP=461;FR=.;FRO=0;FSAF=245;FSAR=216;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138265;FXX=0.0128477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.913;QD=62.5718;RBI=0.0233544;REFB=-0.0937948;REVB=-0.0188217;RO=4;SAF=245;SAR=216;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000518486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08486e-05;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:465:461:4:0:461:461:1:216:245:2:2:216:245:0:0 chrX 2656261 . A G 1970.43 PASS AF=0.531429;AO=185;DP=349;FAO=186;FDP=350;FR=.;FRO=164;FSAF=89;FSAR=97;FSRF=76;FSRR=88;FWDB=0.00191829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.599;QD=22.5192;RBI=0.00941874;REFB=-0.0277465;REVB=-0.00922133;RO=160;SAF=89;SAR=96;SRF=74;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158573;STB=0.507083;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0242662;OID=.;OPOS=2656261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:350:160:164:185:186:0.531429:96:89:74:86:97:89:76:88 chrX 2656283 . A T 1519.44 PASS AF=0.523132;AO=147;DP=282;FAO=147;FDP=281;FR=.;FRO=134;FSAF=68;FSAR=79;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=0.0412634;FXX=0.00354597;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.489;QD=21.629;RBI=0.0442963;REFB=-0.0155795;REVB=0.0161087;RO=130;SAF=68;SAR=79;SRF=66;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388891;STB=0.517892;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00754782;OID=.;OPOS=2656283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:130:134:147:147:0.523132:79:68:66:64:79:68:67:67 chrX 2724760 . T C 733.44 PASS AF=1;AO=37;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.277;QD=63.7773;RBI=0.0895278;REFB=0;REVB=0.0868253;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000943229;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:37:46:1:21:16:0:0:30:16:0:0 chrX 2748253 . G C 1420.62 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.736;QD=61.1018;RBI=0.0696067;REFB=0;REVB=0.0278885;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924803;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:86:93:0:0:86:93:1:41:45:0:0:41:52:0:0 chrX 2773054 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.869;QD=58.6004;RBI=0.0642588;REFB=0;REVB=0.0640777;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112246;OID=.;OPOS=2773054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chrX 2777985 . C T 2083.47 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5947;QD=62.6609;RBI=0.0439177;REFB=0;REVB=0.0116028;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014352;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:67:66:0:0:67:66:0:0 chrX 2779570 . A G 1665.36 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00383663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.918;QD=60.0128;RBI=0.0049862;REFB=0;REVB=0.00318472;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66061e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:52:58:0:0:52:59:0:0 chrX 2825403 . A G 1453.45 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.233;QD=63.1934;RBI=0.0300749;REFB=0;REVB=-0.0298446;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.87567e-05;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:37:55:0:0:37:55:0:0 chrX 2832668 . A G 132.62 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00937659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.571;QD=9.14627;RBI=0.0217399;REFB=-0.000402606;REVB=-0.0196139;RO=40;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645604;STB=0.538419;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00155262;OID=.;OPOS=2832668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:10:8:20:20:10:8:20:20 chrX 2832696 . T C 134.14 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00347789;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.22;QD=7.89056;RBI=0.0274183;REFB=-0.0101298;REVB=-0.0271968;RO=48;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080864;STB=0.540915;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0205141;OID=.;OPOS=2832696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:49:19:19:0.279412:10:9:26:22:10:9:26:23 chrX 2832708 . G T 140.21 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0161817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.969;QD=7.78917;RBI=0.0769188;REFB=-0.00454886;REVB=-0.0751974;RO=49;SAF=9;SAR=11;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095531;STB=0.54995;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0155203;OID=.;OPOS=2832708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:49:52:20:20:0.277778:11:9:26:23:11:9:27:25 chrX 2832715 . T C 130.08 PASS AF=0.263889;AO=17;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0432728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2775;QD=7.22665;RBI=0.0477726;REFB=-0.00621044;REVB=0.0202406;RO=52;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360131;STB=0.512432;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0179544;OID=.;OPOS=2832715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:53:17:19:0.263889:8:9:26:26:10:9:26:27 chrX 2832739 . C T 688.07 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00104654;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.206;QD=34.8389;RBI=0.00252433;REFB=-0.0389501;REVB=-0.00229718;RO=22;SAF=30;SAR=27;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605755;STB=0.532612;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0145104;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:22:22:57:57:0.721519:27:30:9:13:27:30:9:13 chrX 2832742 . G C 1264.35 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9025;QD=61.6754;RBI=0.0577652;REFB=0;REVB=0.054402;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481387;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:40:42:0:0:40:42:0:0 chrX 2832771 . C T 210.99 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0119686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.897;QD=9.92887;RBI=0.0124482;REFB=-0.00972325;REVB=-0.00342202;RO=58;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387699;STB=0.522711;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0167094;OID=.;OPOS=2832771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:58:58:27:27:0.317647:13:14:32:26:13:14:32:26 chrX 2832787 . A G 222.11 PASS AF=0.325581;AO=27;DP=86;FAO=28;FDP=86;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0259961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.419;QD=10.3309;RBI=0.0264303;REFB=-0.0177312;REVB=0.00477117;RO=58;SAF=16;SAR=11;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282669;STB=0.501694;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0433463;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:58:27:28:0.325581:11:16:33:25:12:16:33:25 chrX 2833605 . C T 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0420906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.74;QD=8.11434;RBI=0.0539858;REFB=-0.0111526;REVB=-0.0338061;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784589;STB=0.548316;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0305521;OID=.;OPOS=2833605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:4:10:25:13:4:10:25:13 chrX 2833628 . A C 112.03 PASS AF=0.275862;AO=15;DP=57;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0101257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.283;QD=7.72588;RBI=0.0114197;REFB=-0.0156462;REVB=-0.00527998;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118395;STB=0.513872;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0362713;OID=.;OPOS=2833628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:39:42:15:16:0.275862:6:9:27:12:6:10:27:15 chrX 2833631 . A G 113.75 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0116242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2716;QD=7.98238;RBI=0.0148045;REFB=-0.0127863;REVB=-0.00916792;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116285;STB=0.507033;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00604664;OID=.;OPOS=2833631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:6:10:26:15:6:10:26:15 chrX 2833638 . C T 122.05 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0891054;FXX=0.163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.137;QD=9.57225;RBI=0.0918974;REFB=-0.00517122;REVB=-0.0224803;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.577791;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0345094;OID=.;OPOS=2833638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:51:31:35:16:16:0.313725:6:10:14:17:6:10:18:17 chrX 2833643 . C A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0285657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.041;QD=7.40513;RBI=0.0286392;REFB=-0.0151265;REVB=0.00205052;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424469;STB=0.515486;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0399903;OID=.;OPOS=2833643;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:7:10:28:17:7:10:28:18 chrX 2835863 . G T 890.98 PASS AF=0.363322;AO=105;DP=289;FAO=105;FDP=289;FR=.;FRO=184;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=99;FSRR=85;FWDB=-0.00455293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.594;QD=12.3319;RBI=0.0094175;REFB=-0.00697507;REVB=-0.00824379;RO=182;SAF=51;SAR=54;SRF=99;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651914;STB=0.533274;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0107874;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:182:184:105:105:0.363322:54:51:99:83:54:51:99:85 chrX 2835964 . G A 1011.79 PASS AF=0.469298;AO=105;DP=222;FAO=107;FDP=228;FR=.;FRO=121;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.0395093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0963;QD=17.7507;RBI=0.0397971;REFB=-0.0122339;REVB=0.00477777;RO=102;SAF=55;SAR=50;SRF=62;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760095;STB=0.516709;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0185068;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:228:102:121:105:107:0.469298:50:55:62:40:52:55:66:55 chrX 2835985 . G A 737.72 PASS AF=0.5;AO=95;DP=192;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=0.0492776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3706;QD=15.0556;RBI=0.081703;REFB=-0.0717527;REVB=0.0651698;RO=78;SAF=49;SAR=46;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055374;STB=0.505102;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.264563;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:196:78:98:95:98:0.5:46:49:35:43:48:50:49:49 chrX 2835989 . A C 774.41 PASS AF=0.445652;AO=82;DP=184;FAO=82;FDP=184;FR=.;FRO=102;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.00180641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.35;QD=16.835;RBI=0.00422438;REFB=-0.017786;REVB=-0.00381868;RO=102;SAF=39;SAR=43;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243427;STB=0.513532;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0144878;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:102:102:82:82:0.445652:43:39:51:51:43:39:51:51 chrX 2835993 . G A 752.76 PASS AF=0.484472;AO=79;DP=164;FAO=78;FDP=161;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.0628014;FXX=0.024241;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0505;QD=18.7022;RBI=0.0655943;REFB=0.00256974;REVB=-0.0189367;RO=83;SAF=38;SAR=41;SRF=35;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553249;STB=0.520728;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00524851;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:161:83:83:79:78:0.484472:41:38:35:48:42:36:35:48 chrX 2835995 . C A 632.6 PASS AF=0.487654;AO=79;DP=160;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=49;FWDB=0.0762859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.423;QD=15.6198;RBI=0.0809757;REFB=-0.0470081;REVB=0.0271575;RO=81;SAF=38;SAR=41;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679457;STB=0.536714;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0537517;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:81:83:79:79:0.487654:41:38:33:48:41:38:34:49 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C,CCCATGCCGG 382.05 PASS AF=0.427184,0;AO=41,9;DP=116;FAO=44,0;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=17,0;FSAR=27,0;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0404774,0.0163456;FXX=0.0720656;HRUN=3,1;LEN=9,1;MLLD=289.59,104.154;QD=14.8368;RBI=0.0404812,0.0181559;REFB=-0.00496685,-0.0030166;REVB=-0.000559268,-0.00790292;RO=57;SAF=14,6;SAR=27,3;SRF=22;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0500031,0.331293;STB=0.512257,0.5;STBP=0.832,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00907332,0;OID=.,.;OPOS=2835999,2836002;OREF=CCACGCCGG,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CCCATGCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427184,0:41,9:116:44,0:103:59:17,0:27,0:24:35:99:57:14,6:27,3:22:35 chrX 2836035 . CAG C 417.98 PASS AF=0.588235;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0137337;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.341;QD=24.5871;RBI=0.0206822;REFB=-0.01671;REVB=0.0154642;RO=27;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676746;STB=0.507809;STBP=0.892;TYPE=del;VARB=0.0131381;OID=.;OPOS=2836036;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:39:73:40:68:28:15:25:11:17:99:27:14:25:12:15 chrX 2836041 . A T 389.88 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0316662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.304;QD=21.6601;RBI=0.0402112;REFB=-0.0119822;REVB=0.0247829;RO=33;SAF=14;SAR=25;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311924;STB=0.517232;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00695504;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:25:14:13:20:25:14:13:20 chrX 2836047 . C T 445.58 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0230844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.005;QD=26.2105;RBI=0.0244881;REFB=-0.0190764;REVB=0.00817183;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309797;STB=0.516929;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00665671;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:11:15:26:16:11:15 chrX 2836060 . G A 365.51 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00558171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.148;QD=26.5823;RBI=0.00693488;REFB=-0.0249656;REVB=-0.00411546;RO=20;SAF=14;SAR=21;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343366;STB=0.518786;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0125532;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:21:14:9:11:21:14:9:11 chrX 2836084 . C G 249.59 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00566589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.547;QD=27.7324;RBI=0.0102969;REFB=-0.00964633;REVB=-0.00859793;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082203;STB=0.53768;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00557444;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:13:22:23:0.638889:12:10:7:5:13:10:7:6 chrX 2836138 . G A 206.29 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=46;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00513594;FXX=0.0652032;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.752;QD=19.1901;RBI=0.0419758;REFB=-0.0119325;REVB=-0.0416604;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172443;STB=0.649215;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00685895;OID=.;OPOS=2836138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:43:15:22:17:21:0.488372:8:9:11:4:12:9:16:6 chrX 2836181 . A T 290.06 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00919971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.094;QD=16.5749;RBI=0.00923103;REFB=-0.0283521;REVB=-0.000759764;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762793;STB=0.542831;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0290703;OID=.;OPOS=2836181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:22:16:16:16:22:16 chrX 2836184 . C T 264.17 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0157864;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.524;QD=15.0955;RBI=0.0159365;REFB=-0.0389573;REVB=0.00218156;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10896;STB=0.561629;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0239241;OID=.;OPOS=2836184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:23:17:16:14:23:17 chrX 2836211 . A T 330.42 PASS AF=0.460526;AO=24;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=5.64832e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.974;QD=17.3905;RBI=0.00512139;REFB=-0.00102623;REVB=0.00512107;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127939;STB=0.571388;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00132583;OID=.;OPOS=2836211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:24:35:0.460526:13:11:22:16:20:15:22:17 chrX 2836238 . G A 224.93 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0265108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3724;QD=13.0396;RBI=0.0266807;REFB=0.0178165;REVB=0.00300678;RO=42;SAF=8;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30021;STB=0.672435;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0317862;OID=.;OPOS=2836238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:19:8:24:18:19:8:24:18 chrX 2852951 . G A 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.586;QD=62.3143;RBI=0.0299438;REFB=0;REVB=0.00570921;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80025e-05;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:46:40:0:0:46:40:0:0 chrX 2856155 . C T 1212.88 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.712;QD=59.8954;RBI=0.0405836;REFB=-0.0995718;REVB=-0.0233811;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00031115;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:32:48:0:0:32:48:1:0 chrX 2942109 . T C 1193.6 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0575472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2498;QD=59.68;RBI=0.0691654;REFB=-0.0436244;REVB=-0.0383689;RO=1;SAF=26;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.509432;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000162178;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:53:26:1:0:53:26:1:0 chrX 3002687 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3659;QD=47.8205;RBI=0.00445276;REFB=0;REVB=-0.00418496;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010645;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 3195109 . C T 240.25 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.872;QD=43.6824;RBI=0.014683;REFB=-0.0359915;REVB=0.00373212;RO=2;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657793;STB=0.535679;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00877765;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:13:7:0:2:13:7:0:2 chrX 3228144 . C G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.932;QD=53.9048;RBI=0.0273663;REFB=0;REVB=-0.0167818;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77491e-05;OID=.;OPOS=3228144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 3228411 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.243;QD=53.9062;RBI=0.00689719;REFB=0;REVB=0.00237819;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08677e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 3228891 . A G 1396.38 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.862;QD=62.7588;RBI=0.0206098;REFB=0;REVB=-0.000934931;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07965e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chrX 3235724 . C T 2197.26 PASS AF=0.992908;AO=137;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=8.63662e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.302;QD=62.3337;RBI=0.0336242;REFB=-0.0668679;REVB=0.0336241;RO=1;SAF=81;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841357;STB=0.504201;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0002555;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:1:1:137:140:0.992908:56:81:0:1:59:81:0:1 chrX 3236028 . C T 1632.83 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4941;QD=59.9205;RBI=0.0105059;REFB=0;REVB=0.00953663;RO=0;SAF=68;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294265;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:40:68:0:0:41:68:0:0 chrX 3239545 . C T 501.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7268;QD=58.9418;RBI=0.0382983;REFB=0;REVB=-0.0374461;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643937;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chrX 3239979 . G A 411.19 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.88;QD=56.7161;RBI=0.0518234;REFB=0;REVB=0.045141;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027687;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:12:17:0:0 chrX 3241256 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1746;QD=62.3463;RBI=0.0507878;REFB=0;REVB=-0.0345243;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5021e-05;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chrX 3241317 . T C 611.93 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236876;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.495;QD=61.1932;RBI=0.0242476;REFB=0;REVB=0.0241316;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706661;OID=.;OPOS=3241317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:11:29:0:0 chrX 3261847 . G C 47.35 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=61;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0219064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.251;QD=3.05481;RBI=0.0265461;REFB=-0.00357719;REVB=-0.0149935;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53948;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.073258;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:61:62:52:53:8:9:0.145161:4:4:26:26:5:4:26:27 chrX 3736489 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0752;QD=58.5874;RBI=0.0808588;REFB=0;REVB=-0.0792513;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139415;OID=.;OPOS=3736489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 6451856 . A G 410.72 PASS AF=0.678571;AO=36;DP=54;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0276473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.496;QD=29.337;RBI=0.0276623;REFB=-0.072293;REVB=0.000912602;RO=18;SAF=13;SAR=23;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222912;STB=0.605208;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0298841;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:18:18:36:38:0.678571:23:13:13:5:23:15:13:5 chrX 6451894 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5952;QD=44.6886;RBI=0.118368;REFB=0;REVB=-0.0080706;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448534;OID=.;OPOS=6451894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chrX 8138080 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.384;QD=62.6706;RBI=0.0443957;REFB=0;REVB=0.0443152;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003901;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chrX 8138160 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5948;QD=57.2025;RBI=0.0312733;REFB=0;REVB=-0.0311622;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585479;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chrX 8138165 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7537;QD=56.7065;RBI=0.081139;REFB=0;REVB=0.0483543;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019471;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:5:23:0:0:6:23:0:0 chrX 8138170 . CT GC 278.88 PASS AF=0.96;AO=25;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.10055;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.226;QD=44.6208;RBI=0.184058;REFB=-0.0375707;REVB=0.154165;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545415;STBP=0.126;TYPE=mnp;VARB=0.00460043;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:25:0:1:25:24:0.96:6:19:0:0:5:19:0:1 chrX 8138182 . A G 291.53 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.77;QD=53.0058;RBI=0.0503876;REFB=0;REVB=-0.0312859;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960888;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:14:22:1:3:11:0:0:5:17:0:0 chrX 8497510 . C T 2737.31 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688136;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.572;QD=62.2117;RBI=0.00814835;REFB=0;REVB=0.00436376;RO=0;SAF=86;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.84779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11701e-05;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:176:0:0:170:176:1:84:86:0:0:90:86:0:0 chrX 8503641 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9678;QD=55.0975;RBI=0.0736344;REFB=0;REVB=0.0716943;RO=0;SAF=22;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151441;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:4:22:0:0:4:22:0:0 chrX 8504833 . C T 807.7 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0637034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9793;QD=53.8463;RBI=0.064343;REFB=-0.125171;REVB=-0.00904973;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0032596;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:0:2:58:58:0.966667:28:30:0:0:28:30:1:1 chrX 9684778 . G A 1227.45 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.921;QD=61.3723;RBI=0.0143116;REFB=0;REVB=-0.0142079;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98767e-05;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chrX 9842669 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00073391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7541;QD=53.9079;RBI=0.0110786;REFB=0;REVB=0.0110542;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165601;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chrX 9859098 . A G 3521.92 PASS AF=1;AO=220;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546382;FXX=0.0300416;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1297;QD=62.3349;RBI=0.00736509;REFB=0;REVB=0.00493874;RO=0;SAF=112;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610392;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:226:0:0:220:226:1:108:112:0:0:113:113:0:0 chrX 9863112 . A G 603.49 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287952;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.584;QD=58.8774;RBI=0.0312724;REFB=-0.115215;REVB=-0.0121982;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00369445;OID=.;OPOS=9863112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:14:25:1:0:15:25:1:0 chrX 9905342 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.288;QD=57.6806;RBI=0.00633723;REFB=0;REVB=0.00395511;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2849e-05;OID=.;OPOS=9905342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chrX 9912792 . AT GC,GT 1306.68 PASS AF=0.0348837,0.965116;AO=3,79;DP=82;FAO=3,83;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175624,0.0228179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.36,195.918;QD=60.776;RBI=0.0176998,0.027419;REFB=0,0;REVB=0.0022017,0.0152034;RO=0;SAF=0,41;SAR=3,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0547397,0.000589287;OID=.,.;OPOS=9912792,9912792;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:86:0:0:3,79:3,83:0.0348837,0.965116:3,38:0,41:0:0:3,38:0,45:0:0 chrX 9914947 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.922;QD=63.5827;RBI=0.0149671;REFB=0;REVB=-0.0119053;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39462e-05;OID=.;OPOS=9914947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chrX 9915165 . C T 235.3 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.123403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.5784;QD=44.8193;RBI=0.125239;REFB=0.0377369;REVB=-0.0213652;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0018388;OID=.;OPOS=9915165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:11:9:0:0:11:9:0:1 chrX 10085674 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.146;QD=43.4861;RBI=0.01578;REFB=0;REVB=0.0157113;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74728e-05;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:3:9:0:0 chrX 10202343 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.204;QD=49.5992;RBI=0.0443904;REFB=0;REVB=0.0134993;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331716;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chrX 10204812 . A G 463.7 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0421317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9903;QD=52.994;RBI=0.0597666;REFB=0.0152811;REVB=-0.0423907;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.529394;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0076462;OID=.;OPOS=10204812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:1:2:33:33:0.942857:16:17:0:1:16:17:0:2 chrX 12725701 . C G 2751.95 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.613;QD=62.5443;RBI=0.0373074;REFB=0;REVB=0.0339341;RO=0;SAF=76;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48653e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:176:0:0:175:176:1:99:76:0:0:99:77:0:0 chrX 12809661 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.564;QD=43.4861;RBI=0.0324103;REFB=0;REVB=0.0297139;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439216;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chrX 12924826 . A G 789.1 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00808062;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.941;QD=51.7443;RBI=0.0144037;REFB=-0.0442395;REVB=0.0119235;RO=0;SAF=38;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534871;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000829256;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:61:0:3:57:58:0.95082:19:38:0:0:20:38:0:3 chrX 12937513 . C T 298.15 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.703;QD=51.8518;RBI=0.0443984;REFB=0;REVB=0.0435587;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250893;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chrX 12937804 . C T 1462.45 PASS AF=0.99;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218029;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.224;QD=58.4978;RBI=0.0383264;REFB=-0.082706;REVB=0.0315205;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000620218;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:99:99:0.99:43:56:0:0:43:56:0:1 chrX 12939112 . G C 1642.16 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336351;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5204;QD=60.2627;RBI=0.094384;REFB=0;REVB=0.0881874;RO=1;SAF=64;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109096;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270556;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:1:0:107:109:1:43:64:0:1:45:64:0:0 chrX 12939412 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.438;QD=56.7062;RBI=0.00859396;REFB=0;REVB=-0.00600913;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96711e-07;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chrX 12939928 . T C 372.33 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00344093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.646;QD=55.1597;RBI=0.0417315;REFB=0;REVB=0.0415894;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17182e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chrX 13337059 . C T 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.943;QD=57.0307;RBI=0.0146713;REFB=0.000811541;REVB=0.00743879;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129424;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.74619e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:1:0:29:36:1:0 chrX 14039570 . AT ATA,TA 36.6 PASS AF=0.317073,0;AO=8,2;DP=39;FAO=13,0;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0321624,-0.0371822;FXX=0.0238039;HRUN=5,7;LEN=1,2;MLLD=6.71813,13.1307;QD=3.57024;RBI=0.0666396,0.0611031;REFB=-0.144869,-0.116605;REVB=0.0583646,-0.0484879;RO=19;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.157867,0.466529;STB=0.547457,0.5;STBP=0.719,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.130743,0.0602679;OID=.,.;OPOS=14039572,14039570;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:39:41:19:28:8,2:13,0:0.317073,0:2,0:6,2:12:7:6,0:7,0:17:11 chrX 15415583 . C T 1769.25 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4656;QD=59.9747;RBI=0.0340811;REFB=0.042396;REVB=0.0306764;RO=1;SAF=73;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646207;STB=0.503401;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00243071;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:44:73:1:0:44:73:1:0 chrX 15800751 . G A 1989.9 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.443;QD=62.1844;RBI=0.0463444;REFB=0;REVB=0.0420214;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3742e-05;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:59:67:0:0:61:67:0:0 chrX 16168706 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.474;QD=56.9558;RBI=0.084191;REFB=0;REVB=0.0427685;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290247;OID=.;OPOS=16168706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chrX 16859628 . G A 1606.99 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.777;QD=60.0742;RBI=0.0402986;REFB=0;REVB=0.0385805;RO=0;SAF=67;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09626e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:38:67:0:0:39:68:0:0 chrX 16860134 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7428;QD=33.4282;RBI=0.140274;REFB=0;REVB=0.123356;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178167;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrX 17166219 . C T 1205.17 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.224;QD=61.0212;RBI=0.0403795;REFB=0;REVB=0.0141383;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278439;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:24:54:0:0:24:55:0:0 chrX 17376079 . G T 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1516;QD=53.8985;RBI=0.0565212;REFB=0;REVB=0.042492;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63543e-05;OID=.;OPOS=17376079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 17705849 . TC CT,TCT 1778.38 PASS AF=0,1;AO=5,116;DP=133;FAO=0,130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=0,81;FSAR=0,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0789354,0.010227;FXX=0.0225547;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=5.23816,20.8529;QD=54.7194;RBI=0.0993779,0.0136815;REFB=0,0;REVB=0.0603753,-0.00908799;RO=1;SAF=5,75;SAR=0,41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.767767,0.0114413;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.000154339;OID=.,.;OPOS=17705849,17705851;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:10:133:130:1:0:5,116:0,130:0,1:0,41:5,75:0:1:0,49:0,81:0:0 chrX 17746244 . T C 3729.18 PASS AF=0.976285;AO=247;DP=253;FAO=247;FDP=253;FR=.;FRO=6;FSAF=103;FSAR=144;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.059866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5229;QD=58.9594;RBI=0.0682572;REFB=0.0529283;REVB=0.032789;RO=6;SAF=103;SAR=144;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269522;STB=0.51415;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000759666;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:253:253:6:6:247:247:0.976285:144:103:6:0:144:103:6:0 chrX 19375782 . A C 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00347922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.345;QD=62.6138;RBI=0.0200059;REFB=0;REVB=0.0197011;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22405e-05;OID=.;OPOS=19375782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:34:54:0:0:34:54:0:0 chrX 19482476 . C T 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0201;QD=53.2627;RBI=0.109577;REFB=0;REVB=-0.00500984;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247555;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 20470345 . C T 1273.0 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8954;QD=59.2093;RBI=0.0313598;REFB=-0.130185;REVB=-0.0130216;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00225481;OID=.;OPOS=20470345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:1:1:82:85:0.988372:44:38:1:0:44:41:0:1 chrX 21508666 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0648;QD=57.2015;RBI=0.0385359;REFB=0;REVB=0.0297054;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63931e-05;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 21676002 . A AC 38.85 PASS AF=0.0894737;AO=26;DP=194;FAO=17;FDP=190;FR=.;FRO=173;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=107;FSRR=66;FWDB=-0.0293971;FXX=0.00523533;HRUN=0;LEN=1;MLLD=151.586;QD=0.817904;RBI=0.0295497;REFB=-0.00153515;REVB=-0.00299893;RO=160;SAF=20;SAR=6;SRF=93;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264144;STB=0.527967;STBP=0.831;TYPE=ins;VARB=0.177365;OID=.;OPOS=21676003;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0894737:26:194:17:190:173:11:6:107:66:38:160:20:6:93:67 chrX 23019317 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.855;QD=51.9167;RBI=0.0181482;REFB=0;REVB=0.0180513;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13134e-05;OID=.;OPOS=23019317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chrX 23019346 . G T 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.754;QD=58.5823;RBI=0.0110177;REFB=0;REVB=0.0107193;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81531e-05;OID=.;OPOS=23019346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 23858452 . G A 885.24 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3363;QD=58.0485;RBI=0.0187653;REFB=0;REVB=-0.0135281;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262568;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chrX 23925834 . A T 1157.69 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180132;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7229;QD=60.9312;RBI=0.0243121;REFB=0;REVB=0.0163279;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348072;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chrX 24232095 . C T 1634.77 PASS AF=0.973684;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=114;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0156085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.509;QD=57.3603;RBI=0.0291167;REFB=-0.0478385;REVB=0.0245796;RO=3;SAF=62;SAR=48;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022414;STB=0.511626;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00100577;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:114:3:3:110:111:0.973684:48:62:3:0:48:63:3:0 chrX 24381387 . G C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00727328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.291;QD=62.3509;RBI=0.0187564;REFB=0;REVB=0.0172888;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110357;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chrX 24382950 . G A 710.13 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3581;QD=54.6256;RBI=0.0452504;REFB=0.00760758;REVB=0.0137375;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000451417;OID=.;OPOS=24382950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:1:0:27:24:1:0 chrX 24383061 . C T 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.874;QD=57.1026;RBI=0.016613;REFB=0;REVB=-0.000807769;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33346e-05;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chrX 24578803 . C T 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.139;QD=57.3792;RBI=0.0917425;REFB=0;REVB=-0.0276237;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039408;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chrX 24751958 . T C 964.98 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00390838;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.302;QD=57.6106;RBI=0.0604202;REFB=-0.0440155;REVB=0.0602936;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000216661;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:65:66:0.985075:29:36:0:0:30:36:0:1 chrX 25022103 . CTTTTT CTGTTC,CTTTTC,CT,CTT,CTTT 275.1 PASS AF=0.108108,0.189189,0.432432,0.216216,0.0540541;AO=3,2,9,9,5;DP=42;FAO=4,7,16,8,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,15,8,2;FSAR=0,7,1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899414,0.00617328,0.0611336,0.0813587,0.121388;FXX=0.119019;HRUN=16,16,16,16,16;LEN=4,1,4,3,2;MLLD=242.838,176.311,9.88885,8.15088,5.32759;QD=29.7403;RBI=0.151423,0.143287,0.210671,0.265141,0.447456;REFB=0.0244013,0.0265627,0.111597,0.13089,0.146103;REVB=-0.151156,-0.143154,-0.201605,-0.25235,-0.430676;RO=0;SAF=3,0,9,9,5;SAR=0,2,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del,del;VARB=-0.0160073,0.0664956,0.0495408,-0.00339176,0.133099;OID=.,.,.,.,.;OPOS=25022105,25022108,25022104,25022104,25022104;OREF=TTTT,T,TTTT,TTT,TT;OALT=GTTC,C,-,-,-;OMAPALT=CTGTTC,CTTTTC,CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.108108,0.189189,0.432432,0.216216,0.0540541:3,2,9,9,5:42:4,7,16,8,2:37:0:4,0,15,8,2:0,7,1,0,0:0:0:44:0:3,0,9,9,5:0,2,0,0,0:0:0 chrX 26157220 . C T 1695.63 PASS AF=0.983051;AO=113;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0257029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.083;QD=57.479;RBI=0.0298722;REFB=-0.156396;REVB=0.0152221;RO=2;SAF=84;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011171;STB=0.505813;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.000276591;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:118:2:2:113:116:0.983051:29:84:2:0:31:85:2:0 chrX 26157792 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.124;QD=61.6831;RBI=0.0529119;REFB=0;REVB=-0.00611106;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304205;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chrX 26213219 . T C 519.47 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0166435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.291;QD=51.9467;RBI=0.023795;REFB=-0.0674884;REVB=0.0170058;RO=3;SAF=17;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757409;STB=0.540519;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00143651;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:20:17:3:0:20:17:3:0 chrX 26213364 . T TTTGTC 710.37 PASS AF=0.9;AO=52;DP=62;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00668521;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=5;MLLD=293.93;QD=47.3582;RBI=0.037569;REFB=-0.0838636;REVB=0.0369694;RO=6;SAF=30;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178945;STB=0.50949;STBP=0.709;TYPE=ins;VARB=0.00775273;OID=.;OPOS=26213365;OREF=-;OALT=TTGTC;OMAPALT=TTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:52:62:54:60:6:31:23:4:2:28:6:30:22:4:2 chrX 27479339 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.244;QD=58.5849;RBI=0.0664165;REFB=0;REVB=0.0320642;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037258;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 27999491 . A G 645.4 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0881928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3344;QD=46.9382;RBI=0.0912545;REFB=-0.109861;REVB=0.0234393;RO=5;SAF=36;SAR=14;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610351;STB=0.532455;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0103605;OID=.;OPOS=27999491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:14:36:5:0:14:36:5:0 chrX 30236878 . G A 2811.01 PASS AF=0.994475;AO=180;DP=181;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0369519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3622;QD=62.1217;RBI=0.0395363;REFB=0.150818;REVB=0.0140597;RO=1;SAF=75;SAR=105;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630534;STB=0.503311;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00158941;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:181:181:1:1:180:180:0.994475:105:75:1:0:105:75:1:0 chrX 30254361 . G A 993.98 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00075281;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1142;QD=59.3424;RBI=0.0211953;REFB=0;REVB=-0.0211819;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301936;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chrX 30254376 . T C 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.939;QD=56.9936;RBI=0.0409955;REFB=0;REVB=0.0191788;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76607e-05;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:36:18:0:0:36:18:0:0 chrX 30254530 . A G 415.03 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115287;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9864;QD=57.2456;RBI=0.0719057;REFB=0;REVB=0.0709755;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680143;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chrX 30255519 . GC G,GT 1644.3 PASS AF=0.00892857,0.991071;AO=20,89;DP=112;FAO=1,111;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=1,56;FSAR=0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702879,0.0085972;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.668,222.045;QD=58.7251;RBI=0.0073543,0.0327509;REFB=0,0;REVB=0.00216377,0.0316023;RO=0;SAF=8,47;SAR=12,42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.28712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0106492,0.00186064;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.00892857,0.991071:20,89:112:1,111:112:0:1,56:0,55:0:0:4:0:8,47:12,42:0:0 chrX 30261002 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.136;QD=63.583;RBI=0.0608008;REFB=0;REVB=0.0565279;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23221e-05;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chrX 30261158 . G C 376.94 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.17;QD=53.8491;RBI=0.0685788;REFB=0;REVB=0.0176955;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890831;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:16:12:0:0 chrX 30269887 . T A 1414.59 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.089;QD=62.8707;RBI=0.0154654;REFB=0;REVB=0.0127444;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54778e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chrX 30323916 . T G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5005;QD=51.1756;RBI=0.0620976;REFB=0;REVB=-0.00191291;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179781;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chrX 30326983 . C T 297.15 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4316;QD=49.5257;RBI=0.100963;REFB=-0.137343;REVB=0.0997709;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709088;STB=0.533304;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00629948;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:24:1:1:22:23:0.958333:6:16:0:1:7:16:0:1 chrX 30577846 . A C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.253;QD=59.0186;RBI=0.0511153;REFB=0;REVB=0.0494969;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475467;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chrX 30848956 . G C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.009788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.532;QD=43.016;RBI=0.0198826;REFB=-0.0571877;REVB=0.0173065;RO=1;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036598;STB=0.519975;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00575565;OID=.;OPOS=30848956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:4:12:1:0:4:12:1:0 chrX 30872602 . A G 1218.94 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1922;QD=60.9469;RBI=0.0167848;REFB=0;REVB=0.00627466;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89917e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:36:44:0:0 chrX 31496350 . C T 696.52 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.347;QD=60.5666;RBI=0.0311961;REFB=-0.186033;REVB=0.0086307;RO=1;SAF=12;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03755;STB=0.519991;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00051518;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:33:12:1:0:33:12:1:0 chrX 32380996 . C T 1625.84 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0490539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4012;QD=59.1213;RBI=0.0504805;REFB=-0.191452;REVB=0.0119165;RO=1;SAF=69;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117188;STB=0.506172;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00308061;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:40:69:0:1:40:69:0:1 chrX 32503194 . T C 585.93 PASS AF=1;AO=36;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3554;QD=58.5931;RBI=0.163943;REFB=0;REVB=0.159194;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00449241;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36:40:1:11:25:0:0:15:25:0:0 chrX 34962909 . A C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7805;QD=59.0104;RBI=0.0781947;REFB=0;REVB=-0.00144983;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103757;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chrX 35821730 . C T 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00833914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=337.627;QD=15.101;RBI=0.00917348;REFB=-0.00556636;REVB=-0.00382249;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104602;STB=0.559274;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00692155;OID=.;OPOS=35821730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:20:11:11:13:20:11 chrX 37883200 . A G 699.98 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.101;QD=62.2204;RBI=0.0890035;REFB=0;REVB=0.00855856;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364357;OID=.;OPOS=37883200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chrX 37932886 . A G 1125.42 PASS AF=0.987179;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.813;QD=57.7137;RBI=0.0452808;REFB=-0.113882;REVB=0.0298067;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.504949;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0021532;OID=.;OPOS=37932886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:78:0:1:73:77:0.987179:26:47:0:0:27:50:1:0 chrX 37967868 . T C 1496.15 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.381;QD=62.3397;RBI=0.0197209;REFB=0.0160424;REVB=0.00434398;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-1.25879e-05;OID=.;OPOS=37967868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:96:0:1:93:95:0.989583:47:46:0:0:48:47:1:0 chrX 38467534 . CAAAAAA CAAAAAC,CAAAAA 94.31 PASS AF=0.0416667,0.458333;AO=3,26;DP=53;FAO=2,22;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=2,10;FSAR=0,12;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=-0.0693329,-0.217133;FXX=0.0943218;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=141.493,9.16075;QD=7.85896;RBI=0.0696447,0.233074;REFB=-0.00970132,-0.183067;REVB=-0.00658282,-0.0847151;RO=15;SAF=3,7;SAR=0,19;SRF=0;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.851549,0.261308;STB=0.99884,0.725984;STBP=0.002,0.032;TYPE=snp,del;VARB=0.0193923,0.143522;OID=.,.;OPOS=38467540,38467535;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=CAAAAAC,CAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.458333:3,26:53:2,22:48:24:2,10:0,12:1:23:80:15:3,7:0,19:0:15 chrX 38547862 . G A 923.29 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.838;QD=56.8178;RBI=0.0299677;REFB=-0.0280221;REVB=-0.00843918;RO=1;SAF=18;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025512;STB=0.513509;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000170055;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:46:18:1:0:46:18:1:0 chrX 39933339 . A G 346.78 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185178;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.748;QD=55.4856;RBI=0.0272206;REFB=0;REVB=0.0199512;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779571;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chrX 41198279 . ATTTTTTTA ATATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT 93.96 PASS AF=0.0697674,0.267442,0.0465116;AO=6,21,5;DP=88;FAO=6,23,4;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=1,15,4;FSAR=5,8,0;FSRF=47;FSRR=6;FWDB=-0.017777,-0.00757168,-0.035402;FXX=0.104156;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=233.594,7.79105,135.899;QD=4.37031;RBI=0.0651764,0.278657,0.0602783;REFB=-0.00424667,-0.127676,-0.0152515;REVB=-0.0627051,-0.278554,-0.0487871;RO=44;SAF=1,16,5;SAR=5,5,0;SRF=41;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.779128,-0.337101,0.468239;STB=0.955524,0.702418,0.995548;STBP=0.305,0.091,0.308;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0711258,0.0316033,0.0406619;OID=.,.,.;OPOS=41198281,41198280,41198286;OREF=T,T,TA;OALT=A,-,AT;OMAPALT=ATATTTTTA,ATTTTTTA,ATTTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0697674,0.267442,0.0465116:6,21,5:88:6,23,4:86:53:1,15,4:5,8,0:47:6:41:44:1,16,5:5,5,0:41:3 chrX 41203676 . T G 323.43 PASS AF=0.8125;AO=27;DP=33;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0134601;FXX=0.0302939;HRUN=7;LEN=1;MLLD=203.283;QD=40.4289;RBI=0.0136242;REFB=-0.0733067;REVB=-0.00210795;RO=3;SAF=16;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142566;STB=0.546081;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00089164;OID=.;OPOS=41203676;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:32:3:6:27:26:0.8125:11:16:2:1:11:15:2:4 chrX 41556195 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.78;QD=55.656;RBI=0.0427588;REFB=0;REVB=0.0413114;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88538e-05;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chrX 41587218 . T C 1513.62 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143945;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.028;QD=59.9452;RBI=0.0213836;REFB=0;REVB=0.0158131;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73122e-05;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chrX 41587569 . C G 715.79 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273597;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1463;QD=63.6257;RBI=0.0285476;REFB=0;REVB=-0.00814939;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715611;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chrX 41588169 . T C 1508.45 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.792;QD=63.5135;RBI=0.0340932;REFB=0;REVB=0.0338104;RO=0;SAF=61;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40332e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:33:61:0:0:33:62:0:0 chrX 44202890 . G GC 1375.19 PASS AF=1;AO=112;DP=130;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012272;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.3287;QD=44.7216;RBI=0.0732086;REFB=0;REVB=0.0721727;RO=18;SAF=32;SAR=80;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00261451;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:112:130:123:123:0:32:91:0:0:26:18:32:80:3:15 chrX 44929077 . C A 652.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.67;QD=62.1153;RBI=0.0399913;REFB=0;REVB=0.0361003;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92851e-05;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:18:24:0:0 chrX 45051111 . C T 1458.13 PASS AF=1;AO=75;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.134;QD=63.3971;RBI=0.0599798;REFB=0;REVB=0.0599564;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193018;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:75:92:1:31:44:0:0:46:46:0:0 chrX 46472826 . G A 596.17 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0433812;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.774;QD=56.7781;RBI=0.0504183;REFB=-0.0337104;REVB=0.0256918;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535696;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000404303;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:0:2:40:40:0.952381:27:13:0:0:27:13:2:0 chrX 46618321 . C G 1432.69 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0531189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5904;QD=59.6953;RBI=0.0667115;REFB=-0.0715947;REVB=-0.0403585;RO=2;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000644282;STB=0.505715;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00610937;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:2:3:93:93:0.96875:45:48:1:1:45:48:1:2 chrX 46740032 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.925;QD=56.9376;RBI=0.0390753;REFB=0;REVB=-0.033501;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106139;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chrX 46946966 . T C 1222.89 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.803;QD=61.1447;RBI=0.0615791;REFB=0;REVB=0.0586642;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4484e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:75:80:1:23:52:0:0:26:54:0:0 chrX 47057647 . A G 753.46 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.734;QD=56.8652;RBI=0.0508134;REFB=0;REVB=0.0345674;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142006;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chrX 47082672 . C T 1163.52 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.382;QD=58.1762;RBI=0.0189623;REFB=-0.063115;REVB=0.0126522;RO=2;SAF=49;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189274;STB=0.509997;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00275094;OID=.;OPOS=47082672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:29:49:2:0:29:49:2:0 chrX 47426724 . C G,T 1466.12 PASS AF=0.0736842,0.926316;AO=7,88;DP=95;FAO=7,88;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=7,30;FSAR=0,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662016,-0.0111764;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0533,84.1849;QD=61.7313;RBI=0.072858,0.0117355;REFB=0,0;REVB=-0.0304244,0.00357909;RO=0;SAF=7,30;SAR=0,58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.135653,-0.000189174;OID=.,.;OPOS=47426724,47426724;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:95:95:0:0:7,88:7,88:0.0736842,0.926316:0,58:7,30:0:0:0,58:7,30:0:0 chrX 47445940 . C T 1006.37 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0816435;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0037;QD=54.3982;RBI=0.0911018;REFB=-0.0793948;REVB=0.0404212;RO=4;SAF=38;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440321;STB=0.508823;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00675595;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:4:3:70:71:0.959459:32:38:2:2:32:39:1:2 chrX 47487912 . T TG 491.67 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135147;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.3877;QD=41.8444;RBI=0.0213543;REFB=0;REVB=-0.0165336;RO=7;SAF=29;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.94672e-05;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:51:47:47:0:30:17:0:0:10:7:29:14:4:3 chrX 47695547 . T C 2846.99 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.881;QD=62.917;RBI=0.0798096;REFB=0;REVB=0.0528779;RO=0;SAF=112;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102998;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:181:181:0:0:180:181:1:68:112:0:0:69:112:0:0 chrX 47695742 . CT CC,C 655.75 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=3,41;DP=46;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443595,0.00311642;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=10.6061,21.5775;QD=55.8087;RBI=0.0044371,0.00470877;REFB=0,0;REVB=0.000101304,0.00352994;RO=0;SAF=2,28;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0820117,0.000848642;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:3,41:46:1,46:47:0:0,32:1,14:0:0:7:0:2,28:1,13:0:0 chrX 47918205 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9496;QD=33.4282;RBI=0.0339449;REFB=0;REVB=-0.0339449;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00308737;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chrX 48049666 . C T 745.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7814;QD=63.4223;RBI=0.0465282;REFB=0;REVB=-0.0434145;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241946;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:29:16:0:0:30:17:0:0 chrX 48054740 . C G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.416;QD=64.1538;RBI=0.0223561;REFB=0;REVB=0.0198581;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13805e-05;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chrX 48382174 . G T 825.53 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00998568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.233;QD=54.1329;RBI=0.0180418;REFB=-0.137742;REVB=-0.0150264;RO=2;SAF=35;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261996;STB=0.513884;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00046795;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:24:35:2:0:24:35:2:0 chrX 48418126 . A G 2046.19 PASS AF=0.917722;AO=145;DP=160;FAO=145;FDP=158;FR=.;FRO=13;FSAF=82;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00430953;FXX=0.0124992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.789;QD=51.8022;RBI=0.0173311;REFB=-0.0578376;REVB=0.0167868;RO=12;SAF=82;SAR=63;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583229;STB=0.527816;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00852784;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:160:158:12:13:145:145:0.917722:63:82:2:10:63:82:3:10 chrX 48418127 . C G 35.01 PASS AF=0.075;AO=12;DP=160;FAO=12;FDP=160;FR=.;FRO=148;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=63;FWDB=-0.0113671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1427;QD=0.875371;RBI=0.0225605;REFB=-0.020253;REVB=0.0194876;RO=148;SAF=2;SAR=10;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436608;STB=0.855744;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0574117;OID=.;OPOS=48418127;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:160:160:148:148:12:12:0.075:10:2:85:63:10:2:85:63 chrX 48418659 . G A 1152.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6947;QD=60.673;RBI=0.0944313;REFB=0;REVB=0.0649337;RO=0;SAF=54;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515611;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:22:54:0:0:22:54:0:0 chrX 48435928 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000499546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.592;QD=59.8387;RBI=0.0129667;REFB=0;REVB=0.0129571;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91112e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chrX 48459102 . C G 508.2 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0272678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9485;QD=52.1228;RBI=0.0411596;REFB=-0.0339017;REVB=0.0308314;RO=2;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116201;STB=0.54096;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.024599;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:39:2:3:34:36:0.923077:7:27:0:2:9:27:1:2 chrX 48459104 . AG A 47.05 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=31;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.186057;FXX=0.156201;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.32139;QD=6.97064;RBI=0.193409;REFB=-0.0735924;REVB=-0.0528191;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510886;STB=0.732918;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=-0.00474746;OID=.;OPOS=48459105;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:9:31:13:27:14:11:2:7:7:46:11:8:1:5:6 chrX 48460314 . A G 1491.68 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.209;QD=63.4758;RBI=0.0339753;REFB=0;REVB=-0.0333211;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29389e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chrX 48678536 . C CG 32.13 PASS AF=0.12766;AO=7;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0464431;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.389;QD=2.73448;RBI=0.0839435;REFB=-0.00505944;REVB=-0.0699253;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573367;STB=0.92808;STBP=0.173;TYPE=ins;VARB=0.0269821;OID=.;OPOS=48678537;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12766:7:47:6:47:41:5:1:8:33:32:40:5:2:8:32 chrX 48751471 . A G 501.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7078;QD=58.9955;RBI=0.0340922;REFB=0;REVB=0.00181525;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407122;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chrX 48759204 . C T 582.32 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2111;QD=55.4594;RBI=0.145151;REFB=-0.113052;REVB=0.143948;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0046511;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:37:41:0.97619:14:23:0:0:17:24:1:0 chrX 48780224 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG 75.91 PASS AF=0.166667,0.25,0.416667;AO=6,4,6;DP=27;FAO=4,6,10;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=2,3,10;FSAR=2,3,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.137393,0.0225948,0.00297146;FXX=0.039984;HRUN=6,6,0;LEN=1,2,1;MLLD=9.82172,42.1427,39.1813;QD=12.652;RBI=0.168338,0.0335164,0.0403388;REFB=0.00745991,-0.0389567,-0.0426425;REVB=-0.0972658,-0.0247552,0.0402292;RO=7;SAF=4,1,6;SAR=2,3,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.604167,0,0;SSEP=0.52381,0,0;SSSB=-0.0484388,-0.43924,0.72927;STB=0.5,0.5,0.998272;STBP=1,1,0.037;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.10413,0.213469,0.262365;OID=.,.,.;OPOS=48780225,48780230,48780232;OREF=G,GC,-;OALT=-,CG,G;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.166667,0.25,0.416667:6,4,6:27:4,6,10:24:4:2,3,10:2,3,0:2:2:20:7:4,1,6:2,3,0:5:2 chrX 48921472 . A AC,C 48.88 PASS AF=0.142857,0.012987;AO=14,3;DP=77;FAO=11,1;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=3,1;FSAR=8,0;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=-0.0771863,-0.0696073;FXX=0.0374953;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=99.538,128.745;QD=2.53936;RBI=0.0779364,0.0720607;REFB=-0.000341747,-0.00342645;REVB=-0.0107871,-0.0186433;RO=58;SAF=4,3;SAR=10,0;SRF=17;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0112077,0.56133;STB=0.551627,0.993413;STBP=0.754,0.258;TYPE=ins,snp;VARB=0.0461119,0.0549742;OID=.,.;OPOS=48921473,48921472;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:77:77:58:65:14,3:11,1:0.142857,0.012987:10,0:4,3:17:41:8,0:3,1:21:44 chrX 49021256 . A G 2181.6 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.622;QD=62.3315;RBI=0.032409;REFB=-0.0200826;REVB=0.0214367;RO=1;SAF=76;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748709;STB=0.503936;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000131631;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:63:76:0:1:63:76:0:1 chrX 49021537 . G C 1896.26 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8955;QD=61.6668;RBI=0.0400453;REFB=0;REVB=-0.0398494;RO=0;SAF=44;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129011;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:78:44:0:0:78:45:0:0 chrX 49022700 . T C 672.71 PASS AF=1;AO=39;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.702;QD=62.5776;RBI=0.0450315;REFB=0;REVB=0.000264411;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52036e-05;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:39:43:1:19:20:0:0:23:20:0:0 chrX 49767832 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027765;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.227;QD=42.1826;RBI=0.0322319;REFB=0;REVB=0.0163708;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324051;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 49767835 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629995;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.042;QD=42.1827;RBI=0.0665311;REFB=0;REVB=0.0213881;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712597;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 50121146 . A AG,G 891.02 PASS AF=0.984615,0.0153846;AO=58,4;DP=71;FAO=64,1;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.198381,0.0643708;FXX=0.0151492;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.8941,7.90814;QD=54.8321;RBI=0.205551,0.066626;REFB=0,0;REVB=0.0538165,0.0171879;RO=9;SAF=24,2;SAR=34,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00794637,0.0579645;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00390825,-0.000661476;OID=.,.;OPOS=50121147,50121146;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:71:65:9:0:58,4:64,1:0.984615,0.0153846:34,2:24,2:4:5:36,1:28,0:0:0 chrX 50146570 . C T 346.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.604;QD=53.2856;RBI=0.136878;REFB=0;REVB=0.0399565;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156123;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:16:10:0:0 chrX 51075841 . A G 114.68 PASS AF=0.188119;AO=19;DP=101;FAO=19;FDP=101;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0118925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.623;QD=4.54196;RBI=0.0254997;REFB=-0.00763796;REVB=-0.0225566;RO=77;SAF=13;SAR=6;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167656;STB=0.635033;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0347734;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:77:82:19:19:0.188119:6:13:43:34:6:13:43:39 chrX 51075901 . G A 100.96 PASS AF=0.168142;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=113;FR=.;FRO=94;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00259822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.287;QD=3.57383;RBI=0.0281085;REFB=-0.00814552;REVB=-0.0279882;RO=94;SAF=13;SAR=6;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334253;STB=0.717426;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0693899;OID=.;OPOS=51075901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:94:94:19:19:0.168142:6:13:39:55:6:13:39:55 chrX 52825546 . C G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3632;QD=57.0003;RBI=0.0196307;REFB=0;REVB=-0.01953;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141408;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chrX 52891619 . GT G 45.57 PASS AF=0.3;AO=16;DP=51;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.116449;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3246;QD=3.64574;RBI=0.116535;REFB=-0.00314945;REVB=-0.00448278;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214002;STB=0.674199;STBP=0.117;TYPE=del;VARB=-0.0244403;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:16:51:15:50:35:6:9:23:12:45:30:7:9:19:11 chrX 52891645 . A G 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0163117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9458;QD=13.4035;RBI=0.016489;REFB=-0.0203746;REVB=0.00241148;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261806;STB=0.649574;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0124078;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:14:9:22:12:14:9:22:12 chrX 52891653 . C T 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0363989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3068;QD=13.8958;RBI=0.0600048;REFB=0.0185944;REVB=-0.0477043;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275018;STB=0.656652;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.029699;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:22:12:15:9:22:12 chrX 53457622 . T A,C 673.53 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=4,40;DP=44;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159411,0.0321721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.626,162.736;QD=61.2301;RBI=0.00800859,0.0325688;REFB=0,0;REVB=-0.00784834,0.00506774;RO=0;SAF=4,20;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.107277,-0.000568396;OID=.,.;OPOS=53457622,53457622;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:0:4,40:3,41:0.0681818,0.931818:0,20:4,20:0:0:0,20:3,21:0:0 chrX 53563589 . A G 460.39 PASS AF=0.970588;AO=26;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9818;QD=54.1639;RBI=0.057046;REFB=-0.226327;REVB=0.0227834;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0113382;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:26:33:0.970588:21:5:0:0:22:11:1:0 chrX 53641647 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.666;QD=54.5175;RBI=0.0263138;REFB=0;REVB=0.0261323;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90147e-05;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chrX 53652846 . G T 403.92 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00828475;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.702;QD=36.7203;RBI=0.0287303;REFB=-0.137785;REVB=0.0275099;RO=10;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266965;STB=0.646964;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00380085;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:44:44:10:12:32:32:0.727273:10:22:1:9:10:22:2:10 chrX 53652852 . T G 1111.48 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.759;QD=60.08;RBI=0.0255039;REFB=0;REVB=0.0247016;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18294e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:25:47:0:0:26:48:0:0 chrX 53659047 . C A,T 2218.53 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=16,127;DP=143;FAO=16,128;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=16,50;FSAR=0,78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240907,0.0304561;FXX=0.0204068;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.724,70.7845;QD=61.6258;RBI=0.026471,0.0319326;REFB=0,0;REVB=-0.0109704,-0.00959787;RO=0;SAF=16,49;SAR=0,78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.502e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0087542,0.00291799;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:62:143:144:0:0:16,127:16,128:0.111111,0.888889:0,78:16,49:0:0:0,78:16,50:0:0 chrX 54040987 . G A 219.27 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0116955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.534;QD=39.867;RBI=0.0116957;REFB=0.0172474;REVB=-6.67655e-05;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578864;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00775518;OID=.;OPOS=54040987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:0:3:18:19:0.863636:7:11:0:0:8:11:0:3 chrX 54209387 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.048;QD=39.2068;RBI=0.127198;REFB=0;REVB=0.0240415;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147053;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chrX 54836361 . A G 1014.9 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361507;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.019;QD=58.8346;RBI=0.049891;REFB=0;REVB=0.0343838;RO=0;SAF=51;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934971;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:16:51:0:0:17:52:0:0 chrX 54836505 . A G 888.7 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.449;QD=56.4254;RBI=0.0626981;REFB=-0.112446;REVB=0.0557705;RO=1;SAF=46;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285886;STB=0.515147;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000267789;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:16:46:0:1:16:46:0:1 chrX 54837340 . C T 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.323;QD=61.8481;RBI=0.0214634;REFB=0;REVB=-0.010148;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8112e-06;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:39:44:0:0:39:44:0:0 chrX 54838077 . C T 599.87 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00642637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3401;QD=58.5243;RBI=0.0601514;REFB=0.0324804;REVB=0.0598071;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183853;STB=0.509429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00508315;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:14:25:1:0:14:26:1:0 chrX 55116466 . C G 926.35 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6298;QD=57.8968;RBI=0.0413731;REFB=0;REVB=0.0321899;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532196;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chrX 55172516 . A C 510.24 PASS AF=0.387755;AO=56;DP=146;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=33;FWDB=0.00736131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.483;QD=13.8841;RBI=0.00759713;REFB=-0.00452966;REVB=0.00187814;RO=89;SAF=29;SAR=27;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121816;STB=0.566138;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.005245;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:89:90:56:57:0.387755:27:29:56:33:27:30:57:33 chrX 55172521 . G T 87.34 PASS AF=0.126582;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=158;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=79;FSRR=59;FWDB=-0.0190275;FXX=0.0246898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.271;QD=2.21119;RBI=0.0204823;REFB=-0.00528709;REVB=0.00758138;RO=142;SAF=15;SAR=5;SRF=79;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257541;STB=0.671146;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0352678;OID=.;OPOS=55172521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:162:158:142:138:20:20:0.126582:5:15:79:63:5:15:79:59 chrX 55172537 . G A 2433.07 PASS AF=0.853081;AO=180;DP=211;FAO=180;FDP=211;FR=.;FRO=31;FSAF=102;FSAR=78;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0196966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.68;QD=46.1246;RBI=0.0384308;REFB=-0.0436368;REVB=0.0329996;RO=31;SAF=102;SAR=78;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233342;STB=0.512342;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00734256;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:31:31:180:180:0.853081:78:102:15:16:78:102:15:16 chrX 55172645 . C T 3534.98 PASS AF=0.83758;AO=258;DP=311;FAO=263;FDP=314;FR=.;FRO=51;FSAF=179;FSAR=84;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.00325025;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8459;QD=45.0317;RBI=0.0183659;REFB=-0.0208928;REVB=-0.018076;RO=47;SAF=176;SAR=82;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083402;STB=0.551858;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0090761;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:314:47:51:258:263:0.83758:82:176:20:27:84:179:20:31 chrX 55172659 . A G 32.94 PASS AF=0.056962;AO=18;DP=316;FAO=18;FDP=316;FR=.;FRO=298;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=191;FSRR=107;FWDB=-0.0481866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4509;QD=0.417002;RBI=0.0482873;REFB=-0.00127794;REVB=0.0031163;RO=297;SAF=12;SAR=6;SRF=190;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302382;STB=0.526776;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0204025;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:316:316:297:298:18:18:0.056962:6:12:190:107:6:12:191:107 chrX 55172687 . T C 3212.1 PASS AF=0.804714;AO=238;DP=289;FAO=239;FDP=297;FR=.;FRO=58;FSAF=181;FSAR=58;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00418066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.478;QD=43.2606;RBI=0.017024;REFB=0.0151942;REVB=-0.0165027;RO=51;SAF=181;SAR=57;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146175;STB=0.567837;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00354424;OID=.;OPOS=55172687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:297:51:58:238:239:0.804714:57:181:21:30:58:181:28:30 chrX 55172708 . T G 2937.04 PASS AF=0.82397;AO=219;DP=266;FAO=220;FDP=267;FR=.;FRO=47;FSAF=177;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0460649;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.996;QD=44.0006;RBI=0.048507;REFB=-0.00965679;REVB=-0.0151971;RO=46;SAF=176;SAR=43;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204407;STB=0.612131;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00276787;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:267:46:47:219:220:0.82397:43:176:16:30:43:177:16:31 chrX 55185568 . A G 409.18 PASS AF=0.415929;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=0.0184479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.202;QD=14.4841;RBI=0.0186689;REFB=0.0104601;REVB=-0.00286382;RO=66;SAF=20;SAR=27;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246195;STB=0.638053;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0088289;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:66:66:47:47:0.415929:27:20:44:22:27:20:44:22 chrX 55185656 . C A 127.85 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=128;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=71;FSRR=32;FWDB=-0.0249487;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.454;QD=4.05865;RBI=0.025533;REFB=-0.000357487;REVB=-0.00543126;RO=96;SAF=11;SAR=12;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267943;STB=0.670167;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00203881;OID=.;OPOS=55185656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:126:96:103:23:23:0.18254:12:11:66:30:12:11:71:32 chrX 55247030 . C G 1680.59 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405373;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.78;QD=60.5619;RBI=0.040572;REFB=0;REVB=0.00167641;RO=0;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37986e-06;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:63:48:0:0:63:48:0:0 chrX 55289774 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.104;QD=56.9383;RBI=0.0156757;REFB=0;REVB=-0.0141723;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.77039e-05;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chrX 55513608 . G GT 31.31 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.080218;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.7563;QD=5.21776;RBI=0.120747;REFB=-0.0825385;REVB=0.0902486;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36153;STB=0.776955;STBP=0.1;TYPE=ins;VARB=0.164884;OID=.;OPOS=55513609;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:26:8:24:16:1:7:7:9:31:18:1:6:7:11 chrX 55514818 . C T 746.63 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.043452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9608;QD=48.9591;RBI=0.0690464;REFB=-0.0406386;REVB=-0.0536594;RO=5;SAF=30;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072356;STB=0.538448;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0190974;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:61:61:5:5:56:56:0.918033:26:30:5:0:26:30:5:0 chrX 55651001 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6713;QD=47.8218;RBI=0.0375004;REFB=0;REVB=-0.023379;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116023;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chrX 57163183 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0795868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.752;QD=35.5759;RBI=0.0976148;REFB=0;REVB=0.0565208;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013145;OID=.;OPOS=57163183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 57313357 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5591;QD=62.3483;RBI=0.0876285;REFB=0;REVB=0.00453562;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057611;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chrX 57405163 . TT CC,CT 1007.48 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,66;DP=69;FAO=3,66;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=3,32;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242117,0.0585798;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=73.9916,124.971;QD=58.4046;RBI=0.0245268,0.0629012;REFB=0,0;REVB=0.00391908,0.0229122;RO=0;SAF=3,32;SAR=0,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.75585e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0104323,0.00165783;OID=.,.;OPOS=57405163,57405163;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:69:69:0:0:3,66:3,66:0.0434783,0.956522:0,34:3,32:0:0:0,34:3,32:0:0 chrX 57618870 . G A 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276987;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=83.4132;QD=37.4806;RBI=0.0276987;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127671;OID=.;OPOS=57618870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chrX 57619648 . G T 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.807;QD=57.7055;RBI=0.0243614;REFB=0;REVB=0.00857197;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10103e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chrX 57622607 . G A 726.95 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00109662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.675;QD=52.8688;RBI=0.0301034;REFB=-0.177441;REVB=0.0300834;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194369;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00177104;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:25:28:1:1:25:28:1:1 chrX 65382685 . T A,C 501.89 PASS AF=0.171429,0.828571;AO=5,28;DP=34;FAO=6,29;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6,8;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140056,-0.011716;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.189,55.3445;QD=57.3586;RBI=0.0175811,0.0119212;REFB=0,0;REVB=-0.0106273,0.00220226;RO=0;SAF=5,7;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0182532,0.0024699;OID=.,.;OPOS=65382685,65382685;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:34:35:0:0:5,28:6,29:0.171429,0.828571:0,21:5,7:0:0:0,21:6,8:0:0 chrX 65393487 . CCG CC,C 57.67 PASS AF=0,0.180233;AO=32,32;DP=183;FAO=0,31;FDP=172;FR=.;FRO=141;FSAF=0,10;FSAR=0,21;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.138846,-0.0842771;FXX=0.0171419;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=9.72976,19.5825;QD=1.3411;RBI=0.15626,0.0844366;REFB=-0.0272746,-0.0331617;REVB=-0.0716872,-0.00518714;RO=89;SAF=13,11;SAR=19,21;SRF=54;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0.54717,0;SSSB=-0.24271,-0.317252;STB=0.5,0.682363;STBP=1,0.025;TYPE=del,del;VARB=0.0331486,0.130155;OID=.,.;OPOS=65393489,65393488;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.180233:32,32:183:0,31:172:141:0,10:0,21:77:64:51:89:13,11:19,21:54:35 chrX 65822607 . T C 2118.27 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.285;QD=62.7636;RBI=0.0251948;REFB=0;REVB=-0.0239227;RO=0;SAF=82;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97737e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:53:82:0:0:53:82:0:0 chrX 65824986 . C T 1340.41 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.136;QD=62.3444;RBI=0.0392351;REFB=0;REVB=0.0385098;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.692e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:32:54:0:0 chrX 67321920 . C T 964.58 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00955572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9216;QD=55.9178;RBI=0.0327452;REFB=-0.0230448;REVB=-0.0313199;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262374;STB=0.513885;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000474417;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:2:0:32:35:2:0 chrX 67674209 . A T 30.0 PASS AF=0.113636;AO=3;DP=39;FAO=5;FDP=44;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0366369;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=73.3619;QD=2.72702;RBI=0.0409298;REFB=-0.00295101;REVB=-0.018248;RO=33;SAF=3;SAR=0;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452167;STB=0.538311;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0217168;OID=.;OPOS=67674209;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:39:44:33:39:3:5:0.113636:0:3:24:9:2:3:25:14 chrX 69258515 . T G 1008.63 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0660847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3767;QD=56.8244;RBI=0.073277;REFB=-0.0382537;REVB=0.0316594;RO=2;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304713;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00232286;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:2:1:69:70:0.985915:30:39:0:2:31:39:0:1 chrX 69370083 . G T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0410429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.473;QD=14.1383;RBI=0.0426316;REFB=-0.030812;REVB=-0.0115299;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726024;STB=0.542312;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0460158;OID=.;OPOS=69370083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:10:10:8:6:10:10 chrX 69478749 . G T 490.13 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0840766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.62;QD=56.0146;RBI=0.0868032;REFB=-0.0986235;REVB=0.0215851;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00161046;OID=.;OPOS=69478749;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:19:15:0:0:19:15:1:0 chrX 69478775 . A C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.851;QD=53.9105;RBI=0.048914;REFB=0;REVB=0.0139708;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789896;OID=.;OPOS=69478775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chrX 69478942 . T G 1116.67 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1476;QD=60.3605;RBI=0.0273304;REFB=0;REVB=0.0268885;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169318;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chrX 69489530 . C T 470.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.214;QD=56.9699;RBI=0.0600994;REFB=0;REVB=0.0536893;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511044;OID=.;OPOS=69489530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:33:0:0:29:33:1:11:18:0:0:11:22:0:0 chrX 69510335 . C T 716.42 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750963;FXX=0.0425441;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.833;QD=63.6814;RBI=0.0143856;REFB=0;REVB=0.0122699;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94108e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chrX 69550080 . A G 1495.19 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272637;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.148;QD=63.6252;RBI=0.0277567;REFB=0;REVB=0.00520819;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60658e-05;OID=.;OPOS=69550080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:40:54:0:0:40:54:0:0 chrX 69652762 . A G 834.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8925;QD=57.5408;RBI=0.019881;REFB=0;REVB=-0.01978;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177881;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chrX 69722253 . A T 41.26 PASS AF=0.166667;AO=4;DP=30;FAO=5;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.183249;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.5957;QD=5.50149;RBI=0.185226;REFB=-0.0787073;REVB=0.0269918;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508503;STB=0.631114;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.135452;OID=.;OPOS=69722253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:14:20:4:5:0.166667:1:3:10:4:2:3:15:5 chrX 69774517 . A T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000846463;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.409;QD=59.8611;RBI=0.0120403;REFB=0;REVB=-0.0120105;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79021e-05;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chrX 70146398 . A G 1855.94 PASS AF=0.984;AO=123;DP=127;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023659;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.562;QD=59.3901;RBI=0.0287471;REFB=-0.0848276;REVB=-0.0163294;RO=2;SAF=80;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117286;STB=0.506172;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000353225;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:127:125:2:2:123:123:0.984:43:80:2:0:43:80:2:0 chrX 70389817 . T TC 37.25 PASS AF=0.194444;AO=15;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.085776;FXX=0.0136968;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.6198;QD=2.0696;RBI=0.0921018;REFB=-0.0156821;REVB=-0.0335442;RO=54;SAF=2;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546962;STB=0.842467;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.158369;OID=.;OPOS=70389818;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.194444:15:72:14:72:58:2:12:32:26:37:54:2:13:30:24 chrX 70782824 . CT C 38.02 PASS AF=0.306452;AO=22;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0863667;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.49489;QD=2.45303;RBI=0.156362;REFB=-0.0875469;REVB=-0.130346;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331852;STB=0.585275;STBP=0.373;TYPE=del;VARB=0.0942983;OID=.;OPOS=70782825;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306452:22:62:19:62:43:7:12:21:22:38:31:7:15:20:11 chrX 71351519 . C A 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5098;QD=40.7617;RBI=0.0886142;REFB=0;REVB=0.0622049;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241772;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 71363415 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000544828;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.266;QD=52.1523;RBI=0.00303605;REFB=-0.135257;REVB=-0.00298676;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00465895;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:16:11:1:0:16:11:1:0 chrX 71379881 . G A 761.44 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00139022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.906;QD=54.3884;RBI=0.0141839;REFB=-0.00867966;REVB=0.0141156;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000565724;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:56:1:1:52:55:0.982143:27:25:0:1:28:27:0:1 chrX 71406301 . T C 1191.14 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399899;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0773;QD=61.084;RBI=0.0767526;REFB=0;REVB=0.0655116;RO=1;SAF=57;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885272;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:1:0:76:78:1:19:57:0:1:20:58:0:0 chrX 71416721 . C T 1758.02 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.533;QD=60.1032;RBI=0.0204236;REFB=-0.0546039;REVB=0.00697657;RO=1;SAF=65;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144791;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:117:117:1:0:116:117:1:51:65:1:0:51:66:0:0 chrX 71418669 . C A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.519;QD=56.7066;RBI=0.0235966;REFB=0;REVB=0.02351;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47324e-05;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chrX 71418718 . A C 238.58 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.000440687;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=191.193;QD=27.2665;RBI=0.00675337;REFB=-0.0559742;REVB=-0.00673898;RO=11;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272809;STB=0.601586;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00397243;OID=.;OPOS=71418718;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:11:13:22:22:0.628571:9:13:11:0:9:13:11:2 chrX 71521867 . G C 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.496;QD=52.7681;RBI=0.0261049;REFB=-0.0487568;REVB=0.0223319;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00517209;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:18:10:0:0:18:10:1:0 chrX 73043817 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.78;QD=58.5857;RBI=0.054716;REFB=0;REVB=0.0531035;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202173;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 73062010 . ATTTT AATTT,ATT,ATTT,TTTAA 274.51 PASS AF=0,0.0444444,0.755556,0.2;AO=3,4,9,2;DP=33;FAO=0,2,34,9;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,4,9;FSAR=0,2,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.537366,0.541583,1.00554,0.14364;FXX=0.0217344;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,5;MLLD=4.42193,9.15346,6.42803,201.476;QD=24.4008;RBI=0.551225,0.54165,1.00564,0.150383;REFB=-0.0678158,-0.0285342,-0.0195897,0.00637196;REVB=0.12283,-0.00851854,-0.0136881,-0.044527;RO=7;SAF=0,0,0,2;SAR=3,4,9,0;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.618996,-0.668993,-0.777749,0.67228;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=-0.00510175,-0.039383,-0.124046,0.0744102;OID=.,.,.,.;OPOS=73062011,73062011,73062011,73062010;OREF=T,TT,T,ATTTT;OALT=A,-,-,TTTAA;OMAPALT=AATTT,ATT,ATTT,TTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:60:33:45:7:0:3,4,9,2:0,2,34,9:0,0.0444444,0.755556,0.2:3,4,9,0:0,0,0,2:2:5:0,2,30,0:0,0,4,9:0:0 chrX 73066439 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.918;QD=62.6693;RBI=0.0277804;REFB=0;REVB=0.00695164;RO=0;SAF=35;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165241;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:9:35:0:0:9:35:0:0 chrX 73462520 . T C 841.9 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112812;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.436;QD=56.127;RBI=0.0619312;REFB=-0.0906228;REVB=0.060895;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132888;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000534301;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:35:23:0:1:36:23:0:1 chrX 73641569 . T C 349.2 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00922655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.15;QD=53.7224;RBI=0.0182682;REFB=0;REVB=0.015767;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403233;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:15:11:0:0 chrX 73812586 . T C 958.63 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0332043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.767;QD=57.2314;RBI=0.0522537;REFB=-0.0708504;REVB=0.0403476;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000548645;OID=.;OPOS=73812586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:27:38:1:0:27:39:1:0 chrX 74291516 . AT TA 63.46 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0421034;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=30.5002;QD=3.84615;RBI=0.0425208;REFB=-0.0327375;REVB=-0.00594326;RO=48;SAF=8;SAR=1;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586132;STB=0.899201;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.182779;OID=.;OPOS=74291516;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:66:66:48:50:9:10:0.151515:1:8:19:29:1:9:21:29 chrX 74494470 . T G 805.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.235;QD=64.4591;RBI=0.045149;REFB=0;REVB=-0.00463252;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46011e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chrX 74511202 . G C 1062.23 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8597;QD=59.844;RBI=0.0528612;REFB=0;REVB=0.0457575;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054252;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chrX 74513283 . A G 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0403762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.951;QD=48.6071;RBI=0.044908;REFB=-0.0205675;REVB=0.0196596;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.50276;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0003147;OID=.;OPOS=74513283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:12:14:0:1:12:14:1:1 chrX 74514455 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.709;QD=59.4352;RBI=0.00563424;REFB=0;REVB=0.00552741;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19436e-05;OID=.;OPOS=74514455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chrX 75004529 . C A 719.85 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9628;QD=62.5953;RBI=0.0585272;REFB=0;REVB=-0.0384206;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040876;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:14:31:0:0:15:31:0:0 chrX 77298857 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.289;QD=55.6561;RBI=0.0547069;REFB=0;REVB=0.052586;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129616;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chrX 77528317 . G A 800.85 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.441;QD=57.2036;RBI=0.008876;REFB=0;REVB=-0.00639382;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16469e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chrX 78011737 . T C 575.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.467;QD=60.6116;RBI=0.0786951;REFB=0;REVB=0.0763861;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339683;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chrX 78426988 . T C 754.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.13;QD=56.9372;RBI=0.0297347;REFB=0;REVB=-0.00238274;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28462e-05;OID=.;OPOS=78426988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:31:22:0:0 chrX 79943569 . T C 1538.87 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0933944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0267;QD=59.7618;RBI=0.101687;REFB=0;REVB=0.0402216;RO=0;SAF=62;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024979;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:39:62:0:0:40:63:0:0 chrX 79989018 . C G,T 716.12 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=39,4;DP=43;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270278,-0.0124542;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.0883,31.1747;QD=62.2713;RBI=0.0325772,0.0331332;REFB=0,0;REVB=-0.0181871,-0.0307034;RO=0;SAF=29,3;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.36384e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000244854,0.0606028;OID=.,.;OPOS=79989018,79989018;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:46:0:0:39,4:45,1:0.978261,0.0217391:10,1:29,3:0:0:11,1:34,0:0:0 chrX 80185294 . G A 902.59 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8185;QD=58.2315;RBI=0.0378413;REFB=0;REVB=-0.0377142;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024279;OID=.;OPOS=80185294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chrX 84350010 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8188;QD=53.9107;RBI=0.0872132;REFB=0;REVB=-0.00488897;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138671;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chrX 84358864 . C T 789.66 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474305;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.367;QD=57.4301;RBI=0.00548364;REFB=0;REVB=-0.00275206;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196363;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chrX 84363140 . A G 1422.51 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292242;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4285;QD=63.2227;RBI=0.0307179;REFB=0;REVB=0.00946239;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22258e-05;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:43:47:0:0 chrX 84534383 . A C 971.4 PASS AF=0.985714;AO=35;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0542595;FXX=0.0277739;HRUN=10;LEN=1;MLLD=112.657;QD=55.5086;RBI=0.0653477;REFB=-0.100895;REVB=0.0364174;RO=1;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170157;STB=0.505616;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000397486;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:70:1:1:35:69:0.985714:27:8:0:1:44:25:0:1 chrX 84563135 . T A 2497.87 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.12;QD=61.2974;RBI=0.0230499;REFB=0;REVB=0.00850017;RO=0;SAF=91;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.72236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26222e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:163:0:0:160:163:1:69:91:0:0:69:94:0:0 chrX 88008423 . A C 1080.18 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7947;QD=60.0103;RBI=0.0944569;REFB=0;REVB=0.0623255;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885811;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:30:42:0:0:30:42:0:0 chrX 88009322 . A G 1108.53 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.022668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.512;QD=57.586;RBI=0.0231781;REFB=0.00299768;REVB=0.00483619;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129618;STB=0.50052;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-4.21244e-05;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:36:39:0:1:36:39:1:1 chrX 88009687 . CCAGA C 343.07 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235983;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=4;MLLD=325.063;QD=47.3193;RBI=0.0227294;REFB=0;REVB=0.0226066;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.81202e-05;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:29:29:29:0:10:19:0:0:6:0:10:18:0:0 chrX 88009700 . T C 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.866;QD=58.5764;RBI=0.0135478;REFB=0;REVB=0.000835978;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11712e-05;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chrX 89177673 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.152;QD=50.4134;RBI=0.0225619;REFB=0;REVB=0.0142958;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25437e-05;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 91585410 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.856;QD=42.1826;RBI=0.0337058;REFB=0;REVB=0.0183017;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217828;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chrX 91873533 . C T 445.59 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.467;QD=52.422;RBI=0.0862846;REFB=-0.0435879;REVB=0.0787667;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00127693;OID=.;OPOS=91873533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:15:17:1:0:15:17:1:1 chrX 99355146 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.655;QD=60.2302;RBI=0.0143126;REFB=0;REVB=0.00032614;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15182e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chrX 99548478 . C T 400.79 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00217383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.791;QD=53.4388;RBI=0.0190742;REFB=-0.012575;REVB=0.0189499;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000187779;OID=.;OPOS=99548478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:11:17:1:0:11:18:1:0 chrX 99663194 . G T 887.75 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160224;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3506;QD=58.2131;RBI=0.0388869;REFB=0;REVB=0.0354326;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026063;OID=.;OPOS=99663194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chrX 99941705 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9669;QD=53.273;RBI=0.115998;REFB=0;REVB=0.107676;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305783;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chrX 100243459 . G T 1548.67 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.793;QD=63.8627;RBI=0.0421516;REFB=0;REVB=0.00693069;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61939e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:49:48:0:0:49:48:0:0 chrX 100245606 . A G 754.56 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5624;QD=56.9477;RBI=0.0834239;REFB=0;REVB=0.0778761;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530001;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:18:34:0:0:18:35:0:0 chrX 100543990 . T C 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0304807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8744;QD=53.3618;RBI=0.0977138;REFB=0.0294052;REVB=0.0928381;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00397632;OID=.;OPOS=100543990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chrX 100547933 . A G 1263.76 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.387;QD=61.6467;RBI=0.0191319;REFB=0;REVB=-0.0190546;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124984;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:46:36:0:0:46:36:0:0 chrX 100608191 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.921;QD=58.9615;RBI=0.028628;REFB=0;REVB=-0.00750199;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24585e-05;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chrX 100743037 . C T 729.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.057;QD=57.1887;RBI=0.0495439;REFB=0;REVB=0.0271561;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127693;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:27:24:0:0 chrX 100743087 . G T 178.99 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0672728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7372;QD=13.0176;RBI=0.0719669;REFB=-0.033189;REVB=-0.0255657;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188227;STB=0.607748;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0591971;OID=.;OPOS=100743087;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:12:21:10:12:12:21 chrX 100743826 . A G 779.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.078;QD=63.6405;RBI=0.0412697;REFB=0;REVB=0.0410886;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6651e-05;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:29:18:0:0:30:19:0:0 chrX 100745825 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.45;QD=45.8068;RBI=0.0217504;REFB=0;REVB=-0.00339365;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101227;OID=.;OPOS=100745825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chrX 100748078 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2424;QD=46.8479;RBI=0.056997;REFB=0;REVB=-0.0567172;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180932;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chrX 100749127 . A G 156.42 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104858;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.202;QD=41.7117;RBI=0.0104858;REFB=-0.00298667;REVB=0;RO=1;SAF=14;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133105;OID=.;OPOS=100749127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:15:1:1:14:14:0.933333:0:14:1:0:0:14:1:0 chrX 100749585 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.518;QD=46.847;RBI=0.093688;REFB=0;REVB=0.0100456;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160744;OID=.;OPOS=100749585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 100911066 . C T 483.04 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0985;QD=58.5507;RBI=0.0339819;REFB=0;REVB=-0.0284578;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010933;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 101092507 . C T 1467.28 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000371753;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.47;QD=58.6913;RBI=0.0314889;REFB=-0.131557;REVB=0.0314867;RO=1;SAF=54;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106577;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418403;OID=.;OPOS=101092507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:100:1:0:98:100:1:44:54:0:1:45:55:0:0 chrX 101138792 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.145;QD=50.4122;RBI=0.081416;REFB=0;REVB=0.0813321;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414921;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chrX 101265309 . T G 1117.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4988;QD=60.401;RBI=0.0986673;REFB=0;REVB=-0.068051;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52269e-05;OID=.;OPOS=101265309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:27:46:0:0:27:47:0:0 chrX 101395780 . T G,TG 248.39 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=26;FAO=0,24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746231,0.214453;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=12.5347,14.8495;QD=41.3982;RBI=0.0747595,0.247684;REFB=0,0;REVB=0.00451485,-0.123923;RO=9;SAF=2,7;SAR=0,6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.476258,-0.263102;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0063205;OID=.,.;OPOS=101395780,101395781;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:26:24:9:0:2,13:0,24:0,1:0,6:2,7:8:1:0,9:0,15:0:0 chrX 101396157 . C T 288.86 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4543;QD=52.5205;RBI=0.134716;REFB=0;REVB=-0.0448038;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373454;OID=.;OPOS=101396157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:15:22:1:7:8:0:0:8:14:0:0 chrX 101913525 . T C 1244.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.423;QD=61.448;RBI=0.0339183;REFB=0;REVB=0.0184233;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36582e-05;OID=.;OPOS=101913525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:40:40:0:0:40:41:0:0 chrX 101913624 . GAAAAAT GAAAA,GAAAAT,GAAAATT 80.2 PASS AF=0.342857,0.0571429,0;AO=8,6,2;DP=33;FAO=12,2,0;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6,2,0;FSAR=6,0,0;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=0.0342718,-0.0805688,-0.120362;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.6451,11.9754,17.6992;QD=9.16524;RBI=0.0882068,0.163431,0.140492;REFB=-0.0991648,-0.104336,-0.0133352;REVB=0.0812765,0.142192,0.0724646;RO=16;SAF=4,6,2;SAR=4,0,0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.349536,0.66327,0.433373;STB=0.726972,0.991387,0.5;STBP=0.091,0.429,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.120621,0.136623,0;OID=.,.,.;OPOS=101913629,101913625,101913629;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT,GAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857,0.0571429,0:8,6,2:33:12,2,0:35:21:6,2,0:6,0,0:18:3:70:16:4,6,2:4,0,0:13:3 chrX 101913805 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.985;QD=60.6103;RBI=0.0363287;REFB=0;REVB=0.0340561;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26539e-05;OID=.;OPOS=101913805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chrX 102529190 . C G 508.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.011;QD=56.476;RBI=0.0374181;REFB=-0.148784;REVB=-0.0218551;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00541654;OID=.;OPOS=102529190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:1:0 chrX 102564583 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.984;QD=53.9112;RBI=0.0178853;REFB=0;REVB=0.0170755;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65171e-05;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chrX 102979486 . T C 1034.17 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121386;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.16;QD=59.0956;RBI=0.0749103;REFB=-0.0856426;REVB=0.0739202;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126589;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chrX 103046525 . ATG AT,ATT,GAT 551.9 PASS AF=1,0,0;AO=38,2,2;DP=42;FAO=42,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,0;FSAR=18,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493223,-0.0394951,-0.00578863;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,3;MLLD=19.4221,10.9196,8.20407;QD=52.5617;RBI=0.0626992,0.0440297,0.0359824;REFB=0,0,0;REVB=0.0387104,-0.0194617,-0.0355137;RO=0;SAF=21,2,1;SAR=17,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.53998e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00305255,0,0;OID=.,.,.;OPOS=103046527,103046527,103046525;OREF=G,G,ATG;OALT=-,T,GAT;OMAPALT=AT,ATT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:38,2,2:42,0,0:1,0,0:17,0,1:21,2,1:0:0:18,0,0:24,0,0:0:0 chrX 103267865 . C T 1200.56 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.104021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5398;QD=56.4969;RBI=0.13088;REFB=0.0127174;REVB=0.0794299;RO=3;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318847;STB=0.51685;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000297909;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:85:85:3:3:79:79:0.929412:43:36:0:3:43:36:0:3 chrX 103268333 . G A 394.81 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251812;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.49;QD=56.4012;RBI=0.0263188;REFB=0;REVB=-0.0076544;RO=0;SAF=24;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63882e-05;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:4:24:0:0:4:24:0:0 chrX 104992963 . T C 829.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347628;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.881;QD=58.2169;RBI=0.100659;REFB=0;REVB=0.100599;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446857;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chrX 105011105 . G T 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2416;QD=56.9511;RBI=0.0213891;REFB=0;REVB=0.0184354;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104983;OID=.;OPOS=105011105;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chrX 105152282 . G A 1395.4 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.054;QD=62.7145;RBI=0.0263962;REFB=0;REVB=0.0159015;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05418e-05;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chrX 105153001 . A G 433.84 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126965;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6926;QD=55.979;RBI=0.131457;REFB=0;REVB=0.0340702;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0059091;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:31:1:0:26:31:1:14:12:0:1:16:15:0:0 chrX 105278361 . C A 670.41 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.788;QD=62.3638;RBI=0.0149579;REFB=0;REVB=0.0147299;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34487e-05;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:22:19:0:0:23:20:0:0 chrX 106039935 . AGG AGA,AG 37.78 PASS AF=0.0652174,0.217391;AO=3,12;DP=46;FAO=3,10;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=0,7;FSAR=3,3;FSRF=32;FSRR=1;FWDB=-0.0197826,-0.0370649;FXX=0.0212721;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=312.081,7.21256;QD=3.2854;RBI=0.0215566,0.260822;REFB=-0.0114993,-0.165118;REVB=-0.00856368,-0.258175;RO=23;SAF=0,11;SAR=3,1;SRF=23;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.869309,-0.46354;STB=0.999256,0.806588;STBP=0,0.353;TYPE=snp,del;VARB=0.0676166,0.117801;OID=.,.;OPOS=106039937,106039936;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0652174,0.217391:3,12:46:3,10:46:33:0,7:3,3:32:1:21:23:0,11:3,1:23:0 chrX 106200202 . G A 1631.06 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1405;QD=59.8555;RBI=0.0228276;REFB=0;REVB=-0.0171737;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61786e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:107:109:1:54:53:0:0:56:53:0:0 chrX 107417730 . G A,C 1958.77 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=113,14;DP=127;FAO=120,10;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66,9;FSAR=54,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219089,0.009926;FXX=0.00763301;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.994,139.51;QD=60.27;RBI=0.0347848,0.0152147;REFB=0,0;REVB=0.0270181,0.0115308;RO=0;SAF=61,12;SAR=52,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.30758e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000915838,0.0324612;OID=.,.;OPOS=107417730,107417730;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:127:130:0:0:113,14:120,10:0.923077,0.0769231:52,2:61,12:0:0:54,1:66,9:0:0 chrX 107418906 . A G 1246.86 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248569;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.869;QD=61.5732;RBI=0.0286586;REFB=0;REVB=0.0142636;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503491;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chrX 108297375 . T C 6880.57 PASS AF=0.990909;AO=436;DP=440;FAO=436;FDP=440;FR=.;FRO=4;FSAF=162;FSAR=274;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0243735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.656;QD=62.5507;RBI=0.0329315;REFB=-0.0207363;REVB=-0.0221453;RO=4;SAF=162;SAR=274;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0022599;STB=0.501184;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=7.23134e-05;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:440:440:4:4:436:436:0.990909:274:162:1:3:274:162:1:3 chrX 108297445 . A G 10616.2 PASS AF=1;AO=663;DP=667;FAO=673;FDP=673;FR=.;FRO=0;FSAF=296;FSAR=377;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340398;FXX=0.00590833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.228;QD=63.098;RBI=0.00378851;REFB=-0.0152725;REVB=0.00166305;RO=4;SAF=293;SAR=370;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222943;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19625e-06;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:667:673:4:0:663:673:1:370:293:1:3:377:296:0:0 chrX 108297500 . G C 7792.21 PASS AF=0.990099;AO=499;DP=505;FAO=500;FDP=505;FR=.;FRO=5;FSAF=231;FSAR=269;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0212034;FXX=0.00197625;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.635;QD=61.7205;RBI=0.0327038;REFB=-0.0226188;REVB=0.0248989;RO=5;SAF=231;SAR=268;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088229;STB=0.504604;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=9.02245e-05;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:505:505:5:5:499:500:0.990099:268:231:0:5:269:231:0:5 chrX 108297528 . A C 33.83 PASS AF=0.0581717;AO=18;DP=367;FAO=21;FDP=361;FR=.;FRO=340;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=162;FSRR=178;FWDB=-0.0218229;FXX=0.0216796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.067;QD=0.374867;RBI=0.0218358;REFB=-0.00127909;REVB=-0.000751728;RO=346;SAF=9;SAR=9;SRF=165;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223922;STB=0.544455;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0250158;OID=.;OPOS=108297528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:367:361:346:340:18:21:0.0581717:9:9:165:181:10:11:162:178 chrX 108297573 . A G 1300.4 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.88;QD=59.1093;RBI=0.0567541;REFB=-0.023495;REVB=-0.0513999;RO=1;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796278;STB=0.504131;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00120847;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:88:1:1:85:87:0.988636:59:26:0:1:60:27:0:1 chrX 108297602 . T C 1086.11 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.507;QD=59.513;RBI=0.0189044;REFB=0;REVB=0.00145217;RO=0;SAF=8;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60247e-05;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:62:8:0:0:65:8:0:0 chrX 108297641 . G A 1167.49 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4102;QD=59.1136;RBI=0.122243;REFB=0;REVB=0.0648102;RO=1;SAF=8;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232802;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:1:0:76:79:1:68:8:1:0:70:9:0:0 chrX 108297699 . T C,G 727.26 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=47,3;DP=50;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=47,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118436,0.0180606;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.523,93.3008;QD=54.8878;RBI=0.0169658,0.0203145;REFB=0,0;REVB=0.0121478,0.00930002;RO=0;SAF=3,0;SAR=44,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000314159,0.0383889;OID=.,.;OPOS=108297699,108297699;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:53:0:0:47,3:50,3:0.943396,0.0566038:44,3:3,0:0:0:47,3:3,0:0:0 chrX 108297702 . A C,G 608.89 PASS AF=0.119048,0.880952;AO=5,36;DP=42;FAO=5,37;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=5,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546585,0.0456538;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.317,163.391;QD=57.9892;RBI=0.0546669,0.045718;REFB=0,0;REVB=0.000959949,0.0024227;RO=1;SAF=0,3;SAR=5,33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0139784;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0322305,0.0011766;OID=.,.;OPOS=108297702,108297702;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:42:42:1:0:5,36:5,37:0.119048,0.880952:5,33:0,3:0:1:5,34:0,3:0:0 chrX 108297713 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.407;QD=50.412;RBI=0.022643;REFB=0;REVB=0.00543046;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58386e-05;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chrX 108297832 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.073;QD=39.2067;RBI=0.0558109;REFB=0;REVB=0.0135851;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744056;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chrX 108708516 . C T 999.26 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00086163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.597;QD=54.0141;RBI=0.0211931;REFB=-0.0778086;REVB=-0.0211756;RO=3;SAF=25;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259445;STB=0.522815;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.000351306;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:74:74:3:4:70:70:0.945946:45:25:2:1:45:25:3:1 chrX 111698036 . T C 1011.47 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00701879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6554;QD=57.7982;RBI=0.00899531;REFB=0.0792362;REVB=0.00562604;RO=1;SAF=41;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113897;STB=0.505881;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00119788;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:27:41:1:0:27:42:1:0 chrX 111698613 . T C 621.67 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.557;QD=60.6504;RBI=0.0338119;REFB=0;REVB=0.0336771;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157483;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chrX 111699028 . T C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000857143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.465;QD=53.9324;RBI=0.00163621;REFB=-0.0173368;REVB=0.00139373;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000909895;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chrX 111700104 . GC TT 538.83 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467252;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.08;QD=58.252;RBI=0.119773;REFB=0;REVB=0.110283;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00704477;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:11:23:0:0:12:25:0:0 chrX 114425196 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.011366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.069;QD=25.361;RBI=0.0216953;REFB=0.014624;REVB=-0.0184797;RO=8;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136952;STB=0.576372;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.00187512;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:7:8:6:2:7:8:6:2 chrX 114425210 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0143535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.277;QD=8.25462;RBI=0.0208652;REFB=-0.0243689;REVB=-0.0151438;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243254;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0465839;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:8:4:1:5:8:4 chrX 114425400 . G A 191.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7256;QD=47.7839;RBI=0.0453277;REFB=0;REVB=0.0368036;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155358;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chrX 114426171 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.132246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.002;QD=34.6659;RBI=0.138398;REFB=-0.237816;REVB=0.0408068;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0160004;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chrX 114426337 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0767733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.43;QD=36.3474;RBI=0.10163;REFB=-0.0821721;REVB=0.0665915;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0100324;OID=.;OPOS=114426337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chrX 114426917 . C T 514.86 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431085;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.452;QD=58.8413;RBI=0.137586;REFB=0;REVB=0.130658;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124109;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:7:27:0:0:8:27:0:0 chrX 115304830 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.505;QD=63.8716;RBI=0.0268902;REFB=0;REVB=0.0176407;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98484e-05;OID=.;OPOS=115304830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chrX 115305126 . A AC,C 477.4 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,29;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511569,0.0677577;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=131.03,140.205;QD=56.1645;RBI=0.0511572,0.0677717;REFB=0,0;REVB=-0.00015763,0.0013818;RO=0;SAF=5,17;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.0947e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0311457,-0.00117099;OID=.,.;OPOS=115305127,115305126;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:5,29:2,32:0.0588235,0.941176:0,12:5,17:0:0:0,12:2,20:0:0 chrX 115590299 . C G 1182.76 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397094;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8248;QD=60.6544;RBI=0.0532566;REFB=0;REVB=0.0354884;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734008;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:76:78:1:45:31:0:0:47:31:0:0 chrX 117527020 . C T 678.44 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0152063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.008;QD=60.306;RBI=0.0162783;REFB=-0.119762;REVB=-0.00580956;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000696071;OID=.;OPOS=117527020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:0:1:20:24:0:1 chrX 117528142 . C A,T 481.83 PASS AF=0.0571429,0.914286;AO=2,32;DP=36;FAO=2,32;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=0,19;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0422586,-3.5449e-05;FXX=0.0277701;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=71.8631,245.64;QD=55.0663;RBI=0.0422651,0.000227279;REFB=-0.195487,-0.0884052;REVB=-0.00074256,-0.000224497;RO=1;SAF=0,19;SAR=2,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0345573;STB=0.5,0.518507;STBP=1,0.293;TYPE=snp,snp;VARB=0.144702,0.000790204;OID=.,.;OPOS=117528142,117528142;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:36:35:1:1:2,32:2,32:0.0571429,0.914286:2,13:0,19:0:1:2,13:0,19:0:1 chrX 117700141 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2563;QD=59.8387;RBI=0.155371;REFB=0;REVB=0.0587677;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334513;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chrX 118148229 . A G 672.59 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00985098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.175;QD=59.7861;RBI=0.0391065;REFB=-0.127075;REVB=0.0378455;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00127283;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:23:20:0:0:23:21:0:1 chrX 118219347 . T C 777.72 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121161;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.861;QD=63.4877;RBI=0.117355;REFB=0;REVB=0.116728;RO=0;SAF=37;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427322;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:41:49:1:4:37:0:0:10:39:0:0 chrX 118220720 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.878;QD=55.6528;RBI=0.067699;REFB=0;REVB=-0.00917399;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586418;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chrX 118222360 . T A 805.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4233;QD=64.4501;RBI=0.0432401;REFB=0;REVB=0.0296551;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734043;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:20:30:0:0 chrX 118281538 . C A 710.21 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7465;QD=54.6312;RBI=0.0318489;REFB=-0.0407685;REVB=0.0284248;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00105207;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chrX 118587003 . C T 380.44 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00638549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.222;QD=52.4742;RBI=0.00649979;REFB=0.00172122;REVB=-0.00121358;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=6.19511e-06;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:18:9:0:1:18:10:0:1 chrX 118587321 . A G 556.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.423;QD=60.111;RBI=0.140187;REFB=0;REVB=0.130715;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028104;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chrX 118603713 . T C 50.86 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.00206845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1316;QD=5.216;RBI=0.0295943;REFB=0.018387;REVB=0.029522;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259461;STB=0.666296;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0704563;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:9:22:4:4:9:22 chrX 118603729 . G A 49.54 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0143186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.458;QD=4.3076;RBI=0.0143193;REFB=-0.00203475;REVB=0.00014185;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195233;STB=0.630131;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0112984;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:13:25:4:4:13:25 chrX 118603742 . A C 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.054207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.305;QD=3.12345;RBI=0.0554351;REFB=0.00126793;REVB=-0.0116041;RO=49;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866312;STB=0.561252;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0267704;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:49:49:8:8:0.140351:4:4:21:28:4:4:21:28 chrX 118603747 . A T 31.3 PASS AF=0.118644;AO=4;DP=56;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0113155;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.936;QD=2.12208;RBI=0.0343581;REFB=3.53608e-05;REVB=0.0324413;RO=52;SAF=0;SAR=4;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503561;STB=0.51228;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00580227;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:56:59:52:52:4:7:0.118644:4:0:23:29:4:3:23:29 chrX 118603773 . T C 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0180946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.966;QD=1.72735;RBI=0.018111;REFB=-0.00347469;REVB=-0.000770747;RO=64;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641158;STB=0.550462;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0258612;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:4:3:31:33:4:3:31:33 chrX 118603844 . T G 1214.36 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0110146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.242;QD=57.1465;RBI=0.0132004;REFB=-0.0175586;REVB=-0.00727513;RO=3;SAF=35;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161082;STB=0.508138;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.000918933;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:46:35:2:1:46:36:2:1 chrX 118604436 . T A,C 788.11 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233967,0.00844399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=21.9897,86.4216;QD=56.2932;RBI=0.0280096,0.0087809;REFB=0,0;REVB=0.0153991,0.00240898;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0302915,7.23563e-05;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:2,30:0,24:0:0:2,30:0,24:0:0 chrX 118605114 . C A 56.76 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0111448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.436;QD=8.73181;RBI=0.0313737;REFB=0.0164773;REVB=-0.0293275;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214682;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0514964;OID=.;OPOS=118605114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:16:17:7:7:0.269231:3:4:6:10:3:4:7:10 chrX 118605134 . G T 44.26 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.108464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.029;QD=6.80862;RBI=0.108899;REFB=-0.00644621;REVB=-0.00972976;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229193;STB=0.644765;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0152351;OID=.;OPOS=118605134;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:7:12:3:4:7:12 chrX 118605144 . GG TA 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0262114;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.952;QD=5.68927;RBI=0.0292304;REFB=0.000250297;REVB=0.0129375;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153245;STB=0.59968;STBP=0.609;TYPE=mnp;VARB=-0.000498176;OID=.;OPOS=118605144;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:7:12:3:3:7:12 chrX 118605163 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0175752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.216;QD=5.44271;RBI=0.0295489;REFB=-0.00707834;REVB=-0.0237539;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176379;STB=0.615021;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0196969;OID=.;OPOS=118605163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:7:13:3:3:7:13 chrX 118678364 . G A 1189.24 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.931;QD=60.9864;RBI=0.00997154;REFB=0;REVB=0.00489179;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58521e-06;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chrX 118699320 . A G 1491.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3202;QD=63.476;RBI=0.0286617;REFB=0;REVB=0.0280445;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40073e-05;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chrX 118829479 . G A 3557.72 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.716;QD=62.4161;RBI=0.0295756;REFB=-0.0998508;REVB=0.029435;RO=1;SAF=120;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00395458;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120898;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:227:228:1:0:226:228:1:106:120:1:0:107:121:0:0 chrX 118893390 . A G 929.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202825;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7163;QD=57.1917;RBI=0.0362253;REFB=0.0665656;REVB=-0.0300149;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140981;STB=0.50746;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00109004;OID=.;OPOS=118893390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:31:33:1:0:31:33:1:0 chrX 119005705 . C G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.078;QD=62.6711;RBI=0.0560529;REFB=0;REVB=0.0335587;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141792;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chrX 119387833 . C CTGA 385.79 PASS AF=0.810811;AO=28;DP=42;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00935403;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=287.915;QD=41.7069;RBI=0.0201168;REFB=-0.00407778;REVB=0.0178097;RO=13;SAF=16;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723916;STB=0.581344;STBP=0.053;TYPE=ins;VARB=0.000416657;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.810811:28:42:30:37:7:18:12:7:0:41:13:16:12:9:4 chrX 119389966 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0849818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.118;QD=45.1035;RBI=0.0857115;REFB=-0.0206774;REVB=0.0111602;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00082748;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:1:0:12:6:1:0 chrX 119390465 . A G 129.81 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.885;QD=43.2694;RBI=0.0983788;REFB=0;REVB=0.014515;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654313;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:6:3:0:0:7:5:0:0 chrX 119391880 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.077;QD=54.5165;RBI=0.0242269;REFB=0;REVB=0.0169859;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295073;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chrX 119500459 . T C 579.44 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00432479;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.287;QD=60.9935;RBI=0.00502544;REFB=0;REVB=0.00255954;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29132e-05;OID=.;OPOS=119500459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chrX 120008978 . CT C,CC 470.78 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=9,24;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411577,0.0406686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.91,249.009;QD=57.0647;RBI=0.0490975,0.0434066;REFB=0,0;REVB=0.0267696,0.0151722;RO=0;SAF=9,20;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.83186e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.017964,-0.000451069;OID=.,.;OPOS=120008979,120008979;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:9,24:33:1,32:33:0:1,28:0,4:0:0:4:0:9,20:0,4:0:0 chrX 122318386 . A AG 2238.09 PASS AF=1;AO=137;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032445;FXX=0.013985;HRUN=0;LEN=1;MLLD=256.898;QD=63.492;RBI=0.0328167;REFB=0;REVB=0.00492525;RO=1;SAF=81;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841357;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.63852e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:137:142:141:141:0:81:60:0:0:12:1:81:56:0:1 chrX 122336600 . T TG 779.67 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1965;QD=35.8468;RBI=0.0226575;REFB=0;REVB=0.0226245;RO=9;SAF=45;SAR=32;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145835;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:87:87:87:0:48:39:0:0:15:9:45:32:2:7 chrX 122338337 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.832;QD=60.2039;RBI=0.0244737;REFB=0;REVB=-0.000295962;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89908e-05;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chrX 122537277 . T C 465.08 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00450747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.952;QD=54.715;RBI=0.0209536;REFB=-0.0504439;REVB=0.020463;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0011536;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:17:15:0:1:17:16:0:1 chrX 125298690 . G A 1362.39 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.43;QD=61.2311;RBI=0.172393;REFB=-0.125948;REVB=0.169681;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145771;STB=0.507691;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000595948;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:32:56:0:1:32:56:0:1 chrX 125299188 . T G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.461;QD=58.5847;RBI=0.00614219;REFB=0;REVB=0.00584284;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86024e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chrX 125299467 . G T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3722;QD=58.6;RBI=0.0469768;REFB=0;REVB=0.00395474;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475554;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chrX 125686536 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.034;QD=35.5759;RBI=0.122515;REFB=0;REVB=0.0115208;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00608399;OID=.;OPOS=125686536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chrX 125954900 . C T 1064.64 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142169;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.599;QD=59.1468;RBI=0.0225486;REFB=0;REVB=0.017502;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562077;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:35:33:0:0:35:37:0:0 chrX 125955199 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.165;QD=63.8719;RBI=0.0383682;REFB=0;REVB=0.0266574;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102556;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chrX 128780176 . A AAGC,AGC 123.33 PASS AF=0.684211,0;AO=9,3;DP=26;FAO=13,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0374578,0.0246238;FXX=0.049975;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=178.368,169.494;QD=25.9649;RBI=0.145259,0.140556;REFB=-0.175524,-0.157423;REVB=0.140346,0.138382;RO=14;SAF=6,1;SAR=3,2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0557404,-0.402031;STB=0.649794,0.5;STBP=0.089,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0281541,0;OID=.,.;OPOS=128780177,128780177;OREF=-,-;OALT=AGC,GC;OMAPALT=AAGC,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0:9,3:26:13,0:19:6:7,0:6,0:6:0:37:14:6,1:3,2:10:4 chrX 128781864 . C A 542.58 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0333721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.965;QD=54.2576;RBI=0.0334323;REFB=-0.013058;REVB=-0.00200501;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021769;STB=0.522715;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00328624;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:36:36:0.9:21:15:0:1:21:15:0:2 chrX 128880614 . T C 1489.91 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308854;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.237;QD=58.4279;RBI=0.0311668;REFB=-0.0364943;REVB=0.00417891;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000514863;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:0:1:99:101:0.990196:45:54:0:0:47:54:0:1 chrX 129058882 . T C 502.43 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.537;QD=59.1099;RBI=0.112769;REFB=0;REVB=0.0605542;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260744;OID=.;OPOS=129058882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:23:8:0:0:24:10:0:0 chrX 129147079 . T C 421.14 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4908;QD=51.0466;RBI=0.0809571;REFB=-0.0252265;REVB=0.0796471;RO=2;SAF=19;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204508;STB=0.512187;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.018308;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:33:2:2:29:31:0.939394:10:19:1:1:10:21:1:1 chrX 129155104 . C T 330.28 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0558928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.603;QD=23.5917;RBI=0.0568561;REFB=-0.0075661;REVB=0.0104218;RO=23;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402177;STB=0.527671;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00388476;OID=.;OPOS=129155104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:17:15:12:11:18:15:12:11 chrX 129200301 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.925;QD=60.6101;RBI=0.00890474;REFB=0;REVB=0.00215314;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77982e-05;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chrX 129546351 . GAAAAAAAAG GAAAAAAAAGA,GAAAAAAAG 55.65 PASS AF=0.333333,0.333333;AO=6,7;DP=24;FAO=8,8;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5,2;FSAR=3,6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0621353,0.336022;FXX=0;HRUN=3,8;LEN=1,1;MLLD=12.3223,8.0514;QD=9.27441;RBI=0.0624489,0.489308;REFB=-0.0812005,-0.115688;REVB=-0.00625109,-0.355685;RO=4;SAF=4,1;SAR=2,6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119263,-0.31972;STB=0.624687,0.576719;STBP=0.419,0.598;TYPE=ins,del;VARB=0.0930874,0.111782;OID=.,.;OPOS=129546361,129546352;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAAAAAAAAGA,GAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.333333:6,7:24:8,8:24:8:5,2:3,6:3:5:37:4:4,1:2,6:2:2 chrX 130223137 . G A 1245.19 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.425;QD=61.4906;RBI=0.0173295;REFB=0;REVB=0.00155017;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32445e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:79:81:1:29:50:0:0:30:51:0:0 chrX 130408745 . G A 1123.73 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0681837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8874;QD=54.1554;RBI=0.0812294;REFB=-0.0371803;REVB=-0.0441497;RO=5;SAF=41;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143238;STB=0.507581;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0141261;OID=.;OPOS=130408745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:83:5:5:78:78:0.939759:37:41:2:3:37:41:2:3 chrX 130415818 . T C 673.1 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014954;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.057;QD=58.5304;RBI=0.0416562;REFB=-0.0630416;REVB=0.0388796;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533318;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00547115;OID=.;OPOS=130415818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:46:0:2:44:44:0.956522:14:30:0:0:14:30:0:2 chrX 130416958 . C T 1334.01 PASS AF=0.956989;AO=84;DP=88;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.109057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0726;QD=57.3769;RBI=0.109781;REFB=-0.061345;REVB=-0.0125924;RO=4;SAF=58;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674771;STB=0.534475;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0027645;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:88:93:4:4:84:89:0.956989:26:58:0:4:27:62:0:4 chrX 130420006 . T C 1084.62 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279912;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.787;QD=60.2565;RBI=0.0290579;REFB=0;REVB=0.00780073;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24757e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chrX 130420415 . T C 769.39 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0387438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8254;QD=61.5516;RBI=0.06905;REFB=-0.107936;REVB=0.0571561;RO=1;SAF=35;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132589;STB=0.507039;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00290485;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:14:35:1:0:14:35:1:0 chrX 130678467 . A G 804.5 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913052;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.585;QD=57.4639;RBI=0.0920108;REFB=0;REVB=0.0113733;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177489;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chrX 130678844 . A C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0362465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.554;QD=44.0925;RBI=0.0444585;REFB=-0.00395522;REVB=0.025744;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000379272;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:1:0:9:8:1:0 chrX 132351370 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0159576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.015;QD=9.44493;RBI=0.0167451;REFB=0.00449897;REVB=-0.00507479;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0108586;OID=.;OPOS=132351370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chrX 132437337 . G A 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.562;QD=60.851;RBI=0.0331612;REFB=-0.038737;REVB=-0.00847029;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00139598;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:1:0 chrX 132438872 . C A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9854;QD=56.187;RBI=0.0315011;REFB=0;REVB=0.0301012;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809604;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chrX 133379551 . C T 856.0 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.325;QD=57.0667;RBI=0.0184459;REFB=0;REVB=0.0150326;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29647e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:57:60:1:25:32:0:0:25:35:0:0 chrX 133380034 . A AGTGT,T 256.81 PASS AF=0.521739,0.0217391;AO=17,3;DP=68;FAO=24,1;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17,0;FSAR=7,1;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=0.0133276,-0.0598081;FXX=0.079984;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=92.6575,46.9183;QD=22.3308;RBI=0.0803405,0.0792474;REFB=-0.143195,-0.0187134;REVB=0.0792273,0.0519918;RO=45;SAF=11,2;SAR=6,1;SRF=38;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.295263,-0.25076;STB=0.690791,0.99907;STBP=0.056,0.023;TYPE=ins,snp;VARB=0.127094,0.0230916;OID=.,.;OPOS=133380035,133380034;OREF=-,A;OALT=GTGT,T;OMAPALT=AGTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:46:45:21:17,3:24,1:0.521739,0.0217391:6,1:11,2:38:7:7,1:17,0:21:0 chrX 133620478 . T G 36.07 PASS AF=0.0854701;AO=4;DP=114;FAO=10;FDP=117;FR=.;FRO=107;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=84;FSRR=23;FWDB=-0.0133834;FXX=0.0168053;HRUN=14;LEN=1;MLLD=147.666;QD=1.23321;RBI=0.0418909;REFB=-0.000848421;REVB=0.0396955;RO=103;SAF=0;SAR=4;SRF=82;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.60128;STB=0.870771;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0176626;OID=.;OPOS=133620478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:117:103:107:4:10:0.0854701:4:0:82:21:7:3:84:23 chrX 134052377 . T C 382.33 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0584214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5891;QD=52.7353;RBI=0.0590562;REFB=-0.0021778;REVB=0.00863608;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.538433;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00231049;OID=.;OPOS=134052377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:6:21:0:1:6:22:0:1 chrX 134713861 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000490936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.866;QD=61.684;RBI=0.0489572;REFB=0;REVB=0.0489548;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173744;OID=.;OPOS=134713861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chrX 134807344 . G A 79.09 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837963;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.961;QD=39.5432;RBI=0.0136765;REFB=0;REVB=-0.0108087;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126508;OID=.;OPOS=134807344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chrX 134807349 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.495;QD=39.2067;RBI=0.0199009;REFB=0;REVB=0.0167402;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194036;OID=.;OPOS=134807349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 134807354 . T A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.661;QD=39.2068;RBI=0.0494383;REFB=0;REVB=0.0485923;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356123;OID=.;OPOS=134807354;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 134807372 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.35475e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.141;QD=40.7626;RBI=0.0318856;REFB=0;REVB=-0.0318856;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000719273;OID=.;OPOS=134807372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chrX 134807868 . A T 784.91 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.061147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3061;QD=64.0746;RBI=0.134592;REFB=0;REVB=-0.1199;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0023873;OID=.;OPOS=134807868;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chrX 134807875 . T C 734.18 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0778285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.085;QD=61.1816;RBI=0.0792136;REFB=-0.0478716;REVB=-0.0147483;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000888527;OID=.;OPOS=134807875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:20:27:0:0:20:27:0:1 chrX 134948034 . A G 451.44 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417983;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.025;QD=58.2506;RBI=0.0421744;REFB=0;REVB=0.00561952;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1076e-05;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chrX 135307049 . G A 305.97 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0197813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1236;QD=47.0719;RBI=0.0581599;REFB=0.0202931;REVB=-0.0546925;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544279;STB=0.514274;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0399141;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:16:8:1:0:16:8:1:1 chrX 135310785 . T C 1563.87 PASS AF=1;AO=93;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.533;QD=59.014;RBI=0.0305739;REFB=0;REVB=0.0264322;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70285e-05;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:106:0:0:93:106:1:37:56:0:0:37:69:0:0 chrX 135313034 . T G 753.54 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00574023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.308;QD=61.5131;RBI=0.0180571;REFB=-0.060282;REVB=0.0171204;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000208615;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:22:26:0:0:22:26:1:0 chrX 135314039 . G A 217.37 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00466513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.213;QD=15.5267;RBI=0.00478797;REFB=-0.0149461;REVB=-0.00107759;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.589029;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0195965;OID=.;OPOS=135314039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:16:15:16:9:16:15 chrX 135429503 . C A 400.89 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6127;QD=55.2948;RBI=0.105034;REFB=0;REVB=0.0167714;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332807;OID=.;OPOS=135429503;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:11:18:0:0 chrX 135430044 . T C 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.578;QD=58.2423;RBI=0.0222422;REFB=0.0145906;REVB=0.0067775;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000741804;OID=.;OPOS=135430044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:0:1:15:24:0:1 chrX 135430483 . T C 483.28 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00686062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2735;QD=58.5798;RBI=0.0184267;REFB=0;REVB=-0.017102;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041979;OID=.;OPOS=135430483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:2:0:31:33:1:10:21:2:0:10:23:0:0 chrX 135431236 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1411;QD=39.203;RBI=0.0900983;REFB=0;REVB=0.0865816;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439478;OID=.;OPOS=135431236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 135431358 . C T 771.52 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2761;QD=61.7218;RBI=0.0425836;REFB=-0.0509298;REVB=-0.0332376;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.517234;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000993559;OID=.;OPOS=135431358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:14:35:0:0:14:35:0:1 chrX 135474420 . C A 837.23 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00429172;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.957;QD=57.7398;RBI=0.0290186;REFB=0;REVB=0.0286995;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28774e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 728.15 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350275;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.602;QD=57.1101;RBI=0.0183748;REFB=0;REVB=0.0180379;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.70113e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:51:51:0:21:30:0:0:4:0:21:30:0:0 chrX 135480126 . T C 428.25 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275806;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7958;QD=57.1001;RBI=0.0919972;REFB=0;REVB=-0.0877656;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0023215;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chrX 135496398 . G A 1469.11 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.511;QD=63.1874;RBI=0.0610565;REFB=0;REVB=-0.0503422;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160351;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:46:46:0:0:46:47:0:0 chrX 135593337 . G C 1719.88 PASS AF=0.951613;AO=117;DP=123;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00626062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4448;QD=55.4799;RBI=0.0704367;REFB=-0.10022;REVB=0.0701579;RO=2;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00236776;STB=0.511519;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0108979;OID=.;OPOS=135593337;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:123:124:2:6:117:118:0.951613:50:67:1:1:51:67:2:4 chrX 136113464 . C A 2551.83 PASS AF=1;AO=165;DP=166;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313202;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.196;QD=61.8627;RBI=0.0336955;REFB=0;REVB=0.0124271;RO=0;SAF=88;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83236e-05;OID=.;OPOS=136113464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:165:0:0:165:165:1:77:88:0:0:77:88:0:0 chrX 138067202 . A G 905.31 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0371;QD=56.5817;RBI=0.0442873;REFB=-0.0481756;REVB=0.0416087;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00169797;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:0:1:34:29:0:1 chrX 138774209 . C T 2684.65 PASS AF=1;AO=167;DP=171;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00922121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.721;QD=62.0728;RBI=0.0159567;REFB=0;REVB=0.0130225;RO=1;SAF=92;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82714e-06;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:173:1:0:167:173:1:75:92:1:0:76:97:0:0 chrX 138811003 . G A 710.3 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0519491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9718;QD=54.6387;RBI=0.052686;REFB=-0.110684;REVB=0.00878129;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00213137;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:21:30:0:0:21:30:0:1 chrX 138869368 . T C 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.206;QD=60.8777;RBI=0.0612874;REFB=0;REVB=0.058196;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136377;OID=.;OPOS=138869368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chrX 138897130 . A C 1035.76 PASS AF=1;AO=54;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4371;QD=60.0439;RBI=0.1327;REFB=0;REVB=0.046741;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611489;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:54:69:1:32:22:0:0:32:37:0:0 chrX 138967742 . T G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.23;QD=60.8835;RBI=0.0296955;REFB=0;REVB=0.0293305;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54897e-05;OID=.;OPOS=138967742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chrX 139038443 . G A 753.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.316;QD=62.8145;RBI=0.0626377;REFB=0;REVB=0.0534429;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023358;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:15:31:0:0:17:31:0:0 chrX 139099828 . T A 886.06 PASS AF=1;AO=47;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.4185;QD=52.1209;RBI=0.0668877;REFB=0;REVB=-0.0578092;RO=2;SAF=31;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293801;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00379337;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:2:0:47:68:1:16:31:2:0:25:43:0:0 chrX 140008385 . G T 2515.64 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0601209;FXX=0.00602373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.906;QD=60.9853;RBI=0.060123;REFB=-0.0590272;REVB=0.000498182;RO=1;SAF=90;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525816;STB=0.502732;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000160232;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:1:1:163:164:0.993939:73:90:1:0:73:91:1:0 chrX 140270418 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.894;QD=48.7344;RBI=0.0109272;REFB=0;REVB=0.00986032;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112671;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chrX 140271268 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9748;QD=35.5757;RBI=0.078806;REFB=0;REVB=0.00027182;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00571466;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chrX 140714231 . A G 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.487;QD=62.9795;RBI=0.0547375;REFB=0;REVB=0.0187582;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022004;OID=.;OPOS=140714231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chrX 140714251 . A G 575.16 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7996;QD=60.5426;RBI=0.0621036;REFB=0;REVB=0.052856;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137084;OID=.;OPOS=140714251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chrX 140785696 . T C 574.73 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.000152955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.916;QD=23.7001;RBI=0.00905242;REFB=-0.0266688;REVB=0.00905113;RO=43;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257742;STB=0.519882;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0195586;OID=.;OPOS=140785696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:44:53:53:0.546392:30:23:20:23:30:23:21:23 chrX 140785714 . C G 301.15 PASS AF=0.327731;AO=39;DP=120;FAO=39;FDP=119;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0038248;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.832;QD=10.1227;RBI=0.0140132;REFB=-0.00398632;REVB=0.0134811;RO=80;SAF=15;SAR=24;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928405;STB=0.5539;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00991143;OID=.;OPOS=140785714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:80:80:39:39:0.327731:24:15:37:43:24:15:37:43 chrX 140983064 . G A 2515.73 PASS AF=0.994012;AO=163;DP=168;FAO=166;FDP=167;FR=.;FRO=1;FSAF=99;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103236;FXX=0.0118336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6681;QD=60.2571;RBI=0.136015;REFB=-0.108181;REVB=0.0885568;RO=2;SAF=96;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980967;STB=0.502512;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00373355;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:168:167:2:1:163:166:0.994012:67:96:2:0:67:99:1:0 chrX 140983127 . G A 3989.6 PASS AF=0.988636;AO=252;DP=263;FAO=261;FDP=264;FR=.;FRO=3;FSAF=132;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.016385;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.459;QD=60.4485;RBI=0.016386;REFB=-0.03581;REVB=0.000180966;RO=1;SAF=126;SAR=126;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376827;STB=0.501959;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00016063;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:263:264:1:3:252:261:0.988636:126:126:1:0:129:132:1:2 chrX 140993852 . C G 348.62 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0809405;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3634;QD=32.4295;RBI=0.08098;REFB=-0.0411491;REVB=-0.00252973;RO=13;SAF=9;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0017559;STB=0.509427;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0241163;OID=.;OPOS=140993852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:13:14:29:29:0.674419:20:9:4:9:20:9:4:10 chrX 140993859 . T A 284.71 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0858205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.516;QD=29.9693;RBI=0.0863282;REFB=-0.0268284;REVB=0.00934872;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977024;STB=0.5464;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.012319;OID=.;OPOS=140993859;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:13:11:4:9:14:11:4:9 chrX 140993864 . T C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0110486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.684;QD=23.6751;RBI=0.0208761;REFB=-0.00523845;REVB=-0.0177127;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789132;STB=0.544;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00201749;OID=.;OPOS=140993864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:11:10:6:10:11:10:6:10 chrX 140993875 . G C 79.82 PASS AF=0.318182;AO=8;DP=25;FAO=7;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.040697;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.291;QD=14.5121;RBI=0.0408576;REFB=-0.0208127;REVB=0.00361896;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.734638;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.01092;OID=.;OPOS=140993875;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:22:13:12:8:7:0.318182:5:3:8:5:5:2:8:4 chrX 140993877 . C A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0116166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.004;QD=12.8689;RBI=0.02459;REFB=-0.0121738;REVB=0.0216731;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385972;STB=0.711936;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.022237;OID=.;OPOS=140993877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:3:8:5:10:3:8:6:10 chrX 140994171 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.414;QD=47.8223;RBI=0.0422089;REFB=0;REVB=-0.000905317;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679501;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chrX 140994280 . A G 159.74 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.094;QD=45.6394;RBI=0.0488163;REFB=0;REVB=0.047461;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337273;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chrX 141290865 . C T 990.2 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3273;QD=59.1167;RBI=0.0135213;REFB=0;REVB=-0.000864713;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44784e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chrX 141291098 . CG C 122.22 PASS AF=0.833333;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0371905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.3979;QD=27.1593;RBI=0.0715732;REFB=-0.0566588;REVB=0.0611522;RO=4;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0.479263;SSEP=0;SSSB=0.388068;STB=0.736424;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0298634;OID=.;OPOS=141291099;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:14:18:15:18:3:14:1:1:2:15:4:13:1:2:2 chrX 141291149 . CA C 140.56 PASS AF=0.941176;AO=13;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.258424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.221;QD=33.0736;RBI=0.258756;REFB=-0.0510225;REVB=0.0131031;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100906;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=del;VARB=0.0285041;OID=.;OPOS=141291150;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.941176:13:17:16:17:1:11:5:0:1:7:3:9:4:2:1 chrX 142285252 . TC T,TT 857.54 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=6,54;DP=60;FAO=2,58;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221767,0.0255013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=282.242,304.774;QD=57.1695;RBI=0.0582673,0.0568712;REFB=0,0;REVB=0.053882,0.0508332;RO=0;SAF=3,28;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.52846e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0616282,-0.0012676;OID=.,.;OPOS=142285253,142285253;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0333333,0.966667:6,54:60:2,58:60:0:0,31:2,27:0:0:5:0:3,28:3,26:0:0 chrX 142517782 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.353;QD=43.4862;RBI=0.0278153;REFB=0;REVB=0.0250464;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95241e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chrX 142596941 . C G 470.06 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977156;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.735;QD=58.7573;RBI=0.0177313;REFB=0;REVB=0.0147958;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127274;OID=.;OPOS=142596941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chrX 142716114 . G A 1163.55 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0157718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.811;QD=58.1775;RBI=0.0158248;REFB=-0.00583884;REVB=-0.00129415;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.500321;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=1.72261e-05;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:38:40:1:0:38:40:1:1 chrX 142716660 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.45;QD=53.2764;RBI=0.0210927;REFB=0;REVB=-0.0175992;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88284e-05;OID=.;OPOS=142716660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrX 142795225 . G A 208.78 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0736164;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.242;QD=29.8255;RBI=0.0760757;REFB=-0.0988735;REVB=0.0191868;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239843;STB=0.64691;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0182774;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:28:8:9:19:19:0.678571:8:11:1:7:8:11:1:8 chrX 142795438 . G T 724.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.18;QD=63.0075;RBI=0.0276782;REFB=0;REVB=0.0227256;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.882e-05;OID=.;OPOS=142795438;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chrX 142967468 . T G 656.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007184;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4279;QD=62.4916;RBI=0.00721127;REFB=0;REVB=-0.00062657;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882762;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chrX 142968082 . A C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.475;QD=48.626;RBI=0.0211808;REFB=0.0154697;REVB=-0.00588075;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-3.89675e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:13:9:0:0:13:9:0:1 chrX 144337289 . A G 1102.28 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6706;QD=58.7884;RBI=0.0598515;REFB=-0.117156;REVB=-0.0291349;RO=1;SAF=46;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101746;STB=0.505375;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00220753;OID=.;OPOS=144337289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:28:46:1:0:28:46:1:0 chrX 144904882 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.386;QD=42.1827;RBI=0.0178143;REFB=0;REVB=-0.0081007;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0367e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chrX 144910142 . G A 941.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112145;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.644;QD=58.8481;RBI=0.0116588;REFB=0;REVB=0.00318768;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100627;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chrX 144910936 . C T 491.46 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.909;QD=57.8186;RBI=0.0348911;REFB=0;REVB=0.0150048;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289463;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chrX 147014960 . C T 2170.95 PASS AF=0.979167;AO=138;DP=141;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0428381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6555;QD=60.3042;RBI=0.0461864;REFB=-0.0882138;REVB=-0.0172649;RO=3;SAF=71;SAR=67;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061597;STB=0.503252;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00114595;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:144:3:3:138:141:0.979167:67:71:2:1:69:72:2:1 chrX 147088249 . C T 1101.38 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065382;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.562;QD=60.3498;RBI=0.00850667;REFB=0;REVB=-0.005442;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148429;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:33:40:0:0 chrX 147903704 . C T 1433.74 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2193;QD=63.0214;RBI=0.0683403;REFB=0;REVB=-0.0476635;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000324103;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:38:53:0:0:38:53:0:0 chrX 147903927 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.323;QD=55.6528;RBI=0.0457608;REFB=0;REVB=-0.0103708;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236909;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chrX 148628490 . A T 219.99 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.96;QD=48.887;RBI=0.0033366;REFB=0;REVB=0.000397678;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233232;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:12:6:0:0 chrX 148798223 . T C 941.03 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.264;QD=57.0322;RBI=0.0259441;REFB=-0.064026;REVB=0.0224869;RO=1;SAF=50;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935636;STB=0.504949;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000119783;OID=.;OPOS=148798223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:15:50:1:0:15:50:1:0 chrX 149013727 . A G 273.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.862;QD=49.7343;RBI=0.0735523;REFB=0;REVB=0.0713821;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023173;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:10:12:0:0 chrX 149919523 . C CG 110.25 PASS AF=0.248555;AO=42;DP=175;FAO=43;FDP=173;FR=.;FRO=130;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=79;FWDB=0.000927043;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.671;QD=2.54915;RBI=0.0890623;REFB=-0.0664208;REVB=0.0890575;RO=133;SAF=2;SAR=40;SRF=53;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631912;STB=0.819458;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.13534;OID=.;OPOS=149919524;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248555:42:175:43:173:130:4:39:51:79:99:133:2:40:53:80 chrX 149931106 . C T 1043.79 PASS AF=0.935897;AO=72;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0075176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.23;QD=53.5278;RBI=0.0130921;REFB=-0.0523937;REVB=0.0107186;RO=5;SAF=40;SAR=32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030445;STB=0.51557;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00109784;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:78:78:5:5:72:73:0.935897:32:40:4:1:32:41:4:1 chrX 149933341 . T C 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.633;QD=60.2046;RBI=0.0449096;REFB=0;REVB=0.0424727;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64846e-05;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chrX 150840185 . T C 1285.32 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=92;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0352191;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.376;QD=56.4978;RBI=0.055162;REFB=-0.127851;REVB=0.0424554;RO=2;SAF=47;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201925;STB=0.519132;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000770997;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:92:91:2:5:86:86:0.945055:39:47:1:1:39:47:1:4 chrX 150869267 . A G 1511.53 PASS AF=0.969697;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=69;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00328835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.758;QD=61.0718;RBI=0.0432001;REFB=-0.0957036;REVB=0.0430748;RO=1;SAF=70;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193425;STB=0.505493;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000992468;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:94:96:0.969697:24:70:0:1:27:69:1:1 chrX 150909307 . G T 471.54 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.083896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2635;QD=55.4748;RBI=0.103256;REFB=-0.0875986;REVB=-0.0601935;RO=1;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490904;STB=0.526299;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00401773;OID=.;OPOS=150909307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:24:9:1:0:24:9:1:0 chrX 151125971 . A G 1645.57 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.776;QD=59.2998;RBI=0.0459933;REFB=0;REVB=0.0457927;RO=1;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00784689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162195;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:111:111:1:0:110:111:1:60:50:0:1:61:50:0:0 chrX 151127123 . GA G 67.88 PASS AF=0.5625;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0965279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.0448;QD=16.9688;RBI=0.105663;REFB=-0.0465103;REVB=-0.0429774;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.817436;STB=0.860661;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.08908;OID=.;OPOS=151127124;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:7:15:9:16:7:1:8:6:1:25:7:0:7:6:1 chrX 151129822 . G A 1305.01 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223371;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.89;QD=62.1435;RBI=0.0339809;REFB=0;REVB=-0.0256077;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11215e-05;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chrX 151303393 . C T 421.4 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.811;QD=54.3739;RBI=0.0147984;REFB=-0.0649081;REVB=-0.00828892;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059846;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:30:31:1:18:12:1:0:18:13:0:0 chrX 151303596 . C T 191.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.053;QD=47.8993;RBI=0.0550986;REFB=0;REVB=-0.0296396;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74136e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chrX 151899913 . T C 935.78 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.762;QD=58.4863;RBI=0.0190844;REFB=0;REVB=0.0115392;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89978e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:34:27:0:0:34:30:0:0 chrX 151904488 . C A 742.89 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00771814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.945;QD=59.4314;RBI=0.00782886;REFB=-0.0333769;REVB=-0.00131203;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494209;STB=0.526305;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000806309;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:47:48:0.96:18:29:0:2:18:30:0:2 chrX 151935824 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.483;QD=46.8478;RBI=0.0167836;REFB=0;REVB=-0.00808529;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7842e-05;OID=.;OPOS=151935824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 152018832 . T G 648.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00988882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.39;QD=61.7945;RBI=0.0382043;REFB=0;REVB=0.0369023;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77279e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:14:25:0:0:16:26:0:0 chrX 152083006 . G C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4979;QD=64.1527;RBI=0.0369429;REFB=0;REVB=0.0364556;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253716;OID=.;OPOS=152083006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chrX 152083012 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0774;QD=64.4152;RBI=0.062792;REFB=0;REVB=0.000809525;RO=0;SAF=38;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771426;OID=.;OPOS=152083012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:12:38:0:0:12:38:0:0 chrX 152083059 . G A 564.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7821;QD=59.4515;RBI=0.0780264;REFB=0;REVB=0.0129595;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827446;OID=.;OPOS=152083059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chrX 152083089 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.45;QD=56.7059;RBI=0.015241;REFB=0;REVB=0.00963955;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00857e-05;OID=.;OPOS=152083089;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chrX 152226542 . T C 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0608245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3535;QD=57.8339;RBI=0.0687259;REFB=-0.0868433;REVB=0.031994;RO=1;SAF=56;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836864;STB=0.504423;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00113881;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:13:56:1:0:13:56:1:0 chrX 152227929 . C T 2800.36 PASS AF=0.983696;AO=180;DP=184;FAO=181;FDP=184;FR=.;FRO=3;FSAF=87;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00666588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.832;QD=60.8775;RBI=0.00880971;REFB=-0.0117819;REVB=0.00575995;RO=2;SAF=86;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000465809;STB=0.502406;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000104796;OID=.;OPOS=152227929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:184:184:2:3:180:181:0.983696:94:86:1:1:94:87:1:2 chrX 152228447 . G A 520.98 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.384;QD=59.5402;RBI=0.0650746;REFB=0;REVB=0.035285;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388845;OID=.;OPOS=152228447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:30:35:1:18:12:0:0:19:16:0:0 chrX 152228522 . GT G,GC 212.56 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0807142,0.00250832;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=29.7764,42.798;QD=47.236;RBI=0.0937809,0.0770982;REFB=0,0;REVB=-0.0477503,0.0770574;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0872724,-0.00319483;OID=.,.;OPOS=152228523,152228523;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:0,2:1,15:0:0:4:0:0,2:2,14:0:0 chrX 152228548 . G A 262.63 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00112727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.0387;QD=40.4046;RBI=0.0912366;REFB=-0.114632;REVB=0.0912296;RO=2;SAF=1;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447945;STB=0.732269;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155262;OID=.;OPOS=152228548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:2:4:22:22:0.846154:21:1:2:0:21:1:2:2 chrX 152482796 . C T 833.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00372053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0961;QD=57.5134;RBI=0.0227583;REFB=0;REVB=-0.0224521;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207165;OID=.;OPOS=152482796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chrX 152482917 . T C 667.79 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556227;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.956;QD=60.7085;RBI=0.0612625;REFB=0;REVB=0.0256751;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153568;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:29:13:0:0:29:15:0:0 chrX 152483030 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.815;QD=57.7085;RBI=0.0357233;REFB=0;REVB=0.0343322;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21367e-05;OID=.;OPOS=152483030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chrX 152609668 . T C 1800.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.622;QD=61.0312;RBI=0.0489537;REFB=0;REVB=0.0452781;RO=0;SAF=71;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66423e-05;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:108:118:0:0:108:118:1:37:71:0:0:46:72:0:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 418.65 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233482;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=9;MLLD=344.442;QD=57.7451;RBI=0.0251675;REFB=0;REVB=0.00939493;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.57371e-05;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:29:29:0:15:14:0:0:4:0:15:14:0:0 chrX 152610985 . T C 1404.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.154;QD=62.4088;RBI=0.0407432;REFB=0;REVB=0.00466839;RO=0;SAF=61;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90417e-05;OID=.;OPOS=152610985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:27:61:0:0:27:63:0:0 chrX 152613112 . C T 781.77 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0975093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.271;QD=52.1178;RBI=0.09905;REFB=-0.138134;REVB=0.017402;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269356;STB=0.503648;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00358668;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:60:2:3:57:57:0.95:34:23:0:2:34:23:1:2 chrX 152613702 . A G 1965.49 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0261332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.943;QD=59.5604;RBI=0.0266173;REFB=-0.0537323;REVB=0.00505345;RO=1;SAF=73;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00841068;STB=0.50537;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000298014;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:132:132:1:3:129:129:0.977273:56:73:0:1:56:73:1:2 chrX 152616261 . T C 606.12 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5744;QD=57.7255;RBI=0.070417;REFB=-0.108561;REVB=0.0565763;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00378185;OID=.;OPOS=152616261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:42:1:1:39:41:0.97619:20:19:0:1:21:20:0:1 chrX 152616430 . T G 506.83 PASS AF=1;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537996;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.303;QD=59.6276;RBI=0.055396;REFB=0;REVB=0.0132032;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100137;OID=.;OPOS=152616430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:30:34:1:20:10:0:0:21:13:0:0 chrX 152616701 . C A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.381;QD=51.9114;RBI=0.014627;REFB=0;REVB=-0.0128184;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67949e-05;OID=.;OPOS=152616701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chrX 152616741 . A T 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.455;QD=55.0093;RBI=0.0232447;REFB=-0.143032;REVB=-0.0208914;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00112989;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chrX 152616952 . A G 1540.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.066;QD=59.8288;RBI=0.0196287;REFB=0;REVB=0.0181301;RO=0;SAF=71;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71711e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:32:71:0:0:32:71:0:0 chrX 152771509 . C T 2330.09 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711356;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.856;QD=59.7459;RBI=0.0807431;REFB=0;REVB=0.038199;RO=0;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382296;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:156:0:0:149:156:1:73:76:0:0:73:83:0:0 chrX 152815089 . A G 759.38 PASS AF=1;AO=41;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742637;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.251;QD=57.312;RBI=0.0755955;REFB=0;REVB=0.0141275;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201102;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:41:53:1:26:15:0:0:25:28:0:0 chrX 152846545 . T G 50.58 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0089265;FXX=0.105208;HRUN=15;LEN=1;MLLD=124.228;QD=11.9002;RBI=0.13554;REFB=0.00913418;REVB=-0.135246;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.00180682;OID=.;OPOS=152846545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:14:17:0:10:6:7:0.411765:2:4:0:0:3:4:6:4 chrX 152936626 . AG A 142.56 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=43;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.106001;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.58029;QD=12.6723;RBI=0.227554;REFB=-0.048517;REVB=0.201356;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22193;STB=0.555683;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=0.0691678;OID=.;OPOS=152936627;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:22:43:30:45:15:17:13:6:9:34:13:14:8:4:9 chrX 152938234 . GGC G,GG 72.96 PASS AF=0,0.823529;AO=5,5;DP=17;FAO=0,14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=0,4;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.145256,0.136882;FXX=0;HRUN=3,5;LEN=2,1;MLLD=13.1474,10.6117;QD=17.1663;RBI=0.225433,0.172742;REFB=0.0359602,-0.0621844;REVB=-0.172397,0.105371;RO=5;SAF=1,0;SAR=4,5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.243808,0;SSSB=-0.363118,-0.755783;STB=0.5,0.576808;STBP=1,0.287;TYPE=del,del;VARB=0,0.0847014;OID=.,.;OPOS=152938235,152938236;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.823529:5,5:17:0,14:17:3:0,4:0,10:2:1:15:5:1,0:4,5:3:2 chrX 152959774 . TCC CCT,TC,T 893.32 PASS AF=0.049505,0.891089,0;AO=5,25,16;DP=100;FAO=5,90,0;FDP=101;FR=.;FRO=6;FSAF=5,43,0;FSAR=0,47,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0388714,-0.244181,-0.12399;FXX=0;HRUN=1,3,3;LEN=3,1,2;MLLD=37.0351,12.5584,11.3329;QD=35.3789;RBI=0.298022,1.04469,0.532298;REFB=0.0359148,0.132284,0.0805336;REVB=0.295476,1.01575,0.517656;RO=52;SAF=5,25,16;SAR=0,0,0;SRF=6;SRR=46;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.712329,0.712329;SSSB=0.792501,0.87817,0.863891;STB=0.5,0.532601,0.5;STBP=1,0.023,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.12964,-0.0116838,0.023912;OID=.,.,.;OPOS=152959774,152959775,152959775;OREF=TCC,C,CC;OALT=CCT,-,-;OMAPALT=CCT,TC,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:100:101:52:6:5,25,16:5,90,0:0.049505,0.891089,0:0,0,0:5,25,16:6:46:0,47,0:5,43,0:6:0 chrX 153039502 . G C 677.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.867;QD=61.584;RBI=0.0218624;REFB=0;REVB=-0.0088865;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926485;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:23:19:0:0:23:21:0:0 chrX 153041544 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.524;QD=64.4149;RBI=0.0764836;REFB=0;REVB=0.0718855;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242741;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chrX 153045812 . C T 1870.29 PASS AF=0.976562;AO=123;DP=128;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0196091;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.404;QD=58.4466;RBI=0.036051;REFB=-0.148268;REVB=0.0302516;RO=4;SAF=65;SAR=58;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166856;STB=0.504574;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000812045;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:128:4:3:123:125:0.976562:58:65:1:3:59:66:1:2 chrX 153048655 . CCA C,CC,CCC 621.13 PASS AF=0.0952381,0.333333,0.571429;AO=9,12,23;DP=44;FAO=4,14,24;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=4,14,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=310.774,314.425,313.863;QD=59.1549;RBI=0.0119659,0.0108621,0.00988826;REFB=0,0,0;REVB=0.0119659,0.0108621,0.00988826;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=9,12,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0031,-0.00568138,0.0069955;OID=.,.,.;OPOS=153048656,153048657,153048657;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0952381,0.333333,0.571429:9,12,23:44:4,14,24:42:0:0,0,0:4,14,24:0:0:22:0:0,0,0:9,12,23:0:0 chrX 153049535 . A G 862.51 PASS AF=1;AO=43;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.244309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.663;QD=56.5578;RBI=0.24431;REFB=0;REVB=-0.000585384;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858113;OID=.;OPOS=153049535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:43:61:1:30:13:0:0:38:23:0:0 chrX 153050983 . T TA 998.23 PASS AF=1;AO=28;DP=213;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122144;FXX=0.443328;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.1167;QD=35.3357;RBI=0.12317;REFB=0;REVB=-0.0158601;RO=185;SAF=27;SAR=1;SRF=86;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00428017;OID=.;OPOS=153050984;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:213:113:113:0:105:8:0:0:8:185:27:1:86:99 chrX 153050984 . G A,C 2990.77 PASS AF=0.866337,0.133663;AO=173,28;DP=203;FAO=175,27;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=78,26;FSAR=97,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253222,0.00920018;FXX=0.00492587;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.4522,14.1085;QD=59.2232;RBI=0.0304309,0.0582708;REFB=-0.0116173,-0.00709643;REVB=-0.0168768,-0.05754;RO=1;SAF=76,27;SAR=97,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00622182,-0.0169353;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000957474,0.0564824;OID=.,.;OPOS=153050984,153050984;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:203:202:1:0:173,28:175,27:0.866337,0.133663:97,1:76,27:1:0:97,1:78,26:0:0 chrX 153051907 . G A 718.62 PASS AF=1;AO=26;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144005;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.63;QD=57.4892;RBI=0.0548861;REFB=0;REVB=0.0529633;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155589;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:26:50:1:3:23:0:0:26:24:0:0 chrX 153073319 . G A 3030.71 PASS AF=0.990099;AO=199;DP=203;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=97;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0542792;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.369;QD=60.0141;RBI=0.0558089;REFB=-0.112107;REVB=0.0129769;RO=2;SAF=97;SAR=102;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000238236;STB=0.500149;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000258204;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:203:202:2:2:199:200:0.990099:102:97:1:1:103:97:1:1 chrX 153149708 . G GC,GCT 1266.79 PASS AF=1,0;AO=70,11;DP=96;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174473,-0.0154457;FXX=0.0119033;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=220.524,199.478;QD=61.0503;RBI=0.0195113,0.0204607;REFB=0,0;REVB=0.00873402,0.0134189;RO=14;SAF=37,3;SAR=33,8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103839,-0.520586;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-2.6871e-05,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:70,11:96:83,0:83:0:41,0:42,0:0:0:7:14:37,3:33,8:12:2 chrX 153149715 . C G 1163.68 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0113108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.493;QD=58.1842;RBI=0.0318044;REFB=-0.0694823;REVB=-0.0297251;RO=2;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606876;STB=0.500321;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0010947;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:2:2:78:78:0.975:38:40:1:1:38:40:1:1 chrX 153171993 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.134;QD=46.848;RBI=0.0101736;REFB=0;REVB=0.00479245;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150402;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 153176254 . A G 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.755;QD=62.0063;RBI=0.0309939;REFB=0;REVB=0.0278393;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24429e-05;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chrX 153218365 . C A 817.04 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9979;QD=57.3361;RBI=0.102983;REFB=0;REVB=0.0754209;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980753;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:55:57:1:23:32:0:0:25:32:0:0 chrX 153219665 . C T 368.83 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0118293;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2932;QD=52.6898;RBI=0.0533903;REFB=-0.115761;REVB=0.0520633;RO=1;SAF=8;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00309433;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:1:1:27:27:0.964286:19:8:1:0:19:8:1:0 chrX 153220360 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0981096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7941;QD=40.7602;RBI=0.0981096;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00583342;OID=.;OPOS=153220360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chrX 153221657 . T C 310.28 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168953;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.28;QD=53.9625;RBI=0.0284293;REFB=0;REVB=-0.0228643;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39353e-05;OID=.;OPOS=153221657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chrX 153222835 . G C 903.51 PASS AF=0.928571;AO=65;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0381982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9522;QD=51.6292;RBI=0.0743029;REFB=-0.221198;REVB=0.0637324;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.537302;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0043264;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:70:70:0:5:65:65:0.928571:31:34:0:0:31:34:0:5 chrX 153223623 . C T 1865.39 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00750624;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.462;QD=60.663;RBI=0.0258691;REFB=-0.0871031;REVB=0.0247562;RO=0;SAF=73;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503401;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000156289;OID=.;OPOS=153223623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:123:0:1:122:122:0.99187:49:73:0:0:49:73:1:0 chrX 153247720 . G GT 298.32 PASS AF=1;AO=13;DP=62;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735836;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.66115;QD=22.0976;RBI=0.141072;REFB=0;REVB=0.120361;RO=49;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0060827;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:62:54:54:0:33:21:0:0:8:49:11:2:26:23 chrX 153247722 . C G,T 771.13 PASS AF=0.224138,0.758621;AO=13,44;DP=58;FAO=13,44;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=12,21;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115978,0.0350705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.2172,46.7929;QD=53.1815;RBI=0.0524275,0.0607026;REFB=-0.113988,-0.0743994;REVB=0.0511286,0.0495465;RO=1;SAF=12,21;SAR=1,23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294909,0.0199884;STB=0.666346,0.510633;STBP=0.064,0.525;TYPE=snp,snp;VARB=0.045004,0.0038087;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:83:58:58:1:1:13,44:13,44:0.224138,0.758621:1,23:12,21:0:1:1,23:12,21:0:1 chrX 153247745 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.182;QD=63.8693;RBI=0.013645;REFB=0;REVB=0.0100287;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73535e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:18:29:0:0:19:29:0:0 chrX 153247954 . C T 1394.21 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0334631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.341;QD=59.328;RBI=0.0423365;REFB=-0.17529;REVB=0.0259344;RO=3;SAF=57;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242935;STB=0.512818;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00194764;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:34:57:3:0:34:57:3:0 chrX 153248248 . G A 4360.48 PASS AF=1;AO=275;DP=277;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517574;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.264;QD=63.1953;RBI=0.030494;REFB=0;REVB=0.0300516;RO=0;SAF=194;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28919e-05;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:277:276:0:0:275:276:1:81:194:0:0:81:195:0:0 chrX 153629155 . A G 740.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042674;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.126;QD=54.8823;RBI=0.0465844;REFB=-0.020077;REVB=-0.0186824;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00122453;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:20:33:0:1:20:33:0:1 chrX 153633359 . G C 1068.27 PASS AF=0.960526;AO=74;DP=78;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0485367;FXX=0.0256377;HRUN=5;LEN=1;MLLD=174.547;QD=56.2249;RBI=0.0550558;REFB=-0.135846;REVB=0.0259871;RO=3;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298561;STB=0.515785;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00309456;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:76:3:3:74:73:0.960526:46:28:0:3:46:27:0:3 chrX 153649813 . G C 2292.67 PASS AF=1;AO=127;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143079;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.664;QD=60.3335;RBI=0.143346;REFB=0;REVB=0.00873457;RO=0;SAF=18;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170801;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:152:0:0:127:152:1:109:18:0:0:121:31:0:0 chrX 153657083 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.724;QD=40.7628;RBI=0.0713625;REFB=0;REVB=-0.0326032;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409127;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 153688564 . TG T 67.92 PASS AF=0.487179;AO=13;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0291666;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.07278;QD=6.96629;RBI=0.134939;REFB=-0.114963;REVB=-0.131749;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35252;STB=0.560381;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0961551;OID=.;OPOS=153688565;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:13:39:19:39:20:16:3:18:2:50:18:9:4:17:1 chrX 153908497 . C G 727.79 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.565;QD=63.2864;RBI=0.017589;REFB=0;REVB=0.0165413;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60665e-05;OID=.;OPOS=153908497;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chrX 153927759 . T TG 40.59 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0509367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.1516;QD=6.01395;RBI=0.0515417;REFB=-0.0359494;REVB=-0.00787397;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428491;STB=0.7992;STBP=0.057;TYPE=ins;VARB=0.0738204;OID=.;OPOS=153927760;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:27:9:27:18:1:8:8:10:40:19:1:7:8:11 chrX 153994596 . G T 1062.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.846;QD=59.8558;RBI=0.0168452;REFB=0;REVB=-0.00887437;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4639e-06;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:34:36:0:0:34:37:0:0 chrX 154158201 . T G 675.84 PASS AF=0.912281;AO=53;DP=58;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.06378;FXX=0.0172384;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.1146;QD=47.4277;RBI=0.0976201;REFB=-0.141799;REVB=0.073904;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171308;STB=0.527973;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0155543;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:57:1:5:53:52:0.912281:27:26:0:1:27:25:4:1 chrX 154456747 . A G 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.091;QD=59.0026;RBI=0.0621649;REFB=0;REVB=0.028499;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198598;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chrX 154741332 . ACC ACA,AC 858.84 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=6,36;DP=82;FAO=6,76;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=6,42;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486413,-0.13669;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=182.995,13.6891;QD=41.8948;RBI=0.228887,0.823595;REFB=0,0;REVB=0.223659,0.812173;RO=32;SAF=6,33;SAR=0,3;SRF=1;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0.8;SSSB=0.86618,0.751958;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.055127,-0.018024;OID=.,.;OPOS=154741334,154741333;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0731707,0.926829:6,36:82:6,76:82:0:6,42:0,34:0:0:21:32:6,33:0,3:1:31 chrX 155004437 . G T 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.638;QD=62.9777;RBI=0.0349617;REFB=0;REVB=-0.0303761;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33622e-05;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chrX 155005254 . C T 1775.69 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4331;QD=60.1928;RBI=0.0524142;REFB=0;REVB=0.0215687;RO=1;SAF=66;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329134;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:118:1:0:117:118:1:51:66:1:0:51:67:0:0 chrX 155006050 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.459;QD=51.1809;RBI=0.0951391;REFB=0;REVB=-0.0803008;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00379592;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chrX 155006982 . A T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8307;QD=63.2849;RBI=0.0500086;REFB=0;REVB=-0.0245312;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166849;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chrX 155007278 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.758;QD=63.2851;RBI=0.157136;REFB=0;REVB=0.0231144;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124903;OID=.;OPOS=155007278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chrX 155007296 . ATTA ATTT,TAAA 125.54 PASS AF=0.75,0.25;AO=7,3;DP=12;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593499,0.0146989;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=212.659,149.622;QD=41.8479;RBI=0.0737731,0.0341499;REFB=0,0;REVB=0.0438186,0.0308247;RO=0;SAF=1,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00909533,0.0127181;OID=.,.;OPOS=155007299,155007296;OREF=A,ATT;OALT=T,TAA;OMAPALT=ATTT,TAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:12:12:0:0:7,3:9,3:0.75,0.25:6,0:1,3:0:0:7,0:2,3:0:0 chrX 155008583 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.404;QD=53.9099;RBI=0.0567314;REFB=0;REVB=0.00182493;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771473;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chrX 155008671 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.58;QD=59.5372;RBI=0.0293388;REFB=-0.0208362;REVB=0.0234984;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000437511;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:0:1:39:39:0:1 chrX 155009102 . G A 739.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.466;QD=62.9683;RBI=0.151388;REFB=0;REVB=0.0283098;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693996;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:21:26:0:0 chrX 155009225 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9576;QD=56.1908;RBI=0.0128913;REFB=0;REVB=0.00844382;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164714;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chrX 155009661 . A C 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.841;QD=56.9542;RBI=0.0581662;REFB=0;REVB=-0.0139789;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35593e-05;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chrX 155009829 . C T 919.06 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00866843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.59;QD=54.0624;RBI=0.0092844;REFB=-0.0125715;REVB=0.00332541;RO=3;SAF=42;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325534;STB=0.517236;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000112457;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:3:3:65:65:0.955882:23:42:3:0:23:42:3:0 chrX 155009856 . T C 902.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.177;QD=58.2215;RBI=0.0480304;REFB=0;REVB=-0.00741263;RO=0;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36983e-05;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:20:41:0:0:20:42:0:0 chrX 155009935 . C A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.064;QD=57.0007;RBI=0.066946;REFB=0;REVB=0.0570232;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128008;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chrX 155010062 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=60.6097;RBI=0.034998;REFB=0;REVB=0.00961655;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.4475e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chrX 155010077 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.814;QD=59.0187;RBI=0.0363381;REFB=0;REVB=0.0342255;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42702e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chrX 155010230 . A C 762.84 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341435;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2272;QD=56.5068;RBI=0.0741464;REFB=0;REVB=0.0658173;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047171;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:21:33:0:0 chrX 155010308 . G A 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0347;QD=62.6129;RBI=0.0510429;REFB=0;REVB=-0.0502534;RO=0;SAF=52;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235008;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:36:52:0:0:36:52:0:0 chrX 155011012 . T C 1490.09 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993611;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.947;QD=63.408;RBI=0.0102583;REFB=0;REVB=-0.0025507;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52518e-05;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:86:94:1:27:59:0:0:32:62:0:0 chrX 155011216 . T A 296.59 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00833093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.113;QD=49.4318;RBI=0.0175508;REFB=-0.117485;REVB=-0.0154475;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00139257;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chrX 155011276 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.585;QD=50.134;RBI=0.031089;REFB=-0.0306794;REVB=0.0286615;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000181858;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chrX 155011472 . T A 692.3 PASS AF=0.94;AO=45;DP=49;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00249163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.113;QD=55.3839;RBI=0.0425326;REFB=-0.229355;REVB=0.0424596;RO=2;SAF=29;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313147;STB=0.503155;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00284198;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:50:2:3:45:47:0.94:16:29:2:0:18:29:2:1 chrX 155011926 . T C 1885.48 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=125;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.228;QD=59.8566;RBI=0.0200207;REFB=-0.0413937;REVB=0.0137446;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.506943;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0002297;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:126:0:2:123:124:0.984127:70:53:0:0:71:53:0:2 chrX 155227464 . C T 5087.31 PASS AF=1;AO=294;DP=295;FAO=331;FDP=331;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.649;QD=61.478;RBI=0.064854;REFB=-0.0606591;REVB=0.0524304;RO=0;SAF=99;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64297e-05;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:295:331:0:0:294:331:1:195:99:0:0:211:120:0:0 chrX 155235014 . C T 3448.33 PASS AF=0.978632;AO=214;DP=223;FAO=229;FDP=234;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=126;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0126935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.829;QD=58.9457;RBI=0.0410716;REFB=-0.127801;REVB=0.0390608;RO=3;SAF=98;SAR=116;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553308;STB=0.507547;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000770145;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:223:234:3:5:214:229:0.978632:116:98:2:1:126:103:4:1 chrX 155239824 . A G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0335227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.019;QD=13.206;RBI=0.0625609;REFB=-0.045675;REVB=0.0528213;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237631;OID=.;OPOS=155239824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chrX 155252014 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.099;QD=37.4878;RBI=0.011717;REFB=0;REVB=-0.0090658;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71321e-05;OID=.;OPOS=155252014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chrX 155252758 . A G 802.16 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.055;QD=64.1728;RBI=0.0982961;REFB=0;REVB=0.0283762;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053067;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:43:50:1:28:15:0:0:28:22:0:0 chrX 155252868 . T A 30.8 PASS AF=0.0691489;AO=13;DP=188;FAO=13;FDP=188;FR=.;FRO=175;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=-0.0507864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.993;QD=0.655357;RBI=0.088149;REFB=-0.00673964;REVB=-0.0720485;RO=174;SAF=10;SAR=3;SRF=85;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305869;STB=0.761183;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0692423;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:188:188:174:175:13:13:0.0691489:3:10:85:89:3:10:86:89 chrX 155254994 . G A 260.65 PASS AF=0.161094;AO=53;DP=330;FAO=53;FDP=329;FR=.;FRO=276;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=152;FSRR=124;FWDB=-0.0720417;FXX=0.00303021;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7965;QD=3.16898;RBI=0.076679;REFB=-0.0174576;REVB=0.0262616;RO=274;SAF=24;SAR=29;SRF=151;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126564;STB=0.581556;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0927131;OID=.;OPOS=155254994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:329:274:276:53:53:0.161094:29:24:151:123:29:24:152:124 chrY 10034887 . CC CG,TG 111.82 PASS AF=0.2,0.2;AO=7,7;DP=35;FAO=7,7;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2;FSAR=6,5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0102446,-0.0219418;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=60.8771,205.68;QD=12.7791;RBI=0.0650774,0.0339088;REFB=-0.00696484,-0.00953355;REVB=0.064266,0.0258527;RO=21;SAF=1,2;SAR=6,5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.482349,-0.283315;STB=0.817191,0.683671;STBP=0.083,0.32;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0169374,0.00565485;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:35:35:21:21:7,7:7,7:0.2,0.2:6,5:1,2:11:10:6,5:1,2:11:10 chrY 10034941 . C A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00356722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.017;QD=8.89988;RBI=0.00594834;REFB=-0.0114504;REVB=0.00476001;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314847;STB=0.693514;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0367571;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:8:3:14:12:8:3:14:12 chrY 10034954 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0283294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.553;QD=7.96573;RBI=0.0288542;REFB=-0.00215657;REVB=0.00547773;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282484;STB=0.675777;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0169626;OID=.;OPOS=10034954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:14:12:7:3:14:12 chrY 10035664 . C G 651.36 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.922;QD=62.0345;RBI=0.0655171;REFB=0;REVB=0.0319653;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573707;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:20:22:0:0 chrY 10036057 . GT AC 529.85 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=61;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00106677;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=2;MLLD=189.397;QD=35.9217;RBI=0.0141866;REFB=-0.00191004;REVB=-0.0141465;RO=14;SAF=33;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253729;STB=0.637215;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.00092214;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:61:59:14:14:45:45:0.762712:12:33:3:11:12:33:3:11 chrY 10036088 . A G 5391.76 PASS AF=0.927318;AO=369;DP=399;FAO=370;FDP=399;FR=.;FRO=29;FSAF=262;FSAR=108;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00513586;FXX=0.00498741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.716;QD=54.0527;RBI=0.00968085;REFB=-0.0108493;REVB=-0.00820621;RO=29;SAF=261;SAR=108;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042525;STB=0.519488;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000700755;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:399:399:29:29:369:370:0.927318:108:261:13:16:108:262:14:15 chrY 10036105 . T C 7122.26 PASS AF=0.927203;AO=484;DP=523;FAO=484;FDP=522;FR=.;FRO=38;FSAF=379;FSAR=105;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00866046;FXX=0.00191201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.525;QD=54.5767;RBI=0.0430076;REFB=-0.019249;REVB=0.0421266;RO=35;SAF=379;SAR=105;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643081;STB=0.539728;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00153784;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:523:522:35:38:484:484:0.927203:105:379:15:20:105:379:15:23 chrY 10036107 . T C 7298.03 PASS AF=0.935238;AO=490;DP=529;FAO=491;FDP=525;FR=.;FRO=34;FSAF=383;FSAR=108;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0115509;FXX=0.00943378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.305;QD=55.604;RBI=0.0116935;REFB=-0.0335147;REVB=0.00182094;RO=33;SAF=383;SAR=107;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605499;STB=0.533448;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000612658;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:529:525:33:34:490:491:0.935238:107:383:14:19:108:383:14:20 chrY 10036132 . T C 7922.99 PASS AF=0.932056;AO=535;DP=575;FAO=535;FDP=574;FR=.;FRO=39;FSAF=420;FSAR=115;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00398682;FXX=0.00347216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3971;QD=55.2125;RBI=0.0140216;REFB=-0.0049243;REVB=0.0134429;RO=38;SAF=420;SAR=115;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743324;STB=0.540887;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000303629;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:575:574:38:39:535:535:0.932056:115:420:14:24:115:420:14:25 chrY 10036156 . G C 7674.95 PASS AF=0.922535;AO=524;DP=569;FAO=524;FDP=568;FR=.;FRO=44;FSAF=418;FSAR=106;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0017126;FXX=0.00175744;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.335;QD=54.049;RBI=0.0208942;REFB=-0.0363716;REVB=0.0208239;RO=41;SAF=418;SAR=106;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963995;STB=0.556238;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00409872;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:569:568:41:44:524:524:0.922535:106:418:13:28:106:418:13:31 chrY 10036164 . T C 7780.14 PASS AF=0.932743;AO=527;DP=566;FAO=527;FDP=565;FR=.;FRO=38;FSAF=416;FSAR=111;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0129339;FXX=0.00176675;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.838;QD=55.0806;RBI=0.0266409;REFB=0.0117615;REVB=0.0232906;RO=38;SAF=416;SAR=111;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771014;STB=0.54057;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000196925;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:566:565:38:38:527:527:0.932743:111:416:14:24:111:416:14:24 chrY 10036171 . A G 7779.22 PASS AF=0.932743;AO=526;DP=565;FAO=527;FDP=565;FR=.;FRO=38;FSAF=416;FSAR=111;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0436893;FXX=0.00176675;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.001;QD=55.0741;RBI=0.0438292;REFB=-0.00981988;REVB=-0.00349949;RO=38;SAF=415;SAR=111;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724621;STB=0.538146;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00043763;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:565:565:38:38:526:527:0.932743:111:415:15:23:111:416:15:23 chrY 10036189 . C CCGTT 7546.9 PASS AF=0.93956;AO=495;DP=559;FAO=513;FDP=546;FR=.;FRO=33;FSAF=407;FSAR=106;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00444269;FXX=0.0197483;HRUN=2;LEN=4;MLLD=193.029;QD=55.2887;RBI=0.00497935;REFB=-0.0210074;REVB=-0.00224866;RO=40;SAF=393;SAR=102;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860503;STB=0.53529;STBP=0;TYPE=ins;VARB=-3.2855e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.93956:495:559:513:546:33:407:106:13:20:59:40:393:102:15:25 chrY 10036204 . T C 7579.02 PASS AF=0.935424;AO=506;DP=544;FAO=507;FDP=542;FR=.;FRO=35;FSAF=409;FSAR=98;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0657598;FXX=0.0036764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1134;QD=55.9337;RBI=0.0875111;REFB=-0.0141386;REVB=0.0577394;RO=35;SAF=408;SAR=98;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760466;STB=0.540037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00113716;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:544:542:35:35:506:507:0.935424:98:408:14:21:98:409:14:21 chrY 10036229 . T C 5993.3 PASS AF=0.928899;AO=403;DP=434;FAO=405;FDP=436;FR=.;FRO=31;FSAF=349;FSAR=56;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00846134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.418;QD=54.9844;RBI=0.00949013;REFB=-0.0226902;REVB=0.00429747;RO=30;SAF=348;SAR=55;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117502;STB=0.564222;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00178275;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:434:436:30:31:403:405:0.928899:55:348:12:18:56:349:12:19 chrY 10036233 . G C 5366.57 PASS AF=0.91198;AO=371;DP=409;FAO=373;FDP=409;FR=.;FRO=36;FSAF=323;FSAR=50;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0391118;FXX=0.00486606;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.333;QD=52.4847;RBI=0.0424998;REFB=-0.0130138;REVB=-0.0166283;RO=36;SAF=321;SAR=50;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127207;STB=0.567283;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0019284;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:409:36:36:371:373:0.91198:50:321:17:19:50:323:17:19 chrY 10036269 . A G 942.29 PASS AF=0.816092;AO=71;DP=87;FAO=71;FDP=87;FR=.;FRO=16;FSAF=63;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0195339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.798;QD=43.3235;RBI=0.0208274;REFB=-0.024749;REVB=0.00722538;RO=16;SAF=63;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290122;STB=0.6566;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00658238;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:16:16:71:71:0.816092:8:63:7:9:8:63:7:9 chrY 10036277 . A G 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00322975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.83;QD=27.4996;RBI=0.0210868;REFB=0.00227269;REVB=0.020838;RO=10;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172439;STB=0.595568;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.000354361;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:8:11:3:7:8:11:3:7 chrY 10036280 . A G 216.28 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00384853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.173;QD=29.8323;RBI=0.0158811;REFB=0.0122644;REVB=-0.0154077;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142526;STB=0.583249;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00186825;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:8:11:3:6:8:12:3:6 chrY 10036362 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0347889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.815;QD=11.9197;RBI=0.0354576;REFB=-0.00629109;REVB=-0.00685376;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402505;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0335132;OID=.;OPOS=10036362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:6:2:5:2:7:2 chrY 10036374 . CA TG 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.000705675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.935;QD=9.7602;RBI=0.00974743;REFB=-0.00461254;REVB=-0.00972186;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520913;STB=0.810067;STBP=0.068;TYPE=mnp;VARB=0.00776104;OID=.;OPOS=10036374;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:10:2:5:2:10:2 chrY 10036383 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0187186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.016;QD=14.1699;RBI=0.0286611;REFB=-0.00722764;REVB=-0.0217042;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561974;STB=0.82697;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00282608;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:10:2:8:2:10:2 chrY 10036408 . C A 142.94 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0431099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.325;QD=20.4205;RBI=0.0478968;REFB=-0.0110449;REVB=0.020872;RO=4;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222789;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00240787;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:28:28:4:9:10:11:0.392857:6:4:0:4:6:5:5:4 chrY 10036422 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00466872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.728;QD=14.1955;RBI=0.0497553;REFB=0.000970661;REVB=-0.0495358;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329428;STB=0.5467;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00447983;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:22:15:15:0.405405:8:7:10:10:8:7:12:10 chrY 10036438 . C T 152.13 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00566314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.131;QD=13.2289;RBI=0.0761198;REFB=-0.0191665;REVB=-0.0759088;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0327935;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:8:9:14:14:8:9:14:15 chrY 10036483 . T C 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0217134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.87;QD=17.0892;RBI=0.0472136;REFB=0.0244661;REVB=0.0419244;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123881;STB=0.587637;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00719511;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:14:11:15:11:14:11:17:11 chrY 10036486 . C G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00457106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.235;QD=17.0884;RBI=0.0176693;REFB=-0.00349455;REVB=0.0170678;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155638;STB=0.587637;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00586683;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:17:11:14:11:17:11 chrY 10036503 . T C 62.23 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0281843;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.788;QD=4.52599;RBI=0.0296411;REFB=-0.00519588;REVB=0.00917816;RO=40;SAF=2;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481011;STB=0.82697;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.012614;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:40:45:10:10:0.181818:8:2:24:16:8:2:28:17 chrY 10036518 . C T 108.78 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0155538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.481;QD=7.13327;RBI=0.0156172;REFB=-0.0100398;REVB=0.00140501;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187818;STB=0.511468;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0248984;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:26:19:7:9:26:19 chrY 10036519 . G A 49.27 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0203943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.002;QD=3.23067;RBI=0.0233168;REFB=-0.00339752;REVB=-0.0113026;RO=45;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557538;STB=0.518478;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0115859;OID=.;OPOS=10036519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:45:52:9:9:0.147541:4:5:27:18:4:5:30:22 chrY 10036530 . ACCC ACC,GCCA,GCCC 142.96 PASS AF=0.178571,0.142857,0.107143;AO=8,7,6;DP=55;FAO=10,8,6;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=9,4,2;FSAR=1,4,4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.151345,-0.0229891,-0.0143423;FXX=0.0175408;HRUN=3,1,1;LEN=1,4,1;MLLD=16.2136,222.993,150.324;QD=10.2116;RBI=0.161428,0.0240624,0.0146653;REFB=-0.10229,-0.0157738,-0.0147507;REVB=0.0561575,-0.00710616,0.00306119;RO=27;SAF=7,3,2;SAR=1,4,4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0.42735,0,0;SSSB=0.565647,0.0259107,-0.0937647;STB=0.858734,0.5,0.642375;STBP=0.02,1,0.48;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0927493,0.0499295,0.032651;OID=.,.,.;OPOS=10036531,10036530,10036530;OREF=C,ACCC,A;OALT=-,GCCA,G;OMAPALT=ACC,GCCA,GCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:55:56:27:32:8,7,6:10,8,6:0.178571,0.142857,0.107143:1,4,4:7,3,2:11:16:1,4,4:9,4,2:16:16 chrY 10036544 . CT CC,TC 287.47 PASS AF=0.410714,0.142857;AO=23,8;DP=56;FAO=23,8;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13,5;FSAR=10,3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00831645,-0.0215994;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=139.708,99.8821;QD=20.5336;RBI=0.0153015,0.0245105;REFB=-0.00496738,-0.01678;REVB=-0.0128441,-0.0115858;RO=25;SAF=13,5;SAR=10,3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0328143,0.0310598;STB=0.518503,0.51995;STBP=0.799,0.936;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0149595,-0.00311354;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:23,8:23,8:0.410714,0.142857:10,3:13,5:15:10:10,3:13,5:15:10 chrY 10036549 . A C 60.15 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0134796;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.414;QD=4.2209;RBI=0.0352829;REFB=-0.00272494;REVB=-0.0326065;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212354;STB=0.521695;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0119113;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:57:48:47:10:10:0.175439:4:6:28:20:4:6:27:20 chrY 10036552 . C T 103.98 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0133794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.807;QD=7.29695;RBI=0.024079;REFB=-0.0195279;REVB=-0.0200197;RO=42;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178144;STB=0.609606;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0570584;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:5:10:22:20:5:10:22:20 chrY 10036553 . G A 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0124896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9336;QD=4.23807;RBI=0.0643039;REFB=-0.000121103;REVB=-0.0630793;RO=47;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920545;STB=0.561283;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=-0.00334067;OID=.;OPOS=10036553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:5:5:27:20:5:5:27:20 chrY 10036561 . T C 61.43 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00433815;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.636;QD=4.31055;RBI=0.00809827;REFB=-0.00455506;REVB=-0.00683831;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324098;STB=0.521695;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0169399;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:27:20:4:6:27:20 chrY 10036586 . TG CA,CG 328.38 PASS AF=0.2,0.4;AO=10,20;DP=50;FAO=10,20;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=6,10;FSAR=4,10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.01429,0.00732964;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=198.908,107.11;QD=26.27;RBI=0.0165152,0.00963095;REFB=-0.0131856,-0.00661508;REVB=-0.00827943,0.00624753;RO=20;SAF=6,10;SAR=4,10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111111,0;STB=0.567431,0.5;STBP=0.637,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0182159,-0.00708793;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:50:20:20:10,20:10,20:0.2,0.4:4,10:6,10:10:10:4,10:6,10:10:10 chrY 10036590 . T G 68.2 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0143721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.58;QD=5.56752;RBI=0.023795;REFB=-0.00514714;REVB=-0.0189643;RO=38;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122838;STB=0.589983;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0331051;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:49:38:39:10:10:0.204082:4:6:19:19:4:6:19:20 chrY 10036606 . A G 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0145525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.712;QD=3.65017;RBI=0.017873;REFB=-0.00330396;REVB=-0.0103764;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182544;STB=0.629189;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0100141;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:2:4:16:15:2:4:16:15 chrY 10036613 . T G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0328614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.792;QD=3.88747;RBI=0.0509921;REFB=-0.00676428;REVB=-0.0389913;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.627018;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0580518;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:15:14:2:4:15:14 chrY 10036617 . C G 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0661947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.994;QD=4.01731;RBI=0.0717722;REFB=-0.00498714;REVB=-0.0277399;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160511;STB=0.611861;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0428959;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:15:13:2:4:15:13 chrY 10036621 . TG CC,CG 217.47 PASS AF=0.172414,0.482759;AO=5,14;DP=29;FAO=5,14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3,8;FSAR=2,6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0231094,-0.038915;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=53.9709,55.77;QD=29.9956;RBI=0.0236873,0.0429747;REFB=-0.0339289,-0.053841;REVB=-0.0052004,-0.0182332;RO=7;SAF=3,8;SAR=2,6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0274957,0;STB=0.516065,0.519972;STBP=0.97,0.86;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00826383,0.0165475;OID=.,.;OPOS=10036621,10036621;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:29:29:7:8:5,14:5,14:0.172414,0.482759:2,6:3,8:4:3:2,6:3,8:5:3 chrY 10036627 . A G 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0338607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.388;QD=4.80999;RBI=0.0799377;REFB=-0.00194535;REVB=-0.0724119;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073651;STB=0.54983;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00236023;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:14:9:2:4:14:9 chrY 10036638 . A G 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0135739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.153;QD=5.21583;RBI=0.0270003;REFB=-0.00545767;REVB=-0.0233401;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141693;STB=0.578677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0187624;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:2:4:11:9:2:4:12:9 chrY 10036642 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00225678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.555;QD=7.95432;RBI=0.0477891;REFB=0.000833753;REVB=-0.0477358;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149147;STB=0.592369;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.0154729;OID=.;OPOS=10036642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:12:7:4:4:12:7 chrY 10037768 . T C 2584.74 PASS AF=0.723776;AO=207;DP=286;FAO=207;FDP=286;FR=.;FRO=79;FSAF=97;FSAR=110;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=-0.0016679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.477;QD=36.1503;RBI=0.00966087;REFB=-0.0132608;REVB=0.00951581;RO=79;SAF=97;SAR=110;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662714;STB=0.535324;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00431578;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:79:79:207:207:0.723776:110:97:27:52:110:97:27:52 chrY 10037786 . G A 207.68 PASS AF=0.138235;AO=47;DP=337;FAO=47;FDP=340;FR=.;FRO=293;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=145;FSRR=148;FWDB=-0.00623971;FXX=0.0144923;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.905;QD=2.44331;RBI=0.0338499;REFB=-0.00534549;REVB=-0.0332698;RO=287;SAF=21;SAR=26;SRF=145;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749296;STB=0.541513;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0317101;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:340:287:293:47:47:0.138235:26:21:145:142:26:21:145:148 chrY 10037790 . C T 86.64 PASS AF=0.0873239;AO=31;DP=355;FAO=31;FDP=355;FR=.;FRO=324;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=164;FSRR=160;FWDB=-0.0258097;FXX=0.00280891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.623;QD=0.976276;RBI=0.0475429;REFB=-0.000701917;REVB=-0.0399273;RO=323;SAF=13;SAR=18;SRF=164;SRR=159;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104356;STB=0.579221;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0257857;OID=.;OPOS=10037790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:355:355:323:324:31:31:0.0873239:18:13:164:159:18:13:164:160 chrY 10037791 . C G 3567.22 PASS AF=0.774373;AO=277;DP=359;FAO=278;FDP=359;FR=.;FRO=81;FSAF=152;FSAR=126;FSRF=29;FSRR=52;FWDB=0.00427835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.146;QD=39.7462;RBI=0.0142521;REFB=-0.0279814;REVB=0.0135948;RO=79;SAF=151;SAR=126;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079778;STB=0.542615;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00628037;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:79:81:277:278:0.774373:126:151:28:51:126:152:29:52 chrY 10037797 . T C 3757.19 PASS AF=0.76781;AO=290;DP=379;FAO=291;FDP=379;FR=.;FRO=88;FSAF=163;FSAR=128;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.00414633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.643;QD=39.6538;RBI=0.033708;REFB=-0.0138983;REVB=0.033452;RO=87;SAF=162;SAR=128;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881591;STB=0.545782;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00349081;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:87:88:290:291:0.76781:128:162:31:56:128:163:32:56 chrY 10037807 . T C 4410.21 PASS AF=0.808252;AO=329;DP=410;FAO=333;FDP=412;FR=.;FRO=79;FSAF=183;FSAR=150;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0355861;FXX=0.00242125;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.18;QD=42.8175;RBI=0.0400085;REFB=-0.0162308;REVB=0.0182842;RO=78;SAF=179;SAR=150;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532315;STB=0.530247;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0053849;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:412:78:79:329:333:0.808252:150:179:31:47:150:183:31:48 chrY 10037819 . T C 4533.82 PASS AF=0.809412;AO=343;DP=428;FAO=344;FDP=425;FR=.;FRO=81;FSAF=198;FSAR=146;FSRF=32;FSRR=49;FWDB=0.00782114;FXX=0.00700918;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8129;QD=42.6712;RBI=0.0896396;REFB=-0.100825;REVB=0.0892977;RO=81;SAF=197;SAR=146;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654689;STB=0.534837;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.026098;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:428:425:81:81:343:344:0.809412:146:197:32:49:146:198:32:49 chrY 10037842 . A G 83.34 PASS AF=0.078341;AO=32;DP=433;FAO=34;FDP=434;FR=.;FRO=400;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=220;FSRR=180;FWDB=0.013774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4132;QD=0.768153;RBI=0.0183748;REFB=-0.00463619;REVB=0.0121618;RO=397;SAF=15;SAR=17;SRF=218;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909346;STB=0.572773;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.025754;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:433:434:397:400:32:34:0.078341:17:15:218:179:18:16:220:180 chrY 10037877 . G GC 1992.28 PASS AF=0.971698;AO=236;DP=370;FAO=309;FDP=318;FR=.;FRO=9;FSAF=184;FSAR=125;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0184735;FXX=0.0392737;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.598;QD=25.0601;RBI=0.170089;REFB=-0.0331642;REVB=0.169083;RO=123;SAF=151;SAR=85;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591574;STB=0.508646;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0343531;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971698:236:370:309:318:9:184:125:8:1:5:123:151:85:68:55 chrY 10037892 . A G 2985.37 PASS AF=0.854902;AO=102;DP=264;FAO=218;FDP=255;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=148;FSAR=70;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0593433;FXX=0.0154434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.974;QD=46.8294;RBI=0.0608261;REFB=-0.0409876;REVB=-0.0133489;RO=37;SAF=36;SAR=66;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137916;STB=0.548275;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00683883;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:255:37:37:102:218:0.854902:66:36:14:23:70:148:14:23 chrY 10037899 . T C 2541.55 PASS AF=0.839286;AO=186;DP=222;FAO=188;FDP=224;FR=.;FRO=36;FSAF=134;FSAR=54;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00362179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5281;QD=45.3848;RBI=0.00704572;REFB=-0.0385527;REVB=0.00604358;RO=36;SAF=132;SAR=54;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847948;STB=0.545379;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0175596;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:224:36:36:186:188:0.839286:54:132:17:19:54:134:17:19 chrY 10037912 . T G 1419.68 PASS AF=0.84127;AO=106;DP=125;FAO=106;FDP=126;FR=.;FRO=20;FSAF=69;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0050148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.383;QD=45.0691;RBI=0.0265052;REFB=-0.0360885;REVB=-0.0260265;RO=19;SAF=69;SAR=37;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548383;STB=0.525944;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0134307;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:125:126:19:20:106:106:0.84127:37:69:9:10:37:69:10:10 chrY 10037914 . T C 1411.51 PASS AF=0.853659;AO=105;DP=123;FAO=105;FDP=123;FR=.;FRO=18;FSAF=69;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00984784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.129;QD=45.9027;RBI=0.0159429;REFB=-0.0127512;REVB=0.0125377;RO=18;SAF=69;SAR=36;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636589;STB=0.533798;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00617252;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:123:123:18:18:105:105:0.853659:36:69:8:10:36:69:8:10 chrY 13262908 . C G 147.14 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0150828;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.392;QD=34.62;RBI=0.0210368;REFB=-0.000141198;REVB=0.0146648;RO=3;SAF=13;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941597;STB=0.551655;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000216017;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:17:17:3:3:14:14:0.823529:1:13:3:0:1:13:3:0 chrY 13262943 . AC A 367.22 PASS AF=0.773585;AO=40;DP=54;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.025854;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.424;QD=27.7146;RBI=0.0375395;REFB=0.00763657;REVB=0.0272173;RO=12;SAF=33;SAR=7;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=-0.0715667;STB=0.542353;STBP=0.432;TYPE=del;VARB=0.00445591;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.773585:40:54:41:53:12:33:8:11:1:45:12:33:7:11:1 chrY 13262996 . C G 178.77 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=28;FWDB=-0.0262867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.965;QD=6.00898;RBI=0.0414036;REFB=-0.014352;REVB=0.0319885;RO=90;SAF=23;SAR=5;SRF=62;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226028;STB=0.638241;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0477744;OID=.;OPOS=13262996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:90:91:28:28:0.235294:5:23:62:28:5:23:63:28 chrY 13263010 . G A 243.77 PASS AF=0.263158;AO=35;DP=133;FAO=35;FDP=133;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=30;FWDB=-0.016299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.021;QD=7.33131;RBI=0.030283;REFB=-0.0169176;REVB=0.0255226;RO=97;SAF=26;SAR=9;SRF=68;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064462;STB=0.545135;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0480674;OID=.;OPOS=13263010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:97:98:35:35:0.263158:9:26:68:29:9:26:68:30 chrY 13263067 . A T 557.19 PASS AF=0.661972;AO=81;DP=135;FAO=94;FDP=142;FR=.;FRO=48;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=0.016205;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.303;QD=15.6954;RBI=0.0748759;REFB=-0.0989485;REVB=0.0731013;RO=52;SAF=46;SAR=35;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350718;STB=0.549761;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0791214;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:142:52:48:81:94:0.661972:35:46:32:20:43:51:33:15 chrY 13263091 . G A 1072.43 PASS AF=0.669118;AO=90;DP=139;FAO=91;FDP=136;FR=.;FRO=45;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0272437;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.583;QD=31.5421;RBI=0.0590061;REFB=-0.0326272;REVB=0.0523403;RO=46;SAF=46;SAR=44;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751128;STB=0.546018;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0144906;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:136:46:45:90:91:0.669118:44:46:29:17:45:46:29:16 chrY 13263103 . C A 259.17 PASS AF=0.285714;AO=35;DP=125;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.0182897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.58;QD=8.22761;RBI=0.0200861;REFB=-0.00894556;REVB=-0.00830295;RO=90;SAF=16;SAR=19;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145768;STB=0.574959;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0934698;OID=.;OPOS=13263103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:90:90:35:36:0.285714:19:16:52:38:19:17:52:38 chrY 13263115 . C T 206.83 PASS AF=0.278846;AO=29;DP=104;FAO=29;FDP=104;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0041812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.425;QD=7.95511;RBI=0.00480425;REFB=-0.0235611;REVB=-0.00236608;RO=75;SAF=14;SAR=15;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190486;STB=0.612574;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0427337;OID=.;OPOS=13263115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:75:75:29:29:0.278846:15:14:48:27:15:14:48:27 chrY 13263118 . G A 214.79 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=98;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0575806;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.078;QD=8.85731;RBI=0.0576821;REFB=-0.0196545;REVB=-0.00342075;RO=68;SAF=13;SAR=15;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199814;STB=0.621735;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0447274;OID=.;OPOS=13263118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:68:69:28:28:0.28866:15:13:43:25:15:13:44:25 chrY 13263170 . A T 117.5 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0071747;FXX=0.174956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.75;QD=14.2425;RBI=0.0401123;REFB=-0.0145784;REVB=0.0394654;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121279;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0228641;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:10:10:8:5:10:10 chrY 13263175 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0115559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.738;QD=16.7281;RBI=0.0189178;REFB=-0.0280446;REVB=-0.014978;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16392;STB=0.594472;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0471004;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:9:10:11:5:9:10 chrY 13263194 . T A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0241759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.726;QD=12.0514;RBI=0.0344738;REFB=0.00567425;REVB=0.0245757;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000729245;OID=.;OPOS=13263194;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chrY 21152662 . CAA C 194.77 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=100;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0276062;FXX=0.029997;HRUN=4;LEN=2;MLLD=40.0263;QD=8.03153;RBI=0.0458269;REFB=0.00467267;REVB=0.0365787;RO=59;SAF=19;SAR=16;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941475;STB=0.545429;STBP=0.519;TYPE=del;VARB=-0.00799472;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.360825:35:100:35:97:62:19:16:38:24:99:59:19:16:37:22 chrY 21152701 . G T 263.45 PASS AF=0.323232;AO=31;DP=98;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=-0.0030174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.01;QD=10.6445;RBI=0.012029;REFB=0.000207003;REVB=-0.0116444;RO=67;SAF=15;SAR=16;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202107;STB=0.625627;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.000862524;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:67:67:31:32:0.323232:16:15:44:23:17:15:44:23 chrY 21152719 . T C 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.00489548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.872;QD=9.22847;RBI=0.00637505;REFB=-0.0071591;REVB=0.00408357;RO=60;SAF=10;SAR=16;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269518;STB=0.658376;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0164759;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:16:10:37:23:16:10:37:23 chrY 21153609 . T C 947.54 PASS AF=0.561728;AO=91;DP=162;FAO=91;FDP=162;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0461321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2966;QD=23.396;RBI=0.0473799;REFB=-0.00132132;REVB=0.010802;RO=71;SAF=54;SAR=37;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339185;STB=0.518467;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0014374;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:71:71:91:91:0.561728:37:54:45:26:37:54:45:26 chrY 21154466 . T A 835.42 PASS AF=0.641026;AO=75;DP=117;FAO=75;FDP=117;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0163074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7468;QD=28.5612;RBI=0.0165629;REFB=0.00235579;REVB=0.00289793;RO=42;SAF=49;SAR=26;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140098;STB=0.575897;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00238322;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:42:42:75:75:0.641026:26:49:19:23:26:49:19:23